##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=GOF,Description="Variant fails goodness-of-fit test.">
##FILTER=<ID=HapScore,Description="Too many haplotypes are supported by the data in this region.">
##FILTER=<ID=MQ,Description="Root-mean-square mapping quality across calling region is low.">
##FILTER=<ID=Q20,Description="Variant quality is below 20.">
##FILTER=<ID=QD,Description="Variants fail quality/depth filter.">
##FILTER=<ID=QualDepth,Description="Variant quality/Read depth ratio is low.">
##FILTER=<ID=REFCALL,Description="This line represents a homozygous reference call">
##FILTER=<ID=SC,Description="Variants fail sequence-context filter. Surrounding sequence is low-complexity">
##FILTER=<ID=alleleBias,Description="Variant frequency is lower than expected for het">
##FILTER=<ID=badReads,Description="Variant supported only by reads with low quality bases close to variant position, and not present on both strands.">
##FILTER=<ID=hp10,Description="Flanking sequence contains homopolymer of length 10 or greater">
##FILTER=<ID=strandBias,Description="Variant fails strand-bias filter">
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allelic frequency for the alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##GATKCommandLine.CombineVariants=<ID=CombineVariants,Version=3.4-0-g7e26428,Date="Mon Nov 29 13:07:34 EST 2021",Epoch=1638209254284,CommandLineOptions="analysis_type=CombineVariants input_file=[] showFullBamList=false read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] disable_read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=10000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 refactor_NDN_cigar_string=false fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false no_cmdline_in_header=false sites_only=false never_trim_vcf_format_field=false bcf=false bam_compression=null simplifyBAM=false disable_bam_indexing=false generate_md5=false num_threads=2 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false variant_index_type=DYNAMIC_SEEK variant_index_parameter=-1 logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false variant=[(RodBindingCollection [(RodBinding name=HC source=/lscratch/27591448//HC.vcf)]), (RodBindingCollection [(RodBinding name=Platypus source=/lscratch/27591448//PL.vcf)])] out=/gpfs/gsfs6/users/MoCha/processedDATA/876135/20170910/876135~273-R~J3-PDC~WES/calls/876135~273-R~J3-PDC~WES.merged.vcf genotypemergeoption=PRIORITIZE filteredrecordsmergetype=KEEP_IF_ANY_UNFILTERED multipleallelesmergetype=BY_TYPE rod_priority_list=HC,Platypus printComplexMerges=false filteredAreUncalled=false minimalVCF=false excludeNonVariants=false setKey=set assumeIdenticalSamples=false minimumN=1 suppressCommandLineHeader=false mergeInfoWithMaxAC=false filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=ALERT,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is adjacent to other variants, but case was too complex for joinAdjacentSNPs to handle. Please review.">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=BRF,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of reads around this variant that failed filters">
##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
##INFO=<ID=ClippingRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref number of hard clipped bases">
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Combined depth across samples">
##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Stop position of the interval">
##INFO=<ID=ExcessHet,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value for exact test of excess heterozygosity">
##INFO=<ID=FR,Number=.,Type=Float,Description="Estimated population frequency of variant">
##INFO=<ID=FS,Number=.,Type=Float,Description="Fisher's exact test for strand bias (Phred scale)">
##INFO=<ID=HP,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length around variant locus">
##INFO=<ID=HapScore,Number=.,Type=Integer,Description="Haplotype score measuring the number of haplotypes the variant is segregating into in a window">
##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
##INFO=<ID=JOINED,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is the result of joining adjacent SNPs/MNPs. Please use caution when interpreting sample-specific values.">
##INFO=<ID=MGOF,Number=.,Type=Integer,Description="Worst goodness-of-fit value reported across all samples">
##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MMLQ,Number=1,Type=Float,Description="Median minimum base quality for bases around variant">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
##INFO=<ID=NF,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of forward reads containing this variant">
##INFO=<ID=NR,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of reverse reads containing this variant">
##INFO=<ID=PP,Number=.,Type=Float,Description="Posterior probability (phred scaled) that this variant segregates">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant-quality/read-depth for this variant">
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=.,Type=Float,Description="Mann-Whitney Rank sum test for difference between in positions of variants in reads from ref and alt">
##INFO=<ID=SC,Number=1,Type=String,Description="Genomic sequence 10 bases either side of variant position">
##INFO=<ID=SOR,Number=1,Type=Float,Description="Symmetric Odds Ratio of 2x2 contingency table to detect strand bias">
##INFO=<ID=START,Number=.,Type=Integer,Description="Start position of reference call block">
##INFO=<ID=SbPval,Number=.,Type=Float,Description="Binomial P-value for strand bias test">
##INFO=<ID=Size,Number=.,Type=Integer,Description="Size of reference call block">
##INFO=<ID=Source,Number=.,Type=String,Description="Was this variant suggested by Playtypus, Assembler, or from a VCF?">
##INFO=<ID=TC,Number=1,Type=Integer,Description="Total coverage at this locus">
##INFO=<ID=TCF,Number=1,Type=Integer,Description="Total forward strand coverage at this locus">
##INFO=<ID=TCR,Number=1,Type=Integer,Description="Total reverse strand coverage at this locus">
##INFO=<ID=TR,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of reads containing this variant">
##INFO=<ID=WE,Number=1,Type=Integer,Description="End position of calling window">
##INFO=<ID=WS,Number=1,Type=Integer,Description="Starting position of calling window">
##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
##SentieonCommandLine.Haplotyper=<ID=Haplotyper,Version="sentieon-genomics-201711",Date="2021-11-29T18:01:38Z",CommandLine="/data/MoCha/patidarr/sentieon/sentieon-genomics-201711/libexec/driver --temp_dir /lscratch/27591383// -t 26 -r /data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta -i 876135/20170910/876135~273-R~J3-PDC~WES/876135~273-R~J3-PDC~WES.bwa.final.bam --interval /data/MoCha/patidarr/ref/design/Sureselect.v5.refseq.ensembl.noUTR.notfound.targetbp.hg19.bed --algo Haplotyper -d /data/MoCha/patidarr/ref/dbsnp_138.hg19.vcf --min_base_qual 20 --min_map_qual 30 /lscratch/27591383//876135~273-R~J3-PDC~WES.HC_DNASeq.raw.vcf">
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##fileDate=2021-11-29
##joinAdjacentSNPs_command=/data/MoCha/patidarr/ngs_pipeline/scripts/joinAdjacentSNPs.py -v 876135/20170910/876135~273-R~J3-PDC~WES/calls/876135~273-R~J3-PDC~WES.HC_DNASeq.raw.vcf -o /lscratch/27591448//HC.vcf.tmp 1 876135/20170910/876135~273-R~J3-PDC~WES/876135~273-R~J3-PDC~WES.bwa.final.bam /data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.2bit
##platypusOptions={'assemblyRegionSize': 1500, 'trimReadFlank': 0, 'assembleBadReads': 1, 'bamFiles': ['876135/20170910/876135~273-R~J3-PDC~WES/876135~273-R~J3-PDC~WES.bam'], 'minVarDist': 9, 'trimSoftClipped': 1, 'minReads': 2, 'qualBinSize': 1, 'refFile': '/data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta', 'maxHaplotypes': 50, 'filterVarsByCoverage': 1, 'maxSize': 1500, 'originalMaxHaplotypes': 50, 'skipDifficultWindows': 0, 'parseNCBI': 0, 'skipRegionsFile': None, 'noCycles': 0, 'trimAdapter': 1, 'minPosterior': 5, 'assembleAll': 1, 'trimOverlapping': 1, 'filterDuplicates': 1, 'abThreshold': 0.001, 'minFlank': 10, 'bufferSize': 1000000, 'fileCaching': 0, 'useEMLikelihoods': 0, 'coverageSamplingLevel': 30, 'calculateFlankScore': 0, 'logFileName': 'log/platypus.876135.20170910.876135~273-R~J3-PDC~WES', 'nCPU': 32, 'filterReadsWithUnmappedMates': 1, 'qdThreshold': 10, 'maxVariants': 8, 'scThreshold': 0.95, 'filterReadsWithDistantMates': 1, 'maxReads': 100000000.0, 'badReadsWindow': 11, 'genIndels': 1, 'largeWindows': 0, 'minMapQual': 20, 'maxVarDist': 15, 'maxGOF': 30, 'rlen': 150, 'minGoodQualBases': 20, 'refCallBlockSize': 1000, 'countOnlyExactIndelMatches': 0, 'longHaps': 0, 'HLATyping': 0, 'filterReadPairsWithSmallInserts': 1, 'minBaseQual': 20, 'getVariantsFromBAMs': 1, 'genSNPs': 1, 'assemble': 0, 'assemblerKmerSize': 15, 'minVarFreq': 0.05, 'alignScoreFile': '', 'verbosity': 2, 'sourceFile': None, 'compressReads': 0, 'rmsmqThreshold': 40, 'filteredReadsFrac': 0.7, 'outputRefCalls': 0, 'badReadsThreshold': 15, 'hapScoreThreshold': 4, 'regions': ['/data/MoCha/patidarr/ref/design/Sureselect.v5.refseq.ensembl.noUTR.notfound.targetbp.hg19.bed'], 'sbThreshold': 0.001, 'output': '876135/20170910/876135~273-R~J3-PDC~WES/calls/876135~273-R~J3-PDC~WES.Platypus.raw.vcf', 'assembleBrokenPairs': 0, 'mergeClusteredVariants': 1, 'maxGenotypes': 1275, 'nInd': 1}
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chr1	69511	rs75062661	A	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-11.228;NF=27;NR=19;PP=522;ReadPosRankSum=2.254;SC=TATGGCTGTCACATGGGGAAT;SOR=0.710;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=46;WE=69519;WS=69501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,73:0.37:197
chr1	752894	rs3131971	T	C	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.55;QD=24.09;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	762273	rs3115849	G	A	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=99;PP=2965;SC=CTGCCAAGGAGGAGCCCGCTT;SOR=1.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=48;TCR=99;TR=146;WE=762281;WS=762263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	762589	rs71507461	G	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.25;QD=42.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	762592	rs71507462	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.25;QD=42.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	762601	rs71507463	T	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.28;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	762632	rs61768173	T	A	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.43;QD=22.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	792263	rs1044922	A	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.44;QD=25.05;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	792480	rs2905036	C	T	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=24;PP=721;SC=TTGTGTTCAACATATTTCATT;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=792488;WS=792470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	866319	rs9988021	G	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=8;PP=405;SC=GTGGCCCAGCGGGGCACTGAC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=866327;WS=866309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	866511	.	C	CCCCT	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=1166;SC=GGCCGTGACTCCCCTCCCTCC;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=866519;WS=866501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	871334	rs4072383	G	T	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=22;PP=684;SC=GAGGACGGTGGCGTCTCCACT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=871342;WS=871324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	876499	rs4372192	A	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=8;PP=267;SC=AGCCGGGGGGATCACTGCTGT;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=876507;WS=876489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	877715	rs6605066	C	G	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	877831	rs6672356	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	879676	rs6605067	G	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=19;PP=574;SC=TCAAAGGAAAGGAACAAATTT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=879695;WS=879666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	879687	rs2839	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.91;NF=5;NR=15;PP=454;SC=GAACAAATTTTCAAAGACTTG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=879695;WS=879666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	880238	rs3748592	A	G	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=34;PP=1836;SC=AGCCAGCCTTAGAGGTTACTC;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=89;WE=880246;WS=880228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	881627	rs2272757	G	A	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=19;PP=820;SC=TACAAGGTCAGGGGTGTCCCC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=881635;WS=881617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	881918	rs35471880	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,69:0.45:155
chr1	883625	rs4970378	A	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=23;PP=900;SC=GAAGAGCAGGAGAGAGGGCCG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=883633;WS=883615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	884091	.	C	G	1673	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=59.54;NF=6;NR=30;PP=1673;QD=47.4380892374;SC=CACCTGGCTGCACCCTGGTCA;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=36;WE=884109;WS=884081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr1	884091	.	C	CACCCTGGTCCCCCTGGTCCCTTTGGCCCTGCACCTGGCTGG	4367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.80;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	884101	.	A	C	1584	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=59.7;NF=19;NR=27;PP=1584;QD=35.1906785336;SC=CACCCTGGTCACCCTGGTCCT;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=46;WE=884109;WS=884081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:39,46:0.54:85
chr1	886788	rs10465242	G	A	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=135;PP=2965;SC=TGGGGCTGCAGGTACCTTACC;SOR=1.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=63;TCR=136;TR=195;WE=886796;WS=886778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	886817	rs10465241	C	T	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=94;PP=2561;SC=AGCTTTATTTCAACACGGTGG;SOR=1.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=32;TCR=94;TR=126;WE=886825;WS=886807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	887560	rs3748595	A	C	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1731;ReadPosRankSum=0.428;SC=CCAGGCTGACAAGTCAGGCTG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=90;WE=887568;WS=887550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr1	887801	rs3828047	A	G	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=20;PP=1169;SC=CCTTCTTGCGAGTGGTCATGG;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=887809;WS=887791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	888639	rs3748596	T	C	10026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=103;PP=2965;SC=GCAGAGACTCTTCCCCAGTGC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=115;TCR=103;TR=218;WE=888647;WS=888629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr1	888659	rs3748597	T	C	9413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=109;PP=2965;SC=CTCCATACGATCACCATTCTC;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=105;TCR=109;TR=213;WE=888667;WS=888649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr1	889158	rs13303056	GA	CC	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=1447;SC=ACTGGGCCACGAACCTTGAGC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=889167;WS=889148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	889638	rs13303206	G	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=742;SC=AGGGGCTTAGGAGGACCCTCT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=889646;WS=889628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	892745	rs13303227	G	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=370;SC=CTTCACAAGGGTTACCAACTA;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=892753;WS=892735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	894573	rs13303010	G	A	7001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=105;PP=2965;SC=AGGCCAAATCGGCCCTCGGAC;SOR=1.059;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=64;TCR=107;TR=169;WE=894581;WS=894563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	894689	.	CC	TT	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=620;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CTTCCGCCGCCCAGGCCCCGC;SOR=1.238;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=17;WE=894698;WS=894679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr1	897325	rs4970441	G	C	9141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=104;PP=2965;SC=TTGCCGATGCGCACTCCTGCA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=101;TCR=104;TR=204;WE=897333;WS=897315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	897564	rs13303229	T	C	10618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=132;PP=2965;SC=CCGAGACCTTTCTGGATCTGG;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=104;TCR=132;TR=236;WE=897572;WS=897554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr1	898323	rs6605071	T	C	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=53;PP=2720;SC=CGTTTCCCTCTTGCCCTGTGC;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=73;TCR=53;TR=126;WE=898331;WS=898313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	899928	rs6677386	G	C	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.93;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	899937	rs143296006	GG	TC	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.91;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	899942	rs71509448	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.46;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr1	909309	rs3829738	T	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=363;ReadPosRankSum=2.664;SC=TCGCTCCTGCTCCTCCGGCCC;SOR=0.655;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=24;WE=909317;WS=909299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,60:0.55:109
chr1	909419	rs28548431	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=-0.312;SC=AGCCCCCAGACGCCCCTCAGC;SOR=0.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=17;WE=909427;WS=909409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr1	909768	rs2340593	A	G	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=61;PP=2218;SC=CTGCCTCCTGAGGTGAGTGCC;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=119;WE=909776;WS=909758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	911595	rs7417106	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=419;ReadPosRankSum=1.304;SC=CCCTTGCCCCACCTGCCGGCG;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=28;WE=911603;WS=911585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr1	911916	rs74045046	C	T	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=818;ReadPosRankSum=0.897;SC=GATCTGACGTCCTCACAGCCC;SOR=0.752;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=57;WE=911924;WS=911906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,111:0.55:201
chr1	912103	rs9803017	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.793;NF=0;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.879;SC=CACCAACCCCGGGAACCGCCT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=8;WE=912111;WS=912093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	912126	.	GC	AC	660	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000,0.5000;HP=8;HapScore=4;MGOF=59;MMLQ=14;MQ=56.85;NF=0,1;NR=7,10;PP=475,660;QD=72.8244589353;SC=CACTCCCCCCGCCAACCCCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=7,11;WE=912134;WS=912116;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	912126	.	GC	G	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=14;MQRankSum=-0.566;NF=0,1;NR=7,10;PP=475,660;ReadPosRankSum=1.781;SC=CACTCCCCCCGCCAACCCCGG;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=7,11;WE=912134;WS=912116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	914192	rs2340595	G	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=164;SC=GCGGCCCCCTGCTTGGCCAAG;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=914200;WS=914182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	914512	.	G	A	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=780;ReadPosRankSum=0.093;SC=CGGCTCCGGGGACCCCCGCCG;SOR=0.713;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=59;WE=914520;WS=914502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,86:0.44:195
chr1	914876	rs13302983	T	C	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=20;PP=1195;SC=TTATTGGGGCTGGGCCCAGCC;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=914884;WS=914866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	915227	rs13303355	A	G	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=29;PP=1012;SC=TCCGTGTCCAATTGTGGCTTG;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=915235;WS=915217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	916549	rs6660139	A	G	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=473;ReadPosRankSum=-2.181;SC=GGCTCCATCCATGCCCTGAAA;SOR=0.697;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=42;WE=916557;WS=916539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,83:0.44:187
chr1	916662	rs56028034	A	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=726;ReadPosRankSum=0.631;SC=CTAGTTCCCAACGCACCCCAA;SOR=0.618;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=55;WE=916670;WS=916652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,72:0.42:170
chr1	917315	rs7547878	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=92;ReadPosRankSum=0.938;SC=GTCCTGAGACGGAGGCCAGGG;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=9;WE=917323;WS=917305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	917492	rs28434575	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.409;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr1	917640	rs41285816	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=215;ReadPosRankSum=-0.358;SC=AGTACATGAGGACGACTTCCT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=14;WE=917648;WS=917630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	948846	rs3841266	T	TA	911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	948870	rs4615788	C	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.61;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	948921	rs15842	T	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=16;PP=779;SC=TACAGGAGCTTGTGCCGTGGC;SOR=1.140;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=42;WE=948929;WS=948911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	949608	rs1921	G	A	5854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=70;NR=69;PP=2470;SC=GAACCTCTGAGCATCCTGGTG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=139;WE=949616;WS=949598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	949654	rs8997	A	G	4992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=62;PP=2343;SC=CCTACGAGGTACGGCTGACGC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=120;WE=949662;WS=949644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	949925	rs2799070	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=24;PP=577;SC=GAGAAATGGCCGCCTCTGTGT;SOR=1.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=949933;WS=949915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	955597	rs115173026	G	T	126.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=2;PP=69;SC=CGCTGCTGCCGCTCCTTGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=955605;WS=955587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	957898	rs2799064	G	T	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=40;PP=1101;SC=GTGGCCAAGGGGGACAGGTTG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=957906;WS=957888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	970549	rs70949545	TGG	T	527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=32.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	976481	.	CGGAGCGGGGCG	C	1064	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=8;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=22;MQ=59.73;NF=2;NR=0;PP=1064;QD=538.5;SC=GCCTGGGGGGCGGAGCGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=976499;WS=976471;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr1	976514	rs79290478	C	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=20.46;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	977330	rs2799066	T	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=16;PP=756;SC=CACCCCTGCGTCCTAGACCAG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=43;WE=977338;WS=977320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	977570	rs2710876	G	A	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=32;PP=945;SC=GAGGCCAGGCGGGGTGGGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=977578;WS=977560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	979748	rs113288277	A	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=521;ReadPosRankSum=1.169;SC=TACAGCACCGAGTGTGAGCTG;SOR=0.936;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=38;WE=979756;WS=979738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,59:0.47:126
chr1	981087	rs3128098	A	G	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=82;PP=2785;SC=TGCGGACATCACGTTCCTCCC;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=143;WE=981095;WS=981077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	981931	rs2465128	A	G	8837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=150;PP=2965;SC=CGCCCTCATCACGACCTCGGA;SOR=1.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=64;TCR=151;TR=214;WE=981939;WS=981921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr1	982941	rs3128102	T	C	8165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=115;PP=2965;SC=CCTTGCCTACTCCCTGCCACA;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=98;TCR=115;TR=213;WE=982949;WS=982931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	982994	rs10267	T	C	7777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	983358	.	C	T	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,72:0.54:134
chr1	985443	rs374655989	AGG	A	901.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;MQRankSum=0.482;QD=34.66;ReadPosRankSum=2.010;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,23:0.88:26
chr1	985448	.	G	T	910.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.351;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.417;QD=37.92;ReadPosRankSum=1.157;SOR=1.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr1	985451	.	G	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;MQRankSum=0.436;QD=44.08;ReadPosRankSum=1.578;SOR=1.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr1	985797	rs142286944	A	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.538;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=541;ReadPosRankSum=1.233;SC=CCGACTCCCCATGACCCCAGG;SOR=0.502;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=42;WE=985805;WS=985787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,43:0.36:119
chr1	986443	rs2710887	C	T	7904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=74;PP=2717;SC=GCCTCTCATCCGCTCACCGTC;SOR=0.720;Source=Platypus;TCF=74;TR=148;WE=986451;WS=986433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	987200	rs9803031	C	T	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=27;PP=1438;SC=CGAGAGGTAACGTGCCATCCT;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=71;WE=987208;WS=987190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	988932	rs2710871	G	C	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=30;PP=982;SC=CCTCCCGCCCGTCTCTCTGAT;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=988940;WS=988922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	990380	rs3121561	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	990417	rs2465136	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=7;PP=141;SC=GTAAACTTGTTGCTTTTTGAT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=990425;WS=990407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	990517	rs2710872	C	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	1007203	rs4633229	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr1	1007222	rs71628928	G	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr1	1019175	rs2298215	C	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=0.861;SC=GCCCCCATGACAGACTTCTGC;SOR=0.362;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=1019183;WS=1019165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	1021346	rs10907177	A	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=468;ReadPosRankSum=-1.277;SC=GGCCGGAGCTAATGAAGAACG;SOR=0.982;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=31;WE=1021354;WS=1021336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr1	1021415	rs3737728	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-2.612;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	1022832	.	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=1.478;SC=ACAGTGTCTCCCACAGCTGGA;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=16;WE=1022840;WS=1022822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr1	1023145	rs3737727	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.590;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GGAGCATGGCGGGGCCGTGAG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=1023153;WS=1023135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	1026195	.	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GGCATTTCAGGGGACGAATTC;SOR=1.445;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=1026203;WS=1026185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	1026707	rs4074137	C	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=245;ReadPosRankSum=1.281;SC=CCCCTCTGACCCCAGCAGTGG;SOR=0.506;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=24;WE=1026715;WS=1026697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr1	1026801	rs4562563	T	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=339;ReadPosRankSum=-1.172;SC=CCCACCGCCCTCCACAGAGGC;SOR=0.537;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=27;WE=1026809;WS=1026791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr1	1102563	rs72563729	G	A	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=779;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TAATGATGACGGCGGAGCCCT;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=53;WE=1102571;WS=1102553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,86:0.56:153
chr1	1103150	rs61768480	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=105;ReadPosRankSum=-0.361;SC=AGCCCTGTCCGGTCCCGGCAC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=7;WE=1103158;WS=1103140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	1115750	.	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=624;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GCCCGTGGTCCCACTGAATAC;SOR=0.771;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=41;WE=1115758;WS=1115740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr1	1115994	rs13376597	G	A	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=40;PP=1960;SC=AGCGGGAGCCGGCACCAGAGG;SOR=0.928;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=98;WE=1116002;WS=1115984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr1	1117398	rs12097586	A	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=511;SC=GGCTCAGGCCACGCTCTCCGC;SOR=1.675;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=23;WE=1117406;WS=1117388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr1	1133273	rs12031928	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=150;ReadPosRankSum=0.871;SC=GCCCCAGCCGTGCTGCCTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=13;WE=1133281;WS=1133263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr1	1147243	rs2298211	A	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GGTGGGGTCCACAGGAGGGGC;SOR=0.774;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=8;WE=1147251;WS=1147233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	1147297	rs2298212	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=-0.227;SC=TGGGGGCCCCGCTGGGCTGGG;SOR=0.481;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=12;WE=1147305;WS=1147287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	1153113	rs12036216	G	A	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1059;ReadPosRankSum=0.250;SC=TTCCCCCTCCGAGCTCCGCGG;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=73;WE=1153121;WS=1153103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,113:0.57:198
chr1	1158534	rs59317408	G	GAC	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=501;ReadPosRankSum=1.360;SC=ACTCATACACGACACACACGG;SOR=3.967;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=13;WE=1158542;WS=1158524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	1158562	rs57524763	AAC	A	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=383;ReadPosRankSum=-0.239;SC=ATGTACACACAACACACGCGC;SOR=1.078;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=10;WE=1158571;WS=1158552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	1158631	rs6603781	A	G	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=17;PP=767;SC=CACTTTCCTCATCCACTTTGA;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=1158639;WS=1158621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	1159485	rs75700266	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=0.387;SC=CCAGGCAACGCGAAAAGCGTC;SOR=1.061;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=11;WE=1159493;WS=1159475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr1	1163804	rs7515488	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=748;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CACAGGCGAGCGCACGCGGAC;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=51;WE=1163812;WS=1163794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,72:0.57:126
chr1	1177918	rs3835300	CT	C	3010.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.779;NF=25;NR=25;PP=1746;ReadPosRankSum=0.514;SC=GCCAGCCCCCCTGGGCGCCCT;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=50;WE=1177926;WS=1177908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,91:0.58:157
chr1	1178245	rs11260566	C	T	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.238;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=840;ReadPosRankSum=0.169;SC=GCACCTGTAGCGTGAAGACCC;SOR=0.600;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=58;WE=1178253;WS=1178235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,88:0.49:181
chr1	1178482	rs78555129	A	G	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=600;ReadPosRankSum=0.732;SC=ATGAGAACACACACCACGTCC;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=38;WE=1178490;WS=1178472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,99:0.42:233
chr1	1178925	rs12093154	G	A	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=916;ReadPosRankSum=-0.648;SC=GGCACCTTGGGCAGCAGGCTG;SOR=0.930;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=63;WE=1178933;WS=1178915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,73:0.57:128
chr1	1179030	rs111673713	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=376;ReadPosRankSum=0.702;SC=CCCCTCACTCGGAGCAGCTCT;SOR=1.136;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=19;WE=1179038;WS=1179020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr1	1179309	rs113164957	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=369;ReadPosRankSum=0.197;SC=CCAACACCCCGCTCTAAGCTC;SOR=0.690;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=31;WE=1179317;WS=1179294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,73:0.54:134
chr1	1179983	rs76342560	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=0.610;SC=AGGCATCGCCGGCCAGGAGAA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=1179991;WS=1179973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	1196863	rs6659787	T	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=27;PP=773;SC=GTTGGGGGAGTAGCTCATCTC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=1196871;WS=1196853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	1222690	rs115316182	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=462;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GTGAGTGTGGCGGGCGGGGGC;SOR=0.788;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=27;WE=1222698;WS=1222680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr1	1223465	rs58081058	GC	G	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.605;QD=13.25;ReadPosRankSum=-1.450;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	1225505	.	GTC	ATT	125	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=42.26;NF=5;NR=0;PP=125;QD=35.6935749724;SC=TCTCTGCTCCGTCCCCCGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=5;WE=1225515;WS=1225502;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,5:0.19:26
chr1	1225899	rs79943571	G	A	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1160;ReadPosRankSum=1.763;SC=GAGACCCACCGGCTCCCCTGT;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=185;TCF=87;TCR=98;TR=85;WE=1225907;WS=1225889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,151:0.45:339
chr1	1225959	rs1570867	C	G	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=826;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GTTGGGGTCGCGGCCAGGGAT;SOR=0.521;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=131;TCF=59;TCR=72;TR=65;WE=1225967;WS=1225949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,85:0.48:177
chr1	1229680	rs2477781	G	T	5978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=1.756;SC=GGGACCGAACGTGGTCCCCAC;SOR=0.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=171;WE=1229688;WS=1229670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr1	1231555	.	A	G	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.712;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=1111;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GCCCCCACAAACGGGGTCCCG;SOR=0.877;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=64;WE=1231563;WS=1231545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr1	1232004	rs149746396	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=0.692;SC=GATGCTGTGCGGTCCAGCCTC;SOR=1.026;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=14;WE=1232012;WS=1231994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr1	1239339	rs11260584	T	G	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=9;PP=1130;ReadPosRankSum=1.745;SC=GACCAGGACCTGGAGCACCAC;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=59;WE=1239347;WS=1239329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr1	1242707	rs2274262	A	G	7625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=100;PP=2965;SC=CACGTTTCCAAGCACCCTACC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=177;WE=1242715;WS=1242697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr1	1243896	rs61766198	C	T	71.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=140;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=1;PP=54;SC=TGGCGCGGTGCCACCGCGCAG;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=1243904;WS=1243893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	1243929	rs190454859	G	T	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	1243934	rs12022139	A	G	92.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	1245368	rs11590283	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=36;PP=984;SC=ACAGCTGGAGGGGATTCGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=1245376;WS=1245358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	1246004	rs2296474	A	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=11;PP=448;SC=ACAGGTACGTATTTTTCCAGG;SOR=0.952;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=26;WE=1246012;WS=1245994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	1246256	.	CGGCTCTGGGTCACAGGT	C	2964	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=21;MQ=59.93;NF=11;NR=4;PP=2964;QD=20;SC=GGGTCACGGGCGGCTCTGGGT;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=15;WE=1246280;WS=1246246;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,15:0.48:31
chr1	1247494	rs12103	T	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=8;PP=365;SC=CAGAGCCGTCTGGGAGGTGCT;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=15;WE=1247502;WS=1247484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	1247793	rs368307735	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr1	1249187	rs12142199	G	A	5478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=67;PP=2285;SC=TCCTCTGCACGAAAGTCTTGC;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=125;WE=1249195;WS=1249177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	1254136	rs4970432	G	A	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=15;PP=1741;SC=ACCTAATATAGTTTCAAGAAA;SOR=2.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=79;WE=1254144;WS=1254126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	1254436	rs1886773	A	G	11304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	1254443	rs1886772	G	A	11165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	1254841	rs10907179	C	G	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=34;PP=1095;SC=TGTAGATGGGCCCGTCGTAGC;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=1254849;WS=1254831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	1262591	rs2296472	C	T	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=42;PP=1787;SC=CAGGCCTGGGCGAGGACTCGA;SOR=0.994;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=104;WE=1262599;WS=1262581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	1262966	rs307349	C	T	6515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=71;PP=2685;SC=TCGTGCGCCGCGCCGTCACCG;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=145;WE=1262974;WS=1262956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	1263144	rs307350	G	A	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=47;PP=1551;SC=CCTGCCCTAGGGGCGGGAAGC;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=1263152;WS=1263134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	1268701	.	C	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.348;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=871;ReadPosRankSum=0.428;SC=TCAAGGGGTTCCACTCCTGCT;SOR=0.501;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=109;TCF=67;TCR=42;TR=59;WE=1268709;WS=1268691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,78:0.51:154
chr1	1268847	rs307378	T	G	10578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=126;PP=2965;SC=GCCCACAGGGTACAAGACGAA;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=115;TCR=126;TR=241;WE=1268855;WS=1268837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr1	1269554	rs307377	T	C	4772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=56;PP=1849;SC=CCAGCCGGGCTGCTACAACCG;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=118;WE=1269562;WS=1269544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	1271949	rs148991554	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=0.689;SC=GCCCGGCCACGTCCAGAACAA;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=13;WE=1271957;WS=1271939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	1273116	rs307371	A	G	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=49;PP=1538;SC=CCCCATTCACACTGGCTCCTG;SOR=0.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=89;WE=1273124;WS=1273106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	1273278	rs307370	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.12;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	1275264	.	A	ACAGCCGCATGTCCCCCAGCAGCCCCCACAGACCCACCCG	1891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=31.01;SOR=3.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	1275291	.	G	A	957	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=26;MQ=58.94;NF=4;NR=46;PP=957;QD=19.8354242509;SC=AGCAGCCCCCGCAGACCCACC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=76;TCF=10;TCR=66;TR=50;WE=1275299;WS=1275281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,50:0.66:76
chr1	1275329	.	TA	CG	840	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=23;MQ=58.08;NF=0;NR=19;PP=840;QD=47.0246249927;SC=CAGCAGCCCCTACAGACCCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=19;WE=1275338;WS=1275319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,19:0.42:45
chr1	1276973	rs145370195	G	GACAC	14658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=79;PP=2975;SC=ACCTCATGCAGACACATGCAC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=57;TCR=92;TR=128;WE=1276986;WS=1276963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	1277533	rs307362	T	C	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=27;PP=714;SC=TGGCCACATTTGGGCTGTGCA;SOR=1.296;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=39;WE=1277541;WS=1277523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	1278237	rs307361	T	C	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=53;PP=1245;SC=GCCCACACAATGTCACTCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=76;WE=1278245;WS=1278227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	1284490	rs150789461	G	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	1288471	rs3766183	C	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=252;SC=GGGGAGCTCTCGGTGGCAGGC;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=1288479;WS=1288465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	1288583	rs3845295	C	G	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	1288759	.	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=0.615;SC=TGCCAGGGGTGGGCAGGGCCA;SOR=0.313;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=13;WE=1288767;WS=1288749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr1	1288823	rs2296471	A	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=8;PP=441;SC=AGCCCCTGGGAGAGGGGTGTG;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=1288831;WS=1288813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	1288932	rs201452853	GCA	G	888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=381;ReadPosRankSum=0.410;SC=GCCCCGAGGAGCACAGACAGG;SOR=0.970;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=10;WE=1288941;WS=1288922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr1	1289367	rs140777846	CTG	C	7312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=51;PP=2957;SC=CAGCCCGGGACTGGGAGCCGC;SOR=0.807;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=75;WE=1289376;WS=1289357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	1289911	rs4970365	G	A	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=19;PP=596;SC=GCGGGGTCGGGGCGGCGTCAG;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=1289919;WS=1289901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	1293764	rs34841888	G	C	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	1296691	rs2765025	C	G	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=89;PP=2749;SC=CGTTTGCTGACCACCTCCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=55;TCR=90;TR=144;WE=1296699;WS=1296681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	1309168	.	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=-1.037;SC=GGGCGGGAAGGGCGGCGCCAG;SOR=1.371;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=1309176;WS=1309158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	1310074	rs2765035	C	G	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=33;PP=1092;SC=CGCCCCCGCGCGGCTTCCTAC;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=1310082;WS=1310055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	1323078	rs12729599	A	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=27;PP=992;SC=ACAAGAAACCACCTCAGGGTG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=1323086;WS=1323068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	1323143	rs35654872	CCT	C	2805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=17;PP=1945;SC=CTGGGTGCGCCCTGAGGCACA;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=43;WE=1323152;WS=1323133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	1323412	.	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=636;ReadPosRankSum=1.969;SC=CAGTGGGGAAGGCTTGCTCCC;SOR=0.762;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=40;WE=1323420;WS=1323402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,73:0.62:117
chr1	1323945	rs111530797	GTC	G	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=213;ReadPosRankSum=-1.720;SC=GTGAGTGTGTGTCTCTCTCTC;SOR=0.473;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=1323954;WS=1323935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	1326713	rs143065642	G	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=397;ReadPosRankSum=0.375;SC=CGGTGTGGCTGCTGGGAGACA;SOR=1.765;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=23;WE=1326721;WS=1326703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr1	1342612	rs2275915	G	C	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=395;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CCTGCAGGCCGGCGTCCCGAA;SOR=0.436;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=41;WE=1342620;WS=1342602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr1	1355799	.	TGCA	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr1	1387667	rs1781144	C	G	8863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=104;PP=2965;SC=CTGTGTCAAGCCCTCACCCTC;SOR=0.792;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=95;TCR=105;TR=199;WE=1387675;WS=1387657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	1391640	.	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQRankSum=-1.198;QD=10.76;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
chr1	1417696	rs819970	C	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=16;PP=754;SC=GAGCACTGCCCAGGCCCGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=1417704;WS=1417686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	1418531	rs819973	G	A	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	1421157	rs1622213	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.360;NF=4;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=0.747;SC=CTTCCCCTCCGGCAGGTCAGC;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=11;WE=1421165;WS=1421147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr1	1421484	rs149651155	C	T	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-2.558;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,109:0.48:229
chr1	1454424	rs147532057	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.432;NF=0;NR=24;PP=461;ReadPosRankSum=-0.794;SC=TGCTTGTGGACCCGGCGTGCA;SOR=4.732;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=24;WE=1454432;WS=1454414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr1	1458847	.	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	1464651	.	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQRankSum=-1.023;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr1	1469546	rs3128344	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=66;ReadPosRankSum=0.022;SC=ATGCTCCTGGGTGGGGACTGG;SOR=0.836;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=8;WE=1469554;WS=1469536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr1	1551927	rs7418389	T	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=20;PP=1077;SC=GTCCCAAAGTTTCCAGGCATC;SOR=1.011;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=52;WE=1551935;WS=1551917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	1558792	rs12755088	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	1561920	.	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GGGCCGGGGCCGAGTCAGGCC;SOR=1.473;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=11;WE=1561928;WS=1561910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	1562437	rs28510084	C	G	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=739;ReadPosRankSum=1.429;SC=CACCACTAACCTCAGCCCTGC;SOR=1.169;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=48;WE=1562445;WS=1562427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
chr1	1562536	rs11544452	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=353;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TGGAGGTGGCGCTGGGTAACG;SOR=0.454;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=32;WE=1562544;WS=1562526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr1	1564712	rs61774907	G	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=12;PP=373;SC=GGACGGCGGGGATGGGGTCCG;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=1564720;WS=1564702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	1565972	rs137939848	G	C	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=511;ReadPosRankSum=2.075;SC=TTTATAAAAAGAAAGATTCTC;SOR=0.709;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=90;TCF=21;TCR=69;TR=31;WE=1565980;WS=1565962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,52:0.37:140
chr1	1566068	rs28730454	A	G	304.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.77;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr1	1566075	.	G	C	295.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.12;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr1	1571640	rs377058079	G	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.47;QD=27.62;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	1573811	rs144744578	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQRankSum=-3.178;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	1574019	rs9442412	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.219;NF=5;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GGCTGCGTCCACAGGCACGGC;SOR=0.583;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=16;WE=1574027;WS=1574009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr1	1575616	rs80012316	T	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=498;SC=GACAGTGGCCTGGGGCGAGGG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=1575624;WS=1575606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	1575836	rs72468213	C	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.02;MQRankSum=-2.033;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,58:0.25:232
chr1	1580738	rs149767621	T	A	3586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.56;MQRankSum=-3.784;QD=15.20;ReadPosRankSum=-2.012;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,173:0.73:236
chr1	1581558	rs117719933	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.49;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	1581586	rs61774914	T	C	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.37;QD=29.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	1581713	rs76922129	A	C,G	2215.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37,13;NR=21,1;PP=1058,157;SC=GTACTTTTTAAAACACTAAGA;SOR=1.375;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=58,14;WE=1581721;WS=1581703;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:85
chr1	1581759	rs61774915	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=5.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=-10.488;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.528;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,45:0.19:234
chr1	1581881	rs61774916	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-3.509;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,57:0.21:273
chr1	1581926	rs61774917	G	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.492;NF=20;NR=31;PP=697;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AGGAGAGATAGTTACAGGATA;SOR=0.436;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=117;TCF=40;TCR=77;TR=51;WE=1581934;WS=1581916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,49:0.36:135
chr1	1581958	rs200481124	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.374;NF=6;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=0.380;SC=CTACACTTGCTATCTGCAGTG;SOR=0.418;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=17;WE=1581966;WS=1581948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,10:0.16:61
chr1	1582106	rs79942991	T	C	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=51;PP=2649;SC=CAGGGAATGTTGTTCGTTCCC;SOR=1.347;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=88;TCR=51;TR=138;WE=1582114;WS=1582096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	1582202	rs61774918	C	T	2930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.059;NF=57;NR=49;PP=1516;ReadPosRankSum=1.022;SC=TGCCTTCTGGCCTCCATTGTT;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=220;TCF=122;TCR=98;TR=106;WE=1582210;WS=1582192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,144:0.52:279
chr1	1582455	rs146214448	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=14.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.52;MQRankSum=-2.833;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr1	1582794	rs4648754	C	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=582;SC=GTTCCTTCCCCCATGCCTATT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=1582802;WS=1582786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	1582841	rs61774920	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=7.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.30;MQRankSum=1.716;QD=16.08;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=1.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	1582844	rs61774921	G	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.26;MQRankSum=1.599;QD=15.94;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	1582880	rs61774922	G	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.76;MQRankSum=0.789;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr1	1582961	rs61774949	G	C	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.813;NF=32;NR=30;PP=692;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TGAACGTTCAGGCGTCATTCG;SOR=0.702;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=62;WE=1582969;WS=1582951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr1	1583003	rs72468214	C	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.933;NF=19;NR=29;PP=576;ReadPosRankSum=0.304;SC=TCTGCCAGGTCCTTTCACGCA;SOR=0.815;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=48;WE=1583011;WS=1582993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,66:0.43:152
chr1	1583088	.	A	G	119	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=51.66;NF=1;NR=9;PP=119;QD=15.3771212547;SC=GTCTTTGGCGAGATCACAGCT;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=10;WE=1583096;WS=1583078;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr1	1583276	.	TC	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.932;NF=5;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=-1.738;SC=CCTCCGTGCTTCCCAAGTGCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=5;WE=1583284;WS=1583266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	1585597	rs7531938	A	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=17;PP=639;SC=CCATTATACCATAATTTCTGG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=1585605;WS=1585587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	1585642	rs3936009	G	T	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=30;PP=1131;SC=CCTGATGACGGATACGAGCTA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=1585650;WS=1585632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	1586752	rs11486023	T	C	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=21;PP=944;SC=GTTGTCACAGTGACCCTAGGA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=1586760;WS=1586742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	1588670	rs61774958	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=6;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.425;NF=25;NR=3;PP=482;ReadPosRankSum=0.480;SC=ATATTTGAATGTTTTTGTTAA;SOR=1.639;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=28;WE=1588678;WS=1588660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr1	1588717	rs61774959	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.311;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.105;NF=20;NR=13;PP=420;ReadPosRankSum=2.319;SC=TGCGACATTTGGAAGTACAAA;SOR=0.347;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=33;WE=1588725;WS=1588707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr1	1588737	rs61776760	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQRankSum=-0.824;QD=8.74;ReadPosRankSum=3.036;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,31:0.27:116
chr1	1588743	rs61776761	A	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQRankSum=-1.047;QD=8.31;ReadPosRankSum=2.618;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,32:0.26:123
chr1	1588744	rs79724854	AGCG	A	997.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.667;NF=5;NR=14;PP=1836;ReadPosRankSum=2.488;SC=TCACCGAAGAAGCGTTGTTCT;SOR=0.648;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=19;WE=1588754;WS=1588727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,32:0.24:131
chr1	1588808	.	T	TA	528	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=25;MQ=48.51;NF=3;NR=23;PP=528;QD=21.2692307692;SC=ACCACTTACTTAAAAAATATG;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=83;TCF=19;TCR=64;TR=26;WE=1588816;WS=1588798;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:57,26:0.31:83
chr1	1599812	rs12729295	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=24.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.67;MQRankSum=-4.448;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=4.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr1	1599888	rs2072923	A	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=5.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQRankSum=4.865;QD=10.61;ReadPosRankSum=1.413;SOR=1.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr1	1599940	rs61776767	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQRankSum=-5.339;QD=0.38;ReadPosRankSum=-4.918;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,14:0.14:97
chr1	1602787	rs4639697	G	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=188;SC=AAACTTACCTGCCGGGGATAC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=1602795;WS=1602777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	1608229	rs143080014	C	T	56.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.61;QD=14.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	1635004	rs874516	T	C	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.517;NF=25;NR=10;PP=596;ReadPosRankSum=-0.565;SC=AGGTCATCTTTTTGACTACTG;SOR=0.635;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=35;WE=1635012;WS=1634994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr1	1635619	rs2076329	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-1.618;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.357;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr1	1635749	rs55880629	C	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.285;NF=5;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=0.536;SC=GTTTCACCCCCCGCAGCAGCT;SOR=0.705;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=12;WE=1635757;WS=1635739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr1	1636044	rs1059822	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-4.295;NF=39;NR=26;PP=802;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CGTGCTCCACGTAGTTCATCA;SOR=0.866;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=155;TCF=87;TCR=68;TR=65;WE=1636052;WS=1636034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,71:0.31:228
chr1	1636274	rs2179381	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.744;NF=14;NR=8;PP=304;ReadPosRankSum=-1.755;SC=GCACCCGGCCCCAGGACAGCA;SOR=1.284;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=22;WE=1636282;WS=1636264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr1	1639801	rs74378830	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.719;NF=2;NR=7;PP=61;ReadPosRankSum=-1.088;SC=ATATGGAGGCTGGGCGCGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=9;WE=1639809;WS=1639791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr1	1644836	rs2179382	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQRankSum=-0.325;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr1	1644908	rs2179383	C	T	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=16;PP=532;SC=AAATTACATACGTTTAGCATA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=24;WE=1644916;WS=1644898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	1645050	rs77869096	C	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.04;QD=25.94;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	1645838	rs33938712	CA	C	909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.00;QD=34.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	1646231	rs200994957	T	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	1646236	rs202149796	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	1646657	rs760926	T	C	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.75;QD=26.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	1646789	rs760927	T	C	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.96;QD=21.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	1647722	rs114460890	G	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=8.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.334;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.008;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr1	1647725	rs368680882	GT	AG	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=11.237;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.338;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.987;SOR=2.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr1	1647729	.	CA	TG	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=9.790;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.252;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.530;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr1	1647745	rs72634830	G	A	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.093;QD=17.06;ReadPosRankSum=0.298;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr1	1647753	rs74045984	C	T	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.013;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.000;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr1	1647778	rs72901773	C	G	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.008;NF=36;NR=18;PP=700;ReadPosRankSum=-0.066;SC=TGACCCAGCCCACTCACCTTT;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=54;WE=1647786;WS=1647768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,80:0.46:174
chr1	1647814	rs72901775	T	C	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.190;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,106:0.42:254
chr1	1647871	rs72909014	T	C	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.289;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,127:0.38:336
chr1	1647893	rs144636354	C	CTTTCTT	3508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.343;NF=8;NR=32;PP=2262;ReadPosRankSum=-1.306;SC=TTCGTGCTCTCTTTCTTTCAC;SOR=0.852;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=111;TCF=19;TCR=92;TR=40;WE=1647901;WS=1647883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,97:0.36:270
chr1	1647928	rs1883424	A	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=405;ReadPosRankSum=0.681;SC=CTAATGAGAAATAAAGTGTCA;SOR=0.782;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=132;TCF=51;TCR=81;TR=36;WE=1647936;WS=1647918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,65:0.30:218
chr1	1647968	rs146207119	C	CAT	1425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.923;NF=1;NR=22;PP=2717;ReadPosRankSum=1.524;SC=AAAAATTTCACGAGGCCGGGC;SOR=0.819;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=2;TCR=67;TR=23;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,41:0.32:127
chr1	1647971	rs77394327	G	A	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.802;NF=7;NR=18;PP=1534;ReadPosRankSum=0.578;SC=AATTTCACGAGGCCGGGCACG;SOR=0.732;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=25;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,40:0.34:117
chr1	1647983	rs74429813	T	A	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-2.774;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr1	1647990	rs76519969	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-3.299;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr1	1648002	rs77107184	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.037;NF=4;NR=16;PP=1342;ReadPosRankSum=0.684;SC=CCTGTAATCCCAGCACTTTGG;SOR=0.711;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=20;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr1	1648018	rs79409185	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-2.965;QD=15.30;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr1	1648027	rs61776857	T	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=81;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=30;PP=336;SC=CCGAGGCGGGTGGATCACCTG;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=1648035;WS=1648008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	1650657	.	C	G	331	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=27;MQ=59.3;NF=13;NR=0;PP=331;QD=28.136247119;SC=CTTTCAGCTACAGTTTGCTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=13;WE=1650665;WS=1650655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	1650787	rs1137003	T	C	4210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.88;ReadPosRankSum=3.131;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,109:0.49:223
chr1	1650797	rs1059830	A	G	4743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.90;ReadPosRankSum=2.772;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,123:0.49:251
chr1	1650801	rs1137004	T	C	4737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=2.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.88;ReadPosRankSum=2.552;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,123:0.49:251
chr1	1650807	rs1137005	T	C	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,127:0.49:259
chr1	1650832	rs72909030	A	G	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=1;HapScore=4;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=2833;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TCTGTGATGAACTTTTTCTTT;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=96;TCR=88;TR=85;WE=1650853;WS=1650822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,140:0.50:278
chr1	1650845	rs1059831	G	A	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=2;HapScore=4;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=1.704;SC=TTTTCTTTCCGAGACATTTGC;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=193;TCF=100;TCR=93;TR=108;WE=1650853;WS=1650822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,145:0.50:292
chr1	1650920	rs36191908	G	A	3285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=695;ReadPosRankSum=-2.174;SC=ACAGCACTGCGTCATGCTTGA;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=66;TCR=89;TR=64;WE=1650928;WS=1650910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,98:0.44:224
chr1	1650938	.	CGG	C	3065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,84:0.41:203
chr1	1650942	.	A	AAG	3017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.80;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,80:0.42:191
chr1	1650960	rs72634834	G	A	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.778;QD=14.37;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,57:0.39:148
chr1	1650967	rs75384210	T	C	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.773;QD=15.34;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,48:0.38:125
chr1	1650996	rs74223875	T	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.761;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr1	1651003	rs76941027	G	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-0.741;QD=13.27;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr1	1651077	rs70937183	C	CTCGCTCTGTCACCCAGGCT	553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;QD=39.55;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	1653004	rs36039898	T	C	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=35;PP=1977;SC=CTGTGTACAGTTGGGTCTTGC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=99;WE=1653012;WS=1652994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	1653028	rs16825265	C	T	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=48;PP=2360;SC=TCTGTACATCCGCTCACCTGT;SOR=1.171;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=126;WE=1653036;WS=1653018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	1654013	rs74045997	C	G	51.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.01;QD=25.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	1654038	rs61777494	G	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=303;SC=TGCGACATTTGGAAGTACAAA;SOR=3.056;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=1654046;WS=1654028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	1654058	rs61777495	C	T	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.64;QD=45.54;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	1654064	rs200615789	A	T	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.85;QD=45.27;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	1654065	rs35174499	AGCG	A	1485.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=786;SC=TCACCGAAGAAGCGTTGTTCT;SOR=2.649;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=1654075;WS=1654048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	1657021	rs9439499	T	C	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.42;QD=25.94;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	1663831	rs3817856	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=1195;ReadPosRankSum=-1.561;SC=CAGGAGACCACCATGAGTTCC;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=27;WE=1663869;WS=1663821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr1	1663851	rs2294486	G	C	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.01;ReadPosRankSum=2.297;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr1	1663861	rs2294487	G	A	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.00;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr1	1664019	rs2294488	T	C	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=105;SC=GCTGCGTGCGTGGTGCACAGC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=1664027;WS=1664009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	1666175	rs61777509	C	T	166.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQRankSum=1.645;QD=16.65;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr1	1666251	rs77655487	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=8.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.35;MQRankSum=-2.727;QD=8.28;ReadPosRankSum=-2.505;SOR=2.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr1	1666338	rs2072924	G	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.98;QD=27.49;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	1666342	rs76084492	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.70;MQRankSum=-1.910;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr1	1669646	.	ACT	A	129	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=21;MQ=41.56;NF=4;NR=0;PP=129;QD=40.5;SC=TGTGGGCACCACTCTGAGTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=1669655;WS=1669636;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	1669734	rs80140081	G	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.946;NF=16;NR=4;PP=873;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GGCGCAGGCGGAGGGGTGGGG;SOR=1.044;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=20;WE=1669756;WS=1669724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr1	1669748	rs115554296	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.189;NF=17;NR=7;PP=892;ReadPosRankSum=1.928;SC=GGTGGGGCCCAGGGGGCCTCA;SOR=0.606;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=24;WE=1669756;WS=1669724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr1	1670537	.	C	T	119	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=42.51;NF=0;NR=9;PP=119;QD=17.085690283;SC=GGAGAATCACCCCTCCCGTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=9;WE=1670545;WS=1670527;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr1	1670570	rs150051592	T	C	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.20;QD=24.14;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	1684347	rs150880809	C	CCCT	991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.314;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=1.174;NF=7;NR=15;PP=944;ReadPosRankSum=1.667;SC=CTTGACCTAGCCCTCCTCCTC;SOR=0.563;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=22;WE=1684355;WS=1684337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,54:0.43:125
chr1	1684472	rs7407	C	T	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.951;NF=21;NR=34;PP=754;ReadPosRankSum=1.216;SC=TGGAGGGGAGCGGGTAGCATG;SOR=0.601;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=55;WE=1684480;WS=1684462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,83:0.53:156
chr1	1685213	rs2072928	C	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=21;PP=650;SC=GCGGACGGTGCAGTGCACGTC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=1685221;WS=1685203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	1685921	rs139385870	TCCCTGGGACCGAAGTCGCCCCA	T	863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.818;NF=12;NR=4;PP=2922;ReadPosRankSum=-0.008;SC=AAGGTCCTCATCCCTGGGACC;SOR=1.038;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=16;WE=1685950;WS=1685911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr1	1686040	rs4751	G	T	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.576;NF=57;NR=36;PP=1388;ReadPosRankSum=0.705;SC=CCTGCGAGCCGTTCTCACCCA;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=201;TCF=121;TCR=80;TR=93;WE=1686048;WS=1686030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,143:0.45:316
chr1	1686943	rs2072929	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=193;ReadPosRankSum=1.209;SC=GGTCACTCAGTGCCCACGCCG;SOR=1.109;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=15;WE=1686951;WS=1686933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr1	1686962	rs2076327	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=0.170;SC=CGTGCACCCCCGCACCACCCA;SOR=0.984;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=10;WE=1686970;WS=1686952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr1	1687625	rs34306661	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ATGGAAGCCATGCTTGTGAGC;SOR=2.833;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=1687633;WS=1687615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	1688192	rs2281173	A	G	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=24;PP=1075;SC=AAACTTCATCACCAACGCGCC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=1688200;WS=1688182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	1688384	rs79052177	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=355;ReadPosRankSum=-1.602;SC=CGGACTTCCCGGCCTCCAGGG;SOR=0.985;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=24;WE=1688392;WS=1688374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr1	1688469	rs4648623	C	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=441;SC=CCCAGACACCCGGCAGATCCC;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=1688477;WS=1688459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	1688513	rs4648624	G	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=192;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AGCAGCCGTTGCCCAGCACTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=12;WE=1688521;WS=1688503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr1	1689762	rs2235537	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=2.043;SC=CCACAGACCTTAGCCCATCGC;SOR=0.616;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=6;WE=1689770;WS=1689752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr1	1690126	rs79655042	A	AAC	1421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.82;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	1690793	rs2235538	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GGTACTGCACGGAGAGGGCAG;SOR=2.746;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=14;WE=1690801;WS=1690783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	1696659	rs5021859	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=317;SC=CATCCCTCCCAGTTGTACCTG;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=1696667;WS=1696649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	1724759	.	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=386;ReadPosRankSum=1.571;SC=ACCTGGCAAAGAACAGGCCTA;SOR=0.644;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=27;WE=1724767;WS=1724749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr1	1823922	rs6688000	A	G	8350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=93;PP=2965;SC=ACCTGTCCGCATCATTTCTGG;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=88;TCR=93;TR=181;WE=1823930;WS=1823912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	1846582	rs2748987	A	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=3;PP=357;SC=CCTGTACAAGATGGTCAAGCG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=1846590;WS=1846572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	1846765	rs2247560	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=338;ReadPosRankSum=1.305;SC=TGACAGCATGGGACCAGGGTC;SOR=0.614;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=23;WE=1846773;WS=1846755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr1	1847856	rs2748986	G	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,77:0.52:147
chr1	1848109	rs2803296	G	C	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,72:0.53:136
chr1	1849529	rs28640257	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=309;ReadPosRankSum=0.224;SC=AGGAGGAGCCATGGAGTCCAG;SOR=0.689;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=21;WE=1849537;WS=1849519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr1	1850428	rs2295363	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr1	1850627	.	CAGCGGCAGG	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=1034;ReadPosRankSum=0.712;SC=CCACCTGCGGCAGCGGCAGGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=1850643;WS=1850617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	1853615	rs113294876	T	TCTGA	801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=660;SC=CCTATTGGAATCTGGCAGAGG;SOR=1.981;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=1853623;WS=1853605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	1854109	rs2803348	A	G	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr1	1854321	rs2250833	A	G	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=287;SC=CCCGGCTGTCAGGACAAGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=1854329;WS=1854311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	1855450	rs28423370	A	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=546;SC=ATAGAGCTCTACACCCTGCCC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=1855458;WS=1855440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	1856098	rs752965	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-1.495;SC=CGCCAGCACACGTGGCGGTTT;SOR=0.105;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=1856106;WS=1856088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	1858309	rs941530	T	C	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=949;ReadPosRankSum=-3.416;SC=GACCACACCCTGTTCTGGCCA;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=76;WE=1858317;WS=1858299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,127:0.52:245
chr1	1859131	rs4648734	C	T	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.033;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=715;ReadPosRankSum=0.634;SC=GCTCGAAGAACGGAGAATGAC;SOR=0.512;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=55;WE=1859139;WS=1859121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,109:0.50:217
chr1	1859296	rs2748984	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=0.698;SC=GCAGTTGGGATTGAATGTGGG;SOR=0.922;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=16;WE=1859304;WS=1859286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	1860087	rs2748983	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CAGCTCGACACGTGCATTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=16;WE=1860095;WS=1860077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr1	1861582	rs2803295	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=447;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GACGTGGGCCCCATGGGAGAG;SOR=0.376;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=36;WE=1861590;WS=1861572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr1	1870210	rs2803323	G	A	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=609;SC=GGTCAGGGGCGGGGATGTGGT;SOR=2.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=28;WE=1870218;WS=1870200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	1870989	.	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=-1.058;SC=CCCAGGACTTCCCAGCCTCAC;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=1870997;WS=1870979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	1871979	rs2748982	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=218;ReadPosRankSum=0.086;SC=GAGACGCATCGCGCCGCCCTC;SOR=0.582;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=18;WE=1871987;WS=1871969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr1	1873453	rs2748981	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=-0.840;SC=CGGCCTTGGCGTCCTGGCACC;SOR=1.724;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=1873461;WS=1873443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	1873514	rs2803326	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=395;ReadPosRankSum=0.735;SC=GTGCCTGGATATAGCCTGTCT;SOR=0.976;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=12;WE=1873533;WS=1873504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr1	1873525	rs2803327	T	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=395;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TAGCCTGTCTTGGGCAGGAGC;SOR=1.151;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=13;WE=1873533;WS=1873504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr1	1873625	rs12758705	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CACTGGGTCAGGTGCCACAGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=9;WE=1873633;WS=1873615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr1	1873697	rs2748980	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=1.696;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	1873699	rs2748979	G	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.972;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	1875858	rs2803336	CA	GG	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.040;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=1274;ReadPosRankSum=0.110;SC=CAGACCGGCACATCGATGGCC;SOR=0.956;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=42;WE=1875867;WS=1875848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,72:0.52:139
chr1	1878628	rs2803341	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGGAGCCATCCGTGTGGCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=1878636;WS=1878618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	1886500	.	GCGGCTC	G	624.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=31.24;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	1886501	.	C	A	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=75;MMLQ=27;MQ=61.34;NF=2;NR=0;PP=33;QD=33.8856062736;SC=ACCGGAAGTGCGGCTCACACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=2;WE=1886509;WS=1886491;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,2:0.13:15
chr1	1886507	.	ACACCGGAAGTGC	A	624.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;QD=31.24;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	1886519	.	C	A	413	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=24;MQ=60.8;NF=17;NR=5;PP=413;QD=20.353236934;SC=ACCGGAAGTGCGGCTCACACA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=1886527;WS=1886509;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	1886859	rs3795290	C	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=411;ReadPosRankSum=-1.274;SC=CCGCCCTGTGCGGCTCCGCCC;SOR=0.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=79;TCR=55;TR=38;WE=1886867;WS=1886849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,58:0.32:180
chr1	1887019	rs28548017	A	G	4924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=70;PP=2605;SC=TCGAAGGCCTAGGAAAATTCT;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=131;WE=1887027;WS=1887009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	1887091	rs139735565	CG	C	1502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.627;SC=AGGCCCTCACCGCCCGCCCAC;SOR=2.203;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=37;WE=1887099;WS=1887081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,50:0.37:135
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chr1	1888193	rs3820011	C	A	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,110:0.50:221
chr1	1888330	rs28535696	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=375;ReadPosRankSum=1.336;SC=AGCATTTGTGCGCGTTGTGCA;SOR=1.743;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=23;WE=1888338;WS=1888320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	1891263	rs2474454	A	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=698;ReadPosRankSum=-0.144;SC=GAAGTAAAATAGCAAAACAGG;SOR=0.768;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=43;WE=1891271;WS=1891253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,59:0.51:115
chr1	1895177	rs7523728	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=1.166;SC=CTGTCTGAGCCGTCCTCTTAC;SOR=0.866;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=8;WE=1895185;WS=1895167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr1	1896440	rs16824585	G	A	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GTGCGCTCCAGGATGTCCTTG;SOR=0.490;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=20;WE=1896448;WS=1896430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,45:0.38:117
chr1	1896553	rs28625839	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr1	1897753	rs4648600	C	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=304;ReadPosRankSum=-0.593;SC=AGGTGGCGAGCCGGCGACAGA;SOR=0.523;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=23;WE=1897761;WS=1897743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr1	1900024	rs56985589	TG	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=1.282;SC=AGGCCCCACCTGCCCTCCACA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=1900032;WS=1900014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	1900106	rs145742571	T	TCTC	637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.688;NF=4;NR=5;PP=345;ReadPosRankSum=0.853;SC=ACTGTGGTCTTCTTGCAAAAG;SOR=0.976;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=9;WE=1900114;WS=1900096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr1	1900232	rs16824588	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.150;QD=6.80;ReadPosRankSum=-1.967;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr1	1900332	rs55709963	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	1900339	rs56126097	A	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=-2.585;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	1905505	rs372764253	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=249;ReadPosRankSum=-1.109;SC=TCCCCAGGGCCTCCTGCTCTC;SOR=1.090;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=18;WE=1905513;WS=1905495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr1	1916826	.	C	T	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=887;ReadPosRankSum=1.267;SC=CCGACTCACTCGCTCTCCTTC;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=66;WE=1916834;WS=1916816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,97:0.49:198
chr1	1916890	rs3795280	C	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=786;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCTCTGCAAACAGGCGTCTGG;SOR=0.628;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=59;WE=1916898;WS=1916880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,83:0.54:153
chr1	1918488	rs4350140	A	G	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=632;ReadPosRankSum=2.227;SC=GAACAGGGAAACAAAGGTCAG;SOR=0.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=44;WE=1918496;WS=1918478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,74:0.44:169
chr1	1918535	rs4535948	A	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr1	1918584	rs4603072	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.520;HP=5;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=830;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CCCCCAGAGCCCCCCTCACCC;SOR=1.172;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=24;WE=1918603;WS=1918574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr1	1918595	rs4466593	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.485;HP=3;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=830;ReadPosRankSum=0.566;SC=CCCCTCACCCGGGCCAGGGGT;SOR=1.546;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=20;WE=1918603;WS=1918574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr1	1920434	rs144487103	TA	T	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr1	1922303	rs13303195	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=136;ReadPosRankSum=0.424;SC=CTGAAACTTCCGTTACTGTGA;SOR=0.481;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=12;WE=1922311;WS=1922293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr1	1956362	rs2376805	G	A	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=36;PP=1240;ReadPosRankSum=0.294;SC=CTGTCTGACCGGTGGCTTTGC;SOR=0.711;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=160;TCF=99;TCR=61;TR=90;WE=1956370;WS=1956351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,138:0.48:286
chr1	1956544	rs373001299	G	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=796;ReadPosRankSum=0.361;SC=GCCCAGGCTAGGCCGTGGCTG;SOR=1.042;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=46;WE=1956552;WS=1956534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr1	1957037	rs2229110	T	C	3575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=55;PP=1758;ReadPosRankSum=-1.783;SC=AGACCCTGGGTCTGGACAGCC;SOR=0.666;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=227;TCF=112;TCR=115;TR=114;WE=1957045;WS=1957027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,172:0.48:357
chr1	1959587	.	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=1.954;SC=GTGTGCTTTTCCTCCAGACGG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=14;WE=1959595;WS=1959577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr1	1960926	rs28581504	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=0.596;SC=GTCACAGGCATCAAGGCTGGG;SOR=0.813;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=10;WE=1960934;WS=1960916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	1988168	.	CTTTT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
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chr1	2075560	rs427811	T	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.64;ReadPosRankSum=0.349;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr1	2075570	rs377283	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.78;ReadPosRankSum=1.373;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr1	2077409	rs385039	A	G	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=713;ReadPosRankSum=-0.457;SC=CAGAAGCTACATTGTAACACC;SOR=0.629;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=94;TCR=58;TR=65;WE=2077417;WS=2077399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,107:0.47:230
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chr1	2082489	rs262669	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGGCTTTAGCGGAATTAATCC;SOR=2.419;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=2082497;WS=2082479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	2106840	rs12135175	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=28;PP=823;SC=ACCCCAATATTCACCCAACCC;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=28;WE=2106848;WS=2106830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	2106896	rs12135178	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=14;PP=539;SC=AACCCCAAATTCATCCAACCC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=2106904;WS=2106886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	2113266	rs262689	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=-0.195;SC=ACATTTTATCGGCAGGTGTTT;SOR=0.765;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=14;WE=2113274;WS=2113256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr1	2113565	rs262688	T	G	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=1050;ReadPosRankSum=0.897;SC=GTTAGTAGAATGGATGTGGGC;SOR=0.763;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=69;WE=2113573;WS=2113555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,88:0.49:181
chr1	2118539	rs2503699	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=255;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TGCGTGGGCGTGGTGCGGGGC;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=25;WE=2118547;WS=2118529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr1	2121118	rs2503701	C	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.790;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr1	2144788	rs262695	A	G	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=594;ReadPosRankSum=1.547;SC=CACAGAATACAGCAGGAGGCT;SOR=0.556;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=44;WE=2144796;WS=2144778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,83:0.45:186
chr1	2144982	rs2480714	G	T	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=53;PP=1478;SC=TCGCCTGGCTGCTTCCTCCCG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=82;WE=2144990;WS=2144972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	2234903	rs2256178	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=435;ReadPosRankSum=0.909;SC=GCTGTGCATGCGGACGCGCCC;SOR=0.408;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=30;WE=2234911;WS=2234893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr1	2235571	.	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=276;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TGTGCCTCCTCCCTGTGGGCT;SOR=1.112;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=17;WE=2235579;WS=2235561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr1	2235662	rs2645073	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=2.277;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr1	2235672	rs2843159	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr1	2252759	rs35513983	A	G	116.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=70;SC=GAGCAGAGTCACGCAAGCAGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=2252767;WS=2252749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	2255633	rs3737639	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=1.253;SC=GGGCCCCGACGACATGGCATC;SOR=0.520;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=15;WE=2255641;WS=2255623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr1	2286947	rs1039100	A	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=24;PP=698;SC=TGGGGCTTCTAGCCACCAGCT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=2286955;WS=2286937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	2303879	.	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=2.403;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr1	2323041	rs77804600	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=0.693;SC=CAAGGGGGGGTGTGGCCACGG;SOR=0.840;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=10;WE=2323049;WS=2323031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr1	2328714	rs2645081	A	G	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=19;PP=500;SC=CCTGGGCGTGATGTTTGTGGG;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=2328722;WS=2328704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	2332391	rs12037485	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=323;ReadPosRankSum=-1.375;SC=TAATTCTTCACGGTATTTGAA;SOR=0.678;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=24;WE=2332399;WS=2332381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr1	2337032	.	C	T	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=21;QD=13.9428031368;SC=GCTGAGAAAGCGCAGCCAGGG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=4;WE=2337040;WS=2337022;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr1	2338126	rs3795269	C	A	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr1	2340200	rs2494598	T	C	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=38;PP=1110;SC=CGGCATGCAGTGTCACCAGCA;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=76;WE=2340208;WS=2340190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	2342182	rs143073325	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=187;ReadPosRankSum=0.413;SC=TGGAAAGATGGTCTGGGGTAT;SOR=0.540;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=13;WE=2342190;WS=2342172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr1	2409892	rs12727342	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
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chr1	2422614	rs2477699	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=176;ReadPosRankSum=-2.550;SC=CAACAGGCCGGCCTCTGGCTC;SOR=0.454;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=16;WE=2422622;WS=2422604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	2426411	.	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=-2.068;SC=CCCAGGCCAGGGTCCCGGTCT;SOR=0.916;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=17;WE=2426419;WS=2426401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr1	2426766	rs3001347	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TCGAGAGGGCACCGAGGAGGC;SOR=0.577;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=16;WE=2426774;WS=2426756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr1	2426989	.	C	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=390;ReadPosRankSum=1.027;SC=GTCAGGACTCCCCGGGAGGCC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=30;WE=2426997;WS=2426977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr1	2428347	rs367683060	C	T	4692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=66;PP=1866;ReadPosRankSum=-1.665;SC=GCAGTACCTACGCTTCAACCA;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=126;TCR=119;TR=135;WE=2428355;WS=2428337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,232:0.50:464
chr1	2428874	rs2477706	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
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chr1	2433900	rs12736998	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=316;ReadPosRankSum=-0.539;SC=GTGCGGCCCCCGCGTGTCCTG;SOR=0.850;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=20;WE=2433908;WS=2433890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr1	2436366	.	G	A	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=354;ReadPosRankSum=0.082;SC=ACCAGCCTGGGCCCGGCTGGG;SOR=1.091;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=21;WE=2436374;WS=2436356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr1	2444414	rs7535528	G	A	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=1595;ReadPosRankSum=-0.671;SC=CCAGCCCAGCGCGTCCAGGGA;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=91;TCR=89;TR=109;WE=2444422;WS=2444404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,173:0.56:309
chr1	2452569	rs2985862	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CGATGAGGTCTTTGAACTTGT;SOR=0.354;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=7;WE=2452577;WS=2452559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr1	2487663	rs2227312	C	A	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=634;ReadPosRankSum=-0.506;SC=AGTCAGCGCCCCGGGGAGCAG;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=47;WE=2487671;WS=2487653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,86:0.47:184
chr1	2487766	rs2227313	T	C	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=786;ReadPosRankSum=2.062;SC=TGGACTGGAATGGTGCAGGGG;SOR=0.754;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=63;WE=2487774;WS=2487756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,103:0.54:190
chr1	2488153	rs4870	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=0.559;SC=TCCACCCCCAAAACCGACGTC;SOR=1.038;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=13;WE=2488161;WS=2488143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr1	2490898	rs2257763	C	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=21.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=2.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,64:0.41:156
chr1	2490942	rs2281852	C	A	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.747;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GACCTGCCTGCGGGACCCTGC;SOR=1.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=86;TCR=88;TR=79;WE=2490950;WS=2490932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,94:0.43:220
chr1	2491205	rs2234161	C	T	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=1254;ReadPosRankSum=0.894;SC=TGTCCTGGCCCGTGGATGGTG;SOR=0.645;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=82;WE=2491213;WS=2491195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,133:0.53:251
chr1	2494785	rs8725	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=-0.159;SC=CCACCTGGCGGAACCACCGGA;SOR=0.252;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=19;WE=2494793;WS=2494775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr1	2518186	rs10752746	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.85;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	2519944	.	A	T	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=662;ReadPosRankSum=0.278;SC=AGCTCCCAGGAGCCTTTCTTC;SOR=0.599;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=48;WE=2519952;WS=2519934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,84:0.56:151
chr1	2520302	rs6667564	T	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=374;ReadPosRankSum=1.292;SC=CCTCCTGGTATGTGGCTGTGA;SOR=0.823;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=40;WE=2520310;WS=2520292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr1	2520500	rs6701238	G	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=311;ReadPosRankSum=1.140;SC=CCTTGGGGGCGCTGCCTGCCA;SOR=1.358;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=20;WE=2520508;WS=2520490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr1	2520527	rs6670198	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=1.010;SC=GCCCTGCCCCTAGGTCCCCTG;SOR=0.425;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=12;WE=2520535;WS=2520517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	2522392	rs2296443	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=163;ReadPosRankSum=1.781;SC=TCCGAGCAGCGGGTGGGCGTG;SOR=1.274;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=13;WE=2522400;WS=2522382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	2523212	rs876938	G	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=0.875;SC=CCTCCCATCAGCATTGAAATC;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=2523220;WS=2523202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	2524205	rs745368	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,66:0.49:136
chr1	2524457	rs745367	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GCACTGTGCCTGGCCCCACGG;SOR=0.082;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=2524465;WS=2524447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	2526571	rs56305550	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=-1.192;SC=GGTAGTGCTGGAGCCACCACC;SOR=1.230;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=2526579;WS=2526561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	2526746	rs3748816	A	G	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,74:0.52:142
chr1	2527678	rs2260976	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=-1.698;SC=TGGGCCTCTCAGGTGAGGTGT;SOR=0.507;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=11;WE=2527686;WS=2527668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	2528133	rs2843401	T	C	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.626;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=537;ReadPosRankSum=-1.172;SC=CAGCGCCTGGTGGGGCCACCC;SOR=0.504;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=64;TCR=83;TR=55;WE=2528141;WS=2528123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,107:0.45:236
chr1	2530341	rs34705971	A	AG	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=159;ReadPosRankSum=0.179;SC=ATAAGAGAGAAGTGCAGGTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=2530349;WS=2530331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	2535613	rs4648562	C	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=1077;ReadPosRankSum=1.652;SC=CCAGCTCCAGCACCTGCACCA;SOR=0.679;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=52;WE=2535621;WS=2535603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr1	2535758	rs4648652	A	G	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=717;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GGGTGGCCTCAGCCACCATGG;SOR=0.927;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=114;TCF=46;TCR=68;TR=51;WE=2535766;WS=2535748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,69:0.49:141
chr1	2537095	rs78506337	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=1.550;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr1	2537838	rs41300092	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=271;ReadPosRankSum=1.269;SC=TGGAGACTGGCGGGCCCTGGG;SOR=0.540;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=21;WE=2537846;WS=2537828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr1	2538349	rs10797436	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=-1.120;SC=GCCTCAGACCGAAGGAGCCCT;SOR=0.770;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=12;WE=2538357;WS=2538339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	2541269	rs10797440	A	G	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=-2.305;SC=GGATCCTGGCAGCTGCTCGTC;SOR=0.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=18;WE=2541277;WS=2541259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,39:0.35:112
chr1	2542653	rs10910111	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=297;ReadPosRankSum=1.170;SC=GGCGGGGCCTACGTCAGTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=22;WE=2542661;WS=2542643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr1	2560735	rs4648657	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=347;ReadPosRankSum=0.717;SC=GAGAGCGGGCACGGGGACAGG;SOR=1.001;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=27;WE=2560743;WS=2560725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr1	2560882	rs4648658	G	A	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=641;ReadPosRankSum=0.342;SC=CTGCACGGCCGGCGCTCTCCA;SOR=0.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=44;WE=2560890;WS=2560872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,55:0.54:102
chr1	2560903	rs4648659	T	G	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=570;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CCATCCCCACTGGGCCTTCGG;SOR=0.504;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=41;WE=2560911;WS=2560893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr1	2573199	rs4648662	A	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=447;ReadPosRankSum=0.031;SC=AACTCCTGCAACTCGGCCAGG;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=37;WE=2573207;WS=2573189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr1	2700117	rs4648502	C	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=275;ReadPosRankSum=0.012;SC=TCCCCCACCCCTGCTTGCCCA;SOR=0.887;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=20;WE=2700125;WS=2700107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr1	2706042	.	C	T	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=633;ReadPosRankSum=-0.989;SC=AAGCAGCGGCCCCAGCGTGCC;SOR=0.578;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=50;WE=2706050;WS=2706032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,78:0.53:148
chr1	2983963	rs2297828	G	A	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=797;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GGCTCGGGCGGCGAGCTGGCT;SOR=0.592;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=62;WE=2983971;WS=2983953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,87:0.54:161
chr1	2984087	rs2297829	C	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=878;ReadPosRankSum=0.632;SC=CCCAGCGCACCGCCGCCGCCA;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=54;WE=2984095;WS=2984077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,92:0.54:169
chr1	2985885	rs7413494	C	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.522;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	3310928	rs145881072	C	CCG	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=159;SC=TCCAGGAGGGCCGCCCAGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=3310936;WS=3310918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	3311101	rs10909936	C	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	3311212	rs2493253	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=227;SC=ACCTGCCCCACGGGCATCAGC;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=3311220;WS=3311202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	3311270	rs2493251	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GCCTGCTACAATGCCACTCAC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=3311278;WS=3311260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	3319590	.	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=0.296;SC=GAGTCTTCCTCCCCTTCCCGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=3319598;WS=3319580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	3327805	rs57382922	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CCCATGCCCACGCACATGCAC;SOR=1.230;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=3327813;WS=3327795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	3328358	rs870124	T	C	15696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=143;NR=187;PP=2965;SC=ACCTCCCACATCGCTGCTCAA;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=330;TCF=143;TCR=187;TR=330;WE=3328366;WS=3328348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,605:1.00:605
chr1	3350134	.	T	C	423	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=21;MQ=59.03;NF=22;NR=9;PP=423;QD=14.766813308;SC=CCTGCCTGTCTGGGATGGCCC;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=31;WE=3350142;WS=3350124;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,31:0.57:54
chr1	3350134	.	T	TGGGATGGCCCGCCCTGCCCACGCGCTCACCTGCCTGTCTGGGATGGCCCGCCCTGCCCACGCGCTCACCTGCCTGTCC	740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:28,0:0:28
chr1	3383593	rs3893316	G	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=371;SC=CCCAGCCTGGGGCAGTCCCCT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=3383601;WS=3383590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	3383665	rs7550948	G	A	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=15;PP=1093;SC=CTCAGCTGGCGGGTTGCAGGG;SOR=1.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=3383673;WS=3383655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	3383898	rs6424078	A	G	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=35;PP=1039;SC=GCCAGCTCCCAGAGGTAGCGC;SOR=1.394;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=3383906;WS=3383888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	3385250	rs1417897	C	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=469;ReadPosRankSum=-1.371;SC=TGACCCAAGGCGGGTTACACA;SOR=0.914;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=13;WE=3385264;WS=3385241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	3385256	rs1891143	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=261;ReadPosRankSum=0.841;SC=AAGGCGGGTTACACAGAGAGG;SOR=0.512;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=7;WE=3385264;WS=3385241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	3385330	rs2493249	T	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=13;PP=512;SC=ACCTGAGCCCTGTGGGGTGGC;SOR=0.877;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=30;WE=3385338;WS=3385320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	3385440	.	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=0.473;SC=CTGTGTCCCCCCAGGTGGTGG;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=13;WE=3385448;WS=3385430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr1	3389727	rs2185639	C	T	9103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=95;PP=2965;SC=CGCTGAGAAGCACTTCCACCC;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=185;WE=3389735;WS=3389717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr1	3390155	.	G	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=4.004;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=468;ReadPosRankSum=0.779;SC=GCCCTGCCCCGGATGGAGCAT;SOR=0.845;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=33;WE=3390163;WS=3390145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,46:0.37:123
chr1	3390238	rs2493323	T	A	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=609;ReadPosRankSum=0.424;SC=GATGGCTTTATTAACCAGGAT;SOR=0.249;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=35;WE=3390246;WS=3390228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr1	3394456	rs4638054	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=15;PP=633;SC=CACTGATCTCTGCCTCCCGGT;SOR=0.900;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=42;WE=3394464;WS=3394446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	3394640	rs4422946	A	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=30;PP=919;SC=TGGACACTGGACCGCTGGCCC;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=49;WE=3394648;WS=3394630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	3394674	rs4534324	T	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=590;SC=TACAGGGAGTTGGCCCTGAGC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=3394682;WS=3394664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	3395039	rs10797395	G	A	6281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=70;PP=2656;ReadPosRankSum=1.318;SC=ACATCCAGGTGGAGAAGATAG;SOR=0.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=140;WE=3395047;WS=3395029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr1	3395229	rs4553117	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=16;PP=315;SC=ATTAGCTCCATGGGGACCGGG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=3395237;WS=3395219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	3395973	rs70938094	ACC	A	3152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=23;PP=922;SC=CACCCCCACCACCCCCATCTC;SOR=0.804;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=35;WE=3395982;WS=3395961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	3396609	rs881978	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=19;PP=517;SC=CGAGGGCTTCCTCAAAGGGAG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=3396617;WS=3396599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	3397188	rs2487677	T	C	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=25;PP=681;SC=ACAGCCTGTCTCCAATCAGCA;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=3397196;WS=3397178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	3413426	rs12405358	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=0.025;SC=GGCAGCTCTCATGAGACCCCC;SOR=0.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=8;WE=3413434;WS=3413416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr1	3413868	rs4648506	C	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=212;ReadPosRankSum=0.692;SC=GCAGGCAGCGCCAGGCGGGCA;SOR=0.660;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=14;WE=3413876;WS=3413858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr1	3414087	.	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=210;ReadPosRankSum=1.493;SC=CGCCACCCCGGAGGGCAGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=18;WE=3414095;WS=3414077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr1	3414105	rs10909951	C	T	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=539;ReadPosRankSum=-1.368;SC=AGGCAGGCCCCGGTGGCAAGG;SOR=0.555;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=34;WE=3414113;WS=3414095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr1	3416449	rs7553399	C	A	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=30;PP=987;SC=ACACTGGCACCGCTGCTCACA;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=3416457;WS=3416439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	3417131	rs2821031	A	G	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=29;PP=1176;SC=GTGTGTGTGCACGTGTGCATA;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=3417139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	3417960	rs4648507	G	A	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=41;PP=1154;SC=CTGGAGCCACGGCCGAGGAGG;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=3417968;WS=3417950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	3418391	rs4648508	C	T	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1037;ReadPosRankSum=2.427;SC=TCCTCCCCGGCGGACACCGGC;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=77;WE=3418399;WS=3418381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,145:0.52:277
chr1	3418565	.	T	C	1103	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=69;MMLQ=21;MQ=55.26;NF=17;NR=38;PP=1103;QD=20.686749319;SC=GGGCTCCTGGTGAGTGTGCCC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=55;WE=3418588;WS=3418555;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr1	3440647	rs2794322	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=5;PP=449;SC=TAGGGATGGCTGAAGCCAGGA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=3440655;WS=3440637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	3440753	rs41307039	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=315;ReadPosRankSum=0.476;SC=GTAGGAGCCTGGGGTGTTCAC;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=25;WE=3440761;WS=3440743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr1	3440824	rs10797399	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=515;ReadPosRankSum=-0.514;SC=AGCAGGAATGGGGAAGGATCA;SOR=0.895;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=33;WE=3440832;WS=3440814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr1	3496328	rs2821051	T	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=5;PP=278;SC=CGACACATCCTCGCCCCTTGC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=3496336;WS=3496318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	3496479	rs2794340	T	C	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=13;PP=341;SC=AAACAGAGGCTGGCGCTGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=3496487;WS=3496469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	3511934	rs7513275	A	G	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=26;PP=1332;SC=GGGCTGCTGCATCCACCCTCG;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=68;WE=3511942;WS=3511924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	3518944	rs7521546	T	C	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=12;PP=805;SC=GACGGGGTCCTGGCCTCAGCT;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=3518952;WS=3518934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	3527944	rs10797402	C	G	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=31;PP=1046;SC=CCCGCGCCCGCTCCGCGGAGC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=3527952;WS=3527934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	3528082	rs10797403	T	C	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=41;PP=1344;SC=TGCCCCGGACTCAGAGCCTGG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=3528090;WS=3528072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	3542106	rs3838971	T	TG	593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.981;NF=1;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=0.822;SC=CTCTCCTTGGTGGGGGGACTC;SOR=0.770;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=3542114;WS=3542096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr1	3544235	rs5772111	TA	T	1068.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=777;ReadPosRankSum=0.898;SC=GACAGGCACATAAATAGCCGC;SOR=0.631;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=23;WE=3544243;WS=3544225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr1	3545175	rs147637374	GTTCTGGGAGCTCCTCCCCC	G	731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=2928;SC=TAGCCGCTGCGTTCTGGGAGC;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=3545201;WS=3545165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	3548136	rs2760321	T	C	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=33;PP=1022;SC=CCCACTGAAATGCGCGCACTG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=60;WE=3548144;WS=3548126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	3549852	rs2273954	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	3555428	rs3818330	G	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=206;ReadPosRankSum=0.583;SC=CACTTCTTTAGCATCATCAGA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=16;WE=3555436;WS=3555418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr1	3563512	rs34514629	GC	G	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.57;MQRankSum=1.418;NF=0;NR=7;PP=213;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CTTAAAACCAGCAGAGACCCG;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=3563520;WS=3563502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	3566625	rs145464993	AGCAGGCTG	A	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=320;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CTGGGCGCGCAGCAGGCTGCA;SOR=1.201;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=3566640;WS=3566614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	3566706	rs2251098	G	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=180;SC=AGCGCCGCCGGCTTCCGCGCG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=3566714;WS=3566696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	3598900	rs2273953	G	A	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.23;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,66:0.46:144
chr1	3598910	rs1801173	C	T	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.52;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,67:0.47:142
chr1	3607520	rs3765730	G	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=488;ReadPosRankSum=-1.211;SC=TAGGTGTGACGCGCCATTCAT;SOR=0.838;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=41;WE=3607528;WS=3607510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,81:0.50:163
chr1	3638674	rs1801174	C	T	14162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=179;PP=2965;SC=CCCCAGGCACCGCCATCCGGG;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=327;TCF=148;TCR=179;TR=323;WE=3638682;WS=3638664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr1	3640085	rs6424091	C	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	3640134	rs35939665	TCTGC	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=506;SC=AGTTGGCTGATCTGCCTGCCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=3640145;WS=3640124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	3644085	rs10910017	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TGTGGTGACCGAGGGCTCTCA;SOR=3.690;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=5;WE=3644093;WS=3644075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	3644349	rs2181486	A	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=27;PP=748;SC=GCGGCCGGCCAGGGGAACTGG;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=3644357;WS=3644339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	3644374	rs2146657	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.30;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	3644374	.	AGAAGGGG	GGAAGGGA,GGAAGGGG	146	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3,8;NR=9,19;PP=146,118;QD=16.6223229052;SC=GTGTGGGAGGAGAAGGGGACA;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=12,27;WE=3644389;WS=3644364;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:27
chr1	3644381	.	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr1	3645835	rs2254530	C	A	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.19;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	3645844	rs2096224	G	A	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.37;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	3646137	rs11589885	C	T	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=49;PP=1850;SC=GCAGCAGGGTCCAGAGCAGAG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=3646145;WS=3646127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	3646192	rs1885867	G	A	6981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=46;PP=1835;SC=AGCACTTGGGGCTGCCCTGGG;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=100;WE=3646200;WS=3646182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	3646214	rs1885866	T	C	6910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=51;PP=1546;SC=CCCTGGGTCATGGCCCTTGCT;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=3646222;WS=3646204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	3646291	rs1885865	G	A	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=42;PP=1217;SC=GGTGGCCAGAGTGACCATGAC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=3646299;WS=3646281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	3647962	rs1745813	T	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=9;PP=339;SC=CTCTCAGAGATGGGGGCTCGC;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=3647970;WS=3647952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	3659657	rs2298222	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=528;ReadPosRankSum=-0.079;SC=AGAGGCCGCCGGGAACAGGCA;SOR=0.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=38;WE=3659665;WS=3659647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,53:0.46:114
chr1	3662845	.	A	G	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=21;QD=18.5904041824;SC=GAGTTACCCTACAGACCAGTA;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=3;WE=3662853;WS=3662835;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr1	3669201	rs10797410	A	G	5239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=9.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.74;ReadPosRankSum=2.362;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,138:0.44:313
chr1	3669205	rs10910021	C	G	5351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=9.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=1.037;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,143:0.45:315
chr1	3672156	rs4648555	C	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=356;ReadPosRankSum=-0.270;SC=AGGGCCTCTGCCTGCACCTGC;SOR=1.473;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=21;WE=3672164;WS=3672146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr1	3673496	rs4648405	T	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	3677865	.	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=2.545;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr1	3677933	rs1181883	T	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr1	3679139	rs1181879	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.81;ReadPosRankSum=1.112;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr1	3679146	rs4648556	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.76;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	3679307	rs4648557	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=37;ReadPosRankSum=2.251;SC=AGGCACGCAGTGGGGGACCCG;SOR=1.236;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=3679315;WS=3679297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	3679775	rs10910024	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=2.401;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	3680345	rs144028564	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=-0.165;SC=GAAAATGAGACGCTGCAGAAG;SOR=0.836;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=19;WE=3680353;WS=3680335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr1	3683690	rs1181873	A	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.530;NF=14;NR=7;PP=321;ReadPosRankSum=-2.747;SC=GGCGTGAGCCACTGCACCTGG;SOR=0.487;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=21;WE=3683698;WS=3683680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr1	3703337	rs2368537	G	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CGGACACGCTGGCCTCAGGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=3703345;WS=3703330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	3743433	rs5772126	T	TG	1799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=1435;SC=TTCTACTGGCTGGCAAGGTGG;SOR=2.049;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=34;WE=3743441;WS=3743423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	3746583	rs2275828	G	T	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	3746589	rs2275826	C	G	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	3747580	rs6424058	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=184;SC=TGCTGGGCCGCGTGGTGTGTC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=3747588;WS=3747570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	3747603	rs6413779	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=259;SC=ACGCGAGGTCTGCTTACCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=3747611;WS=3747593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	3750324	.	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=0.696;SC=AATAATGTTAACTGAGTAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=8;WE=3750332;WS=3750314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	3750548	.	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=-1.974;SC=TTATGTTTAGGAATATATTGT;SOR=0.668;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=15;WE=3750556;WS=3750538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr1	3753136	rs2275824	A	T	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=61;PP=2240;SC=GGCTCCCCTAACATGCCTCCC;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=114;WE=3753144;WS=3753126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	3755675	rs1891941	T	C	11827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=124;NR=150;PP=2965;SC=TCCCAAGGCGTTCACCAACCT;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=124;TCR=151;TR=274;WE=3755683;WS=3755665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
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chr1	3759760	rs115065436	C	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr1	3759784	rs10797347	A	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=360;SC=TGGCAAGGGAACCACTGTCCC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=3759792;WS=3759774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	3759937	rs10909801	A	G	243.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.06;QD=30.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	3759940	rs34104489	A	AT	234.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.06;QD=29.34;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	3761479	rs2275822	C	T	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=13;PP=395;SC=ACCTGGCGTACGTTCCTTCTA;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=3761487;WS=3761469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	3761650	rs2275821	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=7;PP=214;SC=GCAAGGTTCAATGATCCTCAT;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=3761658;WS=3761640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	3775454	rs4376673	C	G	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=26;PP=675;SC=TGGCACTCTCCGAGGTCCTGG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=3775462;WS=3775444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	3782608	rs10909809	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr1	3786146	rs35969031	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=0.224;SC=ACCAGGCTCACCGACGTTCCT;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=8;WE=3786154;WS=3786136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	3786245	rs12738235	G	A	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=-0.897;SC=ATGTGCCAGAGGCTCCGGTCC;SOR=0.499;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=28;WE=3786253;WS=3786235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,47:0.39:122
chr1	3786410	rs10909811	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=0.118;SC=GGGGCGAGGCGGGTGGGGACC;SOR=0.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=13;WE=3786418;WS=3786400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr1	3789178	.	G	GGGCCCTGTCCCTGCCGC	2897	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=62.94;NF=1;NR=23;PP=2897;QD=20;SC=AGTGCCTGCAGGGCCCTGTCC;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=71;TCF=6;TCR=65;TR=24;WE=3789186;WS=3789168;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:47,24:0.34:71
chr1	3789194	.	G	GCGGCCC	1667.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.57;MQRankSum=8.187;QD=15.88;ReadPosRankSum=1.188;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr1	3789195	.	T	C	427	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MMLQ=23;MQ=62.72;NF=7;NR=21;PP=427;QD=16.4918290195;SC=GTCCCTGCCGTGGCCCTGTCC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=28;WE=3789203;WS=3789185;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:52,28:0.35:80
chr1	3789195	.	T	TGTCCCTGCCGC	1667.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.54;MQRankSum=8.120;QD=16.04;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,46:0.44:104
chr1	3789362	rs35930817	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.299;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	3806643	rs4520357	T	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=374;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AGGTCCTTAGTGGAGAAGAAA;SOR=0.745;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=26;WE=3806651;WS=3806633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr1	3807122	rs7513321	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=269;ReadPosRankSum=-3.174;SC=GGAGGAAGGCGCCGCTCTTAC;SOR=1.039;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=20;WE=3807130;WS=3807112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr1	3807388	rs4131373	G	A	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=608;ReadPosRankSum=1.161;SC=TGCAGCCACCGAGAGGAAGAC;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=52;WE=3807396;WS=3807378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,84:0.43:194
chr1	3807593	rs4274008	G	C	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=46;PP=1566;SC=GGACGTTCGCGTGTCTGTGGC;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=76;WE=3807601;WS=3807583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	3809326	rs72849326	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=432;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CAATAGTCCCCCTCTGGCAGA;SOR=0.462;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=32;WE=3809334;WS=3809316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr1	3816587	rs35704040	GC	G	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.81;ReadPosRankSum=-1.336;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr1	3816598	rs112821673	A	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr1	3816604	rs112886428	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.42;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr1	3816683	rs113529609	A	G	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=813;ReadPosRankSum=0.626;SC=ACAGCAGGTGACCCAGAGTCC;SOR=0.721;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=55;WE=3816691;WS=3816673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,88:0.48:183
chr1	4772717	rs242056	G	A	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=79;PP=2260;SC=CAGCAACAACGGGGAAGTCAC;SOR=1.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=32;TCR=80;TR=110;WE=4772725;WS=4772707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	4829795	rs3950181	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=1.225;SC=TTCCCCGCTGCGGATGGGACC;SOR=1.942;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=4829803;WS=4829785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	4847594	rs11805709	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=2.025;SC=GATAAGACATCGCAGTTGTTA;SOR=0.321;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=13;WE=4847602;WS=4847584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr1	4847845	rs4654460	G	A	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=999;ReadPosRankSum=-0.408;SC=CTTGGCCCACGGGGCACGGGC;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=67;WE=4847853;WS=4847835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,111:0.52:213
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chr1	5925040	rs11121682	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr1	5934837	rs1287638	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.82;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
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chr1	5937391	rs3747989	C	T	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=45;PP=1357;SC=GTCAGGTAGACGTGCAGTGTC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=5937399;WS=5937381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	5937413	rs3747988	A	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.834;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=250;ReadPosRankSum=-1.456;SC=GCCTTCCAGGAGCAGACACCA;SOR=0.337;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=27;WE=5937421;WS=5937403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,56:0.45:124
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chr1	5947308	rs41280814	G	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=598;ReadPosRankSum=1.705;SC=GGGGTTGGGCGGCCGCTGGAG;SOR=0.582;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=38;WE=5947316;WS=5947298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr1	5948677	rs2282281	G	A	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=35;PP=1469;SC=TCTCCTTTAGGGAACAGCCAA;SOR=0.880;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=82;WE=5948685;WS=5948667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	5964991	rs3737234	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=22;PP=446;SC=GAGGCTGCCGTGGTCACCAAT;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=5964999;WS=5964981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	5965381	rs12120967	C	T	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=642;ReadPosRankSum=1.129;SC=GTAGCACCATCTCGTTGCTTT;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=50;WE=5965389;WS=5965371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,104:0.59:177
chr1	5987696	rs7520105	T	C	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=514;ReadPosRankSum=-0.039;SC=GTCAGCTCTCTGGAAACACTT;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=42;WE=5987704;WS=5987686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,71:0.57:125
chr1	6027167	rs875574	C	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	6027252	rs875573	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	6029086	rs34702999	CA	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.275;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	6038583	rs4908639	G	C	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=459;SC=ATATCAGCACGCTGGTTTCCT;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=6038591;WS=6038573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr1	6155332	rs1555144	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=243;ReadPosRankSum=-1.895;SC=CCCGGCAGCCTCCCGCCTGCT;SOR=0.458;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=16;WE=6155340;WS=6155322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr1	6156915	rs2235792	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=0.895;SC=CAGTGTCTCCGGGGAGAGAGG;SOR=0.051;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=16;WE=6156923;WS=6156905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	6160115	rs34324678	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=480;ReadPosRankSum=-0.127;SC=CCCCCAGGGCGCACCCTCAGT;SOR=0.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=34;WE=6160123;WS=6160105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr1	6161959	rs12758341	G	A	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,77:0.65:118
chr1	6162054	rs6696489	T	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=1.116;SC=CTGGCGCGCCTTGCACCCAGC;SOR=1.204;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=21;WE=6162062;WS=6162044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr1	6165419	rs1883768	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=529;ReadPosRankSum=1.924;SC=CCCAAGGTGGCGCTGGCTCCT;SOR=0.676;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=39;WE=6165427;WS=6165409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr1	6170424	rs78789357	CG	C	1824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.105;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.298;NF=7;NR=15;PP=832;ReadPosRankSum=-1.025;SC=CTCCCTGCCCCGTGCAGCCCT;SOR=0.404;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=22;WE=6170432;WS=6170414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr1	6171992	rs59788818	C	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=374;ReadPosRankSum=-2.311;SC=CCAGCTCTCACGCACAGGCAG;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=32;WE=6172000;WS=6171982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr1	6172875	rs4908515	G	A	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=5;PP=670;SC=CCAAGGGGACGGCGCCTGGGA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=6172883;WS=6172865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	6173649	rs2785580	A	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=165;SC=TGGAACTTGGAGCTGTGTCTC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=6173657;WS=6173639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	6181557	.	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=140;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TCCACACCTGGACTTCCAGGG;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=10;WE=6181565;WS=6181547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	6184092	rs2843493	A	G	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	6184192	rs2273041	A	G	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	6184286	rs2273040	A	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=184;SC=GGTAGCTGCTACCTCCGCCCA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=6184294;WS=6184276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	6185064	rs55930553	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=221;ReadPosRankSum=-1.009;SC=TCATCCTGGCGGAAGCAAATG;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=17;WE=6185072;WS=6185054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr1	6185532	rs2273037	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.558;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=423;ReadPosRankSum=1.072;SC=CCATACCCCAGGGGCAGCAGG;SOR=1.316;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=27;WE=6185540;WS=6185522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr1	6186961	rs2746060	A	G	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=16;PP=359;SC=TGATCACCCCAGCCCTAGCTA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=6186969;WS=6186951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	6188044	.	TG	T	79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=15;MQ=57.65;NF=4;NR=0;PP=79;QD=26.0;SC=GTGGACACAGTGGGGGGCGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=6188052;WS=6188041;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr1	6188377	rs72632513	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=248;ReadPosRankSum=-0.719;SC=CCCATCCCCAGCAGGGGCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=16;WE=6188385;WS=6188367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr1	6188546	rs2273034	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=0.367;SC=GGCTGGGCTGGGTTGGCCCCT;SOR=0.596;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=13;WE=6188554;WS=6188536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr1	6188779	rs2273033	G	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=0.616;SC=AGATACAGGTGGGGGGTGCAG;SOR=0.701;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=17;WE=6188787;WS=6188769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr1	6190215	rs9434662	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=214;ReadPosRankSum=-0.346;SC=TGCCTGAGGCCCGGGATGAGA;SOR=1.163;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=17;WE=6190223;WS=6190205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr1	6191632	rs2235790	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=398;ReadPosRankSum=0.475;SC=AAGAACCAGGCCTGGGAGAAG;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=27;WE=6191640;WS=6191622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr1	6194347	rs3765452	T	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=1.279;SC=GGTGGGGCATTGGTGGGCTCC;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=31;WE=6194355;WS=6194337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr1	6195493	rs2250504	G	A	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=672;SC=TAACAGCCAGGAGCAGAGGAC;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=6195501;WS=6195483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	6196493	rs7526887	A	G	91.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=31;SC=AGCAGGTCTCACAGCCAGGAT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=6196501;WS=6196483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	6196517	rs7513548	G	A	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=146;SC=CTATTGATCCGTCTTCACTGG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=6196525;WS=6196507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	6196869	rs2250358	A	G	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=26;PP=808;SC=TGGCCTGGTCAATGGTGATGA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=6196877;WS=6196859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	6196943	rs2746066	A	G	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.31;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	6196951	rs2785582	T	A	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.16;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	6204161	rs17436816	G	A	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=2.332;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,93:0.56:167
chr1	6204266	rs9435102	A	G	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=43;PP=1294;SC=GCCACAGCACAGGTTTGATGA;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=6204274;WS=6204256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	6206648	rs41279488	C	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=257;ReadPosRankSum=1.163;SC=GCGCTTCAGCCCCTTCCCGCC;SOR=0.399;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=18;WE=6206656;WS=6206638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr1	6209265	rs41279496	G	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=176;ReadPosRankSum=0.657;SC=GGGGAGCCAGGCGTGGCCCCG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=11;WE=6209273;WS=6209255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	6209363	rs12565328	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=486;ReadPosRankSum=0.687;SC=GGTCCAGGCATACGAGATGGT;SOR=0.583;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=36;WE=6209371;WS=6209353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr1	6210970	rs12564469	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=416;ReadPosRankSum=0.305;SC=TGCTTCCCACGGGGAGGTTCC;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=33;WE=6210978;WS=6210960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr1	6211183	rs9434711	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=368;ReadPosRankSum=0.310;SC=TGGCGCTGTCGAAGTCCGACT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=27;WE=6211191;WS=6211173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr1	6215047	rs12034457	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	6215047	.	AT	GC	192	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=192;QD=49.0935749724;SC=CCTCTGCCACATGTGCGATCT;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=5;WE=6215056;WS=6215037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	6215048	rs12035285	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	6219363	rs3827727	G	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.11;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	6239937	rs70981314	C	CG	4560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=23;PP=1316;SC=GCCCGCGCTCCGCCCTGGGCC;SOR=1.039;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=44;WE=6239946;WS=6239927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	6257826	rs2294714	T	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=0.162;SC=TCTAAGAAAATACACAAATGA;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=20;WE=6257834;WS=6257816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr1	6257856	rs2294713	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=2.425;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr1	6272137	rs709208	A	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=928;ReadPosRankSum=2.337;SC=GATCTGCCGGAGGGGGGAGAT;SOR=0.564;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=62;WE=6272145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,79:0.49:162
chr1	6278414	rs709209	A	G	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=705;ReadPosRankSum=1.622;SC=AGCAGGAACAACGCGGCCTCA;SOR=0.604;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=50;WE=6278422;WS=6278404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,81:0.45:182
chr1	6279370	rs846111	G	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GCTCCGAACGGCCTCTCAGAA;SOR=0.830;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=10;WE=6279378;WS=6279360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	6291918	.	TA	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr1	6305292	rs61760836	C	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.199;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=1093;ReadPosRankSum=0.298;SC=CCCCCTGGTGCCCGAGAGCGC;SOR=1.387;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=27;WE=6305311;WS=6305282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr1	6305303	rs61760837	C	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.811;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=1093;ReadPosRankSum=2.133;SC=CCGAGAGCGCCGCCGGCAGCA;SOR=1.405;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=28;WE=6305311;WS=6305282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr1	6309319	rs1883608	C	G	42.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	6355065	rs35553413	G	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=285;ReadPosRankSum=1.418;SC=ACATGCGGCAGATGAGACACG;SOR=0.769;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=19;WE=6355073;WS=6355055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr1	6387276	rs6577570	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.194;SC=CAAGCATGAGGCTCACGTAGG;SOR=0.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=6;WE=6387284;WS=6387273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr1	6387327	rs2076479	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=511;ReadPosRankSum=-0.154;SC=CGGTGAGGAGTGGCACCTGCT;SOR=0.653;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=33;WE=6387335;WS=6387317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr1	6387528	rs6577571	G	C	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.950;NF=27;NR=40;PP=1114;ReadPosRankSum=1.097;SC=TCCTCCCCTCGCTGGGCGGCC;SOR=0.898;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=67;WE=6387536;WS=6387518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,112:0.53:211
chr1	6387572	rs4908880	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.776;NF=14;NR=23;PP=642;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TGTGTAACTGGGACTATTTTT;SOR=0.569;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=37;WE=6387580;WS=6387562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,55:0.38:143
chr1	6387599	rs111368824	GT	G	1307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.817;NF=2;NR=44;PP=1076;ReadPosRankSum=0.473;SC=GTTCATGTGTGTTTTAATATA;SOR=1.060;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=46;WE=6387607;WS=6387589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
chr1	6387629	rs149253585	CAG	C	947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=37;PP=601;ReadPosRankSum=0.480;SC=AATACAGAAACAGTGAAATCC;SOR=0.545;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=38;WE=6387638;WS=6387619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr1	6393445	rs2235693	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=329;ReadPosRankSum=-1.537;SC=TGCTCCCTTGAGACCCTTAGC;SOR=1.085;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=19;WE=6393453;WS=6393435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr1	6399711	rs2235692	A	G	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=27;PP=807;SC=AGCCCCACCCAGGACATGCCC;SOR=1.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=38;WE=6399732;WS=6399701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	6399724	rs6683889	T	C	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=25;PP=583;SC=ACATGCCCCCTGGAAACGGTC;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=32;WE=6399732;WS=6399701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	6399780	rs6680950	A	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	6453520	rs76483502	C	CG	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=218;SC=GCGCCGGGGGCAATCGAACGC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=6453528;WS=6453510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	6473184	.	T	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=136;ReadPosRankSum=1.320;SC=ATTTATCTTGTTATTGTCACT;SOR=2.093;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=9;WE=6473192;WS=6473174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	6473294	rs7529205	A	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=16;PP=564;SC=TAGAGTAGGAAGCAGTTCTGA;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=31;WE=6473302;WS=6473284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	6479938	rs12074131	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CCGAGGTCCGAAATGAGGTCC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=12;WE=6479946;WS=6479928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	6500626	.	C	CG	61	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BRF=0.67;FR=0.9998;HP=8;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=23;MQ=57.97;NF=1;NR=0;PP=61;QD=86.0;SC=GTACAGGGGGCGGGCCTACAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=1;TCR=0;TR=1;WE=6500634;WS=6500616;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	./.:0,1:1.00:1
chr1	6500919	rs3817918	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=8;PP=321;SC=GCACCGCGCTTTCAGCACGGC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=6500927;WS=6500909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	6501044	rs2311045	C	G	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=18;PP=733;SC=TCCGCGACCGCGACGGGTACA;SOR=0.865;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=44;WE=6501052;WS=6501034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	6511582	rs9434774	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=224;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GGCTTAGGAAAGGGGCTGCAG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=15;WE=6511590;WS=6511572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	6521150	rs2986758	A	C	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=595;ReadPosRankSum=0.669;SC=TCCCCTTCGAATCCCTCGAGA;SOR=0.769;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=42;WE=6521158;WS=6521140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,78:0.50:155
chr1	6524344	.	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.795;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=0.025;SC=TCCCCTCTTCCTATTCCTGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=9;WE=6524352;WS=6524334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	6524501	rs11800462	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=496;ReadPosRankSum=-1.134;SC=ACAGTCAGTATCTCTGCGGGA;SOR=0.607;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=32;WE=6524509;WS=6524491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr1	6525335	.	G	A	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=22;MQ=59.11;NF=5;NR=2;PP=49;QD=11.9673160782;SC=AGCAACCCCCGACCTGCTTCC;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=7;WE=6525343;WS=6525325;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,7:0.50:14
chr1	6527610	.	G	A	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=497;ReadPosRankSum=-1.315;SC=CACTCTTGGGGGCCTCCCTCT;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=38;WE=6527618;WS=6527600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,74:0.50:149
chr1	6528468	rs76625876	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=326;ReadPosRankSum=1.522;SC=CAGGAGCGGCCGTCCACCGGA;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=25;WE=6528476;WS=6528458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr1	6529188	rs62639695	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,43:0.41:106
chr1	6529443	rs730600	A	G	3185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=61;PP=1613;ReadPosRankSum=0.450;SC=AGGCCTGGCCACTGGCCTGGA;SOR=0.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=198;TCF=91;TCR=107;TR=117;WE=6529451;WS=6529433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,161:0.52:309
chr1	6529748	rs943584	G	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TGCAGTGGCAGGAGGGGGGGT;SOR=0.732;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=12;WE=6529756;WS=6529738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr1	6530435	rs2986753	A	G	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=808;ReadPosRankSum=1.381;SC=GATGGCGTGAACGTAGGGGAG;SOR=0.488;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=54;WE=6530443;WS=6530425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,75:0.50:151
chr1	6530965	rs111312565	C	CG	1106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=1226;SC=GGAGTGGGGGCGGGCTCAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=30;WE=6530973;WS=6530955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	6531124	rs61740145	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr1	6531650	rs112471131	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=374;ReadPosRankSum=-1.379;SC=GCCTGCGGTGCAGCTGCGCGA;SOR=0.827;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=28;WE=6531658;WS=6531640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
chr1	6531954	.	C	T	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=609;ReadPosRankSum=1.140;SC=CCCTGCCACTCCTTCCCCTTC;SOR=0.960;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=39;WE=6531962;WS=6531944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr1	6533393	rs61741379	G	C	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=416;ReadPosRankSum=1.036;SC=GCTGTCGCCAGTGTTGGTGCT;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=27;WE=6533401;WS=6533383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr1	6535048	rs77777178	A	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr1	6545390	rs75490131	A	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=2.892;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr1	6557009	rs3007430	A	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=351;ReadPosRankSum=-0.234;SC=CAGATCCCTGAGAACCTTACG;SOR=0.753;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=32;WE=6557017;WS=6556999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,70:0.46:153
chr1	6579607	rs1556035	C	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=687;SC=CTGCCTGGACCTCCAGCCACA;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=6579615;WS=6579597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	6585804	rs13513	C	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=3;PP=474;SC=AACACTGTTGCTAATAAGGGC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=6585812;WS=6585794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	6586070	rs7548042	C	T	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=59;PP=1844;SC=CACGCTGAAACGGAAACACAG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=101;WE=6586078;WS=6586060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	6591937	rs932112	T	C	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=4;PP=233;SC=GAGCGAGGAGTTATGTAGTGG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=6591945;WS=6591927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	6601773	rs3761927	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=0;PP=23;SC=GACCATGAGTTTGGTAGGCGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=6601781;WS=6601772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	6609559	rs11122091	C	A	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=282;SC=AAGACAACATCCTACATAGTC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=6609567;WS=6609549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr1	6609896	rs11579888	G	A	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=22;PP=615;SC=TCAGGGGGCCGTACTACATAC;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=32;WE=6609904;WS=6609886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr1	6610382	rs2063806	C	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=8;PP=339;SC=TGAGCCACCGCGCCTGGCCCT;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=6610390;WS=6610372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	6614391	rs6693391	A	C	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	6614415	rs6693400	A	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=9;PP=299;SC=AGTAACCGCCACCGTAGGCGC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=6614423;WS=6614405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	6614535	rs4908923	G	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr1	6615690	rs925745	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	6615695	rs925744	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	6635231	rs10864628	A	G	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=47;PP=2647;SC=GGCAGACAAGAAGGCCCCTAG;SOR=1.264;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=126;WE=6635239;WS=6635221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	6635306	rs34160967	G	A	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=1144;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AGCTTTCATGGCACACACGAT;SOR=0.638;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=107;TCR=86;TR=83;WE=6635314;WS=6635296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,129:0.43:302
chr1	6636461	rs17492553	C	T	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=605;ReadPosRankSum=-0.377;SC=CTTCATGATACGCGTTTCTTT;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=47;WE=6636469;WS=6636451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,77:0.57:136
chr1	6637030	.	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=515;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CTGTGTGTTCCAGCGACTGTC;SOR=0.632;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=42;WE=6637038;WS=6637020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,65:0.44:149
chr1	6637171	rs12040340	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=1.698;SC=CAGCACTCCCGGGGGCTGCAC;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=16;WE=6637179;WS=6637161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr1	6645866	rs76962385	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CTTAACCAGCCGGTGTCACCT;SOR=0.859;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=8;WE=6645874;WS=6645856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	6646959	rs3833475	GCCTGCCTTC	G	2135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.204;NF=6;NR=21;PP=2983;ReadPosRankSum=1.841;SC=CTGTCAGGGAGCCTGCCTTCC;SOR=0.858;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=82;TCF=21;TCR=61;TR=27;WE=6646975;WS=6646949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,58:0.41:140
chr1	6649277	rs17029628	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	6659445	rs2232461	C	T	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=502;ReadPosRankSum=0.089;SC=GCGCCACCTCCGCCCACTCAT;SOR=0.638;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=40;WE=6659453;WS=6659435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,85:0.48:178
chr1	6681744	rs3747994	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=342;ReadPosRankSum=0.681;SC=GAAGCGACCGCGGGCTTTTTT;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=25;WE=6681752;WS=6681734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	6690140	rs742394	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=-1.807;SC=CACTCTGACCATGATTTGAGG;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=6;WE=6690148;WS=6690137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	6695802	rs6577583	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr1	6845532	.	CCGG	C	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	6946374	.	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.084;SC=CTGTCTGATTCCAGAGGAACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=6946382;WS=6946364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	6947717	rs3810982	C	T	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=16;PP=750;SC=ATTTCAGGCTCTCACCACACA;SOR=0.787;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=41;WE=6947725;WS=6947707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	6947973	rs3827726	C	T	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	7202190	rs970973	T	C	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=31;PP=1338;SC=TGCCCAGATGTTCCTCTGCAG;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=68;WE=7202198;WS=7202180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	7202380	.	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=0.438;SC=GTCCTTTTTTCCTCTGTGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=10;WE=7202388;WS=7202370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr1	7289606	rs6659573	T	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	7289612	rs6659575	T	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	7289619	rs6577423	G	A	184.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	7289777	rs4243824	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=-0.175;SC=CACAGAGGGCGGGGGTTGGGC;SOR=0.646;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=14;WE=7289785;WS=7289767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr1	7527996	rs1201529	T	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=36;PP=782;SC=CTTCTGTCTCTGGTGCTCGGG;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=7528004;WS=7527986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr1	7624855	rs17031140	G	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=1.345;SC=ACAAGCAAAAGGCTGTGAGGA;SOR=1.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=4;WE=7624863;WS=7624845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr1	7723467	.	C	T	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1171;ReadPosRankSum=1.339;SC=CGCATCATCTCGCCCAAGGTG;SOR=0.574;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=86;WE=7723475;WS=7723457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,136:0.49:275
chr1	7725119	.	G	A	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=858;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CAGCTCGGAGGGCGGGGCCAG;SOR=0.596;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=47;WE=7725127;WS=7725109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,77:0.54:142
chr1	7737799	rs3011926	A	G	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=64;PP=1854;SC=GGACGGTAAGAACAGTGCTTG;SOR=1.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=92;WE=7737807;WS=7737789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	7792411	rs2301488	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=312;SC=AAGTTACGGACGGCATTTGGA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=7792419;WS=7792401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	7796641	rs2071985	A	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=286;SC=AGCCTCGCACATCCTCGCTCA;SOR=2.531;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=7796649;WS=7796631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	7797503	rs41278952	C	G	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=51;PP=2217;SC=TGGGACAGAACCCCAGAATCC;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=119;WE=7797511;WS=7797493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	7797734	rs1417986	T	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=24;PP=624;SC=TACATTTCAGTTTTTTTGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=7797742;WS=7797724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	7807897	rs12133253	A	G	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=52;PP=1627;SC=AGGCCACTGAAGATCCTGGTT;SOR=0.896;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=93;WE=7807905;WS=7807887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	7807966	rs34083763	GT	G	266.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr1	7809728	rs60799863	C	CT	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.556;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr1	7811014	rs1573753	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=549;SC=AGAAGGGCAAGATATTTTGAT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=7811022;WS=7811004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	7811215	rs10779689	A	G	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=27;PP=1150;SC=GAGCCCGTGCAGCCCCTGTTG;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=7811223;WS=7811205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	7812398	rs9919223	A	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=85;SC=CATCTTTAACATATGCTGTTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=7812406;WS=7812388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	7831313	.	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.619;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=399;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CCCCGCCCACTCCCCCGGCTC;SOR=1.952;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=14;WE=7831321;WS=7831303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr1	7833485	rs11576572	G	A	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.692;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,88:0.47:186
chr1	7845695	rs228729	T	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	7847362	rs35115980	C	CT	216.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=140;SC=TTTAGTATATCTTTTTTAATC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=7847370;WS=7847352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	7854209	rs11807683	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=91;ReadPosRankSum=-1.620;SC=ACAAGGAGTTCGTATTTTGAT;SOR=0.646;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=5;WE=7854217;WS=7854199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	7861153	rs34433622	C	CT	392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=149;SC=TTAAATGGGTCTTTGTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=7861166;WS=7861143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	7861158	rs3213578	T	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGGGTCTTTGTTTTTTTTTCC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=7861166;WS=7861143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	7861345	rs488728	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=73;SC=TATACATTATGTAATTGAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=7861353;WS=7861335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	7863293	rs228642	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=263;SC=CTCATTAGAGCGCAACCTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=7863301;WS=7863283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	7869915	rs228668	G	C	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=12;PP=544;SC=CATTTGAACAGCCAGCAATTC;SOR=0.933;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=7869923;WS=7869905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	7870048	rs228669	T	C	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=395;SC=GTGAGGCCAGTGGGCACCGTG;SOR=1.364;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=7870056;WS=7870038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	7870144	rs228670	A	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	7870418	rs228671	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=-1.064;SC=GAAACAGAAGCTAAGTGTATT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=7870426;WS=7870408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	7880469	rs228691	A	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=7;PP=301;SC=TGGGTCTTTTATGTAAATTTC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=7880477;WS=7880459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	7880683	rs10462020	T	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,52:0.45:116
chr1	7887493	rs228696	T	C	10284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=154;PP=2965;SC=CTGCATGGGCTGCCCTTGTCC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=127;TCR=154;TR=281;WE=7887501;WS=7887483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr1	7887579	rs228697	C	G	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1428;ReadPosRankSum=1.899;SC=GCCTGACCCCCCTGTCTGTCC;SOR=0.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=237;TCF=118;TCR=119;TR=102;WE=7887587;WS=7887564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,155:0.41:376
chr1	7889804	rs228701	C	G	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=9;PP=913;SC=GTAACTGAAACTACAGAAAGC;SOR=2.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=7889812;WS=7889794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	7889972	.	GAGAATCCATCCCATCCTACTGCCAGCGCTCTGTCCACAGGATCGCCTCCCATGA	G	1939.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.941;NF=7;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.458;SC=ACCTCCCAGGGAGAATCCATC;SOR=0.583;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=172;TCF=41;TCR=131;TR=77;WE=7890045;WS=7889962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,102:0.38:267
chr1	7889982	.	CCCA	C	3411.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.49;MQRankSum=-0.219;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,165:0.46:355
chr1	7889986	.	TCCTACTGCCAGCGCTCTGTCCACAGGATCGCCTCCCATGAAGAATCCATCC	T	3309.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=1.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.21;MQRankSum=0.654;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,165:0.42:389
chr1	7890037	.	C	T	2645	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=24;NF=44;NR=51;PP=2645;QD=20;SC=AGAATCCATCCCATCCTACTG;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=260;TCF=127;TCR=133;TR=95;WE=7890045;WS=7889962;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:165,95:0.37:260
chr1	7890117	rs2640909	T	C	16247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.38;QD=28.76;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
chr1	7890264	rs1773135	A	G	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=82;PP=2472;SC=CCAATGCCAGACATTCACTAT;SOR=1.731;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=32;TCR=84;TR=114;WE=7890272;WS=7890254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	7897133	rs10462021	A	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=-0.650;SC=CAGTTTTCTCATGGGCAAAAG;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=22;WE=7897141;WS=7897123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr1	7897228	rs228654	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr1	7906476	rs172932	G	T	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=25;PP=897;SC=TAGGGTAAACGCTCTGAGACC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=7906484;WS=7906466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	7906859	rs141522407	T	TAAGA	2346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=877;ReadPosRankSum=-0.162;SC=TTTCCCGGTGTAAGAAACTGT;SOR=0.805;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=18;WE=7906867;WS=7906849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,62:0.47:133
chr1	7911099	rs228651	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=11.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=0.639;SC=AAACTTCCAACGCTGAGTTCA;SOR=3.967;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=7911107;WS=7911089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	7913029	rs34305100	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-2.186;SC=TAAGAATCCTATGAAAAGCAA;SOR=0.813;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=11;WE=7913037;WS=7913019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr1	7913430	rs228648	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=483;ReadPosRankSum=0.540;SC=GCAAAGAGACGTGGATTTATG;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=41;WE=7913438;WS=7913420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,65:0.59:110
chr1	7913445	rs13306061	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=375;ReadPosRankSum=-0.707;SC=TTTATGAGTCCGAGCAGAAGT;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=29;WE=7913453;WS=7913435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,44:0.39:112
chr1	7980861	rs9658041	C	T	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.871;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.369;SC=TGCTTCTTTTCAAGAAAGTCC;SOR=0.884;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=156;TCF=85;TCR=71;TR=75;WE=7980869;WS=7980851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,113:0.48:236
chr1	7998963	rs226476	T	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=41;PP=1195;SC=AAGTTTACAATAAAATAAGAT;SOR=1.275;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=60;WE=7998971;WS=7998953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	8022772	.	CAG	C	106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=106;QD=23.5;SC=TGGGGTATCTCAGGGTTGCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=8022781;WS=8022762;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	8029494	rs2641116	T	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.41;ReadPosRankSum=1.163;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	8029509	rs2640906	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=9.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.75;ReadPosRankSum=-1.476;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	8029509	.	GG	AA	137	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=137;QD=47.6169687156;SC=CTGGGGGGGGGGAAAAACTAA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=4;WE=8029518;WS=8029499;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr1	8029510	rs2641117	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=10.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.06;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	8384268	rs6702047	T	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=15;PP=925;SC=TTTCGGGGGATGGTGTTTGAC;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=8384276;WS=8384258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	8390213	rs2289730	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CGGGGCCACCGCGTTTGGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=10;WE=8390221;WS=8390203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	8390495	rs1058619	A	G	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=46;PP=2101;SC=CCCCGTCCCCACCCGTCCTGC;SOR=0.935;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=118;WE=8390503;WS=8390485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	8397803	rs7520373	C	T	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=9;PP=761;SC=AACCAGTAGACGCATGTTGGT;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=8397811;WS=8397793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	8415752	.	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=2.824;SC=AAAGAGCACAGGAGAGGTGCC;SOR=0.566;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=9;WE=8415760;WS=8415742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr1	8418644	rs11121172	C	A	6663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	8418650	rs1058766	T	C	6688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	8421092	rs2784735	C	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.87;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	8421203	rs13596	T	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	8422676	rs2252865	T	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=16;PP=666;SC=TGATCACGAATACCAGCAAAC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=8422684;WS=8422666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	8526142	rs4908760	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=22;PP=585;SC=GGACACAATCGATCCAAGGCA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=8526150;WS=8526132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	8557320	rs7518608	C	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=145;SC=GAGCCAGGGTCCCGATTACAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=8557328;WS=8557310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	8557691	rs7530745	A	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=455;SC=TTTTACTGAGACTCTTTCCTT;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=8557699;WS=8557681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	8601359	.	G	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=457;ReadPosRankSum=0.165;SC=CAGAAAAATGGGAGATGTTAC;SOR=0.633;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=36;WE=8601367;WS=8601349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr1	8926285	rs3831913	A	AG	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=0.056;SC=CCCCCAACAGAGGGAGCTGGC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=4;WE=8926293;WS=8926275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	8926329	rs2781066	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=339;ReadPosRankSum=-1.259;SC=GGTTCCCTAGCGCCTTTACCT;SOR=1.270;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=26;WE=8926337;WS=8926319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr1	8926752	rs2781065	T	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=261;SC=GAGACAGGGTTTCACTATACT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=8926760;WS=8926742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	8928125	rs2071412	G	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=224;ReadPosRankSum=-1.335;SC=TTCTACGAGGGAGAGGGGAGA;SOR=0.681;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=22;WE=8928133;WS=8928115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr1	8930369	rs2781060	T	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=2;PP=141;SC=ATGTCATGCATGGATTGTTCT;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=8930377;WS=8930359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	8930385	rs2765511	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=155;SC=GTTCTCGTGCGTGACAGGGAA;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=8930393;WS=8930375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	8935149	rs2038904	A	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=892;SC=GAAAGCAGTGAGAATTCTCCT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=8935157;WS=8935139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	9006104	rs5772343	T	TC	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.04;MQRankSum=1.778;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	9009214	rs2274326	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=-0.780;SC=AAGGTGCCTCCGTGGGTCCCC;SOR=0.553;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=11;WE=9009228;WS=9009204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	9009406	rs2274327	C	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=486;ReadPosRankSum=0.584;SC=CTACAGAGGACGAAGGTGCGG;SOR=0.748;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=39;WE=9009414;WS=9009396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,58:0.39:149
chr1	9009444	rs2274328	A	C	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.24;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	9009444	.	ATGACAGG	CTGACAGC,CTGACAGG	889	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=59.84;NF=18,41;NR=33,53;PP=889,505;QD=18.4797622522;SC=GGGGCTCAATATGACAGGCTA;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=51,94;WE=9009459;WS=9009434;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.54:94
chr1	9009451	rs2274329	G	C	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.36;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,79:0.59:134
chr1	9009470	rs2274330	G	C	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=547;ReadPosRankSum=0.710;SC=CCCAGGCAGGGGAGTTCCCCA;SOR=0.843;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=42;WE=9009478;WS=9009460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,70:0.58:121
chr1	9009547	rs2274331	C	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=-1.452;SC=GGGCAGCCTGCAGGGGAAGGC;SOR=0.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=24;WE=9009555;WS=9009537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr1	9011537	rs7540307	G	A	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=591;ReadPosRankSum=-0.373;SC=GAGAAGGGGCGAAGCACAAAG;SOR=0.932;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=47;WE=9011545;WS=9011527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,71:0.54:132
chr1	9011586	rs3765968	T	G	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=51;PP=1734;SC=CCTGGACAGCTGGTGGGAAGC;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=98;WE=9011594;WS=9011576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	9011627	rs3765967	G	A	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=633;ReadPosRankSum=-1.163;SC=TATGGGCAACGCTTGCTGAGT;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=44;WE=9011635;WS=9011617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,80:0.52:154
chr1	9011722	rs3765966	G	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=24;PP=686;SC=AGCGGCTCCCGCCTCCCAATT;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=9011730;WS=9011712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	9017204	rs2274333	A	G	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=2185;ReadPosRankSum=0.340;SC=AGTGCAGATCAGCCTGCCCTC;SOR=0.785;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=59;WE=9017226;WS=9017194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,109:0.55:198
chr1	9017218	.	C	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.689;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,82:0.42:196
chr1	9030855	.	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=219;ReadPosRankSum=-1.111;SC=CCACTGCGCCGGGCCAACTGT;SOR=0.910;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=14;WE=9030863;WS=9030845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr1	9030964	rs3737665	C	T	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=420;ReadPosRankSum=1.078;SC=ATCACCGCAACAAGACCATCC;SOR=0.641;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=39;WE=9030972;WS=9030954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,76:0.54:142
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chr1	9034598	rs3765963	A	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=495;ReadPosRankSum=0.243;SC=CGATGCGGGTATGGTGTCTGG;SOR=0.450;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=30;WE=9034606;WS=9034588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
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chr1	9165818	rs12753196	C	A	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=360;SC=CAGGTCTTCCCAGGGACTTGA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=9165826;WS=9165808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	9165868	rs1705303	A	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=290;SC=GGTGGAGCCCAGATCCTTCTC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=9165876;WS=9165858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr1	9307033	rs7524046	G	A	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=806;ReadPosRankSum=-0.608;SC=AGGCTGTGGCGCAGATCCTGC;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=62;WE=9307041;WS=9307023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,113:0.49:230
chr1	9307138	rs11121350	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=490;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CCGTGGATGCTGAAGGTGTGT;SOR=0.574;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=45;WE=9307146;WS=9307128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr1	9307230	rs12032814	T	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CAGAGGGAGGTTTTCTGTGGG;SOR=0.307;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=12;WE=9307238;WS=9307220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	9323463	rs141143158	C	CTGAGGCAG	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=492;SC=AGGGGCTTCCCTGAGGCAGGG;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=9323471;WS=9323453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	9323910	rs6688832	G	A	3519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=1735;ReadPosRankSum=0.136;SC=AGCCCTGTGCGGGAGCGGGAC;SOR=0.742;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=251;TCF=130;TCR=121;TR=123;WE=9323918;WS=9323900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,180:0.49:366
chr1	9324213	rs17368528	C	T	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=838;ReadPosRankSum=0.926;SC=CGAGAGAGCCCGCTGGTCTCC;SOR=0.698;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=52;WE=9324221;WS=9324203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,86:0.54:160
chr1	9324545	rs145968075	G	A	3798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=65;PP=1878;ReadPosRankSum=1.584;SC=GCTCTGCGCCGAGGAGGACCA;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=240;TCF=112;TCR=128;TR=128;WE=9324553;WS=9324535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,192:0.51:373
chr1	9324571	rs9434742	T	C	7878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=111;PP=2965;SC=CCCAGATCTATGCCAGGGAGA;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=96;TCR=113;TR=206;WE=9324579;WS=9324561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	9324670	rs9434743	A	G	6531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=83;PP=2760;SC=TCCCACAGTCACCCACTGGCC;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=65;TCR=84;TR=148;WE=9324678;WS=9324660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	9324943	.	C	T	372.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=0.719;SC=GCCTGTGCCCCTTGCCCGCTT;SOR=0.420;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=9324951;WS=9324933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr1	9416346	rs3795309	C	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=829;ReadPosRankSum=0.241;SC=ACACAACCCTCGTGGGGAATA;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=67;WE=9416354;WS=9416336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,86:0.48:181
chr1	9658465	rs9430181	T	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=25;PP=1420;SC=AGGCAGCTCATCCACCCCTGC;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=9658473;WS=9658455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	9658707	rs9430182	G	A	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=26;PP=738;SC=TCCACAGGGCGGGGGTGGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=9658715;WS=9658697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	9661061	rs9430184	A	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=14;PP=1123;SC=AGGATGTGTGAGAACATGGGT;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=9661069;WS=9661051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	9670483	rs4244632	T	A	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=35;PP=1754;SC=AATAGAAGAATGCCCCCAGAA;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=9670491;WS=9670473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	9670834	rs4926472	C	T	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=45;PP=1393;SC=CCCCGGAAGCCGCCCCTGCAG;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=68;WE=9670842;WS=9670824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	9671257	rs70979767	CT	C	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.690;QD=8.58;ReadPosRankSum=2.068;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,60:0.75:80
chr1	9714247	rs9430611	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=289;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CATTGGCCACACTACTCACTT;SOR=0.935;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=26;WE=9714255;WS=9714237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr1	9714538	rs150187930	GT	GGAT,G	883.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=1435;ReadPosRankSum=0.917;SC=ACCAATGGTTGTGCGAAAGCC;SOR=1.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=11;WE=9714552;WS=9714528;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.53:47
chr1	9714539	rs56017286	T	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.29;ReadPosRankSum=1.844;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr1	9714540	.	G	GAGGCCAGACC	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=11;PP=2962;QD=20;SC=CAATGGTTGTGCGAAAGCCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=11;WE=9714552;WS=9714528;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,11:0.42:26
chr1	9714541	rs56235370	C	CCA	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.02;ReadPosRankSum=1.628;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr1	9714542	.	GAA	CAG	1824	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=11;PP=1824;QD=170.678897715;SC=ATGGTTGTGCGAAAGCCAGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=11;WE=9714552;WS=9714528;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,11:0.38:29
chr1	9714543	rs55851927	A	ACCCC	819.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=1.844;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr1	9714544	rs55746245	A	AG	819.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.06;ReadPosRankSum=1.216;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr1	9770690	rs112806445	C	CAG	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=355;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CCTTGGTGCTCAGAGAGAGAG;SOR=0.703;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=14;WE=9770699;WS=9770680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr1	9776964	.	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=691;ReadPosRankSum=-0.369;SC=TCCTGGTGTCCAGGGAGTGGT;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=38;WE=9776972;WS=9776954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr1	9779871	rs9430220	T	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=280;ReadPosRankSum=0.826;SC=GGTTGGGAGATGTTAGCTGGG;SOR=1.508;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=22;WE=9779879;WS=9779861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	9792105	rs377673198	G	GA	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.416;NF=1;NR=19;PP=372;ReadPosRankSum=-0.635;SC=GAAAAGGACAGAAAAAAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=20;WE=9792113;WS=9792095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr1	9796095	.	C	T	3393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,171:0.55:312
chr1	9816620	rs6680090	T	C	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	10001235	rs137978085	TTTCG	T	1158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=663;SC=CTTTTCTTTCTTTCGTTCGTT;SOR=1.302;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=14;WE=10001246;WS=10001225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	10002921	rs1220423	T	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TAACTTCCACTTGAGCAGCCT;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=10002929;WS=10002911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	10027540	rs2890358	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=463;SC=AAAGCAAAGCGAGAAATAAAT;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=10027548;WS=10027530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	10041298	.	AT	A	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr1	10165846	.	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=270;ReadPosRankSum=0.758;SC=AGTAAAATAACTGTGAACTAC;SOR=1.101;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=18;WE=10165854;WS=10165836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr1	10166506	.	C	T	4386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.713;ClippingRankSum=0.000;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=64;PP=1700;ReadPosRankSum=-0.067;SC=CCAAGTCCCCCTGCCCTCGCC;SOR=0.586;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=243;TCF=113;TCR=130;TR=128;WE=10166514;WS=10166496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,226:0.51:440
chr1	10190884	rs2295294	A	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=0.057;SC=AAGTGTTCAGAAAACAAATCC;SOR=0.686;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=22;WE=10190892;WS=10190874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr1	10197023	rs35609175	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=349;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TATCTTTAAACTTCATAAAAA;SOR=1.561;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=17;WE=10197031;WS=10197013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	10239672	.	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=421;ReadPosRankSum=-0.244;SC=ACCAAGAGATAAAGCCCAAGT;SOR=0.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=34;WE=10239680;WS=10239662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr1	10316325	.	C	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=637;ReadPosRankSum=0.298;SC=CCCAAAGAATCCAAAGGAAGC;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=43;WE=10316333;WS=10316315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr1	10318652	rs12402052	C	G	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=658;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GTATTTTTGCCTATGGGCAGA;SOR=0.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=51;WE=10318660;WS=10318642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,96:0.53:182
chr1	10322054	rs4846209	G	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=346;ReadPosRankSum=0.084;SC=AGTTGACACCGTAAGCCCTTG;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=27;WE=10322062;WS=10322044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr1	10322153	rs4846210	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=-2.431;SC=TTGTCCTTTCAGGCTATTTCT;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=20;WE=10322161;WS=10322143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	10327407	rs12141246	A	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=292;ReadPosRankSum=-0.279;SC=TTTCTTTTTCACTCTAATTCA;SOR=0.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=20;WE=10327415;WS=10327397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr1	10328338	rs1339458	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=486;ReadPosRankSum=0.474;SC=GAGTTTCAGTCTCTAGGCTTG;SOR=0.778;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=35;WE=10328346;WS=10328328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr1	10334924	rs17396973	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=0.044;SC=GATAATGGTCCTGTGGTGTTT;SOR=0.569;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=8;WE=10334932;WS=10334914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	10335315	rs6685773	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.430;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	10339209	rs35347635	CAT	C	3428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=1815;ReadPosRankSum=0.788;SC=GTGTATTTCACATATTGGTTA;SOR=0.693;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=88;TCF=13;TCR=75;TR=43;WE=10339218;WS=10339199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,91:0.50:182
chr1	10342352	rs3748575	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=210;ReadPosRankSum=2.011;SC=CCCTACTTTTCCTGCCTTCTC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=17;WE=10342360;WS=10342342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr1	10342629	rs3748576	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-2.121;SC=GGTATTCTATGTAGCTCCACA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8;WE=10342637;WS=10342619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	10355834	rs3753037	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=1.465;SC=GGTGAGCATTCCTGGCTGGAG;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=5;WE=10355842;WS=10355824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	10356562	rs2275424	C	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=0.366;SC=TACTGCAAATCCTGATAAGCA;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=3;WE=10356570;WS=10356552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	10356848	rs912961	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=181;ReadPosRankSum=1.313;SC=TGTAAAAACAACAGCTCTGAA;SOR=0.495;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=13;WE=10356856;WS=10356838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr1	10357206	rs199617049	AT	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	10384176	rs3831405	C	CTTGAAA	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=410;ReadPosRankSum=2.001;SC=CAATGACCTGCTCAAGTGAGC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=7;WE=10384184;WS=10384166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	10394536	rs2276100	C	G	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.528;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr1	10403482	rs1556916	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=1.539;SC=CCTCTTGTATGTATCTAGTAG;SOR=1.819;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=10;WE=10403490;WS=10403472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	10420918	rs3748578	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=429;ReadPosRankSum=1.970;SC=ATGATTGACAGTGGCAGTACC;SOR=0.511;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=33;WE=10420926;WS=10420908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr1	10420937	rs3748579	C	T	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=530;ReadPosRankSum=0.148;SC=CCTGGACTAACGTGACTTTAG;SOR=0.540;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=40;WE=10420945;WS=10420927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,60:0.46:130
chr1	10425117	.	AT	A	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=22;MQ=56.69;NF=2;NR=2;PP=28;QD=11.25;SC=TTGGAATTGAATTTTTTTTCT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=10425125;WS=10425107;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr1	10428452	rs12130563	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=0.673;SC=GAGCCTCCACGTGGTCAGCTA;SOR=0.914;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=12;WE=10428460;WS=10428442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	10431158	rs17411502	T	C	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.435;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=333;ReadPosRankSum=0.275;SC=AGGCAGCTTTTTTCAGCTGAA;SOR=0.359;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=26;WE=10431166;WS=10431148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr1	10435170	rs11121551	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=0.624;SC=TTCTGCACTCTCTGTTACGTG;SOR=1.112;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=6;WE=10435178;WS=10435167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	10435324	rs11121552	C	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr1	10459779	rs3737155	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=440;ReadPosRankSum=0.998;SC=GCGTGGGCGCGTTGTCTTCTC;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=32;WE=10459787;WS=10459769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr1	10460485	rs1049887	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CCAAAGTTGATGATTTCTTGG;SOR=0.330;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=8;WE=10460493;WS=10460475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr1	10460716	rs35314429	A	AT	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.242;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	10468005	.	CA	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=2.683;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr1	10471789	rs2236678	A	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=127;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GTCACTAAGCAGAAAGTCCCC;SOR=1.414;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=10;WE=10471797;WS=10471779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr1	10473196	rs2229687	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=333;ReadPosRankSum=0.846;SC=AGTTCCAAGACACCGATGGCA;SOR=1.000;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=28;WE=10473204;WS=10473186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,41:0.32:130
chr1	10479055	rs5772408	G	GT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr1	10479635	rs2298570	C	G	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.371;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=59;PP=1527;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GCTGGCCCCTCGGGGGCGTGC;SOR=0.778;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=219;TCF=107;TCR=112;TR=105;WE=10479643;WS=10479625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,177:0.50:357
chr1	10479678	rs1889309	G	A	3415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=2.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,177:0.48:366
chr1	10502307	rs33919161	AT	A	401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=128;SC=ATAAATACAGATTTTTTTTTT;SOR=1.508;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=10502315;WS=10502297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	10511330	rs3838398	AT	A	109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.6694;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=57;SC=CTTTTAGATCATTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=10511338;WS=10511320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	10511544	rs628462	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=-0.582;SC=GAGAGGAAGCCCGGGAGGTGG;SOR=0.801;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=28;WE=10511552;WS=10511534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr1	10511589	rs666103	T	C	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=624;SC=CCCAGCAATCTGCGCGCCGGG;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=10511597;WS=10511579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	10523728	.	C	CT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=10.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.724;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	10529194	rs2781233	T	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=9;PP=608;SC=ATGGATGCTGTACTGCATAGG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=10529202;WS=10529184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	10555257	rs622623	C	T	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=20;PP=878;SC=CGTTTGAGAACGGAACATCTT;SOR=1.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=10555265;WS=10555247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	10596388	rs2480779	A	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=20;PP=575;SC=AGCACGGCCTACAGGGGGACT;SOR=1.371;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=31;WE=10596396;WS=10596378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	10678488	rs284238	A	T	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=632;ReadPosRankSum=0.837;SC=AGTCACCCCCAGCGGCTGCAG;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=49;TCR=74;TR=48;WE=10678496;WS=10678478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,84:0.43:195
chr1	10678610	rs284237	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=277;ReadPosRankSum=0.908;SC=GGCTGTGGTAGAGGTCGGGGT;SOR=1.011;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=18;WE=10678618;WS=10678600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr1	10689942	rs11539794	G	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr1	10703203	rs146039805	G	GC	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.246;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.959;NF=1;NR=9;PP=248;ReadPosRankSum=0.455;SC=CTCTCACCTGGGGGGGGCTCT;SOR=2.424;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=10;WE=10703211;WS=10703193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	10708142	rs778228	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr1	10709267	rs12143134	C	T	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=3.462;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,81:0.48:168
chr1	10709309	rs284300	C	G	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=901;ReadPosRankSum=-1.719;SC=TGCGGGGGGACGATGGGTGGA;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=64;WE=10709317;WS=10709299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,96:0.54:177
chr1	10709441	rs284299	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=305;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GGCTCCCCTCCGCTTCCGCCT;SOR=0.888;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=24;WE=10709449;WS=10709431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr1	10710849	rs3215814	G	GC	672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.353;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.345;NF=2;NR=8;PP=231;ReadPosRankSum=0.651;SC=AGCTCAGACGGCCGGGGCCTG;SOR=0.937;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=10;WE=10710857;WS=10710839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr1	10713765	rs284294	T	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
chr1	10714330	rs35746667	A	AC	969.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=958;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CCACCCTGCTACACCATGGCC;SOR=0.502;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=24;WE=10714338;WS=10714320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr1	10718731	rs150195305	CCTCTG	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=0.916;SC=GGCCCCAGCCCCTCTGCTCTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=10718743;WS=10718721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	10719645	rs475980	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=167;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GTGGATGTGTATAAGGTGTGA;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=14;WE=10719653;WS=10719635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	10725498	rs284322	G	A	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=725;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GGGAGCCGGCGTCAGCTCGCT;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=43;TCR=79;TR=53;WE=10725506;WS=10725488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,87:0.44:198
chr1	11008497	rs1281017	G	C	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=711;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CGCTTGACAAGCCTCTCAGCA;SOR=0.544;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=50;WE=11008505;WS=11008487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,74:0.46:160
chr1	11008695	rs17036032	T	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=414;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TTGGCAAGACTGGACGTGGCC;SOR=0.471;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=27;WE=11008703;WS=11008685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr1	11009754	.	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=202;ReadPosRankSum=-2.162;SC=TCCTGCAGCCCACACCTGGGA;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=17;WE=11009762;WS=11009744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr1	11014118	rs45537241	C	T	3883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1565;ReadPosRankSum=0.969;SC=AGGACCGGGGCAGCCATCTCG;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=106;TCR=119;TR=115;WE=11014126;WS=11014108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,198:0.50:398
chr1	11015165	rs75130475	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=1.234;SC=GGTTTCCTCAATGTAGGAACC;SOR=0.569;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=7;WE=11015173;WS=11015155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr1	11015325	rs41274492	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=0.146;SC=GGGCCTTTGCCAGGGGCCACA;SOR=2.093;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=11015333;WS=11015315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	11017022	rs149410406	C	CAG	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=359;ReadPosRankSum=1.093;SC=AGGGAGAAAACAGACCAGAAT;SOR=1.329;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=9;WE=11017030;WS=11017012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr1	11017609	rs7511959	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=1.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	11017617	rs34691090	G	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=7.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=1.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr1	11017634	rs35950437	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GCCCCAGAGGCCCCTCACCTC;SOR=1.501;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=14;WE=11017642;WS=11017624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr1	11018723	rs60676743	A	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=2.938;SC=CAGTCCTAGCAGAAACTTCCA;SOR=0.690;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=35;WE=11018731;WS=11018713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,66:0.37:178
chr1	11024353	rs6659231	A	G	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=734;ReadPosRankSum=0.204;SC=AAATTCATGTATGCAAATGAG;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=51;WE=11024361;WS=11024343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,91:0.43:212
chr1	11024381	rs6659326	A	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=1258;ReadPosRankSum=-1.244;SC=AATACAGTTAATAGCCTGCAA;SOR=1.029;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=34;WE=11024403;WS=11024371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr1	11024395	rs11121663	T	C	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=1258;ReadPosRankSum=0.280;SC=CCTGCAATTATAGGTCAGTCC;SOR=0.858;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=29;WE=11024403;WS=11024371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr1	11079077	rs2273348	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=299;SC=CCCTTAGTGCATGCTGAATAT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=11079085;WS=11079067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	11080723	rs143130606	T	TG	1980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=25;PP=1150;SC=CCCAGCACTTTGGAGGCCGAG;SOR=1.197;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=11080731;WS=11080713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	11086097	rs3215616	A	AT	2167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=1111;SC=CTTATTTCTAATGCCACTTTT;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=25;WE=11086105;WS=11086087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	11087524	rs1782455	G	A	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=73;PP=2252;SC=TGTCCAGGGCGGATGCATCAT;SOR=0.938;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=141;TCF=67;TCR=74;TR=133;WE=11087543;WS=11087514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	11087835	rs1782454	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=175;SC=GGTGGGTGACTACCTATACAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=11087843;WS=11087825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	11090916	rs12711521	C	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=843;SC=CTGGGTAGATCATCAGGAGGG;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=11090924;WS=11090906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	11094665	rs11121684	G	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=27.61;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	11094757	rs70977538	G	GA	341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;MQRankSum=0.079;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.251;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr1	11095039	rs6695096	C	T	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=231;SC=GCTCTCACAGCAGTTCCTATT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=11095047;WS=11095029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	11103379	.	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=379;ReadPosRankSum=1.316;SC=ACAAGATGAGGGGCCCAGGAG;SOR=0.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=25;WE=11103387;WS=11103369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr1	11104845	rs9430347	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=122;SC=CAGAGACACGTGGCAGCAGGT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=11104853;WS=11104835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	11105106	rs2273345	C	T	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=460;SC=GCTGCCCACGCCCCAGAGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=11105114;WS=11105096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	11105122	rs2273344	C	T	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	11119899	rs7545802	T	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=633;SC=CCACCTGCAGTGACAGGGCCT;SOR=1.143;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=38;WE=11119907;WS=11119889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	11126569	rs2791659	C	A	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=315;SC=TCACCATAACCCCCGGAGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=11126577;WS=11126559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	11126941	rs6701726	C	T	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=515;SC=GAGAACTCGGCGGCCCACCAG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=11126949;WS=11126931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	11128001	rs2791657	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=1;PP=249;SC=CCCACGGACCACACCACGCAG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=11128009;WS=11127991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	11128329	rs2791656	A	G	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=108;SC=GAACAGGAGCACCCCAAAGCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=11128337;WS=11128319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	11128654	rs2791655	G	A	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	11129848	rs2791653	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=302;SC=AGGGAACTCCACCGGCCTCAG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=11129856;WS=11129838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	11132217	rs1130683	G	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	11133956	.	A	AAAG	709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.60;QD=29.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	11134157	rs2748876	T	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=19;PP=926;SC=TGCTGGTGCCTTGTCAGCGTC;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=11134165;WS=11134147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	11137778	rs2259886	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=270;SC=CAGTCTCCAGCGCTGACTGTA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=11137786;WS=11137768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	11140621	rs58972264	AC	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.615;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	11140623	rs374511075	ACAC	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.615;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	11141187	rs2258621	C	G	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=37;PP=1331;SC=GCAGCTGCACCGGCTGCCCGT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=80;WE=11141195;WS=11141177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	11151779	rs1148482	A	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=160;SC=GCAGTGGCGCAATCTTGCCTC;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=12;WE=11151787;WS=11151769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	11156045	.	CTT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	11187893	rs1770344	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=795;SC=GAGAGAAGCATCAAGAATCAG;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=11187901;WS=11187883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	11205058	rs1057079	C	T	6079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=69;PP=2410;SC=CTCCTGCCATCGCAGTTAATT;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=64;TCR=69;TR=133;WE=11205066;WS=11205048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	11269287	.	C	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	11288758	rs1064261	G	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=8;PP=592;SC=CTCGAATGACGTTAAGGAACG;SOR=2.073;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=32;WE=11288766;WS=11288748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	11292666	rs10864495	T	A	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=447;SC=GCACGGTGGCTCATGCCTGTA;SOR=2.226;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=11292674;WS=11292656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	11294474	rs718206	T	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=14;PP=326;SC=AGCAACAGACTTTTCTGCAAC;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=11294482;WS=11294464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	11298790	rs2024627	T	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	11298823	rs35144517	C	CT	59.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr1	11301714	rs1135172	A	G	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=57;PP=1977;SC=AGACTGTGGCATCCACCTGCA;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=108;WE=11301722;WS=11301704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	11313934	.	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=301;ReadPosRankSum=-1.419;SC=AGCTCGTTAAGGATCAACAAG;SOR=0.875;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=20;WE=11313942;WS=11313924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr1	11313953	.	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=346;ReadPosRankSum=0.184;SC=AGGCTCCATGGATCCGATCAT;SOR=0.558;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=25;WE=11313961;WS=11313943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr1	11317320	rs2092642	C	T	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=584;SC=CGGCCAGGCACGGTGGCTCAA;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=11317328;WS=11317310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	11318494	.	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=475;ReadPosRankSum=2.905;SC=GGTGCAGTGGGCACAAAGGTG;SOR=0.603;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=31;WE=11318502;WS=11318484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr1	11318763	rs2076657	C	G	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=7;PP=156;SC=TAGTTCAAACCAAAGAAGACA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=11318771;WS=11318753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	11319587	rs4845988	A	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=123;SC=CTTGTCAGGCAGGGGATTCTA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=11319595;WS=11319577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	11354686	.	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-0.701;SC=ATGGCTGCTTCCTGGCTGGTG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=11354694;WS=11354680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	11561593	rs2817580	G	A	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,93:0.45:208
chr1	11574366	rs10864515	C	G	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=491;ReadPosRankSum=1.255;SC=GCTCCTGATACTCCTCTACAT;SOR=0.601;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=27;WE=11574374;WS=11574356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr1	11575331	rs41274530	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=1.051;SC=GGTTGGGGAGAAGAGACAGGA;SOR=1.215;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=11575339;WS=11575321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	11575375	rs2594318	T	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=357;ReadPosRankSum=0.481;SC=GTGGGGTTTGTGTCCCATGAG;SOR=0.481;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=27;WE=11575383;WS=11575365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr1	11579470	rs2072994	G	A	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=50;PP=2107;SC=CGTGTTTGCCGCTCCCGAGCA;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=115;WE=11579478;WS=11579460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	11583917	.	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-0.394;SC=TGTCTCAGATCCCAGCCTCTT;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=6;WE=11583925;WS=11583907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	11584080	.	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	11585308	rs61750329	C	T	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-2.062;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,121:0.51:235
chr1	11593793	rs113116961	T	TGCACACACGCAC	2432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=17;PP=1169;SC=CAGACACGCATGCACACACAC;SOR=1.244;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=27;WE=11593801;WS=11593783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	11595001	rs41274534	C	A	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=662;ReadPosRankSum=1.298;SC=CAAGGGCTCACCCCAGCAGCA;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=52;WE=11595009;WS=11594991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,77:0.45:172
chr1	11595614	.	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=484;ReadPosRankSum=0.558;SC=CCCTGTCCATCCTCGTTGGCT;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=32;WE=11595622;WS=11595604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,51:0.40:127
chr1	11596718	.	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr1	11708736	rs1055547	T	C	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=50;PP=1606;SC=TGGGGGAGAGTGGAGGCAGGG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=11708744;WS=11708726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	11709051	rs56192923	A	AG	435.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.38;QD=39.61;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	11709052	.	C	G	306	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9997;HP=3;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=25;MQ=57.76;NF=5;NR=11;PP=306;QD=21.2982007842;SC=GCCCAGCCCACCCCAGCCCAG;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=16;WE=11709060;WS=11709042;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,16:0.76:21
chr1	11709052	.	C	CCCAGCCCAGCCCAG	434.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.38;QD=39.52;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	11710779	rs148874459	C	CGCG	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.510;NF=5;NR=13;PP=654;ReadPosRankSum=0.206;SC=CGTCCAGGTACGCGGCGGCGG;SOR=1.545;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=18;WE=11710787;WS=11710769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr1	11714368	rs2272983	T	G	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=744;SC=GGTCCAGGCGTCGGCTACCTG;SOR=1.078;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=11714376;WS=11714358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	11735262	rs2233027	C	T	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=25;PP=621;SC=AGGGGGGTGACGGGGCTGGGC;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=11735270;WS=11735252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	11735841	rs2233024	C	A	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=17.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1501;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GTGCCAGCCACTGGGCCCAGC;SOR=0.562;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=76;WE=11735849;WS=11735831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,116:0.96:121
chr1	11737051	rs2294638	G	C	4368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	11740358	rs7417320	A	G	3320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=26;PP=1499;SC=CGACCAAAGAATTTTTAAAAG;SOR=1.151;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=76;WE=11740366;WS=11740348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	11766544	.	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCAGGCCCAGGATGGGGCTGT;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=13;WE=11766552;WS=11766534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	11771988	rs17037327	A	G	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=883;ReadPosRankSum=-0.977;SC=ATGAAGACTTAAAACCTGATG;SOR=0.851;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=55;WE=11771996;WS=11771978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,71:0.45:157
chr1	11772303	rs1883574	A	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=16;PP=1079;SC=CATGCTGTAGAGTGGTGGTAT;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=11772311;WS=11772293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	11772340	rs2336034	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=445;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GAGTCCCTGTGCTTAACCTCT;SOR=0.500;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=36;WE=11772348;WS=11772330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr1	11772526	rs1883573	A	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=460;ReadPosRankSum=-1.257;SC=CAGGCTGGGTACTGGGAGGGA;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=32;WE=11772534;WS=11772516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr1	11779499	rs4846028	T	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=274;SC=TTTAAGCTCATTGGGGCTGCC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=11779507;WS=11779494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	11779762	rs12117076	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.414;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=447;ReadPosRankSum=-1.754;SC=AGCGGCCCCGCGGGACTGGGG;SOR=1.067;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=32;WE=11779770;WS=11779752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr1	11782781	rs7533583	G	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr1	11782814	rs7414943	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.169;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=547;ReadPosRankSum=1.742;SC=TATGCTCCAGGAAAACTATTT;SOR=1.053;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=35;WE=11782822;WS=11782804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr1	11782885	.	C	CT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	11782886	rs6540990	C	T	765.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	11796168	rs146190997	CGGGCG	C	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=187;SC=GTGGCCGCAACGGGCGGGGCG;SOR=0.859;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=11796180;WS=11796158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	11807426	rs12752700	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=245;ReadPosRankSum=-2.272;SC=GGCCCTGAGACGCCGGAGCAG;SOR=0.755;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=23;WE=11807434;WS=11807416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr1	11807626	rs139457681	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=314;ReadPosRankSum=1.743;SC=GGGGAGAGGCGGCAAGGCGGG;SOR=0.535;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=21;WE=11807634;WS=11807616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr1	11824242	rs4845876	A	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GAGAGGAGCCACTGAGAGACC;SOR=1.049;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=13;WE=11824250;WS=11824232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr1	11824575	rs10864536	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=-0.624;SC=AGCAGGGCCCTCTCTAGGTAT;SOR=0.526;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=16;WE=11824583;WS=11824565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr1	11826056	.	C	T	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=1111;ReadPosRankSum=-2.890;SC=CCTGCCGAGTCCAGACCAACC;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=72;WE=11826064;WS=11826046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,89:0.60:149
chr1	11826962	.	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=254;ReadPosRankSum=0.047;SC=ACCCCAGTCTCCCTCGAGGGG;SOR=1.241;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=16;WE=11826970;WS=11826952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	11827180	rs6540995	A	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=3.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	11827304	rs6540996	A	G	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=43;PP=1362;SC=TCACAGCCCCAGAGTCTGAGG;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=79;WE=11827312;WS=11827294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	11828364	rs77347935	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=224;ReadPosRankSum=0.378;SC=CCAGGGGGCCGTGTGAAGCAG;SOR=0.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=16;WE=11828372;WS=11828354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr1	11831595	rs55990971	G	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=364;ReadPosRankSum=-1.456;SC=GGAAGTCTGAGGGAGGAGGAG;SOR=0.735;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=24;WE=11831603;WS=11831585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr1	11832289	rs61773952	C	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=0.464;SC=CCACTGAGCCCCCAGCACCAG;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=13;WE=11832297;WS=11832279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr1	11836441	rs6699669	T	C	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.58;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	11836441	.	TGAGGCAGCA	CGAGGCAGCA,CGAGGCAGCG	237	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=20,7;NR=10,4;PP=237,92;QD=9.05904041824;SC=AAGAGGGGCCTGAGGCAGCAG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30,11;WE=11836458;WS=11836431;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:30
chr1	11836450	rs12132479	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.993;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr1	11838646	rs12134663	A	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=307;ReadPosRankSum=1.697;SC=AGGGTAGGGTAGCCCCTGCTT;SOR=0.398;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=28;WE=11838654;WS=11838636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr1	11839208	rs41301989	C	T	103.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CCCTTCCACCCTTGGCCTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=11839216;WS=11839198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	11839850	rs140897322	CT	C	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	11839971	rs41275460	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=3;HapScore=4;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=314;ReadPosRankSum=-0.645;SC=GTGGCGTCAGCGGCTGCTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=11839980;WS=11839961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	11839972	rs41275462	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=1;HapScore=4;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=0.904;SC=TGGCGTCAGCGGCTGCTGCAG;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=4;WE=11839980;WS=11839961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	11839998	rs4846044	T	C	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=132;SC=GCTGGTGGAGTGGTGGGCCCA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=11840006;WS=11839988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	11844214	rs12135232	A	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=460;ReadPosRankSum=1.579;SC=ACCTGGCCCAATGTGTCTGTT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=34;WE=11844222;WS=11844204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr1	11844454	rs41275464	A	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=294;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TGGGCAGCAGAAGAAGGCCCG;SOR=1.754;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=19;WE=11844462;WS=11844444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr1	11845113	rs11587953	G	A	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	11847436	rs2184226	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=0.462;SC=TCTCTGGCTATTCCTTCAGAC;SOR=0.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=10;WE=11847444;WS=11847426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr1	11848139	rs11559040	G	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=446;ReadPosRankSum=-1.151;SC=TGGTGGGTCCGAGGGATGGGG;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=31;WE=11848147;WS=11848129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,49:0.46:107
chr1	11848879	rs2077360	A	G	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=21;PP=659;SC=TGCCACAGCCACGCACCGTGG;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=34;WE=11848887;WS=11848869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	11849447	rs868014	A	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=25;PP=745;SC=GGAAGCCGCCAGAGCACCGCG;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=11849455;WS=11849437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	11851003	rs3818762	G	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=199;ReadPosRankSum=-1.873;SC=CACACACACAGAGGCAAGATT;SOR=1.445;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=10;WE=11851011;WS=11850991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr1	11851185	rs55686944	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=284;ReadPosRankSum=0.679;SC=TGGCCTTCAGCACACGCTTGG;SOR=0.404;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=17;WE=11851193;WS=11851175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr1	11852300	rs1476413	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=463;ReadPosRankSum=0.323;SC=AACGAAGGGCCTGGTACTCTG;SOR=0.718;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=34;WE=11852308;WS=11852290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,53:0.43:122
chr1	11854457	rs4846051	G	A	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=43;PP=1837;SC=GGTAAAGAACGAAGACTTCAA;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=94;WE=11854465;WS=11854447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	11860458	rs2066471	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.311;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=465;ReadPosRankSum=0.789;SC=TACCTAGCCCCGACACCCAGG;SOR=1.264;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=31;WE=11860466;WS=11860448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr1	11879685	rs198393	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=308;ReadPosRankSum=2.148;SC=AGAAATGGGTCTAACAGTAAG;SOR=1.141;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=20;WE=11879693;WS=11879675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr1	11884555	rs198400	A	G	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.774;SC=CTCTTCGTGGAGAAGGAAGGC;SOR=0.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=57;WE=11884563;WS=11884545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr1	11888384	rs198401	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=384;ReadPosRankSum=-0.594;SC=ACTTCCAGGGACACATCTCAC;SOR=0.978;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=24;WE=11888392;WS=11888374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr1	11889468	rs535107	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
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chr1	11897271	rs198405	T	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=391;ReadPosRankSum=1.061;SC=GGGGTGAGCCTTTGGCTCAGA;SOR=1.127;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=20;WE=11897279;WS=11897261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr1	11897592	rs198406	A	G	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=649;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GCCAGGCCAGACCTGACGAAG;SOR=0.814;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=40;WE=11897600;WS=11897582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,60:0.61:99
chr1	11898849	rs198409	T	G	3067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=58;PP=1613;ReadPosRankSum=0.598;SC=CAACACTAGCTTTGAACCCTG;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=106;TCR=122;TR=109;WE=11898857;WS=11898839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,158:0.45:351
chr1	11900035	rs198410	G	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=601;SC=TTGGCCTCCAGTGTGTGAGCC;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=11900043;WS=11900025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	11905981	rs5067	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=278;ReadPosRankSum=-0.472;SC=AAGATGACACAAATGCAGCAG;SOR=0.627;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=17;WE=11905989;WS=11905971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr1	11906068	rs5065	A	G	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.707;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,71:0.48:147
chr1	11907603	rs5064	G	A	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=5.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=-1.100;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,129:0.48:266
chr1	11917620	rs35207557	T	TA	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=0.697;SC=ATAAATACATTAAAAAAATGA;SOR=0.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=11917628;WS=11917610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	11971172	.	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.803;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=2.051;SC=GGCAAGTCGGCTTTTTCCACC;SOR=0.353;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=10;WE=11971180;WS=11971162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	11971345	rs4845889	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	11982544	rs2639453	T	C	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	11982580	rs11555351	G	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=502;ReadPosRankSum=0.353;SC=AGGGCATCAGGACACCCATTC;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=38;WE=11982588;WS=11982570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,56:0.41:135
chr1	11983206	rs3795408	A	G	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=37;PP=1340;SC=GCAGCCCCCCAAAGCTGAGCA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=11983214;WS=11983196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	11994710	.	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	12004479	rs5772479	T	TACACACACAC	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-2.123;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr1	12004493	rs200129470	C	CAA	1072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.88;MQRankSum=3.219;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr1	12009955	rs7529452	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=541;ReadPosRankSum=-0.786;SC=TCATTCTCTTCGCAGACAGGT;SOR=0.604;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=18;WE=12009964;WS=12009945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr1	12009956	rs7551175	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=615;ReadPosRankSum=0.475;SC=CATTCTCTTCGCAGACAGGTA;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=20;WE=12009964;WS=12009945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr1	12016957	rs41307745	T	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=171;ReadPosRankSum=-1.806;SC=GGTGGGACTGTGCTTTCTGAC;SOR=0.323;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=14;WE=12016965;WS=12016947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr1	12024235	rs1130529	C	T	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-1.632;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,131:0.51:256
chr1	12027204	rs2273293	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=554;SC=CCATCAGTGCCGCTCACTGTC;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=12027212;WS=12027194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	12033113	rs3737961	A	G	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.94;SOR=2.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	12033120	rs3820190	G	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	12056440	rs2236056	C	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=17;PP=421;SC=CGTTGTGACACGGCTGACCTC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=12056448;WS=12056430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	12062205	rs2236057	A	G	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=43;PP=1278;SC=CTGCCGAGACAAGGGTGCTCC;SOR=1.339;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=12062213;WS=12062195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	12071433	rs3766741	C	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=194;ReadPosRankSum=1.693;SC=GGGATAAACACGATTGTTGGA;SOR=0.776;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=13;WE=12071441;WS=12071423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr1	12071680	rs1042842	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=370;SC=CCTAAGTGCCATGTGGGCTCC;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=12071688;WS=12071670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	12082926	rs2295283	A	G	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=1.363;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,58:0.59:98
chr1	12091210	rs946461	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=226;ReadPosRankSum=-0.744;SC=AGGCCCTGCCTTGGTGGGGGC;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=14;WE=12091218;WS=12091200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr1	12144525	.	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=602;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TGCCAGGATCGACCCTTCGAG;SOR=0.837;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=44;WE=12144533;WS=12144515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,80:0.42:191
chr1	12144662	rs11569821	T	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr1	12144667	rs11569822	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr1	12164437	rs2230622	C	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=357;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GTCCCTTAGACGACCTCGTGG;SOR=0.565;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=32;WE=12164445;WS=12164427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr1	12164732	.	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=502;ReadPosRankSum=0.683;SC=CGATGGGCCAGGGATGTACCC;SOR=0.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=25;WE=12164740;WS=12164722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr1	12170108	.	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr1	12175729	rs1763642	C	T	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=47;PP=1712;SC=CACCAACTCCCGTGCCCGCTG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=12175737;WS=12175719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	12183174	rs4846096	A	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	12198635	rs6419481	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.441;SC=TTCACCCCAATTGAAGTTTCT;SOR=1.270;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=6;WE=12198643;WS=12198625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	12249031	rs1201157	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=548;SC=GCAAGAGCATAGCCCTTGATT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=12249039;WS=12249021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	12251808	rs653667	T	G	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=576;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GCGTGACCGTTTGCCGCCCTC;SOR=0.846;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=40;WE=12251816;WS=12251798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,79:0.52:152
chr1	12253897	.	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr1	12316584	rs235246	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=238;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TCTCAGTGGCATCTACTTACT;SOR=1.159;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=18;WE=12316592;WS=12316574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr1	12328002	rs140817403	T	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.12;ReadPosRankSum=-1.983;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr1	12336504	rs139222925	G	A	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=752;ReadPosRankSum=0.259;SC=TGGAGTCGCAGCTCCTCCTGG;SOR=1.528;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=48;WE=12336512;WS=12336494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,56:0.56:100
chr1	12339619	rs4845898	A	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=228;ReadPosRankSum=-0.452;SC=ATAGAGAGAGAATCTGAATTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=18;WE=12339627;WS=12339609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr1	12342681	rs12565969	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=-1.142;SC=GGAATCATGTGGCAACTGTAG;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=8;WE=12342689;WS=12342671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	12368464	.	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.710;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=0.035;SC=TCTTCATTACCTCTCTTTCCT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=6;WE=12368472;WS=12368454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr1	12379789	rs72866658	A	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=1.995;SC=GGAAGGAATTAATGAAATTGG;SOR=0.963;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=25;WE=12379797;WS=12379779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr1	12381796	rs17037982	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GAGATAGCCTCTTTGTGCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=12381804;WS=12381786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	12382751	rs35102018	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GTGCATCTCGCGTTGGAGAGG;SOR=0.269;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=23;WE=12382759;WS=12382741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr1	12383722	rs180925913	A	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.399;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	12393216	rs139010000	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=0.453;SC=GAACATTTGCGAGCAGTGTTC;SOR=0.567;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=12393224;WS=12393206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr1	12398413	rs76314308	T	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=3.102;SC=TTTAAGAACTTCCTTGTACAT;SOR=0.732;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=20;WE=12398434;WS=12398403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	12401868	rs28551666	A	C	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1488;ReadPosRankSum=1.823;SC=GCCGGCAGCCATTTGTCCCCT;SOR=0.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=73;WE=12401876;WS=12401858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr1	12403186	rs150984164	C	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	12414414	rs75977924	C	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-2.218;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	12416169	rs117334668	G	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	12418700	rs10864552	T	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=514;SC=AACCATTGGCTGATGACCTCA;SOR=1.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=30;WE=12418708;WS=12418690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	12438713	rs72868236	A	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=1.272;SC=GAAATCTACAACAAAAACTAA;SOR=0.481;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=13;WE=12438721;WS=12438703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr1	12557401	rs117846601	A	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=93;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CCGCTATTTCATGGTGTATTC;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=8;WE=12557409;WS=12557391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	12567232	rs7554257	A	G	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=34;PP=1393;SC=CTCAGCAGGAACTCATTTAGG;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=71;WE=12567240;WS=12567222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	12568906	.	CC	TT	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=612;ReadPosRankSum=-0.494;SC=CTGGATTTCCCCATCCTGGGG;SOR=0.451;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=19;WE=12568915;WS=12568896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr1	12569090	rs78839159	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=259;ReadPosRankSum=-1.503;SC=GCCCCGCTGCTGAGATGGGCG;SOR=1.721;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=19;WE=12569098;WS=12569080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr1	12638964	rs2275875	T	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.621;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=420;ReadPosRankSum=1.313;SC=CCAGCATACGTGGCAGGAAGG;SOR=1.352;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=35;WE=12638972;WS=12638954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr1	12639018	rs2275874	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=276;ReadPosRankSum=0.014;SC=GTGGAGCAGCCGCAGCTCTGA;SOR=0.520;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=17;WE=12639026;WS=12639008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr1	12639168	rs3128461	A	G	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=515;ReadPosRankSum=3.187;SC=AGTCTGATGTATCCTAGAGCT;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=33;WE=12639176;WS=12639158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr1	12776218	rs3000860	A	C	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=189;SC=CAGCAGCCTGAGTGTTCTCAC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=12776226;WS=12776208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	12776344	rs3000859	A	T	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=22;PP=830;SC=TGCTGTTGACATGGGTGAGTT;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=50;WE=12776352;WS=12776334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	12779560	rs3010876	T	C	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=54;PP=2060;SC=TAAAGTATGATCCCGATGTTG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=115;WE=12779568;WS=12779550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	12779618	rs3010877	T	C	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=57;PP=1833;SC=GCTGTACCAATCCAAGGCATC;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=99;WE=12779626;WS=12779608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	12785093	rs4361998	T	G	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=164;SC=TTTCACAAAGTGAAGTGAATG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=12785101;WS=12785083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	12785494	rs7513079	G	T	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=59;PP=2123;ReadPosRankSum=0.400;SC=ATCTGCTACTGTTTTTTTCAA;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=107;WE=12785502;WS=12785482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr1	12786070	rs3000930	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=300;SC=GCTAGGGAGGAGGTAGAGGTT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=12786078;WS=12786060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	12815584	.	G	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=382;ReadPosRankSum=-0.827;SC=CAGGAGGTAAGGGGACCCAGC;SOR=0.429;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=29;WE=12815592;WS=12815574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr1	12820870	rs1132185	T	C	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=66;PP=2230;SC=CCTGCATCCTTTCCCACACTT;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=103;WE=12820878;WS=12820860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	12835290	.	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.860;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=0.479;SC=CCAGAAGGTTCGCCCCAGGTG;SOR=1.585;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=11;WE=12835298;WS=12835280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr1	12835868	rs1812242	T	C	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1063;ReadPosRankSum=1.284;SC=AAGAATGGGATGCTGGATGAA;SOR=1.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=12835876;WS=12835858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr1	12837634	rs848578	T	A	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=33;PP=1056;SC=AGCCCAAGATTATTGTGTTCA;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=12837642;WS=12837624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	12837840	rs848577	G	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=206;SC=CAATGTGAACGGGAAAGGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=12837848;WS=12837830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	12854428	rs1769774	C	T	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.494;NF=39;NR=22;PP=962;ReadPosRankSum=0.741;SC=CATGTCCTGGCCACGTCTGAT;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=61;WE=12854436;WS=12854418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,73:0.55:133
chr1	12854530	rs1063776	C	G	6105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=76;PP=2795;SC=TAATGAACTCCAAGGACGGTT;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=66;TCR=78;TR=142;WE=12854552;WS=12854520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	12854544	rs1063778	T	C	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.430;NF=20;NR=40;PP=712;ReadPosRankSum=-1.846;SC=GACGGTTAGTTGCCAAATTCA;SOR=1.051;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=60;WE=12854552;WS=12854520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,96:0.46:210
chr1	12884981	rs4989318	T	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-2.308;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.747;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr1	12888601	rs113914674	G	GC	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=474;SC=AGCAGGCTCCGCCCGCAAGCT;SOR=1.101;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=12888609;WS=12888591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	12907282	rs139731855	G	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQRankSum=-6.428;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,31:0.25:123
chr1	12907284	rs149796618	TG	CC	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.119;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQRankSum=-6.428;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,31:0.25:123
chr1	12907316	rs112607517	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=9.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-9.277;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,33:0.19:173
chr1	12907350	rs2359486	CA	TG	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=6.540;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-12.188;QD=1.74;ReadPosRankSum=2.257;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,27:0.11:248
chr1	12907370	rs2076063	A	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=5.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-10.085;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.999;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,24:0.08:294
chr1	12907379	rs74055698	TC	CA	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=5.333;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-8.585;QD=0.40;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,24:0.08:299
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chr1	12907802	rs138087690	CC	TT	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=14.688;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-9.578;QD=11.04;ReadPosRankSum=-2.065;SOR=1.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,85:0.31:273
chr1	12907837	rs1736811	C	T	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-9.038;NF=69;NR=40;PP=1419;ReadPosRankSum=0.173;SC=CGTACATCTCCGCTGCTGATC;SOR=0.985;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=255;TCF=146;TCR=109;TR=109;WE=12907845;WS=12907827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,155:0.44:356
chr1	12907885	rs848418	T	C	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.518;NF=68;NR=66;PP=1751;ReadPosRankSum=0.248;SC=CTTTTGGCTCTGCAGCCAGGT;SOR=0.413;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=299;TCF=173;TCR=126;TR=134;WE=12907893;WS=12907875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,179:0.44:405
chr1	12908051	.	G	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=687;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQRankSum=-2.027;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:519,153:0.23:672
chr1	12908236	rs1736809	G	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=8.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.95;MQRankSum=-5.785;QD=13.61;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=1.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr1	12908243	rs1736808	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=7.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.25;MQRankSum=-5.649;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr1	12919057	.	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.000;NF=11;NR=9;PP=219;ReadPosRankSum=-0.744;SC=CACCTGCCTCCCTCTGGTATC;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=20;WE=12919065;WS=12919047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
chr1	12919137	.	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.326;NF=5;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=-1.424;SC=TGCTTACACAGAAGGATCGCC;SOR=1.460;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=19;WE=12919145;WS=12919127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr1	13182899	rs28537666	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.083;NF=3;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=0.745;SC=TGCTGAAGATACTAAGGGAGA;SOR=0.061;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=5;WE=13182907;WS=13182891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr1	13183439	rs28713604	T	C	3486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-3.569;NF=55;NR=47;PP=1371;ReadPosRankSum=0.581;SC=TATGCGCTGGTGTTTCGAGGG;SOR=0.642;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=102;WE=13183447;WS=13183429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,160:0.74:215
chr1	13183511	rs72864546	T	C	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=2.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQRankSum=-5.690;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,90:0.38:236
chr1	13183512	.	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=5.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQRankSum=1.619;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,60:0.25:236
chr1	13183528	rs76937665	A	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=7.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQRankSum=-7.306;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,65:0.29:224
chr1	13183532	rs77505369	CC	TT	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=7.861;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQRankSum=-7.478;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,57:0.27:214
chr1	13183567	rs78160026	C	T	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=3.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-4.997;QD=13.50;ReadPosRankSum=2.122;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,108:0.53:203
chr1	13183573	rs76669210	G	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=45.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQRankSum=-10.956;QD=0.85;ReadPosRankSum=-2.337;SOR=3.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,28:0.14:203
chr1	13183966	rs80025711	G	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=16.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.62;MQRankSum=-2.682;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr1	13183973	rs3929664	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQRankSum=-3.055;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.435;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr1	13802325	rs3013105	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-2.929;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr1	13802722	.	GA	G	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.9998;HP=14;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=64.19;NF=0;NR=2;PP=26;QD=15.0;SC=ATTTAAACTTGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=13802730;WS=13802712;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	13910417	rs355025	C	T	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1263;ReadPosRankSum=1.422;SC=CTCCGGCCCCCCCACCGTCGC;SOR=0.687;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=152;TCF=86;TCR=66;TR=89;WE=13910425;WS=13910407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,122:0.56:217
chr1	13910741	rs150088145	CGGA	C	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=-1.687;SC=GGCTGAGCGCCGGAGGAGGAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=13910751;WS=13910731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	13922484	.	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.158;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	13933855	rs35870640	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=361;ReadPosRankSum=2.087;SC=ATCACATGCAAGGCTATGATG;SOR=0.748;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=26;WE=13933863;WS=13933845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr1	13936822	rs404658	G	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=1.405;SC=TAAGGCAGGGGATATATTTTA;SOR=1.802;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=10;WE=13936830;WS=13936812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr1	13936974	rs34384359	C	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,48:0.44:109
chr1	13937089	rs2487643	G	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=-0.661;SC=TCAACAAATAGAATAATCAAT;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=9;WE=13937097;WS=13937079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	13940864	rs2486188	C	G	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=31;PP=1245;SC=TTCATTGGTGCAATCATCGTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=13940872;WS=13940854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	13942452	.	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.221;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=-1.303;SC=TAAAAAAAGACCGTTTCTGAC;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=23;WE=13942460;WS=13942442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr1	14042309	rs7411176	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.410;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	14057425	rs35643856	G	GA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.098;SOR=2.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr1	14059395	rs33969518	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GTAATTCTGATTCTTTGTTTT;SOR=1.721;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=14059403;WS=14059385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	14076066	.	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=0.299;SC=GCTGCTGGCCCGACCGCGAGG;SOR=0.065;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=14076074;WS=14076056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	14096821	rs1210110	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr1	14099763	rs10803426	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=259;ReadPosRankSum=0.793;SC=TTTATATTGTCCTTCTGAGAA;SOR=0.527;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=21;WE=14099771;WS=14099753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr1	14105139	rs2076324	T	A	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=3.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=2.971;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,65:0.34:194
chr1	14105298	rs1203678	G	A	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1164;ReadPosRankSum=1.604;SC=ACTGCTCAGAGGTAACACCTG;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=80;WE=14105306;WS=14105288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,110:0.49:225
chr1	14106394	rs2308040	A	ACTC	2549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.647;NF=6;NR=28;PP=1565;ReadPosRankSum=2.013;SC=AGATAAACTAACTCCTGCAGG;SOR=0.742;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=34;WE=14106402;WS=14106384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,69:0.43:161
chr1	14109114	rs1203651	A	G	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=808;ReadPosRankSum=1.820;SC=GCAAAACATCACGGAGCCTGC;SOR=1.031;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=52;WE=14109122;WS=14109104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,73:0.41:180
chr1	14109408	rs35153743	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.146;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.415;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	14143003	rs1046331	A	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=600;ReadPosRankSum=1.566;SC=TCAAAGCTCCAGCTGCAGCCC;SOR=0.757;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=44;WE=14143011;WS=14142993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,82:0.44:188
chr1	14149505	rs2697970	C	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=-2.341;SC=TCACTGTGAACATTCATCAAG;SOR=0.662;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=10;WE=14149513;WS=14149495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	14149601	rs2697969	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=314;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CCACCATGGTCGGCACTGAAT;SOR=0.919;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=23;WE=14149609;WS=14149591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr1	14149622	rs2697968	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=0.299;SC=GTGTGCTTACTGTTATTATTT;SOR=0.579;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=26;WE=14149630;WS=14149612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr1	14220186	rs1358577	A	G	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=32;PP=1495;SC=GCGACATCCAATTCTGCCACA;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=79;WE=14220194;WS=14220176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	14507057	rs10928050	A	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.729;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=467;ReadPosRankSum=0.417;SC=GTTCCATGATATTGATGAGGC;SOR=0.758;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=33;WE=14507065;WS=14507047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr1	15428358	rs477953	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GTCCACCCACTACCCGTCTAT;SOR=0.784;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=15428366;WS=15428348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	15439083	rs140963536	A	AAGGTCTTTTTTTTCTTCTCCCAGCGGC	1261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=9.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.447;QD=19.12;ReadPosRankSum=0.956;SOR=1.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr1	15497727	rs6429722	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=0.532;SC=GCCTGGAAGATCGCTGTTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=20;WE=15497735;WS=15497717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr1	15497832	rs41307794	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr1	15497844	rs10429935	T	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=327;ReadPosRankSum=-0.209;SC=TAGGAATTAGTTCTTATGCAT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=11;WE=15497852;WS=15497822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr1	15541537	rs3753314	C	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=5;PP=507;SC=GCCTTGTATACATTTATTTTC;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=15541545;WS=15541527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	15546077	rs3753313	G	A	7528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	15573699	rs142342714	A	AC	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	15573769	rs1752017	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.368;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	15573775	rs1780598	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.255;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	15578431	.	T	C	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr1	15616139	rs486557	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.769;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=698;ReadPosRankSum=0.674;SC=GACGACGCCCGCAAGCCACCC;SOR=1.298;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=47;WE=15616147;WS=15616129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,73:0.52:140
chr1	15616183	rs487338	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=360;ReadPosRankSum=2.314;SC=GGGCTGCCATTGGTGGCTTGG;SOR=0.926;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=27;WE=15616191;WS=15616173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr1	15650784	rs3765354	T	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.53;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	15650791	rs3765355	G	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	15651062	rs3765356	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr1	15653503	rs7532559	A	G	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=441;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CGCTGCCCCCACTTGCCGGCC;SOR=0.899;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=34;WE=15653511;WS=15653493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr1	15653563	rs3765357	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=598;ReadPosRankSum=0.113;SC=AGCTGGAGCACTTCAGAAGTC;SOR=0.825;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=45;WE=15653571;WS=15653553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,76:0.54:141
chr1	15654737	rs144888008	C	CT	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr1	15668276	rs763821	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-1.144;SC=CTTTACTGCAGGAAAAGCTGC;SOR=0.628;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=5;WE=15668284;WS=15668266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	15671483	rs486089	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=-2.416;SC=AGGGGAGTGCGGTGAGGAGTG;SOR=1.091;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=15671491;WS=15671473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	15687059	rs4661330	A	G	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	15702297	rs2496342	T	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=464;ReadPosRankSum=0.715;SC=GACACTAGCTTCGTTCCCTGG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=28;WE=15702305;WS=15702287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr1	15707137	rs3737690	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=238;ReadPosRankSum=-0.216;SC=CTTTAGCTTCCAGTCATAGAA;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=22;WE=15707145;WS=15707127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr1	15707984	rs2473333	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=5.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=-0.588;SC=AGAAAGGCCCGGGCCTCCCTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=15707992;WS=15707974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	15708540	rs1010294	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=-1.336;SC=CAAAGTGTCCATTGAGATGTA;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=28;WE=15708548;WS=15708530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr1	15709498	.	C	CCA	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr1	15709555	rs3820067	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=-1.388;SC=AGCATGGTACAGGAGTCAGCC;SOR=1.056;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=12;WE=15709563;WS=15709545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr1	15710168	.	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	15710411	rs2496338	G	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=560;ReadPosRankSum=2.387;SC=TTCTCCTGCTGTCTGCAGGGT;SOR=0.952;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=36;WE=15710419;WS=15710401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr1	15710493	rs3831918	CAT	C	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=314;ReadPosRankSum=0.800;SC=TGTACATTCTCATGTGTGTGT;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=15710503;WS=15710483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	15714831	rs6669577	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.192;QD=15.68;ReadPosRankSum=-1.687;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	15714842	rs3002000	G	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=-1.872;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr1	15717838	rs2473338	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.495;NF=7;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=1.530;SC=TTGAGACGGAATCTCACTCTG;SOR=1.275;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=9;WE=15717846;WS=15717828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr1	15723843	rs2294490	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=397;ReadPosRankSum=-1.328;SC=GAGAGATGCTGAGGAAAGAGA;SOR=1.129;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=26;WE=15723851;WS=15723833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr1	15724003	rs2253371	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=0.717;SC=TGCTTTTGTAAGTCTTTAAAG;SOR=0.642;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=29;WE=15724011;WS=15723993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr1	15724033	rs2253372	A	G	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=32;PP=826;SC=CTAGTGTTTCATTTCCTAGAC;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=15724041;WS=15724023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	15754484	rs2473356	T	C	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=17;PP=822;SC=CGCCCTTGCTTTGCAGCAGCC;SOR=0.966;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=15754492;WS=15754474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	15764930	.	C	T	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=770;ReadPosRankSum=-2.194;SC=CCAGCCCATCCCGATGGTCAG;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=62;WE=15764938;WS=15764920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,111:0.43:261
chr1	15768997	rs41307798	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=406;ReadPosRankSum=1.379;SC=AGGTGGAAGACGAAGAAGGAT;SOR=0.930;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=34;WE=15769005;WS=15768987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,59:0.45:132
chr1	15769876	rs35149641	G	GC	2431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=14;PP=1770;SC=TGGGGCCAGGGCCTCCTGCCC;SOR=1.512;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=41;WE=15769884;WS=15769866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	15770101	rs10803384	C	A	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=762;ReadPosRankSum=0.638;SC=GGAAGCAGGACGTCACCCACA;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=58;WE=15770109;WS=15770091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,94:0.45:207
chr1	15772057	rs10927786	G	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=6;PP=1144;SC=TCTGGGGGGGGGCCTGGTGGC;SOR=3.076;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=15772065;WS=15772047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	15772933	rs555015	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=481;SC=AGACCCCTTGAACAGGGACAA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=15772941;WS=15772923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	15783081	rs2303194	T	C	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=857;ReadPosRankSum=0.602;SC=TAGGGTGACATTTGGGAGGAA;SOR=0.567;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=57;WE=15783089;WS=15783071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,66:0.52:127
chr1	15783096	rs5772641	GA	G	2897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.94;ReadPosRankSum=2.889;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,147:0.96:153
chr1	15783117	rs5772642	C	CA	7481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=67;PP=2967;SC=TATTTGGACACAGCTCTTTTT;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=26;TCR=67;TR=92;WE=15783125;WS=15783107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	15788269	rs3737696	A	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
chr1	15788282	.	C	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=1005;ReadPosRankSum=0.204;SC=GGCTGAGACACAAGCTGTAGT;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=31;WE=15788290;WS=15788259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr1	15788491	rs3737697	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.062;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr1	15788630	rs7512589	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=-0.296;SC=ACAAGGTTCTGCAACGTTGTT;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=5;WE=15788638;WS=15788620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	15788693	rs7536007	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	15789176	rs3815786	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=634;ReadPosRankSum=1.505;SC=CCAGCATTATCCAAAGCCAGG;SOR=1.143;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=66;TCR=16;TR=43;WE=15789184;WS=15789166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr1	15789297	rs3815787	A	C	3884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.423;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,202:0.50:407
chr1	15812432	rs6429745	A	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=16;PP=716;SC=AAGCAGGGCCAGTTGCTGGTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=15812440;WS=15812422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	15813751	rs2011159	C	T	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=45;PP=2524;SC=CCTCCCACTTCAACTCCCTAT;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=136;WE=15813759;WS=15813741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	15813969	rs3737704	A	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.733;NF=20;NR=35;PP=796;ReadPosRankSum=-2.005;SC=CAAGGCACTGACCTGCTCACC;SOR=0.411;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=55;WE=15813977;WS=15813959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,61:0.58:106
chr1	15820312	rs2020901	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=173;ReadPosRankSum=-2.085;SC=TGCTCACCCCAAATCCCCAGC;SOR=0.988;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=16;WE=15820320;WS=15820302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr1	15820576	rs2020900	T	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=0.229;SC=CCATGCACGCTGGCTCGGGCG;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=5;WE=15820584;WS=15820566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	15820607	rs2020895	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CTTGACTCATACATACATCCA;SOR=0.061;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=15820626;WS=15820597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr1	15820618	.	A	G	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=65;QD=49.8856062736;SC=CATACATCCAACAGGAGCAGC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=15820626;WS=15820597;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr1	15832383	rs1800614	G	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=291;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TTTCCACAAAGCCAAGGGTGT;SOR=0.484;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=20;WE=15832391;WS=15832373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr1	15832543	rs1052576	T	C	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,125:0.58:215
chr1	15834297	rs2020903	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=170;ReadPosRankSum=1.665;SC=CACCTGCAGGGAAGGACCTGA;SOR=0.591;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=12;WE=15834305;WS=15834287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	15834491	rs4646032	G	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=455;ReadPosRankSum=0.118;SC=CCCCAAGAACGGAGCAGCGAG;SOR=0.888;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=32;WE=15834499;WS=15834481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr1	15844615	rs1132312	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	15844926	rs1820205	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=0.343;SC=TAATTATCCACGTACTTTTAT;SOR=0.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=19;WE=15844934;WS=15844916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr1	15845022	rs112189619	C	CTGAG	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=482;ReadPosRankSum=-1.530;SC=TGCAGGTGCACTGTGTGCCAT;SOR=0.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=15845030;WS=15845012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr1	15850483	rs4645985	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=1.598;SC=CCACAGGGAAGGCTAGGCTCC;SOR=2.815;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=15850491;WS=15850473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	15850553	rs4645984	C	CGGGGGCG	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.132;NF=2;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GACAGGGGGCCGGGGGCGCAC;SOR=1.802;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=5;WE=15850561;WS=15850543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	15850613	rs1052571	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.029;NF=7;NR=11;PP=251;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GCTCAGCAGGGCGTCCCAGAG;SOR=0.793;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=18;WE=15850621;WS=15850603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr1	15873386	rs7515244	A	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr1	15874961	rs2295626	T	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=352;ReadPosRankSum=-1.724;SC=TTTCTTCACATTTTATCCCAA;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=25;WE=15874969;WS=15874951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr1	15890876	rs180930595	A	G	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=366;ReadPosRankSum=0.335;SC=GCCAGGCTGAATTTCTTTTTC;SOR=0.474;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=25;WE=15890884;WS=15890866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr1	15904310	.	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=0.407;SC=CCCCATCAGAGGAACCAGCGA;SOR=0.602;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=23;WE=15904318;WS=15904300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr1	15909566	.	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=1.935;SC=TGCTCTCTTTCCTACTGTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=15909574;WS=15909556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	15909624	rs111921608	TGAGTACAG	T	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=296;ReadPosRankSum=0.551;SC=CTCAAGCCCCTGAGTACAGGA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=6;WE=15909639;WS=15909614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	15909850	rs6429757	C	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=202;ReadPosRankSum=-2.107;SC=TTGACTGTCCCAAGCATCACT;SOR=1.244;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=14;WE=15909858;WS=15909840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr1	15909895	rs6429758	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	15911031	rs10927808	T	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=419;ReadPosRankSum=-0.124;SC=AGGGTCCAGGTAAATCAACCA;SOR=0.788;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=24;WE=15911039;WS=15911022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr1	15911349	rs3737705	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=-1.635;SC=TCCGGGGCGCGTCGGAAGCCT;SOR=1.357;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=25;WE=15911357;WS=15911339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr1	15911493	rs6687474	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	15959886	rs3795762	C	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=313;SC=TACTGATAAACGTTGAAAATA;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=15959894;WS=15959876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	16011005	.	G	GGGC	1066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.15;QD=42.67;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	16045174	rs61782447	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=1.828;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr1	16064876	.	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=412;ReadPosRankSum=0.116;SC=AGTCGTGACTCCGGCCCTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=23;WE=16064884;WS=16064866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr1	16065303	rs147907985	ACACACT	A	728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=1622;SC=ACACACTCTCACACACTCACA;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=16065316;WS=16065293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	16069449	.	G	A	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.733;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=1054;ReadPosRankSum=-1.271;SC=GGGGGCACGGGGACCCCCACC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=67;WE=16069457;WS=16069439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,98:0.49:202
chr1	16069644	rs11584945	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=340;ReadPosRankSum=-2.283;SC=TCGTGGTGCTCGAGTTCTCCC;SOR=1.115;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=22;WE=16069652;WS=16069634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr1	16096893	rs12146078	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=0.323;SC=CCTGTGTCTCCCCTACCCCAG;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=8;WE=16096901;WS=16096883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	16096917	.	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=206;ReadPosRankSum=0.585;SC=TCTGTGCCTTCTGCCACAAGA;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=13;WE=16096925;WS=16096907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	16096934	rs10927851	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=198;ReadPosRankSum=0.058;SC=AAGACCGTGTCCCCCCGAGAG;SOR=0.430;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=16;WE=16096942;WS=16096924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	16097237	rs10803398	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=17;PP=460;SC=GAAGGCGATTGGTTTCCTAGG;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=16097245;WS=16097227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	16242620	rs12063905	C	A	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=31;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.574;SC=ATTCCACTTACAGAAACAGAA;SOR=0.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=164;TCF=103;TCR=61;TR=87;WE=16242628;WS=16242610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,118:0.51:232
chr1	16245362	rs848201	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=0.369;SC=TATGGACTTGGTTCATTCTAA;SOR=0.409;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=9;WE=16245370;WS=16245352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	16255644	rs848208	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=257;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GAGCAGCCTGCAGATGGGGTA;SOR=0.481;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=20;WE=16255652;WS=16255634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr1	16256007	rs848209	T	C	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=54;PP=2110;SC=CTGGGAGAACTAGCAGGTGAA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=107;WE=16256015;WS=16255997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	16259813	rs848210	A	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=31;PP=1598;SC=CCCTGAATCCAACCAAGCTCA;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=81;WE=16259821;WS=16259803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	16260916	rs848211	C	T	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CAGTCAATGCCGCTGCGAGTG;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=67;WE=16260924;WS=16260906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,90:0.61:148
chr1	16262404	rs61749277	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=409;ReadPosRankSum=0.672;SC=CACCAGCCAGCAAGGCCCCTC;SOR=1.106;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=29;WE=16262412;WS=16262394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr1	16264264	rs848213	G	A	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1320;ReadPosRankSum=-0.939;SC=ATGGCTCAGCGAGGGGCCATG;SOR=0.879;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=73;WE=16264272;WS=16264254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,100:0.60:167
chr1	16265422	rs848214	A	G	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=56;PP=1555;SC=GGTGGGGCTGATCAGGGTAGG;SOR=1.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=88;WE=16265430;WS=16265412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	16271180	rs848216	T	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=456;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GGAGGCCGGCTTGGGGCAGTA;SOR=0.535;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=31;WE=16271188;WS=16271170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr1	16271260	rs9661939	G	A	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=704;ReadPosRankSum=0.820;SC=CCCGGCACGAGAAGGGCTTCT;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=47;WE=16271268;WS=16271250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,73:0.44:166
chr1	16272250	rs848217	A	G	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=20;PP=1083;SC=CAGCTTCTGCAGCAGCCATGC;SOR=1.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=16272258;WS=16272240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	16272409	rs9429277	C	T	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=800;ReadPosRankSum=2.367;SC=TGGACCAGCGCGCTGGTGGTG;SOR=0.680;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=66;WE=16272417;WS=16272399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,96:0.45:212
chr1	16274769	rs698891	C	T	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=840;ReadPosRankSum=2.209;SC=AGCTCAGCCCCAGCCCTGACG;SOR=0.696;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=58;WE=16274777;WS=16274759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,83:0.49:168
chr1	16330816	rs1763617	C	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=523;ReadPosRankSum=2.225;SC=CGTCAGAAGACCCCAGGGACT;SOR=0.676;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=38;WE=16330824;WS=16330806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,66:0.43:154
chr1	16330901	rs1763616	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=0.706;SC=GCAAAGGGACCCCAGCCCCAC;SOR=0.766;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=23;WE=16330909;WS=16330891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr1	16330937	rs1763615	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=245;ReadPosRankSum=1.446;SC=GGGCCAGGTGCGGTGCCTCAT;SOR=0.826;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=17;WE=16330945;WS=16330927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr1	16332571	rs1763612	C	T	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.414;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,144:0.44:325
chr1	16342237	rs1739840	A	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=0.841;SC=TGTTCATGACAGTGCCGTCAG;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=13;WE=16342245;WS=16342227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr1	16344360	rs732286	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr1	16344402	rs945416	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.01;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr1	16344494	rs1572381	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=325;ReadPosRankSum=1.004;SC=AGGCGGGCGAGGGCTGGACAG;SOR=0.793;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=24;WE=16344502;WS=16344484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr1	16344625	rs945417	C	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-2.094;SC=ATTTAGGCCTCTCCATGGCCC;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=9;WE=16344633;WS=16344615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	16344683	rs872221	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	16344730	rs945418	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	16345619	rs945422	T	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=515;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TCAGCAAAGCTGGGACTGACC;SOR=0.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=34;WE=16345627;WS=16345609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr1	16345735	rs1544131	C	T	3882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1238;ReadPosRankSum=-1.697;SC=CCGTCCCTTCCGTCCCAGATC;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=110;TCR=90;TR=85;WE=16345743;WS=16345725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,191:0.51:378
chr1	16349080	rs3738637	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=-1.162;SC=CAGCTCACCCGGGTCCTTCCC;SOR=0.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=12;WE=16349088;WS=16349070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr1	16351275	rs10927887	A	G	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.453;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=478;ReadPosRankSum=2.116;SC=GTGGCTGTACAGGGAGATTGG;SOR=0.273;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=37;WE=16351283;WS=16351265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr1	16352937	rs1010069	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=4.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr1	16353400	rs9442216	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TCAGCCCCGCTTTGGGTATAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=8;WE=16353408;WS=16353390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	16354642	rs78557747	A	AT	1219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=1206;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GGCTGGGGACATCTCAGTGAG;SOR=1.402;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=30;WE=16354650;WS=16354632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr1	16356501	rs1805152	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=415;ReadPosRankSum=0.394;SC=TCTTGCCGTCGCCTTCCCTGA;SOR=0.710;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=29;WE=16356509;WS=16356491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr1	16356870	rs9442191	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CCTAGCCCCCGGCAGCAGCCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=16356878;WS=16356865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	16358148	rs2015509	T	C	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=518;ReadPosRankSum=0.154;SC=ATCCCCTTGCTGGCCTGGGTC;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=46;WE=16358156;WS=16358138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,79:0.43:183
chr1	16358685	rs6669935	C	G	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=794;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CCCTCTCCCTCTCTACTTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=62;WE=16358693;WS=16358675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,108:0.40:271
chr1	16358932	rs10803407	T	C	3565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.519;NF=45;NR=36;PP=1082;ReadPosRankSum=-1.388;SC=TCTTCCCCACTCCCAGCAGTG;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=81;WE=16358940;WS=16358922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,186:0.46:401
chr1	16359051	rs10927892	CA	AG	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=1815;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GTGACACACGCAGCCCCCGGG;SOR=0.754;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=53;WE=16359060;WS=16359041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,82:0.42:193
chr1	16359106	rs10803408	C	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=607;ReadPosRankSum=-0.513;SC=GCCTCCCGTCCCAACCCCGCC;SOR=0.118;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=41;WE=16359114;WS=16359096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr1	16359123	rs9442217	A	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=394;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CGCCCCGCCCATCTTATCCTG;SOR=0.048;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=26;WE=16359131;WS=16359113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr1	16360015	.	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.205;NF=27;NR=20;PP=950;ReadPosRankSum=0.898;SC=ATTCAGCCTGGAAATGAACCT;SOR=0.998;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=47;WE=16360023;WS=16360005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr1	16360071	.	T	TC	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQRankSum=-3.852;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,9:0.17:52
chr1	16361875	rs11807054	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=7.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.65;MQRankSum=-2.965;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=3.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	16361916	rs11811753	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.47;MQRankSum=0.738;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.343;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr1	16362543	rs61772376	C	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.334;NF=19;NR=3;PP=298;ReadPosRankSum=0.068;SC=TGTGCTCACTCTCTCCTTCCT;SOR=1.066;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=22;WE=16362551;WS=16362533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr1	16362559	.	T	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQRankSum=-5.229;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.099;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr1	16362559	.	TGC	CGG	591	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=23;MQ=52.74;NF=14;NR=6;PP=591;QD=32.2233937431;SC=TTCCTGCTCCTGCCACTGCCG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=20;WE=16362569;WS=16362549;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:52,20:0.28:72
chr1	16362561	rs55731534	C	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQRankSum=-5.365;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,24:0.29:83
chr1	16362621	rs2009044	G	A	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=52;PP=2599;SC=GAAGAAACTCGGGCTGAGAAA;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=128;WE=16362629;WS=16362611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	16362661	rs3978493	A	C	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=8.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-2.344;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,164:0.50:326
chr1	16362712	rs2018430	C	T	6159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=12.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-2.501;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,161:0.57:284
chr1	16362719	rs74057559	C	T	6047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=11.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-2.348;QD=22.23;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,158:0.58:272
chr1	16370899	rs945394	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=-1.401;SC=TTCATGGGTGGGGAGAGCACT;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=16370907;WS=16370889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	16371067	rs2015352	G	T	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=677;ReadPosRankSum=-1.439;SC=CCCTGTCCCCGCATCCGCCGA;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=48;WE=16371075;WS=16371057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,77:0.51:152
chr1	16371932	rs6604909	A	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=512;SC=ACCCCAGAGTATACCACCAAG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=16371940;WS=16371922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	16372003	rs6604910	G	C	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=375;ReadPosRankSum=1.498;SC=GGATGGGACTGTCTGTGCCTC;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=22;WE=16372011;WS=16371993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr1	16372275	.	G	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.29;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr1	16372282	rs67016480	GT	G	539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.41;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr1	16373124	rs5257	A	G	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=25.11;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	16373199	rs35820664	CCTT	C	7736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=62;PP=2948;SC=CTGGCCAAAACCTTCTCAGAT;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=72;WE=16373209;WS=16373189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	16373282	rs2095540	A	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=43;PP=1261;SC=TGGCTTGCCCAAAGGGACACA;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=16373290;WS=16373272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	16374533	rs2014562	G	C	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=45;PP=1784;SC=TCTTCCTCGGGAAAGTGGTAT;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=93;WE=16374541;WS=16374523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	16374622	rs2863440	C	G	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=40;PP=1212;SC=ACGAAAGCTGCGTCAGAGGGG;SOR=3.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=55;WE=16374630;WS=16374612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	16374656	rs2902490	A	G	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=28;PP=896;SC=CCTGCCTTCCAGGAACTCAGT;SOR=1.609;Source=Platypus;TCF=15;TR=43;WE=16374664;WS=16374646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	16374994	rs1889788	C	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=23;PP=778;SC=ACTCGGATCCCCCAGAACAAG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=16375002;WS=16374984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	16375063	rs1889789	CA	GC	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=15;PP=895;SC=ACAGTCTTTGCAGCTCCCTTC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=26;WE=16375072;WS=16375053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	16376191	rs7367494	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=3;PP=610;SC=TTTTTTGTGGCGCTGGGGTGA;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=16376199;WS=16376181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	16376230	rs59006537	A	AT	3022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=12;PP=1289;SC=TGAGAGTCCAAAAGGCATTCC;SOR=1.644;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=16376246;WS=16376220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	16376232	rs59924562	A	T	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.91;QD=44.58;SOR=1.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	16376238	rs34589727	TC	T	2172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.34;QD=31.04;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	16376278	rs7365182	G	A	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=40;PP=1706;SC=TACTGGGGTCGGGCTCTGGGC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=98;WE=16376286;WS=16376268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	16376319	rs7368151	T	C	4660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=53;PP=1738;SC=GGGGTCTCTGTGGCATCCTGG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=110;WE=16376327;WS=16376309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	16376458	rs7368166	T	C	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=35;PP=1052;SC=AGCTCCCCCCTCACCGTACTC;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=16376466;WS=16376448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	16376494	rs72651918	C	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=-0.067;SC=AAGCTCTACCCGCCACCTGAG;SOR=1.112;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=10;WE=16376502;WS=16376484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	16376969	.	G	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=782;ReadPosRankSum=0.102;SC=TTGGGATGTGGGAAAGGGAGG;SOR=1.109;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=42;WE=16376977;WS=16376959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
chr1	16377108	rs35480349	G	C	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=58;PP=1464;ReadPosRankSum=0.215;SC=AAGGGGCCTTGAGTGGGGTGG;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=76;TCR=115;TR=95;WE=16377116;WS=16377098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,149:0.48:308
chr1	16378649	rs2297726	C	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TAACATGAGGCTGGCCCCTGG;SOR=0.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=15;WE=16378657;WS=16378639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	16379008	rs2050522	C	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=23;PP=652;SC=TAGCTGACCTCGGACATGGGG;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=16379023;WS=16378998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	16379015	rs199907733	G	GGGGGCTGGGA	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=4;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.661;NF=0;NR=10;PP=1151;ReadPosRankSum=0.614;SC=CCTCGGACATGGGGGCTGACA;SOR=1.204;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=10;WE=16379023;WS=16378998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	16380196	rs5253	T	C	5163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=81;PP=1955;SC=GCCAAGGACATGCCACTGGAG;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=124;WE=16380204;WS=16380186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	16381718	rs1414498	T	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=212;SC=CACTCAGCCATCCTCAGCTAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=16381726;WS=16381711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	16382877	rs7517792	A	G	20019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=44.99;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr1	16382880	rs7512547	T	A	20198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=43.72;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr1	16383226	.	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr1	16383267	rs12728542	A	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.92;QD=25.42;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	16383329	rs138507185	T	TC	1306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.22;QD=39.60;SOR=5.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	16383336	rs12746138	G	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=57;PP=2346;SC=ACATCCCCCCGCACCTCCACC;SOR=4.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=62;WE=16383356;WS=16383319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	16383348	rs61769892	C	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=58;PP=2093;SC=ACCTCCACCCCCTTTCTCTGT;SOR=2.059;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=64;WE=16383356;WS=16383319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	16383448	rs10803415	A	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=30;PP=1080;SC=ACCCCAGCTGACCTGGTACTG;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=57;WE=16383456;WS=16383438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	16383515	rs12402924	C	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=24;PP=775;SC=CTCCCTCCAGCCCAGCTCCAT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=45;WE=16383523;WS=16383505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	16383581	rs1057844	G	T	833.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.43;MQRankSum=1.131;QD=33.36;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,23:0.92:25
chr1	16383605	rs1057845	A	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.244;NF=22;NR=12;PP=667;ReadPosRankSum=0.884;SC=CCTGCCTTGAAAGACAAAAAT;SOR=1.109;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=34;WE=16383613;WS=16383595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr1	16383668	rs6660218	T	G	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=34;PP=1513;SC=TATCTGCCAGTTGCTCAGTGA;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=82;WE=16383676;WS=16383658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	16383742	rs1057857	C	G	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.355;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.579;NF=25;NR=39;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GGCACAGATGCCTTCTGGGGT;SOR=0.833;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=64;WE=16383750;WS=16383732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,114:0.70:163
chr1	16383808	rs28690440	G	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.202;NF=9;NR=21;PP=514;ReadPosRankSum=-0.582;SC=CCCAGAGCTGGTGTCCATCCC;SOR=0.996;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=30;WE=16383816;WS=16383798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr1	16384868	rs12756288	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQRankSum=-1.169;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.776;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	16384986	rs28496958	G	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.472;NF=4;NR=2;PP=275;ReadPosRankSum=1.609;SC=CCATGGAGGGGAGGGAGCCCG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=16385007;WS=16384976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	16384998	rs1807285	GG	CA	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=5;HapScore=4;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.941;NF=4;NR=2;PP=257;ReadPosRankSum=2.374;SC=GGGAGCCCGGGGGGTGGGTCC;SOR=1.162;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=16385007;WS=16384976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	16385042	rs77667563	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.080;NF=8;NR=4;PP=133;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GGCAGCCGCCGCCGATGCTGC;SOR=1.445;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=12;WE=16385050;WS=16385032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr1	16385175	rs17853748	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.053;NF=2;NR=5;PP=37;ReadPosRankSum=-2.484;SC=GTGAGGGGCCGCTGGGAAGGC;SOR=0.951;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=7;WE=16385183;WS=16385165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	16385248	rs74054903	C	T	200.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.02;QD=33.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	16385250	rs74054904	A	G	200.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.03;QD=50.21;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	16385323	rs77017249	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	16385330	rs3978476	G	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	16385797	rs3978478	C	G	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=13;PP=864;SC=TGTGCTCACTCTCTCCTTCCT;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=16385805;WS=16385787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	16385813	.	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.283;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQRankSum=-3.868;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr1	16385815	rs2019456	G	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=4.091;NF=34;NR=13;PP=1032;ReadPosRankSum=0.903;SC=CCTGCTCCTGGCACTGCCGGG;SOR=1.489;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=47;WE=16385823;WS=16385803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,51:0.80:64
chr1	16385980	rs3884058	G	A	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=54;PP=1601;SC=TGGACCCTCTGGGCTGTACCT;SOR=2.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=75;WE=16385988;WS=16385970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	16386008	rs2863452	T	C	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=42;PP=1247;SC=GGACGATGCCTTGGGGGCTGT;SOR=2.621;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=53;WE=16386016;WS=16385998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	16386247	rs2095543	T	C	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.46;QD=23.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	16386305	rs372070031	G	GC	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQRankSum=1.231;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	16386416	rs9442230	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=12;PP=367;SC=AGTAATGCTCGTCCTCAGCTG;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=16386424;WS=16386406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	16386447	rs11576236	G	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=252;SC=CCAGCCTGCCGGCTGGGCACT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=16386455;WS=16386437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	16388580	rs3978467	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.03;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	16388646	rs2863456	T	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=135;SC=CGGGGCGGGATCTGGAGTCGG;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=16388654;WS=16388636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	16388737	rs3978468	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=241;SC=GCTGCCGGCCGACATCCCTCC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=16388745;WS=16388727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	16388766	rs3978469	C	T	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=6;SC=CACCCATCCCCGTCTCCCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=16;WE=16388774;WS=16388756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	16388852	rs202226162	AC	A	628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.99;QD=39.30;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	16388875	rs34673312	GCCC	G,GC	549.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.99;QD=39.27;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,8:0.43,0.57:14
chr1	16388879	.	C	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=13;HapScore=4;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=2.109;SC=CATCAGGCCCCCCCCCCCCCC;SOR=1.911;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=8;WE=16388887;WS=16388865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	16388880	.	C	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=-2.105;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	16388904	rs2902491	A	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.05;QD=46.65;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	16388909	rs2863457	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.15;QD=41.16;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	16389026	rs2863458	T	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=265;SC=TCCATCTGTTTGTCCTAAAAC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=16389034;WS=16389016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	16451767	rs3754334	G	A	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=37;PP=1380;SC=GGCTGTAGGCGATGCGCTTCT;SOR=0.767;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=71;WE=16451775;WS=16451757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	16461476	.	C	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,79:0.53:150
chr1	16464673	rs2230597	G	A	3852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=50;PP=1972;SC=GTGGGGCGGAGGGGGGTCCTG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=109;WE=16464681;WS=16464663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	16474839	rs35127370	AC	A	3260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=26;PP=1944;SC=GGAATGCAGAACCCCCTTCCC;SOR=1.329;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=54;WE=16474847;WS=16474829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	16475123	rs6678616	C	T	8294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	16475126	rs6678618	C	T	8350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	16525056	rs451260	G	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=0.133;SC=AGGCATGGAGGTGGGGTCCTA;SOR=1.938;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=12;WE=16525064;WS=16525046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr1	16525549	rs221032	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=343;ReadPosRankSum=0.239;SC=GGCAGATCAACACTTGCAGAA;SOR=1.284;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=21;WE=16525557;WS=16525539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	16528059	.	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=309;ReadPosRankSum=-2.102;SC=GGCTACGAAGGCTTTATGATC;SOR=0.638;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=20;WE=16528067;WS=16528049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr1	16528233	rs221037	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=179;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GAGAGCGGGCGAGGGTCCAGC;SOR=0.716;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=16;WE=16528241;WS=16528223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr1	16528469	rs58225172	GCCTACCCTAGGGAC	GTACCCTAGGGAC,G	588.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=2932;ReadPosRankSum=-0.523;SC=TAGGACCCAGGCCTACCCTAG;SOR=1.901;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=8;WE=16528492;WS=16528459;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.52:33
chr1	16528472	rs200243292	TACCCTAGGGACC	T	585.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.23;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	16528484	.	C	T	634	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=8;PP=634;QD=83.5964015684;SC=CCCTAGGGACCCATGTCTGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=8;WE=16528492;WS=16528459;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr1	16528823	rs71574165	GCCATGGGGACGGGGTGCCCA	G	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.935;NF=3;NR=3;PP=1315;ReadPosRankSum=0.594;SC=AGGGGTGCCCGCCATGGGGAC;SOR=0.665;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=16528850;WS=16528813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	16529117	rs221039	T	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=457;ReadPosRankSum=1.531;SC=GCCCTGGCTCTAGGCACCCAC;SOR=1.013;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=27;WE=16529125;WS=16529107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr1	16532803	rs221050	G	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=849;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TGTGGATGTAGGAGGCCTCGG;SOR=0.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=86;TCR=53;TR=59;WE=16532811;WS=16532793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,69:0.41:169
chr1	16532848	rs221051	A	G	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=1059;ReadPosRankSum=0.297;SC=GAGGGAGGGCACACACGGGGT;SOR=0.862;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=189;TCF=123;TCR=66;TR=80;WE=16532856;WS=16532838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,97:0.40:241
chr1	16533022	rs221052	C	T	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=53;PP=1223;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CAAGCCTTTCCTGTCCTCGAT;SOR=0.691;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=191;TCF=68;TCR=123;TR=78;WE=16533030;WS=16533012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,113:0.44:255
chr1	16533085	rs34933259	A	AC	882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=2103;ReadPosRankSum=1.216;SC=AGCCCCGCCCACCCCCCAGGT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=26;WE=16533113;WS=16533075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr1	16533096	rs221053	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr1	16533105	rs221054	G	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.24;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	16533817	rs170234	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=0.331;SC=GGTTCGGATATCTGGACACAG;SOR=1.190;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=6;WE=16533825;WS=16533807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	16534002	rs221056	C	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=516;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TCCCAGGGACCCCCCTCCCAC;SOR=0.852;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=39;WE=16534010;WS=16533992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr1	16534173	.	G	A	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=942;ReadPosRankSum=0.052;SC=GTGGTACCTGGGCTCGGACCA;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=58;WE=16534181;WS=16534163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,94:0.48:195
chr1	16534255	rs221057	C	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=399;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTTCGAGCCTCCATTCCAGAT;SOR=0.769;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=24;WE=16534263;WS=16534245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr1	16534391	.	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.560;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=183;ReadPosRankSum=0.864;SC=CACCCCCACCCCCACCCGGCA;SOR=0.039;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=16534399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	16534646	rs221058	C	G	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=609;ReadPosRankSum=-1.774;SC=ACTACCTGGCCAGGCTCTAGG;SOR=0.686;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=45;WE=16534654;WS=16534636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,82:0.51:160
chr1	16534730	rs221059	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=339;ReadPosRankSum=-0.928;SC=CCTAGGGTTGGGGGCAAGGAG;SOR=0.904;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=24;WE=16534738;WS=16534720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr1	16542937	rs2273312	T	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=0.522;SC=GGTCATTATGTTGCGGGTGGG;SOR=0.627;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=10;WE=16542945;WS=16542927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr1	16543175	rs221024	A	C	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=24;PP=510;SC=GCTTACCCTGAGCCAAACCCT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=16543183;WS=16543165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	16555882	rs12748676	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=195;ReadPosRankSum=0.350;SC=GAGCTACTTCCGGGGCTGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=11;WE=16555890;WS=16555876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	16558838	rs6700888	C	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=448;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TGCACAGCCCCCCATCAGACC;SOR=0.711;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=28;WE=16558846;WS=16558828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr1	16558975	rs116630059	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CCCCTGGCTCCGTGACTTGCC;SOR=0.634;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=10;WE=16558983;WS=16558965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	16559232	.	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;ReadPosRankSum=0.168;SC=TCACAGATTGGGAAACTGAGG;SOR=1.292;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=15;WE=16559240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr1	16559541	rs3738631	C	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=363;ReadPosRankSum=-2.522;SC=CAGCCACTCACCATGGGAGAG;SOR=0.260;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=25;WE=16559549;WS=16559531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr1	16562968	rs6603850	C	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=1.748;SC=GGTCCCAGAGCTAGGGCTTTC;SOR=0.223;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=6;WE=16562976;WS=16562958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	16577908	rs12069239	G	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=419;ReadPosRankSum=-2.288;SC=TATCCTTCAGGAGCAGATGGA;SOR=0.718;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=27;WE=16577916;WS=16577898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr1	16583030	rs3830890	C	CA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=96;ReadPosRankSum=-1.774;SC=ACTCTTGACACAAAAAAACAA;SOR=0.418;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=5;WE=16583038;WS=16583020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	16621183	rs1007150	C	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=11;PP=647;SC=CCCAGTAACCCATCCTTGAGA;SOR=1.347;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=33;WE=16621191;WS=16621173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	16641899	rs2273311	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.152;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=360;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CTTCACTGTCCGAGGAGCTGG;SOR=0.430;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=26;WE=16641907;WS=16641889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr1	16693725	rs142845497	T	TG	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	16730308	rs41269193	G	T	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.094;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=45;PP=1273;ReadPosRankSum=1.657;SC=TGTGGGGGTTGTGGGGAGCCA;SOR=0.738;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=82;WE=16730316;WS=16730298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,118:0.59:199
chr1	16730582	rs17419150	C	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=367;ReadPosRankSum=0.495;SC=CGGAGCAGGTCCATGCCTTGC;SOR=0.516;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=23;WE=16730590;WS=16730572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr1	16731646	rs3106498	T	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.27;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	16731646	.	TGTCATTCATCCCATT	CCTCATTTATCCCATC,CGTCATTCATCCCATT	745	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3,9;NR=6,14;PP=464,745;QD=59.7186527625;SC=TTCTTGTTTCTGTCATTCATC;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=9,23;WE=16731669;WS=16731636;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.39:23
chr1	16731647	rs526481	G	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=1.717;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr1	16731653	rs526489	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=2.712;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr1	16731661	rs526513	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=2.461;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	16736132	rs4661746	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	16736546	rs10907226	C	T	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=31;PP=941;SC=CTCCTGGGGACAGGGGAGGGG;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=49;WE=16736554;WS=16736536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	16769949	rs12064256	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TACAGCAGCCGAGCTGCCTTG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=16769957;WS=16769939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	16775607	.	G	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=191;ReadPosRankSum=-0.486;SC=ACAGCAGTGTGAATTTGCAAA;SOR=0.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=15;WE=16775615;WS=16775597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr1	16803267	rs156846	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.361;NF=5;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=2.109;SC=AGGTCTGTGGTCTGTGACAAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=16803275;WS=16803257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	16862273	rs76517011	C	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=22.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.23;MQRankSum=0.169;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,22:0.23:95
chr1	16862294	.	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=15.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.02;MQRankSum=-1.179;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,26:0.17:154
chr1	16862296	rs1759227	G	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.374;NF=48;NR=6;PP=880;ReadPosRankSum=-0.433;SC=AAACCGAGACGGGCTGGATGG;SOR=0.947;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=149;TCF=127;TCR=22;TR=54;WE=16862304;WS=16862269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,61:0.38:159
chr1	16862454	rs71248115	T	G	8287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=947;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.28;MQRankSum=-14.616;QD=8.75;ReadPosRankSum=-2.113;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:516,431:0.46:947
chr1	16862461	rs145386412	T	A	18642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=960;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.22;MQRankSum=-17.624;QD=19.42;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,524:0.55:960
chr1	16862502	rs141629643	A	G	11616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=985;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-12.107;NF=202;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=0.831;SC=ATCAATTCGTAATTTCCCATC;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=715;TCF=344;TCR=371;TR=415;WE=16862510;WS=16862492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:444,541:0.55:985
chr1	16862708	rs1762987	T	G	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.03;MQRankSum=-6.331;QD=20.96;ReadPosRankSum=-3.399;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr1	16862712	rs61769538	G	T	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=8.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.09;MQRankSum=-6.269;QD=21.86;ReadPosRankSum=-3.819;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr1	16862714	rs61769539	T	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=8.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.19;MQRankSum=-6.233;QD=22.82;ReadPosRankSum=-3.296;SOR=2.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr1	16862732	.	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.256;NF=0;NR=26;PP=543;ReadPosRankSum=-3.540;SC=GTGTAAGGGCAAAGTTGCCCC;SOR=1.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=26;WE=16862740;WS=16862722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr1	16863146	.	A	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQRankSum=-3.946;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,4:0.12:32
chr1	16863152	.	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.328;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-4.134;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.191;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,4:0.11:35
chr1	16863173	rs915327	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-5.764;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.236;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,5:0.11:46
chr1	16863229	rs114249125	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=22.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-10.646;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=4.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,14:0.09:150
chr1	16863233	rs115519831	A	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=25.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-10.808;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.217;SOR=4.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,14:0.09:162
chr1	16863238	rs71642021	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=33.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=-11.578;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=4.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,18:0.10:174
chr1	16863257	.	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.845;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=28.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQRankSum=-12.055;QD=0.77;ReadPosRankSum=-3.219;SOR=2.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,31:0.12:260
chr1	16863259	rs114741004	T	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=37.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQRankSum=-13.692;QD=3.52;ReadPosRankSum=-2.294;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,40:0.15:260
chr1	16863286	rs146804457	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=9.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQRankSum=-6.688;QD=1.25;ReadPosRankSum=-5.315;SOR=1.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,62:0.16:382
chr1	16863304	rs61769542	T	C	6341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=8.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-10.839;QD=13.67;ReadPosRankSum=-5.584;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,170:0.37:464
chr1	16863308	rs112689425	G	T	6638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=9.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQRankSum=-10.797;QD=13.77;ReadPosRankSum=-4.533;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,180:0.37:482
chr1	16863313	rs76539488	C	T	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=12.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQRankSum=-7.525;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.947;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,149:0.30:495
chr1	16863314	rs74927161	A	G	7242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=8.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-9.767;QD=14.31;ReadPosRankSum=-3.804;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,200:0.40:506
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chr1	16948473	rs446948	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
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chr1	16950346	rs9663015	A	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	16969246	rs11260857	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-4.150;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.621;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,32:0.20:162
chr1	16969381	rs9727604	C	T	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.006;NF=25;NR=44;PP=1133;ReadPosRankSum=-0.639;SC=AAGGGCCACACGATGAGTGCA;SOR=0.909;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=123;TCF=47;TCR=76;TR=69;WE=16969389;WS=16969371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,91:0.54:170
chr1	16972067	rs1360574	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQRankSum=-0.909;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
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chr1	16972068	rs1360575	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQRankSum=-0.279;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr1	16972189	rs9728527	C	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-2.599;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.649;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,20:0.22:92
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chr1	16973152	rs1970920	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-5.778;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.986;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,42:0.21:199
chr1	16973184	rs55828106	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-1.893;QD=2.44;ReadPosRankSum=2.077;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,32:0.22:146
chr1	16973606	rs76859932	G	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.00;MQRankSum=1.581;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.067;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,50:0.15:336
chr1	16973919	rs141898836	A	G	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.397;NF=16;NR=23;PP=450;ReadPosRankSum=0.290;SC=GATAAGCCAGAGTCCCAGGGT;SOR=0.634;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=39;WE=16973927;WS=16973909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,75:0.52:145
chr1	16974021	rs142740321	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.51;MQRankSum=0.945;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr1	16974256	.	G	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.540;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.897;NF=17;NR=1;PP=323;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GCTCGGGGCCGGACCTATCTC;SOR=2.093;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=18;WE=16974264;WS=16974233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr1	16974511	rs58679574	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQRankSum=-0.144;QD=0.78;ReadPosRankSum=1.790;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,67:0.15:454
chr1	16974637	rs16854791	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=0.203;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,27:0.14:189
chr1	16974666	rs28503658	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=-1.882;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,28:0.21:133
chr1	16974731	.	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.68;MQRankSum=-1.290;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.207;SOR=1.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,13:0.17:76
chr1	16974758	rs28484638	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.420;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.016;NF=0;NR=10;PP=149;ReadPosRankSum=-1.815;SC=GGCCGGGGCGGGGTCTCGGCC;SOR=2.799;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=10;WE=16974766;WS=16974748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr1	16974869	rs4570422	G	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.146;NF=7;NR=3;PP=87;ReadPosRankSum=0.449;SC=TGCCAGCGCGGGTCCGCTGAG;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=10;WE=16974877;WS=16974859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr1	16975002	rs2093773	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-14.838;QD=0.16;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,28:0.13:222
chr1	16975093	rs2095111	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=8.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQRankSum=5.062;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,74:0.22:338
chr1	16975202	rs28602904	T	C	3533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.398;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.103;NF=78;NR=79;PP=2081;ReadPosRankSum=0.987;SC=GCCTCAGCCCTCACCACCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=445;TCF=237;TCR=208;TR=157;WE=16975210;WS=16975192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:397,205:0.34:602
chr1	16975230	rs2761535	G	C	11198.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQRankSum=-10.158;QD=20.25;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,489:0.88:553
chr1	16975724	rs149232270	GC	G	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQRankSum=-1.698;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,28:0.30:94
chr1	16975868	rs200822664	T	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.73;MQRankSum=0.477;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.395;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr1	16976032	rs2483047	A	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-0.324;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,47:0.23:202
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chr1	16976539	rs199931165	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.945;NF=39;NR=19;PP=735;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GCTGTGGCCCAGGGCCCTCAT;SOR=0.917;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=164;TCF=98;TCR=66;TR=58;WE=16976547;WS=16976529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,22:0.18:120
chr1	16976620	rs55885953	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=1.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQRankSum=-0.269;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.064;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,67:0.16:407
chr1	16976679	rs1065528	G	A	3191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.311;NF=42;NR=69;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CCGTCTTCACGCGTGTCTCTG;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=256;TCF=100;TCR=156;TR=111;WE=16976687;WS=16976669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,179:0.42:429
chr1	17017675	rs2743471	C	A	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=693;ReadPosRankSum=1.006;SC=CAGTCAAGACCCGCTGCCAGG;SOR=0.620;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=64;WE=17017683;WS=17017665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,106:0.32:328
chr1	17022952	rs557690	C	A	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	17023126	rs2610633	C	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.671;NF=14;NR=11;PP=339;ReadPosRankSum=-0.503;SC=AACCCCGCAGCTGGCGGTGTG;SOR=0.841;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=25;WE=17023134;WS=17023116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,29:0.30:98
chr1	17023182	rs614461	C	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-4.788;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.747;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,37:0.28:130
chr1	17023209	rs112071224	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.503;NF=19;NR=11;PP=386;ReadPosRankSum=1.780;SC=GAAGCGGTGGGGCTGAGCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=30;WE=17023217;WS=17023199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,42:0.33:128
chr1	17023511	rs563144	C	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=604;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TTCCCAACTCCAGATTGGATG;SOR=0.217;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=32;WE=17023519;WS=17023501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr1	17026004	rs9661305	C	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=505;ReadPosRankSum=-1.893;SC=CGGCGGCGAACTCGCGGCCTC;SOR=0.822;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=25;WE=17026012;WS=17025994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr1	17026021	.	GGGC	G	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,10:0.12:82
chr1	17029257	rs12125112	T	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.248;NF=14;NR=13;PP=502;ReadPosRankSum=0.055;SC=CATGTAGATGTCAGCTGCCTG;SOR=0.911;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=27;WE=17029265;WS=17029247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,50:0.30:166
chr1	17030325	rs601893	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=1.978;SC=AGCAAGTGATAAGAGTAGTCT;SOR=0.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=6;WE=17030333;WS=17030315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	17033758	rs1736691	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.670;NF=9;NR=7;PP=176;ReadPosRankSum=0.233;SC=GAGAGAATGCAACAGGAGCAG;SOR=0.362;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=16;WE=17033766;WS=17033748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr1	17033854	rs2476568	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.789;NF=7;NR=11;PP=185;ReadPosRankSum=-1.290;SC=TCAGCGGCCGCGTACCCGTCG;SOR=1.051;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=18;WE=17033862;WS=17033844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr1	17034041	rs2743505	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	17034285	rs77805593	C	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-2.208;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	17034297	rs9728482	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.723;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	17044511	rs2773185	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr1	17044589	rs944147	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.020;NF=12;NR=11;PP=365;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TGTGGGGAACGGAGCCCAAGC;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=23;WE=17044597;WS=17044579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr1	17044695	rs2773186	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=-1.192;SC=CCAGCGCCCAATCACACACAG;SOR=0.711;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=7;WE=17044703;WS=17044685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	17046439	rs9728204	C	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=163;ReadPosRankSum=-1.748;SC=CAGAGGACCCCTTAAGAGGAG;SOR=0.676;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=15;WE=17046447;WS=17046429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,24:0.25:96
chr1	17046549	rs1755332	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.922;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,48:0.29:164
chr1	17083671	rs1057420	C	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQRankSum=0.132;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.199;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	17083685	rs3197973	C	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQRankSum=-0.075;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	17083714	rs145347758	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.93;MQRankSum=0.689;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.356;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	17083807	rs9286084	T	C	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.51;QD=33.91;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	17083808	rs140260478	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=16.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.51;MQRankSum=1.703;QD=11.62;ReadPosRankSum=-1.317;SOR=1.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	17083816	rs11260920	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=9.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.26;MQRankSum=0.898;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr1	17083872	rs61635893	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.01;MQRankSum=-0.184;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.848;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
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chr1	17084163	.	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQRankSum=-5.670;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:450,102:0.18:552
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chr1	17084968	rs2761533	G	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQRankSum=0.014;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,37:0.15:249
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chr1	17085743	rs199507815	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.38;MQRankSum=-1.658;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,22:0.21:105
chr1	17085834	rs2005622	G	T	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.810;NF=53;NR=44;PP=1544;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CGGGCCGCAGGGTGAAGCACC;SOR=0.647;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=97;WE=17085842;WS=17085824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,122:0.74:164
chr1	17085999	rs370644748	CCCCG	C	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.232;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.850;NF=1;NR=20;PP=583;ReadPosRankSum=-2.647;SC=ACGCCCGCCCCCCCGCCCACC;SOR=0.084;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=21;WE=17086010;WS=17085989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
chr1	17086052	rs1057286	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.70;QD=24.53;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	17086085	rs200532237	G	GC	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQRankSum=-2.682;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.336;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	17086870	.	T	C	218	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=41.05;NF=10;NR=6;PP=218;QD=15.7982007842;SC=GATTTGATGCTGCAGCTCTGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=16;WE=17086878;WS=17086860;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:48,16:0.25:64
chr1	17087365	rs2446556	C	G	4391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.691;NF=63;NR=81;PP=2416;ReadPosRankSum=1.674;SC=TGTAGTGGAACGCCCTGGAGA;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=80;TCR=106;TR=144;WE=17087373;WS=17087355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,194:0.75:259
chr1	17087465	rs11260924	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=3.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-3.693;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,50:0.20:248
chr1	17087541	rs113982165	GGTGCT	G	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-10.255;QD=3.93;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,35:0.16:221
chr1	17087582	rs10907280	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-12.932;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.819;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,25:0.14:175
chr1	17087640	rs200412600	A	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-7.951;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
chr1	17090902	.	A	AT	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQRankSum=-3.683;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,28:0.20:140
chr1	17197563	rs7556482	G	T	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQRankSum=-15.356;QD=7.10;ReadPosRankSum=2.958;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,88:0.33:270
chr1	17197595	.	A	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=21;MQ=48.44;NF=58;NR=25;PP=2962;QD=20;SC=ACAGGACTCGACGCCTTTCTT;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=282;TCF=169;TCR=113;TR=83;WE=17197627;WS=17197585;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:199,83:0.29:282
chr1	17197609	rs150993810	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=6.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQRankSum=-5.914;QD=0.66;ReadPosRankSum=2.730;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,26:0.09:305
chr1	17197615	rs146936960	C	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=5.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQRankSum=-4.817;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.259;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,32:0.11:301
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chr1	17197685	rs7513766	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQRankSum=-5.863;QD=3.00;ReadPosRankSum=3.869;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,55:0.24:232
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chr1	17264890	rs72644310	T	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=1.071;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.533;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	17264920	rs4463721	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-2.051;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
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chr1	17265366	rs4269812	C	G	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=0.256;SC=CGGTTCCTAACTCAGCAGCCT;SOR=0.552;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=54;WE=17265374;WS=17265356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,92:0.32:287
chr1	17265472	rs149317645	C	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=1.233;SC=ATGCTTCCAACGGCAGCCTGC;SOR=1.202;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=18;WE=17265480;WS=17265462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr1	17265537	.	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=0.968;SC=TCGCCCGGCCGAGGCCGTTCA;SOR=0.489;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=9;WE=17265545;WS=17265527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr1	17265560	rs9435793	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CCGCCGAGGCCCCTCCCCGGC;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=17265568;WS=17265550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	17267302	rs6586577	A	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=615;ReadPosRankSum=0.708;SC=GCTCACTGTAACCTGGAACTC;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=37;WE=17267310;WS=17267292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr1	17267496	rs6586578	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.256;NF=6;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-0.066;SC=ATCTCAGCCTCGAGGATAGTA;SOR=0.703;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=15;WE=17267504;WS=17267486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr1	17270696	rs201410489	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr1	17270845	.	C	CG	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.438;NF=1;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=-1.003;SC=CAGTGCCCCCCTGGGGTTAGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=3;WE=17270853;WS=17270835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr1	17273396	rs7537468	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=421;ReadPosRankSum=0.605;SC=AGGGCTCCCTACGAGTGGCGG;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=38;WE=17273404;WS=17273386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,54:0.33:163
chr1	17273444	rs7545185	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.314;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=277;ReadPosRankSum=-0.920;SC=AGCTCCCCACGCTGCGCCATG;SOR=1.086;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=23;WE=17273452;WS=17273434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr1	17273493	rs7537563	A	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=365;ReadPosRankSum=1.488;SC=GCAGGTGGGCAAAGCTGTGTG;SOR=0.593;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=18;WE=17273501;WS=17273483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr1	17281759	rs151046905	C	CG	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=1.422;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	17282425	rs2143808	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TGGAGGAGACGGCTTTTGTGT;SOR=1.535;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=17282433;WS=17282415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	17282573	rs2273114	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.413;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=247;ReadPosRankSum=0.127;SC=AGGAGGCCGGGGAGCTGCGAA;SOR=0.148;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=17;WE=17282581;WS=17282563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr1	17285022	rs12097969	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	17285298	rs41300134	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	17295679	rs4920574	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=347;SC=GGGCCCTGGCTAAGGTGGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=17295687;WS=17295669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	17299014	rs6661019	A	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=313;ReadPosRankSum=1.183;SC=CAGCCCCCCCACCCAGAGCCC;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=32;WE=17299022;WS=17298996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr1	17301672	rs761423	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr1	17301780	rs761422	A	G	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=317;ReadPosRankSum=-0.292;SC=GGAGCTCCTCATGGGCACACA;SOR=0.808;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=27;WE=17301788;WS=17301770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr1	17303589	rs2235932	C	T	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.37;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr1	17303792	rs4920588	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=233;SC=AGGTCAGGCCCATAAGAGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=17303800;WS=17303782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	17312592	rs15786	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=295;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TCTCGGGGGAGGAGTGTAGAC;SOR=0.555;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=20;WE=17312600;WS=17312582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr1	17312743	rs3170740	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=11;PP=505;SC=CGGGCAGCGGCGGCCAGGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=17312751;WS=17312733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	17313157	rs2076605	G	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=502;SC=TCAGGCAGGAGCCACGCCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=24;WE=17313165;WS=17313147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	17313343	rs9435659	G	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=13;PP=533;SC=CCTTGGACACGGCTGCAGCCA;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=29;WE=17313351;WS=17313333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	17313654	rs761421	C	T	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=37;PP=1361;SC=CCGGTGGCCGCACCCGTCCCA;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=81;WE=17313662;WS=17313644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	17314942	rs9435662	G	A	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=70;PP=2032;SC=AGTCATTGGCGCCGTCTCCGC;SOR=1.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=106;WE=17314950;WS=17314932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	17319011	rs2076603	G	A	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=45;PP=1774;ReadPosRankSum=-1.045;SC=CCCAAAGTGGGGGTCTCATCA;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=82;WE=17319019;WS=17319001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr1	17323449	rs9435736	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=233;SC=CCACCCTGCCTCACTCCACCT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=17323457;WS=17323448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	17359676	rs1022580	C	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=20;PP=559;SC=ATTTATGTAACGTTCAACCTC;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=17359684;WS=17359666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	17371152	rs12073028	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=408;SC=AACAGAGCCATCGGATGATCT;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=17371160;WS=17371142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	17371494	rs9435745	C	T	100.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=45;SC=ACATTACTGACACATAATCTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=17371502;WS=17371484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	17380497	rs2746462	G	T	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=40;PP=1106;SC=TCAAGGAGAGGGCGACCACCG;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=17380505;WS=17380487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	17395480	rs2076599	G	A	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	17395521	rs2076598	G	A	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=32;PP=1777;SC=GGAGGCAAACGCCAGGGCCCC;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=99;WE=17395529;WS=17395511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	17396498	rs2076596	T	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=463;SC=GGCCTCCCCATTGGACAGCTT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=17396506;WS=17396488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	17396703	rs2076595	T	C	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=37;PP=1399;SC=GGTTCCAGTCTAGGCAGCGCT;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=17396711;WS=17396693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	17397933	.	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.177;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr1	17398066	rs875219	G	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	17398069	rs875218	T	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	17401283	rs3818041	C	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=2;PP=330;SC=TTATCTGCCCCACCCTCCCGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=17401291;WS=17401273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	17402116	rs3818035	G	T	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=19;PP=1255;SC=TGGCAGGGGCGGGTAATATAT;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=17402124;WS=17402106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	17402135	rs3818034	T	C	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=26;PP=1174;SC=ATTGGTTTGCTGCTACCCCAT;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=17402143;WS=17402125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	17402159	rs3818033	G	A	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=35;PP=1679;SC=CTCCAGCCTCGGGAGGCTAGC;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=86;WE=17402167;WS=17402149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	17402255	rs3818032	C	T	4929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=56;PP=2035;SC=GCTCCACGGGCGCCTGCACCT;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=108;WE=17402263;WS=17402245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	17402347	rs2647205	C	T	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=52;PP=1468;SC=GGAGTTTCAGCAAATTACCCA;SOR=1.151;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=81;WE=17402355;WS=17402337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	17402418	rs3818031	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=31;PP=846;SC=ACCCAGAGTGACATCAGCAGA;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=17402426;WS=17402408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	17405809	rs2057096	G	A	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=33;PP=1341;SC=ATGTCTTGCCGTTCACGGTCA;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=17405817;WS=17405799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	17405916	rs2057095	C	T	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	17405949	rs2057094	C	T	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=28;PP=828;SC=TCTTCTGCAGCCAGGGTCCTC;SOR=1.342;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=17405957;WS=17405939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	17406015	rs2057093	C	T	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=347;SC=TGTGGGCACCCAGTTTCCAGG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=17406023;WS=17406005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	17406045	rs2057092	C	T	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=197;SC=CACGGTCTTCCTATGATTAAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=17406053;WS=17406035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	17410364	rs1883913	G	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=13;PP=432;SC=GAGAGGCCAGGAGAAAGGGTG;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=17410372;WS=17410354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	17418883	rs2647184	A	G	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=12;PP=484;SC=TCTAGGCTGGACTGGGCTGGG;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=17418902;WS=17418873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	17418894	rs2273111	A	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=12;PP=496;SC=CTGGGCTGGGATCACTCACTC;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=17418902;WS=17418873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	17419066	rs11203298	T	C	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=16;PP=532;SC=GATCTATCTGTTGCTGGAGCC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=17419074;WS=17419056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	17419122	.	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	17422226	rs2076609	C	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=580;SC=GCTCTGTTGCCGTCTCTAGGA;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=17422234;WS=17422216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	17422302	rs2076608	T	C	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=20;PP=1393;SC=TGTCTTGGGCTTTAGTCTCCT;SOR=1.279;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=67;WE=17422310;WS=17422292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	17429496	.	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.304;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr1	17431618	rs11203300	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	17431681	rs2647172	C	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=425;SC=TGAGCCCAGGCGTTTGAGACC;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=17431689;WS=17431671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	17531582	rs2293910	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	17550225	rs3003481	T	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=25;PP=810;SC=TCTATCCCTTTGCCCCTCCAG;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=17550233;WS=17550215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	17550303	rs2293913	T	C	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=21;PP=621;SC=CCTCCATCACTGAGGGGCTTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=17550311;WS=17550293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	17551034	rs2293915	A	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=0.412;SC=CAGGGTCTGTAGTATCCAACC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=17551042;WS=17551024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	17557039	rs10888010	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=202;ReadPosRankSum=-0.771;SC=AAAAGGTCACTGTGGCTTTTT;SOR=0.382;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=22;WE=17557047;WS=17557029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr1	17557133	rs3003406	A	C	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,80:0.44:183
chr1	17557310	rs3003407	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=0.136;SC=GAGGTGGGATGTCAGCAAACT;SOR=0.986;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=8;WE=17557318;WS=17557300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	17563967	rs2977306	T	C	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=557;ReadPosRankSum=1.665;SC=CGTCCCCTCCTTCCCTGCCTG;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=32;WE=17563975;WS=17563957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,56:0.38:147
chr1	17564990	rs2977310	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=452;SC=GGCTGGGGTGTAGACCGAGTG;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=17564998;WS=17564980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	17566369	rs41265089	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.914;SC=GAGATTCAGCGCTGGAGCTCT;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=17566377;WS=17566359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	17567090	rs67058905	TCTTCCTAGTC	T	1246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=2962;ReadPosRankSum=0.119;SC=AGTGTTATGCTCTTCCTAGTC;SOR=0.387;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=16;WE=17567107;WS=17567080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr1	17570466	rs2293921	T	C	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=60;PP=2497;SC=ACAGCACTTATAGCCAGACAG;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=128;WE=17570474;WS=17570456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	17592324	rs2272627	T	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.66;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	17592324	.	TGCCGAG	CGCCGAA,CGCCGAG	126	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2,4;NR=5,14;PP=73,126;QD=18.066839266;SC=TCCCAGCTGATGCCGAGACCA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7,18;WE=17592338;WS=17592314;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.39:18
chr1	17592330	rs77094783	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	17593144	rs2272628	C	G	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=8;PP=804;SC=AGGCCAGGCTCGGGTTCCTGG;SOR=1.654;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=37;WE=17593152;WS=17593134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	17594273	.	A	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.251;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=562;ReadPosRankSum=1.124;SC=TGGGCAGCAGAGGAAGGGGCC;SOR=0.230;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=35;WE=17594281;WS=17594263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr1	17594528	.	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.535;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=572;ReadPosRankSum=0.340;SC=ACCTCCTGTTCCTGCCTTGGG;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=34;WE=17594536;WS=17594518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr1	17594592	rs4339902	G	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=622;SC=GTGGCGGGTCGCAGTAAGAAC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=17594600;WS=17594582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	17596980	rs66624969	C	CA	223.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.728;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	17597314	rs3215408	T	TC	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=519;ReadPosRankSum=-0.567;SC=GGAATCAGAGTCCCCCCAGGC;SOR=0.489;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=19;WE=17597323;WS=17597304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr1	17597655	rs2293916	C	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=606;ReadPosRankSum=1.119;SC=CCGAGAACCGCAACGACCGCT;SOR=0.851;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=42;WE=17597663;WS=17597645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr1	17597721	rs4595409	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CATCCTGGAGAGAGAGGCCTT;SOR=0.113;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=10;WE=17597729;WS=17597711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	17601083	rs2293917	C	T	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=763;ReadPosRankSum=1.234;SC=TGGTTCAGGCCCTTCCTGGTA;SOR=0.604;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=53;WE=17601091;WS=17601073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,80:0.39:205
chr1	17607128	.	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=408;ReadPosRankSum=1.240;SC=AAACACACTGGCAAGGTGTCC;SOR=0.617;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=27;WE=17607136;WS=17607118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr1	17609448	rs2293920	G	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=506;ReadPosRankSum=0.280;SC=TGCTGGAGCCGCTGGGCCTCC;SOR=0.484;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=39;WE=17609456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr1	17657534	rs11203366	G	A	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=952;ReadPosRankSum=-0.140;SC=TATTGCCCACGGCCCTCCAGC;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=63;WE=17657542;WS=17657524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,82:0.44:185
chr1	17657616	rs11203367	T	C	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,73:0.45:163
chr1	17660499	rs874881	G	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
chr1	17660660	rs874882	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CTGGGAGTTCGAAATATTCCA;SOR=0.904;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=17660668;WS=17660650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	17660697	rs1548323	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.647;SC=CACAAAGAAATACAATGTGGC;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=17660705;WS=17660687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	17661010	rs3094882	C	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-0.420;QD=7.17;ReadPosRankSum=2.268;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr1	17661128	rs1555658	A	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=6;PP=288;SC=TCAAATATCTATAACAAAAAG;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=17661136;WS=17661118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	17661659	rs71575828	C	CAT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=2.444;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	17661805	rs1635594	A	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	17662541	rs1748034	A	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=0;PP=388;SC=AGAGGGGCTCACACTATGGGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=17662549;WS=17662531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	17662639	rs2240340	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr1	17662662	rs1748033	T	C	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=25;PP=1309;SC=AGAAATCTCCTTGTGCGCAGA;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=66;WE=17662670;WS=17662652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	17662751	rs1621005	C	G	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=50;PP=1537;SC=TCCTTTCCTACTTCTACTGGA;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=78;WE=17662772;WS=17662741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	17662764	.	C	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.925;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr1	17662804	rs1748032	C	T	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=37;PP=1047;SC=CAAATGCTGGCCTGTCCCACG;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=17662812;WS=17662794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	17662907	rs1748031	A	T	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=132;SC=CAAAATCAGAATTTCACCAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=17662915;WS=17662897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	17664329	rs1748025	C	G	105.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.100;NF=2;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AGAATCACTTCAACCTGGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=17664337;WS=17664328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	17664676	.	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=350;ReadPosRankSum=1.031;SC=TAGCTAACGGGAAGGGCTTTT;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=26;WE=17664684;WS=17664666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr1	17664770	rs1635586	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=81;SC=CTTGTTGGCAAATCTGTTTTA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=17664778;WS=17664760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	17666139	rs1635577	G	A	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=17;PP=1456;SC=AACCAGCAGCGGTCTCAGGGC;SOR=2.012;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=70;WE=17666147;WS=17666129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	17666326	rs1635576	T	G	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	17668270	rs1748021	A	G	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=136;SC=TCCCAGCTAGAACTTCAGTCC;SOR=3.611;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=17668278;WS=17668264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	17668609	rs1748020	C	T	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=649;SC=CTGGACACGTCCAACCTGGTA;SOR=1.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=17668617;WS=17668599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	17668976	rs1748019	G	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=14;PP=332;SC=CTGTGTGATGGGAAAAACAGT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=17668984;WS=17668966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	17672414	.	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=95;ReadPosRankSum=0.413;SC=CCAGGAGCCTCTGTTCAGGCC;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=10;WE=17672422;WS=17672404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	17674402	rs2240336	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=666;ReadPosRankSum=0.219;SC=CCAGGCAGCACGCGCAACAGC;SOR=0.955;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=47;WE=17674410;WS=17674392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,65:0.54:121
chr1	17674537	rs2240335	C	A	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1035;ReadPosRankSum=0.341;SC=CCATCAAACGCGTGATGGTAC;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=68;WE=17674545;WS=17674527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,120:0.55:219
chr1	17674601	rs1635570	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.018;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,48:0.39:122
chr1	17681277	rs6683201	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=0.399;SC=CTGCTTCCGATTCTAGACAGC;SOR=0.169;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=17681285;WS=17681267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	17683041	rs1635567	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.898;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=764;ReadPosRankSum=-0.392;SC=ATCCAGGCAATAGGGTAGCAT;SOR=1.121;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=51;WE=17683049;WS=17683031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,76:0.51:150
chr1	17683157	rs1635566	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=-1.593;SC=GGGGGAAGTGAGTCAAAAGAA;SOR=0.178;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=15;WE=17683165;WS=17683147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	17685174	rs2428735	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-2.576;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	17690278	.	C	T	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=837;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TCCTCTCCCTCCTGGCCAGAT;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=56;WE=17690286;WS=17690268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,68:0.55:124
chr1	17707601	rs6669650	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=2.801;SC=ATTGCAACCCTGCTGATGTGG;SOR=0.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=12;WE=17707609;WS=17707591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr1	17707739	rs1204898	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=496;SC=TCCAGACTAATTTTCTCCACC;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=17707747;WS=17707729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	17707757	rs6664321	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.81;ReadPosRankSum=2.521;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	17707757	.	CG	TC	334	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=7;PP=334;QD=35.2243522602;SC=ACCCCACCCCCGACACCCTCT;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=11;WE=17707766;WS=17707747;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	17707758	rs6703392	G	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.81;ReadPosRankSum=2.521;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	17707798	rs10788668	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=211;SC=GCTGATCAAACCTTTTGTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=17707806;WS=17707788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	17708349	rs7556072	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=0.105;SC=GCAAAAGGCAGGGGGTCCTTG;SOR=0.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=11;WE=17708357;WS=17708339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr1	17718418	rs72637462	C	T	55.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	17718671	rs10709483	AG	A	1818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=878;SC=AGCAACAGCCAGGGTGGCATC;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=17718679;WS=17718661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	17720391	rs6678552	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=1.318;SC=AAGGAAGGGGGTTCTTACCGT;SOR=0.533;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=22;WE=17720399;WS=17720381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
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chr1	17720686	rs34075690	AG	A	680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.378;NF=10;NR=11;PP=498;ReadPosRankSum=-0.582;SC=GTGGCCTCTGAGGGGGGAGGG;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=21;WE=17720700;WS=17720676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr1	17721695	rs369334834	GTTT	G	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=17.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.30;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	17721721	rs147310450	TGA	T	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=47;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GTTTGTTTTTTGAGAGTCTTG;SOR=0.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=17721730;WS=17721711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	17723476	rs61476146	C	CCA	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=237;ReadPosRankSum=0.990;SC=AGGAATGCACCCAGGTGGCTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=17723484;WS=17723466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	17723739	rs12129196	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=0.113;SC=AGTGTTGGGCGGCGGGGGGCA;SOR=0.846;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=10;WE=17723747;WS=17723729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	17725158	rs3094884	C	A	46.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr1	17725358	rs2244936	C	G	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=529;ReadPosRankSum=0.451;SC=GGGGCGACTGCGCATCCCTGG;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=43;WE=17725366;WS=17725348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,61:0.48:128
chr1	17739586	rs942457	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=422;ReadPosRankSum=-1.148;SC=CCAGGCTCCGGATTCTCCAGC;SOR=1.082;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=23;WE=17739594;WS=17739576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr1	17739820	rs1075535	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=299;ReadPosRankSum=0.561;SC=GTGGCGTGCCTGTGCAGTCCT;SOR=1.048;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=23;WE=17739828;WS=17739810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr1	17764627	rs113663016	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	17914846	rs1193343	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=285;SC=CTGTCTGCGGCGCCCCTGGGG;SOR=4.174;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=15;WE=17914854;WS=17914836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	17929980	rs1193338	C	G	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=27;PP=1156;SC=CGGTGGTGCTCTCTCTCCCCA;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=71;WE=17929988;WS=17929970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	17949562	rs55693639	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=790;ReadPosRankSum=-1.394;SC=TGGTGTTCTTCCGCGTGAAGG;SOR=0.614;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=53;WE=17949570;WS=17949552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,68:0.42:163
chr1	17961345	rs34725104	C	T	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=8;PP=683;SC=AGCTGGAGATCAGCAGCCTGG;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=17961353;WS=17961335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	17991052	rs6695710	T	C	3320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=33;PP=1285;SC=CTGTGGGCCCTGGGTCACTGT;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=17991060;WS=17991042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	18017522	rs871087	T	C	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	18017558	rs871088	A	G	4772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=48;PP=2044;SC=TTCCACTCGCATACTCGACTG;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=123;WE=18017566;WS=18017548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	18017704	rs871089	C	T	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=67;PP=1830;SC=TGAACACTGCCGCATTAAGTC;SOR=1.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=36;TCR=68;TR=103;WE=18017712;WS=18017694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	18021406	rs905389	T	C	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=25;PP=1451;SC=AATGCATCCGTATGGCAGCCC;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=71;WE=18021414;WS=18021396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	18021444	rs41267491	G	T	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,81:0.53:153
chr1	18023290	rs2270979	C	T	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=17;PP=885;SC=CAGGTGCTTCCCTTAATGCGC;SOR=0.726;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=45;WE=18023298;WS=18023280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	18023365	rs2270978	C	T	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=39;PP=1284;SC=TCTCACTCAACGGGCACTGTG;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=76;WE=18023373;WS=18023355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	18023509	rs2270977	T	C	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=24;PP=995;SC=CCATGCCCGATAGCCACGTGG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=18023517;WS=18023499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	18023690	rs2270976	A	G	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=44;PP=1590;SC=CGACCCCGACATCTGGGTGCG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=93;WE=18023698;WS=18023680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	18023997	rs3835471	G	GC	261.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=312;SC=AACTACTTGGGCAGAGCAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=18024005;WS=18023987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	18149510	rs694214	G	T	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=39;PP=2645;SC=CGCCATGGCTGCAAGAACCGT;SOR=1.595;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=91;TCR=42;TR=130;WE=18149518;WS=18149500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	18149566	rs2296035	C	A	7285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GCACGGCCGGCTGGAATGAGC;SOR=0.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=107;TCR=87;TR=193;WE=18149574;WS=18149556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
chr1	18434518	rs9660391	G	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	18434904	rs34958868	A	ATAC	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.06;ReadPosRankSum=1.828;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	18554345	rs61762155	T	C	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=5;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=2144;ReadPosRankSum=0.937;SC=GCCCAGCCCCTCTGATCTGCT;SOR=0.613;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=73;WE=18554364;WS=18554335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,110:0.49:223
chr1	18554356	rs3738087	C	T	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=2144;ReadPosRankSum=0.595;SC=CTGATCTGCTCGTGCCCTTAC;SOR=0.617;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=74;WE=18554364;WS=18554335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,122:0.50:245
chr1	18605463	.	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=224;ReadPosRankSum=0.590;SC=GTTGGGGGAAGAAAACATGAA;SOR=0.883;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=19;WE=18605471;WS=18605453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr1	18661594	.	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=314;ReadPosRankSum=0.086;SC=GGCCATCCTGGGGGCCATCCA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=18;WE=18661602;WS=18661584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr1	18702988	rs10796450	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=31;PP=698;SC=ACTCTTCCTTTGATCCCCAGC;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=18702996;WS=18702978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	18704699	.	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=432;ReadPosRankSum=-0.927;SC=TGCTGTTCTGGAACGGGGTTG;SOR=1.064;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=25;WE=18704707;WS=18704689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr1	18807811	.	C	T	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=692;ReadPosRankSum=-1.347;SC=GGGCCACTTCCACAGACAGGA;SOR=0.619;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=50;WE=18807819;WS=18807801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,67:0.51:132
chr1	18807897	rs2992755	C	G	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.110;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=37;PP=1172;ReadPosRankSum=1.372;SC=CCTTGCTGCCCCAGCCAGGAA;SOR=0.574;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=102;TCR=72;TR=87;WE=18807905;WS=18807887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,143:0.55:258
chr1	18807953	rs11261022	C	A	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=44;PP=1485;ReadPosRankSum=-0.603;SC=CCATTTCCCCCGCTTGGGCAG;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=211;TCF=115;TCR=96;TR=99;WE=18807961;WS=18807943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,162:0.51:316
chr1	18808292	rs2992753	C	A	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1327;ReadPosRankSum=1.936;SC=AATGGAGGAGCATTTCATACA;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=70;TCR=92;TR=90;WE=18808300;WS=18808282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,117:0.53:220
chr1	18808465	rs3007718	T	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=592;ReadPosRankSum=0.498;SC=GAACAGGGGCTGCCTCGGGAG;SOR=1.010;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=36;WE=18808473;WS=18808455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr1	18808526	rs2992752	A	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=430;ReadPosRankSum=-0.496;SC=CTCCCCGCAGACAGGGCCGTG;SOR=0.756;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=31;WE=18808534;WS=18808516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr1	18809896	rs2992745	A	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=273;ReadPosRankSum=-1.274;SC=TTCTAGGCAAACAGGCAACCC;SOR=0.460;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=19;WE=18809904;WS=18809886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr1	18810344	rs2992740	G	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=285;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GGCCAGGAAGGAGCCGAGGGA;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=20;WE=18810352;WS=18810334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr1	18960722	rs4920523	G	C	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=26;PP=1404;SC=ACTGGAGTCAGGGAGTGTACT;SOR=1.299;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=83;WE=18960730;WS=18960712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	19071153	rs142874250	C	CGGAT,CGGATGGAT	331.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=6,6;NR=1,1;PP=176,90;SC=GTAGACAGGACGGATGGATGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7,7;WE=19071161;WS=19071143;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:6
chr1	19166294	rs12033832	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=483;ReadPosRankSum=-0.636;SC=AGAGGGAGACGGATGAGGTGA;SOR=0.529;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=31;WE=19166302;WS=19166284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr1	19168478	rs35542368	G	GA	38.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.385;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	19180762	.	C	T	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=777;ReadPosRankSum=-0.629;SC=GCCGAGGAGGCTGTGCAGGGC;SOR=0.643;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=54;WE=19180770;WS=19180752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,83:0.51:164
chr1	19181015	rs34447754	G	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=628;ReadPosRankSum=-0.976;SC=CCCAAGTGGCGCAGCTCCGTG;SOR=0.580;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=43;WE=19181023;WS=19181005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr1	19181082	rs28470550	A	C	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=597;ReadPosRankSum=2.219;SC=ACACGGCGCCAGTGAAGTTCT;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=51;WE=19181090;WS=19181072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,83:0.50:166
chr1	19181393	rs35874116	T	C	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=713;ReadPosRankSum=2.599;SC=ATGGCCTCGATGTGGTGGTCG;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=62;WE=19181401;WS=19181383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,86:0.41:212
chr1	19184077	rs68081213	A	G	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=601;ReadPosRankSum=1.042;SC=CCTCCACCGCAAAGCGCATGG;SOR=0.807;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=43;WE=19184085;WS=19184067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,78:0.48:162
chr1	19184176	rs72953138	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=-2.444;SC=AATGAGGAAGGAAGAGATAAG;SOR=0.559;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=13;WE=19184184;WS=19184166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr1	19186129	rs9701796	G	C	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=489;ReadPosRankSum=-2.058;SC=GAACAGGGAGGAGATGGTCTT;SOR=0.798;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=33;WE=19186137;WS=19186119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,50:0.39:127
chr1	19186320	rs9701803	G	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=-1.855;SC=GGAAAGGAGGGTGGAATTATG;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=11;WE=19186328;WS=19186310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	19199473	rs28700162	T	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=4;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=1011;ReadPosRankSum=-3.244;SC=ACACTTCTGTTTTTCTCTGAA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=35;WE=19199495;WS=19199463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr1	19199487	rs35255325	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=646;ReadPosRankSum=1.086;SC=CTCTGAAAAGATGCAACAGCC;SOR=0.603;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=26;WE=19199495;WS=19199463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr1	19199605	.	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=0.481;SC=CCAGAGGGATGGACAGGAGAC;SOR=0.116;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=19199613;WS=19199595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	19200895	rs35657817	C	T	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=1376;ReadPosRankSum=-1.251;SC=CCCCTCGAGACGTAACATCTA;SOR=0.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=42;WE=19200916;WS=19200885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,62:0.39:158
chr1	19200908	rs28529092	G	C	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=1909;ReadPosRankSum=0.270;SC=AACATCTAGGGTCTCCCACCA;SOR=0.857;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=56;WE=19200916;WS=19200885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,101:0.59:170
chr1	19201184	rs6665917	G	C	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=23;PP=504;SC=AGGTTCAACAGGAGGCCGAGT;SOR=2.554;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=19201192;WS=19201174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	19201956	rs2230708	A	G	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=42;PP=1638;SC=TGTACTTGTCATCCGGGTAGA;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=99;WE=19201964;WS=19201946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	19202770	rs7550822	T	C	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=32;PP=1116;SC=TCCGGTGGGATTGTCCTCCTC;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=19202778;WS=19202760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	19202896	rs2230707	G	A	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	19202917	rs7550938	T	C	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	19202926	rs2230706	T	C	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	19203997	rs2230705	C	G	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=29;PP=1111;SC=GACGCGAGCACGCGGAACACT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=19204005;WS=19203987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	19204154	rs6426813	G	A	190.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	19204173	rs6426814	A	G	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=200;SC=GGGGCCCAAAACACCACCTAC;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=19204181;WS=19204163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	19208145	rs112548638	G	GGGTTGCCT	2931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=15;PP=2512;SC=CAGGTGAGCAGGTGAACGTCC;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=33;WE=19208153;WS=19208135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	19208944	rs28566028	A	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=402;SC=GCTGGGCTGCACCTCCCCCAC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=19208952;WS=19208934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	19209543	rs6426611	A	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=15;PP=706;SC=CAAGGGGCTCAGGGTGGCCTC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=19209551;WS=19209533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	19215834	rs941495	T	C	5038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=44;PP=2000;SC=GGGGCTGAGCTCTGCCCACCC;SOR=0.972;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=109;WE=19215842;WS=19215824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	19216428	rs4592275	G	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=12;PP=564;SC=GCAGGCACGGGGCGCTATCTC;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=19216436;WS=19216418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	19223386	rs372356973	CA	C	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr1	19243589	rs3748586	A	G	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=39;PP=1106;SC=CTAGGATGGAAGGTAGGGGTG;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=19243597;WS=19243579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	19282981	rs1886768	A	C	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=6;PP=147;SC=GCCTCCGCAGAGACGGCAGGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=19282989;WS=19282971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	19421386	rs373965048	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-0.620;SC=ATGGAGGGGCCGAGCCCCACT;SOR=0.113;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=19421394;WS=19421376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	19428284	.	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=-1.430;SC=AGTTCAAATTGGAAATTTGAT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=11;WE=19428292;WS=19428274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	19478141	.	GA	G	1296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=652;ReadPosRankSum=0.011;SC=ACTCACTGAAGAGGTTCAGCT;SOR=0.803;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=18;WE=19478149;WS=19478131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr1	19492036	.	C	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.15;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	19492039	.	A	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	19495907	.	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=281;ReadPosRankSum=-0.732;SC=GTATTTCTACCCTGGAACAGA;SOR=0.839;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=21;WE=19495915;WS=19495897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr1	19578192	rs2294942	G	A	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=16;PP=939;SC=GCGGCGGCTTGGCAGGGAGAG;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=19578200;WS=19578182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	19582563	rs1557133	G	A	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=23;PP=689;SC=GGCAGGGGGAGGAAGGCCCTT;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=19582571;WS=19582553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	19583400	rs1774075	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=7;PP=326;SC=AAGGGACCCCAACGTGGGGAC;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=19583408;WS=19583390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	19583734	rs4912057	G	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=427;SC=TTGGCAGGCCGGAGGCTCAGG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=19583742;WS=19583724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	19595137	rs2235795	C	T	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=35;PP=1715;SC=GCGCCATACGCGGCCTGCAGG;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=93;WE=19595145;WS=19595127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	19595892	rs6665423	G	A	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.170;NF=22;NR=98;PP=2739;ReadPosRankSum=-1.058;SC=ATCAGCCCCCGGGCCCAGAGT;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=23;TCR=100;TR=120;WE=19595900;WS=19595876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr1	19596124	rs2235794	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=7;PP=482;SC=GTGCCTGAGGCAGGGGAAGAG;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=19596132;WS=19596114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	19596156	rs6665756	G	T	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=11;PP=521;SC=CCTGCCGGGTGGTGGCGCTGT;SOR=0.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=19596164;WS=19596146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	19597420	rs12046875	G	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	19609254	rs1738025	T	C	6086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=65;PP=2655;SC=CATTCGTGAGTAACCAAATGC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=135;WE=19609262;WS=19609244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	19609437	rs12070508	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.32;QD=30.98;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	19609522	rs140599506	G	A	46.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.73;QD=15.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	19611241	rs1738023	T	C	11525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=188;PP=2965;SC=TGTTTCCCATTCTTGTCCTCA;SOR=1.114;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=110;TCR=189;TR=298;WE=19611249;WS=19611231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr1	19612492	rs148340817	C	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.524;NF=16;NR=16;PP=363;ReadPosRankSum=1.327;SC=TTGCCCTGCTCAGGTGAGGCT;SOR=0.600;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=32;WE=19612500;WS=19612482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,55:0.49:113
chr1	19612533	.	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.579;NF=9;NR=18;PP=394;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CCCAGACCAGGAAAGGGAGGC;SOR=0.728;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=27;WE=19612541;WS=19612523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr1	19638309	rs2227295	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	19650982	rs41264065	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-1.013;SC=GGATCCCGCCCGTGGGGAGGA;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=6;WE=19650990;WS=19650972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr1	19651102	rs41264067	A	G	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=621;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CTGAGCATGCATCCCTTCCTC;SOR=0.710;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=88;TCR=43;TR=54;WE=19651110;WS=19651092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,103:0.45:231
chr1	19651277	rs41264069	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=464;ReadPosRankSum=0.856;SC=ACCCGGGCAAGGTGGCGCTAC;SOR=0.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=28;WE=19651285;WS=19651267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr1	19651300	rs41264071	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=1.188;SC=CTAACCCTGCTTCACCCTGCA;SOR=0.487;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=21;WE=19651308;WS=19651290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr1	19651330	rs41264073	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=270;ReadPosRankSum=0.197;SC=GAGGAGATGCCAGGCTCTTTG;SOR=1.436;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=17;WE=19651338;WS=19651320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	19652063	rs11558390	G	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=427;ReadPosRankSum=0.808;SC=AGTTCAGGACGCGCCCCTCTC;SOR=0.779;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=32;WE=19652071;WS=19652053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,59:0.80:74
chr1	19652127	rs199660210	AGTT	A	1129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.73;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr1	19652135	.	G	GGT	1158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.21;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr1	19653256	rs7553611	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TGGCTTGGGCAAGTTAATCCA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8;WE=19653264;WS=19653246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr1	19654023	.	A	ATCCCTCCC	233	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=56.78;NF=0;NR=3;PP=233;QD=80.6666666667;SC=CCATCCATCCATCCCTCCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=19654031;WS=19654013;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	19669235	rs12124843	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=173;ReadPosRankSum=-0.864;SC=CGCGGCTCTCAGGCAGGGTAC;SOR=0.575;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=16;WE=19669243;WS=19669225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr1	19746332	rs41264091	A	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	19923398	.	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GGAAGGGATGGAAGCAGCGGA;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=19923406;WS=19923388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	19934634	rs115692978	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr1	19934900	rs61740466	G	A	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=1244;ReadPosRankSum=1.628;SC=ATCCAACTCCGGGCCACAGGA;SOR=0.817;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=78;WE=19934908;WS=19934890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,120:0.58:207
chr1	19981451	rs3828101	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=0.674;SC=TAACACCACTACCCGGCCCCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=19981459;WS=19981441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	19981791	rs2294630	A	G	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=907;ReadPosRankSum=1.846;SC=ACAGTGACACAGGCATGGTGA;SOR=0.753;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=69;WE=19981799;WS=19981781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,112:0.53:211
chr1	19992513	rs1805054	C	T	3848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.625;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=1802;ReadPosRankSum=-1.604;SC=ACGCGCTGTACGGGCGCTGGG;SOR=0.667;Source=Platypus;TCR=115;TR=128;WE=19992521;WS=19992503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,184:0.57:322
chr1	20005346	rs8192532	A	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=661;ReadPosRankSum=-1.169;SC=TCTGCTCCATACATGCTGGGA;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=34;WE=20005354;WS=20005336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr1	20009384	.	TTTCCTTTCCCTTTCAGTTCCAA	T	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=3.788;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr1	20009737	rs10917514	G	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=569;ReadPosRankSum=-0.615;SC=AGGTGTCTCCGGATATGGGAC;SOR=0.575;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=34;WE=20009745;WS=20009727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,67:0.60:112
chr1	20020993	rs4370779	A	G	5217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.55;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	20020993	.	AC	GC,GT	558	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=43,18;NR=50,24;PP=512,558;QD=5.87926034997;SC=GGCCGGCGACACGGAGCTGCA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=93,42;WE=20021002;WS=20020983;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:95
chr1	20020994	rs4515815	C	T	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,72:0.48:151
chr1	20027404	rs10799834	G	A	4558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=79;PP=2273;SC=AGAAAAGGCCGTCAGTGTCCC;SOR=1.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=127;WE=20027412;WS=20027385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	20027423	rs10737480	T	G	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=68;PP=1978;SC=CCTGGCCACATTGGGTGCTGG;SOR=1.205;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=105;WE=20027431;WS=20027413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	20216860	rs10799593	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr1	20246876	rs61729970	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=236;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GCCCAGGTTGCGGCGAAAGCA;SOR=0.613;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=19;WE=20246884;WS=20246866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr1	20248646	rs1108972	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.68;ReadPosRankSum=1.095;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	20248651	rs1108973	A	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=10.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr1	20248709	rs1108974	A	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=598;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CAAGGTCACCATCAGGAGGGG;SOR=0.491;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=49;WE=20248717;WS=20248699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,66:0.46:142
chr1	20248798	.	A	T	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1250;ReadPosRankSum=0.115;SC=TACCGCAGAAAATGCCACGTT;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=91;WE=20248806;WS=20248788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,152:0.50:307
chr1	20304857	rs2307246	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=159;ReadPosRankSum=-1.226;SC=GGGTAGGGAGGGATAGGTGGC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=10;WE=20304865;WS=20304847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	20304926	rs4744	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=224;ReadPosRankSum=-0.141;SC=AGTGGCAGCCGTAGAAGCCAT;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=16;WE=20304934;WS=20304916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr1	20305065	rs10732279	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=0.910;SC=TGGGGTTCTGCGCCCTCCCTC;SOR=0.607;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=10;WE=20305073;WS=20305055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	20305180	rs372467984	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=276;ReadPosRankSum=-0.112;SC=GAGTGCTTCCCTTCTGGGGCT;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=21;WE=20305188;WS=20305170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr1	20395401	rs11573185	C	A	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=18;PP=960;SC=CACACTCCCCCCTACGTCCTT;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=20395409;WS=20395391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	20411332	rs2020887	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=202;ReadPosRankSum=-1.199;SC=AGATGAAAGGCCTCCTCCCAC;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=17;WE=20411340;WS=20411322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr1	20442054	rs584367	T	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=368;ReadPosRankSum=0.574;SC=TTGTAGATGCTGCACCCCTGG;SOR=0.650;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=29;WE=20442062;WS=20442044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr1	20446170	rs11298078	GT	G	880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=25.16;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	20470148	rs6657574	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=-0.601;SC=TCAGACTGACCTTGCCCTCCA;SOR=0.502;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=12;WE=20470156;WS=20470138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr1	20490518	rs6426616	T	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=396;ReadPosRankSum=-1.173;SC=ACACCTGGGCTGGCTGGAGAA;SOR=0.887;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=38;WE=20490526;WS=20490508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,60:0.47:127
chr1	20501442	rs10916718	T	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=257;ReadPosRankSum=1.544;SC=TCTCTGGCTTTGAGCATGAAC;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=20;WE=20501450;WS=20501432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr1	20503710	rs10753483	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCTTTTCTGCGGGACTTGTGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=20503718;WS=20503700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	20637043	rs12726937	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=1.366;SC=CCTCTTCCCACTTCCTGCCCT;SOR=1.496;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=24;WE=20637051;WS=20637033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr1	20637374	rs10916761	T	C	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=53;PP=1533;SC=AATGGTGAGATTCTTTCTGCT;SOR=1.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=74;WE=20637382;WS=20637364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	20640866	.	G	A	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=998;ReadPosRankSum=-1.087;SC=TGCACACCGGGAAAGGTGACC;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=69;WE=20640874;WS=20640856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,105:0.52:202
chr1	20643944	rs4654851	G	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=255;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GGAACTCATCGTCCTCTCCTT;SOR=0.148;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=17;WE=20643952;WS=20643934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr1	20649814	rs4655194	T	C	4040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	20656734	.	A	G	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.405;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.235;SC=GGTGGGACCAACATCCTTTCC;SOR=0.815;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=61;WE=20656742;WS=20656724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,108:0.53:204
chr1	20656824	rs2072752	A	G	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=862;ReadPosRankSum=1.154;SC=GGCGCTGTCAACAACACAGGG;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=51;WE=20656832;WS=20656814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,69:0.61:113
chr1	20657352	rs2072753	T	C	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=28;PP=1340;SC=CTCTTCTCCCTTTCCGCCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=20657360;WS=20657342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	20659514	.	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=0.492;SC=GCCTTAGCTGGAAAGACTATT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=20659522;WS=20659504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	20662938	rs10916769	A	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=391;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GGGCAGGCCAAAAATGCCCGG;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=30;WE=20662946;WS=20662928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr1	20664128	rs57312184	T	C	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=840;ReadPosRankSum=1.673;SC=CCCATCACTATCCCTGTCCAG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=61;WE=20664136;WS=20664118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,93:0.54:173
chr1	20668864	rs368745611	TCTC	T	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.424;QD=3.09;ReadPosRankSum=1.028;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,8:0.15:53
chr1	20671833	rs10799629	C	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=475;SC=TTAAAGGCTTCTTTAATCCCA;SOR=2.517;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=20671841;WS=20671823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	20671961	rs11582960	G	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=397;ReadPosRankSum=0.524;SC=TCCAACCGCCGCTACCAAGTG;SOR=0.546;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=28;WE=20671969;WS=20671951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr1	20672101	rs4655200	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.642;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=298;ReadPosRankSum=0.352;SC=GGCAGGCGAGCGGCCGGGGGC;SOR=1.167;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=19;WE=20672109;WS=20672091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr1	20676932	rs179471	T	A	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=74;SC=CACAGAGTACTCTGGTGACAG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=20676940;WS=20676922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	20680718	rs2072751	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr1	20680760	rs230180	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	20809956	.	TCTC	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=2.101;SC=CCCAGAGCCTTCTCCTCCTCC;SOR=0.368;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=3;WE=20809966;WS=20809948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,4:0.12:34
chr1	20829560	rs2641114	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=0.067;SC=TAATCTTAGCGATCACAAAGC;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=10;WE=20829568;WS=20829550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	20915531	rs602950	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=222;ReadPosRankSum=-1.655;SC=GACACACCCAAGGGGAGGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=16;WE=20915539;WS=20915521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr1	20915589	rs3215400	TC	T	2781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=29;PP=1738;SC=AGCTCCTGTTTCCCGCTGCTC;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=45;WE=20915597;WS=20915579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	20915701	rs2072671	A	C	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.484;NF=16;NR=20;PP=599;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GGAGGCCAAGAAGTCAGCCTA;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=36;WE=20915709;WS=20915691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,58:0.37:158
chr1	20940258	rs488991	T	A	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=23;PP=794;SC=ACAGACCGAGTCTCAGGGCCT;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=20940266;WS=20940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	20964328	rs2298298	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=6;PP=622;SC=TTCTTTTCTCATCACAGGCAA;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=20964336;WS=20964318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	20971875	rs3131712	G	A	151.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	20971980	rs11379920	C	CA	67.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr1	20972048	rs3131713	G	A	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=15;PP=798;SC=TCCCCTCTCCGCCAGCTATCC;SOR=1.094;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=41;WE=20972056;WS=20972038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	20977221	rs686658	A	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=605;SC=CTAAAAGAACATGGCATCCTC;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=20977229;WS=20977211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	20978832	rs6893	T	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=9;PP=565;SC=ACCCCCCTCCTTGCCCCGTCT;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=31;WE=20978840;WS=20978822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	20979307	rs11428148	G	GT	2001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=33;PP=1967;SC=GCCTGGGGCCGTTTCTGGCAG;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=48;WE=20979315;WS=20979297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	20980880	rs607254	G	A	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	20981806	rs592851	G	A	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	20982631	rs4704	G	A	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=63;PP=2115;SC=CACTGCCTCCGCCGTCAATAA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=121;WE=20982639;WS=20982621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	20987873	rs537816	G	C	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=28;PP=1081;SC=GACCCAGCACGTGCACACCGG;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=20987881;WS=20987863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	20992606	rs630484	G	T	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=28;PP=1623;SC=CTCCGAGAGGGAAAGGAGTTT;SOR=1.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=84;WE=20992614;WS=20992596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	20992819	rs631357	G	C	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=42;PP=1413;SC=TGTAGCGGTCGTCCTCCTGCC;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=20992827;WS=20992809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	21016906	rs493018	G	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.378;NF=1;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=0.488;SC=ATTCCTTTTTGGTTATTCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=21016914;WS=21016896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	21024901	rs522496	C	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=396;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TCGGCCTCCACGTCATGCTGG;SOR=0.823;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=35;WE=21024909;WS=21024891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr1	21030870	rs55647415	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=-2.124;SC=GTTGGAGGCGAGAAGACAGAG;SOR=1.802;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=9;WE=21030878;WS=21030860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr1	21030902	rs900039	G	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.612;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=337;ReadPosRankSum=0.720;SC=TTCTCCTGGGGACCTGGCCCT;SOR=0.250;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=22;WE=21030910;WS=21030892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	21031042	rs2296225	T	C	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=908;ReadPosRankSum=0.360;SC=TCCTCATTGATGCGCGGCTTG;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=71;WE=21031050;WS=21031032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,125:0.54:231
chr1	21036163	.	G	A	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.505;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=33;PP=1396;ReadPosRankSum=-1.003;SC=TGATGGTGAAGATGGAGTGCG;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=89;WE=21036171;WS=21036153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,138:0.46:300
chr1	21040079	rs10799661	C	A	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.83;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	21040079	.	CTCAGAGCTC	ATCAGAGCTC,ATCAGAGCTT	300	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=19,9;NR=36,13;PP=211,300;QD=4.46856750086;SC=GAACCTAGACCTCAGAGCTCG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55,22;WE=21040096;WS=21040069;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:55
chr1	21040088	rs41307866	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr1	21042094	rs12046928	G	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CTGTCTGGCCGTAGGCAAAGA;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=26;WE=21042102;WS=21042084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr1	21042140	.	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=435;ReadPosRankSum=-0.686;SC=GCCCTGCATGGGAGGAAGGCA;SOR=0.633;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=29;WE=21042148;WS=21042130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr1	21042300	rs554111	C	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=242;SC=GGAGTTGACTCTCTGGTGGGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=21042308;WS=21042290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	21043913	rs604659	T	C	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=15;PP=966;SC=CCCTGGGGACTCTCGGGGCGG;SOR=1.355;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=47;WE=21043934;WS=21043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	21043926	rs604645	T	C	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=20;PP=1182;SC=CGGGGCGGCCTCATGCCCTGC;SOR=1.248;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=21043934;WS=21043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	21044161	rs601329	A	G	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=44;PP=1405;SC=GGTTCATGGGACGGCAGCGCA;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=21044169;WS=21044151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	21044219	rs601392	A	C	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=586;SC=CCCAGGACCAACGGGACCAGA;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=21044227;WS=21044209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	21049518	rs12403580	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr1	21050270	rs3753047	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=0.232;SC=TGGCCGAGCCCTCCCATTCCC;SOR=0.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=13;WE=21050278;WS=21050260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr1	21050958	rs592060	C	T	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=77;PP=2327;SC=TCTGAGAGAGCTGATCACGGC;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=122;WE=21050966;WS=21050948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	21051237	rs182109132	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CCTTGGCTTCGGAGGCTCTTC;SOR=0.735;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=21051245;WS=21051227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	21053887	rs10916853	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=247;ReadPosRankSum=1.078;SC=GTGTCCTGACCAGCCCACCAC;SOR=0.518;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=21;WE=21053895;WS=21053877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr1	21071967	rs2274119	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=275;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TTAGCCCCTCCTATAGCACTA;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=20;WE=21071975;WS=21071957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr1	21094062	.	G	A	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=430;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TCAAACTGTGGTATAGATGTC;SOR=0.527;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=37;WE=21094070;WS=21094052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,72:0.49:147
chr1	21099846	rs589755	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	21099986	.	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=200;ReadPosRankSum=-1.630;SC=TGGGACGTGGGGAAGAAGCCA;SOR=0.752;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=18;WE=21099994;WS=21099976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr1	21106204	rs3077064	GA	G	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	21143774	rs12126757	A	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	21143782	rs76848587	A	AATAAAAAAAATAAAT	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=2.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr1	21167404	rs2230573	A	G	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=23;PP=1328;SC=TGATAGAGTAATTGGCCCATG;SOR=1.119;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=68;WE=21167412;WS=21167394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	21175823	.	T	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=1.761;SC=CAGTTCACAATGACACCTGAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=21175831;WS=21175822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	21175855	rs7525082	C	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=3;PP=416;SC=CCAAGTTATTCTATACTATCA;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=21175863;WS=21175845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	21179969	rs7542882	G	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=442;SC=CATAAGGATTGCTATCAAAAC;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=21179977;WS=21179959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	21180181	rs2305463	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=0.067;SC=CTACACATGTCGAGGATTTAG;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=14;WE=21180189;WS=21180171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr1	21180250	rs7543140	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=-1.471;SC=ATCCCTAGGTGAGGCCTGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=21180258;WS=21180240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	21181595	rs1463273	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=366;ReadPosRankSum=0.347;SC=AGTCAATTATAGGAAATATTC;SOR=0.620;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=25;WE=21181603;WS=21181585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr1	21183819	rs145504996	TTG	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr1	21188703	rs10916885	A	T	1576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1482;ReadPosRankSum=1.906;SC=GCTTATTATTATTTTTTTTCC;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=160;TCF=86;TCR=74;TR=82;WE=21188711;WS=21188690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,102:0.41:247
chr1	21188871	rs17409373	C	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=240;ReadPosRankSum=2.778;SC=GAAACTTAAACGTAATTTTAC;SOR=0.551;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=17;WE=21188879;WS=21188861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr1	21219050	rs6685306	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	21295864	rs2271115	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=2.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=0.858;SC=TGCGAGACAACTGATGGAAAT;SOR=1.255;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=21295872;WS=21295854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr1	21325360	rs885363	C	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.866;SOR=1.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr1	21327637	rs1395508	C	T	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=33;PP=1779;SC=GTCAAAAATACTAAGTGCCAG;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=91;WE=21327645;WS=21327627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	21377314	rs6426663	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=4;PP=403;SC=AAAATGATGCCTTTACAGGGA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=21377322;WS=21377304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	21494634	rs61779121	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=1.246;SC=TGGTGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=3;WE=21494643;WS=21494624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	21494635	rs74580828	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=335;ReadPosRankSum=-1.246;SC=GGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=7;WE=21494643;WS=21494624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	21502721	.	CGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCT	C	1700.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-1.295;QD=17.35;ReadPosRankSum=2.426;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr1	21502724	.	TGCCGCCGCC	T	1018.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.331;HP=1;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.763;NF=12;NR=14;PP=2992;ReadPosRankSum=-2.197;SC=GGGGGACCGCTGCCGCCGCCG;SOR=1.172;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=26;WE=21502767;WS=21502711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr1	21502796	.	TGCC	T	805	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=92;MMLQ=17;MQ=59.94;NF=6;NR=13;PP=805;QD=43.1578947368;SC=GTACCGCTGCTGCCGCCGCCG;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=19;WE=21502806;WS=21502786;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr1	21503233	.	C	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr1	21548068	rs2076281	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=0.320;SC=CTTCACTGGTACTTTGGGCCC;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=21548076;WS=21548058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	21554319	rs6426676	A	G	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=166;SC=CTGCAACCTGAAGCACTGGGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=21554327;WS=21554309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	21560253	rs28368029	G	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=-1.010;SC=AGATTAATCTGCAGGCTGGAG;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=9;WE=21560261;WS=21560243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	21571601	rs12562197	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=1.038;SC=AGCAGGCTGCGGGGAGAGGAG;SOR=0.628;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=17;WE=21571609;WS=21571591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr1	21573722	rs2229450	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=240;ReadPosRankSum=-0.872;SC=ACCATCTGTCGGTGGTGTTGA;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=19;WE=21573730;WS=21573712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr1	21582348	rs2076282	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=-0.838;SC=TTTCAAGGACTAGATGAAATG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=7;WE=21582356;WS=21582338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	21583925	rs2076280	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=246;ReadPosRankSum=-0.913;SC=CCTGGGCTCCCCTAGCTTCAA;SOR=1.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=15;WE=21583933;WS=21583915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
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chr1	21751142	rs150916531	A	G	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.24;MQRankSum=-3.721;QD=16.17;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
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chr1	21752830	rs139145324	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.91;MQRankSum=-2.304;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.117;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
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chr1	21754996	rs12024079	C	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.39;QD=24.25;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	21755055	rs12024104	C	A	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.46;QD=24.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	21755135	rs41302024	T	G	46.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=15.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	21755347	rs41310392	C	T	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=16;PP=498;SC=CACCCTGCTACGAGACCCCGT;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=21755355;WS=21755337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	21755453	rs3856177	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.36;QD=26.90;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	21755539	rs3855556	C	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=22.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	21755756	rs56343055	G	C	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=41;PP=1584;SC=CAGTACAACAGCACGCGGGCG;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=81;WE=21755764;WS=21755746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	21755867	rs7522332	A	G	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=40;PP=1251;SC=TTCCAGCAGCACTACCAGTAC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=21755875;WS=21755857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	21755906	rs3738922	G	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=30;PP=853;SC=AGGGAGCAGCGCCTGAGGAGC;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=21755914;WS=21755896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	21756008	rs3894725	G	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=57.05;NF=3;NR=10;PP=257;SC=GACTACATGAGCCACATCATT;SOR=1.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=21756016;WS=21755998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	21756069	rs7532750	G	A	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.17;QD=22.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	21795388	rs1827293	A	G	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=47;PP=1410;SC=CAAAATAATTACGGTAAGTTC;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=72;WE=21795396;WS=21795378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	21799489	rs1971327	T	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=28;PP=677;SC=CTGGCATCTATGATGGGCCGA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=21799497;WS=21799479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	21799823	rs1971328	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=5;PP=716;SC=CTGGTGTCCAATCCCTCTGTG;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=21799831;WS=21799813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	21800185	rs7520015	T	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=29;PP=820;SC=TCTATTATGGTATTCTTAACA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=21800193;WS=21800175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	21801346	rs7531217	G	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=518;SC=GTCATATGTGGAGTGTGAATT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=21801354;WS=21801336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	21804815	rs7535654	T	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=464;SC=GTACTCCATTTTGAAGGTGAT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=21804823;WS=21804805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	21805730	rs2316504	A	G	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=139;SC=AAAGTCTCCTATTCTCACACT;SOR=1.127;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=21805738;WS=21805720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	21807367	rs201117263	TA	T	134.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.69;QD=26.97;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	21808159	rs71512991	G	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.77;MQRankSum=-6.806;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,66:0.40:163
chr1	21808207	rs146564096	A	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQRankSum=-5.534;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr1	21808223	rs145079058	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.75;MQRankSum=-3.999;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr1	21809750	rs202069483	T	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.15;QD=31.69;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	21887290	rs1767430	C	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TAGCTAGGAGCCCCGGGAGCC;SOR=1.402;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=11;WE=21887298;WS=21887280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
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chr1	21889784	rs35423948	CG	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=0.684;SC=GCTGGTGAGTCGGGGGAGCAG;SOR=1.201;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=21889792;WS=21889774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	21890464	rs1767428	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.09;SOR=4.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr1	21900459	rs35488260	A	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=0.859;SC=AGACACTCCCAGCCCAGCAAG;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=21900467;WS=21900449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	21925108	rs2794278	T	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=8;PP=297;SC=ACCCGTACCCTCTGCGAGGAG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=21925116;WS=21925098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	21926187	rs1767445	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=157;ReadPosRankSum=2.086;SC=CCTTGCCCTCCCCAACCCGGG;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=10;WE=21926195;WS=21926177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	21928344	rs2275366	C	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.789;SC=TGGCATCAGGCGTAGCGTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=21928352;WS=21928334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	21929260	rs829368	A	G	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=28;PP=1177;SC=AGGGATGGGGATGCAGGGGAA;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=21929268;WS=21929250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	21929366	.	G	A	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr1	21929456	rs3215988	GC	G	831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=20;PP=466;SC=GAGCCCCAGTGCCCCCCCCAC;SOR=2.226;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=21;WE=21929464;WS=21929446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	21930542	rs3767111	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr1	21932530	rs1767443	C	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=302;ReadPosRankSum=-0.763;SC=AGGGAGGGGCCGGGGCCTGGG;SOR=0.638;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=19;WE=21932538;WS=21932520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr1	21934667	rs829371	G	A	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=53;PP=1879;SC=CCCTAGCCACGTCCCTGCTCC;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=106;WE=21934675;WS=21934657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	21935433	rs861212	G	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.976;SC=CAGGCCCCTGGAAACTCCCAG;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=11;WE=21935441;WS=21935423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr1	21935884	rs34097078	GA	G	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.995;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr1	21938375	rs2275364	T	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=24;SC=CTGTCCCTACTTGGACCCAGA;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=21938383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	21939493	rs3767113	G	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=6.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-2.735;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr1	21940555	rs2275363	C	T	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=34;PP=907;SC=CCGAGGGCAGCGTCCAGTGAG;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=21940563;WS=21940545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	21944352	rs748488	A	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=440;ReadPosRankSum=0.027;SC=AAGGAGGAGGACCTGGTATCC;SOR=1.071;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=27;WE=21944360;WS=21944342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr1	21946415	rs1681255	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr1	21952884	rs1130564	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr1	21953304	rs1531829	G	A	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.311;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=660;ReadPosRankSum=-1.420;SC=CAGGGCTACCGCTATTACGAA;SOR=1.016;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=49;WE=21953312;WS=21953294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,77:0.39:196
chr1	21953348	rs143347088	G	T	4112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=44;PP=1653;ReadPosRankSum=-1.371;SC=GACGCTCATTGGGCCTACCAC;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=116;TCR=72;TR=114;WE=21953356;WS=21953338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,194:0.61:318
chr1	21953436	rs829412	A	G	8140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=114;PP=2965;SC=CCCACTTTACAGACAGGACCC;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=101;TCR=114;TR=215;WE=21953444;WS=21953426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr1	21961091	rs829380	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=136;ReadPosRankSum=-0.898;SC=CACATGGGGCCGCCACCCTCG;SOR=0.425;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=21961099;WS=21961081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	21961339	rs10799706	A	T	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.310;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=67;PP=2279;ReadPosRankSum=-0.455;SC=CACCCCACCGAGGACTTCAGT;SOR=0.457;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=119;WE=21961347;WS=21961329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr1	21991760	rs75449578	C	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.642;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=439;ReadPosRankSum=0.628;SC=GGTCTGCTTCCTCCGAATGGG;SOR=0.416;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=29;WE=21991768;WS=21991750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr1	21995734	rs78143302	G	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.971;SC=CAGCCCTGGCGGGGCGCACTC;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=11;WE=21995742;WS=21995724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr1	22005783	.	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=514;ReadPosRankSum=0.287;SC=CGTTTGAATGGATTTCTGCCT;SOR=0.559;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=28;WE=22005791;WS=22005773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr1	22013561	rs829420	C	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=189;SC=TCTACTGTAACAATATGTGGA;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=22013569;WS=22013551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	22016678	rs11422483	T	TA	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	22030120	rs370210128	GA	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr1	22030189	rs829372	T	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=18;PP=382;SC=TAAAAACATATGTCAAAGTTA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=22030197;WS=22030179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	22032472	rs11426922	A	AT	272.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=412;SC=TATTCATTTAATTAATAGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=10;WE=22032480;WS=22032462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	22032570	rs333173	T	G	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	22033011	.	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=583;ReadPosRankSum=1.483;SC=ACAAATTTGGGAGAGAAGTCT;SOR=0.620;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=40;WE=22033019;WS=22033001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,58:0.47:123
chr1	22079457	.	TA	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr1	22084145	rs17458515	T	C	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	22139141	rs34297508	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=1.941;SC=ACCTTTTGAGCTGGGGGAGGC;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=16;WE=22139149;WS=22139131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	22141206	rs10917051	A	C	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=74;PP=2397;SC=TGCGGCCTGAACATCCCGGTG;SOR=1.645;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=28;TCR=75;TR=102;WE=22141214;WS=22141196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	22149935	rs897467	T	C	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=35;PP=1069;SC=CTGTGATGCCTGAGGAGAATC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=22149943;WS=22149925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	22150257	rs3736357	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=622;SC=ACTTCCTGGTCCTCCCCGGCC;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=22150265;WS=22150247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	22157689	rs3736355	G	A	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=88;PP=2541;SC=GCCAGGTGGTGTGTGGGGTGT;SOR=1.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=146;WE=22157697;WS=22157679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	22158363	rs4654771	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=5;PP=183;SC=GCCCAGTTGGGTAGAGGGGTC;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=22158371;WS=22158353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	22160020	rs17459097	C	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=571;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GCGGTGCAGACGTAGGTACCT;SOR=0.925;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=43;WE=22160028;WS=22160010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,68:0.53:129
chr1	22160148	rs7547731	C	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=19;PP=598;SC=CCTTGGCCCACGGCTCCAGGG;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=22160156;WS=22160138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	22161635	rs11338283	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	22168216	rs7556412	C	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=19;PP=534;SC=TGGTCCTTCTCGTGTCTTGGT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=22168224;WS=22168206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	22174600	rs3767138	A	G	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=38;PP=1154;SC=CAGGAAGCAGATGGCAGGAGG;SOR=1.497;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=53;WE=22174608;WS=22174590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	22177119	rs61777200	A	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=229;SC=TGTCCTTCACATGGGGAAGGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=22177127;WS=22177109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	22178111	rs139001173	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,62:0.58:106
chr1	22179673	rs12049614	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=436;SC=GGCCGACAGGTGGCCTTTCTG;SOR=1.559;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=22179681;WS=22179663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	22180244	.	A	AAAAAT	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	22180548	rs12117402	T	C	6211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=70;PP=2763;SC=TCAACCTCCTTCTCTCTCTGA;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=77;TCR=70;TR=147;WE=22180556;WS=22180538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	22180813	.	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=142;ReadPosRankSum=2.884;SC=AGACCTGGGGGAGCCGCAGAC;SOR=0.445;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=12;WE=22180821;WS=22180803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr1	22182459	rs138251496	C	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-1.746;SOR=1.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	22183471	rs12024579	A	C	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=22;PP=1037;SC=TGGGGGAGAGACAGGAGGGGA;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=22183479;WS=22183461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	22183739	rs2305562	A	G	6331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=65;PP=2670;SC=AGACCCCAGAAGACAGACTTC;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=78;TCR=66;TR=143;WE=22183747;WS=22183729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	22186234	rs10917056	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=463;SC=AGCCCCATGCACAAGGACAGC;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=22186242;WS=22186224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	22191454	rs897471	G	A	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=23;PP=762;SC=GATGCTGGCCGCCAGCGGCAC;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=22191462;WS=22191444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	22199081	rs2501266	A	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=4;PP=191;SC=AGGTGGCAACACCGCCTGGGG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=22199089;WS=22199071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	22199245	rs2229482	C	T	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=15;PP=867;SC=TGAGGCCTTCCACCTGGGCCT;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=22199253;WS=22199235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	22199821	rs2454290	G	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=23;PP=1110;SC=CTCCGCCCTAGGGACTCTGGG;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=22199829;WS=22199811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	22200067	rs2247741	A	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=280;SC=AACTGGGCAGAGAAGAGCAGG;SOR=1.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=22200075;WS=22200057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	22200082	rs2445136	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=9;PP=165;SC=AGCAGGGACGTGCCCTGGACC;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=22200090;WS=22200072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	22200835	rs2445135	C	G	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=81;SC=CTGGATGAAGCGGGTGTGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=22200843;WS=22200829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	22201438	rs41307806	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=398;ReadPosRankSum=-1.927;SC=CCACTTCCAGCGCGGGGTCCT;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=37;WE=22201446;WS=22201428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr1	22202109	rs2501265	C	T	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=11;PP=712;SC=CCTCCTGCCCCGGCTCCAGAC;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=22202117;WS=22202099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	22203259	rs2454295	A	G	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=42;PP=1151;SC=AGCCACTGAAAGAGCACATGT;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=22203267;WS=22203249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	22205408	rs2454294	T	C	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=152;SC=CCAAGTCTCCTGCCTCCCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=22205416;WS=22205404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	22205466	rs2454293	T	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=6;PP=315;SC=AAACCCCCCCTGACCCGGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=22205474;WS=22205456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	22206649	rs989994	T	C	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=30;PP=1380;SC=GCCATTGCAATTGCAACCAGA;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=75;WE=22206657;WS=22206639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	22206942	rs1874793	G	A	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=44;PP=2227;SC=GTCCCACGCTGGCCATCTTGG;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=105;WE=22206950;WS=22206932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	22207235	rs1874792	T	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=28;PP=740;SC=CCGGCACCCATGAGGACCACG;SOR=1.647;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=22207243;WS=22207225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	22207804	rs139046040	ACCCAGGGTGGCAG	A	5169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=25;PP=2970;SC=TTCTTTCCCCACCCAGGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=33;WE=22207824;WS=22207794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	22208030	rs921847	C	T	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=160;SC=AGGGCTGCAGCCTGGGCCTGC;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=22208038;WS=22208020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	22211222	rs4654994	T	C	5490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=62;PP=2239;SC=AGCCCGGCTCTGCCCCCACAC;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=143;WE=22211230;WS=22211212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	22214046	rs41307868	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.918;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=44;PP=960;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AACCGGGAAGCAGGGGCTGAG;SOR=0.944;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=68;WE=22214054;WS=22214036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,77:0.51:151
chr1	22215088	rs2445140	T	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=8;PP=352;SC=CGTGAGCCCCTGCACCCGGCC;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=22215096;WS=22215078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	22216574	rs2254358	C	A	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=67;PP=2149;SC=GAATCTGAGCCCCATCCGCAT;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=130;WE=22216582;WS=22216564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	22216604	rs2254357	C	G	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=63;PP=2056;SC=AGCCCACATCCAGCTCCACAA;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=112;WE=22216612;WS=22216594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	22217108	rs2501260	G	A	10603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=135;PP=2965;SC=ACACCTCTCGGAACTCTCTGG;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=111;TCR=135;TR=246;WE=22217116;WS=22217098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr1	22304428	rs12074015	CC	GT	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	22304463	rs12058649	A	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.22;QD=31.18;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	22304980	rs190263983	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.685;NF=9;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=-1.234;SC=TCATTCCCACCGTGGGCTCTG;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=24;WE=22304988;WS=22304970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr1	22307340	rs7528228	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=1;PP=351;SC=ATGAGAAAAGCGGAAGCTTCT;SOR=3.160;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=22307348;WS=22307330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	22307358	rs7528300	C	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.70;QD=23.23;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	22307538	rs7528405	C	T	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=24;PP=682;SC=CAGGAGCTCCCGGACCTACCA;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=22307546;WS=22307528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	22310080	rs10799723	G	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=9;PP=497;SC=TTTGGAGGGTGAAGGAGCTGG;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=22310088;WS=22310070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	22310139	rs10733031	T	G	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.53;QD=44.35;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	22310145	rs10733032	C	T	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.99;QD=43.17;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	22310262	rs10733033	G	C	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=39;PP=1517;SC=CACTCCCTCCGGCTGGTGACA;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=93;WE=22310270;WS=22310252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	22310411	rs28468423	A	G	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.10;QD=41.71;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	22310411	.	AGA	GGG	1230	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=50.23;NF=17;NR=36;PP=1230;QD=24.2163749974;SC=CACCAAGACCAGACCTTGTAC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=53;WE=22310421;WS=22310401;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,53:0.87:61
chr1	22310413	rs7549398	A	G	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.06;QD=46.66;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	22310556	.	C	T	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.097;NF=63;NR=23;PP=1300;ReadPosRankSum=-1.086;SC=CATGCAGGACCATTTAGCGGG;SOR=1.115;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=173;TCF=118;TCR=55;TR=86;WE=22310564;WS=22310546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,103:0.47:219
chr1	22310662	rs6426735	G	T	13484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=139;NR=156;PP=2965;SC=CCCCTGACTCGGTGCTTTTTA;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=141;TCR=158;TR=295;WE=22310682;WS=22310641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr1	22310674	rs7538207	C	T	12477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=128;NR=158;PP=2965;SC=TGCTTTTTATCGCTGCAGCCA;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=129;TCR=159;TR=286;WE=22310682;WS=22310641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr1	22310725	rs3820287	G	C	7183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=136;PP=2965;SC=CCCTGCTGCCGGTGGTGGACT;SOR=1.216;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=75;TCR=137;TR=209;WE=22310733;WS=22310715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	22310824	rs1803531	T	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=39;PP=880;SC=CCGGCTGCAATGTGAGTCAGC;SOR=4.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=42;WE=22310832;WS=22310814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	22313017	rs61777963	G	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.725;NF=13;NR=6;PP=200;ReadPosRankSum=0.590;SC=CTCTCTGACGGTTCCAGGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=19;WE=22313025;WS=22313007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr1	22313161	rs1803530	T	C	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.46;QD=25.47;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	22313197	rs34963341	C	A	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=41;PP=1337;SC=CAGGGCGGCCCGGAGGGCTTT;SOR=1.108;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=67;WE=22313205;WS=22313187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	22315738	rs4655006	C	T	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.12;QD=27.80;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	22329062	rs143337942	CC	GT	4048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-8.703;NF=49;NR=35;PP=2137;ReadPosRankSum=0.087;SC=TCTCAAACTCCCGGGCTCAAG;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=84;WE=22329071;WS=22329052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,105:0.52:203
chr1	22329414	rs10917107	G	A	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=17;PP=902;SC=CCAGTTGAAGGCATGGCTTGG;SOR=1.306;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=51;WE=22329422;WS=22329404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	22333595	rs3820290	G	A	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=31;PP=1092;SC=CACCAAGACCGGACCTTGTAC;SOR=1.345;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=49;WE=22333603;WS=22333585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	22336277	rs3820285	C	G	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=47;PP=1591;SC=TTTGTTTCTGCCTTTGGCTGC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=92;WE=22336285;WS=22336267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	22336371	rs3806297	C	A	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=36;PP=1018;SC=CAGGGCGGCCCGGAGGGCTTT;SOR=1.675;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=47;WE=22336379;WS=22336361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	22408106	rs2501282	G	A	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=25;PP=1085;SC=GGATGGACTAGGGGACGATTA;SOR=0.973;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=62;WE=22408114;WS=22408096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	22447148	rs12756110	G	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=12;PP=285;SC=CCTCCTCTTAGGAATTACGCG;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=22447156;WS=22447138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	22447645	rs41420150	C	CTG	590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=463;SC=GTGGGAGAGTCTGGGGCCCTG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=22447653;WS=22447635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	22832743	rs209732	A	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=207;SC=AGGTATTAGTAAATTGTTGAC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=22832751;WS=22832733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	22835677	rs209729	A	G	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=57;PP=1774;SC=AAGATTGAGTACAAGCTCTTT;SOR=1.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=83;WE=22835685;WS=22835667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	22837586	rs34404742	CT	C	302.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.696;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr1	22846709	rs209720	G	A	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=45;PP=1289;SC=GGAGCGGCACGTGGTGACCCA;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=76;WE=22846717;WS=22846699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	22849003	rs998978	A	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=681;SC=CGGGGCCTGAATCTCCCCTCC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=22849011;WS=22848993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	22852715	rs881646	G	C	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=36;PP=1323;SC=CCCCAGAGCCGGTGGCCCCGA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=22852723;WS=22852705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	22902862	.	C	T	4483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=68;PP=2125;ReadPosRankSum=-2.185;SC=TCAAGTTTACCCTGCGCGACT;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=299;TCF=151;TCR=148;TR=143;WE=22902870;WS=22902852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,217:0.48:452
chr1	22915880	.	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=0.433;SC=TAGAAAAGTGGAACACATTCT;SOR=0.732;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=17;WE=22915888;WS=22915870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr1	22924594	rs181468505	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr1	22925292	rs664340	C	G	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=39;PP=1803;SC=CAGGCGCCTCCCCGGGCTTTC;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=106;WE=22925300;WS=22925282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	22987958	rs10580	A	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=678;SC=CCCTTGCCCAACCAATGCACA;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=22987966;WS=22987948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	23101688	rs1561624	T	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=21;PP=879;SC=GTTGTGAAAATAGATGGATGT;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=23101696;WS=23101678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr1	23189573	.	C	T	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=533;ReadPosRankSum=-1.334;SC=GGGATGAGGCCTGTACCCACT;SOR=0.599;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=41;WE=23189581;WS=23189563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,63:0.61:104
chr1	23191746	rs45550439	G	T	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=53;PP=1147;ReadPosRankSum=1.310;SC=GCCCCATCGCGCTGTGCCAGG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=38;TCR=91;TR=75;WE=23191754;WS=23191736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,101:0.60:169
chr1	23216712	rs309474	T	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=161;ReadPosRankSum=0.064;SC=GAGCCTCAGCTGGAAGTTGAG;SOR=0.648;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=14;WE=23216720;WS=23216702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr1	23219187	rs116119	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=0.271;SC=CTCTGCCTACCTTTGTGGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=23219195;WS=23219177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	23219493	rs309472	T	C	6917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=85;PP=2965;SC=CCGTGGCAGGTTACGGGCGCT;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=160;WE=23219501;WS=23219483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	23221855	rs77501996	A	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=827;ReadPosRankSum=0.519;SC=AGGGGCAGGAACAGAGTCTAG;SOR=0.593;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=47;WE=23221863;WS=23221845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr1	23223116	rs309466	C	T	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=687;ReadPosRankSum=-0.592;SC=AGCTCACTCTCACCTCTAGGC;SOR=0.657;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=50;WE=23223124;WS=23223106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,70:0.55:127
chr1	23232393	.	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=250;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GAGTGGATTTCCCTCCACGGA;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=23232408;WS=23232389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	23232400	rs309502	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	23236826	rs309497	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=430;ReadPosRankSum=1.042;SC=AGAGGGTAGACGCCCTCAGCC;SOR=0.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=29;WE=23236834;WS=23236816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr1	23289568	rs10799777	T	C	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=649;SC=GCCCAGCCCATATGCCCAGTT;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=23289576;WS=23289558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	23291582	rs4655138	G	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	23342193	rs10917344	C	G	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=110;SC=CATAGATGAACCTTGAGGACA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=23342201;WS=23342183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	23342362	rs681648	A	G	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=224;SC=TGTTTAATGTATACAGAATTT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=23342370;WS=23342352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	23356864	rs10799788	G	A	231.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.28;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	23357282	rs6682560	A	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=0.518;SC=GTGTGTGTGTATACATATACA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=23357290;WS=23357272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	23380198	rs579785	A	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=568;SC=TTTTAAAGATAGTCAAATAAC;SOR=2.448;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=23380206;WS=23380188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	23385826	rs79588010	CTT	C	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=175;ReadPosRankSum=-0.193;SC=TTTCTTAACTCTTGAGCTATG;SOR=0.671;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=6;WE=23385835;WS=23385816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr1	23399932	rs967605	C	T	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=31;PP=960;SC=ATTGCACATGCCTTTGAGAGG;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=23399940;WS=23399922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	23405794	rs2072945	A	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=321;SC=TTGTGACATCAGGGCTGAGGC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=23405802;WS=23405784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	23409538	rs2235546	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=0.781;SC=GAGACTCTTCGATAGAATGAT;SOR=0.382;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=10;WE=23409546;WS=23409528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr1	23418153	rs10799790	C	T	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=42;PP=1578;SC=TCTGGCCTGTCCTTCAGGGGC;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=23418161;WS=23418143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	23419261	rs477717	G	A	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=45;PP=1815;SC=CCTTCAGTCCGCTCTCGGTGC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=89;WE=23419269;WS=23419251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	23419374	rs3765407	G	T	6606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	23419383	rs477830	C	T	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.92;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	23419855	rs1983965	T	C	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=30;PP=1170;SC=GTTTGATTTGTGTCTTAAGTT;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=64;WE=23419863;WS=23419845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	23519477	rs623988	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.567;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	23519508	rs113803399	T	TA	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr1	23664511	rs11586100	T	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GTGCCAGAGATTGGAGCAGAC;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=23664519;WS=23664501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr1	23689786	rs35676026	AT	A	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.103;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	23693385	rs618237	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=260;ReadPosRankSum=-0.805;SC=GATGTTCCCATATTCAAAGAT;SOR=0.425;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=16;WE=23693393;WS=23693381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	23693404	.	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.249;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=375;ReadPosRankSum=-1.398;SC=ATCTGCCTGAGGACTCAAGTC;SOR=0.357;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=21;WE=23693412;WS=23693394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr1	23693422	rs2849025	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.444;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=215;ReadPosRankSum=1.177;SC=GTCAAGCCAATATCCAATTAA;SOR=1.536;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=13;WE=23693430;WS=23693412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr1	23694639	rs683204	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=2.178;SC=TGGCCCCAAGGCGGGCAGGGA;SOR=1.244;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=23694647;WS=23694629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	23696152	rs665977	G	A	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=25;PP=721;SC=GAGGCTGGCCGAGAAACCACC;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=23696160;WS=23696142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	23697617	rs638722	T	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr1	23710805	rs605468	A	G	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=18;PP=844;SC=GTATGTGGATAACAGGGAAGG;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=43;WE=23710813;WS=23710795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	23713952	rs676363	T	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=16;PP=490;SC=CTGAGGAGTTTCAGGGGCCCT;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=23713960;WS=23713942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	23720260	rs2486078	T	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=554;SC=GAGGCTGGTTTGAAAAGCTCC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=23720268;WS=23720250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	23724183	rs2275355	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=0.204;SC=TGTTCCTGTACCATCCCTTGG;SOR=0.601;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=15;WE=23724191;WS=23724173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	23735241	rs1198423	G	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.72;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr1	23743581	rs2156087	C	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=328;SC=AGTCTAACATCTGGTTGAGCC;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=23743589;WS=23743571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	23751140	rs71514235	G	T	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=2.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,118:0.48:248
chr1	23755513	rs1198430	T	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=278;SC=CCATCAACCCTGACTATTCCT;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=23755521;WS=23755503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	23758134	rs1198434	A	G	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	23758498	rs11438812	T	TA	365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.33;QD=21.51;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	23763449	rs115515935	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr1	23763847	.	C	T	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,92:0.50:184
chr1	23765334	.	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=470;ReadPosRankSum=-1.896;SC=TTATCTGTGGGAATTTAGGGG;SOR=0.797;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=34;WE=23765342;WS=23765324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
chr1	23765350	.	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=566;ReadPosRankSum=-0.983;SC=AGGGGCGGAGGATGTATGCAT;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=42;WE=23765358;WS=23765340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,73:0.56:130
chr1	23765472	rs1767148	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=16;PP=567;SC=CAAGGATGTGAAGTGTAGACT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=23765480;WS=23765462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	23768196	rs72661458	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=-1.356;SC=ACAGGCTCTGGGCAGCCTTCC;SOR=0.722;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=10;WE=23768204;WS=23768186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr1	23779386	.	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=0.438;SC=TAGGGGAGAGGAAAAGATGTT;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=14;WE=23779394;WS=23779376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	23810658	rs71514236	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	23836364	rs2075993	A	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=322;ReadPosRankSum=1.217;SC=GGGGGCAGGCAGGGCCACTCA;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=31;WE=23836372;WS=23836354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr1	23842906	.	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=218;ReadPosRankSum=-1.655;SC=GGCAGAGGGTGGAGGTAGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=16;WE=23842914;WS=23842896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr1	23847464	rs2075995	C	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TCTGGATGAGCTGGTCCAAGG;SOR=0.909;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=27;WE=23847472;WS=23847454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr1	23885498	rs11574	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=19;PP=990;SC=AGTTCCGGAGTGAGCTCGGCT;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=23885506;WS=23885488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	23885599	rs2067053	T	C	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=776;ReadPosRankSum=0.443;SC=TTCAGCCCTGTCCCGACTTCG;SOR=0.875;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=56;WE=23885607;WS=23885589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
chr1	23954126	rs34020220	T	TAC,TACAC	1042.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.96;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,14,14:0.48,0.48:29
chr1	23955186	rs139494227	T	TTTATTATTATTATTA,TTTATTATTATTATTATTA	1240.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=12,12;PP=415,48;SC=CATTTATTCATTTATTATTAT;SOR=2.215;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=13,13;WE=23955194;WS=23955176;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.24,0.76:25
chr1	23966111	.	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=1.464;SC=CCCTTCCTCCCTGATCTCCCC;SOR=0.766;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=20;WE=23966119;WS=23966101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr1	24018224	rs3753270	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=4.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,66:0.50:133
chr1	24018277	rs10917413	C	G	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=44;PP=1638;SC=ATAAGGCCCTCGGCCGGAAGC;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=89;WE=24018285;WS=24018267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	24022437	rs2280437	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=1.793;SC=GTGGAATGTGATGTTGGTGAA;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=24;WE=24022445;WS=24022427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr1	24022879	.	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=0.267;SC=CGTTTCTATCCAAAAGAGCAA;SOR=0.259;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=19;WE=24022887;WS=24022869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr1	24082269	rs371132818	CA	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.740;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr1	24082286	rs10917422	T	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.372;HP=17;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=279;ReadPosRankSum=0.043;SC=AAAAAAAAAATATGGAAAAGT;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=22;WE=24082294;WS=24082275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr1	24083494	rs2076345	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=106;ReadPosRankSum=1.372;SC=CCGCCAGTAGCATCAGCTTTA;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=14;WE=24083502;WS=24083484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr1	24083649	rs2076346	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=403;ReadPosRankSum=1.764;SC=CAAATATTATTTCAGCACTAG;SOR=0.902;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=27;WE=24083657;WS=24083639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr1	24106510	rs3831910	A	AT	784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=21;PP=868;SC=GAATAGTATCATTTTCTTCTT;SOR=2.019;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=22;WE=24106518;WS=24106500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	24122986	rs760941	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr1	24129126	rs2076343	A	G	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=739;ReadPosRankSum=0.528;SC=ATCAGCATGGACAGACAACTG;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=54;WE=24129134;WS=24129116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,78:0.52:151
chr1	24133612	rs1018396	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=264;ReadPosRankSum=0.068;SC=TGTCCTGAGCGTGATCAGGAT;SOR=0.919;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=26;WE=24133620;WS=24133602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,47:0.38:123
chr1	24134721	rs719400	T	C	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=40;PP=1549;SC=TGACAGCAGATAGCATGTCTT;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=83;WE=24134729;WS=24134711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	24143932	rs2076344	A	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=11;PP=514;SC=TTTCATCCCTAGAGAAAGGCC;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=24143940;WS=24143922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	24151996	rs6697805	C	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GCCCCTCCGCCGTGACTTCCG;SOR=1.445;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=12;WE=24152004;WS=24151986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	24175455	.	A	AT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	24180806	.	T	TA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr1	24180962	rs13551	T	C	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=446;ReadPosRankSum=0.148;SC=TGGCAAGCTCTGTGGCTTGAA;SOR=0.854;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=41;WE=24180970;WS=24180952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,67:0.59:113
chr1	24192200	rs34902309	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.175;SC=CTTTTTAAATAGCTGAAAGAA;SOR=0.495;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=8;WE=24192208;WS=24192190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	24200969	rs2229584	T	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=357;ReadPosRankSum=-0.166;SC=CCTCTCTCTCTTCCAGGGAGT;SOR=0.569;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=8;WE=24200991;WS=24200959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr1	24200983	rs2229583	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.72;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr1	24201094	rs2229581	G	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=427;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCTCTGTCTCGGTGACTGAGG;SOR=0.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=36;WE=24201102;WS=24201084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr1	24201109	rs2229580	C	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=470;ReadPosRankSum=0.770;SC=CTGAGGATCTCGGGGCTTCTT;SOR=0.694;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=37;WE=24201117;WS=24201099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr1	24201262	rs2502993	A	G	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=1057;ReadPosRankSum=1.229;SC=TGGAGCAGAAAGCAAAGGCCT;SOR=0.636;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=65;WE=24201270;WS=24201252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,94:0.43:220
chr1	24201357	rs4649124	A	G	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=1012;ReadPosRankSum=-1.144;SC=AGCACAGCCAACACTAGCCCT;SOR=0.541;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=59;WE=24201365;WS=24201347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,83:0.48:172
chr1	24201448	rs3003336	C	T	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=787;ReadPosRankSum=0.787;SC=ACAAGCTGGCCACATGCTGAT;SOR=0.555;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=50;WE=24201456;WS=24201438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,80:0.55:145
chr1	24201643	rs2501431	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.823;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=1.000;SC=CCCACATGATGCCCAGGGTCA;SOR=0.910;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=24;WE=24201651;WS=24201633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr1	24201919	rs2502992	TT	CC	4198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=1910;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TCCGGCGGAGTTGGTGGGAGG;SOR=0.586;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=65;WE=24201928;WS=24201909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,107:0.63:170
chr1	24255844	rs71575785	C	CTATTATTAT,CTATTATTATTAT	378.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,4:0.60,0.40:10
chr1	24288476	rs72540327	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=25;SC=GTAAAAAAAATAGACCATCTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=24288484;WS=24288466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	24294450	rs200961364	C	CA	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.34;MQRankSum=-2.913;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr1	24294587	rs145191744	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.43;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	24388371	rs4649168	T	C	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=296;SC=ACTGACCCAGTGTGCCCAGAC;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=24388379;WS=24388361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	24397473	rs34631595	G	GC	335.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=333;SC=CCTCATCACTGCAACAGCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=24397481;WS=24397466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	24400584	rs6660949	G	C	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=11;PP=723;SC=TTGCTGACCTGTGTGGGCATT;SOR=1.390;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=39;WE=24400592;WS=24400574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	24400633	rs10903083	C	G	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=21;PP=1067;SC=TGGCAGGGAGCGGGGTAGGTG;SOR=1.012;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=54;WE=24400641;WS=24400623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	24406535	rs35446243	G	A	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.217;SC=ATGGGGCCTGGGGTGACCGGC;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=71;WE=24406543;WS=24406525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,108:0.55:195
chr1	24406647	rs4649175	G	A	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=767;ReadPosRankSum=-0.034;SC=CCAGGGATGTGGCCCGCACCT;SOR=0.610;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=129;TCF=55;TCR=74;TR=58;WE=24406655;WS=24406637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,89:0.43:209
chr1	24408015	rs10903090	C	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	24408765	rs4333801	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr1	24409191	rs4320729	C	T	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=715;ReadPosRankSum=0.404;SC=GTCCTCAGCCCGGGAACTGTA;SOR=0.684;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=52;WE=24409199;WS=24409181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,98:0.47:207
chr1	24413159	rs6424152	T	C	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=587;ReadPosRankSum=-1.665;SC=AGGCGATGGGTTCGCTGGGCT;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=39;WE=24413167;WS=24413149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,62:0.46:135
chr1	24413427	rs6686608	T	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=0.763;SC=TGATCCTCTATACTCAGCCCA;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=24413435;WS=24413417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	24416059	rs4393101	T	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=12;PP=644;SC=TGGTGCTCTGTCCCGGGGGCT;SOR=1.078;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=24416067;WS=24416049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	24417197	rs72648550	T	C	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=762;ReadPosRankSum=-1.401;SC=GACTCGGGGCTCCTGAGGGCT;SOR=0.997;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=45;WE=24417205;WS=24417187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr1	24418768	rs7556176	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=-1.706;SC=GGACGTTCAGTGGGGAGCCTG;SOR=0.982;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=18;WE=24418776;WS=24418758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr1	24419496	rs4233050	A	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-1.347;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,57:0.45:126
chr1	24421334	rs6678411	G	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	24421474	rs6678540	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr1	24421875	rs11249143	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=0.641;SC=CTGTGGGGGTCGGGGAGCAAA;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=21;WE=24421883;WS=24421865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr1	24421950	rs4319261	C	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=474;ReadPosRankSum=-2.660;SC=ATCTCTGAATCGAAGCCAGCA;SOR=0.381;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=34;WE=24421958;WS=24421940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr1	24424684	rs115703860	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=0.706;SC=TTCCATGCTTCGGTGTCCTCT;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=12;WE=24424692;WS=24424674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	24432652	.	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
chr1	24434595	rs11249170	T	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=475;ReadPosRankSum=-1.539;SC=TAAATGGCTCTTGCAGGATTG;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=35;WE=24434603;WS=24434585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,62:0.50:123
chr1	24434717	.	T	TC	128	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=128;QD=25.5;SC=CAAGGCTGCATCCCCCCGACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=24434725;WS=24434707;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,6:0.40:15
chr1	24447214	rs3795300	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=295;ReadPosRankSum=-0.676;SC=AGTGTGTGGCGTGGGCAGGCA;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=23;WE=24447222;WS=24447204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
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chr1	24485813	rs4649194	T	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=441;SC=AACCAAGGTTTGGGGCATTAT;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=24485821;WS=24485803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr1	24513608	rs12094257	C	T	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=83;SC=CCAGGAGCTCCGGGTCCGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=24513616;WS=24513598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	24513768	rs4090311	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=374;SC=CCCCGCCCGGGCCCAGGTCCC;SOR=1.519;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=17;WE=24513776;WS=24513758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	24513924	.	AGGG	A	128.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=21.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	24664659	.	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=-0.357;SC=TCAATCAGGCCTTTTTCTTAC;SOR=0.657;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=20;WE=24664667;WS=24664649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr1	24690764	rs545809	T	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=597;ReadPosRankSum=-1.125;SC=GTGAGGAACATGGGTTTTGGA;SOR=0.650;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=46;WE=24690772;WS=24690754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,87:0.41:213
chr1	24718079	rs560219	C	A	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=486;ReadPosRankSum=0.820;SC=CTTGGCTTGACTATTGAATCC;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=35;WE=24718087;WS=24718069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr1	24727678	rs2078445	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=0.878;SC=CCTAAAGCCACCTATTTGGTA;SOR=1.685;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=12;WE=24727686;WS=24727668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	24768778	rs4648863	G	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=0.763;SC=CAGAGTGCCAGCGCCAGGATC;SOR=0.061;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=13;WE=24768786;WS=24768768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr1	24775967	rs4648989	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=-1.616;SC=TCTCTTCCCCGCAGGGCGCTA;SOR=0.534;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=24775975;WS=24775957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	24779873	rs1883462	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=377;ReadPosRankSum=0.625;SC=TCCCCACTGACCCCCCTGCTT;SOR=0.788;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=26;WE=24779881;WS=24779863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr1	24780356	rs11249117	C	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CGATTGAGCCCTGAAAAGATC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=24780364;WS=24780347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	24784197	rs195718	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=357;ReadPosRankSum=-0.008;SC=ATGCCCTCACTGCTCTGCTCT;SOR=0.336;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=28;WE=24784205;WS=24784187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr1	24792617	rs195725	T	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=651;ReadPosRankSum=1.035;SC=AAAAATGAGATCGAGAAACAG;SOR=0.484;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=48;WE=24792625;WS=24792607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,77:0.50:154
chr1	24840768	rs196403	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TTTGGTCTTCGGAGTTTTACC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=24840776;WS=24840758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	24859617	rs196429	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=318;ReadPosRankSum=0.149;SC=ATCTCCTGCCGCCCCAGCCTG;SOR=0.428;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=22;WE=24859625;WS=24859607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr1	24859665	rs196430	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=418;ReadPosRankSum=0.231;SC=CCTCTCCCCCGGTGGGGTGGA;SOR=0.757;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=32;WE=24859673;WS=24859655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr1	24861704	rs196432	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=650;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TTGCCCAGACGAGGCGCCCCG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=21;WE=24861725;WS=24861694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr1	24861717	.	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=650;ReadPosRankSum=0.441;SC=GCGCCCCGACCCTCCGACCGC;SOR=0.814;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=21;WE=24861725;WS=24861694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr1	24922129	rs10903095	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=0.989;SC=GTTCTGCCACGTGCCAACTGC;SOR=0.357;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=12;WE=24922137;WS=24922119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	24927561	rs4553122	T	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=17;PP=427;SC=GTCCCTTCAGTGACATCAGAA;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=28;WE=24927569;WS=24927551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	24927625	rs4378146	C	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	24969973	.	ACCC	A	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	24972370	rs114675408	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.476;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	24981439	rs56097146	A	G	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=44;PP=1444;ReadPosRankSum=1.694;SC=CCAAGAGGACATCCAGCCCCC;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=139;TCR=85;TR=113;WE=24981447;WS=24981429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,140:0.51:276
chr1	24987670	rs12092127	A	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AACTCTTTTTAAAAAAAATAT;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=24987678;WS=24987660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	24989762	rs4649011	G	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=27;PP=825;SC=GTCAAAAATTGTAGTGACTTA;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=24989770;WS=24989752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	25098245	rs9332415	T	C	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=298;SC=ATTGGGGTTTTGTAACTAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=25098253;WS=25098235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	25098341	rs7548438	C	T	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=20;PP=904;SC=GGTTCAAGTCCTATGTGTATC;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=25098349;WS=25098331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	25153692	rs4649022	G	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	25254317	rs7517302	C	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=35;PP=912;SC=GCAGCTCCCCCAGGTCCCAGG;SOR=3.442;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=39;WE=25254325;WS=25254307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	25256444	rs71514255	G	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=15;PP=333;SC=CTCGGCCGCCGCTGCCGCGAG;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=25256452;WS=25256434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	25291010	rs6672420	A	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr1	25350186	rs416365	G	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	25570550	rs5773124	A	AT	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr1	25678002	rs66744254	TA	T	172.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.897;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr1	25678238	rs3093616	T	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=29;PP=785;SC=TTAAGATGAGTATTTCACATG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=25678246;WS=25678228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	25683092	rs3093653	G	A	99.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TATTTGTTAAGTGAACTAAGG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=25683100;WS=25683082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	25683118	rs3093654	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr1	25711294	.	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.744;NF=3;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CCTTGGGCAGATAACTTCTCT;SOR=0.344;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=12;WE=25711302;WS=25711284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	25747230	rs586178	G	C	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.64;QD=29.64;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	25783164	.	C	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr1	25785263	.	C	T	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=806;ReadPosRankSum=2.209;SC=AGCATTCCTTCCTCATCTAGT;SOR=1.003;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=60;WE=25785271;WS=25785253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,90:0.47:190
chr1	25889342	rs10687390	CAG	C	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=-0.409;SC=CTTCACCGCTCAGAGTCTCGG;SOR=1.532;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=7;WE=25889351;WS=25889332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	25889422	rs12096438	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=382;ReadPosRankSum=-0.409;SC=AACTGACATCCGAAAGGTTTC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=21;WE=25889430;WS=25889412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr1	25889632	rs6687605	T	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=497;ReadPosRankSum=1.469;SC=CTGCACCCCCTCCTTGAAGAG;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=32;WE=25889640;WS=25889622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr1	25889672	rs6688931	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=-1.481;SC=AGGGGGATTGGCCATGCGGTG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=16;WE=25889680;WS=25889662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr1	25890050	rs6661159	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=357;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GGCCTGGGCAAGGCCACATCA;SOR=1.061;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=20;WE=25890058;WS=25890040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr1	25890189	rs28969504	A	G	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=861;ReadPosRankSum=1.109;SC=TAGAGGAGACAGCTAAGGCCC;SOR=0.649;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=65;WE=25890197;WS=25890179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,103:0.53:194
chr1	25893221	rs4523506	G	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.212;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=0.925;SC=CCCCTGCACCGGGGGCTTCCT;SOR=2.290;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=12;WE=25893229;WS=25893211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr1	25893242	rs4418583	TG	CA	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.841;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=547;ReadPosRankSum=0.202;SC=TCTTGGGCCATGTGCCCTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=15;WE=25893251;WS=25893232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr1	26075966	.	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=313;ReadPosRankSum=-1.921;SC=CAAGTCCACCCCTGAGGGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=16;WE=26075974;WS=26075956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr1	26085048	rs11321223	AG	A	2131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=14;PP=1827;SC=GCCTGGCCAAAGGGGGGATGA;SOR=2.925;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=58;WE=26085056;WS=26085038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	26090072	rs807270	A	G	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=11;PP=524;SC=GTTGGGTGGGATAGGAGTCGG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=25;WE=26090080;WS=26090062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	26098107	rs2072747	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=8;PP=729;SC=GAGAGCCGGCGGCAGATGGAG;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=26098115;WS=26098097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	26098333	rs807264	G	A	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=29;PP=825;SC=GCCGAGCGAGGGTGCTGCGGG;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=26098341;WS=26098323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	26107688	rs807273	C	A	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=42;PP=1385;SC=TGGCTTGGGCCTGGAGTGGAA;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=26107696;WS=26107678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	26109237	rs12567324	A	G	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=55;PP=1637;SC=TGGGAGGTTGAGGGTAGGGGT;SOR=1.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=78;WE=26109245;WS=26109227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	26110065	rs3820514	A	G	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=24;PP=1423;SC=GCCTATCACAAAGGCCCTGAG;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=26110073;WS=26110055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	26110143	rs3767877	G	A	6752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=69;PP=2521;SC=CCTGCCCTGCGTGGGGCACAG;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=149;WE=26110151;WS=26110133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	26110298	rs116631146	G	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=656;ReadPosRankSum=-0.774;SC=TCCTGCCGCCGCCCTGGGGCC;SOR=0.985;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=44;WE=26110306;WS=26110288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr1	26127020	rs13373825	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=49;SC=GGCGGAGGGGGACTGGACGGG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=26127028;WS=26127010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	26127425	rs6659086	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=306;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CACTGGGAGAGCTCAGGAAGA;SOR=0.998;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=17;WE=26127433;WS=26127415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr1	26131654	rs7349185	G	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=11;PP=567;SC=GCGGCCAGCTGCGAGGAGGAG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=26131662;WS=26131644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	26135741	rs2280997	C	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=239;ReadPosRankSum=1.123;SC=TCCACCTCTCCTCCCACTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=17;WE=26135749;WS=26135731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr1	26138136	rs760598	C	A	6589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=77;NR=77;PP=2908;SC=CCTGAGGATTCTTGCCCATCT;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=154;WE=26138144;WS=26138126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	26138262	rs760597	T	C	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=63;PP=1877;SC=GCCACCTGCCTTCAGGGGAGC;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=90;WE=26138270;WS=26138252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	26139137	rs10902685	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=221;SC=GGACCCTGGCCGCTTTGATGA;SOR=1.508;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=26139145;WS=26139127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	26139392	rs3738451	A	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=21;PP=583;SC=TGAGGGCCTCAGGGACTGCCC;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=26139400;WS=26139382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	26139444	rs10751726	G	A	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=364;SC=TTTCTGTGCTGAGCCCAGAGG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=26139452;WS=26139434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	26139919	rs6676509	C	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=3;PP=127;SC=AGTACAAGCACGGTGAGTGTT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=26139927;WS=26139909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	26140573	rs2294228	C	A	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=43;PP=1546;SC=CACAGAACAACCAGGAGAACT;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=81;WE=26140581;WS=26140563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	26146884	rs984412	C	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=25;PP=769;SC=AGGCGGCGAGCACTTGGCCGA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=26146892;WS=26146874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	26150023	rs11247758	C	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=26;PP=857;SC=TAGAGAGTGCCCTGTCCCTAG;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=26150031;WS=26150013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	26152666	rs6598923	T	C	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=10;PP=958;SC=AGGAACCTTCTTCTGCCCCCT;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=26152674;WS=26152656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	26152758	rs6598924	A	G	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=43;PP=1641;SC=TCATCATGGCATCTGTAAATG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=94;WE=26152766;WS=26152748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	26232820	.	C	G	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=497;ReadPosRankSum=-1.065;SC=CCCCTCCCGCCGACCGCGTCC;SOR=0.892;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=38;WE=26232828;WS=26232810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,58:0.53:110
chr1	26310394	rs2275102	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=224;ReadPosRankSum=0.088;SC=GTAGGGAGAGAACAGGCTCAT;SOR=0.257;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=12;WE=26310402;WS=26310384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	26314564	rs2245979	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AAAGGCCTTCTGGGGAAGGTG;SOR=0.175;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=26314572;WS=26314554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr1	26314625	rs2257255	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=-2.002;SC=GCTAGCAGATGGAAATGTCTT;SOR=1.007;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=18;WE=26314633;WS=26314615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr1	26349967	rs1938405	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=164;ReadPosRankSum=1.737;SC=CTGGAATAGACGCAAGCCCAA;SOR=0.465;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=18;WE=26349975;WS=26349957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr1	26357178	rs368362104	AC	A	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.306;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
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chr1	26357855	rs2802321	A	G	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=47;PP=1993;SC=TCCAAGCCCTAACATTTTTCC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=26357863;WS=26357845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	26358752	rs5773143	T	TA	1417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=1111;ReadPosRankSum=2.640;SC=TGGATCCAACTAACCCTTCTC;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=31;WE=26358760;WS=26358742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr1	26365374	rs4659404	T	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=172;ReadPosRankSum=-0.515;SC=TGGTAGAACATTTGCTGAGGA;SOR=0.608;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=12;WE=26365382;WS=26365364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	26365549	rs2997452	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=268;ReadPosRankSum=-2.134;SC=ACCTGGTTTACAACACAGCTG;SOR=1.060;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=17;WE=26365557;WS=26365539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr1	26370691	.	G	A	3042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=990;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CTCACTCAGGGGAGGAAGGGG;SOR=0.520;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=73;WE=26370699;WS=26370681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,151:0.57:263
chr1	26372144	rs6686190	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=372;ReadPosRankSum=0.059;SC=CAGGGGTCAGAATCTGGGCTG;SOR=1.445;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=21;WE=26372152;WS=26372134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr1	26392824	rs35123100	C	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=376;ReadPosRankSum=1.469;SC=GCAGGCCGTACACTCCGTGAC;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=29;WE=26392832;WS=26392814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr1	26487940	rs3748856	A	G	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1309;ReadPosRankSum=0.067;SC=CTCACGCCGCACCCCTGCAAC;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=87;TCR=100;TR=91;WE=26487948;WS=26487930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,118:0.46:257
chr1	26496370	rs2232646	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=0.051;SC=CCGAGCCTGCCTAGCCCCCCG;SOR=0.061;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=7;WE=26496378;WS=26496360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	26496455	rs2232648	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.068;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=532;ReadPosRankSum=2.175;SC=GCCCCTTGGCCGGCCGGGCTG;SOR=1.434;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=30;WE=26496463;WS=26496445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr1	26510065	.	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=0.166;SC=CTGCAGAGCCCAGGTGATGGG;SOR=0.465;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=12;WE=26510073;WS=26510055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	26510755	.	C	T	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1395;ReadPosRankSum=-2.226;SC=AACCCCAGTCCCGGACCCAGC;SOR=0.858;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=176;TCF=90;TCR=86;TR=87;WE=26510763;WS=26510745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,140:0.55:256
chr1	26511700	rs2783680	A	G	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,83:0.53:157
chr1	26520292	rs12138368	G	T	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,85:0.44:193
chr1	26524706	rs9970046	A	G	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=33;PP=1259;SC=GCGTTCATTTACATGACATTT;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=26524714;WS=26524696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	26526554	rs6700024	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=0.849;SC=AGTGAGGTGCGTGGGATGGGG;SOR=0.665;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=16;WE=26526562;WS=26526544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr1	26527304	rs12121284	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.95;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr1	26527310	rs12118976	C	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.95;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr1	26527783	rs6703730	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=-1.381;SC=CCAGGGAAGAGGTGGGAGGGC;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=10;WE=26527791;WS=26527773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	26527809	rs1889755	AG	CA	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=333;ReadPosRankSum=-0.576;SC=CCCTCCCCTGAGGCCTTCTGA;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=11;WE=26527818;WS=26527799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	26527884	rs41310785	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.148;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,36:0.40:90
chr1	26527951	rs6657616	G	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=512;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GTCATCCAAGGACATCCGCCA;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=37;WE=26527959;WS=26527941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr1	26528922	rs10902720	C	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=150;ReadPosRankSum=0.411;SC=AGGTGAGTAACGGAGGCTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=13;WE=26528930;WS=26528912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr1	26529121	rs6691747	G	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=244;SC=GCAGAGCCTGGCCAGAGCCCA;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=26529129;WS=26529111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	26566187	rs12134756	G	A	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=706;ReadPosRankSum=1.708;SC=TCAGTTGAATGGGAACTGAGT;SOR=0.535;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=47;WE=26566195;WS=26566177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr1	26582091	rs3795686	G	A	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.048;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,107:0.37:289
chr1	26597435	rs4659419	G	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=31;PP=1094;SC=TGTGCAATAAGTAGCAGAACC;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=26597443;WS=26597425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	26601385	rs3795685	G	A	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=15;PP=756;SC=GTCCAAGCCAGCGGTGATATT;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=26601393;WS=26601375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	26608649	rs12750420	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	26608782	.	C	T	61	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=24;MQ=60.68;NF=5;NR=2;PP=61;QD=13.6816017925;SC=GTTGAGGGGGCGGGTGCTTTA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=7;WE=26608790;WS=26608772;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	26608814	rs6672357	A	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.55;QD=29.43;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	26608828	rs1134584	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	26609106	.	C	G	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=1007;ReadPosRankSum=-1.888;SC=GGGACCAGAGCCCCTCTGTGG;SOR=0.612;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=69;WE=26609114;WS=26609096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,108:0.51:213
chr1	26609259	rs7522905	C	T	6386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=78;PP=2865;SC=GGGGTGCCGGCGTGTTGGGTG;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=79;TCR=78;TR=156;WE=26609267;WS=26609249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	26609307	rs6598952	G	T	6005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=80;PP=2965;SC=CCATCAGCACGCGGTGACCCA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=161;WE=26609315;WS=26609297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	26610891	rs4332350	A	C	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=61;PP=1825;SC=CTTGTGCATCAGCTGCCTGCC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=122;WE=26610899;WS=26610881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	26612042	rs11247898	A	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	26620846	rs3832184	C	CA	4691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=55;PP=2678;SC=GGGGGAGATGCGGGGCACCGT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=60;WE=26620854;WS=26620836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	26623661	.	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=1.035;SC=ATGGGCCCTAGGAGGCTGCCA;SOR=0.275;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=26623669;WS=26623651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	26627478	rs2276712	T	C	13781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=164;NR=165;PP=2965;SC=TCTTTTCTTCTGAGCCACACC;SOR=0.704;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=334;TCF=167;TCR=167;TR=329;WE=26627486;WS=26627468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr1	26629465	rs11803933	G	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	26644439	.	A	T	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=856;ReadPosRankSum=-1.124;SC=CTAAACCAAAAGAAGCCTCCA;SOR=0.685;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=61;WE=26644447;WS=26644429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,76:0.60:127
chr1	26646726	rs1071849	A	G	7196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.09;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	26646730	rs17645	A	G	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	26648551	rs11247913	G	C	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=58;PP=1971;SC=CGGCCTCCTGGGGGTGGGATG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=120;WE=26648559;WS=26648541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	26650550	rs11247915	C	A	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=782;ReadPosRankSum=0.581;SC=CTGTGTGCATCCCTCTGTGTT;SOR=0.675;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=54;WE=26650558;WS=26650540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,71:0.56:127
chr1	26650840	.	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.373;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=300;ReadPosRankSum=-2.213;SC=GGGTGCCGGGGAGGGATGACC;SOR=0.400;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=20;WE=26650848;WS=26650830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr1	26654937	rs11589684	G	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=428;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TTCTCCCATGGAGGGATTCCT;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=28;WE=26654945;WS=26654927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr1	26662774	rs7517559	C	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=551;ReadPosRankSum=0.252;SC=GGGAAAGGTCCGAAATGAGGG;SOR=0.835;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=37;WE=26662782;WS=26662764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr1	26662904	rs72649360	C	T	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1080;ReadPosRankSum=0.358;SC=GGGTGCCGGCCCCTAGCCTTG;SOR=0.772;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=74;WE=26662912;WS=26662894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,146:0.60:244
chr1	26664124	.	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=305;ReadPosRankSum=1.029;SC=GGCTCACTTCCCAGCTGCGGC;SOR=1.198;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=23;WE=26664132;WS=26664114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr1	26664219	rs4072445	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=0.313;SC=CCCAGCCAGCTCAGGAATGGC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=19;WE=26664227;WS=26664209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr1	26670326	.	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=515;ReadPosRankSum=1.833;SC=GCACCTTCCTGAGCCCCGGTG;SOR=0.816;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=38;WE=26670334;WS=26670316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr1	26670444	rs36024412	G	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=653;ReadPosRankSum=-1.636;SC=TCCAAGACGGGAAGTGGGCCT;SOR=0.726;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=45;WE=26670452;WS=26670434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr1	26670609	rs34370465	C	T	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=710;ReadPosRankSum=1.220;SC=CTCCTGCCTGCGCTGGAGCTT;SOR=0.871;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=47;WE=26670617;WS=26670599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,80:0.49:164
chr1	26670752	rs11247923	C	T	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=845;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TGGCAGGCAGCGTGGCGTACA;SOR=0.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=59;WE=26670760;WS=26670742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,106:0.52:204
chr1	26671084	rs12562454	G	T	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,71:0.51:138
chr1	26671248	rs57268417	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr1	26671505	.	AACCTCTTTCCAGGTGGGAAATGAGGCATCAGGAGCACCGGGGCCCTTCACG	A	597	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=22;MQ=59.53;NF=3;NR=8;PP=597;QD=57.4545454545;SC=GGCCCTTCACAACCTCTTTCC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=11;WE=26671563;WS=26671495;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr1	26671522	.	GAAATGAGGCATCA	G	1365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=0.605;QD=14.23;ReadPosRankSum=-1.220;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
chr1	26671538	.	AGCAC	A	1398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=0.006;QD=15.72;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr1	26671544	.	GGGGCCCTTCACGACCTCTTTCCAGGTGGGGAACA	G	1335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=0.006;QD=13.91;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr1	26672760	.	G	A	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=728;ReadPosRankSum=0.585;SC=TGGGGGCTCAGTCCTGGGAGC;SOR=0.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=51;WE=26672768;WS=26672750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,79:0.50:157
chr1	26672776	.	G	A	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=694;ReadPosRankSum=-0.974;SC=GGAGCTTGGCGGCTGCCATCA;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=42;WE=26672784;WS=26672766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,70:0.52:134
chr1	26673076	rs11247924	G	A	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=978;ReadPosRankSum=1.163;SC=GTGGGGGGCCGCTGCCGCCAT;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=58;TCR=93;TR=80;WE=26673084;WS=26673066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,107:0.52:205
chr1	26673108	rs11247925	C	T	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=899;ReadPosRankSum=0.508;SC=ACTTACCACTCGGGCCTTGGC;SOR=0.872;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=113;TCF=39;TCR=74;TR=63;WE=26673116;WS=26673098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,77:0.55:139
chr1	26673186	.	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=351;ReadPosRankSum=-1.283;SC=TGTCCTTGTCCCACTGTGGTC;SOR=2.406;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=19;WE=26673194;WS=26673176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr1	26673220	rs11247926	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-1.173;SC=AGGAATAAGAAAGATGAGGGT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=7;WE=26673228;WS=26673210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	26689659	rs11247932	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=1.354;SC=AGTCAGATGCGGGATAAATGC;SOR=0.669;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=27;WE=26689667;WS=26689649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,50:0.39:129
chr1	26691174	rs11247933	C	A	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=605;ReadPosRankSum=0.014;SC=CATGCCACCACGCTCCAGGCC;SOR=0.991;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=41;WE=26691182;WS=26691164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,61:0.41:149
chr1	26691286	rs144078461	CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG	C	1965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.012;NF=5;NR=21;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.160;SC=AGCAGGGTCTCCCACCGAGCG;SOR=0.742;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=26;WE=26691317;WS=26691276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,54:0.44:124
chr1	26691387	.	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr1	26694059	rs75541583	G	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=-0.751;SC=CCAGGCGCAGGTGCAGCCCGG;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=26694067;WS=26694049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	26694245	rs10794531	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr1	26698938	rs6703878	A	G	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=726;ReadPosRankSum=-0.070;SC=CAAATACTTAATTCCAACCTC;SOR=0.881;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=44;WE=26698946;WS=26698928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,62:0.44:140
chr1	26699051	rs6699091	C	A	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=950;ReadPosRankSum=0.878;SC=GCCAGCTCTGCCCTCTCCTGG;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=70;WE=26699059;WS=26699041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,124:0.46:267
chr1	26699103	rs11584185	T	C	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=856;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CTTGCACAACTTCTCTGTTAG;SOR=0.542;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=37;TCR=77;TR=54;WE=26699111;WS=26699093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,82:0.51:162
chr1	26699157	rs11247937	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.124;NF=4;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=-0.244;SC=CTTCCCAACCTACTCTGGTGA;SOR=0.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=19;WE=26699165;WS=26699147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr1	26700795	rs7520030	T	C	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=52;PP=1708;SC=CCAGCTGTGCTCCCTCCTGGC;SOR=0.834;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=92;WE=26700803;WS=26700785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	26752934	rs201055562	G	A	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.95;MQRankSum=1.687;NF=16;NR=31;PP=769;ReadPosRankSum=-1.437;SC=CCCTGCTCCCGGAGGCACAGA;SOR=0.856;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=47;WE=26752942;WS=26752924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,71:0.58:122
chr1	26752992	rs4659441	T	C	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=27;PP=648;SC=CAGGAAGTTTTGAGGAGCAGG;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=26753000;WS=26752982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	26801229	rs72651510	C	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.709;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr1	26856462	rs11800553	T	G	218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	26869610	rs921893	G	A	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=4.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,80:0.47:169
chr1	26879792	rs4970489	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=342;ReadPosRankSum=-1.761;SC=CCAGGGTGGCTCTTCAGGACC;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=17;WE=26879800;WS=26879791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr1	26879920	rs4970490	T	C	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=40;PP=1304;SC=TTTACCTGGCTGAGCTGGCTC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=77;WE=26879928;WS=26879910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	26881565	rs67600391	AG	A	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=1.120;SC=ACTGGGGCAGAGGGGTCTGAC;SOR=0.551;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=3;WE=26881573;WS=26881555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr1	26883511	rs2229712	A	C	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=823;ReadPosRankSum=-1.829;SC=CGTGAGATCAAGCCACCCTTC;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=84;TCR=87;TR=78;WE=26883519;WS=26883501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,157:0.45:350
chr1	26898917	.	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=0.325;SC=CTGTATTTCTCCAAGCGGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=26898925;WS=26898907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
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chr1	26901090	rs11113	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-0.211;SC=GGGACCCCCACGATTGGCCAC;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=26901098;WS=26901080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
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chr1	27088842	.	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=207;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GAGTAGATACGGGTGAGAGGA;SOR=0.622;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=18;WE=27088850;WS=27088832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr1	27094156	rs34502618	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TGAAGGTAGGACAGGTGTTAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=27094164;WS=27094154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	27097515	rs76490152	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.533;SC=TGGTTCTACAAAGATGAATAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=27097523;WS=27097505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	27100181	.	C	G	1641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.323;NF=41;NR=38;PP=1089;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CGCTACCCCCCGCAGCAGCAG;SOR=0.818;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=79;WE=27100194;WS=27100171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,95:0.38:252
chr1	27153703	rs112408368	A	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.57;MQRankSum=-0.362;NF=3;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=1.647;SC=CCTGCTGGGCACTCCGTGCCT;SOR=0.201;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=13;WE=27153711;WS=27153693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr1	27158844	rs34924059	G	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=567;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TTTGGTGGTGGTTGTTGGAAT;SOR=1.031;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=36;WE=27158852;WS=27158834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr1	27174976	rs17370283	C	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=376;ReadPosRankSum=0.267;SC=ATGTTTGTTCCTGGGAACCTG;SOR=0.210;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=28;WE=27174984;WS=27174967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr1	27210721	rs3170660	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=179;ReadPosRankSum=1.175;SC=TCTTGGGCTCTGAAACAGTAT;SOR=0.606;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=14;WE=27210729;WS=27210711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr1	27220625	rs78128878	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TTCCCTAGCCTTTTGTTTGGG;SOR=1.375;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=10;WE=27220633;WS=27220615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	27220913	.	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=495;ReadPosRankSum=3.869;SC=TAAAAGGCAGGGAGAGGTGAT;SOR=0.919;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=29;WE=27220921;WS=27220903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr1	27238235	rs41303639	G	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=226;ReadPosRankSum=0.227;SC=GTCTATACAGGCTTGCCCCCT;SOR=1.312;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=16;WE=27238243;WS=27238225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr1	27240225	.	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=418;ReadPosRankSum=-0.886;SC=GGTTCCTGAGGAAGGCCACTG;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=31;WE=27240233;WS=27240215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr1	27320356	rs6689941	T	C	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	27426796	rs4266911	T	C	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=561;SC=CTGGCCCTGGTGTTACTGCCC;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=27426804;WS=27426786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	27427041	rs4418629	T	C	7334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=77;PP=2849;SC=CCTTCAGCTCTTCATTCACCA;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=73;TCR=77;TR=150;WE=27427049;WS=27427031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	27428321	rs6598870	T	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=-0.486;SC=ACCGCAGCTGTGGGAGGGACA;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=23;WE=27428329;WS=27428311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr1	27435976	rs3738689	C	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=24.801;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=263;ReadPosRankSum=0.965;SC=CAGCCCCCGCCCCCACCCCGC;SOR=1.872;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=23;WE=27435984;WS=27435966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr1	27480757	rs34306208	A	G	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=859;ReadPosRankSum=-1.035;SC=CCACCAAAGCAACCACCACGA;SOR=0.822;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=61;WE=27480765;WS=27480747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,86:0.47:183
chr1	27609980	rs6670124	T	G	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=58;PP=1782;SC=AAGCCACAGATCAAGCACAAG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=97;WE=27609988;WS=27609970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	27624420	.	C	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr1	27660340	rs12758154	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	27660568	rs35771571	G	A	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=25;PP=1253;ReadPosRankSum=-0.983;SC=GGGCGGCACCGGCACTCCCCA;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=92;TCR=44;TR=78;WE=27660576;WS=27660558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,97:0.56:173
chr1	27661037	rs12565684	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=296;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TGGTCTCTCTTAGCCACAGCT;SOR=0.944;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=17;WE=27661045;WS=27661027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr1	27661199	.	C	T	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.314;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=490;ReadPosRankSum=0.165;SC=CGCCCATGGTCGCCACAGCAT;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=35;WE=27661207;WS=27661189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,56:0.44:128
chr1	27661755	rs71294466	T	TGTA	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=169;ReadPosRankSum=0.846;SC=AGGGGGTGGTTGGGTTTTCCT;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=6;WE=27661763;WS=27661745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	27676925	rs6702341	G	A	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,160:0.46:350
chr1	27679692	rs11247639	A	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=10;PP=842;SC=CATATGTGAGAGAGAATGAGT;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=27679700;WS=27679682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	27679797	rs3813795	A	G	5000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=48;PP=1796;SC=GATGACAGCCAGGCCAGCCGC;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=104;WE=27679805;WS=27679787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	27679954	rs1128918	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=505;ReadPosRankSum=0.073;SC=GCCAGCTGGGGGGCACACGCC;SOR=0.412;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=34;WE=27679962;WS=27679940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr1	27680292	rs8533	A	G	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=27;PP=1244;SC=AGCCGTGCGAATGGGTGGATG;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=27680300;WS=27680282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	27682440	rs36035221	T	TG	2152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=14;PP=1403;SC=GAGGGCACAGTAGAAGAGCAG;SOR=1.342;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=27682448;WS=27682430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	27682481	rs12569127	G	A	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=21;PP=1118;SC=GCTTTGGCTGGTGAGGTCAGG;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=27682489;WS=27682471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	27686063	rs7521552	G	C	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=33;PP=1060;SC=GCCAGCAGAAGTAGACCCTCT;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=27686071;WS=27686053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	27687466	rs35659744	G	T	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=28;PP=885;SC=TGGAATCCGGGTTCGTCACCC;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=27687474;WS=27687456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	27689763	rs4525067	C	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=349;SC=TCCCCCACCCCGACCCAGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=27689771;WS=27689753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	27690359	rs4307592	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=354;SC=CTTGGGTTTGTCTGACCTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=27690367;WS=27690349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	27690644	rs12727507	A	G	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=36;PP=1610;SC=CCAGCCCACCATACCCTCACC;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=87;WE=27690652;WS=27690634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	27696011	rs10218730	C	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=814;SC=CCCAGCACCACGCCTGGCACC;SOR=4.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=27696019;WS=27696001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	27699575	.	G	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=692;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GGGGCCAAGGGGGAGAAGTGA;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=46;WE=27699583;WS=27699565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr1	27701364	.	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr1	27701447	.	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=31;ReadPosRankSum=0.393;SC=GGGAGTATTTCCTCCTTCAGC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=5;WE=27701455;WS=27701437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	27875824	rs4908364	C	T	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=33;PP=1006;SC=CAGTCTGAAGCGGCTGGAGTT;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=27875832;WS=27875814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	27876482	rs2076457	C	A	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.786;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1037;ReadPosRankSum=1.630;SC=CAGTAAGGCCCGGGCCCCCGA;SOR=0.879;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=77;WE=27876490;WS=27876472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,126:0.51:249
chr1	27942176	rs2231879	T	C	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=498;ReadPosRankSum=-2.040;SC=CAGGCCCTCGTCCCGGCCCCC;SOR=0.846;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=39;WE=27942184;WS=27942166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,74:0.39:188
chr1	27942401	rs148642368	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=260;ReadPosRankSum=0.341;SC=GCCAGGACACCCCCCTCCACT;SOR=0.509;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=20;WE=27942409;WS=27942391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr1	27943308	rs761069	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=-1.438;SC=GGGCCTCAGTTCCCCCATCTG;SOR=0.466;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=14;WE=27943316;WS=27943298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr1	27944000	rs1292089	T	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=369;SC=GTAGGTGCCCTGCAAAGGTTA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=27944008;WS=27943990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	27995077	rs56015130	G	T	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=16.366;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=928;ReadPosRankSum=-1.675;SC=CGTAGTGGGGGTGTTGGGGTG;SOR=1.066;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=49;WE=27995085;WS=27995067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,68:0.94:72
chr1	28086955	rs10902671	C	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	28157308	rs17362452	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=1.970;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=-0.743;SC=AGTTTCCCGGCGTGCTTAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=28157316;WS=28157298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	28206588	rs12568383	T	C	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=73;PP=1698;SC=GGCAGATGGATGCGCGCTGCT;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=47;TCR=74;TR=120;WE=28206596;WS=28206578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	28208829	rs200386282	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=477;ReadPosRankSum=-1.486;SC=AAGGGAGTTCCCCACGGCCTA;SOR=0.866;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=34;WE=28208837;WS=28208819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr1	28209305	rs3766398	A	G	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=40;PP=1468;SC=TGGTGAGCCTAGACTCTGAGC;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=77;WE=28209313;WS=28209295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr1	28209366	rs3766400	A	G	4616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	28211650	rs1467464	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TTCACATGCATGTAGCAAAAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=6;WE=28211658;WS=28211640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
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chr1	28220484	rs17257252	C	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.92;MQRankSum=-0.954;NF=15;NR=17;PP=438;ReadPosRankSum=-0.535;SC=GAAATAGGTACAATGCCAGAG;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=32;WE=28220492;WS=28220474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr1	28233572	.	G	GA	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=2.652;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr1	28268573	rs10902678	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=1.302;SC=CACCCTTCAGCAGTATGTGCC;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=11;WE=28268581;WS=28268567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr1	28268829	rs138466566	T	TC	1404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=7;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=859;ReadPosRankSum=1.764;SC=GCAAAGGGCCTCCCCCAACAT;SOR=0.504;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=15;WE=28268843;WS=28268819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr1	28268835	rs5018921	A	C	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.027;QD=19.10;ReadPosRankSum=1.731;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr1	28280012	rs11577165	G	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=420;ReadPosRankSum=-2.261;SC=GCTTAGAAAAGGCAGTCTTGG;SOR=0.670;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=33;WE=28280020;WS=28280002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr1	28282206	rs3813804	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=-1.662;SC=TGTACATTGTCGGCCACGTGC;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=15;WE=28282214;WS=28282196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr1	28282819	rs4908381	T	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=37;PP=1087;SC=CTGTCACAGCTTCATACCTGG;SOR=3.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=28282827;WS=28282809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	28290231	rs4373781	C	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=30;PP=839;SC=GGCTGGCCCCCCTGTCGTGGC;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=28290239;WS=28290221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	28323718	rs3831309	TG	T	1070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=955;ReadPosRankSum=0.916;SC=TCTAACAGGTTGTGAGCTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=25;WE=28323726;WS=28323708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr1	28369279	rs2476547	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=-1.145;SC=GTAAATCTTCGTGATATCCTT;SOR=0.426;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=15;WE=28369287;WS=28369269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr1	28422847	rs2989472	C	T	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.256;NF=53;NR=30;PP=1207;ReadPosRankSum=0.737;SC=TACGGCCACTCCCTGTCCCGC;SOR=0.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=113;TCR=62;TR=83;WE=28422855;WS=28422837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,107:0.44:245
chr1	28422967	rs34450732	C	CT	2114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,153:0.44:349
chr1	28527011	rs1049504	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=0.516;SC=TTTGGGGTTCAGCCAAGCCAG;SOR=0.748;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=16;WE=28527019;WS=28527001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr1	28531751	.	G	A	80.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.967;SC=TGGTTTAAATGAATATACTGA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=28531759;WS=28531745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	28536707	rs56208699	T	C	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,55:0.47:116
chr1	28537245	rs41311280	C	T	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=898;ReadPosRankSum=-1.627;SC=TAAGGTCCTACGGCAAAAAGA;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=49;TCR=85;TR=66;WE=28537253;WS=28537235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,98:0.46:211
chr1	28564252	rs8559	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=523;ReadPosRankSum=0.853;SC=ATGGAATTGGAACTCCTATTC;SOR=0.896;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=32;WE=28564260;WS=28564242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr1	28696392	rs6703793	C	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=413;ReadPosRankSum=-0.883;SC=CAGGCTGCGGCCTCCTCTCAG;SOR=0.588;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=28;WE=28696400;WS=28696382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr1	28733993	rs12091029	G	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=0.735;SC=CACCTACATTGTTCTTAGTAA;SOR=0.714;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=8;WE=28734001;WS=28733983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr1	28800380	rs61785974	C	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=663;ReadPosRankSum=1.480;SC=ATCCTTAGATCTACACCAGGA;SOR=0.809;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=47;WE=28800388;WS=28800370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,70:0.42:166
chr1	28817597	rs10915235	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-1.057;SC=AAATGAATTCACAGCTGGGCA;SOR=0.756;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=15;WE=28817605;WS=28817587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr1	28843318	rs79722995	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-3.454;SC=AAGTTGGAGAAATTTCACAGT;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=9;WE=28843326;WS=28843308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr1	28861636	rs2066726	G	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.414;SC=AGCTGGATGTGCCTGTGGTAA;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=61;WE=28861644;WS=28861626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,72:0.44:163
chr1	28862455	.	C	T	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,82:0.51:162
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chr1	29064036	rs61787567	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=260;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CAGCCTCTTCCTCACTACCAT;SOR=0.934;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=21;WE=29064044;WS=29064026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr1	29070609	rs3835537	A	AG	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=1.803;SC=ATACAGTATCACCTAACAGTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=29070617;WS=29070599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	29138975	rs1042114	G	T	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	29189597	rs2234918	C	T	8909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=95;PP=2965;SC=TCGCGCTGGGCTACGCCAATA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=207;WE=29189605;WS=29189587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	29345009	rs5773229	C	CTT	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=487;SC=AGTTTAAACACAACATGGTAT;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=29345017;WS=29344999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	29345027	rs2985334	T	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=183;SC=TATTGGTTCATTGTTTGCCTA;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=29345035;WS=29345017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	29439016	rs4654390	T	A	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=24;PP=704;SC=GGAAGACCGATGAATACAGGA;SOR=1.118;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=37;WE=29439024;WS=29439006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	29475218	.	CCTT	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,9:0.10:89
chr1	29475341	rs2230678	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=523;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CTCTTCCTGCCCTTCCTCTTG;SOR=0.598;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=29;WE=29475349;WS=29475331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr1	29475394	rs2230677	C	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=692;ReadPosRankSum=0.612;SC=CCTGCTGCCCCCTTTGCTCCT;SOR=0.435;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=50;WE=29475402;WS=29475384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
chr1	29475648	rs2230679	T	G	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=45;PP=1218;SC=TGCGGCTCTTTTCCTTGCTGG;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=29475656;WS=29475638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	29522384	rs2291611	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=175;ReadPosRankSum=0.146;SC=CAGAATAGCTGGTCATTTCTG;SOR=0.361;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=15;WE=29522392;WS=29522374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	29529699	rs1062924	T	C	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=35;PP=1260;SC=TCTGGATGACTGCTTGCCCCA;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=29529707;WS=29529689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	29542435	rs2640469	C	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=6;PP=491;SC=CAGGTACACTCGGCCAATCAG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=29542443;WS=29542425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	29542637	rs1128400	A	G	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=29;PP=881;SC=TCAGGAAGGAATCCGTAGTTT;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=29542645;WS=29542627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	29557224	rs2640466	C	T	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	29563059	rs75011501	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=0.177;SC=CGCGCCGCTCCGCTCCGGCTC;SOR=0.399;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=29563067;WS=29563049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	29563411	rs12041477	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=388;ReadPosRankSum=-2.594;SC=TTGTGTGTCCGTGAGTTCTGT;SOR=0.843;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=30;WE=29563419;WS=29563401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr1	29609502	rs111595207	TG	T	1016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr1	29609536	rs72884571	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=0.650;SC=CCTTGGAGCAGGCCCAGCGCA;SOR=0.314;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=15;WE=29609544;WS=29609526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr1	29611123	rs2281378	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	29630455	rs2295061	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr1	29633486	rs41266213	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=349;ReadPosRankSum=1.119;SC=TCCCCACTCTGTGGCTCAGCC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=29633499;WS=29633476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	29633491	rs3835409	T	TCAGCC	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=398;ReadPosRankSum=-0.490;SC=ACTCTGTGGCTCAGCCCAGCC;SOR=0.078;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=29633499;WS=29633476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	29637136	rs2235939	T	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=334;ReadPosRankSum=-0.554;SC=CCTAGGGATGTGAGGGAGCAG;SOR=3.056;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=17;WE=29637144;WS=29637126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr1	29638988	rs12746604	G	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
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chr1	29642681	rs35403596	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=1.698;SC=ATGAGTGCGTGTGTATAGGTG;SOR=1.300;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=12;WE=29642689;WS=29642671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	29644328	rs1045453	C	T	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=894;ReadPosRankSum=0.060;SC=CCCGGAACCGCGACAAGAACC;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=92;TCR=66;TR=66;WE=29644336;WS=29644318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,132:0.46:286
chr1	29649806	.	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=189;ReadPosRankSum=0.385;SC=AGTGTGGAGCCCTTGGGGTGG;SOR=0.999;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=12;WE=29649814;WS=29649796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	29649874	rs10915252	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=270;ReadPosRankSum=-2.086;SC=TCTCCGTGCTTATGCCCAGCC;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=18;WE=29649882;WS=29649864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr1	29652068	rs2076618	T	C	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,110:0.41:269
chr1	29696020	.	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=410;ReadPosRankSum=1.336;SC=TATCCCCATCCCTGGCTCAGA;SOR=0.458;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=24;WE=29696028;WS=29696010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr1	29696060	rs56203706	T	C	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=556;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CCCGGGGCCATGGAGCCCTGT;SOR=0.823;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=38;WE=29696068;WS=29696050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr1	29842223	.	CCCT	C	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=51;QD=34.0;SC=AAACACTTCTCCCTCCTCCTC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=2;WE=29842233;WS=29842214;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,2:0.18:11
chr1	29842261	rs10915168	A	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=5;PP=266;SC=ATCCTCCTCCACTTCCTCCCC;SOR=0.846;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=14;WE=29842269;WS=29842251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	29842354	rs111593358	C	CT	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.391;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	29842562	.	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=0.067;SC=GACGTTAAAGGAGACCCCGCC;SOR=0.747;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=18;WE=29842570;WS=29842552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr1	29843392	rs4995377	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=248;ReadPosRankSum=2.001;SC=CCATGGACTCTTCCTCTTCCT;SOR=0.554;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=21;WE=29843400;WS=29843382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr1	29843442	.	T	TCTTCCTCCTTCTTCCTTCTCCTTCTCCTC	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=-0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.674;QD=26.91;ReadPosRankSum=-1.725;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	31186254	rs1188405	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=-0.400;SC=ACACATGCACACATACACACA;SOR=1.488;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=11;WE=31186262;WS=31186250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	31188089	rs1065755	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=373;ReadPosRankSum=-0.957;SC=CTGCCACAGGCTCTGAGGCTA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=28;WE=31188097;WS=31188079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr1	31188901	rs20566	A	G	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=614;ReadPosRankSum=-0.410;SC=GAGCAGCCCCAGTCATTGTGC;SOR=0.756;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=42;WE=31188909;WS=31188891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr1	31206637	rs3795438	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=324;ReadPosRankSum=1.198;SC=TGAGGCAGCTCCACCCCTCCC;SOR=0.610;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=22;WE=31206645;WS=31206627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr1	31206806	rs3795437	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=-0.288;SC=TGGTCAAGAATGACCTGCAAT;SOR=0.547;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=26;WE=31206814;WS=31206796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr1	31206957	rs12404920	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=-1.227;SC=AGTGGACATATTTGCCTTTGC;SOR=1.432;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=12;WE=31206965;WS=31206947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	31208042	rs35351292	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr1	31215364	rs1050663	T	C	7328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=64;PP=2680;SC=CCACCTCTACTGAGTGCTCGA;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=100;TCR=66;TR=163;WE=31215372;WS=31215354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr1	31230668	rs2273979	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=1.869;SC=GAAGGGGAAGCTGCTGGCTGC;SOR=0.241;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=19;WE=31230676;WS=31230658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr1	31346199	rs1539360	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=466;ReadPosRankSum=0.721;SC=CAAAGAGGGCGCCCACCACCC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=32;WE=31346207;WS=31346189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,60:0.61:99
chr1	31347399	rs4949184	C	T	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,91:0.48:189
chr1	31351513	rs1891419	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.286;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=416;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GTTCATCATCGGGAAAGGAGT;SOR=0.734;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=30;WE=31351521;WS=31351503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,47:0.34:138
chr1	31406286	rs58664754	TAC	T	100.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	31409726	rs56387244	CCT	C	919.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=473;ReadPosRankSum=-0.278;SC=AAGAGAGGCCCCTGTTAGTGA;SOR=1.060;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=12;WE=31409735;WS=31409716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr1	31415039	rs374274848	TA	T	340.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	31415041	.	TATATATA	T	340.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	31418119	rs12142833	C	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=517;ReadPosRankSum=0.354;SC=GAGAACATGCCACAAATCCTA;SOR=0.937;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=32;WE=31418127;WS=31418109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr1	31426815	rs2275741	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=0.655;SC=TTCCACTGCCATTCGTGAGTC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=13;WE=31426823;WS=31426805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	31440921	rs4317854	G	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=227;SC=ATCTATCCCTGATTCTGAAAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=31440929;WS=31440911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	31445932	rs2491135	C	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=1.920;SC=CGTCTCAAAACAAATTTATTT;SOR=1.508;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=31445940;WS=31445922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	31446069	rs146432389	TG	T	586.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=261;ReadPosRankSum=0.302;SC=TTTCAAGACCTGTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=31446079;WS=31446059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	31446071	rs368200818	T	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=269;ReadPosRankSum=0.472;SC=TCAAGACCTGTTTTTTTTTTC;SOR=0.941;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=9;WE=31446079;WS=31446059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	31446099	.	TA	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	31465631	rs72657295	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=0.220;SC=CTATTTCTATAAAATAACCAG;SOR=0.338;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=14;WE=31465639;WS=31465621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	31478638	.	AAGAGAGAG	A,AAG	2046.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;QD=40.13;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,42:0.18,0.82:51
chr1	31479005	rs1337046	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-0.465;SC=AACCTCCTATCATGTCCCTCA;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=31479013;WS=31478995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	31501755	rs4949331	T	C	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=757;ReadPosRankSum=0.916;SC=AGTCAGCATCTTGAATTTTAC;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=46;WE=31501763;WS=31501745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,57:0.52:110
chr1	31654940	rs2297959	C	T	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=7;PP=178;SC=AGGGTCAGACCCCGTGCAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=31654948;WS=31654930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	31712314	rs12025507	C	T	4424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=78;PP=2397;SC=CCACCCTGCCCCGACTGCCTG;SOR=1.120;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=129;WE=31712322;WS=31712304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	31732390	rs6425725	G	A	228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.79;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	31740706	rs3753373	A	G	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=43;PP=1677;SC=CTTTGCACCCACTAATCCTTA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=100;WE=31740714;WS=31740696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	31761989	rs1532859	G	A	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=11;PP=846;SC=TGTTATGGGAGATGACTGCTA;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=31761997;WS=31761979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	31764930	rs10733007	T	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=21;PP=577;SC=AGTTCTCAGGTCAGGCACGGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=31764938;WS=31764920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	31882582	rs4012494	G	GGCCTCA	1856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.61;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	31883295	rs6701521	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	31886024	.	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=1.956;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	31886163	rs12042883	C	T	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	31886750	rs142597528	G	GTCCC	1743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=3.720;NF=5;NR=10;PP=732;ReadPosRankSum=-2.410;SC=CCGCCCGTCCGTCCCTCAGTC;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=15;WE=31886758;WS=31886740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,49:0.41:119
chr1	31886833	rs10914377	T	C	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=34;PP=1401;SC=TCGCCCCGGATCATCTGGGCC;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=71;WE=31886841;WS=31886823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	31896608	rs78029434	C	T	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=473;ReadPosRankSum=-1.900;SC=GCAACTCCACCGTGAGCCGCC;SOR=1.240;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=35;WE=31896616;WS=31896598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,75:0.48:157
chr1	31897493	rs1320585	A	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.056;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=715;ReadPosRankSum=0.267;SC=GTTCTGTGAGAGGTGGGGCTT;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=35;WE=31897501;WS=31897483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr1	31899684	rs10454445	A	T	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=44;PP=1210;SC=AGCCTGCCTGACCCCCCCTGG;SOR=1.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=31899692;WS=31899674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	31899704	rs10454446	C	T	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=39;PP=1074;SC=GCCTGAAGCCCGGCCCCTTAG;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=31899712;WS=31899694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	31902418	rs10047085	A	G	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=38;PP=1089;SC=GGGAAGGATCATGATTGAGGG;SOR=1.156;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=61;WE=31902426;WS=31902408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	31906882	rs11587589	A	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=19;PP=856;SC=ACTGGGCACCAGGCTCATGGG;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=31906890;WS=31906872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	31907102	rs7417775	A	G	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=24;PP=635;SC=CTCTCGGCTCAGTGACAGCCA;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=31907110;WS=31907092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr1	31971707	rs35567548	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=415;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TTTGGCCCCAGTGGCTTCATG;SOR=0.260;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=31971715;WS=31971691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	32044641	rs12753402	G	A	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=164;SC=TTCAGTTATAGTTTAATTTCA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=32044649;WS=32044631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	32045838	.	G	C	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=170;MMLQ=21;MQ=49.88;NF=2;NR=1;PP=27;QD=20.5904041824;SC=GTCTCTCTCTGTCTCTCTCTC;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=3;WE=32045846;WS=32045828;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr1	32084904	rs1056526	C	T	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,97:0.44:222
chr1	32086912	rs2280386	A	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=186;ReadPosRankSum=-0.578;SC=AGGAGGGACAACCCAAGTTGG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=13;WE=32086920;WS=32086910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	32092525	rs2271933	A	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=361;ReadPosRankSum=1.485;SC=CCGATGCTCCATCTCCAAAAT;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=32;WE=32092533;WS=32092515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
chr1	32092735	rs2176807	T	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.857;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=144;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TTGTGTCCCCTAAGCAGGGTT;SOR=2.116;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=15;WE=32092743;WS=32092725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr1	32092918	rs141988488	T	TTCC	3438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.361;NF=4;NR=23;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TCCTACCCAATTACAGGCCTT;SOR=0.831;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=27;WE=32092926;WS=32092908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,88:0.52:168
chr1	32096265	rs1061770	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=-1.745;SC=AGCTGAGCCGAATGTTGCCTT;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=8;WE=32096273;WS=32096255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	32100551	rs3835520	GA	G	1069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=652;ReadPosRankSum=-0.381;SC=ATCCCTGAATGAAAAAGACAC;SOR=0.999;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=22;WE=32100559;WS=32100541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr1	32118160	rs1061392	C	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	32119347	rs67961612	AACAC	A	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=499;ReadPosRankSum=1.209;SC=GATTACTTGAAACACACACAC;SOR=1.802;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=32119358;WS=32119337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	32119431	rs3817398	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=219;ReadPosRankSum=0.621;SC=CCCCAAAGAATTACATGTGTC;SOR=0.734;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=16;WE=32119439;WS=32119421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr1	32119576	.	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=303;ReadPosRankSum=2.014;SC=CCTGGAGGCCCTGGTCGTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=18;WE=32119584;WS=32119566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr1	32122164	rs7545321	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	32131067	.	C	T	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-2.709;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,114:0.46:247
chr1	32131163	rs1356803	C	G	3648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,181:0.52:351
chr1	32134491	rs2271929	C	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.044;NF=9;NR=31;PP=702;ReadPosRankSum=1.584;SC=CTGCAGGAGCCGGCGGTCCCC;SOR=1.160;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=40;WE=32134505;WS=32134481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
chr1	32136168	rs2292990	G	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.624;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=-1.739;SC=TGGCTGACGGGGGGGAGGGGA;SOR=0.283;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=34;WE=32136176;WS=32136158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr1	32136398	rs1474182	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=-1.578;SC=GAAAGTCTTGGCTCAAAAGAC;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=18;WE=32136406;WS=32136388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr1	32140733	rs2292993	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=-0.953;SC=CGTCATGCACCTTCCAGCCTC;SOR=0.475;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=14;WE=32140741;WS=32140723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr1	32145009	rs4949461	C	T	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=10;PP=727;SC=TGACAGCTGACGCAACAGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=32145017;WS=32144999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	32146425	rs11590964	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=303;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CTGCTAATCCCCCAGAGTACG;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=19;WE=32146433;WS=32146415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr1	32148571	rs10737358	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=21;PP=664;SC=GAGGTCCCACAGGTCCGGTGG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=32148579;WS=32148561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	32149982	rs10914466	A	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=-0.383;SC=CTAGCAGAGGAGAAGCCCCGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=8;WE=32149990;WS=32149972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	32155284	rs2297682	T	C	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	32155472	rs11589051	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GGGAGAGGCAGTATGTGGACA;SOR=0.425;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=19;WE=32155480;WS=32155462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr1	32155911	rs6425780	G	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=111;SC=TCACTGTCATGTGCAGAAAGG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=32155919;WS=32155901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	32155929	rs2297681	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	32156090	.	G	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=311;ReadPosRankSum=-1.632;SC=CAGAGGCCTTGGAAGAGCCGA;SOR=0.678;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=24;WE=32156098;WS=32156080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
chr1	32156722	rs10914467	G	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=586;ReadPosRankSum=-1.188;SC=AAGCTGCCCCGGCCCCTTCTC;SOR=0.832;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=40;WE=32156730;WS=32156712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,49:0.46:107
chr1	32156869	rs10798884	A	T	11142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.695;SC=TCCAGGGACCACTCGCTACAG;SOR=0.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=137;TCR=129;TR=262;WE=32156877;WS=32156859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,434:1.00:435
chr1	32157531	rs2297676	T	C	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=600;ReadPosRankSum=0.477;SC=GGGGGCTGGATTCCCGAAGGT;SOR=0.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=38;WE=32157539;WS=32157521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,71:0.48:149
chr1	32158374	rs3818788	T	C	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=757;ReadPosRankSum=0.822;SC=TTACCTGAAGTGGGGCATCCG;SOR=0.652;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=63;WE=32158382;WS=32158364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,83:0.49:168
chr1	32159588	rs2275097	A	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=172;ReadPosRankSum=-0.130;SC=ACACACACAAACCCCTGCTTT;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=13;WE=32159596;WS=32159578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	32160918	rs6656079	A	G	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=65;PP=2031;SC=CATCACACATATCTTGAGTGG;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=114;WE=32160926;WS=32160908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	32163950	rs2297674	G	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=19;PP=432;SC=GGTACTGGTGGGCTGGGGACA;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=32163958;WS=32163940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	32164206	rs2228550	T	G	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=22;PP=583;SC=GGGAATACTCTTCTGGAGATG;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=32164214;WS=32164196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	32165495	rs2228552	G	T	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=31;PP=1352;SC=GATGGCAGACGTCTTCATGAG;SOR=0.952;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=74;WE=32165503;WS=32165485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	32167526	rs1815465	G	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=9;PP=824;SC=CGAAGACACAGGCACACACAC;SOR=2.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=43;WE=32167534;WS=32167516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	32193647	rs1127100	T	C	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=27;PP=1124;SC=TCCGCTCGGCTGCCCCACCCG;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=62;WE=32193655;WS=32193637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	32196647	rs909001	C	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=413;ReadPosRankSum=-1.510;SC=GGGTCCCCTCCGGCCGGGCCC;SOR=0.843;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=33;WE=32196655;WS=32196637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr1	32264945	rs115594549	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.655;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=0.658;SC=GCCCCGGAGGCGGGGGCATGT;SOR=0.255;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=11;WE=32264953;WS=32264935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr1	32279629	rs6669563	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=384;ReadPosRankSum=0.672;SC=TCTGTGCCCCGGTCTTGGGCA;SOR=1.041;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=26;WE=32279637;WS=32279619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr1	32280610	rs6664445	T	C	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=799;ReadPosRankSum=0.022;SC=CTCCCCTGAGTAGGCACCGAG;SOR=0.900;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=48;WE=32280618;WS=32280600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,76:0.47:161
chr1	32541440	.	GGT	G	172	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=18;MQ=59.88;NF=0;NR=5;PP=172;QD=35.2;SC=ACCCAACAAGGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=5;WE=32541449;WS=32541430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,5:0.19:27
chr1	32660548	.	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=425;ReadPosRankSum=0.219;SC=GGTAAAAATCCAACGGCTGGA;SOR=0.983;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=30;WE=32660556;WS=32660538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr1	32667724	.	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=555;ReadPosRankSum=0.816;SC=GGAAGGAAAGGAGGAGGGACC;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=39;WE=32667732;WS=32667714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,52:0.43:122
chr1	32680255	.	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=0.898;SC=CAGCAAGGAGGGAGGACGTAC;SOR=0.344;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=14;WE=32680263;WS=32680245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	32680948	rs144910030	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	32681069	rs11590012	CC	AA	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=303;ReadPosRankSum=0.452;SC=GAGCTCCCCACCGAAGGAAGG;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=8;WE=32681078;WS=32681059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr1	32742327	.	C	T	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=1980;ReadPosRankSum=0.270;SC=GCGGCTGGTTCGGCTCTACGC;SOR=0.673;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=64;WE=32742349;WS=32742317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,102:0.46:221
chr1	32742341	.	G	A	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=39;PP=2315;ReadPosRankSum=1.058;SC=TCTACGCTGTGGTCACCCAGG;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=67;WE=32742349;WS=32742317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,118:0.52:225
chr1	32860161	rs547329	T	C	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=108;PP=2965;SC=CATCATTAGGTCCCGCCTCCC;SOR=2.233;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=29;TCR=109;TR=137;WE=32860169;WS=32860151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	33002066	rs12133367	C	T	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=22.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	33060834	rs11327743	AT	A	819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.959;NF=3;NR=23;PP=442;ReadPosRankSum=0.496;SC=AGTATGTATGATTTTTTTTCA;SOR=0.482;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=26;WE=33060842;WS=33060824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr1	33065947	rs704886	G	C	6422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=87;PP=2965;SC=GATGGGTCTGGTGATCTGGTC;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=170;WE=33065955;WS=33065937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	33099798	rs704877	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=1.720;SC=TCAATTTAACAGCACTGCAAC;SOR=1.009;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=13;WE=33099806;WS=33099788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr1	33117071	rs583114	T	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=16;PP=564;SC=CCGCGGGGCGTGCTAACGGCT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=33117079;WS=33117061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	33127730	rs1085416	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	33133968	rs2762904	T	C	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=25.00;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	33134774	rs359955	A	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	33160878	rs360042	C	T	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	33161212	rs360041	T	C	11346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=169;NR=129;PP=2965;SC=TTCTCCTCCATGCTGGGGCTC;SOR=0.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=170;TCR=129;TR=298;WE=33161220;WS=33161202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr1	33233323	rs360523	A	G	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=20;PP=1215;SC=CCTTGCCGTGAGACCTGTGCC;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=33233331;WS=33233313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	33234110	rs111335810	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=-0.143;SC=GCAGGATAATCGCTTGAACTT;SOR=1.802;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=11;WE=33234118;WS=33234100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	33234136	rs360522	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=226;SC=GCGGAGGTTGTGGTGAGCCAA;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=33234144;WS=33234126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	33234153	rs3737993	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=64;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CCAAGATTTCGCTACTGCACT;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=6;WE=33234161;WS=33234143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	33235626	rs3737995	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=668;ReadPosRankSum=0.653;SC=AGGCGGAGGCGGAGGCTGGCG;SOR=0.660;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=44;WE=33235634;WS=33235616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
chr1	33276424	rs4951787	G	A	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=28;PP=1167;SC=CCTCCAACCTGTCTCCTCCAG;SOR=0.761;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=64;WE=33276432;WS=33276414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	33293748	rs10753266	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=339;SC=TCTTCCCCTCTCCAGTTTCCT;SOR=2.712;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=33293756;WS=33293738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	33299816	rs4951773	A	T	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	33318561	rs702836	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=7;PP=264;SC=TTGTGATAATTGTAAGTATAT;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=33318569;WS=33318551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	33318634	rs785274	G	A	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	33330432	rs1284368	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=596;SC=CAGAGGCCAGAGCCTGGGTTC;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=33;WE=33330440;WS=33330422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	33402334	rs200262373	GA	G	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=1.679;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	33430102	.	T	G	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=30;QD=21.5904041824;SC=GGGCGGCGGCTGCGCAGCCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=33430110;WS=33430092;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	33476353	rs66599471	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-3.297;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr1	33476385	rs76881767	C	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-6.944;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,8:0.12:68
chr1	33476387	rs201842558	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-6.393;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,6:0.09:65
chr1	33485789	.	AACAC	A	848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.694;QD=19.29;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr1	33497070	rs1012884	G	A	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=152;SC=GGTCTGTCACGTAACTGAGCA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=33497078;WS=33497060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	33557850	.	GCTGGGCTGTGGGGAGC	G	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	33557882	.	C	G	111	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=111;QD=36.4428031368;SC=CTGTGGGGAGCCTGGGCTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=4;WE=33557890;WS=33557872;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	33557907	.	T	A	54	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=50;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=54;QD=44.3856062736;SC=GGCTGGGCTGTGGGGAGGCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=2;WE=33557915;WS=33557897;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr1	33560338	rs804428	A	G	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=29;PP=791;SC=TGGGAGTGTCATGCTGGGCTC;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=33560346;WS=33560328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	33567592	rs78742377	G	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=222;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CTGCTGCTGTGAATTCTTGTT;SOR=0.380;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=18;WE=33567600;WS=33567582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr1	33641932	rs604941	A	G	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=34;PP=1675;SC=CCAGAGCCGAAATTTGAACCT;SOR=1.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=87;WE=33641940;WS=33641922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	33642152	rs643402	C	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=715;SC=GAACCTGAGACGGCCAGAGAG;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=33642160;WS=33642142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	33646950	rs622407	A	G	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=34;PP=1248;SC=GGCAGAAGTAATGCTCGCAGC;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=33646958;WS=33646940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	33736378	.	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=2.083;SC=CCTCCTGTGTCGTGGTGGCTG;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=7;WE=33736386;WS=33736368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	33741787	rs12743549	G	A	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=988;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TCGCCCCTCCGGCTGCCCTAC;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=71;WE=33741795;WS=33741777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,130:0.52:250
chr1	33741895	rs12743740	G	A	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=772;ReadPosRankSum=0.324;SC=GCGGGCCTGGGCAAGGGGCGG;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=55;WE=33741903;WS=33741885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr1	33742228	rs4475712	T	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	33746163	rs10914676	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=11;PP=235;SC=CCCTTAGGGCTGAGGGGCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=33746171;WS=33746153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	33760743	rs4641276	T	C	4015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=62;PP=1897;ReadPosRankSum=1.755;SC=GCTGTGCCCCTACAGTCTCAC;SOR=0.696;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=190;TCF=86;TCR=104;TR=109;WE=33760751;WS=33760733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,194:0.57:341
chr1	33777524	rs6679416	T	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=768;ReadPosRankSum=-0.090;SC=GCAAGAAGTGTTGTCTTTGCT;SOR=1.874;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=36;WE=33777532;WS=33777514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr1	33790496	rs11554674	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=240;ReadPosRankSum=0.263;SC=TGATGCGGGCGTAGATCTTCA;SOR=1.101;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=19;WE=33790504;WS=33790486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr1	33795572	rs10914684	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	33795590	rs10914685	A	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	33796834	rs34504596	GA	G	62.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=0.319;SC=GTGGGTCGAGGAACTAGGAAA;SOR=2.788;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=33796842;WS=33796824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	33799548	rs12044118	C	T	88.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	33799900	rs12734630	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=-0.274;SC=GTCTCTGCACGAGAGAGAGTA;SOR=0.250;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=11;WE=33799908;WS=33799890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	33815446	.	TGC	T	38	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BRF=0.5;FR=0.9990;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=38;QD=48.0;SC=CGGCCGGGGTTGCGCGCGCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=0;TCR=1;TR=1;WE=33815455;WS=33815436;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	./.:0,1:1.00:1
chr1	33820134	rs12026290	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=255;ReadPosRankSum=-2.614;SC=CCTGGTGCCACTTCTTTCCAG;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=20;WE=33820142;WS=33820124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr1	33832865	rs6425816	A	G	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=593;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TGGCACCTGCAGGGGAAGCCT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=48;WE=33832873;WS=33832855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,71:0.52:137
chr1	33836796	rs7545416	C	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=334;ReadPosRankSum=-1.174;SC=GTGTTAAGGACAACAGCCTCT;SOR=1.329;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=17;WE=33836804;WS=33836786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr1	33954805	rs78576717	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=-0.052;SC=AGCTGTTACTCGTTCTTCCTT;SOR=2.000;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=14;WE=33954813;WS=33954795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	33957012	rs369076647	G	A	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.404;NF=25;NR=36;PP=968;ReadPosRankSum=0.202;SC=AACCTCCTACGGAATTACCGG;SOR=0.880;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=61;WE=33957020;WS=33957002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,103:0.50:205
chr1	33957152	rs4403594	T	G	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=42;PP=1626;SC=CAGGCTCGGGTATAGTGACGC;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=33957160;WS=33957142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	33960062	rs9943259	A	G	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=801;ReadPosRankSum=0.624;SC=TGTACCTTGCAGAGAAACCCT;SOR=0.830;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=57;WE=33960070;WS=33960052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,91:0.54:169
chr1	33961147	rs3795420	T	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=0.206;SC=ATGCTAGAGATAAACTTTCCA;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=25;WE=33961155;WS=33961137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr1	33985087	.	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.981;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	33985353	rs2641959	C	G	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,96:0.52:183
chr1	33992747	.	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=0.181;SC=CTAACTGTGTGAAAAAAGTAA;SOR=0.886;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=16;WE=33992755;WS=33992737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr1	33998925	.	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.031;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=0.062;SC=ATATCCTCTTCCTTTCCCTTC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=11;WE=33998933;WS=33998915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	34002462	rs148539060	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=0.718;SC=GGTGCTCCCATGGAGCACTGT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=34002470;WS=34002452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	34033512	rs6703172	G	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=1.771;SC=CTCTCCCTGAGAGTAGCAATC;SOR=1.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=6;WE=34033520;WS=34033502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr1	34034911	.	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=278;ReadPosRankSum=-1.548;SC=TCTCAGCTTTGGAAAGATCTA;SOR=1.184;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=21;WE=34034919;WS=34034901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr1	34038214	rs2641962	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=283;ReadPosRankSum=0.793;SC=CAGCTGTACATGGCCTTGGTT;SOR=0.693;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=24;WE=34038222;WS=34038204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr1	34038413	rs2794602	A	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=177;ReadPosRankSum=0.802;SC=AGGGTAAAGTATCATAATAAA;SOR=0.119;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=34038421;WS=34038403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	34043169	rs11291100	TC	T	1224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=17;PP=511;SC=CCCTTTCGTCTCCCCCCCATC;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=19;WE=34043177;WS=34043159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	34088825	.	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=0.424;SC=CGAATCTCCTGAAAACCACTG;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=10;WE=34088833;WS=34088815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	34090294	.	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=0.046;SC=CCGTGGGAGCCTTCCCAAGCT;SOR=1.360;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=24;WE=34090302;WS=34090284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr1	34090587	.	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-1.156;SC=TGACTGCCTCCCCTACAGAGA;SOR=0.839;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=7;WE=34090595;WS=34090577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	34099219	.	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=1.761;SC=CCCAAGCCAGGAGGAGGGCAG;SOR=0.612;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=11;WE=34099227;WS=34099209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	34118071	.	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=323;ReadPosRankSum=-0.621;SC=GCTGAGGAGAGAAGAAGACGA;SOR=0.811;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=22;WE=34118079;WS=34118061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr1	34123669	.	C	T	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.799;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=1026;ReadPosRankSum=1.293;SC=TCGCCGGCTTCCCAACTGTCA;SOR=0.315;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=74;WE=34123677;WS=34123659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,89:0.59:152
chr1	34128774	.	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=315;ReadPosRankSum=0.397;SC=CTAAACCTACGAAGACTGGCC;SOR=1.115;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=20;WE=34128782;WS=34128764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	34158472	rs12757315	C	T	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=-1.266;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr1	34158482	rs12757320	C	T	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.41;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr1	34166306	rs181766366	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=0.825;SC=ACCCAATGTCGTCAGCATGGC;SOR=2.564;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=7;WE=34166314;WS=34166296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	34174811	.	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=461;ReadPosRankSum=1.022;SC=GGAAAGTTGGGGGACAGCAAA;SOR=0.912;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=30;WE=34174819;WS=34174801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr1	34180100	.	C	T	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,141:0.47:298
chr1	34189917	rs519370	C	T	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=34;PP=951;SC=CAGAGAGCTACAGAAGGAGTG;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=34189925;WS=34189907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	34189957	rs11346874	AG	A	1153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=902;SC=AGAGGGCCTCAGGGGAGCACC;SOR=0.869;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=24;WE=34189965;WS=34189947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	34238283	rs474474	T	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=-1.525;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr1	34254108	rs34557326	C	CA	232.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.967;QD=7.05;ReadPosRankSum=2.202;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr1	34254221	.	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr1	34270498	rs10737374	G	A	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=73;PP=2189;SC=GTCTCCTCCCGCCTGGATCAG;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=48;TCR=74;TR=121;WE=34270506;WS=34270488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	34285342	rs17342512	G	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=13;PP=854;SC=GGTCGCTCCAGGCCGCAAACA;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=34285350;WS=34285332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	34285381	rs11578857	C	T	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=25;PP=1045;SC=AGGTGATCCGCTTGGACCCTT;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=56;WE=34285389;WS=34285371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	34285995	rs3795414	G	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=7;PP=471;SC=CCTGCAGGAAGGCCAGCCCCT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=34286003;WS=34285985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	34286166	.	CAAAA	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.886;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr1	34286189	rs3843294	A	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.29;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr1	34329897	rs911218	T	C	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=21;PP=1172;SC=CAAATACCTATGTTGGCTTTA;SOR=1.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=68;WE=34329905;WS=34329887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	34330067	rs10379	A	C	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=60;PP=2662;SC=GATCCCCAGGAACCCAGACGG;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=125;WE=34330075;WS=34330057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
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chr1	34631200	rs150837376	AAC	A	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.129;QD=11.47;ReadPosRankSum=1.159;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
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chr1	35184033	rs693582	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=218;ReadPosRankSum=0.470;SC=AAAGGGAGCACGGAGGGACAA;SOR=1.214;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=19;WE=35184041;WS=35184011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr1	35184084	rs693852	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.526;NF=4;NR=10;PP=139;ReadPosRankSum=-0.432;SC=CCACTACTCACAACTTAACAC;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=14;WE=35184092;WS=35184074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr1	35223345	rs3738345	G	A	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=601;ReadPosRankSum=-0.346;SC=TAGTGTTCAAGGCGAGCGTGG;SOR=0.622;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=37;WE=35223353;WS=35223335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
chr1	35227007	rs146812843	TTGTC	T	5829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.933;NF=20;NR=48;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CAGAAGGACTTTGTCTGCAAC;SOR=0.702;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=137;TCF=48;TCR=89;TR=68;WE=35227018;WS=35226997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,152:0.52:292
chr1	35227389	.	C	T	2907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1285;ReadPosRankSum=0.218;SC=GTTACATCTCCCGGCCCACGG;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=93;WE=35227397;WS=35227379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,144:0.50:288
chr1	35250457	rs1805063	C	T	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1389;ReadPosRankSum=1.749;SC=GTTCGTCTTCCGGGTGCTGGT;SOR=0.786;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=185;TCF=101;TCR=84;TR=91;WE=35250465;WS=35250447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,126:0.48:265
chr1	35250933	.	C	T	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=2.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,119:0.52:227
chr1	35251229	rs476220	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=0.496;SC=CATGCAGGGCGGTGTGGCAGG;SOR=0.760;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=12;WE=35251237;WS=35251219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr1	35259946	rs1764389	G	A	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=41;PP=1348;ReadPosRankSum=0.065;SC=GCGAGTCAGTGTGGGGTGACG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=106;TCR=77;TR=98;WE=35259954;WS=35259936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,137:0.48:284
chr1	35259961	rs1764390	A	G	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1590;ReadPosRankSum=0.472;SC=GTGACGAGCAATCAGATTTCG;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=113;TCR=86;TR=108;WE=35259969;WS=35259951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,164:0.50:330
chr1	35260769	rs1764391	C	T	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.851;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=56;PP=1283;ReadPosRankSum=1.550;SC=TGGCCAAAAACCCCCAAGTCG;SOR=0.275;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=186;TCF=76;TCR=110;TR=93;WE=35260777;WS=35260759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,135:0.53:253
chr1	35260900	.	C	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.442;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=397;ReadPosRankSum=0.802;SC=CTGGAAGGCTCTGCAGAGATG;SOR=0.261;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=28;WE=35260908;WS=35260890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr1	35260929	rs3543	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=1.604;SC=GGGGAAGCAGGTGCTTGCTGG;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=14;WE=35260937;WS=35260919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr1	35476554	.	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=-0.112;SC=CTGCTGACCTGGAGGAGGGCG;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=21;WE=35476562;WS=35476544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr1	35561510	rs2101973	G	A	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.02;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	35562965	rs2971408	G	A	4880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=74;NR=41;PP=2153;SC=ATCATCTGGCGTGAATAAAAT;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=115;WE=35562973;WS=35562955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	35563206	rs6658571	C	G	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	35576145	rs2935955	C	T	108.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=81;SC=CAAATTAAACCGACTTTTAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=35576153;WS=35576135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	35577843	rs150335730	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=158;ReadPosRankSum=0.195;SC=CAGTGGCGTGATCTCAGCTCA;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=35577851;WS=35577833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	35652935	rs113612711	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.024;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=332;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TTCAAGAGTTAAATAAAAAAC;SOR=0.264;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=28;WE=35652943;WS=35652925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr1	35925861	rs2819002	C	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=10;PP=694;SC=CCACGAGAGGCAAAAAAATGG;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=35925869;WS=35925851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	36205166	rs577483	A	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=32;PP=774;SC=AAATGCAACAATGAATATACT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=36205174;WS=36205156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	36213712	rs516992	G	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=20;PP=497;SC=ACAAATGTCAGTCATTGTCAT;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=36213720;WS=36213702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	36216835	rs535638	C	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=2;PP=370;SC=AACAAAACAACGTAATTGCCA;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=36216843;WS=36216825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	36282417	rs2791960	A	G	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=24.77;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	36298019	.	C	CT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=2.442;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr1	36316381	.	C	CAAA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr1	36316418	rs11403763	C	CA,CAA	910.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.191;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.68;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,27,14:0.64,0.33:42
chr1	36316571	rs4652895	A	C	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=54;PP=1511;SC=GCACTCGCTCAGTCTCTATTC;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=36316579;WS=36316561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	36448146	rs140435854	TTC	T	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=553;ReadPosRankSum=1.146;SC=ATAGGAAAACTTCTCTCTATC;SOR=0.776;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=13;WE=36448155;WS=36448136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr1	36474597	.	C	T	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=649;ReadPosRankSum=-0.934;SC=CGCACCTTCCCTGTCTGCAAG;SOR=0.543;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=45;WE=36474605;WS=36474587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr1	36553673	rs399393	A	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=372;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GCATGGACACACGGCGCAAGC;SOR=0.888;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=34;WE=36553681;WS=36553663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,58:0.40:146
chr1	36556779	rs67749899	CA	C	982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.251;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr1	36563158	rs3738360	C	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=166;ReadPosRankSum=-2.811;SC=GCAGCAGGACCCCCCCCGCGG;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=13;WE=36563166;WS=36563148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr1	36565584	rs274753	C	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=173;ReadPosRankSum=1.728;SC=TCTGATGGCTCTCAGGGAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=11;WE=36565592;WS=36565574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	36565617	rs274754	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=226;ReadPosRankSum=0.677;SC=GGCTGGGAGCGATTTGAGGCA;SOR=1.505;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=16;WE=36565625;WS=36565607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr1	36602943	rs2231318	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr1	36645811	rs41267273	T	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GCTTGAGTGCTGTTTGCCCTG;SOR=0.763;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=11;WE=36645819;WS=36645801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr1	36752152	rs2242428	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=621;ReadPosRankSum=-0.323;SC=ATGGAAACTACCGCTCAAATT;SOR=1.288;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=45;WE=36752160;WS=36752142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr1	36752433	rs6425977	C	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=722;ReadPosRankSum=0.039;SC=GGAGATGAGGCCAAGGAGCAG;SOR=0.395;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=47;WE=36752441;WS=36752423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,60:0.44:136
chr1	36762396	rs1566589	C	T	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=370;SC=GTTACCCCTTCCAGACTCTTA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=36762404;WS=36762386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	36767400	rs882799	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.476;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	36773074	rs138016197	CTT	C	1278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=831;ReadPosRankSum=-1.123;SC=CCTAGGGACTCTTGGGGCAGA;SOR=0.358;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=23;WE=36773083;WS=36773064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr1	36773819	rs11263871	C	G	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	36773929	rs112271393	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr1	36787888	rs58971913	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGCGGGAGCCGGGGCCCATCA;SOR=0.055;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=3;WE=36787896;WS=36787878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	36788356	rs7536394	A	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	36814473	rs55703317	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=431;ReadPosRankSum=0.583;SC=AGGCACAAGACACGCAGGCAG;SOR=0.430;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=29;WE=36814481;WS=36814463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr1	36820927	rs11263875	G	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=729;ReadPosRankSum=-1.184;SC=CGGTCTTATCGCTGAAGTCAT;SOR=0.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=50;WE=36820935;WS=36820917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,72:0.59:122
chr1	36859377	.	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=334;ReadPosRankSum=0.617;SC=AGTTTTTTGGGGGAAATTCCC;SOR=0.570;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=24;WE=36859385;WS=36859367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr1	36884530	.	G	GA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=8.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.760;SOR=2.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr1	36886364	rs2275478	C	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=0.089;SC=TAGAAAGCAGCCTTAACCAAA;SOR=0.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=10;WE=36886372;WS=36886354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr1	36887702	rs2236565	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=0.402;SC=TGTAGACTTCCGTATCTAGAG;SOR=0.586;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=11;WE=36887710;WS=36887692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr1	36888302	rs35889349	C	CT	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=12.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.383;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.954;SOR=2.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr1	36889197	rs11263892	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=24;ReadPosRankSum=-1.165;SC=AGGGAGAGGCTGGGCGCAGTG;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=5;WE=36889205;WS=36889187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
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chr1	36921371	rs1538634	G	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.509;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
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chr1	36926445	rs3738839	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=293;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CCTCCTCCCCCCAAGGGCCCT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=23;WE=36926453;WS=36926435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr1	36927733	rs7065	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=12;PP=699;SC=GCAGCGTAGAGGGAGGTGGGT;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=36927741;WS=36927723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	36932771	.	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=612;ReadPosRankSum=0.851;SC=AGAAGGTGTCCCTTCACTGAG;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=40;WE=36932779;WS=36932761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr1	36935128	rs3917989	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=595;ReadPosRankSum=0.648;SC=TGAGAACAACGAAGGATCAAG;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=57;TCR=8;TR=33;WE=36935136;WS=36935118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr1	36937059	rs3917981	A	G	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.32;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,78:0.50:157
chr1	36937065	rs3917980	A	G	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.57;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,75:0.47:159
chr1	37267388	.	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=231;ReadPosRankSum=1.948;SC=GGGGACGTTCCTTCCAATCTC;SOR=0.627;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=14;WE=37267396;WS=37267378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr1	37324683	rs3738081	A	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=489;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GGGAGACAACACTGGTGGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=27;WE=37324691;WS=37324673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr1	37324935	rs12067006	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TTCTCCTCCCTTGCCACAGGT;SOR=2.147;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=37324943;WS=37324925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	37325477	rs6691840	A	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=346;ReadPosRankSum=-1.509;SC=CCAGACTCGGACCGGGGAGCT;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=26;WE=37325485;WS=37325467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
chr1	37325723	rs12082412	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=0.066;SC=GGCCTGAGGTCGCAGCTCCCT;SOR=2.476;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=11;WE=37325731;WS=37325713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	37335458	rs577094	A	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=24;PP=664;SC=AGCCCTCCCCACATCCCCACC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=37335466;WS=37335448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	37335485	rs509284	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.60;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	37335494	rs577813	G	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	37626981	rs215756	T	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=531;SC=TGGTTTAGTCTAGTGCCCCTG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=37626989;WS=37626971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	37627223	.	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=548;ReadPosRankSum=-1.593;SC=TTAGGGCAAAGAGGCAGCATC;SOR=0.919;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=36;WE=37627231;WS=37627213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr1	37948212	rs215205	C	G	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=53;PP=1512;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TGCCTGTGCCCTGTTTTCCTC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=125;TCR=113;TR=113;WE=37948220;WS=37948202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,176:0.47:377
chr1	37959450	rs215210	T	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=2.223;SC=AGCAACTTGCTGGGATTACAA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=31;WE=37959458;WS=37959440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,51:0.40:128
chr1	37959470	rs215211	C	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=375;ReadPosRankSum=-2.327;SC=ACATTGTCTTCATCTTCCTGC;SOR=0.509;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=26;WE=37959478;WS=37959460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
chr1	37961298	rs2783732	C	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	37961308	rs200110144	A	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	37975279	rs215214	C	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=434;SC=ATGCTGAACACAGAAAGCAAC;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=37975287;WS=37975269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	37975312	rs2036637	T	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=0.366;SC=ATGGTACATGTCCCACTGTGA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=37975320;WS=37975302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	37980446	rs215873	A	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=3;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=143;ReadPosRankSum=-1.456;SC=CGGCTTCCGGAGACGCGTGCA;SOR=0.163;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=13;WE=37980454;WS=37980436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	38006359	rs2174769	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=228;ReadPosRankSum=1.342;SC=TCACGCTCCTAAAATTCAAAC;SOR=0.439;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=18;WE=38006367;WS=38006349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr1	38019747	rs2273013	C	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=199;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CCTGCTTCACCACCACCCCCG;SOR=0.734;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=16;WE=38019755;WS=38019737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr1	38022452	rs2273014	C	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=0.340;SC=ATGAAACTTGCCGGCTGTTGG;SOR=0.027;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=38022460;WS=38022442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	38030696	rs6619	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=324;ReadPosRankSum=1.255;SC=AACAAGACACTTGGGAGTTAT;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=19;WE=38030704;WS=38030686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr1	38046920	rs2360010	G	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=272;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TAACTAAATAGACAAATTCAA;SOR=0.740;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=24;WE=38046928;WS=38046910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr1	38047133	.	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=181;ReadPosRankSum=1.047;SC=AGCGTGGAACGTCAGGTGCCA;SOR=0.521;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=16;WE=38047141;WS=38047123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr1	38049373	rs3753372	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=224;ReadPosRankSum=-2.838;SC=CTGTACTCTGCGCAACAGAGC;SOR=1.046;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=15;WE=38049381;WS=38049363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr1	38049552	rs6426024	C	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=513;ReadPosRankSum=-0.924;SC=AGAAAGCACCCCAAATGAGCA;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=37;WE=38049560;WS=38049542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr1	38052867	rs11420067	C	CA	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=2.186;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr1	38061572	rs6697632	G	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=21;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CGTCCCTCTCGGCCTCAGAGC;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=4;WE=38061580;WS=38061562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	38078300	rs4652964	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=-1.122;SC=TCTTGTGTCTATGTATGCATG;SOR=0.746;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=14;WE=38078308;WS=38078290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr1	38148765	rs684260	A	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr1	38149193	rs686083	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=0.256;SC=CAGAGGGAGCCATAAAAGTGA;SOR=1.473;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=19;WE=38149201;WS=38149183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr1	38155265	rs586252	G	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=400;ReadPosRankSum=-3.221;SC=AACAGCACTAGGGAGCTGCTT;SOR=0.836;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=30;WE=38155273;WS=38155255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr1	38161694	rs615530	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr1	38164724	rs557290	C	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=492;ReadPosRankSum=0.352;SC=GCTCAGGCAGCGCCTTGTTGG;SOR=0.497;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=36;WE=38164732;WS=38164714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr1	38166022	rs513826	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=0.881;SC=CTTAAGATTGTGTACATTTTA;SOR=0.416;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=11;WE=38166030;WS=38166012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr1	38169046	rs12139097	T	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr1	38174132	.	C	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=674;ReadPosRankSum=1.177;SC=GTGTGAAGTTCCAGAGCAAGG;SOR=0.718;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=45;WE=38174140;WS=38174122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr1	38174185	rs557897	G	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=173;ReadPosRankSum=3.169;SC=AGACGTGCTAGTCCCACACCA;SOR=0.576;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=13;WE=38174193;WS=38174175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr1	38184316	rs609437	T	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=412;ReadPosRankSum=1.885;SC=GCCTTGACCTTGGTGCCTTGG;SOR=0.848;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=38;WE=38184324;WS=38184306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,39:0.40:97
chr1	38184470	rs610213	C	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-0.358;SC=AGGCACGGTCCGCTAGTGGGG;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=8;WE=38184478;WS=38184460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr1	38185337	rs518583	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GCATATGGTGTGTGCACACAC;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=10;WE=38185345;WS=38185327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	38186189	rs6671088	C	T	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=550;ReadPosRankSum=-0.506;SC=AGGCAGCAACCCCATCAGTTG;SOR=0.827;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=43;WE=38186197;WS=38186179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,79:0.44:180
chr1	38186294	rs1008879	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=1.285;SC=GACACCAGGGCGGTCACCTAG;SOR=0.634;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=8;WE=38186302;WS=38186284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr1	38187447	rs579908	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=397;ReadPosRankSum=1.821;SC=CCCTCAGCATATGCACGGCTA;SOR=0.596;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=31;WE=38187455;WS=38187437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr1	38187989	rs12123842	T	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=465;ReadPosRankSum=0.293;SC=GGACAGGGCATATGCCAGCAC;SOR=0.874;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=30;WE=38187997;WS=38187979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr1	38188841	rs12121777	G	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=647;ReadPosRankSum=1.163;SC=GACTTTGACTGGGAGAGAAAG;SOR=0.580;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=47;WE=38188849;WS=38188831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,62:0.43:143
chr1	38192604	rs6699887	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=1.281;SC=CACATGAACAGTGAGCTGGGG;SOR=0.793;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=38192612;WS=38192594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	38220109	rs11584465	G	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=136;ReadPosRankSum=-0.823;SC=GACTGGCCTGGTTAGGGCAGC;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=11;WE=38220117;WS=38220099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr1	38227086	rs4653328	A	T	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=5.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,109:0.49:221
chr1	38228527	.	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr1	38230606	.	C	T	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1442;ReadPosRankSum=0.014;SC=ATGCCACGCTCCGAGCAGAGC;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=109;WE=38230614;WS=38230596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,169:0.51:332
chr1	38272660	rs2291297	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.847;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=427;ReadPosRankSum=1.460;SC=TGTAAGGCAAGGGGAAAGGGA;SOR=0.449;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=28;WE=38272668;WS=38272650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr1	38289383	rs12751325	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.813;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,48:0.42:113
chr1	38292296	.	C	CT	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=2.967;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr1	38293992	rs9329568	C	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.73;NF=5;NR=12;PP=321;SC=TTCTTTTGTTCTGAGACAGAG;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=38294000;WS=38293982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	38301250	rs3912368	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=0.993;SC=TATATACAGGATCTATATCTC;SOR=0.534;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=11;WE=38301258;WS=38301240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	38301476	rs3762359	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TATCCTGAACGTCTTTTTTTT;SOR=1.220;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=12;WE=38301486;WS=38301466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr1	38304192	rs75240370	A	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=388;ReadPosRankSum=-1.173;SC=TGCTAAATCAAGAGCTAGTAA;SOR=0.356;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=22;WE=38304200;WS=38304182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr1	38327982	rs3843	G	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=110;ReadPosRankSum=0.064;SC=GGAGGAGAGAGAGGCTCAGAG;SOR=0.525;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=12;WE=38327990;WS=38327972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr1	38332057	.	T	TTCTC	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr1	38332074	rs149926262	TCTCTCACA	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=3.503;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr1	38338795	rs11488569	A	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=1.889;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,82:0.56:146
chr1	38345896	rs2306427	A	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	38352849	rs2279261	G	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=-1.407;SC=CCTACGAGTGGCGAGACCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=12;WE=38352857;WS=38352839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	38353941	rs28580141	G	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	38397341	rs34655914	G	A	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=1084;ReadPosRankSum=1.255;SC=GCCGCCCGCCGAACCTGCAGT;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=175;TCF=85;TCR=90;TR=72;WE=38397349;WS=38397331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,94:0.45:210
chr1	38397369	rs35267671	C	T	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1186;ReadPosRankSum=-1.464;SC=TCCCGAGAGCCGGCGGCGGCA;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=105;TCR=83;TR=81;WE=38397377;WS=38397359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,116:0.46:254
chr1	38411350	rs11485595	C	T	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=477;ReadPosRankSum=-2.077;SC=CCTGGAGGGACAGTTGAAGTT;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=34;WE=38411358;WS=38411340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,60:0.60:100
chr1	38423853	rs9293	G	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=4;PP=715;SC=CTACATCCCTGAACACTAGAG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=38423861;WS=38423843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	38425629	.	CAAA	C	290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.36;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr1	38425724	rs17531342	T	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=15;PP=868;SC=TTTCACCTCCTTTCTACATGG;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=38425732;WS=38425714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	38425895	rs28675056	T	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=29;PP=746;SC=GAACATCTGTTGGGTATCCAG;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=45;WE=38425903;WS=38425885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	38442547	rs10890216	G	A	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=44;PP=1435;SC=TCAGCAGTCAGTCACTTACCC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=85;WE=38442555;WS=38442537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	38444749	rs7555461	T	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=331;ReadPosRankSum=-0.680;SC=AGAGAAAAATTACAATATTAC;SOR=0.719;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=19;WE=38444757;WS=38444739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr1	38447615	rs7533079	G	T	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=156;SC=GCTAATTTTGGTTTTTTTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=38447623;WS=38447605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	38449910	rs11210870	T	C	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.841;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,63:0.46:138
chr1	38450367	rs6680796	A	G	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=57;PP=1839;SC=TGAAATTTTCACCCCTACTTA;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=107;WE=38450375;WS=38450357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	38453576	rs10890285	A	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=605;ReadPosRankSum=-2.361;SC=GCAAACAACAAGGGTTCTCCA;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=51;WE=38453584;WS=38453566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,69:0.51:134
chr1	38455389	rs3935867	C	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=490;SC=CTCTGGGGCTCCGGACCCCGG;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=38455397;WS=38455379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	38455797	.	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=468;ReadPosRankSum=0.696;SC=AGCACCACAAGGAAGGCCAGT;SOR=0.542;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=27;WE=38455805;WS=38455787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr1	38462898	rs4274021	T	A	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.45;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	38462905	rs12724533	C	G	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.33;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	38463504	rs7366048	C	T	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CTCGATGCCACGGCTGATCAC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=85;TCR=99;TR=87;WE=38463512;WS=38463494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,156:0.51:305
chr1	38464639	rs4570384	C	G	6551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=63;PP=2965;SC=AGCCCCTGAACACATACCAGG;SOR=0.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=87;TCR=63;TR=148;WE=38464647;WS=38464629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	38483296	rs373891204	A	ATT	131.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	38484665	rs200532400	G	GT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	38512436	.	GCGC	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr1	39311617	rs11549874	T	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TTACCTTTTCTTTCAAAGCTT;SOR=0.963;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=8;WE=39311625;WS=39311607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr1	39325063	rs1925678	T	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=238;ReadPosRankSum=-1.608;SC=GGCGGGGGACTGGGCGCAGCC;SOR=0.515;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=24;WE=39325071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr1	39339164	rs41270781	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=66;ReadPosRankSum=0.307;SC=CTGAGCCGAGGGAGGCTGCGT;SOR=0.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=10;WE=39339172;WS=39339154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr1	39339449	rs12127091	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=2.072;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr1	39340282	rs880303	C	T	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=2.366;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,71:0.43:167
chr1	39340504	rs41270783	T	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=618;ReadPosRankSum=-0.030;SC=CATGTAGCTCTAAGCCACCGC;SOR=0.314;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=42;WE=39340512;WS=39340494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr1	39352271	rs2147914	G	T	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=1053;ReadPosRankSum=1.209;SC=GGATCTTTCAGCAGTGCTTTA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=70;WE=39352279;WS=39352261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,97:0.49:198
chr1	39352492	rs3790441	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CTAGGGGTAAGGCAAAAGAGA;SOR=1.765;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=11;WE=39352500;WS=39352482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	39361615	rs9438984	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr1	39384989	.	G	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=754;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CTGGCGCAACGACTGCTTTCC;SOR=0.561;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=57;WE=39384997;WS=39384979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,63:0.52:120
chr1	39385086	rs7522863	A	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=23;PP=627;SC=AAAGTTTTCTATGTAATTGTT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=39385094;WS=39385076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	39457006	rs12043492	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	39466955	.	CT	C	43.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.473;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.795;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	39494666	rs35464164	C	CT	308.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr1	39494687	rs3768323	G	A	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=32;PP=900;SC=TTTTTGAGACGAAGTCTCACT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=39494695;WS=39494677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	39550210	rs260972	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=14;PP=349;SC=CTCACCAGGGCCTCTGACAAA;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=39550218;WS=39550200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	39568249	rs6667815	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=0.328;SC=ATAACACATTAGAGGCGCTGA;SOR=0.086;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=39568257;WS=39568239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	39568765	rs2282232	T	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=346;ReadPosRankSum=0.039;SC=TTAGAGAAGCTCTCTAGCCAC;SOR=1.112;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=18;WE=39568773;WS=39568755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr1	39717566	rs2490948	T	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=10;PP=322;SC=GCCCTCCTGGTGCCATACAAA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=39717574;WS=39717556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	39734598	rs16826022	G	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=417;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GGAAGACGGAGTGGGAGGGGT;SOR=0.866;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=29;WE=39734606;WS=39734588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,42:0.41:103
chr1	39748921	rs2275188	G	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	39758993	rs6688708	C	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=137;SC=TTGTACAAAACTTGAATCCAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=39759001;WS=39758986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	39763242	rs2275187	G	A	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=14;PP=1067;SC=TTAATATTCCGGTGTTCTAAT;SOR=1.550;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=51;WE=39763250;WS=39763232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	39766055	rs2275186	C	T	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=479;SC=AGAAAGGGTACCTCTGGGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=39766063;WS=39766045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	39801293	.	CC	TT	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=689;ReadPosRankSum=2.453;SC=AGCATGACTCCCATATAAAGA;SOR=0.788;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=20;WE=39801302;WS=39801283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr1	39806610	rs3116396	C	T	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	39812620	rs2490944	G	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=8;PP=442;SC=GGTTTTTTGTGTTTTGTTTCC;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=39812628;WS=39812610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	39812822	rs2761764	C	A	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=30;PP=994;SC=AACAGACTGCCGCTCAGGTGG;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=48;WE=39812830;WS=39812812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	39816546	rs41270815	G	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr1	39854450	.	C	T	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=40;QD=18.6928031368;SC=ACTTCCATCACCATGAAAGCA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=4;WE=39854458;WS=39854440;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	39894839	rs645061	A	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=433;SC=TTTAAATTTGATCTCTTAAAG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=39894847;WS=39894829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	39903624	rs148757960	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=260;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TTGAAGCGCCGTGGAGAGGAG;SOR=0.444;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=26;WE=39903632;WS=39903614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr1	39908047	.	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=320;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TTTCTAATTTCGTATTGAATA;SOR=0.662;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=19;WE=39908055;WS=39908037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr1	39910257	rs78256423	A	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	39914363	rs668556	G	C	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=406;ReadPosRankSum=-1.104;SC=CCCGAAGATAGTCAGAAACTT;SOR=0.797;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=30;WE=39914371;WS=39914353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,67:0.62:108
chr1	39919464	.	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=2.767;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr1	39927507	rs783820	G	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	39929240	rs7554206	T	C	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=20;PP=1033;SC=AATAGGAAGTTTTGCTCTACC;SOR=0.947;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=49;WE=39929248;WS=39929230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	39957913	rs4660269	A	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.30;QD=23.88;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	39958080	rs10888798	C	G	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.24;QD=23.71;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	39981596	rs199956449	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.13;MQRankSum=0.955;QD=16.52;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	39988084	rs6525	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.313;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.864;NF=16;NR=5;PP=236;ReadPosRankSum=-1.718;SC=GATGACGTCCGCGGCTCCCAC;SOR=1.684;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=21;WE=39988092;WS=39988074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,18:0.20:90
chr1	39988708	rs2889739	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.311;NF=20;NR=11;PP=444;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAGGCTACTCAGCCTATTACT;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=31;WE=39988716;WS=39988698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr1	39988799	rs41270825	G	A	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.452;NF=28;NR=21;PP=697;ReadPosRankSum=2.433;SC=GGTCAGTACCGTGCCCATCCT;SOR=0.501;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=49;WE=39988807;WS=39988789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,95:0.51:188
chr1	39991474	rs11583829	AG	CA	4156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.303;NF=39;NR=31;PP=2031;ReadPosRankSum=0.141;SC=CCACTGAGTCAGCCCGCCCAG;SOR=0.807;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=70;WE=39991483;WS=39991464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,109:0.50:218
chr1	39991588	rs3738676	G	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.900;NF=11;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=2.713;SC=CCTCACTCTCGGTGCCTACTT;SOR=0.580;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=32;WE=39991596;WS=39991578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr1	40030048	rs72663531	T	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	40030823	rs12127094	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=262;ReadPosRankSum=0.163;SC=CAGGCTGGAACTGATTTAAGA;SOR=1.995;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=17;WE=40030831;WS=40030813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr1	40033418	.	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=0.166;SC=ATCGCAGTATAATACCTTAGC;SOR=0.686;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=8;WE=40033426;WS=40033408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr1	40035432	.	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;ReadPosRankSum=-2.434;SC=GCTTCCCTCTGGAAACTCACT;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=40;WE=40035440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,58:0.53:110
chr1	40092089	rs2695320	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=484;SC=AGCCAGTCCATGAAGCAAAGC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=40092097;WS=40092079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	40096053	rs1148945	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=32;ReadPosRankSum=0.764;SC=CAGCACTCACTGTCTCGATTT;SOR=1.051;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=6;WE=40096061;WS=40096043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	40098328	rs784625	T	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=19;PP=546;SC=CACCCCTCTGTGTTTCTTCCT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=40098336;WS=40098318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	40149515	rs784633	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=413;SC=GGGGAGCAGCAGGGAGGCCCC;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=40149523;WS=40149513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	40149551	rs11206617	G	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=129;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CGCGGAGGCAGGGGCGGGGAT;SOR=0.486;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=15;WE=40149559;WS=40149541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr1	40149642	rs784634	G	T	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=39;SC=GGCGCGTGATGCGCCCGTCGC;SOR=1.004;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=96;WE=40149650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	40149870	rs113763288	C	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=27.87;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	40149870	.	CCCCGC	GCCCGC,GCCCGT	225	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=43;MMLQ=23;MQ=59.2;NF=1,1;NR=19,6;PP=225,59;QD=12.9885606274;SC=GCCCCGCCCACCCCGCCCCCA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20,7;WE=40149883;WS=40149860;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:20
chr1	40149875	rs113459798	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.253;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	40149926	.	C	CCCCGGGTGCCTCGCCTCCTCCCAT	253.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=2;PP=473;SC=CCTCCTCCCACCCCGGGTGCC;SOR=3.611;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=40149934;WS=40149916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	40150156	rs9662128	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=1.317;SC=TGAGGATGCCGCTGGGGCAGT;SOR=0.526;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=25;WE=40150164;WS=40150146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr1	40150370	rs2746058	C	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=290;SC=ACACACAGGGCGGGGTTGCAG;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=40150378;WS=40150360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	40204424	rs7548120	A	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.328;SC=GCACCTCACAAGGCGCCCAGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=40204432;WS=40204421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	40207169	rs497333	T	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=0.779;SC=TGGTTAGGTTTTTGGGCCTTA;SOR=0.419;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=16;WE=40207177;WS=40207159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr1	40214525	rs7520588	T	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.084;SC=CGAGGTTTTTTATTTTGTCCT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=40214533;WS=40214524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	40219065	rs1046988	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=520;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GCTCTTGACCCTGCATATCCA;SOR=1.271;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=35;WE=40219073;WS=40219055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr1	40229297	rs71060328	A	AC	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.824;NF=13;NR=6;PP=661;ReadPosRankSum=2.043;SC=AATTGAAGTCACCATGATTCT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=19;WE=40229305;WS=40229287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr1	40229319	rs493473	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.471;NF=26;NR=9;PP=526;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TGTCCTCCCTGCAGATTCACT;SOR=1.569;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=35;WE=40229327;WS=40229309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr1	40229368	rs2463260	A	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.579;NF=38;NR=22;PP=1000;ReadPosRankSum=-2.279;SC=CAGAAACAAGAAGAGTCAGCA;SOR=1.283;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=60;WE=40229376;WS=40229358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr1	40229616	rs202005319	T	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.981;NF=0;NR=6;PP=69;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TCCCTGGAACTCTGCTTGTAC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=6;WE=40229624;WS=40229606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr1	40235331	.	C	T	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=46.78;NF=4;NR=0;PP=25;QD=14.9428031368;SC=CCCGGTGGCACCCGCCCTGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=4;WE=40235339;WS=40235321;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr1	40253726	rs230328	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.719;NF=7;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=1.731;SC=CCGTCTGTGACTCCCCGTTCG;SOR=3.556;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=40253734;WS=40253716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	40253768	rs60164088	C	CA	454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=3;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.343;NF=5;NR=6;PP=644;ReadPosRankSum=0.734;SC=CGGATGCGCGCCCCTCCCCTG;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=11;WE=40253778;WS=40253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	40253770	rs4068800	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=3;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.424;NF=10;NR=5;PP=638;ReadPosRankSum=1.002;SC=GATGCGCGCCCCTCCCCTGCA;SOR=1.302;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=15;WE=40253778;WS=40253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	40253786	rs230329	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.419;NF=10;NR=6;PP=185;ReadPosRankSum=0.522;SC=CTGCAGCCAGCTTACTCCGAG;SOR=0.901;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=16;WE=40253794;WS=40253776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	40363054	rs3134614	G	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=9;PP=832;SC=TTAGTAGCCAGTGAGGTATGC;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=40363062;WS=40363044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	40367592	rs804719	A	G	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	40526003	rs3122419	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=-0.630;SC=GAGTTCAGTCTAGCCACAGAA;SOR=0.358;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=8;WE=40526011;WS=40525993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr1	40528311	rs111666613	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.296;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	40528445	rs111329903	T	TTGTGTG	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	40533266	rs11207440	T	G	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=53;PP=1833;SC=TGCCGGATCATGTCCTCCTCC;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=40533274;WS=40533256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	40533287	rs6665926	T	G	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=56;PP=1663;SC=CCCTCCACCATGCCCCCCTCC;SOR=4.830;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=64;WE=40533295;WS=40533277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	40533315	rs6665933	T	G	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.06;QD=44.72;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	40533320	rs6665936	T	G	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.06;QD=47.06;SOR=4.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	40533326	rs6665937	T	G	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.03;QD=45.60;SOR=3.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	40533347	rs6665944	T	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=48;PP=1780;SC=TTCCCGCTCATCACTGTTCGC;SOR=2.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=57;WE=40533366;WS=40533337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	40533358	rs34763876	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.448;NF=6;NR=26;PP=623;ReadPosRankSum=0.000;SC=CACTGTTCGCGCAGATTAATC;SOR=0.553;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=32;WE=40533366;WS=40533337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr1	40536074	rs58190778	C	CT	4337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=48;PP=2677;SC=TAAAGTTACACGTTGACACAC;SOR=1.168;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=59;WE=40536082;WS=40536064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	40545964	rs3122428	T	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=433;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TCTTTCCTAGTGTCTGCCCAG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=27;WE=40545972;WS=40545954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr1	40555274	rs6689837	C	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=0.652;SC=ACAAAATGAACAGGACCAAAC;SOR=0.184;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=5;WE=40555282;WS=40555264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	40556922	rs3122439	T	C	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=22;PP=1086;SC=TGTGCAAATATAGTTCCTAGA;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=59;WE=40556930;WS=40556912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	40557656	rs6672053	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=2.466;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr1	40558256	rs4481840	C	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=26;PP=742;SC=AGGCCTCAAACAGCATTATCA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=40558264;WS=40558246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	40627187	.	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=188;ReadPosRankSum=-0.220;SC=GGTCATCGCCCCGTATCTCCA;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=16;WE=40627195;WS=40627177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr1	40705726	rs10889205	A	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=549;ReadPosRankSum=0.642;SC=AAGAGAAAGAAGATGATTTTG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=40;WE=40705734;WS=40705716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr1	40733658	rs7516571	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=1.198;SC=CTCTGTTTGCATAGTCCTTGG;SOR=1.075;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=16;WE=40733666;WS=40733648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	40737516	rs6677717	T	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=381;SC=ATAAAGAATGTTTTTTCTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=40737524;WS=40737506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	40737589	rs2076697	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-2.128;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr1	40769588	rs112370406	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=339;ReadPosRankSum=0.882;SC=CTTCCCTAGGCCGCGCGCTCA;SOR=0.826;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=24;WE=40769596;WS=40769578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr1	40769712	rs146731672	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=-1.997;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr1	40770163	.	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=265;ReadPosRankSum=0.170;SC=TTCCCTGAGGGCCTGGTTGCC;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=25;WE=40770171;WS=40770153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr1	40770425	rs72944910	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=-0.093;SC=GCCAGCTGCCGCAGAGGCCCC;SOR=1.270;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=8;WE=40770433;WS=40770415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	40770733	rs199735499	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=1.085;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.856;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	40771994	rs2281399	G	C	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=760;ReadPosRankSum=0.550;SC=GCCACGGCATGATGAACTTAA;SOR=0.801;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=45;WE=40772002;WS=40771984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,63:0.50:127
chr1	40776544	.	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=-0.007;SC=AGACGGGAGGGACTACTACGA;SOR=0.795;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=30;WE=40776552;WS=40776534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr1	40776974	.	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr1	40777340	.	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=422;ReadPosRankSum=0.453;SC=TTACAGGTTTCCCAGGGGGTC;SOR=0.725;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=26;WE=40777348;WS=40777330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr1	40783000	.	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=16.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.969;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	40840296	rs3048086	T	TGA	597.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-0.000;QD=13.90;ReadPosRankSum=1.926;SOR=1.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr1	40840353	rs1003710	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr1	40872356	rs2935889	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=163;ReadPosRankSum=1.257;SC=TTGTAGTTTAGGCCTTGAATG;SOR=0.914;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=12;WE=40872364;WS=40872346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr1	40872572	.	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=2.394;SC=TCAGCTGCTTCCATATATCTA;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=10;WE=40872580;WS=40872562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	40872623	rs2982510	C	T	178.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.228;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AAACCTGGCACAAAGGTGAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=40872631;WS=40872613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr1	40879808	rs209605	G	T	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	40879952	rs2294752	T	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.605;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=449;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TCTTACAAATTTTGATAAATT;SOR=0.889;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=34;WE=40879960;WS=40879942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr1	40881041	rs209606	C	G	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=35;PP=1200;SC=CTTCTTCTTCCGGTTCCAGAA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=66;WE=40881049;WS=40881031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	40923019	rs2272994	G	A	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=931;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TAAGCAGGATGTCAGCTTTCC;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=66;WE=40923027;WS=40923009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,87:0.47:184
chr1	40928065	rs150620988	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.007;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=0.675;SC=CAAGGAATATGGATCTTTTTT;SOR=2.030;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=12;WE=40928077;WS=40928055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr1	40955156	rs10789144	A	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=1.026;SC=TGGTTCTTAGACATCAGCATA;SOR=0.653;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=8;WE=40955164;WS=40955146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	40980731	rs11208299	G	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=353;ReadPosRankSum=-1.853;SC=TTTGGGGAAGGGGAGGGTGTA;SOR=0.901;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=27;WE=40980739;WS=40980721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr1	40998902	rs1001400	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CCAAAAATCCATATGATAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=40998910;WS=40998892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	41007124	rs61779162	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.151;NF=14;NR=6;PP=318;ReadPosRankSum=1.188;SC=CAAAGTGTTCGGATTACAGGC;SOR=1.038;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=20;WE=41007132;WS=41007114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr1	41012726	rs41268079	A	C	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=429;ReadPosRankSum=0.959;SC=AAGCCTTATGAGTGCAGTCAA;SOR=0.865;Source=Platypus;TCF=47;TR=40;WE=41012734;WS=41012716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr1	41013015	rs2297755	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=0.362;SC=TCAAGAAGTCCCATCTCCTCA;SOR=1.259;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=32;WE=41013023;WS=41013005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr1	41101572	rs2253835	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=-1.949;SC=GGACCACAGCACGGGGCTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=10;WE=41101580;WS=41101562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	41107239	rs7535398	G	A	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.554;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=712;ReadPosRankSum=1.086;SC=ACTGGACCTAGAACAGCACCT;SOR=2.179;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=38;WE=41107247;WS=41107229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr1	41107360	rs491619	T	C	3364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1219;ReadPosRankSum=0.648;SC=CTCTACCCCGTGATGTCCCAT;SOR=0.686;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=186;TCF=96;TCR=90;TR=97;WE=41107368;WS=41107350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,174:0.49:354
chr1	41204569	rs1057925	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.529;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	41224008	rs16827552	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=1.601;SC=AAGACAGTGCCCCTTAGGTTT;SOR=0.871;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=8;WE=41224016;WS=41223998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	41228960	.	G	A	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=58.79;NF=3;NR=1;PP=28;QD=15.6928031368;SC=ATATATATCTGTAGCTATATA;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=4;WE=41228968;WS=41228950;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
chr1	41229122	rs35262530	G	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=0.667;SC=AGGTTCAAGCGATTCTCCTGC;SOR=1.473;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=15;WE=41229130;WS=41229112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	41229180	rs4660455	G	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=245;SC=CACTATGCCCGGCTGATTTTT;SOR=1.911;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=41229188;WS=41229170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	41232194	rs34212676	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TCAACATCTCTGGTCATGGAA;SOR=0.627;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=41232202;WS=41232192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	41235177	rs10889608	G	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=287;ReadPosRankSum=0.314;SC=TAGGGCAACTGTCCTGTCCTC;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=19;WE=41235185;WS=41235167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr1	41235946	rs3754176	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=1.539;SC=CAGATATTCTGAGAAAAGAAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=41235954;WS=41235936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	41285367	.	A	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=12.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=1.258;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr1	41285370	.	A	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=1.806;SC=CCTTGTGACTATACCCCTTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=6;WE=41285378;WS=41285360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr1	41292377	rs2025897	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=477;ReadPosRankSum=0.768;SC=GTACCCCCTCGCCTGCTCCTC;SOR=0.690;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=35;WE=41292385;WS=41292367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr1	41298652	rs913378	T	C	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=944;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GTGGCCCCTTTGGTGGGCCAC;SOR=0.913;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=141;TCF=86;TCR=55;TR=73;WE=41298660;WS=41298642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,115:0.56:204
chr1	41298683	.	C	T	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,138:0.47:291
chr1	41304306	rs55862109	A	G	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=651;ReadPosRankSum=0.847;SC=CCTCACGGGGAGAGAGACCAC;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=35;WE=41304314;WS=41304296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr1	41449116	.	C	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=612;ReadPosRankSum=-0.809;SC=AACATTCTCTCCTTATGAGCA;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=47;WE=41449124;WS=41449106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,78:0.47:166
chr1	41453286	rs5773721	GT	G	1996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=35;PP=1553;SC=TAAGGGCACAGTTAACAGTCA;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=38;WE=41453294;WS=41453276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	41454425	rs6675122	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
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chr1	41540861	rs2011982	T	C	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.71;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,54:0.56:96
chr1	41579090	.	C	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=629;ReadPosRankSum=-0.711;SC=ACCTCTGAGCCCCGAACCTCC;SOR=0.719;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=43;WE=41579098;WS=41579080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr1	41618442	rs213768	A	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=1.649;SC=CACTGAATGAAGAAATCTAAA;SOR=0.357;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=12;WE=41618450;WS=41618432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr1	41848060	rs12092825	C	T	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=619;SC=CCTGGCACCGCCGGGCCACGC;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=33;WE=41848068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	41848296	rs4359027	G	A	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=66;PP=2129;SC=CCCTGCCTCCGCCGCCGCCGG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=120;WE=41848304;WS=41848286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	41949595	rs2759256	G	A	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=12;PP=896;SC=ATATTAGCCAGTGCCTCCATC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=41949603;WS=41949585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	41949628	rs2759257	A	C	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=581;ReadPosRankSum=1.843;SC=GAGAGATGGAATGTGTCAACG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=42;WE=41949636;WS=41949618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr1	41950312	rs2984691	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=189;ReadPosRankSum=-1.203;SC=GAGCAGGGAGTGCCTGTTGCC;SOR=0.957;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=17;WE=41950320;WS=41950292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr1	41976328	rs9439043	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=255;SC=TCGGGGTTGGTCGGTGCACGC;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=41976336;WS=41976318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	41978566	rs2991344	T	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=10;PP=542;SC=AACCCGTGGGTCCAGCCCCAA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=41978574;WS=41978556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	41978825	rs2483689	C	G	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=23;PP=1017;SC=CAAGGGAGAGCGCCCATGCCC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=41978833;WS=41978815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	41983912	rs2810547	C	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.864;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.67;ReadPosRankSum=1.841;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr1	42041336	.	G	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=634;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TGGCCTTCCGGGGAAACCAGT;SOR=0.468;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=42;WE=42041344;WS=42041326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,70:0.62:113
chr1	42041479	rs1815257	A	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=0.333;SC=TGCAATCTTCACACTCCCCCA;SOR=1.565;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=5;WE=42041487;WS=42041469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	42046812	rs2810565	C	T	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=29;PP=806;SC=AGGAAGGGGGCTGCCTGAAGG;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=48;WE=42046820;WS=42046802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	42048745	rs2810566	T	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	42049032	rs2984694	G	A	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=19;PP=869;SC=TGTCGATCTCGCTGGTGTCCA;SOR=1.036;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=45;WE=42049040;WS=42049022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	42049140	rs2475842	C	G	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=36;PP=2059;SC=CTTCGGTGGACAGGGGCAGGA;SOR=1.266;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=97;WE=42049148;WS=42049130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	42050366	rs2146315	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=356;ReadPosRankSum=1.019;SC=GGGTATGGGACGCTGGAAGAA;SOR=0.790;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=31;WE=42050374;WS=42050356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr1	42619152	rs2297567	C	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=0.992;SC=AGGGCTCCTGCCAGGAGTGGC;SOR=0.519;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=20;WE=42619160;WS=42619142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr1	42619377	rs2297566	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	42629040	rs2232224	A	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=9;PP=529;SC=GTATTCCCGAACCCCACCAAT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=42629048;WS=42629030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	42647536	rs143175153	TCACA	T,TCACACA	213.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5,5;NR=2,2;PP=286,168;ReadPosRankSum=2.369;SC=CCTGGAGTGCTCACACACACA;SOR=1.901;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7,7;WE=42647547;WS=42647526;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.44:18
chr1	42654364	rs554500	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr1	42656868	rs1085252	C	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AGCAAGGAAACAGATGTAAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=3;WE=42656876;WS=42656858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	42693597	rs343376	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=358;ReadPosRankSum=-0.507;SC=AGTAGGCAGCACATCTTCCTT;SOR=0.957;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=27;WE=42693605;WS=42693587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr1	42875888	.	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=-1.079;SC=GGTTTTATTAGGGTATTTGGA;SOR=0.575;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=18;WE=42875896;WS=42875878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr1	42898843	rs1034268	A	G	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=674;ReadPosRankSum=-0.225;SC=AGGTAGTAAAACATGACCAGG;SOR=0.654;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=42;WE=42898851;WS=42898833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,71:0.59:121
chr1	42915727	rs12047095	C	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=501;ReadPosRankSum=-0.706;SC=GATGTACCACCCCACTGACAA;SOR=0.660;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=43;WE=42915735;WS=42915717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,59:0.35:169
chr1	42915753	rs11210647	T	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=592;ReadPosRankSum=-1.285;SC=ACATAGACTTTATGATCTTTA;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=40;WE=42915761;WS=42915743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,64:0.39:166
chr1	42922900	.	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=195;ReadPosRankSum=-1.053;SC=TGTTAACACCTTGTGTTTCTC;SOR=0.458;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=14;WE=42922908;WS=42922890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr1	42925609	.	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-0.594;SC=GTAAAAAGCCCTTATAGGATC;SOR=0.892;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=42925617;WS=42925599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	42948585	rs6656344	C	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=234;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CACTGAGAAACAAGTCTTTAA;SOR=1.863;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=15;WE=42948593;WS=42948575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	43002199	rs372826618	AAG	A	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,24:0.18:133
chr1	43002744	rs4660643	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=1.759;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr1	43011030	rs11210668	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TTTCACAGCTATAAATAAAAG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=43011038;WS=43011022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	43011293	.	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-0.431;SC=ATTCAGAGAGGGTATATTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=43011301;WS=43011283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	43011389	rs6661835	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=2.369;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	43021810	rs12038786	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=-1.287;SC=AGATTTTATTCTTATATTTGC;SOR=0.407;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=11;WE=43021818;WS=43021800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr1	43023713	rs71798684	G	GA	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.206;NF=2;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TATATGGTGGGAAAAAAAATA;SOR=0.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=5;WE=43023721;WS=43023703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	43030115	rs112012010	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-0.505;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.054;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	43030190	.	A	ACCTCAGGTGATCCACCCACCTCGG	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.422;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-3.640;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,3:0.13:23
chr1	43042703	rs12049046	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=504;ReadPosRankSum=0.517;SC=AAAGATTGAACTAAAGCATGC;SOR=0.598;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=30;WE=43042711;WS=43042693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,44:0.46:96
chr1	43047057	rs12037518	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=-0.513;SC=GGAAATTAGAACATGCTCATA;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=43047065;WS=43047047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	43054909	rs7527588	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-1.012;SC=AAAAAAAAAATCCCTTGTGAT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=43054917;WS=43054908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	43055243	rs10789417	C	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TTTACTAAACCTAATCCTTTA;SOR=1.371;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=43055251;WS=43055233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	43110276	rs7523056	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.493;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	43124701	rs6600419	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=315;ReadPosRankSum=-1.399;SC=TGATTCCTCCATGCATTGCTC;SOR=0.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=20;WE=43124709;WS=43124691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr1	43124859	rs3738494	C	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=438;ReadPosRankSum=-1.134;SC=ACGACTGTGACATCATAGTGA;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=31;WE=43124867;WS=43124849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,59:0.56:105
chr1	43126733	rs3768025	G	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr1	43126766	rs3768026	C	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TGTAGATAACCGACTTTAGCA;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=18;WE=43126774;WS=43126756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr1	43132393	rs35844708	G	GA	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=253;ReadPosRankSum=1.076;SC=AAAGGGAAGAGAACCACCTAA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=9;WE=43132401;WS=43132383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	43162182	.	G	GCC	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=28;QD=18.5;SC=ACGCAGTTGCGCCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TR=2;WE=43162190;WS=43162172;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,2:0.15:13
chr1	43212431	rs4660662	A	G	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=23;PP=1597;SC=GTTCGGGGGGACCCTGCTGGG;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=74;WE=43212439;WS=43212421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	43213499	rs3738499	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=500;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CTCATCATGGCCCTTCCCTGC;SOR=0.683;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=33;WE=43213507;WS=43213489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr1	43228189	rs2816593	T	A	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=38;PP=1094;SC=TCACATCCAATCTCTGAACGT;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=43228197;WS=43228179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	43239395	rs2760075	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=320;ReadPosRankSum=-1.369;SC=GTTTATAATCGTTGTGACTTT;SOR=0.430;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=23;WE=43239403;WS=43239385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr1	43296173	rs33950227	C	T	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,76:0.54:142
chr1	43296195	rs33953680	C	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr1	43296354	rs12727498	G	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=0.315;SC=GGCTCTGTCCGTCCCCGGGAT;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=16;WE=43296362;WS=43296344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr1	43300663	rs4660672	T	C	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=103;SC=TGCCAGAAGCTCTTAGACATC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=43300671;WS=43300653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	43300921	rs4660673	C	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.225;SC=CCTGACACTTCTCCATAGGTT;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=8;WE=43300929;WS=43300911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	43305753	rs12034000	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,58:0.44:133
chr1	43315531	rs56653907	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=60;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GGCACTCTTATGTGTTTAGTT;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=7;WE=43315539;WS=43315521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	43393245	rs11282849	G	GGGTGAGAAAT	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=1029;ReadPosRankSum=0.703;SC=TCATGCGTGCGGGTGAGTATA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=43393253;WS=43393235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	43418026	rs2297972	C	T	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=18;PP=785;SC=CACTCAGGCCCACACTCAGCC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=43418034;WS=43418016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	43610910	rs626842	T	G	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=17;PP=653;SC=TGCAGGGCCATTGACAGAGAA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=43610918;WS=43610900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	43611005	rs627263	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=0.170;SC=TCAAGTGAGTGCAACCCCTGA;SOR=0.963;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=16;WE=43611013;WS=43610995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr1	43613786	rs519666	G	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr1	43613850	rs34514362	C	CA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=277;ReadPosRankSum=-1.383;SC=GCGGTCCCAGCAAAAACTCTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=9;WE=43613858;WS=43613840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr1	43616337	rs475093	G	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=352;ReadPosRankSum=-1.607;SC=TACTCAGTGAGTGCCAAATGG;SOR=1.085;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=22;WE=43616345;WS=43616327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr1	43618596	rs12074551	G	A	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.082;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=622;ReadPosRankSum=-1.505;SC=GGGACTTAGAGCCCTTGGTAA;SOR=0.669;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=43;WE=43618604;WS=43618586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
chr1	43618726	rs2453416	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=1.044;SC=TACCAGCTGGATAAGTTACTA;SOR=0.732;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=8;WE=43618734;WS=43618716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr1	43621759	rs589819	G	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=-1.457;SC=TCTCCATTCCGCAATGCAGCC;SOR=0.461;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=14;WE=43621767;WS=43621749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	43632536	rs7163	C	T	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=748;ReadPosRankSum=1.204;SC=TGCCTTCTTGCGCTGTGCCAG;SOR=0.754;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=62;WE=43632544;WS=43632526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,104:0.51:205
chr1	43632815	rs1749438	TT	GC	3507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=2065;ReadPosRankSum=0.820;SC=CGTTCCCCTATTAGAGATGTA;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=60;WE=43632824;WS=43632805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,90:0.51:178
chr1	43632997	rs1691302	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=338;ReadPosRankSum=-1.617;SC=GATTAATACCACTACCCTCTG;SOR=0.392;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=25;WE=43633005;WS=43632987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr1	43634867	rs11210797	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AGCACTTTACCAAAAGTGCCA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=43634875;WS=43634857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	43636484	rs1049276	C	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr1	43637549	rs1691289	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=291;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CCCTGTGCCCACGCTCACCAC;SOR=0.914;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=24;WE=43637557;WS=43637539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr1	43637932	rs9519	T	C	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=69;PP=1587;ReadPosRankSum=-0.149;SC=ACCGAATCGCTCCAGCGCCAG;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=104;TCR=160;TR=114;WE=43637940;WS=43637922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,169:0.45:379
chr1	43638334	rs2934883	A	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=0.340;SC=GGGGAGGGCGAGTCCGGGCCG;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=43638342;WS=43638329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	43638410	rs1782386	G	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	43638457	rs1782387	T	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.494;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr1	43642988	rs12094101	G	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=0.538;SC=CACCATGTGGGGTGGAAGCAG;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=43642996;WS=43642978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr1	43649393	rs663336	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=374;ReadPosRankSum=-1.863;SC=ACTATCTAGCTCACACCTGGG;SOR=1.093;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=25;WE=43649401;WS=43649383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr1	43649508	rs663824	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=14;PP=398;SC=GGAACCTACCAATGGCTCAAA;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=43649516;WS=43649498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	43650730	.	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TTCTGTCACACCCAGTGACAG;SOR=0.333;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=11;WE=43650749;WS=43650720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr1	43650741	rs598336	T	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=9;PP=641;SC=CCAGTGACAGTCTTCTTTCTC;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=43650749;WS=43650720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	43650825	.	T	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=497;ReadPosRankSum=0.604;SC=TCCAGCCTGATTGAATTTCCA;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=36;WE=43650833;WS=43650815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,61:0.47:130
chr1	43652222	rs1976285	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.949;NF=12;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=1.020;SC=GCGGAGCTTGCAGTGAGCTGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=12;WE=43652230;WS=43652212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	43652369	rs6413971	T	C	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=37;PP=1521;SC=TGTTTTGCATTTTGGGCAGAT;SOR=0.733;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=73;WE=43652377;WS=43652359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	43663376	rs513009	A	G	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=-2.174;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr1	43664119	rs603560	A	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=322;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TAGTGAGCTAAGCTTACAATT;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=23;WE=43664127;WS=43664109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr1	43664218	rs603123	C	T	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.000;NF=27;NR=25;PP=695;ReadPosRankSum=0.046;SC=CATCTGGACACTTCATTGTAG;SOR=0.653;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=52;WE=43664226;WS=43664208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,93:0.51:184
chr1	43664319	rs10711519	TA	T	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.471;NF=0;NR=17;PP=188;ReadPosRankSum=1.097;SC=TGCGGAGAGGTAAAAAAAAAA;SOR=0.533;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=17;WE=43664327;WS=43664309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr1	43665255	rs143705230	AAG	A	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=364;ReadPosRankSum=-1.119;SC=AGGTGAACAAAAGAGAGATGG;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=43665264;WS=43665245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	43675271	rs41312629	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=0.056;SC=GCACTATACCGGATGCCAAAA;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=43675279;WS=43675269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	43675467	rs2453412	G	A	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=970;ReadPosRankSum=1.843;SC=TTGTCATCTCGCATTCTGGAC;SOR=0.475;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=64;WE=43675475;WS=43675457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,81:0.47:172
chr1	43680839	rs34721748	T	TG	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CAGGATTGCATGGGGGGAAGC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=43680847;WS=43680829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	43680855	rs4233492	G	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	43680952	rs74422853	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.843;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr1	43681184	rs612626	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CCTGGCTACACCCTATGCCCA;SOR=0.180;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=5;WE=43681192;WS=43681174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	43687702	rs79533911	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.429;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	43688743	rs11585059	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=0.799;SC=TGGACTGACCGGCCTGGGGGT;SOR=0.795;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=13;WE=43688751;WS=43688733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	43689679	rs77676272	A	C	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=294;ReadPosRankSum=-0.482;SC=ATGAGTTCTGACTTTAGTGGT;SOR=0.586;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=24;WE=43689687;WS=43689669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr1	43697968	rs3120045	G	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=10;PP=479;SC=GTGGAAACACGTGATGCTGGT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=43697976;WS=43697958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	43699813	rs3820588	A	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=284;SC=TATGCCCAGTATGGCCCCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=43699821;WS=43699803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	43699935	rs2477561	C	T	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=21;PP=1062;SC=CAGAAGGAAACGTCTCTGATT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=43699943;WS=43699925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	43700140	rs2483688	A	G	4614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=56;PP=1968;SC=CCTCTCCCTCACTGAGAATCT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=105;WE=43700148;WS=43700130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	43748471	.	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,39:0.32:123
chr1	43771016	rs3831248	TA	T	5364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=68;PP=2951;SC=AGAGCAACGGTAAAGAGGGGC;SOR=0.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=8;TCR=70;TR=76;WE=43771024;WS=43771006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	43771090	rs3120044	G	A	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=41;PP=1160;SC=TGACCCATGGGACCCTCAGCT;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=43771098;WS=43771080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	43772505	.	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.316;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=423;ReadPosRankSum=-2.253;SC=CATTCATGTCCCCCAGGATCC;SOR=1.057;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=29;WE=43772513;WS=43772495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,51:0.39:132
chr1	43773033	rs2275180	A	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=26;SC=CTTGGAGGGTAAGGGCGACAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=43773041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	43774437	rs1467809	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=215;SC=GCAGGTATTAGACGGTATCGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=43774445;WS=43774427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	43774495	rs2282225	G	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=288;ReadPosRankSum=-0.832;SC=GATGGGATGTGGGGCTGGGAC;SOR=1.106;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=17;WE=43774503;WS=43774485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	43777852	rs1999595	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=388;ReadPosRankSum=-0.968;SC=GTTACTTTCCCGTCGACCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=25;WE=43777860;WS=43777842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr1	43779564	rs3120276	T	C	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=31;PP=1380;SC=CCATCCTGGCTGCCCTTTTAA;SOR=1.095;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=86;WE=43779572;WS=43779554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	43779724	rs138876276	TTG	T	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.236;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.450;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,18:0.19:96
chr1	43779869	rs2991990	T	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=314;SC=AAATATTTAATATTCCCATTT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=43779877;WS=43779859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	43782846	rs1198982	G	A	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=10;PP=689;SC=TGGACCGTCTGCCCTCTTGTC;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=43782854;WS=43782836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	43787040	.	C	T	2767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.350;SC=GAGCCCTGGACCGAGAGCACT;SOR=0.865;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=73;WE=43787048;WS=43787030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,134:0.55:243
chr1	43818508	.	C	T	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=874;ReadPosRankSum=-2.125;SC=CTGTGAACTTCCCTACCCTAC;SOR=1.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=139;TCF=47;TCR=92;TR=59;WE=43818516;WS=43818498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,72:0.38:192
chr1	43825583	rs145443590	T	TTGAG	922.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.312;NF=6;NR=13;PP=801;ReadPosRankSum=0.446;SC=CTATCTAAGATTGAGGGCAAG;SOR=0.770;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=19;WE=43825591;WS=43825573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr1	43826312	rs710251	C	A	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=42;PP=1176;ReadPosRankSum=-1.839;SC=TGCCCACCCTCCCCTTGACTG;SOR=0.673;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=231;TCF=117;TCR=114;TR=90;WE=43826320;WS=43826302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,167:0.41:409
chr1	43831314	.	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=597;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TACAGAGGGCGGATGTCAGAC;SOR=0.954;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=39;WE=43831322;WS=43831304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr1	43851797	rs11541153	G	A	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=713;ReadPosRankSum=0.682;SC=GACCACTGCTGCCTGAAGGTC;SOR=0.540;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=54;WE=43851805;WS=43851787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,96:0.48:199
chr1	43855578	rs839753	G	C	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=731;ReadPosRankSum=1.052;SC=CCGAGGTAGCGAGGTCAGGGG;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=43;WE=43855586;WS=43855568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,66:0.46:143
chr1	43907092	rs12407785	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=292;ReadPosRankSum=-1.366;SC=GGGTATGGGTGTGAAGTCACA;SOR=0.643;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=24;WE=43907100;WS=43907082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr1	43916642	rs6954	T	C	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=719;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GAAGCACTTGTGGCCACCGTC;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=63;WE=43916650;WS=43916632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,105:0.51:205
chr1	43917797	rs41270371	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=646;ReadPosRankSum=-0.024;SC=GCAGCCTCACGTGCTGTCCCC;SOR=0.997;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=43;WE=43917805;WS=43917787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,53:0.36:148
chr1	43919413	rs6692611	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=189;ReadPosRankSum=0.960;SC=GGGAGGCCGGAGAGCTCGGGG;SOR=0.922;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=13;WE=43919421;WS=43919403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	43998397	rs11350891	GT	G	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=343;SC=GAAAATCCCTGTTTTTTTACT;SOR=1.220;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=43998405;WS=43998387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	44035352	rs1065771	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=472;ReadPosRankSum=-2.471;SC=TGCTATGTGCCGCAGGCGGAA;SOR=0.575;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=34;WE=44035360;WS=44035342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
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chr1	44057257	rs2304353	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=228;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GGCAGCCAACAGCAGAGAAGG;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=21;WE=44057265;WS=44057247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
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chr1	44058265	rs3828151	C	A	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=837;ReadPosRankSum=0.748;SC=CCCGCACAGCCCAGTCCAGTA;SOR=0.560;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=122;TCF=38;TCR=84;TR=65;WE=44058273;WS=44058255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,85:0.53:161
chr1	44064319	rs17849103	A	G	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=807;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CAGGACCCTCAAGTTTGCTGT;SOR=0.633;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=59;WE=44064327;WS=44064309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,92:0.50:185
chr1	44067859	rs12023161	A	G	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=682;ReadPosRankSum=-2.437;SC=GCTAGCCTGCACTGCCAAGAT;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=49;WE=44067867;WS=44067849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,81:0.41:198
chr1	44071014	.	C	T	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=954;ReadPosRankSum=1.202;SC=CCGCACAGCCCCCGACCTCCT;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=65;TCR=74;TR=69;WE=44071022;WS=44071004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,112:0.48:233
chr1	44071221	rs631248	G	A	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=478;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TTGTTGTGGTGCCCATTGACC;SOR=0.606;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=30;WE=44071229;WS=44071211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr1	44072018	rs1065772	C	T	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.046;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=916;ReadPosRankSum=2.447;SC=TCCCGGAGACCTTTACCTTGG;SOR=0.936;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=119;TCF=67;TCR=52;TR=65;WE=44072026;WS=44072008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,102:0.52:197
chr1	44072066	rs10890266	C	T	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=1049;ReadPosRankSum=0.120;SC=ACAACCGGCCCCTGTCTCCGG;SOR=0.771;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=77;WE=44072074;WS=44072056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,127:0.57:221
chr1	44072420	rs539096	A	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=261;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CTCCAGGATTAATAGGCAGAG;SOR=0.524;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=20;WE=44072428;WS=44072410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr1	44075227	rs517622	T	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=44;PP=950;SC=CCTGTGGGTCTGTTCTGCAGG;SOR=3.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=51;WE=44075235;WS=44075217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	44078291	.	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr1	44078359	rs3791149	T	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=304;ReadPosRankSum=-0.239;SC=GTGATGGTGCTGTAAGCAGAA;SOR=1.007;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=23;WE=44078367;WS=44078349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr1	44078384	rs499257	T	C	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=414;ReadPosRankSum=0.211;SC=TTAACGGGCTTTCTTTTCTTG;SOR=0.747;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=31;WE=44078392;WS=44078374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr1	44079411	rs603542	T	C	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=755;ReadPosRankSum=1.473;SC=CCCCCTACCATGTGCCTGGCC;SOR=0.986;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=131;TCF=45;TCR=86;TR=63;WE=44079419;WS=44079401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,78:0.47:166
chr1	44083110	rs571862	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=8.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr1	44083507	rs641365	T	C	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=1666;ReadPosRankSum=0.540;SC=AGACCATGGGTGATTTCTGGA;SOR=0.876;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=61;WE=44083527;WS=44083497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,105:0.48:217
chr1	44083519	rs641351	G	A	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=1666;ReadPosRankSum=-0.210;SC=ATTTCTGGAGGATGGTGTGGG;SOR=0.805;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=56;WE=44083527;WS=44083497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,96:0.48:199
chr1	44084739	rs1143701	C	T	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=736;ReadPosRankSum=-0.983;SC=GTGAGAAGCGCGAGCTGCGTC;SOR=0.505;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=57;WE=44084747;WS=44084729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,95:0.52:184
chr1	44086080	rs568639	T	C	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.827;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,100:0.48:207
chr1	44086831	rs1143702	C	T	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=788;ReadPosRankSum=0.295;SC=GCATGCGCTACGAGGGCGTGG;SOR=0.809;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=55;WE=44086839;WS=44086821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,76:0.42:182
chr1	44087496	rs673485	C	T	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=24;PP=1789;SC=GGGTCCAGCACCTGCTCTTGG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=92;WE=44087504;WS=44087486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	44119038	rs3215842	A	AT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=-0.105;SC=GAGCAGTAAGATTTTTTTCCT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=44119046;WS=44119028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	44125962	rs3215843	CA	C	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.173;NF=7;NR=6;PP=321;ReadPosRankSum=0.296;SC=TTTTTACTTTCAAAAAGGTAC;SOR=0.580;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=13;WE=44125970;WS=44125952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr1	44137257	rs586339	C	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=-3.390;SC=GAAGAACAAGCAGCAGCTGCC;SOR=1.062;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=19;WE=44137265;WS=44137247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr1	44280381	rs37468	A	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=8;PP=629;SC=AACTTGGTCCATCACAAAACA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=44280389;WS=44280371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	44280425	rs3791064	T	G	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=18;PP=868;SC=TTTATGTATTTAGTTACGTTC;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=41;WE=44280433;WS=44280415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	44303786	rs67028312	C	CAAAAAAAA	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.53;QD=52.95;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	44323736	rs2906465	T	C	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	44323764	.	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=310;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GTTGCTCAACCTTTCTGAGCC;SOR=0.618;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=22;WE=44323772;WS=44323754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr1	44386305	rs3120802	C	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=20;PP=686;SC=GTGGGTGGGGCAGTGCTTCTG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=44386313;WS=44386295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	44386615	rs3120803	A	G	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	44395786	rs2108202	C	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=22;PP=721;SC=CAACTGATCACTTCATCTCTC;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=44395794;WS=44395776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	44401384	rs2242637	A	G	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=41;PP=1432;SC=TGGCCTAGGCAGCAGGTGAGT;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=77;WE=44401392;WS=44401374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	44415415	rs2240447	C	T	7797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=92;PP=2965;SC=TGATGCCTGACGCTTGGCCAT;SOR=0.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=97;TCR=92;TR=188;WE=44415423;WS=44415405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr1	44426025	rs2301993	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=19;PP=554;SC=CTTGCCCTCCGCTCCCATAGT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=32;WE=44426033;WS=44426015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	44426948	rs2906596	G	A	6783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=100;PP=2965;SC=GGTCCTGACCGGGGTCTCTGC;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=170;WE=44426964;WS=44426938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	44432500	rs4660759	C	G	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=48;PP=1561;SC=CCAGTGCCCTCCCCTGCCCAG;SOR=1.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=75;WE=44432508;WS=44432490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	44441397	rs79393420	G	T	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=592;ReadPosRankSum=-1.917;SC=CCTTCAGCTCGGCAGCTACTT;SOR=0.586;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=41;WE=44441405;WS=44441387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,81:0.55:148
chr1	44442521	rs12410334	A	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=426;SC=GTATGAATGCAAAATGCTGGG;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=44442529;WS=44442511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	44451112	rs200144349	GGGA	G	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	44451124	rs75761202	G	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.56;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	44457215	rs12403025	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=297;SC=ACCAAACACGGGAGGGGGCGG;SOR=2.093;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=44457223;WS=44457205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	44457272	.	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=0.152;SC=CCACGCGGAAGAGGTGGGGCT;SOR=0.542;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=12;WE=44457280;WS=44457262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr1	44457305	rs12403036	G	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=15;PP=616;SC=CCCACTGCCTGGTTTCTGGGC;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=36;WE=44457322;WS=44457295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	44457739	rs11376967	T	TC	701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=623;SC=ATTTCCCACCTCTGCGGGTCC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=44457747;WS=44457729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	44594966	rs2485653	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=442;ReadPosRankSum=0.135;SC=TGGGGATGAAGAGGAGGAACA;SOR=1.026;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=27;WE=44594974;WS=44594956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr1	44595113	rs2429051	G	C	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=1123;ReadPosRankSum=0.008;SC=GGCCTACCAAGCATTCAGCAC;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=73;WE=44595121;WS=44595103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,117:0.55:212
chr1	44595410	rs2485652	A	G	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=1468;ReadPosRankSum=1.686;SC=ATGCCCCCCAATGGGCTGCCA;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=85;TCR=76;TR=93;WE=44595418;WS=44595400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,136:0.57:238
chr1	44595426	rs2429050	G	A	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1526;ReadPosRankSum=-1.713;SC=TGCCAGTCTCGGCTTCCACTG;SOR=0.698;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=88;WE=44595434;WS=44595416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,131:0.58:225
chr1	44595998	.	C	CT	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.421;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=475;ReadPosRankSum=0.712;SC=TAGACTGGCCCCCCGACTTGC;SOR=2.398;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=14;WE=44596006;WS=44595988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	44596379	rs34057178	CCAA	C	5670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=55;PP=2416;ReadPosRankSum=1.768;SC=GACCCACAGGCCAACAACAAC;SOR=0.985;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=125;TCF=10;TCR=115;TR=58;WE=44596389;WS=44596369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,149:0.45:332
chr1	44679556	rs803369	A	G	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=546;ReadPosRankSum=2.453;SC=GAAAGCGTTGACTAGGGGAGG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=42;WE=44679564;WS=44679546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,90:0.53:171
chr1	44680719	rs4660780	G	C	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=774;ReadPosRankSum=1.131;SC=AATGCATGCAGAGTAGGACTC;SOR=0.572;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=51;WE=44680727;WS=44680709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr1	44686322	rs12419	T	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr1	44788398	rs161721	A	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=602;SC=ACTTCTTACCATCCCATATTG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=44788406;WS=44788388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	44878509	rs11210991	C	G	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=165;SC=CCAACTACTTCCCTTTCACTA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=44878517;WS=44878499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	45088629	rs28453885	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=0.492;SC=CTAGGGCTGCGCCGTGTGTGT;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=45088639;WS=45088619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	45091854	.	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=-1.275;SC=GTCTTTCTATCCCTCAGCCTC;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=45091862;WS=45091844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr1	45101382	.	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.772;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=0.949;SC=CGCTCCCTTCCCCCGACACTA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=8;WE=45101390;WS=45101372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr1	45170012	rs12088087	A	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=164;SC=CCTTGCGTCAACCACAGGGTG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=45170020;WS=45170002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	45205598	rs3820586	T	C	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=993;ReadPosRankSum=1.581;SC=CCTTGCTGACTCTCCGAATGG;SOR=0.715;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=67;WE=45205606;WS=45205588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,94:0.50:189
chr1	45218895	rs3795713	A	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=214;ReadPosRankSum=2.072;SC=ATTCCATCCGAGGCAGCTCTT;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=21;WE=45218903;WS=45218885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr1	45223901	rs111920953	TATTAGCTG	T	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	45224998	rs4342887	A	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=236;ReadPosRankSum=1.118;SC=CATCAAGATGATCGACATGGG;SOR=1.519;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=18;WE=45225006;WS=45224988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr1	45226084	rs1140279	G	A	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=960;ReadPosRankSum=-0.973;SC=AGCGAGGCGCGGACACTTCCA;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=61;WE=45226092;WS=45226074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,101:0.56:180
chr1	45241113	rs11211031	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=4;PP=529;SC=GAGACCCTCCTAGGCTCGTGG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=45241121;WS=45241103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	45241374	rs3806398	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.077;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=-0.482;SC=CCCGACCCCCGGCCAGGGACA;SOR=0.247;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=11;WE=45241382;WS=45241364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	45244051	rs3838955	T	TG	548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=536;ReadPosRankSum=-0.030;SC=CTGCCCAGGCTGAGGGGGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=14;WE=45244059;WS=45244041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr1	45251332	.	C	T	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,71:0.53:133
chr1	45266832	rs17881698	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=1.985;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr1	45270024	rs11211036	G	C	2717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.260;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,138:0.53:262
chr1	45271097	rs17883049	G	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=666;ReadPosRankSum=0.286;SC=GAGGCCCAGGGTGCTGGGGAG;SOR=0.353;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=50;WE=45271105;WS=45271087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,63:0.41:155
chr1	45271912	rs17886118	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=220;ReadPosRankSum=-0.019;SC=GCGCGGCCTCGTCGCTGGAGT;SOR=0.556;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=21;WE=45271920;WS=45271902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr1	45291908	rs11211040	G	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=700;ReadPosRankSum=-2.499;SC=CCTCCCCGGGGTGCCCGTGCT;SOR=0.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=50;WE=45291916;WS=45291898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,80:0.51:157
chr1	45292173	rs11573590	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=427;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GAGGCCAGCCGTCCAGGGGTT;SOR=0.667;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=31;WE=45292181;WS=45292163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chr1	45293518	rs7525308	A	G	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=876;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GTCTTACCTTAGCATGTGACT;SOR=0.789;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=65;WE=45293526;WS=45293508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,90:0.54:166
chr1	45293752	rs2295997	T	C	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=689;ReadPosRankSum=-1.277;SC=GGCTGCTGGCTTCACAGTGGG;SOR=0.817;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=43;WE=45293760;WS=45293742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,68:0.47:145
chr1	45294156	rs2273940	T	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=365;ReadPosRankSum=-2.536;SC=CACCCTGAGCTGCCCCGTGTG;SOR=0.620;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=33;WE=45294164;WS=45294146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr1	45297753	rs2295999	A	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=547;ReadPosRankSum=-0.083;SC=CAGCAGAAGAAGGGGATTCCC;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=38;WE=45297761;WS=45297743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,44:0.38:115
chr1	45307506	rs3795720	G	A	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=409;ReadPosRankSum=0.463;SC=TATGGCCAGTGTCCACAACTT;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=28;WE=45307514;WS=45307496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr1	45308409	rs6696675	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=418;ReadPosRankSum=1.291;SC=TTGCGGTGCTGGCTCTCACTT;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=27;WE=45308417;WS=45308399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr1	45340282	rs9988451	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=0.029;SC=TAAAATTAACCTTCCTTCAGA;SOR=1.473;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=9;WE=45340290;WS=45340272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	45362992	rs263978	T	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=14;PP=819;SC=GCTTGTTAAGTACTGTAGGTT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=45363000;WS=45362982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr1	45444038	rs11556200	G	A	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=491;ReadPosRankSum=-1.702;SC=CCATGTCAGCGTCATCAGGAA;SOR=0.672;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=40;WE=45444046;WS=45444028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,78:0.46:171
chr1	45469395	rs200632297	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=630;ReadPosRankSum=1.061;SC=CTCGGGCAGCGCGTCTGTGGT;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=39;WE=45469403;WS=45469385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr1	45470130	rs7528534	T	C	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=27;PP=780;SC=TGTGGCCTTTTAGCAGCAGAA;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=45470138;WS=45470120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	45472798	rs147908761	TTGTGTGTG	T,TTGTG	840.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.69;QD=40.03;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,8:0.62,0.38:21
chr1	45474008	rs7541207	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-1.363;SC=CATGGGTAGATAGACTGCAGC;SOR=0.543;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=17;WE=45474016;WS=45473998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr1	45474157	rs2298006	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=270;ReadPosRankSum=0.098;SC=AGACACACAAGGCTCAATGTT;SOR=0.876;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=13;WE=45474165;WS=45474147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	45474750	rs2275599	A	T	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.79;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr1	45474755	rs2275598	C	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.29;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr1	45475566	rs6429552	A	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=954;SC=ACCCTGTTTTAGTCCTGGCCT;SOR=3.202;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=45475574;WS=45475556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	45476399	rs55841688	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=275;ReadPosRankSum=-1.377;SC=GCGTAGGATGGGGACAGCCGT;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=18;WE=45476407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr1	45476489	rs3806405	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-1.455;SC=TACAGGGGAGAAAAGGCAAAC;SOR=0.682;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=8;WE=45476497;WS=45476479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	45476663	rs2298005	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.188;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr1	45479772	rs11211066	G	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=269;ReadPosRankSum=-3.677;SC=GAAATAGGCTGGGATTTGGTC;SOR=1.079;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=21;WE=45479780;WS=45479762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr1	45479874	rs6698485	G	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=10;PP=407;SC=GTGATCTAGCGGAGCAGCCAA;SOR=0.859;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=20;WE=45479882;WS=45479864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	45504720	rs7551698	G	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.339;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,70:0.48:147
chr1	45524213	rs3738246	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=409;SC=ATGGCAAGGGCTCATAAACAC;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=45524221;WS=45524203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	45525945	.	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr1	45796269	rs3219493	G	C	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=29;PP=951;SC=GGCACTTTTTGCAAAAGAGAT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=45796277;WS=45796259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	45796354	rs3219492	G	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=116;ReadPosRankSum=0.939;SC=AGGCATGGTGGCTCACGCCTA;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=8;WE=45796362;WS=45796344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	45797505	rs3219489	C	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=328;ReadPosRankSum=1.122;SC=ACAGGTGGCACTGTCCAGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=19;WE=45797513;WS=45797495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr1	45798555	rs3219487	T	C	8498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=1.878;SC=GTCCCTCTATTGTTCCTATTT;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=103;TCR=118;TR=221;WE=45798563;WS=45798545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,331:0.99:333
chr1	45805566	rs3219468	G	C	10180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr1	45813441	rs2298018	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=245;ReadPosRankSum=-0.430;SC=TTCCTCCACCTCAAGGATGGG;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=14;WE=45813449;WS=45813431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	45813587	rs186392487	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=153;ReadPosRankSum=-1.306;SC=TAGGGCTACACACCTGACATC;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=13;WE=45813595;WS=45813577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr1	45813820	rs2153607	G	A	288.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5322;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=1.201;SC=CACTGGTCAGGTCAGGGGCTC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=11;WE=45813828;WS=45813810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr1	45864695	rs7532762	C	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.908;NF=1;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.210;SC=CTTTAAGCCACTAGTTAGTCC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=45864703;WS=45864685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	45887288	rs3790582	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=-0.381;SC=GCAAGATAGATTCAGCATGAT;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=45887296;WS=45887278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	45961955	rs937290	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=-1.796;SC=TCATGGGCTCAGGTGGAACCA;SOR=0.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=7;WE=45961963;WS=45961945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr1	46057144	rs2991981	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
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chr1	46078630	rs2050376	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr1	46078884	rs2230659	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr1	46080947	rs1972410	A	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=504;ReadPosRankSum=1.467;SC=TTCTTTTTTGAGCCATTACTA;SOR=0.634;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=41;WE=46080955;WS=46080937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr1	46081940	rs2356581	T	A	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	46081960	rs2253862	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=0.442;SC=AGGCTGTGGGCGGCCTGGGTT;SOR=0.434;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=16;WE=46081968;WS=46081950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr1	46082431	rs2991988	C	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr1	46083706	rs41310432	C	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr1	46085852	rs2275085	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.328;SC=TGCTTCTAGACCCAATGTCAG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=46085860;WS=46085844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	46085879	rs2275086	C	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GAGTAGTAAACCTGTAGGTCT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=6;WE=46085887;WS=46085869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	46086077	rs3014246	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GGTGAGGAAGCTGGCTTCCAG;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=22;WE=46086085;WS=46086067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr1	46086329	rs11590549	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=302;ReadPosRankSum=-0.702;SC=AAAGGCTGGCCGTTAGCCATA;SOR=0.693;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=18;WE=46086337;WS=46086319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr1	46086913	rs3014245	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=-2.244;SC=TAAGCCTCAACTGTGGCAGAG;SOR=1.659;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=11;WE=46086921;WS=46086903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	46087577	rs3014242	G	A	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=55;PP=1423;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TGGTGGCAGCGGTGGTGCCAC;SOR=0.695;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=199;TCF=78;TCR=121;TR=92;WE=46087585;WS=46087567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,128:0.45:287
chr1	46087879	rs3014241	A	G	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=846;ReadPosRankSum=0.189;SC=GGGAGAGATAAGTGGGATGGG;SOR=1.060;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=52;WE=46087887;WS=46087869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,64:0.44:147
chr1	46089225	rs3014240	C	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=625;ReadPosRankSum=0.746;SC=GTAGGTAGCTCTACCTCCTCT;SOR=0.540;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=45;WE=46089233;WS=46089215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,61:0.48:128
chr1	46094027	rs1250	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=529;ReadPosRankSum=1.453;SC=GGGAGAACAGACTGGAACTGC;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=36;WE=46094035;WS=46094017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr1	46095143	rs10159068	C	A	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	46095272	rs1135812	T	C	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=653;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TGTGGAACTCTTTGAGCTCAT;SOR=0.911;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=42;WE=46095280;WS=46095262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,81:0.55:147
chr1	46096402	rs10708598	AT	A	150.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=119;SC=CAGCCCACAGATTTTTTTCCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=46096410;WS=46096392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr1	46160260	rs6658700	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.580;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
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chr1	46347910	rs6665193	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=282;ReadPosRankSum=1.533;SC=AGAAAAAGTTGTTATTTAGAA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=21;WE=46347918;WS=46347900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr1	46348229	rs11211217	C	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TGACTTCTCCCACTAGGTCAG;SOR=0.829;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=5;WE=46348237;WS=46348219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	46379518	rs4256763	A	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
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chr1	46473802	rs3922887	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=0.761;SC=AACAAGGTACACTGGAAACTC;SOR=0.144;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=46473810;WS=46473792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr1	46473902	rs3922886	A	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=356;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GTCTCTGGGGATGGCCATCTT;SOR=0.467;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=26;WE=46473910;WS=46473892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr1	46476587	rs11211247	T	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=474;ReadPosRankSum=-0.123;SC=AACTTCAAGATAATTTGGAGA;SOR=1.299;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=30;WE=46476595;WS=46476577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr1	46487560	rs946524	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=436;ReadPosRankSum=0.934;SC=CTGTAAAACCAAAGATGCCAG;SOR=0.559;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=36;WE=46487568;WS=46487550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,50:0.38:133
chr1	46491635	rs785478	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=193;ReadPosRankSum=0.890;SC=AGTTCTCTAGCCCCCCGACCA;SOR=1.356;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=12;WE=46491643;WS=46491625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	46494596	.	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=61;ReadPosRankSum=1.333;SC=CTTTGGGCAGGTGATCAGTGG;SOR=1.044;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=9;WE=46494604;WS=46494586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr1	46495024	rs3795318	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=260;ReadPosRankSum=0.314;SC=GCTTTCAGGGGCTCCAGGCTG;SOR=0.817;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=19;WE=46495032;WS=46495014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr1	46495434	rs2236560	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=-0.530;SC=CTGGCTTCTTGCTAGATTTGC;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=46495442;WS=46495424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	46496709	rs925524	A	G	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=397;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TGTCTGAGTCATCCCACACAG;SOR=0.913;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=28;WE=46496717;WS=46496699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,63:0.62:102
chr1	46498375	rs1622208	A	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=-0.419;SC=CGGAGGTGGTAGAGCTGATCC;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=26;WE=46498383;WS=46498365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr1	46500613	rs17855317	T	C	3131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=1626;ReadPosRankSum=1.450;SC=AGCTAGCCACTTCTCGCAAGC;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=95;WE=46500621;WS=46500603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,148:0.52:284
chr1	46501359	rs34070850	A	G	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1342;ReadPosRankSum=-1.360;SC=CCAAGCAGAAAGGCAACCATG;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=228;TCF=112;TCR=116;TR=90;WE=46501367;WS=46501349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,123:0.43:283
chr1	46511487	rs2297883	G	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=209;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGGGTCCTCGTTACTGTACA;SOR=0.362;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=14;WE=46511495;WS=46511477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	46521517	rs785468	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
chr1	46521559	rs785467	A	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=380;ReadPosRankSum=0.424;SC=CCAAAGCTTGATTCTTCAAAT;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=25;WE=46521567;WS=46521549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr1	46598273	rs1707303	A	C	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=847;ReadPosRankSum=-0.301;SC=AACCAACCCGACCGCACCAAC;SOR=0.621;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=136;TCF=81;TCR=55;TR=61;WE=46598281;WS=46598263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,124:0.48:258
chr1	46650118	rs2234270	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=1.586;SC=TCCCCTCGCCCTTGACACCAG;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=20;WE=46650126;WS=46650108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr1	46650191	rs35321971	C	CG	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.420;NF=2;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.488;SC=CTCACTTTTCCGGGGGGGGGA;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=46650199;WS=46650181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	46655158	rs6659553	T	C	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=22;PP=906;SC=ACCCCCACCATCAGGAAGTGG;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=46655166;WS=46655148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	46658328	rs2292484	A	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=19;PP=699;SC=CAGAGATGCTAGAATTGCTGG;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=46658336;WS=46658318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	46658343	rs2292485	G	A	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=14;PP=578;SC=TGCTGGAGCTGGGTCTCAGGA;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=46658351;WS=46658333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	46659104	rs7527668	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=37;PP=1215;SC=TCACTTTCCCTCTGCCCACCT;SOR=1.134;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=60;WE=46659112;WS=46659094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	46659363	rs7527935	T	C	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=32;PP=1355;SC=TCAACTCAGGTTCCCCTGTGT;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=70;WE=46659371;WS=46659353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	46660295	rs2292487	T	C	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=68;PP=2398;SC=GGGCAGGTGATTTAGAATGTT;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=123;WE=46660303;WS=46660285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	46743900	rs1048771	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=341;ReadPosRankSum=1.856;SC=CCTCCACTGCCATCACCTTCG;SOR=0.583;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=26;WE=46743908;WS=46743890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr1	46746164	rs11542623	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=380;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GCCTTCAGAACGGAGCACAGC;SOR=0.606;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=32;WE=46746172;WS=46746154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr1	46774783	rs41292543	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr1	46775820	rs144503839	A	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=447;ReadPosRankSum=0.054;SC=TTCTGTTTCTACATCAGGATC;SOR=1.112;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=27;WE=46775828;WS=46775810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr1	46806393	rs41293273	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=0.191;SC=GTATTTCCTTTCCCTTTTTTC;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=46806401;WS=46806383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	46806429	rs41293275	A	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=167;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GGTGGCGCTCACCACCTCCCC;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=11;WE=46806437;WS=46806419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	46806480	rs17361749	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=217;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GTCGGAATTACCCCGTGGAGC;SOR=0.357;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=16;WE=46806488;WS=46806470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr1	46806550	rs41293277	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=394;ReadPosRankSum=1.707;SC=GCGTGTGGACCTCGCGACGGT;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=29;WE=46806558;WS=46806540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr1	46806703	rs10489769	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=338;ReadPosRankSum=-1.876;SC=ACTCCACGGAACGTCCTTAGG;SOR=0.409;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=21;WE=46806711;WS=46806693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr1	46810405	rs79697925	TG	T	526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.467;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=369;ReadPosRankSum=-0.322;SC=GGCTCTGAGGTGGGGGTCAGG;SOR=0.078;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=12;WE=46810413;WS=46810395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr1	46810670	rs17361763	T	C	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=674;ReadPosRankSum=-1.066;SC=GTGCCAAGGATTTTGTGAATG;SOR=0.739;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=46;WE=46810678;WS=46810660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,74:0.42:178
chr1	46810842	rs6684274	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=1.508;SC=ATGACTGGAGCGGTCCTGAGT;SOR=1.214;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=9;WE=46810850;WS=46810832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	46812444	rs17357676	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=-2.189;SC=GTATAGATGAATGAATAAGTG;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=46812452;WS=46812434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	46812519	rs17361791	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=0.278;SC=CAGAGGGCATAGACTTGGTGG;SOR=2.123;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=14;WE=46812527;WS=46812509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	46818442	rs41294478	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.80;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	46818452	rs17413701	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	46818479	rs7515598	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	46818508	rs7529674	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	46826587	rs55887761	C	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	46827214	rs324414	A	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=4;PP=515;SC=GCTCACTAGTAACTGCTTCTG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=46827222;WS=46827204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr1	46877180	rs6662982	G	A	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=748;ReadPosRankSum=-1.490;SC=GTTGTGAAGGGTCCACGGAGG;SOR=0.658;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=58;WE=46877188;WS=46877170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,85:0.57:149
chr1	46972662	rs371100791	C	T	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=33;PP=1311;ReadPosRankSum=0.978;SC=CTCCCTTTTCCGTCTGTAGGC;SOR=0.808;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=180;TCF=112;TCR=68;TR=91;WE=46972670;WS=46972652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,136:0.49:275
chr1	46976836	.	CC	TT	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.173;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=1835;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GAGTCAGCCCCCGAGGATCAG;SOR=0.882;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=62;WE=46976845;WS=46976826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,115:0.56:204
chr1	47013180	rs10890404	A	G	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.463;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,78:0.53:147
chr1	47013364	rs1258041	T	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=447;SC=GCAGGCAGGATGGGAGGGCAG;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=47013372;WS=47013354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	47016761	rs61997191	C	T	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,107:0.55:196
chr1	47025839	rs3831020	GC	G	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=203;ReadPosRankSum=1.084;SC=GGCTCCCCCGGCCCCCACCCC;SOR=0.631;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=8;WE=47025847;WS=47025829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr1	47046465	rs60914701	AC	A	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=208;ReadPosRankSum=0.908;SC=CCACCTGAGGACCCAGTTTCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=47046473;WS=47046455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr1	47059934	rs1258021	T	C	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	47060078	rs7556307	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TATACACGCAGCAATCACAGG;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=12;WE=47060086;WS=47060068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	47075932	rs3818323	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=-0.223;SC=AAGCTCTGCTCAACTTTTCCC;SOR=0.525;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=18;WE=47075940;WS=47075922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr1	47078637	rs4660947	T	C	7033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=75;PP=2812;SC=CCATGAGCAATGCCATATAGC;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=95;TCR=75;TR=170;WE=47078645;WS=47078627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	47080665	rs11211328	C	T	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=307;ReadPosRankSum=1.086;SC=TCATCTCATCCATCCCGACTC;SOR=0.672;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=31;WE=47080687;WS=47080655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,66:0.46:142
chr1	47080679	rs6671527	G	A	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=45;PP=1616;SC=CCGACTCTTCGACTTCTCACC;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=47080687;WS=47080655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	47080741	rs12029680	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=130;ReadPosRankSum=-0.937;SC=GAGATTTCTGCGCTTCATTTG;SOR=0.362;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=16;WE=47080749;WS=47080731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr1	47099346	rs723333	C	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=486;SC=ACACATTTATCCATGGACACA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=47099354;WS=47099336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	47099409	.	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=506;ReadPosRankSum=0.887;SC=TGATTAAAACGAATGGCCACT;SOR=0.244;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=35;WE=47099417;WS=47099399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr1	47108828	rs736188	T	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=509;SC=TTCAGTGCCATGAGGTAAATC;SOR=1.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=47108836;WS=47108818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	47109089	rs1745377	A	G	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=26;PP=781;SC=TTGGGTGGCTAGTGAGTTGGA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=47109097;WS=47109079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	47110668	rs1258054	G	C	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=0;PP=52;SC=ATTGAGGAGGGCCTAGAAAAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=47110676;WS=47110658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	47110712	rs1258053	C	T	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	47110766	rs3215990	G	GC	819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=521;SC=TTGAGCCTCAGCAAGGGTTTC;SOR=1.426;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=47110774;WS=47110756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	47133811	rs11211337	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.897;NF=6;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=-0.141;SC=ACCCCGCTGCTGTCGGCGCCC;SOR=1.473;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=8;WE=47133819;WS=47133801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	47138444	rs616249	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=262;SC=GTGGATGGAGCGATTGATGCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=47138452;WS=47138434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	47264724	rs2297813	G	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=239;ReadPosRankSum=0.511;SC=AGGCAGGTCAGATGAAGGCTA;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=17;WE=47264732;WS=47264714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr1	47276728	rs2297812	G	C	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=45;PP=1800;SC=TAAGTCTGCGGAGCTGAGGTT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=47276736;WS=47276718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	47278305	.	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr1	47278320	.	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=332;ReadPosRankSum=-1.159;SC=CCAGAGTACTGGAGGCTGTTG;SOR=0.595;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=24;WE=47278328;WS=47278310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr1	47279789	rs2297811	C	T	4899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=72;PP=2780;SC=CTCCTCCTGGCCCCTCTATGC;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=137;WE=47279797;WS=47279779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	47280746	rs3215983	GAT	G	4446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=24;PP=1647;SC=CCTAACCCAGGATGAAGATGA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=35;WE=47280755;WS=47280736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	47280859	rs2297810	G	A	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=25.81;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	47280884	rs4646491	C	T	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.15;NF=21;NR=25;PP=762;SC=GCACCAGCATCGTTGTAGAGA;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=47280892;WS=47280874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	47282772	rs2297809	C	T	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=55;PP=1968;SC=GGAGAGCTTCCGCCTCTACCC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=109;WE=47282780;WS=47282762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	47282888	rs35333582	C	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=27;PP=741;SC=GAAAAGGAGTCCCTGCATGCT;SOR=1.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=37;WE=47282896;WS=47282878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	47311344	.	T	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.127;NF=20;NR=21;PP=583;ReadPosRankSum=-0.504;SC=ACCTGAGGGTTTTCCCAGAAA;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=41;WE=47311352;WS=47311334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,56:0.43:131
chr1	47348573	rs202002284	C	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	47348578	rs199844718	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	47351034	.	T	A	121	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=49.22;NF=7;NR=0;PP=121;QD=22.2530303639;SC=ACTGCTGTGATCATGGTTCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=47351042;WS=47351025;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,7:0.50:14
chr1	47351052	rs5003005	A	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQRankSum=-3.315;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.892;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr1	47366050	rs12032026	G	T	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.655;NF=24;NR=23;PP=588;ReadPosRankSum=-0.529;SC=ACATGCAGAGGAGGATCAGCA;SOR=0.653;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=47;WE=47366058;WS=47366040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr1	47395973	rs1126743	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=506;ReadPosRankSum=-1.043;SC=ATTGTTTCCCGATGCAGTTCC;SOR=1.004;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=35;WE=47395981;WS=47395963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr1	47398743	rs3890011	G	C	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.129;NF=17;NR=31;PP=714;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TGGAAACAGAGAGAAGACCAA;SOR=1.099;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=48;WE=47398751;WS=47398733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,81:0.45:179
chr1	47398832	.	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.065;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=-0.114;SC=CACAAATTTTCACTTTGACTG;SOR=0.230;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=22;WE=47398840;WS=47398822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr1	47399967	rs28451040	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQRankSum=-2.144;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	47400035	.	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=8.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.13;MQRankSum=-1.734;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.844;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	47400059	rs71500102	A	G	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.01;QD=29.02;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	47400154	.	C	T	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.082;NF=56;NR=47;PP=1453;ReadPosRankSum=0.770;SC=TCCAGAAAATCCAAATGCCTC;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=105;TCR=89;TR=103;WE=47400162;WS=47400144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,153:0.55:278
chr1	47401424	rs2269231	A	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQRankSum=-4.559;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	47402487	rs67512144	TTGTG	T	1511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.987;NF=6;NR=34;PP=1641;ReadPosRankSum=1.024;SC=GAATGTGTGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.843;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=40;WE=47402500;WS=47402477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr1	47403841	.	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=429;ReadPosRankSum=-1.039;SC=TGAACACTTTCATTTACTTCT;SOR=1.029;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=32;WE=47403849;WS=47403831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr1	47406926	.	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-0.093;SC=GGATGTGCCCGAAGAGCCAGT;SOR=0.368;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=10;WE=47406934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr1	47427302	.	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
chr1	47489786	rs2036462	T	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.679;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	47495822	rs12141009	C	T	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=447;ReadPosRankSum=0.335;SC=AGGGGGAAAGCTCTGGGACCT;SOR=0.674;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=31;WE=47495830;WS=47495812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr1	47496983	rs12041262	C	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=453;ReadPosRankSum=1.244;SC=AGGAAGTAAGCCCTGGGCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=28;WE=47496991;WS=47496973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr1	47515563	rs11448645	G	GA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.230;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	47515596	rs1393659	A	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=116;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CTTCAGACTTATTGTACTAGT;SOR=0.656;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=10;WE=47515604;WS=47515586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
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chr1	47564868	.	C	T	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.329;NF=35;NR=40;PP=1076;ReadPosRankSum=1.404;SC=CTCCTGGATCCTTTACTGCTT;SOR=0.728;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=75;WE=47564876;WS=47564858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,119:0.51:234
chr1	47571902	rs4926802	C	T	3431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQRankSum=-6.768;QD=18.55;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,89:0.48:185
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chr1	47571943	rs149137568	CTTT	C	1770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQRankSum=-5.511;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,69:0.55:125
chr1	47571996	rs4926804	T	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQRankSum=-4.161;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr1	47572046	rs4926805	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.718;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.385;NF=9;NR=15;PP=303;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GAACCTAGGGCCATTCTTATT;SOR=0.164;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=24;WE=47572054;WS=47572036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr1	47581122	rs7547893	A	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr1	47582195	rs10890464	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.006;NF=7;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TCCAGACATTGTAAGTTCCTA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=47582203;WS=47582185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	47582242	rs145561171	ATTTCGT	A	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.034;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.609;SOR=2.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr1	47582292	rs10890465	T	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-2.324;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr1	47583415	rs6664496	G	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.710;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=249;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TAGATGCCATGTTTTCTTTCT;SOR=1.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=15;WE=47583423;WS=47583405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr1	47607281	rs12564525	C	T	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=-0.860;NF=25;NR=45;PP=980;ReadPosRankSum=0.658;SC=CCTGGCTCCACGGATTGGTAT;SOR=0.689;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=116;TCF=38;TCR=78;TR=70;WE=47607289;WS=47607271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,96:0.57:169
chr1	47607851	rs2056899	A	T	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.343;NF=22;NR=34;PP=754;ReadPosRankSum=0.151;SC=AGCCTTCCACAATGACATCCT;SOR=0.621;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=56;WE=47607859;WS=47607841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,83:0.54:155
chr1	47609489	rs10789501	T	C	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=899;ReadPosRankSum=2.285;SC=GGTTTTTTGCTGTATGAGGAA;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=94;TCR=83;TR=77;WE=47609497;WS=47609479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,130:0.50:262
chr1	47609668	rs911909	T	C	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=787;ReadPosRankSum=1.067;SC=GCAGAGAAGGTCCCTAGTAAT;SOR=0.516;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=54;WE=47609676;WS=47609658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,78:0.47:166
chr1	47610067	.	G	A	2895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.473;NF=65;NR=41;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.868;SC=ACTACAGAAGGAGGGGGAGCT;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=131;TCR=81;TR=106;WE=47610075;WS=47610057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,143:0.53:270
chr1	47610225	.	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.340;ClippingRankSum=0.000;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=3.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.50;MQRankSum=-5.386;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:339,58:0.15:397
chr1	47610436	rs147000658	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.918;NF=21;NR=18;PP=625;ReadPosRankSum=0.147;SC=CAAAAGATGGGGTTCCCTGCC;SOR=0.643;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=39;WE=47610444;WS=47610426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr1	47611598	rs2405599	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-5.619;NF=21;NR=27;PP=573;ReadPosRankSum=1.852;SC=TGGCCCAACCTAGAGGTATGT;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=48;WE=47611606;WS=47611588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,58:0.45:129
chr1	47611940	rs911905	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.334;NF=1;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=1.101;SC=GCTCTTAAATATTGGTATTTG;SOR=1.371;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=13;WE=47611948;WS=47611930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr1	47614185	rs760440	G	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=326;ReadPosRankSum=0.154;SC=TGAATGTCCAGCTCAGGGCTG;SOR=0.076;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=22;WE=47614193;WS=47614180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr1	47652870	rs10549554	CCTTG	C	481.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	47652872	rs12567025	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr1	47652875	rs10549555	AGC	A	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=6.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.812;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	47652879	rs60327556	T	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.113;SOR=2.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	47655474	rs77370325	G	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=0.712;SC=CCTGGGGAGGGGAGCCAGAAC;SOR=0.283;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=13;WE=47655482;WS=47655464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	47655816	rs2248907	A	G	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=239;SC=GAGCTGCCAGACCTGGCCTCC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=47655824;WS=47655806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	47685455	rs927462	T	C	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=41;PP=1494;SC=GGGCCGTGTGTTTGGGCGCGG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=47685463;WS=47685445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	47689842	rs34087210	C	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5009;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=1.148;SC=CTTAGGGATCCTCCCCACATG;SOR=0.743;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=13;WE=47689850;WS=47689832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
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chr1	47717189	rs2758735	A	G	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=599;ReadPosRankSum=-1.678;SC=CAAGCTGTTCAGGTATGGACC;SOR=0.624;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=51;WE=47717197;WS=47717179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,98:0.46:211
chr1	47735280	rs2742104	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GAAAGTAGGATGAAAGACTAA;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=5;WE=47735288;WS=47735270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	47746678	rs10789505	G	C	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=495;ReadPosRankSum=1.025;SC=TTCCTCTCAAGGAAGGCTCTC;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=49;WE=47746686;WS=47746668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr1	47753405	rs12125261	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=2.919;SC=TAGATGAAAAGTAGCTCTGAA;SOR=0.346;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=47753413;WS=47753395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr1	47765490	rs9436838	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=0.475;SC=GGCATATAAATTGACTGGACA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=47765498;WS=47765480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	47767141	rs6689687	C	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=-1.169;SC=TATTGTAAATCATTCTCAAAT;SOR=0.784;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=4;WE=47767149;WS=47767131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr1	47767914	rs3125630	G	A	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=586;ReadPosRankSum=1.731;SC=ACCTTCGTCTGCTGTCAGAGA;SOR=1.060;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=44;WE=47767922;WS=47767904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,83:0.45:183
chr1	47770441	rs3122615	A	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=129;ReadPosRankSum=-1.248;SC=CTGAGGGGAGATTCTAAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=47770449;WS=47770437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	47770466	rs3122616	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=0.177;SC=TAAAGAAAAATGAATAATTGG;SOR=0.610;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=11;WE=47770474;WS=47770456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr1	47770786	rs6692734	T	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TTTGTAATTTTCAAAGAGTTT;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=12;WE=47770794;WS=47770776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr1	47799639	rs7543016	G	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	47842431	rs3125648	G	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=12;PP=340;SC=TAAACCTGAAGGCATCCTTGA;SOR=0.880;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=22;WE=47842439;WS=47842421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	47882497	rs34082359	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=444;ReadPosRankSum=3.138;SC=TCAAGCGCGCCGAGCTGCCCG;SOR=1.144;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=27;WE=47882505;WS=47882487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr1	47883019	rs6666370	T	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	47883024	rs2820969	A	G	317.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.72;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	47904000	rs78469326	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr1	47904668	rs3046924	T	TCCGCAC	3292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.679;NF=6;NR=33;PP=2347;ReadPosRankSum=-1.516;SC=CGGCCCCGCATCCGCACCCGC;SOR=0.988;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=39;WE=47904676;WS=47904658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,129:0.97:133
chr1	47904909	rs2405913	G	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=440;SC=AGCCTTCTACGCGGCGTCCCT;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=47904917;WS=47904899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	48260462	.	G	GTT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	48267067	rs149645699	GAGA	G	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=0.077;SC=CATGGCTGGAGAGAAGATTAC;SOR=1.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=48267077;WS=48267057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	48460230	.	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=1.790;SC=GCCGGAGGATCACGCCGAATC;SOR=0.495;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=48460238;WS=48460220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	48697733	rs212991	T	G	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=62;PP=2192;SC=CTTTCCACATTCTTCGGGACC;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=108;WE=48697741;WS=48697723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	48697751	rs61997212	C	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=519;ReadPosRankSum=3.736;SC=ACCCTGTGAGCGGGGACATCC;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=42;WE=48697759;WS=48697741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,83:0.49:168
chr1	48697928	rs1004833	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=97;ReadPosRankSum=1.694;SC=CATTCTGGGATTGTGACTGGA;SOR=1.535;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=6;WE=48697936;WS=48697920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	48699443	rs367990112	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=1.322;SC=TGGTGAGTCTCTTCTCCCCAC;SOR=0.566;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=23;WE=48699451;WS=48699433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr1	48707838	rs705430	A	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=508;SC=GTCCAGCCTCATTTGCCTCAG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=48707846;WS=48707828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	48764419	rs1056042	C	T	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=-1.143;SC=AGCAGAACTACAGGCCTTTTT;SOR=0.832;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=27;WE=48764427;WS=48764409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,46:0.36:127
chr1	48865231	rs370833601	G	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.031;SC=AGGTGACTTGGATTTTTTCTT;SOR=0.497;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=48865239;WS=48865221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	48869288	rs3738309	T	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	48902552	rs78784453	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.163;NF=8;NR=11;PP=270;ReadPosRankSum=0.507;SC=AAAAATTCCCGGTCAGGTGTA;SOR=0.550;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=19;WE=48902560;WS=48902542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr1	48902977	rs2261674	G	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=27;PP=751;SC=GTACAAATACGAGAATTATAC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=35;WE=48902985;WS=48902967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	48937691	rs2275309	A	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.944;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr1	49052933	rs2803277	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=155;ReadPosRankSum=0.725;SC=TCAGCTTCACTGTCTGAAGAG;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=12;WE=49052941;WS=49052923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	49056695	rs7543402	T	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=7.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr1	49100332	rs319983	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr1	49113319	rs319953	T	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,38:0.39:97
chr1	49128720	rs320007	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=181;ReadPosRankSum=0.342;SC=CATTAAATTTCCATTTAAGAT;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=16;WE=49128728;WS=49128710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr1	49193394	rs1385152	G	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=249;SC=GCCATCTGTCGTCTTTGGAGT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=49193402;WS=49193384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	49224584	rs1128934	G	T	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=15;PP=820;SC=CTGCCAAGCCGCAGGAGCAGC;SOR=0.968;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=49224592;WS=49224574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	49332724	rs6703833	A	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.858;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr1	49332969	rs61785986	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=1.335;SC=TTAGCAGGTCAGGGCGGACAA;SOR=0.223;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=49332977;WS=49332959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	50331725	rs10788920	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=370;ReadPosRankSum=-0.207;SC=GGAGACAAGATTAGAGAAAGA;SOR=0.460;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=27;WE=50331733;WS=50331715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr1	50575675	rs148666401	CTG	C	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=309;ReadPosRankSum=2.566;SC=GGTCCCAGCCCTGTGTGTGTG;SOR=0.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=12;WE=50575688;WS=50575665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr1	50642689	rs370190437	GCT	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr1	50661411	rs2480683	C	T	6305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=77;PP=2717;SC=ACCAGTCCCCCAACCGGCGCT;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=80;TCR=77;TR=156;WE=50661419;WS=50661401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	50666515	rs2494876	C	T	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	50884773	rs4027495	CCGGCGG	C	448.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	50884778	rs2746610	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr1	50884784	rs368034286	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	50956163	rs143167159	AAAGG	A	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=11.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.511;SOR=0.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr1	50956212	rs149582773	C	CAAATACAGTGG	6032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=25;PP=2900;SC=GCTTCAGTATCAAATACAACC;SOR=1.549;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=46;WE=50956220;WS=50956202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	50957509	rs1149790	A	T	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	51078089	rs17387761	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.268;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr1	51121039	rs11585301	T	C	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=481;ReadPosRankSum=0.141;SC=ATTGTGCTTATTATCAAAGCC;SOR=0.920;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=33;WE=51121047;WS=51121029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr1	51323764	rs140713080	A	AT	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TGTAATTTAAATTCAAATAGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=51323772;WS=51323754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	51439777	rs1043141	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=497;ReadPosRankSum=-1.126;SC=CCAAAGAAGGCCACCTCCGGG;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=39;WE=51439785;WS=51439767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,62:0.46:135
chr1	51611515	rs41286446	A	C	153.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.16;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	51754024	rs71578066	G	GT	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=428;ReadPosRankSum=0.121;SC=TGTTTGAGCTGTATGAGCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=51754032;WS=51754014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	51754726	rs12734773	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-1.344;SC=GGGAGGTTCCCACTACCCAGC;SOR=0.818;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=51754734;WS=51754716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	51756271	rs61740508	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr1	51767452	.	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=0.664;SC=CCCAGCCCCAACCCCTCTGCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=12;WE=51767460;WS=51767442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	51767912	.	G	GC	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.142;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr1	51768716	rs74356055	C	T	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=468;ReadPosRankSum=-1.846;SC=CCCTTGGAGACGACCAAACCC;SOR=0.645;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=42;WE=51768724;WS=51768706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,81:0.50:163
chr1	51777748	rs7521849	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	51787367	rs41287298	T	A	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=-2.881;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,107:0.48:222
chr1	51808567	rs12072333	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TTAGCGTCTACCTCCCATTCC;SOR=0.250;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=51808575;WS=51808557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	51826921	rs17567	T	C	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=3.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.958;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr1	51831744	.	A	AT	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	51871438	rs10529789	G	GACTC	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.49;MQRankSum=0.962;NF=9;NR=2;PP=471;ReadPosRankSum=2.718;SC=TTTGGATTAGGACTCTCTGCT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=51871446;WS=51871428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	51873951	rs1065754	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=411;ReadPosRankSum=-0.359;SC=ATTCTTCTTCGTAAGTGGAGA;SOR=0.476;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=34;WE=51873959;WS=51873941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr1	51888749	rs78944908	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=199;ReadPosRankSum=1.059;SC=ATTTTAAATGTAGACAAAAAT;SOR=0.071;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=15;WE=51888757;WS=51888739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	51905949	rs372668692	CTGTG	C	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=2.621;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	51913564	rs79437178	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	51913695	rs79924227	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=141;ReadPosRankSum=2.272;SC=GGGGATCAACCGCACAGAGCC;SOR=0.838;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=11;WE=51913703;WS=51913685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr1	51924226	rs6672300	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-0.339;SC=CTGGCAAACACGGCGAAACGC;SOR=1.930;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=5;WE=51924234;WS=51924216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr1	51926858	.	C	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=-1.058;SC=GATTAATGTTCTTTCAGTTCA;SOR=1.222;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=14;WE=51926866;WS=51926848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr1	51929504	rs5774101	TA	T	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	52179818	.	G	GT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr1	52256129	rs41293247	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=-1.294;SC=CAATGCTGGTGTGCACAGACC;SOR=0.372;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=5;WE=52256137;WS=52256119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr1	52264064	rs1770791	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.906;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr1	52266242	rs8375	G	A	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=41;PP=1550;SC=CCAAAGTCTCGGGCTTGATGA;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=83;WE=52266250;WS=52266232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	52279650	rs2982846	T	G	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=30;PP=956;SC=GAACAATGTCTACACCAGCTT;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=52279658;WS=52279640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	52289220	rs67976949	TGTATTAAGGTCAA	T	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=2936;SC=TCCTTTACTTTGTATTAAGGT;SOR=2.712;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=52289240;WS=52289210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	52290984	rs11205896	T	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=256;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CCATAGGATGTCCAGGTCTAG;SOR=0.252;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=52290992;WS=52290974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr1	52293570	rs2077725	G	A	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=46;PP=1367;SC=TGGCATTTCCGTTTTTGTTCA;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=76;WE=52293578;WS=52293560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	52293638	rs706495	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=825;SC=TGGAGATTTAGTTCACAATCC;SOR=4.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=52293646;WS=52293628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	52306063	rs35723519	ATCT	A	2592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=31;PP=1654;SC=CTTCATCATCATCTTCTTCTT;SOR=0.787;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=37;WE=52306073;WS=52306053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	52344414	rs736756	A	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=425;SC=CCCTCCCCCAACCCAGTCTCC;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=52344422;WS=52344404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	52402856	rs10888741	T	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=360;ReadPosRankSum=0.927;SC=CTGAGGCCAGTAACCATGTCT;SOR=1.926;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=52402864;WS=52402846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr1	52402956	rs10888742	G	A	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	52489322	rs2783178	G	A	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=58;PP=1840;SC=CTGGTACATCGGGCCCTCTGG;SOR=1.092;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=93;WE=52489330;WS=52489312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	52490418	rs4926906	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=576;SC=TGTCCTACCCCTTGTTAAGTC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=28;WE=52490426;WS=52490408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	52517412	rs7529324	A	G	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=49;PP=2209;SC=TTCTTAATGAAAACAGTAGAG;SOR=0.901;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=114;WE=52517420;WS=52517402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	52530736	rs138064927	CTG	C	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=127;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CTTTGAAGGACTGTGGCACTT;SOR=0.735;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=52530745;WS=52530726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	52729432	rs3833531	C	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.169;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr1	52820226	rs2820334	G	A	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=57;PP=2422;SC=CATTCAGTGCGTATTGGCTCT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=126;WE=52820234;WS=52820216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	52827212	rs374206070	TTCC	T	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=2.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.020;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,25:0.10:251
chr1	52851729	rs78572338	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-1.150;SC=GAGAGGTGGTGAATTCCTCTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=52851737;WS=52851719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	52912122	rs55749039	T	TA	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=146;ReadPosRankSum=0.637;SC=TTTCTACATATAAAAAAAAAA;SOR=0.990;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=13;WE=52912130;WS=52912112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	52947350	rs369545413	TA	T	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.006;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	52991638	rs12123698	C	T	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=668;ReadPosRankSum=2.171;SC=CGGCTTTCACCGGTGAATTAG;SOR=0.847;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=49;WE=52991646;WS=52991628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,77:0.40:193
chr1	53072454	rs1970951	T	C	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=68;PP=2965;SC=CCCACCACTTTAACGTGCTCG;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=158;WE=53072462;WS=53072444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	53153432	rs443751	T	C	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=36;PP=1700;SC=CTGCTGTTCTTTGTGTAGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=91;WE=53153440;WS=53153422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	53192187	rs269298	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	53267474	.	G	GT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=2.449;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	53308665	rs532242	C	G	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=29;PP=980;SC=GGGGTGCGGGCGGCGACGCGG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=53308673;WS=53308655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	53320274	rs480299	G	T	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=33;PP=1107;SC=AAGTAGCCGAGCGATTTCTCA;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=53320282;WS=53320264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	53323492	rs10788945	C	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=445;SC=ATAGACCAGACTTTTTACTAG;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=53323500;WS=53323482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	53333116	rs557847	A	G	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=5;PP=652;SC=GACTGTTTTCATTATAGGATT;SOR=2.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=32;WE=53333124;WS=53333106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	53347344	.	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=330;ReadPosRankSum=1.219;SC=TCTGGTACAGGAACCACATTC;SOR=1.138;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=26;WE=53347352;WS=53347334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr1	53364976	rs576891	A	G	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=41;PP=1233;SC=GCTTTGTTTTAAAGGAGGGAG;SOR=1.578;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=53364984;WS=53364966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	53373677	.	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr1	53387379	rs7552139	G	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=18;PP=383;SC=GTGCTTCTCCGGCCCTGCACC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=53387387;WS=53387369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	53535478	rs1288386	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr1	53537266	rs1769316	G	A	4483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=77;PP=1711;ReadPosRankSum=2.038;SC=GGCTGGAGACGCTGAACCTGC;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=265;TCF=112;TCR=153;TR=130;WE=53537274;WS=53537256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,234:0.48:483
chr1	53543112	rs946590	C	G	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=51;PP=1529;SC=GCCCACATGGCCACAGGTGCT;SOR=3.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=57;WE=53543120;WS=53543102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	53544439	rs1288388	G	A	11991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=168;PP=2965;SC=TCACCAGCCCGCAGGTGCACC;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=121;TCR=168;TR=288;WE=53544447;WS=53544429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr1	53544597	rs1288389	T	C	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=34;PP=810;SC=GGGGCGCTGGTGGGCATGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=53544605;WS=53544587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	53553702	rs1288400	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=404;SC=TCTCCAGCTCACTGATCTGGA;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=53553710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	53553754	rs1288401	T	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	53554017	.	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=1.270;SC=GATGGATTTTCCTGCAGACAC;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=53554025;WS=53554007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	53555783	rs1288403	A	C	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=26;PP=811;SC=CACAGTCCTGAAGCCCCATGG;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=53555791;WS=53555773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	53558270	rs1288406	A	G	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=43;PP=2004;SC=GCAGGATGCCACGGATGAAGA;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=108;WE=53558278;WS=53558260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	53559310	rs11206091	T	C	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.26;NF=6;NR=31;PP=886;SC=ATGGCTGGCTTCCCAGCAGCC;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=53559318;WS=53559300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	53571288	rs1288422	C	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=5;PP=309;SC=CCACCTCCAGCAGACAGCGTG;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=15;WE=53571296;WS=53571278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	53574123	rs1769289	C	T	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=97;SC=CCTTCCTTAACAGAAGTCCTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=53574131;WS=53574113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	53600078	rs3737989	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr1	53662823	rs72673121	C	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=429;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TCGGCCCCAACCTGACTGCAG;SOR=0.790;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=40;WE=53662831;WS=53662813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,70:0.40:177
chr1	53676448	rs1799821	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=323;ReadPosRankSum=-2.011;SC=CTCTACTGCCGTCCACTTTGA;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=21;WE=53676456;WS=53676438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr1	53679229	rs1799822	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=151;ReadPosRankSum=0.393;SC=CTTAGAAGACATGTTTGATGC;SOR=0.148;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=13;WE=53679237;WS=53679219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	53681699	rs1134688	T	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=610;ReadPosRankSum=0.208;SC=AGGCTGTCCCTGACTCCACAC;SOR=0.564;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=45;WE=53681707;WS=53681689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,63:0.49:129
chr1	53684525	rs436887	C	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr1	53686383	rs1679913	C	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	53720723	rs12116501	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=0.832;SC=TCTACCCTGCTAGCGCTCTTC;SOR=0.631;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=8;WE=53720731;WS=53720713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	53738400	rs138032564	T	C	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.656;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=49;PP=1143;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CCTCAGACCCTTGGAGGTGGG;SOR=1.206;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=143;TCF=50;TCR=93;TR=67;WE=53738408;WS=53738390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,87:0.48:181
chr1	53792651	rs3820198	A	C	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=972;ReadPosRankSum=0.186;SC=CCTTTTCGCAATCCTTGGCCG;SOR=0.653;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=45;TCR=87;TR=61;WE=53792659;WS=53792641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,84:0.49:173
chr1	53793511	rs4926972	T	C	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.933;NF=4;NR=12;PP=192;ReadPosRankSum=-2.184;SC=ATGCTGGAGCTGCAGCAGCAG;SOR=0.646;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=16;WE=53793521;WS=53793501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr1	53974987	rs10749691	G	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=18;PP=610;SC=CAGGGGCCGCGTTCACAAAGG;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=53974995;WS=53974977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	53975507	.	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	53980389	rs41313369	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=0.853;SC=GAAGGTACGTCGTGCGCTGGG;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=17;WE=53980397;WS=53980379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr1	53990321	rs541224	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=243;SC=AACGGACGAACGGATGGACGA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=53990329;WS=53990311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	54060016	rs35227000	G	C	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=808;ReadPosRankSum=-1.899;SC=CACCCTGCCTGCCAGGCCCAG;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=50;WE=54060024;WS=54060006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr1	54060248	rs4307514	T	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=407;ReadPosRankSum=-1.526;SC=AGATCTCCCGTCAGAGGGGGG;SOR=0.516;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=27;WE=54060256;WS=54060238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr1	54284602	.	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=0.131;SC=TTTCTGGGCTATGAGATAATA;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=54284610;WS=54284592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	54356113	rs61774833	C	T	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=31;PP=1227;SC=AGAGCATGTGCAGGGCACTTT;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=76;WE=54356121;WS=54356103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	54370264	rs2294511	A	T	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=424;SC=AGAATTGAACATAGGAGTGAA;SOR=1.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=54370272;WS=54370254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	54375570	rs2235544	C	A	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=60;PP=2112;SC=GAAATCCTTACAAGTTGGGAA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=118;WE=54375578;WS=54375560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	54375701	rs11206244	C	T	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=24;PP=714;SC=TTCTAGGTGACCAACGGGAGG;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=54375709;WS=54375691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	54389774	rs61674130	TAG	T	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=301;SC=AATTTAAAAATAGAGGTATAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=54389783;WS=54389764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	54395673	rs200643596	C	CA	40.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	54483694	rs34764952	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-2.669;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr1	54483792	rs116802374	G	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=5.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,55:0.45:123
chr1	54561916	rs7555099	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr1	54605319	rs36013100	G	GC	2755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=31;PP=1000;SC=GACCATTCATGGGGGGGGCAG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=41;WE=54605327;WS=54605309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	54605379	.	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=227;ReadPosRankSum=0.073;SC=GAGGCTGCAAAGCCTCCCCTT;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=20;WE=54605387;WS=54605369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr1	54606804	rs3766465	C	T	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=27;PP=1833;SC=CCACGGCCTCCGATGTTGAAG;SOR=1.411;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=87;WE=54606812;WS=54606794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	54607051	rs671103	A	G	7082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=101;PP=2965;SC=AGTTGTTGGGATACTCAGGAC;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=94;TCR=102;TR=194;WE=54607059;WS=54607041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	54607157	rs671539	G	A	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=62;PP=1669;SC=GTGGCTCCCAGTTTCCTCCCT;SOR=1.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=83;WE=54607165;WS=54607147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	54618435	rs7528345	A	T	7683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr1	54637167	rs625643	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	54661150	rs946448	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=277;ReadPosRankSum=2.685;SC=TGCCTCCCACCTTGCCAGATC;SOR=0.602;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=20;WE=54661158;WS=54661140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr1	54681920	rs13571	G	C	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	54686374	rs612711	T	C	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=989;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GCAGCGGAACTTGAGGGCCTC;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=56;WE=54686382;WS=54686364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,76:0.47:162
chr1	54686464	rs613158	C	T	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=926;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GAGAGTGCTGCGCCGGGTCAT;SOR=0.558;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=77;WE=54686472;WS=54686454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,114:0.51:224
chr1	54686607	.	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=0.526;SC=TTCAAAAGTTCTTCAGTTCAT;SOR=0.394;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=19;WE=54686615;WS=54686597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr1	54690954	rs3088379	T	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=432;ReadPosRankSum=0.577;SC=GAACACAGAATTTGCAGGCCC;SOR=0.787;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=33;WE=54690962;WS=54690944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,62:0.42:147
chr1	54694214	rs2297026	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-1.117;SC=GTCTCCCCTCGTCCTGGGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=54694222;WS=54694204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	54706733	rs2297027	A	G	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=747;ReadPosRankSum=0.624;SC=TGCTCGCCCCAGGCCCAGCCG;SOR=0.838;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=55;WE=54706741;WS=54706723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,81:0.44:186
chr1	54870485	rs59426527	G	GA	306.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.671;NF=6;NR=2;PP=215;ReadPosRankSum=-1.826;SC=GAATAGTGGGGGGGGGGGGTG;SOR=1.329;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=8;WE=54870493;WS=54870475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr1	54871566	.	ACCGC	A	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=105;SC=CCTGCCTCCCACCGCCCGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=2;WE=54871577;WS=54871556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	54871709	.	TCGCCGC	T	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-1.886;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.809;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr1	55014099	rs299874	C	T	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=13;PP=406;SC=TTAACTCAGACGCTCTGCATC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=55014107;WS=55014089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	55014160	rs299872	C	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=289;SC=AAGGAGAAATCGCAGAACCCC;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=55014168;WS=55014150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	55058160	rs17394626	G	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,69:0.39:177
chr1	55065208	.	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	55066759	rs1655534	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.52;QD=39.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	55066789	rs10533779	CAT	C	821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=315;SC=TGTGTGCATACATGTGTGTGT;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=55066798;WS=55066779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	55066813	rs74310754	C	CAT	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=638;SC=TGTGTGCATACGTGTGTGTGT;SOR=2.066;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=55066821;WS=55066803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	55069667	.	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr1	55069986	rs746503	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=7;PP=408;SC=AGGAAGGGGGTGGGGTAGTGG;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=55069994;WS=55069976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	55072726	rs1616691	T	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=4;PP=607;SC=GGCACTGCAGTGTGGCAGGGC;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=55072734;WS=55072716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	55074840	rs1617287	T	A	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=89;PP=2699;SC=CCCCAAGGACTCACATACAGT;SOR=1.369;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=43;TCR=90;TR=132;WE=55074848;WS=55074830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	55075452	rs1368883	G	A	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=26;PP=901;SC=TGCGGGCTCCGCTATTTGCAA;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=55075460;WS=55075442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	55078046	rs1655528	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=0;PP=202;SC=GCATGAGCACTGGCAGGGGTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=13;WE=55078054;WS=55078036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	55080612	rs112970628	G	GGTGTGT,GGTGT	946.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.695;NF=3,3;NR=16,16;PP=32,485;ReadPosRankSum=1.246;SC=AAGCAGAGCGGGTGTGTGTGT;SOR=0.892;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=19,19;WE=55080620;WS=55080602;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.86:36
chr1	55080629	rs1702015	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.580;QD=28.94;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,31:0.89:35
chr1	55080635	rs1655525	G	A	1417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=42.96;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	55085499	rs11206396	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.035;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TCTCTATCCCTTGCCCTGGCC;SOR=0.267;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=18;WE=55085507;WS=55085489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr1	55085684	rs200147461	GA	G	2316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=1683;ReadPosRankSum=0.650;SC=TCACAGCCTGGAAGGAATCCC;SOR=0.725;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=29;WE=55085695;WS=55085674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr1	55085687	rs61770426	G	C	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=1679;ReadPosRankSum=0.701;SC=CAGCCTGGAAGGAATCCCAAG;SOR=0.725;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=44;WE=55085695;WS=55085674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr1	55118566	rs1655520	C	G	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=19;PP=889;SC=TGGAGAGAAGCGGGCACTGGC;SOR=0.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=55118574;WS=55118556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	55119144	rs11206407	A	G	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=991;ReadPosRankSum=-0.186;SC=ATAAGGCACCATTCCAGAGAA;SOR=0.500;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=72;WE=55119152;WS=55119134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,91:0.51:177
chr1	55119289	rs9332417	G	C	8184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=91;PP=2965;SC=AGCTGAACCTGAATGTAGCTC;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=110;TCR=93;TR=200;WE=55119297;WS=55119279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	55119534	rs17399810	C	T	4251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=62;PP=1908;ReadPosRankSum=2.543;SC=AGCCTGCACTCCAGCACCCAT;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=275;TCF=140;TCR=135;TR=129;WE=55119554;WS=55119524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,208:0.48:429
chr1	55119546	rs1655518	A	G	11036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=134;PP=2965;SC=AGCACCCATGAGCCCAACTCC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=133;TCR=134;TR=267;WE=55119554;WS=55119524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr1	55130931	rs2078273	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.982;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=0.599;SC=TCCTGCCCAACCCCTAGCTGA;SOR=1.786;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=12;WE=55130939;WS=55130921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	55130946	rs6703113	G	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=3.528;SC=AGCTGACTGTGCTGGGATACT;SOR=1.899;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=9;WE=55130954;WS=55130936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr1	55130972	rs471724	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.655;HP=4;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=0.513;SC=CCTGCCAACCCCCTACCCCCC;SOR=1.493;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=10;WE=55130980;WS=55130959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	55134379	rs627095	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=221;ReadPosRankSum=1.287;SC=CCACCCCAAGCTCCCCTTGTG;SOR=1.347;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=16;WE=55134387;WS=55134369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr1	55136067	rs2251719	T	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=-0.044;SC=CACTTGAGGGTATGCTGGCTG;SOR=0.929;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=14;WE=55136075;WS=55136059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	55139618	rs571199	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=-0.125;SC=ACTATCCACCGGTGTTCACCA;SOR=1.085;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=6;WE=55139626;WS=55139608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	55139741	rs570218	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=1.183;SC=CTCATCCTTCACATTGGGGAT;SOR=0.580;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=19;WE=55139749;WS=55139731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr1	55165942	rs2304310	G	A	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=612;ReadPosRankSum=0.219;SC=GGAGGCCAGGGGGCTGCCCTG;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=43;WE=55165950;WS=55165932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,66:0.59:111
chr1	55166024	.	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=411;ReadPosRankSum=-1.217;SC=GCGCCGGATCCCCGAGGAATA;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=31;WE=55166032;WS=55166014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
chr1	55166842	rs1065173	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=497;SC=CCCTCCTGCCCTCCATGGTGA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=55166850;WS=55166832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	55167719	rs185577325	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr1	55167773	rs646356	T	A	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=21;PP=721;SC=GCACGAGAGGTCGTGCGCTCC;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=55167781;WS=55167763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	55182300	rs1147990	T	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=0.572;SC=CCTATTTATGTCGAGAGCGCC;SOR=0.638;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=17;WE=55182308;WS=55182290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr1	55199420	.	ATTTTTTTTT	A	967	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=20;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=22;MQ=56.17;NF=0;NR=3;PP=967;QD=323.333333333;SC=TATGGAATTAATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=55199436;WS=55199410;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,3:1.00:3
chr1	55247097	rs2286203	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=0.602;SC=CAGGCGCGCCGCGGGGTACTT;SOR=0.716;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=20;WE=55247105;WS=55247087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr1	55247518	rs3815225	C	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=229;ReadPosRankSum=1.638;SC=TCCCGCCCCACGCTTGCTTTA;SOR=1.296;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=17;WE=55247526;WS=55247508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr1	55248205	.	C	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=694;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CCTCTGCCTTCCTCTCTGCTC;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=47;WE=55248213;WS=55248195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr1	55251689	rs586462	T	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=13;PP=609;SC=GCCAGTTGAGTTCTGGATCTC;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=55251697;WS=55251679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	55253346	rs2269999	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TTGGCAGGGGGCAGAGGCTGC;SOR=0.678;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=15;WE=55253354;WS=55253336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr1	55253575	rs665118	T	C	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=34;PP=980;SC=TGCCCAGGCCTGTGGTGGTGG;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=55253602;WS=55253565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	55253587	.	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.27;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr1	55253594	rs2269998	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr1	55266845	rs1147984	C	T	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=35;PP=1181;SC=ATGACTGCTCCCTCTGCTCCC;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=55266853;WS=55266835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	55271774	rs757581	A	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=14;PP=629;SC=GGAGGCGGGCAGCGCGCAGGC;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=55271782;WS=55271764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	55273580	rs9782980	G	T	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=33;PP=1303;SC=GCTGGGCCCCGGCTCCTACAA;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=74;WE=55273588;WS=55273570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	55277430	rs10788986	T	A	144.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.69;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	55277599	rs600499	T	C	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=32;PP=1625;SC=CCCCCGGCCTTATCAGGTACC;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=81;WE=55277607;WS=55277589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	55279345	rs149536795	CCCGGCCT	C	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=280;SC=TTGAGGCTGGCCCGGCCTCCG;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=55279359;WS=55279335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	55282556	rs733168	A	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=1;PP=518;SC=ACACAATTCAACTCATAACAG;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=55282564;WS=55282546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	55319902	rs718265	A	G	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=31;PP=889;SC=CAAAGGGGATAATGTCCTGGA;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=55319910;WS=55319892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	55330966	rs611057	T	C	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=488;SC=TACAGAAACCTAAGCCTCACC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=55330974;WS=55330956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	55336950	rs608458	C	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=2;PP=405;SC=GGTCAGGATACGGGAACCGGC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=55336958;WS=55336940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	55446664	rs2253467	G	C	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	55446671	rs2253466	C	T	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.71;SOR=2.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	55446697	rs2253465	G	A	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=22;PP=1628;SC=ACCTGCGCCCGGCTCCCTGCG;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=85;WE=55446705;WS=55446687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	55457710	rs2500326	G	A	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=61;PP=2049;SC=CCGTTTCTGCGGAGACGACAC;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=102;WE=55457718;WS=55457700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	55457815	rs2495513	C	T	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=27;PP=745;SC=ACAAAAATGCCGTGCCTTCTC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=55457823;WS=55457805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	55464743	rs2500340	T	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=647;SC=CTTGAAGCCTTGAGTTGCAGC;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=55464751;WS=55464733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	55464790	rs2500341	C	G	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=20;PP=1303;SC=AAGCCTGTCTCGGTGTTTAGG;SOR=1.321;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=63;WE=55464798;WS=55464780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	55473043	rs6687801	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	55473902	.	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=602;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TGGCCTGTCCCCAGGGCCCTG;SOR=0.310;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=40;WE=55473910;WS=55473892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr1	55474262	rs33938617	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=334;ReadPosRankSum=-2.284;SC=ACCTCCTCCCGGACAAGGAGC;SOR=0.872;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=24;WE=55474270;WS=55474252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,36:0.40:90
chr1	55474325	rs6682884	A	C	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=281;ReadPosRankSum=-2.292;SC=CGTAGCTTCTAGTCTGGAACT;SOR=0.560;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=24;WE=55474333;WS=55474315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr1	55474476	rs4339899	C	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=1.865;SC=TTAGTGGACTCTTGTTTTTCC;SOR=0.160;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=55474484;WS=55474466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	55505732	rs2495482	A	G	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=917;SC=GGGTGTAGGGATGGGAGGCCG;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=55505740;WS=55505722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	55516781	rs599037	G	T	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.317;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.88;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr1	55518160	rs11806638	C	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.380;NF=8;NR=12;PP=320;ReadPosRankSum=1.301;SC=ACTGCCACCCCAGAGCGTTGC;SOR=0.238;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=20;WE=55518168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr1	55518190	rs45597632	AC	A	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.622;NF=1;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CCTGGGTTGCACCCCCCCCAG;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=55518198;WS=55518180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr1	55518316	rs2483205	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=0.567;SC=TTGTGTTCGTCGAGCAGGCCA;SOR=0.794;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=7;WE=55518324;WS=55518306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr1	55518467	rs2495477	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	55518528	rs494198	C	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	55521620	.	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr1	55521899	rs201349983	GGGGCGGA	G	223.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=250;SC=GCGCGGGTAGGGGGCGGAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=55521913;WS=55521889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	55523033	rs509504	A	G	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=50;PP=1635;SC=CCAATGCCCAAGACCAGCCGG;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=95;WE=55523041;WS=55523023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	55524197	rs540796	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.035;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	55524237	rs562556	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.531;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	55529187	rs505151	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=413;ReadPosRankSum=0.923;SC=ACCAGCGAAGGGGCCGTGACA;SOR=0.948;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=25;WE=55529195;WS=55529177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr1	55537966	rs17410238	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=449;ReadPosRankSum=1.463;SC=TTTAGACCACGCAAAAACAAG;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=38;WE=55537974;WS=55537956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,66:0.45:147
chr1	55538385	rs654674	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=189;ReadPosRankSum=0.668;SC=TATTCAGTTCTAGAGATTTTT;SOR=0.269;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=11;WE=55538393;WS=55538375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	55538462	rs17410294	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=4.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.708;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,36:0.36:99
chr1	55543079	rs56235208	T	C	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=469;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TGGCCGACCCTGGACAAGTCA;SOR=0.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=43;WE=55543087;WS=55543069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,67:0.52:130
chr1	55545451	.	AGAGTACTCACACACT	A	193.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=10.710;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.426;NF=0;NR=5;PP=870;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GTACTCTCACAGAGTACTCAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=55545473;WS=55545441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	55545466	.	T	TGAGTACTCTCACAGAGTACTCACACA	217.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=10.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.24;MQRankSum=1.426;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	55545484	rs74650614	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	55557859	rs34673217	A	ATT	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=0.552;SC=ATTATTACACAGTTACGAACT;SOR=0.042;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=55557867;WS=55557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	55560796	rs503495	T	C	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=63;SC=GGATTTATTTTCTTTTTGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=55560804;WS=55560788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	55566411	rs67540253	TTAGTC	T	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=246;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TGGCAAGAGATTAGTCTAAAG;SOR=2.215;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=55566423;WS=55566401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	55567143	rs1165282	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.012;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=185;ReadPosRankSum=1.320;SC=ACTAAAGAATTGCAAGTTATG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=10;WE=55567151;WS=55567133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	55567410	rs615652	A	G	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=409;ReadPosRankSum=-0.097;SC=AGCAGAGGAGAAGAATGAGCA;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=28;WE=55567418;WS=55567400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr1	55608485	.	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=252;ReadPosRankSum=0.236;SC=GAGTATATGGAAATTACAATT;SOR=0.914;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=17;WE=55608493;WS=55608475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr1	55614036	rs34030121	CAT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=1.150;SC=CATCAATAAACATAAAGATAG;SOR=0.169;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=2;WE=55614045;WS=55614026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr1	55619422	rs1165230	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=73;SC=TAGACATCAAGTTTAATATGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=55619430;WS=55619416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	55619453	rs141688366	ATAC	A	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=0.537;SC=ACACTAAAACATACTATTATT;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=55619463;WS=55619443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr1	55638075	rs1165222	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,60:0.51:118
chr1	55643837	rs11350615	TA	T	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.112;NF=0;NR=10;PP=281;ReadPosRankSum=0.170;SC=AAAAAGCAAATAAAACTAATT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=10;WE=55643845;WS=55643827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	57111169	rs61772962	C	G	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=42;PP=1327;SC=AGTACGCGCTCCGGACCGCTG;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=57111177;WS=57111159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	57158293	rs7419053	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=284;SC=AAAGGAATTAGCTGAAATCTC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=57158301;WS=57158283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	57170229	rs932447	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=706;SC=CTGAGTTGAGTATTAAGCCCA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=57170237;WS=57170219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	57204461	.	A	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=202;ReadPosRankSum=0.624;SC=CTCCAAGTAAAAATAGTTTCT;SOR=0.351;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=18;WE=57204469;WS=57204451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
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chr1	57257662	.	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TGAATCAACAGGTTTTCAAGT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=3;WE=57257676;WS=57257656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	57257668	rs2298129	C	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=212;ReadPosRankSum=0.967;SC=AACAGGTTTTCAAGTAGAAAA;SOR=0.160;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=57257676;WS=57257656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	57333509	.	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=-1.458;SC=GTTTGAAATCCATTATACATG;SOR=0.195;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=17;WE=57333517;WS=57333499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	57340475	rs3738563	A	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CTGTTTATGCATATTCATCCC;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=57340483;WS=57340471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	57372591	rs619545	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=0.844;SC=ACTGCATAGACGCTAAATACC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=8;WE=57372599;WS=57372581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	57373500	rs10562652	GAGA	G	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=145;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TAACCAAGAAGAGAAGAAGAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=57373510;WS=57373490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	57383358	rs17300936	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=1.015;SC=GCCTCGTGTCCAGGGCGGAAA;SOR=0.930;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=18;WE=57383366;WS=57383348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr1	57395251	rs605648	T	C	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=33;PP=1111;SC=AGAAGGTCAATAAGCATCAAT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=57395259;WS=57395241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	57406392	rs6669836	T	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=464;SC=TATTTTCTACTATCGTATATG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=57406400;WS=57406382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	57422484	rs1013579	C	T	5016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=61;PP=1861;SC=ACTTGACTTCCGCATGGTCTG;SOR=0.921;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=109;WE=57422492;WS=57422474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	57477003	.	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	57477034	rs697580	G	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=-1.655;SC=TGCTTATATTGAAGTCAAATC;SOR=2.093;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=57477042;WS=57477024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	57480424	rs944923	C	G	63.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=0.319;SC=AGTAGTATTACTAGTAATAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=57480432;WS=57480417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	57489137	rs3738558	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=119;ReadPosRankSum=1.073;SC=TGGCTGGCTCTGTAAACTCTT;SOR=1.445;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=12;WE=57489145;WS=57489127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	57528772	rs1261611	A	G	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=607;SC=GAAAGTATCAAGCCAGGCTCC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=57528780;WS=57528762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	57535198	rs3738556	C	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=494;ReadPosRankSum=1.075;SC=CGAGCATTAACGAAGCAGGCA;SOR=1.095;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=32;WE=57535206;WS=57535188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr1	58939531	rs338231	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=540;ReadPosRankSum=0.759;SC=CCTAGCCTGCGTTTCCTTCAC;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=35;WE=58939539;WS=58939521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr1	58939634	rs12407003	G	A	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=944;ReadPosRankSum=0.447;SC=TTCTCTTCCCGGACAAGCTGT;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=64;WE=58939642;WS=58939624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,102:0.50:203
chr1	59004979	rs902925	C	T	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=29;PP=815;SC=TTTCACTTGACTACCTGAAAC;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=59004997;WS=59004969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	59125683	rs232777	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=-1.778;SC=ATTAACAATTCCTTTGTACAG;SOR=1.106;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=7;WE=59125691;WS=59125673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	59126676	rs232779	A	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GGCAACAAAAAACGTTACTAA;SOR=1.445;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=12;WE=59126684;WS=59126666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	59127207	rs232780	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	59131088	rs516956	AA	GC	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=1.192;SC=AAATAATTTTAAACAGTTGCA;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=59131097;WS=59131078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	59131311	rs232790	G	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr1	59133024	rs232794	T	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=51;ReadPosRankSum=-0.272;SC=AATACCACAGTTGCCTTTAAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=59133032;WS=59133014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	59134607	rs57822474	C	CAG	4210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=36;PP=2185;SC=TCCTGTTTGACGGGGAAGCGG;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=59134615;WS=59134597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	59137783	rs539141	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.143;SC=ATGTAGAAAGACTGGACAGTA;SOR=0.892;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=59137791;WS=59137773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr1	59142713	rs579110	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=227;ReadPosRankSum=-1.709;SC=TTAAGTATTTTGGTTTGCATA;SOR=0.849;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=24;WE=59142721;WS=59142703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr1	59147420	rs11207292	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-1.793;SC=AGAATATCACGTTTTAAAACA;SOR=0.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=59147428;WS=59147410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	59147926	rs12139511	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=438;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CTGTCAGAAGTAATGAATTCT;SOR=0.491;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=30;WE=59147934;WS=59147916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr1	59148118	rs17118103	A	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=760;ReadPosRankSum=-1.328;SC=CCCCTTAAACATGATGGTGTC;SOR=0.785;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=53;WE=59148126;WS=59148108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,99:0.47:211
chr1	59150941	rs2206764	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=8;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATTAAAATGGGAAAAAAAATT;SOR=1.371;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=7;WE=59150949;WS=59150928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	59158632	rs12097333	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.883;SC=TATTTGTCTTTTTATTTATTG;SOR=0.481;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=59158640;WS=59158622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	59160735	rs2473746	A	G	472.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.32;ReadPosRankSum=1.074;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr1	59160742	rs2064373	A	C	472.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.32;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr1	59160885	rs2064374	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=-1.369;SC=CACTTCTGTAATAATTAAGAA;SOR=0.991;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=8;WE=59160893;WS=59160875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	59160982	rs5774423	ATACT	A	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.83;ReadPosRankSum=0.561;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	59248813	rs2760499	G	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=651;SC=CAACAGGGCTGTGGCAAGCGG;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=59248821;WS=59248803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	59251097	rs2760501	T	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.210;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	59364615	rs11207326	G	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TAGTCCATCAGAGGAGATAGG;SOR=0.984;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=8;WE=59364623;WS=59364605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr1	59364918	rs6658104	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.894;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr1	59787350	rs835409	T	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=-0.893;SC=CAATTAAGAATTGGGAGCCCC;SOR=0.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=23;WE=59787358;WS=59787340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr1	59844471	rs835435	G	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=616;ReadPosRankSum=-1.651;SC=TTGATCTCCCGGACTTCTTAT;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=44;WE=59844479;WS=59844461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,68:0.44:153
chr1	60228310	rs10626387	T	TTC	1059.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=508;ReadPosRankSum=0.550;SC=CATTAAAGACTTGTCATTTGA;SOR=0.633;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=13;WE=60228318;WS=60228300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr1	60280749	rs113730234	GT	G	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=8;PP=500;SC=GTAGGAGGGAGTGTGAAGGTG;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=60280757;WS=60280739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	60280962	rs41287714	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	60299038	rs72921691	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=298;ReadPosRankSum=0.833;SC=TCTTTGCAGCCGACATAAATG;SOR=0.644;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=21;WE=60299046;WS=60299028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr1	60299820	rs618716	C	G	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=29;PP=990;SC=GGCTTTAATCCGTTTCGGTGG;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=60299828;WS=60299810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	60302747	rs34155615	C	T	69.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	60305840	rs12405073	G	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=0.473;SC=TGTTGTAAGAGTCATTTCTTA;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=60305848;WS=60305836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	60314613	rs2294948	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CAAGTATTTAAAATTAGACTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=60314621;WS=60314603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	60314648	rs2294947	A	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=1.292;SC=ATATTTATTCATAATCAGTTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=3;WE=60314656;WS=60314638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	60314703	rs2294946	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=-1.646;SC=TATACACTTATATACTTTTAA;SOR=0.283;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=10;WE=60314711;WS=60314693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	60328613	rs2235798	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.265;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr1	60373666	rs2271800	A	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CCGTAACACAAAGGGGCTTCA;SOR=0.066;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=11;WE=60373674;WS=60373656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	60375606	.	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GCAGGAATTTCATTATCCATG;SOR=0.637;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=18;WE=60375614;WS=60375596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr1	60377937	.	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=300;ReadPosRankSum=0.245;SC=CTGTCAGAGTGAACCTTCTTT;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=22;WE=60377945;WS=60377927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr1	60381584	rs3738474	C	T	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=333;ReadPosRankSum=-1.020;SC=ATCAAACACTCACCTTTCGTT;SOR=0.800;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=26;WE=60381592;WS=60381574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr1	60466814	rs626251	T	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr1	60466840	.	TAA	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr1	60466911	rs67112814	ACAG	A	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GGCAACAACAACAGCAACAAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=60466921;WS=60466901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	60475930	rs616949	C	G	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	60505578	rs680390	A	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	60520986	.	C	T	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=761;ReadPosRankSum=0.143;SC=TCTGGATTATCAGTGGTTTGC;SOR=0.766;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=58;WE=60520994;WS=60520976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,93:0.45:205
chr1	61548344	rs113913435	TTC	T	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=9.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.850;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.372;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,29:0.22:129
chr1	61818381	rs11587835	C	T	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=30;PP=866;SC=AAAAGACTGTCGGTCTCGTTG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=61818389;WS=61818371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	61818422	rs7528918	A	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=625;SC=ATGTGGCAAGATTAAATACAC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=24;WE=61818439;WS=61818412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	61818428	rs10544967	TAC	T	873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.41;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	61869783	rs2236059	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr1	61872228	rs28641100	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	61892301	rs5774558	T	TG	3651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=39;PP=2508;SC=ACTTGTCTTTTGCACAAAAGG;SOR=0.795;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=56;WE=61892309;WS=61892291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	61921185	rs11423561	A	AT	559.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.730;QD=12.43;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
chr1	62160542	rs1151765	A	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=296;SC=TATATATCACACTCTTTATAT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=62160550;WS=62160532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	62175139	.	A	AT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.841;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr1	62189541	rs17312971	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TATATACTCATGTTGATATTC;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=62189549;WS=62189531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	62231924	rs141761262	T	TTGA	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=4;PP=782;SC=TAGATTTCTGTTGATTCTTTT;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=62231938;WS=62231914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	62232031	rs1286835	C	T	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=28;PP=961;SC=ATGGTTCCATCACTAATGGAA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=62232039;WS=62232021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	62237209	.	G	A	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=656;ReadPosRankSum=0.141;SC=ACAAACCACTGGATCTTTGAG;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=49;WE=62237217;WS=62237199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,93:0.45:208
chr1	62329885	rs35853578	AT	A	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=180;ReadPosRankSum=-0.758;SC=GTAACTTCACATTTTTTTGCA;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=62329893;WS=62329875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	62330080	rs2799627	T	G	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	62340855	rs12753462	G	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=171;ReadPosRankSum=1.052;SC=TTGATCAACTGTACAGTAATA;SOR=3.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=9;WE=62340863;WS=62340845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr1	62341157	rs4598521	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	62349820	rs72676219	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=509;ReadPosRankSum=-0.355;SC=AGAGTCCCCTCCCATAGTAGG;SOR=0.935;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=34;WE=62349828;WS=62349810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr1	62350123	rs72229771	GTTTTT	G	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr1	62365217	rs1412622	C	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=10;PP=718;SC=TGAGTATGCCCTAAAATTGTG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=62365225;WS=62365207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	62365428	rs5774578	G	GA	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.873;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=307;ReadPosRankSum=0.628;SC=TAATGATTGAGAATTGCGATA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=62365436;WS=62365418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	62365461	rs10889269	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GCTGGCCTACGTTTTGGTTTC;SOR=0.283;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=62365469;WS=62365451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	62374267	rs2151122	T	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=233;SC=CCAAACTATATTTAAAGTATG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=62374275;WS=62374257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr1	62393394	rs2251182	A	G	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,130:0.46:282
chr1	62417925	.	T	TGAGAGAGAGA	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=82;QD=43.0;SC=GAACAAAATCTGAGAGAGAGA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=2;WE=62417933;WS=62417915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,2:0.17:12
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chr1	62417952	.	A	G	130	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=9;NR=4;PP=130;QD=12.6747086575;SC=GAGAGAGAGAAAAATAGGCCC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=13;WE=62417960;WS=62417942;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	62644118	rs2481703	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-0.248;SC=TGCCCAATGGATTCACCTTGC;SOR=1.375;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=9;WE=62644126;WS=62644108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	62672546	rs2457829	G	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr1	62673225	rs7533274	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=0.403;SC=AAAATCTTCTGTGAAAGAATT;SOR=1.201;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=10;WE=62673233;WS=62673215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr1	62673287	rs2457828	A	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	62675601	.	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=0.785;SC=CCGAGCTAGAGGAGCTGGATG;SOR=1.049;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=5;WE=62675609;WS=62675591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	62675619	rs4625314	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.761;SC=ATGAAGAGGCCTCAGGGATGG;SOR=0.728;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=8;WE=62675627;WS=62675609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	62675892	rs2481694	A	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.140;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr1	62676612	rs66958136	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=243;ReadPosRankSum=-1.339;SC=ACATAATTAAAGAAATAATTG;SOR=1.658;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=17;WE=62676620;WS=62676602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr1	62677048	rs1056517	G	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.142;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	62677050	rs12137401	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	62677118	rs12130050	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	62703977	rs34591898	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr1	62704134	rs41289438	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=0.222;SC=TTGGGAGTAGAGGGTATGCCT;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=11;WE=62704142;WS=62704124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	62712999	rs111297754	TG	T	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=0.412;SC=TTTTAAGAGATGGGGGTCTCC;SOR=1.535;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=62713007;WS=62712989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	62713224	rs2941679	C	G	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=18;PP=1064;SC=TGACAGGCCACCATGAGGGCC;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=51;WE=62713232;WS=62713214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	62713246	rs10889315	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=278;ReadPosRankSum=1.262;SC=AGGATCCATCGTGGTCCTGCA;SOR=0.629;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=22;WE=62713254;WS=62713236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr1	62728784	rs2666472	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=443;SC=CAGCAGCTTCACGATGGAGAA;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=62728792;WS=62728774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	62728838	rs2258470	T	C	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=16;PP=808;SC=GTTCCCGTTGTGATCGGCCAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=62728846;WS=62728828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	62728861	rs2260581	T	C	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=23;PP=1104;SC=TGACAAGCAGTTTCAGGAAGT;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=62728869;WS=62728851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	62728918	rs2262110	G	A	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=37;PP=1641;SC=CCACCACGGCGGGGCTAGACG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=62728926;WS=62728908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	62729015	rs2262106	G	A	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	62733939	rs11207950	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=1;PP=556;SC=AAGTGCCCGCGTTTGTGTCCA;SOR=6.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=62733947;WS=62733929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	62734089	rs17123306	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=645;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TGATCTGGGCCGTCACACTTC;SOR=0.517;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=51;WE=62734097;WS=62734079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,79:0.40:196
chr1	62737372	rs4609464	A	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=404;SC=TGGAGAGGTAAGGAGGGACAG;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=62737380;WS=62737362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	62738904	rs7516290	T	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=299;SC=AGGAGGCCGGTGGCTCCTTGG;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=62738912;WS=62738894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	62738961	rs61623093	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=0.025;SC=GGTTGAGGGAGCTCAGCAGCT;SOR=0.963;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=12;WE=62738969;WS=62738951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	62739198	rs17855078	G	A	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=789;ReadPosRankSum=-1.121;SC=TCTTTCTGTCGCTGCCCCACA;SOR=0.600;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=53;WE=62739206;WS=62739188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,84:0.59:143
chr1	62740065	rs12127930	A	G	4582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=55;PP=2014;SC=CCTTCACCACACCCTCTGGAG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=114;WE=62740073;WS=62740055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	62740446	rs2666506	T	C	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.68;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr1	62740449	rs2666507	T	C	5693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	62740752	rs17123318	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-1.152;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr1	62939634	rs1168007	C	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	62943264	rs1168008	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=529;SC=GAGTAGTTTACTTGGCAAGAT;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=62943272;WS=62943254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	62945418	rs1183260	A	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=8;PP=216;SC=ACAGTGGTGCAACCACAGCTC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=62945426;WS=62945408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	62953183	rs1168025	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=14;PP=371;SC=TCTCCACAAACAGAAGACAGC;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=62953191;WS=62953173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	62960250	rs1168041	T	C	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	62961928	rs1168038	T	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=205;SC=CCAGCAAAAATCAACTTTTGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=62961936;WS=62961918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	62970184	rs1168027	T	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=204;SC=AGATAGCCTATGATTAGACTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=62970192;WS=62970179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	62973795	rs1184865	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=11;PP=297;SC=AAAAGACTTAAGGATGCATAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=62973803;WS=62973785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	62976472	rs1168043	T	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=189;SC=CAGTACAAGTTGAAAAACCTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=62976480;WS=62976462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	63001120	rs1168018	A	C	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=12;PP=948;SC=TCCACTGTTCAAAATCAAACT;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=63001128;WS=63001110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	63027411	rs5774610	AG	A	582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=311;SC=CAGATGCTTAAGTAGATTATG;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=63027419;WS=63027401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	63052344	rs56200511	CTA	C	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=517;ReadPosRankSum=-0.271;SC=CTAAGAAACACTATGTATCAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=11;WE=63052353;WS=63052334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	63085483	rs34571440	T	TA	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=0.439;SC=GCCAGATAAATAAAAAAAAAA;SOR=0.582;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=63085491;WS=63085473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	63113511	rs746735	C	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	63113689	rs1168088	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=1;PP=368;SC=TGCTTTATCCTCTACATTTTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=63113697;WS=63113682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	63113719	rs1168089	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=489;SC=ATATCAATCATAATCCCAAAA;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=63113727;WS=63113709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	63153866	rs183409343	C	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=555;ReadPosRankSum=2.222;SC=TCTCGGGCGGCGGCGGCGGCG;SOR=0.503;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=37;WE=63153874;WS=63153856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,65:0.60:109
chr1	63270823	.	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.763;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	63788951	rs2274187	C	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=1.247;SC=CTCAGCCGCCCCACCAGCAGC;SOR=1.317;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=9;WE=63788959;WS=63788941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	63789446	.	C	T	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=465;ReadPosRankSum=-1.496;SC=GCTTCAAGCGCCACCAGCAGG;SOR=0.536;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=39;WE=63789454;WS=63789436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr1	63881552	rs4630153	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=1.166;SC=AGCTTTTGTTCTACGTTTTTG;SOR=0.741;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=11;WE=63881560;WS=63881542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr1	63915343	rs3790867	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=1.690;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	63975830	rs6588047	T	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=188;SC=CATTGCACTCTAGCCTGGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=63975838;WS=63975820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	63975859	rs67405755	C	CA	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	63991140	rs9436686	T	C	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=2;PP=143;SC=TTTTCTTCTATGTATAAAATC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=63991148;WS=63991130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	64095111	rs855314	A	G	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=691;ReadPosRankSum=-0.819;SC=TCGCTTGGTTATCGGACAGAA;SOR=0.999;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=46;WE=64095119;WS=64095101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,66:0.60:110
chr1	64097432	rs1126728	C	T	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.521;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,99:0.52:192
chr1	64100478	rs6588052	A	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	64102114	rs2269248	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=262;SC=AGTCTTCACCATACCCTTCAC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=64102122;WS=64102104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	64515379	rs1772626	C	T	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=18;PP=970;SC=ACCTGACCCTCGATGAACCAA;SOR=1.240;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=53;WE=64515387;WS=64515369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	64608329	rs2762833	G	T	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=35;PP=1437;SC=ACATCCCAGCGTGCGGTAAAT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=64608337;WS=64608319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	64624612	rs4362024	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=313;SC=GTAATATTATGCATGTTACTT;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=64624620;WS=64624602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	64624842	rs6668545	A	G	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=938;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GTCAAAATGTAGAGATGTCAA;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=70;WE=64624850;WS=64624832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,124:0.53:236
chr1	64643277	rs7527017	C	T	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=669;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CAGCAATGGACGGAATTTCAA;SOR=0.644;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=51;WE=64643285;WS=64643267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,82:0.51:160
chr1	64669567	rs2806529	A	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=328;SC=TCATTGTTATATCCCAACTTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=64669575;WS=64669557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	64671474	rs12407030	T	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	64671568	.	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	64709997	.	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GATTTCATTCGAGATATAAAT;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=64710005;WS=64709987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	65016349	rs2164571	A	T	4644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=46;PP=1608;SC=GGTAAGAGGCAATGAGTACTT;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=88;WE=65016357;WS=65016339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	65045602	rs5774708	TA	T	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	65068638	rs6665437	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=256;SC=TGTATTCTACTGCATTCAAGT;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=65068646;WS=65068628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	65099701	rs5774715	G	GT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	65099978	rs2118102	G	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=310;SC=TAGAGGCATAGTAGATAAAGA;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=65099986;WS=65099968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	65107372	rs6664905	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=6;PP=684;SC=CAGCATCAAACAGGAGGGACT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=65107380;WS=65107362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	65107675	.	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=1.271;SC=TCAAGATATTCCTTTCAGATC;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=13;WE=65107683;WS=65107665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr1	65113351	rs7534210	T	C	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=234;SC=GTCCAGAGTCTATGTGGTCTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=65113359;WS=65113341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	65113568	rs6588100	T	C	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=737;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CCAGACCGGATGGCCTTGCCT;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=46;WE=65113576;WS=65113558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr1	65141676	rs202029689	TTAATAA	T	641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	65234216	rs35506383	AT	A	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.714;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	65243281	rs200373664	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=1.635;SC=TTGAAAACTCTTTAATTCATT;SOR=1.368;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=12;WE=65243289;WS=65243271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr1	65255018	rs2500232	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTTGAAATTGTGTCTTTGTA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=18;WE=65255026;WS=65255008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr1	65270453	.	C	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	65270549	rs12134044	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.776;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	65280620	rs3790529	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TATTATTAACGTAGGCAAATC;SOR=0.184;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=65280628;WS=65280610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	65301238	rs2274945	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=0.298;SC=AAGTATTTACATAAATGCCAA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=65301246;WS=65301228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	65311214	rs3737139	G	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=353;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TCAGGGCACTGGCCAGCTGTT;SOR=0.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=30;WE=65311222;WS=65311204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr1	65321250	rs2230586	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=264;ReadPosRankSum=-1.226;SC=CCGTGCGCAGGATCTGCTTCT;SOR=0.729;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=21;WE=65321258;WS=65321240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr1	65321388	rs310229	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CCTGCTATTCGGGAAATGACC;SOR=0.785;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=25;WE=65321396;WS=65321378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,41:0.38:108
chr1	65321419	rs11579283	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr1	65325970	rs310224	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=9.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr1	65326098	rs200133188	CATGCATTT	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.619;NF=0;NR=3;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATACCCCTTGCATGCATTTAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=65326113;WS=65326088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	65330682	rs2256298	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AAGGGACAGGGTTAAGTTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=65330690;WS=65330672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	65335095	rs11585932	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr1	65524136	.	C	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TCAGTTATCACAGTACTGTAC;SOR=0.714;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=10;WE=65524144;WS=65524126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	65684425	rs11208611	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=327;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TTGTTTTGTTCTTTGCATTTA;SOR=0.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=30;WE=65684433;WS=65684415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr1	65690461	rs4915685	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.242;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	65830297	rs2296478	G	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	65830299	rs2296479	T	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.49;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	65830608	rs1570868	T	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=606;SC=AGAAATGTCATTGAAGACATA;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=65830616;WS=65830598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	65844963	rs3818449	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=524;SC=TGTTCCCACTATTCCTATCTA;SOR=1.542;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=65844971;WS=65844953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	65845042	rs2296480	A	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=337;ReadPosRankSum=0.273;SC=TATGAAGAGGAAGTTGCTGGA;SOR=0.553;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=27;WE=65845050;WS=65845032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr1	65845076	rs2296481	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TTTTGCTGTGCTCCCTTAGGT;SOR=0.705;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=34;WE=65845084;WS=65845066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr1	65858088	rs6588144	T	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=5;PP=277;SC=GCAACTAATCTCTTATGGTAT;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=65858096;WS=65858078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	65858145	rs4325172	G	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=10;PP=519;SC=TCTGTGAGGAGGACCACGCTG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=65858153;WS=65858135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	65860687	rs4582839	A	C	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=58;PP=1986;SC=TTCTCCAGCCAACAAGAAGTC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=65860695;WS=65860677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	65867391	rs4592284	C	G	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=12;PP=731;SC=CTGAATTTCACAATTCAGCCT;SOR=1.162;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=65867399;WS=65867381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	65874626	rs66951816	A	AT	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=3.424;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=-0.516;SC=AAACAACAGGATTTTTTTTTT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=65874634;WS=65874616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	65886398	rs3790435	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=13;PP=526;SC=GCGGCCCCAGTTCGGGAGACA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=65886406;WS=65886388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	65886448	rs3790434	T	C	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=16;PP=676;SC=CCGGCTCGCTTGTCGTGTGGT;SOR=0.897;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=65886456;WS=65886438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	65887013	rs12145690	A	C	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=22;PP=1359;SC=ATGGACAGAGAAGAAACCAGT;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=65887021;WS=65887003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	66036441	rs1137100	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=-1.053;SC=ATTGAAGGAAAGACATTTGTT;SOR=0.523;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=16;WE=66036449;WS=66036431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr1	66036501	rs2186248	G	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=379;SC=CATTAGCTATGTTTTAAATGT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=66036509;WS=66036491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	66058513	rs1137101	A	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,69:0.47:148
chr1	66064293	rs3762273	A	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-1.133;SC=CTTTTAGTAAAGGTTCCACAT;SOR=1.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=8;WE=66064301;WS=66064283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	66085574	rs3790439	T	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	66085729	.	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-2.097;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	66088701	rs12067936	C	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.630;SC=AGAATATATACGATTGCAATC;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=8;WE=66088709;WS=66088691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	66091656	rs145580828	ACACT	A	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=-0.480;SC=AGAGGCTGAAACACTCTCTCT;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=4;WE=66091667;WS=66091646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
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chr1	66618303	rs115304639	T	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	66618316	rs141660761	TACACAC	T	143.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=240;SC=TATATGTGTATACACACACAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=66618329;WS=66618290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	66731886	rs6588193	G	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-1.668;SC=GCTCTCAAAAGTATGTCTCTT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=66731894;WS=66731876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	66732386	rs6588194	G	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr1	66732529	rs6701329	A	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TTCCCTACTAATGTAGCAGTA;SOR=0.093;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=66732537;WS=66732519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	66828794	.	G	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.67;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	66828794	.	GAG	TAA	221	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=221;QD=54.8935749724;SC=TTAAAAAAATGAGGCATGTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=66828804;WS=66828784;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	66828796	.	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.91;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	66829262	rs783039	A	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=511;ReadPosRankSum=1.640;SC=GACGTGAGTAATTATGACCTG;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=37;WE=66829270;WS=66829252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr1	66831256	rs144339850	C	CA	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=455;ReadPosRankSum=2.038;SC=ATCCCTCTCCCAACAAGAATA;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=13;WE=66831264;WS=66831246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr1	66831322	rs7538869	T	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.676;NF=21;NR=5;PP=418;ReadPosRankSum=0.978;SC=ATTGGATGTGTAGTTAAATGT;SOR=1.765;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=26;WE=66831330;WS=66831312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr1	66831370	rs783036	G	A	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=41;PP=1784;SC=CAGATTTGGAGATCCTGGCTG;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=100;WE=66831378;WS=66831360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	67101802	rs7546825	A	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=402;SC=CATTTACTCCATTTAAGAAAA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=67101810;WS=67101792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	67126114	rs12094526	A	G	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=52;PP=2266;SC=GTTATCCTGAACCTTGACCTG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=115;WE=67126122;WS=67126104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	67136560	rs45467391	G	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	67142675	rs11208943	T	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=16;PP=862;SC=AAATCTTCTTTTTTGTTTCCA;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=67142683;WS=67142665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	67145322	rs10889644	C	A	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=43;SC=ACTTAGGAAGCACATGACCAA;SOR=1.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=93;TCR=43;TR=136;WE=67145330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	67145549	rs41305642	T	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=442;ReadPosRankSum=0.591;SC=ATCACAATGTTGGCATTCAGT;SOR=0.303;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=29;WE=67145557;WS=67145539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr1	67149706	rs10749764	G	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	67154730	rs139348429	CAA	C,CA	760.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,24,30:0.37,0.46:65
chr1	67155862	rs71660869	TCTC	T	6690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=37;PP=2965;SC=TCTCTTTTCTTCTCCTTACAG;SOR=1.041;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=65;WE=67155872;WS=67155852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	67160336	rs2146904	A	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=526;SC=ACTGTTCATCATGGAACTCGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=67160344;WS=67160326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	67160884	rs16844	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=4;PP=591;SC=CCACCAACACATTCCCATTCC;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=67160892;WS=67160874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	67160938	rs34260051	T	TAAA	822.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=16.46;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr1	67160981	rs1325268	C	T	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	67194911	rs3078564	TTC	T	2560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=15;PP=1671;SC=GACATGGATTTTCTCTCTCTT;SOR=1.483;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=36;WE=67194920;WS=67194901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	67242200	rs7541120	G	A	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=708;SC=GTTAAAATGCGTATTTATAAT;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=67242208;WS=67242190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	67242243	rs148639880	G	GGT	648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.13;QD=30.89;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	67243024	rs2133173	C	A	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=48;PP=1634;SC=GCAGAGCATACTTATTGGAAG;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=85;WE=67243032;WS=67243014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	67266756	rs549148	T	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=0.559;SC=GATCCCCTCCTGATGCCTTCT;SOR=1.020;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=17;WE=67266764;WS=67266746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr1	67292473	rs34718535	A	AT	2111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=7;PP=1142;SC=TGCTTCTACTAAAATTTATGC;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=67292486;WS=67292463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	67292478	rs36067642	T	A	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=10;PP=821;SC=CTACTAAAATTTATGCAAGAA;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=41;WE=67292486;WS=67292463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	67303303	rs6698076	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=313;ReadPosRankSum=-0.053;SC=AATTTTCTAGACTTTATTTAA;SOR=1.061;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=23;WE=67303311;WS=67303293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr1	67306054	rs11208966	C	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=-1.439;SC=ATTTAAATTCCTTGTGCCATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=5;WE=67306062;WS=67306044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr1	67313249	rs57010209	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-0.194;SC=TAAAAAATAAGTCCTGATGAA;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=6;WE=67313257;WS=67313239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	67313793	rs79498460	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=1.210;SC=GTAGATTAGAGGCCTAACAGA;SOR=2.147;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=14;WE=67313801;WS=67313783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr1	67390416	rs3008858	G	C	6505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=84;PP=2965;SC=GGGGAGTGGTGCACCACCCCT;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=76;TCR=84;TR=160;WE=67390424;WS=67390406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	67390468	rs1886686	C	G	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=83;PP=2671;SC=CCAAGCTCCTCCGTTAGCGGC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=45;TCR=84;TR=128;WE=67390476;WS=67390458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	67396222	rs3008861	T	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=372;SC=AACAGGCCATTCTCTGGGCGG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=67396230;WS=67396212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	67425311	rs2985794	T	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=3;PP=190;SC=ATATGTAGATTTAGACAGGAT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=67425319;WS=67425301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	67425494	rs35465377	A	AT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=0.820;SC=TCGTGTAATTATTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=67425502;WS=67425484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	67474977	rs2755271	C	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=2;PP=46;SC=ACAATGAAAACGCACCAACCC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=67474985;WS=67474967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	67487119	rs2065002	C	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=5;PP=487;SC=TAGGCTGACACACTCAGGAGA;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=67487127;WS=67487109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	67487376	rs61780038	CA	AG	489.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.82;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	67487387	.	CAG	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	67487395	rs11576752	G	C	490.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	67487401	rs11576753	G	C	490.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	67487407	rs11208992	G	C	531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	67508080	rs10546548	CCACT	C	1893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=28;PP=1442;SC=GTACAAAATACCACTCAAACT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=67508091;WS=67508070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	67512903	rs1024229	G	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=9;PP=493;SC=GAATTGACATGCCAACATCAG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=67512911;WS=67512893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	67512920	rs1024230	A	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=9;PP=544;SC=TCAGTACACAACTGTTAAAGC;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=67512928;WS=67512910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	67516316	rs2815383	T	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=TAATTTATGGTTAAACCCCTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=67516324;WS=67516306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	67558739	rs6588237	C	T	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=10;PP=522;SC=TATCCAGTGGCGTTACATTAT;SOR=1.154;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=29;WE=67558747;WS=67558729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	67558756	rs41313272	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-2.285;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr1	67558763	rs41299551	A	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr1	67560856	rs72933967	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=-1.221;SC=AAATATATGGGTGATTCCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=67560864;WS=67560846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	67560897	rs10889653	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.83;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	67560956	rs11208997	C	T	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=12;PP=705;SC=CTAACGTTGACTATCTTGGCA;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=67560964;WS=67560946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	67561090	rs72933970	T	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=0.106;SC=ATCGTTCATCTGTGGAGATTT;SOR=0.425;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=9;WE=67561098;WS=67561080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	67561909	rs11801593	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=2.799;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	67562106	rs6670381	G	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=1.300;SC=CATATGGAAAGTACCTAGTAT;SOR=1.085;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=67562114;WS=67562096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	67562146	rs11805123	A	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=1.294;SC=CTACCCAGTAAATATTTCTTG;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=67562154;WS=67562136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr1	67591347	rs6691094	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=-1.107;SC=GCACCACTGCACTCTACCCTA;SOR=1.461;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=5;WE=67591355;WS=67591337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	67591660	rs4655520	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	67591684	.	TAC	T	90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=60.54;NF=0;NR=6;PP=90;QD=16.5;SC=AATCTCACTTTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=67591693;WS=67591674;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr1	67648460	rs6687620	T	C	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=10;PP=812;SC=CATCTTGGCTTGGGACCAGAG;SOR=1.938;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=43;WE=67648468;WS=67648450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	67672765	rs7539625	G	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=393;ReadPosRankSum=-1.682;SC=TTATGCTTTAGCATGTGAATG;SOR=0.645;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=31;WE=67672773;WS=67672755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr1	67672911	rs7539643	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=1.054;SC=ATTTTAGATTCGGGGGCACAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=67672919;WS=67672901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr1	67685387	rs7530511	T	C	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=31;PP=738;SC=TGGAGTTCACTGTTTTTTCAT;SOR=1.119;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=48;WE=67685395;WS=67685377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	67685443	rs7518660	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=0.233;SC=TTATTCTGTTGGGCTTTTCTT;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=17;WE=67685451;WS=67685433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr1	67705726	rs10889671	A	G	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	67792626	.	T	TTTTATTTA	142	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	67795319	rs1495963	T	C	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	67852141	rs12138812	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.036;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=188;ReadPosRankSum=-1.419;SC=AATTTACCTTATTCTTGAGCA;SOR=0.153;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=16;WE=67852149;WS=67852131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	67852335	rs2228420	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=715;ReadPosRankSum=0.723;SC=TTTTCTCAACGCATTACTTCC;SOR=0.611;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=52;WE=67852343;WS=67852325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr1	67861520	rs2229546	C	A	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1006;ReadPosRankSum=1.814;SC=ACCCAAAGCCCGAAAACCCAG;SOR=0.488;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=71;WE=67861528;WS=67861510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,112:0.52:214
chr1	68151685	rs3783466	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=381;ReadPosRankSum=1.869;SC=CTGACGGGACCCCTCGCCCTT;SOR=0.888;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=27;WE=68151693;WS=68151675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr1	68151980	rs2759219	T	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=7;PP=1227;SC=ACCCGGGCAGTGGTTGAGGGC;SOR=3.564;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=52;WE=68151988;WS=68151970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	68152363	rs3783468	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GTGGTAGGTGGGGGTCAGGAG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=68152371;WS=68152353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	68152388	rs681673	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=0.367;SC=GCTGCCTTTGTCCGACTAGAG;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=68152396;WS=68152378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	68603586	rs983034	C	T	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=592;ReadPosRankSum=0.123;SC=TGGACTGTGACGCCGCCCCAT;SOR=0.434;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=47;WE=68603594;WS=68603576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr1	68603731	rs1831297	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=-1.302;SC=TGTGGGAAACATGAAGGGCCA;SOR=1.739;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=14;WE=68603739;WS=68603721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	68613933	rs2303949	C	T	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.986;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,74:0.47:158
chr1	68614013	rs2566789	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=31;PP=957;SC=ACATTACAGAAATCCTAAAGA;SOR=1.079;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=49;WE=68614021;WS=68614003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	68620762	rs3762371	G	A	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=544;ReadPosRankSum=0.766;SC=CACATGTCAAGATCAATTACA;SOR=0.565;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=48;WE=68620770;WS=68620752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,88:0.47:188
chr1	68620998	rs2820488	C	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=140;ReadPosRankSum=-1.199;SC=TAGACTGGCTCTGAATTCTGT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=9;WE=68621006;WS=68620988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	68693921	rs41287868	G	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
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chr1	68948280	rs3790479	A	C	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.382;NF=44;NR=43;PP=1197;ReadPosRankSum=0.902;SC=ACTTAACCCTATTAAATTATG;SOR=0.644;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=87;WE=68948288;WS=68948270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,103:0.49:211
chr1	68948839	rs17130708	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr1	68960038	rs3790483	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=0.074;SC=AGCTGCTGTTATAGTAAAAGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=4;WE=68960046;WS=68960028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	70034370	rs11280966	C	CCAGCCGCGTG	3992.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.83;QD=42.93;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	70304758	rs12735430	A	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.56;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	70397087	rs7530457	T	C	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=33;PP=1479;SC=CAGTTTTGTGTACTACGCAAT;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=77;WE=70397095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	70505125	.	G	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=446;ReadPosRankSum=-0.176;SC=TCCTGAAAAGGAATGGCAGGT;SOR=0.762;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=30;WE=70505133;WS=70505115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,60:0.46:131
chr1	70541868	.	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=359;ReadPosRankSum=0.150;SC=CCAGCAATTTCAGTCACCATT;SOR=1.047;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=23;WE=70541876;WS=70541858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr1	70587360	rs641909	C	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=1;PP=182;SC=TAAAAACTGACAACTTTTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=70587368;WS=70587350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	70621457	.	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=215;ReadPosRankSum=-0.554;SC=ACCTCATCAGGAATCAAAGTT;SOR=0.805;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=16;WE=70621465;WS=70621447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr1	70654981	.	GAA	G	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-1.283;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.511;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr1	70697762	.	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=0.601;SC=AACAAATTTTCACACATTGAA;SOR=0.265;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=14;WE=70697770;WS=70697752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	70742532	.	CA	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr1	70881541	.	G	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=2.073;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr1	70904523	rs112004441	T	TTGTGTG	1682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;QD=39.13;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	71327936	rs112423301	T	TA	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=0.740;SC=ACATACTAAGTAAAAAAAAAT;SOR=0.563;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=14;WE=71327944;WS=71327926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr1	71328234	rs7533733	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TGACTTAGAAAGCTCAAGGAA;SOR=0.512;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=71328242;WS=71328224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	71331498	rs1409986	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=13;PP=357;SC=ATCACAGTAGAGGTGGGAAGA;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=20;WE=71331506;WS=71331488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	71334870	rs1536537	C	T	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=22;PP=867;SC=GTATGTGTGTCGGGGCAGGGG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=71334878;WS=71334860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	71535063	.	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=-0.809;SC=AACATGGAACGATTTTTTTTT;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=18;WE=71535072;WS=71535053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr1	72058367	rs1334004	C	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=238;SC=GTAAGGATTGCGTGATGTATA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=72058375;WS=72058357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	72058405	rs1334005	T	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=261;SC=GGTTGAGTTTTAAAATGAACG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=72058413;WS=72058395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	72058552	rs1413368	G	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=18;PP=783;SC=CAGCCACACAGGTATAATTGC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=72058560;WS=72058542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	72163942	.	GA	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.229;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=20;ReadPosRankSum=-1.687;SC=TGAAACTGGGGAATTATTAAA;SOR=0.035;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=72163950;WS=72163932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr1	72242039	rs6424448	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=11;PP=261;SC=GTTGAAGTACGTATGATTAAT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=72242047;WS=72242029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	72747844	rs3101341	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	74507711	rs7538410	T	G	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=127;SC=ATAAGAACCTTTTATTTACTT;SOR=3.611;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=74507719;WS=74507701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	74575182	rs1340472	C	T	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=160;SC=ATCCATTTTGCTTCATATCCT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=74575190;WS=74575172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	74621532	.	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.482;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	74646514	rs6701961	C	T	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=30;PP=885;SC=AATAAATATTCTTCAAAAAGG;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=74646522;WS=74646504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	74666507	rs9804006	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=8;PP=277;SC=TCTGAGGTACTCAAGAGTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=74666515;WS=74666497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	74666833	rs17591703	A	G	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=49;SC=GTTGTTTGCTATGAGATGTTT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=74666841;WS=74666823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	74669973	rs9425024	T	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=145;SC=TATCGTTAAATATATTTTGAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=74669981;WS=74669963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	74670172	rs12046751	A	G	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=19;PP=740;SC=TAGAATTAAAACTAGCCATGT;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=74670180;WS=74670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	74701295	rs505508	T	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	74716515	rs11437074	C	CT	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr1	74819077	rs6424586	T	G	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=22;PP=751;SC=ACTAGTTCTATATGCTTATCA;SOR=1.000;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=36;WE=74819085;WS=74819067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	74841173	rs2880795	A	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=3;PP=149;SC=CTGAAAGATTAGAAACCTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=74841181;WS=74841163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	74901739	.	CTTT	C	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr1	74936374	rs596204	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=286;ReadPosRankSum=-0.417;SC=ATTTGATGTGATATTTGGGGT;SOR=0.238;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=18;WE=74936382;WS=74936364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr1	74936454	rs491922	G	C	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=560;ReadPosRankSum=0.168;SC=GTGTTGTAAGGCTTCATTTTG;SOR=0.899;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=38;WE=74936462;WS=74936444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,61:0.51:120
chr1	74937749	rs3765674	A	G	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=688;ReadPosRankSum=0.802;SC=GTCTTTGCCTATGAGGGTGTA;SOR=0.932;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=45;WE=74937757;WS=74937739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,73:0.49:150
chr1	74941210	rs648614	C	T	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=911;ReadPosRankSum=0.569;SC=CTAAATGATCCGTCAAGGGTT;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=65;WE=74941218;WS=74941200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,110:0.51:215
chr1	74941293	rs649058	G	A	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,118:0.50:235
chr1	75006027	rs3895907	A	G	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=36;PP=1068;SC=AGGTTTGTTAAGAAAACTACC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=60;WE=75006035;WS=75006017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	75006076	rs3845348	G	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=31;PP=854;SC=AAGGGAGAAAGCATTGCATAT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=75006084;WS=75006066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	75036783	rs9326115	T	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=10;PP=980;SC=TTAAACTCACTGTCTGCCAGC;SOR=1.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=75036791;WS=75036773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	75036812	rs9326116	C	T	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=14;PP=1228;SC=TAGACCTGCACGTTGTTGGGG;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=75036820;WS=75036802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	75072240	rs191294556	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=0.808;SC=AAAGACAAACGAAACAGCCAC;SOR=0.105;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=16;WE=75072248;WS=75072230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr1	75072264	rs41289216	G	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=9;PP=781;SC=TACAACAAAAGAAACTTGTGT;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=75072272;WS=75072254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	75078213	.	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	75086349	.	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=294;ReadPosRankSum=1.132;SC=ATTTTGATATTATATCAACAG;SOR=1.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=17;WE=75086357;WS=75086339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr1	75097426	rs11210490	G	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=15;PP=785;SC=AAGCCATTTGGAGCAGTGGTT;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=75097434;WS=75097416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	75108863	rs623171	A	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=383;SC=ATTCCAACAGATAACTATATT;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=75108871;WS=75108853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	75112573	rs141577300	GAC	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr1	75114881	.	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-0.706;SC=ACAAGAAGGTCAGTGGAAAGT;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=7;WE=75114889;WS=75114871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr1	75132462	rs5775255	T	TA	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=0.051;SC=ACTACCTGGTTAAAAAAAAAT;SOR=0.601;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=19;WE=75132470;WS=75132452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr1	75172001	rs7527057	T	A	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=752;ReadPosRankSum=2.231;SC=GAATCATTTTTCCAGTAGCCC;SOR=0.531;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=56;WE=75172009;WS=75171991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,78:0.55:143
chr1	75172756	rs71695861	TAA	T	804.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=1.641;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr1	75190452	rs1051122	C	T	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=27;PP=1181;SC=GGACTTCTGGCCCACCAAATT;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=68;WE=75190460;WS=75190442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	75199152	rs277373	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=22;PP=590;SC=TGCGAAACTTCAGGAGCCCTG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=75199160;WS=75199142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	75214375	rs142935215	CCAAA	C	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.896;NF=3;NR=6;PP=597;ReadPosRankSum=1.130;SC=GTTTGTGGAGCCAAACAGATG;SOR=0.816;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=9;WE=75214398;WS=75214365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	75214390	rs749690	G	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.800;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.213;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr1	75602384	rs71500673	G	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=517;ReadPosRankSum=0.999;SC=GGTGAGTGCGGAGGGGCTCGC;SOR=0.735;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=31;WE=75602392;WS=75602374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr1	75603055	rs1526503	A	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=423;SC=GTTCTGGGTGAAGGTTGTAGG;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=75603063;WS=75603045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	75609090	.	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AATAACTTTTCCTAAGGTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=75609098;WS=75609080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	75614380	rs35220110	CT	C	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,42:0.37:114
chr1	75622616	rs941032	C	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=277;ReadPosRankSum=-1.263;SC=ACAAGAAACACGTCAGTCCTA;SOR=0.809;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=24;WE=75622624;WS=75622606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr1	75626420	rs2462955	A	T	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=2.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	75676977	.	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.732;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=129;ReadPosRankSum=1.172;SC=TGACTTATTTCTCAGGTATTA;SOR=0.481;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=9;WE=75676985;WS=75676972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	75679569	rs3831898	C	CTT	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=10;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-1.358;SC=ATCTTTTAAACTTTTTTTTTT;SOR=0.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=75679577;WS=75679559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	75680433	rs687715	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr1	75681351	rs594470	A	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=1.915;SC=AACTGCATGAAGTAAAAGTAC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=75681359;WS=75681341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	75681511	rs595009	T	C	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TCAGGCAGCATTGTAGGAATT;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=21;WE=75681519;WS=75681501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr1	75685403	rs600734	T	C	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=-1.419;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,83:0.44:187
chr1	75699646	rs10493564	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=595;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TGATATTTGATAATTTGAAGA;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=38;WE=75699654;WS=75699636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,54:0.48:112
chr1	75699771	rs10493565	A	G	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,129:0.51:254
chr1	75699831	rs10493566	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=745;ReadPosRankSum=-1.158;SC=GCTAAACACAGCATATTACAA;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=31;TCR=70;TR=50;WE=75699839;WS=75699821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,68:0.49:140
chr1	75702674	rs17096508	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=-0.206;SC=TCACTTACATGAGAATCCAAT;SOR=0.299;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=8;WE=75702682;WS=75702664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr1	75707487	rs370624006	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=-1.127;SC=TTCAAAAATTCAGAGTTCCAG;SOR=2.636;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=75707495;WS=75707477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	75707652	rs7556057	C	T	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=455;ReadPosRankSum=-1.658;SC=TTTGGTAGATCCTATGTTTCT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=30;WE=75707660;WS=75707642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr1	75708529	rs1856128	A	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=457;ReadPosRankSum=0.332;SC=ATTGAAAAAAAAAGTTAAATT;SOR=0.346;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=29;WE=75708537;WS=75708519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr1	75716925	rs588098	C	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr1	75823084	rs1249833	C	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=410;SC=TCTCTGAGCACTGAGTAGAAT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=75823092;WS=75823074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	75868236	rs1249777	G	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=0.057;SC=GCTGAAGTAGGGTGAGGCATC;SOR=0.078;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=4;WE=75868244;WS=75868226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	76143505	rs1746748	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=23;PP=524;SC=ACGCAGAAGATGGGTGATTTC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=33;WE=76143513;WS=76143495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	76190568	rs116034618	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=1.366;SC=AGCAGGGGGCCCTGGGCCAAA;SOR=0.813;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=9;WE=76190576;WS=76190558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
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chr1	76252011	rs1146634	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=0.164;SC=CAGACAGGGTGGAGTAGGGTT;SOR=0.434;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=26;WE=76252019;WS=76252001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
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chr1	76253045	rs3831900	T	TA	654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=494;ReadPosRankSum=-1.092;SC=CCTAGTTAGTTACAATTTTTA;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=13;WE=76253053;WS=76253035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr1	76255613	rs11588643	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	76257074	rs35837562	A	AT	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.203;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr1	76257892	rs12703	A	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=14;PP=924;SC=GATTTCTGGCAATTACAAGTC;SOR=1.234;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=43;WE=76257900;WS=76257882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	76269372	rs5745323	T	C	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=107;SC=CATCATTGCATAATTCAAATC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=76269380;WS=76269362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	76269460	rs5745325	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr1	76272837	rs3737574	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=258;ReadPosRankSum=-1.298;SC=GTAAGTATTAATAATTCTAGA;SOR=1.682;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=18;WE=76272845;WS=76272827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr1	76280543	rs1144339	A	G	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=51;SC=ACTTAGCAAGAATAATCATTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=76280551;WS=76280533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	76333352	rs5745437	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-0.285;SC=TTTCAAACTCGGAAAATTGCA;SOR=1.402;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=7;WE=76333360;WS=76333342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	76344011	rs1493367	C	A	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=13;PP=392;SC=CAGGTAATTTCTTTATTTGAT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=76344019;WS=76344001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	76344705	rs5745448	T	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.692;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr1	76344711	rs5745449	A	T	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.34;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	76344920	rs5745453	G	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=121;SC=TGAATGTTCTGTATCTTCTCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=76344928;WS=76344910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	76345640	rs2307077	G	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=213;SC=AGAGTAAAATGATTAACCTAA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=76345648;WS=76345630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	76345884	rs2307078	T	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATTGGTTTAATTTGAGAAACT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=76345892;WS=76345874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	76346920	rs5745466	C	CAT	1247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=693;SC=TCTTACCAAACGTGTTTTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=76346928;WS=76346910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	76349534	rs5745485	C	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=0.640;SC=TTATAATGACCAGTTTTACAC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=6;WE=76349542;WS=76349524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	76378275	rs5745547	G	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=191;ReadPosRankSum=0.742;SC=TAACCCTTGAGTTCCATATGT;SOR=0.387;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=12;WE=76378283;WS=76378265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr1	76378357	rs71690142	ATAT	A	569.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.89;MQRankSum=2.682;QD=9.50;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr1	76378361	rs5020911	T	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.81;MQRankSum=-2.251;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr1	76378363	rs28693610	T	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=-2.309;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr1	76387748	rs12567390	T	A	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=1.077;SC=CCATTTTTTTTAAAGTAGTTT;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=12;WE=76387756;WS=76387738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr1	76397972	rs3795251	C	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=501;ReadPosRankSum=-0.788;SC=AGTAGATTTACTCATTGTTAC;SOR=0.454;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=36;WE=76397980;WS=76397962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,54:0.54:100
chr1	76608777	rs184095	C	T	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=153;SC=AAATTGAACTCACCCTGTTTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=76608785;WS=76608767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	76771475	rs10782610	G	T	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=8;PP=383;SC=ATCAGTTAGAGAATTATTTAT;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=76771483;WS=76771465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr1	77558234	rs138304742	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=114;ReadPosRankSum=-0.781;SC=AGCAATCAATAAAGCAAACAT;SOR=0.611;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=8;WE=77558242;WS=77558224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr1	77627096	rs839825	G	A	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=7;PP=567;SC=TGATGCTATGGAAAGGGGGAA;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=77627104;WS=77627086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	77634948	rs1779199	G	A	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=14;PP=907;SC=AATTTACCTCGTAACTTCTAT;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=77634956;WS=77634938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	77759533	.	C	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=295;ReadPosRankSum=-1.261;SC=TCCCTCCAATCCATCAATTCT;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=25;WE=77759541;WS=77759523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr1	77763542	rs1167206	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=497;SC=CAGAGATAAAGCAAAAATTGA;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=77763550;WS=77763532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	77779605	rs41292260	T	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=443;ReadPosRankSum=1.333;SC=AAAGCAGAAGTCTTTGCCTCT;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=29;WE=77779613;WS=77779595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr1	77876896	rs6703133	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-1.267;SC=GGTATAAAAATAAAAGTATAA;SOR=0.205;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=7;WE=77876904;WS=77876886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	77987619	.	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=507;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GGGAAGAGTTCGGACGCAGGG;SOR=0.791;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=39;WE=77987627;WS=77987609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,66:0.51:129
chr1	78001881	rs10873948	T	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=214;SC=CACAGTGGCTTATGCCTGTAA;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=78001889;WS=78001871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	78024284	rs6675743	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=84;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CTTTTAAATATAGATAAATGC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=8;WE=78024292;WS=78024274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	78024345	rs79671213	C	CTAT	840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=314;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GCTATTGACTCTATTTTCTGA;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=8;WE=78024353;WS=78024335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr1	78031994	rs7552291	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGACAGTAATATAACACACAA;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=15;WE=78032002;WS=78031984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr1	78033981	rs145860524	AAAATG	A	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr1	78034156	rs10581619	CAA	C	62	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	78045369	rs1565852	G	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=582;ReadPosRankSum=-1.098;SC=TTAAATATTGGATTTCTAAAT;SOR=0.465;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=35;WE=78045377;WS=78045359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr1	78046496	rs112924481	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.822;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=109;ReadPosRankSum=1.903;SC=TTTGTATTTTTAGTAGGGTTT;SOR=0.172;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=9;WE=78046504;WS=78046487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr1	78167135	.	C	T	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,59:0.56:105
chr1	78178976	rs6603958	T	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=2.124;SC=CCTAAAAAAATATATAAACAT;SOR=0.397;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=13;WE=78178984;WS=78178966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	78184325	rs12142671	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=104;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CCATTTCTCAACCTAAGGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=7;WE=78184333;WS=78184315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	78195476	rs183470977	A	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.237;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr1	78200005	rs3767037	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=-0.269;SC=ATTATACAAATAAAACAAAAT;SOR=0.735;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=6;WE=78200013;WS=78199995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	78201745	rs2296227	G	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
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chr1	78206682	rs2274123	A	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ATGTAAATTTATAACAGCATT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=78206690;WS=78206672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr1	78426231	rs2296455	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr1	78430689	rs11409017	A	AG	5893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=62;PP=2473;SC=TATTAACAAAAGAAGTGGACA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=92;WE=78430698;WS=78430679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	78432503	rs3736909	G	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.218;QD=9.63;ReadPosRankSum=1.438;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr1	78432506	.	TA	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.915;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr1	78444764	rs140681455	C	CGGCCG	1146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.575;NF=2;NR=20;PP=1128;ReadPosRankSum=0.620;SC=AAGAAAATGGCGGCCGTCGAA;SOR=0.495;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=3;TCR=48;TR=22;WE=78444772;WS=78444754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr1	78444795	.	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=1.401;SC=ATTCTTGCGCGACCATCGTGC;SOR=0.960;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=11;WE=78444803;WS=78444785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	78478675	rs3790586	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=1.226;SC=TACAGTTTTTGAAAGTTTAAC;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=78478683;WS=78478665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	78481640	rs1039863	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	78578177	rs6666954	T	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=341;ReadPosRankSum=-1.988;SC=ATGTTGAAATTATGGTCTCTG;SOR=1.002;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=22;WE=78578185;WS=78578167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr1	78578266	rs41440645	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=1.161;SC=TCGTTCTGTGCGGAAGTGGGG;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=8;WE=78578274;WS=78578256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	79001999	.	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=192;ReadPosRankSum=0.271;SC=TGTGGAAAGTGAAATGAATGT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=13;WE=79002007;WS=79001989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	79093818	rs273259	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=-2.476;SC=ATTAATTTACATGAAAGTTCT;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=18;WE=79093826;WS=79093808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr1	79094593	rs273257	A	G	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=17;PP=509;SC=CATTTAACCAAACAAGTTTTA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=79094601;WS=79094583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	79095339	rs273256	A	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr1	79095581	rs987495	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=475;ReadPosRankSum=-1.631;SC=GGGTCTGATATCACCAGCATA;SOR=0.446;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=29;WE=79095589;WS=79095571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr1	79115905	rs2070123	T	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
chr1	79124961	rs57140825	G	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.008;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=1.643;SC=ATAAATATTTGTTGAATTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=7;WE=79124969;WS=79124951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	79128320	rs11577395	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TATTGCTTTCATAATTTATAC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=79128328;WS=79128310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	79128570	.	G	GT	1383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=566;ReadPosRankSum=1.777;SC=ATAGGTAGATGGTTTGGTGGT;SOR=0.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=18;WE=79128578;WS=79128560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,44:0.41:108
chr1	79355596	rs1061728	A	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	79357539	.	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	79358743	rs10640737	C	CA	220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.140;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr1	79383300	rs5775467	CA	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.440;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	79383458	rs12569007	A	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=0.812;SC=TTATCAAAGAAATGCAAAGCA;SOR=1.276;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=14;WE=79383466;WS=79383448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr1	79383748	.	G	GA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.902;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr1	79387242	rs3811440	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=285;ReadPosRankSum=-1.097;SC=TCGAATGATGCGGAAAAAAAA;SOR=0.238;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=19;WE=79387250;WS=79387232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr1	79401927	rs61770681	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.912;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr1	79411888	rs723898	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=199;ReadPosRankSum=-1.466;SC=TTGGTTTGAATATGTTTAACC;SOR=0.189;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=15;WE=79411896;WS=79411878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	79472141	rs1571992	C	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr1	79474523	.	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=0.365;SC=AAAAGAAGTTCTAGACTTTGT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=79474531;WS=79474513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	79474644	.	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=510;ReadPosRankSum=0.800;SC=GCATACCAAAGGCAAGGAAGC;SOR=0.834;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=35;WE=79474652;WS=79474634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr1	81970883	rs376380959	CCA	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	82402364	rs142993868	TAATC	T	541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=229;SC=TAAGTGAAAATAATCAAATAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=82402375;WS=82402354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	82415814	rs9438715	T	C	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=13;PP=590;SC=CATGTGTGCATGACTGTATGT;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=82415822;WS=82415804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	82415982	rs138125465	A	T	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=830;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CTGTAGCTGGATCACAGGAAG;SOR=0.675;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=61;WE=82415990;WS=82415972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,102:0.50:205
chr1	82421596	rs11163397	C	T	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=42;PP=1668;SC=TTCTGAGACCCGAAGCTTTGG;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=97;WE=82421604;WS=82421586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	82450153	rs41292980	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=0.314;SC=TTCTCCACGGATAAGTTTTAG;SOR=0.148;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=82450161;WS=82450143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	82450365	rs41292982	A	G	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=643;ReadPosRankSum=1.112;SC=CAACCACCAGAACCAGTGCTC;SOR=0.709;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=44;WE=82450373;WS=82450355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,86:0.59:145
chr1	82455476	.	C	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=429;ReadPosRankSum=-0.765;SC=AGATGGCTGTCTTTGTTTAAC;SOR=0.591;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=33;WE=82455484;WS=82455466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr1	82456930	rs7536425	T	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=0.790;SC=AAGAGATGACTCTTGACCTGT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=82456938;WS=82456920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	82459781	rs61773977	C	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr1	82459817	.	AAC	A	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=47;QD=28.5;SC=CTATTTGCAAAACACACACAC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=2;WE=82459826;WS=82459807;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chr1	84355734	rs71826512	AAGAACTTCAAGGAT	A	2870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=28;PP=2969;SC=GCGACTGCAGAAGAACTTCAA;SOR=1.196;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=84355755;WS=84355724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	84383079	rs17534614	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=4;PP=412;SC=ACTGTCATCAGGAAAATAACC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=84383087;WS=84383069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	84464803	rs186510580	G	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	84640691	rs582201	T	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=2.921;SC=TTTAATCATTTTCTAATTTAT;SOR=0.330;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=84640699;WS=84640681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr1	84765340	rs10658515	G	GTATA	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.21;MQRankSum=1.420;QD=30.46;ReadPosRankSum=1.575;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,45:0.92:49
chr1	84791239	rs315555	T	C	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=220;SC=GAAAGGCCTGTCCCAGAAGAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=84791247;WS=84791229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	84810396	rs315528	A	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=535;SC=GTGTGCCTCAAAATGCTTCCT;SOR=4.003;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=22;WE=84810404;WS=84810386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	84810815	rs315527	A	G	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=70;PP=2471;SC=TGTAAGCAGCAGACTGAGAAA;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=134;WE=84810823;WS=84810805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	84853911	rs117215575	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	84853957	rs665074	A	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=367;SC=AAATTTTGCAATAAAGGATAA;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=84853965;WS=84853947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	84874242	rs3116406	C	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=441;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TACTGGAAATCAACAATTTCT;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=35;WE=84874250;WS=84874232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr1	84876711	rs3216015	C	CA	951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=8;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=730;ReadPosRankSum=-0.230;SC=AGAAAAAAAACGATAACTATG;SOR=1.155;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=19;WE=84876719;WS=84876701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr1	84876731	rs1506700	T	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=220;ReadPosRankSum=1.372;SC=GTTGAAGAAATGATTTGGAAA;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=17;WE=84876739;WS=84876721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr1	84880380	rs3768250	T	C	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=882;ReadPosRankSum=-0.800;SC=ATCAAGATCATGCCAAGTGGT;SOR=0.800;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=68;WE=84880388;WS=84880370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,108:0.52:206
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chr1	84944989	rs2292191	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=276;ReadPosRankSum=-0.998;SC=GGATAAGAGCAGCAGCAGCGG;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=22;WE=84944997;WS=84944979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr1	84945043	.	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=399;ReadPosRankSum=0.677;SC=AGAACTTCAGGAGGCTGCAGG;SOR=0.443;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=30;WE=84945051;WS=84945033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr1	84946619	rs151098045	C	CT	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.010;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	84946745	rs7413066	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=161;SC=TAGGGAATCCCTCCTGATATT;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=84946753;WS=84946735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	84948540	rs17110157	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	84948565	.	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=396;ReadPosRankSum=2.483;SC=ATGTAAAATCCTTCTAAAATG;SOR=1.418;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=25;WE=84948573;WS=84948555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr1	84956161	rs11440073	C	CT	827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,65:0.51:127
chr1	84961108	rs7528067	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=1.512;SC=ATTTTAAAATGAGCAGTGTTC;SOR=0.657;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=7;WE=84961116;WS=84961098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr1	84963000	rs1246159	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=232;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GTTTTTCAGCACTAGTGTTAC;SOR=0.904;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=20;WE=84963008;WS=84962990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr1	84971819	rs76421103	G	A	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=1501;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GTGGGTCGTGGGCCGTGGGTC;SOR=0.809;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=46;WE=84971841;WS=84971809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr1	84971833	rs11163985	G	C	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.425;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=1501;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GTGGGTCGGCGGGGCCAGACA;SOR=0.673;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=46;WE=84971841;WS=84971809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,64:0.56:115
chr1	84971969	rs13093	G	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=253;ReadPosRankSum=0.203;SC=CTCCACACCCGGCCCCGAGCG;SOR=1.358;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=18;WE=84971977;WS=84971959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr1	84986213	rs5775789	AT	A	199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=3;PP=102;SC=ACATCAATTGATTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=84986221;WS=84986203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	84986412	rs17110700	G	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-0.363;SC=ATGCCTGAAAGAAGAATCTGT;SOR=1.104;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=7;WE=84986420;WS=84986402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	84991669	rs10493753	G	C	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=609;ReadPosRankSum=-0.420;SC=ACCAATTAGTGTAACTTTGTT;SOR=0.626;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=42;WE=84991677;WS=84991659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr1	85011484	rs142405604	T	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	85014422	.	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.100;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-0.636;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	85016112	rs17111308	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr1	85016177	rs1400777	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr1	85018648	rs17099163	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=0.848;SC=ACCCTGTTTACATGACAACTA;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=85018656;WS=85018638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	85020637	rs11801891	G	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=616;ReadPosRankSum=-1.089;SC=TAGATCTGTTGATACAGATCA;SOR=0.582;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=18;WE=85020657;WS=85020627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr1	85020649	rs1043493	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=616;ReadPosRankSum=-1.339;SC=TACAGATCATCTTTCTAACTC;SOR=0.409;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=21;WE=85020657;WS=85020627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr1	85036239	rs2303306	C	G	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=628;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CCAATTGCTGCACACATAGAT;SOR=0.471;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=43;WE=85036247;WS=85036229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr1	85039998	rs142534762	CGCAGCGCCA	C	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.529;NF=0;NR=12;PP=2985;ReadPosRankSum=0.196;SC=GGCCGCGAGCCGCAGCGCCAG;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=12;WE=85040014;WS=85039988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr1	85096589	rs12125951	T	G	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=34;PP=1005;SC=TAATAATGTGTTACTATAAGC;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=56;WE=85096597;WS=85096579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	85096925	.	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.442;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr1	85331808	rs146269415	G	GAGA	3138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=42;PP=2253;SC=ATTCATTGTGGAGAAGTGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=43;WE=85331816;WS=85331798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	85418307	rs677476	C	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=0.726;SC=AGGTTACTTACGGAGTTTCAA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=17;WE=85418315;WS=85418297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	85422061	rs632545	C	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=526;ReadPosRankSum=-1.589;SC=GAGGGCATTTCTGCTCTTACC;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=41;WE=85422069;WS=85422051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,73:0.47:154
chr1	85422079	rs376766858	G	A	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=899;ReadPosRankSum=2.066;SC=ACCAGAAGACGATAAAGGTAC;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=59;WE=85422087;WS=85422069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,88:0.51:173
chr1	85462582	rs11161503	C	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=0.097;SC=CTTTCCAGGGCTCTCGGGATT;SOR=0.439;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=19;WE=85462590;WS=85462572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr1	85462652	rs11161504	G	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=228;ReadPosRankSum=-1.550;SC=CGCGTCCGCCGAAGTTGGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=85462673;WS=85462642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	85462665	rs11161505	T	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=228;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GTTGGAGCCCTGCAAAGCGGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=85462673;WS=85462642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	85488030	rs2028304	G	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=367;ReadPosRankSum=0.867;SC=CAAGCCACACGAGCATGGTAG;SOR=0.994;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=29;WE=85488038;WS=85488020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr1	85488154	rs2039814	G	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=15;PP=445;SC=ATTGAGGTAAGTATGAGTAAG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=85488162;WS=85488144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	85537502	rs4907131	T	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=212;SC=CCAGGGTAAATCTTAGAAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=85537510;WS=85537492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	85537522	rs4907132	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=2;PP=226;SC=CATATTCTTATGTTTATTAAA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=85537530;WS=85537512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	85538637	.	C	CAAA	101.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	85547945	rs7534574	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=-1.284;SC=TGAATGACCATTGAACATTAA;SOR=0.551;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=85547953;WS=85547935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	85551468	rs111823967	A	ATCAGTTTTTCT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TTGCCTACACATCAGGGACTT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=85551476;WS=85551458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	85555672	rs1417351	A	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	85559118	rs11304107	CT	C	672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=375;ReadPosRankSum=0.386;SC=ATCTTAATTGCTTTTTTTATT;SOR=0.422;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=20;WE=85559126;WS=85559108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr1	85559452	rs709762	A	G	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=862;ReadPosRankSum=1.450;SC=CTCTGTACTCACTAGGTACCT;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=63;WE=85559460;WS=85559442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,127:0.52:244
chr1	85560313	rs709765	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=67;ReadPosRankSum=0.913;SC=CAGTTTTTATTGCAAAGTACT;SOR=0.275;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=85560321;WS=85560303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	85561546	rs709766	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=265;ReadPosRankSum=0.683;SC=ACTGTCTTAATATTATTTTCT;SOR=1.534;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=16;WE=85561554;WS=85561536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	85563285	.	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=133;ReadPosRankSum=-1.255;SC=ACATGCAGATCGCATAGAAAA;SOR=0.905;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=15;WE=85563293;WS=85563275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,34:0.29:116
chr1	85564138	rs817489	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=-1.241;SC=ATTTTAATTGAGATGATGAGT;SOR=1.426;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=7;WE=85564146;WS=85564128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	85573705	rs11427716	A	AC	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.590;QD=13.45;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr1	85574021	rs709759	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.618;SC=TCCTTGATTGGGAGGATTTTT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=85574029;WS=85574011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	85575838	rs376334573	TA	T	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-1.442;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,41:0.34:122
chr1	85583323	rs817471	T	A	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=442;ReadPosRankSum=-2.114;SC=CAAATGCAGGTGGCAAGGGGC;SOR=0.161;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=30;WE=85583331;WS=85583313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr1	85589939	rs11356964	GT	G	1727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GTTATGGTAAGTTGCCTGCAA;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=34;WE=85589949;WS=85589929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,60:0.44:136
chr1	85592126	rs817474	G	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=4;PP=224;SC=TTAATGAACAGCATGGTGAAT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=85592134;WS=85592116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	85594466	rs709783	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-0.464;SC=ACATTAAGTCGCCCTTCCACC;SOR=0.795;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=7;WE=85594474;WS=85594456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	85595645	rs1020770	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=472;ReadPosRankSum=0.441;SC=CTGCCTGTCACCCTCTCATGG;SOR=0.681;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=33;WE=85595653;WS=85595635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr1	85598527	rs36118758	TC	T	2356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=23;PP=903;SC=TTGTTTTTCTTCCCCCCCCAG;SOR=1.136;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=40;WE=85598535;WS=85598517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	85624549	rs709786	C	T	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=18;PP=992;SC=GTAGACTCAACTGTCTGCATT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=52;WE=85624557;WS=85624539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	85624864	rs817412	G	A	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=50;PP=1512;SC=TTCTGCCTCAGATAATTCAGA;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=86;WE=85624872;WS=85624854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	85647713	rs817444	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=450;SC=ACCTTGAATTTCTTCCCCCAA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=85647721;WS=85647703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	85648620	rs817443	C	T	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=34;PP=1232;SC=GTATGATGAACTTCTCGGCAG;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=85648628;WS=85648610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	85648905	rs11161539	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=21;PP=680;SC=GAAAGAAAAATACGTTATAAA;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=85648913;WS=85648895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	85725353	rs112918702	GCCGGAAA	G	662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=471;ReadPosRankSum=1.334;SC=TCCGCCGGAAGCCGGAAACCG;SOR=0.724;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=85725367;WS=85725343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr1	85741921	rs2735594	G	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=2.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	85741968	rs12562182	G	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=384;ReadPosRankSum=0.361;SC=GGGCACAGCTGCGTTACTCAC;SOR=1.315;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=21;WE=85741976;WS=85741958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr1	85742012	rs11576939	G	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=503;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CCTCCTCGGTGAGGGACGGTG;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=31;WE=85742020;WS=85742002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr1	85742157	rs1060843	G	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	85787114	rs233116	A	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.88;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr1	85787114	.	AACCG	TACCC,TACCG	181	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=7,14;NR=1,5;PP=84,181;QD=17.1834843578;SC=TCTTGCCGGCAACCGGGGGGG;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=8,19;WE=85787126;WS=85787104;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.40:20
chr1	85787118	rs3087894	G	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.047;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	85787323	rs1498375	T	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=-0.974;SC=GGAGAATCAATTTGATTTGTA;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=12;WE=85787331;WS=85787313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr1	85790633	rs1498373	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=0.471;SC=AAGGAAGGCAGTGTGGTAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=12;WE=85790641;WS=85790623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	85930272	rs4001153	GAC	G	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;QD=31.64;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	85930402	.	C	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr1	86047311	rs9658584	G	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.529;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr1	86119898	rs2274738	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=-1.401;SC=ACAGGGACACACAAACCGCGT;SOR=1.301;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=15;WE=86119906;WS=86119888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr1	86146672	rs3767162	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TTCACTTTAAGATAATTCCAA;SOR=0.527;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=4;WE=86146680;WS=86146662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	86167957	rs1764298	C	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	86173298	rs1539444	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=698;ReadPosRankSum=-0.667;SC=TAAATGGAATCCCCCATGCCC;SOR=0.833;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=43;WE=86173306;WS=86173288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,69:0.46:151
chr1	86202016	rs1481200	C	T	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=51;PP=1890;SC=GTCATGGAAACAACTAGAGTC;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=113;WE=86202024;WS=86202006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	86210241	rs11387251	G	GT	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=663;SC=TTCTGCCAGGGTTTTATCAAA;SOR=2.737;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=86210249;WS=86210231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	86210546	rs7547023	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=25;PP=655;SC=AATTATATAAGCAAAAAAATC;SOR=1.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=35;WE=86210554;WS=86210536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	86211325	rs10747324	G	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=248;SC=TAACTCTTACGGTTAGACAGA;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=86211333;WS=86211315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	86246849	rs313722	A	C	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	86249063	rs313724	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=6;PP=698;SC=TGAGTTTCTACCTTAAAAGTC;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=86249071;WS=86249053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	86249911	rs313725	A	G	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=35;PP=1311;SC=TGTAGAATAAATGCTTGGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=70;WE=86249919;WS=86249901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	86252025	rs12746325	A	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=11;PP=594;SC=TTGGAACAAAATATTAAAGTA;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=86252033;WS=86252015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	86313536	rs1962482	G	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TTCCTGAATAGCTCCTGAGGA;SOR=0.132;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=86313544;WS=86313526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	86340193	rs11161696	G	T	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=45;SC=GCTTTTGAAAGTATGAAATGA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=86340201;WS=86340183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	86340262	rs12136023	C	A	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=153;SC=TTGAGTGTTTCGAATAATAAG;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=86340270;WS=86340252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	86340523	rs1564518	T	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	86340523	.	TG	CA	109	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=109;QD=54.1559582874;SC=GGAAATGGGCTGCAAAACAGC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=86340532;WS=86340513;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	86340524	rs1564517	G	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	86340794	rs1564516	T	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=279;SC=CCAAATAGGTTGGGGACTGCT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=86340802;WS=86340784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	86340880	rs1564515	A	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=11;PP=555;SC=GTTAGCAAATATAGGGGATTC;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=86340888;WS=86340870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	86341153	rs12122234	G	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=183;SC=TAGCATAAGAGCAGATTCTTT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=86341161;WS=86341143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	86355414	.	CT	C	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr1	86361802	rs7541806	C	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	86362184	.	A	AT	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5165;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=58.66;NF=1;NR=3;PP=46;QD=13.0;SC=CATGTTGATGATTTTTTTTTT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=86362192;WS=86362174;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	86375654	rs1502657	C	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=467;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TTTCTCCCTGCGGACCTAGTG;SOR=0.807;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=43;WE=86375662;WS=86375644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,72:0.42:172
chr1	86453237	rs11799965	T	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-1.093;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	86487914	rs11161721	C	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=593;ReadPosRankSum=-1.258;SC=AGCAAAAGTTCAAACCTACTG;SOR=0.662;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=47;WE=86487922;WS=86487904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr1	86487981	rs516213	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.218;SC=AGCACCCTAAGAGAAGAGAAT;SOR=0.669;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=25;WE=86488000;WS=86487971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr1	86487992	rs5775882	A	AACAG	907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=1032;ReadPosRankSum=-1.286;SC=AGAAGAGAATAACAGAAGAGA;SOR=0.203;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=14;WE=86488000;WS=86487971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr1	86497417	rs145877277	TG	T	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=233;ReadPosRankSum=-1.981;SC=CATATCTGGTTGAAAAAAATA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=86497425;WS=86497407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	86497769	rs582141	C	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TCCTGAGAAGCACAAACCTAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=86497777;WS=86497759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	86529390	rs12742014	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=413;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TATAAAGGAAGTACCTACTTG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=33;WE=86529398;WS=86529380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr1	86557967	rs11161732	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=1.439;SC=CCAGGAACAGGTTGACCTGGG;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=10;WE=86557975;WS=86557957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	86581031	.	G	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=403;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TTCCCTGACGGACCTGGGATA;SOR=0.807;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=30;WE=86581039;WS=86581021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr1	86590915	rs2174767	G	A	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=35;PP=1499;SC=TTAGGAGAGAGCTAAATTTCT;SOR=1.033;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=90;WE=86590923;WS=86590905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	86591141	rs17128866	A	G	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=662;ReadPosRankSum=-1.425;SC=ATTTTTTATGATATTTGGAAT;SOR=1.364;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=39;WE=86591149;WS=86591131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr1	86591837	rs11161747	G	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=395;ReadPosRankSum=-1.720;SC=TACAGCAGTCGCTGGTGATGA;SOR=1.191;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=32;WE=86591845;WS=86591827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr1	86611702	rs2892908	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	86621992	rs1999747	C	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.53;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	86621992	.	CCCCTAC	ACCCTAC,ACCCTAT	189	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=20,8;NR=5,1;PP=189,129;QD=8.95084850189;SC=GTTGGTCTAACCCCTACCCTA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25,9;WE=86622006;WS=86621982;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:25
chr1	86621998	rs41287729	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.290;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	86814688	rs272491	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-0.389;SC=AAATAATACTCACATCTGATG;SOR=0.184;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=86814696;WS=86814678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	86818572	rs272496	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=123;ReadPosRankSum=-1.003;SC=GTTGATTTTGTTCTTCATTTT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=12;WE=86818580;WS=86818562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
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chr1	86821910	rs68126437	CTAAAA	C	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=0.253;QD=21.55;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr1	86900491	rs56408800	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=0.977;SC=TCTTTATTATCTCAATTTATT;SOR=0.395;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=10;WE=86900499;WS=86900481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	86906114	rs1981082	T	C	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr1	86939130	rs2145412	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=11;PP=397;SC=TCTGTATCTGCTTGAAGCTAC;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=86939138;WS=86939120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr1	86948169	rs2791514	T	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=384;ReadPosRankSum=-1.339;SC=AAATCATCAGTGAGCAGTGGA;SOR=1.139;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=37;WE=86948177;WS=86948159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr1	86952324	rs2734705	A	G	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=364;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CATGTACAAAATGAACTCATA;SOR=0.667;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=27;WE=86952332;WS=86952314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
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chr1	86956772	rs2753341	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	86956785	rs2753342	C	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	86959173	rs2791494	T	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=205;ReadPosRankSum=1.435;SC=ACCTGGACAATGCAGCCTCCC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=17;WE=86959181;WS=86959163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr1	86959796	rs1321689	C	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=426;ReadPosRankSum=-0.302;SC=AGGGTTTTCCCGTACGTGACA;SOR=1.023;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=24;WE=86959804;WS=86959786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr1	87033287	.	C	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=842;ReadPosRankSum=0.479;SC=ACCTACATATCCTCTGGGAGG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=51;WE=87033295;WS=87033277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,79:0.53:150
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chr1	87045896	rs4001061	TCCTACA	T	3437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=4.571;NF=5;NR=25;PP=1368;ReadPosRankSum=2.221;SC=ATGACATTGATCCTACACCTA;SOR=0.611;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=30;WE=87045909;WS=87045886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,98:0.42:236
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chr1	87181604	rs139162261	T	TA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	87185449	rs263465	T	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=30;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GTGGTTGAGGTGGGCGGATCA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=87185457;WS=87185439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr1	87207800	rs166415	G	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=0.150;SC=CAATGTGAAGGTTGGTAGAAA;SOR=0.399;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=87207808;WS=87207793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	87207872	rs263478	G	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=292;ReadPosRankSum=0.500;SC=TAAATAATTCGCTGCTTTCTT;SOR=1.273;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=20;WE=87207880;WS=87207862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr1	87208953	rs7805	T	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr1	87458695	rs10873810	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	87538182	rs34124612	TTG	T	1206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=451;SC=CATGCAATCTTTGTGTGTTTG;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=87538191;WS=87538172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	87538200	rs10782592	G	A	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=8;PP=268;SC=TTGAGAATTAGTTCAGGCTGT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=87538208;WS=87538190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	87549858	rs2798675	A	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=4;PP=262;SC=TATATAATGAATGTGTTCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=87549866;WS=87549848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	87558066	rs66709085	CCACATA	C	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	87563668	rs1199677	G	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=296;SC=TATTATCTCTGTAATCTGTGT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=87563676;WS=87563658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	87570398	rs1621247	G	A	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=53;PP=1601;SC=TGTGACTATTGGATTCTTGAA;SOR=1.190;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=87;WE=87570406;WS=87570388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	87598117	rs6686259	T	G	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=19;PP=1347;SC=CGCGGCGGCCTCGGGAGGCCC;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=87598125;WS=87598107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	87599697	rs6576865	G	A	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=45;PP=1193;SC=CTCTGGCCACGCTTGCACCCT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=87599705;WS=87599687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	87633761	rs10782593	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=235;SC=CAGTCCCAAACGCCAGCAGCT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=87633769;WS=87633751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	89225976	rs430600	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=182;ReadPosRankSum=-0.052;SC=ATTGAAGGCCTTACAAAAACA;SOR=0.636;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=15;WE=89225984;WS=89225966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr1	89236029	rs7541301	T	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=567;ReadPosRankSum=0.704;SC=CTTATTTTTTTAATAGGATCG;SOR=0.997;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=41;WE=89236037;WS=89236019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr1	89271574	rs786906	T	C	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,75:0.55:136
chr1	89280965	rs786918	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=212;ReadPosRankSum=0.968;SC=CAAGAATACAATGCTGCATTA;SOR=1.256;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=14;WE=89280973;WS=89280955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	89322982	rs2794318	G	A	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.72;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	89322982	.	GT	AA,AT	434	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=15,34;NR=16,37;PP=434,429;QD=15.7247701568;SC=ACCAAGTCCAGTTCCACAGCT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=31,71;WE=89322991;WS=89322972;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.43:72
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chr1	89408769	.	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=212;ReadPosRankSum=0.173;SC=GGATGGCTGATAGTTTCTGAA;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=18;WE=89408777;WS=89408759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
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chr1	89478854	rs4656076	C	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=229;SC=GGAAGTACTACGAAGGGGACT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=89478876;WS=89478848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	89478868	rs113490655	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.990;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
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chr1	89479074	rs4656078	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=4;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=373;ReadPosRankSum=1.100;SC=GATACAGAGTCGGGGCAGATT;SOR=0.511;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=15;WE=89479082;WS=89479053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr1	89479758	rs3795543	T	C	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=34;PP=1642;SC=ATGGTACGTCTCTGTTACCTT;SOR=0.934;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=84;WE=89479766;WS=89479748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	89481063	.	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=0.307;SC=AGATTCCTTTGGTGTGAGATT;SOR=0.755;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=25;WE=89481071;WS=89481053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr1	89485821	.	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	89486037	rs7555039	C	T	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=12;PP=833;SC=ACTCACTACCCTCAGAACAGC;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=89486045;WS=89486027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	89520329	rs72054220	GAAAAAC	G	1065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.175;NF=6;NR=9;PP=639;ReadPosRankSum=-0.045;SC=AGAGAAAACAGAAAAACAGAA;SOR=0.442;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=15;WE=89520342;WS=89520319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr1	89520574	rs10922554	C	A	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.33;QD=27.69;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	89520636	rs10922555	G	A	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.67;QD=43.68;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	89520643	rs10922556	C	T	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.95;QD=43.72;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	89520658	rs55880826	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.402;NF=9;NR=7;PP=244;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TGCATATGCCCTACTCAGAGA;SOR=0.255;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=16;WE=89520666;WS=89520648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	89521841	rs1048443	G	C	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.867;NF=19;NR=35;PP=777;ReadPosRankSum=1.110;SC=CTGAAGTAAAGCTGAGCAACG;SOR=0.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=36;TCR=68;TR=54;WE=89521849;WS=89521831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,76:0.52:145
chr1	89522512	rs4376712	C	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=524;ReadPosRankSum=-0.281;SC=GACCCTAAACCGTATACATTT;SOR=0.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=40;WE=89522520;WS=89522502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,70:0.52:135
chr1	89522646	rs1048425	G	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=39;PP=1749;SC=CTCCTGGAGGGTTTCTGTGGG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=89522654;WS=89522636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	89523927	rs60070945	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.357;SC=CCTAGAAAAACATTTAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=8;WE=89523935;WS=89523917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	89524597	.	G	A	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.431;NF=27;NR=26;PP=799;ReadPosRankSum=0.268;SC=CCAAGTCCAGGGAGAAATCTC;SOR=0.581;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=53;WE=89524605;WS=89524587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr1	89525812	rs6701673	C	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.476;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=1.049;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	89525820	rs61798936	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.51;ReadPosRankSum=0.474;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	89574026	rs1329119	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-1.194;SC=ATTTCCACCAGATTAGTTCCC;SOR=0.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=89574034;WS=89574016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr1	89575677	rs2026043	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=-0.733;SC=AATTTTGCCTTGGGTAACCAG;SOR=1.535;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=7;WE=89575685;WS=89575667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	89579848	.	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.491;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;ReadPosRankSum=-0.330;SC=ATCTGCTGTTCATAGTGGGCA;SOR=0.770;Source=Platypus;TCR=44;TR=44;WE=89579856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
chr1	89579941	rs2230338	T	C	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=0.402;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,107:0.44:245
chr1	89579985	rs201569159	A	C	3165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-0.489;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,160:0.57:282
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chr1	89597755	rs942442	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=-0.126;SC=ATTTTAAACTTTTCTTAAATG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=89597763;WS=89597745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr1	89607486	rs6658235	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	89615979	rs586609	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=1.307;SC=TACAGTAGGCCTCAGTAAACA;SOR=0.033;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=89615987;WS=89615969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	89617895	.	C	T	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=405;ReadPosRankSum=0.322;SC=AACGGTAGGTCCTAGTTGATC;SOR=0.540;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=30;WE=89617903;WS=89617885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr1	89618472	rs10710842	GA	G	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.144;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
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chr1	89650850	rs623134	A	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GCTATAACACATATACTTACA;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=89650858;WS=89650840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	89652071	rs561042	TC	CT	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-5.007;QD=15.58;ReadPosRankSum=2.386;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr1	89652078	rs608339	A	T	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-4.915;QD=15.44;ReadPosRankSum=1.920;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr1	89652087	rs1142890	CC	TG	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-5.059;QD=15.67;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr1	89652090	rs1142888	T	G	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-4.993;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr1	89652094	rs1142887	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-5.236;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr1	89652097	rs1142886	C	T	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=-5.276;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr1	89652102	rs655260	A	T	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-5.303;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr1	89726592	rs535351	G	A	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=661;SC=TACAGTAGCAGTAAACAGTTC;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=89726600;WS=89726582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	89727870	rs76346754	A	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr1	89730723	rs9628688	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=259;ReadPosRankSum=1.472;SC=TTTCTGAGAACGTACATTTAA;SOR=0.819;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=20;WE=89730731;WS=89730713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr1	89731959	rs12729209	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=230;ReadPosRankSum=-2.877;SC=ACAATGCAAGGATAATCTTAT;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=14;WE=89731967;WS=89731949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	89732237	rs61729628	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=487;ReadPosRankSum=1.668;SC=TACACAGACGGGGCAAATTGA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=27;WE=89732245;WS=89732227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr1	89732697	.	C	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=-2.246;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr1	89732924	.	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	89732998	.	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=204;ReadPosRankSum=-0.788;SC=CAATGTTTATCACGTTTCCAT;SOR=0.518;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=17;WE=89733006;WS=89732988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	89733273	rs6690597	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=-2.000;SC=TATTTAAAAATAGGCTCTTGT;SOR=0.673;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=14;WE=89733281;WS=89733263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr1	89735314	rs3806338	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=-1.695;SC=AATAAGCAAAGGAAGTCATTT;SOR=0.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=12;WE=89735322;WS=89735304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	89843851	.	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=375;ReadPosRankSum=0.503;SC=TCCTCCTTCCCTTTGATGTAA;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=28;WE=89843859;WS=89843841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr1	89845926	rs11361992	GT	G	1836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=27;PP=1006;SC=TATATTCTCTGTTTTTTTTTA;SOR=1.302;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=51;WE=89845934;WS=89845916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	89846152	rs4582772	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=752;ReadPosRankSum=1.054;SC=CATGCAAGAACCAAGACCCTC;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=53;WE=89846160;WS=89846142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr1	89847372	rs4658359	G	T	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=38;PP=1696;SC=GCAGAGGGCAGCTGACTACTA;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=92;WE=89847380;WS=89847362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	89847411	rs4658360	C	T	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=23.16;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	89847444	rs4658146	A	G	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=47;PP=1604;SC=GCTGCTGGACATGCATGCGGC;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=95;WE=89847452;WS=89847434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	89849201	rs928652	C	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=11;PP=427;SC=GCTTTTTCTTCCTTCCATAGG;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=89849209;WS=89849191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	89849350	rs928653	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=224;SC=GGAGGGGTACGTTTATACAAT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=89849358;WS=89849340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	89849441	rs928654	T	G	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=140;SC=TGCTAAATCTTAAAATAACAA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=89849449;WS=89849431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	89849574	rs928655	G	A	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=272;SC=TTCAGATTTGGTTTAGTCTCA;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=89849582;WS=89849564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	89849742	rs959460	A	T	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	89851100	.	G	GTT	242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=-0.000;QD=24.27;ReadPosRankSum=0.887;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr1	89885854	rs6673154	G	A	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=21;PP=557;SC=GCTGGACACCGAGGGTCTGGG;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=89885862;WS=89885844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	89888530	rs4261099	C	T	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=14;PP=1308;SC=ATCATCAGATCGTTGCTCAGC;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=89888538;WS=89888520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	89888552	rs4282800	T	A	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=34;PP=1715;SC=TTACTTCAGGTCATTTTCAGT;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=92;WE=89888560;WS=89888542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	89888585	rs4415545	C	G	8483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.83;QD=45.13;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	89888588	rs4506445	G	T	8532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.92;QD=43.53;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	90171835	rs6657969	C	T	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=9;PP=586;SC=AAGCTGCCTTCGTTTATATGT;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=90171843;WS=90171825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	90178743	rs474536	A	G	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=51;PP=1762;SC=GGTCCAGAAGACAGCCTGGTC;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=83;WE=90178751;WS=90178733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	90470915	rs11808927	T	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TGTTTGCTATTGAATCATCAC;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=90470923;WS=90470905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	90486412	rs2816881	T	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=343;ReadPosRankSum=1.215;SC=CTTGCAGTGTTTATATCCCTG;SOR=0.650;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=25;WE=90486420;WS=90486402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr1	90493026	rs10922744	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=2.313;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr1	91383589	rs2448020	T	G	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	91402917	.	T	TA	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.6253;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=61.19;NF=2;NR=1;PP=35;QD=14.6666666667;SC=CTGTGCTCTGTAAAAAAAAAA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=3;WE=91402925;WS=91402907;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr1	91447985	rs358691	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=10;PP=282;SC=CATGAATAACCATAGCTACAA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=91447993;WS=91447975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	91728053	rs585898	G	A	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	91728202	rs555432	T	C	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=86;SC=AAAAACCATTTTAATTTGGAT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=91728210;WS=91728192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	91739208	rs281964	C	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=103;SC=TAACACTACTCGTCAATTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=91739216;WS=91739198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	91739414	rs281963	G	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=348;SC=AGAAAATATGGAAATTAATCT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=91739422;WS=91739404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	91740308	.	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=1.150;SC=AGGAAGGGAAGGTTTTGGAGT;SOR=0.856;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=6;WE=91740316;WS=91740298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	91740542	.	A	ATTT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.345;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	91781304	rs281991	T	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=109;SC=TATTTTTTTTTCAGTAGAATT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=91781312;WS=91781294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	91781413	rs281992	T	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=11;PP=451;SC=CTGCGTCACCTATGATTAAGG;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=91781421;WS=91781403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	91782117	.	TA	T	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.272;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	91793877	rs281972	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=8;PP=355;SC=CAACCCTGAATCAAGCTTTAG;SOR=1.230;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=91793885;WS=91793867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	91794091	rs7541566	G	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=13;PP=686;SC=GGGTGGGGATGTGCTGCAGAA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=91794099;WS=91794081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	91813136	.	G	GA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	91813184	rs281936	C	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=101;SC=TAAATATCCACAGAAACAATG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=91813192;WS=91813174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	91841301	rs282036	T	C	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=543;SC=AACACAAAAATATGTGCATTA;SOR=1.094;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=91841309;WS=91841291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	91846374	rs282033	C	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=159;SC=TGTGGCAGTGCAGACATAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=91846382;WS=91846364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	91846595	rs5776097	T	TA	255.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=206;SC=TAGTTACTTTTATTTTAAAAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=91846603;WS=91846585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	91846654	rs282032	A	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=105;SC=TGAGGTTTTAACATTTGCTAT;SOR=1.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=91846662;WS=91846644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	91851253	rs282026	T	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr1	91859795	rs282009	T	C	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=20;PP=861;SC=TTGCCAGCAATATGTGATAAG;SOR=0.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=47;WE=91859803;WS=91859785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	91967142	rs13447458	G	GC	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.395;NF=4;NR=9;PP=475;ReadPosRankSum=-0.890;SC=CCTTTGGGGGGCAGTAGCATG;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=13;WE=91967150;WS=91967132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr1	91973557	rs553606	T	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=180;SC=TTTTCCTTTTTTAGTCTTGGT;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=91973565;WS=91973547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	91974034	rs1876264	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=1.691;SC=AGGGATGAGGGGATTATATGT;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=91974042;WS=91974024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	91978963	rs13447511	T	TAA	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=-1.668;SC=ACTTATAATTTAAAAAACTTT;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=91978971;WS=91978953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	91980447	rs483532	A	G	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.306;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.25;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr1	91980649	rs10874758	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=323;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CAAGGGATCAGTTCAGATCAG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=20;WE=91980657;WS=91980639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr1	91989572	rs488126	T	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=8;PP=1052;SC=TTTTTCTGTTTTTGTTTTTTC;SOR=2.107;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=45;WE=91989580;WS=91989562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	92100820	.	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.160;SC=GTATCCCACCCCACCTTTCTG;SOR=1.863;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=8;WE=92100828;WS=92100810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	92108274	.	TA	T	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr1	92108899	rs2493202	C	T	3755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=72;PP=1807;ReadPosRankSum=0.586;SC=TCTCCTCCATCTGTTGAACGA;SOR=0.976;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=220;TCF=91;TCR=129;TR=114;WE=92108907;WS=92108889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,178:0.52:341
chr1	92149277	rs1131243	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=0.261;SC=TGGGTTGGGCCGGGTTGGGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=9;WE=92149285;WS=92149267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	92163786	rs2296621	G	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTTCCATTTGGTAATAAATAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=92163794;WS=92163776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	92174260	rs284878	A	G	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=38;PP=1254;SC=CAAGGGGCTTAGTGAACGTCT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=92174268;WS=92174250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	92174415	rs2038931	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=0.510;SC=CTGCACAGCTGTCCTGTGGCC;SOR=0.527;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=5;WE=92174423;WS=92174405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	92177938	rs1805113	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=530;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GCGGGATAGGAAAGTGCACTC;SOR=0.617;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=42;WE=92177946;WS=92177928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,73:0.46:160
chr1	92184814	rs7524066	G	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
chr1	92185657	rs1805112	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr1	92200597	rs12124904	G	A	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=27;PP=768;SC=TTCTCAAATCGAAGTGCTTGT;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=92200605;WS=92200587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	92200627	rs10874913	T	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=20;PP=425;SC=CTCTTCCCTTTGTTATACAAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=92200635;WS=92200617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	92224067	rs3738441	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=-3.053;SC=TGGACTCTGGCATTATTTCAG;SOR=0.200;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=12;WE=92224075;WS=92224057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr1	92224347	rs11165441	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=0.449;SC=CTTAGCCCTGGCTTTCCATGA;SOR=0.069;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=4;WE=92224355;WS=92224337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr1	92262874	rs2810904	T	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=208;ReadPosRankSum=-0.843;SC=GCCCCTGGCCTGCAGTGCGGA;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=21;WE=92262882;WS=92262864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr1	92428495	rs10783071	C	A	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=24;PP=728;SC=TGTGAAACTACAGTTGCCTGT;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=92428503;WS=92428485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr1	92446112	rs11165911	T	C	103.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=66;SC=ACAAAAGACATTCTTGACTTT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=92446120;WS=92446102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	92446398	rs2303967	T	A	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	92446961	rs148496128	T	TTGTA	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=251;ReadPosRankSum=0.181;SC=TTTTGTTTGTTTGTATGTATG;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=92446969;WS=92446951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	92447004	rs10875104	A	G	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=9;PP=477;SC=GTCTTGTGATATTGCCCAGGC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=92447012;WS=92446994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	92457843	rs10747493	C	T	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=7;PP=318;SC=GAATGCATACCGCCTGAAGGA;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=92457851;WS=92457833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	92568263	rs527412	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.619;SC=TTATAGCCGTAAAAATAATTA;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=7;WE=92568271;WS=92568253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	92646021	rs1483022	G	A	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.392;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=659;ReadPosRankSum=0.056;SC=ATCAGTCAAAGAAAGGTGAAA;SOR=0.584;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=40;WE=92646029;WS=92646011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,54:0.47:115
chr1	92647223	rs560389	A	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=365;ReadPosRankSum=1.773;SC=AAGCAAAGTAATAATGATCTT;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=28;WE=92647231;WS=92647213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr1	92647532	rs565156	C	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=20;PP=757;SC=TTTTCTGCAACTAAAAAGTTT;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=92647540;WS=92647522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	92712266	rs974924	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=12;PP=403;SC=AAGCAAAACACAGAAAAGATT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=92712274;WS=92712256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	92763091	.	C	CA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.543;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr1	92764828	rs10875348	T	A	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=431;SC=CCAGGTAGAGTAGGCCGAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=92764836;WS=92764818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	92799151	rs1487537	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GTGAAAAGTTCACATGGATTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=92799159;WS=92799141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	92846401	.	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=270;ReadPosRankSum=-0.523;SC=GTCTAACCATCATATTTAGAA;SOR=1.039;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=22;WE=92846409;WS=92846391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr1	92852504	rs10747411	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.958;NF=8;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TCCTGACCTCATGATCTGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=15;WE=92852512;WS=92852494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr1	92944314	rs200902533	CAGAGAG	C	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.16;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	92946479	rs11164605	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=-2.381;SC=GGGCGGGTTCGCAGAAGAGGC;SOR=0.813;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=10;WE=92946487;WS=92946469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr1	92979354	rs6603979	A	G	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=882;ReadPosRankSum=-0.371;SC=AAGACATCGAACCAGATTTTC;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=53;WE=92979362;WS=92979344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,82:0.53:154
chr1	93029453	rs6656432	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	93029479	rs68039687	A	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.355;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	93071048	rs2050597	G	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=252;ReadPosRankSum=0.289;SC=TAAACCATACGTTAAGTATTA;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=20;WE=93071056;WS=93071038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr1	93073228	rs11808092	C	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=437;ReadPosRankSum=-1.730;SC=GCACTTTCTCCTGTAGGCTAA;SOR=0.754;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=15;WE=93073248;WS=93073218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr1	93073240	rs141343784	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=682;ReadPosRankSum=-0.685;SC=GTAGGCTAATCACCTCTTGTT;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=22;WE=93073248;WS=93073218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr1	93089823	rs7514716	T	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=334;ReadPosRankSum=1.690;SC=TCAGTTCATCTTGTAACTCAT;SOR=0.803;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=23;WE=93089831;WS=93089813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr1	93101670	rs41286811	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=210;ReadPosRankSum=-0.600;SC=ATAAAAACACCAAGTCAATTA;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=13;WE=93101678;WS=93101660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	93128854	rs10747450	A	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=-1.080;SC=ACCACCCAAAAAATTATTTCT;SOR=0.586;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=12;WE=93128862;WS=93128844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr1	93160002	rs34202284	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=-0.485;SC=CAACAAAAACGAGTCATTTGA;SOR=0.722;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=13;WE=93160010;WS=93159992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	93160902	rs2391199	T	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,65:0.51:128
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chr1	93167854	rs10218670	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=1.798;SC=GGCAAGACAGACAGATTAAAA;SOR=1.244;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=16;WE=93167862;WS=93167844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
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chr1	93312592	rs12062315	C	T	167.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5054;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TGAGCCACCACGCCCGGCCTC;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=93312600;WS=93312582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr1	93426866	rs945629	T	C	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.17;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	93426866	.	TGCGCGGCG	CGCCCGGCG,CGCCCGGCT	416	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=13;MQ=60.0;NF=25,19;NR=14,11;PP=23,416;QD=1.96071474006;SC=GGGCGAGTCCTGCGCGGCGCG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=39,30;WE=93426882;WS=93426856;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.95:41
chr1	93426869	rs1415069	G	C	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.40;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	93426874	rs116489989	G	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=1.177;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr1	93545157	rs2815419	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	93580581	rs2815427	G	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=16;PP=547;SC=CATATTGATTGCAGTGTGATT;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=93580589;WS=93580571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	93580992	rs566843	C	T	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=12;PP=635;SC=AAATTTTAGCCTTCACTCTTT;SOR=0.770;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=29;WE=93581000;WS=93580982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	93583818	.	CTT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.027;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	93592692	rs489183	A	T	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=583;SC=ACCAATCAGTACACTTTTCCT;SOR=1.118;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=93592700;WS=93592682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	93646433	rs2255722	T	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=53;PP=1705;SC=CAGCGACGATTTGGGTGGTGA;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=93646441;WS=93646423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	93657727	.	T	G	141.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TTATATCTTGTTAAATCTTGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=93657735;WS=93657717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	93659350	rs2815411	A	T	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	93672688	rs2783499	C	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	93672723	rs2815413	A	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=7;PP=334;SC=GCAGTGAAAAATTCAGAAGTC;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=93672731;WS=93672713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	93683210	rs624131	A	G	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=221;SC=TTCCCAGGCTAGTCTTGAACT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=93683218;WS=93683200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	93687091	rs797661	G	T	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	93687395	rs77100127	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=15;PP=435;SC=TGCATACTTATACTTTTCTTA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=93687403;WS=93687385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	93687526	rs12038046	T	G	46.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	93692081	rs71661730	AAT	A	32.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=91;SC=TGTAGGACAAAATATATATAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=93692090;WS=93692071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	93704793	rs5776176	CT	C	73.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=26;SC=AACTTGCAGGCTTTTTTTTTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=93704801;WS=93704783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	93704810	rs3904666	G	A	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=92;SC=TTTAGTCAGAGACAAGTTAGT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=93704818;WS=93704800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	93720070	rs12030843	C	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	94012287	rs237425	G	A	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=154;SC=TTAAAAAGATGTGACTCTACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=94012295;WS=94012277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	94041787	rs25569	G	GAC	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=296;ReadPosRankSum=0.578;SC=CGATGGCGTGGACACTTTATG;SOR=0.795;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=94041795;WS=94041777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	94107691	rs77366698	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr1	94312482	rs5776191	T	TC	13053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=55;PP=2403;SC=ACCCCGTTTTTCGAACCCCGC;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=94312491;WS=94312472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr1	94312528	rs147446599	G	GC	9909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=57;PP=2966;SC=CACAGACGTCGCGCGGCGGCG;SOR=1.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=76;WE=94312592;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	94312533	rs202198870	G	GC	9516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=39;PP=2970;SC=ACGTCGCGCGGCGGCGCTCGC;SOR=1.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=47;WE=94312592;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	94312542	.	G	GC	8647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=47.52;SOR=1.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	94312543	.	C	CCG	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=94;MMLQ=23;MQ=59.05;NF=6;NR=32;PP=2968;QD=20;SC=GCGGCGCTCGCGCGCAGGTCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=38;WE=94312592;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,38:0.97:39
chr1	94312544	.	G	C	1804	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=94;MMLQ=19;MQ=59.41;NF=23;NR=31;PP=1804;QD=34.0513187509;SC=CGGCGCTCGCGCGCAGGTCCA;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=54;WE=94312592;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,54:0.70:77
chr1	94312544	.	G	GC	8242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=49.66;SOR=2.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	94312554	.	A	AG	6532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=30;PP=2507;SC=GCGCAGGTCCAGCCGCGGCTG;SOR=2.336;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=94312592;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	94312558	.	G	GC	1759.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=3.095;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.685;HP=3;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.864;NF=6;NR=28;PP=2374;ReadPosRankSum=0.021;SC=AGGTCCAGCCGCGGCTGGGTC;SOR=2.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=94312592;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr1	94312559	.	CGGCTGGGTCGGGCG	C	2541.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=21.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-0.831;QD=20.83;ReadPosRankSum=-0.005;SOR=0.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,71:0.58:122
chr1	94312566	rs2391318	G	T	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=21.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.848;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=2.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,49:0.41:120
chr1	94312567	rs2391319	T	C	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=21.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.848;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=2.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,49:0.41:120
chr1	94312571	.	G	GC	1678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.766;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=22.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.822;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=2.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,46:0.39:117
chr1	94312573	.	G	GC	1628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.643;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=23.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.787;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=2.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,42:0.37:113
chr1	94312576	.	G	GC	5497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=47.39;SOR=1.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	94312579	.	G	GT,GC	4654.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.86;QD=43.50;SOR=1.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,68,39:0.64,0.36:107
chr1	94312584	rs200230769	G	GC	4579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=45.80;SOR=1.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	94335194	rs1051394	A	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=2.253;SC=CTTTTTTCCCATAAAGAGTCT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=94335202;WS=94335184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	94335643	.	G	GA	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5032;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=31;QD=28.0;SC=AATCTAGGGAGAAAAAATGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=94335651;WS=94335633;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chr1	94336498	.	CAA	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	94341137	rs2273166	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=0.648;SC=AGTCTTTTACCAAGGACTAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=7;WE=94341145;WS=94341127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	94341267	rs2273165	A	G	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,78:0.51:154
chr1	94342564	rs3747965	C	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.322;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=652;ReadPosRankSum=-2.662;SC=TTTCTTTCCCCTCATCTGTTA;SOR=0.473;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=46;WE=94342572;WS=94342554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr1	94343023	rs2391322	A	G	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1332;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TTTTTTCTGTAGGAAGCACAA;SOR=0.806;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=93;WE=94343031;WS=94343013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,129:0.61:213
chr1	94343233	rs3789457	T	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=803;ReadPosRankSum=-0.501;SC=CCTCAGAGGTTTCTCCATCCG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=50;WE=94343241;WS=94343223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,59:0.48:122
chr1	94344716	rs2235971	C	T	5257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=79;PP=2132;ReadPosRankSum=1.256;SC=TTTCCGGCTCCCTCGCGACCA;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=303;TCF=145;TCR=158;TR=156;WE=94344724;WS=94344706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,262:0.50:520
chr1	94463366	rs7518454	G	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.807;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	94463767	rs10874825	CT	TC	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=212;ReadPosRankSum=-2.512;SC=GGGGATTAAGCTCAGCTTGGT;SOR=0.458;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=7;WE=94463776;WS=94463757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	94463795	rs10874827	C	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ACCTGAAATCCCAGCAATTTG;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=8;WE=94463803;WS=94463785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	94466659	rs1801555	A	G	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	94467221	rs4147865	G	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=563;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AGGCTGTGCCGTGACTTGTTT;SOR=0.762;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=48;WE=94467229;WS=94467211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,70:0.49:142
chr1	94467238	rs4147864	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=581;ReadPosRankSum=0.662;SC=GTTTTTCTCCGGAGCTGTGTG;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=47;WE=94467246;WS=94467228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,60:0.42:143
chr1	94467407	rs17110761	C	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=656;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CCCAAGCCCGCAGTTACCAGC;SOR=0.774;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=50;WE=94467415;WS=94467397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,92:0.48:193
chr1	94467447	rs1801359	G	A	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=650;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CAATGAGTGCGATGGCTGTGG;SOR=0.753;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=45;WE=94467455;WS=94467437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,91:0.47:192
chr1	94471075	rs1762114	A	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,72:0.46:158
chr1	94471154	rs4147863	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr1	94471223	rs2275028	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.753;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CTTCTGCCAACGGGAAAAGGA;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=94471231;WS=94471213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	94473605	rs3789386	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=-1.369;SC=AAAAATACTAATGAAATTAAT;SOR=0.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=12;WE=94473613;WS=94473595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
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chr1	94474185	rs2275032	A	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=554;ReadPosRankSum=-2.198;SC=TGATGACCCTACATAAAACTG;SOR=0.981;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=31;WE=94474193;WS=94474175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
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chr1	94474452	rs4147856	T	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=-0.820;SC=GGGGTCAGGATTGGGCTGGCT;SOR=0.424;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=22;WE=94474460;WS=94474442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr1	94476203	rs112614086	CT	C	832.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=474;ReadPosRankSum=0.292;SC=ACCCGATCCTCTACTTGTATT;SOR=0.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=14;WE=94476211;WS=94476193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr1	94476388	rs1801574	C	G	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=736;ReadPosRankSum=0.338;SC=GCTGGACCAGCAGGGTCAGGA;SOR=0.731;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=48;WE=94476396;WS=94476378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,77:0.47:163
chr1	94476538	.	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.528;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.828;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr1	94476555	rs537831	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=369;ReadPosRankSum=1.001;SC=CCACAGCACAGGGCCCACTAG;SOR=0.452;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=21;WE=94476563;WS=94476545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr1	94476991	rs4147899	CT	C	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.626;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=963;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CCCACCCCCCCTCTCTTCAGC;SOR=1.145;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=26;WE=94476999;WS=94476981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr1	94480037	rs2275033	C	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=373;SC=TGGCTCTGCTCGACCAACACA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=94480045;WS=94480027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	94484059	rs3838275	AT	A	1215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.439;NF=4;NR=14;PP=626;ReadPosRankSum=0.026;SC=CTGGTTTTGTATTGTTAAGTG;SOR=0.697;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=18;WE=94484067;WS=94484049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr1	94487354	rs472908	G	A	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=14;PP=845;SC=ATTCATGGTAGTTAAGCAAGT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=94487362;WS=94487344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	94494968	.	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=1.837;SC=GTGGCAGGCAGACCTGGGGCC;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=94494976;WS=94494958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	94495930	rs547806	T	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=11;PP=622;SC=AACCCACCGTTGGGTCCTCCC;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=94495938;WS=94495920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	94496253	rs2297671	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=379;SC=CTGAACACTCGCAGTGGTCTG;SOR=2.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=94496261;WS=94496243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	94505713	.	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=375;ReadPosRankSum=-1.667;SC=TGACTGACAAGATGCACATCC;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=32;WE=94505721;WS=94505703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr1	94511533	rs3789398	G	A	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=33;PP=835;SC=TGAGAGATCCGCGCAGAGCCC;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=94511541;WS=94511523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	94544135	rs4147887	A	AC	207.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=11;PP=451;SC=CCATCCTCCAACCCCCCTTAC;SOR=1.863;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=13;WE=94544143;WS=94544125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	94544233	rs4147831	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-2.205;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr1	94544276	rs4147830	G	A	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=28;PP=969;SC=AAACCAGACAGAGATCAAGAC;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=94544284;WS=94544266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	94544326	rs3215952	GT	G	2876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=26;PP=1295;SC=AGAACTTTTGGTTGTGTCTTT;SOR=0.961;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=94544334;WS=94544316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	94545160	rs2275035	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=-0.299;SC=AGGCTGTACCCCACCAATAAC;SOR=1.075;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=11;WE=94545168;WS=94545150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	94549083	rs574741	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=282;SC=CTCCTATATGTTTGAAAACTC;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=17;WE=94549091;WS=94549073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	94568491	rs4847278	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=1.745;SC=AAGAAGAAAAAAGCCAATATA;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=94568499;WS=94568481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	94574053	rs11165073	C	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TTTTCACCAACTCTCCCTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=94574061;WS=94574043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	94574255	.	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=3.289;SC=TTGAAAATCTCGATATACCCT;SOR=0.340;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=14;WE=94574263;WS=94574245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
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chr1	94670784	rs10443184	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=-1.335;SC=GGTAAGTATATGTTAAATGTG;SOR=0.120;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=94670792;WS=94670774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	94674723	rs6684237	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=308;SC=TTAATACTTCGTTTCCCATGT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=94674731;WS=94674713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	94930345	rs16946	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr1	94941376	rs681187	G	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=182;SC=AATTGATTTTGTGGACATAAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=94941384;WS=94941366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	94980671	rs3118109	C	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=20;PP=817;SC=CTCTGTTACTCATTAAACCTA;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=41;WE=94980679;WS=94980661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	95001600	rs698946	A	C	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=25;PP=623;SC=CATTCCCTGCAGGGTAGGAGA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=95001608;WS=95001590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	95211285	rs6541364	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=0.497;SC=TTAGGGGACTCTGGCATAGTA;SOR=1.329;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=95211293;WS=95211275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	95211525	rs1333953	G	A	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=609;SC=CTGGAAGCCAGCAGGTTTTAC;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=95211533;WS=95211515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	95285897	.	C	CCCCAGA	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=522;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CCGGCTCCAGCCCCAGCCCCA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=7;WE=95285905;WS=95285887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr1	95286085	rs11165252	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr1	95286094	rs10782992	G	T	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.10;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	95286658	rs6676991	C	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=0.191;SC=TGTGTGTGCACGTCTGGAAAT;SOR=0.957;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=11;WE=95286666;WS=95286648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	95286675	rs11274910	GTCCCAAATGTAAA	G	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=2954;ReadPosRankSum=0.583;SC=AAATAACTCTGTCCCAAATGT;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=8;WE=95286695;WS=95286665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	95290003	rs6687749	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=165;ReadPosRankSum=1.196;SC=GGGCACTGTGCGCTCAGCCCT;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=95290011;WS=95289993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	95290305	rs6541372	T	C	300.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	95290315	rs36094793	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=1.915;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	95291366	rs10874894	A	G	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=16;PP=1021;SC=CTAATTACGGAGCATTTTCTC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=53;WE=95291374;WS=95291356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	95305440	rs859120	A	G	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=764;ReadPosRankSum=-1.691;SC=TCATCGCAGTACTACCATCAT;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=56;WE=95305448;WS=95305430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,91:0.46:196
chr1	95330372	rs859098	G	A	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	95332973	.	G	A	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.783;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr1	95333068	rs859096	G	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
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chr1	95363698	rs9432611	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TCTTGTGAATAATTTATAAAT;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=95363706;WS=95363688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr1	95392588	rs115445502	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=499;ReadPosRankSum=-0.448;SC=GAGACGGCCGCGGGGCGCGGG;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=14;WE=95392601;WS=95392578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	95392593	rs11540278	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	95427041	rs377385319	ATT	A,AT	602.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.44;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,15,15:0.48,0.48:31
chr1	95428414	rs2766005	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=240;ReadPosRankSum=0.760;SC=CAACCCTGAAGTACATGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=14;WE=95428422;WS=95428404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	95428455	rs60283438	C	CT	402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,27:0.77:35
chr1	95705615	rs640527	G	A	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=34;PP=925;SC=CCTCCTTATAGGGACCCTTGT;SOR=1.306;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=52;WE=95705623;WS=95705605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	95709821	rs259358	T	C	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=42;PP=1340;SC=TTTATGGATGTGGATATACCT;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=80;WE=95709829;WS=95709811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	95709939	rs2296308	T	G	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=26;PP=1460;SC=TGAAAGAGAATTTACTTGAGC;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=95709947;WS=95709929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	95710329	rs1062076	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=0.833;SC=AGTGTGTTTTATAACAATGGG;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=95710337;WS=95710319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	97189091	rs3762411	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=3.191;SC=AATAACAGGAGGTTGAAACTA;SOR=0.812;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=17;WE=97189099;WS=97189081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr1	97189288	rs3762410	T	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ATTTGTAAAGTTGGACCATAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=97189296;WS=97189278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	97235290	rs139414147	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=211;ReadPosRankSum=-0.886;SC=AATTTAAAGGAGAAGATAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=16;WE=97235298;WS=97235280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr1	97236130	rs3762409	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	97278804	rs273886	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=0.462;SC=TGTATGAAGTGTCTAATTTTA;SOR=1.410;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=13;WE=97278812;WS=97278794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr1	97544760	rs17116357	C	G	275.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=-0.223;SC=ACAATGTCCCCATTTTAGCGT;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=97544768;WS=97544750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	97547831	rs290854	G	A	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=17;PP=988;SC=GCTTTCTGCCGTAAAAACAAG;SOR=1.366;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=97547839;WS=97547821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	97564172	.	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	97981242	rs2811178	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.09;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	97981242	.	TG	CA,CG	166	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=10,15;NR=2,3;PP=166,65;QD=18.2889895719;SC=TTAAAATATATGATAGACATT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=12,18;WE=97981251;WS=97981232;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:18
chr1	97981243	rs2786783	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	97981329	.	C	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.017;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr1	97981395	rs1801159	T	C	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=737;ReadPosRankSum=1.742;SC=AAAGGATTTATAAACTTCAAT;SOR=0.739;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=55;WE=97981403;WS=97981385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,89:0.56:160
chr1	98058943	.	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=194;ReadPosRankSum=-1.213;SC=GGCGCACATTCCTGAATGATG;SOR=1.096;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=13;WE=98058951;WS=98058933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr1	98157266	.	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=250;ReadPosRankSum=-0.391;SC=GTGTTTTTTTCATTTACCTTT;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=15;WE=98157274;WS=98157256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr1	98186421	.	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GAGAGCCCAAGAGTGTCTGAA;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=7;WE=98186429;WS=98186411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	98348885	rs1801265	G	A	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=32;PP=1090;SC=GAAGTGGAACGCAGAGTTGCA;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=98348893;WS=98348875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	98349390	rs111231337	C	CA	414.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr1	98511733	.	G	GCCGCTGCCGCTGCTA	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=625;ReadPosRankSum=0.570;SC=GGACCAAGCTGCCGCTGCCGC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=2;WE=98511741;WS=98511723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	99127205	rs12723363	A	G	98.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=2;PP=44;SC=GGGGAGGTGCAGGAGACGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=99127213;WS=99127195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	99127392	rs9728148	T	C	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.69;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	99150635	rs9433747	G	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	99156634	rs35296149	T	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=-2.186;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	99164434	rs6577322	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=593;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TTGTACATGAGTACGTGCTTT;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=45;WE=99164442;WS=99164424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,69:0.60:115
chr1	99225627	rs2019213	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=373;ReadPosRankSum=-1.360;SC=CTACGTGGGAGTCATTCCTTA;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=30;WE=99225635;WS=99225617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr1	99387628	rs34854879	T	TA	2280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=60;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.721;SC=AAACATTCAATAAAAAAAATG;SOR=1.164;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=71;TCF=2;TCR=69;TR=61;WE=99387636;WS=99387618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,98:0.97:101
chr1	99418626	.	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=0.967;SC=CCTTACTTACGGTCAGATACA;SOR=0.345;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=99418634;WS=99418616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	99418911	.	T	TTG	142.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=9.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=1.922;SOR=1.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr1	99418948	.	T	TGTGA,TGTGTGA	178	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0,0;NR=13,13;PP=144,178;QD=11.3076923077;SC=TGTGTGTGTGTGTGAATTTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=13,13;WE=99418956;WS=99418938;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.72:18
chr1	100111827	.	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.924;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr1	100152443	rs1338576	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.320;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=152;ReadPosRankSum=1.048;SC=TAGATTCTATTTTTTAAACTG;SOR=0.525;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=9;WE=100152451;WS=100152433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	100184963	.	CA	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.471;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	100316589	rs2307130	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=0.427;SC=CAAATCCTCTAGAAGCCAAAA;SOR=1.830;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=14;WE=100316597;WS=100316579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr1	100316765	rs663848	C	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	100327026	rs2307129	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=1.537;SC=TTAAGTCCTACGATGAGTTTA;SOR=0.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=14;WE=100327034;WS=100327016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr1	100329889	rs535461	G	C	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=24;PP=1514;SC=TTCATTTTAGGCTGGTTTTGT;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=77;WE=100329897;WS=100329879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	100335883	rs903126	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=1.060;SC=ATTTTATTTCACCTCTAAACT;SOR=1.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=7;WE=100335891;WS=100335873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	100336361	rs2230306	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=4;PP=227;SC=AGCTTAAACTCTGGGAATTTT;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=100336369;WS=100336351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	100340225	rs634880	G	A	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=15;PP=945;SC=TTAAGGTATCGTCTTTTCTTT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=100340233;WS=100340215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	100342227	rs3736295	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=-2.192;SC=ATCTGCTTTACTGATTTTCTT;SOR=0.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=22;WE=100342235;WS=100342217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr1	100343153	rs2291638	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=-0.381;SC=AATTGTTTTCATTTTATTTCT;SOR=0.941;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=16;WE=100343161;WS=100343143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	100345409	rs2392077	C	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=359;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TTGTCTCTTTCCTTCCTCCTA;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=21;WE=100345417;WS=100345399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr1	100346741	rs3736296	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=-1.367;SC=CAGGTTTGTTTATATGTTGTT;SOR=0.907;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=21;WE=100346749;WS=100346731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr1	100350383	rs2234707	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=136;ReadPosRankSum=0.187;SC=AGGACCAGCAGTGTCAGCATC;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=100350391;WS=100350373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr1	100357141	rs2035961	T	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=339;ReadPosRankSum=-1.601;SC=AAATTAACTTTCAAATTTATT;SOR=0.372;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=21;WE=100357149;WS=100357131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
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chr1	100614419	rs72728143	A	T	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=253;ReadPosRankSum=-1.269;SC=ACCAAAAAAAATTTTTTAATT;SOR=0.199;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=19;WE=100614427;WS=100614409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr1	100617887	rs2784177	C	T	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=606;SC=GTTAGTGATACACACATTACT;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=100617895;WS=100617877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	100671866	rs34229137	T	A	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=2.136;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.512;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr1	100672060	rs12021720	T	C	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=36;PP=1264;SC=CTGAGCTGACTCACAGAGCCC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=100672068;WS=100672050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
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chr1	100715454	rs3806235	G	A	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=94;PP=2795;SC=TGGGAAACGCGCCTCCCCCTG;SOR=1.361;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=47;TCR=94;TR=141;WE=100715462;WS=100715444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	100733207	rs60634058	G	GT,GTT	2233.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=-3.169;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,73,52:0.52,0.37:141
chr1	100733552	rs4298755	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=371;SC=TCTAGGTGCATAAAAACCCAA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=100733560;WS=100733545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	100750733	rs58046505	AGTTTT	A	2325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=15;PP=1342;SC=CTTAGTAATTAGTTTTGTTTT;SOR=1.412;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=27;WE=100750745;WS=100750723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	100817529	rs35169146	AGT	A	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	100818464	rs594529	T	C	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=8;PP=558;SC=GGCGAGTGACTTCAGCTGGCC;SOR=1.140;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=29;WE=100818472;WS=100818454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	100856567	.	T	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.665;SC=AGATTTTATTTTCTACTAGTT;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=9;WE=100856575;WS=100856557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	100961779	rs149672640	ATT	A	422.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.12;ReadPosRankSum=0.796;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr1	100970346	rs10875295	T	C	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=32;PP=1229;ReadPosRankSum=0.614;SC=ACCTTGCTTATTCTCTTGTTT;SOR=0.556;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=81;WE=100970354;WS=100970336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,128:0.60:213
chr1	101004859	.	C	T	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=704;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GGGCAGCTACCGCCTGCTACG;SOR=0.603;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=47;WE=101004867;WS=101004849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,81:0.46:175
chr1	101194965	rs68164684	G	GT	255.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.05;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr1	101203827	rs3176879	G	A	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	101342497	rs2295280	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=0.366;SC=ATAGTGTCTATATAGATCATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=101342505;WS=101342487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	101372607	rs4908106	C	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=302;SC=GACTTGTTACCAATTGAACAC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=101372615;WS=101372597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	101377845	rs10493940	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=1.393;SC=GGTTTCTGTCATAATTATTTA;SOR=0.519;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=101377853;WS=101377835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	101487373	.	AACACAC	A	102	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=102;QD=21.0;SC=TGACCATTCTAACACACACAC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=101487386;WS=101487363;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	101704532	rs3737577	G	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=1.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr1	101704577	rs41287280	C	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=413;ReadPosRankSum=0.675;SC=CAAGGCCCACCGCAGCTCGGT;SOR=0.469;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=35;WE=101704585;WS=101704567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr1	102269923	rs111710000	G	A	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=622;ReadPosRankSum=0.401;SC=GAAAGTATTGGTTATGGAAGG;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=47;WE=102269931;WS=102269913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,65:0.49:133
chr1	102271774	rs4907955	G	A	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=553;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TTAGGTGAACGCAGCCAATGA;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=44;WE=102271782;WS=102271764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,76:0.47:163
chr1	102296144	rs10493974	T	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=230;ReadPosRankSum=0.740;SC=CCAATGCACATTCATTTCTAG;SOR=0.622;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=16;WE=102296152;WS=102296134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	102296279	rs10493973	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.340;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,44:0.39:114
chr1	103347416	rs12140745	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=131;ReadPosRankSum=-0.812;SC=AGTAAGACTAAGAAAATAAAG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=103347424;WS=103347406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	103352283	.	AC	A	673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.261;NF=4;NR=8;PP=444;ReadPosRankSum=0.861;SC=TAAACATTTAACTAGAATGAA;SOR=0.448;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=12;WE=103352291;WS=103352273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	103352451	rs2229783	A	G	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=491;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TCATATGCTCAATGTCTTGTT;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=39;WE=103352459;WS=103352441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr1	103354138	rs1676486	A	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=13;PP=655;SC=CTTACTGGAGACCCAGGAGGC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=103354146;WS=103354128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	103354428	rs1763347	A	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	103354939	rs113226085	C	CTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTG	669.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=6,6;NR=0,0;PP=99,165;SC=ACTTAAAGGACTGTGTGTGTG;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6,6;WE=103354947;WS=103354929;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.50:16
chr1	103356168	rs1085	A	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=195;SC=TACGGAGTTGAAAATAGTAAT;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=103356176;WS=103356158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	103379870	rs28648038	A	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.261;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr1	103379918	rs3753841	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr1	103380128	rs12121498	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	103380379	rs34228277	T	TAA	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.75;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	103380393	.	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	103380472	rs116009678	T	A	140.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.11;ReadPosRankSum=1.465;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	103380486	rs111980222	G	A	132.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.01;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	103381296	rs12120961	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=339;ReadPosRankSum=0.982;SC=TTTACATTTATAAAATTCAAA;SOR=0.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=21;WE=103381304;WS=103381286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr1	103388990	rs147848946	TA	T	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=10;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=187;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CTGATGTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=18;WE=103388998;WS=103388979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr1	103399906	rs11164640	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AAGTTCTTACGTAGAAAAAAA;SOR=1.136;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=6;WE=103399914;WS=103399896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	103400491	rs11164641	GA	AT	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=512;SC=ATTTAAATTTGATTTAATGTC;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=103400500;WS=103400481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	103405793	rs2126642	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	103405892	rs17127270	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.294;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr1	103427381	rs1012282	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.155;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr1	103427407	rs1012281	T	C	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=171;ReadPosRankSum=2.048;SC=GGCTATTTATTATCATCATAC;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=12;WE=103427415;WS=103427397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr1	103428389	rs1841834	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=14;PP=360;SC=CTCAAAAACAGTATTATTACA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=103428397;WS=103428379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	103435626	rs2061710	G	A	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=133;SC=ATATATATATGTATATTTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=103435634;WS=103435616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	103444497	rs1903787	A	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=317;ReadPosRankSum=-0.328;SC=AGATGAACCCAAACTAATGCC;SOR=0.803;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=23;WE=103444505;WS=103444487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr1	103444679	rs11164649	T	G	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=622;ReadPosRankSum=-1.756;SC=GACAGTTCAATTTCAATATGC;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=45;WE=103444687;WS=103444669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr1	103445223	rs2622846	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.753;SC=AACCTTCTGAGTAAATGAATT;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=8;WE=103445231;WS=103445213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	103449598	rs2615978	G	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=249;SC=AAGTACTCATGATAATATAGA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=103449606;WS=103449588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	103455217	rs1463034	C	T	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=5;PP=88;SC=GTGCTGATAACGAGGGAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=103455225;WS=103455207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	103461508	rs2622867	T	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=5;PP=153;SC=AACATTTCACTTTGAAAGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=103461516;WS=103461498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	103462473	rs2786125	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=201;SC=ACATAGTCTAATTTCTAAAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=103462481;WS=103462463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	103463976	rs2622870	G	T	145.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	103467615	rs2929162	C	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=354;SC=CTATAGTACACAGTGAGTTAT;SOR=2.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=103467623;WS=103467605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	103468609	rs2251895	A	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	103471456	.	CCATCAT	C,CCAT	3726.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,80:0.13,0.87:92
chr1	103471734	rs71592255	A	AAAATAAATAAAT	1798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.34;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	103483514	rs945748	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.360;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	103487394	rs35291481	CT	C	610.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.204;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
chr1	103496620	rs7523441	G	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=4;PP=189;SC=ACTGCACTGCGATGTCCATAT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=103496628;WS=103496610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	103496805	rs36076089	GA	G	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.006;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.578;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	103548319	rs11164662	C	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=1.050;SC=AGTGTAATAACTTTTAGTAAT;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=6;WE=103548327;WS=103548309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	103548497	rs11164663	A	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=253;ReadPosRankSum=-0.429;SC=AATTGTGAAAATCTAGTGCTT;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=18;WE=103548505;WS=103548487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr1	103573547	rs6691654	G	A	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=4;PP=309;SC=AGAGCGGGGAGGAAGGGTAAA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=103573555;WS=103573537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	104076462	rs6697444	C	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=29.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	104076495	rs6702220	A	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=208;SC=TAGATCAGTAAATCATACATT;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=104076503;WS=104076485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	104076537	rs6702324	A	T	225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=6;PP=127;SC=GTGTTTTTTTAAATCAGTTAT;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=104076545;WS=104076527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	104080169	rs10736038	G	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=197;SC=AGAGACTCTTGCTCTCCCTAG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=104080177;WS=104080159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	104084226	rs10881232	A	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=137;SC=CTTCCTAGTTACCAAATTTAC;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=104084234;WS=104084216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	104086145	rs10785725	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=414;SC=ATAATGTTTCATATTTTAGTA;SOR=1.308;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=104086153;WS=104086135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	104117921	rs140978983	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.669;NF=16;NR=11;PP=372;ReadPosRankSum=-1.780;SC=CAATCAACGAGGACATGGGGC;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=27;WE=104117929;WS=104117911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr1	104162500	rs189415154	G	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.169;NF=9;NR=13;PP=257;ReadPosRankSum=1.135;SC=GTAGGATAAGGAATGAGACAT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=22;WE=104162508;WS=104162490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr1	107599243	.	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=0.493;SC=GAAGTAGGAAGGACGAGCGCG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=107599251;WS=107599236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	107946262	rs12126267	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=-0.216;SC=AACCTGGGAGGTGGAGGTTGC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=11;WE=107946270;WS=107946252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr1	107946324	rs71897263	CA	C	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=2.293;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr1	107979396	rs480392	A	C	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.83;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	107979396	.	AAATTC	CAATTC,CAATTT	422	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=16,7;NR=36,18;PP=422,352;QD=8.78406177975;SC=GTCTGCCGGGAAATTCCTGGC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52,25;WE=107979409;WS=107979386;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:52
chr1	107979401	.	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=3.316;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr1	108023589	rs4915045	A	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.945;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr1	108119007	rs112984085	G	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-2.385;SC=AAGTAGTAAAGCAGTACCTGA;SOR=0.769;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=14;WE=108119015;WS=108118997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr1	108138961	rs17229705	T	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=503;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ACTCCACAAGTTCCTTTGGAA;SOR=1.193;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=26;WE=108138969;WS=108138951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr1	108292260	rs6672483	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=301;ReadPosRankSum=-1.151;SC=TGGTTTAGAAACATGGGTTAT;SOR=1.382;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=19;WE=108292268;WS=108292250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr1	108293874	rs7516071	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=1.697;SC=ACATGAAAATAAAAACAAATA;SOR=1.124;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=9;WE=108293882;WS=108293864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	108293899	rs7518423	T	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=1.427;SC=TAGAGATATTTACTCAAGACA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=108293907;WS=108293889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	108299775	rs34437461	ATG	A	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=34.17;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	108299809	rs12138353	G	A	558.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=497;ReadPosRankSum=-0.954;SC=GTGTGTGTGTGTATGCAATTT;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=108299817;WS=108299799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr1	108307636	rs12735293	G	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr1	108307642	rs7514025	C	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=378;SC=TAAAGAGGAACACATTGCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=108307650;WS=108307626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	108307727	rs7528153	T	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=268;ReadPosRankSum=0.402;SC=TCTTCTTTTGTCTTAGAAATG;SOR=0.594;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=26;WE=108307735;WS=108307717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr1	108313258	rs6583048	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.886;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=0.078;SC=GATGACTTACCTTTTCTATTG;SOR=0.719;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=14;WE=108313266;WS=108313248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr1	108315305	rs4611048	C	T	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=12;PP=916;SC=TGTTAATTAGCCTTTCCTAAT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=108315313;WS=108315295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	108507541	.	GGCCGCC	G,GGCC	551.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.22;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=10,10;PP=168,288;SC=GCAAGGATGCGGCCGCCGCCG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=11,11;WE=108507554;WS=108507531;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.64,0.36:14
chr1	108679532	rs17513812	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=0.927;SC=CAATTATGACCCAGAATGATA;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=108679540;WS=108679522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	108681600	rs34563977	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=145;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ACAGTCTGCATCTTAGTAGAA;SOR=0.242;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=108681608;WS=108681590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	108700316	rs829002	G	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=0.377;SC=TTTTAGAGAAGAATCATGTTA;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=12;WE=108700324;WS=108700306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr1	108724518	rs490680	A	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=367;ReadPosRankSum=-0.048;SC=TCTAATGCAGAATATTAAAGT;SOR=0.410;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=28;WE=108724526;WS=108724508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr1	108724693	rs491785	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=-1.602;SC=CTCAGAACTGGTAAGAACCAC;SOR=0.619;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=9;WE=108724701;WS=108724683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	108728484	rs862493	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.805;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr1	108734993	rs521545	G	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=GCTGGTCAACGACCTGAACAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=108735001;WS=108734987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	109170746	rs2133198	C	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=583;SC=TGACCATTAACTTTTTGGCAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=109170754;WS=109170736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	109255513	rs3006864	G	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	109260357	rs4970804	G	A	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=33;PP=1765;SC=AGTCATCCTCGTAGGTATCTT;SOR=1.132;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=94;WE=109260365;WS=109260347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	109265029	rs4423040	G	T	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	109268573	rs4494160	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=380;ReadPosRankSum=-1.486;SC=AGTGTTTTTGTCTATAACAAG;SOR=0.379;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=28;WE=109268581;WS=109268563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr1	109270402	rs10494096	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=1.864;SC=TGATGGGACCGCCATTTTCCC;SOR=0.385;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=109270410;WS=109270392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	109270727	.	G	A	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-2.433;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,59:0.38:156
chr1	109273456	rs4970809	A	G	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=904;ReadPosRankSum=1.688;SC=GCCTCCTAGGATGCATCACAT;SOR=0.745;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=63;WE=109273464;WS=109273446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,78:0.38:206
chr1	109273610	rs4970810	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=315;ReadPosRankSum=-0.083;SC=ATCCAGGCATGAGCCTTTCCT;SOR=0.633;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=20;WE=109273618;WS=109273600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr1	109289353	rs1124427	C	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr1	109315211	.	A	G	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=37;QD=17.9428031368;SC=TACATTATATATAACATAAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=109315219;WS=109315201;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr1	109337572	rs1149158	A	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=0.084;SC=AACAAATTTCAAGGATAAACT;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=7;WE=109337580;WS=109337562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	109338861	rs1127635	G	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=0.171;SC=TTAAGGACCTGGCACTTGGAA;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=18;WE=109338869;WS=109338851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr1	109342716	rs1277239	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CAAAGAAAAGACTAATCTTAT;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=5;WE=109342724;WS=109342706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	109351501	rs1149154	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=93;ReadPosRankSum=0.369;SC=GATGAATAGCATTTCTTTTTG;SOR=0.507;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=109351509;WS=109351491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr1	109358755	rs11453763	A	AT	796.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=480;ReadPosRankSum=-0.957;SC=TTTTCTTTGCATTTTTTTCTT;SOR=0.575;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=21;WE=109358763;WS=109358745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr1	109363075	rs1333128	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=1.935;SC=ATCTAGGTTATCTTGGGGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=10;WE=109363083;WS=109363065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr1	109363140	rs1333129	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=-1.339;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr1	109363232	rs1333130	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr1	109366286	rs7522157	C	T	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=520;ReadPosRankSum=1.960;SC=AGAATCAGAACAGAAGCTGTG;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=39;WE=109366294;WS=109366276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,72:0.44:165
chr1	109366370	rs7522260	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=0.756;SC=TCATAAAATACGGTGTGGAGA;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=18;WE=109366378;WS=109366360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr1	109372968	rs1277221	T	G	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=103;SC=TTGTAAAATCTCCCATGGTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=109372976;WS=109372967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	109376985	.	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=0.541;SC=ATGCCAATTTCACAGTCACAT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=109376993;WS=109376975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	109377157	rs5776950	TA	T	569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.562;NF=4;NR=10;PP=158;ReadPosRankSum=-0.785;SC=GTAACTAATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=14;WE=109377166;WS=109377147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,38:0.90:42
chr1	109391486	rs1149142	G	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=597;SC=TTTCTCATGTGTGAATTTGGT;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=109391494;WS=109391476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	109395105	rs1277207	C	T	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=967;ReadPosRankSum=0.486;SC=ACAAGTCTCACTATGCATAGC;SOR=0.646;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=112;TCF=44;TCR=68;TR=66;WE=109395113;WS=109395095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,99:0.55:180
chr1	109428249	rs10857987	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=1.580;SC=TTATTTTAAAGTGTTTTTAAC;SOR=0.653;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=109428257;WS=109428239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	109440215	rs41279678	G	A	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=700;ReadPosRankSum=2.411;SC=TGTTGTCAGCGACACCTAGAT;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=49;WE=109440223;WS=109440205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,75:0.47:160
chr1	109456850	rs1664419	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	109465165	rs35029887	ACTT	A	4651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.135;NF=11;NR=33;PP=1816;ReadPosRankSum=-0.025;SC=TTCAACAACAACTTCTTCCAC;SOR=0.746;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=26;TCR=72;TR=44;WE=109465175;WS=109465155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,123:0.47:261
chr1	109466562	rs151310940	TTTTTTTG	T	1065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.034;QD=18.37;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr1	109466858	rs705268	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=1.091;SC=TATTTTTTTCGTTCTGCATAC;SOR=0.957;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=21;WE=109466866;WS=109466848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr1	109474221	rs1769740	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.549;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr1	109474250	rs66470959	T	TAA	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
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chr1	109480097	rs145683165	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=420;ReadPosRankSum=-1.130;SC=TACAAAAGTTATGAGGCATTT;SOR=0.560;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=29;WE=109480105;WS=109480087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr1	109482220	rs338480	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=242;ReadPosRankSum=0.970;SC=CGTGAGCCACCGCGCCTGGCC;SOR=0.668;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=16;WE=109482228;WS=109482210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr1	109482826	rs338479	C	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=373;ReadPosRankSum=-0.544;SC=CATTCCCAAACAAGACATTAC;SOR=0.737;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=26;WE=109482834;WS=109482816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr1	109483975	rs193139	T	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=465;ReadPosRankSum=0.333;SC=TCTATGTTCTTTCATTCTCAG;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=29;WE=109483983;WS=109483965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr1	109486016	rs17014489	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=0.349;SC=ATCCAAGGCAAGATTGCTCTC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=109486024;WS=109486011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	109486196	rs338466	A	G	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.030;NF=40;NR=33;PP=930;ReadPosRankSum=1.095;SC=TCCACAGCTCAGTAGCCACTA;SOR=0.589;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=147;TCF=86;TCR=61;TR=73;WE=109486213;WS=109486186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,115:0.49:235
chr1	109486240	rs3215062	TA	T	2585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.983;NF=6;NR=38;PP=1393;ReadPosRankSum=-2.096;SC=AGAAGTACCTTAAAACAGAGA;SOR=0.812;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=100;TCF=18;TCR=82;TR=44;WE=109486248;WS=109486230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,117:0.51:228
chr1	109490457	rs839543	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	109493134	rs34131552	G	GTTA	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr1	109524584	rs487901	C	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=1.443;SC=GTGGCTCATGCCTATAATCCC;SOR=1.457;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=13;WE=109524592;WS=109524574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr1	109525421	.	T	TA	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.822;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
chr1	109529322	rs61696019	T	TAA	1196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=18;PP=918;SC=GAATGAATATTAGTTATCCTA;SOR=1.942;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=109529330;WS=109529312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	109545046	rs184606	C	T	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=18;PP=428;SC=TAGAAAAAAACATATATATTT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=109545054;WS=109545036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	109618308	rs34069017	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=1.876;SC=GATTCTGTACGTGTTTCAGTG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=109618316;WS=109618298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	109642810	.	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=-0.492;SC=GAGCGGACTTCCGCTGTTTTA;SOR=0.442;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=5;WE=109642818;WS=109642800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	109648762	.	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	109704390	rs643197	C	G	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=9;PP=860;SC=GCTCCCTGCCCGGGGTCCCAG;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=109704398;WS=109704380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	109704525	rs74920406	C	T	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=510;ReadPosRankSum=0.781;SC=GTCTGAGTACCACTATGAGTA;SOR=0.812;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=46;WE=109704533;WS=109704515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,79:0.37:214
chr1	109704618	rs678238	A	G	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=57;PP=1629;SC=GCCTGACCCCATCAAGGGCAC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=92;WE=109704626;WS=109704608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	109714534	.	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CAACACGGACGAATGCACAGC;SOR=0.781;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=21;WE=109714542;WS=109714524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr1	109715067	.	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr1	109727475	rs649531	T	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=77;SC=AAAGGGAAGCTTGAGCAGGGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=109727483;WS=109727465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	109730692	.	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=197;ReadPosRankSum=0.180;SC=GAGCTCTTACCTGGCCCAGAA;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=13;WE=109730700;WS=109730682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	109734157	rs606066	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=1.162;SC=ATCTGCCCCATTGGTGTGTCC;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=11;WE=109734165;WS=109734147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	109734225	rs643785	G	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=-1.195;SC=AGACTGACCAGCAGGGACTTC;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=4;WE=109734233;WS=109734222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	109734541	rs645128	C	T	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=24;PP=591;SC=CCCAGGAGGACTCCTAGCATT;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=109734549;WS=109734531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	109735298	rs658779	T	C	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,84:0.59:143
chr1	109735416	rs659543	A	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=529;ReadPosRankSum=-1.547;SC=CTCCTGCCCCACTAACACAAT;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=37;WE=109735424;WS=109735406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr1	109735504	rs659659	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=1.574;SC=AAGGTACCTGTAGTCTGGCAT;SOR=0.368;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=109735512;WS=109735494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	109737063	rs2359246	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.342;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr1	109737090	rs2359245	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=295;ReadPosRankSum=0.806;SC=GCAACACTCCGACCAGGACTT;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=24;WE=109737098;WS=109737080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr1	109737132	rs2359244	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=-2.123;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,48:0.37:130
chr1	109737172	rs2359243	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,43:0.35:122
chr1	109737314	rs2359242	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr1	109737320	rs2359241	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-2.823;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	109740310	.	A	AGAGAGAGTGTGT	2734	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=62.72;NF=1;NR=20;PP=2734;QD=20;SC=CTTGTTTGAGAGTGTGTGTGT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=21;WE=109740319;WS=109740300;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,21:0.58:36
chr1	109740473	rs3818508	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=1.016;SC=CTTGTTTCACCCTTTCATAAG;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=3;WE=109740481;WS=109740463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	109740548	rs2296696	G	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=0.531;SC=GAATTGAAGTGGTTGCCAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=3;WE=109740556;WS=109740538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	109742452	rs913178	C	T	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=76;SC=AGTGAGAGCTCAGGTCTCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=109742460;WS=109742442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	109742485	rs913179	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=232;SC=GAACGTGCTCGGATGGGACCT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=109742493;WS=109742475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	109743262	.	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=1.001;SC=CCCATGGCATGGGAATAGGAC;SOR=0.610;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=109743270;WS=109743252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	109743622	rs3736956	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GGATGGGCACCCTGCTCCCCA;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=109743630;WS=109743612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	109745618	rs1052878	T	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=30;PP=1007;SC=TCAGGAGGCCTAGACATGGAC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=109745626;WS=109745608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	109771063	rs683182	T	C	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=58;PP=1742;SC=CTGTAAGTTATAGTTCTTTTC;SOR=0.967;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=100;WE=109771071;WS=109771053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	109771881	rs657511	G	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=2;PP=390;SC=GTGTGTGAAGGAAATCTCAGT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=109771889;WS=109771871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	109778577	rs658092	T	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=13;PP=532;SC=CTGTCACCGTTTCCTTGGGTC;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=109778585;WS=109778567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	109779556	rs631927	T	A	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.15;NF=18;NR=31;PP=921;SC=CCAAGTCAGGTGCTTGAAAGG;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=109779564;WS=109779546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	109779621	rs11439617	T	TC	979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=840;SC=AGGGCCCAACTCTCAGAATAC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=19;WE=109779629;WS=109779611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	109780612	rs11547492	C	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.982;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=-0.927;SC=TCCCCCTGCCCCCATCTGACT;SOR=0.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=109780620;WS=109780602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr1	109792735	rs144034706	A	ACGC	1840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.455;NF=7;NR=11;PP=793;ReadPosRankSum=0.167;SC=CCCCCTCCCAACGCCGCCGCC;SOR=0.885;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=18;WE=109792743;WS=109792725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr1	109794252	rs454107	T	C	8702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=117;PP=2965;SC=TCCTGGAGAGTGTCCCCTTAG;SOR=0.805;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=222;TCF=103;TCR=119;TR=220;WE=109794266;WS=109794242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	109795026	rs413380	T	C	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=64;PP=2340;SC=AGCTGGACTATGAAGACCAAG;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=131;WE=109795034;WS=109795016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	109795608	rs437444	T	C	4811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=49;PP=2185;SC=CTGAGGTCTTTCAGCTGGACA;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=105;WE=109795616;WS=109795598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	109796053	rs2359414	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=2.325;SC=GGGTAGCTCGCGGGGATGGTC;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=17;WE=109796061;WS=109796043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr1	109801121	rs684138	C	T	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=35;PP=1339;ReadPosRankSum=0.464;SC=AGATGCTCACCCACAGCATCA;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=111;TCR=71;TR=90;WE=109801129;WS=109801111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,145:0.51:285
chr1	109806313	rs653635	T	C	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1044;ReadPosRankSum=-1.623;SC=CCAACCCTGGTACCTCAGCCT;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=185;TCF=86;TCR=99;TR=73;WE=109806321;WS=109806303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,139:0.41:342
chr1	109810544	rs2281894	C	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=-1.926;SC=TGCTCCTGCGCAACGCCACGC;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=21;WE=109810552;WS=109810534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr1	109814721	rs614174	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=324;ReadPosRankSum=-0.704;SC=CACAGCTGTGGCAGAGCTGTG;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=18;WE=109814729;WS=109814711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	109815252	rs611917	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=306;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GCATGGTCTCATCTTCCTAGG;SOR=0.795;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=21;WE=109815260;WS=109815242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr1	109816176	rs441853	A	C	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=68;PP=2002;SC=GCAGCCGGGGAGGCCCCCCTC;SOR=1.103;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=119;WE=109816184;WS=109816166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	109824250	rs35358959	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=415;ReadPosRankSum=0.212;SC=CCCTCTTCATGTTGGAGGGCC;SOR=0.617;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=32;WE=109824258;WS=109824240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,48:0.44:109
chr1	109825360	rs643457	C	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=128;SC=AGATCTGAGCCGGAGAGAAAC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=109825368;WS=109825350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	109836835	rs3738777	A	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=1850;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TACCTTTGTCAGAGTACCATG;SOR=0.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=59;WE=109836850;WS=109836825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,89:0.53:167
chr1	109836842	rs646335	C	G	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,75:0.48:156
chr1	109838833	rs616899	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=459;SC=CTCAGCACAGTGCCCCCCAGA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=109838841;WS=109838823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	109838918	rs629001	C	T	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=25;PP=740;SC=GTAGTGCAGTCGGCCAGAGGC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=109838926;WS=109838908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	109839063	.	AT	A	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	109839392	rs604349	A	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
chr1	109839400	rs55660224	C	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=725;ReadPosRankSum=1.451;SC=CCATGCCTCCCTTACCTGCTT;SOR=1.014;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=22;WE=109839408;WS=109839382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr1	109839433	rs1278285	A	G	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=33;PP=1378;SC=CGAGGTCCGTAGTGATGGGGG;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=109839441;WS=109839423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	109839896	rs7515901	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.853;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr1	109839954	rs603624	G	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.082;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-1.248;SC=GAGCCTTGCCGCAGCTTCCCC;SOR=1.981;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=109839962;WS=109839944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr1	109840918	rs115030251	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=2.202;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr1	109883576	rs3217347	C	CAT	670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.148;NF=0;NR=11;PP=458;ReadPosRankSum=-0.278;SC=TAACCACACACGATTACCTGC;SOR=0.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=11;WE=109883584;WS=109883566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr1	109884775	rs2228604	T	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=0.502;SC=TCCTTCTTGTTGTATCCTAGA;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=16;WE=109884783;WS=109884765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr1	109897103	rs11142	A	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=592;ReadPosRankSum=0.618;SC=CTGATGATCTAAAGATTCTTC;SOR=0.503;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=40;WE=109897111;WS=109897093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr1	109910013	rs11581665	C	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=591;ReadPosRankSum=-1.997;SC=TGCTCCAACGCGTGTTATTGA;SOR=0.667;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=49;WE=109910021;WS=109910003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,92:0.44:207
chr1	109940503	rs72646553	G	C	149.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr1	109958035	rs1465607	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	110009434	rs2787015	A	C	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=529;ReadPosRankSum=2.110;SC=GAGCCAAGCCACCACGCCGCG;SOR=0.497;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=36;WE=110009442;WS=110009424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr1	110009654	rs138525393	AC	A	1754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.857;NF=2;NR=40;PP=1083;ReadPosRankSum=-1.128;SC=CACCGCCCTGACCCCCCGGCC;SOR=0.623;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=93;TCF=6;TCR=87;TR=42;WE=110009662;WS=110009644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,72:0.47:153
chr1	110018148	rs530565	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=351;SC=GGTTAGTTCTCGACTTTGGCC;SOR=1.284;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=21;WE=110018156;WS=110018138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	110030320	rs369959556	C	T	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=968;ReadPosRankSum=1.655;SC=GAGAGAACATCGAGATCATCC;SOR=0.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=70;WE=110030328;WS=110030310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,98:0.46:211
chr1	110030895	rs72074532	GTC	G	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=261;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GAGGGCTGGAGTCTCTTCTGC;SOR=1.371;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=110030904;WS=110030885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	110030945	rs1144593	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=298;ReadPosRankSum=1.063;SC=GAAGCGGCCAAATCCTCCTGT;SOR=0.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=23;WE=110030953;WS=110030935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr1	110031188	rs12049330	T	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=-0.314;SC=AAGGTCCAGCTTAAGGGAGGG;SOR=0.741;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=16;WE=110031196;WS=110031178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	110035159	rs11590351	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GTAGGACAGCTGGTAGGCCCC;SOR=0.603;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=15;WE=110035167;WS=110035149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr1	110035318	rs34382032	AT	A	69.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	110036998	rs17575205	G	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=466;ReadPosRankSum=-1.439;SC=TTGGAGGAGGGACCCCAGCAG;SOR=0.734;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=25;WE=110037006;WS=110036988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr1	110037838	rs749056	T	G	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=363;ReadPosRankSum=-3.155;SC=GTTTGGGTATTCCTCACCTCA;SOR=0.639;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=23;WE=110037846;WS=110037828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr1	110086796	.	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=719;ReadPosRankSum=-0.692;SC=TCCTGCAGTTCCTTCAGGGGA;SOR=0.649;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=48;WE=110086804;WS=110086786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,71:0.53:134
chr1	110141421	rs1889470	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=0.233;SC=ACAGAAATGTTTTCATGCTTT;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=110141429;WS=110141411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	110153198	rs6658641	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=187;ReadPosRankSum=1.407;SC=GATGGCCTGGGAGAAGTCAGA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=11;WE=110153206;WS=110153188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	110155524	rs2304355	T	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=479;ReadPosRankSum=1.742;SC=TTCAGGCCCCTAATCCTCTCT;SOR=0.719;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=25;WE=110155532;WS=110155514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr1	110168888	rs493972	C	G	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=43;PP=1651;SC=TGCGGAGCTGCAGCCTGCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=88;WE=110168896;WS=110168878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	110169190	rs865774	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=160;ReadPosRankSum=-1.889;SC=GAGGGGCTGCCTAGGAGCCAC;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=11;WE=110169198;WS=110169180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr1	110169957	rs524998	A	G	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=38;PP=1928;SC=GGTGTGGTGCATGTTGGGGGG;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=106;WE=110169965;WS=110169947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	110170896	rs863978	T	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=31;PP=1111;SC=TGGATGTGCATGCGGTCTGTG;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=110170904;WS=110170886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	110171705	rs523786	A	C	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=33;PP=1547;SC=TGACTTGCACATACCTGCATG;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=87;WE=110171713;WS=110171695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	110172346	rs5776989	T	TG	806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=750;SC=GCGTGCTGGGTGGGGGTCAGG;SOR=2.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=20;WE=110172354;WS=110172336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	110172362	rs2269341	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=383;ReadPosRankSum=1.740;SC=TCAGGGGCTCCGGTGAGCCCA;SOR=0.557;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=21;WE=110172370;WS=110172352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr1	110173775	rs568686	G	T	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=674;ReadPosRankSum=-1.300;SC=GCCTCAATGAGCCTGGTCCAT;SOR=0.515;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=48;WE=110173783;WS=110173765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,77:0.49:156
chr1	110199225	.	TG	T	127	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=14;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=21;MQ=58.86;NF=8;NR=5;PP=127;QD=10.6923076923;SC=TGCGCCGGGGTGGGGGGGGGG;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=13;WE=110199233;WS=110199215;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr1	110200152	rs113936771	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.627;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.548;NF=24;NR=13;PP=598;ReadPosRankSum=0.153;SC=TGCATATGGGAAGGGGATGCT;SOR=0.074;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=37;WE=110200160;WS=110200143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr1	110201413	.	G	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=0.026;SC=TCTGAGGGTGGTGACAGCTGT;SOR=1.204;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=11;WE=110201421;WS=110201403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	110201580	rs650985	C	T	5476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=68;PP=2498;SC=ATACATCCTACGTTACAGAGA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=141;WE=110201588;WS=110201570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	110201699	rs506008	T	C	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=38;PP=1515;SC=TGGACGCCTTTCCAAATCTGA;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=71;WE=110201707;WS=110201689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	110201809	rs562996	G	T	7338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.63;QD=44.48;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	110201812	rs563003	A	G	7414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=43.87;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	110207624	.	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=242;ReadPosRankSum=-1.327;SC=AATTATGATTCTGTTCTAGGT;SOR=0.821;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=19;WE=110207632;WS=110207614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr1	110210780	rs530021	C	G	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=4.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.139;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,63:0.54:116
chr1	110210818	rs2073483	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=11.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.548;SOR=2.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr1	110212293	rs3819350	C	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=278;ReadPosRankSum=0.707;SC=CTGGTGAGTTCTTGGTCTTGC;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=20;WE=110212301;WS=110212283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr1	110242989	.	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQRankSum=-1.405;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr1	110252010	rs1292098	T	C	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=25.30;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	110252091	rs35677255	G	A	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=77;PP=2166;SC=CTTAATAAAAGCTTGCTGGTT;SOR=4.472;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=15;TCR=77;TR=92;WE=110252099;WS=110252081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	110255174	rs929166	T	G	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=16;PP=1057;SC=GCTGGCCTGGTGCAGAGAAAG;SOR=1.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=110255182;WS=110255164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	110279701	rs7483	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=0.547;SC=GCTCAGCATACAGGCTTGTTG;SOR=0.543;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=26;WE=110279709;WS=110279691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr1	110279821	rs1537234	C	A	2694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1023;ReadPosRankSum=0.034;SC=AATCTTATAACGACCCCAACC;SOR=0.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=68;WE=110279829;WS=110279811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,134:0.49:275
chr1	110279914	rs1571858	C	T	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=823;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GACAGTGCCTCCAAGGTATAG;SOR=0.506;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=52;WE=110279922;WS=110279904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,65:0.52:126
chr1	110280381	.	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-0.786;SC=TTCCTGAGAGGAAAAAACAGA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=18;WE=110280389;WS=110280371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr1	110281941	rs10735234	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=186;ReadPosRankSum=-0.097;SC=TATTCTATCCGGGTTAAGATC;SOR=0.420;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=13;WE=110281949;WS=110281931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr1	110282972	rs1332018	G	T	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=61;PP=1325;ReadPosRankSum=0.397;SC=CTTTATACCCGACATAAGGGG;SOR=0.749;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=198;TCF=70;TCR=128;TR=96;WE=110282980;WS=110282962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,119:0.45:264
chr1	110292856	rs15864	G	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=-1.085;SC=GTTTGCTTCAGCCTCTGGGCC;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=110292864;WS=110292846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	110295553	rs58548898	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=2.670;SC=GCCTATGTCCCAGCCCTGAGA;SOR=1.930;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=110295561;WS=110295543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	110295772	rs1887547	T	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=325;ReadPosRankSum=0.968;SC=GCCAGTCATCTGAGAATGTGG;SOR=0.619;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=24;WE=110295780;WS=110295762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr1	110295890	rs1887548	C	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=257;ReadPosRankSum=0.929;SC=GGGACGCGGACAGGGAGGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=17;WE=110295898;WS=110295880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr1	110299691	rs11102001	G	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=392;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CTCTCAGGTGGGCTTAGACAG;SOR=0.862;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=28;WE=110299699;WS=110299681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,56:0.42:132
chr1	110300277	rs11102002	C	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr1	110300504	rs10776700	A	G	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=44;PP=1625;SC=AGGGGCCAAGACGGTGGGCCA;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=90;WE=110300512;WS=110300494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	110301260	rs6693815	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=-1.385;SC=CTGTCCTGGCCTGGCTGAAGG;SOR=0.647;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=31;WE=110301268;WS=110301250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr1	110301766	rs146917181	AGTGTGTGT	A	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.87;ReadPosRankSum=-1.204;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	110466338	rs333970	C	A	15767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=1.442;SC=TAACTGGTACCGCCTTGCCCA;SOR=0.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=371;TCF=192;TCR=179;TR=369;WE=110466360;WS=110466328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,600:1.00:601
chr1	110466709	rs333971	T	C	5711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=74;PP=2525;SC=GAGGGATCCTTCAGCCCGCAG;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=126;WE=110466717;WS=110466699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	110467745	rs333972	A	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=11;PP=675;SC=GATGTCTAATACCAGCCCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=110467753;WS=110467735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	110555158	.	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr1	110558276	rs11384766	A	AC	1457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=793;SC=ATTAGATAAAATTTTGAGTTT;SOR=1.236;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=110558284;WS=110558266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	110558807	.	T	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.214;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=0.292;SC=TGTGGAGGGATGACAAGGAAA;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=110558815;WS=110558797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	110560915	rs186724	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=298;ReadPosRankSum=-2.151;SC=AGCCTCTGGTCTCCTATGTTC;SOR=0.233;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=22;WE=110560923;WS=110560905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr1	110581780	rs1834	T	G	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=696;ReadPosRankSum=1.210;SC=TGTAACTGGTTTCTTGCCCTG;SOR=0.908;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=50;WE=110581788;WS=110581770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
chr1	110592048	.	CTT	C	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.602;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	110593204	.	G	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=1.143;SC=GAGGGCTCTTGCAGAGCAGAG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=12;WE=110593212;WS=110593194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	110603286	rs144523285	A	AGGTGCTTCCTCCGTGGTGTCCAGGCAGG	2502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=2798;SC=TTGGAGGCAGAGGTGGGCTGG;SOR=4.332;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=110603294;WS=110603276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	110612925	rs2274568	G	A	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	110709719	rs7527375	T	C	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.51;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	110709719	.	TG	CA,CG	902	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=12,27;NR=18,30;PP=797,902;QD=28.3489291621;SC=AGGAGCTGGATGCAGAGGACC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=30,57;WE=110709742;WS=110709709;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.53:57
chr1	110709720	rs12737742	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr1	110709734	rs41281364	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.334;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=902;ReadPosRankSum=0.311;SC=AGGACCGGCCGGCCTGGAACA;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=27;WE=110709742;WS=110709709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr1	110716511	rs12747833	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=1.916;SC=ATGGCGCTGCCGACGTGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=110716519;WS=110716501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	110735037	rs2603583	T	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=310;ReadPosRankSum=0.305;SC=ACCCATGAGGTTCCCACCTGG;SOR=0.275;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=18;WE=110735045;WS=110735032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr1	110741086	rs41306175	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=412;ReadPosRankSum=-2.778;SC=AAGCCCTGCCCGCCTCTCCCC;SOR=0.560;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=26;WE=110741094;WS=110741076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr1	110765535	rs611587	C	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=5;PP=612;SC=CCAGCTGGGCCCATCCATCCC;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=110765543;WS=110765525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	110766454	rs59123361	G	A	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.597;SC=ACTTCCCCCCGGGACAGCACC;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=158;TCF=69;TCR=89;TR=68;WE=110766462;WS=110766444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,115:0.49:236
chr1	110882444	rs814771	A	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.352;NF=15;NR=9;PP=354;ReadPosRankSum=-1.966;SC=GCGGGGGCGAATCGCGCAGCA;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=24;WE=110882452;WS=110882434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr1	110883892	.	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=298;ReadPosRankSum=-2.476;SC=GATGGTTGGTCCTTGGACCGG;SOR=0.673;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=20;WE=110883900;WS=110883882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,41:0.41:99
chr1	110949720	rs6671673	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr1	110949857	rs6684395	A	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.732;SC=AGGGCTCGACACTGCACAACT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=110949865;WS=110949847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	110950439	rs6674775	C	T	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=860;ReadPosRankSum=-0.843;SC=CTGACGAAGGCTTGGGCTCCC;SOR=0.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=65;WE=110950447;WS=110950429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,114:0.60:190
chr1	111059812	rs3841846	C	CGA	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.180;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr1	111060669	rs1281175	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=450;ReadPosRankSum=0.336;SC=TGACCACCTTTAGCTCCCTAT;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=28;WE=111060677;WS=111060659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr1	111061062	rs1281174	T	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=754;ReadPosRankSum=0.560;SC=GCATCCTTTTTTCCCGGTCTC;SOR=0.879;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=44;WE=111061070;WS=111061052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr1	111136611	rs17026168	G	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=434;ReadPosRankSum=1.334;SC=AGTCTTCCCCGCAAGTCCTGC;SOR=0.560;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=40;WE=111136619;WS=111136601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,72:0.54:134
chr1	111144526	rs4839071	T	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=2;PP=77;SC=AAATTGCCCTTTGTCAAAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=111144534;WS=111144516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	111144661	rs12407942	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	111144859	rs75305356	AT	A	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.775;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CAAATAGTCTATTTTTTTTCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=111144867;WS=111144849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr1	111390624	rs112561357	AT	A	133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=2.287;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
chr1	111390670	.	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=0.762;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	111434057	.	G	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.972;QD=9.71;ReadPosRankSum=-1.704;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,70:0.49:142
chr1	111434170	rs137933588	CTGGTG	C	2828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=35;PP=2036;SC=ACTGAAGAGGCTGGTGTGGGG;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=39;WE=111434182;WS=111434160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	111436857	rs1578956	TC	GT	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=21;PP=2170;SC=CACCCTGTACTCGTGCAAATG;SOR=1.202;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=59;WE=111436866;WS=111436847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	111437176	rs5777031	G	GA	291.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.555;NF=0;NR=10;PP=353;ReadPosRankSum=1.746;SC=TAATTGGGGGGAAAATTTGTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=111437184;WS=111437166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr1	111437520	.	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=0.395;SC=ACTGGAAATTCCTTATTCCTT;SOR=0.765;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=8;WE=111437528;WS=111437510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	111441829	rs1803259	C	T	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=43;PP=1390;SC=CTGCAGTAGTCCTGTGGTGAA;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=111441837;WS=111441819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr1	111494194	rs2232041	C	T	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=40;PP=1672;SC=CTTAGATTGGCCATGGAAGCA;SOR=0.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=111494202;WS=111494184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	111661413	rs325916	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr1	111726026	rs2243393	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=-0.853;SC=ATGATTTACTGTGTAGTTCAC;SOR=0.896;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=13;WE=111726034;WS=111726016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr1	111726213	rs694180	A	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=-2.733;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr1	111730901	rs608881	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr1	111737183	rs660173	C	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=470;SC=GGTGAGCCGTCCAGGGGCTGG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=111737191;WS=111737173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	111739788	rs78068836	C	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=582;ReadPosRankSum=-1.544;SC=CTGAGGAATCCTATCCCTACC;SOR=0.871;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=46;WE=111739796;WS=111739778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,59:0.41:143
chr1	111740695	rs41313999	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=1.727;SC=GGGTGGAGAGGAGGGCAAAGG;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=16;WE=111740703;WS=111740685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr1	111741188	rs41312686	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=259;ReadPosRankSum=1.277;SC=CTACAGGAGCCACAGAACTCA;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=16;WE=111741196;WS=111741178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	111742838	rs639306	G	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.17;ReadPosRankSum=1.419;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	111742841	rs12756391	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.17;ReadPosRankSum=1.419;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	111770423	rs755467	T	G	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=20;PP=691;SC=CAGCAGGAAATTTGGTGAGGA;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=111770431;WS=111770413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	111770591	rs2147790	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AGCAGTAGCCAGAACCCTTTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=111770599;WS=111770581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	111773568	rs2255089	G	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=744;ReadPosRankSum=1.567;SC=AAAACCAAGTGAGTAAGATGG;SOR=0.861;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=50;WE=111773576;WS=111773558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
chr1	111773830	rs2147789	A	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=367;ReadPosRankSum=1.797;SC=CAGCCAGAAAATAAATAATCA;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=25;WE=111773838;WS=111773820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr1	111778187	rs2251715	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=0.703;SC=GAAACCTCATAGATTCCAGGC;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=111778195;WS=111778177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	111778241	rs2764544	C	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=4;PP=279;SC=TATTGCACCTCGTTTCTTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=17;WE=111778249;WS=111778231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	111778824	rs2251608	T	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=28;PP=571;SC=GGGGTGGGGCTGGGGAGAGTC;SOR=3.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=111778832;WS=111778814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	111783982	rs13721	C	A,T	1369.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=11,11;NR=6,11;PP=187,218;SC=CAAGATCACGCGGCTCCAGGA;SOR=0.859;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=17,22;WE=111784004;WS=111783972;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.49,0.51:63
chr1	111783996	rs2494007	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=19;PP=800;SC=TCCAGGATCAACAGGTTCCCT;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=111784004;WS=111783972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	111784138	rs942694	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=3.863;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	111784148	rs2764551	T	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.95;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	111784158	rs942693	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	111784227	rs2182114	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CTCTATGTCACACCCGCGAGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=111784235;WS=111784217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	111784816	rs11102221	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=305;ReadPosRankSum=1.183;SC=GCCACCCTTCGAATCTCTGTG;SOR=0.350;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=23;WE=111784824;WS=111784806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr1	111785930	rs1056825	T	C	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=29;PP=634;SC=CTTGCCAGGCTGGCCTTTGGA;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=111785938;WS=111785920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	111825883	rs4406629	T	C	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.190;NF=39;NR=22;PP=936;ReadPosRankSum=1.298;SC=ATCAGAATGATTTTAAATCCT;SOR=0.578;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=61;WE=111825891;WS=111825873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,83:0.58:143
chr1	111826023	rs6688201	C	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=6.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQRankSum=0.979;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr1	111833441	rs11102235	G	A	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.338;NF=35;NR=34;PP=918;ReadPosRankSum=0.043;SC=CAAACAACTCGTTACAAAAAC;SOR=0.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=69;WE=111833449;WS=111833431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,91:0.53:171
chr1	111833488	rs34698010	C	CCT	3186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.316;NF=3;NR=36;PP=1669;ReadPosRankSum=-0.083;SC=CTTCATGAAACCTCCTCGTCT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=5;TCR=66;TR=39;WE=111833496;WS=111833478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,86:0.54:159
chr1	111833517	rs12026825	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=720;ReadPosRankSum=1.619;SC=ACAGGTGGCCGACTCTGGAGC;SOR=0.978;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=45;WE=111833525;WS=111833507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,65:0.55:118
chr1	111853060	rs143789088	A	AGCCAATCTAG	2002.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.716;SC=ACATATAAAAAGCTCTGCGGG;SOR=0.816;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=20;WE=111853068;WS=111853050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,52:0.41:127
chr1	111854207	rs4839122	T	C	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=20;PP=1145;SC=CTCACTGAGGTTGTAACAATT;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=111854215;WS=111854197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	111854223	rs6537695	C	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=471;ReadPosRankSum=-2.525;SC=CAATTTATGGCAAATTGGAAG;SOR=0.976;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=33;WE=111854231;WS=111854213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr1	111854755	rs4423003	A	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=617;SC=CAAAACTCACAGCACACTTCA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=111854763;WS=111854750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	111854889	rs41282492	A	G	3577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=3.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.898;QD=16.80;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,97:0.46:213
chr1	111854895	rs41282494	G	A	3606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=3.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.928;QD=16.47;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,98:0.45:219
chr1	111854938	rs41282496	G	T	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.858;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,122:0.47:262
chr1	111855149	rs74108971	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=-0.441;SC=TCTTTTATAACTGACAAAAAT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=111855157;WS=111855139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr1	111857087	rs2786151	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=8;PP=498;SC=CCAGATCCAACACTAAAGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=111857095;WS=111857077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	111857154	rs2786152	T	C	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=19;PP=1198;SC=CTATCCTTTGTTTTACAGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=111857162;WS=111857144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	111858291	rs2786155	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GAACCATAACTCATTTCATCT;SOR=2.645;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=12;WE=111858299;WS=111858281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	111858444	rs2786156	C	T	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=34;PP=1350;SC=GCAGTTTGGCCACAGAGTCCA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=73;WE=111858452;WS=111858434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	111858499	rs6661725	A	G	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=175;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=35;PP=690;SC=TACTGAGTACATATTCTGTGG;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=111858507;WS=111858489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	111858525	rs371155945	TAAATATAAGAATAAGA	T	2316.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.04;QD=43.71;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	111858526	.	AAATATAAGAATAAGACACTATCCTTGGCTT	CAATATAAGAATAAGACACTATCCTTGGCTT	2915	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000,1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=27;MQ=66.38;NF=0,2;NR=14,14;PP=2915,391;QD=20;SC=TTGTCAGGCTAAATATAAGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14,16;WE=111858563;WS=111858516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr1	111858526	.	AAATATAAGAATAAGACACTATCCTTGGCTT	A	2915	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000,1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=27;MQ=66.38;NF=0,2;NR=14,14;PP=2915,391;QD=20;SC=TTGTCAGGCTAAATATAAGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14,16;WE=111858563;WS=111858516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,14:1.00:14
chr1	111858542	rs376128132	CACTATCCTTGGCTT	C	2307.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.77;QD=43.54;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	111858589	rs2786157	G	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.658;NF=1;NR=8;PP=388;ReadPosRankSum=0.704;SC=AAGACTGAAAGAATATGAACA;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=111858611;WS=111858579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	111858603	rs2786158	G	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=360;ReadPosRankSum=0.880;SC=ATGAACAATGGCAATGCATTG;SOR=0.593;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=111858611;WS=111858579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	111861714	rs2786161	T	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=14;PP=729;SC=TAACATTTAATAGATTTGAAT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=111861722;WS=111861704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	111861822	rs17027410	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr1	111861841	rs2275253	A	G	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=23;PP=1024;SC=CTATGACAACATCAAGAGCTT;SOR=0.965;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=111861849;WS=111861831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	111861974	rs2275254	T	C	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	111862078	rs12094378	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=-0.923;SC=GGCCCTCGGCCTGCAGAGTGC;SOR=1.385;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=9;WE=111862086;WS=111862068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	111862952	rs2256721	T	G	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=24;PP=1303;SC=TTCTGTGCTGTCAGAGCCAAC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=111862960;WS=111862942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	111863224	.	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-1.593;SC=GTGGAAACCTCTTCCAGATAT;SOR=0.732;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=12;WE=111863232;WS=111863214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr1	111889457	rs11590153	A	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=274;ReadPosRankSum=-0.491;SC=AGTCTCCCCGACCTTCCCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=16;WE=111889465;WS=111889447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr1	111890240	rs142260201	C	CT	584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.78;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	111890244	rs3738305	C	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.37;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	111891192	rs2184884	C	A	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=893;ReadPosRankSum=2.945;SC=GCAGGAAAAACACAAACAAAA;SOR=0.695;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=74;WE=111891200;WS=111891182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,112:0.43:260
chr1	111892905	rs3820443	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.73;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	111892905	.	TAGGG	CAGGA,CAGGG	168	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=2,4;NR=6,16;PP=91,168;QD=18.0584843578;SC=TCATAGGTATTAGGGACTCTT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=8,20;WE=111892917;WS=111892895;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.40:20
chr1	111892909	rs56255516	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.482;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	111893708	rs10158004	G	A	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=3;PP=290;SC=AGATGATAAAGGGTAGATGTA;SOR=3.442;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=18;WE=111893716;WS=111893704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	111893788	.	GTTT	G	774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.82;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr1	111893958	rs1668	A	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=34;PP=1125;SC=GAGCGGCTGTAACTACCTTCA;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=111893966;WS=111893948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	111957097	rs7825	C	G	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=11;PP=718;SC=TAGGCTTCTTCATCCACAGCA;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=111957105;WS=111957087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	111957245	rs9629	G	A	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=46;PP=1575;SC=GCTGGATGACGGGGCTGGAGG;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=111957253;WS=111957235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	111957501	rs201350653	CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG	C	4704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.17;QD=40.56;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	111957514	.	GACTCACAGGGGTCACAGACTGATGACCCACAGGGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATA	G	2967	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=21;MQ=63.88;NF=12;NR=34;PP=2967;QD=20;SC=ACAGACTGATGACTCACAGGG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=46;WE=111957600;WS=111957504;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,46:0.87:53
chr1	111957547	.	GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA	G	5010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.31;QD=42.83;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	111957693	rs2485319	A	G	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.81;QD=26.49;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	111958021	.	T	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.337;SC=TCTCATCCTATTAATTACTGG;SOR=0.275;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=11;WE=111958029;WS=111958011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	111966291	rs954739	C	T	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=41;PP=1422;SC=AAGCAATAAACTTTTCACGGT;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=111966299;WS=111966281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	111969294	rs1264892	A	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=552;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TTAGTTGGCAAAAACCAAGGG;SOR=0.814;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=111969315;WS=111969284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr1	111969307	rs2275795	G	C	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	111969719	rs1264894	A	G	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=34;PP=1245;SC=CAGCCCTGTGAGAAACAAAGG;SOR=0.788;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=74;WE=111969727;WS=111969709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	111970431	.	T	TACACACACACAC	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=37.43;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	111985229	rs1264902	G	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=242;SC=ACACCCTCACGGTTCCCATTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=111985237;WS=111985219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	111990265	rs2298185	T	C	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=33;PP=1113;SC=ACTTCTAGGATTCAAAGAGCC;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=111990273;WS=111990255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	111991845	rs1270853	C	A	6163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=74;PP=2965;SC=CCGGAGACTCCGCTCCGGCAG;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=156;WE=111991853;WS=111991835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	111992095	rs1264899	C	T	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=39;PP=1389;SC=CCATCTTGGTCCTGCCCTGAC;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=111992103;WS=111992085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	111997063	rs12039127	G	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	112018657	rs6703267	G	A	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=27;PP=856;SC=CAGCATGGGAGGCAATGGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=112018665;WS=112018647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	112020238	rs2211494	A	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=12;PP=630;SC=CACCCACCTGACAACACCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=112020246;WS=112020228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	112026449	rs17027794	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr1	112028577	rs2275796	A	T	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=26;PP=707;SC=ACCCAGTTACAGTAGCTTCTG;SOR=2.833;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=29;WE=112028585;WS=112028567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	112029193	rs2252739	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=185;SC=TTCATCCGCCAAGACTATGAC;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=112029201;WS=112029183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	112029325	rs2800906	A	G	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	112031654	.	AAC	A	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=0.086;SC=CATCTGTGAAAACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=5;WE=112031663;WS=112031644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,6:0.14:44
chr1	112032051	.	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=-1.405;SC=GCCTCAGAATGAAACCAAACT;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=10;WE=112032059;WS=112032041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	112032347	rs2789539	G	A	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=49;PP=1529;SC=GAAAGAAAGTGATGTTTGGAG;SOR=0.962;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=81;WE=112032355;WS=112032337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	112033456	rs3831359	G	GA	1654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=1054;SC=AGTGAAAAGGGAAACAACCAG;SOR=1.123;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=112033464;WS=112033446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	112033515	rs2252198	T	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.97;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	112033519	rs2252197	A	G	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.65;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	112042632	rs2229155	A	G	4767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=51;PP=2201;SC=AGACCACACAAGCTTTGAGGA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=117;WE=112042640;WS=112042622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	112106342	rs1591711	C	T	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=18;PP=1012;SC=CTATTTTACACGCTAGGACAA;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=112106350;WS=112106332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	112106444	rs1591712	G	A	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=48;PP=1666;SC=CCTCCCAGCAGCTATATTTTC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=97;WE=112106452;WS=112106434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	112237915	rs7525307	A	T	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=74;SC=TAACATTCAAAGGAGTTTTCC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=112237923;WS=112237905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	112237932	rs41282530	T	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.566;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.368;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	112240038	.	CT	C	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.688;QD=3.47;ReadPosRankSum=-2.295;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr1	112251983	rs3738300	C	G	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=61;PP=1780;SC=TATGGTATTTCTAAGCTTCTG;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=102;WE=112251991;WS=112251973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	112269485	rs79913188	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=0.595;SC=AAAGGAACTTGGAGTTGGGCT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=112269493;WS=112269475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	112269872	rs197434	G	A	9247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=91;PP=2965;SC=CTGTCAGGGCGAACCTGCGGC;SOR=1.219;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=251;TCF=160;TCR=91;TR=250;WE=112269880;WS=112269862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	112298582	rs197392	A	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=-0.424;SC=GAGCCTTAGCAGCAGTGGCGA;SOR=0.894;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=22;WE=112298590;WS=112298572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr1	112298829	rs197393	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	112303260	rs169093	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=280;ReadPosRankSum=0.950;SC=CGAAGTATCTATCTTTAGCTT;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=17;WE=112303268;WS=112303250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr1	112303949	.	T	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	112305228	rs519155	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=174;ReadPosRankSum=0.289;SC=TACTGGAAGAATATAATATGC;SOR=0.283;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=14;WE=112305236;WS=112305218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr1	112305406	.	TA	T	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.019;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.504;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr1	112308953	rs197412	T	C	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=594;ReadPosRankSum=-1.081;SC=AATAAAGTTATTGAACAGAGA;SOR=0.730;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=38;WE=112308961;WS=112308943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr1	112308972	rs197413	G	A	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=615;ReadPosRankSum=-1.427;SC=GAGTCCCTGTGTTGGCAAGTA;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=38;WE=112308980;WS=112308962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr1	112309123	rs197414	C	A	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=49;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.939;SC=TGTGGATGATCGTATTTCTTT;SOR=0.613;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=178;TCF=94;TCR=84;TR=98;WE=112309131;WS=112309113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,154:0.56:273
chr1	112309331	rs85276	T	C	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.068;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=857;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CATAGGGAAATACGTCTGAGT;SOR=0.558;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=53;WE=112309339;WS=112309321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,84:0.57:148
chr1	112321032	rs640029	T	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-2.175;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr1	112991698	rs2256883	T	C	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=43;PP=1527;SC=TCTGCACAAATCCACTCTCTA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=112991706;WS=112991688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	112999227	rs1175641	G	A	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=39;PP=2400;SC=TAGAAAACCAGGTGCCTCCAC;SOR=1.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=106;WE=112999235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	113063125	rs910697	A	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=37;PP=1303;SC=GGCTGGACCAAACCTGAACAC;SOR=0.731;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=71;WE=113063133;WS=113063115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	113068577	rs35147679	C	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=345;ReadPosRankSum=-1.505;SC=TGTCACTTTACAGATGCTGTT;SOR=0.433;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=29;WE=113068585;WS=113068567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr1	113083439	rs10745330	C	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=262;SC=TCAGTGTTTTCATTTTTGGGA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=113083447;WS=113083429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	113098534	rs6658555	C	T	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=543;ReadPosRankSum=0.696;SC=ACCTTCTATTCGTTTCCAGTG;SOR=0.719;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=46;WE=113098542;WS=113098524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,77:0.52:147
chr1	113113167	rs71584748	GTATATATATATATA	G	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=2991;SC=AATAAAAGATGTATATATATA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=113113188;WS=113113157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	113140583	rs12049572	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=227;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TGAACAGATATGATACATACC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=23;WE=113140591;WS=113140573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr1	113160590	.	C	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=302;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TGATACCTATCCTCCAAAAAA;SOR=0.939;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=21;WE=113160598;WS=113160580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr1	113162412	.	C	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=-1.647;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr1	113196197	rs2932528	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	113202571	rs12120956	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAGCTATTCTGAGTTGATAAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=113202579;WS=113202561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	113236681	rs3748656	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=2.812;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr1	113237171	rs883593	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.069;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=427;ReadPosRankSum=0.049;SC=TGGAGCTGACAGGGCGCTGGC;SOR=1.136;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=31;WE=113237179;WS=113237161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr1	113238665	rs71584764	T	TA	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.160;NF=3;NR=3;PP=97;ReadPosRankSum=-1.150;SC=CCGTCTCAATTAAAAAAAATA;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=113238673;WS=113238655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	113239382	rs17030651	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=554;ReadPosRankSum=-1.023;SC=CACTGCTGGAGCGGCTGCTCA;SOR=0.701;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=47;WE=113239390;WS=113239372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,89:0.50:179
chr1	113239478	rs2999158	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=408;ReadPosRankSum=-1.173;SC=GGTATTCCCATGCCCTTGCCT;SOR=0.593;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=39;WE=113239486;WS=113239468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr1	113240790	rs12133583	G	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=347;ReadPosRankSum=0.254;SC=CCCACTGAAGGTGCAGCCCCT;SOR=1.247;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=20;WE=113240798;WS=113240780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr1	113241052	rs2306940	T	C	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=567;ReadPosRankSum=-1.223;SC=AGGGCAAAGCTCGCCTGAGCC;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=42;WE=113241060;WS=113241042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,66:0.50:133
chr1	113242488	rs3013431	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=591;ReadPosRankSum=1.043;SC=CTCTTCCCTCCCATGACCACA;SOR=0.870;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=44;WE=113242496;WS=113242478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,75:0.35:217
chr1	113243048	rs6679	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=330;ReadPosRankSum=-0.504;SC=GGCCCCACAGCCATGACTACC;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=25;WE=113243056;WS=113243038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,36:0.35:102
chr1	113244433	rs2279500	T	C	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=35;PP=1129;SC=AATGCCTCCTTCTCCAGCCCT;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=113244441;WS=113244423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	113246229	rs937053	T	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	113246506	rs2306937	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	113248365	rs954679	A	G	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=154;SC=CCTGTTTTGTAAAGATGGGCT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=113248373;WS=113248355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	113252614	rs41310100	C	A	128.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=73;SC=AATACAGACACACACCTTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=113252622;WS=113252612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	113254484	rs4839258	A	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=TTCCCAGTAAAGTGCTTTCTG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=113254492;WS=113254474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	113255389	rs10857971	C	T	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=1;PP=66;SC=GCATTCTCAACGGCCCCCACT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=113255397;WS=113255379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	113255537	rs144204359	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=138;ReadPosRankSum=-3.364;SC=CCTGAAGTATCTCTACCAGGT;SOR=0.756;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=11;WE=113255545;WS=113255527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr1	113456546	rs1049434	A	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=19;PP=990;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TGGGCCCTCCATCTGTGTCTT;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=60;WE=113456554;WS=113456536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
chr1	113460676	rs149491709	CAATA	C	181.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.88;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr1	113460687	rs201021807	T	G	190.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.16;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr1	113616382	rs56062000	G	GA	343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=332;SC=CCTAAGCTCTGAAGGAAACTG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=113616390;WS=113616372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	113636924	rs1216802	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=4;PP=662;SC=TTTATTTTACTAAATTTTTTC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=113636932;WS=113636914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	113657018	.	A	AT	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	113657092	rs1216793	A	C	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=1288;ReadPosRankSum=1.607;SC=AGACAGTAACACGAGGTGAAA;SOR=0.260;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=62;WE=113657100;WS=113657082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr1	113666349	.	T	TTGTGTGTG	181.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	114092111	rs10627819	G	GTTT	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.368;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	114092306	rs10858004	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=1.408;SC=TTTCTTAACTAATTAAACATC;SOR=1.292;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=15;WE=114092314;WS=114092296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	114137013	rs3834733	C	CAT	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=487;SC=GTTCAAACATCATGTCTTTTA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=114137021;WS=114137003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	114161116	rs1217200	C	A	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=73;SC=ACTCATATCACCTCTTTATTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=114161124;WS=114161106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	114191994	rs1743594	G	A	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	114224782	rs11438160	A	ATT	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.754;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr1	114234690	rs12138638	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=4;PP=193;SC=GAAACCTGTGCAGATGTTGTG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=114234698;WS=114234680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	114240319	rs3835263	T	TA	3543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=1816;SC=TCCAGGCATTTACTCAGCTTA;SOR=0.756;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=39;WE=114240327;WS=114240309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	114249382	rs6698586	C	T	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=39;PP=1082;SC=TATCCATGCCCTCTTGCCTCC;SOR=1.217;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=55;WE=114249390;WS=114249372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	114256077	.	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=423;ReadPosRankSum=0.586;SC=TTTAAAAAAGGAAAAGAAGAT;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=26;WE=114256085;WS=114256067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr1	114267347	rs1230640	C	T	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=22;PP=1089;SC=GTAAACACTACGTGAATACAA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=61;WE=114267355;WS=114267337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	114280717	rs2273758	A	C	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=13;PP=1019;SC=TGCTTATTCCAATTTCTCCAA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=114280725;WS=114280707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	114339956	rs34169583	C	CTAAA	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=783;SC=ATCGTATTTACTAATTTTTAA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=114339964;WS=114339946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	114354654	rs3195954	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=444;ReadPosRankSum=-1.425;SC=CTGCATTCGTTGGCGGCAGCG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=24;WE=114354662;WS=114354644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr1	114354942	rs3789604	T	G	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=64;PP=1634;ReadPosRankSum=1.168;SC=CGTCCGCGCATCGCGCAAGCG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=94;TCR=137;TR=107;WE=114354950;WS=114354932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,184:0.48:383
chr1	114357750	rs1217413	G	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	114372332	rs57877024	TA	T	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.919;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	114372528	rs3761935	T	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CTTTTAACATTTTCATTTTTA;SOR=0.883;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=8;WE=114372536;WS=114372518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	114377093	rs1599971	A	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=853;ReadPosRankSum=0.576;SC=TCGGTTCTTAAGAATAGTATT;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=114377101;WS=114377083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr1	114377148	rs1970559	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=110;ReadPosRankSum=0.449;SC=CATAAAACATTGAAAGGACCT;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=11;WE=114377156;WS=114377138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	114377568	rs2476601	A	G	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	114394463	rs3765598	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	114401231	rs1217418	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.915;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	114401507	.	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=224;ReadPosRankSum=-1.497;SC=GTGATCTTTCCGCCTCAGCCT;SOR=0.795;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=14;WE=114401515;WS=114401497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	114401904	rs1217419	T	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.665;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=0.253;SC=CAGTAAGCAATGGGTACAAAG;SOR=0.916;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=6;WE=114401912;WS=114401894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	114423653	rs1217382	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.048;NF=10;NR=5;PP=178;ReadPosRankSum=-0.105;SC=GAAAAAAGTGCTTTTTTATTT;SOR=0.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=15;WE=114423661;WS=114423643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr1	114424601	rs1217381	C	T	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=26;PP=822;SC=TCCACAGTGTCCTGGAGTATA;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=114424609;WS=114424591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	114429340	rs1746860	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=312;ReadPosRankSum=-2.197;SC=CCCAGGAATCTGGGCAATGAG;SOR=1.027;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=31;WE=114429348;WS=114429330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr1	114438951	rs1217401	A	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=436;ReadPosRankSum=0.051;SC=AAGGCGCAGCAAAGCAGTGAG;SOR=1.088;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=40;WE=114438959;WS=114438928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,48:0.35:139
chr1	114442355	rs3838300	C	CA	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.278;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	114443035	rs3789613	C	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-2.015;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	114443730	.	AAAT	A	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=0.645;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chr1	114443899	rs17464525	G	A	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=875;ReadPosRankSum=-1.137;SC=TGATGACAACGCCTCCTTCCT;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=62;WE=114443907;WS=114443889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,110:0.53:209
chr1	114444444	rs34751342	T	G	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.698;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr1	114447034	.	G	C	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=23;QD=28.8856062736;SC=TGATATGGAGGAAACTACCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=2;WE=114447042;WS=114447030;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr1	114449856	rs55868414	T	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.658;NF=1;NR=10;PP=101;ReadPosRankSum=-1.403;SC=TTTTTTTTTTTAATGTATAGA;SOR=0.976;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=11;WE=114449864;WS=114449846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr1	114472218	rs1217441	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=126;ReadPosRankSum=0.860;SC=GGGTTGAGGGACGGCCGCTCG;SOR=0.557;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=8;WE=114472226;WS=114472208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	114495348	.	G	GT	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.701;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=9.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.238;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr1	114504860	rs41302825	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=285;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TTTGAACAGAGAAGCTGAAAA;SOR=0.914;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=20;WE=114504868;WS=114504850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr1	114505000	rs17852555	G	A	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.941;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,92:0.56:165
chr1	114506258	.	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=-0.299;SC=CAAAAAAATTTTTTAGCTTAG;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=13;WE=114506266;WS=114506248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	114512939	rs3811018	A	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=-1.374;SC=TCTTAAAGAGACCTTAATTCA;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=15;WE=114512947;WS=114512929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr1	114634485	rs1053135	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=1.667;SC=GTGTCTCAGCTTTGACCTACA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=114634493;WS=114634475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	114641685	rs2774285	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=17;PP=817;SC=AGTGAGGGGTAGAATTACGTC;SOR=1.057;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=44;WE=114641693;WS=114641675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	114940632	rs5777192	CA	C	392.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=0.723;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr1	114942296	rs73003383	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AATTTGAAAATGCATAGCATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=114942304;WS=114942286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	114948281	rs6537825	A	G	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=55;PP=1956;SC=TGCAGGTTCAATTTTCACATG;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=104;WE=114948289;WS=114948271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	114949820	rs41274116	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=-1.498;SC=GTGAAGACAATAGACAATTAA;SOR=0.760;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=7;WE=114949828;WS=114949810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	114963113	rs7512590	A	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=609;ReadPosRankSum=-1.818;SC=GCCTTTTAGCAAAAGTGATAT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=41;WE=114963121;WS=114963103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr1	114967431	rs138642894	C	CTT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=0.438;SC=AAATTTATCTCAATTATAAAA;SOR=0.819;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=3;WE=114967439;WS=114967421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr1	114973429	rs12083584	T	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	115005658	rs142181114	TAAG	T	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=217;ReadPosRankSum=0.429;SC=ATATTTGCTTTAAGAAGAAGA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=115005668;WS=115005648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	115006230	rs34437690	TA	T	285.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr1	115053498	rs6691166	A	G	638.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=-1.535;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr1	115128455	rs76744724	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=1.268;SC=GTAGCGGCAGAAAAGAACTCA;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=7;WE=115128463;WS=115128445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	115143052	rs139820917	C	CTTA	950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.710;NF=1;NR=18;PP=812;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TCCTGTTATTCTTATATAAGT;SOR=0.334;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=19;WE=115143060;WS=115143042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr1	115143418	.	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=289;ReadPosRankSum=-0.079;SC=GCTATCAAATCTTTTCAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=20;WE=115143426;WS=115143408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr1	115143611	.	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=1.482;SC=TTTTATTATGGACTAAGTTAA;SOR=1.445;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=11;WE=115143619;WS=115143601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr1	115144304	rs12730318	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=344;ReadPosRankSum=1.038;SC=CTCTTTAGTACGGAGCAGTAA;SOR=1.162;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=18;WE=115144312;WS=115144294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr1	115144703	rs28398	A	G	5644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	115153590	.	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=422;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TCTACAAAATGGAACTTCATG;SOR=0.470;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=32;WE=115153598;WS=115153580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,55:0.40:139
chr1	115153722	rs146250607	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.646;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,77:0.41:189
chr1	115161140	rs12145066	C	T	70.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	115165472	rs222502	T	A	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=97;SC=AAACAAAAATTAAAAAAACTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=115165480;WS=115165462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	115166350	rs148413143	ATTGT	A	669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=402;SC=TATTTGTTTGATTGTTTGTTT;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=115166361;WS=115166340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	115168440	rs61752477	T	G	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=810;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TTAAGACGGATCTCTTGGTGA;SOR=0.743;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=52;WE=115168448;WS=115168430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,80:0.48:168
chr1	115168600	rs7541738	A	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=1.159;SC=AAAAACCAACATCCATGTTCC;SOR=0.422;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=23;WE=115168608;WS=115168590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr1	115218507	.	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CATGCTTGAGGAAGACACTGA;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=13;WE=115218515;WS=115218497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr1	115222169	rs115883987	G	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr1	115222237	rs34526199	T	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=396;ReadPosRankSum=2.115;SC=GGGGTTGTTTTTCAGCTCCTT;SOR=0.592;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=26;WE=115222245;WS=115222227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr1	115222434	rs761755	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=235;SC=GGAAATAATTGTTGGAACAAA;SOR=2.448;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=115222442;WS=115222424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	115231253	rs145786786	C	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=216;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GATGAGAAATCGGACAGATCT;SOR=0.782;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=21;WE=115231261;WS=115231243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr1	115238016	rs68036474	CA	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.171;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.828;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	115256669	rs969273	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-1.188;SC=CACAGGGAATGCAATGCTATT;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=115256677;WS=115256659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	115258744	rs121434596	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=264;ReadPosRankSum=-0.727;SC=TTTCCCAACACCACCTGCTCC;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=23;WE=115258752;WS=115258734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr1	115276978	rs57342611	GA	G	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr1	115280605	rs61752481	A	C	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=688;ReadPosRankSum=1.484;SC=TTCGTTCTTCAGGGAGGATTT;SOR=0.747;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=64;WE=115280613;WS=115280595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,87:0.43:204
chr1	115284056	rs7537232	G	T	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	115398044	rs60659641	GC	G	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=4;PP=231;SC=TTCCCCTCCCGCCCCCCCGGG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=115398052;WS=115398034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	115399940	rs360614	T	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GTTTAGGTAATGAACTGCTTA;SOR=0.803;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=7;WE=115399948;WS=115399930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr1	115401136	rs360615	G	A	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=111;SC=TAGAATTTTGGACAATTAATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=115401144;WS=115401126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	115420905	rs360636	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=-0.776;SC=ATTACAAGTTTGTTGTAATGC;SOR=0.735;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=115420913;WS=115420895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	115437986	rs6661511	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	115469196	.	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=0.949;SC=TATTTGGCATCTTTATTTTTG;SOR=1.075;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=115469204;WS=115469186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	115487468	rs35233102	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	115524216	rs12026343	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=1.068;SC=TCTGGCATCACGCACACATAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=115524224;WS=115524206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	115537367	rs61730058	A	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=167;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TAGGAACAATAATCCACCAGC;SOR=0.481;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=11;WE=115537375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr1	115576023	rs10776792	A	G	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	115576219	.	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=0.125;SC=ATATAGAAAGGAAATGAAATA;SOR=1.306;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=16;WE=115576227;WS=115576209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	115576482	rs28566771	C	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CAATTCTTTCCCAGTTGTATT;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=15;WE=115576490;WS=115576472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr1	115601615	rs7523818	A	G	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=41;PP=1182;SC=GAAGAAATACAAGGAAAAATG;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=115601623;WS=115601605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	115615358	rs753189	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-0.770;SC=AGCAGACAACTCGGAGGGCTA;SOR=0.193;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=5;WE=115615366;WS=115615354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	115615476	rs144352432	C	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=347;ReadPosRankSum=-2.437;SC=TAAGTCTTTGCACAGCCCCAT;SOR=0.478;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=21;WE=115615484;WS=115615466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr1	115631924	rs4240540	C	T	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=30;PP=1102;SC=TCGGGGACCCCGGCCCCGCGC;SOR=2.428;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=68;WE=115631932;WS=115631914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	115829313	rs6330	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=474;ReadPosRankSum=1.031;SC=AGTCCAGTGGGCTTGGGGGAT;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=40;WE=115829321;WS=115829303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,52:0.42:125
chr1	116224925	rs10923176	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=293;ReadPosRankSum=-0.787;SC=AGGATTTTTCGTTTAGGACCT;SOR=0.569;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=22;WE=116224933;WS=116224915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr1	116224940	rs10754330	C	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=347;ReadPosRankSum=-1.030;SC=GGACCTGCTTCTTCAGTGAAA;SOR=0.657;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=26;WE=116224948;WS=116224930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr1	116225180	rs10923177	A	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=1.138;SC=ACTATTTAAGATTCATGGTAC;SOR=0.473;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=16;WE=116225188;WS=116225170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr1	116228220	rs12145661	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=196;ReadPosRankSum=1.267;SC=TGAATTATAGCGTGTTACTAG;SOR=0.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=16;WE=116228228;WS=116228210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	116234083	rs3811013	T	A	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=2.019;SC=GTGTCTTTTTTAAAAATTCTT;SOR=1.230;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=116234091;WS=116234073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	116243877	rs7413162	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=0.153;SC=CATCATCATCGTCATCACTGT;SOR=0.562;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=11;WE=116243885;WS=116243867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr1	116245655	rs12402684	G	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=311;ReadPosRankSum=1.045;SC=AGCAGGCAGAGGGCATTCTCT;SOR=0.935;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=30;WE=116245663;WS=116245645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr1	116245809	rs6667224	C	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=14;PP=310;SC=AAAGATGACACAGCATAAATT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=116245817;WS=116245799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	116247790	rs3811003	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=-0.252;SC=ACTGAGGGTGGGGCGCTGGCT;SOR=1.270;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=9;WE=116247798;WS=116247780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	116260532	rs2997741	A	T	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.12;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	116260544	rs3811001	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=0.185;SC=AAAAGTTACACTTCCAGCTGG;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=26;WE=116260552;WS=116260522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr1	116260604	rs2997742	G	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=465;SC=GCTGGAATGGGAATAGGAGAG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=116260612;WS=116260594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	116268212	.	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=2.253;SC=GAAAGAGCTTCCTTGAGTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=16;WE=116268220;WS=116268202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	116283343	rs9428083	A	G	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=19;PP=1179;SC=GTGTATAAATACTTACATCCA;SOR=1.167;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=116283351;WS=116283333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	116283526	rs7538337	G	A	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=38;PP=1048;SC=AGGTCTGGCTGAGGGTTTCTG;SOR=1.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=116283534;WS=116283516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	116287634	rs10801969	A	G	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=25;PP=632;SC=GGTTTCCTCTATACTTGCTGT;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=116287642;WS=116287624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	116287651	rs10801970	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=19;PP=453;SC=CTGTTACTATGTGACCAAGTT;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=116287659;WS=116287641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	116310818	rs4484922	G	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=3;PP=719;SC=ATAAAGCAGAGTTCAGTATAT;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=116310826;WS=116310808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	116310967	rs4074536	T	C	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=50;PP=1775;SC=TGTTTTTGCGTGACCTTATCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=99;WE=116310975;WS=116310957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	116311198	rs4074537	T	C	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=20;PP=435;SC=CCAAATATGCTGTGTGCAGAA;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=116311206;WS=116311188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	116534852	rs4046190	C	T	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=29;PP=985;SC=GCTTCACCTCCATCGCCTCGG;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=116534860;WS=116534842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	116569530	rs2488429	G	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	116577981	rs1935828	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=17;PP=417;SC=GAAGTGCACCGTAGAGAATGC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=116577989;WS=116577971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	116607254	rs1281748	G	T	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=181;SC=GTGAACCTTGGCCCTTTTAGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=116607262;WS=116607244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	116609126	rs3833541	TC	T	4612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=33;PP=2082;SC=TTCATTCCACTCCCCGCCTCT;SOR=0.831;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=54;WE=116609134;WS=116609116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	116940481	.	CT	C	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=2.296;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr1	117121865	rs12066192	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=165;ReadPosRankSum=0.222;SC=GAACTAATATGTCCAATCCCA;SOR=0.250;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=15;WE=117121873;WS=117121855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	117122285	.	G	GTCC	1273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=2451;ReadPosRankSum=4.484;SC=CGTCGTCGTCGTCGTCCTCCT;SOR=1.397;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=27;WE=117122296;WS=117122259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr1	117122288	rs647711	G	C	2463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=2427;ReadPosRankSum=4.178;SC=CGTCGTCGTCGTCCTCCTCCT;SOR=0.865;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=64;WE=117122296;WS=117122259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,65:0.59:110
chr1	117142531	rs631461	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.554;NF=14;NR=5;PP=262;ReadPosRankSum=1.057;SC=CAGGCAGCATGGGCACATAGC;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=19;WE=117142539;WS=117142521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr1	117303092	.	G	A	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1139;ReadPosRankSum=-3.181;SC=GGTAATGAATGGAACTGACCC;SOR=0.717;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=80;WE=117303100;WS=117303082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,155:0.56:278
chr1	117311147	rs699738	C	A	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.99;MQRankSum=-1.018;NF=59;NR=41;PP=1378;ReadPosRankSum=-1.736;SC=GGAAGCCCCACCAAATTCCAG;SOR=0.775;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=202;TCF=115;TCR=87;TR=100;WE=117311155;WS=117311137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,166:0.49:340
chr1	117487710	rs10159095	AT	GA	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=39;PP=2487;SC=TGATCCAGCCATCAGGTGAGC;SOR=0.994;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=68;WE=117487719;WS=117487700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	117509981	rs12410651	G	A	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.17;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	117509987	rs12403233	C	T	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	117510061	rs12403245	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=18;PP=463;SC=AATTCATATGCCATACAATGT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=117510069;WS=117510051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	117527515	.	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=555;ReadPosRankSum=-1.835;SC=TACTACTGTTCCGTGACTCCA;SOR=0.902;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=43;WE=117527523;WS=117527505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,71:0.51:139
chr1	117527645	rs36119404	GTCT	G	2148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=1443;SC=GTTTGGGAATGTCTTCTTCTT;SOR=1.225;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=30;WE=117527655;WS=117527635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	117529458	rs10801922	G	A	4770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=43;PP=1810;SC=GCTGATCGGCGTCGGTCTGTC;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=102;WE=117529475;WS=117529448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	117555898	rs2764849	G	A	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=229;SC=TTTACCTACCGCTATAGAATT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=117555906;WS=117555894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	117559726	rs2249265	A	G	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=15;PP=689;SC=AAGTGTGGTCATGTCTACCAA;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=39;WE=117559734;WS=117559716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	117602960	rs2244501	C	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=267;ReadPosRankSum=1.302;SC=ACTTGGGGGACCCAGCGAAAT;SOR=0.344;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=23;WE=117602968;WS=117602950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr1	117603188	rs2244406	G	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GAGTAGGTCTGGAGCTGGGCC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=9;WE=117603196;WS=117603178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	117605130	.	C	CT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr1	117617705	rs998532	A	G	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,89:0.48:187
chr1	117618067	rs1289673	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr1	117618722	rs1289672	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=5;PP=280;SC=AGAGTTTGGGTGTTTCAGGCT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=117618730;WS=117618712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	117622286	rs2801939	A	G	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=53;PP=1628;SC=GTGTGGTATTATAAGAGTCAG;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=101;WE=117622294;WS=117622276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	117631391	rs1555792	T	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=526;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TTTTCCCATATTGTGGCTGGA;SOR=0.373;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=36;WE=117631399;WS=117631381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr1	117659352	rs3738413	C	T	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=593;ReadPosRankSum=0.565;SC=CTGTTTCTCCCGGGCTCTGTG;SOR=0.706;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=42;WE=117659360;WS=117659342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr1	117660608	rs1289655	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=172;ReadPosRankSum=1.098;SC=TCACACACCACCTCCCTGTCC;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=13;WE=117660616;WS=117660598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	117663913	rs3795655	C	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=182;SC=AAGAGAAAGTCTCCAGAACTT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=117663921;WS=117663903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	117690272	rs10754339	G	A	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	117715026	rs6657810	C	T	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=24;PP=956;SC=TCCTCTTTTCCCACACCTCAG;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=117715034;WS=117715016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	117715987	rs140251705	A	AAC	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=0.422;SC=GACACAGATGAACACACACAC;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=117715995;WS=117715977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr1	117957288	rs1289948	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=2;PP=617;SC=GAGAACAGGAACCTAAAGGGA;SOR=4.091;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=24;WE=117957296;WS=117957278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	117963342	.	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=389;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TGAACAATTTCCCTAGAAGCA;SOR=0.768;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=24;WE=117963350;WS=117963332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr1	117984776	rs2306444	A	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=-1.768;SC=TGTGCTATGTATACTATGAGA;SOR=0.064;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=117984784;WS=117984766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	118053126	rs41506254	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=178;ReadPosRankSum=1.604;SC=AGAACACAGATGAAAAGTCAA;SOR=0.512;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=16;WE=118053134;WS=118053116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	118065284	rs34350477	C	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	118065654	rs41312694	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=0.502;SC=TTGAAGGGGCGGCTTTTGAAA;SOR=0.645;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=15;WE=118065662;WS=118065644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr1	118166237	.	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=694;ReadPosRankSum=-1.166;SC=AGTACAGCAACCTTCTTGTGC;SOR=0.909;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=48;WE=118166245;WS=118166227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr1	118320644	rs1780028	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQRankSum=-2.823;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	118320859	rs1775749	T	A	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=11;PP=891;SC=CATAGTTCTGTTTAGCTTGAG;SOR=1.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=41;WE=118320867;WS=118320849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	118321119	rs114485606	T	C	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=64;PP=1993;SC=TACCTCTCTCTACCACCCATC;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=101;WE=118321127;WS=118321109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	118424269	rs10923444	C	T	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=99;SC=CCCACAAAGGCGCTGGAGTCA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=118424277;WS=118424259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	118429438	rs3054231	G	GACA	681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=828;SC=CTACTCTGCAGACAACACCTA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=16;WE=118429446;WS=118429428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	118501390	.	C	CTT	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr1	118526592	rs4347199	G	A	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=139;SC=TTCAACTGTCGCAAATATGTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=118526600;WS=118526582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	118548050	.	C	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=-1.838;SC=AAAAGTGTTTCCCTCAGGATC;SOR=0.534;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=21;WE=118548058;WS=118548040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr1	118550499	.	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TGTAAAAAGGGATGAATAAAT;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=118550507;WS=118550496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	118550550	.	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.659;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=-0.954;SC=AGTATTATAAGAGAATGAAAG;SOR=0.148;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=118550558;WS=118550540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	118565953	rs10923472	G	A	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=9;PP=648;SC=AATCTCAGATGGTATCGTTTC;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=118565961;WS=118565943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	118583408	rs10923477	G	A	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=40;PP=1247;SC=AAGGATACAGGTAGTAATTTG;SOR=0.924;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=74;WE=118583416;WS=118583398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	118617274	rs1935993	C	T	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=81;PP=2809;SC=TTGTTCTTGCCCTGCTGGTTA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=75;TCR=81;TR=156;WE=118617282;WS=118617264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	118623681	rs56768861	TACACAC	T	716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;QD=35.84;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	118629268	.	C	T	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=618;ReadPosRankSum=0.436;SC=CATCGGTTTTCCTTGGGCTAA;SOR=0.487;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=46;WE=118629276;WS=118629258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,78:0.52:150
chr1	118644430	rs10754367	A	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=12;PP=616;SC=TCACTGGTGCATTTGCCTCAG;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=118644438;WS=118644420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	119427511	.	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=283;ReadPosRankSum=-1.966;SC=TCTCTCCAAAGGCCCCGTTGG;SOR=0.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=20;WE=119427519;WS=119427501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr1	119441749	.	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.494;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr1	119466275	rs4659129	A	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=13;PP=339;SC=AGGAACCTACATTTTGTTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=119466283;WS=119466265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	119683063	rs3934789	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=0.051;SC=CCTTAGGCGAGGGAAGGCATG;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=7;WE=119683071;WS=119683053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	119683390	rs12096448	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=0.332;SC=AGCCGCTATCGGGCGGACTGC;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=17;WE=119683398;WS=119683380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr1	120057246	rs1047303	C	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.967;NF=2;NR=20;PP=365;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CACAAGGAGACCCTGAAGTCC;SOR=1.352;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=22;WE=120057254;WS=120057236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr1	120165826	rs12076924	C	T	8704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=107;PP=2965;SC=CACAGCCGTGCGGCTTCTCGC;SOR=0.891;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=77;TCR=107;TR=184;WE=120165834;WS=120165816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr1	120166681	rs12067843	G	A	6806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=89;PP=2873;SC=CAGCTACACCGGATTGGTCAT;SOR=0.854;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=158;TCF=69;TCR=89;TR=154;WE=120166689;WS=120166671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	120263643	rs550174	T	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=525;ReadPosRankSum=0.104;SC=CTAGTGAGTATACCAAAGATA;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=15;WE=120263665;WS=120263633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	120263657	rs894079	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=686;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AAAGATATCTATGAACTGGCA;SOR=0.818;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=19;WE=120263665;WS=120263633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr1	120267544	rs1886736	C	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.002;NF=13;NR=25;PP=568;ReadPosRankSum=-1.537;SC=GGAAGGAATGCGTTCGTTTCA;SOR=1.112;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=38;WE=120267552;WS=120267534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,59:0.43:136
chr1	120267597	rs3838425	GC	G	757.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.219;NF=2;NR=16;PP=532;ReadPosRankSum=0.462;SC=GAGTGTGGGTGCCTATATGTA;SOR=1.092;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=18;WE=120267605;WS=120267587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr1	120269567	rs2236398	G	C	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.045;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=738;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TGGGCTCAGGGCCCGGGGTCC;SOR=1.303;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=47;WE=120269575;WS=120269557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr1	120285546	rs543703	G	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=504;ReadPosRankSum=-0.708;SC=AAGGCACTACGCCTGTACTGC;SOR=0.865;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=43;WE=120285554;WS=120285536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
chr1	120293352	rs667226	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=202;ReadPosRankSum=2.433;SC=CCACCTTCTCTCTCTGTGTTG;SOR=0.619;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=18;WE=120293360;WS=120293342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr1	120293367	rs667246	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=252;ReadPosRankSum=0.370;SC=GTGTTGTTACTCAGAGGAAGA;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=22;WE=120293375;WS=120293357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr1	120293568	rs668156	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.670;SC=CTCACAAAGAGTTATATGAGT;SOR=0.333;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=10;WE=120293576;WS=120293558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr1	120336785	rs1052972	C	T	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	120378678	rs3009182	C	T	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=34;PP=1362;SC=TGGCTACATCCTGAGCAGAGC;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=82;WE=120378686;WS=120378668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	120380008	rs3009184	T	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=13;PP=346;SC=GAAGAGCAGGTCATATTATGC;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=120380016;WS=120379998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	120381686	rs5777416	G	GT,GTGTGAGTCA	862.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=2900;SC=GTGATTATATGGAGCACCTAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=120381695;WS=120381682;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:16
chr1	120381687	.	G	C	245	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.65;NF=14;NR=1;PP=245;QD=18.6514141698;SC=TGATTATATGGAGCACCTAGC;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=120381695;WS=120381682;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,15:0.60:25
chr1	120381687	rs34302627	G	GTGAGTCAC	861.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;QD=50.69;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	120384205	rs2994820	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=426;SC=CCTGAGAGTGAACCAGGACTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=120384213;WS=120384195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	120387120	rs12405228	G	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=255;SC=TGGCAGAAGAGGTGGAGCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=120387128;WS=120387110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	120438188	.	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=2.399;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr1	120464412	.	G	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=632;ReadPosRankSum=0.515;SC=GTTAGCTTCTGAGACTTGCAC;SOR=0.553;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=47;WE=120464420;WS=120464402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr1	120467876	rs41302079	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=1.268;SC=ACGAGAAACTGAAGTGTGTTA;SOR=0.330;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=12;WE=120467884;WS=120467866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr1	120478285	rs5025718	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=21;PP=521;SC=AAACAGACCATGAGAGCTAGT;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=120478293;WS=120478275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	120480394	rs2453057	T	C	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=211;SC=TCCCTCTTATTCCACAAAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=120480402;WS=120480391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	120512104	rs2493409	T	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=495;SC=GCCCCTTCCCTGTTTCTAGAT;SOR=3.334;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=120512112;WS=120512094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	120539331	rs2124109	C	T	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.721;NF=39;NR=38;PP=1004;ReadPosRankSum=1.972;SC=CTTGCCTGTCCCTTTCCCAGA;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=251;TCF=129;TCR=122;TR=77;WE=120539339;WS=120539321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,115:0.29:398
chr1	120611496	rs138685616	C	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.635;NF=23;NR=7;PP=386;ReadPosRankSum=-3.082;SC=CTGGCTGCGACGGTGCAGGCC;SOR=1.730;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=30;WE=120611506;WS=120611486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,11:0.11:104
chr1	120611498	rs2489097	G	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=9.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQRankSum=-3.573;QD=1.32;ReadPosRankSum=-3.341;SOR=1.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,11:0.10:105
chr1	120611554	rs75248693	TT	CG	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.89;MQRankSum=-5.531;QD=12.51;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,68:0.35:196
chr1	120611715	rs2794167	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.107;NF=10;NR=25;PP=494;ReadPosRankSum=1.543;SC=GGAGGCGTGTAAGGGGTCCCG;SOR=0.349;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=35;WE=120611723;WS=120611705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,21:0.20:105
chr1	120611758	rs61790276	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.352;NF=7;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=2.215;SC=GGGGAACCCCGGCGGTTGGCG;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=18;WE=120611766;WS=120611748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr1	120611830	rs61790277	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.977;NF=4;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GAGTGGCCTCGCTCCGCGCCG;SOR=0.350;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=9;WE=120611838;WS=120611820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr1	120611876	rs11801062	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.852;NF=4;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=2.326;SC=AGAGAAGGACCGAGGGGGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=6;WE=120611884;WS=120611866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr1	120611964	rs11810554	G	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQRankSum=-0.596;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr1	120612002	rs372504208	CGG	C	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=5;HapScore=1;MGOF=92;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.366;NF=4;NR=14;PP=651;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CACAGCAGAGCGGGGCGCAGG;SOR=0.952;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=18;WE=120612014;WS=120611992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,19:0.21:89
chr1	120612006	rs4021006	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=7.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQRankSum=-1.719;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.994;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,16:0.19:84
chr1	120612040	.	T	TCCTCCGCCG	619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.339;NF=6;NR=14;PP=2985;ReadPosRankSum=2.741;SC=CGCCTCCTCCTCCGCCGCCGC;SOR=0.892;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=20;WE=120612053;WS=120612024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr1	120612154	rs56375229	C	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQRankSum=-1.133;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,7:0.13:52
chr1	120612163	rs55899574	C	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQRankSum=-0.850;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr1	120612194	rs79247096	C	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQRankSum=-3.427;QD=5.13;ReadPosRankSum=3.176;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr1	120612223	rs372622310	AGCC	A	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.872;NF=0;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=2.023;SC=CCGCCGCCTCAGCCGCCGCCC;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=120612233;WS=120612213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	120612265	rs375584849	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.96;MQRankSum=-3.284;QD=4.11;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	120926004	.	G	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.24;MQRankSum=-2.081;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr1	121115761	rs150166046	T	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.07;MQRankSum=-2.065;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr1	121115786	rs199825051	C	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=9.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.27;MQRankSum=0.526;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.190;SOR=3.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr1	121116121	rs201302047	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.51;MQRankSum=0.124;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr1	121116647	rs2772072	T	A	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=-4.057;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.625;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr1	121116678	rs61806689	C	T	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=17.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQRankSum=-0.099;QD=20.15;ReadPosRankSum=-1.078;SOR=1.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr1	121116688	rs61806690	A	G	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=15.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQRankSum=0.520;QD=18.77;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,78:0.53:148
chr1	121116733	rs61806691	A	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=13.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQRankSum=-3.582;QD=4.62;ReadPosRankSum=4.382;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,58:0.30:193
chr1	121116933	rs79097880	T	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=741;SC=ATTAGGAAGATAGCAGCCATG;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=32;WE=121116941;WS=121116923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	121116953	rs78187610	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=610;SC=GATCCATCAGAGTGCTTGCCA;SOR=4.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=25;WE=121116961;WS=121116943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	121124501	rs201210511	C	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQRankSum=-1.059;QD=8.75;ReadPosRankSum=-2.074;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	121124514	rs201833112	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.27;MQRankSum=-0.736;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	144013853	rs6600697	T	C	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=1956;ReadPosRankSum=-1.396;SC=TGCATGGTGGTTTATTTAGGG;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=107;TCR=54;TR=56;WE=144013873;WS=144013843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,69:0.35:199
chr1	144013865	rs6600696	T	G	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=1956;ReadPosRankSum=-1.218;SC=TATTTAGGGCTGTCTTTCTGA;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=124;TCR=66;TR=69;WE=144013873;WS=144013843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,85:0.36:238
chr1	144014051	rs1884147	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=1.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-2.287;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,72:0.25:284
chr1	144014058	.	G	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,79:0.30:262
chr1	144014068	rs1884146	T	C	5562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.87;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,150:0.64:233
chr1	144680070	rs150219082	T	C	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.29;QD=26.40;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	144854412	rs77812232	A	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.737;NF=12;NR=2;PP=241;ReadPosRankSum=1.199;SC=AATCAGTCTCAACTCCCAACA;SOR=1.536;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=14;WE=144854420;WS=144854407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr1	144854491	rs2798856	T	G	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=0.522;QD=19.55;ReadPosRankSum=1.618;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr1	144854497	rs2653676	A	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=1.053;QD=18.20;ReadPosRankSum=1.831;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr1	144854501	rs142453097	CCT	C	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.648;NF=4;NR=8;PP=524;ReadPosRankSum=1.939;SC=TCCCCCATTCCCTCTCAGGGA;SOR=0.719;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=12;WE=144854510;WS=144854481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,26:0.28:93
chr1	144854528	rs78461771	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-9.345;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.700;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,14:0.11:128
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chr1	144854581	rs78371650	T	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-8.054;QD=5.41;ReadPosRankSum=2.566;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,27:0.19:141
chr1	144854594	rs79028512	G	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-7.612;QD=6.25;ReadPosRankSum=2.595;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,28:0.21:133
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chr1	144854597	.	TC	CT	979	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=27;MQ=58.09;NF=13;NR=20;PP=979;QD=31.2869052989;SC=TCTGAAGGAGTCGCTCCTGTT;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=33;WE=144854606;WS=144854571;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:47,33:0.41:80
chr1	144854598	rs3863691	C	T	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=2.996;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,46:0.37:126
chr1	144859720	rs678786	G	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=383;ReadPosRankSum=-0.591;SC=GTGATCTCCCGACTGGCCAAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=144859728;WS=144859710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr1	144860026	rs1699819	G	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.018;NF=11;NR=20;PP=502;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TGGTAACATTGACCCAAGTAT;SOR=0.840;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=31;WE=144860034;WS=144860016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr1	144865850	rs1613780	G	T	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,99:0.49:203
chr1	144866509	rs924667	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=464;ReadPosRankSum=-1.536;SC=CATAAGGAGCGAGTGAAGTAA;SOR=0.510;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=34;WE=144866517;WS=144866499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr1	144866643	rs1620560	G	A	3369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1407;ReadPosRankSum=0.466;SC=TCCCGTAGGCGGTCATTGATG;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=104;TCR=96;TR=98;WE=144866651;WS=144866633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,168:0.50:335
chr1	144866662	rs1064044	T	C	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1320;ReadPosRankSum=0.690;SC=TGCAGATGGATTCCTCCAGGC;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=93;TCR=102;TR=94;WE=144866670;WS=144866652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,159:0.50:317
chr1	144868170	rs1628310	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=454;ReadPosRankSum=2.122;SC=ACAGTGCTGGCACCTGGGCAG;SOR=0.522;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=30;WE=144868178;WS=144868160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr1	144868204	rs1747951	A	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=1.390;SC=TAAGAAGCAAATGGGGTGTCA;SOR=0.057;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=22;WE=144868212;WS=144868194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr1	144871738	rs1698605	C	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=-0.515;SC=TCCTGCTGAGCCTCAGCCAAG;SOR=0.280;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=5;WE=144871746;WS=144871728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	144871755	rs1778159	A	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=72;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CAAGGAGACCACTGGTGTCTC;SOR=0.711;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=8;WE=144871763;WS=144871745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	144871782	rs1778158	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=43;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GCCAAGGAGGAGAGGGCCAGT;SOR=0.631;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=7;WE=144871790;WS=144871772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr1	144871889	rs1698606	A	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr1	144873818	rs1610566	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=-0.416;SC=TTGAAGAAAAATCAAACAGGC;SOR=0.752;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=12;WE=144873826;WS=144873808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	144873840	rs1627335	A	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.898;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=303;ReadPosRankSum=-1.096;SC=GCAGAGAAAGAGGAGATGAAG;SOR=0.301;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=22;WE=144873848;WS=144873830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr1	144873887	rs1699787	C	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=641;ReadPosRankSum=-0.287;SC=CTGAATGGGCCTGGTTGGCCT;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=47;WE=144873895;WS=144873877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,70:0.46:153
chr1	144873962	rs11341221	CT	C	1400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.573;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,60:0.19:313
chr1	144874038	rs1419160	T	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.142;NF=16;NR=32;PP=645;ReadPosRankSum=1.409;SC=ATCTATAAAATCCATGAATGA;SOR=0.890;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=48;WE=144874046;WS=144874028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,66:0.40:165
chr1	144874070	rs1610565	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.942;NF=8;NR=28;PP=510;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TGATGTTCTACAGAGAACTGG;SOR=0.875;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=36;WE=144874078;WS=144874060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chr1	144874088	rs1419158	G	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.057;NF=5;NR=19;PP=357;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TGGAATCCTGGCCTTATGTTT;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=24;WE=144874096;WS=144874078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr1	144874641	rs1610771	G	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=-0.642;SC=TCTCCACTCAGCCTAGACAAA;SOR=0.463;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=14;WE=144874649;WS=144874631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr1	144874760	rs1610774	T	C	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.620;NF=25;NR=21;PP=671;ReadPosRankSum=-1.166;SC=AGGCTTCCAGTTCATCAGACA;SOR=0.551;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=46;WE=144874768;WS=144874750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,79:0.47:167
chr1	144874815	rs1778155	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-1.743;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,27:0.24:111
chr1	144874950	rs1747957	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=1.520;SC=GGTCACCGAAGCCAACCTGTC;SOR=0.111;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=18;WE=144874958;WS=144874940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
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chr1	144877366	rs1807092	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.875;NF=7;NR=14;PP=248;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CTATGAGAACATCTCTAAGGA;SOR=0.399;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=21;WE=144877374;WS=144877356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr1	144877390	rs1807093	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.860;NF=4;NR=13;PP=238;ReadPosRankSum=-2.763;SC=CCCCCAAGCTGAATTCTGGCA;SOR=0.655;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=17;WE=144877398;WS=144877380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr1	144879264	rs2798901	A	G	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=906;ReadPosRankSum=1.775;SC=CTCAGCTTCCAGGGTCTTTCC;SOR=0.575;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=63;WE=144879272;WS=144879254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,103:0.61:170
chr1	144879375	rs1747958	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=489;ReadPosRankSum=0.210;SC=TTCAGATCTTTGATGTCCTTT;SOR=0.645;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=37;WE=144879383;WS=144879365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr1	144880832	rs12568796	T	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,34:0.27:128
chr1	144881711	rs937714	T	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr1	144882581	rs1699836	A	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.525;NF=18;NR=16;PP=571;ReadPosRankSum=1.700;SC=TTATTCTTTCAATGGTGCTGG;SOR=0.321;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=34;WE=144882589;WS=144882571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr1	144882823	rs1698647	C	T	4177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=76;PP=1795;ReadPosRankSum=0.080;SC=TCAGACATTGCTTCTCCCATC;SOR=0.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=264;TCF=108;TCR=156;TR=126;WE=144882831;WS=144882813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,218:0.46:469
chr1	144882912	rs1698646	G	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=351;ReadPosRankSum=-0.846;SC=TGAGGGCTAGGTCTGGTCCTC;SOR=1.534;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=27;WE=144882920;WS=144882902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,29:0.26:113
chr1	144886063	rs1625285	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=188;ReadPosRankSum=0.398;SC=CCTCATGACCTGCAAGCTCCC;SOR=0.460;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=16;WE=144886071;WS=144886053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	144886092	rs1343472	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr1	144886197	rs1698624	A	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=463;ReadPosRankSum=1.301;SC=TGCTGGTGGAACTCAGCCCTC;SOR=0.712;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=36;WE=144886205;WS=144886187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
chr1	144886400	.	G	T	113	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=113;QD=24.6285354245;SC=AGATTGCAAAGGCAGTTTTAA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=6;WE=144886417;WS=144886390;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr1	144886409	rs1620507	A	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=326;ReadPosRankSum=0.130;SC=AGGCAGTTTTAAATGAGAACA;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=15;WE=144886417;WS=144886390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr1	144890833	rs11447	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=313;ReadPosRankSum=-1.618;SC=CTTGTTAACTTATAATTACAC;SOR=1.519;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=17;WE=144890841;WS=144890823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr1	144892089	rs1614098	G	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.952;NF=10;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TCCCAAGCAGGTCCTCCGCCC;SOR=1.473;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=12;WE=144892097;WS=144892079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr1	144892149	rs1698709	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-1.902;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr1	144892368	rs1698708	A	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,20:0.20:100
chr1	144895460	rs1698703	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=-0.091;SC=ACACTGTCTTCAGAACTAACT;SOR=0.593;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=8;WE=144895468;WS=144895450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr1	144906329	.	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=0.913;SC=ACTGGCCAAGGGATTCGATGT;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=16;WE=144906337;WS=144906319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	144909956	rs638260	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr1	144910082	rs638780	A	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=375;ReadPosRankSum=2.276;SC=CATACACACAAGTTGTTCTTT;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=144910090;WS=144910072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr1	144912153	rs1628172	A	G	444.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=311;ReadPosRankSum=0.691;SC=TTTCCAAGACAGCCAGTGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=16;WE=144912161;WS=144912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr1	144912233	rs1629011	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=121;ReadPosRankSum=0.684;SC=TAAATATTGGCGCAGGGCCTG;SOR=0.715;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=9;WE=144912241;WS=144912223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	144915412	rs1698684	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr1	144915561	rs1778111	G	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.862;NF=14;NR=26;PP=541;ReadPosRankSum=1.244;SC=CTTTCCTTTCGCTGTAGACGC;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=40;WE=144915569;WS=144915551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr1	144915624	rs1778112	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.498;NF=1;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=0.858;SC=TTGCAGAGCAGTGTTGCACTA;SOR=1.927;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=9;WE=144915632;WS=144915614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	144916676	rs1698683	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=3.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=1.227;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,49:0.22:218
chr1	144916748	rs1747930	C	G	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=727;ReadPosRankSum=0.611;SC=ACTCTCCATACTCTACAGCCA;SOR=0.623;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=52;WE=144916756;WS=144916738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr1	144917546	rs1698682	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=3.044;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr1	144917827	rs11295415	CA	C	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.536;NF=1;NR=7;PP=277;ReadPosRankSum=0.773;SC=ACCTCCAGAGCAACAGCTTTA;SOR=0.368;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=8;WE=144917849;WS=144917817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr1	144917841	rs1698681	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.875;NF=12;NR=14;PP=358;ReadPosRankSum=0.419;SC=AGCTTTATCATGTATTCGCTG;SOR=0.474;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=26;WE=144917849;WS=144917817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr1	144918034	rs2655804	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr1	144918957	rs1061308	T	A	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.876;NF=28;NR=21;PP=529;ReadPosRankSum=-0.257;SC=ATTCTGCAATTCTTCTTGTAG;SOR=0.810;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=127;TCF=68;TCR=59;TR=49;WE=144918965;WS=144918947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,86:0.39:223
chr1	144919008	rs11296953	AC	A	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-0.545;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.294;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,32:0.19:165
chr1	144919094	rs1698680	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=177;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GAAAGAGGAGCAGAGGGTGCC;SOR=0.527;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=15;WE=144919102;WS=144919084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	144922109	rs1343469	A	G	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=55;PP=1994;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CACAAAGACTAAAAATAAAAT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=146;TCR=107;TR=130;WE=144922117;WS=144922099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,182:0.50:361
chr1	144922171	rs1343470	C	T	5022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=76;PP=2134;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TCCTGTCCTACGTGACCCTCA;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=312;TCF=160;TCR=152;TR=158;WE=144922179;WS=144922161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,251:0.49:512
chr1	144922523	rs2455994	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.260;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,76:0.21:359
chr1	144922583	rs1359300	G	A	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=69;PP=1612;ReadPosRankSum=1.887;SC=CTTTTGAGACGACTCCTGAGC;SOR=0.644;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=235;TCF=101;TCR=134;TR=126;WE=144922591;WS=144922573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,175:0.51:346
chr1	144923823	rs11268079	TAGGAAGAAACGGCA	T	5516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.357;NF=5;NR=52;PP=2954;ReadPosRankSum=0.290;SC=AGTCATGGGCTAGGAAGAAAC;SOR=1.119;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=7;TCR=68;TR=57;WE=144923844;WS=144923813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,134:0.90:149
chr1	144923887	rs12140706	T	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.477;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.333;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,19:0.20:94
chr1	144930571	rs2762866	C	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr1	144930596	rs2762867	C	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.970;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=414;ReadPosRankSum=0.091;SC=GGACCCGGAGCGGCAAATAAT;SOR=0.425;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=27;WE=144930604;WS=144930586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr1	144930940	rs2147326	T	C	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=912;ReadPosRankSum=-0.039;SC=TCCTCATCTTTCTGTTGTGGA;SOR=0.685;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=58;WE=144930948;WS=144930930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,86:0.42:205
chr1	144931087	rs41315684	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,19:0.15:125
chr1	144931330	rs2762745	C	T	4047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=65;PP=1669;ReadPosRankSum=-1.636;SC=TGGAGCAGTGCAGAGTATCTC;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=258;TCF=122;TCR=136;TR=120;WE=144931338;WS=144931320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,206:0.48:429
chr1	144931392	rs2798893	G	A	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.491;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=54;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.270;SC=CTTGATCTCCGCGCCAGAGTC;SOR=0.842;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=218;TCF=97;TCR=121;TR=94;WE=144931400;WS=144931382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,131:0.43:304
chr1	144931461	rs41315685	A	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,43:0.17:246
chr1	144931727	rs2985363	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=6.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=2.008;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,25:0.26:97
chr1	144946510	rs2488977	C	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=9;PP=818;SC=TTTAAACTGCCAAGTTTGTAG;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=144946518;WS=144946500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	144946768	rs2762733	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=348;ReadPosRankSum=1.378;SC=AGTAAGGACAGTAATTATGAT;SOR=0.908;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=27;WE=144946776;WS=144946758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
chr1	144946876	rs2798887	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=-1.169;SC=AACCTTTTGACACATTTGTTT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=144946884;WS=144946866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	144951973	rs77471170	T	C	3371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.924;NF=86;NR=42;PP=2105;ReadPosRankSum=-2.631;SC=TAAGTGAATCTATGTCTCTTG;SOR=0.645;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=150;TCR=72;TR=128;WE=144951981;WS=144951963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,154:0.58:265
chr1	144952078	rs71220421	C	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-0.908;QD=4.07;ReadPosRankSum=2.330;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,111:0.27:413
chr1	144952220	rs139438772	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQRankSum=-4.916;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,47:0.31:150
chr1	144955298	.	A	G	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.205;NF=38;NR=54;PP=1274;ReadPosRankSum=2.813;SC=ATGTTCTGAAAAACACACAGG;SOR=0.844;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=245;TCF=123;TCR=122;TR=92;WE=144955306;WS=144955278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,132:0.37:361
chr1	144994658	rs1664022	C	A	2998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1736;ReadPosRankSum=1.897;SC=GAAGTAGATGCGCAGCTTGAG;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=229;TCF=135;TCR=94;TR=115;WE=144994666;WS=144994648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,148:0.44:336
chr1	144994861	rs2442640	C	T	6129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GCTGGGGCTACGGCGACATGG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=153;TCR=153;TR=206;WE=144994869;WS=144994851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,273:0.71:383
chr1	145014103	rs1778711	G	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=505;ReadPosRankSum=1.258;SC=CAGGCTGGCTGGCCTTTGGAG;SOR=0.631;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=30;WE=145014111;WS=145014093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr1	145014186	.	GAA	G	1025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.828;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=5.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.275;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,55:0.28:197
chr1	145014210	rs1778710	G	A	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=6.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.419;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,101:0.34:296
chr1	145014218	rs1778709	G	A	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=3.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.512;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,107:0.32:330
chr1	145014263	rs1778708	C	T	4307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.874;NF=75;NR=67;PP=1890;ReadPosRankSum=1.393;SC=CACAGCTGTTCGGAGGTTTAG;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=333;TCF=171;TCR=162;TR=142;WE=145014271;WS=145014253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,216:0.46:467
chr1	145014394	rs1107089	C	T	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=882;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CTTAGGCACACGTTATATGGT;SOR=0.949;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=123;TCF=32;TCR=91;TR=58;WE=145014402;WS=145014384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,64:0.46:140
chr1	145014411	rs1778707	T	C	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=39;PP=821;ReadPosRankSum=0.653;SC=TGGTGCATATTCTTTGCCCAC;SOR=1.449;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=98;TCF=18;TCR=80;TR=45;WE=145014419;WS=145014401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr1	145015877	rs77741369	G	T	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=1008;ReadPosRankSum=1.001;SC=AAGTCTCGAAGAGCCTGGGTC;SOR=0.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=274;TCF=159;TCR=115;TR=92;WE=145015885;WS=145015867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,161:0.35:458
chr1	145016020	rs657162	T	G	8065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=142;PP=2962;SC=AGCTGTCAATTAAACAGAACA;SOR=1.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=71;TCR=144;TR=213;WE=145016043;WS=145016010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr1	145016032	rs112952246	C	CA	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.081;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,35:0.15:226
chr1	145016035	rs80291027	A	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=4.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,60:0.26:228
chr1	145018023	rs2799192	G	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.138;NF=10;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=0.345;SC=AGAAAAAATTGGAAGACAGGG;SOR=0.803;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=28;WE=145018031;WS=145018013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr1	145018102	.	G	GAGAA	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=1.936;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	145021024	rs1778692	G	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=274;ReadPosRankSum=1.863;SC=TCCATAGTGAGAGAGTGAGAC;SOR=0.665;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=29;WE=145021032;WS=145021014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,31:0.24:127
chr1	145038686	rs67176560	AG	A	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=10.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.427;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,9:0.15:60
chr1	145038736	rs1663882	C	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.178;NF=40;NR=13;PP=651;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GTGTTTGTACCGTCTTCACTC;SOR=0.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=96;TCR=32;TR=53;WE=145038744;WS=145038726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr1	145038815	rs2442664	A	G	6122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=172;NR=124;PP=2965;SC=AGATGGAAGCATATCTGTTAT;SOR=2.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=173;TCR=126;TR=296;WE=145038823;WS=145038805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	145038952	rs1663881	C	T	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=58;PP=1407;ReadPosRankSum=0.800;SC=TAAAGTGTGTCTGGGGGAAGG;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=50;TCR=129;TR=79;WE=145038960;WS=145038942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,110:0.41:268
chr1	145039026	rs1663880	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=-1.714;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,20:0.13:149
chr1	145039562	rs1663878	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=24;PP=1237;ReadPosRankSum=0.825;SC=AAGTCTGGAGCGCGGCGAGAA;SOR=1.163;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=214;TCF=144;TCR=70;TR=83;WE=145039570;WS=145039552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,109:0.35:314
chr1	145039594	rs111958438	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=4.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,58:0.13:454
chr1	145039633	rs2762750	C	T	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:461,139:0.23:600
chr1	145039821	rs7554603	C	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.835;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,14:0.12:118
chr1	145074882	rs3845334	G	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,19:0.20:94
chr1	145074919	rs2289798	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,35:0.22:159
chr1	145074939	rs1663854	T	C	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=776;ReadPosRankSum=-1.802;SC=TTTATGTTACTGCTGCTACAC;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=66;WE=145074947;WS=145074929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,94:0.45:208
chr1	145075208	rs6424335	T	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.266;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,15:0.21:73
chr1	145075519	rs2596337	G	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=1.305;SC=TCTTCAGTCCGGGGCCCCAGC;SOR=0.321;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=12;WE=145075527;WS=145075509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	145075683	rs2762779	C	T	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=709;ReadPosRankSum=-0.957;SC=CCGCTGCTGCCCAGCTCCCGG;SOR=0.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=59;WE=145075691;WS=145075673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,97:0.45:216
chr1	145075854	rs1663853	G	C	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=784;ReadPosRankSum=0.470;SC=CGCTGTCTGTGCCCTTCATGG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=60;WE=145075862;WS=145075844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,116:0.40:293
chr1	145075923	rs6656135	C	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=467;ReadPosRankSum=0.033;SC=TTCCTGGTGTCTTCCGGGACT;SOR=0.906;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=39;WE=145075931;WS=145075913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,68:0.30:224
chr1	145103844	rs2590144	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=258;ReadPosRankSum=-1.307;SC=TCATAATATGGTGCTTCTCAC;SOR=1.222;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=23;WE=145103852;WS=145103834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,33:0.28:117
chr1	145103928	rs2596251	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,46:0.13:345
chr1	145103947	rs2794062	T	C	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=718;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TCAGGCTAAGTAACTCTTTCG;SOR=0.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=56;WE=145103955;WS=145103937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,117:0.32:366
chr1	145104035	rs368277598	T	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=383;ReadPosRankSum=0.574;SC=TAATCTTGATTTCTTTATGAT;SOR=0.548;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=137;TCF=49;TCR=88;TR=40;WE=145104043;WS=145104025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,49:0.30:164
chr1	145104052	.	AGT	A	877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=779;ReadPosRankSum=1.792;SC=TGATCATTTAAGTGTGAAATA;SOR=0.707;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=6;TCR=76;TR=21;WE=145104061;WS=145104042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,29:0.26:113
chr1	145104075	rs4145928	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.468;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=278;ReadPosRankSum=-0.383;SC=GTAACAGAATGCCTGATAAAA;SOR=1.068;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=21;WE=145104083;WS=145104065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
chr1	145109430	rs2442653	A	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.400;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,17:0.15:111
chr1	145109456	rs7553975	C	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.622;NF=32;NR=18;PP=529;ReadPosRankSum=0.526;SC=TACAGAGATTCTGCTTTAAAC;SOR=0.434;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=162;TCF=116;TCR=46;TR=50;WE=145109476;WS=145109446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,55:0.29:192
chr1	145109468	rs2442652	A	G	8581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=63;PP=2962;SC=GCTTTAAACTATTGTCAGTGC;SOR=1.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=132;TCR=63;TR=195;WE=145109476;WS=145109446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	145109493	rs2442651	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.583;QD=3.64;ReadPosRankSum=-2.773;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,93:0.26:361
chr1	145109549	rs2596331	G	T	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=2.107;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:456,155:0.25:611
chr1	145109583	rs2794053	C	A	7105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TTCCCTAAGACGTTGGCTTTT;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=466;TCF=254;TCR=212;TR=226;WE=145109591;WS=145109573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,359:0.49:734
chr1	145109661	rs2655551	G	A	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FS=2.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:625,184:0.23:809
chr1	145109809	rs2596327	T	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.122;SOR=1.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr1	145112284	.	CCG	C	1819.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=6.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-1.807;QD=13.79;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,50:0.38:132
chr1	145112287	rs2794042	T	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=0.808;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,32:0.24:134
chr1	145112288	.	G	GCA	1845.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-1.833;QD=13.47;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,51:0.37:137
chr1	145112313	rs2596302	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=7.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.802;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,48:0.24:201
chr1	145112414	rs2590131	T	C	4449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=744;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:587,157:0.21:744
chr1	145112420	rs2794041	C	T	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=773;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.562;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:569,203:0.26:772
chr1	145112428	rs2794040	C	T	4517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:633,164:0.21:797
chr1	145112485	rs2794039	C	T	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:534,172:0.24:706
chr1	145115658	.	TATTTTTAA	T	1022.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=3.161;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,34:0.23:145
chr1	145115810	rs2655557	A	G	11867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=925;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.562;QD=12.84;ReadPosRankSum=-1.448;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,417:0.45:924
chr1	145115820	rs2655558	T	C	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=888;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:670,217:0.24:887
chr1	145139088	rs150935736	C	CG	1179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.13;QD=36.87;SOR=6.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	145209152	.	GGGC	G	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=49.71;NF=0;NR=3;PP=24;QD=17.0;SC=GCCAAACTTCGGGCGGCGGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=3;WE=145209162;WS=145209142;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr1	145209612	.	GCCCCGCCAACCGCCGGGGTT	G	1617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-0.271;QD=28.38;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr1	145209819	rs860659	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=6.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=45.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.929;NF=25;NR=37;PP=1221;ReadPosRankSum=-2.551;SC=TCCGCGTTTCCTGGGGTCGAG;SOR=3.139;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=62;WE=145209827;WS=145209809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,38:0.17:223
chr1	145209869	rs80228373	AA	CG	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.251;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.816;NF=38;NR=28;PP=2333;ReadPosRankSum=-0.335;SC=TGAGCGAAGGAATGCCAGATT;SOR=0.990;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=185;TCF=97;TCR=88;TR=66;WE=145209878;WS=145209859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,65:0.30:220
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chr1	145281613	rs12120756	C	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQRankSum=-0.676;QD=1.37;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:427,56:0.12:483
chr1	145281633	rs28576333	C	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQRankSum=-1.321;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:429,44:0.09:473
chr1	145282093	rs199946317	G	A	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.532;NF=8;NR=42;PP=816;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CATTAACAGTGGGTGATCAAC;SOR=1.093;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=157;TCF=37;TCR=120;TR=50;WE=145282101;WS=145282083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,64:0.33:194
chr1	145456732	rs375314716	GA	G	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,45:0.26:170
chr1	145498905	.	T	C	346.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.468;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=295;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TGTGTATAAATTCTACACCTA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=145498913;WS=145498895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr1	145507826	rs872786	A	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr1	145510376	rs147038428	A	G	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.18;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	145517561	rs4471211	C	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.971;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=603;ReadPosRankSum=-0.942;SC=AGTAATTAGGCGGACTGGAGA;SOR=3.767;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=27;WE=145517569;WS=145517551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr1	145530254	rs74119688	C	T	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.61;ReadPosRankSum=-2.504;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,127:0.85:150
chr1	145531980	rs4384171	T	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=413;SC=GGCAAGATGCTTGACCTCAGG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=145531988;WS=145531970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	145532549	rs1328584	T	C	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=27;PP=1081;SC=AGCGATTCTTTTTCAATGTCA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=54;WE=145532557;WS=145532539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	145532994	rs34834904	GT	G	2261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.90;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=1.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,53:0.84:63
chr1	145533001	rs35103913	T	C	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.41;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,65:0.84:77
chr1	145533175	rs11590105	T	C	3144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=1521;ReadPosRankSum=-1.491;SC=CCCCCCTGCATTGCAGAACCA;SOR=0.507;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=79;WE=145533183;WS=145533165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,127:0.95:134
chr1	145533314	rs2274619	T	C	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,90:0.79:114
chr1	145534034	.	G	A	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=973;ReadPosRankSum=-1.442;SC=GGTTTGCTGAGAGGTTGGGTC;SOR=0.768;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=65;WE=145534042;WS=145534024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,94:0.35:268
chr1	145535921	rs2274617	T	C	5169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=58;PP=2508;ReadPosRankSum=0.500;SC=TAAAATGCATTACAGGCAACT;SOR=0.658;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=92;TCR=67;TR=135;WE=145535929;WS=145535911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,220:0.86:255
chr1	145538664	rs1109216	A	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=526;ReadPosRankSum=-1.059;SC=TGCTGATCATATGCCCCTGTG;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=31;WE=145538672;WS=145538654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,47:0.87:54
chr1	145541894	.	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=466;ReadPosRankSum=0.967;SC=TGCTTGCTCTCCTTGTCTTCT;SOR=0.871;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=35;WE=145541902;WS=145541884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,51:0.36:143
chr1	145555653	rs6424379	C	T	3755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.46;ReadPosRankSum=2.506;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,164:0.85:193
chr1	145556986	rs56110740	C	T	775.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.97;ReadPosRankSum=1.843;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,33:0.89:37
chr1	145558565	rs11801520	C	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=13;PP=459;SC=GGCTGCTGCTCTCTCTCAGCT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=145558573;WS=145558555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	145558824	rs17352281	A	C	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1336;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CTCTTCCTACAATCTGTGCAG;SOR=1.229;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=70;WE=145558832;WS=145558814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,88:0.84:105
chr1	145559010	rs374630197	CGT	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.089;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,20:0.11:180
chr1	145561053	.	C	T	573.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=5.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=397;ReadPosRankSum=-1.530;SC=GGGCTCAGTTCGTTGCCTAGT;SOR=1.601;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=20;WE=145561061;WS=145561043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr1	145562293	rs11579366	G	C	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1237;ReadPosRankSum=0.242;SC=GCCCAAGCCAGAGGCGCAGGT;SOR=0.605;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=67;WE=145562301;WS=145562283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,106:0.83:128
chr1	145562881	rs10910824	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,13:0.16:79
chr1	145584791	.	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,48:0.39:123
chr1	145585317	rs4128488	A	G	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=25;PP=1121;SC=TGGGGAAGTCAGGATTGAGAT;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=145585325;WS=145585307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	145588536	rs9286836	C	T	5732.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=64;PP=2848;ReadPosRankSum=1.058;SC=TTTGCTTGCCCCTCCCTCAGC;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=189;TCF=112;TCR=77;TR=164;WE=145588544;WS=145588526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:28,236:0.89:264
chr1	145597116	rs9728311	C	T	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=36;PP=891;SC=TTCCCAGTCACAGATGGGGTG;SOR=1.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=145597124;WS=145597106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	145598459	rs9729715	T	C	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=28;PP=1691;SC=AGGAGGATGATACTAGGTATC;SOR=1.233;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=77;WE=145598467;WS=145598449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	145601861	rs9286837	G	A	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=38;PP=1035;SC=GGCTGAGGAAGAGATTTAGAG;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=145601869;WS=145601851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	145826770	rs34955113	G	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=608;SC=CAGAGTGACTGGCGCAGGACG;SOR=2.468;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30;WE=145826778;WS=145826760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	146514576	rs34026136	T	C	3749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQRankSum=-1.103;QD=14.70;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,178:0.70:255
chr1	146633933	rs1036852	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.665;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,11:0.14:76
chr1	146643555	rs1348316	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr1	146656292	rs4950385	A	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=422;SC=CATACTATCAATGTGACTTAT;SOR=1.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=146656300;WS=146656282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	146672906	rs894469	C	T	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=52;PP=2007;SC=CTTCCAGAAACGGAAAGTCAA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=113;WE=146672914;WS=146672896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	146673178	rs6683215	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=543;SC=AGGTAAACAGAATGCCAATAA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=146673186;WS=146673168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	146680262	rs2354433	A	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=7;PP=548;SC=CCGCCTCCCAAAGTGCTGGGA;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=146680270;WS=146680252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	146680397	.	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,31:0.23:136
chr1	146685121	rs1530336	G	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=222;SC=GATATCACAGGCACTATCACA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=146685129;WS=146685111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	146687250	rs1822312	A	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=565;SC=AAGTAAACATAGGTAACTGAA;SOR=3.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=146687258;WS=146687240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	146714255	rs1890040	A	G	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	146714281	rs1890041	C	G	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	146714392	rs1890042	G	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.28;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	146714588	rs1890043	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=9;PP=236;SC=GTTTACCCGCCCGCGCCAGGG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=146714596;WS=146714578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	146724093	rs1890037	A	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=13;PP=530;SC=GAATAAGTCTACTCAAAAAGT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=146724101;WS=146724083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	146728149	rs12119390	A	G	485.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5331;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=265;ReadPosRankSum=0.109;SC=GAGTTTATCAATGCCAGCCTT;SOR=0.238;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=17;WE=146728170;WS=146728139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr1	146728162	rs61409326	T	TA	948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=837;SC=CCAGCCTTTATACGTGTCTTC;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=146728170;WS=146728139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	146739068	rs11239963	T	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.355;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=15;PP=1235;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GTCTCTCTCTTTTTTTTTAAA;SOR=1.478;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=71;WE=146739076;WS=146739058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,91:0.91:100
chr1	146739277	rs4143738	T	C	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=69;PP=1942;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CTTACTTTGTTTACTTTGTTT;SOR=0.458;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=106;WE=146739285;WS=146739267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,123:0.94:131
chr1	146740502	rs17356233	C	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,15:0.17:86
chr1	146740576	rs11576360	G	A	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=44;PP=1497;SC=TGAGCTAATGGCTGTTAAAAC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=146740584;WS=146740566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	146747153	rs6680778	T	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=34;PP=1053;SC=TTTTCTGCTTTCTTGGCTTGC;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=146747161;WS=146747143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	146748072	rs7534963	A	G	174.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=139;SC=AGTGCTGGCTATGTGCAGGGT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=146748080;WS=146748062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	146751782	rs7547279	A	C	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	146759306	rs6703892	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr1	146762984	rs6665723	AG	CA	579.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=538;ReadPosRankSum=-0.624;SC=ATAAAAATTCAGGAGTGAAGC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=12;WE=146762993;WS=146762983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,15:0.94:16
chr1	146763089	rs10900333	G	A	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=1223;ReadPosRankSum=-1.671;SC=AATTTGAAGAGGGCGAGATAC;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=53;WE=146763097;WS=146763079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,70:0.92:76
chr1	146763415	rs3737854	T	C	358.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5609;FS=3.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=228;ReadPosRankSum=-1.435;SC=TTCTGGAGGCTGAAAGTCCAA;SOR=2.494;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=14;WE=146763423;WS=146763405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr1	146766069	rs71083827	C	CAT	3233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=17;PP=1570;SC=TGAGTGAAGACGTGTTCTTCT;SOR=1.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=146766077;WS=146766059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	146766122	rs45563244	C	G	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.551;NF=34;NR=27;PP=924;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TTGGACATGCCACGAAAGGTT;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=61;WE=146766130;WS=146766112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,99:0.78:127
chr1	146767149	rs4950394	G	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=9;PP=340;SC=TGTCCTTCATGCACAGTCTTC;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=146767157;WS=146767139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	146767320	rs6537	A	G	274.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTGAGTTTCAATTTGGTTCTC;SOR=0.283;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=11;WE=146767328;WS=146767310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr1	146767353	rs6538	G	A	123.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=5;PP=99;SC=CTCTGTTTTGGTACCTGTAAT;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=146767361;WS=146767343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	147083744	rs677977	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=414;ReadPosRankSum=0.857;SC=CATAGGCACACCATGAACACT;SOR=0.869;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=28;WE=147083752;WS=147083734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chr1	147091972	rs3820129	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,12:0.15:79
chr1	147092881	rs41295835	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=2.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-2.779;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,45:0.14:314
chr1	147096794	rs867270	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=541;SC=TCCTTGTCAAAATGAGATTCC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=147096802;WS=147096784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	147096828	rs946902	C	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=12;PP=314;SC=TGCTTTGAGGCAGTTCCAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=147096836;WS=147096818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	147121977	rs6593795	C	T	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=8;PP=372;SC=GCAGAGTCCACGGCTTTCAGC;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=147121985;WS=147121967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	147124310	rs2153463	T	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.901;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr1	147127205	.	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=64;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CCTCAGTATAGACAGAGTTCT;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=147127213;WS=147127195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	147131103	rs11800736	C	T	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=1.154;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=820;ReadPosRankSum=3.241;SC=AAAGCCCAGCCAGCAAACAAC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=55;WE=147131111;WS=147131093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,75:0.86:87
chr1	147230217	rs1692141	T	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=1.930;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=774;ReadPosRankSum=0.856;SC=CACGTCTTTCTTCTCTGAGCC;SOR=0.315;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=42;WE=147230225;WS=147230207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,56:0.92:61
chr1	147381397	rs34123490	G	GA	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=1.303;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr1	147381444	rs1532399	A	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.15;QD=25.18;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	147806559	rs10752439	C	T	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=21;PP=1166;SC=ACTTAGCTTGCGTTAAGCAAG;SOR=1.354;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=66;WE=147806567;WS=147806549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	147806874	rs2999607	G	C	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.94;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	147806880	rs537191	T	C	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	149290881	rs144019609	C	T	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=5.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQRankSum=0.618;QD=8.34;ReadPosRankSum=-4.078;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,99:0.43:228
chr1	149376972	rs199868473	C	T	54.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.62;MQRankSum=-0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	149676401	rs146138154	A	G	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=11.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.59;MQRankSum=-6.044;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.100;SOR=1.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,95:0.45:211
chr1	149676508	rs142083788	A	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.94;MQRankSum=-1.579;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr1	149676532	rs138339323	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.69;MQRankSum=-1.702;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr1	149764429	rs371458276	CCGAGT	C	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.21;MQRankSum=2.057;QD=29.93;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr1	149821912	rs138035086	CGGAG	C	2826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.681;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.724;NF=7;NR=38;PP=1958;ReadPosRankSum=-0.790;SC=CGGCGACCCGCGGAGGGAGGG;SOR=0.449;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=45;WE=149821923;WS=149821902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,77:0.90:86
chr1	149858282	.	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=576;ReadPosRankSum=1.126;SC=TGCAAATTAGGGCTCCGAAAG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=29;WE=149858290;WS=149858272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr1	149881173	rs55909843	A	C	3388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.22;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,92:0.90:102
chr1	149881183	rs56351279	C	T	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.27;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,74:0.87:85
chr1	149884968	.	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,46:0.25:181
chr1	149902689	rs367729169	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=0.633;SC=CTGACCTGTCCGCTCTGCTTT;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=8;WE=149902697;WS=149902679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	149905279	rs72692821	G	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=636;ReadPosRankSum=-0.729;SC=TGAGGGTTAGGGGTCAAAGGT;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=41;WE=149905287;WS=149905269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,65:0.71:91
chr1	149905933	.	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr1	149906413	rs11205303	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=5.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,18:0.14:125
chr1	149908108	rs1868992	A	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=707;ReadPosRankSum=1.417;SC=CCGGCATCCTATTTTCCTGGA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=38;WE=149908116;WS=149908098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr1	149931541	rs4926400	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5085;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=456;ReadPosRankSum=-1.234;SC=TAGACACTGGGCTGTGGAAGC;SOR=0.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=29;WE=149931549;WS=149931531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,39:0.85:46
chr1	150122493	rs4553237	T	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	150128425	rs1545762	C	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=12;PP=347;SC=CCACCTTGGCCGCTGGAACAT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=150128433;WS=150128415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	150129267	rs10749675	G	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=21;PP=608;SC=AACAGCTGTGGCCCACTGAAG;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=150129275;WS=150129257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	150199039	rs68136184	CTCCTCT	C	610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.648;QD=3.13;ReadPosRankSum=1.703;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,28:0.14:195
chr1	150199123	rs7522034	G	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.856;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,36:0.20:181
chr1	150203984	.	AT	A	311	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=7;NR=2;PP=311;QD=38.0;SC=AAAATCCTATATAACTTTTTC;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=9;WE=150203992;WS=150203974;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,9:0.43:21
chr1	150230422	rs141941429	GCT	G	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=67;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAGCTCGCTCGCTCTCTCTCT;SOR=1.153;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=3;WE=150230431;WS=150230412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	150234657	rs34714364	G	T	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=768;ReadPosRankSum=0.948;SC=GATCCCCAGGGGGGTCAGAAC;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=54;WE=150234665;WS=150234647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,79:0.68:117
chr1	150277611	.	G	GT	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=37;QD=30.5;SC=GGGAGTGCAGGTGTGTGTGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=2;WE=150277619;WS=150277601;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr1	150297334	.	CT	C	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-3.180;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr1	150300727	rs834225	T	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	150307270	rs1260408	T	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=8;PP=541;SC=TAACTCCTGGTCTCAAGTGAT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=150307278;WS=150307260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	150321486	rs1625468	G	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=303;SC=GTCTAATTTGGGGAAAATAAA;SOR=1.802;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=17;WE=150321494;WS=150321476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	150389964	.	GA	G	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=229;ReadPosRankSum=0.507;SC=ATCCATGTAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=14;WE=150389972;WS=150389954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr1	150432727	.	G	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=561;ReadPosRankSum=1.202;SC=GCCAAACCTGGCTAATGTGGA;SOR=0.830;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=43;WE=150432735;WS=150432717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,52:0.35:148
chr1	150432870	.	GGTT	G	527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.59;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	150445398	.	C	T	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=2.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,81:0.21:391
chr1	150445819	rs7002	A	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=296;SC=GATGGAAACCAAGGGAAAGGC;SOR=2.200;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=150445827;WS=150445809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	150460326	.	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=262;ReadPosRankSum=1.424;SC=ATATATCTTTCCCTCCAGGCA;SOR=2.925;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=14;WE=150460334;WS=150460316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr1	150470322	rs11590324	C	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.20;QD=24.03;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	150471056	rs116476409	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,34:0.23:149
chr1	150471848	rs34802685	A	AT	383.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.9974;FS=2.605;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=184;ReadPosRankSum=0.151;SC=GATACAAAGAATTTTTTTTTT;SOR=0.293;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=14;WE=150471856;WS=150471838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,24:0.89:27
chr1	150477061	rs3738487	C	T	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=25.70;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	150482738	rs11205387	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,57:0.25:225
chr1	150483236	rs9661040	A	C	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	150483355	rs3737240	C	T	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=22;PP=1656;SC=ATTCCAGGAACGCCAGCTCCA;SOR=1.353;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=150483363;WS=150483345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	150483840	rs4970979	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=15;PP=585;SC=CAACCACTGTCTCTTCTTTAT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=150483848;WS=150483830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr1	150484987	rs13294	G	A	7078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=96;PP=2965;SC=CATTGACATCGGTCGAGTCAC;SOR=0.895;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=72;TCR=98;TR=168;WE=150484995;WS=150484977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	150485566	rs12031973	T	G	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=2.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	150485571	rs12031974	T	C	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.24;SOR=1.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	150522471	rs10668635	C	CTG	3281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=14;PP=1833;SC=GTGGAGGGCTCTGAGGGCCCG;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=37;WE=150522479;WS=150522461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	150526044	rs41317515	G	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,96:0.23:412
chr1	150526406	rs6681639	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,30:0.22:139
chr1	150528090	rs146160043	G	GACAC	723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,24:0.23:106
chr1	150528118	rs149100901	T	TACAC	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=353;ReadPosRankSum=-0.224;SC=CATACACATGTACACACATAT;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=8;WE=150528126;WS=150528108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,17:0.21:80
chr1	150528175	rs35233292	GCA	G	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=220;ReadPosRankSum=0.434;SC=ACGCATATGCGCACAGACACA;SOR=2.035;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=8;WE=150528184;WS=150528165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr1	150528208	rs9728540	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.574;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr1	150529322	rs34379037	T	TAA	1929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=15;PP=1361;SC=CTGTTCCCTCTGGGCAGAGCT;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=27;WE=150529330;WS=150529312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	150529970	.	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=-1.495;SC=ACCCACTCAGGTGTCTGGCGC;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=27;WE=150529978;WS=150529960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,35:0.28:123
chr1	150531008	rs10888382	T	C	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=40;PP=1991;SC=TTGGGAACAATGGTGATGAAG;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=111;WE=150531016;WS=150530998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	150531050	rs10749657	G	A	5009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=57;PP=2520;SC=CAGGCCCCCCGCAGCCCCCCA;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=135;WE=150531058;WS=150531040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	150531170	rs10749658	C	T	6161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=78;PP=2451;SC=TGGGTAACCACGCCCAGGACA;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=140;WE=150531178;WS=150531160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	150550019	rs11428742	T	TA	2475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=43;PP=2082;SC=TCTGCTCTCTTACAACACTAC;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=44;WE=150550027;WS=150550009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	150552042	rs16837903	G	A	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=57;PP=1419;ReadPosRankSum=0.584;SC=GAGAAAACTGGGGAAGACCCC;SOR=0.862;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=121;TCF=40;TCR=81;TR=83;WE=150552050;WS=150552032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,99:0.67:148
chr1	150599849	rs78646592	C	T	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1325;ReadPosRankSum=1.490;SC=AACAACAAAACCTCCAGAAAA;SOR=0.948;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=88;WE=150599857;WS=150599839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,147:0.72:205
chr1	150600181	rs2280078	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=1.162;SC=CTTGTAAATACGCTATCTCTA;SOR=1.061;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=13;WE=150600189;WS=150600171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr1	150666797	rs7412396	G	A	86.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	150671243	rs139837908	AC	A	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.844;NF=1;NR=6;PP=284;ReadPosRankSum=0.201;SC=AAGAATAGATACTTTCCTGTT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=150671251;WS=150671233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	150676674	rs367543855	TA	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	150678910	rs1336899	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=0.699;SC=CCTTTCAACCTTGAGTTTATG;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=150678918;WS=150678900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	150679033	rs1336900	G	A	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,66:0.72:92
chr1	150679358	rs11586422	C	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=615;ReadPosRankSum=0.332;SC=TAAAAACACACGCAGATTGCA;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=37;WE=150679366;WS=150679348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,42:0.84:50
chr1	150686633	rs34593358	A	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr1	150705755	rs1415148	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-1.127;SC=ATGAAATAAGGTAATAATTTC;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=150705763;WS=150705745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	150727539	rs2230061	G	A	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.45;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,127:0.81:156
chr1	150730184	rs11204722	C	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=0.751;SC=TTTCTGTACACGTTCTTACGT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=150730192;WS=150730174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	150730279	rs2275235	A	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=465;ReadPosRankSum=-1.738;SC=GGGGAGACAGAAAGGAAATGA;SOR=1.552;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=26;WE=150730287;WS=150730269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr1	150771703	rs10788796	T	C	6983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=68;PP=2577;SC=CTGCCAAAACTGCATGGTTCA;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=97;TCR=68;TR=165;WE=150771711;WS=150771693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	150779755	rs6587522	C	T	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	150785922	.	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=194;ReadPosRankSum=1.540;SC=TACCTAGGATAACTCTGTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=14;WE=150785930;WS=150785912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr1	150789953	rs10305739	T	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr1	150789961	rs3894771	A	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5982;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=0.842;SC=AATTTTTTTTAAAAAAGAATC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=21;WE=150789969;WS=150789951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr1	150790289	rs35672926	C	CA	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr1	150801466	rs3738483	T	C	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=679;SC=CTCTTTTTCTTAACTGAGGTT;SOR=2.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=32;WE=150801474;WS=150801456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	150804401	rs200891935	G	GA	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr1	150804429	rs10305704	A	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=741;ReadPosRankSum=1.878;SC=CTACCCGTAAAACTCAAAGGG;SOR=1.078;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=41;WE=150804437;WS=150804419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr1	150808889	rs2228099	C	G	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=990;ReadPosRankSum=-0.146;SC=CGGAGTCAGACACATACACCA;SOR=0.883;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=58;WE=150808897;WS=150808879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,82:0.69:118
chr1	150811794	rs2256355	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	150825511	rs10305673	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.386;NF=3;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=0.149;SC=AATCCCAGCACTTTGGAAGGC;SOR=0.960;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=16;WE=150825519;WS=150825501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr1	150849071	rs34415707	AC	A	556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	150914922	rs11430191	C	CA	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.713;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr1	150921736	.	C	T	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,97:0.34:288
chr1	150923774	rs2124952	T	A	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.707;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=727;ReadPosRankSum=0.878;SC=CTTGGGTACATGTGTATTGTG;SOR=0.325;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=43;WE=150923782;WS=150923764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,69:0.79:87
chr1	150935872	rs2280627	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.629;SC=GCTACTTAGGATCTTTGAGTT;SOR=0.773;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=150935880;WS=150935862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	150938571	rs8444	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=2.287;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=321;ReadPosRankSum=-0.528;SC=CGCAGGGAGCGGGGTAGTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=19;WE=150938579;WS=150938561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr1	150938616	rs267739	G	A	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=11;PP=785;SC=GGCAGCTGGAGTAATGGTTCA;SOR=1.392;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=150938624;WS=150938606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	150939744	rs11204750	C	A	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.891;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=894;ReadPosRankSum=-1.319;SC=CCTTCTTACCCCTTGCCTTTG;SOR=0.505;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=55;WE=150939752;WS=150939734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,75:0.84:89
chr1	150940357	rs6656535	GC	TT	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.637;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=886;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TCTCCAGCTGGCAGAGGAAGC;SOR=2.080;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=22;WE=150940366;WS=150940347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr1	150940625	rs267738	T	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GAACCAACGCTCTACCTGGCG;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=26;WE=150940633;WS=150940615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,33:0.23:142
chr1	150941381	rs752376	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=133;ReadPosRankSum=-1.427;SC=TGAGGGTAGGCTGGCATGCTT;SOR=0.204;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=11;WE=150941389;WS=150941371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr1	150944541	rs267737	A	G	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=5;PP=107;SC=TGCCTGCAAAACAGGGGGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=150944549;WS=150944531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	150958836	rs267733	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,33:0.23:143
chr1	150958977	rs2305814	T	C	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=626;ReadPosRankSum=-0.676;SC=TGTCCTGTAATGGACAAGAGA;SOR=0.220;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=42;WE=150958985;WS=150958967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,53:0.83:64
chr1	150960350	rs7532008	A	C	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=989;ReadPosRankSum=2.120;SC=CCTCCTAGGCACTGCAGCGGG;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=57;WE=150960358;WS=150960340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,69:0.79:87
chr1	150969967	.	GG	AA	6269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=2944;ReadPosRankSum=1.858;SC=GGGCTCCAGGGGAGAGGGACA;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=105;WE=150969976;WS=150969957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,155:0.79:195
chr1	150969992	rs2925740	T	C	5284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=72;PP=2812;SC=GGGGAAGGACTCTGAGAGAAG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=143;WE=150970000;WS=150969982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	150970577	rs2925741	G	T	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=21;PP=1960;SC=CTGCAGCTGCGTTTCTGGGGA;SOR=2.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=92;WE=150970585;WS=150970567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	150970836	rs1673160	T	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=0.515;SC=GCATGTGGACTTTTTTTTTCT;SOR=0.330;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=10;WE=150970844;WS=150970826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr1	150972538	rs708909	G	A	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=680;SC=CTACAACCCTGTGATGAATGG;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=150972546;WS=150972528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	150974162	rs771204	G	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	150975108	rs771205	T	C	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=46;PP=1225;SC=AAAAGGGACTTGGCTGAGGGG;SOR=1.190;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=150975116;WS=150975098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	150990466	rs71090118	C	CAT	2591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=25;PP=1246;SC=CACTTACCAGCATTTAGCATT;SOR=1.217;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=26;WE=150990474;WS=150990456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	150990825	rs3738480	A	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=182;SC=CTGGGTACTTATGGCTTTGAG;SOR=1.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=150990833;WS=150990815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	150991285	rs6664220	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=26;PP=760;SC=TTGGGAGGCCAAGGCGGGCGG;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=150991293;WS=150991275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	150997940	rs3738478	T	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=7;PP=824;SC=TTCTGGTGGTTGTGTGTGAAG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=150997948;WS=150997930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	150998221	rs55774303	AT	A	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr1	150999863	rs55717234	A	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=22;PP=604;SC=CATGTTATGCATGTGGCCTTG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=150999871;WS=150999853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	151001583	rs6691701	G	A	497.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=406;ReadPosRankSum=-1.389;SC=TCCCCTTTCTGCTTTTTCCCA;SOR=1.101;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=22;WE=151001591;WS=151001573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr1	151006539	rs3738476	C	A	3546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=50;PP=1707;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TGATTTCTGGCCTGAGTCAAG;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=106;WE=151006547;WS=151006529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,158:0.76:208
chr1	151006691	rs138602074	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.724;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,13:0.18:73
chr1	151011149	.	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=1.285;SC=TCCCAAATCTCCCCTGCGTGA;SOR=0.283;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=7;WE=151011157;WS=151011139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr1	151017254	.	G	GT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.848;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr1	151017408	rs144985017	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,43:0.25:174
chr1	151019180	rs6587553	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,24:0.20:123
chr1	151026815	rs2902810	C	T	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=72;PP=2349;SC=AAAACAGATGCGAGACACCTT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=129;WE=151026823;WS=151026805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	151028234	rs11204767	G	T	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=43;PP=1340;SC=GCTTCACTCCGCTGTCTGAGG;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=71;WE=151028242;WS=151028224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	151039609	rs3738481	A	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	151070252	rs35034487	CA	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr1	151089885	rs62621412	G	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.533;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,30:0.21:144
chr1	151089888	rs59454556	A	C	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,30:0.21:146
chr1	151104598	rs4971005	A	G	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=267;SC=CCAGACCCAGAAGGCCCGAGG;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=151104606;WS=151104590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	151104950	rs10788800	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.67;ReadPosRankSum=-1.558;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,53:0.78:68
chr1	151105824	rs4971006	C	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=15;PP=484;SC=GCGGGAGCCCCGGAGTCTCGA;SOR=0.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=32;WE=151105832;WS=151105814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	151106823	rs12085364	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.708;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	151106942	rs12089976	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr1	151108137	rs4971007	T	G	6099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=65;PP=2611;SC=CCACCTGGGGTCAGCACCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=132;WE=151108145;WS=151108127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	151112483	rs75185260	T	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr1	151114882	rs11464219	C	CT	1514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=998;SC=TGTTAGCTTCCTGAGGCTGGG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=23;WE=151114890;WS=151114872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	151146186	rs7552226	C	G	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=27;PP=814;SC=TAGAATGCTGCGTCACGAAGG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=151146194;WS=151146176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	151146276	rs7521416	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=319;SC=AGTGCGGGGCTGGGCGCTGTG;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=151146284;WS=151146266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	151149601	rs6656261	A	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=7;PP=213;SC=AGTGGCTCACACCTGTAATTC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=151149609;WS=151149591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	151205303	rs7544947	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=0.828;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr1	151209063	rs12407426	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-0.753;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,76:0.24:320
chr1	151210789	rs7532935	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,39:0.17:228
chr1	151212399	rs141190258	C	CCTT	1929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=1410;SC=TGCCGGGCCTCCTAACTCTAT;SOR=1.900;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=30;WE=151212407;WS=151212389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	151227158	.	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=2.044;SC=GAAGCAGCTGGCCAAGCCGAG;SOR=0.522;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=27;WE=151227166;WS=151227148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr1	151227371	rs3811405	A	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	151237589	rs3216063	TC	T	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=214;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GCGGGTCCTTTCCCCCCCTCG;SOR=0.826;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=5;WE=151237602;WS=151237579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr1	151237594	.	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TCCTTTCCCCCCCTCGAGTAT;SOR=0.826;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=6;WE=151237602;WS=151237579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr1	151238222	rs2275900	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=40;ReadPosRankSum=0.777;SC=TCCTTTTGCCGCCTCTTCCCT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=5;WE=151238230;WS=151238212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr1	151239051	rs7489	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,27:0.19:140
chr1	151252691	.	C	T	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=1.327;SC=CTCGGAAACTCTCCGGGTGCG;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=23;WE=151252699;WS=151252681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,58:0.81:72
chr1	151254023	rs59912932	A	C	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=13;PP=1176;ReadPosRankSum=0.255;SC=CCCAACCTTTAGGTCCCGATT;SOR=0.904;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=66;WE=151254031;WS=151254013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,84:0.85:99
chr1	151254041	rs3811406	T	C	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=30;PP=1753;SC=ATTCCTTCCATGCTCCAAATC;SOR=1.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=100;WE=151254049;WS=151254031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	151259043	rs2298265	C	T	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=836;ReadPosRankSum=0.466;SC=CTGTGTGTCCCGAGCAGTCTG;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=55;WE=151259051;WS=151259033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,91:0.76:119
chr1	151259543	rs3748545	G	A	5538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=76;PP=2684;ReadPosRankSum=0.832;SC=CCAGTTGCTGGGGTGCCCTTC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=109;TCR=105;TR=156;WE=151259551;WS=151259533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,241:0.74:327
chr1	151263782	rs10788803	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.239;SC=ATTAACATTAATATTTTGTTA;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=151263790;WS=151263772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	151280400	rs1536617	C	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=341;SC=TCCAGGAAAGCAGCTGCTTTT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=151280408;WS=151280390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	151282841	rs1752388	A	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=-1.349;SC=TTCTCTAGTGAAGTTCTACCT;SOR=1.270;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=151282849;WS=151282831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr1	151288172	rs1056847	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr1	151288391	rs1752379	A	G	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=24;PP=1058;SC=CATCACCCACATCCTCATCCA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=151288399;WS=151288381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	151314379	rs1752387	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=235;SC=CTAACCTATATATTCATCATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=151314387;WS=151314375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	151316161	rs1752386	G	A	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=19;PP=891;SC=ACACACCAGCGAGCCCCATGG;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=151316169;WS=151316151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	151337788	rs10788804	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr1	151341417	rs744459	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-1.853;SC=CTTCCTGCCCGTAGACTACCT;SOR=1.828;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=8;WE=151341425;WS=151341407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr1	151341728	rs35093538	G	GC	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=110;ReadPosRankSum=0.847;SC=TGGAAGAGGCGCCCTGTGGAC;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=151341736;WS=151341718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	151372138	rs7172	G	A	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=899;ReadPosRankSum=0.994;SC=ACCGCATTCCGTCCACTCCCG;SOR=0.775;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=54;WE=151372146;WS=151372128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,92:0.76:121
chr1	151372770	rs2495390	A	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=25;PP=750;SC=GGGGGACTGGAAGAGTTGTTG;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=32;WE=151372778;WS=151372760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	151373200	rs2495391	T	C	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	151374025	rs4603	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,42:0.23:182
chr1	151377248	rs6667714	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=695;SC=GTTCCCACCCTCACTCCACAC;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=151377256;WS=151377238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	151378003	.	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,35:0.20:175
chr1	151379250	rs2274535	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=240;ReadPosRankSum=-0.344;SC=ACTTCAGGTCGGAAGGTTTCT;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=15;WE=151379258;WS=151379240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr1	151380505	.	AAAG	A	538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.67;QD=26.94;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	151381320	rs3831142	GA	G	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.025;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr1	151384052	.	T	TA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.550;QD=1.56;ReadPosRankSum=2.088;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr1	151384711	rs1887545	A	G	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,54:0.75:72
chr1	151384733	rs3748550	G	A	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=621;ReadPosRankSum=0.638;SC=TCTTCCTGAGGGCAAAACTGC;SOR=1.042;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=42;WE=151384741;WS=151384723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,71:0.75:95
chr1	151395782	rs2274533	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=276;ReadPosRankSum=1.211;SC=GTTACCCACATGTAAATAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=17;WE=151395790;WS=151395772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	151396037	rs2274534	A	C	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=660;ReadPosRankSum=0.637;SC=TCTGTAATAAAGCACAAAGAG;SOR=0.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=56;WE=151396045;WS=151396027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,81:0.68:119
chr1	151400942	rs11204811	A	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.687;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr1	151402045	rs6587577	A	G	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=663;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TCTGGATGCCAGTTTATTCCA;SOR=0.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=42;WE=151402053;WS=151402035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,75:0.82:92
chr1	151490937	.	T	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,18:0.26:68
chr1	151495796	rs2337359	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-2.506;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr1	151497140	rs1573130	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr1	151499635	rs2298168	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GAACACCTGCCTTACCTCTCC;SOR=1.508;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=13;WE=151499643;WS=151499625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	151501698	rs2096232	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=4;PP=149;SC=AGAAACTGCCAAACTACTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=151501706;WS=151501688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	151501737	rs6678068	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=475;SC=TTTTATTCCCTTGGCAGTGTA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=151501745;WS=151501727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	151501841	rs12044926	C	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,16:0.18:87
chr1	151508061	rs11204842	A	C	297.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.451;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=271;ReadPosRankSum=2.393;SC=TGGTCCTCTCACCCATCCCCA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=151508069;WS=151508051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr1	151518484	rs71580387	T	TTC	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=1.198;QD=17.57;ReadPosRankSum=1.397;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr1	151535020	rs143684177	ATC	ATCTC,A	149.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4,4;NR=4,4;PP=72,286;ReadPosRankSum=0.692;SC=TGTCTGAGCCATCTCTCTCTC;SOR=0.892;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8,8;WE=151535029;WS=151535010;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.54:13
chr1	151538784	rs201554325	TTC	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr1	151542099	rs3748610	G	T	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=21;PP=1059;SC=AGAAACTTGAGGGCTTCCCCT;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=151542107;WS=151542089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	151546931	rs6660238	A	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=20;PP=538;SC=AGGGGCCTGCAGGTGGATCGA;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=151546939;WS=151546921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	151551320	rs3748608	G	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=10;PP=371;SC=GGGCTGGTTTGTAACCTGCCC;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=151551328;WS=151551310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	151552301	rs3833527	TG	T	440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=424;SC=GTCTTTGTCATGTCTTGCTGT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=151552309;WS=151552291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	151553918	rs10494267	C	T	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=151;SC=ACCCTTGCTACAAGACACATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=151553926;WS=151553911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	151554503	rs1891592	T	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=12;PP=843;SC=ACTCTGGCTGTGCCATAAGCC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=151554511;WS=151554493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	151634512	rs3831367	A	AT	738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=1;PP=737;SC=AAATGTATTGATTTTTTTCCC;SOR=4.680;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=26;WE=151634520;WS=151634502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	151634803	rs11808761	G	A	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=975;SC=AAGGAAGATAGATTAAATAAG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=151634811;WS=151634793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	151675618	rs1308150	T	C	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=27;PP=1287;SC=AAACGCTGGGTACAGAAGGCC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=151675626;WS=151675608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	151679094	.	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.036;SC=GGCCTCTTTTCCTCCTGCCAC;SOR=0.807;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=9;WE=151679102;WS=151679084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr1	151679441	rs1308152	T	C	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=156;SC=GTCGCTTCACTGCTCTACACC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=151679449;WS=151679437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	151679596	rs1308153	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.9866;FS=3.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=443;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TTGCTGGGACGGAGTGGGCAG;SOR=0.267;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=22;WE=151679604;WS=151679586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
chr1	151679900	rs10888428	C	T	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=814;ReadPosRankSum=1.921;SC=TCCCAGACCCCGAGGCTTCCC;SOR=0.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=55;WE=151679908;WS=151679890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,83:0.73:114
chr1	151686983	rs939592	T	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,48:0.74:65
chr1	151700189	rs72506285	C	CCTG	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=405;SC=CAGGATTCTCCCAGAGTCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=151700197;WS=151700179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	151700214	rs2275920	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=325;ReadPosRankSum=-1.582;SC=CTCCTTCACCTGATGTCCCCA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=10;WE=151700235;WS=151700204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	151700227	rs2275921	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=325;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TGTCCCCAAAGGGAGCTTTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=151700235;WS=151700204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	151701345	rs2298294	A	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.873;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=594;ReadPosRankSum=0.534;SC=CTGTTGGGAGAGACCAGACGG;SOR=0.641;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=38;WE=151701353;WS=151701335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr1	151732700	rs10888433	A	G	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.89;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,140:0.82:170
chr1	151733335	rs8480	T	G	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.420;QD=19.27;ReadPosRankSum=1.362;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,136:0.86:158
chr1	151733379	rs57922119	C	CAA	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr1	151740479	rs1196457	C	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=246;SC=GACACACCCCCATCTGCCTGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=151740487;WS=151740476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	151740666	rs2495397	T	C	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=47;PP=1667;SC=TCGACTCTTCTTGGATATCCC;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=90;WE=151740674;WS=151740656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	151742550	.	GGAGAGA	G	577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr1	151742553	.	GAGAGAGGGAGAGGGAGACCATGGGGAGAC	G	2972	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=59.45;NF=3;NR=5;PP=2972;QD=20;SC=AGACCGTGGAGAGAGAGGGAG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=8;WE=151742596;WS=151742543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr1	151742565	rs140076465	GGGAGACCATGGGGAGACGGAGAC	G	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.871;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr1	151742588	.	C	G	1173	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=59.75;NF=11;NR=8;PP=1173;QD=63.5669059235;SC=GAGACGGAGACGGAGAGGGAG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=19;WE=151742596;WS=151742543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr1	151742798	rs3748612	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=501;ReadPosRankSum=2.055;SC=TTTTCCTTTATAGGAGACCCT;SOR=0.365;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=29;WE=151742806;WS=151742788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr1	151747043	rs1123855	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,31:0.22:141
chr1	151747970	rs11204885	A	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=641;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AGTCAGCACAATGAGTGAGTC;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=42;WE=151747978;WS=151747960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,68:0.67:101
chr1	151751081	rs1996729	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.844;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr1	151751274	rs17853082	C	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=2.239;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr1	151753805	rs11355113	AT	A	610.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	151753807	rs36118417	AT	A	70.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.312;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	151754112	rs35077383	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,19:0.24:79
chr1	151774383	.	C	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,23:0.16:140
chr1	151780177	rs3828057	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr1	151787880	.	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=265;ReadPosRankSum=1.457;SC=CTGCTTCTTGGACATGCGGCC;SOR=0.879;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=24;WE=151787888;WS=151787870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,34:0.24:141
chr1	151789588	rs151171878	C	CTGTGTGTG	507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=6;NR=4;PP=316;SC=TAAGGAGACACTGTGTGTGTG;SOR=0.892;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=10;WE=151789596;WS=151789578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	151789609	rs56273334	C	T	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.06;QD=39.14;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	151789609	.	CGC	TGT	332	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MMLQ=19;MQ=59.65;NF=14;NR=7;PP=332;QD=18.3556130887;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGCGCGC;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=21;WE=151789619;WS=151789597;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,21:0.81:26
chr1	151789611	rs55841824	C	T	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.06;QD=39.06;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	151803449	rs80223568	G	T	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=572;ReadPosRankSum=-1.975;SC=GGAGCTTGGTGGCTCTGGCCC;SOR=0.801;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=40;WE=151803457;WS=151803439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr1	151811226	rs6673556	G	A	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=111;SC=GAGGCAGCGAGCAGGTCGCGG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=151811234;WS=151811216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	151819691	.	AGGAGGCAGGAGGCAGGCAGGGGAGGCAGGAGGCAGGAGGCAGGCAGG	A	831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=43.78;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	151819738	.	G	GGGAGGCA	116	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=53.16;NF=0;NR=2;PP=116;QD=69.5;SC=AGGCAGGCAGGGGAGGCAGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=2;WE=151819746;WS=151819728;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,2:0.18:11
chr1	151820298	rs6587624	G	C	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	151820324	rs6587625	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=37;PP=1176;SC=AACCAGAGAGTCCACGGGGAT;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=151820332;WS=151820314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	151825991	rs7556386	G	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=16;PP=466;SC=CCTCAAGAAGGCCTCTGTGGT;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=151825999;WS=151825981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	151867560	rs3762427	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=570;SC=TCCAGGAGCCGTCTTCACATT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=151867568;WS=151867550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	151881885	rs3748805	A	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=27;PP=617;SC=TACTGGCGGCAGGCACAGAGC;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=151881893;WS=151881875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	152006303	.	C	T	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=535;ReadPosRankSum=-1.218;SC=TTGCAGGGCTCAGACAAGGGA;SOR=0.694;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=35;WE=152006311;WS=152006293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,63:0.72:88
chr1	152009530	rs3811422	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=283;SC=CTCAGACAGCTTCCGCGCCTG;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=152009538;WS=152009520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	152059755	.	G	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=564;ReadPosRankSum=0.099;SC=ATTCCTGAAGGAAGCATCCTC;SOR=0.866;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=35;WE=152059763;WS=152059745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr1	152079823	rs1131473	C	G	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,97:0.78:124
chr1	152079989	rs1131471	T	G	3401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.288;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=39;PP=1942;ReadPosRankSum=-1.048;SC=TCTTGGGATTTTATCTCCCCG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=111;WE=152079997;WS=152079979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,143:0.78:184
chr1	152081921	rs2496253	G	C	3877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.117;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=2281;ReadPosRankSum=0.492;SC=CTGTCGCGCAGCTGGGAATCT;SOR=0.671;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=83;TCR=85;TR=130;WE=152081929;WS=152081911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,165:0.79:210
chr1	152085327	.	G	A	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.013;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=595;ReadPosRankSum=-0.937;SC=CCCGGGGCTCGAATCTCCTTT;SOR=0.983;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=51;WE=152085335;WS=152085317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,76:0.34:226
chr1	152085505	rs2515663	A	C	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=37;PP=940;SC=ATTACTGTCAAGATCCAGAAG;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=152085513;WS=152085495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	152128121	rs72696940	G	A	12590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.877;SC=ACCATAGTGGGAACTCTGGCC;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=506;TCF=254;TCR=252;TR=377;WE=152128129;WS=152128111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,570:0.75:764
chr1	152129140	.	G	A	3285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=61;PP=1510;ReadPosRankSum=1.036;SC=GCTGACCATGGTGGGAATCTC;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=154;TCR=162;TR=118;WE=152129148;WS=152129130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,185:0.37:501
chr1	152185762	rs41266112	C	G	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.27;QD=42.73;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	152185768	rs41266114	T	G	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.17;QD=45.52;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	152185774	rs61814932	A	G	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.04;QD=48.81;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	152185780	rs41266116	G	A	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.92;QD=46.72;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	152185790	rs76102381	T	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.21;QD=52.37;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	152185792	rs74493243	G	A	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.88;QD=52.55;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	152185796	rs41266118	A	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.56;QD=48.24;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	152185812	.	C	CAG	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.14;QD=49.79;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	152185817	.	CCA	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.04;QD=53.79;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	152185823	rs41266120	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.91;QD=65.63;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	152191709	rs6662450	C	G	7695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=92;NR=101;PP=2965;SC=GGAAGAACAACTTGTGCCAGA;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=92;TCR=101;TR=193;WE=152191717;WS=152191699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	152191879	rs10788828	G	A	6715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=80;PP=2965;SC=AGCTAGATCCGTGTTGTTCAC;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=173;WE=152191887;WS=152191869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	152192114	rs7520249	C	T	4631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=12.248;NF=58;NR=98;PP=2495;ReadPosRankSum=8.239;SC=GGACCCATGTCGGCCGCGACT;SOR=0.361;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=177;TCF=73;TCR=104;TR=156;WE=152192122;WS=152192104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,200:0.80:251
chr1	152192163	rs61814943	G	T	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=13.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQRankSum=-9.583;QD=5.97;ReadPosRankSum=6.499;SOR=1.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,64:0.33:196
chr1	152192293	rs7520375	C	T	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=31;PP=1444;SC=AGGAATGACCCGAGCTAGATC;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=72;WE=152192301;WS=152192283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	152192395	rs61814946	G	A	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.398;NF=48;NR=34;PP=1349;ReadPosRankSum=1.024;SC=ATGGGCCACGGCTTGAAGACC;SOR=0.713;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=82;WE=152192403;WS=152192385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,111:0.76:147
chr1	152192631	rs6587647	C	T	9354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=97;PP=2965;SC=CCGTGTTGTCCGTGGCCGGAG;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=117;TCR=100;TR=212;WE=152192639;WS=152192621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr1	152192687	rs6587648	T	C	8813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.98;MQRankSum=-0.082;NF=114;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=2.537;SC=AGAGGAATGCTCTGAGCTAGA;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=220;WE=152192695;WS=152192677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,339:0.99:341
chr1	152192825	rs6666097	C	T	5390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=82;PP=2965;SC=CCCACGCTGGCCGTGGCCTGG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=69;TCR=82;TR=151;WE=152192833;WS=152192815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	152192978	rs6587649	T	C	8539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=107;PP=2965;SC=AGATCCATGTTGTCCCTGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=108;TCR=107;TR=214;WE=152192986;WS=152192968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	152193052	rs6587650	A	G	8929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=118;PP=2965;SC=AGCCAGACTCATGTTGCCCAA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=228;TCF=109;TCR=119;TR=226;WE=152193060;WS=152193042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr1	152193121	rs6587651	G	T	6149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=92;PP=2965;SC=AGTAACTTGAGCCAGACCCGT;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=86;TCR=94;TR=177;WE=152193129;WS=152193111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	152193286	rs7545406	G	T	12865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.36;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr1	152193291	rs6587652	G	T	12833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.10;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	152193544	rs7535536	A	G	11570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	152193547	rs6587653	G	A	11485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	152193851	rs11204937	C	T	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=67;PP=1861;SC=GATTTTATTACGAGCCTGAAC;SOR=1.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=105;WE=152193859;WS=152193841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	152193990	rs11204938	A	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	152195728	rs34061715	AT	A	1544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.167;NF=3;NR=45;PP=783;ReadPosRankSum=1.407;SC=GAGTTTAGGCATTTTTTTTTT;SOR=0.511;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=48;WE=152195737;WS=152195718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,84:0.95:88
chr1	152278003	.	C	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.160;NF=21;NR=15;PP=544;ReadPosRankSum=0.023;SC=CCCCTGCCTTCCTCCTCTGCT;SOR=0.962;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=36;WE=152278011;WS=152277993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,42:0.30:139
chr1	152279867	.	C	T	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.703;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.314;NF=15;NR=27;PP=599;ReadPosRankSum=-1.426;SC=TCAGACCTTCCCTGGGATGTG;SOR=1.002;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=42;WE=152279875;WS=152279857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,62:0.36:172
chr1	152282941	rs200551704	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=2.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-3.675;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,82:0.23:357
chr1	152284035	.	T	A	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=0.442;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:364,101:0.22:465
chr1	152285076	.	CACTG	C	2502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=1.237;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.362;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,82:0.23:363
chr1	152286126	rs11582620	A	G	6139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=86;PP=2542;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CCCGGTGTCCACGATCGCTGA;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=224;TCF=99;TCR=125;TR=157;WE=152286134;WS=152286116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,282:0.70:404
chr1	152287690	.	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=2.744;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	152325076	.	C	T	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.482;NF=62;NR=67;PP=1849;ReadPosRankSum=-1.946;SC=ACTGTACTCACTGTGGCCAGA;SOR=0.675;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=360;TCF=181;TCR=179;TR=129;WE=152325084;WS=152325066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,178:0.35:505
chr1	152326340	.	G	A	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=867;ReadPosRankSum=-2.305;SC=TGTCTTCTGCGAACTGTGGAT;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=156;TCF=75;TCR=81;TR=64;WE=152326348;WS=152326330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,93:0.39:238
chr1	152330031	.	C	T	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=48;PP=1303;ReadPosRankSum=0.627;SC=GCTTGAATATCATCAAAAGAA;SOR=0.999;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=75;WE=152330039;WS=152330021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,105:0.70:150
chr1	152384498	rs3215709	G	GT	217.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=218;ReadPosRankSum=0.887;SC=AATTCCCCAGGCAAGGCCTCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=152384506;WS=152384497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	152384833	rs1923492	T	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=599;ReadPosRankSum=1.722;SC=TGTTTTTAGTTTTCCTTTGTC;SOR=0.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=33;WE=152384841;WS=152384823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr1	152484129	rs2105117	G	A	12096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CCTCCCCAGTGTTCAGCCCCA;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=430;TCF=203;TCR=227;TR=324;WE=152484137;WS=152484119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,558:0.76:736
chr1	152487979	rs2282296	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=475;ReadPosRankSum=1.577;SC=CCTCCTGCTGCGGCTCCGGCA;SOR=0.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=34;WE=152487987;WS=152487969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr1	152488063	rs1053588	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=473;ReadPosRankSum=0.260;SC=GGAGACGCCGCCGACAGCGGA;SOR=0.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=34;WE=152488071;WS=152488053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,56:0.84:67
chr1	152538358	rs17659359	G	C	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=852;ReadPosRankSum=-0.234;SC=GGCCTCTTGGGATTCTTGTTT;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=51;WE=152538366;WS=152538348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,58:0.78:74
chr1	152552461	rs4845313	C	A	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=55;PP=1216;ReadPosRankSum=1.557;SC=ATTTGTTAGTCCAAAATCTAC;SOR=0.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=24;TCR=72;TR=72;WE=152552469;WS=152552451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,84:0.77:109
chr1	152681537	rs144247009	C	T	3367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,178:0.43:410
chr1	152681543	rs1332496	T	C	14903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.64;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr1	152681680	rs6143428	C	CAGCTCTGGGGGCTGCTGT	7863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.004;NF=6;NR=52;PP=2897;ReadPosRankSum=0.709;SC=GCTGTGGCTCCAGCTCTGGGG;SOR=1.575;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=13;TCR=115;TR=58;WE=152681688;WS=152681669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,192:0.80:240
chr1	152732106	rs17612167	A	T	3640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=38;PP=1548;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TGCCGCTCCAACAGTGCTGCG;SOR=0.827;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=99;WE=152732114;WS=152732096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,161:0.85:189
chr1	152749091	rs41268480	C	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.688;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=797;ReadPosRankSum=1.279;SC=CCACCACAGACGGCGTAGGTC;SOR=1.759;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=41;WE=152749099;WS=152749081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr1	152882982	.	CAGCAGCAGGAGGGGCAGCTGGAGCTCTCTG	C	1684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=4.714;NF=5;NR=18;PP=2150;ReadPosRankSum=-0.859;SC=GGAGCTCCCACAGCAGCAGGA;SOR=0.324;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=23;WE=152883019;WS=152882972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr1	152883165	.	C	T	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=3.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=-1.908;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,152:0.77:197
chr1	153233510	rs6661601	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-2.860;QD=1.90;ReadPosRankSum=-2.314;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,20:0.20:102
chr1	153233991	rs11275959	A	ACTCTGGCGGCGG	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=2.499;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr1	153270362	rs2771110	C	G	376.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5160;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=247;ReadPosRankSum=-0.400;SC=TGCTGAGCCACCTTGGCTGGT;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=13;WE=153270370;WS=153270356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr1	153271524	rs821431	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=-2.043;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr1	153275062	.	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.026;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=45;ReadPosRankSum=-1.065;SC=CCAAGCAGATCGTTTGATGAT;SOR=1.668;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=6;WE=153275070;WS=153275052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr1	153277423	rs843971	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=592;ReadPosRankSum=0.180;SC=TGACCCTTACCTATCTTATTG;SOR=0.275;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=33;WE=153277431;WS=153277413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr1	153277660	rs2771112	A	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=347;ReadPosRankSum=-1.321;SC=TCCAATAACAAAACAATAGGA;SOR=0.283;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=22;WE=153277668;WS=153277650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr1	153279462	rs66966700	TAAG	T	2154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.609;NF=14;NR=17;PP=1330;ReadPosRankSum=0.683;SC=GCGCAGAAAATAAGAGCCACA;SOR=0.467;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=31;WE=153279472;WS=153279452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,54:0.75:72
chr1	153282892	rs821424	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5078;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=388;ReadPosRankSum=0.856;SC=AATTGAATAACTTGTTGAAGA;SOR=0.779;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=22;WE=153282900;WS=153282882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr1	153283004	rs821423	C	T	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.355;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=891;ReadPosRankSum=-0.291;SC=TGAAAGCACTCGGATGGGTTT;SOR=0.438;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=55;WE=153283012;WS=153282994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,113:0.74:153
chr1	153314153	rs3006448	C	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr1	153314347	rs3006449	C	T	119.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=48;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AGCCCCTGCACAGCTGATGGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=153314355;WS=153314337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	153315467	rs5777858	T	TAAG	619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=371;ReadPosRankSum=0.306;SC=ATGAGAAGGATAAGACAGCAG;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=8;WE=153315475;WS=153315457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr1	153315579	rs3014863	A	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=576;ReadPosRankSum=1.034;SC=TCTTAGTGCCAAAGAAGGCAA;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=41;WE=153315587;WS=153315569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,57:0.77:74
chr1	153315784	rs1865234	T	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5018;FS=1.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=622;ReadPosRankSum=3.030;SC=GGACTGAAGCTATGTTCACTA;SOR=0.489;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=34;WE=153315792;WS=153315774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,42:0.81:52
chr1	153320334	rs3006457	T	C	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=446;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CTCGGTTGCTTTTTGGCCCAG;SOR=0.565;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=27;WE=153320342;WS=153320324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,62:0.75:83
chr1	153320372	rs3006458	T	G	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=540;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CAGGCCTGGATACCCAGAGCA;SOR=0.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=36;WE=153320380;WS=153320362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,78:0.80:98
chr1	153320581	rs3006459	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=-1.834;SC=CAGCACCTGCTTCAGTCTTCT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=153320589;WS=153320571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	153320598	.	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.277;SC=TTCTCAGGGCCCCCAGCATAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=153320606;WS=153320588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	153346263	rs4772	A	G	716.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=403;ReadPosRankSum=-0.061;SC=AAAGACCCTCATTGAGGACAT;SOR=0.174;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=29;WE=153346271;WS=153346253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,33:0.89:37
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chr1	153362788	rs41264638	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,17:0.20:83
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chr1	153410822	rs10888561	C	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=604;SC=TTTCAAAAAGCCTTCAGGAAA;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=153410830;WS=153410812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	153412392	rs3006428	T	G	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=73;PP=2208;ReadPosRankSum=-0.629;SC=AAAAGGCAAATAGGCAGGTGA;SOR=0.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=114;WE=153412400;WS=153412371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr1	153430249	rs35971850	TG	T	3024.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.959;NF=20;NR=33;PP=1761;ReadPosRankSum=0.769;SC=TTATTGTTCCTGGGGTCTCTG;SOR=0.691;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=53;WE=153430257;WS=153430239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,103:0.69:149
chr1	153431406	rs3014837	C	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=31;PP=1261;SC=GGCTTGGCTTCTCAATCTTGT;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=68;WE=153431414;WS=153431396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	153512734	rs114132884	A	C	1242.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.9736;FS=1.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=730;ReadPosRankSum=-0.068;SC=CACCAGCAGCACTAGCCTACC;SOR=0.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=40;WE=153512742;WS=153512724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,52:0.90:58
chr1	153587256	rs11548102	A	T	310.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=215;ReadPosRankSum=0.607;SC=TGCAGAGATGAGGACAGGTGC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=13;WE=153587264;WS=153587246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr1	153587308	rs11548104	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=638;ReadPosRankSum=-0.203;SC=CAAGTTTTATCTCCAGGCCCA;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=37;WE=153587316;WS=153587298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,49:0.83:59
chr1	153588208	rs9792963	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=288;ReadPosRankSum=0.298;SC=TGCAGGGCAAGGCCAAGGTGA;SOR=0.906;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=18;WE=153588216;WS=153588198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr1	153588279	rs9792967	G	A	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,64:0.79:81
chr1	153588340	rs11548103	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,43:0.26:164
chr1	153600778	rs3806233	G	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.655;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=12;PP=1224;ReadPosRankSum=0.675;SC=TTCCAGCCCAGGAGACAGAGG;SOR=0.154;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=56;WE=153600786;WS=153600768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,54:0.75:72
chr1	153604029	rs1046379	C	T	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=1034;ReadPosRankSum=0.178;SC=CCCTCAAGACCTTTGAGGAGG;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=59;WE=153604037;WS=153604019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,103:0.76:135
chr1	153604112	rs1046381	G	A	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.45;ReadPosRankSum=0.827;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,114:0.78:147
chr1	153609039	rs4845557	T	C	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=637;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TACGTATTGTTCTTTGTAGAT;SOR=0.917;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=40;WE=153609047;WS=153609029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,62:0.73:85
chr1	153635425	rs3795396	G	A	438.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5171;FS=2.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=336;ReadPosRankSum=-1.375;SC=ACCATATTCCGCTTTGCCTGC;SOR=0.112;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=17;WE=153635433;WS=153635418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr1	153636468	rs369602600	CTA	C	1007.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=1.206;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr1	153636471	rs372540759	CT	C	1007.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=1.080;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr1	153636860	rs4351684	A	G	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=998;ReadPosRankSum=1.250;SC=AAATGGTTAGAGAGGGACTCA;SOR=0.624;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=68;WE=153636868;WS=153636850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,105:0.80:132
chr1	153637617	rs3862047	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=4.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=1.959;SC=ATAGCAACAAGCTAAGTAAAC;SOR=1.176;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=17;WE=153637625;WS=153637607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr1	153642835	rs6663046	G	C	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.44;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	153656352	rs9662664	T	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=440;ReadPosRankSum=1.526;SC=GGAGAACCAATAGCAGAGGAG;SOR=0.534;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=25;WE=153656360;WS=153656342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr1	153658480	rs11264236	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr1	153659037	.	G	A	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.032;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=802;ReadPosRankSum=-1.480;SC=AAGGAGTTAAGAAGAGTGAGG;SOR=0.302;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=52;WE=153659045;WS=153659027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,62:0.77:80
chr1	153660514	rs11295572	AC	A	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.223;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.099;NF=9;NR=2;PP=232;ReadPosRankSum=0.150;SC=CAGCTCCTCTACCCCCCCAAT;SOR=2.966;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=11;WE=153660522;WS=153660504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	153661374	rs34402066	CG	C	6930.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.514;NF=47;NR=53;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.530;SC=CGGGCGCTCACGGTAGGCTGT;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=100;WE=153661382;WS=153661364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,212:0.80:266
chr1	153662617	.	T	A	145	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=161;MMLQ=22;MQ=53.31;NF=5;NR=2;PP=145;QD=25.6816017925;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=7;WE=153662625;WS=153662607;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,7:0.47:15
chr1	153665491	.	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr1	153665904	.	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.104;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=126;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GCCTCCTCTCCTATCCCTCCA;SOR=0.245;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=9;WE=153665912;WS=153665894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr1	153665919	rs5777879	T	TC	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=461;ReadPosRankSum=1.359;SC=CCTCCACACCTCCCTACCCTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=13;WE=153665927;WS=153665909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr1	153701376	rs12074957	G	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	153742535	rs111972686	GT	G	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.66;QD=24.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	153743234	rs6675978	T	C	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=494;ReadPosRankSum=1.188;SC=TGGGGCTCTTTAGCCCTCAAT;SOR=0.649;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=30;WE=153743242;WS=153743224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,56:0.81:69
chr1	153750207	rs139720425	C	CCTT	4740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.298;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=2921;ReadPosRankSum=1.786;SC=AATCTTACCTCCCTTCTTCCC;SOR=0.508;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=62;WE=153750222;WS=153750197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,115:0.73:158
chr1	153750214	rs374974027	TC	T	4833.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=2.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.658;QD=28.43;ReadPosRankSum=2.761;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,120:0.71:170
chr1	153784666	rs11264420	CT	C	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.191;QD=4.13;ReadPosRankSum=-2.720;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr1	153790790	.	CTT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=2.450;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	153792297	rs75524443	G	A	377.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5065;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=212;ReadPosRankSum=0.614;SC=AAGGGGGGCCGGGTGCGGTGG;SOR=0.283;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=13;WE=153792305;WS=153792287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr1	153800931	.	T	TAC	104.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	153903579	.	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TAGGCTCAACGAATGGGAGGC;SOR=0.593;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=13;WE=153903587;WS=153903569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr1	153904540	.	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=324;ReadPosRankSum=2.032;SC=ACCTCGGCCTCCCAAAGTGCT;SOR=1.295;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=21;WE=153904548;WS=153904530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr1	153904574	rs11264620	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr1	153906397	rs11264621	A	G	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=37;PP=1292;SC=CTCTGCACCAACTTCCCCTTT;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=153906405;WS=153906387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	153907278	rs3835302	CCTGCTGCTG	C,CCTGCTGCTGCTGCTG	590.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.725;NF=22,22;NR=35,35;PP=2990,2141;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GACACCTGCTCCTGCTGCTGC;SOR=1.024;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=57,57;WE=153907314;WS=153907265;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.14:222
chr1	153907303	.	CTGT	C	2990	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=59.78;NF=21;NR=35;PP=2990;QD=20;SC=GCTGCTGCTGCTGTTGCTGCT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=56;WE=153907314;WS=153907265;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:56,56:0.50:112
chr1	153907305	rs35902206	G	GC	1620.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=2.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=1.410;QD=9.21;ReadPosRankSum=4.700;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,87:0.49:176
chr1	153907306	.	T	C	1423	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=26;MQ=59.85;NF=65;NR=52;PP=1423;QD=12.4595830132;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=160;TCF=92;TCR=68;TR=117;WE=153907314;WS=153907265;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:43,117:0.73:160
chr1	153907306	rs375088543	T	TGC	3929.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=2.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=1.763;QD=20.15;ReadPosRankSum=5.673;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,113:0.58:195
chr1	153909069	rs1043608	G	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,27:0.22:125
chr1	153913699	rs1110165	T	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,14:0.19:73
chr1	153913770	rs2252508	A	G	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=31;PP=1435;SC=AGACATCTGGAAGGGAAGAAG;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=153913778;WS=153913760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	153920564	rs10559	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.357;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,10:0.16:61
chr1	153921483	rs111395902	AC	A	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.168;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=546;ReadPosRankSum=1.537;SC=CCCACCACCCACCCCACCTAG;SOR=1.143;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=20;WE=153921491;WS=153921473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr1	153941514	rs11264743	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,20:0.20:100
chr1	153954674	rs10908578	T	C	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	153954778	rs371625659	AAC	A	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	153963227	.	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,68:0.27:248
chr1	153964396	rs34521811	C	CAA	5392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=38;PP=2930;SC=AGGAAGTAACCAGTGATACAA;SOR=1.064;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=63;WE=153964404;WS=153964386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	153974621	rs6701341	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TTGGCCACTACGAGGAGGATG;SOR=0.039;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=153974629;WS=153974611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	153994647	rs11264875	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=-0.795;SC=ATATCTCCAACAAAGGTAAGC;SOR=0.793;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=13;WE=153994655;WS=153994637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr1	153995577	.	CC	TT	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=713;ReadPosRankSum=-1.317;SC=AGTGTCAATACCATTCCTTTG;SOR=0.552;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=23;WE=153995586;WS=153995567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr1	154027381	rs3834774	AT	A	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=6.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.437;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
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chr1	154031217	rs4845591	A	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=1.065;SC=ACATGCTCCAAGCATAATCAA;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=22;WE=154031225;WS=154031207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr1	154042664	rs143595786	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=570;ReadPosRankSum=-1.561;SC=TACCCTAGAACTTAAAGCAAA;SOR=0.818;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=32;WE=154042672;WS=154042654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr1	154061855	rs2066135	T	G	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	154090465	.	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.66;ReadPosRankSum=-1.801;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr1	154091017	rs6661101	G	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=4;PP=407;SC=TATAATTTTGGTTGTCACCAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=154091033;WS=154091007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	154108387	rs3001361	G	A	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=61;PP=1760;SC=AATGAGACCCGTTAAGTGCAA;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=154108395;WS=154108377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	154110733	rs11318139	GA	G	609.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.490;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,39:0.85:46
chr1	154112167	rs2500223	A	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	154141908	rs4845364	A	G	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=49;PP=1400;ReadPosRankSum=0.429;SC=CAGAGTGAAGAGTTTCAGAAG;SOR=1.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=65;WE=154141916;WS=154141898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr1	154166318	.	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=0.457;SC=AGAGCCATCTCCTTGAGGAAG;SOR=0.627;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=15;WE=154166326;WS=154166308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr1	154178724	rs41305088	C	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,22:0.21:107
chr1	154186918	rs12408458	G	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=26;PP=1136;SC=AGCATTCCAAGAGCTTGCCAC;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=154186926;WS=154186908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	154192143	rs9803862	G	A	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=360;SC=GCACTGAGCAGGTAAGCCAAG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=154192151;WS=154192133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	154192463	rs34176728	G	GT	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr1	154207834	.	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.614;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	154208877	rs3762339	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=364;SC=GTTTTGCTCTATTGCCTAGGC;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=154208885;WS=154208867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	154218550	rs11301778	CT	C	106.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=83;SC=CATTTCAAGGCTTTTGTGTTT;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=154218558;WS=154218545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	154218639	rs4040743	TTCAG	T	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=3;PP=397;SC=TGTTAGCGTGTTCAGTCATTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=154218650;WS=154218629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	154227239	rs1194604	C	A	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=9;PP=1015;SC=AATAAAGCTGCATCAGTGCTA;SOR=2.110;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=154227247;WS=154227229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	154227292	rs11412846	G	GT	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.718;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.277;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,57:0.66:86
chr1	154228287	rs1194603	T	C	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=66;PP=1611;SC=ACTGTCCAACTGTAAGATTGT;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=100;WE=154228295;WS=154228277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	154231600	.	C	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=318;ReadPosRankSum=0.826;SC=CTTTCCCATCCCAGCCCTCCA;SOR=1.071;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=26;WE=154231608;WS=154231590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr1	154285052	rs11265530	G	A	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.56;QD=28.14;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	154285062	.	G	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQRankSum=-1.393;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr1	154285078	rs11581043	T	G	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.47;QD=24.24;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	154293675	rs6668968	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-1.693;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,13:0.17:76
chr1	154294656	rs1194607	T	C	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=30;PP=854;SC=TTGAACAGTGTCCCAGACTGA;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=154294664;WS=154294646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	154295592	rs6685323	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=2.288;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,25:0.20:125
chr1	154296076	rs1194610	T	C	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=697;ReadPosRankSum=-1.090;SC=TTCTGGGCACTGGGATGCTGA;SOR=1.148;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=46;WE=154296084;WS=154296066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,69:0.80:86
chr1	154302826	rs6691345	C	T	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=538;ReadPosRankSum=0.088;SC=AGTGTTGGTCCAGACCTCAGT;SOR=0.392;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=37;WE=154302834;WS=154302816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,76:0.79:96
chr1	154303976	rs6702754	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,12:0.17:70
chr1	154305010	rs1209264	A	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=11;PP=499;SC=CTCCAGCCTGAGCAGCAGAGC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=154305018;WS=154305000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	154305190	rs12077870	G	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=192;ReadPosRankSum=-1.488;SC=AATTTTGGAGGAGCAGCCTGA;SOR=0.669;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=22;WE=154305198;WS=154305180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,33:0.26:129
chr1	154310223	rs11448687	G	GA	903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5216;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=252;ReadPosRankSum=1.112;SC=CTGTATTAGAGAAAAAAAAAT;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=24;WE=154310240;WS=154310213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr1	154317281	rs9660850	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=-1.406;SC=GCTATCCTTAGCTTGGGCAGT;SOR=0.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=10;WE=154317289;WS=154317271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr1	154318640	.	C	T	386.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=260;ReadPosRankSum=2.399;SC=CAGAGTCTGCCCTTGGTCATC;SOR=1.739;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=12;WE=154318648;WS=154318637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr1	154321072	rs1194591	A	G	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=31;PP=965;SC=GAAAGGCCTCATGTGAACACT;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=154321080;WS=154321062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	154401972	rs6694817	T	C	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=900;ReadPosRankSum=-1.036;SC=AAATGAGGCTTTGTGCATTCC;SOR=0.790;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=52;WE=154401980;WS=154401962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,81:0.84:97
chr1	154407419	rs7518199	A	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=10.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=369;ReadPosRankSum=0.327;SC=GGGCTTCTCTACACTATATTT;SOR=2.091;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=18;WE=154407427;WS=154407409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr1	154407713	rs7521458	T	C	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.639;NF=11;NR=21;PP=406;ReadPosRankSum=-0.515;SC=AGGCCAGGCATGGTGGCTCAC;SOR=0.500;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=32;WE=154407721;WS=154407703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,45:0.82:55
chr1	154408340	rs4845371	T	C	278.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TAGAGGCCTCTGCCAGCTGAA;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=154408348;WS=154408337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr1	154409893	rs71586015	A	AT	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.440;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
chr1	154420402	rs7512646	G	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=181;ReadPosRankSum=-1.018;SC=GTTGGTCAGGGTGGTCTCGAA;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=14;WE=154420410;WS=154420396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr1	154426970	rs2228145	A	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.66;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr1	154437896	rs2229238	T	C	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=72;PP=2114;SC=CTGTGGATGATAAAACACAAA;SOR=1.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=26;TCR=72;TR=98;WE=154437904;WS=154437886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	154442960	rs11265621	G	A	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=32;PP=1000;SC=TACAGGGCAGGGGCAGGAAAC;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=154442968;WS=154442950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	154459197	rs4845633	C	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=602;SC=CAGGCCACTGCGGTGACCCAT;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=154459205;WS=154459187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	154474131	rs4845635	C	G	4386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=62;PP=2239;SC=CCTCCGTGGCCCGGGAGTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=119;WE=154474139;WS=154474121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	154474557	rs6703672	T	C	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=110;SC=GGCTGCTCCGTGCGCCCCCGG;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=154474565;WS=154474547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	154479657	rs10654618	C	CAT	1059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=42.39;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	154479670	rs6664608	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=24.70;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	154492702	rs10908842	G	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=6;PP=572;SC=CAGACTAGCTGGCTGGGGATC;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=154492710;WS=154492692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	154493721	rs6684225	T	C	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=11;PP=649;SC=CCTTCCAGCTTGGGCTTGGTG;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=154493729;WS=154493711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	154514331	rs4845647	C	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=219;SC=CTCAGGATGCCGTGAGGATGG;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=154514339;WS=154514321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	154516571	rs6678164	T	C	5986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=83;PP=2697;SC=TTTTCTGGGCTATGCACGTCA;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=44;TCR=83;TR=127;WE=154516579;WS=154516561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	154523215	rs4520411	C	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=287;SC=ATCGGTGATACGATCATTTTG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=154523223;WS=154523205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	154523588	rs10908849	T	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=233;SC=CTCCCAGCACTGTGGTCTAGT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=154523596;WS=154523578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	154528086	rs4078519	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=320;SC=GCTCTTAGTTTGGGCCCCACA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=154528094;WS=154528076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	154561261	rs9427095	G	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=296;SC=TGTTGCAGACGTTTCACAGTT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=154561269;WS=154561251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	154561925	rs1127309	C	T	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=979;ReadPosRankSum=-1.318;SC=AATCTCCTTTCACACAGCGAT;SOR=0.884;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=63;WE=154561933;WS=154561915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,112:0.75:150
chr1	154562617	.	A	AC	39.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.59;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1:0.50:2
chr1	154562625	rs7532276	G	C	75.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5015;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GGACCCCCCCGCCCCAAAAAA;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=12;WE=154562633;WS=154562613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr1	154571174	rs143817514	T	TGGA	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=289;SC=TTTTCACTTGTGGAGATGAAG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=154571182;WS=154571164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	154573967	rs2229857	T	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,57:0.22:260
chr1	154574820	rs1466731	T	C	6139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=72;PP=2245;SC=CCCTGACTTCTGAGATGCACG;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=141;WE=154574828;WS=154574810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	154575040	rs1802645	C	T	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	154580348	rs71586026	G	GAC	9930.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.658;NF=49;NR=77;PP=2989;ReadPosRankSum=-2.179;SC=TTGGCAAGACGACACACACAC;SOR=0.926;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=85;TCR=128;TR=126;WE=154580360;WS=154580338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,315:0.70:449
chr1	154580458	rs58655370	C	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=-1.764;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,86:0.18:483
chr1	154600372	rs6426859	A	G	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=5.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	154600533	rs28411375	A	G	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,72:0.67:107
chr1	154698441	.	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,51:0.22:228
chr1	154709682	rs35539682	TG	T	98.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.77;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	154744807	rs1051614	C	G	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=74;PP=2364;SC=GGCTGATGTACAGGATGCGCT;SOR=1.350;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=36;TCR=75;TR=109;WE=154744815;WS=154744797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	154744852	rs1131820	A	G	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=44;PP=1215;SC=CATCCGCGCCATTGTCGATCA;SOR=1.504;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=60;WE=154744860;WS=154744842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	154744937	rs11589471	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=20;PP=525;SC=CCAGGCAGGACAGGTGGGGCA;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=154744945;WS=154744927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	154832290	rs1061122	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.968;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=499;ReadPosRankSum=-0.941;SC=TCAGTCCCTGCAAGGAGTGTC;SOR=1.276;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=15;WE=154832312;WS=154832280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr1	154832304	rs4845397	T	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.703;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.561;SC=GAGTGTCCTTTAAGCTGACTT;SOR=0.235;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=32;WE=154832312;WS=154832280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr1	154832322	rs1218586	A	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=29;PP=812;SC=CTTTCCTGTTAATTTGACACT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=154832330;WS=154832312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	154841415	rs57846577	TCTCTCTCTCTCACA	T	1573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.04;MQRankSum=3.717;QD=27.61;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr1	154842199	.	G	GGCTGCTGCTGCTGCT,GGCTGCTGCTGCTGCTGCT	3530.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.5;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.4999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=8,8;NR=14,14;PP=709,40;SC=GGGATGCGGTGGCTGCTGCTG;SOR=0.836;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=22,22;WE=154842207;WS=154842189;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:87
chr1	154909234	.	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,17:0.21:80
chr1	154917701	rs906594	A	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=22;PP=572;SC=AGCAGGCACCACCAAGCATAT;SOR=1.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=154917709;WS=154917691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	154919080	rs2061690	C	T	5003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=83;PP=2259;ReadPosRankSum=1.254;SC=TGGGCCTCTACCCCCACTGAG;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=185;TCF=74;TCR=111;TR=140;WE=154919088;WS=154919070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,221:0.77:288
chr1	154919303	.	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TGGGACAAAGGAAGTCACAAA;SOR=0.199;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=8;WE=154919311;WS=154919293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	154919806	.	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.996;NF=10;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TGGGTAAATAGGAAACATTCC;SOR=0.472;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=14;WE=154919814;WS=154919796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr1	154948327	rs12087657	G	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=0.891;SC=TAAACTACGCGTGTTTTCATT;SOR=0.729;Source=Platypus;TCF=13;TR=15;WE=154948335;WS=154948317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr1	154965477	.	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=286;ReadPosRankSum=-1.119;SC=CCTATCTACTGGAGAACGAAG;SOR=0.711;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=24;WE=154965485;WS=154965467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,35:0.27:130
chr1	154983539	rs6686021	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=-1.652;SC=TGCCTGTGTCCCAGGCCCATA;SOR=0.804;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=24;WE=154983547;WS=154983529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr1	154987526	rs11264295	C	T	4079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=48;PP=1777;ReadPosRankSum=1.288;SC=TGCTGGAGATCCCGTGTGTCA;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=104;WE=154987534;WS=154987516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,181:0.76:239
chr1	154988957	rs2242195	A	G	7801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=97;PP=2965;SC=CCCACTACCCACCACCCTCTA;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=84;TCR=97;TR=181;WE=154988965;WS=154988947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	154995920	rs72702247	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,34:0.21:162
chr1	155003954	rs11582128	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=1.143;SC=CCCTCTAATCGTCCTCCTGAG;SOR=0.273;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=7;WE=155003962;WS=155003944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	155026114	rs6660884	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.544;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr1	155026942	rs6427128	A	C	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=68;PP=1826;SC=CACACTCAGAAGCCACCAGAG;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=44;TCR=68;TR=112;WE=155026950;WS=155026932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	155028522	rs11264302	G	A	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.366;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,96:0.23:420
chr1	155029060	rs116258307	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=102;ReadPosRankSum=0.068;SC=CTACAGGTATAGAGGGTGGAG;SOR=0.323;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=11;WE=155029068;WS=155029050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr1	155030557	rs11264303	A	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,76:0.21:361
chr1	155033308	rs11589479	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr1	155033334	rs12743272	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.853;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=599;ReadPosRankSum=0.244;SC=CAGAGGAAGGGGACTCCACCT;SOR=0.353;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=36;WE=155033342;WS=155033324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,51:0.80:64
chr1	155058663	rs17723260	G	A	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GGGCCCCAATGTGAAGATCAA;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=74;WE=155058671;WS=155058653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,134:0.73:183
chr1	155106054	rs4390169	A	G	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=35;PP=1468;SC=AGTGAGTGTCAGAGCCCTGTG;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=87;WE=155106062;WS=155106044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	155106227	rs4745	A	T	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=54;PP=1695;SC=CAGGCCCATGACAATCCACAG;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=155106235;WS=155106217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	155145869	.	G	A	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.726;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=822;ReadPosRankSum=1.332;SC=GCGACAGGGAGGAAATAATGC;SOR=0.687;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=65;WE=155145877;WS=155145859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,102:0.46:223
chr1	155151271	.	C	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.489;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,56:0.21:262
chr1	155162067	rs4072037	C	T	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=765;ReadPosRankSum=0.206;SC=GACCAGAACCCGTAACAACTG;SOR=0.976;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=43;WE=155162075;WS=155162057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,78:0.76:102
chr1	155178782	rs760077	A	T	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=34;PP=1317;SC=GCGCCGTGACACTCCGAGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=69;WE=155178790;WS=155178772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	155181843	rs2974935	G	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=8;PP=455;SC=GGGGGTACCAGACAGGACTCC;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=155181851;WS=155181833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	155182164	rs2075570	C	T	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=36;PP=1903;SC=TCTTCCTGCCCACCCAATCCA;SOR=1.105;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=102;WE=155182172;WS=155182154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	155184975	rs140081212	A	G	7485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=114;PP=2965;SC=ACAAAGGCAAAGAGACAAAGG;SOR=0.916;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=88;TCR=114;TR=201;WE=155184983;WS=155184965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr1	155186729	rs28445596	T	C	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=38;PP=1512;SC=CCCCGCTCCCTTGGTCTTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=79;WE=155186750;WS=155186719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	155186742	rs1057941	G	A	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=40;PP=1435;SC=GTCTTGAGCCGAGTGGGTGAT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=79;WE=155186750;WS=155186719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	155202689	rs10796940	A	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=1.053;SC=AGGGGACGGGAACACACAGAC;SOR=1.494;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=11;WE=155202697;WS=155202679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr1	155203060	rs56310840	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.170;NF=11;NR=13;PP=301;ReadPosRankSum=0.526;SC=GCTTAGGTGCGGAGGTGGCAC;SOR=0.734;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=24;WE=155203068;WS=155203050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,29:0.28:105
chr1	155205669	rs28559737	G	T	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=88;PP=2919;SC=AGACAAAGGCGCAACACTGGG;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=150;WE=155205677;WS=155205659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	155206341	rs9628662	T	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,16:0.15:108
chr1	155209360	rs2075569	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AAAAGAAAAACGAAAAGTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=6;WE=155209368;WS=155209350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr1	155217423	.	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.789;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	155217435	.	AGG	A	460.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=1.605;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	155217438	rs199735676	A	ATT	460.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=1.650;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	155218168	rs2075568	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.930;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,51:0.22:230
chr1	155221837	rs2072647	C	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr1	155224091	rs2075566	C	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=207;ReadPosRankSum=1.306;SC=ACCCGGCTGGCACCAACTGGG;SOR=0.866;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=22;WE=155224099;WS=155224081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,24:0.24:100
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chr1	155230131	rs1142287	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.148;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,31:0.23:136
chr1	155231545	rs2242576	T	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=221;ReadPosRankSum=-0.134;SC=GAGACCCGGGTCTCAGCTGGC;SOR=0.907;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=21;WE=155231553;WS=155231535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,23:0.23:102
chr1	155231828	.	GG	AA	5788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=28;PP=2630;ReadPosRankSum=1.442;SC=CTACAGAACCGGGAAGAATCA;SOR=0.677;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=74;WE=155231837;WS=155231818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,146:0.78:187
chr1	155234037	.	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=180;ReadPosRankSum=-0.704;SC=ATCCGGGAAGGGATAGGACCC;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=16;WE=155234045;WS=155234027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr1	155255837	rs11264352	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=0.049;SC=GGTCCCTGCCTCAGTACGCTG;SOR=0.273;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=8;WE=155255845;WS=155255827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	155258161	.	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=5.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,57:0.21:267
chr1	155260350	rs1052177	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,28:0.20:139
chr1	155260383	rs1052176	G	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-2.115;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,50:0.23:219
chr1	155265177	rs2071053	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,38:0.21:179
chr1	155269776	rs3020781	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr1	155280104	.	CT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	155289545	rs11264361	T	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,37:0.23:158
chr1	155291431	rs12741581	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=2.154;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,13:0.14:90
chr1	155294274	rs914616	A	G	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=45;PP=1316;SC=GCGCTGGGCTACACCTCCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=155294282;WS=155294264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	155294772	rs4971075	A	G	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=40;PP=2090;SC=GCTTCCGAATAAACTGCCCTT;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=92;WE=155294780;WS=155294762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	155298229	.	AT	A	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	155313047	rs4971051	T	C	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=11;PP=761;SC=GCTGGGATTATCAGCGTGAGC;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=155313055;WS=155313037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	155322438	rs150033711	T	TA	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.696;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.786;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr1	155403404	.	G	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,14:0.19:72
chr1	155408635	rs4971053	T	C	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=53;PP=1889;SC=GAGTCACTTGTGACTGCAGGC;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=102;WE=155408643;WS=155408625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	155429490	rs10796946	A	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CATATATGATACAGTCCCCAT;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=155429498;WS=155429480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	155490847	.	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=379;ReadPosRankSum=-0.569;SC=ATAGGGAAATGAAAATATTGT;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=23;WE=155490855;WS=155490837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr1	155531786	.	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.681;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CTTCCCGGTAGGCTCAGGATC;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=5;WE=155531794;WS=155531776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	155532216	.	AGCG	A	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.752;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,14:0.12:118
chr1	155532316	rs12403379	T	C	11514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.58;QD=44.80;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	155532325	rs12403380	T	C	12436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=45.89;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	155532332	rs34869594	T	C	13638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.64;QD=45.92;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	155532341	rs61812107	T	C	13749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.66;QD=43.65;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	155560679	rs369096071	CAA	C	1093.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.857;NF=6;NR=11;PP=506;ReadPosRankSum=0.446;SC=CCTGAGGTGACAAAGACAATC;SOR=0.790;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=17;WE=155560688;WS=155560669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,35:0.26:134
chr1	155581311	rs141265144	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.65;MQRankSum=-0.089;QD=0.89;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,17:0.16:104
chr1	155618415	rs5777949	CT	C	5008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=64;PP=2966;SC=ACTCATGCGCCTTTTCAGATG;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=87;WE=155618423;WS=155618405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	155629684	.	G	A	4722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.071;NF=74;NR=62;PP=2249;ReadPosRankSum=1.851;SC=TCCACTTTGGGGAAAACAGTA;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=172;TCF=91;TCR=81;TR=136;WE=155629692;WS=155629674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,208:0.76:272
chr1	155630752	rs3738590	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,26:0.17:154
chr1	155658085	rs2666826	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,33:0.21:154
chr1	155735012	rs2297775	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=382;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TCAGGATCCATTGAGGACAAA;SOR=0.845;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=30;WE=155735020;WS=155735002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
chr1	155737385	rs849712	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.04;QD=26.52;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	155744977	.	G	A	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.756;NF=31;NR=42;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GGGAAAACAGGACACAAGAAA;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=73;WE=155744985;WS=155744967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,100:0.70:142
chr1	155746340	rs60525991	CT	C	264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=125;SC=CCAGAGAGATCTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=155746349;WS=155746330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	155755097	rs822021	G	A	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	155785578	rs148569012	CAACT	C	3472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=19;PP=2038;SC=CAAATATTACCAACTAACATT;SOR=1.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=41;WE=155785589;WS=155785568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	155785776	.	GA	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.957;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	155822971	rs822490	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=326;ReadPosRankSum=-1.019;SC=AAATCAATATCCCCTTTCAGA;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=15;WE=155822979;WS=155822961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr1	155823002	rs822491	T	C	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=6;PP=660;SC=TGTAAAGGTATCCAGAAATAG;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=32;WE=155823010;WS=155822992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	155829360	rs1749412	C	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=161;SC=CTTAGCTCAGCGCATCCCCGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=155829368;WS=155829353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	155829511	rs3820594	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=264;ReadPosRankSum=0.228;SC=AGAGCTGTCTCACCATTGCAA;SOR=1.002;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=19;WE=155829519;WS=155829501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
chr1	155837865	rs822522	G	C	4761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=47;PP=2000;SC=AGAAGAAGCAGAAGAACCCAC;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=107;WE=155837873;WS=155837855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	155838267	rs822521	T	C	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=69;PP=2965;SC=AGGAGGCCCATGGGCTGCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=175;WE=155838275;WS=155838257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	155850558	rs822508	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=372;ReadPosRankSum=0.351;SC=CTCTTCCTGATGAGTATCTAC;SOR=1.535;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=29;WE=155850566;WS=155850548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr1	155850811	rs822509	G	A	393.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=6.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CATCCAGGCAGGCAGACTCAC;SOR=2.661;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=155850819;WS=155850807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr1	155870416	rs1749409	G	A	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	155880159	rs867549	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=165;ReadPosRankSum=-1.311;SC=AGCCTCAAAATATAAATAGTT;SOR=0.531;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=16;WE=155880167;WS=155880149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
chr1	155880391	rs867550	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.131;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,39:0.25:157
chr1	155880573	rs493446	C	G	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=68;PP=2139;SC=GGGCCTTCCTCGGTTGCCCCG;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=115;WE=155880581;WS=155880563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	155880760	rs5777961	C	CA	993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=733;SC=AGAAACCCCCCCATCTTCACC;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=155880768;WS=155880750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	155887358	.	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr1	155887488	.	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=6.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.082;SOR=1.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr1	155889934	.	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=0.163;SC=CTACTTTCATGATTTAAGAAA;SOR=0.877;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=5;WE=155889942;WS=155889924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr1	155891045	rs625658	A	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=799;ReadPosRankSum=-0.605;SC=AGGAACACAGAAGACAGCAGG;SOR=0.344;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=46;WE=155891053;WS=155891035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,56:0.81:69
chr1	155891857	rs34107786	A	AT	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-0.836;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.688;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	155891877	rs4020747	C	CAG	993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=919;SC=TTTTTTGAGACAGTCTTGCTC;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=155891885;WS=155891867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	155899020	rs539602	A	T	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=37;PP=1540;ReadPosRankSum=0.238;SC=ACCTAAGGATAAAAAACATGA;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=89;TCR=49;TR=103;WE=155899028;WS=155899010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,143:0.76:188
chr1	155903310	rs4661150	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=10;PP=406;SC=CTCCTGACCTTGTGATCCACC;SOR=1.044;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=26;WE=155903318;WS=155903300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	155903408	rs4661151	C	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=685;ReadPosRankSum=-1.211;SC=AGTGGAGACCCTTCAACTTCA;SOR=0.547;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=41;WE=155903416;WS=155903398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,72:0.79:91
chr1	155904177	rs2275079	T	C	17200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=1.246;SC=CGACCGCTTCTACTCAACCAC;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=366;TCF=197;TCR=169;TR=363;WE=155904185;WS=155904167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,651:1.00:653
chr1	155904250	.	C	T	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=57;PP=1137;ReadPosRankSum=2.517;SC=CGCACAGCCTCTTCCGGTCGT;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=133;TCR=186;TR=98;WE=155904258;WS=155904240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,120:0.25:480
chr1	155904392	rs2275081	G	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=47;PP=1212;SC=GATGGCTGCTGTGCCTACTAT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=49;WE=155904400;WS=155904382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	155912486	rs2152051	T	C	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=67;PP=1580;SC=GATCTGCGGTTGAGGCTGTGG;SOR=1.231;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=100;WE=155912494;WS=155912476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	155917880	rs1010033	T	A	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=64;PP=1939;SC=GACTAATGCCTCCCCATCTGC;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=113;WE=155917888;WS=155917870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	155927752	.	G	A	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=58;QD=15.4618687579;SC=CCTTCTGGACGAGGACTGAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=6;WE=155927760;WS=155927742;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,6:0.27:22
chr1	155928232	rs2364404	T	C	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.06;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	155928242	rs2886069	C	T	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	155931368	rs4661175	G	A	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.633;NF=21;NR=18;PP=620;ReadPosRankSum=0.585;SC=ACCCGGCCAAGAGAGGTTGAT;SOR=0.520;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=39;WE=155931376;WS=155931358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr1	155934683	.	C	CA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.381;QD=2.47;ReadPosRankSum=-2.011;SOR=0.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	155936516	.	G	A	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=872;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GGTGGGTGGTGAGAAACACAG;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=58;WE=155936524;WS=155936506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,67:0.77:87
chr1	155954915	.	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-0.875;QD=23.07;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	155955076	rs4661216	A	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=19;PP=808;SC=GCAACAAGATATATAGGGGAA;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=155955084;WS=155955066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	155979571	.	G	GT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr1	155990764	.	G	A	4139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1657;ReadPosRankSum=0.788;SC=GCACTGGCCGGAAACCGTGGT;SOR=0.644;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=106;WE=155990772;WS=155990754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,188:0.77:245
chr1	156013676	rs34673835	C	T	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=10;PP=478;SC=TCTGTGGCCTCGATAGTCTCA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=156013684;WS=156013666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	156025096	rs7541	C	T	7156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=128;NR=73;PP=2965;SC=ACTCTGGTTACGGGGACACTG;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=129;TCR=74;TR=201;WE=156025104;WS=156025086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	156046950	.	GG	AA	4853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=46;PP=2901;ReadPosRankSum=2.514;SC=GCTTGCAGCCGGGCTGGTGCA;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=251;TCF=128;TCR=123;TR=97;WE=156046959;WS=156046940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,133:0.40:335
chr1	156095848	rs2475758	C	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=5;PP=287;SC=AAATTAGATGCCCAGGAGGAT;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=156095856;WS=156095838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	156096387	rs593987	G	A	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=24;PP=1351;SC=CTGGGGAGCCGGACTTCCTTG;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=156096395;WS=156096377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	156096417	rs594028	T	G	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=31;PP=1721;SC=GCACAGCTCTTCAGACCCCTG;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=82;WE=156096425;WS=156096407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	156096814	rs113124909	ACCCTGTCCT	A	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=2359;SC=GGCCTGCCCCACCCTGTCCTC;SOR=1.473;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=156096830;WS=156096804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	156099630	rs665979	C	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=4;PP=160;SC=AGGCTTAAAGCTGGGGCCCAG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=156099638;WS=156099620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	156099669	rs513043	T	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.63;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	156105028	rs538089	T	C	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=49;PP=1403;SC=TGGTGGGGGCTGCCCACGAGG;SOR=0.855;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=86;WE=156105036;WS=156105018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	156105609	rs646840	G	T	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=13;PP=937;SC=GAGTAGCCAGGTGTCTCCTAC;SOR=1.488;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=156105617;WS=156105599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	156105928	rs534807	G	A	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=1140;ReadPosRankSum=-0.939;SC=CTGGGGAGACGTCGGGGAGGT;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=61;WE=156105936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr1	156106185	rs505058	T	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=218;SC=AGGAGGTGGATGAGGAGGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=156106193;WS=156106175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	156106863	rs553016	C	T	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=64;PP=2069;SC=CCTTGGGTGGCGATGGGAGCG;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=110;WE=156106871;WS=156106853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	156108976	rs7339	G	C	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	156109379	.	GGA	G	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=59.82;NF=1;NR=1;PP=48;QD=28.5;SC=CCTCCGAGAGGGAGAGAGAGA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=2;WE=156109388;WS=156109369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chr1	156131095	.	C	CGGGGCGG	363	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=60;MMLQ=23;MQ=56.66;NF=1;NR=1;PP=363;QD=192.0;SC=GCTGGGGGGTCGGGGCGCCCG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=2;WE=156131103;WS=156131085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,2:0.17:12
chr1	156146640	rs41265017	G	A	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=77;PP=2809;SC=CTCCGGGCTCGGGGCAAGGTT;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=154;WE=156146648;WS=156146630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	156202278	.	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=718;ReadPosRankSum=-0.342;SC=ATTGTCAGTCCCCTGAGGGCA;SOR=0.830;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=46;WE=156202286;WS=156202268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,70:0.72:97
chr1	156213921	rs7513351	C	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.148;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,52:0.22:238
chr1	156215899	rs2075165	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-1.760;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,26:0.17:151
chr1	156219550	.	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.429;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=538;ReadPosRankSum=0.790;SC=CCCCTTTCTTCTCTTCCTGGC;SOR=0.317;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=27;WE=156219558;WS=156219540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr1	156220056	rs1043165	T	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.513;NF=9;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=2.700;SC=CAAGAACCCATTCCAGTGAAA;SOR=1.445;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=11;WE=156220064;WS=156220046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr1	156230141	rs2287025	T	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=0.526;SC=CCTGTCTGAGTGGAAGAGGGC;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=9;WE=156230149;WS=156230131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr1	156230206	rs2287024	C	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr1	156231266	rs759328	G	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.310;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,25:0.20:128
chr1	156233479	rs4661036	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=137;ReadPosRankSum=0.806;SC=TCCAAGGAATTTGGATATGAA;SOR=0.983;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=12;WE=156233487;WS=156233469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr1	156255833	rs2842883	G	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=16;PP=480;SC=GCAGGGCCTGGCTGGTGTGGG;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=156255841;WS=156255823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	156261491	rs3795728	G	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,23:0.21:107
chr1	156262905	rs146444571	A	G	3107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.013;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1360;ReadPosRankSum=0.669;SC=CCCTAGCAGCATGAGCCCTGG;SOR=0.805;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=96;WE=156262913;WS=156262895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,144:0.76:190
chr1	156279210	rs3001784	T	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=43;PP=1276;SC=CTGAAATCTATCTTTTCAGTC;SOR=1.911;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=60;WE=156279218;WS=156279200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	156287403	rs2296374	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.695;SC=AAGGGTCATATTATACTCCTT;SOR=1.520;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=7;WE=156287411;WS=156287393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr1	156288906	.	G	GT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	156347131	rs2245623	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,57:0.21:275
chr1	156351066	rs942679	C	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=286;ReadPosRankSum=0.107;SC=GATTTGCCTGCAGTTATACAA;SOR=0.878;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=22;WE=156351074;WS=156351056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,27:0.26:104
chr1	156354293	rs6668731	A	G	5077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.085;NF=72;NR=66;PP=2074;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GAGAAGCCTCACAGATCCTCC;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=205;TCF=110;TCR=95;TR=138;WE=156354301;WS=156354283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,235:0.72:326
chr1	156354347	rs11303415	TC	T	5870.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=9;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.280;NF=19;NR=72;PP=1664;ReadPosRankSum=0.890;SC=CTTTCTGGACTCCCCCCCCAG;SOR=0.583;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=29;TCR=115;TR=91;WE=156354355;WS=156354337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,228:0.71:320
chr1	156354367	rs6668857	A	G	4916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.03;MQRankSum=0.622;NF=61;NR=81;PP=2290;ReadPosRankSum=0.148;SC=GACTCCCAGCACTACGAGGAC;SOR=0.559;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=200;TCF=83;TCR=117;TR=142;WE=156354375;WS=156354357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,225:0.73:310
chr1	156374432	rs11455722	C	CT	1401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.003;NF=3;NR=35;PP=763;ReadPosRankSum=-0.235;SC=AAAAATACTTCTTTTTTTTGA;SOR=0.414;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=38;WE=156374440;WS=156374422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,72:0.81:89
chr1	156376680	rs6662064	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=257;SC=GGGGCACAGAAGGGGAATTTC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=156376688;WS=156376675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	156446242	rs2274316	C	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=288;ReadPosRankSum=-1.390;SC=CAGAGCAATACCCAGAATTCA;SOR=1.109;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=23;WE=156446250;WS=156446232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,32:0.25:126
chr1	156446450	.	C	T	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=40;QD=12.4618687579;SC=AGCTCTCCACCGTCCTGACTC;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=6;WE=156446458;WS=156446440;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr1	156446903	rs2274317	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,17:0.18:97
chr1	156450740	rs1925950	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.915;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,17:0.19:88
chr1	156452870	rs2282286	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr1	156496188	rs6427315	A	G	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=9;PP=366;SC=CCTGAGCTCTAGGTGTCTGCA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=156496196;WS=156496178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	156498673	rs1171564	T	A	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=883;ReadPosRankSum=1.320;SC=GAGAAGTCACTCGTAACCTTC;SOR=0.562;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=64;WE=156498681;WS=156498663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,87:0.77:113
chr1	156499969	rs1171566	T	C	4125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=78;PP=2077;ReadPosRankSum=-0.491;SC=CAAGTCGGCGTAGGTTCCGCA;SOR=0.824;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=174;TCF=56;TCR=118;TR=109;WE=156499977;WS=156499959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,178:0.68:262
chr1	156502991	rs1609666	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5704;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=641;ReadPosRankSum=-0.475;SC=ATGGGGTCACATTAAATCAGC;SOR=0.733;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=33;WE=156502999;WS=156502981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,29:0.88:33
chr1	156503541	rs6699212	T	C	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=715;SC=CTAGCTGGCCTCAGCTGCTAA;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=156503549;WS=156503531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	156503560	rs41267377	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr1	156503947	rs6661934	G	A	2530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=49;PP=1239;ReadPosRankSum=-0.959;SC=TCCAGAGGGCGGGCATGTGAG;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=35;TCR=64;TR=75;WE=156503955;WS=156503937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,112:0.78:143
chr1	156504579	rs745596	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=0.671;SC=TTGACTGGTGCGGCCCCACAT;SOR=1.347;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=156504587;WS=156504569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	156509552	rs1171570	C	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=7;PP=578;SC=TGGTGCCAAACGCACAGACAA;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=156509560;WS=156509542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	156518379	rs744224	G	A	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=656;ReadPosRankSum=-1.147;SC=TTACCTGGACGCTGTTTCTTT;SOR=0.562;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=47;WE=156518387;WS=156518369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,75:0.73:103
chr1	156520173	rs1778819	T	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	156520320	rs1778818	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=1.169;SC=TTCCCTGGGACGCGGCCAGGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=156520328;WS=156520310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	156524221	rs6694580	G	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=596;ReadPosRankSum=0.187;SC=CAAGTGGGCAGGTGAAGGGTC;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=36;WE=156524229;WS=156524211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr1	156526234	rs2489139	C	T	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=12;PP=1018;SC=CATCTCATATCGCACTCACAA;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=156526242;WS=156526224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	156526387	rs11264498	C	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,34:0.27:125
chr1	156526444	rs2488269	T	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=37;PP=1159;SC=GCCGCCACTCTCCTCCGGATG;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=156526452;WS=156526434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	156526564	rs2489138	C	A	410.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.135;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-0.999;SC=CTAGGCTCCGCCGGGGGATCT;SOR=2.712;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=15;WE=156526572;WS=156526554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr1	156531871	rs1171545	A	G	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=52;PP=1562;SC=CTAGGAATCTACCCTCTTCTT;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=70;WE=156531879;WS=156531861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	156532344	rs7548309	T	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-2.182;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr1	156532908	rs16837492	C	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.642;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,29:0.19:151
chr1	156532977	rs1171547	T	C	3626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=51;PP=1925;SC=CCAGCATCTCTTGGTAGACGG;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=100;WE=156532985;WS=156532967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	156533373	.	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=214;ReadPosRankSum=-0.861;SC=AGAGCTCATTGGCCAAGATGC;SOR=0.422;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=18;WE=156533381;WS=156533363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr1	156534525	rs4661184	A	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr1	156536123	rs2066378	T	C	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.13;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	156536133	rs4382715	A	G	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.62;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	156536221	rs2066377	G	C	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=18;PP=945;SC=TCTTCTTCAAGGGAACCACGG;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=156536229;WS=156536211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	156536251	rs947662	T	C	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=27;PP=1453;SC=AACAGTGGCCTAGCTTGGCCA;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=156536259;WS=156536241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	156536353	rs947663	A	G	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=53;PP=1905;SC=GAACATGAGAACACCTTCTCA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=104;WE=156536361;WS=156536343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	156536480	rs947664	T	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=937;SC=TCCAACTCCCTTCTCTGCCCA;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=156536488;WS=156536470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	156539154	rs6427319	T	C	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=19;PP=1119;SC=TCCATCTTCCTGGACTCCGCT;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=156539162;WS=156539144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	156553102	rs34924172	AG	A	856.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.082;NF=18;NR=10;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.313;SC=AAGTCATGAAAGGACCTTCCA;SOR=1.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=28;WE=156553110;WS=156553092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr1	156553762	rs11264502	A	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=27;PP=879;SC=GTAAGCAGAGACGCTGTTCCC;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=156553770;WS=156553752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	156556321	rs10796961	G	A	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=75;PP=2858;SC=CCATGGAGTCGGGCATCTGCA;SOR=0.778;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=160;WE=156556329;WS=156556311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	156561414	rs6698493	T	C	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=70;SC=GAATCCCAAGTGGAAGGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=156561422;WS=156561404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	156561557	rs149629319	G	GGGGCCGGGCC,GGGGTCGGGCC	1445.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5125;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=273;SC=CACATGCGCCGGGGCCGGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=156561565;WS=156561547;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.21,0.79:33
chr1	156561651	rs7516274	G	C	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=23;PP=1012;SC=GGGCTCGCGCGTGCCGCGGAT;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=156561659;WS=156561641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	156562008	rs1925949	G	A	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=19;PP=586;SC=CAAGGTCAGTGGCACAACTCT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=156562016;WS=156561998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	156562143	rs942959	G	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=5;PP=453;SC=AACCACCCTTGACTCTGCCTT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=156562151;WS=156562133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	156563375	rs6427321	G	A	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=61;PP=2120;SC=GTGGGGTGGGGGAGATTGGGG;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=109;WE=156563383;WS=156563365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	156563726	rs6427322	A	C	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=23;PP=904;SC=ACTTGCTCATATCCCTCACAG;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=156563734;WS=156563716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	156563813	rs6668178	G	A	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=29;PP=886;SC=CTGCTCTGGAGAAGAAGTACC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=156563821;WS=156563803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	156563852	rs942963	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.30;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	156563898	rs1270	T	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=351;SC=TGGGTATTCTTCCCAATAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=156563906;WS=156563888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	156564922	rs3795733	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.336;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,43:0.19:231
chr1	156565049	rs72559129	A	AAC	13786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=102;PP=2966;SC=CACCACCTAAAAGTTTCCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=38;TCR=109;TR=138;WE=156565057;WS=156565039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	156565834	rs12024215	G	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=336;ReadPosRankSum=-0.015;SC=GGTCAAAGGTGGGGAGAAAAG;SOR=0.676;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=25;WE=156565842;WS=156565824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr1	156567496	rs879461	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=1.363;SC=TCCAGATAATCTCTCAGGTCT;SOR=0.090;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=5;WE=156567504;WS=156567486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	156594364	rs12405992	T	C	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=972;ReadPosRankSum=-0.445;SC=TGACGCCTCTTATCCCCGACC;SOR=0.488;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=51;WE=156594372;WS=156594354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,83:0.70:118
chr1	156617968	rs2277873	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=-0.311;SC=AGGTCCTCCCGGGGCCTCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=21;WE=156617976;WS=156617958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr1	156618768	rs4661209	T	G	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=31;PP=802;SC=TTGCCTGAAGTGGTCGTGGGT;SOR=3.737;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=35;WE=156618776;WS=156618758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	156622252	rs1056695	G	A	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=1189;ReadPosRankSum=-1.018;SC=AGCCCAGGAGGAGTCACTCTC;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=70;WE=156622260;WS=156622242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,99:0.76:131
chr1	156626358	rs6700323	C	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=301;SC=AGTGAAACCACAATGCCTCTC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=156626366;WS=156626348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	156626920	rs7524611	T	C	8488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.054;SC=GAGGGGCCCCTGCCATATGCT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=105;TCR=142;TR=245;WE=156626928;WS=156626909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,337:0.99:339
chr1	156628717	rs951964	C	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=19;PP=963;SC=ACATGCAGCCCCATTCTGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=156628725;WS=156628707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	156629037	rs11360	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	156639753	rs11582300	G	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,100:0.21:470
chr1	156640156	rs3748570	G	A	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:384,101:0.21:485
chr1	156640678	rs2886443	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,34:0.22:155
chr1	156641537	rs951781	C	T	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.100;SC=ACTGCCTCTACGCTCTCTTCT;SOR=0.911;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=73;WE=156641545;WS=156641527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,97:0.66:146
chr1	156646668	rs4278369	A	G	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=23;PP=1177;SC=CAGCTCTGCCACCTGGCTACT;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=62;WE=156646676;WS=156646658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	156670545	rs4661213	C	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=3;PP=218;SC=CCCCCACCACCACCTAGGGAT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=156670553;WS=156670535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	156697056	rs3795737	T	C	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=1170;ReadPosRankSum=-1.477;SC=TGGGTGGCTATTGATCTTTGG;SOR=0.658;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=70;WE=156697064;WS=156697046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,101:0.75:134
chr1	156704328	.	C	CT	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.442;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.062;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr1	156705593	rs4311877	G	C	6104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	156706559	rs8658	A	G	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=702;SC=AGCCTGAGGAAACATCTCAGA;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=156706567;WS=156706549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	156707128	rs140737064	AAG	A	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.67;MQRankSum=0.722;NF=11;NR=1;PP=475;ReadPosRankSum=-1.521;SC=GCATCTGAAAAAGAAGTGCCT;SOR=3.767;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=12;WE=156707137;WS=156707118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr1	156707775	rs6670122	T	G	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=14;PP=883;SC=ACAGCACTTTTTGGACCCAGA;SOR=1.234;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=156707783;WS=156707765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	156713512	rs4437869	C	T	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	156713558	rs4399146	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,19:0.20:94
chr1	156761618	rs2644615	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,38:0.22:170
chr1	156767253	rs6701637	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=173;SC=TTTTAGCAGGCATCCTCTCCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=156767261;WS=156767243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	156815921	rs12064115	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.923;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr1	156836717	.	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.372;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,60:0.23:262
chr1	156841362	.	G	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=8.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-1.463;SOR=1.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,23:0.22:106
chr1	156845492	.	AGT	A,AGTGT	986.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.999;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=41,41;PP=792,1101;ReadPosRankSum=1.176;SC=GGCAGGGACGAGTGTGTGTGT;SOR=1.730;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=74;TCF=3;TCR=71;TR=42,42;WE=156845503;WS=156845482;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.39,0.43:75
chr1	156846233	rs6334	G	A	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=44;PP=1446;SC=AGGACTTCCAGCGTGAGGCTG;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=87;WE=156846241;WS=156846223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	156848918	rs6336	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=468;ReadPosRankSum=1.295;SC=TCACAGATCCCATGGACCTGA;SOR=0.361;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=27;WE=156848926;WS=156848908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr1	156848946	rs6339	G	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=542;ReadPosRankSum=0.327;SC=CTGCTGGCTGGTGGGGAGGAT;SOR=0.461;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=34;WE=156848954;WS=156848936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr1	156848995	rs6337	C	T	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=894;ReadPosRankSum=-0.113;SC=AGCTGCTGGCCGTGGCTAGCC;SOR=1.171;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=51;WE=156849003;WS=156848985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,57:0.67:85
chr1	156849818	.	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.998;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,45:0.26:176
chr1	156875092	rs4661074	G	A	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.11;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	156875097	rs4661075	G	A	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.47;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	156875107	rs2644590	C	A	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	156875377	rs2644591	G	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=249;SC=CCCCAGGATGGGGATCAGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=156875385;WS=156875367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	156875985	rs2644593	G	A	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=19;PP=986;SC=TGGTTTTGGAGGAAGGTGGGG;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=47;WE=156875993;WS=156875975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	156877457	rs1952294	T	C	5651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	156878224	.	GG	AA	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=4;HapScore=3;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=774;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CATATCCAAGGGGGACAGGTG;SOR=1.893;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=17;WE=156878233;WS=156878214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr1	156883493	rs11264581	G	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=361;ReadPosRankSum=0.376;SC=GGGAGCAGCCGCCTGGACCGA;SOR=0.896;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=24;WE=156883501;WS=156883483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr1	156883546	rs12137505	A	G	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=26;PP=1428;SC=CCCATTCTACAATAAAGGTAT;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=156883554;WS=156883536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	156884365	rs749256	T	C	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=23;PP=1726;SC=AGGAGAGGAGTGCAGTGGGAG;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=88;WE=156884373;WS=156884355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	156884584	rs56260937	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.494;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,51:0.25:202
chr1	156890672	rs41273221	T	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr1	156894006	rs822438	C	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=330;SC=TGTGAGTCGGCGGTATTCGAC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=156894014;WS=156893996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	156894613	rs12117221	G	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr1	156894825	rs72698699	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,32:0.24:131
chr1	156897238	.	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,47:0.19:251
chr1	156897381	.	G	A	3245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.03;ReadPosRankSum=1.953;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,147:0.82:180
chr1	156897497	.	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,42:0.30:142
chr1	156902222	rs12119908	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr1	156902259	rs822430	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=14;PP=753;SC=TCCTCGCCACGGTGCAGTATC;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=156902267;WS=156902249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	156902281	rs822431	T	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,14:0.20:71
chr1	156902574	rs11415803	A	AT	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr1	156906881	rs2275198	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=1.103;SC=GGGCCTTGGGGAGGAGGGTGT;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=5;WE=156906889;WS=156906871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr1	156907031	rs4570419	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr1	156907081	rs945508	T	C	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=13;PP=463;SC=CTCAATGGTATGGAAGATCAT;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=156907089;WS=156907071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	156907115	rs868188	T	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=379;ReadPosRankSum=1.376;SC=AGGGCCAGGCTTGGAGGAGAG;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=23;WE=156907123;WS=156907105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr1	156909303	rs3818807	T	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr1	156909695	rs2275199	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=1.912;SC=GATGTCGCAGGTTCTCCACTG;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=12;WE=156909703;WS=156909685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr1	156911379	rs2275200	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=-0.306;SC=GGGGGCTGCTAGCTGAGCTTC;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=5;WE=156911387;WS=156911369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr1	156914240	rs112088642	CCATTCATT	C,CCATT	980.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.23;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,18:0.28,0.72:25
chr1	156915038	rs2275201	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=64;ReadPosRankSum=-0.048;SC=CTGAGAAGTCCAACATGGCGC;SOR=1.371;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=9;WE=156915046;WS=156915028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	156916640	rs111988963	G	GCCTATCCCTT	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=1689;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CCAGACCCCTGCCTTTGCCAA;SOR=0.735;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=4;WE=156916648;WS=156916630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	156925435	rs2275204	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr1	156927751	rs12132684	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	156928776	rs1572409	A	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=4.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,44:0.27:165
chr1	156930053	rs56372341	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-3.043;SC=AGCTACTGTGCAGTGTTCTGG;SOR=0.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=6;WE=156930061;WS=156930048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	156939067	rs2275206	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-1.555;SC=GCCCTGCTGGGACTCACCTCA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=156939075;WS=156939057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	156939175	rs1336149	C	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr1	156941412	rs12136088	T	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=290;ReadPosRankSum=1.905;SC=AGAAGCCTTCTGTCCTTGCTT;SOR=0.899;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=24;WE=156941420;WS=156941402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,34:0.26:131
chr1	156946898	rs1006168	T	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-1.669;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,34:0.23:151
chr1	156948956	rs3831270	CCCT	C	1350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=667;ReadPosRankSum=-1.522;SC=GACCTTTCCTCCCTCCTTTCC;SOR=0.973;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=15;WE=156948967;WS=156948946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr1	156949153	.	C	CT	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.696;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	156954267	rs6427339	C	T	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=18;PP=496;SC=CGCAGTGTCACTGGGAGGTTA;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=156954275;WS=156954257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	156954384	rs6427340	T	C	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=78;SC=TAAACACTATTGCAATGACAC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=156954392;WS=156954374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	156956057	rs3737599	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GGGCCCTGAGTCTTGGATAAT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=3;WE=156956065;WS=156956047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	157062575	rs12126791	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=424;ReadPosRankSum=0.500;SC=TTTGCCTCCATCATGGGAGCA;SOR=0.752;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=34;WE=157062583;WS=157062565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,42:0.26:160
chr1	157062739	rs12136960	C	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=4.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-1.825;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr1	157067893	.	AT	A	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	157485561	rs3811035	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr1	157485720	rs1002967	T	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	157489516	rs1332714	T	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr1	157490878	.	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GGAGTAGTTTCCAGAGTGCTC;SOR=0.831;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=17;WE=157490886;WS=157490868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr1	157497263	rs3761961	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=3.118;SC=ATACAAAACTTAGAGATGGAG;SOR=0.204;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=14;WE=157497271;WS=157497253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr1	157508912	.	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,9:0.15:59
chr1	157509025	rs2012199	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,35:0.18:199
chr1	157514097	rs6679793	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=307;ReadPosRankSum=1.423;SC=ATGACGCTGTAAGGCATTGTT;SOR=0.680;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=27;WE=157514105;WS=157514087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,31:0.25:124
chr1	157514762	.	T	A	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=966;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GCCAGGACATTATCATTCTTG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=62;WE=157514770;WS=157514752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,83:0.78:107
chr1	157522358	.	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.342;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=-0.285;SC=ATCACAGTTTCCTACCCGATG;SOR=0.160;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=15;WE=157522366;WS=157522348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr1	157548669	rs1885561	T	A	261.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=0.889;SC=CACATAATAATCCCTGGAACA;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=11;WE=157548677;WS=157548659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr1	157557701	rs2777962	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.100;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	157557957	rs11799853	T	C	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=976;ReadPosRankSum=0.486;SC=ATTCCTGCTATCTCCTTCTTC;SOR=0.940;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=61;WE=157557965;WS=157557947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,84:0.78:108
chr1	157566019	rs10489674	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=0.245;SC=CTCAGGAAAAGGATGAAATGG;SOR=0.330;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=157566027;WS=157566009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr1	157566211	rs12744410	A	G	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=597;ReadPosRankSum=-0.866;SC=GAGCCCATACACTCATATGCT;SOR=0.880;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=38;WE=157566219;WS=157566201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,74:0.65:113
chr1	157566285	rs369546605	CAGTGGCCAG	C	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.05;ReadPosRankSum=1.407;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	157566287	.	GT	CG	1168	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=7;PP=1168;QD=152.683484358;SC=GGGAAACACAGTGGCCAGACG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=157566312;WS=157566277;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,8:0.50:16
chr1	157566291	.	CCAGACGCTCAGGCT	C	2932	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=7;PP=2932;QD=20;SC=AACACAGTGGCCAGACGCTCA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=157566312;WS=157566277;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,8:0.50:16
chr1	157566297	rs201614073	GCTCA	G	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=7.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.16;ReadPosRankSum=2.684;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	157566304	rs199776951	CT	C	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=12.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.75;ReadPosRankSum=2.074;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr1	157567751	rs1361889	A	G	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1526;ReadPosRankSum=2.837;SC=CTGCTCCAGGATTGGAGAAGG;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=94;WE=157567759;WS=157567741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr1	157651017	rs1806798	T	C	360.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=1.181;SC=CTGCTTCTGCTTGGGTCTTTT;SOR=2.448;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=157651025;WS=157651007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr1	157652929	rs141977401	TA	T	1021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=484;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CATTGAAATTTAAAAAAAAAC;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=32;WE=157652937;WS=157652919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr1	157668390	rs7522061	T	C	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=35;PP=973;SC=CATGGAGGATTGAGGAGAAGT;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=60;WE=157668398;WS=157668380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	157668427	rs12140725	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=-2.438;SC=CCCCTAAACAGGAAATAGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=9;WE=157668435;WS=157668417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr1	157669580	rs58517866	T	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,45:0.80:56
chr1	157669668	rs10489678	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=-1.299;SC=TTTTACAAACGTGATGGCTTA;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=157669676;WS=157669658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	157670290	rs945635	C	G	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	157718231	.	C	CAAAT	1593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.424;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.27;ReadPosRankSum=1.541;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr1	157718283	rs6696643	A	T	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.20;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	157718325	rs3818813	T	G	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=1027;ReadPosRankSum=-0.399;SC=TGACAAGAACTACTTTGCAGT;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=67;WE=157718333;WS=157718315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,116:0.78:148
chr1	157718430	rs2275232	T	G	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=895;ReadPosRankSum=-1.145;SC=AGACAAGAGTTCACAGATGTT;SOR=0.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=54;WE=157718438;WS=157718420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,81:0.79:102
chr1	157718645	rs2275233	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTCAGAGCCCTTCCCAGTGGA;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=8;WE=157718653;WS=157718635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	157718780	rs3818814	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.91;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,35:0.92:38
chr1	157718835	rs6662117	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.29;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr1	157737504	rs2873413	G	A	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=204;SC=GGTGCTGCCTGCAGACACGGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=157737512;WS=157737494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr1	157740189	rs57139984	A	G	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=24;PP=1360;SC=CACAGAAGTCAGGGTTTTACC;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=66;WE=157740197;WS=157740176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	157746840	.	G	A	6682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=92;PP=2894;ReadPosRankSum=1.414;SC=CACCAAAGATGACCAGCAATG;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=135;TCR=125;TR=193;WE=157746848;WS=157746830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,309:0.74:420
chr1	157767560	.	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=196;ReadPosRankSum=0.061;SC=GCCTTCTGCTCTGAGGAATGC;SOR=0.226;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=13;WE=157767568;WS=157767550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	157768000	rs3811024	G	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr1	157768013	.	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=1049;ReadPosRankSum=-1.736;SC=GAACTCTTGGGGTAGAGGGCT;SOR=0.619;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=39;WE=157768021;WS=157767990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,55:0.73:75
chr1	157768082	.	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
chr1	157771816	.	C	T	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=4.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=-2.725;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,107:0.39:276
chr1	157802979	rs2261295	C	T	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.146;SC=CTGTAGGACTCACCTGAGCAG;SOR=0.549;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=61;WE=157802987;WS=157802969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,82:0.84:98
chr1	157806006	rs2765503	G	A	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=54;PP=1369;ReadPosRankSum=1.705;SC=CCTTAGGCATGTACTCAGTCA;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=38;TCR=75;TR=83;WE=157806014;WS=157805996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,115:0.70:164
chr1	157811392	rs2260040	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=509;ReadPosRankSum=1.112;SC=CCAGGTTGGCGGGGAGAAAGT;SOR=0.426;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=35;WE=157811400;WS=157811382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,52:0.75:69
chr1	157811585	rs2281870	G	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=413;ReadPosRankSum=-2.339;SC=TATGTTAAGAGGAGGGACAAA;SOR=0.344;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=29;WE=157811593;WS=157811575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,51:0.78:65
chr1	157963362	rs148023130	GCGGGCTCC	G	874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=9.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.005;SOR=2.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,27:0.27:101
chr1	157963410	.	G	C	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=1.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,82:0.30:275
chr1	158047657	rs12133744	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=1.330;SC=GTCTGTGTCTGGGGCCTCACC;SOR=1.270;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=7;WE=158047665;WS=158047647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	158054379	rs927662	A	G	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=62;PP=1521;ReadPosRankSum=0.993;SC=GGTGAGCTCCAGCCAGCTCCC;SOR=0.549;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=86;WE=158054387;WS=158054369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,103:0.84:123
chr1	158056299	rs7367384	C	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.247;NF=11;NR=3;PP=130;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CCCCTCCAGCCCAAGCCCATC;SOR=0.529;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=14;WE=158056307;WS=158056289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr1	158057420	rs7514301	A	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr1	158058109	rs6427419	C	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=0.540;SC=CTTCTTTCTCCCTCACAGTTG;SOR=0.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=31;WE=158058117;WS=158058099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,42:0.28:150
chr1	158059621	.	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-2.730;SC=GAGTGGCGGACCTGCCTGCGG;SOR=0.836;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=9;WE=158059629;WS=158059611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr1	158059695	.	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	158063117	.	C	T	5730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,273:0.70:388
chr1	158064552	.	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.463;ClippingRankSum=0.000;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.536;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,91:0.23:388
chr1	158066834	rs6427420	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.151;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,16:0.18:91
chr1	158146946	rs3021477	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-2.067;NF=10;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=-1.759;SC=CCTGTATGGCTTCTGAGAGAC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=20;WE=158146966;WS=158146936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr1	158153996	rs426336	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=36;PP=1028;SC=CTCAGGTTCCTAAGACTTCAG;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=158154004;WS=158153986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	158224575	rs55696033	CTGTGTG	CTG,C	413.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.538;NF=1,1;NR=35,35;PP=324,985;ReadPosRankSum=1.672;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=1;TCR=66;TR=36,36;WE=158224590;WS=158224549;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.43:54
chr1	158225050	rs148007865	G	A	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,93:0.75:124
chr1	158260878	rs375739413	CT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.052;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=1.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,22:0.22:100
chr1	158260911	.	C	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.458;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,32:0.18:175
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chr1	158324587	rs139260594	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CTCTCTGACTCCCACTCCCTC;SOR=0.465;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=10;WE=158324595;WS=158324577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr1	158326447	rs376156858	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,27:0.18:149
chr1	158369190	.	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=-0.177;SC=AGCTGGAGCTCCCCCAGGCTG;SOR=0.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=12;WE=158369198;WS=158369180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr1	158389208	rs34276698	G	GA	560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=404;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TTAATCAATTGAAAAAAAACC;SOR=0.722;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=21;WE=158389216;WS=158389198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr1	158389659	rs58605957	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=280;ReadPosRankSum=-1.096;SC=GTCTCAGCCTTCCAAAATGCT;SOR=0.467;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=16;WE=158389667;WS=158389649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr1	158389693	rs77441663	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=269;ReadPosRankSum=-1.568;SC=TGAGAAACTGCACCTGGCCAG;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=22;WE=158389701;WS=158389683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr1	158390252	rs12239443	T	G	3107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.955;NF=45;NR=50;PP=1726;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CATGTCCCATTAGCACTGAGT;SOR=0.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=95;WE=158390260;WS=158390242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,131:0.77:171
chr1	158390501	rs34616883	G	A	4989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=1.394;QD=17.27;ReadPosRankSum=2.541;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,226:0.78:289
chr1	158435278	rs1573519	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=662;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GAAATTTCCCGTACATTTCCA;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=42;WE=158435286;WS=158435268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,63:0.75:84
chr1	158435928	rs41273489	G	A	5153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=79;PP=2691;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TCAGCACTCCGGCTTCAGTCA;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=90;TCR=107;TR=145;WE=158435936;WS=158435918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,220:0.78:283
chr1	158436299	rs4657080	T	C	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.15;MQRankSum=0.726;NF=27;NR=60;PP=1516;ReadPosRankSum=1.100;SC=GTTAAAGAGCTATTTTTTAAA;SOR=1.081;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=87;WE=158436307;WS=158436289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,111:0.80:139
chr1	158436354	rs67123344	AT	A	588.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.6827;FS=2.237;HP=8;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.624;NF=2;NR=24;PP=492;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TGTTTTATACATTTTTTTTCA;SOR=1.675;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=26;WE=158436362;WS=158436344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr1	158450192	rs61741711	C	T	4178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=71;PP=2347;ReadPosRankSum=0.065;SC=GCTTCTTGGCCTCTCTTACAG;SOR=0.614;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=135;WE=158450200;WS=158450182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,177:0.76:233
chr1	158450314	rs6679056	A	G	3818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=64;PP=1850;ReadPosRankSum=0.574;SC=GATGTTAACGAATTTGTGATA;SOR=0.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=117;WE=158450322;WS=158450304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,176:0.72:245
chr1	158507157	rs2051665	A	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.13;ReadPosRankSum=1.885;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr1	158507160	rs2051666	T	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.52;ReadPosRankSum=1.866;SOR=1.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr1	158507222	rs5778082	GA	G	1823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.542;NF=19;NR=25;PP=827;ReadPosRankSum=-1.332;SC=CCAGGGTTATGAAAAAAAATC;SOR=1.000;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=44;WE=158507230;WS=158507212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,99:0.77:129
chr1	158507360	rs77684327	G	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.603;NF=12;NR=28;PP=571;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TAAAATGACAGGTCTAGAGAA;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=40;WE=158507368;WS=158507350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr1	158507398	rs2051067	G	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=0.856;SC=GTCAGGCTCTGAATGTAGGCA;SOR=0.509;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=25;WE=158507406;WS=158507388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr1	158548928	.	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=219;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CACAGGTGGTGAAGGCCTTCT;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=17;WE=158548936;WS=158548918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr1	158549421	rs77690058	G	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=1149;ReadPosRankSum=0.677;SC=GATGGTCAGCGTATAGCAGGT;SOR=0.674;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=73;WE=158549429;WS=158549411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,87:0.73:120
chr1	158549639	.	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-1.267;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr1	158577167	rs2427808	A	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,29:0.28:104
chr1	158580887	rs3768535	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=226;ReadPosRankSum=1.946;SC=TTTTTTAAGATCCTACAATAA;SOR=1.528;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=19;WE=158580895;WS=158580877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr1	158580921	.	G	GCACACACA	1244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;QD=35.56;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr1	158582646	rs2251969	T	C	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-2.825;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,87:0.69:126
chr1	158584091	rs952094	A	G	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.76;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr1	158584103	rs57778257	G	GA	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.43;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr1	158587390	rs857716	C	T	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=894;ReadPosRankSum=1.606;SC=TAGTTAAGAACCGAAGGAAAT;SOR=0.519;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=60;WE=158587398;WS=158587380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,83:0.75:111
chr1	158587784	rs857717	T	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=15;PP=753;SC=AATTCTTCCATAATAATATAA;SOR=1.067;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=40;WE=158587792;WS=158587774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	158587858	rs28525570	G	A	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=605;ReadPosRankSum=-0.268;SC=TGGACATGGAGGTCCGGAACA;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=39;WE=158587866;WS=158587848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,77:0.75:102
chr1	158588916	rs7553252	C	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=320;ReadPosRankSum=0.953;SC=AATACATGCTCTCAGAGTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=16;WE=158588924;WS=158588906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr1	158592935	rs3753068	G	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=964;ReadPosRankSum=0.216;SC=CAGTGATCTCGGGAAGTCTCT;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=55;WE=158592943;WS=158592925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,73:0.66:110
chr1	158595824	rs56954229	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=260;ReadPosRankSum=-0.594;SC=GAAGGGAAAATCTTACAGAGG;SOR=0.166;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=16;WE=158595832;WS=158595814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr1	158595842	rs11265038	C	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=0.835;SC=AGGCTACAGACAATAAAATCC;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=22;WE=158595850;WS=158595832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr1	158596524	rs12088990	A	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=404;ReadPosRankSum=0.055;SC=TAGTGATGGAAACACCTCCTT;SOR=0.883;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=24;WE=158596532;WS=158596514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr1	158597507	rs3737515	G	C	3231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=59;PP=1509;ReadPosRankSum=1.649;SC=TGCTTCATTAGCAAGCTCTGC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=54;TCR=82;TR=98;WE=158597515;WS=158597497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,148:0.74:201
chr1	158605779	.	CC	TT	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=992;ReadPosRankSum=-0.539;SC=TCCTCTTGCCCCACAGCAGCC;SOR=0.808;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=33;WE=158605788;WS=158605769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,54:0.33:164
chr1	158606449	rs3738791	G	T	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr1	158607740	.	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5030;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=210;ReadPosRankSum=2.570;SC=GTACAAATTTCATTTCAGCAT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=13;WE=158607748;WS=158607730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr1	158607788	rs2518492	T	G	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=9;PP=756;SC=TACTCGCTTGTATTATCCACA;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=158607796;WS=158607778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	158609300	rs17635857	C	G	356.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=201;ReadPosRankSum=1.783;SC=AAATGGTCTCCTAACATGGGA;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=158609308;WS=158609290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr1	158612236	rs863931	A	G	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=892;ReadPosRankSum=0.814;SC=CAAGCGCTACACTCAATCAGG;SOR=0.574;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=58;WE=158612244;WS=158612226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,105:0.74:142
chr1	158613926	.	C	CA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.542;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	158614198	rs6702040	C	T	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=791;ReadPosRankSum=-1.174;SC=TATGAGGAATCAAATGAGAGG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=54;WE=158614206;WS=158614188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,73:0.71:103
chr1	158617555	.	T	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=0.450;SC=GAGACACACCTGAATCTTAGC;SOR=0.428;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=6;WE=158617563;WS=158617545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr1	158618546	.	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	158619728	rs2482965	A	C	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=58;PP=2008;SC=CCCCAGCGGGAATTCAATTCC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=110;WE=158619736;WS=158619718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	158621294	.	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=2.668;SC=AGTGTAAATTCATCCAAAGCA;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=158621302;WS=158621284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr1	158622900	.	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=0.903;SC=TCCTCAAAAAGAAACCGAAAC;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=7;WE=158622908;WS=158622890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	158624528	rs35948326	G	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.16;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,48:0.77:62
chr1	158631235	.	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=568;ReadPosRankSum=2.155;SC=TTCGGATTATCCTGGTGTATG;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=29;WE=158631243;WS=158631225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr1	158632417	.	C	T	83.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=0.524;SC=ACTCCAACTACTGTACCCCAG;SOR=3.229;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=158632425;WS=158632407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	158632459	.	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	158639586	rs148156245	T	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=11;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=448;ReadPosRankSum=0.407;SC=TCTGAAAAAATAAAAATAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=30;WE=158639594;WS=158639576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr1	158639601	rs2298801	A	G	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.67;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	158644105	rs703116	T	A	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=27;PP=1752;SC=ACAAACTCTGTTAAACTAGAT;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=158644113;WS=158644095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	158644304	.	C	T	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=66;PP=1654;ReadPosRankSum=-0.781;SC=GCCCCCTCCTCCTACTGGGCA;SOR=1.417;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=96;WE=158644312;WS=158644294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,121:0.77:158
chr1	158644321	.	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.720;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=1.043;SC=GGCAGCCTTTCTTCTCTACCT;SOR=0.414;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=33;WE=158644329;WS=158644311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,34:0.24:141
chr1	158647495	rs325996	A	T	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=55;PP=1654;SC=CACTCATGACAGCAAGATTTC;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=98;WE=158647503;WS=158647485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	158647631	rs325995	T	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=18;PP=414;SC=ATCCCTGCAGTCATTAACAAG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=158647639;WS=158647621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	158654786	rs385096	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=245;SC=TGTTTCTAAACGGAATCTAAT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=158654794;WS=158654776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	158655036	rs435080	G	A	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=54;PP=1886;SC=CCCTCTCAGCGACCCGCTCCT;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=99;WE=158655044;WS=158655026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	158655162	rs2564859	C	A	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	158656281	rs2564858	T	C	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=107;SC=AATATGTACTTACGGTTTCCT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=158656289;WS=158656271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	158656347	rs111674514	C	CAGAG	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.38;ReadPosRankSum=-1.366;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr1	158735595	rs857824	C	T	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=23;PP=1227;SC=CTCCTTGTTGCGCAAGCTGTA;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=66;WE=158735603;WS=158735585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	158735691	rs857825	T	C	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=45;PP=1507;SC=CTTCTTCAGCTGCACATACAT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=87;WE=158735699;WS=158735681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	158735740	rs857826	A	G	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=52;PP=1863;SC=ACCACAGTGAAGTGGGAGGCA;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=93;WE=158735748;WS=158735730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	158735892	rs857827	A	G	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=35;PP=1212;SC=TAGGACATTTATAGACGTATC;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=65;WE=158735900;WS=158735882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	158736215	rs6666753	G	A	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=32;PP=1214;SC=TTTTCTCACTGAGCAAGTTTG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=158736223;WS=158736205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	158736445	rs1864346	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr1	158746678	rs41273541	T	C	3484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=65;PP=1706;ReadPosRankSum=0.801;SC=CCAAAGAAGATGAGGACCACA;SOR=0.671;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=122;WE=158746686;WS=158746668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,159:0.79:202
chr1	158746847	rs16841094	A	G	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=1397;ReadPosRankSum=-1.016;SC=GAATGTTAGCAGATGTGTCCT;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=87;WE=158746855;WS=158746837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,128:0.71:181
chr1	158813106	.	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=1.827;SC=AAGCTCCAGTGAAAAAAATAA;SOR=0.561;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=17;WE=158813114;WS=158813096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr1	158813187	.	G	A	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=530;ReadPosRankSum=-2.391;SC=AAGCAAGAGGGAGGATTCCTG;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=34;WE=158813195;WS=158813177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr1	158813819	rs857870	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.786;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,44:0.21:211
chr1	158815426	.	C	T	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=1.952;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,113:0.79:143
chr1	158817474	rs2261107	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=1.960;SC=TCTATATGATACTAACAATCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=158817482;WS=158817464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	158909164	rs2325704	C	A	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=18;PP=1596;SC=ACTGAGAATTCACTGCATTTT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=64;WE=158909172;WS=158909154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	158909485	.	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.821;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr1	158913525	rs856082	A	G	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.49;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	158913525	.	ATATGCAC	GTATGCAC,GTATGCAT	281	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=24,17;NR=6,4;PP=54,281;QD=2.95904041824;SC=AGACTTTCCTATATGCACGGT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30,21;WE=158913540;WS=158913515;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:31
chr1	158913532	rs4656498	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.64;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr1	158943295	rs144676333	T	TCA	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	158946629	.	A	AATATATGTAT	530	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=60.72;NF=0;NR=3;PP=530;QD=185.0;SC=CACAGAAAATAATATATGTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=158946637;WS=158946619;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,3:0.38:8
chr1	158986477	rs866484	G	C	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	158987941	rs856046	A	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=9;PP=982;SC=GCCCTGTGTTATACTGAGGTC;SOR=2.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=158987949;WS=158987931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	159002222	rs861318	A	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=585;SC=AGACCTATTAAAATCTAATAA;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=159002230;WS=159002212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	159002301	rs2518553	T	C	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr1	159002389	rs1057028	T	A	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=65;PP=2156;SC=TCAGCTTCCATATCCTTCAGA;SOR=0.711;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=124;WE=159002397;WS=159002367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	159159759	.	T	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-2.029;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,59:0.31:193
chr1	159166738	rs138675429	G	A	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=1006;ReadPosRankSum=0.332;SC=AGATGACCCAGGAGAGTGCCC;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=65;WE=159166746;WS=159166728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,106:0.78:136
chr1	159174824	rs863001	G	C	9418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr1	159174885	rs7550207	T	C	6347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=1.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	159175004	rs17838198	CT	C	925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=28;PP=1058;SC=CTCTTGGTGCCTTTTCCTTCT;SOR=4.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=28;WE=159175012;WS=159174994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	159175354	rs12075	G	A	7797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=87;PP=2965;SC=GGAGACTATGGTGCCAACCTG;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=118;TCR=87;TR=205;WE=159175362;WS=159175344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	159249248	.	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=716;ReadPosRankSum=2.084;SC=AATGGGCCACCTGTTTATCAC;SOR=1.426;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=40;WE=159249256;WS=159249238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr1	159272516	.	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=506;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CCCTGATTCTGATTCCTGAAA;SOR=0.718;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=32;WE=159272524;WS=159272506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
chr1	159272736	.	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,25:0.23:109
chr1	159402436	.	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=2.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,66:0.24:276
chr1	159402584	rs11419544	G	GT	1730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=36;PP=1771;SC=CTATCAAGGAGTTATTACTTT;SOR=2.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=41;WE=159402592;WS=159402574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	159409196	rs6691297	T	C	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=22;PP=840;SC=TGAGAACCTCTGAGTGTAATA;SOR=1.048;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=54;WE=159409204;WS=159409186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	159409533	rs10908721	G	A	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=16;PP=1348;SC=TGCTTTACTGGGACTATGTGA;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=159409541;WS=159409523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	159409734	rs10908722	G	T	10434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=118;PP=2965;SC=TCATCCGAATGGATCTTCATC;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=119;TCR=119;TR=237;WE=159409742;WS=159409724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr1	159410340	rs12409540	T	A	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=55;PP=2321;SC=ACTACAGCTGTGCCTCCATTG;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=125;WE=159410348;WS=159410330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	159504784	rs78292198	T	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr1	159505101	rs35393723	G	A	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=1119;ReadPosRankSum=0.060;SC=GTCTTCTTCCGGCCCTCAGCT;SOR=1.116;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=63;WE=159505109;WS=159505091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,96:0.73:131
chr1	159558258	rs2808661	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=162;ReadPosRankSum=0.837;SC=GTTACTTTGTAGAAGCTCAGC;SOR=1.098;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=18;WE=159558266;WS=159558248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,32:0.26:123
chr1	159683438	rs1800947	C	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=2.241;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,17:0.15:116
chr1	159684047	rs113155790	CCACACACA	C	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=42.49;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	159684121	rs58518386	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=2.043;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	159750802	.	G	C	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=23;MQ=61.9;NF=4;NR=1;PP=22;QD=11.3542425094;SC=TGAGTTACTTGGCTCGGAGCG;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=5;WE=159750810;WS=159750792;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,5:0.20:25
chr1	159778699	rs12042065	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,27:0.20:133
chr1	159785284	rs4411129	C	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=-1.823;SC=CTCACCCTCTCTCTTACATTT;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=22;WE=159785292;WS=159785274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,28:0.25:112
chr1	159807893	.	G	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=852;ReadPosRankSum=-2.018;SC=ATAGGAAAGGGGAATAGCATA;SOR=0.984;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=51;WE=159807901;WS=159807883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,76:0.69:110
chr1	159825127	.	A	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=2.013;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,24:0.19:124
chr1	159826561	rs111861505	C	CCA	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.99;ReadPosRankSum=-2.072;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr1	159832126	rs7519222	G	A	678.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5031;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=440;ReadPosRankSum=0.673;SC=ACCCACACCCGGCTGCAGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=25;WE=159832134;WS=159832116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr1	159842379	rs34241039	A	G	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=576;ReadPosRankSum=0.857;SC=AGGCAGGTATAAGGAAAGGTA;SOR=0.896;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=38;WE=159842387;WS=159842369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,61:0.73:83
chr1	159889686	rs2252815	G	A	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=41;PP=1226;SC=AGCTCAGCGTGCACCACCCTC;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=159889694;WS=159889676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	159897681	rs142211405	TAA	T,TA	1047.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.441;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,40,26:0.54,0.35:74
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chr1	159898686	.	G	A	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=957;ReadPosRankSum=0.412;SC=TGGAGGATCCGGGTGGGGGCT;SOR=0.717;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=60;WE=159898694;WS=159898676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,104:0.77:135
chr1	159898913	rs7543462	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=229;ReadPosRankSum=0.364;SC=CAGAGCTAGGAAGAACAAGCG;SOR=0.491;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=16;WE=159898921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
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chr1	159906156	rs10908750	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,47:0.22:218
chr1	159906382	.	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=-1.826;SC=TTGGCCAGCAGAGGGAGGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=7;WE=159906390;WS=159906372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	159906849	rs10797055	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.605;SC=CACCCTGTCTACTGCACCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=159906857;WS=159906839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	159907362	rs7524321	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-2.479;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,16:0.22:72
chr1	159907367	rs7526647	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=-1.632;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,17:0.22:77
chr1	159923111	rs2789417	T	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=1.410;SC=TAGACACATATATTGTACTGC;SOR=1.154;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=13;WE=159923119;WS=159923101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr1	160085868	rs2854244	A	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=12;PP=429;SC=TCTCCTCTGCACGCCCCAGCC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=160085876;WS=160085858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	160090674	rs2854246	T	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=15;PP=746;SC=CCTGACTCTCTGGCTCTCCCT;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=43;WE=160090692;WS=160090664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	160090681	rs67915591	CCCTT	C	2544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=16;PP=1536;SC=CTCTGGCTCTCCCTTCCTCCC;SOR=1.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=32;WE=160090692;WS=160090664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	160093222	rs2820581	C	T	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=69;PP=2423;SC=CCCACACGCCCGACCCGGGAA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=117;WE=160093230;WS=160093212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	160093253	.	A	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,28:0.17:162
chr1	160093648	rs41265763	G	A	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=920;ReadPosRankSum=1.775;SC=CATCTTGGATGGCACTGCCTG;SOR=0.660;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=55;WE=160093656;WS=160093638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,66:0.80:83
chr1	160093911	rs2820582	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=292;SC=AGCTCATCTTTTGTCAGCTCC;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=160093919;WS=160093901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	160093927	rs2854248	T	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=153;SC=GCTCCCAGGCTCTAAGATAGA;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=160093935;WS=160093917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	160094343	rs1023420	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=1.587;SC=ACCATGCCTATGCCCCTGCTA;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=160094351;WS=160094333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	160097315	rs2295623	C	A	1140.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5056;FS=2.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=785;ReadPosRankSum=-2.144;SC=CACAAGGCACCCAACCTGATG;SOR=0.260;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=43;WE=160097323;WS=160097305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,45:0.90:50
chr1	160097666	rs6695366	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=628;ReadPosRankSum=0.464;SC=TCTTTCCTCAGAGTGATAGAG;SOR=0.259;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=38;WE=160097674;WS=160097656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,51:0.73:70
chr1	160098927	rs5778151	A	AG	973.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=924;ReadPosRankSum=2.239;SC=GTGTCTCCAAAGCCTCTTGCT;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=23;WE=160098935;WS=160098917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr1	160105705	.	C	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:522,138:0.21:660
chr1	160122998	.	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.347;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,18:0.20:91
chr1	160124875	rs6427504	G	A	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=19;PP=811;SC=CTGACTCGAGGTGGACCCAAT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=160124883;WS=160124865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	160128994	rs10908764	C	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=9;PP=289;SC=ACACCTGGGCCGTTAGAGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=160129002;WS=160128984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	160134205	rs11265338	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=109;ReadPosRankSum=0.909;SC=GGCTGTTGGCCACAGTCACTG;SOR=0.980;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=13;WE=160134213;WS=160134195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr1	160136350	rs7529215	G	A	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.958;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.920;NF=64;NR=28;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.404;SC=AGCGCATGGCGCGGAAGAACT;SOR=1.284;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=128;TCF=84;TCR=44;TR=92;WE=160136358;WS=160136340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,112:0.71:157
chr1	160141196	rs625549	C	T	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=44;PP=1795;SC=AAAATGCCTACTTAGAACTGG;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=94;WE=160141204;WS=160141186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	160141268	rs12058214	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,33:0.23:144
chr1	160141286	rs625129	C	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,33:0.22:148
chr1	160141636	rs1891265	C	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=17;PP=461;SC=TGCTTAATACCCTTAGTTTAA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=160141644;WS=160141626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	160145707	rs11805919	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=-0.454;SC=GACGGCATGGCTCTGATTAAA;SOR=0.610;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=160145715;WS=160145698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr1	160146481	.	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.160;SC=AAGTCAGGGAGATATTTTCTC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=160146489;WS=160146471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	160147502	rs731852	T	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=21;PP=633;SC=AGAGTGAGAGTGACAGGGGAG;SOR=0.950;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=34;WE=160147510;WS=160147492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	160147517	rs11801984	A	G	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.44;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr1	160147521	rs11806793	C	T	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.72;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr1	160151345	rs113684338	CA	C	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr1	160151450	rs7519748	T	C	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=35;PP=2236;SC=CTGACACTGTTTCCTCTCTCC;SOR=1.186;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=106;WE=160151458;WS=160151440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	160151624	rs36097870	G	GC	3725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FS=0.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=2.423;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:553,177:0.24:730
chr1	160164668	rs1186693	T	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=126;SC=GCACATGCAATCCCCCACACA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=160164676;WS=160164658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	160165077	.	GG	AA	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.103;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CCTGTACTCTGGGGGTTCCCA;SOR=0.546;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=33;WE=160165086;WS=160165067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr1	160165095	rs2275703	A	C	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=867;ReadPosRankSum=0.161;SC=CCAGACAAGCACCTCCAGTAT;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=48;WE=160165103;WS=160165085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,60:0.78:77
chr1	160165451	rs10908769	C	T	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=960;SC=TGCCCCCCCCCCCGGCTCCTC;SOR=1.432;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=35;WE=160165459;WS=160165432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	160165572	rs60043899	T	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr1	160168368	rs822450	G	A	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.9910;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=811;ReadPosRankSum=0.156;SC=ACAAAATTGAGGTTCAATGAA;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=49;WE=160168376;WS=160168358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,76:0.90:84
chr1	160169473	rs959166	T	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=427;SC=TCCTCTTTTGTTGTTTAGTTC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=160169481;WS=160169463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	160178356	rs667306	A	G	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=17;PP=537;SC=TTTCTCCACGAGCCCTAAGGA;SOR=0.730;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=31;WE=160178364;WS=160178346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	160232929	.	A	AT	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.513;QD=1.69;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr1	160251792	rs2795067	A	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=398;ReadPosRankSum=1.018;SC=ATGTGATGGAAAATGAAGAGA;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=29;WE=160251800;WS=160251782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,41:0.35:117
chr1	160260233	rs2298104	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
chr1	160263124	rs1317944	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,43:0.22:196
chr1	160275434	rs2066320	A	G	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	160303416	rs1802778	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,40:0.19:212
chr1	160309664	rs1886419	T	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,22:0.21:104
chr1	160313733	rs1886417	C	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.477;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,14:0.21:67
chr1	160318940	rs6669689	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.113;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,15:0.18:83
chr1	160319055	rs12239946	T	C	561.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5085;FS=2.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=351;ReadPosRankSum=0.579;SC=GAAGGAAAGGTGTACCATCAA;SOR=0.148;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=22;WE=160319063;WS=160319045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr1	160458782	rs3795327	A	G	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=46;PP=1942;SC=TCCTCCCCTCAGTGGTCATTT;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=119;WE=160458790;WS=160458772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	160519812	rs3832278	C	CA	978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=896;ReadPosRankSum=0.298;SC=AGCCCAGGCCCATCTACAAGT;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=9;WE=160519823;WS=160519802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr1	160519815	rs58960001	C	CT	978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=880;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCAGGCCCATCTACAAGTCCC;SOR=1.161;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=160519823;WS=160519802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr1	160535471	rs35600010	G	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,18:0.16:112
chr1	160580015	rs1061217	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.800;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,28:0.25:113
chr1	160580549	rs3796504	G	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,43:0.28:153
chr1	160582200	rs200238058	T	TA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	160585554	rs149160	C	G	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=79;NR=60;PP=2395;SC=CTGATGATGACTGTCCTTATA;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=139;WE=160585562;WS=160585544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	160585706	rs151607	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,15:0.20:75
chr1	160604473	rs164288	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GGTTGCTCACGGTGCAGATGT;SOR=0.986;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=8;WE=160604481;WS=160604463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr1	160616768	rs12076998	G	A	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=50;PP=1280;ReadPosRankSum=-1.485;SC=GATCCTGGCCGGAGCCTGGCA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=72;WE=160616776;WS=160616758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,85:0.79:108
chr1	160650913	rs4656926	A	G	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=251;SC=AGGAGGCTGAATAGGACCCCC;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=160650921;WS=160650903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	160681653	rs57782077	G	GA	139.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.667;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.664;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr1	160717872	rs527733	T	G	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=84;SC=TCCAGGAGGTTGTTGTGTTGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=160717880;WS=160717862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	160720074	rs11581248	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr1	160722064	rs527342	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=280;SC=GCTTAACTTCATCTTAATGGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=160722072;WS=160722054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	160786670	rs560681	A	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=33;PP=860;SC=CTCCATCTCTATTTACTCAGG;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=160786678;WS=160786660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	160789196	rs537540	A	C	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=53;PP=1715;SC=GCTATGGGGTATCTGGTCCAA;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=160789204;WS=160789186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	160803802	rs11265493	A	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr1	160808413	rs111332135	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=0.435;SC=CTTAAAAAAGGTTCTAGAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=6;WE=160808421;WS=160808403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	160809003	rs6682654	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=1.562;SC=TTGCTCATTTGGTTAACCTCC;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=160809011;WS=160808993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	160832213	rs112861746	C	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=366;ReadPosRankSum=-1.659;SC=GGGCCAGATACCCCTCTCACA;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=22;WE=160832221;WS=160832203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr1	160849030	rs3766358	T	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=442;SC=CTCAACACACTCACACATACC;SOR=3.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=160849038;WS=160849020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	160849060	rs3766359	G	A	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=7;PP=853;SC=GGACAAACTCGACCTTACTCA;SOR=2.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=38;WE=160849068;WS=160849050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	160849082	rs3820094	A	G	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=17;PP=1028;SC=AGGTCCCTGCAGTCCCCACAG;SOR=1.536;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=55;WE=160849090;WS=160849072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	160849367	rs2274905	G	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=380;SC=CTACATCCTGGCCTCAAACTT;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=160849375;WS=160849357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	160850280	rs4656957	G	A	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=436;SC=AACATTACAGGAGAGAACCAA;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=160850288;WS=160850270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	160850936	rs2236515	T	C	18306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=210;NR=172;PP=2965;SC=GCCAGCAGCCTTCTGTACCTG;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=382;TCF=210;TCR=172;TR=382;WE=160850944;WS=160850926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,704:1.00:704
chr1	160851594	rs56380748	GAAAAAAA	G	1456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;QD=40.46;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	160851619	rs10908808	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=36.15;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	160851826	rs2274907	A	T	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=49;PP=1874;SC=CTCTGGGTAGACTGCTTTGCT;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=88;WE=160851834;WS=160851816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	160851894	rs2274908	G	A	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=40;PP=1673;SC=TGTCATTCTCGTGCACGCTGG;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=91;WE=160851902;WS=160851884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	160852022	rs2274909	C	T	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=61;PP=1835;SC=CCAGAGCCTCCCTGTCTGAGA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=98;WE=160852030;WS=160852012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	160852046	rs2274910	T	C	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=51;PP=1548;SC=GAGGGTTCATTTCAGCCCCAT;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=160852054;WS=160852036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	160854526	rs2297559	G	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=354;SC=TGCATCTCAAGGACATGCTCT;SOR=2.387;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=160854534;WS=160854516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	160920441	rs79889663	A	G	3105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=56;PP=1404;ReadPosRankSum=1.773;SC=TGCATGGGGGACTTGTTGGGC;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=168;TCF=61;TCR=107;TR=91;WE=160920449;WS=160920431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,146:0.59:249
chr1	160920809	rs3829790	A	G	13230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=44.10;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr1	160920813	rs790059	A	G	13199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.29;QD=45.05;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	160920966	rs6680969	C	T	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=50;PP=1963;SC=GCACTTCCCACGCATGTCATT;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=96;WE=160920974;WS=160920956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	160921230	rs4656971	T	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=743;SC=CATCTTGTGTTCTGCTCACCT;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=160921238;WS=160921220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr1	160969585	rs790056	C	T	6048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=79;PP=2416;ReadPosRankSum=2.347;SC=TCACTCACGGCACCTACAGTA;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=153;TCR=127;TR=173;WE=160969593;WS=160969575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,289:0.64:454
chr1	160971146	rs790055	A	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=382;ReadPosRankSum=0.315;SC=CAGGGAGCCTAAGGAGAAAGA;SOR=0.784;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=25;WE=160971154;WS=160971136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr1	160990875	rs28365980	TC	CA	9059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=2.896;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=24.75;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,229:0.63:366
chr1	160990878	rs28365978	C	T	8940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=2.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=24.97;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,223:0.62:358
chr1	161008535	rs10908821	C	G	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=734;ReadPosRankSum=-0.764;SC=ATCCCCTCACCTGGCAGCGCC;SOR=0.814;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=186;TCF=110;TCR=76;TR=61;WE=161008543;WS=161008525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,102:0.35:288
chr1	161010774	rs2516841	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TATGGTAGCTAGGTGTGGTGT;SOR=0.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=11;WE=161010782;WS=161010764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	161010791	rs2073657	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=1.398;SC=GTGTCTCACACCTGTAATCCC;SOR=0.458;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=9;WE=161010799;WS=161010781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	161011716	rs2774276	G	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=515;ReadPosRankSum=1.558;SC=GCTTCTATCCGTTGGGGTGGT;SOR=0.809;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=30;WE=161011724;WS=161011706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr1	161013121	rs2516839	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=521;ReadPosRankSum=0.022;SC=GTCTTTGTATCTCCTGATTCA;SOR=0.675;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=33;WE=161013129;WS=161013111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr1	161017556	rs2774279	C	T	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,125:0.66:190
chr1	161019040	rs3813609	G	C	5411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=89;PP=2731;ReadPosRankSum=-1.895;SC=GCGGAGTCCAGGGAACAGCAG;SOR=0.600;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=282;TCF=142;TCR=140;TR=188;WE=161019048;WS=161019030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,248:0.64:385
chr1	161022380	rs4396136	G	A	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=52;PP=1466;ReadPosRankSum=-1.014;SC=CATGAAGGTCGGTGCAGGGGA;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=86;WE=161022388;WS=161022370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,104:0.60:174
chr1	161022639	rs3813610	C	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=-1.550;SC=AGAGAGGGACCTCAGGCACCC;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=161022647;WS=161022629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	161043441	.	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=438;ReadPosRankSum=0.041;SC=GTCTGCAGAGGGGCCCAGGCA;SOR=0.970;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=29;WE=161043449;WS=161043431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,49:0.43:114
chr1	161043735	rs4656285	A	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.265;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GGTGGCAGTGAGGCTGAAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=14;WE=161043743;WS=161043725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	161043764	rs4656978	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=2.073;SC=TGCTGTGTGCGTGTGCATACT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=7;WE=161043772;WS=161043754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	161047125	rs60601836	CTATA	C	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=564;ReadPosRankSum=1.444;SC=CTGTCACATACTATATATAGC;SOR=0.420;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=12;WE=161047136;WS=161047118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr1	161047220	rs11265548	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=279;ReadPosRankSum=-1.290;SC=TGGGCCTCCCTACCCAAGCAT;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=19;WE=161047228;WS=161047210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr1	161049358	rs3820097	G	A	6739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=62;PP=2917;SC=GGCTCAGACCGTACCCAGAGA;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=161;WE=161049366;WS=161049348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	161058927	rs41270009	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=233;ReadPosRankSum=1.171;SC=TGCGTGCGTGTGTGTCTATGT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=21;WE=161058935;WS=161058917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr1	161090077	rs76729621	C	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.070;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=218;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CATCTTCCCCCCTTGGCCCTA;SOR=0.318;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=15;WE=161090085;WS=161090067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr1	161132821	rs1127525	C	A	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=519;ReadPosRankSum=1.259;SC=AGTTCCCTCTCCACCCCGCCG;SOR=0.480;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=40;WE=161132829;WS=161132811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,88:0.61:144
chr1	161162173	rs7512012	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=0.261;SC=GGTGAGTGCCGGCCACCATGT;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=15;WE=161162181;WS=161162163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	161163037	rs4233367	T	C	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.962;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=462;ReadPosRankSum=-1.766;SC=GCCCAGTGCCTGGGCCTGGCA;SOR=0.387;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=33;WE=161163045;WS=161163027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr1	161163633	rs3813622	C	T	3715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.717;SC=AGGCACAGAACGGAAGTGGGG;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=193;TCF=89;TCR=104;TR=105;WE=161163641;WS=161163623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,184:0.57:324
chr1	161167698	rs4589131	T	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=-2.352;SC=GCCAGAAGTGTAAGTGGGTGG;SOR=0.074;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=11;WE=161167706;WS=161167688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	161176137	rs4656993	A	G	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=660;ReadPosRankSum=1.381;SC=ACTCCTTGCTATCTTTTGGGG;SOR=1.271;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=40;WE=161176145;WS=161176127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr1	161184059	rs10629771	C	CTG	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=347;ReadPosRankSum=0.864;SC=AAATTGGCCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=8;WE=161184067;WS=161184049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	161185058	rs2070901	G	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr1	161187665	rs2070902	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=497;ReadPosRankSum=-1.762;SC=TTCCCTTAGACGGCTCCCCTC;SOR=2.642;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=25;WE=161187673;WS=161187655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr1	161192845	rs141599125	CCACACA	C	2759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.261;QD=20.60;ReadPosRankSum=0.843;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,87:0.65:134
chr1	161196135	.	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=0.719;SC=CCCTACTCTTCCTGTTCCAGG;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=161196143;WS=161196125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	161197244	rs4233368	C	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=0.053;SC=GGGCCGTAACCTGATTCTCTG;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=161197252;WS=161197241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	161199433	.	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=-1.208;SC=CCCCACTATCCCCATGACCGC;SOR=1.059;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=14;WE=161199441;WS=161199423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr1	161200487	rs4073054	C	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.813;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=348;ReadPosRankSum=-0.744;SC=CTAGACCCCACGATACCTGAA;SOR=0.055;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=20;WE=161200495;WS=161200484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr1	161204906	rs3123553	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.693;NF=4;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=-0.538;SC=ACTCCAGCCTGGGCAACAGAG;SOR=0.603;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=7;WE=161204914;WS=161204896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr1	161276376	rs6685495	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=723;ReadPosRankSum=-1.997;SC=TTCTGCCCACGCTCCCAGAGC;SOR=0.298;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=43;WE=161276384;WS=161276366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr1	161276434	rs6674383	A	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=20;PP=902;SC=CCCCCAACCTATCAGTCCTCC;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=161276442;WS=161276424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	161284297	rs11265589	T	C	3984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,187:0.61:306
chr1	161326722	rs199612101	C	CT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=4.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,19:0.19:98
chr1	161332091	rs34744926	CT	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.307;QD=2.43;ReadPosRankSum=2.279;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr1	161335023	.	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-1.347;SC=ATTCTAACTCCCTTTCTCCCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=161335031;WS=161335013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	161475750	rs10494360	G	A	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=712;ReadPosRankSum=1.767;SC=CCTGCTCGACGTTGATCCACT;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=49;WE=161475758;WS=161475740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,66:0.59:112
chr1	161476204	rs9427397	CA	TG	4363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.151;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-5.716;QD=22.85;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,115:0.60:191
chr1	161476227	rs148868087	C	T	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=4.832;NF=24;NR=21;PP=460;ReadPosRankSum=-1.284;SC=GCCCTGAGAGCGACTCCATTC;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=45;WE=161476235;WS=161476217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,72:0.37:195
chr1	161476533	rs9427399	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TCACCCACCCTCTTTGCTTAG;SOR=2.093;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=18;WE=161476541;WS=161476523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr1	161479599	rs7529425	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=712;ReadPosRankSum=-0.483;SC=TATCATATTTGTGTCTTTCAG;SOR=0.491;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=40;WE=161479607;WS=161479589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr1	161479745	rs1801274	A	G	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.524;NF=40;NR=35;PP=885;ReadPosRankSum=1.968;SC=AAATTCTCCCATTTGGATCCC;SOR=0.684;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=238;TCF=124;TCR=114;TR=75;WE=161479753;WS=161479735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,124:0.30:414
chr1	161480649	rs11810143	A	G	5228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=67;PP=2121;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GCTCTTCACCAATGGGGATCA;SOR=0.651;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=214;TCF=110;TCR=104;TR=144;WE=161480657;WS=161480639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,244:0.72:338
chr1	161495477	rs72633678	A	T	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.017;NF=61;NR=68;PP=2119;ReadPosRankSum=1.127;SC=GGGGCTCCACACGCATCCCCA;SOR=0.745;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=235;TCF=115;TCR=120;TR=129;WE=161495485;WS=161495467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,165:0.52:316
chr1	161495885	rs404508	T	C	4389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.632;NF=69;NR=56;PP=2197;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TAGAGGTGACTTTTGACATTG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=100;TCR=83;TR=125;WE=161495893;WS=161495875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,197:0.67:295
chr1	161518172	rs147342954	C	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=6.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.09;MQRankSum=-0.193;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.187;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
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chr1	161577182	.	T	C	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQRankSum=0.169;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,111:0.22:513
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chr1	161577669	rs61802307	G	A	3437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.027;NF=51;NR=70;PP=2300;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GGCTGAGGATGAGGCCCAGAG;SOR=0.828;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=219;TCF=106;TCR=113;TR=121;WE=161577677;WS=161577647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,149:0.57:260
chr1	161594226	rs61803008	C	T	5323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=47;PP=2965;SC=CTCTTATTACCCCCATGGGAT;SOR=1.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=112;TCR=47;TR=158;WE=161594234;WS=161594216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	161594246	rs61803009	G	T	5951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-1.231;NF=121;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=0.352;SC=TGGGGGTCATGTGTCTTGAGG;SOR=1.265;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=121;TCR=59;TR=180;WE=161594254;WS=161594236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr1	161594525	rs61803010	GT	CG	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=65;PP=2947;SC=TCTTTGACAAGTGCCAACAGG;SOR=3.860;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=77;TCF=8;TCR=69;TR=70;WE=161594534;WS=161594515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	161596283	rs418215	G	A	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=78;PP=2136;SC=AGATCCTGAGGCATAAGGGAA;SOR=3.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=11;TCR=78;TR=89;WE=161596291;WS=161596273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	161599693	rs76714703	T	C	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.26;MQRankSum=-5.752;QD=19.98;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,153:0.85:181
chr1	161600109	rs149686267	C	T	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQRankSum=-1.621;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,107:0.30:359
chr1	161600287	rs143868437	AT	A	1145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.817;NF=2;NR=34;PP=1204;ReadPosRankSum=2.031;SC=CAGGAGCCCAATTTTCCCAAG;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=36;WE=161600295;WS=161600277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr1	161600995	rs34085961	C	T	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=750;ReadPosRankSum=2.180;SC=CCACCCATCTCTGTCACCTGC;SOR=0.629;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=236;TCF=109;TCR=127;TR=73;WE=161601003;WS=161600985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,121:0.29:416
chr1	161601118	rs61803026	G	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=391;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GTGGGTGGGTGTGCCCCCTTT;SOR=0.481;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=6;TCR=54;TR=21;WE=161601126;WS=161601108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr1	161601133	rs61803027	T	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1090;SC=CCCTTTACTCTCCCAAAGGTC;SOR=3.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=161601141;WS=161601123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	161642985	rs182968886	G	A	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQRankSum=6.054;QD=12.95;ReadPosRankSum=1.936;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,92:0.64:144
chr1	161643044	rs74870676	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.124;NF=31;NR=36;PP=1102;ReadPosRankSum=1.592;SC=CCAAGATGTAAGGAGGGGAGA;SOR=0.506;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=67;WE=161643052;WS=161643034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,24:0.24:100
chr1	161645259	rs1674759	T	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GGTCAGCTCTTAGTCTAACTC;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=161645267;WS=161645249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	161676904	rs1340977	T	C	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=88;SC=CAAATCTGAATGATGAAAGCC;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=161676912;WS=161676894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	161676970	rs1340978	A	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=6;PP=170;SC=GAGACAGTTAAATTTACTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=161676978;WS=161676960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	161680258	rs6427618	G	A	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=47;PP=1613;SC=CTGGTTTCCCGTACCAGCAGC;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=89;WE=161680266;WS=161680248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	161683136	rs11746	G	A	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=58;PP=2152;SC=TCTGGCCACCGGAAGCCTGGG;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=106;WE=161683144;WS=161683126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	161695639	rs7520519	G	T	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=26;PP=1570;SC=TGCCCTATGCGCCAGTGTTCG;SOR=1.162;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=79;WE=161695647;WS=161695629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	161696088	rs1417582	T	C	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=80;PP=2965;SC=CCGACGCACATCCTGGCTTCT;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=157;WE=161696096;WS=161696078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	161696782	rs11585450	G	C	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=31;PP=928;SC=TCCCGGGGCCGGGTGAGTGCC;SOR=0.881;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=161696790;WS=161696772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	161696998	rs1875763	C	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=517;ReadPosRankSum=-0.915;SC=CGAGAAGAACCATGCAAGCCG;SOR=0.804;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=24;WE=161697006;WS=161696988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr1	161721351	rs7540096	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	161721707	rs1063178	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=-1.573;SC=CAATGGGATACGAAGTGGATA;SOR=0.610;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=8;WE=161721715;WS=161721697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr1	161722272	rs10917852	C	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=-0.698;SC=ATTTTATATCCTTTGGATATT;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=16;WE=161722280;WS=161722262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr1	161722779	rs35439833	C	CAAA	1328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=36.91;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	161736035	rs2298019	A	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=615;SC=TCGTGCGGCAAAAGTAGTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=161736043;WS=161736025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	161751741	rs1058405	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,25:0.25:100
chr1	161822959	rs2340717	C	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=357;SC=GGTGAAACATCCATTTCTATG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=161822967;WS=161822949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	161823011	rs2257107	T	A	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	161823197	rs3215134	G	GT	3975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=51;PP=2382;SC=TCCCTAGAAGGTTGGTAAACT;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=56;WE=161823205;WS=161823187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	161833233	rs3767632	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TATGTGAGTGGAACAGTCTAA;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=15;WE=161833241;WS=161833223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	161928327	rs9482	A	G	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=44;PP=1394;SC=AAAGTTCGTCAGTTCCTCCTT;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=161928335;WS=161928317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	161954448	rs12726227	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	161967515	rs201490367	CT	C	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.919;NF=8;NR=1;PP=272;ReadPosRankSum=1.499;SC=CCATAAAGAACTTTGACCATC;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=9;WE=161967523;WS=161967505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	161967681	rs2499836	A	G	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=1.445;SC=GTTGTTCCCCACCCAGCAGGA;SOR=0.752;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=33;WE=161967689;WS=161967671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,59:0.34:176
chr1	161976234	rs12022536	A	G	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	161976272	rs34863451	G	GA	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.136;HP=10;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.645;NF=12;NR=25;PP=620;ReadPosRankSum=-0.277;SC=TCCTGAGAAGGAAAAAAAAAA;SOR=1.032;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=37;WE=161976280;WS=161976262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,77:0.85:91
chr1	161990101	.	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=97;ReadPosRankSum=0.485;SC=CTGAACCACAGAGCCAATAGG;SOR=0.122;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=10;WE=161990109;WS=161990091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr1	162127010	.	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.381;SC=TGGCTCCCTTCCTATGTGCTG;SOR=1.438;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=9;WE=162127018;WS=162127000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	162257033	rs10800405	C	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=439;ReadPosRankSum=0.799;SC=TTCCCCACACCTGTCTGGGGA;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=29;WE=162257053;WS=162257023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr1	162302635	rs347306	T	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=13;PP=1064;SC=TTGTGGAATCTGTTGAAAGTG;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=162302643;WS=162302625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	162302689	rs347307	C	T	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=38;PP=1756;SC=AGAAGACTTTCTGTAATAACT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=98;WE=162302697;WS=162302679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	162313570	.	C	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=479;ReadPosRankSum=-1.295;SC=AGTTTCTATCCACATGCCCCT;SOR=0.858;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=37;WE=162313578;WS=162313560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,62:0.34:184
chr1	162313597	rs347278	T	C	5993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=56;PP=2531;SC=TCCTCACCCATCCTGTTCTTC;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=130;WE=162313605;WS=162313587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	162335424	rs1964052	T	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	162344390	rs164159	A	G	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=73;PP=2065;SC=CGTGCTGGGTATCCCCCAAGC;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=109;WE=162344398;WS=162344380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	162345091	rs164181	G	A	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=10;PP=651;SC=TGGTGAGAGCGCTGTGTTCTG;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=162345099;WS=162345081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	162345199	rs164182	T	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=488;ReadPosRankSum=-0.534;SC=AATGTCTGGGTTATAGAAGAA;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=35;WE=162345207;WS=162345189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,71:0.65:110
chr1	162345294	rs3737312	G	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=0.335;SC=GTACTTCAAGGCATCTCAACG;SOR=0.716;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=14;WE=162345302;WS=162345284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr1	162348637	rs164187	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=-0.615;SC=GGGAGCCTGGCGGTTCCAGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=162348645;WS=162348627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	162348662	rs164188	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=248;SC=CACCACTCCTCGTAGCAGGTC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=162348670;WS=162348652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	162352819	rs1123005	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=0.491;SC=GCTAAGGCCTATGTGCCAAAC;SOR=1.314;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=10;WE=162352827;WS=162352809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	162353323	.	C	T	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.582;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=46;PP=1482;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GGGCCTCCTCCCCCAGCCTTA;SOR=0.656;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=184;TCF=94;TCR=90;TR=103;WE=162353331;WS=162353313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,186:0.61:305
chr1	162367235	rs164124	G	A	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.700;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.09;MQRankSum=0.183;NF=29;NR=70;PP=2030;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CCTGAAAGTTGTATCTTTAAA;SOR=1.424;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=99;WE=162367243;WS=162367225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr1	162557578	rs41271987	C	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=396;SC=TCCTGAGGATCACTTATCAAA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=162557586;WS=162557568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	162558705	rs12022205	C	T	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=13;PP=334;SC=AAACTGTTTTCAGGAAACATT;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=162558713;WS=162558695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	162560360	.	TTC	T	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,19:0.20:96
chr1	162562526	rs41271989	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-1.616;SC=ACATAGCAGTGCTACAAATGG;SOR=0.811;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=18;WE=162562534;WS=162562516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr1	162722846	rs1632311	C	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=608;SC=AAAAATAAAACCATGTCCTCT;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=162722854;WS=162722836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	162725655	rs1115570	A	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	162740327	rs1780003	T	C	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=118;PP=2965;SC=GTGGGCAGGGTGTCAAGGGAG;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=83;TCR=119;TR=201;WE=162740335;WS=162740317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	162742180	rs1704762	T	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=455;SC=CCTCTGGATTTCAGTATTGGG;SOR=2.215;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=162742188;WS=162742170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	162743418	rs1355287	G	T	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=22;PP=669;SC=TTTTCCTTTAGGTATTTCATC;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=162743426;WS=162743408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	162745609	.	C	T	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1267;ReadPosRankSum=0.004;SC=CCTAATTCTTCCTCCAGCGAT;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=65;TCR=83;TR=87;WE=162745617;WS=162745599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,151:0.62:243
chr1	162748588	rs907074	C	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=502;SC=GCAAGTCCTGCCTTAGCAGGA;SOR=3.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=21;WE=162748596;WS=162748578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	162754049	rs11338	G	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=7;PP=344;SC=TTCCAAGGAAGTATGCTGAAA;SOR=1.148;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=21;WE=162754057;WS=162754039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	162754244	rs61812969	T	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.93;QD=31.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	162760551	rs1704754	C	T	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.53;QD=44.50;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	162760554	rs71519246	T	C	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.64;QD=43.44;SOR=1.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	162765475	rs2684884	G	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.37;QD=25.37;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	162766476	rs1780019	C	T	7625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=130;PP=2965;SC=AGGTAATTTTCGTTTTATGGA;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=80;TCR=130;TR=210;WE=162766484;WS=162766466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	162822771	rs2684878	A	C	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	162825626	.	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=1.561;SC=CCCCCAGTACCTTAGGGTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=10;WE=162825634;WS=162825616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	163038613	rs7515900	C	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=404;SC=CCAGCTATTTCTCTCCACCTT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=19;WE=163038621;WS=163038603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	163038853	rs10917671	G	A	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=24;PP=634;SC=TTTTTTACAGGCATATGAATA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=163038861;WS=163038843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	163042563	.	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=516;ReadPosRankSum=-0.068;SC=CCATGGCATTCCAATTATTCT;SOR=0.950;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=31;WE=163042571;WS=163042553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr1	163137907	rs16850057	T	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=350;ReadPosRankSum=0.686;SC=AGAGCTTCTTTGCAAACCAAC;SOR=0.223;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=27;WE=163137915;WS=163137897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr1	163142537	rs10917691	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-0.232;SC=GGAGTTCATTGTTCAGGGAAT;SOR=0.105;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=163142545;WS=163142527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	163142555	rs12035879	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	163187232	rs56177331	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=179;ReadPosRankSum=-0.464;SC=ATTGGCATCCTTCCACAAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=12;WE=163187240;WS=163187222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	163187263	rs2814368	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=5;PP=398;SC=AGTCTTTCCTGTAAATTATAA;SOR=1.688;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=163187271;WS=163187253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	163187417	.	A	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=299;ReadPosRankSum=1.692;SC=TTGTTTTGTCAGACACTTCTT;SOR=0.749;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=27;WE=163187425;WS=163187407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,49:0.34:145
chr1	163297896	rs41272017	G	A	176.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=89;SC=ATTTATACTAGGATATGTATT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=163297904;WS=163297886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	163307944	rs2175015	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=262;SC=GAATTGTAAGTAGTATTTTAC;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=163307952;WS=163307934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	163309219	rs1509022	A	T	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=43;PP=1490;SC=TTTCAGATGGAATTCAGGAGC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=93;WE=163309227;WS=163309209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	163309302	rs2999852	C	T	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=44;PP=1177;SC=CTTTAAAAAACAAAATTTGTT;SOR=1.099;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=163309310;WS=163309292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	163315350	rs10753611	G	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=300;SC=TAATTGTTCCGTGCTCTTAAG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=163315358;WS=163315340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	163318934	rs17358956	A	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=174;SC=TTGTTAACTGAAACAAAACAG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=163318942;WS=163318924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	164559536	rs1780335	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=1.502;SC=AAAGGGGAACACTTTCTTGAT;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=11;WE=164559544;WS=164559526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr1	164789444	rs1538488	A	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=26;PP=725;SC=CCAATATGTCACCAGGTGAAT;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=164789452;WS=164789434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	164789493	.	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=0.910;SC=ATTGGACTTCCTGCTTCTGTC;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=164789501;WS=164789483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	164815937	rs142359401	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr1	164853647	rs56025812	G	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=0.362;SC=TTGAGATCTTGCCAGAGGGTG;SOR=0.454;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=6;WE=164853655;WS=164853637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	165173216	rs1354509	A	G	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=34;PP=964;SC=CTAGGAAACAATCACCCAGGT;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=165173224;WS=165173206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	165175374	rs4656435	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=0.458;SC=GGGATGAGGTGACATCAGTGG;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=165175382;WS=165175364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	165180089	rs1532815	T	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=40;ReadPosRankSum=0.801;SC=TATATAATACTTGAGGAGGCC;SOR=0.280;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=4;WE=165180097;WS=165180079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	165218679	rs9970062	C	T	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1280;ReadPosRankSum=-2.026;SC=CCAGGCTGAGCAGCTCCCGCT;SOR=0.755;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=90;WE=165218687;WS=165218669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,159:0.56:286
chr1	165218792	rs10753668	G	A	3069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=53;PP=1371;ReadPosRankSum=-1.070;SC=AAGCAGCTCAGGTGGTATACA;SOR=0.617;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=235;TCF=121;TCR=114;TR=103;WE=165218800;WS=165218782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,167:0.43:391
chr1	165370367	rs3215856	T	TA	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=126;ReadPosRankSum=1.375;SC=TAGAAAGGTTTTCTTTATTAT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=165370375;WS=165370357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	165375895	rs283697	A	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=222;SC=CCGCTAGCCCAATGGAATTAA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=165375903;WS=165375885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	165375990	.	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=278;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TAGGGGCTCAGTAGATGAAGA;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=15;WE=165375998;WS=165375980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr1	165376043	rs283696	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=18;PP=593;SC=GCCAGCACTGTCTCACCTGCC;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=165376051;WS=165376033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	165376227	rs111545739	C	CCG	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.06;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	165376231	.	CTG	C	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.06;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	165377389	rs283692	T	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=4;PP=492;SC=GGAGGACCAATAACATGGGAG;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=165377397;WS=165377379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	165378729	rs66800417	TACACACAC	TACAC,T	3490.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=17,17;NR=23,23;PP=1594,150;SC=CACATGTGTATACACACACAC;SOR=1.091;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=40,40;WE=165378744;WS=165378719;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:85
chr1	165386567	rs2281986	C	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=403;SC=ATCACTTGGGCATTGGGACAG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=165386575;WS=165386557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr1	165406243	rs77182452	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=0.378;SC=TAATGAATATCTTGGAGTGTT;SOR=1.371;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=165406251;WS=165406233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	165406313	rs77875554	T	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
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chr1	165513456	rs285445	A	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.24;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	165513463	rs285444	C	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	165601365	rs4147596	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=116;ReadPosRankSum=-1.778;SC=AGCTACATAATAGCGTCGGGG;SOR=0.509;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=10;WE=165601373;WS=165601355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr1	165601466	rs9333378	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.878;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=0.646;SC=TTCCTTCCCTGGGGACAGGAG;SOR=0.806;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=8;WE=165601474;WS=165601456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr1	165601566	rs9333379	T	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=0.707;SC=GATTTTAGATTGCTGGTGGGT;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=16;WE=165601574;WS=165601556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr1	165621129	rs33995347	C	CAAAAAAAA	195.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.91;QD=32.63;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	165621322	rs77176546	TATTATC	T	1337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=786;ReadPosRankSum=1.280;SC=TTCACTGAGCTATTATCAGGG;SOR=0.797;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=15;WE=165621335;WS=165621312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr1	165624799	rs8133	G	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=337;SC=TTTATTTCCAGTTACATTTTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=165624807;WS=165624789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	165630475	rs7544840	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=6;PP=438;SC=TGAAAAGATACATAATTTTAT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=165630483;WS=165630465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	165630495	rs7511691	T	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=592;SC=TATATAGGCATAAAATATCAC;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=165630503;WS=165630485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	165630698	rs6667681	A	G	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	165634425	rs3820362	C	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=34;PP=956;SC=ACTACTTTAACAGGAAAAGTT;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=52;WE=165634433;WS=165634415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	165636749	rs2176151	A	G	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=45;PP=1220;SC=CACCACCCCCAGCTAATTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=165636757;WS=165636739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	165648559	rs4646897	T	G	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=596;SC=GAATTCTTTGTACTATTTGTG;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=165648567;WS=165648549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	165648886	rs4646896	G	A	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.48;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	165648894	rs4646895	C	G	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.57;SOR=2.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	165651153	rs2882006	T	A	156.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=152;SC=TGTACAACCTTAACTATAAGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=165651161;WS=165651152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	165651502	rs1913844	G	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=384;SC=AGGAGTAAAGGAGGATGCAGG;SOR=2.124;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=165651510;WS=165651492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	165652273	rs1143659	A	G	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	165652445	rs4233407	A	G	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=39;PP=1063;SC=TTTAAAACTAAAAATAGCTTT;SOR=2.507;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=165652453;WS=165652435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	165721223	rs7512095	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=-1.599;SC=CTTGCAACTTTTCTTTAAGTT;SOR=2.066;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=165721231;WS=165721213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	165727274	rs71678704	CTCT	C	6199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.455;NF=17;NR=49;PP=2788;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TGTCTGCATTCTCTTCTTCAT;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=27;TCR=78;TR=66;WE=165727284;WS=165727264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,156:0.66:237
chr1	165737704	rs2790053	C	G	5911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=17.252;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.56;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,258:0.98:262
chr1	165738120	.	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.773;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr1	165859630	rs477033	C	G	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	165860646	.	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.236;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=214;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CCTTACCTCTCGCACTTCAGA;SOR=1.264;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=16;WE=165860654;WS=165860636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr1	166029970	rs4353067	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=-0.346;SC=TGTCATTCCCTAAAAGCAGAT;SOR=1.024;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=22;WE=166029978;WS=166029960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr1	166124134	rs896402	A	G	6751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=77;PP=2463;SC=TGTAAGTTAAAAATGATTCTG;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=136;WE=166124142;WS=166124124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	166590216	rs201048876	C	T	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=47;PP=956;ReadPosRankSum=1.521;SC=GAATTACATTCGTTTTAAGGT;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=71;TCR=117;TR=75;WE=166590224;WS=166590206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,93:0.37:252
chr1	166591043	rs530513	T	C	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=6;PP=737;SC=TACTCAGACTTATGGGGTTTT;SOR=2.147;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=166591051;WS=166591033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	166591060	.	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=482;ReadPosRankSum=0.951;SC=TTTTGGGGAGGAGGGATTAAA;SOR=1.017;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=31;WE=166591068;WS=166591050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr1	166591271	rs17472444	T	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=848;ReadPosRankSum=1.124;SC=CCTTCCCAGGTATGTCGCTAA;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=46;WE=166591279;WS=166591261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr1	166818566	rs2075946	A	G	3525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=59;PP=1657;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TGCGGCGGGCATTCCGAGGCC;SOR=0.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=117;TCR=108;TR=122;WE=166818574;WS=166818556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,174:0.56:310
chr1	166826773	rs6675153	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=15.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	166827602	rs10800270	A	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=300;ReadPosRankSum=-1.176;SC=AATCTTATTTAAAAAATCTTT;SOR=1.447;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=19;WE=166827610;WS=166827592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr1	166827674	rs6691431	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=1.105;SC=GTAATTTTAATTTTTAAAGGC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=166827682;WS=166827664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	166831404	rs2075947	A	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=139;ReadPosRankSum=0.637;SC=TATCACATTCAACCTGTAAGA;SOR=0.260;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=166831412;WS=166831394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	166831703	rs35181816	C	CA	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=243;ReadPosRankSum=-1.336;SC=AAACAAGACACAAAGTAAACT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=166831711;WS=166831693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	166833199	rs2272793	C	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=322;ReadPosRankSum=-1.505;SC=AAAATAATGACAACTGATAAC;SOR=0.678;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=35;WE=166833207;WS=166833189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr1	166838513	.	TAA	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr1	166838866	rs71253526	A	AATTTT	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.839;NF=12;NR=5;PP=793;ReadPosRankSum=0.292;SC=CTTTATACTTAAAGTATCCAC;SOR=1.002;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=17;WE=166838874;WS=166838856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr1	166839174	rs4657609	G	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=487;ReadPosRankSum=0.130;SC=TTAAAGAGACGGGGTTTTTTA;SOR=0.520;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=28;WE=166839182;WS=166839164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr1	166890656	.	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=347;ReadPosRankSum=1.594;SC=GCCGGTCCCTCCCTGGAGCTC;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=28;WE=166890664;WS=166890646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr1	166890683	.	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.767;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.145;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=255;ReadPosRankSum=1.176;SC=GGGCTCCCAAGAGCACCCATC;SOR=0.260;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=22;WE=166890691;WS=166890673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr1	166896397	.	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=292;ReadPosRankSum=-0.440;SC=TTGTCAGCCTGGATCCGGTAA;SOR=1.224;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=23;WE=166896405;WS=166896387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,39:0.31:126
chr1	166944256	rs59211434	TTC	T	256.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=32.06;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,8:1.00:8
chr1	166944273	rs12116418	T	A	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=4;PP=161;ReadPosRankSum=2.638;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=11;WE=166944281;WS=166944263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr1	166958601	rs2296837	T	C	6223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=56;PP=2319;SC=TGCCGAACCGTAAGGCCAGCC;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=62;TCR=56;TR=118;WE=166958609;WS=166958591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	166958710	rs11578336	T	G	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=56;PP=1691;SC=TTACTGCTCCTCAGACTGGGC;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=85;WE=166958718;WS=166958700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	166958937	rs41269702	G	T	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=7;PP=455;SC=GGATCCTCACGGCTGTTTCTC;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=166958945;WS=166958927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	166961857	rs7511933	G	A	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=5;PP=796;SC=CAACTAAAGAGGCTTTTGTGG;SOR=3.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=33;WE=166961865;WS=166961847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	166962119	.	G	GT	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr1	166963101	.	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr1	166963234	rs3736988	T	C	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=16;PP=611;SC=TTTAAAATTTTTGCTTCTCAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=166963242;WS=166963224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	166974420	rs1041238	T	C	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=32;PP=1201;SC=ATATCTGTATTTGTTTCCACT;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=166974428;WS=166974410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	167042762	rs2274531	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=384;ReadPosRankSum=0.280;SC=GAGATGGCATCGACGGTCACC;SOR=0.880;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=30;WE=167042770;WS=167042752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr1	167059336	rs2281964	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=283;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGCACTGGTCCGGAATGTGTA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=15;WE=167059344;WS=167059334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr1	167059462	rs2281963	G	C	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=981;ReadPosRankSum=0.982;SC=GGGCACTGGAGAGAAAAGGGG;SOR=0.810;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=201;TCF=114;TCR=87;TR=76;WE=167059470;WS=167059452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,126:0.38:330
chr1	167059575	rs28384507	G	T	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,120:0.38:312
chr1	167082869	rs12122365	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=505;ReadPosRankSum=3.349;SC=TAAAATCAAAGCCAGGTTTCT;SOR=0.551;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=149;TCF=100;TCR=49;TR=47;WE=167082877;WS=167082859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,51:0.26:199
chr1	167094908	rs12118751	G	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.776;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr1	167095594	.	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.907;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=0.602;SC=GAAGGGTACCGGAGGTGGGGA;SOR=0.976;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=11;WE=167095602;WS=167095584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr1	167096931	rs267746	A	C	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=642;ReadPosRankSum=1.407;SC=GTCTGAGTACAAAATGGAAAA;SOR=0.512;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=44;WE=167096939;WS=167096921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,62:0.44:140
chr1	167097945	rs267747	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=2.004;QD=1.93;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr1	167353258	rs35617253	AT	A	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.402;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr1	167367193	rs7524019	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=333;ReadPosRankSum=0.445;SC=TCACTGTGCTCAGCTAATTTT;SOR=0.535;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=28;WE=167367201;WS=167367183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,39:0.40:97
chr1	167381047	.	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=-0.532;SC=AGTTAATTTCCATAAAAGCAC;SOR=0.252;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=14;WE=167381055;WS=167381037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr1	167382374	rs10753757	A	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr1	167382399	rs67647055	AGTGT	A	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	167385178	rs35216157	G	GA	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr1	167385324	rs34032944	TA	T	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	167385372	rs114427946	A	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=43;ReadPosRankSum=-0.343;SC=ACAAACAAAAATAAGTGAAAG;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=5;WE=167385380;WS=167385362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	167403188	rs35674953	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=323;ReadPosRankSum=0.328;SC=TGGGAAAGGAGGCCTGCAGCA;SOR=0.232;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=25;WE=167403196;WS=167403178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr1	167403504	rs952962	A	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=29;PP=808;SC=CACCCCCCTCATCCTCAGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=167403512;WS=167403494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	167404078	rs3108156	G	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	167404179	rs61806155	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=1.848;QD=2.66;ReadPosRankSum=2.611;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,18:0.23:78
chr1	167404196	.	TTCCTCCGGAGCCC	T	167	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=23;MQ=45.23;NF=1;NR=5;PP=167;QD=32.0;SC=CCTCCAGCCCTTCCTCCGGAG;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=6;WE=167404216;WS=167404186;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,6:0.22:27
chr1	167407861	rs34940956	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=0.030;SC=AAACATCGTACTCCTCTCTTC;SOR=0.734;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=29;WE=167407869;WS=167407851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,38:0.32:117
chr1	167408670	rs840016	C	T	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=774;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CGTTACTGCTCCGCGAGGGCG;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=46;WE=167408678;WS=167408660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,70:0.60:116
chr1	167487586	rs35864197	C	G	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=817;ReadPosRankSum=0.908;SC=CACACCCACTCCCCTACACAT;SOR=0.780;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=47;WE=167487594;WS=167487576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,83:0.58:143
chr1	167487797	.	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr1	167515272	rs7513428	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr1	167523029	rs12025624	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	167667147	.	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=0.746;SC=TGTCACATGTCCTGTTCCGTA;SOR=0.255;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=9;WE=167667155;WS=167667137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr1	167802496	.	C	CA	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.093;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=0.692;SC=GGATTCTTATCAAAAAAGGTA;SOR=0.089;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=4;WE=167802504;WS=167802486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	167817639	rs203795	A	G	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=884;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TCAGTCTGACACCACTTGTGA;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=64;WE=167817647;WS=167817629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,97:0.64:151
chr1	167870875	.	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,33:0.31:105
chr1	167871297	rs71735758	GA	G	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=1.065;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr1	167873320	rs11352990	CT	C	53.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr1	167906239	rs203788	A	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	167971979	rs436256	GC	TG	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=171;SC=GTGGAATGGCGCAGTCACTGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=167971988;WS=167971969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	168014331	.	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=425;ReadPosRankSum=0.702;SC=AGCCTCAGTTCCAAACAGAAG;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=33;WE=168014339;WS=168014321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,58:0.41:142
chr1	168035104	rs380095	G	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	168106716	rs6664903	T	C	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=69;PP=1978;SC=AGTGAATTCGTCCCGAAGCCA;SOR=1.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=101;WE=168106724;WS=168106706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	168153090	rs2038035	A	T	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=11;PP=1038;SC=AGAAACAAAAATGCCAACAGC;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=168153098;WS=168153080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	168153370	rs2038034	A	G	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=41;PP=1271;SC=AGGTTAAACAAAAGAGAAAAG;SOR=1.525;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=57;WE=168153378;WS=168153360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	168165767	rs35234155	CT	C	658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=-1.660;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,47:0.89:53
chr1	168262522	.	AGT	A	189	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.394;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr1	168274201	rs4656579	G	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=493;SC=TTTGGTGTGGGAGTTCACAGA;SOR=1.483;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=168274209;WS=168274191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	168278264	rs1883148	G	A	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=29;PP=891;SC=TGGCAACAGGGTGGAGTTCTT;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=168278272;WS=168278254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	168545949	rs34933908	G	A	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.561;NF=30;NR=34;PP=834;ReadPosRankSum=-0.770;SC=AAGTGGAGAAGCTGTCTGTGA;SOR=0.641;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=64;WE=168545957;WS=168545939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,109:0.55:200
chr1	168549422	rs6427130	C	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.554;NF=11;NR=18;PP=382;ReadPosRankSum=0.935;SC=TAATGTGAGTCTGCCTCCTCA;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=29;WE=168549430;WS=168549412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr1	168550512	rs200980747	G	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQRankSum=-7.561;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.482;SOR=1.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr1	168550535	rs79981832	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.043;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.943;NF=5;NR=19;PP=353;ReadPosRankSum=0.940;SC=GTTTATACTCACCTTTTATGA;SOR=0.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=24;WE=168550543;WS=168550525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr1	168670146	.	GGT	G	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=10.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=2.159;SOR=0.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr1	168698173	rs1052591	C	T	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=58;PP=2595;SC=GGCTCTGTGGCGTGGGCATGC;SOR=0.956;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=142;WE=168698181;WS=168698163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	169076212	rs1200128	G	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=9;PP=211;SC=GATCTTTCCCGGGCGGCGCAT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=169076220;WS=169076202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	169079805	.	CTT	C	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr1	169080837	rs1200138	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=466;ReadPosRankSum=0.613;SC=ATAATGTAGTCTTAAAGCAAC;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=26;WE=169080845;WS=169080827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr1	169094100	rs968304	T	A	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=677;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CCTACTAATGTTTTTCTCTCT;SOR=0.615;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=45;WE=169094108;WS=169094090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,69:0.60:115
chr1	169099061	rs1200157	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TTTCATTTCAGCAAAATCACA;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=169099069;WS=169099051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	169102223	rs61803315	G	C	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=659;ReadPosRankSum=0.212;SC=GCTCCAGTTTGAAGTTCCATT;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=39;WE=169102231;WS=169102213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr1	169138027	rs10919082	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-1.212;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr1	169138307	rs4656656	C	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr1	169138318	rs4656657	T	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=443;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CAGAAAAAAATATCTAAATTC;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=13;WE=169138326;WS=169138297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr1	169138868	rs3737681	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=2.112;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=403;ReadPosRankSum=0.961;SC=CTATATGAAACGCTAACTTAT;SOR=1.542;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=23;WE=169138876;WS=169138858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr1	169159866	rs7526721	G	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.644;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr1	169200111	rs10800420	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.617;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=-0.624;SC=TTAACTCTCCCCTTTTAATTG;SOR=1.278;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=20;WE=169200119;WS=169200101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr1	169216366	rs35977750	TCA	T	2032.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=979;ReadPosRankSum=0.518;SC=TGAAATAAGATCACAGTTTTA;SOR=0.476;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=24;WE=169216375;WS=169216356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr1	169216412	rs2040445	C	G	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=28;PP=799;SC=AAATAAAGTACGGTACTGAGT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=41;WE=169216420;WS=169216402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	169256501	rs4589164	C	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=645;ReadPosRankSum=0.165;SC=CATTGCTCTCCTATTAACAAA;SOR=1.121;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=46;WE=169256509;WS=169256491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,70:0.56:126
chr1	169272299	rs10919130	A	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=324;ReadPosRankSum=-2.517;SC=ATTATTCTCAAGTAATAAATT;SOR=1.093;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=22;WE=169272307;WS=169272289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr1	169272451	rs10800427	A	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.07;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	169272451	.	AGG	TGA	710	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=5;NR=12;PP=710;QD=44.9098749919;SC=ATAATCAAAAAGGCAATAGTT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=17;WE=169272461;WS=169272441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr1	169272453	rs10800428	G	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.73;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	169279196	rs34054662	T	TA	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=-1.741;SC=CTGAAAATGATAAAAAAATTA;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=6;WE=169279204;WS=169279186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr1	169293721	rs1140523	G	A	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=710;ReadPosRankSum=-0.467;SC=CAATGAAAACGAATCTTTCAC;SOR=0.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=47;WE=169293729;WS=169293711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,80:0.61:132
chr1	169345704	rs12563090	G	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=622;ReadPosRankSum=1.179;SC=TTGAATATAGGGTATAGCATG;SOR=0.552;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=40;WE=169345712;WS=169345694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr1	169349608	rs3830533	C	CTA	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.674;NF=6;NR=1;PP=272;ReadPosRankSum=-1.040;SC=AGTAACTATACTGTTAAATCT;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=169349616;WS=169349600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	169351596	rs3905328	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=156;ReadPosRankSum=-1.802;SC=CATGGAAAGCATTTGGCATTA;SOR=1.569;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=13;WE=169351604;WS=169351586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	169366492	.	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-0.163;SC=AGGCCCTTTCCCGGCCTTCTG;SOR=0.569;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=19;WE=169366500;WS=169366482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr1	169390957	rs35107735	A	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=277;ReadPosRankSum=0.444;SC=GGAGGCAAAAACCCCTGACTG;SOR=0.269;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=16;WE=169390965;WS=169390947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr1	169391154	rs3820059	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.042;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=423;ReadPosRankSum=0.287;SC=ATAATTTTTAAAAGTAGTAGT;SOR=0.826;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=22;WE=169391162;WS=169391144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr1	169394075	.	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=-0.556;SC=TCACTTTTTTCATTTTCATTA;SOR=0.973;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=14;WE=169394083;WS=169394065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr1	169394226	rs10919168	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=1.280;SC=TGTTATGCCCACTCTAGAGGA;SOR=0.334;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=16;WE=169394234;WS=169394216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr1	169435027	rs2678166	C	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=6;PP=1291;SC=AAAAATCAAACACATCCAGGC;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=54;WE=169435035;WS=169435017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	169483561	rs6027	T	C	3275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=51;PP=1477;ReadPosRankSum=0.781;SC=CTAGTAAATATCACAGCCAAA;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=171;TCF=87;TCR=84;TR=106;WE=169483569;WS=169483551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,158:0.60:265
chr1	169483762	rs2227243	T	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=298;ReadPosRankSum=0.746;SC=TTGTTTTTGTTTTTTTTTAGA;SOR=0.487;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=22;WE=169483770;WS=169483752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr1	169484552	rs3820060	T	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=383;ReadPosRankSum=0.042;SC=CCAGGCACCTTAAGAACTAAG;SOR=0.240;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=26;WE=169484560;WS=169484542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr1	169487821	rs6013	G	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=396;ReadPosRankSum=-0.461;SC=GAAAAGTAACGTGATTAATTA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=31;WE=169487829;WS=169487811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,56:0.66:85
chr1	169493895	rs9332639	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=-0.363;SC=AGCTCCTACCATAGTGTTCCT;SOR=0.073;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=169493903;WS=169493885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	169493953	rs12131397	A	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=332;ReadPosRankSum=0.070;SC=ACTACATTGTAGTAGAGAAAA;SOR=0.650;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=22;WE=169493961;WS=169493943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr1	169494196	rs2301515	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.374;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=0.361;SC=AAAATATATACAATAAAGTAA;SOR=0.287;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=30;WE=169494204;WS=169494186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr1	169498834	rs6009	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=8;PP=801;SC=GATCAAAGTCTGAGGAAAATA;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=169498842;WS=169498824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	169498975	rs6030	T	C	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.054;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=35;PP=1344;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CTCATGTCCATAGGCATGTTG;SOR=0.770;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=82;WE=169498983;WS=169498965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,119:0.68:176
chr1	169499190	rs2157581	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=175;ReadPosRankSum=-1.041;SC=AATGAATGGCATAATAAGCCT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=13;WE=169499198;WS=169499180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr1	169500257	.	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=0.546;SC=TTTTTAAAACGAACCTAGGAA;SOR=0.638;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=22;WE=169500265;WS=169500247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr1	169509483	rs9332609	T	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=562;ReadPosRankSum=0.394;SC=GCTACTTTTTTCAGCAGTAAT;SOR=0.614;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=30;WE=169509491;WS=169509473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr1	169510233	rs9332607	G	A	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.320;NF=28;NR=24;PP=620;ReadPosRankSum=0.637;SC=CTAGAGAAAGGGTTGTATGGC;SOR=0.535;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=84;TCR=68;TR=52;WE=169510241;WS=169510223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,77:0.39:196
chr1	169510348	rs1800595	T	C	3668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=0.409;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,181:0.69:264
chr1	169510524	rs1800594	A	G	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.653;NF=53;NR=50;PP=1634;ReadPosRankSum=0.359;SC=CGAGGGCTGGAGAAAGGTTTG;SOR=0.703;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=80;TCR=79;TR=103;WE=169510532;WS=169510514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,165:0.68:244
chr1	169511878	rs6018	T	G	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1147;ReadPosRankSum=0.014;SC=GAGAACTGAGTTCTTGCCAAT;SOR=0.670;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=80;WE=169511886;WS=169511868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,103:0.71:145
chr1	169512039	rs6024	T	C	4110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=44;PP=1849;ReadPosRankSum=-0.434;SC=AAGAAACGAATTCAGTGCCAT;SOR=0.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=126;TCR=78;TR=119;WE=169512047;WS=169512029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,195:0.62:316
chr1	169513583	rs6037	G	T	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=639;ReadPosRankSum=2.199;SC=TGGGGAAGAGGGTCAAGGTGT;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=41;WE=169513591;WS=169513573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,57:0.53:108
chr1	169515726	rs6036	C	T	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=36;PP=1309;ReadPosRankSum=0.159;SC=CACGTTTCACCTCATCAGGAT;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=87;WE=169515734;WS=169515716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,153:0.57:267
chr1	169519049	rs6025	T	C	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	169519894	rs6015	G	A	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,84:0.53:158
chr1	169521853	rs6033	A	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=185;ReadPosRankSum=0.580;SC=ATCTTCTTTCATATTGGGATT;SOR=0.340;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=17;WE=169521861;WS=169521843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr1	169560727	rs35706397	T	TA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.582;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.857;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr1	169572545	rs60786797	C	CTGTGTG,CTGTG	100.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0,0;NR=7,7;PP=107,73;ReadPosRankSum=0.952;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=7,7;WE=169572553;WS=169572535;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.56:9
chr1	169580710	.	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr1	169580717	rs3917731	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr1	169580718	.	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr1	169580862	.	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.581;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,34:0.29:117
chr1	169580972	rs3917730	C	CAT	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.752;NF=0;NR=8;PP=256;ReadPosRankSum=-0.671;SC=AAAAGCCACACAGAGAGCAAT;SOR=0.458;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=8;WE=169580980;WS=169580962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr1	169582079	rs3917723	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	169583054	.	A	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=-0.949;SC=ACAAGAGGGAAGCACAGTATC;SOR=0.892;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=7;WE=169583062;WS=169583044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr1	169599254	rs732314	T	C	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,83:0.41:201
chr1	169660781	rs12938	A	G	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=386;ReadPosRankSum=-0.409;SC=ACTGTTGGTCAGGTAGAAATC;SOR=0.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=33;WE=169660789;WS=169660771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr1	169665551	rs4987358	G	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.045;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=217;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CTGGTCATTTGGATGAGGACC;SOR=1.041;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=18;WE=169665559;WS=169665541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr1	169665632	rs2223286	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-0.895;SC=AAGTAGAGAATGAATCAGCAG;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=20;WE=169665640;WS=169665622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,36:0.36:99
chr1	169672595	.	G	GA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.336;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	169673605	.	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.698;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=-1.742;SC=ACAAAGTTAGGTTAAATTAGG;SOR=0.096;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=7;WE=169673613;WS=169673595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr1	169676486	rs1131498	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=277;ReadPosRankSum=1.729;SC=GACTTACCAAACTGACACTGG;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=24;WE=169676494;WS=169676476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr1	169679553	rs4987280	C	T	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=521;ReadPosRankSum=-2.125;SC=ATAGACTTAGCGATATATAAA;SOR=0.803;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=41;WE=169679561;WS=169679543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,65:0.38:169
chr1	169697523	.	A	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.126;SC=ACAAATGGGAAGATGGCTGTG;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=169697531;WS=169697513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	169698252	.	G	GT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-1.869;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr1	169698825	rs1534904	T	G	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=1.345;SC=CTGAGGATTTTAAAGAGCACC;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=34;WE=169698833;WS=169698815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,64:0.36:176
chr1	169698921	rs2076059	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
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chr1	169764150	rs41314641	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=251;ReadPosRankSum=-0.228;SC=ATGGTTTTGGAGCCGGCGGAG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=20;WE=169764158;WS=169764140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr1	169768033	rs6680938	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=1.653;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	169768080	rs6668114	C	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.806;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr1	169768261	.	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=1.562;SC=TGAACAAATTCATTCAAATTC;SOR=0.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=11;WE=169768269;WS=169768251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr1	169795214	rs57068023	CT	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.281;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.396;SC=TTTAAAACAACTTTTTTTTTC;SOR=0.859;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=169795222;WS=169795204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	169819605	rs6664099	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=0.569;SC=TGCTGAGCACAGTGCTGACGA;SOR=0.297;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=6;WE=169819613;WS=169819595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr1	169823660	rs1062976	C	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=-1.676;SC=CTTGTGATGACACTTTTGGCG;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=47;WE=169823668;WS=169823650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,69:0.30:227
chr1	169823718	rs4656197	T	C	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,74:0.35:214
chr1	169831690	rs5778632	CTCTT	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=-0.511;SC=ACCTCCAAAACTCTTTCTTTC;SOR=1.051;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=4;WE=169831701;WS=169831680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	169831993	rs7525259	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TTTCAGTGAAAAGTATTAAGC;SOR=1.034;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=169832001;WS=169831983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	169838278	rs17603022	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=137;ReadPosRankSum=-1.302;SC=ACCTGTAAAAGCCCAAACAAA;SOR=0.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=13;WE=169838286;WS=169838268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr1	169890933	rs518928	A	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=408;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CTAAAAAAGAAAAAAAAGAAT;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=31;WE=169890941;WS=169890923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,44:0.34:129
chr1	169891056	rs3838393	CT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	169941761	rs511443	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	169951748	rs638486	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=0.191;SC=TTTTCCTAACATAATAATAGT;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=169951756;WS=169951738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	169952385	rs2057249	G	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=159;ReadPosRankSum=0.886;SC=CAGTCTATTTGAATAGAAAGC;SOR=3.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=11;WE=169952393;WS=169952375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr1	169993762	rs16862956	A	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.78;ReadPosRankSum=2.534;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr1	170004508	rs12750962	A	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=184;SC=AACTGAGAGAACAAGTGATCT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=170004516;WS=170004498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	170007355	rs12120229	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	170043389	rs12141428	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=373;ReadPosRankSum=0.564;SC=GTCAAAGGACTTTGAAACCCC;SOR=0.346;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=20;WE=170043397;WS=170043379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	170129650	.	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.450;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr1	170135608	rs61825691	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=266;ReadPosRankSum=0.601;SC=AAGGATGGGTCTCTGTACTTG;SOR=0.468;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=18;WE=170135616;WS=170135598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr1	170135669	rs6427234	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=194;ReadPosRankSum=1.686;SC=GAACAGACTGCGCCTTGGACT;SOR=0.739;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=15;WE=170135677;WS=170135659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr1	170135760	rs6427235	T	C	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,40:0.26:151
chr1	170135765	rs6669514	T	C	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,43:0.27:159
chr1	170501385	rs7531125	A	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=11;PP=406;SC=GTTGGGCAGGATTCTCTGAGG;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=170501393;WS=170501375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	170501456	rs11578119	C	T	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	170502517	rs1412892	A	G	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=81;SC=AGGCTAAGCTATGTAGTTAAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=170502525;WS=170502507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	170633186	rs11286665	AT	A	511.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.548;NF=5;NR=6;PP=136;ReadPosRankSum=1.497;SC=CTCTTTTCCAATTTTTTTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=11;WE=170633194;WS=170633177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr1	170927570	rs374865486	CT	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr1	170928516	.	AAAAT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=0.051;SC=ACTCTGTCTCAAAATAAATAA;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=2;WE=170928527;WS=170928506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,3:0.14:22
chr1	170959193	.	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=438;ReadPosRankSum=0.301;SC=TGTTCACAGGCTGCACTGTCA;SOR=0.605;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=40;WE=170959201;WS=170959183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,52:0.36:146
chr1	170965492	.	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	170965633	.	CT	TA	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.220;SC=ACTTTGCTCTCTTTTGGGGCT;SOR=0.599;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=44;WE=170965642;WS=170965623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,68:0.30:228
chr1	170993444	.	GGT	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.541;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr1	170994586	.	C	T	116.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GTTCTCAATTCCTAACTTGTC;SOR=0.527;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=170994594;WS=170994576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr1	171061990	rs2064074	A	G	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=122;SC=ATAAGAGCACACTGTGTGCAC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=171061998;WS=171061980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	171070176	rs74319242	G	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=238;ReadPosRankSum=1.316;SC=TCAACAGAAAGAGAGAAATTT;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=18;WE=171070184;WS=171070166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr1	171070472	rs12404455	G	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.919;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	171070502	.	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.576;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr1	171072862	rs28363536	G	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.088;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=222;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CTTGGAACCAGCCCTGACCAT;SOR=1.311;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=16;WE=171072870;WS=171072852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr1	171076966	rs2266782	G	A	6470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	171077165	rs2066529	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=184;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TTCTGTTAAAGTCTTTGTTTA;SOR=0.769;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=18;WE=171077173;WS=171077155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr1	171077198	rs1920149	G	A	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=23;PP=1017;SC=AAACTGCCATGTATTTCTCAC;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=58;WE=171077206;WS=171077188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	171077372	rs2066534	C	G	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.857;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.111;NF=12;NR=28;PP=660;ReadPosRankSum=1.007;SC=GGTACTACTCCCCGGGTACTC;SOR=1.197;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=40;WE=171077380;WS=171077362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,60:0.56:107
chr1	171077502	rs28363550	TC	T	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.744;NF=0;NR=11;PP=344;ReadPosRankSum=1.041;SC=TAGCTGAGCTTCCCCAAGTAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=171077510;WS=171077492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	171083174	rs909530	C	T	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=474;ReadPosRankSum=-1.558;SC=CTGTATTTAACGATGAGCTCC;SOR=0.724;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=136;TCF=81;TCR=55;TR=45;WE=171083182;WS=171083164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,81:0.38:215
chr1	171083242	rs2266780	A	G	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=580;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GAATTCACAGAGACCTCGGCC;SOR=0.885;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=166;TCF=89;TCR=77;TR=48;WE=171083250;WS=171083232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,95:0.33:286
chr1	171083383	.	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=689;ReadPosRankSum=0.932;SC=TTATTTAAAGGAGTATTTCCT;SOR=0.468;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=54;WE=171083391;WS=171083373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,77:0.39:196
chr1	171083537	rs909531	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=110;ReadPosRankSum=-1.284;SC=ATTGCGAAGATGAATGCCAGT;SOR=1.071;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=10;WE=171083545;WS=171083527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	171085314	rs2066528	A	AT	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=195;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TGCCAGACTCATTAATTACCA;SOR=1.314;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=6;WE=171085322;WS=171085304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	171085456	.	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.089;SC=TGTAGGATTTCCATAGAAAAG;SOR=1.688;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=171085464;WS=171085446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	171112490	rs1736565	C	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=36;PP=925;SC=AAGATACATACAGTTTGAGGT;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=171112498;WS=171112480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	171115483	rs72712685	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=291;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TAAATTTTCTAGTTTTCTTAA;SOR=0.606;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=28;WE=171115491;WS=171115473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,37:0.31:120
chr1	171115567	rs11812044	G	A	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-2.002;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,81:0.32:251
chr1	171115645	rs11812061	G	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.655;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,57:0.34:170
chr1	171116615	.	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=2.369;SC=AAGTTTTAGGGGGCTTAATGT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=3;WE=171116623;WS=171116611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	171116760	rs7063044	C	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,42:0.32:133
chr1	171118642	rs41272511	G	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=574;ReadPosRankSum=-1.321;SC=GAAGTGTGTTGTGTTTGCTTA;SOR=0.955;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=36;WE=171118650;WS=171118632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr1	171118690	.	C	T	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=721;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TGTTGCTTTTCCCCACCAGGT;SOR=0.861;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=45;WE=171118698;WS=171118680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
chr1	171118840	rs2272797	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr1	171121173	rs7889839	A	G	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=1.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,139:0.36:391
chr1	171121268	rs7886938	G	A	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=59;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GAAACAATGAGGTTACCTTGT;SOR=0.767;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=316;TCF=155;TCR=161;TR=110;WE=171121276;WS=171121258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,183:0.35:519
chr1	171121421	rs7887142	G	T	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=631;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GGGCCATTCTGTCTTTCATTC;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=25;TCR=85;TR=42;WE=171121429;WS=171121411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,58:0.38:151
chr1	171130598	rs145126383	CACACA	C	968.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.31;MQRankSum=1.721;QD=23.63;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr1	171155103	rs6657314	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TTTATTTCTACTTATTGATGT;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=171155111;WS=171155093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	171168379	rs5778696	CA	C	966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.739;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.22;MQRankSum=0.729;NF=14;NR=9;PP=780;ReadPosRankSum=-0.115;SC=AGAGGCAAAACAAATTATTAA;SOR=1.270;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=23;WE=171168387;WS=171168369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr1	171168545	rs2307492	T	C	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=792;ReadPosRankSum=-0.858;SC=CCAGATGGATTTGAGGGAAAA;SOR=0.920;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=49;WE=171168553;WS=171168535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,78:0.61:128
chr1	171168585	rs2020861	A	G	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=610;ReadPosRankSum=1.455;SC=TGGGAAACTCAGGCTCAGATA;SOR=1.087;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=43;WE=171168593;WS=171168575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr1	171178152	rs2020869	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=479;ReadPosRankSum=0.727;SC=TCACCCAGAAACAAAGAATAC;SOR=1.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=26;WE=171178160;WS=171178142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	171247839	.	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=0.977;SC=TGTTAATTCTCTGTGTGACTT;SOR=0.610;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=10;WE=171247847;WS=171247829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr1	171306621	.	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=308;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TACAAAAAAAGGATTCAGAGT;SOR=0.986;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=20;WE=171306629;WS=171306611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr1	171491264	rs3736679	T	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.93;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr1	171496895	rs10753126	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr1	171509327	rs760644	G	A	3238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1474;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GACCTTATCCGCTCCTCAAGA;SOR=0.579;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=92;WE=171509335;WS=171509317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,146:0.72:204
chr1	171511039	rs1687064	C	G	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1384;ReadPosRankSum=0.491;SC=GGGATATTTCCGGGAATAAGA;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=97;WE=171511047;WS=171511029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,143:0.67:212
chr1	171511442	rs2272810	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=260;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TGGTTGAATTATGCAAAGAGC;SOR=1.981;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=15;WE=171511450;WS=171511432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	171514731	rs235468	C	G	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.728;QD=13.37;ReadPosRankSum=-2.148;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,115:0.66:174
chr1	171514875	rs144856960	T	TATTC	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.03;MQRankSum=1.623;QD=22.49;ReadPosRankSum=1.270;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	171519487	rs235470	A	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=0.024;SC=TCATTATTCAAGTGTTAAAAG;SOR=1.078;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=15;WE=171519495;WS=171519477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	171526570	rs1687057	G	A	16596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=-1.190;NF=240;NR=209;PP=2962;ReadPosRankSum=1.025;SC=CTCCACTTCCGGCAACCTTAA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=800;TCF=426;TCR=374;TR=449;WE=171526578;WS=171526560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:552,779:0.59:1331
chr1	171527322	rs235482	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=357;ReadPosRankSum=-1.719;SC=GGAATGGCATAGGAATACTGA;SOR=1.044;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=21;WE=171527330;WS=171527312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	171546833	rs6685179	C	A	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=52;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.613;SC=TACTAAAATGCTTATTTTTGT;SOR=0.894;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=29;TCR=75;TR=73;WE=171546841;WS=171546823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,81:0.64:127
chr1	171548617	rs3817772	G	A	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.325;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=64;PP=1514;ReadPosRankSum=-1.928;SC=TAATATCAAAGACTTCTTCCA;SOR=1.267;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=137;TCF=47;TCR=90;TR=90;WE=171548625;WS=171548607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,131:0.61:214
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chr1	171556165	rs235501	G	C	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=617;ReadPosRankSum=0.919;SC=TACCAGCATCGCAGCTTTCCT;SOR=0.542;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=45;WE=171556173;WS=171556155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,101:0.54:186
chr1	171558516	rs235503	C	T	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=962;ReadPosRankSum=-0.734;SC=AGATTCTCTCCCAGCCTAACC;SOR=0.638;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=53;WE=171558524;WS=171558506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,91:0.62:147
chr1	171607702	rs2032555	C	T	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr1	171679958	rs10913530	G	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=396;ReadPosRankSum=-1.404;SC=CTGAACACTAGTTTAAAAAAG;SOR=0.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=28;WE=171679966;WS=171679948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,46:0.61:76
chr1	171707272	rs10753179	T	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=317;SC=CCATGCCCCATTAATTTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=171707280;WS=171707262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	171750854	rs2294718	C	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=239;ReadPosRankSum=0.658;SC=GTGAGGGGCTCTTCACGTGGG;SOR=1.410;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=17;WE=171750873;WS=171750844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr1	171751051	rs2294719	A	G	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=32;PP=1104;SC=AAGCTCCTCAAATGGTATCTC;SOR=0.855;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=59;WE=171751059;WS=171751041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	171751236	rs2294720	T	C	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=36;PP=1115;SC=GGGTGCTACATAAATATATCA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=171751244;WS=171751226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	171753039	rs2232816	A	G	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=946;ReadPosRankSum=1.655;SC=GAAGATGGACATGACGCAGAT;SOR=0.563;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=65;WE=171753047;WS=171753029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,104:0.66:158
chr1	171754865	rs732304	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=49;SC=TTTGCCCTAGATGTTGTGAAC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=171754873;WS=171754857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	171755071	rs17650204	A	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-2.106;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,38:0.36:106
chr1	171755170	rs2232818	G	A	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=1717;ReadPosRankSum=-1.884;SC=CTGAGCTGTCGGCTAGAGTCA;SOR=0.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=48;WE=171755190;WS=171755160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,91:0.53:173
chr1	171755182	rs2232819	G	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=1412;ReadPosRankSum=1.244;SC=CTAGAGTCATGGAGCTGGCCC;SOR=0.902;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=44;WE=171755190;WS=171755160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr1	171761458	rs2232824	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=0.391;SC=CTACAGTTTATCTCTAAGAGA;SOR=1.130;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=9;WE=171761466;WS=171761448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr1	171763522	rs909958	C	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=570;ReadPosRankSum=1.642;SC=GACTTGTTTCCTTCTTTTTCC;SOR=0.842;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=41;WE=171763530;WS=171763512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr1	171763549	rs2232825	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.180;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=463;ReadPosRankSum=0.430;SC=GGCCTTGCTACGATGTCATAA;SOR=0.496;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=41;WE=171763557;WS=171763539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr1	171765591	rs2232826	G	A	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=970;ReadPosRankSum=0.656;SC=CCTGATGTGAGGTCATTCTGA;SOR=0.893;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=64;WE=171765599;WS=171765581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,86:0.61:142
chr1	171765964	rs1801898	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AGAATGAAGAAATACAACGCA;SOR=0.892;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=8;WE=171765972;WS=171765954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr1	172038079	rs12760234	T	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GGCAGGGAGATTGTGGGAGGT;SOR=0.997;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=13;WE=172038087;WS=172038069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr1	172108047	.	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,22:0.22:100
chr1	172113760	rs370904584	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CTGGGGCGACGGAGCAGGATC;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=14;WE=172113768;WS=172113750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr1	172222629	rs145316116	TCTCTCCTCTCCTCTC	T,TCTCTCCTCTC	1679.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.99;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,31,11:0.74,0.26:42
chr1	172222837	rs41263726	C	T	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=827;ReadPosRankSum=-0.003;SC=GAAATTGAAACAGTTCCTGTC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=60;WE=172222845;WS=172222827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,91:0.64:142
chr1	172292355	rs79240969	C	CTCA	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.485;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.837;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr1	172308238	rs6697844	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr1	172308242	.	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.265;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr1	172348199	.	G	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,90:0.27:329
chr1	172356437	rs6688654	A	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=33;PP=971;SC=ACATCAGCACAGCCACCGTGT;SOR=1.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=48;WE=172356445;WS=172356427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	172376809	rs9425600	T	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=581;ReadPosRankSum=2.995;SC=CTGGCCTGTATGTGCATGAGC;SOR=1.426;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=34;WE=172376817;WS=172376799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr1	172399346	rs200979934	TAA	T	3207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.986;NF=23;NR=12;PP=1308;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GGTTTAAATATAAGAGACTGA;SOR=0.811;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=35;WE=172399355;WS=172399336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,81:0.68:119
chr1	172410967	rs1063412	G	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.004;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,55:0.32:171
chr1	172411496	rs2230471	A	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=14;PP=691;SC=AAGAAGCCAGACCAGTCCCTA;SOR=0.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=30;WE=172411504;WS=172411486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	172411768	rs13932	T	C	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=766;ReadPosRankSum=-1.230;SC=TACATTATCCTTTCATTCAAA;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=50;WE=172411776;WS=172411758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,103:0.54:189
chr1	172417781	rs2157451	A	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=183;SC=TACACCATCAATGTTCAATAA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=172417789;WS=172417771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	172422209	rs2285175	C	T	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=727;ReadPosRankSum=-0.540;SC=ATGTTTGCGTCGCCTTTAAAG;SOR=0.779;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=52;WE=172422217;WS=172422199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,79:0.62:127
chr1	172425529	rs2285170	C	G	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=865;ReadPosRankSum=0.438;SC=ATTTCCTCACCTCTCTCTGTC;SOR=0.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=80;WE=172425537;WS=172425519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,143:0.38:378
chr1	172425608	.	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,71:0.41:172
chr1	172425640	rs78728841	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=578;ReadPosRankSum=1.601;SC=GTAGGCAAGGGGGAAGACAGA;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=36;WE=172425648;WS=172425630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,46:0.43:107
chr1	172431210	rs4916261	G	A	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=153;SC=AAGGATGTATGAAGGACTTTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=172431218;WS=172431200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	172434309	rs9425328	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=7;PP=631;SC=GGCAACAAGCGCAAAAACTCC;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=172434317;WS=172434299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	172434375	rs2901655	G	A	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=24;PP=1433;SC=ATGTATAAAGGCACATTTCTT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=71;WE=172434383;WS=172434365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	172434812	rs2901656	C	T	5110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=68;PP=2214;SC=ATAAAAGTTCCCCTATTGGCA;SOR=0.883;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=119;WE=172434820;WS=172434802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	172437592	rs1129942	G	A	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	172502479	rs2285144	T	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=8;PP=740;SC=TCGGTCACATTCTCGCGCTCC;SOR=1.355;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=172502487;WS=172502469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	172544877	rs76108041	A	C	104.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.210;SC=ACTACACTATACCACTTAATA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=172544885;WS=172544867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	172548301	rs41264544	C	G	42.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	172558524	rs41264546	A	G	3401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=1267;ReadPosRankSum=2.006;SC=GACATATACCATCACCAGTGA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=90;WE=172558532;WS=172558514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,164:0.59:280
chr1	172577864	rs372623434	CT	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.945;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	172634734	rs2639653	T	C	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=580;SC=CTATTCCTTGTTGAAAGCTCC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=172634742;WS=172634724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	173013225	.	A	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=0.087;SC=ATAACCATAAAAAAAATCCTT;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=173013233;WS=173013215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	173157757	.	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr1	173157764	rs10489270	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr1	173470226	.	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-0.734;SC=AAAATGGTATCCAGTTTTCAA;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=12;WE=173470234;WS=173470216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	173474348	.	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.583;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=296;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GAAGTTCCTTCTCAATAGTTT;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=87;TCF=65;TCR=22;TR=27;WE=173474356;WS=173474338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,34:0.32:107
chr1	173486598	.	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.929;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-0.415;SC=ATGTCAAAACCCCAAAAAAGA;SOR=0.049;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=9;WE=173486606;WS=173486588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr1	173490407	rs5778771	TA	T	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.748;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr1	173490616	.	C	CTATATATATA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.43;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr1	173551074	.	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=395;ReadPosRankSum=0.948;SC=TACACTGAATGATTTTTGCAC;SOR=0.958;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=33;WE=173551082;WS=173551064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,46:0.36:129
chr1	173556699	rs301698	G	T	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=156;SC=AAAGCACAGAGTCTTATTCTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=173556707;WS=173556689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr1	173639036	.	C	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=555;ReadPosRankSum=-1.232;SC=GCCGCGGTTCCGGCAGCGCGG;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=49;TCR=97;TR=45;WE=173639044;WS=173639026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,78:0.34:228
chr1	173702764	rs45467799	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=267;ReadPosRankSum=0.173;SC=ATTACATTTCCTTATCGCTTG;SOR=0.877;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=16;WE=173702772;WS=173702754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr1	173724942	rs2273366	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=257;ReadPosRankSum=1.244;SC=GCTGGCATTCATGATTTGGTT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=15;WE=173724950;WS=173724932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	173735414	.	C	G	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=588;ReadPosRankSum=1.552;SC=TGTCTTGCCTCAACATTGTTG;SOR=0.430;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=40;WE=173735422;WS=173735404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr1	173794587	rs139694771	CATTATTATT	C	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.34;ReadPosRankSum=1.235;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	173797451	rs55878143	T	C	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=990;ReadPosRankSum=0.802;SC=ATGTTTCTTTTCCCCCCCCCC;SOR=0.892;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=24;WE=173797459;WS=173797437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr1	173802433	rs3835254	GA	G	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.044;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	173835211	rs2067079	C	T	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.514;SC=GACAAGAATCCGCCATTTATT;SOR=0.580;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=62;WE=173835219;WS=173835201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,72:0.64:112
chr1	173836194	rs17359906	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr1	173839240	rs1322774	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GATTTTGAAACTTTACCAGAT;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=12;WE=173839248;WS=173839230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	173839907	rs36119794	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=0.489;SC=TAGTGCTGTGCTGGATATCAG;SOR=0.877;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=36;WE=173839915;WS=173839897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,56:0.35:160
chr1	173842467	rs9286895	A	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=240;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TTAACTCCACAAAACTATTCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=16;WE=173842475;WS=173842457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr1	173855298	rs1322775	A	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=582;ReadPosRankSum=0.351;SC=CTCTTCCCCTATGAGCCATAA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=36;WE=173855306;WS=173855288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr1	173876561	rs677	C	G	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=431;ReadPosRankSum=0.781;SC=TTTCTGTACCCTAAGAGAGTG;SOR=0.456;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=32;WE=173876569;WS=173876551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr1	173878832	rs5878	T	C	4883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=69;PP=2468;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CCAGCCACTCTTGCAGCACCT;SOR=0.615;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=239;TCF=120;TCR=119;TR=147;WE=173878840;WS=173878822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,223:0.61:365
chr1	173878862	rs5877	T	C	4617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=75;PP=2383;ReadPosRankSum=-1.738;SC=GTTCCTTCTCTACCTTGGCCA;SOR=0.533;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=235;TCF=109;TCR=126;TR=148;WE=173878870;WS=173878852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,211:0.63:334
chr1	173907812	rs6703547	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=338;ReadPosRankSum=2.445;SC=CCCCTATGCCCGACAAACTGA;SOR=0.840;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=23;WE=173907820;WS=173907802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr1	173930928	rs77941945	G	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr1	173941617	rs11579488	T	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,44:0.30:148
chr1	173950205	rs7530661	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-1.691;SC=ATGCTTTATATGAACATATAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=173950213;WS=173950195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr1	173952539	rs6686083	T	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.03;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
chr1	173952836	rs61826774	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=419;ReadPosRankSum=1.574;SC=TTCACAATGCAATTTTACAGT;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=28;WE=173952844;WS=173952826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr1	173953860	rs60551050	G	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.525;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=542;ReadPosRankSum=-0.332;SC=ACATCAAAACGCCCACTAAAT;SOR=0.093;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=29;WE=173953868;WS=173953850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr1	173961807	rs34709821	A	AAC	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=2.080;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	173961839	.	G	C	211	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=9;NR=3;PP=211;QD=20.4809343789;SC=CACACACACAGAGAGAGAGAG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=12;WE=173961847;WS=173961827;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,12:0.36:33
chr1	173962216	.	C	CT	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=36;PP=387;ReadPosRankSum=1.791;SC=AAAAGTTTATCTTTTTTTTTT;SOR=0.726;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=37;WE=173962224;WS=173962206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr1	174417231	rs7516240	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=0.475;SC=GTCTGCAGGTGTCTTTAAATT;SOR=0.908;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=11;WE=174417239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
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chr1	174945171	rs142125254	CTGTATGACTGTGA	C	2056.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.634;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,61:0.31:200
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chr1	175046488	rs2072033	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
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chr1	175053098	rs11577778	T	C	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,50:0.30:167
chr1	175053101	rs2072030	A	T	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,47:0.29:163
chr1	175054548	rs1573758	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=318;ReadPosRankSum=0.701;SC=CAGGTCTGCACCCGGGGACTG;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=28;WE=175054556;WS=175054538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr1	175063435	.	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=-0.120;SC=ATGGCAGGGAGAAGGTTGATT;SOR=0.563;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=15;WE=175063443;WS=175063425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr1	175067461	.	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=762;ReadPosRankSum=-0.808;SC=AAACATTTTCCTTCCAGATAT;SOR=0.637;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=56;WE=175067469;WS=175067451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,79:0.32:244
chr1	175086461	rs6690229	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=279;ReadPosRankSum=-1.144;SC=GTGGGATGGCATCCCTTCATA;SOR=1.981;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=16;WE=175086469;WS=175086451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	175087606	rs10912888	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=342;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CCACACAACATGAAAGGGTTT;SOR=1.028;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=28;WE=175087614;WS=175087596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr1	175087677	rs6656284	G	A	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=5.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.279;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,81:0.34:238
chr1	175087683	rs149150350	A	AT	1177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.228;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=1093;ReadPosRankSum=1.197;SC=ATTGGTCAGCATTTTTTTTTT;SOR=0.958;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=107;TCF=28;TCR=79;TR=44;WE=175087691;WS=175087667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,90:0.38:235
chr1	175087729	rs6696455	T	C	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.376;NF=34;NR=31;PP=636;ReadPosRankSum=-0.405;SC=GGTCACTGACTGGGTGACAGA;SOR=0.718;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=65;WE=175087737;WS=175087719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,103:0.34:300
chr1	175092674	rs2285215	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=488;ReadPosRankSum=2.523;SC=AGGGAGGTTCCGGTGGGGAAG;SOR=0.798;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=37;WE=175092682;WS=175092664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,45:0.29:153
chr1	175092707	rs10798333	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=538;ReadPosRankSum=-0.583;SC=ACTGTCCTGACGGGCCTGAGA;SOR=0.807;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=38;WE=175092715;WS=175092697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,45:0.29:157
chr1	175092840	rs2072041	T	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=484;ReadPosRankSum=0.332;SC=CTCACACTTATCAGGAGAGAA;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=41;WE=175092848;WS=175092830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,65:0.38:170
chr1	175095936	rs7515770	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=1.422;SC=GTCAGAAAGGCCCTGTGGCAG;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=175095944;WS=175095934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	175096333	rs2072040	A	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=576;ReadPosRankSum=-1.429;SC=ATCTTTACTGATCACATTGCT;SOR=0.143;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=37;WE=175096341;WS=175096323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr1	175097331	rs10912891	G	A	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=42;PP=1271;SC=CTGAACGACCGTGCAATGAGA;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=68;WE=175097339;WS=175097321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	175097349	rs7547567	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr1	175097357	rs2269652	C	G	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=1394;ReadPosRankSum=1.435;SC=CACCGGAAAGCCTAGCAAAGG;SOR=1.096;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=35;WE=175097365;WS=175097339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr1	175097864	rs12022593	G	A	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=1032;ReadPosRankSum=0.146;SC=ACATGGAAACGGACGGAGGTG;SOR=0.570;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=61;WE=175097872;WS=175097854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,85:0.67:126
chr1	175104796	rs4651324	G	T	132.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	175105880	rs2072037	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-2.511;SC=GGTTCTGAAAGCCTCAGACAC;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=9;WE=175105888;WS=175105870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr1	175105942	rs4650703	G	A	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=17;PP=1073;SC=TTGGAATTCCGTTTTTTATTT;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=175105950;WS=175105932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	175105996	rs2072036	C	T	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=756;ReadPosRankSum=0.056;SC=GGCACTCCAGCGCGGTATGAG;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=54;WE=175106004;WS=175105986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,83:0.58:143
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chr1	175129946	rs2072035	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr1	175129947	.	TTCTTCTTG	T	207.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
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chr1	175293424	rs2213635	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=372;SC=GCTTTTAAAATATAAAGCTAA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=175293432;WS=175293421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	175299301	rs2027867	T	C	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=34;PP=1673;SC=AGGCGGCCTCTTGGCCATCCC;SOR=0.966;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=88;WE=175299309;WS=175299291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	175299363	.	T	G	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=566;ReadPosRankSum=2.470;SC=CTGTGTATATTGTCCAGCCCT;SOR=0.663;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=49;WE=175299371;WS=175299353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,80:0.42:191
chr1	175324518	rs55715761	GCA	G	3027.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=15;PP=1499;SC=AAGCTGATGAGCAATCCTTGT;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=175324529;WS=175324508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	175324521	rs55973835	A	T	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=15;PP=781;SC=CTGATGAGCAATCCTTGTGGA;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=44;WE=175324529;WS=175324508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	175324651	rs2228359	A	G	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=39;PP=1313;SC=TGCGGCTTCCATCGGTGGATT;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=175324659;WS=175324641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	175324711	rs61731115	G	A	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=33;PP=1109;SC=GCTGCCAGGAGATCAGGGCAC;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=58;WE=175324719;WS=175324701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	175335412	rs1385540	A	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=355;SC=ACACTTATCTAATATTTTGCT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=175335420;WS=175335402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	175336446	.	G	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=-2.158;SC=ATCAGTGGATGGAGAAACAAA;SOR=0.956;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=29;WE=175336454;WS=175336436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,58:0.36:161
chr1	175336530	rs6697701	T	C	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=750;SC=CCTATTCATATCTTGTGTTTA;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=175336538;WS=175336520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	175336619	rs6697801	T	C	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=80;SC=GTCAATAGGATGAACCAGCCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=175336627;WS=175336609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	175348982	.	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CCCCCTGACCCTCTGGCTCAC;SOR=1.251;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=21;WE=175348990;WS=175348972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr1	175355391	rs859437	A	G	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=40;PP=1322;SC=CAAAAGCCACAGTGTCCGAGA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=175355399;WS=175355381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	175372265	.	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.734;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=315;ReadPosRankSum=0.612;SC=CCAGAGAGTTCCCCTGCCTAC;SOR=0.502;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=21;WE=175372273;WS=175372255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr1	175372327	.	C	T	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=33;PP=1470;ReadPosRankSum=3.328;SC=CAGAGCCCCTCCTCACATTGT;SOR=0.876;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=153;TCF=99;TCR=54;TR=98;WE=175372335;WS=175372317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,141:0.66:213
chr1	175916267	rs6674353	T	C	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.54;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	175916506	.	ATTTTT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=0.431;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	175937540	rs4534339	C	T	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=25;PP=1553;SC=AAAGGCTGTACGGAGGGGAAC;SOR=1.396;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=81;WE=175937548;WS=175937530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	175951347	rs10798430	T	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=5;PP=1032;SC=TAAAATTAGGTTACAGAAAAA;SOR=3.486;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=44;WE=175951355;WS=175951337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	176012807	rs4233165	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=337;SC=CAAACCAAATGTATGATTCAT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=176012815;WS=176012797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	176050430	.	G	GA	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.654;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.972;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr1	176102974	rs2481662	T	C	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=18;PP=403;SC=CTTCCCTGTATGTACTTACAT;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=176102982;WS=176102964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	176103954	rs2502845	C	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=547;ReadPosRankSum=0.148;SC=GTATTCTACTCGCTAACTCTT;SOR=3.014;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=27;WE=176103962;WS=176103944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr1	176105710	rs373330844	CA	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=2.854;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr1	176129276	rs520661	G	A	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	176145159	.	G	A	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr1	176153658	rs791744	T	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=6;PP=213;SC=AAAAAAAATATGACTGTAACA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=176153666;WS=176153648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	176664817	.	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,22:0.23:96
chr1	176664842	rs12138725	C	A	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=714;ReadPosRankSum=0.039;SC=GGACTCTCCTCATCTCCCATC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=52;WE=176664850;WS=176664832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,71:0.66:108
chr1	176665102	rs67178111	ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	A,ATGTGTGTGTGTGTGTG	166.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=-2.655;SC=ATGTATGTGTATGTGTGTGTG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=176665113;WS=176665092;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.60:10
chr1	176668823	rs3766297	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=0.386;SC=GCCCTTAGTCGGAGGAATGTT;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=11;WE=176668831;WS=176668813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	176671916	rs61823016	A	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.694;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr1	176671918	rs61823017	A	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.831;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr1	176671920	rs145968507	A	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.713;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr1	176671946	rs60571846	A	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	176679384	rs61823018	G	A,T	873.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=2,2;NR=9,13;PP=156,247;SC=GCTTACACTTGGGGTCTATGT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=11,15;WE=176679392;WS=176679374;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.62:34
chr1	176681165	rs66731142	ATG	A	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=371;ReadPosRankSum=0.024;SC=GTGTAAGCATATGTGTGTGTG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=11;WE=176681176;WS=176681155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	176734756	rs3737759	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=310;ReadPosRankSum=2.753;SC=CTCCTCCTTACTGGTTCTCAA;SOR=0.415;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=23;WE=176734764;WS=176734746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr1	176833497	rs12118933	G	C	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=467;ReadPosRankSum=1.597;SC=CTGAGGTCCCGGCTGAGCTCC;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=35;WE=176833505;WS=176833487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr1	176845528	rs2076341	C	T	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=11;PP=1022;SC=GGAAAGGCAACGCTCCTGTAC;SOR=2.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=50;WE=176845536;WS=176845518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	176857347	rs2072935	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=342;SC=AGAGCTGCATAAGAGAACAGG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=176857355;WS=176857337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	176863836	rs2281180	G	C	4520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.17;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	176863836	.	GTGGCAC	CTGGCAC,CTGGCAT	721	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=50,31;NR=41,25;PP=393,721;QD=4.70078255546;SC=GTCCCTTGCTGTGGCACTCCA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=91,56;WE=176863850;WS=176863826;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:91
chr1	176863842	rs6680908	C	T	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,80:0.63:126
chr1	176863867	rs2228956	T	C	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=51;PP=1628;SC=AGCCGCCATGTGCTTGGTGCC;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=112;WE=176863875;WS=176863857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	176903269	.	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=186;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TGGAATTTGCCAACAAGCATG;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=20;WE=176903277;WS=176903259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr1	176992553	rs172917	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,45:0.26:173
chr1	176992676	rs10798496	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=0.434;SC=TGGCATCCAGCTGGCTCCCCT;SOR=0.321;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=19;WE=176992684;WS=176992666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr1	176998368	rs10753142	T	A	54.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTTGCCTAGCTCAAACCCAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=176998376;WS=176998358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	177198998	rs3176441	T	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=291;ReadPosRankSum=-1.400;SC=AAGAAACCAATCGCCCGGGAG;SOR=0.569;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=17;WE=177199006;WS=177198988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr1	177245623	.	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=2.207;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,15:0.19:79
chr1	177250606	.	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr1	177250670	rs1045736	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=358;ReadPosRankSum=-0.954;SC=GCTAATGGGCGGCCCACTTCA;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=24;WE=177250678;WS=177250660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr1	177898799	rs623479	C	T	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=75;SC=CATTGTGAAGCTAATCTTAAG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=177898807;WS=177898789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	177901619	rs7531399	G	A	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=853;ReadPosRankSum=-2.499;SC=CAGGGGGGCCGCTTACCTCTG;SOR=0.860;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=55;WE=177901627;WS=177901609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,105:0.66:159
chr1	177901655	rs3748792	G	A	7145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.66;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,179:0.67:268
chr1	177901658	rs7554597	C	T	7136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=2.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.05;ReadPosRankSum=1.310;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,179:0.65:274
chr1	177901713	rs522367	T	C	4984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,244:0.63:389
chr1	177901741	rs684227	A	G	8455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=108;PP=2965;SC=TCCTCTGCTCAGGACTGGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=109;TCR=108;TR=217;WE=177901749;WS=177901731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	177902387	rs61745560	C	A	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=969;ReadPosRankSum=1.167;SC=TCGTCTCCAGCGGGGGATGCG;SOR=0.805;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=66;WE=177902395;WS=177902377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,108:0.60:181
chr1	177902482	rs3813648	G	A	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1509;ReadPosRankSum=0.411;SC=TGACCTGCAGGTTGGCTTCTT;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=98;WE=177902490;WS=177902472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,161:0.64:252
chr1	177902725	rs3813649	C	T	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=960;ReadPosRankSum=-1.909;SC=CTTGGCTGAACTGGCGGAACT;SOR=0.579;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=66;WE=177902733;WS=177902715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,93:0.63:147
chr1	177902753	rs591120	G	C	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=1041;ReadPosRankSum=1.643;SC=ATACTTCGTGGTCTAGCAGCC;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=63;WE=177902761;WS=177902743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,99:0.58:171
chr1	177905469	rs7522194	C	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=748;ReadPosRankSum=1.348;SC=CATCAGGAGGCTGGGAAGTTT;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=49;WE=177905477;WS=177905459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
chr1	177906292	rs61816275	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=-2.662;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr1	177908852	rs943762	C	T	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=785;ReadPosRankSum=-1.739;SC=GTTGTTCCTCCGGCTCCCGAA;SOR=0.909;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=153;TCF=70;TCR=83;TR=63;WE=177908860;WS=177908842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,88:0.37:236
chr1	177913980	rs532842	T	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=319;SC=AGTGTTTCACTTCCTCTCCCT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=177913988;WS=177913970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	177915474	rs842192	A	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.939;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr1	177916890	.	A	AAGGGACAGGGAGGGGAGGTGAGGGG	635	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=15;MQ=61.31;NF=6;NR=0;PP=635;QD=110.333333333;SC=GAGGTGAGGAAAGGGACAGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=177916898;WS=177916880;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	177917499	rs17360489	G	A	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=36;PP=1543;ReadPosRankSum=0.602;SC=GAAGTCGGGGGAACACGGGCC;SOR=0.827;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=96;TCR=55;TR=100;WE=177917507;WS=177917489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,130:0.61:212
chr1	177923324	rs11806168	G	A	248.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5065;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=141;ReadPosRankSum=-1.020;SC=TCTCCTTAGCGCGTCTGACAT;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=177923332;WS=177923317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	177929521	rs35891059	G	A	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=919;ReadPosRankSum=-2.143;SC=CTTGCTCTTCGGAATCATTAA;SOR=0.774;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=61;WE=177929529;WS=177929511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,115:0.61:187
chr1	177929554	rs10913472	C	T	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,75:0.41:185
chr1	177929987	rs12040910	T	C	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=29;PP=1199;SC=GGGACCTACATGCACCAGCTG;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=82;WE=177929995;WS=177929977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	177930027	.	G	GAGGGATGTAGAACTTCATGGGTGCTTTGGGACC	3311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.945;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.064;QD=23.00;ReadPosRankSum=-1.817;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
chr1	177930096	rs867275	T	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=394;ReadPosRankSum=-0.755;SC=CAGACACAGATGGACATTGTT;SOR=0.544;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=38;WE=177930104;WS=177930086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,72:0.40:182
chr1	177930642	rs945640	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=253;ReadPosRankSum=-0.160;SC=ATGATCCATCGTAAGGCTGAC;SOR=0.880;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=17;WE=177930650;WS=177930632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr1	177930894	rs945641	C	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=17;PP=474;SC=CAAAAACACACAGGAAGAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=177930902;WS=177930884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	177930956	.	GG	AA	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.560;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=169;ReadPosRankSum=-0.055;SC=AAATACATACGGTGAAAGTGG;SOR=0.039;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=177930965;WS=177930946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	177933443	rs3813651	G	A	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=919;ReadPosRankSum=0.685;SC=AGCAGTGAGCGGGGTCCTGGG;SOR=0.682;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=59;WE=177933451;WS=177933433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,96:0.57:169
chr1	177935203	rs954502	A	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr1	177935275	rs1415085	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=282;SC=TGAAAGCCACAGTTAATTCTA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=177935283;WS=177935265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	177937009	rs35959058	G	A	3651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=64;PP=1666;ReadPosRankSum=0.268;SC=AAGAGTGAGGGACAGGCCGAT;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=156;TCF=56;TCR=100;TR=103;WE=177937017;WS=177936999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,168:0.65:258
chr1	178490949	rs138587624	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.995;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=1.141;SC=AAAGCCAAAGGGGATGTCATG;SOR=1.859;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=10;WE=178490957;WS=178490939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr1	178494428	rs6664493	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=166;ReadPosRankSum=1.958;SC=GAGGAGTGTACGAAAGGGCCT;SOR=0.037;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=12;WE=178494436;WS=178494418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	178499068	rs6675811	T	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=0.988;SC=AATAAACAAATGACTTACAGT;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=6;WE=178499076;WS=178499058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	178514165	rs12141152	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=364;ReadPosRankSum=1.866;SC=GGGTTCCAGGCGAGATGAGAC;SOR=0.679;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=26;WE=178514173;WS=178514155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr1	178514560	rs34632529	A	AT	2172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.432;NF=8;NR=56;PP=2039;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TTGAAGGTTGATTTTGACTAC;SOR=0.630;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=203;TCF=28;TCR=175;TR=64;WE=178514569;WS=178514550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,119:0.33:361
chr1	178515135	rs4650992	A	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=1.413;SC=GAAAACTAAGACCTTCCCACT;SOR=0.346;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=10;WE=178515143;WS=178515125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	178646752	rs2773075	A	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=110;SC=AGGAAAAACTACATGCATATA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=178646760;WS=178646742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	178745798	rs201304729	CTT	C,CT	816.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.641;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=1.493;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,17,37:0.28,0.61:61
chr1	178746031	rs75184054	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.923;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=209;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TGTTTGTTCACATACTTAAAT;SOR=0.147;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=17;WE=178746039;WS=178746021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr1	178776985	rs6690324	G	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=47;SC=TTTCATAGTCGTTGTGCTCTC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=178776993;WS=178776981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	178780650	rs12131426	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=163;SC=GAAAAATAAGACTCATTGATA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=178780658;WS=178780640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	178820159	rs1544124	C	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=2;PP=392;SC=TAAAAACTTTCTGTGTAGAAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=178820167;WS=178820149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	178854162	rs6425503	C	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=205;SC=TTTCAAGGGACTGAAAAATAA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=178854170;WS=178854152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	178858624	rs34280213	A	T	145.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=0.157;SC=TAACAGCAGTAATATTAGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=178858632;WS=178858614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	178858711	rs10798635	C	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=173;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TTTATTTTTACATTGTGAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=15;WE=178858719;WS=178858701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr1	178858759	rs3753534	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=216;ReadPosRankSum=1.330;SC=TAAAAAATAGGATAACTTTTC;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=13;WE=178858767;WS=178858749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr1	178858891	rs116413802	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=-1.449;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	178866674	rs17674780	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=0.637;SC=GAAGTGATACAGCTCAACTCT;SOR=0.352;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=13;WE=178866682;WS=178866664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr1	179041011	rs3820163	A	G	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=514;ReadPosRankSum=1.470;SC=GATAATGAGAAGTTTTATGTA;SOR=0.629;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=38;WE=179041019;WS=179041001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,74:0.57:130
chr1	179051300	rs2296377	T	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=398;ReadPosRankSum=0.799;SC=TTGGCTCTTTTTCCTGCTGCT;SOR=1.501;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=21;WE=179051308;WS=179051290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr1	179051733	rs78417185	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=218;ReadPosRankSum=0.178;SC=TGCGCACCCCCCTGGCGCCCG;SOR=0.910;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=13;WE=179051741;WS=179051723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	179052002	rs2274228	T	G	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.286;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=918;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TGACAAGTTGTGTGGCAAGGT;SOR=0.601;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=53;WE=179052010;WS=179051992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,84:0.64:132
chr1	179054692	rs912758	T	G	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=3.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.411;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,91:0.62:147
chr1	179066907	rs79003648	T	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=388;ReadPosRankSum=-0.433;SC=CAATTACTCCTGAAGGTTAAC;SOR=0.799;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=28;WE=179066915;WS=179066897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr1	179080055	rs139985501	T	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,47:0.32:148
chr1	179080115	rs34446538	CT	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=2.555;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	179084080	rs2274230	T	G	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=37;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.627;SC=ATCCTTTTTCTAGTAGGTCAT;SOR=0.824;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=85;WE=179084088;WS=179084070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,124:0.61:202
chr1	179086419	rs56346584	T	TA	790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=12;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=379;ReadPosRankSum=0.642;SC=AAGGCATTTATAAAAAAAAAA;SOR=0.813;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=38;WE=179086427;WS=179086409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr1	179100710	rs17277358	C	T	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=526;ReadPosRankSum=-2.173;SC=CAGCTGCTGGCTCCAGAGTAG;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=36;WE=179100718;WS=179100700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr1	179292442	rs2902277	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=0.366;SC=CCATGCTGTCGTGTTTTATGG;SOR=0.804;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=179292450;WS=179292432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	179304892	rs1034269	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=0.788;SC=CACCCTGGTGTCACTTTCTAT;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=6;WE=179304900;WS=179304882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	179308803	rs3753524	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr1	179312102	rs4651024	T	C	3317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=69;PP=1463;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GAACCAGAAATGTGGTAAACA;SOR=0.867;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=159;TCF=71;TCR=88;TR=120;WE=179312110;WS=179312092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,159:0.68:235
chr1	179312235	rs10913728	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=670;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TGGTGAGTAGGGAAGTCTAAT;SOR=0.208;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=13;WE=179312257;WS=179312225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	179312249	rs11350945	AT	A	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=737;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GTCTAATTTGATTATAGTAAT;SOR=0.264;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=10;WE=179312257;WS=179312225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	179312525	.	G	A	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=51;QD=42.8856062736;SC=ACGCCCGGTTGGTTTTTTTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=2;WE=179312534;WS=179312517;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr1	179312526	.	GT	G	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=7;HapScore=4;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=65;QD=43.0;SC=CGCCCGGTTGGTTTTTTTGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=2;WE=179312534;WS=179312517;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr1	179312559	rs13306728	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-2.424;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	179312752	rs10753191	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.315;SC=GGGGTTATGTCGCTATGAAGT;SOR=1.110;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=16;WE=179312760;WS=179312742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr1	179316687	rs13306729	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=506;ReadPosRankSum=-1.781;SC=GTTGCTTGGTATGTGAGCTAT;SOR=1.247;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=29;WE=179316695;WS=179316677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr1	179317895	rs200924427	ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	A,ATG	1322.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.819;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.364;QD=33.92;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=3.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,12,25:0.31,0.64:39
chr1	179319541	rs3753526	C	G	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=532;ReadPosRankSum=-2.125;SC=ATCCCGTGCTCTTCGTGCTCT;SOR=0.632;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=71;TCR=100;TR=54;WE=179319549;WS=179319531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,103:0.34:305
chr1	179319580	rs3753527	T	C	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=81;PP=2485;SC=AGTATCTTGGTATGCTGTGAG;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=38;TCR=81;TR=119;WE=179319588;WS=179319570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	179320578	rs13306731	A	G	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.255;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=563;ReadPosRankSum=-0.174;SC=TATGCACGTCAGCACTGTCCT;SOR=0.930;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=55;WE=179320586;WS=179320568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,95:0.34:277
chr1	179335499	rs35129223	C	CT	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	179339262	rs16854009	C	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr1	179347832	rs10798674	T	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=403;ReadPosRankSum=-1.385;SC=AGAAGGCAGTTTGTCCCCCAC;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=40;WE=179347840;WS=179347822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,79:0.32:249
chr1	179352736	rs4077551	T	C	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.365;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=555;ReadPosRankSum=1.312;SC=AGGAGGCAGATTGCCTAGGTT;SOR=1.009;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=35;WE=179352744;WS=179352726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr1	179354304	rs7541905	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	179364372	rs12405133	G	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=0.698;SC=CTTACATAGGGGAAAAGGAAG;SOR=0.465;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=11;WE=179364380;WS=179364362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	179380519	rs10798676	G	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=0.787;SC=TCACTCTGTTGCTTAGGCTGG;SOR=1.748;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=8;WE=179380527;WS=179380509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr1	179401503	rs12097041	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.772;NF=22;NR=20;PP=478;ReadPosRankSum=-0.193;SC=AAAGAGCTTGGCAATCAAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=42;WE=179401511;WS=179401493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,68:0.37:186
chr1	179401564	rs10706073	CT	C	1844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.718;NF=8;NR=40;PP=658;ReadPosRankSum=-0.497;SC=ACATCCCATCCTTTTTTTTTT;SOR=0.656;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=48;WE=179401573;WS=179401554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,106:0.92:115
chr1	179402037	rs199738366	C	CA	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=2.354;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr1	179437827	rs7514278	G	A	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=165;SC=CTAAAGGTTTGTTGCAATACA;SOR=2.494;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=179437835;WS=179437817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	179452194	rs6668035	C	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=519;SC=AACTCTTTCTCATAGCTGATA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=179452202;WS=179452184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	179452275	rs10494520	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=318;ReadPosRankSum=0.509;SC=TACTCCAAGCGTATATATTTA;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=29;WE=179452283;WS=179452265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr1	179452522	rs12407885	G	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=655;SC=TTTTAAAGCAGAATGTTTCTG;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=179452530;WS=179452512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	179462149	rs7549194	A	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=505;SC=AGATTTTTGAAGTTCAATTGA;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=179462157;WS=179462139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	179494665	rs4620484	C	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=134;SC=AGGGTCCTGCCCTGTCACCCA;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=179494673;WS=179494655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	179497359	rs6698201	T	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	179503806	rs6425572	G	A	66.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AATGAGTTTCGAAATCAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=179503814;WS=179503796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	179504025	rs141228272	AAAG	A	1475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.44;ReadPosRankSum=-1.142;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr1	179504043	rs6658180	C	G	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.75;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr1	179504130	rs6425574	G	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=1.061;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr1	179520254	rs1410591	C	G	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=694;ReadPosRankSum=-0.719;SC=CTCCCTCAGGCATGTGACTTT;SOR=0.285;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=43;WE=179520262;WS=179520244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,79:0.79:100
chr1	179520506	rs1410592	G	A	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=433;ReadPosRankSum=1.493;SC=GAAGCTGAACGGCAGCAGGGG;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=29;WE=179520514;WS=179520496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr1	179521932	rs2274626	G	T	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=834;ReadPosRankSum=1.457;SC=CAAATTTGGAGTGACCAGAGT;SOR=0.570;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=60;WE=179521940;WS=179521922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,85:0.68:125
chr1	179544898	rs1079292	T	C	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=71;PP=2273;SC=GCCCGCGGCCTCCGCCGCTCC;SOR=1.130;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=43;TCR=71;TR=114;WE=179544906;WS=179544888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	179561645	rs4652418	A	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=319;SC=TTAAAACTGGAGTCTCAGTTA;SOR=2.448;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=179561653;WS=179561635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	179561683	rs4652419	A	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=9;PP=472;SC=GTTTTTTTTTAAATCTTTTTT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=179561691;WS=179561673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	179562740	rs61310274	G	C	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=56;PP=1377;ReadPosRankSum=-0.880;SC=ACCGAGGAAGGGTTGCCCCTA;SOR=0.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=102;TCR=103;TR=112;WE=179562748;WS=179562730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,165:0.56:297
chr1	179604864	rs4628468	C	T	7065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=65;PP=2229;SC=TCCCGCCAGACGCTGTGCCGA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=129;WE=179604872;WS=179604854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	179605058	rs4483370	G	A	339.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TTTTTCACATGTCTCTTAAAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=179605066;WS=179605048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr1	179609589	rs16854429	G	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.316;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=422;ReadPosRankSum=-0.819;SC=AGGTATGTTTGCTTGTCTCCC;SOR=0.866;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=42;WE=179609597;WS=179609579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,84:0.36:234
chr1	179620253	rs6682666	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=461;ReadPosRankSum=0.784;SC=ATTTCACCACGTCAAGGTATA;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=29;WE=179620261;WS=179620243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr1	179632347	rs7547484	A	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=240;ReadPosRankSum=0.644;SC=AGGAAAGTCAAACTGATATAG;SOR=1.071;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=11;WE=179632355;WS=179632337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	179660088	.	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.830;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr1	179852074	rs1281378	T	C	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=1.964;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,122:0.65:188
chr1	179852552	rs605807	T	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=291;ReadPosRankSum=1.356;SC=GATCTAACCTTTCAGTCTTTT;SOR=0.426;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=18;WE=179852560;WS=179852542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr1	179876900	rs1281380	A	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.77;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr1	179876988	rs609521	C	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=-1.613;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr1	179877780	rs17279712	A	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GGGCCCCACAAACTGCAAGAA;SOR=1.021;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=22;WE=179877788;WS=179877770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr1	179882925	rs74872161	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-0.771;SC=ACCATATGCTGTGAAAAGCTA;SOR=0.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=179882933;WS=179882915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	179883206	rs17370826	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTATGTATTCAGTTTTTATTA;SOR=1.036;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=11;WE=179883214;WS=179883196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr1	179883242	rs17370847	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.048;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr1	179887125	rs627897	G	A	7431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.368;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=1.519;SC=ATGAAAACGCGGCCTTCAAAG;SOR=0.496;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=108;TCR=84;TR=187;WE=179887133;WS=179887115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,277:1.00:278
chr1	179982938	rs17371166	G	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,40:0.36:112
chr1	179983665	rs2501607	G	A	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=68;PP=1868;SC=ATATACAAAGGAGAGTCATTC;SOR=1.591;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=96;WE=179983673;WS=179983655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	179989742	rs2477120	G	C	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=53;PP=2170;SC=TCCCAAACCAGAAGGGCTACT;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=96;WE=179989750;WS=179989732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	179992076	rs2477117	A	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=29;PP=746;SC=AGTTTTGCTCATTTAAAAATA;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=179992084;WS=179992066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	179993793	rs4622030	T	C	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=151;SC=ATGATTTGATTGCATAAGAAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=179993801;WS=179993783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	180010702	rs4652461	T	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	180017653	.	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=1.791;SC=GTTGTTGTTTCCATGTATCCA;SOR=0.722;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=9;WE=180017661;WS=180017643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr1	180022343	rs9425854	T	G	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=49;PP=1348;SC=GTTGTGGATATGTTCTCTCAA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=71;WE=180022351;WS=180022333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	180059736	rs67852047	GACATACCT	G	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	180059811	rs10798729	A	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=18;PP=1134;SC=TTATTATAGTAATATGTTTAT;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=180059819;WS=180059801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	180080115	rs3767202	T	G	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=789;SC=CTAACCTTATTGTCTTCTAAA;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=180080123;WS=180080105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	180124379	rs35481032	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	180144291	rs71118443	C	CA	506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr1	180144485	rs10913939	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=-0.673;SC=AGAACGGCTCGGGAGCAGTAT;SOR=0.730;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=20;WE=180144493;WS=180144475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr1	180145088	rs2298206	A	G	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=33;PP=1244;SC=ACGTGCAGACACTGCGGGAGA;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=72;WE=180145096;WS=180145078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	180148012	rs17855475	G	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=182;ReadPosRankSum=1.416;SC=TCCTACCTGGGTAGAGAGGTG;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=12;WE=180148020;WS=180148002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr1	180155376	rs2298207	C	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-1.552;SC=AGTGTGCGTTCCTGTAAGGCT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=10;WE=180155390;WS=180155366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	180155382	rs3216058	AG	A	773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=461;SC=CGTTCCTGTAAGGCTGGGCAC;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=180155390;WS=180155366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	180158668	rs3894210	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CTCCAGCTTCCGCTTGTTCCT;SOR=1.755;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=5;WE=180158676;WS=180158658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr1	180158927	rs3889149	C	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CAGTGATCTTCGTTGGGTCCT;SOR=1.140;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=9;WE=180158935;WS=180158917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr1	180159654	rs7521513	C	T	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.786;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,52:0.39:133
chr1	180159657	rs1050154	C	T	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.801;QD=14.57;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,52:0.40:130
chr1	180159797	rs3215795	TC	T	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.925;NF=0;NR=11;PP=333;ReadPosRankSum=-1.264;SC=GCAGGGAAGCTCCCTTGAATT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=180159805;WS=180159787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	180165417	.	C	T	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=872;ReadPosRankSum=0.338;SC=CGAGGACCCCCAGTTCCCCAA;SOR=0.775;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=214;TCF=126;TCR=88;TR=74;WE=180165425;WS=180165407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,115:0.35:326
chr1	180180669	rs164980	A	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=-1.124;SC=TAACTCGTGCATAGTGGCAGG;SOR=0.463;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=18;WE=180180677;WS=180180659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr1	180180756	rs355610	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CCCCTCAACCCAGGCAGGACT;SOR=0.610;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=11;WE=180180764;WS=180180746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr1	180243427	.	G	A	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=1892;ReadPosRankSum=1.065;SC=GGACGGGACAGGACAATCCTA;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=119;WE=180243435;WS=180243417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,193:0.62:312
chr1	180283659	rs2764433	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=0.460;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCCTC;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=180283667;WS=180283649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	180471040	rs5779061	CA	C	534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.125;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr1	180601498	.	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=257;ReadPosRankSum=-1.130;SC=CAGCTGGCTCCCTGTGCCCGG;SOR=0.662;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=17;WE=180601506;WS=180601488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr1	180757056	rs3761904	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=1.610;SC=ATCATTGTTTAAACTTCTGAT;SOR=0.838;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=8;WE=180757064;WS=180757046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	180757117	rs34984251	G	GT	322.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=239;SC=CACTTAAGAGGATTTTCTTGA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=180757125;WS=180757107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr1	180803922	rs2271669	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=2.348;SC=TCAACTAAAGTAATCATGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=180803930;WS=180803912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	180849494	rs10914123	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	180885430	rs10732273	T	C	8735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=88;PP=2965;SC=ACATCCAGCCTGATGGCCCCC;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=121;TCR=89;TR=209;WE=180885438;WS=180885420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr1	180886810	rs3761905	C	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	180897521	rs7544551	C	T	8933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	180897792	rs35197779	ATGC	A	1778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=26;PP=1356;SC=ATCTAGCCAAATGCTGCTGCT;SOR=1.845;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=27;WE=180897802;WS=180897782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	180905352	rs3795505	C	T	7004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.522;SC=TTACAGAAAGCCACGAGTCCC;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=355;TCF=188;TCR=167;TR=207;WE=180905360;WS=180905342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,328:0.58:570
chr1	180905448	rs3795504	G	T	8774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.193;SC=CAGCTTCCTTGTGTCCTGAAG;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=405;TCF=195;TCR=210;TR=242;WE=180905456;WS=180905438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,414:0.60:688
chr1	180905694	rs3795503	C	T	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=44;PP=709;ReadPosRankSum=0.684;SC=ACTGCAACAACAGCGCACCTC;SOR=0.849;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=212;TCF=90;TCR=122;TR=72;WE=180905702;WS=180905684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,101:0.31:321
chr1	180913597	rs2331995	A	G	8787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=117;PP=2965;SC=CAGCAAGGGGAACCGGTCCAG;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=94;TCR=117;TR=211;WE=180913605;WS=180913587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	180933498	rs4652543	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=278;ReadPosRankSum=0.582;SC=GTCCAGGCCCCGGTTCCTGGG;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=17;WE=180933506;WS=180933488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr1	180953853	rs3747957	A	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=294;ReadPosRankSum=0.547;SC=TCTTCATCACATTGTCCAGCC;SOR=0.812;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=30;WE=180953861;WS=180953843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,50:0.35:144
chr1	180974596	rs12125196	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=277;ReadPosRankSum=-1.215;SC=CTTTCTGTACCTCTCTGTAAT;SOR=0.442;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=20;WE=180974604;WS=180974586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr1	181003340	rs61482628	A	AG	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=232;ReadPosRankSum=0.303;SC=TATTACACTCAGACTCCAGGA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=181003348;WS=181003330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr1	181018180	rs2236411	C	G	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQRankSum=-3.559;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.764;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,87:0.31:283
chr1	181022895	rs2275469	C	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=8.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	181024404	rs3747956	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=604;ReadPosRankSum=0.933;SC=ATCGATGATTGCAGATCCCTC;SOR=0.743;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=52;WE=181024412;WS=181024394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,101:0.36:284
chr1	181058643	rs1361365	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=246;SC=TGCGCGCCGCAACCAGCGGAG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=181058651;WS=181058633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	181479658	.	C	T	3484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=61;PP=1487;ReadPosRankSum=-1.225;SC=CCAACTGCATCGTCCTGGCCC;SOR=0.807;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=434;TCF=228;TCR=206;TR=137;WE=181479666;WS=181479648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:509,223:0.30:732
chr1	181549629	.	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=0.279;SC=AGGCCTCTTTCCGTGGGGGAA;SOR=0.646;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=15;WE=181549637;WS=181549619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr1	181680082	rs17743547	G	A	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-1.315;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,111:0.64:174
chr1	181684605	rs12407563	A	G	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	181686216	rs7540850	T	C	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	181690949	.	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-0.908;SC=CGCTCCCAGGGTGGGGTCAGC;SOR=0.620;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=16;WE=181690957;WS=181690939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,32:0.26:123
chr1	181701523	.	GG	AA	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=1668;ReadPosRankSum=0.428;SC=TTGGCAGGAGGGAGCGGAGGC;SOR=0.841;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=131;TCF=101;TCR=30;TR=44;WE=181701532;WS=181701513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,53:0.34:154
chr1	181708464	.	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=0.052;SC=GAAGCCCTTTCCAGAAATGCA;SOR=0.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=22;WE=181708472;WS=181708454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr1	181714466	rs375841404	AT	A	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.832;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,34:0.28:122
chr1	181719679	rs704332	C	T	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=56;PP=1509;SC=GTTGGAGGAGCGAGAAAGTAT;SOR=1.343;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=181719687;WS=181719669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	181726364	.	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.889;SC=AACTTGATTAAGAATTATAGA;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=4;WE=181726372;WS=181726354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr1	181726413	rs704330	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=137;SC=CATTAAATAAGCATTTTCCAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=181726421;WS=181726403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	181727273	rs704329	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=759;ReadPosRankSum=0.362;SC=CACAAGAGCCGACTGAGCCCC;SOR=0.794;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=41;WE=181727281;WS=181727263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr1	181750469	rs704328	G	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=333;ReadPosRankSum=1.567;SC=TCTCCTATCTGTCTGCATCCT;SOR=1.002;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=17;WE=181750477;WS=181750465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr1	181752769	rs144664284	A	AT	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr1	181752783	.	T	TTG	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.596;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr1	181752923	rs36163765	AAGCTT	A	3210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=29;PP=1864;SC=TGCCAAAGGTAAGCTTAGCTT;SOR=0.963;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=35;WE=181752935;WS=181752913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	181753687	.	C	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=2.886;SC=GCCAAGATTTCCTCTTAAAAT;SOR=1.133;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=10;WE=181753695;WS=181753677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr1	181754314	rs579105	G	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GGCACCATGGGGGCCCTCAAT;SOR=0.765;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=8;WE=181754322;WS=181754304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	181754803	rs473200	C	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=797;ReadPosRankSum=1.312;SC=CAGCAAACTCCGTAGTCATTG;SOR=0.871;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=165;TCF=98;TCR=67;TR=64;WE=181754811;WS=181754793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,97:0.33:295
chr1	181759473	rs593942	T	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr1	181759657	rs704326	G	A	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=762;ReadPosRankSum=-3.664;SC=TATGGACCCCGCCGATGACGG;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=53;WE=181759665;WS=181759647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,90:0.56:162
chr1	181767860	rs200469194	A	G	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=55;PP=1500;ReadPosRankSum=-0.278;SC=TAGCTGGCAGATGCCCAACGG;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=50;TCR=85;TR=86;WE=181767868;WS=181767850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,100:0.63:159
chr1	181768070	.	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr1	182025448	.	A	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=369;ReadPosRankSum=0.025;SC=TTCACTCGTCAGAGGAGGAAG;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=35;WE=182025456;WS=182025438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,46:0.36:128
chr1	182355046	rs2296519	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,60:0.33:180
chr1	182356399	rs1058111	A	G	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,95:0.41:230
chr1	182369078	rs6698722	G	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=620;ReadPosRankSum=-0.348;SC=AGCCAGAGACGGGTCTGTATA;SOR=0.931;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=39;WE=182369086;WS=182369068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,58:0.35:164
chr1	182369233	rs6674281	A	G	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.328;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1153;ReadPosRankSum=0.017;SC=AGCAGAGAATAAACGTGCAGC;SOR=0.698;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=213;TCF=113;TCR=100;TR=86;WE=182369241;WS=182369223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,130:0.39:336
chr1	182429295	rs10572829	CTG	C	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=334;ReadPosRankSum=-0.504;SC=ATGCGTGTGTCTGTGTGTGTG;SOR=1.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=11;WE=182429306;WS=182429285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr1	182429605	rs12032506	C	A	55.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TAATGGTGGCCGCAGAACATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=182429613;WS=182429602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	182429728	rs266508	T	C	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=12;PP=718;SC=AATTTGTCTCTTTGCTTTTGC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=182429736;WS=182429718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	182443237	.	G	A	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=4.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=-1.728;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,85:0.35:244
chr1	182443462	rs649437	T	C	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=579;ReadPosRankSum=0.181;SC=CTGGCAGGACTTGCAGCATTT;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=153;TCF=78;TCR=75;TR=48;WE=182443470;WS=182443452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,75:0.33:229
chr1	182457343	.	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=302;ReadPosRankSum=0.507;SC=TACTCTGCTCCCAGGTGAACA;SOR=1.034;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=25;WE=182457351;WS=182457333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,34:0.29:119
chr1	182491092	.	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=4;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=1.166;SC=TTTCCCTTTTCATTGCTTATA;SOR=1.949;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=182491100;WS=182491082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	182491107	rs607269	A	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.03;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	182491107	.	AGTGT	CGTGC,CGTGT	258	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=24;MMLQ=13;MQ=60.0;NF=7,18;NR=4,8;PP=93,258;QD=13.3152613511;SC=CTTATAATATAGTGTTCTCCA;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=11,26;WE=182491119;WS=182491097;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.42:26
chr1	182491111	rs12142736	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	182491293	.	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,23:0.26:87
chr1	182500036	.	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.383;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr1	182501933	rs266534	C	A	3895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=53;PP=1472;ReadPosRankSum=0.264;SC=GAAAGTAAGTCATTTCTGTAT;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=81;TCR=77;TR=107;WE=182501941;WS=182501923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,187:0.66:282
chr1	182502033	rs266535	G	T	3759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=72;PP=1987;SC=GCAGCCTGGAGTCTAGCAAAA;SOR=1.210;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=42;TCR=72;TR=113;WE=182502041;WS=182502023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	182509269	rs266531	G	A	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=8;PP=852;SC=GACTATTTCAGTAGGCCAAAA;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=182509277;WS=182509259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	182509292	rs3856115	A	G	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=645;ReadPosRankSum=4.078;SC=ATGGATCCACAGTCTCCTTTC;SOR=1.167;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=41;WE=182509300;WS=182509282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr1	182509617	rs3911280	C	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-4.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=0.363;SC=TAGGACTGCCCAGCAGAAACT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=15;WE=182509625;WS=182509607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	182517357	rs6657620	G	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.043;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=225;ReadPosRankSum=0.093;SC=CTGGCCTTGCGTTTTTTGGGC;SOR=0.061;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=14;WE=182517365;WS=182517356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr1	182517563	.	G	A	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1513;ReadPosRankSum=-1.863;SC=AACTCTTCCTGAATTCTGACA;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=94;TCR=98;TR=108;WE=182517571;WS=182517553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,164:0.57:286
chr1	182517642	rs10911094	C	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr1	182549019	rs533259	A	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=32;PP=1163;SC=TCACAGCTTCATGTAGTGGTG;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=70;WE=182549027;WS=182549009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	182551337	rs627928	A	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=637;ReadPosRankSum=-0.877;SC=GAGCTTTCAGATCCTCAAATG;SOR=0.597;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=44;WE=182551345;WS=182551327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,52:0.35:149
chr1	182554557	rs486907	C	T	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,94:0.38:249
chr1	182554647	.	A	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,57:0.27:213
chr1	182569626	rs1144566	T	C	4340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	182571003	rs610367	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=205;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GGCCCTTCTACCTCTACACCT;SOR=0.412;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=13;WE=182571011;WS=182570993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr1	182571277	rs569790	C	T	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.662;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=828;ReadPosRankSum=-1.231;SC=TCTGGGGTTGCGGGAAAGAAG;SOR=1.024;SbPval=0.78;Source=Platypus;TCF=40;TR=56;WE=182571285;WS=182571267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,94:0.56:167
chr1	182573227	rs509476	T	C	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	182772804	rs61010723	A	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=353;ReadPosRankSum=1.098;SC=AAAAGACTAAATATGCCTTTT;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=26;WE=182772812;WS=182772794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr1	182778367	rs971040	G	A	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=45;PP=1692;SC=CAAAGTAGACGGAGTAGCTTT;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=86;WE=182778375;WS=182778357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	182784022	rs2275171	T	C	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=54;PP=1712;SC=ATGCATGGCATCTCACATGGT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=90;WE=182784030;WS=182784012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	182794901	rs3831265	G	GT	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=283;ReadPosRankSum=-0.926;SC=CTATAGATATGTTGTTCTTTT;SOR=0.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=10;WE=182794909;WS=182794891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr1	182798081	rs41272518	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=2.191;SC=CCTTGAGACATAATCTACCTT;SOR=0.391;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=15;WE=182798089;WS=182798071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr1	182798924	rs1045971	G	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=0.560;SC=TGCAACTAGTGACTTTTGTTT;SOR=0.368;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=16;WE=182798932;WS=182798914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr1	182812584	rs6704129	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=2.015;SC=GTACCTATGGCGAAGCACTTG;SOR=0.850;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=6;WE=182812592;WS=182812574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr1	182812642	.	A	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=1.594;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr1	182822367	rs75306569	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr1	182844020	rs11332	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=-2.466;SC=TTCAGATGACCCACTTTGTTC;SOR=0.848;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=13;WE=182844028;WS=182844010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	182845701	rs41312714	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=0.605;SC=TTAGAGTGATGGGATTGGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=3;WE=182845709;WS=182845691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr1	182849834	rs146667415	CA	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr1	182850727	rs6677840	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=19;PP=651;SC=TAAGAATGACTTGGGAAGCCA;SOR=1.067;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=182850735;WS=182850717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	182854017	rs3130492	G	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=22;PP=665;SC=TAGAATTCCTGAAGTTAGTGA;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=30;WE=182854025;WS=182854007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	182922215	rs78487548	G	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.148;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=278;ReadPosRankSum=-0.105;SC=GCCTGTCCGGGCTGATGGTGC;SOR=0.915;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=21;WE=182922223;WS=182922205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr1	182993025	rs10911194	C	T	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.094;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=896;ReadPosRankSum=0.029;SC=TCAACGCCGCCTTCAACGTGA;SOR=0.508;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=239;TCF=141;TCR=98;TR=75;WE=182993033;WS=182993015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,131:0.33:394
chr1	182993358	rs12030652	G	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.833;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=130;ReadPosRankSum=0.598;SC=CCTCACGGGCGCAGACGGCCG;SOR=0.283;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=16;WE=182993366;WS=182993348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr1	183072590	rs2296288	T	C	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=668;ReadPosRankSum=0.923;SC=GTGGTTCCTGTGAGAACACCT;SOR=0.475;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=139;TCF=61;TCR=78;TR=62;WE=183072598;WS=183072580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,76:0.42:179
chr1	183072701	rs2296289	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=0.302;SC=CTGGGGGCAACGTGGCCTTTT;SOR=1.012;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=20;WE=183072709;WS=183072691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,31:0.31:101
chr1	183077296	rs3835273	A	AG	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=199;ReadPosRankSum=-0.731;SC=ATTTAGTGCTAAAGAGGGCGT;SOR=1.721;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=8;WE=183077304;WS=183077286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr1	183077615	rs3765521	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	183077618	rs3765522	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.892;SOR=0.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr1	183079509	rs2296291	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.531;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-0.657;SC=GCTCAGTTCCCCAGTTTACAC;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=4;WE=183079517;WS=183079499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr1	183079853	rs6672093	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=151;ReadPosRankSum=0.930;SC=GAAGAAGGAATGGGTGACTTT;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=12;WE=183079861;WS=183079843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	183084607	rs3736888	AC	GA	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=856;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GATTTTACTTACGTATCTGGC;SOR=0.540;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=30;WE=183084616;WS=183084597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,38:0.39:97
chr1	183085696	rs6424888	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.360;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,40:0.36:112
chr1	183085755	rs20563	A	G	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=584;ReadPosRankSum=0.272;SC=TGAATGTAATATTGAAACAGG;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=45;WE=183085763;WS=183085745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,66:0.40:167
chr1	183086757	rs2296292	A	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=414;ReadPosRankSum=0.538;SC=GCCTCTCTGCAGAAGACCTTG;SOR=0.791;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=39;WE=183086765;WS=183086747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,42:0.32:130
chr1	183091026	.	C	T	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=763;ReadPosRankSum=-0.557;SC=CCATACAGTCCATGTGTGCTT;SOR=0.587;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=84;TCR=56;TR=53;WE=183091034;WS=183091016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,91:0.43:210
chr1	183093875	rs20557	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-2.205;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,31:0.26:120
chr1	183094547	rs20558	T	C	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=5.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.077;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.211;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr1	183095185	rs55856623	TAA	T	313.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	183095234	rs1886501	A	G	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=311;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TGCCTGAGAAATGTCCTGTGT;SOR=0.954;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=21;WE=183095242;WS=183095224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr1	183095477	rs2296293	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=-1.628;SC=GACTTTGACAGCCTCAGTCTA;SOR=1.206;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=19;WE=183095485;WS=183095467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr1	183096253	rs3066017	T	TATA	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=179;ReadPosRankSum=1.152;SC=TCAAAAAAATTATGACAGTAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=183096261;WS=183096243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	183096634	rs1413390	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=0.122;SC=GGTGAACAAGGTAGATGTGGT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=11;WE=183096642;WS=183096624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	183096668	rs1413389	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-1.510;SC=GACTTATGTTCCAGTTGGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=183096676;WS=183096658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	183097956	rs34133998	G	GTTA	1107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=476;ReadPosRankSum=0.755;SC=CTAAAGCAAGGTTAGTATAGT;SOR=0.380;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=13;WE=183097964;WS=183097946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr1	183098001	rs10797851	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=0.510;SC=TAAACTACTCATAGATTATAA;SOR=0.430;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=12;WE=183098009;WS=183097991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr1	183099701	rs2296300	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=-1.654;SC=GATTGCAAACGTCTGAGGTGG;SOR=1.244;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=12;WE=183099709;WS=183099691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr1	183100555	rs2333620	T	C	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.699;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,44:0.34:130
chr1	183100562	.	G	GT	1242.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.673;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.535;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,35:0.32:108
chr1	183100563	rs55951405	G	GTGTGTGT	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=5.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=2.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,32:0.30:105
chr1	183100596	rs2333619	A	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=7.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-0.563;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.934;SOR=2.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr1	183100598	rs4047797	T	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.899;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
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chr1	183101444	rs12071514	A	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	183101471	rs12061219	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=164;ReadPosRankSum=1.959;SC=AGCATTACCTGAATTTTACTT;SOR=0.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=13;WE=183101479;WS=183101461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr1	183101686	rs12095664	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=254;ReadPosRankSum=-0.286;SC=AGTATAATTTGAAAGTGGTTT;SOR=0.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=26;WE=183101694;WS=183101676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,45:0.35:127
chr1	183102616	rs61749263	C	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=169;ReadPosRankSum=0.817;SC=CCAAAAGGGCCGGTGACAAAG;SOR=1.141;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=18;WE=183102624;WS=183102606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr1	183104003	rs3831074	GGTCTGT	G	1033.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr1	183104079	rs2296298	C	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=0.810;SC=TTTATGCTGGCAAGTCTCAGG;SOR=0.785;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=18;WE=183104087;WS=183104069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr1	183104340	rs35182436	AT	A	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,39:0.36:109
chr1	183105399	rs2296296	C	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=267;ReadPosRankSum=1.120;SC=AGCCCATGCTCTCTTCCATTT;SOR=0.223;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=14;WE=183105407;WS=183105389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	183105534	rs20560	T	C	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=637;ReadPosRankSum=0.675;SC=TTGATAGGCGTGTGAACGATA;SOR=0.505;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=60;WE=183105542;WS=183105524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,96:0.38:253
chr1	183106739	rs10797854	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	183155715	rs60707856	CT	C	1244.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=1295;ReadPosRankSum=1.192;SC=TCTGGGGCTCCTCCAGAGACG;SOR=1.192;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=22;WE=183155725;WS=183155705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,36:0.33:110
chr1	183155717	rs61418038	C	A	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.308;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=1292;ReadPosRankSum=1.399;SC=TGGGGCTCCTCCAGAGACGGA;SOR=1.240;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=24;WE=183155725;WS=183155705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr1	183155778	rs6703054	A	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=0.538;SC=AAATAGTAAGACAATAAGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=8;WE=183155786;WS=183155768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	183176970	rs11480551	G	GT	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr1	183177218	rs647347	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=374;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GCTGAAAAGGACGGAAAGAGG;SOR=1.167;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=18;WE=183177226;WS=183177208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr1	183184524	rs2274981	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	183184616	rs2274980	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr1	183184848	rs875794	T	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr1	183187494	rs10911285	T	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=393;ReadPosRankSum=0.952;SC=TTTGGAAGCATGTCCCTAATT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=34;WE=183187502;WS=183187484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr1	183187603	rs1129723	C	T	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=585;ReadPosRankSum=0.886;SC=AGCCAGCTGTCACTGGAGAAC;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=47;WE=183187611;WS=183187593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,84:0.44:189
chr1	183190069	.	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,39:0.30:130
chr1	183191144	rs2296307	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=139;ReadPosRankSum=0.970;SC=TAGGACTTGTCGGCAAGCAAA;SOR=1.479;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=11;WE=183191152;WS=183191134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr1	183191324	rs2296306	C	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=399;ReadPosRankSum=1.264;SC=AACGACTAGACCCTGTCTATT;SOR=0.837;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=31;WE=183191332;WS=183191314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,45:0.37:122
chr1	183191367	rs2296305	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=267;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AATAATGTCTCCTATAGAGGC;SOR=0.820;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=23;WE=183191375;WS=183191357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr1	183192304	rs1047980	T	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr1	183194619	rs2021956	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=-0.889;SC=TCTCAGTCCTATGCCCCCTTC;SOR=0.093;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=183194627;WS=183194615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	183206573	rs1047981	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=1.585;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,51:0.29:176
chr1	183207603	rs1925043	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.287;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=266;ReadPosRankSum=-0.073;SC=AAGTGTATAGTCATGACCAAT;SOR=1.179;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=17;WE=183207611;WS=183207593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,28:0.30:94
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chr1	183209143	.	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CCCTATCTCTCCTTCCGTCCC;SOR=1.314;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=7;WE=183209151;WS=183209133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr1	183212171	rs3768594	C	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=-0.480;SC=ATACTATTTGCTCTAGGCAAG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=183212179;WS=183212161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	183212548	rs3768593	T	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.792;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CTGCCATAAATATTTCTCAAC;SOR=1.350;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=14;WE=183212556;WS=183212538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr1	183221812	.	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=1.473;SC=GGCTTTTGAGGATGTAGTCGA;SOR=0.668;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=16;WE=183221820;WS=183221802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,33:0.32:104
chr1	183253213	rs607332	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=134;ReadPosRankSum=1.165;SC=TTAGGGAACAGGCTTCCTGGT;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=9;WE=183253221;WS=183253203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr1	183253959	rs603850	T	G	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=39;PP=1105;SC=AGGGACAGAGTGGGAGAGAAC;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=183253967;WS=183253949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	183273751	rs2276879	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=383;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CCATCTGCACCTCCCTCCAGC;SOR=1.893;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=20;WE=183273759;WS=183273741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr1	183471295	rs789193	G	T	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	183482038	.	T	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	183486859	rs789169	G	A	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	183516100	rs699246	G	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr1	183516241	rs3768589	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=1.484;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,27:0.25:108
chr1	183516440	rs2702182	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5126;FS=6.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=-0.362;SC=CTGCTTCTCTGAGATACTGTA;SOR=2.712;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=16;WE=183516448;WS=183516430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr1	183518398	.	C	T	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,96:0.29:326
chr1	183519855	.	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=0.631;SC=AACAATGATTTACTATATCCT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=5;WE=183519863;WS=183519845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr1	183525452	rs699244	T	G	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=63;PP=1778;SC=ATTTGTTATCTGTCACCCTTC;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=93;WE=183525460;WS=183525442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	183532200	rs3845461	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GCAGAGCTGTGACTTATTACA;SOR=0.412;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=10;WE=183532208;WS=183532190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	183533034	.	C	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.13;ReadPosRankSum=-1.183;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr1	183534935	rs2296164	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=326;ReadPosRankSum=0.750;SC=CAGGGAGCGACGGTCAGAACC;SOR=0.540;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=24;WE=183534943;WS=183534925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr1	183542387	rs2274064	T	C	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=801;ReadPosRankSum=1.863;SC=TCGAAACAGCTTGCCCACAGG;SOR=0.543;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=53;WE=183542395;WS=183542377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,75:0.61:123
chr1	183592416	rs2761573	G	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr1	183592570	rs17488675	C	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-2.270;SC=GTGGGCTTCCCGGGCCTCCTC;SOR=0.743;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=20;WE=183592578;WS=183592560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,61:0.37:164
chr1	183604905	rs2767305	A	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=508;ReadPosRankSum=1.497;SC=TTCCGCTCTGAGGCGTCGCCG;SOR=0.732;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=90;TCF=22;TCR=68;TR=31;WE=183604913;WS=183604895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr1	183616926	rs1174657	T	C	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=586;ReadPosRankSum=0.107;SC=CCAAGGTCCTTGGTTTCCTGG;SOR=0.980;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=56;WE=183616934;WS=183616916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,74:0.38:193
chr1	183617105	rs1174658	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=434;ReadPosRankSum=0.458;SC=CATTTGAAAAAACTGTCCAGG;SOR=0.780;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=29;WE=183617113;WS=183617095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,39:0.37:106
chr1	183711483	rs3820689	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.54;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr1	183711493	rs112902301	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.37;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr1	183775638	rs11579867	A	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,41:0.32:130
chr1	183861021	rs75352181	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=368;ReadPosRankSum=0.658;SC=TGGCCAAGTCCACCTTAAAAG;SOR=3.634;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=18;WE=183861029;WS=183861011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	183895435	rs4382680	A	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=429;ReadPosRankSum=-0.413;SC=GAAGGGAGGGACCAGTGGCCC;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=23;WE=183895443;WS=183895425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr1	183908222	rs3010040	C	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=561;SC=AGGAGACTTACGGAACAGGGA;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=25;WE=183908230;WS=183908212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	183909717	rs2296713	G	A	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=31;PP=1473;SC=AGACTCACACGGGATGCTTGT;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=81;WE=183909725;WS=183909707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	183909934	rs1887278	G	A	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=31;PP=931;SC=GTAAGGAAATGGCAGAGGAGA;SOR=1.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=183909942;WS=183909924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	183942950	rs2296714	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=15;PP=343;SC=GAGAATAACCCAGCCCTTCTG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=183942958;WS=183942940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	183944089	rs2077202	A	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=328;SC=CAAAAATTTCATTGTGCCTTT;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=183944097;WS=183944083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	183944444	rs2378795	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.84;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	183947633	rs11579482	C	A	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=45;PP=1085;ReadPosRankSum=-1.653;SC=TTGTATTATCCACATTGTGAT;SOR=0.705;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=47;TCR=79;TR=70;WE=183947641;WS=183947623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,114:0.57:199
chr1	183947757	rs3833521	G	GA	425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=408;SC=GCTACTCCTGGAAAAAAAATT;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=17;WE=183947765;WS=183947747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	184006128	rs74767794	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CCGCCCCTCCAGCGGCTCCCT;SOR=0.461;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=9;WE=184006136;WS=184006121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	184006549	rs114661926	C	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.592;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	184020945	rs2274432	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=162;ReadPosRankSum=-2.255;SC=CTGGGTCCGGGCGGTGTTCGC;SOR=0.874;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=13;WE=184020953;WS=184020935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr1	184023529	rs1046934	A	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,43:0.30:143
chr1	184476621	rs9633308	T	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=188;SC=AGGCCACAGGTGAAAGGGTCT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=184476629;WS=184476611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	184537506	rs148172331	ACTC	A	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=316;ReadPosRankSum=0.927;SC=TTAAACACTAACTCCTCCTTC;SOR=0.593;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=184537516;WS=184537496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	184567463	rs10465489	G	T	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=23;PP=1090;SC=TGGGGACTCTGCATTTTTCCT;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=184567471;WS=184567453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	184588710	rs16823344	A	C	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=598;ReadPosRankSum=0.758;SC=TACCACTCAAACCAGGAGCTA;SOR=1.001;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=45;WE=184588718;WS=184588700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,59:0.36:164
chr1	184662181	rs1061508	C	T	3879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=34;PP=2002;SC=AACCACAGTTCTATCATGGCT;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=99;WE=184662189;WS=184662171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	184663537	rs9425343	A	C	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.206;NF=28;NR=40;PP=1301;ReadPosRankSum=-0.730;SC=ACTTGATGAAATCTGTTCACC;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=68;WE=184663545;WS=184663527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr1	184663581	rs9425634	T	C	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=35;PP=1033;SC=CAGAGGATGGTTGTTCTTCAT;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=184663589;WS=184663571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	184663643	rs34236444	TA	T	196.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=295;SC=GCTACTTCTCTAAAAAAATGT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=12;WE=184663651;WS=184663633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	184675814	rs1062994	G	A	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	184677464	rs3736757	G	A	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=42;PP=1266;SC=CTTCAGCGTCGATTGAACTAG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=184677472;WS=184677454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	184681065	rs35621191	A	AT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	184681081	rs7525074	A	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=683;SC=TTTTTTTTGAAATGGAGTCTC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=184681089;WS=184681071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	184681802	rs4651230	T	C	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=115;SC=ATGAAAGCCATAGAGTCAAGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=184681810;WS=184681792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	184695571	rs10752941	C	T	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=781;SC=AGACAATGACCTTCTGATAAG;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=184695579;WS=184695561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	184706212	rs10711907	GT	G	1423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=563;SC=AGAAACAAGCGTTAACAAGAT;SOR=0.902;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=184706220;WS=184706202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	184718750	rs35957626	GAAA	G	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;QD=30.59;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	184760001	rs570441	T	C	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=9;PP=1015;SC=CATTAAGTGGTTTCCCTGCAG;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=184760009;WS=184759991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	184760188	.	G	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=481;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CATTTTATTGGAATATAGGCA;SOR=0.645;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=46;WE=184760196;WS=184760178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,60:0.36:169
chr1	184764067	rs581100	C	G	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=62;PP=2827;SC=CCCCTATAACCCTTTGGCTTT;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=96;TCR=64;TR=158;WE=184764075;WS=184764057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	184765000	rs12750174	G	A	2956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1469;ReadPosRankSum=-0.276;SC=TTTGGCCAACGAGCTAGGGAC;SOR=0.882;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=95;WE=184765008;WS=184764990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,136:0.68:201
chr1	184777079	rs338564	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=-0.246;SC=GTGTCCTCCCGCAACATGATG;SOR=0.831;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=25;WE=184777087;WS=184777069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr1	184777101	rs338565	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=539;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CTAAAGAGACGCGACGTATTT;SOR=1.008;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=40;WE=184777109;WS=184777091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,54:0.42:130
chr1	184777177	rs543912	C	A	3625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,191:0.44:431
chr1	184777467	rs338566	A	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=-0.472;SC=ATCAAATGCAAGTTGTTAAAG;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=184777475;WS=184777457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	184801065	rs487675	T	C	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=-1.637;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,166:0.67:246
chr1	185060950	rs201420664	CT	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.037;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr1	185119794	rs1544051	C	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=230;SC=GTAATTGTTGCAGCACATGAT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=185119802;WS=185119784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	185278318	rs200003835	GAATTAT	G	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.142;NF=2;NR=6;PP=326;ReadPosRankSum=0.516;SC=AAATTATGAAGAATTATAATT;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=185278331;WS=185278308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr1	185969239	.	G	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=470;ReadPosRankSum=2.294;SC=CAGAGAGCCTGGCATTTCTAT;SOR=0.584;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=38;WE=185969247;WS=185969229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,69:0.43:161
chr1	185984517	rs6665753	T	C	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=666;ReadPosRankSum=-1.687;SC=ATACGTGTCATGTAGCCAATG;SOR=0.861;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=48;WE=185984525;WS=185984507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,92:0.65:141
chr1	186022032	rs10911808	T	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=0.147;SC=TAAACTGTTATGAGAATTCTA;SOR=0.505;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=14;WE=186022040;WS=186022022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	186026474	rs12129650	T	C	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=582;ReadPosRankSum=0.826;SC=CTGCCTTCCATAACCTGGTTC;SOR=0.846;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=47;WE=186026482;WS=186026464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,75:0.33:224
chr1	186030902	rs10737266	G	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=-0.577;SC=AATTTTTACCGAAATTGAGCA;SOR=0.682;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=14;WE=186030910;WS=186030892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr1	186031041	rs7522627	C	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=0.611;SC=AATATACTTGCGTTGTAAGGA;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=32;WE=186031049;WS=186031031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,54:0.32:171
chr1	186039006	rs761905	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TTTATACTCACCATTAAAGAC;SOR=0.255;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=186039014;WS=186038996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	186050417	rs10798035	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,27:0.21:129
chr1	186055371	rs6425017	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=278;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TATATTTACTATTATAGTTCC;SOR=0.709;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=20;WE=186055379;WS=186055361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr1	186057181	rs10911816	T	C	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=986;ReadPosRankSum=1.883;SC=CTTTTTCCCCTAGATATGCAA;SOR=0.630;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=64;WE=186057189;WS=186057171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,76:0.39:196
chr1	186064760	rs1022671	A	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr1	186076224	.	C	CT	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.956;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
chr1	186077463	rs1555495	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.506;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=0.734;SC=GTTTGTAATTATCTAGGCTAT;SOR=0.105;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=9;WE=186077471;WS=186077455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	186081918	rs7555520	C	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=421;ReadPosRankSum=-1.011;SC=ATTTTAACGGCAAATTTCTTT;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=39;WE=186081926;WS=186081908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,53:0.38:139
chr1	186086578	rs10157742	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr1	186113852	rs17531405	G	C	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=515;ReadPosRankSum=-1.402;SC=GTTGGAAATAGTGAGTCAACA;SOR=0.624;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=37;WE=186113860;WS=186113842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,73:0.39:187
chr1	186135231	rs78002252	A	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-1.811;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr1	186135236	rs6425021	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr1	186141301	rs4651302	G	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=345;ReadPosRankSum=-2.275;SC=AGATCAGTTTGCCGTCAACAA;SOR=0.792;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=28;WE=186141309;WS=186141291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,56:0.36:157
chr1	186151493	rs16825040	C	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=404;ReadPosRankSum=-0.379;SC=AGTTTTTTTTCAATAATCATT;SOR=0.782;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=29;WE=186151501;WS=186151483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr1	186265948	rs1293987	T	A	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=732;ReadPosRankSum=0.033;SC=ATGAAAGAGCTGTTTTCTGAT;SOR=0.447;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=49;WE=186265956;WS=186265938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,65:0.69:94
chr1	186270894	rs1547084	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=0.585;SC=AGATCTGTGCACCTACCTTAG;SOR=0.841;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=17;WE=186270902;WS=186270884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr1	186273994	rs2273779	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=-1.913;SC=TTCAACAATTCGGAAAATCAA;SOR=0.913;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=30;WE=186274002;WS=186273984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr1	186274133	rs6425024	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TGCGTGTTGGCAGAATGAGGA;SOR=0.260;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=8;WE=186274141;WS=186274123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	186274157	rs6425025	G	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	186274159	rs2273778	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	186275760	rs16825150	G	A	4715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.049;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=86;PP=2879;ReadPosRankSum=-1.800;SC=GAAAAGAGAAGACTACTTCCG;SOR=0.545;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=272;TCF=144;TCR=128;TR=176;WE=186275768;WS=186275750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,211:0.63:333
chr1	186276661	rs61831150	A	G	2831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.093;NF=34;NR=62;PP=1441;ReadPosRankSum=0.655;SC=TGCACCCACCACTCCCAAAGA;SOR=0.775;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=263;TCF=99;TCR=164;TR=96;WE=186276669;WS=186276651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,173:0.37:465
chr1	186277088	rs68069719	G	C	21202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=799;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.93;QD=26.64;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,796:1.00:796
chr1	186277432	.	A	G	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=60;PP=1411;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CTCTACTCCAACTACCACCAA;SOR=0.826;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=342;TCF=157;TCR=185;TR=103;WE=186277440;WS=186277422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,158:0.32:501
chr1	186277989	rs3737940	A	G	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=54;PP=1235;ReadPosRankSum=1.153;SC=TGAGAAAACCAAAGACGACAC;SOR=0.695;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=282;TCF=137;TCR=145;TR=100;WE=186277997;WS=186277979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,152:0.33:460
chr1	186286782	rs34585917	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.198;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	186295021	rs76057663	A	G	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1137;ReadPosRankSum=0.556;SC=ATGCTCAAATAAAATAAATAT;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=74;WE=186295029;WS=186295011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,116:0.69:169
chr1	186300535	.	TA	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr1	186313249	rs2950829	A	G	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=54;PP=1813;SC=TATCAGAATAACAGATTTTCC;SOR=1.292;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=78;WE=186313257;WS=186313239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	186313293	rs76557279	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=540;ReadPosRankSum=-0.585;SC=TTGGCCAGGCGCGGTGGCTAA;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=31;WE=186313301;WS=186313283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr1	186316488	rs3753565	C	T	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1272;ReadPosRankSum=0.065;SC=TTCCACATTGCTCGTACTTGT;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=88;WE=186316496;WS=186316478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,136:0.63:215
chr1	186316656	rs3753564	G	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=287;ReadPosRankSum=-1.093;SC=CTGTTATAAAGAGCTTATGAA;SOR=0.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=21;WE=186316664;WS=186316646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr1	186329869	rs2026187	C	G	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=18;PP=932;SC=AGTATTTCAACTCACTAACAA;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=186329877;WS=186329859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	186330643	rs10494586	T	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=5;PP=766;SC=TACCTAATTCTGTCCCAAATA;SOR=3.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=186330651;WS=186330633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	186330700	rs36117514	A	AG	1810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.856;QD=19.06;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,56:0.59:95
chr1	186352347	rs4651309	A	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=161;ReadPosRankSum=2.986;SC=GCTAGAATCAAGAAGATTTAG;SOR=1.127;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=14;WE=186352355;WS=186352337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr1	186357523	rs1290390	T	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=6;PP=292;SC=TCAACACTCATCTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=186357532;WS=186357513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	186359937	.	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr1	186363119	rs12084264	C	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=-2.342;SC=ACTAGTCATTCTTTTGATGTC;SOR=0.527;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=7;WE=186363127;WS=186363109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr1	186418600	rs12407957	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr1	186645488	rs4648276	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TGTATATAGAATGTGTGAGTT;SOR=0.127;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=7;WE=186645496;WS=186645478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr1	186645927	rs2066826	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.019;SC=TGGGTATAAGCGGTAATAACT;SOR=0.569;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=7;WE=186645935;WS=186645917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
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chr1	186901738	rs12720584	TTCTTCTTTTAAAA	T	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=0;PP=579;ReadPosRankSum=0.317;SC=CGGCCTTATTTTCTTCTTTTA;SOR=1.565;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=1;WE=186901758;WS=186901728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	186908385	rs2307200	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TCAATCTACACTGCTTTTATA;SOR=1.002;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=186908393;WS=186908375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	186919732	rs4650709	A	T	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.93;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	186919993	rs969357	G	A	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=43;PP=1232;SC=GTAGCTTTCTGTTGAGAGAGA;SOR=1.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=186920001;WS=186919983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	186925168	rs5007825	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.03;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	186925168	.	AG	GG,GT	232	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=20;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=14,3;NR=5,1;PP=232,9;QD=14.0405901341;SC=CACCGTGCCCAGCCCAAAGAT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19,4;WE=186925177;WS=186925166;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:19
chr1	186925169	rs35183959	G	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	186925194	rs5007824	T	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=686;ReadPosRankSum=1.237;SC=TTTAAACATGTATTTTGGAGT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=30;WE=186925202;WS=186925184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr1	186925552	rs2307199	T	C	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=48;PP=1400;SC=GCATTTTAATTATTATTAACA;SOR=1.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=186925560;WS=186925542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	186946912	rs2307198	G	A	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=52;PP=1542;SC=AGAAAGTACAGGGCTCCAGGT;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=76;WE=186946920;WS=186946902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	187610538	rs10157977	C	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GGACAAAGAACCCCGTCTTTA;SOR=0.074;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=187610546;WS=187610528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	187610698	rs10157987	C	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.566;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=351;ReadPosRankSum=-1.163;SC=GAAACCATGCCCCCACCCCTA;SOR=1.116;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=30;WE=187610706;WS=187610688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,43:0.34:127
chr1	187610777	rs61822202	C	G	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.202;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=595;ReadPosRankSum=-0.097;SC=CTGCCACTGTCCCCTCCCTGC;SOR=0.713;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=46;WE=187610785;WS=187610767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,72:0.31:231
chr1	187610852	rs10159182	A	C	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=690;ReadPosRankSum=0.864;SC=CCATGTGCCCATGGAATCTCC;SOR=0.661;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=48;WE=187610860;WS=187610842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,86:0.32:270
chr1	192128139	.	T	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-2.129;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	192128183	rs4454527	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=-0.102;SC=AAACATTTTCGTATGTTACCC;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=10;WE=192128191;WS=192128173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	192128449	.	A	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=476;ReadPosRankSum=0.818;SC=CCAAAGAAACAAGGTGAATAA;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=30;WE=192128457;WS=192128439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr1	192321189	rs77664911	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GGTCTAGATGCTTTTCGAATA;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=11;WE=192321197;WS=192321179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	192335271	rs59139714	C	CTAAT	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.246;NF=0;NR=6;PP=257;ReadPosRankSum=0.156;SC=TAAAAGTTAACTAATCACTAT;SOR=0.217;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=192335279;WS=192335261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	192544795	rs2984920	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=796;SC=CACCAAGAAAAGGGGAACTTC;SOR=2.165;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=32;WE=192544803;WS=192544785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	192545099	rs7535818	G	A	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=49;PP=1275;SC=ATTTTAACAAGTTATCTTTAA;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=192545107;WS=192545089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	192778159	rs12130714	A	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=241;ReadPosRankSum=-0.525;SC=GCTGCGACGCACGCCCAGCCG;SOR=0.716;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=17;WE=192778167;WS=192778149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr1	192780498	rs17647363	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=1.190;SC=TTAACTCTGAATACCAAATAA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=11;WE=192780506;WS=192780488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	193051685	rs2275444	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=11;PP=871;SC=CTTTTGTTCCGAATTAGATCC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=193051693;WS=193051675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	193054154	rs10921309	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-1.811;SC=TGAATAATACGTGTGTACCTA;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=14;WE=193054162;WS=193054144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr1	193074371	rs10801175	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=368;SC=ACGCCGCGGCACTCCTGCCCG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=193074379;WS=193074361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	193074611	.	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=515;ReadPosRankSum=0.142;SC=CCGCCCCGTCCCGCCCCTCCG;SOR=0.523;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=33;WE=193074619;WS=193074601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr1	193074651	rs10921310	T	A	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=45;PP=1469;SC=GGTCACCTCCTCGCAGCTGAG;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=74;WE=193074659;WS=193074641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	193090865	rs10737621	C	A	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	193094375	rs4466634	T	C	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=45;PP=1285;SC=TACTTATCTATCTATTTATCA;SOR=1.464;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=193094383;WS=193094365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	193104827	rs10921318	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TTTTTTTCTGGAAAAATTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=193104835;WS=193104817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	193111228	rs147167392	TGA	T	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.719;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	193202001	rs10921328	C	G	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=196;SC=CCACTGCACTCTAGCCTGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=193202009;WS=193201991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	193205272	rs3738244	T	A	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=25;PP=1551;SC=ATAAGACTCTTTCACATGAAT;SOR=1.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=81;WE=193205280;WS=193205262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	196197285	.	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=0.178;SC=TAGTTTCTTTCGTGCCAGCAA;SOR=0.574;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=14;WE=196197293;WS=196197275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr1	196227526	rs977157	A	G	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=39;PP=1294;SC=GGTCCGACTGATCACTGGATG;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=68;WE=196227534;WS=196227516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	196227711	rs201868196	T	TGTTATA	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=61.07;MQRankSum=1.910;NF=2;NR=4;PP=287;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GCTAATATATTGTTATATTTC;SOR=1.479;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=6;WE=196227719;WS=196227701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	196242758	.	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr1	196242764	rs558895	T	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=270;SC=ATTTCTCGTATGGCTTTTGAA;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=196242772;WS=196242748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	196254970	rs2477360	C	T	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=50;PP=1327;SC=TGTTGACATACGTAAAAAGTT;SOR=2.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=61;WE=196254978;WS=196254960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	196303319	rs12410633	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=0.206;SC=ATATTTATGCGTGTGGTGTAT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=196303327;WS=196303309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	196309380	rs139247009	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=1.229;SC=TTTTCTTTAAACTTTTAATAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=196309388;WS=196309370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	196309523	rs142546287	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=213;ReadPosRankSum=-2.075;SC=CATGATAAAACGACCTGGACA;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=18;WE=196309531;WS=196309513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,34:0.27:125
chr1	196309632	rs199647890	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=1.137;SC=CATAATGTATCGAGGACCTGG;SOR=0.703;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=15;WE=196309640;WS=196309622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr1	196309735	rs115660451	T	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr1	196342155	rs113243480	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr1	196342444	rs73067629	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=-1.191;SC=TGTAAAAAATAAAACAAAATG;SOR=0.250;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=196342452;WS=196342434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr1	196392172	rs111737299	A	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr1	196398619	rs1538684	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=341;ReadPosRankSum=-1.559;SC=GTTAGATAAATAAGCCACTTT;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=18;WE=196398627;WS=196398609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr1	196398974	rs12121250	T	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CCAAAGCACATTTCATAAAGC;SOR=0.175;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=13;WE=196398982;WS=196398964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr1	196438293	rs12746984	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=128;ReadPosRankSum=1.526;SC=TAGCAATAAGGATGCTTCCAT;SOR=0.671;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=11;WE=196438301;WS=196438283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr1	196461513	rs4607811	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=240;SC=ATGCAAGCAACCATATCTTTA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=196461521;WS=196461503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	196577572	.	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.44;ReadPosRankSum=1.716;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr1	196654324	rs1061147	A	C	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=47;PP=1531;ReadPosRankSum=-2.747;SC=GAAATACAGCAAAATGCACAA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=208;TCF=108;TCR=100;TR=99;WE=196654332;WS=196654314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,172:0.50:344
chr1	196658497	rs482934	G	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=210;ReadPosRankSum=0.719;SC=TCTAATATGAGTGTTTATTAC;SOR=0.269;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=17;WE=196658505;WS=196658487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr1	196658905	rs12029785	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	196659237	rs1061170	C	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.233;NF=28;NR=17;PP=650;ReadPosRankSum=0.838;SC=TAATCAAAATCATGGAAGAAA;SOR=0.330;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=45;WE=196659245;WS=196659227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,79:0.66:119
chr1	196682947	rs2274700	G	A	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.107;NF=53;NR=34;PP=1335;ReadPosRankSum=-1.408;SC=AAGAAAAAGCGAAATATCAAT;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=87;WE=196682955;WS=196682937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,141:0.62:228
chr1	196684574	rs6664877	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.95;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	196684574	.	CA	TG	122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=122;QD=58.4892916207;SC=TTTACGACAACAAATTCTCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=196684583;WS=196684568;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	196684575	rs6677460	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.46;ReadPosRankSum=0.210;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	196684625	rs203674	G	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TTTATTAGTAGATCTAATCAA;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=196684633;WS=196684615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	196705926	rs375046	C	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	196710916	rs16840522	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=-2.308;SC=ATTGATTCTATATATCGCTAT;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=196710924;WS=196710912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	196874356	rs10801578	G	T	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=71;PP=2677;SC=CAACAGCAGAGGGAAATTCTT;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=79;TCR=71;TR=150;WE=196874364;WS=196874346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	196887181	rs1971579	T	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=2.989;SC=TATTATATTTTTGAAATGCTA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=196887189;WS=196887171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	196920178	rs3828032	C	T	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=818;ReadPosRankSum=0.316;SC=ATGTTGTTCTCTCAGATGCTG;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=61;WE=196920186;WS=196920168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,89:0.57:155
chr1	196926956	rs3748556	C	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,53:0.66:80
chr1	196926973	rs3748555	C	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=690;ReadPosRankSum=-0.443;SC=CTTATTTGAACTTGTATTTTT;SOR=0.682;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=47;WE=196926981;WS=196926963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,82:0.70:117
chr1	196928175	.	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=-1.571;SC=GTGTCAGAATGGGAAACTGGT;SOR=0.963;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=15;WE=196928183;WS=196928165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr1	196946775	rs9427662	T	C	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TTTAGTTATATACGATTGAGA;SOR=0.898;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=72;WE=196946783;WS=196946765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,109:0.61:178
chr1	197025102	rs372931236	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=277;ReadPosRankSum=1.283;SC=TATAGTGTCTCGATATTTGTA;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=20;WE=197025110;WS=197025092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	197026672	rs1759009	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	197029628	.	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr1	197030201	rs5997	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=228;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GAGCCAAACATGTTTCTAAAA;SOR=0.619;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=24;WE=197030209;WS=197030191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr1	197031021	rs6003	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=524;ReadPosRankSum=0.478;SC=GCAACCATAACGCATGTTCTC;SOR=1.010;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=43;WE=197031029;WS=197031011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,63:0.33:189
chr1	197053373	rs12677	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	197055925	rs10754213	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	197059878	rs4915315	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=376;ReadPosRankSum=-1.198;SC=CGGCTAATGCGTTAGCTTTTT;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=197059900;WS=197059868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	197059892	rs10754214	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=376;ReadPosRankSum=0.560;SC=GCTTTTTAAAATGGTAACTAT;SOR=2.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=10;WE=197059900;WS=197059868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	197059928	rs4915316	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=278;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GATATCATGTAGATGAATTGC;SOR=1.048;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=19;WE=197059936;WS=197059918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr1	197063352	rs41304071	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=0.786;SC=ATTACTTTAACTTATTCAATG;SOR=1.008;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=20;WE=197063360;WS=197063342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr1	197070442	rs3762271	G	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr1	197070697	rs41310927	T	C	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=1.303;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr1	197070707	rs41308365	G	A	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr1	197070815	rs1412640	T	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=554;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TTTCTCTTTGTAATTTTGCAG;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=38;WE=197070823;WS=197070805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,53:0.38:138
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chr1	197073932	rs2878749	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr1	197091537	rs4915337	A	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=210;ReadPosRankSum=1.990;SC=ATGCTTTAAGAGACATATCCA;SOR=0.544;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=23;WE=197091545;WS=197091527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,40:0.30:133
chr1	197091808	rs61819088	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.085;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=-1.863;SC=CTGTGAATAATAAAGGCAGAG;SOR=0.212;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=20;WE=197091816;WS=197091798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr1	197097891	rs150344996	AAAAT	A	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.782;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.938;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr1	197101303	rs3737110	C	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-1.074;SC=TCAAGCTAACCTAATGACTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=197101311;WS=197101293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	197104149	rs35659894	TA	T	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=1.183;SC=TATGTATAATTAAAGAATGAC;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=8;WE=197104157;WS=197104139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	197104262	.	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=324;ReadPosRankSum=0.575;SC=AAGTCATCAGGGGTTAATATA;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=27;WE=197104270;WS=197104252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,37:0.33:112
chr1	197109042	rs1332663	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=40;ReadPosRankSum=0.045;SC=CATTAAAATACAAATTCCCTA;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=197109050;WS=197109032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	197112533	rs6677082	G	A	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=363;ReadPosRankSum=0.516;SC=TAACATTTACGGAATTAAAGG;SOR=0.705;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=28;WE=197112541;WS=197112523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,47:0.32:147
chr1	197113073	rs1571964	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=-0.288;SC=ATCACAGAATGGTTAAAACAT;SOR=0.914;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=11;WE=197113081;WS=197113063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	197141243	rs6428389	A	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.743;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	197147471	rs61819118	A	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	197297540	rs12042179	A	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GTTACTTTTTATTTCCTTGTA;SOR=0.593;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=13;WE=197297548;WS=197297530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	197316408	rs1572514	T	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=213;ReadPosRankSum=0.390;SC=GAAGAAACAGTATAAAGATAT;SOR=0.214;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=20;WE=197316416;WS=197316398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr1	197316435	rs1337167	T	C	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=24;PP=1694;SC=TCAATATGACTAAGAGTTGAC;SOR=1.387;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=81;WE=197316443;WS=197316425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	197325908	rs2786098	T	G	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.207;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=29;PP=1541;ReadPosRankSum=-0.666;SC=AGGCAAATGCTCTATAATTCA;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=91;WE=197325916;WS=197325898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr1	197390368	rs3902057	A	G	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=66;PP=2344;SC=TCAGCTGCCTATGTCCATCTG;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=129;WE=197390376;WS=197390358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	197398086	rs7534863	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr1	197398192	.	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.490;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=0.378;SC=TGTGTAGGATCTTGGGCAACT;SOR=0.969;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=23;WE=197398200;WS=197398182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr1	197398790	.	T	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=258;ReadPosRankSum=1.065;SC=AGTTGCGACATTTGAGTTGTT;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=19;WE=197398798;WS=197398780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr1	197404377	.	C	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=701;ReadPosRankSum=-0.569;SC=TTCTCAAAATCTCTACCAATT;SOR=1.021;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=49;WE=197404385;WS=197404367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,62:0.38:162
chr1	197407942	rs980371	A	G	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=241;SC=TTCAGACAGAATGAAACAATA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=197407950;WS=197407932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	197447037	rs41302107	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,33:0.25:130
chr1	197480927	rs12142127	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,30:0.28:109
chr1	197480986	rs10494755	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr1	197482167	rs2013617	C	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=485;SC=AATGTGATTTCATAAGAAACA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=197482175;WS=197482157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr1	197510299	rs3850628	G	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=112;SC=TCAGGGATACGCATATCACTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=197510307;WS=197510289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	197515221	.	C	T	71.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	197515253	rs11276673	ATGTTCAG	A	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	197515715	rs4303099	G	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=149;SC=AACTATAAACGTAAAATAAGA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=197515723;WS=197515705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	197515777	rs4316386	A	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=3;PP=303;SC=TCAAATAAACAGCATAAGTAT;SOR=2.124;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=197515785;WS=197515767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	197515981	rs10922249	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.689;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=0.615;SC=CAAGAACTAGTATTTGCACAA;SOR=0.123;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=15;WE=197515989;WS=197515971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr1	197576307	rs11411505	A	AT	1080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=21;PP=886;SC=TTCACTCTCTATAAAAAAAAC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=197576315;WS=197576297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	197621457	.	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=333;ReadPosRankSum=0.028;SC=TAGGGCAAAAGAAAAAGTACA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=19;WE=197621465;WS=197621447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr1	197684101	.	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=242;ReadPosRankSum=1.373;SC=GCAGCAGTAATAGTAGCAACA;SOR=1.202;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=19;WE=197684109;WS=197684091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	197741951	rs2477067	C	A	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.62;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr1	197742070	.	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-3.470;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr1	197742171	rs2488396	C	T	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=208;SC=ATACATTTCACGTGACTGTAT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=197742179;WS=197742161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	197744098	rs117405403	G	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=249;SC=GCCTAGCGCCGTCCCGCCGGC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=197744106;WS=197744094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	197874949	rs2270763	T	C	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=42;PP=1648;SC=ACTATGTGGATCCAGCTACTG;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=92;WE=197874957;WS=197874939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	197876533	rs1546244	C	A	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=139;SC=GCACATTGATCGTTATTTTCC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=197876541;WS=197876523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	197890422	rs12122995	C	G	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=27;PP=1964;SC=TGACTCAACTCTTTCCTTCCA;SOR=1.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=97;WE=197890430;WS=197890412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	197890802	rs13376365	T	C	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=4.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=57;PP=1599;ReadPosRankSum=1.289;SC=GTGCCTCCTATCCTCACCCCC;SOR=1.164;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=159;TCF=62;TCR=97;TR=83;WE=197890810;WS=197890792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,137:0.51:271
chr1	197898023	rs10664707	C	CA	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr1	197898395	rs111260868	G	GT	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.841;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,36:0.21:168
chr1	198225478	rs72731918	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=358;ReadPosRankSum=0.234;SC=TACCTGTATGGGAAAGAAGAG;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=27;WE=198225486;WS=198225468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr1	198225658	rs6688481	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=0.169;SC=TGAAATTCTCTGTACCAACTT;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=198225666;WS=198225648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	198288709	rs6679100	A	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=764;ReadPosRankSum=0.077;SC=TGTGCAAGTCATACCTCCCCA;SOR=0.812;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=43;WE=198288717;WS=198288699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr1	198498325	.	A	AAT	927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.320;QD=14.50;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr1	198509942	.	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=5.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=1.489;SC=TGGGTCCCAAGGAAAGCCCAA;SOR=2.566;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=198509950;WS=198509932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	198691478	.	AATAT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr1	199998304	rs60535681	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=817;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CGCGTCCGGGGCCGCAGCTAG;SOR=0.557;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=157;TCF=51;TCR=106;TR=62;WE=199998312;WS=199998294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,71:0.38:185
chr1	200008941	rs113762480	G	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr1	200013123	rs2737636	C	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=173;ReadPosRankSum=1.405;SC=TTTAAAGACTCAACTAAAAAT;SOR=1.136;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=15;WE=200013131;WS=200013113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
chr1	200014544	rs41315555	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.726;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr1	200014560	rs41300849	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=241;ReadPosRankSum=-0.374;SC=ACTATTTTCTCTGTCTTATAG;SOR=1.749;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=16;WE=200014568;WS=200014550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr1	200014762	rs2817008	A	G	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.54;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr1	200143180	.	C	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chr1	200143281	rs1060060	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,51:0.31:164
chr1	200182654	rs6427805	T	C	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=45.22;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	200182654	.	TCGGAACGACC	CCGGAACAACC,CCGGAACGACT	954	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=92;MMLQ=23;MQ=60.34;NF=12,12;NR=11,9;PP=954,590;QD=43.802951081;SC=TCTCCTTCCGTCGGAACGACC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=23,21;WE=200182672;WS=200182644;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:46
chr1	200182661	.	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=-1.622;QD=19.87;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr1	200182664	rs6427806	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.674;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr1	200182703	rs141962771	GGAGGACGCCGGAGAGGAGGCCGGA	G	906.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.994;NF=4;NR=6;PP=2971;ReadPosRankSum=0.783;SC=TGGAAGGCATGGAGGACGCCG;SOR=1.336;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=10;WE=200182734;WS=200182693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr1	200182834	rs12028402	A	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=304;ReadPosRankSum=0.004;SC=CTAGGGATGCAGTCCATTCCC;SOR=0.660;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=28;WE=200182842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr1	200183398	rs10919847	C	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.190;NF=7;NR=9;PP=127;ReadPosRankSum=0.215;SC=ATCATTGATACTATTGTGTCT;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=16;WE=200183406;WS=200183388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,32:0.29:109
chr1	200183460	rs10919848	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.128;NF=4;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=0.075;SC=AGGCCCTGGCCCAGGCCTGCC;SOR=1.162;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=11;WE=200183468;WS=200183450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr1	200311868	rs2790109	C	G	2291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=913;ReadPosRankSum=0.956;SC=CTTCTCTTCTCCTGTCTCAAA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=58;WE=200311876;WS=200311858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,108:0.62:173
chr1	200342046	rs6677545	A	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=386;ReadPosRankSum=-0.344;SC=GATTGGGTTAAATTCAAATCA;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=24;WE=200342054;WS=200342036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr1	200376761	rs145818189	T	C	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.059;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=727;ReadPosRankSum=0.398;SC=AACTGACAAATTGGAAACCGT;SOR=0.873;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=163;TCF=81;TCR=82;TR=55;WE=200376769;WS=200376751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,70:0.32:221
chr1	200378075	.	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=457;ReadPosRankSum=-1.642;SC=TTGGGGAGAGGATGGCACCTT;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=35;WE=200378083;WS=200378065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,43:0.27:159
chr1	200522566	rs12120084	G	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=375;ReadPosRankSum=1.226;SC=CTCACTGCTGGGGATGAGCCA;SOR=0.633;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=31;WE=200522574;WS=200522556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,54:0.54:100
chr1	200523514	rs7548174	A	G	100.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=0.674;SC=GCGAGACTCCATCTCAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=9;WE=200523526;WS=200523504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	200534248	rs7543730	C	T	3977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1737;ReadPosRankSum=0.134;SC=CTTGTCTCAACTCATCCTCAA;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=92;TCR=79;TR=122;WE=200534256;WS=200534238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,194:0.69:281
chr1	200538885	rs10800711	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=-0.632;SC=ATTTTTGAAGCGGAAGGGGTC;SOR=0.743;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=200538893;WS=200538875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	200544650	rs35571944	TAC	T	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=447;ReadPosRankSum=1.337;SC=ATATACAATTTACACACACAC;SOR=2.252;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=15;WE=200544661;WS=200544640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr1	200549590	rs10753877	T	C	107.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGGGGTAGAATAATTTCCCTA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=200549598;WS=200549580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	200555482	rs6691410	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-1.377;SC=ATTTATATACCCCATAACATT;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=200555490;WS=200555472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	200558363	rs6665951	T	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=-1.380;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr1	200569392	rs2809357	C	A	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1373;ReadPosRankSum=0.291;SC=TAAGGAAGGTCGGAAAAATAC;SOR=0.431;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=89;WE=200569400;WS=200569382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,116:0.69:167
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chr1	200594005	rs2808257	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=185;ReadPosRankSum=0.695;SC=ATAAAGGAAGCTTGGGTCTTA;SOR=0.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=16;WE=200594013;WS=200593995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr1	200594240	rs2809350	G	A	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=31;PP=867;SC=GAGGTATTAGGTGATCTCAAT;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=200594248;WS=200594230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	200610525	rs5780032	TA	T	277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=-1.543;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
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chr1	200618238	rs6665604	T	C	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=20;PP=687;SC=GCGACTTCTCTGAATGTATAG;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=200618246;WS=200618228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	200619530	rs2809365	T	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	200776641	rs7552353	C	T	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,79:0.34:235
chr1	200802045	rs78225055	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=110;ReadPosRankSum=1.051;SC=ACAAAAACACCGGGAACAGTG;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=12;WE=200802053;WS=200802035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr1	200811313	rs149419826	A	AT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.001;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	200816521	rs2172666	G	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	200816658	rs2131834	T	C	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=97;SC=TATGTACCTATTTAATTTGTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=200816666;WS=200816648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	200824978	rs61825260	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.16;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr1	200824980	rs2029752	CC	TT	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.16;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr1	200843305	rs3738250	G	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=1815;ReadPosRankSum=0.677;SC=GGAGGCCAGAGGTCCCGGAGG;SOR=0.290;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=44;WE=200843315;WS=200843295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr1	200843307	rs34290042	T	TCCCG	516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=10.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.219;SOR=2.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr1	200867552	rs2271017	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=1.512;SC=ATGAGGTCAGCGACACCGACA;SOR=0.419;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=19;WE=200867560;WS=200867542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr1	200868493	rs72225687	GTGTGTGTGCA	G	678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.078;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr1	200870293	.	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	200876788	.	T	TAAA	121.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	200877850	rs41299637	T	G	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,102:0.54:189
chr1	200880590	.	C	T	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=649;ReadPosRankSum=1.581;SC=GGGTGGATTCCTTCCGGGCGG;SOR=0.518;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=43;WE=200880598;WS=200880580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,74:0.35:212
chr1	200880918	.	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.845;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.872;NF=1;NR=19;PP=305;ReadPosRankSum=-2.031;SC=TGGCTATTTCCCGGCGGGGCG;SOR=2.093;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=20;WE=200880926;WS=200880908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,23:0.28:81
chr1	200880978	rs296520	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.506;NF=2;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=0.184;SC=GTGGGAGCTGCGCCGCGCAGC;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=9;WE=200880986;WS=200880968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr1	200881392	rs10800746	C	T	190.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=157;SC=GGGTAATCCCCGTCTAGGAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=200881400;WS=200881382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	200943177	.	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-2.870;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	200943793	rs71991687	CAGGA	C	4688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=30;PP=2826;SC=CTGCCCACACCAGGAAGGAGA;SOR=1.279;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=56;WE=200943804;WS=200943783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	200957690	.	G	A	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.11;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chr1	200957691	rs2297912	G	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,48:0.42:115
chr1	200957697	rs12142704	A	G	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.63;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,58:0.55:106
chr1	200959893	rs75193620	A	T	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;ReadPosRankSum=-0.675;SC=GACTCCTTTTAACCTCTGCAG;SOR=0.652;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=38;WE=200959901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,64:0.41:158
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chr1	200960307	rs2297909	G	A	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.85;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	200965601	rs10920088	G	A	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=374;SC=AAGGGGGAACGCAGGAACCCT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=20;WE=200965609;WS=200965591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	200967490	rs10920089	A	G	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=341;SC=GATGGGGTGGAGGGGCATGGC;SOR=3.442;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=16;WE=200967498;WS=200967480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr1	200969983	rs6656481	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.036;NF=6;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=0.305;SC=GACCTATAATTCCAGCACTTT;SOR=0.495;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=14;WE=200969991;WS=200969973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr1	200970033	.	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.312;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.051;NF=1;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GCTGGGAGTTCGAGACTAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=200970041;WS=200970023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	200971526	rs57886383	T	TG	961.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.732;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.308;NF=2;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=-0.863;SC=AGCTCGCGGTTGGGGGGGTAA;SOR=0.388;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=5;TCR=62;TR=21;WE=200971534;WS=200971516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,45:0.38:120
chr1	200973450	rs75337780	G	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=276;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CCTTCCCTGGGTGTTGGTCAC;SOR=0.992;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=21;WE=200973458;WS=200973440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr1	201009556	rs1546416	A	G	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=43;PP=1476;SC=GAGCCCACCAATGAGCAAAAT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=201009564;WS=201009546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	201009897	rs6427875	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=18;PP=413;SC=CCAGGAGCCCTGAGTCAACAG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=22;WE=201009905;WS=201009887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	201010862	rs6675915	T	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=282;SC=GGCTGACGTTTCCACCACTGT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=201010870;WS=201010852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	201012484	rs13374149	C	T	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=924;ReadPosRankSum=0.037;SC=GGTATTGGCACGAGCCAGGGG;SOR=0.764;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=151;TCF=61;TCR=90;TR=67;WE=201012492;WS=201012474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,89:0.43:209
chr1	201012597	rs41267497	G	A	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.835;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=754;ReadPosRankSum=0.451;SC=TGGCCATGACGGGGGGCAGGG;SOR=1.120;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=48;WE=201012605;WS=201012587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,75:0.59:127
chr1	201017602	rs7535428	T	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	201020105	rs6702590	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-2.368;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr1	201020360	rs12138260	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=513;ReadPosRankSum=-0.297;SC=GGTGTGGACAGATGAGCAAAC;SOR=0.540;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=34;WE=201020368;WS=201020350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr1	201021611	.	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr1	201021619	rs12029212	C	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	201023720	.	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr1	201030668	rs2297904	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=283;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GGGAAGGATGGGCTTTATCCC;SOR=0.779;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=23;WE=201030676;WS=201030658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr1	201030988	rs61614423	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=1.007;SC=GCAGTAGCACCGTGGGGGCTG;SOR=0.457;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=6;WE=201030996;WS=201030978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr1	201031193	.	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,30:0.27:111
chr1	201035087	rs113792034	G	A	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=0.368;SC=GGGACAGAGGGGCCAATGGGG;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=34;WE=201035095;WS=201035077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,52:0.36:145
chr1	201042618	rs9333652	G	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=14;PP=1200;SC=GGTATGAAGGGAACCATGGAT;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=201042626;WS=201042608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	201042882	.	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=330;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GGATCTGTAGGAGGAGTGGCA;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=23;WE=201042890;WS=201042872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr1	201043627	rs79984703	C	A	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1087;ReadPosRankSum=2.267;SC=GCTAAGGAAGCACTCACTTGG;SOR=0.516;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=84;WE=201043635;WS=201043617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,137:0.56:244
chr1	201044748	rs1998721	A	G	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=53;PP=1590;SC=CAGTACCTGTATGGAGGGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=96;WE=201044756;WS=201044738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	201060865	rs2296383	G	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=470;ReadPosRankSum=1.387;SC=CCAGCAGGGCGATGTGAAAGA;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=34;WE=201060873;WS=201060855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,57:0.30:189
chr1	201061387	rs117190487	A	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=0.194;SC=ATCAACTAACAAATGATCTGA;SOR=0.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=7;WE=201061395;WS=201061377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr1	201079235	rs1325310	C	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=8;PP=863;SC=CCAAGGGGGCCTCCCCAAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=201079243;WS=201079225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	201079458	rs1325309	T	A	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=54;PP=1712;SC=GTTAAGGGGATGAGGGCGCTG;SOR=1.234;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=82;WE=201079466;WS=201079448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	201081283	rs112984935	AC	A	2531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=28;PP=1126;SC=CATGACGCACACCCCCCCCCA;SOR=1.116;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=56;WE=201081291;WS=201081273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	201112981	rs8158	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=2.539;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,21:0.21:99
chr1	201113118	rs3738266	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.700;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,24:0.28:87
chr1	201116018	rs3752979	C	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=-1.478;SC=AGGGCCACCACGTCTTAGAGC;SOR=0.725;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=22;WE=201116026;WS=201116008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr1	201122784	rs6684980	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr1	201122947	rs1925361	T	G	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,48:0.36:133
chr1	201162472	rs78805905	T	C	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=448;ReadPosRankSum=-2.386;SC=TCCCTGGCGATCCTTACCAGG;SOR=0.496;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=32;WE=201162480;WS=201162462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr1	201163191	rs1107128	G	T	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=14;PP=846;SC=TCTTGCTCCTGGGGTGAGTGG;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=201163199;WS=201163181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	201166281	rs7533096	C	T	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=29;PP=1426;SC=AACACATAGCCGTGTCTAGTA;SOR=0.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=74;WE=201166289;WS=201166271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	201166383	rs4915221	G	A	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=51;PP=1715;SC=GATCTGTACCGCTGCACAGCA;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=201166391;WS=201166373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	201166435	rs11589317	T	C	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=39;PP=1011;SC=TGAGACTCACTGTCATCGAAG;SOR=0.838;Source=Platypus;TCF=25;TR=64;WE=201166443;WS=201166425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	201169357	.	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,31:0.29:106
chr1	201170772	rs10157730	A	G	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=5;PP=502;SC=ATGGTACCAGAGCCTATGAGG;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=201170780;WS=201170762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	201170824	rs10158976	C	G	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	201171007	rs10800762	T	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=20;PP=573;SC=CAGGGATGCTTCAGGTCTAGT;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=201171015;WS=201170997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	201173104	rs832160	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=-1.657;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr1	201174187	.	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.577;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,30:0.26:115
chr1	201175227	rs832156	C	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=407;ReadPosRankSum=0.936;SC=AGGATAAAGACCTTCAGTCCA;SOR=0.788;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=31;WE=201175235;WS=201175217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr1	201175274	rs9651057	A	G	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=672;ReadPosRankSum=0.383;SC=CAAGGAGCCCAGGCATCAGGA;SOR=0.622;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=48;WE=201175282;WS=201175264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,67:0.59:113
chr1	201175715	rs1341631	G	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=518;ReadPosRankSum=2.417;SC=GGGTCCAGTCGGCTTCAGGCT;SOR=0.837;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=44;WE=201175723;WS=201175705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,65:0.40:164
chr1	201176018	rs10753895	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=-0.399;SC=GAAGCTGGAGACAGCAATGGG;SOR=0.557;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=9;WE=201176026;WS=201176008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr1	201176108	rs12094334	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.146;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GAATCCTGGGGTTCTCAGGGA;SOR=1.366;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=12;WE=201176116;WS=201176098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr1	201176968	rs12063867	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=0.676;SC=TCCAGGAGAAATGGGGTCCGG;SOR=0.763;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=19;WE=201176976;WS=201176958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr1	201177246	rs72751165	T	C	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=331;ReadPosRankSum=0.210;SC=ATTCAGATGGTGGCCTAGGGA;SOR=0.741;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=34;WE=201177254;WS=201177236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,47:0.32:146
chr1	201177278	rs7551098	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.126;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=415;ReadPosRankSum=0.169;SC=ACAGGGTCTGCGGGTAGAGGT;SOR=0.828;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=34;WE=201177286;WS=201177268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,47:0.29:160
chr1	201177538	rs7551538	G	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=632;ReadPosRankSum=-2.943;SC=ATGCCCTGGTGCTAAGGCCTC;SOR=1.244;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=45;WE=201177546;WS=201177528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,70:0.36:194
chr1	201178470	rs12757706	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.683;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr1	201178667	rs199718718	C	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-9.644;QD=0.88;ReadPosRankSum=-4.550;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,13:0.09:140
chr1	201178680	.	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-8.510;QD=2.24;ReadPosRankSum=-5.476;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,27:0.16:167
chr1	201178904	.	A	G	1097	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=26;MQ=47.89;NF=31;NR=27;PP=1097;QD=19.5132967681;SC=GGGGGTTCTGAAGAAATGGGG;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=58;WE=201178912;WS=201178894;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
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chr1	201181223	rs12070919	A	G	9418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=83;PP=1915;SC=GGTGACACGAACTCCAAGGAT;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=175;WE=201181231;WS=201181207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr1	201181920	rs12060924	G	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.476;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=669;ReadPosRankSum=0.771;SC=AAAACCAGGGGTTTAGCCAAG;SOR=0.928;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=53;WE=201181928;WS=201181910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,70:0.38:183
chr1	201182779	rs2282413	A	G	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=579;ReadPosRankSum=1.195;SC=GCTGGCTCCCATGGGCTAGAG;SOR=0.667;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=52;WE=201182787;WS=201182769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,73:0.38:190
chr1	201183363	rs2282415	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=479;ReadPosRankSum=1.325;SC=CGGGGGAGGCCGCCACACTCT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=37;WE=201183371;WS=201183353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,54:0.37:147
chr1	201183402	rs1568810	T	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=1.704;SC=ACCTGGGACCTGGCACCTGGT;SOR=0.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=38;WE=201183410;WS=201183392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,59:0.37:161
chr1	201184097	rs4915496	G	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=791;ReadPosRankSum=1.799;SC=AAGGAACTGGGATGGGAGTGG;SOR=0.592;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=52;WE=201184105;WS=201184087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr1	201184275	rs2275673	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=1.725;SC=CCACCCTGACCGTCCAGGGTA;SOR=0.807;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=12;WE=201184283;WS=201184265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr1	201185557	.	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	201187764	rs10920144	T	C	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=49;PP=1568;SC=CATCGGATGCTGTCTTTGCTC;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=201187772;WS=201187754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	201187828	rs3738268	T	C	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=49;PP=1245;SC=GAGGTGAGCATGGGATAGCCC;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=201187836;WS=201187818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	201187954	rs6667020	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=274;SC=TGAGCCACATCTTAGGGGCCC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=201187962;WS=201187944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	201190732	rs3738269	G	A	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1212;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CGTGCCATGTGGGCACCGTGC;SOR=0.996;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=78;WE=201190740;WS=201190722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,112:0.61:183
chr1	201193668	rs6687494	G	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=509;SC=TTTTCTTGTCGACGTTGTGTT;SOR=2.925;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=201193676;WS=201193665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	201195119	rs3738270	C	T	8353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=80;PP=2965;SC=CGACCGCATCCACACCAACCG;SOR=0.897;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=105;TCR=84;TR=185;WE=201195127;WS=201195109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	201196186	.	G	A	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=1.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-2.525;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,140:0.31:456
chr1	201197331	rs3753971	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=1.307;SC=ATGGTTCCCCGAGGGGCCAGC;SOR=0.960;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=11;WE=201197339;WS=201197321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr1	201197358	rs3753972	G	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=595;ReadPosRankSum=0.452;SC=CTTTGCCCAAGCTTAGAGAGC;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=35;WE=201197366;WS=201197348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr1	201197471	rs3753973	T	C	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=54;PP=1732;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CAGGGTGGGGTGGCTGCCCCT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=118;TCR=87;TR=129;WE=201197479;WS=201197461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,195:0.63:308
chr1	201282167	rs1772860	C	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=581;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GTTCCTTCCACGCCAAACATT;SOR=1.347;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=28;WE=201282175;WS=201282157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr1	201285759	rs1779297	A	G	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=21;PP=728;SC=AGGATGAGAAATACCAGGCCA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=201285767;WS=201285749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	201285909	rs1534051	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=1.310;SC=GAGATGGGTGAGGGCATCTGC;SOR=0.132;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=201285917;WS=201285899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr1	201286614	rs11336457	GA	G	1620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.351;NF=18;NR=23;PP=721;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TTTTTGGTCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=41;WE=201286636;WS=201286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,83:0.95:87
chr1	201286628	rs1772823	C	G	4452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=32;PP=1646;SC=AAAAAAATCACCTTTGAGTAG;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=87;WE=201286636;WS=201286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	201286678	rs1794867	C	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.931;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.944;NF=22;NR=10;PP=376;ReadPosRankSum=0.139;SC=GACCAGGCAGCGTGGCAACTC;SOR=1.287;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=32;WE=201286686;WS=201286668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,51:0.31:164
chr1	201286771	rs1722779	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=415;ReadPosRankSum=0.903;SC=TCCAGCAGGCCGCGGCAGGGG;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=39;WE=201286779;WS=201286761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,47:0.33:141
chr1	201288007	rs1794868	G	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=195;SC=ACATTCAGCCGGTGCATAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=201288015;WS=201287997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr1	201288955	rs1626370	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=448;ReadPosRankSum=-0.511;SC=AAGAGACTGGGCATGCGGGAG;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=32;WE=201288963;WS=201288945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,54:0.35:154
chr1	201289175	rs1628151	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=-1.570;SC=CTTTCCTTCCGTTTTCATCTT;SOR=1.184;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=6;WE=201289183;WS=201289165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	201290968	rs1779292	T	G	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=14;PP=1408;SC=CCCAGGCTGATAGTGTGGTGG;SOR=2.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=63;WE=201290976;WS=201290958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	201291066	rs2071960	C	T	3748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=54;PP=2039;ReadPosRankSum=1.458;SC=CCTGTCGGGCCGGGCAGAGGC;SOR=0.700;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=193;TCF=116;TCR=77;TR=133;WE=201291074;WS=201291056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,169:0.64:264
chr1	201291283	rs1772832	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=601;ReadPosRankSum=3.570;SC=ATCAGCAGGGCGGGGCCTGCC;SOR=0.876;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=129;TCF=38;TCR=91;TR=43;WE=201291291;WS=201291273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,64:0.35:183
chr1	201292036	rs1779289	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=179;ReadPosRankSum=0.521;SC=GCTTGCCCTATCTGGAACCAC;SOR=1.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=11;WE=201292044;WS=201292028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr1	201292110	rs1779288	T	C	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=35;PP=2154;SC=AGGCTCCCCATTGACCCCCCT;SOR=1.305;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=108;WE=201292118;WS=201292100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	201293512	rs36076398	TG	T	1123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.291;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.859;NF=14;NR=6;PP=628;ReadPosRankSum=0.185;SC=CCATGGTGCCTGGGAAGCCAC;SOR=1.402;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=20;WE=201293520;WS=201293502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr1	201293970	rs1620046	C	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=482;SC=GCTCAGAGCCCGGCAGAAGGC;SOR=3.258;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=201293978;WS=201293960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	201293985	rs854505	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=224;ReadPosRankSum=-1.307;SC=GAAGGCTATCGAAGAGTGTGG;SOR=0.165;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=14;WE=201293993;WS=201293975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	201331554	rs1104859	T	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=383;ReadPosRankSum=0.475;SC=GAGAGGCCCATAGAAAAAGAC;SOR=0.624;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=22;WE=201331562;WS=201331544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,58:0.51:114
chr1	201331664	rs2365652	C	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=0.234;SC=GCCGGGTTTACTAGGACGTGG;SOR=1.091;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=18;WE=201331672;WS=201331654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr1	201334382	rs3729547	G	A	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=741;ReadPosRankSum=-0.371;SC=AGTGAGCCTCGATCAGCGCCT;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=48;WE=201334390;WS=201334372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,95:0.72:132
chr1	201335899	rs1573230	C	T	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=11;PP=1506;SC=TACTGCACCCCGTTCCATCAT;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=67;WE=201335907;WS=201335889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	201336984	rs3729843	C	T	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,107:0.57:187
chr1	201337170	rs3729842	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=347;ReadPosRankSum=1.428;SC=AATCTTAGTCAATAGGAGAGT;SOR=0.824;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=22;WE=201337178;WS=201337169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr1	201338553	rs10800776	T	C	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.146;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=539;ReadPosRankSum=1.414;SC=CCCTGCTTGGTGCTGTCCAGC;SOR=1.078;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=38;WE=201338561;WS=201338543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr1	201338586	rs10920183	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=517;ReadPosRankSum=2.136;SC=CCCAGCATGGAACACTGGGGT;SOR=0.760;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=24;WE=201338594;WS=201338576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr1	201338896	rs10920184	T	C	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=796;ReadPosRankSum=0.654;SC=AGGCTGCACTTGGGACAGCAG;SOR=0.648;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=53;WE=201338904;WS=201338886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,103:0.59:176
chr1	201339043	rs12049476	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.159;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=657;ReadPosRankSum=-0.463;SC=AGAGAGCCCGCGGCAGGAGCA;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=43;WE=201339051;WS=201339033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr1	201341175	rs45533739	CAGAAG	C	3321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=2289;ReadPosRankSum=-1.208;SC=TGCTTCTGCTCAGAAGAGAAG;SOR=0.883;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=46;WE=201341187;WS=201341165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,84:0.60:140
chr1	201341341	rs868407	C	T	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.30;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,85:0.75:114
chr1	201346628	.	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=319;ReadPosRankSum=1.805;SC=CCTCCACCAGGAGGGGCCATG;SOR=0.666;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=28;WE=201346636;WS=201346618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr1	201346702	.	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,57:0.30:191
chr1	201346884	.	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr1	201353827	rs10920189	G	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GTGCCCTACCGCACAGCCTGG;SOR=1.041;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=15;WE=201353835;WS=201353817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	201355522	rs4128458	T	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=224;ReadPosRankSum=-2.347;SC=GCCCCCTGCTTTGCCAAAGAG;SOR=1.302;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=15;WE=201355530;WS=201355512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr1	201355943	rs2799677	C	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,59:0.40:147
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chr1	201360281	rs2719184	A	G	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=398;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TTTCAGATGGAAAGAGCTTCG;SOR=0.894;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=29;WE=201360289;WS=201360271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr1	201383616	rs2026593	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=4;PP=401;SC=CTCCAGCCCCACCCTGCCCCG;SOR=2.147;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=24;WE=201383624;WS=201383606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	201383643	rs2026594	A	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=810;SC=CTGCCAGGCTAACCTGCAGGG;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=201383651;WS=201383633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	201434740	rs1053592	G	A	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GGGAAGATGCGTAGAGGTGGG;SOR=0.532;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=74;WE=201434748;WS=201434730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,98:0.60:164
chr1	201435069	rs1053582	C	A	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=776;ReadPosRankSum=0.194;SC=CCTATGCCAGCTCCCCCTCAT;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=49;WE=201435077;WS=201435059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,72:0.56:128
chr1	201453289	rs576697	T	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=343;SC=CCTAGGACCCTGCCTGCATGC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=201453297;WS=201453279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	201751259	rs371328613	T	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=430;ReadPosRankSum=1.310;SC=GTTTTTAAGATACTGGTCAGT;SOR=1.149;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=108;TCF=76;TCR=32;TR=33;WE=201751267;WS=201751249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,45:0.32:142
chr1	201759624	rs184795846	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=-1.829;SC=ACTTCTTCACCTCCATAGTAA;SOR=0.336;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=12;WE=201759632;WS=201759614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr1	201763184	rs564440	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr1	201763499	rs567185	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GAACTCCTGACCTCAGGTGAT;SOR=0.760;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=5;WE=201763507;WS=201763489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr1	201772863	rs34105833	T	TG	3607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=78;PP=2936;SC=GTTTGGGGGGTGGGAAGTAGG;SOR=1.828;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=81;TCF=2;TCR=79;TR=79;WE=201772871;WS=201772853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	201773729	rs199751852	AAT	A	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr1	201788804	rs11803449	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=2.046;SC=GTAGAGTCAGGGTCTCTCTTT;SOR=0.368;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=14;WE=201788812;WS=201788794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr1	201816639	rs146207613	ATCTTTT	A	960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=6;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;ReadPosRankSum=1.951;SC=TGTGAAAAAAATCTTTTTCTT;SOR=1.123;Source=Platypus;TR=17;WE=201816652;WS=201816629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr1	201821443	rs1400875	T	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=331;ReadPosRankSum=-2.022;SC=CTGACAAAGATCTGGATCTGA;SOR=0.389;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=24;WE=201821451;WS=201821433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr1	201824390	rs11576508	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=2.139;SC=GCGGGAAACAGTAACTTGAGA;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=13;WE=201824398;WS=201824380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr1	201826340	rs2172935	C	T	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=921;ReadPosRankSum=1.613;SC=TACCTTGATACTTCAGCCACA;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=58;TCR=90;TR=68;WE=201826348;WS=201826330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,107:0.45:238
chr1	201826482	rs2132363	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=185;ReadPosRankSum=0.929;SC=AAATTCGAGACTCAGAAATTC;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=11;WE=201826490;WS=201826472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	201832864	rs2494115	G	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=141;ReadPosRankSum=-0.405;SC=GTGAATGTTGGAAGGACAGGG;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=12;WE=201832872;WS=201832854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr1	201837934	.	CGTGT	C,CGT	2804.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.357;QD=29.52;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,23,69:0.24,0.73:95
chr1	201838107	rs2820310	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TTGGCTTGGCGCGGTGGCTCA;SOR=0.430;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=14;WE=201838115;WS=201838097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr1	201840059	rs150361248	GTTATT	G	1584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=18;PP=1251;SC=TTGGTCCTGAGTTATTTTATT;SOR=1.547;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=24;WE=201840071;WS=201840049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	201840464	rs2644124	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	201844128	rs2678203	G	A	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=39;PP=1211;SC=GATCCCAACAGTGGGGTACCC;SOR=0.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=68;WE=201844136;WS=201844118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	201860626	rs2250377	A	G	3708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=1280;ReadPosRankSum=1.092;SC=CTGGCTTCATATACCCACCTA;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=84;WE=201860634;WS=201860616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,179:0.63:286
chr1	201861016	rs2279681	C	G	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=73;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.593;SC=TGATGCCAACCTTGGGAGATG;SOR=0.864;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=210;TCF=74;TCR=136;TR=108;WE=201861024;WS=201861006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,132:0.51:259
chr1	201865763	rs8028	A	G	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=50;PP=1296;ReadPosRankSum=-0.863;SC=GTGCAGTGGGACTGACAGTGA;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=84;WE=201865771;WS=201865753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,108:0.61:176
chr1	201869257	rs2820312	G	A	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=559;ReadPosRankSum=-0.979;SC=GCCACTGGGCGTCTGTTTCTC;SOR=0.554;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=188;TCF=84;TCR=104;TR=57;WE=201869265;WS=201869247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,84:0.32:264
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chr1	201926386	rs57833794	C	CT	1795.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.084;NF=19;NR=30;PP=882;ReadPosRankSum=0.246;SC=GAAATATGGTCTTTTTTTTCC;SOR=0.762;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=49;WE=201926394;WS=201926376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,106:0.47:225
chr1	201938482	rs58623305	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=-1.054;SC=AGGGTTATAGCTTTAATTTAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=201938490;WS=201938477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	201952294	rs73074403	C	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=16;PP=474;SC=TTCCGGCCCCCAGCCGCCCTG;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=201952302;WS=201952284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	201952310	rs112370844	T	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=424;SC=CCCTGCACCCTCACCTACCCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=201952318;WS=201952300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	201952574	rs4950806	T	C	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=15;PP=834;SC=TTTCTAACATTTTCCGTGGCT;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=201952582;WS=201952564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	201952598	rs56768485	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-2.913;SC=TAGATGACCTGTTGTTCATGC;SOR=0.649;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=19;WE=201952606;WS=201952588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr1	201952755	rs4950807	T	A	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=30;PP=808;SC=GTTAAAGCTCTTATCTTTGTT;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=201952763;WS=201952745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	201958349	.	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.379;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	201969082	rs1130790	G	A	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,71:0.59:120
chr1	201970562	rs4332408	T	C	7064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=81;PP=2879;SC=TCTGCTTTGTTTCATACCTGG;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=74;TCR=83;TR=155;WE=201970570;WS=201970552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	201970748	rs4131469	G	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=832;ReadPosRankSum=-0.822;SC=CACTCCCCACGGGGCCAGAGA;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=56;WE=201970756;WS=201970738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,70:0.56:124
chr1	201970986	rs35227221	C	CA	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=340;ReadPosRankSum=-1.131;SC=GATGGGAAAACACTGGGTCAG;SOR=0.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=10;WE=201970994;WS=201970976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr1	201973565	rs3820439	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.841;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
chr1	201980119	rs2819361	C	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=0.111;SC=CTTGAAGAGACGGTGTCCGCA;SOR=0.035;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=12;WE=201980127;WS=201980109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	201981005	.	C	CA	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=-0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	201981862	rs2819362	T	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=410;ReadPosRankSum=-1.094;SC=CCCCCTCCCCTGGCAGCTCTG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=41;WE=201981870;WS=201981852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,87:0.36:241
chr1	201983080	.	C	T	3593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1326;ReadPosRankSum=0.878;SC=CGCTCCGAGGCTGTGGCCCAA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=93;WE=201983088;WS=201983070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,172:0.67:257
chr1	201983242	rs2819365	C	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=535;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TGCCACTTGGCTTCTTGCAAC;SOR=0.512;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=33;WE=201983250;WS=201983232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr1	202092046	rs3795593	C	T	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=237;SC=GGGCCCCCTGCACTCACCTGC;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=202092054;WS=202092036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	202092360	rs3795595	G	A	5018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=57;PP=2479;SC=CCTAACCCCGGCAAGGATGGG;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=133;WE=202092368;WS=202092350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	202092415	rs3795596	A	G	6591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=67;PP=2903;SC=ATCTGACAGGAGCACCAGGGC;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=84;TCR=67;TR=151;WE=202092423;WS=202092405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	202092580	rs7516762	T	C	6330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=84;PP=2602;SC=ACCTGAAGAGTGCCTGGAACT;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=158;WE=202092588;WS=202092570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	202096815	rs3820380	G	A	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	202103802	rs4342901	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-1.200;SC=GGAAGCTCAGGTGAGAGGATT;SOR=0.293;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=202103810;WS=202103792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	202107422	rs140055888	AACACAC	A	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=-1.007;SC=TGCCCTCCCCAACACACACAC;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=6;WE=202107439;WS=202107412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr1	202113835	rs4989100	T	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=523;ReadPosRankSum=-0.821;SC=CGAGCGCGGCTGCCGACGACT;SOR=1.090;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=64;TCF=4;TCR=60;TR=27;WE=202113843;WS=202113825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr1	202122783	rs11590076	C	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=107;ReadPosRankSum=0.569;SC=TAGTGAAGAGCCAGCCTGAGT;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=11;WE=202122791;WS=202122773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	202127128	.	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=200;ReadPosRankSum=0.295;SC=CCCTGAAGTTCTCTTTCCTAA;SOR=0.312;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=15;WE=202127136;WS=202127118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr1	202130754	rs3934648	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=497;ReadPosRankSum=2.145;SC=GCCCCCAACATGCACAATCCA;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=44;WE=202130762;WS=202130744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr1	202155543	rs2993432	A	C	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=70;PP=2556;SC=ATCCTGGTGCACTGCAGGAGG;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=123;WE=202155551;WS=202155533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	202156135	rs369231344	CCCTCGCT	C,CCCTCGCTCCTCGCT	2674.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5,5;NR=16,16;PP=1880,1514;ReadPosRankSum=1.429;SC=CTGCAGGCCCCCCTCGCTCCT;SOR=0.779;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=21,21;WE=202156149;WS=202156125;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.68:73
chr1	202156482	rs3010088	G	A	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=75;NR=57;PP=2140;SC=GAAGGAGTACGAGGTACACTT;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=132;WE=202156490;WS=202156472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	202156628	rs3010089	A	C	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=62;PP=1944;SC=GCTGGCTCTTACGCACCCCTG;SOR=0.962;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=104;WE=202156636;WS=202156618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	202163063	rs2361431	T	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	202163364	rs2077598	C	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=16;PP=498;SC=CCTGGTCCTGCGGGCTGCTGG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=202163372;WS=202163354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	202163516	rs1812761	C	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=16;PP=870;SC=AAATACCAGGCGAGCAGGGAG;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=202163524;WS=202163506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	202163621	rs3120747	G	A	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=35;PP=984;SC=TGGACCCTGAGCGGGAGGGCG;SOR=0.903;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=58;WE=202163629;WS=202163611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	202183308	rs10920362	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=0.056;SC=GAGGGCCGCTCAGCGAGGGCG;SOR=0.635;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=21;WE=202183316;WS=202183298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr1	202194441	rs3010067	G	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=273;ReadPosRankSum=0.621;SC=GGCCTGGTGGGGGGTACTGTG;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=17;WE=202194449;WS=202194431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr1	202196931	rs1452070	G	A	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=15;PP=901;SC=AGTATTAAACGCATCGTAGAT;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=202196939;WS=202196921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	202197161	rs3795598	C	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=411;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCTCATTTTACATAGAGCTGC;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=28;WE=202197169;WS=202197151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr1	202266547	rs788827	C	T	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=21;PP=1006;SC=TCTCCCTGGCCAAGCCCAGAG;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=202266555;WS=202266537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	202266607	rs788826	C	T	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	202274936	rs705762	T	C	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=38;PP=1339;SC=GCAAGTCCTGTAGGGAGGTGT;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=71;WE=202274944;WS=202274926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	202276012	rs150875603	C	T	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=718;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CCAACACAACCGCATCTGGGA;SOR=0.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=52;WE=202276020;WS=202276002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,80:0.59:136
chr1	202276494	rs896551	C	T	7130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=99;PP=2965;SC=CCATCCACCCCGAGGCCTTCT;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=77;TCR=101;TR=175;WE=202276502;WS=202276484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	202287206	rs788795	T	C	5442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=59;PP=2436;SC=GGCGGGCCTGTCCCCCTGCCC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=129;WE=202287214;WS=202287196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	202287537	rs788794	G	A	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=51;PP=2349;SC=TGGCCGCCGCGCTGCCCCTGG;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=121;WE=202287545;WS=202287527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	202287813	rs788793	T	C	9463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=106;PP=2965;SC=TCCTCAGCTTTGCCTCCATGC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=107;TCR=106;TR=212;WE=202287821;WS=202287803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr1	202287834	.	C	T	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1042;ReadPosRankSum=0.664;SC=TGGGCCTCTTCCCTGTCACGC;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=223;TCF=114;TCR=109;TR=79;WE=202287842;WS=202287824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,109:0.36:303
chr1	202302232	rs17490864	A	G	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=875;ReadPosRankSum=0.991;SC=CTGAGATGAAATCAAAGAAAA;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=51;WE=202302240;WS=202302222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,77:0.60:128
chr1	202304868	rs14451	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr1	202318316	rs930734	A	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=655;ReadPosRankSum=2.004;SC=CCTACAGATGAGCCTTTGACC;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=53;WE=202318324;WS=202318306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
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chr1	202464773	rs145838755	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.708;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,40:0.34:116
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chr1	202565948	rs504261	G	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=439;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GCCACTGGGCGATGGGCCTCC;SOR=0.762;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=45;WE=202565956;WS=202565938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,73:0.36:202
chr1	202572105	rs55968420	GCC	G	8598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.036;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.231;NF=30;NR=74;PP=2662;ReadPosRankSum=3.649;SC=CCCCCACTCTGCCCCCCCACA;SOR=0.431;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=155;TCF=38;TCR=117;TR=104;WE=202572120;WS=202572095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,233:0.73:320
chr1	202574784	rs1968583	G	A	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=50;PP=1293;ReadPosRankSum=0.114;SC=TGTCCTCCTGGCTCTCCCCAG;SOR=0.691;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=89;WE=202574792;WS=202574774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,146:0.56:259
chr1	202703053	rs4310498	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=490;ReadPosRankSum=-1.630;SC=TGTCCGAGATGGCTTGGCCTT;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=27;WE=202703061;WS=202703043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr1	202705580	.	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=1.167;SC=TGAAAAACAGGAAAAGCTTAA;SOR=1.162;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=202705588;WS=202705570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	202731986	rs140328663	C	CCTCAA	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=306;ReadPosRankSum=0.363;SC=TTCTCCACTTCCTCATCATCT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=202731994;WS=202731976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	202735634	.	TA	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr1	202743973	rs11337395	AT	A	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-2.093;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	202777105	rs112577603	C	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=0.825;SC=TAGGCAGCCCCAAACTTGACG;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=202777113;WS=202777096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	202827191	rs6663182	G	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=20;PP=927;SC=TCAGCCTCCCGACCAGAGACC;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=202827199;WS=202827181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	202827398	rs6687459	A	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	202887295	rs2275734	G	A	7470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	202889207	rs7520522	T	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=397;SC=TTTGAGAGGCTAAGGCAGGCA;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=202889215;WS=202889197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	202897431	rs10800882	A	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.31;QD=23.35;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	202931839	rs2232854	G	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=27;PP=837;SC=TGAAGTATGGGGAGAAGAAAG;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=202931847;WS=202931829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	202931958	rs2232853	G	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=10;PP=414;SC=AGCTGGGAATGGGTATACTCA;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=202931966;WS=202931948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	202931998	rs2232852	C	A	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=7;PP=382;SC=TTAGCAGCACCGCCATCCCTG;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=202932006;WS=202931989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	202933657	rs2232847	T	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=179;SC=TGGCTATGGTTACCAGTCTTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=202933665;WS=202933647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	202933992	rs1418445	G	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	202934764	rs56932949	TC	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.004;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	202936456	rs12137082	G	C	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=215;SC=CTCGCGGCTGGGGGGGCAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=202936464;WS=202936446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	202983897	rs77314658	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.157;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=260;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TGAGGGGTTTCCTTGGACCTA;SOR=0.291;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=18;WE=202983905;WS=202983887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr1	202987770	rs782788	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=0.360;SC=TCTGTTTGTGTTGCTATAACA;SOR=1.476;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=16;WE=202987778;WS=202987760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr1	202987796	rs782787	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=0.057;SC=ACAGATTCTGGGTAACTTAAA;SOR=1.377;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=12;WE=202987804;WS=202987786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr1	202990110	rs140916058	CTTT	C	746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=9.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=0.366;SOR=2.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr1	203003870	rs782800	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=-1.194;SC=AGGGAAGGCCGAGGGGAGCTG;SOR=0.737;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=22;WE=203003878;WS=203003860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr1	203004367	rs10920551	C	T	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=827;ReadPosRankSum=2.165;SC=ACGCTCCTAGCGGCCCTGCCC;SOR=0.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=56;WE=203004375;WS=203004357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,116:0.64:182
chr1	203004627	rs5780134	A	AC	2912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.32;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	203004930	rs139600380	T	TAGC	892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=605;SC=TGTTTCTGTGTAGCAGAGAGG;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=15;WE=203004943;WS=203004920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	203006098	rs782803	A	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=2;PP=463;SC=ATGTGGCCACATGTGTATCTG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=203006106;WS=203006093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	203006179	rs782804	G	A	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=21;PP=1703;SC=GCACTACTGCGCCCCTCTGGG;SOR=1.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=86;WE=203006187;WS=203006169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	203006243	rs782805	A	G	7977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=63;PP=2921;SC=AACTTTCCTCAGATCTAGACC;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=111;TCR=64;TR=173;WE=203006251;WS=203006233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	203008174	rs61821060	G	C	8703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=128;PP=2965;SC=GAGGGGGACCGCCTGGGTCCC;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=104;TCR=128;TR=232;WE=203008182;WS=203008164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr1	203012661	rs372177187	CGT	C	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,13:0.17:75
chr1	203012906	rs4950908	G	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=764;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CAGTTGGGGCGGGAGCTCTGT;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=49;WE=203012914;WS=203012896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr1	203018190	rs6696772	G	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=2.223;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr1	203024674	.	C	T	3134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1300;ReadPosRankSum=0.311;SC=AGCGTGGTTCCATCCCCACCT;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=151;TCF=71;TCR=80;TR=86;WE=203024682;WS=203024664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,152:0.55:278
chr1	203025096	rs199570318	CTTT	C	884.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.58;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr1	203028371	rs61732315	G	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=637;ReadPosRankSum=-1.968;SC=GGGGACCCAGGCAGAGAAGGA;SOR=0.405;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=42;WE=203028379;WS=203028361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,73:0.65:113
chr1	203028711	rs4590732	C	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=2.180;SC=TTGGGGTGGTCAGGTGTTCCT;SOR=0.160;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=203028719;WS=203028701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	203029017	rs2270546	A	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=316;ReadPosRankSum=-0.169;SC=AGGGGTCTGGAGGGAAGGATG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=28;WE=203029025;WS=203029007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr1	203030685	rs2270543	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=-1.056;SC=GATACTGGGATGTCTTTTTCC;SOR=0.458;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=19;WE=203030693;WS=203030675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr1	203036757	rs2275354	T	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=346;ReadPosRankSum=0.270;SC=TGATGCTGGATGTGAGACAGG;SOR=0.960;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=31;WE=203036765;WS=203036747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr1	203040673	rs9803710	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=425;SC=AGCAGCTTCAAAAAGGTGTGT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=203040681;WS=203040663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	203040740	rs11583155	T	C	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr1	203040816	rs2270540	G	C	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=2.942;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,78:0.66:118
chr1	203040922	rs2270541	G	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=-2.017;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr1	203040936	.	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=2;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=957;ReadPosRankSum=-1.778;SC=TGGTCATCTTCGTTGGATTGA;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=27;WE=203040944;WS=203040912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr1	203045413	rs11578206	G	T	6648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=1.104;SC=AACCTCTCTCGCAGATGCCCT;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=204;TCR=128;TR=202;WE=203045421;WS=203045403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,311:0.60:522
chr1	203045583	rs6682652	T	C	4274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=96;PP=2401;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CTGACCCCTCTTGCTCGTTCC;SOR=0.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=250;TCF=76;TCR=174;TR=135;WE=203045591;WS=203045573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,192:0.55:348
chr1	203053768	rs903356	T	C	4897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=54;NR=49;PP=1927;SC=AGTCAGGCCTTACTTACCCCC;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=103;WE=203053776;WS=203053758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	203055101	rs4950877	A	G	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=1102;ReadPosRankSum=1.364;SC=GGGTCGGAAAAGGCTTGTTCC;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=71;WE=203055109;WS=203055091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,84:0.66:128
chr1	203098275	rs2228079	T	G	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.300;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=62;PP=1288;ReadPosRankSum=0.747;SC=TGGCAATTGCTGTGGACCGCT;SOR=0.874;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=257;TCF=110;TCR=147;TR=101;WE=203098283;WS=203098265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,160:0.41:387
chr1	203098455	rs10920569	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.375;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr1	203134340	rs139893335	C	T	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=6.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-1.601;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,108:0.35:308
chr1	203137784	rs35823777	A	ACT	6315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=32;PP=2725;SC=TCCTCCCGTGACTTCAGTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=56;WE=203137792;WS=203137774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	203143395	rs3737872	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=-2.219;SC=CTGAGGAACCTGGAACTTTCT;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=203143403;WS=203143385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	203143794	.	T	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=280;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TGGGGCTTCTTTTCCTGCTGG;SOR=0.352;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=20;WE=203143802;WS=203143784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr1	203148620	.	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,16:0.14:113
chr1	203148633	rs4950927	A	G	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=25;PP=1212;SC=GATCCTGGCCACAGAAGGAGC;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=203148641;WS=203148610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	203149042	rs150570065	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=0.956;SC=TGTGGGGAGTCGTGCCGAGAC;SOR=0.841;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=23;WE=203149050;WS=203149032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
chr1	203152801	rs880633	T	C	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=28;PP=1420;SC=TGTTTGTCTCTCCGTCCAGGG;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=203152809;WS=203152791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	203153555	rs12128727	C	T	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=7;PP=896;SC=CTTTGCTACACATCAGGCAGG;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=203153563;WS=203153545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	203153634	rs2071579	C	G	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=62;PP=2815;SC=ACAGTGGATGCGGGAGACCCA;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=154;WE=203153642;WS=203153624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	203154532	rs1538372	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	203155882	rs4950928	G	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=593;ReadPosRankSum=-0.427;SC=TCCACTCCCCGACGCGGCAAA;SOR=0.555;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=26;WE=203155890;WS=203155872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr1	203274923	.	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.032;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr1	203317162	rs7543148	C	T	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=37;PP=1324;SC=GGCAGTCGCACTCCTGGGGGC;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=203317170;WS=203317152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	203652444	rs1419114	A	G	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=29;PP=1140;SC=AGCTGCGTTCAAGGGATGCAC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=203652452;WS=203652434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	203667409	rs2228445	T	C	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=52;PP=1994;SC=ATGTCACGCTTATCATCCTGG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=102;WE=203667417;WS=203667399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	203667536	rs6676272	A	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=578;ReadPosRankSum=0.360;SC=TTCCACCACCACCACCAAGCG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=42;WE=203667544;WS=203667526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr1	203670128	rs3820197	A	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GCAGATCTGGATAGAAAGCAT;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=203670136;WS=203670118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	203673055	rs115760012	G	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GAAACTTCAGGGTGGCTAGTT;SOR=1.828;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=203673063;WS=203673045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	203740615	rs3737976	T	C	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=49;PP=1681;SC=GGTAGGTTTTTCCTTCTAATC;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=203740623;WS=203740605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	203741110	rs16852291	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=2.491;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr1	203741368	rs3737973	C	A	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=297;SC=TCACTGCAAACAAACAGCATG;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=203741376;WS=203741358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	203766827	rs872032	T	C	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=6.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.734;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,79:0.36:217
chr1	203768791	.	C	A	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1125;ReadPosRankSum=1.381;SC=CAGGTGCTACCCCTAATCCAT;SOR=0.657;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=74;WE=203768799;WS=203768781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,104:0.67:156
chr1	203787700	rs4951260	T	C	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=19;PP=822;SC=GTTTACAGGGTGACAGCTGCC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=203787708;WS=203787690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	203803016	rs6694647	A	G	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=18;PP=651;SC=TTTCTTTTCTACTTGTTTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=36;WE=203803024;WS=203803006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	203821200	rs7512877	G	A	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=18;PP=1133;SC=CTTTGTGTCCGTGAGACTAGG;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=203821208;WS=203821190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	204006095	rs41264273	A	G	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=23;PP=2027;SC=CATCACACTTACTGTCCACTG;SOR=1.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=91;WE=204006103;WS=204006085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	204006538	rs4951291	T	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=4;PP=250;SC=ATCACCTTCCTCTCATGCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=204006546;WS=204006528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	204006597	rs4951039	G	A	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=9;PP=391;SC=ACAAGCCCGCGCGATGGGAGT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=204006605;WS=204006587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	204010389	rs10437107	G	T	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=72;PP=1882;ReadPosRankSum=0.682;SC=GGAATCGGGCGGAGTGATTAG;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=21;TCR=73;TR=93;WE=204010397;WS=204010379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr1	204081655	rs940653	A	T,ACACACT	1284.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.15;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,17,15:0.53,0.47:32
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chr1	204085356	rs150309732	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=0.214;SC=GAAGAGGCCTGGGGCTCTGGG;SOR=1.445;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=16;WE=204085364;WS=204085346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr1	204091014	rs12089381	T	C	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=670;ReadPosRankSum=0.404;SC=TTCTCCTTGCTGCCTTTTCCA;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=210;TCF=105;TCR=105;TR=66;WE=204091025;WS=204091004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,107:0.31:342
chr1	204094963	rs12566764	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=388;ReadPosRankSum=0.999;SC=CATCCATCACCGTTCCCCTTC;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=76;TCR=12;TR=26;WE=204094971;WS=204094953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr1	204103618	rs2293335	G	A	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=797;ReadPosRankSum=1.102;SC=TTTTCTCCACGTCCCACCATC;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=56;WE=204103626;WS=204103608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,72:0.74:97
chr1	204108961	rs11799485	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=182;ReadPosRankSum=2.033;SC=GCATGTTACTATACTGAATAC;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=204108969;WS=204108959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	204110334	rs10793755	A	G	5372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=54;PP=2354;SC=GACCTAAATCAAGGTCTAACT;SOR=0.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=128;WE=204110342;WS=204110324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	204120952	rs3737655	G	T	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=1182;ReadPosRankSum=0.236;SC=GGACGCGCGCGGCTGAGGGGC;SOR=0.715;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=72;WE=204120960;WS=204120942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,111:0.55:202
chr1	204124370	rs11571092	AC	A	1549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.322;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.619;NF=3;NR=20;PP=708;ReadPosRankSum=-0.427;SC=ACCTTGCCTGACCCCCAGCAA;SOR=1.211;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=23;WE=204124378;WS=204124360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,55:0.74:74
chr1	204124865	rs2368564	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=471;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TCTAACATGACCTGTGCATTG;SOR=0.871;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=33;WE=204124873;WS=204124855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr1	204125089	rs3795575	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=468;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TATGGAAGACGTCTCAGCAGA;SOR=1.577;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=30;WE=204125097;WS=204125079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr1	204125464	.	T	TCAGACAGACAGA	1300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=949;ReadPosRankSum=1.348;SC=GAGGCCACAGTCAGACAGACA;SOR=0.649;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=11;WE=204125472;WS=204125454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr1	204126378	rs3730102	G	A	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=632;ReadPosRankSum=1.654;SC=GGCATCTAGCGGAGGCTGGGC;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=40;WE=204126386;WS=204126368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr1	204128506	.	C	T	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,144:0.61:238
chr1	204129671	rs5707	A	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr1	204131186	rs5705	T	G	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1309;ReadPosRankSum=-1.657;SC=TGTTGCCAAGTGTCAGCCTCT;SOR=0.895;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=117;TCF=73;TCR=44;TR=80;WE=204131194;WS=204131176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,127:0.70:182
chr1	204159544	.	C	CA	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5432;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=44;QD=33.0;SC=ACGTCCCCGCCCCCCGCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=204159552;WS=204159534;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,2:1.00:2
chr1	204159611	rs71745629	CT	C	788.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.193;NF=4;NR=4;PP=248;ReadPosRankSum=0.000;SC=CACCTGCGCCCTCAGCCCCGC;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=8;WE=204159619;WS=204159601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr1	204159787	rs4889	G	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=0.467;SC=CGGCTGCTGGGGGCTCCCGGA;SOR=0.689;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=22;WE=204159795;WS=204159777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr1	204167672	rs3795573	T	C	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=634;ReadPosRankSum=-0.807;SC=AGAGAGCAGATGCAATATCTA;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=50;WE=204167680;WS=204167662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,75:0.60:126
chr1	204198209	rs3795571	A	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=44;PP=1147;SC=TGTCTACCTCATGGATGCTGC;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=53;WE=204198217;WS=204198199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	204199614	rs10900562	C	T	6563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=56;PP=2965;SC=CCGCTTCTCCCTCATGGAGCC;SOR=1.456;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=119;TCR=57;TR=175;WE=204199622;WS=204199604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	204210750	rs4412655	C	A	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=401;ReadPosRankSum=0.444;SC=TGTGAATGAGCACCCAGGGCT;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=25;WE=204210758;WS=204210740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr1	204210791	rs4951325	G	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=478;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TTACTTCTAGGGGAAGATGGG;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=30;WE=204210799;WS=204210781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr1	204210997	rs72749769	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=300;ReadPosRankSum=0.423;SC=CAGGAACTTGGCCCCCAGTGA;SOR=1.056;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=23;WE=204211005;WS=204210987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr1	204214975	.	TACACACAC	T,TAC	1635.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.95;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,30:0.29,0.71:42
chr1	204216410	rs4951329	C	T	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=21;PP=1073;SC=TATCAATGGCCGGAACCTTTG;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=204216418;WS=204216400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	204216468	rs4512713	C	T	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	204216601	rs4288652	G	A	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=43;PP=1231;SC=ACGGGGGAAAGAGGCGTTCAC;SOR=1.015;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=69;WE=204216609;WS=204216591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	204219821	rs45492294	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=421;ReadPosRankSum=0.709;SC=ATCACAATCCCGCTGTGCTCC;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=35;WE=204219829;WS=204219811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,46:0.37:123
chr1	204219850	rs4951331	G	A	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=46;PP=1274;SC=ACCATGGTCCGTCACCTCTGG;SOR=1.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=64;WE=204219858;WS=204219840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	204230581	rs3795569	G	A	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=929;ReadPosRankSum=-1.003;SC=CTCAGCCTGTGGGGAGAGGCA;SOR=0.360;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=50;WE=204230589;WS=204230571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,61:0.60:102
chr1	204234196	.	G	GGT	1775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=31;PP=1179;ReadPosRankSum=2.808;SC=GCACAAGAAGGGTGTGTGTGT;SOR=0.428;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=32;WE=204234233;WS=204234186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,62:0.67:93
chr1	204234222	rs4076020	T	C	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.90;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	204234225	rs4073136	G	A	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=1.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	204237416	rs10900571	C	T	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=38;PP=1302;SC=CCAAAGGCGACGGCTTTGCGG;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=204237424;WS=204237406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	204379452	rs2089891	T	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=623;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TTCTATTTTTTCTTCAGTGGA;SOR=0.698;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=42;WE=204379460;WS=204379442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr1	204379617	rs3014626	T	C	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=35;PP=2186;SC=TTGCCCCTTGTTAGCCTGTTG;SOR=1.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=97;WE=204379625;WS=204379607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	204394888	rs372358199	CA	C	752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=475;ReadPosRankSum=0.899;SC=GAATGAGAACCAAAAAAATGT;SOR=0.795;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=22;WE=204394896;WS=204394878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr1	204396728	rs17406271	A	C	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.294;NF=28;NR=13;PP=573;ReadPosRankSum=0.689;SC=AAAAGTAGCTAAAGAAACATT;SOR=1.243;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=41;WE=204396736;WS=204396718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,60:0.61:99
chr1	204396745	rs370349965	GA	G	1173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.189;HP=14;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.062;NF=16;NR=16;PP=545;ReadPosRankSum=0.062;SC=CATTAAAAAAGAAAAAAAATC;SOR=1.218;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=32;WE=204396753;WS=204396735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,68:0.65:105
chr1	204396830	rs17334387	G	A	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.093;NF=31;NR=35;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TGTAGGAGATGGACAGCTTCA;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=66;WE=204396838;WS=204396820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,101:0.63:160
chr1	204398073	rs61758009	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.25;ReadPosRankSum=2.465;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	204398077	rs61758008	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.25;ReadPosRankSum=2.207;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	204399061	rs2271419	A	G	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.88;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,65:0.51:128
chr1	204399064	rs2271420	G	A	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.73;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,65:0.50:129
chr1	204403659	rs3747636	A	G	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=755;ReadPosRankSum=0.072;SC=TGATGTTGTCATTATGTCGGT;SOR=0.382;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=54;WE=204403667;WS=204403649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,85:0.62:138
chr1	204409281	rs3014631	C	G	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=25;PP=2127;SC=ATAAGCAAAGCGGTCCCCTCC;SOR=1.758;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=97;WE=204409289;WS=204409271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	204411942	rs1107339	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TGGGACTGTACGCTAACAGCA;SOR=0.976;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=204411950;WS=204411932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	204413297	rs2292459	C	T	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=1.542;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,40:0.31:128
chr1	204413297	.	CGG	TGA	1104	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=17;NR=13;PP=1104;QD=38.5822624954;SC=GGGCCTGTTTCGGAGAAAGGG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=30;WE=204413307;WS=204413287;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr1	204413299	rs2292460	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,41:0.32:127
chr1	204416501	rs3827534	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=1.350;SC=AGCAGGAGGACGGAGACTCAG;SOR=0.828;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=13;WE=204416509;WS=204416491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr1	204418889	rs2999492	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	204418939	rs3014637	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr1	204425028	rs3765156	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=595;ReadPosRankSum=2.828;SC=CATAGACAGTGAAGGCCAGGG;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=42;WE=204425036;WS=204425018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr1	204426295	rs1008833	A	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=299;ReadPosRankSum=-2.243;SC=CATCTGGACCAGAATGGGCTG;SOR=0.916;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=24;WE=204426303;WS=204426285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr1	204426373	rs2137255	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=0.535;SC=GTATGATGGACAGAGTGAGCT;SOR=2.964;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=10;WE=204426381;WS=204426363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	204429212	rs5013460	A	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	204429213	rs5013459	T	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	204429215	rs5013458	T	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	204429216	rs5013457	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	204429285	rs2999485	A	G	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=138;SC=AGAGGGAAGAAATGAAACATG;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=204429293;WS=204429275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	204429838	rs2271414	C	G	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=24;PP=772;SC=GACTCAGTGGCAAGGGAGATA;SOR=0.877;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=43;WE=204429846;WS=204429828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	204433093	rs2271415	A	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=0.545;SC=CCCCCTCACAATCTTACTACC;SOR=0.793;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=12;WE=204433101;WS=204433083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr1	204433511	rs11455991	T	TC	1982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=13;PP=1673;SC=GGAAATCGAGTCAAAACACAG;SOR=2.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=204433519;WS=204433501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	204434277	rs2942149	T	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=13;PP=788;SC=AAAGAAAGTTTGGAAATGGAT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=45;WE=204434285;WS=204434267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	204434325	rs58247897	C	CCT	852.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=1268;ReadPosRankSum=0.361;SC=TCCCAAATCCCACCCCATTCT;SOR=0.336;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=15;WE=204434334;WS=204434315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr1	204434326	rs17847779	A	G	861.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=7;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=1260;ReadPosRankSum=0.485;SC=CCCAAATCCCACCCCATTCTT;SOR=0.336;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=15;WE=204434334;WS=204434315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr1	204436066	rs16853773	G	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=541;ReadPosRankSum=-4.189;SC=GAAGCCCGACGAAAGCGGGGC;SOR=0.986;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=33;WE=204436074;WS=204436056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,60:0.59:102
chr1	204438334	rs1124777	C	T	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=42;NR=63;PP=2108;SC=GCAGTTTGCCCGGCAATTGTT;SOR=1.125;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=105;WE=204438342;WS=204438324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	204438643	rs1553921	G	T	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=32;PP=1433;SC=CCTGTGGGGAGAGTGAGTTGT;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=81;WE=204438651;WS=204438633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	204494756	.	G	GT	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.820;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.678;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,31:0.23:135
chr1	204495595	.	G	GTT	269.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr1	204501383	rs4252697	C	T	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1114;ReadPosRankSum=0.690;SC=AGGTATGTCACATCATATTTC;SOR=0.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=86;WE=204501391;WS=204501373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,143:0.63:228
chr1	204506107	rs4245738	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=432;SC=ATCCAGATTTCAAGATCCCAT;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=204506115;WS=204506097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	204506174	rs4252704	CT	C	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=246;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GCCATACACTCTTTTCCTTTT;SOR=0.908;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=204506182;WS=204506164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr1	204512100	rs4252717	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=26;PP=843;SC=AGGGAAGTGGTTTTTTTTCTT;SOR=1.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=42;WE=204512108;WS=204512090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	204515863	rs2290855	C	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=799;SC=TTTTTGCTTTCAGTTAATTAG;SOR=2.891;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=33;WE=204515871;WS=204515853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	204516025	rs2290854	A	G	9517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=109;PP=2965;SC=TTTAGCAAGAACTATTTTGCA;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=123;TCR=110;TR=231;WE=204516033;WS=204516015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr1	204518842	rs4245739	C	A	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=34;PP=1001;SC=GCATTTATTCCGTTCACTTAC;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=204518850;WS=204518832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	204587047	rs11588857	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=539;ReadPosRankSum=-2.799;SC=TTCCTCCCTGGATTCCAGGGC;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=35;WE=204587055;WS=204587037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr1	204587087	.	A	C	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr1	204587240	rs3747632	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=254;ReadPosRankSum=-0.658;SC=GCCCAGGACGGTCCCCTAAGG;SOR=0.723;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=26;WE=204587248;WS=204587230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,39:0.28:138
chr1	204587569	rs3747631	G	C	4816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.045;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=56;PP=2229;ReadPosRankSum=0.991;SC=GGCTGGAGGAGAGCACGGCCC;SOR=0.905;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=214;TCF=118;TCR=96;TR=133;WE=204587577;WS=204587559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,221:0.60:368
chr1	204588140	rs3747630	G	A	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=1449;ReadPosRankSum=0.341;SC=AGGCGCGGGGGTGGATGAAGG;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=84;WE=204588148;WS=204588130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,112:0.66:170
chr1	204589101	rs3789044	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=508;ReadPosRankSum=0.447;SC=TAGCAAGAGTGGGGCCACGAG;SOR=0.592;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=37;WE=204589109;WS=204589091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr1	204913271	rs12061847	C	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=10;PP=506;SC=GGGGGCTCTTCGGTCCTCCAA;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=204913279;WS=204913261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	204913568	.	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-1.526;SC=TCTTTTTTTTCCTGATTTTGG;SOR=0.425;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=6;WE=204913576;WS=204913558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	204915393	rs2595960	A	G	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=32;PP=1186;SC=ATGCACCAGGAAGTGAGCTAA;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=65;WE=204915401;WS=204915383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	204917680	rs2068667	C	T	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	204921095	.	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=727;ReadPosRankSum=-1.748;SC=GGACCCCAGGGAGGTCCCTGC;SOR=0.534;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=83;TCR=40;TR=50;WE=204921103;WS=204921085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,61:0.41:147
chr1	204926980	rs7519658	C	T	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=57;PP=1684;SC=TGTCCCGGGGCTGGGGGCCAA;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=93;WE=204926988;WS=204926970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	204931077	rs12740109	G	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=477;SC=TTCACTGAGCGTATTGCCTTT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=204931085;WS=204931067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	204939895	.	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GAGCTGTTGTCCCATCTGACT;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=13;WE=204939903;WS=204939885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr1	204943285	rs2595945	A	T	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=25;PP=1599;SC=GGCACTCGAGATTGCTTCTCT;SOR=1.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=84;WE=204943293;WS=204943275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	204943947	rs2246662	C	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=299;ReadPosRankSum=-0.255;SC=GCCTGGAGGTCAAAGGTAAAG;SOR=1.005;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=23;WE=204943955;WS=204943937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr1	204943991	rs2246661	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr1	204943991	.	CA	TG	192	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=13;PP=192;QD=14.4392867566;SC=TGGAGAGGGACAAGGAGGCCA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=17;WE=204944000;WS=204943981;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr1	204943992	rs2794861	A	G	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.18;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	204945338	rs34566896	CTA	C	2334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.071;NF=2;NR=23;PP=1008;ReadPosRankSum=-0.076;SC=CCTCCCCTCTCTATAGGAGAC;SOR=0.803;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=25;WE=204945347;WS=204945328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,60:0.65:93
chr1	204953269	.	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=4.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.495;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,58:0.26:224
chr1	204966428	rs2802808	C	G	18582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,716:1.00:716
chr1	204966690	rs2794858	G	A	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=79;PP=2521;SC=ACCCGTGACTGGATGCTCAGT;SOR=1.510;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=35;TCR=79;TR=112;WE=204966698;WS=204966680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	204966749	rs2595944	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=231;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TGACACACACACACTCCTTGG;SOR=0.409;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=18;WE=204966757;WS=204966739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr1	204978310	.	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=186;ReadPosRankSum=2.603;SC=CATCCATGGGGAATCATACTT;SOR=1.165;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=13;WE=204978318;WS=204978300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr1	204978533	rs1530745	A	G	5215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=85;PP=2815;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GTCCTTTAGCAGGGTAGTTTG;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=153;TCR=124;TR=186;WE=204978541;WS=204978523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,246:0.65:380
chr1	204978643	rs1530744	C	A	7626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.404;SC=CCATCTCCCCCATGAAATCAT;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=350;TCF=172;TCR=178;TR=206;WE=204978651;WS=204978633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,373:0.58:639
chr1	204978704	rs55678495	G	A	7084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.421;SC=ACAACCAAGCGGACATCGCCA;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=315;TCF=135;TCR=180;TR=191;WE=204978712;WS=204978694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,331:0.60:551
chr1	205027561	rs9787409	G	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=-0.836;SC=AAAGGATAAGGGACACCCTCA;SOR=1.473;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=11;WE=205027569;WS=205027556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr1	205027737	rs2275697	G	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=568;ReadPosRankSum=-2.387;SC=CCCAGTGAAAGCTCATGAAGG;SOR=0.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=44;WE=205027757;WS=205027727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,65:0.74:88
chr1	205028152	rs57918586	A	AC	3384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=2194;ReadPosRankSum=0.204;SC=CTGGGGTCCCACCCAGAGTGG;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=58;WE=205028160;WS=205028142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,117:0.68:173
chr1	205028823	rs5780262	A	AG	2861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.335;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.923;NF=6;NR=61;PP=2176;ReadPosRankSum=-1.768;SC=GAGTGTGAAGAGGGAGGGGAA;SOR=1.009;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=8;TCR=73;TR=67;WE=205028831;WS=205028813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,104:0.71:147
chr1	205028883	rs35182846	CAG	C	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.188;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=34;PP=464;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TGAGGGCAGGCAGAGTCAGGG;SOR=2.364;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=36;WE=205028892;WS=205028873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr1	205031116	rs2229866	C	T	4332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=1801;ReadPosRankSum=-0.329;SC=AACGGGGAGCCTCTGGCCTCC;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=198;TCF=107;TCR=91;TR=118;WE=205031124;WS=205031106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,199:0.65:308
chr1	205033283	rs1470637	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=194;ReadPosRankSum=-0.433;SC=TAGTCCAGGCGGGAGATTTGA;SOR=0.387;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=13;WE=205033291;WS=205033273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	205033374	rs2305277	T	C	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=877;ReadPosRankSum=-1.172;SC=ATGGCGTGGCTTCAAAGGGCA;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=55;WE=205033382;WS=205033364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,74:0.69:107
chr1	205034434	rs3901740	G	T	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=85;PP=1831;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CCTCCTTCTAGAGAGACAGGG;SOR=0.519;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=176;TCF=40;TCR=136;TR=113;WE=205034442;WS=205034424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,156:0.68:230
chr1	205034488	rs4460698	A	G	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.29;ReadPosRankSum=-1.594;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,57:0.79:72
chr1	205034852	rs143128501	A	ATGGCCTGCTGCACTGGTCAGGGCCGGTGGTC	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=2.732;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr1	205038731	rs2305275	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.874;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=129;ReadPosRankSum=0.179;SC=CCTCCCTGACCCCTCTCCCGC;SOR=0.160;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=14;WE=205038739;WS=205038721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr1	205039288	rs12134724	T	C	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=2.936;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr1	205040943	rs12117194	C	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-3.402;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr1	205041015	rs11240349	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=0.883;SC=TGTGGGGGCCGGGGCAGCCCT;SOR=1.112;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=14;WE=205041023;WS=205041005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr1	205041158	rs2229868	C	T	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=649;ReadPosRankSum=0.829;SC=CCCGAGTCAGCGGCCTGCATC;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=48;WE=205041166;WS=205041148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,72:0.54:134
chr1	205052939	rs4950979	G	A	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=45;PP=1743;SC=GCCTCTTGACGAGTCTCAAGT;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=99;WE=205052947;WS=205052929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	205053219	rs4951168	C	T	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=51;PP=2430;SC=TTCTAAGCGCCGAGTCTGACA;SOR=0.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=125;WE=205053227;WS=205053209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	205063949	rs3738154	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=0.430;SC=TCAAGGGCTACACAAAGCAAG;SOR=0.184;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=205063957;WS=205063939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	205069404	rs11240356	G	A	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1217;ReadPosRankSum=1.303;SC=AAGCAACTACGGGAAGGATAA;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=77;WE=205069412;WS=205069394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,110:0.65:170
chr1	205074424	rs3738155	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-1.705;SC=TTTTGTTCCACGTATACTCAA;SOR=0.074;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=205074432;WS=205074414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	205083865	rs11240360	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=152;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TGCAAATATATAGTCATCATT;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=12;WE=205083873;WS=205083855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr1	205084120	rs7515178	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.731;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr1	205090885	rs61822619	C	G	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1473;ReadPosRankSum=1.356;SC=CATAGCCGAACAGTGTCCCTA;SOR=0.656;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=258;TCF=161;TCR=97;TR=97;WE=205090893;WS=205090875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,152:0.37:410
chr1	205091105	rs12033568	G	C	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=37;PP=833;ReadPosRankSum=-0.109;SC=GAAGAGACTGGCGCAAGCTCC;SOR=1.115;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=44;WE=205091113;WS=205091095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr1	205116635	rs11367	A	T	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-0.631;QD=13.80;ReadPosRankSum=-1.679;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,73:0.70:104
chr1	205119981	rs3851295	C	T	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=723;ReadPosRankSum=-0.739;SC=AGCACTGCTGCGTACCTAAGC;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=47;WE=205119989;WS=205119971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr1	205130413	rs3851294	A	G	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=24;PP=938;SC=TGTAAAGAACAGCTTTCCAGA;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=205130421;WS=205130403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	205210699	.	C	T	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.697;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=841;ReadPosRankSum=1.295;SC=CCACAGCCGCCGTCGGTCTCG;SOR=0.495;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=179;TCF=99;TCR=80;TR=67;WE=205210707;WS=205210689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,86:0.34:255
chr1	205225457	rs1172147	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=257;ReadPosRankSum=0.596;SC=ATTGTCCTCAGCTGTGGACCT;SOR=1.154;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=16;WE=205225465;WS=205225447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr1	205238131	.	C	T	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=737;ReadPosRankSum=1.761;SC=ATGGTGACACCGACGGCCCCA;SOR=0.682;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=59;WE=205238139;WS=205238121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,81:0.34:235
chr1	205238275	rs1768586	A	G	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=785;ReadPosRankSum=0.842;SC=ACAATGTGGCAGAGTATCTGA;SOR=0.630;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=255;TCF=133;TCR=122;TR=75;WE=205238283;WS=205238265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,142:0.34:421
chr1	205238530	rs1779411	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GCTTTGGGGGCGGCGTGGTGG;SOR=0.684;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=42;WE=205238538;WS=205238520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,58:0.36:162
chr1	205239031	rs1668870	C	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=-0.498;SC=CTGCCCACCCCCTCCTGCAGC;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=14;WE=205239039;WS=205239021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr1	205240251	rs1668867	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=-1.495;SC=CCGCCAGGTACGAGCGGCTGG;SOR=0.283;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=11;WE=205240259;WS=205240241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr1	205240913	rs9659978	A	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=6;PP=802;SC=TCCTGAGCGCACACATGCCAG;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=205240921;WS=205240903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	205272722	rs41264877	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=387;ReadPosRankSum=-2.237;SC=AGGGGGGCTCCTCAAGCCCCG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=37;WE=205272730;WS=205272702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,60:0.34:175
chr1	205275206	rs4951195	AG	TT	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=20;PP=976;SC=GAGGCTTGAGAGTTGTGCTCT;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=48;WE=205275215;WS=205275196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	205275421	rs4951197	A	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=30;PP=968;SC=GGTTGGAGAGACCGAAGTCAG;SOR=1.342;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=205275429;WS=205275411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	205290639	.	CC	TT	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.680;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,60:0.30:198
chr1	205290794	rs3738746	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,20:0.25:81
chr1	205290965	rs35321028	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-3.121;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr1	205307789	rs11240441	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=503;ReadPosRankSum=-1.125;SC=CCCACCAAATGCAGATTGTGG;SOR=0.591;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=119;TCF=22;TCR=97;TR=40;WE=205307797;WS=205307779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,46:0.31:148
chr1	205308335	rs1105385	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=1.398;SC=GTTCCATGTCGAACACGTCCA;SOR=0.326;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=19;WE=205308343;WS=205308325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr1	205308368	rs1105387	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=292;ReadPosRankSum=0.800;SC=ACTTGGGCTGCCGGTAGAGGC;SOR=0.674;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=28;WE=205308376;WS=205308358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
chr1	205308591	rs1105388	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=362;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CTGAGGACAGCGACAGTGAAA;SOR=0.798;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=25;WE=205308599;WS=205308581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr1	205312280	rs7549293	C	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=5;PP=682;SC=CAGCAAATGCCTGTTGGTTTC;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=205312288;WS=205312270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	205325609	rs2298250	C	A	7963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=99;NR=92;PP=2965;SC=ACCAGCAGGCCCTCAGAATGC;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=99;TCR=94;TR=191;WE=205325617;WS=205325599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	205385498	rs6688045	C	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,66:0.43:153
chr1	205389592	rs7531012	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=637;ReadPosRankSum=0.999;SC=CGTAGTATTGGGCCAGGTGAA;SOR=0.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=45;WE=205389600;WS=205389582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,92:0.62:148
chr1	205492756	rs7529442	A	G	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=58;PP=2054;SC=CCATGGAGGTAAGGGCCTCTG;SOR=1.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=92;WE=205492764;WS=205492746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	205495392	rs2297837	A	G	4604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=62;PP=2880;SC=AGCTGGGGGTAGAGGATCATT;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=131;WE=205495400;WS=205495382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	205495976	rs1544154	A	G	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=75;PP=2435;SC=GTGAGGCCTCAGGGGCAGGGT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=127;WE=205495984;WS=205495966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	205498021	.	T	C	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=59.72;NF=3;NR=0;PP=37;QD=23.9237375157;SC=AGAGCCACGATCCCTGCAGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=3;WE=205498029;WS=205498011;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,3:0.30:10
chr1	205499577	rs6668356	C	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.621;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;ReadPosRankSum=-0.350;SC=GAGGCCCCAGCCCCAGCAGAG;SOR=0.865;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=20;WE=205499585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr1	205499660	rs41264895	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=449;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GGAAATGAGACGCTGCCTCGA;SOR=0.852;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=36;WE=205499668;WS=205499650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr1	205500543	rs11240507	T	C	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=859;ReadPosRankSum=0.161;SC=GGACAAGAGATCACATGGAGC;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=91;TCR=100;TR=63;WE=205500551;WS=205500533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,100:0.29:346
chr1	205554085	rs7526132	G	C	3924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,114:0.40:282
chr1	205554095	rs7515820	A	C	3872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,103:0.39:264
chr1	205561495	rs143503253	TC	T	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=71;ReadPosRankSum=0.997;SC=CTCTCTGTGCTCTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=10;WE=205561504;WS=205561485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	205561511	rs6593956	T	A	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.73;QD=34.42;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	205568213	rs2282449	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.514;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,34:0.32:105
chr1	205568390	rs2282450	T	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=438;ReadPosRankSum=0.022;SC=GTAAGGAAAGTATCTGTTTCT;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=31;WE=205568398;WS=205568380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,41:0.37:112
chr1	205568438	rs2282451	G	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=4;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=512;ReadPosRankSum=-1.367;SC=GTCGGGGAGCGGGGGAGCAGG;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=16;WE=205568450;WS=205568428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr1	205568442	rs2282452	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=4;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=1057;ReadPosRankSum=1.847;SC=GGGAGCGGGGGAGCAGGAGAT;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=27;WE=205568450;WS=205568428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr1	205600653	rs6593957	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	205615791	rs6673283	A	G	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=70;PP=2452;SC=CAATGATAGCATTTTAGACAT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=152;WE=205615799;WS=205615781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	205615947	rs4951250	C	A	773.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.582;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.82;ReadPosRankSum=0.719;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,40:0.87:46
chr1	205630893	rs3761916	A	G	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=24;PP=1345;SC=GCATTCTCCAAAGTTGCTTGC;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=71;WE=205630901;WS=205630883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	205696671	rs1772147	G	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=3;PP=476;SC=TTGTATACTCGAGCACAGCCT;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=205696679;WS=205696661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	205739396	rs823139	T	G	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=35;PP=1313;SC=TTAATAAAATTGTCAGGTGGG;SOR=0.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=80;WE=205739404;WS=205739386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	205744218	rs1572931	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=181;ReadPosRankSum=0.370;SC=GTCTGGGCTGCTCTGACGAGA;SOR=1.446;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=14;WE=205744226;WS=205744208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr1	205764640	rs823156	G	A	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	205766159	rs5780304	CA	C	6055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=58;PP=2739;SC=CAAAATGACGCAAAGACCACT;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=67;WE=205766167;WS=205766149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	205779231	rs11240569	G	A	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=688;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CAGCAGCCACGGTCCCAAAGC;SOR=0.449;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=45;WE=205779239;WS=205779221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,70:0.62:113
chr1	205809642	rs10900525	G	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=1.025;SC=GAGCTGAAGGGGTGTCTCTGC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=205809650;WS=205809632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	205811828	rs4951025	A	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,76:0.37:206
chr1	205812969	.	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=254;ReadPosRankSum=0.569;SC=CTGAATTCTCCCATAGGCCCA;SOR=0.549;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=21;WE=205812977;WS=205812959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr1	205814485	rs1104899	G	A	4972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.327;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=58;PP=1962;ReadPosRankSum=-0.717;SC=AGTGTGCCCCGACCATAGATG;SOR=0.821;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=199;TCF=108;TCR=91;TR=130;WE=205814505;WS=205814475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,234:0.64:363
chr1	205814497	rs1891460	T	C	13569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=95;PP=2962;SC=CCATAGATGATGCCATCACGC;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=106;TCR=95;TR=200;WE=205814505;WS=205814475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr1	205859798	rs12028467	G	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=1.203;SC=ATATTTTTATGATGCTGGTTA;SOR=0.358;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=9;WE=205859806;WS=205859788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	205890679	rs12759719	T	C	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	205892160	.	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=172;ReadPosRankSum=1.089;SC=GGGGCAGTATCAGAATGGGCA;SOR=1.104;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=15;WE=205892168;WS=205892150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr1	205896475	rs7366204	C	T	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=29;PP=1225;SC=TCTTGATTTACTTCCAATCCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=205896483;WS=205896465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	205896948	rs3811424	A	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=8;PP=612;SC=CCTCAGCCCAATGATCTCCCC;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=205896956;WS=205896938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	206224656	.	C	T	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.293;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1396;ReadPosRankSum=0.193;SC=TGCACCTGTTCGTGCTGCACT;SOR=0.696;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=138;TCF=72;TCR=66;TR=92;WE=206224664;WS=206224646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,144:0.67:215
chr1	206239403	rs28602496	C	T	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.053;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=1910;ReadPosRankSum=1.299;SC=GATCATATTCCGCTGGCTCAG;SOR=0.524;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=58;WE=206239423;WS=206239393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,92:0.63:145
chr1	206239415	rs28639473	C	T	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.189;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=1910;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CTGGCTCAGACAGAGCAGGGT;SOR=0.594;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=96;TCF=49;TCR=47;TR=56;WE=206239423;WS=206239393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,97:0.66:148
chr1	206239574	rs28391411	T	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=221;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CCACATCCTCTGTGGCCTTAG;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=19;WE=206239582;WS=206239564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr1	206239667	rs28412824	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	206239667	.	GA	AG	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=34;QD=43.7339374311;SC=TACTCAACAAGATTCGCCCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=2;WE=206239676;WS=206239657;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr1	206239668	rs28491603	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	206240271	rs28523378	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=121;ReadPosRankSum=0.547;SC=CAATGGAAGGGAGAATTGTCT;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=7;WE=206240279;WS=206240261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	206325361	.	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=277;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GGCTGTGGGAGGAGTGACTCC;SOR=0.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=21;WE=206325369;WS=206325351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr1	206327510	rs61742539	T	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.762;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=388;ReadPosRankSum=-2.548;SC=AGCTGATTTTTGGAGGCTACG;SOR=1.240;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=31;WE=206327518;WS=206327500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,47:0.35:133
chr1	206327770	.	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=0.466;SC=CTGTAACCAGGGCAGCAGACA;SOR=0.086;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=206327778;WS=206327760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	206328647	rs28694519	G	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CATTTGAGAGGCCAAAAAAGA;SOR=1.061;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=11;WE=206328655;WS=206328637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr1	206328803	rs41302235	T	C	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=832;ReadPosRankSum=0.338;SC=TCACTGGCCCTTCCGACAAGA;SOR=0.688;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=60;WE=206328811;WS=206328793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,92:0.38:245
chr1	206516159	rs199928990	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr1	206611602	.	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=1.054;SC=CTCCTTCATCCCCTGGTGGGA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=12;WE=206611610;WS=206611592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	206623685	rs12725078	G	T	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GACAAGAATTGTATGAGCACA;SOR=0.299;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=73;WE=206623693;WS=206623675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr1	206623866	rs11809494	C	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=13;PP=340;SC=CAGAAGGAAGCGATTATATAT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=206623874;WS=206623856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	206626607	rs11120575	G	A	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=37;PP=1206;SC=CCCGAGAGCTGTCCTTTAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=206626615;WS=206626597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	206626779	rs2483059	A	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	206626828	rs2483058	C	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=553;SC=GCCAACCCCTCGGGGGTCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=206626836;WS=206626818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	206631518	rs10864212	G	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=381;SC=GTTACAGTCTGTTTGGAAAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=206631540;WS=206631509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	206631532	rs12565311	T	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=1;PP=436;SC=GGAAAAAGAGTCATGCTAAAA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=206631540;WS=206631509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	206634573	.	C	T	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.526;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.832;SC=AGCCCGCCTTCCAGCGCAGCG;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=129;TCR=100;TR=80;WE=206634581;WS=206634563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,116:0.36:323
chr1	206646427	rs1930437	C	A	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=9;PP=1038;SC=TGTGGAATGGCCACATGGAGC;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=206646435;WS=206646417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	206647742	rs1539242	A	G	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=45;PP=1641;SC=GCGAGGTGCAAGTGAGGGAGT;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=94;WE=206647750;WS=206647732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	206647787	rs1539243	T	C	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=47;PP=1377;SC=ACCAGAACATTGTCAAGCTCT;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=86;WE=206647795;WS=206647777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	206648378	rs1059704	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TCAGACCAGCGGCAGGCCTGG;SOR=0.756;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=18;WE=206648386;WS=206648368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr1	206665896	rs2336940	C	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=550;ReadPosRankSum=-0.825;SC=CGAGGGCTGACCTCCAACCCC;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=40;WE=206665904;WS=206665886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,47:0.34:138
chr1	206667441	rs2184030	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.325;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=436;ReadPosRankSum=-1.760;SC=GTCCATTTTCGAAGAAGCCCT;SOR=1.230;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=91;TCF=22;TCR=69;TR=30;WE=206667449;WS=206667431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr1	206670827	rs12754274	G	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=326;ReadPosRankSum=-1.082;SC=TGTGTGCTTCGAAGCGTGAAG;SOR=0.708;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=24;WE=206670835;WS=206670817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,44:0.35:126
chr1	206680983	rs2095124	A	C	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=376;ReadPosRankSum=-0.824;SC=ACCCGCTACTATTGGACCCCG;SOR=0.874;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=28;WE=206680991;WS=206680973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,81:0.37:220
chr1	206758077	rs4418597	T	A	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=44;PP=1206;SC=AAGCCCACCCTCTAAAACTCC;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=206758085;WS=206758067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	206766817	.	AGAGAGCGC	A	116	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=93;MMLQ=23;MQ=48.8;NF=5;NR=5;PP=116;QD=12.1;SC=AGAGAGAGAGAGAGAGCGCGA;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=10;WE=206766832;WS=206766807;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,10:0.77:13
chr1	206766819	rs138574590	AGAGC	A	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.404;HP=2;HapScore=4;MGOF=96;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=1.501;SC=AGAGAGAGAGAGAGCGCGAGA;SOR=0.838;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=11;WE=206766832;WS=206766807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	206766845	.	A	AGTGT	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=2.630;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	206766857	rs28629842	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.25;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	206770283	rs11284613	AC	A	643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=510;SC=TGTTCCAAAGACCCCCCCAAA;SOR=2.737;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=19;WE=206770291;WS=206770273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	206772194	rs373767533	ACT	A	1128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=5;PP=829;SC=CCAGACAATAACTCTGAGTGT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=206772203;WS=206772184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	206772753	rs4845116	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=319;SC=CACTACTCAGATTGAGAGGAA;SOR=1.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=206772761;WS=206772743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	206773659	rs6662929	A	G	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	206776200	rs6668054	C	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	206776203	rs6675741	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	206941988	rs376415487	C	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=475;ReadPosRankSum=1.126;SC=GTCTCAGTTTCGTATCTTCAT;SOR=1.007;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=35;WE=206941996;WS=206941978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr1	206943351	rs3024494	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=223;SC=CCAAATGCCTTGCCTCACAGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=206943359;WS=206943341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	206944112	rs3024492	T	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=0.534;SC=GAGATCTGACTCCAGGAGTCT;SOR=1.371;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=8;WE=206944120;WS=206944102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	206944233	rs1554286	A	G	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=26;PP=1458;SC=GCAAGGGAAAAAACTGATCTG;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=206944241;WS=206944223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	206944645	rs1518111	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=10;PP=500;SC=GGAAGCAGAGTCTCCCTTCCC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=206944653;WS=206944635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	206944861	rs1518110	A	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=527;SC=TTTTTTAAATAAAATTGGCTC;SOR=2.093;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=22;WE=206944869;WS=206944851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	207009910	rs2243170	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=238;SC=TCCTCCCGGCTTGCCTTCGAG;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=207009918;WS=207009905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	207014472	rs2243188	A	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr1	207015957	rs2243191	T	C	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	207016125	rs1798	C	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.500;SC=TTGAAAATAGCCAAAAAGTCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=207016133;WS=207016115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	207040659	rs2232360	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=248;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TAGAGTTTCTGCCTGCTTCAT;SOR=0.375;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=23;WE=207040667;WS=207040649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr1	207074905	rs1150258	T	C	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=641;ReadPosRankSum=1.157;SC=TTTCAAAAACTACCACAATAG;SOR=0.474;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=47;WE=207074913;WS=207074895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,69:0.36:190
chr1	207075171	rs291107	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=161;ReadPosRankSum=0.100;SC=TTAAAGGAGGTAGCCCCTTTC;SOR=0.569;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=11;WE=207075179;WS=207075161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr1	207078649	rs187976079	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GTGGAGTAGCCCTGGGGATTT;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=207078657;WS=207078639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	207086969	rs291083	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=1.465;SC=TTTCATATGGATCTCAATCAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=207086977;WS=207086959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	207087053	rs72758947	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=364;ReadPosRankSum=2.633;SC=AATCTTCCCAAGTGAAACATT;SOR=1.149;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=22;WE=207087061;WS=207087043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr1	207087096	.	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=348;ReadPosRankSum=-2.557;SC=ATCAGCGGAGGAACCTACCAC;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=27;WE=207087104;WS=207087086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr1	207087435	rs167082	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=333;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TCAGGGCCCCCGATACTGCAG;SOR=1.002;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=26;WE=207087443;WS=207087425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr1	207091138	.	AT	A	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.287;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	207094579	rs191438986	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=138;ReadPosRankSum=-2.179;SC=GAAAGAAGTACGGAGACACTT;SOR=1.030;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=14;WE=207094587;WS=207094569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr1	207105835	rs35311172	C	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.200;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=0.636;SC=TGGCCACCCCCACAGCCACGG;SOR=1.103;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=20;WE=207105843;WS=207105825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr1	207108191	rs72570603	CAT	C	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=7.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.464;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	207108834	.	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=3.133;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,43:0.30:142
chr1	207109116	rs2275531	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,70:0.45:155
chr1	207109167	rs6695632	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=395;ReadPosRankSum=1.782;SC=GTGGACTCTGGAAGCACAGAC;SOR=0.427;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=34;WE=207109175;WS=207109157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr1	207110363	rs748140	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=265;ReadPosRankSum=-1.101;SC=ATTGATGAATACACTCAGAGG;SOR=1.332;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=15;WE=207110371;WS=207110353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr1	207110594	.	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=602;ReadPosRankSum=0.081;SC=GGTTGAGCAGGATCCTGCCCT;SOR=0.795;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=192;TCF=110;TCR=82;TR=55;WE=207110602;WS=207110584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,88:0.28:309
chr1	207110936	rs291096	T	C	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=566;ReadPosRankSum=1.325;SC=AGTTGGGATTTACATAACCAC;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=38;WE=207110944;WS=207110926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,53:0.35:151
chr1	207111257	rs291095	G	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=GCTTGACAGCGGTCTTCTCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=207111265;WS=207111247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	207113755	rs2007272	G	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TCTGATTTTAGTGTCCCCAGG;SOR=0.793;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=6;WE=207113763;WS=207113745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr1	207132345	rs7556372	A	G	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=547;ReadPosRankSum=-1.231;SC=GGGCTTTGCCAAAGGGGGAAA;SOR=1.072;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=35;WE=207132353;WS=207132335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,56:0.39:144
chr1	207135389	rs12121714	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.589;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	207135546	rs1572808	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=254;ReadPosRankSum=-0.685;SC=CCCATCAGCCGTCAGCTCATA;SOR=0.875;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=22;WE=207135554;WS=207135536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr1	207135651	.	G	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=507;ReadPosRankSum=-1.500;SC=GGGGACAGTTGGGACAGCCTC;SOR=0.643;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=42;WE=207135659;WS=207135641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,63:0.29:217
chr1	207135991	rs11119925	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=-0.349;SC=AATTAGGGGTCAAGTCAGAAA;SOR=2.093;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=8;WE=207135999;WS=207135981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	207143422	rs1856746	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=180;ReadPosRankSum=-0.203;SC=AGGAGAAAGCATCATTTCACC;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=20;WE=207143430;WS=207143412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,30:0.30:101
chr1	207195779	rs2842726	A	G	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=41;PP=1686;SC=TTAGGGATAGAAATTGGCATA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=207195787;WS=207195769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	207235954	rs2075863	G	A	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=976;ReadPosRankSum=-2.665;SC=GGATTTGGGTGTCTTCTACAG;SOR=0.645;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=61;WE=207235962;WS=207235944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,130:0.65:199
chr1	207236498	.	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr1	207237233	.	G	GGGGTGTGTGTGTGTGT	1120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.87;MQRankSum=2.247;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr1	207238419	rs72741390	C	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CTGAAAGGAACAGAGAGAACG;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=42;WE=207238427;WS=207238409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,74:0.55:134
chr1	207241440	rs113179854	A	AGTGTGTGTGT	883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;MQRankSum=1.844;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.895;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr1	207243851	rs923109	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=-1.686;SC=CCCTGTCTCCACTCAAATTAG;SOR=1.061;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=8;WE=207243859;WS=207243841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr1	207245045	rs11120137	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=106;ReadPosRankSum=-1.251;SC=TACGTCCAAATGTAGTTTGCT;SOR=0.708;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=14;WE=207245053;WS=207245035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr1	207268665	.	C	G	3708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,181:0.59:306
chr1	207269919	rs8942	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=470;ReadPosRankSum=1.585;SC=AAGGAAATAACTTCACCTTAG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=35;WE=207269927;WS=207269909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,63:0.41:153
chr1	207500293	rs4844591	C	T	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=662;SC=GCAAACCCACCTTTCAATATA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=207500301;WS=207500283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	207504669	rs2184476	G	A	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=501;SC=TTATATTTTTGCTTTATTCTT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=207504677;WS=207504659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	207510289	rs2490257	T	C	8563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=177;PP=2965;SC=ACCAACACCTTAGAAACCCAC;SOR=1.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=63;TCR=178;TR=240;WE=207510297;WS=207510279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr1	207510548	rs10746462	A	G	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=19;PP=1764;SC=ACAGCCCAAAAATTCACCACA;SOR=2.275;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=81;WE=207510556;WS=207510538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	207510596	rs10746463	G	A	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=50;PP=2965;SC=TCAGCAGCACGTAAGTCCACT;SOR=1.559;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=110;TCR=50;TR=160;WE=207510604;WS=207510586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	207512577	rs10641442	T	TTAA	338.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=0;PP=184;SC=CTTGATTAAGTTAATGTGTAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=207512585;WS=207512567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	207520376	rs2404781	T	C	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=21;PP=1158;SC=CTTGCTTCTGTCTCCTTCCTT;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=63;WE=207520384;WS=207520366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	207527285	rs11120753	G	A	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=8;PP=666;SC=TATGATATAAGCAAGAACAAA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=207527293;WS=207527275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	207532861	rs56253023	C	CT	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
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chr1	207646462	rs17615	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=546;ReadPosRankSum=3.241;SC=TTGAAGGGCAGTAGTCAGATT;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=41;WE=207646470;WS=207646452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,46:0.34:135
chr1	207646898	rs4308977	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=331;ReadPosRankSum=0.586;SC=AGGCTGCCAGTCACCTCCTGG;SOR=1.308;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=24;WE=207646906;WS=207646888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr1	207646923	rs17616	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,49:0.32:154
chr1	207651486	rs187391235	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=2.552;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
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chr1	207679187	rs55717835	GA	G	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.050;HP=16;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.143;NF=14;NR=18;PP=312;ReadPosRankSum=1.862;SC=TCTCAAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.482;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=32;WE=207679196;WS=207679177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,64:0.44:147
chr1	207679307	rs4844600	A	G	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.351;NF=52;NR=41;PP=1214;ReadPosRankSum=0.809;SC=TAACTGATGAATTTGAGTTTC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=142;TCR=112;TR=93;WE=207679315;WS=207679297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,121:0.35:341
chr1	207753782	.	C	T	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=904;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TCTCTGGCTTCCAGATTTCTC;SOR=0.830;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=55;WE=207753790;WS=207753772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,71:0.61:116
chr1	207782916	rs4844609	A	T	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=50;PP=1626;SC=GAGTTTCTTTACCCTCACTGA;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=207782924;WS=207782906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	207784968	rs3818361	A	G	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=53;PP=1343;ReadPosRankSum=1.328;SC=ATAAGATATAACAAAGGAAAT;SOR=0.795;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=234;TCF=111;TCR=123;TR=94;WE=207784976;WS=207784958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,171:0.37:460
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chr1	207791434	rs41274770	A	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=478;ReadPosRankSum=1.930;SC=CATCCACCCAAGATCCAAAAC;SOR=1.002;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=32;WE=207791442;WS=207791424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,55:0.40:139
chr1	207793387	.	C	T	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=-1.873;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,84:0.59:143
chr1	207795320	rs2296160	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr1	207795368	.	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr1	207796228	.	T	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=2.600;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	207818719	rs11118237	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CGAGGCTAGAGCTCTGCTCAG;SOR=0.864;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=22;WE=207818727;WS=207818709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr1	207850560	.	A	G	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=41;QD=15.1542425094;SC=CCATCTACTCAGGAGGCTGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=207850568;WS=207850557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	207850879	rs34509370	C	T	3437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.719;NF=57;NR=58;PP=1617;ReadPosRankSum=-2.357;SC=GCCTAAAAAACTCAGTCTGGA;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=281;TCF=135;TCR=146;TR=115;WE=207850887;WS=207850869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,184:0.41:454
chr1	207851611	rs2296158	A	G	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=632;ReadPosRankSum=-0.966;SC=CATCCAGTTCAGATCCCAAAT;SOR=0.792;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=208;TCF=100;TCR=108;TR=64;WE=207851619;WS=207851601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,118:0.32:365
chr1	207857158	rs12411037	T	C	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.093;NF=45;NR=19;PP=869;ReadPosRankSum=0.044;SC=AAGTAGTAATTTAATTGGGTA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=136;TCR=58;TR=64;WE=207857166;WS=207857148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,72:0.32:225
chr1	207857222	rs41314532	G	A	3522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=1.374;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:381,207:0.35:588
chr1	207872595	rs12729569	A	G	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=41;PP=1225;ReadPosRankSum=1.610;SC=AAGCCTTTGGAATAGCAGTGT;SOR=0.658;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=275;TCF=163;TCR=112;TR=96;WE=207872603;WS=207872585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,151:0.33:452
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chr1	207888626	rs6677310	C	T	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.666;NF=43;NR=35;PP=1179;ReadPosRankSum=1.131;SC=GAATTGCTCACACATTTGCTA;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=78;WE=207888648;WS=207888616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,122:0.72:170
chr1	207888704	rs2796255	T	C	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=-1.240;QD=15.76;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,114:0.75:152
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chr1	207888760	rs2796261	C	T	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.998;NF=18;NR=39;PP=909;ReadPosRankSum=1.488;SC=GAAAGAACTACGTAGTTTGGA;SOR=0.768;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=57;WE=207888768;WS=207888750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,79:0.77:102
chr1	207890866	rs2796257	T	C	7765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.190;NF=118;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.159;SC=GGAACTCCCCTTGGAGATATT;SOR=0.592;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=324;TCF=196;TCR=128;TR=201;WE=207890874;WS=207890856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,367:0.65:567
chr1	207941191	rs2724374	G	T	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=21;PP=625;SC=CCTGCTTATAGTTTTTCAAAA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=207941199;WS=207941181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	207959122	.	CTTT	C	385.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.57;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	207959136	rs373519619	T	TAA	385.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.57;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	208062260	rs2745952	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=20;PP=599;SC=GCTCCAGCCCTCTGTGTGTGA;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=208062268;WS=208062250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	208062471	rs2073070	A	C	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=6.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.055;SOR=1.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,91:0.61:150
chr1	208062973	rs2745953	A	T	4400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=55;PP=1736;ReadPosRankSum=-2.401;SC=CCGCCTGGGAAGACAGAGAAA;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=183;TCF=99;TCR=84;TR=117;WE=208062981;WS=208062963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,205:0.64:322
chr1	208063067	rs2179634	G	A	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=2.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.725;QD=14.12;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,141:0.66:213
chr1	208063100	rs5780411	G	GA	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=4.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.667;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,50:0.44:114
chr1	208207839	rs3736963	G	A	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=23;PP=1201;SC=GGTTCTCACCGTATCTGCTGA;SOR=1.305;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=69;WE=208207847;WS=208207829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	208208124	rs6540448	C	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=323;SC=ATAACCCAATCAAATAGCTAC;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=208208132;WS=208208114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	208211887	rs905100	T	C	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=33;PP=993;SC=TGTCTCCCGATTGCACCTTCT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=208211895;WS=208211877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	208213125	rs1751580	A	G	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=44;PP=1879;SC=GTGGGCACAGACAGGGCAGGA;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=99;WE=208213133;WS=208213115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	208219164	rs1536471	A	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=543;SC=GCCAGGAGCGAGGGGCGCCCT;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=208219172;WS=208219154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	208252489	rs2274445	T	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=285;SC=CCCCCCACATTAAACTCACTG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=208252497;WS=208252481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	208255877	rs6540453	T	C	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=38;PP=1053;SC=GGCAGAGGCATGGGGCTCATG;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=208255885;WS=208255867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	208270244	rs3818517	A	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.321;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr1	208276399	rs10654695	C	CCTCT	6102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=29;PP=1979;SC=GAGGACAATTCCTCTCTCTGC;SOR=1.719;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=58;WE=208276407;WS=208276389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	209605636	rs3842530	TAGCAGCAGCAGC	T	1173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=2994;ReadPosRankSum=0.479;SC=GCCACCACCGTAGCAGCAGCA;SOR=1.085;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=20;WE=209605655;WS=209605626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,37:0.25:149
chr1	209768285	.	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,49:0.35:141
chr1	209781417	rs143460578	TACAC	T	716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.577;NF=1;NR=20;PP=753;ReadPosRankSum=-2.786;SC=GGCACACGGGTACACACACAC;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=21;WE=209781430;WS=209781407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr1	209782343	rs11119314	A	G	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=20;PP=885;SC=GATACCCCCCATTCTATGAAG;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=209782351;WS=209782333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	209784663	rs10746421	A	C	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=9;PP=1380;SC=CACAGAGGAGACCTGCTTGCA;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=57;WE=209784671;WS=209784653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	209784927	rs2076230	G	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=49;PP=1139;ReadPosRankSum=0.062;SC=GGGTGGGAAAGCTGTTCTGGG;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=28;TCR=77;TR=66;WE=209784935;WS=209784917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,74:0.62:119
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chr1	209785206	rs11119315	G	A	6759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.803;SC=CAGCCCGGGCGTCCGCCCAGA;SOR=0.678;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=336;TCF=212;TCR=124;TR=226;WE=209785214;WS=209785196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,328:0.63:519
chr1	209785553	.	C	G	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=42;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.243;SC=AAAAGGCCAACAAAAAACAGT;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=61;WE=209785561;WS=209785543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,80:0.61:131
chr1	209785957	rs2272879	T	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=370;SC=CAGAAGGAAGTGTAGGGGGGC;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=209785965;WS=209785947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	209786078	rs2272880	G	A	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=33;PP=1138;SC=CTGCCCCATCGACTCTTCTTC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=209786086;WS=209786068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	209786121	.	C	T	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=665;ReadPosRankSum=2.072;SC=TGCTTCATTTCCTTTCTAGGA;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=48;WE=209786129;WS=209786111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,82:0.69:119
chr1	209788514	rs2566	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=323;ReadPosRankSum=-1.724;SC=ACTTTAGGCTGCATGAAAGTC;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=26;WE=209788522;WS=209788504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr1	209788703	rs1049607	T	C	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=643;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TCAGGTCCGCTGAGCGCAGCA;SOR=0.563;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=59;WE=209788711;WS=209788693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,90:0.58:155
chr1	209792015	rs5780528	A	AC	4348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=48;PP=2390;SC=CTGGAAGACAACACGCATTTG;SOR=1.150;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=52;WE=209792023;WS=209792005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	209799253	rs2179402	A	G	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=805;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GGTAGCGATTACAGTAGCCTC;SOR=0.507;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=49;WE=209799261;WS=209799243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,80:0.60:133
chr1	209800976	rs2072938	C	T	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=49;PP=1155;ReadPosRankSum=1.330;SC=AAAAACTCACCCCCAGAGGAC;SOR=0.832;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=151;TCF=58;TCR=93;TR=75;WE=209800984;WS=209800966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,120:0.50:238
chr1	209804095	rs4844863	G	A	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=26;PP=703;SC=GAGGGGGACCGTCAGCCATCA;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=209804103;WS=209804085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	209805895	rs2072940	C	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=-0.096;SC=GGTCCTGCCCCCTTCCTCTCC;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=13;WE=209805903;WS=209805885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	209807972	rs1130667	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=380;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GCATGCCGGCGGGCATGGGCC;SOR=0.458;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=32;WE=209807980;WS=209807962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,50:0.40:125
chr1	209811386	.	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=492;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CAGCCCTGAAGGAAGCCCTGG;SOR=0.524;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=37;WE=209811394;WS=209811376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,50:0.37:134
chr1	209811886	rs2076356	T	G	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=993;ReadPosRankSum=1.130;SC=CACCATTCTGTGACTGCCACC;SOR=0.380;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=52;WE=209811894;WS=209811876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,101:0.97:104
chr1	209849002	rs3817870	T	C	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=689;ReadPosRankSum=0.814;SC=CTGCAGGTCATTCCCGCCTCC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=43;WE=209849010;WS=209848992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,61:0.63:97
chr1	209849054	.	C	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=358;ReadPosRankSum=-1.417;SC=GGAGCTGATCCCCCTGGCCAA;SOR=0.652;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=28;WE=209849062;WS=209849044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,60:0.39:154
chr1	209849077	.	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=363;ReadPosRankSum=0.263;SC=AGATGATGGCCCAGAAGCGCA;SOR=0.703;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=26;WE=209849085;WS=209849067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,57:0.35:164
chr1	209849399	rs3830766	AG	A	1390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=799;ReadPosRankSum=1.452;SC=ACAGACCGAGAGAGGAATGGA;SOR=0.312;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=19;WE=209849414;WS=209849389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr1	209849406	rs1473683	T	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=18;PP=666;SC=GAGAGAGGAATGGAGAGACAG;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=209849414;WS=209849389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	209907514	.	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	209950681	rs649275	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=8;PP=314;SC=ATATTGGCCCTTCCTCCTCCT;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=209950689;WS=209950671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	209950760	rs669694	C	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=11;PP=366;SC=TGAGCACCAGCAACTGCAGGC;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=209950768;WS=209950750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	209951400	rs41303303	C	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=795;ReadPosRankSum=-1.167;SC=ATCCTAAGTACTGAGTTCATT;SOR=0.505;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=50;WE=209951408;WS=209951390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,75:0.55:137
chr1	209951564	.	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=95;ReadPosRankSum=-1.023;SC=GTTTTCCTGGGGTCCTGGCCC;SOR=0.461;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=12;WE=209951572;WS=209951554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr1	209952865	rs623360	C	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=248;ReadPosRankSum=1.907;SC=TTTTTAAGGACTGATCATTGG;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=21;WE=209952873;WS=209952855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	209953706	rs11590807	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	209965587	rs2235375	G	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,25:0.25:101
chr1	209968684	rs2013162	C	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=638;ReadPosRankSum=0.660;SC=CATGGTGCTGCGACTGATCCA;SOR=0.856;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=40;WE=209968692;WS=209968674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,55:0.40:137
chr1	209969902	rs7552506	G	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CCAGGCCTGAGAACAAGAAAC;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=209969910;WS=209969892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	209974528	rs35878470	C	CA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.859;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr1	210001543	rs12404886	A	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.983;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr1	210001586	rs616227	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.363;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr1	210003388	rs599663	A	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=3.247;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TTAACATCTCATTTGACCTTT;SOR=1.402;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=210003410;WS=210003378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	210003402	rs599649	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=421;SC=GACCTTTTCCTAATTTCTACA;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=210003410;WS=210003378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	210004199	rs585627	C	G	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=16;PP=937;SC=GAGTGAACCACAACAAGTTTC;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=210004207;WS=210004189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	210006437	rs655712	GC	AT	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=466;SC=ATCAATGAACGCTATTGTTGG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=210006446;WS=210006427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	210006603	rs656566	C	T	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=45;PP=1925;SC=AAACATCCCCCGAAGAGTTCA;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=103;WE=210006611;WS=210006593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	210008367	rs685248	C	G	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.81;SOR=2.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	210008367	.	CAAAACCC	GAAAACCC,GAAAACCT	574	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=49,22;NR=10,6;PP=574,427;QD=10.3181561449;SC=GGGAAGACCACAAAACCCCTC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=59,28;WE=210008382;WS=210008357;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:59
chr1	210008374	rs41274838	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.308;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr1	210008673	rs686582	T	G	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=50;PP=1275;SC=TGGGGCACAGTTGTAGCTAGA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=66;WE=210008681;WS=210008663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	210012102	rs1962735	A	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=709;SC=TGTTGAGCCAAGCCCTGCGCA;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=210012110;WS=210012092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	210015568	rs10570454	GCT	G	2925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=15;PP=1215;SC=ACATGTAAATGCTCTCAGTCA;SOR=1.230;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=26;WE=210015577;WS=210015558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	210126264	rs200494206	CTTA	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GTGCATATTACTTATTATGTG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=210126274;WS=210126254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	210406940	rs624270	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=-0.427;SC=GCAGCAGAGCTGCGCTGCGGG;SOR=0.171;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=21;WE=210406948;WS=210406930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr1	210407031	rs624706	G	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.822;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,72:0.42:171
chr1	210407329	rs36086035	GT	G	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=2.788;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr1	210407339	rs34824193	T	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=3.945;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr1	210414871	rs67121079	G	GT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	210414879	.	CT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	210415545	.	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=2.386;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,62:0.22:276
chr1	210536025	rs7527939	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=197;ReadPosRankSum=0.228;SC=GAACTTAGGTCACAGAACACT;SOR=0.198;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=16;WE=210536033;WS=210536015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	210536078	rs2294848	C	G	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=26;PP=1384;SC=CGTGCCTGCACCTTAGTCCAC;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=71;WE=210536086;WS=210536068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	210560682	rs3215543	A	AAT	524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=412;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GAAAGGCTAGAAGTGTGTAAA;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=210560690;WS=210560672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr1	210560965	.	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=1.834;SC=GTGTGTTTTTCCTTTGCTTCT;SOR=1.220;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=9;WE=210560973;WS=210560955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr1	210577873	rs2066721	G	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	210591742	rs3215542	TG	T	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=432;ReadPosRankSum=-0.877;SC=GGAGCTGGAGTGGGGGGTGAG;SOR=0.607;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=19;WE=210591750;WS=210591732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr1	210686570	rs4545340	A	G	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=16;PP=518;SC=ACATTGAATAACATGTCTATT;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=26;WE=210686578;WS=210686560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	210761462	rs4297293	G	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=702;ReadPosRankSum=0.908;SC=GATCCTTGCTGCTGTGTTAGG;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=33;WE=210761470;WS=210761452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr1	210847514	rs1934615	A	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=442;SC=CAGACTTTCCAGGAGGCCTTT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=210847522;WS=210847504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	210856585	rs3135473	G	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=13;PP=711;SC=GGCAGGGTTGGAGGTATCTGT;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=210856593;WS=210856575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	210857457	rs1135317	A	G	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=23;PP=588;SC=CACGTTTCACATCGCTGATCT;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=38;WE=210857465;WS=210857447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	211276828	rs3762452	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=406;ReadPosRankSum=1.494;SC=AGAATGGTCTCAATACTCACT;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=25;WE=211276836;WS=211276818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr1	211280724	rs199641326	TAA	T,TA	3453.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.98;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,120,50:0.66,0.27:182
chr1	211380770	rs7525401	T	C	4394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.120;NF=79;NR=58;PP=1966;ReadPosRankSum=-1.403;SC=CAGGACGCCCTGCTGGGCCGA;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=204;TCF=117;TCR=87;TR=137;WE=211380778;WS=211380760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,208:0.61:339
chr1	211433420	rs9887769	T	A	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,67:0.71:94
chr1	211441161	.	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.764;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	211447435	rs5780634	CT	C	158.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=26;SC=GTGCCTTTGGCTTTTTTTTTT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=2;WE=211447443;WS=211447433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	211447625	rs11580084	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,37:0.32:115
chr1	211452529	rs10708960	TA	T	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-0.320;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr1	211452678	rs3767377	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=-0.340;SC=ATCACTAGAAGTACTTGTGAT;SOR=0.929;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=17;WE=211452686;WS=211452668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr1	211452728	rs3767378	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=-0.668;SC=ACAGTACTTCGTATTAAGAAA;SOR=0.973;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=9;WE=211452736;WS=211452718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr1	211465056	rs67923485	ACATAGGC	A	901.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.417;NF=0;NR=15;PP=822;ReadPosRankSum=-1.307;SC=TGGTTCTCTAACATAGGCCAC;SOR=1.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=15;WE=211465070;WS=211465046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,23:0.96:24
chr1	211486014	rs114833032	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=207;ReadPosRankSum=-1.240;SC=GTACACACAGCTCTCCTTATT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=15;WE=211486022;WS=211486004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr1	211527609	rs7530570	C	A	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=357;SC=TACAGGAGGCCCCTTCTGGGT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=211527617;WS=211527599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	211544608	rs2289758	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=-1.899;SC=ATATTAACTAATTTTTTAAAC;SOR=0.818;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=211544616;WS=211544598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	211545442	rs10717294	CT	C	258.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.671;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.949;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr1	211652755	rs11119749	T	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=0.758;SC=GGGCTGCCCGTGCATCCTCAT;SOR=1.697;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=19;WE=211652763;WS=211652745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	211836789	rs12031285	T	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-1.474;SC=CCAGGATCTGTCTGCTTTTCA;SOR=0.689;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=14;WE=211836797;WS=211836779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr1	211846876	rs701929	A	G	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=883;ReadPosRankSum=1.554;SC=AACTCGTGTCATGGTTTAATA;SOR=0.728;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=69;WE=211846884;WS=211846866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,92:0.55:168
chr1	212002506	.	G	A	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=748;ReadPosRankSum=-2.135;SC=ACTCGAAGGGGCTGAAGTATA;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=51;WE=212002514;WS=212002496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,88:0.63:139
chr1	212118366	rs2993540	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CTTCCTTCCGACAAACATGTC;SOR=0.084;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=212118374;WS=212118356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	212139896	rs3010008	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.553;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CTATAGGTTTCTATTACTTGA;SOR=1.207;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=14;WE=212139904;WS=212139886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr1	212217971	rs35704923	C	CTT	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=112;ReadPosRankSum=0.846;SC=TTGTGTTACTCTATATATTTT;SOR=0.649;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=8;WE=212217979;WS=212217961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr1	212220847	rs2970592	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=-0.895;SC=CCTTTCCCCTGTCAAAGTTAC;SOR=0.120;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=14;WE=212220855;WS=212220837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr1	212236157	rs4951436	G	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=369;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TCTACAAAATGTAAACTGAAA;SOR=0.880;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=22;WE=212236165;WS=212236147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr1	212236218	.	C	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,53:0.40:132
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chr1	212241714	rs201294353	TA	T	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.498;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
chr1	212250957	.	C	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=0.994;SC=AGTTAGTGACCAGCTCTGTTG;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=14;WE=212250965;WS=212250947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr1	212251103	rs6658972	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-1.542;SC=ATCTGAAGATATATATGCTGT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=5;WE=212251111;WS=212251093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	212251367	rs5780675	GT	G	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.295;HP=12;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.736;NF=19;NR=4;PP=342;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GAAATCTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=2.147;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=23;WE=212251375;WS=212251357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr1	212251402	rs17718437	G	A	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.090;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.512;NF=38;NR=14;PP=910;ReadPosRankSum=0.203;SC=GGCAGGTCTAGTGGCCTTTGG;SOR=1.393;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=52;WE=212251410;WS=212251392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,69:0.81:85
chr1	212273639	rs3135474	C	T	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=823;ReadPosRankSum=0.416;SC=GCCCCCAGGGCAAAGTGCAAT;SOR=0.912;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=53;WE=212273647;WS=212273629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,89:0.55:162
chr1	212274413	rs6540718	A	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=365;ReadPosRankSum=-0.195;SC=AGCGGAAAGAAATTGCCAAGC;SOR=1.173;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=25;WE=212274421;WS=212274403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr1	212475634	rs12743785	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.907;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	212515613	rs1774249	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=0.496;SC=ATCAGAAATTCGTACAACAGG;SOR=1.139;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=15;WE=212515621;WS=212515603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,25:0.28:88
chr1	212521639	rs701908	T	G	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=41;PP=2376;SC=GATTGAAGCATAGCACTGTTC;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=117;WE=212521647;WS=212521629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	212526288	rs792442	C	T	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	212530192	rs792439	T	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=27;PP=863;SC=ATTTTTTTGCTTATTGTATAC;SOR=2.833;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=33;WE=212530200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	212551139	rs71573837	G	GCA	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=613;ReadPosRankSum=0.448;SC=TTCTTTGCTGGCACAACCAGG;SOR=1.402;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=15;WE=212551147;WS=212551129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	212553111	rs701905	G	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=41;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TCCTGGGCCAGTGGGTCATCT;SOR=0.454;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=212553119;WS=212553101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	212560327	rs792449	A	G	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=76;PP=2527;SC=GGTAGACCAGAAAGACGGCCA;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=125;WE=212560335;WS=212560317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	212588206	rs518793	C	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=605;ReadPosRankSum=0.041;SC=GAGGCGAAACCGGTCCGGAGG;SOR=0.336;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=105;TCF=19;TCR=86;TR=39;WE=212588214;WS=212588196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,45:0.39:116
chr1	212615875	rs521469	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=321;ReadPosRankSum=-0.780;SC=GGCTCTTCCCTTCCTCTTCAC;SOR=0.572;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=26;WE=212615883;WS=212615865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr1	212616080	rs150643811	C	CATTTT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.020;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.870;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	212617829	rs2275712	C	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.963;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr1	212617860	rs145109984	CGTGT	C	419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.16;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	212619339	rs4804	T	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.724;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr1	212788206	rs11119988	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=230;ReadPosRankSum=0.946;SC=TTAAGATGAGGATGGCATGAA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=12;WE=212788214;WS=212788203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	212791288	rs3839030	CGT	C	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.35;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	212798977	rs3122712	A	G	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=44;PP=1567;SC=AAACCCACTAATGTGCTCAAT;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=212798985;WS=212798967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	212799870	rs3122713	A	G	5314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=57;PP=2393;SC=CAGAGATGTGAACGTCATGGC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=118;WE=212799878;WS=212799860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	212870410	rs2233924	G	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,66:0.29:230
chr1	212900434	rs3835160	C	CG	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-0.512;SC=CTTCATCTTGCCAGTTCACCA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=212900442;WS=212900424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	212900487	rs2244935	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=170;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TTCTCTCCTAAACTGCCCCTA;SOR=0.437;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=14;WE=212900495;WS=212900477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
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chr1	212955454	rs11120026	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr1	212969842	rs11421046	C	CT	86.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	212970375	rs1284800	A	G	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=16;PP=1188;SC=ACCATGCCCGACCTCTACTTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=212970383;WS=212970365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	212985466	rs12130945	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.248;NF=4;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=0.347;SC=TGAGCCACCGCGCCCAGCCTA;SOR=1.284;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=5;WE=212985474;WS=212985456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr1	213003372	rs12133194	A	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQRankSum=-0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	213009178	rs369495200	CA	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr1	213009469	rs10864004	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=278;ReadPosRankSum=1.445;SC=CATTATTTCAATGGTTCTGTT;SOR=0.467;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=26;WE=213009477;WS=213009459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr1	213031948	rs11120047	G	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GGTGAATGGGGCCCCCCGGGA;SOR=0.523;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=20;WE=213031956;WS=213031938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr1	213032568	rs12023052	T	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr1	213036924	rs3086478	C	CAAAA	272	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.00;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	213056819	rs2644547	A	G	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=15;PP=638;SC=GCCTGGCCAAAAATTTTTCTT;SOR=0.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=213056827;WS=213056809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	213056892	rs12125982	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=93;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TTGCTATCAAATATTTACATT;SOR=0.853;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=11;WE=213056900;WS=213056882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr1	213058852	rs7536716	T	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=0.306;SC=AAGATACGGATTCTAAACACT;SOR=1.432;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=14;WE=213058860;WS=213058842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	213062017	rs112024320	T	TTTG	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=423;ReadPosRankSum=1.702;SC=CATGGTTTTATTTGTTGTTGT;SOR=1.214;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=11;WE=213062025;WS=213062007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	213068192	rs2792558	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr1	213068233	rs12408694	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=-2.402;SC=CACTACAGTGCATTAAATTTG;SOR=0.822;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=9;WE=213068241;WS=213068223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr1	213068595	rs3207090	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=495;ReadPosRankSum=1.162;SC=GAACCAAAAACGGTTATGTTG;SOR=0.843;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=41;WE=213068603;WS=213068585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,76:0.35:217
chr1	214171412	.	C	T	8569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.595;SC=CAGAGCCTCTCCTGAATCCTT;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=409;TCF=193;TCR=216;TR=262;WE=214171420;WS=214171402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,391:0.63:620
chr1	214491536	rs55760458	G	C	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=47;PP=1142;SC=ATTTCACATGGGTTGGGCAGG;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=79;WE=214491544;WS=214491526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	214492286	rs1134647	G	A	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	214497861	rs6695148	G	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=301;SC=AAAAGAAAGGGTTTAAAACCA;SOR=2.200;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=214497869;WS=214497851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	214500907	rs17022608	A	C	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=30;PP=1680;SC=GTAGTGAAGGAAGCTAAACAG;SOR=1.431;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=85;WE=214500915;WS=214500897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	214504604	rs2270704	T	C	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=29;PP=878;SC=GTTGTATGATTTTATTTCCCC;SOR=1.402;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=46;WE=214504612;WS=214504594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	214505352	.	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr1	214542668	rs3002311	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=1;PP=325;SC=AAGGAATATATATTTCAATAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=214542676;WS=214542658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	214542819	rs1135352	T	C	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=52;PP=2223;SC=CTTGGACATCTTCTGGACAGC;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=117;WE=214542827;WS=214542809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	214551276	rs3013451	G	A	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=12;PP=993;SC=CAGAGAATGAGTCACATTGAC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=214551284;WS=214551266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	214558228	rs3013446	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=9;PP=203;SC=ATTTAAACAAATCATAAAAAG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=214558236;WS=214558218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	214564340	rs7550799	T	C	6816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=0.392;SC=CCAGAGAGGATCGGCTCCAGG;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=72;TCR=117;TR=187;WE=214564348;WS=214564330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr1	214566845	rs7355212	A	G	285.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=220;SC=TTCTCTCTCTAGGCATATGCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=214566853;WS=214566835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	214566952	rs4655342	A	G	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=16;PP=738;SC=AAGAGTGAATAGGAAAAGAGA;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=214566960;WS=214566942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	214567013	rs11322819	CG	C	2921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=30;PP=1113;SC=GCCATCAAGTCGGGGGGGATT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=41;WE=214567021;WS=214567003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	214576454	rs72757974	C	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=-0.288;SC=ATTTTTAGAACTGAGTTATGA;SOR=0.120;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=11;WE=214576462;WS=214576444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	214576482	rs4636427	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=-0.309;SC=TGTTATAACACGGCTCTCCAT;SOR=0.048;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=8;WE=214576490;WS=214576472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	214625431	rs7355177	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=0.293;SC=CAGCCCATATATAAGATCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=214625439;WS=214625421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	214638172	rs10864100	C	T	8086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=146;PP=2965;SC=GGACGCCGCCCGCCTATCCTG;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=63;TCR=146;TR=208;WE=214638180;WS=214638162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	214787130	rs2070064	G	A	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=23;PP=1278;SC=GGAAAGAAGGGCTGCCTACAA;SOR=1.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=69;WE=214787138;WS=214787120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	214814571	rs3795521	C	T	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=21;PP=863;SC=CATCATTTCTCTAAATAAAAG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=214814579;WS=214814561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	214820099	rs3748697	A	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=29;PP=1206;SC=AGAAAAAGAAAATCTGACAAA;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=53;WE=214820107;WS=214820089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	214825279	.	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr1	214826810	rs11303309	CT	C	1416.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.888;QD=11.06;ReadPosRankSum=1.699;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,107:0.84:128
chr1	215260152	rs11586565	A	T	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=20;PP=536;SC=TTGCCTTAACATATAGCTCTT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=215260160;WS=215260142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	215345263	rs3834061	GTCTCTC	G	791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.13;QD=41.67;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	215345300	.	CAT	C	387	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=59.85;NF=7;NR=2;PP=387;QD=44.4444444444;SC=CATTTATATACATATATATAT;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=9;WE=215345309;WS=215345290;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,9:0.35:26
chr1	215368514	rs1556907	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=55;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TTATGTTTACATTTAAAATAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=6;WE=215368522;WS=215368504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr1	215759729	.	G	GT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr1	215792630	.	C	CTAG	3056.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.740;NF=6;NR=33;PP=1867;ReadPosRankSum=1.101;SC=GAATCAAATTCTAGGTAGGTT;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=39;WE=215792638;WS=215792620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,79:0.58:137
chr1	215793834	rs14137	G	A	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=23;PP=1126;SC=CCTATCTGGCGTCATCACCAA;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=215793842;WS=215793824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	215814186	rs66968954	CA	C	46.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;MQRankSum=0.180;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr1	215848587	rs2797234	T	C	4507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=83;PP=1925;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TATACATAAATGTATTCCTTT;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=227;TCF=103;TCR=124;TR=147;WE=215848595;WS=215848577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,214:0.67:319
chr1	215848641	rs2797235	T	C	9477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=121;PP=2965;SC=CGGCCTGGATTGTCTGATTTC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=102;TCR=121;TR=223;WE=215848649;WS=215848631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr1	215848883	.	G	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=589;ReadPosRankSum=-0.155;SC=AGAGTGAAAGGATCCAGGCGG;SOR=1.126;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=33;WE=215848891;WS=215848873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr1	215853748	rs5780842	GT	G	1015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=14;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=375;ReadPosRankSum=-0.929;SC=TTAAGTTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.899;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=35;WE=215853757;WS=215853738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,65:0.80:81
chr1	215853835	rs12140451	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=0.173;SC=CAGCGCAAACACTACAGCAGA;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=8;WE=215853843;WS=215853825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	215916713	.	C	CAT	682	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=19;MQ=59.89;NF=2;NR=14;PP=682;QD=43.1875;SC=ACATTAAAAACATATATATAT;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=16;WE=215916721;WS=215916703;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:31,16:0.34:47
chr1	215916732	rs4053764	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.917;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	215953517	.	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GAAGCATTTCCCTTTTTTTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=215953525;WS=215953507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	215956304	rs7518466	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-0.570;SC=TAGACAGGGAAGTTTCTCTTA;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=6;WE=215956312;WS=215956294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr1	215960167	rs10864198	T	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=456;ReadPosRankSum=0.377;SC=GCCACAATGTTCTGTGGCTTC;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=27;WE=215960175;WS=215960157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
chr1	216051082	rs41277198	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=-1.146;SC=TTTGTTTTTATAGTTTTTGTA;SOR=0.790;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=16;WE=216051090;WS=216051072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr1	216166454	rs41277212	T	G	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=683;ReadPosRankSum=-1.787;SC=GGGTATGTCCTCGTCAGTTAG;SOR=0.558;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=47;WE=216166462;WS=216166444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,79:0.69:115
chr1	216172128	.	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=-2.108;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr1	216172380	rs10864219	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=470;ReadPosRankSum=-0.729;SC=AATCCCACTTATTTTTCTTGG;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=30;WE=216172388;WS=216172370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr1	216172458	.	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=-0.748;SC=AAATATACAGGATTTTCAAAG;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=216172466;WS=216172448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	216219781	rs6657250	A	G	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=26;PP=1200;SC=ACCTGTGACTATGTAGTTCTC;SOR=0.971;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=68;WE=216219789;WS=216219771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	216246675	rs35944387	AG	A	1967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=1333;SC=TATCGCATAAAGGGCTTGAGT;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=33;WE=216246683;WS=216246665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	216251808	.	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.230;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	216256830	.	C	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=-0.569;SC=TTGTTATAAACGAAAAGAAGC;SOR=0.772;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=10;WE=216256838;WS=216256820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr1	216258213	rs56222536	A	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=-0.374;SC=ACCTTTTTGGATTATCTCTGC;SOR=1.038;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=27;WE=216258221;WS=216258203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr1	216270618	rs7540411	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=553;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TCTGATAAATGTACATTTACT;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=39;WE=216270626;WS=216270608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr1	216348764	rs1805049	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=-2.450;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr1	216370130	rs386851	T	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=1.279;SC=TTTTTAAATTTAATTCACACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=216370138;WS=216370120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	216390694	rs1324330	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=270;ReadPosRankSum=-1.880;SC=TATGATGCTGCTTCACACACC;SOR=0.680;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=24;WE=216390702;WS=216390684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr1	216424309	.	T	C	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=-2.328;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,83:0.35:234
chr1	216496910	.	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,67:0.29:231
chr1	216592003	rs4253963	T	C	5882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=67;PP=2304;SC=GCCCATCTACTGTCTTTTCTA;SOR=0.762;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=140;WE=216592011;WS=216591993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	216595306	rs10779261	C	T	4994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=54;PP=1721;SC=ATAAAACTTGCAGAATTGCTA;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=216595314;WS=216595296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	216741314	rs11572766	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,14:0.17:83
chr1	216824505	rs10863261	C	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=1.376;SC=AAGGCAATGTCAACTCTATTA;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=15;WE=216824513;WS=216824495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr1	216850658	.	C	T	3839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=52;PP=1543;ReadPosRankSum=-2.609;SC=GAGTCAAGTCCGTTCTGATGG;SOR=0.732;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=167;TCF=83;TCR=84;TR=96;WE=216850666;WS=216850648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,175:0.59:296
chr1	216850955	.	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.99;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr1	217671771	rs724803	C	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=167;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TTAGAGGGAACCTAACTAAAA;SOR=0.932;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=18;WE=217671779;WS=217671761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr1	217783810	rs12749938	C	T	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=104;SC=AGAAGAGGATCCTATCAATAG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=217783818;WS=217783800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	217804325	rs944730	G	A	14490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=187;PP=2965;SC=AACGACACCCGGGAGCCTGGC;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=359;TCF=171;TCR=188;TR=357;WE=217804333;WS=217804315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr1	217804635	rs34121469	T	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=450;SC=GAACAAAAAGTCGAACCCCGG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=217804643;WS=217804625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	217804955	rs10495062	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=261;SC=TCTGTTACCATACAACGAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=217804963;WS=217804945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	217824575	rs147538345	TACTC	T	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=130;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TGCTGTAACTTACTCACTTTA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=217824586;WS=217824565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	217856787	rs71301099	A	AT	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=0.954;SC=AGTTAGAAATATTTTTTTGTT;SOR=0.458;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=9;WE=217856795;WS=217856777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr1	217915455	.	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=503;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GTTTACCTGTCCCTGACAGCT;SOR=0.734;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=33;WE=217915463;WS=217915445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,53:0.46:116
chr1	217947738	rs6604561	G	A	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=928;ReadPosRankSum=-0.622;SC=TGCAATTACAGAAGGCAAAGC;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=64;WE=217947746;WS=217947728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,108:0.59:184
chr1	218036237	rs6658846	T	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=1.249;SC=AAAAGTATATTAAATAACACT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=6;WE=218036245;WS=218036227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	218475533	rs2251169	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=679;SC=ACCCCCCTTGCAAAAATGGGG;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=218475541;WS=218475523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	218696685	.	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	219366400	rs35359058	T	TG	246.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.64;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr1	219383848	rs5781096	A	ACTTTTT	1024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=706;SC=TATGTATTCTACTTTTAAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=11;WE=219383856;WS=219383838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	219383867	rs940571	T	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=25.44;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	219383905	rs940570	A	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=20;PP=702;SC=GCATGGCAATACATTTAGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=219383913;WS=219383895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	219706327	rs2785986	A	G	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=28;PP=1805;SC=AATATATGACATTATAATTAA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=96;WE=219706335;WS=219706317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	219706500	.	C	T	5047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=-1.012;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,243:0.66:366
chr1	219783279	rs79789352	T	A	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.645;NF=64;NR=89;PP=2518;ReadPosRankSum=-3.603;SC=GTCCTCAGAGTCAAGCAGGAC;SOR=1.107;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=214;TCF=96;TCR=118;TR=153;WE=219783287;WS=219783269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,147:0.65:227
chr1	220088829	.	G	A	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=51;PP=1389;ReadPosRankSum=0.174;SC=TGGTCCTCCTGAGTTTTGTTA;SOR=0.647;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=282;TCF=154;TCR=128;TR=109;WE=220088837;WS=220088819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,139:0.36:390
chr1	220100497	.	CA	C	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr1	220101002	.	A	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.69;ReadPosRankSum=2.285;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr1	220101005	rs76160931	A	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	220101008	rs79951865	A	C	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.55;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	220101029	.	A	AC	1435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=37.78;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	220142023	rs1061248	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=67;ReadPosRankSum=0.175;SC=AATAATTGTCCTGTGTGACTT;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=8;WE=220142031;WS=220142013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	220142070	rs1061242	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	220145371	rs2795315	T	G	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.260;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=-1.103;SC=ACAATTTACTTAAATATTCTT;SOR=1.284;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=220145379;WS=220145361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr1	220145584	rs1982986	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.469;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	220145637	rs1982985	A	G	293.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5497;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=1.163;SC=CATAGTGACCATCAGTATATC;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=10;WE=220145645;WS=220145627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr1	220151808	rs3215088	C	CAA	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=375;ReadPosRankSum=-0.188;SC=TGAGAAACCTCGTTTTATAAA;SOR=0.422;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=10;WE=220151816;WS=220151798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr1	220153332	rs34917248	T	TAA	2991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=15;PP=1594;SC=ACTTATTTTTTAAGAGTCTAC;SOR=1.483;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=41;WE=220153340;WS=220153322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	220154246	rs35193743	AT	A	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.361;HP=12;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.638;NF=2;NR=28;PP=396;ReadPosRankSum=2.135;SC=GAGCTTTTCAATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=30;WE=220154254;WS=220154234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr1	220154659	rs10595099	TAAA	T	2873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;QD=32.29;SOR=2.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr1	220154768	rs1061160	C	T	4344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.895;NF=58;NR=68;PP=1742;ReadPosRankSum=-0.557;SC=CTCTGTGTGACTGTACCCATT;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=235;TCF=111;TCR=124;TR=126;WE=220154776;WS=220154758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,216:0.56:387
chr1	220156090	rs2647462	T	C	5570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=58;PP=2379;SC=GAGCATTCTCTTGCACTCCAA;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=125;WE=220156098;WS=220156080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	220156427	rs1391566	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=-2.208;SC=AACTTTTTAATAAAAATGGCT;SOR=0.160;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=12;WE=220156435;WS=220156420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	220160360	rs2647435	A	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=3;PP=709;SC=ATCTGCTGACATTGTAGCTTT;SOR=3.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=220160368;WS=220160350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	220160433	rs2647434	A	G	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=35;PP=1743;SC=ACTATTAAGAATTGAATTAAT;SOR=1.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=95;WE=220160441;WS=220160423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	220162195	rs2254494	T	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=42;PP=1257;SC=GAGATATTTATAAAACTTTGG;SOR=2.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=220162203;WS=220162185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	220178717	rs5781162	T	TA	1092.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=689;SC=AAAGATGATATAAACCAAAGT;SOR=1.096;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=220178725;WS=220178707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	220184150	rs34170326	CA	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.792;NF=14;NR=2;PP=177;ReadPosRankSum=0.784;SC=GACTACGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.760;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=16;WE=220184172;WS=220184140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr1	220184164	rs28570471	A	G	1116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.65;MQRankSum=0.474;QD=33.84;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr1	220192192	rs34320023	TA	T	135.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr1	220192495	rs2245457	C	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=39;PP=1084;SC=GATACTTAATCAATAATAAAT;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=220192503;WS=220192485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	220197545	rs2577159	C	T	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=11;PP=683;SC=AAAGAAATCACGTTCTACTAA;SOR=1.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=220197553;WS=220197535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	220197625	rs2230301	G	T	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=33;PP=1804;SC=TATGTTTAGAGTCTATCCTCT;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=95;WE=220197633;WS=220197615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	220205943	rs2789816	G	A	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	220205980	rs2577138	A	C	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=141;SC=GCTTCTAAAGAAAATGAAATG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=220205988;WS=220205970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	220207017	rs2647456	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=23;PP=564;SC=ACATAAAAGACAGAAAAGAAA;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=220207025;WS=220207007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	220208154	rs2789817	C	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=6;PP=438;SC=CTGTTAATATCCTTAAGTAGA;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=220208162;WS=220208144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	220231180	rs34887640	CT	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=-0.576;SC=TTTAAAATTACTGTGAAAAAC;SOR=1.229;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=4;WE=220231188;WS=220231170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr1	220239448	rs1146773	T	C	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=42;PP=1325;SC=TTAACTGCTGTTTTTCATTGT;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=220239456;WS=220239438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	220240862	rs17563262	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=0.920;SC=TCCGTGATCAATCCTATTTAT;SOR=0.269;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=220240870;WS=220240852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr1	220287765	.	T	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.250;ClippingRankSum=0.000;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,71:0.27:267
chr1	220321023	rs11095	A	G	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=877;ReadPosRankSum=0.045;SC=AGTACTGGCTAGAAGTTTGGA;SOR=0.583;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=54;WE=220321031;WS=220321013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,76:0.59:128
chr1	220331319	rs3767654	T	G	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=756;ReadPosRankSum=1.700;SC=TTCAGCTGACTTTCCACACTG;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=57;WE=220331327;WS=220331309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,70:0.57:122
chr1	220332552	rs2789792	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=0.967;SC=TAAATTAAAACTGGCCATAGT;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=220332560;WS=220332542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	220332876	rs2808026	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.967;SC=GGCGCTATAAGTAAATGTGAC;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=220332884;WS=220332866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	220335430	rs2164790	A	G	107.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5102;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTAAAATCTAATTATCAAATT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=220335438;WS=220335420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	220355433	rs11343960	CT	C	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=298;ReadPosRankSum=-0.744;SC=AATAATATTACTTCTATTAAA;SOR=0.051;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=11;WE=220355441;WS=220355423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	220362857	rs35162828	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.489;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	220369745	rs35396665	TA	T	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr1	220375728	rs76473498	A	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.501;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=324;ReadPosRankSum=-0.280;SC=TACCAAAGATAAAATAAGACA;SOR=0.444;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=24;WE=220375736;WS=220375718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr1	220406291	rs10863538	A	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=-1.052;SC=TCATAGAACCAACCCCTGTAT;SOR=0.773;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=21;WE=220406299;WS=220406281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr1	220603310	rs10553491	TGTGA	T	798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.595;NF=13;NR=18;PP=715;ReadPosRankSum=-1.757;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=31;WE=220603323;WS=220603298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr1	220607685	rs1361256	G	A	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	220607891	rs1338767	A	G	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=29;PP=1404;SC=TTAGCCCTTTAAGAAAAAAGT;SOR=0.934;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=66;WE=220607899;WS=220607881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	220789236	rs2786599	C	T	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=15;PP=502;SC=GGGAAAATTGCGTTTTTTTAA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=220789244;WS=220789226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr1	220789374	.	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	220808921	rs10746403	T	C	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	220825523	rs3737296	A	G	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=37;PP=998;SC=CATTTTGTTCATTAAGAGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=220825531;WS=220825513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	220835209	.	C	T	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=42;PP=1239;ReadPosRankSum=-2.218;SC=AGATTCTAAGCCGCGTTCTTT;SOR=0.463;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=90;WE=220835217;WS=220835199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,135:0.61:221
chr1	220986516	rs12144830	C	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=0.168;SC=TGAGCTTTGACGGGATGGTGC;SOR=0.534;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=10;WE=220986524;WS=220986506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	220986624	rs111997659	C	T	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.582;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=992;ReadPosRankSum=-1.301;SC=ATGATCTTTTCCTATTGCAGT;SOR=1.223;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=55;WE=220986632;WS=220986614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,88:0.62:141
chr1	221055463	rs2247213	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=673;ReadPosRankSum=0.378;SC=GACACTGAACGGCCCTCTTGT;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=53;WE=221055471;WS=221055453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,78:0.35:221
chr1	221057646	rs2738755	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,34:0.27:124
chr1	221057662	rs3738182	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,29:0.26:110
chr1	221507141	rs7555947	C	T	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=12;PP=913;SC=TGTGAACATACTTTCATAGGC;SOR=1.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=221507149;WS=221507131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	221509332	rs4382729	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=385;ReadPosRankSum=0.687;SC=GAACAGGGTAGACAGAGAAAC;SOR=0.758;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=30;WE=221509340;WS=221509322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr1	221912361	rs1141714	T	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=19;PP=1191;SC=CTCGGCTTGGTTCATTGGTAT;SOR=1.289;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=60;WE=221912369;WS=221912351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	221912808	rs1136448	T	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=422;ReadPosRankSum=-1.482;SC=TGGCTTGGGTTTGGGCCTGAT;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=35;WE=221912816;WS=221912798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,43:0.31:140
chr1	222697088	rs3748662	G	A	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1248;ReadPosRankSum=0.192;SC=AGATGCAACCGGAAAATCAAG;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=74;WE=222697096;WS=222697078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,124:0.57:216
chr1	222700416	rs1487523	C	T	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=2.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,130:0.59:220
chr1	222700590	rs1487524	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=336;ReadPosRankSum=1.262;SC=TCTTTGAACCCCCCAAAGACT;SOR=2.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=16;WE=222700598;WS=222700580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	222705270	rs4846373	T	C	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=28;PP=1327;SC=ATCCGAGTTCTAGTAAGCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=222705278;WS=222705260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	222705546	rs17163175	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=245;SC=TGAGTACTAGGACTGAGTCCC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=222705554;WS=222705536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	222713296	.	C	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,76:0.65:117
chr1	222713501	rs3748663	C	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=662;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TCGGCCCTGGCGCGTGATGGG;SOR=0.632;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=181;TCF=84;TCR=97;TR=58;WE=222713509;WS=222713491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,81:0.33:242
chr1	222713621	rs3748665	C	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=298;ReadPosRankSum=1.036;SC=GACTCGGTACCGCTTGCCATG;SOR=0.997;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=21;WE=222713629;WS=222713611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr1	222713750	rs3828079	G	A	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=27;PP=653;SC=GGAAGAGATCGCCCAGAAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=222713758;WS=222713740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	222715591	rs117326786	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CCAAGCCACCGAGATTTGCCA;SOR=0.296;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=21;WE=222715599;WS=222715581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr1	222721060	.	C	T	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=729;ReadPosRankSum=-1.457;SC=AGGCACTTTTCACTACCTGGC;SOR=0.874;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=50;WE=222721068;WS=222721050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,97:0.63:153
chr1	222721288	rs4846382	C	T	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,84:0.62:135
chr1	222736489	rs74148135	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr1	222737265	rs35877231	G	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	222737568	rs3008640	C	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=217;SC=TAATATGCTCCCTTTAAATTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=222737576;WS=222737558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	222742676	rs4846766	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=1;PP=229;SC=CAGGGGATAGTGTGGATGATA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=222742684;WS=222742666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	222751034	rs2936033	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=596;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TAGATAACCATTAGTCAAAAA;SOR=0.523;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=28;TCR=69;TR=42;WE=222751042;WS=222751024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr1	222761771	rs2270705	A	G	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=883;ReadPosRankSum=0.737;SC=GCTCAATGTTATTATTTTACT;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=88;TCR=56;TR=64;WE=222761779;WS=222761761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,85:0.44:194
chr1	222798106	rs3008617	G	A	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=21;PP=638;SC=ATTCTTTTGTGTAGGTTGGAC;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=222798114;WS=222798096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	222802006	rs2936053	A	G	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=47;PP=1951;SC=GGTACAAGATAAGACAGAATT;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=97;WE=222802014;WS=222801996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	222802376	rs2936052	A	G	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=56;PP=1732;ReadPosRankSum=-0.127;SC=AATGGGGCCAAACTGCACACG;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=114;WE=222802384;WS=222802366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,148:0.70:212
chr1	222802803	rs3748626	T	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=566;ReadPosRankSum=2.258;SC=AAAAAAACCCTGGGAATCAGG;SOR=0.841;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=50;WE=222802811;WS=222802793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,57:0.31:181
chr1	222802926	rs3008620	C	T	7034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=93;NR=87;PP=2965;SC=TTTTGGATAGCGAAAAAACAA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=180;WE=222802934;WS=222802916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	222803204	rs2936051	A	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=997;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GAGGACCATGAGAACACAGAG;SOR=0.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=57;WE=222803212;WS=222803194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,66:0.52:126
chr1	222805698	rs3008622	T	G	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr1	222823529	rs17465637	A	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=86;ReadPosRankSum=1.254;SC=CTGAGAAGTTATTTTTTGTCA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=222823537;WS=222823519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	222823738	rs200789891	GT	G	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr1	222823743	rs67180937	T	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.527;SOR=1.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr1	222825403	rs3002150	G	A	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=265;SC=AAAGCTGACTGTAATTCCTGC;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=222825411;WS=222825393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	222825717	rs10495198	T	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=546;ReadPosRankSum=-1.019;SC=AATAGAGAACTCAGTATCATA;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=46;WE=222825725;WS=222825707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,74:0.40:187
chr1	222825761	rs2936019	G	A	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=47;PP=1384;SC=TCTATTTTTAGGGTAATATAT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=66;WE=222825769;WS=222825751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	222826481	rs2291832	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.959;SC=ATGTAAGTGCGTTCATGAATA;SOR=0.587;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=20;WE=222826489;WS=222826471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr1	222832295	rs2291834	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr1	222833538	rs2291835	C	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr1	222833601	rs3002153	T	C	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=31;PP=802;SC=TGGAGCCACCTGTGAGACCTC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=222833609;WS=222833591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	222837594	rs2270707	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=1.554;SC=CAATGCAGCAGTGAAGCTGAT;SOR=0.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=16;WE=222837602;WS=222837584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr1	222838216	rs2936026	C	T	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=25;PP=891;SC=ATCTATCTCTCTTTTTCAGAT;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=222838224;WS=222838206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	222846882	rs12138316	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=237;ReadPosRankSum=-0.075;SC=ACTTTGGGAGGCCGAGGCGGG;SOR=3.134;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=13;WE=222846890;WS=222846872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr1	222860734	rs3008638	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=4;PP=126;SC=GATAGCGCCACTGCATGCCAG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=222860742;WS=222860724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	222886119	rs3811465	A	G	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,117:0.36:327
chr1	222886169	rs111319544	C	A	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=72;PP=2035;ReadPosRankSum=0.125;SC=CCTGGTTTTCCGTCACCCTGG;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=187;TCF=74;TCR=113;TR=122;WE=222886177;WS=222886159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,153:0.63:243
chr1	222919895	rs2378607	T	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-2.173;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr1	222923001	rs2068814	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=1.048;SC=CCACCTGGTCATATGTACTAT;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=10;WE=222923009;WS=222922991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr1	222923351	rs6683071	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.554;SC=GCTGGGGTCCAAGAGTATGGA;SOR=0.418;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=14;WE=222923359;WS=222923341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr1	223116109	rs75109669	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=384;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TATTTGCCTGCCTGACTGTAA;SOR=0.848;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=86;TCF=71;TCR=15;TR=30;WE=223116117;WS=223116099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
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chr1	223156382	rs2926159	C	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	223156406	.	C	CT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.789;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr1	223168213	rs2609359	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=0.064;SC=TCCTTTTTTTTTTCATATCAC;SOR=0.476;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=12;WE=223168221;WS=223168203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	223177574	rs2609355	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=630;ReadPosRankSum=-1.116;SC=AGTTTTATAAAGAGGTGGACT;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=43;WE=223177582;WS=223177564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,49:0.30:163
chr1	223178561	rs9441941	A	C	6083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=77;PP=2278;ReadPosRankSum=-1.602;SC=GTAGCTGCCCAGATGCCTACA;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=294;TCF=161;TCR=133;TR=176;WE=223178569;WS=223178551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,291:0.63:461
chr1	223283851	rs1053954	T	C	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,104:0.70:149
chr1	223283910	rs7512943	A	G	7056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=61;PP=2965;SC=ACATCCTGGAAATCCTCAGGC;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=91;TCR=61;TR=150;WE=223283918;WS=223283900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	223397088	.	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=2.841;SC=CAGCAGAGTCCCGTATGGAGG;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=15;WE=223397096;WS=223397078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr1	223568029	.	C	T	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,114:0.68:167
chr1	223568414	.	C	T	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1228;ReadPosRankSum=0.594;SC=GCAGCACCTCCGGGAGCTCAA;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=70;WE=223568422;WS=223568404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,111:0.65:170
chr1	223711567	.	T	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.022;NF=3;NR=20;PP=433;ReadPosRankSum=-1.596;SC=CTCTCATGACTTAATCACCTC;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=23;WE=223711575;WS=223711557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr1	223716349	rs4072246	G	A	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1122;ReadPosRankSum=-1.943;SC=GCCACAGAACGTGCATGGTAT;SOR=0.888;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=71;WE=223716357;WS=223716339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,89:0.63:142
chr1	223717379	rs61823524	A	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=27;PP=1247;SC=CCCTGCCCCAACTTGCACCTT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=67;WE=223717387;WS=223717369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	223717484	rs34158997	G	A	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=817;ReadPosRankSum=-1.319;SC=AGTTGATGCCGAGCTTGCTGC;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=62;WE=223717492;WS=223717474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,85:0.65:130
chr1	223718462	rs61823525	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=0.389;SC=TTGTTCCTTCGTGACCAATGT;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=223718470;WS=223718452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	223718518	rs61823552	C	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr1	223718764	rs35808016	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CTTAGTGAACCTTCCATGTCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=14;WE=223718772;WS=223718754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr1	223722646	rs34630115	T	TA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	223724559	rs77191447	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.394;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=500;ReadPosRankSum=0.925;SC=AAGCTGGAGTGTAGTGCCGCA;SOR=2.093;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=27;WE=223724567;WS=223724549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr1	223799857	rs34786756	C	T	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=43;PP=1782;SC=CCAGCTTCTACCACAGGAAAC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=82;WE=223799879;WS=223799847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	223799871	rs35116708	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=371;ReadPosRankSum=-0.008;SC=AGGAAACAGACGCTGCTGGCT;SOR=0.565;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=32;WE=223799879;WS=223799847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,52:0.42:123
chr1	223805804	rs34893034	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=0.230;SC=CTGCCCCATGCGCTTACAGTC;SOR=1.051;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=6;WE=223805812;WS=223805794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr1	223807239	rs34693465	C	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GGAAGGAGCCCTGTGGCACAG;SOR=0.293;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=10;WE=223807247;WS=223807229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr1	223807262	rs34900680	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=-1.271;SC=CCTAGAGGCCGTGGGCTAGCT;SOR=0.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=9;WE=223807270;WS=223807252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr1	223813586	rs35539373	G	T	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=944;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GGCTGCACTGGAGACCTGCGT;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=67;WE=223813594;WS=223813576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,79:0.72:109
chr1	223814671	rs61825208	A	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=1108;ReadPosRankSum=1.043;SC=GTGGGGCAGTAGAGAAGCCAT;SOR=0.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=29;WE=223814690;WS=223814661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr1	223814682	rs67990281	A	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=366;ReadPosRankSum=-1.606;SC=GAGAAGCCATATGCCTCACAT;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=13;WE=223814690;WS=223814661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr1	223815575	rs34187970	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=3;PP=586;SC=CTCTCTCTCCGGCTCATGGGG;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=223815583;WS=223815565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	223816322	rs66602040	A	G	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=29;PP=1563;SC=AGCCCTAAGAATACGGAAAAC;SOR=1.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=83;WE=223816330;WS=223816312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	223816347	rs61825210	A	G	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=45;PP=1796;SC=ACAAAGGGCCAGAGCAGAGCA;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=111;WE=223816355;WS=223816337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	223816383	rs71644745	G	A	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,130:0.62:209
chr1	223830566	rs11584107	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-2.917;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,73:0.25:290
chr1	223841836	rs2105405	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=297;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GAGGTAGTTCCAGCATTTGGA;SOR=0.235;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=17;WE=223841844;WS=223841826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr1	223841877	rs2105406	C	G	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=681;ReadPosRankSum=0.328;SC=TTTGGACTCACAGTGAAGAAT;SOR=0.870;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=40;WE=223841885;WS=223841867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr1	223841913	rs11585533	C	A	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=659;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CAAACCCAGACGGACACATCA;SOR=0.687;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=46;WE=223841921;WS=223841903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,60:0.47:128
chr1	223900408	rs25655	C	G	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=59;PP=2454;SC=GCTCCCACGACAGGGCCATCA;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=73;TR=132;WE=223900416;WS=223900398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	223905532	rs17596	G	A	5573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=80;PP=2544;SC=AAGGAGCCCTGGGTAAGTGAT;SOR=0.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=135;WE=223905540;WS=223905522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	223931648	rs1222137	T	C	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=230;SC=CCAAACCCTCTGACCCAACCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=223931656;WS=223931638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	223934720	rs17600	G	A	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=36;PP=1444;SC=GCTATGAAGCGCTATCAGGGG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=223934728;WS=223934710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	223949158	rs6687003	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=152;ReadPosRankSum=-1.609;SC=TCCCCCCACCGCAGCCCTGCC;SOR=1.014;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=14;WE=223949166;WS=223949148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr1	223951985	rs737066	C	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,76:0.64:118
chr1	223954080	rs17599	A	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=412;ReadPosRankSum=-0.859;SC=CCAAGATATCAAGTCAGATGG;SOR=1.010;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=32;WE=223954088;WS=223954070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,46:0.33:141
chr1	223959796	rs1153950	G	A	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=1091;ReadPosRankSum=0.683;SC=ATGGTGGTCAGTGAAGTCAGT;SOR=0.453;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=68;WE=223959804;WS=223959786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,97:0.61:159
chr1	223959959	rs1153949	G	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=-1.779;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr1	223980207	rs1153936	G	C	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=917;ReadPosRankSum=1.454;SC=CATCATTGGGGAGGCTTGGGT;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=59;WE=223980215;WS=223980197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,73:0.54:134
chr1	223984306	rs28364803	G	GA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.872;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	223989966	rs1153933	C	T	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=1026;ReadPosRankSum=0.309;SC=GCATAGTAGACGACTGGATAT;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=69;WE=223989974;WS=223989956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,102:0.59:172
chr1	224008913	rs3738370	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=427;ReadPosRankSum=0.594;SC=GGCTGTCAGCGTCTCTCACCA;SOR=0.850;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=26;WE=224008921;WS=224008903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr1	224301749	rs6690695	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=0;PP=282;SC=TACCCCTTCCCCGGCGGCTGC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=224301757;WS=224301746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	224302154	rs3066024	T	TGAG	4619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=49;PP=2926;SC=GTCTGGGAGATGAGAAGGGAG;SOR=1.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=52;WE=224302162;WS=224302144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	224318151	rs3065998	T	TTTG	2501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=12;PP=1422;SC=GTTATTGATTTTTGTTCTTTT;SOR=1.877;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=32;WE=224318159;WS=224318141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	224321984	rs1472167	C	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=439;SC=TTATGAATTTCTGATTTTAGA;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=224321992;WS=224321974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	224345012	rs7543762	G	A	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=4;PP=448;SC=CTGGTAGAGAGACATTTTAAG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=224345020;WS=224345002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	224415342	rs41271483	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=-0.019;SC=CGGCTGAGGGACTCCTGCAAA;SOR=0.641;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=12;WE=224415350;WS=224415332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr1	224415470	.	GG	AA	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=201;ReadPosRankSum=0.390;SC=CGCACCCGCAGGACCTCAGAA;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=10;WE=224415479;WS=224415460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr1	224437889	rs78473436	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr1	224444628	rs10799556	C	T	9030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=121;NR=85;PP=2965;SC=ATTCAGATTCCTTCTACATCC;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=121;TCR=85;TR=206;WE=224444636;WS=224444618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	224444901	rs2897055	G	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=226;SC=AAGAGAAAGTGCATTCACTCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=224444909;WS=224444891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	224468986	.	CGTGT	CGT,CGTGTGTGT,C	706.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=5,5;NR=7,7;PP=50,232;SC=ACTCTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.892;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=12,12;WE=224468997;WS=224468976;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.25,0.75:20
chr1	224482216	rs2404783	T	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=20;PP=439;SC=TTACAGATTTTGACAGCAACA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=224482224;WS=224482206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	224490858	rs149445230	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=-1.350;SC=TTATTATGGCCGGGTGCGATG;SOR=1.284;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=7;WE=224490866;WS=224490848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr1	224492381	rs7522125	C	T	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=608;SC=TAGGCTTTTTCCTCATAACTG;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=224492389;WS=224492371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	224492746	rs3754090	C	T	11170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=119;PP=2965;SC=CTTTCTTTTGCAGGACAGCTT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=104;TCR=119;TR=223;WE=224492754;WS=224492736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr1	224495852	rs7534447	C	T	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=65;PP=2413;SC=TGGAACTTATCCGTGGTGTTG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=136;WE=224495860;WS=224495842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	224505570	rs3066969	T	TAA	1434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=812;SC=GCTCTAACAATAAGACTCACC;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=224505578;WS=224505560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	224505719	rs4436353	T	G	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=140;SC=AAATAAATTTTCATGAATATT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=224505727;WS=224505709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	224514275	rs4653578	G	A	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=261;SC=TAAACTCTTCGTTAATAAAGT;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=224514283;WS=224514265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	224517842	rs2896990	C	T	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=42;PP=1602;SC=CGTCGGTCTTCCAAGCCACAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=224517850;WS=224517832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	224517907	rs4146965	A	T	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=34;PP=1053;SC=GCCCGCCGCGATCGCCGGGCC;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=224517915;WS=224517897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	224517965	.	CC	TT	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=739;ReadPosRankSum=0.435;SC=CGCGCCGTTTCCGTCAGAATA;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=21;WE=224517974;WS=224517955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	224544529	rs7517754	A	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=821;ReadPosRankSum=0.122;SC=GGATTCGAGGACCACACGCCT;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=45;WE=224544537;WS=224544519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr1	224585815	.	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.422;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr1	224585958	rs7522956	A	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=2.264;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,26:0.32:81
chr1	224588825	rs7518109	T	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=-1.190;SC=TCTAAAGGAATTATGTGAGAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=7;WE=224588833;WS=224588815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr1	224600909	.	AC	A	354.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.68;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,16:0.84:19
chr1	224600911	rs28482381	C	A	363.94	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.15;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,16:0.84:19
chr1	224600920	rs10916613	C	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.24;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
chr1	224621368	rs2405033	G	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=12;PP=517;SC=TCACCAGCTGGCGGTAAGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=224621376;WS=224621358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	224868596	rs7525096	A	C	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=806;ReadPosRankSum=0.101;SC=AATCCACAGAAGCTTTGGACA;SOR=1.015;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=61;WE=224868604;WS=224868586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,105:0.61:171
chr1	224872443	rs3738364	A	G	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=720;ReadPosRankSum=0.127;SC=TTCTCATGCTATTTTAGCAGA;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=50;WE=224872451;WS=224872433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,80:0.66:121
chr1	224872473	rs3738363	A	G	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,83:0.62:134
chr1	224927217	rs3738362	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=0.400;SC=CACGCAGCAGCTGGGAGCCGA;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=224927225;WS=224927207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	225230608	rs2501107	C	T	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=27;PP=1018;SC=TAAATCTATGCTTGAGAATTC;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=225230616;WS=225230598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	225237850	rs2501086	A	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=203;SC=GTCATGGATAATTTTGAAGTG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=225237858;WS=225237840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	225266966	rs3105559	C	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=281;SC=AGAAGAATTTCTGGAGCATTT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=225266974;WS=225266956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	225268343	rs3128651	A	G	7635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	225268346	rs3128652	G	A	7635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	225270409	rs3128655	A	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=21;PP=583;SC=GCTTGATAAAAACTGTAAAGT;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=225270417;WS=225270399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	225273248	rs3128658	G	T	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=6;PP=452;SC=CATTTTAGATGTTTCAGTATG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=225273256;WS=225273238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	225273633	rs3105565	T	A	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=149;SC=TATTTACTAGTTTGAATACCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=225273641;WS=225273623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	225311436	.	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.657;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GATTTTTTTTCCCCTAGGGCC;SOR=0.392;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=16;WE=225311444;WS=225311426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr1	225454278	.	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-1.489;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	225465012	.	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=-1.313;SC=TGGATTACTAGTTATTCTCCT;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=7;WE=225465020;WS=225465002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr1	225465069	.	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=339;ReadPosRankSum=1.169;SC=GTTTGATTTTTCTGTACCTAT;SOR=1.121;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=25;WE=225465077;WS=225465059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,33:0.35:94
chr1	225495168	rs112172758	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=379;ReadPosRankSum=-0.470;SC=TTCAGGGATCGCTTCCATATG;SOR=0.666;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=31;WE=225495176;WS=225495158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
chr1	225510537	rs41267357	A	T	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=593;ReadPosRankSum=0.507;SC=TAAAAAGTTGATCTCTAATTG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=39;WE=225510545;WS=225510527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,52:0.69:75
chr1	225519116	rs41304141	A	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=516;ReadPosRankSum=2.177;SC=ATTTTTCTCAATAATGAATTA;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=27;WE=225519124;WS=225519106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr1	225521101	rs41268715	G	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=3.087;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr1	225539665	rs3856150	T	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	225541666	rs79984676	T	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=1.618;SC=CCCTTCAAAATTAAAATTTTA;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=7;WE=225541674;WS=225541656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	225545301	rs142111235	A	AATATGTGATAT	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.47;ReadPosRankSum=0.464;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	225545446	rs76868476	G	C	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.721;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,124:0.69:179
chr1	225546141	.	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.955;SC=TTACCATAGGGAATATCTCTC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=225546149;WS=225546132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr1	225552624	rs10495239	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=262;ReadPosRankSum=2.083;SC=CAGATTTAATGTTGACTGAGG;SOR=0.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=16;WE=225552632;WS=225552614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr1	225552650	rs12563830	C	T	342.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.6272;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=0.464;SC=TGTTTGAATGCAAGTCATCTT;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=225552658;WS=225552640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr1	225555512	rs11578981	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.236;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr1	225555602	rs12737248	T	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=-2.288;SC=TATTTGAAAATCCTGACTGTG;SOR=0.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=11;WE=225555610;WS=225555592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr1	225562385	rs10915816	C	T	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=27;PP=1066;SC=ATGGGTTTTCCAAAGGTTGCC;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=225562393;WS=225562375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	225564865	rs74959932	T	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=0.490;SC=GGTATCTTACTCTGGCAAAAA;SOR=1.314;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=225564873;WS=225564855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr1	225565015	rs3856154	T	C	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=33;PP=1370;SC=GATGATGACCTTCCCGAGGTC;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=225565023;WS=225565005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	225565073	rs3856155	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr1	225569241	rs950210	T	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=553;SC=GAGGAAATATTTAACTCTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=225569249;WS=225569231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	225576058	rs6679430	T	C	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=24;PP=1132;SC=AAAAATGATGTGACTGTCTTT;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=225576066;WS=225576048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	225576311	rs10753405	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr1	225577635	rs74877415	T	C	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=1582;ReadPosRankSum=-1.591;SC=CACTCAGTCCTTCTGTCACTC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=43;WE=225577656;WS=225577625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr1	225577648	rs12134158	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=478;ReadPosRankSum=0.840;SC=TGTCACTCACCCTTTCCTCCT;SOR=0.720;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=15;WE=225577656;WS=225577625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr1	225580093	rs61738690	G	C	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=782;ReadPosRankSum=0.843;SC=CCACTGACAAGGATGAGAAGT;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=72;WE=225580101;WS=225580083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,133:0.64:207
chr1	225586737	rs201829986	A	AT	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.635;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,19:0.21:92
chr1	225600169	rs112582692	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.374;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=534;ReadPosRankSum=-1.043;SC=AGCTGGCAGGCGACAGGTCAT;SOR=1.514;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=33;WE=225600177;WS=225600159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr1	225600289	rs199748938	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,34:0.32:105
chr1	225600383	rs16844850	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr1	225601647	rs3766928	C	T	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=644;ReadPosRankSum=-1.283;SC=TAACACAAGACTACTTAGAAA;SOR=0.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=51;WE=225601655;WS=225601637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,79:0.37:211
chr1	225603103	rs6702433	C	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=167;SC=TACACACACACATATATATAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=225603111;WS=225603093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	225605615	rs12085130	T	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=186;ReadPosRankSum=-0.470;SC=ATCCCAGAAATTGGAGACCCG;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=14;WE=225605623;WS=225605605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	225607144	rs2230419	C	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=14;PP=410;SC=TTGTGACAAACTGAATTTTTC;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=225607152;WS=225607134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	225607578	rs79557502	TT	CC	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=3;HapScore=3;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=859;ReadPosRankSum=-2.381;SC=AAACTTACTGTTTTGGAATCA;SOR=0.444;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=20;WE=225607587;WS=225607568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr1	225609884	rs1056608	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.821;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr1	225611661	rs1056607	C	T	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=37;PP=1915;SC=CTTTATACTTCACAGTGTAAA;SOR=1.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=98;WE=225611669;WS=225611651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	225611845	rs1340867	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=373;ReadPosRankSum=1.479;SC=TTTATGTATTCGTCTTTTTCC;SOR=0.903;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=25;WE=225611853;WS=225611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr1	225685621	rs145776060	TAAG	T	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=11;PP=497;SC=CTCACAGTAATAAGAAGATTA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=225685631;WS=225685611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	225706983	.	C	CGTTCCAGTCTCTCCAGCCTCT	8362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.447;ClippingRankSum=0.000;DP=941;ExcessHet=3.0103;FS=4.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.002;QD=11.14;ReadPosRankSum=2.566;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:521,230:0.31:751
chr1	226019633	rs1051740	T	C	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=485;ReadPosRankSum=0.525;SC=TCTCAACAGATACCCTCACTT;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=38;WE=226019641;WS=226019623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,57:0.35:164
chr1	226027067	.	GGT	G	136.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	226036309	rs360063	A	G	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=76;PP=2897;SC=CTCTGTGAACAAACACCCTCC;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=164;WE=226036317;WS=226036299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	226044489	rs60955535	G	GC	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=15;PP=876;SC=TGCTCTATGTGCCCCAGTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=22;WE=226044497;WS=226044479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	226044766	rs9919303	G	A	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	226053805	rs7515156	G	A	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=897;SC=TTCTGTGGCCGGGGGAGCCCC;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=38;WE=226053813;WS=226053795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	226054333	rs45492299	G	A	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=45;PP=1615;SC=CCCACAGTGAGGAAGAGGTAA;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=83;WE=226054341;WS=226054323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	226054681	rs360085	T	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=5;PP=851;SC=GCTCAACAACTCACTAGCTGC;SOR=3.383;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=35;WE=226054689;WS=226054671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	226054714	rs2292563	G	A	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=14;PP=1247;SC=GATACCAGCCGGCCCCCTTTG;SOR=2.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=58;WE=226054722;WS=226054704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	226055595	rs2292564	G	A	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=19;PP=901;SC=TACCCAGCAAGTCCCCTGAGA;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=226055603;WS=226055585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	226125543	rs60825997	G	GA	630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=547;SC=GGTCATCTGGGAGGCTGAAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=226125551;WS=226125533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	226180816	rs61170616	C	CT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.294;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	226252232	rs2036870	C	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=20;PP=547;SC=TATGTATCCACATAATTTAAC;SOR=1.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=226252240;WS=226252222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	226253316	rs1849032	G	T	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=769;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TTTTGTGCTAGTTATGTTTTT;SOR=0.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=47;WE=226253324;WS=226253306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr1	226334578	rs1219666	G	A	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=64;PP=1861;SC=ACTTGCATCAGGCAATTAAAA;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=95;WE=226334586;WS=226334568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	226334605	rs41303309	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=448;ReadPosRankSum=1.032;SC=CTTTCTTTTTTTTCTGGAGAC;SOR=0.616;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=24;WE=226334613;WS=226334595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr1	226352498	rs2306120	T	G	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.379;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=45;PP=1676;ReadPosRankSum=-1.552;SC=ACCTTTTTTTTTCTTGCTCTT;SOR=0.931;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=189;TCF=104;TCR=85;TR=113;WE=226352506;WS=226352480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,174:0.66:265
chr1	226353521	rs2306121	T	A	3329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=4.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,161:0.66:244
chr1	226411317	rs10915962	C	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	226420722	rs2306119	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=183;SC=ACAAATATGCATAATTCTTAA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=226420730;WS=226420712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	226426645	.	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.229;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
chr1	226438449	rs6678137	T	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	226474132	rs10799347	G	A	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=16;PP=382;SC=GACATACACAGAAGTCATTAT;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=226474140;WS=226474122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	226485327	rs11390947	A	AT	1007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=9;PP=641;SC=AAACTTGTAAATTTTTTACTG;SOR=1.501;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=20;WE=226485335;WS=226485317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	226550924	rs747657	G	C	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=26;PP=767;SC=CCAACAGTTTGATTAGGAGAA;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=226550932;WS=226550914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	226551656	.	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr1	226551673	rs139592583	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr1	226553485	rs118165556	A	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	226553486	rs146042055	C	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	226553490	rs34917861	C	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.16;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	226553494	rs11378196	C	CA	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.06;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	226556094	rs1805400	T	C	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=27;PP=815;SC=GCTTTCTCTTTTAGCAGGTGG;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=226556102;WS=226556084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	226566726	rs907190	A	C	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=318;SC=CTCTGTGATTAGATTTCATTC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=226566734;WS=226566716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	226567172	rs2271345	A	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=-0.368;SC=AGGCACGACCACACTGCCCCA;SOR=1.046;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=13;WE=226567180;WS=226567162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr1	226570840	rs1805415	T	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=321;SC=TACGGTCCTGTTTTTTAACCT;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=226570848;WS=226570830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	226836590	rs2298169	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=-0.483;SC=AGGGCCCTTGACGGGCTCTGA;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=17;WE=226836598;WS=226836580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr1	226923146	rs11337528	GT	G	640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.749;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=439;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTGTAGAAAGTTAAGAAAAA;SOR=0.355;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=13;WE=226923154;WS=226923136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	226923264	rs708775	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=358;ReadPosRankSum=-1.588;SC=TATGCAGGAAGGCTGAGTTGG;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=24;WE=226923272;WS=226923254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr1	226923505	rs708776	G	T	5966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=76;PP=2965;SC=AGGCTTGTCCGGATCTTGGGG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=82;TCR=76;TR=157;WE=226923513;WS=226923495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	226923938	rs6667260	A	C	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-2.663;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,78:0.27:294
chr1	226924875	rs147889095	ACTGCCGCTG	A	1247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.166;NF=3;NR=18;PP=2976;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TGCTCACGCTACTGCCGCTGC;SOR=1.003;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=12;TCR=64;TR=21;WE=226924891;WS=226924865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,37:0.29:127
chr1	227069677	rs11405	T	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=442;ReadPosRankSum=1.876;SC=TAATGTCGGCTGAGAGCCCCA;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=46;WE=227069685;WS=227069667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,69:0.39:175
chr1	227069737	rs6759	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=316;ReadPosRankSum=-3.036;SC=ATGGAGAGAACACTGCCCAGT;SOR=0.856;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=27;WE=227069745;WS=227069727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr1	227071364	rs1295643	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=431;ReadPosRankSum=3.173;SC=ATAGGCTGCCGTGGGGGACAT;SOR=1.244;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=11;WE=227071385;WS=227071354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	227071377	rs1295644	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=431;ReadPosRankSum=2.350;SC=GGGGACATTCTGCGGCCCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=13;WE=227071385;WS=227071354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	227071525	rs1046240	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=275;ReadPosRankSum=0.284;SC=GAGCGAAGCACGTGATCATGC;SOR=0.511;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=28;WE=227071533;WS=227071515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,48:0.36:135
chr1	227073410	rs2236910	G	C	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=715;ReadPosRankSum=1.135;SC=CTCCAGCCACGCTTCTCTCCG;SOR=0.647;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=151;TCF=56;TCR=95;TR=55;WE=227073418;WS=227073400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,81:0.40:202
chr1	227078955	rs2802267	T	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-2.268;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr1	227079222	rs2236915	C	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr1	227081622	rs10753428	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=2.135;SC=GGGCAAGAGCAGCTGGGCCTT;SOR=0.483;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=29;WE=227081630;WS=227081612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr1	227081850	rs2855562	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr1	227085155	rs11802358	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=-0.430;SC=TTAGGGTGAAGTGTTAAGACT;SOR=0.576;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=4;WE=227085163;WS=227085145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr1	227149203	rs11549708	G	A	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,55:0.37:150
chr1	227165097	rs3806263	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GTGGGCGAGCGGGTGGCCCCA;SOR=0.645;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=18;WE=227165105;WS=227165087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr1	227170298	rs2297412	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=93;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TGGCCAGGGCATCCCAGGAGT;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=11;WE=227170306;WS=227170288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	227171584	rs3215919	GT	G	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=318;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CCCCTTGCGTGTTTGCACCAG;SOR=0.941;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=227171592;WS=227171574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	227171736	rs149374145	G	GT	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=6.872;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.012;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr1	227171738	rs377335668	G	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.28;MQRankSum=7.087;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.607;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr1	227171739	rs1574185	G	C	946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.24;MQRankSum=-6.621;QD=17.53;ReadPosRankSum=0.177;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
chr1	227171958	rs7530213	G	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=437;ReadPosRankSum=-0.725;SC=CCAGCAGACAGGTGGGGCCAG;SOR=1.048;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=32;WE=227171966;WS=227171948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr1	227172290	rs12593	C	T	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,184:0.42:441
chr1	227172518	rs1317490	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=306;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CTTCCCGGCCCCACACACCCG;SOR=0.522;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=23;WE=227172526;WS=227172508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr1	227172903	rs2297415	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=197;ReadPosRankSum=0.867;SC=CTGGGATGTCGGGAGCTGAGC;SOR=0.474;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=15;WE=227172911;WS=227172893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr1	227172935	rs2297416	C	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=229;ReadPosRankSum=-1.231;SC=CCCACGGTCCCCTCCTGTGCC;SOR=0.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=18;WE=227172943;WS=227172925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr1	227174122	rs41303131	C	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=673;ReadPosRankSum=-0.936;SC=TCTGGTGTCTCGCCGCCATTT;SOR=0.679;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=42;WE=227174130;WS=227174112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,46:0.36:128
chr1	227174145	rs7552783	T	C	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=17;PP=1002;ReadPosRankSum=-1.710;SC=CCTTCCTCTCTTGCCCCAGGT;SOR=0.727;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=164;TCF=110;TCR=54;TR=64;WE=227174153;WS=227174135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,88:0.42:211
chr1	227174210	rs3738725	T	C	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=41;PP=1098;ReadPosRankSum=1.807;SC=CCTTCGCCTCTGATGAGCCTT;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=281;TCF=166;TCR=115;TR=104;WE=227174218;WS=227174200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,182:0.39:469
chr1	227182033	rs2802269	G	A	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	227182179	rs61833999	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.155;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=82;ReadPosRankSum=0.331;SC=ACCACCGCCCCCTCCAGCCAC;SOR=0.275;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=7;WE=227182187;WS=227182169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	227182575	rs1045247	A	G	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=32;PP=1224;SC=CCATGCCTCCAGAGGACAAAG;SOR=0.988;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=82;WE=227182583;WS=227182565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	227192579	rs2297418	A	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=243;ReadPosRankSum=0.745;SC=CACTGCAGCCACTTGAGAATG;SOR=1.042;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=18;WE=227192587;WS=227192569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr1	227198775	rs12403978	C	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=0.173;SC=CTATCAAAAACAAAAGAAAGA;SOR=0.238;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=14;WE=227198783;WS=227198765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr1	227210820	rs11580229	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-0.893;SC=GAATGTGATAGTGGCCAACAT;SOR=0.836;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=5;WE=227210828;WS=227210810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr1	227210888	rs11578479	A	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=84;ReadPosRankSum=-0.140;SC=ACTTATTATTAATGTGACCTT;SOR=0.994;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=11;WE=227210896;WS=227210878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr1	227213968	rs7535826	G	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.120;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr1	227216662	rs1929861	T	C	3973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;ReadPosRankSum=-0.801;SC=CTTGAATTTCTTTAAATTTTC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=199;TCF=96;TCR=103;TR=115;WE=227216670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,184:0.63:294
chr1	227216775	rs1929860	C	T	4161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=64;PP=2310;ReadPosRankSum=0.895;SC=CCAGAAGTTACGGTTTGACAC;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=208;TCF=107;TCR=101;TR=135;WE=227216783;WS=227216765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,188:0.63:297
chr1	227218069	rs5781458	C	CAT	650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=236;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TTTTTTAACACGATTTAAAAT;SOR=1.329;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=6;WE=227218077;WS=227218059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr1	227218085	.	C	CA	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	227219314	rs1319103	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=147;ReadPosRankSum=0.253;SC=CCAATAAAATAAGCATTCATT;SOR=0.047;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=227219322;WS=227219304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	227222515	rs113874316	G	GACAA	8312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.36;NF=6;NR=77;PP=2972;SC=GTTTTAGACAGACAAACAGCC;SOR=1.216;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=7;TCR=88;TR=83;WE=227222533;WS=227222505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	227235510	rs114098136	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.637;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=541;ReadPosRankSum=-1.068;SC=AATTTATTTTATAAGTTTTTC;SOR=0.260;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=26;WE=227235518;WS=227235500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr1	227239702	rs56176301	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr1	227239746	rs10799381	G	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=0.685;SC=CAATGTGCAGGCTTAGCAAAT;SOR=1.009;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=13;WE=227239754;WS=227239736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr1	227268488	rs1929853	T	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=912;ReadPosRankSum=-1.210;SC=ATTTATCACATCTGACAAATG;SOR=0.887;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=57;WE=227268496;WS=227268478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,72:0.57:126
chr1	227288655	rs2104863	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=4;PP=136;ReadPosRankSum=0.124;SC=CAGGTACTCAGTAAGTATTTA;SOR=0.235;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=227288663;WS=227288645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	227299978	rs2458521	C	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=678;ReadPosRankSum=-1.305;SC=AGAAGAAAATCAATTAAGCTT;SOR=0.431;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=51;WE=227299986;WS=227299968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,77:0.64:120
chr1	227300277	rs488104	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=623;ReadPosRankSum=-0.500;SC=AATAACTTTAGAAATATTTTA;SOR=0.412;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=30;WE=227300285;WS=227300267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr1	227327502	rs41268741	G	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=239;ReadPosRankSum=-1.177;SC=GAAGAAAAACGTTAACATTTT;SOR=1.630;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=15;WE=227327510;WS=227327492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr1	227327527	rs41268743	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.988;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=0.942;SC=AAATTGTTTTTAACTGACTCC;SOR=3.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=8;WE=227327535;WS=227327517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr1	227330759	rs12139502	A	G	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=398;ReadPosRankSum=1.017;SC=TAAGAAATAGATAGCTATATG;SOR=0.667;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=34;WE=227330767;WS=227330749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,45:0.37:121
chr1	227330783	rs58442036	G	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=-0.539;SC=TGTAGGCTTGGCTATAAATAT;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=25;WE=227330791;WS=227330773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr1	227381373	rs3768436	G	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr1	227387143	rs3768435	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.751;SC=CTTACCCTGTATGAAATGCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=227387151;WS=227387133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	227387361	rs3768434	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=-0.603;SC=TGTCTGAAACACAAAAAGAAA;SOR=1.164;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=7;WE=227387369;WS=227387351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr1	227400792	rs1513612	A	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=2.411;SC=ATTCCTGAAAAATATTTCTAA;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=227400800;WS=227400782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	227441605	rs79238704	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TTTCTGAGCTATTATATCAAT;SOR=1.911;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=227441613;WS=227441595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	227504794	rs11804613	T	C	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=902;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TATCCAGTAATGTCTCCACAC;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=136;TCF=77;TCR=59;TR=70;WE=227504802;WS=227504784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,138:0.60:230
chr1	227751462	.	CC	TT	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.486;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=886;ReadPosRankSum=1.493;SC=AGATGGCGGTCCGGCCTCCCG;SOR=0.252;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=26;WE=227751471;WS=227751452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr1	227841981	rs72748099	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=158;ReadPosRankSum=1.703;SC=AGATTTGTAAAGTATATTTAC;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=227841989;WS=227841971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	227923081	rs7419238	G	A	12160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=131;NR=161;PP=2965;SC=TTTCTGCCCCGCCAGCGCCTG;SOR=0.816;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=295;TCF=131;TCR=164;TR=292;WE=227923089;WS=227923071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr1	228003508	rs41315595	G	A	2965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.131;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1263;ReadPosRankSum=0.401;SC=TCCCCGGGTCGCAGCATTGGT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=90;WE=228003516;WS=228003498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,137:0.74:184
chr1	228033197	rs9426581	A	G	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=26;PP=1404;SC=GCTGCAGGAGATGCAGCTCCC;SOR=1.209;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=76;WE=228033205;WS=228033187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	228109137	rs35718701	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=838;ReadPosRankSum=1.295;SC=GAGCCCAGGAACTCAGCCTGT;SOR=1.356;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=44;WE=228109145;WS=228109127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr1	228111988	.	C	T	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1114;ReadPosRankSum=2.129;SC=TTCTCCAGGTCGGGTGCCTCA;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=129;TCR=140;TR=83;WE=228111996;WS=228111978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,130:0.31:421
chr1	228112121	rs4653889	A	G	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=47;PP=1321;SC=GCAAGGGCCGATCAGTGAGCC;SOR=1.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=57;WE=228112129;WS=228112111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	228113046	rs8192629	C	T	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=834;ReadPosRankSum=-0.946;SC=GGCACTCGAGCGCACTCATGC;SOR=0.802;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=63;WE=228113054;WS=228113036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,111:0.51:218
chr1	228113163	rs3795768	A	G	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=46;PP=1323;SC=GCGCCTGGGCAGCCGCCTCTG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=228113171;WS=228113153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	228129197	rs631768	T	C	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	228194775	rs76933265	C	G	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.283;NF=58;NR=29;PP=1133;ReadPosRankSum=0.874;SC=CGGCCCCCCCCGGCGCTCACG;SOR=0.872;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=136;TCF=89;TCR=47;TR=87;WE=228194783;WS=228194757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,109:0.63:174
chr1	228284991	rs2070960	C	T	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,111:0.62:179
chr1	228289976	rs2295995	A	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=959;ReadPosRankSum=2.420;SC=CACCCCTGTTAGCCCCTGCTG;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=72;TCR=42;TR=60;WE=228289984;WS=228289966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,89:0.51:176
chr1	228327999	rs4653908	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=273;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AAGAGGTGGCCCCGGATGCTG;SOR=0.684;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=21;WE=228328007;WS=228327989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr1	228333652	rs11577976	G	A	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1146;ReadPosRankSum=-1.887;SC=AAGTGCTGTCGGGACTGCAAG;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=73;WE=228333660;WS=228333642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,117:0.68:172
chr1	228334418	rs3216021	GAT	G	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=1.697;SC=GCCCAGCAAGGATCTGACTAA;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=228334427;WS=228334408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr1	228334436	rs55873533	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=1.166;SC=TAAAGCAGTCGTGGGTGTGGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=8;WE=228334444;WS=228334426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr1	228335125	rs1803695	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr1	228335959	rs11580599	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=366;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GAAAGCTGTCCCACAGCCGCA;SOR=1.109;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=20;WE=228335967;WS=228335949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr1	228346425	rs4653910	G	C	390.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=1.077;SC=CCTTCCCTGCGGCGGCCGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=9;WE=228346433;WS=228346415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr1	228346541	.	G	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	228346542	.	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	228352160	rs4348717	T	C	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=43;PP=1046;SC=TAGCAGTGTGTGGTTCCTGCC;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=62;WE=228352168;WS=228352150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	228362682	rs2298014	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.534;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GGTGCCCGGGGGCCGGCTCGG;SOR=0.618;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=18;WE=228362690;WS=228362672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,38:0.29:133
chr1	228399799	rs11582369	C	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=355;ReadPosRankSum=0.311;SC=AGGCCGCGTGCGCCGAGCAGG;SOR=0.627;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=27;WE=228399807;WS=228399789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,61:0.62:99
chr1	228402508	rs2776853	C	T	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=22;PP=1373;SC=GAAGCCTCCCCTGCAACCCCC;SOR=1.412;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=74;WE=228402516;WS=228402498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	228403258	.	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GCTGCCCGCCCCACAGCCCCC;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=8;WE=228403266;WS=228403248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	228404198	rs61501937	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=550;ReadPosRankSum=-1.598;SC=ACGAGGAGGCGCAGCTGCTGG;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=41;WE=228404206;WS=228404188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr1	228404668	rs3795777	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=612;SC=TGGCCAAGTTTGTGCTCAGGG;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=228404676;WS=228404658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	228405118	rs5781507	G	GA	217.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=11.139;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=1.627;SOR=5.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr1	228412106	rs1771482	T	C	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=27;PP=1459;SC=TCTGAAACTTTAGTTTCTGTG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=71;WE=228412114;WS=228412096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	228412227	rs1771480	TG	CA	6868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=50;PP=2947;SC=CAGGAGCCAGTGCCACACTGA;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=105;WE=228412236;WS=228412217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	228412308	rs1757152	G	A	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=48;PP=2477;SC=GCTCCAGCTCGAAAGTGTGCA;SOR=1.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=118;WE=228412316;WS=228412298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	228431095	rs1771455	A	G	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=41;PP=1328;SC=CAGGCAAGACAGATGCCGGGG;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=228431103;WS=228431085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	228431235	rs11584385	G	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=419;SC=CCACCTAATTGCCTCTTTTCT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=228431243;WS=228431225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	228431930	rs10916293	C	T	7841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.97;NF=101;NR=74;PP=2878;SC=GAATCTTCAGCGCCTGTGAAA;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=101;TCR=74;TR=175;WE=228431938;WS=228431920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr1	228432987	rs1757129	G	C	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=22;PP=1564;SC=AGAGCATCTTGAGTCTGTGGA;SOR=1.583;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=75;WE=228432995;WS=228432977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	228433217	rs2487384	A	G	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=58;PP=1973;SC=AGCCCCAGACAGAGGTGACGT;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=106;WE=228433225;WS=228433207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	228434395	rs7517088	T	C	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=68;PP=2149;SC=GCATAGAGGCTGCGGGCTGCA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=129;WE=228434403;WS=228434385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	228434467	rs7517108	T	C	4563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=77;PP=2069;SC=CCTGTGAGGCTGGGGGCCAGC;SOR=0.875;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=139;WE=228434475;WS=228434457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	228437603	rs6426494	T	C	4438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=36;PP=2110;SC=GGCCTTGTCTTCCCAGTGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=110;WE=228437611;WS=228437593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	228444297	rs7532141	T	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=3.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.480;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,42:0.34:123
chr1	228444318	rs7532144	T	G	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.966;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=37;PP=1934;ReadPosRankSum=0.799;SC=GACCTAGATGTTGGTGGTCAC;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=104;WE=228444326;WS=228444308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr1	228444565	rs7532342	T	A	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=59;PP=2019;SC=GGCCAGGCGGTCGCCGGGGAG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=109;WE=228444573;WS=228444555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	228444605	rs375298484	C	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.806;NF=14;NR=19;PP=447;ReadPosRankSum=-2.391;SC=GCCAGCGGCTCTCCTTCCACC;SOR=0.867;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=33;WE=228444613;WS=228444595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,47:0.38:124
chr1	228444741	rs3795780	C	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=261;SC=TCCACTTCTCCATGCCCTCAC;SOR=1.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=228444749;WS=228444731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	228447513	rs7525075	T	G	4209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.10;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	228447519	rs7525078	T	A	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.90;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	228456147	rs878388	T	C	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=85;PP=2965;SC=CCTACTTTCTTGTCTAGGCCC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=88;TCR=85;TR=171;WE=228456155;WS=228456137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	228461129	rs1188724	A	G	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=50;PP=1763;SC=TCAAAAGTGCACATGGAGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=99;WE=228461137;WS=228461119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	228461408	rs11398292	A	AG	2252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=20;PP=1810;SC=GTGGCCCTGAAGGGAGCGGGG;SOR=1.117;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=43;WE=228461416;WS=228461398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	228461757	rs474735	G	A	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=52;PP=1874;SC=AAGGTGAGCCGGGCATGGGGC;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=91;WE=228461765;WS=228461747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	228464100	rs936884	G	A	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=345;SC=GGTTCTAAAGGCGGTGGTCTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=228464108;WS=228464090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	228464248	rs1188721	T	G	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=46;PP=1883;SC=CGGACGTGGATGGCAGCTGGA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=104;WE=228464256;WS=228464238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	228464276	rs1188722	T	C	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=55;PP=2292;SC=CGGTCTGCGGTTCCAGCAGGG;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=118;WE=228464284;WS=228464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	228464529	.	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=272;ReadPosRankSum=1.523;SC=CTCCGTATAACTCCGTCCAGC;SOR=0.249;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=25;WE=228464537;WS=228464519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr1	228464842	rs936885	C	G	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.76;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	228464842	.	CGGCCTC	GGGCCTC,GGGCCTT	1517	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=65,23;NR=74,20;PP=1517,606;QD=11.163821673;SC=GTGCCTGACTCGGCCTCTGCC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=139,43;WE=228464856;WS=228464832;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:140
chr1	228464848	.	C	T	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=6.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=-2.584;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,78:0.40:193
chr1	228465346	rs493945	A	G	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=57;PP=2078;SC=GCCCACTGACAACGTGCGCAT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=115;WE=228465354;WS=228465336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	228465370	rs867599	T	G	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=49;PP=2162;SC=CCAGGAAGGTTCGAGGACAGG;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=110;WE=228465378;WS=228465360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	228466750	rs3795782	T	C	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=32;PP=1407;SC=ACGCTGGGTCTGGGCAGCTCA;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=228466758;WS=228466740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	228466862	rs3820627	C	T	2895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=5.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=4.008;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,145:0.73:199
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chr1	228471379	rs56168609	G	C	6408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=80;PP=2965;SC=TGACCCTGCGGCTCACCATCA;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=70;TCR=80;TR=150;WE=228471387;WS=228471369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	228480282	rs1150908	A	G	7691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=86;PP=2965;SC=AAGGGGCCACAGCTGTGCTGC;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=91;TCR=87;TR=177;WE=228480290;WS=228480272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr1	228480964	rs10158357	A	G	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=13;PP=1207;SC=GTCCAGTTGGATTCTGTGTCT;SOR=1.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=228480972;WS=228480954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	228482028	rs4653547	G	C	9622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=123;PP=2965;SC=GGTGTGAGCTGCAGATCCGTG;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=112;TCR=124;TR=235;WE=228482036;WS=228482018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	228482285	rs1150909	T	C	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=38;PP=1632;SC=CAGGAGGTGTTCTCATGCTCA;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=228482293;WS=228482275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	228482821	.	C	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=970;ReadPosRankSum=-0.957;SC=TCTCCCAGTTCCTCTTGATGT;SOR=0.614;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=165;TCF=54;TCR=111;TR=70;WE=228482829;WS=228482811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,91:0.37:245
chr1	228484744	rs72759967	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TTGGTTCCTTTTTTATTTACA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=5;WE=228484752;WS=228484739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	228486404	rs56021350	C	T	5530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=82;PP=2478;SC=ACCTCGGCCACGCTCACTGTC;SOR=0.921;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=142;WE=228486412;WS=228486394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	228492366	.	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=439;ReadPosRankSum=0.152;SC=TCCCTGTGTCCATGTCATCCT;SOR=0.639;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=57;TCR=88;TR=43;WE=228492374;WS=228492356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,67:0.31:217
chr1	228494038	.	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=0.671;SC=GCCTGGTATAGATCTGGAGCT;SOR=0.260;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=9;WE=228494046;WS=228494028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	228494245	rs3795794	G	A	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=687;ReadPosRankSum=1.323;SC=GCTGCACCGCGGAGCTGGTGT;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=178;TCF=97;TCR=81;TR=52;WE=228494253;WS=228494235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,88:0.30:294
chr1	228494357	rs3795795	C	T	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=762;ReadPosRankSum=-2.000;SC=CCCAGGCTAGCGTGGCCCAGG;SOR=0.392;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=58;WE=228494365;WS=228494347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,74:0.39:188
chr1	228494382	rs1150911	T	C	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=73;PP=2359;SC=AGCGCAGTTCTTGTGCTTTGG;SOR=1.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=34;TCR=74;TR=107;WE=228494390;WS=228494372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	228494438	rs3795797	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=317;ReadPosRankSum=1.637;SC=CCAACTGAGACGGCTCCACAG;SOR=0.712;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=23;WE=228494446;WS=228494428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr1	228494696	rs4653939	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=309;ReadPosRankSum=-0.071;SC=GGGCGGGTGCGAGCGTGGAGT;SOR=0.795;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=26;WE=228494704;WS=228494686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr1	228495696	rs419173	T	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=9;PP=632;SC=ACAGATGGGCTATGGCAAAAG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=228495704;WS=228495686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	228496014	rs876180	G	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=33;PP=1002;SC=AGGGCGTGACGCCCGAGGACG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=228496022;WS=228496004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	228496066	rs55704206	G	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr1	228497053	rs379620	A	G	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=50;PP=2805;SC=CTCCATTCAGAAAGGCCTTCC;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=126;WE=228497061;WS=228497043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	228503672	rs111746072	C	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=1.079;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,76:0.33:227
chr1	228503677	rs1150912	A	G	7311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.79;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	228503708	.	C	T	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,99:0.34:290
chr1	228504472	rs1188732	T	C	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	228504591	rs61825301	C	A	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=43;PP=1347;SC=GCAGTCACCACGCCCTACTGC;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=228504599;WS=228504581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	228504669	rs61825302	G	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=27;PP=742;SC=TGGCCTCTGCGCGGCTCACCG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=228504677;WS=228504659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	228504701	rs111792077	G	GCTCC	664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=563;SC=TGGTGGGCGAGCTTTTCCCTC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=228504709;WS=228504691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	228505204	rs4653942	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=326;ReadPosRankSum=-1.775;SC=GTGGTGGCTCGCAGCAGCCAC;SOR=0.948;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=29;WE=228505212;WS=228505194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,46:0.35:133
chr1	228505668	rs1188729	C	G	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=571;ReadPosRankSum=1.583;SC=GAAGATGTCTCTCTGGAGCTT;SOR=0.884;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=40;WE=228505676;WS=228505658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,60:0.46:131
chr1	228505699	rs1188728	T	C	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=51;PP=1663;SC=CTGAGGCTGGTGAGGTCATCT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=105;WE=228505707;WS=228505689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	228505739	rs3795801	G	A	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=51;PP=1995;SC=CATCCAGCCCGGTGGGCGGTT;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=108;WE=228505747;WS=228505729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	228509427	rs373610	A	G	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=987;ReadPosRankSum=1.677;SC=ACTGGCCTGGACCGTGCTGAT;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=65;WE=228509435;WS=228509417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,84:0.36:234
chr1	228522483	rs11581192	C	T	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=730;ReadPosRankSum=0.185;SC=GGGGCTGTGCCGAGGTCTCTG;SOR=1.088;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=43;WE=228522491;WS=228522473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr1	228523447	rs10799473	T	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=29;PP=1068;SC=TCAGATGTGCTGGGGTTGGGA;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=228523455;WS=228523437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	228524077	.	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=-0.436;SC=GCCTCAGAGGCCCCTCCTGAG;SOR=0.576;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=16;WE=228524085;WS=228524067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	228524642	rs56063628	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=278;ReadPosRankSum=0.223;SC=GCCTATGGCATGGGGTGCCTG;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=19;WE=228524650;WS=228524632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr1	228525008	rs3795809	G	A	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,117:0.31:379
chr1	228526011	rs11577699	C	T	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=49;PP=2243;SC=AGTGGGGGGCCGCTGAGGCCC;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=119;WE=228526019;WS=228526001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	228526742	rs10634565	C	CCACA	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.59;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr1	228527844	rs11588701	T	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=392;ReadPosRankSum=3.849;SC=CCTCAGTGCCTGCCCTTGGCT;SOR=1.031;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=26;WE=228527852;WS=228527834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr1	228539300	rs3795812	G	A	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=150;SC=CACCATACCCGCTGCTACACC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=228539308;WS=228539290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	228547350	.	C	T	4632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=75;PP=2220;ReadPosRankSum=1.799;SC=ACGACGGTCCCCCAGCAAGTC;SOR=0.758;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=220;TCF=110;TCR=110;TR=140;WE=228547358;WS=228547340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,217:0.60:359
chr1	228550429	rs11585049	C	T	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CTCCCAGCCCCCAGTCACCGG;SOR=0.823;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=39;TCR=71;TR=71;WE=228550437;WS=228550419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,112:0.64:176
chr1	228554868	.	CC	TT	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.200;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=1459;ReadPosRankSum=0.299;SC=TCATCCTCATCCTGGAGCTGT;SOR=1.786;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=36;WE=228554877;WS=228554858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr1	228556788	rs3738685	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.338;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=420;ReadPosRankSum=2.326;SC=TGCCTCTTACCTGACAGCCAG;SOR=0.335;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=32;WE=228556796;WS=228556778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,39:0.37:105
chr1	228559994	rs500049	C	T	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.391;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=969;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CAGGAACAGGCGACCATGCGC;SOR=0.925;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=220;TCF=103;TCR=117;TR=73;WE=228560002;WS=228559984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,117:0.34:344
chr1	228560139	rs498382	A	G	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=57;PP=1982;SC=TGTCCCAGTCAGAGGAGGAGG;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=96;WE=228560147;WS=228560129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	228560700	rs512253	T	C	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-1.482;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,60:0.37:161
chr1	228588701	.	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=300;ReadPosRankSum=-1.504;SC=GGCAGCGGCCCTCGAGCTCGG;SOR=0.512;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=24;WE=228588709;WS=228588691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr1	228601638	rs472594	T	C	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=798;ReadPosRankSum=-2.153;SC=GCGATCCCCCTACCTCCTGCC;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=167;TCF=75;TCR=92;TR=60;WE=228601646;WS=228601628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,107:0.37:291
chr1	228612838	rs2230656	G	T	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=119;PP=2965;SC=GCAACTTGCGGATTAGCAGCT;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=85;TCR=119;TR=203;WE=228612846;WS=228612828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	228612892	rs56336130	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=666;ReadPosRankSum=0.666;SC=GCGCCACCGTGCCGGGCCGGT;SOR=0.494;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=175;TCF=78;TCR=97;TR=56;WE=228612900;WS=228612882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,68:0.29:231
chr1	228613052	rs1188474	T	C	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=46;PP=1319;SC=GGCCCCGCGGTGTCCTCTGCC;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=228613060;WS=228613042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	228645063	rs10916317	A	G	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	228646356	.	C	CGTGT	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=6.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=2.479;SOR=0.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr1	228675570	rs61827301	G	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr1	228680988	rs61827303	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GCGGGAGCCCCGCTGGGTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=10;WE=228680996;WS=228680978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	228681749	rs3795817	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=364;ReadPosRankSum=-0.273;SC=TCCTTCACCCCGAGGCGTGTT;SOR=1.044;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=18;WE=228681757;WS=228681739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
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chr1	229568934	rs57214022	AG	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=2.087;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr1	229580593	rs67514588	C	CA	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=0.174;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAC;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=6;WE=229580601;WS=229580583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr1	229599225	rs7525324	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.322;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=0.406;SC=AGATTTGAAATGGCAAAGCCA;SOR=0.157;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=12;WE=229599233;WS=229599215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	229599429	.	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=286;ReadPosRankSum=0.798;SC=TGAAACTGTGGGAATGAGAAA;SOR=1.038;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=23;WE=229599437;WS=229599419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr1	229600336	rs2904	A	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCCATTCAGCAAATTTAAAAC;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=14;WE=229600344;WS=229600326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
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chr1	229622162	rs1065675	A	G	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.867;SC=GACCCTTCCAAGTCTTCTGCC;SOR=0.734;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=259;TCF=153;TCR=106;TR=84;WE=229622170;WS=229622152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,137:0.31:438
chr1	229623131	rs6678721	G	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr1	229623137	rs4925493	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr1	229623338	rs1065674	T	C	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,55:0.34:163
chr1	229623409	rs10653575	A	ATTTG	675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=622;ReadPosRankSum=-0.011;SC=AAACAAAAATATTTGTATGAT;SOR=0.551;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=14;WE=229623417;WS=229623399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr1	229631193	rs3818237	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=-0.667;SC=CATCAACTTATTTTTTCCAAA;SOR=1.112;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=5;WE=229631201;WS=229631183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	229631267	.	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=329;ReadPosRankSum=-1.525;SC=TCCAAATATCGAATGTTGACT;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=22;WE=229631275;WS=229631257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr1	229631734	rs11805194	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.915;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,39:0.38:103
chr1	229634977	.	A	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=2.354;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,95:0.39:245
chr1	229635521	rs10916495	A	G	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=711;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GGCTTGGCCAATAGCGGATAG;SOR=0.834;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=56;WE=229635529;WS=229635511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,84:0.31:267
chr1	229636388	rs6673421	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=-0.531;SC=ATACCACAATATCTTGATTTC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=229636396;WS=229636378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	229637645	rs754022	C	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr1	229637881	rs2381108	T	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=502;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GTGATTAATCTTATAGTATAA;SOR=0.629;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=28;TCR=71;TR=39;WE=229637889;WS=229637871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,60:0.41:148
chr1	229663064	rs113712941	GAGGAA	G	3249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=1995;SC=TCCTTGTTGAGAGGAAAGGAA;SOR=0.898;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=37;WE=229663076;WS=229663054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	229683264	rs3738187	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=-1.356;SC=TGATGCCTACGGAAGCCTGGG;SOR=0.061;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=11;WE=229683272;WS=229683254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	229730452	rs2295625	G	A	3453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=52;PP=1542;ReadPosRankSum=-1.566;SC=CCTGCTGAGCGCTCCACAGCC;SOR=0.666;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=170;TCF=85;TCR=85;TR=111;WE=229730460;WS=229730442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,164:0.62:264
chr1	229738545	.	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,49:0.31:160
chr1	229783236	rs6587349	T	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.485;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr1	230313911	rs678050	T	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=477;ReadPosRankSum=2.661;SC=AACTGATGAATGAAGGTGTGC;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=39;WE=230313919;WS=230313901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,68:0.65:105
chr1	230371883	rs3811488	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=0.646;SC=TGCATTACCTGTCAGGGGTGT;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=27;WE=230371891;WS=230371873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr1	230384970	rs1923950	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.697;SC=ATTACATGACGCCTGAGCAGA;SOR=0.926;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=10;WE=230384978;WS=230384960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr1	230386341	rs2273966	T	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr1	230390974	.	C	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=580;ReadPosRankSum=-1.344;SC=AGATCTCGTTCCGCGTGTGGC;SOR=0.719;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=151;TCF=88;TCR=63;TR=47;WE=230390982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,77:0.30:253
chr1	230410162	rs12091838	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=199;ReadPosRankSum=-0.624;SC=GTGCATAGCACGCCTCTGACT;SOR=0.776;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=21;WE=230410170;WS=230410152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,41:0.32:128
chr1	230415025	rs6698963	A	G	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,85:0.43:196
chr1	230451935	rs144363709	C	CAT	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.327;NF=4;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TACACATGTGCATGTGTATAC;SOR=1.402;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=5;WE=230451943;WS=230451925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	230451978	rs11122492	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=1.145;SC=ATGTGTATACGTACATATGTG;SOR=1.132;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=8;WE=230451986;WS=230451968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr1	230459433	rs35048134	GC	G	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.910;NF=0;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=1.914;SC=CATCCCAAAGGCCCCCCCTCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=12;WE=230459441;WS=230459423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	230473103	rs10864744	A	C	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=56;PP=1668;ReadPosRankSum=-0.591;SC=AGTATTCAGCAAGCACAGATC;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=81;WE=230473111;WS=230473093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr1	230497940	rs828479	G	T	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=28;PP=1521;SC=GCACGAGAGGGTGGGGGAGGA;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=86;WE=230497948;WS=230497930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	230498232	rs2820384	C	T	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=658;SC=GGAAGCCCTCCTGGGGCTCCA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=230498240;WS=230498222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	230503684	rs2632571	C	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=371;SC=CTCAAGGTCACGCAAGCTGGC;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=230503692;WS=230503674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	230513128	rs828463	G	A	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=72;SC=ACATCAACACGTGATAAATCC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=230513136;WS=230513124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	230778491	rs4846864	G	C	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=53;PP=1255;SC=CCTCTGTGGCGGTCTCTTCGG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=75;WE=230778499;WS=230778481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	230795177	rs1359866	T	C	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=18;PP=1210;SC=ATATCATTGCTATAATTTTTT;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=230795185;WS=230795167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	230796326	rs3736983	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TTCACATTCTATCAGCAATAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=230796334;WS=230796325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr1	230819295	rs5781596	ATTC	A	3159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.904;NF=6;NR=22;PP=1212;ReadPosRankSum=2.468;SC=ATAAACATTAATTCTTCTTCT;SOR=0.735;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=28;WE=230819305;WS=230819285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,79:0.72:110
chr1	230819479	rs5781597	G	GT	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.572;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr1	230820780	rs3215851	TA	T	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=278;ReadPosRankSum=0.085;SC=GACTATAGCCTAAAATTGCCT;SOR=0.988;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=11;WE=230820788;WS=230820770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr1	230822607	rs1536591	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=1.748;SC=TTATTGACGCGCACATATGTA;SOR=0.892;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=13;WE=230822615;WS=230822597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr1	230829139	rs1051038	A	G	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr1	230841559	rs3827749	G	A	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=3;PP=547;SC=CCGTGCCACCGCGGCCCTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=230841567;WS=230841549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	230841687	rs7080	T	C	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=60;PP=2454;SC=ACCGGGGAGATAGTTTCTTCA;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=131;WE=230841695;WS=230841677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	230845794	rs699	A	G	10864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=150;NR=106;PP=2965;SC=ACTGGCTCCCATCAGGGAGCA;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=151;TCR=107;TR=256;WE=230845802;WS=230845784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr1	230845977	rs4762	G	A	3091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=64;PP=1825;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GCCCACCACCGTGGACAGCAG;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=75;TCR=93;TR=115;WE=230845985;WS=230845967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,137:0.70:197
chr1	230883466	rs12143120	C	T	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=5;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=1010;ReadPosRankSum=-1.962;SC=GTGAGTGGGGCGAGCAGGGGA;SOR=0.587;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=65;WE=230883474;WS=230883456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,92:0.64:143
chr1	230883484	rs6690251	T	C	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=60;PP=1860;SC=GGAAGGAGCATAGATGAGGCC;SOR=1.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=82;WE=230883492;WS=230883474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	230883499	rs6690254	T	C	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=49;PP=1503;SC=GAGGCCGAGGTTCAGCAGCCC;SOR=1.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=230883507;WS=230883489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	230891248	rs2493145	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=-1.124;SC=CCAAGAGGCACGGGGCTGGGG;SOR=0.273;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=13;WE=230891256;WS=230891238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr1	230898231	rs2282318	T	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=307;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTAACTTGGTGGACAAAGCC;SOR=1.863;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=16;WE=230898239;WS=230898221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr1	230898494	rs2282319	C	T	4221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=66;PP=1725;ReadPosRankSum=1.496;SC=CCGACCACAACGAGTTCTGGA;SOR=0.610;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=197;TCF=87;TCR=110;TR=123;WE=230898502;WS=230898484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,204:0.63:324
chr1	230898615	rs3215985	G	GA	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=708;ReadPosRankSum=1.024;SC=TAAGGGCTGGGAAAAAATCAG;SOR=0.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=25;WE=230898623;WS=230898605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr1	230903234	rs11122590	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-1.248;SC=AGGGTGCCCCAGTGGCCTCCC;SOR=1.445;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=230903242;WS=230903224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	230903350	rs3828126	T	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,60:0.73:82
chr1	230904911	rs11122593	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=360;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TGACTCTGCTCTTTCCATGTT;SOR=0.629;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=26;WE=230904919;WS=230904901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr1	230914612	rs12130847	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr1	230914706	rs1933630	C	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=0.453;SC=CGTGTCTCTCCGCTTTGCTGC;SOR=0.618;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=17;WE=230914714;WS=230914696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr1	230914729	rs1933631	A	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=245;ReadPosRankSum=0.020;SC=GATGGCATTTAAGGACTTCAA;SOR=0.659;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=18;WE=230914737;WS=230914719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr1	230916260	rs28359687	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=319;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CTGACAAAGACGAACACCTGA;SOR=0.963;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=23;WE=230916268;WS=230916250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr1	230923151	rs2297830	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=166;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TTGTGCACACTGCCTCAGGAG;SOR=0.181;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=17;WE=230923159;WS=230923141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr1	230923187	rs12731671	C	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=1.044;SC=GGCACACAGGCTCCTGGCTTC;SOR=0.436;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=22;WE=230923195;WS=230923177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr1	230923313	rs12731961	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=258;ReadPosRankSum=2.500;SC=GGAGGAGCAGCGGTTTCGGGC;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=24;WE=230923321;WS=230923303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,45:0.32:141
chr1	230928351	rs2282321	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=333;ReadPosRankSum=0.292;SC=GAATTGTATTCGGACAGGGGA;SOR=1.106;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=19;WE=230928359;WS=230928341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr1	230928512	rs7522057	C	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=283;ReadPosRankSum=-1.904;SC=GTAGCTCCCCCGGGCTGGCTG;SOR=0.484;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=28;WE=230928520;WS=230928502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,43:0.34:127
chr1	230933898	rs2297831	C	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=1.901;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,79:0.62:127
chr1	230975454	rs1202550	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=0.097;SC=AAATCTGGCAATATTGACCAG;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=230975462;WS=230975444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	231042732	rs3811502	T	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=39;PP=1169;SC=ACGTTTCTGATACTGATGGAA;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=231042740;WS=231042722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	231047310	rs10580953	TAC	T	1292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=341;SC=AAAAAAAAGATACAGACTCAT;SOR=0.826;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=231047319;WS=231047300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	231047392	rs2153049	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=ACATCAAGAAGAGGATTGTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=231047400;WS=231047382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	231057310	rs2275334	C	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=160;SC=CTCAAGCCAACATCTAATTTC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=231057318;WS=231057300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	231059784	rs3748774	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=316;SC=GCTAGTCCATCATATCTAAAA;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=231059792;WS=231059774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	231060736	rs3748775	T	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=32;PP=891;SC=GAAAGGAATATCGAGAAGAGT;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=231060744;WS=231060726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	231064578	rs5781609	T	TCTC	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=255;SC=CCCAGGCAATTCTACCTCACC;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=231064586;WS=231064568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	231064611	rs950029	G	A	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=243;SC=AGGGAGTAGCGTGCCACCATG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=231064619;WS=231064601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	231067236	rs11122624	C	T	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=37;PP=1359;SC=CAAAATGCTGCATTAGTATCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=231067244;WS=231067226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	231067318	rs11122625	G	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=759;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GGTTAAACCAGACCTGTAAAC;SOR=0.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=42;WE=231067326;WS=231067308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr1	231069652	rs1890351	A	C	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=23;PP=647;SC=ATAATTGTTAAAATTGAGATT;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=231069660;WS=231069642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	231081304	rs6673085	T	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=28;PP=747;SC=CAGCTCTACTTCTTTATGCTA;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=231081312;WS=231081294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	231094050	.	G	GA	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.089;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr1	231161817	rs35151430	T	TAA	337.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=1.171;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr1	231353589	rs4658907	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=1.640;SC=TGGAAAGTGCAGGAGGGTAAT;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=8;WE=231353597;WS=231353579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr1	231362923	rs491182	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=-2.118;SC=TAATGACAGCGTACAGGAATA;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=28;WE=231362931;WS=231362913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
chr1	231377081	rs518686	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=592;ReadPosRankSum=0.195;SC=ACCACCACGGCTTAGCAAAGA;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=106;TCR=51;TR=49;WE=231377089;WS=231377071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,88:0.32:272
chr1	231400905	rs849714	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=0.202;SC=TTTGTGACCAACCTAGCCAAC;SOR=0.307;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=231400913;WS=231400899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	231401596	rs532226	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr1	231401902	rs574553	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=477;ReadPosRankSum=0.110;SC=AACCAAAAGAGTCTACAACTG;SOR=1.172;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=32;WE=231401910;WS=231401892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr1	231408091	rs11558492	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=282;ReadPosRankSum=0.808;SC=TTCCTACGTGATGTTTTTGCA;SOR=0.470;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=26;WE=231408099;WS=231408081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr1	231480507	rs1009227	A	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	231486908	rs2749716	T	C	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=22;SC=CTTTCTCTCCTAAAATAGAAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=231486916;WS=231486898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	231486951	.	TAAAA	T	83.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	231486989	rs2474633	A	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	231487017	rs2474634	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=422;SC=GTTAACTTGCTTATTGAATAC;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=21;WE=231487025;WS=231487007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	231488524	rs2437150	C	T	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=36;PP=2193;SC=GCTGTAAGACCTAATTCTAAA;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=96;WE=231488532;WS=231488514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	231502245	rs1435167	T	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr1	231502310	rs1435166	T	C	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=22;PP=575;SC=CCTAAGAGTATGGACAATATT;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=231502318;WS=231502300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	231506557	rs2256908	G	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=425;SC=TCACAAATACGTCTCAATAAA;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=231506565;WS=231506547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	231699398	rs11313472	AT	A	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.884;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	231936016	rs2759354	A	G	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=102;PP=2914;SC=AGCTACCAGCACATCGTGTTT;SOR=1.489;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=42;TCR=102;TR=143;WE=231936024;WS=231936006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	232002392	rs3082	A	G	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=23;PP=732;SC=CCAGCGCTCAACTACTATTAA;SOR=1.034;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=232002400;WS=232002382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	232172374	rs17773715	G	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=562;ReadPosRankSum=-0.860;SC=CACGCTCTTCGATCCCTCGGA;SOR=0.502;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=41;WE=232172382;WS=232172364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,58:0.60:96
chr1	232534776	rs586719	C	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=159;SC=GCAAAAACATCTACGATTGGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=232534784;WS=232534772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	232535030	rs629939	C	T	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=39;PP=1246;SC=CTGGTCAGAGCAGAAATAAAC;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=232535038;WS=232535020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	232538234	rs17177525	T	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	232551416	rs12569188	G	A	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=61;PP=1762;SC=GTCACAGCACGGGCACCAGCC;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=96;WE=232551424;WS=232551406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	232564297	rs3210731	T	A	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=35;PP=1047;SC=ATGACATCCATCTCACTATAC;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=232564305;WS=232564287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	232568146	rs201254048	A	C	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,107:0.61:175
chr1	232568293	rs1547741	A	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=32;PP=895;SC=ATTCAGAGCCACAAGGCTTTA;SOR=1.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=40;WE=232568301;WS=232568283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	232574921	rs2275307	T	C	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=57;PP=1811;SC=GCGGAGATGGTGGACGCGTAG;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=114;WE=232574929;WS=232574911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	232579597	rs4649372	T	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=8;PP=187;SC=ATAAACTAAGTATCGGTGATG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=232579605;WS=232579587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	232581247	rs1409369	C	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	232581436	rs12757779	G	A	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	232581667	rs12723697	G	T	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=145;SC=GATGCAGAGCGATCCACCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=232581675;WS=232581657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	232596656	.	G	A	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=827;ReadPosRankSum=-0.817;SC=CGTCATCATGGGGCTGGATGA;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=55;WE=232596664;WS=232596646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,88:0.39:224
chr1	232597987	rs12142629	T	A	6631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=93;PP=2856;SC=TCATTAAGTATCACCCGATGA;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=74;TCR=93;TR=167;WE=232597995;WS=232597977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	232601241	rs12145798	T	C	790.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.228;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.126;NF=8;NR=23;PP=594;ReadPosRankSum=0.954;SC=GACATATATATACACACACAC;SOR=2.215;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=31;WE=232601249;WS=232601223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr1	232601261	rs34840482	CAT	C	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=556;SC=CACACATATACATACACACAC;SOR=2.226;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=232601270;WS=232601247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	232607050	rs12116796	T	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=7;PP=638;SC=AACAAAGATATTTTTGGGAAA;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=232607058;WS=232607040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	232607094	rs12116822	T	C	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=17;PP=864;SC=GGGAGAATGATAGATCAGGGA;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=232607102;WS=232607084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	232629170	rs11294872	TA	T	2677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=33;PP=1246;SC=TCATTAACATTAAAAAAAAAT;SOR=1.225;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=62;WE=232629178;WS=232629160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	232629475	rs3737839	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=24;PP=538;SC=GGATATCTCTCAGTTTGTGTA;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=28;WE=232629483;WS=232629465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	232650750	rs3795366	A	G	6432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=68;PP=2965;SC=TCTGCAGGACAGAAGTGATGC;SOR=1.019;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=106;TCR=68;TR=174;WE=232650758;WS=232650740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	232650867	rs4649383	C	T	10663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=145;PP=2965;SC=TCACACCCATCTTGGGCACAG;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=273;TCF=128;TCR=145;TR=271;WE=232650875;WS=232650857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr1	232941153	rs12409898	C	T	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=34;PP=1333;SC=GCTTCAGCTTCTCGTTTGCGG;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=232941161;WS=232941143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	233134275	.	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=372;ReadPosRankSum=1.507;SC=AATCGGGATCGAAGAGCGTGC;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=31;WE=233134283;WS=233134265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,43:0.34:128
chr1	233135107	.	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=301;ReadPosRankSum=-0.982;SC=CAAAGTCCTCGGACGCATTCT;SOR=1.255;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=15;WE=233135115;WS=233135097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr1	233137225	rs140788891	CATAA	C	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=9;NR=4;PP=639;SC=AACTCCATCTCATAAATAAAT;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=13;WE=233137236;WS=233137215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	233150332	.	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	233192916	.	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=0.288;SC=TTTAATTCTTCCTTTTGAGAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=7;WE=233192924;WS=233192906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	233231356	.	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.992;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=-1.331;SC=GTGGCCTAAAGGGATCCAAAG;SOR=0.020;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=4;WE=233231364;WS=233231346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	233295992	.	CT	C	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=6.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr1	233296891	rs2296515	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=6;PP=302;SC=TCCCTAAGCCTCTCAGCGGGC;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=233296899;WS=233296881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	233296908	rs2296516	T	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=459;SC=GGGCATTTTGTTTTCTTTCTC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=233296916;WS=233296898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	233296989	.	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=0.173;SC=AAGGGGGCAGGAAGAGTACAA;SOR=0.881;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=16;WE=233296997;WS=233296979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr1	233362930	rs701176	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=438;ReadPosRankSum=1.959;SC=TCACGTCCCCGGTGTGCCTTC;SOR=0.722;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=27;WE=233362938;WS=233362920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr1	233363179	.	AAT	A	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,9:0.10:88
chr1	233386382	.	G	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,58:0.35:166
chr1	233395214	rs2139998	T	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=598;SC=GATACTTTTTTAATTTTACTT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=233395222;WS=233395204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	233464470	.	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,31:0.28:109
chr1	233489499	rs7539016	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=0.637;SC=TAAGTGTGTCATAAGGAAAAG;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=12;WE=233489507;WS=233489489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr1	233489529	rs7549137	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=450;ReadPosRankSum=-0.130;SC=AGCCCATTGAGCATATGAAAT;SOR=0.479;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=24;WE=233489537;WS=233489519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr1	233489707	rs7551511	G	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.315;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=799;ReadPosRankSum=1.780;SC=GAAAGGTATTGTGTGTGTGTG;SOR=1.079;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=50;WE=233489715;WS=233489697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,68:0.54:126
chr1	233490536	rs137943316	A	AATGTCTTGGGGATAATCTG	2252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.278;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=2897;ReadPosRankSum=0.940;SC=TAGCAACTCTAAACTGCGTTG;SOR=2.599;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=18;WE=233490551;WS=233490526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr1	233490543	rs2049182	G	A	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=4.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.383;QD=24.01;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr1	233490764	rs4649219	G	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=4;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=974;ReadPosRankSum=0.857;SC=AAAGGTGAGAGAAATTTTTAA;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=25;WE=233490784;WS=233490754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr1	233490776	rs4649220	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=4;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=974;ReadPosRankSum=-1.067;SC=AATTTTTAAACAGCATAATGT;SOR=1.270;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=21;WE=233490784;WS=233490754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr1	233497939	.	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,48:0.27:181
chr1	233749855	rs2795294	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=274;ReadPosRankSum=0.473;SC=CGGGGCCAGAAGAGGCGGCGG;SOR=1.981;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=233749863;WS=233749847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	233749896	rs140745317	C	CTTGGCTTTGGCT	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.71;ReadPosRankSum=0.086;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	233750374	.	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.668;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=-1.892;SC=CCCACCCCACCCCCCACCTTT;SOR=0.065;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=11;WE=233750382;WS=233750364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	233767008	rs701224	T	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,49:0.30:162
chr1	233767023	rs701225	A	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=352;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GACAACATCAAGATATGAAAG;SOR=0.867;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=33;WE=233767031;WS=233767013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,51:0.32:159
chr1	233767059	rs701226	T	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.250;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,40:0.29:139
chr1	233785786	rs4649241	A	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,46:0.44:104
chr1	234040742	rs12136133	A	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.421;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr1	234041422	rs57010808	G	C	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=56;PP=1427;ReadPosRankSum=0.128;SC=CCAGCGGGCCGGTGGGGCTCA;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=320;TCF=189;TCR=131;TR=132;WE=234041430;WS=234041412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,183:0.42:433
chr1	234350320	.	G	A	4282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,124:0.35:351
chr1	234350323	.	A	T	4288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,120:0.35:343
chr1	234367368	.	C	T	3995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=55;PP=1427;ReadPosRankSum=-0.408;SC=TCAGGAAGTTCGACGCGCCCT;SOR=0.741;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=99;WE=234367376;WS=234367358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,185:0.69:268
chr1	234367549	rs2236220	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=316;ReadPosRankSum=0.168;SC=GCGCTGACTCTGCAGAGCTGC;SOR=1.193;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=28;WE=234367557;WS=234367539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr1	234444761	rs11359233	TA	T	137.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=0.996;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	234452263	rs745858	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5087;FS=6.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=237;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TGAACCCCACGCACATTTCCA;SOR=2.584;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=13;WE=234452271;WS=234452257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr1	234452338	rs6657486	G	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=11;PP=937;ReadPosRankSum=-0.850;SC=ATTTTCTTCCGTCTGTCCAGA;SOR=1.054;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=57;WE=234452346;WS=234452328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,64:0.75:85
chr1	234452533	.	C	T	3871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.798;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=75;PP=1893;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GCACAGCCGGCTTTAGATCGC;SOR=0.870;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=183;TCF=70;TCR=113;TR=116;WE=234452541;WS=234452523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,179:0.65:275
chr1	234458668	rs35870005	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-2.139;SC=GCCAGACAGAGGAGGGTGCCC;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=234458676;WS=234458658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	234509259	rs10910420	G	C	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=32;PP=1333;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CGCCGCGTGAGTTGCTTTTTG;SOR=0.846;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=85;WE=234509267;WS=234509249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,105:0.62:168
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chr1	234528006	rs3754317	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.022;NF=19;NR=6;PP=344;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TGCTTGAGCCAATGAGGCAGA;SOR=0.337;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=25;WE=234528014;WS=234528003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	234528087	.	C	CA	1599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.719;HP=14;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.960;NF=27;NR=26;PP=817;ReadPosRankSum=1.112;SC=GTCTCAAAAACAAAAAAAAAC;SOR=0.991;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=53;WE=234528095;WS=234528077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,98:0.54:183
chr1	234546245	rs1141264	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.745;SC=CTGCTAAAAACGTACAAATGC;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=8;WE=234546253;WS=234546235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr1	234546354	rs41266235	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr1	234556630	rs6661926	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=0.719;SC=AAATCAATGACAACTTGAAAT;SOR=0.804;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=8;WE=234556638;WS=234556620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr1	234556646	rs6669819	T	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-1.637;SC=GAAATGTAAGTGGCTTAAATT;SOR=0.293;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=8;WE=234556654;WS=234556636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	234561590	rs4920240	T	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=193;ReadPosRankSum=0.332;SC=AAACAGAAAATTAACATCAAA;SOR=2.049;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=12;WE=234561598;WS=234561580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr1	234582457	rs270527	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr1	234582461	rs2203167	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr1	234582651	rs4920246	T	C	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,102:0.54:189
chr1	234584231	rs2102596	C	T	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;PP=1337;ReadPosRankSum=1.430;SC=ATTACCTATACTGAGTCTTCA;SOR=0.564;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=164;TCF=96;TCR=68;TR=101;WE=234584239;WS=234584221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,167:0.61:275
chr1	234584445	rs7527374	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr1	234593403	rs6693478	T	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr1	234596202	rs270511	T	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=548;ReadPosRankSum=0.962;SC=AGAAGCTCAATACCATTAGGT;SOR=0.553;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=33;WE=234596210;WS=234596192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr1	234614462	.	C	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=242;ReadPosRankSum=1.248;SC=CGCCACCCGGCGAGCAGATCG;SOR=0.515;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=14;WE=234614470;WS=234614452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr1	234743082	.	G	A	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=522;ReadPosRankSum=2.545;SC=AGGGACGGACGGGCACTGCAC;SOR=0.695;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=50;WE=234743090;WS=234743072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,85:0.32:267
chr1	234744250	rs8722	G	A	4260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=57;PP=1733;ReadPosRankSum=0.996;SC=CCTGCAGTCAGGGCCGGCTCC;SOR=0.716;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=146;TCF=75;TCR=71;TR=112;WE=234744258;WS=234744240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,197:0.74:267
chr1	234744413	rs4636	C	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=546;ReadPosRankSum=2.785;SC=CGGCCCCGGCCGCGGTGGACA;SOR=0.286;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=33;WE=234744421;WS=234744403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr1	234745009	rs7545855	A	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.34;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr1	234953875	rs138215498	C	CA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.43;MQRankSum=-2.450;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.745;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	235318116	.	GACTT	G	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=0.315;SC=TTATATCCATGACTTACTATT;SOR=0.275;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=235318127;WS=235318106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	235397937	.	G	GCA	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=30;QD=43.0;SC=GGGTAAACAGGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=1;WE=235397945;WS=235397927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,1:0.33:3
chr1	235543262	rs11425048	C	CA	416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.186;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,26:0.81:32
chr1	235543476	rs145735844	TTGTGTGTGTGTGTGTG	T,TTG	1858.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=35.74;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,16,36:0.31,0.69:52
chr1	235564924	rs17543709	G	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=463;ReadPosRankSum=0.651;SC=TTATGAATCAGCACGGTCATT;SOR=0.655;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=27;WE=235564932;WS=235564914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr1	235594182	rs2291687	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.90;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr1	235594250	rs2291688	A	G	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=178;SC=CTATTAATAGATAACAAGATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=235594258;WS=235594240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	235598973	rs2055127	C	T	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=13;PP=927;SC=AGCCCTCCATCGCACCAAATG;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=235598981;WS=235598963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	235601958	rs3819974	G	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	235611535	.	CA	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.132;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr1	235715532	rs35346732	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=431;ReadPosRankSum=2.318;SC=CAGCTGCCTGGGAGACCTGTG;SOR=0.947;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=29;WE=235715540;WS=235715522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
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chr1	235827443	rs3819013	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=123;ReadPosRankSum=0.754;SC=TTAAAAATCATGTGGAAGGAA;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=15;WE=235827451;WS=235827433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	235827641	rs12092604	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.051;SC=AGAACCTACACCCCAAGGTGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=7;WE=235827649;WS=235827640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	235856901	rs3754232	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=1.227;SC=ATCATTTGGTGCAAGACCATC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=235856909;WS=235856891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	235860340	rs7541057	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr1	235887276	rs6667717	G	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-2.150;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr1	235891648	.	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=426;ReadPosRankSum=1.539;SC=AAAAAAAAAGGTTGCAGGGAG;SOR=1.402;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=23;WE=235891656;WS=235891638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr1	235896726	rs6429275	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.258;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr1	235910392	rs6676149	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=2.480;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	235910542	rs3754234	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=262;ReadPosRankSum=0.498;SC=TTTAATGGACCGAAGGAGAAG;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=22;WE=235910550;WS=235910532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,34:0.36:95
chr1	235918688	rs149138177	CAAAAG	C,CAAAAGAAAAG	1785.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.680;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=37.99;ReadPosRankSum=0.828;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,18,28:0.38,0.60:47
chr1	235922228	rs3738519	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr1	235940450	rs2273584	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=213;ReadPosRankSum=1.063;SC=GTTGGAGATTCTTTAGATGAT;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=18;WE=235940458;WS=235940440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr1	235945294	rs6696123	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=422;ReadPosRankSum=1.119;SC=CTTGGGATGATAAACAATGGC;SOR=0.659;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=38;WE=235945302;WS=235945284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,50:0.36:138
chr1	235972435	rs3820553	T	C	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=1076;ReadPosRankSum=2.368;SC=AAGCCTGCTGTAGTAAGCGCA;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=209;TCF=108;TCR=101;TR=82;WE=235972443;WS=235972425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,117:0.37:317
chr1	235972596	.	G	A	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=929;ReadPosRankSum=0.715;SC=TGCATAAAATGAGAATATTCA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=64;WE=235972604;WS=235972586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,107:0.41:261
chr1	235972867	rs1063128	T	C	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=1088;ReadPosRankSum=-2.235;SC=AAGCTGCACTTTGAAGACAAC;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=230;TCF=114;TCR=116;TR=76;WE=235972875;WS=235972857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,115:0.36:318
chr1	236142565	rs1536132	T	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=437;SC=CTGGGGTGGGTCAAGCCTGCA;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=236142573;WS=236142555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	236144755	rs78407218	C	T	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=108;SC=GGCATTGTACCGTGGATATCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=236144763;WS=236144753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	236157123	rs17854360	T	C	4119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1446;ReadPosRankSum=0.689;SC=TCGCCCCCGCTGCCCCGAGAA;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=170;TCF=87;TCR=83;TR=112;WE=236157131;WS=236157113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,199:0.65:306
chr1	236175339	rs2031487	T	C	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=902;ReadPosRankSum=0.026;SC=GGCATTCATCTACATCTGTAA;SOR=0.374;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=52;WE=236175347;WS=236175329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,85:0.69:123
chr1	236176845	rs35714220	C	T	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=619;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GTTGATGGGGCGCTGGTCCAC;SOR=0.783;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=42;WE=236176853;WS=236176835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,87:0.60:146
chr1	236176990	rs10803217	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=-0.168;SC=CAGCTTCACCTGCACCCCACT;SOR=0.602;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=236176998;WS=236176980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	236180504	rs141204959	G	T	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=330;ReadPosRankSum=-2.041;SC=GCAGCGGAAGGTTCCTGGGTG;SOR=0.727;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=30;WE=236180512;WS=236180494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,67:0.37:183
chr1	236180700	rs143774517	T	TC	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.83;MQRankSum=0.549;NF=3;NR=4;PP=259;ReadPosRankSum=0.707;SC=TTTTTTTTTTTCCGAGATGGA;SOR=0.754;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=236180708;WS=236180690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	236187365	rs3738533	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=357;ReadPosRankSum=-1.409;SC=AATCAAAGGCTGTACCATAGC;SOR=0.605;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=23;WE=236187373;WS=236187355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr1	236187449	rs34743457	C	T	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.73;ReadPosRankSum=1.231;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,136:0.72:188
chr1	236187618	rs116324777	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=332;ReadPosRankSum=0.881;SC=AAGGTGATCACAGAAGAGCAG;SOR=0.299;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=25;WE=236187626;WS=236187608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr1	236189278	rs16833131	C	T	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=1088;ReadPosRankSum=0.635;SC=CGCTGTCCACCGAGAGCTGCT;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=70;WE=236189286;WS=236189268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,120:0.62:193
chr1	236196017	rs116464435	A	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=1.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	236205121	rs4297282	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=1.455;SC=CACCATGTAATGCTCACAACT;SOR=1.730;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=6;WE=236205129;WS=236205111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	236205264	.	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.401;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=447;ReadPosRankSum=0.732;SC=TGCTGCTGGTGAAAAGTCTCC;SOR=0.542;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=38;WE=236205272;WS=236205254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,86:0.41:210
chr1	236208688	rs10733131	AT	GA	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=416;ReadPosRankSum=0.473;SC=ATGATCTATAATACACATTAC;SOR=0.927;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=12;WE=236208697;WS=236208678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr1	236208773	rs10733133	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.665;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,66:0.31:214
chr1	236209024	rs3768088	C	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr1	236209081	rs3768089	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CAGTGCTATAGAGCGATGGCA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=10;WE=236209089;WS=236209071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	236212038	rs6665008	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr1	236368391	rs3215798	C	CT	957.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=662;ReadPosRankSum=0.366;SC=GGCATGATGTCTGTAAGTATG;SOR=0.962;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=18;WE=236368399;WS=236368381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr1	236368708	rs1254206	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.674;SC=ATGTGAAACATTCAGGAATGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=236368716;WS=236368698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	236381825	rs1055851	G	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.665;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr1	236381897	rs1615601	T	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	236381917	rs1614938	T	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.456;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	236381987	rs1749598	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr1	236381989	rs1749599	C	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr1	236384278	rs1405624	G	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.914;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	236385116	rs2463190	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	236385165	rs2463189	G	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=-0.422;SC=AAAAAGCTTGGACTCAGTGGA;SOR=1.560;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=11;WE=236385173;WS=236385155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	236385360	rs2477587	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr1	236385379	rs2463188	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	236393654	rs2812471	A	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=405;SC=GCTCATGCCTATAATCCTAGC;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=236393662;WS=236393644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	236413147	rs1726639	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TTGATATCAATGAGAATATTT;SOR=0.543;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=7;WE=236413155;WS=236413137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	236413230	rs2477599	T	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr1	236413282	rs2056713	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr1	236413362	rs2477598	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=0.824;SC=CAATGATATACACTAAATATA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=10;WE=236413370;WS=236413352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	236413384	rs2477597	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=148;ReadPosRankSum=-0.063;SC=ATACATTCCATTATAAAAATC;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=7;WE=236413392;WS=236413374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	236415347	rs1749589	T	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr1	236415444	rs1618510	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TATTTTTTTTGGAATTTCTTC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=236415452;WS=236415434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	236416921	rs2812465	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.811;SC=ACTTCCTATCCTCGTGGCACC;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=9;WE=236416929;WS=236416911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	236433135	rs3834089	AT	A	1332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=12;PP=850;SC=GTCACATATAATACCTTTGAT;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=236433143;WS=236433125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	236557771	rs966365	G	A	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=36;PP=1418;SC=CTAAACAGATGGGGAGAGGCA;SOR=0.816;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=80;WE=236557779;WS=236557761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
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chr1	236590497	rs1759388	C	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=-1.083;SC=TCTTGATAAGCAGCATTGTTT;SOR=0.426;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=6;WE=236590505;WS=236590487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
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chr1	236590675	.	C	CT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr1	236590816	rs635487	T	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	236631633	rs16833716	A	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=639;ReadPosRankSum=0.014;SC=TGAATAAAAGATAATTTGAGG;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=46;WE=236631641;WS=236631623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr1	236645609	rs114632254	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,54:0.39:140
chr1	236687782	rs3820564	A	G	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TTGTAGTGACAGTGGAGTGAC;SOR=0.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=81;WE=236687790;WS=236687772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,118:0.76:155
chr1	236687887	rs146975800	C	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=485;ReadPosRankSum=0.043;SC=ATGTGACTTCCTTTGACCGTA;SOR=1.154;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=30;WE=236687895;WS=236687877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,45:0.85:53
chr1	236700673	rs62670060	GAGC	G	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=1.664;SC=GCTGGATTCTGAGCAGATTTA;SOR=0.117;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=5;WE=236700683;WS=236700667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr1	236700807	rs1126407	T	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,68:0.30:223
chr1	236700823	rs1041934	T	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,82:0.33:251
chr1	236700857	rs1041935	C	T	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,97:0.36:266
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chr1	236702210	rs1041937	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=139;SC=TGGCAGCAGCATGAAACCTCG;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=236702218;WS=236702200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	236702374	rs2472126	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=0.056;SC=TTATGGTGCTGAAGGACAAAT;SOR=1.048;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=14;WE=236702382;WS=236702364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr1	236702447	rs12744425	T	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=1.838;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr1	236702450	rs12744427	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr1	236702475	rs11807205	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.481;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=0.119;SC=GCCCAGCCTTATATTTCCTAC;SOR=0.595;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=4;WE=236702483;WS=236702465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	236702517	rs11807542	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	236703832	rs34818366	CG	C	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.509;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr1	236706278	rs2273863	G	T	3330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1235;ReadPosRankSum=-0.694;SC=CAAGAGCAAAGATTCGACTGT;SOR=0.724;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=96;WE=236706286;WS=236706268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,166:0.57:289
chr1	236706300	rs2273865	T	A	3499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1426;ReadPosRankSum=-0.776;SC=AATCACACTTTGACTTGCACC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=76;TCR=85;TR=96;WE=236706308;WS=236706290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,165:0.60:273
chr1	236706352	rs2758174	A	C	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=661;ReadPosRankSum=-0.017;SC=TTTGAAGAGCACCAAATTTTC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=46;WE=236706360;WS=236706342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,68:0.36:188
chr1	236706371	rs2758175	A	G	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=553;ReadPosRankSum=-0.987;SC=TCTTAACTCTATATAAAAATT;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=43;TCR=72;TR=43;WE=236706379;WS=236706361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,59:0.39:152
chr1	236706425	rs2244267	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=414;ReadPosRankSum=2.391;SC=CCACAATAGAGGCCCAAAGCA;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=24;WE=236706433;WS=236706415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr1	236706671	rs2243530	T	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=372;SC=TGTAATCATGTGTGTTTGCTT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=236706679;WS=236706666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	236706780	rs2243527	C	T	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=18;PP=938;SC=TGAAACATTCCGTAGTGTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=52;WE=236706788;WS=236706770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	236706862	rs2243525	G	C	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=35;PP=1256;SC=CTTTTCAGAGGCTGCCATTCG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=236706870;WS=236706852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	236707007	rs2799410	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TACCGCCTTCCACCCGTGAAC;SOR=0.859;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=6;WE=236707015;WS=236706997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr1	236707036	rs2794786	A	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.321;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	236707045	rs2799409	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=1.566;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	236708022	rs5781896	GT	G	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr1	236708224	rs2244063	A	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=318;ReadPosRankSum=2.167;SC=AGGTGAGGTTACAGTTTTTGA;SOR=0.817;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=23;WE=236708232;WS=236708214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr1	236708316	rs2758181	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-2.971;SC=AGTATGTGGAAGTTGTGTATG;SOR=0.754;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=236708324;WS=236708306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	236711297	rs2254823	A	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.599;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr1	236711323	rs15701	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TGATAATTTATTGTGATGTTA;SOR=0.668;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=11;WE=236711331;WS=236711313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr1	236711586	rs1160	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=1.868;SC=GCACCATTAGGTCCTGCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=10;WE=236711594;WS=236711576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	236711618	rs1041939	A	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	236714064	rs6989	A	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=0.944;SC=GATTTTGTAAAGAAGTGATAA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=9;WE=236714072;WS=236714058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	236714335	rs2254487	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=355;ReadPosRankSum=-1.212;SC=TGAGTCAGTCCGCCTGCCTCG;SOR=0.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=29;WE=236714343;WS=236714325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr1	236715488	rs184930041	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=362;ReadPosRankSum=2.027;SC=ACTTGAGACAAGCTCTAACTT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=20;WE=236715496;WS=236715478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr1	236716741	rs1475132	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=0.080;SC=ACAAAAGACCGGACCTCTAGT;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=9;WE=236716749;WS=236716731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	236716959	rs2275685	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=393;ReadPosRankSum=-2.284;SC=CCATGGCCACCGAAAACTGTG;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=38;WE=236716967;WS=236716949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,64:0.40:162
chr1	236717104	rs2275686	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=1.123;SC=TTGAAAAAATATCCAACATAC;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=6;WE=236717112;WS=236717094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	236717926	rs2275687	T	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=427;ReadPosRankSum=0.700;SC=CATCAAGGCTTCTGCTCTCTC;SOR=0.935;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=32;WE=236717934;WS=236717916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,58:0.33:175
chr1	236718524	rs6668848	G	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=144;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CAAGCACTAGGTTGTGTCTTA;SOR=0.069;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=11;WE=236718532;WS=236718514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	236718561	rs6668926	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=241;ReadPosRankSum=-0.325;SC=GGCACACAGGGCAAGGGTGAC;SOR=0.215;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=21;WE=236718569;WS=236718551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr1	236718620	rs1126627	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=403;ReadPosRankSum=0.142;SC=TTCACCTGGTTCAAGGTGTCA;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=34;WE=236718628;WS=236718610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,47:0.33:143
chr1	236719135	rs1885532	T	C	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=47;PP=2541;SC=AGTCCAGGGCTTCCAGGAAAA;SOR=1.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=127;WE=236719143;WS=236719125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	236719193	rs1885533	A	G	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.529;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=663;ReadPosRankSum=-2.055;SC=CTTCTTCATCACCCCAATATG;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=195;TCF=107;TCR=88;TR=65;WE=236719201;WS=236719183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,101:0.34:298
chr1	236719259	rs1885534	G	A	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=4.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,115:0.37:309
chr1	236720503	.	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=428;ReadPosRankSum=1.549;SC=ACCTGGGAGAGAATGCCTTCC;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=28;WE=236720511;WS=236720493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr1	236720761	rs2799404	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=292;SC=CGCTATCTGCTTCATAGCCTA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=236720769;WS=236720751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	236721610	rs2275688	G	A	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=32;PP=1594;SC=GCGCTTCCCAGGACATTCTTC;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=83;WE=236721618;WS=236721600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	236721660	rs2275689	T	C	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=55;PP=2336;SC=CACAGCAGTGTTCAGCACTGG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=130;WE=236721668;WS=236721650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	236721731	rs819431	T	C	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	236721983	rs3806391	G	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=-0.867;SC=GTTCTAGCCAGTGTTTCACTT;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=236721991;WS=236721973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	236722182	rs819432	A	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=8;PP=473;SC=TATATTCAGAAAATAATATAC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=236722190;WS=236722172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	236722489	rs2146122	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	236723108	rs6661946	C	T	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=664;ReadPosRankSum=1.342;SC=TGCAACTGCACTGATATAGCC;SOR=0.824;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=47;WE=236723116;WS=236723098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr1	236723177	rs10754576	GC	AA	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.041;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=482;ReadPosRankSum=-2.094;SC=GCAGCTGAAGGCACTCAGAGA;SOR=0.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=14;WE=236723186;WS=236723167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr1	236724504	rs1077439	G	A	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=443;SC=ATAAAAAGTAGAAAAAGAAAA;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=236724512;WS=236724494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	236724605	rs1077438	G	T	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	236724715	rs1077437	T	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.72;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	236724715	.	TCATCTTC	GCATCTTC,GCATCTTT	284	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=9,8;NR=19,13;PP=20,284;QD=1.95611473383;SC=CAGGTTCATATCATCTTCATT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28,21;WE=236724730;WS=236724705;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:28
chr1	236724722	rs115383609	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.81;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr1	236724766	rs1077436	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=284;SC=ATTTTAATTACATTCTACTGG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=236724774;WS=236724756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	236729834	rs7544230	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr1	236729867	rs2758172	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=185;ReadPosRankSum=0.272;SC=ATCATCAGCCCCATGTTTAAA;SOR=0.942;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=20;WE=236729875;WS=236729857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr1	236729965	rs61736343	G	A	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=771;ReadPosRankSum=-2.371;SC=ATAGGCAGCCGCCAGCACTGT;SOR=0.704;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=58;WE=236729973;WS=236729955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,88:0.59:149
chr1	236732190	.	AAAAAAAAC	A	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=0.736;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.626;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	236735064	rs112269904	AGAACTCATTCAATAAG	A	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.43;ReadPosRankSum=-2.957;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	236735939	rs2853602	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=618;ReadPosRankSum=0.617;SC=TATAGCAAATTGATGAGTATC;SOR=1.220;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=42;WE=236735947;WS=236735929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,45:0.41:111
chr1	236737396	rs10495379	T	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=176;ReadPosRankSum=-0.369;SC=AATGGTAACATCTGACCTCTT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=236737404;WS=236737386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr1	236737657	rs74145926	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.282;SC=AAAAAAGGCAACTGAGTTCAG;SOR=0.653;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=9;WE=236737665;WS=236737647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	236738237	rs74145927	T	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=172;ReadPosRankSum=-0.565;SC=TAAATAGTTATGTATACTGAT;SOR=0.651;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=16;WE=236738245;WS=236738227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr1	236739416	rs2115740	C	T	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=15;PP=890;SC=CTCTTCTGAGCGCACACATGC;SOR=1.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=47;WE=236739424;WS=236739406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	236740039	rs6658793	G	C	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=18;PP=1135;SC=CCAGTACACAGAGGCATGAAC;SOR=1.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=236740047;WS=236740029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	236744424	rs35257076	A	AT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GCCCTCTGCTATTTTTTTTTA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=8;WE=236744432;WS=236744414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr1	236744626	rs147383856	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,61:0.31:196
chr1	236744712	rs4518892	C	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.246;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr1	236744720	rs11338847	TA	T	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr1	236746275	rs2794769	G	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-2.579;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,39:0.28:138
chr1	236746443	rs2794768	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,31:0.33:94
chr1	236748397	rs41304149	A	G	3934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=36;PP=1696;ReadPosRankSum=0.270;SC=TCGCAAATGGAAAGTGGGTTT;SOR=0.558;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=114;TCR=60;TR=104;WE=236748405;WS=236748387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,181:0.67:271
chr1	236748505	rs1006456	T	C	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,146:0.34:431
chr1	236748630	rs1006455	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr1	236748636	rs1006454	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr1	236749348	rs2794764	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=0.409;SC=GGTTTGCTTTCTATTTTTCCT;SOR=0.116;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=236749356;WS=236749338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	236749373	.	A	AATTTGTCT	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TCCGATTCTGAATTTGTCTAT;SOR=1.609;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=3;WE=236749381;WS=236749363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	236749451	rs3831993	TA	T	186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=93;SC=TACTGGCATATAAGCATGACC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=236749459;WS=236749444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	236749649	rs2794763	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=0.356;SC=TTGATAACCATAAATGGCAGC;SOR=0.436;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=10;WE=236749657;WS=236749639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr1	236749817	rs2799420	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr1	236750709	rs56242514	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=104;ReadPosRankSum=-1.020;SC=TACCATTCTCCATTCTTTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=236750717;WS=236750699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	236750799	rs59989938	A	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=-1.006;SC=ATCTAAAGGGAAAAAAATATC;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=236750807;WS=236750789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	236751195	rs74145997	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=349;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CAAGTGAGAAGGGCAAGGAAA;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=23;WE=236751203;WS=236751185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr1	236751519	rs34200005	GA	G	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=154;ReadPosRankSum=0.437;SC=AGGGCCTTTTGAGATTAATAA;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=236751527;WS=236751509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	236755170	rs2794760	G	T	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GCAAACTGTAGAAGGTTATCT;SOR=0.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=75;WE=236755178;WS=236755160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr1	236755427	rs2794759	A	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=774;SC=AGCAATTAAAAAGTGAATTCA;SOR=2.208;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=236755435;WS=236755417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	236755690	rs2794758	G	A	94.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	236755814	rs2794757	G	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	236755837	rs2564739	C	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=11;PP=410;SC=TTTCTAAAAGCCTAATGAGTG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=236755845;WS=236755827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	236755937	rs67239913	TA	T	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=158;ReadPosRankSum=-0.434;SC=TAGAAGGCTGTAAAAAAAAAA;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=236755945;WS=236755927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr1	236757200	rs2564738	A	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=300;SC=AATGATACAGACAAAACAAGA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=236757208;WS=236757190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	236757229	rs2794754	G	A	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=436;SC=AAAAAGGAATGCTGGGAAATT;SOR=1.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=236757237;WS=236757219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	236757468	rs74146002	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TGCAAGCTAACATTATTAAAT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=236757476;WS=236757458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	236758887	rs2794751	T	C	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=57;PP=1753;SC=AAGCATGTAATGCAGAAGAGG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=117;WE=236758895;WS=236758877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	236759060	rs2794750	T	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=295;ReadPosRankSum=-0.112;SC=TCACTTATCTTACAAAAAAAA;SOR=0.421;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=27;WE=236759070;WS=236759050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr1	236761110	rs41305580	T	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.904;NF=19;NR=4;PP=388;ReadPosRankSum=-0.787;SC=AATGTTTTAGTATGTTTTCTT;SOR=0.618;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=23;WE=236761118;WS=236761100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr1	236766745	rs55704209	C	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=348;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CCCTCTTTTACAGTTTTACTT;SOR=0.211;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=17;WE=236766753;WS=236766735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	236767072	rs1529540	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=272;SC=CTACTCATAAACATTTCAAGC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=236767080;WS=236767066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	236767176	rs1529541	C	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.102;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr1	236767178	rs375752396	AG	A	965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=-1.503;SOR=1.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,51:0.80:64
chr1	236767288	rs16834056	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=698;ReadPosRankSum=0.822;SC=CGATTGTGGCCGCTTCCTTAG;SOR=0.904;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=48;WE=236767296;WS=236767278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
chr1	236767330	rs10802551	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=36;PP=1125;SC=CTTCATCTCTAGATAAGAGGC;SOR=1.165;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=54;WE=236767338;WS=236767320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	236881403	rs2275399	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CCAAAGAAAACCTTTCCAAAG;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=9;WE=236881411;WS=236881393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	236882110	rs1341865	G	A	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=12;PP=814;SC=TTAAGGAAAAGATGGATGCTT;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=236882118;WS=236882100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	236882303	rs1341864	T	C	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=29;PP=669;SC=TGGTGTCCATTGGCGCTGAAG;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=236882311;WS=236882293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	236883240	rs1768053	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=6;PP=275;SC=TTATGAATACTGTATTTATAA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=236883248;WS=236883230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	236883421	rs1341863	C	T	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=27;PP=1153;SC=TTGATGGCAACGTGAAAATGA;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=236883429;WS=236883411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	236883564	rs1341862	G	A	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=563;SC=TGAGCAAGATGTTTTAAAGTC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=236883572;WS=236883554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	236890781	rs1768056	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=299;SC=CAAGGAAGTCAAAAGGAGAGG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=236890789;WS=236890775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	236891087	.	C	T	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=638;ReadPosRankSum=1.452;SC=ATGCAGTGTCCCCAGCCACGC;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=71;TCR=96;TR=57;WE=236891095;WS=236891077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,84:0.30:277
chr1	236894647	rs819640	G	A	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=59;PP=1508;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TGAGTTACAGGAAATTTGAAG;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=61;TCR=95;TR=95;WE=236894655;WS=236894637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,146:0.63:230
chr1	236897633	rs707203	A	G	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=30;PP=2497;SC=ATGGGGGCGAAGGGGGAGGAT;SOR=1.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=83;TCR=30;TR=113;WE=236897641;WS=236897623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	236899899	rs11355106	TC	T	4772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=69;PP=2763;SC=TGTGGAAGGATCCCCCTCCAG;SOR=0.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=6;TCR=72;TR=75;WE=236899907;WS=236899889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	236900018	rs7542508	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=0.343;SC=ATTTCCAAAGGCTAATGTTAT;SOR=0.307;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=13;WE=236900026;WS=236900008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr1	236900554	rs148335592	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;MQRankSum=-0.560;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	236902560	rs7527525	C	T	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=85;NR=48;PP=2504;SC=GGGGAGGGGGCTTGCTGGTGT;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=133;WE=236902568;WS=236902550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	236902594	rs2288601	C	G	6763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	236902865	rs2288602	A	C	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=60;PP=2028;SC=TCCTGGCGCCACGGGAAGCCC;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102;WE=236902873;WS=236902855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	236902955	rs7544174	T	C	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=39;PP=1156;SC=GTGAATATCATTTTGGCCCTG;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=236902963;WS=236902945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	236906438	rs78951895	C	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=695;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TGCCTAATGTCTGTGACACTA;SOR=0.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=40;WE=236906446;WS=236906428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr1	236907811	rs75321354	C	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=0.703;SC=TCCTGCCCCTCTCTGTCCCCT;SOR=0.593;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=236907819;WS=236907801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	236907966	rs35956798	G	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=634;ReadPosRankSum=-0.496;SC=ACGAGTCGGCGTCGCTGACAG;SOR=0.738;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=48;WE=236907974;WS=236907956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,69:0.54:127
chr1	236908144	rs78539646	T	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GAGAAAGGCCTGCCTTGCCTT;SOR=0.392;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=35;WE=236908152;WS=236908134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,66:0.62:106
chr1	236910863	rs10802557	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=205;ReadPosRankSum=0.165;SC=ACATTTCAGATGTTTTTGTTT;SOR=0.813;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=13;WE=236910871;WS=236910853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr1	236914610	rs3738545	G	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=241;SC=CTTGACTTCTGTGTACCTAAA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=236914618;WS=236914600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	236924506	rs2282366	A	G	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=74;PP=2067;SC=CTGCTTTAGCAGGAGTCCACT;SOR=1.132;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=117;WE=236924514;WS=236924496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	236925844	rs12063382	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.581;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,98:0.62:159
chr1	236958532	rs28372871	G	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=538;ReadPosRankSum=0.256;SC=GAGGAGCTCGGGCAGACCAAT;SOR=0.572;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=39;WE=236958540;WS=236958522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr1	236972186	rs12759827	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=-1.789;SC=TACGAGTAACACTGCAGAGAC;SOR=1.027;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=16;WE=236972194;WS=236972176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr1	236978992	rs5781924	T	TTCTG	3358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.339;NF=3;NR=39;PP=2025;ReadPosRankSum=-0.147;SC=GCACAATACATTCTTTTATTA;SOR=0.632;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=83;TCF=4;TCR=79;TR=42;WE=236979000;WS=236978982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,86:0.63:136
chr1	236988593	rs5781926	A	AT	1635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=917;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TACAGTGTATATTTTTAAGGC;SOR=0.756;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=28;WE=236988601;WS=236988583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,76:0.67:114
chr1	237001926	rs3820568	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=1.274;SC=GGCCTAATCCATTGTGTTTCC;SOR=1.244;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=9;WE=237001934;WS=237001916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr1	237058828	rs1131449	C	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=678;ReadPosRankSum=-1.425;SC=TGTGGAGACTCGCAGACATCG;SOR=0.755;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=42;WE=237058836;WS=237058818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,57:0.66:86
chr1	237058996	rs75739277	C	CTATT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=0.524;SC=TCACTCGTAGCTATTCTGCAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=237059004;WS=237058986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	237060433	rs3820571	G	T	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1200;ReadPosRankSum=0.818;SC=GCTAGCTGTTGCATTATATGT;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=119;TCF=43;TCR=76;TR=79;WE=237060441;WS=237060423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,109:0.66:164
chr1	237061056	rs2853522	A	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.769;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
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chr1	237063504	rs9779	A	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=553;ReadPosRankSum=-0.226;SC=TTAGATATATATATTCATTCT;SOR=0.706;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=32;WE=237063512;WS=237063494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
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chr1	237433524	rs2275288	C	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=351;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CAGGTTGCCTCTGGGGATCAG;SOR=0.872;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=27;WE=237433532;WS=237433514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,46:0.38:122
chr1	237433625	rs2275287	C	T	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=487;ReadPosRankSum=0.675;SC=ATAAAAAGTACGTGAGGGATT;SOR=0.883;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=43;WE=237433633;WS=237433615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,67:0.43:157
chr1	237434024	.	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.289;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=1.072;SC=CTATATAAATGAAAGGGATAT;SOR=0.250;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=9;WE=237434032;WS=237434014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	237504759	rs10925374	T	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr1	237516073	rs10802607	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=-0.624;SC=AGTAGATCTGTACATTTGTGT;SOR=0.252;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=9;WE=237516081;WS=237516063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	237519165	rs10925382	G	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr1	237540615	rs10925391	A	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=2.669;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,44:0.33:132
chr1	237551376	rs10754602	T	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.620;NF=9;NR=3;PP=97;ReadPosRankSum=1.638;SC=AATGATTTTTTATCCTTACAG;SOR=0.970;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=12;WE=237551384;WS=237551366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr1	237580606	rs6673182	G	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	237580612	rs6673187	G	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	237608842	rs182050281	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=344;ReadPosRankSum=-1.577;SC=CTTTTGTAGGCGTAGTTGTTT;SOR=0.982;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=27;WE=237608850;WS=237608832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr1	237617757	rs3765097	C	T	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=764;ReadPosRankSum=-0.739;SC=AGTCCGTAAGCCTAAGTCTGC;SOR=0.737;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=55;WE=237617765;WS=237617747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,95:0.60:159
chr1	237619875	rs5781961	A	AT	656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=1.618;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,57:0.43:134
chr1	237620049	rs2045955	T	C	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=877;ReadPosRankSum=1.851;SC=AGAAGCATGATTGGGTTCATA;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=56;WE=237620057;WS=237620039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,87:0.60:146
chr1	237632285	rs35662567	A	AT	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=551;ReadPosRankSum=1.792;SC=TAGATGTAACAGAGGATATTT;SOR=1.136;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=14;WE=237632293;WS=237632275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	237632595	rs71561877	T	TGTG	211.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.180;NF=1;NR=20;PP=944;ReadPosRankSum=-1.465;SC=TTGAGTGAGGTGTGGTGGTGT;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=21;WE=237632603;WS=237632585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr1	237670140	rs2618702	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=-0.321;SC=ATTTATTTTCAGATTCTGTGA;SOR=0.986;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=15;WE=237670148;WS=237670130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr1	237693610	rs34521733	C	CA	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.785;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr1	237693921	rs2779365	A	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=11;PP=292;SC=TTTAAAATTCAGATTCAAGGC;SOR=1.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=237693929;WS=237693911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	237711644	rs2618661	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=403;SC=GGAAGAACAGTAATGAGGTAG;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=237711652;WS=237711634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	237711797	rs2253273	A	G	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=33;PP=1264;SC=TCACCCCATCACAAGAAGCAA;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=69;WE=237711805;WS=237711787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	237714103	rs2306238	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	237730124	rs2805390	A	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=501;SC=CTGGAGGCTCATCTCCTCTGC;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=237730132;WS=237730114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	237730169	rs2779401	C	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=189;SC=ACCAGTGTTTCCCACAGCACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=237730177;WS=237730159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	237732395	rs2805396	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=1;PP=392;SC=GGGTGGGTGCGATTTTCCTGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=237732403;WS=237732388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	237753074	rs11331089	AT	A	808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.24;MQRankSum=1.232;NF=18;NR=13;PP=421;ReadPosRankSum=2.129;SC=CTAAAACTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.484;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=31;WE=237753082;WS=237753064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr1	237754340	rs1332777	A	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=520;ReadPosRankSum=2.761;SC=TATGTGAGGAAGGTTACAGTC;SOR=2.140;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=26;WE=237754348;WS=237754330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr1	237755188	rs2618713	C	T	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=-1.709;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,108:0.59:184
chr1	237755199	.	T	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,70:0.44:159
chr1	237755203	rs2779430	T	C	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=-2.698;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,86:0.59:147
chr1	237757027	rs1478915	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TGTGACCAAGGTATTTCTATT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=9;WE=237757035;WS=237757017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	237765200	rs2805418	G	A	203.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=4.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=0.943;SC=CACATCAATCGATATGCAAGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=237765208;WS=237765190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr1	237765470	rs791541	A	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=0.570;SC=TATAGCATTGATTTATTCTGA;SOR=0.793;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=14;WE=237765478;WS=237765460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr1	237794603	rs1759123	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=406;ReadPosRankSum=-1.045;SC=GTGGCTTATTAAATACTGTGA;SOR=1.312;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=22;WE=237794611;WS=237794593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr1	237796759	rs10925478	G	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=0.132;SC=TTTGGTATCTGAAGTTTGGCA;SOR=0.151;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=7;WE=237796767;WS=237796749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	237796837	rs10802626	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=315;ReadPosRankSum=0.400;SC=TTTTATAAAGGTCGTTTGCTT;SOR=0.831;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=24;WE=237796845;WS=237796827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr1	237797082	rs1967579	T	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=0.494;SC=GCAAACGTTTTGTTAAAAAAT;SOR=0.193;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=237797090;WS=237797072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	237797103	rs1967580	C	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	237801770	rs707189	T	C	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	237802559	rs530109	T	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	237813126	rs625006	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=0.226;SC=CCCTTTGAAGATTATCTACTG;SOR=0.392;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=237813134;WS=237813116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	237814783	rs684923	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TAAATGAACACGCAAAGATGC;SOR=0.892;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=5;WE=237814791;WS=237814773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr1	237817514	rs3831940	GA	G	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.47;MQRankSum=1.373;NF=3;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=0.181;SC=GAGGAGAAATGAAAAAAAAAT;SOR=0.260;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=237817522;WS=237817504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
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chr1	237819014	rs515474	C	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=136;ReadPosRankSum=0.406;SC=TTCAGTTAGTCCAGGGTAATT;SOR=0.059;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=11;WE=237819022;WS=237819004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	237819090	.	AT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,14:0.19:73
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chr1	237824332	rs471647	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=552;SC=TTTTTCTAAAGAATAATCTGA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=237824340;WS=237824322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	237831103	rs477245	C	A	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=75;SC=TATTCCTTTACGGTATCTAAT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=237831111;WS=237831093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	237841390	rs34967813	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CCTTATGAACAAGAAATCAAG;SOR=0.904;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=12;WE=237841398;WS=237841380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr1	237850666	rs10679267	C	CT	674.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr1	237850690	.	C	T	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.457;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.246;NF=32;NR=26;PP=978;ReadPosRankSum=-2.673;SC=TTTTTAATTTCCCCCTGTCTT;SOR=0.177;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=58;WE=237850698;WS=237850680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,56:0.57:98
chr1	237862164	rs1521745	G	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	237862436	rs1521744	T	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	237863439	rs12754190	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	237863718	rs2797436	T	G	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.142;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1577;ReadPosRankSum=1.438;SC=CAATGCTGTCTTCATTATTTG;SOR=0.343;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=89;WE=237863726;WS=237863708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr1	237865203	rs939699	C	T	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=5;PP=454;SC=CTGAATAGTACATAGCTTAAG;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=237865211;WS=237865193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	237872714	rs35261418	GT	G	748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,51:0.81:63
chr1	237881770	rs2797441	C	T	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=13;PP=441;SC=AGAAAGATACCGAGGATGAAG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=237881778;WS=237881760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	237890437	rs2685301	C	T	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=66;PP=2279;SC=AACTACTGTCCAAGCAGAGGA;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=134;WE=237890445;WS=237890427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	237893674	rs2797445	C	T	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=35;PP=1179;SC=TTTAGTGGGGCTCTAAGATGA;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=69;WE=237893682;WS=237893664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	237905564	.	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr1	237905573	.	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr1	237923053	rs2253831	C	T	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=753;ReadPosRankSum=0.362;SC=TCAGTGGCCACGTGGTTTCTA;SOR=0.415;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=55;WE=237923061;WS=237923043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,87:0.64:135
chr1	237923203	.	C	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.283;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=529;ReadPosRankSum=-1.095;SC=TGTATTTTTTCGAAGCATTTG;SOR=1.260;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=36;WE=237923211;WS=237923193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,59:0.37:159
chr1	237924112	rs2056387	C	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACGGTTGGTACGCAATGAATG;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=237924122;WS=237924110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	237924114	rs6143694	C	CAATGAATGGAGACATGT	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=0;PP=544;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGTTGGTACGCAATGAATGGA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=1;WE=237924122;WS=237924110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	237947234	.	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.821;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.270;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=384;ReadPosRankSum=-1.070;SC=AGACGGATGAGAATGAAACCC;SOR=0.621;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=40;WE=237947242;WS=237947224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,71:0.36:195
chr1	237951451	rs2256242	A	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=430;ReadPosRankSum=-0.248;SC=ATGTTTTAGAATGAATATTGT;SOR=0.594;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=32;WE=237951459;WS=237951441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,42:0.41:102
chr1	237951482	rs16835818	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=257;ReadPosRankSum=-1.093;SC=GTGCAATACCGTAATAATTTA;SOR=1.101;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=17;WE=237951490;WS=237951472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr1	237955649	rs141054929	CTG	C	314.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.21;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr1	237955698	rs71162418	CGT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	237965133	.	AT	A	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,45:0.32:142
chr1	237993724	rs2275692	C	T	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=414;SC=TGATCTTTGACGTGTATTGAG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=237993732;WS=237993714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	238048325	rs2298100	A	G	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=298;SC=TCATGTAATTAGTAACAAGGG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=238048333;WS=238048315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	240071172	.	T	G	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,72:0.31:229
chr1	240255203	rs12727981	G	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CCGCAGCGACGGCAGCCACGG;SOR=0.917;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=7;WE=240255211;WS=240255193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr1	240255568	rs140531536	GGGC	G	1568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	240256822	rs10926124	C	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=50;PP=1079;ReadPosRankSum=1.324;SC=AGCACCGGGCCGACGGCGGCC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=46;TCR=135;TR=67;WE=240256830;WS=240256812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,73:0.35:207
chr1	240286773	rs3820506	C	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.736;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	240286807	rs114666740	A	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=-0.842;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.524;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	240286809	rs148978243	A	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=-1.150;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	240341119	rs3765590	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GTATGCATATATAAGTAATTT;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=8;WE=240341127;WS=240341109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	240341164	rs3765589	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=186;ReadPosRankSum=1.189;SC=TTAGTCATGGCTTATTTTTTT;SOR=0.501;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=18;WE=240341172;WS=240341154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr1	240341268	rs3765588	A	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=293;ReadPosRankSum=0.502;SC=CCACACACTCATTGGACTATT;SOR=0.796;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=29;WE=240341276;WS=240341258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,49:0.38:128
chr1	240341423	rs55930966	G	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.419;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr1	240343621	rs7519493	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-1.117;SC=GTAAATTTGGAGAGACACTTC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=240343629;WS=240343611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	240351628	rs4659948	T	C	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=68;PP=2262;SC=TGTGACAGACTCTGCGATTTA;SOR=1.104;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=108;WE=240351636;WS=240351618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	240370913	.	TGCCCCCTCTACCCGGAGCGGGAATACCTCCTCC	T	3063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=45;PP=2974;SC=ATACTCCCTCTGCCCCCTCTA;SOR=2.617;Source=Platypus;TCF=1;TR=46;WE=240370953;WS=240370903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	240370985	rs111896385	C	T	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.77;MQRankSum=2.043;QD=41.35;ReadPosRankSum=0.802;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr1	240371075	rs71646825	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-0.863;QD=6.28;ReadPosRankSum=-2.561;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	240421383	rs10926181	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=570;SC=TTTGGGCTGAGGGATATGATG;SOR=1.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=27;WE=240421391;WS=240421373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	240497221	rs150801382	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=1.813;SC=TATATTGTTTCGTATTATCTC;SOR=1.013;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=9;WE=240497229;WS=240497211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr1	240601269	rs2356386	A	G	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=11;PP=922;SC=ATAATTGTGCATGAATAAAAT;SOR=2.019;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=52;WE=240601277;WS=240601259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	240635491	rs2210861	G	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=ATAAATTAGCGTCTGTAGCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=240635499;WS=240635483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	240637571	rs882869	A	G	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=64;PP=1754;SC=GACCTCTTGCATAATCTTTTT;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=98;WE=240637579;WS=240637561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	240643167	rs11578184	A	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=226;SC=CAAAGGGGACATTCACCCCCT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=240643175;WS=240643157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	240643184	rs9442211	C	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=396;SC=CCCTTCTCTCCCAAAAATCAT;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=240643192;WS=240643174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	240643435	rs12748248	A	T	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=29;PP=861;SC=GTGAAACCATACCCTTGGGAG;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=240643443;WS=240643425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	240655330	rs9287248	G	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	240656797	rs11806449	G	A	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=3.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.77;ReadPosRankSum=-1.833;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,147:0.67:219
chr1	240656824	rs10926280	C	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=580;ReadPosRankSum=0.806;SC=CCGTAGAGTACGGGATCAATC;SOR=0.622;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=39;WE=240656832;WS=240656814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,56:0.38:149
chr1	240656841	rs45519645	A	T	1646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.60;ReadPosRankSum=-1.622;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr1	240656852	rs34695275	T	TA	1416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.15;ReadPosRankSum=0.096;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr1	240975213	rs2275742	T	C	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=34;PP=2113;SC=AGCAATGTGTTTTACCTTAAA;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=106;WE=240975221;WS=240975203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	240975314	.	C	T	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=661;ReadPosRankSum=-1.140;SC=AAAACCCCATCGTTTTACCCT;SOR=0.775;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=172;TCF=78;TCR=94;TR=61;WE=240975322;WS=240975304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,118:0.35:336
chr1	240975435	rs2275744	C	T	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=37;PP=985;SC=ATGTGTGCCTCGAAGTTCCCA;SOR=2.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=240975443;WS=240975425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	240977964	rs12744536	G	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	240979803	rs3738068	G	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=451;SC=CATAAATTCAGTAAGGTCTCT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=240979811;WS=240979793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	241100122	rs261857	G	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=207;SC=CCTCTTGAAAGATTTAATTTC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=241100130;WS=241100112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	241146322	rs7520707	A	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.84;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr1	241519098	rs4659599	T	A	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=24;PP=692;SC=CTTGGTCCACTCTCAAGATAC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=241519106;WS=241519088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	241667233	rs4660099	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=804;ReadPosRankSum=0.234;SC=GTGCGCCTTGCGCATCCAGCT;SOR=1.051;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=22;WE=241667252;WS=241667223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr1	241667244	rs4659607	G	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=804;ReadPosRankSum=-1.305;SC=GCATCCAGCTGCGGGATAACT;SOR=0.824;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=27;WE=241667252;WS=241667223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr1	241675119	rs6673988	G	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=-0.350;SC=ATAAAACCAAGATTCCTTCAA;SOR=0.892;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=13;WE=241675127;WS=241675109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr1	241676758	rs10926500	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=181;ReadPosRankSum=-1.686;SC=ATTAATATCACCACTAAAAAT;SOR=0.363;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=17;WE=241676766;WS=241676748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr1	241729687	rs140702304	AAGCTCCCTGGTCAC	A	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=10.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.542;SOR=2.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,13:0.18:73
chr1	241752000	.	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=-0.978;SC=GTGTAGAGTTCAGCACATTTT;SOR=0.962;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=11;WE=241752008;WS=241751990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr1	241755348	rs1053230	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.374;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=327;ReadPosRankSum=0.659;SC=ATCTTTCCTCCGCTTGAGAAG;SOR=1.089;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=30;WE=241755356;WS=241755338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,41:0.26:156
chr1	241761349	rs45572340	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr1	241767930	rs632966	G	A	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=32;PP=953;SC=GGGGGAAACCGGGCATAAGAG;SOR=2.059;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=42;WE=241767938;WS=241767920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	241797913	.	G	A	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.554;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=917;ReadPosRankSum=2.034;SC=AAACCCTGGGGAATTTCTCCT;SOR=0.671;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=65;WE=241797921;WS=241797903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,103:0.36:287
chr1	241838057	rs67170285	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr1	241838065	rs66585415	T	C	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.05;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	241847018	rs10802979	C	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=497;SC=GAGTATCATACAGTTAATTTA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=241847026;WS=241847008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	241850657	rs78752834	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	241886754	rs10926548	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr1	241886764	rs10926549	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr1	241907691	rs7418599	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=266;ReadPosRankSum=1.128;SC=GTTCTTTCCCATAGGTATGGG;SOR=0.983;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=21;WE=241907699;WS=241907681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,31:0.30:104
chr1	241907817	rs10802990	T	C	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=658;ReadPosRankSum=-0.529;SC=GAGCGTATAATGGTCAGACTA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=56;WE=241907825;WS=241907807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,86:0.42:207
chr1	241913062	rs11432682	C	CT	768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=686;SC=TGCAGGTGCCCTTTTTGGGAA;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=241913070;WS=241913052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	241929531	.	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr1	241933876	rs11809239	A	G	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=10;PP=869;SC=TGAGTATGGTAGCATATCTTA;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=241933884;WS=241933866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	241946766	rs953597	A	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=441;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TGAAGTATATAGTTCAAATGC;SOR=0.591;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=39;WE=241946774;WS=241946756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr1	241954005	.	TAA	T,TA	1450.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=8.720;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.492;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:26,56,53:0.41,0.39:135
chr1	241964559	rs4658661	C	G,T	5514.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=34,44;NR=33,50;PP=759,1220;SC=AAAATGGCAACGTTTGGATGA;SOR=0.709;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=67,94;WE=241964567;WS=241964549;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.39,0.61:248
chr1	242015820	rs2526704	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=61;ReadPosRankSum=0.447;SC=AGTGGCTTGCACCTGTTGTCC;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=242015828;WS=242015810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chr1	242020495	rs2995544	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CTAAAACTTACAGTAGAAAAA;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=242020503;WS=242020485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
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chr1	242042545	rs1776148	A	G	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=867;ReadPosRankSum=2.150;SC=TTACGAGAAGAGGCATGTTCT;SOR=0.962;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=58;WE=242042553;WS=242042535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,83:0.59:140
chr1	242042690	rs1418760	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.895;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=358;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TATATGTAAGAAAAAATAGAT;SOR=0.243;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=25;WE=242042698;WS=242042680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr1	242045275	rs1635498	C	T	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	242048514	rs10666416	G	GTAAA,GTAAATAAA	658.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=2,2;NR=3,3;PP=144,70;SC=ATCTCAAAAAGTAAATAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5,5;WE=242048522;WS=242048504;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.44,0.56:16
chr1	242048674	rs9350	C	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.383;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=521;ReadPosRankSum=0.579;SC=AAGATCAAACCTCTAGGACCT;SOR=0.889;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=41;WE=242048682;WS=242048664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,65:0.75:87
chr1	242052685	rs4150020	C	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=227;ReadPosRankSum=-0.818;SC=CTTCATGTCCCTCTATTTTGT;SOR=0.420;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=242052693;WS=242052675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr1	242053030	rs4150021	AT	A	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.969;NF=0;NR=12;PP=652;ReadPosRankSum=-1.661;SC=AATAGAATACATTTTGTATAT;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=12;WE=242053050;WS=242053020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	242053042	rs851797	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=821;ReadPosRankSum=0.867;SC=TTTGTATATTAACTTTATAAT;SOR=1.302;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=12;WE=242053050;WS=242053020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	242253024	rs7523793	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=-0.797;SC=TATTATGTGTTGTTCAGAGAA;SOR=0.064;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=9;WE=242253032;WS=242253014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	242383170	rs5782230	T	TAC	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=230;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CTCTTAAAACTACAGTTAAGA;SOR=0.538;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=7;WE=242383178;WS=242383160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	242383201	rs1973498	T	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr1	242383510	rs7547029	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=168;ReadPosRankSum=0.628;SC=TGGTTCACCATTTGTCCCAAT;SOR=1.796;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=13;WE=242383518;WS=242383500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr1	242511556	rs112478548	AACAAAG	A	5469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=61;PP=2974;SC=TGAAAGAGGAAACAAAGACAA;SOR=1.554;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=80;TCF=8;TCR=72;TR=69;WE=242511569;WS=242511546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	243291379	rs142085698	T	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.32;MQRankSum=0.524;NF=6;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=0.097;SC=ATTTTTATACTGGGTTTAAAA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=243291387;WS=243291371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	243299436	rs146160146	T	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.11;MQRankSum=-3.081;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr1	243328887	rs199575184	G	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=40.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.64;MQRankSum=-3.659;QD=1.63;ReadPosRankSum=-3.426;SOR=3.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,47:0.15:314
chr1	243329049	rs3766664	G	A	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.647;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.319;NF=60;NR=82;PP=1744;ReadPosRankSum=0.693;SC=TACCAAAGAAGTTTCCTTATC;SOR=0.896;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=450;TCF=219;TCR=231;TR=142;WE=243329057;WS=243329039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,204:0.32:646
chr1	243329075	rs61833876	T	C	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FS=4.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQRankSum=-5.604;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.225;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:444,122:0.22:566
chr1	243335940	rs74889777	GA	G	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.947;NF=7;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=1.597;SC=TCTCAGACAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.922;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=12;WE=243335948;WS=243335930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	243362331	rs2789172	C	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-10.765;NF=54;NR=19;PP=1132;ReadPosRankSum=-1.312;SC=AAAATATCCACTTAATGTCAC;SOR=1.199;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=98;TCR=38;TR=73;WE=243362339;WS=243362321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,67:0.45:148
chr1	243363991	rs186067563	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQRankSum=-3.211;QD=12.67;ReadPosRankSum=2.556;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr1	243419429	rs3904682	T	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=431;ReadPosRankSum=1.655;SC=GGGAGAAAGCTGGACATTTCC;SOR=0.705;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=35;WE=243419437;WS=243419419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,64:0.39:165
chr1	243456691	.	C	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.034;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,103:0.33:312
chr1	243481431	rs2783972	A	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=565;ReadPosRankSum=0.645;SC=GACAGATTGTATAAAGAAAAT;SOR=0.617;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=115;TCF=42;TCR=73;TR=44;WE=243481439;WS=243481421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,64:0.33:193
chr1	243579112	rs10927011	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr1	243726936	.	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GTAGTAGATACTACAGTTAAC;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=8;WE=243726944;WS=243726926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	243736210	rs66631932	CT	C	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr1	243777066	rs2168812	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=415;ReadPosRankSum=-1.796;SC=AAGAAAAAATGTTACATTATA;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=32;WE=243777074;WS=243777056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr1	244218691	.	AAT	A	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	244528127	rs9782996	T	C	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=43;PP=1310;SC=GGAGTTAGAATTGCACATCCT;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=244528135;WS=244528117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	244579519	rs3123696	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=1.290;SC=GTTAGGATTATATTTTAAAGC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=244579527;WS=244579509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	244587749	.	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr1	244601152	rs3127465	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr1	244624635	rs3006006	G	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=-3.073;SC=CCGGGACCCAGGCGCCTGCAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=7;WE=244624643;WS=244624625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	244624887	rs3124058	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=1.234;SC=CCCATGCGCCTCGGGACCGCT;SOR=0.483;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=244624895;WS=244624877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr1	244653556	rs3006021	A	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=0.637;SC=GACAAATGAGAATCAGTAACG;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=244653564;WS=244653552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	244653781	rs143247582	AT	A	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.550;NF=0;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CAGGTAAAATATTTTTTAAAT;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=9;WE=244653789;WS=244653771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr1	244723920	rs7522899	C	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=178;ReadPosRankSum=-1.289;SC=AATTGTTAGGCCCGTCTCTAA;SOR=0.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=244723928;WS=244723910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr1	244724092	rs7544794	G	A	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1545;ReadPosRankSum=0.173;SC=TAAGTCTATCGGTGACTGCTA;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=97;TCR=83;TR=110;WE=244724100;WS=244724082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,169:0.55:305
chr1	244735858	rs10927267	A	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=692;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TAGCTTTCACAACAAAAGACA;SOR=0.681;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=46;WE=244735866;WS=244735848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,64:0.52:122
chr1	244747051	rs6429486	G	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=0.674;SC=TCTAGAAATTGGCGTGGGAGG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=244747059;WS=244747041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	244747150	rs6429487	G	A	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=658;ReadPosRankSum=0.651;SC=TAACCTGTACGAATTGTTTCT;SOR=0.642;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=41;WE=244747158;WS=244747140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,79:0.73:108
chr1	244747293	rs6429488	CG	TA	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=1700;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AATGTATAGGCGGTCAACCAA;SOR=0.876;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=46;WE=244747302;WS=244747283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr1	244747339	rs6429490	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=354;ReadPosRankSum=-0.312;SC=ATACCTCCATGCAATACCTCC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=25;WE=244747347;WS=244747329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr1	244754961	rs41269387	C	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr1	244773514	rs4658645	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=649;ReadPosRankSum=0.679;SC=CTTCTACCTACCCACATACAT;SOR=0.703;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=127;TCF=83;TCR=44;TR=53;WE=244773522;WS=244773504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,59:0.35:171
chr1	244773784	rs6698173	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=-1.330;SC=ATTTTTAAAATGCTTCATCTT;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=17;WE=244773792;WS=244773774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr1	244803205	rs10572994	CT	C	1590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=2.838;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,97:0.95:102
chr1	244817239	rs41269389	G	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.701;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=535;ReadPosRankSum=0.753;SC=ATATGAATGAGGCTAACATTT;SOR=0.930;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=42;WE=244817247;WS=244817229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,71:0.40:178
chr1	244993308	rs77714147	CT	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.989;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	245133489	rs7545078	T	G	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=13;PP=671;SC=GGGGGCCGGGTGGCAGACGGG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=245133497;WS=245133479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	245133539	rs7542813	A	G	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=14;PP=1350;SC=GTGGCGCGAAACGGGGACAGG;SOR=1.863;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=57;WE=245133558;WS=245133529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	245133549	rs10536649	GGC	G	2076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=18;PP=2195;SC=ACGGGGACAGGGCGCGCGCTC;SOR=2.030;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=46;WE=245133558;WS=245133529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	245133623	rs145835471	T	TCCTCC	5188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=44;PP=2971;SC=GAGCGGCCCCTCCTCCAGGCC;SOR=1.466;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=57;WE=245133631;WS=245133613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	245133662	rs61844237	G	C	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=68;PP=2103;SC=TGAGCAGGCCGGGACACCGCG;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=36;TCR=68;TR=104;WE=245133670;WS=245133652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	245179011	.	CAA	C,CA	1965.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=3.198;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.600;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.575;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:21,53,82:0.34,0.53:156
chr1	245179171	rs1196365	C	T	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=87;PP=2372;SC=CCAAAGTGATCAGCAGACCGC;SOR=1.088;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=140;WE=245179179;WS=245179161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	245179188	rs1196366	G	T	5372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=74;PP=2052;SC=CCGCATCACTGTGCTGCCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=112;WE=245179196;WS=245179178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	245222634	rs694793	C	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=7;PP=473;SC=TTGGAGAAACCTGGCCTTTTC;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=245222642;WS=245222624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	245222839	rs579269	G	T	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=31;PP=742;SC=AATCCTTACCGGAAACTAAAA;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=44;WE=245222847;WS=245222829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	245318688	rs12409851	C	T	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=654;ReadPosRankSum=-1.672;SC=GATGTAGCGTCGGTGGAACCT;SOR=0.728;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=53;WE=245318696;WS=245318678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,83:0.37:222
chr1	245703990	rs9919234	G	T	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=59;PP=2503;SC=ACGAGGGGTTGTTTAAGAGAA;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=132;WE=245703998;WS=245703980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	245765800	rs7541927	T	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=236;ReadPosRankSum=0.210;SC=TGCATGTATATCGCAGAGTAT;SOR=1.027;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=15;WE=245765808;WS=245765790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr1	245851304	rs6701084	A	G	7270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=109;PP=2965;SC=GCAGGGCGACAGTCAGCCACT;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=75;TCR=109;TR=183;WE=245851312;WS=245851294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	245861571	rs3205034	C	T	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=935;SC=AAATCGATGACGTGGAGCGCC;SOR=1.300;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=45;WE=245861579;WS=245861561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	245862105	.	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=292;ReadPosRankSum=1.618;SC=AGCCTGTTTTCCATCAACGAT;SOR=1.814;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=18;WE=245862113;WS=245862095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr1	245927242	rs12035406	G	A	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=359;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GTGTGTATGCGTGCACACATA;SOR=0.570;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=28;WE=245927250;WS=245927232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr1	246027034	rs2153404	G	C	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=19;PP=1220;SC=ACCTCATTACGACAGGGCTTC;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=246027042;WS=246027024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	246027319	.	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=337;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TTATCATCAGGGAAATATATA;SOR=0.921;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=28;WE=246027327;WS=246027309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr1	246091456	.	ATG	A	959.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr1	246091457	rs6669768	T	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.50;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr1	246091457	.	TGCCAGGGG	CAGCAGGGA,CGCCAGGGG	1474	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6,18;NR=11,34;PP=750,1474;QD=48.4392867566;SC=GTTGACAGGATGCCAGGGGTT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=17,52;WE=246091473;WS=246091447;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.32:53
chr1	246091459	.	C	CAG	959.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr1	246091465	rs2275317	G	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr1	246091515	rs2275318	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=-1.491;SC=ACACCTCCCACGAAGTGCAAT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=10;WE=246091523;WS=246091505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	246091531	rs6669866	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=387;SC=GCAATTCTCCTCAAGATGCAG;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=246091539;WS=246091521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	246093465	rs11295264	GA	G	939.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=3.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=2.867;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,82:0.48:171
chr1	246110573	rs10802300	A	G	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=27;PP=1447;ReadPosRankSum=0.522;SC=AAGAGCAAGTAGCTAAAGGAA;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=99;TCR=46;TR=87;WE=246110581;WS=246110563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,122:0.60:203
chr1	246489769	rs367922653	TA	T	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=1.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr1	246490438	rs3737245	T	C	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.61;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=0.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,65:0.70:93
chr1	246490442	rs3737246	A	G	2745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.40;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,73:0.70:104
chr1	246670281	rs6671418	G	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=24.36;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	246670298	rs150603688	CCT	C	976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.15;QD=37.57;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	246670333	rs6426303	A	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=36;PP=1860;SC=CGACTCAGGTAGGCGAGGGCG;SOR=0.867;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=246670341;WS=246670323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	246670481	rs7520453	C	G	5936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=81;PP=2673;SC=CGTTTCCCCTCTTGGCGGTTG;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=67;TCR=81;TR=147;WE=246670489;WS=246670471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	246707816	rs3124119	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.366;SC=TTATTCTTTTTACTCACCGTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=246707824;WS=246707806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	246707858	rs3129568	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=0.800;SC=TGCGCCTCCCAAAACAGTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=8;WE=246707866;WS=246707848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr1	246711789	rs3124131	T	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=0.400;SC=CCTAAAAAAATAAAATAAAAA;SOR=0.678;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=10;WE=246711797;WS=246711779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr1	246711816	rs5782396	GA	G	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.23;MQRankSum=0.784;NF=8;NR=9;PP=450;ReadPosRankSum=0.680;SC=CACGTAGGGAGAAAAAGGAAA;SOR=1.071;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=17;WE=246711824;WS=246711806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr1	246712033	rs1890160	A	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=576;SC=TTGGATTTAAAAGAAACATGT;SOR=1.949;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=26;WE=246712041;WS=246712023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	246714426	rs12140400	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-0.783;SC=GCAGCAAGCTATGATTGTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=6;WE=246714434;WS=246714421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	246714587	rs10754526	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr1	246714631	rs80342781	TG	AA	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.23;ReadPosRankSum=0.076;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr1	246714636	rs34850511	T	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.86;ReadPosRankSum=0.616;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr1	246714728	rs9426201	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=5;PP=186;SC=ACTAGAATTAGATGCAAAAAG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=246714736;WS=246714718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	246720174	rs3120710	A	G	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=135;SC=CCTTGGCATGAAACTTGGCTT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=246720182;WS=246720164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	246720798	rs3124071	G	A	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.87;NF=29;NR=40;PP=1153;SC=AGTCACAGTGGATCACTCGTA;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=246720806;WS=246720788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	246727558	rs3120713	G	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=11;PP=545;SC=GATATTCTATGTAAAACACTG;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=246727566;WS=246727548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	246755124	rs6702823	T	C	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=21;PP=826;SC=GGTGAGAACTTGCAAAACACC;SOR=0.987;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=51;WE=246755132;WS=246755114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	246890158	rs34677128	T	C	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=647;ReadPosRankSum=-0.460;SC=AATCCTCTACTGGGATTTACT;SOR=0.703;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=45;WE=246890166;WS=246890148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr1	246899123	rs61852479	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=166;ReadPosRankSum=0.464;SC=TGTGAGCCACTGTGCCTGGCC;SOR=2.093;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=246899131;WS=246899113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	246922390	rs1127098	A	G	3066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.912;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=64;PP=1550;ReadPosRankSum=0.949;SC=CTTTTATGGGATCTGATGTGT;SOR=0.897;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=166;TCF=71;TCR=95;TR=109;WE=246922398;WS=246922380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,148:0.61:244
chr1	246929183	rs4926450	G	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACTTAGTACAGTTCCTAACAC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=246929191;WS=246929180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	246939610	rs3838991	A	ATATT	3316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=1415;ReadPosRankSum=1.024;SC=GGGCATCTCTATATTTATTTT;SOR=0.845;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=29;WE=246939618;WS=246939600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,85:0.54:156
chr1	246939856	rs3795465	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.484;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=471;ReadPosRankSum=2.468;SC=ACCAGAAGCAGTTTTCGCAAG;SOR=0.647;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=36;WE=246939864;WS=246939846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,57:0.53:108
chr1	246940442	rs3795462	T	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.138;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=237;ReadPosRankSum=0.222;SC=CCCTGCTGGATGAGAACCCAG;SOR=0.552;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=20;WE=246940450;WS=246940432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr1	246942107	rs4926443	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=586;ReadPosRankSum=1.329;SC=CGCGGTGCAGGCTGGTACCCT;SOR=1.529;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=36;WE=246942115;WS=246942097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr1	246942171	rs4926444	G	A	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1342;ReadPosRankSum=1.332;SC=CAAGGCACCGGACAATGTGAA;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=82;WE=246942179;WS=246942161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,129:0.64:202
chr1	246943547	rs41267531	A	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.458;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=-1.639;SC=TCTGGATTTTATGTGTGTGAC;SOR=1.421;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=12;WE=246943555;WS=246943537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr1	247006160	rs5021094	G	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=10;PP=258;SC=AGGAATACTAGAGCCAAACAC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=247006168;WS=247006150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	247021266	.	C	CTTCTT	311.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.03;QD=34.64;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	247025531	rs55727006	C	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=23;PP=608;SC=GCCTGTAATCCCTGCACTTTG;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=247025539;WS=247025521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	247031237	rs2800222	C	G	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=13;PP=278;SC=CGTGGTAATACTAGCTAAAAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=247031245;WS=247031227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	247048834	rs2642990	T	C	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=140;SC=GATAACATCGTTACCACTGGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=247048842;WS=247048824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	247054530	rs1472275	T	C	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=5;PP=98;SC=ATCTTTGTATTTAGTTTACTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=247054538;WS=247054520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	247061590	.	G	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	247067139	rs34620854	CA	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	247067492	rs34554106	AG	A	124	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=137;SC=ATAAAAATGTAGTCCTTTGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=247067500;WS=247067482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	247091604	rs35687457	CA	C	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr1	247094506	.	G	A	4604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=68;PP=2008;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TTCCCTCGGGGAAAGGCCCGC;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=206;TCF=98;TCR=108;TR=132;WE=247094514;WS=247094496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,219:0.62:352
chr1	247109014	rs2642982	G	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=-0.877;SC=TCGGGCTGACGCAGCTGGACC;SOR=0.818;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=9;WE=247109022;WS=247109004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	247109267	rs2642983	A	C	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.437;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.815;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,47:0.33:142
chr1	247109291	rs111328919	CG	C	769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.167;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.709;NF=1;NR=13;PP=732;ReadPosRankSum=-1.458;SC=TGAGCCACTGCGCCCAGCCTC;SOR=1.081;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=14;WE=247109304;WS=247109281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,25:0.26:96
chr1	247109296	rs41267541	A	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=-2.116;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr1	247150740	rs3749427	T	C	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1582;ReadPosRankSum=0.477;SC=GGTTAAAGGCTTTTCCACATT;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=150;TCF=79;TCR=71;TR=102;WE=247150748;WS=247150730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,147:0.65:225
chr1	247151557	rs2642992	A	G	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=56;PP=1348;ReadPosRankSum=-2.113;SC=AGAAGACAAAACTGGAAAAAA;SOR=0.853;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=106;TCF=21;TCR=85;TR=68;WE=247151565;WS=247151547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,86:0.67:129
chr1	247162658	rs2642973	C	T	10100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=120;PP=2965;SC=ACCTGAGTGTCTGGCTGTCTT;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=104;TCR=120;TR=224;WE=247162666;WS=247162648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr1	247171385	.	CC	TT	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=456;ReadPosRankSum=-2.052;SC=CAAGGCCGCCCCTTCCTCTCT;SOR=0.631;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=14;WE=247171394;WS=247171375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr1	247202362	rs11436615	C	CT	66.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr1	247241795	rs41310571	C	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=576;ReadPosRankSum=-1.363;SC=GAGGCGCCGGCGGAAACTCGG;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=44;WE=247241803;WS=247241785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,58:0.43:134
chr1	247287256	rs12058911	T	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=7.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-0.380;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=1.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,41:0.18:225
chr1	247287260	rs3901383	A	G	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=3.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-1.881;QD=5.11;ReadPosRankSum=2.052;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,71:0.32:223
chr1	247287269	rs78802037	T	C	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-1.876;QD=16.62;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,101:0.49:205
chr1	247287276	rs148833748	A	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-0.613;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.993;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,59:0.31:188
chr1	247320258	rs41304032	A	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=852;ReadPosRankSum=-2.306;SC=TTTCATGGTAATGAAGGCAAT;SOR=0.792;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=66;TCR=75;TR=57;WE=247320266;WS=247320248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,79:0.39:204
chr1	247320868	rs11806327	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=0.553;SC=TATGACTTCTGCAAAAAATGA;SOR=0.507;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=14;WE=247320876;WS=247320858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	247322130	rs112758144	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.710;NF=6;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=0.405;SC=GGGTTTTTGCCGTGTTGGTCA;SOR=0.801;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=7;WE=247322138;WS=247322120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	247322298	rs6675536	G	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=1.017;SC=CTCTTGTGAGGGCAAATTACC;SOR=0.547;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=21;WE=247322306;WS=247322288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,36:0.37:97
chr1	247323195	rs4925786	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=8.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.513;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=1.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,32:0.22:146
chr1	247323260	rs9793102	C	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.444;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.505;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr1	247323281	rs202064986	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-0.895;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	247323281	.	CT	TT	136	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.9917,0.5000;HP=22;HapScore=4;MGOF=35;MMLQ=9;MQ=58.88;NF=1,2;NR=8,7;PP=20,136;QD=2.55555555556;SC=CATAGCAGTTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=9,9;WE=247323289;WS=247323271;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr1	247323281	.	CT	C	136	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.9917,0.5000;HP=22;HapScore=4;MGOF=35;MMLQ=9;MQ=58.88;NF=1,2;NR=8,7;PP=20,136;QD=2.55555555556;SC=CATAGCAGTTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=9,9;WE=247323289;WS=247323271;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	247337159	rs10924931	A	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=3.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQRankSum=1.859;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.928;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,53:0.29:182
chr1	247365430	rs10754539	A	G	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=2050;ReadPosRankSum=1.784;SC=AAAGGTGTCAACACAACCCTT;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=110;WE=247365438;WS=247365420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr1	247419509	rs1778540	T	C	6118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=64;PP=2965;SC=TATTACCATATAAATCTTCTT;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=106;TCR=65;TR=170;WE=247419517;WS=247419499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	247419664	rs1778541	C	T	10061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=136;PP=2965;SC=TGCTCTTCACCCAGGCAATAT;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=118;TCR=136;TR=253;WE=247419672;WS=247419654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr1	247420421	rs41308154	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=0.591;SC=GAAATTTAATCGCCAATGTGG;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=247420429;WS=247420411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	247473889	rs61838684	C	T	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=232;SC=CTGTTCCTCACAGTTCTGGAG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=247473897;WS=247473879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	247485932	rs10924984	A	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=8;PP=593;SC=TCCTCAGAGCACCCGAGTAAG;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=247485940;WS=247485922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	247486213	rs41268345	G	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=479;SC=TCCTGCTATCGTCTGCACAAA;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=247486221;WS=247486203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	247486421	rs6692645	G	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=300;SC=GAGGCAAACAGGGGATTTTCA;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=247486429;WS=247486411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	247582466	rs4998423	A	T	243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=34.82;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	247587531	rs4925543	A	G	8382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.03;NF=110;NR=91;PP=2965;SC=TCCACTGTCGAGAGGTGAGCC;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=111;TCR=91;TR=201;WE=247587539;WS=247587521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	247588191	.	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=576;ReadPosRankSum=-0.584;SC=ACCAGAAAATCCTGTTTGAGG;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=127;TCF=54;TCR=73;TR=44;WE=247588199;WS=247588181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,58:0.31:186
chr1	247588907	.	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=0.854;SC=CATGGGTAAGGAAACTCGGCT;SOR=0.330;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=12;WE=247588915;WS=247588897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr1	247597329	rs12124866	C	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=229;SC=TCAGGTGTGTCCTGATGCTTC;SOR=1.981;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=12;WE=247597337;WS=247597326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	247597364	.	G	GAT	788.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.499;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=12.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=1.271;QD=35.85;ReadPosRankSum=-2.868;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	247597365	rs10925022	G	A,GTGTTCTGAGGCCTTCTCTATTCCAGAGCTCTCTGGTCAGA	1816.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=44;NR=5;PP=1003;SC=CTCTGGTCAGGTGTGTTCTGA;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=49;WE=247597373;WS=247597355;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.39,0.61:23
chr1	247597656	rs3835304	TG	T	825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.372;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.065;NF=1;NR=25;PP=792;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CCCGGTGGGCTGGGGTTTGAG;SOR=1.650;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=26;WE=247597664;WS=247597646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr1	247611570	rs58966539	CT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=2.782;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	247614386	rs12070953	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=285;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CCCCTTCATATCTTTATTTCT;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=24;WE=247614394;WS=247614376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr1	247614407	rs12065526	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=313;ReadPosRankSum=1.045;SC=CAGGGTGTAGGTGAAGGGATT;SOR=0.651;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=25;WE=247614415;WS=247614397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr1	247614553	rs12086048	C	T	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=717;ReadPosRankSum=-1.512;SC=GGGAGGAACACGTCCCAAAGG;SOR=0.406;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=140;TCF=90;TCR=50;TR=54;WE=247614561;WS=247614543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,77:0.39:196
chr1	247614693	rs6695302	C	T	7827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=95;PP=2965;SC=GTGTCATTCACAGCGGTGTCA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=88;TCR=95;TR=183;WE=247614701;WS=247614683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	247614896	rs11583410	A	C	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1756;ReadPosRankSum=0.206;SC=GGGCTTGCAGATGGCCACGTA;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=79;TCR=78;TR=93;WE=247614904;WS=247614886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,115:0.57:203
chr1	247615261	rs35305980	GA	G	6452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=68;PP=2967;SC=AGTCCCCTAAGAAGCTATGGT;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=6;TCR=70;TR=74;WE=247615269;WS=247615251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	247654732	.	C	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,67:0.36:184
chr1	247695603	.	C	T	4339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.11;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,112:0.62:180
chr1	247695607	.	G	A	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,67:0.38:176
chr1	247695612	rs6657127	G	A	7832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	247695756	rs6697472	T	C	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=38;PP=1002;SC=GAGGGTCGTGTGGAGAAGCCC;SOR=0.982;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=59;WE=247695764;WS=247695746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	247712303	rs41315846	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	247719653	.	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=-2.160;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr1	247729206	rs367904043	CT	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.292;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	247737426	.	T	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=2.049;SC=TTGATTTCTTTTCTCTTTGTG;SOR=0.941;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=14;WE=247737434;WS=247737416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
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chr1	247752019	rs1151687	G	C	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=66;PP=2965;SC=CCTCCCGGCTGTGATGTCCTG;SOR=0.809;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=142;WE=247752027;WS=247752009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	247752161	rs10925085	T	C	6081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=95;PP=2819;SC=ACCCTCACCCTGCAGCTGCCC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=77;TCR=95;TR=172;WE=247752169;WS=247752151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	247752367	rs869111	A	G	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=61;PP=2651;SC=GTCAGCTACCAGGAGACAGAA;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=83;TCR=61;TR=143;WE=247752375;WS=247752357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	247769752	rs61730407	A	G	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=732;ReadPosRankSum=-1.177;SC=AAATCCTATCATCTATACTTT;SOR=0.489;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=53;WE=247769760;WS=247769742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,83:0.67:123
chr1	247769846	.	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.738;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=23;ReadPosRankSum=-0.733;SC=GCAAGGAATTCATTATAAGCC;SOR=0.088;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=247769854;WS=247769836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	247835352	rs1151641	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=370;SC=GTATGAAAAACCAGTAAAATC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=247835360;WS=247835342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	247835674	rs28446289	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.297;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=647;ReadPosRankSum=0.936;SC=GTGCGGATACGGAGAATAGCA;SOR=0.929;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=46;WE=247835682;WS=247835664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,72:0.35:206
chr1	247835908	rs28556931	T	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=425;ReadPosRankSum=0.554;SC=GCAATAGCCATGACCATGCTG;SOR=0.559;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=32;WE=247835916;WS=247835898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,40:0.30:135
chr1	247835950	rs1151640	T	C	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=967;ReadPosRankSum=0.636;SC=TGGTTCATAATAGTACTGTAA;SOR=0.560;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=58;WE=247835958;WS=247835940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,95:0.67:142
chr1	247836008	rs28555391	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=425;ReadPosRankSum=1.354;SC=CCATGGTGGTGAAGAGAACCA;SOR=0.847;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=32;WE=247836016;WS=247835998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,42:0.33:127
chr1	247836207	rs28711149	T	A	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=539;ReadPosRankSum=-1.061;SC=GTTATAGATTTTGGCAATGAT;SOR=0.772;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=55;WE=247836215;WS=247836197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,86:0.34:253
chr1	247921100	rs1552812	T	G	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=51;PP=1823;SC=CCAATAGACCTCCTACTGCAA;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=100;WE=247921108;WS=247921090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	247921352	rs1552813	C	T	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=44;PP=1638;SC=ATCTATCATACGCCATCACAC;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=87;WE=247921360;WS=247921342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	247921717	rs10888359	C	A	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=18;PP=573;SC=ATATTCCCAACAAATCTAGAA;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=247921725;WS=247921707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	247921789	rs147960387	AGT	AGTGT,A	283.74	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.4984,0.5003;FS=2.869;HP=1;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=10,10;PP=21,395;ReadPosRankSum=1.821;SC=AGAGAGAGACAGTGTGTGTGT;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=11,11;WE=247921798;WS=247921779;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.80:15
chr1	247978087	rs10888248	G	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=12;PP=775;SC=ATTGAAAGAAGAAAAGCAACA;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=247978095;WS=247978077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	247978135	rs12734733	C	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.469;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=557;ReadPosRankSum=1.239;SC=TTATCAACATCCCCAGAGCCA;SOR=1.267;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=42;WE=247978143;WS=247978125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr1	247978319	rs6695283	A	G	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=44;PP=1882;SC=TGGAAGGCAAATAGAGTAGGC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=92;WE=247978327;WS=247978309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	247978348	.	G	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=473;ReadPosRankSum=0.059;SC=GGCCTTCTGTGGAAGGGATCT;SOR=0.826;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=34;WE=247978356;WS=247978338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,62:0.41:152
chr1	247978541	rs35979231	AAGG	A	8703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=79;PP=2948;SC=ACAGTAGGATAAGGAGAAGGT;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=21;TCR=79;TR=99;WE=247978551;WS=247978531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	247978996	rs10888249	A	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=42;PP=1350;SC=AAAACCCCATAAGGATAAATT;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=65;WE=247979004;WS=247978986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	248004614	rs6667389	G	A	5904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=68;PP=2965;SC=TGGTCACCTCGGTGATATAAA;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=160;WE=248004622;WS=248004604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	248004687	rs10888255	C	G	8828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=103;PP=2965;SC=AATCTGATTGCGCCCACAGAA;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=120;TCR=104;TR=221;WE=248004695;WS=248004677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr1	248004775	rs10888256	C	T	8396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=118;PP=2965;SC=ACCAACCTGGCACAGAGCCCA;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=100;TCR=118;TR=218;WE=248004783;WS=248004765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr1	248004848	rs4607924	G	C	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=91;PP=2965;SC=CATAGGCCATGAAGGCCAGGA;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=67;TCR=91;TR=158;WE=248004856;WS=248004838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	248004876	rs140921021	C	T	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=4.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=2.043;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,62:0.36:171
chr1	248004877	rs10888257	C	T	7506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	248004884	rs1339845	T	C	7093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.47;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	248005162	.	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr1	248005213	rs7522811	G	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=23;PP=737;SC=TGTGGGGGATGAAAAACATTC;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=248005221;WS=248005203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	248020448	rs10749636	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.447;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	248020556	rs11204523	G	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=284;ReadPosRankSum=1.350;SC=GTCATGGCCTGGGCGCCGCCC;SOR=1.012;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=21;WE=248020564;WS=248020546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr1	248023966	rs3737277	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=1.942;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr1	248024067	.	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=162;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GATCCAGATTCGGGTCAGTAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=248024081;WS=248024057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	248024073	rs3737276	A	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=122;ReadPosRankSum=0.210;SC=GATTCGGGTCAGTAATTCTTC;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=248024081;WS=248024057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	248028219	rs946696	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=0.344;SC=GCCAGCGCCCGGCCCTGGGTC;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=8;WE=248028227;WS=248028209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr1	248039451	rs3811444	C	T	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=899;ReadPosRankSum=1.692;SC=GGGGAAACCACGCCATCTCCT;SOR=0.750;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=150;TCF=80;TCR=70;TR=63;WE=248039459;WS=248039441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,76:0.38:201
chr1	248039713	rs3811445	A	G	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=68;PP=2307;SC=TGCCACCCACAACAATAGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=121;WE=248039721;WS=248039703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	248058755	rs1337876	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	248058761	rs11204543	G	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.25;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	248058797	rs1856248	T	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=910;ReadPosRankSum=1.611;SC=ATAAAAAGCATAGAAGAATGC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=38;WE=248058805;WS=248058787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr1	248058845	rs4500353	A	C	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=17;PP=1730;SC=ATCAGCTGTTATTATTATTAT;SOR=2.063;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=81;WE=248058853;WS=248058835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	248058879	rs6587387	A	T	5459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=42;PP=2863;SC=TCTGTTCAGCAGCAGTAGAGA;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=97;TCR=43;TR=139;WE=248058887;WS=248058869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	248059352	rs147816311	ACTC	A	2183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.258;NF=9;NR=23;PP=1154;ReadPosRankSum=2.294;SC=GGGGTGGCCAACTCCTTGGCC;SOR=0.765;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=117;TCF=40;TCR=77;TR=32;WE=248059362;WS=248059342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,65:0.28:229
chr1	248059423	rs10888267	C	T	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=789;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CCACTTCCTGCGTGAGATGCC;SOR=0.571;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=61;WE=248059431;WS=248059413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,89:0.38:237
chr1	248059456	rs12135078	G	A	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=736;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GATGGCCTGCGTCAGCACTGT;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=74;TCR=82;TR=64;WE=248059464;WS=248059446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,91:0.42:219
chr1	248059476	rs12139390	A	C	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=79;PP=2451;SC=TGGCCATCGAAGGCACCGTCT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=147;WE=248059484;WS=248059466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	248059703	rs11204545	T	A	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-1.080;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,63:0.37:170
chr1	248059712	rs11204546	T	C	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-1.052;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr1	248059779	rs112696640	G	GA	1231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.088;NF=3;NR=23;PP=903;ReadPosRankSum=0.712;SC=ACAGAGAGGTGAAGGGGGCAC;SOR=0.690;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=26;WE=248059787;WS=248059769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr1	248059856	rs10888268	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=2.392;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr1	248084222	rs12048237	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=449;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CACAAGTACTTTTCTATTTTT;SOR=2.342;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=24;WE=248084230;WS=248084212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr1	248084434	rs11204563	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.476;NF=22;NR=24;PP=604;ReadPosRankSum=-2.444;SC=CTCCCTGTTTGGCAATTCCCT;SOR=0.480;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=128;TCF=54;TCR=74;TR=46;WE=248084442;WS=248084424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,50:0.37:134
chr1	248084464	rs11204564	T	C	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.179;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.490;NF=41;NR=65;PP=1626;ReadPosRankSum=1.455;SC=CCTGATTCACTGGGACCACCG;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=106;WE=248084472;WS=248084454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,98:0.96:102
chr1	248085124	rs4590708	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.681;NF=11;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=0.097;SC=CACTAACCACGACAAGGTTGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=14;WE=248085132;WS=248085114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr1	248085341	rs4925773	T	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=177;ReadPosRankSum=-0.404;SC=ACACTTTTATTTCTACATCTG;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=16;WE=248085349;WS=248085331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr1	248097055	.	A	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.123;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=325;ReadPosRankSum=1.337;SC=TTAGGTTAAAAAATAGAGAAT;SOR=1.270;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=18;WE=248097063;WS=248097045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	248097461	rs61750766	C	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=677;ReadPosRankSum=0.587;SC=TCACCCGCTGCGCTATCCGAT;SOR=0.766;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=48;WE=248097469;WS=248097451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,67:0.40:166
chr1	248112627	rs4925787	T	C	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.149;NF=58;NR=74;PP=1553;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TCAATGCTTGTGCTCACACTG;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=346;TCF=152;TCR=194;TR=132;WE=248112635;WS=248112617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,190:0.38:505
chr1	248112745	rs4925788	G	T	9040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=139;PP=2965;SC=GGTCTATGAGGGCACAGTGTT;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=130;TCR=139;TR=269;WE=248112779;WS=248112735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr1	248112762	rs4925789	TG	CA	14488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.47;QD=45.28;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	248112771	rs4925791	C	T	14763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.73;QD=43.55;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr1	248112809	rs4925583	A	G	11355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=160;NR=163;PP=2965;SC=TCATGTTCCTATGGCCAGGTT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=162;TCR=164;TR=323;WE=248112817;WS=248112799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr1	248112836	rs4925792	A	G	11309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=164;PP=2965;SC=GCTGTCTACCACATGAAATCT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=145;TCR=165;TR=308;WE=248112844;WS=248112826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr1	248112915	rs10888280	A	G	4368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.130;NF=62;NR=83;PP=2200;ReadPosRankSum=0.839;SC=TCTACTATGCACCTTTTGTCT;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=102;TCR=133;TR=145;WE=248112923;WS=248112905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,207:0.61:341
chr1	248128929	rs6664332	G	A	4414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=72;PP=2331;ReadPosRankSum=-0.192;SC=ATGGCAGTCAGCTTCCTCTCA;SOR=0.580;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=225;TCF=109;TCR=116;TR=144;WE=248128937;WS=248128919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,196:0.67:294
chr1	248129240	rs4478844	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=461;ReadPosRankSum=-1.092;SC=ACTATCATTGGTGTGTCAGGA;SOR=0.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=34;WE=248129248;WS=248129230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,54:0.39:137
chr1	248129336	.	C	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=913;ReadPosRankSum=-0.953;SC=TTCCTATGCTCGTGTGCTTAT;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=61;WE=248129344;WS=248129326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,76:0.66:115
chr1	248166793	.	C	T	2646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.998;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.823;NF=58;NR=42;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GGCCTATGTTCGTTGCATTGC;SOR=0.808;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=254;TCF=131;TCR=123;TR=100;WE=248166801;WS=248166783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,145:0.40:362
chr1	248185351	.	C	T	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1002;ReadPosRankSum=2.493;SC=TTCTCATTTTCCTAATGGCTC;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=214;TCF=101;TCR=113;TR=71;WE=248185359;WS=248185341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,105:0.36:293
chr1	248224569	rs75239130	G	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-13.906;QD=0.56;ReadPosRankSum=3.402;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:588,102:0.15:690
chr1	248224595	rs76336532	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-20.064;QD=0.20;ReadPosRankSum=-6.106;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:622,97:0.13:719
chr1	248309445	.	T	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.874;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr1	248343543	rs9435919	C	T	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.721;NF=24;NR=26;PP=735;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CTTCAACTACCTGTCTGGCAG;SOR=0.597;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=50;WE=248343551;WS=248343533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,67:0.36:185
chr1	248344237	.	AA	TT	3283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.208;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=1735;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TTACCTCATAAACTTTATGTT;SOR=1.002;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=49;WE=248344246;WS=248344227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,83:0.61:136
chr1	248344442	rs4916105	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=0.114;SC=AATAAGGACACTAAAGTATTT;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=248344450;WS=248344432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	248366702	rs4916112	G	A	3881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=58;PP=1781;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TTGGCTCTGAGTGCTTTCTTT;SOR=0.788;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=306;TCF=168;TCR=138;TR=136;WE=248366710;WS=248366692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,208:0.43:486
chr1	248367415	rs4916082	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=0.849;SC=CATAAATCTGCAATGACATAT;SOR=0.386;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=5;WE=248367423;WS=248367405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr1	248402758	rs6666148	C	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=432;ReadPosRankSum=-1.516;SC=AAATTCATCACTTTTTCTGTG;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=41;WE=248402766;WS=248402748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,72:0.37:197
chr1	248403190	.	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.351;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=189;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TTTTTGAGTGCCTACTGTGGT;SOR=0.372;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=18;WE=248403198;WS=248403180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr1	248457979	rs6667171	C	A	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.308;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.811;NF=33;NR=40;PP=885;ReadPosRankSum=0.510;SC=CCCCAGCCACCGTTTCAGGGC;SOR=0.819;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=218;TCF=104;TCR=114;TR=73;WE=248457987;WS=248457969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,126:0.33:387
chr1	248458676	rs6678138	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.170;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.629;NF=17;NR=7;PP=743;ReadPosRankSum=1.839;SC=ACCAGCATCATGTCCATGAGG;SOR=1.828;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=24;WE=248458697;WS=248458666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr1	248458689	rs6674940	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.735;NF=18;NR=10;PP=743;ReadPosRankSum=0.325;SC=CCATGAGGGAAAGTTGGCTCA;SOR=1.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=28;WE=248458697;WS=248458666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr1	248458717	rs12745228	C	G	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.457;NF=24;NR=14;PP=388;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GTACATGGGCCTGTGGAGCCG;SOR=0.912;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=38;WE=248458725;WS=248458707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr1	248486895	rs4244184	G	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr1	248486913	rs4244185	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,32:0.23:139
chr1	248487088	.	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=478;ReadPosRankSum=-1.120;SC=GAGATGTGGGCTGAATGCACA;SOR=0.462;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=25;WE=248487096;WS=248487078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr1	248487638	rs7555310	A	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.266;NF=25;NR=27;PP=730;ReadPosRankSum=0.641;SC=CATCTTGGGTACAGTGGTGCA;SOR=0.323;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=144;TCF=58;TCR=86;TR=52;WE=248487646;WS=248487628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,59:0.34:172
chr1	248487768	rs7555424	A	G	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.079;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.698;NF=21;NR=22;PP=433;ReadPosRankSum=1.890;SC=GCCACTGAAAAGATGGCCAGG;SOR=0.573;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=43;WE=248487776;WS=248487758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,72:0.32:224
chr1	248512064	rs28372410	T	G	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.048;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=554;ReadPosRankSum=-1.196;SC=GGTCCAAGCTTCATCATCCAC;SOR=0.436;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=132;TCF=86;TCR=46;TR=46;WE=248512072;WS=248512054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,78:0.36:214
chr1	248512094	rs28728105	C	T	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=717;ReadPosRankSum=3.389;SC=ATTCAACCACCGTGATGGAAT;SOR=0.480;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=59;WE=248512102;WS=248512084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,96:0.36:264
chr1	248512324	.	C	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=918;ReadPosRankSum=0.029;SC=TGTGTCAATTCCCTACTGGAC;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=87;TCR=108;TR=67;WE=248512332;WS=248512314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,87:0.32:268
chr1	248512637	rs2039824	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=546;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AGCTCTCTTGCTCTGACACCT;SOR=0.758;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=39;WE=248512645;WS=248512627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,46:0.36:127
chr1	248512749	rs28377739	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=271;ReadPosRankSum=0.215;SC=GACCGTGCTCGGGTTTCCAAG;SOR=1.215;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=23;WE=248512757;WS=248512739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,29:0.27:108
chr1	248512767	rs28545014	G	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=6.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=1.408;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,23:0.21:109
chr1	248513023	rs28607995	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-2.390;SC=TAAGAAACCCGAGAGGCTCAC;SOR=0.025;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=248513031;WS=248513013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	248525638	rs34079073	CA	C	16491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=144;PP=2957;SC=CCTATTTACTCATCCTCCTCA;SOR=0.747;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=220;TCF=73;TCR=147;TR=217;WE=248525646;WS=248525628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr1	248550976	rs6587467	T	G	6833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=73;PP=2965;SC=TCACAATAAATGCTCAGGATT;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=163;WE=248550984;WS=248550966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	248551290	.	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=290;ReadPosRankSum=0.964;SC=TGGCCATCTGCAACCCACTGC;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=28;WE=248551298;WS=248551280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,40:0.31:130
chr1	248569282	rs28667896	A	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=11;PP=720;SC=AGTAAATGCTAGATATCAGTC;SOR=1.378;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=36;WE=248569290;WS=248569272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	248569369	rs28599722	A	G	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	248570440	rs6695780	G	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=861;SC=GGTAAATGGGGGACTCTGTGG;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=248570448;WS=248570430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	248604452	rs78822516	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQRankSum=-2.757;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr1	248604465	rs76925977	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.168;NF=7;NR=4;PP=338;ReadPosRankSum=0.392;SC=ATATCTCTTTCGTGTACCCTA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=11;WE=248604473;WS=248604442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr1	248604542	rs61834485	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQRankSum=0.805;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	248604559	rs150497047	T	TTC	1051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.74;QD=47.81;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	248604614	rs201226597	A	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.97;MQRankSum=-2.088;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr1	248604765	rs144165631	T	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=6.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQRankSum=-2.406;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,58:0.45:129
chr1	248605436	rs71642447	C	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-9.507;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,26:0.22:120
chr1	248605442	rs71642448	G	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-9.890;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,22:0.21:106
chr1	248616137	.	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.17;MQRankSum=-5.010;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,78:0.17:464
chr1	248616379	.	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=881;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-1.672;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:740,138:0.16:878
chr1	248617173	rs78428672	A	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQRankSum=-7.246;QD=13.89;ReadPosRankSum=-1.431;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr1	248617181	.	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.009;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=8.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.67;MQRankSum=-6.547;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr1	248636667	.	C	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQRankSum=2.115;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr1	248636669	.	G	A	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=6.885;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.77;MQRankSum=2.296;QD=34.35;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr1	248651927	.	A	G	1391	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=40.84;NF=46;NR=26;PP=1391;QD=19.802377952;SC=CACACTGGAAAGTTGGATTTC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=212;TCF=125;TCR=87;TR=72;WE=248651935;WS=248651917;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:140,72:0.34:212
chr1	248684905	.	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.174;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr1	248685253	rs9727474	T	C	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=55;PP=1849;SC=CCCAGCTCTATGTGGCCATGG;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=107;WE=248685261;WS=248685243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	248722722	rs199528787	T	C	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.71;QD=28.08;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	248737259	rs189248971	C	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.34;QD=26.34;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	248738133	rs373986839	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-11.294;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,25:0.19:135
chr1	248789454	rs1892441	G	C	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=43;PP=1706;SC=TCCTTAGGAAGCCTTATCCTC;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=93;WE=248789462;WS=248789444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	248789504	rs1892442	T	C	5064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=63;PP=2180;SC=TGCTACTTTCTGAGCAGATGA;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=131;WE=248789512;WS=248789494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	248790075	rs1892443	A	G	7891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=117;PP=2965;SC=GCCACGTAGCAGTCATAGGCC;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=96;TCR=117;TR=212;WE=248790083;WS=248790065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	248801480	.	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.961;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=12.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQRankSum=-3.021;QD=9.34;ReadPosRankSum=-2.227;SOR=3.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr1	248801488	.	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.040;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=10.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQRankSum=-3.070;QD=11.96;ReadPosRankSum=-2.101;SOR=2.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr1	248801505	.	T	TCA	1126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.280;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=16.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQRankSum=-2.415;QD=26.20;ReadPosRankSum=-3.614;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr1	248801511	.	A	G	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.518;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=22.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.19;MQRankSum=-2.408;QD=26.96;ReadPosRankSum=-3.384;SOR=3.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr1	248801514	.	AC	A	1713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=4.640;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.036;HP=6;HapScore=3;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.410;NF=15;NR=5;PP=2144;ReadPosRankSum=-2.782;SC=ATCAGTCACCACCCCTGATGC;SOR=3.797;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=20;WE=248801574;WS=248801495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr1	248801528	.	G	A	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=8.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQRankSum=-1.789;QD=31.27;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr1	248801538	.	G	A	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=7.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQRankSum=-0.777;QD=36.01;ReadPosRankSum=0.835;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,54:0.79:68
chr1	248801542	rs372631772	A	G	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=9.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQRankSum=-0.729;QD=34.53;ReadPosRankSum=1.282;SOR=2.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,63:0.82:77
chr1	248801550	rs374446105	C	T	3174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=5.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQRankSum=1.098;QD=38.25;ReadPosRankSum=0.882;SOR=1.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,73:0.88:83
chr1	248801556	rs79649486	C	T	3636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=5.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQRankSum=1.296;QD=38.28;ReadPosRankSum=1.511;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,85:0.89:95
chr1	248801566	rs74154510	T	G	4440.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=9.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQRankSum=2.351;QD=40.37;ReadPosRankSum=2.608;SOR=1.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,102:0.93:110
chr1	248801592	rs78622116	C	T	5506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.178;HP=2;HapScore=1;MGOF=90;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=1.605;NF=71;NR=32;PP=2551;ReadPosRankSum=0.718;SC=TCCCTGCTAGCCCTTCCTGAT;SOR=1.076;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=103;WE=248801619;WS=248801582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr1	248801602	.	T	TCA	5542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.893;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.01;MQRankSum=1.607;QD=44.34;ReadPosRankSum=1.372;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr1	248801610	rs150878651	G	A	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.634;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.32;MQRankSum=1.625;QD=44.62;ReadPosRankSum=1.487;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr1	248801611	rs143981271	C	T	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.634;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.32;MQRankSum=1.625;QD=44.62;ReadPosRankSum=1.487;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr1	248801633	rs74901534	A	G	5513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.55;QD=44.83;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	248801778	rs201643849	A	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.81;QD=30.59;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	248801944	rs143010547	TCAGCACG	T	10906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.68;QD=43.98;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	248813135	rs4916153	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=3;PP=607;SC=GGTGGCATGTGGGTCACTTGT;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=29;WE=248813143;WS=248813125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	248813547	rs201161767	G	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.49;QD=32.31;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	248813827	rs1782241	T	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.19;MQRankSum=-3.258;QD=1.49;ReadPosRankSum=-3.746;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr1	248814052	rs28533004	T	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.56;MQRankSum=-2.289;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,68:0.42:161
chr1	248814080	rs1782242	A	C	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.83;QD=24.76;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	248814126	rs28418327	G	A	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.306;NF=39;NR=83;PP=1938;ReadPosRankSum=0.206;SC=GGAAACGGGCGTTGCTGAACA;SOR=0.620;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=172;TCF=53;TCR=119;TR=122;WE=248814134;WS=248814116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,150:0.73:206
chr1	248814265	rs3033476	GAAC	G	174.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.40;QD=34.97;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	248844535	.	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=-1.050;SC=TATTGTCTTTCTCCCATTCAA;SOR=0.105;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=248844543;WS=248844525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	248845097	rs2000390	C	T	7438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=98;PP=2965;SC=GTGGATCACACTGGATCTGCA;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=105;TCR=98;TR=203;WE=248845105;WS=248845087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	248845200	.	A	T	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,118:0.39:301
chr1	248845411	rs11485825	G	A	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=57;PP=2052;SC=GATCCAAAACGGAGAGGTTCT;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=101;WE=248845419;WS=248845401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	248845458	rs4509608	C	T	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=53;PP=1767;SC=AGATGCTGATCGAGAGTGATG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=89;WE=248845479;WS=248845448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	248845471	rs4575113	T	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=51;PP=1489;SC=GAGTGATGACTGCAATGATGA;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=89;WE=248845479;WS=248845448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
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chr1	248902905	.	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.615;SOR=1.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
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chr1	249110906	rs4926508	G	C	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=35;PP=1380;SC=TTGGGTCCCAGCCCCTCTTGT;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=66;WE=249110914;WS=249110896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr2	45895	rs4241318	A	G	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=16;PP=896;SC=GGTCTCGGGGATTGCGGGGTC;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=45903;WS=45885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	224919	rs2290911	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=8;PP=379;SC=CATTTCTGTTACCTGCCAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=224927;WS=224909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	224970	rs2290912	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	230912	rs2306060	A	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=571;SC=GAAGTCAGTGAAACTACGAAG;SOR=2.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=230920;WS=230902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	242732	rs113405432	T	TAAC	1833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.46;MQRankSum=0.331;QD=42.64;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr2	242749	.	A	ACAC	411	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=22;MQ=61.03;NF=4;NR=14;PP=411;QD=23.5555555556;SC=AACAACAACAACATCCAATTA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=18;WE=242757;WS=242739;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,18:0.72:25
chr2	242793	rs62114506	G	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.731;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.339;NF=14;NR=10;PP=383;ReadPosRankSum=-1.034;SC=TAGATTCAAAGTTACCATTAG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=24;WE=242801;WS=242783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr2	243567	rs11383620	T	TA	2360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=47;PP=718;ReadPosRankSum=1.620;SC=ATGTGTCTATTAAAAAAAAAA;SOR=0.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=63;WE=243575;WS=243557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,129:0.88:146
chr2	249785	.	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr2	262553	rs7596678	T	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=465;SC=TGGGATCTTCTCAGAGAAAAT;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=262561;WS=262543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	264019	rs7595075	C	A	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=29;PP=805;SC=CGTCCCGAGGCTGCCCAGGAA;SOR=1.421;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=264027;WS=264009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	264895	rs4854300	G	C	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	271797	rs59937473	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=3;PP=410;SC=GGTGTGTAAAGAAGGGGAGCT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=271805;WS=271787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	271998	rs112400131	CA	C	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.965;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr2	272203	rs11553746	C	T	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=40;PP=1127;SC=GGGTCATTGACAGCGGTGCTG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=272211;WS=272193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	272840	rs12714401	G	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=6;PP=463;SC=TTTATATTATGAATTAGAAGC;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=272848;WS=272830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	272926	rs12714402	A	G	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=24;PP=899;SC=TGGAATCTTCATTGGTCAGGT;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=56;WE=272934;WS=272916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	273070	rs12714403	A	G	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=21;PP=670;SC=GGGGCTGTGAAGTCCTTCTTG;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=273078;WS=273060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	277003	rs79716074	A	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=167;SC=AAAAGTAATCAAGTTAAAACC;SOR=2.833;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=277011;WS=276993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	283231	rs368562757	A	AT	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=473;ReadPosRankSum=0.401;SC=AATAAATCGCATTTTTTTGCA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=18;WE=283239;WS=283221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr2	675416	.	A	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=-2.382;SC=AGGTCTTGTAAAAATATGTAT;SOR=0.846;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=10;WE=675424;WS=675406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr2	676177	rs2293083	C	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=778;ReadPosRankSum=0.241;SC=CTGCAATACACTGAACTCTCC;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=52;WE=676185;WS=676167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr2	676457	rs2293082	G	C	4782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.638;QD=29.16;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,118:0.72:164
chr2	676478	rs3215297	T	TGTAA	6362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.698;NF=20;NR=47;PP=2964;ReadPosRankSum=1.324;SC=CCAGAACTCCTGTGTCACTAC;SOR=0.549;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=67;WE=676486;WS=676468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,150:0.68:221
chr2	677213	rs3749138	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=0.663;SC=GCCACAGGCCGGGTGCTCTGT;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=677221;WS=677203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	1079130	rs4971429	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,20:0.25:80
chr2	1079130	.	GCG	ACA	525	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=11;NR=7;PP=525;QD=32.137104159;SC=TGAGCAGGAGGCGTGCGTCAC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=18;WE=1079151;WS=1079120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:47,18:0.28:65
chr2	1079132	rs4971430	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,20:0.25:81
chr2	1079143	rs4971431	A	G	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=27;PP=2051;SC=TGCGTCACCTATCCCCACCCC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=1079151;WS=1079120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	1079320	rs4971432	C	T	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=53;PP=1473;SC=TCTGTGTGGGCGGAAGCCACC;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=89;WE=1079328;WS=1079310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	1093965	rs11127460	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr2	1133188	rs5828807	G	GCACA	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=262;ReadPosRankSum=-1.004;SC=GTGGACACATGCACACACACA;SOR=0.418;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=1133196;WS=1133178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	1168781	rs28505970	C	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=-1.147;SC=GCTGCAGGGTCCCCAGGGCCA;SOR=1.214;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=24;WE=1168789;WS=1168771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr2	1204796	rs6751090	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.46;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr2	1205003	rs28495529	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=247;ReadPosRankSum=0.985;SC=ACTCCAGAGCGCTTGACTGTG;SOR=0.787;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=17;WE=1205011;WS=1204993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr2	1241592	rs146197111	C	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=2;PP=378;SC=GCATCAGCCTCGAAACTCACG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=1241600;WS=1241582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	1241623	rs28541377	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=380;ReadPosRankSum=1.391;SC=CGCTCCCGTCGCTGCGGGGCC;SOR=0.102;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=22;WE=1241631;WS=1241613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr2	1241905	rs28583446	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=430;ReadPosRankSum=-0.334;SC=CATGTACTTGTTTCAATGTGT;SOR=0.333;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=23;WE=1241913;WS=1241895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr2	1241944	rs28502413	G	C	354.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=1.573;SC=CATTAAAAATGAAGCCATCAG;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=15;WE=1241952;WS=1241934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr2	1243447	rs58094864	A	G	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=767;ReadPosRankSum=0.963;SC=TCCAGCTGTCACTCAGGTGAG;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=52;WE=1243455;WS=1243437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,64:0.77:83
chr2	1251087	rs58278307	A	AAAGGTT	1467.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=5;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=872;ReadPosRankSum=1.329;SC=TGTAATTTTCACCCCTCTGCA;SOR=0.298;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=13;WE=1251096;WS=1251077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr2	1251088	rs55953201	C	T	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=918;ReadPosRankSum=1.981;SC=GTAATTTTCACCCCTCTGCAG;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=22;WE=1251096;WS=1251077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr2	1263005	rs9330340	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=0.783;SC=GTAAAGTTTAATGTTACCAAT;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=1263013;WS=1262995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	1263297	rs9330341	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=490;ReadPosRankSum=1.606;SC=TTTGTTCTGCGTGGTCCATTG;SOR=1.234;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=30;WE=1263305;WS=1263287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr2	1271110	rs28626835	G	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=2.502;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr2	1271120	.	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=334;ReadPosRankSum=-0.205;SC=GTTTCCAATCCATGCTCTGTT;SOR=0.458;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=9;WE=1271128;WS=1271100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr2	1271230	rs13023962	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=1.224;SC=TTGCTTCAGCATCGTGGCCGG;SOR=0.582;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=15;WE=1271238;WS=1271220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr2	1371106	.	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=-2.221;SC=ATCTGATTTTCTCCTCCAGGA;SOR=0.614;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=7;WE=1371114;WS=1371096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr2	1418251	.	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=2.504;SC=CCCTTCATCTCGAGAGGGAAA;SOR=0.694;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=21;WE=1418259;WS=1418241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,37:0.32:115
chr2	1437410	rs4927578	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=150;ReadPosRankSum=0.703;SC=CACTGAGGAGCGGCAACTCCC;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=14;WE=1437418;WS=1437400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr2	1442551	rs34191654	AT	A	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr2	1457364	rs2070881	A	G	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=42;PP=2330;SC=CTCCGGAGAGACCCCACTTAT;SOR=1.284;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=121;WE=1457372;WS=1457354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	1457507	.	G	A	4545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=75;PP=2241;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GCCCTGGCACGATGGCTCCCT;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=208;TCF=102;TCR=106;TR=145;WE=1457515;WS=1457497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,209:0.67:311
chr2	1457683	.	C	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=513;ReadPosRankSum=-0.299;SC=GGTTCTTGCTCGTGCTGGGTG;SOR=0.873;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=30;WE=1457691;WS=1457673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr2	1459806	rs4927610	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=187;SC=CTGCTACCACAGGGTCCTCCT;SOR=1.911;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=1459814;WS=1459796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	1459947	.	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.632;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,35:0.34:103
chr2	1459998	.	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.286;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=584;ReadPosRankSum=0.098;SC=TGCCTTCGGGGGAGGGGCTGA;SOR=0.648;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=35;WE=1460006;WS=1459988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,60:0.72:83
chr2	1481155	rs2280132	G	T	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=767;ReadPosRankSum=-0.667;SC=ACGCGCGCCTGCGGCCTGTGC;SOR=0.273;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=40;WE=1481163;WS=1481145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr2	1481231	rs2175977	G	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=22;PP=706;SC=GGCCGCGCCAGCGAGGTCCCC;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=1481239;WS=1481221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	1491510	.	C	CA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=2.994;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr2	1507556	.	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=276;ReadPosRankSum=-1.038;SC=CACCTTTTCGGATGTGCCGGG;SOR=0.950;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=17;WE=1507564;WS=1507546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr2	1520618	.	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=110;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CCAGGCCCTGGAAGGTTCTTC;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=9;WE=1520626;WS=1520608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	1546327	rs1042589	C	G	5614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	1647171	rs6730800	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=369;ReadPosRankSum=2.557;SC=CCCGGAGGTCTACCCTGGGGA;SOR=0.510;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=26;WE=1647179;WS=1647161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
chr2	1652438	.	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,51:0.23:224
chr2	1652640	.	A	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.687;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.149;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=421;ReadPosRankSum=0.156;SC=CCCGGCCAGGAAGCAGGGGAT;SOR=0.368;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=28;WE=1652648;WS=1652630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,30:0.29:103
chr2	1652731	rs189824177	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=299;ReadPosRankSum=0.381;SC=GACCGCTGCACGATGCCCTGC;SOR=0.889;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=21;WE=1652739;WS=1652721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr2	1652822	rs1863135	T	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=461;ReadPosRankSum=1.211;SC=TGGATGCGTCTATGTAGGAGG;SOR=0.843;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=34;WE=1652830;WS=1652812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr2	1664654	rs17841813	A	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=658;SC=GCATCTTACCATTCACACTGA;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=1664662;WS=1664644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	1667267	rs2241455	C	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=298;ReadPosRankSum=2.046;SC=GCAGAGAGAACAGCCAACGCT;SOR=0.657;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=18;WE=1667275;WS=1667257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr2	1667310	rs12475392	G	A	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=15;PP=826;SC=TGTCAGCTGCGGAATTCTGTG;SOR=1.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=42;WE=1667318;WS=1667300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	1680893	.	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.723;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=188;ReadPosRankSum=0.084;SC=ACGCTGAGTTCTCTGTGTCCA;SOR=1.230;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=16;WE=1680901;WS=1680883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr2	1687242	rs71402111	A	ATTGTCTGAGCCACATGTTTTTCATTTTGCTCTCTAATGGATTCAATCCACCCTCCATATATTCTCATTCTTTC	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.22;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,1:0.12:8
chr2	1747993	rs62116430	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=122;ReadPosRankSum=0.569;SC=CGAAGCCCCGGACCCCGCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=7;WE=1748009;WS=1747983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr2	1813057	rs12988270	G	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=299;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GCAAAAGGCTGTCTGAAAATG;SOR=0.530;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=20;WE=1813065;WS=1813047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr2	1855567	rs4553849	C	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=73;ReadPosRankSum=-1.039;SC=CAAACTAACTCTATTGCTTCA;SOR=0.473;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=10;WE=1855575;WS=1855557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	1891373	.	G	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.50;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr2	1925993	rs2241685	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=1.062;SC=CTGTAGACTACCACCAACATC;SOR=0.133;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=7;WE=1926001;WS=1925983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr2	1926437	rs1529667	G	T	6235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=78;PP=2965;SC=GCGTCCTTCCGGGGAAGTCCT;SOR=0.825;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=169;WE=1926445;WS=1926427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	1946646	rs7355555	A	C	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.678;NF=37;NR=24;PP=778;ReadPosRankSum=-1.928;SC=ATTGACCAAGAAGAACAATTT;SOR=0.771;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=203;TCF=119;TCR=84;TR=61;WE=1946654;WS=1946636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,93:0.32:291
chr2	1946914	rs3748988	A	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,48:0.26:182
chr2	1946968	rs3748989	C	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,64:0.25:257
chr2	1982877	rs2304007	T	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.677;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,47:0.28:170
chr2	1983374	rs2304008	A	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr2	1983395	rs2304009	C	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr2	1983619	rs7561518	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=1.295;SC=GGGGCGGCTCACTCTCCCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=19;WE=1983627;WS=1983609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr2	3193040	rs17682	G	A	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=738;ReadPosRankSum=-0.451;SC=AAAGAGCTGCGACTGTTTGAG;SOR=0.676;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=44;WE=3193048;WS=3193030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,67:0.70:96
chr2	3200948	rs1037467	C	A	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=342;SC=CCTTAAATGGCAAAAATGAAC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=3200956;WS=3200938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr2	3217908	rs11682452	G	C	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=32;PP=1699;SC=CTGTGTTGTTGCTTTTACTTA;SOR=1.208;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=90;WE=3217916;WS=3217898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	3260996	.	GG	AA	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	3261051	.	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.459;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=0.722;SC=CTGGGCGCATGAAATATGCAA;SOR=0.190;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=3261059;WS=3261041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	3322555	rs62121538	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=370;ReadPosRankSum=0.164;SC=GGTGACGTGCTACTCCTCGAT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=17;WE=3322563;WS=3322545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
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chr2	3342009	rs3811617	T	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=79;SC=AATAGTCACATGCACATTTCG;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=3342017;WS=3341999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	3356850	rs12479261	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=211;ReadPosRankSum=0.605;SC=ATAACTTTCATAACTAATAAT;SOR=1.765;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=11;WE=3356858;WS=3356840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	3356953	rs2875394	A	T	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=23;PP=1098;SC=AAAAAGCATGATATGTTTAGG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=61;WE=3356961;WS=3356943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	3356995	rs62119517	G	A	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=699;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CCTGGCATCCGCTGGGTGGTC;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=50;WE=3357003;WS=3356985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,106:0.63:168
chr2	3358458	rs146001084	ATTATGAAGTTAGAT	A	2773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=28;PP=2974;SC=TTTAATAGAGATTATGAAGTT;SOR=1.467;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=29;WE=3358479;WS=3358448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	3381189	rs13022433	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=0.710;SC=TCATGTTCGGGACAGGATGTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=11;WE=3381197;WS=3381179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	3391826	rs11127423	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=227;ReadPosRankSum=-1.140;SC=GCAGCGAAGCCGCGCGCCCGG;SOR=2.207;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=15;WE=3391834;WS=3391816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr2	3392075	rs10865541	T	C	11507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr2	3392295	rs11686212	A	G	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=63;PP=2475;SC=CCTGAGCATGAGCGAGATGGA;SOR=0.712;Source=Platypus;TCR=63;TR=129;WE=3392303;WS=3392285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	3392513	rs12999423	TT	CA	8809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	3393565	rs71396985	C	CAA	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=335;ReadPosRankSum=1.035;SC=GGAGGGCGGACGAGTTTTATT;SOR=0.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=9;WE=3393573;WS=3393555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
chr2	3425514	rs7558487	G	C	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=59;PP=1962;SC=GCACACTGACGTTGTCACCAT;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=3425522;WS=3425504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	3425948	rs10206964	T	C	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=101;SC=CCCGTCAGGATGCCTGTGCGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=3425956;WS=3425938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	3428508	rs10166880	T	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=459;ReadPosRankSum=-0.530;SC=ATACATAATTTCGTAGCCTCA;SOR=0.741;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=23;WE=3428516;WS=3428498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr2	3460870	rs7579428	T	C	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	3469463	rs4971514	G	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=0.156;SC=GGATTTCCCTGCAGGTACCTG;SOR=0.984;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=8;WE=3469471;WS=3469453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr2	3470115	rs7593516	T	C	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,54:0.34:161
chr2	3470124	rs7574517	G	A	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,55:0.34:164
chr2	3470186	rs11691759	G	C	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=558;ReadPosRankSum=2.009;SC=CCTGCGCTGAGCATTTCACCT;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=41;WE=3470194;WS=3470176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,59:0.33:177
chr2	3470254	rs11677515	T	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=387;ReadPosRankSum=0.459;SC=GGTTAAGTGATATCCAGCTAC;SOR=0.547;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=26;WE=3470262;WS=3470244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr2	3481716	rs4535075	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.563;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
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chr2	3488502	rs9752130	A	G	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=567;ReadPosRankSum=0.733;SC=AGATGCTGTCAGCCTCGCATC;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=75;TCR=64;TR=51;WE=3488510;WS=3488492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,92:0.38:245
chr2	3503009	.	G	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=424;ReadPosRankSum=0.923;SC=CATTTTATTCGTGGAAGGAAA;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=24;WE=3503017;WS=3502999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr2	3504387	.	G	A	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=785;ReadPosRankSum=0.279;SC=AGGGGCCACGGAGGCTGCCAC;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=56;WE=3504395;WS=3504377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,76:0.65:117
chr2	3504819	rs34240449	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=0.254;SC=ACGCAAGCTCACACCCACCCA;SOR=0.532;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=24;WE=3504827;WS=3504809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr2	3523324	rs10179340	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=325;SC=GCCGCGCTTTATCTTATAGGG;SOR=1.382;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=3523332;WS=3523314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	3579760	rs1071625	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.033;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=275;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GCTAACACTTTGAGCAGCCAG;SOR=1.859;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=20;WE=3579768;WS=3579750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,19:0.23:82
chr2	3595834	rs13002108	C	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=1.249;SC=CTTCCCTTTCCCCTAACTTGT;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=21;WE=3595842;WS=3595824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr2	3597974	rs10186193	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr2	3600012	rs151141402	CCTCT	C	619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=593;ReadPosRankSum=0.729;SC=TTAAAAACACCCTCTCTATGT;SOR=1.085;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=13;WE=3600023;WS=3600002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr2	3605468	rs12711976	A	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=346;ReadPosRankSum=1.127;SC=CACAGGGTTTATTAGGCCACC;SOR=0.603;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=25;WE=3605476;WS=3605458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,48:0.35:138
chr2	3627648	rs7576238	G	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=15;PP=735;SC=CTCTGGAGTTGCCCAGAGGGC;SOR=0.899;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=39;WE=3627656;WS=3627638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	3652616	rs3769507	G	C	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=513;ReadPosRankSum=-0.134;SC=TTCTGCAGGTGAGGCATGGGT;SOR=0.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=29;WE=3652624;WS=3652606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr2	3653576	rs7604806	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TGATAAATGTACCTGCTTTAG;SOR=0.991;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=3653584;WS=3653566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	3653844	rs3739147	T	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=452;ReadPosRankSum=0.329;SC=GTCAGTAGCCTGCACTGGTGG;SOR=0.875;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=38;WE=3653852;WS=3653834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,55:0.69:80
chr2	3660752	rs3811531	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=0.394;SC=GCGGCTGGGCTGCAGGCGGGG;SOR=0.172;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=15;WE=3660760;WS=3660742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr2	3673648	rs10170348	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=400;ReadPosRankSum=0.171;SC=CCAAAAGGAAGTGCACCTCGT;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=34;WE=3673656;WS=3673638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,48:0.39:123
chr2	3685046	rs3811528	T	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=8;PP=513;SC=GGTCGGGTTATCCGTGCACGT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=3685054;WS=3685036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	3685074	rs3811527	A	G	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=16;PP=681;SC=GGAGGAGGCCACGGTGTCACC;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=3685082;WS=3685064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	3756073	.	G	A	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=32;QD=22.2570708491;SC=TCGTTTCTAAGGAGTCTGGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=3756081;WS=3756063;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr2	3774436	rs357940	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=6;PP=559;SC=TGGTCTGCCTCTCTCTGCATC;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=3774456;WS=3774426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	3774448	rs12711970	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=-1.662;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr2	3774519	rs357941	T	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=21;PP=832;SC=AGGGCAGTGCTGTGCACACTG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=3774527;WS=3774509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	3815532	rs11404437	A	AT	438.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=0.918;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr2	4135981	rs1024026	C	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=13;PP=502;SC=CCTAGCATGTCAAGGCCAGAC;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=30;WE=4135989;WS=4135971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	6980610	.	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr2	7001225	.	ACACACACACG	A	315	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=22;MQ=59.44;NF=10;NR=9;PP=315;QD=17.6842105263;SC=ATGTACGTATACACACACACG;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=19;WE=7001247;WS=7001214;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,19:0.79:24
chr2	7001233	rs3085147	ACG	A	3094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.17;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr2	7001251	.	ACACACACC	A	192.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr2	7001259	.	C	A	914	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=108;MMLQ=23;MQ=59.78;NF=36;NR=19;PP=914;QD=17.2503856827;SC=ACACACACACCCACACACTTA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=55;WE=7001267;WS=7001249;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr2	7003879	rs2712039	G	A	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=179;SC=GGACTGGAGTGTTTTATTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=7003887;WS=7003869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	7005069	rs2595172	C	T	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=13;PP=916;SC=AGAACCGGCTCTACAGACCAG;SOR=1.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=7005077;WS=7005059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	7005369	rs11678810	A	G	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=29;PP=950;SC=GTGCCTCCTGACAGGCGCCCA;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=7005377;WS=7005359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	7005679	.	T	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.793;SC=GCCGGGGGCGTCGGCGCCTAG;SOR=1.002;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=4;WE=7005687;WS=7005669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr2	7005992	rs4669108	C	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=160;SC=GGCAGGAGCCCTGGGGCTGGG;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=7006000;WS=7005982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	7017903	rs10182815	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=510;SC=TGGCATACAGAGACTGCTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=7017911;WS=7017893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	7019079	rs6704746	A	G	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=34;PP=1485;SC=GATGAATTTCACAAAGCAATC;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=7019087;WS=7019069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	7027323	rs9917321	T	A	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=43;PP=1156;SC=CTTTTGCTGATTTCCTTCAAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=7027331;WS=7027303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	7030198	.	G	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-2.394;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr2	7035938	.	G	A	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=732;ReadPosRankSum=0.120;SC=GAAAGGGACGGAAGGACCCTT;SOR=0.589;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=49;WE=7035946;WS=7035928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,75:0.66:114
chr2	7046272	rs377415081	TACACAC	T,TAC	1554.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.80;ReadPosRankSum=-1.118;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,31,14:0.67,0.30:46
chr2	7050426	rs6725201	G	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.644;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,27:0.29:93
chr2	7050483	.	ATG	A	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.161;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-0.085;SC=GGTGGTGGCGATGTGTGTGTG;SOR=0.110;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=6;WE=7050492;WS=7050473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	7076975	rs55971680	A	AGTGT	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.25;ReadPosRankSum=0.936;SOR=1.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	7137067	rs364891	A	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	7137317	rs378548	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=169;SC=TTCTTGTTGAGGCCTTCACAC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=7137325;WS=7137307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	7154632	rs309325	T	C	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=60;PP=1990;SC=GATTAGAAACTGCAATTAGCT;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=126;WE=7154640;WS=7154622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	7164578	rs376219	A	G	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=44;PP=1584;SC=AGCGAGACGAAGGCTGCGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=90;WE=7164586;WS=7164568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	7164746	rs392709	C	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=15;PP=388;SC=AGCTTGGTGCCTACTCCTGTG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=7164754;WS=7164736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	7164812	rs392409	C	G	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=110;SC=AACATTAACTCATGAGCGCCA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=7164820;WS=7164802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	7170388	.	CTGTGTGTG	C,CTG	1409.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;QD=35.24;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,18,22:0.45,0.55:40
chr2	7208207	rs138313904	C	T	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=590;ReadPosRankSum=-1.487;SC=TGCTGTGCTCCGAGTTGGGCT;SOR=0.509;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=40;WE=7208215;WS=7208197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr2	7243449	rs377485765	AGTGT	A	1818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.860;NF=15;NR=13;PP=1046;ReadPosRankSum=-2.216;SC=TGCATGAGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.765;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=28;WE=7243462;WS=7243439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr2	7386160	rs35913686	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr2	7403641	rs111726098	T	TAC,TACACAC	1023.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.774;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4,4;NR=7,7;PP=58,381;ReadPosRankSum=-0.839;SC=CAGGTATAGATACACACACAC;SOR=0.870;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=11,11;WE=7403649;WS=7403631;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.97:32
chr2	7409989	rs10548278	TTG	T	1389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.109;NF=1;NR=24;PP=942;ReadPosRankSum=0.279;SC=GAACCCAGGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.982;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=25;WE=7410002;WS=7409979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,53:0.74:72
chr2	7421557	rs4668533	C	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=396;ReadPosRankSum=0.200;SC=TTGGCTCCAACTAGATGCACG;SOR=0.087;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=21;WE=7421578;WS=7421547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr2	7421569	rs368940217	CTG	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
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chr2	7421860	rs57998976	A	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=0.336;SC=TGGTGGCCAGATTTCCTGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=16;WE=7421868;WS=7421850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr2	7471480	.	T	TCTCA,TCACACA	1054.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=14;MQRankSum=0.000;NF=7,14;NR=8,8;PP=525,548;ReadPosRankSum=0.156;SC=TCTTTGTCTTTCACACACACA;SOR=0.349;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=15,22;WE=7471488;WS=7471470;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.36,0.52:50
chr2	7471732	rs6732990	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=1.437;SC=TCTGGAATGAGCTGTTCACAT;SOR=0.260;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=7471740;WS=7471722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	7540646	rs5829105	C	CA	2512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=1249;SC=GAAGGTCAAGCAAGCATTCGA;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=29;WE=7540654;WS=7540636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	7540695	rs2163257	C	G	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	7540784	rs4669196	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=369;SC=AAAGAATATATAAAGTTTATT;SOR=2.215;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=7540792;WS=7540774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	7594516	rs1466671	G	A	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=59;PP=2406;SC=TCTGGTTTGCGCCGCATCTTG;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=78;TCR=61;TR=136;WE=7594524;WS=7594506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	8178735	rs1364054	A	G	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	8178798	rs62104935	C	T	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=19;PP=574;SC=CAGATGATGACTAATGGGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=8178806;WS=8178788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	8822892	.	CAAAAA	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=2.124;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,6:0.13:45
chr2	8822912	rs3845751	A	C	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=8.860;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.39;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,75:0.95:79
chr2	8870814	rs6431959	A	G	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=16;PP=768;SC=TCTGTCATAAAGGTACAGTAA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=8870822;WS=8870804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	8871753	.	GG	AA	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=705;ReadPosRankSum=0.171;SC=GATCCAGGGGGGAAGCATCGT;SOR=0.990;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=21;WE=8871762;WS=8871743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr2	8877042	rs61742863	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr2	8887180	rs3351	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-1.843;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr2	8887426	rs12622593	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.096;SC=AATATACAACACTGAAACTCA;SOR=1.402;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=5;WE=8887434;WS=8887416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	8887910	rs1978841	A	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	8910736	rs57679000	G	GT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	8910987	rs12476359	A	T	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=28;PP=834;SC=AAAAGCATTTAAAAATTAATA;SOR=1.392;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=8910995;WS=8910977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	8911010	rs17630893	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=354;ReadPosRankSum=0.056;SC=TGTGTGATAGTATGTTAAGTA;SOR=1.546;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=19;WE=8911018;WS=8911000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr2	8916847	rs4669338	A	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=288;SC=AAGCTTATTAACTATCATAGA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=8916855;WS=8916837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	8943291	rs2356658	G	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	8998624	rs10929559	A	G	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=106;SC=TGGCCCACGGAGACATGGCAT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=8998632;WS=8998619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	8998871	rs16866827	T	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr2	9028358	rs62104415	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	9083423	rs16866854	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	9098880	.	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.367;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=405;ReadPosRankSum=-0.287;SC=CAAAAATTGACCTTCCAAGTT;SOR=1.863;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=21;WE=9098888;WS=9098870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr2	9114543	rs62119989	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GAAAGACACCCGGGAATCATG;SOR=0.901;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=11;WE=9114551;WS=9114533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr2	9419411	rs10193043	G	A	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	9419415	rs10170149	C	T	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	9463454	rs12475160	C	T	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=27;PP=786;SC=AGCATCTCACCGGTACCAGCG;SOR=1.066;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=43;WE=9463462;WS=9463444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	9484542	rs6724103	C	T	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=9;PP=708;SC=AGGGAAATTTCTCCAATTTTT;SOR=1.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=35;WE=9484550;WS=9484532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	9484561	rs79044067	TAAAA	T	2415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=12;PP=769;SC=TTGTTGTTGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.453;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=25;WE=9484572;WS=9484551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr2	9983716	rs385513	A	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=26.05;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr2	9989442	rs16867195	A	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr2	9991556	rs287991	G	A	223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=127;SC=TGGGTTAATTGAAAAAAAAAG;SOR=1.085;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=9991564;WS=9991545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	9994288	rs4669471	C	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=0.773;SC=ATGCTACATACAGACCCCAGA;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=9994296;WS=9994279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	10008872	rs12623017	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=1.185;SC=GTCTTCAAAGAAAAGTTGTAG;SOR=0.763;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=23;WE=10008880;WS=10008862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr2	10044941	rs450192	G	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=936;ReadPosRankSum=0.150;SC=TTAAAAATAAGTTTTGTTGCA;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=24;WE=10044959;WS=10044931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr2	10044951	rs2052948	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=296;ReadPosRankSum=-2.190;SC=GTTTTGTTGCAAAAATTGCAA;SOR=0.859;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=12;WE=10044959;WS=10044931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr2	10045014	rs400917	C	T	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.94;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
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chr2	10050947	rs1054561	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=4;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=643;ReadPosRankSum=-0.103;SC=ATCCTATAGCTAAAATGGCAA;SOR=0.978;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=17;WE=10050968;WS=10050937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr2	10050960	rs1054565	A	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=4;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=643;ReadPosRankSum=-1.300;SC=AATGGCAAAAACTGTTAAGTA;SOR=1.101;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=17;WE=10050968;WS=10050937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr2	10051053	rs10495576	G	A,C	278.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=2,1;NR=3,3;PP=22,34;SC=GTAAGTGTACGTCAATTTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5,4;WE=10051061;WS=10051043;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.62:13
chr2	10053412	rs12467598	C	T	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.324;SC=ATGCACCTGCCTTACTTCTGT;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=62;WE=10053420;WS=10053402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
chr2	10059097	rs2303921	A	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=4.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.888;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,55:0.31:179
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chr2	10094992	rs2303918	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=6;PP=502;SC=AGCTTATGATACCTTGCAGTA;SOR=1.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=10095000;WS=10094982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	10095374	rs13401891	C	T	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=6;PP=163;SC=CTTTGACTTACTGTGATTCGA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=10095382;WS=10095364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	10126416	rs16867274	A	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=576;SC=ACAAGGTAAGATCGGCAGGGA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=10126424;WS=10126406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	10132118	.	A	AT	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,42:0.24:175
chr2	10133728	rs6711126	T	C	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	10133820	rs6750565	C	T	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	10135855	rs11674576	T	C	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=10;PP=840;SC=GATCTTCCTTTAGCCTGATTT;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=10135863;WS=10135845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	10135956	rs41264205	G	A	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=40;PP=2080;SC=CCTTAATGTTGATGCAGCTGG;SOR=1.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=110;WE=10135964;WS=10135946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	10138960	.	A	G	29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9999;HP=2;HapScore=4;MGOF=113;MMLQ=23;MQ=53.89;NF=2;NR=0;PP=29;QD=31.8856062736;SC=ACACATATATATATACGTATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=10138974;WS=10138950;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	10138965	.	CGT	C	57	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9999;HP=1;HapScore=4;MGOF=113;MMLQ=23;MQ=53.89;NF=2;NR=0;PP=57;QD=50.0;SC=TATATATATACGTATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=10138974;WS=10138950;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	10138988	.	A	ATG	32	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BRF=0.5;FR=0.9995;HP=2;HapScore=4;MGOF=97;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=32;QD=55.0;SC=ACACATATATATACGTATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=1;TCR=0;TR=1;WE=10139000;WS=10138978;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	./.:0,1:1.00:1
chr2	10138991	.	CGT	C	28	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BRF=0.5;FR=0.9995;HP=1;HapScore=4;MGOF=97;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=28;QD=51.0;SC=CATATATATACGTATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=1;TCR=0;TR=1;WE=10139000;WS=10138978;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	./.:0,1:1.00:1
chr2	10139015	.	T	TATAC	173	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=44;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=173;QD=63.6666666667;SC=CACATATATATACATATATAT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=10139025;WS=10139005;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	10139017	.	C	T	52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=44;MMLQ=23;MQ=58.83;NF=3;NR=1;PP=52;QD=21.6928031368;SC=CATATATATACATATATATAT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=10139025;WS=10139005;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr2	10140651	rs2163338	A	G	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=28;PP=1311;SC=GAGAGCTAACAGGTCAATCTA;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=77;WE=10140659;WS=10140641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	10183748	rs372827624	TGCC	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.740;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr2	10183970	rs115226520	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr2	10186419	rs35927125	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=170;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CAAAGATCCCAGAAAGGTGAC;SOR=0.620;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=17;WE=10186427;WS=10186409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr2	10188649	rs11687357	A	T	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=60;PP=1681;SC=GGAACTATGTATGCAGCTTCC;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=88;WE=10188657;WS=10188639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	10225241	rs6432058	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=295;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CTGAGTAAGACGATGTTTGTG;SOR=0.223;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=21;WE=10225249;WS=10225231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr2	10226306	rs34098251	G	GC	1025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.799;NF=2;NR=8;PP=330;ReadPosRankSum=0.543;SC=GAATAGACCAGCGAGCTCTGA;SOR=0.448;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=10;WE=10226314;WS=10226296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr2	10262859	rs72542787	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=318;ReadPosRankSum=0.266;SC=GGAGTGAGGGGTCGCCCGTGC;SOR=0.831;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=31;WE=10262867;WS=10262849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,54:0.32:169
chr2	10262920	rs1130609	T	G	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TCGCTGCGCCTCCACTATGCT;SOR=0.355;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=67;WE=10262928;WS=10262910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr2	10264057	rs6432065	T	C	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=61;PP=1545;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TCGTCTTGTATGTTTTTCCAT;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=100;WE=10264065;WS=10264047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr2	10281903	rs5829249	G	GC	2194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=10;PP=1184;SC=GGTGGCCATGGCCTGGGGCTG;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=10281911;WS=10281898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	10282147	rs11896140	T	C	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=42;NR=56;PP=1799;SC=GCTATGCCCCTTGCTCTTTCA;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=98;WE=10282155;WS=10282137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	10332539	rs13392520	A	G	369.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=293;ReadPosRankSum=0.509;SC=ACCTCTCCCTACAGCAGCTCG;SOR=2.985;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=14;WE=10332547;WS=10332532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr2	10332876	rs56228505	AC	A	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=1.059;SC=CTGCCACTCCACCCCCCCCTG;SOR=0.240;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=10332884;WS=10332866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	10560335	.	C	CTTT	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=-0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	10563233	rs2270304	G	A	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,78:0.76:103
chr2	10563236	rs55737425	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,25:0.24:103
chr2	10563297	rs2270305	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=0.660;SC=CCTCCCCTCTGCAGCTTCTTG;SOR=1.355;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=17;WE=10563305;WS=10563287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr2	10564528	rs11674615	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=390;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TGAGGCTGTCCGCTCCTCGTG;SOR=1.991;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=22;WE=10564536;WS=10564518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr2	10566792	rs2270306	C	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.590;SC=CCCATCCTCTCTGGAAGCATA;SOR=0.857;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=30;WE=10566812;WS=10566782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr2	10566804	rs2270307	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr2	10584443	.	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr2	10595578	rs6432097	T	C	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=647;ReadPosRankSum=0.928;SC=CCCAGCTCTCTTCATGGTTCC;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=42;WE=10595586;WS=10595568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr2	10717714	rs12473957	G	C	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	10729897	rs759403	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=331;SC=GGAAAAAGTACGTAAAAATTT;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=10729905;WS=10729887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	10741141	rs10181806	A	G	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=140;SC=GCTTAAAGGTAAACAGTTGTG;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=10741149;WS=10741131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	10743153	rs2287061	C	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=380;SC=GAAATGGCCACAGACTGCGCA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=10743161;WS=10743143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	10743191	rs2287062	G	A	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=16;PP=654;SC=AATAACTGTAGTTTTCTGTTT;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=10743199;WS=10743181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	10747246	rs6744854	C	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=145;SC=TTCTCATGTTCAAAACTCAAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=10747254;WS=10747236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	10747271	rs6759740	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=314;SC=AAGTAGAAATAAAGTAATTAC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=10747279;WS=10747261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	10762302	rs70953325	TA	T	4581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=47;PP=2219;SC=GGTAAACAGTTAACACAGGAA;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=54;WE=10762310;WS=10762292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	10808776	rs55925118	C	CAA	1987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=772;SC=ATTACTAAAACTACTCACGCA;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=10808784;WS=10808766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	10813782	rs6748766	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	10815833	rs9287721	A	G	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=203;SC=ATAAAAAACTAATTACAAACC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=10815841;WS=10815823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	10816025	rs368716500	C	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr2	10866827	.	C	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr2	10908893	rs1198849	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=2.054;SC=GGCCGCCTACAACACTCTGAA;SOR=0.614;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=17;WE=10908901;WS=10908883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,24:0.27:90
chr2	10911891	rs1198850	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=1.119;SC=AGTGCCCGGGTGTGGGTGTGT;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=8;WE=10911899;WS=10911881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr2	10912092	rs12999992	C	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=-2.070;SC=CGAAGGAAACCGGCCCTGCCC;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=24;WE=10912100;WS=10912082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr2	10914938	.	GG	AA	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.25;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr2	10915020	rs2969881	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=-0.615;SC=AGGGTCCTCCAGGTTTGGTTC;SOR=0.722;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=24;WE=10915028;WS=10915010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr2	10917594	rs3856467	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.709;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=353;ReadPosRankSum=1.818;SC=CGCGAGTCCCGAGGGTGGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=20;WE=10917602;WS=10917584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr2	10918799	rs199523459	C	T	3331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.408;SC=TGCTCAGGTGCGTGGCAGTGA;SOR=0.597;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=86;WE=10918807;WS=10918789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,155:0.76:203
chr2	10922516	rs1686482	A	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=0.177;SC=GTATCCAGAAACAGCAGTATT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=10;WE=10922524;WS=10922506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr2	10923353	rs17364812	T	C	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,84:0.72:116
chr2	10924524	rs1198873	T	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	10927345	rs1686510	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=10;PP=559;SC=GTTCCAAATATAAACCTACAA;SOR=1.371;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=29;WE=10927353;WS=10927335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	10928710	rs1734433	A	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.885;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr2	10928777	rs2952626	A	C	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=1477;ReadPosRankSum=2.255;SC=GAAAGCCTATAATCAGCTGTT;SOR=0.868;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=73;WE=10928785;WS=10928767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr2	10928906	rs1734432	T	C	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=53;PP=1771;SC=CTGATTTAAATAGACAAAGTT;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=91;WE=10928914;WS=10928896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	10928962	rs1734431	A	G	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=39;PP=1426;SC=ATCCATTTAGAAAGTATTCTC;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=72;WE=10928970;WS=10928952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	10929133	rs1734430	A	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=348;SC=GACAAGGGACAATCAGGAGGC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=10929141;WS=10929123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	10929867	rs11904084	T	C	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=20;PP=779;SC=GCAGTTGAAGTGGTTTACCTC;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=10929875;WS=10929857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	10930050	rs1686514	A	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=11;PP=245;SC=AAATCCAATTAACACTTAATG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=10930058;WS=10930040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	10930903	rs4807	T	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,68:0.30:228
chr2	10931001	rs1614107	A	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=24;PP=666;SC=TTTGAGACACAGTCTCTCTCT;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=10931009;WS=10930991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	10932082	rs1734421	T	C	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.64;SOR=2.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	10933195	rs17455876	T	A	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,87:0.60:144
chr2	10933249	rs4799	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=457;ReadPosRankSum=0.559;SC=ATCCTCCGCTCCGTCCCCCGA;SOR=0.971;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=36;WE=10933257;WS=10933239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,61:0.38:159
chr2	10933346	rs143770934	T	TAGGC	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=6.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr2	10937409	rs1686444	C	T	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=40;PP=1077;SC=ATCTGCTTCACATAGACTCAG;SOR=2.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=50;WE=10937417;WS=10937399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	10938043	rs56346617	T	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=279;SC=GGGCACGGTGTCTCACGCCTG;SOR=1.101;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=10938051;WS=10938033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	10942567	rs1686434	G	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=499;SC=TTTATACAGCGTTTTCTCCAA;SOR=3.180;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=10942575;WS=10942557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	10942687	rs4758	C	T	6070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=47;PP=2430;SC=GGTTGAAATTCGATGGAGTTA;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=10942695;WS=10942677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	10950284	rs1734449	G	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=13;PP=797;SC=CATATATTAAGTCATTTAAGA;SOR=1.421;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=42;WE=10950292;WS=10950274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	10952648	rs116156133	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.73;ReadPosRankSum=2.298;SOR=2.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr2	10952790	rs6726687	T	C	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=42;PP=1558;SC=CTCCCTCCGCTGGCCCGCACC;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=95;WE=10952798;WS=10952780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	10977585	rs76076331	C	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr2	10987570	.	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.665;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr2	10994418	rs1198852	T	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=375;SC=TGAGCCACTGTGTCCGGCCTC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=10994426;WS=10994410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	11053020	rs3732104	A	G	4949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=80;PP=2845;SC=GCGTGGACGCAGCCGAGGGCC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=70;TCR=80;TR=150;WE=11053028;WS=11053010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	11053740	rs3732105	C	T	4819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=71;PP=2243;SC=GTGGTGTCATCGCCATCGCCC;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=122;WE=11053748;WS=11053730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr2	11245864	rs13421691	C	T	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.50;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr2	11245869	rs13405253	C	T	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.79;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr2	11245927	.	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=159;ReadPosRankSum=0.365;SC=TTAGCACACGGCCTGGGAGTT;SOR=0.864;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=15;WE=11245935;WS=11245917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr2	11245967	.	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=2.029;SC=TTTCTGGTCTGGAGGTTTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=13;WE=11245975;WS=11245957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	11268881	.	G	A	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=586;ReadPosRankSum=0.614;SC=CCTGTCTGTTGAGAGCCACTC;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=46;WE=11268889;WS=11268871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,76:0.67:114
chr2	11273407	rs141443952	G	GTCTC	2325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.322;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=1209;ReadPosRankSum=2.747;SC=TCAGGCACAGGTCTCTCTCTC;SOR=1.083;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=39;WE=11273420;WS=11273397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,65:0.40:161
chr2	11280500	rs138426688	TAA	T	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.761;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	11283910	.	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CTTGGGGGATCCCAAGTCCAA;SOR=0.519;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=11;WE=11283918;WS=11283900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr2	11295226	rs148805827	C	CG	205.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=25.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	11300869	rs6432182	T	C	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=39;PP=832;ReadPosRankSum=1.156;SC=ATGTTATTTGTGAATGGTATG;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=60;WE=11300877;WS=11300859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,97:0.74:131
chr2	11312181	rs12987956	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=0.515;SC=AGTAAGAACCGGACTCACATG;SOR=0.257;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=16;WE=11312189;WS=11312171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr2	11312224	rs3732103	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=0.507;SC=CAAGTGTCTACGTAGTAGGGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=11312232;WS=11312214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	11317845	rs142021259	C	CT	781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=281;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TTTTAATACACTTTTTTTTTT;SOR=0.717;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=19;WE=11317853;WS=11317835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr2	11323541	rs72785469	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=68;ReadPosRankSum=-1.013;SC=CCTTGAATAATGACTGCTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=11323549;WS=11323531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	11341037	rs41264191	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=4.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=337;ReadPosRankSum=1.140;SC=GTTTAAGATATAGCAATTTAA;SOR=2.833;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=16;WE=11341045;WS=11341027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr2	11341208	.	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=-2.268;SC=GCAATTGAACGAGCCAGTTGC;SOR=0.522;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=28;WE=11341216;WS=11341198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,46:0.31:150
chr2	11348364	rs141148984	C	CTAACT	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=207;SC=ATGAATAAACCTATTAATTCA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=11348372;WS=11348354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	11348609	rs5829297	CAAAT	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=67;ReadPosRankSum=-0.689;SC=CATAAATTTACAAATAAAAGA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=11348620;WS=11348599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	11351865	rs55932113	T	C	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=879;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TTTTATCTGCTAGTCGTGCCT;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=58;WE=11351873;WS=11351855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,112:0.69:163
chr2	11357100	rs57554471	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.387;NF=5;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=1.515;SC=CACCCACCTCGGCCTCCCAAA;SOR=0.787;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=11357108;WS=11357090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	11359031	rs9808228	G	T	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	11359120	rs2230774	G	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.23;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	11389907	rs41264193	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5082;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=2.099;SC=AAACCTTCTGCGATGCCTTGT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=12;WE=11389915;WS=11389897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	11426734	rs56070302	T	C	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=617;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CCTTCATCTGTAGACCTCTGA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=38;WE=11426742;WS=11426724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr2	11427887	rs72787695	T	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr2	11680896	rs34137466	CAA	C	881.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.851;NF=0;NR=13;PP=460;ReadPosRankSum=0.074;SC=GGAGGACCGTCAAAGAGTTTA;SOR=0.756;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=11680905;WS=11680886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr2	11696806	rs16857629	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=-0.080;SC=ACAATTCCATCGAGGCATCCC;SOR=0.622;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=18;WE=11696814;WS=11696796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr2	11696975	.	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	11706693	rs4669751	T	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=536;ReadPosRankSum=-1.630;SC=CTCGTGGGGGTCAAGTCCCCC;SOR=0.849;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=41;WE=11706701;WS=11706683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,67:0.59:113
chr2	11706892	rs6740248	C	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TTTGGGACCCCAGGCGCAGCA;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=20;WE=11706900;WS=11706882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr2	11725179	rs55893544	G	GA	1251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=0.316;SC=TCTGTGATTAGAAAAAAAAAA;SOR=0.541;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=36;WE=11725187;WS=11725169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,62:0.93:67
chr2	11725241	rs12470971	G	A	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=25.05;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	11727507	rs13394619	G	A	6527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=87;PP=2929;SC=GCCCACTGCAGTATTTGTAAA;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=155;WE=11727515;WS=11727497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr2	11731774	rs2358040	T	G	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=167;SC=TGGGAAGCAATCTGATGATAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=11731782;WS=11731764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	11733134	rs76842987	C	G	3250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,157:0.61:257
chr2	11738034	.	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,44:0.27:163
chr2	11738091	rs1435547	T	C	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=24.82;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	11738765	rs1865575	C	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=413;SC=AAACCCAGTGCGCATGTTTGC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=11738773;WS=11738755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	11741193	rs11681838	C	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=507;SC=CATTTAGTAACAGCCTTGACC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=11741201;WS=11741183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	11742458	rs72772088	A	G	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=184;SC=GGTCATCCGCAGGCCTGGCAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=11742466;WS=11742448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	11752635	rs2304399	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=161;SC=GGCAGAAAATTGAGGATGTGG;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=11752643;WS=11752625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	11755443	rs2252958	T	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=448;SC=CTCAGCCTACTTGTCCCTGTC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=11755451;WS=11755433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	11757009	rs6735957	A	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=332;SC=GAGAGTAAATATTGTGGTCAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=11757031;WS=11756999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	11757023	rs892868	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TGGTCAACTTCGGATCGGAGA;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=11757031;WS=11756999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	11758325	.	TG	CC	521	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=54.08;NF=13;NR=7;PP=521;QD=28.7233937431;SC=CTGGGATGGGTGACTCCTGGG;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=20;WE=11758334;WS=11758315;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,20:0.80:25
chr2	11758326	.	G	GACTCCTGGGACAGGTCACTCCTGGGATGGGTGACTCCTGGGACAGGTCACTCCTGGGATGGGCC	1205.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.07;QD=301.43;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	11774324	rs2304402	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=4.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=-2.625;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,72:0.34:209
chr2	11810095	rs6432225	G	A	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=38;PP=1418;SC=CACCACGTGCGCGGACAGCGC;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=11810103;WS=11810085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr2	11853913	rs4614906	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GGGTGGATTCGAAATGTATGG;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=15;WE=11853921;WS=11853903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr2	11853964	rs4640359	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=198;ReadPosRankSum=0.122;SC=ATAGAATGTCGTTGTTATGCT;SOR=0.858;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=19;WE=11853972;WS=11853954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr2	11853988	rs12465630	A	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=0.884;SC=ACATTTTAAGATTAGAGAAAA;SOR=0.757;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=16;WE=11853996;WS=11853978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr2	11854099	rs4668739	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-2.140;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
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chr2	11905876	rs10209969	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr2	11924950	rs3795974	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.217;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=-2.339;SC=CACTGGATGGTGATGTAGGAC;SOR=0.350;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=27;WE=11924958;WS=11924940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,35:0.34:104
chr2	11931931	rs78343196	A	AT	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.969;NF=6;NR=4;PP=146;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GTTTTCTCTGATTTTTTTTTA;SOR=0.430;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=11931939;WS=11931921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr2	11932173	rs7561070	G	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr2	11936798	rs2577264	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=0.524;SC=AAGAAAGAATAGGAAGGCACC;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=11936806;WS=11936788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	12339169	rs4669827	G	A	271.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACCTCTGATGGGACGTCCACG;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=12339177;WS=12339159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr2	12877501	rs5829384	G	GA	1113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=646;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GTGAGAATGGGTAGAGGAAGC;SOR=0.858;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=20;WE=12877509;WS=12877491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,39:0.28:140
chr2	15319022	rs3731995	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=112;ReadPosRankSum=-0.527;SC=CAATTAACCACGGTGTTATTT;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=10;WE=15319030;WS=15319012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	15319070	rs5829492	TA	T	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr2	15326834	rs2302940	T	C	3734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=45;PP=1778;ReadPosRankSum=-0.846;SC=CAAAGGCCACTCCTTAGGAAA;SOR=0.532;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=157;TCF=95;TCR=62;TR=108;WE=15326842;WS=15326824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,168:0.67:249
chr2	15372562	rs6710817	C	T	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=800;ReadPosRankSum=-1.072;SC=TCCACACTGGCGTGGACTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=47;WE=15372570;WS=15372552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,72:0.72:100
chr2	15378822	rs140225141	G	GAATT	476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=390;SC=TTAAAAAAAAGAATAGTGAGA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=15378830;WS=15378812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	15415525	rs3755127	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=223;ReadPosRankSum=0.612;SC=AGAAAGGAAACAAAAATAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=15;WE=15415533;WS=15415515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr2	15417280	rs3214432	ATT	A	929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=782;ReadPosRankSum=0.775;SC=TATTAAAGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=17;WE=15417293;WS=15417270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr2	15417285	rs75287593	T	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=759;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AAGTGATTTTTTTTTTAACCA;SOR=0.818;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=19;WE=15417293;WS=15417270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr2	15427173	rs4668892	C	T	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=-1.509;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,78:0.65:120
chr2	15448236	.	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.278;SOR=1.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	15448311	rs1318102	A	T	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=385;ReadPosRankSum=-0.350;SC=ACTCTGCTCAATAATAAGCTG;SOR=0.530;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=26;WE=15448319;WS=15448301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr2	15468025	rs2042145	T	C	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=731;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CACTATCTAGTAGGGTGCCTT;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=47;WE=15468033;WS=15468015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,82:0.64:129
chr2	15471002	rs6759219	C	A	175.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AAGACAGACACATTTAAAAAT;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=15471010;WS=15470992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr2	15491994	.	GCACACACACACA	G,GCA	5195.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;QD=38.49;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,29,106:0.21,0.79:135
chr2	15493881	rs2277915	A	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=27;PP=782;SC=GAAGAAGAATATTCAATCTAA;SOR=1.057;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=44;WE=15493889;WS=15493871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	15519992	rs2058866	G	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=18;PP=504;SC=GTTATAGAGAGGGAAGATTCA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=15520000;WS=15519982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	15523266	rs6756934	A	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=227;SC=ATGGTCATCAATCTTGTATCC;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=15523274;WS=15523256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	15523307	rs3834149	TA	T	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.61;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	15523549	rs3755129	T	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=235;SC=CACCACTCTATATCCACATCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=15523557;WS=15523539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	15533689	rs2380650	T	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=135;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=152;SC=AACTATTCACTTACCAAATGA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=15533697;WS=15533679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	15533734	rs139494535	G	GAAATGAAAGCGTATGTCTACAC	1562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=2969;SC=TTGTCTGAGAGAAATGAAAGC;SOR=1.697;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=6;WE=15533742;WS=15533724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	15533779	rs9710889	G	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=106;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=16;PP=678;SC=ATGAAAAGTCGTAGCAACTTT;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=15533787;WS=15533769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	15533884	rs9710962	C	A	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=687;SC=AATACCATTCCGCAAACAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=15533907;WS=15533874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	15533895	rs13417550	A	G	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.96;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	15533899	rs11689153	A	G	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	15536509	.	G	GA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr2	15564718	rs10929367	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=509;SC=ATGTATGTGGTTTGTGTATCT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=15564726;WS=15564708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	15567649	rs3796002	T	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=191;SC=TCCTTTGTAGTATTTAATTTT;SOR=2.494;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=15567657;WS=15567639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	15601287	rs11411624	A	AT	2034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=11;PP=839;SC=TTATCAATATAAAAAAGAAGG;SOR=1.524;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=25;WE=15601295;WS=15601277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	15601441	rs7590340	C	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	15601574	rs7590458	C	T	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=264;SC=TATGAAACACCTTGAAATGAC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=15601582;WS=15601564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	15607842	rs4668909	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	15608013	rs4668910	C	A	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=75;SC=TGACTGATTTCATTATTGATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=15608021;WS=15608003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	15614404	rs13014906	T	C	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=50;PP=1674;SC=CTTCTCCAGCTCTAGTCTCCA;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=89;WE=15614412;WS=15614394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	15615910	rs1990754	A	G	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	15616013	rs1990755	C	G	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=38;PP=1093;SC=ATCTAAGAAGCGAAAAACAAA;SOR=1.758;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=48;WE=15616021;WS=15616003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	15616030	rs1990756	C	T	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	15618339	rs1125534	G	A	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=5;PP=206;SC=ATCACATTTCGTAGAACTCAC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=15;WE=15618347;WS=15618329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	15623608	rs10201564	C	G	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=167;SC=AAAATTAAGGCCGAAAATGAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=15623616;WS=15623598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	15644107	rs3732002	C	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	15644111	rs3732003	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.86;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	15644401	rs2287265	C	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=26;PP=643;SC=TAAAATGTCCCTTTATAATGA;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=15644409;WS=15644391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	15674686	rs13029846	T	C	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	15676686	rs10208972	G	A	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	15678368	rs7595512	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	15678482	rs2380657	T	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=13;PP=553;SC=CGTTTTTAGTTTCTCCACTCA;SOR=0.909;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=30;WE=15678490;WS=15678472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	15678501	rs66736557	GA	G	889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=386;SC=CATTATTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=19;WE=15678509;WS=15678491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	15691886	rs7572131	G	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=161;SC=CATATATATGGAATATAGTGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=15691894;WS=15691876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	15694164	rs34789730	T	TA	2416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.18;NF=8;NR=15;PP=948;SC=CAGAAAAACATTGAATTTCAC;SOR=1.107;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=15694172;WS=15694154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	15731998	rs10221770	A	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=9;PP=361;SC=CGCCACTGCCACGCCGTGTCA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=15732006;WS=15731988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	15732238	rs73915402	G	C	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=8;PP=129;SC=GATCAGGGGCGGCCGCGGCTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=15732246;WS=15732228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	15737480	rs2302931	C	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=8;PP=292;SC=AATATAGATACCTTTTGTTTC;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=15737488;WS=15737470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	15737698	rs2302932	G	A	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	15744123	rs3213793	T	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=6;PP=185;SC=TGAGCAGATTTTCTGTATATT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=15744131;WS=15744113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	15747234	rs55800266	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=422;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TTGTCCTAATGTTTTATAAGT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=28;WE=15747242;WS=15747224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr2	15747393	rs10929378	C	T	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=36;PP=1193;SC=AAACTTTGAACAACATCAAGC;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=15747401;WS=15747383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	15753307	rs3217220	A	AT	166.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=3.358;HP=13;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=1.979;SC=GCAGACTTTAATTTTTTTTTT;SOR=0.387;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=10;WE=15753315;WS=15753297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr2	15753482	rs2302935	C	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=402;SC=TGTTTTGTTTCAAGAAAATTT;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=15753490;WS=15753472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	15758293	rs3770466	T	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=225;SC=TTATTCTTTGTTTCTCATGCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=15758301;WS=15758283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	15763788	rs41264163	C	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=341;SC=CAATCTAGAACACATGCACAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=15763796;WS=15763778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	15768846	rs3835049	AT	A	1140.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=20;PP=604;SC=TACTTCTGCAATTTTTTTTCC;SOR=0.730;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=26;WE=15768854;WS=15768836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	15768939	.	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=268;ReadPosRankSum=1.570;SC=TGGCAATTTCCCTGGTGGCAA;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=15;WE=15768947;WS=15768929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	15770061	rs2302937	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=182;SC=ATGATAAAATGCAACTCTTTC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=15770069;WS=15770051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	15770775	rs3770471	C	T	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=45;SC=CTGGAGATAACTTGCCCAGTA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=15770783;WS=15770765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	15840505	rs4668460	C	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=15;PP=804;SC=ATGTTTGGATCTATTGCAGCC;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=15840513;WS=15840495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	15840522	rs4668461	G	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=23;PP=958;SC=AGCCATACTGGGAACATCAGG;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=15840530;WS=15840512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	15840645	rs4668962	T	C	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=41;PP=1357;SC=ACTGCCCCACTTCTGGACTTA;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=69;WE=15840653;WS=15840635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	15841230	rs1421610	T	A	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=234;SC=CTAAAGTGTTTATTGCTTTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=15841238;WS=15841220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	15841288	rs1421609	G	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=600;SC=CATTGATGTGGCTATCTGTGT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=15841296;WS=15841278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	16080809	.	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.618;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CGCCCCCCCGGCCCACCCGGA;SOR=0.133;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=13;WE=16080817;WS=16080799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr2	16745268	.	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,50:0.39:128
chr2	17696573	rs834514	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chr2	17698678	rs665312	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr2	17773524	rs2680827	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TTTCAACCTTGTTTTTATTCC;SOR=0.950;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=6;WE=17773532;WS=17773514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr2	17836722	.	TCA	T,TCACA	282.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.34;QD=18.85;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,10:0.33,0.67:15
chr2	17883218	rs11681696	T	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	17884495	rs1065381	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=0.741;SC=TTTTCAAGGGCAGATAAATGT;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=17884503;WS=17884485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	17888457	rs6734462	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=224;ReadPosRankSum=0.892;SC=CAGTGGGAATGATACAGTAAA;SOR=0.979;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=16;WE=17888465;WS=17888447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr2	17890091	rs10657992	G	GTATA	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=184;ReadPosRankSum=0.094;SC=TGAAAATTGTGTATATATATA;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=6;WE=17890099;WS=17890081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	17897488	rs35195207	T	C	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,70:0.64:110
chr2	17898326	rs12469221	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr2	17899558	rs77083822	C	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-1.294;SC=AAATAATTATCTATAGTTCAT;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=17899566;WS=17899548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
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chr2	17927275	rs12474069	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=1.834;SC=ATATTAAACTCAACAAAATAA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=17927283;WS=17927265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr2	17954421	rs300177	C	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	17959420	.	T	TAC	31.07	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9987;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=0.967;SC=TATATATATATACACACACAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=17959428;WS=17959410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr2	17962450	rs300168	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,39:0.32:120
chr2	17962518	rs300169	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=214;ReadPosRankSum=0.122;SC=CGAATATTTACAAAATTATCA;SOR=0.861;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=24;WE=17962526;WS=17962508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,30:0.27:112
chr2	17962993	rs149936944	CAAGTT	C	1029.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=662;ReadPosRankSum=-1.592;SC=GTGGCCATAACAAGTTGAGTA;SOR=0.758;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=16;WE=17963005;WS=17962983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr2	17963311	rs78136924	C	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=1.282;SC=TTAATGTTCTCTGTGTCATGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=17963319;WS=17963301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	17998025	rs34069439	A	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=721;ReadPosRankSum=0.009;SC=GGGGCAGCGAAGGCTGCAGTG;SOR=0.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=46;WE=17998033;WS=17998015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,62:0.67:92
chr2	17998095	rs35858730	C	T	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=20;PP=1232;ReadPosRankSum=-1.246;SC=CCAGCCCACCCACCTTCAGGG;SOR=0.536;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=68;WE=17998103;WS=17998085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,82:0.77:107
chr2	17998331	rs13001625	T	C	7000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=2.514;SC=CAGACCTCCTTAACCGCGGCA;SOR=0.696;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=260;TCF=106;TCR=154;TR=198;WE=17998339;WS=17998321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,312:0.73:427
chr2	18112473	rs4240213	G	A	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=39;PP=1497;SC=CCGATAAGGAGTACTACTTTG;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=79;WE=18112481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	18112808	.	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,47:0.26:184
chr2	18113623	rs4832524	A	G	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.476;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=995;ReadPosRankSum=-1.758;SC=GCGGATGCACACCTTCATTAC;SOR=0.419;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=64;WE=18113631;WS=18113613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,99:0.70:141
chr2	18113789	rs3747515	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5162;FS=8.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=466;ReadPosRankSum=0.971;SC=ATCCTTTCCCGACATTAGGTT;SOR=2.137;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=26;WE=18113797;WS=18113779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr2	18757501	rs3902946	G	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=296;ReadPosRankSum=0.835;SC=AGAATTTGTCGAGCCCATGCT;SOR=0.913;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=23;WE=18757509;WS=18757491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr2	18758293	.	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=0.070;SC=GAACCTAAAGGAAAGTTACCT;SOR=1.473;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=18758301;WS=18758283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	18765725	.	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GAGGGCGGCTGGAAGAGGCTG;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=11;WE=18765733;WS=18765715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	18766450	.	C	T	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=653;ReadPosRankSum=1.182;SC=TGTCTGCTTTCATTCTCCCCT;SOR=0.631;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=44;WE=18766458;WS=18766440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,101:0.71:142
chr2	18768850	rs16985306	A	G	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.03;ReadPosRankSum=-1.529;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,100:0.77:130
chr2	18770540	rs6720633	G	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=592;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TCCCTTTTCTGTACTCTTTCC;SOR=0.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=29;WE=18770548;WS=18770530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr2	20130970	.	C	CT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.722;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.187;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr2	20131079	rs1191778	T	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.717;NF=25;NR=22;PP=741;ReadPosRankSum=1.460;SC=CTTCATCTGTTCATGGTATTG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=47;WE=20131087;WS=20131069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,72:0.67:107
chr2	20131184	rs1191779	C	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=24;PP=665;SC=AAACATTTTTCAAAATTGAGG;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=20131192;WS=20131174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	20135283	rs6741091	T	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=2.092;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,55:0.34:164
chr2	20160250	rs12996974	G	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=1.550;SC=CCAGTGTTAGGTTTTTAAATT;SOR=0.665;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=20160258;WS=20160240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr2	20173255	rs10153717	A	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.071;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
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chr2	20189089	rs3731663	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.145;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,25:0.25:102
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chr2	20202811	rs11681705	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	20202929	rs28452699	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=196;ReadPosRankSum=0.933;SC=CACCTGAACACGTTTTCTTGT;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=18;WE=20202937;WS=20202919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr2	20205423	rs5829721	A	AAAAG	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=1.483;SC=TCCACCAAAAAAGAATAATAC;SOR=0.479;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=5;WE=20205431;WS=20205413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr2	20205680	rs28401180	C	T	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-2.223;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,79:0.35:228
chr2	20205848	rs28598872	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=551;ReadPosRankSum=1.736;SC=TTCGACCCACGGCCTGCTTCA;SOR=0.558;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=39;WE=20205856;WS=20205838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,52:0.32:160
chr2	20233135	rs1191824	T	C	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=167;SC=TAAATAGGGTTATACAAAACC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=20233143;WS=20233125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	20302490	.	G	GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.775;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-2.168;QD=60.40;ReadPosRankSum=0.264;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	20302527	rs12612373	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=0.900;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr2	20320480	rs11885236	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	20401858	rs11350492	TA	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=1.385;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr2	20403794	rs10205485	A	T	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=946;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CGTTGAGGCCAGATGAGTGGT;SOR=0.256;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=53;WE=20403802;WS=20403784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr2	20405050	rs6531225	A	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=387;SC=ACCACTGCCCACAGGCATGAC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=20405058;WS=20405040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	20423154	rs4666375	A	G	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=29;PP=888;SC=AGCAGTGGAGAACCCGAGTGC;SOR=2.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=20423162;WS=20423144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	20424062	rs138986173	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=1.150;SC=CTCCCGCGCCGGCCGCGCTGC;SOR=1.255;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=5;WE=20424070;WS=20424052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	20455176	rs111928251	GT	G	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr2	20462852	rs3796066	G	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=0.435;SC=GCTCTTAAAAGCTTCCAACTT;SOR=0.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=8;WE=20462860;WS=20462851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	20525948	rs9306890	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=293;ReadPosRankSum=0.526;SC=TTTCTTAGGGTTGAGAATTTT;SOR=0.631;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=17;WE=20525956;WS=20525938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr2	20699625	rs13010768	G	A	158.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GGCTGAGCAAGGTCCTTCACC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=20699633;WS=20699615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	20699667	rs342089	C	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=5;PP=272;SC=CAGCAGTCACCCCACATCTAG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=20699675;WS=20699657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	20700900	rs342088	A	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=10;PP=395;SC=CTTCTTTGCTAGCCTTGGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=20700908;WS=20700890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	20798006	rs34750020	CT	C	594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=269;ReadPosRankSum=0.724;SC=GCTTGTTTGCCTGCAACTAGA;SOR=0.644;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=8;WE=20798014;WS=20797996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr2	20818454	rs3732152	T	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=204;ReadPosRankSum=0.923;SC=GGGGCTGGGCTTCTGGTTGGC;SOR=0.319;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=19;WE=20818462;WS=20818444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr2	20818517	rs3732150	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=403;ReadPosRankSum=-0.506;SC=ATAAGACACATTGGGCTCTGG;SOR=0.450;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=30;WE=20818525;WS=20818507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,35:0.30:117
chr2	20818551	rs11680700	G	C	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.204;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=1146;ReadPosRankSum=0.801;SC=AGCCGCTCCCGCAGCCCGCAG;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=70;WE=20818559;WS=20818541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,94:0.66:143
chr2	20818764	rs3732149	C	T	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=1250;ReadPosRankSum=1.650;SC=AGGCTGGGGGCGGCCTGGGCT;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=72;WE=20818772;WS=20818754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,113:0.65:175
chr2	20818840	rs34708707	C	T	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.738;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1171;ReadPosRankSum=1.514;SC=TCTGCTCCTGCGGCTTCTGCT;SOR=0.866;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=77;WE=20818848;WS=20818830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,107:0.64:167
chr2	20822218	rs4666444	T	C	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=155;SC=CACCACAGAGTGGGGGGCCCA;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=20822226;WS=20822208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	20823612	rs13030108	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=0.261;SC=CTCTGTCCAGAACACTCTCAG;SOR=0.929;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=10;WE=20823620;WS=20823602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr2	20823724	rs6531248	T	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=15;PP=421;SC=CACAGGCGGCTGGCAGCAGGA;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=20823732;WS=20823714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	20823850	rs6733419	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=145;SC=ATGCCATGGCTGCTCTCTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=20823866;WS=20823840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	20824498	rs2305458	C	T	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=21;PP=961;SC=TTACGGTCCACGGATGACACG;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=20824506;WS=20824488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	20824691	rs17663045	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=-1.938;SC=GAGGATTTCCCACAAGTGTCC;SOR=1.513;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=10;WE=20824699;WS=20824681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr2	20838222	rs3796065	C	T	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1090;ReadPosRankSum=-1.096;SC=GGTCCAGCGCCTCCTCCTCCT;SOR=0.535;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=81;WE=20838230;WS=20838212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,137:0.69:200
chr2	20841059	rs4666449	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=22;PP=569;SC=GGTACGCCCGCCTGCTGCCCC;SOR=2.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=20841067;WS=20841049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	20845273	rs2304423	G	A	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=34;PP=1050;SC=CGCCTGCCAGGGGAAAAGAAG;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=20845281;WS=20845263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	20867122	.	G	GGGCGGCGGC	175.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.17;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	20870579	rs13013489	G	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=557;SC=CACTGCGGCGGCTGGGCTTCG;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=20870587;WS=20870569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	20871190	rs4666457	A	C	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.929;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=67;PP=1448;ReadPosRankSum=1.402;SC=AGGTAGCGCGAGGGCCGGGGA;SOR=2.197;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=21;TCR=67;TR=87;WE=20871198;WS=20871180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr2	20884550	rs11693849	C	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=541;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TCACAAAGACCATCCATGTGG;SOR=1.271;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=37;WE=20884558;WS=20884540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,63:0.68:92
chr2	20885321	rs17663874	C	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=-0.253;SC=AAGTTGGCAGCAAATCAGAGC;SOR=0.674;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=29;WE=20885329;WS=20885311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,36:0.28:130
chr2	21225281	rs1042034	C	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=13;PP=763;SC=GATATAATCACTGAAGATTGT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=21225289;WS=21225271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	21225354	rs72654423	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr2	21225651	.	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-2.182;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,29:0.23:127
chr2	21227169	.	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chr2	21228485	.	G	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1493;ReadPosRankSum=-1.167;SC=ATCTGTAAATGGGACATGGAA;SOR=0.729;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=81;WE=21228493;WS=21228475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,108:0.68:158
chr2	21228827	rs1801701	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=174;ReadPosRankSum=-0.744;SC=AGAATGAATCCGGACTTCATT;SOR=0.901;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=16;WE=21228835;WS=21228817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr2	21232195	rs693	G	A	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=58;PP=2375;SC=TATCTTCTAGGGTCTCTCGGA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=118;WE=21232203;WS=21232185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	21232803	rs584542	TG	CA	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=38;PP=2331;SC=TGCTCAAGAATGTCATTTATT;SOR=1.012;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=62;WE=21232812;WS=21232793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	21233235	.	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=0.148;SC=GATAGTTTTTCATTAAAGTTG;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=12;WE=21233243;WS=21233225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr2	21235121	.	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=405;ReadPosRankSum=0.142;SC=GGAGAGGGTTCCATCTTCATA;SOR=0.337;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=34;WE=21235129;WS=21235111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,52:0.40:130
chr2	21235475	rs568413	T	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=27;PP=913;SC=AGACCCATCATATGATAGTGT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=21235483;WS=21235465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	21236482	rs488329	A	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	21237379	.	G	A	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=523;ReadPosRankSum=0.053;SC=TCTGGAGGTTGAACTCCTTCA;SOR=0.409;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=35;WE=21237387;WS=21237369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,57:0.70:82
chr2	21238046	rs375894411	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=752;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TTAGGATAATCGGAGAGATCC;SOR=0.973;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=42;WE=21238054;WS=21238036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr2	21238413	rs12713844	C	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr2	21255573	rs10701091	C	CCATCT	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=43.84;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	21263900	rs1367117	G	A	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=23;PP=651;SC=CTCTTTCAGGGTGCACTGGCT;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=21263908;WS=21263890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	21266774	rs17240441	GGCAGCGCCA	G	1128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=2985;SC=CAGCAGCGCAGGCAGCGCCAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=15;WE=21266790;WS=21266764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	21361693	.	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.239;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=327;ReadPosRankSum=1.735;SC=GAGTTTTATGGGAAATATTGA;SOR=0.430;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=21;WE=21361701;WS=21361683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,40:0.82:49
chr2	21363804	.	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=382;ReadPosRankSum=3.272;SC=GCATGGAAAAGAGTAATAAAA;SOR=0.608;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=26;WE=21363812;WS=21363794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr2	21364562	rs113588790	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=428;ReadPosRankSum=1.269;SC=GGAATCCATGCTTTTCTTAGT;SOR=0.531;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=29;WE=21364570;WS=21364552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr2	23785001	.	C	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=854;ReadPosRankSum=0.892;SC=AATCACCCTTCTCTCCACCCT;SOR=0.983;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=57;WE=23785009;WS=23784991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,77:0.66:117
chr2	23860176	rs7422570	G	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=809;ReadPosRankSum=1.279;SC=CAGGGCACTCGTTAAAAGCTG;SOR=0.621;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=51;WE=23860184;WS=23860166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,85:0.73:117
chr2	23862187	rs540290	C	G	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=494;ReadPosRankSum=-0.197;SC=CGACTGAGCCCAGGGCTTGGC;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=43;WE=23862195;WS=23862177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,75:0.41:185
chr2	23865260	rs642931	T	C	6248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=76;PP=2802;SC=CCACCCTGATTGCACACTCCT;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=90;TCR=76;TR=166;WE=23865268;WS=23865250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	23865908	rs527176	G	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr2	23914780	rs2551352	G	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-2.156;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,25:0.23:108
chr2	23925980	rs12466745	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr2	23926659	rs3795948	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=-0.052;SC=ATGCCAGAGCTACCACCATCT;SOR=0.845;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=21;WE=23926667;WS=23926649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,40:0.25:159
chr2	23974988	rs2551323	A	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.845;SC=CATGTTATCTATTAAGGGAAA;SOR=0.399;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=23974996;WS=23974978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	23984992	rs2551329	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=261;ReadPosRankSum=1.083;SC=GGAAAAGAGCGGCACTTTGTT;SOR=1.708;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=17;WE=23985000;WS=23984982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr2	24009163	rs9636434	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=56;ReadPosRankSum=-1.462;SC=GCATTCTCTCAAAATGTTCTT;SOR=0.776;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=7;WE=24009171;WS=24009153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr2	24042550	rs2879639	C	T	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	24055058	rs10432637	G	C	4295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=1912;ReadPosRankSum=1.733;SC=ACACCCCACTGTCTTTAGTTT;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=95;TCR=104;TR=122;WE=24055066;WS=24055048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,202:0.62:324
chr2	24080274	rs2712089	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.387;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	24108557	rs72790304	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.526;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=1.768;SC=CAATTAAAATGAAAAATATTT;SOR=0.186;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=16;WE=24108565;WS=24108547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr2	24108652	rs7579201	T	C	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=36;PP=1168;SC=TCGACGATTCTGTCGGATGTT;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=74;WE=24108660;WS=24108642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	24111078	rs17045983	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	24181159	rs12616678	G	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=0.871;SC=TACTTTCTTTGTACTTTTACA;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=24181167;WS=24181149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	24233135	.	T	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	24246679	rs925228	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-1.444;SC=TACCAAGCTCAGGGCATCCAT;SOR=0.392;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=14;WE=24246687;WS=24246669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr2	24248474	rs77944820	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=0.825;SC=GTGTCCTGAAGGGACTGGCCC;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=17;WE=24248482;WS=24248464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr2	24255862	rs10179142	C	G	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=39;PP=1228;SC=CAGAAGTAATCGAGTTAACAT;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=24255870;WS=24255852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	24256071	rs17763463	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=0.104;SC=TCTCCTAGAATACAACTAATA;SOR=0.572;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=16;WE=24256079;WS=24256061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,32:0.35:92
chr2	24272645	rs116520786	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	24276736	rs11125393	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.506;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
chr2	24291445	rs72783611	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr2	24302246	rs2303287	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.369;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=422;ReadPosRankSum=0.345;SC=CTTCCTTTCTCGGGGTAATGT;SOR=0.172;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=29;WE=24302254;WS=24302236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr2	24307260	rs5829915	A	ACAGGG	1264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.929;NF=0;NR=21;PP=993;ReadPosRankSum=0.050;SC=GCAGGACAGGACAGGGCAGGG;SOR=0.332;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=21;WE=24307268;WS=24307250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr2	24342505	rs1056122	T	C	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=27;PP=1332;SC=TGTAAGTTGCTACCAGAAGAT;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=24342513;WS=24342495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	24342532	rs1134516	G	A	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=339;ReadPosRankSum=1.532;SC=GGGTCTTCACGACAACCACAC;SOR=0.588;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=29;WE=24342540;WS=24342522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,45:0.37:121
chr2	24344060	rs33913065	T	G	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=944;ReadPosRankSum=0.738;SC=AATATTCATCTGCCCGGACAC;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=64;WE=24344068;WS=24344050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,117:0.68:173
chr2	24345196	.	C	CA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	24369674	rs11693860	C	T	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=38;PP=1325;SC=ACAAGGATAACGAAAAAAGAA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=24369682;WS=24369664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	24384424	rs4665667	T	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=18;PP=845;SC=ATTTGAAACCTTTGGCAAGAG;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=24384432;WS=24384414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	24386925	rs35664527	C	CA	423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=399;SC=TATTTTCACACAAAAAAAGTA;SOR=2.948;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=15;WE=24386933;WS=24386915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	24387178	rs113322110	G	GC	1158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=813;SC=TTGAGCCTCAGCAGGAACGGG;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=24387186;WS=24387168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	24388096	rs4665668	G	A	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=2;PP=112;SC=AGCTGGCACCGATGTCTCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=24388104;WS=24388086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	24395269	rs918802	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=3;PP=439;SC=AGCCTTTCCTTCGTTCAAGTA;SOR=2.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=22;WE=24395277;WS=24395259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	24395294	rs918803	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	24395506	rs889830	T	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=18;PP=487;SC=CGGACTCAAGTGATCCTCCCA;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=24395514;WS=24395496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	24398281	rs2042467	T	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=7;PP=602;SC=CCCAAAGGCCTGGCTCTCAAC;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=24398289;WS=24398271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	24400769	rs55661701	A	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	24402127	rs61193015	C	CAA	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=641;SC=TAAAATGAAACGAGAATGTTG;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=24402135;WS=24402117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	24413298	rs2288073	A	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=9;PP=538;SC=AAGCTCATCTATGCAGACAAG;SOR=0.986;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=24413306;WS=24413288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	24429243	.	AAGGAAGGTGGAGATGCAGGGGGCCGGCGGGG	A	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.004;NF=1;NR=2;PP=1034;ReadPosRankSum=0.262;SC=GCCCGGCGGGAAGGAAGGTGG;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=3;WE=24429281;WS=24429233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr2	24431184	rs2303291	C	T	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=39;PP=1338;SC=TGCACCCAGGCGGTCCTACGG;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=24431192;WS=24431174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	24432138	rs2303292	C	T	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=35;PP=1155;SC=GGCTAGAACACTCCACCCGCC;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=64;WE=24432146;WS=24432128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	24432211	rs2303293	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=25;PP=665;SC=AGGGGTCTAGCGTCTAAGGTC;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=24432219;WS=24432201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	24432667	rs2303295	C	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=22;PP=1148;SC=TGATGCTACCCCCAGACGCGT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=24432675;WS=24432657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	24432839	rs2303296	A	G	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=54;PP=1529;SC=GTCTTGTATAATTTCCCACTG;SOR=1.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=83;WE=24432847;WS=24432829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	24432937	rs2303297	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=384;SC=TTTTAAATCCCGGCACAAACC;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=24432945;WS=24432927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	24440997	rs2551183	A	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=18;PP=468;SC=AATAATGTCAACATAAACTGA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=24441005;WS=24440987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	24475205	rs4450560	T	C	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=29;PP=1686;SC=GATTTTAATATCAAAATACCT;SOR=1.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=91;WE=24475213;WS=24475195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	24484150	rs4665680	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=261;SC=TATAAGTATATTTATTTGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=24484158;WS=24484140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	24498839	rs4411652	T	G	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	24509370	rs17733015	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=9;PP=171;SC=AACATTCAGTTGTTATTTCCA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=24509378;WS=24509360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	24521493	rs7559133	C	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=15;PP=714;SC=CAGGTAGCTCCATCATCATTC;SOR=0.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=37;WE=24521501;WS=24521483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	24521766	rs6707600	C	T	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=10;PP=237;SC=CAATAAAAGTCAGGCAGAGTT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=24521774;WS=24521756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	24524725	rs72793213	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=309;SC=CTTTTCAAGTATAACTTGTTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=24524733;WS=24524715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	24524958	rs7603997	C	T	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	24550867	.	CAA	C,CA	1652.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.723;QD=13.89;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,26,80:0.22,0.67:119
chr2	24881530	rs201529302	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=293;ReadPosRankSum=0.596;SC=TCCTGTTTAGGTGTGAAGTTT;SOR=0.380;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=20;WE=24881538;WS=24881520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr2	24896389	rs4665712	T	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=16;PP=425;SC=GCCAGTTTGGTTTTTTCTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=24896397;WS=24896379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	24905927	rs11125744	G	C	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=31;PP=1099;SC=TAATGAATACGAGCGTCTACA;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=57;WE=24905935;WS=24905917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	24933689	rs7593430	A	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=254;SC=TTTCTTCATTATCTCAAAGTC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=24933697;WS=24933679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	24952712	.	C	CT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=-0.726;QD=3.19;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr2	24952740	rs11439247	C	CT	1349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=924;SC=CGAAGTCTCACCTGTCACCAG;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=23;WE=24952748;WS=24952730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	24974945	rs11125763	T	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=14;PP=456;SC=AGAGTTCTCTTCTCCAGCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=24974953;WS=24974935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	25022598	rs1550116	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr2	25037042	rs1003064	G	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=187;SC=GACCTGTACAGTCTCCACTTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=25037050;WS=25037041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	25039804	rs2099505	G	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=207;SC=TTTATATACTGTACATTACTC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=25039812;WS=25039794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	25040423	rs10178420	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-0.750;QD=16.78;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr2	25043020	.	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=1.024;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	25046090	rs1127568	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=13;PP=441;SC=AGTCAAAATCTGAGATGATTT;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=32;WE=25046098;WS=25046080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	25046355	rs4665273	T	C	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	25047408	rs7604576	A	G	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=555;ReadPosRankSum=-1.978;SC=TTTTCTACCTACAGACACAGA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=37;WE=25047416;WS=25047398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr2	25047484	rs1814391	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.917;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr2	25048847	rs2289090	A	G	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=19;PP=1104;SC=CTTAGGTCCCAGGGCTGCTTC;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=25048855;WS=25048837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	25050977	rs7566416	T	C	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=44;PP=1485;SC=TGCCCTCCGTTTCCATCCCTG;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=25050985;WS=25050967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	25053828	rs1056074	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr2	25057298	rs2278486	C	G	157.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.53;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr2	25059745	rs77760734	T	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	25061270	rs145368937	GGGGTGGGGT	G	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CCCTAATCCAGGGGTGGGGTG;SOR=0.560;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=6;WE=25061286;WS=25061260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	25061808	.	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.53;ReadPosRankSum=0.637;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	25065274	rs41281519	T	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=-0.863;SC=CAGGAGAGGGTCAGAGGCAAA;SOR=0.863;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=21;WE=25065282;WS=25065264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,43:0.33:132
chr2	25100738	rs10865315	C	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=138;ReadPosRankSum=1.591;SC=AGGGCAACAGCTGTACCTGGG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=12;WE=25100746;WS=25100728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr2	25100902	rs2033656	C	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr2	25141434	rs61732745	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=3.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.822;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,52:0.26:199
chr2	25141538	rs11676272	A	G	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=38;PP=1079;ReadPosRankSum=2.422;SC=ACGGCGAGGGAAGCCAGCTTG;SOR=0.863;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=285;TCF=152;TCR=133;TR=88;WE=25141546;WS=25141528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,157:0.33:472
chr2	25194741	rs7593864	G	A	6301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=78;PP=2507;SC=GAGACCTGCCGGGCTCCTTCC;SOR=0.878;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=137;WE=25194749;WS=25194731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
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chr2	25377176	rs2164808	T	C	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=48;PP=1576;SC=TCCCCGTCTATGAAATGAAGT;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=90;WE=25377184;WS=25377166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	25383887	rs1042571	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=445;ReadPosRankSum=0.437;SC=CAGGGCAGGGGAGAGCAAGGG;SOR=1.314;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=28;WE=25383895;WS=25383877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr2	25458546	rs2304429	C	T	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=591;ReadPosRankSum=-0.569;SC=ACAGCCACACCGCAGCCAGAT;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=33;WE=25458554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,68:0.74:92
chr2	25463483	rs2289195	G	A	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=382;ReadPosRankSum=0.026;SC=CAGCTGAGAAGGTGGAGGGGA;SOR=0.362;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=25;WE=25463491;WS=25463473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,53:0.65:82
chr2	25466888	rs2289093	G	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=498;ReadPosRankSum=-1.492;SC=TGCAGGCCCAGCGGTGTCCCA;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=31;WE=25466896;WS=25466878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr2	25469913	rs2276599	C	T	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1096;ReadPosRankSum=0.773;SC=CCAGCAGGGACACTCACCTGC;SOR=0.523;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=79;WE=25469921;WS=25469903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,99:0.71:139
chr2	25472784	rs11681447	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=0.736;SC=GCTGCGAATGCAAACCCATCC;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=25472792;WS=25472774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	25498565	rs55896493	C	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-1.425;SC=GATGGCCCACCACATGCCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=25498573;WS=25498555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	25551692	rs12995245	C	T	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=125;SC=TGTGGGTCTGCAGGCTCACCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=25551700;WS=25551682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	25602142	rs2304426	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=398;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GGGAGGCAGAGGACTCTTTGT;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=34;WE=25602150;WS=25602132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,54:0.39:140
chr2	25602310	rs2304427	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=394;ReadPosRankSum=0.122;SC=TTGCTTCTCCCGTTACTCGTT;SOR=0.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=46;TCR=72;TR=35;WE=25602318;WS=25602300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,53:0.28:189
chr2	25606850	.	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.721;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr2	25610287	rs66917623	G	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=1.075;SC=CAGGGTGGGTGAGCGTGGAGA;SOR=0.709;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=13;WE=25610295;WS=25610277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr2	25642294	rs17745893	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=236;ReadPosRankSum=0.870;SC=AGAGATGATGTGCGGGGAGAA;SOR=0.595;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=24;WE=25642302;WS=25642284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr2	25650631	rs34648410	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=252;ReadPosRankSum=-0.227;SC=TTAGCATCCAATACCTCATAA;SOR=4.079;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=16;WE=25650639;WS=25650621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr2	25650668	rs3832082	C	CT	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=216;ReadPosRankSum=1.114;SC=GTTTTGCCTACTTCCTGGACT;SOR=1.714;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=8;WE=25650676;WS=25650658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr2	25655772	rs7583475	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GCCGCAGCTCTGCCAGCAGCG;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=15;WE=25655780;WS=25655762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr2	25656880	rs1395949	C	G	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.67;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	25656889	rs11451153	G	GT	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=7.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr2	26082057	rs13422450	T	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=2;PP=53;SC=TTGATTCTCCTAACCTAGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=26082065;WS=26082047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	26161226	rs11388254	C	CA	301.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.625;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,22:0.85:26
chr2	26203678	rs1465878	T	C	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=61;PP=2149;SC=CTCGTTCACCTGGGGCTTGTT;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=137;WE=26203686;WS=26203668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	26204640	rs6721440	G	A	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.285;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,63:0.34:184
chr2	26257552	.	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,26:0.26:100
chr2	26321526	rs11678157	T	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=10;PP=366;SC=TTTTCTGCATTGTAGGAATAG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=26321534;WS=26321516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	26350136	rs2289022	G	T	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=15;PP=436;SC=ACTCTGCTCTGTCTTTGTAAA;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=26350144;WS=26350126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	26357748	rs2243834	G	T	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=17;PP=1198;SC=CTGTTGAATCGTGATTTTATC;SOR=1.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=26357756;WS=26357738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	26399214	rs4665830	G	A	6935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=75;PP=2637;SC=CCTTCCCAGGGGAGTACGCCG;SOR=0.834;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=141;TCF=66;TCR=75;TR=138;WE=26399222;WS=26399204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr2	26405985	rs10779956	A	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=25;PP=713;SC=CTCCCTCACCAGGTGTGGTGT;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=26405993;WS=26405975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	26408064	rs4665833	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	26415429	rs5001914	A	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=394;SC=GCCGAGGCGGAGGATCATTTG;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=26415437;WS=26415419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	26416301	rs7582341	A	G	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=12;PP=839;SC=CCTGACTCATAAAATCATTTT;SOR=1.519;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=41;WE=26416309;WS=26416291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	26417533	rs1865324	C	A	138.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=5;PP=56;SC=ACATGAGCTCCCTGGCCCTGC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=26417541;WS=26417523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	26420708	rs13387855	T	G	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=27;PP=910;SC=AGAGGCCACATCAAAGCTAAT;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=26420716;WS=26420698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	26420809	rs2289019	G	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=429;SC=CACCTAGGGGGTTTTGTGTCG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=26420817;WS=26420799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	26454996	rs7593175	A	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=368;SC=TAAAGAGGGCATATAGCTTCA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=26455004;WS=26454986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	26477125	rs147970487	G	GACT	800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=2;PP=669;SC=ATTCCAGAATGACTATCTTGA;SOR=2.419;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=13;WE=26477133;WS=26477115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	26512957	rs1056471	G	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=8;PP=188;SC=CTATTAAATAGTTTGCACTTA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=26512965;WS=26512947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	26532491	rs2007556	G	T	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	26532735	rs3856397	G	A	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=6;PP=441;SC=TGACTGCTCTGACCAGGCTGC;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=26532743;WS=26532725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	26533023	rs3851967	C	T	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=38;PP=1296;SC=CCCCGGCCTGCGGGCTGCAAG;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=74;WE=26533031;WS=26533013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	26534244	rs150925353	C	T	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=691;ReadPosRankSum=1.593;SC=ACACAAGCAGCGCCAGTATGG;SOR=0.715;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=237;TCF=125;TCR=112;TR=70;WE=26534252;WS=26534234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,134:0.31:432
chr2	26534617	rs201936475	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.762;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=350;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GTCCAGTTTTCGCAGCACCAG;SOR=0.312;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=24;WE=26534625;WS=26534607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr2	26534801	rs7568529	G	A	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=13;PP=516;SC=GCGAAGGGGTGGTCCTGTGGG;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=29;WE=26534809;WS=26534791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	26536694	rs2052937	C	T	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=27;PP=1234;SC=AGGTCACAAGCGTACGTGGTG;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=26536702;WS=26536684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	26537499	rs10187359	A	C	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=55;PP=1844;SC=CACCTGCAGAAACGTGTGTGC;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=91;WE=26537507;WS=26537489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	26540338	.	C	T	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=4.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.926;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,92:0.67:137
chr2	26587076	rs11674089	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=172;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GCGCCACTGCGCCTGGCTTTA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=11;WE=26587084;WS=26587066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr2	26590084	rs6748996	T	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=634;ReadPosRankSum=1.751;SC=TAGCCTACACTCTAGGTAAGG;SOR=0.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=46;WE=26590092;WS=26590074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,74:0.70:106
chr2	26590118	rs6731447	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=479;ReadPosRankSum=-1.970;SC=TTACTATAGTCAGTGACTGGT;SOR=0.656;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=39;WE=26590126;WS=26590108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr2	26606347	rs13030294	T	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	26607992	rs934280	T	C	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=33;PP=1168;SC=TTGGAACAGCTTTTGCCAACA;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=26608000;WS=26607982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	26609469	rs7585892	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=514;ReadPosRankSum=-0.398;SC=AAATGCCTCCGAGTAGAAAGG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=30;WE=26609477;WS=26609459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,44:0.83:53
chr2	26625042	rs13003230	C	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=0.479;SC=GGGCGGGATCCGCGCCGCAGG;SOR=1.107;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=17;WE=26625050;WS=26625032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr2	26647277	rs7423300	T	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	26652671	rs4356622	A	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=16;PP=400;SC=CTGCTCTTGGAGGGCCCCTGG;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=26652679;WS=26652661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	26653457	rs4450561	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=374;ReadPosRankSum=1.129;SC=TTGGAGTATCGTCTTCATAAT;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=37;WE=26653465;WS=26653447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,55:0.27:201
chr2	26663187	.	T	TTG	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr2	26667615	rs939820	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=389;SC=TGAGAAGTTTTGGGAGATTTG;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=26667623;WS=26667605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	26671544	rs4072407	A	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	26676322	rs1402962	A	G	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	26676467	rs140605392	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=282;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CAGGGGAGCTGGATGGGCTGG;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=17;WE=26676475;WS=26676457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	26677810	rs2280516	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=12;PP=490;SC=CATGTGGGGCAGTTGGCTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=26677818;WS=26677800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	26679362	rs35313480	G	A	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=31;PP=969;SC=TCCCACTCAGGTGTTGCGGGT;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=26679370;WS=26679352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	26683777	rs45442103	G	A	7427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=102;PP=2965;SC=AGCCTTTGACGCGCTTTTGCT;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=69;TCR=102;TR=170;WE=26683785;WS=26683767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr2	26707261	.	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=307;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GGCAGGTGCTCTCAGCAAACC;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=17;WE=26707269;WS=26707251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr2	26724460	.	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=0.286;SC=TACTTCTAGGAATGCCTCCCA;SOR=0.646;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=7;WE=26724468;WS=26724450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr2	26739247	rs7575020	T	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=216;ReadPosRankSum=0.751;SC=TCCCCGTGTCTTGGGAGCAGT;SOR=0.877;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=18;WE=26739255;WS=26739237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr2	26739423	rs11687696	T	C	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=489;ReadPosRankSum=0.324;SC=AGGAGCCCACTGTGCCGTCAG;SOR=0.650;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=43;WE=26739431;WS=26739413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,81:0.64:126
chr2	26741961	rs13031859	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=384;ReadPosRankSum=1.747;SC=AGCACCATGCGGAAGGTCCCG;SOR=0.713;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=122;TCF=40;TCR=82;TR=33;WE=26741969;WS=26741951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,57:0.28:202
chr2	26750557	rs10865425	T	C	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=596;SC=CAGCCCAAGATTTCTTCGGTC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=26750565;WS=26750547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	26750645	rs1879760	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=283;ReadPosRankSum=0.560;SC=CCAAGGAGAAGAGCAGGCTCC;SOR=0.570;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=24;WE=26750653;WS=26750634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,38:0.33:115
chr2	26795217	rs59491712	GT	G	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.89;ReadPosRankSum=0.080;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	26795235	rs13004284	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=0.172;SC=TTTTTTTTCTCTTGAATCATC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=26795243;WS=26795225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	26798893	rs13002673	A	T	8365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.954;SC=CCTTCAGCCAAGGCGGCCATT;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=333;TCF=160;TCR=173;TR=221;WE=26798901;WS=26798883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,395:0.67:591
chr2	26798927	rs112873448	C	G	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.792;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,169:0.34:503
chr2	26799031	rs2272464	G	A	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=955;ReadPosRankSum=0.625;SC=CAGAGCTTACGAATTTCTACC;SOR=0.399;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=97;TCF=20;TCR=77;TR=58;WE=26799039;WS=26799021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,73:0.58:126
chr2	26799091	rs2272465	C	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=171;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GCCCACCTGCCCCCACCACGG;SOR=0.382;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=12;WE=26799099;WS=26799081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr2	26800422	rs1053807	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=558;ReadPosRankSum=0.166;SC=AAGACAAGACGGGCACAGTGC;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=41;WE=26800430;WS=26800412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,61:0.35:174
chr2	26802392	rs2272467	A	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-1.129;SC=TTTAGCCATGACCATGCTACC;SOR=1.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=8;WE=26802400;WS=26802382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr2	26804122	rs744539	T	G	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=852;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TAGAGGTGAGTGTGGGCCCAG;SOR=2.122;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=42;WE=26804130;WS=26804112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr2	26804143	rs744540	T	C	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=20;PP=1182;SC=TACAAAGTCATACTTCAAACC;SOR=1.367;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=26804151;WS=26804133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	26804218	rs935171	G	A	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=50;PP=1897;SC=CATGTCAGGTGTTTGCCGCTA;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=109;WE=26804226;WS=26804208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	26804247	rs935172	T	C	5309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=56;PP=2013;SC=TCCCCAGAAGTGAATCCGAAA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=119;WE=26804255;WS=26804227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	26818006	rs1148962	T	C	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=30;PP=1254;SC=CTCTATGGCCTTTCCACCCCT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=69;WE=26818014;WS=26817996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	26818021	rs1148963	C	T	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=32;PP=1257;SC=ACCCCTCACCCCTCAGTCCCC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=71;WE=26818029;WS=26818011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	26846282	rs1615551	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.624;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=192;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CCCCACCTACTTTTAGGATTT;SOR=0.968;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=17;WE=26846290;WS=26846272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr2	26951449	rs1663002	G	A	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=27;PP=873;SC=GCCCCGAGGGGCCTGGAGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=26951457;WS=26951439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr2	27015969	rs2289018	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=263;ReadPosRankSum=1.903;SC=AAAGCAGCCCGTGGCCCTTCA;SOR=1.051;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=20;WE=27015977;WS=27015959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
chr2	27157396	rs920437	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr2	27164806	rs3820823	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr2	27167617	rs41288789	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=277;ReadPosRankSum=0.019;SC=AACCCCACTCGCAGACACTCC;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=23;WE=27167625;WS=27167607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr2	27167784	rs3739088	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.230;SC=TCTTTTGTGTCCTCTCCTCCC;SOR=0.242;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=27167792;WS=27167774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr2	27169637	rs3835821	TC	T	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=324;ReadPosRankSum=1.662;SC=TGAGCCTCTGTCTCCTCATCT;SOR=0.339;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=10;WE=27169645;WS=27169627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	27169842	rs11126784	C	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=422;ReadPosRankSum=0.483;SC=CTCCCGGAGGCAGGTCGAGTG;SOR=0.853;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=33;WE=27169850;WS=27169832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,55:0.40:136
chr2	27246285	rs10865456	C	T	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=33;PP=1703;SC=AACTAGAGCACGAATACATCC;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=27246293;WS=27246275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	27249245	rs3754733	A	G	4511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	27259794	rs13021112	G	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=8;PP=459;SC=AGAATGTGATGGTGAGGAAGG;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=27259802;WS=27259784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	27261329	rs11690454	A	G	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=5;PP=265;SC=CCACCTGACTAGGGGGTTGTG;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=27261337;WS=27261319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	27261896	.	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=519;ReadPosRankSum=1.604;SC=ACAACTGTCTCCTGCTCCCCT;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=36;WE=27261904;WS=27261886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr2	27262763	rs146244277	GGGA	G	4120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=55;PP=2802;SC=CTGGGTGTCAGGGAGGAGGCG;SOR=1.847;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=59;WE=27262773;WS=27262753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	27262879	.	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.028;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.796;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=653;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CCCTCTTCCCCCACTTCCATC;SOR=1.626;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=31;WE=27262887;WS=27262869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr2	27263122	rs1866654	T	C	5206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=62;PP=2594;SC=AGCAGAATTCTGGGAAAGGAG;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=143;WE=27263130;WS=27263112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	27276202	rs3806520	G	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=17;PP=1034;SC=GGCTGGCTCCGGCTCTCCCAC;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=27276210;WS=27276192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	27279416	rs2384570	A	G	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=16;PP=810;SC=TCACATGGTCACATACTTGCT;SOR=1.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=27279424;WS=27279406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	27280092	rs6711384	T	A	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=13;PP=789;SC=TTGCCTCCTTTGACCACCTAA;SOR=1.371;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=40;WE=27280100;WS=27280082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	27280127	rs6721395	G	A	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=16;PP=1233;SC=TTCTGTCCTGGTATCTGTTCA;SOR=1.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=27280135;WS=27280117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	27290525	rs11681145	A	G	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=73;PP=2556;SC=GTCTGTACCCACTGCCACTGA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=68;TCR=73;TR=141;WE=27290533;WS=27290515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	27291661	rs7575465	G	A	157.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=166;ReadPosRankSum=-0.489;SC=AACCCAGCAAGGCACTGTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=27291669;WS=27291651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
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chr2	27293150	rs1053609	G	T	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=37;PP=1018;SC=TTATGTTCAAGCCCAGGATAT;SOR=1.148;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=56;WE=27293158;WS=27293140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	27302165	rs2289360	T	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=39;PP=883;SC=ATGCCACCTCTGCCTGGCTCT;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=27302173;WS=27302155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	27303755	rs2736976	A	G	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=47;PP=1344;SC=CCCCTGGCCCAGCCTGCCCGC;SOR=1.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=72;WE=27303763;WS=27303745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	27307769	rs2304682	G	C	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=27;PP=1276;SC=ACGTAGCACCGAGCACAACAG;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=68;WE=27307777;WS=27307759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	27319826	rs9677784	A	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=13;PP=419;SC=TTCAGGTGAGAAAACTAAGGC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=27319834;WS=27319816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	27323468	rs4665371	A	C	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=17;PP=563;SC=GACCTGGATTAAAATCTGCCA;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=27323476;WS=27323458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	27324036	rs1057394	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=356;SC=CTGGGACCAGGCAGGGGGCAC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=27324044;WS=27324026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	27324340	.	G	A	616	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=4;MMLQ=27;NF=10;NR=12;SC=CTCTGGGCCCGGGGGCATCTC;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=22;WS=27324330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,22:0.51:43
chr2	27324724	rs2384571	G	C	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=51;PP=1867;SC=TCAGGTCCTGGGTCTCGAGCA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=101;WE=27324732;WS=27324714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	27324751	rs2384572	G	T	5545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=52;PP=2169;SC=CCACTATCAAGATCACCTGTG;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=115;WE=27324759;WS=27324741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	27351279	rs1866561	G	A	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=14;PP=746;SC=AAAAGTCAGGGAAGTGGGGCA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=27351287;WS=27351269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	27351948	rs6715286	T	G	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=2067;ReadPosRankSum=1.844;SC=GTAGCCAGGATACATACGTCT;SOR=0.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=109;WE=27351956;WS=27351938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr2	27354173	rs11126874	C	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=4;PP=333;SC=ATCTTGTCAGCGGCAACCTCA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=27354181;WS=27354163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	27355454	rs4665948	A	C	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=339;SC=TTCAGCCACCACCCAAAGTCT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=27355462;WS=27355444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	27361179	.	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	27361179	.	CC	TT	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=56.82;NF=1;NR=2;PP=40;QD=31.1559582874;SC=AGCACCTGGTCCTTGTTTTGA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=27361188;WS=27361169;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	27361180	.	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	27424496	rs1006898	G	A	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=9;PP=715;SC=TCAAAGGAGGGCTTTGAGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=27424504;WS=27424486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	27424636	rs1395	G	A	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=56;PP=2663;SC=TGGCATGCTGGAGCCCATGCT;SOR=0.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=79;TCR=56;TR=134;WE=27424644;WS=27424626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	27426514	rs1275521	G	C	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=48;PP=2512;SC=CCCTTGTCATGCACACAGATG;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=82;TCR=49;TR=130;WE=27426522;WS=27426504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	27428147	rs1298361	A	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=17;PP=1216;SC=TACTATAGCCAAGACCAGCCT;SOR=2.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=66;WE=27428155;WS=27428137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	27428295	rs1275524	A	G	10473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=104;PP=2965;SC=CTGACCCCACAATGATAACTG;SOR=0.856;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=137;TCR=104;TR=240;WE=27428303;WS=27428285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr2	27428702	rs1275525	A	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	27428815	rs1275526	C	G	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=28;PP=1644;SC=CTCAGCTTATCTCTTCTTTTC;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=27428823;WS=27428805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	27428877	rs1275527	C	G	5443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=52;PP=2147;SC=CCCCACACCACGGCTTACTGC;SOR=0.762;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=115;WE=27428885;WS=27428867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	27435250	rs1275533	A	G	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=674;SC=GCGCCTCACGACCCGGGTAGT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=27435258;WS=27435240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	27435374	rs11608	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=13;PP=423;SC=AAGCAGGGTCGCTGGCCAGCC;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=27435382;WS=27435364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	27440785	rs1275536	C	T	9129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=100;PP=2965;SC=AGGCCCTCACCGATCCCTCCT;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=229;TCF=126;TCR=103;TR=225;WE=27440793;WS=27440775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr2	27462056	.	C	T	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.940;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,55:0.33:165
chr2	27462403	.	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CATTTCTTCCCTTCCCAGCAC;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=10;WE=27462411;WS=27462393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr2	27463091	.	G	GA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.107;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,23:0.20:115
chr2	27466258	rs5830040	CT	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.363;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	27479615	.	G	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	27486134	rs113407226	G	A	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=847;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TCCCCCAGGCGAGCTAGCCCC;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=99;TCR=56;TR=66;WE=27486142;WS=27486124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,84:0.37:225
chr2	27522543	rs141577308	C	CCTAT	1832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.809;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.84;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr2	27535311	rs5830041	T	TG	7239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=55;PP=2936;SC=CTTCTTCCCCTGGCTGTCAGC;SOR=0.849;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=87;WE=27535319;WS=27535301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	27549833	rs35568684	CA	C	540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=3.033;HP=14;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.416;NF=2;NR=20;PP=227;ReadPosRankSum=-0.134;SC=GCTGTATGAACAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=22;WE=27549842;WS=27549823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr2	27550967	rs1049817	A	G	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
chr2	27556721	rs3739095	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=676;ReadPosRankSum=0.191;SC=GCTCAAATCAGTGCTTAATCC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=46;WE=27556729;WS=27556711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr2	27558252	rs11684134	A	G	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr2	27566520	rs11689803	T	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=409;ReadPosRankSum=-1.264;SC=TTCCCCATCTTTTCTCCCTCA;SOR=0.602;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=26;WE=27566528;WS=27566510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr2	27587724	rs1058065	G	A	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=978;ReadPosRankSum=-1.466;SC=TCACAGACCCGTTGGCCAAGA;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=66;WE=27587732;WS=27587714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,76:0.67:114
chr2	27589810	rs2280737	T	C	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=1235;ReadPosRankSum=-0.411;SC=TGAGCTAGAGTGAATGAAGAG;SOR=0.787;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=95;WE=27589818;WS=27589800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,137:0.62:222
chr2	27590666	rs41288829	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-1.973;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr2	27591804	rs80051818	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=204;ReadPosRankSum=-1.533;SC=AGAGCTGTTTTACTATTGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=12;WE=27591812;WS=27591794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	27592423	rs7602534	C	T	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=572;ReadPosRankSum=-2.056;SC=CTGCCTGAGACACAGACATAG;SOR=0.641;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=41;WE=27592431;WS=27592413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,83:0.62:133
chr2	27595756	rs1528533	G	C	337.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5273;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=285;ReadPosRankSum=0.613;SC=AGTAAATAGTGTACGAGGATG;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=15;WE=27595764;WS=27595746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr2	27597805	rs3215365	CTT	C	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=226;ReadPosRankSum=-0.911;SC=AGATCAAGGACTTACTGCAGA;SOR=0.758;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=6;WE=27597814;WS=27597795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr2	27598097	rs4665972	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.762;NF=6;NR=8;PP=224;ReadPosRankSum=-1.468;SC=GCTCTGCCTCTCAGATTCATG;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=14;WE=27598105;WS=27598087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr2	27599132	rs12475426	G	A	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=51;PP=1646;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GTCTTGAGAGGGAGGGGAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=72;TCR=70;TR=101;WE=27599140;WS=27599122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,126:0.69:183
chr2	27600239	rs13472	G	A	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,83:0.60:139
chr2	27606098	rs2384629	A	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=508;SC=TATTTCACAGAAATATAAGAA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=27606106;WS=27606088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	27656822	rs3214499	G	GA	1433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=809;ReadPosRankSum=-0.675;SC=AGTGATTTGTGACTCTGTTAT;SOR=0.601;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=20;WE=27656830;WS=27656812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr2	27659491	rs780102	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr2	27659832	.	C	CT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,24:0.21:117
chr2	27663215	rs1260341	T	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=240;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CATGCCTTCTTTGACATTTAA;SOR=0.544;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=19;WE=27663223;WS=27663205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr2	27663416	rs1260342	G	T	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=990;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GATTGGTCACGACCACTCTTG;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=70;WE=27663424;WS=27663406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,104:0.71:146
chr2	27665361	rs780112	C	G	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.691;SC=ACCCTTGCCCCGTCCTACTGC;SOR=0.351;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=67;WE=27665369;WS=27665351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,109:0.72:151
chr2	27667297	rs4803	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=-2.399;SC=CAGCTCTACCAACTACTGAAA;SOR=1.508;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=27667305;WS=27667287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	27667520	rs10635082	T	TTTTG	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.40;ReadPosRankSum=2.031;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr2	27669341	rs11333597	AT	A	1277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=737;ReadPosRankSum=-1.502;SC=ACTGCTCTGGATTCTCAAGCT;SOR=0.874;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=21;WE=27669349;WS=27669331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
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chr2	27676287	rs56076827	A	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=493;ReadPosRankSum=-1.409;SC=CGCTGTTTCCAGAGTCTCGCA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=30;WE=27676295;WS=27676277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,55:0.60:91
chr2	27677691	rs780104	G	A	73.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.77;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	27681136	.	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=0.870;SC=AATTCCCCAGGGAAGCAGGGC;SOR=0.350;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=20;WE=27681144;WS=27681126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr2	27681598	rs780106	A	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TGAGGCCACAATGCCACTAAG;SOR=0.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=11;WE=27681606;WS=27681588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	27684734	rs780107	A	G	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=676;ReadPosRankSum=-1.203;SC=AGAGAGGGACACCAGAAAGAT;SOR=0.663;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=37;WE=27684742;WS=27684724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr2	27685388	rs780110	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=261;ReadPosRankSum=-0.556;SC=AGTAAGGACTGACACAAGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=15;WE=27685396;WS=27685378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	27688601	rs1647276	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=708;ReadPosRankSum=1.868;SC=TGGTTATTGGCCAGCCTCTCA;SOR=1.509;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=45;WE=27688609;WS=27688591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr2	27706640	rs2272417	T	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=770;ReadPosRankSum=0.430;SC=TTCTCCCCAGTACGCAACTTG;SOR=0.407;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=42;WE=27706648;WS=27706630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr2	27708007	.	TA	T	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.609;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr2	27715207	rs8395	T	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=1.932;SC=GGGAGTGGCATTACCCTCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=17;WE=27715215;WS=27715197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr2	27715416	rs2303369	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=732;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TCCAGCCTCCCCCATCCCAGA;SOR=1.038;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=42;WE=27715424;WS=27715406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr2	27716494	rs704795	G	A	344.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=1.382;SC=GGAGGAAGCCGTTGGTGGACA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=27716502;WS=27716484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr2	27720959	.	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CTCTAATCCAATGTTCTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=27720967;WS=27720953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	27721971	rs813592	T	C	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,55:0.76:72
chr2	27722416	rs1260320	G	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=461;ReadPosRankSum=0.513;SC=GGTGCTAGAAGGCAGGAAGTT;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=29;WE=27722424;WS=27722406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr2	27728777	rs2293572	C	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=0.230;SC=ATTGGCAGGTCTAGATCCAAG;SOR=1.255;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=19;WE=27728785;WS=27728767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr2	27729480	rs2293571	G	A	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.081;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TGAGGATGTGGCCCGGATGGA;SOR=0.962;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=70;WE=27729488;WS=27729470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,102:0.67:153
chr2	27730940	rs1260326	T	C	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=27;PP=994;SC=CAGACCTTGCTGGTGAGAGTC;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=27730948;WS=27730930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	27745280	.	T	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=280;ReadPosRankSum=-1.554;SC=CCATTCTTAGTTCCTCTGGCC;SOR=0.303;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=23;WE=27745288;WS=27745270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr2	27760435	.	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=185;ReadPosRankSum=0.790;SC=GATAAACTCAGAGGTATGTGA;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=14;WE=27760443;WS=27760425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr2	27789861	rs965813	T	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=2.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,63:0.29:215
chr2	27799754	.	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=511;ReadPosRankSum=-1.682;SC=TGAAATATGGGGAGCAAACTC;SOR=0.754;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=38;WE=27799762;WS=27799744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,48:0.26:184
chr2	27800866	.	G	A	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=25;PP=1509;ReadPosRankSum=-1.741;SC=GAATTTATGAGGATTAGTCCA;SOR=0.669;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=114;TCF=80;TCR=34;TR=81;WE=27800874;WS=27800856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,106:0.71:149
chr2	27801403	rs1919125	C	G	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=650;ReadPosRankSum=0.194;SC=AGTCCATGTACTCAAGTGAAG;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=91;TCR=82;TR=52;WE=27801411;WS=27801393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,79:0.30:266
chr2	27801418	rs1919126	C	A	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=473;ReadPosRankSum=0.373;SC=GTGAAGTCTGCAGAATTAACC;SOR=0.850;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=170;TCF=86;TCR=84;TR=50;WE=27801426;WS=27801408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,76:0.29:259
chr2	27802805	rs3811644	A	G	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=833;ReadPosRankSum=1.520;SC=CTATCTGCCTACAGTGTGGCC;SOR=0.488;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=52;WE=27802813;WS=27802795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,72:0.41:174
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chr2	27838259	.	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=1.180;SC=ATTTTATTTGTTCACAATTCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=27838267;WS=27838249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	27839107	rs6737921	T	C	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=344;ReadPosRankSum=0.132;SC=ATAGTCTTCATACTATTTCTT;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=28;WE=27839115;WS=27839097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr2	27849928	rs199568016	GTC	G	1479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-0.745;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.876;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,44:0.31:141
chr2	27851120	rs12615690	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=0.385;SC=GAACACTGTTTGCAGCTACAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=27851128;WS=27851110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	27852117	rs60089768	A	AGGTCTT	324.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
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chr2	27852150	rs146892484	C	CG	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=328;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GCATGGCTTTCGGGGGCTTCC;SOR=1.255;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=13;WE=27852158;WS=27852140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr2	27852637	rs6547738	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr2	27855397	rs10173720	A	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.853;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=-0.244;SC=TGATTGAGGGATTCAGTAGGT;SOR=1.338;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=12;WE=27855405;WS=27855387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr2	27857992	rs4666009	T	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,61:0.31:196
chr2	27858167	.	C	CT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr2	27861707	rs11692692	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TAAATTTTGCGTTTGTTGGCT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=10;WE=27861715;WS=27861697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr2	27884878	rs1569152	C	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=190;SC=TGCCTTCTAACTGGTATCCCT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=27884886;WS=27884868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	27887034	rs9678851	C	A	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1245;ReadPosRankSum=1.278;SC=GTCGCGCCCCCCGACAGCGGT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=77;WE=27887042;WS=27887024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,101:0.58:173
chr2	27930837	rs4665385	C	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=304;ReadPosRankSum=1.493;SC=ACCTGTCTCCCACCCTGGCTG;SOR=0.196;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=32;WE=27930845;WS=27930827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,46:0.36:129
chr2	28065875	rs34139736	C	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr2	28069713	rs11901133	T	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=84;SC=TCCAAAAATTTATCTGAACGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=28069721;WS=28069703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	28084530	rs141374929	T	TGGG	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	28236120	rs11127132	C	T	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=37;PP=1803;SC=ATTCTGACACCCTGGCACAAA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=89;WE=28236128;WS=28236110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	28464435	rs6737817	T	C	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=412;SC=GATCTTGGCTTACTGCAACCT;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=28464443;WS=28464425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	28634790	rs12624279	G	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr2	28718897	rs4665423	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=89;ReadPosRankSum=0.889;SC=ACACAGAGGAACATAAAAGCA;SOR=0.641;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=9;WE=28718905;WS=28718887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr2	28748857	rs4666085	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chr2	28748916	rs10181687	A	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=93;ReadPosRankSum=0.064;SC=CCACTTTATCACTGGAGCCCA;SOR=0.808;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=12;WE=28748924;WS=28748906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr2	28752498	rs6728486	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.143;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,18:0.17:104
chr2	28752555	rs4473343	T	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=3.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=1.591;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,34:0.22:158
chr2	28752727	rs6710800	C	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.708;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=381;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TGATGACCCTCGTACCATTTT;SOR=3.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=12;WE=28752749;WS=28752717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
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chr2	28761257	rs7589169	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr2	28761282	rs7589254	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
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chr2	28771452	rs56019402	CTA	C	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
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chr2	28785754	rs7560628	G	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-1.876;SC=CATTGACAAGGATGGGTTTTT;SOR=0.180;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=3;WE=28785762;WS=28785744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	28795893	rs13005799	G	A	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	28795899	rs13007288	C	T	363.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.42;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	28795962	rs13005854	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=6;PP=374;SC=TAGGGGCTGCGGAGTGGGGAC;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=28795970;WS=28795952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	28802355	rs12466173	G	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=314;ReadPosRankSum=0.000;SC=GACCCTAAAAGCAAGGAACAG;SOR=1.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=21;WE=28802363;WS=28802345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr2	28802473	rs72863332	C	G	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=943;ReadPosRankSum=2.666;SC=GTGCTTACTTCTGTGTTTCTA;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=61;WE=28802481;WS=28802463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,84:0.69:121
chr2	28804835	rs5830085	GA	G	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.832;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr2	28805141	.	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=61;ReadPosRankSum=-1.180;SC=GAGCAGGGACGGGTGGAGGAA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=28805149;WS=28805134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	28805410	rs4666102	C	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.624;SC=ACTAAGAATCCTCACTGCTAA;SOR=0.665;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=17;WE=28805418;WS=28805400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr2	28805465	rs79974360	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.62;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr2	28808539	rs13393932	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	28812285	rs12468715	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=381;ReadPosRankSum=-1.378;SC=CAGAGAGGACTGCCTGACATC;SOR=0.588;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=25;WE=28812293;WS=28812275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr2	28812982	rs4666105	C	T	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=437;ReadPosRankSum=0.324;SC=TCCGGCTGCACTGGGCTTCTT;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=32;WE=28812990;WS=28812972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,61:0.59:104
chr2	28814460	rs113057936	T	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=391;ReadPosRankSum=-0.507;SC=TCCCTAGGAGTAGGACCCAGG;SOR=1.051;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=24;WE=28814468;WS=28814450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr2	28816425	rs10176136	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=3.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=188;ReadPosRankSum=1.553;SC=GGCTCCTGGTTCCATGTCTGC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=28816433;WS=28816415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	28816814	rs35712549	C	CTT	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=1.601;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr2	28816948	rs4665429	C	T	7559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=95;PP=2943;SC=TGCATGTATACGTGTACACGT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=175;WE=28816956;WS=28816938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr2	28821662	rs7557359	C	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=393;ReadPosRankSum=2.935;SC=GCCTGCAGAGCAGGGAGTGGA;SOR=0.462;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=32;WE=28821670;WS=28821652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr2	28824303	rs1106882	C	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5123;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=3.190;SC=CTAGGATTATCCACCTACACC;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=10;WE=28824311;WS=28824293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	28824793	rs7601771	C	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=-2.408;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr2	28824940	rs67381370	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=1.364;SC=GAGACAGCCAGGGGCATGGAC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=28824948;WS=28824930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	28825629	.	G	A	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1209;ReadPosRankSum=-4.191;SC=TAGGGGCCCTGAGACAGCCCC;SOR=0.713;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=67;TCR=42;TR=80;WE=28825637;WS=28825619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,117:0.67:175
chr2	28829353	.	CC	TT	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=1004;ReadPosRankSum=0.781;SC=CTCTTTTCTTCCCTGATCAGC;SOR=0.845;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=36;WE=28829362;WS=28829343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,56:0.32:176
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chr2	28841021	rs1881256	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=217;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GATAGCCATGGAACCCATTCC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=15;WE=28841029;WS=28841011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr2	28841049	rs1881255	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=254;ReadPosRankSum=1.801;SC=GCCTTGGTTGGTCTGAATGAA;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=19;WE=28841057;WS=28841039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr2	28843939	rs79753150	G	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
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chr2	28849435	rs10186023	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=-1.288;SC=TCTGGCAACATCCTTGCCCAT;SOR=0.612;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=17;WE=28849443;WS=28849425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr2	28849461	rs149607211	CCCCGAGCTCCTTGCT	C	394.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CCTGGCCCTGCCCCGAGCTCC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=28849483;WS=28849451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr2	28849473	rs899149	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=445;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CCGAGCTCCTTGCTCATGGGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=28849483;WS=28849451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	28851605	.	A	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=0.908;SC=GCCATGAGTGAGCACCTGGAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=28851613;WS=28851595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	28854816	rs2272388	G	A	381.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=313;ReadPosRankSum=-0.957;SC=GTTGACTCCCGTCAACAACCA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=28854824;WS=28854807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr2	28854958	rs2199619	C	T	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.911;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.582;NF=21;NR=20;PP=667;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GAGGACTTTGCGGTTGTGGTG;SOR=0.840;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=41;WE=28854966;WS=28854948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,71:0.76:93
chr2	28855713	.	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.030;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr2	28855918	rs34314459	A	AG	4098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=42;PP=2068;SC=TGAGCAGCCAAGGCCTGGTGG;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=47;WE=28855926;WS=28855908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	28856047	rs3752901	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=251;ReadPosRankSum=-1.022;SC=TTGGTCCTGATAGATTAATTC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=14;WE=28856055;WS=28856037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	28863738	rs56350389	A	G	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=1032;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CCCCTCAGAGAGGAAAGTGTC;SOR=0.454;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=71;WE=28863746;WS=28863728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,90:0.81:111
chr2	28865760	rs2272387	T	C	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=881;ReadPosRankSum=-2.405;SC=GAACAGCCGATTGCTCCCAGA;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=50;WE=28865768;WS=28865750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,97:0.66:146
chr2	28865968	rs57817040	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.079;SC=CTATAGCCACTCTCTTCACCG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=8;WE=28865976;WS=28865958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	28975107	rs2276547	G	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=12;PP=337;SC=CTGCGTCCCCGTCTGCCGCCG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=28975115;WS=28975097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	29001691	rs1128416	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=8;PP=373;SC=TTCATGGACAATATACAGATT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=29001699;WS=29001681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	29001991	rs17743079	A	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5014;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.313;SC=TTTGATTCAGAGTTTTTTCAA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=12;WE=29001999;WS=29001981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr2	29041877	rs13009357	T	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=195;SC=AAACATTCTGTTTTTAAAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=29041885;WS=29041867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	29045323	rs4436918	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=16;PP=490;SC=CTATTATATACATTACACCTT;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=29045331;WS=29045313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	29052256	rs12998251	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.36;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	29075178	.	CAA	C	66	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.50;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	29087799	rs13030945	C	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=7;PP=547;SC=GGTATTTTCCCAAATATCTTT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=29087807;WS=29087789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	29129300	rs36066576	AT	A	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,31:0.28:112
chr2	29135468	rs6715296	C	G	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=17;PP=964;SC=AATGGAAAGGCGACAATAGCA;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=29135476;WS=29135458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	29145725	rs9653591	G	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=14;PP=565;SC=TTTTCATAAGGTAGATTGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=29145733;WS=29145715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	29152456	rs1140697	A	G	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	29158317	.	C	CT	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=27;QD=13.0;SC=TTTTTACAGACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=29158325;WS=29158307;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	29161010	rs4233731	G	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=283;SC=GTTTTACCCCGGGTGCAATGA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=29161018;WS=29161000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	29169612	rs3087649	T	C	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=39;PP=1484;SC=GAGATTCTGATTTAGATCCTG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=79;WE=29169620;WS=29169602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	29226498	rs12613325	G	A	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	29226512	rs12623297	A	G	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=52;PP=1568;SC=CCTCCAGGCCAGGGAGTCCTC;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=87;WE=29226520;WS=29226488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	29226559	rs12619829	C	T	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=37;PP=956;SC=GTAAGAGCTCCAAGTCAAACC;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=29226567;WS=29226549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	29240005	rs13409097	T	C	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	29245933	rs13420380	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=1.233;SC=CTGCAACAGGGCCTGGCCTTG;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=21;WE=29245941;WS=29245923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr2	29246044	rs6721861	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=201;ReadPosRankSum=-2.650;SC=GTGTGCTTGGTGGTGACTGGG;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=15;WE=29246052;WS=29246034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr2	29247304	rs66715573	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr2	29274720	rs895591	A	G	4221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.609;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=67;PP=1943;ReadPosRankSum=-2.397;SC=CAGGAATGGCACCCTGCCTGG;SOR=0.630;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=184;TCF=91;TCR=93;TR=125;WE=29274728;WS=29274710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,195:0.70:280
chr2	29287708	.	C	T	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=20;QD=18.2570708491;SC=GGGGTGACTGCGTGAGTGTGG;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=3;WE=29287716;WS=29287698;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	29287926	rs139768554	C	CGCT	708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=376;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GGGCTCTCCTCGCTGCTGCTG;SOR=0.937;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=9;WE=29287934;WS=29287916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr2	29294629	rs34253433	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=2.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,63:0.35:178
chr2	29294754	rs17744093	G	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CCCATTTTGAGAGATTCTCTG;SOR=0.671;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=27;WE=29294762;WS=29294744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr2	29295016	rs10200693	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,25:0.23:107
chr2	29295676	rs13385188	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,38:0.29:131
chr2	29296870	rs62132765	C	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=403;ReadPosRankSum=0.785;SC=CCATATCTTTCCTTTTGCCTG;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=32;WE=29296878;WS=29296860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,51:0.35:147
chr2	29297068	rs35929540	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=301;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TTTTCAAGAACTGAATGCCAC;SOR=0.557;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=24;WE=29297076;WS=29297058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr2	29355303	rs4666167	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.319;SC=TTTATACCCTCCTGATACCTC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=29355311;WS=29355293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	29356567	rs17749904	G	C	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=445;ReadPosRankSum=-2.166;SC=TTATTGACCTGGGAGCAGACA;SOR=0.624;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=39;WE=29356575;WS=29356557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,76:0.58:130
chr2	29356669	rs3100232	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TTTTGAAAACATCGAAACCAA;SOR=0.848;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=15;WE=29356677;WS=29356659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr2	29366875	rs3217572	C	CACAG	402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=313;ReadPosRankSum=-0.599;SC=TGTTCAAGGACACAGTATGGT;SOR=0.074;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=7;WE=29366883;WS=29366865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr2	29375775	rs113615666	C	CT	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.809;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=546;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GATTGCTTCACTTTTTTTTGT;SOR=0.253;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=28;WE=29375783;WS=29375765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr2	29383256	rs3100246	G	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=288;ReadPosRankSum=-1.028;SC=GGGGAACTCCGCCTCGGAGAG;SOR=0.900;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=28;WE=29383264;WS=29383246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr2	29383374	rs2305450	G	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=18;PP=501;SC=ATTCTTTAGAGTACAAAAGGT;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=29383382;WS=29383364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	29390299	rs11364047	AG	A	1107.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=355;ReadPosRankSum=-2.890;SC=TTAAACCTGAAGACCAGCTAC;SOR=0.811;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=7;WE=29390309;WS=29390289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr2	29390301	rs72790253	A	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=1033;ReadPosRankSum=2.676;SC=AAACCTGAAGACCAGCTACTT;SOR=0.653;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=24;WE=29390309;WS=29390289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr2	29416572	rs1670283	T	C	4289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=45;PP=2057;SC=CGAACAGAGATCTCTGCAGCT;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=103;WE=29416580;WS=29416562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	29419591	rs1670284	G	T	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=19;PP=1100;SC=CTTTAAGACTGTTTCATATAG;SOR=1.525;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=63;WE=29419599;WS=29419581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	29444095	rs1569156	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=22;PP=584;SC=CAACTGCTTCCAAGAGAGACT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=29444103;WS=29444085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	29446202	rs4622670	G	A	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=24;PP=1160;SC=GCAGCAGGGCGCTCACCGAAT;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=29446210;WS=29446192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	29449955	.	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=433;ReadPosRankSum=-0.915;SC=TGACAAGGAGGGAGGGTCAGT;SOR=0.278;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=28;WE=29449963;WS=29449945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr2	29455267	rs2256740	A	G	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=41;PP=1724;SC=AGGCCCTGCCACCACCTCCGG;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=94;WE=29455275;WS=29455257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	29462746	.	C	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,72:0.32:228
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chr2	29519622	rs2272409	C	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=233;SC=TGCGTGCACGCGCACATATCG;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=29519630;WS=29519612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	29525341	rs11127213	A	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	29525345	rs11127214	T	C	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	29541104	rs2276549	C	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.72;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	29543663	rs2293564	T	C	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=16;PP=732;SC=TGACCTGCCATTGAGGAGTGT;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=29543671;WS=29543653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	29551161	rs62130643	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.149;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr2	29917913	.	C	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=1.453;SC=ATGGAAAAAACCATTTCCCAA;SOR=1.292;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=10;WE=29917921;WS=29917903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr2	29917940	rs2256376	C	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=446;SC=CTTTTCAGCCCCCTCCACTCC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=29917948;WS=29917930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	29940529	rs2246745	A	T	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=43;PP=1564;SC=GAGAAGGAGAAGGCATGTTTG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=29940537;WS=29940519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	30143310	.	C	A	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=819;ReadPosRankSum=-1.191;SC=ATGGTGGCAGCAGTAGGTCCC;SOR=0.655;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=54;WE=30143318;WS=30143300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,102:0.65:158
chr2	30143499	rs4358080	G	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=228;ReadPosRankSum=0.558;SC=GCAGCGGCAGGAGCCACAGGA;SOR=0.112;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=12;WE=30143507;WS=30143489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr2	30381505	rs1137288	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=293;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TGCAGTACAGTGAAGTTCAAG;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=19;WE=30381513;WS=30381495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr2	30546322	.	G	A	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.428;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,90:0.65:138
chr2	30682360	rs829574	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=231;ReadPosRankSum=-0.978;SC=TGATGAGCCCGGTGCACTGTT;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=17;WE=30682368;WS=30682350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr2	30775299	rs12053428	G	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=272;SC=GTTTGTTAGAGTATTATGTAA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=30775307;WS=30775289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	30775461	rs17009714	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr2	30791152	rs6749074	A	G	166.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=1.534;SC=TTGTCTCAAGAAATGAGATAT;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=30791160;WS=30791142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr2	30828792	rs2248777	G	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=496;SC=TAAGGAGCGCGCAACCTAGAT;SOR=1.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=30828800;WS=30828782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	30955528	rs2276567	C	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=-1.027;SC=AGGGCCCGGCCACCTCCCACC;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=12;WE=30955536;WS=30955518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	30959262	rs509380	G	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=270;ReadPosRankSum=-1.025;SC=AGGGGTGAGAGTTCCTCTTCT;SOR=0.921;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=21;WE=30959270;WS=30959252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr2	30966269	.	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=883;ReadPosRankSum=1.041;SC=CTGGCATTTTCAGGAAGATTC;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=59;WE=30966277;WS=30966259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr2	30968760	.	ATTTTT	A	254.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=-0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	30976058	rs2926304	C	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=1.306;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,72:0.62:116
chr2	30977073	rs485100	G	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=598;ReadPosRankSum=1.300;SC=TTCCACCTTCGTAAATGTTCA;SOR=1.047;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=40;WE=30977081;WS=30977063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr2	30980940	rs508405	C	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=309;ReadPosRankSum=-0.932;SC=CTCCATTCGGCCTCGCCCCAG;SOR=0.262;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=23;WE=30980948;WS=30980930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr2	30986989	rs579016	G	T	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=1060;ReadPosRankSum=0.992;SC=GGGCTCCCCAGTGACTTACCC;SOR=0.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=58;WE=30986997;WS=30986979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr2	31000370	rs6548033	G	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=0;PP=462;SC=AGGACTCTGTGGGTAAGCACC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=31000378;WS=31000360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr2	31135146	rs143761183	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=376;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CAGGGAACAAGGTGATGACTG;SOR=0.522;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=28;WE=31135154;WS=31135136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr2	31135184	rs2288101	G	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=374;ReadPosRankSum=1.190;SC=TGGAGGATCTGCTGGGTGTAT;SOR=0.877;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=24;WE=31135192;WS=31135174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr2	31188957	rs889896	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=414;SC=GTGCCTGGCACGTAGTTAGAT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=31188965;WS=31188947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	31189236	rs2303324	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=176;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GGCTAGAACCGAGGGCATCTG;SOR=0.703;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=14;WE=31189244;WS=31189226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr2	31189304	rs2303323	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=0.462;SC=AGCTGCAGAGTACTAGGTAAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=31189312;WS=31189294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr2	31397696	rs10168043	G	C	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GCCAGAGGGAGCATATCATCC;SOR=0.407;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=21;WE=31397704;WS=31397686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr2	31397727	rs10180369	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=1.077;SC=ATAAATCAACTTGAAATATAA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=15;WE=31397735;WS=31397717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr2	31399358	rs7570373	T	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=377;ReadPosRankSum=1.066;SC=CAGAATAAAGTGTCCCCAGAG;SOR=0.906;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=21;WE=31399366;WS=31399348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr2	31399414	rs7556787	G	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=748;ReadPosRankSum=-0.080;SC=CCACCTCTACGTAAGATGACA;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=42;WE=31399422;WS=31399404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,49:0.73:67
chr2	31399659	rs6720151	T	C	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=769;ReadPosRankSum=-0.030;SC=CGCAGCCACATCTATGATAAG;SOR=0.234;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=49;WE=31399667;WS=31399649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,67:0.64:104
chr2	31399751	rs6720254	T	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=577;ReadPosRankSum=-0.400;SC=CACAGGCACTTGGCTGGAGGT;SOR=0.735;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=25;WE=31399759;WS=31399741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr2	31399988	rs4592896	C	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=647;ReadPosRankSum=-0.744;SC=AGCTGACAGACGTCATCACTG;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=38;WE=31399996;WS=31399978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,57:0.72:79
chr2	31400039	rs4516476	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=-1.305;SC=TGCTGTGGGTATTGGGGGCTT;SOR=0.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=20;WE=31400047;WS=31400029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr2	31400502	rs13421721	A	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.89;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr2	31400722	rs1443706	G	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=260;ReadPosRankSum=-0.198;SC=CAGGAAGCCAGGCATTTCCAA;SOR=0.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=19;WE=31400730;WS=31400712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr2	31400867	rs1373216	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.936;SC=TACCGCCTCATGTTTCCTACA;SOR=0.892;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=31400875;WS=31400857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	31401290	rs4952052	A	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=15;PP=1004;SC=TAAAGGGCTGAAGGGGACAGA;SOR=1.349;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=49;WE=31401298;WS=31401280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	31401499	rs28684727	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=1.650;SC=CCATGCTTTGGAGGCAGTGAT;SOR=0.072;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=15;WE=31401507;WS=31401489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr2	31403947	rs2028678	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=386;ReadPosRankSum=2.447;SC=AGGCAGTGCTGCATGGGCCAG;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=25;WE=31403955;WS=31403937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr2	31409115	rs10445909	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-2.219;SC=ATTTTCAAAGTTGTATAAATT;SOR=0.105;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=31409123;WS=31409105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	31410653	rs7422120	C	T	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=1096;ReadPosRankSum=-2.717;SC=AAGAATTCATCCTGCCTTTCA;SOR=0.725;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=73;WE=31410661;WS=31410643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,124:0.65:192
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chr2	31411184	rs1465972	C	A	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1248;ReadPosRankSum=-2.256;SC=GACTACTCACCTTTGAGAAGA;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=90;WE=31411192;WS=31411174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,142:0.65:219
chr2	31411242	rs1465973	C	A	3887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,183:0.71:258
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chr2	31411310	rs1465974	C	T	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1118;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TCGTCTTCCACGTTCCTTCAC;SOR=0.521;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=83;WE=31411318;WS=31411300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,111:0.70:158
chr2	31411365	rs1465975	G	A	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=699;ReadPosRankSum=0.560;SC=CTCACCTCCTGCTTCCCCTTG;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=45;WE=31411373;WS=31411355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,59:0.69:85
chr2	31412096	rs55741080	T	C	134.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CCTGTCCTCGTCCAAGTGGTC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=31412104;WS=31412094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	31412443	rs13382984	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=368;ReadPosRankSum=0.673;SC=TAAGGTGGCCTCTGCTCTGCC;SOR=0.732;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=23;WE=31412451;WS=31412433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr2	31412646	rs1562021	T	C	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=647;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TTCCATTTTATGGCTGAGGGC;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=58;WE=31412654;WS=31412636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,96:0.72:133
chr2	31412670	rs1465976	C	T	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=633;ReadPosRankSum=0.063;SC=GAGGCTTAGACGGGTTAGGTC;SOR=0.889;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=43;WE=31412678;WS=31412660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr2	31414223	rs13408524	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=168;ReadPosRankSum=-1.062;SC=CACATGTGATGTCACCCCAAA;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=12;WE=31414231;WS=31414213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr2	31414807	rs1562022	C	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	31414900	.	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=434;ReadPosRankSum=0.408;SC=AGGGCCTCAGGGATCTCCTGC;SOR=0.425;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=27;WE=31414908;WS=31414890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr2	31415077	rs10192210	G	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=1.488;SC=TTGACACCCTGAGGCCCACTG;SOR=0.466;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=28;WE=31415085;WS=31415067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr2	31420379	.	A	T	210.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=3.618;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr2	31467351	rs2295473	T	A	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=41;PP=1063;SC=TTTCAGGTGCTCTCTTTTCTT;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=31467359;WS=31467341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	31483890	rs13028669	T	C	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=32;PP=698;SC=CAGTGCATCATGTGTGTGACA;SOR=3.967;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=33;WE=31483898;WS=31483880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	31484334	rs654650	G	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=7;PP=623;SC=GTAGGGGAAGGAATGATGCAA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=31484342;WS=31484324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	31484525	.	C	T	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=702;ReadPosRankSum=1.767;SC=ATGGCCGGATCGAGCGGGAGC;SOR=0.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=53;WE=31484533;WS=31484515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,69:0.68:102
chr2	31488965	rs619002	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=489;SC=CATTCTGGTGCTCATAGGAGG;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=31488973;WS=31488955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	31489627	rs67643147	TAC	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr2	31564248	rs150852951	C	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=303;ReadPosRankSum=0.689;SC=ATGACAATATCTGTGCGGAGG;SOR=0.908;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=27;WE=31564256;WS=31564238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,45:0.28:158
chr2	31565316	rs35235275	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=338;ReadPosRankSum=-1.171;SC=ACAATTTGAACCTGTTAACGA;SOR=2.494;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=19;WE=31565324;WS=31565306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr2	31567632	rs207454	T	G	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	31567743	rs566224	T	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	31569471	rs7599175	A	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=10;PP=479;SC=ACCCAGCCAGAATGAGCATTT;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=31569479;WS=31569461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	31570376	rs1366813	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=188;SC=CGGGATCCCATGGGCTCCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=31570384;WS=31570366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	31570626	rs4952083	C	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.08;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	31570631	rs4952084	A	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	31571241	rs13415401	G	C	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=34;PP=1125;SC=TAGGGAAAGAGAAGGATGCCA;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=31571249;WS=31571231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	31571786	rs1884725	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.18;NF=15;NR=21;PP=617;SC=AAGGAACTGTAAAGCTTATTC;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=31571794;WS=31571776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	31572398	rs1429374	A	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=259;SC=GAAGATCATTATAAGATCTTA;SOR=2.670;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=31572406;WS=31572388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	31572482	rs11408029	T	TG	1609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=15;PP=746;SC=GCTTCCTATATGGGGTCAGCA;SOR=0.732;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=19;WE=31572490;WS=31572472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	31587235	rs1018505	G	A	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	31588288	rs2365842	T	A	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=55;PP=1998;SC=ACAAAATGGCTCATCCCGCCC;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=115;WE=31588296;WS=31588278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	31588437	rs17011353	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=653;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GTGTTAGAAGCCTGTGAGCCT;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=41;WE=31588445;WS=31588427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr2	31588936	rs141050887	T	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=3.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.106;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,68:0.26:259
chr2	31589847	rs2295475	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=476;ReadPosRankSum=1.813;SC=CTTGGCCACCGATGTATATCT;SOR=0.808;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=35;WE=31589855;WS=31589837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,51:0.31:164
chr2	31590785	rs761926	C	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=0.537;SC=AATTTGCAAACCAGGGCCACC;SOR=1.138;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=9;WE=31590793;WS=31590775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr2	31593125	rs10181969	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=1.780;SC=CATGCAAATGTATAACCTTTC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=31593133;WS=31593115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	31600146	rs10187719	T	C	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=295;SC=CCTTGCTCTGTAGGGGCTGCA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=31600154;WS=31600136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	31606670	rs4407290	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=616;ReadPosRankSum=2.824;SC=AGGCTGGGCAGACAATCATAG;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=38;WE=31606678;WS=31606660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr2	31609448	rs477626	A	C	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=924;ReadPosRankSum=1.766;SC=TCTTACTACAATGTCTCCCTC;SOR=0.861;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=45;WE=31609456;WS=31609438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr2	31610701	rs45575032	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr2	31611143	rs45523133	C	T	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=754;ReadPosRankSum=2.152;SC=TTCCCATCTCCTCCACAGCAT;SOR=0.349;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=59;WE=31611151;WS=31611133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,92:0.65:141
chr2	31620327	.	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	31626045	rs1346644	G	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=386;ReadPosRankSum=-1.709;SC=ATGAACTCAGGGAGAGGAGTC;SOR=0.293;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=30;WE=31626053;WS=31626035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr2	31751174	.	C	CATATATATATATATATAT	268.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=445;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TACATATATACGGGACTATTA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=31751182;WS=31751164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	31751175	rs192604242	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.78;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	31751178	rs370989010	A	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.20;ReadPosRankSum=0.756;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	31756631	rs147277527	G	GGGGCATTTAATTCCAAAAAATGAAGGGAA	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=353;ReadPosRankSum=0.700;SC=AATGAAAGGAGGGGCATTTAA;SOR=0.250;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=2;WE=31756639;WS=31756621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	31805619	rs619857	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=283;SC=GTGCGCGCTCTACGCTGCGCT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=31805627;WS=31805609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	31805675	rs522638	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=601;SC=GGCGCCCGCAAGGGAAAAACG;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=31805683;WS=31805665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	31805706	rs523349	G	C	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=14;PP=790;SC=AAGTAATGTAGGCAGAAGAGG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=43;WE=31805714;WS=31805696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	31805880	rs142200057	A	AG	5363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=56;PP=2792;SC=CCGTAGCCGGAGGCTTCGCGA;SOR=0.937;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=65;WE=31805888;WS=31805870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	31806031	rs632148	C	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-1.401;SC=CCCCGCAACCCCTTTATGGAG;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=11;WE=31806039;WS=31806021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	32148619	rs17011697	G	T	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=738;ReadPosRankSum=-0.841;SC=ATGACACTTTGTTTTAAATTA;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=47;WE=32148627;WS=32148608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
chr2	32148636	rs34645083	T	A	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=791;ReadPosRankSum=-0.261;SC=ATTAAAGGCTTACGTGGGCTA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=55;WE=32148644;WS=32148626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,83:0.72:116
chr2	32188138	rs67493880	C	T	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=901;ReadPosRankSum=-0.867;SC=AACTGAAATACTGGCTCTTCC;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=65;WE=32188146;WS=32188128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,110:0.61:179
chr2	32248479	rs3832076	C	CCATT	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATTTGAATTCCCAAAAACTTA;SOR=1.058;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=5;WE=32248487;WS=32248469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	32248601	.	T	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=0.203;SC=AGAGATCATTTAAGTAAAAAT;SOR=0.862;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=12;WE=32248609;WS=32248591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr2	32312700	rs7561519	T	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	32314473	rs469305	A	T	184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.48;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	32324072	rs7566162	T	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=593;SC=ATTGTTCATGTTTTCACAGGG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=32324080;WS=32324062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	32361482	rs11392886	T	TC	36.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=0;PP=65;SC=AAGGGACGGTTAGTAGTACTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=32361490;WS=32361472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	32362079	rs10627985	G	GTATA	1610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=21;PP=1612;SC=CAGCATTTTAGTATATTTTCC;SOR=1.270;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=30;WE=32362087;WS=32362069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	32369901	rs2365556	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=542;SC=CACAGTGAGCTGAGATCATGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=32369909;WS=32369891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	32400304	.	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.277;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=0.497;SC=AATGGATACCCCTGGTAGAAA;SOR=2.584;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=8;WE=32400325;WS=32400294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr2	32417525	rs373441481	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,47:0.34:139
chr2	32418808	rs212751	T	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=-2.378;SC=ATGGGGCTAGTAACTAAGTTC;SOR=1.402;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=6;WE=32418816;WS=32418798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	32422864	.	C	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=510;ReadPosRankSum=-1.366;SC=AGCATTTGCTCTTTGTATTAC;SOR=0.539;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=34;WE=32422872;WS=32422854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,56:0.82:68
chr2	32434701	rs212685	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=0.047;SC=CTGAAAAAAAATATTTCCTTA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=32434709;WS=32434691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	32449871	rs376045897	ATTTT	A	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.502;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr2	32449879	rs199998217	T	TAAA	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.968;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr2	32460348	rs212714	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	32466029	rs212721	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr2	32475109	rs455060	G	A	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=0.228;SC=TGAAGTCCAGGGCACTTGCAC;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=161;TCF=87;TCR=74;TR=53;WE=32475117;WS=32475099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,78:0.32:246
chr2	32582641	rs191125788	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr2	32620722	rs3731581	A	T	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=689;ReadPosRankSum=-0.010;SC=ATGCTTCTAAATTTTACTTTT;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=43;WE=32620730;WS=32620712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,76:0.69:110
chr2	32639736	.	A	AAAAT	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=182;ReadPosRankSum=-0.549;SC=ATTTGTCTCAAAAATAAATAA;SOR=0.093;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=32639744;WS=32639732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	32667058	rs55734616	C	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.34;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	32667061	rs60955793	T	A	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.69;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	32667182	rs60197615	G	C	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	32688601	rs762019	A	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=55;SC=AGTCTTTGTGATATTTAAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=32688609;WS=32688591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	32690253	rs374940577	AT	A,ATT	304.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:17,25,27:0.36,0.39:69
chr2	32706579	rs9646977	T	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=449;SC=TCATGCCTGTTATCCCAGCAC;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=32706587;WS=32706569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	32712875	rs2366891	A	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=41;PP=1239;SC=TCAGGTATGAATTCAGGAGAA;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=32712883;WS=32712865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	32724590	rs145668508	GTC	G	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.715;QD=5.38;ReadPosRankSum=2.464;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr2	32735881	rs3731579	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=45;ReadPosRankSum=0.484;SC=TTAGACATACATTTGTATGTG;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=32735889;WS=32735871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	32749880	rs2710609	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=100;SC=TGCATAATCTCCCTCTGAAAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=32749888;WS=32749870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	32749890	rs2710610	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.52;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	32749893	rs2710611	A	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.40;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	32749903	rs2710612	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=3;PP=141;SC=ATATTACTTCTCTTCTTAATG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=32749911;WS=32749893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	32757201	.	C	CGTGTGTGTGTGTGTGT	97.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.10;QD=32.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr2	32860415	rs11124286	C	T	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr2	32959024	rs1551177	T	C	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=57;PP=1907;SC=GTATGGAAATTACTTGGCATT;SOR=0.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=98;WE=32959032;WS=32959014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	32961691	rs17497801	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.284;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr2	32961745	rs10200333	T	A	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=12;PP=606;SC=TAATTATTTTTACTTGATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=32961753;WS=32961735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	32983299	rs71407470	TA	T	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr2	32983526	rs2273665	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=-0.774;SC=ATCTTCGGAACAAGGAGTTTC;SOR=1.004;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=19;WE=32983534;WS=32983516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,29:0.28:105
chr2	33005238	rs6729463	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=2.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=0.932;SC=CAGCATTCCTTGAATTTTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=33005246;WS=33005228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	33036324	rs3731578	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=0.566;SC=CTTGCCTTTCGTTTGAACATG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=33036332;WS=33036314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	33045867	rs138344718	G	GT	1052.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.521;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=942;ReadPosRankSum=0.844;SC=CTTCTGCTTTGTTTTTTATAT;SOR=1.238;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=34;WE=33045875;WS=33045857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr2	33172827	rs147166401	G	A	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1276;ReadPosRankSum=-1.654;SC=GGTGCCGCAGGAGACCCAGAG;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=84;WE=33172835;WS=33172817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,167:0.72:231
chr2	33174072	rs150654	A	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr2	33174081	.	T	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	33174082	.	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	33335818	rs17012574	C	T	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=779;ReadPosRankSum=2.819;SC=ACCTTTTCAGCGTGAGTATAG;SOR=0.639;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=47;WE=33335826;WS=33335808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,73:0.58:126
chr2	33413612	.	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=278;ReadPosRankSum=-0.730;SC=AGTTATTCAGGACTAACAAGT;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=17;WE=33413620;WS=33413602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr2	33414009	rs3922572	T	A	155.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=186;SC=AATGCTTTTTTAAAAAAAAGG;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=33414017;WS=33413999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	33442549	rs2290449	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.346;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	33447202	rs2290448	C	T	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.326;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=30;PP=1113;ReadPosRankSum=-1.555;SC=AGCGGGTTAACAACACCTTTT;SOR=1.059;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=79;WE=33447210;WS=33447192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,120:0.63:191
chr2	33482440	.	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=552;ReadPosRankSum=0.520;SC=TGTAGGTAAAGGACCTGTATT;SOR=0.558;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=41;WE=33482448;WS=33482430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,72:0.42:173
chr2	33488419	rs12468099	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=290;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AAGCTTCTACGTCTAGTGCCA;SOR=0.853;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=27;WE=33488427;WS=33488409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,46:0.37:123
chr2	33500848	rs3816479	A	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=307;ReadPosRankSum=0.957;SC=AAACTCAACAATGCTATCTGC;SOR=0.499;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=24;WE=33500856;WS=33500838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr2	33525382	rs935996	A	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TGGAGTGATAAATACTAAAGT;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=33525390;WS=33525376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	33525407	rs2123769	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=-1.225;SC=AGTGCCAGACATAAGAAGTAC;SOR=0.207;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=11;WE=33525415;WS=33525397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	33525581	.	C	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=535;ReadPosRankSum=1.165;SC=ACCGAGGGCTCCTTCAGGTGC;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=36;WE=33525589;WS=33525571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr2	33526578	.	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,33:0.24:139
chr2	33540138	rs2276591	G	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=323;SC=AGATTTATTTGCCATCTGTTT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=33540146;WS=33540128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	33540172	rs3216704	A	AT	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=0.347;SC=AATGAAACCGATTTTTTTCAA;SOR=0.818;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=9;WE=33540180;WS=33540162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	33540248	rs1058840	G	A	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	33568113	rs10185623	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=0.589;SC=GCTTTTAAGCAGGTAATTTGG;SOR=1.347;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=17;WE=33568121;WS=33568103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr2	33568137	rs5024713	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=-1.520;SC=GAGCTTTATCGTAATTTGATT;SOR=1.692;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=13;WE=33568145;WS=33568127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr2	33568191	rs5024712	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=-1.909;SC=CTATGTTGGCTGGGTGCATGG;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=33568199;WS=33568181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	33585796	rs4422143	T	C	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=73;PP=2056;ReadPosRankSum=2.444;SC=ACATCAGGCGTGGGATGGGGA;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=134;WE=33585804;WS=33585786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr2	33586464	rs11442294	C	CT	307.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr2	33614187	rs642472	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-0.278;SC=CTCTGAGCTGCGAGGGGGTGG;SOR=0.825;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=11;WE=33614195;WS=33614177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr2	33622448	rs2367734	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=384;SC=GAGTTTCAGTTTGAGAAGATG;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=33622456;WS=33622438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	33622475	rs12053346	T	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=244;SC=GTTCTGGAGATGTACATTAAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=33622483;WS=33622465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	33623306	rs2034693	C	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=352;SC=TTGTCTGTGACTGAAGCAATG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=33623314;WS=33623298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	33623387	rs624060	AT	GC	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	33623720	rs8970	A	G	64.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	33623734	rs622716	A	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	33643734	.	A	ATT	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.549;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	33643740	rs6724875	T	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.566;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	33744958	rs7597095	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=1.255;SC=ATTGAGGGCACAGCTGCAGGG;SOR=0.208;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=8;WE=33744966;WS=33744948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	33745208	rs2305576	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr2	33764286	rs7592762	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr2	33784161	rs2278955	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=1.872;SC=TGAGATGAGCGTTACAGAGGG;SOR=0.781;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=8;WE=33784169;WS=33784151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr2	33784500	rs2278956	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=0.441;SC=TTAGATAAAGGAGAATTGGAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=33784508;WS=33784490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	33787849	.	G	A	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.002;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=987;ReadPosRankSum=-1.806;SC=GCTTTTGGAAGGGGCAAGACG;SOR=0.847;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=62;WE=33787857;WS=33787839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,95:0.66:143
chr2	33787976	rs10572554	CCTAA	C	1543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=24;PP=1206;SC=GAGAATTGACCCTAACTAACT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=24;WE=33787987;WS=33787966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	33952022	rs4670913	C	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=285;SC=AGAGGAAAACCCAGGAAATGA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=33952030;WS=33952013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	33952413	rs4477896	T	C	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=66;PP=2938;SC=CTCAGCAGGATAGTGAGGGCC;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=77;TCR=66;TR=142;WE=33952421;WS=33952403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	33952456	rs2367810	C	G	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=63;PP=2627;SC=ACACCGCCACCCACCACTCCA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=142;WE=33952464;WS=33952446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	35696612	rs4670472	C	T	162.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=60;SC=GTTTTAGTGTCTATGTGCATG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=35696620;WS=35696602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	36605417	rs4670547	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=286;ReadPosRankSum=-1.090;SC=TCTTCACATTACATCACATTG;SOR=1.166;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=22;WE=36605425;WS=36605407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr2	36605585	rs4670548	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=20;PP=626;SC=GTCCAGATGCAACAGTAGGGA;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=36605593;WS=36605575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	36605676	rs60204094	A	AT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5009;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=0.833;SC=GCGGTAAGTCATTTTTTTTTT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=36605684;WS=36605666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	36668395	rs2276673	T	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.468;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=1.249;SC=TTTCTCTCCCTTTTAGAAGAG;SOR=0.336;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=13;WE=36668403;WS=36668385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr2	36669645	rs17018798	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-0.048;SC=TAGGACTGGGTTTGTGGAAGC;SOR=0.556;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=6;WE=36669653;WS=36669635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr2	36669670	rs3821157	C	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-1.091;SC=AGACTTTGGACATTTGTCAAG;SOR=0.223;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=10;WE=36669678;WS=36669660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
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chr2	36704144	rs848547	C	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=533;ReadPosRankSum=0.393;SC=TCTGCTTCACCGCCCAGTGTG;SOR=0.356;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=41;WE=36704152;WS=36704134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,68:0.65:104
chr2	36737128	rs12997487	G	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=375;ReadPosRankSum=0.409;SC=CTTCACAGCCGAGGAACTATG;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=24;WE=36737136;WS=36737118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr2	36739553	rs848526	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=22;PP=465;SC=TGTGTACACATGGCCCTTCCC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=36739561;WS=36739543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	36740643	rs2293254	C	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=583;SC=GACTCTGTAGCCTGTTTCTCC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=36740651;WS=36740633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	36756288	rs711247	T	C	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=35;PP=1016;SC=TCTCTTATTTTGGTCCAGGAG;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=67;WE=36756296;WS=36756278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	36775315	rs2270333	C	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=4;PP=277;SC=AGAAGTCATCCCTTTGTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=36775323;WS=36775305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	36775410	rs11318146	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	36779144	rs10180760	T	G	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=9;PP=480;SC=ATGGGAGGGGTCTGCATGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=36779152;WS=36779134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	36781401	rs1533946	T	C	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	36782656	rs10178965	G	A	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=12;PP=1050;SC=ATAAAACCATGATATATAATG;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=36782664;WS=36782646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	36783127	rs10194100	T	C	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=22;PP=1075;SC=TACCTGAGAGTTGCTTCCCTG;SOR=0.934;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=54;WE=36783135;WS=36783117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	36783215	rs10181664	C	T	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=34;PP=1093;SC=TGTAATAATACCGGAAAGTGG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=36783223;WS=36783205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	36805676	rs2075226	A	G	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=20;PP=995;SC=CACCAGCCCCAAAGGCTGGGA;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=36805684;WS=36805666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	36806021	rs2072534	G	A	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=67;PP=1815;SC=GTGACCAAAAGCAAAATACAG;SOR=1.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=28;TCR=67;TR=95;WE=36806029;WS=36806011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	36806051	rs2072533	A	G	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=42;PP=1070;SC=AGACAAAAACATTTCAAGGAA;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=36806059;WS=36806041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	36808350	rs848638	C	T	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=14;PP=1004;SC=AGGATGAAATCAAAGCTTTCT;SOR=1.539;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=36808358;WS=36808340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	36808732	rs848637	T	G	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=33;PP=982;SC=TCAAAATTTTTACTGTAGGAG;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=36808740;WS=36808722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	36810473	rs11691767	G	T	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=28;PP=1189;SC=CTTTCCTTGCGTTGCTGAGGA;SOR=0.924;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=67;WE=36810481;WS=36810463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	36810586	rs14291	T	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=33;PP=757;SC=CATCATCTGATGTATCAAAGA;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=36810594;WS=36810576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	36824925	.	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.809;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	36824956	rs5830430	G	GC	508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=6;PP=384;SC=CGGCCGTAGGGCTGCCGGTCG;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=36824964;WS=36824946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	36825137	rs1544655	G	A	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=28;PP=903;SC=GCTGCAGGCCGGGGCCGGGAA;SOR=0.987;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=53;WE=36825145;WS=36825127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	36825170	rs2287104	T	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=23;PP=646;SC=CCCACCCGCCTCGGCCCCCGC;SOR=1.460;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=34;WE=36825178;WS=36825160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	36825330	rs11441122	C	CG	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=402;SC=CGGCCCAGCCCGCCCAGCCCG;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=36825338;WS=36825320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	36825359	.	G	GCCCCGC	340.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=421;SC=CCGGCCCGAAGCCCCGCCCCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=36825367;WS=36825349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	36943338	rs4670597	C	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=479;SC=AGGCCAGCCACTGACATCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=36943346;WS=36943328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	36943419	rs4670598	T	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=26;PP=1189;SC=TGATGCAGTCTATCCCCACAC;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=36943427;WS=36943409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	36965582	rs35608380	TC	T	220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=119;SC=TATATTAGGGTCCTTTGTAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=36965590;WS=36965572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	36986088	rs199720074	G	GT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.498;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr2	36994439	rs11124542	A	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-3.106;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr2	37000797	rs3770784	C	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=1.139;SC=TCGCTTGAACCCGGAGGTTGC;SOR=1.426;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=37000805;WS=37000787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	37000877	rs116154541	A	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.284;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr2	37001386	rs201437662	CTATGCCA	C	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=776;ReadPosRankSum=0.296;SC=CTGAGTAATTCTATGCCACGG;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=6;WE=37001412;WS=37001376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr2	37001399	.	G	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.381;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr2	37001401	rs202045170	C	CT	357.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.749;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=722;ReadPosRankSum=0.425;SC=CCACGGGGGACAGAAACACAT;SOR=1.257;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=5;WE=37001412;WS=37001376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr2	37001402	.	A	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.061;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.467;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr2	37001404	.	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.501;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr2	37001570	rs974964	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=533;SC=CAGGGTTTGACGGTTTCCACA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=37001578;WS=37001560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	37010574	rs3821147	G	A	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=864;ReadPosRankSum=1.096;SC=AGAAACCCACGGTGTCTTTGA;SOR=0.657;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=58;WE=37010582;WS=37010564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,90:0.65:138
chr2	37028650	.	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.354;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TAATAATAATCCGTCAAGAAA;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=15;WE=37028658;WS=37028640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr2	37041480	rs17441812	G	A	3305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,169:0.63:268
chr2	37077015	rs723674	C	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=343;SC=CTACCATGTCCTGCTGGTTTC;SOR=2.066;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=37077023;WS=37077005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	37078095	rs10668550	A	AT	105.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	37094945	rs2540923	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=290;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TAAAGAAAAAACATATACTTA;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=16;WE=37094953;WS=37094935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr2	37096970	rs2160379	C	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=207;SC=TGTCAATAAACGATCACTTTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=37096978;WS=37096960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	37111045	rs2691106	T	A	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=8;PP=398;SC=CCAAGTGCATTTTGTGCTCCA;SOR=1.075;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=37111053;WS=37111035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	37113782	.	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=-3.204;SC=GTAGATTTAGGAAAACATTGA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=8;WE=37113799;WS=37113772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	37129618	rs148671880	A	ATAAT	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	37280763	rs200413903	G	GA	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.198;SC=ATAACAATAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=3;WE=37280771;WS=37280753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr2	37302556	rs34545380	GA	G	818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.97;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr2	37306343	rs6743906	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	37317869	rs4670654	C	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=12;PP=313;SC=AAAACAGGTACGTAATTATTT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=37317877;WS=37317859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	37318041	rs4670655	A	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=23;SC=TAGTGAGTATAAAATAAAATT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=37318049;WS=37318031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	37342007	.	GA	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.963;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr2	37373982	rs2307475	A	AT	2077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=17;PP=1249;SC=TTAGGAAAAAAGGCAATCACT;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=28;WE=37373990;WS=37373972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	37402270	rs11569755	C	G	128.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	37402373	rs11569758	A	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=80;SC=CAAGAAACTAAAAACACAGGG;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=37402381;WS=37402363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	37410537	rs6544061	C	T	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=9;PP=620;SC=ATAGAAATTTCAAAGAATTAT;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=37410545;WS=37410527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	37414431	rs6724820	A	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=173;SC=AAAACTAAAGAATCTCCAAAC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=37414439;WS=37414421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	37415496	rs11124566	G	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=355;SC=CCTGCAATGAGGAACCGCCTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=37415504;WS=37415486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	37428743	rs2540973	C	T	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=99;SC=TTTAACAATGCTTCCACATGA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=37428751;WS=37428733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	37438993	rs1137437	G	A	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=28;PP=1284;SC=TACCTGGAACGCTCTCACTTT;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=37439001;WS=37438983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	37447465	rs11124567	A	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.13;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	37447473	rs57004489	T	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.13;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	37447475	rs74177066	T	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.13;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	37456032	rs2098386	C	T	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	37458711	rs3213745	G	A	7388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=111;PP=2965;SC=CTGCGGCCATGGCGGGCAAAG;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=92;TCR=111;TR=200;WE=37458719;WS=37458701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr2	37499289	rs11124574	T	C	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=79;SC=ACCAGTCTTATCACTTTGTAA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=37499297;WS=37499286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	37518045	rs10177176	G	C	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=64;PP=2766;SC=CCAATCCCCAGAGCATCTCAC;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=144;WE=37518053;WS=37518035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	37586681	rs2302651	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr2	37595696	rs1468816	A	C	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=267;ReadPosRankSum=-3.794;SC=CTATAAAAGTACAAATGGTCA;SOR=0.809;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=23;WE=37595704;WS=37595686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,47:0.38:124
chr2	37599619	rs112031803	ATG	A	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.693;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,12:0.12:97
chr2	37599688	rs2287094	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=0.024;SC=ACGGTGGGATATGAGAAAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=24;WE=37599696;WS=37599678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr2	37599963	rs4670696	A	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.648;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr2	37599988	rs4670697	G	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr2	38177525	rs11687301	A	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.273;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=587;ReadPosRankSum=0.308;SC=GGTGAGCTACAGAACAGTTCT;SOR=1.378;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=37;WE=38177533;WS=38177515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr2	38178406	rs4670799	A	G	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=655;ReadPosRankSum=1.199;SC=GCTTCCAACGATGTTCTCCAG;SOR=0.475;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=47;WE=38178414;WS=38178396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,66:0.78:85
chr2	38179134	rs4670800	G	A	8215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=107;PP=2965;SC=TACAGCACAGGTCATTCTCCA;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=93;TCR=108;TR=199;WE=38179142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr2	38179414	rs72332368	CTG	C	1996.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=936;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CTTTCATAGCCTGTAGAATTC;SOR=0.608;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=23;WE=38179423;WS=38179404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr2	38216766	.	C	CT	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr2	38526324	rs3816370	A	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.014;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	38526547	rs3765052	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=0.058;SC=AATAAGTTATGTACAATAAAC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=14;WE=38526555;WS=38526537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr2	38536626	rs2305243	T	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=1.602;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr2	38537626	rs2305245	A	C	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=413;ReadPosRankSum=-0.698;SC=TTGTAAACAGAAGAAAGAAAA;SOR=0.252;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=28;WE=38537634;WS=38537616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr2	38542573	rs12712583	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=207;ReadPosRankSum=-1.936;SC=TTATTTTGTATCTCAGCGCAA;SOR=0.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=14;WE=38542581;WS=38542563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	38604351	rs3731847	A	G	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=514;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CGCCGGCGCCACAGCCCCTGG;SOR=0.798;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=41;WE=38604359;WS=38604341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,78:0.71:110
chr2	38793110	rs144643949	G	GT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	38797196	rs145942144	T	TG	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=346;ReadPosRankSum=0.425;SC=AACTATACTCTGCCATGTTAT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=38797204;WS=38797186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	38804453	rs75047903	A	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=303;ReadPosRankSum=-0.934;SC=ATTTTGGACAACTCCTGGGAG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=16;WE=38804461;WS=38804445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr2	38809162	rs2253519	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=245;ReadPosRankSum=1.025;SC=GTTCAAACTGCATATCCAAAG;SOR=1.230;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=18;WE=38809170;WS=38809152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr2	38916906	rs11687518	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-2.267;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr2	38956947	rs2272445	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=646;ReadPosRankSum=1.039;SC=CTATGCTACAAGTGACCCAAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=39;WE=38956955;WS=38956937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,46:0.77:60
chr2	38968123	rs376901704	CA	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	38977371	rs3112183	C	T	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=58;PP=1731;SC=ATGCACGTTACGCAAAATCTG;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=97;WE=38977379;WS=38977361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	38977402	rs3134630	T	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=49;PP=1472;SC=CAATTACTTATTTGCCTTAAA;SOR=1.361;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=74;WE=38977410;WS=38977392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	39006603	rs3112201	T	G	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=959;ReadPosRankSum=-1.019;SC=AAACTCCTGATCTCCAAGGAT;SOR=0.253;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=39006611;WS=39006593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr2	39025555	rs1530853	G	A	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=47;PP=1610;SC=GATCAAGTTCGCAACGAAGCT;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=92;WE=39025563;WS=39025545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	39025632	rs1530852	A	G	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=31;PP=798;SC=AACAGGCAGGATAGGTTATTG;SOR=1.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=39025640;WS=39025622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	39030074	rs13029406	C	T	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=39;PP=1043;SC=CAAAAAACCTCAGATGATGAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=39030082;WS=39030064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	39042639	rs3112138	G	A	4008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=41;PP=1973;SC=AAAGAGAAATGAGAACCAACT;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=102;WE=39042647;WS=39042629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	39045885	rs10176932	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=165;SC=CCATTTTACACGGCTGGTAAG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=39045893;WS=39045884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	39050019	rs3112146	G	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=263;SC=AAAATTCACAGCTAACATACA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=39050027;WS=39050009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	39050061	rs34582261	AT	A	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=689;SC=CATGCCCTTGATTTCCCCCAT;SOR=1.781;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=18;WE=39050069;WS=39050051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	39050141	rs3770681	A	C	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=23;PP=1105;SC=TTACAAACGGAGACTTAAAAG;SOR=1.090;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=39050149;WS=39050131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	39065729	rs17494315	C	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	39075356	rs11124651	A	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=226;SC=CAAACTTTAAAATAATTATAT;SOR=2.584;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=39075364;WS=39075346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	39082344	rs7598922	T	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=49;PP=1589;SC=AGGTGGTCCATTCAGAGAATC;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=78;WE=39082352;WS=39082334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	39083645	rs372510406	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	39085995	.	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.490;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=0.074;SC=GGAAATAAAAGAAAACATTTC;SOR=0.266;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=18;WE=39086003;WS=39085980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr2	39090696	rs3099999	T	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=51;PP=1372;SC=TACACACATATCTTCAATCAG;SOR=1.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=69;WE=39090704;WS=39090686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	39117117	rs7565111	G	A	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=24;PP=1232;SC=AACCACCGCAGGCAACATGGG;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=64;WE=39117125;WS=39117107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	39156806	rs115016228	T	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=264;ReadPosRankSum=0.196;SC=TATATACTTTTACCCCATGTA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=15;WE=39156814;WS=39156796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr2	39162785	rs5830547	CT	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=-0.872;SC=ACTGTAATTTCTTTTTTTTAC;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=9;WE=39162793;WS=39162775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	39185048	rs422854	C	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=7;PP=661;SC=TGCAAAGGCCCCTGGAGATAG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=39185056;WS=39185038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	39187190	rs6755527	T	C	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=41;PP=1540;SC=GGACTTCGAGTCCTCTCCGGC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=39187198;WS=39187180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	39187519	rs958412	A	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=26;PP=708;SC=GCGCCTACAAACTGGAGGCGG;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=39187527;WS=39187509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	39193142	.	T	C	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=640;ReadPosRankSum=-1.385;SC=CTTTTTTGTTTCCAGGAGATG;SOR=1.002;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=42;WE=39193150;WS=39193132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
chr2	39198966	rs2305516	A	G	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=7;PP=730;SC=AGCTGAGTTTATGGACTTTGA;SOR=1.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=32;WE=39198974;WS=39198956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	39201073	rs141703594	CTA	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr2	39214821	rs2290445	A	C	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=169;SC=AATTGCTTATAATTAAAAGTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=39214829;WS=39214811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	39224351	rs1454223	G	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=286;SC=AAGTAGTTTAGAAACTTAATC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=39224359;WS=39224341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	39224615	rs5830551	G	GT	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=14;PP=399;SC=GAAAATGCAAGTTTTTTTCTG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=39224623;WS=39224605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	39233500	rs7577088	G	A	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	39251375	rs10634554	T	TCAC	490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=7;PP=124;SC=TATTCAACTGTCACAATAAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=39251383;WS=39251365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	39262068	rs10153761	C	T	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	39281730	rs997344	G	C	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=0;PP=138;SC=CATTCAATGAGAGGCATATAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=39281738;WS=39281720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	39406572	rs7566123	C	A	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=462;SC=GAAAATCTTCCAGTTTGTGTA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=39406580;WS=39406562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr2	39452861	rs11124663	C	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=108;SC=ATGGGGTAGCCAGATGCATTG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=39452869;WS=39452851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr2	39494469	rs10865149	C	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GATCAGTGCACAAAGGATGAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=39494477;WS=39494459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	39507417	rs3755176	T	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=-1.388;SC=TACTACCTCTTGTATCTGGGT;SOR=0.902;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=23;WE=39507425;WS=39507407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr2	39514136	rs3755172	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-0.014;SC=TGAAAATGATTAATCTTCATG;SOR=1.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=7;WE=39514144;WS=39514126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	39526842	rs2111382	A	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=6;PP=379;SC=GCAACTTAATAATTCTTGAAT;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=39526850;WS=39526832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	39553271	rs3815594	A	G	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=19;PP=1087;SC=AGATTCTTCAATGATGATGCA;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=39553279;WS=39553261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	39564620	rs1125839	C	A	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.70;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	39570427	rs3732053	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=520;SC=CAATAAAACATAGCTTGCTTT;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=39570435;WS=39570417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	39583446	rs8545	A	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=13;PP=487;SC=CTTTCATCATAATAATTTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=39583454;WS=39583436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	39944055	rs2540229	G	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=493;SC=GACTGCCTCAGTGGTTGATCT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=39944063;WS=39944045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	39982898	rs10688564	G	GAGTAT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=272;SC=CATCTATTTTGAGTAAATAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=39982906;WS=39982888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	39993167	rs4670959	T	C	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=-1.842;SC=ATCTGTCTTATGGGACAAACC;SOR=0.703;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=27;WE=39993175;WS=39993157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr2	39996230	rs6745129	G	A	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=665;ReadPosRankSum=-0.913;SC=CCCATGTACAGGACCTGTGCA;SOR=0.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=53;WE=39996238;WS=39996220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,71:0.37:194
chr2	39996341	rs78428784	T	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=612;ReadPosRankSum=-1.835;SC=TCTGTAGATTTAAGGAAATTT;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=45;WE=39996349;WS=39996331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,50:0.36:139
chr2	40006430	rs12620957	A	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.159;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=535;ReadPosRankSum=0.081;SC=CTCGGGCGCGAGCGGCTCGCT;SOR=0.162;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=19;WE=40006450;WS=40006420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr2	40006442	rs35761077	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=535;ReadPosRankSum=0.697;SC=CGGCTCGCTCCTGGAGGCGGC;SOR=0.293;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=15;WE=40006450;WS=40006420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr2	40006476	.	G	GGGGAGA	59.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	40392313	rs434725	G	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=354;SC=ATCACTGTGAGAGCAAGTGAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=40392321;WS=40392303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	40402112	.	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=221;ReadPosRankSum=0.986;SC=AGAAGACTAGGAAAATGTTCA;SOR=0.144;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=16;WE=40402120;WS=40402102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr2	40402275	rs6734847	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=-0.009;SC=TGAGGTCAATGGCCCTAAACA;SOR=0.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=40402283;WS=40402265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	40403104	rs106706	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.871;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr2	40404839	rs433572	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=380;ReadPosRankSum=-2.354;SC=TAGGGAGACACGGAGAGAGAA;SOR=0.732;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=25;WE=40404847;WS=40404829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr2	40564647	rs11893826	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr2	40564655	rs11893746	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	40655563	rs3838567	CCACACACA	CCACA,CCACACA,C	996.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=10,10;NR=4,4;PP=679,47;SC=ACACACTGAACCACACACACA;SOR=2.303;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=14,14;WE=40655578;WS=40655553;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.22:27
chr2	40656191	.	G	T	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.641;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=683;ReadPosRankSum=-1.461;SC=CTTGTTCAAAGAAGATCTTAC;SOR=0.706;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=57;WE=40656199;WS=40656181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,82:0.35:234
chr2	42165754	rs10192292	C	T	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.53;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	42165754	.	CTGC	TTGC,TTGG	820	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=14;MQ=59.72;NF=44,14;NR=31,8;PP=820,224;QD=11.3969495006;SC=CAGGTGGAACCTGCAAGAAAG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=75,22;WE=42165765;WS=42165744;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:75
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chr2	42181049	rs111518991	G	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.660;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr2	42275876	rs55918906	G	C	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.387;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
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chr2	42491751	rs35132936	C	T	192.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr2	42510018	rs6736913	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	42511903	rs6744779	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=30;PP=945;SC=AGTGGAATCTATTGTAATTTT;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=54;WE=42511911;WS=42511893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	42515388	rs10202624	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=9;PP=324;SC=TCATTTATGTATTATTGATGA;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=42515396;WS=42515378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	42515437	rs28651764	A	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	42522756	rs10490555	A	G	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=76;SC=CAGTGTAACAATATGAGCAAG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=42522764;WS=42522746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	42531871	rs12464702	G	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=1.457;SC=TGCCTTTTGCGACATGCTACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=42531879;WS=42531861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	42544821	rs7558501	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.520;SC=AGCAGAACATCAGAGTTCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=42544829;WS=42544811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	42553210	rs2286703	C	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=263;ReadPosRankSum=0.557;SC=TACAAGTAAACGTGGCTAGTT;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=19;WE=42553218;WS=42553200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr2	42556022	rs2286700	A	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=0.499;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr2	42560975	rs7572231	A	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=13;PP=533;SC=AGTCTCCAGCAGCCACAGAAA;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=42560983;WS=42560965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	42588195	rs3764906	T	C	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=40;PP=1709;SC=GGGCCGCCACTTCTCATGTCC;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=42588203;WS=42588185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	42719847	rs113015907	T	TG	4733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=33;PP=1980;SC=TGGCCGCGCCTGGGCCTCGCT;SOR=1.036;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=52;WE=42719868;WS=42719837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	42719860	rs112592817	G	GC	5138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=34;PP=2663;SC=GCCTCGCTGGGCGCGCACCCC;SOR=0.973;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=57;WE=42719868;WS=42719837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	42795954	rs78106475	T	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=14;PP=443;SC=TGGGAGCGGGTTCCGGGAGCG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=42795962;WS=42795944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	42996709	.	A	ATG	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=2.062;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	42996759	.	AAG	A	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=42;ReadPosRankSum=0.363;SC=GTGTGTGTGAAAGAGAGAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=5;WE=42996768;WS=42996749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr2	43451739	.	CCTG	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGCGCCAGGCCCTGCTGCTGC;SOR=1.352;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=4;WE=43451749;WS=43451729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,7:0.13:53
chr2	43452183	rs7933	A	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=655;ReadPosRankSum=1.358;SC=CTGTGGTGCAACTTGGGCCGC;SOR=1.410;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=37;WE=43452191;WS=43452173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr2	43452757	rs201963284	A	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=0.316;SC=GGGCGAGTGCATGCAGGTTGC;SOR=0.744;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=19;WE=43452765;WS=43452747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr2	43455063	rs67278917	CCA	C	4448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.098;NF=10;NR=51;PP=2559;ReadPosRankSum=0.582;SC=ATACAGGTTGCCACAAAAAGC;SOR=0.751;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=93;TCF=17;TCR=76;TR=61;WE=43455072;WS=43455053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,125:0.65:191
chr2	43514036	rs11900952	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.765;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=355;ReadPosRankSum=1.040;SC=CTTCCGTCTCGGCGCACTTAC;SOR=1.003;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=21;WE=43514044;WS=43514026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
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chr2	43927815	.	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=0.331;SC=TTTCTGGGAGGGAGTCTCGCT;SOR=1.121;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=16;WE=43927823;WS=43927805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
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chr2	43931321	rs4953003	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=0.677;SC=TAAAGGAGGTGTTTAAAGGGT;SOR=0.883;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=19;WE=43931329;WS=43931311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr2	43933354	rs9678037	C	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=378;ReadPosRankSum=1.881;SC=ATGTATTAATCGAATTGCTTT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=16;WE=43933362;WS=43933344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	43947760	rs10206389	T	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=295;ReadPosRankSum=0.566;SC=TAATTTAAGGTGTCAGAGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=22;WE=43947768;WS=43947750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr2	43947958	.	C	T	179.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.98;ReadPosRankSum=0.253;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr2	43953664	rs7574334	A	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=509;ReadPosRankSum=1.347;SC=TAATTATCAAATCAATTTAAT;SOR=0.500;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=28;WE=43953672;WS=43953654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
chr2	43965705	rs28646121	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=0.119;SC=AAAGTGTTTTTTTTTCTGATT;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=15;WE=43965713;WS=43965695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	43985940	rs7570252	C	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.079;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr2	43991310	rs10205936	C	T	174.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=0.282;SC=TAATTATTTTCCATCTCTCCT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=43991318;WS=43991300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr2	43991357	rs7565517	A	C	496.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=317;ReadPosRankSum=-1.282;SC=ACTTTTTCTTATCTTTAAAGA;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=43991365;WS=43991347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr2	44004010	rs2288709	T	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=339;ReadPosRankSum=-0.009;SC=GCAGAAAAATTTGTTTTCTTC;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=20;WE=44004018;WS=44004000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr2	44010620	rs3815995	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
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chr2	44016885	rs3815994	C	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=309;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TCCAGGAAAACCTGTAAGTAC;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=25;WE=44016893;WS=44016875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr2	44019799	rs13420319	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=7;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=395;ReadPosRankSum=-1.619;SC=ATAACTCCTTGTTTTTCCTTC;SOR=0.671;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=26;WE=44019807;WS=44019789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr2	44019930	rs10199777	C	T	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.00;ReadPosRankSum=-1.131;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr2	44019936	rs10199778	C	T	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.77;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,49:0.80:61
chr2	44021544	.	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=0.036;SC=ATTAGGATTTCAAAATGGTAA;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=9;WE=44021552;WS=44021534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr2	44021826	rs9309107	T	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=685;ReadPosRankSum=-1.544;SC=TTAGTCCCATTTATAGTTAAT;SOR=0.996;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=45;WE=44021834;WS=44021816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,56:0.62:90
chr2	44027948	rs3792013	G	A	323.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=-1.433;SC=GGAAAATAGAGCATGTAATTT;SOR=0.697;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=12;WE=44027956;WS=44027938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
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chr2	44055151	.	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=293;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GGCTGCGATGGAGACCCGGCG;SOR=0.791;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=29;WE=44055159;WS=44055141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,64:0.37:175
chr2	44079004	rs4148214	T	C	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=835;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TCCAAGAAGCTACAGTGTCCA;SOR=0.632;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=45;WE=44079012;WS=44078994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr2	44079606	rs9282575	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=251;ReadPosRankSum=1.124;SC=GCATTGGGGTGCAGCTCCTGT;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=18;WE=44079614;WS=44079596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr2	44079671	rs9282572	C	T	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=943;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CTGTGCGGTCCCCTCAGGCTT;SOR=0.668;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=51;WE=44079679;WS=44079661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,68:0.66:103
chr2	44099057	rs55741639	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CAAGCTCTTCACCTGTGAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=44099065;WS=44099052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr2	44099433	rs4148217	C	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=564;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CAGCAGTTTACGACGCTGATC;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=147;TCF=56;TCR=91;TR=46;WE=44099441;WS=44099423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,68:0.28:242
chr2	44099582	rs4148218	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=-0.198;SC=GCATCCAGCAGGGCGTTGGTG;SOR=1.414;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=6;WE=44099590;WS=44099572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr2	44100849	rs4245794	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=1.465;SC=ATGAGGCTTATGGAGACTGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=44100857;WS=44100839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	44100871	rs4245795	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CATTCCCAGGGTCACGGGGCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=44100879;WS=44100861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	44101214	rs10709506	CA	C	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.72;NF=0;NR=12;PP=502;SC=GGTTTGATTTCATTGTGATTG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=44101222;WS=44101204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	44101229	rs34198326	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	44101394	rs4953027	A	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=113;SC=CATCTAAATTAGGATGGCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=44101402;WS=44101384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	44101538	rs28517482	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=1.580;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr2	44101649	.	G	GCCC	402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=255;ReadPosRankSum=-0.116;SC=GAGAGCAAGTGCCCCCCACCC;SOR=0.665;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=8;WE=44101657;WS=44101639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr2	44101711	rs13405698	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=-1.083;SC=AAGGCTTTTCTGAACCATGGG;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=44101719;WS=44101701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	44104610	.	ACT	A	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=46;QD=40.5;SC=ATATGGGGAGACTCTGTGAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=44104619;WS=44104608;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr2	44104925	rs6544718	T	C	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=46;PP=1785;SC=ATCCTCAGTGTCATGGAGCTG;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=96;WE=44104933;WS=44104915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	44116836	rs2955280	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,38:0.30:128
chr2	44123672	rs3839036	TC	T	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=274;ReadPosRankSum=1.816;SC=TATAGTATTCTCAAATAAGGT;SOR=0.573;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=9;WE=44123680;WS=44123662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr2	44145374	rs7568481	G	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr2	44145436	.	G	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=824;ReadPosRankSum=0.981;SC=CCCTCTCTAAGGATTTCTGCT;SOR=0.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=50;WE=44145444;WS=44145426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,79:0.72:110
chr2	44152180	rs4952694	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=208;ReadPosRankSum=1.319;SC=ATAAATGAAAGCGTGAAGAAT;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=20;WE=44152188;WS=44152170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr2	44172444	rs28394191	A	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.917;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,43:0.34:126
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chr2	44508835	rs11124986	G	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=299;SC=GTTTCCAGTTGTTATTTACTC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=44508843;WS=44508825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	44512971	rs3768919	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr2	44545234	rs11348872	GT	G	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.746;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr2	44547574	rs698761	G	A	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=53;PP=2389;SC=CCGCTAAAATGAGAATAAGGT;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=66;TCR=53;TR=118;WE=44547582;WS=44547564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	44547909	rs8886	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=19;PP=414;SC=TGAATGTAACTGCTTTAAGAA;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=44547917;WS=44547899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	44548613	rs2241871	T	C	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=22;PP=732;SC=AAAAATTAAATAGAAGGCCTT;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=44548621;WS=44548603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	44556298	rs2033951	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=294;SC=TCTTTTATAATAACTGTTTTA;SOR=1.828;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=44556306;WS=44556288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	44565447	rs2289463	A	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=291;SC=AAACTGCATAAATATTTTGAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=44565455;WS=44565437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	44566504	.	TAG	T	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=56;QD=16.25;SC=ACAAAGTAGCTAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=44566513;WS=44566494;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,4:0.27:15
chr2	44569474	rs2304769	G	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=154;SC=CAAAATAAACGTTTTAAGTCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=44569482;WS=44569464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	44569700	rs61004197	AAAT	A	2102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	44569739	rs11421998	T	TA	125.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
chr2	44570776	rs17580226	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=290;SC=CATAGGGATACATGAATCAGG;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=44570784;WS=44570766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	44570804	rs12053381	C	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=7;PP=408;SC=CTTCTCCCTCCCTCACATGCG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=44570812;WS=44570794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	44573624	rs698763	G	A	121.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=80;SC=TAGACTTAACGTTGTACAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=44573632;WS=44573614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	44573658	rs698764	T	C	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.78;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	44573671	rs698765	G	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=49;SC=TTCACAGATTGTAAATGTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=44573679;WS=44573648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	44617324	rs1085486	T	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=6;PP=304;SC=CTTTTTTGAATACTAAAAATG;SOR=1.143;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=19;WE=44617332;WS=44617314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	44622256	rs1067342	A	C	89.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	44858687	rs10191477	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=0.071;SC=AAGCAATCCTTCTGCCTCAGC;SOR=0.622;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=12;WE=44858695;WS=44858677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr2	44942331	rs35173334	CA	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	45170153	rs4953152	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr2	45171842	rs338074	A	G	4461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,213:0.66:323
chr2	45647043	rs3213788	C	G	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=60;PP=1870;SC=GCTGAAAAGACAAAGATCAAA;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=91;WE=45647051;WS=45647033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	45773816	rs2276657	C	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=625;SC=ATCACAAAAGCAACTTTAAAG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=45773824;WS=45773806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr2	45774548	rs1865685	A	C	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.931;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TATATGGTTTATTGTCTCTCA;SOR=0.916;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=55;WE=45774556;WS=45774538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
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chr2	46211658	rs4953294	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=237;ReadPosRankSum=-1.641;SC=TGAGGAGCTCGGTGGTGAACC;SOR=0.821;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=22;WE=46211666;WS=46211648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr2	46228391	rs374169133	CAT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=0.455;SC=TGATGGAAGACATATATATAT;SOR=0.260;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=46228400;WS=46228381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	46231525	rs4953297	T	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=-1.702;SC=TCATTTTGGCTACTTTGGCGA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=10;WE=46231533;WS=46231515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr2	46378419	rs10531998	TACACACAC	T,TACACAC	1018.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.64;ReadPosRankSum=-1.739;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,30,12:0.67,0.27:45
chr2	46386928	rs182845769	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=450;ReadPosRankSum=-0.145;SC=CACCATGGGTCGGGCCCAGGT;SOR=0.307;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=28;WE=46386936;WS=46386918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr2	46524987	rs200720368	G	GC	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=378;ReadPosRankSum=0.208;SC=GAGGGCCACAGCCCCCCACCC;SOR=0.738;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=16;WE=46524995;WS=46524977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,29:0.28:102
chr2	46583235	rs6743991	C	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=25.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr2	46583281	rs75984373	C	T	645.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.514;QD=33.96;ReadPosRankSum=1.396;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr2	46583593	rs2278753	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	46739157	rs3814045	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=252;ReadPosRankSum=-1.243;SC=CACTAGCTTCACTTCCCAGAG;SOR=1.165;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=25;WE=46739165;WS=46739147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,38:0.35:108
chr2	46771134	rs6714484	G	C	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=49;PP=1348;SC=AACAAACAGAGCCGGATAAGC;SOR=3.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=55;WE=46771142;WS=46771124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr2	46987300	rs3768720	T	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TCCCCAAAGGTTGTTAACTAG;SOR=1.002;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=17;WE=46987308;WS=46987290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
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chr2	47083030	rs3835756	ATG	A	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=0.037;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	47083044	rs1079	A	T	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.30;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	47083252	rs11691225	G	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=1.639;SC=TCCCTTTTCTGTTATTGGCAA;SOR=0.968;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=21;WE=47083260;WS=47083242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr2	47085398	rs2278711	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=1.046;SC=TGCGTGAGTCCGTCTGAACGA;SOR=2.833;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=47085406;WS=47085388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	47177617	rs61738825	C	T	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=607;ReadPosRankSum=-2.976;SC=CGAAGATGAGCGAAGCCAAAA;SOR=0.500;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=53;WE=47177625;WS=47177607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,83:0.72:115
chr2	47185438	rs4952856	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=232;ReadPosRankSum=0.523;SC=CTCATCCCCCGCTCTGCGCCT;SOR=0.370;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=18;WE=47185446;WS=47185428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr2	47201797	rs6745836	A	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	47201991	rs67758600	CT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-0.381;SC=AGACCTCCGCCTCCTCCTGGC;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=47201999;WS=47201981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	47222299	rs151317740	C	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=393;ReadPosRankSum=-1.393;SC=AGGACAACATCGAGGAAGCCC;SOR=0.834;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=37;WE=47222307;WS=47222289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,55:0.29:190
chr2	47250819	rs12988535	A	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=446;SC=AGCAGCCACAAGTCTCGGTTC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=47250827;WS=47250809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	47251515	rs78064634	C	T	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=1011;ReadPosRankSum=1.608;SC=TGTCCGTGTTCCTAACCCCCG;SOR=0.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=67;WE=47251527;WS=47251505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,94:0.74:127
chr2	47251555	rs72872958	G	T	3758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=55;PP=1754;SC=TCTTCTCCTGGAAACCCAGCT;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=104;WE=47251563;WS=47251545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	47251634	rs6713052	T	C	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	47314052	rs1474394	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=351;SC=CAATCATGTTTTGTGGCCAGA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=47314060;WS=47314045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	47348347	rs1880583	C	T	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=35;PP=1119;SC=CTCCCCTCACCCCTAGCTGTC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=47348355;WS=47348337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	47357458	rs58184321	A	G	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=64;PP=2064;SC=TCACTTCGTTATCTGTCATTC;SOR=1.171;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=101;WE=47357466;WS=47357448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	47380145	rs17036300	T	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=7;PP=239;SC=GGAAGTCTTTTGGGCTGGTTT;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=47380153;WS=47380135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	47380305	rs6749284	C	T	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=77;SC=AATAAATTTGCCCATATTTCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=47380313;WS=47380295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	47382214	rs815806	C	G	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=14;PP=1039;SC=GGAACGAGAGCGGCACGAAGG;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=47382222;WS=47382204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	47397750	rs140003206	CAT	C	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=211;ReadPosRankSum=0.534;SC=ATATTATACCCATATGTTAGT;SOR=0.976;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=47397759;WS=47397740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr2	47399601	rs4953472	A	G	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=20;PP=629;SC=AAGCTAACCTAAAGAGTTAAA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=47399609;WS=47399591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	47403383	rs11842	G	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=3;PP=697;SC=ACTAGAGGAAGCCCCCCTGAA;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=47403391;WS=47403373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	47601106	rs1126497	T	C	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=582;ReadPosRankSum=1.287;SC=GGCACCTCCATGTGCTGGTGT;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=44;WE=47601114;WS=47601096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr2	47601257	rs4399765	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=0.994;SC=TATTTTTGATTATGTAATATG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=22;WE=47601265;WS=47601247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr2	47604118	rs141632294	A	AT	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr2	47604148	rs78608315	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=301;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TTAAATTCTTTACAGTGCACT;SOR=0.216;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=17;WE=47604156;WS=47604138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr2	47630550	rs2303426	C	G	336.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9776;FS=2.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=1.184;SC=AGGTGAGGGCCGGGACGGCGC;SOR=0.697;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=11;WE=47630558;WS=47630540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr2	47656801	rs2347794	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=73;ReadPosRankSum=-0.321;SC=AGCTGATTTAGTTGAGACTTA;SOR=0.136;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=8;WE=47656809;WS=47656791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	47690404	rs3771278	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.39;ReadPosRankSum=1.701;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr2	47690411	rs3771280	T	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.18;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	47702052	rs139279651	T	TAGG	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=259;ReadPosRankSum=0.105;SC=AAGTGTAAATTAGGAAATGGG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=47702060;WS=47702051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	47702102	rs17218439	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=248;ReadPosRankSum=2.124;SC=GTATTTTTACGGCTTATATCT;SOR=0.069;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=16;WE=47702110;WS=47702092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr2	47702451	rs17218446	G	T	225.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=2.315;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr2	47739551	rs2303424	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-0.945;SC=AGACAGAACCAGGGCAGTGGT;SOR=0.972;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=18;WE=47739559;WS=47739541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr2	48030458	rs2072447	G	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=-0.017;SC=TGAAAGTTATGTCTTATAATG;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=12;WE=48030466;WS=48030448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr2	48030838	rs2020911	A	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=0.621;SC=ACTGATTCTTAAAGTTTTGTT;SOR=0.258;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=10;WE=48030846;WS=48030828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
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chr2	48040285	rs3732191	A	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
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chr2	48065901	rs188997415	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-1.727;SC=CAACTAATTGTAACTACCAAC;SOR=0.675;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=11;WE=48065909;WS=48065891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr2	48586409	rs137947879	ATTTAGTT	A	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.742;NF=1;NR=7;PP=343;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TTTATGTTTTATTTAGTTTTT;SOR=1.247;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=48586423;WS=48586399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	48602186	rs34136171	A	G	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=1140;ReadPosRankSum=-1.446;SC=ATCCAAAAGAAGATCACAATT;SOR=0.570;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=68;WE=48602194;WS=48602176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,122:0.67:181
chr2	48602252	rs17855177	C	T	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=56;PP=2074;SC=GCGTGTCTTCCCTGTCTTCTG;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=105;WE=48602260;WS=48602242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	48713729	rs72822226	T	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=8;PP=681;SC=ATGTGACTTATATATAGATAA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=48713737;WS=48713719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	48732670	rs115134303	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.401;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=257;ReadPosRankSum=0.598;SC=TGTACACATTCTGTTCTAAAA;SOR=0.974;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=26;WE=48732678;WS=48732660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,40:0.27:149
chr2	48734576	rs6716341	G	A	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=21;PP=583;SC=CCCTGCAGGAGTTAGGACACT;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=30;WE=48734584;WS=48734566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	48756682	rs34461314	C	G	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=13;PP=402;SC=CCTCACTAAACTATCTTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=26;WE=48756690;WS=48756672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	48807796	rs17039250	A	C	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=34;PP=1896;SC=ATCCAGGCAAATGGGTCACCT;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=98;WE=48807804;WS=48807786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	48807976	rs3828340	T	C	6247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=72;PP=2965;SC=CCATTGTAGATTTTTATTTCA;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=146;WE=48807984;WS=48807966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	48808152	rs940389	G	C	5897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=79;PP=2965;SC=CTGCCTACCAGACCAACATGT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=159;WE=48808160;WS=48808142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr2	48808594	rs3749142	C	T	6250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=81;PP=2879;SC=AGCCAAAATCCGGATGGTCTT;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=74;TCR=83;TR=155;WE=48808602;WS=48808584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	48808882	rs3749144	T	A	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=26;PP=992;SC=TTCATGAACCTGACATAGAGC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=48;WE=48808890;WS=48808872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	48808898	rs3749145	C	T	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=22;PP=856;SC=AGAGCAGATGCTGAAGTTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=43;WE=48808906;WS=48808888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	48809593	rs3792234	G	T	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=33;PP=1198;SC=GGAGTTTACAGGAACTTGAAT;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=72;WE=48809601;WS=48809583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	48809756	rs3792235	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=557;SC=TAAATATTCTTACCTTCCTCC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=48809764;WS=48809746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	48822540	rs7574549	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.575;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,19:0.22:86
chr2	48844968	rs2293269	C	G	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=16;PP=1079;SC=TCCGAGGGCACTGCGTGCCGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=48844976;WS=48844958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	48847918	.	G	GAATAAATA	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.37;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	48898798	rs3920390	T	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	48906625	rs1965508	T	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=14;PP=496;SC=ATCAGTTGGATTATATTGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=48906633;WS=48906615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr2	48921375	rs2293275	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr2	49215977	rs2072488	G	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=348;SC=AGATGAGAGAGGAACGCAGAA;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=49215985;WS=49215967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	49216284	rs2072487	C	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=317;SC=ATGCGGTCTTCAGCTGAGGTA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=49216292;WS=49216274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr2	49244610	.	A	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,42:0.29:144
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chr2	50201110	rs9636391	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=187;ReadPosRankSum=1.861;SC=AGCTACCTGCAAGTTTTCACA;SOR=0.521;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=15;WE=50201118;WS=50201100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr2	50280283	rs1363050	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.414;SC=TTAAGCTAGTTTCAAAGGAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=3;WE=50280291;WS=50280273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	50280338	rs1363049	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-0.252;SC=TAGAAAAGACGCATATGCAGA;SOR=0.512;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=8;WE=50280346;WS=50280328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	50282056	.	T	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=0.805;SC=ATGTTCAAATTATTTTTTTAT;SOR=0.340;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=8;WE=50282064;WS=50282046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr2	50434759	rs1715984	C	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GACTTTGAATCAAATATTATA;SOR=0.521;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=10;WE=50434767;WS=50434749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr2	50434800	.	T	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=-1.889;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr2	50692459	rs12713101	T	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.185;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=0.916;SC=ACTGCTTCTATGGGTTATGAC;SOR=3.477;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=50692467;WS=50692449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	50692560	rs3213756	A	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=370;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GTATCAGTCCATACTCAGAGA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=29;WE=50692568;WS=50692550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,71:0.70:101
chr2	50692819	rs10168838	T	G	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=166;SC=AACTAGTTTTTAAAGTTCTAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=50692827;WS=50692809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	50693363	rs1520454	A	T	122.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr2	50693504	rs75315267	AAC	A	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.746;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr2	50699305	rs2075234	T	A	107.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AATTAAAAACTTGAATAAGGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=50699313;WS=50699304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	50699567	.	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=384;ReadPosRankSum=3.163;SC=TTTTGGTAAGGATTTGTATGT;SOR=0.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=31;WE=50699575;WS=50699557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr2	50733860	rs7584062	A	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr2	53832023	.	C	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=422;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TTTGAAGGTCCCAGATATTTT;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=34;WE=53832031;WS=53832013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
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chr2	54122956	rs698856	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=1.023;SC=CAGTACCAGCATAACTTTGTC;SOR=0.641;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=11;WE=54122964;WS=54122946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr2	54128710	rs199545991	A	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
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chr2	54369154	.	TTTG	T	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr2	54482916	.	C	T	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=2.468;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,133:0.29:453
chr2	54482964	rs843704	C	T	4701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=72;PP=2148;ReadPosRankSum=-0.515;SC=TTGAGGCTGCCGTCAGTTGTC;SOR=0.547;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=98;TCR=111;TR=139;WE=54482972;WS=54482954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,215:0.65:330
chr2	54483272	rs61736715	C	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,25:0.26:97
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chr2	54587596	rs2280718	C	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=554;ReadPosRankSum=0.613;SC=CCCAGCACTCCTGAGAGCAGA;SOR=0.851;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=36;WE=54587604;WS=54587586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,56:0.64:87
chr2	54839276	rs3796014	A	G	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=40;PP=1725;ReadPosRankSum=-1.001;SC=ATGTGTCTCTACCTCTGCTCT;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=90;WE=54839284;WS=54839266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr2	54844790	rs2229506	C	T	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=52;PP=1384;ReadPosRankSum=-0.615;SC=GCTGGAGGGACGGCATGGCCT;SOR=0.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=90;WE=54844798;WS=54844780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,127:0.76:167
chr2	54844926	rs7569127	T	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=1.360;SC=CTTAACTGTCTCACCGTGGTG;SOR=0.752;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=6;WE=54844934;WS=54844916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr2	54844970	rs62134708	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GAAAATATGGGAGAATATATA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=54844978;WS=54844960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	54855137	rs2971887	T	C	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=13;PP=908;SC=AGGGAAGGCATAGCTTCATTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=54855145;WS=54855127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	54855454	rs17046036	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=-1.950;SC=GAAACACAGTGGGGCTTTTGA;SOR=0.465;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=5;WE=54855462;WS=54855444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	54856438	rs373885580	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=339;ReadPosRankSum=0.648;SC=CATTTACATCCGGGAGCAGTG;SOR=0.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=31;WE=54856446;WS=54856428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr2	54858664	rs2229503	C	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=477;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TGTGGGAGAACAGACAAAATC;SOR=0.735;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=138;TCF=45;TCR=93;TR=40;WE=54858672;WS=54858654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,54:0.30:182
chr2	54873057	rs182261480	C	T	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=672;ReadPosRankSum=-0.577;SC=ATTTAAAATTCTTCCCAGTTG;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=42;WE=54873065;WS=54873047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,72:0.66:109
chr2	54877146	rs3739109	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=-2.314;SC=GCAGCCACCCAGGGGTGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=11;WE=54877154;WS=54877136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr2	54884870	rs966003	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=4;PP=256;SC=TTAGAGTAGACGATAGACTGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=54884878;WS=54884860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr2	55040426	rs2631840	A	G	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=38;PP=1184;SC=GGAAGGAGCCATATATATGCA;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=78;WE=55040434;WS=55040416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	55043985	.	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.704;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr2	55071101	rs72020199	TTG	T	217	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.69;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr2	55074821	.	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TTACAATTTTCCTGGTCATAA;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=19;WE=55074829;WS=55074811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr2	55077061	rs12713278	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=453;SC=TTCTATTTGTAGAATTGCTGC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=55077069;WS=55077051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	55077130	.	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=127;ReadPosRankSum=1.833;SC=CATCAAAGATCGAAAAGAAGT;SOR=0.976;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=14;WE=55077138;WS=55077120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr2	55077270	.	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,47:0.28:165
chr2	55080703	rs35619447	A	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=-0.566;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	55086815	.	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=1.714;SC=GTCAGCAACGGCATGCTGGAA;SOR=0.653;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=16;WE=55086823;WS=55086805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr2	55093842	rs1961245	G	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr2	55098778	rs369286698	TGA	T	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,21:0.13:157
chr2	55122589	rs6545454	A	G	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=1007;ReadPosRankSum=1.436;SC=CTGGGACTAGAGTGAGGCAAA;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=66;WE=55122597;WS=55122579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,104:0.68:153
chr2	55138272	rs2304688	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	55144103	rs2304685	C	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-1.461;SC=TCTTTACTTGCTCAGTCTCCT;SOR=0.984;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=9;WE=55144111;WS=55144093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr2	55155438	.	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=181;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TAACCAATTTCGGGCTTTACA;SOR=0.465;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=13;WE=55155446;WS=55155428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr2	55155672	rs10164886	A	G	3933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=58;PP=1675;ReadPosRankSum=0.245;SC=CACCTGCCACATGCCTCCTGC;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=206;TCF=110;TCR=96;TR=127;WE=55155680;WS=55155662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,192:0.61:316
chr2	55180965	rs4671998	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.561;NF=16;NR=5;PP=327;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TGGAGGTTGCGGTGAGCTGAG;SOR=0.283;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=21;WE=55180973;WS=55180955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	55181022	.	TA	T	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.484;QD=1.36;ReadPosRankSum=1.571;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr2	55186229	rs12623902	T	C	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=446;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GAAGATGTTGTTTTGTTTACA;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=29;WE=55186237;WS=55186219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr2	55186394	rs17346629	A	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=2.329;SC=CGGAAAAGAGAGGCCGTAAGC;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=18;WE=55186402;WS=55186384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr2	55187297	rs58866010	A	AG	1833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=905;SC=AGAGGGCCGGAGGGGTAGTGG;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=55187305;WS=55187287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	55189869	rs34564860	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr2	55200800	rs2255112	T	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=256;ReadPosRankSum=-1.913;SC=TGCTAAAGAATCTTATTAACC;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=14;WE=55200808;WS=55200790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr2	55201038	rs2255026	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr2	55214618	rs2580769	A	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=243;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TGTTTTCCAGACATCTCACCT;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=17;WE=55214626;WS=55214608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr2	55214912	rs2580770	C	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=-0.188;SC=AAAACAAAAACGCTACTACAT;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=55214920;WS=55214902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	55254721	rs13002841	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-0.923;SC=AAAGACTTACTGTTTACTAAA;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=55254729;WS=55254711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	55404794	rs14026	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=9;PP=363;SC=TTTCATGTCTGCAGAGAACAG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=55404802;WS=55404784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	55407754	rs6716066	C	T	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=67;PP=2103;SC=TCACTGTAGACAATCTGAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=133;WE=55407762;WS=55407744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	55407935	rs10183953	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=339;SC=AGCACAGTAGGACTGGATTTT;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=55407943;WS=55407925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	55439963	rs2118283	C	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=316;SC=GAAAGGCTTTCTTATGTCTTT;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=55439971;WS=55439953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	55470115	rs11357	C	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	55471407	rs2589083	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=22;PP=470;SC=AATGTCATAATGTACTTTAAG;SOR=3.334;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=55471415;WS=55471397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	55473371	rs2576724	A	G	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=14;PP=867;SC=AATATTGTTCATGAACTAACA;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=53;WE=55473379;WS=55473361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	55473386	rs3833559	CAT	C	3519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=18;PP=2086;SC=CTAACAATAACATGTAACAAA;SOR=1.759;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=45;WE=55473395;WS=55473376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	55473681	rs2589081	A	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=541;SC=GTCACATAATACTTGCAAGTT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=55473689;WS=55473671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	55476705	rs146512603	TGAC	T	2312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.980;NF=2;NR=33;PP=1667;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GTGAAAATGATGACACCTTCA;SOR=0.857;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=35;WE=55476715;WS=55476695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr2	55489629	rs2589093	T	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=30;PP=878;SC=TTTAGATTTATTCTCAAATAT;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=33;WE=55489637;WS=55489619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	55490819	rs1056445	G	T	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=18;PP=975;SC=AGCAGCCCCAGTGAGCACATC;SOR=1.194;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=56;WE=55490827;WS=55490809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	55518742	rs2249856	T	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=332;SC=TGTGCACTTGTTTCACACTTA;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=55518750;WS=55518732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	55522422	rs2589110	A	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=42;PP=1776;SC=TTATTCTGATAACTGGCCTAG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=55522430;WS=55522412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	55527108	rs1545121	G	A	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=39;PP=1091;SC=TGATGATGCTGATGAGCTTTT;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=55527116;WS=55527098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	55528257	rs2576699	A	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=365;SC=GCTGGCAATGACGCATTCACC;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=55528265;WS=55528247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	55528514	rs2589117	A	G	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=125;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=84;SC=TCAATCATGTATAATACAGAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=55528522;WS=55528504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	55566829	rs17046915	T	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CTTTACTGTTTTTACTATGTT;SOR=1.119;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=9;WE=55566837;WS=55566819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr2	55576634	rs2589090	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,49:0.37:134
chr2	55582601	rs5831355	T	TTTGACACA	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=-1.238;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr2	55582684	rs1437394	A	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr2	55599655	rs3111411	G	A	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	55760940	rs4671248	G	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	55762957	rs3762513	C	T	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=41;SC=ATTAAGTTTACACCTAGATCT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=55762965;WS=55762947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	55763005	.	T	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	55763007	.	T	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.19;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr2	55764754	rs11280083	AATATGAATAC	A	1983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=18;PP=2971;SC=TTTCTCTAATAATATGAATAC;SOR=1.559;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=55764771;WS=55764744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	55765882	rs35188812	CT	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr2	55771050	rs3816489	C	G	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=15;PP=1159;SC=ATTCTAATTGCTCTTATTGTC;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=55771058;WS=55771040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	55771161	rs1045910	A	G	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=59;PP=2113;SC=CCACAAAAAGACCTGAAGATT;SOR=0.776;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=117;WE=55771169;WS=55771151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	55805440	rs2903704	T	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	55808969	rs1975486	C	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=254;SC=TTATTTAAACCTCTATTCCTA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=55808977;WS=55808959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	55812073	rs7594279	T	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=11;PP=915;SC=GTCAGAAATCTATTATTTTGC;SOR=2.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=48;WE=55812081;WS=55812063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr2	55873301	rs2627776	T	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	55883317	rs2627765	G	T	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=108;SC=GGAAAATCTCGGGGAATAACA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=55883325;WS=55883307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	55889062	rs782604	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=207;SC=ATCATAAAACGTAACAAACAT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=55889070;WS=55889052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	55894090	rs13009649	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AACAATCTTAATTTAGCAAAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=55894098;WS=55894080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	55894247	rs782637	T	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=231;ReadPosRankSum=0.955;SC=ATATAGGAAATAAGTACATTA;SOR=1.049;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=20;WE=55894255;WS=55894237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr2	55898929	rs2627771	A	G	190.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	55898930	rs2627772	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	55899228	rs782631	A	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=290;SC=TCTGGAAACAAGAGGCAGTTT;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=55899236;WS=55899218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	55912120	rs782572	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.427;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	56108700	.	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GTTGAAACAGTTAAGGTACTC;SOR=0.078;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=56108708;WS=56108690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	56216052	rs10865292	G	A	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	56216254	.	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	56411817	rs35587531	C	T	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	56420472	rs199630451	A	T	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=679;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GAGGCAGTGGAGGAAGTGGAG;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=46;WE=56420480;WS=56420462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,75:0.73:103
chr2	56569881	rs149233568	A	AT	35.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	56570076	.	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr2	56603118	rs72803075	C	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=421;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GTTGTGTCGTCGCTTGTTCGC;SOR=0.992;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=24;WE=56603126;WS=56603108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr2	58381785	rs848294	T	C	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=220;SC=TGGGGTCTCTTTGACCCATTT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=58381793;WS=58381775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	58388696	rs848291	A	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=18;PP=573;SC=GTCCACACTGAGAATTATCAC;SOR=0.729;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=36;WE=58388704;WS=58388686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	58392789	rs848288	T	C	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=22;PP=1109;SC=CCAACTGTCATTGTTAGATTT;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=58392807;WS=58392779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	58392797	rs148383677	TTTA	T	3631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=23;PP=1801;SC=CATTGTTAGATTTATTTTCAT;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=38;WE=58392807;WS=58392779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	58421305	.	G	A	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.168;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=522;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TGAACCTGAGGATTCCAACTG;SOR=1.016;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=42;WE=58421313;WS=58421295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,70:0.32:218
chr2	58453843	.	G	GA	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.892;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	60614572	rs243080	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=3.032;SC=GAACGGCTCTGCAAGATGCCT;SOR=0.542;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=9;WE=60614580;WS=60614562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr2	60679831	.	GA	G	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.168;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr2	60679942	rs17331129	T	C	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=183;SC=ATCTTAAGCATGATTTCAAAC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=60679950;WS=60679932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	60687959	rs7569946	A	G	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1257;ReadPosRankSum=1.558;SC=AGAAGCGCAAACTCCCGTTCT;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=72;WE=60687967;WS=60687949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,124:0.69:179
chr2	60688416	.	G	A	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=9.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,70:0.47:150
chr2	60768978	rs2665668	G	A	173.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AAAATAAGTAGTCATAATAGC;SOR=0.525;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=60768986;WS=60768968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr2	60773035	rs45579331	T	G	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=455;ReadPosRankSum=-1.445;SC=AACTCCTTACTGCTTGGCTAC;SOR=1.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=32;WE=60773043;WS=60773025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr2	60780421	.	GGGC	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.339;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,6:0.11:57
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chr2	61007782	rs10496089	A	G	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr2	61008036	rs3845814	C	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=441;SC=ACTATAGTCCCCTTCCTCCTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=61008044;WS=61008026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	61009909	rs10197672	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=490;ReadPosRankSum=0.885;SC=AGTATAGGTACGTGAAATTTT;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=29;WE=61009917;WS=61009899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr2	61009938	rs139543059	AT	A	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5063;FS=1.792;HP=13;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=152;ReadPosRankSum=-1.460;SC=TATGTATGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.230;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=14;WE=61009947;WS=61009928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr2	61014952	rs4672404	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=1.017;SC=TTTGGGAGGCAGAGGCGGGCA;SOR=1.061;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=11;WE=61014960;WS=61014942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr2	61021349	rs11125855	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=569;ReadPosRankSum=0.866;SC=CTTTAGTGGTAATTCAGTAGT;SOR=1.002;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=28;WE=61021357;WS=61021339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr2	61121492	rs842644	G	A	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=100;SC=TTATAATGCAGTCTATTTGGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=61121500;WS=61121482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	61175312	rs12479056	T	C	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=41;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TCTGGTCGATTTTTAAGTCCT;SOR=0.906;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=69;WE=61175320;WS=61175302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,122:0.67:182
chr2	61235855	rs1182688	C	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	61238871	.	G	GA	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr2	61245551	rs12996059	G	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-0.766;SC=TTCTAGATCTGAGGCCTATGG;SOR=0.126;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=12;WE=61245559;WS=61245541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr2	61245604	rs70959887	AT	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=11;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=-1.292;SC=TGAGGCCTGTATTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=61245612;WS=61245594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	61275771	rs74350038	C	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=439;ReadPosRankSum=2.177;SC=CAACCCAACACTAACTAAAGG;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=33;WE=61275779;WS=61275761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,51:0.36:142
chr2	61304002	rs1729657	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=1.608;SC=AGTATTCTTGACTCCTTTTCT;SOR=0.297;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=7;WE=61304010;WS=61303992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr2	61308517	rs1177295	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CTTTTAAGGTAAGAAGGAGCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=61308525;WS=61308507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr2	61349446	rs1177284	G	A	97.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=71;SC=TAAAAGAAATGCATAGTTAGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=61349454;WS=61349436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	61384906	rs7558954	T	C	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=123;SC=CTGTGTCCACTGCCCCTAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=61384914;WS=61384896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	61385100	rs1665258	G	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	61385105	rs1729671	G	C	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	61385248	rs1177309	A	G	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=5;PP=136;SC=CCTTGCTCCAAAGAGAACCCC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=61385256;WS=61385238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	61389737	rs1729674	T	G	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=32;PP=947;SC=GGTTTTTTTATATAAATGGTA;SOR=1.487;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=45;WE=61389745;WS=61389727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	61389799	rs1729673	G	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=427;SC=TAGCAAATGTGTATAGAAATA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=61389807;WS=61389789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	61406438	rs17006750	A	G	121.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AGATCCTGACACTCTGGCCAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=61406446;WS=61406428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	61412559	rs777585	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=259;SC=TGATGTTTTACTGAGAAGACT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=61412567;WS=61412549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	61413037	rs140026987	TATTA	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=-1.282;SC=TTTTAAACCATATTAATTGTT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=61413048;WS=61413027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	61413723	rs1809028	A	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=12;PP=517;SC=TTCATAATGCAGTAATAAGGT;SOR=1.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=31;WE=61413731;WS=61413713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	61415492	rs14170	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=17;PP=623;SC=ATTCTTCCTCAGCTAGGGTAG;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=30;WE=61415500;WS=61415482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	61417617	rs777591	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=17;PP=641;SC=TTAACTAATTAGAAATGACAC;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=61417625;WS=61417607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	61420140	rs11897723	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.031;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=-2.343;SC=GAAATCAGAATAGGTTATAAT;SOR=0.318;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=23;WE=61420148;WS=61420130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr2	61448493	rs11889205	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=104;SC=AGACTAGCTAGGAACTCTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=61448501;WS=61448486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	61468761	rs72884996	T	C	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=442;ReadPosRankSum=-0.432;SC=GTTCCATGCGTTTGTAAAACA;SOR=0.976;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=24;WE=61468769;WS=61468751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr2	61483715	rs68101593	A	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	61483725	rs72811484	T	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	61484556	rs2060824	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=0.136;SC=TCAATGAACATATAACAAAAA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=61484564;WS=61484546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	61522123	rs13014347	T	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=253;SC=CCACTTGATCTTCACTTGAAT;SOR=1.112;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=15;WE=61522131;WS=61522113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	61538602	rs141750762	G	GAAAAGAGAAAGAAAAAGAAAA	930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=66.48;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	61552411	.	T	TAA	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	61552484	rs2593624	T	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=0.389;SC=AACAGATTTTTAAAAAGTACT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=14;WE=61552492;WS=61552474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	61566536	rs17008405	T	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=640;ReadPosRankSum=-1.655;SC=TCATTCGAATTTGTCTATCTG;SOR=0.316;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=38;WE=61566544;WS=61566526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,60:0.75:80
chr2	61575308	rs6722430	A	G	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=81;PP=2747;SC=TCTTTCTGACATGCCTTGGGA;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=67;TCR=81;TR=148;WE=61575316;WS=61575298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	61576517	rs811378	G	A	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=16;PP=463;SC=TCAACAAGATGTAAGTGGAGA;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=61576525;WS=61576507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	61622251	rs3213951	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	61709736	rs3771264	T	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.75;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr2	61713209	rs35844473	GGAAAATC	G	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=573;SC=ACTGAAAACAGGAAAATCTTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=61713228;WS=61713199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	61713218	rs60155512	T	A	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	61713218	.	TGT	AGG	458	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=9;PP=458;QD=56.8297638736;SC=AGGAAAATCTTGTGTTTGTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=61713228;WS=61713199;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr2	61713220	rs61235340	T	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	61715159	rs111674543	GACT	G	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=437;ReadPosRankSum=1.918;SC=TTAACGTAAGGACTACAATAA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=61715169;WS=61715149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr2	61722519	rs74392163	G	GA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATACATTTTAGAAAAAGGCAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=61722527;WS=61722509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	61729258	rs2305155	A	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.57;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr2	61729268	rs2305156	T	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.99;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr2	61749690	rs3732171	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=-1.614;SC=CAGTCAACTACAATAAAAATG;SOR=0.601;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=14;WE=61749698;WS=61749680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr2	61749716	rs3732170	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-1.325;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr2	61761169	rs1446532	G	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=145;SC=TTTAATTACAGAAAACTGAGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=61761177;WS=61761159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	62053878	rs11392751	G	GA	54.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=99;SC=TCAAAAAAAAGAAGAAAACGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=62053886;WS=62053868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	62065759	rs6545910	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=-0.787;SC=GGAGTTTCTGCAATTCTTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=18;WE=62065767;WS=62065749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,33:0.33:101
chr2	62065851	rs17513666	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.476;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=423;ReadPosRankSum=-1.377;SC=CTGAGGGTAACAAACTAAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=28;WE=62065859;WS=62065841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr2	62066417	rs36214963	ATATAT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=1.282;SC=ACAAAATATCATATATTATAT;SOR=0.892;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=62066429;WS=62066407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr2	62066533	.	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=225;ReadPosRankSum=0.835;SC=TGAGTCAGTCAGTACTGCGTC;SOR=0.540;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=21;WE=62066541;WS=62066523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr2	62066927	rs4672457	A	G	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=25;PP=1144;SC=TCCTGCATCCACAAGCTGACC;SOR=0.809;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=56;WE=62066935;WS=62066917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	62067006	rs187695569	A	C	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=735;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GTTTCGATAGAGCTCTTCTTC;SOR=0.834;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=45;WE=62067014;WS=62066996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,77:0.71:108
chr2	62067433	rs17513722	T	C	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GGTACTGTAATTGTGGGCACC;SOR=0.838;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=73;WE=62067441;WS=62067423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,116:0.67:174
chr2	62073918	rs58256183	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=170;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CCTCTGACTGCTTCCTGTCGG;SOR=0.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=13;WE=62073926;WS=62073908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr2	62074140	rs113296637	A	AAC	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=5;PP=293;SC=CTCTACTAAAAACAAAACTTA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=62074148;WS=62074130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	62081012	rs4270331	A	C	7318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=65;PP=2790;SC=CAGCGGGCTGAGCCACTTTCT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=90;TCR=66;TR=155;WE=62081020;WS=62081002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	62081217	rs1881616	A	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=22;PP=598;SC=CTGGCCCGGGACGGGAAAGCT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=62081225;WS=62081207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	62095994	rs4672463	A	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=233;SC=AAACTTGGCCAGGCACGGTGG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=62096002;WS=62095984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	62096790	rs149499966	TTCTG	T	2279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.777;NF=1;NR=24;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CTAGTTTTCTTTCTGTCTAAG;SOR=0.844;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=25;WE=62096801;WS=62096780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr2	62104343	rs7571143	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TCCACTGCTGCCTTACTATCA;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=9;WE=62104351;WS=62104333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	62104660	rs36062307	TA	T	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.350;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr2	62107376	rs5831625	T	TC	686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=560;SC=TAAAGTTTGTTTTTTAAACTT;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=62107384;WS=62107366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	62112221	rs11429418	G	GA	2988.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=6;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.158;NF=9;NR=38;PP=1316;ReadPosRankSum=1.158;SC=CAGATGGGGGGGAAAAAAAAG;SOR=0.887;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=47;WE=62112230;WS=62112211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,83:0.62:133
chr2	62112222	rs67059162	G	A	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.281;QD=23.32;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,84:0.63:134
chr2	62112246	rs57035931	C	CT	811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr2	62133026	rs55876357	G	C	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=831;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CCGGCTTGGAGCAGAACCCCT;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=52;WE=62133034;WS=62133016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,84:0.78:108
chr2	62196080	rs57247770	C	CT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.002;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	62228180	rs55785307	C	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=0.140;SC=GTTAGCTTGTCTATTCAGCTT;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=62228188;WS=62228170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	62729653	rs6713096	A	G	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.215;NF=30;NR=29;PP=866;ReadPosRankSum=1.268;SC=CAGTGATCACAATGAATTTGT;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=59;WE=62729661;WS=62729643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,86:0.58:148
chr2	62729674	rs4672527	T	C	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=49;PP=1789;SC=AGTAGTCAGGTAAGATTGAAT;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=88;WE=62729682;WS=62729664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	62729747	rs11443505	G	GA	1391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=1097;SC=ATTTAAGATAGAAAAAATTAT;SOR=1.199;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=33;WE=62729755;WS=62729737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	62733189	rs17854454	C	T	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.830;SC=GACTCTGGACCGGTCCGATTG;SOR=0.550;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=173;TCF=67;TCR=106;TR=117;WE=62733209;WS=62733179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,157:0.69:226
chr2	62733201	rs78110679	A	T	2765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=0.035;SC=GTCCGATTGGAATCACTGAAC;SOR=0.532;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=153;TCF=59;TCR=94;TR=101;WE=62733209;WS=62733179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,128:0.66:193
chr2	62733253	rs11676567	C	T	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=65;PP=1850;SC=GCACCGGATCCGGCAGCTCCA;SOR=1.501;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=22;TCR=66;TR=87;WE=62733261;WS=62733243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	62738883	rs6757222	C	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	62738931	rs6757448	G	C	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=20;PP=931;SC=CCTGCTATATGAAGCAGCTGC;SOR=0.987;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=51;WE=62738939;WS=62738921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	62739135	rs4405748	A	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=187;SC=AAAATATTTTATATATTACAC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=62739143;WS=62739125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	63170905	rs75746135	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=1.490;SC=ATCAAATACTATATGTACCCA;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=12;WE=63170913;WS=63170895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr2	63170921	rs2302567	C	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr2	63175609	.	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr2	63176139	rs17432615	A	C	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=800;ReadPosRankSum=-1.479;SC=TCCTATCAAAAAAACAAGTTT;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=52;WE=63176147;WS=63176129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,72:0.69:104
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chr2	63605772	rs2292794	A	G	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=4;PP=77;SC=CAGGAAAGATAAAATTAAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=63605780;WS=63605762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	63609017	rs2138796	A	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=671;ReadPosRankSum=0.832;SC=AAAACTCATCAATGAAAAATA;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=63609025;WS=63609007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr2	63631889	rs4671501	A	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=290;SC=TATTAAAGAAAATCAATTACT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=63631897;WS=63631879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	63631921	rs4671502	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=206;SC=CAGCAACATACAAGTATATAA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=63631929;WS=63631911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	63660902	rs17617459	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=675;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TGAGCATAACCCAGGAGGAGT;SOR=0.513;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=41;WE=63660910;WS=63660892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr2	63719887	rs17617855	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=301;SC=AAAGAAAGAATGCAACTCCAG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=63719895;WS=63719877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	63720210	rs7563623	A	G	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=81;SC=GAATAAACATACTCTAGTGTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=63720218;WS=63720200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	63798333	rs4671068	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.98;NF=8;NR=6;PP=268;SC=GCATAAGCCACCGCGCCTGGT;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=63798341;WS=63798323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	63815206	rs1109027	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=6;PP=521;SC=TACTCCGCTCAGAAAAGGGAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=63815214;WS=63815196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	63816672	rs10469944	C	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=253;SC=GCGTTTGCAGCAGACGTGTTT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=63816680;WS=63816662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	63822785	rs2305157	T	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=219;SC=ACTACCACTGTTTATTAACTA;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=63822793;WS=63822775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	63826528	rs7606045	T	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=336;SC=TTTCTTGTTTTTGTTTAGTAG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=63826536;WS=63826518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	63834162	.	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-1.795;SC=GCTGAAGAATCTAAATGTCGT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=10;WE=63834170;WS=63834152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr2	64069311	rs4671534	G	C	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=38;PP=1483;SC=ATTTTACTAAGCCCCTAAAAT;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=87;WE=64069319;WS=64069301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	64069732	rs6546029	G	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=53;PP=1572;SC=GAGAAAAGCCGGGTGGGTTTT;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=67;WE=64069740;WS=64069722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	64082619	rs34900788	G	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	64082721	rs13028805	G	A	63.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=100;SC=TGTCACCCAGGCTGGAGTGCG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=64082729;WS=64082711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	64084005	rs35253921	G	A	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=33;PP=872;SC=TTTTTTACTTGTAAATCAATA;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=64084013;WS=64083995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	64084098	rs35552326	T	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=150;SC=GTTCTTTTAGTGAAGATTAAT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=64084106;WS=64084088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	64085114	rs10183479	G	A	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=27;PP=718;SC=GTAATCTTGGGCACTGGTTTT;SOR=1.058;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=64085122;WS=64085104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	64113686	rs72808236	G	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-1.995;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr2	64117423	.	G	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.68;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	64117425	.	G	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	64117426	.	C	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	64117428	rs201713347	AC	A	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	64117431	.	T	TAG	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	64124440	rs34502946	TAA	T	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=405;SC=TGTCCATGTATAAACCCCTTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=64124449;WS=64124430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	64126765	rs3815616	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=20;PP=607;SC=TGAATTGCATAATGTCTCCAC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=64126773;WS=64126755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr2	64331815	.	CTT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr2	64567680	rs12477412	T	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=255;SC=GTCACTTTGATTGTAGGAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=64567688;WS=64567672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr2	64794945	rs7598893	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=15;PP=368;SC=CAGGCCAGGCGCAGTGGATCA;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=64794953;WS=64794935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	64796479	rs6546087	C	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=376;SC=TAAATGTTCACTTATATTGAA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=64796487;WS=64796469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	64796847	rs2287532	A	G	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=17;PP=464;SC=TGTATTTATCATTACTGCATC;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=31;WE=64796855;WS=64796837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	64796932	rs2287533	G	A	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=166;SC=GAATCTGAAGGGTATAAATAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=64796940;WS=64796922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	64799937	rs147232569	TAA	T	466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9989;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=6;PP=173;SC=CCTTGTCTCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.371;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=10;WE=64799947;WS=64799927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	65131523	rs12623286	A	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=618;ReadPosRankSum=-1.206;SC=CGTGTTGGCAATTCTGGCAGA;SOR=0.704;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=39;WE=65131531;WS=65131513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr2	65131732	rs735473	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=202;ReadPosRankSum=1.123;SC=CTGTGCTGTTGTTGGCTCTCT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=12;WE=65131740;WS=65131722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr2	65132050	rs78893802	G	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=565;ReadPosRankSum=-0.883;SC=ATGACAACAAGCCACAGACTT;SOR=0.398;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=39;WE=65132058;WS=65132040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr2	65159596	rs1035165	G	A	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=36;PP=961;SC=TCCTCGGGCAGCCCCTCCCCT;SOR=1.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=53;WE=65159604;WS=65159586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	65200618	rs4671636	C	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=0.776;SC=AAAATGAAACCATGAACAGCA;SOR=0.779;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=9;WE=65200626;WS=65200608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr2	65217089	rs7559202	G	C	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=1051;ReadPosRankSum=0.595;SC=GCGCCGCCTCGCTCGATGCCA;SOR=0.715;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=56;WE=65217097;WS=65217079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,89:0.65:137
chr2	65228624	.	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.188;SC=CTTTCCGTACGGTAAGGCTTG;SOR=0.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=6;WE=65228632;WS=65228614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr2	65245365	rs759458	G	A	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=41;PP=1659;SC=ACTCAACAACGTAGAGCTCAA;SOR=0.868;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=92;WE=65245373;WS=65245355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	65296798	rs7572857	G	A	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=34;PP=1504;SC=TGACCCTGGCGGCCCCTCTAG;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=65296806;WS=65296788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	65298839	rs17849707	A	G	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=76;PP=2321;SC=CTTCCTCCACAGGCAGCAGTC;SOR=1.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=117;WE=65298847;WS=65298829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	65309878	rs112961707	C	G	77.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AATTTGCCCACCAACCCTGCT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=65309886;WS=65309868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	65325265	rs76210337	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	65341374	rs17029863	T	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=206;SC=GAAAGCTGATTGACATTAACC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=65341382;WS=65341364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	65473930	rs58944514	AAAATTTTC	A	794.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.129;NF=0;NR=13;PP=2966;ReadPosRankSum=0.807;SC=TGTTAAATCAAAAATTTTCTT;SOR=0.504;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=13;WE=65473945;WS=65473920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr2	65481008	rs268871	A	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,18:0.21:87
chr2	65488538	rs268862	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-2.266;SOR=1.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
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chr2	65495570	.	AT	CC	352	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5;NR=1;PP=352;QD=67.5779791437;SC=GGTACCAAATATTACGTTCTA;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=6;WE=65495581;WS=65495560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
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chr2	66667186	rs2271856	C	T	210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	66667200	rs9309387	A	AACACACACAC	142	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr2	67631831	rs61740794	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=1.025;SC=TAATAATTCCGAACATGGAGC;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=8;WE=67631839;WS=67631821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr2	67632125	rs3770655	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=152;ReadPosRankSum=0.411;SC=ATTGGTTCTTCCAGGAAGTTC;SOR=1.118;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=13;WE=67632133;WS=67632115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr2	67637196	rs1569	G	A	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=36;PP=1115;SC=AAGACTTCACGAAGACTGCTG;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=67637204;WS=67637186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	68352515	rs6742154	A	C	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.084;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=692;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TGCTCTGAGCACTGGAGAGAA;SOR=0.341;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=129;TCF=43;TCR=86;TR=50;WE=68352523;WS=68352505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,64:0.35:183
chr2	68358341	rs62145930	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=2.256;SC=TGAGCCACCGTGCCCAGCCTC;SOR=0.661;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=13;WE=68358349;WS=68358331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr2	68364478	rs13009282	T	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=1.000;SC=TGTGTTCTCATGTCAAAAACA;SOR=0.465;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=20;WE=68364486;WS=68364468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr2	68385097	rs2044693	A	G	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=66;PP=2368;SC=GCAGAGCGCCAGGGCAGAGGA;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=112;WE=68385105;WS=68385087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	68388823	rs1137930	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=3.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.557;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,44:0.30:146
chr2	68389276	rs11402583	G	GA	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr2	68389481	rs3217588	CTT	C	1327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.401;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.525;NF=5;NR=10;PP=381;ReadPosRankSum=0.560;SC=GGTCTGCGCTCTTGTGTCGCT;SOR=0.885;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=15;WE=68389490;WS=68389471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,40:0.31:131
chr2	68415563	rs11343435	CT	C	172.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr2	68415767	rs687	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=247;ReadPosRankSum=-1.472;SC=AACCAGAATTGTCCAAATCAA;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=27;WE=68415775;WS=68415757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr2	68444143	rs66891931	TAC	T	1265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=1.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.505;NF=4;NR=14;PP=456;ReadPosRankSum=1.083;SC=AGAGGTATGATACACACACAC;SOR=1.112;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=18;WE=68444154;WS=68444133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr2	68444168	rs12328306	A	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.546;QD=32.04;ReadPosRankSum=1.331;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr2	68444171	rs28585403	C	G	2635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;QD=46.24;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	68592584	rs880668	T	C	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=40;PP=1328;SC=AGACTTGGGTTCAGCTCCACC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=69;WE=68592592;WS=68592574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	68607900	.	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=1.329;SC=CCACTTCTTCCAGGCAGCCTT;SOR=1.278;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=12;WE=68607908;WS=68607890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr2	68613710	rs2070171	G	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=13;PP=710;SC=TTGCTTCATCGCTGCTCAATG;SOR=0.986;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=38;WE=68613718;WS=68613700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	68615654	rs2241946	T	C	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=49;PP=1716;SC=CCATCTAGCCTTTTCCCTTTA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=87;WE=68615662;WS=68615644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	68620410	rs17602092	T	A	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=41;PP=1415;SC=TCCATTCAAATAAATAAATCC;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=68620418;WS=68620400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	68620443	.	C	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=-2.509;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,60:0.69:87
chr2	68621338	rs17530191	G	T	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=33;PP=924;SC=GAGAGAGGTGGGTCTGCTCAG;SOR=0.973;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=68621346;WS=68621328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	68621427	rs34196827	G	A	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=456;SC=GAATGGGGCAGGCATGGTGGC;SOR=1.055;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=68621435;WS=68621417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	68622658	rs1373200	C	T	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=159;SC=AATGAATTATCCTATAATCAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=68622666;WS=68622656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	68622914	rs1063479	G	A	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=26;PP=796;SC=GAGTGGATCAGAGCCATCCAG;SOR=1.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=68622922;WS=68622904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	68622952	rs1050181	G	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=14;PP=480;SC=GAAGTAAAGAGACTCCTGCAT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=68622960;WS=68622942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	68717278	.	A	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GTTGCTTTTTAAGGAGGTGGC;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=15;WE=68717286;WS=68717268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr2	68772281	rs11337234	AT	A	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.077;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=181;ReadPosRankSum=-0.540;SC=AGAATATCCTATTTTTTTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=13;WE=68772289;WS=68772271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr2	68882138	rs34234285	G	T	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=784;ReadPosRankSum=0.020;SC=CCACCGAGACGGTCCTCGTCA;SOR=1.021;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=166;TCF=93;TCR=73;TR=57;WE=68882146;WS=68882128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,89:0.34:263
chr2	68882648	rs150404607	G	A	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=805;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GTGCAGACCTGGACCTCAAGA;SOR=0.946;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=49;WE=68882656;WS=68882638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,66:0.71:93
chr2	69002281	rs11685672	C	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=224;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GGGTTCCTCTCTCCTCTCCGC;SOR=0.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=22;WE=69002289;WS=69002271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,35:0.34:104
chr2	69002760	rs10445945	C	T	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=524;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AGCACCAGGACGGGCACTGTG;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=36;WE=69002768;WS=69002750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr2	69009304	rs2271834	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=-1.718;SC=TGTTGTCCAACCCAATTTTAG;SOR=0.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=16;WE=69009312;WS=69009294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr2	69015033	.	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=397;ReadPosRankSum=0.394;SC=GCTCTCAGGCGGAGATGGAGG;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=34;WE=69015041;WS=69015023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,51:0.29:174
chr2	69043264	rs67399232	CT	C	1018.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.155;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.482;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr2	69043266	rs78107572	T	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.355;HP=10;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.578;NF=10;NR=8;PP=359;ReadPosRankSum=-2.182;SC=TTATTTCCCTTTTTTTTTTTA;SOR=1.201;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=18;WE=69043286;WS=69043254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr2	69043342	.	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=280;ReadPosRankSum=1.501;SC=TACACCAATTCTGTCCCAGGG;SOR=0.817;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=24;WE=69043350;WS=69043332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,34:0.31:111
chr2	69043539	rs2271832	G	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	69045158	rs10197806	C	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=0.271;SC=AAGCAGGTACCCAGGAAATAA;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=69045166;WS=69045148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr2	69046700	.	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.04;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	69046719	rs17036006	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr2	69049913	.	G	A	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1201;ReadPosRankSum=-1.346;SC=GAACTCTGGAGAAGAGGAAAT;SOR=0.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=77;WE=69049921;WS=69049903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,125:0.66:190
chr2	69049941	rs10177248	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=290;ReadPosRankSum=0.776;SC=TTGCAGAGGATGGTCCAAGAG;SOR=0.851;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=30;WE=69049949;WS=69049931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,55:0.32:173
chr2	69093439	rs2231342	G	C	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.060;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=45;PP=1757;ReadPosRankSum=0.453;SC=GACATCAAAAGTCTCCCACTC;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=172;TCF=95;TCR=77;TR=106;WE=69093447;WS=69093429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,194:0.66:294
chr2	69098250	.	G	A	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=908;ReadPosRankSum=1.663;SC=TACTCTGGTGGGTCCACCTTG;SOR=0.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=57;WE=69098258;WS=69098240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,75:0.73:103
chr2	69180161	rs7561266	T	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-0.722;SC=AGAATTGAGATCCAACCACAT;SOR=0.399;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=69180169;WS=69180151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr2	69240872	rs116312139	G	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-2.142;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr2	69272116	rs11126214	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=1.271;SC=GCTGCTAGTTCACTCTTCAGT;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=14;WE=69272124;WS=69272106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr2	69317925	rs4854546	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.809;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,41:0.28:145
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chr2	69330284	rs4241349	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.309;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr2	69472680	.	C	T	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=735;ReadPosRankSum=1.860;SC=CAAGTCTTTCCAGTTAGAGAA;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=44;WE=69472688;WS=69472670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,63:0.72:88
chr2	69553375	rs201330278	GA	G	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=0.000;HP=18;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=114;ReadPosRankSum=0.193;SC=CCTGCAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=69553383;WS=69553365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr2	69565842	rs11296709	TA	T	1034.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.80;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	69565844	rs116730412	A	T	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.14;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	69573029	rs6722492	T	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=13;PP=506;SC=AATTCATATGTAATTACCAGT;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=69573037;WS=69573019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	69586293	rs6546505	A	C	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=20;PP=718;SC=CAAGAAATTAATTGATGACAC;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=44;WE=69586301;WS=69586283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	69586370	rs67760762	A	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=23;PP=688;SC=ATTCTCAAAGACTGGGGTCTT;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=40;WE=69586378;WS=69586360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	69614161	rs6720415	A	G	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=58;PP=1915;SC=CCCCAGCGCCACCCGGCAACA;SOR=0.908;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=102;WE=69614169;WS=69614151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	69633382	rs6546513	A	T	47.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	69657349	rs113587680	CT	C	197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.48;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	69659126	rs4453725	A	T	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=26;PP=742;SC=ATTCTTCAACATATGACAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=69659134;WS=69659116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	69693006	rs9309428	C	T	4167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=52;PP=2045;SC=CTCTCACGGCCCGCGGGCAGG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=99;WE=69693014;WS=69692996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	69741854	rs6715776	T	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	70014986	rs11677629	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-1.732;SC=AATTGTTGGCTTGTTTACTGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=70014994;WS=70014976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	70015108	rs11683908	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TCAGTGCTCAACAAATGTTTG;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=12;WE=70015116;WS=70015098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr2	70015181	rs10496171	C	T	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=628;ReadPosRankSum=-2.920;SC=CTCTTGTGTGCTCAGGCAACC;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=47;WE=70015189;WS=70015171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,69:0.66:105
chr2	70031797	rs3771541	C	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=16;PP=573;SC=TGGCTGACTTCGCAGCAACAG;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=70031805;WS=70031787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	70033584	rs2228203	C	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=436;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GGGATGATGACGCCCACGGTG;SOR=0.778;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=35;WE=70033592;WS=70033574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,58:0.41:142
chr2	70033649	rs17037076	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=202;ReadPosRankSum=1.524;SC=TCTTCCTCTCGTGCTCTTGGT;SOR=1.863;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=15;WE=70033657;WS=70033639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr2	70033711	rs3771539	G	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=214;ReadPosRankSum=-1.135;SC=CACCCAATAAGAAAGACATGG;SOR=2.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=70033719;WS=70033701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	70039677	rs2305523	A	C	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr2	70057448	rs3732266	T	G	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=77;SC=CGGGGCGGACTGGGGAGCGCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=70057456;WS=70057438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr2	70066571	rs3832156	C	CTT	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
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chr2	70068258	rs3836157	CT	C	337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=294;SC=TAAAGCTTAGCTTTTTTGGAG;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=70068266;WS=70068248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	70076954	rs4852349	A	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr2	70120909	rs3214822	GA	G	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=0.569;SC=GGGGAAAAATGAAAGCTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=5;WE=70120917;WS=70120899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	70121197	rs2278934	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=26;ReadPosRankSum=0.781;SC=GTTGGAGGCCTGTCCCTTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=70121205;WS=70121187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	70162534	rs2228183	T	G	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=22;PP=1017;SC=TGGTGCCACTTGGACCCGAAT;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=70162542;WS=70162524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	70164034	rs3771531	T	C	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=17;PP=1074;SC=TTCAGGGGATTGCTGCAAACA;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=70164042;WS=70164024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	70164580	rs3217643	C	CAGGG	1040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=1021;SC=AACCCCAGAGCAGGGGTTCAG;SOR=4.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=19;WE=70164588;WS=70164570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	70188488	.	G	A	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.876;SC=GGTTTGGGACGACATTGGCCC;SOR=0.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=78;WE=70188496;WS=70188478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,110:0.72:153
chr2	70188676	rs3796097	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,38:0.32:117
chr2	70190394	.	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=-1.312;SC=CCAGAGGAGGGGAAATGGAGT;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=12;WE=70190402;WS=70190384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr2	70377653	rs12989348	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-0.855;SC=GGATCCACTCGATGATGAAAG;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=17;WE=70377661;WS=70377643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,23:0.23:100
chr2	70408964	.	G	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=558;ReadPosRankSum=-2.492;SC=GCACCGTAGCGGAATATGGTT;SOR=0.691;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=38;WE=70408972;WS=70408954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,66:0.71:93
chr2	70457784	rs200532251	C	CAA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=8.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.561;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=2.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr2	70524577	rs2618235	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=238;ReadPosRankSum=0.792;SC=TGGCTTTGTCGTTGCAATGCA;SOR=0.933;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=23;WE=70524585;WS=70524567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,29:0.30:96
chr2	70528827	rs2279159	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=561;ReadPosRankSum=0.029;SC=CTCCTGCCCCGGGCTGGAAGG;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=42;WE=70528835;WS=70528817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,58:0.31:189
chr2	70676639	rs538118	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=2.612;SC=GGCAGGCCCCATGGGTCAGAT;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=70676647;WS=70676629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	70677819	rs1058211	A	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5129;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=0.842;SC=AACCCCAAGCAGACGGAGTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=70677827;WS=70677809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	70678172	rs3732250	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=188;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CAACCTCTGACCTAGTACTTT;SOR=1.244;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=13;WE=70678180;WS=70678162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	70742248	.	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	70904846	.	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=440;ReadPosRankSum=0.338;SC=CTGAGACCCCCCAGTGTGGGA;SOR=1.585;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=31;WE=70904854;WS=70904836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr2	70905099	rs2902577	T	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=483;SC=GGGCCCAACATCCTGCATGGA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=70905107;WS=70905089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	70906115	rs2074815	C	A	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.002;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=660;ReadPosRankSum=1.623;SC=AAAAATAGAACCACTTATGGG;SOR=1.160;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=45;WE=70906123;WS=70906105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr2	70915134	rs2074820	C	G	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=463;ReadPosRankSum=0.041;SC=CCTGGGCCCACTTTCCAGGAG;SOR=0.954;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=33;WE=70915142;WS=70915124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr2	70915320	rs7340254	T	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.00;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
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chr2	70917768	rs12691192	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TTGGGGTACACAGCAAAATCT;SOR=0.610;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=70917776;WS=70917758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
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chr2	70933659	rs11682965	T	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=0.130;SC=CTAGGTTCAGTTGGATTCTCA;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=12;WE=70933667;WS=70933649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr2	70995129	rs2287097	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=6.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.817;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr2	70995217	rs2287098	A	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=1.272;SC=GGCGGCGGGGATGACTGGCCA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=70995225;WS=70995207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	71004368	rs4533493	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr2	71012734	rs7566476	C	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=312;ReadPosRankSum=0.049;SC=TGATTCAGAACTGTTGTTACT;SOR=0.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=24;WE=71012742;WS=71012724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr2	71036189	rs149426278	CA	C	2364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=1019;SC=CGCCAGTTGTCAGACTGATTC;SOR=0.986;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=24;WE=71036197;WS=71036179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	71058184	rs13421115	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=383;SC=TGTCCTGTCACGGTTCTGATG;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=71058192;WS=71058174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	71060936	rs17718987	G	C	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1133;ReadPosRankSum=0.329;SC=ATCTGGATCTGTGCGTTGGCC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=73;WE=71060944;WS=71060926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,115:0.59:196
chr2	71062833	rs11450450	G	GC	4176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=39;PP=2401;SC=GATGTGGCTTGCTCGGGGCCA;SOR=0.804;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=52;WE=71062841;WS=71062823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	71160222	rs2234500	C	G	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=3.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,80:0.29:279
chr2	71162930	rs55655347	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TTTACTGTCAACCTAGAGGAG;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=10;WE=71162938;WS=71162920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr2	71162996	rs11685700	A	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=2.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	71163051	rs79652147	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=335;ReadPosRankSum=-1.594;SC=CAGCAGCAGGCTCAGACACTG;SOR=0.384;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=32;WE=71163059;WS=71163041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,49:0.39:126
chr2	71163086	rs11681642	T	C	5774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.08;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	71163111	rs17853498	T	C	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,86:0.42:207
chr2	71163225	rs759219	C	T	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	71170807	rs2266918	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=1.117;SC=CTGTGTGCAGCGTGAACGGGC;SOR=0.593;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=22;WE=71170815;WS=71170797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,38:0.35:108
chr2	71175511	rs35598289	G	GAA	515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=472;ReadPosRankSum=1.890;SC=TAGGACTACAGAAAATGATCA;SOR=1.057;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=17;WE=71175519;WS=71175501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,23:0.22:106
chr2	71175552	rs34723947	T	TG	632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.792;NF=4;NR=13;PP=427;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CTGATTTCTTTGGGGCACACT;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=17;WE=71175560;WS=71175542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,33:0.24:137
chr2	71185391	rs967063	A	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,31:0.27:114
chr2	71186382	rs17006573	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=0.437;SC=CAACACTGCCGTCAGCACTCC;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=6;WE=71186390;WS=71186372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr2	71190384	rs2072462	C	T	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,91:0.29:312
chr2	71190545	rs2072463	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=120;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GTGCAGCAGCGCTTTTCCTCC;SOR=1.392;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=12;WE=71190553;WS=71190535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr2	71191777	rs2270263	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=284;ReadPosRankSum=-0.425;SC=AATTCCTTTCCGAACGGGGTC;SOR=0.383;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=19;WE=71191785;WS=71191770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr2	71206058	rs1115050	A	C	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=88;SC=CCGAGAAGCCAGCAGAGACAG;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=71206066;WS=71206048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr2	71206292	.	G	A	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.061;SC=AGGCCGCGCCGCCCTGCCTCG;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=80;WE=71206300;WS=71206282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,117:0.66:176
chr2	71211461	rs2160070	T	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.895;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=422;ReadPosRankSum=1.336;SC=AGGCTACATCTCTCCCATCAG;SOR=1.524;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=12;WE=71211477;WS=71211451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr2	71211469	rs138357971	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.874;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=629;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TCTCTCCCATCAGATTGGAGA;SOR=0.132;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=18;WE=71211477;WS=71211451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr2	71211883	rs11688921	G	T	6179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=75;PP=2828;ReadPosRankSum=0.623;SC=GAATCGCAGCGTTCCAGGAGC;SOR=0.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=152;TCR=113;TR=176;WE=71211891;WS=71211873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,280:0.68:414
chr2	71211989	rs3796099	A	G	13681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=175;PP=2965;SC=AGCGGCCCACAATGTGGAATG;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=154;TCR=175;TR=329;WE=71211997;WS=71211979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr2	71212130	rs61732224	C	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=611;ReadPosRankSum=0.042;SC=CTGATGGGCACGGCGGTGCGC;SOR=0.801;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=169;TCF=70;TCR=99;TR=51;WE=71212138;WS=71212120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,71:0.34:209
chr2	71215869	.	T	TGA	1015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.228;NF=3;NR=17;PP=679;ReadPosRankSum=2.094;SC=GGCAAGAATATGAGAGAGAGA;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=20;WE=71215894;WS=71215859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr2	71215941	rs72832796	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=182;ReadPosRankSum=0.256;SC=CCGAGTCCAGGTGTCTCCAAC;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=15;WE=71215949;WS=71215931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr2	71220805	rs74873566	C	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=184;ReadPosRankSum=-0.735;SC=AGGAGGACTCCTGGAGAAAGA;SOR=0.990;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=14;WE=71220813;WS=71220795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr2	71221683	rs72899731	A	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=488;ReadPosRankSum=-1.870;SC=TCAGGCGGGAAGGGGTTGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=25;WE=71221691;WS=71221673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr2	71221822	rs2302561	A	G	7377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=80;PP=2965;SC=TCTCACCGACAGCCAGCGTGA;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=181;WE=71221830;WS=71221812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr2	71221968	rs182840201	G	C	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.438;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,83:0.72:116
chr2	71297982	rs2287327	C	T	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1225;ReadPosRankSum=1.024;SC=GAGTCTGGGGCGGAGCCTGGG;SOR=0.598;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=82;WE=71297990;WS=71297972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,106:0.71:150
chr2	71300516	rs17616553	T	C	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=561;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TTGTATAAAATTCAAGCAGAT;SOR=0.437;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=23;WE=71300524;WS=71300506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr2	71305456	rs6713	C	T	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,119:0.70:170
chr2	71351779	rs58684004	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=1.644;SC=TCATTATTTATATATCTGTTC;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=71351787;WS=71351769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	71357417	rs2012479	C	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=5.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.546;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,83:0.61:136
chr2	71357634	rs1813348	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=321;ReadPosRankSum=0.348;SC=TGCGAAAGCGCTCGCGCTGCC;SOR=0.321;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=21;WE=71357642;WS=71357624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr2	71357710	rs981947	G	C	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.68;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,55:0.70:79
chr2	71360144	rs10199088	A	C	3025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=31;PP=1476;ReadPosRankSum=0.625;SC=CTTGTGATAGAAAATTTTGAT;SOR=0.886;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=82;WE=71360152;WS=71360134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,136:0.67:204
chr2	71360625	rs1813160	G	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.039;QD=13.29;ReadPosRankSum=-1.447;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,71:0.65:110
chr2	71360723	rs1813159	A	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=782;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TTTTGAGAGAAGAGAGAGCAC;SOR=0.928;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=21;WE=71360743;WS=71360713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr2	71360735	rs138856662	T	TTCC	779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=788;ReadPosRankSum=0.666;SC=AGAGAGCACTTTCCTCCTCAA;SOR=0.904;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=71360743;WS=71360713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr2	71361332	rs9941620	T	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr2	71365676	rs357756	G	A	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=483;ReadPosRankSum=0.088;SC=AGCCGTGGCAGCTTCAGGGGG;SOR=0.919;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=32;WE=71365684;WS=71365666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr2	71375065	rs357744	A	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=457;ReadPosRankSum=-1.605;SC=ATAGGTTCACAGTTCACACAT;SOR=0.399;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=24;WE=71375073;WS=71375055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr2	71376999	rs6574	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=-1.950;SC=ATTGCAGGATGAAGGTAAAGA;SOR=0.694;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=8;WE=71377007;WS=71376989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr2	71415479	rs357780	T	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=4;PP=571;SC=GTCACAGTATTGTGAGACCAC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=71415487;WS=71415469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr2	71417065	rs357777	G	T	5032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=75;PP=2186;SC=GGTCTCGTGAGGGAATAAACC;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=130;WE=71417073;WS=71417055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	71417134	rs357776	C	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=531;ReadPosRankSum=-1.151;SC=AGTCTTGCTCCTGCAGTTCCT;SOR=0.542;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=33;WE=71417142;WS=71417124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr2	71429687	rs13001756	C	G	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=349;ReadPosRankSum=0.697;SC=ATTTTACACTCGGTGATGTAT;SOR=0.563;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=34;WE=71429695;WS=71429677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,61:0.29:213
chr2	71503874	rs2542538	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr2	71503978	rs59596777	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=-1.032;SC=CGGCAGGGCGTCGCACGTTGG;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=14;WE=71503986;WS=71503968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	71607539	rs17693408	G	A	40.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr2	71620818	rs6741436	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=556;ReadPosRankSum=-0.621;SC=GCTCTCGCTTCCCCTGCAACC;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=36;WE=71620826;WS=71620808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr2	71627539	rs3771371	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=0.711;SC=TACTGTTTAACCTATTGTGGA;SOR=0.654;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=7;WE=71627547;WS=71627529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	71633275	rs3732233	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=1.256;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr2	71633389	rs6714975	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.468;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=180;ReadPosRankSum=0.382;SC=GTAATAGAAACAAGGTAACAA;SOR=0.136;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=71633397;WS=71633379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr2	71635931	rs12466025	G	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=0.980;SC=GACCTTATATGTGGTGTCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=11;WE=71635939;WS=71635921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr2	71645828	rs4852783	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GAATTTTATTGCTGTATTTTA;SOR=1.207;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=17;WE=71645836;WS=71645818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr2	71645890	rs4852784	G	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=-0.057;SC=TTTATTTTGTGTACATATGGG;SOR=2.115;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=71645898;WS=71645880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	71645946	rs4438512	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	71651939	rs12613800	T	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr2	71654175	rs1804020	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=425;ReadPosRankSum=0.718;SC=TTCTTCTCAGGTGCCCGAAGA;SOR=0.710;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=32;WE=71654183;WS=71654165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,35:0.24:143
chr2	71661855	rs35526551	C	CA	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=519;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TTTTATATTGCAAATTGCTTT;SOR=0.340;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=14;WE=71661863;WS=71661845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr2	71693943	rs61333801	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=227;ReadPosRankSum=-1.302;SC=CCCTGACTGCGCGCCTGTGTG;SOR=1.091;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=15;WE=71693951;WS=71693933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr2	71708825	rs71402983	T	TATCCATCCATCC	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.222;NF=2;NR=0;PP=853;ReadPosRankSum=0.527;SC=GGTCTTCATCTATCCATCCAT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=71708833;WS=71708815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	71742892	rs13428076	T	C	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=472;SC=GTGGGAGACATGGGGCATGAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=71742900;WS=71742882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	71742978	rs13428194	T	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=186;SC=AGTGTTTACGTATGGCGCTGA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=71742986;WS=71742968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	71743206	rs13417592	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	71743242	rs28500662	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=364;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GGGGGTGGTGGTCCTCCCTCT;SOR=0.360;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=26;WE=71743250;WS=71743232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr2	71743376	rs11903960	T	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=2.523;SC=TATCACGGTATGTCTCAGCAG;SOR=0.720;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=26;WE=71743384;WS=71743366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
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chr2	71747855	rs55695728	C	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.08;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	71747881	.	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CTGGGGTCTTCTGATTCTGGG;SOR=0.634;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=15;WE=71747889;WS=71747871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr2	71748088	rs56343439	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=22;PP=663;SC=CACTTGGTTGCGGAGGCACCA;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=71748096;WS=71748078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	71755380	rs4852800	A	G	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=12;PP=972;SC=TCAGGGTTTTAGAGGAGAGAC;SOR=1.539;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=71755388;WS=71755370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	71755413	.	T	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=-1.852;SC=GTGACTGGTGTGTCCCTCTTC;SOR=0.615;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=20;WE=71755421;WS=71755403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr2	71762232	rs4852801	C	T	7109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=123;PP=2965;SC=GAGCCTCCTGCCCCCAGCAAA;SOR=1.111;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=78;TCR=123;TR=201;WE=71762240;WS=71762222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr2	71762310	rs4852802	A	G	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=72;PP=2123;SC=GCATCCTGCCAGTATCCCAGA;SOR=1.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=102;WE=71762318;WS=71762300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	71766487	rs7609409	G	A	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=30;PP=747;SC=TAAGGCCTCTGTTGCCCATTT;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=71766495;WS=71766477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	71776345	rs736096	CA	TG	5279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=26;PP=2811;SC=GGCCTCGGGCCACATCTGTTT;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=76;WE=71776354;WS=71776335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	71778829	rs35984374	G	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=-1.976;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr2	71780215	rs2303596	T	C	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=2.197;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,80:0.34:233
chr2	71780821	rs2303597	T	C	49.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=13;NR=1;PP=260;ReadPosRankSum=1.150;SC=GTGTGGTCCCTTTCCCAGCTC;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=14;WE=71780829;WS=71780814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	71780906	rs13424178	C	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=-1.178;SC=CCACTCCTGGCACAGCGCTCA;SOR=0.132;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=9;WE=71780914;WS=71780896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr2	71783052	rs72827543	G	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=223;ReadPosRankSum=1.399;SC=TGCACCCTCTGCCCTGTGGTG;SOR=0.802;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=16;WE=71783060;WS=71783042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr2	71791332	rs34671418	A	G	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=1.852;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,142:0.71:200
chr2	71795152	rs2288355	A	T	6797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TTGGGCTCTCAGTGGATGAGA;SOR=0.344;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=165;WE=71795160;WS=71795142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr2	71796865	rs10205023	C	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=284;SC=GGCTGACATACGCAGGGGTGC;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=71796873;WS=71796855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	71797176	rs10183967	A	C	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;SC=ACCTCCGGAGACTTCATGCTT;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=71797184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	71797712	rs3764971	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=360;ReadPosRankSum=-1.277;SC=ATGAGTGACCGGTTCCCCCTC;SOR=0.502;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=20;WE=71797720;WS=71797702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr2	71797762	rs34211915	G	A	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=610;ReadPosRankSum=1.427;SC=CCCCCGGAGCGGAAGCCGAAG;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=43;WE=71797770;WS=71797752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
chr2	71817003	rs1473228	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-1.259;SC=GTCCGTGCCTATCTGTGTGGT;SOR=0.184;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=71817011;WS=71816993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	71825892	.	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=376;ReadPosRankSum=0.678;SC=CTGCCCAGCTCCTGCCTCGTC;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=32;WE=71825900;WS=71825882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr2	71828423	rs2303604	A	T	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=206;SC=AACCCGAATAAGTAGACTGAA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=71828431;WS=71828413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr2	71838296	rs67190543	C	T	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=706;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TCTTTCTGTCCTATCTGTCCT;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=44;WE=71838304;WS=71838286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
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chr2	71913658	.	C	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=420;ReadPosRankSum=0.694;SC=CCGTGGGGTCCCCTCCAGCAT;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=30;WE=71913666;WS=71913648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,46:0.41:113
chr2	72361865	rs2241058	C	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=192;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TGGTGCTGCCCGTGAGGGGCA;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=19;WE=72361873;WS=72361855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr2	72361960	rs2241057	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=1.904;SC=CAGGGCGTCCAAGTAGTCCTT;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=30;WE=72361968;WS=72361950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,45:0.30:150
chr2	72692272	rs5832083	A	AAG	3516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=23;PP=1917;SC=AGGACAAAGTAAGCAACTGCC;SOR=1.281;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=42;WE=72692280;WS=72692262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	72707874	rs653220	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=469;ReadPosRankSum=-0.714;SC=TAATAATCTGAACAAGCTAGA;SOR=0.439;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=29;WE=72707882;WS=72707864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr2	72723702	.	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	72742083	rs57089571	GAC	G	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr2	73151231	rs1561247	C	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=9;PP=539;SC=CTCTCGAGTGCGGGGAGGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=31;WE=73151239;WS=73151221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	73172091	rs17008506	C	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=517;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CGTGAGTCTACGGCCCTGCCC;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=32;WE=73172099;WS=73172081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr2	73184290	.	C	T	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=839;ReadPosRankSum=-0.076;SC=ACTGAAGGTTCCGTATCTCCA;SOR=0.571;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=169;TCF=75;TCR=94;TR=68;WE=73184298;WS=73184280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,112:0.36:315
chr2	73195837	rs10565763	TTTCC	T	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.41;ReadPosRankSum=0.457;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr2	73215562	rs1370383	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=0.973;SC=TGGAGGAACATCAGAGAGTGA;SOR=0.288;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=12;WE=73215570;WS=73215552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr2	73226090	rs12233055	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=594;ReadPosRankSum=2.489;SC=CAATGGAGACGGCGCTGATGA;SOR=0.382;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=38;WE=73226098;WS=73226080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,53:0.66:80
chr2	73226259	rs732180	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=-0.325;SC=GAAAGTGGGTAGAAGGAAGAG;SOR=0.204;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=19;WE=73226267;WS=73226249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr2	73226282	rs732179	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CCCTCAGGACTCAAAGGGATC;SOR=0.242;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=13;WE=73226290;WS=73226272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	73268929	rs111373797	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=1.434;SC=CATCCCAGGCTCAAGTGATCC;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=73268937;WS=73268919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	73280303	rs13030434	G	A	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
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chr2	73302891	rs3832033	G	GGCCT	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=0.111;SC=GGCAGCCCTAGGCCTGCCTGC;SOR=0.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=2;WE=73302899;WS=73302881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr2	73430234	rs13432787	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-0.397;SC=AGAGCCTAGGTCGCCACTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=73430242;WS=73430223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
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chr2	73447736	rs2303905	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.981;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=-1.163;SC=GCAGTTAGAGGAGGTGATTCT;SOR=1.152;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=17;WE=73447744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr2	73447775	rs2303904	A	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=213;ReadPosRankSum=-2.301;SC=ACTGACCTCTATCCCACCTAA;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=16;WE=73447783;WS=73447765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr2	73450139	rs17008885	A	T	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=535;ReadPosRankSum=0.783;SC=TGTAATGAGCACTCATCTCTT;SOR=0.831;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=36;WE=73450147;WS=73450129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,71:0.64:111
chr2	73455747	rs2288631	C	T	3349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,165:0.59:280
chr2	73457287	rs146563500	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.46;ReadPosRankSum=2.965;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr2	73460293	rs70965722	AGGGCC	A	1869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.077;NF=2;NR=27;PP=1361;ReadPosRankSum=0.355;SC=GACCATCTCCAGGGCCGGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=29;WE=73460305;WS=73460283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr2	73461483	rs1053329	C	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=485;ReadPosRankSum=0.007;SC=GGGAGAGTGGCGGGCCGCTGA;SOR=0.624;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=30;WE=73461491;WS=73461473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr2	73467676	rs3835072	GAA	G	2850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.887;NF=1;NR=31;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.024;SC=GCTGAGGTAGGAAAATAGTTG;SOR=0.852;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=32;WE=73467685;WS=73467666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,72:0.73:99
chr2	73471653	rs1018342	T	G	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=19;PP=1042;ReadPosRankSum=0.895;SC=CTGATGCAGATTCTGCCCTTG;SOR=1.240;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=60;WE=73471661;WS=73471643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,93:0.74:125
chr2	73477351	rs909065	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	73478461	rs7851	A	T	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=441;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TGATTGGGGCATATGCCAAGG;SOR=0.444;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=33;WE=73478469;WS=73478451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,57:0.66:86
chr2	73490412	rs34363861	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,61:0.67:91
chr2	73492614	rs526106	A	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=443;ReadPosRankSum=1.245;SC=GGGGGCTGGGACCGCTCTGAG;SOR=0.785;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=33;WE=73492622;WS=73492604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,37:0.29:126
chr2	73520255	.	G	C	197.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=144;ReadPosRankSum=0.967;SC=CTCAGGTATGGTGCGCCCCCG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=73520263;WS=73520245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr2	73613031	rs193922695	T	TGGA,TGGAGGA	728.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.29;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,15,9:0.50,0.30:30
chr2	73650122	rs1881246	T	A	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=50;PP=1479;SC=TTTATTTGCATGTAACCTTTC;SOR=1.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=73;WE=73650130;WS=73650112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	73675019	rs66492706	CT	C	268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=287;SC=TCAAAGCTGGCTTTTTTTCCA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=73675027;WS=73675009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	73675227	rs34628045	T	TCTC	8107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=55;PP=2738;SC=GGCTGTAAGTTCTCTAGAAAC;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=91;WE=73675236;WS=73675217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr2	73675525	rs41291187	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,68:0.34:198
chr2	73675669	rs2037814	T	G	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=33;PP=1563;SC=CACTCACATGTAGAGGACCTC;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=73;WE=73675677;WS=73675659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	73675844	rs7598901	C	T	5401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=71;PP=2567;SC=AACAAGAGTTCGCAGACAGTC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=140;WE=73675852;WS=73675834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
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chr2	73828538	rs1052161	G	A	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=56;PP=1764;SC=GACCTACTGAGGCCATTTGTG;SOR=1.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=86;WE=73828546;WS=73828528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	73898118	rs7570683	C	T	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=10;PP=763;SC=GTGACATTGACTGCAGGTAAT;SOR=1.835;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=42;WE=73898126;WS=73898108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	73898359	rs4341964	G	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=637;SC=CTCAATCATAGTAAAGGACAT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=73898367;WS=73898349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	73899613	rs2421585	T	G	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.05;QD=25.26;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr2	73900210	rs4637150	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=28;PP=779;SC=TTAGCCCTACATGTAGGGAGA;SOR=2.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=35;WE=73900218;WS=73900200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	73911963	.	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5300;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.921;NF=5;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=1.150;SC=ACACAAATACAGGATGCCCAA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=73911971;WS=73911957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	73927931	rs4852974	A	G	4684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=56;PP=2780;SC=CTGTAGCCCTAGTCCCGGGCA;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=135;WE=73927939;WS=73927921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	73928098	rs2001490	C	G	11004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.073;NF=128;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=2.192;SC=TTCAGATTCACCCACCCAGAA;SOR=0.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=128;TCR=138;TR=265;WE=73928106;WS=73928088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,420:1.00:421
chr2	73928366	rs2012574	G	C	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=62;PP=1823;SC=GCCATCCCCCGGGAGAGCAAG;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=101;WE=73928374;WS=73928355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	73956940	rs67805162	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	73957124	rs7210	A	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=14;PP=418;SC=ATAATGTCCCAATACTTTCTT;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=29;WE=73957132;WS=73957114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	73957227	rs13003035	T	A	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=6;PP=164;SC=TATACAAACATGTGTAAGTGA;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=73957235;WS=73957217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	73994074	rs2567599	G	A	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=32;PP=909;SC=ACAAAAAGCAGATCTTTCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=73994082;WS=73994064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	73994418	.	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	74000701	rs2116367	C	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=177;SC=AAAGATGAGCCAGTTCAGTTC;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=74000709;WS=74000691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	74007136	rs2272051	T	C	5948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=74;PP=2897;SC=CAATGCCAAGTCGGCCAAAAG;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=156;WE=74007144;WS=74007126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	74007345	rs3813228	A	G	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=29;PP=747;SC=GCCAGAGGCCAGTAGCACAGG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=74007353;WS=74007335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	74087290	rs1025424	T	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,45:0.29:154
chr2	74128661	.	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr2	74146869	rs1721238	G	A	175.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5638;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=1.691;SC=CCATGCAATAGTGCTGTAAGG;SOR=2.093;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=74146877;WS=74146859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	74153905	rs831526	C	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=8;PP=508;SC=GCGCACCCCGCCGCATGTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=74153913;WS=74153895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	74229975	rs113023108	G	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.416;SC=CGGGCCGGGGGTCGCCGTCCT;SOR=0.701;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=8;WE=74229983;WS=74229965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr2	74230310	rs142058377	CGTGCGTGTGT	C	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.510;NF=1;NR=7;PP=2981;ReadPosRankSum=0.424;SC=TGTGTGTGTGCGTGCGTGTGT;SOR=1.230;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=8;WE=74230327;WS=74230300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr2	74273383	rs11426743	T	TC	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr2	74300717	rs7560668	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr2	74320262	rs12713810	C	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-2.314;SC=TGATGTGGTTCTTTGATAAAA;SOR=1.061;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=11;WE=74320270;WS=74320252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr2	74327453	rs6738709	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=-1.333;SC=CCCCAGTCCCCGACCCAGGGC;SOR=0.551;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=9;WE=74327461;WS=74327443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr2	74362090	rs828879	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=329;SC=AGTCTGGAATATCTGCCTGTG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=74362098;WS=74362080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr2	74383911	rs828852	G	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=7;PP=334;SC=ACATTTTAAAGTAGGCATTTA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=74383919;WS=74383901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr2	74450134	.	C	CT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=8.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.417;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
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chr2	74596151	.	C	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.634;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=263;ReadPosRankSum=0.415;SC=CCCCTTCCCCCAGGAATCTGA;SOR=1.981;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=13;WE=74596159;WS=74596141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	74599957	.	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr2	74649921	rs11685929	C	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.99;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	74684671	.	C	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.238;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=404;ReadPosRankSum=-0.313;SC=GACCAGTGGGCGGGGAGGCCG;SOR=0.294;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=30;WE=74684679;WS=74684661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,57:0.70:81
chr2	74692191	rs79181168	C	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=500;ReadPosRankSum=0.169;SC=CACGCCAGCACCCAGCGCCCC;SOR=0.559;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=51;WE=74692199;WS=74692181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,102:0.38:266
chr2	74692363	.	G	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=175;ReadPosRankSum=-1.194;SC=GCCGCCGCTCGCCCCGAGCCA;SOR=0.473;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=16;WE=74692371;WS=74692353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr2	74720002	rs4853026	C	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=552;SC=GGCATGGGCTCTCCTGCTTAA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=74720010;WS=74719996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	74725144	rs6546908	T	C	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=31;PP=1398;SC=CTGGAGCGCCTTCGGGCAGTG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=74;WE=74725152;WS=74725134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	74734983	.	TG	T	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.769;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	74747205	rs188530667	T	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=8.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=1.148;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr2	75061873	rs663504	C	G	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=67;PP=1920;SC=CTCCCTACTCCGGGCCTGGGA;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=97;WE=75061881;WS=75061863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	75099477	rs2229621	A	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,51:0.32:161
chr2	75101454	rs2229622	T	C	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-2.767;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.889;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,64:0.35:185
chr2	75104570	rs3771760	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr2	75104575	rs3771759	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr2	75105798	rs604112	A	G	6968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=72;PP=2583;SC=CCCACATGCTATCTTTCTGTT;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=137;WE=75105806;WS=75105788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr2	75107367	rs1807090	T	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=376;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GACACCTGTCTCTTACCCGCC;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=33;WE=75107375;WS=75107357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,53:0.32:166
chr2	75113572	rs2306806	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=1.405;SC=CTTGGGTGTGGAGGGGTTGGT;SOR=0.844;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=16;WE=75113580;WS=75113562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,34:0.32:105
chr2	75113789	rs2229627	C	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.002;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,61:0.32:191
chr2	75113903	rs17741356	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=180;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GGTTCTCGTGAGATGTTAATA;SOR=0.683;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=14;WE=75113911;WS=75113893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr2	75115108	rs10194657	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=-0.171;SC=AGCGTGGACTACTCTTCCGAG;SOR=0.954;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=8;WE=75115116;WS=75115098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr2	75116627	rs4853069	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=342;ReadPosRankSum=-0.949;SC=ATCCCAGCCCCCCCTGCCTAC;SOR=0.796;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=27;WE=75116635;WS=75116617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,42:0.26:162
chr2	75186337	rs2287102	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=256;ReadPosRankSum=-0.885;SC=GTCCAGGACAATCTTAGCTTC;SOR=0.729;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=21;WE=75186345;WS=75186327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,34:0.32:105
chr2	75187573	rs3771799	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=1.194;SC=ATCCCTAAATGTCAGGCTTGC;SOR=1.777;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=9;WE=75187581;WS=75187563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
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chr2	75425623	rs2024512	G	A	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr2	75923413	.	T	C	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=28;QD=20.9237375157;SC=TGAAGATCCATTGCCACAGGA;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=3;WE=75923421;WS=75923403;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,3:0.30:10
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chr2	77748604	rs113233659	TA	T	637.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,38:0.86:44
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chr2	79253029	rs385742	T	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.798;NF=8;NR=2;PP=343;ReadPosRankSum=0.158;SC=TACTGGGAGGTCTCAGGGATG;SOR=0.631;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=10;WE=79253037;WS=79253018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr2	79253150	rs369967	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=398;ReadPosRankSum=-1.377;SC=AGGCAGTAGGATATCTGTGTG;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=28;WE=79253158;WS=79253140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,49:0.36:138
chr2	79253375	rs425846	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=266;ReadPosRankSum=-0.840;SC=CTGTGTGTCACGTGAGGTAAT;SOR=0.437;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=20;WE=79253383;WS=79253365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr2	79253818	rs412912	C	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr2	79253987	.	ATAGGGGAAAGT	A	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.99;QD=44.13;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	79254000	.	CATGCA	C	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.50;QD=37.82;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	79254005	.	A	C	135	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=40.86;NF=2;NR=1;PP=135;QD=56.5904041824;SC=AAGTCCATGCAGGTCTCAGGG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=79254013;WS=79253977;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,3:0.43:7
chr2	79254029	rs34088535	C	CA	1725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=8;PP=1899;SC=GGAGGGTCTCCTTCAGGAGAG;SOR=3.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=47;WE=79254037;WS=79254019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	79254065	rs431912	C	T	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=28;PP=2680;SC=GATGAACACGCTTATCTTTCA;SOR=1.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=96;TCR=29;TR=122;WE=79254073;WS=79254055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	79254101	rs396461	T	G	10411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.94;QD=26.83;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr2	79254261	rs452267	T	C	7536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=131;PP=2965;SC=GTAACAGCTATTCATACATCT;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=54;TCR=131;TR=184;WE=79254269;WS=79254251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr2	79255426	rs383969	G	C	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=21;PP=635;SC=TCAGCAGCCTGAGCTTGGCGT;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=79255434;WS=79255416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	79312375	.	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.590;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr2	79313600	.	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-0.772;SC=ACAGACACCAGGTTGCCTGAA;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=8;WE=79313608;WS=79313590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr2	79314059	.	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-0.731;QD=0.66;ReadPosRankSum=1.177;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
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chr2	79348196	rs2070707	G	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=363;SC=CTTTATTGCTGATCTCTTCAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=79348204;WS=79348186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr2	84676163	rs10202632	C	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=14;PP=363;SC=TTTACACTTACACAAAATCTA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=84676171;WS=84676153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr2	84756341	rs4832090	T	G	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=198;SC=AAATAAGATTTCACATATTAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=84756349;WS=84756331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr2	84771567	rs1542477	C	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=23;PP=575;SC=ATGTCCGCTCCAAGAAAATCA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=84771575;WS=84771557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	84800605	rs11891970	C	A	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=8;PP=357;SC=CCATTCAGGCCGCATTTGAAT;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=84800613;WS=84800595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	84806553	rs6547569	G	A	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=125;SC=TGCTTCCAATGCCTGCTGATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=84806561;WS=84806543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	84806753	rs140577999	A	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=151;ReadPosRankSum=-0.848;SC=TCCAACTACTACCACAGAATA;SOR=0.525;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=13;WE=84806761;WS=84806743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr2	84811146	.	G	A	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=1.840;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,89:0.69:129
chr2	84822715	rs6761632	C	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=3;PP=728;SC=TATTTCAAACCTGACTTTTAC;SOR=2.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=84822723;WS=84822705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	84834063	rs4276039	T	C	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=28;PP=1428;SC=GCACAAATACTGGGTGCTGCA;SOR=1.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=82;WE=84834071;WS=84834053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	84834237	rs4441485	T	C	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=51;PP=1253;SC=AGAATAATTTTGATTCATACA;SOR=1.440;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=75;WE=84834245;WS=84834227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	84843875	.	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	84897361	rs12470102	T	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=49;SC=TCTCTTTTTATCCTGTTTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=84897369;WS=84897351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr2	84899360	rs4832106	G	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=4;PP=473;SC=CCTGTAGGATGTCATTGAGTC;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=84899368;WS=84899350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr2	85198401	.	CCCG	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=2.642;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr2	85360828	.	GGGC	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,4:0.11:35
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chr2	85510777	rs7574856	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=17;PP=422;SC=TTCTGCCATCACGCTGAAGCA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=85510785;WS=85510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	85532205	rs6741339	C	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=136;ReadPosRankSum=0.250;SC=GAAGGAAGAGCCATTAAGCAT;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=10;WE=85532213;WS=85532195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	85549868	rs4240199	A	G	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=6.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.797;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,73:0.37:197
chr2	85549874	rs3637	A	G	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=4.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,69:0.36:191
chr2	85552186	rs7572750	C	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.040;SC=AGTCTCTGAACTCAGAGGCAG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=7;WE=85552194;WS=85552176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr2	85553784	rs1044973	C	T	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=293;ReadPosRankSum=-1.312;SC=CCGAAAGTGTCCCTTCACGGT;SOR=0.650;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=27;WE=85553792;WS=85553774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,45:0.28:158
chr2	85554080	rs4247303	G	A	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=794;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TGGTCTTTCCGGGAAGGCTGC;SOR=0.586;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=212;TCF=141;TCR=71;TR=61;WE=85554088;WS=85554070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,94:0.31:303
chr2	85570942	rs9309620	G	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.524;SC=AAAGGGTGGGGCAGGCATGTG;SOR=0.569;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=7;WE=85570950;WS=85570932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr2	85571710	rs4832171	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr2	85573033	rs908302	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=310;ReadPosRankSum=-0.891;SC=ACACGGAGCAGGTTGGCTCCA;SOR=0.842;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=23;WE=85573041;WS=85573023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
chr2	85573049	rs908304	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=263;ReadPosRankSum=0.591;SC=CTCCAGAAGGGGACACATTGG;SOR=0.643;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=19;WE=85573057;WS=85573039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,40:0.33:120
chr2	85595818	rs955592	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=0.172;SC=GTTGTGAGTACAGAGGTGGTC;SOR=1.126;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=12;WE=85595826;WS=85595808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr2	85621945	rs111523274	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.114;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr2	85622059	rs6886	T	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=646;SC=GGGACTCTCATGGCCCTGAGG;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=85622067;WS=85622049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	85625222	rs6885	T	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=1.272;SC=CAAGGGCAAATGGGCTGGAGT;SOR=0.871;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=14;WE=85625230;WS=85625212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr2	85626479	rs34063934	G	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=517;ReadPosRankSum=1.065;SC=AGAGAAGGGCGCACAGCTCTC;SOR=0.838;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=34;TCR=74;TR=39;WE=85626487;WS=85626469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,50:0.34:146
chr2	85626524	rs35666320	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=339;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TGAGGCAGGACAACCAGGAAG;SOR=1.368;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=22;WE=85626532;WS=85626514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr2	85628556	rs2002444	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=-1.502;SC=CCGGCTCCAAAGGCACCCGGG;SOR=1.042;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=14;WE=85628564;WS=85628546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr2	85628983	rs2229668	C	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=1.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,89:0.26:339
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chr2	85662636	rs7589663	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AGCCACGGACCCCGGGTCTTC;SOR=0.711;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=12;WE=85662658;WS=85662626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
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chr2	85780131	rs2592551	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=696;ReadPosRankSum=-1.792;SC=GCTGGTGGGAGCGGGAGTGCA;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=47;WE=85780139;WS=85780121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,70:0.35:198
chr2	85780536	rs699664	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=0.420;SC=TTGCAACCTTCGGGGGCAGTA;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=27;WE=85780544;WS=85780526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
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chr2	85788140	rs1254898	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=0.181;SC=AATATGTGTGCGGGGGTGGGC;SOR=0.710;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=26;WE=85788148;WS=85788130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr2	85788175	rs7568458	T	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=0.032;SC=AAGAAATCACTGCACCAACAG;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=10;WE=85788183;WS=85788165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr2	85788402	rs55829881	AC	A	133.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	85788476	rs78809601	A	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=555;ReadPosRankSum=-1.090;SC=GCTCCTAGGAACTCTCCGCCG;SOR=0.951;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=28;WE=85788484;WS=85788466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr2	85788738	rs115669754	C	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chr2	85806161	.	TC	AG	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=623;ReadPosRankSum=1.547;SC=GAGGAAATGATCGTGTGCGGA;SOR=0.469;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=19;WE=85806170;WS=85806151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr2	85806266	rs3731828	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
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chr2	85808737	rs1009	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.368;NF=22;NR=17;PP=455;ReadPosRankSum=1.359;SC=AGGTGGCTCGAAAATTCTGGT;SOR=0.614;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=39;WE=85808745;WS=85808727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,62:0.35:176
chr2	85808871	rs1058588	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=212;ReadPosRankSum=-0.138;SC=CTGCCCTTCTCTTCAGGGACA;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=21;WE=85808879;WS=85808861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
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chr2	85818886	rs14976	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,32:0.26:122
chr2	85820027	rs72843872	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CCAGGCCAAGAGGGTGCCAGC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=85820035;WS=85820017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	85820301	rs1049363	A	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CCTGAAGGAGAAGCCAAATGG;SOR=0.213;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=11;WE=85820309;WS=85820291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr2	85824039	rs1127974	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,41:0.26:159
chr2	85824084	rs2232748	G	C	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,37:0.23:160
chr2	85826721	rs11891495	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=-0.028;SC=CCAGCGGGGCGGTGGCCCCTT;SOR=0.509;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=24;WE=85826729;WS=85826711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,41:0.27:151
chr2	85828014	rs6733550	T	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
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chr2	85848747	rs35865728	CT	C	699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.541;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,53:0.83:64
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chr2	85925529	rs4240200	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=661;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AGGCCCCACAACCTGCTCAGG;SOR=0.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=49;WE=85925537;WS=85925519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,68:0.61:112
chr2	85925667	rs4240201	G	A	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=49;PP=2962;ReadPosRankSum=0.600;SC=GCCCACAGCTGGCTGTTCTCT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=145;TCF=77;TCR=68;TR=107;WE=85925688;WS=85925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,184:0.69:267
chr2	85925680	rs4240202	T	G	3543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=1.223;SC=TGTTCTCTCCTCTCCAGGTCC;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=77;TCR=66;TR=106;WE=85925688;WS=85925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,172:0.67:255
chr2	85925756	rs7908	C	G	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.418;SC=TCCCGGGAACCTCAGCAACCT;SOR=0.492;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=79;WE=85925764;WS=85925746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,124:0.65:191
chr2	85925848	rs12845	C	G	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,69:0.71:97
chr2	85981761	rs17851881	T	C	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=791;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GAGCCGGGTCTGCGTCCTCGC;SOR=0.790;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=47;WE=85981769;WS=85981751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,75:0.65:116
chr2	86014345	rs736991	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=490;ReadPosRankSum=0.045;SC=AAATGGGGTGGTGAAACCCCA;SOR=0.809;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=41;WE=86014353;WS=86014335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,60:0.31:192
chr2	86075582	rs11694145	C	T	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=883;ReadPosRankSum=-0.105;SC=GAAGGACTCCCGCCTCCCACC;SOR=0.095;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=62;WE=86075590;WS=86075572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,93:0.77:121
chr2	86107840	rs11127008	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.77;MQRankSum=-0.502;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-1.521;SC=CCAGCTACTCGGGAGGCTGAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=3;WE=86107848;WS=86107830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	86107951	rs34410645	GA	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.965;NF=1;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=0.559;SC=TGTCTAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.511;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=86107959;WS=86107941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
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chr2	86258784	rs2278536	T	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=293;ReadPosRankSum=-0.923;SC=GCACAGGCTGTGTCACTTGGG;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=20;WE=86258792;WS=86258774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
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chr2	86272643	rs72847858	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=-0.055;SC=AATAGCCCCCAGTGTCTTCTG;SOR=0.694;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=7;WE=86272651;WS=86272633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr2	86275985	rs2289239	A	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=322;ReadPosRankSum=-0.819;SC=GTGGGGATAAATGCATGCAAT;SOR=0.769;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=24;WE=86275993;WS=86275975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,38:0.33:115
chr2	86292656	rs311563	C	T	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	86304932	.	GCGCACACACACACA	G	1040	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.6705;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=64.19;NF=5;NR=1;PP=1040;QD=176.333333333;SC=GCACGCGCGCGCGCACACACA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=86304953;WS=86304924;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,6:1.00:6
chr2	86305123	rs2288117	T	C	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=21;PP=1306;SC=AGAAAAAAGGTCATAAAAAAC;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=86305131;WS=86305113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	86310110	rs2288118	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=9;PP=346;SC=GCTACAATCACTACAACTTAA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=86310118;WS=86310100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	86315741	rs2288120	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=430;SC=TGGCTGGAAACGTGATAGTCA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=86315749;WS=86315731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	86317037	rs4832242	G	C	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr2	86334199	rs2367201	G	A	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=2.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	86343476	rs4832022	C	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=156;SC=TTGGGTGACACAGCAAGACAC;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=86343484;WS=86343466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	86343494	rs4832248	G	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=153;SC=CACCCTCTCTGCAAAAAATTT;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=86343502;WS=86343484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	86344095	rs3764949	G	T	61.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.990;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=1.282;SC=TTTTTGTGAGGGGGGAGAAAT;SOR=3.229;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=86344103;WS=86344087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	86344367	rs2059353	T	C	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=144;SC=TTTCAGTAGCTATTTGAATAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=86344375;WS=86344357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	86346308	rs6715623	G	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=209;SC=TATATTTTTAGTAGTTTATTT;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=86346316;WS=86346298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	86352010	rs4832250	G	T	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=131;SC=ATAATGTATAGAAAGTACTTG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=86352018;WS=86352000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	86352785	rs4618054	G	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=20;PP=636;SC=GAGATCCAGAGAGGAGAGTAG;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=86352793;WS=86352775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	86352825	rs6740228	C	T	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=583;SC=TGTGATTAGTCAAGGGACACA;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=86352833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	86359405	rs1559515	G	T	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=15;PP=874;SC=GGCTGACAGGGTATCAGAGTG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=86359413;WS=86359395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	86362204	rs7606421	C	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=316;SC=CATTTGGCCACATAACACGTA;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=86362212;WS=86362194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	86363074	rs3770069	A	G	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=43;PP=1421;SC=TTTGTCCTGCATGTGGCAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=86363082;WS=86363064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	86363855	rs7558040	G	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=162;SC=TATCTGTGTTGACGGATCATC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=86363863;WS=86363845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	86364706	rs56274257	TG	T	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=18;PP=689;SC=GGAGCAGCAATGGGTCTCACC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=86364714;WS=86364696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	86371883	rs8244	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr2	86385668	rs1057893	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr2	86385682	rs34945759	TC	T	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr2	86385886	rs6739460	A	G	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=32;PP=878;SC=TGAACAAAAAATACCATAAAC;SOR=1.108;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=48;WE=86385894;WS=86385876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	86400824	rs1050301	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=-0.356;SC=TGTGAGGCAGGCTGTTTAGAT;SOR=0.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=12;WE=86400832;WS=86400814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr2	86408385	rs6731995	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=236;ReadPosRankSum=-0.668;SC=AGCAGCACACAGTGAAAAGCC;SOR=0.440;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=22;WE=86408393;WS=86408375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr2	86422416	rs17551822	T	C	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.168;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,51:0.25:208
chr2	86422421	rs17551815	T	G	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,52:0.24:216
chr2	86433240	rs10901	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,34:0.23:148
chr2	86434569	rs9309634	T	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=16;PP=500;SC=CAAGACCAGCTTGGCCAACAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=86434577;WS=86434559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	86437551	rs7565645	T	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=9;PP=487;SC=TGAAGATACCTGTTGTTTCAT;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=86437559;WS=86437541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	86440718	rs11944	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.847;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=389;ReadPosRankSum=1.607;SC=GGTTTAAGGGTGGCCCTTCAC;SOR=0.600;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=31;WE=86440726;WS=86440708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr2	86479035	rs12988844	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=215;ReadPosRankSum=-1.380;SC=AGGGCACACTAGAGGGACTGA;SOR=0.990;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=86479043;WS=86479025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr2	86479287	rs17438687	G	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=555;ReadPosRankSum=1.192;SC=TTGGCAGCTTGCCCAATCCTT;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=37;WE=86479295;WS=86479277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr2	86481835	rs2276625	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=448;ReadPosRankSum=0.310;SC=TTGAAGATAGCGTGGGATGTA;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=30;WE=86481843;WS=86481825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr2	86482093	.	C	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=0.751;SC=AAGGTGAGGGCACACACTTGC;SOR=1.828;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=16;WE=86482101;WS=86482083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	86491245	rs1863056	C	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,81:0.69:117
chr2	86509267	rs1863058	G	A	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=844;ReadPosRankSum=1.262;SC=CAGCCAACCCGCTCGAAAATA;SOR=0.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=65;WE=86509275;WS=86509253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,75:0.64:118
chr2	86509388	rs1863059	T	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr2	86682417	.	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	86683642	rs2030259	A	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=293;SC=AGCAACCGTTATAAATGGAAA;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=86683650;WS=86683632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	86691250	rs12714187	G	A	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=28;PP=1082;SC=GCTGTACTGCGGCAACTCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=86691258;WS=86691240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	86705565	rs2292887	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=4;PP=594;SC=TGGGATAGTTTTGTAGTAGAA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=86705573;WS=86705555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	86707504	rs4832290	T	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=26;PP=637;SC=TTCCTGCTTTTGTGTTTGTTC;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=86707512;WS=86707494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	86737649	rs966477	G	A	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=30;PP=882;SC=GGATGGAATAGAGAGAGACAG;SOR=1.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=48;WE=86737657;WS=86737639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	86756209	rs1036940	C	G	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=109;SC=TTTTGCATTTCTACAACACTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=86756217;WS=86756205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	86756280	rs9284788	G	A	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	86850022	rs396354	T	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=31;PP=996;SC=TCCCTGGAGTTTCCTCTCTTT;SOR=1.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=42;WE=86850030;WS=86850012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	86947783	rs76239019	C	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=6;PP=213;SC=AGCGCCGCCGCCTCCGGCATG;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=86947791;WS=86947773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	86978895	rs4832311	G	T	51.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	86979093	rs10186663	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=301;SC=TTCTCAATGAGGTGATGGTGG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=86979101;WS=86979083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	86992337	rs3840984	T	TAA	1765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=1170;SC=AGTCAGATGTTATTAATGTTT;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=23;WE=86992345;WS=86992327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	86998659	rs56328788	CT	C	1212.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.687;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,104:0.77:135
chr2	87015633	rs71378806	T	TGA	2445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=16;PP=1388;SC=GTGAGCAGGCTGAGTTCAAAA;SOR=1.453;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=87015641;WS=87015623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	87018048	.	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=737;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CGCCCTTCGGCCGGCCCGGAG;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=42;WE=87018056;WS=87018038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,72:0.64:112
chr2	87042825	rs35555413	T	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=358;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GTTCCTGATATACCTTCCCCT;SOR=0.773;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=25;WE=87042833;WS=87042815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr2	87048702	rs13001400	T	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=7;PP=947;SC=CCGAGTTCGGTTGTTGCTGTA;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=41;WE=87048710;WS=87048692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	87048799	.	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=621;ReadPosRankSum=-0.317;SC=AACCCAGTGTGGACCCCCAAA;SOR=0.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=92;TCR=56;TR=46;WE=87048807;WS=87048789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,71:0.31:227
chr2	87069379	rs4322832	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.58;QD=27.27;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	87069431	rs4514875	C	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.82;QD=28.43;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	87073743	rs4971887	A	G	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.22;QD=28.74;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	87085598	rs28727404	T	C	174.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.75;QD=21.85;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	87092865	rs10195435	C	T	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.32;QD=24.99;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	87276811	rs200334386	T	C	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.57;QD=21.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	87276945	.	T	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQRankSum=-1.531;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr2	87356024	rs3101261	C	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQRankSum=-3.333;QD=1.66;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
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chr2	88396348	rs62156964	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr2	88402560	rs894197	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.78;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
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chr2	88407755	rs78103579	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr2	88407959	rs2970918	T	C	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=43;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.344;SC=CCAACTGGCATGCTGGTAACA;SOR=0.602;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=84;WE=88407967;WS=88407949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,127:0.63:201
chr2	88409719	rs35206605	A	AGT,AGAGT	146.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=168;SC=TTGATGAATGAGTGTGTGTGT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=88409727;WS=88409709;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:9
chr2	88410102	rs2289497	C	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=505;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GTGGGTCTCTCGGGAGACCCC;SOR=0.803;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=30;WE=88410110;WS=88410092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr2	88411605	rs2919865	A	T	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.193;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TGTTTGAAGAATTTCCTTTCT;SOR=1.105;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=66;WE=88411613;WS=88411595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,96:0.65:148
chr2	88411793	rs2970888	C	A	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.618;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=48;PP=1052;ReadPosRankSum=0.321;SC=CTGCTAAGCCCCTGGTCATTT;SOR=1.295;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=86;TCF=20;TCR=66;TR=60;WE=88411801;WS=88411783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,75:0.71:106
chr2	88422758	rs2197076	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	88427663	.	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=0.093;SC=GCTGTTGATTCCTTTATGGCC;SOR=1.314;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=88427671;WS=88427653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	88472791	rs4129190	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=193;ReadPosRankSum=1.370;SC=TTGGACAGAGGGACCCTGTGC;SOR=0.628;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=15;WE=88472799;WS=88472781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr2	88474370	rs2139100	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=-1.687;SC=TTTGGGGCACAAACGCAGAAT;SOR=0.650;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=16;WE=88474378;WS=88474360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr2	88484808	rs2292869	C	A	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=519;ReadPosRankSum=1.818;SC=CCCTACATCCCCCCCCCACAC;SOR=0.364;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=36;WE=88484816;WS=88484798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,66:0.73:90
chr2	88485392	rs1878810	G	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=366;ReadPosRankSum=2.626;SC=TGTCCTCCGGGTGCCACCTGC;SOR=0.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=22;WE=88485400;WS=88485382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr2	88748390	rs4972212	A	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=281;ReadPosRankSum=-2.115;SC=GGACCTATTCAATGCCTGTGT;SOR=1.574;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=21;WE=88748398;WS=88748380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,29:0.29:99
chr2	88825315	rs34809896	G	GT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=7.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-2.524;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	88825334	rs35903656	CAAG	C	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.931;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=45;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TTTTTTGGTACAAGAAGAAGA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=88825344;WS=88825324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	88826071	rs58882124	G	C	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.198;NF=15;NR=19;PP=514;ReadPosRankSum=-2.727;SC=AATCCTCTCTGTTGCTTCATT;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=34;WE=88826079;WS=88826061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr2	88826219	rs56783496	G	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=6;PP=133;SC=GTCTTACTCTGTCACCCAGGC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=88826227;WS=88826209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	88870632	rs4972221	A	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=243;SC=ATTATTTAAAAGACTACAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=88870640;WS=88870622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	88874891	rs1805165	C	A	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=43;PP=1283;SC=TCTTTTGTAGCGAAAGGATCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=64;WE=88874899;WS=88874881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	88879131	rs1805164	T	C	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=949;ReadPosRankSum=1.216;SC=GTCCCAGGCATTGAATTGGCT;SOR=0.987;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=52;WE=88879139;WS=88879121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,106:0.68:156
chr2	88882942	rs6750998	T	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.212;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr2	88895123	rs13045	T	C	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=29;PP=1050;SC=TTCACGGTCTTGGTCCCACTG;SOR=0.862;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=65;WE=88895131;WS=88895113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	88895351	rs7571971	T	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=22;PP=796;SC=CATGAAGCAGTGCAGTCCATC;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=50;WE=88895359;WS=88895341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	88926729	rs72416210	CCAG	C	999.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=449;ReadPosRankSum=0.739;SC=GCCGCGAGCCCCAGCAGCAGC;SOR=0.542;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=10;WE=88926739;WS=88926719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr2	88991520	rs114563957	G	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=476;ReadPosRankSum=1.079;SC=TTCGAAACGTGGGGCGCGGGG;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=38;WE=88991528;WS=88991510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,55:0.47:116
chr2	88997878	rs908277	C	T	242.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=202;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GGCACAGTACCTGTCTTGTAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=88997886;WS=88997868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr2	88999476	rs1158603	G	A	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=-2.129;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,85:0.65:130
chr2	89185006	.	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=264;ReadPosRankSum=0.959;SC=GGCCCCTCCAGGCCACGACCA;SOR=0.734;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=20;WE=89185014;WS=89184996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr2	89185438	rs150155170	G	A	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=781;ReadPosRankSum=0.798;SC=TCAACTGCAAGTCCAGCCAGA;SOR=0.935;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=51;WE=89185446;WS=89185428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,86:0.64:135
chr2	89185774	rs232191	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-2.287;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr2	89196757	rs3843805	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,40:0.34:117
chr2	89196906	rs4588191	A	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,20:0.22:89
chr2	89197190	rs55661410	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
chr2	89246951	rs10865492	C	T	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=738;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CTAAACTAGACGCCTTATAGA;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=204;TCF=103;TCR=101;TR=62;WE=89246959;WS=89246941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,104:0.30:348
chr2	89292182	rs59175543	A	G	3643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=818;ReadPosRankSum=2.601;SC=GATGCAGAGAATGAGGATGGA;SOR=0.731;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=243;TCF=114;TCR=129;TR=70;WE=89292190;WS=89292172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,109:0.31:354
chr2	89292201	rs35262290	C	T	3695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=776;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GAGACTGGGTCATCCGGATGG;SOR=0.705;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=246;TCF=107;TCR=139;TR=72;WE=89292209;WS=89292191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,111:0.33:338
chr2	89292401	rs143871003	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.781;NF=4;NR=14;PP=200;ReadPosRankSum=-0.647;SC=CCCTCATGTCTATGCTGTGTC;SOR=1.182;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=18;WE=89292409;WS=89292391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr2	89309735	rs80322626	A	G	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.959;NF=34;NR=45;PP=1256;ReadPosRankSum=-0.393;SC=TGCAGACAGGAAGGATGGAGA;SOR=0.913;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=228;TCF=111;TCR=117;TR=79;WE=89309743;WS=89309725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,97:0.31:317
chr2	89309762	rs77800356	T	G	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.925;NF=33;NR=44;PP=1154;ReadPosRankSum=0.027;SC=CAACTGGATGTCACATCTGGC;SOR=0.870;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=230;TCF=107;TCR=123;TR=77;WE=89309770;WS=89309752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,101:0.30:335
chr2	89442048	.	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.302;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.30;MQRankSum=0.166;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr2	89442535	.	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.030;NF=15;NR=13;PP=372;ReadPosRankSum=0.294;SC=ATCCCATGTTCCCCTCACCTG;SOR=0.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=28;WE=89442543;WS=89442525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr2	89496025	.	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=5.379;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.128;NF=2;NR=11;PP=281;ReadPosRankSum=-0.989;SC=CCGCAAAGGGGATTCTAGAAA;SOR=2.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=13;WE=89496033;WS=89496015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr2	89512775	rs145409842	T	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=570;SC=AACTTCCCAGTGAGCTTCAAA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=89512783;WS=89512769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	89513004	rs141893646	A	G	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.618;NF=48;NR=42;PP=1057;ReadPosRankSum=0.287;SC=ATCCACTGCCACTGAACCGAG;SOR=0.707;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=268;TCF=136;TCR=132;TR=90;WE=89513012;WS=89512994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,127:0.31:404
chr2	89544163	rs56876886	G	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.756;NF=17;NR=4;PP=277;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CTCTTACACAGATTCTGAGAC;SOR=0.931;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=21;WE=89544171;WS=89544153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
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chr2	90008287	rs147071425	A	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=834;SC=TTTGAAGCTCACTGGGAAGTT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=90008295;WS=90008277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr2	90108778	rs859745	G	T	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=14;PP=911;SC=TTGCTGTATGGTTTCAGCCTC;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=90108786;WS=90108768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	90229198	.	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=224;ReadPosRankSum=1.297;SC=TACCATGATTCATGGTGTGGA;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=17;WE=90229206;WS=90229188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr2	90229626	.	G	A	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=850;ReadPosRankSum=0.581;SC=TCCATCTGCTGAAAGCATTTC;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=49;WE=90229634;WS=90229616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr2	90249415	rs111538912	A	G	5706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FS=1.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-4.711;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,288:0.47:613
chr2	90249468	rs373008692	C	T	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=5.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-3.333;QD=12.87;ReadPosRankSum=-2.062;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,103:0.39:263
chr2	90249478	rs202170599	T	C	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=9.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-3.447;QD=14.06;ReadPosRankSum=-3.145;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,81:0.38:215
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chr2	90249506	rs117668633	T	C	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.682;NF=13;NR=52;PP=2430;ReadPosRankSum=5.731;SC=GTTCCTCAGATGCAGCCACAC;SOR=1.583;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=104;TCF=18;TCR=86;TR=65;WE=90249514;WS=90249487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,77:0.70:110
chr2	91766685	rs2258279	GA	TG	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.949;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.144;NF=1;NR=37;PP=1770;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TGAACTCATTGAAAAAATGTC;SOR=1.775;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=119;TCF=25;TCR=94;TR=38;WE=91766694;WS=91766675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,49:0.34:143
chr2	91767199	rs2558010	A	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=305;ReadPosRankSum=0.405;SC=AATTTGTGTCAGCTTATATTC;SOR=0.141;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=22;WE=91767207;WS=91767189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr2	91767507	rs2580541	T	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-0.452;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,30:0.22:137
chr2	91767530	.	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-0.319;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,11:0.14:79
chr2	91809227	rs2536993	A	G	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.439;NF=79;NR=25;PP=1337;ReadPosRankSum=0.219;SC=TGGGGCCTCCATGGTGGCTTG;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=251;TCF=189;TCR=62;TR=104;WE=91809235;WS=91809217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,101:0.37:273
chr2	91809324	rs2536994	C	T	4593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-24.938;NF=120;NR=120;PP=2857;ReadPosRankSum=5.184;SC=AGTATGACAACGGATTGGAGG;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=558;TCF=283;TCR=275;TR=240;WE=91809332;WS=91809314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:518,257:0.33:775
chr2	91809385	rs55812636	C	G	6214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-22.584;NF=89;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.383;SC=CCTGGCCATGCCTTTTTCTAT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=498;TCF=210;TCR=288;TR=214;WE=91809393;WS=91809375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:480,209:0.30:689
chr2	91809404	rs55918232	G	C	6033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=5.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-19.827;NF=74;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.083;SC=ATTTTCTATGGAATGCACGCA;SOR=0.681;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=436;TCF=178;TCR=258;TR=185;WE=91809412;WS=91809394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:404,186:0.32:590
chr2	91809456	rs2191971	T	G	3539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.982;NF=43;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=4.343;SC=TATAGTCTGGTTCCACAAGAG;SOR=0.477;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=271;TCF=95;TCR=176;TR=114;WE=91809480;WS=91809446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,102:0.33:309
chr2	91809468	.	C	CTAA	3829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.717;NF=10;NR=50;PP=2921;ReadPosRankSum=4.646;SC=CCACAAGAGACCGAGGAGTGA;SOR=0.342;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=178;TCF=17;TCR=161;TR=60;WE=91809480;WS=91809446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,104:0.39:264
chr2	91809470	rs2386154	G	A	3856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=9.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQRankSum=-10.338;QD=15.12;ReadPosRankSum=5.409;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,100:0.39:255
chr2	91809472	.	G	GTGACTAACAA	3778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.217;NF=10;NR=50;PP=2964;ReadPosRankSum=6.050;SC=AAGAGACCGAGGAGTGAGCTA;SOR=0.351;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=155;TCF=15;TCR=140;TR=60;WE=91809480;WS=91809446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,98:0.39:253
chr2	91925022	rs28577290	C	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=10.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.97;MQRankSum=-3.038;QD=8.77;ReadPosRankSum=3.554;SOR=0.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr2	91925139	rs62143830	C	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=41.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQRankSum=-6.954;QD=0.30;ReadPosRankSum=-2.591;SOR=5.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,16:0.11:145
chr2	95537245	rs4854234	C	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=9;PP=471;SC=GGAGCTGCCCCGCTGACCGCA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=95537253;WS=95537235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	95537572	rs4854235	C	T	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=35;PP=1635;SC=GCGCAGCGCACGCAGCAAGAC;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=82;WE=95537580;WS=95537562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	95537622	rs11164112	A	G	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=44;PP=1538;SC=GGACACGCACAGCTGGAAGTC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=91;WE=95537630;WS=95537612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	95537871	.	G	GC	131	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=11;HapScore=4;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=11;PP=131;QD=12.7272727273;SC=GAGAGGAGGAGCCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=95537888;WS=95537861;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,11:0.65:17
chr2	95537880	.	C	CG	514.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=124;ReadPosRankSum=0.412;SC=AGCCCCCCCCCCCGCAGTTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=95537888;WS=95537861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr2	95818513	.	G	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=0.243;SC=ATACTAGAAGGCCTGATGGTA;SOR=0.762;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=21;WE=95818521;WS=95818503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chr2	95847040	rs10578519	TGCG	T	4768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=35;PP=2743;SC=GACAAAGGCTTGCGGCGGCGA;SOR=0.936;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=57;WE=95847050;WS=95847030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	95944902	rs61086044	A	AC	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=4;PP=376;SC=GGTGCTGGGCACCGCAGGGTG;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=8;WE=95944910;WS=95944892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	95952177	rs7602232	C	G	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	96076409	rs6577014	C	T	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=25;PP=880;SC=AGTTCTGACCCCACTCACCAA;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=96076417;WS=96076399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	96525652	rs77710257	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-2.844;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.980;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr2	96525659	rs72931750	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-3.049;QD=2.02;ReadPosRankSum=1.542;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
chr2	96601240	rs199988716	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQRankSum=-5.847;QD=4.49;ReadPosRankSum=-2.942;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr2	96601296	rs145876416	A	ATGATTAAT	1768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.97;MQRankSum=-9.439;QD=11.71;ReadPosRankSum=2.391;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,50:0.33:151
chr2	96601312	rs201144574	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.92;MQRankSum=-9.591;QD=5.21;ReadPosRankSum=2.632;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,53:0.34:158
chr2	96601345	rs149389865	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.82;MQRankSum=-7.840;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.625;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr2	96601364	rs148485539	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.77;MQRankSum=-6.946;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr2	96604473	rs75003856	T	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.251;NF=17;NR=4;PP=234;ReadPosRankSum=1.270;SC=TTACATCAAATCCTTCCATCT;SOR=0.510;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=68;TCR=14;TR=21;WE=96604481;WS=96604463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,20:0.25:80
chr2	96604516	rs62154560	C	T	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-8.149;NF=91;NR=37;PP=1991;ReadPosRankSum=-0.805;SC=CAAAAAACTACGAGCATTTTC;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=180;TCF=126;TCR=54;TR=128;WE=96604524;WS=96604506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,150:0.70:213
chr2	96604591	rs62154561	A	G	6052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-10.672;NF=105;NR=99;PP=2832;ReadPosRankSum=1.926;SC=ACTGGAAGTTAGTGAATCCAT;SOR=0.548;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=309;TCF=164;TCR=145;TR=204;WE=96604599;WS=96604581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,289:0.65:448
chr2	96604632	rs62154562	A	T	4752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.265;NF=73;NR=99;PP=2531;ReadPosRankSum=-1.195;SC=AAATGTGATCACTGTCTTTCA;SOR=0.885;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=275;TCF=122;TCR=153;TR=172;WE=96604640;WS=96604622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,226:0.60:376
chr2	96604679	rs62154563	C	T	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.149;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.359;NF=27;NR=67;PP=1490;ReadPosRankSum=-0.835;SC=TAATGATTAACATATCATGTA;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=171;TCF=58;TCR=113;TR=94;WE=96604687;WS=96604669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,93:0.49:188
chr2	96604730	rs113311459	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=16.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.25;MQRankSum=-4.975;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.141;SOR=3.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr2	96610329	rs201777230	G	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=5.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQRankSum=-9.783;QD=5.65;ReadPosRankSum=-3.034;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr2	96610395	rs147285461	C	CA	1130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-13.828;NF=5;NR=13;PP=1469;ReadPosRankSum=6.034;SC=TTTTGGTCTTCAAACAAGGTT;SOR=0.603;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=18;WE=96610428;WS=96610385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,69:0.32:214
chr2	96610399	rs116594293	C	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=-12.749;QD=4.71;ReadPosRankSum=4.765;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,65:0.30:214
chr2	96610410	rs77220524	T	A	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQRankSum=-13.987;QD=11.79;ReadPosRankSum=1.940;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,71:0.33:214
chr2	96610413	rs74491979	C	T	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQRankSum=-13.800;QD=12.07;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,71:0.34:209
chr2	96610420	rs78473403	G	T	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQRankSum=-13.494;QD=12.67;ReadPosRankSum=-1.629;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,71:0.35:201
chr2	96610567	.	T	TAC	222	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MMLQ=27;MQ=45.17;NF=0;NR=4;PP=222;QD=64.25;SC=AGGCAGATCATATGAGGTCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=4;WE=96610577;WS=96610557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,4:0.17:23
chr2	96610569	.	T	A	222	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MMLQ=27;MQ=45.85;NF=0;NR=4;PP=222;QD=64.1928031368;SC=GCAGATCATATGAGGTCAGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=4;WE=96610577;WS=96610557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,4:0.17:23
chr2	96610768	rs376183764	T	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=7.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-7.653;QD=1.05;ReadPosRankSum=-3.147;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,7:0.12:60
chr2	96610787	rs112708872	C	CA	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=5.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=43.731;HP=7;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.113;NF=44;NR=3;PP=1049;ReadPosRankSum=-3.238;SC=ACTCTGTCTACAAAAAATAAG;SOR=5.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=47;WE=96610795;WS=96610777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,28:0.26:106
chr2	96610836	rs11893977	T	C	4684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.102;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-7.381;NF=101;NR=43;PP=2579;ReadPosRankSum=-6.439;SC=GTAGATAATATAATAGTCAGG;SOR=1.114;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=241;TCF=164;TCR=77;TR=144;WE=96610844;WS=96610826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,171:0.54:314
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chr2	96616571	rs146478446	C	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=15.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.92;MQRankSum=-4.836;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.824;SOR=4.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
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chr2	96616580	rs201649771	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=8.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.46;MQRankSum=-4.398;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.801;SOR=3.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr2	96616597	rs114583836	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=8.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.21;MQRankSum=-4.360;QD=2.79;ReadPosRankSum=-2.751;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr2	96616599	rs116630524	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=8.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.21;MQRankSum=-4.360;QD=2.79;ReadPosRankSum=-2.873;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr2	96616622	.	C	T	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=27;MQ=46.58;NF=2;NR=3;PP=27;QD=12.3542425094;SC=TTCCTATAATCCCAGCTACTC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=5;WE=96616630;WS=96616612;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr2	96616654	rs75283408	C	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQRankSum=-2.089;QD=10.03;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	96616667	rs77249402	A	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.65;MQRankSum=-2.068;QD=15.54;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	96616690	rs111409549	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQRankSum=-0.667;QD=19.25;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr2	96616947	rs74369410	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQRankSum=-4.724;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.782;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
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chr2	96616957	rs76255864	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQRankSum=-4.664;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr2	96616979	rs80105408	G	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQRankSum=-4.706;QD=18.60;ReadPosRankSum=-3.391;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr2	96616997	rs74701498	T	G	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQRankSum=-3.850;QD=17.21;ReadPosRankSum=-2.905;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr2	96617023	rs78346055	C	A	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-3.094;QD=25.51;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,57:0.65:88
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chr2	96617039	.	A	AC	1943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=4.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-3.240;QD=18.34;ReadPosRankSum=3.306;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
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chr2	96619688	rs74946480	T	G	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.600;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-10.023;NF=53;NR=12;PP=807;ReadPosRankSum=-1.482;SC=GTACTCTACCTCAGATTCCAA;SOR=1.569;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=138;TCF=98;TCR=40;TR=65;WE=96619696;WS=96619677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,88:0.43:205
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chr2	96619735	rs200095242	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=4.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQRankSum=-2.370;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,54:0.19:282
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chr2	96619799	rs145806545	A	C	4221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=5.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQRankSum=-8.966;QD=21.99;ReadPosRankSum=2.072;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,119:0.62:192
chr2	96619831	rs76870447	T	C	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQRankSum=-9.700;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,46:0.37:126
chr2	96619832	rs79037822	A	G	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQRankSum=-4.792;QD=24.66;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,69:0.64:107
chr2	96619837	rs77007933	CA	GC	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.187;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQRankSum=-5.615;QD=28.24;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,72:0.67:108
chr2	96619853	rs201388512	T	C	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=4;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.617;NF=4;NR=38;PP=2770;ReadPosRankSum=0.144;SC=AAAAAAATGGTAAAACAAAGT;SOR=0.473;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=42;WE=96619861;WS=96619821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr2	96619873	rs111807008	C	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-5.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=3;HapScore=2;MGOF=118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.174;NF=2;NR=27;PP=533;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TCTGAGGAAACTCAGTTATCT;SOR=0.239;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=29;WE=96619881;WS=96619863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr2	96652816	rs200039497	CAA	C	459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.23;QD=35.36;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	96685218	.	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.099;NF=18;NR=3;PP=337;ReadPosRankSum=-2.242;SC=CTTTGAGATCCCTTGCCACAG;SOR=0.397;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=21;WE=96685226;WS=96685211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr2	96698185	rs375306245	G	A	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=23;PP=587;SC=GGGGAAAGGTGCAAGGATGGA;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=96698193;WS=96698175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	96780716	rs2229169	T	G	9212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=123;NR=118;PP=2965;SC=GGCAGATGGCTCCCAGGCTGT;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=123;TCR=119;TR=241;WE=96780724;WS=96780706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr2	96780986	rs29000568	C	CTCCTCCTCT	10082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.11;QD=43.65;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr2	96781986	rs3111873	G	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=57;SC=GTCGCCCCTCGGGCGGCGCCG;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=96781994;WS=96781976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	96795857	rs749458	T	C	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=28;PP=802;SC=GTTGCTGCTCTGAGACTTGAT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=96795865;WS=96795847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	96858914	rs997548	A	G	5695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=70;PP=2965;SC=GAAATGGAGGAGCAGGATTAG;SOR=0.898;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=156;WE=96858922;WS=96858904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	96859034	rs997547	A	G	6327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=79;PP=2871;SC=CATCCCTCTCAATCACCTCCA;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=152;WE=96859042;WS=96859024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr2	96861159	rs2276650	C	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=14;PP=641;SC=CATTTCCCAACGTTGCTCTTT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=96861167;WS=96861149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	96874590	rs6725867	TT	CC	15799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr2	96906209	.	CC	TT	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.843;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,39:0.26:152
chr2	96919642	rs3852673	C	T	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=36;PP=1358;SC=GCAGCTCCAGCGCCTGCTCCT;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=96919650;WS=96919632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	96934504	rs62153033	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=23;PP=647;SC=TAAGATGTGCTACAAGAGGGC;SOR=1.675;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=32;WE=96934512;WS=96934494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	96943473	rs3214063	T	C	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=43;PP=1583;SC=AAAAGGAGTATAAAAGTGGGC;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=83;WE=96943481;WS=96943463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	96952251	.	A	G	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.60;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr2	96952833	rs3171927	A	G	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=57;PP=1762;SC=GACAACTCCAACTTGGGAAAC;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=96952841;WS=96952823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	96955480	rs3214058	T	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=228;SC=GAAAAATTTTTTCCTGGGCCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=96955488;WS=96955470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	96956315	rs772176	T	G	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=23;PP=724;SC=TTGATGCAGGTATCTACATTA;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=96956323;WS=96956305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	96962859	rs17479466	A	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=357;SC=TCCTTGAGCAAAACGTTATTG;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=96962867;WS=96962849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	96966661	rs3731930	G	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	96991492	rs772174	A	G	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=43;PP=2080;SC=CAGGGCTCCTAGAGAGGGCGG;SOR=1.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=111;WE=96991500;WS=96991482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	96992792	rs368798001	TGAG	T	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,8:0.11:72
chr2	96993757	rs2279105	C	T	6823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=3.124;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.18;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,270:1.00:271
chr2	96993884	rs1048675	A	G	4614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=58;PP=2227;SC=TGACCATCCCAATCCCTAAGA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=107;WE=96993892;WS=96993874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	97020049	rs3731935	T	C	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=40;PP=963;SC=ATGCCAACGATGAACCTGACC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=97020057;WS=97020039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	97026576	rs62153915	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=506;SC=AGCGTGTTGCCAGGAAATCAA;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=97026584;WS=97026566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	97030247	rs2305935	T	C	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=21;PP=986;SC=GGCCATAGGGTAGAGACTGAG;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=52;WE=97030255;WS=97030237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	97166168	.	C	T	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=630;ReadPosRankSum=0.146;SC=TCCCCATGGTCGCCTCACCCA;SOR=0.959;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=175;TCF=84;TCR=91;TR=52;WE=97166176;WS=97166158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,84:0.29:288
chr2	97166204	rs3731938	A	G	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=90;PP=2882;SC=TAGTGGTCCCATACACGTCCA;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=75;TCR=91;TR=165;WE=97166212;WS=97166194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr2	97267260	rs6759099	G	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=495;SC=ATACAGATTTGAATTTGAATC;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=97267268;WS=97267250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	97267293	rs6749159	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=17;PP=499;SC=GTCCAGTGCATGGGCAGCCCC;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=97267301;WS=97267283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	97267644	rs62154845	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=7;PP=261;SC=GGTCATCTATGCCCTATCAGT;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=97267652;WS=97267634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	97268441	.	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=4;PP=173;SC=CTAAGCTGAGGAGGCCTCCTC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=97268449;WS=97268431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	97313450	rs60959055	C	G	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=18;PP=1047;SC=AAAGCCCTGCCCGGGAGAGAA;SOR=1.516;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=59;WE=97313458;WS=97313440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	97326286	rs4907246	T	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=466;SC=TTTTACCTTATTTTTTAATTT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=97326294;WS=97326276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	97357640	.	G	A	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=41;PP=1365;ReadPosRankSum=1.713;SC=ACAGTTCAGGGACCCCCAGAG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=81;WE=97357648;WS=97357630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,151:0.69:218
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chr2	97369546	.	C	CTTT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr2	97587049	rs34895357	T	C	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=491;SC=CGCCTTCCCCTTGCTCTCGCC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=97587057;WS=97587039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	97595109	rs6725927	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=19;PP=436;SC=GAGGGCAGGGTGCACCACTCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=97595117;WS=97595099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	97613616	rs1624844	T	C	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=26;PP=824;SC=CTCCCAAAGATGTTTCTGGAG;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=97613624;WS=97613606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	97613748	rs1623881	C	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=411;SC=CCATTTAATTCTCATAAGTCT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=97613756;WS=97613738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	97613786	rs184822649	G	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=-1.015;SC=TGTCATTGTTGCCAATTAGAG;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=97613794;WS=97613776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr2	97617140	rs1257019	T	C	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=28;PP=1207;SC=GGAGCAGGGATACCGGGCAGT;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=97617148;WS=97617130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	97617227	rs1257018	A	G	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	97637516	rs6714860	T	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=9;PP=690;SC=ATGGTCAAGGTGAAGTGTCCG;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=35;WE=97637524;WS=97637506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	97637748	rs148258556	C	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=434;ReadPosRankSum=-0.990;SC=TCCAACTCCTCGGGCAGCTCA;SOR=0.506;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=38;WE=97637756;WS=97637738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,58:0.26:219
chr2	97637905	rs6715329	T	C	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr2	97643576	rs1796048	T	C	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=54;PP=2126;SC=TACTCCAGCGTTGACGGTTTT;SOR=0.825;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=96;WE=97643590;WS=97643566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	97747978	rs1257094	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.57;QD=30.06;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	97751782	rs62155549	TG	CA	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.35;QD=46.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	97751786	rs62155551	G	A	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=41.81;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	97757509	rs1257084	C	T	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=60;PP=1723;SC=ATCAGCATCCCTGATATTCCT;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=97;WE=97757517;WS=97757499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	97814956	rs4386368	G	A	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.21;QD=24.85;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	97817469	rs62153866	T	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.82;MQRankSum=-0.751;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	97817511	rs62153867	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=7.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.89;MQRankSum=-1.989;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
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chr2	97817563	rs112026456	C	CA	310.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=17.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.55;MQRankSum=-0.810;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.834;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr2	97817564	rs33971912	C	T,CT	1121.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.55;QD=35.05;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,22:0.31,0.69:32
chr2	97817578	rs113800206	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.85;MQRankSum=-2.833;QD=5.72;ReadPosRankSum=2.354;SOR=1.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr2	97817726	.	G	GT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.831;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
chr2	97817801	rs113485498	C	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-3.705;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr2	97817811	rs377439829	T	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-5.312;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,3:0.10:30
chr2	97817821	rs370583449	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-4.816;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,3:0.12:25
chr2	97818101	.	T	G	212	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=18;MQ=41.59;NF=6;NR=1;PP=212;QD=35.2530303639;SC=TCAAACTCCTTGGCTTCTCAA;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=7;WE=97818122;WS=97818091;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,7:0.35:20
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chr2	97818146	rs145799985	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.28;MQRankSum=-4.723;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
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chr2	97829126	.	CTTT	C	348	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=10;HapScore=3;MGOF=24;MMLQ=22;MQ=49.08;NF=2;NR=4;PP=348;QD=60.0;SC=GTAATGCATACTTTTTTTTTT;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=6;WE=97829136;WS=97829110;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,6:0.35:17
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chr2	97877399	rs10186233	T	C	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	97877440	rs35711845	T	C	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=58;PP=1653;SC=GTTCCGAATATGGCCACGGAA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=110;WE=97877448;WS=97877430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
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chr2	98418812	rs11340992	CA	C	209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=0;PP=156;SC=GTATGAGCTGCAAATAAGGCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=98418820;WS=98418802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr2	98525107	rs1317178	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=16;PP=562;SC=AATTATCTTATTAAATATACT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=98525115;WS=98525097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	98544058	rs6707719	T	C	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=124;SC=AAAAATGGACTGCTTAATGGT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=98544066;WS=98544048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	98611833	rs2279825	T	C	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=3;PP=119;SC=CGCCCAACTTTGCGCCGGAGC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=98611841;WS=98611823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	98611994	rs2279824	G	T	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=14;PP=415;SC=GGTGCAGCGCGCCTAGGAGGC;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=98612002;WS=98611984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	98709684	rs298917	T	C	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=74;PP=2150;SC=TTCAACTGCATGGGCTTAAGA;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=135;WE=98709692;WS=98709674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr2	98779624	rs148830268	ATG	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-1.106;SC=ATGCATGGACATGTGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=2;WE=98779633;WS=98779614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr2	98795792	rs4851884	C	G	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=52;PP=1735;SC=TAACATAACACAGTCTTCTCA;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=93;WE=98795800;WS=98795782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	98795873	rs11419620	T	TG	3061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=30;PP=1659;SC=ATTGGCATTGTGGTTATTCTT;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=40;WE=98795881;WS=98795863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	98797744	rs4851890	C	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=289;SC=AGGCCTCCATCGGGTCAGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=98797752;WS=98797734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	98804314	rs1466156	G	A	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=138;SC=ACTAACAAAGGAATGATTGAC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=98804322;WS=98804304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	98811075	rs7579916	A	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=238;SC=AAGTGGCTTAACATGTAGACT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=98811083;WS=98811065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	98833449	.	G	C	118	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=0.9994;HP=7;HapScore=4;MGOF=33;MMLQ=24;MQ=58.32;NF=0;NR=5;PP=118;QD=30.5542425094;SC=GTAAGCACCCGCCCCGCACCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=98833457;WS=98833435;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,5:0.71:7
chr2	98844575	rs7606220	A	G	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=382;SC=AACATAGTGAACCTCTTGTCT;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=98844583;WS=98844565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	98844674	rs7601049	C	G	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=26;PP=1005;SC=GAATGAAGATCTGACTCTTTT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=98844682;WS=98844664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	98846596	.	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,64:0.34:191
chr2	98846661	.	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=-0.300;SC=AAAGAAAGTCCTTCACGCAGG;SOR=0.407;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=19;WE=98846669;WS=98846651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr2	98852810	.	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr2	98853173	rs11889349	G	A	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=46;PP=1419;SC=CAAGCATGTCGTGTCTAAGGT;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=80;WE=98853181;WS=98853163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	98862097	rs4851121	A	G	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=33;PP=1036;SC=TTTTTCTTAAATACATTAAGT;SOR=1.058;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=53;WE=98862105;WS=98862087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	98907029	.	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.400;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=234;ReadPosRankSum=-0.505;SC=AGACCAGATCCCCTCAAAGGA;SOR=1.981;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=15;WE=98907037;WS=98907019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	98928494	rs7587534	G	A	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=49;PP=2218;SC=CCCGAGCCCAGGGTTTGGGTG;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=111;WE=98928514;WS=98928484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	98948224	rs13427344	C	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr2	98948248	rs13392307	T	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=-2.116;SC=TAGAACAGGATCTGGCACACA;SOR=0.502;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=11;WE=98948256;WS=98948238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
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chr2	98994414	rs937725	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=256;ReadPosRankSum=-2.181;SC=AAACTATCAGTGAGTAATTTC;SOR=0.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=18;WE=98994422;WS=98994404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
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chr2	99859863	rs17760953	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,30:0.26:114
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chr2	100006904	rs58344028	T	TTA	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
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chr2	100021184	rs2290261	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=328;ReadPosRankSum=0.380;SC=AAGCATGCTCAGAGATGAGGT;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=27;WE=100021192;WS=100021174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
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chr2	100022617	rs13394927	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=296;ReadPosRankSum=-0.892;SC=ATCGGGCAGGGCCTTTAATCC;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=17;WE=100022625;WS=100022607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
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chr2	100058870	rs3087403	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,33:0.28:118
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chr2	100081561	rs28369942	A	AAAGTC	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=660;SC=CCAACTGATGAAAGTATACAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=100081569;WS=100081551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	100210074	rs1047281	G	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=0.789;SC=CCTCCTGCTCGGACTCCAGGT;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=17;WE=100210082;WS=100210064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr2	100210642	rs1047265	T	C	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=800;ReadPosRankSum=0.977;SC=GTAGTACTGATTGCTCTCTGA;SOR=0.895;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=144;TCF=59;TCR=85;TR=54;WE=100210650;WS=100210632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,82:0.41:199
chr2	100247588	.	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=0.159;SC=TGTGATCCTTCCCCTCGGCCG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=100247596;WS=100247578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	100288931	rs4851222	G	A	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=939;ReadPosRankSum=-0.344;SC=GTTAACACCCGGCACAGTCCA;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=59;WE=100288939;WS=100288921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,82:0.68:121
chr2	100343557	rs4851223	C	T	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=39;PP=1183;SC=CGATGTGCCACTGTCTGGACT;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=73;WE=100343565;WS=100343547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	100454072	rs5832886	C	CT	3720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=1512;SC=TTAGTCCCCCCCAACAAAAAA;SOR=1.203;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=34;WE=100454080;WS=100454062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	100721050	rs13421952	A	G	73.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.79;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	100910578	rs4850925	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=400;ReadPosRankSum=-1.705;SC=GACTTTGTTACGTAACGGGAG;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=24;WE=100910586;WS=100910568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr2	100910861	.	GG	AA	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=46;QD=33.1559582874;SC=TGCAGAGCAAGGGGACATGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=3;WE=100910870;WS=100910851;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,3:0.15:20
chr2	100915629	rs4851286	T	C	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=27;PP=1770;SC=TACACTTTGGTATACATTTCA;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=100915637;WS=100915619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	100915772	rs4851287	A	G	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=57;PP=1710;SC=GCTCCTTTGAAGTGAGAGATC;SOR=1.361;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=83;WE=100915780;WS=100915762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	100916051	rs2033749	T	C	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=103;SC=CTCTATAATCTTAGAGCTGAT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=100916059;WS=100916041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	100916306	rs2033748	A	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.00;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	100916306	.	AAAGTGTAGA	GAAGTGTAGA,GAAGTGTAGG	300	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=13,4;NR=20,6;PP=300,55;QD=10.1445821984;SC=TATCCTCTTCAAAGTGTAGAC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33,10;WE=100916323;WS=100916296;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:33
chr2	100916315	rs11123823	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr2	100917109	rs13006224	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,52:0.31:167
chr2	100938205	rs184118488	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.703;SOR=2.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr2	100938226	rs74177694	G	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=45;ReadPosRankSum=0.909;SC=ACAGCGGCCGGTCGCGCAGGC;SOR=0.197;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=5;WE=100938234;WS=100938216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	100938328	rs74177695	T	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	100986964	rs1437971	A	C	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=28;PP=845;SC=GCACTGGGCAAACTTCTGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=100986972;WS=100986954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	101009600	rs1530030	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=1.108;SC=GACCCCGGGCGTCCTCAAAGG;SOR=0.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=6;WE=101009608;WS=101009590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	101010082	rs3748930	G	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,35:0.26:134
chr2	101011877	rs2241810	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,11:0.17:66
chr2	101014363	rs2241809	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-2.993;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,19:0.16:121
chr2	101019134	rs114767561	T	C	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=503;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GACAGAGAGGTTGAATGTCTT;SOR=0.668;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=28;WE=101019142;WS=101019124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr2	101022886	rs4149512	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr2	101031561	rs3828193	G	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr2	101096950	.	C	T	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.575;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr2	101096960	rs1519654	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=463;ReadPosRankSum=0.661;SC=CCTTGCAGGGCTCGGGGACTG;SOR=0.892;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=16;WE=101096968;WS=101096940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr2	101125872	.	GTTCAGATTTC	G	1315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=2937;ReadPosRankSum=0.905;SC=ATGCCTGGAGGTTCAGATTTC;SOR=1.449;Source=Platypus;TR=19;WE=101125889;WS=101125862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr2	101126124	rs1829479	T	A	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=36;PP=955;SC=TTTCTCCTTATTATGTTACTT;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=50;WE=101126132;WS=101126114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	101520972	rs5832941	A	AT	322.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=153;SC=GCCCAATGAAAGAGTGCCTGT;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=101520980;WS=101520962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	101521173	rs57350721	ATT	A	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	101541798	rs356651	C	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=20;PP=561;SC=CACCCTGCCCCGTCCATGTGG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=101541806;WS=101541788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	101580772	rs62152898	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=130;ReadPosRankSum=0.967;SC=TCGAAGTGTCTGGCTTCTGTG;SOR=0.269;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=101580780;WS=101580762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	101581246	rs7581886	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	101581294	rs11473114	C	CTT	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.788;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr2	101581495	rs60563199	CT	C	637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.462;NF=1;NR=13;PP=763;ReadPosRankSum=0.689;SC=AGAGTCGGCCCTGGTCCATTG;SOR=0.371;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=14;WE=101581516;WS=101581485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr2	101581508	rs17025086	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.989;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr2	101581976	rs4851392	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=194;SC=AGCCTCTCTGATTTTGACCAT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=101581984;WS=101581972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	101582245	rs3841571	AGCCCAGGCATGGGG	A	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=2826;ReadPosRankSum=-0.129;SC=ACCACTGCCCAGCCCAGGCAT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=8;WE=101582266;WS=101582235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr2	101584895	rs2289950	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=111;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GGTCAGGTACCGCGCACGGGC;SOR=1.581;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=10;WE=101584903;WS=101584885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr2	101584951	rs35503589	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=43;ReadPosRankSum=1.739;SC=GGGGTGCAGGATGGCGTGGCC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=5;WE=101584959;WS=101584941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	101587455	rs1562313	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=488;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TGTACAGTTACGCAGATGTCC;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=37;WE=101587463;WS=101587445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,56:0.66:85
chr2	101587642	rs75107839	A	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.755;SC=GAAGGGTACAACCAAGCTATT;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=7;WE=101587650;WS=101587632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr2	101591304	rs2305160	A	G	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=46;PP=1754;SC=GCACTTTAACACACTCGACGT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=103;WE=101591312;WS=101591294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	101591443	rs2305159	A	C	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=1141;ReadPosRankSum=1.391;SC=TGGGATGTCCACATCAGACCA;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=101591458;WS=101591433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr2	101594454	rs9679638	T	C	207.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.616;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=-0.230;SC=AGTTCTTTTTTCCAGTGTCTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=101594462;WS=101594444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	101609827	rs9223	C	T	4205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=46;PP=1575;ReadPosRankSum=-0.219;SC=AGAGCCAGACCGTGTTTCAAA;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=168;TCF=92;TCR=76;TR=105;WE=101609835;WS=101609817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,198:0.66:298
chr2	101619283	rs2278724	C	G	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=1139;ReadPosRankSum=-2.713;SC=GAGTATCCCTCTAGCCGCCCT;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=72;WE=101619291;WS=101619273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,145:0.65:224
chr2	101619321	rs2278723	T	C	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,156:0.63:247
chr2	101622728	rs10934	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=314;ReadPosRankSum=-0.773;SC=AAATAGAATGCCCAGACCCGT;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=19;WE=101622736;WS=101622718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr2	101624471	rs746924	T	C	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.588;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1496;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GTCCAGTCCCTTTCTGCCGCC;SOR=0.860;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=87;WE=101624479;WS=101624461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,130:0.67:193
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chr2	101638888	rs3739014	A	G	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.980;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=814;ReadPosRankSum=0.217;SC=ACTGCCGGGCATCTATGCGGT;SOR=0.442;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=60;WE=101638896;WS=101638878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,74:0.66:112
chr2	101643985	rs145378270	C	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CAAGAGGGGACTCTTCCTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=14;WE=101643993;WS=101643975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr2	101644855	rs11683877	G	A	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=40;PP=1428;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TGCCAACTGGGGGCCCTGGGC;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=97;WE=101644863;WS=101644845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,138:0.63:219
chr2	101646359	rs12472882	G	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=212;ReadPosRankSum=-2.244;SC=CCAGAAAAGCGTCCATGCTTA;SOR=0.818;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=101646367;WS=101646349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	101652732	rs4850957	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=564;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CCCTGCTCTCCGAGGGGCCAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=34;WE=101652740;WS=101652722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,46:0.77:60
chr2	101656726	rs2289953	T	C	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=997;ReadPosRankSum=1.103;SC=ATCCGCCCCGTGGTGTGACAG;SOR=0.558;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=87;WE=101656734;WS=101656716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,118:0.64:185
chr2	101675808	rs7572457	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=256;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AACTGTTAGTATGCTACAGTG;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=17;WE=101675816;WS=101675798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr2	101869588	rs2272320	G	T	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr2	101874442	rs6757365	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=358;ReadPosRankSum=0.108;SC=GTGTTTTGGGCATTTCTGTGT;SOR=1.349;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=25;WE=101874450;WS=101874432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr2	101881549	rs3768995	A	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.420;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr2	101883046	rs1660694	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AGCTTTTTGTATAAAATGCTT;SOR=0.737;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=12;WE=101883054;WS=101883036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr2	101889306	rs750783	A	G	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=687;ReadPosRankSum=-1.372;SC=ACAATCACCTATTCCTGAAGG;SOR=1.046;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=40;WE=101889314;WS=101889296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr2	101898412	rs13151	G	C	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=15;PP=591;SC=GTGGACTGCTGTCATCACTTC;SOR=0.853;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=36;WE=101898420;WS=101898402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	101911292	rs17190139	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=4.027;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=0.000;SC=TAATATAAGCGAAAATCAAGA;SOR=2.670;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=11;WE=101911300;WS=101911282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	101911385	rs3828194	A	G	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=748;ReadPosRankSum=-0.009;SC=AGAGTTATCCATCATTACCTG;SOR=0.583;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=59;WE=101911393;WS=101911375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,86:0.70:123
chr2	101911607	.	GG	AA	3728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=2480;ReadPosRankSum=0.316;SC=TCTTCCTTTTGGATAGCTAAT;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=68;WE=101911616;WS=101911597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,94:0.63:150
chr2	101967346	rs6543032	C	T	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=25;PP=1373;SC=AAAAGGTTTTCATTTAAGTGC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=101967354;WS=101967336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	101971618	rs6753727	T	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=2;PP=474;SC=TGGAGACCAATCACTTATTGC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=101971626;WS=101971608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	102003680	.	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr2	102018908	rs2175968	A	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=13;PP=715;SC=CTTATTGCCCATGGCAGTGTC;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=102018916;WS=102018898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	102026879	rs72825067	A	T,ACACT	417.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=216;SC=ACACACACACACTTATGTGAT;SOR=1.802;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=9;WE=102026887;WS=102026869;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.64,0.36:11
chr2	102027050	.	C	CT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=3.332;QD=0.39;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,19:0.18:105
chr2	102031176	rs4851434	A	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=374;SC=TCCTCTGCCAATGGCCAGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=102031184;WS=102031166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	102031438	.	G	A	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=698;ReadPosRankSum=0.253;SC=GGGCAGTGGGGAAGAGAAGGT;SOR=0.523;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=46;WE=102031446;WS=102031428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,72:0.76:95
chr2	102031489	rs4851435	C	G	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	102035192	rs6709913	C	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	102038849	rs4851436	T	A	6802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=101;PP=2965;SC=TTTCTTTGCCTGTTCTTGCTC;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=81;TCR=101;TR=180;WE=102038857;WS=102038839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr2	102045328	rs6543047	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CAGAAGAGTACGCACAGAAAA;SOR=0.765;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=6;WE=102045336;WS=102045318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
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chr2	102067083	rs7585228	T	C	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=26;PP=833;SC=ACCTATCAGGTAGCAATACTG;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=102067091;WS=102067073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	102068715	rs11123884	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=1.030;SC=GGAATTAATGCGAATTGTGGA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=102068723;WS=102068705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	102068872	rs4851449	T	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=550;ReadPosRankSum=-1.283;SC=GTGCCCAGCCTCCGGGTGCCA;SOR=1.099;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=39;WE=102068880;WS=102068862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr2	102069002	rs4851450	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=1.774;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr2	102083393	rs11680478	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=313;ReadPosRankSum=0.879;SC=GAGGAGGAAATTGGCATTTGT;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=20;WE=102083401;WS=102083383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr2	102090683	rs369925636	G	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.754;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr2	102314391	.	C	CCCG	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=207;ReadPosRankSum=0.815;SC=CGCAGCCGAGCCCGCCGCCGC;SOR=0.132;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=6;WE=102314399;WS=102314381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	102314437	rs13430711	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.871;QD=3.01;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr2	102413947	.	G	A	127	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5002;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=7;PP=127;QD=17.9745791719;SC=TAGCTACTGAGAGAAAAACTA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=102413955;WS=102413937;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,9:0.82:11
chr2	102481434	.	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=345;ReadPosRankSum=0.027;SC=TCTGTCCCGTCGAGATTCCCC;SOR=0.618;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=26;WE=102481442;WS=102481424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr2	102503632	.	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=1.445;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr2	102632582	rs3819369	T	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=194;ReadPosRankSum=0.397;SC=AAAGAAAGACTTAAAATATCG;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=17;WE=102632590;WS=102632572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr2	102636386	.	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.271;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GAAGGATAACGGAAAACAGAT;SOR=1.888;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=10;WE=102636394;WS=102636376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr2	102641201	rs3218977	A	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=0.316;SC=AGTTATCACTATGACCCACAT;SOR=0.343;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=16;WE=102641209;WS=102641191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr2	102642558	rs3212326	G	GT	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr2	102642651	.	G	A	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.401;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=920;ReadPosRankSum=1.908;SC=ATTTGCACATGGATTTTAAAT;SOR=0.666;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=58;WE=102642659;WS=102642641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,90:0.69:131
chr2	102773999	rs2287048	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	102774054	rs2287047	G	A	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.04;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	102785158	rs3213735	G	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,33:0.89:37
chr2	102788409	rs2041747	G	A	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	102792760	rs3917318	A	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=249;SC=GGTTCAGGAGAGAATGATGAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=102792768;WS=102792750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	102835627	.	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=0.795;SC=CTGCCTTCTCCTCTTGTTTTT;SOR=1.023;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=17;WE=102835635;WS=102835617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr2	102954653	rs13431828	C	T	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=374;ReadPosRankSum=0.725;SC=CCTTCACTGTCGTATGCCAGT;SOR=0.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=26;WE=102954661;WS=102954643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr2	102954703	.	T	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=406;ReadPosRankSum=0.831;SC=TTACCAATACTTGCTCTTGAT;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=31;WE=102954711;WS=102954693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,56:0.44:126
chr2	102955468	rs1041973	C	A	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=827;ReadPosRankSum=2.342;SC=CTACCAGCTGCAGTTGCTGAT;SOR=1.136;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=53;WE=102955476;WS=102955458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,82:0.56:146
chr2	102957348	rs10173081	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.858;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=-1.054;SC=GTGGGAACAGCGGTGCCCTTC;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=23;WE=102957356;WS=102957338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr2	102957628	rs201528268	C	CT	86.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-2.093;SOR=2.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	102957716	rs1420101	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr2	102967928	rs4988955	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=373;ReadPosRankSum=0.640;SC=AGACTTTTAAATGTTCAGGAT;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=22;WE=102967936;WS=102967918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr2	102968007	rs4988956	G	A	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=1078;ReadPosRankSum=-2.735;SC=TGTAGTCACTGCAGTGGAAAC;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=68;WE=102968015;WS=102967997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,91:0.67:135
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chr2	102968285	rs4988958	T	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=522;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CCCTGAATTCTAAATTCTGGA;SOR=0.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=28;WE=102968293;WS=102968275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr2	102968356	rs10192157	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-1.682;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr2	102968362	rs10206753	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.365;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
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chr2	102984279	rs1420098	T	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=387;ReadPosRankSum=2.700;SC=TACTAATCTTTTGAAGAATCT;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=24;WE=102984287;WS=102984269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr2	102984624	rs1362348	C	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=1.651;SC=CAGATAATCACCACATCCTTT;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=102984632;WS=102984614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	102992366	.	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.35;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr2	102998279	rs3213732	A	G	53.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AAAACTAAGAAAAGAGTGCCA;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=102998287;WS=102998269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	103001402	rs1035130	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.315;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,31:0.32:97
chr2	103003265	rs2241116	C	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	103006387	rs4851570	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.649;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	103006448	rs6749014	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=426;ReadPosRankSum=-2.010;SC=TGGACAAGCACGTGATGATGG;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=30;WE=103006456;WS=103006438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr2	103010912	rs1420096	C	T	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=653;ReadPosRankSum=2.603;SC=ATTAAAAGAGCCAATCTTACC;SOR=0.602;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=45;WE=103010920;WS=103010902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,61:0.64:96
chr2	103039584	rs3817465	A	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=536;SC=CCTGTGTGAGATGCACTTTGT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=103039592;WS=103039574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	103039873	rs2272127	C	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=445;ReadPosRankSum=0.210;SC=GATGGATAACCTGATATATCA;SOR=3.098;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=22;WE=103039881;WS=103039863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr2	103040247	rs11377261	T	TG	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=1072;SC=TGTTTCCATGTGCTTTGTTTA;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=24;WE=103040257;WS=103040237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	103040249	rs2272129	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=557;SC=TTTCCATGTGCTTTGTTTATT;SOR=3.407;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=27;WE=103040257;WS=103040237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	103040945	rs887972	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=1.894;SC=GGCTTTTCATGGAAAAGCGTG;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=9;WE=103040953;WS=103040935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	103057892	rs11465702	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=426;ReadPosRankSum=1.327;SC=AGCAGGTCTAAGTGTGATAGA;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=26;WE=103057900;WS=103057882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr2	103059613	rs1558651	A	G	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=30;PP=1340;SC=AGGACAAAGTATTCTCACCAG;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=73;WE=103059621;WS=103059603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	103063520	rs11465723	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=392;ReadPosRankSum=-1.442;SC=TACTGGCCCTGTCTCCACAGT;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=25;WE=103063528;WS=103063510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr2	103090127	rs17027255	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	103095404	rs11692304	G	A	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=42;PP=1729;SC=ACCACAAATCGCCTCCGGTCA;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=99;WE=103095412;WS=103095394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	103095468	.	G	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=650;ReadPosRankSum=1.286;SC=TCTGGAGGGCGGCTACTTCAT;SOR=0.763;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=41;WE=103095476;WS=103095458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,76:0.40:188
chr2	103120232	rs2075188	G	A	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=36;PP=1184;SC=CATCACATGAGCCAGGCATCT;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=103120240;WS=103120222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	103120311	rs2075187	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=26;PP=671;SC=AAACTTTTATGAAACCTGATT;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=103120319;WS=103120301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	103125182	rs6724322	C	T	45.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=29;SC=GCAGCATTTACTCTGTAATAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=103125190;WS=103125172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	103125457	rs6739301	A	G	6618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.83;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	103125466	rs6742381	T	C	6495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	103128866	rs4851609	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=361;SC=CTACAGGAAGTGGTTGAAATT;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=103128874;WS=103128856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	103136309	rs1403550	T	C	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	103136446	rs1403551	T	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	103141447	rs2015478	A	G	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=21;PP=944;SC=TGTATGGAGGAGTCCTTACGT;SOR=0.865;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=47;WE=103141455;WS=103141437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	103141651	rs1024798	G	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=427;SC=TTCCTTCAGTGTGCAAGTGTT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=103141659;WS=103141641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	103149100	rs1014286	G	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=14;PP=438;SC=CCATGGACACGGCAGGGACCA;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=103149108;WS=103149090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	103149162	rs2008159	A	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=273;SC=ATTGTCCACAAGATTGTTTTG;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=103149170;WS=103149152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	103149182	rs2008157	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=198;SC=GGTGTTTCTCAAGAGTCTGTC;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=103149190;WS=103149172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	103149213	.	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.349;SC=TGTGAAAGGAGGATTTCTGGA;SOR=1.802;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=103149221;WS=103149203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	103274014	.	C	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=525;ReadPosRankSum=0.491;SC=TTTATTTTTTCCTTACCAGGC;SOR=0.676;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=39;WE=103274022;WS=103274004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr2	103281540	rs35151143	G	GT	973.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=1.730;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,62:0.79:78
chr2	103300506	rs6757258	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	103300663	.	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=318;ReadPosRankSum=0.128;SC=ACCAGTTCATCATTGCCTATG;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=29;WE=103300671;WS=103300653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,40:0.31:127
chr2	103311674	rs11685926	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr2	103324575	rs17833353	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=420;ReadPosRankSum=1.030;SC=TGCTCCGTGATAGATGGCAAT;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=25;WE=103324583;WS=103324565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr2	103343234	rs3796061	G	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=-0.891;SC=AGGAGGAAGCGTGCAGTTTCA;SOR=0.033;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=12;WE=103343242;WS=103343224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	103375056	rs2732838	T	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.765;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,36:0.34:105
chr2	103378581	rs5833037	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.892;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	103378857	rs2540298	C	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=312;ReadPosRankSum=-1.082;SC=TATGAAGATACCCTTATGTAT;SOR=0.953;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=20;WE=103378865;WS=103378847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr2	103380998	rs2540296	C	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=2.179;SC=CCTGTAATTTCAATATTTTTG;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=8;WE=103381006;WS=103380988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr2	103431404	rs887987	T	C	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=20;PP=478;SC=GGTTGTTGGATGGCATATTCA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=103431412;WS=103431394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	105472055	rs186512421	T	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=215;SC=CGGCAGGGGCTGGCGGCGGCG;SOR=0.846;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=105472063;WS=105472045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	105654716	rs3739160	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=427;ReadPosRankSum=-0.961;SC=AAGCGGCTTACCTCTGCCGCG;SOR=0.564;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=35;WE=105654724;WS=105654706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr2	105654830	rs3739159	G	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.635;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=1.271;SC=AGGTTGGGGGGGAGGAGGTGG;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=10;WE=105654838;WS=105654820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr2	105709023	rs6543282	T	C	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=36;PP=818;SC=TTAGCAAAAGTGAAGGTAATG;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=105709031;WS=105709013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	105885961	rs2241797	T	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=18;PP=706;SC=GGGGCCAGCATGCAGGTAGAT;SOR=1.077;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=46;WE=105885969;WS=105885951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	105897003	rs2241799	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
chr2	105897261	rs2679833	C	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=17;PP=470;SC=TGGAGGGGAGCGCACGGTGGC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=105897269;WS=105897251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	105924510	rs2241801	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=1.197;SC=CTGAGGCCGCACGCAGCTCGT;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=22;WE=105924518;WS=105924500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,28:0.26:106
chr2	105953909	rs2033727	G	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr2	105953938	rs3217439	G	GC	1104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=526;ReadPosRankSum=0.427;SC=GGCATGCGGCGACTCAGAGTG;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=14;WE=105953946;WS=105953928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
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chr2	106471393	rs6543345	T	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	106471825	rs3832068	C	CA	125.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=3.090;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=1.097;SC=TTTGCTGTTTCAAAAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=106471833;WS=106471815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr2	106690542	rs35317173	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CCACAGGGAAGGGTGGCAGGG;SOR=1.688;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=106690550;WS=106690532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	106710668	rs11268588	C	CGCAGGAAGGAAGTGCCACCTT	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	106715342	rs3820891	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=36;PP=956;SC=ACCTCCCTGCGCTGCTTCAGC;SOR=1.376;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=52;WE=106715350;WS=106715332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	106717274	rs3739136	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TCTTAGACCCAGGCCCTTCAG;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=106717282;WS=106717264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	106717656	rs10177888	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=7;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=0.441;SC=CCTCCCAGAAGAAAAATTACC;SOR=0.324;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=11;WE=106717664;WS=106717646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr2	106742139	rs4851925	C	T	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	106742177	rs3739137	T	A	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	106780015	rs3910716	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	106780055	rs10631203	C	CTG	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=649;SC=AGCAAACAAACAGAATTAATT;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=106780063;WS=106780045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	106782398	rs4851115	C	G	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=25.17;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	106810727	rs7604916	A	G	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=24.07;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	106810812	.	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	106992952	rs4641931	A	G	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=26;PP=1044;SC=CATCTGACCTATGTGGGCAAA;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=60;WE=106992971;WS=106992942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	106992963	rs11464214	A	AG	3336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=31;PP=1812;SC=TGTGGGCAAAATTCCTGTGCT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=106992971;WS=106992942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	107007467	rs7575679	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.132;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.858;NF=32;NR=35;PP=975;ReadPosRankSum=-1.468;SC=ACTTCTCCCCGCAGACCTAGG;SOR=0.771;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=67;WE=107007475;WS=107007457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr2	107107511	rs11124115	C	T	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.174;NF=32;NR=37;PP=996;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TCTGGGATTCCGCAAAAGGGA;SOR=0.702;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=69;WE=107107519;WS=107107501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,88:0.49:180
chr2	107107567	rs2228021	G	C	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.040;NF=34;NR=44;PP=1005;ReadPosRankSum=1.485;SC=GCTGTGTTTCGGGATGCAAGC;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=64;TCR=84;TR=78;WE=107107575;WS=107107557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,91:0.52:175
chr2	107107694	rs6543414	A	G	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=52;PP=1641;SC=GTGTGGGTAAAAAGCAGGCTC;SOR=1.117;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=80;WE=107107702;WS=107107684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	107107765	rs6543415	C	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=28;PP=780;SC=GACCACCAGGCTTCAGTGTGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=107107773;WS=107107755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	107118896	rs4340514	T	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=638;SC=AAAAATGTTCTGTGTTGAACA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=107118904;WS=107118886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	107119136	rs4365459	G	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=455;SC=ATTTGCCTCAGAGAACCTGCG;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=107119144;WS=107119126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	107121040	rs146000492	T	TA	2540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.711;NF=18;NR=35;PP=774;ReadPosRankSum=-0.571;SC=AGACCCCATCTAAAAAAAAAT;SOR=0.578;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=53;WE=107121048;WS=107121030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,112:0.97:115
chr2	107123363	rs144897643	A	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.96;MQRankSum=0.120;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr2	107423128	rs3796114	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=324;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TCCCAAGAAACCCTTTTTAAG;SOR=1.162;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=20;WE=107423136;WS=107423118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
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chr2	108863898	rs10209928	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=0.250;SC=ATAAATGAAGCATGATTGGGA;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=6;WE=108863906;WS=108863888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	108869084	.	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr2	108875093	rs2198463	T	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=2.475;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr2	108875198	rs2219078	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=347;ReadPosRankSum=0.616;SC=AGTTGTTGGCGGGTCCTGGTT;SOR=0.956;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=27;WE=108875206;WS=108875188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,31:0.28:109
chr2	108875244	rs6722745	T	C	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=1.317;SC=GCAAAAGACATGCACCGGATC;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=37;WE=108875252;WS=108875234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,44:0.28:157
chr2	108875471	rs13385082	G	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=628;ReadPosRankSum=0.707;SC=GAGAAAACTTGGTCAGGTGAT;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=168;TCF=77;TCR=91;TR=53;WE=108875479;WS=108875461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,73:0.30:240
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chr2	108877062	rs4141932	T	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=275;ReadPosRankSum=0.536;SC=TACTGTGGCTTTGAATGAGAA;SOR=0.550;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=26;WE=108877070;WS=108877052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr2	108915136	rs7590599	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.721;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,13:0.17:75
chr2	108915263	rs4149422	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TTTTCCCTCACTTGTTTTGTA;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=8;WE=108915271;WS=108915253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr2	108994808	rs1402467	C	G	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=981;ReadPosRankSum=0.127;SC=CCTTACACGACATGGAGGATT;SOR=0.787;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=56;WE=108994816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,109:0.67:162
chr2	108998917	.	C	T	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=966;ReadPosRankSum=0.462;SC=TGCCACCATCCTTGCTAGAGA;SOR=0.913;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=187;TCF=79;TCR=108;TR=68;WE=108998925;WS=108998907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,106:0.32:327
chr2	108999786	rs4149436	T	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=511;ReadPosRankSum=1.138;SC=TAATGGAACATTCTCACTTCT;SOR=1.178;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=29;WE=108999794;WS=108999776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr2	108999881	rs367696220	G	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=550;ReadPosRankSum=0.142;SC=GTGTGCTGGGGCTCCTGGCAT;SOR=0.855;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=41;WE=108999889;WS=108999871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,54:0.65:83
chr2	109003761	rs3731686	A	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr2	109003792	.	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-0.878;SC=TGGGAGACTGGAAGAAACACT;SOR=0.824;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=14;WE=109003800;WS=109003782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,18:0.26:68
chr2	109065858	rs2460947	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.800;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr2	109065919	rs3820957	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=181;ReadPosRankSum=1.215;SC=TAGAGCCCGTTTGTGTACGAA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=13;WE=109065927;WS=109065909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr2	109067337	rs12468089	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=10;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.160;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=5;WE=109067345;WS=109067327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	109067359	rs13397470	GT	AA	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GTGGAACAAAGTATGCGGTTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=7;WE=109067368;WS=109067349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	109069008	rs2683797	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
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chr2	109092162	.	T	TA	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=58.79;NF=0;NR=3;PP=25;QD=13.0;SC=TTCTATCCATTAAAAAAAAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=109092170;WS=109092152;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
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chr2	109292280	rs7584953	T	C	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.00;QD=25.64;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	109381438	rs61748149	A	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=751;ReadPosRankSum=0.232;SC=CAAAGGAAGGACAGTGGGATT;SOR=1.075;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=41;WE=109381446;WS=109381428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr2	109388846	rs700876	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=79;ReadPosRankSum=1.540;SC=CTGCAATTCAGATGTGGAGAG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=7;WE=109388854;WS=109388836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr2	109389124	rs700875	A	T	114.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.6257;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TTCTATAATTATCGATTTTAC;SOR=1.108;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=109389132;WS=109389114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	109389463	rs826580	G	A	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=34;PP=1174;SC=GAAATGGGGAGGACTTTCAAT;SOR=0.961;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=58;WE=109389471;WS=109389453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	109393522	rs58272304	TG	T	1012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=707;SC=CTCTAGGTCCTGGGGTAAAGC;SOR=2.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=109393530;WS=109393512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	109393766	rs56132830	A	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.511;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=1.790;SC=TTGTTGCAGTATATAACTAAG;SOR=3.011;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=4;WE=109393814;WS=109393756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr2	109393767	rs367802106	TATAAC	T	1140.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.522;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=647;ReadPosRankSum=2.256;SC=TGTTGCAGTATATAACTAAGT;SOR=3.726;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=109393814;WS=109393756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr2	109393774	rs371189636	A	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=11.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.72;ReadPosRankSum=2.068;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr2	109393779	rs375449172	A	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.54;ReadPosRankSum=1.473;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr2	109393780	rs367803624	G	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.54;ReadPosRankSum=1.417;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr2	109393781	rs371705935	A	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.62;ReadPosRankSum=1.398;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr2	109393786	rs371246549	TC	T	904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.20;ReadPosRankSum=1.454;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr2	109393788	.	TTCCCTTACCCCCC	T	1334	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=1334;QD=349.505887066;SC=TAGAAGTTTCTTCCCTTACCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=109393814;WS=109393756;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	109393789	.	TCCCTTACCCCCC	T	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.03;ReadPosRankSum=1.094;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr2	109393803	.	GT	G	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.51;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr2	109393806	.	TG	T	546	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=546;QD=142.5;SC=CCCCCCAGTTTGTTTTAGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=109393814;WS=109393756;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	109393807	rs199740075	G	GTTTAGT	751.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.59;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr2	109404474	rs35693674	C	CTT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=2.100;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	109408159	rs35794776	G	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr2	109408208	rs6740879	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=0.980;SC=AATGATTATAGAGTTAGTACC;SOR=1.041;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=8;WE=109408216;WS=109408198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr2	109411047	.	G	A	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.240;SC=GAGTGTTGTAGTGATGCAGGT;SOR=0.823;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=73;WE=109411055;WS=109411037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,120:0.65:186
chr2	109411248	rs111234702	GAATAT	G	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=152;ReadPosRankSum=-1.727;SC=TACGAAATTTGAATATAATAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=109411260;WS=109411238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	109421334	rs147074070	TCTC	T	831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=372;ReadPosRankSum=2.110;SC=GTTTTTTTTTTCTCCTCCTAG;SOR=0.580;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=9;WE=109421344;WS=109421323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr2	109429146	rs975597	T	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=104;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GAGTTCAAGCTCGTTTAGATA;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=11;WE=109429154;WS=109429136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr2	109490104	rs6737810	A	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=370;SC=TGATCATTTAAACCAGGGGTT;SOR=2.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=17;WE=109490112;WS=109490094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	109513321	rs7607563	C	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=7;PP=579;SC=CCCTCGTTGGCTCCTTGGCTT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=109513329;WS=109513311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	109513654	rs12623957	G	A	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,60:0.30:198
chr2	109513786	rs3789738	A	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=7.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr2	109522720	rs260639	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=218;ReadPosRankSum=0.472;SC=CCTTCATGTCGGTGGGGTGGG;SOR=1.040;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=17;WE=109522728;WS=109522710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr2	109522747	rs3833574	CT	C	871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.829;NF=10;NR=9;PP=335;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CTCTCCCAGGCTTTTTTTTCA;SOR=0.929;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=19;WE=109522755;WS=109522737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr2	109526969	rs260632	G	A	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=448;SC=CATCCTTCTCGGAGAACATCA;SOR=0.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=24;WE=109526977;WS=109526959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	109527087	rs260631	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr2	109527373	rs260630	A	G	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=14;PP=642;SC=GAGTCCAGGAAGCAGGGCACC;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=109527381;WS=109527363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	109539653	rs260643	A	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.48;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	109539653	.	AT	GC,GT	71	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4,9;NR=1,2;PP=31,71;QD=16.8935749724;SC=TGTGGCAAACATCCCTCCCTT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5,11;WE=109539662;WS=109539643;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.42:12
chr2	109539654	rs2077536	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	109539774	rs3749107	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=410;ReadPosRankSum=1.213;SC=GTAGTGAAAGGGATCCGTGCT;SOR=0.654;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=28;WE=109539782;WS=109539764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr2	109539913	rs748225	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.836;NF=5;NR=11;PP=181;ReadPosRankSum=0.426;SC=GTAGTAGCTACGGGGGAGAGA;SOR=0.724;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=16;WE=109539921;WS=109539903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr2	109546603	rs149582563	C	T	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=821;ReadPosRankSum=-0.695;SC=CCGGCCCACACGGGGGGCACT;SOR=0.635;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=55;WE=109546611;WS=109546593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,84:0.60:139
chr2	109745782	rs200435574	TGGCCGGTCCCCGCCACGCA	T	1220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=14;PP=2928;SC=CGGGCTCGGCTGGCCGGTCCC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=15;WE=109745808;WS=109745772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	109745929	rs1367274	C	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.580;NF=3;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TGCTGGCTGCCGGTGGCGGGC;SOR=0.620;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=7;WE=109745937;WS=109745919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr2	109746039	rs34609468	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=185;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CAAGGCGGCCGCCGCTGCTGC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=12;WE=109746047;WS=109746029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr2	109758196	rs13023759	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-0.799;SC=TTCTAGACCCCGGGGAACAAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=109758204;WS=109758186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	109929958	rs6748434	A	G	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=476;SC=TTGCTGGGTGAGCGCTGTACC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=109929966;WS=109929948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	110053248	rs7369523	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TGGCCTTCATCTCTTAAAGCC;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=12;WE=110053256;WS=110053238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr2	110259305	rs72627485	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr2	110372192	rs6594048	A	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=10;PP=444;SC=GGGGCGCCCTAGGCGGCGAAC;SOR=0.902;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=25;WE=110372200;WS=110372182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	110552183	.	G	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.01;QD=25.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	110552184	rs368194978	GC	G	94	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.01;QD=23.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	110827559	.	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.98;MQRankSum=-2.183;QD=0.85;ReadPosRankSum=-1.856;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,20:0.16:126
chr2	110855123	rs2004273	G	T	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=44;PP=1748;ReadPosRankSum=2.074;SC=AGGGGCTGCTGCAGGGGCCGG;SOR=0.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=100;WE=110855131;WS=110855113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr2	110855222	.	C	T	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.345;NF=30;NR=47;PP=1186;ReadPosRankSum=0.487;SC=TGCATGGTCTCAGGTCTGTGT;SOR=0.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=77;WE=110855230;WS=110855212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,119:0.73:163
chr2	110855270	rs5833366	TG	T	1596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.713;QD=17.74;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,61:0.68:90
chr2	110919041	rs3817140	A	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=290;SC=AGTTATAAAAATATCGCTATT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=110919049;WS=110919031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	110922064	rs71793890	C	CA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr2	111058854	rs190352639	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.61;QD=22.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	111397237	rs112515450	CT	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.910;QD=2.97;ReadPosRankSum=2.018;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr2	111406724	.	TCA	T	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=60;QD=21.6666666667;SC=AATAGGAGAATCACACACACA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=3;WE=111406733;WS=111406714;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr2	111416328	.	G	A	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=1041;ReadPosRankSum=0.500;SC=CCCTAGCAAAGAAATGGAGAC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=71;WE=111416336;WS=111416318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,120:0.72:166
chr2	111526090	.	TGA	T	115	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MMLQ=18;MQ=58.62;NF=0;NR=7;PP=115;QD=17.0;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=7;WE=111526100;WS=111526080;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	111644475	rs10188079	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=406;ReadPosRankSum=0.134;SC=TACGCTTGCTCGTGAAATCAG;SOR=0.306;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=28;WE=111644483;WS=111644465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr2	111644491	rs66815319	TA	T	1114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=584;ReadPosRankSum=0.860;SC=ATCAGCCACTTAACTGTTCTG;SOR=0.305;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=17;WE=111644499;WS=111644481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr2	111721142	rs139200296	ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	A,ATGTGTGTGTGTGTG	2076.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;QD=30.54;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,26,42:0.38,0.62:68
chr2	111753449	rs3761707	G	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.915;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,33:0.28:118
chr2	111851198	rs67248863	A	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=140;ReadPosRankSum=-1.144;SC=TCCCAGCACTATGGGAGGCTG;SOR=0.765;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=15;WE=111851206;WS=111851188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr2	111907691	rs724710	T	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=0.485;SC=TGCGGCGTATTGGAGACGAGT;SOR=1.061;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=15;WE=111907699;WS=111907681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr2	111909247	rs3789068	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=1.517;SC=GTTCTTCAGTATGGAATTTCT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=5;WE=111909255;WS=111909246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr2	112526866	rs137999262	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQRankSum=-3.521;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr2	112536264	rs76115652	G	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=7.270;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.72;MQRankSum=-1.558;QD=26.30;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=3.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr2	112542058	.	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.83;MQRankSum=-0.512;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr2	112552427	rs190739040	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	112582766	rs60136848	CTT	C	1332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.721;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.696;NF=3;NR=16;PP=610;ReadPosRankSum=0.389;SC=CAAAATGAAACTTAATTTTGA;SOR=0.463;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=19;WE=112582775;WS=112582756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr2	112583476	rs12614297	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-1.648;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
chr2	112590989	rs3761697	A	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-1.938;QD=4.84;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	112605465	rs4848800	T	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=476;SC=GTAAATACGATACAAATGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=112605473;WS=112605455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	112615933	rs72936244	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=2.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-6.948;QD=0.20;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,30:0.14:220
chr2	112621498	rs70962959	GA	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=-0.473;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	112625575	rs6742515	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.843;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr2	112630412	rs141064868	A	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.90;MQRankSum=0.077;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr2	112635998	.	CC	TT	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=6;HapScore=4;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.613;NF=2;NR=11;PP=636;ReadPosRankSum=0.927;SC=CAGATTTTTTCCTTTCTCTCT;SOR=1.942;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=13;WE=112636007;WS=112635987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	112641149	rs17835589	G	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=2.578;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,45:0.29:153
chr2	112641256	rs2037198	G	A	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.46;SOR=2.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	112641256	.	GAAAGCTGAGG	AAAAGCTGAGG,AGAAGCTGAGC	1223	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6,4;NR=35,7;PP=1223,344;QD=30.6773466475;SC=AGGCCAGTCTGAAAGCTGAGG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41,11;WE=112641274;WS=112641246;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:41
chr2	112641257	rs7575582	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=13.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=0.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr2	112641266	rs71414610	G	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=11.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr2	112641283	rs12233011	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.246;SC=ATGGGATGCTACGCACAGCTC;SOR=0.148;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=10;WE=112641291;WS=112641273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr2	112656372	rs35898499	A	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=5.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.599;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr2	112705157	rs3761701	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr2	112725684	rs113538397	A	ATGTGTG	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.388;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.676;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr2	112751928	rs7604639	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr2	112752880	rs6739294	G	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=283;ReadPosRankSum=-0.442;SC=AGTGAACCAAGTGCTGTGCTC;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=24;WE=112752888;WS=112752870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,36:0.25:142
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chr2	112770798	rs4500955	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,19:0.22:88
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chr2	112773528	rs111619827	TCTTGTAC	T	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.35;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr2	112779286	rs10667527	A	ATC	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.652;NF=0;NR=11;PP=393;ReadPosRankSum=0.439;SC=GCTTGCTCAGATCTCTTTTAT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=11;WE=112779294;WS=112779276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr2	112779732	rs72825667	G	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=2.025;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr2	112785775	rs4848958	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr2	112813391	rs9308665	C	G	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=537;ReadPosRankSum=1.038;SC=GGCCGTCGTGCGGCTTCGCTT;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=39;WE=112813399;WS=112813381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,65:0.68:96
chr2	112821880	rs60348850	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.674;SC=AAGGAAAATTATGGGTATAAA;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=112821888;WS=112821870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	112832684	rs6542026	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=208;SC=ATTTAAAACCGTATGTTTTCA;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=112832692;WS=112832674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	112865517	rs7562848	G	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	112917102	rs1320360	G	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=0.401;SC=TGTACTTGGGGCTGTCCAGCG;SOR=2.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=112917110;WS=112917092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr2	112933521	rs12711735	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CAGTCCCCCACTCAAAGATGT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=112933529;WS=112933511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	112939548	rs4849050	T	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=308;ReadPosRankSum=0.018;SC=CCGGCACGGGTGGCTTCCTGC;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=30;WE=112939556;WS=112939538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr2	112940578	rs3811643	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr2	112945188	rs4848281	T	A	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=47;PP=1198;SC=GTTCCCGCCCTCTCACCAGTG;SOR=3.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=54;WE=112945196;WS=112945178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	112995810	rs2254860	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr2	113074775	rs5833444	C	CT	196.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=10.843;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,14:0.82:17
chr2	113079576	rs4507112	C	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=77;SC=TCTATTTGAGCAATATTCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=113079584;WS=113079566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	113082250	rs59100751	CT	C	2357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=51;PP=1703;SC=GGTAAGTTTACTTTTTTGAAA;SOR=1.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=54;WE=113082258;WS=113082240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	113089267	rs7601200	T	C	4943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=56;PP=2735;SC=TTCATCAAAATACAGTGTCCA;SOR=0.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=134;WE=113089275;WS=113089257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	113090047	rs4578863	T	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	113239833	rs13424690	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	113240183	rs3811038	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=137;ReadPosRankSum=-1.328;SC=ATACATTTTCTCCTCTGTCGC;SOR=0.728;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=11;WE=113240191;WS=113240173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr2	113243596	.	C	T	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=775;ReadPosRankSum=-2.070;SC=CCGCTGTTTTCCATTTTTTAC;SOR=0.624;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=53;WE=113243604;WS=113243586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,103:0.73:142
chr2	113300330	rs4849071	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=835;SC=TATGACCCCAGATGCATGTGC;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=113300338;WS=113300320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	113304572	rs150600096	T	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=66;ReadPosRankSum=-1.241;SC=AATTTAATAGTGTGAATTGCA;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=8;WE=113304580;WS=113304562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr2	113305150	rs11123139	G	C	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=51;PP=1641;SC=CAGAGGTAATGACGGGCGTCC;SOR=1.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=76;WE=113305158;WS=113305140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	113308516	rs2304555	T	A	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=44;PP=1594;SC=AAAATGGCACTGTTATGTTGA;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=113308524;WS=113308506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	113308622	rs3816140	C	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=31;PP=882;SC=AAGAAATTCACTGGGGGTAGT;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=113308630;WS=113308612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	113309473	rs1545133	C	T	5379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=58;PP=2040;SC=GAGGGTTGTTCGACACAAAAA;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=122;WE=113309486;WS=113309463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	113310197	rs11351307	CT	C	440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=2.208;HP=12;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=239;ReadPosRankSum=-0.855;SC=TTGTTTTAAGCTTTTTTTTTT;SOR=1.519;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=20;WE=113310206;WS=113310187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,29:0.88:33
chr2	113315735	rs57858974	CT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CCTGAGAGTTCTTTTTAAAAG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=113315743;WS=113315725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	113321900	rs41280572	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=265;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GAATGTTGGATGAAGCATTCT;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=16;WE=113321908;WS=113321890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	113326281	rs6746874	C	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=336;SC=AAATGTGTAACCAGTTGCAGT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=113326289;WS=113326271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	113326502	rs13010814	C	T	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=44;PP=1299;SC=GATGATGTTACAGTCACAATC;SOR=1.081;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=113326510;WS=113326492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	113344047	rs752992	T	C	8561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=93;PP=2965;SC=CCCCACCCCATCACCACACAG;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=86;TCR=93;TR=179;WE=113344055;WS=113344037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr2	113344176	rs12988699	T	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.867;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=215;ReadPosRankSum=-0.018;SC=GCCTTCTCCCTGGTCTCCCTT;SOR=1.339;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=17;WE=113344184;WS=113344166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr2	113346413	rs3748024	C	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.942;NF=14;NR=9;PP=399;ReadPosRankSum=-1.185;SC=AGAGGAGGTGCTACTAGATGT;SOR=0.598;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=23;WE=113346421;WS=113346403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr2	113346512	rs1047652	A	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=36;PP=1250;SC=GACTGCCCCCACGCCCCTCCC;SOR=3.187;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=113346520;WS=113346495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	113418939	rs35056357	G	C	355.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=4.301;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=262;ReadPosRankSum=-1.348;SC=TATTTCTTGTGTTTATTCTTA;SOR=2.833;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=11;WE=113418947;WS=113418929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr2	113478978	.	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=457;ReadPosRankSum=-0.618;SC=CTTCACCACGGACACAGTGAC;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=30;WE=113478986;WS=113478968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr2	113479614	rs13386452	G	A	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=36;PP=1341;ReadPosRankSum=1.350;SC=CTGCTGGAGCGCCTGGTGTGC;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=87;WE=113479622;WS=113479604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,148:0.69:215
chr2	113479745	rs34781106	AC	A	4169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=63;PP=1766;SC=GTGCCCCCCGACCCCCCGTCT;SOR=1.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=13;TCR=69;TR=75;WE=113479760;WS=113479734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	113480556	rs34912983	GC	G	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=395;ReadPosRankSum=0.996;SC=CCCAGTGAAGGCCCCAGTGTG;SOR=1.115;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=14;WE=113480564;WS=113480546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr2	113480938	.	G	GCACA,GCACACA	728.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.139;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.35;ReadPosRankSum=1.930;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,7:0.53,0.37:19
chr2	113481439	rs13384583	T	A	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,75:0.71:105
chr2	113481547	rs2063919	A	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=38;PP=1386;SC=AGGCCTCAGAAGAATGAGCAA;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=113481555;WS=113481537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	113482779	rs4849116	A	C	8558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=87;PP=2965;SC=GTGGGCACCTACACAGGGCCC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=72;TCR=88;TR=159;WE=113482787;WS=113482769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr2	113483210	.	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	113484319	rs2138604	G	A	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=35;PP=1131;SC=GATCCAGGTGGGAGCTGGGTG;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=113484327;WS=113484309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	113484353	rs2138605	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=30;PP=840;SC=CAGGCCCAGCAGGGGCGGAGC;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=113484361;WS=113484343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	113484441	rs2138606	T	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CTCCTCAGCCTCGCCTGGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=113484449;WS=113484431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	113498566	rs3811040	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=262;ReadPosRankSum=0.139;SC=TTCAGCAACTAAAGAGTCAGA;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=21;WE=113498574;WS=113498556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr2	113513825	rs6731822	T	C	5307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=72;PP=2244;SC=CTCTGGCTTATGGCTTTTGAC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=143;WE=113513833;WS=113513815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	113514883	rs11311327	AT	A	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=254;ReadPosRankSum=-0.629;SC=GCTAAAAAAAATAATCATTTT;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=113514891;WS=113514873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	113532885	rs3783550	G	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=13;PP=396;SC=GAACAAGATGGTAGAAAAAGG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=113532893;WS=113532875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	113535395	rs2071376	G	T	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=318;SC=TTCTCATAGAGCCTGCCTAGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=113535403;WS=113535385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	113535438	rs2071375	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr2	113537223	rs17561	C	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr2	113540177	rs1894399	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=0.991;SC=GGTCTCTGGACCTCTAGTGAG;SOR=0.948;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=13;WE=113540185;WS=113540167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr2	113540205	rs1609682	G	T	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	113588302	rs1143643	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=-1.620;SC=CCCAACTTTCCGTGTGATTAT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=7;WE=113588310;WS=113588292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	113590374	rs201772036	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.231;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,17:0.21:80
chr2	113590467	rs1143633	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=270;ReadPosRankSum=-0.023;SC=TGAGGCGAGGCGGCAAAATTT;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=16;WE=113590475;WS=113590457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr2	113670551	.	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=259;ReadPosRankSum=0.891;SC=TCTTGGACTTCATTCCATTTT;SOR=0.409;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=19;WE=113670559;WS=113670541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr2	113671303	rs3811045	T	C	6115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=59;PP=2897;SC=TTAAATGGTCTTTGATACCCC;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=149;WE=113671311;WS=113671293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	113671378	rs3811046	G	T	6500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=78;NR=81;PP=2782;SC=GACCCGGCTGGAAGCCCCCTG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=79;TCR=82;TR=159;WE=113671386;WS=113671368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	113671410	rs3811047	A	G	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	113671518	rs3811048	G	A	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=37;PP=1083;SC=TTACAGGGTGGGAGAATTGTA;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=113671526;WS=113671508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	113672704	.	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=221;ReadPosRankSum=0.487;SC=TGGGGTCAAGGATCATGAGCG;SOR=1.116;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=17;WE=113672712;WS=113672694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr2	113675319	.	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=0.457;SC=CTGTGACAAGGATAAAGGACA;SOR=0.769;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=9;WE=113675327;WS=113675309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr2	113675341	.	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=-0.034;SC=AGTCATCCATCCCTTCAGCTG;SOR=1.071;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=18;WE=113675349;WS=113675331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr2	113763575	rs895497	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=-1.926;SC=ACACCTCAGCAGGGGAGCATT;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=29;WE=113763583;WS=113763565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,41:0.30:136
chr2	113783570	rs13030063	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=1.134;SC=CTTAGACCTGCCATGGGTGAT;SOR=0.551;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=113783578;WS=113783560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	113785020	rs12711747	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=0.334;SC=TTAGGATTAGAAAGACATGCA;SOR=0.321;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=113785028;WS=113785010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr2	113785202	rs11673918	G	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,63:0.31:203
chr2	113785727	rs1562304	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	113786833	rs3948121	C	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=240;SC=CCCCAGTTGTCACCAGGACAT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=113786841;WS=113786823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	113788537	.	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=13.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.586;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr2	113789316	rs2305150	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	113816940	rs2278716	C	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.99;ReadPosRankSum=2.174;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr2	113816940	.	CCA	GCC	281	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.24;NF=10;NR=2;PP=281;QD=27.8723229052;SC=CAGACCCCAGCCAACTCAGCC;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=12;WE=113816950;WS=113816930;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr2	113816942	rs2278717	A	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.60;ReadPosRankSum=2.792;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
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chr2	113830563	rs12469822	G	A	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=177;SC=CAAAAAGTCTGTAAGTGGAGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=113830571;WS=113830553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr2	113832333	rs6743376	C	A	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=23;PP=752;SC=AGAGGCTTGGCCCGCACCAAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=113832341;WS=113832323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr2	113875631	rs16065	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr2	113875753	rs4251969	C	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.64;ReadPosRankSum=1.586;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr2	113875773	rs4251970	A	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGAGGCATCCATGGGAGACCA;SOR=0.646;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=113875781;WS=113875763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
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chr2	113877538	rs4251986	G	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=-0.345;SC=AAAGGATAGAGATGGAACCAT;SOR=1.727;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=7;WE=113877546;WS=113877528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	113877713	rs878972	A	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=1.741;SC=AGGGTAAATTATTTTTAGGAT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=113877721;WS=113877703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	113887207	rs419598	T	C	3223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1070;ReadPosRankSum=0.108;SC=AACTAGTTGCTGGATACTTGC;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=71;TCR=71;TR=90;WE=113887215;WS=113887197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,160:0.60:267
chr2	113887262	rs423904	C	T	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=1;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=2028;ReadPosRankSum=-0.609;SC=GCCAGGAAAGCCAATGTATGT;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=69;WE=113887281;WS=113887252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,99:0.60:164
chr2	113887273	rs446433	G	A	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=2028;ReadPosRankSum=0.746;SC=CAATGTATGTGGGCATCACGT;SOR=0.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=62;WE=113887281;WS=113887252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,86:0.57:151
chr2	113887294	rs495282	G	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=820;ReadPosRankSum=2.082;SC=CACTTTGCCCGTCTGTCTGCA;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=49;WE=113887302;WS=113887284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,56:0.55:101
chr2	113887338	rs495410	A	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=557;ReadPosRankSum=0.061;SC=CCCTAGGTGCAATGTCCTAAT;SOR=0.404;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=28;WE=113887346;WS=113887328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
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chr2	113888579	rs432014	T	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=450;ReadPosRankSum=-0.022;SC=TTATTGCTGCTTCCTCTTCTA;SOR=0.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=25;WE=113888587;WS=113888569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr2	113888793	rs454078	A	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=581;ReadPosRankSum=0.629;SC=AAACAACCAAAATTTTTTCTT;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=41;WE=113888801;WS=113888783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr2	113888900	rs380092	T	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=297;ReadPosRankSum=0.456;SC=GCAGAGTGCCTGGCTTGCGCT;SOR=1.501;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=16;WE=113888908;WS=113888890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr2	113890284	rs45507693	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=435;ReadPosRankSum=0.604;SC=CAAGCGCTTCGCCTTCATCCG;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=43;WE=113890292;WS=113890274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,63:0.26:246
chr2	113890304	rs315952	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=433;ReadPosRankSum=-0.299;SC=GCTCAGACAGTGGCCCCACCA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=43;WE=113890312;WS=113890294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,67:0.26:257
chr2	113940681	rs3748914	T	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=456;ReadPosRankSum=0.366;SC=AAGACAGCAGTGAGCCTGAGG;SOR=0.751;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=35;WE=113940689;WS=113940671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr2	113940839	rs4849167	G	C	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,84:0.35:239
chr2	113942868	.	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=360;ReadPosRankSum=0.660;SC=TCCCCTTCTCCCTGCCTGGCC;SOR=1.255;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=22;WE=113942876;WS=113942858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr2	113942903	rs1975535	A	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr2	113943470	rs2241976	A	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,46:0.22:206
chr2	113950095	.	G	A	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=561;ReadPosRankSum=0.814;SC=AGGTAGCCTGGAACTTGGCCT;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=44;WE=113950103;WS=113950085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,74:0.36:208
chr2	113950506	rs45500294	T	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=-0.799;SC=CCAGCGTGCCTGCACCCTTCC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=113950514;WS=113950498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	113953401	rs923693	A	G	7154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=75;NR=80;PP=2965;SC=CTGTCTTTGGACTGTCCTCCC;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=155;WE=113953409;WS=113953391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	113977862	rs4849175	T	G	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=134;SC=CAGGAATGGTTGGGGAGACAG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=113977870;WS=113977852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	113994461	rs3738913	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=23;PP=576;SC=GGCACGTTTCGTTCATGCTCA;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=113994469;WS=113994451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	113999318	.	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=190;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TACCCCCCGGGAAGGAAGAAA;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=14;WE=113999326;WS=113999308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr2	113999534	rs4849186	G	C	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=23;PP=1196;SC=ATCAAAGCCTGAGCAAACTGC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=113999542;WS=113999524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	113999736	rs13015478	G	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	114000458	rs902691	C	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=331;SC=TGGGTATCTCCAAGGCACTTG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=114000466;WS=114000448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	114004322	.	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.760;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=-0.400;SC=CGGTGAATTTCGTGCTTACCT;SOR=0.169;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=11;WE=114004330;WS=114004312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr2	114035923	rs1867763	A	G	6538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=68;PP=2502;SC=GGGCTCGGGGATCCTGACCAC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=148;WE=114035931;WS=114035913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr2	114220055	rs1210133	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=1.131;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr2	114386338	rs149500718	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQRankSum=0.161;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	114387907	rs1964835	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.408;NF=11;NR=29;PP=532;ReadPosRankSum=-1.626;SC=GACTCAAGAACTACTGCCAAT;SOR=0.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=27;TCR=73;TR=40;WE=114387915;WS=114387897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,54:0.43:127
chr2	114387950	rs1040646	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.334;NF=0;NR=15;PP=272;ReadPosRankSum=0.059;SC=ATCTAAACTCGGTTGGGCTAA;SOR=1.552;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=15;WE=114387958;WS=114387940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr2	114391721	rs793079	T	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQRankSum=-0.423;QD=5.81;ReadPosRankSum=-2.427;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,55:0.35:157
chr2	114392716	rs146907164	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.025;NF=8;NR=17;PP=282;ReadPosRankSum=0.482;SC=TGGTACGAGACGGTGGGGAGG;SOR=0.812;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=25;WE=114392724;WS=114392706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr2	114425263	rs187515355	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQRankSum=-0.748;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	114425425	rs145764632	C	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.91;MQRankSum=-3.859;QD=15.85;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr2	114425585	rs61339327	C	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQRankSum=-1.809;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.733;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr2	114426115	rs80314553	T	C	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.936;NF=30;NR=20;PP=561;ReadPosRankSum=-3.111;SC=TGGCTGAACGTGCTCATTGTA;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=50;WE=114426123;WS=114426105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,78:0.54:145
chr2	114476582	.	C	A	103	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.67;NF=4;NR=2;PP=103;QD=22.9618687579;SC=AGATCTAAACCAATTATTTTA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=114476590;WS=114476572;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	114480812	rs3835109	A	AAAC	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=238;SC=TTAAAAAATTAAACCAAAGAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=114480820;WS=114480802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	114486907	rs4849269	T	C	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=44;SC=CTATTCCCTCTGAAAAACAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=114486915;WS=114486897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	114492135	rs2305254	C	T	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=10;PP=305;SC=TTAAGCAGAGCAAACTAGCTA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=114492143;WS=114492125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	114493524	rs10199704	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=302;SC=TTGTTCTCCTCCTAAATACCG;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=114493532;WS=114493514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	114500473	rs3748905	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=-0.324;SC=AGGAAGAGCATAATATGAAAT;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=21;WE=114500481;WS=114500463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr2	114501242	rs3748907	T	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.612;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr2	114513386	rs7578249	C	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=17;PP=763;SC=AGTTAACTACCAGAAAATAGC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=114513394;WS=114513376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	114513787	rs4538208	C	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=11;PP=670;SC=CGCAGGGCTCCGGCGCCCCTG;SOR=1.436;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=37;WE=114513795;WS=114513777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	114514098	rs7592689	A	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=194;SC=GCTCCTGAAGACGCGGTGCCC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=114514106;WS=114514088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	115919677	rs7557011	CT	GC	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=181;SC=CCGCCTCCCGCTTCCCAGGCT;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=115919686;WS=115919667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	116066714	.	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=188;SC=ATTCTAATCAGCTTTCAAACT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=116066722;WS=116066704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	116066984	rs975453	G	A	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=333;SC=TGATAATTTCGCATTCAAATG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=116066992;WS=116066974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	116099725	rs843403	A	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=588;SC=CAAACTCATTAAGCACTCTCT;SOR=1.007;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=33;WE=116099733;WS=116099715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	116283668	rs984066	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=-0.716;SC=AACTACCGGAGGACAGTAATG;SOR=0.507;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=15;WE=116283676;WS=116283658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr2	116497479	rs1550854	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=32;PP=870;SC=GGTAAGTAACATGGAAGTACT;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=116497487;WS=116497469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	116497528	rs1550853	A	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=432;SC=GTGACTTGACAGATGGTATTC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=116497536;WS=116497518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	116510817	rs2053724	G	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr2	116525960	rs1446495	G	A	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=25;PP=1002;SC=ATTTCACCACGTAGCTATGTT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=116525968;WS=116525950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	116534922	rs1374271	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.800;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,17:0.19:89
chr2	116539846	rs36082071	GA	G	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr2	116548526	rs6735355	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	116548820	rs3738879	C	T	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=20;PP=620;SC=GTTTTACCTGCAAATGACTCT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=116548828;WS=116548810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	116593675	rs10549769	ATG	A	1063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.23;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	116593690	.	TGTGA	T	267	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=21;MQ=60.28;NF=9;NR=13;PP=267;QD=12.5;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGATATA;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=22;WE=116593705;WS=116593665;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr2	116593695	rs34212292	GAT	G	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.623;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.493;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr2	116593697	.	T	G	239	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=21;MQ=60.17;NF=7;NR=4;PP=239;QD=24.8882920497;SC=GTGTGTGAGATATATATATAT;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=11;WE=116593705;WS=116593665;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr2	116594221	rs736335	G	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	116598546	rs272011	G	A	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=3;PP=49;SC=CTCTGTTCCTGATTACACCGA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=116598554;WS=116598536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	116599659	rs272010	A	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=368;SC=AACTTAGAGTAGAATTAGGTT;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=116599667;WS=116599649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	116599927	rs272009	T	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=433;SC=AATAATGGACTGTATTTATAC;SOR=1.203;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=116599935;WS=116599917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	118572471	rs3755492	A	C	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=30;PP=954;SC=GGCTCAGAAGACCCACGCGCG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=118572479;WS=118572461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	118583940	rs2303348	C	T	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	118688754	rs971754	T	C	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=45;PP=1069;SC=GAAATGGTGATGAAAAGACAT;SOR=1.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=118688762;WS=118688744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	118698751	.	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=532;ReadPosRankSum=-1.645;SC=CTTGTCTGTGGTCAATGCACC;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=39;WE=118698759;WS=118698741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr2	118704478	rs7580124	T	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=42;PP=1170;SC=TGACATGAACTTTTACAAAAT;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=60;WE=118704511;WS=118704468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	118704492	rs112051653	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=279;ReadPosRankSum=1.900;SC=ACAAAATTCAGACAAGGAGTA;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=22;WE=118704511;WS=118704468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr2	118704503	rs2303329	A	G	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=33;PP=856;SC=ACAAGGAGTAATTAGACGCAA;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=118704511;WS=118704468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	118705570	rs10186396	A	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=24;PP=1278;SC=GCGCCTGGCCAAATCTGCTTT;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=118705578;WS=118705560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	118705758	rs115155883	G	A	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=864;ReadPosRankSum=0.177;SC=AGGTTCTGTAGGATACTGAAG;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=55;WE=118705766;WS=118705748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,88:0.65:135
chr2	118706879	rs1035598	A	G	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=39;PP=1440;SC=AAAAATAAGCACATGCTGAAA;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=82;WE=118706887;WS=118706869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	118731573	rs748767	G	A	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=43;PP=1434;SC=AGACGGCTCTGCAAGTATATG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=85;WE=118731581;WS=118731563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	118732975	rs6722547	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=384;SC=AGCAGCAGCATCCTGAGAGAG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=118732983;WS=118732965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	118735395	rs889899	G	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=195;SC=TTGCTCCCCAGTCTGTAGAGG;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=118735403;WS=118735385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	118743736	.	C	CTTTTT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	118753148	rs10633675	A	ATC	2408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=1320;SC=CCACTCAGATATGTCTTATAA;SOR=1.412;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=27;WE=118753156;WS=118753138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	118764242	rs34609704	C	CA	1471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=12;PP=1046;SC=ACACAGTAGACACTCAAAAGT;SOR=1.075;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=118764250;WS=118764232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	118766024	rs10864966	A	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=2;PP=1071;SC=CAGACATGGAAGAAGTTAAAA;SOR=3.486;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=118766032;WS=118766014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	118771663	rs12477588	A	G	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=35;PP=1330;SC=GGGGTGGAGTACAAAGCGGAA;SOR=0.758;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=64;WE=118771671;WS=118771653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	118854094	rs58018715	A	AT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr2	119591683	rs7588093	C	A	471.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5257;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=157;ReadPosRankSum=1.389;SC=CCAGAGCATACCTGGTTCCCT;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=14;WE=119591691;WS=119591673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr2	119700096	rs2077344	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=0.035;SC=TTGCACGTAATCATCACTAAT;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=119700104;WS=119700086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	119731903	.	C	T	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=-1.992;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr2	119734894	rs66466905	AAG	A	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.399;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr2	119735229	.	C	T	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=26;MQ=59.57;NF=2;NR=2;PP=23;QD=14.4428031368;SC=GTCCTCTTCTCTTGAGTCCTG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=4;WE=119735237;WS=119735219;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr2	119739173	.	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-1.733;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
chr2	119739269	rs56216274	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.387;NF=14;NR=23;PP=537;ReadPosRankSum=-0.129;SC=ATCCCAGCTACGACTGTCCCT;SOR=0.861;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=37;WE=119739277;WS=119739259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,52:0.67:78
chr2	119748135	rs3835093	TC	T	858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=321;ReadPosRankSum=-2.348;SC=TATTATCTCCTCCCCCCCCCC;SOR=0.622;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=26;WE=119748144;WS=119748125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr2	119749263	.	G	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=1.198;SC=GGCAGTTAAGGATAACTCATT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=119749271;WS=119749258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	119749477	rs2304708	T	G	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=39;PP=1341;SC=CTGATTCCTTTGTTCTTAGGA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=119749485;WS=119749467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	119749611	rs4848530	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr2	119751886	.	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=-1.338;SC=TGGAAGCTCCCAGGCGCACAC;SOR=0.915;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=16;WE=119751894;WS=119751876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr2	119915132	rs11308896	CG	C	543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=487;SC=CGAGGGTTTACGGGGGCCGGT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=13;WE=119915140;WS=119915122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	119915249	rs7556873	T	C	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=27;PP=1171;SC=AGATGCCGCGTACCTGGCAGC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=119915257;WS=119915239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	119915594	rs370204561	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=296;ReadPosRankSum=1.310;SC=CTGGCTTGCCCGGTCGCCCCG;SOR=0.754;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=20;WE=119915602;WS=119915584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr2	119988565	rs838100	G	A	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=56;PP=1678;SC=TGACCTGAGAGCCTCAGACCC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=98;WE=119988573;WS=119988555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	119988641	.	GG	AA	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GATCCAAGGGGGCATGGGTCG;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=47;WE=119988650;WS=119988631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,78:0.73:107
chr2	120003642	rs838083	C	T	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=418;SC=CCAGCATGCTCTTTTTGATAT;SOR=2.494;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=20;WE=120003650;WS=120003632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	120005840	rs67985074	TC	T,TCC	2056.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.747;HP=11;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.306;NF=9,9;NR=38,38;PP=262,718;ReadPosRankSum=-2.621;SC=GTCCAGCACCTCCCCCCCCCA;SOR=1.356;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=47,47;WE=120005848;WS=120005830;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.58,0.35:93
chr2	120014985	rs838072	A	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=2;PP=1060;SC=GGCTCTGGCAATCTATTTTTG;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=120014993;WS=120014984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	120059895	rs16744	G	GGAAA	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=1.981;SC=AAAGAGAGAAGGAAAGACCTG;SOR=0.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=120059903;WS=120059885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	120059921	rs8600	C	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.730;NF=8;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=0.085;SC=AAAGAAATAACCAGATTTTAG;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=11;WE=120059929;WS=120059911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	120059988	rs1890	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.601;NF=16;NR=6;PP=377;ReadPosRankSum=-0.839;SC=ATTTCAAAAATTCAGCAGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=22;WE=120059996;WS=120059978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr2	120060082	rs1052500	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr2	120078689	rs6719102	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=1.960;SC=TAATGCAAAATTGTATTTATA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=120078697;WS=120078679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	120078778	rs1132267	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=4.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=3.036;SC=CTTAAAGGGATATCTACAAGA;SOR=1.370;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=120078786;WS=120078768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	120125029	rs2084202	A	G	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=23;PP=1514;SC=TCCGTGGCCGAGAGCTTGGAG;SOR=1.364;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=74;WE=120125037;WS=120125019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	120125315	rs8192501	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-1.087;SC=CCTTTCAGCTGTTTCCAGCAT;SOR=1.230;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=9;WE=120125323;WS=120125305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	120125936	rs2244135	T	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=10;PP=302;SC=GCTCAGCAGCTCAGACTGGAA;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=120125944;WS=120125926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	120125973	rs3091407	G	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=0.639;SC=CTCTCAAACTGCCTGAGGCCC;SOR=0.190;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=120125981;WS=120125963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	120187344	rs11123523	A	G	209.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=0.862;SC=CCTCCTTATTATTCTTAAGTC;SOR=0.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=10;WE=120187352;WS=120187334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr2	120189404	rs4340531	A	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	120189433	rs4599130	G	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=67;SC=CGGCCACAGCGGAGCAGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=120189441;WS=120189423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	120194651	rs3217464	A	AGTGTGC	8265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=48;PP=2957;SC=CACCAACCAGACGATCTGCTT;SOR=0.818;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=77;WE=120194659;WS=120194641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	120197670	rs1042656	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=344;ReadPosRankSum=1.518;SC=GTCTCTGTCCGTGGGTGACCC;SOR=0.983;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=25;WE=120197678;WS=120197660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr2	120199140	rs1126839	A	G	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=90;PP=2621;SC=TCACCTCCCCATTGAGGAAGC;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=62;TCR=90;TR=152;WE=120199148;WS=120199130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr2	120204219	.	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=0.566;SC=ACCCCTTCTTCCCCTGGGTCT;SOR=1.048;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=120204227;WS=120204209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr2	120209689	rs2587692	A	G	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=41;PP=1196;SC=GGTTATGAGCAGGAGCTGTGG;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=120209697;WS=120209679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	120221585	rs2253870	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=306;ReadPosRankSum=-0.409;SC=TTGGTATTAAGTGCAGCCTCA;SOR=2.964;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=120221593;WS=120221575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	120221861	rs57757577	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=163;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GGACATAGAGGCCAGAGCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=14;WE=120221869;WS=120221851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr2	120221984	rs2579647	A	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=272;SC=TGAATGAGGAACTGGGTCTCC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=120221992;WS=120221974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	120230998	rs2579641	G	A	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=10;PP=333;SC=TCCTGTCCCCGGGTTCGTGGG;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=120231006;WS=120230988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	120231165	rs2587701	T	C	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	120231303	rs2587702	T	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=178;SC=AGGGGGAAAGTGATTTGAACC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=120231311;WS=120231293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	120236332	rs41279776	A	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=0.066;SC=CTGAGGCCCCACCCAGAGGGA;SOR=0.207;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=10;WE=120236340;WS=120236322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr2	120303820	rs2579624	A	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=0.203;SC=AAAAGAAAAGAAGTACCTAAT;SOR=0.873;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=12;WE=120303828;WS=120303810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr2	120306707	.	T	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=2.188;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr2	120317621	.	CT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=12.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.381;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.970;SOR=1.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	120362407	rs1568540	C	T	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=33;PP=1105;SC=GAAAGGGTGACAGAGGGGCAG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=120362415;WS=120362397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	120362897	rs1521914	T	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=35;PP=956;SC=GTATCAAGTGTCAGTACAGTT;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=120362905;WS=120362887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	120366057	rs11398750	G	GT	604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.453;QD=16.34;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chr2	120369300	rs10864986	T	C	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=39;PP=1136;SC=ATAAACGGGTTGTTCGCAATC;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=69;WE=120369308;WS=120369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	120383138	rs77292092	CATT	C	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=421;ReadPosRankSum=0.209;SC=AATTTGAAATCATTATCCACT;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=10;WE=120383148;WS=120383128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr2	120385094	rs200629080	GATATATAT	G,GAT	516.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=9,9;NR=1,1;PP=150,300;SC=AGTAAAAGTGGATATATATAT;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10,10;WE=120385109;WS=120385084;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.71:14
chr2	120385120	.	T	C	136	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=8;NR=0;PP=136;QD=21.3464015684;SC=TATATATATATACACACCCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=8;WE=120385128;WS=120385110;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,8:0.36:22
chr2	120387637	rs12711931	G	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=293;SC=TGGTAGATTAGACTGTGTGGC;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=120387645;WS=120387627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	120388412	rs2272058	G	A	4378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	120404629	rs11349518	AT	A	1495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.9959;FS=1.589;HP=15;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.472;NF=4;NR=37;PP=472;ReadPosRankSum=0.239;SC=GTAGAACGGTATTTTTTTTTT;SOR=0.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=41;WE=120404638;WS=120404619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,92:0.93:99
chr2	120409430	rs1521912	A	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=235;SC=ACAAAAGTAGATGGAACTAAA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=120409438;WS=120409420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	120414083	rs6761357	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=397;SC=ATTTGCTTTCCGTGGGCCACT;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=120414091;WS=120414073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	120438523	rs13011768	A	G	6960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=75;PP=2965;SC=TGGAGTTCCAATCTCGTACCA;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=179;WE=120438531;WS=120438513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	120438696	rs939777	A	G	9728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=124;PP=2965;SC=TCACCTTCCAACCTGTGAGTG;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=112;TCR=124;TR=235;WE=120438704;WS=120438686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr2	120439230	rs1983406	C	G	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=57;PP=2267;SC=TGGGCAAAGACGGGGAGAAGC;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=120439238;WS=120439220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	120443443	rs939778	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=486;SC=GTTAGAAGTAACTTTTTCAGG;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=120443451;WS=120443433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	120620092	.	A	AT	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.913;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,20:0.25:80
chr2	120643280	.	G	GT	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5032;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=31;QD=28.0;SC=AGACTGCTCAGTTTTTTCAGA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=120643288;WS=120643270;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr2	120677967	.	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.084;SC=ATATCAGTATCATTAAAAAGT;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=120677975;WS=120677957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	120689905	rs2292361	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=245;ReadPosRankSum=0.058;SC=TTGCTCATCTAGAACATAATC;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=12;WE=120689913;WS=120689895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	120704164	rs3214717	A	AT	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.293;NF=1;NR=6;PP=387;ReadPosRankSum=1.718;SC=AGTTATCTAAATGTTTCAAAT;SOR=1.153;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=120704174;WS=120704154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr2	120704166	rs2289580	G	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=4;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=416;ReadPosRankSum=2.363;SC=TTATCTAAATGTTTCAAATAA;SOR=0.998;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=10;WE=120704174;WS=120704154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr2	120714401	.	CT	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.260;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr2	120718322	rs12618050	A	G	159.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=0.112;SC=TGATTTTCCTATTCCTGATTA;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=120718330;WS=120718312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr2	120718672	rs6737776	T	G	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=100;SC=AATCATCATGTTTAAGTGCAT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=120718680;WS=120718662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	120725704	rs10194955	A	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=320;SC=ACTACTGCCCACTAGTCAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=120725712;WS=120725694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	120734737	rs3832049	C	CA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-1.294;SC=TGGCATTTTACAAAAAAAAAA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=120734745;WS=120734727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
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chr2	120889173	rs3738968	G	C	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.300;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,53:0.70:76
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chr2	120900736	rs75582263	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,38:0.28:134
chr2	120918585	rs12617570	A	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=439;ReadPosRankSum=-0.484;SC=ATTTTTGCCAAAGACAGTTTT;SOR=0.699;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=28;WE=120918593;WS=120918565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr2	120980428	rs11550347	G	C	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1576;ReadPosRankSum=2.374;SC=GGCAAAGACGGCCCAGTAGCT;SOR=0.743;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=96;WE=120980436;WS=120980418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,126:0.64:198
chr2	120997869	rs6746072	A	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr2	121036385	rs12711939	TT	GA	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.223;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.11;ReadPosRankSum=1.217;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr2	121038290	rs113531689	GA	G	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	121043403	rs4091515	G	A	295.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=219;ReadPosRankSum=-0.635;SC=GGCAGATTTTGTTCCCCTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=12;WE=121043411;WS=121043393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr2	121106850	rs4328642	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=436;ReadPosRankSum=-0.300;SC=AGCAGGGCCACGGTGACAGGT;SOR=0.865;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=40;WE=121106858;WS=121106840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr2	121708663	rs10864866	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=378;ReadPosRankSum=0.908;SC=TGTAATTCACAGATGACCAGG;SOR=1.732;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=24;WE=121708671;WS=121708660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr2	121712729	rs10175446	C	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=0.354;QD=17.86;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
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chr2	121713022	.	CAGGGGCTG	GAGGGGCTA,GAGGGGCTG	1229	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8,10;NR=30,47;PP=1229,365;QD=33.7491546016;SC=TGCTGGCCCCCAGGGGCTGAG;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=38,57;WE=121713049;WS=121713012;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:57
chr2	121713030	rs12614482	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr2	121713041	rs12617878	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=1418;ReadPosRankSum=0.106;SC=AGGATGGGGCTAGCAGATCTC;SOR=1.714;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=31;WE=121713049;WS=121713012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr2	121726151	rs13396540	A	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=-2.304;SC=CCTTCGCCCAAGAGCCCACAG;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=10;WE=121726159;WS=121726146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr2	121726447	rs2592595	G	A	7630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=110;PP=2965;SC=GAAGCAGCTCGGCGGCCAGCG;SOR=1.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=72;TCR=110;TR=181;WE=121726455;WS=121726437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr2	121729323	rs2677507	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	121729360	rs2592592	T	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=5;PP=280;SC=CATGTGCCCCTGGCAGGACTG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=121729368;WS=121729350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	121729490	rs2592591	C	T	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	121729686	rs2592590	T	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=24;PP=668;SC=AGGACCAGGCTTGTGGGCTGC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=121729694;WS=121729676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	121730098	rs13385738	G	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=0.221;SC=ATAGGACTGAGCTCCAGGCCC;SOR=1.002;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=121730106;WS=121730088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	121730138	rs3106962	C	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	121730391	rs76519094	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr2	121732710	rs116523674	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CCCAGCAGCCCGCCAACCGGG;SOR=1.119;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=11;WE=121732718;WS=121732700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr2	121740190	rs1968619	C	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	121740194	rs1530580	T	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.05;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	121740505	rs280196	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=321;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GCCCCACTGACGCCCCATGGC;SOR=0.316;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=28;WE=121740513;WS=121740495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr2	121744225	rs2276553	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr2	121746956	rs3738880	G	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=357;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CACCGTAGACGCCCTGGCCAG;SOR=0.785;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=31;WE=121746964;WS=121746946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,54:0.27:198
chr2	121747406	rs12711538	G	A	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=766;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TGGGGTCCCCGATTCAGCCCT;SOR=0.616;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=179;TCF=73;TCR=106;TR=60;WE=121747414;WS=121747396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,81:0.34:236
chr2	121747429	rs10167980	A	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=748;ReadPosRankSum=-1.801;SC=CTGGAGTGCCACCACCTCACC;SOR=0.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=71;TCR=96;TR=58;WE=121747437;WS=121747419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,80:0.37:215
chr2	121981950	rs11890430	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.492;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr2	121982011	rs4384798	T	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=0.318;SC=AAAGGTGCAGTGCCACAGTAT;SOR=1.007;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=6;WE=121982019;WS=121982001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr2	121989489	rs2304667	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,23:0.25:92
chr2	121989683	.	TTTTTGTTTTG	T	785	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=785;QD=397.0;SC=ACTGCCACTCTTTTTGTTTTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=2;WE=121989700;WS=121989673;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,2:0.14:14
chr2	122004596	rs2252862	C	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=402;ReadPosRankSum=-0.131;SC=AAGCAGGGTGCCCCTGGATCC;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=23;WE=122004604;WS=122004586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr2	122005928	rs1530124	C	T	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,126:0.66:190
chr2	122007378	rs2119021	A	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr2	122160998	.	G	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=531;ReadPosRankSum=0.622;SC=AGGAAGCAAGGATAGGAAAAG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=33;WE=122161006;WS=122160988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,78:0.70:111
chr2	122168289	rs74502446	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=-0.868;SC=GGGGCAAACAATAACAATATA;SOR=0.793;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=9;WE=122168297;WS=122168279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr2	122184950	rs72967386	C	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=2.264;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,55:0.24:226
chr2	122220032	rs114715944	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=1.180;SC=CAACATTACATAGGCAGAATT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=3;WE=122220040;WS=122220022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	122273187	rs6711830	C	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.610;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr2	122283313	rs12052948	G	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=-0.333;SC=ATAATCATCAGTGTTCTGTGA;SOR=0.769;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=8;WE=122283321;WS=122283303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr2	122340341	rs140976857	TTTTC	T	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.748;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	122484976	rs1056014	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr2	122485106	.	A	C	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=3;NR=3;PP=37;QD=11.9618687579;SC=CCACTGCAAGATGGTATGCAC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=6;WE=122485114;WS=122485096;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	122489374	rs12616209	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=-1.667;SC=TCAATGTCAACTATACTTCCT;SOR=0.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=26;WE=122489382;WS=122489364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,49:0.34:143
chr2	122494661	rs28372755	C	CG	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	124979500	.	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=126;ReadPosRankSum=0.314;SC=CCGTCTTCAGGAAAATATTTA;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=124979508;WS=124979490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	125192068	rs1425745	T	C	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=352;SC=CAGAATCAGATGTTGCTGACT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=125192076;WS=125192058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	125232609	rs4411700	G	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=592;SC=GAGAGAAAGAGAATGGCAGAT;SOR=4.091;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=125232617;WS=125232599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	125405302	rs924802	C	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=430;ReadPosRankSum=2.250;SC=TTGCTTCTAACGTCTCTTGCT;SOR=0.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=31;WE=125405310;WS=125405292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,51:0.72:71
chr2	125530353	.	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.523;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr2	125669260	rs2602655	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=0.541;SC=TTTCATGAGTAGTCCTGTGTG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=125669268;WS=125669250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	127447763	rs6709803	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=271;ReadPosRankSum=0.704;SC=GATGCAGCTTGGGCCAAGGTG;SOR=0.306;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=21;WE=127447771;WS=127447753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr2	127453664	rs1050967	A	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=417;ReadPosRankSum=-1.562;SC=CCCTGCAGGGAGACCCTGCCC;SOR=0.789;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=42;WE=127453672;WS=127453654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,47:0.32:145
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chr2	127657442	.	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=-1.750;SC=GAGTATGCATGGGGACTGGGC;SOR=0.598;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=31;WE=127657450;WS=127657432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,45:0.31:145
chr2	127807941	rs7568161	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=8;PP=753;SC=CGGTGCCAGCCGCAGCCAGGA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=127807949;WS=127807931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr2	127816743	rs6720741	G	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=19;PP=536;SC=TGTGGGGGAGGACAAGAAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=127816751;WS=127816733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	127816846	.	CTGTGTG	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr2	127818406	rs1108031	G	A	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=475;SC=GGCCCCTGCTGTGGCCAGGTG;SOR=2.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=22;WE=127818414;WS=127818396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	127825968	rs934826	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=-1.095;SC=GGGCCCTTGAGGCCGAGAGAA;SOR=0.188;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=5;WE=127825976;WS=127825958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr2	127826632	rs67327804	A	G	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=41;PP=1223;SC=GGAGGGCACTAAGCGGGGCCT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=127826640;WS=127826622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	127944781	rs11384285	A	AC	573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=427;ReadPosRankSum=0.032;SC=GTGATCAGCGAACACAAATAC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=127944789;WS=127944771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr2	127953054	rs7568070	A	C	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=333;ReadPosRankSum=0.087;SC=GGAGGTACACAGTCCAAGACA;SOR=0.643;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=26;WE=127953062;WS=127953044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr2	128015367	rs4662718	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-0.917;SC=TTTTATAATACTTATAATCAC;SOR=0.502;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=128015375;WS=128015357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr2	128028792	rs4150499	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TTTGGGATTCTCTCCCTCCAG;SOR=1.394;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=8;WE=128028800;WS=128028782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr2	128029065	rs11345447	GA	G	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.284;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr2	128050134	rs4150402	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	128079806	rs3732209	A	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=0.932;SC=GGGTCCTTCTAGCTCTTGGAA;SOR=0.461;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=22;WE=128079814;WS=128079796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr2	128087651	rs61422716	C	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=-1.816;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr2	128175875	rs1799809	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=1.871;SC=CATCCTTGGTGGGCAGAGGTG;SOR=0.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=9;WE=128175883;WS=128175865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr2	128176040	rs1799810	A	T	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=883;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CAGGACGGCGAACTTGCAGTA;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=52;WE=128176048;WS=128176030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,92:0.69:134
chr2	128176195	rs2854700	G	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=347;SC=AGCTTGGGGTGAAAGGACACA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=128176203;WS=128176185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	128177462	.	G	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=630;ReadPosRankSum=0.033;SC=CAGCAGCGGGGGTAGGCACTG;SOR=0.747;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=41;WE=128177470;WS=128177452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr2	128180872	rs5936	G	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=370;ReadPosRankSum=1.142;SC=TCAATTGCTCGCTGGACAACG;SOR=0.683;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=22;WE=128180880;WS=128180862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr2	128181028	rs1878844	A	G	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=30;PP=924;SC=CGCTGGGTGCAGGGTGGGCAG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=128181036;WS=128181018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	128181234	rs2069922	GC	G	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=195;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TCCTCCGGGCGCCCCCTGCGC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=128181242;WS=128181224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	128183914	rs2069928	G	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=1.513;SC=CTGCCATTGCGTTTGGGGGAT;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=8;WE=128183922;WS=128183904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	128184770	rs5937	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=0.260;SC=ACTGCATGGATGAGTCCAAGA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=29;WE=128184778;WS=128184760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr2	128249441	rs334152	C	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=164;SC=TCCACTTTACCGACTCGTTTA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=128249449;WS=128249435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	128261245	rs138089460	AAAAT	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.43;MQRankSum=0.431;QD=23.29;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	128271958	rs10432384	C	T	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=889;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CCCTCCCTCCCGCTTACCCAG;SOR=0.831;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=64;WE=128271966;WS=128271948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,95:0.64:148
chr2	128281469	rs2303947	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=0.669;SC=GCAAAAGTTACCACTGAGGAA;SOR=1.204;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=22;WE=128281477;WS=128281459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr2	128321770	rs2404991	G	A	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=578;ReadPosRankSum=1.205;SC=CCACAAGACCGGCGTGGCCAT;SOR=0.851;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=37;WE=128321778;WS=128321760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr2	128342547	rs4662741	G	A	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=32;PP=836;SC=CAGGGAGACCGTGGAAAGCAG;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=128342555;WS=128342537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	128346228	rs11673952	A	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=253;SC=CTCTGGGTCCACAGCATGCAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=128346236;WS=128346218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	128350551	rs11678239	G	A	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=64;PP=1845;SC=GGTCACCTCTGGCCATCCGCG;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=86;WE=128350559;WS=128350541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	128350578	rs58867441	T	TG	2148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=41;PP=1828;SC=CCCTCGGCCTTGGCACCTCCA;SOR=2.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=43;WE=128350586;WS=128350568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	128351346	rs7558838	T	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=21;PP=426;SC=CAGCTCAAAGTGTGGTCCCCA;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=128351354;WS=128351336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	128363530	rs11382004	G	GC	1322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=29;PP=1277;SC=GGGCGGCTGGGCCGCGGGACC;SOR=2.554;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=29;WE=128363538;WS=128363520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	128366272	rs17261971	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=2.853;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr2	128367092	rs777432	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.958;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=459;ReadPosRankSum=-1.046;SC=ATCTGGAATCGAAGACCCAGA;SOR=1.077;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=41;WE=128367100;WS=128367082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,70:0.30:235
chr2	128369752	rs12053039	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=114;ReadPosRankSum=0.067;SC=GCTCCACCCCAGGAGGCTGTG;SOR=0.176;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=12;WE=128369760;WS=128369742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr2	128369896	rs777435	A	G	6310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=57;PP=2156;SC=CCCGGATCACAGGCCAGGTGA;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=124;WE=128369904;WS=128369886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	128369917	rs12052654	C	T	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=416;ReadPosRankSum=1.323;SC=GCCCAGAGCACAGAATCTCTG;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=45;WE=128369925;WS=128369907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,72:0.35:208
chr2	128370200	rs705092	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=-1.199;SC=CTCCCATCCCGGCCCCATTCA;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=128370208;WS=128370190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr2	128377833	rs2248519	C	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=16;PP=779;SC=CAGAGGTGCACAAGAGCTGTG;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=128377841;WS=128377823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	128382859	rs2245297	C	T	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=50;SC=GGGCAAGAGCCCGGCCACGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=128382867;WS=128382849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	128385224	rs10164978	C	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=0.933;SC=GAACTGGTGGCCTGGAGGGTA;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=32;WE=128385232;WS=128385214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,52:0.40:131
chr2	128385769	rs201044032	C	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=638;ReadPosRankSum=0.273;SC=TCCTGTGCTCCGCCGTCCTTC;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=56;WE=128385777;WS=128385759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,80:0.29:275
chr2	128388790	rs13025791	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=-0.910;SC=GGGCTCCAGAGAAGGACATGG;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=31;WE=128388798;WS=128388780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,41:0.30:135
chr2	128388862	rs13025959	G	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=398;ReadPosRankSum=-1.014;SC=ATTCCTGCGAGCCGCTGCGAC;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=31;WE=128388870;WS=128388852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,46:0.32:146
chr2	128389343	rs10208043	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=529;ReadPosRankSum=-0.037;SC=GCTGGGGCGGCGGCCAGCCCA;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=40;WE=128389351;WS=128389333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr2	128389422	rs10183797	G	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=108;ReadPosRankSum=1.107;SC=CACCGCAGCTGGTGGCGGCAG;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=11;WE=128389430;WS=128389412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr2	128393261	rs2255178	T	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=670;SC=GGGCCGCAGCTGGAGACCCAG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=128393269;WS=128393251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	128393289	rs2255177	T	C	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=15;PP=1042;SC=AGTGTGTCCATCACCCAGGAG;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=128393297;WS=128393279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	128393544	.	GTGCCA	G	1331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.777;NF=2;NR=18;PP=925;ReadPosRankSum=0.306;SC=CCCTGCACCAGTGCCATGCCC;SOR=0.144;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=20;WE=128393556;WS=128393534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr2	128393800	rs2255161	T	C	6403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=69;PP=2116;SC=TTCTAGCCTATGACAAGCATA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=67;TCR=69;TR=136;WE=128393808;WS=128393790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr2	128394758	rs2255039	T	C	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=21;PP=1493;SC=ACGGCCCCAATGGCAGGAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=128394780;WS=128394748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	128394875	rs59579995	C	CA	12694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=73;PP=2979;SC=CTCTGACCCCCCCGTCCCCTG;SOR=0.789;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=114;WE=128394885;WS=128394865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr2	128394877	rs56272236	C	T	12702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=71;PP=2850;SC=CTGACCCCCCCGTCCCCTGTC;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=168;TCF=90;TCR=78;TR=159;WE=128394885;WS=128394865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr2	128394955	rs11686946	A	G	5631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=88;PP=2800;SC=ATGAACAAGCAGCGGGGCTCC;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=150;WE=128394963;WS=128394945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr2	128396807	rs891515	A	G	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=6;PP=791;SC=CATGGACAGCAGGAGGGGAGA;SOR=2.584;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=41;WE=128396815;WS=128396797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	128401091	rs2244507	A	G	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=42;PP=1467;SC=GGGGTTTGCCAGATGAAGAAG;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=128401099;WS=128401081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	128407499	rs2243805	G	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=7;PP=461;SC=CCCTGGTGGTGGATCTACTCT;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=128407507;WS=128407489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	128407771	rs1820971	C	T	222.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=1.038;SC=GGTGACACCCCGGCCACTGCA;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=128407779;WS=128407761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr2	128411934	rs6707277	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=0.195;SC=CACACAGGAGAGGTGGCAGGT;SOR=1.274;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=12;WE=128411942;WS=128411924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr2	128411950	rs6707282	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=1.391;SC=CAGGTGTGCCAGGAAGGGCTG;SOR=1.118;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=14;WE=128411958;WS=128411940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr2	128421829	rs79110686	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr2	128526579	rs143186338	T	TTAAA	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=0.328;SC=TTCTGTTCTGTTAAATAAATA;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=4;WE=128526587;WS=128526569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	128608271	rs34858843	GA	G	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.30;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	128608290	rs6713679	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=1.719;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=0.037;SC=AAAATCAAAATAATCAAAAAC;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=7;WE=128608298;WS=128608280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr2	128608384	rs34706819	G	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=-1.876;SC=TAGACGGCCAGGTGTAGTGGC;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=128608392;WS=128608374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	128610719	rs35614229	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=1.695;SC=AAAATACTCCTTCAAAAGTTT;SOR=0.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=128610727;WS=128610709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr2	128699833	rs1370229	C	T	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=768;SC=CATGTTGAGGCTTCCACAACA;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=128699841;WS=128699823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	128708063	rs2461463	T	C	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=15;PP=309;SC=CCAACAAAGATGATTAAGAAG;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=128708071;WS=128708053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	128744580	rs2948068	A	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.27;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	128753854	rs1550174	T	C	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	128757804	rs10928793	C	T	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=22;PP=1062;SC=TCGGTATCACCAGGCCCTCAG;SOR=1.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=59;WE=128757812;WS=128757794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	128770731	.	GA	G	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5460;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=54;ReadPosRankSum=-0.079;SC=AGCTGCACCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=128770739;WS=128770721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr2	128849114	rs4476299	T	C	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=29;PP=1021;SC=TCTGGTGTCCTATCCCTTCCC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=128849122;WS=128849104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	128860835	rs7355336	A	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=447;SC=CAATTACTACATGCATTTCCT;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=128860843;WS=128860825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	128870808	rs4662775	T	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=15;PP=441;SC=GCAAAATCAATTATGTATTCA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=128870816;WS=128870798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	128872595	rs56397917	C	T	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=6;PP=590;SC=GGGCATAATCCGAGGTAATGG;SOR=2.093;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=31;WE=128872603;WS=128872585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	128874061	rs10210598	G	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=403;SC=CCTACGTGGAGAGTCAACCAC;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=128874069;WS=128874051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	128877837	rs4662593	G	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=349;SC=AGGGTTGGGAGAGGAAAACCA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=128877845;WS=128877827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	128878014	rs4662594	G	A	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=41;PP=1594;SC=CACCTTTAAAGGTTTGGCAGT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=85;WE=128878022;WS=128878004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	128878066	rs80160667	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GGCCTACTTTTTGGCTAAGTT;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=26;WE=128878074;WS=128878056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,34:0.32:106
chr2	128878667	rs6430990	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=292;SC=CATTCGAAGATATTCTTAATT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=128878675;WS=128878657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	128878979	rs10636999	C	CTT	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.736;QD=4.44;ReadPosRankSum=-2.863;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	128879022	rs6430991	G	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=260;SC=TCTTGTTGCCGAGGCTAGAGT;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=128879030;WS=128879012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	128880899	rs4480941	T	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=181;SC=ATCAGCAGCATTTAACAGTGT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=128880907;WS=128880889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	128880993	rs4633871	A	G	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=45;SC=CAGTATGCACATAACTGAAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=128881001;WS=128880983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	128913757	rs3738923	G	A	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=11;PP=783;SC=TTTCTCAGCTGTATGTAAAGT;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=128913765;WS=128913747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	128915057	rs13392666	T	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=7;PP=238;SC=GAGAATTGTATCTCTAGAGAT;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=128915065;WS=128915047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	128929028	rs17178432	A	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=9;PP=246;SC=TTCTAAGAACATAGTGTGTTT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=128929036;WS=128929018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	128934400	rs2290111	T	C	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=44;PP=1395;SC=ACGATGGCACTGATTCTCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=92;WE=128934408;WS=128934390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	128936000	rs2290110	T	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=208;SC=TGTGTCTGTATGAGTGTTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=128936008;WS=128935990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	128936171	rs3217587	TATG	T	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=173;SC=TTTCATTATATATGATGAATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=128936181;WS=128936161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	128939606	rs62160075	C	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	128939799	rs17178720	C	T	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	128939817	rs1699	G	A	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	128941483	.	G	GGT	295.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.97;MQRankSum=0.707;QD=22.76;ReadPosRankSum=0.809;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr2	128941513	.	A	T	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=64.31;NF=1;NR=3;PP=65;QD=24.9428031368;SC=TGTGTGTGTGAGAGAGAGAGA;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=4;WE=128941521;WS=128941503;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	128944424	rs744265	T	C	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.01;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	128947505	rs11542865	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=279;SC=TTAAAGCTCTGTTGGATTTGT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=128947513;WS=128947495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	129075877	rs200979099	G	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.47;MQRankSum=2.708;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr2	129075961	rs61732881	T	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=11;PP=323;SC=GGGGGTCGGGTGTGGGGAACA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=129075969;WS=129075951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	130737578	rs4233601	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.843;NF=21;NR=2;PP=356;ReadPosRankSum=1.365;SC=TTGCAGGGGCGCAGAGAGCTC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=23;WE=130737586;WS=130737568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr2	130738035	.	G	A	4980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.545;NF=79;NR=80;PP=2563;ReadPosRankSum=0.480;SC=ACAGAAAGAGGAAGTGATGTT;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=250;TCF=127;TCR=123;TR=159;WE=130738043;WS=130738025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,226:0.64:351
chr2	130738163	rs144773989	G	A	6498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.53;QD=26.10;SOR=1.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	130750446	rs199529770	C	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.63;MQRankSum=-2.685;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.608;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr2	130897055	rs28751929	G	A	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=257;SC=TAGCGGAAGTGTCAGGAAATG;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=130897063;WS=130897045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	130897234	rs3177472	C	T	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=14;PP=479;SC=CAGGATGGCACGCTCCGCCAC;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=130897242;WS=130897224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	130897559	rs2258632	C	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.64;QD=26.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	130897620	rs76485676	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.41;MQRankSum=0.631;QD=24.49;ReadPosRankSum=1.373;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr2	130899804	rs138331089	T	C	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.19;QD=24.43;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	130900188	rs28743163	A	G	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=40;PP=1631;SC=TGCCCCAGCTACGATGTTCCC;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=83;WE=130900196;WS=130900178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	130902067	rs60089935	C	T	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.94;QD=24.66;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	130902194	rs60152285	C	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.21;QD=26.52;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	130902549	rs34080706	C	T	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.04;QD=29.14;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	130910847	rs4511676	G	A	6455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=77;PP=2965;SC=AGCTGGGGACGGGTCAGGGCC;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=100;TCR=77;TR=177;WE=130910855;WS=130910837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	130912720	rs80067546	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=1.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-14.889;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,72:0.21:341
chr2	130912778	rs149268431	A	G	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-18.827;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,53:0.14:391
chr2	130912789	rs148027738	A	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=1.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-18.575;QD=2.98;ReadPosRankSum=-2.747;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,49:0.13:365
chr2	130914797	rs145477722	T	C	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.08;QD=23.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	130925088	rs10909567	C	T	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=9;PP=362;SC=CATTCACAGACGTCTGATGAG;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=130925096;WS=130925078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr2	130939288	rs1968676	A	G	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=35;PP=1026;SC=GGCGGGGAAGAGAAATGGCGA;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=57;WE=130939296;WS=130939278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	130939348	rs1817097	G	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=24;PP=617;SC=CGCCTGCGTTGTGGCGGCCTC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=130939356;WS=130939338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	130940090	rs1968675	G	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=356;SC=TTCCGGGTACGCCCGGCCCGC;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=130940098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	130941034	rs34409208	T	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=524;SC=CTGAGGAGATTCTGGGACTGA;SOR=3.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=130941042;WS=130941024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	130941065	rs6737226	T	C	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=13;PP=747;SC=GTGGAGCCTCTGTCCCTGCTC;SOR=1.519;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=40;WE=130941073;WS=130941055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	130948303	rs12612244	T	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.19;QD=35.68;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	130948318	rs201277155	T	TTTG	755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.99;QD=44.45;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	130948327	rs10175962	G	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.93;QD=42.83;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	130949411	rs10208844	G	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.51;QD=26.14;SOR=1.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	130949491	rs60154251	G	A	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.22;QD=25.80;SOR=1.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	130949553	rs1052422	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.87;QD=29.71;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	130951548	rs1052319	G	A	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=71;PP=2697;SC=TGGTGATCTCGGCCACAGACA;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=125;WE=130951556;WS=130951538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	130951566	rs7340193	G	A	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=64;PP=2291;SC=ACAGCTGCTCGTGGTAGGCCT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=119;WE=130951574;WS=130951556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	130951581	rs1052312	A	G	5903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.68;QD=44.06;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	130951584	rs7340507	T	C	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.81;QD=44.20;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	130952540	rs56151061	C	T	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=6;PP=1050;SC=TGTGAGCCACCGCGCCCGGCC;SOR=2.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=130952548;WS=130952530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	130952718	rs3853852	G	A	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.80;QD=41.46;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	130952725	rs3863907	C	T	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.37;QD=43.65;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	130960023	rs4663031	T	C	5448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=83;PP=2584;SC=GTAGGCAGTTTGGTTCTGGGT;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=156;WE=130960031;WS=130960013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	130961729	rs201980950	A	AT	882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQRankSum=-1.163;QD=20.06;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr2	130987792	rs12992461	G	A	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=60;PP=2101;SC=GCACATCAGCGTGCTGGTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=119;WE=130987800;WS=130987782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	131097247	rs55684765	G	A	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=2.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,65:0.26:246
chr2	131097253	rs56017827	G	C	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=2.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,66:0.28:240
chr2	131100496	rs11542416	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=0.759;SC=ACGTGGAAGCGGCACTCAAGA;SOR=0.763;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=21;WE=131100504;WS=131100486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,35:0.30:117
chr2	131100734	rs11542411	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=145;ReadPosRankSum=0.724;SC=CTCAGCCCAGGAGAGGAAGGA;SOR=0.512;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=12;WE=131100742;WS=131100724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr2	131114042	rs75367913	G	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=144;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TCCTCGTCGCGCTCCCGGAAC;SOR=3.236;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=10;WE=131114050;WS=131114038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr2	131116404	rs7568956	T	C	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,74:0.32:229
chr2	131129928	rs112040677	AGACGGG	A	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.461;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	131130678	rs10189689	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=193;ReadPosRankSum=1.644;SC=GTCTGCCAGCTTCCACACACC;SOR=0.375;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=15;WE=131130686;WS=131130668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr2	131487673	rs272128	A	C	5477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.406;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=80;PP=2696;ReadPosRankSum=-1.256;SC=TGCCATGCTCACATACCTGTA;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=50;TCR=82;TR=130;WE=131487681;WS=131487663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,203:0.99:206
chr2	131519836	.	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=826;ReadPosRankSum=-1.580;SC=GAATACGACAGATGCCCCAAC;SOR=0.632;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=55;WE=131519844;WS=131519826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,83:0.66:125
chr2	131520178	rs77687733	C	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=452;ReadPosRankSum=1.275;SC=GCCTCGCTGGCGGCCGAGGGG;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=35;WE=131520186;WS=131520168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,59:0.33:179
chr2	131520663	rs1905235	T	C	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=67;PP=2820;SC=CAGGGACCAATCCCGGCTGGA;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=89;TCR=67;TR=156;WE=131520671;WS=131520653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	131672950	rs12464119	A	G	3960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=53;PP=2129;ReadPosRankSum=-1.613;SC=AAGGCACCCAACTCGCACCAA;SOR=0.825;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=181;TCF=96;TCR=85;TR=119;WE=131672958;WS=131672940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,170:0.64:265
chr2	131673259	rs77678686	A	G	3285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=53;PP=1497;ReadPosRankSum=1.233;SC=ACTACAGGGAACAGGCTTTGC;SOR=0.909;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=91;WE=131673267;WS=131673249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,151:0.68:221
chr2	131673316	rs3739129	C	T	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.352;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=986;ReadPosRankSum=2.194;SC=ACTGCGGCCCCGGGGCTGAGG;SOR=0.795;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=63;WE=131673324;WS=131673306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,86:0.66:131
chr2	131673702	rs62178867	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GAGACGCCGAGCACAGAGGAG;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=20;WE=131673710;WS=131673692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr2	131674285	rs3739127	A	G	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1341;ReadPosRankSum=0.733;SC=TTATTGAGTCAATAGTTCTAG;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=90;WE=131674293;WS=131674275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,113:0.66:171
chr2	131688587	rs6718816	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=147;ReadPosRankSum=-2.111;SC=GTCAGAAGGCGTTCCACATGG;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=16;WE=131688595;WS=131688577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr2	131688783	rs61750360	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=230;ReadPosRankSum=0.204;SC=GCAGGCCCACGTCGAAAGGAG;SOR=0.728;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=25;WE=131688791;WS=131688773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,38:0.30:127
chr2	131703968	rs67022442	G	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=0.129;SC=TATTTTGGTTGTGTGCTCTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=9;WE=131703976;WS=131703958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	131769237	rs13023338	G	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=642;SC=AGAGCCCATCGGAGCTGATGG;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=131769245;WS=131769227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	131883287	.	TA	T	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.487;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	131888361	.	AT	A	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.975;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr2	132111121	rs11895354	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.55;QD=42.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	132111123	rs370814343	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.55;QD=42.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	132111127	rs13410274	G	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.59;QD=41.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	132111166	.	G	GCC	695.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.66;QD=40.93;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	132111167	.	G	GCCGCCGCCGC	695.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.66;QD=40.93;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	132120501	rs146351322	C	CT	2641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=30;PP=1779;SC=AAGACGCTGACTTTTTTTGTG;SOR=1.343;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=58;WE=132120509;WS=132120491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	132121350	rs371054387	G	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.72;QD=29.14;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	132248584	rs10182785	T	C	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=38;PP=1797;SC=CCCTGGCACTTCCCCCATGAA;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=86;WE=132248592;WS=132248574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	132249372	rs6706952	C	T	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=27.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	132258259	rs184500548	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.262;NF=7;NR=11;PP=254;ReadPosRankSum=2.107;SC=AATTGAGGAGCGATTCGTTCC;SOR=0.275;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=18;WE=132258267;WS=132258249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr2	132272235	.	G	GA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.559;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr2	132272384	.	TG	T	2539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.953;NF=6;NR=22;PP=972;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GAGGAGCAGGTGGAAGGAATT;SOR=0.696;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=28;WE=132272392;WS=132272374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,80:0.68:117
chr2	132275366	rs2277880	A	G	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-9.082;NF=42;NR=37;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.161;SC=TGAACCGCGCACTCCGCACAG;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=79;WE=132275374;WS=132275356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,89:0.42:210
chr2	132275384	rs2277879	T	C	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=-10.257;QD=8.29;ReadPosRankSum=-2.126;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,74:0.38:193
chr2	132275396	rs2277878	T	C	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQRankSum=-11.615;QD=12.09;ReadPosRankSum=-3.261;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,68:0.36:188
chr2	132275403	rs2277877	C	A	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQRankSum=-11.924;QD=12.23;ReadPosRankSum=-2.903;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,63:0.35:178
chr2	132276038	.	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.015;NF=7;NR=5;PP=154;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GTACTCTGCCCCGGGGAAGTG;SOR=0.833;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=12;WE=132276046;WS=132276028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr2	132287569	rs140791204	G	A	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.379;NF=33;NR=28;PP=900;ReadPosRankSum=1.881;SC=GAACCCCTGGGACAGCCCCTG;SOR=0.855;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=61;WE=132287577;WS=132287559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,78:0.71:110
chr2	132290733	rs140316434	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-2.249;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
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chr2	132494272	rs4850248	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=10;PP=259;SC=AGTAATAACTATAATTTTATA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=132494280;WS=132494262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr2	133014491	.	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-5.012;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,15:0.11:142
chr2	133014497	.	G	C	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-2.169;QD=11.91;ReadPosRankSum=-1.018;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,50:0.33:153
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chr2	133014510	rs9287404	T	C	3429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-6.214;QD=17.32;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,92:0.46:198
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chr2	133014602	rs75245503	G	C	13085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-11.577;QD=20.35;ReadPosRankSum=1.932;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,335:0.52:643
chr2	133014612	rs74853538	A	C	13342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-11.390;QD=20.72;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,344:0.53:644
chr2	133014619	rs78327226	C	T	2889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FS=5.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-13.136;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.868;SOR=1.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:542,109:0.17:651
chr2	133014640	rs78867621	C	T	3895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FS=4.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-12.474;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.611;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:541,131:0.19:672
chr2	133014651	rs111708138	A	AC	11640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=3;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.206;NF=37;NR=110;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.815;SC=GGCCCTCGGCACCACCGAGAC;SOR=0.754;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=276;TCF=67;TCR=209;TR=147;WE=133014665;WS=133014630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,340:0.53:640
chr2	133014657	rs113237573	G	A	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FS=4.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-12.530;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.431;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,137:0.21:640
chr2	133014678	rs72869462	A	G	12409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.179;NF=101;NR=105;PP=2875;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CATGAGCCCCAGGTCCCGCCA;SOR=0.575;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=388;TCF=181;TCR=207;TR=206;WE=133014686;WS=133014668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,337:0.54:624
chr2	133014703	rs72869464	T	C	12645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.265;NF=78;NR=103;PP=2465;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GACCCCGAGGTGACCTCAGCC;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=346;TCF=148;TCR=198;TR=181;WE=133014711;WS=133014693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,317:0.57:558
chr2	133014721	rs72869465	T	C	11320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.589;NF=68;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.063;SC=GCCACAAACCTAACGCCAGGG;SOR=0.604;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=305;TCF=118;TCR=187;TR=172;WE=133014729;WS=133014711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,289:0.58:497
chr2	133014751	rs75204936	T	C	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.516;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,111:0.30:364
chr2	133014776	rs72869466	CA	TG	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.698;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.533;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,77:0.30:256
chr2	133014786	rs72869468	G	A	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.688;QD=10.61;ReadPosRankSum=1.959;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,71:0.33:217
chr2	133075726	rs2598810	A	G	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.179;NF=36;NR=27;PP=912;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CACACTGGAGAGAAGCCCTAC;SOR=0.728;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=63;WE=133075734;WS=133075716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,82:0.38:213
chr2	133075809	rs55902546	G	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.093;NF=30;NR=24;PP=747;ReadPosRankSum=0.463;SC=TCACACAGGGGAGAAACCTTA;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=54;WE=133075817;WS=133075799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,72:0.36:201
chr2	133075904	rs113311843	C	CA	2613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.913;NF=13;NR=44;PP=2073;ReadPosRankSum=-0.075;SC=AGAAACAATACAATGCAATGT;SOR=0.654;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=36;TCR=110;TR=57;WE=133075912;WS=133075894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,111:0.40:276
chr2	133402607	rs1131671	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TGGTTTTATTCATTTACTGTG;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=12;WE=133402615;WS=133402597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr2	133425912	rs2709533	C	T	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=25;PP=1584;SC=TTTAATGGCCCCCTCACTCCC;SOR=1.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=133425920;WS=133425902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	133426183	rs2709532	G	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=17;PP=438;SC=ACCATCCCACGCCTCAGAGCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=133426191;WS=133426173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	133430731	.	C	T	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	133472385	rs11329925	CA	C	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr2	133489601	rs56284623	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=0.315;SC=CCACTGTCCAATGTTCTCATC;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=9;WE=133489609;WS=133489591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr2	133539460	rs6717116	A	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=453;ReadPosRankSum=0.387;SC=CAACTCTTTTAAAGGTGGTGG;SOR=1.839;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=26;WE=133539468;WS=133539450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
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chr2	133541281	.	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,11:0.16:69
chr2	133541444	rs12691829	T	C	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.75;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
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chr2	133541575	rs12611515	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=434;ReadPosRankSum=-1.400;SC=AGCAGGGAGACGGACCTGCCT;SOR=1.051;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=32;WE=133541583;WS=133541565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr2	133542014	rs12616282	T	C	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=883;ReadPosRankSum=0.752;SC=TGCCCATGGGTGCCGAAGACC;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=62;WE=133542022;WS=133542004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,93:0.70:132
chr2	133542545	rs10191147	G	A	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=1140;ReadPosRankSum=1.431;SC=GGTTCTCCACGGACTTATCGG;SOR=0.680;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=69;WE=133542553;WS=133542535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,103:0.64:160
chr2	133554288	rs1868076	A	G	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=902;ReadPosRankSum=0.161;SC=GATCCAAGAGACGTGAGTGAA;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=57;WE=133554296;WS=133554278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,89:0.63:141
chr2	133636211	rs140434127	ACACACACACACACACACG	A	695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.19;MQRankSum=3.345;QD=20.46;ReadPosRankSum=1.405;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr2	133683658	rs2577634	G	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=-0.906;SC=ACACACTTTAGGTCCATGTGT;SOR=0.793;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=5;WE=133683666;WS=133683648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr2	134884700	rs6430498	G	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr2	135076111	rs4954134	C	G	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	135096097	rs7598410	T	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=496;SC=AATGATATTCTCTCAGGGTGA;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=135096105;WS=135096087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	135102453	rs3214771	TA	T	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=318;ReadPosRankSum=-0.259;SC=ACCTTTTAAGTAAATGATTTT;SOR=0.929;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=11;WE=135102461;WS=135102443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr2	135102742	rs2290048	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr2	135107444	.	C	G	3099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=5.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,146:0.69:211
chr2	135160755	rs3748900	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=556;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GCCATTGGCTGTGAAAATGGG;SOR=1.120;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=34;WE=135160763;WS=135160745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr2	135214418	rs56024138	AT	A	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	135260665	rs201742966	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-3.935;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,12:0.11:105
chr2	135260672	rs199988367	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-2.881;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,10:0.11:95
chr2	135308431	rs59357769	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=256;SC=TGTGCCATGTAGGGGGCTCTG;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=135308439;WS=135308421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	135625399	.	CTA	C	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=70;QD=39.5;SC=TGGATTAATGCTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=135625408;WS=135625389;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr2	135630077	.	G	A	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=680;ReadPosRankSum=1.883;SC=AATCTCCCATGGATTCAGCAT;SOR=0.586;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=52;WE=135630085;WS=135630067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,72:0.59:123
chr2	135741568	.	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TCTTAGTTGTGAACTTCAGCC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=135741576;WS=135741558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	135745883	.	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=0.000;SC=CACGCTAACTCGTTTAAAGTA;SOR=0.118;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=15;WE=135745891;WS=135745873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr2	135763143	rs372139652	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.252;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr2	136396783	.	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.611;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=-0.441;SC=TTCTAATTATCCTAAAATATA;SOR=0.100;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=17;WE=136396791;WS=136396773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr2	136467164	rs2304367	C	A	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=32;PP=897;SC=AGTTCGATTACTTTCCTTAGG;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=136467172;WS=136467154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	136527443	rs113881162	G	GTGAT	3426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=1530;SC=AACTGAGGTTGTGATTGATTA;SOR=0.801;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=28;WE=136527451;WS=136527433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	136529897	rs200613240	T	TA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.949;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr2	136545844	rs1042712	C	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	136546110	rs2278544	A	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=190;SC=TGGTGGGTCCAGCATCTAGGA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=136546118;WS=136546100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	136548169	rs892716	A	G	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=2;PP=83;SC=CACTCCTGCAAATAGCAGATG;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=136548177;WS=136548159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	136548192	rs1808756	G	A	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	136555659	rs2322659	T	C	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	136558157	rs748841	C	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=154;SC=TAAGAACAAGCGCCCAGAGGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=136558165;WS=136558147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	136561557	rs2304371	G	A	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=13;PP=500;SC=GGCTCATTCAGCGTGATCCAA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=136561565;WS=136561547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	136565028	rs10928549	C	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=690;SC=CCTCCATGCACCCAACCCACT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=136565036;WS=136565018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	136569848	rs12988076	C	A	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=491;SC=GTACCACCCACCTTCCAATCA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=136569856;WS=136569838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	136575199	rs6719488	G	T	6154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=82;PP=2965;SC=AGTAGGCAACGCCTGGGAGGC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=77;TCR=83;TR=159;WE=136575207;WS=136575189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	136575534	rs4954449	T	C	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=43;PP=1395;SC=GCTTCCCAGATTCTCTGATAG;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=136575542;WS=136575524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	136594158	rs2236783	G	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=29;PP=1346;SC=CATCACTGAGGGTCTGGAGTT;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=136594166;WS=136594148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	136610598	rs4988226	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=240;SC=TACCACTTAAAGAAGTATTAA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=136610606;WS=136610588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	136614255	rs309180	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=321;SC=TGTCTCACTCGATTACTCCAA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=136614263;WS=136614245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	136622825	rs309177	A	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	136630348	.	C	T	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=684;ReadPosRankSum=-0.681;SC=CAATGTGTTTCTCTCAGGACG;SOR=0.692;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=53;WE=136630356;WS=136630338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,83:0.34:245
chr2	136664812	.	CTTT	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-0.524;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	136690414	rs34744196	TA	T	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr2	136956640	rs61193776	G	GA	74.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-0.493;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr2	136956733	rs7578292	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr2	137639616	rs1465612	C	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=387;SC=TAATGAAAAACTTGCAATACC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=137639624;WS=137639609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	137640006	rs11298935	CT	C	189.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=190;SC=AAAATAGACTCTTTTTTTTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=137640014;WS=137639996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	137748320	.	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-2.594;SC=GTTTGTTCTTCCCCTTCTCTA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=4;WE=137748328;WS=137748310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr2	137814138	rs60939389	T	C	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=566;ReadPosRankSum=-1.471;SC=GTTTCCGAGTTTGTGACTGGC;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=34;WE=137814146;WS=137814128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr2	137814477	rs17727482	C	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=0.586;SC=TCATAGCTCCCCCTCTCTTTG;SOR=0.624;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=27;WE=137814485;WS=137814467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr2	137814804	rs6727323	G	A	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.201;SC=TGTTAAGGTAGGAGACCTTTG;SOR=0.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=47;TCR=80;TR=81;WE=137814812;WS=137814794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,126:0.68:184
chr2	137852539	.	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,44:0.28:155
chr2	137852698	rs7561482	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=634;ReadPosRankSum=0.664;SC=CCAGGTATTACGCCTTTATGC;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=42;WE=137852706;WS=137852688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr2	137928486	.	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	137990607	.	C	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr2	138000226	rs7605259	T	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.64;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	138030032	rs76730255	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=236;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TTTTTTTTCAATTGCTACCTG;SOR=0.976;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=12;WE=138030040;WS=138030022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr2	138030271	rs10182152	G	A	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	138033428	rs67227746	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=267;ReadPosRankSum=0.323;SC=TCAAACATATGTAAGTATTTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=19;WE=138033436;WS=138033418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr2	138033674	rs146073386	TATATTTGA	T	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=330;ReadPosRankSum=-1.242;SC=TGCTTACTTTTATATTTGAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=138033689;WS=138033664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	138163160	.	A	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=0.080;SC=AATAATAACAAAAGAATTCAT;SOR=1.259;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=17;WE=138163168;WS=138163150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,29:0.29:99
chr2	138163391	rs1551281	T	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=25;PP=678;SC=TAGTGTGCATTTTACTCTTTA;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=138163399;WS=138163381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	138169158	rs1463285	T	C	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=9;PP=850;SC=TTTAATATCTTAATGTCTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=35;WE=138169166;WS=138169148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	138169523	rs6753392	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=-0.358;SC=GAATTAATAGCTCTGCTCTAT;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=16;WE=138169531;WS=138169513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr2	138208631	rs1453302	G	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=576;SC=AGCTAAAAAAGCTATCCTCAT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=138208639;WS=138208621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	138759813	rs4646325	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=61;ReadPosRankSum=1.425;SC=ACTTTTCAGAATATATATATA;SOR=0.859;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=7;WE=138759821;WS=138759803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr2	138771219	rs12475006	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-2.795;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr2	139308127	rs35257103	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.968;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr2	139308397	rs148464901	T	TTCTCTC	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.82;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	139429068	rs10803570	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,57:0.32:177
chr2	140992337	rs13387241	C	A	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=38;PP=1598;SC=CATGAAATAACGAATATTCTT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=89;WE=140992345;WS=140992327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	140997197	rs3748864	T	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.981;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	141004513	rs11895946	C	T	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=154;SC=AGTGCTTCCTCTTTCAAAAAC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=141004521;WS=141004510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	141004529	rs2129483	A	G	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=186;SC=AAAACACCTCAATTGCAGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=141004537;WS=141004519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	141004575	.	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.822;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=-0.340;SC=AGTGTTCTAAGACTCATCTCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=7;WE=141004583;WS=141004565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr2	141027926	rs3748865	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.911;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr2	141032088	rs1386356	C	T	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=34;PP=1303;SC=CTTCATAGCGCGTTGGACAGA;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=141032096;WS=141032078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	141093178	.	A	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-3.322;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr2	141113798	rs13017246	G	A	274.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=157;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GTATCCCGTAGATACACACCA;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=141113806;WS=141113788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr2	141115603	.	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=403;ReadPosRankSum=1.465;SC=GTCGATCACACTGGAGATCCA;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=38;WE=141115611;WS=141115593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,72:0.34:213
chr2	141128977	rs634115	C	T	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=45;SC=TACTATATAACGACATTTAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=141128985;WS=141128967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	141130501	rs77729177	T	C	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=367;ReadPosRankSum=-2.995;SC=CACTGTTTTCTGCATATTGCT;SOR=0.192;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=23;WE=141130509;WS=141130491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr2	141199904	rs1878741	C	T	274.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.6208;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=207;ReadPosRankSum=1.452;SC=CTCCAGGCTTCTTGTAAAGTA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=11;WE=141199912;WS=141199894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	141202369	rs11902052	G	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-1.085;SC=CAATGTGAATGTCTCTCATCT;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=141202377;WS=141202359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	141253107	.	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=-2.037;SC=ACTGAGGTTGGATCAGTGGGC;SOR=0.759;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=17;WE=141253115;WS=141253097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr2	141259283	rs35296183	G	A	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=7.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,109:0.73:150
chr2	141259376	rs35164907	G	A	3944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=3.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,192:0.61:317
chr2	141260507	rs4450541	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=431;ReadPosRankSum=-1.320;SC=TTAGAGTAAATGCGGTATTGT;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=32;WE=141260515;WS=141260497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr2	141260668	rs4444457	A	G	4898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=72;PP=2395;SC=CACACTGTCGATATCCTAGAG;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=125;WE=141260676;WS=141260658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	141260754	rs76928339	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=602;ReadPosRankSum=1.739;SC=ACACTACACCGGATTAATGTG;SOR=0.299;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=33;WE=141260762;WS=141260744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr2	141267744	rs1948051	T	C	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=124;SC=AGGAGGCGATTGTAGTTATTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=141267752;WS=141267734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	141274576	rs4954672	T	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=30;PP=854;SC=TGTGTTTGTTTTGAACTGTGA;SOR=1.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=45;WE=141274584;WS=141274566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	141283603	rs1352047	T	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=763;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TACCTCATTTTCAAAGATTAT;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=38;WE=141283611;WS=141283593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr2	141284041	rs7562323	A	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=271;SC=AACTCTGGGAAGCCAAACTTG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=141284049;WS=141284031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	141298561	.	T	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=1.830;SC=TGTTGTCCTCTAGCAATATTC;SOR=0.449;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=32;WE=141298569;WS=141298551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,59:0.37:159
chr2	141457985	rs13431727	T	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=795;ReadPosRankSum=-0.427;SC=ATGGCCTTATTGGGGAATTTA;SOR=1.078;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=45;WE=141457993;WS=141457975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr2	141458326	rs66521227	T	TA	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.51;MQRankSum=0.645;NF=1;NR=14;PP=417;ReadPosRankSum=-0.051;SC=AGCTGGTCAATAAAAAATTAA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=15;WE=141458334;WS=141458316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr2	141459964	rs16844555	C	T	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1265;ReadPosRankSum=1.529;SC=TCAGTTAAGGCACTTTAAATA;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=74;WE=141459972;WS=141459954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,97:0.73:133
chr2	141460213	rs1372253	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=0.604;SC=AACAGCAGTAGCATTCACACT;SOR=1.085;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=14;WE=141460221;WS=141460203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	141473409	rs10716305	CA	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=0.298;SC=TGAATATAAACATTTTTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=2;WE=141473417;WS=141473399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	141473505	rs4954852	A	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=0.493;SC=GAAAACTCACATAAAACTTGG;SOR=1.222;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=11;WE=141473513;WS=141473495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr2	141474402	rs5834770	G	GA	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,19:0.23:82
chr2	141474456	rs1372255	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.749;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr2	141527013	rs13002947	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=474;SC=ATCTTAATTTATGTTAACAAA;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=141527021;WS=141527003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	141528592	rs7599219	T	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=30;PP=679;SC=AGAATGAAAATGAAACAAATT;SOR=1.163;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=141528600;WS=141528582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	141533573	rs13009144	A	G	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=80;SC=TAGAAGCAAGAATAGAAACCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=141533581;WS=141533563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	141533662	rs996361	T	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	141571329	rs3749010	T	C	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	141598473	rs35745624	A	AT	2837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=17;PP=1770;SC=TTTAAAAAAAAAATCATACTT;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=141598481;WS=141598463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	141598606	.	C	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=1.307;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,70:0.28:253
chr2	141625354	.	T	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.561;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,40:0.39:102
chr2	141625410	rs12987572	A	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=414;ReadPosRankSum=2.351;SC=TGACCTACAGAAAGATAAATA;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=23;WE=141625418;WS=141625400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr2	141625834	rs34488899	TA	T	580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.650;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,52:0.67:78
chr2	141680581	.	G	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.758;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=548;ReadPosRankSum=-1.615;SC=CAATCGTATGGTACCATTGCA;SOR=0.877;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=42;WE=141680589;WS=141680571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,70:0.33:214
chr2	141709419	rs1429348	T	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.783;SC=AGTGAGCATTTGGTACTTGCC;SOR=0.395;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=62;WE=141709427;WS=141709409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr2	141762830	rs13413663	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=256;ReadPosRankSum=-1.855;SC=CATTTTAATTCCTTTAGTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=17;WE=141762838;WS=141762820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr2	141771058	rs3791766	T	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	141816621	rs1525579	A	G	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=11;PP=282;SC=AAAGATGTCTAACCTATAAAG;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=141816629;WS=141816611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	141945949	rs1249434	C	T	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=10;PP=534;SC=TCTTTTTAAACGCAAACTTTT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=141945957;WS=141945939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	142237868	rs4264514	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=238;ReadPosRankSum=0.162;SC=TGATATGCTTGTAGTTGAAAG;SOR=1.569;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=13;WE=142237876;WS=142237858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr2	142567738	rs28529494	G	T	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	142888376	rs1375610	G	C	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=548;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GCGGCGGCAGGGGCCGCTTGG;SOR=0.456;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=38;WE=142888384;WS=142888366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,59:0.77:77
chr2	143643093	.	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.892;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr2	143718137	.	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=0.309;SC=TCGGCAATATGAAATTACAAA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=11;WE=143718145;WS=143718127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	143718459	rs3069632	T	TAAAA	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr2	143746494	rs10496935	C	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=377;ReadPosRankSum=2.162;SC=GTCATCACTTCATTGTCCCTG;SOR=0.957;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=26;WE=143746502;WS=143746484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr2	143787169	rs189751681	A	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=9.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=1.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr2	143787274	rs6430000	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	143791014	rs2304700	G	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=524;ReadPosRankSum=0.175;SC=ATGAACAAGGGACAGAAGGCA;SOR=0.339;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=37;WE=143791022;WS=143791004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr2	143798189	rs9013	A	G	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=759;ReadPosRankSum=-0.683;SC=TGTTCCAAACAAAGATGTTTT;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=49;WE=143798197;WS=143798179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,84:0.77:109
chr2	143913004	rs2580857	T	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=8;PP=777;SC=TCATGGAAAATTGTATGTTTA;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=143913012;WS=143912994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	143959863	rs62171700	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=374;ReadPosRankSum=1.546;SC=GTTATTATCTCATTTTTCTGT;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=21;WE=143959871;WS=143959853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr2	143959892	rs34183792	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=-0.246;SC=AATCAGGGCACCACTTAGTAG;SOR=0.458;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=15;WE=143959900;WS=143959882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr2	143973860	rs1451805	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=0.886;SC=GAAAACTTCCGTCACTGCAAT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=143973868;WS=143973850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	144007986	rs6430017	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.961;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=257;ReadPosRankSum=-1.552;SC=ATATCATAAATATGTATAGCT;SOR=2.200;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=15;WE=144007994;WS=144007976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr2	144193151	rs11438710	C	CT	76.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	144899559	rs3731958	C	A	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=29;PP=961;SC=TAAATTTTCCCATGGAAGTGA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=144899567;WS=144899549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	144934655	rs5834992	A	AG	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=704;SC=ACAGCACCAAAGGGGAAATCC;SOR=1.044;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=18;WE=144934663;WS=144934645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	144934819	rs5834993	T	TA	177.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,18:0.86:21
chr2	145255210	rs12691693	T	C	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=524;ReadPosRankSum=-0.119;SC=CTTGTAATAATAGCAGAATGA;SOR=0.971;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=33;WE=145255218;WS=145255200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr2	145275181	.	TTTG	T	173.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr2	145275184	.	G	GAC	173.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.894;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr2	147596973	rs4411641	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr2	149240657	rs5835195	GT	G	826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.727;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,63:0.68:92
chr2	149243260	rs2121344	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=0.374;SC=GAGAGGCATCGAATCTCCGAA;SOR=0.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=7;WE=149243268;WS=149243250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	149449185	rs6724787	G	A	5844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=51;PP=2570;SC=ATTTGTTTCTGCCAGGCATTT;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=137;WE=149449193;WS=149449175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	149520214	rs10193313	C	A	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	149542707	rs187719632	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	149799111	.	G	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.27;ReadPosRankSum=1.146;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,56:0.81:69
chr2	149829803	rs186528322	A	G	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=2;PP=64;SC=GGAGGGTTGCATACTCAATTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=149829811;WS=149829793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	149853960	rs6738277	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=0.536;SC=GTATATGGCAAGGGACAGGGG;SOR=0.752;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=9;WE=149853968;WS=149853950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr2	150320627	rs34341723	TA	T	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.910;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.623;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
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chr2	150432377	rs12232959	C	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	150432469	rs10932467	G	T	47.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TAAAATTACTGTGGTATTAGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=150432477;WS=150432459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	150432976	rs11545261	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=6;PP=217;SC=CTGGACATGTCTGTATTGCAC;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=150432995;WS=150432966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	150432987	.	A	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=73;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TGTATTGCACACTCTACTCTG;SOR=0.602;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=6;WE=150432995;WS=150432966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr2	150433128	rs11680630	C	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=122;SC=TGTTATAAACCTGTCTTCCTT;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=150433136;WS=150433118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	150443689	rs4667420	C	G	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=44;PP=1739;SC=ACAAAACAGACGAGTGATCGA;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=90;WE=150443697;WS=150443679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	150443813	rs4667419	C	T	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=30;PP=879;SC=CCAGAACTCGCCCCCATGCCA;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=49;WE=150443821;WS=150443803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	151328284	rs11338446	GA	G	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,52:0.91:57
chr2	151343988	rs2334309	A	T	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.43;MQRankSum=0.000;QD=17.03;ReadPosRankSum=1.428;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	151890227	rs16829311	T	C	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AAAGTCATAATTTAATTTAAC;SOR=0.576;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=66;WE=151890235;WS=151890217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,87:0.71:123
chr2	151900212	rs78407830	C	T	3426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=36;PP=1424;ReadPosRankSum=0.642;SC=TTCACTCTCACGGAACTAGAT;SOR=0.604;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=99;TCR=54;TR=100;WE=151900231;WS=151900202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,162:0.64:254
chr2	151900223	rs7589036	T	C	7591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=68;PP=2962;SC=GGAACTAGATTGGTTACCACA;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=103;TCR=68;TR=170;WE=151900231;WS=151900202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr2	151900390	rs150701043	TAAAAACAAAAAC	T	1997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=43.43;SOR=3.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	152108261	rs4665119	T	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=207;SC=CCACTTTCTTTTCTCTGCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=152108269;WS=152108251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	152109159	rs289885	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=4;PP=243;SC=TTGCATTTTCCTTCCTAGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=152109167;WS=152109149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	152117780	rs2271811	T	C	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,60:0.59:101
chr2	152117957	rs2271813	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=71;ReadPosRankSum=-2.267;SC=AGCCTAGTCCTGAGCCTCTGG;SOR=0.735;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=10;WE=152117965;WS=152117947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr2	152118271	rs55775354	G	A	3685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.752;QD=25.96;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,92:0.65:142
chr2	152118275	rs56376752	A	G	3682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.769;QD=25.22;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,93:0.64:146
chr2	152118338	rs35240993	G	GT	1163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=6;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.941;NF=3;NR=21;PP=655;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TTTTGGTTTCGTTTTTTGTTC;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=24;WE=152118346;WS=152118328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr2	152138522	rs3771886	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=-0.163;SC=CCTTCTTTAGTTGAATATTTT;SOR=0.557;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=7;WE=152138530;WS=152138512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr2	152139271	rs10169816	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.860;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	152139416	rs1048135	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TTCATCTGGCGAATGCTCCTT;SOR=0.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=8;WE=152139424;WS=152139406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr2	152139493	rs10182245	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=82;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATAAATATTATAAGCATAGC;SOR=0.368;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=8;WE=152139501;WS=152139483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	152230258	.	C	CA	34	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.9999;HP=16;HapScore=2;MGOF=130;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=34;QD=18.5;SC=TTGTAAAATGCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=152230266;WS=152230248;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	152236045	.	TAA	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.210;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	152266473	rs2290368	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr2	152266731	rs2290367	T	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.959;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=0.784;SC=GAATGTGGCGTGGGCTCAGGT;SOR=2.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=8;WE=152266739;WS=152266721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	152267072	rs4664045	T	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TAGCGGAGAGTGGGGCGCTCT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=20;WE=152267080;WS=152267062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr2	152273503	rs6735771	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	152289767	rs72860233	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr2	152292169	rs34105266	GA	G	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.634;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.196;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr2	152295141	rs16830036	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=200;ReadPosRankSum=0.561;SC=AGTGTTAGTCATAGTACGTAG;SOR=0.264;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=16;WE=152295149;WS=152295131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	152298562	rs138147981	T	TTTTTA	266.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=212;SC=ATACTTCCCTTTTTTATTTTA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=152298570;WS=152298552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	152303171	rs2432941	G	A	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	152311570	rs2444263	G	A	5051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=52;PP=1851;SC=CTCAATCACCGGCATTATTTC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=99;WE=152311578;WS=152311560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	152314385	rs16830047	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr2	152314547	rs35044903	C	CA	226.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=8;PP=280;SC=TACTTTGATTCAAATAATCTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=152314555;WS=152314537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	152315549	rs2444260	G	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=209;SC=CATTGTCAGTGGTGTGGCCTG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=152315557;WS=152315539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	152318713	rs59316798	TATC	T	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=-0.899;SC=ATTGTAAGAATATCATCCGGT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=152318723;WS=152318703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	152319755	rs148193753	A	G	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=799;ReadPosRankSum=-1.801;SC=ATCCCCCTTGAATAATATTTC;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=51;WE=152319763;WS=152319745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,70:0.61:115
chr2	152320118	rs2123465	G	A	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=35;SC=AGCAGCAACAGTGGAAAATGC;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=152320126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	152322095	rs2444257	A	T	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.675;SC=AATGAAAAATAATGAAGAAAT;SOR=0.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=89;WE=152322103;WS=152322085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr2	152331418	rs1065177	C	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=8;PP=266;SC=CAAAAACCTTCTGGCACAGAT;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=152331426;WS=152331408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	152342481	rs16830090	A	G	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=726;ReadPosRankSum=0.474;SC=GAAATATTATATGTTGGATTT;SOR=0.467;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=48;WE=152342489;WS=152342471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,72:0.73:99
chr2	152346979	rs1061305	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,31:0.29:107
chr2	152348842	rs2288193	T	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=356;ReadPosRankSum=0.203;SC=GGTGTGACTATATCCCTTTTT;SOR=0.700;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=30;WE=152348850;WS=152348832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,44:0.32:138
chr2	152349026	rs2288195	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.04;NF=0;NR=13;PP=343;SC=AGGAGAGACCGTGAATGAGTG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=152349034;WS=152349016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	152350462	rs4664455	T	C	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=29;PP=811;SC=GGGGGAAATGTTATGTTTAAT;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=152350470;WS=152350452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	152350903	rs112383145	G	GTA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=-0.090;SC=ATGGAAAGTAGTATGTTTCCT;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=152350911;WS=152350893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	152352843	rs7575451	C	G	5560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=60;PP=2141;SC=GGAGTGACAGCTAAAGGAGTT;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=123;WE=152352851;WS=152352833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr2	152353395	rs10497081	T	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=342;ReadPosRankSum=0.224;SC=TGTATTATTTTAAATCATGAA;SOR=0.497;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=24;WE=152353403;WS=152353385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
chr2	152360136	rs3835058	AT	A	143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=122;SC=AATAGTAAAAATTTTTACTAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=152360144;WS=152360126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	152369117	rs13023600	T	C	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=12;PP=1062;SC=CGTGAGCCACTGCACCTGGTG;SOR=1.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=152369125;WS=152369107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	152371228	rs76123095	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=199;ReadPosRankSum=-2.070;SC=AATTTGAAACCCACAGTTAGG;SOR=0.351;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=18;WE=152371236;WS=152371218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr2	152374800	rs16830136	G	A	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.95;NF=37;NR=30;PP=1145;SC=ATGAATGTGCGCCAGAGGAAA;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=67;WE=152374808;WS=152374790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	152382454	rs6721666	C	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=399;SC=GCCAAGAGACCGGTGGTTGAT;SOR=2.226;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=152382462;WS=152382444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	152383913	rs2288198	T	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	152387553	rs4664475	T	C	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=38;PP=1177;SC=GCAACATGGGTGTGTCGTGGA;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=152387561;WS=152387543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	152388228	rs60806638	G	C	6325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=66;PP=2965;SC=CCCAGACTTTGTGACAATTTA;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=96;TCR=67;TR=162;WE=152388236;WS=152388218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	152388415	rs56026241	AT	A	1334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=32;PP=1331;SC=TTTGATCTAAATTGTGGAAGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=33;WE=152388423;WS=152388405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	152394534	rs3732310	T	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=28;PP=964;SC=TTACCCAAAGTTAATGTAAAT;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=152394542;WS=152394524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	152396726	rs66541369	T	TA	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=10;PP=314;SC=TTTTTCTCTTTAAAAAAATGT;SOR=1.893;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=22;WE=152396734;WS=152396716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	152402515	rs10687343	T	TAA	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.497;QD=11.08;ReadPosRankSum=2.762;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chr2	152403014	rs4664486	C	T	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	152403071	rs11436330	C	CT	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	152404294	rs2288201	C	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=24;PP=650;SC=TAGTAGGGGACGACGAGGGCA;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=152404302;WS=152404284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	152409416	rs2288203	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=711;SC=CTCAACAGACCGAGATGCATT;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=152409424;WS=152409406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	152409809	rs4575719	C	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=635;SC=AGCCACCCCCCAGAGCTGGCC;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=152409817;WS=152409799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	152417064	rs2288206	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=301;ReadPosRankSum=2.087;SC=GCAGGGGAGGGGAGGGAGGGT;SOR=2.636;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=16;WE=152417072;WS=152417054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr2	152417311	rs3214502	T	TC	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.773;NF=1;NR=5;PP=152;ReadPosRankSum=-1.430;SC=TCTCACACACTCCCTACTAAC;SOR=0.583;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=6;WE=152417319;WS=152417301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr2	152417628	rs145127681	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=94;ReadPosRankSum=-0.622;SC=TTTACCTGTAGACAAGCAACA;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=9;WE=152417636;WS=152417618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	152421937	rs7602715	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=250;ReadPosRankSum=0.316;SC=GCAATTATCTAAAGTTAAGCT;SOR=0.437;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=19;WE=152421945;WS=152421927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr2	152422076	rs2288210	C	G	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	152422087	rs2288211	A	G	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=851;ReadPosRankSum=-1.527;SC=TAAAGTTAGGATAGTTTTCAA;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=61;WE=152422095;WS=152422066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,105:0.63:166
chr2	152424933	rs3214503	T	TA	206.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-1.734;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr2	152425692	rs3732312	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr2	152426973	.	G	GA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.642;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr2	152427249	rs7568873	A	G	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=324;SC=AAGAGCATAGATGAGAATCAT;SOR=2.124;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=152427257;WS=152427239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	152432886	rs61254943	G	A	364.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=4.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=-0.959;SC=AGAAAACACAGGTAGAAGCAG;SOR=3.126;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=15;WE=152432894;WS=152432876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr2	152469013	rs114404051	A	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TATTTGTGTAAATTTCTGGGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=152469021;WS=152469003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr2	152472417	rs62174707	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=212;ReadPosRankSum=1.326;SC=GGAATTGAGACTTATAGGGGT;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=12;WE=152472425;WS=152472407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	152472736	.	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-1.345;SC=CAAAGTCAATCATTAGGGTGG;SOR=1.329;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=152472744;WS=152472726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	152474001	rs4303716	A	G	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	152476028	rs10172023	C	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=114;ReadPosRankSum=1.271;SC=GCAGGCAGATCCATTCATGCA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=13;WE=152476036;WS=152476018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,19:0.24:80
chr2	152481977	rs10186482	A	G	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=123;SC=GATTAATTTCATAATTCTCAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=152481985;WS=152481967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	152482240	.	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.083;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	152490219	rs6709886	A	G	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=51;PP=1868;SC=CGCTCTGGTCAGGCAGGCATG;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=108;WE=152490227;WS=152490209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	152490458	rs6710212	A	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=31;PP=1069;SC=AGTTGCTTGCAGTAACCATCT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=152490466;WS=152490448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	152497159	.	G	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=1.635;SC=AGCTGCTTACGATAGCCTTCT;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=19;WE=152497167;WS=152497149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr2	152500449	rs13013209	C	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.197;NF=20;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=1.226;SC=TCTGGCACTTCTTGGCCAACA;SOR=0.562;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=41;WE=152500457;WS=152500439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,48:0.41:117
chr2	152527572	rs7426114	C	T	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=57;PP=2024;SC=TGAGCCAACACCATGCCCATG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=114;WE=152527580;WS=152527562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	152531077	rs6711382	A	G	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=53;PP=1945;SC=ATTAAGTCATACCAATCCCGT;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=99;WE=152531085;WS=152531067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	152536498	rs6735208	T	A	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=37;PP=1139;SC=GCAGGTTGTATTTGTGAATAA;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=152536506;WS=152536488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	152551075	.	G	A	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.746;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=50;PP=1304;ReadPosRankSum=1.990;SC=CTGCCAGCAGGGGAATGGCAT;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=72;WE=152551083;WS=152551065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,90:0.73:124
chr2	152552062	rs6433569	A	C	6378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=59;PP=2611;SC=TTGTCAGTACATCACATGGTA;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=141;WE=152552070;WS=152552052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	152566433	rs12464543	A	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=19;PP=476;SC=TACCATTACAAAAATGATTAG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=152566441;WS=152566423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	152572644	.	C	CT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr2	152573902	rs34733773	A	AGGC	5650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=34;PP=2301;SC=TCTTCAAGGGAGGCAATGTCC;SOR=0.920;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=53;WE=152573910;WS=152573892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	152573981	rs4611637	A	G	4455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=54;PP=1685;SC=CTGGAGGATCAGCCAGAGGCG;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=102;WE=152573989;WS=152573971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	152581866	rs4300824	T	C	4858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=31;PP=2209;SC=CTCATAGTAATTCAACTGCTC;SOR=1.389;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=81;TCR=31;TR=111;WE=152581874;WS=152581856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	152584153	rs4664499	A	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=7;PP=408;SC=GAGTTGAGATAAGTAATTTCT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=152584161;WS=152584143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	152586322	.	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.787;SC=TTCATATTTTGGAACCCATCT;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=9;WE=152586330;WS=152586312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr2	152684704	rs150910136	A	AC	2699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.894;HP=9;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=48;PP=997;ReadPosRankSum=-0.081;SC=CGGGCAGCGGACCCCCCCCCT;SOR=0.315;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=6;TCR=70;TR=53;WE=152684712;WS=152684694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,112:0.88:128
chr2	152725790	rs143110116	CAG	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=1.514;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,11:0.11:96
chr2	152729138	rs770609	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=324;SC=CTATAAAGAATTTCAAGAATC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=152729146;WS=152729128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	152827973	rs7567588	A	G	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=16;PP=966;SC=GACTGCAGCTAGCCATCTGAG;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=152827981;WS=152827963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	152828281	rs7607341	C	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=34;PP=932;SC=GAACATCTCTCTCTTCCCCTG;SOR=2.049;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=45;WE=152828289;WS=152828271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	152954985	rs34347895	G	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.168;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=411;ReadPosRankSum=0.517;SC=CGCAGAGCGGGGCGACCACCC;SOR=1.921;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=30;WE=152954993;WS=152954975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr2	152988610	rs5835408	C	CT	4686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=42;PP=2173;SC=CTTTTTATTCCTGCACGAAAA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=48;WE=152988618;WS=152988600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	152992237	rs12612031	G	A	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=149;SC=AGCTATAATTGAGTCATTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=152992245;WS=152992227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	153000337	rs12617139	T	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=11;PP=499;SC=GATTTAAAACTTACCTGTCAT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=153000345;WS=153000327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	153001359	rs142275525	GAT	G	1741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.026;NF=13;NR=8;PP=844;ReadPosRankSum=-1.533;SC=CCCTGGCAAAGATATTTTAAG;SOR=0.954;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=21;WE=153001368;WS=153001349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr2	153006452	rs13003423	G	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=0.769;SC=GAAATCATGAGTTGGAGGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=153006460;WS=153006442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	153032208	rs111568112	T	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=357;ReadPosRankSum=-0.027;SC=ACTCAGCAACTGCTACCCGCC;SOR=0.577;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=29;TCR=77;TR=39;WE=153032216;WS=153032198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,50:0.36:139
chr2	153192323	.	CC	TT	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=141;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TCACCCCGTGCCGGGAGCGAG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=5;WE=153192332;WS=153192313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr2	153378459	rs4664114	T	C	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=28;PP=898;SC=TTAAACAGAATGCTATGAACC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=153378467;WS=153378449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	153378574	rs4664592	A	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=22;PP=584;SC=TTATGAAAAAAGTAATGAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=153378582;WS=153378564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	153378652	rs4664593	G	A	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=284;SC=TTGCTTCTGCGACAGAGATAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=153378660;WS=153378642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	153405594	rs1155779	G	A	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	153405684	rs12468789	A	G	197.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5904;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=-1.097;SC=TCATACCCAAAGAATTGAGCT;SOR=2.093;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=153405692;WS=153405674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	153415170	rs6705427	A	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=6;PP=592;SC=CTGGTGGAAAAAACAAAACTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=153415178;WS=153415160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	153415234	rs200953857	T	TG	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.427;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=1.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr2	153415244	rs72868279	T	C	3011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=32.74;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	153415376	rs6434098	T	G	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.161;QD=24.74;ReadPosRankSum=2.224;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr2	153417325	rs6713836	A	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=311;SC=AGGAACAGCAAGTTATACATG;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=153417333;WS=153417315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	153435288	rs12693407	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	153468107	rs35776654	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.515;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
chr2	153471535	.	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=0.495;SC=CTCAGAAAAGGAAAAATTGCT;SOR=0.502;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=9;WE=153471543;WS=153471525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	153476066	rs5835439	G	GCCA	1963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.319;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=33;PP=1743;ReadPosRankSum=1.492;SC=CGCCGCCGCCGCCCCCTCCTC;SOR=2.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=33;WE=153476074;WS=153476056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr2	153478931	rs7609122	T	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=574;SC=TGTGCCGCCTTGTGAAATGTG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=153478939;WS=153478921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	153481943	rs2346532	T	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=11;PP=826;SC=TTCTCTTTGATGTCTTTAGCT;SOR=1.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=45;WE=153481951;WS=153481933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	153483257	rs7604573	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=-0.353;SC=TTCAGGAAAATTATATTCTAG;SOR=0.360;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=8;WE=153483265;WS=153483247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr2	153483281	rs9989874	A	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=1.537;SC=GTTTATGATAAAATGAAAATG;SOR=0.990;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=14;WE=153483289;WS=153483271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr2	153492910	rs1561267	G	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=11;PP=586;SC=TCCCCATTGAGTTTCACTGGG;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=153492918;WS=153492900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	153497168	rs1465818	C	T	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=143;SC=TTCTCTGCAACTGAGCAGAAT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=153497176;WS=153497163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	153504552	rs12693429	G	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=601;ReadPosRankSum=0.162;SC=TAGCAAACACGGAAGAATTTT;SOR=0.285;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=35;WE=153504560;WS=153504542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,54:0.74:73
chr2	153514583	rs6713779	G	C	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.63;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	153519524	rs1036526	A	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	153520782	rs3762507	A	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=290;SC=GAGAAAAATTATATTTGGAAA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=153520790;WS=153520772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	153520819	rs3762506	C	A	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=195;SC=GAGAAATAAGCGTCTAACATG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=153520827;WS=153520809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	153529361	rs2304559	T	C	144.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	153535670	rs10166987	C	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=9;PP=282;SC=TTAAAATCTACAGAACTGAGA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=153535678;WS=153535660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	153549814	rs10172024	G	C	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	153572438	rs2346548	C	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=8;PP=545;SC=GACCTAGATTCTGAAATCTTG;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=153572446;WS=153572428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	153576548	.	G	GTCAGTCTTAAATGATTGGCTGCCAATGTTTCATTTCTTTATCATTCCCCTCCCCCCTTTTTTACCCTTTTTTGAATGTGCATGGAATGTAAATTA	2857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=53.92;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	153576580	.	A	ATTTC	1287	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=59.25;NF=0;NR=25;PP=1287;QD=52.56;SC=CCAATGTTTCATTTATCATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=25;WE=153576588;WS=153576570;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr2	153577013	rs9646744	G	A	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=57;PP=1786;SC=TTATAGTATTGCTTTCCTACC;SOR=0.962;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=97;WE=153577021;WS=153577003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	154800874	rs4318348	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-1.806;SC=TATGTGTACAATTAATGAAAT;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=3;WE=154800882;WS=154800864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	155098491	.	A	T	310.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TTTTAAAATAATCAGGATAAA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=155098499;WS=155098482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr2	155252653	rs13026208	T	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=597;ReadPosRankSum=0.488;SC=GTATGAATTATTTATTTTGGT;SOR=1.344;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=35;WE=155252661;WS=155252643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr2	155265623	rs1405936	G	A	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=35;PP=945;SC=TCAGCTTCATGTTTTAGAGGG;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=155265631;WS=155265613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	155306885	rs697648	C	T	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=13;PP=725;SC=AAGCTAAAGACGAAATAAGCT;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=155306893;WS=155306875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	155555195	rs5835535	T	TC	608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.44;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	157183211	rs35479735	TC	T	1261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.336;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=748;ReadPosRankSum=1.161;SC=CTGGATTGTCTCCCTCCCTCC;SOR=1.198;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=21;WE=157183219;WS=157183201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr2	157189011	rs834836	G	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	157370018	rs56102423	GT	G	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr2	157406249	rs2116665	G	A	5065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=85;PP=2400;SC=GGGAAAGTGCGTGTGAGCGGC;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=49;TCR=86;TR=134;WE=157406257;WS=157406239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	157406296	rs2116664	A	C	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=66;PP=2031;SC=TATGCCAGGTATCTGGGAGGG;SOR=1.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=26;TCR=67;TR=92;WE=157406304;WS=157406286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	157425502	rs36082652	C	CT	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	157425801	rs67602053	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=1.179;SC=TGTTATTGGTAAGTTGATAAA;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=157425809;WS=157425791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	157426114	rs147508905	ACTGGCAGCAAT	A	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.524;NF=0;NR=7;PP=1885;ReadPosRankSum=-0.690;SC=CAGTGACAGAACTGGCAGCAA;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=157426132;WS=157426104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	157427593	rs1469652	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=6;PP=235;SC=GCTTTATTTCTCATTTTCTAA;SOR=0.914;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=13;WE=157427601;WS=157427583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	157427837	rs1469651	C	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.36;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	157427850	rs1469650	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=4;PP=108;SC=TTGTAAACGCGGAATGGCTTA;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=157427858;WS=157427827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	158141079	rs2289941	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr2	158157361	rs3214040	C	T	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=35;PP=1175;SC=TCTATGGCCACGGAGACCACC;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=158157369;WS=158157351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	158162475	rs3214039	C	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=379;SC=AGAGAGTCCACCACTAAACAC;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=158162483;WS=158162465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	158162521	rs3816595	T	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=285;SC=GTGTGGGTCCTGCAGTCAACT;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=158162529;WS=158162511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	158165004	rs6728956	C	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=318;SC=TTAACTGTTGCTAACAAAAAT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=158165012;WS=158164994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	158180784	.	CA	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=0.524;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.230;SOR=1.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	158182313	.	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-0.852;SC=AGGTTCTTTTCCTAAAAGTAT;SOR=0.074;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=158182321;WS=158182303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	158275111	rs5835667	T	TA	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.612;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr2	158283710	rs155614	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=248;SC=TATTCCTCCAAAGGTAATTGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=158283718;WS=158283707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	158284056	rs155613	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=AAACGAAATACAAATGTTACA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=158284064;WS=158284046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	158291107	rs70987792	T	TAG	144.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.15;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	158291188	rs11904180	A	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=6;PP=241;SC=GGGAGAGACAAAAAATAATTC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=158291196;WS=158291178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	158291359	.	TCT	ACA	290	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5005;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MMLQ=27;MQ=57.19;NF=3;NR=3;PP=290;QD=57.2446458104;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=6;WE=158291369;WS=158291349;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,6:0.46:13
chr2	158395079	rs7576514	C	G	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=32;PP=1934;SC=AAAAACATGGCCTTACTTCAC;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=97;WE=158395087;WS=158395069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	158400908	rs6728987	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=560;ReadPosRankSum=0.245;SC=AACTAAGTACCTCTATCCTCA;SOR=0.484;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=33;WE=158400916;WS=158400898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr2	158401137	rs10432556	T	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=481;ReadPosRankSum=-0.638;SC=AACAAGAAAATGTAATTTTGT;SOR=0.657;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=33;WE=158401145;WS=158401127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr2	158626980	rs1146031	C	T	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=34;PP=1414;SC=CGGCAACATTCTCCCCTTGCC;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=79;WE=158626988;WS=158626970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	158636910	rs2227861	G	A	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=43;PP=1806;SC=AGCACTCCACGGCTTGGCCAG;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=102;WE=158636918;WS=158636900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	158637137	rs1866885	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.102;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr2	158655883	rs111834201	C	CAA	800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.02;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
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chr2	158978178	rs10804389	C	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=443;ReadPosRankSum=-0.670;SC=ATGCCAGCAACTCTTTGTTAT;SOR=1.267;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=26;WE=158978186;WS=158978168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr2	159028800	rs2222390	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=195;SC=AATTTAAATAACAATTCATTG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=159028808;WS=159028790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	159035344	rs3836162	A	AT	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-1.066;SC=ACTTAGAAACATTTTTTTTAA;SOR=1.371;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=4;WE=159035352;WS=159035334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr2	159077019	rs958671	A	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.99;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr2	159166069	rs7559772	T	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=35;PP=1010;SC=AAAGTCTTTCTTATTTTTATT;SOR=1.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=52;WE=159166077;WS=159166059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	159215124	.	C	T	326.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=1.922;SC=GAAAGAATATCATGTTATTGG;SOR=0.317;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=159215132;WS=159215114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr2	159312733	rs1111212	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=1;PP=308;SC=ACCTCGTTCCCTTACCAAAAT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=159312741;WS=159312723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	159434492	rs2356188	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	159434500	rs2356189	A	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.27;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	159520085	rs3771679	G	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=320;SC=CTTAGCTTGTGTGTGAAGGGG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=159520093;WS=159520075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	159522879	rs2248854	C	G	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=52;SC=ACATATGAGACTGGAACTCTG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=159522887;WS=159522869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	159530651	rs2711034	A	T	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=22;PP=587;SC=TTCTGTAGGAATCACACACCA;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=159530659;WS=159530641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	159534863	rs2356505	A	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=1;PP=264;SC=GGAAACACACACAGCCTGTTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=159534882;WS=159534856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	159534874	rs2356506	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=357;SC=CAGCCTGTTTCTGCCATAGTT;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=159534882;WS=159534856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	159534889	rs2711040	C	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=483;SC=ATAGTTTTGCCATTAGCCCCC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=159534897;WS=159534879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	159661077	rs2271663	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.42;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	159661077	.	CC	TC,TT	181	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=33;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2,1;NR=13,4;PP=181,16;QD=14.3847475031;SC=CTGGAGGGATCCCTCTGAGAG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15,5;WE=159661086;WS=159661067;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:15
chr2	159661078	.	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	159663599	rs9869	T	C	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	159672251	rs61740880	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,39:0.23:170
chr2	159992572	.	C	T	213	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=20;MQ=62.5;NF=9;NR=3;PP=213;QD=20.6476010456;SC=CGCGCGCGCGCGTTTAAGGGA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=159992580;WS=159992562;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	159992936	.	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.802;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=-0.073;SC=AGGTATTTTCCCCTCCAGCAG;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=159992944;WS=159992926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	160019863	rs12466551	A	G	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=30;PP=1120;SC=AAAGATGGAAACCTAAGATTA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=160019871;WS=160019853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	160032843	rs72951482	A	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	160033174	rs759034	A	G	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=159;SC=CCAGAGAGCCAGACTTGGGTG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=160033182;WS=160033164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	160034919	rs4665031	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=514;SC=ACCTTATCCTATTACACGTTT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=160034927;WS=160034916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	160035207	rs6748288	T	C	6809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.27;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	160035207	.	TGGCAAGGC	CGGCAAGGC,CGGCAAGGT	2105	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=83,17;NR=87,20;PP=2105,412;QD=12.5868894856;SC=TCTCCCTGAATGGCAAGGCCG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=85;TCR=87;TR=170,37;WE=160035223;WS=160035197;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:172
chr2	160035215	rs200216556	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=2.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,52:0.24:221
chr2	160042430	rs13389867	G	A	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.647;SC=ACACCAACTTGGGGAAGGGTT;SOR=0.552;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=59;TCR=72;TR=89;WE=160042438;WS=160042420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,153:0.71:217
chr2	160055448	rs13430891	T	A	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	160073895	rs4665042	G	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=0.203;SC=GGTTCAAAGGGGGAGGACATA;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=8;WE=160073903;WS=160073885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	160075886	rs146371641	G	GC	1251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=1003;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GCAGCGTGATGCCCTCAAAGG;SOR=0.791;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=29;WE=160075894;WS=160075876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,54:0.32:170
chr2	160076026	rs2303334	C	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=0.259;SC=AGCCACATGCCTGGTATTCCT;SOR=0.467;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=15;WE=160076034;WS=160076016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr2	160076077	rs2303335	T	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=1.201;SC=ATCCGGCCAGTGTCACCCTTC;SOR=1.911;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=10;WE=160076085;WS=160076067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr2	160082354	rs12692544	C	T	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.22;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	160082354	.	CATAATGGCTA	TATAATGGCTA,TATAATGGCTG	617	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=23,3;NR=37,11;PP=617,154;QD=10.8628535425;SC=TAATTGGGTACATAATGGCTA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60,14;WE=160082372;WS=160082344;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:60
chr2	160082364	rs34344829	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=1.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr2	160082384	rs13419975	T	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.145;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr2	160084224	rs2042494	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=314;SC=ATGTTCTGTCGTGGGTTTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=160084232;WS=160084214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	160084263	rs2042495	A	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=11;PP=390;SC=ACGGTGTTCCAGGTGTGGGAG;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=160084271;WS=160084253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	160084473	rs2288110	A	C	192.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=1.534;SC=GAAGAAAAACAAATGTAAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=160084481;WS=160084463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr2	160084534	rs2288111	A	G	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=21;SC=CTTCTCCAGCAGTGAAGGCCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=160084542;WS=160084524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	160085506	rs72955954	A	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=27;PP=761;SC=AGTGTTGCTCAGGTGCCTCTC;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=160085514;WS=160085496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	160086653	rs4664276	CA	TG	6056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.697;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=44;PP=2944;ReadPosRankSum=1.152;SC=GAATCGCTGCCACTCCTGCTG;SOR=0.956;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=167;TCF=91;TCR=76;TR=103;WE=160086662;WS=160086643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,151:0.65:234
chr2	160086692	rs3821296	A	G	3543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.970;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1918;ReadPosRankSum=0.778;SC=TAGAGGGAACAGGTACTTTCA;SOR=0.858;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=187;TCF=99;TCR=88;TR=124;WE=160086700;WS=160086682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,164:0.66:249
chr2	160087535	rs3821301	T	G	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=44;PP=1427;SC=CCTTAAGAAATCCCCATTTGT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=160087543;WS=160087525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	160112881	rs7591849	G	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TGTTCTGTGCGCCTTGCTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=11;WE=160112889;WS=160112871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr2	160114437	rs3213715	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.270;SC=ATTAATACAAGGTGAGGTTAA;SOR=0.105;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=7;WE=160114445;WS=160114427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr2	160116281	rs4665052	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr2	160132196	rs35620648	A	AC	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.850;NF=0;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=-0.854;SC=AAACACTGAAACCCCCCCAAA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=160132204;WS=160132186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr2	160136337	rs174264	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=310;SC=TTCACTATGCGGACACCTCAT;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=160136345;WS=160136327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	160176943	rs174229	A	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=20;PP=549;SC=AAAGAAAACAAATAATTAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=160176951;WS=160176933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	160182302	rs415793	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=1.104;SC=TTTTAGTGAACTACTTGTAGA;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=15;WE=160182310;WS=160182292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr2	160203934	rs965163	A	T,C	634.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=5,16;NR=1,4;PP=14,368;SC=ATATTAGGCAAGTAATAAACA;SOR=2.531;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=6,20;WE=160203942;WS=160203924;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:20
chr2	160231108	rs6742788	A	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	160239378	rs2302927	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=-0.939;SC=TTAAAAGAGCAAAACATGAGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=160239386;WS=160239368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr2	160241936	rs1469015	A	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=222;SC=TACCATAAAAACAATAAGATT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=160241944;WS=160241926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	160243183	rs918351	TA	AT	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=32;PP=1677;SC=CATGATTTCGTATCTTCTAAA;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=160243192;WS=160243173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	160253730	.	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=249;ReadPosRankSum=-2.583;SC=TAGGTTGAAGGAAAAACTTAA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=15;WE=160253738;WS=160253720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr2	160261721	rs35567166	T	C	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=8;PP=169;SC=ATAAAGGATATAATTATTACT;SOR=1.765;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=160261737;WS=160261711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	160261729	rs74694096	AC	A	430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.13;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr2	160285660	rs10754963	T	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.052;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
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chr2	160304741	rs12470533	A	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=228;ReadPosRankSum=2.193;SC=TCACTTATGTAAATGTGGATA;SOR=1.569;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=15;WE=160304749;WS=160304731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr2	160335315	rs72947590	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=0.461;SC=TTGTATACTTTTAAAAATATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=3;WE=160335323;WS=160335305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr2	160585740	rs3821299	C	A	187.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATCCCTAGGGCCACTCTTTTG;SOR=0.569;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=160585748;WS=160585730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr2	160602389	.	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr2	160604452	rs11555185	C	T	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=701;ReadPosRankSum=0.162;SC=GTTCTAGGGACTCCAGAAATT;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=60;WE=160604460;WS=160604442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,100:0.33:305
chr2	160604812	rs1427329	C	T	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1147;ReadPosRankSum=0.523;SC=CTGAAGTTCCCGATAATAGGG;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=83;WE=160604820;WS=160604802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,113:0.73:155
chr2	160605268	rs1365803	T	C	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=40;PP=1686;SC=TTGCAGTCCCTCCAGCACTTG;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=73;WE=160605276;WS=160605257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	160605489	rs10929950	C	T	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	160621354	rs5835760	G	GT	298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=18.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	160634564	rs5835761	ACC	A	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=1044;ReadPosRankSum=0.366;SC=TTAAAAATAAACCCTTTTATT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=160634573;WS=160634554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	160634582	rs148276105	TAATATC	T	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.210;SC=ATTAGTAGCTTAATATCAATA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=160634595;WS=160634572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	160637267	rs2303552	C	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=198;ReadPosRankSum=1.487;SC=TAGGTGCACACTGAAAATTTA;SOR=0.582;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=15;WE=160637275;WS=160637257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr2	160637324	rs2303551	A	G	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=32;PP=1795;SC=GAGAATTGAAAAGCCATCAGT;SOR=1.196;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=93;WE=160637332;WS=160637314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	160639970	rs2114626	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=-0.022;SC=TCCAAGTAGATGAAGGACAGT;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=13;WE=160639978;WS=160639960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr2	160654524	rs2556106	G	T	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=32;SC=GGGCGGGATGGCCGGCCGGGT;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=160654532;WS=160654514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	160663435	rs12463589	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr2	160663590	rs145004253	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=110;ReadPosRankSum=1.928;SC=CACCACTCTTACTTTTATTTT;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=13;WE=160663598;WS=160663580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr2	160663678	rs7566887	T	C	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=16;PP=315;SC=AATACAACTATGTCTACTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=160663686;WS=160663668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	160673526	rs2059696	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-2.104;SOR=0.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr2	160676427	rs12692566	C	A	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=29;PP=742;SC=ACATAAGAGACTTATCTAGAG;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=160676435;WS=160676417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	160676445	rs36120198	A	AT	652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=624;ReadPosRankSum=1.735;SC=GAGAAGAAACATTTTTTCCTA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=20;WE=160676453;WS=160676435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr2	160688351	rs6755783	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=8.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	160697271	rs147904044	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=-0.787;SC=CCATAAGGAAGAGTTGTGAAG;SOR=1.092;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=9;WE=160697279;WS=160697261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr2	160698698	.	CTA	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr2	160698700	rs41265133	A	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=834;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CTCTCTCTCTATATATATATA;SOR=1.002;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=29;WE=160698708;WS=160698688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr2	160708645	rs2162500	C	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.30;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	160708923	rs36091128	GT	G	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.25;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	160708933	rs72158678	GT	G	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	160709858	rs150355365	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,33:0.24:137
chr2	160710922	rs2729705	T	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=20;PP=704;SC=ATGTTATAGTTGCAAGAAAGC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=43;WE=160710930;WS=160710912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	160711556	rs975490	T	G	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=44;PP=1290;SC=TATTGTTGAGTCTTGTCCATT;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=68;WE=160711564;WS=160711546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	160717415	.	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=212;ReadPosRankSum=-1.441;SC=AAAGACAAGAGAGGCTTGAGA;SOR=0.799;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=21;WE=160717423;WS=160717405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,30:0.28:108
chr2	160729134	rs1397705	A	C	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.779;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=969;ReadPosRankSum=-0.648;SC=AATTTGTTTTATGGTATTATC;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=160729142;WS=160729124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr2	160734668	rs17828159	T	C	108.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=86;SC=AAGGACATAATAGGGAAGACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=160734676;WS=160734665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	160737495	rs2729712	A	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=3;PP=290;SC=CTTACCTTTTATTTTCCAGCT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=160737503;WS=160737485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	160737560	rs2729711	G	T	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=11;PP=511;SC=GGTAAAACAGGAAGAATATAA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=160737568;WS=160737550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	160738822	.	G	A	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=913;ReadPosRankSum=1.337;SC=AGTATGTCCAGACATCTGGGG;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=58;WE=160738830;WS=160738812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,83:0.67:123
chr2	160755581	rs186394466	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-2.083;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr2	160760972	rs1397707	C	T	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=129;SC=GCTCCAGAGCCCCCCCGCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=160760980;WS=160760962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	160761171	rs200831621	G	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=170;ReadPosRankSum=-0.751;SC=CGGGCGGCGAGGGGTCGCCCA;SOR=0.677;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=17;WE=160761179;WS=160761161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr2	160805993	rs6726923	C	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=0;PP=249;SC=CATCACCAACCAGACCAGAGG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=160806001;WS=160805983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	160807742	rs952184	A	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=294;SC=ATATTTATTAATATTTTTGGG;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=160807750;WS=160807732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	160808075	rs3828323	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=540;SC=GTATTTACACCGTGTCCAGAA;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=160808083;WS=160808065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	160833188	rs2715918	A	G	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	160840370	rs5835784	AC	A	197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=161;SC=TGGGATACTCACCCCTCAGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=160840378;WS=160840360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	160843623	rs6757188	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.897;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=0.612;SC=CAAATTAAAATAGTGTTGGTC;SOR=1.302;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=6;WE=160843631;WS=160843613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr2	160872989	rs10563068	GGT	G	799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=304;ReadPosRankSum=0.992;SC=AGAAGGGGGGGGTGCGAGGAG;SOR=3.258;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=19;WE=160872999;WS=160872972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr2	160873021	rs2715939	G	A	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.728;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.45;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr2	160873270	rs2667040	A	G	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=32;PP=873;SC=CTGTGCTGATACCGATGGGCA;SOR=3.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=36;WE=160873278;WS=160873260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	160873294	rs3833577	T	TA	253.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.8432;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GCAATTCTTATAAAAAAAATA;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=160873302;WS=160873284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr2	160876827	rs1511213	A	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=11;PP=269;SC=TGCAAAGGAGATAACACCCTG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=160876835;WS=160876817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	160885418	rs35771982	G	C	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1020;ReadPosRankSum=1.098;SC=CAGCCAGCGTGTTCATCCAGC;SOR=0.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=72;WE=160885426;WS=160885408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,129:0.61:210
chr2	160885442	rs3749117	T	C	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=988;ReadPosRankSum=-1.828;SC=TTGAGGCCCATCCACACCTCC;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=70;WE=160885450;WS=160885432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,139:0.62:224
chr2	160889673	rs2203053	G	A	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=43;PP=1267;SC=AAAACAACCAGGTCTTATTTT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=65;WE=160889681;WS=160889663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	160901517	rs4665143	A	G	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=47;PP=1604;SC=CCAGGCAACCACTGCCTCCTA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=87;WE=160901525;WS=160901507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	160919020	rs3749119	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=377;ReadPosRankSum=-0.497;SC=GAAGCGGATCCGTAGCCTCCT;SOR=0.632;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=23;WE=160919028;WS=160919010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr2	160919040	rs11285500	AC	A	1205.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=21;PP=746;SC=TCCGCGCCCCACCCCCTCCGG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=21;WE=160919048;WS=160919030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	160958145	rs7586751	T	C	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	160958349	rs34330288	GA	G	401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=171;ReadPosRankSum=0.869;SC=TGGTTCCCTGGAAAAAAAAAA;SOR=0.257;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=160958358;WS=160958339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr2	160964057	rs13009231	G	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.67;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	160964059	rs13008664	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.54;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	160968743	rs66470452	CA	C	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=398;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TTAGGTTAAACAAGATTCCAA;SOR=0.324;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=12;WE=160968751;WS=160968733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	160998618	.	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.068;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=1.572;SC=ATCTTTGTTTCCTCATGGTAA;SOR=1.200;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=12;WE=160998626;WS=160998608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr2	160998699	.	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	161028992	rs1037694	T	C	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=154;SC=TTTCACCAAGTGTATGTTATT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=161029000;WS=161028982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	161029218	rs2305818	G	A	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	161132293	rs57047289	T	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-2.637;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr2	161169828	rs10929977	C	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=1.375;SC=AAAAGAACAGCTCTACTTTGT;SOR=0.260;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=16;WE=161169836;WS=161169818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr2	161174693	rs1430	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=-0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.281;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	161797329	rs1524626	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=1.064;SC=AAACCCTGCCCAGGGACTCTC;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=13;WE=161797337;WS=161797319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr2	161797513	rs1524625	A	G	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=753;ReadPosRankSum=0.207;SC=TCATGTTTCAAAACACCAGAG;SOR=0.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=47;WE=161797521;WS=161797503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,73:0.73:100
chr2	161797664	.	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	162072738	rs1267034	A	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.484;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=569;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TATCTTAATAATATTATAGGG;SOR=1.508;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=31;WE=162072746;WS=162072728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr2	162175290	rs1116165	T	C	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=18;PP=859;SC=TGAATAAACATTTTTGTGCTT;SOR=1.225;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=48;WE=162175298;WS=162175280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	162175546	rs4027148	CAT	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=166;ReadPosRankSum=1.425;SC=CACTAGATAACATGTGGAAAA;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=162175555;WS=162175536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	162223552	.	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
chr2	162224193	rs58162668	G	GT	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.650;NF=6;NR=8;PP=443;ReadPosRankSum=1.322;SC=TATAAAAGGAGTTTTTATTTT;SOR=0.506;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=14;WE=162224201;WS=162224183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr2	162251856	rs74733151	C	G	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=42;SC=TTCATCTGGTCTGCAACTACT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=162251864;WS=162251846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	162265189	rs12471336	G	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.328;SC=TGCCCTGAAGGTTATTCTGAA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=162265197;WS=162265179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	162274607	rs200480786	ATGTGTG	A	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.390;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=279;ReadPosRankSum=0.015;SC=AGGTGTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=0.375;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=8;WE=162274622;WS=162274597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr2	162280748	rs890076	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.951;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr2	162360238	.	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.613;NF=11;NR=7;PP=241;ReadPosRankSum=-1.411;SC=ATACTCTAAGGTAGTCTCATC;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=18;WE=162360246;WS=162360228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr2	162627391	rs41267437	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	162627583	.	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr2	162696255	rs2084544	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=375;ReadPosRankSum=0.193;SC=GCTCAGGGTCGTGGTAATACA;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=24;WE=162696263;WS=162696245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr2	162696414	rs2084543	C	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=503;ReadPosRankSum=-1.638;SC=AAGGTGAGGACGCTGAGTGGC;SOR=0.792;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=35;WE=162696422;WS=162696404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,73:0.65:112
chr2	162711682	rs41267441	A	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.800;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=360;ReadPosRankSum=1.275;SC=GGTACAGCTAATTTTTTGTTA;SOR=2.200;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=21;WE=162711690;WS=162711672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr2	162738781	rs41267443	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	162757381	rs142912867	TAAAAC	T	823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=487;ReadPosRankSum=-0.196;SC=CACCTGAAATTAAAACAAAAC;SOR=0.963;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=11;WE=162757393;WS=162757371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr2	162821515	rs4233647	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.916;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr2	162834264	.	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=1.846;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr2	162849713	.	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=0.293;SC=AGATCATCATCATCTTGACAG;SOR=0.105;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=9;WE=162849721;WS=162849703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
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chr2	162873188	rs2970931	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=2.638;SC=TTATATATAATATGAAATACA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=162873196;WS=162873178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	162877028	rs12692646	T	A	98.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	162879452	rs2302873	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=1.368;SC=TATGTTAGTATTTTTCAAGTC;SOR=0.257;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=14;WE=162879460;WS=162879442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	162890175	rs1558957	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.676;NF=2;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=-1.442;SC=TAGGAAAAAATAATCACAGAA;SOR=0.765;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=13;WE=162890183;WS=162890165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr2	162890196	rs11437441	C	CA	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.431;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	162890217	rs7608798	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.480;SC=AAGTAACATCGTTGCACACAT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=162890225;WS=162890207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	162891848	rs6432708	C	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=524;ReadPosRankSum=-2.214;SC=AAAAAAGACACAAATTGTTCT;SOR=0.986;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=34;WE=162891856;WS=162891838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,46:0.77:60
chr2	162894766	rs10930040	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=0.349;SC=TAACTATTTTAAAAGCTTATA;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=162894774;WS=162894756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	162929979	rs17574	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=1.014;SC=GCAGTCCCAGAAGAACCTTCC;SOR=0.874;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=13;WE=162929987;WS=162929969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr2	163029671	.	C	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.002;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,58:0.31:187
chr2	163044883	.	A	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=107;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CCTAAAGGAAAAACAAAAAAA;SOR=0.392;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=13;WE=163044891;WS=163044873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr2	163051415	rs1468916	C	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=5;PP=163;SC=AACATCACTTCTAAGTCACAT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=163051423;WS=163051405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	163128824	rs3747517	T	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=457;ReadPosRankSum=0.353;SC=AACTGTCTCATGTTCGATAAC;SOR=0.852;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=39;WE=163128832;WS=163128814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr2	163208893	rs17783344	T	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=262;ReadPosRankSum=-2.556;SC=TTTGACACAGTCTGGAATTAA;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=18;WE=163208901;WS=163208883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr2	163694878	rs4667768	C	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	163694886	rs4667769	G	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	164450245	rs10207539	T	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,52:0.40:130
chr2	164468360	rs2231899	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TTAAATAGGCATCAGAACTCT;SOR=0.317;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=164468368;WS=164468350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	165349459	rs1051160	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.618;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr2	165349463	rs11765	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr2	165353712	rs8192673	C	T	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=70;PP=2283;SC=TGACTATGAACAGACATACCC;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=130;WE=165353720;WS=165353702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	165358655	rs7584035	T	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr2	165358672	rs4667463	A	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=311;SC=AGAAAATAACATAAATTATTA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=165358680;WS=165358662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	165364887	rs8192674	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr2	165424837	rs17437781	A	G	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=646;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TTTTCTGTAGAATTATTGGCG;SOR=0.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=40;WE=165424845;WS=165424827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,70:0.73:96
chr2	165476253	rs61748245	A	T	5339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=53;PP=2168;SC=ACAGATGTAAATGGAGAACAG;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=70;TCR=54;TR=123;WE=165476261;WS=165476243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	165477903	rs62173895	G	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=168;SC=CGAGGTGCCGGCTAGGCAGCC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=165477911;WS=165477893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	165578581	rs6414069	A	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.362;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,38:0.31:121
chr2	165630100	rs355862	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	165630201	rs355863	C	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=0.666;SC=AAGTTTTACACAACGTATTTA;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=28;WE=165630209;WS=165630191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr2	165630414	rs355864	A	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=1.171;SC=GGGAATAATCATGTTAACATT;SOR=0.646;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=9;WE=165630422;WS=165630404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	165636332	rs355897	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr2	165657185	rs355915	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.970;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	165698715	rs71028447	A	AG	424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=288;SC=TCCCACCGCTAGGCTGCGCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=165698723;WS=165698705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	165809138	rs10544528	ATG	A	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.639;NF=13;NR=4;PP=685;ReadPosRankSum=0.061;SC=CAGTTGCAGCATGTGTGTGTG;SOR=0.598;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=17;WE=165809149;WS=165809128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr2	165809426	rs17353791	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=0.199;SC=AAGTTGCACATAGGACAGAAT;SOR=0.340;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=17;WE=165809434;WS=165809416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr2	165811554	.	GAA	G	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=18.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=2.356;SOR=3.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr2	165952939	.	A	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=0.047;SC=CACCATAAGAAATCTAGAACC;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=165952947;WS=165952929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	165987772	rs62174900	T	G	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=712;ReadPosRankSum=-0.532;SC=ATGATCGCAGTACAGACAATC;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=47;WE=165987780;WS=165987762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,82:0.78:105
chr2	165988022	rs78280506	C	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.45;ReadPosRankSum=2.198;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr2	165996107	rs1946892	T	A	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=675;ReadPosRankSum=1.524;SC=CTTCCGTTTCTGTGGTGGTGC;SOR=0.618;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=50;WE=165996115;WS=165996097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,77:0.68:114
chr2	166003479	rs16850131	G	A	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1029;ReadPosRankSum=1.195;SC=CTTTCCAACAGCTCTCCTAAC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=76;WE=166003487;WS=166003469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,120:0.67:179
chr2	166003573	rs58539679	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=407;ReadPosRankSum=1.107;SC=CTATTTAGAACACAGAGCTTT;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=29;WE=166003581;WS=166003563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr2	166012203	rs3731760	C	T	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=12;PP=931;SC=GCCACCACACCCAGCCTATGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=166012211;WS=166012193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	166021131	.	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTTTTCAATTCATTAAAATAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=166021139;WS=166021121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	166153499	rs7593568	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=227;SC=TCTAAGTTTTATTTTATGTGT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=166153507;WS=166153489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	166167166	rs7560348	T	A	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=78;SC=ATATTATATATAATGGAAATT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=166167174;WS=166167156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	166170127	rs2121371	T	C	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=19;PP=944;SC=AACCTAATTATAGCCAGTGTC;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=166170135;WS=166170117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	166172317	rs1838846	A	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=45;PP=1320;SC=TTTTTTAAAAAAATATGCCAG;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=166172325;WS=166172307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	166221569	rs3835933	TG	T	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=216;SC=ATACAGAAGATGGGGGGGGGG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=166221577;WS=166221559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	166221883	rs67174953	GTATC	G	413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=478;SC=CTATCTATCTGTATCTATCTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=166221894;WS=166221873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	166224047	rs2304010	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=405;SC=AGCAATTTTTGTCACTCTGTC;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=166224055;WS=166224037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	166229922	rs6432821	T	C	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=107;SC=CTTTGTACCATGGAAATGTCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=166229930;WS=166229912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	166234076	rs1864885	A	G	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=51;SC=TAATTTTGGGAAAAAAGAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=166234084;WS=166234066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	166243620	.	C	T	215.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=6.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CTTTCTCATTCATCCCAAACT;SOR=3.020;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=166243628;WS=166243610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr2	166514594	rs10803800	A	G	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=154;SC=TGAGTTAACCATTTTCATATT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=166514602;WS=166514584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	166535918	rs777346	C	T	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=32;PP=1406;SC=TGCCTTACACCATGACCCCGG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=166535926;WS=166535908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	166610972	rs67722214	CA	C	184.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.47;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	166611006	rs62174818	C	T	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=427;SC=AATTGCCAAACTCAGTCTGAA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=166611014;WS=166610996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	166611086	rs41268661	C	T	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=25;PP=1039;SC=CAACATCTCACTTGTGCTTGT;SOR=0.967;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=64;WE=166611094;WS=166611076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr2	166621354	rs2113840	T	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=191;SC=TACCACAATATGGATTTGGGA;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=166621362;WS=166621344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr2	166770120	rs10176588	A	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=347;ReadPosRankSum=0.049;SC=CAAGGAGAAGAAAAGACCGAG;SOR=0.927;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=28;WE=166770128;WS=166770110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr2	166771663	rs7590559	C	T	216.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=0.126;SC=GGAATTAATACTAGTGGCTAA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=166771671;WS=166771653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr2	166773971	rs6750044	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=2.552;SC=TTATCAAATGGTATAAAGGAT;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=166773979;WS=166773961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr2	166781242	rs58208220	T	TA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=173;ReadPosRankSum=0.523;SC=AATATTTACCTAAAATAAACA;SOR=1.230;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=166781250;WS=166781232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	166788336	rs7592429	T	C	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=37;PP=1159;SC=GCATCCAATGTATTTCCCAAG;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=166788344;WS=166788326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	166797646	rs1432273	C	T	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=424;ReadPosRankSum=0.302;SC=ATCTGGTTCACAGTCTCCAGG;SOR=0.805;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=42;WE=166797654;WS=166797636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,73:0.34:217
chr2	166799596	rs13000534	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=304;SC=AATGCCAGTCTACCTTACAGC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=166799604;WS=166799587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	166799893	rs10930190	G	A	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=24;PP=631;SC=TTAGAAATGAGAGAAATAAAT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=166799901;WS=166799883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	166802306	rs5836067	ACTGT	A	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.140;NF=0;NR=7;PP=307;ReadPosRankSum=0.589;SC=CTATAGTGGTACTGTCTAATA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=166802317;WS=166802296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr2	166810161	.	G	GCCCGCTCA	4253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=35;PP=1351;SC=CCGCCCGCCCGCCCGCTCACC;SOR=1.312;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=49;WE=166810169;WS=166810151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	166810373	rs1347041	A	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=25;PP=701;SC=TCGGAGGGAGAGGCGGGCCTG;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=166810381;WS=166810363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	166810433	rs5836068	GT	G	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=446;SC=GGACCCGGAGGTGAGGGCTGC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=166810441;WS=166810423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	166848685	.	C	T	5412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.695;NF=76;NR=96;PP=2827;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TGTCATCGATCCCAACTTCCC;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=256;TCF=115;TCR=141;TR=172;WE=166848693;WS=166848675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,244:0.64:380
chr2	166892444	rs34673057	TAAA	T	133.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	166892448	rs114707732	A	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	166892788	rs2298771	C	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.377;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=675;ReadPosRankSum=-1.203;SC=CCAATTTCTGCTGTATGATTG;SOR=0.633;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=40;WE=166892796;WS=166892778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr2	166893081	rs7601520	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr2	166894165	rs67819222	C	CT	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=2.899;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr2	166894230	rs2020318	T	C	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=836;ReadPosRankSum=-3.262;SC=GTTACATATGTATACATGTGC;SOR=0.933;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=47;WE=166894238;WS=166894220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,74:0.71:104
chr2	166895913	rs3032638	CT	C	47.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,8:0.80:10
chr2	166896143	rs2126152	T	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=160;ReadPosRankSum=1.117;SC=TTCCACCAGATAATAACATAC;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=166896151;WS=166896133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	166897864	rs6432860	A	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=546;ReadPosRankSum=1.659;SC=GGTCCATCACAACCAGGTTGA;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=41;WE=166897872;WS=166897854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,66:0.73:91
chr2	166897989	rs11394960	G	GA	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	166898017	rs10198801	G	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	166898878	.	G	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,39:0.32:120
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chr2	166903188	rs538921	A	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=19;PP=1105;SC=TTCCTCATACAACCACCTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=166903196;WS=166903178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr2	166905375	rs1542484	A	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
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chr2	166905572	rs1542483	T	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	166909544	rs3812718	C	T	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.706;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=55;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CTAATCACTTCTTACCTGGAA;SOR=1.475;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=116;TCF=37;TCR=79;TR=74;WE=166909552;WS=166909534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,86:0.61:142
chr2	166909559	rs3812719	C	A	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=42;PP=972;ReadPosRankSum=0.068;SC=CTGGAATTACCGAAATAGTTT;SOR=1.576;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=54;WE=166909567;WS=166909549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,61:0.59:104
chr2	166930214	rs566839	T	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=195;SC=TTTTAAAGAGTGGACTAAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=166930222;WS=166930204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	167056337	rs149207258	C	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.445;NF=6;NR=33;PP=829;ReadPosRankSum=-0.381;SC=GGGTAGGGGACACAAAATACG;SOR=1.690;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=39;WE=167056345;WS=167056327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr2	167056428	rs4303728	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-0.847;SC=TATGCTACCTGAAATGATGAC;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=14;WE=167056436;WS=167056418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr2	167060449	rs10180721	A	T	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=3;PP=344;SC=AAAATCTGAAAAATAAATATT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=167060457;WS=167060439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	167085124	rs10199799	T	G	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.88;SOR=2.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	167085141	rs58519838	CTT	C	1296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=650;ReadPosRankSum=0.363;SC=TAAAGAATAACTTATATCCTT;SOR=0.577;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=20;WE=167085150;WS=167085131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr2	167089976	rs75230218	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr2	167090042	rs722204	G	A	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=5;PP=128;SC=AGTCAATTCTGAAACTCACTA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=167090050;WS=167090032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	167099158	rs6746030	A	G	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=68;PP=1880;SC=GAGAACCTCCATACACAACCT;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=106;WE=167099166;WS=167099148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	167129069	.	C	G	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=512;ReadPosRankSum=1.941;SC=GTCCACGCTGCTTCCAAAACC;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=40;WE=167129077;WS=167129059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,60:0.34:179
chr2	167129466	rs35476363	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=0.877;SC=TACACTTTTCCGAATATAGGC;SOR=1.329;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=167129474;WS=167129456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	167133929	rs71428907	G	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5034;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=362;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTTCAAAGGGTAAAGCAGAC;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=19;WE=167133937;WS=167133919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr2	167134578	rs10930215	T	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=267;ReadPosRankSum=0.570;SC=CCAAAAGTTTTTAAAAATAAT;SOR=1.493;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=16;WE=167134586;WS=167134568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr2	167137119	rs6432893	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=1.239;SC=GGAGAAAAAAGCAGAGAACAT;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=28;WE=167137127;WS=167137109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr2	167137261	rs13007020	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TAGCCTCTTATGTAAGTCTAT;SOR=1.329;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=167137269;WS=167137251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	167138320	rs35888674	T	TA	636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=10;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=251;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GGTCGTGCCCTAAAAAAAAAA;SOR=1.073;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=24;WE=167138328;WS=167138310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr2	167138389	rs34570325	C	CT	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=530;ReadPosRankSum=0.000;SC=TAAAATCTTGCTTATATAGCT;SOR=0.877;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=15;WE=167138397;WS=167138379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
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chr2	167141319	rs200568743	G	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=724;ReadPosRankSum=-0.371;SC=AAGGAGCCACGAATGCTGAGT;SOR=0.303;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=43;WE=167141327;WS=167141309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr2	167143210	rs9917401	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=-1.146;SC=ACATCTTTCACCTATTAGCAT;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=167143218;WS=167143200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	167144974	rs6747673	A	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.29;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	167144977	.	G	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.27;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr2	167149693	rs7588632	G	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.24;ReadPosRankSum=0.869;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr2	167149700	rs41268675	T	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr2	167150975	.	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=2.823;SC=TTTGCTGTGGGACAGAATGAG;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=167150983;WS=167150965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	167151290	rs36090076	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	167162277	rs4429487	G	A	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=47;PP=1899;SC=TAAATTTGCCGTTTCAAAAAG;SOR=0.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=109;WE=167162285;WS=167162267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	167163043	rs9646771	T	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	167163199	rs9646772	A	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=12;PP=317;SC=AACTTTTCCTAAGAAAAAAAT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=167163207;WS=167163189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	167163372	rs4583483	TC	CA	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=287;SC=CCAGAGTCTTTCAAGGTGCAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=167163381;WS=167163362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	167163663	rs4447616	C	T	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=159;SC=GTTTACCTTTCTACATGGCAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=167163671;WS=167163653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	167168093	rs6432901	C	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=8;PP=456;SC=TGAAGGGCAGCTGTTTGCCAG;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=167168101;WS=167168083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	167263235	.	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=1.609;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr2	167279922	rs6738031	C	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=8;PP=202;SC=TTCTCTGATCCATATATATAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=167279930;WS=167279912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	167284520	rs3748895	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.232;SC=ACTGAAACTTTCTACTATGTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=167284528;WS=167284510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	167301338	rs35213258	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.575;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=2.109;SC=AGGTCAGAAAACATACGTTTA;SOR=1.164;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=10;WE=167301346;WS=167301328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr2	167322522	rs7593452	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=0.676;SC=ATTTGTTTTCGAAATAATGTA;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=16;WE=167322530;WS=167322512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr2	167328750	rs2293567	C	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=12;PP=1053;SC=AAAATCTTTGCAGACGTCAAT;SOR=1.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=167328758;WS=167328740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	167334085	rs7565062	G	T	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	167759948	rs7599152	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr2	167992545	.	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=310;ReadPosRankSum=0.251;SC=GATGTCACCTGAAAGTGGTCA;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=21;WE=167992553;WS=167992535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr2	168096268	rs77160941	A	AT	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=-0.303;SC=AAAGAATCTCATTTTTTTTCA;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=168096276;WS=168096258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	168097404	rs78066423	T	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.765;SC=CTACAAATAATTAGATTTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=168097412;WS=168097394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	168098199	rs76201476	A	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=234;ReadPosRankSum=-2.050;SC=GGATTACAGGAATGAGCCACC;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=13;WE=168098207;WS=168098189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	168099738	rs10497323	T	C	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=776;ReadPosRankSum=1.026;SC=TTGCTGGTGGTGATGTGAAAT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=52;WE=168099746;WS=168099728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,79:0.58:136
chr2	168099775	rs16853305	C	G	4510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=31;PP=1364;ReadPosRankSum=-1.706;SC=TGAAACCCAACCCATCGACAC;SOR=0.902;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=136;TCF=82;TCR=54;TR=82;WE=168099783;WS=168099765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,118:0.63:188
chr2	168099796	rs16853306	T	C	4665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1459;ReadPosRankSum=1.208;SC=ACTTGGGGCTTATTCTTCTGA;SOR=0.861;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=146;TCF=85;TCR=61;TR=92;WE=168099804;WS=168099786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,127:0.63:202
chr2	168101412	.	G	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=637;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TTCTTTTTGAGACAGAAAATT;SOR=0.737;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=40;WE=168101420;WS=168101402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr2	168103304	rs16853309	G	A	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1157;ReadPosRankSum=1.897;SC=CTGGTTGAACGTACTGTTAGT;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=74;WE=168103312;WS=168103294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,113:0.61:185
chr2	168103863	rs7581012	G	A	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=827;ReadPosRankSum=0.581;SC=TTGAGCCAGCGGCCAAGTGGC;SOR=0.734;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=56;WE=168103871;WS=168103853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,67:0.63:106
chr2	168104627	rs61750760	G	A	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1523;ReadPosRankSum=-0.745;SC=AACAAAAAGCGGGAGACTGAT;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=80;TCR=60;TR=95;WE=168104635;WS=168104617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,126:0.63:199
chr2	168105695	rs16853326	T	G	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.433;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=779;ReadPosRankSum=1.700;SC=GAGGTTTCCCTATCTGGAATT;SOR=1.027;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=53;WE=168105703;WS=168105685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,82:0.66:125
chr2	168106246	rs16853330	G	A	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,106:0.66:161
chr2	168107155	rs16853331	G	A	4435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=30;PP=1723;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GCACCAAGTAGCAGCTCATCA;SOR=0.868;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=161;TCF=107;TCR=54;TR=101;WE=168107163;WS=168107145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,204:0.65:315
chr2	168107491	rs3749004	A	G	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=875;ReadPosRankSum=1.002;SC=CAAAGGGGCCATCCCATGTCC;SOR=0.894;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=52;WE=168107499;WS=168107481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,68:0.73:93
chr2	168108032	rs16853333	G	A	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=846;ReadPosRankSum=0.687;SC=GAGGAATTTGGATTAACATCT;SOR=1.041;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=50;WE=168108040;WS=168108022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,72:0.76:95
chr2	168108357	rs1842233	A	G	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=49;PP=1499;ReadPosRankSum=-0.003;SC=AGACGTGGCAAGAGAGTGGAA;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=91;WE=168108365;WS=168108347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,131:0.67:196
chr2	168110534	rs114227676	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=325;ReadPosRankSum=1.390;SC=GTAAATTTTTATTTTTAGAAG;SOR=1.189;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=21;WE=168110542;WS=168110524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr2	168986154	rs925846	A	G	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,66:0.71:93
chr2	168996775	rs2278785	T	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=241;ReadPosRankSum=3.939;SC=TCAACCCCGATGTAGTATTTC;SOR=0.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=22;WE=168996783;WS=168996765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr2	168997097	rs2278784	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=217;ReadPosRankSum=-0.179;SC=AAATGTTAGCATATTAATGAT;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=20;WE=168997105;WS=168997087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr2	169487610	rs11347055	GT	G	45	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=43;SC=CTATATCCTGGTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=169487618;WS=169487600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	169674655	rs830026	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	169674663	rs830025	A	T	364.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	169674764	rs830024	C	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=118;ReadPosRankSum=-0.435;SC=CCTGTGCTCGCGAACTCCTCT;SOR=0.610;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=9;WE=169674772;WS=169674754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr2	169674806	rs2461389	G	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr2	169681278	rs11374385	T	TTTTGTTTGTTTG	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;MQRankSum=4.434;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.904;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr2	169690729	rs522893	T	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=-2.327;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr2	169707262	rs139707092	AAATTCTCTGG	A	2226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=15;PP=2984;SC=ATCTCTACTGAAATTCTCTGG;SOR=1.565;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=26;WE=169707279;WS=169707252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	169712115	rs58938408	C	CA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	169721377	rs479661	G	A	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	169721381	rs3931	A	G	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.09;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	169727879	rs61598834	G	GA	634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=6;PP=483;SC=ATAAAAACAAGAAAAAAAGAG;SOR=1.781;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=16;WE=169727887;WS=169727869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	169728069	.	GAAA	G,GA	1953.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;QD=32.03;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,47,14:0.77,0.23:61
chr2	169730344	rs16856071	A	G	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=71;SC=GTTTTAAAATATATTATAGTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=169730352;WS=169730334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	169824739	rs4148789	T	TA	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.15;QD=41.61;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	169824743	rs2389613	C	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.15;QD=42.43;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	169824749	rs28405534	C	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.15;QD=42.43;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	169824749	.	C	CA	244	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=5;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=22;MQ=69.33;NF=8;NR=2;PP=244;QD=30.7845760471;SC=TAACCAAAAACCCATGAATTG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=169824757;WS=169824732;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr2	169830051	rs2389605	C	T	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=206;SC=TGGTTATTCACTGAACACTGT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=169830059;WS=169830048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	169830155	rs2287623	G	A	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=19;PP=886;SC=ACACCTTTCTGTTTGATCAAT;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=55;WE=169830163;WS=169830145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	169830328	rs2287622	A	G	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=37;PP=1114;SC=TGGTTTAATGACCATGTTGAG;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=169830336;WS=169830318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	169830443	rs55669065	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=1.338;SC=TGTTGATACTCGGTGTCTGTG;SOR=0.399;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=169830451;WS=169830433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr2	169842809	rs2287618	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	169847292	.	C	T	3241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.717;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,152:0.67:227
chr2	169994021	rs369228824	AAG	A	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.131;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr2	169997051	rs990626	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr2	170003348	.	A	T	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=816;ReadPosRankSum=0.058;SC=TTGTTCAAATAATCGATAGAA;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=57;WE=170003356;WS=170003338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,79:0.72:109
chr2	170003432	rs4667591	T	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=46;PP=1535;SC=GCAGACTCGATTTTAGGTTCC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=89;WE=170003440;WS=170003422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	170010985	rs2075252	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.396;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr2	170013816	.	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=308;ReadPosRankSum=1.646;SC=TTAACAAAGGGGAGTGGGTGG;SOR=0.426;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=22;WE=170013824;WS=170013806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr2	170025198	rs143342962	GA	G	909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.997;NF=1;NR=28;PP=634;ReadPosRankSum=-2.048;SC=TGCCATGGGGGAAAAAAACAT;SOR=1.123;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=29;WE=170025206;WS=170025188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr2	170032989	rs2229265	C	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=486;ReadPosRankSum=-2.023;SC=TGCCACTCAGCTGAAGGGTGC;SOR=0.858;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=45;WE=170032997;WS=170032979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,72:0.34:210
chr2	170044587	.	G	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=325;ReadPosRankSum=1.894;SC=AGGTGGACACGTGGGTTCTGG;SOR=0.871;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=31;WE=170044595;WS=170044577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,45:0.31:146
chr2	170048395	.	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr2	170050227	.	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=162;ReadPosRankSum=-0.429;SC=TACTGTGTTTCCCTGGAATGT;SOR=0.719;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=15;WE=170050235;WS=170050217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr2	170050472	rs2075248	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=-0.879;SC=GACAAGCTGGTTGTAGCATGG;SOR=0.815;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=24;WE=170050480;WS=170050462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr2	170053505	rs2228171	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=527;ReadPosRankSum=2.251;SC=CGCCCAGATGCGCATTGGAAC;SOR=1.098;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=33;WE=170053513;WS=170053495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr2	170053580	rs2302696	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=0.438;SC=GAGCAAAACACAAGCATGTTC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=17;WE=170053588;WS=170053570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	170055255	rs16823023	T	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=593;ReadPosRankSum=-0.232;SC=ACAACATGCATCTCTGGAACG;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=38;WE=170055263;WS=170055245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,60:0.54:112
chr2	170058497	rs16856600	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=0.868;SC=GGCAAAAAACGCTGCAAAATG;SOR=1.426;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=170058505;WS=170058487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	170059190	rs2239599	T	C	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=672;ReadPosRankSum=-0.832;SC=CATTCACACATAGCAGGATTC;SOR=0.526;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=38;WE=170059198;WS=170059180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,68:0.73:93
chr2	170092655	rs12151603	A	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=3.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-1.019;SC=AAATAATACAACATCCTGTTT;SOR=1.802;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=170092663;WS=170092645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr2	170096282	.	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=303;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GCAGCTGTTCCCATCTAGAAA;SOR=0.518;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=27;WE=170096290;WS=170096272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr2	170103351	rs2075249	G	T	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=47;PP=1258;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GTGGTTCATTGGTTGGGTCCC;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=58;TCR=72;TR=85;WE=170103359;WS=170103341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,116:0.62:187
chr2	170129528	rs830994	G	A	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=44;PP=1624;SC=TGTGGCTGAGGACACAGACCT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=92;WE=170129536;WS=170129518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	170129636	rs830995	A	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=30;PP=975;SC=TATCCAAGACATGAAGCCACT;SOR=1.342;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=45;WE=170129644;WS=170129626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	170134191	rs831003	G	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=803;SC=ATATTTCTCTGCAGCCATTTT;SOR=3.442;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=32;WE=170134199;WS=170134181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	170134323	.	C	T	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,56:0.25:223
chr2	170139346	rs831010	C	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=20;PP=885;SC=AGAATCTGTTCACTGTTCAGA;SOR=1.032;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=51;WE=170139354;WS=170139336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	170139639	rs831011	A	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=18;PP=432;SC=ACCCTCTGGAATTAGGCACAG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=170139647;WS=170139629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	170150671	rs2229266	G	A	9003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=116;PP=2965;SC=AAGCATGTTCGTCACTGCCGT;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=92;TCR=117;TR=208;WE=170150679;WS=170150661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr2	170175334	rs2229263	T	C	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.057;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=1052;ReadPosRankSum=2.535;SC=CACCCAGGAGTTGGGGATGCA;SOR=0.801;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=61;WE=170175342;WS=170175324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,100:0.67:150
chr2	170177510	rs116665860	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CAAAGAAATGCAAATTAGAAA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=170177518;WS=170177500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	170218816	rs1559013	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=5;PP=664;SC=CGAGAGGCTCTGGCTGGGCTC;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=30;WE=170218824;WS=170218806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	170218847	rs1559014	C	G	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=9;PP=868;SC=CACTGGCCGGCGCTAGGCAGG;SOR=1.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=170218855;WS=170218837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	170336024	rs1879466	G	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,46:0.32:145
chr2	170387132	.	G	GT	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TCCAAATGTCGTTTTTTCATA;SOR=0.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=6;WE=170387140;WS=170387122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr2	170387779	rs187123975	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=369;ReadPosRankSum=1.378;SC=CACTACCTTCAATCCTTGATC;SOR=0.659;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=22;WE=170387787;WS=170387769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr2	170394469	rs2290004	T	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.547;SC=ATGTACTACCTAATAATTTAC;SOR=0.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=8;WE=170394477;WS=170394459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr2	170402707	rs2290009	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=0.499;SC=ATAAAATTAATGTCTACCATT;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=7;WE=170402715;WS=170402697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr2	170411693	rs2683455	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr2	170463551	rs2592813	T	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.364;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	170488454	rs3754921	A	G	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr2	170492567	rs2290007	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	170506895	.	T	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr2	170605981	rs4667607	C	T	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	170606438	rs10611184	TATAC	T	616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=11;PP=646;SC=TATATATATATATACACACAC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=170606458;WS=170606428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	170606450	rs79825047	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=11;PP=316;SC=TACACACACACATATATGTGT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=170606458;WS=170606428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	170606476	.	CAT	C	509	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=107;MMLQ=21;MQ=58.88;NF=1;NR=12;PP=509;QD=41.2307692308;SC=TATATGTATACATATATATGT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=170606485;WS=170606466;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	170606478	.	T	TATATGTGTATATATACGCATGTATGTATAC	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	170606496	rs144201291	C	CGCAT	142	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=114;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=357;SC=TGTATATATACGTATGTATAC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=170606504;WS=170606486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	170606553	.	A	AC	194	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=150;MMLQ=20;MQ=56.57;NF=2;NR=3;PP=194;QD=43.4;SC=GTGTATATATAGTATGTATGT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=170606561;WS=170606545;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	170606588	.	A	G	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5001;HP=2;HapScore=2;MGOF=157;MMLQ=20;MQ=57.88;NF=3;NR=1;PP=42;QD=19.1928031368;SC=ATATATACGTATGTATGTATA;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=170606596;WS=170606578;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	170606621	.	T	C	67	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=133;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=67;QD=25.4428031368;SC=TACATATATATGTGTGTATAT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=170606629;WS=170606599;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr2	170606658	rs1469355	G	A	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.07;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	170606724	rs10164599	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	170632960	rs150673586	C	CA	3195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.45;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr2	170632969	rs55969365	C	A	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=29;PP=1118;SC=ACAAAAAAAACCACAAGAAGA;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=170632977;WS=170632950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	170633023	rs11422611	T	TA	3565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=33;PP=2025;SC=CCACAGAAAATAGGAACCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=170633031;WS=170633013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	170633067	rs6745191	G	T	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=28;PP=893;SC=TTCAAGGCCTGGAACCTGGAT;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=170633075;WS=170633057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	170633103	rs11325477	GA	G	1984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=1230;SC=GTCTAAGAATGAATCACCTTA;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=170633111;WS=170633093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	170668106	rs2246149	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr2	170668813	rs3731674	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.215;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr2	170677837	rs59311986	AC	A	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.674;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=270;ReadPosRankSum=-1.880;SC=CCAAGTAAAAACAAAACCAAA;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=18;WE=170677845;WS=170677827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	170677855	rs34089373	G	GT	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr2	170684224	rs2303555	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=1.906;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	170762487	rs10171268	C	T	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=16;PP=1359;SC=TGATATTTAACATGAATGTGT;SOR=2.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=67;WE=170762495;WS=170762477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	170762566	rs10194785	A	T	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1620;ReadPosRankSum=-1.134;SC=AGCGAGAACTAAACGAGCATG;SOR=0.880;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=110;WE=170762574;WS=170762556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,166:0.74:224
chr2	170782037	rs1461958	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=2;PP=272;SC=ATACTATGATCACATCATTAA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=170782045;WS=170782027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	170782338	rs13016918	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GAGGTGACTGCGTGATGACAT;SOR=0.193;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=9;WE=170782346;WS=170782328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	170784004	rs6723655	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=7;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TTTTGATTAATTTTTTTTCAA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=170784012;WS=170783994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr2	170784049	rs898851	G	A	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=209;SC=AAGAACACCAGTTGTGTGCTC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=170784057;WS=170784039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	170785484	rs10165565	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	170821010	rs10197085	A	G	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=512;ReadPosRankSum=-1.528;SC=TCCTCTGAGGAAACTGGAGGG;SOR=0.787;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=36;WE=170821018;WS=170821000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr2	170850738	rs1461959	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=1;PP=268;SC=TGAAATAATTTGAGTTGCTTG;SOR=3.767;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=170850746;WS=170850728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	170865588	rs10205516	G	T	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=76;SC=TTTAGTGCCTGCTAGGATAAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=170865596;WS=170865578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	170870595	rs10497357	T	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=217;ReadPosRankSum=1.580;SC=AGCTGGAACGTTATCGGTGTT;SOR=0.996;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=14;WE=170870603;WS=170870585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr2	170871950	rs16857446	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	170871976	rs13028230	A	G	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=TTTGTCTGTTATATATGATCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=170871984;WS=170871966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	170911950	rs6741614	T	C	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=879;ReadPosRankSum=-0.444;SC=AAAGAAATAATGATTTTTTTT;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=56;WE=170911958;WS=170911940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,71:0.71:100
chr2	170917648	rs10203212	A	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=306;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TAAGTGAACTATTTAAAGGAA;SOR=0.379;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=26;WE=170917656;WS=170917638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr2	170917983	rs35032863	CT	C	1791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=1.499;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.08;MQRankSum=0.330;NF=4;NR=54;PP=639;ReadPosRankSum=-1.441;SC=TAAGAGGGAGCTTTTTTTTTT;SOR=0.432;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=6;TCR=69;TR=58;WE=170917993;WS=170917973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,105:0.93:113
chr2	170929880	rs10202446	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=432;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GACCTTTTATGTAATAGGAAA;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=26;WE=170929888;WS=170929870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr2	171055772	rs35745676	A	G	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=556;ReadPosRankSum=0.197;SC=GACTTGAATCACTTCCAGATC;SOR=0.732;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=42;WE=171055780;WS=171055762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,91:0.59:155
chr2	171070810	rs67994603	G	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=171;ReadPosRankSum=-1.201;SC=AGTATCAGTCGGCTTTTCTTA;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=17;WE=171070818;WS=171070800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr2	171070850	rs13423313	G	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,56:0.64:87
chr2	171070912	rs13385825	T	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,63:0.68:92
chr2	171071369	rs4667626	C	T	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=32;PP=908;SC=GTTTTCTTGACGTGTGCAGTT;SOR=1.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=171071377;WS=171071359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	171073681	rs2032959	A	G	227.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTTTGTACTATTGCAGCAGA;SOR=0.275;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=171073689;WS=171073676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
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chr2	171092445	rs1035625	A	G	63.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GGGCCTTTTTAGGACATCTGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=171092453;WS=171092435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr2	171225841	rs4668246	A	G	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=911;ReadPosRankSum=0.004;SC=ACAGCTGGCCAAGGTTCTCCA;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=65;WE=171225849;WS=171225831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,108:0.57:188
chr2	171240213	.	C	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=508;ReadPosRankSum=-0.364;SC=AATTATTTTTCCTTCAGTTTT;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=36;WE=171240221;WS=171240203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr2	171242761	rs17497636	G	A	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,60:0.54:112
chr2	171248778	rs62170829	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=1.009;SC=ACTTCAGGCTGGGCAACAGAG;SOR=0.648;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=18;WE=171248786;WS=171248768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr2	171248904	.	G	A	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=1060;ReadPosRankSum=-2.475;SC=CATAGCTGATGAAACTGGAAG;SOR=0.772;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=75;WE=171248912;WS=171248894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,129:0.65:199
chr2	171256597	rs7561268	A	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-1.442;SC=AAGAGGGAGAATGGACTTTGG;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=171256605;WS=171256591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	171256912	.	C	CT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr2	171260708	rs10930425	C	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	171260787	rs6736609	G	A	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	171260820	rs6751520	T	C	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=36;PP=1551;SC=CCGCCCGCTCTTGGACATGTT;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=84;WE=171260828;WS=171260810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	171261021	rs6751781	T	G	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=322;SC=TATATGGTGGTTTGTAAGAAT;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=171261029;WS=171261011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	171264091	rs138990294	T	TGCTCTGGATATGAAA	1823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=2973;SC=CTTTATCTGGTGCTCTGGATA;SOR=3.981;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=12;WE=171264099;WS=171264081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	171300575	rs17426211	C	A	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.259;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=1188;ReadPosRankSum=-0.616;SC=CAGATTTGCACCAAATATAGT;SOR=0.434;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=171300583;WS=171300565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr2	171300648	rs4667639	T	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=827;SC=AGTTCCCTTCTAGCAGCCCTC;SOR=1.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=171300656;WS=171300638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	171319997	rs12477518	A	C	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=482;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GCTTCCAAAAAGGACTGTCTA;SOR=0.724;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=42;WE=171320005;WS=171319987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr2	171323280	rs67549561	CTGTGTCCTAAGAT	C	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=2828;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CTGGCCATCCCTGTGTCCTAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=171323300;WS=171323270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr2	171323328	rs4359605	T	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5050;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=225;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=63;SC=AAACATGTAATTGGCTAGTTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=171323336;WS=171323318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	171355198	rs6761297	A	G	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=26;PP=1064;SC=ATCACTGGGTACTGGGAAAAA;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=60;WE=171355206;WS=171355188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	171355329	rs6733198	G	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=20;PP=576;SC=AGACTCCAACGTAACAATGGT;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=171355337;WS=171355319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	171356274	rs10185178	G	A	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	171356423	rs9752383	T	C	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	171358211	rs7593940	G	A	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=14;PP=702;SC=CGGGCAATAGGCTGGAGGGGA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=171358219;WS=171358201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	171358347	.	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=395;ReadPosRankSum=0.681;SC=GCAACAGAAGGAATGAGTCTG;SOR=0.705;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=24;WE=171358355;WS=171358337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr2	171358474	rs7608168	T	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=286;SC=TCAGGAGCACTGGAATGAGTC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=171358482;WS=171358464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	171399378	rs2355886	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=114;ReadPosRankSum=-1.169;SC=TTATTATTTTCAAGTCTTTTA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=10;WE=171399386;WS=171399368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr2	171503330	rs6761488	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=2.018;SC=GAAGCAGTAACAATTGTTAAA;SOR=0.636;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=10;WE=171503338;WS=171503320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr2	171508056	rs12999176	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.659;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr2	171508262	rs6724627	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=273;ReadPosRankSum=0.490;SC=CAAAGTGGCCGTAAAGCTGTT;SOR=0.910;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=22;WE=171508270;WS=171508252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,31:0.25:124
chr2	171508490	rs10718459	CA	C	560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=466;SC=GCCCTTTGATCAAAAAAAATT;SOR=3.180;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=20;WE=171508498;WS=171508480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	171570151	rs72885464	C	T	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=54;PP=1884;SC=TTAGGCTAACCTCTGACGCTG;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=105;WE=171570159;WS=171570141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	171570488	rs7563812	C	G	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=29;PP=1075;SC=GCGATCCCCGCGTCCGCAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=171570496;WS=171570478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	171570583	.	G	A	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=635;ReadPosRankSum=1.909;SC=GGGAGGGATGGGGGTCACCCA;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=36;WE=171570591;WS=171570573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,62:0.72:86
chr2	171572906	.	G	A	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=26;PP=1305;ReadPosRankSum=1.417;SC=ACCCCGCGCTGGGCTCACCCT;SOR=0.826;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=128;TCF=84;TCR=44;TR=80;WE=171572914;WS=171572896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,134:0.63:213
chr2	171573185	rs1134626	G	T	6311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=101;PP=2965;SC=CCGCGCTGCCGCCAGGCTACT;SOR=0.990;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=70;TCR=102;TR=171;WE=171573193;WS=171573175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	171627676	rs1861462	T	G	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=34;PP=1311;SC=TCGGATGGTCTGCTGAAGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=73;WE=171627684;WS=171627666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	171632225	rs17694506	C	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=105;SC=AGACTTTAGTCCTCTGTGAGC;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=171632233;WS=171632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	171632385	rs10626619	C	CTT	1349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=8;PP=739;SC=AAAATAAAAACAATACGAAAT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=16;WE=171632393;WS=171632375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	171633554	rs17694562	A	G	59.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=2;PP=43;SC=AACAAAATACATACTTAATAC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=171633562;WS=171633544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	171634104	rs55923006	C	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=7;PP=592;SC=AAGTGTATGTCAGGGACATCA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=171634112;WS=171634094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	171634347	rs11334749	TA	T	3720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=44;PP=2071;SC=CAATTGTTACTATAGATAGAA;SOR=1.274;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=46;WE=171634355;WS=171634337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	171634395	rs1065651	C	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=623;SC=GATAAAAATGCAGAAGTATAG;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=171634403;WS=171634385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	171636496	rs55693618	C	T	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=8;PP=148;SC=AGAATTATTTCAGTAGAAGTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=171636504;WS=171636486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	171655260	.	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr2	171678379	rs2241165	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=0;PP=465;SC=GACACCGTTCCATATTTGAAG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=171678387;WS=171678369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	171693455	rs769390	A	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.842;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=445;ReadPosRankSum=1.251;SC=GTTGCTTTAAAAGTTCAGTCC;SOR=2.670;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=21;WE=171693463;WS=171693445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr2	171702480	rs701492	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.839;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	171705157	rs35403424	AT	A	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.614;NF=15;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GACTGGGTGTATTTTTTTTTT;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=25;WE=171705165;WS=171705147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr2	171709182	.	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr2	171709430	rs769391	A	G	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CTGAGAGACTACTGCTGCTGT;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=15;WE=171709438;WS=171709420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	171786169	rs2676158	A	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=67;SC=CGACTCGGCCAGGGGGCGGCC;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=171786177;WS=171786159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	171786239	rs3770442	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=1.238;SC=CTCCACCCCCCCTCATTTTTA;SOR=0.204;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=171786247;WS=171786229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr2	171793357	rs35123411	C	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	171818289	rs2557804	G	A	6522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=114;PP=2965;SC=AGATGTGGCTGATAATAACAG;SOR=1.111;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=68;TCR=114;TR=182;WE=171818297;WS=171818279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr2	171822466	rs4668356	C	T	14482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=1.511;SC=ACGCACCCTCCGACCCTGCCA;SOR=0.293;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=375;TCF=176;TCR=199;TR=361;WE=171822474;WS=171822456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,581:1.00:582
chr2	171851048	rs11397597	C	CA	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=1.239;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	171906469	rs3217296	GA	G	1928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.732;NF=3;NR=19;PP=849;ReadPosRankSum=0.518;SC=CTCTGAAAAGGAGAAAAAAAA;SOR=0.571;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=22;WE=171906477;WS=171906459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
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chr2	171916664	rs2676130	A	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	172016756	rs113416007	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	172180771	rs10205459	A	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	172187261	.	AT	A	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr2	172216881	.	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=0.237;SC=CGAGGAGGAGGAAAAGTCACT;SOR=0.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=14;WE=172216889;WS=172216871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr2	172291616	rs6751956	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=431;ReadPosRankSum=1.811;SC=TTAAGAATGTCTGGACAACTC;SOR=0.601;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=32;WE=172291624;WS=172291606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chr2	172305175	rs139655160	C	CT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.93;MQRankSum=2.093;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.499;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	172305177	rs192861143	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.93;MQRankSum=1.860;QD=19.48;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	172309506	rs3731985	T	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=1.097;SC=AGATAGATGGTTGTTTTCATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=172309514;WS=172309496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	172314644	rs58636477	AT	A	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=11;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=202;ReadPosRankSum=1.552;SC=CTAAAGTATGATTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=21;WE=172314653;WS=172314634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr2	172329458	rs36112363	G	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr2	172330393	rs3731983	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.285;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr2	172333295	rs4668387	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	172336541	rs3731981	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-0.906;SC=ATCTATCTATCCCAAAGACTT;SOR=2.584;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=7;WE=172336549;WS=172336531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr2	172378818	rs868106	A	G	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=28;PP=934;SC=CCACCAGGCAATGAGCGCCCT;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=172378826;WS=172378808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	172378889	rs2356782	C	G	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	172378893	rs3731976	G	A	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	172379686	rs960750	G	A	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=9;PP=883;SC=GAGCCTGCGCGATCGGGGGCG;SOR=1.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=44;WE=172379694;WS=172379676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	172379781	rs960749	G	A	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	172379936	rs960748	G	A	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=25;PP=682;SC=AGTGTGTTTCGCCGCCCTGCC;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=172379944;WS=172379926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	172398091	rs62181678	C	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,28:0.25:110
chr2	172398311	rs7586144	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=505;SC=CAGGTCAGTATTTCAGTGTAT;SOR=1.214;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=26;WE=172398319;WS=172398301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	172411273	rs10455	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.916;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr2	172563922	rs312925	G	A	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=795;SC=TTTAATGATAGAATGCATTCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=172563930;WS=172563912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	172564021	rs312924	A	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=158;SC=TGGCATAGAAATTCTCTGTTG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=172564029;WS=172564011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	172569134	rs5836347	AT	A	238.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.7386;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=118;ReadPosRankSum=-0.994;SC=TTTGTTTTCGATTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=9;WE=172569142;WS=172569124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr2	172582281	rs139032813	A	ATTAC	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=150;SC=GATTCCTTTTATTATGTATTA;SOR=0.818;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=172582289;WS=172582271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	172585397	.	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=1.242;SC=ATTTAAAATTCCTCCTTTAAT;SOR=0.976;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=8;WE=172585405;WS=172585387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	172644229	rs2292813	T	C	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=26;PP=1354;SC=GTGGTAAAGATAGCCACTGAG;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=66;WE=172644237;WS=172644219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	172650382	rs6745143	G	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=382;SC=ATCTTGAAAAGAAGGAGGTGA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=172650390;WS=172650372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	172709215	rs3770444	G	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	172712480	rs2056202	T	C	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=53;PP=1476;SC=ATATAAAACGTCATTGGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=74;WE=172712488;WS=172712470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	172725301	rs1878583	A	G	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=62;PP=1874;SC=CTGGGGTCATATAACGCTCTC;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=108;WE=172725309;WS=172725291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
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chr2	172952270	rs74659040	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.231;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,24:0.25:95
chr2	172966250	rs2228184	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=1.463;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr2	172967302	rs743605	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=9;PP=214;SC=AGGTGGCGGGCGTGCGGGGGA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=172967310;WS=172967292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	173292709	rs6744873	A	G	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.67;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,89:0.79:113
chr2	173292713	rs6716540	C	T	3524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.75;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,87:0.78:111
chr2	173292728	rs6731763	T	C	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=680;ReadPosRankSum=1.041;SC=CCACCCCCACTGGGGCGCCGG;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=54;WE=173292736;WS=173292718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,71:0.78:91
chr2	173332115	rs2272499	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=274;ReadPosRankSum=1.221;SC=ACTCAGAGTCGAGGCCATTTG;SOR=0.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=19;WE=173332123;WS=173332105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr2	173333720	rs17676773	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=189;ReadPosRankSum=-1.534;SC=TCTGGGATCCGGTCCCAAGAT;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=173333728;WS=173333710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	173333840	rs1574028	C	A	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=831;ReadPosRankSum=0.698;SC=TACTTTCTTCCATCTGCTTGC;SOR=0.881;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=57;WE=173333848;WS=173333830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,88:0.69:128
chr2	173334161	.	T	TATGATTTAGTACC	676	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=676;QD=355.5;SC=ATTTCTGTAATATGATTTAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=173334169;WS=173334151;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr2	173339808	rs11895564	G	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=26;PP=645;SC=GTTTGGCATTGCAGTAAAAAA;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=173339816;WS=173339798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	173340200	rs11464370	C	CA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=2.260;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	173344474	rs1920979	A	G	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=26;PP=896;SC=TATGGTGAGCATCCCTCTGTC;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=173344482;WS=173344464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	173352103	rs2293649	C	T	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1477;ReadPosRankSum=0.150;SC=ATGGCGATGACGCCCATGAGG;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=99;WE=173352111;WS=173352093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,150:0.68:221
chr2	173353060	rs1319059	G	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=338;SC=AATAAGCATTGTAAGTAAATC;SOR=3.383;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=173353068;WS=173353050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	173369000	rs61499296	A	AT	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.047;QD=12.64;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr2	173427053	rs10176813	T	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	173428874	rs6433368	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=175;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TGCTTTGTCTCCTCCTATGCA;SOR=1.071;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=20;WE=173428882;WS=173428864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,30:0.29:102
chr2	173429033	rs4972842	T	A	170.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9776;FS=6.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AAGTTTTATTTTGGAGGTCTG;SOR=2.526;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=173429041;WS=173429023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr2	173429496	rs10531054	TTAGG	T	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=-1.260;SC=AAAGTTCCATTTAGGTAGGAA;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=173429507;WS=173429486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	173431421	.	CAAA	C	39.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	173435374	rs13417334	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=231;ReadPosRankSum=1.477;SC=TAAAACTTCAAATAGTGCATA;SOR=0.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=18;WE=173435382;WS=173435364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr2	173435658	rs141130222	CAG	C	596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=498;ReadPosRankSum=-1.533;SC=AATCTACTCTCAGGGGAAAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=18;WE=173435667;WS=173435648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	173450886	rs373332447	CA	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.439;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	173460640	rs12693005	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=196;ReadPosRankSum=-0.025;SC=ACGAGGCTGATGACTGGTGCG;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=22;WE=173460648;WS=173460630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,41:0.26:156
chr2	173600603	rs76443145	C	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	173600783	rs34574292	C	CG	3602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=25;PP=1367;SC=AAAGGTAGCTCGCCGGGGGCC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=29;WE=173600791;WS=173600773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	173609173	rs13005651	T	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=400;ReadPosRankSum=-0.810;SC=AATGCAAACGTTGCGTGGTCA;SOR=0.942;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=34;WE=173609181;WS=173609163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,53:0.30:177
chr2	173659913	rs7585729	T	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=219;SC=ATGCAACTCTTGTAGTATATT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=173659921;WS=173659903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr2	173883523	rs61741759	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=-2.447;SC=AGATGAGTTCCGGAGGAGGTA;SOR=0.919;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=18;WE=173883531;WS=173883513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
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chr2	174085911	.	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,13:0.15:89
chr2	174086285	rs74417392	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=-0.732;SC=AATAAAATCACAAATGTTTGG;SOR=1.508;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=13;WE=174086293;WS=174086275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr2	174097016	rs112549081	A	AT	753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=502;ReadPosRankSum=0.072;SC=ATTTCATCTAATTTTATTCTG;SOR=0.834;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=17;WE=174097024;WS=174097006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
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chr2	174131525	rs111588144	A	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=130;SC=AAAAAAAAAAAAAAGAAATGT;SOR=0.892;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=174131533;WS=174131501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	174219773	rs28362634	G	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=152;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCAGGCGGGCGCGGGCCGACC;SOR=0.474;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=11;WE=174219781;WS=174219763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr2	174223675	rs11675433	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TCTATACAGCCGTTATGAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=174223683;WS=174223665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	174228257	rs2278638	C	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TAAATCTGTTCCATCACGCAA;SOR=0.169;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=14;WE=174228265;WS=174228247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	174228418	rs4972555	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=273;SC=ATCAGAAACTCTGAATGTGTC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=174228426;WS=174228408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	174228744	rs1529887	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=-1.401;SC=GAAGGGGACCTAGAGGAAACC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=6;WE=174228752;WS=174228734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	174230153	rs2288993	C	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=12;PP=559;SC=TTTTGAAGTTCTGTGTTTTGT;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=174230161;WS=174230143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	174230983	rs35959156	G	GT	352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.05;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	174231184	rs62175733	C	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=611;ReadPosRankSum=-1.129;SC=AGGGGTTGGTCCTGTGGGCTT;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=41;WE=174231192;WS=174231174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
chr2	174232452	rs139829082	A	AT	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=1.584;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=152;ReadPosRankSum=-1.455;SC=AAAGTTTCCAATTTTTTCACT;SOR=0.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=174232460;WS=174232442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr2	174820750	rs1047640	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,59:0.23:257
chr2	174829412	.	C	CCGGCGG	142	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	175199691	rs72915559	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGAGTTTAGCCGGCGGGAGCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=5;WE=175199699;WS=175199687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
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chr2	175200903	rs35548534	G	C	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=56;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TCGGCAACACGAGCCCGCTGA;SOR=0.574;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=160;TCF=62;TCR=98;TR=94;WE=175200911;WS=175200893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,140:0.62:224
chr2	175201836	.	G	A	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=777;ReadPosRankSum=3.338;SC=GCTGCGGCAAGGTGTACGGGA;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=45;WE=175201844;WS=175201826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,53:0.80:66
chr2	175202223	.	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.622;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,34:0.27:127
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chr2	175263063	rs10497410	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr2	175264627	rs59353951	CT	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.994;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.680;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	175289314	rs17255817	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr2	175292580	rs145699077	TTCAAATTTATCAG	T	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=701;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AAAGATGAAATTCAAATTTAT;SOR=1.219;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=2;WE=175292600;WS=175292570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	175300997	rs6757461	G	A	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=322;ReadPosRankSum=1.636;SC=ATTCATACTCGTTGGTAATAT;SOR=0.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=31;WE=175301005;WS=175300987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,63:0.34:183
chr2	175306645	rs34371550	AT	A	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.561;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	175306691	rs35594437	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.167;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr2	175309624	rs12993286	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=0.978;SC=TATAATAATTCGTCTCTACTA;SOR=1.863;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=7;WE=175309632;WS=175309614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	175309792	rs34291465	T	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=5.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.324;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,66:0.36:182
chr2	175318387	.	C	CAA	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=56.27;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	175318396	rs12614979	G	A	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.31;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	175326258	rs72910819	G	T	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=35;PP=1305;SC=AAAAAGAAAGGATGAATAGTA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=70;WE=175326266;WS=175326248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	175335076	rs2358637	G	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=0;PP=284;SC=AATTTTTTTCGACTAAACACA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=175335084;WS=175335066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	175335365	rs56101059	A	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=617;ReadPosRankSum=0.579;SC=TGAATTTGGCATCAGGTTCTC;SOR=1.002;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=33;WE=175335373;WS=175335355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr2	175431990	rs143689509	AAGAG	A	1179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=16;PP=846;SC=CACAGAATGAAAGAGAGAGAG;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=175432001;WS=175431980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	175436940	rs4972450	G	A	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=31;PP=1200;SC=CCGGTTGTGCGGACTTGATTG;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=61;WE=175436948;WS=175436930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	175439512	rs1367218	T	C	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=26;PP=1178;SC=TTCCACAAGATGTGCTCCATC;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=175439520;WS=175439502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	175439681	.	TA	T	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.750;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr2	175613059	rs3816448	A	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CTTTGCATCAACTATGGGCCC;SOR=0.818;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=7;WE=175613067;WS=175613049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr2	175613169	rs2305414	A	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=432;ReadPosRankSum=0.492;SC=AAGGTGGTCTAGAGGCGGTCA;SOR=0.462;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=30;WE=175613177;WS=175613159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr2	175613600	rs2646159	T	C	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=116;SC=GAGGCAAGCATAAAACTCTGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=175613608;WS=175613590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	175614908	.	CAAA	C,CA	1184.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.341;QD=20.08;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,22,24:0.37,0.41:59
chr2	175622178	rs11327107	TG	T	1063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=730;SC=GCCACCATCCTGGGTGATTTA;SOR=2.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=19;WE=175622186;WS=175622168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	175622788	rs2646164	G	A	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=33;PP=969;SC=TAGTGTGAACGTTTTTCTCAA;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=55;WE=175622796;WS=175622778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	175622907	rs2600687	T	C	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=126;SC=GAGGCTGAGGTGGGTGGATCA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=175622915;WS=175622897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	175624107	rs34695580	GA	G	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.888;NF=5;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=0.210;SC=CTTCATCCTGGAAAAAAAAAT;SOR=0.333;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=13;WE=175624115;WS=175624097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr2	175629021	rs7560774	C	A	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=793;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GATTTGGGGGCCTCCAGCACT;SOR=0.788;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=56;WE=175629029;WS=175629011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,103:0.76:136
chr2	175677022	rs12613075	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=314;ReadPosRankSum=0.046;SC=GCAACCCGCACTGCAAATGGC;SOR=0.505;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=23;WE=175677030;WS=175677012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr2	175689342	.	CTA	C,CTATA	108.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.414;NF=2;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GCCACATATTCTATATATATA;SOR=0.796;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=7;WE=175689351;WS=175689332;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.19:37
chr2	175779869	.	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=-1.579;SC=AGAGCTGGTCGGCTGCTTCTC;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=12;WE=175779877;WS=175779859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr2	175982957	rs1153675	A	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=401;ReadPosRankSum=-1.089;SC=TACTCTTTTTAAATTTCATGG;SOR=0.730;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=24;WE=175982965;WS=175982947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr2	175991969	.	GA	G	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr2	176044008	rs12615406	G	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=478;ReadPosRankSum=0.518;SC=GGTAAAGGTCGTATCAGTAAC;SOR=0.173;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=35;WE=176044016;WS=176043998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,46:0.79:58
chr2	176046007	rs73039765	C	T	4614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=57;PP=1864;ReadPosRankSum=0.455;SC=CCGAAGGTTGCCCCATTCAAC;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=119;TCR=99;TR=128;WE=176046015;WS=176045997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,223:0.58:387
chr2	176804220	rs148648399	T	TAC	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.501;QD=1.32;ReadPosRankSum=-2.929;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,8:0.14:58
chr2	176947273	rs377320983	A	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.260;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=392;ReadPosRankSum=-2.588;SC=GTCAGGAAGGAGAGTCGCTGC;SOR=0.255;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=31;WE=176947281;WS=176947263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr2	176957822	rs2518053	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=2.350;SC=CGGCGGCGGCGGCGGCAGCCT;SOR=0.608;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=27;WE=176957830;WS=176957812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,53:0.36:147
chr2	176983610	rs77946005	A	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr2	176988290	rs56007470	C	CGCA	2630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.745;NF=12;NR=22;PP=1603;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CATTCGCAGCCGCAGCAGCAG;SOR=0.723;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=34;WE=176988298;WS=176988280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
chr2	176989022	rs201376389	TC	T	174.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=200;SC=GACTTCTTCTTCTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=176989030;WS=176989012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	176996023	rs4972804	C	T	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.42;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr2	177016728	rs34727427	T	C	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=49;PP=2206;SC=GCAGCCGCCCTCCGGGACGGC;SOR=0.913;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=109;WE=177016736;WS=177016717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	177033779	rs72927183	C	T	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=9;PP=716;SC=GCCTGGGGGCCGGCCCAGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=177033787;WS=177033769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	177034121	rs34729309	G	T	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=64;PP=2645;SC=GCATGCGGCCGGGCACTGGGA;SOR=0.769;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=133;WE=177034129;WS=177034111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	177036754	rs1051929	T	C	9045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=100;PP=2965;SC=CAGCGCCAACTTGCAGGGCAG;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=113;TCR=100;TR=213;WE=177036762;WS=177036744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr2	177054411	rs13390932	T	C	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=42;PP=1970;SC=CTTCTCCTGGTACAAATTCTG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=99;WE=177054419;WS=177054401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	177054769	rs6710142	G	A	6401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=62;PP=2574;SC=TCTGGCCACGGCCATTCCTGT;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=77;TCR=62;TR=139;WE=177054777;WS=177054759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	178080471	rs150012936	T	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.625;NF=13;NR=18;PP=502;ReadPosRankSum=1.669;SC=AACTTTTTATTTTGTAGGTAA;SOR=0.773;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=31;WE=178080479;WS=178080461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr2	178085137	rs9068	G	A	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=3;PP=128;SC=GAGCAAATTAGTGGGTACCTT;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=9;WE=178085145;WS=178085127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	178129390	rs143406266	TGGC	T	1460.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=15;PP=739;SC=GCGGCTCTGGTGGCGGCGGCG;SOR=1.085;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=16;WE=178129403;WS=178129380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	178301428	rs3754989	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=21;SC=GTCATTCTCTCTAACTGAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=178301436;WS=178301418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	178326838	rs1979059	C	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.19;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	178326847	rs1979058	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	178358072	rs1348849	C	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=154;SC=TAGACAATTACATAAATGAGT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=178358080;WS=178358062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	178362572	rs12468046	G	A	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=234;SC=TGCACCTATTGTAAGGGTGTT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=178362580;WS=178362562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	178364328	.	A	AT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr2	178378452	rs2364854	T	A	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=20;SC=TAAGAAAATGTCAGACTTGAA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=178378460;WS=178378442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	178417142	rs11694988	C	T	5066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.99;NF=44;NR=106;PP=2965;SC=AGCTTGCAGGCGGAGGACCCG;SOR=1.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=44;TCR=106;TR=150;WE=178417150;WS=178417132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	178417225	rs11695035	C	T	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=33;PP=1628;SC=AGGCCTTGTACAGGGCCTGGG;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=77;WE=178417233;WS=178417223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	178481818	rs10497497	G	T	5660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=67;PP=2917;SC=TACATTTTCCGATTTGGGTCA;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=83;TCR=68;TR=150;WE=178481826;WS=178481808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr2	178482094	rs28630685	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.56;QD=30.28;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	178482594	rs61742858	G	T	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.570;NF=47;NR=50;PP=1443;ReadPosRankSum=-2.829;SC=CTCTGCCCTGGGTGGCATGTC;SOR=0.715;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=151;TCF=76;TCR=75;TR=97;WE=178482602;WS=178482584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,159:0.65:243
chr2	178494173	rs3830637	G	GGGA	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=12;PP=1078;SC=ACACTGGCAGGGGAGGATGAG;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=22;WE=178494181;WS=178494163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	178528703	rs13025391	C	T	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=56;PP=1636;SC=GGAAGAACCTCGCTTTATTAC;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=89;WE=178528711;WS=178528693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	178528789	rs13025904	G	A	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=22;PP=554;SC=TGAACCCTTCGCAAATCACAA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=27;WE=178528797;WS=178528779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	178534110	rs2222711	G	T	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=118;SC=TTTCAGGAGTGCTTCCTTAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=178534118;WS=178534100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	178534324	rs6433687	A	G	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=42;PP=1122;SC=TTAATCTGTGATTATGTGTAG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=178534332;WS=178534314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	178540293	rs3770016	A	G	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	178545713	rs4538242	C	T	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=383;SC=ATAAACACATCTATGGGAAAA;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=178545721;WS=178545703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	178561947	rs2886424	G	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=554;SC=AAGTTTAGCTGGTTTACACAT;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=178561955;WS=178561937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	178565815	rs10201180	T	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=12;PP=456;SC=TTTTGGTTTCTGTTAAGGGGA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=178565823;WS=178565805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	178592285	.	G	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=639;ReadPosRankSum=0.832;SC=AACATAAAATGATCACATGGT;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=37;WE=178592293;WS=178592275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr2	178681716	rs1438059	G	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=35;PP=774;SC=TATGAAAGCAGGCAGCCACCA;SOR=2.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=178681724;WS=178681706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	178764364	rs3037901	A	AAT	151.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.98;ReadPosRankSum=0.921;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	178769832	.	C	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr2	178769992	rs2695096	T	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=18;PP=479;SC=TGCACACTTCTTCTATATGCC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=178770000;WS=178769982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	178936373	rs1435573	T	G	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=43;PP=1750;SC=GCAGCAGAGGTGTTCCTGCAT;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=94;WE=178936381;WS=178936363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	178936614	rs6433711	C	T	6521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=70;PP=2742;SC=AGGGGGATACCGAGGCAGATT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=142;WE=178936622;WS=178936604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr2	178977620	rs2276622	C	G	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=616;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GAGTGGGCCTCTTGGACCTCC;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=33;WE=178977628;WS=178977610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr2	178986130	rs72274784	TACACACAC	T	282.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.34;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	178986140	.	C	T	291.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	178990447	rs145771081	GA	G	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=207;ReadPosRankSum=1.162;SC=AAGACAGAGTGAAAAATGGAT;SOR=0.839;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=10;WE=178990455;WS=178990437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,30:0.26:115
chr2	178990941	rs56809827	CAT	C	915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.583;NF=0;NR=13;PP=436;ReadPosRankSum=0.064;SC=AATTTTAAAACATATTGAGTA;SOR=0.780;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=13;WE=178990950;WS=178990931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr2	179203797	rs1434087	G	A	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=91;PP=2801;ReadPosRankSum=1.829;SC=GAACTCAGTCGGCACCTAACT;SOR=1.261;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=46;TCR=92;TR=136;WE=179203805;WS=179203787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,200:0.99:202
chr2	179226290	rs1560871	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-0.727;SC=TTAATTAGACTATTACATAGC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=179226298;WS=179226283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	179236831	rs6433724	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=1.697;SC=TAAATTACATATGTGGTTTTT;SOR=0.745;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=11;WE=179236839;WS=179236821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
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chr2	179238841	rs10190530	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.738;SC=CTTTTTGGTGATTACTTTCAT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=179238849;WS=179238831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr2	179358665	rs2303536	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.896;NF=7;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=0.474;SC=AAGTTCATACAATACAGGAAT;SOR=0.964;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=18;WE=179358673;WS=179358655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr2	179363807	rs3214536	A	AT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=4.771;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAAAGATTAAATTTTTTTTTG;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=179363815;WS=179363797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	179366093	rs2303537	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-0.393;SC=AGGTTTGTTACTAACTAAGGA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=179366101;WS=179366083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	179367086	rs967507	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=-1.930;SC=AATGAAGGAAAGAAACCGGGA;SOR=0.602;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=5;WE=179367094;WS=179367076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr2	179368380	rs16866352	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=0.810;SC=TTAGCCAGAAGCTAAAGGAAT;SOR=0.154;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=10;WE=179368388;WS=179368370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr2	179392080	rs16866373	A	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.159;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=166;ReadPosRankSum=1.041;SC=TCACTGAAAAAAATAAAGATT;SOR=1.224;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=15;WE=179392088;WS=179392070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,24:0.26:91
chr2	179395067	rs56207956	C	G	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=731;ReadPosRankSum=-1.939;SC=TATCCTGCAACCCAGTAACAA;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=47;WE=179395075;WS=179395057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,75:0.67:112
chr2	179395958	rs3813250	T	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=0.695;SC=GAATTCTTGCTGCCAAAGTCG;SOR=0.651;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=25;WE=179395966;WS=179395948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,48:0.35:138
chr2	179396162	rs56308529	C	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=385;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CAGCATACGCCTCTGTTCTTG;SOR=0.780;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=30;WE=179396170;WS=179396152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,51:0.35:147
chr2	179396354	rs3829748	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CCAGGGTGAGGACTCCACTCG;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=27;WE=179396362;WS=179396344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr2	179397561	rs3829747	C	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=532;ReadPosRankSum=-1.212;SC=AAGGCGGATGCGCTTGGGTCG;SOR=0.937;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=44;WE=179397569;WS=179397551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,60:0.34:174
chr2	179398823	rs2857265	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,59:0.31:192
chr2	179400585	rs71979618	G	GA	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=9.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=1.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	179401742	rs55742743	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=294;ReadPosRankSum=-2.154;SC=AGCTGAAACCCGGAAGTAATA;SOR=0.824;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=26;WE=179401750;WS=179401732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,31:0.29:106
chr2	179403593	rs2303539	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=449;ReadPosRankSum=0.035;SC=TAATGAAAAGGGAGTCAGCTT;SOR=0.595;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=31;WE=179403601;WS=179403583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,41:0.32:130
chr2	179404786	rs2288325	A	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,50:0.35:144
chr2	179405007	.	C	T	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=541;ReadPosRankSum=0.981;SC=GACTTTAGATCCTCCTTCATC;SOR=1.174;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=30;WE=179405015;WS=179404997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr2	179405885	rs3731751	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CACATTTTGATTGTGGTGGTG;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=179405893;WS=179405881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	179406003	rs3731750	C	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=2.152;SC=TACAAAATGTCCTTACCAATT;SOR=0.476;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=7;WE=179406011;WS=179405993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
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chr2	179407763	.	CT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
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chr2	179413110	rs3731748	G	A	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.843;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,93:0.33:283
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chr2	179414426	.	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.473;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=498;ReadPosRankSum=-2.462;SC=CTTTGGGCTTCACATTTATCC;SOR=0.987;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=143;TCF=66;TCR=77;TR=48;WE=179414434;WS=179414416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,62:0.32:194
chr2	179414633	rs890578	C	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
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chr2	179421694	rs9808377	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=527;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GCCAGAGATGATGAATTGAGT;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=43;WE=179421702;WS=179421684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,58:0.29:197
chr2	179427186	rs2366751	A	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,74:0.25:291
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chr2	179429468	.	T	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.791;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,57:0.36:160
chr2	179430997	rs3731746	G	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,44:0.33:134
chr2	179431719	.	C	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=430;ReadPosRankSum=-2.338;SC=ATGGATTTTTCATTAGTACTG;SOR=0.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=63;TCR=89;TR=45;WE=179431727;WS=179431709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,68:0.32:214
chr2	179436020	rs744426	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-1.633;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,42:0.26:159
chr2	179438857	.	G	A	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=587;ReadPosRankSum=0.268;SC=AGCATTTTTGGCGATCACACG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=44;WE=179438865;WS=179438847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,64:0.32:199
chr2	179441596	.	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=314;ReadPosRankSum=0.243;SC=TCCATGATTTCCTAAACTCTG;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=28;WE=179441604;WS=179441586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,40:0.29:136
chr2	179443217	rs3769864	T	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.459;SC=TGTACTGAAATAAAAACACAT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=179443225;WS=179443208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	179444137	rs2288571	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=0.159;SC=AATAGCAGAGATAAATTACTG;SOR=0.839;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=12;WE=179444145;WS=179444127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr2	179444768	rs4145333	C	G	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=91;PP=2965;SC=TCCAAATTAGCTACTCTGAAG;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=163;WE=179444776;WS=179444758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	179444939	rs2303838	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.787;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=108;ReadPosRankSum=-1.794;SC=GTCACATTGACAGGTGGCCCA;SOR=1.213;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=14;WE=179444947;WS=179444929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr2	179447848	rs4894029	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=371;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TCCAAGAAACTGTTGGCATCG;SOR=0.739;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=35;WE=179447856;WS=179447838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,65:0.33:196
chr2	179448911	rs16866400	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=0.593;SC=ACTACTCTCTGTGTCTTGGAG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=179448919;WS=179448901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	179451420	rs2042996	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=1.147;SC=TCTGTAACTAGTGATGTAGCC;SOR=0.555;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=32;WE=179451428;WS=179451410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr2	179453418	.	G	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=672;ReadPosRankSum=1.937;SC=TTGTTGACAGGGACCCATCGT;SOR=0.662;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=51;WE=179453426;WS=179453408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,61:0.28:216
chr2	179454394	rs1560221	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=532;ReadPosRankSum=0.037;SC=GCCACTTTAGATAGACAAATG;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=80;TCR=76;TR=49;WE=179454402;WS=179454384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,65:0.30:216
chr2	179455207	rs2163009	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.710;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=549;ReadPosRankSum=-0.419;SC=TCCATTGTGCTGTGCCAGGTT;SOR=1.056;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=148;TCF=58;TCR=90;TR=48;WE=179455215;WS=179455197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,57:0.30:192
chr2	179457147	rs16866406	G	A	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=266;ReadPosRankSum=0.718;SC=TGAACCAGCTGGATTCTCCAC;SOR=0.476;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=30;WE=179457155;WS=179457137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,52:0.31:169
chr2	179458591	rs2288569	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=370;ReadPosRankSum=-2.463;SC=TGGTCCAGGACGGTCTGCAGA;SOR=0.902;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=34;WE=179458608;WS=179458581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,42:0.26:159
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chr2	179468589	.	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=373;ReadPosRankSum=0.171;SC=CCCCAGAAACGGAAGCATACT;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=33;WE=179468597;WS=179468579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,60:0.35:170
chr2	179468873	.	C	T	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.068;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1313;ReadPosRankSum=0.236;SC=AGCATTGATCCTTTGGTGCGT;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=81;WE=179468881;WS=179468863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,117:0.71:165
chr2	179473143	.	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CATTCCATTTCACTAGCATAC;SOR=0.550;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=27;WE=179473151;WS=179473133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,48:0.31:157
chr2	179473207	.	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=302;ReadPosRankSum=-0.570;SC=AGGTGGTCCTGATAAAAAAAT;SOR=1.038;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=24;WE=179473215;WS=179473197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,35:0.30:115
chr2	179477188	.	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,35:0.27:132
chr2	179479769	.	C	T	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=24;QD=14.6928031368;SC=CATAATCTTTCAAAAATTCAA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=4;WE=179479777;WS=179479759;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr2	179481680	rs184815126	G	A	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=626;ReadPosRankSum=-1.690;SC=GATCGTGATAGGATTTGGGAC;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=47;WE=179481688;WS=179481670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,66:0.40:167
chr2	179481943	.	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=214;ReadPosRankSum=-1.461;SC=TATTTATTTCCTTTTTCCAAT;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=22;WE=179481951;WS=179481933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,36:0.36:99
chr2	179482347	rs72677235	CTAAG	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.792;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	179485350	.	C	T	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=839;ReadPosRankSum=1.008;SC=CTAAGGTCTTCCTCTGTTGTA;SOR=0.670;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=47;WE=179485358;WS=179485340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,67:0.67:100
chr2	179486057	.	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=334;ReadPosRankSum=-1.863;SC=TCAAGTATTTCAAGGTTTTGA;SOR=0.560;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=29;WE=179486065;WS=179486047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,44:0.31:142
chr2	179489469	.	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,28:0.25:110
chr2	179511767	rs143515502	G	GTA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.967;QD=5.31;ReadPosRankSum=-1.973;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	179514433	rs2562845	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=0.413;SC=TATTCAACACTGTAACATATA;SOR=0.518;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=11;WE=179514441;WS=179514423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr2	179516294	.	C	T	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=785;ReadPosRankSum=-0.753;SC=TGTTTAAGCTCATGGTTTCAA;SOR=0.502;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=51;WE=179516302;WS=179516284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,84:0.65:129
chr2	179518911	rs139167585	TAGC	T	1773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.416;NF=2;NR=17;PP=836;ReadPosRankSum=-0.561;SC=AAGTTATTCTTAGCAGAGGAG;SOR=0.967;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=19;WE=179518921;WS=179518901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr2	179539903	rs2472751	C	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=1.721;SC=ATAAAGACCACGTTTCCAGTT;SOR=0.988;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=9;WE=179539911;WS=179539893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr2	179542471	.	C	T	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=782;ReadPosRankSum=0.702;SC=GGTGGAATTTCCTCTTCTTCA;SOR=0.911;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=50;WE=179542479;WS=179542461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,66:0.65:102
chr2	179543217	rs35112591	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=194;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TCTTGGGTACCTCTGGCACTT;SOR=0.909;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=17;WE=179543225;WS=179543207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr2	179544501	.	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.452;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=0.149;SC=AGCATCTAAAAATATCTGCTT;SOR=1.129;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=16;WE=179544509;WS=179544491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr2	179548695	rs372078760	AT	A	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.193;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr2	179548954	rs78092378	T	TCAA	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.625;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr2	179553730	rs35770337	AT	A	102.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.634;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	179558366	rs2042995	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.848;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
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chr2	179566051	rs66521408	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;ReadPosRankSum=1.124;SC=ATTCATCAGTCGGAACAAATA;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=179566059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr2	179575511	rs72648998	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-1.974;SC=TCCGCCACTTCGTATTTCTCT;SOR=0.591;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=12;WE=179575519;WS=179575501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr2	179576058	.	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,52:0.37:141
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chr2	179576644	.	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=208;ReadPosRankSum=-0.129;SC=AACACAAATTCGTTCACTTTA;SOR=1.093;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=14;WE=179576652;WS=179576634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr2	179577629	.	G	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,78:0.34:229
chr2	179578730	rs2562839	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=651;ReadPosRankSum=0.537;SC=TCTTAAGGCCGGATACTTTGT;SOR=0.767;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=48;WE=179578738;WS=179578720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,75:0.36:209
chr2	179579093	rs12693164	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,41:0.26:159
chr2	179579212	rs2562838	T	C	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,71:0.38:188
chr2	179579822	rs2562836	T	A	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=-1.621;SC=GGATACTGGTTAGGAAGTTCT;SOR=0.813;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=38;WE=179579830;WS=179579812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,70:0.32:216
chr2	179580331	.	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=462;ReadPosRankSum=2.455;SC=AGCACAGCCACCGAGTCAACG;SOR=0.746;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=43;WE=179580339;WS=179580321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,64:0.29:217
chr2	179582162	rs62178977	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-0.933;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,23:0.21:110
chr2	179582327	rs13390491	C	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=298;ReadPosRankSum=-0.270;SC=CCCTATGTGGCTCTGGTCAGT;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=22;WE=179582335;WS=179582317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
chr2	179582537	rs2627043	G	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=542;ReadPosRankSum=2.242;SC=AAGTTTGCGCGCTGTAAAGAA;SOR=0.845;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=39;WE=179582545;WS=179582527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,53:0.35:152
chr2	179582605	rs6750145	A	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=553;ReadPosRankSum=-1.045;SC=TTCAATTCATAAAAGTTTTAA;SOR=0.747;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=41;WE=179582613;WS=179582595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,59:0.35:170
chr2	179583398	rs62178978	T	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=263;ReadPosRankSum=0.986;SC=TTAAAAGATGTATATATTGGG;SOR=0.957;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=19;WE=179583406;WS=179583388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr2	179583496	rs16866465	T	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=0.925;SC=GTCTCCACTTTCTAATGGCTG;SOR=0.668;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=27;WE=179583504;WS=179583486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,45:0.25:178
chr2	179585116	.	G	A	4247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=64;PP=2002;ReadPosRankSum=-0.220;SC=ACAAACCTTTGAACTTGACAG;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=129;WE=179585124;WS=179585106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,191:0.73:262
chr2	179585266	rs2562831	C	T	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.88;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	179585266	.	CTGCTTTCG	TTGCTTTCA,TTGCTTTCG	559	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2,11;NR=8,41;PP=140,559;QD=19.3467874862;SC=TGTTTCTAACCTGCTTTCGAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=10,52;WE=179585282;WS=179585256;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.19:52
chr2	179585274	.	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr2	179585393	rs2562830	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=2.209;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	179585769	.	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=438;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CAGAATTAATGAATGACATGT;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=34;WE=179585777;WS=179585759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,57:0.35:165
chr2	179587130	rs12693166	C	G	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=436;ReadPosRankSum=-0.660;SC=AGATTTTCATCGTCTCTTAAA;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=37;WE=179587138;WS=179587120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,53:0.36:147
chr2	179587687	rs2742327	T	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;ReadPosRankSum=0.315;SC=GGCTCACAGTTAGCAACTGGA;SOR=0.656;Source=Platypus;TCF=76;TR=44;WE=179587695;WS=179587677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,70:0.31:225
chr2	179589085	.	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-2.207;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,55:0.27:204
chr2	179590385	.	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.659;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,29:0.19:152
chr2	179590817	.	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=-0.400;SC=TACTGAATTTCACAAAATGAA;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=179590825;WS=179590807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr2	179594896	rs377639910	G	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=934;ReadPosRankSum=0.547;SC=TTCCAGAATCGGTAGCTTTGG;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=57;WE=179594904;WS=179594886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,74:0.73:101
chr2	179595117	rs17076	C	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=357;ReadPosRankSum=0.157;SC=AAAGAAAAAACAAGCAAAAGA;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=25;WE=179595125;WS=179595107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr2	179595540	.	C	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.01;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr2	179595588	rs376726021	TA	T	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr2	179595614	.	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=0.702;SC=AAGGAGCATGGAAATGCCCAA;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=27;WE=179595622;WS=179595604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,33:0.30:110
chr2	179596163	.	C	T	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.646;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1237;ReadPosRankSum=-1.234;SC=AAAGGTCATTCTTATATTATC;SOR=0.657;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=82;WE=179596171;WS=179596153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,142:0.64:223
chr2	179597115	.	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=466;ReadPosRankSum=-0.252;SC=TGAGAAAGAGGAAAGAATTTA;SOR=0.691;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=37;WE=179597123;WS=179597105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,46:0.38:122
chr2	179597413	.	T	A	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=694;ReadPosRankSum=-1.155;SC=AGAACATCCTTTGAGCCGGGT;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=51;WE=179597421;WS=179597403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,77:0.66:117
chr2	179600563	rs2742348	G	A	5065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=71;PP=2624;SC=CAAACTTGTTGGAAGCCTTAC;SOR=0.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=134;WE=179600571;WS=179600553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	179600648	rs2742347	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=363;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GTCGGAAATCCTCCAGTTAGG;SOR=0.826;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=36;WE=179600656;WS=179600638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,44:0.25:173
chr2	179600779	.	G	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=132;ReadPosRankSum=-1.480;SC=TAGGTCTGGAGAGAAAGGTTG;SOR=1.398;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=10;WE=179600787;WS=179600769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr2	179604160	rs1883085	T	G	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=606;ReadPosRankSum=1.534;SC=CCTCTTTGATTAAGCCACCCT;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=50;WE=179604168;WS=179604150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,73:0.33:218
chr2	179604366	rs2562829	T	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=489;ReadPosRankSum=0.229;SC=ACCTCTTCAGTTGAGATCAGA;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=45;WE=179604374;WS=179604356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,69:0.34:200
chr2	179604537	.	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,54:0.23:238
chr2	179604742	rs1883084	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=473;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CGCTGGCCACGGCTGCTTGCA;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=39;WE=179604750;WS=179604732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,52:0.36:144
chr2	179605180	rs746578	C	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=544;ReadPosRankSum=3.121;SC=TCAAGATGAGCGCACTTTGTG;SOR=0.909;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=40;WE=179605188;WS=179605170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,51:0.38:136
chr2	179605638	.	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=118;ReadPosRankSum=-1.532;SC=GCTCCCAAAGGAAGCTGACTG;SOR=0.757;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=12;WE=179605646;WS=179605628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr2	179605705	rs2742357	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=0.430;SC=TTTCTTCTGTAATTAAAGCAG;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=18;WE=179605713;WS=179605695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr2	179606538	rs2627037	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=309;ReadPosRankSum=1.150;SC=AATTTAGTTGGGTAAACTGGA;SOR=0.330;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=24;WE=179606546;WS=179606528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr2	179606665	.	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.965;SC=GGGGAAAAATGATTATTATTT;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=5;WE=179606673;WS=179606655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	179611058	.	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=195;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TCCATATTTGGATCTACAAAA;SOR=1.449;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=14;WE=179611066;WS=179611048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr2	179611225	.	G	A	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.404;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=38;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TGTTCTTGATGATGTGGTGTG;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=100;WE=179611233;WS=179611215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,141:0.72:195
chr2	179611711	rs66677602	C	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,65:0.29:227
chr2	179613473	.	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.780;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=-0.123;SC=CTTATTTTTTCCTGTTGTTCC;SOR=0.958;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=26;WE=179613481;WS=179613463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr2	179614952	rs10803917	A	G	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=55;PP=1924;SC=ACCAATGCTAACTCTTCTTCC;SOR=0.875;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=99;WE=179614960;WS=179614942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	179615478	.	A	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=374;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAAGTGTACCAAAAGATTCGC;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=25;WE=179615486;WS=179615468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr2	179615887	rs922984	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=399;ReadPosRankSum=-0.292;SC=GATTTTCATGTCCTCTCTAGA;SOR=0.321;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=24;WE=179615895;WS=179615877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr2	179615931	rs922985	C	G	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=20;PP=892;SC=CTTCACTTCTCAAAGTTCTTG;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=179615939;WS=179615921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr2	179620951	rs7585334	C	T	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-2.097;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
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chr2	179623758	rs2291310	C	T	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1356;ReadPosRankSum=0.012;SC=TACAGCATTACTAGCAACAAA;SOR=0.496;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=84;WE=179623766;WS=179623748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,112:0.65:171
chr2	179623939	rs6705594	T	C	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=50;PP=1184;SC=ACCACAAAAATGAGTGGATTT;SOR=1.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=72;WE=179623947;WS=179623929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	179629363	rs4894043	T	C	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=19;PP=753;SC=AAAGCGTGTATTCTTGCCCAT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=179629371;WS=179629353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	179629461	rs2291311	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=310;ReadPosRankSum=-1.422;SC=CCGGATATCACGGCACAGAAG;SOR=1.054;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=21;WE=179629469;WS=179629451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr2	179631214	rs2291312	T	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=438;ReadPosRankSum=0.238;SC=GGATTCTTCTTTCCACTACAT;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=37;WE=179631222;WS=179631204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr2	179631362	rs3816782	A	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr2	179632666	.	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,59:0.28:209
chr2	179632710	rs2291313	T	C	3597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=48;PP=2070;ReadPosRankSum=-1.645;SC=AACTGGGAATTACTGGAATGT;SOR=0.633;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=108;WE=179632718;WS=179632700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,149:0.73:205
chr2	179633298	rs4471922	G	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=1.732;SC=CCCATCGTATGGCTATCCCAC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=179633306;WS=179633288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	179634376	rs72125115	GTA	G	761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=6;PP=670;SC=ATATATATGTGTATATATATA;SOR=1.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=16;WE=179634385;WS=179634366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	179634936	rs2306636	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=294;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AATTTCCACACTCTTATGGAA;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=29;WE=179634944;WS=179634926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,44:0.28:160
chr2	179635553	.	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=0.809;SC=AAAAACACCTGAGATTATTTA;SOR=0.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=13;WE=179635561;WS=179635543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr2	179635882	rs4894047	C	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=317;SC=TCTTTTAAAACGATAACGATC;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=179635890;WS=179635872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	179636257	rs2291305	T	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=0.322;SC=AATGGGAAAATCTTTGCAGAA;SOR=0.850;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=10;WE=179636265;WS=179636247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr2	179637861	rs56142888	C	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=0.957;SC=TTCCAGATGTCATATTTTCTC;SOR=0.631;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=8;WE=179637869;WS=179637851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr2	179640513	.	G	A	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=622;ReadPosRankSum=-0.546;SC=GTTCCTCATAGGATTCATCCT;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=40;WE=179640521;WS=179640503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
chr2	179640917	.	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=437;ReadPosRankSum=-1.006;SC=TGGATACCATCATAGCGAACT;SOR=0.641;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=31;WE=179640925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr2	179641975	rs12476289	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,38:0.33:115
chr2	179642233	.	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=1.675;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,14:0.19:72
chr2	179642425	rs719201	G	A	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=33;PP=1807;SC=AACTTATCACGCTTACCATCA;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=92;WE=179642433;WS=179642415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	179643886	rs2291302	A	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=757;SC=AATTTACATCAAATAGTTATA;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=179643894;WS=179643876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	179643934	rs2291301	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=12;PP=577;SC=GCAAGGAGCTATGATAAATGT;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=179643942;WS=179643924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	179644035	rs1552280	G	A	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=19;PP=555;SC=CTTGATTCTTGAATCAAATCC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=179644043;WS=179644025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	179644160	rs2291308	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	179644855	rs10497520	T	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=231;ReadPosRankSum=-0.248;SC=TCTCCAACTTTAGGTTCTTGA;SOR=0.662;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=17;WE=179644863;WS=179644845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr2	179645731	rs12464703	C	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr2	179647546	rs55863869	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=0.931;SC=GCACAGCCAGATAGCAGGATG;SOR=0.919;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=6;WE=179647554;WS=179647536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr2	179650954	rs6715901	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr2	179665247	.	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=1.125;SC=GCCTTCTTGTGAAATTTGGAA;SOR=0.463;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=17;WE=179665255;WS=179665237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr2	179666830	rs68003004	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=204;ReadPosRankSum=-1.040;SC=TGTCCTCTGGGGGAGCAGAGG;SOR=0.509;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=13;WE=179666838;WS=179666820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr2	179667090	rs3816849	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=0.292;SC=GAACAATTCACCTTTATGTTT;SOR=1.038;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=12;WE=179667098;WS=179667080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr2	179682466	.	C	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.561;NF=9;NR=17;PP=463;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TTTTCGTTCTCTTTTTCTTTA;SOR=0.342;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=26;WE=179682474;WS=179682456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr2	179702244	.	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=-0.261;SC=CAGGCTCTTCCACCTCCATGT;SOR=0.914;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=28;WE=179702252;WS=179702234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chr2	179702268	rs1032283	A	G	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=49;PP=2219;ReadPosRankSum=-1.502;SC=ATGGTGCAAGAGGGGACTCAG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=106;WE=179702276;WS=179702257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr2	179702577	rs3045731	A	AGG	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=311;ReadPosRankSum=0.377;SC=ACAACCTACAAGGTTAAAATT;SOR=0.540;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=9;WE=179702585;WS=179702567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	179710550	rs17453403	C	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-2.387;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr2	179721032	rs12464157	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=0.202;SC=GATATTTAAGCGCCTTCAGAT;SOR=0.821;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=3;WE=179721054;WS=179721022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr2	179721046	rs17362588	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=289;ReadPosRankSum=-1.508;SC=TTCAGATTCCGAGATTTTTCA;SOR=0.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=11;WE=179721054;WS=179721022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr2	179732980	rs10165177	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-1.121;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	179733758	.	TTGGCCTTTATTTATTA	T	1187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=2929;ReadPosRankSum=1.170;SC=AAGACACAATTTGGCCTTTAT;SOR=0.825;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=15;WE=179733781;WS=179733748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr2	179737144	rs12693170	C	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	179753245	rs7573293	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TTTTAGTTTACGAAACTACCT;SOR=0.600;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=9;WE=179753253;WS=179753235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr2	179753476	.	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=346;ReadPosRankSum=-0.119;SC=TGCTCTCATGTTAGGTAGGCG;SOR=0.950;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=24;WE=179753484;WS=179753466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr2	179753549	rs1873164	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.167;SC=GGCATAGCAGGAAGCAAAAAT;SOR=0.904;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=179753557;WS=179753539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	179809500	rs9677932	C	T	161.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=4;PP=52;SC=TTATATAAACCATCTCATGTA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=179809508;WS=179809490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	179914640	rs61397643	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=519;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CGTAGAAAGCGCAACACTAGG;SOR=0.619;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=33;WE=179914648;WS=179914630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr2	179974761	rs2305170	A	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.751;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=-1.560;SC=CGGTTCTAAAAATCAAAACAC;SOR=0.341;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=17;WE=179974769;WS=179974751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr2	179977723	rs17454087	C	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=1.881;SC=AAGGCATTTTCTTGTTCTTAG;SOR=0.286;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=23;WE=179977731;WS=179977713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr2	179979848	.	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.270;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
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chr2	179982125	rs3217565	AAGAT	A	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=620;SC=ATTCTTCAACAAGATAGATAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=12;WE=179982136;WS=179982115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr2	180383498	rs4567894	C	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=100;SC=AAAGAGTCTCCTTCAACAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=180383506;WS=180383488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	180448523	rs11695089	A	G	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=839;ReadPosRankSum=-0.761;SC=TCTTCCTACTATCCCCATGAT;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=46;WE=180448531;WS=180448513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
chr2	180634456	.	G	A	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=758;ReadPosRankSum=1.503;SC=TTTCTTCAAAGCCCCGTAGAA;SOR=0.831;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=50;WE=180634464;WS=180634446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,75:0.68:111
chr2	180725481	rs259816	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=10;PP=447;SC=CGGCTAAACATAGCGGGGCAC;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=180725489;WS=180725471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	180810180	rs6433817	C	T	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=819;ReadPosRankSum=0.366;SC=CTCTGTCATTCGCAACTCTAC;SOR=0.841;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=48;WE=180810188;WS=180810170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr2	180810202	rs1046356	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=274;ReadPosRankSum=0.153;SC=GTAGTTATTTCGTTCAGAAGG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=26;WE=180810210;WS=180810192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr2	180810264	rs6433818	A	T	5199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=58;PP=2498;SC=AATTTGAACCACTTGAATTTT;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=130;WE=180810272;WS=180810254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	180815528	rs2304858	A	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=324;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TAATCTGAACATAAATTCTGA;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=23;WE=180815536;WS=180815518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr2	180823590	rs10497553	C	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=77;SC=CTGAAACACCCTAAGCTTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=180823598;WS=180823580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	180835412	.	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.499;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,56:0.29:194
chr2	180835589	rs4894140	A	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=31;PP=1322;SC=TATAGCTAAAAGTTAACAGAA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=180835597;WS=180835579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	180835792	rs3768837	T	A	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=636;ReadPosRankSum=-1.149;SC=CTAAGCATAATACTTCGTGTG;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=42;WE=180835800;WS=180835782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr2	180837722	rs6433820	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=269;SC=GGCGACAGAGTGAGACTCCAT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=180837730;WS=180837712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	180837776	rs72960679	T	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr2	180837806	rs6433821	T	A	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=20;PP=866;SC=CATCCAACATTTTTATCCCAA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=180837814;WS=180837796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	180843126	rs2367990	C	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=178;SC=CTACATAGTGCTCCTTAATTT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=180843134;WS=180843116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	180846743	rs3738943	G	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=2.363;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TAAATTTTTTGAAGAGCAGAA;SOR=1.288;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=180846751;WS=180846733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	182340714	rs139050637	A	ACT	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.24;ReadPosRankSum=0.754;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
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chr2	182350489	rs17290693	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=327;ReadPosRankSum=1.869;SC=AAGCTCAGTCTGTAGTTTGTC;SOR=1.426;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=17;WE=182350497;WS=182350479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	182350743	rs155103	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=586;ReadPosRankSum=1.353;SC=TCAAATTGGTACTTGATTTCT;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=33;WE=182350751;WS=182350733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr2	182359613	rs165419	G	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=4;PP=97;SC=AGTGAAGTACGTAAAACTGGT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=182359621;WS=182359603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	182374534	rs1143674	A	G	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=36;PP=971;SC=TGAAAAAAACAGTAGGAATAT;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=53;WE=182374542;WS=182374524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	182376546	rs1466109	T	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	182387133	rs7602504	A	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=405;SC=TTAAAAGTAAATGGTAGAATT;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=182387141;WS=182387123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	182395345	rs1143676	G	A	5116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=66;PP=2304;SC=GGCATAGTCCGGTTCTTGTCC;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=66;TCR=66;TR=132;WE=182395353;WS=182395335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	182399097	rs7562325	T	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=16;PP=421;SC=ATGTTGCGCATGTAAGATTAC;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=28;WE=182399105;WS=182399087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	182399497	rs11418738	A	ATT	897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.65;ReadPosRankSum=-1.060;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr2	182399638	rs2124443	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=290;SC=TTGTACTTCTATTGATCTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=182399646;WS=182399628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	182402790	rs6747500	G	A	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	182403792	rs57234957	A	AT	4468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=26;PP=2250;SC=ACTGGTTGACAATAAGCGGTG;SOR=1.295;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=53;WE=182403800;WS=182403782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	182403851	rs10180793	G	A	5788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=65;PP=2545;SC=CTTCCATTAAGTCACCATCTA;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=140;WE=182403859;WS=182403841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	182412633	rs139036113	G	GACACACACACAC,GACACACACACACAC	3533.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.33;QD=44.73;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,65:0.18,0.82:79
chr2	182412723	rs34890422	C	CGT	940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=122;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=22;PP=945;SC=TAAGTAAAAACGTACAATTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=182412731;WS=182412713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	182413259	rs12997453	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=205;SC=TATTACATTGAGTTTTTACCT;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=182413267;WS=182413249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	182413602	rs13003064	A	T	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=29;PP=862;SC=ATTACATTAAATATTAATCAG;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=182413610;WS=182413592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	182430707	.	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=-1.572;SC=ATGTTAGGTTCCAAATATGTA;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=182430715;WS=182430697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	182521578	rs1473295	G	A	3031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=43;PP=1375;ReadPosRankSum=0.651;SC=TCCCGATCTCGAAGATGCCCC;SOR=0.684;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=91;WE=182521586;WS=182521568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,146:0.64:229
chr2	182542485	.	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=0.382;SC=ACAGTGGGTTCGTTTCCCGGA;SOR=1.270;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=14;WE=182542493;WS=182542475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr2	182543455	rs1801262	T	C	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=928;ReadPosRankSum=0.033;SC=GCGTTCATGGTTTCGAGGTCG;SOR=0.820;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=53;WE=182543463;WS=182543445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,95:0.59:160
chr2	182778704	rs62192080	T	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	182794534	rs1051085	G	A	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=126;SC=TTGTATGTCAGTATTTTTCAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=182794542;WS=182794524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	182852512	.	C	T	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=1112;ReadPosRankSum=1.022;SC=TGCAGAGTAACCTGGAGCAGT;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=72;WE=182852520;WS=182852502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,97:0.61:158
chr2	182852729	rs16867515	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=488;ReadPosRankSum=0.373;SC=AGGATTTCACAGTTAGCAATA;SOR=0.092;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=34;WE=182852737;WS=182852719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr2	182926144	rs3754930	T	C	125.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chr2	182981846	rs1882211	G	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TGAAAACTTTGCACTCTTTTC;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=182981854;WS=182981836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr2	183584755	rs6729801	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.047;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
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chr2	183597063	rs288282	T	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr2	183616748	rs3115425	G	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=26;PP=1208;SC=ATGATGGGGGGGTTTTTTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=68;WE=183616756;WS=183616738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	183622319	rs141152570	AATAAT	A	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=-1.383;SC=GTCACTGATAAATAATATAAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=183622331;WS=183622309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	183622547	rs288334	T	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=261;SC=AAGCTTATCATTATCAGTAAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=183622555;WS=183622537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	183627504	rs192618	A	G	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=36;PP=1243;SC=CAACTGTTAAATTTTATTTCT;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=69;WE=183627512;WS=183627494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	183627619	rs190830	C	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=21;PP=575;SC=TCTGTTTTCTCATCCTTGTCA;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=183627627;WS=183627609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr2	183793398	rs9333280	A	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=403;ReadPosRankSum=0.704;SC=AAAGGGAAACAGACTACCCCA;SOR=0.765;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=28;WE=183793406;WS=183793388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr2	183799558	rs9288088	G	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=-0.437;SC=GGTAGGATAAGACCTAGGCAG;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=14;WE=183799566;WS=183799548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr2	183817745	rs56131696	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=231;ReadPosRankSum=0.314;SC=AGTTGACTGATAATATGAATA;SOR=0.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=14;WE=183817753;WS=183817735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	183827018	rs2271671	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=304;ReadPosRankSum=1.748;SC=TGTGAAGGCAGAATAATAATA;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=21;WE=183827029;WS=183827006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
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chr2	183851058	rs10185562	C	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=179;SC=ATTATCAATTCAGAAACTGGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=183851066;WS=183851048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	183859473	rs16823914	T	C	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=462;ReadPosRankSum=0.837;SC=GTTAGCACAATGCTAAGCACA;SOR=0.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=34;WE=183859481;WS=183859463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr2	183902651	rs2944358	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr2	183943694	.	C	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=1.633;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,55:0.38:143
chr2	183960143	rs57818913	G	GT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr2	183960522	rs13399265	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=2.176;SC=GGAGGTCAATTTGATTGTCCT;SOR=0.088;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=6;WE=183960530;WS=183960512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	183988984	rs2705719	C	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=197;SC=CTTCCCGGTGCAAAAACCCTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=183988992;WS=183988974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	183995742	rs925803	A	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=375;SC=CAGGGTCCTGATCAGTTGCCC;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=183995750;WS=183995732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	183998237	rs1980160	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AGCCTTTTAACACTTACTGTA;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=17;WE=183998245;WS=183998227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr2	184022015	rs3791249	G	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=1.349;SC=GTCACTGACAGAATTAGCCCA;SOR=0.307;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=4;WE=184022023;WS=184022005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	185463815	rs147358574	C	CCT	671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.437;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,46:0.30:155
chr2	185798504	rs4667000	A	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=34;PP=997;SC=AACATGACCAAAAAAGGGGTA;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=185798512;WS=185798494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	185800905	rs12476147	A	T	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=40;PP=1439;SC=CATCTTCAACAATCTTCACCA;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=82;WE=185800913;WS=185800895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	185801747	rs4667001	G	A	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.01;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	185801755	rs4667002	A	G	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.61;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	185801846	.	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr2	185802211	rs5836928	C	CACA	1619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=1209;SC=GTAAAAAGAACACAATACTTT;SOR=1.061;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=23;WE=185802219;WS=185802201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	185802243	rs1366842	C	A	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=20;PP=694;SC=TCAAATGCAACAATGATACAT;SOR=0.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=34;WE=185802251;WS=185802233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	185802363	rs12477430	A	G	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=12;PP=796;SC=GATATGAAACACATGAGTCAG;SOR=1.164;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=185802371;WS=185802353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	185802622	.	T	G	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=56;PP=1520;ReadPosRankSum=1.017;SC=AAAATACAGATTATCCCGTGA;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=51;TCR=73;TR=96;WE=185802630;WS=185802612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,111:0.70:159
chr2	185802645	.	C	T	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1227;ReadPosRankSum=-1.593;SC=GACAATTCTTCCTTAAATCCT;SOR=0.996;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=77;WE=185802653;WS=185802635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,88:0.68:129
chr2	186610344	rs11884004	T	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=0.889;SC=TGGACCCAAATAAGCTGGAAA;SOR=0.728;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=19;WE=186610352;WS=186610334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr2	186610388	rs17813736	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=-1.783;SC=TTTAAGTACTGGACACCATTC;SOR=0.569;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=9;WE=186610396;WS=186610378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	186611566	rs6758484	C	A	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=47;PP=1295;SC=AAAATATTAACAGAAAAATTG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=69;WE=186611574;WS=186611556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	186611938	rs12618129	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-0.233;SC=CCTGATTTCTGTTAGGCCCTG;SOR=0.327;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=6;WE=186611946;WS=186611928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr2	186612147	.	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=-0.040;SC=AGAGTGACAGGAAGGTAGGGT;SOR=0.464;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=28;WE=186612155;WS=186612137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,42:0.31:137
chr2	186618528	.	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=1.370;SC=GAAGATATAGGAAAAAATACA;SOR=0.994;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=6;WE=186618536;WS=186618518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr2	186625770	rs7562137	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr2	186625880	rs10170781	C	G	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=75;SC=AATTTATCTACTTAACTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=186625888;WS=186625870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	186627943	rs17228441	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr2	186629301	.	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=0.155;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr2	186629349	rs1986166	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-1.438;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr2	186653546	rs3752671	G	A	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1396;ReadPosRankSum=0.731;SC=TCTGTAGCACGTGCAGTGAAG;SOR=0.672;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=76;TCR=51;TR=91;WE=186653554;WS=186653536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,120:0.69:175
chr2	186653566	rs111265848	A	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=483;ReadPosRankSum=0.581;SC=GACTTTACATATAGAAGCTAC;SOR=0.759;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=41;WE=186653574;WS=186653556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,59:0.29:201
chr2	186653691	.	G	A	3563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1267;ReadPosRankSum=-0.262;SC=GGAAAAAACAGTTGTGGGGAA;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=87;WE=186653699;WS=186653681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,167:0.67:248
chr2	186654592	rs992822	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=179;ReadPosRankSum=0.054;SC=GAAGCAATCAATGCTATACTA;SOR=0.376;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=14;WE=186654600;WS=186654582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr2	186655726	rs10931199	G	A	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=13;PP=440;SC=TCTTCATTACGATCTCAACTT;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=186655734;WS=186655716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr2	186659024	.	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.699;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr2	186659359	rs2161036	G	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr2	186660167	.	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.767;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=529;ReadPosRankSum=0.844;SC=CTGATCAAATCATAGCAGCAG;SOR=0.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=33;WE=186660175;WS=186660157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr2	186661673	rs55938253	A	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=409;ReadPosRankSum=-3.081;SC=GCAGTTTCTTACAAAAGCTGC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=33;WE=186661681;WS=186661663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,54:0.32:169
chr2	186664473	rs11686997	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GGAAAAAATATGAATCAAAAC;SOR=2.476;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=8;WE=186664481;WS=186664463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr2	186664963	rs10931200	C	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,12:0.17:71
chr2	186665432	rs36004074	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-1.769;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr2	186665824	rs11695215	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,46:0.27:170
chr2	186665996	rs113773415	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=296;ReadPosRankSum=0.685;SC=TTTAATCTCTCTATGTCATTG;SOR=0.654;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=24;WE=186666004;WS=186665986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chr2	186667121	rs7605884	T	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.216;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=416;ReadPosRankSum=0.361;SC=CAGGCTTTCTTTTCTTTCAAT;SOR=0.354;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=24;WE=186667129;WS=186667111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr2	186667360	rs7565527	A	C	2894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=34;PP=1141;ReadPosRankSum=0.390;SC=TGTTCAGGACATCCTTAGTAA;SOR=0.724;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=73;WE=186667368;WS=186667350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,134:0.69:195
chr2	186667648	.	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=216;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TTCAGAAGATGATATTCAGCA;SOR=0.863;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=17;WE=186667656;WS=186667638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr2	186668714	rs17826419	A	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=0.369;SC=CCTGTTTCAAAAATAGCGAGT;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=13;WE=186668722;WS=186668704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr2	186670104	rs7576532	A	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.593;SC=TTGTATATGAACAGTTCATAG;SOR=0.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=186670112;WS=186670094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr2	186670256	.	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=181;ReadPosRankSum=-2.173;SC=ACCTTCTTTTCATTTCTAAAT;SOR=0.971;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=18;WE=186670264;WS=186670246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr2	186670710	.	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr2	186670780	rs16827154	T	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.788;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr2	186670979	rs4666689	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=1.780;SC=GAAATAAGAATTCGAACATCA;SOR=0.596;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=22;WE=186670987;WS=186670969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,46:0.38:122
chr2	186671015	.	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=319;ReadPosRankSum=0.717;SC=AGAGACTCTCCAACACAAACG;SOR=0.551;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=28;WE=186671023;WS=186671005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,48:0.39:124
chr2	186671357	rs17826534	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=1.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr2	186671912	rs1862066	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=0.194;SC=ATTTTCCAACGTCAGGTTAAC;SOR=0.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=14;WE=186671920;WS=186671902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr2	186678877	rs17230036	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=484;ReadPosRankSum=-0.294;SC=AATGAATTCAATCTCAAGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=23;WE=186678895;WS=186678867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr2	186678887	rs2161035	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr2	186680041	rs2287606	G	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.756;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr2	186692859	.	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr2	186697876	rs1468999	A	G	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=41;PP=1518;SC=AATGTCTTCAACTTTGTCAAA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=82;WE=186697884;WS=186697866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	187364811	rs4144786	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=73;SC=GGTAAGGACTGTAAATATGCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=187364819;WS=187364801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	187365374	rs62200583	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr2	187368733	rs10164423	G	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=827;ReadPosRankSum=-1.393;SC=CTGAGCCACCGCTTGTGAATA;SOR=0.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=63;WE=187368741;WS=187368723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,89:0.69:129
chr2	187455278	rs9333287	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=344;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GAACTGGAGCCGGCCCCCTCC;SOR=0.234;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=26;WE=187455286;WS=187455268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr2	187487160	rs9333288	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=325;ReadPosRankSum=1.955;SC=AAATTTTGGTGAGTCTTCTGG;SOR=0.665;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=24;WE=187487168;WS=187487150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr2	187487269	rs6741369	G	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	187490371	rs2197787	T	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=1.503;QD=19.24;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr2	187490389	rs28633327	G	T	681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=1.327;QD=22.72;ReadPosRankSum=3.388;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr2	187497988	rs56088351	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=-0.383;SC=TATGTTTTTCATTGATTTCTA;SOR=1.091;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=8;WE=187497996;WS=187497978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	187498107	rs9333289	T	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr2	187501648	rs13430921	A	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=692;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTCATATATATATGAATCTG;SOR=0.520;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=34;WE=187501656;WS=187501638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr2	187502846	rs13422838	T	C	77.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=0.524;SC=AGTTTAAAAATGCTGGGCTAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=187502854;WS=187502836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	187528635	rs3816386	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	187529823	rs35994921	AT	A	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=7.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-3.289;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr2	187532373	rs2595391	T	G	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=833;ReadPosRankSum=-1.803;SC=ATATTCATGGTAGGTTTTCTT;SOR=0.979;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=47;WE=187532381;WS=187532363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,68:0.65:104
chr2	187532417	rs2230616	G	A	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	187533368	rs11685758	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	187541377	rs35251833	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.306;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	187543374	rs1839123	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr2	187559029	.	A	ACAG	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.596;NF=17;NR=55;PP=2010;ReadPosRankSum=0.770;SC=GCCTCATCCAACAGCAGCAGC;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=22;TCR=73;TR=72;WE=187559037;WS=187559019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,57:0.29:194
chr2	187559047	rs144403657	G	GCAA	3061.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.55;MQRankSum=2.081;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,150:0.63:237
chr2	187559222	rs6705757	T	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=107;ReadPosRankSum=1.411;SC=CCCTTCCCTATCCATTCCTAT;SOR=0.479;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=10;WE=187559230;WS=187559212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr2	187559244	.	C	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=-1.176;SC=CTCGTTCGTTCCTGTCACCAT;SOR=0.512;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=187559252;WS=187559234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	187611748	rs2247924	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	187626338	rs13026081	C	T	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=16;PP=708;SC=AAGCTGAGGACAAGTCGCAGT;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=187626346;WS=187626328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	187698037	rs7609183	G	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=155;SC=AGTTGGTTGCGTATCAATAAT;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=187698045;WS=187698027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	187702339	.	GTA	G	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.6105;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=32;QD=20.5;SC=CATATCCATTGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=187702348;WS=187702329;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr2	188211141	.	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=569;ReadPosRankSum=1.707;SC=CAATCAAAAGGAAAACAGAAA;SOR=1.167;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=36;WE=188211149;WS=188211131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr2	188211174	.	G	A	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=35;QD=17.4428031368;SC=CCCATTAATTGAAATGAAGAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=4;WE=188211182;WS=188211164;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,4:0.17:24
chr2	188216783	rs858744	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=11;PP=545;SC=TAAACCAAAGCTATATGTATA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=188216791;WS=188216773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	188216807	rs858745	T	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=12;PP=763;SC=AATTCCAAACTTCTCAAGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=188216815;WS=188216797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	188227921	rs698582	A	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=0;PP=397;SC=CTATATTCCAATGTAGAAAGG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=188227929;WS=188227915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	188245640	rs1511877	G	A	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=294;SC=GACATTATATGAAAATCTATA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=188245648;WS=188245630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	188250301	rs698577	T	A	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=9;PP=236;SC=ACCAGAAAATTCAGGGTACAC;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=188250309;WS=188250291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	188332692	rs8176592	A	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=374;ReadPosRankSum=-1.539;SC=GGTAAGCCATATGTGATAGTG;SOR=0.521;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=30;WE=188332700;WS=188332682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
chr2	188343497	rs7586970	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=-2.100;SC=ATGAGCCGCATTCTTCCAACC;SOR=0.637;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=5;WE=188343510;WS=188343487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr2	188343502	.	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=2.311;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	188348696	rs144825443	TAAAC	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	189448896	rs2048138	A	T	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=640;ReadPosRankSum=1.790;SC=TGCAACTGAAATTGTTGTTTA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=36;WE=189448904;WS=189448886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr2	189849355	rs145536351	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TATAATTTTCTAATGAAAGGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=189849363;WS=189849346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	189849773	rs3106796	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=653;SC=CTAAAAGGGAATGAAAGTCAT;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=27;WE=189849781;WS=189849763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	189855674	rs2203601	T	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	189855725	.	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr2	189861250	rs375694438	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr2	189862043	rs114299724	T	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr2	189862203	rs3134654	C	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=271;SC=TCTCTGACACCATGTTGTTAC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=189862211;WS=189862193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	189866199	rs2271682	T	A	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=31;PP=1099;SC=ACTACCTGGATATAAAAAGAA;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=189866207;WS=189866189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	189866336	.	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=61;ReadPosRankSum=-1.078;SC=AAGACATTCTCAACATACTTT;SOR=1.755;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=6;WE=189866344;WS=189866326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr2	189867205	rs3106801	G	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=263;SC=TAGGATTATTGTACCCCTATT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=189867213;WS=189867195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	189868430	.	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.382;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=165;ReadPosRankSum=-1.579;SC=TTCTACTTTTGAAATTCAAAA;SOR=1.118;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=16;WE=189868438;WS=189868420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr2	189875421	rs1516446	T	G	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=33;PP=1506;SC=TTGATGTGCATCTGGCATTCC;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=82;WE=189875429;WS=189875411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	189899541	rs4666770	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=1;PP=272;SC=TATGCTCATATACAAGGTAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=189899549;WS=189899539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	189899572	rs7420715	T	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=4;PP=354;SC=GTTCTAGTGCTGTAATAGTAT;SOR=1.708;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=189899580;WS=189899562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	189901295	rs12693526	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=5;PP=364;SC=TATGTAATAAGTAGTAAAAAG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=189901303;WS=189901285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	189907937	rs6434312	A	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=17;PP=526;SC=GACCTCTGTCACCTCGGTCTC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=189907945;WS=189907927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	189918337	rs6750027	T	C	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	189918787	rs6738371	C	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=10;PP=340;SC=AATGATCTTGCTCAGATACCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=189918795;WS=189918777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	189923104	rs7556733	A	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=9;PP=610;SC=TGCGTTTATTAAGCAGTAATT;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=189923112;WS=189923094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	189923434	rs12989558	A	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=489;SC=TCATAGCACAAAATATTTCTC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=189923442;WS=189923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	189923630	rs5837121	AT	A	1735.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=3.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-3.354;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.770;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,119:0.85:140
chr2	189925313	rs6414121	G	C	92.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=81;SC=TGGAGATAATGATAGTACCTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=189925321;WS=189925303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	189925548	rs6414122	T	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=24;PP=745;SC=TGAATCTGTGTAAGTTTAACA;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=189925556;WS=189925538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr2	189926228	.	T	A	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr2	189927506	rs7424947	C	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=3;PP=264;SC=TGAAACTTACCCATAAGTCTT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=189927514;WS=189927496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	189932764	rs35830636	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=196;ReadPosRankSum=1.819;SC=ATTCCCTGAGGACCAGTGCTA;SOR=0.709;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=16;WE=189932772;WS=189932754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr2	189932831	rs2229495	T	C	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=28;PP=814;SC=CAGAGGTACCTGGAGAGCCCT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=189932839;WS=189932821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	189936687	rs6434317	T	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=6;PP=391;SC=ACTTTTCAATTAATTAAATGT;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=189936695;WS=189936677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	189936786	.	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=247;ReadPosRankSum=-1.091;SC=GGATTTCCTGGAAAACCAGAA;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=18;WE=189936794;WS=189936776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr2	189943121	rs5837122	GA	G	333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;MQRankSum=0.447;QD=15.89;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr2	189957140	.	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr2	189974958	rs4128539	G	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.07;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	190313396	rs6738193	A	G	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=147;SC=TGCCTATAGCATATTCTGTGA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=190313404;WS=190313386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	190319966	rs5837143	C	CA	453.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=209;ReadPosRankSum=0.000;SC=GACTTTGCCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.779;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=14;WE=190319974;WS=190319956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr2	190319990	rs1224958	A	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=4;PP=800;SC=TAAATTCCTTACACATGTTTG;SOR=2.200;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=32;WE=190319998;WS=190319980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	190322196	rs10497700	T	C	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=54;SC=TCCAAAGCTATTCCTAGTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=190322204;WS=190322186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	190323530	rs1157910	A	G	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	190327076	rs2304703	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=163;SC=TTAAAAGATACGAAGACACTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=190327084;WS=190327066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	190327126	rs2304702	C	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=5;PP=395;SC=AGTACGGTAGCAAAAACAAAA;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=190327134;WS=190327116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	190430177	rs2304704	A	G	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=33;PP=1539;SC=TCCAGAGCAGAACGTACTCCA;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=75;WE=190430185;WS=190430167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	190439823	.	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=319;ReadPosRankSum=0.715;SC=GTTTCCTTTGCTACAGAGGTA;SOR=1.195;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=22;WE=190439831;WS=190439813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr2	190443304	rs1439815	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=472;ReadPosRankSum=-0.246;SC=AGATACTATTCCCATCACATG;SOR=0.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=9;WE=190443320;WS=190443294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr2	190443311	rs67682938	CAT	C	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=875;ReadPosRankSum=2.231;SC=ATTCCCATCACATGTTATTAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=11;WE=190443320;WS=190443294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	190444630	rs1439816	C	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.635;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,39:0.36:107
chr2	190445076	rs4287798	T	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=-1.440;SC=CCAGAACTCGTGTAGAGTTGC;SOR=0.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=7;WE=190445084;WS=190445066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr2	190448047	rs987028	T	C	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=27;PP=1424;SC=TTTTAAGTTGTCTTTTCACTT;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=70;WE=190448055;WS=190448037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	190448544	.	CACACATAT	C	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=1696;ReadPosRankSum=-0.123;SC=CACACACACACACACATATAC;SOR=0.925;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=190448559;WS=190448534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	190531426	rs1437880	G	A	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=30;PP=1503;SC=TGTCATTTCCGGATGCATTAT;SOR=0.987;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=71;WE=190531434;WS=190531416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	190531615	rs3828267	T	C	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=49;PP=1848;ReadPosRankSum=0.076;SC=ACAAGCTGCATTGGAGACTCA;SOR=0.895;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=111;WE=190531623;WS=190531605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,150:0.72:208
chr2	190541861	rs56090484	G	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	190570001	rs11319823	TA	T	281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=197;SC=TAGGCAATAATAAAAAAAAAA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=190570009;WS=190569991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	190593168	rs3067424	ATTTTT	A	1251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=836;SC=TCCTTATTTTATTTTTATTTT;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=190593180;WS=190593158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	190593311	rs1225087	C	G	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=10;PP=564;SC=TTACAAGTGTCAGCCACCGTG;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=190593319;WS=190593301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	190595258	rs1225090	G	T	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	190602513	rs1225099	T	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=9;PP=182;SC=TATCTATTTTTGAACGTTTTC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=190602521;WS=190602503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	190606143	.	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=505;ReadPosRankSum=-0.987;SC=ACAATCCAACGGCTCTGCTAT;SOR=0.819;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=37;WE=190606151;WS=190606133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,70:0.72:97
chr2	190608240	.	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	190611414	rs2254166	T	C	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=35;PP=1104;SC=TTATTTTTAATAATGGTAATA;SOR=1.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=50;WE=190611422;WS=190611404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	190611459	rs2254167	A	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=799;SC=TTTTTGAATGAAAGTTCTTGA;SOR=3.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=190611467;WS=190611449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	190617643	rs2243876	A	G	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	190647108	rs10168387	T	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=13;PP=1183;SC=ACCACTAAACTTAAAACTTTT;SOR=1.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=57;WE=190647116;WS=190647098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	190670539	rs3214425	T	TA	639.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.789;NF=1;NR=20;PP=226;ReadPosRankSum=1.517;SC=ATTGTTGGTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=21;WE=190670547;WS=190670529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,34:0.85:40
chr2	190682632	rs3791773	G	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	190708982	rs5743112	C	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=-2.561;SC=CCCAGCCCTGCTTCCCTTTTT;SOR=0.534;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=190708990;WS=190708972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	190722343	rs735559	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TTCTCTCGATTCCTCCTTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=12;WE=190722351;WS=190722333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	190788123	rs77427005	G	T	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.581;NF=43;NR=41;PP=1339;ReadPosRankSum=0.679;SC=GTATTCATTGGGAATCTCAAC;SOR=0.590;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=84;WE=190788131;WS=190788113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,131:0.72:181
chr2	190926859	rs11333758	GT	G	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=280;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CCAACAGCTTGTTTAAAAGAG;SOR=0.430;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=10;WE=190926867;WS=190926849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr2	191064753	rs6753459	C	T	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=984;ReadPosRankSum=-0.878;SC=GGGACCAATACTGTGATCTTG;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=63;WE=191064761;WS=191064743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,109:0.62:175
chr2	191109448	rs7582209	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=241;ReadPosRankSum=-1.195;SC=ATTTAGGTCAGGGTTAGTGGA;SOR=1.382;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=15;WE=191109456;WS=191109438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr2	191109533	rs11883568	C	T	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=736;ReadPosRankSum=-0.808;SC=ACCAATGGAGCACTAATACCC;SOR=1.257;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=48;WE=191109541;WS=191109523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,75:0.62:120
chr2	191114229	rs2244076	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.06;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	191114235	rs2244075	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.06;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	191116054	rs183691742	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=210;ReadPosRankSum=0.979;SC=ACCCCACAGATTGAAGGACAG;SOR=0.507;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=13;WE=191116062;WS=191116044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr2	191116355	rs3791792	A	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=378;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CTATCTATATATTCTTTTCCA;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=25;WE=191116363;WS=191116345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr2	191116412	rs201784687	A	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.05;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	191117206	rs291402	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.834;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	191161622	rs1058180	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,56:0.29:193
chr2	191175639	rs36074132	GT	G	868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=807;SC=AGAACAAAAAGTTTTAAAAGG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=191175657;WS=191175629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	191184475	rs291466	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.330;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=654;ReadPosRankSum=0.825;SC=GCGCTGCCCCATCGCCAAACA;SOR=0.879;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=56;WE=191184483;WS=191184465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,75:0.29:263
chr2	191184524	rs3749022	C	T	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=947;ReadPosRankSum=0.088;SC=TCTCCCGGACCGTTCCAGCGC;SOR=0.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=70;WE=191184532;WS=191184514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,105:0.67:157
chr2	191208795	rs760307	C	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=373;ReadPosRankSum=1.469;SC=CGTCGCCTCTCCGCGGGTAGG;SOR=1.082;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=21;WE=191208803;WS=191208785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr2	191224981	rs4656	G	T	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=24;PP=951;SC=ACTTCAAGACGCTGGCTGATG;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=191224989;WS=191224971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	191227197	rs2067420	G	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=44;SC=AGTTGACTTCGTTTTTTTATA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=191227205;WS=191227187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	191227235	rs2067421	T	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr2	191235610	rs7592352	A	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=321;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TTACATGGGGACCAACATGCA;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=27;WE=191235618;WS=191235600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,46:0.32:146
chr2	191235901	rs1882891	A	C	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=38;PP=1037;SC=TGCCATACTGAGGGCCATGGG;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=68;WE=191235909;WS=191235891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	191301368	rs9646748	A	G	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=970;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TTTGGAAACAAGGCTCAATGT;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=262;TCF=130;TCR=132;TR=76;WE=191301376;WS=191301358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,107:0.27:403
chr2	191334424	rs10193212	G	A	72.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	191334459	rs145257711	A	ATTTTTAT	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	191354491	rs3811609	T	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=324;ReadPosRankSum=1.323;SC=TTTGTTTTTATAGGGGCTGCT;SOR=0.968;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=24;WE=191354499;WS=191354481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,35:0.32:108
chr2	191354658	rs59123011	C	CCT	2504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=1526;SC=ACAAATGCCCCGAGAAGCCTA;SOR=1.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=191354666;WS=191354648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	191373775	rs6707244	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=4;PP=350;SC=GGGTTGGTTTCCCTTTCCAGA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=191373783;WS=191373765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	191375375	rs6712426	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=51;ReadPosRankSum=1.018;SC=TGGGAGGCCTGGGGAGGCGGA;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=5;WE=191375383;WS=191375365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	191379268	rs4586658	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=233;ReadPosRankSum=0.291;SC=ACTGAGGCACGGCCACACCAG;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=20;WE=191379276;WS=191379258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,24:0.29:83
chr2	191383348	rs12053190	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=2.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TGTTTGCAAAACCTAAAGTAA;SOR=1.942;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=11;WE=191383356;WS=191383338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr2	191390126	rs10931458	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=-0.247;SC=AAAAGGGAATGCATTTTCTAA;SOR=0.760;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=8;WE=191390134;WS=191390116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr2	191399378	rs13412879	C	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.707;SC=TGGCGCGGCCCCATTTCGTTA;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=14;WE=191399386;WS=191399368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,33:0.33:101
chr2	191399433	rs12693579	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr2	191535311	rs2109957	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5331;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=288;ReadPosRankSum=1.720;SC=TCTATGAAACTAAACAATGCA;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=17;WE=191535319;WS=191535301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	191537793	.	GTT	G	114.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	191545821	rs12618075	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=-0.172;SC=AAACAGAGCTATAATTTCTGT;SOR=1.038;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=14;WE=191545829;WS=191545811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr2	191552121	.	CAAAA	C	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.782;QD=20.19;ReadPosRankSum=1.970;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr2	191765206	rs3771313	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=-0.303;SC=ATTATTTAAATAGTGTCCTAA;SOR=0.180;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=191765214;WS=191765196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	191777768	.	AT	A	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=0.9998;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=26;QD=17.5;SC=GCTATTTGTGATTTTTTTTTT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=191777776;WS=191777758;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	191839976	rs1914408	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=533;ReadPosRankSum=0.768;SC=GACAATGCCTCGTGGCTTACC;SOR=1.730;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=32;WE=191839984;WS=191839966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr2	191841759	rs2066804	G	A	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=585;ReadPosRankSum=-0.555;SC=GTTCTAAAAAGGAGAAAAGCT;SOR=0.505;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=38;WE=191841767;WS=191841749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr2	191843830	rs2280235	A	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=416;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TGAGAAAAAAAACCTACGGTA;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=23;WE=191843838;WS=191843820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr2	191848312	rs12477076	T	C	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=13;PP=843;SC=GATGCAGCAGTGAGAGCGTGG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=191848320;WS=191848302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	191899182	.	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr2	191899221	.	G	A	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.055;SC=ACTTAGAAAGGAACATTGTAT;SOR=0.601;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=82;WE=191899229;WS=191899211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,106:0.79:134
chr2	191903933	.	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,44:0.33:132
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chr2	191996518	rs1551443	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=1.183;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
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chr2	192160875	rs4853575	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=100;ReadPosRankSum=2.206;SC=TTAACCCATACCGGTCTTTAC;SOR=0.807;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=9;WE=192160883;WS=192160865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr2	192161058	rs11397643	G	GT	357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=9;PP=233;SC=GTTTTTGTCAGTTTTTTTTAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=192161066;WS=192161048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	192161103	rs10622945	A	ATTCT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	192214833	rs67146186	A	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TAAGAAGTACACTGAGTTAAC;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=6;WE=192214841;WS=192214823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr2	192214966	rs59642822	T	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-0.614;SC=GTATTTTTCTTCAGTCCTTGT;SOR=0.213;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=11;WE=192214974;WS=192214956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr2	192225294	rs2138913	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=4.242;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=0.984;SC=TGAGAAGGAAAAAAAGCATGG;SOR=1.802;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=11;WE=192225302;WS=192225284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	192225477	rs10692524	G	GTGTTGT	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=177;ReadPosRankSum=1.736;SC=TTTCTATGTGGTGTTGTTGTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=4;WE=192225487;WS=192225467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	192226908	rs2271769	G	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=245;ReadPosRankSum=0.669;SC=CCATGTTACCGATGTGAACAA;SOR=0.269;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=14;WE=192226916;WS=192226901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	192227230	rs12988758	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=-1.111;SC=ACAAGAATTCTATTTTTGTTA;SOR=0.175;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=17;WE=192227238;WS=192227220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr2	192247808	rs34460997	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=GTTTGCTTCAATCAGATTATG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=192247816;WS=192247804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	192247836	rs4641883	C	T	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=87;SC=TAGGCAGCTGCATTGAGAAAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=192247844;WS=192247826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	192250543	rs13000398	A	G	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=16;PP=922;SC=TGATGGTGTAATTAGGAATAA;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=47;WE=192250551;WS=192250533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	192250568	rs13026888	T	C	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=21;PP=1291;SC=TAAAACAATATAGTGAGGAAG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=61;WE=192250576;WS=192250558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	192250726	rs13018796	G	A	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=54;PP=1706;SC=AGCATTTTGAGAGCAGGATGA;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=87;WE=192250734;WS=192250716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	192279327	rs2271767	T	C	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=47;PP=1984;SC=AGAGGTTCCATTGGTGGATGT;SOR=0.778;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=104;WE=192279335;WS=192279317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	192701005	.	G	A	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=662;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TTTTCTGCATGGCTTTCTCCC;SOR=0.434;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=42;WE=192701013;WS=192700995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,66:0.37:177
chr2	192701393	rs10167187	A	G	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=952;ReadPosRankSum=1.795;SC=CTTCCACGGCACCGGAAACGG;SOR=0.522;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=60;WE=192701401;WS=192701383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,73:0.67:109
chr2	192711162	rs4471838	A	C	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=26;PP=1236;SC=GCATAGGGGGAACTGACCTGG;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=66;WE=192711170;WS=192711152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	192711255	.	C	T	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=983;ReadPosRankSum=-0.459;SC=CACTGCCTATCCATGCGCTCT;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=66;WE=192711263;WS=192711245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,95:0.74:128
chr2	192746523	.	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=116;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CCACCCATTCCCATAGGGAAG;SOR=0.169;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=7;WE=192746531;WS=192746513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	192820898	rs7606017	T	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=240;ReadPosRankSum=0.802;SC=GAAGAATGTCTACCAATTTTC;SOR=0.892;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=16;WE=192820906;WS=192820888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr2	196582816	rs842736	T	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=221;SC=CTTATTATACTCCACTATATG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=196582824;WS=196582806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	196602582	rs75708451	A	AAAT	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=150;ReadPosRankSum=0.725;SC=TTAAGTAGTAAAATATGCTTT;SOR=2.613;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=13;WE=196602590;WS=196602572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	196602614	rs147974774	G	GAAAT	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=313;ReadPosRankSum=2.789;SC=CAGCCAACAAGAAATAGGAAC;SOR=0.859;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=12;WE=196602622;WS=196602604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
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chr2	196663997	rs7567285	T	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
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chr2	196681284	rs2280452	A	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACAACAATAGAGGTCACAAAT;SOR=0.269;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=196681292;WS=196681274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	196681376	.	TC	AT	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=1003;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TTCTGATTTCTCTGAATTTTC;SOR=0.966;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=31;WE=196681385;WS=196681366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr2	196682630	rs975417	C	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=-0.968;SC=TCAAGTTCTGCCCTTAAAATA;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=15;WE=196682638;WS=196682620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr2	196709855	.	C	T	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=977;ReadPosRankSum=0.508;SC=GATATCTCTTCCTTTGCACAA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=71;WE=196709863;WS=196709845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,127:0.54:237
chr2	196720441	.	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=116;ReadPosRankSum=0.484;SC=TGACCAGGAAGGAAACAGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=9;WE=196720449;WS=196720431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr2	196723107	.	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr2	196756535	rs11292337	GA	G	1535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.017;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.600;NF=2;NR=49;PP=715;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GCCCCTTAATGAAAAAAAAAA;SOR=0.130;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=51;WE=196756554;WS=196756525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,83:0.94:88
chr2	196786658	.	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=1.010;SC=AAAGAGAAAACGAAGACAAAC;SOR=0.160;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=196786666;WS=196786651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	196786881	.	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr2	196791276	rs1489802	T	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr2	196837227	.	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=1.350;SC=ACATTTTAACGAACAGCTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=22;WE=196837235;WS=196837217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr2	196849453	rs17363011	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	196851911	rs10931715	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=2.007;SC=ATTCCTAAACGAATAGTCTGC;SOR=0.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=26;WE=196851919;WS=196851901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr2	196863770	.	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=576;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TGCATGGGAGGGGCTGCCAGG;SOR=0.823;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=33;WE=196863778;WS=196863760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr2	196866420	rs6434811	C	T	4451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=40;PP=1626;SC=CAATTAAGTCCGTGAAATCTT;SOR=0.865;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=95;WE=196866428;WS=196866410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	196891449	rs1072600	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GAGACACATATTTGAATTAAA;SOR=0.177;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=196891457;WS=196891439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr2	196892594	.	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=1.771;SC=TTTCACAAAGGAGAAGCACAG;SOR=0.287;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=17;WE=196892602;WS=196892584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr2	196912067	rs4850381	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.647;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr2	196915991	rs10174065	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr2	196933188	rs13028754	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=0.141;SC=GGCGCGCCGCTAGGCGGCTAG;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=14;WE=196933196;WS=196933178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr2	196935811	rs12693777	T	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-2.340;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr2	197004439	rs1054537	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=180;ReadPosRankSum=-1.723;SC=TAACTTGAGAAATATTGAGGT;SOR=0.721;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=12;WE=197004447;WS=197004429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr2	197008529	rs1568368	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TTGAGTCATGCATCAAACATT;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=197008537;WS=197008519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	197010823	rs2271888	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=232;ReadPosRankSum=-1.057;SC=ATTCATTCACCTAAACACTTT;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=13;WE=197010831;WS=197010813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr2	197021141	rs6712829	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-0.464;SC=ACTAAAATAGGTACTATTTAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=197021149;WS=197021131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	197021276	rs10931726	T	C	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=518;ReadPosRankSum=-0.200;SC=AAATTTCTGCTCGACAATCCT;SOR=0.744;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=36;WE=197021284;WS=197021266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,87:0.55:159
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chr2	197066175	rs4566380	T	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=11.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.739;SOR=3.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
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chr2	197081843	rs1869793	T	C	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=802;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TAAAAGCCCATGTTACTTTGA;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=72;WE=197081851;WS=197081833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,108:0.49:219
chr2	197093005	rs3748874	A	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=1.035;SC=CAAAAAGAATAATCTGTTACT;SOR=0.883;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=197093013;WS=197092995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr2	197106759	rs2045277	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=273;ReadPosRankSum=0.159;SC=AACTGTGCCCTCTCCTTTCAC;SOR=0.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=23;WE=197106767;WS=197106749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr2	197118729	rs4850690	C	T	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	197122493	rs6731238	T	G	5298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=56;PP=2539;SC=CAATGTTCCATGATATCTGAT;SOR=0.996;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=81;TCR=57;TR=137;WE=197122501;WS=197122483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	197135806	rs4850693	T	C	187.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=127;SC=CAAGATGTTTTGCAAAGGATG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=197135814;WS=197135796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	197171104	rs6729640	G	A	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=169;SC=AACACACTAAGTGCTCTGGAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=197171112;WS=197171094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	197171175	rs4241189	C	T	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.13;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	197171183	rs12468199	C	T	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	197172816	rs2305567	G	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=105;SC=CAGTCTAAATGGCAGTGAGGC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=197172824;WS=197172806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	197183856	rs61744819	A	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=731;ReadPosRankSum=0.082;SC=CTCCTGATGCATCGGAAGTCC;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=57;WE=197183864;WS=197183846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,94:0.41:229
chr2	197184321	rs1531111	C	T	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=39;PP=1352;SC=TCGCTGTCCCCGGCCTGGAGT;SOR=0.878;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=197184329;WS=197184311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	197534692	rs7590083	C	T	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=23;PP=587;SC=GTGCTTCTTACTCTCATCAAA;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=197534700;WS=197534682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	197541296	rs17271281	G	A	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=30;PP=1300;SC=TAATCCTTGAGCATAACCAGT;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=72;WE=197541304;WS=197541286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	197577530	.	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=311;ReadPosRankSum=-1.542;SC=TTTCATAGTTCACATAATATT;SOR=1.121;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=19;WE=197577538;WS=197577520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr2	197584528	rs181768360	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=2.308;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	197597012	rs75295851	A	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=307;SC=TAGGAAACCAATTAATTTCTT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=197597020;WS=197597002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	197645397	rs76804254	C	T	5196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=79;PP=2331;SC=CTGGAGAATACACAGACAAGA;SOR=0.996;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=132;WE=197645405;WS=197645387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	197650084	.	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.755;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	197758148	rs332299	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=44;SC=AATGATTTCGCCTGCATTTGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=197758156;WS=197758138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	197767280	.	AT	A	1871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.801;NF=20;NR=18;PP=1327;ReadPosRankSum=1.323;SC=TTACATTACTATTTCAATAGA;SOR=0.813;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=38;WE=197767288;WS=197767270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr2	197777589	rs12693800	C	T	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=14;PP=1415;SC=GGTTAATGTTCATGTAACAGT;SOR=1.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=65;WE=197777597;WS=197777579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	197854233	rs144034091	T	TAC	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GCTGATGAACTACACACACAC;SOR=1.426;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=197854241;WS=197854223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	197863214	rs1966703	C	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=34;PP=1012;SC=GAAGTTACTACAAACACAATA;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=197863222;WS=197863204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	197863851	rs4850742	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=301;SC=AAGAAACATGCACAAGGTGTT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=197863859;WS=197863841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	197864996	rs6434897	A	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=484;SC=AGGGAAATTTATTTTAATTAT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=197865004;WS=197864986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	197866470	rs12478175	T	A	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=24;PP=886;SC=TCAGCGTTTCTACTTACATTG;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=197866478;WS=197866460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	197872727	rs57048274	T	TTCTC	1882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=32;PP=1913;SC=GACATTCTCTTTCTCCCATTC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=33;WE=197872735;WS=197872717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	197953372	rs146161383	TAAGTC	T	1985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=13;PP=1242;SC=ACAGACAACTTAAGTCAAGTC;SOR=1.464;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=24;WE=197953384;WS=197953362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	197954780	rs4300850	A	G	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=92;PP=2781;SC=AAACAGAGCAACTCACGGCAA;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=55;TCR=92;TR=147;WE=197954788;WS=197954770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr2	197986048	rs2697270	T	C	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=25;PP=1434;SC=AGACTAAGAGTGTCATACCTG;SOR=1.312;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=83;WE=197986056;WS=197986038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	197989945	rs2579395	T	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=388;SC=CCGACTGGAGTGCACTATGCA;SOR=2.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=197989953;WS=197989935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	197990909	rs2918628	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=350;SC=GTAATATTTGGTAAAGATCAA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=197990917;WS=197990899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	198001443	rs2579387	C	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=35;PP=955;SC=GCCCTGCCGACGTTAAATCAA;SOR=1.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=49;WE=198001451;WS=198001433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	198011904	rs2249470	G	A	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=72;PP=2036;SC=ATAGTAAGACGTGTCACTCAC;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=113;WE=198011912;WS=198011894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	198257652	rs11380582	T	TA	246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.751;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.183;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr2	198257795	rs4685	T	C	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=49;PP=1947;SC=ATGTCTCAAATACATTGGGCC;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=104;WE=198257803;WS=198257785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	198257926	.	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=546;ReadPosRankSum=0.612;SC=CAACGGAAGGGAAAAAAGTCC;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=42;WE=198257934;WS=198257916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,66:0.55:121
chr2	198265173	rs788017	T	A	1134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.25;ReadPosRankSum=1.327;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr2	198265526	rs788018	A	G	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=49;PP=2280;SC=CTCCCAAATTACCCATAATTT;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=124;WE=198265534;WS=198265516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	198266943	rs788019	C	T	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=34;PP=894;SC=ATCAACTATTCAGCCAAACTG;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=198266951;WS=198266933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	198267770	rs3217350	G	GAA	1244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=18;PP=891;SC=CTGAAAAAGAGAAAAGAGAAG;SOR=1.148;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=21;WE=198267778;WS=198267760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	198268259	.	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.839;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=0.236;SC=TTGATTAACTGAAAAAGTTAA;SOR=0.184;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=198268267;WS=198268249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr2	198281743	rs699318	T	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=12;PP=349;SC=GCTCATTCTCTTTTCTATGTA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=198281751;WS=198281733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	198283305	rs788023	T	C	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	198327239	.	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	198355135	rs148517124	T	TTG	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.90;QD=36.64;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	198362018	rs8539	T	C	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=35;PP=1857;SC=CTCCAATGTTTTTGTATTTAT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=92;WE=198362026;WS=198362008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	198365043	rs1116734	C	G	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=433;SC=TAGCGGCGACCGCTGGGGCGA;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=198365051;WS=198365033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	198380620	.	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=324;ReadPosRankSum=0.677;SC=CGACGCCGTCCGGCTGTTCCT;SOR=1.445;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=19;WE=198380628;WS=198380610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr2	198380635	rs75909202	C	T	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=10;PP=892;SC=GTTCCTCGTTCGCCCTCTCCC;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=198380643;WS=198380625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	198381510	.	A	T	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.905;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,58:0.53:110
chr2	198482396	rs115899896	C	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=337;ReadPosRankSum=-0.932;SC=CAGAGTAAGGCCCTGACTCAA;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=20;WE=198482404;WS=198482389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr2	198508951	rs10497806	G	A	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=39;PP=1572;SC=CCTCAATCACGAGCCTTGGGC;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=86;WE=198508959;WS=198508941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	198511086	rs16866970	G	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=4;PP=824;SC=GCTGGAAAATGTGCTTTAAAC;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=198511094;WS=198511076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	198643529	.	TAC	T	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=2.204;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr2	198643631	rs700655	G	A	5053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.59;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	198643651	rs72918816	A	G	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=627;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TAGTCATCCAATGAAAATAGA;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=51;WE=198643659;WS=198643641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,85:0.59:143
chr2	198669754	rs770659	G	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=20;PP=506;SC=GGAGCGCACCGGTGCCTAGCG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=198669762;WS=198669744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	198669871	rs770658	G	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	198950240	rs1064213	G	A	5051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=58;PP=1973;SC=CTGTCAGATTGTAGCAATGAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=117;WE=198950248;WS=198950230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	200173684	rs10153730	T	G	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=57;PP=1827;ReadPosRankSum=1.808;SC=GCCAGCCCTGTAGAGAGAGGA;SOR=0.302;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=97;WE=200173692;WS=200173674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr2	200245245	rs1348813	C	G	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=29;PP=832;SC=AATACACAAACCTCAACCAGG;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=200245253;WS=200245235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	200298313	rs7596597	A	G	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	200625581	rs2346586	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=333;ReadPosRankSum=1.780;SC=GAAGGAGAGATTAGTATTTGG;SOR=0.840;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=24;WE=200625589;WS=200625571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,42:0.41:102
chr2	200677625	rs2030653	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	200684249	.	TA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.556;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr2	200709099	rs55852473	T	C	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=738;ReadPosRankSum=2.295;SC=AAACTTTCTCTTACTTCTGGC;SOR=0.519;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=47;WE=200709107;WS=200709089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,75:0.59:127
chr2	200710706	rs769960	T	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.7339;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=96;SC=GGAGTATTCATATTTACAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=200710714;WS=200710696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	200713751	rs4672569	A	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=399;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TTCATGTTTTAACTATAAAAA;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=24;WE=200713759;WS=200713741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr2	200790216	rs12476690	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=270;ReadPosRankSum=1.562;SC=CACTAAATGACGCATCTTTTA;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=20;WE=200790224;WS=200790206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr2	200800885	rs79092034	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	200813126	rs10497844	T	C	4307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,226:0.48:474
chr2	200820505	rs281766	T	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=454;ReadPosRankSum=1.168;SC=CAGGCACCGGTGTGAAGGGTC;SOR=0.729;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=32;WE=200820513;WS=200820495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr2	200873144	rs113489455	AATACAAAAAAAACTTG	A	1338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=2929;ReadPosRankSum=-0.218;SC=AGAATGATGCAATACAAAAAA;SOR=1.040;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=15;WE=200873167;WS=200873134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
chr2	201171014	rs3739121	G	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=4.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,62:0.47:131
chr2	201171129	rs74340199	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=562;ReadPosRankSum=-1.839;SC=TCGGTCTGGAGCAAGCAAGCA;SOR=0.639;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=42;WE=201171137;WS=201171119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,76:0.52:146
chr2	201171191	rs10931898	C	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,87:0.51:171
chr2	201171207	rs12614621	G	C	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=547;ReadPosRankSum=-0.480;SC=AGGGCGTGTGGAGGGACGAGA;SOR=0.662;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=35;WE=201171215;WS=201171197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,86:0.48:178
chr2	201194279	rs3739119	C	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=0.736;SC=CCTGCAGCTGCCTCCTGGGAG;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=201194287;WS=201194269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	201194295	rs149557087	T	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.664;SC=GGGAGCCTTGTCACAGCCTTT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=201194303;WS=201194285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	201254049	rs3820881	G	C	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=601;ReadPosRankSum=-0.694;SC=CTCCAAACTAGGTAATGCAGT;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=59;WE=201254057;WS=201254039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,108:0.48:225
chr2	201337667	rs6723687	A	C	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,76:0.55:137
chr2	201337806	rs11402412	G	GA	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.965;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.659;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr2	201342238	.	TAAAAAAA	T	79.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	201354935	rs3795969	C	G	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=581;ReadPosRankSum=-1.186;SC=GGAGGGCAGGCAAGGCGCGGT;SOR=0.474;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=43;WE=201354943;WS=201354925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,65:0.46:142
chr2	201371768	rs3739116	G	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.631;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr2	201397647	rs842939	A	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TATCAGTTATACTTTTTCTTT;SOR=1.140;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=6;WE=201397655;WS=201397637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr2	201437334	rs12052989	T	C	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=411;ReadPosRankSum=1.241;SC=AAATCATCCCTGGAAACCTAG;SOR=0.491;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=38;WE=201437342;WS=201437324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr2	201440939	rs66861543	CT	C	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=10;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=84;ReadPosRankSum=1.036;SC=ACCAAGGGGCCTTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=201440948;WS=201440929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	201448116	rs116169039	C	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	201451006	rs4470327	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.689;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr2	201460104	rs7597590	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=0.428;SC=ACCGTGCAGCAAAGTCCAGAT;SOR=0.815;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=22;WE=201460112;WS=201460094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr2	201464295	rs10179964	T	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=282;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TCATTAGGCCTGGGATGGGGC;SOR=1.121;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=19;WE=201464303;WS=201464285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr2	201466954	rs2248130	C	G	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=522;ReadPosRankSum=-0.509;SC=TCTTGGTAGACTGTGCCTCTA;SOR=0.889;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=43;WE=201466962;WS=201466944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,56:0.41:136
chr2	201467911	.	C	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr2	201468732	rs2293525	C	G	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1029;ReadPosRankSum=0.149;SC=GATATGTTCTCTTTTTAGACA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=66;WE=201468740;WS=201468722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,91:0.57:159
chr2	201469625	rs13406379	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr2	201470233	rs35086177	ATTTT	A	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=0.566;SC=AGTCTTATTGATTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=5;WE=201470244;WS=201470223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	201473674	rs2470902	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=2.775;SC=AGCAGTGATCGCACTGTGTTA;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=9;WE=201473682;WS=201473664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr2	201474179	rs17593811	C	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=671;ReadPosRankSum=0.633;SC=AGCTGTTTCTCTACCCCTTTT;SOR=0.921;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=41;WE=201474187;WS=201474169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr2	201485572	rs4672865	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=-2.071;SC=CTCAATGGGCATAAATGATTG;SOR=0.877;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=16;WE=201485580;WS=201485562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr2	201485649	rs4672866	T	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	201488758	rs2348021	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=0.890;SC=AACAAATATCAGTTAAAATGC;SOR=0.483;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=16;WE=201488766;WS=201488748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr2	201499552	.	G	A	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=954;ReadPosRankSum=1.079;SC=TTTTTATATGGAAACCCAAAG;SOR=0.577;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=68;WE=201499560;WS=201499542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,96:0.52:185
chr2	201515939	rs868810	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=30;PP=665;SC=GTTCTCCAAATGCACATGAGG;SOR=2.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=37;WE=201515947;WS=201515929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	201521472	rs2287011	G	A	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=9;PP=644;SC=GGGATTCTTGGAGGGAAATAT;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=201521480;WS=201521462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	201521493	rs79540345	A	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=216;ReadPosRankSum=0.796;SC=TTCCAAGGAAAATGTTTTAAT;SOR=0.435;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=18;WE=201521501;WS=201521483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr2	201523736	rs10931910	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=0.417;SC=TTTTAGAAACAAGAAACTTTT;SOR=3.967;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=201523744;WS=201523726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	201534136	rs2715907	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.531;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	201534184	rs41271445	A	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=279;ReadPosRankSum=-0.671;SC=AAAAAAAAAAAAATGTACATA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=14;WE=201534192;WS=201534163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr2	201534389	rs3731722	A	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=1.594;SC=AGAGGCCTGCATGGACCCTTG;SOR=0.869;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=22;WE=201534397;WS=201534379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr2	201541621	rs11678615	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=207;ReadPosRankSum=-1.285;SC=GCAAGCCTGTCAGGCGGACAC;SOR=0.823;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=16;WE=201541629;WS=201541611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr2	201677454	rs2270281	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=-0.257;SC=CAGGCATGACCTAGGGTAGGA;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=12;WE=201677462;WS=201677444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr2	201677791	rs2270280	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=275;ReadPosRankSum=0.068;SC=TTTGTGCCTGTATCGGGTATA;SOR=0.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=19;WE=201677799;WS=201677781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
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chr2	201686122	rs3815501	T	C	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=41;PP=1240;SC=TCTGATGCCATTTTGTACCTG;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=201686130;WS=201686112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	201686666	rs6705053	C	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=443;SC=GTGGTGGGCGCCTGTAGTTCC;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=201686674;WS=201686656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	201719258	rs5837758	CA	C	187.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.380;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr2	201719916	rs72927093	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.839;SC=CATGTAATGTAGGCTGGGCAC;SOR=1.061;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=9;WE=201719924;WS=201719906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr2	201721782	rs41271451	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=0.735;SC=CACAACAGGCCGGGTGCAGTG;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=19;WE=201721790;WS=201721772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr2	201722827	rs17383109	C	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=-0.613;SC=TAGAAAGATGCATGCAAATTT;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=18;WE=201722835;WS=201722817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr2	201724360	rs12465952	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.358;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr2	201747351	rs72929010	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-1.358;SC=CAAAATCTTTCGCCGGGCATG;SOR=1.806;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=201747359;WS=201747341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	201768238	rs7917	C	T	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=1041;ReadPosRankSum=-2.576;SC=CATCATGATACTTTGGATGCT;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=84;TCR=52;TR=69;WE=201768246;WS=201768228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,126:0.58:217
chr2	201790439	rs16835784	G	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TCCAGGCTGGGCAACAGAGAG;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=201790447;WS=201790429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	201806005	rs2307359	A	G	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=782;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AGAATGGCCTAAAGAATGAAA;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=51;WE=201806013;WS=201805995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,99:0.46:216
chr2	201950166	.	C	CT	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.910;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr2	202006096	rs10190751	G	A	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=432;ReadPosRankSum=-1.505;SC=CTCTTCTACAGATGATAACAC;SOR=0.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=29;WE=202006104;WS=202006086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr2	202013826	rs17860389	A	T	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.906;NF=12;NR=24;PP=550;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GCTGTGGATAACCCTGACTTC;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=36;WE=202013834;WS=202013816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr2	202025131	rs2518142	G	A	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	202025621	rs1594	A	G	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=617;ReadPosRankSum=-1.645;SC=ACAGCTCACCATCCCTGTACC;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=48;WE=202025629;WS=202025611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
chr2	202028491	rs72931066	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=472;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GGCTCATTTCGCCCTAATGAC;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=34;WE=202028499;WS=202028481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr2	202050677	rs3900115	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=-1.594;SC=GCTCAGCCTCAGATGTTTTTG;SOR=0.926;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=24;WE=202050685;WS=202050667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr2	202052617	rs17860400	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=-0.395;SC=TTTATTTTTTATGGGAGACAG;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=24;WE=202052625;WS=202052607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr2	202068433	rs17860401	C	T	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=887;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TGTTTCATGCCCTCCTTTCTT;SOR=0.734;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=161;TCF=81;TCR=80;TR=60;WE=202068441;WS=202068423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,98:0.43:230
chr2	202070735	rs6712872	A	T	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=1.813;SC=TAATAAAAAAATTTTTTTTCC;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=9;WE=202070743;WS=202070725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	202122995	rs3769823	A	G	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=509;ReadPosRankSum=1.993;SC=ATTGAAAGTAAAAGAAACTTC;SOR=0.737;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=30;WE=202123003;WS=202122985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr2	202151163	rs3769818	A	G	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.249;SC=CAGTCACAATATTATGTGATG;SOR=0.592;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=70;WE=202151171;WS=202151153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,105:0.56:186
chr2	202151728	rs17860432	G	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=-0.909;SC=TTTTTTATAAGAGCTAAAGTT;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=7;WE=202151736;WS=202151718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	202153225	rs700635	C	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=195;ReadPosRankSum=-0.160;SC=AATTCAGATGCGAATTCAAAC;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=13;WE=202153233;WS=202153215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr2	202154397	rs6715284	C	G	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,112:0.51:220
chr2	202173812	rs16837131	C	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=444;ReadPosRankSum=-0.441;SC=AAGTCAAGACCAAACTTCATG;SOR=1.308;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=28;WE=202173820;WS=202173802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr2	202195311	rs2272390	G	A	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=50;PP=1417;ReadPosRankSum=1.707;SC=AAATTCAAATGTGAGTTCTTC;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=121;TCR=95;TR=112;WE=202195319;WS=202195301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,198:0.51:385
chr2	202211443	rs1406122	C	T	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=648;ReadPosRankSum=-0.653;SC=ACTTGGAGTGCTGAGATTTTT;SOR=0.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=48;WE=202211451;WS=202211433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr2	202213147	rs112503110	A	AT	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.942;NF=0;NR=11;PP=408;ReadPosRankSum=1.413;SC=TTCTTAGGGGATCCCTAGGAT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=11;WE=202213155;WS=202213137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	202215409	rs71022364	C	CAAAACAAAACAAAACAA	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.56;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	202215492	rs13014235	C	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=-0.440;SC=GGAGCTGGTACAAGAGGAGTT;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=12;WE=202215500;WS=202215482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr2	202245244	rs3795966	A	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.489;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=567;ReadPosRankSum=-1.515;SC=ACTTGTATAAAAGGTCAGTTA;SOR=1.284;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=30;WE=202245252;WS=202245234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr2	202245944	rs3832088	TAA	T	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr2	202245955	rs72937131	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=1.422;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr2	202246034	rs3731709	G	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=0.019;SC=AGTTATCCTTGGTAAATATAA;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=202246042;WS=202246024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	202248788	rs7579617	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=257;ReadPosRankSum=-2.684;SC=CATGAAAATATAGCTGAGGAA;SOR=1.270;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=17;WE=202248796;WS=202248778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr2	202248979	rs7579853	T	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=0.296;SC=AGATTGAAAGTCTAGATTAAT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=18;WE=202248987;WS=202248969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr2	202249060	rs2540328	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.015;SC=TAAAAATCCCCAAATCTGGAA;SOR=0.859;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=202249068;WS=202249050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	202252539	rs2244438	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=0.469;SC=AAGGCTCTCTGTCGGGGTGAC;SOR=0.513;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=23;WE=202252547;WS=202252529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr2	202252856	rs2540330	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-0.388;SC=ACCTGGAATATAGAAGTAATA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=202252864;WS=202252846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	202252873	rs2540331	A	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.728;SC=AATAACAACAAACCAAAATCA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=3;WE=202252881;WS=202252863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	202257930	rs3815515	C	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.241;SC=AAGCAAGAAGCGTATATATAT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=202257938;WS=202257920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	202259903	rs144631526	AC	A	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GATGATTAAAACAGCAATCAG;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=202259911;WS=202259893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	202260049	rs2256584	G	A	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=43;PP=1582;SC=CTTTAAGTTTGTGCTGAAGGT;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=92;WE=202260057;WS=202260039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	202264156	rs13022344	C	T	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,121:0.55:220
chr2	202264316	rs6732993	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=0.479;SC=AAAGCAACGTCCTAGAAAGCA;SOR=1.314;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=202264324;WS=202264306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	202272032	rs11691865	T	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=1.025;SC=CACTGAACAATGGCTACTAAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=202272040;WS=202272022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	202284236	rs113582398	C	CTTAAT	1066.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=482;ReadPosRankSum=0.018;SC=AACAAGCAAACTTAAAGTGGC;SOR=0.532;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=10;WE=202284244;WS=202284226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr2	202285100	rs4507084	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr2	202325632	rs57250433	G	GT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	202342802	rs2243791	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=-0.852;SC=ATTAATTGTGTCCTACAGGAT;SOR=2.115;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=12;WE=202342810;WS=202342792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr2	202344179	.	G	GT	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5028;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=33;QD=15.0;SC=TAATATAAAGGTTTTTTTTTT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=202344187;WS=202344169;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	202352649	rs2714481	A	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=12;PP=319;SC=TAAAAGATCCAATTGGTAAAT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=202352657;WS=202352639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr2	202360599	rs72939123	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=2.066;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
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chr2	202410395	.	G	C	110	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=21;MQ=59.67;NF=3;NR=8;PP=110;QD=13.1610193225;SC=AATATATATGGGAAAATATTT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=11;WE=202410403;WS=202410385;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,11:0.69:16
chr2	202447009	rs13425990	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.731;SC=CACATACATCCAATATACTAT;SOR=1.802;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=202447017;WS=202446999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	202468136	rs10205247	T	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=1.210;SC=TTGTTTCTCATGAAAAATATC;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=202468144;WS=202468126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	202469361	rs12474206	C	T	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=22;PP=828;SC=CCAAATTTGGCGTCTCCTGTG;SOR=0.799;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=202469369;WS=202469351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	202469472	rs7572583	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=386;SC=ACATAACTAGATGAAACATCA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=202469480;WS=202469462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	202489109	rs17384203	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CAGAGTTGTATAGCTTATTTA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=17;WE=202489117;WS=202489099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr2	202499683	rs56162425	C	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=320;ReadPosRankSum=-1.723;SC=AATAGGAGAGCACTAATCTCC;SOR=0.945;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=24;WE=202499691;WS=202499673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr2	202501448	rs1208081	T	C	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=5;PP=750;SC=CTATCACAACTTAACCTTGGT;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=202501456;WS=202501438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	202505715	rs12470287	C	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=0.156;SC=AATACCATCACGCTATTTTTT;SOR=0.883;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=6;WE=202505727;WS=202505705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	202505719	.	A	AT	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr2	202507982	rs6723016	T	C	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=7.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.721;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,124:0.49:252
chr2	202509814	rs3754932	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.838;SC=AATTAATAAATTGCTGCACTT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=202509822;WS=202509804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	202523347	rs2597900	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=1.955;SC=CCTTAGTAGACGGCAGCAGAG;SOR=0.233;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=24;WE=202523355;WS=202523337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr2	202526366	rs62193397	G	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=181;SC=CACTTGTGTAGCACTTCCTGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=202526374;WS=202526356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	202528830	rs74887695	A	AT	2748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=25;PP=2185;SC=TTCATCTATGATTTTTCATGG;SOR=1.358;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=56;WE=202528838;WS=202528820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	202531136	rs17384314	G	C	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=40;PP=1282;SC=AATTTAAAATGTGTCTGCATT;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=202531144;WS=202531126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	202534303	rs145833090	TATAGGAAGAGCTTAA	T	188.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=214;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=140;SC=CTACTAGGTATATAGGAAGAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=202534325;WS=202534301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	202538300	rs11375204	G	GA	1294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr2	202546113	rs1208073	T	C	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=15;PP=1118;SC=CAGTCTTGAATCCAGGTCCAA;SOR=1.580;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=54;WE=202546121;WS=202546103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	202549626	rs1812933	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=0.524;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	202557702	rs6725443	C	T	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=44;PP=1446;SC=ACATCTCTGCCGTAGAACAGA;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=202557710;WS=202557692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	202566741	rs7603563	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=233;SC=ACAGATTTAATTGATTTCACT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=202566749;WS=202566731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	202569992	rs3219171	A	T	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=65;PP=2198;SC=AATGATACTGATGTCAGAGTG;SOR=0.831;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=120;WE=202570000;WS=202569982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	202570232	rs3219170	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=16;PP=442;SC=ACTTATGGTAAACAAAATCCC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=202570240;WS=202570222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	202574825	rs1210940	C	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=147;SC=AATCCATCAACAAGAAACAAC;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=202574833;WS=202574815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	202575821	rs3219168	G	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=12;PP=413;SC=GAACGACTCAGTATTTCTGGA;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=202575829;WS=202575811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	202575907	rs2882231	A	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=235;SC=CACATGAAACACAATCACTAG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=202575915;WS=202575897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	202580370	rs3219167	G	A	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=12;PP=1958;SC=ATGCTCTGCTGTATGTTGAGC;SOR=2.728;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=77;TCR=13;TR=89;WE=202580378;WS=202580360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	202598100	rs202219507	T	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=488;ReadPosRankSum=2.055;SC=ATCAACTGAGTGTTTTCGTCA;SOR=0.437;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=32;WE=202598121;WS=202598090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr2	202598113	rs2276615	C	T	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=37;PP=1277;SC=TTTCGTCATTCACTTCTGACA;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=202598121;WS=202598090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	202606639	rs3731703	G	A	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=40;PP=1124;SC=TTATTATGATGTGATTATGAT;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=202606647;WS=202606629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	202608877	rs4673207	C	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=3;PP=384;SC=CAGTGCATAGCAAGAAGTAAA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=202608885;WS=202608867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	202614632	rs41308828	T	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=546;ReadPosRankSum=-0.265;SC=ATTAAGTACTTATATTAGTCT;SOR=1.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=24;WE=202614640;WS=202614622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr2	202625615	rs3219156	C	T	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=47;PP=1785;SC=TGAGATGGCACTGGCTTTTCA;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=98;WE=202625623;WS=202625605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	202633725	rs113884822	TA	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	202688293	rs4675229	A	G	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=11;PP=966;SC=TGTACTTCGTAATACCTTCTG;SOR=1.877;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=45;WE=202688301;WS=202688283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	202698422	rs66588345	ATCT	A	498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.62;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	202712095	rs917958	A	C	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.033;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.28;ReadPosRankSum=0.915;SOR=0.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr2	202741064	rs2072504	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=262;SC=TTGTTTTCCCGGGACTCTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=202741072;WS=202741054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	202741256	rs4675235	A	T	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=34;PP=1088;SC=GGAGGAAGAGACTTCACTTGC;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=202741277;WS=202741246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	202741269	rs4675236	G	A	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=35;PP=1062;SC=TCACTTGCCCGCTTTGCCCTG;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=202741277;WS=202741246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	202939654	rs10221698	T	C	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=19;PP=863;SC=TATGTTCCTGTCAGCAAACCT;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=202939662;WS=202939644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	202955454	rs1568535	G	C	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=42;PP=2130;SC=TGGCTCAGGGGTCAGCAGCTG;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=72;TCR=42;TR=114;WE=202955462;WS=202955444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	202962310	.	CTT	C	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=-0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.464;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	202964380	rs2882486	G	A	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=17;PP=849;SC=CTTCAAAGGAGAGCTACAATG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=202964388;WS=202964370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	202964528	rs2350722	T	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=35;PP=1122;SC=CGGTAAGAACTCAAATGTCTT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=61;WE=202964536;WS=202964518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	202964986	rs6755174	C	A	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=21;PP=923;SC=GTTCATCCCCCTACCTGCAAT;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=202964994;WS=202964976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	202965222	rs6726731	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	202978185	.	C	T	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,70:0.53:133
chr2	202989742	rs56243480	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-0.624;SC=GCAGTGAGCCGAGATCGTGCC;SOR=0.515;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=4;WE=202989750;WS=202989732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr2	202990653	rs56293728	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=1.114;SC=TGGTGTTCCTGGCTGCTTTTT;SOR=0.814;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=8;WE=202990661;WS=202990643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	203000730	rs9679591	A	T	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=2.369;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr2	203000810	rs35537724	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-1.188;SC=GAATGAAGCCGCAGACCTTCG;SOR=0.818;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=14;WE=203000818;WS=203000800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr2	203003066	rs3043926	G	GGTGT	857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=-1.958;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr2	203029951	rs7582695	T	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.996;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr2	203051886	rs6722588	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=12;PP=352;SC=GGATACCATGCACAGTTGTAT;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=203051894;WS=203051876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	203052947	rs35468542	G	A	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=2.528;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,94:0.44:212
chr2	203058233	rs13024221	T	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=-1.141;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
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chr2	203079163	.	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=170;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CTATCCTAAGGAGATAAAAAA;SOR=1.254;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=13;WE=203079171;WS=203079153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr2	203079307	rs3769817	T	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=217;SC=TTTAGCATTCTTAACAGGTTT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=203079315;WS=203079297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	203139738	rs11397579	A	AC	213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=247;SC=AATAGCTTCTACACCTTCATT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=203139746;WS=203139728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	203152355	rs7572505	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=521;ReadPosRankSum=-0.494;SC=ATGCTATCTTGCTAATTTATT;SOR=0.820;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=41;WE=203152363;WS=203152345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,60:0.44:136
chr2	203155015	rs11310035	GT	G	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=305;ReadPosRankSum=2.342;SC=ATCCCTTTAAGTTTTGTTTGT;SOR=0.389;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=10;WE=203155023;WS=203155005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr2	203168173	rs1054446	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5291;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=1.718;SC=AAAGGAATTACGATTATATCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=203168181;WS=203168163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	203378398	rs10714063	CT	C	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.417;QD=4.12;ReadPosRankSum=2.359;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	203378616	rs7575056	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=0.969;SC=TTTATTTGCTCCTTTTAAATT;SOR=1.244;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=203378624;WS=203378606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	203384776	rs11390605	C	CT,CTT	790.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.402;QD=19.77;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,16,21:0.40,0.52:40
chr2	203590928	.	C	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=620;ReadPosRankSum=0.245;SC=GTTTTTGTTTCATGTAGAAAA;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=47;WE=203590936;WS=203590918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,58:0.56:103
chr2	203630102	rs373287818	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-3.210;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr2	203650558	rs145836386	TA	T	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GTGAAAACAATATAAAGTGAT;SOR=1.270;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=203650566;WS=203650548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	203651278	rs55689177	CA	C	731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=4;PP=311;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.547;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=16;WE=203651286;WS=203651268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	203651475	rs57934594	A	AT	346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr2	203661779	rs6704822	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=194;SC=CAAGTGTTCAATTGACCAAAT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=203661787;WS=203661769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	203690387	rs1344959	G	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=339;SC=TTTAAATGGGGATTATCAGAT;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=203690395;WS=203690377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	203693559	rs4675296	C	G	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=38;PP=1748;SC=TACATAGAATCCTCAAATTTA;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=87;WE=203693567;WS=203693549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	203748544	rs34788166	A	AT	1876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,102:0.89:115
chr2	203748594	rs10196719	A	G	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=39;PP=1075;SC=GGAGTGCAGTAGTGCAATCTT;SOR=2.024;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=203748602;WS=203748584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	203749392	rs3050865	C	CTTT	156.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=64.19;NF=0;NR=5;PP=181;SC=CTTATTTCTTCCTTTACAATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=203749400;WS=203749382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	203820275	rs3731695	T	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=221;SC=TCTGTAGTTATTGTTAAAATT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=203820283;WS=203820265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	203880992	rs2351524	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=6;PP=443;SC=TTTTGCTTTCTTTACTGCTAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=203881000;WS=203880982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	203921270	rs4673241	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=26;PP=798;SC=TTTACTGAGAACAACTAGGTT;SOR=1.118;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=203921278;WS=203921260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	203996870	rs6748898	A	G	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=59;PP=1646;SC=GAATAAGGCTAATAAAGCTAA;SOR=2.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=75;WE=203996878;WS=203996860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	204002809	rs10180815	A	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=328;SC=CTCTCAAGCTATTTTGTTTTG;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=204002817;WS=204002799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	204054834	rs62182253	G	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=108;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=4;PP=401;SC=ACTCCAGCCTGGGCAACAGAG;SOR=2.147;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=20;WE=204054842;WS=204054824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	204062061	rs4675323	A	G	7206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=80;PP=2788;SC=AAAGGCCACCATCCCCAAAAA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=167;WE=204062069;WS=204062051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr2	204090887	rs2351773	C	G	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=38;PP=1340;SC=TGAACCTTTACCTACTAGCAC;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=74;WE=204090895;WS=204090877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	204110748	rs56317341	G	A	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	204111394	rs13015873	T	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=4;PP=708;SC=CATTTATTGATACAGTTAATT;SOR=3.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=31;WE=204111409;WS=204111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	204111398	rs10586509	GTTAA	G	1601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=1385;SC=TATTGATACAGTTAATTCAGA;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=204111409;WS=204111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	204111443	rs6435176	A	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=12;PP=1046;SC=TCCAAATTAAATTGATTATTT;SOR=1.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=51;WE=204111451;WS=204111433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	204111705	rs6751894	T	C	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=19;PP=436;SC=ATGTTTAGGCTGGGCACGGTG;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=204111713;WS=204111695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	204116660	rs3731694	A	T	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=16;PP=935;SC=GATTATTTTGATACAGAAATA;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=204116668;WS=204116650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	204116690	rs2043449	C	T	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=24;PP=1340;SC=TCTGTTTCAGCGGACCCTTTT;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=204116698;WS=204116680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	204116887	rs2351771	T	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.794;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=588;ReadPosRankSum=-0.138;SC=ATAGTATTTATTTTTTGAGTA;SOR=0.245;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=34;WE=204116895;WS=204116877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr2	204154552	rs1048013	C	T	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=23;PP=828;SC=TTCTGCCCAGCTTCAAGATAT;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=204154560;WS=204154542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	204154663	.	GTA	G	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=50;QD=30.0;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=2;WE=204154672;WS=204154653;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chr2	204154686	rs10170454	A	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=241;SC=TATTTTAGACAGAGGTTTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=204154694;WS=204154676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	204206977	rs4675333	C	T	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=12;PP=403;SC=GGACCAAGTCCAGTTCTGTTA;SOR=0.800;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=204206985;WS=204206967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	204216255	rs35382487	G	GT	251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-2.136;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr2	204261723	rs3731652	G	C	5779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=76;PP=2474;SC=GCAGGCAGATGCAGTCATCTG;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=56;TCR=76;TR=131;WE=204261731;WS=204261713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	204305093	rs3814365	T	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.67;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	204322298	rs2469953	T	C	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.20;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr2	204355822	rs2469962	G	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	204594512	rs3116496	T	C	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=461;ReadPosRankSum=0.676;SC=GAAGCAGCACTGCTTTTATGT;SOR=0.507;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=42;WE=204594520;WS=204594502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr2	204732850	rs231776	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=31;PP=959;SC=CAGCAGTCAAAGGCAGTGATT;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=204732858;WS=204732840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	204822670	rs5837889	A	AT	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.354;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr2	204824178	rs146016344	AGT	A	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=1.197;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr2	204824283	rs10172036	T	G	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.741;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,68:0.50:135
chr2	205829991	rs236843	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=565;ReadPosRankSum=0.971;SC=CCCAACTGGCCGCATTTAAGC;SOR=0.512;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=44;WE=205829999;WS=205829981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr2	205912403	rs1510765	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=11;PP=575;SC=AGTCTGAAACTGGTTGTTCCA;SOR=0.984;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=205912411;WS=205912393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	205969023	rs2289024	A	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=500;SC=TCCAGTTTTCAAAGAAATTAG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=205969031;WS=205969013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	205978114	rs1848948	A	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=38.84;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	205978117	rs71032443	G	GGTGT	848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=42.44;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	206036918	rs736320	C	T	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=28;PP=1659;SC=ATATTGTTTTCCTTTCTTCTG;SOR=1.263;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=91;WE=206036926;WS=206036908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	206041366	rs11329569	TA	T	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.227;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr2	206050355	rs62172732	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=-1.313;SC=TCAGTTCTGTATGAGAACTTA;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=15;WE=206050363;WS=206050345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr2	206305156	rs10185378	C	T	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.786;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,107:0.43:250
chr2	206364737	rs10197347	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=143;ReadPosRankSum=0.159;SC=CAAGGCCATCTGAGTATGACC;SOR=1.143;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=16;WE=206364745;WS=206364727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr2	206364791	rs11683289	C	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-2.161;SC=TTGAATTCATCTTTTCTAAGA;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=11;WE=206364799;WS=206364781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr2	206418032	rs6730102	G	A	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=19;PP=590;SC=ATCTCTAATTGCTTTTCTCTC;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=206418040;WS=206418022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	206481612	rs35710107	TGA	T	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=2.435;SOR=2.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	206562250	rs849558	C	T	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=19;PP=995;SC=TTCTTTGGGTCGTTGATTTCT;SOR=1.341;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=206562258;WS=206562240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	206565500	rs3771051	C	T	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=881;ReadPosRankSum=1.333;SC=TCCAAGGCCACCATCTCTGGT;SOR=0.328;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=53;WE=206565508;WS=206565490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,69:0.72:96
chr2	206581033	rs849541	G	A	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	206588676	.	G	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=639;ReadPosRankSum=3.100;SC=TGAGTTGGCCGATTGGGAACC;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=41;WE=206588684;WS=206588666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr2	206592695	rs849526	T	C	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,69:0.41:168
chr2	206608039	rs849568	T	C	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=56;PP=2227;SC=CCCGCCTGGTTAGCAGCCGCT;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=206608047;WS=206608029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	206614646	rs10932123	T	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=-1.637;SC=AGGGACCTAGTGGTCCCCCAG;SOR=0.507;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=15;WE=206614654;WS=206614636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr2	206628354	.	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=286;ReadPosRankSum=-0.504;SC=GGTGTCTTTCCCGAGTGTTTA;SOR=0.948;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=19;WE=206628362;WS=206628344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr2	206630073	rs35659576	A	AAC	505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=488;ReadPosRankSum=1.654;SC=CAGGTGCAATAACACACACAC;SOR=0.324;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=12;WE=206630082;WS=206630063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr2	206631575	.	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.201;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=208;ReadPosRankSum=3.370;SC=CATGCTTTTTCCTTCCCCCAT;SOR=0.983;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=14;WE=206631583;WS=206631565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr2	206874339	rs817991	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=154;ReadPosRankSum=0.316;SC=AGACGCTGGCGGGCATGCTGA;SOR=0.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=14;WE=206874347;WS=206874329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr2	206884595	rs11366043	AT	A	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.046;NF=1;NR=9;PP=91;ReadPosRankSum=0.296;SC=CAGAGAATTAATTTTTTTTTA;SOR=0.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=10;WE=206884603;WS=206884585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr2	206911191	rs34828561	C	CA	627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;MQRankSum=0.354;QD=19.02;ReadPosRankSum=-1.525;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr2	206911228	rs2909111	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-1.001;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr2	206921451	rs818009	G	A	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=31;PP=1535;SC=CTTCCAATTCGGTTTCCAGGT;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=206921459;WS=206921441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	206921763	rs17220727	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TTAAAAATTGCGTCACTATAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=206921771;WS=206921753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	206927850	rs17286674	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=0.029;SC=ATTTCACTGAGGGACTTCTGG;SOR=2.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=206927858;WS=206927840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	207024886	rs113729178	G	GC	741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.86;QD=30.91;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	207169731	rs10932150	G	A	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=1053;ReadPosRankSum=0.820;SC=GCCAGTGTGAGAAAATGTAAC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=68;WE=207169739;WS=207169721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,88:0.50:176
chr2	207170939	.	C	T	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.668;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=860;ReadPosRankSum=0.627;SC=AACAAAACTTCGGAAGAAGGC;SOR=0.404;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=55;WE=207170947;WS=207170929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,86:0.53:161
chr2	207172627	rs7582864	A	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=428;ReadPosRankSum=1.725;SC=TTTCTGTCCAATCTGTGGCTG;SOR=0.850;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=30;WE=207172635;WS=207172617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr2	207173567	.	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.706;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=371;ReadPosRankSum=-0.310;SC=AAAGAAGGATCATAATGATCT;SOR=0.307;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=28;WE=207173575;WS=207173557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr2	207174316	rs3732084	T	C	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=1071;ReadPosRankSum=1.085;SC=AAGAAGCCAGTCTTCGGAAGG;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=59;WE=207174324;WS=207174306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,100:0.58:172
chr2	207174738	.	GG	AA	3395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=2035;ReadPosRankSum=-1.237;SC=TCATTTGTGGGGAAAACATGG;SOR=0.722;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=174;TCF=85;TCR=89;TR=66;WE=207174747;WS=207174728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,94:0.38:245
chr2	207452151	rs3832131	GT	G	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.844;NF=0;NR=9;PP=105;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TCATTGGAAAGTTTTTTTTTC;SOR=0.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=9;WE=207452159;WS=207452141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr2	207452972	.	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=0.691;SC=TGCACAGCTTGGAGTGATGTT;SOR=0.454;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=14;WE=207452980;WS=207452962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr2	207470493	.	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=223;ReadPosRankSum=-1.225;SC=GTTAAAAAATCTCCATTTTCC;SOR=0.478;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=17;WE=207470501;WS=207470483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr2	207472683	rs78458117	C	CTA	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=669;ReadPosRankSum=0.502;SC=TAATCCTAGCCTGTTTTCTGA;SOR=0.836;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=16;WE=207472691;WS=207472673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr2	207474698	.	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=0.179;SC=CAGCTATTGTCCTTGGGGGCA;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=22;WE=207474706;WS=207474688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr2	207513361	.	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=356;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GTGATCTTATGAAGTTCCGCT;SOR=1.274;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=26;WE=207513369;WS=207513351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr2	207527977	.	T	TCC	4597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.832;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.860;NF=15;NR=40;PP=2047;ReadPosRankSum=2.640;SC=AGGAAGAGGTTCCCCTGTTGA;SOR=0.521;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=55;WE=207527985;WS=207527967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,127:0.58:219
chr2	207564512	.	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-2.128;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,29:0.19:156
chr2	207564973	.	A	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=0.128;SC=AGCTGTTAGAAAGTGGAGAAA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=13;WE=207564981;WS=207564963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr2	207611242	.	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=452;ReadPosRankSum=2.665;SC=ACAGACATAGTATAGGATTTT;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=29;WE=207611250;WS=207611232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr2	207613980	rs13427620	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=-1.444;SC=CCCTGGCTCAGTGGAACTAAG;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=16;WE=207613988;WS=207613970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr2	207621759	rs1990849	A	G	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=58;PP=1834;SC=TGACATCATAATAAAGCTAAA;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=98;WE=207621767;WS=207621749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	207636518	rs12620432	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=0.787;SC=GTTGAGGCTCCAACCTGGGTG;SOR=0.446;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=14;WE=207636526;WS=207636516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr2	207820276	rs13420911	G	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=604;ReadPosRankSum=-2.131;SC=CCCACCCCATGTATTATCTGA;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=47;WE=207820284;WS=207820266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr2	207824351	.	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr2	207824384	rs11903403	T	G	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=578;ReadPosRankSum=-1.525;SC=ACAACTCAAGTATACGCAAGC;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=43;WE=207824392;WS=207824374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,77:0.67:115
chr2	207824548	rs1453168	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=1.067;SC=TATCCATTCCGGCTCTAAAAA;SOR=0.540;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=22;WE=207824556;WS=207824538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr2	207824650	rs1453169	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	207825656	rs13397039	A	T	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=52;PP=1179;ReadPosRankSum=0.834;SC=ATTTCAATGCATCTTGGTGTA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=58;TCR=95;TR=83;WE=207825664;WS=207825646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,112:0.53:211
chr2	207833848	rs7582092	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=216;ReadPosRankSum=1.582;SC=ATAGAAATCCATTCTTCCAAA;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=16;WE=207833856;WS=207833838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr2	207833983	rs7582305	A	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr2	207946141	rs2287507	A	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=619;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AGTTTAAGGGACAAAATGTTT;SOR=0.930;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=40;WE=207946149;WS=207946131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr2	207946164	rs2287506	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=0.805;SC=GTTTAAATCCTATCTCTTCCA;SOR=1.005;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=27;WE=207946172;WS=207946154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr2	207974818	rs2244923	C	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.882;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,55:0.45:122
chr2	207988613	rs2700166	C	T	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=18;PP=745;SC=CTTCAGCCCCCAGCCCTCCTT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=207988621;WS=207988603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	207998800	rs2284934	C	T	6471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=25.58;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr2	207998878	rs35538720	A	ATTTT	1884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.000;QD=27.31;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,64:0.93:69
chr2	207999021	rs2284933	G	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=706;SC=ATTACTTCTTGTACTCCAAAG;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=30;WE=207999029;WS=207999011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	208031796	rs2037893	C	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=382;SC=TAGAGGGAGCCTAGGTAGACG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=208031804;WS=208031786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	208031992	rs1269424	T	A	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	208442095	rs2709387	G	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=259;ReadPosRankSum=0.614;SC=TTCTTTCAACGCTTTAGCCAG;SOR=0.407;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=20;WE=208442103;WS=208442085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr2	208447632	.	AAC	A	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.75;ReadPosRankSum=1.305;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr2	208447642	rs12478868	A	T,ATAT	1899.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=29.68;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,39,25:0.61,0.39:64
chr2	208477852	rs2551949	G	A	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,156:0.57:272
chr2	208477956	rs2709416	C	T	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=1072;ReadPosRankSum=0.985;SC=GTTCCAGTGTCTGAAGAAGAT;SOR=0.509;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=73;WE=208477964;WS=208477946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,112:0.60:188
chr2	208619452	.	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr2	208633413	rs4675711	T	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=42;PP=1513;SC=CCAGCTGCGCTAGGAGCAGCA;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=208633421;WS=208633403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	208693261	rs720632	C	G	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=42;PP=1340;SC=AAGACTGAAGCCAGCAAGACA;SOR=0.820;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=75;WE=208693269;WS=208693251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	208693307	rs720631	T	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=31;PP=670;SC=GTGCAGCTGGTGGCACAATCT;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=208693315;WS=208693297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	208717440	rs10932211	A	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	208717574	rs113047081	G	GA	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.843;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr2	208773295	.	G	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=562;ReadPosRankSum=0.167;SC=ATTCTCTGGGGAAAATTCTGA;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=38;WE=208773303;WS=208773285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,60:0.46:131
chr2	208811097	rs10932215	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr2	208811284	rs10932216	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=486;ReadPosRankSum=-0.883;SC=GTACTTTTAACACTACAGAAC;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=39;WE=208811292;WS=208811274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr2	208841964	rs4441448	A	G	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=50;PP=1882;SC=TTGTCAGCTCATTCTGCCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=208841972;WS=208841954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	208986385	rs2305429	A	G	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=24;PP=1251;SC=AAACAACAAAAGAGGACATAT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=208986393;WS=208986375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	208986637	rs2305430	T	C	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=55;PP=1742;SC=TGTAGTCCTCTCTCTCATAGA;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=208986645;WS=208986627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	209007559	rs796287	T	G	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=40;PP=1272;SC=TGAACAGAGATACAGTCGTCT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=61;WE=209007567;WS=209007549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	209010558	rs2854723	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=464;ReadPosRankSum=0.326;SC=GCTGGTAGTCAGGGTACTCCC;SOR=0.606;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=36;WE=209010566;WS=209010548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr2	209010645	.	G	A	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=792;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CCACCCTGATGGAGTTGCAGC;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=45;WE=209010653;WS=209010635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr2	209010891	rs2289917	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=477;ReadPosRankSum=-1.475;SC=GTGGGACTGCGGGAACGTCAC;SOR=0.701;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=34;WE=209010899;WS=209010881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,47:0.40:117
chr2	209030330	rs34111482	G	GT	271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.41;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	209030572	rs6721025	A	G	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=368;SC=GGTATCAAGCACATCAATTTA;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=209030580;WS=209030562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	209033138	rs7589065	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=274;SC=TGGCTCAAGCCTGTAATCCCA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=209033146;WS=209033128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	209033173	rs7562540	A	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=8;PP=212;SC=CAAGGCGGGCAGATCGCGAGG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=209033181;WS=209033163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	209035485	rs6435420	T	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.772;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=677;ReadPosRankSum=1.372;SC=ATTTTGCAGATGAGGAAACTA;SOR=2.151;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=209035493;WS=209035475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr2	209035658	rs6748431	C	T	6487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=75;PP=2712;SC=AATTTACAATCTCACACCTAC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=150;WE=209035666;WS=209035648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	209035849	rs4292037	A	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=622;SC=TGTCCATCCAAAGTTTCATTT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=209035857;WS=209035839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	209036605	rs10932244	T	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	209036712	rs10804166	T	C	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	209036778	rs6435421	A	G	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=47;PP=1386;SC=AAGGAGAGGCAGAGAGATGAA;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=209036786;WS=209036768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	209046162	rs6435425	G	A	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.69;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	209046162	.	GTA	ATG	384	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=8;PP=384;QD=48.6075416514;SC=AATAAAATTGGTATGATTGTT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=209046172;WS=209046152;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr2	209046164	rs6435426	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.60;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	209049840	rs10804167	C	T	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	209101905	rs57383668	GA	G	641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=216;SC=TAACGGGAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=12;WE=209101913;WS=209101895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	209138946	rs6705163	C	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=659;SC=GCTGAATAAGCTGAGCTCCTC;SOR=3.193;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=209138954;WS=209138936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	209163556	rs7569723	C	T	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=61;PP=1813;SC=AGAGAATGTTCATGTGACTGA;SOR=1.069;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=209163577;WS=209163546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	209168853	rs893256	C	T	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=37;PP=1523;SC=ACATTGTTGCCATTGAAGGCC;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=87;WE=209168861;WS=209168843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	209176807	rs12624141	T	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	209182480	rs10174541	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	209182499	rs113250005	T	TA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	209182548	rs10497898	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=0.292;SC=GATTCTAAGCATGTTATCATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=7;WE=209182556;WS=209182538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr2	209182677	rs112715599	CAGTTCAGCAGTGA	C	2035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=2968;ReadPosRankSum=0.730;SC=TAATGTGATTCAGTTCAGCAG;SOR=0.825;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=24;WE=209182697;WS=209182667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,58:0.32:179
chr2	209184844	rs934712	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=137;SC=CTAAATGAGAATATATTAATA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=209184852;WS=209184834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	209184980	rs10932258	G	A	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=10;PP=287;SC=TTGTAGATGAGTTCTTGTATT;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=209184988;WS=209184970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	209184999	rs10932259	C	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=9;PP=265;SC=TTAAAAACCCCAAAATTCTTC;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=209185007;WS=209184989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	209189912	rs893255	A	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=13;PP=671;SC=TTTTACAGATATTAAGAGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=209189920;WS=209189902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	209190330	rs2363468	T	C	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=39;PP=1711;SC=TTGCTGGAATTGAGGATTGTG;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=209190338;WS=209190320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	209190519	rs893254	A	T	8554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	209190528	rs893253	C	G	8577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	209190632	rs999890	T	G	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=822;ReadPosRankSum=0.222;SC=GGAAGTCACCTCCTCTGAAGA;SOR=0.579;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=152;TCF=72;TCR=80;TR=66;WE=209190640;WS=209190622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,88:0.40:218
chr2	209190649	rs999891	A	G	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=885;ReadPosRankSum=0.844;SC=AAGATAAACGAAAGACTTATT;SOR=0.540;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=64;WE=209190657;WS=209190639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,81:0.39:208
chr2	209191082	rs1529979	C	A	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=54;PP=1700;SC=TTCAAGTGGCCAATCAGGAAG;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=84;WE=209191107;WS=209191072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	209191099	rs1529978	T	C	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=53;PP=1305;SC=GAAGCAAAAATGAGGGTGATG;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=82;WE=209191107;WS=209191072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	209194696	rs1437414	G	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=12;PP=334;SC=AAAATTTCAAGCTAAAACGTA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=20;WE=209194704;WS=209194686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	209195099	rs1866045	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=228;SC=AACTATCACCGTGCTGTAGCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=209195107;WS=209195089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	209195133	rs12694109	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=2;PP=571;SC=AGCTGCAGGCTCAGAGCAGCA;SOR=2.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=209195141;WS=209195123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	209195472	rs34136239	G	GT	125.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.210;QD=20.92;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	209195491	rs112938452	G	GAGA	126.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.210;NF=0;NR=6;PP=265;ReadPosRankSum=1.383;SC=TTTTCCTGAGGAGGTTTCCTA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=209195499;WS=209195481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	209198000	rs11885913	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=0.931;SC=AAGAGATTCTCAATATGTGAT;SOR=0.825;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=12;WE=209198008;WS=209197990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr2	209199945	rs2363469	A	G	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=7;PP=1284;SC=TGCCTCATAGAATATAGTTGA;SOR=3.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=209199953;WS=209199935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	209201054	rs6744236	T	C	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=178;SC=TTTTGTTTCCTGTCACTCTCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=209201062;WS=209201044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	209201739	rs7596571	T	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=124;SC=TAGTTTAATATGTACTTTAGT;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=209201747;WS=209201729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	209203122	rs4675756	C	G	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	209204274	.	C	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=592;ReadPosRankSum=0.749;SC=GCCAGCAGTTCCGAAGGTAGA;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=43;WE=209204282;WS=209204264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr2	209204319	rs17699838	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=0.450;SC=CATTGTATCTAAGACTGAAAG;SOR=0.627;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=15;WE=209204327;WS=209204309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr2	209207518	rs35986928	C	CT	65.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=7.31;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr2	209209827	rs2304544	G	A	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	209209997	rs2043718	C	T	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=34;PP=926;SC=AGTTTTATTACAGCATTTATC;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=209210005;WS=209209987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	209212707	rs2304545	G	A	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=378;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TTGGGCAGACGGGCAAGGAGG;SOR=0.900;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=25;WE=209212715;WS=209212697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,51:0.59:87
chr2	209214770	rs2118297	A	G	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	209215448	rs994696	A	G	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=227;SC=GAGGAAAGATATTTTCTGAGT;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=209215456;WS=209215438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	209215586	rs994697	A	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=18;PP=588;SC=ACAGCAGTGAAGAAGATTTCA;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=37;WE=209215594;WS=209215576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	209219190	rs6435453	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=7;PP=673;SC=AGCACTCAATAAAAGTTAACT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=209219198;WS=209219180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	209220157	rs10208191	G	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=383;SC=CAGTTCTGTGGCTGTTTAGAC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=209220165;WS=209220147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	209224874	rs11357589	CA	C	1737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=8;PP=703;SC=AGCAGTTTGTCAACCAGCATA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=209224882;WS=209224864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	209293168	rs962595	C	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=294;SC=TGCAGCAGAACAACAACACTC;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=209293176;WS=209293158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	209345944	rs34570534	CT	C	527.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.653;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.363;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr2	209346020	rs61511423	T	TGCAACCTC	1671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=1951;SC=CTCGGCTCACTCGCCTCCCGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=26;WE=209346028;WS=209346010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	209353607	rs6726003	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=309;SC=CCCTGTCTCAAGAAAAGATAA;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=209353615;WS=209353603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	209353656	rs11335842	GT	G	601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=384;ReadPosRankSum=0.108;SC=GCTCTGCTAAGTTTTTTTTTT;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=22;WE=209353664;WS=209353646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr2	209358027	rs3820900	C	T	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=53;PP=2202;SC=GTCGGTGGAACCTCTCCGTGG;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=118;WE=209358035;WS=209358017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	210517785	rs2254169	C	T	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=7;PP=720;SC=CGGTTTGCTACAAATTTTTCC;SOR=2.461;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=210517793;WS=210517775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	210517915	rs2271252	T	C	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=748;ReadPosRankSum=-1.192;SC=AACGGAAAGATGAAGCAAAGG;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=63;WE=210517923;WS=210517905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,144:0.54:269
chr2	210555264	rs3768813	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=156;ReadPosRankSum=0.909;SC=TCCTTTAGCAATATTTCTGTC;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=11;WE=210555272;WS=210555254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	210557380	rs6720659	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=743;ReadPosRankSum=1.223;SC=TGGAGTTCCACGATCAACAGG;SOR=0.592;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=47;WE=210557388;WS=210557370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,69:0.52:132
chr2	210557542	rs741007	G	A	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=1327;ReadPosRankSum=1.471;SC=TGCAAGGCACGGAAGAAGAAA;SOR=0.831;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=80;WE=210557550;WS=210557532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,110:0.51:217
chr2	210558162	rs741006	G	A	3507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=44;PP=1470;ReadPosRankSum=-1.192;SC=GTGCAGCAAAGGGATACTTTC;SOR=0.788;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=99;WE=210558170;WS=210558152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,167:0.52:322
chr2	210558899	.	G	A	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.500;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1142;ReadPosRankSum=0.434;SC=AGTGTATGGAGAGAAAAGGGA;SOR=0.657;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=168;TCF=71;TCR=97;TR=76;WE=210558907;WS=210558889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,109:0.50:218
chr2	210559960	rs2239672	G	T	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=1067;ReadPosRankSum=0.811;SC=TTAGTTCAGTGCCAGAGATAG;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=64;WE=210559968;WS=210559950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,90:0.54:167
chr2	210561533	rs3217099	C	CAGA	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.833;NF=7;NR=6;PP=509;ReadPosRankSum=0.028;SC=TACTTTTTTGCAGAACTGCCT;SOR=0.814;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=13;WE=210561541;WS=210561523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr2	210569459	rs12619409	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=1.040;SC=TGAAGTGTTTGACACATAAAC;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=210569467;WS=210569449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	210588500	rs2284359	A	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=1.424;SC=ACCTCTTTCCAACACACTGCT;SOR=0.184;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=14;WE=210588508;WS=210588490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr2	210594540	rs4673486	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
chr2	210594717	rs11389149	C	CT	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr2	210594721	rs201238994	T	TA	329.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr2	210594722	rs77505136	T	A	626.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
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chr2	210636747	rs116428671	G	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
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chr2	210678691	rs2159745	T	G	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=35;PP=1038;SC=TTACACTGTTTCTATTATCTT;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=210678699;WS=210678681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	210698785	rs75245711	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-2.769;SC=ATGGGAATGTCTTCAGGAGAG;SOR=0.748;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=11;WE=210698793;WS=210698775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr2	210745681	rs2370838	C	A	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=43;PP=1562;SC=CTTTCATTTCCTAGGTACTGT;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=210745689;WS=210745671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	210786137	rs9288415	G	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	210804439	rs80250444	A	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	210823792	.	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.681;SC=CCCAACCAAAGGACCCCGTTC;SOR=0.903;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=157;TCF=89;TCR=68;TR=68;WE=210823800;WS=210823781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,122:0.47:259
chr2	210843383	rs2075117	G	A	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=64;PP=1895;SC=AGCCATCCCAGCAGGCTTCGC;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=103;WE=210843391;WS=210843373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	210846867	rs2723222	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=217;ReadPosRankSum=1.546;SC=TCAGTGTCATAGTTTTTGTAA;SOR=0.558;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=16;WE=210846875;WS=210846857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr2	210857009	.	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-1.143;SC=ACCATCCTACGAATTGGAAGC;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=16;WE=210857017;WS=210856999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr2	210874246	rs3738934	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=207;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TTTAGTATTATTTAATACTGA;SOR=0.596;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=15;WE=210874254;WS=210874236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr2	210880893	rs7570090	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=555;ReadPosRankSum=-2.283;SC=GGAAGATTTGCGGGAAACAGG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=43;WE=210880901;WS=210880883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr2	210882171	rs2075116	A	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=0.893;SC=TTTAGGAGTTACTTATTTCCT;SOR=1.059;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=14;WE=210882179;WS=210882161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr2	210882456	rs2243769	G	T	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	210882677	rs2723213	C	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=3;PP=157;SC=CTATGTTGGCCAGGCTGGTCT;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=210882685;WS=210882667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	210889759	rs6435550	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=431;ReadPosRankSum=0.980;SC=GTCTCACCCAAAATTCATGCA;SOR=0.429;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=23;WE=210889767;WS=210889749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr2	210894740	.	TTG	T	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=56;QD=34.5;SC=ATTCCTTGTTTTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=210894749;WS=210894730;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr2	211060050	rs2286963	T	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr2	211069438	rs263677	G	A	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=59;PP=1788;SC=GTAGAGAATGGTCTCATTTAA;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=101;WE=211069446;WS=211069428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	211074909	rs3764913	T	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=279;ReadPosRankSum=-0.798;SC=TAGAAGTCCTTTTTTACACAC;SOR=0.752;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=18;WE=211074917;WS=211074899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr2	211159023	.	C	T	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=559;ReadPosRankSum=0.204;SC=CCATTGCCTTCCTTGTCAAAG;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=40;WE=211159031;WS=211159013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,57:0.44:129
chr2	211163063	rs150329321	TAC	T,TACACACACAC	456.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8,8;NR=4,4;PP=453,841;SC=ACACACATACTACACACACAC;SOR=1.911;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12,12;WE=211163072;WS=211163053;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:15
chr2	211167132	rs2292300	A	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=513;ReadPosRankSum=0.019;SC=GAAGAGCTAAACTCATCCCAA;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=40;WE=211167140;WS=211167122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr2	211168181	rs35179660	T	TC	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=0.411;SC=TCAGTTCCATTTTTGCCTATC;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=211168189;WS=211168171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	211168346	rs12469767	A	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=257;ReadPosRankSum=0.481;SC=GAGTGGGGTCATCCCTGGCTG;SOR=0.963;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=18;WE=211168354;WS=211168336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr2	211336264	.	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=1.183;SC=TCCTGTTACGGGTTAACTTTT;SOR=1.355;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=13;WE=211336272;WS=211336254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr2	211341204	rs56033100	G	GC	559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=496;SC=GAGGGCGGCGGCGGCGCCCAG;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=211341212;WS=211341194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	211342472	rs111491997	G	A	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,117:0.52:224
chr2	211421452	rs3835047	A	ATCT	4958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=34;PP=1473;SC=GCCACAAATCATCAAAATGAC;SOR=1.089;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=54;WE=211421460;WS=211421442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	211442306	rs78365831	C	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=615;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TCAGAAGTGCCAAGCAGACAG;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=46;WE=211442314;WS=211442296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,57:0.45:127
chr2	211444301	.	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.100;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=1.673;SC=TACAGTCACCCTGGGTCAGAG;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=10;WE=211444309;WS=211444291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr2	211444533	.	GGT	G	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=263;ReadPosRankSum=0.781;SC=TGTTTCTTCGGGTGTGTGTGT;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=9;WE=211444542;WS=211444523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr2	211447348	.	T	C	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=502;ReadPosRankSum=0.443;SC=TAGGGTACCATGCTTGGGAAG;SOR=0.687;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=49;WE=211447356;WS=211447338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,75:0.57:132
chr2	211456637	rs1047883	A	G	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,63:0.36:174
chr2	211456637	.	ACC	GCT	1024	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=16;NR=18;PP=1024;QD=31.6902316136;SC=CTTGGACAACACCCTCCCTGC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=34;WE=211456647;WS=211456627;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:72,34:0.32:106
chr2	211456639	rs2229589	C	T	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=1.565;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,63:0.36:175
chr2	211481257	rs2287599	C	G	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=791;ReadPosRankSum=-1.586;SC=CACTGAAAGGCCTCAACAGGT;SOR=0.847;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=56;WE=211481265;WS=211481247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,101:0.45:225
chr2	211481423	.	G	GT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.622;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	211502491	.	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=278;ReadPosRankSum=0.391;SC=AAGCAGATTTCAAAATGCCTT;SOR=0.888;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=22;WE=211502499;WS=211502481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr2	211504065	rs13409110	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-0.836;QD=18.91;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr2	211504074	rs13408918	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-0.822;QD=19.76;ReadPosRankSum=0.504;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	211507387	.	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=73;ReadPosRankSum=-0.429;SC=CTACCATCAGGAGGTAAGAAA;SOR=0.933;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=9;WE=211507395;WS=211507377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr2	211513118	rs4673540	C	T	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=632;SC=GGCTACCACTCGAGCTAATGA;SOR=3.193;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=211513126;WS=211513108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	211515058	rs3213784	A	T	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=666;ReadPosRankSum=0.597;SC=CATAAACCTGACCTGCTTTTT;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=51;WE=211515066;WS=211515048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,85:0.51:167
chr2	211515136	.	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=580;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GAAAAAATTCCTAGAAGAGGC;SOR=0.891;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=43;WE=211515144;WS=211515126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,65:0.42:153
chr2	211518827	.	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=-1.205;SC=AGATGGAAGGGTAAGTGCTTT;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=26;WE=211518835;WS=211518817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr2	211521227	rs58225253	CT	C	921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,61:0.91:67
chr2	211521417	rs71044002	G	GT	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.965;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	211523457	rs6435580	C	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=511;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CACTGTGTTACGTCATGTTGG;SOR=0.579;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=34;WE=211523465;WS=211523447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,57:0.39:145
chr2	211525420	rs41272671	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=278;ReadPosRankSum=2.357;SC=TATGAGTTCTAGTGAAATTAA;SOR=2.224;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=17;WE=211525428;WS=211525410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr2	211527827	rs5838215	GT	G	2325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;MQRankSum=0.350;QD=15.40;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,138:0.91:151
chr2	211533070	rs10932347	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=326;ReadPosRankSum=0.531;SC=GAGGGGCAGGATAGAATGTTA;SOR=0.302;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=26;WE=211533078;WS=211533060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr2	211541713	.	TTTTG	T	2417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=1432;ReadPosRankSum=1.090;SC=GTCTATAAGTTTTTGTTTATT;SOR=0.711;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=33;WE=211541724;WS=211541703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,62:0.58:106
chr2	212251864	rs3748962	T	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr2	212252745	.	G	A	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=4.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,122:0.45:274
chr2	212252809	rs934607	G	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=811;ReadPosRankSum=0.453;SC=AAGCCACATGGGTCGTATGAA;SOR=0.673;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=56;WE=212252817;WS=212252799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,60:0.53:114
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chr2	212295875	rs6710946	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.189;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=0.369;SC=CCCAGGTTTTCCCATTTTTCT;SOR=1.714;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=17;WE=212295883;WS=212295865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr2	212426588	rs139728050	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=185;ReadPosRankSum=-1.468;SC=GAAATATTAACCTAAAAATGT;SOR=0.460;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=14;WE=212426596;WS=212426578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr2	212488870	rs3215298	G	GC	1889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=1387;SC=TTCTTACAAAGAAAAACACAC;SOR=1.747;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=212488878;WS=212488860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	212522632	.	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=430;ReadPosRankSum=0.570;SC=GCTCACACATGGAGCCTTGGA;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=29;WE=212522640;WS=212522622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
chr2	212544026	rs67647157	CT	C	544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=14;PP=510;SC=TGGCAAATGACTTTGGTGGCC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=212544034;WS=212544016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	212569879	rs10221746	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=-1.765;SC=ACAGGGTTTCTCCATGTTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=212569887;WS=212569869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	212569924	rs10221615	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=0.235;SC=TGATCCACCCGCCTCAACCTC;SOR=0.446;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=212569932;WS=212569914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	212569983	rs6723705	G	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=630;SC=AGTCAATCTTGTGTAATTTTT;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=212570002;WS=212569973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	212569994	rs74395874	A	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.729;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr2	212576980	rs12994961	T	C	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=531;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CATTATAAAATAGCAGAGTAT;SOR=0.878;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=36;WE=212576988;WS=212576970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr2	212578379	rs67894136	TA	T	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=7.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr2	212587321	rs13002712	G	A	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=43;PP=1115;SC=TTAATGAAACGCTGCCAAAAC;SOR=1.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=212587329;WS=212587311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	212589986	rs35778743	T	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=154;ReadPosRankSum=2.189;SC=AGCTGAGTTCTGGAGTGACAA;SOR=0.705;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=15;WE=212589994;WS=212589976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr2	212615516	rs6757068	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.405;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr2	213291226	rs34480397	C	CTCTT	149.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=61;SC=AAACCTCAATCTCTTTATCTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=213291234;WS=213291216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	213790978	rs62186510	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=136;ReadPosRankSum=1.078;SC=AGTGGGAGCTCGGCTATATGC;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=14;WE=213790986;WS=213790968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr2	213872832	.	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-0.976;QD=13.82;ReadPosRankSum=-1.462;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr2	213872853	rs147995454	TACA	T	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=3.251;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr2	213872868	rs76705042	A	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.07;ReadPosRankSum=2.331;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr2	213886454	rs2291241	A	T	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	213886647	rs141472671	A	ATTTTATCT	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=438;ReadPosRankSum=-0.659;SC=ACAGCATAAGATTTTATCTTC;SOR=1.383;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=7;WE=213886655;WS=213886637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr2	213886864	rs62617113	G	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=424;ReadPosRankSum=0.232;SC=ACTGTGAAGAGAACTCAAGGT;SOR=0.951;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=31;WE=213886872;WS=213886854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,46:0.38:120
chr2	213914343	rs2165444	C	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=327;SC=TGGTCATTACCGACTACATAA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=213914351;WS=213914333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	213945992	.	GA	G	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.680;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr2	214012405	rs6738070	A	C	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=4.012;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,200:0.94:213
chr2	214012508	rs6709554	C	T	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=520;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TATTGGAGTGCTCCCTTTCGG;SOR=0.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=38;WE=214012516;WS=214012498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,82:0.60:137
chr2	214142631	rs13000409	G	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=-0.595;SC=CAGGGCATGTGAGAGGTCTTC;SOR=0.732;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=19;WE=214142639;WS=214142621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
chr2	214161773	rs975956	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=209;ReadPosRankSum=0.135;SC=CAAACTAATCCTGAATTTATT;SOR=0.963;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=17;WE=214161781;WS=214161763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr2	214161849	rs1488988	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=433;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TTTCATGGATCTTCAGAATGA;SOR=0.950;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=31;WE=214161857;WS=214161839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr2	214174659	rs72935193	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=1.316;SC=TTCCTGGCATATAACAGTCAA;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=214174667;WS=214174649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	214174767	rs10498003	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr2	214182100	rs10183630	A	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=1.715;SC=TTTTTAAATGACATTTTCTTC;SOR=0.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=10;WE=214182108;WS=214182090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr2	214228792	rs12469417	C	T	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=101;SC=TTGAATTTTACTTTTTAGATT;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=214228800;WS=214228782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	214228959	rs4146048	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=444;SC=GATATTTAAAGGTGAGTAAGT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=214228967;WS=214228949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	214233812	rs6752347	C	A	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=13;PP=357;SC=AGTGTGGAAACAATTTTAATT;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=214233820;WS=214233802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	214261534	rs339815	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr2	214727150	rs2042790	T	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=427;ReadPosRankSum=2.221;SC=CATTTATTCATATTCTGAAAA;SOR=0.534;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=28;WE=214727158;WS=214727140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr2	214727221	rs2042791	A	C	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=538;ReadPosRankSum=-1.656;SC=TCTCCATGCAACCCCACAAAG;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=35;WE=214727229;WS=214727211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,59:0.51:116
chr2	214727367	rs2042792	C	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=-1.318;SC=GTGCACAGGACCCCTAGAAAT;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=24;WE=214727375;WS=214727357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr2	215013777	rs5838412	GTA	G	51.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=17.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	215013801	.	G	GTATATA	126	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=31.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	215102929	rs1912207	T	A	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=43;PP=1545;SC=TGTTACCTCATATTGAAGTTG;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=92;WE=215102937;WS=215102919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	215593261	rs33960630	C	CT	211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,14:0.82:17
chr2	215595512	rs12614960	C	T	80.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.17;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	215595645	rs16852600	C	T	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,53:0.66:80
chr2	215595765	rs6435849	C	G	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=36;PP=1226;SC=AACAGCGCTTCCTAAAATAAA;SOR=0.711;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=68;WE=215595773;WS=215595755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	215595861	rs34664471	G	GA	364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
chr2	215595872	rs28685662	G	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.39;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	215632124	rs5031008	ATT	A	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.43;MQRankSum=0.967;NF=5;NR=4;PP=267;ReadPosRankSum=0.904;SC=CAACTTGACTATTTTAAAGTC;SOR=0.223;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=9;WE=215632133;WS=215632114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr2	215632155	rs5031009	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.061;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.191;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr2	215632192	rs5031011	G	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.107;NF=18;NR=9;PP=346;ReadPosRankSum=0.652;SC=TAATTTTTACGTTGAACTACT;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=27;WE=215632200;WS=215632182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr2	215632255	rs2070094	C	T	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.193;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,71:0.42:170
chr2	215632255	.	CA	TG	436	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=22;MQ=60.05;NF=20;NR=16;PP=436;QD=13.5963298573;SC=ACTATATCCACATGCCCATTC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=36;WE=215632264;WS=215632245;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr2	215632256	rs2070093	A	G	5693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=32.54;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	215634055	rs6704780	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr2	215645464	rs2229571	C	G	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.353;SC=TACTGTTTTTCCTCCCTGATG;SOR=0.899;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=71;WE=215645472;WS=215645454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,92:0.48:192
chr2	215645545	rs2070096	C	G	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=617;ReadPosRankSum=-0.112;SC=CTGAGGGCACCGTTTGCTTAA;SOR=0.401;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=47;WE=215645553;WS=215645535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,84:0.58:145
chr2	215657182	rs56130510	TA	T	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.320;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr2	215674090	rs35933323	T	G	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1313;ReadPosRankSum=-2.117;SC=CCAGAAACTGTGCGACCCGTG;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=92;WE=215674098;WS=215674080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,149:0.48:309
chr2	215674224	rs1048108	G	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=837;ReadPosRankSum=-1.996;SC=TCCATGGCGGGCGCGGAACGA;SOR=0.559;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=28;TCR=78;TR=58;WE=215674232;WS=215674214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,88:0.58:151
chr2	215674323	rs1129804	C	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-1.549;SC=AGGCTCCTCGCAGAGCGGGAA;SOR=1.075;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=8;WE=215674331;WS=215674313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	215674341	rs17489363	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GAAGCAAGGAAGCCTCGGGAA;SOR=1.981;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=7;WE=215674349;WS=215674331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	215674371	rs34732883	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=-2.489;SC=AAGCTGCAGGCCAGCGACTCG;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=5;WE=215674379;WS=215674361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr2	215797332	rs17426207	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=235;ReadPosRankSum=0.667;SC=ATTGGTCACACGCTGAGATTG;SOR=0.950;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=21;WE=215797340;WS=215797322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr2	215797527	rs10532785	AATTC	A	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=414;ReadPosRankSum=0.781;SC=AAATAAAGTTAATTCATTCTC;SOR=0.465;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=9;WE=215797538;WS=215797517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr2	215798955	.	G	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.366;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=580;ReadPosRankSum=0.694;SC=GGAACCAAAGGAAAAAAGTTT;SOR=0.553;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=47;WE=215798963;WS=215798945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,61:0.45:135
chr2	215802112	rs3738884	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TTGTAGAGACGGGGTTTCACC;SOR=0.877;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=8;WE=215802120;WS=215802102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr2	215809597	rs10633768	G	GTA	153.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.366;NF=2;NR=2;PP=179;ReadPosRankSum=0.366;SC=TTGTATGTGTGTATATATATA;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=215809605;WS=215809587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	215812297	rs2274412	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=346;ReadPosRankSum=-1.262;SC=GCAATAAAAGGGGAGTTAGGT;SOR=0.943;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=24;WE=215812305;WS=215812287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr2	215820013	rs10498027	G	A	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.917;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,107:0.52:206
chr2	215821580	rs17492577	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=0.625;SC=CCCATCTAGTTTAAAACTGCA;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=15;WE=215821588;WS=215821570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	215833415	rs4673925	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=308;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TCATTTGTATAACATTCCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=17;WE=215833423;WS=215833405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr2	215833622	rs6756540	G	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=0.067;SC=TCAACTTTTTGTTTCTGTTAG;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=12;WE=215833630;WS=215833612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	215840414	rs17493319	C	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=0.239;SC=CTTCTAAGTACTTTATTCTCC;SOR=0.105;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=215840422;WS=215840404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	215840829	rs7594021	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-0.407;SC=AACTTCAGAAACTATATATAA;SOR=1.675;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=215840837;WS=215840819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	215848034	rs7608150	T	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=24;SC=ATCACCCTGGTTGCTCTTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=215848042;WS=215848024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	215851246	rs7559069	A	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=8;PP=978;SC=ATGGCAATAAATGTCAAAAAG;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=215851254;WS=215851236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	215855780	rs4533467	G	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=349;ReadPosRankSum=-1.351;SC=AATGTGAGGCGCTTGTTATGC;SOR=0.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=28;WE=215855788;WS=215855770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr2	215862383	rs1980844	G	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=680;SC=TCTATGAACAGGACTTATTCA;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=215862391;WS=215862373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	215862633	rs1326748	C	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=25;PP=664;SC=TTACATTGAACTTATGATCGT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=215862641;WS=215862623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	215865575	rs10498030	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=508;ReadPosRankSum=0.458;SC=GGTTGTGTGATGGAGAATTGT;SOR=0.629;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=43;WE=215865583;WS=215865565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,61:0.43:141
chr2	215872334	rs940279	G	A	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	215874965	rs6733264	G	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=468;SC=AAGATAGAAAGAAATCAGTCA;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=215874973;WS=215874955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	215875251	rs1409607	A	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=28;PP=764;SC=ATCCATTTCCACATGGCAAAT;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=215875259;WS=215875241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	215876166	rs7560008	A	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=442;SC=TACTCACTGGAATTTATGGGA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=215876174;WS=215876156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	215876411	.	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=278;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GACACTATATGAGCTTTAGAA;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=16;WE=215876419;WS=215876401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr2	215876589	rs11388414	G	GT	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.518;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.741;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	215878240	rs7594353	G	A	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	215878246	rs10192100	C	T	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.85;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	215880108	rs6753310	C	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=269;SC=TTCCAAAAGCCGAATAAATGG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=215880116;WS=215880098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	215890312	rs2177423	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	215890324	rs5838479	G	GT	125	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.25;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	215890352	rs5838480	GTT	G	198.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	215919365	.	T	C	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=809;ReadPosRankSum=-0.799;SC=CTTATCCAGGTTGGATGACTT;SOR=0.676;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=62;WE=215919373;WS=215919355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,101:0.47:216
chr2	215928677	rs12694351	G	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=280;ReadPosRankSum=0.722;SC=CACATTTATAGACAGAGAAAA;SOR=0.928;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=21;WE=215928685;WS=215928667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr2	215928972	rs1523721	G	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=-0.095;SC=CATTACATCAGTATGGCACAT;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=16;WE=215928980;WS=215928962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr2	215940242	rs6711179	T	C	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=51;PP=2177;SC=TATTGTGCAATCATAACCCTG;SOR=0.816;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=119;WE=215940250;WS=215940232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	215976231	.	A	T	47	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=47;QD=27.2570708491;SC=ACAAAAAAAAATTTTTGAAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=215976239;WS=215976221;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	216182769	rs4672766	A	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.84;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	216182769	.	AC	TC,TT	242	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=22,9;NR=2,0;PP=242,105;QD=11.5321338561;SC=CAGAATTTTCACGTTGAATTC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=24,9;WE=216182778;WS=216182759;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.92:26
chr2	216182770	rs75285060	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.924;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	216184482	rs16853782	A	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr2	216189825	rs3772077	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=0.589;SC=GAATTCTAAAATGTCAGGCTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=216189833;WS=216189818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	216189845	rs3772078	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=127;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CACAGTTTATATATTAGTTCT;SOR=0.148;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=216189853;WS=216189835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	216190654	rs7563206	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=0.640;SC=TATTTAAAAGCGGTTCATAAG;SOR=1.545;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=9;WE=216190662;WS=216190644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr2	216190691	rs2177737	A	C	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=16;PP=793;SC=AAAATCAATAAGTCTTTTGTT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=216190699;WS=216190681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	216191515	rs6751557	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=-0.087;SC=AAGTGCTGCTCGTGTCTCACA;SOR=0.627;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=7;WE=216191523;WS=216191505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	216191533	rs78562722	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=232;ReadPosRankSum=0.164;SC=ACAAAACTTACGCTTTTTGTA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=19;WE=216191541;WS=216191523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr2	216198049	rs10179873	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=430;ReadPosRankSum=1.129;SC=TTCTTTGTTTATGATTTTACT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=31;WE=216198057;WS=216198039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr2	216199525	rs12466139	T	C	54.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TAAAATCTTATGTAAACAGTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=216199533;WS=216199515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	216199551	rs10932608	T	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=1.668;SC=AGCTTTAGAGTAATGAATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=216199559;WS=216199541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	216200907	rs13002576	C	G	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=461;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CTCTTTCTCCCTTGTTTACTC;SOR=0.918;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=33;WE=216200915;WS=216200897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr2	216211712	rs10932609	A	T	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=51;PP=1572;SC=ATTCAGTTCAACCCTTTATGT;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=83;WE=216211720;WS=216211702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	216212279	rs4673992	G	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=438;ReadPosRankSum=-2.506;SC=AAAACAGAAGGCTGCTAATCA;SOR=0.668;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=39;WE=216212287;WS=216212269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,65:0.38:172
chr2	216213692	.	T	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr2	216214492	rs10498036	T	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-0.581;SC=ACTGGATCCATAGTTTTTGGT;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=216214500;WS=216214482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	216226283	.	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,30:0.17:177
chr2	216226630	rs114497844	G	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	216226642	rs13394662	A	C	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=159;SC=TACCTGTAGAAAGAGACTGTC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=216226650;WS=216226632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	216229850	rs7579867	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=500;ReadPosRankSum=0.773;SC=TCCCTAAGAGCAGTACTGCTA;SOR=0.960;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=37;WE=216229858;WS=216229840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,44:0.39:112
chr2	216230216	rs10498037	G	C	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=822;ReadPosRankSum=0.318;SC=AAAATGATCTGTGATGACATA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=74;TCR=58;TR=59;WE=216230224;WS=216230206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,97:0.46:212
chr2	216232556	rs7568287	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=344;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GAGACAAACACGGAAGTGGAT;SOR=0.737;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=31;WE=216232564;WS=216232546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr2	216235089	rs1250209	C	T	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=60;PP=2278;SC=TCCACTATGACGTTGTAGGTG;SOR=0.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=119;WE=216235097;WS=216235079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	216236532	rs10804241	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.806;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	216237929	rs2289199	A	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	216240126	rs3214672	AAC	A	365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.991;NF=3;NR=8;PP=368;ReadPosRankSum=1.008;SC=GCTGAAAGAAAACAAAATTAA;SOR=0.965;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=11;WE=216240135;WS=216240116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr2	216242917	rs1132741	T	A	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=473;ReadPosRankSum=-0.884;SC=TGGTGACAACTCCCTGAGCTG;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=36;WE=216242925;WS=216242907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,58:0.43:136
chr2	216243832	rs1250204	T	C	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=45;PP=1657;SC=TTTATTCCAATGAACAACGGT;SOR=0.945;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=107;WE=216243840;WS=216243822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	216248305	rs1250203	G	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=301;SC=TCGAATGATCGCTTACATGAG;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=216248313;WS=216248295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	216248707	rs35639338	TAA	T	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.877;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr2	216249587	rs13652	C	T	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	216249819	rs1250201	C	T	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	216251697	rs35343655	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=1.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=2.339;SC=TTTCCCACCCGGGGGAGGAAG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=216251705;WS=216251687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	216253039	rs1250215	G	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=209;ReadPosRankSum=0.771;SC=AGGGGCAAATGGGGCTTATTT;SOR=0.809;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=23;WE=216253047;WS=216253029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr2	216256615	rs6709607	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=2.008;SC=AAAGGTAAAATCAATATTTCA;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=216256623;WS=216256605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	216262621	rs6725958	A	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr2	216263926	.	C	A	356	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5;NR=1;PP=356;QD=65.1285354245;SC=TACATGGGAACCACAAGGACA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=6;WE=216263946;WS=216263916;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,6:0.22:27
chr2	216263938	rs3832178	C	CT	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=348;ReadPosRankSum=-2.847;SC=ACAAGGACAGCTCAGGGCTGT;SOR=0.759;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=7;WE=216263946;WS=216263916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr2	216269031	rs7575551	G	T	782.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.14;ReadPosRankSum=2.167;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr2	216269033	rs72943909	T	G	782.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.03;ReadPosRankSum=2.247;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr2	216269095	rs13306359	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=497;ReadPosRankSum=-1.372;SC=AGAAAAGGCACTTAATTTTCA;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=32;WE=216269103;WS=216269085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr2	216269209	rs1053238	T	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=621;ReadPosRankSum=0.711;SC=GATTCCTCAGTGGGTACTTGG;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=39;WE=216269217;WS=216269199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr2	216269254	rs7589580	T	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=502;ReadPosRankSum=0.631;SC=GCCTGGGCTGTCCTCTTCGGG;SOR=0.884;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=34;WE=216269262;WS=216269244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr2	216272819	rs7570208	C	G	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=15;PP=1468;SC=AAGAGGGGGACGCTTAGCTGA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=216272827;WS=216272809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	216272900	rs2577301	T	G	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.11;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	216272907	rs7596677	A	T	7651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	216274853	rs5838511	AAC	A,AACAC	1686.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.344;NF=4,4;NR=22,22;PP=562,652;ReadPosRankSum=0.582;SC=AATTTAAATTAACACACACAC;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=26,26;WE=216274862;WS=216274843;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.30:69
chr2	216283958	rs3796123	T	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=544;ReadPosRankSum=1.208;SC=GTAATAGAGCTACTTACTTGG;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=46;WE=216283966;WS=216283948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,73:0.47:155
chr2	216288841	rs56137176	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=179;ReadPosRankSum=-1.149;SC=TTTTTCTCACTTCTGTGGCTC;SOR=0.657;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=12;WE=216288849;WS=216288831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr2	216295312	rs1250241	T	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=265;SC=TTTTCTTGACTTCCAGAAGTT;SOR=3.126;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=216295320;WS=216295302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr2	216299550	rs2577290	GC	AA	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.767;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,83:0.39:211
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chr2	216299629	rs1250247	C	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=42;PP=1136;SC=TGAATATTGACGTACATATTT;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=49;WE=216299637;WS=216299619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	216300482	rs1250259	T	A	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=33;PP=1110;SC=CCCCAGGCACTGGACGGCCAG;SOR=1.040;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=55;WE=216300490;WS=216300472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	216808152	rs6435927	C	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=282;ReadPosRankSum=0.595;SC=ATGTGCAAGTCTGCATGAGAG;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=24;WE=216808160;WS=216808142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr2	216811707	rs1344695	G	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr2	216861273	rs2303845	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=0.499;SC=ACAATATCAATTAAAACTTAT;SOR=0.160;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=216861281;WS=216861263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr2	216878008	rs1864253	C	G	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=56;PP=1332;ReadPosRankSum=0.657;SC=CACTCGCACCCGCAGCAGCAG;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=218;TCF=86;TCR=132;TR=88;WE=216878016;WS=216877998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,142:0.45:319
chr2	216908679	rs2303842	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=0.157;SC=CCACATCCACCGACTGTCCAG;SOR=0.922;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=17;WE=216908687;WS=216908669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr2	216946603	.	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	217012901	rs207906	A	G	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=1434;ReadPosRankSum=1.819;SC=AGGTGACAACAAAAAGTCAGA;SOR=0.328;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=81;WE=217012909;WS=217012891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr2	217024697	rs58550995	CT	C	66.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=2.100;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	217123958	rs169616	T	C	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=595;SC=CTGTTGGCTCTGGGGGTGCCA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=217123966;WS=217123948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	217234660	.	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=347;ReadPosRankSum=0.557;SC=GTGGCAAGGGGGGTGGAGGTG;SOR=0.991;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=21;WE=217234668;WS=217234650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr2	217280261	rs5838583	GT	G	197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=16.48;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	217280876	rs71577872	T	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=386;ReadPosRankSum=-1.545;SC=GCTGGTCAGCTGTTTTGAACT;SOR=0.337;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=32;WE=217280884;WS=217280866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr2	217281150	rs3214962	AC	A	1119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=512;SC=CTTTCAGGGCACCCCCCCCAA;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=23;WE=217281158;WS=217281140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	217311315	rs72948623	A	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=613;ReadPosRankSum=3.302;SC=TTCCTGTCCAATGCTGGATTC;SOR=0.917;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=44;WE=217311323;WS=217311305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,59:0.36:165
chr2	217315664	rs2066526	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=575;ReadPosRankSum=2.542;SC=TCAAGTCCGACGTCCTTTCCC;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=42;WE=217315672;WS=217315654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,66:0.46:144
chr2	217315787	rs2066527	T	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-3.196;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr2	217342000	rs284523	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=126;ReadPosRankSum=0.543;SC=TATGTTTACTTTGCTCCCAAA;SOR=0.313;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=12;WE=217342008;WS=217341990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr2	217342063	rs205980	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=0.332;SC=AAAATTGACTAGTGATGCCCT;SOR=0.970;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=217342071;WS=217342053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	217343136	rs5838586	G	GC	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=0.202;SC=ACCTCCCCCAGCCTAGAGCTG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=217343144;WS=217343126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	217364539	rs284572	C	T	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=22;PP=1008;SC=ACAGCAATCCCTGTTTTGTTT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=217364547;WS=217364529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	217498290	rs5838590	C	CGCCGCTGCT	884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=3;PP=788;SC=CTGCCGCCGCCGCCGCTGCTG;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=7;WE=217498298;WS=217498280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	217541368	.	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=-1.592;SC=ATATATTTTTCCCTTAAATGA;SOR=0.540;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=9;WE=217541376;WS=217541358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	217541582	rs2160549	T	C	7801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=80;PP=2965;SC=AGATGCCACGTTTGCGGCCAC;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=153;WE=217541590;WS=217541572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr2	217724544	rs62180545	A	G	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=847;ReadPosRankSum=1.819;SC=GTCCTGTGAGAGCTGCCTCCA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=52;WE=217724552;WS=217724534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr2	217736131	rs2241191	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=0.868;SC=TGAAAAACACGTGGGTTCTTG;SOR=1.863;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=7;WE=217736139;WS=217736121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr2	218577575	rs1835333	T	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=269;SC=AGTTTGCATCTGTCACCCACC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=218577583;WS=218577565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	218604247	rs4672848	A	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=9;PP=700;SC=GCATAAGTAGAACTGGGGCAG;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=218604255;WS=218604237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	218604302	.	G	GA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.946;QD=0.53;ReadPosRankSum=2.619;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,14:0.19:75
chr2	218604356	rs4294980	G	A	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=34;PP=1028;SC=GCCAGGGAGAGGCAACTTGCA;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=218604364;WS=218604346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	218669225	rs61741262	T	C	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=697;ReadPosRankSum=-1.727;SC=GGAGACGAAGTTGACGATGGC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=52;WE=218669233;WS=218669215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,123:0.44:279
chr2	218674697	rs918949	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=169;ReadPosRankSum=0.131;SC=ACAGAGTTGACGAAGAGCACA;SOR=0.551;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=19;WE=218674705;WS=218674687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr2	218675144	rs918950	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CAGAAGGAACGCTGCTTTTCA;SOR=0.639;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=12;WE=218675152;WS=218675134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr2	218675199	rs1035672	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.987;SC=CAGTCTGAACGTTTGATGATT;SOR=0.836;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=218675207;WS=218675189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	218682474	rs12694422	A	G	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.487;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=0.106;SC=TGCTGCCCCCACTGGGACTGG;SOR=0.653;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=23;WE=218682482;WS=218682464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr2	218682771	rs3796026	A	G	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=532;ReadPosRankSum=-2.448;SC=TAGAATAGCCACCATAGGCCA;SOR=0.779;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=42;WE=218682779;WS=218682761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,93:0.40:233
chr2	218683154	rs2571445	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=0.069;SC=ATGGCCCGCCAGCCGAAGCCA;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=24;WE=218683162;WS=218683144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr2	218683257	rs2571442	A	G	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=1.727;SC=ACTGAGCTCGAGCCTGGCTTT;SOR=0.655;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=32;WE=218683265;WS=218683247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr2	218683368	rs34144104	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=289;ReadPosRankSum=-1.058;SC=TCTGGGCAGACGGGCTGGGCT;SOR=0.639;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=25;WE=218683376;WS=218683358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr2	218694510	rs55877504	CT	C	1399.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=1040;ReadPosRankSum=0.844;SC=TCAAGCCCTGCTTTGAAAAGC;SOR=0.883;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=17;WE=218694520;WS=218694500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr2	218694512	rs55694913	T	G	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=1054;ReadPosRankSum=0.944;SC=AAGCCCTGCTTTGAAAAGCCA;SOR=0.929;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=26;WE=218694520;WS=218694500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr2	218694691	rs10188605	A	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.034;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr2	218695102	rs3796028	G	A	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=516;ReadPosRankSum=0.547;SC=GGCTGGATCCGTCTTCTGGTA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=36;WE=218695110;WS=218695092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,55:0.48:115
chr2	218695265	.	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=-1.121;SC=GAGGAGCTGGGAAATGGGAGG;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=13;WE=218695273;WS=218695255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr2	218706723	rs918951	G	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=364;ReadPosRankSum=-1.331;SC=AGGGGCCACAGGAGTGGCCAA;SOR=0.787;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=23;WE=218706731;WS=218706713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr2	218706857	rs918952	T	C	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=754;ReadPosRankSum=-1.554;SC=ATGTGGGAGGTTCCAGGACTC;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=51;WE=218706865;WS=218706847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,74:0.52:142
chr2	218707083	rs60916851	A	AC	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=0.580;SC=TTCCCCTGAAACTGCTCTTCA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=218707091;WS=218707073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	218712102	rs55763335	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=0.371;SC=TGGCTAGCATATAGGCTCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=9;WE=218712110;WS=218712101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	218712306	rs1004814	C	T	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=433;ReadPosRankSum=-1.057;SC=GGTCTGAAGTCGCTTCCTTTG;SOR=0.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=31;WE=218712314;WS=218712296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,66:0.59:112
chr2	218712606	rs1364641	G	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=588;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GGGACTGACGGGAGGATCCAG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=43;WE=218712614;WS=218712596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,57:0.51:112
chr2	218712726	rs1364642	A	G	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=930;ReadPosRankSum=-1.677;SC=GCATCAGCATATTGAGTGTTT;SOR=0.601;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=66;WE=218712734;WS=218712716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,93:0.54:172
chr2	218712886	rs375721540	GGCT	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.33;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,16:0.08:205
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chr2	218712936	rs3796032	C	T	4838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=50;PP=1399;ReadPosRankSum=0.012;SC=GTCCCCTTTGCACAGCCTCCC;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=99;WE=218712944;WS=218712926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,137:0.53:259
chr2	218713282	rs3796033	G	A	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=51;PP=1303;ReadPosRankSum=0.619;SC=CCCCTCACTGGTGTTGGTGAC;SOR=0.803;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=92;WE=218713290;WS=218713272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,138:0.57:240
chr2	218750453	rs35040165	A	AG	1399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=664;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CTTGACACAGAGGACAGCACT;SOR=0.727;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=18;WE=218750461;WS=218750443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr2	218758070	rs56217129	C	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=206;ReadPosRankSum=0.511;SC=CAGGTACACACAATCATCCAA;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=16;WE=218758078;WS=218758060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr2	218758123	rs141673800	G	GCA	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.845;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr2	218768422	rs3791936	T	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=512;ReadPosRankSum=1.556;SC=CTGTCAGGAATTTCCTCCTGG;SOR=0.697;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=33;WE=218768430;WS=218768412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr2	218770003	rs7600493	G	A	4448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1701;ReadPosRankSum=0.253;SC=CCACGCCCAGGGGAACTCATG;SOR=0.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=231;TCF=130;TCR=101;TR=110;WE=218770011;WS=218769993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,218:0.53:415
chr2	218801767	rs4674232	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=519;ReadPosRankSum=-0.526;SC=TTTTCCTCCCCGCAAAACTCC;SOR=0.857;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=41;WE=218801775;WS=218801757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr2	218999899	.	G	A	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.243;NF=41;NR=29;PP=988;ReadPosRankSum=-2.369;SC=TCTCACTCCTGAAGGAAGTCA;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=70;WE=218999907;WS=218999889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,115:0.54:214
chr2	219000116	.	G	A	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.577;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.487;NF=71;NR=48;PP=1886;ReadPosRankSum=-0.461;SC=AGCCTGCTATGAGGACATGGG;SOR=0.868;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=206;TCF=119;TCR=87;TR=119;WE=219000124;WS=219000106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,150:0.52:287
chr2	219000310	rs2230054	C	T	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.301;NF=49;NR=47;PP=1643;ReadPosRankSum=0.051;SC=TCTTCCTGCTCTGCTGGCTGC;SOR=0.480;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=215;TCF=118;TCR=97;TR=96;WE=219000318;WS=219000300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,129:0.46:281
chr2	219028941	.	C	T	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=19;PP=1064;ReadPosRankSum=-0.360;SC=CGATGACGTGCCAAGAACTCC;SOR=1.357;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=152;TCF=104;TCR=48;TR=75;WE=219028949;WS=219028931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,94:0.45:210
chr2	219082119	rs2271541	G	T	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.873;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=712;ReadPosRankSum=0.774;SC=CAGCAGGGCCGCTCCCTCCGT;SOR=0.705;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=39;WE=219082127;WS=219082109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,91:0.59:155
chr2	219082330	rs12694432	A	G	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=844;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CTAATCCCCAATGTTGTCCAG;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=43;TCR=70;TR=56;WE=219082338;WS=219082320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,90:0.52:172
chr2	219093278	rs60528331	A	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=325;SC=GCAAAGAAACAAGTGCTCAGC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=219093286;WS=219093274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	219099260	rs1018288	G	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=441;SC=TTTCAACTCCGTCCATAAAAA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=219099268;WS=219099250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	219099484	rs10932765	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=319;ReadPosRankSum=0.650;SC=TAATTCTGCATACTACATATT;SOR=1.469;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=19;WE=219099492;WS=219099474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr2	219103313	rs201794824	CTTT	C	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.567;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	219103580	rs10169718	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=296;ReadPosRankSum=0.318;SC=CCATGTGAGTATAGAATTTGG;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=20;WE=219103588;WS=219103570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr2	219104316	rs34974153	AT	A	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.861;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.608;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr2	219117482	rs35271699	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	219128506	rs2292549	C	T	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=52;PP=1471;SC=CTGTCTCTACCGGGCCCCACT;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=219128514;WS=219128496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	219135173	.	GG	AA	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.166;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr2	219138940	rs4791	C	T	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr2	219139573	rs6734242	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=283;SC=TGCTCGTTCTGTTATCTGTCC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=219139581;WS=219139563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	219140288	rs2292550	G	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=0.983;SC=TGTAGTCCTCGGGGCTGATGG;SOR=0.619;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=26;WE=219140296;WS=219140278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr2	219142023	rs2168703	G	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=7;PP=577;SC=TCCCTAGTGTGCCGGGGTCCG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=219142031;WS=219142013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr2	219142492	rs2168704	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.289;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=1501;ReadPosRankSum=-1.330;SC=GCTGGGGAACGCCACCAAGTT;SOR=1.116;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=36;WE=219142500;WS=219142481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr2	219142594	rs3817266	C	T	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=588;ReadPosRankSum=-1.619;SC=GGTCCCCATCCCTTCCCTGGG;SOR=0.754;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=49;WE=219142602;WS=219142584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,85:0.33:256
chr2	219142773	rs6707559	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=361;ReadPosRankSum=0.133;SC=CAGAAGGAAGCGCTTGGCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=24;WE=219142781;WS=219142763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr2	219143229	rs2292551	G	A	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=1055;ReadPosRankSum=0.525;SC=TTAAGTCTCTGGGACTCACCT;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=82;TCR=76;TR=75;WE=219143237;WS=219143219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,128:0.46:277
chr2	219143327	rs2292552	T	C	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=857;ReadPosRankSum=0.715;SC=CAGGCCCAAATCTGCCCCGCT;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=62;WE=219143335;WS=219143317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,101:0.47:215
chr2	219144089	rs12987180	G	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=567;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GGACACAGACGGCCGGGCATG;SOR=0.858;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=41;WE=219144097;WS=219144079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,71:0.44:162
chr2	219144149	rs12987219	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=215;ReadPosRankSum=-0.224;SC=CCAGCCCCCAGTACTTTCCTC;SOR=0.305;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=18;WE=219144157;WS=219144139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr2	219144815	rs2045435	T	C	11511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TATCACTCACTGCTCTCTCCT;SOR=0.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=146;TCR=137;TR=282;WE=219144823;WS=219144805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,457:1.00:458
chr2	219146607	rs7585702	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=0.576;SC=GGTGGCCTCATCTGCTCCAAG;SOR=0.765;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=11;WE=219146615;WS=219146597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr2	219146803	rs2292553	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	219146868	rs2292554	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=0.601;SC=TGGACATGGCTGCTCACGGGC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=219146890;WS=219146858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	219146882	rs2292555	G	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=1.111;SC=CACGGGCTGAGGGGGAACCCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=219146890;WS=219146858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr2	219153982	rs34353396	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=-0.867;SC=GGTGGGGACCTGAAGTTCTTG;SOR=0.385;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=219153991;WS=219153972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	219153983	rs10707182	GA	G	786.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=373;SC=GTGGGGACCTGAAGTTCTTGT;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=219153991;WS=219153972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	219187901	rs1870125	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=0.174;SC=ACGTCCAGAGCCGGCAGGCAG;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=6;WE=219187909;WS=219187891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	219206919	rs3816562	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=-1.938;SC=GAGACAGAAGCCAGGGCAGCC;SOR=1.973;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=16;WE=219206927;WS=219206909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr2	219209393	rs1350336	A	G	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=18;PP=2260;SC=CCTCCCCAAAACTCTGACCTC;SOR=2.454;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=72;TCR=19;TR=90;WE=219209401;WS=219209383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	219221846	rs4324314	G	A	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1043;ReadPosRankSum=1.767;SC=ACCAGCCCTCGGGTCCGGAGT;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=83;TCR=89;TR=80;WE=219221854;WS=219221836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,119:0.40:297
chr2	219221982	rs144807145	G	GTC	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=1.330;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr2	219227756	rs6723716	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=86;ReadPosRankSum=1.312;SC=CAGGTGGGAATGGGGCTTTCA;SOR=0.556;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=10;WE=219227764;WS=219227746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr2	219231807	rs3845833	C	T	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=31;PP=966;SC=CCAAGATGCCCATCTTGAGGG;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=55;WE=219231815;WS=219231797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	219232354	rs7608923	C	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=452;ReadPosRankSum=-0.232;SC=AAGGCTCCAGCGCCCCTTAGC;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=28;WE=219232362;WS=219232344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr2	219249013	rs2276631	C	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.243;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr2	219249771	rs6734861	C	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=0.477;SC=CTCTCCCACCCCCTCCCCGAG;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=219249779;WS=219249769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	219250003	rs3731865	G	C	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=951;ReadPosRankSum=-1.308;SC=AGCTTGGGGGGCCTGGACAGG;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=92;TCR=87;TR=70;WE=219250011;WS=219249993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,118:0.44:271
chr2	219252226	.	G	A	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=938;ReadPosRankSum=0.394;SC=TAGCCATTACGAATTGTTGAT;SOR=1.004;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=64;WE=219252234;WS=219252216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,89:0.57:155
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chr2	219254622	rs2695342	A	G	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=50;PP=1743;SC=CCCGCCGAGCAGACATCAGAG;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=107;WE=219254630;WS=219254612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	219254842	rs3816560	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGCTGAGCCCTTCTGAGTCTC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=219254850;WS=219254832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	219257688	rs2045433	T	C	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=46;PP=2019;SC=CACCAAGGAGTTCACCCCCAC;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=104;WE=219257696;WS=219257678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	219259270	rs2279015	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=715;ReadPosRankSum=-0.161;SC=CCCACCCCCAGTGTGGGCGCT;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=47;WE=219259278;WS=219259260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr2	219263277	rs2695344	A	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=190;SC=CTTCTGGCAGACGCCGCTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=219263285;WS=219263267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	219265094	rs2579958	T	C	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=38;PP=1471;SC=GCGCTCCTGTTCGCTCGAGGT;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=74;WE=219265102;WS=219265084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	219265136	rs11463820	T	TC	4094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=37;PP=2362;SC=GAGAGGGAACTCTTCGGGGGT;SOR=0.781;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=50;WE=219265144;WS=219265126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	219266204	rs2252235	T	C	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=825;ReadPosRankSum=1.096;SC=TCCTCCTGGCTCAGGGGTTCA;SOR=0.911;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=52;WE=219266212;WS=219266194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,70:0.54:129
chr2	219266423	rs2227251	C	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=473;ReadPosRankSum=-1.233;SC=AGGAGAATGGCGCCATCCCTA;SOR=0.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=31;WE=219266431;WS=219266413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,41:0.40:102
chr2	219267781	rs2227255	C	T	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=837;ReadPosRankSum=0.226;SC=AGCGTCCTCACGTGGATGAGT;SOR=0.768;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=68;WE=219267789;WS=219267771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,84:0.47:179
chr2	219267913	rs2227258	A	G	3387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=46;PP=1468;ReadPosRankSum=-0.416;SC=ATGCAGCCCAATGAACCTGCG;SOR=0.706;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=235;TCF=127;TCR=108;TR=104;WE=219267921;WS=219267903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,171:0.47:366
chr2	219288382	rs4672893	A	G	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=17;PP=1635;SC=TGCTCCCCCAAGCCCCTGAGC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=219288390;WS=219288372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	219288899	rs3731866	C	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=6;PP=645;SC=TTCCTGGGCCCGGCTCTTTGT;SOR=2.038;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=219288907;WS=219288889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	219294258	rs6720403	A	C	5098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=69;PP=2691;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TCCCTGGGAGAAGGTGCCCTG;SOR=0.100;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=131;WE=219294266;WS=219294248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,190:0.98:193
chr2	219294396	rs377665182	G	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.185;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;ReadPosRankSum=-2.185;SC=GCTCAGTCACGAGGTAAGAGG;SOR=1.384;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=49;WE=219294404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,59:0.43:138
chr2	219296545	rs17572485	G	A	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=30;PP=1402;SC=GACCTCAGCTGGTGACAGTTG;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=76;WE=219296553;WS=219296535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	219296837	rs35716557	C	T	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TCTATGGGGGCGACTGCTACC;SOR=0.639;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=27;WE=219296845;WS=219296827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,67:0.53:127
chr2	219313901	.	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=172;ReadPosRankSum=1.305;SC=GAGGGAGGAAGGAAGGATATG;SOR=1.581;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=11;WE=219313909;WS=219313891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr2	219319657	rs6436058	A	G	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=20;PP=837;SC=TGTTCCTCACAAGGCCTGACG;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=219319665;WS=219319647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	219320233	rs5838698	GA	G	654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=1.153;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,48:0.86:56
chr2	219324423	rs199821589	AGTG	A	1015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.134;NF=15;NR=3;PP=724;ReadPosRankSum=-0.878;SC=ATGAACCTGCAGTGGACACTG;SOR=0.124;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=18;WE=219324433;WS=219324413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr2	219327898	.	AACACACACACACACACACAC	A	1097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.22;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	219341717	.	GA	G	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr2	219447612	rs111430766	CT	C	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=10.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.534;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr2	219447912	rs2952825	A	G	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.26;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	219447952	.	GTGTGTCTCTCTCTCTC	G	728	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MMLQ=26;MQ=49.48;NF=2;NR=25;PP=728;QD=27.0740740741;SC=GTGTGTGTGTGTGTGTCTCTC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=27;WE=219447977;WS=219447940;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,27:0.75:36
chr2	219487299	rs1850169	A	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=6.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr2	219498498	.	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.177;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=378;ReadPosRankSum=0.109;SC=AGGACCAAAATGGAGGGATGG;SOR=0.660;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=32;WE=219498506;WS=219498488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr2	219501064	.	C	T	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1068;ReadPosRankSum=-2.345;SC=CTGGAAATCCCGAAATGACTT;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=185;TCF=106;TCR=79;TR=79;WE=219501072;WS=219501054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,98:0.40:244
chr2	219508372	rs3770213	A	T	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=47;PP=1749;SC=GACTGTGGCAAGAGGCTCTTC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=219508380;WS=219508362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	219513782	rs4674322	T	C	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=52;PP=1642;SC=GAAGGGGTAATGGCTCTGCTG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=99;WE=219513790;WS=219513772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	219525582	rs6722185	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=312;SC=CCACACAGTAATGCTGACCTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=219525590;WS=219525572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	219527005	rs2303561	C	T	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=38;PP=1192;SC=AAATTTCTCTCAACTTGGCAA;SOR=0.888;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=67;WE=219527013;WS=219526995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	219527532	.	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=274;ReadPosRankSum=0.814;SC=GATAAGTAGGGGAACATAGTG;SOR=0.889;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=17;WE=219527540;WS=219527522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr2	219529348	rs2243911	C	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=12;PP=1103;SC=GGGCTGACCACGATCAGCCTA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=219529356;WS=219529338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	219532903	rs2556384	C	T	7466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	219532903	.	CGG	TGA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=34;NR=45;PP=2947;QD=20;SC=ACTGCTGAAGCGGTCCACCCC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=79;WE=219532913;WS=219532893;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,79:0.94:84
chr2	219532905	rs2556385	G	A	7465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	219541056	rs2556388	T	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=29;PP=825;SC=TCTCCCTCTATCTCTGTTCCT;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=219541064;WS=219541046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	219545309	rs2303565	T	C	13974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=2.070;SC=GTTCTACCCCTTGGCTTCCTC;SOR=0.759;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=299;TCF=139;TCR=160;TR=298;WE=219545317;WS=219545299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,529:1.00:531
chr2	219555262	rs1344642	G	A	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=37;PP=1352;SC=CAGACTTTGCGGAGGGACAGC;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=73;WE=219555270;WS=219555252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	219558193	rs55996799	C	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=421;SC=ATTTGAGACACCCCCTTGGAA;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=219558201;WS=219558183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	219562675	rs1863704	G	A	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	219564214	.	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=0.571;SC=TCTTGGAGTGAGTTTTCTAGT;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=219564222;WS=219564204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	219602499	rs3731877	G	C	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=52;PP=2518;SC=CACGCCACCTGAGAAACCCTC;SOR=0.920;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=123;WE=219602507;WS=219602489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	219602819	rs3731876	G	A	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=69;PP=2640;SC=GTTCGAGCCCGTCAGAAAAAA;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=134;WE=219602827;WS=219602809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	219605118	rs7562426	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=181;SC=GCAAAGCAGCGGGGTGGTGCT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=219605126;WS=219605108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	219609776	rs2272191	G	A	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=42;PP=2257;SC=TAGTAACGACGCTTCAGGGCT;SOR=1.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=122;WE=219609784;WS=219609766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	219609995	rs2272190	G	C	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=53;PP=1161;SC=AAGAGCCCCCGGGGAGAAGGT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=65;WE=219610003;WS=219609985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	219610322	rs2272189	G	A	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=357;SC=GCCCAGGGAAGAATGGGCAGC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=219610330;WS=219610312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	219610433	rs586194	A	G	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=22;PP=1211;SC=TTCCCTGGGAACAGAGGAAGT;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=219610441;WS=219610423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	219612282	rs2272188	A	G	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=18;PP=718;SC=GAGCCCCATCATCTGGCTGTA;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=219612290;WS=219612272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	219614190	.	CTT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr2	219616570	.	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
chr2	219616620	.	TTC	T	604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.85;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr2	219616681	rs6708650	A	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=101;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=344;SC=CCCAGGCTGGAGTGCAATGGT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=219616689;WS=219616671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	219618237	rs6436073	A	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=580;ReadPosRankSum=-0.839;SC=GCTGGAGGGTACCAAGACCCC;SOR=0.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=30;WE=219618245;WS=219618227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr2	219618497	rs6757772	T	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=468;SC=ATTCTCCAGCTGGGGGTTGGT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=219618505;WS=219618487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	219618708	rs55900247	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=471;SC=GTAAATAGAATTTTTTTTATG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=219618716;WS=219618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	219691566	rs1467320	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=531;SC=GGATGGCATGAGAAACCCTGC;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=219691574;WS=219691556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	219692527	rs11385903	G	GC	4442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=40;PP=2278;SC=ATCACCAACAGCCCTTTCCGG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=219692535;WS=219692517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	219692790	rs5838710	A	AG	3077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=30;PP=1464;SC=GCATCCCTGCAGGGAGGGGCG;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=33;WE=219692798;WS=219692780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	219694794	rs35658907	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=257;ReadPosRankSum=0.816;SC=AGATCTGGGCGCCGGGTTTCC;SOR=0.779;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=23;WE=219694802;WS=219694784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr2	219696014	rs650898	G	A	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=25;PP=1162;SC=GGGACAAGGAGGTGGGGGAAG;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=70;WE=219696022;WS=219696004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	219736369	rs141494427	C	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=295;ReadPosRankSum=0.559;SC=CCCGGACCCCCTGGCCCCGCG;SOR=1.304;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=19;WE=219736377;WS=219736359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr2	219738672	.	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=0.409;SC=CCCAGCCTCTCCCTGCCAAAG;SOR=1.358;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=19;WE=219738680;WS=219738662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr2	219846463	.	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=306;ReadPosRankSum=-0.271;SC=TGCAAGCTGGGACTGGGGTAG;SOR=0.611;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=21;WE=219846471;WS=219846453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr2	219874695	.	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr2	219895570	.	G	A	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=787;ReadPosRankSum=1.568;SC=GGGCAGAGATGGGGGAGTCTT;SOR=0.809;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=53;WE=219895578;WS=219895560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr2	219903258	rs6736922	T	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=358;ReadPosRankSum=0.439;SC=GTGAGCATCATGTCCTTGGGA;SOR=0.635;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=27;WE=219903266;WS=219903248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr2	219903723	rs4674354	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr2	219906066	rs11674400	C	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=-1.510;SC=AAGACTCAGTCCCATGGGGCT;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=7;WE=219906074;WS=219906065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	219906367	rs16859497	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr2	219920037	rs394452	A	G	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=776;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CCTCCCCCGGAGTCCAGCTGC;SOR=0.812;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=146;TCF=80;TCR=66;TR=58;WE=219920045;WS=219920027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,93:0.42:220
chr2	219920412	rs3731881	A	G	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=726;ReadPosRankSum=1.758;SC=TCAGCCTGTGAGGCTCGCGGT;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=56;WE=219920420;WS=219920402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,103:0.51:201
chr2	219922073	rs34694069	G	GC	718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=771;ReadPosRankSum=1.731;SC=CCCCGGGCGGGCTCTTCACCT;SOR=0.988;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=21;WE=219922081;WS=219922063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr2	219923410	rs71974827	G	GAGA	1252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=867;ReadPosRankSum=1.895;SC=AGCTGACTCTGAGAAGAAGCT;SOR=0.822;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=18;WE=219923418;WS=219923400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr2	219941063	rs897477	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=184;ReadPosRankSum=1.042;SC=CTTGGAAGCTGTTCTCCAAGT;SOR=0.839;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=16;WE=219941071;WS=219941053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr2	220012576	rs7585742	G	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=293;ReadPosRankSum=0.823;SC=TTCCAATTCAGTATTAGGTAC;SOR=1.358;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=17;WE=220012584;WS=220012566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr2	220022176	rs6436120	C	T	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=5;PP=230;SC=CCCAACCCCACATTCGAATTA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=220022184;WS=220022166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	220022435	rs2030452	G	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.596;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	220023196	rs2293069	A	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-1.304;SC=CTCCCTGATAAAATAGAAGGC;SOR=0.204;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=220023204;WS=220023186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	220028900	rs6753739	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=197;ReadPosRankSum=-0.890;SC=AGAACTGATCAGGCCACACTG;SOR=1.247;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=18;WE=220028908;WS=220028890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr2	220033830	rs3795986	A	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=44;PP=1320;SC=GGAGGCTAGGAAAAGTTTGGG;SOR=1.501;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=63;WE=220033838;WS=220033820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	220033956	rs6436121	T	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=15;PP=732;SC=ATCTCAATTCTGCACCCACCT;SOR=1.094;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=39;WE=220033964;WS=220033946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	220034497	rs142326026	C	CCA	2733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=1151;ReadPosRankSum=0.263;SC=ACCTACTTCCCCACACACACC;SOR=0.634;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=30;WE=220034505;WS=220034487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,83:0.46:182
chr2	220037393	rs4674361	A	G	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=48;PP=1582;SC=AAGTGAAAGGAGCACCGGGCT;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=82;WE=220037401;WS=220037383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	220037666	rs1127102	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=264;ReadPosRankSum=0.206;SC=GACATTAGCGAGAGACGGCAG;SOR=0.770;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=24;WE=220037674;WS=220037656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,37:0.34:110
chr2	220037756	rs1043160	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=407;ReadPosRankSum=1.593;SC=AGGTGTAGGGATGCAGGACAG;SOR=0.838;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=36;WE=220037764;WS=220037746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,76:0.42:183
chr2	220040216	rs368784782	CA	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-2.061;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
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chr2	220041091	rs6436123	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=362;ReadPosRankSum=-1.716;SC=TGAAGGGCACGGAAAGGTATG;SOR=0.434;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=27;WE=220041099;WS=220041081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr2	220041433	rs6436124	C	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=391;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CCGCTCAGGCCGGGAGGGGCG;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=26;WE=220041441;WS=220041423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr2	220041455	rs6436125	C	T	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=16;PP=1079;SC=GCCGGGAGGCCGGGGAGGGGG;SOR=1.497;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=59;WE=220041463;WS=220041445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	220045035	rs7577690	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=277;ReadPosRankSum=0.553;SC=GGGGATGGGAGTGGAGTGATA;SOR=0.904;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=19;WE=220045043;WS=220045025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr2	220046349	rs2272017	G	C	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=805;ReadPosRankSum=0.664;SC=GTTCATCCTGGTTCTCCTGCC;SOR=0.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=48;WE=220046357;WS=220046339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,84:0.45:188
chr2	220046975	rs3731900	C	A	7793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=114;PP=2965;SC=GGGTCCCCCCCAGATGGAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=110;TCR=115;TR=224;WE=220046983;WS=220046965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr2	220047393	rs3731901	C	T	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=30;PP=782;SC=GTAGGGCTTCCTGGCTAGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=39;WE=220047401;WS=220047383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	220071803	rs6714820	C	G	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.15;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	220071879	rs66491679	TGG	TG,T	346.50	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;ReadPosRankSum=-1.508;SC=GGCTTGAAGCTGGGGGGGGGT;SOR=3.258;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;WE=220071888;WS=220071869;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.89:18
chr2	220072766	rs4674366	G	T	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=25;PP=1109;SC=GCAGGGTAATGGCAGCCAAGT;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=220072774;WS=220072756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	220072852	rs4674367	C	T	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=20;PP=1562;SC=AGCTTCAACCCTACCCTGTCG;SOR=1.673;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=68;WE=220072860;WS=220072842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	220078496	rs2139823	T	C	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=24;PP=1441;SC=GACACAGGCCTCAGGCCCCCT;SOR=1.265;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=71;WE=220078504;WS=220078486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	220078652	rs147445258	C	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=799;ReadPosRankSum=1.940;SC=ACCAGTGAAGCGCTCGACTTC;SOR=0.589;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=58;WE=220078660;WS=220078642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,76:0.48:159
chr2	220083279	rs1109866	C	T	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=48;PP=1538;SC=CCAGAGTCCCCAGAGCCATCC;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=75;WE=220083287;WS=220083269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	220083453	rs1109867	G	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=396;SC=GGCCGGGACTGGTCACTCGGA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=220083461;WS=220083443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	220085845	rs2276633	A	G	7524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=88;PP=2929;SC=CATGCAGGGCAGTGGTCTCAG;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=173;WE=220085853;WS=220085835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr2	220086094	.	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=0.744;SC=CCTCCAACCTGGTATCAGTCA;SOR=0.569;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=7;WE=220086102;WS=220086084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	220088248	rs908196	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=8;PP=435;SC=CGGTTTTCCCAAAGACACTGT;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=220088256;WS=220088238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	220088735	.	G	A	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=792;ReadPosRankSum=0.980;SC=GCTGGTCCGGGATAAAGGACC;SOR=0.862;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=53;WE=220088743;WS=220088725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,79:0.40:200
chr2	220089590	rs3216709	T	TG	2292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=31.41;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	220089685	rs2276637	G	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=12;PP=553;SC=TTAAGAGACAGTTCCTGATTT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=220089693;WS=220089675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	220098326	.	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=336;ReadPosRankSum=-0.360;SC=ATTCTTTCTCCGTGTTATCCT;SOR=0.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=20;WE=220098334;WS=220098316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr2	220103162	rs148480043	C	T	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=838;ReadPosRankSum=0.612;SC=GGAACTTTTGCGTATAGCTGT;SOR=0.760;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=131;TCF=67;TCR=64;TR=60;WE=220103170;WS=220103152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,93:0.44:210
chr2	220107149	rs77342729	A	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=624;ReadPosRankSum=0.461;SC=ATGACCTCCAATTTGGGAATG;SOR=0.524;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=37;WE=220107157;WS=220107139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr2	220113242	rs7601549	T	G	8708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=138;PP=2965;SC=TGGAGGCGCTTCAGCCCCCAG;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=78;TCR=138;TR=216;WE=220113250;WS=220113232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr2	220113384	rs8447	G	A	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=29;PP=861;SC=CTTACACTTGGGGGTAGCGGG;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=220113392;WS=220113374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	220118531	rs939574	G	C	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.367;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=861;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CCCCAAAGGAGAGGGGCAATT;SOR=0.525;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=44;WE=220118539;WS=220118521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr2	220135208	rs2891733	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=372;SC=GCACTCTGATCGGGGGGCCAA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=220135216;WS=220135198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	220136155	rs7594971	T	C	15226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=231;NR=171;PP=2965;SC=CATCTGCCACTGCAACCTAGA;SOR=0.928;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=402;TCF=231;TCR=171;TR=402;WE=220136163;WS=220136145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr2	220136351	rs3731892	G	A	12065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=164;PP=2965;SC=CTGCAGAAAAGGTATACCACG;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=131;TCR=164;TR=295;WE=220136359;WS=220136341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr2	220136371	rs3731894	T	C	11012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.400;NF=134;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.879;SC=GAGCAGCTGTTGGTGGCAGAG;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=134;TCR=152;TR=286;WE=220136379;WS=220136361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,418:1.00:420
chr2	220145286	rs2276638	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr2	220146402	rs3731896	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr2	220146609	rs3832110	C	CG	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=0.066;SC=TGAGGTCCCCCGCTCAGGGCA;SOR=0.458;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=220146617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	220146651	rs3731897	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=7.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr2	220147732	rs2276639	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=511;ReadPosRankSum=-1.553;SC=CCAAGCCTGTCTCCTGTGTTG;SOR=1.483;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=31;WE=220147740;WS=220147722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr2	220168607	rs2271593	C	T	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,64:0.45:142
chr2	220168616	rs2271594	C	T	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.22;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,58:0.46:126
chr2	220194247	rs3832109	A	AATT	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=254;ReadPosRankSum=-1.112;SC=AGGACCTCTGAATTCTCACAG;SOR=0.330;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=220194255;WS=220194237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	220194531	rs149517641	CG	C	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=220;ReadPosRankSum=-1.260;SC=CTGAGACACTCGGATCCACTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=220194539;WS=220194521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr2	220195446	rs6707009	C	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=0.556;SC=TTCCCCCCTCCCCATCTCTAA;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=220195454;WS=220195436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr2	220197207	rs2048737	T	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=-0.024;SC=CAGGATCGCTTTCTTGGCCCT;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=8;WE=220197215;WS=220197197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr2	220197321	rs2385405	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=272;ReadPosRankSum=0.454;SC=TGGAGCCCCTCGGAGCTCCCA;SOR=0.970;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=18;WE=220197329;WS=220197311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr2	220197388	rs2385404	C	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=14.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=1.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr2	220197424	rs2385403	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=24.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-1.125;SOR=3.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,27:0.30:89
chr2	220197492	rs2385402	C	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=349;ReadPosRankSum=0.331;SC=TTCAGCCAATCGTGAGCGGGC;SOR=1.139;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=24;WE=220197500;WS=220197482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr2	220197835	rs139479208	ATAATATTATATATTAT	A	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.957;QD=16.07;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr2	220239534	rs3731904	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GCACTAGAGGGGAAGCAGCCC;SOR=1.197;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=12;WE=220239542;WS=220239524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr2	220239561	rs3731905	C	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=293;ReadPosRankSum=0.153;SC=CAGAGAGGGTCTGGGGTGGGT;SOR=1.768;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=17;WE=220239569;WS=220239551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr2	220246218	rs6436148	T	C	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=57;PP=1997;SC=GAGTCGGCGCTCGGAACAGCC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=110;WE=220246226;WS=220246208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	220249299	rs5838737	C	CT	2283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=78;PP=1366;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TTTGTTTTTTCTTTTTTTTGA;SOR=1.589;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=92;TCF=2;TCR=90;TR=79;WE=220249307;WS=220249289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr2	220249329	rs2002892	C	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=54;PP=1310;SC=TCGCTCTTGTCGCCCAGTCTG;SOR=3.370;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=61;WE=220249337;WS=220249319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	220250147	rs907679	A	G	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=32;PP=1467;SC=AGTCCTCACCACAGGCTGGGT;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=87;WE=220250155;WS=220250137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	220250322	rs878437	C	A	4810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=60;PP=2068;SC=GGGACTCTGCCGCCCTCCCCA;SOR=0.909;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=105;WE=220250330;WS=220250312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	220250826	rs2271456	G	A	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=46;PP=1267;SC=GGGCACTGCAGCCAGCCAGGC;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=69;WE=220250834;WS=220250816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	220250897	rs11352428	AG	A	965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=16;PP=1060;SC=CAGACTAAGCAGGGTGGTCCT;SOR=1.071;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=29;WE=220250905;WS=220250887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	220251178	rs2271457	T	C	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=63;PP=1496;SC=CATGACGATATGTGGAGATGA;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=96;WE=220251186;WS=220251168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	220251208	rs1040009	T	C	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=50;PP=1531;SC=TACTCATAAGTAACAGACAGC;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=67;WE=220251216;WS=220251198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	220251270	rs144558581	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-2.089;SC=GGGCCAACAAGTTTACCTTCT;SOR=0.976;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=10;WE=220251278;WS=220251260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr2	220252287	rs138394024	CTCG	C	3105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=18;PP=2084;SC=TGACTCCTCTCTCGCACCCAC;SOR=1.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=220252297;WS=220252277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	220264412	rs13018645	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=13;PP=609;SC=GATGAGTATTATTCTGTTAAG;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=220264420;WS=220264402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	220264543	rs58721028	C	CAT	4997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=33;PP=2592;SC=TGCCTAGGAACGTGTCTGCAC;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=220264551;WS=220264533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	220283259	rs1318299	A	G	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.045;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.52;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr2	220283277	rs2017800	T	C	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=44;PP=1601;SC=CCCCGCTGAGTTCGCCCGTGT;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=87;WE=220283285;WS=220283267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	220283701	.	C	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=8.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,27:0.21:129
chr2	220283826	rs907677	T	G	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=36;PP=1093;SC=AGGCCTGGGGTCTGGGGTCCC;SOR=1.015;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=58;WE=220283834;WS=220283816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	220284779	rs12991025	C	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=15;PP=782;SC=CCAGCTTTATCACCCGCAACT;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=220284787;WS=220284769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	220286042	.	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.693;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr2	220286155	.	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.281;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,60:0.43:141
chr2	220288621	rs73991545	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GGCCAGCCAGGAGGGAGGATG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=21;WE=220288629;WS=220288611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr2	220306413	rs4674398	G	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=162;ReadPosRankSum=0.736;SC=CATGTGCCTAGGGCTCCGGAG;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=17;WE=220306421;WS=220306403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr2	220308581	rs10932805	A	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=375;ReadPosRankSum=0.128;SC=GGGGGTCCCCAGTGCTGGGCA;SOR=0.903;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=24;WE=220308589;WS=220308571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr2	220312881	.	C	T	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,139:0.55:254
chr2	220315970	rs10932806	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=573;ReadPosRankSum=1.412;SC=TGCTGCTCAAGTGTATCATCA;SOR=1.010;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=46;WE=220315978;WS=220315960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,59:0.42:140
chr2	220316314	rs146306420	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=0.686;SC=GCCTGTGGGCCGTGGCGAGCC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=13;WE=220316322;WS=220316304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	220316579	rs4674399	C	T	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	220327142	rs143676769	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=483;ReadPosRankSum=0.701;SC=CCCACCAGCGACTCTATGCCA;SOR=0.271;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=31;WE=220327150;WS=220327132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr2	220327216	rs146737498	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-1.368;SC=GCTTCCCCATGATCTGCCTCA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=220327224;WS=220327206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	220329106	rs77940939	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=229;ReadPosRankSum=1.241;SC=TCCTGTGCACGCACATCAGGC;SOR=1.938;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=12;WE=220329114;WS=220329096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	220330646	rs1976618	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=92;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-2.693;NF=30;NR=17;PP=688;ReadPosRankSum=0.177;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGTGTGC;SOR=0.745;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=47;WE=220330654;WS=220330636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr2	220330661	rs1976617	A	G	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=46;PP=1879;SC=GTGTGCGTGCACGTGTGCGTG;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=121;WE=220330669;WS=220330651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	220330680	.	CGTGTGCATGCGTGT	C	3079.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.467;NF=19;NR=29;PP=2974;ReadPosRankSum=0.896;SC=TGCATGTGTGCGTGTGCATGC;SOR=0.774;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=48;WE=220330710;WS=220330670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,85:0.52:164
chr2	220330724	rs1567488	C	T	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-4.672;NF=39;NR=38;PP=1010;ReadPosRankSum=-2.261;SC=CGCGTGCGTGCGCGTATGCTG;SOR=0.652;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=77;WE=220330732;WS=220330714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,114:0.53:216
chr2	220330804	rs1567487	T	C	2602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.227;NF=31;NR=40;PP=793;ReadPosRankSum=0.053;SC=GGGCCACCTGTGCTCCCCCCG;SOR=0.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=62;TCR=79;TR=71;WE=220330812;WS=220330794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,129:0.57:228
chr2	220333950	rs10167209	T	C	5645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=66;PP=2485;SC=TGTCCATTCCTGACTTCCTGC;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=148;WE=220333958;WS=220333940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	220337196	rs1039897	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=368;SC=AGCTTTGCCCGTCTTCTCTCC;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=220337204;WS=220337186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	220341935	rs201853159	A	AG	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	220341937	.	G	GGCGGGGCCTGGTACAGCGGC	2973	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=2973;QD=20;SC=AGGAGATGAGGCCCTGGCCCC;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=5;WE=220341946;WS=220341927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,5:0.50:10
chr2	220341938	.	C	T	115	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=115;QD=29.9542425094;SC=GGAGATGAGGCCCTGGCCCCA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=220341946;WS=220341927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,5:0.62:8
chr2	220341938	.	C	CGGGGCCTGGTACAGCGGCT	770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.17;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	220346596	rs3731906	C	T	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=358;SC=GAAACAGGCTCTAATCAGTGA;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=220346604;WS=220346586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	220348161	.	C	T	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=8.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.80;ReadPosRankSum=0.453;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr2	220348161	.	CCC	TCT	983	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=20;PP=983;QD=37.0167098165;SC=CAGAGGCCCTCCCCTCCCCAG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=28;WE=220348171;WS=220348151;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr2	220348163	.	C	T	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.08;ReadPosRankSum=0.174;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr2	220353104	rs875097	A	G	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=41;PP=1902;SC=GGGAGGGGCTAGGCCGGAGTG;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=82;WE=220353112;WS=220353094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	220356806	rs907146	C	T	6814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=72;PP=2965;SC=GGTCTGCATACGTCAATCAAG;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=164;WE=220356814;WS=220356796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr2	220361265	rs2385541	A	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=23;PP=608;SC=ACTCTTGAGTAGGGTTTGAGT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=220361273;WS=220361255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	220362899	rs2029251	C	G	7141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=98;PP=2965;SC=TCGCTCGCGTCGACGTGGCCT;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=80;TCR=98;TR=178;WE=220362907;WS=220362889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr2	220366953	rs2385539	G	C	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=7;PP=1090;SC=AAGTAGGGAGGGGGAGGGCAG;SOR=2.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=220366961;WS=220366943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	220367308	.	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.621;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=-0.946;SC=CATCTTATATCCCTTTAAGAG;SOR=0.425;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=14;WE=220367316;WS=220367298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr2	220371181	rs10932808	T	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1437;ReadPosRankSum=-0.561;SC=GGGGAACCCCTCAGCTGATGG;SOR=0.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=78;WE=220371189;WS=220371171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr2	220371393	.	C	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,55:0.44:124
chr2	220379560	rs3731909	C	G	9906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=123;PP=2965;SC=CTGGAGCAGCCCCCCGAGACC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=129;TCR=123;TR=249;WE=220379568;WS=220379550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr2	220380125	rs1872858	G	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=26;PP=721;SC=TCCTCAACAGGGCTTCCCTTC;SOR=4.479;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=28;WE=220380133;WS=220380115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	220397811	rs6731344	T	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=32;PP=743;SC=TCAGTGGGGTTGGGGAGAGGT;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=220397819;WS=220397801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	220401751	rs2385538	G	A	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=48;PP=1828;SC=CTCAGGAAGAGAGGCCCACAC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=102;WE=220401759;WS=220401741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	220402624	rs11689270	G	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=17;PP=926;SC=GAGCTCTCCCGGTCCCACTCT;SOR=0.968;Source=Platypus;TCF=22;TR=39;WE=220402632;WS=220402614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	220404381	rs1976616	A	G	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=62;PP=1933;SC=GGGCTGCCACATAGTCGGAGT;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=107;WE=220404389;WS=220404371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	220404648	rs1043833	C	T	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=45;PP=1523;SC=CCATGAGGCGCAGTGGTGAGG;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=85;WE=220404656;WS=220404638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	220404726	rs1043832	G	A	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=44;PP=1455;SC=GCTCTGCCACGTGGGCCTTGA;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=76;WE=220404734;WS=220404716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	220405230	rs6436154	G	A	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=66;PP=2433;SC=AGGAGAAAGCGTGCTGCTCCG;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=119;WE=220405238;WS=220405220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	220405321	rs6436155	T	C	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=62;PP=1960;SC=AGCAGCTGCCTGGTCCCCATC;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=117;WE=220405329;WS=220405311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	220406944	rs7581251	G	A	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.79;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	220409400	.	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.923;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=160;ReadPosRankSum=0.685;SC=CCCCAACTTTCCCTCTGTCAG;SOR=0.092;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=10;WE=220409408;WS=220409390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	220409701	rs10932811	C	T	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=41;PP=1040;SC=CTCTGAATCCCTCTACCATCA;SOR=1.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=220409709;WS=220409691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	220412256	rs8179770	T	C	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,73:0.45:162
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chr2	220413661	rs12996466	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=743;SC=AGCCTAGCAACCTTCCATAAA;SOR=2.554;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=38;WE=220413669;WS=220413651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	220414016	rs6436156	C	T	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	220414019	rs13023533	T	C	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.79;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	220415595	rs146790993	GGA	G	3855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=33;PP=1872;SC=ATGGGGCTGGGGAGAGAAGGG;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=40;WE=220415604;WS=220415585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	220415646	rs1043582	T	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	220415752	rs6745782	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=282;SC=GGGCACAGCGCGGCACCTGAA;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=220415760;WS=220415742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	220416164	rs6761575	T	C	164.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=5;PP=166;SC=CACCCCAAGTTCTGGAAAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=220416172;WS=220416163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	220416570	rs4672931	C	T	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=20;PP=598;SC=GCATGGCCCCCAGGAGGAGAG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=34;WE=220416578;WS=220416560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	220416591	rs4672932	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	220416803	rs4672933	A	T	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=51;PP=2332;SC=CAGGATGTACACTCTCTGTCG;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=119;WE=220416811;WS=220416793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	220416942	rs34490902	G	C	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=63;PP=1682;SC=TTCTTCCCTGGGGGTGAGGGG;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=108;WE=220416950;WS=220416932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	220417228	rs60549465	G	T	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=16;PP=761;SC=GGGCAGCGAGGGGCCCGAAAG;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=220417236;WS=220417218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	220417266	rs59332477	C	T	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=24;PP=925;SC=ACCTTCCTGTCGGATGCGGAC;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=220417274;WS=220417256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	220419236	rs10932813	T	C	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=23;PP=920;SC=GGGAATCCGCTGTGAAGGAGA;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=220419244;WS=220419226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	220419339	rs10932814	T	C	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=36;PP=1271;SC=TGGATACAGCTGTACTCCACC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=77;WE=220419347;WS=220419329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	220420785	rs3087971	G	A	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=46;PP=1654;SC=GGTGGCTCTCGCAGCCGTAGG;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=99;WE=220420793;WS=220420775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	220420956	rs10932816	A	G	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=28;PP=1019;SC=CGAGACACACATCCTGGCCTT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=220420964;WS=220420946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	220421479	rs13010015	A	G	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=55;PP=1540;SC=AGCTGGGCTGAGTCTTTTCTT;SOR=1.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=77;WE=220421487;WS=220421469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	220422400	rs2278200	C	G	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=28;PP=1073;SC=GAGGAGGGCACGGGGAGGCAT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=220422408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	220422774	rs2278201	A	G	4815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=49;PP=2089;SC=CTGGCTCCCCAGGGGCCACAC;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=118;WE=220422782;WS=220422764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	220427347	rs10804275	G	T	5696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=81;PP=2414;SC=CCAGGCGCACGGCTGCCACAT;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=129;WE=220427355;WS=220427337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	220427395	rs3183099	G	A	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=60;PP=1666;SC=ACGAGGAGACGTCTGGAGGAC;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=94;WE=220427403;WS=220427385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	220427428	rs55904205	GA	G	3140.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=45;PP=2034;SC=TGCCGGGCATGAGGGGTGTGC;SOR=1.367;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=47;WE=220427436;WS=220427418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	220427996	rs11904583	T	C	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=5;PP=637;SC=AACAGTGGCCTGGGAGTGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=220428004;WS=220427992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	220430203	rs1039898	C	T	8790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=149;PP=2965;SC=CAACGACACCCTGTCCTGGGG;SOR=1.327;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=73;TCR=151;TR=222;WE=220430211;WS=220430193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr2	220431606	.	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=374;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AAGCCGACCAGGGCACCGCTG;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=25;WE=220431614;WS=220431596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr2	220431919	rs4674412	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=9;PP=609;SC=GCGGATGGCAAGCCTGTGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=23;WE=220431927;WS=220431909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	220435034	rs10180675	A	G	12827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=126;PP=2965;SC=CCTGGCAGTAAAGCACCTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=132;TCR=126;TR=257;WE=220435042;WS=220435024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr2	220437081	rs35118453	C	T	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	220437370	.	G	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,53:0.40:134
chr2	220439678	rs12720063	C	T	9877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=96;PP=2965;SC=CTCACTGGGCCGTGCTGCACC;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=136;TCR=97;TR=232;WE=220439686;WS=220439668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr2	220440067	.	T	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,52:0.20:264
chr2	220462640	rs681747	G	T	5105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=44;PP=2426;SC=CAGACGGGGAGGTTCGGTATG;SOR=1.161;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=124;WE=220462648;WS=220462630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	220466199	rs620698	G	T	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=32;PP=1072;SC=TGTGCAAGGAGCCCAAGAGAA;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=220466207;WS=220466189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	220466344	rs11405075	G	GT	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.000;QD=18.23;ReadPosRankSum=1.692;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr2	220471116	rs633200	C	G	7025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=104;PP=2965;SC=GGACCTGGACCCTGCTTACTG;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=69;TCR=104;TR=173;WE=220471124;WS=220471106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	220473355	rs673951	G	A	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=621;ReadPosRankSum=-0.149;SC=GCCTGAGGGCGTACGGGGCAG;SOR=0.637;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=50;WE=220473363;WS=220473345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,79:0.64:123
chr2	220476443	rs627530	C	T	7514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr2	220476645	rs581547	T	C	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;ReadPosRankSum=-0.925;SC=GGGGCTGCCATGGGCAGGCTG;SOR=0.780;Source=Platypus;TCF=47;WE=220476653;WS=220476635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr2	220479312	rs624773	T	C	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=43;PP=1825;SC=CTCTGTACCCTACCTTGTCAC;SOR=0.895;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=101;WE=220479320;WS=220479302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	220479852	rs373789645	C	T	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=692;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TTGCTGACTCCGTCCACCCTG;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=55;WE=220479860;WS=220479842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,109:0.48:226
chr2	220480639	rs640807	T	C	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=21;PP=664;SC=GGGAGTGACATGGGCCTGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=220480647;WS=220480629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	220480693	rs665845	G	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=13;PP=650;SC=TGAGGCCTTCGCAGAGACCTC;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=220480701;WS=220480683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	220494118	rs597306	A	C	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=33;PP=1289;SC=GAGCCCCCCCACTCAGGGACC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=220494126;WS=220494100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	220495167	rs612078	A	C	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=10;PP=293;SC=GTCCCCTGCTAAGGGCTGAGT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=220495175;WS=220495157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	220500423	rs589767	A	G	5893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.03;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	220500423	.	AGCA	GGCA,GGCG	855	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=47,31;NR=45,32;PP=287,855;QD=3.49751317986;SC=GGGGCTCTGAAGCAACCCCTG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=92,63;WE=220500434;WS=220500413;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:93
chr2	220500426	rs639214	A	G	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=1.626;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,106:0.71:149
chr2	220502137	rs621515	C	T	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=7;PP=602;SC=TGTGTGTGTTCTGTGTGTTCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=220502145;WS=220502127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	220502367	rs635311	A	C	8917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=108;NR=117;PP=2965;SC=GGGTCCCTGGATGCTGGTCTG;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=108;TCR=117;TR=225;WE=220502375;WS=220502357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr2	220502915	.	C	T	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,196:0.44:442
chr2	220505265	rs684428	T	C	10606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=126;NR=114;PP=2965;SC=GTCCCAGCGTTTGTTGCTCAT;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=127;TCR=114;TR=240;WE=220505273;WS=220505255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr2	220586231	rs9288551	C	G	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	220771223	rs4674470	C	T	3844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	220771290	rs4674471	G	A	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=36;PP=902;SC=TGTGCATTTTGCCAGGGAAAC;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=220771298;WS=220771280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	220771310	rs4674472	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=30;PP=833;SC=CCAGAGTTGCACGATTTCTAT;SOR=3.202;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=220771318;WS=220771300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	220771378	rs4674473	A	G	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=89;SC=GCATATGTGTATGGCATGCCT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=220771386;WS=220771368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	222290902	rs2303901	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-2.328;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr2	222301357	rs3213844	T	C	4528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=79;PP=2279;SC=AGGAACAATCTCATTAGCATT;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=119;WE=222301365;WS=222301347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	222301713	rs2303900	C	T	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=27;PP=1574;SC=ACACAACAAACACAAGGACTC;SOR=1.225;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=82;WE=222301721;WS=222301703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	222301912	rs2303897	C	T	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=35;PP=951;SC=AAATGGGCTGCGCACAATTTT;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=222301920;WS=222301902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	222307534	rs2288628	G	T	4896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=54;PP=2353;SC=TTTGTAAAGGGGGTGACCCAC;SOR=0.890;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=127;WE=222307542;WS=222307524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	222307778	rs67269206	CAAGATGA	C	1381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=23;PP=1257;SC=GAAACACATTCAAGATGAAAG;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=23;WE=222307792;WS=222307768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	222320427	rs2288627	G	A	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=38;PP=1075;SC=GTCTTAGGAGGTAGAACTTCT;SOR=0.959;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=64;WE=222320435;WS=222320417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	222321225	rs6718949	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=271;SC=AGCAAAATGTCTGCTGAACCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=222321233;WS=222321215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	222431507	rs66502809	G	T	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-1.148;QD=20.36;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr2	222431521	rs35574019	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-1.052;QD=24.95;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr2	222431730	.	A	AAG	341	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=99;MMLQ=16;MQ=60.84;NF=3;NR=4;PP=341;QD=49.2857142857;SC=GAAGAAGAAGAAAAAAATGTC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=7;WE=222431738;WS=222431720;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	222435046	.	C	CA	176	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=10;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=176;QD=46.25;SC=CCCCCCCCCCCAAAAAAAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=222435054;WS=222435025;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	222437136	rs11381414	A	AG	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=205;SC=AGGGCGGCCGAGCCCCGCCTT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=222437144;WS=222437126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	223065753	.	TAC	T	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.276;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,20:0.16:123
chr2	223065870	rs3731858	C	G	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.661;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,93:0.45:206
chr2	223066536	.	C	CA	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr2	223160493	rs45441600	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.373;SC=GGACGGTCCCCCTTTGTGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=223160501;WS=223160483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr2	223161889	rs12623857	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.908;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=545;ReadPosRankSum=0.623;SC=TGATAAAAACACCGCCGAGCT;SOR=1.143;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=35;WE=223161897;WS=223161879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr2	223162024	rs6754024	T	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=0.396;SC=CAGTCTTCTGTCCTATCCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=7;WE=223162032;WS=223162014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr2	223289263	.	CCAGCGGAGGGCACCGGCCCGGCGTGG	C	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=10.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.821;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	223339533	rs200436592	CTT	C	61.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.842;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chr2	223423362	rs4674664	A	G	7215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=2.152;SC=ACATCCCACCACTCACCACCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=175;WE=223423370;WS=223423352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,284:0.99:286
chr2	223436428	rs3211018	T	C	83.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GCTGGCCTAATATGCAGGGAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=223436436;WS=223436422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	223436607	rs7185	C	T	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=15;PP=471;SC=AAGGGTCCAACATTGATTTCT;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=30;WE=223436615;WS=223436597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	223436860	rs3768976	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	223489249	rs3214770	GT	G	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=1.019;SC=TTTTTTTAATGTTTACATTGT;SOR=0.593;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=223489257;WS=223489239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	223489293	rs2290031	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=-1.260;SC=AAACAGTAACCTTTCTTTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=223489301;WS=223489283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	223493435	rs2019357	G	A	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.60;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	223493435	.	GTAGCG	ATAGCA,ATAGCG	178	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=9,18;NR=7,13;PP=178,132;QD=14.4667421789;SC=TGCACATAGTGTAGCGCCTGG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=16,31;WE=223493448;WS=223493425;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.52:31
chr2	223493440	rs34167083	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr2	223498167	rs7340227	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.656;NF=2;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=0.648;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCCGGTG;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=5;WE=223498181;WS=223498157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr2	223498173	.	C	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=4;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.294;NF=6;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=-0.110;SC=AGGCTGAGGCCGGTGGATCAC;SOR=0.677;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=9;WE=223498181;WS=223498157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	223498189	.	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-1.250;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.597;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	223498189	.	GTT	ATC	273	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MMLQ=23;MQ=56.1;NF=6;NR=3;PP=273;QD=36.274208318;SC=ATCACCTGAGGTTGGGAGTTC;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=9;WE=223498199;WS=223498179;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,9:0.45:20
chr2	223498191	.	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-1.250;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.610;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	223499077	rs13410038	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.333;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	223499142	rs146807481	A	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=308;ReadPosRankSum=0.515;SC=CAGGCTGTATACTCCTTGGTC;SOR=0.588;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=21;WE=223499150;WS=223499132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr2	223520905	rs2166652	G	C	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=54;PP=1752;SC=CATTCTGCTGGCAACAGTTCC;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=87;WE=223520913;WS=223520895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chr2	223785504	rs6739824	T	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=534;SC=GCCACTTGACTATTGTTTCTT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=223785512;WS=223785494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	223785788	rs139220113	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=653;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TCTTCATAGGTTAATCTGTTT;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=31;TCR=68;TR=42;WE=223785796;WS=223785778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,58:0.42:137
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chr2	223787559	rs11891410	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=-1.363;SC=GGTAAGTTCAGTGTCTGTGAC;SOR=0.747;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=8;WE=223787567;WS=223787549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr2	223787691	rs10932978	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=0.227;SC=TTCTTAGACTGTAAGTACATT;SOR=0.156;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=8;WE=223787699;WS=223787681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	223793480	rs1550420	C	T	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=123;SC=GCTGGGGATACCTCAGCCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=223793488;WS=223793470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	223797797	rs17781935	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=0.258;SC=AAATTACTTAGAGAATGGCCA;SOR=0.242;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=223797805;WS=223797791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	223798141	rs6726737	A	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=1.612;SC=TTCTCATTGCAGCCATTAGCT;SOR=0.602;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=5;WE=223798149;WS=223798131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	223799207	rs935030	C	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=287;SC=CAACACAGTTCACCATTTTGT;SOR=1.931;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=223799215;WS=223799197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	223806194	rs1550426	C	T	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.988;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr2	223917629	rs3795886	C	T	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=32;PP=1224;SC=GTGCGGCCGGCGGCGGCAGCG;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=70;WE=223917637;WS=223917619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	223917812	rs10201907	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=30;PP=1053;SC=AGCCGCTGCCTGTGGTGTCGG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=223917820;WS=223917802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	223917983	rs12621643	T	G	5977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=58;PP=2627;SC=GGGCAGACGATGAGCTGGAGG;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=136;WE=223917991;WS=223917973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	223918080	rs10189762	C	G	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=74;PP=2354;SC=GGACCCCTGCCGGTGGCTCCA;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=137;WE=223918088;WS=223918070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	224463164	rs16864975	G	A	8257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=110;PP=2965;SC=TCATCTCATCGTTGATTTGTT;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=108;TCR=113;TR=218;WE=224463172;WS=224463154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr2	224629876	rs10644138	C	CCATCAT	1054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.155;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr2	224640803	rs59118867	C	CAA	6115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=57;PP=2894;ReadPosRankSum=1.257;SC=CACGAATATGCAGTCACCTCC;SOR=0.905;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=127;TCF=21;TCR=106;TR=65;WE=224640811;WS=224640793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,164:0.49:334
chr2	224702305	rs3738961	G	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	224743373	rs571111	C	T	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=43;PP=2401;SC=GTGTGGACGCCGCCCAGCTCT;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=128;WE=224743381;WS=224743363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	224743591	rs602675	C	T	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=53;PP=1511;SC=CATAACACCTCCTTAAGATTT;SOR=1.809;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=72;WE=224743599;WS=224743581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	224743652	rs547234	A	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=23;PP=662;SC=TGTAATCCCAACACTTTGGGA;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=224743660;WS=224743642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	224744701	rs516849	A	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=8;PP=679;SC=GAGGCAAGCAATTTGTTACTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=224744709;WS=224744691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	224749576	.	C	CTTCTT	367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.81;QD=30.64;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	224758906	rs625150	C	T	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=29;PP=1895;SC=AGCCAGGTTCCTGGGGGTCTC;SOR=1.411;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=97;WE=224758914;WS=224758896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	224760494	rs597349	G	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=426;SC=GGTGTACAACGGGTCATTCAA;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=224760502;WS=224760484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	224763816	rs530065	C	T	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=46;PP=1266;SC=GGATGTAGAACAGAAATCACC;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=69;WE=224763824;WS=224763806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	224765894	rs604990	G	A	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=24;PP=1567;SC=TGGCTCTGAAGGATACTGCAG;SOR=1.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=78;WE=224765902;WS=224765884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	224770780	rs622896	C	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=100;SC=ACAACAGAAACTTGACTTTCA;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=224770788;WS=224770770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr2	224777105	rs113054269	G	GTGAT	4648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=43;PP=2747;SC=GTTCTTCAAAGTGATTAAGAA;SOR=1.440;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=48;WE=224777113;WS=224777084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	224844919	rs729631	C	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=453;SC=CCCACACACACTGCCTGGCTG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=224844927;WS=224844909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	225244235	rs16865905	A	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-1.248;SC=TCAGTACTCCATTTCTAGAAC;SOR=0.197;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=225244243;WS=225244225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	225244888	rs3738954	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=0.943;SC=AGCTCCCAAGATGCCATTCTT;SOR=0.570;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=21;WE=225244896;WS=225244878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr2	225244923	rs3738953	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=267;ReadPosRankSum=0.219;SC=GATTCAGCTGAACCTACAGGA;SOR=0.936;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=17;WE=225244931;WS=225244913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr2	225368321	rs3738951	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=212;ReadPosRankSum=-0.725;SC=ACACAATCATAATAAACCTCA;SOR=0.542;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=14;WE=225368329;WS=225368311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr2	225434445	rs10498163	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GAACTACATCATGAGACAAAT;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=8;WE=225434453;WS=225434435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	225449893	.	GGGCGGC	G	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.157;QD=12.14;ReadPosRankSum=-2.032;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	225665074	rs1560859	G	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=272;SC=TTCAAAGTTTGCTGGCATTTT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=225665082;WS=225665064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	225668717	.	A	ATG	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr2	225688041	rs13405571	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=1.195;SC=CTTCAAATTGAAAAAAAAAAT;SOR=0.256;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=225688049;WS=225688033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr2	225688100	rs13431331	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=287;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GTTTTCATCTGACAGTGCTAG;SOR=1.030;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=18;WE=225688108;WS=225688090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr2	225702565	rs6724332	G	A	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=931;ReadPosRankSum=-0.911;SC=AAGCAAAGCTGTTCAGTGGCC;SOR=0.864;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=64;WE=225702583;WS=225702555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,97:0.55:177
chr2	225709336	rs16866219	C	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=2.796;SC=CCTTAACATTCTTCCTTTGTA;SOR=0.631;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=13;WE=225709344;WS=225709326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr2	225719571	rs72305904	GCCAACCAA	G	2116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQRankSum=2.432;QD=20.75;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr2	225719693	rs16866236	G	A	3741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.580;QD=10.37;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,190:0.53:361
chr2	225719781	rs145044043	G	GACAC,GACACAC	1986.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.35;QD=38.21;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,38:0.27,0.73:52
chr2	225781670	rs13013616	T	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=580;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AGAGAAGATGTGGACATTTAT;SOR=1.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=33;WE=225781678;WS=225781660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr2	225796151	rs9808089	C	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=356;SC=GCTGCAGAGACTGAGATGTAG;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=225796159;WS=225796141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	225811701	rs370028660	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=451;ReadPosRankSum=0.705;SC=CAAAATATTTCAAAATATCAA;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=38;WE=225811709;WS=225811691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,50:0.37:134
chr2	225848390	rs412120	T	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=216;ReadPosRankSum=2.560;SC=AATTGCTCAGTAATCTGTCAC;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=14;WE=225848398;WS=225848380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr2	225848579	rs375205	T	C	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=718;ReadPosRankSum=1.289;SC=GTCCCCTAACTCCCTCTGGAC;SOR=0.654;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=47;WE=225848587;WS=225848569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,95:0.64:149
chr2	225875158	rs590233	A	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=1.741;SC=ACCTAGAGGAAAATATAAAAT;SOR=0.569;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=225875166;WS=225875148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	225907150	rs397052	C	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr2	226273490	rs2048935	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=456;SC=TGGCCATAATTATTGGAGTTT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=226273498;WS=226273480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	226273689	rs2048936	T	C	5361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr2	226447735	rs3828256	C	T	4604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=79;PP=2477;SC=GCCGGCGCTCCAAAGAGCCTG;SOR=1.240;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=121;WE=226447743;WS=226447725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	226447844	rs6436570	G	A	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=32;PP=918;SC=CACAGAGTACGGGGTCTTGAG;SOR=3.967;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=34;WE=226447852;WS=226447834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr2	227729467	.	T	G	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=40;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.418;SC=TTCTCAAATCTTCCATGTTGG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=103;TCR=72;TR=98;WE=227729475;WS=227729457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,162:0.56:289
chr2	227892498	rs7580776	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=1.366;SC=TACTCTTAATATAAGAAAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=227892506;WS=227892488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	227914975	rs2251223	T	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-2.104;SC=AACGAAAGTTTAAATGCATGC;SOR=0.392;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=227914983;WS=227914965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	227915841	.	C	T	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.994;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=778;ReadPosRankSum=0.321;SC=CGGCTCTCCTCTTCTCCCTTG;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=55;WE=227915849;WS=227915831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,70:0.45:155
chr2	227922104	rs7567789	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	227922109	rs7567796	T	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	227922454	rs2141829	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=288;ReadPosRankSum=-1.010;SC=AAGTCTTTGAGTGGATTTTCT;SOR=0.334;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=20;WE=227922462;WS=227922444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr2	227924831	rs55820723	A	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr2	227927189	rs35717623	GT	G	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-2.196;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr2	227966148	rs16823202	C	T	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=575;SC=GGCAATACTTCTAAAAATAAA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=227966156;WS=227966138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	227966298	rs59443812	T	TA	2086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;MQRankSum=0.568;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.458;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,117:0.89:132
chr2	227967601	rs11274738	ACAATATTTCAGCAATAGGGAAAG	A	1688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.888;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=20.35;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=1.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
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chr2	227968553	rs7602059	A	C	382.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=280;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CAACAGTAGTACCAACTTATT;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=227968561;WS=227968543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr2	227973095	rs7600536	A	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=4;PP=257;SC=TTAACCCGAAAGTAGTGTTAA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=227973103;WS=227973085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	227973193	rs10174459	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=485;ReadPosRankSum=-0.971;SC=AAATTGGGCAGTGACTAGATA;SOR=0.529;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=38;WE=227973201;WS=227973183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,61:0.64:96
chr2	227973410	rs55741079	C	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.883;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=385;ReadPosRankSum=-1.229;SC=ATTAAGACTTCTGGCTACACA;SOR=0.876;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=27;WE=227973418;WS=227973400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr2	227973623	rs12475686	A	G	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	227973873	rs58363082	T	C	3839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,101:0.52:195
chr2	227973878	rs59938187	C	T	3722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.99;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,100:0.51:196
chr2	227973892	rs73082223	T	C	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=2962;ReadPosRankSum=0.894;SC=TTTATTTTCATGTAGAATCTG;SOR=0.721;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=62;WE=227973900;WS=227973863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,96:0.51:187
chr2	227974113	rs6436654	A	G	7503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=85;PP=2859;SC=AATCACAGCCACCAGCACATC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=72;TCR=86;TR=157;WE=227974121;WS=227974103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	227974191	rs6436655	A	G	4810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.72;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	227974191	.	ACG	GCA,GCG	768	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=59.43;NF=14,32;NR=34,60;PP=768,544;QD=17.1139140596;SC=CAGTCCGGGCACGGTGGTTCA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=48,92;WE=227974201;WS=227974181;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.52:92
chr2	227974193	rs7578239	G	A	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,77:0.61:126
chr2	227976226	rs4519512	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.43;ReadPosRankSum=-1.207;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	227976230	rs4306711	C	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.43;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	228102752	rs1882435	C	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=323;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TAAAAACAAACCCTAATACTG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=25;WE=228102760;WS=228102742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr2	228102892	.	T	TAA	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.4998;HP=13;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=23;QD=14.0;SC=AACATTAACCTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=228102900;WS=228102882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
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chr2	228109626	rs113428834	T	TG	1299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=27.08;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
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chr2	228111435	rs10178458	T	C	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=26;PP=970;SC=CCAGGGACACTGGGCTACCCA;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=228111443;WS=228111425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr2	228111651	rs10192026	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=253;SC=GCTTTGTTTTACTTTTGAGAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=228111659;WS=228111641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	228112186	rs4321358	A	G	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	228113175	rs6436669	A	G	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=22;PP=826;SC=CCTGCTAAAGAAGAAGATATA;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=228113183;WS=228113165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	228118403	rs12621551	T	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=223;ReadPosRankSum=-0.008;SC=GTGTCTAGGATGAAGTCCTTG;SOR=0.740;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=19;WE=228118411;WS=228118393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr2	228124702	rs4332918	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr2	228128540	rs10205042	C	T	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=36;PP=1437;SC=ATGGCCAGGCCTGAAAGGAAG;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=82;WE=228128548;WS=228128530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	228131912	rs10933174	C	A	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=560;SC=TTTAGATGAACTTGGAGGGAG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=228131920;WS=228131902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	228135631	rs28381984	C	T	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=21;PP=686;SC=CCTGGAACTCCGGGAGTGAAA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=228135639;WS=228135621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	228137685	.	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=356;ReadPosRankSum=-2.571;SC=GTGAGAAAGGGGACCAAGGTC;SOR=0.740;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=28;WE=228137693;WS=228137675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr2	228142038	rs59353048	GAA	G	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.573;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	228144706	rs6729152	G	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=557;SC=ATGTAGAAATGATCAATATAT;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=228144714;WS=228144696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	228145543	rs6436671	C	T	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=27;PP=1286;SC=AGAAGAATGACTGGTACAGCA;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=63;WE=228145551;WS=228145533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	228146991	rs111486503	AATAT	A	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.75;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr2	228149107	rs6436672	A	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=18;PP=509;SC=GCTGATTCTCAGGCTAATAAA;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=228149115;WS=228149097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	228154095	rs7593281	C	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=385;SC=CAGAAATTTGCTACTAAATTA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=228154103;WS=228154085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	228158418	rs7569636	T	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	228158648	rs7608999	G	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=14;PP=410;SC=TTAATTACCTGTTTACCAGCC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=228158656;WS=228158638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	228159063	rs6436675	T	C	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=127;SC=CTGGACAAAATCATGGGGTGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=228159071;WS=228159053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	228159660	rs35803812	GT	G	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.76;MQRankSum=0.906;QD=10.54;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr2	228159777	.	G	A	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.567;NF=20;NR=21;PP=532;ReadPosRankSum=-0.952;SC=AGGGAGAAACGGGTACAACTT;SOR=0.817;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=41;WE=228159785;WS=228159767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,80:0.45:178
chr2	228174175	rs34134749	TACAA	T	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.396;QD=23.75;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	228194480	rs3211097	AG	TT	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.863;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=-1.697;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
chr2	228194570	rs6706656	G	A	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	228194639	rs11384091	T	TA	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr2	228197368	rs4500938	A	G	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=59;PP=1731;SC=AGAGAAGAGCAAAGAGGCTTT;SOR=1.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=76;WE=228197376;WS=228197358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	228204929	rs4420693	C	T	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=26;PP=1105;SC=AGCCTTGTATCGAGGTTCTTT;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=228204937;WS=228204919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	228204982	rs4442987	C	T	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=36;PP=1389;SC=ATTTCTATTTCCTTCCCTCTC;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=76;WE=228204990;WS=228204972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	228207625	rs6738078	G	A	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=29;PP=727;SC=GGTAATTGACGTATGCTATCC;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=35;WE=228207633;WS=228207615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	228207711	.	G	GA	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=37;QD=11.5;SC=CTTTATTAAGGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=228207719;WS=228207701;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,4:0.40:10
chr2	228220528	rs12478005	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TCATACAATATTTTAAAGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=228220536;WS=228220518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr2	228243905	rs7574414	G	A	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1267;ReadPosRankSum=1.520;SC=TAGAGGTATCGCATTGAGAAC;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=86;WE=228243913;WS=228243895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,138:0.63:219
chr2	228337321	rs144327481	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=1.188;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,60:0.41:147
chr2	228356364	rs11289047	GT	G	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=-1.847;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	228373404	rs11464376	A	AT	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr2	228399480	rs7588620	T	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	228416498	rs7598597	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.718;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	228416712	rs13426457	A	G	11017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr2	228476140	rs2176186	C	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=357;ReadPosRankSum=-1.867;SC=TAGAATGGCTCCAGAGCACCG;SOR=0.682;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=24;WE=228476148;WS=228476130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr2	228476253	rs2138402	C	G	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=36;PP=1260;SC=GCTGAAGCCTCTGCAGTTGGA;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=69;WE=228476261;WS=228476243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	228477819	rs11683530	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=317;ReadPosRankSum=-0.827;SC=AGTAAGTAAGGGCCTTTGGGT;SOR=1.688;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=20;WE=228477827;WS=228477809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr2	228560693	.	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,24:0.18:131
chr2	228560800	rs11334205	GA	G	3670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=52;PP=1593;SC=CACAGCCCCTGAAAAAAAACA;SOR=0.768;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=70;WE=228560808;WS=228560790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	228736313	rs12478068	G	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=468;ReadPosRankSum=0.725;SC=AGGACCGCGCGGTGCAACCTG;SOR=0.775;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=28;WE=228736321;WS=228736303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr2	228736527	rs12470042	A	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=788;ReadPosRankSum=-0.793;SC=AGGAGGGCGCAGCCACTGAAA;SOR=0.588;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=53;WE=228736535;WS=228736517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr2	228736608	rs10933219	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=175;ReadPosRankSum=0.985;SC=CCTTCAGATGCTGGACTCTTC;SOR=1.659;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=11;WE=228736616;WS=228736598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	228740927	rs4972994	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=0.077;SC=TAGTAGAGACGGGGTTTCACC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=10;WE=228740935;WS=228740921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	228741250	rs7571353	T	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr2	228750239	rs4973445	G	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=478;ReadPosRankSum=-0.161;SC=AATACATTATGTTTTAAAAAT;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=39;WE=228750247;WS=228750229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
chr2	228758456	rs35758334	C	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=563;ReadPosRankSum=1.858;SC=AACATGAAGTCTTTATTAACA;SOR=0.563;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=42;WE=228758464;WS=228758446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr2	228767618	rs2949014	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=3;PP=751;SC=AAGAATTAGATGGAATCTGGT;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=228767639;WS=228767608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	228767631	rs2946931	G	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.040;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=317;ReadPosRankSum=0.509;SC=AATCTGGTAAGGTAATTGCAT;SOR=1.349;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=22;WE=228767639;WS=228767608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr2	228776996	rs3748862	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=1.646;SC=TCGCCCAGGCTGGAGTGCAGT;SOR=1.387;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=12;WE=228777004;WS=228776986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr2	228783479	rs1533960	C	A	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.874;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=1031;ReadPosRankSum=0.380;SC=ATATATATCCCCACCCCTCTC;SOR=0.839;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=167;TCF=88;TCR=79;TR=81;WE=228783487;WS=228783469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,119:0.45:266
chr2	228855601	.	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=1.633;SC=TTTAAGATCAAGAACAGTCAG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=228855609;WS=228855591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	228855878	.	C	T	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TGGCTGTTCCCGTAGGCGGTC;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=95;TCR=89;TR=86;WE=228855886;WS=228855868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,105:0.43:244
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chr2	228882970	rs3828161	T	C	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=523;ReadPosRankSum=-0.757;SC=ACTTCTGGACTGGCTGACCGT;SOR=0.869;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=42;WE=228882978;WS=228882960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,50:0.37:135
chr2	228883328	.	C	T	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.543;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=890;ReadPosRankSum=-1.637;SC=CAGCTTGGTTCTGTCTCCCTC;SOR=0.608;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=57;WE=228883336;WS=228883318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,82:0.49:166
chr2	228883721	rs3811514	T	C	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=619;ReadPosRankSum=-1.553;SC=AGCAATCCCTTGGCAATGGCT;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=41;WE=228883729;WS=228883711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,60:0.47:128
chr2	228883978	.	C	T	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1169;ReadPosRankSum=-2.354;SC=ACCACTGCTCCCTGGGGGAAA;SOR=0.557;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=134;TCF=57;TCR=77;TR=73;WE=228883986;WS=228883968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,103:0.55:187
chr2	228884543	.	C	T	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.818;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=35;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.517;SC=AAATAAGCATCTTTTGGAATA;SOR=0.731;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=80;WE=228884551;WS=228884533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,95:0.46:205
chr2	228973383	rs67714256	A	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=444;SC=ATTAGCTCTGAATGCTATTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=228973391;WS=228973373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	228973660	rs7561798	A	G	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=76;PP=2224;SC=AAGAACCTGGAGGAACCCAGA;SOR=1.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=107;WE=228973668;WS=228973650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	228973723	rs11374866	C	CT	176.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	228992763	rs6719186	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=349;SC=TGATCAAGGTGGTGGACGCTG;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=228992771;WS=228992753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	228992850	rs6734166	T	C	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=17;PP=424;SC=TCTATTTTCATGAAAGATTTC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=228992858;WS=228992840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	228996637	rs4479423	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=569;SC=TTAAAATTTCGAATTAAATGA;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=228996658;WS=228996627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	228996650	rs4353646	A	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=10;PP=602;SC=TTAAATGAATATTCAAGTTCA;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=228996658;WS=228996627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	228996672	rs4585022	G	A	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=11;PP=752;SC=CTGACAAGAAGAAAGTGGCGT;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=228996680;WS=228996662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	229034865	rs75675564	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=-0.402;SC=TGACTTAATTGCTGCAATCTC;SOR=0.917;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=229034873;WS=229034855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	229035351	rs12618108	T	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.26;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr2	229035356	rs13408688	T	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.91;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr2	229035427	rs11685283	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=1.860;SC=TGCTATAAAGTACACATAACT;SOR=1.675;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=5;WE=229035435;WS=229035417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	230092889	rs1419944	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=569;ReadPosRankSum=-2.211;SC=CAAATAAAACCGATACAAGCA;SOR=0.984;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=39;WE=230092897;WS=230092879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr2	230092950	rs1419945	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=1.263;SC=CCTACTTGTTCATATGACTAT;SOR=0.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=17;WE=230092958;WS=230092940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr2	230096587	rs1226982	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=-1.351;SC=GCTGCTATAACGAAATACCAC;SOR=0.657;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=230096595;WS=230096577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	230096837	rs6743582	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=0.824;SC=ATGACTTAACCACCTCTTAAA;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=15;WE=230096845;WS=230096827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr2	230135527	rs1227013	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=128;SC=AACGCCTGAACCCGTGCGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=230135535;WS=230135517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	230135711	rs67686611	G	GC	2312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=22;PP=1158;SC=CTGGCCCCCGGCTCCCGGGTG;SOR=0.790;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=26;WE=230135719;WS=230135701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	230231889	rs2302769	A	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TTTGAGAATGAGAAGGCCTTT;SOR=0.382;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=18;WE=230231898;WS=230231879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr2	230453214	rs11458391	G	GA	516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=6.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.830;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr2	230655733	rs722268	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=366;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TATTTCTCAACTATATTCAAA;SOR=1.755;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=22;WE=230655741;WS=230655723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr2	230656987	rs374041177	TA	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.615;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	230705516	rs11373804	T	TA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
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chr2	230914766	rs6748654	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=455;SC=ATGCCAAACATTTTTAGCATG;SOR=3.160;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=230914774;WS=230914756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	230923648	rs9750739	C	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=309;SC=CGTGCCTGGCCTAAAATGGTA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=230923656;WS=230923638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	231037488	rs138304714	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=303;ReadPosRankSum=1.514;SC=TCGTCCCCGACGCTCACAGGT;SOR=1.911;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=19;WE=231037496;WS=231037478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr2	231037833	rs10498244	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=2.019;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	231042276	rs1135791	A	G	7954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr2	231050715	rs3948464	A	G	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=986;ReadPosRankSum=0.764;SC=CTTACCTTTCAATCTGGACTT;SOR=0.620;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=76;WE=231050723;WS=231050705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,142:0.56:252
chr2	231065722	rs41309108	A	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CTTGGGAAACACCATGGAGAA;SOR=0.634;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=17;WE=231065730;WS=231065712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr2	231067590	rs73000371	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.223;SC=TCTCCTCCTACTTCTCTATAA;SOR=0.919;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=231067598;WS=231067580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr2	231072709	rs1365776	C	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=476;ReadPosRankSum=2.007;SC=ATCTTACCTCCTGGGAGGCTT;SOR=0.525;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=37;WE=231072717;WS=231072699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr2	231076032	rs3769837	G	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=374;SC=TCTCCTGCCTGTTCAAGCTCC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=231076040;WS=231076028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	231077154	rs41309096	G	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr2	231077725	rs1129411	A	G	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=21;PP=657;SC=CTGCTCTGCCATTCATAGGAA;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=38;WE=231077733;WS=231077715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	231077868	rs7601176	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=254;SC=CCCCAGGTGCAGAGAACTGAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=231077876;WS=231077858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	231077911	rs7601190	A	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=55;SC=GTGGCCCCTTAATATTTTATT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=231077919;WS=231077901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	231103185	rs2278197	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=21;PP=592;SC=TTTGACAAATATTTGACTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=231103193;WS=231103175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	231110582	rs28445040	C	T	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1569;ReadPosRankSum=0.653;SC=CTGCAGTGTCCTGTAAACTTG;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=84;WE=231110590;WS=231110572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr2	231110737	rs3813464	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=338;SC=CCCATTCCCCCATCTATTCAT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=231110745;WS=231110727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	231115603	rs9989792	T	C	3605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=35;PP=1071;SC=GCCTGGGTGATGGACAGCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=69;WE=231115611;WS=231115593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	231115630	rs9989835	A	T	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=35;PP=1271;SC=GAGATACTTCAGCTTCCCACG;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=64;WE=231115638;WS=231115620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	231115790	rs9989746	G	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=285;SC=AAGAAGGGGAGGATTTCTGGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=231115798;WS=231115780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	231120255	rs55829350	CG	C	201.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=9;PP=161;SC=CAGGTAAGGACGGGGGGGGGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=231120263;WS=231120245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	231134078	rs66745970	AGCGTG	A	1983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=10;PP=1186;SC=ACATGGGGAGAGCGTGGCTCT;SOR=1.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=231134090;WS=231134068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	231149108	rs4972946	G	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	231150397	.	C	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=670;ReadPosRankSum=0.393;SC=CCCTCACTTGCGTTTGTTCCT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=51;WE=231150405;WS=231150387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,71:0.41:173
chr2	231162117	.	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=1.340;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,38:0.18:214
chr2	231175549	rs200258126	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.42;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	231175763	rs78116662	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.728;NF=30;NR=11;PP=526;ReadPosRankSum=-0.758;SC=AGCCACACATGTTAGAGAAAC;SOR=0.755;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=41;WE=231175771;WS=231175753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,54:0.47:114
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chr2	231177200	rs3086614	CTT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.379;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr2	231226218	rs11275282	G	GTCATGTGTAACCC	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=2403;ReadPosRankSum=1.915;SC=AGAAGTTTAAGTCTGACTTCT;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=231226226;WS=231226208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	231226488	rs11891724	C	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=700;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GGCCCAAGGTCCTGAGGGGAA;SOR=0.644;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=44;WE=231226496;WS=231226478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,66:0.55:119
chr2	231226510	.	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=611;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TTGTGAAACAGGGAAGACACA;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=39;WE=231226518;WS=231226500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
chr2	231236505	rs12474823	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.104;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr2	231248261	rs28497362	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=45;ReadPosRankSum=1.001;SC=AGAATGGGAACGAGAACGCAG;SOR=0.527;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=7;WE=231248269;WS=231248251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	231258150	rs7590429	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=231;ReadPosRankSum=-0.252;SC=ACCTAATCCTCCAAGAATATA;SOR=0.922;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=18;WE=231258158;WS=231258140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr2	231267687	.	G	A	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.289;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=563;ReadPosRankSum=0.515;SC=GAGCACTTGGGAAATAGCACA;SOR=0.304;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=42;WE=231267695;WS=231267677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,73:0.72:102
chr2	231305191	rs73095038	G	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=1.780;SC=ATTTCAATAGGTTTTTGGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=231305199;WS=231305181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	231327291	rs1649863	A	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=-1.185;SC=AAGAGCTACTATTTCCTGAGG;SOR=0.505;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=32;WE=231327299;WS=231327281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,48:0.41:117
chr2	231327430	rs17333468	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=1.668;SC=TTATTTTTGAGAATTAGCCTT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=231327438;WS=231327420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	231328696	rs2306274	C	T	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=14;PP=964;SC=CAAGGTTTTCCAGGTTTTCTT;SOR=1.697;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=49;WE=231328704;WS=231328686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	231328720	rs2306275	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr2	231328728	rs2306276	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=2.388;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr2	231330826	.	G	A	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=36;QD=14.1542425094;SC=CTGGAACCTGGGAGGCAGAAG;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=5;WE=231330834;WS=231330816;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,5:0.28:18
chr2	231331694	rs1678159	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	231331701	rs3214547	A	AG	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.89;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	231331706	rs2303609	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.674;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr2	231331755	.	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=-0.784;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr2	231331799	rs1649869	T	C	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.000;NF=22;NR=11;PP=493;ReadPosRankSum=0.505;SC=TTATCATACATTGAGAGCTCC;SOR=0.972;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=33;WE=231331807;WS=231331789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr2	231331896	rs1050224	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=583;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CAGAAGCCTCGAGCGGGGCAC;SOR=0.717;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=45;WE=231331904;WS=231331886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,79:0.50:157
chr2	231333763	rs12724	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr2	231333834	rs1649873	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=-1.243;SC=AAAAACTCTTGATGTAACAAA;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=8;WE=231333842;WS=231333824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr2	231333852	rs1649874	A	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=0.679;SC=AAATGTCTTTATTTGCTGCAA;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=7;WE=231333860;WS=231333842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	231333890	rs1649875	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.390;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TATGTTATATCCTTTAAAATA;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=6;WE=231333898;WS=231333880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	231334010	rs1649877	CA	TG	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=572;ReadPosRankSum=1.206;SC=ACAAGTGCAACATAAGTTTAT;SOR=1.144;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=16;WE=231334019;WS=231334000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr2	231334216	rs1051579	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=115;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GAAACAACGTTGTCCTAGGAT;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=11;WE=231334224;WS=231334206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
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chr2	231334421	rs1051581	A	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=-0.291;SC=TATGACAAGCATATATTGCTT;SOR=1.426;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=231334429;WS=231334411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	231334504	rs139756804	AAAAG	A	885.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.429;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.787;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr2	231334679	rs1678162	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
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chr2	231338211	rs1678169	T	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=388;ReadPosRankSum=1.076;SC=TCACAGACACTGGGTAGGGAT;SOR=1.161;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=24;WE=231338219;WS=231338201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr2	231359225	rs6759377	T	C	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=434;ReadPosRankSum=1.088;SC=GTGGTCCTGTTCTTCCTGCCA;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=32;WE=231359233;WS=231359215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,56:0.41:136
chr2	231363252	rs34979917	TA	T	249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=86;ReadPosRankSum=-0.672;SC=AACAAAGAGGTAAAAAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=231363261;WS=231363242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr2	231406680	rs836237	T	C	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=37;PP=1160;SC=AATGAGCAGATGTACACCCGA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=231406688;WS=231406670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	231406846	rs10199013	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=365;SC=TGTTACAATCGCCCTTATCAT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=231406854;WS=231406836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	231407519	rs6717269	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=8;PP=598;SC=CATTGCATAACTGCTATATTG;SOR=2.038;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=32;WE=231407527;WS=231407509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	231407663	rs9288668	C	T	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	231655543	.	GA	AT	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=0.580;SC=TTGTTAAAATGAATTGTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=231655552;WS=231655533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	231738168	rs2289235	G	A	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=27;PP=1072;SC=CAAGAGGGGGGGCTCAGTGGG;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=60;WE=231738176;WS=231738158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	231738263	rs2289234	C	T	5832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.96;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	231738269	rs2289233	G	A	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.92;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	231738318	rs3816150	T	C	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=22;PP=510;SC=GAAAGGGTCATGTCTAGAGAG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=231738326;WS=231738308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	231740276	rs2289231	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=511;SC=AGGGGGCCTTACGGAGTGCGT;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=231740284;WS=231740266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	231860838	rs2271369	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr2	231860848	rs6722863	A	G	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.36;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	231861032	rs72362780	TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA	T	13471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=934;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.069;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=14.349;NF=38;NR=98;PP=2966;ReadPosRankSum=0.882;SC=ATTCCACCTCTCAGCAGCCTA;SOR=1.115;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=361;TCF=97;TCR=264;TR=136;WE=231861066;WS=231861022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:534,382:0.42:916
chr2	231864289	rs2136474	A	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=-1.193;SC=TGTCAAGAAGACGCAGGGCTA;SOR=0.527;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=11;WE=231864297;WS=231864279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	231864529	rs6436986	A	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=707;ReadPosRankSum=1.174;SC=TCCTGAGGTGAGCAGTCACCT;SOR=0.697;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=49;WE=231864537;WS=231864519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,63:0.48:132
chr2	231864600	rs7573039	T	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=540;ReadPosRankSum=-0.365;SC=CCAACTTCTGTAATCTACTCC;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=36;WE=231864608;WS=231864590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr2	231865018	rs13406394	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=211;ReadPosRankSum=1.412;SC=TGTGTTCCAGACTCCCCCGCC;SOR=1.276;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=15;WE=231865026;WS=231865008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr2	231865047	rs3817173	T	C	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=304;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CCAGGGCAGGTGCCTCCCTCA;SOR=0.719;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=26;WE=231865055;WS=231865037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr2	231865090	rs2271376	T	C	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=580;ReadPosRankSum=0.261;SC=GGGCCTCTGATTCGCGCCGGC;SOR=0.955;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=39;WE=231865098;WS=231865080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,71:0.57:124
chr2	231867220	rs10933364	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=1.622;SC=GGGGTCTTTCAGTAGGGACTT;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=14;WE=231867228;WS=231867213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr2	231902316	rs186173488	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	231902951	.	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr2	231902965	.	C	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
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chr2	231943244	.	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.964;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=216;ReadPosRankSum=0.645;SC=ACCCAAGATCCATATTTTAAA;SOR=0.616;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=12;WE=231943252;WS=231943234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	231944373	rs2303353	A	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr2	231949946	rs2303357	G	A	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=500;ReadPosRankSum=1.162;SC=GTCTTAGGTTGTGATTCTCAT;SOR=0.500;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=28;WE=231949954;WS=231949936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr2	232030510	rs2303351	C	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=1.903;SC=GCTGCTCAGTCAACTTCAGAT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=232030518;WS=232030500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	232030555	rs2303350	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=-0.281;SC=ATGAACTTCTGTTGAACTTTT;SOR=0.874;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=13;WE=232030563;WS=232030545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr2	232030861	rs2303349	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=1.607;SC=AAATTATTTAACAAAAGAGAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=232030869;WS=232030851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	232035429	rs6749	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=246;ReadPosRankSum=1.619;SC=ATGATTAAGGGCCAGAGGTGC;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=19;WE=232035437;WS=232035419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr2	232072796	rs112353881	ATTTG	A	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=295;ReadPosRankSum=0.411;SC=TAATTGGATTATTTGTTTGTT;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=7;WE=232072807;WS=232072786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	232072912	rs11558174	T	C	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=614;ReadPosRankSum=-0.100;SC=AGGAAAACCATTGTGTAAAAC;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=42;WE=232072920;WS=232072902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,60:0.39:152
chr2	232073106	rs12465438	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=365;ReadPosRankSum=0.367;SC=GTTTATAGATGAACTAATAAT;SOR=0.442;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=26;WE=232073114;WS=232073096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr2	232087474	rs1626450	AT	GA	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=8;PP=826;SC=GTTGAAGTTGATAAAGTTTCT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=232087483;WS=232087464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	232091479	rs3731776	C	T	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,151:0.60:251
chr2	232146872	rs3731773	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=505;ReadPosRankSum=0.802;SC=TGAGAAACATGTGAGCTTCCT;SOR=1.004;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=31;WE=232146880;WS=232146862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr2	232153207	rs17620062	T	G	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.561;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr2	232196564	rs1669083	C	T	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=948;ReadPosRankSum=0.112;SC=AGCCCCAGCTCGGAGAACTCT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=66;TCR=66;TR=74;WE=232196572;WS=232196554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,130:0.55:235
chr2	232196597	rs1669084	G	A	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=993;ReadPosRankSum=0.422;SC=TTCTGACCACGGAGTACCTGG;SOR=1.006;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=69;WE=232196605;WS=232196587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,110:0.55:201
chr2	232196624	rs112304408	A	G	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=979;ReadPosRankSum=-1.200;SC=GTGCCACACAAAGGGTGGGGA;SOR=0.936;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=61;WE=232196632;WS=232196614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,93:0.53:175
chr2	232225535	rs35889244	C	CG	6094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=66;PP=2974;ReadPosRankSum=0.686;SC=CCAGCCCCCACGGGACCCCCC;SOR=0.223;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=11;TCR=69;TR=77;WE=232225543;WS=232225525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr2	232227392	rs59199732	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=-2.138;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr2	232234889	rs4611631	C	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=485;ReadPosRankSum=-0.375;SC=CGCCAACCTGCAGGGAAGGGC;SOR=0.280;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=28;WE=232234897;WS=232234879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr2	232235950	rs16828017	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=224;ReadPosRankSum=-1.789;SC=CGGTGTGGACAGCTCAGCCAG;SOR=0.450;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=16;WE=232235958;WS=232235940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr2	232245713	.	C	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=624;ReadPosRankSum=-1.155;SC=ACGTCCTCCTCCACTCCTTCC;SOR=0.732;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=46;WE=232245721;WS=232245703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,66:0.69:96
chr2	232260537	rs4972989	T	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	232317402	rs11295750	CA	C	2180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=1047;ReadPosRankSum=2.660;SC=ATGATTAGAACAAGCACTGAG;SOR=0.669;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=31;WE=232317410;WS=232317392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,76:0.43:175
chr2	232320856	rs150234462	G	GA	649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.69;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr2	232321956	rs7598759	C	T	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=44;PP=2013;SC=ATACTCATGACGTAAGCTAAA;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=98;WE=232321964;WS=232321946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	232322829	rs6712148	T	C	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=94;SC=ATTATCCCCATGGTACAGATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=232322837;WS=232322819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	232325039	rs56310279	G	C	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=33;PP=1354;ReadPosRankSum=0.438;SC=TCTACTTGTAGTGTGGTAAAA;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=85;WE=232325047;WS=232325029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,119:0.49:242
chr2	232325692	rs12996154	A	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=732;ReadPosRankSum=-0.429;SC=AGTCATGGCAAGAATAGATCA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=42;WE=232325700;WS=232325682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr2	232326801	rs2595514	A	T	7137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=96;PP=2965;SC=TCCCAATGAGATGTTAGACTC;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=59;TCR=96;TR=155;WE=232326809;WS=232326791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr2	232326873	rs147456242	TTC	T	3466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=50;PP=2568;SC=AACTCCAGGCTTCTGTTATGT;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=54;WE=232326882;WS=232326863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	232378231	rs6750795	T	C	5539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	232389744	rs3752762	A	G	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.474;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=461;ReadPosRankSum=-1.334;SC=AAGCCACTTTAAGGCTCCACT;SOR=0.432;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=33;WE=232389752;WS=232389734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,54:0.49:111
chr2	232390151	rs3752763	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=-0.491;SC=AGGGACAGAGAAGGGAGGCCG;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=19;WE=232390159;WS=232390141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr2	232458443	rs10933378	T	C	7109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=93;PP=2965;SC=GCCCCTGGACTCCAGCCTGTA;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=87;TCR=93;TR=180;WE=232458451;WS=232458433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	232572381	rs6737601	A	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.301;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,67:0.47:144
chr2	232574807	rs2241742	C	G	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=87;SC=AGTAGTAGCCCGAGAGGCGCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=232574815;WS=232574797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	232653481	rs3830626	A	ACT	2733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=1369;SC=TTATTCTAAGACTCTGTAATT;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=27;WE=232653489;WS=232653471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	232790491	rs11900720	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TCTGATGCTCCAGCCCCACGC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=232790499;WS=232790481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	232888856	rs896990	T	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	233028070	rs3116181	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=186;ReadPosRankSum=0.128;SC=AGGGCAGGAGATTTTAAACTT;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=14;WE=233028078;WS=233028060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr2	233199466	.	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.396;NF=7;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=0.610;SC=TGGGAGAGCCCGGGGGCGGGC;SOR=0.848;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=17;WE=233199474;WS=233199456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr2	233201044	.	C	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.362;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,72:0.36:199
chr2	233243660	rs2014448	T	C	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=58;PP=2403;SC=CTGACCTGATTTTTGCTCTCC;SOR=0.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=117;WE=233243668;WS=233243650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	233243793	rs1130337	C	G	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.149;NF=25;NR=24;PP=689;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TCTTCCTGGGCGATGGTGAGT;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=49;WE=233243801;WS=233243783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,66:0.46:145
chr2	233243981	rs13026692	A	T	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.366;NF=31;NR=30;PP=812;ReadPosRankSum=0.789;SC=GGGGCCTGAGATACCCCTGGC;SOR=0.575;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=61;WE=233243989;WS=233243971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,108:0.43:249
chr2	233244586	rs2853374	C	G	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=49;PP=1521;SC=TGCCTGCCTCCGCCCGCCAGG;SOR=1.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=233244594;WS=233244576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	233244930	rs1048988	G	C	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQRankSum=-9.293;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,131:0.55:240
chr2	233245090	rs2260307	A	G	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.094;NF=38;NR=30;PP=1091;ReadPosRankSum=1.147;SC=TGTGGGGCTCAGGGCTGTGGG;SOR=0.681;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=68;WE=233245098;WS=233245080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,68:0.55:124
chr2	233245141	rs2260309	T	C	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.525;NF=61;NR=41;PP=1490;ReadPosRankSum=1.830;SC=GTGCCCGGTATGTGTGGAACC;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=102;WE=233245149;WS=233245131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,104:0.51:205
chr2	233245210	rs13034594	C	T	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.651;NF=53;NR=36;PP=870;ReadPosRankSum=-0.013;SC=TGGGTAATGACCCCCTTCCTG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=292;TCF=172;TCR=120;TR=89;WE=233245218;WS=233245200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,125:0.29:430
chr2	233245969	.	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.216;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQRankSum=-4.065;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.433;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr2	233246088	rs199504942	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-5.622;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=1.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,60:0.23:265
chr2	233246249	rs1048994	A	G	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=4.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQRankSum=0.985;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,86:0.22:385
chr2	233271697	rs369374441	TAC	T	2314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.677;NF=5;NR=22;PP=943;ReadPosRankSum=-1.128;SC=CAGCTGCCCCTACACACACAC;SOR=0.637;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=27;WE=233271708;WS=233271687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,94:0.53:179
chr2	233272162	rs2678517	G	A	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.398;NF=33;NR=31;PP=1122;ReadPosRankSum=-1.716;SC=GGGAATCCTGGCTATGGAGTG;SOR=0.768;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=64;WE=233272170;WS=233272152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,81:0.59:137
chr2	233272925	rs2678518	A	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.822;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.440;NF=26;NR=16;PP=649;ReadPosRankSum=0.619;SC=TGAGGAGGGGACACGGGGCCA;SOR=0.390;Source=Platypus;TCF=56;TR=42;WE=233272933;WS=233272915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
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chr2	233274169	rs2091555	T	C	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.84;QD=27.00;SOR=2.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr2	233310423	rs814220	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQRankSum=-3.771;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
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chr2	233323177	rs2003780	T	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=18;PP=640;SC=AAGTTTGAGCTTCAGTTTCCT;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=233323185;WS=233323167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	233344991	rs2741279	T	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=568;ReadPosRankSum=1.520;SC=CACACAGTGTTGGGCCCTGCA;SOR=0.734;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=44;WE=233344999;WS=233344981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,64:0.41:157
chr2	233345249	rs1190432	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GCCCCCTTGCCCCCCACCCAG;SOR=0.591;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=9;WE=233345257;WS=233345239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr2	233346455	rs68130818	C	G	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=911;ReadPosRankSum=0.321;SC=TGTCCTGCCCCCTCCGGGCCA;SOR=0.749;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=47;WE=233346463;WS=233346445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,62:0.52:120
chr2	233346662	rs909432	A	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=410;ReadPosRankSum=1.411;SC=AGGAGGTGGCACAGGGAGGCC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=20;WE=233346670;WS=233346652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr2	233348647	rs2241755	G	A	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=963;ReadPosRankSum=0.082;SC=TTAGGACCATGGCCTCGGGAG;SOR=0.904;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=64;WE=233348655;WS=233348637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,106:0.50:214
chr2	233349588	rs1529874	G	A	7364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=85;PP=2965;SC=AGGTCGTCATGCTCTGACACA;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=117;TCR=85;TR=202;WE=233349596;WS=233349578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr2	233350000	rs2573246	C	G	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=-0.921;SC=ACAGGGGCCACAGGTCAGAGG;SOR=0.622;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=22;WE=233350008;WS=233349990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr2	233350548	rs113660447	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=254;ReadPosRankSum=0.942;SC=ATCCGCGGCCGCTGGCAGGGC;SOR=0.824;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=23;WE=233350556;WS=233350538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr2	233385396	rs1550094	G	A	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	233385432	rs116445642	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=3.041;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr2	233386229	rs2853444	T	C	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=60;PP=1893;SC=GTCTTCACTCTCCTCTTGGGG;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=100;WE=233386237;WS=233386219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	233386583	rs2853445	T	C	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=765;ReadPosRankSum=-2.154;SC=CCAGGTGAGGTTGAAAAGGCT;SOR=0.894;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=53;WE=233386591;WS=233386573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,81:0.52:155
chr2	233386870	.	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=-1.294;SC=TGCTTTGTAGGGTAAGTAGGA;SOR=0.644;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=12;WE=233386878;WS=233386860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr2	233387635	rs733603	A	G	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=17;PP=1219;SC=AATAGAGTGTAGGGAGGCCGG;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=48;WE=233387643;WS=233387625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	233388686	rs79792358	G	A	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=480;ReadPosRankSum=2.154;SC=CCCGGACGGGGGGCAGAGGGG;SOR=0.572;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=37;WE=233388694;WS=233388676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,80:0.57:140
chr2	233388813	rs2741299	T	G	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=25;PP=1177;SC=TGCTCGGGCCTCGTCCGGGAC;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=58;WE=233388821;WS=233388803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	233389167	rs58091792	G	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=105;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CTCCGGAAAGGGCTTACCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=10;WE=233389175;WS=233389157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr2	233389918	rs2853447	A	G	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=19;PP=820;SC=CCACTCCTCCATCTGTAGGTC;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=233389926;WS=233389908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	233390937	rs2245601	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=329;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TGGAGGGGCCAGTGCTGACAC;SOR=0.707;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=20;WE=233390945;WS=233390927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr2	233391463	rs2278478	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GGAGGAAGCTAGAAGCCCCCA;SOR=0.686;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=12;WE=233391471;WS=233391453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr2	233391965	rs4973537	A	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	233392020	.	A	AAAAGAG	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=-0.224;QD=26.59;ReadPosRankSum=2.268;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr2	233396375	rs3762528	T	C	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=970;ReadPosRankSum=-0.788;SC=AGGTGAGTACTTGGCCCGGCG;SOR=0.532;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=62;WE=233396383;WS=233396365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,81:0.53:152
chr2	233400074	rs2767	A	G	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=39;PP=1167;SC=GAGGAGCCACAGTCCCTAATG;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=233400082;WS=233400064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	233404294	rs11674608	C	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=379;SC=CAGCTGACAACGCTGTGGTCA;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=20;WE=233404302;WS=233404284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	233404334	rs140146282	C	CGGGCTGGCT	951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.938;NF=2;NR=10;PP=2771;ReadPosRankSum=0.897;SC=CCAGGCTGGCCGGGCTGGCTG;SOR=0.824;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=12;WE=233404342;WS=233404324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr2	233404590	rs12996322	G	C	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=19;PP=1164;SC=GGTCTGAGGGGTATTGGGGCC;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=233404598;WS=233404580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	233405519	.	G	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=336;ReadPosRankSum=1.742;SC=GATGAGCAGAGGGTGCAAATC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=26;WE=233405527;WS=233405509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr2	233408190	rs34697564	A	AC,ACCC	2263.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.44;ReadPosRankSum=1.435;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,43,27:0.60,0.38:72
chr2	233408220	rs10714586	AG	A	3834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=58;PP=2538;SC=AGGAGGCCTGAGGGGGGGCAG;SOR=1.099;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=103;WE=233408228;WS=233408209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	233408239	rs2573206	C	G	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=69;PP=2965;SC=AGCCACTAAGCGTGGGGGTGG;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=166;WE=233408247;WS=233408229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	233408283	rs13018423	C	T	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.818;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.014;NF=62;NR=46;PP=1691;ReadPosRankSum=0.270;SC=CCTGCCCACCCCACCCTGACA;SOR=0.927;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=223;TCF=124;TCR=99;TR=108;WE=233408291;WS=233408273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,150:0.51:296
chr2	233408514	rs72991926	A	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=344;ReadPosRankSum=0.549;SC=CAGCACACCCATCCTGGGCGT;SOR=0.067;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=22;WE=233408522;WS=233408504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr2	233410294	rs2099489	C	T	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=929;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TGCTGGACCGCGTCTGCTTCC;SOR=0.847;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=63;WE=233410302;WS=233410284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,88:0.51:171
chr2	233412820	rs4973539	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=218;ReadPosRankSum=-0.837;SC=CTGATTATCAATCTGAGCCTT;SOR=1.112;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=14;WE=233412828;WS=233412810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr2	233413648	rs72991949	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=1.217;SC=TAATCTCCTCGTATATCTCCA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=233413656;WS=233413638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	233414341	rs4973540	C	T	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	233415978	rs11899983	T	C	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	233421284	rs3830645	CT	C	3148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=41;PP=1643;SC=GAACTTGAGACTTTTATTATC;SOR=1.109;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=43;WE=233421292;WS=233421274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	233429144	rs10603391	GTATTT	G	1589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	233536926	rs11684420	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr2	233537125	rs11550699	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=0.081;SC=GAGGGTGTCAAAGGTGCCAAG;SOR=0.689;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=15;WE=233537133;WS=233537115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr2	233599904	rs11555646	A	C	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr2	233625433	.	T	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=38;ReadPosRankSum=0.665;SC=GTATTGAACATCAAGTTGTAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=233625441;WS=233625423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	233633460	rs1801251	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=0.761;SC=TACTACTGCTGTGTCAGTAAA;SOR=0.883;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=28;WE=233633468;WS=233633450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr2	233641083	rs737027	G	C	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=602;ReadPosRankSum=-2.010;SC=TAGCTCTGTTGCTATTTGCCA;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=41;WE=233641091;WS=233641073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr2	233681512	rs1078323	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-2.831;SC=CGAATACTACTGGTCAGTGCT;SOR=0.818;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=7;WE=233681520;WS=233681502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	233708806	rs3816334	A	G	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=966;ReadPosRankSum=-0.016;SC=AGCAGCAGCAACAGCAACAGC;SOR=0.973;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=136;TCF=89;TCR=47;TR=61;WE=233708814;WS=233708796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,87:0.41:214
chr2	233710713	rs4973054	G	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAGGTCAACTGCTGCACCTGC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=233710721;WS=233710703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	233712049	rs2305137	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=-1.322;SC=CTCCCCTCCCGTTTTGCAGTT;SOR=0.793;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=9;WE=233712057;WS=233712039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr2	233712226	rs10555297	CACA	C	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.132;NF=2;NR=9;PP=292;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CAGCAGCTGCCACAGCAGCAG;SOR=0.885;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=11;WE=233712236;WS=233712216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr2	233721455	rs1947105	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr2	233723182	rs1284	G	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=276;ReadPosRankSum=1.420;SC=ACCATTAAAAGTTGGGGCTCC;SOR=0.746;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=21;WE=233723190;WS=233723172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr2	233740227	rs778338	A	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=371;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CCAGGGTTGGAGTGGTGGTCA;SOR=0.547;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=22;WE=233740235;WS=233740217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr2	233744130	rs58821056	GCC	G	193.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.323;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr2	233744133	.	C	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.276;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr2	233747015	rs72997493	A	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=559;ReadPosRankSum=-1.288;SC=CTGCAGATCAACGGCAGCCCC;SOR=0.484;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=44;WE=233747023;WS=233747005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,80:0.53:152
chr2	233752639	rs2250665	A	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=-0.061;SC=AAATTTGCATATTCTAAAAAG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=5;WE=233752647;WS=233752635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	233752897	.	C	T	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1098;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GTGACTACCTCCCTACTGCAC;SOR=0.970;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=72;WE=233752905;WS=233752887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,106:0.56:189
chr2	233752944	rs72427034	ACACG	A	861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=835;ReadPosRankSum=0.381;SC=ACACACACACACACGCACGCA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=23;WE=233752955;WS=233752932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr2	233757679	rs748002	G	A	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=462;ReadPosRankSum=-2.919;SC=AGAAGTGGTCGGCCGCATAAC;SOR=0.723;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=30;WE=233757687;WS=233757669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr2	233757697	rs895432	A	G	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=29;PP=1235;SC=AACGGTACACAATGTCACACA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=62;WE=233757705;WS=233757687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	233759695	rs938569	G	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=600;ReadPosRankSum=-1.172;SC=CCTTGGCTGAGACAGAGGAGC;SOR=0.787;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=36;WE=233759703;WS=233759685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr2	233785015	rs778354	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TAATCTCCTCGGGCTGTAGGA;SOR=2.194;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=13;WE=233785023;WS=233785005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr2	233791608	rs1878289	C	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=316;ReadPosRankSum=1.537;SC=CCATTTAGAGCCAAACATGTC;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=22;WE=233791616;WS=233791598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr2	233791648	rs2592127	G	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr2	233792565	rs2921705	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.739;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr2	233834975	rs4973588	A	G	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=12;PP=776;SC=GCAAGGAGGCATTCTGCTCCA;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=233834983;WS=233834965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	233880271	rs60652209	A	G	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=469;ReadPosRankSum=-2.916;SC=CCACCCAGCCATCCACCCATT;SOR=0.352;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=42;WE=233880279;WS=233880261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,67:0.64:104
chr2	233899126	rs2233391	C	A	3701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=49;PP=1530;ReadPosRankSum=0.266;SC=TTTGCAGCTTCACGACAGGGC;SOR=0.739;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=213;TCF=108;TCR=105;TR=108;WE=233899134;WS=233899116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,180:0.54:333
chr2	233925166	rs1141328	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=460;ReadPosRankSum=0.737;SC=CTGCCGGCCCGGCCGAGGAGG;SOR=0.955;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=27;WE=233925174;WS=233925156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr2	233925406	rs34218488	T	G	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=386;ReadPosRankSum=2.185;SC=GTTGTTCTTATGTCACAGGAC;SOR=1.151;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=27;WE=233925414;WS=233925396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr2	233925491	rs4246649	A	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=287;SC=AGCTGGTCTCATGGCAGGTTT;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=233925499;WS=233925481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	233997595	.	AT	A	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.850;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.264;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr2	233998646	rs6738961	C	T	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=9;PP=398;SC=CTGGCACATGCGGCTCAACAG;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=233998654;WS=233998636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	234054372	.	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.713;NF=2;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=0.143;SC=ATAGGACCTCGGAGGGCAGGG;SOR=1.245;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=8;WE=234054380;WS=234054362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	234054515	rs147786898	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=-0.165;SC=AAGGTAACATGCAAGGACAGT;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=12;WE=234054523;WS=234054505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr2	234054873	rs1135173	G	A	4560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=1786;ReadPosRankSum=1.499;SC=GCCTGTTGTCGTCCATTGAAG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=238;TCF=118;TCR=120;TR=129;WE=234054881;WS=234054863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,222:0.55:402
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chr2	234055004	rs36189208	T	C	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=455;ReadPosRankSum=1.044;SC=CTAACGCTGCTGCCCACAGGT;SOR=0.711;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=47;WE=234055012;WS=234054994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,69:0.39:175
chr2	234066969	rs36127492	C	G	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=297;ReadPosRankSum=-1.970;SC=TCCTGCAGCTCATTAAGTCAC;SOR=1.015;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=19;WE=234066977;WS=234066959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr2	234067089	rs36165346	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=0.983;SC=AACTTCTAAAATGGGCTGTGA;SOR=0.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=12;WE=234067097;WS=234067079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr2	234070171	rs28605534	G	C	68.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	234070190	rs28609111	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.668;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	234070233	rs28576692	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-1.328;SC=TGGACACATGTTTCCAGGTTG;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=234070241;WS=234070223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr2	234072626	rs141642539	T	C	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=412;SC=GAGGCAAGGGTGGGCTCAGCC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=234072634;WS=234072616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	234078056	rs11386687	AC	A	1406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.046;NF=3;NR=13;PP=530;ReadPosRankSum=-0.464;SC=AGGTAATGGAACTCCTTCCCC;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=16;WE=234078064;WS=234078046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr2	234078582	rs10754947	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.341;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=272;ReadPosRankSum=1.301;SC=TATGCTCCTCGCCCCACACCT;SOR=1.338;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=18;WE=234078590;WS=234078572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr2	234079551	rs10681979	CA	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=15.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	234085792	rs13007032	A	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=0.036;SC=GAAATTCTATAAAAAGCCAAC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=9;WE=234085800;WS=234085782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	234086129	.	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=0.277;SC=CTAATCAGGCGACCTGGAAAT;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=15;WE=234086137;WS=234086119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr2	234091158	rs4571051	T	C	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=513;ReadPosRankSum=1.623;SC=AAGCAAAGGATGGTGTCTGTT;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=41;WE=234091166;WS=234091148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,71:0.41:172
chr2	234091179	.	C	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.024;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=611;ReadPosRankSum=1.321;SC=TCTCTGTTTTCCTCAATGACA;SOR=0.889;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=44;WE=234091187;WS=234091169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,85:0.55:154
chr2	234104029	rs6706611	G	A	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=3.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=2.348;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,89:0.43:206
chr2	234107070	rs7569827	G	A	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=58;PP=1677;SC=TTATGAAAGCGCCCTGGGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=82;WE=234107078;WS=234107060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	234112649	rs7609436	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=564;SC=CAATGTTACATGTCTCTATCT;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=234112657;WS=234112639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	234113396	rs33926881	T	TTG	2104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.192;NF=1;NR=31;PP=1366;ReadPosRankSum=0.772;SC=TCGTGTGCATTTGTGTGTGTG;SOR=0.595;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=32;WE=234113404;WS=234113386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,64:0.69:93
chr2	234115304	.	G	A	4686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=60;PP=2230;ReadPosRankSum=0.279;SC=AGTTCAACATGGCCTGGTGAG;SOR=0.873;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=278;TCF=161;TCR=117;TR=153;WE=234115312;WS=234115294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,229:0.54:425
chr2	234160345	rs2289477	T	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=198;ReadPosRankSum=-1.833;SC=CCTCGGGGACTGCCAGTGTGT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=13;WE=234160353;WS=234160335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr2	234160669	rs10199278	C	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=1.949;SC=AACCTGAGGCCGAGTCCCTGG;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=234160677;WS=234160659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	234178624	rs35705047	CT	C	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.149;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr2	234181593	rs2289475	G	C	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=1022;ReadPosRankSum=1.499;SC=ATCAAAGAATGTCTTGCCTTT;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=67;WE=234181601;WS=234181583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,113:0.53:214
chr2	234182240	rs2289472	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=363;ReadPosRankSum=1.291;SC=TTGGGTTTCTCTTGGCTGGGG;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=25;WE=234182248;WS=234182230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr2	234183368	rs2241880	A	G	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=592;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CAATGTGGATACTCATCCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=36;WE=234183376;WS=234183358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr2	234183468	rs2241879	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=1.458;SC=TTGATATGGTGACAGAGCCTG;SOR=0.195;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=15;WE=234183476;WS=234183458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr2	234184417	rs3792109	G	A	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=965;ReadPosRankSum=0.172;SC=TGAATGTCACGGTCCCTTTGT;SOR=0.726;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=60;WE=234184425;WS=234184407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,110:0.47:235
chr2	234197717	rs4663136	C	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=-1.329;SC=AGCAGCATGGCGCAACATCGA;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=5;WE=234197725;WS=234197707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr2	234227523	rs2304777	A	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=335;ReadPosRankSum=1.690;SC=GGGCATTTACATGGAAGGAGA;SOR=0.754;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=32;WE=234227531;WS=234227513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,52:0.31:167
chr2	234227693	rs2304776	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=1.384;SC=AGATGGTAGACGGAGCCCAGG;SOR=1.292;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=14;WE=234227701;WS=234227683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr2	234235749	rs2304774	G	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=532;ReadPosRankSum=-1.581;SC=CTGCCTGTCTGCTCTCTCTCC;SOR=0.870;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=35;WE=234235757;WS=234235739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr2	234238254	rs745498	T	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=0.052;SC=GTAGAGGGCATAGTCTTCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=16;WE=234238262;WS=234238244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr2	234247627	rs2241874	T	C	256.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AATGTGTGCATTCTTAGCGCC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=234247635;WS=234247617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr2	234294561	rs3075537	T	TTC	7160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=51;PP=2965;SC=AGCACTCTTGTTATAAATAAA;SOR=0.783;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=65;WE=234294569;WS=234294551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	234294791	rs838716	G	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.99;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	234294805	.	CT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	234299028	.	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=443;ReadPosRankSum=2.479;SC=TGCCTTAGTCCCTGTGTTTGT;SOR=1.015;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=30;WE=234299036;WS=234299018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr2	234344267	.	C	T	42.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	234347091	rs3214826	TA	T	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=53;ReadPosRankSum=-0.299;SC=GTGTGCTTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=234347099;WS=234347081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	234354245	rs2305542	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=359;ReadPosRankSum=-1.222;SC=GTTTGCCTGCGCATCGTCCCC;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=27;WE=234354253;WS=234354235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr2	234368821	rs2290464	T	C	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=843;ReadPosRankSum=1.974;SC=CAGGTGTAATTGGGCTTTCGG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=62;WE=234368829;WS=234368811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,92:0.49:186
chr2	234371351	rs2228939	G	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.588;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=921;ReadPosRankSum=-1.467;SC=GCAGTGAGACGGAGCTGCTGC;SOR=1.091;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=53;WE=234371359;WS=234371341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,72:0.62:117
chr2	234372985	rs2242098	A	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=373;ReadPosRankSum=0.797;SC=CTCTCGCCTGAAGTGCCTGTG;SOR=1.375;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=24;WE=234372993;WS=234372975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr2	234373030	.	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=1.330;SC=GGATCAAGATCGTGTCGCTCC;SOR=1.148;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=234373038;WS=234373020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	234394487	rs1048603	G	A	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1461;ReadPosRankSum=1.557;SC=ACGGGAAGACGATAGAAATCG;SOR=0.467;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=102;WE=234394495;WS=234394477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,135:0.60:224
chr2	234396566	rs10929178	G	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=203;ReadPosRankSum=-0.276;SC=TGAATCCGTTGGATGGCAGAC;SOR=0.880;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=14;WE=234396574;WS=234396556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr2	234398195	rs112451786	G	GA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-2.161;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr2	234405374	rs2602386	A	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=96;ReadPosRankSum=0.149;SC=TTATTACTTAAGAGTTGTCTA;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=9;WE=234405382;WS=234405364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	234407420	rs114099762	G	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=278;ReadPosRankSum=0.015;SC=AGCAAAGTGTGCTACTGAAAT;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=19;WE=234407428;WS=234407410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr2	234433081	rs6746234	G	A	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1078;ReadPosRankSum=1.475;SC=CGGCCATTACGATGACTTTTA;SOR=0.333;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=146;TCF=92;TCR=54;TR=76;WE=234433089;WS=234433071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,125:0.54:230
chr2	234438169	.	A	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.417;NF=19;NR=23;PP=521;ReadPosRankSum=-1.518;SC=CTGTGAACAAAATTTTTCATT;SOR=0.767;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=42;WE=234438177;WS=234438159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,65:0.55:118
chr2	234438246	rs56828432	C	CT	2423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=33;PP=1880;SC=AAGGACTGTCCTAGGAGCTAG;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=39;WE=234438254;WS=234438236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	234438354	rs12692193	C	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=396;SC=GAAAAGTAAACATTTCTTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=234438362;WS=234438344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	234442437	rs11332355	CA	C	235.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=193;SC=TACACAGAAACAAAAAAAAAA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=234442446;WS=234442427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	234449316	rs2167884	G	A	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	234449462	rs1545525	T	C	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=20;PP=574;SC=TGAGAAATAATTGCATACTTA;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=234449470;WS=234449452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	234450822	rs1901812	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=126;SC=CACCTAGCAATTAAACCGCAT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=234450830;WS=234450821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	234457900	rs3965793	T	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr2	234469664	rs6753062	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=5;PP=392;SC=CCATAGGGTATAGGCCAAGTC;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=234469672;WS=234469654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	234471356	.	TATA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-0.289;SC=AAACTTAAAGTATAATAATAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=2;WE=234471366;WS=234471346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr2	234526871	rs1042597	C	G	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=4.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-5.084;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,87:0.53:165
chr2	234580453	rs3832043	AT	A	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=-1.074;SC=TCAGTGACTGATTTTTTTTTT;SOR=0.756;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=13;WE=234580461;WS=234580443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr2	234590527	rs7586110	T	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-2.256;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr2	234590616	rs7577677	C	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=403;ReadPosRankSum=0.365;SC=GCCTCCTTCCCCTATATGTGT;SOR=0.918;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=29;WE=234590624;WS=234590606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr2	234590832	.	G	A	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=911;ReadPosRankSum=-2.288;SC=CATACACTCTGGAGGATCAGG;SOR=0.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=63;WE=234590840;WS=234590822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,108:0.59:182
chr2	234590970	rs17868323	T	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr2	234590974	rs17863778	CG	AA	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=16.07;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr2	234591205	rs11692021	T	C	5105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-6.583;NF=80;NR=71;PP=1638;ReadPosRankSum=2.454;SC=GGAGAGAGTATGGAACCACAT;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=328;TCF=168;TCR=160;TR=151;WE=234591213;WS=234591195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,273:0.46:592
chr2	234598573	.	G	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=470;ReadPosRankSum=-0.059;SC=AATTTCCTTCGAAAGAACCCA;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=37;WE=234598581;WS=234598563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr2	234598991	rs7563561	T	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=620;ReadPosRankSum=1.948;SC=CTGAAAGAGTTAGCACCTTAG;SOR=0.795;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=44;WE=234598999;WS=234598981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,55:0.45:122
chr2	234599086	.	C	A	5541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.853;ClippingRankSum=0.000;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,149:0.43:347
chr2	234599089	rs7608175	C	G	5600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,152:0.43:351
chr2	234599296	rs45615240	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=508;ReadPosRankSum=0.722;SC=CCTTGACTCCTACAGCACCAA;SOR=0.303;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=32;WE=234599304;WS=234599286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr2	234601669	rs6759892	T	G	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,55:0.49:113
chr2	234601965	rs1105880	A	G	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=611;ReadPosRankSum=0.328;SC=GATCATTCCTAACTGCTCCTC;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=40;WE=234601973;WS=234601955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr2	234602191	rs2070959	A	G	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=2210;ReadPosRankSum=0.735;SC=CCTGGAGCATACATTCAGCAG;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=66;TCR=62;TR=61;WE=234602210;WS=234602181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,77:0.42:184
chr2	234602202	rs1105879	A	C	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.537;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=2210;ReadPosRankSum=0.669;SC=CATTCAGCAGAAGCCCAGACC;SOR=0.773;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=68;WE=234602210;WS=234602181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,81:0.44:186
chr2	234626287	rs869283	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=0.657;SC=ATCCTGGGGCGACCAGGACAA;SOR=1.061;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=8;WE=234626295;WS=234626277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr2	234627937	rs2011404	T	C	7056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=77;PP=2965;SC=TTAACCTCTGTGGGGCGGTGC;SOR=0.851;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=178;WE=234627945;WS=234627927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr2	234638594	.	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.460;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.841;NF=5;NR=21;PP=398;ReadPosRankSum=-1.646;SC=CCAACATGGTCTTCATTGGGG;SOR=0.467;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=26;WE=234638602;WS=234638584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr2	234668879	.	CAT	C	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=38;QD=24.0;SC=TGGTTTTTGCCATATATATAT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=2;WE=234668888;WS=234668869;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,2:0.12:16
chr2	234687939	.	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-1.619;SC=TTGGGGTCATCTTAAGGTGTG;SOR=1.276;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=10;WE=234687947;WS=234687929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr2	234688036	rs6431631	C	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	234702212	rs6738710	G	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=352;ReadPosRankSum=-0.423;SC=CAGCCTGCTCGCTACGGCAAG;SOR=0.136;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=24;WE=234702220;WS=234702202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr2	234702459	rs1500481	T	C	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=44;PP=1340;SC=GCTGAGGCACTACAACCCCGA;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=234702467;WS=234702449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	234702905	rs10169532	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=0.471;SC=GCTTCTGAGGCGCCTTCTGTC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=16;WE=234702913;WS=234702895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr2	234703136	rs6431634	T	C	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=39;PP=905;SC=AGTCTGGAGGTGCTCTTCGTC;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=234703144;WS=234703126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	234704150	rs2885297	T	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=5;PP=1336;SC=TCAGCAGGACTGGGGTAGGGC;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=52;WE=234704158;WS=234704140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	234704318	rs2361503	A	G	17451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=171;PP=2965;SC=CAGATCCTGGAACTGTCAGTC;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=190;TCR=172;TR=361;WE=234704326;WS=234704308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,666:1.00:666
chr2	234704495	rs11563248	T	G	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=82;PP=2763;SC=CGTGCTTCCTTTATCCTGATG;SOR=1.504;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=122;WE=234704503;WS=234704485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	234704690	rs759173	T	C	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TCGTAGCCCTTGGTGAGGCTC;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=75;WE=234704698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,117:0.57:205
chr2	234704746	rs759172	G	C	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=58;PP=2788;SC=CAGGAGGCCTGTAGGAGTCCC;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=75;TCR=59;TR=132;WE=234704754;WS=234704736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	234707341	rs1500479	T	C	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=22;PP=1153;SC=AGACAGAACGTGAGGCCCTGA;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=234707349;WS=234707331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	234707547	.	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=1.019;SC=ACCCTGCCAGGGAGGCAAAGG;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=14;WE=234707555;WS=234707537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr2	234708428	rs13013882	G	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=11;PP=732;SC=CCCCTCAGGTGAGGATGGCTA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=234708436;WS=234708418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	234708570	rs11563069	G	A	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=30;PP=971;SC=TACGCAGACCGCAGAGCAGCT;SOR=0.908;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=52;WE=234708578;WS=234708560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	234708629	rs13018934	G	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=22;PP=718;SC=GCCACTCAGCGTACCTGTGTT;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=234708637;WS=234708619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	234708720	rs2041652	T	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=12;PP=584;SC=CCTAGATATATGCACAGCTCT;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=234708728;WS=234708710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	234713812	rs2041651	G	T	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=36;PP=1012;SC=CCAGGGGTGAGGGAGTGGAGA;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=234713820;WS=234713802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	234717669	rs10803663	A	G	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=6;PP=1087;SC=AAGCACCGCCAGCTGACTCAA;SOR=3.383;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=54;WE=234717677;WS=234717659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	234720734	rs988344	A	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=14;PP=313;SC=TCTCACTTGGAGGCTCCCCAG;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=234720742;WS=234720724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	234722418	.	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=-0.459;SC=ACAATGAGTCCATTAAGGTAG;SOR=0.965;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=17;WE=234722426;WS=234722408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr2	234722444	.	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=-1.101;SC=TCTGGGATGCCTCATTTGCTG;SOR=0.437;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=6;WE=234722452;WS=234722434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	234725502	rs726016	T	C	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=13;PP=534;SC=CTATCTCATGTGGATTTATGT;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=234725510;WS=234725492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	234727250	rs719419	T	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=11;PP=735;SC=GGGGGGTGGCTGGGCCTTTTG;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=234727258;WS=234727240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	234727986	rs6754859	C	T	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=34;PP=1159;SC=AGTTTAGCTGCGATGAGGTGG;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=234727994;WS=234727976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	234728078	rs1500480	T	C	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=28;PP=1111;SC=TGGATAGCCTTCTTCCTCCAG;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=234728086;WS=234728068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	234730799	.	C	T	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=744;ReadPosRankSum=-1.039;SC=CTGGCAGTGTCGGAGAACGTG;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=50;WE=234730807;WS=234730789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,100:0.47:214
chr2	234730929	.	G	A	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=1009;ReadPosRankSum=1.095;SC=ACCCCCTGATGGTGAGTTGCA;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=72;TCR=66;TR=68;WE=234730937;WS=234730919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,85:0.49:172
chr2	234732317	rs11676792	A	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=18;PP=686;SC=CTGCGTGGAAATGAGGCACCG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=234732325;WS=234732307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	234750542	rs3732215	G	C	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=49;PP=1920;SC=CCTCCTCCTGGAGTTCCAGTT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=234750550;WS=234750532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	234750831	rs3806589	T	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=25;PP=668;SC=GGACTCTTTCTGGAGATACGA;SOR=1.032;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=39;WE=234750839;WS=234750821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	234752638	rs7583713	C	T	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=99;SC=AGCTAGTAAACTGGAATAAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=234752646;WS=234752628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	234753008	rs169925	G	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=573;SC=CTCCCCTGACGATGCGGACTG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=234753016;WS=234752998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	234754273	rs2302156	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=7;PP=569;SC=ATGCTCTTTATGGGTTCTGTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=234754281;WS=234754263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	234754506	rs2302155	G	A	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=52;PP=1697;SC=AAGAGCTTCTGAGTATAGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=234754514;WS=234754496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	234756228	.	G	A	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=651;ReadPosRankSum=-0.403;SC=TTGCTTCAAGGGTGCACCCAC;SOR=0.431;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=43;WE=234756248;WS=234756218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,54:0.51:106
chr2	234756240	rs2286431	G	A	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=44;PP=1570;SC=TGCACCCACTGGAGCCATCTA;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=234756248;WS=234756218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	234761225	rs2286430	C	T	6363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=60;PP=2658;SC=ATCTCTCCTTCGTTTCTTTCC;SOR=0.852;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=142;WE=234761233;WS=234761215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr2	234761355	rs554699	G	A	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=68;PP=2254;SC=CAAAGTGACAGGCAAAAAAAA;SOR=1.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=106;WE=234761365;WS=234761345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	234762480	rs626110	A	T	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=48;PP=1857;SC=AAGGTGGGGAAGACCCTTACC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WE=234762488;WS=234762470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	234763224	.	C	T	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-2.608;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,98:0.42:235
chr2	234763224	.	CTC	TTT	691	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=22;NR=30;PP=691;QD=14.3166899012;SC=AGACTCCGCCCTCCCTGCCTT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=52;WE=234763234;WS=234763214;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:89,52:0.37:141
chr2	234763226	rs503913	C	T	7633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.63;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	234846198	rs1019103	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=385;SC=ATAGGCCAAAGTGACCTGGGC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=234846206;WS=234846188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	234888643	rs6745987	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GCCAGTGTGCTACCTACTTTC;SOR=0.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=9;WE=234888651;WS=234888633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	234888721	rs6736916	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=-1.518;SC=TAAACAAACACGTCATTGGCT;SOR=0.698;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=23;WE=234888729;WS=234888711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr2	234890391	rs6708995	G	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=-1.407;SC=AATATCTCATGAATTCTGTTC;SOR=0.204;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=234890399;WS=234890381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	234892127	rs4663995	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=26;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CAATTAACAATGTGGCAATTG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=234892135;WS=234892117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	234916831	rs6734618	A	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=17;PP=479;SC=AGTAGTTGTGATAATAAAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=234916839;WS=234916821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	234967539	rs593668	T	A	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=30;PP=1228;SC=TCCGGGAGACTACATGCAGGA;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=234967547;WS=234967529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	235962513	rs10929083	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=-0.214;SC=TTCTGCCCTGCGTGCCCTGCT;SOR=0.382;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=18;WE=235962521;WS=235962503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr2	236403607	rs3738998	C	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=0.000;SC=CACGCGGCTGCTCCGCCGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=236403615;WS=236403597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	236433161	rs62191529	G	A	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=850;ReadPosRankSum=0.906;SC=GACAGGCCACGGGGCTGCACC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=57;WE=236433169;WS=236433151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,84:0.45:188
chr2	236433331	rs11689907	T	C	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=39;PP=845;SC=GAAGGGACCCTGTGTCCAAGA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=236433339;WS=236433321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	236433390	rs10207027	G	A	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.89;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	236433390	.	GTCCCTTTC	ATCCCTTTC,ATCCCTTTT	144	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=23;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2,1;NR=19,6;PP=144,65;QD=8.5129148832;SC=TAGGGACCTCGTCCCTTTCTT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21,7;WE=236433406;WS=236433380;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:21
chr2	236433398	.	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	236578649	rs10201486	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=0.400;SC=GGGGCGTGGGCCACACTCCCG;SOR=0.330;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=236578657;WS=236578640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	236682914	rs2696411	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	236685532	rs72981176	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TTTCTTGGCTGCAACCTCTCT;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=8;WE=236685540;WS=236685522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	236685731	rs113739109	G	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.090;NF=9;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=-1.487;SC=TGCTGGGCGCGGTGGCTCATG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=18;WE=236685739;WS=236685721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
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chr2	236692238	rs12466588	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GGACGTACCCACAAAACATTA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=236692246;WS=236692228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	236706463	.	C	T	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=3.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,141:0.46:304
chr2	236706612	rs140030205	A	AT	1085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=35;PP=380;ReadPosRankSum=-0.460;SC=GCTAAGGTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=6;TCR=84;TR=38;WE=236706621;WS=236706602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,79:0.42:189
chr2	236708166	rs2292708	C	T	4396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=70;PP=1841;ReadPosRankSum=0.071;SC=ACCTGTTCACCGTGAGTGTCA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=344;TCF=163;TCR=181;TR=132;WE=236708174;WS=236708156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,232:0.43:537
chr2	236761396	rs13006916	C	T	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=31;PP=1138;SC=AGCCCGTGCCCGTCAGTCCTC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=63;WE=236761404;WS=236761386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	236817336	rs57795387	CT	C	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.250;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr2	236923361	rs35361765	C	CT	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=294;ReadPosRankSum=0.509;SC=CTACTTTGACCTTTTTTTTTC;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=20;WE=236923377;WS=236923351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr2	236954470	rs3768951	G	A	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=596;ReadPosRankSum=-0.919;SC=CTGCTGGAGCGGAGGCAAGGT;SOR=0.699;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=44;WE=236954478;WS=236954460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,74:0.52:143
chr2	236954534	rs3768950	A	T	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=765;ReadPosRankSum=0.612;SC=GGTGGTGAGCATGGGGCCCTG;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=59;WE=236954542;WS=236954524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,100:0.51:195
chr2	236954560	rs3768949	G	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=781;ReadPosRankSum=0.130;SC=CTGTGCCCCCGCCCCCTGCAA;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=65;WE=236954568;WS=236954550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,99:0.47:212
chr2	236957822	rs2034648	G	A	8929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=129;PP=2965;SC=TGACTGGCCAGTCGAGCTCAT;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=108;TCR=129;TR=236;WE=236957830;WS=236957812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr2	237029104	rs2278884	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=-0.670;SC=AGGTGGTCGGCACGCCTGGCA;SOR=0.180;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=9;WE=237029112;WS=237029094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr2	237029163	rs13021559	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	237032607	rs11895915	T	G	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=513;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GGAACACAGCTCTGGCCTACG;SOR=0.892;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=39;WE=237032615;WS=237032597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr2	237032703	rs8178994	T	C	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.239;NF=46;NR=46;PP=1344;ReadPosRankSum=1.842;SC=TGGCCACCCCTAACCTGTCCA;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=102;TCR=98;TR=92;WE=237032711;WS=237032693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,149:0.43:345
chr2	237032837	rs11899677	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=403;ReadPosRankSum=0.366;SC=CTCAGAAGTCGCAGCACGTGA;SOR=0.854;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=32;WE=237032845;WS=237032827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr2	237123384	rs56247246	C	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.60;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr2	237146290	rs11680052	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	237146643	rs72060634	TGTG	T	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=-0.316;SC=GGAGGTTAGTTGTGGTGGTGG;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=2;WE=237146653;WS=237146633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr2	237149941	rs6756597	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=276;ReadPosRankSum=2.201;SC=CCAAACGTGGCTGGAGATTTC;SOR=0.957;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=22;WE=237149949;WS=237149931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr2	237150166	rs2015983	A	C	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=33;PP=865;SC=CTCTCCATTGAGATGCCGTCG;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=237150174;WS=237150156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	237150311	rs6431443	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCCGATGTGATAATGGTTACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=237150319;WS=237150301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	237240273	.	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-1.650;SC=AGAGAACAAGGGTTACCACAG;SOR=0.377;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=10;WE=237240281;WS=237240263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr2	237247036	rs111440161	G	GA	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.970;NF=0;NR=16;PP=224;ReadPosRankSum=0.713;SC=CTGGGAGAGAGAAAAAAAAAT;SOR=0.656;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=16;WE=237247044;WS=237247026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr2	237252454	rs72978647	C	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=0.011;SC=TGAAGACTTTCTGAAATGACA;SOR=0.677;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=20;WE=237252462;WS=237252444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
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chr2	237374309	rs35432941	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=363;ReadPosRankSum=0.239;SC=CCTTTTCAGCCTGGATTACTG;SOR=0.576;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=29;WE=237374317;WS=237374299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr2	237395443	rs1986381	C	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=127;ReadPosRankSum=0.889;SC=TTTAAGAAAACCAGATGCTAT;SOR=0.339;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=9;WE=237395451;WS=237395433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr2	237396935	rs6751722	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=0.687;SC=TCCTGCTAAGGGTCCCCACGG;SOR=0.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=19;WE=237396943;WS=237396925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr2	237402400	.	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=1.539;SC=TTGTTAAAATGATATACAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=12;WE=237402408;WS=237402390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr2	237489904	rs1045879	C	T	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=46;PP=1178;ReadPosRankSum=-1.822;SC=TGTCTGCTGGCTGCCCTACCA;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=82;WE=237489912;WS=237489894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,119:0.54:219
chr2	238166147	rs4377288	G	A	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	238233483	rs13032404	G	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,77:0.58:132
chr2	238243292	rs1131296	G	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=16;PP=477;SC=TCCGTGGTAGGTGGCTCTGAC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=238243300;WS=238243282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	238243464	rs2270669	C	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=11;PP=402;SC=GGGGGCTCAGCCCTCTCCCAG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=238243472;WS=238243454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	238244963	rs6728818	A	G	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=32;PP=1428;SC=AACAGTGGCCATCTTTGTGGC;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=79;WE=238244971;WS=238244953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	238249630	rs4433949	C	T	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=54;PP=2104;SC=TGACCAGGTACGCTATGTACT;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=108;WE=238249638;WS=238249620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	238258814	rs3790993	C	G	6935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=75;PP=2965;SC=GGCCCCGGTTCCCGATTCCTC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=82;TCR=76;TR=157;WE=238258822;WS=238258804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	238259675	rs3790995	G	A	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=639;SC=CAGTAGTACTGAAGAGGAGGG;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=238259683;WS=238259665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	238261112	rs4663726	GC	AA	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=1204;ReadPosRankSum=0.112;SC=AGCCTGCTTGGCAATGTGCCC;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=35;WE=238261121;WS=238261102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,69:0.59:117
chr2	238261850	rs2646257	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.316;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	238266146	rs2645777	C	T	329.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=291;ReadPosRankSum=-0.910;SC=AGGAAGAGCCCGTCTGCAGGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=238266154;WS=238266136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr2	238266633	rs4663730	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr2	238267058	rs4663731	G	A	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	238267717	rs2646254	C	T	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=928;ReadPosRankSum=-0.635;SC=AAGAACCAGGCAATCCTTTGT;SOR=0.830;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=61;WE=238267725;WS=238267707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,122:0.58:212
chr2	238269871	rs2645769	C	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=415;ReadPosRankSum=-1.130;SC=CTTTGCTCTACAGTAAGAATC;SOR=0.354;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=28;WE=238269879;WS=238269861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr2	238271786	rs11287247	GC	G	225.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.703;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr2	238271882	rs11385011	T	TA	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=520;ReadPosRankSum=0.817;SC=TATAAAGACATAAAAAAAACT;SOR=0.497;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=27;WE=238271890;WS=238271872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,55:0.60:91
chr2	238274828	rs2645770	C	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=0.227;SC=CTTTGAGAAGCAATTCTATCC;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=238274836;WS=238274818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	238275449	.	G	A	6067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=74;PP=2682;ReadPosRankSum=-1.891;SC=GAACGCTGTGGCGCTGTTGGA;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=422;TCF=242;TCR=180;TR=179;WE=238275457;WS=238275439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,305:0.45:671
chr2	238277379	rs61729839	C	T	5526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=72;PP=2390;ReadPosRankSum=0.105;SC=GTCGATGTTCCGGTCTCCTAC;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=156;TCR=139;TR=154;WE=238277387;WS=238277369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,259:0.53:488
chr2	238277573	rs2645774	C	A	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=68;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TCAGTGGGGACCCCCCTCTGA;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=98;TCR=135;TR=117;WE=238277581;WS=238277563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,178:0.51:346
chr2	238277795	rs2646260	A	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=359;ReadPosRankSum=-1.554;SC=TCAGAAAGACAATGTCTGCAG;SOR=0.522;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=28;WE=238277803;WS=238277785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,63:0.45:141
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chr2	238303906	rs2645778	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=1.691;SC=CTTCCTATCAATGCAAAGCCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=238303914;WS=238303896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	238305211	rs1553032	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=145;SC=TCTGAAAAGGCCTATAAATCC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=238305219;WS=238305210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	238419543	rs71887544	CGT	C	632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.957;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
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chr2	238427142	rs3751110	T	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=629;ReadPosRankSum=1.671;SC=GTTCCCAGACTGTTTGTCCTT;SOR=0.824;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=52;WE=238427150;WS=238427132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,76:0.51:149
chr2	238427194	rs3751109	T	C	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,78:0.52:150
chr2	238427251	rs3751107	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=737;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GGAGAACCTGGCTCAGAGGCC;SOR=0.792;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=49;WE=238427259;WS=238427241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr2	238428418	rs3751106	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=691;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CTAGTGGAGGGGGTGGATGTG;SOR=0.988;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=42;WE=238428426;WS=238428408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr2	238428454	rs75559690	T	C	3335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.25;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,87:0.55:157
chr2	238428459	rs3751105	G	A	3328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.17;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,90:0.55:165
chr2	238434434	rs11883500	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GCCCTGGGGACTGCTGCTGCA;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=21;WE=238434442;WS=238434424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr2	238443226	rs2292884	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=168;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CTGAATAAGCATATTTCAGCT;SOR=0.745;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=17;WE=238443234;WS=238443216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr2	238443407	rs2292885	G	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=1.703;SC=TGTTTGTAAGGTTAAGTTCTG;SOR=0.560;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=238443415;WS=238443397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr2	238449107	rs2271809	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=326;ReadPosRankSum=-1.130;SC=AGGAGGAGGAAGCCAAGGACG;SOR=0.840;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=26;WE=238449115;WS=238449097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr2	238454152	rs139727526	ACC	A	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.198;NF=6;NR=7;PP=389;ReadPosRankSum=-1.067;SC=AAACACACACACCCTGACAGT;SOR=0.404;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=13;WE=238454161;WS=238454142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr2	238457684	rs10173589	A	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=247;ReadPosRankSum=0.365;SC=CAGGCATTTCATGCTTAATTT;SOR=1.655;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=17;WE=238457692;WS=238457674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr2	238483592	.	G	A	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,85:0.45:188
chr2	238499863	rs146534321	A	AAATTCTTCAGGAGACTCT	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=1862;ReadPosRankSum=1.490;SC=TGGTCTTCCCAAGCCATGAAA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=3;WE=238499874;WS=238499853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr2	238499866	rs114742872	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=1.781;SC=TCTTCCCAAGCCATGAAACTT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=6;WE=238499874;WS=238499853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr2	238500487	rs139154033	T	TA	1047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=745;ReadPosRankSum=2.242;SC=AATGTGGAAATACATGAATGT;SOR=0.479;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=20;WE=238500495;WS=238500477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr2	238503559	rs2325806	C	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=329;ReadPosRankSum=1.672;SC=TTGTTAGTGCCTCTCCGTATC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=24;WE=238503567;WS=238503549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr2	238536255	rs10170083	C	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=5;PP=207;SC=GCTGGAGCAACGGGCCCCGCG;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=238536263;WS=238536245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	238536392	rs10184871	T	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=6;PP=160;SC=AGGTGAGCGCTCCGGGAGGGC;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=238536400;WS=238536382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	238641117	rs56182016	C	T	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=537;ReadPosRankSum=0.683;SC=ACTTTAATTGCTGATTACATT;SOR=0.838;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=40;WE=238641125;WS=238641107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,78:0.43:180
chr2	238643907	rs3769078	G	A	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TCTTTTGGTCGCAGGCGTCTG;SOR=0.568;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=31;WE=238643915;WS=238643897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr2	238648144	rs3769072	C	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TTAGAGGAGGCAAACTTTATA;SOR=1.581;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=10;WE=238648152;WS=238648134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr2	238656936	rs2304431	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
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chr2	238662154	rs3769061	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=338;ReadPosRankSum=-0.905;SC=AATGTTAACAATAGGCTGCGT;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=27;WE=238662162;WS=238662144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr2	238667501	.	G	GA	61	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=17;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=19;MQ=59.62;NF=0;NR=7;PP=61;QD=11.1428571429;SC=TAAAAAAAAAGAAAAAAAATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=7;WE=238667509;WS=238667491;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,7:0.29:24
chr2	238668802	rs3213868	A	G	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.052;NF=28;NR=22;PP=659;ReadPosRankSum=0.253;SC=CCAAGATGACAAAAGAAGAGT;SOR=0.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=50;WE=238668810;WS=238668792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,74:0.35:212
chr2	238671117	rs734388	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=0.179;SC=CTTGTTTCTCATGACTCTTTG;SOR=0.518;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=14;WE=238671125;WS=238671107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr2	238671328	rs868119	A	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=611;ReadPosRankSum=-0.080;SC=CTGAGAAAGAACAACACACAG;SOR=0.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=34;WE=238671336;WS=238671318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr2	238672703	rs3739038	C	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=619;ReadPosRankSum=0.972;SC=AGAGCCAGGGCACTTCAATCC;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=40;WE=238672711;WS=238672693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr2	238683166	rs2279644	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=-1.065;SC=TAGTGGGGACGGTACAGAGAG;SOR=0.646;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=18;WE=238683174;WS=238683156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr2	238687893	rs60023357	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr2	238688244	rs1151798	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=11;PP=285;SC=TCTCTGTCCTATCTGGGAGCG;SOR=1.382;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=238688252;WS=238688234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	238688275	rs2117363	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.483;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	238726634	.	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=832;ReadPosRankSum=0.897;SC=CCTTGAAAATCCTAGCACATT;SOR=0.472;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=54;WE=238726642;WS=238726624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,71:0.58:122
chr2	238730317	rs62196084	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TATACATTGTAGTTAACTATA;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=238730325;WS=238730307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	238730635	rs56387887	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=1.018;SC=TATTTATGTCGAATCCTGATC;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=9;WE=238730643;WS=238730625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr2	238731931	rs4663794	C	T	114.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	238733016	rs4663795	G	A	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=703;ReadPosRankSum=1.213;SC=CAGGGACACAGGGAAATCAAG;SOR=0.727;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=45;WE=238733024;WS=238733006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,78:0.46:168
chr2	238742837	rs55675197	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TGTAAAAATATAGTTCAAGTT;SOR=1.208;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=8;WE=238742845;WS=238742827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr2	238896494	rs59213280	C	CA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;QD=27.73;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	238903310	rs10203101	C	T	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=20;PP=856;SC=TAACTTTACACGTGTTCAAAG;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=238903318;WS=238903300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	238912120	rs10929262	A	C	4380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=48;PP=1538;SC=CCCCTGCCTTAAATGTAACTC;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=81;WE=238912128;WS=238912110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	238925155	.	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr2	238939370	rs11679080	C	T	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=44;PP=1239;SC=CACCAGTGGCCGGACACACCC;SOR=1.099;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=71;WE=238939378;WS=238939360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	238972827	rs821480	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=314;SC=ATAAGTAGTGTAGATCTGTAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=238972835;WS=238972823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	238990388	rs3210400	G	A	5163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=61;PP=2462;SC=GAGCGGGCAGGCAGAGGTGGA;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=133;WE=238990396;WS=238990378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	238991796	rs2278742	C	T	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=56;PP=2376;SC=CATTGCAGAGCATTTCTCCTG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=119;WE=238991804;WS=238991786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	239002480	rs72316729	CTTG	C	6444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=45;PP=2894;SC=TGTGCATCCACTTGTTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=61;WE=239002490;WS=239002470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	239007755	rs68159827	CATT	C	1569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=8;PP=1053;SC=CCCTTTTGATCATTATTAACT;SOR=1.547;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=23;WE=239007765;WS=239007745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	239007806	rs1054640	A	G	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=23;PP=1032;SC=GTGCAGCTCCAGGTCATTCCT;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=239007814;WS=239007796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	239007850	rs1054641	T	A	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=38;PP=1499;SC=GACTCAGCTTTTACCTTAATT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=86;WE=239007858;WS=239007840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	239007991	rs15787	T	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=30;PP=878;SC=AAGGAACTACTTGATGATTTT;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=239007999;WS=239007981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	239009336	rs61744770	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=309;SC=TGGTCCGCGAGGGGGGCTGCG;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=239009344;WS=239009326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	239009384	rs62196013	C	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=127;SC=CCTGGCTCCACGAAGCTGGCT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=239009392;WS=239009374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	239010455	rs5839683	GGAA	G	931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=721;SC=GAGGGAAGGAGGAAGGAGCTG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=239010465;WS=239010454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	239010577	rs1562333	G	C	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=25;PP=909;SC=CCCGGGGCTTGGTAGGACCAA;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=239010585;WS=239010567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	239010719	rs36066915	T	C	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=33;PP=861;SC=TGCACCACGCTGCCGTCAGTG;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=239010727;WS=239010709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	239016539	rs935415	C	G	8087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=105;PP=2965;SC=GACTCCTGCTCATGGGTACCC;SOR=0.853;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=81;TCR=106;TR=186;WE=239016547;WS=239016529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr2	239025523	rs11903074	T	C	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=54;PP=1805;SC=GTGGGTCACATGTGTGCCCTC;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=123;WE=239025531;WS=239025513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	239033979	.	C	T	4770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.569;ClippingRankSum=0.000;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=92;PP=1963;ReadPosRankSum=-0.441;SC=CGAGGCGCTCCCTGGAGGATG;SOR=0.780;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=298;TCF=115;TCR=183;TR=147;WE=239033987;WS=239033969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,251:0.52:487
chr2	239036416	rs12692214	T	C	9009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	239036423	rs62197371	C	A	8775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.47;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	239037273	rs72989009	C	A	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=11;PP=685;SC=CAACCCCCCACGTCCTCTCGG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=34;WE=239037281;WS=239037263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	239051550	rs935411	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=177;ReadPosRankSum=1.435;SC=TTGGGAACTTTGCCTTCTACA;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=15;WE=239051558;WS=239051540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr2	239051639	rs748218	T	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr2	239057840	.	C	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=791;ReadPosRankSum=-1.917;SC=GCCCAGGACTCCTGACATCAG;SOR=0.889;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=51;WE=239057848;WS=239057830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,72:0.48:151
chr2	239079542	rs2278737	A	G	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=35;PP=1855;SC=GAAAACTAAGACACAATTGGG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=89;WE=239079550;WS=239079532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	239082166	rs3832064	G	GC	4433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=30;PP=2438;SC=CTCTTATAGGGCCTTTTACCT;SOR=1.241;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=58;WE=239082174;WS=239082156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	239092618	rs3217566	C	CCACA	4547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=25;PP=2973;SC=TAGGAAAACACCACACACAGT;SOR=1.609;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=61;WE=239092626;WS=239092608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	239093788	rs6431588	T	C	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=11;PP=533;SC=CAATAACCAATTTGAGTATCA;SOR=0.984;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=239093796;WS=239093778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	239112344	rs113428548	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=-0.015;SC=AGTCCCGGACGCCACCAATCG;SOR=0.593;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=3;WE=239112352;WS=239112334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	239161957	rs35333999	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr2	239168596	rs201686364	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.210;QD=0.29;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,21:0.19:110
chr2	239177527	rs201329741	G	A	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=719;ReadPosRankSum=0.425;SC=ATGTTTATACGGTTTTCTAAT;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=48;WE=239177535;WS=239177517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr2	239181687	.	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr2	239184581	rs10462023	G	A	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=26;PP=793;SC=TAGCTTCCTAGGTGTCCTTTC;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=239184589;WS=239184571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	239976697	rs113824469	T	TTATTA	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=301;ReadPosRankSum=2.404;SC=GCCGTGGTATTTATAATTTTT;SOR=0.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=239976705;WS=239976687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	239990521	.	A	AGTGCAAGCCAGCAAGCCCCACGACACTTGCTTAGTGAGAGTGAGTCACG	3730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-3.334;QD=16.22;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,108:0.47:230
chr2	239990592	.	TG	GA	1141	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=47.73;NF=16;NR=23;PP=1141;QD=30.6273814067;SC=CAAGCCCCACTGCACTTGCTT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=39;WE=239990601;WS=239990582;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:62,39:0.39:101
chr2	240003870	rs1063639	G	A	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=746;ReadPosRankSum=-1.415;SC=ACAGGACGCTGGGGTCGCTGT;SOR=0.549;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=52;WE=240003878;WS=240003860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,73:0.41:177
chr2	240009199	rs62189546	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=338;ReadPosRankSum=0.499;SC=CCAGCCCTAAGGGAGGGAAGG;SOR=1.140;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=25;WE=240009207;WS=240009189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
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chr2	240029736	rs7585225	T	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=10;PP=450;SC=CCTGCCCCGGTCGGCGTTACC;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=240029744;WS=240029726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr2	240048481	rs35504237	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GAGACAACTGCGCCCTGTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=10;WE=240048489;WS=240048471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr2	240048568	rs12998494	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.308;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr2	240066417	rs2290087	A	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.307;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr2	240066526	rs2290088	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr2	240078587	rs5839723	GAC	G	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.236;NF=0;NR=13;PP=460;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CACCTCAACAGACACACCTTT;SOR=0.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=13;WE=240078596;WS=240078577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr2	240083528	rs3791515	G	A	3111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=62;PP=1469;ReadPosRankSum=0.502;SC=CTCCTCCCTGGAAGCCCCCCA;SOR=0.904;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=227;TCF=98;TCR=129;TR=103;WE=240083536;WS=240083518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,166:0.45:372
chr2	240083731	rs3828216	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=520;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GACTCCTGGGCGAGGGGGCGC;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=34;WE=240083739;WS=240083721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr2	240085403	rs11124182	C	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=1.470;SC=TCCCTGCCTCCGGTGAAGAGC;SOR=1.022;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=240085411;WS=240085393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	240085674	rs13010577	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr2	240098053	.	C	CCCCTCCCTCTGCCCGGCCT	203	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=19;MQ=56.23;NF=1;NR=1;PP=203;QD=115.5;SC=CGTGCCCGCACCCCTCCCTCT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=2;WE=240098061;WS=240098043;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,2:0.12:16
chr2	240111477	rs531993	A	T	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=10;PP=579;SC=AGTCACCGGGAGTTGAGGGTG;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=240111485;WS=240111467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	240323661	rs1709851	C	A	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=704;ReadPosRankSum=0.306;SC=TGTTGAGTTACAGGTCGGCCC;SOR=0.850;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=46;WE=240323669;WS=240323651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,71:0.52:136
chr2	240500173	rs10187580	T	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=529;ReadPosRankSum=0.507;SC=CCCTGTCGTCTGCAAGCTGGA;SOR=0.945;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=41;WE=240500181;WS=240500163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr2	240500413	rs6543554	A	G	6044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=65;PP=2495;SC=TGAATCCACCATCGTACCTGC;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=141;WE=240500421;WS=240500403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	240500437	rs10180205	C	T	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=891;ReadPosRankSum=0.744;SC=TCTTGGATGCCGTCCGATTGC;SOR=0.478;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=153;TCF=85;TCR=68;TR=65;WE=240500445;WS=240500427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,89:0.44:200
chr2	240500467	.	G	A	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.298;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=3.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,126:0.59:212
chr2	240504878	rs6719279	C	T	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	240684452	.	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=0.862;SC=GGACAGTCAGGAGGCAACAAA;SOR=1.460;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=240684460;WS=240684442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	240684697	.	A	C	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=507;ReadPosRankSum=-2.700;SC=CAGCAGCTGCACATCCCAGCA;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=34;WE=240684705;WS=240684687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr2	240701886	rs10189627	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=1.236;SC=GAGACGCCAGTGCCTGCAAAG;SOR=0.120;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=14;WE=240701894;WS=240701876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr2	240702216	rs11884577	C	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=326;ReadPosRankSum=-0.828;SC=ATGACAGGGTCGGGTCGGAGG;SOR=0.375;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=26;WE=240702224;WS=240702206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr2	240721384	rs2898872	C	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=11;PP=663;SC=TGAATTGACTCCTGCTTGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=38;WE=240721392;WS=240721374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	240900691	rs4077387	C	G	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=730;ReadPosRankSum=0.636;SC=CGGCAGATGCCTGTACTTCAT;SOR=0.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=52;WE=240900699;WS=240900681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,84:0.68:124
chr2	240921817	rs77023828	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.732;SC=AAAACAGCATTTAATTTTGTT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=240921825;WS=240921807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr2	240923050	rs1530144	C	T	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=723;ReadPosRankSum=1.465;SC=GTCAGGGCCACGGTGCCAGGC;SOR=0.922;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=58;WE=240923058;WS=240923040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,83:0.43:194
chr2	240923146	rs6716293	TC	CT	3271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=1925;ReadPosRankSum=1.633;SC=TAGAGAAACATCGGGCAACCC;SOR=0.550;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=54;WE=240923155;WS=240923136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,84:0.57:147
chr2	240946766	rs13848	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TTGCAGAATATTGTAAAACCT;SOR=1.329;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=12;WE=240946774;WS=240946756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr2	240954005	rs77816205	C	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=215;ReadPosRankSum=-0.281;SC=TCCACCCCTGCAGATGCCCTC;SOR=0.100;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=18;WE=240954013;WS=240953995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr2	240954079	rs11693245	G	A	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=456;ReadPosRankSum=0.736;SC=TAGTATAAATGCTATTAAAAC;SOR=0.386;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=38;WE=240954087;WS=240954069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,54:0.49:111
chr2	240957243	rs6746937	C	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=588;ReadPosRankSum=-1.006;SC=TGGCTTGCTTCGGCCTCCTCT;SOR=1.037;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=37;WE=240957251;WS=240957233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr2	240957450	.	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.743;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.085;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr2	240957801	rs10804402	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GGGAGAAAGGGTGGAAGATAC;SOR=0.259;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=14;WE=240957809;WS=240957791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr2	240958129	rs4149540	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr2	240961728	rs2083411	T	C	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1220;ReadPosRankSum=0.345;SC=CATAGCGCAGTTTGCACTGCA;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=77;WE=240961736;WS=240961718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,120:0.47:253
chr2	240961852	rs7596788	A	G	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=64;PP=1971;SC=GAAACCTCTTAGTGATAAAAA;SOR=1.154;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=102;WE=240961860;WS=240961842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	240964714	rs11541494	G	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=184;ReadPosRankSum=0.203;SC=GAGCCGCAAGGCCATGGCTAC;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=11;WE=240964722;WS=240964704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr2	240981179	rs6731916	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=576;SC=TTGTCTCTGGTTCAAAAATGT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=240981187;WS=240981169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	240981262	rs6728493	A	C	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=594;ReadPosRankSum=0.224;SC=TACATGTTAGAAACAAGAAGA;SOR=0.509;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=38;WE=240981270;WS=240981252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr2	240981375	rs6732185	T	A	6508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=24.84;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr2	240981487	rs60617721	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.846;NF=9;NR=16;PP=248;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GTGAAGAGGCATGGACGAAGG;SOR=0.440;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=25;WE=240981495;WS=240981477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,36:0.40:91
chr2	240982059	.	CCGTGGGTG	C	604.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	240982068	.	AAGAGGCATGGACGAAGGGCCGTGGGTGAAGAGGCATGGACGAAGGGCC	A	604.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	240982103	.	A	G	161	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=67;MMLQ=20;MQ=43.09;NF=4;NR=2;PP=161;QD=32.6285354245;SC=GTGAAGAGGCATGGACGAAGG;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=6;WE=240982124;WS=240982093;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr2	240982116	.	C	A	614	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=67;MMLQ=24;MQ=44.8;NF=11;NR=7;PP=614;QD=36.0428451415;SC=GACGAAGGGCCGTGGGTGAAG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=18;WE=240982124;WS=240982093;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,18:0.69:26
chr2	240982171	.	ACA	CCG	280	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=78;MMLQ=23;MQ=52.73;NF=3;NR=5;PP=280;QD=41.6834843578;SC=GGATGAAGGGACATGGGTGAA;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=8;WE=240982181;WS=240982161;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr2	240982228	rs10439373	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	240982271	.	G	A	180	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=25;NF=7;NR=10;PP=180;QD=12.6336007381;SC=GTGAAGAGCCGTGGATGAAGG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=17;WE=240982279;WS=240982261;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,17:0.53:32
chr2	240982443	rs34596708	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.84;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr2	240982449	rs35318485	C	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.32;ReadPosRankSum=1.698;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr2	240984789	rs12465491	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=390;ReadPosRankSum=1.065;SC=GGCTCTCCAGCAGCCGGTGGC;SOR=0.502;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=29;WE=240984797;WS=240984779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr2	240984833	rs13389099	C	G	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=722;ReadPosRankSum=2.805;SC=GGGTGATGTGCGCATATGACA;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=48;WE=240984841;WS=240984823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,71:0.57:125
chr2	240985099	rs150098707	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=29.08;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	240985347	rs13030992	G	A	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.66;QD=28.33;SOR=1.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	240985511	rs10933560	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.94;NF=10;NR=29;PP=775;SC=TGGGAGCTGCAGGCCTACAAA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=240985519;WS=240985501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	241066280	rs4292120	C	T	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=783;ReadPosRankSum=0.431;SC=ACATTAGCGCCTCCGCCCCCT;SOR=0.636;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=61;WE=241066288;WS=241066270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,82:0.52:158
chr2	241073170	rs747741	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=-0.174;SC=AATAAGGCTGCCTGCCAGTGG;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=16;WE=241073178;WS=241073160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr2	241073450	rs3749078	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=-0.950;SC=AAGGTTATGTCAGGTGCGTTT;SOR=1.341;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=18;WE=241073458;WS=241073440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr2	241075809	rs13406410	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=425;ReadPosRankSum=0.715;SC=GGTGCCCGCCCGCTGGGGTGC;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=29;WE=241075817;WS=241075799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr2	241079382	rs2291769	T	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr2	241390002	rs3828334	A	G	5906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=73;PP=2645;SC=AGACAGCTAGACCTCTGGGAA;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=131;WE=241390010;WS=241389992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	241395439	.	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.179;SOR=1.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr2	241395503	rs2292832	T	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	241398434	.	C	T	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,86:0.46:185
chr2	241403955	rs3830536	GTGACGCCTGCGTGTGCGTGTCAACGCCTGTGTGCGCGCGT	G	6790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=24;PP=2967;SC=TGCACACGTGGTGACGCCTGC;SOR=1.958;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=46;WE=241404002;WS=241403945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	241404317	rs2229458	C	T	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=33;PP=970;SC=CCCAGGGCCCCGGGCCTGAGG;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=241404325;WS=241404307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	241404499	rs2228327	C	T	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=37;PP=1771;SC=CACAGGTCTCCGAAGCCAAGG;SOR=0.971;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=92;WE=241404507;WS=241404489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	241405400	rs10700206	C	CGTG	841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=534;SC=TCACCTGGCACGGGCCCTTAC;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=241405408;WS=241405399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	241405454	rs6760745	G	A	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=10;PP=594;SC=CCTGCCTGCCGGAGCCTCCTC;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=241405462;WS=241405444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	241405528	rs2228331	A	G	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=32;PP=1471;SC=TGACCTCTGCAGCCGGAAGGT;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=241405536;WS=241405518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	241421500	.	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=348;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CAGATGGCATGGAGGCTGTCC;SOR=0.659;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=23;WE=241421508;WS=241421490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr2	241439809	rs78414006	C	A	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=16;PP=1534;SC=ATGCCCCAGCCGGGGGCCCTG;SOR=1.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=75;WE=241439817;WS=241439799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	241448660	rs59967171	G	GGATA	1186.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=3;PP=780;SC=ATGGATGGATGGATAAATGGC;SOR=2.226;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=18;WE=241448668;WS=241448650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	241451350	rs10427348	C	T	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=18;PP=1127;SC=GGGCTGTGTCCGTGCTGTAGT;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=241451358;WS=241451340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	241452198	rs12695025	T	C	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr2	241452212	rs12695026	T	C	7100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=76;PP=2965;SC=GGTCGCGAGGTACACACCTTG;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=85;TCR=76;TR=161;WE=241452220;WS=241452188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr2	241465826	.	G	A	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=54;PP=1189;ReadPosRankSum=2.468;SC=CCTCCAGGATGGCGCCCATGT;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=83;TCR=137;TR=86;WE=241465834;WS=241465816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,128:0.42:302
chr2	241492255	rs4676428	G	T	5571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	241512049	rs2975769	C	A	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=79;PP=2186;SC=GCCGCCTCCCCCTTGCTCCTA;SOR=2.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=23;TCR=79;TR=102;WE=241512057;WS=241512039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	241512470	rs2001823	G	T	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=15;PP=754;SC=CTCCCCGGCCGGGGCTATGGG;SOR=1.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=241512478;WS=241512460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	241512712	rs2975773	G	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CTGGGGCTGCGCAGGCCTCGG;SOR=1.893;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=16;WE=241512720;WS=241512702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr2	241531737	rs2975762	A	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=4;PP=497;SC=ACCTTCCCCTACTGTCCTCTT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=241531745;WS=241531727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	241533845	rs2975763	T	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=327;SC=GGCACGGGGTTGCTGGCAGGA;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=241533853;WS=241533835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	241534181	rs116530790	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=1.737;SC=AAGTGAGGAGGCTGGGCAGGT;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=12;WE=241534189;WS=241534171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr2	241537421	rs3749166	G	A	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=37;PP=1541;SC=TCCTGCCTGCGGGCACCTACA;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=85;WE=241537429;WS=241537411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	241537617	rs58715822	TC	T	1518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=24;PP=1560;SC=CCCCTATCTGTCCTGGCAGAC;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=38;WE=241537625;WS=241537607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	241538074	rs2975766	A	G	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=39;PP=1273;SC=GCAGGTCTCCATCATGGCAGT;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=241538082;WS=241538064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	241538229	rs2975767	A	G	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=395;SC=CCCTGCCAGGAGGCTGCGGCC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=241538237;WS=241538219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	241555784	rs12052926	G	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=13;PP=672;SC=TTCCTCCTCCGTCTCTCTATT;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=241555792;WS=241555774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	241555991	rs1509	G	T	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=28;PP=856;SC=CTGCCAGGGGGCTCATGATAT;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=241555999;WS=241555981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	241558397	rs6437353	G	A	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=25;PP=1205;SC=ACTCCACACCGTGGCAGTGAA;SOR=1.251;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=70;WE=241558405;WS=241558387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	241558547	rs7582275	G	A	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=36;PP=1036;SC=GGGGGTTTGTGCCACCTTAGA;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=241558555;WS=241558537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	241569329	rs2975785	A	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=44;PP=1748;SC=CCCCCTGCTCACTCTCTGCTG;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=104;WE=241569337;WS=241569319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	241569492	rs61734451	G	C	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.861;SC=ACAGCCTGGCGCTCTGGGTGT;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=82;TCR=71;TR=77;WE=241569500;WS=241569482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,107:0.49:218
chr2	241569849	rs12468377	C	T	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=833;ReadPosRankSum=0.351;SC=AGGAGGGCGGCTTCTGCTTCA;SOR=0.809;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=56;WE=241569857;WS=241569839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,89:0.54:166
chr2	241570092	rs12468453	C	T	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1397;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CAGTGCGCCTCGCAGTGGGCT;SOR=0.673;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=234;TCF=123;TCR=111;TR=99;WE=241570100;WS=241570082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,150:0.41:363
chr2	241570127	rs12468485	C	T	3635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1536;ReadPosRankSum=-2.520;SC=CTCCTGGAGACGATCCGTCGC;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=127;TCR=121;TR=100;WE=241570135;WS=241570117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,187:0.42:441
chr2	241570249	rs3749172	A	C	6533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=102;PP=2802;SC=CGTGGCTCCCAGTGCTAAGGC;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=65;TCR=102;TR=167;WE=241570257;WS=241570239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	241570391	rs2975786	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=27;PP=717;SC=AAGGAGCCCGAGATCAGCCCT;SOR=2.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=241570399;WS=241570381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	241622187	rs4081909	C	T	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.286;NF=28;NR=37;PP=922;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CTTGGAGGCCCGCCTGGCTGC;SOR=0.791;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=65;WE=241622195;WS=241622177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,80:0.62:128
chr2	241622209	rs4081908	T	C	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.144;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.365;NF=29;NR=39;PP=864;ReadPosRankSum=1.865;SC=TCACAGAGGGTGAAGGTGGCA;SOR=0.928;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=68;WE=241622217;WS=241622199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,85:0.61:139
chr2	241627836	rs1003972	G	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=212;ReadPosRankSum=0.612;SC=GTTCCAGGGCGCAGACTGACC;SOR=0.469;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=18;WE=241627844;WS=241627826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr2	241627928	rs1560619	A	G	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=539;ReadPosRankSum=0.579;SC=TGCACAGGACAGGTAGGCAGA;SOR=0.799;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=42;WE=241627936;WS=241627918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,76:0.49:155
chr2	241659368	rs6437368	C	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=344;SC=GAAGTGCTGCCCACTGCAGGC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=241659376;WS=241659358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	241663019	rs2043252	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=0.262;SC=TGATGGGTGGCTGCTCCTCCC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=241663027;WS=241663009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	241666163	.	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr2	241666418	rs2060194	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=0.536;SC=CAGCCAGGCCGGGGACATGCA;SOR=0.976;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=8;WE=241666426;WS=241666408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	241674094	.	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=2.105;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,40:0.35:113
chr2	241674222	rs3755533	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=-2.417;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr2	241680802	rs56024577	G	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=437;ReadPosRankSum=1.126;SC=GCACTGTAGGGACAGGAGGGA;SOR=0.739;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=33;WE=241680810;WS=241680792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr2	241722040	rs140674901	CAGAG	C	1379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.203;NF=1;NR=10;PP=456;ReadPosRankSum=0.056;SC=AAGGAAAAGACAGAGAGAGGC;SOR=0.871;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=11;WE=241722051;WS=241722030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr2	241728802	.	G	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.383;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=358;ReadPosRankSum=-0.766;SC=ACACTCCAAGGTGGGGAGATG;SOR=0.366;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=29;WE=241728810;WS=241728792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr2	241808825	rs140694338	AGGCCTCCCT	A	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=2976;ReadPosRankSum=-3.014;SC=CCATCCTTCAAGGCCTCCCTG;SOR=0.264;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=241808841;WS=241808815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr2	241810957	rs10196315	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TCCTTCTGCCCCTGGTCCCCA;SOR=0.919;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=11;WE=241810965;WS=241810947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
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chr2	241815307	rs12478859	CA	TG	4296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=1881;ReadPosRankSum=0.767;SC=CATCTGCCCCCAACCCTGCCC;SOR=0.682;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=129;TCF=78;TCR=51;TR=58;WE=241815316;WS=241815297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,109:0.51:212
chr2	241815473	rs12695032	G	A	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=683;ReadPosRankSum=-1.100;SC=CTGGATTGTCGAGGGCGCGGC;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=44;WE=241815481;WS=241815463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr2	241816545	rs6732985	C	T	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=861;ReadPosRankSum=-0.428;SC=AGCAGTGCTGCGGAGGATGCC;SOR=0.554;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=56;WE=241816553;WS=241816535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,78:0.53:146
chr2	241816948	.	A	T	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=3.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,104:0.54:192
chr2	241818279	rs4273214	C	A	3680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1335;ReadPosRankSum=1.383;SC=ACACACCTGTCCCATGCCCAC;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=63;TCR=83;TR=88;WE=241818287;WS=241818269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,178:0.62:286
chr2	241827618	rs6707763	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	241827696	rs4675869	A	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr2	241828012	rs6708304	T	C	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=710;ReadPosRankSum=1.278;SC=CGCCCTGCAGTTCTGCCCAGT;SOR=0.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=44;WE=241828020;WS=241828002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,71:0.53:135
chr2	241828034	rs6707568	A	G	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=43;PP=1283;SC=CTCGGGCGCCAGGAAGAGCAC;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=241828042;WS=241828024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	241830944	rs10171053	G	T	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=808;ReadPosRankSum=1.297;SC=TGACCAGGAGGGTGCGCCTAC;SOR=0.840;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=49;WE=241830952;WS=241830934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,65:0.55:119
chr2	241830969	rs10171067	G	A	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.839;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=19;PP=1096;ReadPosRankSum=0.483;SC=AGAGCTGGGCGCTGGCCGGCA;SOR=1.016;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=81;TCR=33;TR=68;WE=241830977;WS=241830959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,93:0.57:163
chr2	241831005	rs10195453	C	T	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=35;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GGCTGAGGATCCTTCTCAAGC;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=96;TCR=59;TR=90;WE=241831013;WS=241830995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,129:0.55:236
chr2	241831264	rs6737320	G	A	4795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=79;PP=2253;ReadPosRankSum=-1.755;SC=CTGCCAACTTGGCCCCTGCCC;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=99;TCR=139;TR=135;WE=241831272;WS=241831254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,235:0.56:422
chr2	241831296	rs6709469	C	G	4065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=65;PP=1951;ReadPosRankSum=2.398;SC=TCACCTGCAGCCCTCTCTGCT;SOR=0.568;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=206;TCF=90;TCR=116;TR=121;WE=241831304;WS=241831286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,196:0.54:362
chr2	241831471	rs6709742	CA	TG	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.291;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=1117;ReadPosRankSum=1.641;SC=CAGCGTCCTACATGAGGTTTT;SOR=1.758;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=25;WE=241831480;WS=241831461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr2	241834770	rs4293565	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=0.280;SC=CACACACAGAAGACAGTCGCC;SOR=0.148;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=9;WE=241834778;WS=241834760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	241834944	rs4468809	T	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=644;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CGATGGCTGCTACCAGCAGGT;SOR=0.954;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=41;WE=241834952;WS=241834934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr2	241835379	rs12105122	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=2.128;SC=GCACCTGCACGGCCATGGCTG;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=16;WE=241835387;WS=241835369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr2	241835421	rs13426919	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=256;ReadPosRankSum=-1.522;SC=GCATCCCTTCAACAGTGGCAG;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=241835440;WS=241835411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	241835432	rs10933514	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=256;ReadPosRankSum=-0.123;SC=ACAGTGGCAGGTGAGGGCCAG;SOR=1.501;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=241835440;WS=241835411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	241858116	.	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=397;ReadPosRankSum=-1.815;SC=GCTGCCATCTCCAGGTATCTC;SOR=1.009;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=32;WE=241858124;WS=241858106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,34:0.24:142
chr2	241861904	rs4514870	G	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=10;PP=600;SC=CCCAGCCCCTGCCTGGCGGGT;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=241861912;WS=241861894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	241865156	rs4675847	T	C	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	241868956	rs4407242	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	241869378	rs6756731	A	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=219;SC=ACGTCCCCAGATCATCTCCTG;SOR=2.448;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=241869386;WS=241869373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	241869756	.	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TTGGGGAGGGGGAAATCGGTG;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=7;WE=241869764;WS=241869746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	241870313	.	C	T	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=746;ReadPosRankSum=1.379;SC=CAGATGGGTCCTGAGTCCGCC;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=53;WE=241870321;WS=241870303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,96:0.47:203
chr2	241871956	rs12472087	G	T	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=21;PP=795;SC=GGTCCCTGCAGTGCACTTTGA;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=241871964;WS=241871946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	241872597	rs4441463	A	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=29;PP=914;SC=GCCAGTCTCCAGGAGCAGCTG;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=53;WE=241872605;WS=241872587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	241889171	rs12479396	G	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=339;SC=ACCAGGTCCCGGGGAATGGCA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=241889179;WS=241889161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	241889937	rs4077132	A	G	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=25;PP=772;SC=GGTGATGGTGAGGCTGGGGGG;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=241889945;WS=241889927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	241898824	rs10169006	A	G	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=29;PP=892;SC=GAGAGCCTCCAGGACCTAGCG;SOR=0.807;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=53;WE=241898832;WS=241898814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	241898947	rs10179839	G	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	241904001	rs11688859	G	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=11;PP=271;SC=GGAGCAGGCAGGGGGGGACGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=241904009;WS=241903991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	241904781	rs12467536	C	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=347;ReadPosRankSum=-1.945;SC=CCTGTCCGTGCGGCCCCACGC;SOR=0.614;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=28;WE=241904789;WS=241904771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr2	241905779	rs12466789	A	G	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	241907385	.	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=234;ReadPosRankSum=-1.531;SC=GGATGGGTGGGAAGCCGGGAC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=19;WE=241907393;WS=241907375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr2	241922430	rs4577273	T	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=-0.879;SC=GAGGTATCGCTGGAGCCCCTG;SOR=0.773;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=30;WE=241922438;WS=241922420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr2	241925219	.	C	T	79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=25;MQ=59.73;NF=6;NR=1;PP=79;QD=16.2530303639;SC=ACCCACTCCACACACACCCAG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=7;WE=241925227;WS=241925210;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr2	241925343	rs4675835	T	C	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=909;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGTGGGCACATGGCCCCAGCC;SOR=0.817;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=157;TCF=96;TCR=61;TR=77;WE=241925351;WS=241925333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,109:0.51:213
chr2	241928954	rs114161349	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr2	241929228	rs10200024	A	G	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=440;ReadPosRankSum=1.509;SC=CACCAGCAGCAGGTAAAGGTG;SOR=0.403;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=35;WE=241929236;WS=241929218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,55:0.48:115
chr2	241969766	.	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.122;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,29:0.15:195
chr2	241974289	rs2074822	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-1.080;SC=CACCTCAGGCGTGTGAAACTA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=241974297;WS=241974279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	241979550	rs7571117	T	C	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=782;ReadPosRankSum=-1.936;SC=AGGTGGAGAATGGCTCTGCGG;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=60;WE=241979558;WS=241979540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,102:0.50:205
chr2	241980123	rs2108487	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=265;ReadPosRankSum=-1.575;SC=CATCTGTGAAATGCCAGGAGG;SOR=0.463;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=20;WE=241980131;WS=241980113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr2	241991029	rs10206324	A	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr2	241991875	rs57214830	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=391;ReadPosRankSum=1.676;SC=TGGGACGCCGGTGCCAGGCAG;SOR=0.960;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=27;WE=241991883;WS=241991865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr2	242002828	rs7581709	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=271;ReadPosRankSum=0.176;SC=GGAGGTGGCACGCCTCCCGAG;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=18;WE=242002836;WS=242002818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr2	242003487	rs17852471	C	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,77:0.49:156
chr2	242003558	rs34771867	T	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=394;ReadPosRankSum=-2.126;SC=GCGGCAGGCCTGCCTGCTCCC;SOR=0.949;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=35;WE=242003566;WS=242003548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr2	242004199	rs2286319	G	C	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.244;NF=42;NR=34;PP=760;ReadPosRankSum=1.405;SC=GAGCAAGGGCGGGGCTGGAGC;SOR=0.606;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=76;WE=242004207;WS=242004189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,96:0.42:230
chr2	242004219	rs11464431	T	TG	11163.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=86;PP=2957;SC=CAGGGACCCCTGCCACGCCCC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=40;TCR=88;TR=124;WE=242004227;WS=242004209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr2	242004866	rs2286321	A	G	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,109:0.44:247
chr2	242011151	rs6760731	A	G	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=87;PP=2965;SC=TGCCCCACCCATCGGCCCCAT;SOR=1.577;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=30;TCR=87;TR=115;WE=242011159;WS=242011141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	242011330	rs6746124	C	A	5050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=85;PP=2508;ReadPosRankSum=1.396;SC=CTTGGTGGCCCACCCTCGTCC;SOR=0.302;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=291;TCF=146;TCR=145;TR=167;WE=242011338;WS=242011320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,251:0.62:407
chr2	242028741	rs1062748	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
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chr2	242033770	rs2302047	T	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=159;ReadPosRankSum=-1.198;SC=TGTGGCGATGTGGACGGAGTC;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=15;WE=242033778;WS=242033760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr2	242054936	.	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.833;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-0.924;SC=AGGGCCACCCGGTCCTCAAGC;SOR=0.172;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=18;WE=242054944;WS=242054926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr2	242062130	rs2302049	C	G	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=699;ReadPosRankSum=-2.070;SC=GCCACTCCCCCCCCACAGCCA;SOR=0.692;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=86;TCR=60;TR=56;WE=242062138;WS=242062115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,108:0.44:243
chr2	242065601	rs75080735	C	T	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=534;ReadPosRankSum=1.281;SC=CTATGGGGCCCGGGACATACT;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=42;WE=242065609;WS=242065591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,68:0.41:167
chr2	242066314	rs2240542	T	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=610;ReadPosRankSum=-1.510;SC=CCAGGGCTCCTGCAAGGCTCA;SOR=0.441;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=51;WE=242066322;WS=242066304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,77:0.39:195
chr2	242088921	rs3806599	A	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=9;PP=600;SC=CACAGCGACTAGCACCGATTG;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=242088929;WS=242088911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	242097031	.	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	242099961	rs2017989	C	T	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=633;SC=AGCTAGCGGGCTGTGTGTGGA;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=242099969;WS=242099951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	242129487	rs11695874	G	T	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	242139491	rs2013250	C	T	4942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=49;PP=2569;SC=GAGCCACTGACGTTTCCTTCC;SOR=1.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=94;TCR=49;TR=143;WE=242139499;WS=242139481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	242140785	rs78154103	C	G	4670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=93;PP=2236;ReadPosRankSum=1.671;SC=GTGGGGGTTCCCTGCCGCGGG;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=304;TCF=126;TCR=178;TR=160;WE=242140793;WS=242140775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,237:0.52:459
chr2	242141719	rs2074840	C	T	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=70;PP=1871;SC=CCCTGCATGACGTGAGCTCGG;SOR=1.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=37;TCR=70;TR=107;WE=242141727;WS=242141709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	242142737	rs1179530	T	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	242149010	rs57677160	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	242149073	rs10192730	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	242157353	.	CG	C	327.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.00;QD=32.77;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	242157359	.	CG	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-0.566;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.697;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	242168976	rs15129	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=351;ReadPosRankSum=0.187;SC=TGGTTGGGTTTGGGTCAGCAG;SOR=1.174;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=19;WE=242168984;WS=242168966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr2	242176019	rs2305073	T	C	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=672;ReadPosRankSum=-2.038;SC=GGGGGGCACATGGACACATAC;SOR=1.047;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=53;WE=242176027;WS=242176009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,62:0.47:132
chr2	242188628	rs77791862	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TGAACAAAGAATCCCCTAAGC;SOR=0.437;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=242188636;WS=242188618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr2	242189231	rs12475607	T	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=0.820;SC=AGTGCCTTTCTAGAGGGCCCA;SOR=0.302;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=22;WE=242189239;WS=242189221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr2	242196324	rs11693403	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=70;ReadPosRankSum=0.735;SC=TGCTTATTCCTGCCCAGCAGC;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=9;WE=242196332;WS=242196314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	242203776	rs71933081	C	CA	356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;QD=18.78;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	242203916	rs11891776	A	C	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=21;PP=662;SC=CAGGCTCCAGAGGGTTCCTGG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=242203924;WS=242203906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	242206956	rs35334418	C	T	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=55;PP=2248;SC=CTCCTAACAGCGACCTTGGTT;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=125;WE=242206964;WS=242206946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	242255771	.	G	GCCCGACAAACACTTAGAGCTTGTGTGGCCATCTTGTCTTT	1190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.54;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr2	242259614	rs6745662	G	A	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	242263803	rs5839771	CT	C	59.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	242265313	rs12477089	C	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=-1.194;SC=TTTGTGAAAACTGATAACCTA;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=7;WE=242265321;WS=242265305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	242283071	rs6750169	C	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=7;PP=557;SC=TTGTAGTCAACAGCAATGTGT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=242283079;WS=242283061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	242283094	rs6707518	A	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=9;PP=856;SC=AGTCTGTGCTAATGTTCTCGT;SOR=1.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=38;WE=242283102;WS=242283084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	242285545	rs11683764	A	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=195;ReadPosRankSum=0.471;SC=TGTCATGTGCATGATGCCACC;SOR=0.542;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=17;WE=242285553;WS=242285535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr2	242289663	rs3217007	C	CATT	1295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=20;PP=1091;SC=CAGTTACTAACATTGTGTCAG;SOR=2.019;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=21;WE=242289671;WS=242289653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	242343404	rs3732276	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=330;ReadPosRankSum=-0.698;SC=TGATGACAGCCGCAAGATCTT;SOR=2.075;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=20;WE=242343412;WS=242343394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr2	242344333	rs11681497	A	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=301;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GGCATGTTCAACTGTTCATTC;SOR=0.813;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=21;WE=242344341;WS=242344323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr2	242352633	rs141753202	A	AT	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.062;NF=12;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=-2.282;SC=ATTTGGGATAATTTTTTTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=14;WE=242352641;WS=242352623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr2	242371101	rs757978	C	T	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,163:0.59:275
chr2	242374215	.	C	T	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=43;QD=25.9237375157;SC=CACGCCACTGCACTCCACCCT;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=3;WE=242374223;WS=242374205;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	242374519	rs34882686	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.878;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	242375813	rs7601738	A	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=525;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TTCTTCATGGATACAGTACAT;SOR=0.852;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=33;WE=242375821;WS=242375803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr2	242396033	rs2074775	A	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=846;ReadPosRankSum=0.003;SC=GTACATACACATTTTACAGGA;SOR=0.944;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=116;TCF=89;TCR=27;TR=63;WE=242396041;WS=242396023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,71:0.57:124
chr2	242396087	rs2074774	A	T	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=40;PP=1474;ReadPosRankSum=1.645;SC=TGGTCAGGAGAGTAGTAGCGG;SOR=0.635;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=131;TCR=81;TR=106;WE=242396095;WS=242396077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,164:0.55:300
chr2	242402061	rs13011791	T	A	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=840;ReadPosRankSum=0.786;SC=GATTTTTTTTTAAAATAAATC;SOR=0.704;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=56;WE=242402069;WS=242402051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,80:0.52:154
chr2	242407478	rs10933558	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.484;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=-2.628;SC=GGCACCTGCCATCAAGGAAAA;SOR=0.339;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=20;WE=242407486;WS=242407468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr2	242407588	rs41342147	G	A	2956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1029;ReadPosRankSum=0.306;SC=ACATGACGAGGTCCTAACAGA;SOR=0.642;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=82;TCR=57;TR=72;WE=242407596;WS=242407578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,143:0.54:266
chr2	242407746	rs10933559	A	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=629;ReadPosRankSum=0.860;SC=TGCGCCGCCTATGCGGACATT;SOR=0.450;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=50;WE=242407754;WS=242407736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,76:0.57:133
chr2	242432704	rs2271030	G	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=169;ReadPosRankSum=-2.298;SC=ATGCTGTCTTGCAGGATGACT;SOR=0.280;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=16;WE=242432712;WS=242432694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr2	242433348	rs2018761	A	G	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=11;PP=540;SC=TGCTTGTCCCATATCCTGGGT;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=242433356;WS=242433338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	242440221	rs13013693	G	A	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=41;PP=1092;ReadPosRankSum=1.957;SC=TCTGGGACCGGAGACAAACCC;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=54;TCR=77;TR=70;WE=242440229;WS=242440211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,108:0.48:225
chr2	242542298	rs6437269	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=0.756;SC=TCAGCAGGGTTGCACATGGGC;SOR=0.593;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=242542306;WS=242542288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	242556732	rs7580021	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=312;ReadPosRankSum=0.090;SC=TTCTTTTATTGAAATCTCAAC;SOR=0.348;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=26;WE=242556740;WS=242556722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr2	242557019	rs7580246	G	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.03;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr2	242557028	rs36043566	G	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.32;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr2	242572262	rs112423548	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=-0.151;SC=CTCAGGGGACGCTGGCCACCT;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=13;WE=242572270;WS=242572252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	242572846	rs3208142	A	G	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1190;ReadPosRankSum=0.046;SC=GGGTGTGCTTAGAGGAGAAAC;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=71;WE=242572854;WS=242572836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,119:0.55:216
chr2	242573211	rs7424328	T	C	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=470;ReadPosRankSum=1.725;SC=GCTCCTCTGCTGGTGGCGGCA;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=44;WE=242573219;WS=242573201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,79:0.48:166
chr2	242573643	rs143582971	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	242590338	rs35731596	A	G	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,55:0.49:113
chr2	242593114	rs4567973	A	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=-1.299;SC=AGAGCAGACCACAGGTAAAAC;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=27;WE=242593122;WS=242593104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr2	242605942	rs148214056	G	A	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=30;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.490;SC=GAATTTCACTGTAAGCACCTG;SOR=0.848;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=79;WE=242605959;WS=242605932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,103:0.54:189
chr2	242606036	rs6709768	G	C	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1419;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TGCTTGGTTAGTGAAAGCATG;SOR=0.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=93;WE=242606044;WS=242606026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,125:0.58:216
chr2	242607483	rs7565540	GC	TT	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=5;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=669;ReadPosRankSum=-0.739;SC=AGGCCCTTGGGCCCCCTATGG;SOR=1.022;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=18;WE=242607492;WS=242607473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr2	242610773	rs7601000	T	A	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1229;ReadPosRankSum=0.845;SC=CTGGTGGAGCTGCAGCCTTCA;SOR=0.605;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=74;WE=242610781;WS=242610763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,99:0.62:159
chr2	242611050	rs1130910	C	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=343;ReadPosRankSum=0.189;SC=GCTGCCTGCCCGGGCGCTGTG;SOR=1.012;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=20;WE=242611058;WS=242611040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr2	242612909	rs1130906	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=0.842;SC=TCGGGGAGCCAGAGATCCCCG;SOR=0.859;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=242612917;WS=242612904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr2	242613089	rs7943	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CTTGGGCTCCACGTCCGAGTT;SOR=0.671;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=20;WE=242613097;WS=242613079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr2	242613133	rs7740	T	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=2.750;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr2	242615462	rs5860	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=0.986;SC=GTCTGGACTCTGCTGGGGACG;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=8;WE=242615470;WS=242615452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr2	242617792	rs4076640	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.375;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-1.269;SC=TTGCTGACACAACTGTGCCAG;SOR=0.044;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=5;WE=242617800;WS=242617784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	242618050	rs1131195	A	G	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=855;ReadPosRankSum=1.543;SC=GTTTACACCAATCTAGGGAAA;SOR=0.783;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=63;WE=242618058;WS=242618040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,100:0.63:159
chr2	242622192	rs35052478	A	AG	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	242622326	rs4347866	T	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.479;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr2	242625413	rs62191287	A	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=0.895;SC=ACTTTACTAAATCTCTAGACA;SOR=0.399;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=16;WE=242625421;WS=242625403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr2	242648545	rs7595652	C	T	2727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.80;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,69:0.63:110
chr2	242648549	rs7568408	G	A	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.33;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,72:0.63:114
chr2	242658779	rs71351113	A	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	242659554	rs34766121	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=0.502;SC=GTCGGTTGGACCCAAAGCCTG;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=13;WE=242659562;WS=242659544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr2	242662761	rs7572153	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=0.067;SC=CAGGAGAAGGTGCTCCATGGC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=21;WE=242662769;WS=242662751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr2	242674803	rs77940364	G	A	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=48;PP=1801;SC=TACCCCGTGCGGCGCTTGCCG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=93;WE=242674811;WS=242674793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	242674959	rs62191977	T	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=31;PP=821;SC=AGCTGCGGCGTTTCCGCGTCC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=242674967;WS=242674949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	242680366	rs4073890	A	G	2599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	242680430	rs4073889	A	G	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=47;PP=1792;SC=GTCTCATAGGATCTTCTTCCT;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=98;WE=242680438;WS=242680420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	242682029	rs78147778	T	C	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=556;ReadPosRankSum=0.403;SC=GAGTCCCTCCTGGTGCTGGTG;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=49;WE=242682037;WS=242682019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,86:0.51:168
chr2	242684115	rs4234097	T	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=23;PP=1262;SC=TGCTTCTCTTTGCCCCAAGGT;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=68;WE=242684123;WS=242684105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	242684387	.	A	ACCC	671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.19;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr2	242684394	rs4675884	G	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.94;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	242688203	rs34519321	C	T	4453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=47;PP=2052;SC=ACTCTCTGGGCGGCAGTGCCA;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=114;WE=242688211;WS=242688193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	242688292	rs34767042	C	T	5170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=72;PP=2242;SC=ACCTGTGTGCCGCCCGCCTGT;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=130;WE=242688300;WS=242688282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
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chr2	242688442	rs35249772	T	TC	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.679;HP=3;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=872;ReadPosRankSum=1.418;SC=GGTCCTGGTGTCCCTCGTGCT;SOR=2.419;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=14;WE=242688450;WS=242688424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	242688672	rs78280775	C	T	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=42;PP=2437;SC=ACATGGTGCTCGGGTCACAGG;SOR=1.395;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=93;TCR=44;TR=134;WE=242688680;WS=242688662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	242688870	rs113047262	T	C	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=93;PP=2820;SC=CCTGCAGACATCTCCACTCAG;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=154;WE=242688878;WS=242688860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	242690675	rs1106639	G	A	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=1088;ReadPosRankSum=1.063;SC=TCCGTTTTACGTCCTCATCGA;SOR=0.462;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=75;WE=242690683;WS=242690665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,149:0.68:219
chr2	242695497	rs62192024	T	C	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=458;ReadPosRankSum=-0.774;SC=ACCGTCACCCTGCCAGGCTTC;SOR=0.399;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=35;WE=242695505;WS=242695487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr2	242707101	rs6756901	A	G	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=33;PP=1846;SC=GCCCAGCCTGACCCATGTGCC;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=93;WE=242707109;WS=242707091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	242742653	rs78145032	T	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=529;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GATGTGAGGATGGGGGTGCTC;SOR=0.395;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=27;WE=242742661;WS=242742643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr2	242742875	rs62620233	C	T	4224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=77;PP=1964;ReadPosRankSum=0.849;SC=TTCCGGGGCGCCCCGAGCCTG;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=132;TCR=165;TR=137;WE=242742883;WS=242742865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,213:0.48:447
chr2	242743651	rs744986	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=-0.607;SC=GGGGAGGCCGGGGATCCTTGC;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=242743659;WS=242743641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr2	242750460	rs34748986	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=333;ReadPosRankSum=0.804;SC=ACAGCCTGTCTGGGCTGTGCA;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=32;WE=242750468;WS=242750450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,39:0.28:139
chr2	242755303	.	G	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-2.429;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,68:0.47:146
chr2	242755465	rs34241734	C	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=0.389;SC=ATTTGGGGTGCAGTGGGTGCG;SOR=0.495;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=6;WE=242755473;WS=242755455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	242756818	.	G	A	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,172:0.50:346
chr2	242757820	rs11545301	G	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=791;ReadPosRankSum=2.145;SC=AGTGGGCCCCGGGAGTCCCCT;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=55;WE=242757828;WS=242757810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,81:0.42:195
chr2	242758271	.	C	T	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=602;ReadPosRankSum=1.514;SC=GATGAGATTTCCTTTTGTACA;SOR=0.817;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=46;WE=242758279;WS=242758261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,76:0.40:188
chr2	242758447	rs2293760	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=-1.235;SC=GGTGCCCCACGATAGCTGTGG;SOR=0.351;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=12;WE=242758455;WS=242758437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr2	242793273	rs2227981	A	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=541;ReadPosRankSum=0.058;SC=GAGGGCCGTCAGCTGAGCCCC;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=39;WE=242793281;WS=242793263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr2	242793559	rs6705653	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=248;ReadPosRankSum=1.724;SC=CCCCCCACTATGAGCTGCTTA;SOR=0.883;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=18;WE=242793567;WS=242793549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr2	242812064	.	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=286;ReadPosRankSum=-1.279;SC=TGGGGCTCTCGAGGTGCGGCC;SOR=0.597;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=24;WE=242812072;WS=242812054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr2	242813124	rs13016102	T	C	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=36;PP=1419;SC=AACTGAATCATAGCCTCTCAC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=242813132;WS=242813114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	242813241	rs28392509	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=1.479;SC=TCTCCCCAAACCTCTCCTCGC;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=14;WE=242813249;WS=242813231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr2	242813276	rs62193136	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=93;ReadPosRankSum=-0.113;SC=CAGGGCTGCCCGGGCCATGAC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=242813284;WS=242813266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	242836535	rs28559662	A	G	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=432;ReadPosRankSum=-1.891;SC=AAGCTCTCGGAACTTAGTGAC;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=30;WE=242836543;WS=242836525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,58:0.51:114
chr2	242839614	rs13025557	T	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=0.863;SC=CCTTCCTGGTTCGTGGGGGAT;SOR=0.602;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=15;WE=242839622;WS=242839604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr3	239313	rs35603824	C	CG	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=-2.071;SC=GATCCCAGCCCGGGGGGGGTT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=239321;WS=239303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr3	239555	rs58240971	C	CT	428.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr3	367757	rs162734	G	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=-0.762;SC=CGTGAGTATTGTTTCAAACGA;SOR=0.597;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=17;WE=367765;WS=367747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr3	367825	rs13073026	G	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.898;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr3	370051	rs62227239	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=214;ReadPosRankSum=0.658;SC=AGTACTATAACGGGAATTTCA;SOR=1.277;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=18;WE=370059;WS=370041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr3	386520	rs1499046	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=391;SC=TAAATTCTGCCGGGCACTGCA;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=386528;WS=386510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	391100	rs13060847	A	G	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	402273	rs5845966	C	CT	95.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.68;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	403288	rs9824311	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr3	403297	rs9839027	C	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=-2.072;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr3	403308	rs9824442	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=9.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr3	403345	rs9846775	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=8;PP=704;SC=TTTCTTCCACAAAAGTTTAAA;SOR=1.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=403353;WS=403335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	404771	rs4684390	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=0;PP=382;SC=ATGAAACCCACTGGAACATTT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=404779;WS=404761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	417994	rs930237	A	G	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=16;PP=804;SC=TGATTTTGACATGTGACAGAA;SOR=1.392;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=48;WE=418002;WS=417984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	439963	rs6442827	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=20;PP=708;SC=GACTCACCCAATAGAGGTATT;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=439971;WS=439953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	440028	rs6771714	T	C	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=462;SC=GGGGCGATAATGATAGCATTT;SOR=1.092;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=440036;WS=440018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	440088	rs6771803	T	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	447069	rs11705894	C	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=293;SC=TCAATGCTAACACAAATGTCC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=447077;WS=447059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	1215013	rs7632166	A	C	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=36;PP=1275;SC=GTGAGTGTGAATGCTCCAGTA;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=1215021;WS=1215003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	1215083	rs13077503	C	A	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=24;PP=729;SC=AAGTGCTTTACGTGAATTATT;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=1215091;WS=1215073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	1262474	rs2013828	T	C	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,70:0.52:134
chr3	1269638	.	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr3	1320271	rs3732517	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=390;SC=CTTAGGCTCAGTGATCACCTT;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=1320279;WS=1320261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	1337203	rs565499	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=310;SC=TGGGGAAGTAAGACAAAGAAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=1337211;WS=1337196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	1339748	.	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-1.026;SC=TTTTGTTATTCATATATTGCT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=1339756;WS=1339738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr3	1415195	rs3765098	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-1.658;SC=TATTTTACTTCCTAAGCACAA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=1415203;WS=1415185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	1418753	rs17038365	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr3	1418859	rs10510210	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TATTGAGAGCGTAAAAAAATA;SOR=1.371;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=5;WE=1418867;WS=1418849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr3	1418874	rs113952683	A	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr3	1418884	rs76079534	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	1424850	rs2291100	T	G	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=47;PP=1701;SC=TTGTCTACTCTGGGGAAGATG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=1424858;WS=1424840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	1442968	rs34787015	GAATT	G	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	1444243	rs13326014	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr3	2777622	rs1554198	A	G	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	2924986	rs13089241	A	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=206;ReadPosRankSum=0.246;SC=GCAGGTATAGAGTTTTTCTTG;SOR=0.772;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=14;WE=2924994;WS=2924976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr3	2928672	rs36013854	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=-0.540;SC=GGTTCAGATAAAAGGTCCAGT;SOR=0.377;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=11;WE=2928680;WS=2928662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr3	2969052	rs12490661	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=0.066;SC=ATGCTCTGGACGTTGCCATTG;SOR=0.653;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=14;WE=2969060;WS=2969042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr3	3067850	rs7629924	A	G	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=-2.450;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,60:0.39:155
chr3	3067853	rs7639977	G	A	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=-1.070;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,60:0.38:159
chr3	3076218	rs9845519	G	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=265;SC=TGAATGGGTAGATAAATGAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=3076226;WS=3076208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	3076284	rs6765545	G	C	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=10;PP=950;SC=TGAATACACTGCTCCAATTCT;SOR=1.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=42;WE=3076292;WS=3076274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	3076401	rs6790908	C	T	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=941;ReadPosRankSum=1.892;SC=GGCCTGACAACCACAGCCCCA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=68;WE=3076409;WS=3076391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,107:0.62:173
chr3	3076443	rs6803232	A	G	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1441;ReadPosRankSum=-0.574;SC=CCAGGACTCCATTCTCCGTGG;SOR=0.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=83;WE=3076451;WS=3076433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr3	3080527	rs163543	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=370;SC=AGAGTACTCACTGAAAGTGAG;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=3080535;WS=3080517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	3081748	.	C	T	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=739;ReadPosRankSum=-1.868;SC=ACAGAATGGTCGAGGCTTTGG;SOR=0.665;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=45;WE=3081756;WS=3081738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,76:0.52:145
chr3	3081825	rs339285	T	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=45;PP=1229;SC=CCTCAGCTGATGCCTCTAGAT;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=3081833;WS=3081815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	3082025	rs4685596	G	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=188;SC=ATTGTAGCACGTACAATCAAT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=3082033;WS=3082015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	3084653	rs6800354	C	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=5;PP=520;SC=TTCTGTTTATCTTCTTAGGTT;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=3084661;WS=3084643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	3085509	.	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TACCCTCTAGGAATCGCTGCC;SOR=1.781;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=11;WE=3085517;WS=3085499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr3	3115598	.	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTACAGTAATCAAGACAGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=3115606;WS=3115588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	3118053	.	T	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-2.605;SC=CATTTCCACTTTTGATTTGGC;SOR=0.582;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=13;WE=3118061;WS=3118043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr3	3133791	rs7647903	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=197;ReadPosRankSum=-0.317;SC=GAGAAAATTAGTCACAATAGA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=12;WE=3133799;WS=3133781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr3	3134001	.	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,23:0.24:94
chr3	3137155	rs11389765	A	AT	329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=135;SC=AAGATCAGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=3137163;WS=3137145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	3139383	rs334802	C	A	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=1;PP=191;SC=TCCAGCAAAACTCACTGGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=3139391;WS=3139375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	3139957	rs2290610	T	C	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=27;PP=822;SC=AAATTCACAATTGAGGTTCCA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=3139965;WS=3139947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	3143267	rs6771148	G	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=7;PP=317;SC=GAGTACTTGAGAAGAACGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=3143275;WS=3143257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	3146757	.	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-0.756;SC=AAAATGCAGTCGTTTGGCCAT;SOR=0.230;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=19;WE=3146765;WS=3146747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr3	3170792	rs334773	C	T	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=28;PP=824;SC=CTGTGCCTTCCGAAGCAGTAT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=3170800;WS=3170782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	3170910	rs334772	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=286;SC=TTGGAAACCTATATAAATGGA;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=3170918;WS=3170900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	3171460	rs334769	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	3171713	rs113671187	G	GCCTGACT	1986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=1367;SC=TTAGCTAAGTGCCAGTAGCTT;SOR=1.154;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=20;WE=3171721;WS=3171703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	3179262	rs334767	A	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=274;SC=TATGCCCGTCATAAACCCTGC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=3179270;WS=3179252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	3188016	rs3762760	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=225;SC=GTTTTCATTAAGCAGATGTAT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=3188024;WS=3188006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	3189279	rs1705805	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	3193957	rs1705800	A	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=333;SC=GTGCCTCAGCATCCCGAGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=3193965;WS=3193955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	3194107	rs11414437	G	GA	1529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.187;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,88:0.83:106
chr3	3196273	rs11300080	AT	A	191.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=75;SC=TAAAATACTCATTTTTTTTCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=3196281;WS=3196263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	3197871	rs1705789	T	C	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=66;SC=TGGCCTACCATATATAAAGTA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=3197879;WS=3197861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	3215728	.	ACT	A	1141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.591;NF=9;NR=11;PP=825;ReadPosRankSum=1.256;SC=AAGCAAATGGACTCTAATATT;SOR=0.474;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=20;WE=3215737;WS=3215718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr3	3215954	rs1669321	A	G	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=28;PP=815;SC=TACTATATAAAAACATATATA;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=43;WE=3215962;WS=3215944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	3217128	.	AT	A	43	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=43;QD=16.3333333333;SC=GTCAGTAGCTATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=3217136;WS=3217118;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr3	3221430	rs1672753	C	T	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=29;PP=849;SC=CGAGGGAGGGCCCGTGTCGCG;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=3221438;WS=3221420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	3886449	.	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,29:0.21:138
chr3	3886580	rs4685689	A	G	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=52;PP=1863;SC=ATAACATCGCAAAGACTGTGG;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=96;WE=3886588;WS=3886570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	3887876	rs2120609	T	C	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=35;PP=1646;SC=TTAAGGTTAATGGGACCCTTC;SOR=0.991;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=87;WE=3887884;WS=3887866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	4046763	rs62257623	T	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=0.241;SC=CCATAACAAGTGCTTACTAGC;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=4046771;WS=4046753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	4110440	rs34308595	T	TAAG	601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=467;ReadPosRankSum=1.136;SC=CTAAAACAAATAAGAAGAAGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=4110448;WS=4110430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr3	4354885	.	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=-0.266;SC=CTGGGGACTTCGTACCTTGGA;SOR=0.719;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=24;WE=4354893;WS=4354875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chr3	4358210	rs7647539	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=287;ReadPosRankSum=1.631;SC=CGGTCGTTCGACATTTGAAGC;SOR=1.230;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=18;WE=4358218;WS=4358200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr3	4403817	rs2633851	T	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	4403817	.	TT	AC	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=36;QD=44.7339374311;SC=GGGGAAGACTTTCCTTGGTTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=2;WE=4403826;WS=4403807;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr3	4403818	rs35083095	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	4403837	rs2633852	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GTCAGTCCATAGTGGGCAGGC;SOR=0.368;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=4403845;WS=4403827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	4404019	.	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=1.213;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr3	4404087	rs2819560	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.950;SC=TAAAAAGGGCAGCACATTCAA;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=4404095;WS=4404077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr3	4461569	rs711667	G	A	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=96;SC=TGAGCAAGGTGCAGTGTTTGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=4461577;WS=4461559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	4461698	rs711666	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=14;PP=597;SC=GCAAAGGGTACCTATTTTGCA;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=4461706;WS=4461688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	4562667	rs1038639	T	G	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=13;PP=698;SC=AGAGTTTCATTTTCATACACT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=4562675;WS=4562657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	4684052	.	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CCTGTGTAAAGAGAAGGGAAT;SOR=0.495;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=7;WE=4684060;WS=4684042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	4687470	rs5846330	G	GCT	590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=509;ReadPosRankSum=0.467;SC=CTGTATATAGGCTCTCTCTCT;SOR=0.420;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=4687478;WS=4687460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr3	4687548	rs4271897	A	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	4687577	rs4303850	A	G	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	4693656	rs6442894	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=629;SC=GGATGCTACACGTGACACTGG;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=4693664;WS=4693646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	4693937	rs6442895	G	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=22;PP=620;SC=CTCTTTCAAGGCTGACGCACC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=4693945;WS=4693927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	4694010	rs6442896	A	C	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=114;SC=AAATACACTCAGTCACCTTGC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=4694018;WS=4694000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	4699727	rs2306871	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TTCTTCTCCGTTCCTGTGGAT;SOR=0.235;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=10;WE=4699735;WS=4699717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr3	4699776	rs2306870	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=153;ReadPosRankSum=0.273;SC=TTGGCATGCATGGTTCTTGAT;SOR=0.710;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=16;WE=4699784;WS=4699766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr3	4699936	rs2306869	G	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=-2.432;SC=CCACCACTCTGCGTGGAGGTG;SOR=0.497;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=11;WE=4699944;WS=4699926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr3	4699967	.	C	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-1.219;SC=CCCAAGGTATCATTTTAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=4699975;WS=4699957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr3	4702797	rs6783245	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=300;ReadPosRankSum=0.944;SC=TGCCTGTCTCCTTTTGGTCTC;SOR=0.614;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=19;WE=4702805;WS=4702787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr3	4702858	rs11446330	C	CT	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=313;ReadPosRankSum=2.605;SC=GAGTATGGAGCGTGGAGATTT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=4702866;WS=4702848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr3	4703657	rs6801737	T	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr3	4703937	rs7632000	C	T	275.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=1.480;SC=GTGAGCACTCCCGCATGCTCA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=4703945;WS=4703927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr3	4708924	rs17041147	G	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=74;SC=AAAGTTGTAGGAAGACCCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=4708932;WS=4708922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	4708997	rs7625003	G	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=237;SC=GCTTTCTTTAGTCTACGCTTA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=4709005;WS=4708987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	4711619	rs78163413	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	4712413	rs2306875	G	A	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=9;PP=508;SC=TGTTTTCTAGGTTGGTTCTTT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=4712421;WS=4712403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	4716811	rs2306877	A	C	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.378;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=640;ReadPosRankSum=-0.424;SC=CTGACCTTCTACGATTAACTA;SOR=0.533;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=40;WE=4716819;WS=4716801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr3	4722215	.	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=-1.227;SC=CAATCTGTTTCCATTTCCACT;SOR=0.269;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=4722223;WS=4722205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	4725619	rs3215005	CA	C	813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=16;PP=721;SC=ACCAAGATCACAAGCTGTTTG;SOR=2.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=4725627;WS=4725609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	4726947	rs733018	T	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TCCCTGGGTTTCCCCAAACTC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=4726955;WS=4726937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr3	4732670	rs4685801	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	4738774	rs3749382	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=234;SC=TGAGGCAGCTAATGAGTTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=13;WE=4738782;WS=4738764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	4738999	rs149795767	G	GGT,GGTGT	640.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.634;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=16,16;PP=397,245;ReadPosRankSum=0.494;SC=GAGAGTGAGAGGTGTGTGTGT;SOR=0.184;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=17,17;WE=4739007;WS=4738989;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.43,0.43:28
chr3	4753712	rs2306881	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=0.754;SC=CTGCCGTTAAAGGGAGCTAAA;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=8;WE=4753720;WS=4753702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr3	4767262	rs7613447	T	C	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=35;PP=963;SC=AGAACGCCACTGAGGTGTGTT;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=4767270;WS=4767252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	4773753	.	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr3	4776784	rs11920001	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=222;ReadPosRankSum=0.063;SC=GGTGCGTAGTAAGTATGCAGC;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=15;WE=4776792;WS=4776774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr3	4816925	.	G	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=478;ReadPosRankSum=-2.927;SC=CCCAATTGCAGAACTTCCTCC;SOR=0.683;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=34;WE=4816933;WS=4816915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr3	4817057	rs6442905	T	C	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=40;PP=1207;SC=ATGAAAAGAATGTAGCGCTTA;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=75;WE=4817065;WS=4817047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	4821374	rs78956048	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=1.051;SC=GGAGCATTGCGACGATATTTG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=27;WE=4821382;WS=4821364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr3	4856180	rs711631	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr3	4856650	rs2304820	T	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=416;ReadPosRankSum=0.045;SC=CCCAAGTAGATGAGGTCTCAC;SOR=0.856;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=34;WE=4856658;WS=4856640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr3	4856993	rs6442911	C	G	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=96;SC=GGCGGGGTGCCTGCCCAGTTA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=4857001;WS=4856983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	4859725	rs9844268	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=7;PP=449;SC=CTTTACCAAGGCTGCTCAGCT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=4859733;WS=4859715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	4872811	.	T	TCACACACACA	389	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=33;MMLQ=27;MQ=58.7;NF=2;NR=2;PP=389;QD=98.25;SC=TCTCTCTCTCTCTCTCACACA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=4872823;WS=4872801;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr3	4872813	rs5018278	T	A	228.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.15;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	4872813	.	TCT	ACA	179	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=33;MMLQ=27;MQ=58.8;NF=4;NR=2;PP=179;QD=38.7446458104;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=4872823;WS=4872801;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr3	4872815	rs5018277	T	A	318.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	4927281	rs4685841	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=-0.634;SC=ACCATCACAATTTAAAAGGCC;SOR=1.473;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=4927289;WS=4927271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr3	4927308	rs6794077	A	G	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=8;PP=329;SC=GGTTGCTCACAGAACAAAACA;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=4927316;WS=4927298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	4940658	rs72170014	CAGAG	C	374.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.08;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr3	4942432	rs724135	C	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=0.375;SC=CAGCTGGGGCCTGGATTTCTC;SOR=0.947;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=18;WE=4942440;WS=4942422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr3	5022961	rs13076468	A	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=0.061;SC=TAAAACAGCCAACCAGGAAAC;SOR=0.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=5022969;WS=5022951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	5022981	rs34085319	CT	C	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.878;NF=9;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=-1.742;SC=CACTATTCCACTTTTTTTTTT;SOR=0.352;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=11;WE=5022989;WS=5022971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr3	5024415	.	A	AT	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=0.9998;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=30;QD=19.5;SC=CAGTAAATGCATTTTTTTTTT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=5024423;WS=5024406;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr3	5024771	rs908078	T	C	2907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1259;ReadPosRankSum=1.213;SC=CGGCCAAAGGTTCGGAAGGTC;SOR=0.709;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=80;WE=5024779;WS=5024761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,140:0.60:234
chr3	5025514	rs139879256	G	GGTGT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr3	5241223	rs377120	C	T	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=16;PP=787;SC=TGTGATGATACAGCCTCAGTT;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=5241231;WS=5241213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	5241309	rs410509	C	A	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=30;PP=1027;SC=TCCAGAAAGCCGTCAAGTTAG;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=5241317;WS=5241299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	6828364	rs1533434	A	G	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=591;ReadPosRankSum=-0.843;SC=ACAGAACCCCAGTCTATAAGG;SOR=0.641;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=46;WE=6828372;WS=6828354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,86:0.62:139
chr3	6903601	rs342034	A	G	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=39;PP=1145;SC=CCAGGTAGGGATGCGCTCCCT;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=6903609;WS=6903591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	7348179	.	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=0.274;SC=ATATTTCTTTCCACAGGCAGA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=2;WE=7348192;WS=7348169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	7348184	.	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=197;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TCTTTCCACAGGCAGATCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=7348192;WS=7348169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr3	7456675	rs712774	C	T	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=243;SC=AGCAGTGCCCCGCAAGCAATG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=7456683;WS=7456665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	7494245	rs111752136	TTG	T	599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.26;ReadPosRankSum=1.639;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr3	7494417	rs2229902	A	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.923;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr3	7620168	rs34373930	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=360;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TGTGCACACTACCATGTAAGC;SOR=0.847;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=22;WE=7620176;WS=7620158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr3	7620382	rs7614915	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=233;ReadPosRankSum=-0.206;SC=TCCTGTCTTCCTGGCAATGTT;SOR=0.869;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=21;WE=7620390;WS=7620372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr3	7620487	.	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=443;ReadPosRankSum=0.399;SC=CAGCTATGTTCTTTTGACGGG;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=37;WE=7620495;WS=7620477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr3	7620789	rs1485175	T	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=383;ReadPosRankSum=2.474;SC=TCATAGACTATGATGAACACA;SOR=0.564;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=39;WE=7620797;WS=7620779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr3	7620828	rs1485174	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=491;ReadPosRankSum=-1.468;SC=AAGCCAGAGGGGTTCTCAAGT;SOR=0.688;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=32;WE=7620836;WS=7620818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr3	7649591	rs2139187	C	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=0.376;SC=CCCAAGTAGGCCCCAGTGTCT;SOR=1.356;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=9;WE=7649599;WS=7649581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr3	7649747	rs146667493	A	AT	913.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=566;ReadPosRankSum=0.517;SC=AAAAGACATGACTCATGCTTT;SOR=0.798;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=15;WE=7649755;WS=7649737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr3	7649819	rs115155482	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	7678010	rs7611935	G	A	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr3	7678090	rs7612048	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=0.349;SC=CACTGTCATTGTTTGAAAAAT;SOR=0.713;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=22;WE=7678098;WS=7678080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr3	7732726	rs5846531	AT	A	44	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.00;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	8299404	rs145434533	AGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG	A	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.42;ReadPosRankSum=2.576;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr3	8543713	rs5846598	G	GT	1303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=743;SC=ACTTTTTCTTGTTCCCCTTCC;SOR=0.883;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=8543721;WS=8543703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	8543757	rs2324625	A	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=15;PP=292;SC=AAAGGTAATGAGAAGGGAACT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=8543765;WS=8543747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	8556617	rs12715649	A	G	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=21;PP=824;SC=CTAGATGGTGATCACATGGGA;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=8556625;WS=8556607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	8556784	rs12715650	A	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=14;PP=315;SC=GTGAGGCCAAAGCATGGAAAG;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=8556792;WS=8556774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	8607307	rs8363	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.352;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=157;ReadPosRankSum=1.579;SC=CGAGAGTCTGCGGCCCCGGTG;SOR=0.697;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=15;WE=8607315;WS=8607297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr3	8609071	rs3774212	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=486;ReadPosRankSum=1.805;SC=TAGATATACCGTCTCTACCTA;SOR=0.385;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=32;WE=8609079;WS=8609061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr3	8667896	rs355058	T	C	9447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=89;PP=2965;SC=TGCCACAGCATTGAGACACTG;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=84;TCR=89;TR=173;WE=8667904;WS=8667886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr3	8669361	rs1533001	C	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=485;ReadPosRankSum=0.146;SC=CACTTCACCGCGGTGCTGGGG;SOR=0.654;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=38;WE=8669375;WS=8669351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,58:0.42:137
chr3	8669367	rs5846608	TG	T	4833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=43;PP=2439;SC=ACCGCGGTGCTGGGGAGATGC;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=59;WE=8669375;WS=8669351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	8671319	rs142926392	C	CTGACTCACCAGTGGTTCACAGA	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,5:0.12:41
chr3	8675778	rs11131140	T	C	200.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=1.083;SC=TAGAGAGGAATTGTACCATTT;SOR=0.197;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=8675786;WS=8675768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr3	8676204	rs3774210	A	G	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=34;PP=1348;SC=GCACACTTGTATCTCCAGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=71;WE=8676212;WS=8676194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	8676945	rs3816911	T	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=9;PP=462;SC=AATAGTGACATAGGAAATGCA;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=8676953;WS=8676935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	8677374	.	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=-0.244;SC=CCACCTTTTTCCCGAGACATC;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=8677382;WS=8677364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr3	8701430	rs371133	T	C	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	8705277	rs12634985	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CTGGCTGGGTGTGATATCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=11;WE=8705285;WS=8705267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr3	8784046	.	C	CAA,CAAAA	568.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.44;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,8,10:0.40,0.50:20
chr3	8787189	rs57159780	G	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=227;ReadPosRankSum=1.137;SC=GTGAGTTGAGGCTTCCCCTTG;SOR=1.085;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=19;WE=8787197;WS=8787179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr3	8787220	rs13087941	T	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr3	8809162	rs61740241	C	T	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=941;ReadPosRankSum=-1.364;SC=GCCGCCGCCGCTGCAGCGGTC;SOR=0.541;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=62;WE=8809170;WS=8809152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,94:0.50:189
chr3	8809184	rs237902	G	A	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TGAGCCGCAAGTTCTGCCAGA;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=65;WE=8809192;WS=8809174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,85:0.47:180
chr3	8809703	rs2228485	G	A	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=30;PP=881;SC=GCACACACGCGTTCCCGCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=8809711;WS=8809693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	8931984	rs656626	A	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	8932189	rs607531	C	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=296;SC=TGTATCGTCCCATTTATATAA;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=8932197;WS=8932179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	8943988	rs464302	C	A	55.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.77;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	8955240	rs430781	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=202;SC=AGTAAATGAATAAATTTAATA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=8955248;WS=8955230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	8955389	rs373572	C	T	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	8988809	rs689296	C	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=113;SC=AAATATGCAACCCTGCATTCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=8988817;WS=8988799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	9005078	rs615967	C	T	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=43;PP=1718;SC=ATGGTCGCTCCCGAGGATGCT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=97;WE=9005086;WS=9005068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	9034558	rs511815	C	T	2798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=1003;ReadPosRankSum=-0.685;SC=GGATTGACACCAGCAGGGAAA;SOR=0.799;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=67;WE=9034566;WS=9034548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,134:0.61:218
chr3	9036010	rs637172	T	G	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.409;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr3	9055293	rs35295033	G	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=0.684;SC=TCTTTTGGGGGACCCTATTCA;SOR=0.269;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=8;WE=9055301;WS=9055283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr3	9066853	rs421041	T	C	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=43;PP=1548;SC=CACTGCAGGCTGGCTTCTGCA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=90;WE=9066861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	9069747	rs416685	A	G	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=20;PP=1102;SC=AGTTTCCATCACGGTGAATGG;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=9069755;WS=9069737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	9069873	rs10510396	A	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=364;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TTATGCAGGAATAAGATCAGT;SOR=0.969;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=35;WE=9069881;WS=9069863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr3	9074238	.	C	T	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=44;SC=CAGGGCCTGGCCAAGGACAGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=9074246;WS=9074228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	9079957	.	C	T	71.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TTAAAAGCCTCCTGTTTGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=9079965;WS=9079947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr3	9089254	rs2244864	C	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=1.377;SC=GGAAGCCGAACAGAGATCACG;SOR=1.352;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=9;WE=9089262;WS=9089244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr3	9091151	rs610457	C	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=2.448;SC=CATCAGGCCCCTTCTACCCAG;SOR=0.681;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=18;WE=9091159;WS=9091141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr3	9097764	.	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=0.654;SC=GGCTATTAATGATTCTTGGTG;SOR=0.394;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=9097772;WS=9097754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	9102137	.	G	C	124	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=21;MQ=59.12;NF=1;NR=6;PP=124;QD=22.6816017925;SC=TTGAGACAGGGTGTTGCTCTG;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=9102145;WS=9102127;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,7:0.58:12
chr3	9122948	rs2664089	A	G	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	9406661	rs2728949	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr3	9406836	rs1054975	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=0.802;SC=TGACAGAAAGTGACCTCGGAA;SOR=0.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=23;WE=9406844;WS=9406826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,39:0.35:110
chr3	9407022	rs2648536	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=-1.207;SC=TGGAGCAATATTTAAAATAGT;SOR=0.551;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=13;WE=9407030;WS=9407012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr3	9408443	.	A	C	20	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=20;QD=27.3856062736;SC=AGAGATGAGAAACTAGGGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=9408451;WS=9408433;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	9422210	rs2596916	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=1.139;SC=GGTCTGACTGTTTCCATATTG;SOR=1.981;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=5;WE=9422218;WS=9422200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr3	9425911	rs1129170	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=167;ReadPosRankSum=1.422;SC=GATCCAAGAAGAGAAACTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=13;WE=9425919;WS=9425901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr3	9425944	rs1046788	G	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=527;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CTTGCCTACGGGAGATGAGCC;SOR=0.597;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=33;WE=9425952;WS=9425934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,49:0.74:66
chr3	9426224	rs1129174	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=0.501;SC=TCTGGAATGCGACACGTATGG;SOR=0.534;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=6;WE=9426232;WS=9426214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr3	9489767	rs2258735	T	C	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	9495385	rs2648580	A	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	9515054	rs73026975	T	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=1.131;SC=TTTCCGACACTGGTGCCCATG;SOR=0.821;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=24;WE=9515062;WS=9515044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,41:0.33:126
chr3	9547950	rs2625890	G	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.82;SOR=1.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	9547959	rs2625889	C	T	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.76;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	9714439	.	C	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr3	9743398	rs144534173	TGGAG	T	2752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=1253;SC=ACAGGTGGTATGGAGGGAGGG;SOR=0.758;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=25;WE=9743409;WS=9743388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	9757511	rs3914774	T	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CTGTCAGAAGTTGAACAGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=9757519;WS=9757510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	9768249	.	GT	AA	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.610;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=782;ReadPosRankSum=-0.772;SC=CTTACAAGATGTGCAGAACCA;SOR=1.357;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=25;WE=9768258;WS=9768239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
chr3	9768336	rs3868893	C	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.459;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=317;ReadPosRankSum=1.569;SC=AGTTCACCCTCTTTCCCCTAC;SOR=1.060;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=29;WE=9768344;WS=9768326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,46:0.38:120
chr3	9769008	rs3891072	A	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,52:0.37:142
chr3	9780764	.	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=397;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GGCTGGATATCATGAATGAGC;SOR=1.226;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=26;WE=9780772;WS=9780754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr3	9783147	rs696513	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GGCCAGCCCTATTTTATAAAA;SOR=0.340;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=8;WE=9783155;WS=9783137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
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chr3	9822275	rs3868897	C	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=159;SC=CAGCCCACCTCCAGAGAACAA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=9822283;WS=9822265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	9823302	rs6443264	T	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=165;ReadPosRankSum=-1.068;SC=AGACACCAGATCAATCTCTCT;SOR=0.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=12;WE=9823310;WS=9823292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr3	9828676	rs7621556	G	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=150;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CCTCTTTTGGGTTAGGCTGCT;SOR=0.904;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=10;WE=9828684;WS=9828666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr3	9829171	rs2290309	G	A	223.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=10.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=0.838;SC=AAAGTACAACGAAGATAAAAC;SOR=2.209;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=10;WE=9829179;WS=9829161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr3	9829226	rs293786	A	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=201;ReadPosRankSum=-0.514;SC=AAAAAGAACTAAGACACACAC;SOR=0.184;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=13;WE=9829234;WS=9829216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr3	9834905	rs2276797	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
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chr3	9847737	rs79565520	C	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=126;ReadPosRankSum=0.140;SC=TGAAAGCTGGCTGAATTAGAG;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=9847745;WS=9847727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr3	9852059	rs34761997	C	CGAT	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=698;SC=CCCCGGTCCTCGACCCCTCTC;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=9852067;WS=9852049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	9852148	rs9827444	G	A	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=4;PP=137;SC=TGGGGTGGAGGGACTGGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=9852156;WS=9852138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	9859456	rs3806672	C	G	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=14;PP=507;SC=AAGGAGACCCCCAGCCCTATG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=9859464;WS=9859446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	9867625	rs3732527	C	T	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=69;PP=2176;SC=CCAAGTCCCGCGGACGAGGTG;SOR=0.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=119;WE=9867633;WS=9867615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	9868577	rs12490900	A	G	165.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=81;SC=AGCCTTACCCACTCAGCCCTA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=9868585;WS=9868576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	9870857	rs2290303	G	A	4336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=53;PP=1937;SC=ACACCGTGCAGTGTCGGAAGG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=9870865;WS=9870847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	9871030	rs2290305	T	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=22;PP=702;SC=ATTGACCGGATGCTGGACCGC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=9871038;WS=9871020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	9874670	rs7622954	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=405;SC=GCTCAGAAACGCCTCTTTGAC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=9874678;WS=9874660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	9876301	rs13088594	G	T	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.774;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=27;PP=1639;ReadPosRankSum=-1.449;SC=ACACGTACCTGTTAGGGCAGC;SOR=0.255;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=85;WE=9876309;WS=9876291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,121:0.98:123
chr3	9885022	rs3846165	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=0;PP=510;SC=TTAGGTGGCTTGTCCCAGCTC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=9885030;WS=9885016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	9896351	rs279563	A	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=43;PP=1352;SC=ACAGAAAACAAAAGGTGCGAG;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=9896359;WS=9896341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	9920331	.	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=376;ReadPosRankSum=-1.667;SC=ACACATACCTCCCCCAGCCCT;SOR=1.302;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=19;WE=9920339;WS=9920324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr3	9932337	rs279558	G	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=5;PP=372;SC=AATAGGGTCAGTGGGCCGCTT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=9932345;WS=9932327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	9934605	rs279553	T	C	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=28;PP=1229;SC=ACAGTGTGACTCTCAAGTATG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=70;WE=9934613;WS=9934595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	9944167	rs279589	G	A	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=8;PP=376;SC=CCAGTGCTGAGTAGTGCTTAA;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=22;WE=9944175;WS=9944157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	9944937	rs279588	G	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=13;PP=327;SC=GAGCTGGGAAGATAAGAGCCA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=9944945;WS=9944927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	9947864	rs279583	T	C	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=198;SC=ACTTGGGAGGTGGAGGCTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=9947872;WS=9947854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	9947898	rs279582	T	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=6;PP=206;SC=GCGCCATTGCTCTCCAGCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=9947906;WS=9947888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	9947997	rs279581	C	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=237;SC=CATCTCCAGGCAGGGGAGGGG;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=9948005;WS=9947987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	9951038	rs142612801	TAC	T	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=347;ReadPosRankSum=1.348;SC=CACACACATGTACACACACAC;SOR=0.563;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=9;WE=9951047;WS=9951028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr3	9952706	rs279572	A	G	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	9952788	rs279571	T	C	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=24;PP=1091;SC=TTCTCCCTGATGAACTCTCCT;SOR=1.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=59;WE=9952796;WS=9952778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	9956279	rs455863	G	A	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	9956894	rs693802	C	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=108;SC=CTGAGCAGTCCCTCAGCCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=9956902;WS=9956884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	9957455	rs1056286	C	T	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=622;ReadPosRankSum=0.844;SC=GCAGCCGGCTCGAACGAGAGG;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=40;WE=9957463;WS=9957445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,67:0.78:86
chr3	9960070	rs708567	C	T	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=12;PP=594;SC=GCAGCTGACTCAGGGGTGGAG;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=9960078;WS=9960060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	9962157	rs783494	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=21;PP=1095;SC=CCAGCCTTCCTCACCCCTCTC;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=9962165;WS=9962147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	9962767	rs34198416	TATTC	T	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=172;ReadPosRankSum=-1.099;SC=TCACAGAACATATTCATTCAT;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=4;WE=9962778;WS=9962757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr3	9962816	rs376511	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-0.895;SC=CATTAATTGCAGTATCTGTGC;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=9962824;WS=9962806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr3	9970031	rs279549	A	G	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=51;PP=1996;SC=GCCCGACTGCAACTGCTGACC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=108;WE=9970039;WS=9970021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	9970121	rs115419420	C	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.293;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=352;ReadPosRankSum=-1.015;SC=GGTGGGGACCCCTGCCAGCCA;SOR=0.827;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=30;WE=9970129;WS=9970111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,44:0.37:120
chr3	9970442	rs279547	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GTTCCACTGCCTACTTTAGTA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=9970450;WS=9970432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	9972493	rs279545	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=267;ReadPosRankSum=-0.250;SC=TTGATGCTGGGAATTTGGAGA;SOR=0.877;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=18;WE=9972501;WS=9972483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr3	9975247	rs183956	C	G	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=61;PP=1672;SC=TGGGACCAGGCGCGGGACCTG;SOR=1.896;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=79;WE=9975255;WS=9975237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	9976159	rs279552	A	G	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=34;PP=1831;SC=AGTCCCAGCTATGCTCTGGGG;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=100;WE=9976167;WS=9976149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	9979660	rs2302786	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=0.617;SC=CTATCTCAGCACCTCCTCCCC;SOR=0.848;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=9;WE=9979668;WS=9979650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr3	9985457	rs9878047	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=1.068;SC=ATCTATCCAATGGGACCAGTG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=9985465;WS=9985456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	9985656	rs3774207	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=3.251;SC=CTCATCCCCACTCTACATATG;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=22;WE=9985664;WS=9985646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,31:0.32:97
chr3	9986104	rs114286445	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr3	9988175	rs61740128	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=519;ReadPosRankSum=-1.316;SC=CAGCGGCTGCCCCGTCGGGTG;SOR=0.950;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=32;WE=9988183;WS=9988165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr3	9988932	.	A	T	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.672;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=840;ReadPosRankSum=0.643;SC=CGCGCCCGCCACAGCCAACAG;SOR=0.462;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=48;WE=9988940;WS=9988922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr3	9990741	rs115898811	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	9990800	rs59465469	G	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=197;ReadPosRankSum=1.428;SC=TTAGACGGCCGATCAGGAGCC;SOR=1.981;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=11;WE=9990808;WS=9990790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	9991101	rs55847233	C	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=303;ReadPosRankSum=-0.892;SC=CTGCCTCCTGCAAGTGTTCCT;SOR=1.167;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=23;WE=9991109;WS=9991091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr3	9991163	rs55847610	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,55:0.39:141
chr3	9991388	rs279601	G	C	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=38;PP=1886;SC=GCTTCTTGCTGCAGAAGCTCT;SOR=0.903;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=88;WE=9991396;WS=9991378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	10015437	rs3732967	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr3	10018739	.	TA	T	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=2.124;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr3	10028220	rs146540747	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=0.066;SC=GGGTGAGCTTCTTGTCGCTCT;SOR=0.892;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=8;WE=10028228;WS=10028210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr3	10044457	rs55962400	C	T	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=39;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.467;SC=AGAAATGTCCCTGGCTCAACA;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=229;TCF=126;TCR=103;TR=93;WE=10044465;WS=10044447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,132:0.38:344
chr3	10044626	rs13088350	T	C	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.810;NF=39;NR=37;PP=956;ReadPosRankSum=0.786;SC=GTCCCAGAAATGTCCCTGGCT;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=198;TCF=97;TCR=101;TR=76;WE=10044634;WS=10044616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,103:0.39:263
chr3	10045030	rs13066757	C	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-0.410;SC=AATGTTTTTGCCTGTGTCCAC;SOR=1.473;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=9;WE=10045038;WS=10045020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr3	10049287	rs2272118	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.300;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr3	10049352	rs2272119	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr3	10049922	rs9837460	G	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=1.468;SC=ACTGGACGAGGCCAGAATTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=7;WE=10049930;WS=10049912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr3	10050186	.	G	GC	681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=735;ReadPosRankSum=2.992;SC=GGGGCTGACAGCCATGGAGGG;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=20;WE=10050194;WS=10050163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr3	10073824	rs6414438	G	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=241;ReadPosRankSum=1.034;SC=CCACTGTGCTGGGTCGGAAAT;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=18;WE=10073832;WS=10073814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr3	10076842	rs55973240	CTT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.960;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr3	10076975	rs17032276	A	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.472;NF=7;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=1.118;SC=GTGTATGCTCAAGTCTAAATA;SOR=0.800;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=13;WE=10076983;WS=10076965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr3	10077023	rs17032277	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr3	10077955	rs17032278	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=-2.324;SC=CTAACTCCCTATGTCTTCTTT;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=10077963;WS=10077945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr3	10081545	rs17032283	G	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr3	10083526	rs201603399	CTT	C	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.839;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr3	10084224	rs9879080	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr3	10085035	rs803335	G	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=3;PP=235;SC=CCAGACAGACGACAGTGCAAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=10085043;WS=10085025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	10085130	rs9809061	C	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.923;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr3	10085536	rs34046352	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=8.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-0.070;QD=3.25;ReadPosRankSum=-1.326;SOR=1.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,32:0.24:135
chr3	10085624	rs145762470	G	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.188;NF=2;NR=8;PP=86;ReadPosRankSum=1.093;SC=CCTTCCCACTGTCTTTCTTTC;SOR=2.437;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=10;WE=10085632;WS=10085614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr3	10088239	rs201770712	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-3.051;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.350;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr3	10088242	rs199726231	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-2.892;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.695;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr3	10088266	rs72492997	G	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.085;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-4.178;NF=6;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GACAATAGGTGTTTGACCTGG;SOR=0.314;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=8;WE=10088274;WS=10088256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr3	10088299	rs112887807	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQRankSum=-2.002;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.954;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr3	10088308	rs72492998	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQRankSum=-2.462;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr3	10088343	rs73126218	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQRankSum=-1.010;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr3	10088404	.	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.97;MQRankSum=-2.128;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr3	10088407	.	AG	A	229.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.56;MQRankSum=-1.897;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr3	10088409	rs375350046	TAAG	T	235.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.44;MQRankSum=-1.722;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr3	10088422	rs144167368	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.44;MQRankSum=-2.575;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr3	10088443	rs145517746	C	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.62;MQRankSum=0.165;QD=12.11;ReadPosRankSum=-2.123;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr3	10088444	rs142624538	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.62;MQRankSum=0.165;QD=12.11;ReadPosRankSum=-2.123;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr3	10089723	rs12330369	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.521;NF=7;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TTTTTGACACGTACTGCCAGC;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=11;WE=10089731;WS=10089713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
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chr3	10089749	rs12330599	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.644;NF=7;NR=5;PP=354;ReadPosRankSum=0.827;SC=TGTTGAAACATTTATTTTGGC;SOR=0.833;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=12;WE=10089757;WS=10089728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr3	10089772	rs79830642	C	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-2.406;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.514;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
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chr3	10089775	rs75389047	A	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-2.339;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.297;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr3	10089815	rs77169020	A	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-1.767;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr3	10089818	rs78988497	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-1.864;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.481;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr3	10089828	rs77263972	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-1.901;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.872;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
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chr3	10089841	rs74509181	C	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-1.976;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.935;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr3	10089852	rs75274508	A	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-2.418;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.305;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr3	10089886	rs73811818	G	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.097;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.349;SC=CTTGATGAAAGGAAGAGACTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=10089894;WS=10089876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr3	10106532	rs3864017	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.170;NF=8;NR=6;PP=179;ReadPosRankSum=-1.512;SC=GATGGGGGTCCGGTGACCTCA;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=14;WE=10106540;WS=10106522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr3	10107520	rs34608006	G	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQRankSum=-1.993;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr3	10108903	.	C	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=519;ReadPosRankSum=0.649;SC=ATTGTAAATGCCTTCTGCCAG;SOR=0.311;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=29;WE=10108911;WS=10108893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr3	10114802	rs9824585	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.333;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr3	10119603	rs6792951	C	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=0.701;SC=CTATAGTCCCCGCTACTCGGG;SOR=1.140;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=10119611;WS=10119601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr3	10119917	rs6805869	T	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr3	10119928	rs34810856	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.419;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr3	10128635	rs33972700	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CTTTTTCCATACAAAGGTATG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=10128643;WS=10128625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr3	10128965	.	CTTTT	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr3	10133949	rs9811771	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.231;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr3	10134052	.	CC	TA	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=444;ReadPosRankSum=-0.752;SC=GGCCTGCTCTCCCTGAGTCGT;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=15;WE=10134061;WS=10134042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr3	10136150	rs7610821	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr3	10138069	rs2272125	T	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=1.102;SC=CCCTGGAACTTTTAGTTTGCA;SOR=0.524;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=25;WE=10138077;WS=10138059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
chr3	10138189	rs2272124	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-1.671;SC=GATAATCCCCTACTCTTATTC;SOR=0.412;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=7;WE=10138197;WS=10138179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr3	10140671	rs7626117	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.172;SOR=1.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr3	10140696	rs7647987	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=1.181;SC=TCTTAGAATCACTCCTGAGTA;SOR=1.981;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=14;WE=10140704;WS=10140686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr3	10144778	rs200508989	TAA	T	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.171;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr3	10157337	.	C	A	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=23;QD=11.5542425094;SC=GCACTAGAGGCCTGTAGGGTC;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=5;WE=10157345;WS=10157327;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,5:0.22:23
chr3	10167264	rs67667957	G	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=1.522;SC=GTCTGTGTCTGTGTTTGGAGT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=10;WE=10167272;WS=10167254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr3	10167790	rs56274701	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.935;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr3	10186447	rs1678593	A	T	150.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.79;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
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chr3	10241987	rs263410	A	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=-0.998;SC=GACTTCCAGAACCAGTCTCTC;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=10241995;WS=10241977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	10242243	rs263411	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=1.105;SC=TTTTATTTAAGGAAATGAAGA;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=10242251;WS=10242233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	10251196	rs459864	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=0.990;SC=AGACTGGCATAGTCTGAGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=13;WE=10251204;WS=10251186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr3	10255002	rs35060588	C	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=-0.788;SC=CAATCAAAACCGCAAAATCAG;SOR=1.416;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=13;WE=10255023;WS=10254992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr3	10258493	rs2302862	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GGGGTCAGAGTATGTGGTACC;SOR=0.160;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=4;WE=10258501;WS=10258483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr3	10258514	rs2302861	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-0.179;SC=TGGGAGGTTATTGGTGGCGTT;SOR=0.489;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=7;WE=10258522;WS=10258504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr3	10258762	rs2302860	G	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=0.360;SC=TCAGAGAATGGGACCAGGCTG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=22;WE=10258770;WS=10258752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr3	10261237	rs3895949	A	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.876;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	10261248	rs3895948	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=1.329;SC=GTGATCTGCCTGCCTGGGCCT;SOR=0.651;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=5;WE=10261256;WS=10261238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr3	10261294	rs3895947	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr3	10261594	rs11465911	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=1.488;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr3	10264299	rs813591	C	T	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=948;ReadPosRankSum=-1.091;SC=GAGAAGGTTCCCTCTCCTTTC;SOR=0.547;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=65;WE=10264307;WS=10264289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,93:0.67:138
chr3	10264480	rs3844283	C	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=162;ReadPosRankSum=0.338;SC=GGTGGGGCAGCTGACAAAGCG;SOR=0.490;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=18;WE=10264488;WS=10264470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr3	10268017	rs779905	C	T	386.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr3	10276163	rs708035	T	A	3144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.96;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr3	10280753	rs11465932	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-1.835;SC=GCATTTGGATGCTCATGTGTG;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=10280761;WS=10280743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	10283716	rs796552	A	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=2;PP=441;SC=CCTGATTCAGAAACCTGATTT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=10283724;WS=10283706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	10302045	rs2241313	C	T	3935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=2163;ReadPosRankSum=-1.505;SC=CAAAACCAAGCGCAGCAGAGC;SOR=0.600;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=60;WE=10302064;WS=10302035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,102:0.61:167
chr3	10302056	rs2241314	A	G	4199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=2163;ReadPosRankSum=-1.733;SC=GCAGCAGAGCATCCCAGCCAT;SOR=0.540;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=65;WE=10302064;WS=10302035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,113:0.61:184
chr3	10302172	rs394558	G	A	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=784;ReadPosRankSum=2.309;SC=AACCCCAGAGGTCAGCATGGA;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=59;WE=10302180;WS=10302162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,107:0.63:169
chr3	10302369	rs451952	T	C	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=419;ReadPosRankSum=-1.570;SC=GTAAAGCTTGTACCAGGCATC;SOR=0.563;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=31;WE=10302377;WS=10302359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr3	10302395	rs439483	G	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=416;ReadPosRankSum=1.391;SC=TTTTAGTTCTGTTGATGAAAT;SOR=0.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=28;WE=10302403;WS=10302385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr3	10302479	rs402330	G	A	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=162;SC=GGCCTCCAGGGAACAAACTGA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=10302487;WS=10302469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	10311773	rs715827	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	10318230	rs3217211	A	AT	733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=332;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TGTCAAGTTGATGAGGACAGC;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=14;WE=10318238;WS=10318220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr3	10318275	.	C	CT	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=-2.459;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
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chr3	10342876	rs696221	C	T	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=25.65;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	10346996	rs200033116	T	TA	577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=358;SC=ACCCCAGCTGTAAAAAAAACC;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=15;WE=10347004;WS=10346986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	10353550	rs35670	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=257;ReadPosRankSum=-1.159;SC=CGGCCCACTGTCCAGCGGGGA;SOR=0.466;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=18;WE=10353558;WS=10353540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr3	10353626	rs35671	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=2.068;SC=TCTCACTGCACGAAAGGCAGG;SOR=0.740;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=20;WE=10353634;WS=10353616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr3	10370486	rs4327369	G	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.159;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=620;ReadPosRankSum=-0.350;SC=GGGCAGGCGAGAGGGTCCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=38;WE=10370494;WS=10370476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr3	10379923	rs35678	C	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=497;ReadPosRankSum=1.494;SC=GCTCCCGCTCCGCGTGGTCGA;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=45;WE=10379931;WS=10379913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,69:0.47:147
chr3	10382111	rs171337	T	C	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=25;PP=1551;SC=GCTCTCAGGGTCCTGCCCAGG;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=10382119;WS=10382101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	10382148	rs154242	G	A	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=38;PP=1588;SC=TGCCCACCCCGGGCCTGGTTA;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=83;WE=10382156;WS=10382138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	10387059	rs241509	C	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=298;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TGGTCTCCTGCGGACCCACCT;SOR=0.891;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=23;WE=10387067;WS=10387049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,41:0.39:105
chr3	10391870	.	C	T	764.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr3	10396754	rs703907	A	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=338;ReadPosRankSum=0.069;SC=GGCAGGAATGACCTACCTAAA;SOR=0.881;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=22;WE=10396762;WS=10396744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr3	10400253	rs775019	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=0.111;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr3	10400264	rs1618260	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.17;ReadPosRankSum=1.357;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr3	10400264	.	TTA	CTG	1085	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=16;NR=1;PP=1085;QD=66.9686985213;SC=CCCATGGGCATTATGTGGAAA;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=17;WE=10400274;WS=10400243;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr3	10400266	rs1076080	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.24;ReadPosRankSum=1.683;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr3	10400531	.	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr3	10400643	rs28113	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=23;PP=640;SC=GGGGAGCCCAGGGAATGCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=10400651;WS=10400633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	10413601	rs2289273	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=528;ReadPosRankSum=-0.243;SC=AGTGGACGTCGCCGACATAGG;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=44;WE=10413609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,81:0.63:129
chr3	10413715	rs2289274	G	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=32;PP=864;SC=GGCGTACCAGGTTGTTGTCCT;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=10413723;WS=10413705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	10420087	rs751122	T	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=306;ReadPosRankSum=1.655;SC=CCCCGTCCTGTTGTTTGGCTG;SOR=0.656;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=23;WE=10420095;WS=10420077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr3	10427190	rs725027	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr3	10442539	rs17032820	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=155;ReadPosRankSum=-0.713;SC=AGAGCCAAGGATCAAAGTCTC;SOR=1.445;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=10442547;WS=10442529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr3	10443827	rs13084776	G	C	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=794;ReadPosRankSum=0.484;SC=CAGGGATCTGGACCACCTGGC;SOR=0.661;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=81;TCR=61;TR=58;WE=10443835;WS=10443817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,107:0.43:247
chr3	10452231	rs34907	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TGTGTGAGCCGTGAGTGCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=10452239;WS=10452221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr3	10885920	rs2304725	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=1.065;SC=TGGCCATCTCTGACGGGATCG;SOR=0.653;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=22;WE=10885928;WS=10885910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr3	10953870	rs41308275	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=0.172;SC=ATAACAACAACTGCTACAGGT;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=10953878;WS=10953860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr3	10967739	rs2272395	T	C	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.173;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=-0.850;SC=CCATGATGCCTCTCTCCCCGC;SOR=1.145;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=23;WE=10967747;WS=10967729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,29:0.29:101
chr3	10967864	rs41304868	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.408;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr3	10975745	rs2272399	C	T	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=429;ReadPosRankSum=1.237;SC=TGATTTATTCCGGACAGGAAG;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=30;WE=10975753;WS=10975735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr3	10976876	rs2245532	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=429;ReadPosRankSum=0.078;SC=CGGAGGGGACACTGCCCGAGG;SOR=0.511;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=30;WE=10976884;WS=10976866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr3	11060196	.	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr3	11067067	.	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr3	11070883	rs150889270	G	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=203;ReadPosRankSum=0.302;SC=GCTGCAGGTGGCTGACCTCTG;SOR=0.343;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=15;WE=11070891;WS=11070873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr3	11075503	rs2246543	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=0.791;SC=AGGGAGAAACTTCTAGAGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=11075511;WS=11075493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr3	11300707	rs901865	T	C	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=13;PP=822;SC=CCATAACTGGTGGCTGCTCTT;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=11300715;WS=11300697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	11350553	rs2305686	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=354;ReadPosRankSum=-1.512;SC=AATGGGCTCTCGGTTGCACCG;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=31;WE=11350561;WS=11350543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,46:0.41:112
chr3	11372865	.	C	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=481;ReadPosRankSum=-1.619;SC=CCCTGGATGGCCTTTGAGGAA;SOR=0.758;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=37;WE=11372873;WS=11372855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,59:0.38:156
chr3	11518755	rs4684782	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=169;ReadPosRankSum=0.656;SC=AGATGAACAATGATGATAAAA;SOR=0.473;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=18;WE=11518763;WS=11518745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr3	11643465	rs2276749	T	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=324;SC=GCAGGGTCTGTATTCTGGGTT;SOR=1.828;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=11643473;WS=11643455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	11667714	rs3856802	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=261;ReadPosRankSum=0.696;SC=TAACCAAATACGGAAGCTGAA;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=18;WE=11667722;WS=11667704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr3	11744544	rs11411195	G	GA	935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.335;NF=2;NR=19;PP=689;ReadPosRankSum=0.857;SC=AATAAAAGGGGAAAAAATAAT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=21;WE=11744552;WS=11744534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr3	11744584	rs6781438	C	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=16;PP=443;SC=CTCTTAGAATCCTAGTCATTA;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=11744592;WS=11744574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	11831953	rs9267	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=1.900;SC=TTCATCTACACATAACATATA;SOR=0.986;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=23;WE=11831961;WS=11831943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr3	11848874	rs3796330	G	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	11880760	rs7641243	T	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=386;ReadPosRankSum=0.934;SC=AATCAGAACGTTAGTGCTAAT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=28;WE=11880768;WS=11880750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr3	11886365	rs392621	T	C	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=300;ReadPosRankSum=-0.290;SC=ATGTACTAACTGCACTCAGCA;SOR=0.644;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=31;WE=11886373;WS=11886355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr3	11887991	rs408600	C	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=674;ReadPosRankSum=-1.227;SC=GGTCTGAACTCGGCCCTGCCT;SOR=0.644;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=44;WE=11887999;WS=11887981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr3	11912797	rs62246062	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.43;QD=26.84;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	11924613	rs369394286	AG	A	809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.28;QD=29.99;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	11925136	rs423051	T	G	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.72;QD=22.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	11925489	rs2470561	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.325;NF=11;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=0.160;SC=AGGATGGGATCGCCATAAACC;SOR=0.777;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=21;WE=11925497;WS=11925479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,17:0.21:80
chr3	11925610	rs421090	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-1.733;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr3	12045891	rs79624759	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.52;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	12045899	rs77368781	C	T	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.38;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	12045923	rs73135622	A	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=252;SC=GGCTAAGCCGACGCCTCAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=12045931;WS=12045913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	12045986	rs67270413	G	A	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	12046013	rs72624441	A	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.89;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr3	12046076	rs2618395	T	C	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	12046124	rs76272937	A	G	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	12046125	rs74800608	G	C	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	12046131	rs74213196	A	C	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.68;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	12046148	rs2623874	C	T	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.06;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	12046168	rs2623875	A	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	12046362	rs2923856	G	C	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	12046364	rs2923857	G	C	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	12046372	rs2623877	G	C	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	12046445	rs2600235	T	G	132.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	12046445	.	TT	GC	106	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=106;QD=39.8669687156;SC=GCCGGGCGCCTTCGCCCTCGG;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=12046454;WS=12046435;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chr3	12046446	rs2623879	T	C	132.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.01;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	12200390	rs371332507	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=21;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GACTGGACGGCCCCAGCAGGG;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=12200398;WS=12200380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	12202866	rs308950	C	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=331;SC=CTAATATGCTCTGTGACCCTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=12202874;WS=12202856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	12208652	rs795008	A	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=4;PP=345;SC=GCAACAGTGAACTAAAATTCT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=12208660;WS=12208642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	12208671	rs795009	G	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=414;SC=CTGGAAAGTTGCATGCCCTCC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=12208679;WS=12208661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	12211331	.	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=462;ReadPosRankSum=0.003;SC=AACTAGTCATCAGCAAGATGA;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=37;WE=12211339;WS=12211321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr3	12229015	rs794999	A	G	8794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=109;PP=2965;SC=CGGCCCCACCACCCACGGAGA;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=100;TCR=109;TR=209;WE=12229023;WS=12229005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr3	12232074	rs310764	A	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=16;PP=588;SC=AAGCCAAAGCAGAGACCATCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=12232082;WS=12232064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	12232208	rs310765	T	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=312;SC=GCTTGGTGGTTATGTCCCATG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=12232216;WS=12232198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	12421071	.	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TGGTTATGTTCTTTTCTGTTG;SOR=0.663;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=9;WE=12421079;WS=12421061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr3	12537955	rs299651	T	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=2.138;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr3	12560763	rs1618545	A	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.109;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=202;ReadPosRankSum=-1.401;SC=AGAATATCAAATTGATCTTGT;SOR=0.418;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=20;WE=12560771;WS=12560753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr3	12570572	rs299632	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr3	12573998	rs167257	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=-1.177;SC=AAGGTTTATATTGTTACATTC;SOR=0.260;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=6;WE=12574006;WS=12573988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr3	12598839	rs2255655	C	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.834;SC=GCTGCCGCCACAGCCGGGGAT;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=8;WE=12598847;WS=12598829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr3	12613866	rs2648307	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=-1.108;SC=GGAAGGCTCATGAAAAGGTAA;SOR=0.797;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=11;WE=12613874;WS=12613856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr3	12617996	rs1542848	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=268;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TTGGATGATTGTGATTTCATC;SOR=0.813;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=19;WE=12618004;WS=12617986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr3	12618269	rs2442805	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=0.024;SC=CGACGTGCCCCTGCTGCCTGC;SOR=0.344;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=17;WE=12618277;WS=12618259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr3	12645007	rs2596828	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=205;ReadPosRankSum=2.200;SC=GTCTGGACCACGCCCTGGGAG;SOR=0.802;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=20;WE=12645015;WS=12644997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,43:0.29:146
chr3	12647547	.	T	TG	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=26;MQ=61.88;NF=4;NR=0;PP=23;QD=12.25;SC=TTCTACCTTTTCTGTACCACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=4;WE=12647555;WS=12647542;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr3	12650482	rs2454440	T	A	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=29;PP=848;SC=AAAAGACAACTTCATTTCTTG;SOR=1.112;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=46;WE=12650490;WS=12650472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	12660291	rs3729926	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CAAAAGTATTCAACCCAAGAA;SOR=1.264;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=19;WE=12660299;WS=12660281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr3	12776428	rs3732687	A	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr3	12810629	rs112818257	CCGGGACTGG	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.678;NF=0;NR=1;PP=301;ReadPosRankSum=-1.610;SC=CCCTCACTGCCCGGGACTGGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=1;WE=12810645;WS=12810619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr3	12810755	rs7641959	G	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.041;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.561;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr3	12810783	rs61606491	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=41;ReadPosRankSum=0.552;SC=GCTCCGGCCTCGGCCATCCCA;SOR=0.527;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=12810791;WS=12810773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr3	12838293	rs12631514	G	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=258;ReadPosRankSum=-1.300;SC=TTCAGGTGCAGCCCGCCGCCG;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=27;WE=12838301;WS=12838283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,42:0.32:133
chr3	12845158	rs9835677	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=1.444;SC=TGGAGCAGGAGAGGGGGCCCT;SOR=1.112;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=7;WE=12845166;WS=12845148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr3	12848822	rs11718898	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr3	12849011	rs34529773	TA	T	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=84;ReadPosRankSum=1.283;SC=TAGTTTATGGTAAAAAAACAA;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=9;WE=12849019;WS=12849001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr3	12849031	rs59302336	C	CA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	12854692	.	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GGCCCTGTCCCCCACTCCTGT;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=12854700;WS=12854682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	12856856	rs2305398	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=1.228;SC=CGGCAAACACAGCCCCCGAAG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=23;WE=12856864;WS=12856846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,34:0.36:95
chr3	12857493	rs2305397	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr3	12857823	rs731646	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=216;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CAGGGAGGGCCGTGTTGCATC;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=17;WE=12857831;WS=12857813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr3	12858028	rs3732675	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=198;ReadPosRankSum=-0.383;SC=TGTGGCTGACTCTTTCTACAA;SOR=0.963;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=17;WE=12858036;WS=12858018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,25:0.26:98
chr3	12859004	rs3732678	A	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.392;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=210;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GGGCCAGGCCACCAGCGGGAG;SOR=0.762;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=17;WE=12859012;WS=12858994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr3	12872877	rs9814191	T	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=-1.164;SC=CAGGTTTCAGTTGTGGGGCCT;SOR=0.898;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=16;WE=12872885;WS=12872867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr3	12872901	rs58996323	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=185;ReadPosRankSum=-0.139;SC=CTCTTTCCCAGGGCTGGCTGC;SOR=0.695;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=18;WE=12872909;WS=12872891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr3	12877830	rs56204642	G	GT	606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.555;NF=2;NR=10;PP=408;ReadPosRankSum=0.171;SC=GGGCTGCTTGGTAAGTGGCTG;SOR=0.813;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=12;WE=12877838;WS=12877820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr3	12880818	rs2290312	A	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=374;ReadPosRankSum=0.797;SC=ACTTCTGATCACTGAAAACTA;SOR=0.859;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=28;WE=12880826;WS=12880808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,48:0.38:126
chr3	12881233	rs3901334	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-2.208;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	12881757	rs7627602	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GGGGAAGAAGCGGCCCCAGGT;SOR=0.770;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=15;WE=12881765;WS=12881747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr3	12892035	rs143622059	GGGGAGA	G	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.734;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr3	12913432	rs200629844	C	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-1.282;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr3	12913449	rs377321939	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-0.967;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr3	12941094	rs3773308	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=0.308;SC=GGCAGCGGGGGCTCCGCCGGG;SOR=0.668;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=12941102;WS=12941084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr3	12942328	rs3773309	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr3	12942850	rs56387830	GC	G	1050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.02;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	12943013	rs190809678	T	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-3.461;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr3	12943083	.	ATTTT	A	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr3	12943094	rs3773310	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr3	12954868	rs2600322	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=173;ReadPosRankSum=-1.948;SC=ACAGCCAGACATGGACCCTGG;SOR=1.375;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=15;WE=12954876;WS=12954858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr3	12956817	rs55881454	C	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=1.244;SC=CCCAGGAAAGCCTGCCAGTGT;SOR=0.985;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=17;WE=12956825;WS=12956807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr3	12962101	rs115632343	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=487;ReadPosRankSum=2.404;SC=CGCTGGCTGCGGGCCGGGAGG;SOR=0.578;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=32;WE=12962109;WS=12962091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr3	13359374	.	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr3	13359433	rs354477	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=1.408;SC=GGAAGTCCACGGGCACCTGCT;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=13359441;WS=13359423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	13361238	rs2276748	C	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=389;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TGGTCTGTCCCAGATGATGTC;SOR=0.307;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=28;WE=13361246;WS=13361228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr3	13361287	rs354478	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=534;ReadPosRankSum=-2.174;SC=CGGCGATCCACCACAAAAGCC;SOR=0.440;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=37;WE=13361295;WS=13361277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr3	13361391	rs354479	A	G	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=568;ReadPosRankSum=0.323;SC=CGCGGGGTCCAAGACGCCGAC;SOR=0.508;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=36;WE=13361399;WS=13361381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,62:0.69:90
chr3	13364876	rs514084	G	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=522;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CCTGGAAGCTGGTCTGGATGG;SOR=0.854;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=38;WE=13364884;WS=13364866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr3	13367406	rs665064	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=351;ReadPosRankSum=1.822;SC=TGCTGTTGGCCGAGGAGCTCC;SOR=0.521;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=24;WE=13367414;WS=13367396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr3	13368892	rs2271509	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.069;SC=TGCGGACAACGCAGGTGTTGT;SOR=0.489;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=13;WE=13368900;WS=13368882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr3	13379400	rs3773302	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,59:0.35:167
chr3	13381539	rs2271508	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.7942;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=643;ReadPosRankSum=1.875;SC=GTGACCTGAGCGGGGAGGAAA;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=39;WE=13381547;WS=13381529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr3	13383540	rs2271504	A	G	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=448;ReadPosRankSum=0.202;SC=TCAGGTCCATAAAGGGGAAGT;SOR=0.806;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=31;WE=13383548;WS=13383530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,58:0.44:133
chr3	13383724	.	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=1.060;SC=TAACCTCAACCCACAGACCTG;SOR=1.284;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=7;WE=13383732;WS=13383714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr3	13395579	rs2280084	C	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.955;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr3	13399786	rs6795271	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.942;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr3	13399948	rs6807718	T	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=2.040;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,51:0.40:128
chr3	13407556	rs3732671	T	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=199;ReadPosRankSum=0.917;SC=TTTACCCGGATGCCGCTGCAG;SOR=0.311;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=19;WE=13407564;WS=13407546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr3	13415146	rs6810356	G	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.697;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr3	13416954	.	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.956;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr3	13417199	.	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.935;SC=ATCAGTCTTTCCCAGTCACCG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=13417207;WS=13417189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	13419123	rs35998066	T	TG	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=192;ReadPosRankSum=2.168;SC=TGGAGGAGGATGGGACCACCA;SOR=0.743;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=13419131;WS=13419113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr3	13420624	rs6442378	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=181;ReadPosRankSum=-1.568;SC=CTTAGGCCACGTAGAGCAAAG;SOR=1.673;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=14;WE=13420632;WS=13420614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr3	13421150	rs7628051	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=0.176;SC=ACCGGCCGGGCTGGGTCTCCT;SOR=0.520;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=17;WE=13421158;WS=13421140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr3	13421320	rs7625586	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-1.046;SC=ATCTCTGCACTCTGCTCTCAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=13421328;WS=13421310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr3	13432660	.	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.93;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr3	13432955	.	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=-0.832;SC=GTCAGGAGAGGAAACTGAGGC;SOR=0.990;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=13;WE=13432963;WS=13432945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr3	13438830	rs13066607	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GGGCTGCAGAAGACAAACAGG;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=11;WE=13438838;WS=13438820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	13522973	rs2675232	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=0.576;SC=CAACATAAGCCTCAGGCTCTC;SOR=0.554;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=23;WE=13522981;WS=13522963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr3	13523010	rs2655218	T	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	13523057	rs3732670	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=70;ReadPosRankSum=-0.790;SC=CCAACACAGACTCCTAATCAC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=13523065;WS=13523047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr3	13524952	.	C	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr3	13543274	rs59143878	C	T	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=955;ReadPosRankSum=-0.849;SC=AGCATTAGGCCCCCCTCCCCG;SOR=0.501;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=55;WE=13543282;WS=13543264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,60:0.61:99
chr3	13544310	rs2290197	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=420;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GTTTCCTGAGGGGTGGGTGGG;SOR=0.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=28;WE=13544318;WS=13544300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr3	13574056	.	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=-0.942;SC=AGCCAGACTCCCCTTCCCCAT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=18;WE=13574064;WS=13574046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr3	13612936	rs3732666	A	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=740;ReadPosRankSum=0.311;SC=GCATGCACCGAGCCTGGGCAA;SOR=0.975;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=51;WE=13612944;WS=13612926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,63:0.35:180
chr3	13649762	rs2276747	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.668;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	13655682	rs3773270	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=1.010;SC=CTGCTCTTCCCTGGCTGCGGC;SOR=0.534;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=13;WE=13655690;WS=13655672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr3	13659897	rs4596126	A	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TTACCCCACAAGTTGGAACCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=13659905;WS=13659887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	13661104	rs41293409	A	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=0.274;SC=GTCTCCCAGCATCCCTGCCTT;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=8;WE=13661112;WS=13661094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr3	13679044	rs4684148	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=321;ReadPosRankSum=0.722;SC=TGGGTGACCCGGCCTATCCTC;SOR=0.703;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=21;WE=13679052;WS=13679034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr3	13679203	rs1061375	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,31:0.25:123
chr3	13679335	rs1061376	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=1.874;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr3	13679688	rs1061390	T	A	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.56;ReadPosRankSum=-1.399;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr3	13679695	rs1061398	C	A	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.62;ReadPosRankSum=-1.792;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
chr3	13679708	rs12968	C	A	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=1813;ReadPosRankSum=-0.850;SC=AGACACGCGACCATGTTGGGG;SOR=0.822;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=32;WE=13679716;WS=13679678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,59:0.66:90
chr3	13679829	rs7820	C	T	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=19;PP=522;SC=TTTTGTTTAACTATAAAGTAG;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=13679837;WS=13679819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	13679850	rs71773469	TTA	T	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=1;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TACATGTACATTATATAAAAA;SOR=0.141;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=13679863;WS=13679840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr3	13679855	rs7596	T	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=9;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-0.261;SC=GTACATTATATAAAAAAAAGT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=5;WE=13679863;WS=13679840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr3	13896140	rs3762719	A	G	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=669;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GGATGTCGGCAGAGCAGCCAC;SOR=0.553;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=56;WE=13896148;WS=13896130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,82:0.39:212
chr3	13896284	rs12639607	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=211;ReadPosRankSum=0.016;SC=CGTAGGTGAACGCAGCCTCCC;SOR=1.140;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=14;WE=13896292;WS=13896274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr3	13916809	.	A	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	13916809	.	AC	TT	84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=84;QD=68.7339374311;SC=TGCACCCCTAACTCATGTCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=2;WE=13916818;WS=13916799;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr3	13916810	.	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	14197987	rs2958057	A	T	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	14239580	rs112724438	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=0.436;SC=GGGGAGATGGCGTTGTCCTGG;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=16;WE=14239588;WS=14239570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr3	14520735	.	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=2.091;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr3	14526667	rs138405130	C	CGTGT	186.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=215;SC=TGTGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=14526675;WS=14526657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	14537867	rs11918344	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=9;PP=359;SC=GTCCCACGACAGTGCTCATGG;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=24;WE=14537875;WS=14537857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	14538072	rs11333211	CA	C	4065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=34;PP=2093;SC=TGGATGCCTGCAAGGAACACG;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=50;WE=14538080;WS=14538062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	14548494	rs2276755	A	G	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=44;PP=1405;SC=GGGACCTGGGAGGAGAGAGGG;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=14548502;WS=14548484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	14551444	rs9845816	A	G	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=30;PP=1361;SC=CCACTGTGTAACTGACGGCAC;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=14551452;WS=14551434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	14552994	rs4685168	A	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=16;PP=459;SC=GCCGCTGGAGAAAAAGAGGCC;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=14553002;WS=14552984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	14554476	rs4516597	T	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=25;PP=768;SC=AAGTCACAGTTCTAATCTCAT;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=14554484;WS=14554466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	14555009	rs4685170	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=209;SC=TTCTCCCTCCCGTGCCAAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=14555017;WS=14554999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	14555216	rs4685171	T	C	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	14555367	rs4685172	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=291;SC=GACAGGTCCATTGGGAGACAA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=14555375;WS=14555357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	14555739	rs4361268	G	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.51;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	14555758	rs138623401	C	CAGTT	1807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=1053;SC=CAGTTTCTCTCAGAGAGTGGC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=14555766;WS=14555748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	14555811	rs4613440	A	G	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	14558455	rs150652797	G	A	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=13;PP=696;SC=ACATTCCCACGCATACACCTG;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=14558463;WS=14558445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	14559314	rs139277068	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GTGTGGCCCAGGTGGGCATCC;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=9;WE=14559322;WS=14559304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr3	14561627	rs5846840	A	AG	738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=502;SC=CCTGCCTCTGAGGCCTCAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=14561635;WS=14561617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	14563258	rs4234526	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=585;SC=TTCCATCGACACTGAGCAGCC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=14563266;WS=14563248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	14565017	rs4685173	G	A	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=25;PP=1204;SC=AGTCAGAACTGAGATACACAT;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=14565025;WS=14565007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	14702982	rs2276754	C	A	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=15;PP=925;SC=GCTTCTTGTCCATTCCATGTG;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=14702990;WS=14702972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	14703297	rs9840626	C	G	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.924;NF=15;NR=25;PP=623;ReadPosRankSum=1.982;SC=GGGTTGTTATCGAGCCATTTC;SOR=1.007;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=40;WE=14703305;WS=14703287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr3	14703401	rs55915506	CATAATTACA	C	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=61.02;MQRankSum=1.105;NF=0;NR=6;PP=1782;ReadPosRankSum=0.696;SC=CAAATGAAGACATAATTACAA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=14703417;WS=14703391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	14706745	rs142447115	T	TATTG	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=300;ReadPosRankSum=-1.006;SC=AGTAAGGAGATATTGATTGAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=14706753;WS=14706735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	14706770	rs3836383	A	ATTGG	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=271;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TGATTGATTGAAGCACTTTTT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=14706778;WS=14706760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	14708918	rs2280383	A	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=14;PP=545;SC=TGGGTAATTCATACTTCTTTC;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=14708926;WS=14708908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	14712473	rs1901	G	A	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=7;PP=992;ReadPosRankSum=0.234;SC=AGTTTGCCCCGCCGTCAGATT;SOR=1.039;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=91;TCF=76;TCR=15;TR=51;WE=14712481;WS=14712463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr3	14724345	rs17040154	G	A	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=952;ReadPosRankSum=-0.642;SC=GTACCAAAAGGCATCAGAAAC;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=60;WE=14724353;WS=14724335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,88:0.52:168
chr3	14724413	rs9821143	G	A	3216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1301;ReadPosRankSum=-0.861;SC=TACCCCGTCCGACATCTTGGG;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=95;WE=14724421;WS=14724403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,157:0.58:271
chr3	14724445	.	C	T	3829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1392;ReadPosRankSum=1.631;SC=GCTTTGGAGCCCCCCTGGTGG;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=101;TCR=84;TR=97;WE=14724453;WS=14724435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,185:0.57:324
chr3	14725668	rs12488352	G	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=323;SC=CTTCTTTCCTGGGCCATTTAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=14725676;WS=14725658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	14756730	rs9869372	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=4;PP=112;SC=TCTGCCCATAACCTGCGGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=14756738;WS=14756720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	14763954	rs12486391	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=282;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CAAAGGATAAGGCAGAAGAGT;SOR=1.000;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=21;WE=14763962;WS=14763944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr3	14768534	rs7636830	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=11;PP=313;SC=GGCCGCAGGTAAGGAGGCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=14768542;WS=14768524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	14813825	rs294624	G	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=2.160;SC=TCCAACCATCGCTGACATCTA;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=11;WE=14813833;WS=14813815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr3	14814460	.	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GCCCTGCCTCCCCGGTCTCCC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=14814468;WS=14814450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr3	14862121	rs61751584	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=396;ReadPosRankSum=0.677;SC=CATTGGAGGTGCCGCAGAGGA;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=33;WE=14862129;WS=14862111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,46:0.38:121
chr3	14905513	rs172429	T	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=11;PP=640;SC=GAAGTAGGAATTTTGTGCCTG;SOR=1.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=14905521;WS=14905503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	14939198	rs2117775	G	A	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=24;PP=744;SC=CTGGACCCCCGGGTTCCACTT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=35;WE=14939206;WS=14939188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	14939364	rs2117774	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=451;SC=ACCCAGGGATGTGACTCCAGG;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=14939372;WS=14939354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	14939479	rs2164356	G	T	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	14939679	rs2307090	G	A	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=40;PP=1026;SC=ATGCAAATCAGTGGGACATCT;SOR=2.428;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=14939687;WS=14939669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	14942024	rs2307088	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=217;SC=CGCCAAAGCCTGGACCCTGCC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=14942032;WS=14942014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	14942041	.	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.175;SC=TGCCCCAATTCCAAGGCCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=14942049;WS=14942031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	14942675	rs293906	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=451;SC=GCAGGCAACCGTCTCTCTTGT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=14942683;WS=14942665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	14949268	rs9818644	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=23;PP=559;SC=GGCGAGGCTCCGATAAGCCCC;SOR=2.432;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=14949276;WS=14949258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	14958797	.	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=288;ReadPosRankSum=-0.924;SC=AGAAGGATGGGAAGTACCGGC;SOR=0.354;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=18;WE=14958805;WS=14958787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr3	14960170	rs293916	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=171;SC=TAGGTGGACATGGTCCCTCTG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=14960178;WS=14960160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	14963336	.	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=170;ReadPosRankSum=0.741;SC=GGCTCAAGGGGCATCTGAGTG;SOR=0.869;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=15;WE=14963344;WS=14963326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr3	14964555	rs368487979	C	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=384;ReadPosRankSum=0.933;SC=GCCTGCAGATCGTGTGCCGGA;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=32;WE=14964563;WS=14964545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr3	14965466	rs4685234	C	T	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=15;PP=935;SC=AAAGACAAGCCGCAGGCACGC;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=14965474;WS=14965456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	14965507	rs4685235	A	G	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	15100801	rs13068576	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=1.020;SC=TCATCCTGACGCTCCCATAGG;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=15100809;WS=15100791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	15115270	rs3831	G	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=122;ReadPosRankSum=0.686;SC=GGGCCCAAAGGTGCCCTCTCC;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=9;WE=15115278;WS=15115260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr3	15127522	rs72400013	CTAG	C	691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=275;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CTGAGGGAGCCTAGTCTCTAC;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=15127532;WS=15127512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr3	15127643	rs9867079	G	A	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	15133088	rs9869512	C	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=502;ReadPosRankSum=0.122;SC=CCAGGTACAACGCAAAGTGCT;SOR=0.560;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=32;WE=15133096;WS=15133078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr3	15216893	.	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TTGGATTACTGGATCTTCACT;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=11;WE=15216901;WS=15216883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr3	15311325	rs1287467	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=388;SC=CCTTGGCGGCACGGAGCACCT;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=15311333;WS=15311315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	15311464	rs1287468	G	T	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	15455717	rs2290537	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=24;PP=720;SC=ACCCTGTCAAAATAAAACCTG;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=37;WE=15455725;WS=15455707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	15456550	rs148072600	A	AAAAC	1231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	15498261	.	T	C	24	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9999;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=24;QD=29.3856062736;SC=GATTCCCTCATCTTCTCAATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=15498280;WS=15498251;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	15498272	.	G	A	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9999;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=30.3856062736;SC=CTTCTCAATCGAGTTCCTAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=15498280;WS=15498251;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	15507761	rs3732722	G	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=3;PP=474;SC=GAAACACAAGGCATCTCTGCT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=15507769;WS=15507751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	15509212	rs878946	T	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=5;PP=455;SC=GAGCAGTGATTGACACTTGCC;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=15509220;WS=15509202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	15509327	rs878945	C	G	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=29;PP=1026;SC=CTTGGGACTCCTTTCCAGCCA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=61;WE=15509335;WS=15509317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	15515695	rs2305616	C	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=688;SC=GCTACTTGCACTGACATTTAT;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=15515703;WS=15515685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	15515918	rs28632773	C	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=154;SC=CAGGTGACTTCTCCAGGGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=15515926;WS=15515908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	15516481	rs924812	T	C	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=38;PP=1462;SC=AGAAGGTACATTTACAATCAG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=15516489;WS=15516471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	15516910	rs3816526	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=4;PP=155;SC=TCTGGGAACGTCCATTTGGAC;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=15516918;WS=15516900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	15517025	rs2305615	G	A	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=11;PP=412;SC=AAAGACCCACGGTGATATTTT;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=15517033;WS=15517015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	15518731	rs2305612	G	C	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=27;PP=800;SC=CAAAAGTCAGGGCAACTGGGT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=15518739;WS=15518721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	15518841	rs13095087	G	A	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=465;SC=CCCACTCTCCGAAGACTGATG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=15518849;WS=15518831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	15518889	rs13074638	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=294;SC=TATCATCAAATAAGACCTTAT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=15518897;WS=15518879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	15520639	rs2290538	T	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=7;PP=293;SC=TCACGGCCCCTCTGCCATGTC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=15520647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	15520677	rs2255897	G	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=8;PP=319;SC=TACACCAGTGGTATCCCATAT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=15520685;WS=15520667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	15529543	rs1983085	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=223;SC=AGAATTTACCTAGCAAAGAGT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=15529551;WS=15529533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	15537991	rs61558503	TA	CG	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.62;ReadPosRankSum=1.102;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr3	15539976	rs141810796	C	CCACA	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=974;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GCATGTGCATCCACACACACA;SOR=0.489;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=26;WE=15539998;WS=15539966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr3	15540148	rs58156300	T	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=-1.175;SC=GGAGACAGGCTGAGATTCGTC;SOR=0.117;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=41;WE=15540156;WS=15540138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr3	15563178	rs73033051	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.739;NF=4;NR=19;PP=423;ReadPosRankSum=1.377;SC=GAGGCTGCTGCGGAGCCTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=23;WE=15563186;WS=15563168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr3	15613279	rs56298314	T	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr3	15632999	rs11296184	GT	G	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=7.549;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.791;NF=8;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=0.638;SC=AATTGAAGGGGTTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=9;WE=15633007;WS=15632989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr3	15643043	rs2019160	A	G	7835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=90;PP=2965;SC=CAAACGCGAAATCGGCAGCAC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=76;TCR=91;TR=166;WE=15643051;WS=15643033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr3	15643175	rs2279841	G	A	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=1050;ReadPosRankSum=-2.203;SC=AAACACGCGCGTTCTCCAATC;SOR=0.705;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=62;WE=15643183;WS=15643165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,83:0.69:121
chr3	15677264	rs74336071	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=0.483;SC=CTTGATCAGTGGTTGGGTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=15677272;WS=15677254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr3	15686776	rs3817641	T	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=292;ReadPosRankSum=1.696;SC=TCGACACCTGTGGACAGGAAA;SOR=0.457;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=22;WE=15686784;WS=15686766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr3	15687092	.	G	A	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=24;QD=19.5904041824;SC=TCTGCCTTAAGGGCAGGAGCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=15687100;WS=15687082;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,3:0.33:9
chr3	15727008	rs3817082	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-1.382;SC=ATTACATGCCAATTTCAGCTA;SOR=1.270;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=11;WE=15727016;WS=15726998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr3	15727823	rs7630642	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=351;ReadPosRankSum=0.882;SC=GTTGCTGTAAAGTGAAATTTA;SOR=2.215;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=21;WE=15727831;WS=15727813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr3	15736385	rs2455814	A	T	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.193;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=56;PP=1959;ReadPosRankSum=-0.445;SC=TCTCCCACCCACCCAGTTCAA;SOR=0.378;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=102;WE=15736393;WS=15736375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr3	15749352	rs2276751	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=5.756;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=-1.035;SC=GAAACACAAATTTGCAACAAA;SOR=2.038;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=15749360;WS=15749342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr3	15901053	rs71064238	CT	C	1789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=35;PP=1669;SC=CTGAGAAGACCTGCGGGCAGG;SOR=2.110;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=15901061;WS=15901043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	15901087	.	C	CCCG	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr3	16216706	.	C	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;ReadPosRankSum=-2.635;SC=GACTCCAGTTCCTCCTGCTGC;SOR=0.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=155;TCF=84;TCR=71;TR=50;WE=16216714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,79:0.34:229
chr3	16261139	rs13063387	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=1.622;SC=AACCATTCACGGTTTAGCAGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=16261147;WS=16261129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	16264037	rs2292169	T	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr3	16268974	rs15767	T	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=453;ReadPosRankSum=0.147;SC=AGCAGTGGCGTTTTGACCAGA;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=16;WE=16268994;WS=16268964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr3	16268986	rs14576	C	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=453;ReadPosRankSum=0.746;SC=TTGACCAGATCAATGCTGTGG;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=16;WE=16268994;WS=16268964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr3	16269066	rs14210	T	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-0.697;SC=CCAAGTGAACTTAAAGAGCTT;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=12;WE=16269074;WS=16269056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr3	16269117	rs1048619	G	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=1.732;SC=GTGTGCTCCTGGTGTTAGGAG;SOR=0.048;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=16269125;WS=16269107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	16305674	rs14080	C	G	6039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=82;PP=2917;SC=TGTCATAAATCACTTTTATAA;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=70;TCR=82;TR=152;WE=16305682;WS=16305664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	16312564	rs842259	C	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=352;SC=CTTTGCGCCACCTTACTCTAA;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=16312572;WS=16312554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	16312716	rs11284055	GT	G	95.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=2;PP=29;SC=GTTGTTAACCGTTTTTTTTGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=16312724;WS=16312706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	16313878	rs842260	G	T	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=194;SC=ATTTGATTTTGCTTTTTTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=16313886;WS=16313868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	16327855	rs842274	T	G	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=1114;ReadPosRankSum=1.976;SC=TTAGATTGTGTCAGCAGCTAA;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=62;WE=16327863;WS=16327845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr3	16343092	rs842283	T	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=282;ReadPosRankSum=1.445;SC=TTTAAGACCTTTGCTACAAAA;SOR=2.661;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=16343100;WS=16343082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr3	16358289	.	C	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr3	16450872	rs1546650	T	C	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=12;PP=536;SC=ACCCTGACTGTAGCGCTCACC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=16450880;WS=16450862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	16535229	rs3815962	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=202;ReadPosRankSum=-1.895;SC=CCCATGTACTCACCAGCACTC;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=15;WE=16535237;WS=16535219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr3	16639754	rs3773827	G	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=9;PP=421;SC=ACTAAAAGAAGGTTCGATGAT;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=16639762;WS=16639744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	16645885	.	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr3	16646745	rs9847342	C	G	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=41;PP=1320;SC=CGACCGGCTCCAGGAGGAGCA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=16646753;WS=16646735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	16646857	.	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.755;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr3	16679531	rs73039173	C	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=1.937;SC=TGAAGGCGGCCTTGATGATCA;SOR=2.030;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=8;WE=16679539;WS=16679521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr3	16926445	.	A	AG	120	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=197;MMLQ=17;MQ=60.98;NF=2;NR=1;PP=120;QD=47.0;SC=GGAGGAGAGGAGAGGGGCCGC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=16926453;WS=16926435;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	16926491	rs6442654	G	A	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=226;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=1;PP=132;SC=GGACGCGGGGGCGCGAGGACG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=16926499;WS=16926481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926521	rs200478663	CT	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=262;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=243;SC=GCAGGCGGGTCTGCTGGGGCG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=16926532;WS=16926511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926524	.	CT	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=262;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=243;SC=GGCGGGTCTGCTGGGGCGCCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=16926532;WS=16926511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926539	.	CT	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926544	rs368284573	T	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926548	.	GT	G	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926551	.	CG	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926553	.	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926557	rs372006934	T	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926561	.	CT	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926567	rs373958057	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926599	rs7626446	T	G	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.69;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	16926607	rs7626448	T	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.22;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	16926642	rs6442655	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	16926648	rs6442656	T	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	16926666	rs7626542	T	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=10;PP=525;SC=GGTCGCCTCGTCCACGGGCGG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=16926674;WS=16926656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	16974610	rs9880307	C	A	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=18;PP=883;SC=ATTGGACAGCCGGAGTATTTT;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=16974618;WS=16974600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	16974628	rs9825009	T	C	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=637;ReadPosRankSum=-2.176;SC=TTTACAGTGGTTGCTGCTCAG;SOR=0.536;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=38;WE=16974636;WS=16974618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr3	17051081	rs28498854	T	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr3	17051328	rs7653834	T	C	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=1035;ReadPosRankSum=1.291;SC=TAGGTACTTTTTACTGGATGC;SOR=0.715;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=67;WE=17051336;WS=17051318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,91:0.60:151
chr3	17053499	rs4602367	A	G	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=36;PP=1219;SC=GAGGAGGAGGAAAGCCTCATA;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=17053507;WS=17053489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	17077268	rs17272796	C	T	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=23;PP=831;SC=TTCTCTAATACGAGTTGAGGT;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=17077276;WS=17077258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	17109587	.	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.408;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=201;ReadPosRankSum=1.328;SC=TGATGCTGGTGATTTTGCAGC;SOR=0.655;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=22;WE=17109595;WS=17109577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr3	17131421	rs35185988	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=176;ReadPosRankSum=0.202;SC=TTACAATAAACCATTATGGAG;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=16;WE=17131429;WS=17131411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr3	17131501	rs11549706	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	17208267	rs1138454	T	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=-0.328;SC=ACCTGTTTAATGGCCCCTGAC;SOR=0.681;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=27;WE=17208275;WS=17208257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr3	17208361	.	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=0.360;SC=TCTGTTCGTTCTCTTCGGCCT;SOR=0.732;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=17;WE=17208369;WS=17208351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr3	18058059	rs9310539	A	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.32;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	18083051	rs73817436	A	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=2.109;SC=GTATGTTCACATTATAGCACT;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=11;WE=18083059;WS=18083041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr3	18308478	rs9820982	T	C	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=26;PP=1034;SC=AACGGAATTCTGAAGGAATCC;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=18308486;WS=18308468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	18419553	rs9310557	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=185;ReadPosRankSum=-0.621;SC=ATCCTAGACACAGAGGCCTCT;SOR=0.412;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=15;WE=18419561;WS=18419543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr3	18419859	rs10460976	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-0.937;SC=TTCATTGGCTGAATTGTTTTG;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=11;WE=18419867;WS=18419849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr3	18427924	rs2229261	G	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.402;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=0.115;SC=TGCTGATGAGGGGGGCAGGAC;SOR=0.197;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=10;WE=18427932;WS=18427914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr3	18462299	.	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr3	19436587	rs10470642	T	C	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=132;SC=GCTCTGTCTCTTACCACAGGT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=19436595;WS=19436577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	19491459	rs78346521	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=272;ReadPosRankSum=1.189;SC=AAAATGCTTGTACCAAAATAG;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=13;WE=19491467;WS=19491449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr3	19556990	rs56353870	AT	A	102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=87;SC=TGTTATGGGCATTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=19556998;WS=19556980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	19574945	rs33915638	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AATGTGATCCAGCTTCTGGAA;SOR=0.377;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=11;WE=19574953;WS=19574935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr3	19946992	rs2931394	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	19959756	rs2929366	G	A	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.132;NF=24;NR=25;PP=546;ReadPosRankSum=0.870;SC=TGTCGTATTGGTTGTGTCCAT;SOR=0.764;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=49;WE=19959764;WS=19959746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,84:0.46:184
chr3	19961330	rs2931403	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=0.422;SC=CTTACCAGTACTGAAATTTTA;SOR=0.866;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=5;WE=19961338;WS=19961320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr3	19961453	.	C	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=2.659;SC=TTTTTTGCTTCAGGTGGAGTA;SOR=0.465;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=7;WE=19961461;WS=19961443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr3	19962044	rs13078867	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr3	19962223	rs13079262	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.105;SC=ATCTTCATACGTAACAAACAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=19962231;WS=19962213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr3	19974700	rs2929350	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=217;ReadPosRankSum=-2.300;SC=TTAGTTCCTATGGAAAGTGGA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=16;WE=19974708;WS=19974690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr3	19975215	rs17795400	C	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=464;ReadPosRankSum=2.545;SC=AGGTTTTGTTCCCTGTGAAGC;SOR=0.788;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=43;WE=19975223;WS=19975205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,90:0.38:237
chr3	19975451	.	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=311;ReadPosRankSum=0.435;SC=TTCCCATGATGACCCTCTTGT;SOR=0.864;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=25;WE=19975459;WS=19975441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,45:0.40:113
chr3	19992432	rs6773437	G	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=406;ReadPosRankSum=-0.068;SC=GGCCAAATACGGGAAATAAAA;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=24;WE=19992440;WS=19992422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr3	20017489	rs4858122	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.35;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	20017489	.	GG	CC	107	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=107;QD=40.1169687156;SC=AAAGATGCTTGGTAACCATTT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=20017498;WS=20017479;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr3	20017490	rs4858121	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.35;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	20017669	.	A	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=136;ReadPosRankSum=-2.052;SC=CAGGTATGTTAAATTTAACTC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=12;WE=20017677;WS=20017659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr3	20025665	rs34961993	G	GA	182	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=1.759;SC=AGTCACCTGTGAAAAAAAAAT;SOR=0.223;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=20025673;WS=20025655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr3	20027708	rs11128931	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=-1.990;SC=AGAAATTTTTATCCTAGAGAT;SOR=1.863;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=20027716;WS=20027698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	20042462	rs13093485	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr3	20042834	rs4103004	C	T	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TCTATTGCTGCGTATTCTTCT;SOR=0.868;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=70;WE=20042842;WS=20042824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,89:0.63:142
chr3	20053581	rs2686326	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=497;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TTGGAATTACCTTTCTTTGCC;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=35;WE=20053589;WS=20053571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr3	20114044	rs3828349	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=175;ReadPosRankSum=0.644;SC=CAAATTTGAATGCTGTGTACC;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=14;WE=20114052;WS=20114034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr3	20136611	rs2293140	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTCAGTCCTACAGGAGTTCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=20136619;WS=20136601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	20136645	rs2293141	A	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=0.662;SC=TTACCAGTGAACTTAAAGGAT;SOR=1.230;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=8;WE=20136653;WS=20136635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr3	20141301	rs11128939	T	G	305.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GAGAGAGAGATAGACATACCA;SOR=0.169;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=20141309;WS=20141291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr3	20141356	rs35424474	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=1.748;SC=CTTTGCAGCTCTTGAGAAAGT;SOR=0.283;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=20141364;WS=20141346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr3	20142360	rs4858764	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=1.611;SC=TGATAGCAGGTTTTTGATTAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=20142368;WS=20142350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	20143020	rs4858155	G	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=453;ReadPosRankSum=0.206;SC=ACCTAAAATTGTACTTGACTC;SOR=0.905;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=30;WE=20143028;WS=20143010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr3	20156302	rs2365794	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=-0.578;SC=AAGGTGATTGTCACAGATAAT;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=20156310;WS=20156292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	20168875	rs41285061	C	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=1.789;SC=ATTTATATAACTAGGATAGGT;SOR=0.204;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=11;WE=20168883;WS=20168865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr3	20179020	.	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr3	20188074	rs2686314	C	T	234.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GCAAATGTTACCCTTTTATGT;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=20188082;WS=20188064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr3	20212189	rs1052930	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=-0.699;SC=AATATCCAACAAAACCTTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=20212197;WS=20212179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr3	20216519	rs61729306	T	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=0.164;SC=CAACTCCCAGTGTGTCTTGAG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=13;WE=20216527;WS=20216509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr3	20219694	rs6550401	T	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=76;SC=CACATTTCCTTTCATAAATGA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=20219702;WS=20219684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	20219885	rs6550402	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr3	21462754	rs451242	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GAATGGGTCCAGGAGCTGGCC;SOR=0.400;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=11;WE=21462762;WS=21462744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr3	21462787	rs427233	G	A	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=15;PP=742;SC=GAGGAAGCGCGGAAGTCTGGA;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=21462795;WS=21462777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	21462880	rs4455340	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.806;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr3	21467245	rs186892	A	C	323.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-0.959;SC=GAGGAAAAAAATCTTAGCTAG;SOR=0.204;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=15;WE=21467253;WS=21467235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr3	21606027	rs66546661	AT	A	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.353;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr3	21706369	rs3821396	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=1.602;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr3	23364883	rs9844558	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr3	23851789	.	T	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=-1.171;SC=ACTGTCGTATTAATTGATGCT;SOR=0.929;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=23851797;WS=23851779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr3	23987002	.	A	AGGC	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.530;QD=34.93;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr3	23996371	rs4858095	T	G	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=20;PP=489;SC=TTCATTTAGGTGGCCATTATG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=23996379;WS=23996361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	24006477	rs4858097	T	A	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=546;SC=GGTTTGTCCATTGAGTAAGTC;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=30;WE=24006485;WS=24006467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	24009279	rs67657770	A	C	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=267;SC=GACTTCTCCAAATACATTTCT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=24009287;WS=24009269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	24164684	.	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=83;ReadPosRankSum=0.326;SC=TTGTCCAATTCCAGGCCTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=9;WE=24164692;WS=24164674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr3	24562877	rs11714172	G	T	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GGCCCCACCCGCCCTGTTCTT;SOR=0.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=24562885;WS=24562867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr3	25611472	.	GACACACACAC	G	107	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=107;QD=27.5;SC=CATGTGTGCAGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=25611489;WS=25611462;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr3	25639973	rs11372851	A	AT	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CGGTTTCTAGATTTTTTTTCA;SOR=0.937;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=25639981;WS=25639963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr3	25660094	rs3835194	G	GT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=-0.309;SC=TATTAATAAAGTTTTTTTTCC;SOR=0.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=3;WE=25660102;WS=25660084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr3	25661557	rs3832214	T	TA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=1.960;SC=TATATACCTATAAAGATTTAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=25661565;WS=25661547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	25671778	rs3736605	C	T	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=248;ReadPosRankSum=1.961;SC=TGTGTATACACATATATATAC;SOR=0.382;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=21;WE=25671786;WS=25671768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr3	25674091	rs3736601	C	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.571;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr3	25679738	rs60422476	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr3	25706277	rs10433573	A	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=257;ReadPosRankSum=-0.579;SC=CTTCAAAGGCAGCCTTAGCCT;SOR=0.832;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=26;WE=25706285;WS=25706267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
chr3	25706340	.	AGCC	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=1.931;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,10:0.08:123
chr3	25775356	rs6550987	A	C	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=621;ReadPosRankSum=0.353;SC=AGATAGCCACACCATACCTGC;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=40;WE=25775364;WS=25775346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
chr3	25805454	.	A	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TAAGAACAAAATATGGGGCAT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=25805462;WS=25805444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	25900033	rs73045135	C	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=457;ReadPosRankSum=-0.966;SC=TGAAGCAACTCTAGTTTATTT;SOR=1.942;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=22;WE=25900041;WS=25900023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr3	25900053	rs73045137	A	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=478;ReadPosRankSum=0.294;SC=TTTTAGTGTAAATATTCATAT;SOR=1.459;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=28;WE=25900061;WS=25900043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr3	25900139	rs73045138	T	A	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-1.694;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,147:0.70:210
chr3	25900304	rs73045140	T	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.221;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=738;ReadPosRankSum=-0.018;SC=AGAAAGAAAATAAGAGAGTTT;SOR=0.359;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=46;WE=25900312;WS=25900294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,59:0.64:92
chr3	25902401	rs4681082	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-1.691;SC=TGTAGGAATTGAAGATGAGAT;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=25902409;WS=25902391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr3	26751289	.	C	T	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.738;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.944;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,95:0.63:150
chr3	27213416	rs2017568	T	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	27213416	.	TA	AG	241	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=3;NR=5;PP=241;QD=36.8084843578;SC=GCAAATCTTTTATTTTTTATG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=27213425;WS=27213406;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr3	27213417	rs2004970	A	G	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	27233376	rs11926580	G	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=0.751;SC=ATACAGAAATGGATATAAATA;SOR=0.512;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=27233384;WS=27233366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr3	27233498	rs11926556	C	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=296;ReadPosRankSum=0.081;SC=CATCATGAACCGATTGAAATA;SOR=0.474;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=27;WE=27233506;WS=27233488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,35:0.33:106
chr3	27242887	rs66472045	G	A	244.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=1.182;SC=TCTAGATTTGGATTATGTAGG;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=27242895;WS=27242877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr3	27243045	rs17680166	G	C	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=574;ReadPosRankSum=0.326;SC=TACCTTCTGGGACTGGTTCAT;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=45;WE=27243053;WS=27243035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,64:0.42:154
chr3	27243119	rs17680194	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=435;ReadPosRankSum=-1.065;SC=GGCCACGGATGTCTTTGAATA;SOR=0.703;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=35;WE=27243127;WS=27243109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr3	27243871	rs34940413	T	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=0.937;SC=AGAAAAAGAATTGCATTTTTA;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=27243879;WS=27243861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr3	27294507	rs2166214	A	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	27296796	rs1550769	C	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.014;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=228;ReadPosRankSum=0.601;SC=CATGAAACCACTTTCAAGAAT;SOR=1.123;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=20;WE=27296804;WS=27296786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,26:0.24:109
chr3	27296822	rs1550768	A	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=-0.745;SC=TGTAAAACATATCCAGTAAGA;SOR=0.562;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=13;WE=27296830;WS=27296812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr3	27297684	rs12494667	C	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=-0.459;SC=ATAAAATAAGCTTTCTTTCCT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=27297692;WS=27297674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	27297816	rs3213930	G	C	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=16;PP=470;SC=CAACCACAGAGGTGAGTTTAC;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=27297824;WS=27297806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	27326451	rs10510594	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-2.339;SC=ACAACCTATCATCTATATAAA;SOR=1.136;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=5;WE=27326459;WS=27326441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr3	27329417	rs10510593	A	C	32.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr3	27332177	rs674303	T	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr3	27332282	rs62255594	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.428;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	27332302	rs674798	G	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=-2.084;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr3	27332674	rs864241	T	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=445;ReadPosRankSum=-1.777;SC=AGAGTTCTAATTCAATTGAAT;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=25;WE=27332682;WS=27332664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr3	27332820	rs10510592	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TATATATTTCAAAGGAGCTTT;SOR=0.417;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=21;WE=27332828;WS=27332810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr3	27343376	rs6551192	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.076;SC=TCCCTTCACCGTCAGTCCTTT;SOR=2.584;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=27343384;WS=27343366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	27350384	rs77257134	G	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TATAGTAGCAGAACTGGAAAG;SOR=0.631;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=7;WE=27350392;WS=27350374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	27353716	rs552647	C	A	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=30;PP=777;SC=CCAAAAGCACCCAAGGAAGCA;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=27353724;WS=27353706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	27363637	rs11393122	T	TA,TAA	581.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=-2.166;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,21,10:0.57,0.27:37
chr3	27363937	rs640065	T	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=-0.789;SC=AACTATCTTTTTCAGTGTGGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=9;WE=27363945;WS=27363927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr3	27385616	rs7635958	A	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=0.056;SC=TTTTAATGAGATCATCTGTAA;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=27385624;WS=27385612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr3	27387462	rs56104872	G	GGTAA	244.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.85;MQRankSum=4.938;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.879;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr3	27387463	rs2370957	C	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.75;MQRankSum=4.588;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.363;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr3	27387463	.	CT	GT	439	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=62.2;NF=3,5;NR=3,3;PP=431,439;QD=79.0;SC=TTAAGAATCGCTATGGTAAAT;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=6,8;WE=27387471;WS=27387453;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr3	27387463	.	CT	CTAAAT	439	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=62.2;NF=3,5;NR=3,3;PP=431,439;QD=79.0;SC=TTAAGAATCGCTATGGTAAAT;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=6,8;WE=27387471;WS=27387453;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr3	27394419	rs12494966	T	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr3	27424718	rs1472256	A	G	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	27424799	rs17019721	A	G	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.649;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=603;ReadPosRankSum=1.105;SC=AAGAGAATTGACTAATTTATA;SOR=1.296;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=36;WE=27424807;WS=27424789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr3	27427601	rs34916422	TA	T	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=0.412;SC=TTAAATCTTATAAAAAATGCT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=27427609;WS=27427591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr3	27427616	rs17630711	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=184;ReadPosRankSum=0.173;SC=AATGCTTCATATAGTTTAAAA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=27427626;WS=27427606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr3	27427618	rs13075550	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=360;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TGCTTCATATAGTTTAAAAAT;SOR=0.269;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=27427626;WS=27427606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr3	27431898	rs13068734	G	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TGCTATAATTGAATGCACAAG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=9;WE=27431906;WS=27431888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr3	27442336	rs3736312	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=-0.416;SC=CATTGCTGGGGTTTGGAGGTT;SOR=0.645;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=9;WE=27442344;WS=27442326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr3	27446285	rs13063291	T	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=234;ReadPosRankSum=-1.171;SC=ATTTCATATATAACACATGTG;SOR=1.688;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=13;WE=27446293;WS=27446275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr3	27472936	rs3755652	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr3	27473066	rs13077400	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=2.575;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr3	27490194	rs13096477	T	C	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=752;ReadPosRankSum=0.069;SC=TATCTTTTCTTCTCCGGTGGT;SOR=0.586;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=49;WE=27490202;WS=27490184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,80:0.60:133
chr3	27494589	rs2371065	A	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=33;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TCCCACCTTCATAATTTTGTT;SOR=0.148;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=27494597;WS=27494579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	27759338	rs9866625	C	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=0.042;SC=AAAAAAAAAACCCTAATGTTG;SOR=0.631;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=9;WE=27759346;WS=27759327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	27763427	rs368178421	G	GCGGCGC	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=0.915;SC=GGCGGCGGCGGCTGCAGCGGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=2;WE=27763435;WS=27763417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	28557206	.	C	CTG	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=58.61;NF=0;NR=2;PP=37;QD=20.0;SC=AAAAGATTTCCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=28557214;WS=28557196;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr3	29476428	rs3773018	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=369;ReadPosRankSum=-0.843;SC=TCTGCTGCCCGTGCTGTTTCT;SOR=0.516;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=25;WE=29476436;WS=29476418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr3	29628722	rs56049588	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	29781429	.	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=-1.278;SC=AATTCCATTCCTTTTTTAGTA;SOR=0.346;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=10;WE=29781437;WS=29781419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr3	29804300	rs7340719	C	A	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=122;SC=GGGTACAATTCTCAAATCAAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=29804308;WS=29804290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	29804487	rs1371839	A	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=16;PP=599;SC=CCAGGTAAGAAATTCACTAAT;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=29804495;WS=29804477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	29804509	rs1371840	T	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=20;PP=549;SC=AGTGACTGAATGATGCCGAGG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=29804517;WS=29804499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	29977739	rs1449287	T	C	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=28;PP=898;SC=TCAGATGTGATATTCTCCATT;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=29977747;WS=29977729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	30648248	rs2306856	C	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-1.604;SC=ACATCTGGCCCGCACATCTGC;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=30648256;WS=30648245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr3	30686414	rs1155705	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=240;ReadPosRankSum=0.473;SC=TATGGTAAGCAAGCCTTTTAA;SOR=0.774;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=19;WE=30686422;WS=30686404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr3	30769931	rs12054099	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=2.157;SOR=0.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr3	30769963	rs142623883	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.736;SC=AGGCATTTCAATAGCATTTTC;SOR=0.582;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=30769971;WS=30769953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr3	30819655	rs11278928	TTTACTTA	T	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	30842346	rs10553550	AAGAG	A	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=-2.057;SC=CACACACAGAAAGAGAGAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=30842357;WS=30842324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr3	30842474	.	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=2.808;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr3	30842597	rs59931065	A	AT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	30885806	rs1494738	T	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=721;ReadPosRankSum=2.121;SC=AATTAACAGATAATGATACTG;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=49;WE=30885814;WS=30885796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,70:0.59:118
chr3	31621228	rs58289734	T	TAAA	699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=646;SC=AATGTAATGATGAAGAGTACA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=31621236;WS=31621218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	31641835	rs11705765	C	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=215;ReadPosRankSum=1.036;SC=TTTAACTTAGCACTTCTTTTC;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=17;WE=31641843;WS=31641825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr3	31642037	rs11713598	A	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=2.473;SC=TATTTGGTCAATATTATGCAT;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=31642045;WS=31642027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	31663515	rs10662891	A	AGTGTG	130	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=43.33;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	31677395	rs11129457	T	G	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=141;SC=TCATCATAGTTCAGTAAACCA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=31677403;WS=31677385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	31703464	rs11058	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=4.209;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr3	31712176	rs3749406	G	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr3	31712393	rs3749405	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,62:0.40:155
chr3	31725316	rs2278959	G	A	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=35;PP=1243;SC=TTGGGTGTTCGTGACAGCTGG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=31725324;WS=31725306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	31725691	rs2278960	T	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=498;SC=CAACCACTGTTAAGCAAATTC;SOR=2.019;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=31725699;WS=31725681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	31789582	rs2290532	T	C	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.04;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr3	31789724	rs2290533	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=0.304;SC=GTCAACTCAGCGTGTTCGGTG;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=11;WE=31789732;WS=31789714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr3	31839135	rs7653447	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=307;SC=GCAAAAGGTCACAGCTATTTT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=31839143;WS=31839125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	31839242	rs7643025	T	C	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=19;PP=970;SC=CACAATACAATGTACCAGAAA;SOR=1.195;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=53;WE=31839250;WS=31839232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	31917800	.	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.131;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr3	32022333	.	G	GCA	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.4995;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=23;QD=14.0;SC=ACACACGCACGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=2;WE=32022342;WS=32022323;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr3	32188006	rs9839702	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=1.330;SC=ATCCTATCATGAACATGTTAC;SOR=1.314;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=13;WE=32188014;WS=32187996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr3	32200233	rs2305362	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CAAGAGCAGAGCCCGGCATTG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=32200241;WS=32200223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	32200322	rs2305361	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=399;ReadPosRankSum=1.669;SC=TCCATACCCGTGGTGGGTGCT;SOR=1.185;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=23;WE=32200330;WS=32200312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr3	32207534	rs147700828	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TTTTTACAGGTTCGTTTTTGA;SOR=0.392;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=24;WE=32207542;WS=32207524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr3	32207606	rs6799559	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=0.363;SC=ACATGCAAACATGTGAATGGT;SOR=1.061;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=13;WE=32207614;WS=32207596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr3	32493682	rs342745	A	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=34;PP=1022;SC=CCCAACCTGGAGGACTGGGGC;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=32493690;WS=32493672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	32568145	rs35822941	CCA	C	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.99;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr3	32746522	rs7429569	A	G	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=104;SC=AATTTATGAAACACAAATAGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=32746530;WS=32746512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	32758763	rs11129531	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=14;PP=368;SC=TTTTCAATTTGTGTCTTTCTT;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=32758771;WS=32758753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	32774782	rs9798936	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	32805828	.	C	CA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.924;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr3	32806561	.	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CTCATGCCTCCCAGCACTTTG;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=7;WE=32806569;WS=32806551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr3	32815231	rs2396631	A	T	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=161;SC=TACCCCTGACATTTGGCCAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=32815239;WS=32815221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	32860021	.	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=-0.858;SC=AGCAACCACCGGCACCACGCT;SOR=0.264;Source=Platypus;TCR=24;TR=15;WE=32860029;WS=32860011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr3	32915214	rs6799979	C	G	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=35;PP=2359;SC=GGAAGCTGGTCGTTCGGTTGT;SOR=1.451;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=84;TCR=35;TR=119;WE=32915222;WS=32915204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	32927400	rs36019845	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=213;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CTAATGCCTCGAAGTTGTTTC;SOR=0.848;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=21;WE=32927408;WS=32927390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,29:0.27:107
chr3	32927509	rs6774703	G	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=40;PP=1183;SC=AAGCCGTGACGGCGAGGCATA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=67;WE=32927517;WS=32927499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	32933036	rs13096271	G	A	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=687;ReadPosRankSum=0.570;SC=ACTGCCAGTCGGCACGCTTTC;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=50;WE=32933044;WS=32933026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,73:0.45:163
chr3	32933344	rs10630076	G	GTC	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.271;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr3	33055721	rs4302331	A	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=23;PP=732;SC=AGGTGGCTGCACACTGCATCC;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=33055729;WS=33055711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	33093190	rs12632196	T	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=20;PP=950;SC=ACACCCCTCCTCAAATTAATC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=33093198;WS=33093180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	33099880	rs7637435	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=384;SC=TAATGACTGCTGGAAAAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=33099888;WS=33099870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	33138544	rs7614776	A	G	13653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr3	33138549	rs7637099	G	A	13676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr3	33165436	rs6777433	T	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=213;SC=ATTGAGGTACTATTTATATAC;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=33165444;WS=33165426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	33171659	rs4392367	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=326;SC=AGAGTTCATCAAGGTCCACTG;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=33171667;WS=33171649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	33174156	rs1135127	T	G	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=37;PP=989;SC=ACAGGGACACTTGGGGCCTCT;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=33174176;WS=33174146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	33174168	rs1135128	G	A	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=34;PP=967;SC=GGGGCCTCTCGGATGAGCACT;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=50;WE=33174176;WS=33174146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	33175793	rs4234239	C	A	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=28;PP=821;SC=CTGGTGGCTACGAGAAAATAT;SOR=1.197;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=42;WE=33175801;WS=33175783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	33175854	rs58617854	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=571;SC=CCCTGAAGTAAGAAACAGAGG;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=33175862;WS=33175844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	33216357	rs57072412	G	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=16;PP=1107;SC=CGCGAAGGTGGCCCATCCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=33216365;WS=33216347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	33255592	rs9637517	A	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=22;PP=727;SC=AGCACAAAGAACTTTCCTGTG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=33255600;WS=33255582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	33444286	rs623244	T	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=368;SC=TCACACAAACTAGATACCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=33444294;WS=33444276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	33618551	rs11391504	G	GA	431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.62;ReadPosRankSum=0.158;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr3	33725814	rs111738010	GA	G	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.819;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr3	33840114	rs1141054	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.448;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr3	33853747	rs9851801	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr3	33863683	rs3762817	A	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GATGTTTTCTAAAACGAATGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=33863691;WS=33863673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	33866868	rs12488699	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr3	33877508	rs3792595	T	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=11;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-0.924;SC=CTCTTTTTTTTTTTTGTTGTT;SOR=1.643;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=6;WE=33877516;WS=33877490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr3	33877626	rs3792594	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=322;ReadPosRankSum=1.138;SC=TCGTGCCCTTGCTGCAGCAAA;SOR=0.823;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=32;WE=33877634;WS=33877616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,58:0.44:133
chr3	33879770	rs3203777	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.642;NF=13;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=-1.142;SC=AGCCGATTTGGTTAACAGATC;SOR=0.821;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=30;WE=33879778;WS=33879760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr3	33887102	rs11928792	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.269;NF=4;NR=18;PP=284;ReadPosRankSum=-1.775;SC=ACTTTGATGTAGGTTGTCATC;SOR=0.580;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=22;WE=33887110;WS=33887092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,43:0.40:108
chr3	33887178	rs11928817	A	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=0.832;SC=TGTCAACTTTAAAAAAATGCA;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=33887186;WS=33887168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr3	33895391	rs3183982	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-2.114;QD=3.80;ReadPosRankSum=2.275;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr3	33905471	rs11922311	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=338;ReadPosRankSum=0.956;SC=CTATCATGTTAATTTTTAACA;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=23;WE=33905479;WS=33905461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr3	33905566	rs1127732	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=368;ReadPosRankSum=1.258;SC=TATCAGTCCTCACCAGCAGGA;SOR=0.796;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=34;WE=33905574;WS=33905556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr3	33907835	rs5847794	T	TCTCC	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TCTGTTTTCTTCTATCAGGTA;SOR=0.593;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=4;WE=33907843;WS=33907825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr3	33907945	rs3183987	A	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr3	35725102	rs55756117	T	C	226.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AAGTTTGGTTTTAAAAATCTC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=35725110;WS=35725092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr3	35725250	rs969818	C	T	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=16;PP=778;SC=TGACTCGCAGCCTTGCTGTCT;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=35725258;WS=35725240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	35725316	.	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr3	35731725	rs1513476	C	T	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=101;SC=TAGGGATAGACAAAACATTGT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=35731733;WS=35731715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	35756778	rs2305233	A	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=398;SC=AATCCTAACCAACCTTTTTCC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=35756786;WS=35756768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	35778773	rs2278757	A	G	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=631;ReadPosRankSum=-1.506;SC=AACAGCAGCCACCACAGCAGC;SOR=0.666;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=46;WE=35778781;WS=35778763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,94:0.61:154
chr3	35779750	rs2012153	A	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=485;ReadPosRankSum=0.464;SC=TGCAATATCCAGCAGTCTCTT;SOR=0.729;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=33;WE=35779758;WS=35779740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,61:0.71:86
chr3	35780735	rs35497369	T	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=212;ReadPosRankSum=1.825;SC=ATGTGTCCTGTGTCTGCCTCA;SOR=0.257;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=35780743;WS=35780725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr3	35785296	rs6550367	T	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=382;ReadPosRankSum=0.864;SC=TATCTACATTTTCATTCTCTG;SOR=0.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=23;WE=35785304;WS=35785286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr3	35835078	.	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=1.032;SC=AGCTGGAATTGATGACCTGTT;SOR=2.517;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=35835086;WS=35835068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr3	35835152	rs78090629	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr3	36527815	.	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=354;ReadPosRankSum=0.023;SC=CTGCAGTATGGGGTATTCCAC;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=24;WE=36527823;WS=36527805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr3	36527872	rs11926471	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=1.036;SC=GGCACCTGCCAAAGAGAAACC;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=36527880;WS=36527862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr3	36587541	rs9878872	C	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=193;SC=TCTCACTGTGCTGGTTTCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=36587549;WS=36587531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	36779707	rs3796187	G	A	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=68;PP=2690;SC=GGCTCTGCTGGAGCTCCCTCT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=138;WE=36779715;WS=36779697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr3	36780080	rs56070233	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=1.929;SC=TGTCAGGGCCCGGGCTTTGTT;SOR=0.698;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=20;WE=36780088;WS=36780070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,32:0.31:103
chr3	36871033	.	CC	GA	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=450;ReadPosRankSum=0.090;SC=TGTTACCTGTCCCCACAATCA;SOR=0.775;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=16;WE=36871042;WS=36871023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr3	36872815	.	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.085;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=3.124;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,73:0.36:203
chr3	36884315	rs76226662	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=474;ReadPosRankSum=0.239;SC=TTGTTAAAGTCCTAACTCCCG;SOR=0.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=26;WE=36884323;WS=36884305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr3	36888575	rs12497299	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr3	36896653	rs9818599	G	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=8;PP=519;SC=AAACCCAAGAGCTGGACTTAC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=36896661;WS=36896643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	36897120	.	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=155;ReadPosRankSum=-0.592;SC=AGTCTCCCATGGGGACAGCTG;SOR=0.883;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=14;WE=36897128;WS=36897110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr3	36897812	rs11712950	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr3	36898036	rs62245253	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=624;ReadPosRankSum=2.327;SC=CGATCACCGCGTACTCAAGCT;SOR=0.971;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=42;WE=36898044;WS=36898026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr3	36898459	.	G	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=428;ReadPosRankSum=0.553;SC=CCGTGGCAATGATCTTCTCAG;SOR=0.873;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=31;WE=36898467;WS=36898449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,40:0.34:117
chr3	36898497	.	C	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=412;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GGGGAGAAGTCAATGGCGAGC;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=29;WE=36898505;WS=36898487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,42:0.36:117
chr3	36899593	rs7619089	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=0.514;SC=TCTTAGGGGACAGCAGACCCT;SOR=0.330;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=10;WE=36899601;WS=36899583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr3	36915524	rs4510338	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr3	36915814	rs4296548	T	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=205;ReadPosRankSum=-0.095;SC=TGAGAAGGGGTGTTTGTCATG;SOR=0.730;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=17;WE=36915822;WS=36915804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr3	37048633	rs4234259	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=-0.552;SC=AATTGCTTCTAAGTTTTCAGG;SOR=0.772;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=15;WE=37048641;WS=37048623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr3	37053568	rs1799977	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,32:0.22:148
chr3	37083740	rs9876116	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=-1.475;SC=CCTTAAAGTCACTTCATTTTT;SOR=1.335;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=18;WE=37083748;WS=37083730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr3	37096109	rs113420512	T	TAAC	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=240;ReadPosRankSum=-1.330;SC=CCAAGTAATCTACTAACAAGT;SOR=0.108;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=6;WE=37096117;WS=37096099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr3	37107022	rs7639375	C	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=376;ReadPosRankSum=1.232;SC=CTTTGCAGAACAGTTTGTAGT;SOR=0.369;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=27;WE=37107030;WS=37107012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr3	37107470	rs2302503	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=0.331;SC=CAAAAGGCCCGTATGGAAGCT;SOR=0.678;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=9;WE=37107478;WS=37107460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr3	37116386	rs2302504	G	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=131;ReadPosRankSum=0.765;SC=TTGAAAATTTGTAGTGTACAG;SOR=0.426;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=10;WE=37116394;WS=37116376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr3	37133124	rs2302506	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr3	37144535	rs2302507	C	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=340;ReadPosRankSum=0.363;SC=AAGATGCTTTCAAGGTTAAGA;SOR=0.879;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=25;WE=37144543;WS=37144525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,36:0.36:100
chr3	37150988	rs6806252	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr3	37163039	rs336595	G	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=15;PP=468;SC=TGATAAAAATGAAAATAAACA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=37163047;WS=37163029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	37170717	rs3733030	T	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr3	37285152	rs2271548	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=-0.695;SC=GTTCCGAATACCTCTTGAACC;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=13;WE=37285160;WS=37285142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr3	37308262	rs73059487	A	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=215;ReadPosRankSum=-1.165;SC=ACTTTGCAACATGCCATTATG;SOR=0.553;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=15;WE=37308270;WS=37308252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr3	37308532	rs1040073	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=0.692;SC=TACCATCTCTCAAAGTATCTT;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=37308540;WS=37308522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr3	37366459	rs11718848	C	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,39:0.34:116
chr3	37368755	rs62241896	T	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=1.040;SC=GATCAAAGTATGATAGGTCAT;SOR=0.661;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=21;WE=37368763;WS=37368745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr3	37369771	rs5847960	ACTCT	A	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.144;NF=2;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=-0.423;SC=TCACTCTCACACTCTCTCTCT;SOR=0.307;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=4;WE=37369782;WS=37369761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	37376500	rs11396224	C	CT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr3	37407489	rs17266090	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=178;ReadPosRankSum=-0.487;SC=ACTTGAAAAAACAAATATCCC;SOR=0.687;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=16;WE=37407497;WS=37407479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr3	37407664	rs62241901	G	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GAATGAAGTTGTCATTCAGGG;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=12;WE=37407672;WS=37407654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr3	37512646	rs11713408	TG	CC	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=613;ReadPosRankSum=-0.888;SC=ATTACTGCTGTGGTGGAAATG;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=24;WE=37512655;WS=37512636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr3	37514750	.	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=262;ReadPosRankSum=2.320;SC=GTGGAAAGTTCCTTATTTCCT;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=18;WE=37514758;WS=37514740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr3	37522792	rs17813754	T	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr3	37522831	rs17036403	A	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr3	37522875	rs73055204	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr3	37523079	rs17227748	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-2.344;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr3	37523137	.	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr3	37574773	rs150542603	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=656;ReadPosRankSum=1.165;SC=CTCCTTACCACGACTAAGTCA;SOR=0.882;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=43;WE=37574781;WS=37574763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,59:0.59:100
chr3	37627112	rs1155741	T	C	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=16;PP=676;SC=CCATATTACATTCCAAGAAGG;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=37627120;WS=37627102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	37627287	rs3044748	G	GC	292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=159;SC=GAAGAAGGGGGCCCCCCCAAT;SOR=0.859;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=37627295;WS=37627277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	38087024	rs36046028	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.712;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr3	38105498	rs71094947	C	CT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr3	38134438	rs11129778	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=17;PP=478;SC=GCCACTGACCACAGTAGCATT;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=38134446;WS=38134428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	38141985	.	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	38158237	rs200121888	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=234;ReadPosRankSum=1.037;SC=AGTGACTGCGTGAACCTCAGT;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=22;WE=38158245;WS=38158227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,37:0.36:103
chr3	38163672	.	T	G	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=717;ReadPosRankSum=0.360;SC=CTTGCAGGTTTTCTTCACTGC;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=146;TCF=84;TCR=62;TR=52;WE=38163680;WS=38163662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,101:0.37:270
chr3	38317688	.	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=-1.357;SC=TAAAGGCTTCCCGGGGGTTTG;SOR=2.494;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=38317696;WS=38317678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr3	38348686	rs753330	T	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=11;PP=800;SC=CTGGGATGAGTCTCAGTCTCT;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=38348694;WS=38348676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	38348701	.	CC	TT	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.31;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr3	38350479	rs818819	T	C	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=17;PP=844;SC=ACCGGGCCCATGCCATTATCC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=38350487;WS=38350469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	38350519	rs818818	G	A	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=31;PP=1325;SC=TGTTGGGGCCGTGTTGCTGAC;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=38350527;WS=38350509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	38350543	rs818817	A	G	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	38350630	rs704929	C	A	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=38;PP=1207;SC=AAGCGAGTACCGGGCATGTAC;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=38350638;WS=38350620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	38355176	.	T	TGTGCGCGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=1350;SC=TCCGTGTGTGTGCGCGCGTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=38355184;WS=38355166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	38355225	rs73064822	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=14;PP=578;SC=CAGGTTTACCGTCAGTTACAC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=38355233;WS=38355215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	38355509	rs696253	C	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=8;PP=157;SC=CCGCCTGCCACGGCCGGCCAC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=38355517;WS=38355499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	38357961	rs240033	C	G	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=911;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TCCCTGCTGCCGGAAACGCGA;SOR=0.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=62;WE=38357969;WS=38357951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,124:0.65:192
chr3	38390020	rs2615631	C	A	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=30;PP=1084;SC=TCTACACTTCCTTTTTTAAAA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=38390028;WS=38390010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	38401677	rs818851	C	T	72.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	38401839	rs818850	T	C	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	38401918	rs818849	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=429;SC=AGGGATTCCTATTCTCCTTCT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=38401926;WS=38401908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	38402007	rs818848	T	A	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	38406648	rs704942	T	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=12;PP=526;SC=GCTGTGACACTGGTGTGTGGT;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=38406656;WS=38406638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	38406773	rs704943	G	T	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=440;SC=ACCAGCAGCTGCAGGTAACTG;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=38406781;WS=38406763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	38406793	rs2234608	T	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=392;SC=GTGGCTACGTTGTGTGAGTGT;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=38406801;WS=38406783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	38408248	rs704946	G	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=20;PP=1019;SC=GGAGGTAATTGTTCATTCTGT;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=38408256;WS=38408238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	38408361	rs843890	G	A	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=56;PP=1854;SC=ACTCACATACGGAGGTTGGTT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=99;WE=38408369;WS=38408351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	38408459	rs2234617	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=26;PP=677;SC=GACTGAAAACATTGATAAGCA;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=38408467;WS=38408449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	38409600	rs704947	T	G	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	38411731	rs150130857	G	GCACACACACACA	214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=2556;SC=GCACTGTAGCGCACACACACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=38411739;WS=38411721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	38442490	rs2070488	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=1.657;SC=AGAGACCATCGGAATTTGTTT;SOR=0.899;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=20;WE=38442498;WS=38442480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr3	38454350	.	T	G	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=509;ReadPosRankSum=1.570;SC=GATTTAAAAATTTTAAATTGC;SOR=0.831;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=40;WE=38454358;WS=38454340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,59:0.44:134
chr3	38519424	rs2070489	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=208;ReadPosRankSum=0.041;SC=TCTGCAACGAACGCTTCACTC;SOR=0.793;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=19;WE=38519432;WS=38519414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,40:0.36:110
chr3	38521156	rs13097628	T	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=2.789;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,69:0.38:181
chr3	38524742	rs1046048	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,47:0.36:129
chr3	38538466	rs1984312	G	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-1.559;SC=TTTAGTAGATGAGTTAACTGC;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=38538474;WS=38538456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	38539095	rs376690919	CTT	C	273.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.12;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
chr3	38540264	rs6779704	A	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TTAGGGAACTAAAAGAGTGCC;SOR=0.560;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=18;WE=38540272;WS=38540254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr3	38540541	rs2300668	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.224;SC=TTGATTATCAATGAGGGTTAA;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=8;WE=38540549;WS=38540531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr3	38541318	rs2300669	C	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=-0.057;SC=AGCATAGTGGCGAATTGCTAG;SOR=1.051;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=18;WE=38541326;WS=38541308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr3	38545349	rs6599206	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=1.242;SC=GGGAGTACAGCCTTCTACAGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=38545357;WS=38545339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	38592406	rs1805126	A	G	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=1460;ReadPosRankSum=-1.244;SC=CAGACAGGGCATCGGCAAAGT;SOR=0.621;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=94;WE=38592414;WS=38592396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,124:0.70:177
chr3	38592881	.	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=303;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GAGCAGCAGCCCGATGTTGAA;SOR=0.523;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=25;WE=38592889;WS=38592871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,37:0.31:119
chr3	38598083	rs56104887	A	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr3	38598606	rs41312391	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=412;ReadPosRankSum=0.297;SC=CAGAGTGACACGAGATCTTGC;SOR=1.318;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=30;WE=38598614;WS=38598596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr3	38601556	rs6799868	T	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr3	38620983	.	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr3	38622467	rs7430407	T	C	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	38627629	rs7645173	A	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=16;PP=404;SC=TGAAAGCCCAAGGAGCCCTTG;SOR=3.352;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=38627637;WS=38627619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	38627658	rs112524625	T	TC	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9967;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TGACACCTATTCCCCCCCCGC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=38627666;WS=38627648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	38629053	.	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=-2.508;SC=CTGTGAAAATCCCTGTGAAGA;SOR=0.806;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=11;WE=38629061;WS=38629043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr3	38648062	rs6599222	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr3	38649608	.	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=189;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CCCCTGGCAGGACAAGGAGAC;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=14;WE=38649616;WS=38649598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr3	38651107	.	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GGGTCTCTGGGGGATCAGGCA;SOR=0.646;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=11;WE=38651115;WS=38651097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr3	38651520	.	G	A	305.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CCACTGGTGGGGGGCTGGGCC;SOR=0.269;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=38651528;WS=38651510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr3	38655643	rs9856587	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr3	38674712	rs6599230	T	C	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=17;PP=555;SC=CTTGCTTCTCTGCCATGCGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=38674720;WS=38674702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	38739574	rs6599241	T	C	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=32;PP=1048;SC=ATGTTGACCATGATGAGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=38739582;WS=38739564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	38739845	rs6599242	A	G	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=51;PP=1771;SC=TACCGAAGATAGAGTAGATGA;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=98;WE=38739853;WS=38739835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	38749026	rs6599248	T	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=15;PP=404;SC=TCTTGCCACATCCAGTGTCGG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=38749034;WS=38749016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	38750811	.	C	T	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=173;SC=TGCAACTCTTCCTGCAACAGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=38750819;WS=38750801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr3	38763863	rs6771157	G	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,75:0.38:195
chr3	38764782	rs4076737	G	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=304;SC=TGTCTGATGCGGGCGCCCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=38764790;WS=38764772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	38764998	rs12632942	A	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=520;ReadPosRankSum=0.590;SC=CTCAGGATCTAGGCAGTCCAC;SOR=0.575;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=46;WE=38765006;WS=38764988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,69:0.37:189
chr3	38766675	rs6795970	A	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=8;PP=440;SC=CTCAGCAGGGACCTGAGGAAC;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=38766683;WS=38766665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	38768077	.	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=1.502;SC=CTGTGGCTGTCCCTTGGGGAT;SOR=0.249;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=14;WE=38768085;WS=38768067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr3	38768247	rs59468016	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,38:0.35:109
chr3	38768300	rs57326399	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=0.525;SC=TTGGCAGCAATGTGGTTCTCA;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=27;WE=38768308;WS=38768290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr3	38768684	.	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr3	38780971	rs9830687	G	A	393.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=2.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=254;ReadPosRankSum=0.996;SC=AATCTGGGTGGGAGTTTCCCC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=38780979;WS=38780961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr3	38784029	rs6599250	T	C	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=21;PP=684;SC=TTCTGCATTATAGTGTGGTCA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=38784037;WS=38784019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	38793909	.	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=513;ReadPosRankSum=0.958;SC=ATCTGTGACTCCCTCAGGGAG;SOR=0.948;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=39;WE=38793917;WS=38793899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr3	38793989	rs7617919	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=312;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TTCCAGAGGCGAGGCCTAGAA;SOR=1.279;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=21;WE=38793997;WS=38793979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
chr3	38798171	rs62244070	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	38798212	.	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=1.601;SC=AACTTCTTCTCCTTTGCTTCA;SOR=0.551;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=13;WE=38798220;WS=38798202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr3	38802251	rs7641844	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr3	38812708	rs4420804	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=309;ReadPosRankSum=-0.710;SC=AGCCCTGTCTCCTACCCACCA;SOR=0.598;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=22;WE=38812716;WS=38812698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr3	38888258	.	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=343;ReadPosRankSum=1.940;SC=CTGGAGTGGTGAATGAGGCCC;SOR=0.804;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=24;WE=38888266;WS=38888248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr3	38888764	rs62244134	G	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,62:0.37:169
chr3	38912926	rs35479964	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.407;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr3	38926912	rs6599266	C	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=175;ReadPosRankSum=0.669;SC=CAGAACAAAACGAAGGGGGTG;SOR=0.771;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=19;WE=38926920;WS=38926902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr3	38936134	rs33985936	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,37:0.34:108
chr3	38938299	rs5848481	C	CT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr3	38945560	rs4073113	A	G	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=40;PP=1170;SC=GGTTTTCTCCACAAGGGAGAC;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=38945568;WS=38945550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	38946872	rs4514993	A	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=518;SC=TCAAAACTTAACAAACTACTT;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=38946880;WS=38946862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	38949363	rs6599267	A	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=6;PP=400;SC=TAAATGAATTATTTCAATTTG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=38949371;WS=38949353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	38950564	.	T	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr3	38951753	rs7429404	T	C	226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.68;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	38961537	rs6779297	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=312;SC=AAAAAAACATTGAAAGGAAAG;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=38961545;WS=38961527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	38967103	rs4676474	C	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=18;PP=463;SC=GGCCTGTGACCTCCAAGGTGA;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=38967111;WS=38967093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	39133046	.	T	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-0.889;SC=AGTCATGTTTTCCTATTAACA;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=39133054;WS=39133036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	39149092	rs6786764	A	G	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=36;PP=1657;SC=GACCGACCCGACGCCAGTAGC;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=39149100;WS=39149082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	39152327	rs76900858	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr3	39166484	rs784508	C	T	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=8;PP=349;SC=TTATCCATGCCCCTTGACCTG;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=18;WE=39166492;WS=39166474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	39166509	rs784507	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=9;PP=368;SC=GCTGCTGGCTATGCTTCAGTG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=39166517;WS=39166499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	39166743	rs2669852	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=208;SC=TGCAAGGTGGTCTGGACCTTC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=39166751;WS=39166733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	39167905	rs784506	G	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=576;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CCTGACAGCCGGGTGGGGCCT;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=31;WE=39167913;WS=39167895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr3	39169693	rs1298712	A	G	223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.38;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	39169712	rs1274969	T	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	39175576	rs784492	G	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	39178437	rs35934336	G	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=122;ReadPosRankSum=-1.352;SC=AACAAGGCACGCAAGGACAGC;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=11;WE=39178445;WS=39178427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr3	39178899	rs784495	C	T	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=23;PP=1046;SC=TGGGGACTGGCGGGCATGGGC;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=53;WE=39178907;WS=39178889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	39179909	rs784497	G	A	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=22;PP=856;SC=GCACGTGAATGGACGTGGGAG;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=37;WE=39179917;WS=39179899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	39180099	rs784498	T	C	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	39180162	rs811969	A	C	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=55;PP=1879;SC=TGGTGGGGAAACCTGCATGAT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=39180170;WS=39180152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	39180263	rs704959	G	A	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=28;PP=873;SC=AAGGCCCGAAGGTCCCTGAGG;SOR=1.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=39180271;WS=39180240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	39184959	rs1274958	C	T	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=25;PP=1262;SC=TCATCCAGGACGCCTGATGTG;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=39184967;WS=39184949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	39185077	rs1274957	G	A	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=65;PP=2319;SC=GGTTCCCCACGCTCCCTTCCT;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=133;WE=39185085;WS=39185067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	39185248	rs784519	A	G	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=43;PP=1611;SC=AAGATGCTGTAGAAGAATCAG;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=72;WE=39185256;WS=39185238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	39185968	rs810743	A	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=11;PP=265;SC=AGAGGGATGTAAGAAGCACAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=39185976;WS=39185958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	39186728	rs784517	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=-0.027;SC=CCCGGCGAGCCCGCTTCAGGA;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=16;WE=39186736;WS=39186718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr3	39187858	rs13084317	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	39226114	rs34810344	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=709;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GTTCTTGACTGCAGTTTGACC;SOR=1.040;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=23;WE=39226135;WS=39226104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,38:0.32:120
chr3	39226127	rs3732383	C	T	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.234;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=1837;ReadPosRankSum=1.042;SC=GTTTGACCTCCGACCTCCTGG;SOR=0.548;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=54;WE=39226135;WS=39226104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr3	39227664	rs61736155	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.592;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=675;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TCCGAAGACCGTCCTGGATGG;SOR=0.978;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=44;WE=39227672;WS=39227654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
chr3	39228043	rs11711871	T	G	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=466;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CTCAGTTGGGTGCAGGCTCTG;SOR=0.574;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=23;WE=39228051;WS=39228033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr3	39229900	rs6805248	T	C	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=38;PP=1211;SC=AAACAGATGCTGCTGCTGCTG;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=68;WE=39229908;WS=39229890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	39230439	rs115099187	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.98;MQRankSum=-1.414;NF=12;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=1.431;SC=CTGTCAGCTCGTCCAGTGGCT;SOR=0.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=24;WE=39230447;WS=39230429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,43:0.33:131
chr3	39230997	rs2271487	A	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=13;PP=415;SC=CTAGATGTTCAGCAGGGTAGA;SOR=0.811;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=39231005;WS=39230987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	39307448	.	C	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=448;ReadPosRankSum=0.461;SC=GGCCAGATTTCCTGGAGGACC;SOR=0.789;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=25;WE=39307456;WS=39307438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr3	39308293	rs4271863	A	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=38;ReadPosRankSum=0.363;SC=TTTTTTTTTTAAATGGAGTCT;SOR=0.818;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=39308301;WS=39308282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr3	39431081	rs2270770	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.048;NF=16;NR=8;PP=316;ReadPosRankSum=0.404;SC=AAACACGCCTGCAAACCCTCC;SOR=0.979;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=24;WE=39431089;WS=39431071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr3	39433147	rs1995236	G	A	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=38;PP=1237;SC=AGGATAGTTCGGCTTAGCCAC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=39433155;WS=39433137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	39436186	.	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	39437800	rs9877539	A	G	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	39448204	rs3772146	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=0.000;SC=CATTTCCTGCCGCCTGTCTTT;SOR=1.646;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=12;WE=39448212;WS=39448194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr3	39448424	rs3772144	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chr3	39448581	rs3772143	T	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr3	39449137	rs1803893	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.256;NF=7;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TAAAGGGAAATTTTCACAATG;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=10;WE=39449145;WS=39449127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr3	39449379	.	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=206;ReadPosRankSum=-0.153;SC=TATCTTCCTTAAATGAAGCCA;SOR=0.804;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=39449387;WS=39449369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr3	39450065	rs3772138	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr3	39450276	rs34149164	C	CAT	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=0.787;SC=CATTGTGAGACATAGAAAGAC;SOR=0.591;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=39450284;WS=39450266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr3	39450362	rs34211462	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.566;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	39450393	rs71325529	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	39452106	rs2077798	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.482;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=0.555;SC=GAAGTAAGAGAGGTTAAGGAA;SOR=0.223;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=10;WE=39452114;WS=39452096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr3	39452123	rs2077797	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.78;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr3	39452129	rs2077799	G	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.20;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr3	39452772	rs1392192	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	39453160	rs2269350	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-2.573;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.939;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr3	39453610	rs2723	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=319;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CAGTTTTATTCTAACTTTAAT;SOR=0.392;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=18;WE=39453618;WS=39453600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr3	39554786	rs2233204	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=365;SC=TCAAAATCCACAATTATACTA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=39554794;WS=39554776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	39942234	.	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=0.585;SC=TTGATTTTGTCCATGTAGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=10;WE=39942242;WS=39942224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr3	40208247	rs10460959	G	T	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=11;PP=640;SC=TTATCCCAGAGCCCCTGAAGA;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=40208255;WS=40208237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	40208450	rs12494283	C	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=17;PP=602;SC=GCCCCTCCTGCTCCTCTCTGT;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=29;WE=40208458;WS=40208440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	40231883	rs1317317	C	T	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=44;PP=1518;SC=AAGAGCCCGACTGGGCTCAGA;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=78;WE=40231891;WS=40231873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	40286017	rs4618168	T	C	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	40351484	rs11709089	C	T	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=87;PP=2727;SC=GTCGCCGCCGCCTCCCTCCCT;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=150;WE=40351492;WS=40351474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	40352355	rs35523102	AT	A	438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.025;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,32:0.89:36
chr3	40352884	rs1454492	C	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=372;SC=ACTGAAATGGCTAATTCTGTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=40352892;WS=40352874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	40353259	rs1470937	T	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=214;SC=GATCATTTCTTTATATACACA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=40353267;WS=40353249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	40353425	rs34544743	CAG	C	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=5;PP=205;SC=TTATATTTCTCAGAGTTATTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=40353434;WS=40353415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	40435890	rs72861689	A	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	40442280	rs9875245	G	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=190;SC=TTCCCTAAGCGAAGCAGTGTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=40442288;WS=40442270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	40442574	rs112091498	AGAGGTCC	A	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=477;SC=GGAGGCCTGGAGAGGTCCTGA;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=40442588;WS=40442564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	40457524	rs34266806	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr3	40468896	rs1047855	C	T	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=45;PP=1456;SC=TTCTTCACAGCGGCAGCCTTG;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=40468904;WS=40468886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	40498720	rs17524303	TACGC	T	923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=11;PP=573;SC=AGCGCGTGCGTACGCACGCAC;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=11;WE=40498731;WS=40498710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	40498933	rs4973904	A	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=9;PP=341;SC=CTGAGGCGCCAAACGGCTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=40498941;WS=40498923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	40503520	.	A	ACTGCTGCTG,ACTGCTG	3225.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.53;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=10,10;NR=18,18;PP=25,1047;SC=TACTAAGGGTACTGCTGCTGC;SOR=0.793;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=28,28;WE=40503528;WS=40503510;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:73
chr3	40505886	rs11129881	C	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=285;SC=TGGATGATTTCGGATTACCTG;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=40505894;WS=40505876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	40519429	rs4553952	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=303;SC=TCTTACTTTTTCAAACCTAGA;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=40519437;WS=40519419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	40519532	rs4128740	C	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=9;PP=305;SC=ATACTCAGAACAGATATGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=40519540;WS=40519522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	40557309	rs58487114	GT	G	930.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.27;QD=32.09;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	40557311	rs56754874	GA	G	930.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.27;QD=32.09;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	41274764	rs2691680	C	A	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.07;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=2.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr3	41291081	rs2293304	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.839;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr3	41497115	rs3816945	C	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=-0.760;SC=AAATGAAAGACGGTCTTGGTG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=16;WE=41497123;WS=41497105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr3	41607701	rs1565957	C	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CAAATGATGTCCACTGCTTCA;SOR=0.157;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=12;WE=41607709;WS=41607691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr3	41705227	.	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=1.341;SC=TACTCAGTAGGAAAAATTATG;SOR=0.987;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=19;WE=41705235;WS=41705217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr3	41756965	rs61744388	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr3	41756986	rs61744385	A	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=-1.962;SC=GGGAGACACAACTTCAGCTGT;SOR=0.803;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=12;WE=41756994;WS=41756976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr3	41759191	rs17060938	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.963;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=223;ReadPosRankSum=-0.759;SC=AAAGCAGAAATGGGGCCTGAG;SOR=1.104;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=16;WE=41759199;WS=41759181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr3	41759288	rs61745795	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=-1.268;SC=CAGGTATTCATTGCCACTTTG;SOR=1.070;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=18;WE=41759296;WS=41759278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr3	41795841	rs9867627	A	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr3	41831203	rs17215589	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,31:0.32:97
chr3	41841716	rs4973986	A	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr3	41861013	rs59543183	GA	G	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.087;NF=2;NR=14;PP=181;ReadPosRankSum=1.537;SC=AATGAAGTGGGAAAAAAAAAG;SOR=0.589;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=16;WE=41861021;WS=41861003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr3	41877414	rs3774372	T	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=-0.950;SC=CTGTTTTAATTTGCTGTTCCT;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=26;WE=41877422;WS=41877404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr3	41923513	rs59960840	GAGGCC	GGGCC,G	433.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=543;ReadPosRankSum=2.414;SC=CCAGTAGAATGAGGCCATCAC;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=8;WE=41923527;WS=41923503;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.55:22
chr3	41923515	rs61575884	GGCCA	G	433.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr3	41923519	.	A	G	551	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=8;NR=4;PP=551;QD=48.8142677123;SC=GAATGAGGCCATCACATCACC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=12;WE=41923527;WS=41923503;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr3	41925260	rs113374533	CAGAGAAAAAACAAGTGA	C	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=2970;ReadPosRankSum=0.607;SC=CACAATCCCACAGAGAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=41925284;WS=41925257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr3	41925301	rs1716685	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=289;ReadPosRankSum=-2.311;SC=CTGCAGGTTCTAAATTACAGA;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=20;WE=41925309;WS=41925291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr3	41925398	rs1052501	C	T	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=795;ReadPosRankSum=1.681;SC=TGGAGCTCAGCTGTGTGCGAA;SOR=0.607;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=58;WE=41925406;WS=41925388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,83:0.62:134
chr3	41925423	rs1716687	T	C	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=47;PP=1758;SC=GTAAACCAATTACGTGAGCAA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=41925431;WS=41925413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	41937000	rs1717003	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=202;ReadPosRankSum=-1.306;SC=AAAATATAAACGTTACTTACA;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=15;WE=41937008;WS=41936990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr3	41938500	rs1717005	G	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=362;SC=TATCCACTGCGATGGAAAGAA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=41938508;WS=41938490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	41939990	rs112168426	GT	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr3	41939993	rs1625226	T	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr3	41942199	rs1717007	T	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=596;ReadPosRankSum=-1.664;SC=ACTCAGTTGTTAGAGTGTCTT;SOR=0.749;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=40;WE=41942207;WS=41942189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,61:0.51:120
chr3	41949301	rs59146151	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=0.257;SC=AGCTTCTACATCTTATGTAGG;SOR=0.585;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=15;WE=41949309;WS=41949291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr3	41952781	rs1716991	C	T	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=14;PP=724;SC=TTGTCTTGCACTGATCCCTCT;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=38;WE=41952789;WS=41952771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	41952852	rs35263917	T	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=0.495;SC=TCAAGAGTACTCTTAGGCCGA;SOR=0.499;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=25;WE=41952860;WS=41952842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,39:0.32:120
chr3	41957466	rs1716698	T	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=1.384;SC=CTACTGTCCCTACCTTTTCTG;SOR=0.657;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=5;WE=41957474;WS=41957456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr3	41960006	rs1716975	T	C	175.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr3	41961168	rs1716979	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-0.040;SC=ACCTGGTTTTTAGTCCAGCTC;SOR=0.836;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=6;WE=41961176;WS=41961158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr3	41961366	.	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=1.020;SC=CTGCCAACACGAACCCACCTA;SOR=0.587;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=22;WE=41961374;WS=41961356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr3	41977214	rs3934103	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=0.451;SC=AAATTTTATCCAAAAATAACA;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=41977222;WS=41977204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr3	41977464	rs73071203	A	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.716;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,45:0.35:129
chr3	41977488	rs58069203	CCT	C	2928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.771;NF=4;NR=23;PP=1135;ReadPosRankSum=1.147;SC=ACAGAGTGCCCCTGAGAGGTT;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=27;WE=41977497;WS=41977478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,74:0.64:116
chr3	41978640	rs146197255	AG	A	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.415;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.048;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr3	41978738	rs73071208	A	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.11;MQRankSum=1.225;NF=13;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CAGAGATCAGAAACAACAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=26;WE=41978746;WS=41978728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr3	41996136	rs2272007	T	C	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,119:0.61:195
chr3	41996275	rs7651623	A	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=30;PP=857;SC=TCTCACATACAATAGAATAAC;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=41996283;WS=41996265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	41996304	rs17284472	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-2.008;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr3	42133024	.	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-2.501;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,31:0.29:107
chr3	42133149	rs4974011	C	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=-0.416;SC=TCTCTTGCTCCGTGCTGCTTG;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=6;WE=42133157;WS=42133139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr3	42202061	rs4974003	G	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=2.593;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr3	42218095	rs1010987	G	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=1.797;SC=CAGGGGTTACGAGTCCCCCTA;SOR=0.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=42218103;WS=42218085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr3	42218242	rs78512865	A	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=619;ReadPosRankSum=2.131;SC=ACTTTTTTAGATGAGTCATTT;SOR=0.677;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=41;WE=42218250;WS=42218232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr3	42226151	rs4234445	T	C	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=1.410;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
chr3	42230395	rs3816396	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=0.637;SC=TTGGGAGAGCCGTCTGGTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=42230403;WS=42230385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	42230743	.	G	A	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=41;QD=25.2570708491;SC=TGTACCAGGCGCTCGGCAGAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=3;WE=42230754;WS=42230733;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,3:0.30:10
chr3	42230746	rs62257336	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=202;ReadPosRankSum=1.569;SC=ACCAGGCGCTCGGCAGATGTG;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=42230754;WS=42230733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr3	42234740	rs2290137	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=313;ReadPosRankSum=0.052;SC=CAATGGCCATGCTGAGACGGG;SOR=0.682;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=24;WE=42234748;WS=42234730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr3	42236415	rs9851455	A	G	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=610;ReadPosRankSum=1.414;SC=GCTACCACTCACTGGGCCTGT;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=42;WE=42236423;WS=42236405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,66:0.64:103
chr3	42242687	rs9846541	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=-0.559;SC=GTGGTGGCTCGCGCCTATAAT;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=12;WE=42242695;WS=42242677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr3	42244321	rs9311309	G	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=630;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TGCGGAAGGCGGGGCACCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=38;WE=42244329;WS=42244311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,76:0.66:116
chr3	42251577	rs10634555	C	CGGA	2762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=6.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.754;QD=24.23;ReadPosRankSum=1.674;SOR=1.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,74:0.65:114
chr3	42264393	rs3733053	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=297;ReadPosRankSum=0.826;SC=TCTGGAGCTCATGGGCATTTC;SOR=1.071;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=20;WE=42264401;WS=42264383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr3	42264422	rs3733054	T	C	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=544;ReadPosRankSum=-2.730;SC=AACCTGTCATTTCTTCTTTCA;SOR=0.822;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=31;WE=42264430;WS=42264412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr3	42265270	rs3836498	TCTC	T	1138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=705;ReadPosRankSum=-1.375;SC=AGACCCACGTTCTCCTCTCTT;SOR=1.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=17;WE=42265280;WS=42265260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr3	42265634	rs1043610	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=-0.148;SC=CGAGCTGTCACGCGGCACGGG;SOR=0.951;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=19;WE=42265642;WS=42265624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr3	42299638	.	C	T	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=704;ReadPosRankSum=0.668;SC=CAAAATCCATCCAGCCCATGT;SOR=0.722;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=45;WE=42299646;WS=42299618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,91:0.66:138
chr3	42299865	rs111921938	TG	T	234.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=218;ReadPosRankSum=-1.593;SC=ATCAAAGTAGTGGAACTGATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=42299873;WS=42299855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr3	42304784	rs1868522	A	G	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=701;ReadPosRankSum=1.610;SC=GGACCGCCAGAAATCATGTTG;SOR=1.005;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=45;WE=42304792;WS=42304774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,75:0.56:133
chr3	42305131	rs754635	C	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	42438754	rs13054	T	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr3	42448296	rs33518	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=365;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CACAGCACCATAGCCTCCAGT;SOR=0.913;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=30;WE=42448304;WS=42448286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,50:0.32:157
chr3	42560882	rs28684623	T	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=0.622;SC=GGGACTCACCTCTCAAGGAAG;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=28;WE=42560890;WS=42560872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr3	42568929	rs2229722	T	C	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=1046;ReadPosRankSum=2.721;SC=GCTACACCATTGGCTACGGCC;SOR=0.589;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=81;WE=42568937;WS=42568919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,120:0.58:207
chr3	42597440	.	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,54:0.38:141
chr3	42599049	.	TA	T	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.038;QD=5.06;ReadPosRankSum=-2.242;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr3	42599091	rs2271184	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.981;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.793;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr3	42599234	rs2271185	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=0.117;SC=GTAATTTCTACATGAAAGAAA;SOR=1.038;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=22;WE=42599242;WS=42599224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr3	42605402	rs9311324	A	C	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=715;ReadPosRankSum=0.129;SC=ACAGCCTGTGATCACTCTTAT;SOR=0.766;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=42;WE=42605410;WS=42605392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,71:0.63:113
chr3	42610374	rs2271186	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=253;ReadPosRankSum=1.392;SC=TAAAGTCACAACCTTCTGCAG;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=20;WE=42610382;WS=42610364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr3	42610515	rs2271187	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=1.449;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr3	42660489	.	CTT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.782;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr3	42700456	rs339724	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=683;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CCGGTGGGCCCCCAGCCAGCT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=39;WE=42700464;WS=42700446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr3	42700630	rs339723	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=-1.167;SC=GGCCAAGCCCAGCCACCGTGG;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=22;WE=42700638;WS=42700620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr3	42728144	rs6805421	A	G	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=17;PP=970;SC=TCCCTCTCCAACCAGGTCCCC;SOR=0.953;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=49;WE=42728152;WS=42728134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	42733468	rs123509	T	C	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=31;PP=795;SC=CAATGTGCTGTGCCTGACTAA;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=42733476;WS=42733458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	42735150	rs11079	T	C	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr3	42738297	rs2290973	G	A	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=16;PP=678;SC=ACACCTGGCAGGATGGCTGTG;SOR=0.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=39;WE=42738305;WS=42738287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr3	42738688	.	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.951;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.139;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TGGGGCCTGCCCCCATGAAGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=42738696;WS=42738678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr3	42739719	.	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=2.061;SC=GTCAGCTAAGGAGTAGTGGCG;SOR=1.027;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=9;WE=42739727;WS=42739709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr3	42754912	rs3895740	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	42772180	rs10865921	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-1.707;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr3	42774475	rs17074778	G	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=-2.338;SC=GTGTAAAGGCGGAAGGGGCCC;SOR=0.855;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=24;WE=42774483;WS=42774465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr3	42781276	rs62246603	G	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=388;ReadPosRankSum=-0.300;SC=GCTCTCTCTGGAGGACATCCC;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=33;WE=42781284;WS=42781266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr3	42781316	rs11709500	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=0.110;SC=TAATTAGAAAGTGAGGGCATG;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=25;WE=42781324;WS=42781306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr3	42784630	rs12635736	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-2.318;SC=GAGACCCCACAGACTGAAGAT;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=9;WE=42784638;WS=42784620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr3	42787469	rs2240859	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr3	42793337	rs11929390	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=-0.997;SC=GGGGTGGACCTCGGGTAGAGG;SOR=0.283;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=42793345;WS=42793327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	42794333	rs55904344	G	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=1.891;SC=CTCATAAAGGGGCACTAACTT;SOR=0.646;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=11;WE=42794341;WS=42794317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr3	42799554	rs111697736	T	TAC	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=0.623;SC=GCTCCGGTGGTACACACACAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=42799562;WS=42799544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr3	42799765	rs17238798	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.443;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr3	42799858	rs339678	T	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=12;PP=352;SC=GCATCAGAAATGAAGCCTCAG;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=42799866;WS=42799848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	42906309	.	C	T	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=799;ReadPosRankSum=2.500;SC=GGGGCATCTCCGTGGCCTGGC;SOR=0.598;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=56;WE=42906317;WS=42906299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,86:0.71:121
chr3	42906729	.	G	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=737;ReadPosRankSum=-0.424;SC=CCGCAGGCCAGGGCCGGGCTT;SOR=0.906;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=49;WE=42906737;WS=42906719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,65:0.34:190
chr3	42907112	rs2228468	A	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=345;ReadPosRankSum=0.896;SC=TCTGAGAACTACCCTAACAAG;SOR=0.963;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=19;WE=42907120;WS=42907102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr3	42915878	rs735320	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=222;ReadPosRankSum=0.393;SC=CCCAGCGCTGCGGGTCAACAT;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=19;WE=42915886;WS=42915868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr3	42917047	rs9865715	A	G	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	42947776	rs6789928	T	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=25;SC=CAGAGCGCTCTTCCGCGACCC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=42947784;WS=42947766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	42947793	rs9832875	C	T	40.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	42950181	rs7617715	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TAGTTATTTCCGTTTTTTTCC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=42950189;WS=42950171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr3	42954912	rs11129987	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GGACCAGATCCTTAAATCAAC;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=42954920;WS=42954902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	42956273	rs1427801	T	C	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	42956984	rs834579	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.191;SC=AACATTTACCATGTACTCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=42956992;WS=42956974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr3	43021007	rs6773223	C	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	43021383	rs6775999	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	43074831	.	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,77:0.52:149
chr3	43074871	rs588335	A	G	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1434;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TCTGGTGGGCACCCGATGTGC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=76;WE=43074879;WS=43074861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr3	43095101	rs536119	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=340;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GAGAAATGCCAGAACCCAGCC;SOR=0.768;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=30;WE=43095109;WS=43095091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,52:0.36:143
chr3	43095245	rs2280565	A	G	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=10.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,97:0.69:140
chr3	43095356	.	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr3	43121559	rs604033	C	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=289;ReadPosRankSum=1.618;SC=GAATGAGGGACGGGATGTCCA;SOR=0.798;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=27;WE=43121567;WS=43121549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr3	43122173	.	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,65:0.37:176
chr3	43122966	rs2936818	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=-2.716;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr3	43414318	rs6441771	A	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=12;PP=418;SC=CGTGGAAGAGAGACCAGCTTG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=43414326;WS=43414308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	43591142	rs12638282	G	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=5;PP=496;SC=GACAGCCCGAGACAGCACTGC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=43591150;WS=43591132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	43592906	rs9829081	T	C	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=25;PP=1964;SC=AATTTACATATAATAAACTGC;SOR=1.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=94;WE=43592914;WS=43592896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	43602803	rs3772165	C	T	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=24;PP=928;SC=CCTCTTCACCCGCACACCATG;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=52;WE=43602811;WS=43602793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	43607136	rs7616708	T	C	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	43618141	.	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=1.776;SC=GGCAACATTTCTTACAGGCAA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=16;WE=43618149;WS=43618131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr3	43618458	.	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=468;ReadPosRankSum=0.663;SC=TCCCAGTGATGGAATTGATAC;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=33;WE=43618466;WS=43618448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr3	43642126	rs6441785	C	A	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=822;SC=AGTTTCAAAACTAAAAACTTT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=43642134;WS=43642116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	43753078	rs17075899	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	43756577	rs10662733	C	CTG,CTGTGTGTG	739.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.042;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=22,22;PP=326,884;ReadPosRankSum=3.306;SC=TCAATTCACTCTGTGTGTGTG;SOR=1.688;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=23,23;WE=43756586;WS=43756567;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.30:44
chr3	43760062	rs887472	T	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=513;ReadPosRankSum=-1.721;SC=TGGTGACTGATATAGTTGTTC;SOR=0.866;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=35;WE=43760070;WS=43760052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,48:0.35:138
chr3	44283525	rs9850927	A	G	77.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=1;PP=37;SC=GAGGGGCCCCAGCGGGCCGGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=44283533;WS=44283515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	44283672	rs9833423	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	44283808	rs7645375	C	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=1142;ReadPosRankSum=1.687;SC=CGCAGGGGCCCGGTGAGCCCG;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=63;WE=44283816;WS=44283798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr3	44284584	rs9284879	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=-0.526;SC=AAATATTAAGGTTGAATTCCA;SOR=1.329;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=20;WE=44284592;WS=44284574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr3	44284610	rs80124180	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=-1.075;SC=AACTGTACAAGAATACTCCAA;SOR=0.492;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=21;WE=44284618;WS=44284600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr3	44285909	rs75303268	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=-0.944;SC=GAAATTTAACGAAACTTAATT;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=12;WE=44285917;WS=44285899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr3	44286387	.	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=529;ReadPosRankSum=0.290;SC=TTCTAATAAAGAAGTTGCTTC;SOR=0.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=33;WE=44286395;WS=44286377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr3	44296403	rs4682960	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr3	44310592	rs5004668	T	C	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=73;SC=GTGAACTGAATATGAATATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=44310600;WS=44310582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	44312447	rs11130024	T	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=1.345;SC=ATCATATGTGTATTCTTTAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=44312455;WS=44312437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr3	44329394	rs11294162	TG	T	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=1.249;SC=ATTGTTTCCATGGGGGGGTAC;SOR=0.561;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=3;WE=44329402;WS=44329384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	44332131	rs11927593	T	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TCAATTTTTTTAAATGAGTTT;SOR=1.375;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=44332139;WS=44332121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	44332176	rs1488637	T	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=9;PP=564;SC=CTTCTTCCATTAGTGTCTTAG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=44332184;WS=44332166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	44345646	rs1488639	A	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.191;SC=GGTTTGAATAATAACCCCATT;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=44345654;WS=44345636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr3	44362408	rs9857957	G	A	141.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=67;SC=GAGTACATATGTTTAAGTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=44362416;WS=44362406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	44399668	rs4682970	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=7;PP=474;SC=CTTGAGACCTTTATTATCATG;SOR=1.387;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=44399676;WS=44399658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	44399693	.	C	CT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr3	44408864	rs372993721	G	GT	489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=375;SC=GTAATAGAATGTTTAAAAGAT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=44408872;WS=44408854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	44437870	rs6441838	A	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.195;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.64;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr3	44442671	.	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.777;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=306;ReadPosRankSum=0.658;SC=AGTGGTTTTTCCTTTAATGTA;SOR=0.240;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=21;WE=44442679;WS=44442661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr3	44489880	rs11710965	T	C	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=654;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CTTGTAGTCATAGTGGTGTGA;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=48;WE=44489888;WS=44489870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,69:0.39:178
chr3	44540791	rs36046723	TTC	T	4923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=36;PP=2379;SC=CATAAGGTTTTTCTCTCCAGT;SOR=0.709;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=51;WE=44540800;WS=44540781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	44607013	rs13081859	T	C	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,83:0.41:203
chr3	44609626	rs6765468	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.125;NF=1;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=0.125;SC=TACTTCCCCTGGAGGTAATGG;SOR=1.051;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=7;WE=44609634;WS=44609616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr3	44611896	rs9835485	A	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQRankSum=-1.640;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.666;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,57:0.33:171
chr3	44612050	rs9873604	C	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=451;ReadPosRankSum=0.638;SC=TCCCGACTCACTGACCACCAG;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=36;WE=44612058;WS=44612040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,60:0.42:144
chr3	44612895	rs2034476	C	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=-0.889;SC=CAGAGAGCAACGACCTTTGAG;SOR=1.085;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=21;WE=44612903;WS=44612885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr3	44636248	rs373468177	A	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=-0.512;SC=AGAGGAAAAAAAGTTTACAAA;SOR=0.629;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=16;WE=44636256;WS=44636238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr3	44761729	rs17076938	A	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=376;ReadPosRankSum=0.083;SC=GTGTTTTCCAATCAAAGCGAA;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=23;WE=44761737;WS=44761719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr3	44775962	rs4682752	A	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=504;ReadPosRankSum=-1.070;SC=GAGAGTTAACATGCAGAAGAA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=39;WE=44775970;WS=44775952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr3	44794881	rs112645395	A	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.041;NF=15;NR=10;PP=402;ReadPosRankSum=2.001;SC=TACTATTTTTAATTTGTTTTT;SOR=0.914;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=25;WE=44794889;WS=44794871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr3	44803108	rs56236286	AAAGACAG	A	4721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.794;NF=9;NR=31;PP=2099;ReadPosRankSum=-0.936;SC=AGCTCTGGGTAAAGACAGAAG;SOR=0.503;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=40;WE=44803122;WS=44803098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,119:0.62:192
chr3	44803130	rs4682994	G	A	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.06;MQRankSum=0.776;NF=37;NR=37;PP=1021;ReadPosRankSum=-1.956;SC=CAGGTTCCGCGACGGATTCGC;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=74;WE=44803138;WS=44803120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,113:0.63:179
chr3	44816952	rs10574346	CTT	C	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=1.470;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr3	44819565	rs4682753	T	G	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=445;ReadPosRankSum=0.392;SC=GAAAAATGTTTTCATTTTTAT;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=31;WE=44819573;WS=44819555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,55:0.69:80
chr3	44826315	rs56895721	G	GT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	44827793	rs7642843	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=2.484;SC=ATAGGAAATTTACATCTTGTG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=44827801;WS=44827783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	44840612	rs5848711	A	AT	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=480;ReadPosRankSum=3.084;SC=GTCTTTGGAGATATAGAACTG;SOR=0.399;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=12;WE=44840620;WS=44840602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr3	44868018	.	G	GT	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.6536;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=42;QD=10.8;SC=TCTTAATCTTGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=44868026;WS=44868008;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr3	44869026	rs4682999	A	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=30;PP=946;SC=AGCAGGTAAAATTCCTGTTAC;SOR=0.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=44869034;WS=44869016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	44871505	rs11710339	A	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.676;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,25:0.24:106
chr3	44879718	.	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-1.845;SC=TTTGGGAATCCTTATTGGAAT;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=44879726;WS=44879708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
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chr3	44906746	rs10429	A	G	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=708;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GTGGGACTGTATCCTAGGGCG;SOR=0.553;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=45;WE=44906754;WS=44906736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,64:0.68:94
chr3	44929287	rs2271087	G	C	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=705;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CTGGCAAAGAGGTGAGCACCC;SOR=0.637;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=57;WE=44929295;WS=44929277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,103:0.55:188
chr3	44932047	.	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=9.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=1.428;SOR=2.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr3	44943069	rs1995640	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=391;ReadPosRankSum=-0.337;SC=CTGGGGACTACGAAGGTGGCA;SOR=0.463;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=28;WE=44943077;WS=44943059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr3	44943104	rs937838	G	C	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=485;ReadPosRankSum=-1.113;SC=TGGACAGGCAGTGCCCCGATC;SOR=0.538;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=34;WE=44943112;WS=44943094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,65:0.54:120
chr3	44943277	.	C	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.488;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=617;ReadPosRankSum=-1.563;SC=CACCCTGGATCATTTCAGTGC;SOR=0.888;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=43;WE=44943285;WS=44943267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,69:0.62:112
chr3	44943389	rs1995641	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=490;ReadPosRankSum=0.404;SC=TGAGAATGGCGAGAAAATCAC;SOR=0.641;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=30;WE=44943397;WS=44943379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr3	44948479	rs3749195	C	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.402;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=559;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GACCGCCATCCGCAAAGGTGA;SOR=1.688;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=32;WE=44948487;WS=44948469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr3	44948590	rs9876921	G	A	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=879;ReadPosRankSum=-1.866;SC=GGAGTTACACGTAATTTCAAT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=66;WE=44948598;WS=44948580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,96:0.70:138
chr3	44948770	rs4622937	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr3	44952407	rs1520082	G	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.756;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=1.281;SC=TACTGGGGGGGTATGATGAAT;SOR=0.223;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=10;WE=44952415;WS=44952397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr3	44952942	rs6777798	A	C	334.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=225;ReadPosRankSum=0.788;SC=TTCTGGACATATATCTTGCAC;SOR=0.430;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12;WE=44952950;WS=44952932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr3	44986836	rs3749189	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=-1.902;SC=CTATCAGCTCTAACATTCTAC;SOR=2.149;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=15;WE=44986844;WS=44986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr3	45017782	rs11547235	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=335;ReadPosRankSum=0.970;SC=GGCGTCCGTGACGCTGAGCGA;SOR=0.416;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=19;WE=45017790;WS=45017772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr3	45030564	rs62242658	T	C	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=606;ReadPosRankSum=0.602;SC=AGGGGGAAAATGGGTGAGTCC;SOR=1.054;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=41;WE=45030572;WS=45030554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,69:0.64:107
chr3	45030749	rs7631259	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=351;ReadPosRankSum=-0.214;SC=TACTGTGACCATGGTTCAAGC;SOR=1.639;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=23;WE=45030757;WS=45030739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr3	45049186	rs11130040	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AAACTTGGAGATTTGGGAACA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=45049194;WS=45049176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr3	45052775	rs6794	G	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=304;ReadPosRankSum=0.326;SC=GCAGAGTGTTGTGCACAAGGA;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=23;WE=45052783;WS=45052765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr3	45127515	rs9874077	T	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=30;PP=1006;SC=ATTGATGTTGTCATTGTAGAT;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=45127523;WS=45127505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	45134822	rs3749191	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=1.204;SC=GGCCTCTTGTTGGAAGCTGGG;SOR=0.502;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=16;WE=45134830;WS=45134812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr3	45151946	.	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	45152343	rs78586406	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=21;PP=541;SC=CCTAGTGGGAGTGGAACCCAA;SOR=1.203;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=31;WE=45152351;WS=45152333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	45153708	rs35501071	G	A	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=26;PP=1173;SC=AGAAGGTTCCGATCCTGACCA;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=45153716;WS=45153698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	45267310	rs41118	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr3	45267321	rs395917	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=-1.645;SC=GCCGCCGCCGCCTCCTCCGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=45267329;WS=45267300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
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chr3	45500174	rs745551	C	A	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.90;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	45500178	.	CA	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.644;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr3	45517799	rs3733117	T	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=168;SC=CTTCTCAGCTTCTTCCAGGCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=45517807;WS=45517789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	45527099	rs7640603	C	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	45527218	rs7610357	T	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=30;PP=1193;SC=TGAACATGCTTACCCAGCAGG;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=45527226;WS=45527208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	45533224	rs2128361	G	A	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=35;PP=1240;SC=CCAACATCGCGTCTTTCACTG;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=45533232;WS=45533214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	45537973	rs12638088	C	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=17;PP=429;SC=GGGGAAATGCCTGTGCAGATT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=45537981;WS=45537963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	45557707	rs11549809	G	A	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=34;PP=985;SC=GGATCGACACGATTCGGCTCT;SOR=1.051;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=58;WE=45557715;WS=45557697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	45559519	rs2170549	T	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=535;SC=AGGAGAAAGCTGAGGCCAGGA;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=45559527;WS=45559509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	45559621	rs2276860	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=141;SC=CTTTGGGAACCTTTGCCTGTG;SOR=1.292;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=45559629;WS=45559611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	45561831	rs145158055	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=577;ReadPosRankSum=-2.319;SC=AGGAGGGAGGGAGAGGTGTGG;SOR=0.614;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=38;WE=45561839;WS=45561821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,59:0.66:89
chr3	45565554	rs267220	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=21;PP=734;SC=CCCTGATGGTAATGGCTGCTC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=45565562;WS=45565544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	45583297	rs34191038	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=1.499;SC=AGTGACCCCACGCTTCTGTGC;SOR=0.269;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=9;WE=45583305;WS=45583287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr3	45637109	rs141045534	T	C	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=1024;ReadPosRankSum=0.588;SC=GCCTCGGTGGTCAGAATAGTG;SOR=0.496;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=56;WE=45637117;WS=45637099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,79:0.67:118
chr3	45637830	rs13086458	A	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=577;SC=GGGGTTCTTGAGATTGGGGAA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=45637838;WS=45637820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	45677635	rs11379880	C	CT	6011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.86;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	45677637	.	GCA	TGC	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=37;NR=34;PP=2937;QD=20;SC=CTCTTGTCCTGCAAGGAGCCT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=71;WE=45677647;WS=45677627;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr3	45677638	rs5848762	CA	C	6041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	45715159	rs35737275	CT	C	353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=278;SC=AATCCCACCCCTTTTAGGAGG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=45715167;WS=45715149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	45715688	rs2578679	G	A	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=31;PP=1826;SC=TCTTCTTCCAGTAAGTACTCC;SOR=1.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=96;WE=45715696;WS=45715678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	45715767	rs2742409	G	A	6909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.80;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr3	45746836	rs1969626	A	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=314;SC=TTAAGTATTTATCATTAATTT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=45746844;WS=45746826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	45748429	rs2742441	G	A	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	45748435	rs2673039	A	G	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	45751040	rs145136023	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=478;ReadPosRankSum=-1.703;SC=TCTTGAATGTGGATGGATTTT;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=33;WE=45751048;WS=45751030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr3	45754487	rs2742369	C	A	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=2;PP=94;SC=TACAGATTTGCGGGGGAGATG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=45754495;WS=45754477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	45754749	rs2248991	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=295;SC=TTCAATGCATGCTATAAAGTG;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=45754757;WS=45754739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	45761115	rs2064062	G	C	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=14;PP=457;SC=GTCAGCATGGGTCATATCTGT;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=28;WE=45761123;WS=45761105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	45763635	rs2673062	A	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=40;PP=1160;SC=TTGGATTATAATTTTCTGTCA;SOR=1.048;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=68;WE=45763643;WS=45763625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	45764246	rs2742448	A	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=1;PP=264;SC=TTGTCGGTAGATTGTATTAGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=45764254;WS=45764236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	45764544	rs2742449	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=501;SC=CATAAATCAATGTTCAACATC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=45764552;WS=45764534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	45772742	rs2531755	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=265;SC=TCTGATACCATTCTCTCCTTT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=45772750;WS=45772732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	45772772	rs2673055	G	A	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	45773732	rs11709306	G	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=7;PP=125;SC=AGACTTACAAGTACAGTTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=45773740;WS=45773722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	45776900	rs1468543	A	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=24;PP=713;SC=ATTGAAAAACAACACAGCAAA;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=45776908;WS=45776890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr3	45784972	rs10575376	GGT	G	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=388;SC=CTGAAAACTGGGTCTGATATC;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=45784981;WS=45784953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	45799871	rs2251347	C	T	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	45799933	rs73060335	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=283;SC=CTTTCTTTATAACTTGTCATC;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=45799941;WS=45799923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	45804391	rs2191027	C	T	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=757;ReadPosRankSum=1.644;SC=AATGAGGGTCCTGGGCCTCCT;SOR=0.558;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=49;WE=45804399;WS=45804381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,75:0.64:117
chr3	45813848	.	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=0.211;SC=TGCAGGTACTCCACACTCCTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=4;WE=45813856;WS=45813838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr3	45817418	rs758386	A	G	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=61;PP=2111;SC=ACGCCTTCTCACACTCCTCAT;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=114;WE=45817426;WS=45817408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	45821624	rs2252547	T	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=227;ReadPosRankSum=0.544;SC=CGCTGAGGACTGAGGATGGCC;SOR=0.392;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=21;WE=45821632;WS=45821614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr3	45837886	rs2271615	G	C	4472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=60;PP=1792;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TAGCGAGTTGGCCCACAGCGG;SOR=0.778;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=155;TCF=71;TCR=84;TR=108;WE=45837894;WS=45837876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,206:0.64:322
chr3	45838013	rs2271616	G	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=461;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CGGCTTGGGGGTGGCCCCGCG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=22;WE=45838021;WS=45838003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr3	45938939	rs2236938	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=1.178;SC=CAATGTCCTTGTCTGGGATTC;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=9;WE=45938947;WS=45938929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr3	45964959	rs6800954	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	45977899	rs1873002	T	C	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=12;PP=606;SC=CTCCTCCCAATGCCACACCTG;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=45977907;WS=45977889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	45979877	rs9875616	G	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=311;SC=CTGTGAATCAGTTTAGGAGGT;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=45979885;WS=45979867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	45996761	rs1463680	G	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=183;SC=CATTTGGGTCGAGAGAATCAG;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=45996769;WS=45996751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	45999910	rs41289618	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=1.307;SC=CTTGGCCTCCTGTGGCCTGGG;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=45999918;WS=45999900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	46003985	rs56029015	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=1.217;SC=TACTGCCCTCCGCCATGGGGG;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=46003993;WS=46003975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	46009491	rs3796376	C	T	5466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=64;PP=2715;SC=CCAGGCGCTCCAGGCTGGCCC;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=138;WE=46009499;WS=46009481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	46010077	rs4683158	C	T	5560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=73;PP=2683;SC=CATGCGCTCCCGTAGCTGCTT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=140;WE=46010085;WS=46010067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	46021218	rs4682801	G	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	46021452	rs35537559	T	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=11;PP=350;SC=GGCATTATTTTTATTTATTGG;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=46021460;WS=46021442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	46026209	rs11338292	CA	C	1481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=8;PP=1079;SC=CCAAATATTTCAATATGATGT;SOR=2.038;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=27;WE=46026217;WS=46026199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	46245824	rs371736049	TA	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.449;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	46307805	.	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=0.366;SC=TAAAACAGTCCTTCAAACTTC;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=46307813;WS=46307795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr3	46399208	rs1799864	G	A	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=497;ReadPosRankSum=1.523;SC=CATGCTGGTCGTCCTCATCTT;SOR=0.467;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=38;WE=46399216;WS=46399198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,52:0.41:126
chr3	46399798	rs1799865	T	C	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.960;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=58;PP=1754;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CTCCCTATAATATTGTCATTC;SOR=0.516;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=106;WE=46399806;WS=46399788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,164:0.69:236
chr3	46479668	rs3213479	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=0.307;SC=AGAGGAATTTATGGGTTAAAG;SOR=1.034;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=5;WE=46479676;WS=46479658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr3	46480958	rs2073495	C	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=167;ReadPosRankSum=0.230;SC=TAGCCCATGCCTCATTGTTAT;SOR=0.833;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=13;WE=46480966;WS=46480948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr3	46480994	rs55787894	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=2.095;SC=AGAAGGTGGCATCATCCACGC;SOR=1.232;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=8;WE=46481002;WS=46480984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr3	46484898	rs7615975	T	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-0.119;SC=ATGAGGTAAGTCCCCATCCTG;SOR=0.358;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=46484906;WS=46484888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr3	46487775	rs4682816	C	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=700;ReadPosRankSum=1.825;SC=AGAACTATTCCTCTGTGAATT;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=12;WE=46487811;WS=46487765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr3	46487787	rs201856214	TTTGCACCCTTAAAATTA	T	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.837;NF=9;NR=3;PP=2964;ReadPosRankSum=0.269;SC=CTGTGAATTATTTGCACCCTT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=12;WE=46487811;WS=46487765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr3	46490281	.	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=252;ReadPosRankSum=-0.278;SC=CTGTTGACTTCACTTTAAGCA;SOR=1.211;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=19;WE=46490289;WS=46490271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,26:0.32:81
chr3	46497498	.	C	T	1043.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=4.127;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=461;ReadPosRankSum=0.812;SC=ATTGAAAGTTCTTAGCCTGGA;SOR=0.197;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=27;WE=46497506;WS=46497488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,46:0.88:52
chr3	46501284	rs10662431	C	CCTT	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=540;SC=ACTGAACACTCCTCCTACGGC;SOR=1.127;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=11;WE=46501292;WS=46501274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	46593147	rs1879325	A	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=27;PP=834;SC=ACAAACAGAAAACAGTTTTAA;SOR=1.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=36;WE=46593155;WS=46593137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	46620614	rs11130097	T	C	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	46621196	.	C	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTTTCCATCCCTACACCCTCA;SOR=0.105;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=46621204;WS=46621186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	46654132	rs2139637	G	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=12;PP=729;SC=GGTCAAGTGCGACACATTTGG;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=46654140;WS=46654122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	46658737	rs9832679	A	G	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	46658872	rs9870935	G	T	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=508;SC=AAAATACATCGTATAATTTAG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=46658880;WS=46658862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	46713102	rs6776565	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=272;ReadPosRankSum=1.514;SC=ACCAAGAGAGCGAGGGAGACA;SOR=0.696;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=24;WE=46713110;WS=46713092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,39:0.31:125
chr3	46713457	rs7625303	C	G	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=901;ReadPosRankSum=-1.072;SC=CCCTCGACACCGTGCCCTCAA;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=60;WE=46713465;WS=46713447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,93:0.48:195
chr3	46713764	rs61277784	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=1.826;SC=TCCCAGGGCCGGGCCTGAGTC;SOR=0.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=46713772;WS=46713754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr3	46714797	rs11130103	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr3	46714821	rs11130104	C	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CTCTGGCCTCCCTCTCACCTG;SOR=0.662;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=6;WE=46714829;WS=46714811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr3	46715001	rs4682825	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=370;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GGAGATCAGCCTAGGTCATGG;SOR=0.613;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=25;WE=46715009;WS=46714991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr3	46717065	rs7635360	C	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr3	46717931	rs6808525	T	C	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=28;PP=668;SC=GACTAAGCACTGGGGTCTGGA;SOR=1.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=46717939;WS=46717921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	46717957	rs9876451	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.002;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=412;ReadPosRankSum=0.186;SC=GCATGCCCACACCAGCCTCCC;SOR=0.272;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=24;WE=46717965;WS=46717947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr3	46718281	.	C	T	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.428;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=1139;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GCCCCCTCCCCCCAGGAAGCC;SOR=0.162;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=67;WE=46718289;WS=46718271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,76:0.71:107
chr3	46718298	rs6806400	A	G	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=58;PP=1737;SC=AGCCCTCCCCAGCCCACCCTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=62;WE=46718306;WS=46718288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	46722692	rs13080080	G	T	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=37;PP=1911;SC=GTGAGGGCCCGGTCCACCCCT;SOR=1.120;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=103;WE=46722700;WS=46722682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	46723551	rs4683310	G	A	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=6.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,98:0.33:299
chr3	46723663	rs4683311	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,42:0.29:145
chr3	46723777	rs56069285	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.920;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr3	46724569	rs9847407	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CTCTCTGCCCCGCAGACCCCC;SOR=0.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=8;WE=46724577;WS=46724559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr3	46728659	rs7633016	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-0.234;SC=AGAGGGCCACGCACCACCTTC;SOR=0.538;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=46728667;WS=46728649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr3	46729757	rs7642448	C	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=282;ReadPosRankSum=0.314;SC=CGCAGGCACTCTCTGCCCCAG;SOR=0.883;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=25;WE=46729765;WS=46729747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr3	46730749	rs4076927	A	G	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=391;ReadPosRankSum=-1.291;SC=GTGGCTCAGCAAGTCCAACAA;SOR=0.754;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=28;WE=46730757;WS=46730739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr3	46742749	rs7430680	A	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.476;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=1.002;SC=AGGTGGGGGCAGGGAGGGGGA;SOR=0.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=8;WE=46742757;WS=46742739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr3	46747561	rs140058726	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=257;ReadPosRankSum=-1.634;SC=ACAAACTCCCCGTGGAGGGCT;SOR=2.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=15;WE=46747569;WS=46747551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr3	46750553	rs11130106	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=-1.391;SC=GAAGGAAGGCGGATGCCATTC;SOR=0.393;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=14;WE=46750561;WS=46750543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr3	46751073	rs10578999	TAAG	T	4712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=44.04;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	46753976	rs9815362	T	C	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1016;ReadPosRankSum=2.544;SC=TTAGCTCCTGTGGGAAGGGTT;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=46753984;WS=46753966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr3	46755937	rs12492868	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=258;ReadPosRankSum=-1.829;SC=AGGCGGTCTGCGTCATCTGGT;SOR=0.719;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=15;WE=46755945;WS=46755927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr3	46756945	rs7616942	A	T	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=543;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TGGGCCCAGAACAGCTGGCAG;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=39;WE=46756953;WS=46756935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,56:0.61:92
chr3	46759010	rs34788938	T	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=301;ReadPosRankSum=-0.457;SC=GGTCGGGGTCTGCCAGAGAAG;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=22;WE=46759018;WS=46759000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr3	46775766	rs56375912	A	G	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=914;ReadPosRankSum=-0.773;SC=GCAAAGGGCAACCCTCACACC;SOR=0.927;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=57;WE=46775774;WS=46775756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,85:0.57:150
chr3	46783664	rs112576071	C	CCCAAGG	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	46783757	rs57661142	T	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr3	46783959	rs58830807	T	C	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=-0.681;SC=TATTTGGTGATGCGGGTGTAC;SOR=0.648;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=19;WE=46783967;WS=46783949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr3	46784133	rs58263848	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.304;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	46784318	rs60223148	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=0.187;SC=GAGGGAGGCCGGGCCAACCCC;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=14;WE=46784337;WS=46784308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr3	46784329	rs59859985	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=8;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=343;ReadPosRankSum=0.187;SC=GGCCAACCCCGCCCCAGGGAA;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=14;WE=46784337;WS=46784308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr3	46784352	rs61298367	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5747;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=284;ReadPosRankSum=0.625;SC=GCCTCCACCCAGGAGTGGTTC;SOR=0.730;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=21;WE=46784360;WS=46784342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr3	46784467	rs58943210	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=429;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GGGGACAACTGGGGGGAAGAA;SOR=0.947;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=26;WE=46784475;WS=46784457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr3	46784580	rs62246251	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-1.501;SC=AGCCTAGCAGGGTGAGCAGTG;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=14;WE=46784588;WS=46784570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr3	46785355	rs4075012	T	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=0.388;SC=ATCCTGCTCATCTGAAAAGCG;SOR=0.754;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=46785363;WS=46785345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr3	46795236	.	T	TG	1621.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQRankSum=1.408;QD=24.95;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr3	46795237	rs76850244	T	C	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQRankSum=1.123;QD=25.89;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr3	46795339	rs377626764	TG	CA	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=13.262;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.75;MQRankSum=1.077;QD=18.26;ReadPosRankSum=1.848;SOR=2.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr3	46873667	rs7624422	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=-2.071;SC=GAGAGGAGGACGTAAGAAACA;SOR=1.382;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=16;WE=46873675;WS=46873657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr3	46902129	rs2227294	T	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=0.884;SC=GTCTCCCCGGTACTAACACTA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=46902137;WS=46902119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr3	46904708	rs936175	C	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=-1.118;SC=GGGATCCACTCACTTGCCCTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=46904716;WS=46904698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr3	46933960	rs1001284	C	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=424;ReadPosRankSum=-1.272;SC=TGCGCTGCCACTCGCGCGCGC;SOR=1.468;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=31;WE=46933968;WS=46933950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,52:0.42:123
chr3	46935527	rs724450	G	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=409;ReadPosRankSum=1.590;SC=AGGGTCTGGGGATGAGGTCAG;SOR=0.598;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=28;WE=46935535;WS=46935517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr3	46942843	.	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=0.637;SC=ATCTGGGTCTCTGTGGGCAGT;SOR=0.852;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=17;WE=46942851;WS=46942833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,27:0.21:126
chr3	46943028	rs1531137	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=79;ReadPosRankSum=-2.082;SC=CTGCGTCCCCTGGAACCAGCC;SOR=0.525;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=10;WE=46943036;WS=46943018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr3	46944274	rs1138518	T	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,62:0.46:135
chr3	46945245	.	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GGGCCAAGAGGAAAAACAGGG;SOR=1.139;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=16;WE=46945253;WS=46945235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr3	46963502	rs4587	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=-0.289;SC=AAGACCATCCTCTGCAGGACA;SOR=0.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=12;WE=46963510;WS=46963492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr3	46965197	rs2290546	C	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CTGTGGAAAACGCGCTGCCAC;SOR=0.461;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=18;WE=46965205;WS=46965187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr3	46967040	rs2290545	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=1.276;SC=AAGAATAGAGGGAACAAGCAG;SOR=0.114;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=14;WE=46967048;WS=46967030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr3	46982365	rs6804732	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=337;SC=AGGACAGCCATGGGCAGAAAG;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=46982373;WS=46982355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	47018214	rs936181	T	C	5561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=55;PP=1922;SC=CAGCCGTAGTTGCCTCCATCT;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=113;WE=47018222;WS=47018204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	47021509	rs113932344	CGCGCGCGCGG	C	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=318;SC=GCCGCGTAGCCGCGCGCGCGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=47021526;WS=47021499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	47029426	rs1108301	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=0.357;SC=CTCCCCCACCGTGACTCTGCG;SOR=0.836;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=9;WE=47029434;WS=47029416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr3	47029661	rs12152493	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=-0.119;SC=AATGGTACACGTGTGTCCTGG;SOR=0.973;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=10;WE=47029669;WS=47029651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr3	47033937	rs13066214	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=206;ReadPosRankSum=-0.339;SC=TTGCCTCCTCCACCCTGTGCC;SOR=0.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=17;WE=47033945;WS=47033927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr3	47035625	rs936185	G	A	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=34;PP=943;SC=GAGCAAAGCAGGCGAGCTGGG;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=47035633;WS=47035615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	47035900	rs749512	C	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=728;ReadPosRankSum=-1.986;SC=GTTTGCCCTCCGGCCCATGTA;SOR=0.828;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=50;WE=47035908;WS=47035890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr3	47036756	rs11720139	C	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=518;ReadPosRankSum=2.132;SC=CCTGGAGGCCCGCTGCCAAGA;SOR=0.938;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=38;WE=47036764;WS=47036746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,62:0.50:125
chr3	47038135	rs11396344	C	CA	3033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.07;NF=17;NR=28;PP=2078;SC=GCTAGGGGTCCGGGGGGAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=47038143;WS=47038125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	47040707	rs74515346	C	T	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=967;ReadPosRankSum=0.208;SC=GATGAAGCTGCCTTCAAGGGC;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=63;WE=47040715;WS=47040697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,81:0.64:126
chr3	47043538	rs2305634	C	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=379;ReadPosRankSum=0.360;SC=ACACCTCTTCCTTGGAGTCAG;SOR=0.814;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=29;WE=47043546;WS=47043528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr3	47043622	rs2305635	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=335;ReadPosRankSum=0.868;SC=CCTGGCTGGTGCCACTGGTGC;SOR=0.439;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=23;WE=47043630;WS=47043612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr3	47044122	rs11928558	A	T	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	47045739	rs1079276	C	G	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=1019;ReadPosRankSum=0.697;SC=GCCAGACTCCCAGACCCCAGC;SOR=0.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=112;TCR=132;TR=79;WE=47045747;WS=47045729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,114:0.32:359
chr3	47046842	rs2305638	G	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=222;ReadPosRankSum=0.353;SC=GGCAGACTAGGGGGCAGATAA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=20;WE=47046850;WS=47046832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr3	47047176	rs5848810	A	AG	897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.383;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=536;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TGGAGTGGCCAGGGGGCAGTC;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=17;WE=47047184;WS=47047166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
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chr3	47050908	rs3214838	AG	A	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=0.760;SC=TGGGCAGCCCAGGGGGGTGAG;SOR=0.622;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=11;WE=47050916;WS=47050898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr3	47059323	rs2385867	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=1.003;SC=GTGAGTAAAGCCAGCCAATCC;SOR=2.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=47059331;WS=47059313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	47079112	rs6768722	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr3	47103861	rs10589946	GTT	G	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=2.170;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr3	47108515	rs79752114	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.057;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	47125385	rs4082155	G	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=493;ReadPosRankSum=0.281;SC=GCTCTCTTTGGGCTCTATTTC;SOR=0.711;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=35;WE=47125393;WS=47125375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,56:0.36:155
chr3	47129784	rs183862100	A	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr3	47142907	rs60548476	TCC	T	1242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=584;ReadPosRankSum=0.401;SC=ACAGCCTATTTCCCCATCAGA;SOR=0.544;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=18;WE=47142916;WS=47142897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr3	47143087	.	A	AGT	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.239;NF=1;NR=18;PP=754;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GTAACTTATTAGTGTGTGTGT;SOR=1.371;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=19;WE=47143096;WS=47143077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	47147393	rs55987628	CAA	C	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=1.952;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr3	47161214	rs11923706	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr3	47162661	rs6767907	A	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=478;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CAGGCAGGCGATTATCTATTT;SOR=0.869;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=36;WE=47162669;WS=47162651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,51:0.41:124
chr3	47187075	rs6442059	C	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=175;ReadPosRankSum=-1.339;SC=CCCCTCACATCAGGTCATGTG;SOR=0.871;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=10;WE=47187083;WS=47187065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr3	47198826	.	G	A	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=22;QD=18.9237375157;SC=TTGAGCCCAGGAGTTCAGTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=47198834;WS=47198816;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr3	47205502	.	CGCGGCGGCG	C	423	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=423;QD=143.0;SC=CAGGTCCGACCGCGGCGGCGG;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=3;WE=47205518;WS=47205492;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr3	47276968	rs2276854	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=136;ReadPosRankSum=0.853;SC=TCACTGAGGCCCCCATCCTCC;SOR=0.483;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=13;WE=47276976;WS=47276958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr3	47277458	rs1874264	A	G	141.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=2;PP=48;SC=GAGAACAGACATCAAGGGGCA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=47277466;WS=47277448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	47277885	rs13094438	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	47282303	rs2276853	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TGCTTCTCCCGTAGTGACTTC;SOR=0.409;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=5;WE=47282311;WS=47282293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	47286227	rs6772449	G	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=126;SC=ATCCTCCCATGCACCCACCGA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=47286235;WS=47286217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	47287603	rs35871850	A	AT	1294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=672;SC=CAAGAAGAGGAGCTCTTGGAG;SOR=1.542;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=47287611;WS=47287593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	47305928	rs140345125	TTTTTA	T	947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.873;NF=3;NR=10;PP=543;ReadPosRankSum=0.867;SC=TACTGAATGCTTTTTATTTGT;SOR=0.372;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=13;WE=47305940;WS=47305918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr3	47307125	.	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=0.415;SC=CACCAGGAGGGAGCAATTCTA;SOR=0.273;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=10;WE=47307133;WS=47307118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr3	47316725	rs903538	G	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=4;PP=367;SC=AAATGATAGTGAGTGAGCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=47316733;WS=47316715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	47318747	rs924009	T	G	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=34;PP=1301;SC=GCCCAGTCAGTTGAAGGCAAA;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=75;WE=47318755;WS=47318737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	47322496	rs807936	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=4.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.608;SOR=1.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,26:0.28:93
chr3	47361082	rs2302278	G	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr3	47363971	rs17410853	G	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=-0.076;SC=CCTGGGCTAAGTAATGTCAGT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=47363979;WS=47363961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr3	47376095	rs295450	A	G	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=13;PP=721;SC=TTGGCAGTGGAGAGCCAGGCT;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=47376103;WS=47376085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr3	47451411	rs3736177	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=231;ReadPosRankSum=1.031;SC=CCTTGCCTGTCGCACAGGGAG;SOR=0.443;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=17;WE=47451419;WS=47451401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr3	47452087	rs900689	G	A	7332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=86;PP=2965;SC=AACCCATCCCGGCACAGCACC;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=156;WE=47452095;WS=47452077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
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chr3	47452786	rs1531875	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr3	47454399	rs6789730	G	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.57;SOR=5.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	47454705	rs200235092	ACAT	A	800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.801;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,28:0.20:140
chr3	47456225	rs6442066	T	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=18;PP=616;SC=CTGTTCTTCATCAGGACTCTT;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=47456233;WS=47456215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	47459564	rs148152356	CG	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.77;MQRankSum=0.869;NF=4;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-1.679;SC=TACGTGGCGGCGGGGGGTGGG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=47459572;WS=47459554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	47459679	rs12487736	C	T	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=494;ReadPosRankSum=-0.775;SC=CACACGCAGACGTGGCCTGCC;SOR=0.535;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=37;WE=47459687;WS=47459669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,58:0.46:125
chr3	47462200	rs900690	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=7;PP=285;SC=GCGTTGGCTGTCCCACTGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=47462208;WS=47462190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	47462587	rs900691	A	G	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=65;PP=1941;SC=GAGGAGCAGTACCCGGACTGC;SOR=1.152;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=37;TCR=65;TR=102;WE=47462595;WS=47462577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	47464122	rs1038394	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr3	47539702	rs12495169	T	C	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=541;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CCCTCAGGCCTGACTCTCCCC;SOR=0.598;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=40;WE=47539710;WS=47539692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,71:0.68:105
chr3	47539751	rs2170814	T	C	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=34;PP=1137;SC=GCAAGAAGCCTGTTGCCCAGG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=47539759;WS=47539741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	47539969	rs13059519	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GGAAAGGACACCCAGAGTCAG;SOR=1.104;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=9;WE=47539977;WS=47539959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr3	47543389	rs3816779	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,40:0.33:121
chr3	47555142	rs2291298	C	A	5065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=67;PP=2026;SC=ACGACGGAGGCTGGAGAGCAA;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=113;WE=47555150;WS=47555132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	47603926	rs11456803	A	AT	589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=5;PP=514;SC=TATTTTAAGTATTTTTTTGCC;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=18;WE=47603934;WS=47603916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	47604299	rs4858839	C	T	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=102;SC=CATACAGCAACCAAATAATAA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=47604307;WS=47604289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	47614413	rs2280567	G	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=125;SC=GGCAGCCACGGCCACAGTAAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=47614421;WS=47614403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	47618953	rs3732530	C	A	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=52;PP=1970;SC=CAGCTCTGGCCCTTGAGGGTC;SOR=0.749;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=103;WE=47618961;WS=47618943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	47645933	rs62262079	A	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=508;ReadPosRankSum=1.060;SC=CTCCCAATGTAAGCTGTGGCC;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=31;WE=47645941;WS=47645923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr3	47676902	.	C	CA	110	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=110;QD=47.0;SC=TCCTTACCTCCACCACTATAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=47676910;WS=47676892;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr3	47680066	rs12633923	C	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=4;PP=419;SC=ATATTATATCCTGTGAGAACT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=47680074;WS=47680056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	47680119	rs12636863	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=16;PP=788;SC=TAGAATTATTTAGAGTCCCCT;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=47680127;WS=47680109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	47712202	rs1141601	T	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=-0.883;SC=CACTAGCACCTTTACTCTAAG;SOR=0.576;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=18;WE=47712210;WS=47712192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr3	47762030	rs12495204	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=421;SC=AAAAGACTCCATAAGTGAGAA;SOR=2.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=47762038;WS=47762020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	47770380	rs6442081	G	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=502;SC=CAGCCTGGGCGACAGACTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=47770388;WS=47770370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	47889248	rs78902211	C	CT	913.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.857;NF=9;NR=9;PP=691;ReadPosRankSum=1.081;SC=GTGCCCATAACTGGTGTGTGT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=18;WE=47889256;WS=47889238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr3	47932376	rs76489172	C	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCTTCCAACACAAGGGAATTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=47932384;WS=47932366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	48019232	rs6770467	A	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=281;SC=CTCCAACAAGAACACTACCAC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=48019240;WS=48019222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	48019258	rs6770477	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=389;SC=GAAATAATTCATATGCTTCCA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=48019266;WS=48019248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	48209486	rs3731539	C	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=18;PP=543;SC=ATGGAACTTCCGAAAACATTC;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=48209494;WS=48209476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	48219320	rs3731514	AAC	A	6207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.218;QD=32.16;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,190:0.98:193
chr3	48298252	.	C	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=895;ReadPosRankSum=0.845;SC=GATTTGGACTCTCCTTGGGAG;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=55;WE=48298260;WS=48298242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr3	48309270	rs73072383	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=1.150;SC=AATGAAAATATAGGTCCTGCA;SOR=0.799;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=5;WE=48309278;WS=48309260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	48340584	.	A	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5035;FS=1.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CCCAAATCAAACCTGTTAATA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=17;WE=48340592;WS=48340574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr3	48414197	rs9852211	A	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=12;PP=498;SC=GGCAAAGCCTATAAATTCAGA;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=27;WE=48414205;WS=48414187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	48414215	rs9815103	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=184;ReadPosRankSum=0.373;SC=AGAGCAGCCCGGAGAGGAGAA;SOR=0.906;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=16;WE=48414223;WS=48414205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr3	48415007	rs4858793	C	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.158;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=365;ReadPosRankSum=-1.464;SC=TGACTGAGAACAGCCTGATGG;SOR=1.437;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=20;WE=48415015;WS=48414997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr3	48416756	.	A	G	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=31;QD=32.8856062736;SC=CCTTCCTAAGAGGGTACAGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=2;WE=48416764;WS=48416754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr3	48419723	rs7630741	G	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr3	48419897	rs6442117	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CACTATGGATCGGAAAAAAAC;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=17;WE=48419905;WS=48419887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr3	48422235	rs6784322	T	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=154;ReadPosRankSum=0.114;SC=GAAGGCAGTGTTCCTCTGTCT;SOR=0.628;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=14;WE=48422243;WS=48422225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr3	48422512	.	GTT	G	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.510;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr3	48422537	.	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=2.109;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr3	48448336	.	GG	AA	6627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.843;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=40;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.085;SC=AGCAGCTGCTGGGTAAACAAG;SOR=0.910;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=100;WE=48448345;WS=48448326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,162:0.69:235
chr3	48450706	rs3217706	TC	T	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=1.346;SC=CCCTCACCCATCCCCCCCGTG;SOR=0.275;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=7;WE=48450714;WS=48450696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr3	48451300	rs3214871	AG	A	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=182;ReadPosRankSum=0.237;SC=CTACCTTGGCAGGCCCCACCC;SOR=0.686;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=8;WE=48451308;WS=48451290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr3	48454468	rs3214041	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=377;ReadPosRankSum=0.665;SC=GCCCATTCTCCCAGCCACACC;SOR=0.523;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=28;WE=48454476;WS=48454458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,44:0.32:137
chr3	48455626	rs6794875	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=-1.133;SC=CCAGTCACACAGTGTCCTCCA;SOR=0.520;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=11;WE=48455634;WS=48455616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr3	48461313	rs2362450	C	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=-0.401;SC=CTACCTCTGACGGTGACAGCG;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=6;WE=48461321;WS=48461303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr3	48462461	rs11130171	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=-1.976;SC=AAGAGGACCCAGGATGAGGGA;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=48462469;WS=48462451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	48463618	rs9883759	T	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=484;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TCAGAAGCTGTGACAGCAAAG;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=36;WE=48463626;WS=48463608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,48:0.37:130
chr3	48463711	rs9883927	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CTCCCAGCAGTCATGCCCTGG;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=31;WE=48463719;WS=48463701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr3	48474249	rs2279077	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=236;ReadPosRankSum=1.079;SC=AGGCCCCTCAAGTCCACCATG;SOR=0.826;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=18;WE=48474257;WS=48474239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,20:0.22:89
chr3	48476431	rs13062723	C	G	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=60;PP=2092;SC=CTGGGCTGCACAGAGTCCTGG;SOR=1.110;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=93;WE=48476439;WS=48476421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	48481647	rs3774808	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr3	48491995	rs11289308	AT	A	114.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr3	48505302	rs6442124	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.422;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr3	48505964	rs2242150	C	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=248;ReadPosRankSum=0.408;SC=GATGGAACCACTCTGTTCTTG;SOR=0.880;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=21;WE=48505972;WS=48505954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr3	48508585	rs11797	C	T	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=654;ReadPosRankSum=1.005;SC=GGAAGAGCTACAGCCTAGGCA;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=55;WE=48508593;WS=48508575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,105:0.41:255
chr3	48515079	rs4858795	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GCTATGGCTCCTGTAGCTCTT;SOR=0.042;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=10;WE=48515087;WS=48515069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr3	48576483	rs7615170	C	G	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=221;SC=GGTTACGAGGCGGAGGTGGGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=48576491;WS=48576473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	48602523	rs138595277	G	GGGC	4744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=31;PP=1700;SC=AGACCCCGCTGGCAGCCCCCC;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=33;WE=48602531;WS=48602513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	48604016	rs17256786	C	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,50:0.31:161
chr3	48604059	rs41290686	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,53:0.32:164
chr3	48605593	.	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TCCATCCTTTCCTGGGGATCC;SOR=0.773;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=15;WE=48605601;WS=48605583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr3	48615902	.	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=0.649;SC=TCCAGGGGGACCAGAGGGGCC;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=13;WE=48615910;WS=48615892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr3	48617354	.	AG	A	1762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=1149;ReadPosRankSum=-0.453;SC=GAGGTTTCAGAGGGACAGTGG;SOR=0.605;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=32;WE=48617362;WS=48617344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr3	48625266	rs1264194	T	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=254;ReadPosRankSum=0.821;SC=CTTCTCCAGCTGGCCCTAGGA;SOR=0.914;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=22;WE=48625274;WS=48625256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,46:0.41:113
chr3	48627197	.	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=1.418;SC=AGGCAGGAAGGAGTGGGGCTA;SOR=2.249;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=11;WE=48627205;WS=48627187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr3	48632756	rs115744844	A	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=2.051;SC=CAGAGCAGAGAAAAGTCCCTG;SOR=0.274;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=22;WE=48632764;WS=48632746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr3	48637674	.	G	A	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.578;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,71:0.59:120
chr3	48658467	rs3895736	C	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=0.286;SC=GATGCTGAGACCAGGACCAAG;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=48658475;WS=48658457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	48659009	rs9834639	G	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=1.044;SC=CTTGCTCCAGGGCCCAGCCAG;SOR=0.705;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=20;WE=48659017;WS=48658999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr3	48663046	rs7631574	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	48665481	.	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=-1.173;SC=CCTACACCAGGGAAGACAGGG;SOR=0.358;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=11;WE=48665489;WS=48665471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr3	48666923	rs2276852	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=223;ReadPosRankSum=-1.167;SC=AGAGGGGGTCATAGACCTAAA;SOR=0.323;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=18;WE=48666931;WS=48666913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr3	48668394	rs3821876	G	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.609;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,49:0.36:135
chr3	48669447	rs13324142	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr3	48669648	rs2276850	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=317;ReadPosRankSum=2.013;SC=AAGTGGTGGTGGGGGGCACAT;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=26;WE=48669656;WS=48669638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr3	48670827	rs34368826	G	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=285;ReadPosRankSum=-0.343;SC=GGAGCACCTAGGGACATGATA;SOR=0.870;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=25;WE=48670835;WS=48670817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,42:0.37:115
chr3	48672693	rs66952042	CCGAGGCGTCGCAAGCGGAGAATGCCTGCTCCAG	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr3	48678011	rs2310997	G	C	36.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	48678971	rs9878063	T	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=0.113;SC=TGGAGCCAGGTCAGGTTACAG;SOR=1.126;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=13;WE=48678979;WS=48678961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr3	48681053	rs9868809	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=157;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CTGCCAGGAGCCCAAAGAGCC;SOR=0.529;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=15;WE=48681061;WS=48681043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr3	48681765	rs147930066	CAG	C	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=457;ReadPosRankSum=1.778;SC=CCGGGCAGGGCAGAGAGAGAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=12;WE=48681774;WS=48681755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
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chr3	48689787	rs12107418	A	G	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=552;ReadPosRankSum=1.803;SC=CCACTTGAATACTGCCTTTCA;SOR=1.175;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=39;WE=48689795;WS=48689777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr3	48690110	rs2302295	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=174;ReadPosRankSum=1.053;SC=GGACCCACAGTAGACCTTAAT;SOR=0.260;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=9;WE=48690118;WS=48690100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr3	48691316	rs12107252	T	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=483;ReadPosRankSum=0.266;SC=CTTACTAAGCTGACAGTCTTT;SOR=1.160;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=48;WE=48691324;WS=48691306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,60:0.30:198
chr3	48694147	rs2286651	G	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=600;ReadPosRankSum=-0.620;SC=AGCGCGGGCGGCAGACGCACG;SOR=0.584;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=39;WE=48694155;WS=48694137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr3	48697654	rs3821875	C	G	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=680;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CCCCTGGGTGCTGATGGCAAA;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=44;WE=48697662;WS=48697644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,57:0.38:152
chr3	48699519	rs3733086	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=526;ReadPosRankSum=0.636;SC=AGGACACCGGCTTGGGACCGT;SOR=0.867;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=44;WE=48699527;WS=48699509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,58:0.35:168
chr3	48716993	rs3816836	G	A	3571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=1260;ReadPosRankSum=-0.429;SC=CTCCTACCCCGCCCTCCAGCC;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=89;WE=48717001;WS=48716983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,172:0.65:264
chr3	48719453	rs34096717	A	C	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.808;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,86:0.35:248
chr3	48719637	rs9883469	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=350;ReadPosRankSum=0.275;SC=CATCTAGAGCGTCAGCGAGGC;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=11;WE=48719646;WS=48719627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr3	48719638	rs7633840	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.229;SC=ATCTAGAGCGTCAGCGAGGCT;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=24;WE=48719646;WS=48719627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr3	48720303	rs9812977	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	48723302	rs6792510	G	C	262.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=4.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=2.405;SC=ACGCCAGGCCGGGAGCGCCGA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=48723310;WS=48723292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr3	48725707	rs1048940	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=-0.479;SC=CTAGCAAGCTCACTCCCCACT;SOR=0.734;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=10;WE=48725715;WS=48725697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr3	48727112	rs4858798	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=515;ReadPosRankSum=0.053;SC=AAGGCACCTCGTAGCGGGAAG;SOR=0.851;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=33;WE=48727120;WS=48727102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr3	48730894	.	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.035;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.435;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=0.495;SC=TTCCATCATTGAAAATGTTTA;SOR=0.132;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=16;WE=48730902;WS=48730884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr3	48731961	rs72929172	A	G	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=778;ReadPosRankSum=1.654;SC=GATGTCCCCTATAAAATACAT;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=56;WE=48731969;WS=48731951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,78:0.60:129
chr3	48732223	rs11557629	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,45:0.41:111
chr3	48732480	rs17080319	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=290;ReadPosRankSum=0.242;SC=ATCTCTCACATCTCCTCGCCA;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=25;WE=48732488;WS=48732470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,41:0.32:128
chr3	48752654	rs11708786	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=-0.493;SC=ATTTGTTACCCAAGATTATCC;SOR=1.230;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=8;WE=48752662;WS=48752644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr3	48754877	rs9834996	G	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=1.426;SC=CTGACGGGCGGTTGGGTGGAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=4;WE=48754885;WS=48754867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	48845251	rs9311430	C	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=589;ReadPosRankSum=0.149;SC=CATAGTCTTCCACACTCAATC;SOR=0.840;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=39;WE=48845259;WS=48845241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr3	48897078	rs6414612	A	G	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=32;PP=980;SC=TGGCAAGAAAAAGGTGAATTA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=48897086;WS=48897068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr3	48986399	rs13315711	A	T	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=1012;ReadPosRankSum=1.310;SC=GTTGAGGGACATTGGGTTGTT;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=70;WE=48986407;WS=48986389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,113:0.59:192
chr3	48986546	rs371516194	CATTTATTT	C	800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.727;NF=1;NR=13;PP=2983;ReadPosRankSum=0.345;SC=GTATGTTTAACATTTATTTAT;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=14;WE=48986561;WS=48986536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr3	49004723	rs6446196	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=486;ReadPosRankSum=0.265;SC=GTCTGCCACAAAACTTATAAA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=32;WE=49004731;WS=49004713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr3	49017208	rs11716614	C	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr3	49081680	.	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-0.847;SC=CCTATCAGGGCAAGTAGCACA;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=49081688;WS=49081670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr3	49133310	rs9840050	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=1.355;SC=TACCACCACCACCAGCATGTC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=8;WE=49133318;WS=49133300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr3	49135961	rs13064784	C	G	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=1.958;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,109:0.62:176
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chr3	49139406	rs35673421	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr3	49139966	rs4513485	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=560;ReadPosRankSum=-1.661;SC=GCCCCTGACTGATCCTACCCA;SOR=0.439;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=40;WE=49139974;WS=49139956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr3	49141116	rs5030795	G	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=746;ReadPosRankSum=-0.834;SC=GCTGGGGCCGGTGCCTGTTAA;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=56;TCR=71;TR=54;WE=49141124;WS=49141106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,64:0.37:173
chr3	49145741	rs3212	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=116;ReadPosRankSum=-1.353;SC=CAGCTTCCCATTGACAGAGCC;SOR=0.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=10;WE=49145749;WS=49145731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr3	49148890	rs4292260	T	C	14360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr3	49149691	rs80060990	G	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=0.892;SC=GAAAGAAAGGGTAGGGGAGAC;SOR=2.093;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=7;WE=49149699;WS=49149681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr3	49156473	rs11552724	C	G	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,56:0.43:131
chr3	49166069	rs9865051	C	T	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=29;PP=1350;SC=GAGGTTCAGCCCCAGATTAGA;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=61;WE=49166077;WS=49166059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	49200627	rs4955418	A	G	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=58;PP=1992;ReadPosRankSum=-1.267;SC=GCCTTGGCCCATGCTGCCATG;SOR=0.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=119;TCR=90;TR=132;WE=49200635;WS=49200617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,196:0.63:312
chr3	49200692	rs4955419	T	A	5314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=93;PP=2576;ReadPosRankSum=-0.365;SC=AGCCTTGACCTGTGCTGCCTT;SOR=0.788;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=278;TCF=136;TCR=142;TR=177;WE=49200700;WS=49200669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,250:0.62:406
chr3	49210732	rs7617480	A	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=25;SC=TCCAACCTAGATTTGAGCTGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=49210740;WS=49210722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	49211989	rs10865954	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=1.209;SC=CTCTGACCCCTGGTGGTCTTG;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=9;WE=49211997;WS=49211979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	49215966	rs9837625	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr3	49249381	rs9867285	A	G	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=74;SC=AGATCACAAGATCAGGAGATC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=49249389;WS=49249371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	49269758	rs2099526	G	T	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	49273996	rs12631989	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=224;ReadPosRankSum=-0.491;SC=AGAAGTCATCCAACTGGAATA;SOR=0.911;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=14;WE=49274004;WS=49273986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr3	49294250	rs13068038	C	A	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=623;ReadPosRankSum=0.096;SC=GGGGGAAAGACAAGAAGCAGC;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=45;WE=49294258;WS=49294240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,61:0.37:163
chr3	49298139	rs7626076	G	A	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=18;PP=893;SC=CGGGACACCTGTGGCAGGGCT;SOR=1.078;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=48;WE=49298147;WS=49298129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	49298205	rs4955417	T	C	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=30;PP=1245;SC=GGGCCTCTGGTGGCCTGTAGG;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=74;WE=49298213;WS=49298195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	49313978	rs13077498	C	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=363;ReadPosRankSum=-0.929;SC=GGTTTTCTCTCGGGGCACAGA;SOR=0.603;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=31;WE=49313986;WS=49313968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr3	49322027	rs2304442	T	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-2.685;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr3	49343175	rs2230929	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=219;ReadPosRankSum=1.179;SC=CCACATGGGCGTCCCTTCCAG;SOR=1.432;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=14;WE=49343183;WS=49343165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr3	49354975	rs71077785	GT	G	103.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.957;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr3	49362369	rs56038006	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=382;ReadPosRankSum=0.297;SC=TGTTGTCTAGCTTGCTCAACT;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=29;WE=49362377;WS=49362359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,42:0.32:133
chr3	49365269	rs6795772	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-1.430;SC=GAAAAGAGCACATAAGTCACT;SOR=0.403;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=14;WE=49365277;WS=49365259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr3	49373045	rs34514189	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=274;ReadPosRankSum=0.421;SC=GAGAGACAGAAATTTACTGTA;SOR=0.493;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=23;WE=49373053;WS=49373035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr3	49394834	rs1050450	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.285;NF=6;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=0.839;SC=GGCACAGCTGGGCCCTTGAGA;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=10;WE=49394842;WS=49394824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr3	49395673	rs139760138	GGCCGCC	GGCC,G	214.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=3,3;PP=81,69;SC=ACACCGACTGGGCCGCCGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4,4;WE=49395686;WS=49395663;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:4
chr3	49395757	rs1800668	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	49406080	rs2878298	T	C	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=848;ReadPosRankSum=-0.455;SC=TGGCAGACCATTGAAATGGCA;SOR=0.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=51;WE=49406088;WS=49406070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr3	49406095	rs11716445	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=286;ReadPosRankSum=-0.155;SC=ATGGCAGACGGTCTAAAACAG;SOR=0.419;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=28;WE=49406103;WS=49406085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr3	49450449	rs6779524	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=305;ReadPosRankSum=-1.277;SC=CAGATTCCCACCCCAGCCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=24;WE=49450457;WS=49450439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr3	49455330	rs11715915	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=0.222;SC=CCACACGCCTCCGCTGCACCC;SOR=0.545;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=22;WE=49455338;WS=49455320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,47:0.31:150
chr3	49459114	rs4855873	A	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.026;SC=AGCCCACCCAAAGTGACTAAC;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=49459122;WS=49459104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	49459376	rs1464566	T	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.68;ReadPosRankSum=-1.693;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr3	49463926	rs6762593	A	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	49463962	.	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	49548008	rs2131107	C	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=8;PP=561;SC=CTGCCCCTCTCGGGGAGGACC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=49548016;WS=49547998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	49548294	rs2329024	T	C	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=32;PP=979;SC=GAGTTCTCATTTTCCATTTTA;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=49548302;WS=49548284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	49568095	rs2311801	G	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=73;SC=TCTCTAGGGGGGAGGAATCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=49568103;WS=49568085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	49570200	rs1801143	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TCTACCTGCACACAGTCATTC;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=32;WE=49570208;WS=49570190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,54:0.35:155
chr3	49570882	rs1050088	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=317;ReadPosRankSum=-0.022;SC=TCATAGAGAATTCTTCGCTTC;SOR=0.622;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=19;WE=49570890;WS=49570872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr3	49689210	rs34762726	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.184;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=232;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CCAGGGCCTGGCCCCAAGTGA;SOR=0.588;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=20;WE=49689218;WS=49689200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr3	49690199	rs4855885	G	A	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=29;PP=1335;SC=TCCGCAGCACGGCCCGCAAGA;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=71;WE=49690207;WS=49690189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr3	49713753	rs6778597	T	C	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=12;PP=911;SC=GCACTAGCTTTTAGGAAGCAG;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=49713761;WS=49713743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	49714225	rs1131095	T	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=329;ReadPosRankSum=0.980;SC=CCCTGTATTATGTGGACCTCA;SOR=0.824;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=27;WE=49714233;WS=49714215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,41:0.32:128
chr3	49719729	rs9822268	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.670;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr3	49720047	.	C	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=661;ReadPosRankSum=-0.315;SC=TGGGTGGTTCCCATGGTGGCT;SOR=0.825;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=45;WE=49720055;WS=49720037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,62:0.37:167
chr3	49720393	rs2960548	C	G	3084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=1424;ReadPosRankSum=1.348;SC=GCAGCCCCCTCCTTGCCCTGT;SOR=0.705;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=86;WE=49720401;WS=49720383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,137:0.62:220
chr3	49721532	rs3197999	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.723;NF=15;NR=17;PP=320;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GCTGGCCAGCGGGACCTTGCG;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=32;WE=49721540;WS=49721522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,56:0.34:167
chr3	49721798	rs13085791	C	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.245;NF=17;NR=9;PP=278;ReadPosRankSum=-2.712;SC=TCTCACTCTCCCGCACACGTC;SOR=0.848;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=26;WE=49721806;WS=49721788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr3	49722356	rs9837520	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=3.274;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr3	49723726	.	G	GC	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQRankSum=-0.534;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	49723784	rs9713651	C	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.399;NF=5;NR=15;PP=621;ReadPosRankSum=0.026;SC=GGTGCTGATGCGGGATTTGCG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=20;WE=49723792;WS=49723774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr3	49724808	rs3020779	T	C	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=44;PP=1570;SC=TGTGATCATTTGGGAACTTGT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=98;WE=49724816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	49725432	rs11309936	AG	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.022;NF=0;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=-1.029;SC=CAAAGCTACAAGGCTTCTGGG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=49725440;WS=49725422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr3	49734749	.	C	T	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.074;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=534;ReadPosRankSum=-1.688;SC=CCCTATGCATCCTGTCAAATG;SOR=0.932;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=36;WE=49734757;WS=49734739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,78:0.55:142
chr3	49736098	.	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=-1.284;SC=TGGCTAGTCTCCCTTGGGTGG;SOR=0.543;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=10;WE=49736106;WS=49736088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr3	49736565	rs6785549	G	A	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=15;PP=442;SC=ATGGCTGTGGGCTGCTCAGAA;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=49736573;WS=49736555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	49739086	rs1491986	C	T	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=20;PP=826;SC=TGGCAAGGCCCCTGGCCTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=49739094;WS=49739076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	49739507	rs1491985	G	C	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=31;PP=1006;SC=TTCCTCACCTGACCTCCAGTG;SOR=0.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=56;WE=49739515;WS=49739497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	49744392	rs3749241	A	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=21;PP=514;SC=GTCTAGCAAGATTGTGCCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=49744400;WS=49744382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	49749976	rs34823813	G	A	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=616;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CACGGTGATCGCACAGGGTCT;SOR=0.818;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=51;WE=49749984;WS=49749966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,100:0.45:220
chr3	49750188	rs3749240	T	A	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	49753003	rs34614773	T	G	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=27;PP=1274;SC=CCTGTCCCCCTGCAGAGCCCT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=49753011;WS=49752993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	49753788	rs11720705	A	G	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=33;PP=1103;SC=AAGCAGGAGCATGTGGGTGGC;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=49753796;WS=49753778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	49760039	rs1466685	T	C	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=48;PP=1763;SC=CTGGATGCGCTGCAGCACTGC;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=101;WE=49760047;WS=49760029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	49785133	rs7374183	G	A	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=229;SC=AAGTGACTTCGTGCTTTGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=49785141;WS=49785123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	49829482	.	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=1.242;SC=CTTTATATTGGGAACAACCAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=49829490;WS=49829472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	49836365	rs187593676	G	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=601;ReadPosRankSum=0.075;SC=CCAGAGTGGAGGTCAGGGAGG;SOR=0.484;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=50;WE=49836373;WS=49836355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,66:0.67:98
chr3	49877585	rs9858428	G	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=0.632;SC=GGCACACCCTGACCCAGGAGG;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=4;WE=49877593;WS=49877575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr3	49877823	.	GG	AA	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.728;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=254;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GAAAGTGTAGGGAATGAAAGA;SOR=1.148;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=8;WE=49877832;WS=49877813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr3	49897884	.	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=6.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.701;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr3	49928686	.	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr3	49928691	rs7433231	T	C	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.52;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	49929018	.	A	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=179;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGATGCCTGCAGAGCAGCGCA;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=13;WE=49929026;WS=49929008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	49934330	.	G	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=438;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GACCCTACAGGAACAAGAGAT;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=32;WE=49934338;WS=49934320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr3	50091941	rs373305597	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=7.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.417;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.057;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr3	50095103	.	C	CT	260.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.485;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr3	50103917	rs2023953	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=-0.542;SC=AACACCAGCAGCTGTCAGACC;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=22;WE=50103925;WS=50103907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr3	50114515	rs7061	C	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=15;PP=457;SC=ACGAGACTTACCGAGATGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=29;WE=50114523;WS=50114505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	50129374	rs5848907	T	TA	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=5;PP=447;SC=ACTATTTGGATTATCTTATAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=50129382;WS=50129364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	50129399	rs2013208	C	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=7;PP=439;SC=ATCTGTGGGCCGTGTGTATTT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=50129407;WS=50129389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	50144667	rs3216783	C	CT	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.331;SC=GTAAATTTCCCTTTTTTTAGT;SOR=0.481;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=8;WE=50144675;WS=50144657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr3	50144951	rs1061474	T	C	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=28;PP=941;SC=GCGTCAGCGCTTTCTCTGTAG;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=50144959;WS=50144941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	50148305	rs2301166	C	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=9;PP=255;SC=ATATATGACTCAGATTAGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=50148313;WS=50148295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	50153356	rs1138536	T	C	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	50155887	rs112672304	TGA	T	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=0.547;SC=TGAGATGGAGTGAGAGAGAGA;SOR=0.454;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=10;WE=50155898;WS=50155877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr3	50197097	rs1046953	C	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=530;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CCCTACTGACCGGGGCCTGGC;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=43;WE=50197105;WS=50197087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,78:0.42:186
chr3	50219991	rs6446202	C	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=222;ReadPosRankSum=1.789;SC=TGGGGGTGTTCTTGCACCTGG;SOR=0.397;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=16;WE=50219999;WS=50219981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr3	50222926	rs1046956	T	A	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=9;PP=369;SC=TGACCAGGAGTTGGAGGAGCT;SOR=0.739;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=21;WE=50222934;WS=50222916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	50223593	rs2073726	T	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=1.134;SC=CCTAGGGGAGTCTTATGGGTA;SOR=0.772;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=18;WE=50223601;WS=50223583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr3	50223977	rs11717349	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=323;ReadPosRankSum=-1.108;SC=CCCTCGGTGCCTGCCCCGAAG;SOR=1.005;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=23;WE=50223985;WS=50223967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr3	50224225	rs12632110	A	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=509;SC=GAGTCCTTGCACAGTGGTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=50224233;WS=50224215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	50224293	.	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.038;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	50225029	rs11711407	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TGGAAATCCCACATGGGTGCC;SOR=0.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=16;WE=50225037;WS=50225019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr3	50251833	rs5848902	A	AG	2697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=25;PP=1760;SC=CTGTGCCTACAGGTCGAGGAC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=50251841;WS=50251823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	50254624	rs78020607	A	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=570;ReadPosRankSum=-1.391;SC=GCCCCATCCCAGGCTGAATGG;SOR=1.238;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=42;WE=50254632;WS=50254614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr3	50255305	rs739431	A	G	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=64;PP=1995;ReadPosRankSum=0.129;SC=CGGGGGCCCAATGAGAGTGGC;SOR=0.691;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=206;TCF=102;TCR=104;TR=123;WE=50255313;WS=50255295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,184:0.61:303
chr3	50296411	.	C	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=23.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr3	50306752	rs67324803	G	GC	1381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=22;PP=910;SC=GCCGCCCCCAGCCCCCACGCC;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=24;WE=50306760;WS=50306742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	50308718	rs4688739	A	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=13;PP=590;SC=AACCTCACTCACTCCCAGAGC;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=50308726;WS=50308708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	50329826	rs1076872	A	G	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=425;ReadPosRankSum=-0.391;SC=GCCACACGCCACGCGCGCCAC;SOR=0.658;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=39;WE=50329834;WS=50329816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,57:0.32:180
chr3	50332697	rs13100173	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=-0.399;SC=AGGCTGTGGTGGATCTGGTAG;SOR=0.766;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=24;WE=50332705;WS=50332687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr3	50357869	rs709210	A	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=-0.127;SC=ATGGCCCATGACACCGCCAGC;SOR=0.582;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=18;WE=50357877;WS=50357859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr3	50368856	.	TCATC	T	2685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.635;NF=12;NR=15;PP=1422;ReadPosRankSum=0.734;SC=GGGCTGCTCATCATCCAACAG;SOR=0.587;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=27;WE=50368867;WS=50368846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr3	50387873	rs73082914	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=0.808;SC=TCTGACTATCCTCTAGCCTCA;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=11;WE=50387881;WS=50387863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr3	50405202	.	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr3	50416382	rs370345961	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=280;ReadPosRankSum=-0.526;SC=AGCGGTGTGACGTCATAGTTA;SOR=0.501;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=25;WE=50416390;WS=50416372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,38:0.34:111
chr3	50597092	rs1034405	G	A	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=45;PP=1422;SC=GGCCACTCACGCATGGATGGC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=50597100;WS=50597082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	50609123	rs636168	T	C	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=12;PP=995;SC=CAGCCACTTATATTCTCTGTG;SOR=1.539;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=45;WE=50609131;WS=50609113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	50609624	rs2232248	T	G	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	50645635	rs621975	T	G	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.500;SC=ACCAATCCAGTGCAAGTCAAG;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=54;WE=50645643;WS=50645625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr3	50645793	rs622502	C	G	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=33;PP=1309;SC=TGCCTCCCCCCTCAGACTCAC;SOR=0.928;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=80;WE=50645801;WS=50645783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	50678001	rs608961	C	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.04;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	50683809	rs876105	T	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=17;PP=527;SC=TCCCCCTCTTTCCAGCTATGG;SOR=1.214;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=27;WE=50683817;WS=50683799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	50684489	rs4468971	A	G	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=13;PP=625;SC=AGGATGGAGTAGGGGGAACCA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=50684497;WS=50684479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	50930745	.	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr3	51196730	.	G	A	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=1110;ReadPosRankSum=-1.420;SC=CATGTGATCCGAATAGGTACT;SOR=0.650;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=74;WE=51196738;WS=51196720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,122:0.66:184
chr3	51246360	rs4301044	A	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=23;PP=693;SC=CAGCACTTAGATTGGTTGGTG;SOR=1.225;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=51246368;WS=51246350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	51266880	rs113104131	TA	T	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.283;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr3	51273711	rs1480362	A	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=12;PP=528;SC=AAATTCATTGATTTATGGAAG;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=51273719;WS=51273701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	51273773	rs1480361	T	C	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=21;PP=827;SC=TATGTTGTTTTAGTTTCTGCA;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=51273781;WS=51273763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	51273917	.	A	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=0.382;SC=ATATTTCAGAAAATTTAAGGG;SOR=0.836;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=51273925;WS=51273907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	51297729	.	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=0.113;SC=CTGGACAGCCGAAACTCAGAA;SOR=0.483;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=6;WE=51297737;WS=51297719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr3	51352421	.	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=357;ReadPosRankSum=1.319;SC=GTGAACATAAGATCCACTTTA;SOR=1.010;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=21;WE=51352429;WS=51352411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr3	51367481	.	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=427;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GAAGTAGTTTCCCACCATCCT;SOR=0.503;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=29;WE=51367489;WS=51367471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,52:0.67:78
chr3	51393700	.	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr3	51393706	rs35251332	C	CAG	1156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=9;PP=660;SC=TCTAGGAAAACGGGCAGTACA;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=51393714;WS=51393690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	51395571	rs1542574	C	T	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	51399361	.	G	A	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=545;ReadPosRankSum=-0.163;SC=AGTGAAGCAGGAAACATGGTG;SOR=0.819;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=43;WE=51399369;WS=51399351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,71:0.40:178
chr3	51400016	.	C	T	5016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=73;PP=1807;ReadPosRankSum=0.068;SC=GTTCTGTCCTCGTCCCAGGCA;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=204;TCF=95;TCR=109;TR=134;WE=51400024;WS=51400006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,243:0.67:365
chr3	51418348	rs2241784	G	A	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=655;SC=GGAGCTTGCTGCTGAAGAAAC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=51418356;WS=51418338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	51422766	rs13091931	G	T	505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.99;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	51429147	.	C	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=292;ReadPosRankSum=0.504;SC=CCGGGCGCCTCCGGCATGTCG;SOR=1.981;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=14;WE=51429155;WS=51429137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr3	51460010	rs62257541	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	51460031	rs55798953	G	C	60.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TCAAGCTGTCGCATCAAGAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=51460039;WS=51460021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	51469107	rs4611808	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	51469248	rs35971989	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=11;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=33;ReadPosRankSum=1.609;SC=CAAAAAGTACAAAAAAAAAAA;SOR=0.754;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=4;WE=51469256;WS=51469238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	51474853	.	C	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-0.104;SC=ACCCAGGAGGCGGAGGTTGCA;SOR=0.105;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=51474861;WS=51474851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr3	51679706	.	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=288;ReadPosRankSum=0.192;SC=CCCCAAGTTTCCTTGAACGTA;SOR=0.561;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=22;WE=51679714;WS=51679696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr3	51697493	rs904145	A	G	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=30;PP=1013;SC=CACCAAGCTGAAAGGCAGTGA;SOR=0.920;Source=Platypus;TCF=22;TR=51;WE=51697501;WS=51697483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	51737696	.	T	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=1.760;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=203;ReadPosRankSum=1.648;SC=GAGGAGGGGGTGGGGTGGTCC;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=51737704;WS=51737686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr3	51749923	.	G	A	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=1055;ReadPosRankSum=1.539;SC=GACAGCCCCCGAACGGCGGGA;SOR=0.781;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=65;WE=51749931;WS=51749913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,90:0.74:121
chr3	51863798	.	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TCTTAGAATGGAGATCCATCT;SOR=0.590;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=25;WE=51863806;WS=51863788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr3	51895850	rs986539	C	T	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=18;PP=568;SC=CATTTATGTACTTCCCATTTA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=51895858;WS=51895840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	51907736	rs7635409	A	G	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=24;PP=849;SC=GGACACAGATATAGCAGACCT;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=51907744;WS=51907726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	51908226	rs1505403	T	C	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=22;PP=1050;SC=CAGGGTATGCTAGGAAGGGGC;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=51908234;WS=51908216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	51908430	rs6794320	T	C	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	51911103	rs201734789	TTTTTC	T	215.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.62;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr3	51929183	rs11927897	C	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=475;ReadPosRankSum=-1.260;SC=CGCTGCCTGCCGCCTCTTCTT;SOR=0.970;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=41;WE=51929191;WS=51929173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,67:0.31:213
chr3	51929360	rs34574240	GA	G	482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=455;SC=GGGCTTTCAAGAAAAAAAGAG;SOR=2.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=51929368;WS=51929350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	51936949	rs7635125	T	C	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=965;ReadPosRankSum=0.599;SC=AGACACTAGCTACTAGCACTA;SOR=0.888;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=57;WE=51936957;WS=51936939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,120:0.63:189
chr3	51971615	.	G	A	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=889;ReadPosRankSum=-0.141;SC=GCATGGAGAAGAGATGGATGA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=57;WE=51971623;WS=51971605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,101:0.61:165
chr3	51975577	rs929533	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=31;PP=857;SC=GGGCCCCCCCCCCTCGGTTCC;SOR=2.078;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=40;WE=51975585;WS=51975567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	51976884	.	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=0.344;SC=TCTAAGCTCCGGGAGGATAAT;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=14;WE=51976892;WS=51976874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr3	51978220	rs28547534	A	G	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=56;PP=1868;SC=TGCTGGAACCACTGGGGCCGT;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=104;WE=51978228;WS=51978210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	51978640	rs4687792	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-1.911;SC=TGAGGGAGGGGACTCGTTGGA;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=51978648;WS=51978630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	51990119	rs28587738	A	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=8;PP=290;SC=CCTGCTCGGCACGCCGCCCGC;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=51990127;WS=51990109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	51990315	rs28651222	A	G	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	52020724	.	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.149;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=267;ReadPosRankSum=-2.686;SC=GCGGGAGGCTAGGCCAGAAAG;SOR=1.115;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=22;WE=52020732;WS=52020714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr3	52022742	rs41292352	G	A	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=476;ReadPosRankSum=-1.063;SC=TCAATTCTTCGCTTTCTCCCT;SOR=0.731;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=35;WE=52022750;WS=52022732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,58:0.47:123
chr3	52097060	rs4687608	C	T	756.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=263;ReadPosRankSum=-1.267;SC=GCAGTGGCAGCGGGCTGGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=17;WE=52097068;WS=52097050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr3	52109841	rs731684	T	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=337;ReadPosRankSum=-1.901;SC=CCAAGTCCCATGGTACAAATC;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=27;WE=52109849;WS=52109831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr3	52183539	.	GG	AA	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=516;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTCTCCACAAGGGAAAGCCAG;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=12;WE=52183548;WS=52183529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr3	52188135	.	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TGCAAACTATGGAGGCAGAGG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=52188143;WS=52188133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	52188308	rs6777340	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr3	52232979	rs3216487	A	ATTTAC	3242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=1565;ReadPosRankSum=0.549;SC=TACTGTCAGTATTCATTTGGT;SOR=0.580;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=28;WE=52232987;WS=52232969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,81:0.67:121
chr3	52236762	rs352169	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=-0.353;SC=TAAGAGATGAGTTGTGAACCA;SOR=0.392;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=15;WE=52236770;WS=52236752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr3	52237970	rs352168	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=484;ReadPosRankSum=1.350;SC=TCCAGGACATCATGCAAAAGC;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=39;WE=52237978;WS=52237960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr3	52238656	rs352167	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.478;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=228;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TTCACCAAAATGCAGCTGTGT;SOR=0.116;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=17;WE=52238664;WS=52238647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr3	52238677	rs352166	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=352;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TTCACAACCACCATTCTGTAC;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=22;WE=52238685;WS=52238667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr3	52256697	rs352140	C	T	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=582;ReadPosRankSum=0.886;SC=CCTCCAGTCGCGGTAGCTCCG;SOR=0.939;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=37;WE=52256705;WS=52256687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr3	52258372	rs352139	T	C	153.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5222;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=1.068;SC=CCCCCAGCTCTACCTCCACCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=52258380;WS=52258362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	52272945	rs11441245	C	CG	160.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GGCCGAGAGCCGGGGGGGGGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=52272953;WS=52272935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr3	52325759	rs2276834	A	G	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=935;ReadPosRankSum=1.927;SC=CATTGTCTTGAGAGGTGGGGG;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=59;WE=52325767;WS=52325749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,89:0.72:123
chr3	52394461	.	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=1.805;SC=CCCTCTTGCTCCTTCCCACAC;SOR=0.416;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=18;WE=52394469;WS=52394451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr3	52406395	rs79760452	G	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=908;ReadPosRankSum=0.848;SC=ACAGCAAGCTGGACAAGAGGC;SOR=1.173;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=55;WE=52406403;WS=52406385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,77:0.59:131
chr3	52407041	rs1546737	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=538;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GGATGGACCACGGCGGCTGGT;SOR=1.001;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=37;WE=52407049;WS=52407031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,53:0.73:73
chr3	52415865	rs770284	A	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=504;SC=GAGCGCCTCCAGGGCGTGCTG;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=52415873;WS=52415855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	52430296	.	CC	TT	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=324;ReadPosRankSum=1.167;SC=GCCTGACCCACCTCAGGGTCC;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=52430305;WS=52430286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr3	52430526	rs12163565	G	A	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=796;ReadPosRankSum=-0.590;SC=AGTAGCCTTGGTGAAGACTTC;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=91;TCR=78;TR=65;WE=52430534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,87:0.37:236
chr3	52430698	rs365048	A	G	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=61;PP=2119;SC=CTGGAGCGCCATAAGTTTGGG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=113;WE=52430706;WS=52430688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	52453893	rs498778	C	T	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=8;PP=355;SC=CCAACAGAGGCTTCCATGGAT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=52453901;WS=52453883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	52456973	rs2272088	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;ReadPosRankSum=-0.266;SC=GAAAGGAGGAAGACATCCCAC;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=10;WE=52456981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr3	52470093	.	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=0.746;SC=TCTTCACCTGCCATGCGGGCG;SOR=1.040;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=20;WE=52470101;WS=52470083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr3	52471942	rs82825	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=413;SC=GGCCACAGGGGTGAGTTCCAG;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=52471950;WS=52471932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	52473796	rs370421435	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.808;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,50:0.36:137
chr3	52475512	.	GG	AA	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=591;ReadPosRankSum=-1.237;SC=AATGGGGCAGGGGACTCCCAC;SOR=0.673;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=17;WE=52475521;WS=52475502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr3	52477080	rs2016575	T	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	52488202	rs1035002	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=283;SC=TGAGTCCCCACGTCCTCTGCC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=52488210;WS=52488192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	52489564	rs968588	A	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	52492085	rs4687614	G	A	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=150;SC=ATATAACTGCGTTCATTAATA;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=52492093;WS=52492075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	52492707	rs1541495	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	52505758	rs3065763	G	GAT	1568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=15;PP=1013;SC=TGACAGAAAAGGTGGAAATCC;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=52505766;WS=52505748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	52505849	rs79469996	C	T	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.686;NF=15;NR=18;PP=475;ReadPosRankSum=1.683;SC=TCCTGGGGGCCGGCGAGGTCT;SOR=0.763;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=33;WE=52505857;WS=52505839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,56:0.75:75
chr3	52506282	rs4312651	A	G	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=242;SC=TGGGCATGCGACACTGTTCCC;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=14;WE=52506290;WS=52506272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	52506426	rs6784615	C	T	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	52506491	rs6445486	A	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=229;SC=TGGGTGTCCTAATTTAATCAT;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=52506499;WS=52506481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	52507719	rs13094915	G	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr3	52510592	rs9856575	G	A	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=45;PP=1335;SC=CCACAACAGCGTCTCCGAGAT;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=52510600;WS=52510582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	52512318	rs2109559	A	G	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=16;PP=694;SC=AGGACCTCACAGTTTTGGGAT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=52512326;WS=52512308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	52513940	rs4687618	T	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=322;SC=GGAGCCAGTTTGGGGGGCTTG;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=52513948;WS=52513930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	52518786	rs4687619	T	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=20;PP=428;SC=CTCTGCTTTGTGCCACGGTCT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=52518794;WS=52518776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	52523405	rs887515	C	T	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=28;PP=1094;SC=CCGGCCCCAGCGGAAGTCCCA;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=60;WE=52523413;WS=52523395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	52524974	rs4687621	A	C	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=149;SC=CCACTTCTTAACCGGGGTGGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=52524982;WS=52524964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	52536308	rs758801	A	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=369;ReadPosRankSum=1.852;SC=CAGATGCAGTACCTACAACCA;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=52536316;WS=52536298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr3	52536514	rs731831	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr3	52537969	rs4687545	T	C	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	52538122	rs77326452	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=114;ReadPosRankSum=0.316;SC=AGAAGGCCACGCAGACAGGCC;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=9;WE=52538130;WS=52538112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr3	52538300	rs7613444	G	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=196;ReadPosRankSum=0.196;SC=GGTGGCTGTGGGGGGTGCATG;SOR=1.206;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=17;WE=52538308;WS=52538290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr3	52540773	rs1010553	T	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.642;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr3	52542152	.	G	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=-1.351;SC=ATGCACTGCAGCCTGACGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=12;WE=52542160;WS=52542142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr3	52544470	rs9835659	A	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=49;PP=1495;SC=TGAGCTGGACATGAGAGGTGG;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=52544478;WS=52544460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	52546487	rs7644763	C	T	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	52551265	rs66824127	T	C	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=2.410;SC=GTGGGACAGATGAAGGTACAA;SOR=2.734;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=17;WE=52551273;WS=52551255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr3	52551284	rs67409736	G	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.16;ReadPosRankSum=2.154;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr3	52552922	.	C	CCCCGCCCCGCCCCGT	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr3	52553625	rs112646045	TGTAA	T	1384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=961;ReadPosRankSum=-1.263;SC=CACATGCACGTGTAAGTGTGT;SOR=0.865;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=22;WE=52553636;WS=52553615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr3	52554073	.	C	T	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=906;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CCTGGCTGTACCATGAGGACC;SOR=0.909;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=152;TCF=87;TCR=65;TR=66;WE=52554081;WS=52554063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,98:0.38:261
chr3	52554304	rs7630214	G	C	7789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=99;PP=2965;SC=CCGAACGCGGGCCGTGAGTCT;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=178;WE=52554312;WS=52554294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr3	52555095	.	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-1.708;SC=GGCCATTGTCCTTGAGAGAGT;SOR=0.538;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=7;WE=52555103;WS=52555085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr3	52555316	rs13081028	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=1.710;SC=CTGGAGGTACGTATATGGGGG;SOR=0.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=52555324;WS=52555306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr3	52555957	rs9853056	T	C	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1149;ReadPosRankSum=2.659;SC=GGGATGGCCGTGTGTGTACAG;SOR=0.779;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=73;WE=52555965;WS=52555947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,98:0.75:130
chr3	52556890	rs4434138	A	G	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=571;ReadPosRankSum=1.433;SC=TCGGGTGGGCATAGTCAGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=42;WE=52556898;WS=52556880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr3	52557038	rs4234633	C	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=655;ReadPosRankSum=0.634;SC=GCTTTTCCTGCAGATGTGGCC;SOR=0.499;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=49;WE=52557046;WS=52557028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,81:0.63:129
chr3	52557069	rs4234634	C	T	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=634;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GAAATGGCTTCGTGGGTGACG;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=46;WE=52557077;WS=52557059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,79:0.64:124
chr3	52557932	.	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.238;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=660;ReadPosRankSum=-0.107;SC=GGCAGGCGTGGGGGCTGTGCT;SOR=1.129;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=42;WE=52557940;WS=52557922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,60:0.62:97
chr3	52558008	rs13303	T	C	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=717;ReadPosRankSum=0.520;SC=GGCAAGCCCATGGGCTTTGGC;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=49;WE=52558016;WS=52557998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,61:0.64:95
chr3	52558133	rs13621	T	C	4687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.373;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=49;PP=1501;ReadPosRankSum=-0.003;SC=ATGATGCTGATGACGACTTCT;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=116;TCR=81;TR=118;WE=52558141;WS=52558123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,232:0.59:391
chr3	52558904	rs34005367	A	T	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;ReadPosRankSum=1.922;SC=AGGTCTGGGGACACAAAGTGT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=48;WE=52558912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,87:0.61:142
chr3	52559167	rs72449664	CGGGG	C,CGG	1095.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.78;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,23,6:0.79,0.21:29
chr3	52561779	rs11711421	C	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=931;ReadPosRankSum=0.626;SC=AGGGCGGCTCCGTGCCTGCCC;SOR=0.603;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=59;WE=52561787;WS=52561769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,87:0.61:143
chr3	52567617	rs66782572	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr3	52584431	rs34372721	T	TCTC	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=1.321;SC=TTAGAAGGAATCTTACCTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=52584439;WS=52584421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr3	52584715	rs2878628	A	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=281;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TCTGAGAAGGATAACTCGAAT;SOR=0.543;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=19;WE=52584723;WS=52584705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr3	52584787	rs2251219	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GACTTCCACCTGGTGCTGGAG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=17;WE=52584795;WS=52584777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr3	52610651	rs17264436	T	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=348;ReadPosRankSum=2.007;SC=CTGTTTCTTCTGGGTGAATGA;SOR=0.411;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=26;WE=52610659;WS=52610641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr3	52621627	rs3733046	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5434;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=1.576;SC=GGTCTCACTACGTTGCCCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=52621635;WS=52621617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	52643307	rs3733045	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TCCTCAAAATAAAAATGGCTT;SOR=0.596;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=11;WE=52643315;WS=52643297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr3	52643685	rs3755806	T	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=651;ReadPosRankSum=0.668;SC=GCTCATTGTATGTACAGGCAT;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=51;WE=52643693;WS=52643675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,73:0.63:116
chr3	52659124	rs34215106	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=84;ReadPosRankSum=0.266;SC=GCAGAAAGAATGCACCCCCAG;SOR=0.784;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=10;WE=52659132;WS=52659114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr3	52676065	rs11719685	C	T	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.96;MQRankSum=-2.834;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr3	52692124	rs2336149	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.526;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=266;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TCTTCCTTTTGAACTTACTTT;SOR=3.383;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=14;WE=52692132;WS=52692114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr3	52692359	rs2590846	C	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=311;ReadPosRankSum=-0.801;SC=AAAGTACTTTCTAAGAGAAAT;SOR=1.186;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=20;WE=52692367;WS=52692349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr3	52720080	rs1108842	A	C	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=755;ReadPosRankSum=-1.190;SC=AGGCAGGTTGATGTGTTTGTG;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=50;WE=52720088;WS=52720070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,91:0.57:159
chr3	52721305	rs11177	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=293;ReadPosRankSum=1.687;SC=GCTAAAAAGCGGGGTCACAAG;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=19;WE=52721313;WS=52721295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr3	52722266	rs3836492	AT	A	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.654;NF=1;NR=17;PP=249;ReadPosRankSum=-0.416;SC=GACTCAAGTCATTTTTTTTTT;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=18;WE=52722274;WS=52722256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr3	52722335	rs3774349	A	C	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=116;SC=CTTGCGTCATAGGGGTTTGCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=52722343;WS=52722325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr3	52727257	rs2289247	G	A	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=836;ReadPosRankSum=0.499;SC=ATTTTTTACTGTGCTTGCTCA;SOR=0.529;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=53;WE=52727265;WS=52727247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,64:0.63:102
chr3	52728804	rs6976	C	T	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=582;ReadPosRankSum=1.689;SC=TTACTTCCCACGCATGCTATC;SOR=0.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=40;WE=52728812;WS=52728794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,56:0.62:90
chr3	52740182	rs6617	C	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=434;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CCAGACCTTACCCCTCACGGT;SOR=1.162;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=29;WE=52740190;WS=52740172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr3	52741581	rs34636695	AT	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.962;NF=7;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=-0.392;SC=AGGAATATGGATTTTTTTTTT;SOR=0.509;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=52741589;WS=52741571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr3	52771715	rs143790506	T	C	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=720;ReadPosRankSum=0.748;SC=CTCCTGATCTTTTCAGAACCT;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=54;WE=52771723;WS=52771705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,84:0.41:206
chr3	52778347	rs2268026	T	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,61:0.67:91
chr3	52797634	rs1029871	G	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=268;ReadPosRankSum=0.821;SC=CTTGGCATTGGTGGCAGCTAC;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=15;WE=52797642;WS=52797624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr3	52800284	rs2230535	T	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=698;ReadPosRankSum=-0.015;SC=AGTGGTTCTCTAACACTCGGG;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=39;WE=52800292;WS=52800274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,62:0.62:100
chr3	52802402	rs2230534	A	C	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,74:0.65:113
chr3	52804487	rs13071584	T	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr3	52811801	.	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=-0.140;SC=TGGATGAGGCCCCGGGCGGGA;SOR=0.739;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=17;WE=52811809;WS=52811791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr3	52814256	rs2302417	T	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr3	52815905	rs2710323	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=244;ReadPosRankSum=0.817;SC=TGCAAACATCTTGTTTGTGGT;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=16;WE=52815913;WS=52815895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr3	52818579	rs2239551	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=353;ReadPosRankSum=-1.094;SC=GCCTAGAGGAGCAGATAAAGC;SOR=0.199;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=24;WE=52818587;WS=52818569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr3	52819327	rs2268023	T	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-1.138;SC=ATTCCTGCCATCCCCCAGAGG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=52819335;WS=52819317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr3	52820855	rs36051478	CGAAT	C	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.48;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr3	52820981	rs678	A	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=401;ReadPosRankSum=0.276;SC=GACAGGGAGGAGAGGGCCAAC;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=29;WE=52820989;WS=52820971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr3	52821011	rs1042779	A	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=398;ReadPosRankSum=1.118;SC=CAGGCCCTGCAGATGTCGCTG;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=24;WE=52821019;WS=52821001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr3	52821177	rs2286798	A	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=1.744;SC=TGGGGCTCTAATTATTTTCTC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=15;WE=52821185;WS=52821167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr3	52821992	rs68094128	CT	C	2592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=1802;ReadPosRankSum=1.686;SC=GCCACTCCCCCTCCCATCAGC;SOR=0.657;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=45;WE=52822000;WS=52821982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,107:0.61:175
chr3	52823743	rs200937858	C	T	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.553;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=507;ReadPosRankSum=0.288;SC=GTACTTCGGGCGGCTGGGAAT;SOR=0.571;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=45;WE=52823751;WS=52823733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,75:0.39:193
chr3	52824610	rs6778329	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AACATGTGGGGAGGGGCGTGG;SOR=1.230;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=52824618;WS=52824600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr3	52825462	rs1076425	A	G	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.913;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=771;ReadPosRankSum=-0.014;SC=CCCCGCAGTGAGCACCTGCTG;SOR=1.110;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=42;WE=52825470;WS=52825452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr3	52825528	rs1075653	T	C	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,116:0.66:177
chr3	52825585	rs9324	T	C	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=906;ReadPosRankSum=0.511;SC=ACCCAGGCTCTGACCCCACAA;SOR=0.792;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=81;WE=52825593;WS=52825575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,133:0.69:192
chr3	52831701	rs2240919	C	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=261;SC=GTGGGAGACACCAGGCTTGGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=52831709;WS=52831691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	52833219	rs2535629	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CTGTTTTCCTGCAGGATGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=12;WE=52833227;WS=52833209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
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chr3	52847601	rs2071044	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=-0.062;SC=ACATGGAGGGCAGGGAGTCCT;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=52847609;WS=52847591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr3	52851137	rs2240917	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=195;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CCGACCTGCATGGGGAGTCCC;SOR=1.214;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=19;WE=52851145;WS=52851127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr3	52852060	rs2245538	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=0.519;SC=TGGGTGTGCCTCTCTCACCTT;SOR=1.244;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=9;WE=52852068;WS=52852050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr3	52852538	rs4687657	G	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=526;ReadPosRankSum=0.878;SC=GTGGCTGGTGGTGCTGAAGCA;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=38;WE=52852546;WS=52852528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr3	52853340	rs7620907	G	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=5;PP=278;SC=ACCCCACCCCGCTCTATGGGG;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=52853348;WS=52853330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	52853401	rs3821831	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=1.604;SC=GGCCGGAAGGCAGCTTACAGA;SOR=0.798;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=7;WE=52853409;WS=52853391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr3	52853747	rs2276815	C	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=0.542;SC=CATGCCTCCCCCTGGCAGAAA;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=18;WE=52853755;WS=52853737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr3	52855229	rs2239547	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.232;SC=TCTTCCATGATTGGGGCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=52855237;WS=52855219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	52860816	rs2276816	C	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=724;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CCTGCAGGTGCTTGACCAGCT;SOR=0.734;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=51;WE=52860824;WS=52860806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr3	52860936	rs2276817	C	T	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=988;ReadPosRankSum=0.678;SC=CACTGACCGACACCTGGAACT;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=72;WE=52860944;WS=52860926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,101:0.66:154
chr3	52861211	rs13072536	A	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=260;ReadPosRankSum=0.765;SC=GCCATCGATGATCCTGGGGGC;SOR=1.002;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=22;WE=52861219;WS=52861201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr3	52864584	rs2071042	A	G	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1085;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CGGCAGTAGTAGTCTGGTGGA;SOR=0.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=78;WE=52864592;WS=52864574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,129:0.63:205
chr3	52864693	rs2071041	T	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=478;ReadPosRankSum=2.047;SC=GCTTCTGAACTCGACAGCAAG;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=24;WE=52864701;WS=52864683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr3	52867288	rs4687661	A	T	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=36;PP=1118;SC=AGTTCCTGGGAAAGGCTCCTG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=52867296;WS=52867278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	52867595	rs60332615	C	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=299;ReadPosRankSum=0.045;SC=CACACCTGCACCCCCATCCCC;SOR=0.474;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=29;WE=52867603;WS=52867585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr3	52867715	rs6787916	G	C	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=38;PP=1577;SC=TCAGGTCCTCGTCCTTCACAG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=52867723;WS=52867705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	52867811	rs6776876	A	T	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=32;PP=1126;SC=GCCTCGGTAGAAAGGCACACC;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=52867819;WS=52867801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	52868610	rs11922961	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=336;ReadPosRankSum=-0.701;SC=GCCGGGCCCATAGCTACAAAT;SOR=0.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=21;WE=52868618;WS=52868600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	52868668	rs142854055	G	GCACACACA	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=866;ReadPosRankSum=1.811;SC=ACACACAGATGCGCACACACA;SOR=0.999;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=46;WE=52868678;WS=52868654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr3	52868670	rs62255421	G	A,GCACACACACACACA	1894.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=42.11;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,34,11:0.76,0.24:45
chr3	52868716	rs77032405	GC	G	1517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=2.235;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr3	52870618	rs4687663	T	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.833;NF=18;NR=13;PP=479;ReadPosRankSum=0.355;SC=ACTCCTGCCATGAGGCTTCGT;SOR=0.879;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=31;WE=52870626;WS=52870608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr3	52870729	rs11431693	C	CA	3362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.55;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	52874446	rs6769789	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.880;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr3	52874753	rs56019197	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr3	52874779	rs7638431	G	A	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=159;SC=GCAATGGCACGATCTCGCCTC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=52874787;WS=52874769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	52877647	rs55829187	C	CA	1424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=11;PP=931;SC=CTGAGGGCTACAGGTGAGCTT;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=52877657;WS=52877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	52877649	rs56008508	G	A	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=11;PP=574;SC=GAGGGCTACAGGTGAGCTTTC;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=28;WE=52877657;WS=52877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	52877720	rs4687668	T	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	52878721	rs7650966	G	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=166;SC=CAGACCAAATGCAGGACACAT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=52878729;WS=52878711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	52878746	rs10663469	C	CAG	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=5;PP=575;SC=AGAGTTAAAACAAGTTTGGTT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=52878754;WS=52878736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	52878825	rs7629528	C	A	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=17;PP=788;SC=AGGAGCTGCTCATGCAGGGAC;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=52878833;WS=52878815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	52881634	rs5848962	T	TG	1588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=889;SC=AAGAGAGCTGTGGTACCTCTT;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=21;WE=52881642;WS=52881624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	52883654	rs3216716	CT	C	962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=641;SC=GGAGGGTGTGCTCAAACCCAG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=52883662;WS=52883644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	52886605	rs2276825	T	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=543;ReadPosRankSum=1.884;SC=TGCACTCAAATAGGGAACACT;SOR=0.397;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=39;WE=52886613;WS=52886595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,68:0.57:120
chr3	52886914	rs4687675	A	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=404;SC=GCCTTTGAAAACCCTAAAAGG;SOR=2.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=52886922;WS=52886904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	52950372	.	CTTTTT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	52952675	rs10633605	G	GTA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=2.227;SC=ATGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=0.760;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=52952683;WS=52952665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	52960013	rs11360013	GC	G	1218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=10;PP=948;SC=CTGCAGCCCTGCCATAGTGGC;SOR=1.418;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=24;WE=52960021;WS=52960003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	52960052	.	G	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.709;NF=18;NR=5;PP=423;ReadPosRankSum=-1.713;SC=CTCACCGGAGGGAAGCACCTC;SOR=1.483;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=23;WE=52960060;WS=52960042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr3	52960256	rs34584015	AG	A	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=5;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=357;ReadPosRankSum=1.775;SC=ATCATTTTAGAGGGGCGAAAA;SOR=0.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=7;WE=52960269;WS=52960246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr3	52960261	rs34585187	C	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=5;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=356;ReadPosRankSum=1.907;SC=TTTAGAGGGGCGAAAAGCATT;SOR=0.424;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=10;WE=52960269;WS=52960246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr3	52968726	rs2257216	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TCTCTAATAATAACGTTTATT;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=52968734;WS=52968716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr3	52968801	rs2710315	T	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=11;PP=454;SC=GGGTTTTCCATGCTGATGTGG;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=52968809;WS=52968791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	53003021	rs2245424	G	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr3	53125922	rs11242	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=1.455;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr3	53126143	rs2581786	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=0.058;SC=CCTTCCTCTGGGACCAGCCAG;SOR=0.323;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=21;WE=53126151;WS=53126133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr3	53126672	rs141077598	TTGCCCTGGACAAGGC	T	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.205;NF=1;NR=12;PP=2930;ReadPosRankSum=0.388;SC=AGTGGTGACCTTGCCCTGGAC;SOR=0.821;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=13;WE=53126694;WS=53126662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr3	53133526	rs2581829	A	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-0.061;SC=ACTCACTGAGACTCCAGAGCC;SOR=1.312;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=14;WE=53133534;WS=53133516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr3	53139506	rs2564942	CA	TG	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=358;ReadPosRankSum=1.435;SC=AAGAGCAAAGCAAGAAGGCCA;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=53139515;WS=53139504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr3	53212574	rs2306571	C	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=1.609;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr3	53213538	rs2035451	C	G	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=23;PP=1191;SC=TGGAGGTCTACGAGGGAGGGA;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=53213546;WS=53213528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	53213815	rs3830263	C	CGTGT,CGTGTGT	560.37	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=11.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.789;NF=0,0;NR=15,15;PP=450,49;ReadPosRankSum=0.947;SC=CGAGCCGTGCCGTGTGTGTGT;SOR=3.901;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=15,15;WE=53213823;WS=53213805;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.84:19
chr3	53215141	rs2242305	C	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.638;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr3	53215799	rs7630325	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=240;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GTGTGCTCACGTGTGCCAGTG;SOR=0.792;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=25;WE=53215807;WS=53215789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,49:0.39:125
chr3	53215875	rs11130350	A	C	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=567;ReadPosRankSum=0.666;SC=CCCAGTGTAGATACAGCAGCT;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=34;WE=53215883;WS=53215865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr3	53216051	rs6445568	T	C	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=189;SC=CCTCTTTTCCTCGGAGAGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=53216059;WS=53216041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	53216990	rs78346230	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=0.023;SC=AAGACTCAAGCGCTGGGCCTC;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=14;WE=53216998;WS=53216980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr3	53217413	rs2306572	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=305;ReadPosRankSum=0.740;SC=CTAGGGGTTGAAGAAGAGGCT;SOR=0.927;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=22;WE=53217421;WS=53217403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr3	53220215	rs2230494	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=585;ReadPosRankSum=1.549;SC=GCAGAGGAGAGTACTTTGCCA;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=50;WE=53220223;WS=53220205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,77:0.43:179
chr3	53220444	rs6793352	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=22;PP=923;SC=GTGTCTCCCCTTCAGGCCACT;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=37;WE=53220452;WS=53220434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	53220569	rs45596236	G	A	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.777;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.097;NF=24;NR=21;PP=532;ReadPosRankSum=1.370;SC=CCCTCAGTGAGGGAGCCTCCT;SOR=0.493;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=45;WE=53220577;WS=53220559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,65:0.38:172
chr3	53220763	rs3830265	GCTCAGAGC	G	876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.428;NF=1;NR=12;PP=2939;ReadPosRankSum=-0.900;SC=AGGGCTACTGGCTCAGAGCCC;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=13;WE=53220778;WS=53220753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr3	53222761	rs2306574	C	T	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=659;ReadPosRankSum=-0.908;SC=CAATGTGCTGCTGGACCGGGA;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=45;WE=53222769;WS=53222751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,77:0.57:136
chr3	53223291	rs7630600	T	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	53223927	rs1075865	C	G	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=22;PP=810;SC=TGGGAGTGACCGGAAACATCA;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=53223935;WS=53223917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	53224002	rs900495	T	C	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=30;PP=918;SC=TGGAGCCACCTTTCAGGCCCA;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=53224010;WS=53223992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	53259996	rs3816767	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGGGTGAGCAGTGGTGGGCCC;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=53260004;WS=53259986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	53260716	rs2279322	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=0.351;SC=GCACGTCCAACGCTCGGCTCT;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=9;WE=53260724;WS=53260706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr3	53263279	rs3736156	A	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,48:0.32:152
chr3	53265581	rs17234092	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr3	53267133	rs6445573	G	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=17;PP=991;SC=GTGTCTGGGCGAGGGGTGAAG;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=53267141;WS=53267123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	53267155	rs2242301	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=256;ReadPosRankSum=0.819;SC=TGGGGAGGGCGGCTTGTGCAT;SOR=1.183;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=20;WE=53267163;WS=53267145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr3	53274986	rs62255989	C	T	55.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr3	53321631	rs9628	A	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=443;ReadPosRankSum=-1.388;SC=TCTTGGTCAGAACCTGCAAGT;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=31;WE=53321639;WS=53321621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr3	53324819	rs201612547	ATGGCAC	A	1602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=19;PP=1821;SC=CCTTACCGGGATGGCACTGGC;SOR=1.121;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=26;WE=53324832;WS=53324809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	53324915	rs3732834	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.431;NF=4;NR=7;PP=82;ReadPosRankSum=0.827;SC=AAAGACAGACAGATATAAGAA;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=11;WE=53324923;WS=53324905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr3	53381598	.	G	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.003;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=542;ReadPosRankSum=0.964;SC=GGACAGGAAAGTGCCATCGAG;SOR=1.112;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=35;WE=53381606;WS=53381588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,59:0.64:92
chr3	53381645	.	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=1.085;SC=CCCTCAACTTCCGCCTCTACG;SOR=0.327;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=19;WE=53381653;WS=53381635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr3	53529013	rs312479	T	A	70.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=125;SC=GTTTTTTTTTTAAATCAATTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=53529021;WS=53529003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	53529140	rs312480	T	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=564;SC=CGCCCCCGCCTCAACGCCCAG;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=53529148;WS=53529130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	53685039	rs2276836	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=55;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TTTTAGGGAATGTGGTTGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=53685047;WS=53685029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr3	53699704	.	A	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-1.576;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr3	53700550	rs2250736	T	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=30;PP=814;SC=GCTGGACAGATGTGCTCTACT;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=53700558;WS=53700540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	53707589	rs10707009	GA	G	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;QD=12.28;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr3	53744327	rs3774546	C	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=0.727;SC=CGTGAGGCAACCTGGCTGGCA;SOR=1.911;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=53744335;WS=53744317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr3	53752275	.	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=234;ReadPosRankSum=0.981;SC=GGCCTGCCTCCCAGGCGTGCA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=20;WE=53752283;WS=53752265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr3	53766026	rs2612033	T	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	53766212	rs2306866	A	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=271;SC=CAGCGTGCACATGAGCTGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=53766220;WS=53766202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	53769479	rs1045958	C	T	5083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=61;PP=1951;SC=TGCTGAGCAGCGCTGCCCTGG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=112;WE=53769487;WS=53769469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	53776995	rs2612026	T	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=10;PP=607;SC=TTCTTTTCCTTTGGAGACAAA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=53777003;WS=53776985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	53778621	rs2304577	G	A	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=4;PP=179;SC=CCTCTGAGTCGTGAAGAGAGA;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=53778629;WS=53778611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	53779825	rs3821860	A	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=481;ReadPosRankSum=0.550;SC=GCATTTACTTAACTGCCTGTC;SOR=1.307;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=29;WE=53779833;WS=53779815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr3	53796744	rs3774567	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=0.164;SC=TGCCCTTAAATCTCCACACAC;SOR=1.112;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=10;WE=53796752;WS=53796734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr3	53806803	rs2278517	G	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=307;ReadPosRankSum=-0.151;SC=TCAGGCTGTGGCGGGCCGTCA;SOR=0.614;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=21;WE=53806811;WS=53806793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr3	53814197	rs1829423	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=-0.794;SC=CAGGAAAGGAGAGAGACATCA;SOR=1.345;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=5;WE=53814205;WS=53814187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr3	53853790	rs117099761	C	T	638.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=1.102;SC=TTCTCCTGGCCGCTCCTCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=17;WE=53853798;WS=53853780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr3	53856653	rs2241808	C	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=460;ReadPosRankSum=0.184;SC=AGGCACAGGCCGCGCTCCACC;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=32;WE=53856661;WS=53856643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr3	53857803	rs12676	A	C	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=23;PP=823;SC=GCTCCCCGCGAGCACGTCCTT;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=53857811;WS=53857793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	53857917	rs9001	T	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=424;ReadPosRankSum=-2.822;SC=ATAGCTGTACTCGTCCCGGCT;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=28;WE=53857925;WS=53857907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
chr3	53880789	rs2232332	A	G	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=654;ReadPosRankSum=0.403;SC=CTGCCGGCTCAAGGGGCATGC;SOR=1.046;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=45;WE=53880797;WS=53880779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr3	53882663	rs1025690	G	A	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.735;NF=22;NR=21;PP=1380;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CGGCTTCAACGTGACGCTTGG;SOR=0.509;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=43;WE=53882681;WS=53882653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
chr3	53882673	rs5849009	G	GT	1238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=6;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.752;NF=5;NR=22;PP=1389;ReadPosRankSum=0.583;SC=GTGACGCTTGGTTTTTTCTCT;SOR=0.544;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=27;WE=53882681;WS=53882653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,62:0.65:95
chr3	53883722	rs1025689	C	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ATCTAATCCCCGGAGACTTGA;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=16;WE=53883730;WS=53883712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr3	53883910	rs4687751	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5104;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TCCCCTTCTACGCATAACCAA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=12;WE=53883918;WS=53883900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr3	53910113	.	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=434;ReadPosRankSum=0.903;SC=AATCCCTGGGGGGGGAAAAGA;SOR=0.555;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=28;WE=53910121;WS=53910103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr3	53910190	.	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CTGAAGCGGGGAGCCTAGGGA;SOR=1.061;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=10;WE=53910198;WS=53910180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr3	53910919	rs11419180	G	GT	243.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=206;ReadPosRankSum=-0.560;SC=ATGCTCAAGTGTTTTTTTTTC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=53910927;WS=53910909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr3	54354431	rs41277447	G	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=338;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GTGTTTTACGGTGTCATGTGT;SOR=1.085;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=23;WE=54354439;WS=54354421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr3	54354510	rs9879885	T	C	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=30;PP=835;SC=TAGAAGAAATTGATGGCCTCC;SOR=0.872;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=54;WE=54354518;WS=54354500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	54419776	rs35870700	T	G	55.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr3	54420012	rs35461210	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-2.628;SC=CTTATTGTAGGCAAAATCAAA;SOR=0.956;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=4;WE=54420020;WS=54420002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr3	54420593	.	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=-2.771;SC=ACACTGATGTGATTATTTTCA;SOR=0.527;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=54420601;WS=54420583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr3	54420721	rs62967361	G	GTT	688.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.650;QD=12.99;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr3	54420851	.	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.611;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.615;NF=2;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TCCTGCCAAAGGACAAGTACC;SOR=1.675;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=11;WE=54420859;WS=54420841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr3	54798258	rs3732748	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=304;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TTTTTACCCAGATCTCCACCT;SOR=0.719;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=27;WE=54798266;WS=54798248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,35:0.33:106
chr3	54872694	.	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=482;ReadPosRankSum=0.234;SC=TGACCTAATCCCTGAAATCAA;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=39;WE=54872702;WS=54872684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,57:0.33:175
chr3	54913354	rs35536476	CT	C	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=6.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.744;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr3	54919272	rs1405330	A	G	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=19;PP=1165;SC=TGGGGGAGTGATACTTATTCA;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=54919280;WS=54919262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	54922230	.	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=0.772;SC=AGCTAGAGCAGATTAGCGGCT;SOR=0.716;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=11;WE=54922238;WS=54922220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr3	54928496	rs1526595	T	C	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=28;PP=1076;SC=TGAATGTCACTGCCTTAAGTG;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=68;WE=54928504;WS=54928486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	54961949	rs4245920	C	T	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=514;ReadPosRankSum=-0.409;SC=GACTGAGTCTCCTTGGGCGTC;SOR=0.535;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=40;WE=54961957;WS=54961939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,68:0.72:94
chr3	54962013	rs56327704	A	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=-2.043;SC=CACGAAGGGCATGGCAGACTC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=17;WE=54962021;WS=54962003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr3	55002631	.	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TGCCAGATTTCCGATGAATGT;SOR=0.921;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=10;WE=55002639;WS=55002621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr3	55003733	rs881820	G	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=0.829;SC=GACTTGGATAGCTTGTCCTTA;SOR=0.686;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=11;WE=55003741;WS=55003723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr3	55018619	rs56055307	T	TG	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.41;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	55021556	rs2280186	G	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=414;ReadPosRankSum=0.918;SC=AATCCCATGAGTTCTCATGAC;SOR=0.264;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=30;WE=55021564;WS=55021546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr3	55038898	rs4955827	A	G	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=38;PP=1194;SC=GAAAACAGCCACACATTTCTG;SOR=1.192;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=58;WE=55038906;WS=55038888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	55043563	.	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.234;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=0.560;SC=GCTCACAGAAAATTCCCCAGG;SOR=0.039;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=55043571;WS=55043553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr3	55107676	.	G	GAAGA	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=285;ReadPosRankSum=-0.393;SC=ATTAGAGAAGGAAAATTACAT;SOR=0.693;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=7;WE=55107684;WS=55107666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr3	55108055	rs358076	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=269;ReadPosRankSum=-1.766;SC=TCGTTCTTACGTTAGAGAGGG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=20;WE=55108063;WS=55108045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr3	55108167	rs74726429	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.198;NF=29;NR=16;PP=626;ReadPosRankSum=0.301;SC=GTGGGGGTGCGCCGAGTCTCC;SOR=0.960;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=45;WE=55108175;WS=55108157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr3	55108234	rs71948046	CACTGACTGAGATGTTCTCTT	C	1257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.703;NF=2;NR=13;PP=2969;ReadPosRankSum=0.828;SC=CTCAAGGTGACACTGACTGAG;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=15;WE=55108261;WS=55108224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,40:0.26:154
chr3	55514766	rs73075443	A	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=243;ReadPosRankSum=-1.194;SC=AACAAATCTTAAAAAAAGAAA;SOR=1.501;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=16;WE=55514774;WS=55514756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr3	55733390	rs4955865	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=-0.797;SC=TGGAGGTAAGCAGCGATGAAA;SOR=1.483;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=12;WE=55733398;WS=55733386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr3	55886573	rs10575780	TAA	T	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr3	55989276	.	TTGTGTGTGTGTGTG	T,TTG	1584.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;QD=37.73;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,27:0.36,0.64:42
chr3	56019905	rs6445762	C	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.409;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	56020159	rs7613818	G	A	171.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ATAACTAAACGAAGCAAACTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=56020167;WS=56020149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr3	56026034	rs4974160	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=0.791;SC=TGGGCAACCACGCAGTCCATG;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=56026042;WS=56026024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	56037025	rs5849124	C	CAT	1448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.038;NF=11;NR=13;PP=1024;ReadPosRankSum=1.420;SC=GGAAGAAACTCAAATATTTTC;SOR=0.981;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=24;WE=56037033;WS=56037015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr3	56037241	rs35658351	CA	C	1823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	56037249	rs34984094	A	AG	1842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=25;PP=1133;SC=AACAAAATCCATGCATTCGCA;SOR=1.721;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=56037257;WS=56037231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	56041187	rs1379715	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=-0.967;SC=AAGCATGATTCTTTTTCTTAG;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=56041195;WS=56041177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr3	56052839	rs3816575	G	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=297;ReadPosRankSum=0.127;SC=AGAAAAGCAGGCACATTTAAA;SOR=0.586;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=23;WE=56052847;WS=56052829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr3	56330063	rs75898504	T	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.351;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=215;ReadPosRankSum=0.184;SC=AAGATGTATGTTTTCCTTCTC;SOR=0.260;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=19;WE=56330071;WS=56330053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr3	56468960	.	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.527;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr3	56591278	rs150150392	T	TGGGGTAAGCA	789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=3.022;NF=3;NR=7;PP=2976;ReadPosRankSum=0.541;SC=GCCATGAACTTGGGGTAAGCA;SOR=0.643;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=10;WE=56591286;WS=56591268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr3	56591422	rs74432117	G	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=0.377;SC=GCAGAGCCCAGTTCTCGGGTA;SOR=0.521;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=17;WE=56591430;WS=56591412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr3	56593543	rs12486047	C	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TCTTGCATTACCACCTTAGTA;SOR=0.180;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=6;WE=56593551;WS=56593533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr3	56593680	rs11130525	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=131;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GTTTTATTTATAGTGGTTAGA;SOR=0.542;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=12;WE=56593688;WS=56593670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr3	56593757	rs17235677	C	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TTATTATTTTCTTGCTTTCAG;SOR=1.426;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=56593765;WS=56593747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr3	56597954	rs6769055	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.359;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=399;ReadPosRankSum=-0.392;SC=CACCTGCAACCCCTAATATGC;SOR=0.430;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=33;WE=56597962;WS=56597944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,42:0.29:144
chr3	56599258	.	G	GTATT	107	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=107;QD=37.5;SC=CAAGATATTTGTATTCCCCTT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=56599266;WS=56599248;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	56627048	rs1388256	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=-0.956;SC=AAGAACTGCAAAGAAAATGGA;SOR=0.665;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=9;WE=56627056;WS=56627038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr3	56627598	rs1491170	A	G	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=33;PP=1211;SC=CTGTTCTCTCAGTCAACACAC;SOR=0.868;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=77;WE=56627606;WS=56627588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	56647799	rs17216685	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=30;ReadPosRankSum=-0.591;SC=ACATTCTAATTGTAACTTTGG;SOR=0.307;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=56647807;WS=56647789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr3	56650012	rs4681904	G	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.663;NF=11;NR=9;PP=266;ReadPosRankSum=-1.162;SC=TGATTCTGATGAAATCAGTGG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=20;WE=56650020;WS=56650002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr3	56650051	rs77152637	A	ACTT	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.641;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr3	56650054	rs112267342	T	TCTC	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.747;NF=2;NR=11;PP=194;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TTCTACGACTTCTAAGAAGGA;SOR=0.631;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=56650062;WS=56650041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr3	56650178	rs9833926	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=23;SC=AAAAATTAACAAAACTTGAGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=56650186;WS=56650168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	56652479	rs79095236	TT	CA	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=206;ReadPosRankSum=0.971;SC=ATCTCTAGACTTAACTAAGTG;SOR=0.197;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=56652488;WS=56652469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr3	56653609	rs10534869	CGT	C	4864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=36;PP=2030;SC=ATGTAAACCCCGTCAACAACT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=43;WE=56653618;WS=56653599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	56654002	rs145212077	GTTTGT	G	1253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.097;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=583;ReadPosRankSum=-0.427;SC=CTGTTGAACGGTTTGTTTTAA;SOR=0.409;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=14;WE=56654014;WS=56653992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr3	56658481	rs2291499	G	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=417;ReadPosRankSum=1.720;SC=CTGCGTTAAAGAAAATGAAAA;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=30;WE=56658489;WS=56658471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,43:0.34:125
chr3	56658871	rs2291498	T	C	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=481;ReadPosRankSum=2.072;SC=AAAAAGACTATGTGTCGTTGC;SOR=0.555;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=34;WE=56658879;WS=56658861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,63:0.73:86
chr3	56661909	rs143894847	AAAT	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.748;NF=0;NR=4;PP=107;ReadPosRankSum=0.534;SC=AAAGCCACACAAATAATATTC;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=56661919;WS=56661899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	56667682	rs9835332	G	C	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=54;PP=2153;SC=TGTGGAAACTGTACTGACATA;SOR=0.706;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=106;WE=56667690;WS=56667672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	56672608	rs4681945	G	C	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=10;PP=593;SC=AATAAATATGGTACTGTCCAA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=30;WE=56672616;WS=56672598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	56674190	rs1489949	A	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	56681406	rs4681955	G	A	94.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=68;SC=ATACAATATAGCAAATATATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=56681414;WS=56681396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	56694664	rs9820759	C	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.674;SC=ATGGTACTTTCAGAGGCAAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=56694672;WS=56694654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	56694877	rs9858728	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr3	56695060	rs7619465	T	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=128;SC=AAGAAAATTTTAAAAACATGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=56695068;WS=56695050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	56700180	rs200301955	T	TA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr3	56703746	rs13094666	A	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=211;ReadPosRankSum=0.396;SC=TTTTAAAAATAACAACATCAC;SOR=0.425;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=13;WE=56703754;WS=56703736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr3	56716922	rs958755	T	G	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=45;PP=1663;SC=GCCATTTTGTTGGGAGGACTC;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=56716930;WS=56716912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	56763228	rs1009119	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-1.542;SC=CTCCAAACCGTTCCATCTGTG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=56763236;WS=56763223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	56763316	rs1565376	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=10;PP=787;SC=TACTTTCACCGTGCCTGCTGT;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=56763336;WS=56763306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	56763328	rs1565377	T	C	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=14;PP=1009;SC=GCCTGCTGTTTCCACAGGAAG;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=56763336;WS=56763306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	56763525	rs1009118	A	G	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr3	56763619	rs6765444	A	G	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=491;ReadPosRankSum=0.038;SC=TTTGGGATCCATTTTTGAAAC;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=35;WE=56763627;WS=56763609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr3	56766435	rs3732511	C	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=0.954;SC=CTTCTTGGAACAGGAAAACAT;SOR=0.685;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=24;WE=56766443;WS=56766425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr3	56771251	rs3772219	A	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr3	56785556	rs6792241	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.280;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=97;ReadPosRankSum=-1.520;SC=TCCCATAAAGCTGCAGAAACA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=8;WE=56785564;WS=56785546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr3	56787451	rs3821412	C	T	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	56807854	.	T	TA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr3	56808956	rs34038168	A	AC	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.027;QD=15.40;ReadPosRankSum=-1.917;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr3	56835761	rs3732508	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=519;ReadPosRankSum=1.861;SC=CGCTGGCCGGGGGTAGCTCCA;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=37;WE=56835769;WS=56835751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr3	56916456	rs12496441	C	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=2.046;SC=AGAAAAAAAGCAATCAAATAG;SOR=0.728;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=9;WE=56916464;WS=56916446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr3	56932708	rs7633179	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	57130643	rs56914717	TA	T	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.732;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=476;ReadPosRankSum=1.723;SC=GGGCTCTGTATAAACGAGGCA;SOR=4.840;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=14;WE=57130651;WS=57130633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr3	57131529	rs6764188	A	C	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=43;PP=2218;SC=ATTGCCCAATAAGTTGGCACC;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=110;WE=57131537;WS=57131519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	57132200	rs2291462	A	G	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1427;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CGGGAGTGCAAGTGGGAACAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=57132208;WS=57132190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chr3	57132620	.	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=-0.405;SC=AAGAGGCTCGGGAAGTGAGTA;SOR=0.760;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=16;WE=57132628;WS=57132610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr3	57136585	rs17057718	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=1.826;SC=GTGATGGCCACGGCTCTGATG;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=15;WE=57136593;WS=57136575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr3	57137090	rs2247656	A	G	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=25.88;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	57137232	rs3215002	GA	G	670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.202;NF=2;NR=15;PP=367;ReadPosRankSum=-0.075;SC=CAGGTAAGTGGAAAAAAATGG;SOR=0.486;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=17;WE=57137240;WS=57137222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr3	57138419	rs6780995	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-2.468;SC=GCAGCTGGTCGTCTCTGTAGT;SOR=0.846;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=13;WE=57138427;WS=57138409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr3	57139833	rs1545982	G	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=272;SC=CCAGTGGCCTGGGGGTCGCTT;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=57139841;WS=57139823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	57139894	rs143892890	G	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CCTGCTTACAGGTCTTTCGCT;SOR=1.002;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=13;WE=57139902;WS=57139884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr3	57139972	rs1545981	A	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=14;PP=570;SC=TGTGCGGTGCATGGTCGAAGG;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=57139980;WS=57139962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	57140108	rs2035654	G	A	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=31;PP=1090;SC=GATACTTTGAGACTTGATAGA;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=57140116;WS=57140098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	57143480	rs373497302	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr3	57148968	rs11916303	C	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=1.085;SC=AAAGATGTGTCCCTCAAAAGC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=57148976;WS=57148958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	57176505	rs1386829	A	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CAAACAACGCAGGAACACCTG;SOR=0.563;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=17;WE=57176513;WS=57176495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr3	57233661	rs12715498	A	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	57233679	rs143889572	ATAAAT	A	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=42.13;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	57276258	rs11346575	GA	G	279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=190;SC=TGTAATAATTGAAAAAAAACC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=9;WE=57276266;WS=57276248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	57294085	rs10510791	C	G	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=47;PP=1558;SC=GTAGAAAAAACATTTACATGA;SOR=1.192;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=73;WE=57294093;WS=57294075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	57294884	rs150865255	CAAATT	C	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=875;SC=TAAATTCTTACAAATTAAATT;SOR=2.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=57294896;WS=57294874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	57321916	rs883244	T	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=274;SC=TCAGAAACAATGTATTCATTT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=57321924;WS=57321906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	57323170	rs528035	A	G	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=40;PP=1023;SC=AAAAAAATACATATGTAATTC;SOR=1.300;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=59;WE=57323178;WS=57323160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	57335705	rs200349291	TACACACACACACAC	T,TACAC	696.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,7:0.59,0.41:17
chr3	57335876	rs4060726	C	T	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=50;PP=1617;SC=AGTAAGCTACCGGAGAGTGCC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=93;WE=57335884;WS=57335866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	57368976	.	CC	TT	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=893;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GCCCTGTATTCCCAAAATAAG;SOR=0.602;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=22;WE=57368985;WS=57368966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr3	57386148	rs12053975	C	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=4;PP=125;SC=AGGAAAATAACAGCTTGTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=57386156;WS=57386138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	57388037	rs11429401	C	CT	719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr3	57388048	.	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.818;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr3	57388114	rs6445873	C	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=32;PP=941;SC=GCCCCAAGTACGCACTCCACT;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=57388122;WS=57388104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	57394309	rs4681729	T	G	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=528;SC=TATAAAGACATTAAGATGGGA;SOR=2.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=29;WE=57394317;WS=57394299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	57401030	rs9811855	A	C	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=103;SC=GTAACTCCCCAAACATTTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=57401038;WS=57401020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	57414071	rs4681982	G	A	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=5;PP=183;SC=CTCACTAAATGTACATTGAGT;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=57414079;WS=57414061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	57414434	rs4462937	A	G	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=19;PP=1056;SC=AGAGCTTGATATTCTGGTTCA;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=57414442;WS=57414424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	57419497	rs6773904	C	T	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=34;PP=1127;SC=GTTAGCGTATCCGCCAGCACA;SOR=1.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=55;WE=57419505;WS=57419487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	57422824	rs4234394	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=12;PP=259;SC=CTACAACACAATATTATAAAT;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=57422832;WS=57422814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	57430988	rs6768943	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=14;PP=679;SC=TTCCATAGTCGTAATGAAATT;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=57430996;WS=57430978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	57431740	rs139063171	ATAAATAAATAAT	A	1970.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.19;QD=39.41;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	57431985	rs2121743	G	A	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=53;PP=1566;SC=GAAGAAGCCAGTCCTTTAAAA;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=57431993;WS=57431975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	57432064	rs2121742	C	T	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=790;SC=AAAACAAATACCTAATATTTT;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=57432072;WS=57432054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	57443385	.	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=232;ReadPosRankSum=0.260;SC=TACTGGTTTCCAAAACCTCTT;SOR=0.671;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=19;WE=57443393;WS=57443375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr3	57443817	rs6768661	T	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=8;PP=385;SC=AATTGATTATTTATCATACCG;SOR=0.902;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=57443825;WS=57443807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	57456093	rs35152693	C	CA	52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=1;PP=51;SC=AACACTTAACCAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=57456101;WS=57456083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	57456371	rs9871422	T	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=234;SC=ATACTGAAAGTAAATAAGTTT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=57456379;WS=57456361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	57457123	rs6445886	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=231;SC=TTTTTCTATACTTTTAAATTT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=57457131;WS=57457113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr3	57469097	rs9863860	C	T	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr3	57475351	rs6806444	T	G	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	57488279	rs10662782	T	TTTC	1299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.57;NF=1;NR=23;PP=312;SC=ATGTAGATCTTTTTTTTTTTC;SOR=3.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=57488287;WS=57488268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	57509103	rs6768974	T	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=202;SC=GAGCAAGACCTTGTTTAAAAC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=57509111;WS=57509093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	57542173	rs2241988	C	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=8;PP=577;SC=GAAGCTGAGCCGGGCTGAAGC;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=57542181;WS=57542163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	57582718	rs57877028	GAAA	G	3580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=19;PP=1317;SC=GCGGGCGGAGGAAAAAAACAG;SOR=1.339;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=39;WE=57582728;WS=57582708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	57627500	rs9873675	T	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	57627580	rs9816093	A	C	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=98;SC=ACACAGATTGATTTTTCCTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=57627588;WS=57627570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	57882601	rs17058639	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=428;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TCTCTGTAGACGCCCAAATGG;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=32;WE=57882609;WS=57882591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr3	57912865	rs75226124	C	CA	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=-0.947;SC=TGCACTCCCTCACTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=57912873;WS=57912855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	57994719	rs1658338	T	A	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=36;PP=946;SC=CAGGGGTGGGTTATAGGGGGC;SOR=4.223;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=37;WE=57994727;WS=57994709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	58080505	rs7644723	G	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=239;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TGCAGTGGGCGATGGCTCATG;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=14;WE=58080513;WS=58080495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr3	58081888	rs1522384	T	C	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=362;ReadPosRankSum=-1.386;SC=CCCCTGACAGTGACAAGAACA;SOR=0.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=34;WE=58081896;WS=58081878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr3	58083446	rs939882	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr3	58089585	rs6445946	T	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.649;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=468;ReadPosRankSum=0.075;SC=TATGTATGGTTTATGTTTTGT;SOR=1.389;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=58089602;WS=58089575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr3	58089594	rs3215311	GT	G	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.823;HP=6;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.622;NF=1;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TTTATGTTTTGTTCAGTGTGG;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=3;WE=58089602;WS=58089575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr3	58089851	rs1522385	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TCTGGAGGGTGCTCGGCCCAG;SOR=0.936;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=8;WE=58089859;WS=58089841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr3	58089877	rs1522386	A	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=10;PP=245;SC=ACTCATGGGTAGTTGCTTCCC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=58089885;WS=58089867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	58092346	rs2177153	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.735;SC=GAGCTGTCGTAACATAGAATA;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=5;WE=58092354;WS=58092336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr3	58094157	rs2259091	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=363;ReadPosRankSum=0.350;SC=TTACACAGAAAGAGACTTACT;SOR=0.752;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=23;WE=58094165;WS=58094147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr3	58094852	rs7634236	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=566;ReadPosRankSum=1.304;SC=GTGACCCTGTCTGATAGAGAC;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=37;WE=58094860;WS=58094842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr3	58095466	rs2708318	G	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-0.900;SC=TCATTGCTCCGTGGGGAAGGC;SOR=0.399;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=58095474;WS=58095456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr3	58095500	rs2686635	G	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=-0.903;SC=ACGTTTCAATGCCTTTTGAAC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=58095508;WS=58095490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	58097971	.	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr3	58109162	rs1131356	G	A	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=915;ReadPosRankSum=2.267;SC=CCTTAGCGTCGACTGCTCGGA;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=61;WE=58109170;WS=58109152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,74:0.54:137
chr3	58111285	rs3732633	T	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=388;ReadPosRankSum=0.450;SC=CAAATATGCGTTTCTGTTTGT;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=30;WE=58111293;WS=58111275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr3	58112440	rs2362903	A	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=7;PP=283;SC=TTCCTTTCGCACCGGGGGATT;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=58112448;WS=58112430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	58112488	rs2362904	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr3	58112556	rs2362905	G	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-0.474;SC=TTTGATTTTGGTTATCTCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=58112564;WS=58112546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr3	58116316	rs1573890	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=0.319;SC=AACAATGAGTAGGCACATGAG;SOR=0.330;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=58116324;WS=58116306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	58116358	rs4475005	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=0.923;SC=GGGAGCTGACCGAGGCCTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=58116377;WS=58116348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	58116369	rs1882692	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	58117724	rs60183346	G	A	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=848;ReadPosRankSum=1.550;SC=AAGGTGACCCGAAGGGTGACT;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=62;WE=58117732;WS=58117714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,94:0.53:176
chr3	58118555	rs12632456	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=1.186;SC=GCCAGTGAACGTGGTGGACAA;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=22;WE=58118563;WS=58118545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr3	58118700	rs12638356	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr3	58121626	rs6445948	T	A	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=9;PP=865;SC=AGGCACTAATTGGAAAATATG;SOR=1.958;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=42;WE=58121634;WS=58121616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	58127827	rs34336464	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=46;ReadPosRankSum=-0.661;SC=GTAATAAGATCACCTTTGCGT;SOR=0.479;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=7;WE=58127835;WS=58127817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr3	58129152	.	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=343;ReadPosRankSum=0.996;SC=GCTTCTCTGGGGAAGGTTGCT;SOR=1.230;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=22;WE=58129160;WS=58129142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr3	58131515	rs7355798	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=1.616;SC=TGTGCATCTCCTTCTGTCTCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=6;WE=58131523;WS=58131505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr3	58133799	rs190226890	G	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=219;ReadPosRankSum=-1.493;SC=AGTGTTCAAGGCTCATTTTTT;SOR=1.371;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=8;WE=58133811;WS=58133789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr3	58133803	rs66977380	AT	A	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=9;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=240;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TTCAAGGCTCATTTTTTTTTC;SOR=1.981;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=6;WE=58133811;WS=58133789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr3	58138528	rs9884098	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr3	58139472	.	G	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=161;SC=GAAGACTTCTGATAGGTGGCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=58139480;WS=58139462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	58145263	rs12634123	G	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=13;PP=382;SC=TAACCTGTCTGATGTATTAAA;SOR=0.866;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=23;WE=58145271;WS=58145253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	58154327	rs8640	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=344;ReadPosRankSum=-0.460;SC=ACCTGATCAGCGTCAAATACG;SOR=0.901;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=27;WE=58154335;WS=58154317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr3	58156176	rs4681660	G	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=337;SC=TAATTGCCACGCTCTCCCACC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=58156184;WS=58156166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	58179318	rs9812109	C	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=289;SC=CCTGTGACCCCAAAGGACAGT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=58179326;WS=58179308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	58186719	rs3772985	C	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=-2.030;SC=CACAGCAGTCCTCACCTCCGC;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=7;WE=58186735;WS=58186709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	58186727	rs61730077	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=0.475;SC=TCCTCACCTCCGCCTTCCAGC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=11;WE=58186735;WS=58186709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr3	58186911	rs4234389	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=7;PP=225;SC=GAGGGAAACCAGCTGTCCCCT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=58186919;WS=58186901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	58191433	rs9311671	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=394;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TCCAATGAGAGGAGCCACCAT;SOR=0.412;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=29;WE=58191441;WS=58191423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr3	58194051	rs3732631	C	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=310;ReadPosRankSum=-1.538;SC=AAAGAGAATTCCCAGGGGTTT;SOR=0.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=22;WE=58194059;WS=58194041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr3	58196583	rs34252389	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=113;ReadPosRankSum=-2.218;SC=TGGCCAGGGCGCTGTGGATGG;SOR=0.534;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=14;WE=58196591;WS=58196573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr3	58196639	rs2292677	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=1.213;SC=GACATCCTGGCGCTGCTCTGG;SOR=0.906;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=14;WE=58196647;WS=58196629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr3	58270963	rs6774235	T	C	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=23;PP=1010;SC=TGAATGTCTCTTTGGGCCCCT;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=50;WE=58270971;WS=58270953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	58296209	rs59232688	CT	C	702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.420;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.375;NF=5;NR=19;PP=362;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TTTAATATGACTTTTTTTTTT;SOR=0.822;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=24;WE=58296217;WS=58296199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,41:0.93:44
chr3	58302404	rs2292674	A	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=26;PP=583;SC=ATGAGAATAAATTTTTTGTTG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=58302412;WS=58302393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	58303069	rs3773012	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=598;SC=GCTCCTGCATCAGCTTTGTTT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=58303077;WS=58303059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	58351660	rs111264652	C	CT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	58355273	rs9867320	G	C	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	58368219	.	C	CT	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.9997;HP=17;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=56.17;NF=1;NR=1;PP=26;QD=14.5;SC=ATGAGTGTAACTTTTTTTTTT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=2;WE=58368227;WS=58368209;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr3	58381262	rs62258105	C	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=7;PP=423;SC=TAAAAACTCACATCTTGCAGC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=58381270;WS=58381252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	58385194	rs4075152	T	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=323;SC=GTAGTAAAGATTCTTGCGGTC;SOR=2.419;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=58385202;WS=58385184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	58395490	rs140856155	G	GT	792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.150;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.364;QD=20.33;ReadPosRankSum=1.452;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr3	58395497	.	T	TTG	456	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=6;HapScore=3;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.3;NF=1;NR=26;PP=456;QD=17.6666666667;SC=GCAGTTTTTTTGGGGAAAAAA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=27;WE=58395509;WS=58395480;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr3	58395501	.	G	A	442	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=5;NR=20;PP=442;QD=19.0708485019;SC=TTTTTTTGGGGAAAAAAAAAG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=25;WE=58395509;WS=58395480;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,25:0.71:35
chr3	58395501	rs34734687	G	GA	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=20.99;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	58398466	rs12635366	C	T	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=75;SC=AAGCCTGTCACTGGGTCCGGT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=58398474;WS=58398456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	58398813	rs13071422	A	G	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	58409063	rs12631656	T	C	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=111;SC=TCAGTTGTTATTGTGTAGAAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=58409071;WS=58409053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	58409082	rs12634132	A	G	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=0;PP=158;SC=ACCAATGAACATGTTGGTCAT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=58409090;WS=58409072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	58414382	rs62259769	C	T	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=26;PP=724;SC=GCTATTGCAGCACAAATAGAG;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=58414390;WS=58414372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	58415590	rs2070662	C	A	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=40;PP=1422;SC=ACCACTGTGCCGCCAGCTGTG;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=58415598;WS=58415580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	58416538	rs4264746	T	C	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=28;PP=1120;SC=CATTGGGCCCTCTGAAGACTA;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=58416546;WS=58416528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	58484521	rs9853873	T	C	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=2.396;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,80:0.60:134
chr3	58487415	.	A	AT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.006;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr3	58510273	.	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=325;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TGGAGAGAGAGATCTCTGTGG;SOR=0.698;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=25;WE=58510281;WS=58510263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,37:0.36:102
chr3	58512237	rs1127745	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=438;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CCTCGTAGGTACAGGAGGCCG;SOR=0.472;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=32;WE=58512245;WS=58512227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr3	58512375	rs1127743	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-1.886;SC=CCGTGCTCAGTGCGTGGAGCT;SOR=0.411;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=18;WE=58512383;WS=58512365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr3	58516464	rs9844590	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=223;ReadPosRankSum=-1.113;SC=AGGGCACCTCGCCCCTCAACC;SOR=1.230;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=15;WE=58516472;WS=58516454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr3	58520306	rs7611026	G	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=34;PP=1178;SC=CTGGCACCTTGAAATCTTCTC;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=58520314;WS=58520296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	58520859	rs4681862	A	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=689;SC=TCTGGTGACTATGGAGAGACA;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=58520867;WS=58520849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	58553160	rs7637862	T	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-0.250;SC=CAGGGCTGCTTCCTGCGGTGA;SOR=0.223;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=58553168;WS=58553150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr3	58555343	rs7632668	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=-1.568;SC=GCTCTGCTTTCCTCCAGGGTC;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=58555351;WS=58555333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr3	58555386	rs7609991	G	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=0.842;SC=CCAGGTGCTTGCGGGGCCCAG;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=11;WE=58555394;WS=58555376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr3	58572577	rs17059434	C	G	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=724;ReadPosRankSum=0.358;SC=GGCGTTGCTCCCACTTACCCG;SOR=0.790;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=50;WE=58572585;WS=58572567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,69:0.66:105
chr3	58572625	rs80312641	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=524;ReadPosRankSum=-0.861;SC=CGGTGGCATCGGAGGGCCCCC;SOR=0.981;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=33;WE=58572633;WS=58572615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr3	58575110	rs6445991	A	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=448;SC=GACTGGTCAGAGTCAAAGTCC;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=58575118;WS=58575100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	58621935	rs6791782	C	T	50.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=41;SC=TTTAAGGCCCCTGGGAGGTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=58621943;WS=58621933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	58635197	rs9811989	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr3	58641352	rs57504511	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=194;ReadPosRankSum=2.530;SC=AAAATCCAGTCGGAAACTGGC;SOR=0.344;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=16;WE=58641360;WS=58641342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr3	59996927	rs4679626	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	59996969	rs4679627	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=128;ReadPosRankSum=-1.191;SC=GGCTCTAACACTGAGGGTCTC;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=12;WE=59996977;WS=59996959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr3	59999690	rs13067835	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=-2.027;SC=TGCCGGGATATGAAAGGGAAG;SOR=0.498;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=16;WE=59999698;WS=59999680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr3	60898271	rs6793737	G	A	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=13;PP=662;SC=ACAGGATATAGATTTATAAAG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=60898279;WS=60898261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	60898434	rs11130795	T	C	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=32;PP=1114;SC=TTCTCACAATTTGCAGAAACT;SOR=0.898;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=58;WE=60898442;WS=60898424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	61734539	rs3821880	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=292;SC=TTGTGGGTTTTCCTCTCTTCC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=61734547;WS=61734529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	61911596	.	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=-0.605;SC=AGCAGTGTTTCCATAGGAACT;SOR=0.880;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=17;WE=61911604;WS=61911586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr3	62229553	rs1352882	C	T	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=23;PP=689;SC=ATGAAAGTATCCCTATTATTC;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=62229561;WS=62229543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	62355666	rs3215030	G	GT	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CTCTGCTATAGTTTTTTTTTC;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=6;WE=62355674;WS=62355656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr3	62357781	.	C	T	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.07;MQRankSum=0.807;NF=28;NR=36;PP=965;ReadPosRankSum=0.770;SC=CCTCCGCGCTCGGCAGTCAGG;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=64;WE=62357789;WS=62357771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,89:0.61:145
chr3	62357802	.	C	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,47:0.39:121
chr3	62385280	rs150025088	A	AGT	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=166;ReadPosRankSum=-1.446;SC=GAAAAGATACAGTGATAAGAG;SOR=0.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=5;WE=62385288;WS=62385270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr3	62431402	rs73840192	C	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr3	62431415	rs6791296	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	62450931	rs116208192	T	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=1.236;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr3	62451935	rs6445273	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=-1.426;SC=AACTTTTTAATGTGTTACATT;SOR=0.593;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=62451943;WS=62451925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr3	62477211	rs34655412	AAC	A	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr3	62478194	rs13325751	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=0.734;SC=ACGTGAATTCCAGCCCTCACT;SOR=0.332;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=31;WE=62478202;WS=62478184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr3	62499518	.	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=9;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CAGGATAAAAGAAAAAGGAGC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=62499526;WS=62499506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	62518843	rs74802385	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CCAGAGCTAACACTCCTTGAT;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=62518851;WS=62518833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	62536424	rs76575497	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=297;ReadPosRankSum=-1.384;SC=GAAACTTGTCCAGGTTTCAGT;SOR=0.873;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=21;WE=62536432;WS=62536414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr3	62556622	rs833663	A	G	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=38;PP=1602;SC=ACCTAAGGGAAAGGAGAAAGA;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=86;WE=62556630;WS=62556612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	62571037	rs2659467	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=-2.390;SC=GAAAAGAGAAGCACCATTATG;SOR=1.230;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=20;WE=62571045;WS=62571027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr3	62612013	rs2248008	C	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=425;SC=CAAGCTGGCACGGATTTACTA;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=62612021;WS=62612003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	62612145	rs2248013	C	A	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=36;PP=1658;SC=TGTGACTCTTCAAGCACAAAT;SOR=0.895;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=90;WE=62612153;WS=62612135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	62612280	rs2367310	C	T	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=50;PP=1432;SC=GAAGGAAGAACGTCTTAAATT;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=62612302;WS=62612270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	62612294	rs2367311	T	C	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=45;PP=1374;SC=TTAAATTTGCTAAGCCTTTTT;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=62612302;WS=62612270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	62612309	rs2367312	G	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=41;PP=1245;SC=CTTTTTTGTTGTACAAAGAAG;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=62612317;WS=62612299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	62612342	rs2248023	T	C	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=910;SC=ACGTTTGGAGTTCCTTCTGCA;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=62612350;WS=62612332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	62612385	rs1349591	G	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=104;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=21;PP=532;SC=TTACTAACATGGTTTTTACTG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=62612393;WS=62612375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	62631553	rs4588354	G	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=462;SC=GAGGTTATTGGCAAGGCCCCT;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=62631561;WS=62631543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	62636826	rs4688302	C	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=322;SC=GGTCTTTGTCCCATGGCCCAG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=62636834;WS=62636816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	62647904	rs11712073	T	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=404;SC=CTCAGCTTTATCCTTTAGAGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=62647912;WS=62647894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	62647928	rs6770658	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=558;SC=TCAATAATCAATGTGCTTCCT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=62647950;WS=62647918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	62647942	rs13093807	T	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GCTTCCTGAGTGGGACTTTGG;SOR=0.160;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=7;WE=62647950;WS=62647918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr3	62648142	rs1354781	T	C	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.289;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=965;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CATTCCATTTTATACCCCCTT;SOR=0.907;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=57;WE=62648150;WS=62648132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,97:0.69:140
chr3	62739092	rs478123	A	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=10;PP=457;SC=CCACAGCTCTAGGCCCAGGCG;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=62739100;WS=62739082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	63264441	.	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=316;ReadPosRankSum=1.905;SC=GTGTGTGCAGGGAGGGGCGCC;SOR=0.385;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=22;WE=63264449;WS=63264431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr3	63437977	rs6793874	C	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=352;SC=TTTAAAAATCCCTCAAAAGTG;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=63437985;WS=63437967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	63466382	rs6772726	G	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=0.109;SC=CTGAACCAAGGGCAATGCTCT;SOR=0.804;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=8;WE=63466390;WS=63466372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	63640403	.	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=328;ReadPosRankSum=-1.450;SC=ACCCCAACTCCCAGAATCATT;SOR=0.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=24;WE=63640411;WS=63640393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr3	63640534	rs5849568	TA	T	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=9;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.362;NF=1;NR=17;PP=175;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TGCCAAGTGTTAAAAAAAAAT;SOR=1.053;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=18;WE=63640542;WS=63640524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr3	63640601	rs1565983	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.835;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=199;ReadPosRankSum=-0.224;SC=AATCATCAAATATTCATGATG;SOR=1.244;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=14;WE=63640609;WS=63640591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr3	63645231	rs4688176	G	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CTTTGTTCTCGGTTGTTTAAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=63645239;WS=63645221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	63645252	rs4688419	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GATGCAGGATTGGAAACTCCC;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=63645260;WS=63645242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	63645575	rs34568643	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.913;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr3	63649259	rs7612738	G	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=8;PP=326;SC=CTTGGGGGTGGTGAGTGAGTT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=63649267;WS=63649249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	63649492	rs7634688	A	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=285;ReadPosRankSum=0.287;SC=TTTCTTTATAAATCACTCAGT;SOR=0.960;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=18;WE=63649500;WS=63649482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr3	63817430	rs2291533	G	C	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=1042;ReadPosRankSum=1.778;SC=AGCTTCAACAGTGTGAGTTTC;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=66;WE=63817438;WS=63817420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,90:0.62:146
chr3	63819759	.	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=326;ReadPosRankSum=1.325;SC=ACACATTATGGTCATGTAGCT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=28;WE=63819767;WS=63819749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr3	63821914	rs2637982	C	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=7;PP=292;SC=GAAATGCCTACGGTAGTTTTC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=17;WE=63821922;WS=63821904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	63825249	rs138554894	TTTGA	T	173.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=25;SC=TGAGTGAAAATTTGATCTACT;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=63825260;WS=63825239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	63898360	.	G	GGCAGCA	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.845;NF=4;NR=8;PP=597;ReadPosRankSum=1.551;SC=GCGGCCGCCCGGCAGCAGCAG;SOR=1.284;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=12;WE=63898368;WS=63898350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr3	63938127	.	T	C	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=705;ReadPosRankSum=1.256;SC=TGTAATCAGGTTGTCAAACCG;SOR=0.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=46;WE=63938135;WS=63938117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,62:0.42:146
chr3	63967900	rs1053338	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=489;ReadPosRankSum=-1.327;SC=ATTCATCCGAAAATGGATGGC;SOR=0.507;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=30;WE=63967908;WS=63967890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr3	63968469	rs142586136	CGTT	C	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=1;PP=51;SC=AGCACTCACACGTTGTATATT;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=63968479;WS=63968459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	63976145	rs2241821	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.185;SC=ATGCCCGTATGTGTGGGACGC;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=63976153;WS=63976135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	63982082	rs3774729	G	A	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=759;ReadPosRankSum=2.137;SC=AGTGCCAGCCGTGAACAATGT;SOR=0.539;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=56;WE=63982090;WS=63982072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,88:0.62:143
chr3	63996262	rs1046025	C	T	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=74;SC=TTTTATACAGCTGACCTGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=63996270;WS=63996252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	64005226	rs2888013	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=0.228;SC=TAGGAGTAGAAGTACAACAAG;SOR=0.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=14;WE=64005234;WS=64005216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr3	64008510	rs3846221	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=0.676;SC=TATACACACATACTCACATAC;SOR=0.877;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=64008518;WS=64008500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr3	64009432	rs3836531	AT	A	754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=446;SC=GGAGCTTAAAATTTTTTGAAA;SOR=1.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=64009440;WS=64009422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	64133350	rs27673	A	G	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=42;PP=1186;SC=AGTGTTGGCCATCATAGGTCA;SOR=1.099;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=66;WE=64133358;WS=64133340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	64431140	rs114898153	C	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	64518994	rs1017537	T	C	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=65;PP=1964;SC=TGTGATGTCCTCAAAAAAGCA;SOR=1.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=100;WE=64519002;WS=64518984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	64526651	rs3841969	CCAATGTG	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TCCATACTAGCCAATGTGCAA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=2;WE=64526665;WS=64526641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	64526717	rs3796384	G	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=156;ReadPosRankSum=-0.774;SC=CATGCTTGCTGTCTGAATGGA;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=10;WE=64526725;WS=64526707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr3	64526942	rs3796383	A	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=1.100;SC=AGGATGGGAAAGCATTTCCAG;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=14;WE=64526950;WS=64526932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr3	64527321	rs1373163	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=0.064;SC=TCACAAAAAATAGGGTGTGAT;SOR=1.005;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=10;WE=64527329;WS=64527311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr3	64527336	rs1036919	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=-1.503;SC=TGTGATGATCCGAGATGTGAA;SOR=0.593;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=64527344;WS=64527326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr3	64527378	rs1036918	G	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=10;PP=476;SC=GACATTGTTCGCACTAAAACT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=64527386;WS=64527368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	64527465	rs1036917	C	A,T	1205.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=22,10;NR=9,5;PP=449,110;SC=TGAACAAAGACATCCTGTTCT;SOR=1.565;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=31,15;WE=64527473;WS=64527455;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.71,0.29:51
chr3	64554254	rs7635677	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=443;ReadPosRankSum=-1.048;SC=GTTTTTTAATTACACGGAGTT;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=29;WE=64554262;WS=64554244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,42:0.41:102
chr3	64579999	.	G	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=425;ReadPosRankSum=-2.502;SC=CACTGCTCACGATCGGGAGGT;SOR=0.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=27;WE=64580007;WS=64579989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr3	64580169	rs13320542	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=0.426;SC=TGACAAATTTCCTTTCTCCCT;SOR=0.619;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=8;WE=64580178;WS=64580159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr3	64580170	rs149186183	C	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=538;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GACAAATTTCCTTTCTCCCTA;SOR=0.773;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=20;WE=64580178;WS=64580159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr3	64589851	rs9985304	A	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=0.823;SC=GCCATGTCTGAGAATGTTAGC;SOR=0.758;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=32;WE=64589859;WS=64589841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,50:0.30:169
chr3	64600829	rs56869336	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.830;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	64601670	rs149048192	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=141;ReadPosRankSum=-0.209;SC=GCCACCCGTGTTACATTCCCC;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=11;WE=64601678;WS=64601660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr3	64606838	.	GG	AA	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.56;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr3	64617042	rs6768487	G	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=0.879;SC=TGAAAGCTCTGCCTCTGCATG;SOR=0.960;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=10;WE=64617050;WS=64617032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr3	64617070	rs6445420	C	T	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=531;SC=AGGAAGGAAGCAGTATCTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=64617078;WS=64617060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	64619048	rs11717158	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=-2.100;SC=GCCCTGGCAACAGTGCACAGA;SOR=0.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=5;WE=64619056;WS=64619038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr3	64627448	rs9832057	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=0.688;SC=GTACTCTTCACCCACCAAATT;SOR=0.704;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=13;WE=64627456;WS=64627438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr3	64627752	rs7632802	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=35;ReadPosRankSum=0.736;SC=ACACACCATACTGTAATTCTT;SOR=1.981;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=6;WE=64627760;WS=64627742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr3	64633504	rs12715589	A	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=242;SC=ATATTATGCAAGCTAAAACAG;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=64633512;WS=64633494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	64635426	.	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GATTCAGGTTCGTTAAGCAAA;SOR=1.071;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=8;WE=64635434;WS=64635416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr3	64640206	rs11326156	TA	T	3328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=24;PP=1462;SC=AAACATGTAGTAAAACGGTTT;SOR=0.758;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=36;WE=64640220;WS=64640196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	64640212	rs59517147	G	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=484;ReadPosRankSum=-1.091;SC=GTAGTAAAACGGTTTTAGCCA;SOR=0.787;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=32;WE=64640220;WS=64640196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr3	65351312	rs143493802	T	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TAATATTTAATTGTAGGTTGA;SOR=2.303;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=65351320;WS=65351302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	65351331	rs74697679	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.169;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	65353448	rs7634490	G	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	65415147	.	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-1.249;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr3	65416648	rs4688566	C	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=313;SC=TAATTCTTCACGCTTATGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=65416656;WS=65416638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	65425560	rs142043619	T	TCTG	2160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.677;NF=11;NR=22;PP=1391;ReadPosRankSum=1.829;SC=CAACCTTCTGTCTGCTGCTGC;SOR=0.404;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=33;WE=65425570;WS=65425550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr3	65456198	rs57455654	G	GA	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.959;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.328;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr3	65464522	rs11409972	G	GT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.371;NF=0;NR=5;PP=38;ReadPosRankSum=0.195;SC=AATACTTTGTGTTTTTTTTTA;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=65464530;WS=65464512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr3	65464625	rs7636096	G	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=185;SC=TGGGTTAGAAGAGATATCTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=65464633;WS=65464615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	65479068	rs7641222	A	C	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	65583600	.	TGG	T	515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.23;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	66023592	rs28696109	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr3	66287056	rs146159281	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=-0.762;SC=CAAGGATTTAGTAAGGCTGGT;SOR=0.746;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=29;WE=66287064;WS=66287046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr3	66293766	rs66918103	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr3	66354911	rs813636	G	C	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=633;ReadPosRankSum=0.881;SC=GGGGAGGCTTGTGAGCTTCTG;SOR=1.025;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=40;WE=66354919;WS=66354901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,58:0.59:99
chr3	66396845	rs332354	G	A	352.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=84;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.314;SC=AAGTTTCTCAGTCTTCACATA;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=13;WE=66396853;WS=66396835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr3	66396898	rs71616220	G	GAAGAGTAGA	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=1620;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TTTGAGTGTGGAAGAGTAGAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=66396906;WS=66396888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	66406335	.	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	66406415	rs783129	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-0.691;SC=ATTTTACTACATGTATAAAAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=66406423;WS=66406405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr3	66419793	rs11277069	CCAGGTGTA	C	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	66419942	rs1129179	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-2.365;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,40:0.37:108
chr3	66419956	rs13874	C	T	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	66420862	rs59621621	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.599;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=234;ReadPosRankSum=0.730;SC=ATGAGGGTGACGGGGAGCTGT;SOR=1.674;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=17;WE=66420870;WS=66420852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr3	66421147	rs332378	T	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TTTCTATTTATTGTGCAAAAT;SOR=0.950;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=18;WE=66421155;WS=66421137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr3	66428282	rs1046844	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=107;ReadPosRankSum=-1.273;SC=GCCTGCAGTGCAAACCCTCTT;SOR=1.148;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=11;WE=66428290;WS=66428272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr3	66430811	rs2279290	T	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.234;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=-1.377;SC=AAGCAAGTACTGGGCTTCCGC;SOR=0.736;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=23;WE=66430819;WS=66430801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr3	66430870	rs61754218	G	A	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=601;ReadPosRankSum=1.341;SC=GTAGCTCTGTGGAGTCCGGGT;SOR=0.681;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=38;WE=66430878;WS=66430860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr3	66430892	.	G	A	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=794;ReadPosRankSum=-1.260;SC=ATACAACCTTGCTAAAGTCCA;SOR=0.720;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=53;WE=66430900;WS=66430882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,84:0.64:132
chr3	66432680	rs332371	A	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	66432845	rs9868503	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=316;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AGAACAAATAGAACACCAGGG;SOR=1.099;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=24;WE=66432853;WS=66432835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr3	66432957	.	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-1.267;SC=GACATGGAGTCCATGTACGCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=66432965;WS=66432947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	66433312	rs900172	A	G	127.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=53;SC=AACACAGTGCAATTCTTTCAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=66433320;WS=66433302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	66433676	rs900171	A	G	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=45;PP=1504;SC=TCAGGGGTCAAGTGGTGCCGC;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=66433684;WS=66433666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	66444330	rs67550176	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=1.244;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr3	66444615	rs6793110	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=42;ReadPosRankSum=0.627;SC=GGAAGCTGTCGCTGCTGATAT;SOR=0.495;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=6;WE=66444623;WS=66444605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr3	66451907	rs12494912	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=0.468;SC=ATTAGTCACATTGACCTGTTT;SOR=0.636;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=10;WE=66451915;WS=66451897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr3	66455797	rs3796148	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr3	66463251	rs4856924	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.69;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	66463251	.	GCAC	ACAC,ACAG	234	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=16,4;NR=8,4;PP=234,38;QD=11.1988005228;SC=ACACCACACCGCACAGCAATC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24,8;WE=66463262;WS=66463241;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:24
chr3	66463254	rs12493943	C	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr3	66465259	rs4856928	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=62;SC=AAGGAAAGGGTGGCGTTTGGT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=66465267;WS=66465249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	66465318	.	AT	A	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5104;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.696;NF=8;NR=2;PP=339;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GCTAGCCTTAATTAAAGTGTA;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=66465326;WS=66465308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr3	66550756	rs1403625	G	C	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	66550762	rs1403626	G	C	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	67048762	rs4856833	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=166;SC=ATAGCTGGAGTCGGGGCCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=67048770;WS=67048752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	67054649	rs13096789	T	C	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=737;ReadPosRankSum=0.864;SC=TAGAGAGAATTGTTGGACGAC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=60;WE=67054657;WS=67054639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,99:0.71:140
chr3	67276059	rs9868022	G	T	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=127;SC=GGGAAATGGAGAGTAACCACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=67276067;WS=67276049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	67410998	.	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	67459492	rs9824745	G	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=-0.668;SC=AAGATATCTTGTATAGGTTTG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=19;WE=67459500;WS=67459482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr3	67459509	rs138527816	AATGGGTTTTAGTTCTTTAC	A	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=2925;ReadPosRankSum=0.509;SC=TTTGTGGACCAATGGGTTTTA;SOR=1.078;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=67459535;WS=67459499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr3	67660040	rs2290174	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-2.484;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr3	67660049	rs2290175	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-2.341;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr3	68056036	.	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-1.693;SC=TGCTTTGGGGGAAGGGGAGTG;SOR=1.140;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=7;WE=68056044;WS=68056026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr3	68587884	rs3828366	A	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=273;ReadPosRankSum=-0.757;SC=TTGCAAACACAGTTGTTTCCT;SOR=0.346;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=22;WE=68587892;WS=68587874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr3	68588001	rs141387148	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=519;ReadPosRankSum=0.989;SC=GATGGATGTGCGCAACAGGCA;SOR=0.826;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=36;WE=68588009;WS=68587991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr3	68802184	.	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=231;ReadPosRankSum=0.670;SC=TTGGTAATGGGGGAGAAAAAC;SOR=0.399;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=22;WE=68802192;WS=68802174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr3	69036678	rs4855540	G	C	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=2.397;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,43:0.38:112
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chr3	69036782	rs4855350	G	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.717;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TACATTAATAGAACTCTTCTT;SOR=1.833;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=9;WE=69036790;WS=69036772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr3	69038088	rs13085120	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.886;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr3	69047141	rs4855544	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=2.236;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
chr3	69054266	rs11417320	A	AT	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.205;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=257;ReadPosRankSum=0.280;SC=TTTATACTAGATGTTAACATT;SOR=2.513;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=11;WE=69054274;WS=69054256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr3	69054341	rs6781612	T	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.129;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,62:0.45:139
chr3	69058783	rs56761230	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=-0.179;SC=AGAAATAATACCTACCTTATA;SOR=0.443;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=13;WE=69058791;WS=69058773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr3	69073410	rs3772976	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=8.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.044;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr3	69074878	rs41291189	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=131;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GTTAATTAAGAAAGTTCACAC;SOR=0.654;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=12;WE=69074886;WS=69074868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr3	69074930	rs2279936	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-1.484;SC=TACCAGGTTCGAACAAAAATG;SOR=0.654;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=9;WE=69074938;WS=69074920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	69077161	.	AG	A	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.54;MQRankSum=1.468;NF=4;NR=2;PP=167;ReadPosRankSum=0.516;SC=AGAGAAATAAAGTTAGACAAT;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=6;WE=69077169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr3	69082657	rs937859	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=207;ReadPosRankSum=-0.091;SC=ATAAACAAGATGGAAGAGCTT;SOR=1.287;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=16;WE=69082665;WS=69082647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr3	69082873	rs937858	G	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=2.303;SC=ATGAAATTCTGAAGTCATTAC;SOR=0.377;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=13;WE=69082881;WS=69082863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr3	69084062	rs2055685	G	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GCAAATGCTAGGTGTGACAGT;SOR=0.631;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=8;WE=69084070;WS=69084052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr3	69084161	rs2271121	C	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=2.212;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,41:0.37:112
chr3	69091640	rs9985501	C	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=389;SC=CCCAGAGTTACACACTTTGAA;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=69091648;WS=69091630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	69091716	rs2271120	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=325;ReadPosRankSum=0.899;SC=CACAAATTTCTGTCTATTTTA;SOR=0.558;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=24;WE=69091724;WS=69091706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr3	69096614	rs2292199	G	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=453;ReadPosRankSum=-1.223;SC=TTATTGGTGTGGAAGAAACCA;SOR=0.729;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=39;WE=69096622;WS=69096604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,59:0.39:152
chr3	69104695	rs6549179	T	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=11;PP=324;SC=GAAAAAATATTATTAATACAA;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=69104703;WS=69104685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	69104752	rs6549180	C	T	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	69106304	rs59405823	CC	TG	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.951;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=630;ReadPosRankSum=0.831;SC=AGTTACACAACCCATCCAAGA;SOR=1.255;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=19;WE=69106313;WS=69106294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr3	69112049	rs2289245	C	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=467;SC=AATTAACAATCCTAAATATTA;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=69112057;WS=69112039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	69112196	.	G	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=661;ReadPosRankSum=1.317;SC=GAATCACCCGGGCATTTCCTT;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=48;WE=69112204;WS=69112186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr3	69112658	.	CA	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr3	69113153	rs13090606	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr3	69127133	rs3772979	T	C	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-2.220;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,80:0.53:152
chr3	69137219	rs3853158	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	69137539	rs3853159	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=1.802;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr3	69153854	rs7038	G	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=519;ReadPosRankSum=-1.033;SC=CCAGACCTATGTTCTGCTTGC;SOR=0.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=35;WE=69153862;WS=69153844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr3	69221104	.	C	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=590;ReadPosRankSum=2.500;SC=CCATCTGTACCATCCAGTTGA;SOR=1.107;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=42;WE=69221112;WS=69221094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,61:0.63:97
chr3	69225588	rs11128118	T	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=9;PP=400;SC=ACCCCTGAACTAGATTATCTG;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=69225596;WS=69225578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	69225875	rs9872199	T	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=156;SC=TTAAGGTCATTCAGAGGTACA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=69225883;WS=69225865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	69225911	rs9868107	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=52;SC=TCAGAGGAGAAATTTAAGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=69225919;WS=69225901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	69229976	rs12054011	G	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=8;PP=373;SC=CATGATCCGTGAGGCGGTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=69229984;WS=69229966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	69230026	rs9818314	T	C	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=431;SC=ATCCAGGTGTTGCGTGTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=69230034;WS=69230016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	69230061	rs9831516	G	A	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=17;PP=788;SC=TGAAGAGTACGAGGATGCACG;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=69230069;WS=69230051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	69230801	rs9836305	G	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=22;PP=745;SC=CGGAGAGCAGGTGGGACTGGG;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=69230809;WS=69230791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	69242770	rs11310698	CA	C	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=358;ReadPosRankSum=-1.077;SC=GTAGGGGACTCAAAAAAAAAA;SOR=0.929;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=24;WE=69242778;WS=69242760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,38:0.93:41
chr3	69244162	rs9853587	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=449;SC=GCTCAGAGGCGTTGTTCATAC;SOR=1.542;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=69244170;WS=69244152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	69245454	rs9310141	T	C	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=33;PP=1124;SC=TGACTTTTCGTCTCCAGTGTC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=69245462;WS=69245444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	69245949	rs9860235	G	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=176;SC=AAATCTCAGAGAGCAAAAATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=69245957;WS=69245947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	69246152	rs13059488	A	G	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=41;PP=1461;SC=TGCACAAACAAGCCACTTTGC;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=76;WE=69246160;WS=69246142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	69246274	rs13059687	A	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=29;PP=860;SC=ATTGTAACAAAGCATGTTCCT;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=69246282;WS=69246264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	69265291	rs7643175	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=28.57;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	69265304	rs77475566	C	CA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=21.99;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	69265371	rs62254460	G	C	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=31;PP=1520;SC=TGATTAACATGTTTTGAACAG;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=69265379;WS=69265361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	69267578	rs4855301	A	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=272;SC=TAGTTAGAGGACCCTTTTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=69267586;WS=69267568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	69271206	rs6549189	T	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=381;SC=GTAGATAGAGTTTGGCTTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=69271214;WS=69271196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	69273656	rs9848940	G	T	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=13;PP=1098;SC=GATTGGCAATGTGATATTTTT;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=69273664;WS=69273646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	69299233	rs4361282	C	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr3	69336740	rs4855381	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr3	69351460	rs34523072	AAG	A	600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.410;NF=5;NR=7;PP=399;ReadPosRankSum=1.367;SC=ACAGCAAAAAAAGAGGGATGC;SOR=0.837;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=12;WE=69351469;WS=69351450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr3	69359732	rs67211509	CAG	C	247.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=16;PP=1362;ReadPosRankSum=2.638;SC=CACACACACACAGAGAGAGAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=16;WE=69359754;WS=69359722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	69359736	rs62254067	G	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.81;ReadPosRankSum=1.937;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr3	69359738	rs62254068	G	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.81;ReadPosRankSum=2.045;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr3	69359740	rs62254069	G	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.81;ReadPosRankSum=2.041;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr3	69359742	.	G	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-2.267;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr3	69362706	rs1483895	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=666;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GTCAGGGCCACGGCTGGCAAG;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=44;WE=69362714;WS=69362696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,71:0.63:113
chr3	69362722	rs2314992	C	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=437;ReadPosRankSum=0.904;SC=GCAAGCAAACCTTTGGACTCG;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=29;WE=69362730;WS=69362712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr3	69813147	.	T	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=1.742;SC=ATATAGCATGTTTTTTAAGGG;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=69813155;WS=69813137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr3	71007361	rs1053797	G	T	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=1.428;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,103:0.60:172
chr3	71015021	rs7638391	G	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=5;PP=424;SC=GCAAAGACCTGTTGGGTGGAC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=71015029;WS=71015011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	71019750	rs9874207	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	71025935	rs13068094	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.620;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr3	71247257	rs939845	A	G	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=35;PP=938;ReadPosRankSum=-1.891;SC=ACAGGTGAACACAAAACACTG;SOR=0.824;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=216;TCF=118;TCR=98;TR=82;WE=71247265;WS=71247247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,127:0.36:354
chr3	71247304	rs2037474	A	G	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.917;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;ReadPosRankSum=1.351;SC=ATTCAGCAGTAAAATTCGCAC;SOR=0.658;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=224;TCF=116;TCR=108;TR=86;WE=71247312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,151:0.39:389
chr3	71247523	.	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr3	71247572	rs56850311	A	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.523;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr3	71247576	rs9855825	A	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr3	71739332	.	GA	G	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.614;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr3	71748643	rs1447905	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=219;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TGGGCCATGATTGGTATCACA;SOR=0.888;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=17;WE=71748651;WS=71748633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr3	71748911	rs62246325	A	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TTGATTTATTATGCTGCTAGA;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=11;WE=71748919;WS=71748901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr3	71759717	rs12487242	C	G	195.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=0.524;SC=GAATCTTTCACGTCTTCCTAA;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=71759725;WS=71759707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr3	71830731	.	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr3	72495777	rs13066407	C	G	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	72495945	rs13088771	A	G	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=60;PP=1855;SC=ACTGGAAGAGAGAGCGAGGAA;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=101;WE=72495953;WS=72495935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	72799703	rs35178407	C	T	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	72873809	rs6786469	A	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=210;SC=ATTTTAATTCAAAGTACATTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=72873817;WS=72873799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	72891547	rs78491606	A	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=-0.255;SC=GCGAATGGTAAAAATTCCTTA;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=8;WE=72891555;WS=72891537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr3	72895345	rs1502754	G	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=10;PP=339;SC=TCTTACTGCAGAGAAAATTAT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=72895353;WS=72895335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	73004157	rs1532190	T	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=216;ReadPosRankSum=0.989;SC=GTAGCATTATTTACCTATCAG;SOR=0.318;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=17;WE=73004165;WS=73004147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr3	73016974	rs3821379	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=0.594;SC=CCCAAAGCATAGAGTTATACC;SOR=0.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=16;WE=73016982;WS=73016964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr3	73024350	rs1052278	C	A	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=759;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TGTCTTGTGACCAAGGAAATA;SOR=1.018;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=49;WE=73024358;WS=73024340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr3	73046379	.	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NR=11;ReadPosRankSum=0.542;SC=GGGCGGGGAGCCCTGTGGGCA;SOR=0.798;Source=Platypus;TCR=42;WE=73046387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr3	73046492	rs140155916	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TTCTCCCACCCGTTCAGGGGA;SOR=0.577;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=7;WE=73046500;WS=73046482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr3	73046508	rs9834246	G	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=-1.952;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr3	73046544	rs9310254	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.625;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr3	73046561	rs9873229	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr3	73064042	rs144773431	A	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=127;ReadPosRankSum=0.439;SC=TTTTAATGAGATGGGGTCTTG;SOR=0.714;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=10;WE=73064050;WS=73064032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr3	73096591	rs71277513	A	ATAAT	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=61.88;MQRankSum=1.164;NF=0;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-1.035;SC=TGTCTGGTTGATGATTGATTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=73096599;WS=73096581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr3	73110076	rs726029	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=-1.320;SC=GAATCAATGGGAATTTAACCC;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=20;WE=73110084;WS=73110066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr3	73111368	rs2231924	T	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=560;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GAACCAATTTTCCACAATGTC;SOR=0.808;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=32;WE=73111376;WS=73111358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr3	73111809	rs2231926	A	G	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=823;ReadPosRankSum=1.189;SC=TTTGATAGGCATTGCGGCTGG;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=57;WE=73111817;WS=73111799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,72:0.61:119
chr3	73111973	rs2231928	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=516;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GCTCAAGACCATGGGTTGGAG;SOR=0.388;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=34;WE=73111981;WS=73111963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr3	73111998	rs1060584	C	T	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=625;ReadPosRankSum=-0.731;SC=AATGTTCACACTTCTATTTGG;SOR=0.396;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=38;WE=73112006;WS=73111988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,67:0.57:117
chr3	73112919	rs3841614	T	TA	767.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.071;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=517;ReadPosRankSum=-1.447;SC=AGATTTTTAATACCTACAGAG;SOR=0.746;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=13;WE=73112927;WS=73112909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr3	73112974	rs11708712	A	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=1.647;SC=TGTACTTTTTAAAAATTGGGC;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=17;WE=73112982;WS=73112964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr3	73433369	rs3205537	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr3	73433494	rs13091636	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.747;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=0.621;SC=CGGTGATATCTGAGAGCTCGT;SOR=1.574;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=9;WE=73433502;WS=73433484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr3	73437112	rs6549532	A	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.673;NF=6;NR=5;PP=112;ReadPosRankSum=0.885;SC=GTAGGAAGCCAATTTACCTGG;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=11;WE=73437120;WS=73437102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr3	73440108	rs35427155	G	GA	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.482;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	73453201	rs2291464	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=-0.555;SC=TGGAGGAAAACTATAGGGTGC;SOR=0.382;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=6;WE=73453209;WS=73453191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr3	73453325	rs2291463	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr3	73651383	rs6809923	A	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=360;ReadPosRankSum=1.769;SC=GGGAAAAGTGAGACTCCCGCT;SOR=0.489;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=28;WE=73651391;WS=73651373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr3	73651469	rs6797804	C	T	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=34;PP=1363;SC=GGATGGCATTCAGCCTATTCA;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=74;WE=73651477;WS=73651459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	73651621	rs11343439	TA	T	543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.422;NF=1;NR=20;PP=291;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TCCTTTGGGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.362;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=21;WE=73651629;WS=73651611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr3	73673533	rs6803430	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=0.298;SC=GCGTCAAGGGTAGCCCGCAGC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=10;WE=73673541;WS=73673523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr3	73673578	rs6763344	G	C	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=422;SC=GCGCGTCGCAGGCGTCGCGCA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=73673586;WS=73673568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	74315580	rs615824	C	G	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=750;ReadPosRankSum=-2.456;SC=CTCACTATGGCGGATAGTAAC;SOR=0.950;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=44;WE=74315588;WS=74315570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,72:0.67:107
chr3	74344134	rs1352475	A	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=4;PP=398;SC=ATGGAACATCAGATGAAACAA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=74344142;WS=74344124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	74413676	rs6549590	T	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=264;ReadPosRankSum=-3.086;SC=CTGCTATGCATTGGAACATGC;SOR=0.696;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=25;WE=74413684;WS=74413666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,47:0.29:162
chr3	75386297	rs6769147	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.000;NF=5;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-1.639;SC=GGATACAAAGGCTGTGCTGAG;SOR=2.052;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=6;WE=75386305;WS=75386287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr3	75386380	rs4677501	T	G	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=14;PP=470;SC=ATGACTTCAGTGGGTGGATTC;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=75386388;WS=75386370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	75679893	rs200917196	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.84;MQRankSum=-1.196;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr3	75679937	rs141031386	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.47;MQRankSum=-2.159;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,35:0.24:146
chr3	75679944	rs201399352	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=2.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.39;MQRankSum=-2.213;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,46:0.26:174
chr3	75679958	rs200114452	C	T	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.52;MQRankSum=-4.584;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,53:0.24:219
chr3	75679973	rs183720508	A	G	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=2.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.84;MQRankSum=-6.629;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,68:0.25:276
chr3	75680010	rs75174508	T	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQRankSum=-5.614;QD=1.99;ReadPosRankSum=2.974;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,68:0.20:332
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chr3	75680159	rs200479732	A	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.89;MQRankSum=0.282;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
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chr3	75786440	rs145944373	C	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.26;QD=24.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	75786753	rs3009020	C	T	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=175;SC=TACATCCATACGGTTTTTCCC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=75786761;WS=75786743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	75786832	rs11122676	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=289;SC=TCATTACATACGTAAGGTTTC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=75786840;WS=75786822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	75986663	rs12171318	C	A	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.267;NF=23;NR=10;PP=560;ReadPosRankSum=-0.406;SC=AAGACATGAACGTGTCACTAG;SOR=0.105;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=33;WE=75986671;WS=75986653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr3	75986686	rs62269817	A	G	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQRankSum=-5.117;QD=27.64;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr3	75986686	.	ATGGGCTCCG	GTGGGCTCCA,GTGGGCTCCG	456	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=60;MMLQ=20;MQ=44.84;NF=8,27;NR=8,18;PP=113,456;QD=10.4042421789;SC=GGATGTGGACATGGGCTCCGG;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=16,45;WE=75986703;WS=75986676;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.29:56
chr3	75986695	rs79015247	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.41;MQRankSum=-3.404;QD=3.30;ReadPosRankSum=2.013;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr3	75986717	rs78834776	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQRankSum=0.201;QD=0.63;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,14:0.17:84
chr3	75986719	rs62269818	G	C	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQRankSum=-6.571;QD=23.01;ReadPosRankSum=2.619;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,57:0.67:85
chr3	75986794	rs80235520	G	A	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.123;NF=14;NR=24;PP=519;ReadPosRankSum=-3.590;SC=AGTTGGATGCGAATTTCACTT;SOR=0.771;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=38;WE=75986802;WS=75986784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr3	75986813	rs77101234	T	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.962;NF=5;NR=21;PP=441;ReadPosRankSum=-2.900;SC=TTTATGATGATATTATGTGAG;SOR=1.048;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=26;WE=75986821;WS=75986803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr3	75986833	rs73123284	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-6.959;NF=2;NR=17;PP=317;ReadPosRankSum=-3.852;SC=GTCTTTGGTTCGACGTTTAAG;SOR=1.315;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=19;WE=75986841;WS=75986823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr3	75986874	rs7610755	G	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=583;SC=CCAGGTTTTTGTTACACGGTA;SOR=1.179;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=75986882;WS=75986848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	77600273	rs3796291	C	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=49;SC=GAATCCAGGTCACATTCTTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=77600281;WS=77600263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	77607070	rs5850333	A	AC	2007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=9;PP=1146;SC=ATGTTAAAATACCTGAAAAGA;SOR=1.532;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=27;WE=77607078;WS=77607060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	77607193	.	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.396;NF=15;NR=14;PP=356;ReadPosRankSum=-1.335;SC=AGCCACTGGTGATCCTCTTCC;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=29;WE=77607201;WS=77607183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,39:0.35:113
chr3	77613987	.	TTG	T	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.4995;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=20;QD=13.0;SC=ACTTCAAGTGTTGTGTGTGTG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=2;WE=77613996;WS=77613977;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr3	77629055	.	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TACCAGAAACGATAATCTTAT;SOR=0.498;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=77629063;WS=77629045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr3	77645946	rs35328861	CT	C	150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr3	77645984	rs775718	A	G	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=193;SC=TTTTTAAAGAAACATATCAGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=77645992;WS=77645974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	77651344	.	C	T	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.934;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=540;ReadPosRankSum=1.092;SC=TGTTTCATTTCCCTATGTTCA;SOR=0.453;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=33;WE=77651352;WS=77651334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr3	77667003	.	C	T	126.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=3.332;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=1.345;SC=ACAAGAGATTCTGATAGAACT;SOR=2.303;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=77667011;WS=77666993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	77671721	rs2272163	C	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=50;SC=ATATTAAATACAAAATTCAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=77671729;WS=77671711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	77681865	rs1451617	T	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=72;SC=TTGGACACTGTCCTCTTTTCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=77681873;WS=77681855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	78663958	rs5850376	GA	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr3	78664011	rs3732661	G	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.550;SC=ATTACAACAGGAACAACAAAA;SOR=0.425;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=7;WE=78664019;WS=78664001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
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chr3	78676405	rs7625555	T	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr3	78700779	rs3925684	C	A	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=349;SC=TATATTAAAACAAGTTTTAGA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=78700787;WS=78700769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	78700901	rs6795556	G	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=652;ReadPosRankSum=0.654;SC=TACCCGCGTAGGTACTAGTAA;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=45;WE=78700909;WS=78700891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,83:0.63:131
chr3	78706519	rs9818170	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=-0.700;SC=GAGTACTAAACTGTCATGCAC;SOR=0.283;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=78706527;WS=78706509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr3	78706553	.	AT	A	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=53;QD=26.0;SC=TTCCAAAGTCATTTTTTCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=78706561;WS=78706543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr3	78708810	rs10662787	A	AATAT	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.69;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	78709044	rs9829907	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr3	78709068	rs76880412	CTTTT	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.09;ReadPosRankSum=0.272;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	78717343	rs2271151	C	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=580;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TTGGTTGCCACGATAATGTGA;SOR=0.732;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=42;WE=78717351;WS=78717333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,65:0.51:127
chr3	78719577	rs9309810	C	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.566;SC=ATTAAAGTAGCAGACATGCAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=78719585;WS=78719567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	78742534	.	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=2.524;SC=AAGAAAACATGGAATAAATAA;SOR=0.909;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=8;WE=78742542;WS=78742524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr3	78844753	.	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.40;MQRankSum=-1.623;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,24:0.21:112
chr3	79582199	.	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr3	81643167	rs2172397	T	C	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	81810702	rs11391701	A	AG	495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=420;SC=GAGGCCCGAGAGGTCGAGTGG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=81810710;WS=81810692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	85932485	.	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr3	85984830	rs36080783	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	87100309	rs2575753	T	C	6481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=69;PP=2754;SC=ACCACCTTTCTATCTTGAAAC;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=152;WE=87100317;WS=87100299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr3	87100434	rs7619398	G	A	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=46;PP=1461;SC=CCATTTTCTTGGATCATAATA;SOR=1.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=69;WE=87100442;WS=87100424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	87100893	rs2256481	G	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=10;PP=437;SC=TTCCCTGCATGAGCAAGAGCA;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=87100901;WS=87100883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	87100964	.	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=144;ReadPosRankSum=2.183;SC=TGCTTCAATAGCTAGCTGCTG;SOR=0.892;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=9;WE=87100972;WS=87100954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr3	87276699	rs2279720	C	T	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=701;ReadPosRankSum=-0.889;SC=AGAAGAAAACCGTGGATGGTG;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=51;WE=87276707;WS=87276689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,86:0.70:122
chr3	87295049	rs11540913	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=235;SC=CAATGTCTACTACAGCAAAAG;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=87295057;WS=87295039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	87299075	rs1044499	A	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=-1.815;SC=CATTACAAACAATGCAGAATT;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=8;WE=87299083;WS=87299065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr3	88188420	rs9813894	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=5;PP=600;SC=ACAGCTCTCAGTACTTCCAAA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=88188428;WS=88188410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	88189091	.	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=206;ReadPosRankSum=-0.024;SC=CCGGATATTTAAAAGAATTGG;SOR=1.051;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=15;WE=88189099;WS=88189081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr3	88189341	rs7653652	T	C	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=27;PP=893;SC=AGTCACAGGATATTTCAGGCT;SOR=2.041;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=43;WE=88189349;WS=88189331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	88190768	rs7432826	C	A	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=27;PP=923;SC=ATAAAACTTGCATTAACAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=88190776;WS=88190758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	88190809	rs7432838	C	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=30;PP=853;SC=CTGATGAAAACGGTTCAGAAA;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=88190817;WS=88190799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	88199179	rs6551277	T	C	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=37;PP=1723;SC=TTGTTGCCGTTGTCTTTCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=101;WE=88199193;WS=88199169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	88199185	rs11374933	T	TC	3875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=41;PP=2117;SC=CCGTTGTCTTTCCCCCCCAGT;SOR=0.983;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=72;WE=88199193;WS=88199169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	88199298	rs6551278	T	C	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.23;NF=49;NR=72;PP=1895;SC=TATGCGACACTGTCACCAACC;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=121;WE=88199306;WS=88199288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	89456555	rs3792572	T	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=0.764;SC=ATTCACTTTCTTTGTTGCTTT;SOR=0.947;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=22;WE=89456563;WS=89456545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr3	89468355	.	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=228;ReadPosRankSum=-1.661;SC=TTTATAACAGGTGAATTTGGA;SOR=2.001;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=14;WE=89468363;WS=89468345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr3	89480265	rs12639506	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=165;ReadPosRankSum=0.286;SC=AGAAATAGGAACGTATCTTAA;SOR=0.536;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=18;WE=89480273;WS=89480255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr3	89498619	rs1028011	A	G	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=203;SC=CTCCTGGTTTATAACACTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=89498627;WS=89498609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	89521509	rs73139110	C	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.615;NF=3;NR=2;PP=20;ReadPosRankSum=0.154;SC=GAAAGGAACACCATATGAAGT;SOR=0.160;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=89521517;WS=89521499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	89521602	rs112297761	T	TC	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.469;NF=3;NR=5;PP=226;ReadPosRankSum=0.729;SC=TTTGGTGTTTTTTTTCTTGCA;SOR=0.474;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=8;WE=89521610;WS=89521592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr3	89521693	rs35124509	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.464;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr3	89521725	rs1054750	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=138;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TCTTCACGGGTGTGGAGTACA;SOR=0.821;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=17;WE=89521733;WS=89521715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr3	89521820	.	TTG	T	214	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=214;QD=132.140143618;SC=TTGAACTTTCTTGGCTTGACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=89521849;WS=89521810;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,2:0.18:11
chr3	89528461	rs12631313	A	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=-1.612;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr3	89528477	rs12636710	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=179;ReadPosRankSum=0.689;SC=TGCAAATTGTGCTAATTGAAA;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=15;WE=89528485;WS=89528467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr3	90264768	rs6803112	A	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=6;PP=320;SC=TTCACTTTCCACTTTCTGAGG;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=90264776;WS=90264758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	90276511	rs9815264	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=247;ReadPosRankSum=-0.713;SC=AAGTATCTAGGATCTCTCATT;SOR=0.228;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=21;WE=90276519;WS=90276501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr3	90276661	rs9815542	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.982;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.314;NF=11;NR=13;PP=301;ReadPosRankSum=0.455;SC=GAGCACACATGTTCTCAGAGC;SOR=0.067;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=24;WE=90276669;WS=90276651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr3	93593119	rs6123	T	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.234;NF=24;NR=13;PP=512;ReadPosRankSum=-1.605;SC=TCCAAACTGATGGACATGAGT;SOR=0.614;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=37;WE=93593127;WS=93593109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr3	93605126	rs8178649	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr3	93754286	.	G	GT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.722;QD=4.63;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr3	93780109	rs61739170	G	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=331;ReadPosRankSum=-1.563;SC=CCTTGTGGAGGTTCCTTGAGT;SOR=0.757;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=28;WE=93780117;WS=93780099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr3	93813171	rs10934676	C	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=-0.500;SC=AACTGATGGACGCCCAGTAAT;SOR=0.915;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=23;WE=93813179;WS=93813161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr3	94225786	rs1906643	G	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.797;NF=4;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=0.264;SC=TTCTTTATATGCTGAAATAGC;SOR=1.546;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=5;WE=94225794;WS=94225776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr3	97167591	.	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=0.142;SC=TTCACACAAGGATATAACATA;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=10;WE=97167599;WS=97167581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr3	97184962	rs62262775	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=561;ReadPosRankSum=1.402;SC=TGGCACATGTGTTAGTCTTTC;SOR=0.709;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=35;WE=97184970;WS=97184952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr3	97194167	.	G	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=335;ReadPosRankSum=0.621;SC=GTCACCCAGGGAAATTTTAAT;SOR=0.746;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=21;WE=97194175;WS=97194157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
chr3	97194422	rs7624823	T	G	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=133;SC=AGGGATCCCATAAGAATCCAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=97194430;WS=97194412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	97251211	.	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=213;ReadPosRankSum=-1.422;SC=GGTGAATTTGGAGAAGTCTGT;SOR=1.284;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=14;WE=97251219;WS=97251201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
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chr3	97365074	rs301949	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
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chr3	97611916	rs1506441	A	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr3	97619250	rs5851085	C	CAACTA	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr3	97651884	rs4857298	A	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr3	97660106	rs4857302	A	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TAGTGGAAAGAATACTCAGAT;SOR=0.951;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=14;WE=97660114;WS=97660096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr3	97660198	rs832089	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=1.242;SC=TCTGTTTTTTATTTTGAAAAC;SOR=0.502;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=6;WE=97660206;WS=97660188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr3	97664725	rs2172257	C	T	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=466;ReadPosRankSum=0.115;SC=TTTTCTTGAGCTTCATCCTTT;SOR=0.512;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=44;WE=97664733;WS=97664715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,64:0.40:162
chr3	97666183	rs2307808	TCTC	T	1213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=711;ReadPosRankSum=0.270;SC=AGACAGGAAATCTCCTCCTCT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=17;WE=97666193;WS=97666173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr3	97673268	rs832079	A	C	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=21;PP=643;SC=TCACGTGAGTAGAGTGGGCCA;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=43;WE=97673276;WS=97673258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	97686575	rs699304	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=1.774;SC=CCATTACACCTTCGTGAGAAC;SOR=0.542;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=8;WE=97686583;WS=97686565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr3	97720617	.	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CCAACCTGTGGAAAAAAGCCA;SOR=0.928;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=19;WE=97720625;WS=97720607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr3	97726747	rs832032	T	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=0.945;SC=CATTGTAGGCTTCTAAAACAT;SOR=0.250;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=21;WE=97726755;WS=97726737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr3	97727727	rs832030	G	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=361;ReadPosRankSum=0.130;SC=TTAAGAGCATGCTTATTTACA;SOR=1.609;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=22;WE=97727735;WS=97727717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr3	97727753	rs832029	G	A	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=609;ReadPosRankSum=-1.711;SC=GTATGTGATGGTGTGTTCAAA;SOR=1.082;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=35;WE=97727761;WS=97727743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,52:0.78:67
chr3	97744611	rs832041	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.712;SC=GCTCAACATAACATGTTCTGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=97744619;WS=97744601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	97806616	rs4518168	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=1.737;SC=ACGCACTAATGATATTTATTT;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=11;WE=97806624;WS=97806606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr3	97806944	rs80220955	T	C	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=29;PP=854;SC=TATAAGGAAGTAAACAGTTCC;SOR=1.697;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=39;WE=97806952;WS=97806934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	97823535	.	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=72;ReadPosRankSum=1.375;SC=CTACTTTCATCGTCTTTTATG;SOR=0.694;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=7;WE=97823543;WS=97823525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr3	97852083	rs9826076	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQRankSum=0.517;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr3	97852229	rs9849637	T	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr3	97868419	rs4241468	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.847;NF=15;NR=14;PP=373;ReadPosRankSum=0.872;SC=CTTACTCCTTGGGAATTTAGC;SOR=0.462;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=29;WE=97868427;WS=97868409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr3	97868733	.	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=105;SC=GACTAACCTTCTGTAACTCCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=97868741;WS=97868723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	97868795	rs4857076	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	97887865	rs4133320	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.673;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,70:0.31:229
chr3	97887985	rs4133321	T	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.514;NF=4;NR=8;PP=88;ReadPosRankSum=0.994;SC=ATTAATCTTGTCATATATAGC;SOR=0.418;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=12;WE=97887993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr3	97888042	rs4133322	A	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQRankSum=-1.127;QD=4.14;ReadPosRankSum=1.843;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
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chr3	97983257	rs2132894	C	G	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=628;ReadPosRankSum=0.645;SC=AAATACCGCTCTTCCTGGCAT;SOR=0.535;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=46;WE=97983265;WS=97983247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,65:0.38:173
chr3	97983391	rs2173236	C	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.015;NF=28;NR=20;PP=658;ReadPosRankSum=1.078;SC=GTGGATGCTTCGTTATCATCC;SOR=0.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=48;WE=97983399;WS=97983381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,58:0.33:177
chr3	97983487	rs74203917	TTGTAACCAC	T	1780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-1.129;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,55:0.25:219
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chr3	97983711	rs9853887	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=148;ReadPosRankSum=0.476;SC=ACACTTTTACTGTGACATTAT;SOR=0.375;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=15;WE=97983719;WS=97983701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr3	97983942	rs9853906	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGCCCCCTCACCTTCAAATA;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=97983950;WS=97983932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr3	97983981	rs9871143	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr3	97984161	.	T	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=592;ReadPosRankSum=0.573;SC=ATTGTGCAAGTTAGAGGTGTC;SOR=0.909;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=34;WE=97984169;WS=97984151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr3	98001777	rs72487753	G	C	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=585;ReadPosRankSum=-0.292;SC=ATTGCTGACAGAGTTTGTTCT;SOR=0.886;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=32;WE=98001785;WS=98001767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr3	98002419	rs16839214	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=398;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TCTTTTCACAATCCTAAAAAA;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=25;WE=98002431;WS=98002409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr3	98002587	rs16839611	A	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.679;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr3	98073591	rs11288615	TA	T	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=-1.336;SC=TAAATGTTCTTAAAAAAATTA;SOR=1.702;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=9;WE=98073599;WS=98073581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr3	98109975	.	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=267;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CAACCTGCATCCCATGATTGA;SOR=0.400;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=22;WE=98109983;WS=98109965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr3	98217178	rs55639376	T	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=182;ReadPosRankSum=-1.290;SC=TAATATCTTATCTCTATATTC;SOR=0.223;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=15;WE=98217186;WS=98217168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr3	98217327	.	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-1.355;SC=CTTGAAGAAGGAGGTAATGAT;SOR=1.096;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=11;WE=98217335;WS=98217317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr3	98220243	rs73140298	C	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=403;ReadPosRankSum=-0.804;SC=AAGGTTCTTCCCAAATCCCTA;SOR=1.002;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=30;WE=98220251;WS=98220233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr3	98225441	rs1132750	A	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	98250862	rs3749260	C	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.438;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr3	98252027	rs1529047	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=1.471;SC=CAACAAAGAAGGAAGTGTTAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=98252035;WS=98252017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr3	98281349	rs9850648	G	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=0.829;SC=TCTAATAGCTGGTATCAAAAT;SOR=0.840;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=19;WE=98281357;WS=98281339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr3	98299707	rs374091299	TA	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr3	98304467	rs1729995	T	C	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=15;PP=587;SC=TGCCCCGCCGTTCTCCACGAT;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=98304475;WS=98304457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	98489686	rs1440153	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=6.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr3	98489915	rs1440152	C	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=15;PP=604;SC=AAGTGGACACCCCATATTTAA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=98489923;WS=98489905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	98491619	rs2334230	G	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=6;PP=617;SC=AAATATAGTAGGTATTTGGCA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=98491627;WS=98491609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	98501128	rs3772101	A	G	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=22;PP=747;SC=CTGTTTTCCCAGTCACTTTCA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=98501136;WS=98501118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	98503776	rs999147	A	G	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr3	98503941	rs62278486	G	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=258;SC=ATGGTTTCTTGCCTTAATACA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=98503949;WS=98503931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr3	98518160	rs62821060	T	TA	490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;MQRankSum=0.482;QD=15.83;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,28:0.90:31
chr3	98518339	rs75797963	C	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=334;ReadPosRankSum=0.334;SC=TCCCAGCTTTCGGGGTATCAT;SOR=0.616;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=26;WE=98518347;WS=98518329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr3	98520602	rs9860216	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=285;SC=TCCTGTGTCCAAGTGTTCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=98520610;WS=98520592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	98531342	rs9814819	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.438;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=0.488;SC=AAAAAACAACAAAAAATTGGT;SOR=0.203;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=23;WE=98531350;WS=98531332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr3	98536571	rs1440150	T	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=8;PP=580;SC=CAACCACCCATTTAAAAAATG;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=98536579;WS=98536561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	98540931	rs9843214	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=1;PP=349;SC=AGCACACTAATGTGAGTGCTT;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=98540939;WS=98540921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	98541012	rs866873	G	A	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=11;PP=845;SC=TCTTAGCCCAGTGCTACCCAG;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=98541020;WS=98541002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	98542485	rs142035943	G	GAAGAA	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=680;SC=ATTCTGCTATGAAGTCATGCT;SOR=1.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=98542493;WS=98542475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	98542536	rs9845558	A	G	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=AAGTAACACAATAATTCAGTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=98542544;WS=98542526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	98544353	rs828622	G	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=5;PP=127;SC=TAAAAACTTTGCCAACTTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=98544361;WS=98544343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	99643176	rs793440	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=411;ReadPosRankSum=1.470;SC=GGTTTGCCTACGGGATTTTTC;SOR=0.448;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=30;WE=99643184;WS=99643166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr3	99860401	rs7629487	G	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=365;ReadPosRankSum=0.930;SC=TCAAGAGTTTGTGCAAGCAAA;SOR=0.735;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=34;WE=99860409;WS=99860391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr3	99886662	rs11537816	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr3	100015146	rs3772698	G	T	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.43;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	100015166	rs3772697	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=-0.798;SC=ATATTTTGTACATTGTTTTAT;SOR=1.061;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=10;WE=100015174;WS=100015156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr3	100016726	rs3832199	A	AT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.090;HP=10;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=0.357;SC=AGAAAGTTTGATTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=100016734;WS=100016716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	100029173	rs4928168	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.248;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	100030628	rs3217495	A	AT	520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.914;NF=8;NR=9;PP=309;ReadPosRankSum=0.610;SC=AAGCTGTTGCATTTTTTTTAT;SOR=0.479;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=17;WE=100030636;WS=100030618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr3	100034849	rs4928169	A	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=220;SC=GTAAGGAATAATTACATTTTG;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=100034857;WS=100034839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	100053684	rs3830303	C	CG	208.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=125;SC=GTTCGGGCCGCGGGGGAGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=100053692;WS=100053674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	100064829	rs2289505	C	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	100064902	rs2289506	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr3	100067468	rs277649	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=271;SC=CTTACGTGTTCGTATTAAAGG;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=100067476;WS=100067458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	100086861	rs277640	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=434;SC=AGCTACCATATATTTCCTAAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=100086869;WS=100086851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	100092526	rs11384494	A	AG	1789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	100092527	.	G	GGTGC	1129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=18;PP=1129;QD=61.6842105263;SC=AATTCAACTAGTCCAGTTAAG;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=19;WE=100092536;WS=100092517;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,19:0.73:26
chr3	100092528	.	T	A	480	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=7;NR=18;PP=480;QD=20.5908485019;SC=ATTCAACTAGTCCAGTTAAGT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=100092536;WS=100092517;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	100092528	rs3832198	T	TGCA	1789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	100170553	rs7641299	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.906;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr3	100170600	.	A	ATCCTAGAAGGCATTCTCATGAGGACCAGGAATTCCGATGCCGATCGTCTGACCGTCT	1550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=-1.930;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr3	100170825	rs6797397	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TATTTAAGCCGCTTTAAAAAA;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=8;WE=100170833;WS=100170815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr3	100174722	rs1132022	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=-2.844;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
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chr3	100354698	rs1718281	T	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.615;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr3	100368425	rs7622958	A	G	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=172;SC=TACAAAAGGAAGATATATCTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=100368433;WS=100368415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	100368692	rs1144118	A	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=20;PP=720;SC=AGAAATTGCTATCTTGATATA;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=38;WE=100368700;WS=100368682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	100374740	rs9866111	T	C	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=15;PP=713;SC=CTTTATCACATAGGAGTCCCA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=100374748;WS=100374730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	100432752	rs9824942	A	T	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=161;SC=AAGTCTTTTTAAAAAAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=100432760;WS=100432742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	100455609	rs3830581	TG	T	406.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5212;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.577;NF=0;NR=9;PP=337;ReadPosRankSum=2.299;SC=TGTGTAGAAGTGTTTATTACA;SOR=1.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=100455617;WS=100455599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr3	100463651	rs377381727	TTG	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.890;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.938;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,20:0.12:160
chr3	100467018	rs11353	T	C	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=25;PP=1510;SC=AGACTGGACCTCAACAACCTC;SOR=1.374;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=79;WE=100467026;WS=100467008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	100473505	rs10936352	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,34:0.31:108
chr3	100489666	.	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=288;ReadPosRankSum=0.568;SC=CCACAGTGAGGTTGGTGGGTG;SOR=0.809;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=22;WE=100489674;WS=100489656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr3	100493422	rs9846590	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.649;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr3	100493486	rs371289294	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=158;ReadPosRankSum=-2.530;SC=CAGTTTCTCTTGTTGGGCTTG;SOR=1.051;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=15;WE=100493497;WS=100493476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr3	100497098	rs9877951	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-1.992;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr3	100511379	rs989794	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	100511428	rs989793	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	100511446	rs989795	T	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=0.867;SC=ATCCACTGTGTTGAGAAATGA;SOR=0.307;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=100511454;WS=100511436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr3	100527056	.	G	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=347;ReadPosRankSum=0.311;SC=GGCTTAGGAGGAGCACGTGGT;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=28;WE=100527064;WS=100527046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr3	100539887	rs7615467	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=0.313;SC=AGGATTGCAACGTGCTATTAC;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=24;WE=100539895;WS=100539877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,43:0.35:123
chr3	100542463	rs61061653	C	CAAAA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr3	100551066	rs9845149	G	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=-2.018;SC=CCCAACCGTGGTAGACTGCTT;SOR=0.994;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=8;WE=100551074;WS=100551056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr3	100565031	rs6774830	G	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=136;SC=GAACATTGCTGAGAGCAATGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=100565039;WS=100565030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	100567592	rs6773877	T	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=11;PP=458;SC=TATAAGAAAATGGACATTGTC;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=100567600;WS=100567582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	100567799	rs6807452	C	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=190;SC=TTTGCAAACTCCAAGTACAAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=100567819;WS=100567789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	100567811	rs6771476	A	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=6;PP=134;SC=AAGTACAAGAACTGCTTTATA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=100567819;WS=100567789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	100569619	.	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=0.992;SC=GCAGTAGAAGGCCCCAGGAAT;SOR=0.474;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=12;WE=100569627;WS=100569609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr3	100581069	.	A	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	100581261	rs10567225	AT	A	301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.88;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	100581351	rs75098731	T	G	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=53;SC=ACCAATACAATAAAAAGTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=100581359;WS=100581341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	100594326	rs3839090	CGGCATA	C	3363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=1694;SC=TGCTTAATCTCGGCATAGATT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=28;WE=100594339;WS=100594316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	100605206	rs1987384	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	100617532	rs41273553	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	100617668	rs34999788	G	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr3	100617680	rs2245370	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=399;ReadPosRankSum=0.401;SC=ACAGGAAGACCGAGCTCGGTG;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=16;WE=100617688;WS=100617658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr3	100621426	rs2576365	C	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=1.197;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr3	100621581	.	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=359;ReadPosRankSum=0.596;SC=AACCAGCATTGGAGGCAGCAC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=28;WE=100621589;WS=100621571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr3	100621683	rs41273557	TC	AA	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=252;ReadPosRankSum=2.178;SC=AGTTGACACTTCCTGAGAAGT;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=9;WE=100621692;WS=100621673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	100945069	rs146849728	TTATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	T	317.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=39.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	100945983	rs486352	A	T	78.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=123;SC=TGTGCTAAAAATTTTTTTAAT;SOR=3.611;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=100945991;WS=100945973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	100946742	rs521661	T	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	100949842	rs348867	G	A	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	100963154	rs571391	G	A	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=26;PP=1069;SC=TGGAAAGTGTGTGGATCTGTC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=55;WE=100963162;WS=100963144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	100976755	rs7613046	G	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=310;SC=TCTCTGAAAAGCCTGGACAAC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=100976763;WS=100976745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	100992385	rs348866	C	T	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=9;PP=699;SC=ACTAACATAGCAGGCATACTG;SOR=1.519;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=36;WE=100992393;WS=100992375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	100994497	rs533852	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	101038339	rs546090	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=4;PP=432;SC=CTAAATTATCGTAAATTTTGA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=101038347;WS=101038329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	101038712	.	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=0.856;SC=CTTCGATAATGAAGATACAGT;SOR=0.752;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=6;WE=101038720;WS=101038702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr3	101039107	rs573908	A	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=106;SC=TGGAAAGATAAAAACAAATGT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=101039115;WS=101039097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	101066717	rs2433031	T	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=132;SC=TATACTCACATTGCTGGCTTA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=101066725;WS=101066707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	101085683	rs58636547	TAAAAA	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=123;SC=TTTAAATTCCTAAAAAAAAGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=101085695;WS=101085673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	101136402	rs9859077	G	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=6;PP=728;SC=TTTCAAATGTGGTAAGTTGAA;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=101136410;WS=101136392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	101299031	rs144008875	CAAT	C	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=109;SC=AATTTTATCTCAATAAAGCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=101299041;WS=101299021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	101304414	rs3804776	G	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=7;PP=214;SC=GAAGGTATTAGTGGCAAATTA;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=101304422;WS=101304404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	101308846	rs6441614	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=20;SC=TTTTTCAGCAGTTTTTTTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=101308854;WS=101308843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	101389864	rs9837549	T	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=21;PP=1138;SC=CTACTGTTGTTAGTGGGCTTC;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=61;WE=101389872;WS=101389854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	101404813	rs2303473	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	101443461	rs994573	T	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=353;SC=CTCCTTCAGATTACAAGCTCC;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=101443469;WS=101443451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	101484335	rs2625282	G	A	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	101504624	rs2625289	A	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=202;SC=TTATCGGAAGATTATCGTAGT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=101504632;WS=101504614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	101570944	rs149007883	G	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=378;ReadPosRankSum=1.920;SC=CCCCATATGGGGGTTGGCAGG;SOR=0.489;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=32;WE=101570952;WS=101570934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr3	101572822	rs2925334	C	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.349;SC=GTTGGCTAACCAAGATGACTG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=101572830;WS=101572812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	101574503	rs677011	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=1.042;SC=GCCATCCTCAGCATTTGTCAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=101574511;WS=101574493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr3	101575882	rs595788	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr3	101575902	rs7628891	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr3	101576029	rs3217713	T	TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC	1646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,33:0.24:140
chr3	101576175	rs14134	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=374;ReadPosRankSum=-2.825;SC=TGCTGCCAGCTTGCAGTATCG;SOR=0.579;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=35;TCR=67;TR=31;WE=101576183;WS=101576165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,53:0.33:159
chr3	102195821	.	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.503;SC=TTGGAGAGATGATGTCACTTC;SOR=1.329;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=4;WE=102195829;WS=102195811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr3	105238890	rs11291806	CT	C	6599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.61;QD=42.86;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	105238901	rs2291376	T	C	7263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=34;PP=1780;SC=TTTTTTTTTTTCCCCCAAAGG;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=88;WE=105238910;WS=105238880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	105252377	rs2171146	G	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=8;PP=487;SC=CATTGCCTGAGTTTCTGGAGT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=105252385;WS=105252367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	105260596	rs599278	T	C	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=48;PP=1653;SC=CTTCAACAGCTATCACAGTTC;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=79;WE=105260604;WS=105260586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	105264176	rs34926152	G	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=601;ReadPosRankSum=0.390;SC=TGGTATGGATGAAAGTAAGTA;SOR=0.864;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=48;WE=105264184;WS=105264166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,70:0.41:171
chr3	105271072	.	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr3	105271185	.	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.422;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=169;ReadPosRankSum=0.564;SC=CTTTAAAAATCACAAGTTTGC;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=12;WE=105271193;WS=105271175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr3	105404031	rs16851440	T	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=206;SC=GGAAATGGTATAATAGGAAGA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=105404039;WS=105404021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	105412286	rs10635036	C	CTT	688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=4;PP=355;SC=CAAAACCACTCTACCATATCT;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=105412294;WS=105412276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	105422844	rs2305037	C	T	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	105438806	rs7624400	G	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=11;PP=448;SC=ACTCAAATACGCTGAGTCATA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=105438814;WS=105438796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	105452751	rs1992520	C	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=288;SC=TCATTTCAAACAAAGCACTTA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=105452759;WS=105452741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	105453034	rs6768096	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=422;SC=TTTCCAGCACAAATTGTTAGT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=105453042;WS=105453024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	105455955	rs2289746	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=106;SC=GAGAGTCTTATTTATTTCAAG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=105455963;WS=105455945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	105468330	rs1443098	C	T	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=20;SC=TGTCCACATACTAAATAGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=105468338;WS=105468329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	105495432	rs9809911	G	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	105586538	rs2221379	G	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=330;SC=TTCCTCCATCGATTAGAGCAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=105586546;WS=105586528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	105588069	rs11711088	G	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=220;SC=CTCGCAGCACGTCAGAAAGGA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=105588077;WS=105588059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	107451907	rs4855764	C	T	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=34;PP=1191;SC=TCTGCTCATACTGTGGGTTGG;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=107451915;WS=107451897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	107510197	rs150873331	A	ATAAG	921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=705;ReadPosRankSum=1.981;SC=TGGAAATGACATAAGTTGTAT;SOR=1.055;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=14;WE=107510205;WS=107510187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr3	107519843	rs1532325	T	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=465;SC=TGGTAGAGAATGTTAGCTCTT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=107519851;WS=107519833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	107524097	rs9842741	A	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TCATTAAATGATGTAAGTAAC;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=107524118;WS=107524087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr3	107524110	rs35374854	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TAAGTAACAGCAGTAACTGTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=107524118;WS=107524087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	107646728	rs4855779	G	A	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=135;SC=AGGACGCAGAGATCCATTACT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=107646736;WS=107646718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	107646807	rs9837335	G	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=263;ReadPosRankSum=0.161;SC=CGGGCTGCCCGGGACTTCATC;SOR=1.162;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=14;WE=107646815;WS=107646797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr3	107646895	rs9861097	T	C	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.973;NF=32;NR=19;PP=833;ReadPosRankSum=1.447;SC=CAGCCGCTCTTCCGGGAGCGC;SOR=0.761;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=51;WE=107646903;WS=107646885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,102:0.68:149
chr3	107647001	rs35976982	CA	C,CAA	1707.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.647;QD=13.45;ReadPosRankSum=1.840;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:14,77,36:0.61,0.28:127
chr3	107777051	rs3762679	C	A	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=270;SC=TCAATTTTGCCATGAACCAAA;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=107777059;WS=107777041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	107809798	rs445541	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=161;SC=CGCAGGTGTCCGGAGCAGCAG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=107809806;WS=107809788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	107882643	rs327168	G	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=127;SC=TGAATTATGTGTTAAGAAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=107882651;WS=107882633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	107884211	rs327167	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=227;SC=GTTAAACCATTTGTAGGTTCT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=107884219;WS=107884201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	107937231	rs1289761	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=417;SC=TCTAATTTTGTCTATACTGGC;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=107937239;WS=107937221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	107937286	rs1289760	A	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	107937544	rs2305447	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	107937571	rs1289759	G	A	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	107937602	rs1289758	C	T	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=74;SC=ACTTTTCTTTCAAATGATTTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=107937610;WS=107937592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	107938240	rs1289754	G	C	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=9;PP=356;SC=GGAAAAAGAAGGGTCGTTTAC;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=107938248;WS=107938230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	108070556	rs9846218	T	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=375;SC=AACAATTATTTGTATGAATGT;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=108070564;WS=108070546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	108072243	rs6766283	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=161;SC=GGCATTAATTCTCTTTATAAC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=108072251;WS=108072233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	108072298	rs6779254	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=6;PP=471;SC=GCTTTCTTCATTTATGTTCCT;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=108072306;WS=108072288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	108072704	rs6779650	T	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=262;SC=TTTCCTAATATGCCATGAGCT;SOR=2.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=108072712;WS=108072694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	108081355	.	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr3	108096098	rs1463426	C	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=19;PP=875;SC=ATTTTTCTTGCTTCTAGCCTC;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=108096106;WS=108096088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	108096227	rs1463425	G	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=885;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GCCTGTCGGAGCAGACAATTC;SOR=0.348;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=47;WE=108096235;WS=108096217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr3	108102586	rs34041576	T	TA	60.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr3	108107704	rs1463431	C	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=424;SC=TGAAGGAGAACAAAGATGAAG;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=22;WE=108107712;WS=108107694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	108107925	rs7616341	C	A	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	108117694	rs13087507	G	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=374;SC=GGTCCTGGGAGAGAAAAGATG;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=108117702;WS=108117684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	108129348	rs1078455	T	C	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=93;SC=AATGTGAAAATGCTGAAGACA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=108129356;WS=108129338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	108135606	rs56933265	TAA	T	1563.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=1041;SC=CACTATTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=2.242;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=25;WE=108135617;WS=108135596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	108135609	rs116262927	A	T	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.39;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	108135799	rs11927603	C	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=26;PP=693;SC=TTTCACAAAACTACATAATTA;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=108135807;WS=108135789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	108140148	rs4593038	A	G	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=305;SC=GAGTGGCTCCAGGGATCCGCA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=108140156;WS=108140138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	108147295	rs1350235	C	A	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=168;SC=CCCCTCCCTACTTCCATGTTC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=108147303;WS=108147285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	108147436	.	A	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.817;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=-1.924;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr3	108147728	rs3900940	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=251;SC=TTTATTTGAGTCTGTAGCAAG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=108147736;WS=108147718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	108156633	rs113832514	A	AAAAG	726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=793;SC=ACCTTCTGGAAAAAGAAAGAC;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=108156641;WS=108156623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	108158574	rs3996040	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=7;PP=417;SC=CCAGATACACCGTTACTGACC;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=19;WE=108158582;WS=108158564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	108172817	rs6437783	C	T	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=16;PP=797;SC=CACACTATTACCCTAGCAGTT;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=108172825;WS=108172807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	108182168	rs72209198	C	CT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=1.683;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr3	108188755	rs11917965	A	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=299;SC=AAACACCATTAAGATAAAATG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=108188763;WS=108188745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	108188993	rs9868484	G	A	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	108189750	rs12495639	C	T	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=503;SC=ATTTTAATCCCGGGCATTCTC;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=108189758;WS=108189740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	108195406	rs3996003	C	T	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=34;PP=980;SC=GAGGAAAACACTGTTAAGATT;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=108195414;WS=108195396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	108211869	rs140450152	A	AAAGG,AAAGGAAGG	1262.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=45.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,16,12:0.57,0.43:28
chr3	108214537	rs2603140	T	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=259;SC=TGGTGTTCTATAATTTTTTCA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=108214545;WS=108214528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	108216932	.	G	A	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,80:0.61:131
chr3	108224685	.	CA	C	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.933;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr3	108229171	rs2249886	T	C	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=273;SC=AGGCTGATCATACCCTAAGCA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=108229179;WS=108229161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	108229437	.	G	GAA	80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=11;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.34;NF=1;NR=7;PP=80;QD=11.125;SC=GATTCAACCTGAAAAAAAAAA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=108229445;WS=108229427;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,8:0.44:18
chr3	108271012	rs2305514	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr3	108272588	rs72470117	T	TA	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.636;HP=8;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=1.938;SC=CTGAAGTTATTAAAAAAAATA;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=108272596;WS=108272578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr3	108273441	rs2045095	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=0.263;SC=CCAAATTGCATATGCTGGAAG;SOR=0.743;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=108273449;WS=108273431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr3	108286947	rs11386134	G	GA	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=1;PP=199;ReadPosRankSum=1.531;SC=TGCAATACTAGAAAAAAAAGA;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=108286955;WS=108286937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr3	108327050	rs10684119	T	TAAC	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	108344636	rs5851600	TA	T	32.07	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=8.02;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	108355423	rs10711079	AT	A	292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=143;SC=CACATCAGTGATTTTTTTCTA;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=108355431;WS=108355413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	108355575	rs10711080	CT	C	430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.23;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr3	108356501	rs143129590	T	TTTAAGGTAGTA	351.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=2447;SC=TGCATTAAATTTTAAGGTATG;SOR=1.402;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=108356509;WS=108356491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	108367086	rs56153625	G	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=25;SC=TACAGAGCTTGAATTGGAATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=108367094;WS=108367076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	108373022	rs2969901	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=236;ReadPosRankSum=-1.473;SC=AAGAGCAGTTGAGGAAAGAAC;SOR=0.467;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=20;WE=108373030;WS=108373012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,36:0.38:95
chr3	108402966	rs41270419	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.933;SC=GTGTTCCCCCCGCCATATTGC;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=108402974;WS=108402956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	108403086	rs9856097	T	C	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=24;PP=1090;SC=TAGGAAGACCTCTTGTGAAAG;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=108403094;WS=108403076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	108475808	rs1107337	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=321;ReadPosRankSum=-1.034;SC=GTTGGGCTTGGTTGGGATCTT;SOR=0.674;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=26;WE=108475816;WS=108475798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr3	108475974	rs11708527	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.780;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr3	108541761	rs9879812	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr3	108549720	rs2290055	T	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=23;ReadPosRankSum=1.436;SC=TTTTATGAAATGTCATTCAAC;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=4;WE=108549728;WS=108549710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr3	108557820	rs7651205	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=328;ReadPosRankSum=-0.252;SC=ACCAGGTATGTTGTGATTCAG;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=22;WE=108557828;WS=108557810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr3	108565815	rs2593831	T	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	108567923	rs2715716	G	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=394;SC=GTTTATATTTGCAGCCAAATG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=108567931;WS=108567913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	108634973	rs10933973	C	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=223;ReadPosRankSum=0.313;SC=AGCTCCATTACCATCATTGTT;SOR=0.398;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=17;WE=108634981;WS=108634963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr3	108635099	rs9845098	T	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr3	108639270	rs6791441	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=127;ReadPosRankSum=1.067;SC=GGATACTTTACTACTTCACTT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=10;WE=108639278;WS=108639260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr3	108639384	rs6804162	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=133;ReadPosRankSum=-1.239;SC=TTTTCTTGCATGATTAGATTT;SOR=0.715;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=12;WE=108639392;WS=108639374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr3	108639423	rs2715687	C	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=290;SC=AAAAAGTCAACAAATCCATCC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=108639431;WS=108639413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	108678002	rs2197738	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr3	108682218	rs2715755	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TTCTCGTTCCATAGAGTCTAC;SOR=0.487;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=15;WE=108682226;WS=108682208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr3	108690221	rs2593943	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=296;ReadPosRankSum=0.915;SC=GGTAGCTGATGCTCAGGAAAA;SOR=0.536;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=23;WE=108690229;WS=108690211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr3	108698627	rs2953338	G	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=262;SC=ACAAGAACATGCGTGTAATGC;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=108698635;WS=108698617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	108703422	rs1868195	A	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=159;SC=ATTCTTTCACATCTCTGTTGT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=108703430;WS=108703412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	108703518	rs2593958	G	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr3	108703548	rs2593959	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=2.306;SC=ATTTGTATAACTGTAGTACAC;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=13;WE=108703556;WS=108703538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr3	108703702	rs2593960	A	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.304;SC=AAATGTTAGCAGTTCATTAAC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=108703710;WS=108703692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr3	108705715	rs11433147	A	AT	175.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=3;PP=118;SC=ACATGAGCTGATTTTTTTTTA;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=108705723;WS=108705705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	108719470	rs3762698	C	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,34:0.34:99
chr3	108725694	rs2044586	C	T	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=TTATATTTTACTTTCTAACTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=108725702;WS=108725693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	108725759	rs2044587	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=-1.177;SC=TTAAAATCTACTAGTGCTTCA;SOR=1.850;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=9;WE=108725767;WS=108725749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr3	108725848	rs5851630	ATTGC	A	942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=1052;ReadPosRankSum=0.853;SC=CATGACACAAATTGCTTAATC;SOR=0.884;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=15;WE=108725870;WS=108725838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,29:0.27:107
chr3	108725862	rs2044589	T	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CTTAATCCTATATTAATTACT;SOR=0.988;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=24;WE=108725870;WS=108725838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
chr3	108725917	rs138435095	C	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=674;ReadPosRankSum=-0.330;SC=ACAGTGATTTCGTCCACTGGT;SOR=0.444;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=48;WE=108725925;WS=108725907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
chr3	108725984	rs2044590	G	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=0.729;SC=GTAAAAATAAGCTTCAACTGG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=13;WE=108725992;WS=108725974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr3	108746836	rs17665933	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.305;SC=ACTCTTTATGTCATATATCCA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=108746844;WS=108746826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	108754146	rs9821261	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=-0.286;SC=ATATTTAAGAGCCCTTAACAT;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=11;WE=108754154;WS=108754136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr3	108754238	rs4855576	A	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=457;SC=TGATATTGAAAAGAATTTAAA;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=25;WE=108754246;WS=108754228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	108754320	rs11438791	T	TAA	129.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	108773772	rs7653625	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=1.383;SC=AATTTGGCTAAAGAAAAAAAT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=108773780;WS=108773762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr3	108776343	rs1031252	C	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=26;PP=684;SC=TCTAGAGTTACATTTAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=108776351;WS=108776333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	108780831	rs7653651	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TTTACATGTCGTACCTTGGCA;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=10;WE=108780839;WS=108780821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr3	108782160	rs895738	T	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=0.180;SC=TAAGACTATATGCTCCAGAGA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=108782168;WS=108782150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	108788461	rs2305238	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=1.576;SC=TGAAGATAACTGAAGAAAGAT;SOR=0.776;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=18;WE=108788469;WS=108788451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr3	108812154	rs9821382	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=0.590;SC=CAACTTTACTAGTAACTAGGG;SOR=2.780;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=108812162;WS=108812144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr3	108818292	.	T	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=172;ReadPosRankSum=-0.059;SC=GAATAAAGTCTTTTCCAATTC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=15;WE=108818300;WS=108818282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr3	108833269	.	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr3	108855774	rs1356071	A	G	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=9;PP=299;SC=TATTTATCATATCTCCTACAG;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=108855782;WS=108855764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	108855801	rs1356072	T	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=288;SC=GGTTGATAATTCCTTTTGTCT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=108855809;WS=108855791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	108867128	rs4855697	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=314;ReadPosRankSum=-0.159;SC=TTTTGTTGGAAGACCCTGCAA;SOR=0.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=25;WE=108867136;WS=108867118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr3	109019435	rs9865540	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=0.803;SC=GTGGGAGGCTGAGGAGGGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=109019443;WS=109019425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr3	109027157	rs7611135	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=381;ReadPosRankSum=-0.850;SC=ATGAAATTCACGATGAGTATT;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=30;WE=109027165;WS=109027147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr3	109027820	rs7611871	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTAGGGACCGGACGAATCATG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=109027828;WS=109027810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	109048022	.	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-2.341;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr3	109049421	.	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=419;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CGCCCTGGCTGAAATTCTCGC;SOR=0.979;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=25;WE=109049429;WS=109049411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr3	109051009	rs6791602	C	T	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=73;SC=AGTGCAGTGGCGCGATCTTGG;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=109051017;WS=109050999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	109052621	.	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=0.341;SC=CACAATACATGATGGAAATTT;SOR=0.495;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=6;WE=109052629;WS=109052611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr3	109056178	.	TA	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr3	109178707	rs769534	C	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=173;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TTCCCTAATTCCATCCTTTTT;SOR=0.864;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=10;WE=109178715;WS=109178697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr3	109178758	rs769533	C	T	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=390;SC=GTTTTCTTCACAATTTCACCA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=109178766;WS=109178748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	109195765	.	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-1.404;SC=GTGTTTTTATCATGAAAATAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=109195773;WS=109195755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	110611002	rs4634159	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.788;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr3	110611137	rs1381838	G	A	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=19;PP=958;SC=AAGCTCTATCGATTTCAAGTG;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=49;WE=110611154;WS=110611127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	110791113	rs4682228	A	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=300;SC=CGTTCTCTGGAGCAGCGAGGC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=110791121;WS=110791103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	110792906	rs2399372	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=46;SC=GGTAGACACTGGTTTTGTATT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=110792914;WS=110792896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	110793050	rs2399373	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr3	110830746	.	ATG	A	193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.68;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	110866437	rs62273799	G	A	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=581;SC=TATGCATTAAGTGTTGTTTAG;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=110866445;WS=110866427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	110911363	.	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.344;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=-0.202;SC=TTCATCTTTCCCCTATTTGAG;SOR=0.086;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=11;WE=110911371;WS=110911353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr3	110911392	rs73854929	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=0.115;SC=CTAAGATCTGGTAGTCCTTGA;SOR=0.124;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=110911400;WS=110911382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	110994057	.	T	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=462;ReadPosRankSum=-0.457;SC=AGAAAGGCAATTGCATTATTA;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=32;WE=110994065;WS=110994047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr3	111260975	rs2276873	C	T	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=10;PP=621;SC=ATAAACAGACCCAGGCGTGTG;SOR=1.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=35;WE=111260983;WS=111260965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	111261242	rs3832264	G	GCTGCTGAAATTGATCACCA	1393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=42.23;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	111312492	.	C	T	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,113:0.39:289
chr3	111356083	rs1533270	G	C	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	111426690	rs76262777	T	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=195;ReadPosRankSum=-1.450;SC=TTAATTTTTGTTTTGTTTTGT;SOR=1.270;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=11;WE=111426698;WS=111426680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr3	111451603	rs3821919	G	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=282;SC=AAAATGAGCAGCATATACAGC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=111451611;WS=111451593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	111604369	.	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.738;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=247;ReadPosRankSum=1.383;SC=TATTCATGTTCACTAGCCACA;SOR=0.599;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=26;WE=111604377;WS=111604359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr3	111604541	rs1283007	G	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=514;SC=AGAGGAGTTGGGAATTTTATG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=111604549;WS=111604531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	111630338	.	T	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	111632132	rs149527015	ACCCACTGACCT	A	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr3	111632189	.	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=156;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TGGAGACCATCCTCAGTCTCT;SOR=0.848;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=18;WE=111632197;WS=111632179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr3	111637904	rs2399399	G	A	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=21;PP=684;SC=CCATTTCTGTGTTGATTAATC;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=111637912;WS=111637894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	111638132	rs951660	A	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=85;SC=CTTATTCAGGAATAGGCTTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=111638140;WS=111638122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	111638952	rs6779756	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=105;SC=CTCTCTAGCTCGCTTATATGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=111638960;WS=111638943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	111639353	rs937551	G	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=181;SC=TGCATTACTGGGGTTTTGGAT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=111639361;WS=111639343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	111651285	rs754914	G	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=489;ReadPosRankSum=1.490;SC=TTTGCTTTTCGTTTTTGTTTT;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=35;WE=111651293;WS=111651263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr3	111658486	rs712510	T	G	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=27;PP=784;SC=AGGTACTTTTTCCAGGTGTCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=111658494;WS=111658476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	111658514	rs2272289	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.402;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr3	111659377	rs698358	T	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=13;PP=492;SC=TCTCTTTTCCTCCAGGAAAAA;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=111659385;WS=111659367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	111659609	.	A	AT	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=91;MMLQ=27;MQ=61.12;NF=0;NR=2;PP=73;QD=49.5;SC=TTTAAGGAAGATTTTTATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=111659617;WS=111659599;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr3	111672906	.	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr3	111677417	.	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=174;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CCTTGGCTGTCCCAGGCAGTG;SOR=0.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=14;WE=111677425;WS=111677407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr3	111677505	rs62277620	T	C	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=590;ReadPosRankSum=1.883;SC=TTATACACCTTATAAACTACC;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=36;WE=111677513;WS=111677495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,66:0.67:99
chr3	111677526	rs11713044	G	A	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.42;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,68:0.70:97
chr3	111685328	rs774859	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=189;SC=TGGATTTTGTTATGCACCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=111685336;WS=111685322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	111685347	rs67645066	CAT	C	133.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr3	111685348	rs774858	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=1.448;SC=CCTTGACCCCATGTGTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=111685356;WS=111685338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr3	111685365	.	T	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.532;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.844;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr3	111685366	rs199885387	GTGTCT	G	141.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.687;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.844;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr3	111685395	.	GTA	G	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr3	111685397	.	A	G	109	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=60.23;NF=6;NR=4;PP=109;QD=14.3771212547;SC=GTGTGTGTGTATGTATTAGAG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=10;WE=111685405;WS=111685387;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr3	111685572	rs774857	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr3	111685607	rs774856	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GGAGCCCTGCGCTTGGCATCA;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=111685615;WS=111685597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr3	111686738	rs799570	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GAAGACAGCTGTTCTGTGTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=111686746;WS=111686728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	111688573	.	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr3	111688578	rs774854	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr3	111692829	rs774852	C	T	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=134;SC=TGGCCGTTCTCTTTGAGGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=111692837;WS=111692819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	111693554	rs13077	T	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=9;PP=231;SC=TCAAGACAAGTTATTTGTAAA;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=111693562;WS=111693544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	111705275	rs150902974	G	GTTTGT	1707.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;MQRankSum=0.327;QD=38.82;ReadPosRankSum=2.173;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr3	111710201	rs71773737	AT	A	1157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=9;PP=999;SC=AAATACTTTTATTTTTCTTTC;SOR=1.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=28;WE=111710209;WS=111710191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	111719493	rs774764	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=0.533;SC=GTGCCTTCCTAGGGCCCATGA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=111719501;WS=111719483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	111719786	rs2292583	A	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-1.350;SC=CGGTGGATCTATGGGAAGGTA;SOR=0.317;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=11;WE=111719794;WS=111719776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr3	111730770	.	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=393;ReadPosRankSum=0.717;SC=GAGGGAGGGTCTGAAGCCTTG;SOR=1.032;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=27;WE=111730778;WS=111730760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr3	111756977	rs4321507	C	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=0.150;SC=GTGAGACGACCACCGTTGCCA;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=26;WE=111756985;WS=111756967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,70:0.43:164
chr3	111757212	rs7625876	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=208;SC=GGCTTATGGTATGAGTCCAGC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=111757220;WS=111757202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	111760771	rs774774	A	G	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=26;PP=1263;SC=TTACAGGTAAAACAGAAAGCA;SOR=0.932;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=65;WE=111760779;WS=111760761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	111763085	rs4682350	C	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	111763278	rs7650559	G	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=26;PP=759;SC=CTTGGAAGTGGTTGGGGATTC;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=111763286;WS=111763268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	111764810	.	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.516;SC=GGGTAATTTTCCTTTAGCATT;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=111764818;WS=111764800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr3	111765834	rs1561911	G	A	5099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=49;PP=2075;SC=GGCTTCGGTCGGATTACTCGT;SOR=0.879;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=111;WE=111765842;WS=111765824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	111766215	rs1318554	A	G	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=30;PP=1557;SC=CTAAACCATGATGAAAACCAC;SOR=1.123;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=82;WE=111766223;WS=111766205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	111766559	rs1688304	T	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=8;SC=AAAAAGAAAATAAAGGAAAAT;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=111766567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	111785208	rs11715561	G	A	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=11;PP=406;SC=TCTCAGGCTCGTGAACTTTCT;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=111785216;WS=111785198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	111793316	rs191454	G	T	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=572;SC=TTACCTGTTTGTTATATTTTC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=29;WE=111793324;WS=111793306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	111794365	rs1907639	A	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=9;PP=256;SC=CCTTACTTTCAAGTGGCACTC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=111794373;WS=111794355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	111799845	rs340151	A	T	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=32;PP=1022;SC=GGGACATGGAAGTGGACGACC;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=62;WE=111799853;WS=111799835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	111805438	rs3833596	G	GT	1633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.23;NF=0;NR=21;PP=958;SC=CGGCGGGACAGTAGTAGGACC;SOR=1.464;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=111805446;WS=111805428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	111828384	rs5851818	G	GT	1121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.833;NF=6;NR=14;PP=671;ReadPosRankSum=2.165;SC=GCTTCTGTTTGTTTAGCTCAC;SOR=0.734;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=20;WE=111828392;WS=111828374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr3	111828423	rs340167	G	A	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=28;PP=975;SC=GCCCTCTCTGGGTCGTTATTT;SOR=1.240;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=111828431;WS=111828413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	111828476	rs2120095	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=386;ReadPosRankSum=0.249;SC=AGTGTGGAACATTACATTTTG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=26;WE=111828484;WS=111828466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr3	111832120	rs340165	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	111835583	.	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=488;ReadPosRankSum=1.699;SC=AAAAGATTCTGTGGATTAATA;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=35;WE=111835591;WS=111835573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr3	111843883	rs923745	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=2.196;SC=CAATAAATTATACAGCAGAAG;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=9;WE=111843891;WS=111843873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr3	111851817	rs950528	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr3	111851890	rs879652	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=1.729;SC=TCCTTGCTGTATTGTCCTGTC;SOR=0.963;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=10;WE=111851898;WS=111851880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr3	111860222	rs1492480	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	111870228	rs6781137	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TTTGCTCATTCTCACAGCCAG;SOR=0.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=25;WE=111870236;WS=111870218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr3	111873902	rs11369523	T	TA	305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=15.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr3	111885896	rs4682084	A	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=25;SC=TAATTTAAAAATGTAACTTCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=111885904;WS=111885886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	111887792	rs76007436	C	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr3	111898387	rs74367861	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=0.569;SC=CCTCCACTACAGTTTTGCAGG;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=14;WE=111898395;WS=111898377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr3	111904539	rs2399407	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.56;MQRankSum=-0.394;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr3	111918216	rs13098660	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=3;PP=163;SC=CTTTTAAGCCAAAAGCCTTAA;SOR=0.990;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=111918224;WS=111918206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	111921225	rs6781844	G	T	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=161;SC=TCTATTATTTGCAGCAACTTT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=111921233;WS=111921215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	111923047	rs4422273	G	A	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=127;SC=GAAATTGCACGATTTACTGGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=111923055;WS=111923037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	111923123	rs4434123	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=11;PP=393;SC=TATTACTTCAGTCTCATTAAA;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=111923131;WS=111923113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	111936118	rs11921877	A	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=155;SC=GAGTTAATGAATGAAGCACAC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=111936126;WS=111936109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	111936200	rs1388857	C	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=423;SC=AGTATAATAACAAAAAATTCA;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=111936208;WS=111936190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	111950367	rs55735606	C	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=0.679;SC=ACAAAAAATACATGAATATTA;SOR=0.169;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=15;WE=111950375;WS=111950357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr3	111958650	.	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=1.465;SC=ATAATCAAATCTGCATTAAAG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=111958660;WS=111958640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	111958652	.	G	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=-1.465;SC=AATCAAATCTGCATTAAAGCA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=111958660;WS=111958640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	111958679	rs13065023	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=0.917;SC=AAGATATTACTTGCTTACCAT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=111958687;WS=111958669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	111958862	rs13089635	C	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-0.215;SC=ACCTTTGATACAAACACACAT;SOR=0.741;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=111958870;WS=111958852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr3	111962774	rs13089316	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr3	111981696	rs5851826	CA	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.765;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.241;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	111981704	rs5003791	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.674;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	111981849	rs9860819	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.295;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=-1.999;SC=TAGGCATCCCCTTCATTTCAC;SOR=0.590;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=24;WE=111981857;WS=111981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,46:0.34:137
chr3	111981878	rs9809384	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,53:0.31:169
chr3	111981924	rs9809404	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=3.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,42:0.29:146
chr3	111983197	rs6788397	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr3	111984970	rs4682098	T	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=49;SC=TTTAGTTGGGTAGTTTTCAAG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=111984978;WS=111984969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	111985048	rs4682099	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.6261;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=0.684;SC=ATAGCTTCCAGTGTATGAAAT;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=111985056;WS=111985038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr3	111988992	rs13069541	T	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.207;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	111993716	rs6805112	G	A	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=45;SC=TTCTGATGTTGAGAAAAATTT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=111993724;WS=111993706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	111996726	rs6791182	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=0.728;SC=AAATTTTACAATTAGAAAAAT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=111996734;WS=111996716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr3	111997653	.	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr3	111999736	rs147052896	A	ACTTGTTTTCT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=1486;ReadPosRankSum=1.803;SC=CAGTTTCACTACTTTTCATGA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=111999744;WS=111999726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr3	112005423	rs7621431	T	C	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	112052103	rs2276772	G	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=1.056;SC=GAAGGAGGGCGCAGGGCAGGC;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=5;WE=112052111;WS=112052093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr3	112052173	rs9883527	T	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=95;SC=CTTCGGCTCTTGCCACAATCT;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=112052181;WS=112052163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	112059768	rs1131199	C	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=373;ReadPosRankSum=1.218;SC=ATGCCCTTCTCTCATCTGTCT;SOR=0.479;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=23;WE=112059776;WS=112059758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr3	112063850	rs2272022	C	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr3	112066360	rs7612748	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=450;ReadPosRankSum=-0.297;SC=AGGACTCAGACCAGGTGCTTA;SOR=0.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=30;WE=112066368;WS=112066350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr3	112184927	rs2171513	A	G	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=13;PP=1205;SC=TGATCATTCAATGGTCCCTGT;SOR=1.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=112184935;WS=112184917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	112185025	rs9288952	G	A	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=50;PP=1792;SC=TCTTGAGTTCGGTCCAATGAC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=105;WE=112185033;WS=112185015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	112190137	rs2931761	G	T	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=18;PP=817;SC=GGAAGTAAACGATACAGGAGC;SOR=0.881;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=112190145;WS=112190127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	112253058	rs35560667	C	CA	764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5699;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=262;ReadPosRankSum=0.183;SC=CTAAATTTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=24;WE=112253066;WS=112253048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,47:0.81:58
chr3	112253193	rs11381118	C	CA	917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,65:0.71:91
chr3	112253233	rs138522909	AAAG	A	689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=601;ReadPosRankSum=0.380;SC=GATTAGACCGAAAGAAGAAAA;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=26;WE=112253243;WS=112253223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr3	112267523	rs9809247	G	A	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=34;PP=1021;SC=TAACTAGCACGTAATCTGCTA;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=112267531;WS=112267513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	112280218	rs2279532	G	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=7;PP=523;SC=TTGCCCCGCCGGAGAAAGCGG;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=112280226;WS=112280208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	112289320	rs9869455	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	112289372	rs9869579	G	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	112301458	rs5851844	C	CCTTAGTAAT	1409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=5;PP=2900;SC=TAAGGTTTTCCCTTTAAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=16;WE=112301466;WS=112301448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	112338027	rs13084615	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=369;SC=GGTGAAGGCTTTGGGCCTAAT;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=19;WE=112338035;WS=112338017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	112415652	rs10934180	G	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=288;SC=ATCAGGAGCTGAAAGAGGACA;SOR=1.911;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=112415660;WS=112415642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	112538571	rs35585943	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=1.114;SC=TACAATGATACTTTTTTTTTT;SOR=0.250;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=112538579;WS=112538561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr3	112538770	.	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=2.343;SC=GGTGAAAAATCATTTCAAGCA;SOR=0.664;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=11;WE=112538778;WS=112538760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr3	112546306	rs4682119	C	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=558;ReadPosRankSum=0.315;SC=GTCCACCGGACGAATCTGAAG;SOR=0.996;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=33;WE=112546314;WS=112546296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,47:0.32:146
chr3	112546473	rs1997281	G	A	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.272;NF=14;NR=21;PP=507;ReadPosRankSum=0.140;SC=TTCTTAATGCGATAGGAGGGC;SOR=1.009;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=35;WE=112546481;WS=112546463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr3	112556904	rs6795521	C	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.900;SC=AAGAACTTTTCTTTACTGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=112556912;WS=112556894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	112556946	rs6770923	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.108;SC=CATATAAGATAATCACAGAAA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=112556954;WS=112556936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	112560104	rs73225776	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=2.403;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,37:0.28:134
chr3	112564663	rs4682438	G	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.999;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr3	112564663	.	GTC	CTT	276	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=276;QD=47.066839266;SC=GTTTCTCTTGGTCACTTTTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=112564673;WS=112564653;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,7:0.33:21
chr3	112564665	rs4682439	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.630;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr3	112642568	rs9865242	C	G	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	112647613	rs1466872	T	C	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=2;PP=137;SC=TTCTTAACTCTTTTAAAAGAA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=112647621;WS=112647603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	112647832	rs9826308	A	C	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=18;PP=653;SC=TCCAGGAGATATGCGCAGCTG;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=37;WE=112647840;WS=112647822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	112647988	rs9868053	C	T	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=13;PP=1002;SC=CATTTGTTTCCGTCACAAATC;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=112647996;WS=112647978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	112648125	rs6438117	G	T	8504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=45.24;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	112648125	.	GGTACG	TGGACA,TGGACG	1197	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=59.73;NF=18,53;NR=13,53;PP=275,1197;QD=10.9183185439;SC=TGATGGCCACGGTACGAATCT;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=31,106;WE=112648138;WS=112648115;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.28:109
chr3	112648127	rs4596117	T	G	8528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=44.89;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	112648130	.	G	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=1.570;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,68:0.36:190
chr3	112648222	rs2171509	T	C	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=40;PP=1304;SC=TGTTTCTTTCTTGTAGGCTTT;SOR=1.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=63;WE=112648230;WS=112648212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	112666615	rs72952145	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=1.586;SC=CAGATAATGCATGAGACAATT;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=14;WE=112666623;WS=112666605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr3	112666859	rs2133946	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TTTTCACATTCTTCAGACTAT;SOR=0.465;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=22;WE=112666867;WS=112666849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr3	112709828	rs2272393	C	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=1.949;SC=TCTCTCTGCCCGTCTTCTGGG;SOR=0.141;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=112709836;WS=112709818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr3	112727184	rs2306857	A	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=867;ReadPosRankSum=1.448;SC=CTTTGCACAAAACTTTTGGCA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=61;WE=112727192;WS=112727174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,85:0.59:144
chr3	112732309	rs5851869	GT	G	141.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
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chr3	112738625	rs7633507	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AGGAGCCCGGCGGGAGGCTGC;SOR=0.256;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=20;WE=112738633;WS=112738615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr3	112935138	rs4682130	C	G	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=31;PP=928;SC=GAGGTTTTCTCTTCAGTCTGA;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=112935146;WS=112935128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	112991312	rs3814398	C	T	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=729;ReadPosRankSum=0.254;SC=AAACCATCATCGTCACCAAAG;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=46;WE=112991320;WS=112991302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,74:0.67:111
chr3	112991842	rs11717833	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=-1.633;SC=GCTCCTAACTACATCCCTCCC;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=112991850;WS=112991832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	112991959	rs11710894	C	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=304;ReadPosRankSum=1.863;SC=TGGTCATCCCCTGGGGCCAGA;SOR=0.901;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=22;WE=112991967;WS=112991949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr3	112997554	rs775228	A	G	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,85:0.55:154
chr3	112998090	rs3856720	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.788;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr3	112998265	rs2649878	A	G	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr3	112999611	rs775229	A	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=371;ReadPosRankSum=-0.489;SC=ATAAACCTGCATCTGGTGTGA;SOR=0.712;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=22;WE=112999619;WS=112999601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr3	113003595	rs775222	G	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=582;ReadPosRankSum=0.511;SC=GGACTCCCCGGCGTGGCCGTC;SOR=0.959;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=35;WE=113003603;WS=113003585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr3	113005743	rs146459508	G	GT	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr3	113005754	rs5022662	A	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=0.000;QD=22.62;ReadPosRankSum=0.222;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr3	113010303	rs17321330	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	113010466	rs2291905	T	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=291;SC=AGGATAAGACTGCCTTTCCTA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=113010474;WS=113010456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	113012797	rs810209	G	A	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=17;PP=596;SC=CTTAGCACCTGCATTTTAAAC;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=113012805;WS=113012787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	113012974	rs775217	A	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=15;PP=442;SC=TAGAGTTTGGAATATGCTATA;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=113012982;WS=113012964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	113013848	rs11398178	A	AT	244.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.19;NF=0;NR=7;PP=277;SC=TTGATTAAAGATAAGAATATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=113013856;WS=113013838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	113015436	rs808949	G	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=633;SC=CAAGGCCTAAGATCCTGGGGC;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=113015444;WS=113015427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	113015553	rs808950	A	C	6320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.285;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=46;PP=2251;ReadPosRankSum=-1.251;SC=CCAAAGATCAACCCCCTTCTC;SOR=0.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=115;WE=113015561;WS=113015543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr3	113015660	rs2270781	G	A	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=818;ReadPosRankSum=-1.373;SC=AACAGAAAGCGTTTGAAGGGC;SOR=0.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=60;WE=113015668;WS=113015650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,93:0.58:159
chr3	113022870	rs4682484	T	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=802;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CTGGAGCTCATGGATTCGTTC;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=113022878;WS=113022860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr3	113022996	rs2270782	G	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=408;SC=AAAGAAAATAGACAAAAACAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=113023004;WS=113022986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	113025264	.	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=335;ReadPosRankSum=-0.424;SC=GATTCAGAATCAATAATGTCT;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=19;WE=113025272;WS=113025254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr3	113027214	rs775231	A	C	253.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TAGTCACTAGAAAAATAACTC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=113027222;WS=113027204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr3	113092197	rs1463640	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=224;ReadPosRankSum=-0.552;SC=ATCCATGATGAACAAAAGCAT;SOR=1.688;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=12;WE=113092205;WS=113092187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr3	113114491	.	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	113119301	rs7647220	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=86;ReadPosRankSum=0.967;SC=GGAAAATCCCCAAATGCTCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=113119309;WS=113119291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	113125966	rs73237123	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=0.855;SC=AAACATTTACATATTTCATAG;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=15;WE=113125974;WS=113125956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr3	113135345	rs12635786	A	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=183;ReadPosRankSum=0.866;SC=TTGAACATGAAATATTTAAAT;SOR=0.812;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=14;WE=113135353;WS=113135335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr3	113135543	rs12630518	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=0.366;SC=GATTAATGCAGTATTTAGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=113135551;WS=113135533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	113145006	rs73239107	C	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=375;ReadPosRankSum=0.143;SC=TGTTTGAATCCAGAGTCACAA;SOR=0.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=26;WE=113145014;WS=113144996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,59:0.66:90
chr3	113152596	rs2291413	T	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=0.648;SC=CATATTTCATTAGCACCAAAC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=16;WE=113152604;WS=113152586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr3	113164109	rs2054823	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr3	113165288	rs4619761	A	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr3	113207758	rs7625841	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=281;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GAAAAAACCTGAGAGTTGTAA;SOR=0.512;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=22;WE=113207766;WS=113207748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr3	113233563	rs2306069	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr3	113251962	rs61738949	C	A	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,122:0.67:183
chr3	113285423	rs2271495	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=552;ReadPosRankSum=-1.406;SC=CTTCACTATGTTTAGTTTTCT;SOR=0.984;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=35;WE=113285431;WS=113285413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr3	113286405	rs2292511	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=257;ReadPosRankSum=0.947;SC=GGAGCTACAACTATCAAGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=20;WE=113286413;WS=113286383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr3	113295745	.	CC	TT	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.219;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=2.149;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr3	113300183	rs2271494	A	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=372;ReadPosRankSum=0.087;SC=GATGCTTTCCATTTTATTCCT;SOR=0.637;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=26;WE=113300191;WS=113300173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr3	113300351	rs9863703	T	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=347;ReadPosRankSum=1.540;SC=ATAGTGTACTTACTGGGCCAG;SOR=0.573;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=23;WE=113300359;WS=113300341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr3	113300390	rs62265520	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=188;ReadPosRankSum=-1.448;SC=ATCCATGATGTGCCTAGGATC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=15;WE=113300398;WS=113300380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr3	113302118	rs62265521	C	T	57.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	113302425	rs2271493	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CTCCTTTCTAGTTCCCACTAA;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=113302433;WS=113302415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr3	113304171	rs41271363	G	A	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=689;ReadPosRankSum=-0.486;SC=TCTGTGTAACGCTTGCAGCAC;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=49;WE=113304179;WS=113304161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,66:0.69:96
chr3	113322006	rs17325765	T	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.700;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,59:0.41:145
chr3	113334752	rs2271498	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=0.259;SC=TGTAATGCACAGATATGGCAT;SOR=0.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=113334760;WS=113334747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	113373930	rs930818	A	G	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=33;PP=1247;SC=ATCAGGAAGCACTGTGGCTAT;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=113373938;WS=113373920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	113376110	rs112313093	TTGCTGCTGC	T,TTGCTGC	4944.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=10,10;NR=30,30;PP=746,2480;SC=GTTGTTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.941;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=40,40;WE=113376129;WS=113376100;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.70,0.30:124
chr3	113377361	rs9813630	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=450;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CTCTATCATCATTGTTCATCA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=29;WE=113377369;WS=113377351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr3	113379865	rs9866806	G	C	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=597;ReadPosRankSum=-0.046;SC=AGAGGAACAGGCTGGTTGGTA;SOR=0.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=42;WE=113379873;WS=113379855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
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chr3	113522544	rs13321446	T	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=330;ReadPosRankSum=0.175;SC=ATTGATTTCCTTTTTTTATTT;SOR=0.655;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=21;WE=113522552;WS=113522534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr3	113557690	rs9990079	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.388;NF=9;NR=2;PP=156;ReadPosRankSum=0.660;SC=GCGCGCGCTGGAGGTGGGCGC;SOR=0.242;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=11;WE=113557698;WS=113557680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr3	113557787	rs66781755	AGCC	A	5406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=38;PP=2615;SC=CCGTCAGGTAAGCCGCGGGCC;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=113557797;WS=113557777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	113594377	rs13079383	A	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,42:0.31:134
chr3	113595156	rs2712350	C	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=170;SC=AAGAAAATCTCCCTCATACTC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=113595164;WS=113595146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	113601761	rs62265406	T	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr3	113619872	rs2632244	C	T	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=12;PP=594;SC=TTTTCTGTCACTTTAGAGCCT;SOR=1.075;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=32;WE=113619880;WS=113619862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	113631884	rs2712341	A	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=150;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TAACATAGAGACTGCTTTATT;SOR=0.603;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=13;WE=113631892;WS=113631874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr3	113649716	rs149011696	G	GT	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.328;NF=2;NR=10;PP=431;ReadPosRankSum=-0.400;SC=AGAGTCATGTGTGGGGGAAGA;SOR=0.566;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=113649724;WS=113649706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr3	113655096	.	G	GT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr3	113655207	rs3765114	C	T	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=24;PP=852;SC=GAACCTTCAACCGAACAGCAG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=113655215;WS=113655197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	113656833	rs1963015	C	G	225.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=8.921;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;MQRankSum=0.157;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.396;SOR=1.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr3	113656852	rs5851908	C	CA	221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=15.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	113659308	rs2029228	G	C	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=607;SC=CCCCCTGCTAGAGCCAACTAC;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=30;WE=113659316;WS=113659298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	113664183	rs68028538	CAG	C	454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=465;SC=GCATAAAAAACAGAAATTTTC;SOR=4.977;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=113664192;WS=113664173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	113673125	rs11921691	A	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=41;PP=1643;SC=GGCTCTTCCAAGATGCCAGCT;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=82;WE=113673133;WS=113673115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	113679725	rs3732785	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=0.992;SC=GATGAGTGATCTTGTGTGGGA;SOR=1.314;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=6;WE=113679733;WS=113679715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr3	113720624	rs6438178	C	T	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=50;PP=1314;SC=GATAGTCAAGCGTCTACCAAA;SOR=1.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=113720632;WS=113720614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	113786696	.	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=382;ReadPosRankSum=-1.795;SC=TTCTCTAATTCCAAGTTCAGA;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=25;WE=113786704;WS=113786686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr3	113795834	rs7631864	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.723;SC=GGGATGCAGGGAAGGAGTGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=113795842;WS=113795824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	113801826	rs13086657	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	113801965	rs13071100	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	113858350	rs2251177	C	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	113890815	rs6280	C	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=8;PP=266;SC=TTCAGGTGGCCACTCAGCTGG;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=113890823;WS=113890805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	113954999	.	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr3	113955055	rs11316836	GA	G	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr3	113955164	rs3732782	T	G	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.66;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	113955187	rs3732781	A	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=371;ReadPosRankSum=0.486;SC=CAAGGCACTCATAAGGTTTCT;SOR=0.824;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=23;WE=113955195;WS=113955177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr3	113955265	rs6438190	G	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=20;PP=832;SC=CACATTCTTTGCACTCGTAGG;SOR=0.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=113955273;WS=113955255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	113955320	rs6438191	C	T	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=21;PP=922;SC=GAAAACAGAGCGGTAGGTGAA;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=113955328;WS=113955310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	114014301	rs77967063	T	C	154.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=166;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CAAAATCCAGTTGGGGCCTCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=114014309;WS=114014291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr3	114026673	rs11714612	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr3	114027065	rs35641088	C	CGTGT	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.115;NF=0;NR=9;PP=310;ReadPosRankSum=-0.470;SC=ATCAGTGCTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.552;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=9;WE=114027073;WS=114027055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	115553312	.	T	G	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=649;ReadPosRankSum=-1.795;SC=GTATGTGAATTTTTTGAATGT;SOR=0.628;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=43;WE=115553320;WS=115553302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,73:0.80:91
chr3	116163634	rs138580275	GAC	G	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-1.458;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr3	116163655	.	AC	A	218.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=2.891;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr3	116163657	.	AAAC	A	218.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=3.032;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr3	118269774	rs9816586	A	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.375;NF=10;NR=17;PP=294;ReadPosRankSum=-2.155;SC=CAGGATGGCTATAAAAGAGAA;SOR=0.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=27;WE=118269782;WS=118269764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,36:0.35:102
chr3	118269825	rs57227846	GT	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=3.080;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr3	118381320	rs28380350	C	A	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=1.350;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,75:0.64:117
chr3	118381372	.	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,54:0.62:87
chr3	118624369	rs62275716	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=156;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TCAGCAGAACCCTTCATTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=13;WE=118624377;WS=118624359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr3	118649060	rs2903250	G	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=316;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AGGACTGCTGGCTGACCCCGG;SOR=0.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=24;WE=118649068;WS=118649050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr3	118865801	rs4077931	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=0.184;SC=AAAGACCTTCCGTACAGATTG;SOR=0.552;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=15;WE=118865809;WS=118865791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr3	118866376	rs56317615	C	T	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=737;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CCCTCCATCTCATCCAAATTG;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=46;WE=118866384;WS=118866366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,83:0.55:151
chr3	118866515	rs9864127	C	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=364;SC=AGGGGTACAACGGAAGGGCAC;SOR=4.174;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=118866523;WS=118866505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	118867047	rs9289122	C	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr3	118870025	rs11373158	A	AC	1004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.424;NF=5;NR=8;PP=391;ReadPosRankSum=-0.373;SC=TGACCACATAATTTTGCTCAG;SOR=0.770;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=13;WE=118870033;WS=118870015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr3	118870222	rs73185896	G	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=-0.418;SC=AACAAAGTACGTACAACTCTG;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=118870230;WS=118870212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr3	118909159	rs9840317	A	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=12;PP=628;SC=GCAACACAACAAGACTTTGTG;SOR=1.036;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=118909167;WS=118909149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	118909962	rs3796356	T	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=342;SC=GTAAGACCTGTGGTCTTGGGG;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=118909970;WS=118909952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	118909987	rs3796357	C	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=268;SC=GCCATTTTTACTTACTGGTGG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=118909995;WS=118909977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	118912961	rs62263545	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=-0.886;SC=ATGTAAGATATGGTACACTTT;SOR=0.175;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=118912969;WS=118912951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	118913261	rs36002465	T	TC	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=454;ReadPosRankSum=0.150;SC=TCCTCTCTCCTCCCAAGACTT;SOR=0.914;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=14;WE=118913269;WS=118913251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr3	118913337	rs7628485	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=-0.171;SC=GTCTTTCAGTAAGGAATTCTA;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=118913345;WS=118913327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr3	118930791	rs5868	G	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=8;PP=684;SC=GCTATCAGCAGCTGCAACCAG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=118930799;WS=118930781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	118931389	rs6784208	C	T	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	118935284	rs68075325	CACGCACAT	C	148.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=1208;SC=TATACACACACACGCACATAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=118935308;WS=118935274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	118935300	rs73187814	C	T	157.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.48;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	118948618	rs4422293	G	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr3	118948716	rs4422294	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=500;ReadPosRankSum=2.242;SC=ACACAGAAGGGCAGTTGTCAA;SOR=1.160;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=32;WE=118948724;WS=118948706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr3	119013928	rs3732412	A	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-1.918;SC=TCGAGTTGTGATAGAGTCGGT;SOR=1.270;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=119013936;WS=119013918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr3	119101039	rs73187863	T	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=195;ReadPosRankSum=-0.926;SC=AATAGAAATATTTAGAGTCTC;SOR=1.098;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=13;WE=119101047;WS=119101029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr3	119118104	rs4688001	A	G	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=32;PP=1250;SC=CAGTGCCTGTAGAAGGTAAGA;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=119118112;WS=119118094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	119128628	rs1463139	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	119128634	rs1463138	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.68;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	119133183	rs3732413	G	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=653;ReadPosRankSum=0.084;SC=TTCAAAGGGCGGCCCGGAAAG;SOR=0.450;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=42;WE=119133191;WS=119133173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr3	119133554	rs61740281	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=796;ReadPosRankSum=1.090;SC=TGAAAGACGCGCACAAGGCCC;SOR=0.739;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=46;WE=119133562;WS=119133544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr3	119171280	rs1919586	C	G	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=725;ReadPosRankSum=-2.438;SC=AGAATATAGTCAATGAACTGT;SOR=0.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=44;WE=119171288;WS=119171270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr3	119188895	rs6438531	C	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.468;SC=AAAATGCTCTCGCATGGGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=119188903;WS=119188885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr3	119196334	rs3732419	G	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=-1.794;SC=ATGGAGAGTGGTCCTCTAGGA;SOR=0.086;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=119196342;WS=119196324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr3	119197285	rs4688005	A	G	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=694;ReadPosRankSum=0.585;SC=ATTGTTTGTCATGAAACTCAC;SOR=0.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=51;WE=119197293;WS=119197275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,83:0.64:129
chr3	119198873	rs4688007	G	A	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=636;ReadPosRankSum=1.179;SC=ACTGATTTAGGACGACCTGTC;SOR=0.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=41;WE=119198881;WS=119198863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,84:0.56:150
chr3	119209402	.	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=228;ReadPosRankSum=2.099;SC=CCCCAGGTATCTGTTTAATTT;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=16;WE=119209410;WS=119209392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr3	119211384	rs11556604	T	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-1.160;SC=CTTGAATATCTGCTATCAAGC;SOR=0.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=12;WE=119211392;WS=119211374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr3	119276377	rs66604554	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=195;ReadPosRankSum=-1.567;SC=GGTTCCTTCCAGCTTATAGGA;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=11;WE=119276385;WS=119276367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr3	119305169	rs20569	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=92;ReadPosRankSum=1.434;SC=AGCTGAAGCCGGGCAAGCCCA;SOR=0.184;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=10;WE=119305177;WS=119305159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr3	119305379	rs25676	T	A	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=750;ReadPosRankSum=0.658;SC=CAGCCTATGCTGTGAATAGCA;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=46;WE=119305387;WS=119305369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,70:0.67:104
chr3	119316788	.	T	G	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=427;ReadPosRankSum=0.526;SC=GGAGAGCTGCTTCTGGGTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=36;WE=119316796;WS=119316778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
chr3	119325907	rs2251566	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=-2.226;SC=GGCAACAAGGGGAGGAATGAA;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=10;WE=119325915;WS=119325897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr3	119327604	rs5852212	GC	G	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.415;NF=2;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=0.632;SC=TTCTTTTTTGGCCCCCTGTCT;SOR=0.387;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=7;WE=119327612;WS=119327594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr3	119327653	rs1723969	T	C	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.246;NF=10;NR=7;PP=191;ReadPosRankSum=0.679;SC=TTGACACATTTATTAGAACCC;SOR=0.504;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=17;WE=119327661;WS=119327643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr3	119328449	rs3832185	CAGGCTTT	C	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=207;ReadPosRankSum=0.415;SC=GCCCATCCTCCAGGCTTTAGA;SOR=0.616;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=5;WE=119328463;WS=119328439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr3	119331874	rs2272270	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr3	119331892	rs2272269	C	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr3	119332042	rs2272268	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=-1.547;SC=TAGCTCTGTGGCCCTGGGCAG;SOR=0.086;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=4;WE=119332050;WS=119332032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr3	119334986	rs2247660	G	A	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=18;PP=689;SC=TGGCAACCCCGGAGATTGAAA;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=119334994;WS=119334976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	119336728	rs4688020	C	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=189;SC=CACTAATATTCTGAAAAAGTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=119336736;WS=119336718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	119338287	rs115833860	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=3.146;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr3	119338492	rs61733986	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.070;SC=CCAGTGCTCCGTACTGCAGTG;SOR=0.339;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=7;WE=119338500;WS=119338482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr3	119338956	rs2280669	A	G	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=18;PP=626;SC=GCTCCTAACCATGGCATTTCC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=39;WE=119338964;WS=119338946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	119339010	rs1877595	G	A	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=24;PP=680;SC=TAAATGTGAAGTAAAAATGTG;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=119339018;WS=119339000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	119339054	rs1877594	C	T	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=16;PP=454;SC=CAAGCTAAACCGTCATCCTTC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=119339062;WS=119339044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	119339138	rs115355284	C	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	119344250	.	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=0.058;SC=ACATGCTGAGGAGCTGTTCAG;SOR=1.445;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=119344258;WS=119344240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr3	119347611	rs56163046	C	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=534;ReadPosRankSum=1.555;SC=GCCAGATAAACCAAGTGAAAT;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=44;WE=119347619;WS=119347601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,70:0.29:241
chr3	119367158	.	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-2.480;SC=GGAGGTGCAGGAAAGTTGGTG;SOR=0.839;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=8;WE=119367166;WS=119367148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr3	119367390	rs2688643	T	C	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=27;PP=829;SC=AGAGCTTCTCTGAGATGTCAT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=119367398;WS=119367380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	119373273	rs111798425	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=0.483;SC=AGATGTAAGAGGGGAAACATG;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=119373281;WS=119373263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr3	119373301	rs2688630	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=394;ReadPosRankSum=0.515;SC=GGATATTGCTGGGCTACAGTG;SOR=1.911;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=119373323;WS=119373291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr3	119373315	rs2688629	T	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=4;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=394;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TACAGTGGGATGGGGTGAGGC;SOR=1.942;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=119373323;WS=119373291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr3	119395662	rs523476	C	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=296;ReadPosRankSum=0.109;SC=ATGTCTACATCTTCGGACCTA;SOR=0.684;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=26;WE=119395670;WS=119395652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr3	119395799	rs2280578	A	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=-1.032;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr3	119395865	rs368987137	CGGGGCGG	C	161.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.94;QD=32.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	119422204	rs7624672	T	C	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=69;SC=ACGGTTGTCCTTGGTCGGGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=119422212;WS=119422194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	119426307	rs9848716	T	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=161;ReadPosRankSum=-0.028;SC=ATCCAAGATATTCTCTATATT;SOR=0.990;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=12;WE=119426315;WS=119426297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr3	119434527	rs6438544	G	C	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=25;PP=1066;SC=TCCATACTCTGCAGAATATGT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=119434535;WS=119434517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	119459682	rs57901016	T	TTGTG	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=1.383;SC=CTGTCAGCATTTGTGTGTGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=119459690;WS=119459672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr3	119501780	rs2472668	G	A	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=21;PP=628;SC=AGTGCCACCAGGTCCTTCTTC;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=36;WE=119501788;WS=119501770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	119501798	rs2461831	T	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	119529113	rs3732356	G	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=19;PP=488;SC=CGTGGGTGTGGGCATGCTTGT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=119529121;WS=119529103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	119533733	rs6785049	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TCTTCCTCTCGCCCCCAACTT;SOR=0.197;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=8;WE=119533741;WS=119533723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr3	119533773	rs6797879	T	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=14;PP=515;SC=CTGGTGCCGGTCTGTGGGCTG;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=33;WE=119533781;WS=119533763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	119533910	rs4058490	T	C	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	119535795	rs11929668	C	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=358;ReadPosRankSum=0.442;SC=TTCAGCCAAGCCTTGTCTCTT;SOR=0.826;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=20;WE=119535803;WS=119535785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr3	119595503	rs1719895	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	119721191	rs200371314	A	AT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.876;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	119886548	rs9858566	G	C	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=56;PP=2389;SC=GGCTAAAGCCGAGCTCCTTGG;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=106;WE=119886556;WS=119886538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	119886776	rs902790	T	A	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=37;PP=1080;SC=AGCCGCCTCTTTCTGGTAGGA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=56;WE=119886784;WS=119886766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	119892121	rs13064815	C	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=0.666;SC=ATGATTGGATCCTTTACAGGG;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=119892129;WS=119892111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr3	119900212	rs1488765	G	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=79;ReadPosRankSum=0.207;SC=GCAGACCCTGGGGGGTGAAGA;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=119900220;WS=119900202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	119900260	.	T	C	34	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=34;QD=22.9237375157;SC=AAGAGGTCAATGAGCAGTAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=119900268;WS=119900250;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	119904125	rs902791	A	G	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=30;PP=1285;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GACAGAGACCATATCAGATGT;SOR=0.962;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=75;WE=119904133;WS=119904115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr3	119904315	rs902792	G	C	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=25;PP=689;SC=TTGTGAACATGCTGGAGCATG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=119904323;WS=119904305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	119905641	rs2319542	G	A	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=18;PP=539;SC=CTGCAAAAGAGTCAAGGTCAA;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=119905649;WS=119905631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	119911667	rs2319543	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=431;SC=ATGAGAAACAGGAACTTTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=119911675;WS=119911657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	119912297	rs902793	C	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=545;ReadPosRankSum=0.921;SC=AAGAAAGACACTTACAGCCAT;SOR=1.483;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=32;WE=119912305;WS=119912287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr3	120118715	.	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=0.627;SC=AACCAGCACGGAGGCTGCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=5;WE=120118723;WS=120118705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr3	120123953	rs1147701	T	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=535;SC=TCAGAGGGCCTTGGCAACAAA;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=120123961;WS=120123943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	120130883	rs67083358	GACACACACACACACATACATGC	G	556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=7.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.822;QD=24.21;ReadPosRankSum=-1.726;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr3	120134720	rs3215378	A	AG	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=330;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TCCGCAAGGTACCACATTGGC;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=11;WE=120134728;WS=120134710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr3	120134883	rs2272515	T	C	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,84:0.59:143
chr3	120169641	rs1147708	T	C	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=25;PP=597;SC=GGCCCCGCGCTGACCTGGGAA;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=120169649;WS=120169631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	120369575	rs3817627	T	G	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=37;PP=1626;SC=CTGGCCAAAATCCCTTAGAAG;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=83;WE=120369583;WS=120369565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	120371414	rs2551607	G	A	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=13;PP=449;SC=GAGCAGTAGGGAGGGTGTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=120371422;WS=120371404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	120389243	rs1800722	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.663;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr3	120389316	rs2255543	T	A	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=29;PP=918;SC=TGTGAGTGACTTGGCCTTCGT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=120389324;WS=120389306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	120413158	rs7612975	G	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=350;SC=GCATATTTCTGTAGGCATAAT;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=120413166;WS=120413148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	120417154	.	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr3	120673673	rs142292885	CT	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr3	120760495	rs1688679	T	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=166;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TCTTTGCTCATTAATATTGGT;SOR=1.432;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=10;WE=120760503;WS=120760485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr3	120833993	rs16832111	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=1.541;SC=TTATTTGATACGTCTATTACT;SOR=1.371;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=5;WE=120834001;WS=120833983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	120976266	.	T	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.008;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr3	121100116	rs35624942	GT	G	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.487;NF=6;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=-1.475;SC=AATTTGTGTGGTTTTTTTTTA;SOR=0.460;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=10;WE=121100124;WS=121100106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr3	121100283	rs17740066	G	A	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=756;ReadPosRankSum=-1.477;SC=TTGTCTGTTCGTTGGAACCAG;SOR=0.738;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=51;WE=121100291;WS=121100273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,124:0.67:186
chr3	121137976	rs6782025	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-2.081;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr3	121138015	rs6782033	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.907;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr3	121154974	rs1381057	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=314;ReadPosRankSum=-2.382;SC=CAAACCTGTTTGGTCACTTTG;SOR=0.866;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=25;WE=121154982;WS=121154964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr3	121155122	rs41540016	C	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=750;ReadPosRankSum=1.319;SC=TGACGCTCAGCCTAGAAAAAA;SOR=0.613;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=52;WE=121155130;WS=121155112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,75:0.60:126
chr3	121155198	rs2030531	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=124;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GTCCACAGTTCAGTGCTCACA;SOR=1.639;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=11;WE=121155206;WS=121155188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr3	121186543	rs1381058	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=0.721;SC=ATATATGAAAAAGGTCTGATT;SOR=0.506;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=13;WE=121186551;WS=121186533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr3	121195302	rs10591564	TACAC	T	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=4;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.206;NF=3;NR=6;PP=294;ReadPosRankSum=0.228;SC=TTCAGGTAAATACACACACAC;SOR=1.329;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=9;WE=121195315;WS=121195292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr3	121202433	rs201304336	TA	T	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr3	121208833	rs3218649	G	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=1.857;SC=AATGGAACATGTCTGATGTTC;SOR=0.985;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=19;WE=121208841;WS=121208823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr3	121212277	rs11351457	AT	A	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=0.333;SC=TAAAATTGACATTTTTTTTTT;SOR=0.549;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=16;WE=121212285;WS=121212267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr3	121215575	.	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.636;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=6.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=128;ReadPosRankSum=-0.949;SC=ACAATAAAATGGAATTTGAAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=121215583;WS=121215565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	121228833	rs3732406	A	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=238;ReadPosRankSum=1.644;SC=CAGTCATACAACCTCACTAAA;SOR=1.259;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=14;WE=121228841;WS=121228823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr3	121238749	rs702018	G	A	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=34;PP=1352;SC=TGCCAGCACGGCCAACCATCT;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=71;WE=121238757;WS=121238739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	121241058	rs13059229	C	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr3	121263720	rs702017	C	A	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=59;PP=1755;SC=TAGCTTGTCTCTTTCGTAGTC;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=121263728;WS=121263710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	121265176	rs3806614	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=0.315;SC=AGATTGAGAAGCATTATGCAA;SOR=0.785;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=10;WE=121265184;WS=121265166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr3	121265522	rs11714774	A	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.978;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=-0.809;SC=ACCAAGCAAAACTAGTAGGCC;SOR=1.445;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=22;WE=121265530;WS=121265512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr3	121289548	.	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.903;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=367;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTCCATCTCAGATTTCAGAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=19;WE=121289556;WS=121289542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr3	121289575	.	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=532;ReadPosRankSum=0.175;SC=GGAACAGAATGGCCCCAGAGA;SOR=1.347;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=31;WE=121289583;WS=121289565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr3	121289829	rs9812322	G	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=523;ReadPosRankSum=1.591;SC=AAATCAAATGGGCCTTTGGCC;SOR=0.465;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=35;WE=121289837;WS=121289819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr3	121304933	rs9813391	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=-1.029;SC=GCAAAGCAACGAAACCAGATC;SOR=0.667;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=15;WE=121304941;WS=121304923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr3	121339354	rs7640859	T	C	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=11;PP=615;SC=AACCTAACTGTTTTTCTTACT;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=121339362;WS=121339344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	121339520	rs35295338	A	C	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=3.193;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,64:0.68:94
chr3	121340536	rs4676684	T	C	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=787;ReadPosRankSum=0.361;SC=CACCTGCAGGTGTGCCCCGCC;SOR=0.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=64;WE=121340544;WS=121340526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,107:0.67:160
chr3	121350616	rs1128154	G	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr3	121350737	.	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=96;ReadPosRankSum=2.080;SC=AGTCCAAAGTGGCCATGGCAA;SOR=0.990;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=11;WE=121350745;WS=121350727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr3	121350966	rs9869984	C	G	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	121351480	rs9815500	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.039;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=0.918;SC=ACTGATAAGATCCCCCGCCCT;SOR=0.073;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=13;WE=121351488;WS=121351470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr3	121352068	rs150795147	C	CT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.500;SC=ATCTTCACTCCTTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=121352076;WS=121352058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	121353254	rs2070179	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=382;ReadPosRankSum=0.796;SC=AGCCCACGGGTACCACTAGAA;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=30;WE=121353262;WS=121353244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,46:0.40:116
chr3	121353328	rs6770842	A	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=0.203;SC=AGGGCATGGCACTTGAAGGAA;SOR=0.250;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=8;WE=121353336;WS=121353318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr3	121354381	rs7620842	A	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CACTTTAGCCACCAAAGTGCT;SOR=0.697;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=121354389;WS=121354373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr3	121361646	rs12487377	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.416;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr3	121361787	rs2070178	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=1.581;SC=TCTGAGATGTGTGCTTCTCCA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=7;WE=121361795;WS=121361777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr3	121366123	rs9818402	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr3	121366355	.	C	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AACCCATCTTCCCAGAAAAAT;SOR=0.805;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=12;WE=121366363;WS=121366345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr3	121366377	rs7356043	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=0.041;SC=GAAGCCTTGAAGTCTGTCCTG;SOR=0.745;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=13;WE=121366385;WS=121366367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr3	121388362	rs11363204	AT	A	30.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=46;SC=AAAAAGCATAATTTTTTTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=121388370;WS=121388352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	121441020	.	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=581;ReadPosRankSum=0.386;SC=TATCTACTAGGATTTTTTAAA;SOR=1.324;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=31;WE=121441028;WS=121441010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr3	121449909	.	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-1.010;SC=ATCCGTGAATGAAAAAAGAAT;SOR=2.266;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=4;WE=121449917;WS=121449899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	121500699	rs17849995	C	T	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	121507415	rs4073474	C	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=265;SC=CCCAATTCTACTATTTTACCA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=121507423;WS=121507405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	121508830	rs6802815	A	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=419;SC=GTCCAAATTTAAAAAAAAATC;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=121508838;WS=121508820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	121514458	rs141330650	TA	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.820;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr3	121515940	.	A	AT	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5008;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=32;QD=12.6666666667;SC=ATATCATGCAATTTTTTTTTT;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=3;WE=121515948;WS=121515930;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	121526099	rs4582090	A	G	195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=62;SC=TTATATACAAATCATATGCGG;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=121526107;WS=121526089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	121526204	rs4543051	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=8;PP=235;SC=TTGATCTGTAGTATATTCTGT;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=121526212;WS=121526194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	121547862	rs111257270	G	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=217;SC=AAAAAGCCAGGAAATGTTCAC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=121547870;WS=121547852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	121591845	.	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=33;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GATAATCTTTCCTCTCACTCC;SOR=0.722;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=6;WE=121591853;WS=121591835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr3	121613205	rs4603998	G	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=198;SC=GAGTTAAACTGAGTTGCTGAA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=121613213;WS=121613195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	121615534	.	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=350;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AGGCCAAGATCAGAAAGGCCT;SOR=1.519;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=20;WE=121615542;WS=121615524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr3	121631704	.	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=0.366;SC=AATTGACCATGAATACCTCCT;SOR=0.148;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=121631712;WS=121631694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	121631841	rs1523519	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=122;ReadPosRankSum=-1.488;SC=TATCAACATGGTTGGCATTCT;SOR=1.014;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=14;WE=121631849;WS=121631831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr3	121631993	rs34443342	T	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTTGTATTTTCAAGAATATA;SOR=1.371;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=121632001;WS=121631983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr3	121641737	rs376072780	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NR=17;ReadPosRankSum=-2.237;SC=AACATCTTATGGCTTGATAGA;SOR=0.751;Source=Platypus;TCR=25;WE=121641745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr3	121643163	rs2293611	G	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=0.506;SC=CTTTTCTTCAGACATCAACTA;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=12;WE=121643171;WS=121643153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr3	121659197	rs3817599	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr3	121712051	rs2877561	A	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=423;ReadPosRankSum=-0.783;SC=GAGTGATATCAAGTGAGCGGT;SOR=0.840;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=28;WE=121712059;WS=121712041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr3	121712805	rs3915061	G	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=253;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GAGGCTGGACGGCAGGGACAA;SOR=0.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=18;WE=121712813;WS=121712795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr3	121712980	rs3915060	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.744;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,101:0.59:172
chr3	121720494	rs62269207	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=92;ReadPosRankSum=-1.359;SC=ATGACAAGAACTTAGGCTTGC;SOR=0.307;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=8;WE=121720502;WS=121720484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	121724038	rs3942629	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr3	121810427	rs57304749	CT	C	2583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.209;NF=16;NR=43;PP=1129;ReadPosRankSum=0.040;SC=CAAGTTTTACCTTTTTTTTTC;SOR=0.409;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=59;WE=121810435;WS=121810417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,122:0.98:125
chr3	121825197	rs2681417	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=503;ReadPosRankSum=-0.144;SC=GTATGATGGTGTTATGCAGAA;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=37;WE=121825205;WS=121825187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr3	121836966	rs10580127	TGA	T	3689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=31;PP=1651;SC=GAGACATTGATGAGAGAGAGG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=35;WE=121836975;WS=121836956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	121838319	rs1129055	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=0.703;SC=ATCTGATGAAGCCCAGCGTGT;SOR=1.473;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=6;WE=121838327;WS=121838309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr3	121973151	.	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.759;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr3	121976253	rs9869985	G	A	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=352;SC=GCCTTCTCAGGCGGGGCACTG;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=121976261;WS=121976243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	121980876	.	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=397;ReadPosRankSum=-0.903;SC=AGGCTTCCGGGAATTCCTGAA;SOR=0.594;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=25;WE=121980884;WS=121980866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr3	121994941	rs2279802	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=0.108;SC=GCAGGAAACTGTGCTGGGCTT;SOR=0.628;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=10;WE=121994949;WS=121994931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr3	122000871	rs4678174	C	T	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=441;SC=TGCCCAAACTCCTCCCTCTTA;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=122000879;WS=122000861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	122003045	rs2036400	G	C	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=68;PP=2791;ReadPosRankSum=-1.017;SC=CCGCGCCCCCGTCAAGCTACC;SOR=0.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=64;TCR=69;TR=132;WE=122003053;WS=122003035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr3	122003268	.	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=602;ReadPosRankSum=-1.283;SC=CTCCTTCATTCCAGCCTATGC;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=42;WE=122003276;WS=122003258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,47:0.31:154
chr3	122003583	.	G	A	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=784;ReadPosRankSum=-1.077;SC=CCCACAGCCCGAGAGGCAGAA;SOR=0.676;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=206;TCF=101;TCR=105;TR=70;WE=122003591;WS=122003573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,114:0.33:350
chr3	122003769	rs1042636	A	G	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=511;ReadPosRankSum=-0.917;SC=CATGGCCCACAGGAATTCTAC;SOR=0.665;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=163;TCF=74;TCR=89;TR=50;WE=122003777;WS=122003759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,80:0.32:253
chr3	122003832	rs1801726	G	C	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=66;PP=2409;SC=GACCCGACACGAGCCATTACT;SOR=0.787;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=124;WE=122003840;WS=122003822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	122004098	rs4677948	A	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=342;SC=GTCCCAGGGAAGAGGAATCGC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=122004106;WS=122004088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	122056432	rs17589	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=-2.207;SC=ATGAGACTTACGGAAAATTGG;SOR=1.402;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=122056440;WS=122056422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr3	122081659	rs9857709	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-2.408;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr3	122081660	rs9857710	A	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-2.362;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr3	122128466	rs4306808	G	C	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=10;PP=637;SC=TGCTCAGTGTGCAAGCAGCAG;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=122128474;WS=122128456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	122128519	rs10511410	G	C	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.892;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=789;ReadPosRankSum=1.400;SC=GCTGTCATCAGTGCAAGGTAA;SOR=1.588;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=49;WE=122128527;WS=122128509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr3	122133830	rs3749213	T	G	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=58;PP=1592;ReadPosRankSum=-1.003;SC=TACCTGACACTATCAAGGACC;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=67;TCR=92;TR=99;WE=122133838;WS=122133820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,134:0.66:203
chr3	122145810	rs4677950	T	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=298;SC=CTGACACAGGTACGTGAAAGC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=122145818;WS=122145800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	122168341	rs3749209	C	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=422;ReadPosRankSum=0.086;SC=ATGTACAATCCATTAATATTT;SOR=1.908;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=23;WE=122168349;WS=122168331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr3	122186188	rs4678193	C	T	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=27;PP=1076;SC=CTCCATGTTACTAATCTGAGC;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=122186196;WS=122186178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	122215166	rs10625209	A	AAC,AACACACACACACAC	388.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=3.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.230;NF=7;NR=1;PP=207;ReadPosRankSum=-0.660;SC=AGAAGGGGAAAACACACACAC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=122215174;WS=122215164;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.45,0.36:11
chr3	122247606	rs7628052	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=432;ReadPosRankSum=-2.185;SC=AAAGGAAAAAATAAAATAAAA;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=28;WE=122247614;WS=122247596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr3	122259606	rs9851180	T	C	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=744;ReadPosRankSum=-0.116;SC=GTGGGCCTCATACATCTCTTC;SOR=0.610;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=47;WE=122259614;WS=122259596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,76:0.58:132
chr3	122259738	rs145948621	G	GT	650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=2.066;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr3	122259745	rs9831600	G	T	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.001;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr3	122259782	rs9868934	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CTGTCTCACAAGCTGGAGTGC;SOR=1.473;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=122259790;WS=122259772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr3	122274757	rs73192127	G	C	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=461;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CATCTTTCCAGACTGATAACT;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=28;WE=122274765;WS=122274747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr3	122285005	rs12485294	G	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=283;SC=CCCATGTGCTGGGCACGTACA;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=122285013;WS=122284995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	122288210	rs2332285	G	A	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,80:0.55:145
chr3	122296631	.	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=1.658;SC=ATCGGGAGGCGGGGAGCGTGC;SOR=0.866;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=19;WE=122296639;WS=122296621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,31:0.32:96
chr3	122336064	.	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=2.429;SC=ATTTCTGGAAGGGAAATTGTG;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=122336072;WS=122336054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	122354037	rs1106346	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=-1.377;SC=GTGCTGGGAAAAATGGTAAGG;SOR=1.003;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=15;WE=122354045;WS=122354027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,26:0.26:99
chr3	122354716	rs61754895	C	T	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=5.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,66:0.39:171
chr3	122418750	rs11719086	G	A	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=45;PP=1739;SC=GTACAAGTCAGGGAGTTAATA;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=82;WE=122418758;WS=122418740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	122419083	rs13093808	C	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=-1.247;SC=CTTTTCATAGCACAGAAGATT;SOR=0.657;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=22;WE=122419091;WS=122419073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,38:0.32:117
chr3	122419292	rs7632072	A	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,75:0.63:119
chr3	122422852	.	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=221;ReadPosRankSum=-0.572;SC=AATTCTCCATGAAGTTGGGTA;SOR=0.559;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=15;WE=122422860;WS=122422842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr3	122432171	rs6770902	G	A	749.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.25;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,34:0.92:37
chr3	122437321	rs7645033	T	C	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=41;PP=1304;SC=GTGTGGAATATGCTATCTCCT;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=84;WE=122437329;WS=122437311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	122437901	rs115027980	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=-0.357;SC=ATTGGAAAAAATTCATGTGAC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=18;WE=122437909;WS=122437891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr3	122439062	rs73856279	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.110;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=166;ReadPosRankSum=-1.605;SC=CAGAGTGTACCGGGGATGTAT;SOR=1.356;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=10;WE=122439070;WS=122439052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr3	122439371	rs60507179	T	C	176.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=0.385;SC=TAATTAGTAGTTCTAGATTCT;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=122439379;WS=122439361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr3	122439511	rs78443051	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=209;ReadPosRankSum=-0.636;SC=ATTCAAAGATATGGCTTTAAA;SOR=0.580;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=15;WE=122439519;WS=122439501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr3	122439629	rs16833452	T	A	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=599;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GCTTCCTTGATAAAGCCAGCA;SOR=0.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=40;WE=122439637;WS=122439619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,81:0.59:137
chr3	122439754	rs12492888	C	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=481;SC=AGGAGTTTGACGCCAGTCTGG;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=122439762;WS=122439744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	122446642	rs2303883	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=14;PP=697;SC=AGAATATTATCCTTTATTAAT;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=122446650;WS=122446632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	122459290	rs16338	G	GAGA	2586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=16;PP=1613;SC=ATGAATGTTTGAGGAGTCGTA;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=31;WE=122459298;WS=122459280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	122459477	rs61732313	A	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.712;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=394;ReadPosRankSum=0.792;SC=TCTGTGCTACAGGGACCAGAT;SOR=0.659;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=31;WE=122459485;WS=122459467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr3	122459732	rs35887395	G	A	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=39;PP=1654;SC=CCTAAGGGAAGAGAAAAACCT;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=78;WE=122459740;WS=122459722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	122471407	rs72280610	TA	T	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.226;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.653;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr3	122474284	rs11437723	T	TA	98.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	122474305	rs6794019	C	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=-2.096;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	122477767	rs76020932	C	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=193;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AAAAAAAGACCAAGCAGAGAG;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=122477775;WS=122477757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr3	122477795	rs2137210	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=0.671;SC=GCTGACCTGGGAGTGGAATCT;SOR=0.250;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=122477803;WS=122477785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr3	122477858	rs11718653	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.191;SC=ACAAGGCACGCACCTGTAAAC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=122477866;WS=122477848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	122478032	.	CCA	CCACACACACA,C	625	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=10,10;NR=0,0;PP=625,303;QD=62.8;SC=CATGTGCGTTCCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10,10;WE=122478043;WS=122478022;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:15
chr3	122512631	rs3806643	G	A	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=188;SC=CCACAGGAAGGAGCCCCGGCG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=122512639;WS=122512621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	122525555	rs35035359	G	GT	99.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	122591230	rs147365074	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=539;ReadPosRankSum=1.912;SC=TGCCGCTAGTGTGAAACTAAA;SOR=0.440;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=38;WE=122591238;WS=122591220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr3	122598291	rs2288677	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=283;SC=ACATTTGCTCAGAATTGCACA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=122598299;WS=122598281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	122605701	rs6438769	T	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.567;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CACTGTATCCTCAGACTACTG;SOR=1.981;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=11;WE=122605709;WS=122605691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr3	122629589	rs7622250	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.07;MQRankSum=-0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	122629656	.	CAAAA	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr3	122630323	rs2303982	T	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.23;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr3	122630346	rs2303983	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=175;ReadPosRankSum=1.898;SC=ACCTGCACAGTCGGTGGCCTC;SOR=0.602;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=14;WE=122630354;WS=122630336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr3	122630637	.	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=0.648;SC=TTCGGCATCTCCTTCCCCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=12;WE=122630645;WS=122630627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr3	122631896	rs2276782	A	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5044;FS=11.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=405;ReadPosRankSum=-0.847;SC=GCGCAGGAGGACCTCCACCAG;SOR=1.773;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=25;WE=122631904;WS=122631886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr3	122642294	rs7619187	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	122645277	rs2276777	C	T	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=897;ReadPosRankSum=-2.415;SC=GGTCCTGCTCCGGCAAGTGGA;SOR=0.658;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=66;WE=122645285;WS=122645267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,98:0.60:164
chr3	122645606	rs79543585	G	A	255.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5253;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=-1.080;SC=CAACTACTTCGGTTTTCCCAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=122645614;WS=122645596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr3	122646591	rs73856750	C	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr3	122646828	rs2276774	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=241;ReadPosRankSum=-1.018;SC=GATCTTCTCAATAGTCCGGCT;SOR=0.382;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=23;WE=122646836;WS=122646818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr3	122647610	rs76653630	C	T	470.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.487;NF=4;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=0.642;SC=GTCCGGGTCACGTCTGTGGAC;SOR=1.292;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=12;WE=122647618;WS=122647600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr3	122658093	rs55699792	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CTCCCTCCACGTACATTGCGG;SOR=0.765;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=122658101;WS=122658083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	122667594	.	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=308;ReadPosRankSum=0.391;SC=AGCGCTCCCTCCAACTGGGCC;SOR=0.523;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=22;WE=122667602;WS=122667584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,32:0.30:105
chr3	122680171	rs4677985	A	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=23;PP=747;SC=AATTTTGGGTAAGTCATGGAT;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=122680179;WS=122680161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	122680311	rs111407084	CT	C	214.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.45;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,8:0.80:10
chr3	122807995	rs836860	G	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=7;PP=343;SC=ACTCACAGTCGTTGGCTCCTT;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=122808003;WS=122807985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	122811042	rs836863	A	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=204;SC=CACAGGCCCTAGCACTGTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=122811050;WS=122811032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	122811187	.	G	GT	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr3	122821108	rs2717233	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=429;SC=CACCCTCTAGCTCTCACAGCC;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=122821116;WS=122821098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	122821385	rs2241961	T	C	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=39;PP=984;SC=AAGTGCCAAATGCTTTCATTG;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=122821393;WS=122821375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	122821478	rs2241962	T	A	403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.25;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	122821671	rs2241963	AT	GA	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=26;PP=1759;SC=GTTCTCAGCAATGGTGGAGTC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=122821680;WS=122821661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	122834887	rs836839	A	T	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=3;PP=274;SC=CCACTGATACAGTAAGCTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=122834895;WS=122834877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	122835210	rs836840	A	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	122835232	rs2278668	T	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.567;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr3	122843020	rs836854	T	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=5.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.821;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,74:0.32:230
chr3	122843110	rs861375	G	T	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=63;PP=2015;SC=GTTTCTCCACGTTTCACAGGA;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=106;WE=122843118;WS=122843100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	122843212	rs2305051	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=490;ReadPosRankSum=1.713;SC=GTGTGTGTGTCAGTGGGCGTG;SOR=0.294;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=34;WE=122843220;WS=122843189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,59:0.71:83
chr3	122864361	.	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-0.772;SC=CTTGATCTCTCCCCACAGGGT;SOR=0.852;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=10;WE=122864369;WS=122864351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr3	122864436	rs8739	G	A	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=20;PP=745;SC=ATGGAGAAGCGGATGTAAGCT;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=122864444;WS=122864426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	122864587	.	TAGAC	T	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=25;QD=38.8895309841;SC=TAGAACATCTTAGACAGATGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=122864598;WS=122864577;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr3	122865136	rs2673345	T	A	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=17;PP=488;SC=TAGCACATCCTAACTGCCAGC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=122865144;WS=122865126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	122873923	rs2717225	G	C	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=34;PP=1127;SC=TGATCTGCCTGCAGCTAATTC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=122873931;WS=122873913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	122880118	rs3828393	G	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=246;SC=TGGGGTCCAGGCCTCAGCCTG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=122880126;WS=122880108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	122942358	rs1546605	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=-1.161;SC=GCAGTGAATTACCTTGATTTA;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=122942366;WS=122942348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr3	122942402	rs1546604	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=294;ReadPosRankSum=0.069;SC=TTTTTACACTGTAGTTTTATT;SOR=0.573;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=21;WE=122942410;WS=122942392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr3	122964900	rs12493729	C	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=0.201;SC=GACTGTGCCTCTTCATTCTAC;SOR=0.714;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=25;WE=122964908;WS=122964890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr3	122978486	rs9289216	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-1.504;SC=TGTTTACTTCGGGTATCAGTT;SOR=0.871;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=12;WE=122978494;WS=122978476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr3	122990291	rs9860349	C	T	379.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=215;ReadPosRankSum=1.982;SC=ACTCTCTGACCTGTTACAATT;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=122990299;WS=122990281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr3	123008519	rs4677881	T	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	123010276	rs9809236	G	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=610;ReadPosRankSum=2.801;SC=CCCAGATGTCGGCCCCTCCAC;SOR=0.743;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=44;WE=123010284;WS=123010266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,60:0.37:164
chr3	123010363	rs56066738	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=2.194;SC=TGGCAAGTACCGCTGTCTCTC;SOR=2.170;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=15;WE=123010371;WS=123010353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr3	123014877	rs9881951	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CTGTTGTCTCCGCCACCTGCT;SOR=0.627;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=7;WE=123014885;WS=123014867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr3	123015094	rs9882534	G	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=27;PP=712;SC=GGCCTGAGACGGCCGTGGCTC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=123015102;WS=123015084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	123018963	rs4482616	A	G	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=15;PP=742;SC=GAGGTGCCCCATACATGGCGT;SOR=1.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=42;WE=123018971;WS=123018953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	123021838	rs9877581	A	G	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=113;SC=GAGCAGCTGCAGTGACAGTGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=123021846;WS=123021828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	123021870	rs9844212	G	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr3	123022740	.	G	GAAGAA	196.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=70.00;QD=28.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	123022743	.	G	A	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=66.6;NF=4;NR=2;PP=63;QD=16.2952020912;SC=GAGAAGAGAAGAAAGAACTTG;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=6;WE=123022751;WS=123022730;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,6:0.35:17
chr3	123022763	.	C	A	150	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=22;MQ=64.48;NF=9;NR=2;PP=150;QD=16.7973829588;SC=GTGTGAGGCACATTGAGCCAA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=11;WE=123022771;WS=123022753;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,11:0.44:25
chr3	123037047	rs4327330	A	C	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=115;SC=ACACCCAGGGAAGCCACTCAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=123037055;WS=123037037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	123038670	.	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.263;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=421;ReadPosRankSum=0.362;SC=GCGTTCCTGGGGAGCAGAAGG;SOR=1.418;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=25;WE=123038678;WS=123038660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr3	123047478	rs9855635	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=1.376;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,39:0.36:108
chr3	123047666	rs9855969	A	G	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=50;PP=1379;SC=ATGGAGCAGGAGTAAAGCTGG;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=81;WE=123047674;WS=123047656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	123049707	rs9829332	G	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=0.216;SC=CCCAGGGAGGGAGACGGTACC;SOR=0.582;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=9;WE=123049715;WS=123049697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr3	123049938	rs6806529	A	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=24;PP=654;SC=GAGAAGCAAAAAGATTCACCC;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=123049946;WS=123049928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	123066555	rs112525497	A	AAAGG	3056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=17;PP=2171;SC=TGCCCACTTGAAAGGAAGTGG;SOR=1.539;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=40;WE=123066563;WS=123066545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	123071339	.	G	A	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=596;ReadPosRankSum=1.164;SC=GGGTCTCCTGGAAAGCCTGTC;SOR=0.994;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=41;WE=123071347;WS=123071329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr3	123135306	.	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.180;SC=AAGGAGGGAGGAGGCTCTAAG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=123135314;WS=123135296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	123167249	rs4678027	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	123332875	rs71890236	G	GTT	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.790;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr3	123378534	rs39639	C	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=290;SC=GATGAAAACTCTCAGAAAAGA;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=123378542;WS=123378524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	123411589	rs40305	G	A	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=14;PP=600;SC=TACCATCCACGGTGACTTGGC;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=123411597;WS=123411579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	123418913	rs865358	G	A	6471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=83;PP=2799;SC=GGGTCTTTCCGTTCAGCGTCC;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=65;TCR=84;TR=148;WE=123418921;WS=123418903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr3	123440967	rs820355	G	A	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=45;PP=1637;SC=GTGCCCAGAGGCTCCTACCAT;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=94;WE=123440975;WS=123440957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	123451773	rs9833275	G	C	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=10;PP=569;SC=CTACAGGACAGCTGGCCTTGG;SOR=1.298;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=123451781;WS=123451763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	123452838	rs4678047	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=234;ReadPosRankSum=1.912;SC=GAAGGACCGGGGTCTGCGGGG;SOR=0.751;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=16;WE=123452846;WS=123452828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr3	123456432	rs2168439	C	T	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=924;SC=CAAATCTGCTCACCTTCTGGC;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=123456440;WS=123456422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	123457711	rs2198766	C	A	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=6;PP=473;SC=CTAATACAGGCTGGATCAGGG;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=123457719;WS=123457701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	123457893	rs9840993	G	A	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=44;PP=1728;SC=TCCACTGCTGGAGCTGAAAAT;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=97;WE=123457901;WS=123457883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	123512627	rs28497577	G	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=2.083;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,34:0.30:114
chr3	123550111	rs2605418	A	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=12;PP=818;SC=AGCCAGGGCAACCCGCAGGCC;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=123550119;WS=123550101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	123550170	rs2700350	G	A	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=26;PP=1196;SC=CACCACCTTCGCCAGTTCAAG;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=123550178;WS=123550160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	123550202	rs2682213	A	G	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=34;PP=1289;SC=GCTAAGCCAAAATCAACAGAC;SOR=0.736;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=66;WE=123550210;WS=123550192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	123988039	rs2272486	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=0.364;SC=AGATGTGGCATGTGCGCAAGC;SOR=0.886;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=15;WE=123988047;WS=123988029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr3	124044949	rs2289778	C	T	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=716;ReadPosRankSum=-1.959;SC=GGAAGAGCTTCGCTGCTGCCC;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=47;WE=124044957;WS=124044939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,106:0.64:166
chr3	124048764	rs2276740	C	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=877;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GTCTGCCATCCGAGATGCAAG;SOR=0.577;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=163;TCF=77;TCR=86;TR=71;WE=124048772;WS=124048754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,95:0.40:238
chr3	124066121	rs67454662	CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	CTGTGTGTGTGTGTGTGTG,C	166.79	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2,2;NR=10,10;PP=2222,432;SC=AGGTGAGAAGCTGTGTGTGTG;SOR=3.611;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=12,12;WE=124066154;WS=124066111;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
chr3	124113929	rs482285	A	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=9;PP=539;SC=CCCTCACCCCAGCCCTGGCCT;SOR=1.675;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=30;WE=124113937;WS=124113919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	124128938	rs647010	A	G	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	124132263	rs2289846	A	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=0.830;SC=CCTTAACCTAACAATCTCTCG;SOR=1.347;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=10;WE=124132271;WS=124132253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr3	124153120	.	C	T	41.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	124153379	.	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=154;ReadPosRankSum=0.286;SC=ACAGGTGAGGGAAAAGACTGT;SOR=0.738;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=15;WE=124153387;WS=124153369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr3	124165217	rs624450	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CACAGCAGCAGATTGGGGATG;SOR=0.525;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=25;WE=124165225;WS=124165207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr3	124195987	rs572145	T	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=187;SC=TAGACACTGGTGTCTGAGGGT;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=124195995;WS=124195978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	124210344	rs10755077	C	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=0.070;SC=AGTGACACCTCAAAGCTAAGG;SOR=0.798;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=6;WE=124210352;WS=124210334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr3	124281604	rs2279784	G	A	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=4.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,60:0.32:185
chr3	124303786	rs2250757	G	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr3	124351316	rs1708303	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=562;ReadPosRankSum=-1.619;SC=CCGAGTCCGTGGCCAACCTGC;SOR=0.595;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=42;WE=124351324;WS=124351306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,52:0.35:147
chr3	124351424	rs1660038	T	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=412;ReadPosRankSum=0.054;SC=TGCGTCGGCTTAACAGCGGGA;SOR=0.675;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=31;WE=124351432;WS=124351414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,47:0.37:126
chr3	124352573	rs652046	A	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=454;SC=GGAAATTGCGACTGAACAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=124352581;WS=124352563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	124352868	rs10428097	A	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=140;ReadPosRankSum=-1.264;SC=TTTGTGTGTGATGGGGGTAGT;SOR=1.574;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=10;WE=124352876;WS=124352858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr3	124355934	rs2276741	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr3	124369640	rs11372663	T	TA	2462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=9;PP=603;SC=TAAGCCTGTTTTTCTCTCTTT;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=15;WE=124369648;WS=124369630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	124378386	rs333297	C	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=243;SC=GTAGAGCTAGCGGTTCTGTCT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=124378394;WS=124378376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	124379641	rs333291	C	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=-0.177;SC=AGCTACTCTACACCATTGCCA;SOR=0.105;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=5;WE=124379649;WS=124379631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr3	124379748	rs333290	G	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,37:0.27:135
chr3	124379817	rs333289	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,41:0.32:128
chr3	124380793	rs665927	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=1.067;SC=TTTAAGAATGCGTCTAAGCCC;SOR=0.293;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=20;WE=124380801;WS=124380783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr3	124390796	rs3772782	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=1.263;SC=GGCATAGCCTCAGGGGTTACT;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=8;WE=124390804;WS=124390786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr3	124393482	.	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,50:0.42:119
chr3	124393610	rs333354	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.431;SC=TTGAGTGCTGACACCATATGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=124393618;WS=124393600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr3	124396324	.	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=367;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CACCTCCCTGGGAGCACACAT;SOR=0.495;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=124396346;WS=124396314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr3	124396338	rs333349	T	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=367;ReadPosRankSum=1.692;SC=CACACATTAGTTCTTGTCCCA;SOR=0.929;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=124396346;WS=124396314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr3	124398571	rs821365	A	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=375;SC=AGATTTTTTTAAAAAACAAAA;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=124398579;WS=124398561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	124398589	rs821364	A	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=235;SC=AAAACTTGTTATCTTGAATGC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=124398597;WS=124398579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr3	124412634	rs333283	G	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.212;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.59;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
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chr3	124418846	rs2289427	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=184;ReadPosRankSum=1.276;SC=GCCTTCCCAGCGAGCCCTCGG;SOR=1.038;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=19;WE=124418854;WS=124418836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,25:0.30:84
chr3	124438329	rs4234221	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=-0.209;SC=CATCTCCCAGCCCCTATGGTT;SOR=0.532;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=21;WE=124438337;WS=124438319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr3	124449252	rs2279199	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=252;ReadPosRankSum=0.715;SC=ACTTCGCGGGTGACGTCATCG;SOR=1.508;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=15;WE=124449260;WS=124449246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr3	124449291	rs1139538	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=378;ReadPosRankSum=0.378;SC=GCGCCTGGGAATTTGAAGCAA;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=25;WE=124449299;WS=124449281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr3	124450258	rs4678146	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=-0.416;SC=TAGCTGCCTCTCCCATTATCT;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=8;WE=124450266;WS=124450248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr3	124450284	rs9840078	G	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=140;ReadPosRankSum=-0.943;SC=TACCTGGAATGTGTGATACAA;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=10;WE=124450292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr3	124450437	rs141450300	ATCT	A	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=221;ReadPosRankSum=2.208;SC=GGCTTAAGAGATCTTCTTGCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=124450447;WS=124450427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr3	124451312	rs10934682	T	G	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=696;ReadPosRankSum=1.052;SC=GCAGAATCCATTTCTGTAGCT;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=49;WE=124451320;WS=124451302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,86:0.62:138
chr3	124456742	rs1801019	G	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=684;ReadPosRankSum=0.220;SC=AATCATAATGGTTCTCCCCTT;SOR=0.831;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=39;WE=124456750;WS=124456732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,57:0.53:108
chr3	124458816	rs694897	C	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=185;ReadPosRankSum=0.739;SC=TTGGACAAGACGTTAGAGGTT;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=15;WE=124458824;WS=124458806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr3	124462808	rs13146	C	T	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=833;ReadPosRankSum=0.230;SC=AAGTTATTGGCAAACGAGGTT;SOR=0.612;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=63;WE=124462816;WS=124462798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,94:0.58:163
chr3	124485235	rs2291081	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr3	124487849	rs2291082	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=-1.320;SC=GGGTGGTGGCAGCACACTCAC;SOR=0.148;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=124487857;WS=124487839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr3	124515308	rs1803825	A	G	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=1077;ReadPosRankSum=-1.181;SC=AGATCTTGCCAAACTCGCTCT;SOR=0.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=72;WE=124515316;WS=124515298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,119:0.57:208
chr3	124515509	rs2291088	G	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=699;ReadPosRankSum=2.192;SC=TGCACCTGGCGCTGTTGGGTT;SOR=0.437;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=44;WE=124515517;WS=124515499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr3	124538764	rs12490538	C	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=0.332;SC=CAGTCAGCAGCCAGCATTTGC;SOR=0.094;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=24;WE=124538772;WS=124538754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr3	124605736	rs6438861	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.16;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	124629222	rs34208404	TA	T	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=5.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.545;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr3	124646594	rs4679392	A	G	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=-1.712;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr3	124646705	rs10630030	A	AAAG	3381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=30;PP=1673;SC=AGCTGTTGGGAAAGGTGTATT;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=33;WE=124646713;WS=124646695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	124646837	rs4679394	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=7.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=-1.427;SC=TTGGTTGGTGGCTGGAGGAAC;SOR=2.670;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=124646845;WS=124646827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr3	124653710	rs10934701	A	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	124692689	rs2270778	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=517;ReadPosRankSum=-1.048;SC=ATTCAGCATACGGGGACATTT;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=37;WE=124692697;WS=124692679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,63:0.65:97
chr3	124692785	rs2270779	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5065;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=1.705;SC=AGCTCAATTCCGTAAAGAAGT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=12;WE=124692793;WS=124692775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr3	124728472	rs6438868	C	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TTTTGGTTAGCAAGAAAAATA;SOR=0.446;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=124728480;WS=124728462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr3	124728626	rs6438869	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr3	124729193	rs6784454	T	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=498;SC=AAACAGTGTATTTGTCCACAT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=124729201;WS=124729183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	124729439	.	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=-1.336;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr3	124774779	rs200147885	A	AGGGCAGC	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=2;PP=115;SC=GCGCGGGGCGAGGGCAGCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=124774787;WS=124774769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	124811035	.	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.21;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr3	124811059	.	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.96;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr3	124826348	.	T	C	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=651;ReadPosRankSum=0.240;SC=CTCTGATTGGTTGCACAGCTC;SOR=0.723;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=38;WE=124826356;WS=124826338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,55:0.59:94
chr3	124837684	rs621383	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=10;PP=384;SC=AAGACGAAGATGATGTACAGA;SOR=0.829;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=124837692;WS=124837674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	124839470	rs863642	G	A	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.126;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1753;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CAGGGAGCCCGGGGGAATGCT;SOR=0.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=95;WE=124839478;WS=124839460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr3	124839587	rs368281490	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=-2.746;SC=CATCGCCTTCCCCAGGGCTGC;SOR=0.643;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=16;WE=124839595;WS=124839577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,34:0.32:106
chr3	124854425	rs702048	T	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	124854636	rs2981503	A	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=-2.363;SC=TCTGAAATAAAGCAATGGAGA;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=22;WE=124854644;WS=124854626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr3	124896861	rs545103	C	G	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=22;PP=735;SC=GGACAGAAAGCCATGGGCCCA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=124896869;WS=124896851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	124912207	rs13322132	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.950;NF=11;NR=10;PP=267;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GAGTGAGACCCTGTCTCAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=21;WE=124912221;WS=124912197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr3	124930408	rs686088	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	124951171	rs35950048	CT	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr3	124951821	rs1053738	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=326;ReadPosRankSum=1.191;SC=CATTCTCTGACGGGGTGACCT;SOR=0.794;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=28;WE=124951829;WS=124951811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,44:0.39:112
chr3	125032238	.	G	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=557;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GTCTCCTCATGGACCATGAGT;SOR=1.227;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=37;WE=125032246;WS=125032228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr3	125270985	rs10541213	GTATA	G	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.995;NF=7;NR=10;PP=601;ReadPosRankSum=-0.980;SC=ATGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=17;WE=125270998;WS=125270975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr3	125279122	rs12487030	A	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr3	125297715	rs2922184	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.135;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr3	125301711	rs2979382	C	G	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=505;ReadPosRankSum=0.966;SC=CCTATTCCTGCTCTCTTAGGA;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=34;WE=125301719;WS=125301701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr3	125726048	rs2279819	G	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=18;PP=599;SC=TCACTTCTGCGAGGTACAGCA;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=125726056;WS=125726038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	125734272	rs2279820	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=189;ReadPosRankSum=-0.801;SC=CTGCTGTTCCGGTCCAACCCA;SOR=1.241;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=14;WE=125734280;WS=125734262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr3	125734465	rs9862310	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=297;ReadPosRankSum=-0.720;SC=TACACTTACAGTGGCCCTGCA;SOR=0.484;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=30;WE=125734473;WS=125734455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr3	125741592	rs3817079	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=-0.148;SC=CCCCCCTCCACGGAGCCTTTG;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=8;WE=125741600;WS=125741582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr3	125741901	rs2270984	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr3	125741925	rs2270983	T	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr3	125745433	rs7646705	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=292;ReadPosRankSum=0.233;SC=GCTACTGCCTCCTTTCCCTTA;SOR=1.580;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=18;WE=125745441;WS=125745423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr3	125775228	rs7613944	T	C	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=20;PP=677;SC=CCAGGCCGGCTGTCATCATGC;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=125775236;WS=125775218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	125775428	rs6438964	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=1.966;SC=CCAGGAGCACGAAGTCAGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=15;WE=125775436;WS=125775418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr3	125786662	.	GA	G,GAA	424.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,16,11:0.57,0.39:28
chr3	125786695	rs4308225	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=251;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AGGACTGCCCGACAACCTTTA;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=18;WE=125786703;WS=125786685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr3	125786760	rs4308226	G	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=415;ReadPosRankSum=-0.686;SC=GCAGTGCCCCGCTCCCTGTCC;SOR=0.853;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=29;WE=125786768;WS=125786750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr3	125786879	rs4234270	T	C	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=32;PP=870;SC=ATGGACCAGGTGGTCTCCCTG;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=125786887;WS=125786869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	125824334	rs4646755	T	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=-2.303;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr3	125824334	.	TGG	GGC	134	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=134;QD=46.8669687156;SC=GCCTCCTGGCTGGAGTGTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=125824344;WS=125824324;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
chr3	125824336	.	G	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-2.625;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr3	125824382	rs10934744	C	A	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=4;PP=773;SC=CCAGCACGACCCCCCTCTGCA;SOR=2.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=125824390;WS=125824372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	125831572	rs4646744	GGC	G	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=202;ReadPosRankSum=0.924;SC=CCTCCAGCCAGGCGCTGCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=6;WE=125831581;WS=125831562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr3	125833380	.	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=0.501;SC=GTCCCTGCCCCCTCCAGGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=8;WE=125833388;WS=125833370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr3	125833515	.	G	A	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=665;ReadPosRankSum=-0.293;SC=AGGAACAGAGGGCTGGTGGGG;SOR=0.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=47;WE=125833523;WS=125833505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr3	125843400	rs3217578	A	AG	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GCAAGCTGGGAGAGTAGCTGC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=125843408;WS=125843390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	125844658	.	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.589;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr3	125844718	rs2278756	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=154;ReadPosRankSum=-1.283;SC=GGCAGCTCACGCCTGCTGTTT;SOR=1.907;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=12;WE=125844726;WS=125844708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr3	125848911	rs1868125	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=230;SC=CCTTACAACAATGCCTGGCAT;SOR=3.258;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=125848919;WS=125848901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	125848945	rs2365002	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=3;PP=270;SC=AAGAAGCACATGGATGGCTGT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=125848953;WS=125848935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	125849031	rs873696	C	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=13;PP=609;SC=TGGAAAGCACCGCGAGGCTGC;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=125849039;WS=125849021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	125849238	rs2002287	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=423;SC=AAGTCAAAGCGACCAGCTTAG;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=125849246;WS=125849228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	125850101	rs4646733	CA	TG	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=576;SC=AAACAGGTGTCATTCCAAGCC;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=125850110;WS=125850091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	125850169	rs3821451	T	C	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	125850193	rs3816366	A	G	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=19;PP=698;SC=GCCAGTCTGCATGTGCTCACA;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=125850201;WS=125850183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	125850381	rs2305228	A	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=497;SC=TGCCAACCTGACCAGGGTGAG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=125850389;WS=125850371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	125854311	rs3216713	TC	T	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=314;ReadPosRankSum=-1.252;SC=TCCACAGAAGTCCCCCCCGTG;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=18;WE=125854319;WS=125854301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,39:0.33:118
chr3	125854409	rs2276724	T	C	3420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=46;PP=1232;ReadPosRankSum=-1.749;SC=TCCCGCGCACTGATCTTCCCC;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=98;WE=125854417;WS=125854399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,168:0.59:287
chr3	125855599	rs2305229	G	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=433;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TGCTGGGCCTGCACTCACACT;SOR=0.478;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=30;WE=125855607;WS=125855589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr3	125856695	rs2305230	C	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=453;ReadPosRankSum=0.079;SC=CGTCCCCTCGCAGCTTCCTCA;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=30;WE=125856703;WS=125856685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr3	125856916	rs6799991	A	G	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=101;SC=CCCAGCACCGAGAGGTAGCCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=125856924;WS=125856906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	125865766	rs2886059	C	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.964;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=278;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CGCTGCCAAACACTCTGCAAA;SOR=0.277;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=21;WE=125865774;WS=125865756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr3	125874388	rs2276731	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=202;ReadPosRankSum=0.606;SC=CAATAGGACCCTGCCTCCTTC;SOR=0.340;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=15;WE=125874396;WS=125874378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr3	126133239	rs6775131	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-0.127;SC=TGTCACCACTCTTCTTGGGTC;SOR=0.941;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=126133247;WS=126133229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr3	126138072	.	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=2.170;SC=CTGGCCAAGGGAAGCCTAGCA;SOR=0.845;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=18;WE=126138080;WS=126138062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr3	126138778	rs2271630	T	C	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=13;PP=555;SC=TGCTGAAGCTTGGCTGCAGCT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=126138786;WS=126138768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	126142496	rs13064828	T	C	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=748;ReadPosRankSum=-0.041;SC=ATGTAGGTGCTATGCGGTGGC;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=42;WE=126142504;WS=126142486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,51:0.78:65
chr3	126151797	rs35133442	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=1.803;SC=CCCATGATCCTTCAGCCCTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=126151805;WS=126151794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	126157464	rs11444454	T	TG	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.747;NF=1;NR=14;PP=612;ReadPosRankSum=-1.402;SC=TGTTCTTTGATGAAAAATGAA;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=15;WE=126157472;WS=126157454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr3	126158622	rs1799404	A	C	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=266;ReadPosRankSum=-0.588;SC=AGTGCAGCAAAGGTCCTCGTC;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=24;WE=126158630;WS=126158612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr3	126160884	rs63288960	CATTA	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=1.166;SC=ACAGCCTTCCCATTAATTGTC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=126160895;WS=126160874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr3	126169091	rs777493	T	C	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=15;PP=747;SC=CAACCTTGGATGCGTAAGGGT;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=126169099;WS=126169081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	126169230	rs777494	C	T	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=40;PP=1702;SC=TAGAGATCCACGCACCCTCCC;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=126169238;WS=126169220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	126169472	rs777495	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=409;SC=CCTACCCGCATCTCCCTTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=126169480;WS=126169462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	126181071	rs6775965	A	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=1.282;SC=GATCTGAAAAAAAAAGGAATA;SOR=2.093;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=126181079;WS=126181061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	126185238	rs1687463	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr3	126185265	rs3830336	A	AT	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.003;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=263;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CCAGACCTGCATTTTGCACCC;SOR=1.562;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=9;WE=126185273;WS=126185255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr3	126189919	rs777499	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-1.175;SC=AACTCACCATAATTCTTTAAA;SOR=0.577;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=9;WE=126189927;WS=126189909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr3	126190946	rs200259670	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr3	126194076	rs812367	T	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=315;ReadPosRankSum=0.762;SC=AGCCCTCCAGTGGGCACTTGA;SOR=0.725;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=32;WE=126194084;WS=126194066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,45:0.35:128
chr3	126194357	rs7624748	G	C	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	126202147	rs79648980	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=675;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GACAGCAAACGTGGATGGGGA;SOR=0.848;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=47;WE=126202155;WS=126202137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,71:0.57:124
chr3	126202257	rs1687477	G	A	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=786;ReadPosRankSum=0.710;SC=CTCTCCCCTCGGCCTCCGGGG;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=61;WE=126202265;WS=126202247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,91:0.40:228
chr3	126207222	rs777483	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=0.543;SC=CTGCTAGGCCAGAAGGATGGG;SOR=0.086;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=126207230;WS=126207212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr3	126208249	rs777479	A	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=-1.014;SC=GCTGTCAGCCAACAGTGTCCA;SOR=0.399;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=10;WE=126208257;WS=126208239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr3	126211479	rs2307882	C	CCTCT	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=227;ReadPosRankSum=-0.225;SC=AGCCTGAGCGCCTAACAAGGT;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=126211487;WS=126211469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	126215130	rs6797423	G	A	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=25;PP=610;SC=AGCAGTGCCAGTGGCCCCATG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=126215138;WS=126215120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	126216829	rs13098666	T	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=253;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TAGAAGCTTGTCTCTATGGAG;SOR=0.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=15;WE=126216837;WS=126216819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr3	126218159	rs6771670	T	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=195;ReadPosRankSum=-0.642;SC=ACACTAGATGTGGCAGCCGCC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=18;WE=126218167;WS=126218149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr3	126218769	rs35907154	T	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=0;PP=390;SC=AGAGGCACAGTGAAGCCTCGG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=126218777;WS=126218765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr3	126218812	.	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=-1.340;SC=TGGCACCTCCGAGTGAGGTGG;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=14;WE=126218820;WS=126218802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr3	126219030	rs13072404	T	C	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=43;PP=1146;SC=ACCACCGCTGTGAGGCCCTGG;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=126219038;WS=126219020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	126219086	rs13092625	A	G	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=37;PP=1044;SC=CATGCTCCCCACCAACTTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=126219094;WS=126219076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	126219117	rs13092793	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=456;ReadPosRankSum=-1.790;SC=CTGGACTGCTCCTGCTCCTCG;SOR=1.317;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=27;WE=126219125;WS=126219107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr3	126219627	rs34025926	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=-1.009;SC=GGTAGTAGCCGCCATTGAACG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=34;WE=126219635;WS=126219617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,47:0.33:143
chr3	126219750	rs201018413	A	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=535;ReadPosRankSum=-1.455;SC=AGTGCAAGCCACACACAGCCT;SOR=0.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=7;WE=126219771;WS=126219740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr3	126219752	rs139417364	ACACAGCCTGGGC	A	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=2236;ReadPosRankSum=-1.489;SC=TGCAAGCCACACACAGCCTGG;SOR=0.293;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=126219771;WS=126219740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	126219973	rs1177565	T	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=11;PP=794;SC=CTTTGTGTCCTGGCAGCTCCT;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=126219981;WS=126219963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	126220539	rs9844797	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	126220845	rs7643584	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=17;PP=479;SC=TCCTCAGCTCGGGGGTTGCGG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=126220853;WS=126220835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	126226518	rs9784244	C	T	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	126227185	rs16837531	G	A	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=8;PP=453;SC=CTGTGGGTTTGTAAGCTCCTA;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=126227193;WS=126227175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	126227403	.	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GCCCCCATCCCCTGGGGGCCC;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=10;WE=126227411;WS=126227393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr3	126228410	rs729456	G	A	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	126236348	rs1687480	T	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	126255088	rs374394795	C	T	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=550;ReadPosRankSum=1.065;SC=GATATGGTGGCGACATCTCTC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=42;WE=126255096;WS=126255078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr3	126268953	rs869464	T	G	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=533;SC=ACGCCTGGCCTTCAGGACCCC;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=126268961;WS=126268943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	126270757	rs13071443	G	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=610;SC=TAACATGAACGTCTGCATGCA;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=126270765;WS=126270747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	126328101	rs9856833	A	G	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	126329910	rs777241	A	G	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=19;PP=624;SC=TTATCTTTGCATAACAAGTGT;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=126329918;WS=126329900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	126340553	rs3732534	G	A	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=695;SC=ATCTTGATCAGGACATTATCT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=126340561;WS=126340543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	126365127	rs11453652	C	CT	918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=739;SC=GTGAGTTAAACAAAGTGTTAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=126365135;WS=126365117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	126373994	rs3108755	A	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=22;PP=907;SC=CCGCCCCCCAACACCGCCCCG;SOR=1.436;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=126374002;WS=126373984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	126633419	rs2303994	C	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	126676545	rs56031528	C	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=742;SC=AGGGATTCTTCGCTTTCCTCA;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=44;WE=126676553;WS=126676535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	126708453	rs6773789	T	C	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=77;PP=2228;SC=TGCTGTTCACTGTGTTCGCCC;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=56;TCR=77;TR=132;WE=126708461;WS=126708443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	126724151	rs73196539	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=451;SC=TCCAGTTGCCGCCTGTTTAGC;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=126724159;WS=126724141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	126733053	rs11719489	C	T	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=66;PP=2276;SC=CGGCCCTGCGCGAGAGCTGCG;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=116;WE=126733061;WS=126733043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	126739291	rs6439030	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=20;PP=456;SC=GCAGCCTGTGTGGCCTGGGGG;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=126739299;WS=126739281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	126746690	rs9851451	A	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	126746731	rs9833827	T	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=30;PP=1192;SC=AGGGGCAGGTTGGGGGTAGGC;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=51;WE=126746739;WS=126746721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	126748318	rs199503214	G	A	2774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=945;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TGGTGCCCAAGCAGACGTCCG;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=117;TCR=104;TR=81;WE=126748326;WS=126748308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,160:0.37:429
chr3	126748688	rs112797556	A	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=2;PP=438;SC=GTGCCAGCCAACGCGGGCGCT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=126748696;WS=126748678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	126751478	rs9840115	C	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	126751689	rs6439031	G	A	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=45;PP=1265;SC=GGTGAACACCGTGGGAGCCCA;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=74;WE=126751697;WS=126751679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	126752969	rs7621885	C	A	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=4;PP=77;SC=CGGGCCGCCGCAGTGCAGCGA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=126752977;WS=126752959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	126880488	rs7625800	T	C	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=9;PP=1259;SC=CCTGCCCCTCTCTCTGCCTGG;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=55;WE=126880496;WS=126880478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	127105975	rs35530528	TA	T,TAA	607.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,42,17:0.64,0.26:66
chr3	127106144	rs9856643	C	A	3943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.089;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,215:0.63:343
chr3	127106259	rs9856935	C	T	7924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=92;PP=2917;ReadPosRankSum=-0.906;SC=CAGTGTCATCCCCCACCAGTG;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=152;TCR=146;TR=185;WE=127106267;WS=127106249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,383:0.72:534
chr3	127294006	.	G	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr3	127323830	rs893293	C	T	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=29;PP=1222;SC=AGGAGATGATCGAGAGCATCG;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=127323838;WS=127323820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	127334598	rs17497118	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.982;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr3	127336934	rs782427	A	G	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=57;PP=1874;SC=GGTATAGCTCACATGTGCCCG;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=105;WE=127336942;WS=127336924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	127337742	rs17497159	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=-0.178;SC=CTGGCACATGGTCAGTGTAGT;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=16;WE=127337750;WS=127337732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr3	127387488	rs72967673	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.647;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr3	127391018	rs813633	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=1;PP=227;SC=GTGCCGCGGGAACCCCCTGGG;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=127391026;WS=127391008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	127391378	rs1056235	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=0.430;SC=GGTGGACCCCGAAACGGACGG;SOR=0.490;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=127391386;WS=127391368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr3	127394820	rs35703629	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=2.505;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr3	127396220	rs1658037	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=20;PP=731;SC=CCTTGTGTGGTCCTGGACCAG;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=127396228;WS=127396210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	127434580	rs627498	G	A	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=22;PP=1019;SC=GGCAGGTCCCGCACCCAGATG;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=127434588;WS=127434570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	127434856	rs477554	C	T	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=614;SC=TGAGACCCCCCGCACCTGCCC;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=127434864;WS=127434846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	127439855	.	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=794;ReadPosRankSum=1.178;SC=CCATGTCCCGGGGAACCTGTA;SOR=1.232;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=53;WE=127439863;WS=127439845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr3	127641968	rs4141499	C	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=380;SC=GAATAAAATTCAGAACATGAA;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=127641976;WS=127641958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	127642814	rs61268888	G	C	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=626;ReadPosRankSum=2.504;SC=TTATGATCCTGTATCACGGAA;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=43;WE=127642822;WS=127642804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,57:0.37:153
chr3	127774722	rs6802633	AA	GC	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AAGAATGTTAAAGTGCTGTGT;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=127774731;WS=127774712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr3	127775480	rs9827668	G	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=327;ReadPosRankSum=0.844;SC=CAAATTTTGCGTATTCATTTT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=22;WE=127775488;WS=127775470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr3	127775499	rs9827421	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=316;ReadPosRankSum=1.647;SC=TTTAAAATAACGTACTACGTT;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=26;WE=127775507;WS=127775489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr3	127775788	rs9847934	T	A	265.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.096;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.915;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr3	127779220	rs9848345	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=289;ReadPosRankSum=0.042;SC=CTTTACTGACCGCTCTCTGGG;SOR=0.395;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=17;WE=127779228;WS=127779210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr3	127779306	rs2304018	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=271;ReadPosRankSum=-0.429;SC=AACCATGTCCGTGGGGAGCAG;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=19;WE=127779314;WS=127779296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr3	127783698	rs1044843	A	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=-1.931;SC=TCCTTCATATATGTCTCCTCC;SOR=0.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=9;WE=127783706;WS=127783688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr3	127784118	rs13070488	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=2.531;SC=AATCATGTTCTTCTGGGTTGG;SOR=0.468;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=21;WE=127784126;WS=127784108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr3	127786551	rs9858267	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=359;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GGTCTGTGACGTGTGCAGATA;SOR=0.544;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=21;WE=127786559;WS=127786541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr3	127786675	rs2276867	T	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=179;ReadPosRankSum=0.605;SC=GTTAGACTTTTTCATATGACT;SOR=0.892;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=9;WE=127786683;WS=127786665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	127799983	rs1057220	A	C	144.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=2.200;SC=AGCGCTGCAGACCACGCCTGA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=7;WE=127799991;WS=127799973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	127800071	rs1057156	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=1.541;SC=GGAGTCTCTTACTGCTGAAAA;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=16;WE=127800079;WS=127800061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr3	127831674	rs192708772	GG	AA	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr3	127983495	rs2811544	T	C	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=27;PP=1204;SC=CAACGAGAGATCCCTCGGGAC;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=127983503;WS=127983485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	128181471	rs36034445	G	A	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=859;ReadPosRankSum=0.207;SC=CCACCTCCACGCGCTCCTGCC;SOR=0.676;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=61;WE=128181479;WS=128181461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,83:0.55:151
chr3	128181777	rs2659690	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.769;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=522;ReadPosRankSum=-1.406;SC=CCAGGCCACCAAAAAACTCCC;SOR=0.859;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=39;WE=128181785;WS=128181767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,56:0.36:154
chr3	128181857	.	C	T	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=841;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GTGCTGGCCCCGCCACCAGCC;SOR=0.863;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=55;WE=128181865;WS=128181847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,79:0.37:215
chr3	128200806	rs11708606	G	A	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-1.940;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr3	128202943	rs55914222	G	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr3	128205860	rs1573858	G	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=438;SC=GCGGCTGCTCGGGCGCCACCT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=128205868;WS=128205850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	128292060	rs2734045	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.49;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	128292062	rs200346912	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr3	128292213	rs2734046	A	G	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=33;PP=1313;SC=GCTGGAAACCAGAGCTTGATG;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=76;WE=128292221;WS=128292203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	128292318	rs147519916	ATC	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,17:0.11:159
chr3	128344786	rs1126828	G	A	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=19;PP=605;SC=GGCCAAATGTGTCCAGATAGG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=38;WE=128344794;WS=128344776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	128348735	rs11453536	G	GA	303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=99;SC=ATAATTGAAAGAAAAAAATTC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=128348743;WS=128348725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	128356852	rs1697	C	T	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=18;PP=739;SC=GGGTTGGATACGGATGAAGCA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=128356860;WS=128356842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	128363332	rs2811497	C	T	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=74;SC=ACTAAAAATACATACATATAC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=128363340;WS=128363322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	128363638	rs146448705	C	CA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.125;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr3	128514061	rs73198858	T	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr3	128525253	rs4548	C	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=570;ReadPosRankSum=1.244;SC=TCCAGTCTCTCGGTGTGGCCT;SOR=0.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=33;WE=128525261;WS=128525243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,51:0.77:66
chr3	128532432	rs146444984	ACACACACACACACG	A	1523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=2989;ReadPosRankSum=-0.421;SC=TATCTCTCACACACACACACA;SOR=0.806;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=42;WE=128532453;WS=128532420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr3	128580574	rs789248	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.740;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.486;NF=10;NR=3;PP=503;ReadPosRankSum=1.096;SC=CAGTTACCTGTGGCACCTCCA;SOR=1.256;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=13;WE=128580593;WS=128580564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr3	128580585	rs789247	C	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.458;NF=11;NR=4;PP=503;ReadPosRankSum=0.531;SC=GGCACCTCCACGGCAGAAATG;SOR=1.246;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=15;WE=128580593;WS=128580564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr3	128580705	.	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.830;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,39:0.25:156
chr3	128584270	rs9842450	T	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.76;MQRankSum=-0.183;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr3	128612659	rs1680780	G	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=397;SC=AAGTGTTCTCGGGTCCTGTGC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=128612667;WS=128612649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	128614004	rs143463639	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr3	128614075	rs11379527	G	GA	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.510;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.82;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr3	128614133	rs1683791	C	T	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=15;PP=562;SC=CTGTGATTGACGCTGGTCCAT;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=128614141;WS=128614123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	128614185	rs1680778	A	C	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=24;PP=732;SC=CATGTACTCAAGACTAGGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=128614193;WS=128614175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	128616325	rs1683804	C	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=13;PP=696;SC=AGACATCCTGCAGCTTGGAAA;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=128616333;WS=128616315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	128616359	rs789213	C	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=215;ReadPosRankSum=0.290;SC=TCTGACCCTTCATTTTAAAAG;SOR=0.841;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=21;WE=128616367;WS=128616349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,29:0.30:96
chr3	128617426	rs73210606	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=2.233;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr3	128618366	.	GGTGTGTGTGTGT	G	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=1140;ReadPosRankSum=0.489;SC=GGCCTTTGACGGTGTGTGTGT;SOR=1.447;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=128618385;WS=128618356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr3	128622760	rs1683776	G	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr3	128624880	rs1683777	T	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=678;SC=CCCAAGCCCGTGTGCCTCCCA;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=128624888;WS=128624870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	128626952	rs1683786	T	C	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	128627021	rs1683787	A	G	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=45;PP=1819;SC=TACACTACTGACCACAGGGAA;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=93;WE=128627029;WS=128627011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	128627244	rs115864277	C	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=4.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=0.093;SC=TGGAGGGGACCTTCCCCTGTG;SOR=2.833;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=128627252;WS=128627234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr3	128627753	rs876754	T	C	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=10;PP=712;SC=GAATGGGCCATGTTGCTGGAC;SOR=1.418;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=39;WE=128627761;WS=128627743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	128627933	rs876755	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=481;ReadPosRankSum=1.645;SC=TTGTGCACCCCAGTCTTGCGG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=44;WE=128627941;WS=128627923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,70:0.45:154
chr3	128628813	rs115174494	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=151;ReadPosRankSum=0.885;SC=GGGACCATGTGGGGGACTGGT;SOR=0.839;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=15;WE=128628821;WS=128628803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr3	128629328	rs142397837	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	128629505	rs3830293	C	CTGAT	1122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=574;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CCCAGTTTGGCTGATAGGCTG;SOR=0.934;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=11;WE=128629513;WS=128629495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr3	128631672	rs146518015	GGA	G	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=234;ReadPosRankSum=-1.653;SC=GAACTGAGCCGGAGAGAGAGA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=128631681;WS=128631662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr3	128653952	rs883602	A	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=477;SC=ACCACATGCGAGCTGCCACTG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=128653960;WS=128653942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	128720487	rs1871951	A	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=3;PP=241;SC=GCCGGTCAGCACGGGCGCGGA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=128720495;WS=128720477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	128853622	rs7646403	C	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=11;PP=699;SC=TTTCAAAGGACACAACAGAAA;SOR=1.556;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=36;WE=128853630;WS=128853612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	128859202	rs10664499	C	CTTAG	3201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=17;PP=2110;SC=CTGTCACAAACTTACTTACGT;SOR=1.445;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=36;WE=128859210;WS=128859192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	128864520	rs9842978	C	G	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=13;PP=654;SC=CTGTATCAAGCGACTACTATG;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=128864528;WS=128864510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	128864540	rs9880527	A	G	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	128877521	rs4452346	C	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=472;SC=CATTCATATACAAATATTGTA;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=128877529;WS=128877511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	128879986	.	G	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=792;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GGGAGTACCGGAAGTGCCCAG;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=46;WE=128879994;WS=128879976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr3	128890350	rs4303883	G	A	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	128990773	.	C	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=697;ReadPosRankSum=0.749;SC=TGGGCTGAGGCCCTGCTGGGG;SOR=0.680;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=48;WE=128990781;WS=128990763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,69:0.70:98
chr3	129020778	rs6765930	A	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=400;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CCATTGTCTTAACTTCCCTGG;SOR=1.164;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=24;WE=129020786;WS=129020768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr3	129100288	rs62266952	A	G	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=36;PP=973;SC=GAAGGTAAGCATCTAGCCAGC;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=129100296;WS=129100278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	129147418	rs3796391	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=299;ReadPosRankSum=0.657;SC=CGGGGTATCAGATAAACCGTA;SOR=0.541;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=20;WE=129147426;WS=129147408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr3	129151988	.	G	A	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=620;ReadPosRankSum=2.385;SC=GAGACCAAGAGGTTTAAGAAG;SOR=0.994;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=40;WE=129151996;WS=129151978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,73:0.53:138
chr3	129152144	rs140695	T	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	129183644	.	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr3	129185661	rs6805886	C	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	129226755	rs115113244	T	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=123;ReadPosRankSum=-1.462;SC=GAAGAAAAAGTTTGAGTTTCT;SOR=0.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=12;WE=129226763;WS=129226745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr3	129234289	rs190591240	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.06;MQRankSum=-0.141;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.631;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr3	129237828	.	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr3	129247891	.	C	T	4062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=52;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.487;SC=ACTTCGTCTTCGGGCCCACAG;SOR=0.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=100;WE=129247899;WS=129247881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,194:0.63:306
chr3	129251091	.	C	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.556;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=6.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,48:0.37:131
chr3	129262268	.	C	CCACCCAGCACT	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.943;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.120;NF=2;NR=7;PP=2985;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TACCCAGCACCCACCCAGCAC;SOR=0.269;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=9;WE=129262276;WS=129262258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr3	129266220	rs184960891	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=12.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.985;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr3	129275551	rs143824934	TGGGGAG	T	1210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=758;ReadPosRankSum=-0.313;SC=GGAGGCAGGATGGGGAGGAGG;SOR=0.756;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=15;WE=129275564;WS=129275541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr3	129279597	rs2713627	C	T	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	129280614	.	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.155;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr3	129281866	rs2713626	G	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;ReadPosRankSum=0.044;SC=AGGCCCTGCAGAGGAAGGCTG;SOR=0.593;Source=Platypus;TCF=19;WE=129281874;WS=129281856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr3	129281980	rs2713625	C	T	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=16;PP=631;SC=CCACTCCTCACTGAGTGTGTA;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=38;WE=129281988;WS=129281970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	129282137	rs2713624	T	C	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.17;ReadPosRankSum=1.816;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr3	129282137	.	TG	CA	555	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=12;PP=555;QD=33.8037708257;SC=CCAGCCCCCATGCTTTGGGCC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=18;WE=129282146;WS=129282127;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,18:0.51:35
chr3	129282138	rs2713623	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.57;ReadPosRankSum=2.086;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr3	129284415	rs2625972	G	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=1.018;SC=ACTGCACCTTGAGGCCCTAGG;SOR=1.431;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=13;WE=129284423;WS=129284405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr3	129284637	rs2245469	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=0.727;SC=GGGGGTGTCAAGAGCCCCAGA;SOR=0.207;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=9;WE=129284645;WS=129284627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr3	129284818	rs2625973	A	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GAGGAGAACAAGCTAATTCCC;SOR=0.760;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=14;WE=129284826;WS=129284808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr3	129286413	rs2245285	G	C	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.127;SC=GCTCCTTGGTGAGATCTGTCA;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=63;WE=129286421;WS=129286403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,90:0.65:138
chr3	129286531	rs2245281	C	A	2863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.863;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=47;PP=1448;ReadPosRankSum=0.223;SC=GCAGGGTCCCCGCCCACTACC;SOR=0.784;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=82;WE=129286539;WS=129286521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,128:0.71:180
chr3	129286635	rs2245278	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=687;ReadPosRankSum=-2.402;SC=TCTTGGTACAGAAGACGAACA;SOR=0.977;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=41;WE=129286643;WS=129286625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,73:0.59:124
chr3	129289831	rs2244962	A	G	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=794;ReadPosRankSum=0.754;SC=CGAGGCCCACAGCTGAGGCTG;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=52;WE=129289839;WS=129289821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,67:0.51:132
chr3	129290187	rs2285367	T	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=0.923;SC=GGATGCAGGATGGACAGATGG;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=13;WE=129290195;WS=129290177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr3	129291751	rs2244708	T	C	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=474;ReadPosRankSum=0.396;SC=CACCTGAGAGTGGTCCTGGGG;SOR=0.710;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=38;WE=129291759;WS=129291741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,80:0.68:118
chr3	129293183	rs2625962	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=549;SC=GCTTACCGCGTGGATCTCGGG;SOR=1.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=129293191;WS=129293173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	129293256	rs2255703	T	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=464;ReadPosRankSum=0.760;SC=TCACTCCACATGCACAGGTGA;SOR=0.906;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=32;WE=129293264;WS=129293246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr3	129294456	rs2255508	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=335;ReadPosRankSum=-0.351;SC=GCCTGGGGCTCTGCTGGGGAT;SOR=0.869;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=22;WE=129294464;WS=129294446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr3	129297223	rs1110168	C	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-2.044;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr3	129303197	rs2811463	T	C	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=30;PP=1026;SC=TCTGCCCCTCTGGGGCTGTGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=129303205;WS=129303187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	129308096	rs13079843	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	129324193	rs7619850	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=334;SC=GCTTGCGCTCACAGGCCGGTC;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=129324201;WS=129324183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	129325447	.	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	129546729	rs784689	T	C	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=42;PP=1981;SC=ATAGCAGAGCTGGTAGGTGCA;SOR=1.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=112;WE=129546737;WS=129546719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	129694934	rs784705	C	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=453;SC=GGAAACCTGCCGGCAAAGGGG;SOR=1.220;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=23;WE=129694942;WS=129694924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	129695538	rs784704	C	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=9;PP=1004;SC=CTTTCCTTCCCCAGCGTCCCA;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=129695546;WS=129695528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	129695954	rs5662	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.61;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	129696041	rs5663	A	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	129811073	rs13066399	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.863;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr3	130107480	.	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=0.837;SC=TGGAGTATAGGAAATGAAAAT;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=130107488;WS=130107470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	130108072	.	T	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=1.374;SC=GACCTCCACCTGGACTTCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=12;WE=130108080;WS=130108062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr3	130114133	.	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.58;ReadPosRankSum=-2.216;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr3	130114133	.	GG	AA	466	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=7;PP=466;QD=39.9590672971;SC=AAACCCTGAAGGACCTTGGAA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=13;WE=130114142;WS=130114123;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,13:0.45:29
chr3	130114134	.	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.75;ReadPosRankSum=-2.077;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr3	130114408	rs5852594	AC	A	1030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=19;PP=775;SC=TATATTTAGAACCATATATTT;SOR=2.303;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=130114416;WS=130114398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	130116696	rs12488457	A	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=465;ReadPosRankSum=0.003;SC=CAGTGGGCCAACTCATCTGAA;SOR=0.904;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=40;WE=130116704;WS=130116686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,51:0.40:129
chr3	130120890	.	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	130122409	rs5852595	TG	T	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=2.130;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr3	130122552	rs148970927	TACACAC	T	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=226;ReadPosRankSum=0.500;SC=ACACACACTGTACACACACAC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=130122567;WS=130122542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	130124270	rs1497313	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=107;ReadPosRankSum=1.394;SC=AAAAACAGACATAAATGAGTG;SOR=0.041;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=11;WE=130124278;WS=130124260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr3	130124491	rs10934940	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.402;SC=GTCCAGGGGCGTGGGGTCAGA;SOR=0.467;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=11;WE=130124499;WS=130124481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr3	130124916	rs184893880	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=388;ReadPosRankSum=-0.476;SC=ATTAGTTTCCGAATAAGCGTG;SOR=0.825;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=28;WE=130124924;WS=130124906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr3	130124989	rs4688761	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=405;ReadPosRankSum=0.077;SC=GTCATGGAGACGATGGGATTG;SOR=0.604;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=33;WE=130124997;WS=130124979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr3	130125116	rs1497312	G	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TTTTAGGGCTGTCATGGATTT;SOR=1.048;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=8;WE=130125124;WS=130125106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr3	130132302	rs11717623	T	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr3	130132302	.	TAG	AAT	431	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7;NR=7;PP=431;QD=34.6048482044;SC=TACTTATGTCTAGCAGAGAAT;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=14;WE=130132312;WS=130132292;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:42,14:0.25:56
chr3	130132304	rs11713542	G	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr3	130132509	rs2219026	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	130132851	rs10512767	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=112;ReadPosRankSum=-0.978;SC=ATAGTATGAAAAGAAAATCTA;SOR=0.633;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=10;WE=130132859;WS=130132841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
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chr3	130134526	.	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr3	130134563	rs7628563	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=0.758;SC=TGAGTGACTCGGAGACATTAG;SOR=0.946;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=11;WE=130134571;WS=130134553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr3	130135456	rs6439233	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=2.174;SC=TGCCATCTGCTTCTCTCCTCC;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=11;WE=130135464;WS=130135446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr3	130135575	rs4688798	A	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr3	130137866	rs13062453	G	A	71.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	130139884	rs12636289	C	T	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	130141427	rs976324	G	T	57.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AGGAAAAGATGACATTTAATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=130141435;WS=130141417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	130141452	rs976325	A	G	133.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ATTGGCCTTCATTAATGTATG;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=130141460;WS=130141442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr3	130142584	rs2896545	A	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=3.332;HP=5;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=0.319;SC=CTATCTTTTTAAAATTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=130142595;WS=130142574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	130142843	rs976558	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=1.221;SC=GATTTAAGTCCAGATTCTGCT;SOR=1.508;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=130142851;WS=130142833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	130144984	rs1874599	G	C	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=167;SC=TTTTTGTTTTGTCTTGTTTTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=130144992;WS=130144974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	130145175	rs9859372	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-1.513;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr3	130148510	rs9875499	C	T	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,106:0.58:182
chr3	130150769	.	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=760;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CTTTTGATGAGAGAGTTTTCC;SOR=0.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=48;WE=130150777;WS=130150759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,74:0.70:106
chr3	130150886	.	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=0.316;SC=CAAGAAATATATGTGGCCTCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=9;WE=130150894;WS=130150876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr3	130158343	rs2403340	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=-0.706;SC=AGCAAACATGCGTTCACTTCT;SOR=1.147;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=20;WE=130158351;WS=130158333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr3	130162395	rs9883988	A	G	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=30;PP=927;SC=GAGAATATTCAAAATGATGGT;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=49;WE=130162403;WS=130162385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	130174334	rs819085	G	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=317;SC=TTTTTGGGAGGTAATGGCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=130174342;WS=130174324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	130187817	rs322113	T	C	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=32;PP=1607;SC=ACTTTCACATTGCCCCCACTC;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=88;WE=130187825;WS=130187807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	130190630	rs322117	G	A	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=9;PP=540;SC=AATCATAGTAGTGGTTCTGAG;SOR=1.077;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=130190638;WS=130190620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	130190720	rs11355796	AT	A	1604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=744;SC=GAAAAAGCACATTTAGAAGAA;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=19;WE=130190728;WS=130190710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	130190777	rs322118	G	A	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=17;PP=540;SC=GAAGGTAATCGTGAGTACCAT;SOR=0.952;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=130190785;WS=130190767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	130282567	rs78652791	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=1.115;SC=AATTAAAATGGGGAGAGGATT;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14;WE=130282575;WS=130282557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr3	130284284	rs9830253	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=366;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CATAGAGGGCGCCAGCGACAC;SOR=0.874;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=39;WE=130284292;WS=130284274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,64:0.33:195
chr3	130284554	.	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=0.191;SC=GGAAGATGTGGATGGGAAGGA;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=130284562;WS=130284544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr3	130289617	rs10934949	T	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=19;PP=1465;SC=TCCCATGCTGTCCAAAGCTAA;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=66;WE=130289625;WS=130289607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	130300650	rs6439249	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=-0.880;SC=ACTGAATAGCTTGAAGGATAT;SOR=0.532;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=25;WE=130300658;WS=130300640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr3	130308702	rs4515022	A	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	130311398	rs73868925	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr3	130313017	rs1467015	T	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	130317341	rs4336088	G	A	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=25;PP=642;SC=TTGGTAGAATGTGAAATGCTT;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=130317349;WS=130317331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	130353434	.	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=-2.979;SC=TCCATTACAGGGACAAGAAGG;SOR=1.121;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=23;WE=130353442;WS=130353424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr3	130361856	rs16830494	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=1.356;SC=CAGTATGTGCGAGACCGCAGT;SOR=0.589;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=11;WE=130361864;WS=130361846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr3	130361930	rs10934950	AC	CT	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=176;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAGCAGAGAAACCTACACTCA;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=6;WE=130361939;WS=130361920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr3	130367860	rs10695462	C	CT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr3	130368069	rs7614116	A	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=333;ReadPosRankSum=0.401;SC=GTGGGAGCGCACATCGCCATC;SOR=0.913;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=24;WE=130368077;WS=130368059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,37:0.34:109
chr3	130368301	rs7636656	G	A	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=634;ReadPosRankSum=0.519;SC=GTCAGTCCGCGGATGCCCACT;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=49;WE=130368309;WS=130368291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,71:0.39:180
chr3	130381012	.	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=631;ReadPosRankSum=-0.428;SC=TTTTCCCTTGGCCCTATTTGG;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=47;WE=130381020;WS=130381002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,59:0.49:121
chr3	130384139	.	C	CT	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=30;QD=10.5;SC=AAACAAATTGCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=4;WE=130384147;WS=130384129;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr3	130447530	rs5852606	T	TA	40.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=2.369;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	130452798	.	C	T	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=475;ReadPosRankSum=-1.332;SC=TGCCCAAATCCTTCCGTATAA;SOR=0.710;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=41;WE=130452806;WS=130452788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,88:0.40:218
chr3	130569525	.	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.64;ReadPosRankSum=1.714;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr3	130569557	rs1316658	T	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr3	130651096	rs2685178	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	130653386	rs34266677	G	GT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.843;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	130660392	.	AT	A	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.312;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
chr3	130674022	rs218494	A	G	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=44;SC=ATTGAGAGCAATATTTTATTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=130674030;WS=130674012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	130688246	.	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr3	130716707	rs116087687	T	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=149;SC=GGGAGCTCTTTTAGTGAAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=130716715;WS=130716697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	130734061	rs7641006	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.706;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr3	130734887	rs34645149	G	GT	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr3	130743812	rs35558913	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=541;ReadPosRankSum=-0.092;SC=AGGGACATACGTACCCACTCC;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=42;WE=130743820;WS=130743802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr3	130748733	rs9864242	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=309;ReadPosRankSum=-2.297;SC=GTAAGTAAAAATGCTTCCTAT;SOR=1.002;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=24;WE=130748741;WS=130748723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr3	130828790	rs9850655	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-1.498;SC=TACTGGGGGAGCATGATATAT;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=9;WE=130828798;WS=130828780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr3	130851101	rs4974466	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GTTCTTTATAATTCCATAAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=130851109;WS=130851091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	130852185	rs2674613	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr3	130852901	.	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=464;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CACTTTATCCCTTTGACATGA;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=28;WE=130852909;WS=130852891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr3	130873723	rs1400013	T	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-1.240;SC=AAGCTACATGTAATTTTACAT;SOR=0.709;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=10;WE=130873731;WS=130873713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr3	130881409	rs1913898	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr3	130947273	rs3737999	A	G	169.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AGCTTTGTCAACGCAAGCAAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=130947281;WS=130947267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr3	130962492	rs1469386	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CTGACCCAAAAGCCAGGAAAC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=130962500;WS=130962482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr3	130992114	rs16836261	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	130992385	rs16836266	T	C	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=445;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TTCAACAGTGTGATGGCCAGG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=38;WE=130992393;WS=130992375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,58:0.73:80
chr3	131102053	rs11549806	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GGGATGGTGTAGGAGGCCTGC;SOR=0.486;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=7;WE=131102061;WS=131102043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr3	131188377	rs3830301	TAC	T	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.34;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr3	131261662	rs10716194	TG	T	1640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=26;PP=646;SC=CCCATGATGATGGGGGGGGGT;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=131261670;WS=131261652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	131271118	.	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=176;ReadPosRankSum=0.807;SC=GCTCTGTTATCATGGCTTTCT;SOR=0.435;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=15;WE=131271126;WS=131271108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr3	131388589	.	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=140;ReadPosRankSum=0.753;SC=CCAGGCTGGGCTTAAGTTATT;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=16;WE=131388597;WS=131388579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,20:0.23:88
chr3	131404572	rs6439314	A	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=14;PP=894;SC=TTGCAGTGAGACGAGACTGCG;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=131404580;WS=131404562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	131404625	rs113276957	A	AAC	1045.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=876;ReadPosRankSum=0.187;SC=ACTCCACCTCAACACACACAC;SOR=0.450;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=24;WE=131404634;WS=131404615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr3	131404826	rs11716477	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=0.098;SC=ACGTCAATGAATTGTTTTTCC;SOR=1.230;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=17;WE=131404834;WS=131404816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr3	131415307	rs11707675	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=192;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AAGGGAAAAATAGTTGCAGGG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=12;WE=131415315;WS=131415297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr3	131418719	rs75841703	C	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr3	131418898	.	CTTT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	131756241	rs2141570	T	C	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=14;PP=1132;SC=AGAATTTACTTCCACCTCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=131756249;WS=131756231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	131756546	rs2178384	G	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=27;PP=679;SC=AGATTCACTCGCCGGGTTTCT;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=131756554;WS=131756536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	132063914	rs972774	A	T	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	132063977	rs972773	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=0.454;SC=TTCCCTCCACTAATCAACTGT;SOR=0.582;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=6;WE=132063985;WS=132063967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr3	132068831	rs2228402	C	T	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	132068876	rs2290542	G	A	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=17;PP=664;SC=TTTAACATATGTTTGTTCAAG;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=132068884;WS=132068866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	132068925	rs2290541	A	T	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.188;HP=7;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=550;ReadPosRankSum=2.332;SC=ATCTTTTTTTAATCTTCATTT;SOR=0.416;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=30;WE=132068933;WS=132068915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr3	132069028	rs3217658	CAAG	C	677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=497;SC=TCTAAACTAACAAGAAGACAA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=132069038;WS=132069018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	132071452	rs17242113	G	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=0.271;SC=AAGTCATTGTGGGCGTATGGG;SOR=0.056;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=132071460;WS=132071442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	132075554	rs3181784	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr3	132075707	rs2071505	A	G	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=769;ReadPosRankSum=0.615;SC=AAGGTACTGAAGACAGTACAG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=132075715;WS=132075697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr3	132075743	rs7625966	G	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr3	132075746	rs1042330	G	A	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.17;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	132075759	rs73215937	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr3	132153228	.	C	CA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.316;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr3	132166266	rs11917172	T	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.480;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr3	132173004	.	AT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr3	132182443	rs11328911	TG	T	659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.754;NF=6;NR=6;PP=405;ReadPosRankSum=0.648;SC=ACATACTGAATGTTTTTTTCA;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=12;WE=132182451;WS=132182433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr3	132192129	rs9829140	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.215;SC=ATGAGAGGCATCATGACACGT;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=8;WE=132192137;WS=132192119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr3	132196816	rs2369796	A	T	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=636;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TTTTTTTTTTAAAATCTAGGT;SOR=0.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=34;WE=132196824;WS=132196795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr3	132218196	rs2088712	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=666;SC=CCAGTTTACACACATTATATG;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=132218204;WS=132218186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	132218441	rs3834794	A	AT	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=245;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TTTACTATTTATTAACAAATG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=132218449;WS=132218431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr3	132218623	rs3762672	G	T	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=31;PP=1151;SC=CTTGACTCGTGCTAGTAAACC;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=132218631;WS=132218613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	132221076	rs11293788	CT	C	346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr3	132235230	.	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=270;ReadPosRankSum=-2.271;SC=AAGCTAACCTGATGATGCATT;SOR=0.956;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=23;WE=132235238;WS=132235220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr3	132235268	.	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr3	132244406	rs754993	G	A	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	132319361	rs61748105	A	C	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.951;NF=36;NR=31;PP=1236;ReadPosRankSum=1.176;SC=GAGAATTTGCAAAAGTTTTCC;SOR=0.628;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=67;WE=132319369;WS=132319351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,94:0.64:147
chr3	132319690	rs138269944	T	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.178;NF=23;NR=26;PP=576;ReadPosRankSum=-1.157;SC=CAATCAGGAGTGGGAAAACCA;SOR=0.641;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=81;TCR=93;TR=49;WE=132319698;WS=132319680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,76:0.30:254
chr3	132360883	rs821572	C	T	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=16;PP=615;SC=ATTCAAGGAACGTAACTGAGC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=132360891;WS=132360873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	132361596	rs9877018	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=138;ReadPosRankSum=2.200;SC=GCTTGGGAACGGGGAATCCAA;SOR=1.051;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=13;WE=132361604;WS=132361586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr3	132363527	rs1079367	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	132363752	.	TA	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=2.800;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr3	132363786	rs72628560	T	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=-1.156;SC=AAGATATGTTTTCCGTCATCC;SOR=0.655;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=16;WE=132363794;WS=132363776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr3	132394556	rs2305629	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=-0.232;SC=GAAATGGCAGTATAAAACAAA;SOR=1.256;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=10;WE=132394564;WS=132394546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr3	132394784	rs12635575	A	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=1.072;SC=CAAAAATATGATTTACCCATA;SOR=1.218;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=132394792;WS=132394774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr3	132395811	rs1058331	G	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=-2.716;SC=GCAAGCATCTGCTCATTATGT;SOR=0.723;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=9;WE=132395819;WS=132395801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr3	132401600	rs6794496	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GCATCCGACCCAGGCTATCTT;SOR=1.125;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=9;WE=132401608;WS=132401590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr3	132402473	.	G	GA	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=21;QD=21.0;SC=AATTTTGAGGGAAAAAAATCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=132402481;WS=132402463;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr3	132407481	rs11396595	T	TA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=165;ReadPosRankSum=1.885;SC=ATTACTGATCTAAAAAATCTT;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=8;WE=132407489;WS=132407471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr3	132413875	rs12633369	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr3	132436901	rs35348816	AT	A	348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=9;PP=213;SC=CCCGGCCTTCATTTTTTTTCC;SOR=1.061;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=132436909;WS=132436891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	133099245	rs1197314	G	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=554;ReadPosRankSum=0.074;SC=CTGTGGAACCGGAGCCCTCTA;SOR=0.666;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=44;WE=133099253;WS=133099235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,70:0.33:214
chr3	133108978	rs1197296	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=0.257;SC=CCCAGGCACCATCCTTGCTGC;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=8;WE=133108986;WS=133108968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr3	133114893	rs1197300	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=16;PP=426;SC=TATACAAATACATATATTATA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=133114901;WS=133114883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	133119470	.	A	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GGGGCTGCTGAAGGCAGCGGG;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=133119478;WS=133119460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr3	133166403	rs7644197	A	G	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=156;SC=CCTCCTTGTAAACATAAAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=133166411;WS=133166393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	133167363	rs2276737	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=0.890;SC=TTCGAAAGGCGGCAGAAGAGG;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=5;WE=133167371;WS=133167353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr3	133191093	rs899458	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=254;ReadPosRankSum=0.508;SC=GGAATAGTCCAGGCTACCACC;SOR=1.295;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=18;WE=133191101;WS=133191083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr3	133342218	rs4854738	C	T	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	133374030	rs7639941	T	C	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=187;SC=GCCTGGGCAATAGAGCAAGAC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=133374038;WS=133374020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	133375785	rs2718801	G	A	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=32;PP=864;SC=AATACATTTTGCTGTTGACAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=133375793;WS=133375775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	133380130	rs2718805	T	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=138;SC=TTCTAAGAAATCCTGGAACTT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=133380138;WS=133380120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	133465283	rs1130459	A	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=345;ReadPosRankSum=-2.387;SC=CGCACCCGGAAGATGAGGCTC;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=25;WE=133465291;WS=133465273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr3	133473408	.	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=382;ReadPosRankSum=-0.248;SC=AACCAGCTTCGAGGCAAGAAG;SOR=0.459;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=26;WE=133473416;WS=133473398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr3	133474147	rs8177225	T	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GGTGGGGTGATGCCATTGGCT;SOR=0.269;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=11;WE=133474155;WS=133474137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr3	133483152	.	T	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=1.796;SC=CTGTGTTTTCTTCCCTCAGGG;SOR=0.614;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=12;WE=133483160;WS=133483142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr3	133483696	rs1880669	T	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=-2.730;SC=TTAATGCCTTTTTCATTTTCT;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=10;WE=133483704;WS=133483686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr3	133485133	rs2692696	A	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=21;PP=1067;SC=GTATTTTGCTATAGCAGTGGT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=133485141;WS=133485123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	133486958	rs8649	G	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.121;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr3	133489583	rs1525890	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.040;SC=ACCTGAGTGCGCAGAATGATC;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=133489591;WS=133489573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	133493705	rs35736766	GT	G	278.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr3	133493827	rs2715626	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=0.742;SC=GGGAGTCAGATTTAAAATTCT;SOR=0.791;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=8;WE=133493835;WS=133493817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr3	133524717	rs1107413	G	C	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=2.819;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,112:0.64:174
chr3	133553527	rs2280672	C	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=436;SC=CAACCCTGGCCCTCCCCTCTG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=133553535;WS=133553517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	133556964	rs139009223	ACCGTGCCGGGCC	A	1505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.283;NF=9;NR=18;PP=2965;ReadPosRankSum=0.064;SC=ACAGGGCTACACCGTGCCGGG;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=133556983;WS=133556954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr3	133560005	rs201380383	CGCACACACATGCGTGT	C	2118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.839;QD=23.54;ReadPosRankSum=2.900;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
chr3	133583577	rs3811646	C	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=1.439;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr3	133692497	rs4634113	A	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=5;PP=213;SC=AGGGGTTGGAAGCCACTCACC;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=133692505;WS=133692487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	133692743	rs4241362	C	T	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	133698280	rs4640563	C	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=16;PP=815;SC=TTGTGGTCAGCGTGGTGCACA;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=43;WE=133698288;WS=133698270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	133698349	rs10935090	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,31:0.30:104
chr3	133901733	rs9829505	A	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr3	133902011	.	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=0.189;SC=TGAACTATAAGGTACATAGGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=133902019;WS=133902001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	133969437	.	A	AG	259.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	133969487	.	G	GC	63.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	134077470	rs1353776	C	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=394;ReadPosRankSum=-0.496;SC=CTGGGGGGCCCTCAGTCTGGG;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=30;WE=134077478;WS=134077460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,43:0.80:54
chr3	134080661	rs1077718	A	G	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=20;PP=607;SC=TGTAGGGAGAAAGAGGCTTGA;SOR=1.140;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=29;WE=134080669;WS=134080651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	134085070	rs67655717	GAAGT	G	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
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chr3	134214042	rs62269547	T	C	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=126;SC=TTTTTCATTATTATGTATGCT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=134214050;WS=134214032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	134226151	.	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.134;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=7.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr3	134226159	rs6766818	C	T	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.96;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	134256159	rs12634127	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=0.494;SC=GGTTTTGATCAAGTTTGAACT;SOR=1.075;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=13;WE=134256167;WS=134256149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr3	134264859	rs1357762	A	C	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=188;SC=CGTAACTTATAGTCTGACTTC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=134264867;WS=134264849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	134266148	rs12632372	G	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	134278270	rs1127826	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=417;ReadPosRankSum=0.474;SC=TTTATATCTTCGGTATGGAAA;SOR=0.582;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=27;WE=134278278;WS=134278260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr3	134280395	rs6777283	T	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=610;SC=AAAAAATCACTATCTTGGAAA;SOR=1.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=29;WE=134280403;WS=134280385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	134293619	rs4586863	A	G	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	134322742	rs2293293	A	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=37;PP=1275;SC=CACAGCATACAAGGTAATTAA;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=134322750;WS=134322732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	134323156	rs4955535	A	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=25;PP=825;SC=TGCCCTTGGCAAAGATCTGCA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=48;WE=134323164;WS=134323146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	134331874	rs7626611	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=328;SC=CTGCCTAGAATGTCTGTGCAT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=134331882;WS=134331864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	134331980	rs9838119	C	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=17;PP=563;SC=ACTGATTTAGCGGCGCTGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=134331988;WS=134331970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	134369716	rs13060869	C	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.402;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr3	134514579	rs9852662	T	C	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=77;PP=2094;SC=CCGGCCGCCTTGGGACTGCTG;SOR=0.993;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=132;WE=134514587;WS=134514569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	134644517	rs36187	A	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	134644636	rs635721	G	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.237;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=1.056;SC=TTGTTTATTCGTTTTTTCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=134644644;WS=134644626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr3	134880745	rs2270882	G	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=183;SC=GATGACAACTGCTAGCAGATA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=134880753;WS=134880735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	134898742	rs1042787	C	T	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=16;PP=784;SC=CCTTCACTTACGAGGATCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=42;WE=134898750;WS=134898732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	134967229	.	C	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=467;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TACACCAGCTCATGCTGGACT;SOR=0.554;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=38;WE=134967237;WS=134967219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,53:0.39:137
chr3	134967368	rs11717042	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=1.608;SC=CTAGTGAAACGGTGATCCCTA;SOR=0.887;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=20;WE=134967376;WS=134967358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr3	134968465	rs4243397	T	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=17;PP=289;SC=CAGGCCTGGATGGGGAGCACC;SOR=3.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=19;WE=134968473;WS=134968455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	135720241	rs4678432	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=318;SC=CCACTGAACATTGTTATTAAA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=135720249;WS=135720231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	135720851	rs6779903	G	T	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=34;PP=1254;SC=CGATGGGAACGCCCCATCCTT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=71;WE=135720859;WS=135720841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	135742057	rs113986045	G	GTGTTTTGTTT	522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=6;PP=2087;SC=TGAAATTTGGGTGTTTTGTTT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=135742065;WS=135742047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	135759669	rs3832193	T	TG	900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.39;NF=20;NR=3;PP=933;SC=CATTCCCTGTTGGCTTACCCT;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=135759677;WS=135759659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	135798229	.	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TAGTTTCTGAATCATTTTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=135798237;WS=135798219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	135913665	rs1992952	A	G	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=1;PP=266;SC=AAAGTCCCTCAGCAAGTTTCA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=135913673;WS=135913660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	136002809	rs3821445	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	136141711	rs140017560	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=0.833;SC=TAGAAGGAGAAGCAAAGAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=4;WE=136141719;WS=136141701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr3	136170993	.	G	A	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.749;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,89:0.66:134
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chr3	137729251	.	G	A	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,133:0.59:224
chr3	137781923	rs329388	A	C	101.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5254;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.674;SC=AAATGGGGACAAATGCAGACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=137781931;WS=137781913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr3	137783700	rs179282	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=-2.362;SC=CCAGTGTGGATAGAGGGAATG;SOR=0.495;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=137783708;WS=137783690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr3	137786442	rs442800	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.587;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CAGTCATCCTTGGGCCGGGGC;SOR=0.245;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=26;WE=137786450;WS=137786432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr3	137787047	rs374045	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=249;ReadPosRankSum=1.264;SC=CAGTCCGGGGCGTGGAGCGGG;SOR=1.022;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=137787063;WS=137787037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr3	137787055	rs6776890	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=203;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GGCGTGGAGCGGGGGCGGACA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=137787063;WS=137787037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	137787192	rs446644	T	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-1.581;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr3	137787282	rs419075	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr3	137787355	rs446847	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=232;SC=TTCATGACTGTTGCCAAATCA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=137787363;WS=137787345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	137787895	rs59235190	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=0.577;SC=AGTTGACCCCGAAACAACGTG;SOR=0.387;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=7;WE=137787903;WS=137787885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr3	137787935	rs382629	G	A	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=13;PP=384;SC=CCACTTATACGTGGATTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=137787943;WS=137787925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	137787963	rs445025	T	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=287;ReadPosRankSum=-1.495;SC=CTGCCACCCGTGAGACAGCAA;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=21;WE=137787971;WS=137787953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr3	137788123	rs425938	T	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	137788141	rs407009	T	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=1.368;SC=TTTATTGTAATAATACAGCTT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=137788149;WS=137788131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	137799291	rs384828	A	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=1.934;SC=ATGTCCTTAGATCCCTCCACT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=137799299;WS=137799281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr3	137799498	rs405602	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.826;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr3	137800656	rs2622711	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr3	137807259	rs2724693	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.674;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=56;ReadPosRankSum=1.438;SC=TGAAGCTCCCGTGCCTGCCGA;SOR=1.354;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=7;WE=137807267;WS=137807249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr3	137816817	rs7629243	A	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=0.173;SC=AATTTAATTTACTGAGCAAGG;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=20;WE=137816825;WS=137816807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr3	137822301	.	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr3	137843018	rs1564496	G	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.453;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=0.034;SC=TGCCCACCCCGCCAAGAGACA;SOR=1.100;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=8;WE=137843026;WS=137843008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr3	137843094	rs6794722	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.324;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=337;ReadPosRankSum=-1.191;SC=CAGCAGCAAACGAGTGTTAGC;SOR=0.602;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=13;WE=137843114;WS=137843084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr3	137843106	rs2170309	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=337;ReadPosRankSum=-0.457;SC=AGTGTTAGCTTTATTTGTTAC;SOR=0.525;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=11;WE=137843114;WS=137843084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr3	137843476	rs2246945	G	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GCCCCAAATGGCTGAATTATA;SOR=0.883;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=25;WE=137843484;WS=137843466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,40:0.33:121
chr3	137850003	rs2724691	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=306;ReadPosRankSum=1.845;SC=AAGAAGGCAAACAGAAGAGGC;SOR=0.553;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=21;WE=137850011;WS=137849993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr3	137880695	rs9851548	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=172;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TCTCAAAAAAACAAAACAAAC;SOR=0.804;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=10;WE=137880703;WS=137880685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr3	137880743	rs2622736	G	A	773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=406;ReadPosRankSum=0.339;SC=AAGCTGCATCGTCATCATCAT;SOR=0.680;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=32;WE=137880753;WS=137880730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr3	137881265	rs3732839	T	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=328;ReadPosRankSum=0.480;SC=AAAATTCAGTTGTCTGAGGAT;SOR=0.992;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=27;WE=137881273;WS=137881255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,47:0.33:141
chr3	137882377	rs2622734	G	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=-1.400;SC=ATATATATTTGTAACAGTCTA;SOR=0.188;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=137882385;WS=137882367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr3	137882752	rs2622733	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=-0.185;SC=AACCACAGGTAATTCTTCATA;SOR=0.785;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=11;WE=137882760;WS=137882742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr3	137882844	rs73867020	T	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	137890698	rs74586171	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.614;SC=TGCTTTTTACATAATAATATG;SOR=0.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=137890706;WS=137890688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	137958438	rs6778511	C	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	137982718	rs939453	T	G	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.97;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr3	138014458	.	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=-0.114;SC=AGCTGCAGCAGGTTTAAGTGC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=4;WE=138014466;WS=138014455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr3	138020275	rs7637162	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=1.020;SC=TCAAACTCCTAATCTCAGGTG;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=138020283;WS=138020265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	138020677	rs6801411	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=313;SC=AGTCCTGATACGTGTTAGGGA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=138020685;WS=138020667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	138022634	.	AATG	A	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=-0.732;SC=GAACAGCAGCAATGATAATAG;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=138022644;WS=138022624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	138025136	rs3856636	T	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=232;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CCCCTTAGAATTCATCTTTCT;SOR=1.101;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=16;WE=138025144;WS=138025126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr3	138033181	rs9289556	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=304;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CACCCATGTCCTCATCTTCAC;SOR=0.715;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=24;WE=138033189;WS=138033171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,41:0.37:112
chr3	138186827	rs145545161	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=0.428;SC=ACCTTTTCCCATACTAGGACA;SOR=1.483;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=10;WE=138186835;WS=138186817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr3	138213849	rs10593783	ATTTGT	A	130	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=160;SC=AAATGATTTGATTTGTTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=138213861;WS=138213839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	138244400	rs9878436	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=127;SC=ATTCATGCTGCGTAGGCCTGT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=138244408;WS=138244390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	138251302	rs7643973	G	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	138251447	rs10549552	CGGTAT	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=5;PP=241;SC=TTTCAAAATGCGGTATGGTAT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=138251459;WS=138251437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	138256252	rs542010	G	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=207;SC=TATCCTAACAGTATTGTACAC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=138256260;WS=138256242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	138289293	.	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=492;ReadPosRankSum=0.971;SC=GTCATTAGCTCGTTGTTCTTG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=37;WE=138289301;WS=138289283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr3	138347957	rs641320	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=3.340;SC=AGAAAAAGATGCTATGGACGT;SOR=0.414;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=138347965;WS=138347947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr3	138347988	rs13043	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.138;SC=GGTAAAAAATTGGAGACAGCG;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=9;WE=138347996;WS=138347978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr3	138348081	rs470678	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=1.556;SC=TTATAGAGATCTTATAATGAA;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=15;WE=138348089;WS=138348071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr3	138417636	.	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CAAAATTTCTCCTGCTTAAAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=138417644;WS=138417634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	138668228	.	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GTGTGTATGCATGTGCGTGTG;SOR=0.534;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=8;WE=138668242;WS=138668218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr3	138668233	.	CGT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=4;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=1.444;SC=TATGCATGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=2;WE=138668242;WS=138668218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr3	138724757	rs11924188	C	G	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=668;ReadPosRankSum=0.064;SC=GCCCAGCAGACGAGTCGTCCT;SOR=0.739;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=46;WE=138724765;WS=138724747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,81:0.40:201
chr3	138725169	.	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	138739617	rs1720230	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=52;SC=GCTGGTTGGGACGAGCGGGGC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=138739625;WS=138739607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	138762707	rs7636403	C	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=265;ReadPosRankSum=-0.621;SC=GGACCTTGCACGGAGGGCGCT;SOR=0.610;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=21;WE=138762715;WS=138762697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr3	138762903	.	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.548;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr3	138763343	rs6804898	T	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-0.535;SC=TGGGCGCCGCTCGGGATTCGG;SOR=1.721;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=138763351;WS=138763333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr3	138763517	.	G	A	101.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr3	139065988	rs1610195	C	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=17;PP=463;SC=TCCATAGGCACTAGTGAAAGG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=139065996;WS=139065978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	139066902	rs10755092	A	T	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=126;SC=CTTCTTTTCTATGCAGGTTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=139066910;WS=139066892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	139068008	rs11706615	T	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=3;PP=157;SC=TGTTTTGTGATGCTTTAATAT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=139068016;WS=139067998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	139077527	.	G	GA	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.725;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr3	139081416	rs57549985	TTA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.93;MQRankSum=1.803;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	139096988	.	A	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=305;ReadPosRankSum=0.567;SC=CTTGTGAGCAAGACCATTTTT;SOR=0.663;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=27;WE=139096996;WS=139096978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,49:0.32:153
chr3	139098357	rs9831108	A	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=138;SC=GAAAATAACCACAAAATCTAC;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=139098365;WS=139098347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	139102120	rs7373302	C	A	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=1249;ReadPosRankSum=-0.793;SC=ATTTCTAATACAGTCCTGAAA;SOR=1.033;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=68;WE=139102128;WS=139102110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr3	139108250	rs3215032	C	CTG	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=841;SC=TGGAATCAAACGACCAAGACC;SOR=4.003;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=139108258;WS=139108245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	139195177	rs2233815	C	T	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=17;PP=849;SC=GAGGGCCAGACCACAGTACTC;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=139195185;WS=139195167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	139246382	rs295493	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	139257603	rs2071387	A	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr3	139258411	rs11549984	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=-2.532;SC=CCACAAGCGGGCGGGACGGCT;SOR=0.773;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=22;WE=139258419;WS=139258401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr3	139280328	rs35898558	G	GA	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=255;ReadPosRankSum=0.566;SC=GCTTTTCTTGGATGTATCGAG;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=8;WE=139280336;WS=139280318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr3	139297655	rs10513083	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.759;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	140122341	rs4683494	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=73;SC=CTGCTGGCTCGTGGACCACAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=140122349;WS=140122331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	140167433	rs141462318	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=2.049;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr3	140167536	rs2081803	A	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=20;PP=563;SC=AATCCCTTCAAAAGTTATGTG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=140167544;WS=140167526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	140178279	rs9836487	G	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=15;PP=925;SC=AGTACACTGAGTAGTTCACCT;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=140178287;WS=140178269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	140178485	rs7632885	G	A	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=53;PP=2134;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GGGTGCCAAAGTCCCCGATGG;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=108;WE=140178493;WS=140178474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr3	140178581	.	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.203;NF=15;NR=24;PP=478;ReadPosRankSum=1.042;SC=AGCCGAGAAGGAAACCATCCT;SOR=0.866;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=39;WE=140178589;WS=140178571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,65:0.42:154
chr3	140178638	rs10590825	CCCT	C	3676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=40;PP=2016;SC=GCCCTTCCACCCCTCCTACCC;SOR=1.275;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=140178648;WS=140178628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	140281723	rs11714465	C	T	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=20;PP=780;SC=GTCCGGCTTCCCTTGAGGCCC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=43;WE=140281731;WS=140281713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	140282084	rs4683509	C	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=301;SC=GGACACAGGTCGTCATTGTGA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=140282092;WS=140282074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	140282861	rs10804675	C	T	4763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=51;PP=1814;SC=TTGTGTTTGTCGTGGCCATGG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=106;WE=140282869;WS=140282851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	140285115	rs4683510	T	C	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=131;SC=GTCTGCTGCCTGGCCCACATG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=140285123;WS=140285105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	140401693	rs698673	A	G	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=63;PP=2965;SC=TGCCGCAACAAGCGCATCGCT;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=143;WE=140401701;WS=140401683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	140406947	rs28594654	G	A	7001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=76;PP=2702;SC=AATAAACTACGTGCCCTTGGA;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=153;WE=140406955;WS=140406937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr3	140407260	rs9876490	C	A	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=60;PP=2176;SC=AGTGCTGGAGCAGACAGCCAG;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=105;WE=140407268;WS=140407250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	140419715	rs1540506	C	T	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	140675348	.	CTTTT	C	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=2.341;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr3	140682087	.	T	TA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.422;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	140692486	rs2555707	G	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=47;SC=TTTATTATTAGAATGACATAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=140692494;WS=140692476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	140850945	.	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.578;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr3	140851044	.	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=1.733;SC=GAGTCTCACTCGGTTGCCCTG;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=140851052;WS=140851034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr3	140978921	rs3796259	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=442;SC=AAATTTAGTTCTCCACCTCTA;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=140978929;WS=140978911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	140979184	rs1511378	T	C	141.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=87;SC=TATAAATGAATGATGAGGCTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=140979192;WS=140979174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	140993536	.	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=757;ReadPosRankSum=-0.163;SC=ACTCCCAGCCCTCTGGATGTT;SOR=1.121;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=26;WE=140993552;WS=140993526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr3	140993544	rs57231754	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=173;ReadPosRankSum=-1.218;SC=CCCTCTGGATGTTTGGGATGG;SOR=0.340;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=8;WE=140993552;WS=140993526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr3	140997320	rs11556022	C	T	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=444;ReadPosRankSum=0.125;SC=ACATCCCCAGCGTGGCCGAGC;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=31;WE=140997328;WS=140997310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr3	141278822	.	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=365;ReadPosRankSum=-0.083;SC=AGAACTGATTCCTCTCATCAA;SOR=1.007;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=29;WE=141278830;WS=141278812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr3	141327474	rs295323	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=3.309;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,37:0.34:109
chr3	141327593	rs2312266	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr3	141331222	rs2172471	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-2.433;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr3	141497035	.	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr3	141595527	rs11539489	C	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=212;ReadPosRankSum=1.288;SC=TGTTCTCGGCCGTCCCACCCT;SOR=0.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=19;WE=141595535;WS=141595517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr3	141621075	rs5853057	TG	T	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr3	141622695	rs11710245	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.72;MQRankSum=1.844;NF=4;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=-0.819;SC=ATGATCTTGGGTCACTGCAAC;SOR=1.402;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=17;WE=141622703;WS=141622685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr3	141625999	rs7622417	G	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.892;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	141626123	rs3792411	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr3	141641015	rs3765155	C	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=436;ReadPosRankSum=0.622;SC=TTAATTTGTGCGTCATCTATT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=26;WE=141641023;WS=141641005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr3	141644274	rs1131029	G	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	141682825	rs3792409	C	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-0.166;SC=TCAATAAAAACAATATGGTCA;SOR=0.446;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=141682833;WS=141682815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr3	141688903	rs4683655	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=-1.785;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr3	141689017	rs11569252	T	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.53;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr3	141689025	rs11569251	C	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.34;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr3	141689088	rs11569249	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TAGAGAAACTGAACCCATTTT;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=141689096;WS=141689078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	141696554	rs201589027	AT	A	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	141707596	.	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr3	141707613	.	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr3	141709083	rs6440055	A	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=361;SC=CTTAGCAGTGAGCATGAGGGA;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=141709091;WS=141709073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr3	141713823	rs11569201	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.402;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=-1.843;SC=TCTAAACTTTTTTTAAGGTTT;SOR=0.184;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=12;WE=141713831;WS=141713813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr3	141721460	rs11712803	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TGAGGCTTTCTCTATAGCTCT;SOR=0.368;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=141721468;WS=141721450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr3	141721713	rs78272662	G	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=-0.707;SC=ATTTCTTATAGTTCTGGTGGC;SOR=0.601;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=16;WE=141721721;WS=141721703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr3	141812759	rs9877817	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=194;ReadPosRankSum=-1.648;SC=ATATAGCACAGGATTTGGCAC;SOR=0.612;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=13;WE=141812767;WS=141812749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr3	141820485	.	A	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.142;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr3	141891385	rs73236075	C	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	141900367	rs9866012	G	A	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=985;ReadPosRankSum=0.904;SC=CTAAGCATACGACTTCTTGCC;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=65;WE=141900375;WS=141900357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,101:0.70:145
chr3	141904474	rs6785098	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=-0.170;SC=AACTAAATACCACTCAGAATT;SOR=0.497;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=3;WE=141904482;WS=141904464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	141904977	rs6440065	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=311;ReadPosRankSum=0.900;SC=TTTTCCCCACGAAACAAAATG;SOR=1.493;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=20;WE=141904985;WS=141904967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr3	141905277	rs142154007	GA	G	148.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=10.414;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=-0.753;SC=TCAAAAAGAAGAAAAAAAAAT;SOR=2.209;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=8;WE=141905285;WS=141905267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr3	141923506	rs9830411	C	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	141932356	rs6440072	G	A	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=22;PP=1051;SC=GCTTATCACAGAATGTACTTA;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=141932364;WS=141932346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	141934393	rs367940349	CA	C	112.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5561;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=0.589;SC=AAAACTATTACAAAAAAAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=141934401;WS=141934383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr3	142051147	rs4608715	T	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=126;SC=TAAAAGTACATGATTAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=142051155;WS=142051137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	142076059	rs3816805	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=176;SC=CATCATCAGCATTAGTAAATA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=142076067;WS=142076049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	142089971	rs372983936	CA	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	142094816	rs113527448	G	GCACA	879.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.25;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr3	142122451	rs2306699	T	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=215;SC=CTGGTAAACATCCCAGCAGCT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=142122459;WS=142122441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	142168331	rs1802904	C	T	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=42;PP=1590;SC=CAGTAGCTTCCTGTATAAGGT;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=93;WE=142168339;WS=142168321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	142215178	.	A	C	120	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=22;MQ=59.19;NF=5;NR=2;PP=120;QD=22.110173221;SC=ATATATATATATGATGACATT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=142215186;WS=142215168;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr3	142222074	rs11916455	C	T	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=99;SC=AATGTTGGTGCTTATCTCCAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=142222082;WS=142222064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	142222284	rs2227931	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=381;SC=CTACACCATGATAATGAATGA;SOR=0.984;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=142222292;WS=142222274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	142231062	.	T	TAA	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=1.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr3	142254971	.	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.894;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr3	142261339	rs11920625	G	A	121.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5434;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAAATGAAACGAATACAATTC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=142261347;WS=142261329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr3	142266778	.	A	T	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=29;QD=15.9428031368;SC=GTTAAAAAAAATTTTTTTCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=4;WE=142266786;WS=142266768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	142272275	rs142950892	A	AAC	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.775;NF=1;NR=15;PP=677;ReadPosRankSum=0.326;SC=TGAATACACAAACACACACAC;SOR=1.123;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=16;WE=142272283;WS=142272265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr3	142272314	rs9869842	G	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=432;SC=ACACACATATGTATCTCCAAT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=142272322;WS=142272304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	142277365	rs199661872	AAAAT	A	2433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.337;NF=22;NR=5;PP=1021;ReadPosRankSum=0.944;SC=CTCCGTCTCAAAAATAAATAA;SOR=2.730;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=27;WE=142277380;WS=142277355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
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chr3	142277575	rs2227930	A	T	17574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.62;ReadPosRankSum=1.676;SOR=0.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,685:1.00:686
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chr3	142287047	rs62276447	T	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=0.318;SC=CAGTTTCATTTGCAAAAAAAA;SOR=0.551;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=9;WE=142287055;WS=142287037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr3	142408606	rs6793735	G	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=7;PP=327;SC=ACACATACCCGTGCCTGCACA;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=142408614;WS=142408596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	142413407	rs6789958	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=175;ReadPosRankSum=1.608;SC=TTTTATTGTGCTTCAGCTTTA;SOR=0.561;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=13;WE=142413415;WS=142413397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr3	142413600	.	C	T	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5072;HP=1;HapScore=2;MGOF=70;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=21;QD=18.5904041824;SC=TGATGATATACGTAAATCAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=142413608;WS=142413590;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	142542449	rs17554211	G	T	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=627;ReadPosRankSum=-0.485;SC=GCCACGGTGGGTTTTAAACCT;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=48;WE=142542457;WS=142542439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,68:0.55:123
chr3	142548640	rs41265487	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr3	142567304	.	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=261;ReadPosRankSum=-1.098;SC=GACTACTTTTCCTTCGGGAAC;SOR=1.071;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=25;WE=142567312;WS=142567294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
chr3	142567327	rs893883	G	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=572;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GCCAAGAAAAGCGCCAATTAG;SOR=0.618;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=39;WE=142567335;WS=142567317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,65:0.71:91
chr3	142607487	rs1457684	C	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=1.150;SC=CCCGAAGTCCCGGGCTTAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=142607495;WS=142607477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	142669479	rs4683440	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=334;ReadPosRankSum=-1.680;SC=CTATGGGGTAACTCAGAGAAT;SOR=0.518;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=21;WE=142669487;WS=142669469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr3	142670467	rs2270767	C	T	138.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGAAGAATTACAGGAGTGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=142670475;WS=142670457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	142730774	rs2124541	T	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-2.018;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
chr3	142745898	.	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=444;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCAGAATAATCATTTTCTGCA;SOR=1.121;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=27;WE=142745906;WS=142745888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr3	142747275	.	T	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=1.274;SC=ACTTTGTTAATTTTGACTCTG;SOR=0.608;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=13;WE=142747283;WS=142747265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr3	142773738	rs10935479	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	142985100	rs1046706	G	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=1.150;SC=TAAATAGCTGGGCATTCCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=142985108;WS=142985090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	142985886	.	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.13;ReadPosRankSum=1.067;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr3	142985890	rs12493372	T	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.44;ReadPosRankSum=0.426;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr3	142987912	rs2289492	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=-0.602;SC=GAGACAGCTACGTTTGCCTTT;SOR=0.595;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=21;WE=142987920;WS=142987902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
chr3	143090855	.	G	A	191.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=1.645;SC=CTTAACCAAGGAGGTGAAAGA;SOR=1.198;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=143090863;WS=143090845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr3	143214114	rs838598	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=-1.051;SC=ACAGAATAATTCGTAAAAGTA;SOR=1.127;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=12;WE=143214122;WS=143214104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr3	143271176	rs1525862	C	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr3	143293012	rs6763202	A	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr3	143296258	rs35417581	A	C	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.010;SC=GGCCATGCCCAAAACCCACTC;SOR=0.659;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=56;TCR=74;TR=71;WE=143296266;WS=143296248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,134:0.58:231
chr3	143297591	rs13076949	A	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr3	143371201	rs1242069	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=0.831;SC=CCAGCACTGTCACTAGGAAGA;SOR=1.061;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=13;WE=143371209;WS=143371191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,18:0.21:85
chr3	143412268	rs12488981	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=0.814;SC=ATTGCCACCATCCTGCCAAAT;SOR=0.665;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=18;WE=143412276;WS=143412258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr3	143513975	rs56969315	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.270;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=324;ReadPosRankSum=-0.427;SC=CTTAGTGCAAAAGAAAATAAA;SOR=3.092;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=143513983;WS=143513965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr3	143515899	rs11718136	A	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=105;SC=AAAAATGAAAATTTGGAAATT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=143515907;WS=143515889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	143567207	rs11714060	A	G	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=37;PP=1140;SC=ACCTGGATAAAGGCTATTTTA;SOR=1.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=52;WE=143567215;WS=143567197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	143692018	rs2279856	C	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=179;ReadPosRankSum=-0.710;SC=AGGGCGACCCCGCTGATGGAG;SOR=0.856;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=17;WE=143692026;WS=143692008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr3	143704516	rs9847681	C	T	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=553;ReadPosRankSum=0.147;SC=GAGTTGACCTCGCTTGGCAAT;SOR=0.634;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=49;WE=143704524;WS=143704506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,76:0.37:206
chr3	145788467	rs6710	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=0.216;SC=CAGTCATTCATCCAAAATAAA;SOR=1.421;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=145788475;WS=145788457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr3	145788803	rs2305274	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=192;ReadPosRankSum=1.461;SC=TTTTGAAAAATCTAAAAACAC;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=145788811;WS=145788793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr3	145790519	rs3762694	T	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AAAATAGTTATTTTAATATGT;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=11;WE=145790527;WS=145790509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr3	145795559	rs9874388	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CTAAATGCAAATAAGGCCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=145795567;WS=145795549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	145804524	.	C	A	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5055;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=5;NR=1;PP=66;QD=16.7952020912;SC=TTTTTCTTAACGTTTCCTTAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=145804532;WS=145804514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,6:0.75:8
chr3	145809750	rs3792341	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.330;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr3	145820684	rs3762691	G	A	327.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5038;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TAAAATACGTGTGTGTGTGTC;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=12;WE=145820692;WS=145820674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr3	145824478	rs9289716	A	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.970;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=325;ReadPosRankSum=2.560;SC=TTCAAAGACCAAAACTGGTGT;SOR=1.759;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=18;WE=145824486;WS=145824468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr3	145824504	rs7614409	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=-1.257;SC=TAATTTCACTGACCAGTTGAA;SOR=1.981;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=14;WE=145824512;WS=145824494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr3	145828256	rs3842573	G	GT	568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=597;ReadPosRankSum=0.419;SC=AGGAAAAAATGTGTTTTAAAA;SOR=1.230;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=15;WE=145828264;WS=145828246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr3	145838895	rs4681297	C	T	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=2.059;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,117:0.60:194
chr3	145841294	rs10663012	A	AAAAC	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=39.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	145841854	rs6802384	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=3.401;SC=TTACAGATTGTACTGCTGTTA;SOR=0.446;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=5;WE=145841862;WS=145841844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr3	145912177	rs9815240	T	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.749;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr3	145917761	rs1061409	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr3	145924433	.	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=0.155;SC=GGACAGGATGGATACCACCAA;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=12;WE=145924441;WS=145924423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr3	145938528	rs3762686	C	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=1.237;SC=TTAATTTGTTCGCTTAAAAAG;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=145938536;WS=145938518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr3	145938619	rs3762685	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=-1.681;SC=AAAATGAGAATTGTATTCAGG;SOR=0.824;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=14;WE=145938627;WS=145938609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr3	145938782	rs9850144	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr3	145939755	rs3840204	C	CA	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.320;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=-0.696;SC=AAATGTTAAACAAAAAAAAAT;SOR=1.273;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=145939763;WS=145939745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr3	145939776	rs3804647	T	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=6.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.34;ReadPosRankSum=1.110;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	145940051	rs9821768	A	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.792;SC=ACGAGGCACTAATACAGATGT;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=145940059;WS=145940041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	146113576	rs11340803	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-2.674;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr3	146167163	.	C	CA	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=2.138;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr3	146176075	rs12494007	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	146177594	.	G	GT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr3	146177815	rs6806535	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr3	146234853	rs61737861	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=0.795;SC=CTAAAGGGAACTGGATTCCAA;SOR=0.660;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=19;WE=146234861;WS=146234843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr3	146251430	rs2738905	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr3	146251433	rs2587024	T	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr3	146303734	.	A	G	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	146307635	rs343289	C	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=-1.980;SC=TTAAATTTGACAGTGAAAAAA;SOR=0.105;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=7;WE=146307643;WS=146307625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr3	146318263	rs9867955	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr3	147111779	rs62273364	T	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.750;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr3	147111904	rs113382372	C	CCT	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.577;QD=20.58;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr3	147128014	.	C	T	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=862;ReadPosRankSum=-1.272;SC=GGGCATCAACCCGTTCGCCGA;SOR=0.704;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=57;WE=147128022;WS=147128004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,108:0.60:179
chr3	148459621	.	C	T	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=859;ReadPosRankSum=1.032;SC=TGTATTGATTCAACTAGGCAT;SOR=0.756;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=60;WE=148459629;WS=148459611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,95:0.51:187
chr3	148459988	rs5186	A	C	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=680;ReadPosRankSum=3.126;SC=CCAAATGAGCATTAGCTACTT;SOR=0.350;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=43;WE=148459996;WS=148459978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr3	148562425	rs9835098	C	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=468;ReadPosRankSum=0.486;SC=ACCAACGCCTCTCTATTATAT;SOR=0.751;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=38;WE=148562433;WS=148562415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,61:0.40:154
chr3	148562620	rs9873003	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=73;ReadPosRankSum=-1.212;SC=ATATGAAAACACAACAGTATC;SOR=0.906;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=9;WE=148562628;WS=148562610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr3	148575156	rs2331407	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.917;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	148575441	rs1356259	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr3	148597482	rs1032465	T	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=194;ReadPosRankSum=-0.980;SC=ACAGGGGAAATAATTGCTTTG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=148597490;WS=148597472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr3	148597612	rs12489516	C	T	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=29;PP=1173;SC=GCTATTTTTACGGATTGTGGC;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=148597620;WS=148597602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	148599324	.	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr3	148601710	.	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr3	148714841	rs151126996	TTG	T	125.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=3;PP=192;SC=CTGGGAAATATTGTGTGTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=148714850;WS=148714831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	148756825	rs6764352	G	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=160;SC=AAAATTTACAGAACTACTTAC;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=148756833;WS=148756815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	148757864	rs2229361	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr3	148764090	rs1017489	C	T	54.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TTAATTTCTACATAAATTGAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=148764098;WS=148764080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	148786108	rs812249	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr3	148803869	rs34957864	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=300;ReadPosRankSum=-3.126;SC=CCAGGCCCCCCACAGTCGGTG;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=17;WE=148803877;WS=148803859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr3	148847441	rs13089410	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	148858987	rs10693502	C	CTTTT	1350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.51;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr3	148863151	rs11718908	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=149;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GTTCTCTTACATCTGATGGAA;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=14;WE=148863159;WS=148863141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr3	148863395	rs11715291	T	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=447;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TTGAGGTACTTCCTAAATCTG;SOR=1.002;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=28;WE=148863403;WS=148863385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr3	148868361	rs2689232	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr3	148872987	rs6440589	G	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=12;PP=367;SC=CACCAGTGCAGCTGTACAAAG;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=148872995;WS=148872977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	148879878	rs61615092	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=179;SC=GTATTTCTAAAATGGACAATC;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=148879886;WS=148879868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	148880043	rs78336249	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=432;ReadPosRankSum=-1.068;SC=AACTCAGCCTGGATTGCTTGT;SOR=0.509;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=29;WE=148880051;WS=148880033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr3	148880183	rs34470330	C	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=-0.862;SC=TGGGGAGGGACAGAATAAGAG;SOR=0.776;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=16;WE=148880191;WS=148880173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr3	148885077	rs2681092	C	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=365;SC=ATAATCAGATCTGATAACCTC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=148885085;WS=148885067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	148885779	rs11426099	A	AT	103.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.30;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	148896430	rs16861582	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-2.005;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr3	148897498	.	T	TAC	57.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=0.524;SC=GTTTATATTGTACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=148897506;WS=148897488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr3	148901406	.	AC	A	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=10;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=63;QD=18.0;SC=AAAAAAAAAAACAACTAAGGT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=148901414;WS=148901385;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr3	148901540	rs36103494	C	A	41.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	148904434	rs1053709	T	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr3	148916235	rs701753	T	A	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=45;PP=1629;SC=CTTTAGTGGGTTCCACAGCAG;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=148916243;WS=148916225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	148925418	rs34067682	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=388;ReadPosRankSum=0.528;SC=TAAGTCAAGAGCAGAGTTTGT;SOR=0.513;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=30;WE=148925426;WS=148925408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr3	149039324	rs2015626	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.304;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	149050925	rs1526786	T	C	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=12;PP=1013;SC=TCATTACTTCTACTAGTTACA;SOR=1.681;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=48;WE=149050933;WS=149050915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	149087404	rs8479	T	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	149087714	rs6776940	T	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=34;SC=GGATAAATAATGATGACATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=149087722;WS=149087704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	149093238	rs4771	A	G	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=15;PP=661;SC=ACTGGCCCTCAGTGCTGGCAA;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=149093246;WS=149093228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	149192676	rs12488126	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=300;ReadPosRankSum=-1.541;SC=TGTGCACTGGGGGCTGTGCCA;SOR=0.479;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=19;WE=149192684;WS=149192666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr3	149192851	rs143312618	G	GC	2983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=37;PP=1837;SC=GAGTAGGGAAGCTTAAAATCC;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=41;WE=149192859;WS=149192841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	149192906	rs74723974	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=1.024;SC=TTTAAATCAGGTACTTATTGA;SOR=0.439;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=10;WE=149192914;WS=149192896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr3	149193475	.	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-1.921;SC=CCCCTCCAGCCATGCTCTGTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=4;WE=149193483;WS=149193465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr3	149193684	rs1802837	T	C	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=341;ReadPosRankSum=-2.637;SC=ACGAGGGCTGTGGGAAGCGAT;SOR=0.773;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=31;WE=149193692;WS=149193674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,62:0.58:106
chr3	149243694	rs9854499	G	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=8;PP=337;SC=TAAAATAAAAGTTGAAATTAT;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=149243702;WS=149243684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	149258970	rs5853413	CA	C	400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=354;SC=CTTTTCTCCCCAAAAATGTAG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=149258978;WS=149258960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	149374551	.	T	TTC	146.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=0.319;QD=18.34;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr3	149459341	rs7633238	A	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	149468141	rs74697246	G	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	149679148	.	TA	T	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-2.320;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr3	149686367	rs61268501	AC	A	577.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr3	149686368	rs68033203	C	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,15:0.22:67
chr3	150128392	rs879634	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=505;ReadPosRankSum=-2.454;SC=CGGCCAGAATGCTTCCTCGGT;SOR=0.158;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=30;WE=150128400;WS=150128382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr3	150129171	rs3840253	A	AT	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=746;ReadPosRankSum=-0.476;SC=ACTTTGGGAGATTGTTGTCAA;SOR=1.195;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=21;WE=150129179;WS=150129161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr3	150264003	rs1130834	G	C	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=35;PP=796;SC=TGCGAGGCTCGGCTCGTGGTG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=150264011;WS=150263993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	150270077	rs12330655	C	G	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=84;SC=TTTTAAAAAACACATTTGTGT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=150270085;WS=150270067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	150276391	rs6776252	A	G	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=96;SC=CTCTCGTTACACAAAATACCT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=150276399;WS=150276381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	150280253	rs4343650	A	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=304;SC=ATTTGAAAAGAGGTATGAATG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=150280261;WS=150280243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	150280445	rs1132979	C	G	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=39;PP=1348;SC=CAGCCTTACACTAGTAAGTAT;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=75;WE=150280453;WS=150280435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	150280506	rs5853483	GA	G	1159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=616;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TAGTGGGGGGGAAAAAGTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=27;WE=150280515;WS=150280496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr3	150332199	rs1568586	T	G	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	150384807	rs6440691	T	G	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=38;PP=1092;SC=TATACCCTGGTCAGGAAGGAA;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=150384815;WS=150384797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	150416551	.	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=469;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CTCCTCCCAGGAAAAGCTAAG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=31;WE=150416559;WS=150416541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr3	150420588	rs10663389	G	GTTAAA	946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.754;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr3	150420606	rs9824030	T	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=1.969;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr3	150420608	rs9879627	G	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr3	150420676	rs10663390	A	AGT,AGTGT	431.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.99;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,6:0.56,0.33:18
chr3	150420781	rs71676608	CAG	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=1.710;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr3	150603248	rs57919280	G	GAAAAGC	3682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.019;NF=6;NR=29;PP=2170;ReadPosRankSum=-1.780;SC=GAAAAGAAAAGCATGTTGGTC;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=35;WE=150603256;WS=150603238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,92:0.64:143
chr3	150690439	rs3796242	T	A	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1158;ReadPosRankSum=1.325;SC=CGAGGGCACATGCAAAACTGA;SOR=0.259;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=74;WE=150690447;WS=150690429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,90:0.69:130
chr3	150690566	rs3796240	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=-0.207;SC=AGGGACTGCCTCTTTGACTGC;SOR=0.188;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=5;WE=150690574;WS=150690556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr3	150804908	rs7653870	T	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-1.468;SC=GGCGCTGCGGTGGAAGAGGTC;SOR=0.732;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=9;WE=150804916;WS=150804898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr3	150834015	rs4680158	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=1.056;SC=CCTTTCAAGAGTTCTCCTCTA;SOR=0.243;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=9;WE=150834023;WS=150834005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr3	150881774	rs17290219	A	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.739;SC=GATCTGCTGCAGGTGGCCCCG;SOR=0.847;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=10;WE=150881782;WS=150881764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr3	150883600	rs2567322	C	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr3	150910360	.	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=386;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TGGCGCATATGGGCATTGACT;SOR=0.847;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=33;WE=150910368;WS=150910350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,42:0.32:132
chr3	150910640	rs1231520	G	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=291;SC=TCTGTAAATTGGAACACTCCT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=150910648;WS=150910630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	150932075	rs55936523	T	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=-0.339;SC=AGGATTCATCTGGAGGCTGTG;SOR=1.255;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=16;WE=150932083;WS=150932065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr3	151011969	rs1048408	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr3	151012497	rs2242353	T	C	6195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.078;SC=GACCATTTGTTAGGATGATGT;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=80;TCR=76;TR=156;WE=151012505;WS=151012487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,233:0.99:235
chr3	151012896	rs9819885	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=371;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GATAAAGCACCGGCAAGACAA;SOR=0.559;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=24;WE=151012904;WS=151012886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr3	151045661	rs1491980	G	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=258;SC=TTCTGTACACGAGGATAATAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=151045669;WS=151045658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	151046064	.	G	A	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=595;ReadPosRankSum=0.925;SC=AGACAGCCACGACAACAAATA;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=37;WE=151046072;WS=151046054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,79:0.63:125
chr3	151046308	rs1466684	G	A	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=18;PP=645;SC=GCTCAAGATCGTATTTGGCAG;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=151046316;WS=151046298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	151056598	rs6809699	A	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	151056616	rs6785930	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=-2.147;SC=CAGAGGTGAGGTTGTCGACGG;SOR=0.914;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=11;WE=151056624;WS=151056606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr3	151067730	rs1565574	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-1.501;SC=GAAGGGAGGGCGGGATGCCAC;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=151067738;WS=151067720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	151073033	rs7615865	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=410;ReadPosRankSum=-1.511;SC=CTCAGGTAGCTATTTAAAGCT;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=26;WE=151073041;WS=151073023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr3	151073937	rs1994730	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr3	151074925	rs3732759	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.667;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr3	151074941	rs3732760	A	C	321.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=229;ReadPosRankSum=-1.153;SC=TATAAAAATAAATGTTTTCTC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=151074949;WS=151074931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr3	151078216	rs9856118	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=281;ReadPosRankSum=0.385;SC=GATAACCCACATAGTACAAAT;SOR=0.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=23;WE=151078224;WS=151078206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr3	151085578	rs3732764	C	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=364;ReadPosRankSum=0.172;SC=CATGAACATCCGTTGCTCTTT;SOR=0.380;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=29;WE=151085586;WS=151085568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr3	151085842	rs3841945	AAAT	A	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.08;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr3	151090424	rs3732765	G	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=556;ReadPosRankSum=0.624;SC=AGAGGTTTGCGATGTGATGGG;SOR=0.719;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=36;WE=151090432;WS=151090414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,77:0.67:115
chr3	151090604	rs9855202	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=0.930;SC=CTCTTCTTTTGGAGAGAGCTA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=151090612;WS=151090594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr3	151094995	rs73158000	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr3	151100677	rs3821663	T	G	254.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CTTCCCTGTTTCTAAAGCCTT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=151100685;WS=151100667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr3	151101691	rs10935841	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=306;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GTTTTTATCACTTCACATTGA;SOR=0.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=20;WE=151101699;WS=151101681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr3	151101746	rs12485508	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=-0.586;SC=ATACTGATGGCGATTTCTGCC;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=18;WE=151101754;WS=151101736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr3	151102790	rs375671077	ACT	A	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.813;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,11:0.11:96
chr3	151105992	rs9289837	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-1.024;SC=AACCTTGGCTCATTAGCATTT;SOR=0.479;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=6;WE=151106000;WS=151105982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr3	151108070	.	GT	G	70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=7;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=70;QD=32.0;SC=ACACAGAAATGTTTTTTGTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=151108078;WS=151108060;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	151131005	.	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.211;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,28:0.26:108
chr3	151131183	rs2276764	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr3	151143354	rs10653830	T	TTG	747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.91;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr3	151143447	rs6440742	G	T	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=22;PP=843;SC=ATACCTGACAGTAGTAAGCTG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=151143455;WS=151143437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	151154666	rs2172250	T	C	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=12;PP=536;SC=GCATCTCCCATGTGATTTCTG;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=151154674;WS=151154656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	151155620	rs6781302	G	A	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=51;PP=1891;SC=TAACAGTTCTGTTTGTATACA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=101;WE=151155628;WS=151155610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	151158184	rs937126	A	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=335;SC=ATTAGAGAAAATTTTTTTTTC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=151158192;WS=151158174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	151158265	rs937125	G	A	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=15;PP=739;SC=CTAAAGGAAGGGAAACTGCCA;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=151158273;WS=151158255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	151158502	rs10663807	T	TAG	485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=9;PP=471;SC=ATAATAATGATGTCTGAGTCT;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=151158510;WS=151158492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	151165678	rs9871952	T	C	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=19;PP=823;SC=ATGTACGGAGTTGTGCACCTG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=151165686;WS=151165668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	151166422	rs6798252	C	T	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=50;PP=1647;SC=AGTACTGGATCTGTAATGTAC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=91;WE=151166430;WS=151166412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	151166852	.	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.083;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=631;ReadPosRankSum=0.008;SC=GAAACCTTGGGGAGAGATGAA;SOR=1.455;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=35;WE=151166860;WS=151166842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr3	151171439	rs7619322	A	C	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=31;PP=1106;SC=TTGAGCCCATAAAAAACCTCT;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=151171447;WS=151171429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	151171542	rs7621591	A	G	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=430;SC=TTCGGACTTTATTATAGCTCA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=151171550;WS=151171532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	151463421	rs1972977	G	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=-1.897;SC=AATCTGCATTGCGGGAGACAG;SOR=0.641;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=19;WE=151463429;WS=151463411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr3	151463574	.	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=445;ReadPosRankSum=-0.534;SC=ACCATTCTTTCCCATTGAATT;SOR=1.802;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=24;WE=151463582;WS=151463564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr3	151542408	rs148745568	AAAAC	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=0.842;SC=CAGTCTAATCAAAACAAACAA;SOR=0.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=2;WE=151542419;WS=151542398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	151545318	rs2410837	A	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.68;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	151545321	rs11306821	GT	G	143	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	151545323	rs62272918	T	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	151545601	rs1803155	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=410;ReadPosRankSum=0.384;SC=CTTCAAATTTGTTAATTGGAG;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=35;WE=151545609;WS=151545591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,46:0.31:147
chr3	151597925	.	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=-0.952;SC=AAAGCCTCTCCCTTATCACCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=13;WE=151597933;WS=151597915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr3	151599393	rs13079080	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=0.179;SC=TACAGTTTGCCTTAACTCATA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=12;WE=151599401;WS=151599383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr3	151987506	rs148863620	TTTC	T	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr3	152018223	rs17368446	T	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-1.177;SC=GACATACAGTTCTCTGCATAT;SOR=0.663;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=152018231;WS=152018213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr3	152553628	rs1065776	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.855;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr3	152554357	rs701265	A	G	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=786;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TTTACCTGGTAATCATTGTAC;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=46;WE=152554365;WS=152554347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,72:0.60:121
chr3	153839866	rs12493885	G	C	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=26;PP=1489;SC=GCCCCACCAGGTTCTGGGCCG;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=77;WE=153839874;WS=153839856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	153839959	rs59508481	CT	TC	6680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=35;PP=2947;SC=AGGGACGCTCCTCGCAGCGCA;SOR=0.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=89;WE=153839968;WS=153839949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	153842161	.	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	153847582	rs1626280	T	A	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	153870511	rs1727956	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=133;SC=GCTATATTTAGTTCTTTAATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=153870519;WS=153870501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	153970704	rs2307750	CTT	C	348.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=288;SC=CATTCAGACTCTTTTGACAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=153970713;WS=153970694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	153970796	rs355752	A	G	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=19;PP=1248;SC=ATACCTCTCTAGAGAATCTCT;SOR=1.375;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=153970804;WS=153970786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	153972500	rs355749	T	C	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=31;PP=1043;SC=TGTCCTCTTTTGGCCTCAGCA;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=61;WE=153972508;WS=153972490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	153994502	rs355787	T	C	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=8;PP=529;SC=CTGACTTACATGTAGATTTAA;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=153994510;WS=153994492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	153995307	rs73160598	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=1.378;SC=AATTTTGTATATAATTGTTAA;SOR=0.250;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=153995315;WS=153995297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr3	154007682	rs355758	G	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=9;PP=344;SC=TAGAACTGCAGAGAAAATACT;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=154007690;WS=154007672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	154018887	rs9438	G	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=25;PP=669;SC=CTTAAACTGGGATCTGTGTTC;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=31;WE=154018895;WS=154018877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	154024165	rs355754	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=175;SC=TCTAGGACTGTTGAAAAATTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=154024173;WS=154024155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	154146922	rs34792862	A	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=608;ReadPosRankSum=0.460;SC=AGAGCAGCAGACTGGCTGCCC;SOR=0.552;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=35;WE=154146930;WS=154146912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr3	154802742	rs28617565	T	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	154807720	rs3773903	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	154834379	rs10522735	G	GTATATATATA	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.83;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr3	154866453	rs1436633	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=252;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GTGCGTATATTCTCATTTCTA;SOR=0.658;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=18;WE=154866461;WS=154866443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr3	154866545	rs1436632	A	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr3	154878158	rs35450782	GA	G	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=-1.443;SC=CATTTGTAAAGAGTTCTTATG;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=154878166;WS=154878148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr3	154890206	rs3816803	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=290;ReadPosRankSum=1.155;SC=TTTGAAGAGCGAATGGTTGAG;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=16;WE=154890214;WS=154890196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr3	155027649	.	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=3.050;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr3	155200187	.	G	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.133;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=667;ReadPosRankSum=-2.228;SC=CTGGTATTATGAAGATGAGAA;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=45;WE=155200195;WS=155200177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr3	155205993	rs368444721	C	CT	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=5.518;HP=13;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=202;ReadPosRankSum=-1.873;SC=GACTGTAGTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.111;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=16;WE=155206001;WS=155205983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr3	155212325	rs3214639	G	GA	1075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=23;PP=791;SC=TTTTAATCGAGAAAAAAGGAA;SOR=1.364;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=24;WE=155212333;WS=155212315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	155215182	rs183099060	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr3	155241593	rs9840061	A	G	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=16;PP=1271;ReadPosRankSum=1.957;SC=CACAGCCACCATAATTGTGAG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=70;WE=155241601;WS=155241583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr3	155241740	rs9840234	A	G	7011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=93;PP=2909;SC=TGTCCTCATCAGAAACTTCCC;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=74;TCR=95;TR=166;WE=155241748;WS=155241730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr3	155271825	rs359549	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=378;ReadPosRankSum=0.718;SC=TGCTCCATGCGGGAGGCTACC;SOR=1.061;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=23;WE=155271833;WS=155271815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr3	155303779	rs359558	G	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=-0.056;SC=AAACAAAATAGCTTTTTAATA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=9;WE=155303787;WS=155303769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	155314034	rs359569	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=152;ReadPosRankSum=1.124;SC=TTGCCTTCTCACTCTTCCTAG;SOR=0.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=13;WE=155314042;WS=155314024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr3	155485302	rs358733	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GCTTACCTTACTCACCAGAAG;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=6;WE=155485310;WS=155485292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr3	155588552	.	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=582;ReadPosRankSum=-0.968;SC=GGCTGCTCCTCGACCAGGCCT;SOR=0.653;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=41;WE=155588560;WS=155588542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,68:0.59:115
chr3	155611557	rs6441026	T	G	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	155628877	rs10936021	T	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=280;ReadPosRankSum=0.417;SC=GTTTTGCTCATTTTGATTTTT;SOR=0.483;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=17;WE=155628885;WS=155628867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr3	155637190	rs1356252	A	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=151;SC=AGAAAAATCAATTCAGACAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=155637198;WS=155637180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	155639959	rs3772117	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=0.269;SC=AAATACTATTATTACTCCTAC;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=155639967;WS=155639949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	155654432	rs3772113	T	A	78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=77;SC=CTTTTTTTTTTAAATTTTCAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=155654440;WS=155654422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	155991348	rs1160221	G	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=419;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GCACACAGATGCTCTTTCCAT;SOR=0.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=32;WE=155991356;WS=155991338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,60:0.42:142
chr3	156009925	rs1551066	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=513;ReadPosRankSum=-1.262;SC=TAGGTATGCACGTAAGATTCC;SOR=0.809;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=35;WE=156009933;WS=156009915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr3	156175109	rs34093583	C	CTT	742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.581;NF=7;NR=4;PP=417;ReadPosRankSum=0.300;SC=CTTTCCCTCTCCACTAAAACT;SOR=0.426;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=11;WE=156175117;WS=156175099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr3	156175167	rs2293194	GG	AA	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.380;NF=12;NR=9;PP=615;ReadPosRankSum=0.220;SC=CCTAAAGACCGGTAGAGGACT;SOR=0.788;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=21;WE=156175176;WS=156175157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr3	156266642	rs6809188	C	T	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=9;PP=303;SC=TCAAAAAATTCTCTTCAAAGT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=156266650;WS=156266632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	156395329	rs345986	G	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=0.480;SC=ACTAAATATAGTATAAGAGGA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=156395337;WS=156395319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	156399180	rs3851992	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-0.238;SC=AGTTTATATGGCTTGGTAAAT;SOR=0.180;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=156399188;WS=156399170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr3	156411732	rs193197	A	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=379;ReadPosRankSum=2.072;SC=TTAATGTCCAATGATATTTTT;SOR=0.094;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=21;WE=156411740;WS=156411722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr3	156413615	rs10631452	C	CTT	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.38;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
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chr3	156544584	rs344071	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=483;ReadPosRankSum=0.334;SC=GATGTGAACTCCCGCCTTCAC;SOR=0.757;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=39;WE=156544592;WS=156544574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,51:0.36:140
chr3	156570521	rs111501048	T	TA	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=-0.445;SC=TTTTCAGAATTAAAAAAATTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=156570529;WS=156570511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr3	156570703	rs414683	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
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chr3	156697028	rs114940870	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.059;QD=9.41;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr3	156697090	rs10558622	TATAAC	T	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.197;NF=0;NR=5;PP=268;ReadPosRankSum=-1.255;SC=TTAAACAACTTATAACAGTGC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=156697105;WS=156697080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr3	156697097	rs6780427	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.002;NF=4;NR=9;PP=732;ReadPosRankSum=2.164;SC=ACTTATAACAGTGCTCTGTAG;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=13;WE=156697105;WS=156697080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr3	156763279	rs73873779	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CAAGGGCAGCCTAACCTCCCC;SOR=0.923;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=15;WE=156763287;WS=156763269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr3	157081324	rs11918974	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-0.753;SC=ACAGTTTCTGACAAATTCTCT;SOR=0.545;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=12;WE=157081332;WS=157081314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
chr3	157081604	rs55865575	A	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=0.535;SC=TTCACTGACAAGGAAAAGAAA;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=9;WE=157081612;WS=157081594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr3	157082082	rs3833585	C	CAA	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=1.247;SC=ACAAACCAAACGAGTTATACC;SOR=1.236;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=3;WE=157082090;WS=157082072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr3	157146005	rs9289983	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr3	157146307	rs1456099	A	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=0.684;SC=GGGAATGATGACTTTATCAGG;SOR=0.885;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=8;WE=157146315;WS=157146297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr3	157154861	rs2305619	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=323;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CCGTAAGTTCACTTTAACTGT;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=32;WE=157154869;WS=157154851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,48:0.32:151
chr3	157155314	rs3816527	C	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=141;ReadPosRankSum=-0.856;SC=ACGCCGTGCGCCTGCGGTCAG;SOR=0.800;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=13;WE=157155322;WS=157155304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr3	157178227	rs71312209	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-1.655;SC=AAAATATTTATTGGATTAAGC;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=157178235;WS=157178217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr3	157820423	rs4462902	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-1.513;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	157820718	.	AAC	A	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=49;QD=30.0;SC=CATCCACACGAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=2;WE=157820727;WS=157820708;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,2:0.15:13
chr3	157841531	rs6789448	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.126;SC=ATTTATCTCTGTTTGCTTCCA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=157841539;WS=157841521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	157849957	rs1609526	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=-0.115;SC=GTATTTTTGGCGGAGATGGGG;SOR=1.048;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=11;WE=157849965;WS=157849947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr3	158178856	rs73172119	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=1.761;SC=TGAATAGACCGTAGAATATAA;SOR=1.445;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=158178864;WS=158178846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr3	158187189	rs9815348	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr3	158254806	rs73154326	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.589;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	158300732	rs2566341	A	G	78.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	158306627	rs1075551	A	G	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.51;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	158306627	.	ATGT	GTGG,GTGT	499	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=16,34;NR=9,26;PP=338,499;QD=15.6587149945;SC=TCATTTGAGGATGTTGTTTCT;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=25,60;WE=158306638;WS=158306617;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.42:60
chr3	158306630	rs2115942	T	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr3	158308875	rs2566339	T	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	158310153	rs6771248	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=495;SC=ATTATTTGTAATATTTACCTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=158310161;WS=158310143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	158310483	rs6780477	G	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=1.282;SC=TCTTGTTCTAGAAATCACTAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=158310491;WS=158310473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	158314810	rs45471897	C	G	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=CTTTCAAACACTTTTTTAACC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=158314818;WS=158314800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	158314846	rs55999561	A	G	66.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	158318015	rs2639656	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	158320597	rs4875	T	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=7;PP=203;SC=TTGACATAGGTGATGCTCATG;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=158320605;WS=158320587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	158320703	rs15967	C	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr3	158320794	.	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.241;SC=ATGTAATTTACTTCTGTTATC;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=158320802;WS=158320784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	158362391	rs28372852	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=83;ReadPosRankSum=0.080;SC=CCACCCGGCGCCACGGGACTT;SOR=0.343;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=10;WE=158362399;WS=158362381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	158362441	rs1864507	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=13;PP=457;SC=TCCTGGGAGCTGCAGCCGTCG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=158362449;WS=158362431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	158362526	rs1864506	A	G	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=21;PP=935;SC=TAGAGAGGCTAAATCGGGACC;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=158362534;WS=158362516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	158362588	rs1864505	C	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=25;PP=751;SC=GTGACACCCCCTGGGTCCTCA;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=158362596;WS=158362578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	158366900	rs2303909	G	A	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	158367837	rs56167308	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=-2.642;SC=GAATTGGGATCGCAGGTCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=6;WE=158367845;WS=158367827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr3	158369789	rs56362855	T	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	158369798	rs9810874	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.41;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	158372477	rs62286656	C	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.96;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	158372502	rs9884039	T	C	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=270;SC=AGAATGACTCTGACTTTTATG;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=158372510;WS=158372492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	158373550	rs73028934	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=0.052;SC=AATACTGATATATTATTATTA;SOR=0.446;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=5;WE=158373558;WS=158373540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr3	158378836	rs2291594	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=0.752;SC=AGTGCATTTAATACTTCAGAA;SOR=0.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=8;WE=158378844;WS=158378826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr3	158384068	rs7628497	A	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr3	158384920	rs9875895	C	T	126.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	158386737	rs1492909	C	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=295;SC=ACAATACTTTCGATAAATATT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=158386745;WS=158386727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	158387487	rs6441215	T	C	160.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=8;PP=151;SC=AAGCATAGGCTCCTAATGGTG;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=158387495;WS=158387477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	158388721	rs56093991	C	CAAAGAAA	404.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=102;SC=GACCCTGTCTCAAAGAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=2;WE=158388729;WS=158388711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	158388780	rs8455	T	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=8;PP=293;SC=AAATTTAAGGTGATACTTATG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=158388788;WS=158388770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	158390395	rs9841	A	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=161;SC=TCCTTCAGTCAGTCTTCTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=158390403;WS=158390385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	158399757	rs11436468	A	AT	201.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr3	158409093	rs145803239	C	CA	1017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	158409262	rs1047355	C	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=301;SC=ACTAACTTTGCTTACTGTGAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=158409270;WS=158409252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	158422506	rs4680457	G	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=13;PP=595;SC=TTAGAAGTTCGCATGAATTCA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=158422514;WS=158422496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	158422577	.	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=221;ReadPosRankSum=0.245;SC=AGGTTTTTCTTACCCACTGCC;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=19;WE=158422585;WS=158422567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr3	158428642	rs2307064	G	A	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=807;ReadPosRankSum=-0.192;SC=TTACATTGATGGTTGGTCTGG;SOR=0.498;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=53;WE=158428650;WS=158428632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,84:0.66:127
chr3	158428809	rs3830357	A	AAGGC	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.127;NF=0;NR=11;PP=513;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TTCATTGTACAAGGCAGGCAG;SOR=1.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=11;WE=158428817;WS=158428799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr3	158431508	rs2279562	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=477;ReadPosRankSum=1.987;SC=ATCACTATATATTAAGATTCT;SOR=1.371;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=28;WE=158431516;WS=158431498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr3	158431702	rs2279561	A	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=359;ReadPosRankSum=-1.130;SC=AAACATCCTCATATCCAGGAA;SOR=0.483;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=26;WE=158431710;WS=158431692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr3	158449965	rs6441223	T	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=7;PP=264;SC=CCAGCACTCGTAGCGCGCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=158449973;WS=158449955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	158450080	rs7621322	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=0.833;SC=GTCGTCGGGGTCCCCGGACCC;SOR=0.917;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=7;WE=158450088;WS=158450070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
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chr3	158450169	rs147016103	C	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr3	158450178	rs6786423	A	G	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.33;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	158450298	rs73015649	C	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=0.054;SC=GGGCCCCTCCCCTCCGCCCCC;SOR=0.672;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=16;WE=158450306;WS=158450288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr3	158450417	rs6441224	T	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=97;SC=GGCTTAGTGCTAGGATGCGGC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=158450425;WS=158450407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	158451654	rs73015654	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=1.059;SC=GATGGGCGTGGTGCCATCTCT;SOR=0.631;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=6;WE=158451662;WS=158451644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr3	158451882	rs73015655	A	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=-2.031;SC=ATATTGGATGAAGTTACATGC;SOR=1.265;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=7;WE=158451890;WS=158451872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr3	158451932	rs73015657	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	158520483	rs2713736	A	G	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=27;PP=812;SC=GTTCCTAAACAACTTTTGTTT;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=158520491;WS=158520473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	158522190	rs79796809	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TTGTTTCTTTTGTTTTCTTTA;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=14;WE=158522198;WS=158522180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr3	158537415	rs146160361	CTTTTT	C	1356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=41.11;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	158537443	rs3765083	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=36.17;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	158539294	rs1548092	G	A	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	158539486	rs1548093	A	G	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=73;SC=CATGTGAAGTATGGGTCTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=158539494;WS=158539476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	158539961	rs6793618	G	A	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=17;PP=500;SC=GGTGGGGTCAGGGCTTCAGCA;SOR=0.997;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=158539969;WS=158539951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	158545195	rs6792827	G	T	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	158991724	rs2621285	A	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr3	159482271	rs149416208	GGCA	G	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.518;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,8:0.13:61
chr3	159733692	rs491966	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=82;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CTACACTTGATCCTGAGATCT;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=8;WE=159733700;WS=159733682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr3	159733950	.	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr3	159736893	rs2647930	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=329;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TTAAACATCCTAAGTGGTCAA;SOR=0.681;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=27;WE=159736901;WS=159736883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr3	159737076	rs2647931	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=250;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TCCTCTCGCCGCAAGCACATG;SOR=0.715;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=23;WE=159737084;WS=159737066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr3	159738299	.	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GCCTCAGGGCCTTTGCACTTA;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=11;WE=159738307;WS=159738289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr3	159744277	rs2936300	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=371;SC=TCCACCACAGCGAAACCAGTT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=159744285;WS=159744267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	159744352	rs2279742	C	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=11;PP=486;SC=CGAGACCTGACGGGAAGCGGG;SOR=1.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=159744360;WS=159744342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	159744438	rs2914119	C	T	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	159744440	rs2936301	C	T	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	159995356	rs3737214	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr3	159996961	.	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-1.443;SC=ATACAACTATGAATCTAAAAT;SOR=1.127;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=6;WE=159996969;WS=159996951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr3	159997061	rs6778728	T	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr3	160021681	rs4680576	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr3	160025579	.	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=0.231;SC=CCTAAACAAGGAAAAATAAAA;SOR=0.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=160025587;WS=160025569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr3	160130110	rs2305407	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTAATTTCTGTAGTTAAACA;SOR=0.895;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=5;WE=160130118;WS=160130100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr3	160132136	rs41272951	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr3	160135428	rs1451760	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-1.638;SC=TTTCTTAAATCGAATATAAAA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=160135436;WS=160135418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr3	160142618	rs11718121	A	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CTTTTCTGTCAATCTGAAATG;SOR=0.631;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=5;WE=160142626;WS=160142608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr3	160142810	.	ATG	ATGTGTGTGTGTGTGTG,A	96.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GCATCCAGGTATGTGTGTGTG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=4;WE=160142821;WS=160142800;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.25:20
chr3	160148756	rs7631792	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=0.578;SC=TCCTTCATCTCTGTAATGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=6;WE=160148764;WS=160148746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr3	160156951	rs1141023	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	160223032	rs721022	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.566;SC=ATCTTAAAATCAACAACCTGA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=160223040;WS=160223022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	160243541	.	AATAC	A	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	160283126	rs4621370	A	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=0.339;SC=GCCCCAACCAACGCGCCGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=15;WE=160283134;WS=160283116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr3	160679422	rs7616249	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=0.135;SC=AGGGTTGGTTTCACAGTGCTT;SOR=0.048;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=160679430;WS=160679412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr3	160679744	rs7629001	A	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGCAAAAAAAATTCATTATAA;SOR=0.507;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=13;WE=160679752;WS=160679734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr3	160740016	rs12498008	A	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TATTAATTCTAAACTAATTTC;SOR=0.260;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=160740024;WS=160740006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr3	160821929	rs7651087	T	C	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=8;PP=652;SC=TCTTATCTGTTAGTAATAAAC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=160821937;WS=160821919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	160821969	rs7617204	A	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=17;PP=916;SC=ATACGCGTTCAGTAATTTGTG;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=160821977;WS=160821959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	160939732	rs148371722	A	AATCCCAAC	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=3;PP=1029;SC=AAGTGATTTAAATCCCAACAT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=160939784;WS=160939722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	160939746	.	CTTTTTTTTTTTTTTTTT	C	1025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=21;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=3;PP=1838;SC=CCAACATTCTCTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=160939784;WS=160939722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	160939776	rs28711573	T	A	929.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=811;ReadPosRankSum=2.903;SC=TTTTTTTTTTTAAAAGAACTT;SOR=0.846;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=22;WE=160939784;WS=160939722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr3	160955879	rs4350933	G	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.18;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	160955882	rs200517975	CTT	C	372.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.27;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	160964271	rs73026976	G	A	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=340;SC=CTGCCAATTAGGATTGCAAAT;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=160964279;WS=160964261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	160967354	rs4290817	G	A	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=20;PP=669;SC=GAAAGGTCTCGCTTTTCTTTA;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=160967362;WS=160967344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	160970437	rs6789388	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=76;SC=AGTATTCTTAGTCATATCCCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=160970445;WS=160970427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	161064193	rs339101	A	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=318;SC=ACATAGAATCACTTTAAAATT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=161064201;WS=161064183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	161090130	.	A	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=438;ReadPosRankSum=1.646;SC=AAGAAAGCAAAGCCTTTTAGC;SOR=1.085;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=36;WE=161090138;WS=161090120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,46:0.28:162
chr3	161090616	rs2054710	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=528;SC=GGCCGAGACGCTTTCTGCTCG;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=161090624;WS=161090606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	161090637	.	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=297;ReadPosRankSum=0.360;SC=AGGCCCAGGGGAGTCCGGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=16;WE=161090645;WS=161090627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr3	161147223	.	G	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=8.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.95;MQRankSum=-2.243;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr3	161147228	.	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.38;MQRankSum=-2.473;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.160;SOR=3.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr3	161147239	.	C	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=12.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQRankSum=-2.785;QD=1.97;ReadPosRankSum=1.020;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,5:0.13:39
chr3	161147240	.	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=12.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQRankSum=-2.785;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.063;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,5:0.13:39
chr3	161147247	.	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=12.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQRankSum=-2.944;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.111;SOR=3.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,5:0.12:40
chr3	161217123	.	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.463;SC=GCTACTTAAAGACTAGATTCT;SOR=0.576;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=7;WE=161217131;WS=161217113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr3	164059123	rs76722974	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=123;ReadPosRankSum=0.950;SC=GGAGCCTGGAGCGAGACCGGA;SOR=1.258;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=10;WE=164059131;WS=164059113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr3	164714532	rs4855271	C	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=181;SC=TTACATATGACATTCCAAACA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=164714540;WS=164714522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	164733721	rs2290738	G	A	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=530;SC=TAAGACTCAGGTAAACTCCAA;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=164733729;WS=164733711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	164737419	rs190796723	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,36:0.33:110
chr3	164751319	rs7611384	T	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=-0.953;SC=TTAAGAAATTTGAACAAACTA;SOR=0.653;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=5;WE=164751327;WS=164751309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr3	164755631	.	T	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=0.122;SC=AATGCAAATATGAAATATTAA;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=11;WE=164755639;WS=164755621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr3	164758630	rs13099130	G	A	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=187;SC=AGCAGCAGAAGTTTAATTGAT;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=164758638;WS=164758620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	164764719	rs9838509	C	A	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	164766807	rs200218470	T	TAA	412.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	164766808	rs67477789	TC	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	164766816	rs9821196	C	A	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.65;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	164766835	rs9841237	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=4;PP=301;SC=TATTTCCTAATTATGAATACA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=164766843;WS=164766825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	164772957	rs9290256	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	164773057	rs9290257	G	A	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=20;PP=686;SC=TGCAGTTTGGGTTAGTGAAAT;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=164773065;WS=164773047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	164776913	rs60170840	C	CAT	4732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=51;PP=2965;SC=TTAACTTACACGTGTAAACAC;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=63;WE=164776921;WS=164776903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	164777677	rs9290259	T	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=495;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CACGGACCCTTTATTCTACTT;SOR=0.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=164777685;WS=164777667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr3	164781368	rs11718901	G	A	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=157;SC=TTTCAAATATGTTTAAAACAC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=164781376;WS=164781358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	164783165	rs9283633	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=173;SC=GGAAGACGGGTTGAGATCTGT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=164783173;WS=164783155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	164785338	rs9865476	G	A	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=150;SC=TAATATTCCAGTTCTGAATTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=164785346;WS=164785328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	164786382	rs9758479	C	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=292;SC=AGGATGGTCTCCATCTCCTGA;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=164786404;WS=164786372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	164786396	rs9754967	T	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=316;SC=CTCCTGACCTTGTGATCCGCC;SOR=1.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=164786404;WS=164786372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	164786413	rs9756068	A	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=6;PP=370;SC=CGCCCACGTCAGCTTCCCAAA;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=164786421;WS=164786403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	164786629	rs11313475	TA	T	669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=466;SC=CCTTAAAGAATAAAAAAAAGC;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=20;WE=164786637;WS=164786619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	164793541	rs7432386	G	T	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=132;SC=TAGAAAAAGTGGAAGTAATTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=164793549;WS=164793531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	165491280	rs1803274	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=151;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TCCCATTCTGCTTCATCAATA;SOR=0.963;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=11;WE=165491288;WS=165491270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr3	165495400	rs2686409	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.602;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=1.604;SC=TCTGTGTGCAGGGGCAAAGCA;SOR=1.825;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=10;WE=165495408;WS=165495390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr3	165495420	rs2686410	G	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=189;ReadPosRankSum=-2.681;SC=AAATTTGCAAGTACAAATGTT;SOR=1.620;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=14;WE=165495428;WS=165495410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr3	165496622	rs2686411	A	T	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=127;SC=TAAGATGTCCAGAAAACATTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=165496630;WS=165496612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	165555125	rs1126680	C	T	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-1.873;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,82:0.67:123
chr3	166958749	rs115098139	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-0.278;SC=ATACAGAACCGGGTTTCAACT;SOR=0.430;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=14;WE=166958757;WS=166958739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr3	166960278	rs11923256	G	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=179;ReadPosRankSum=0.570;SC=TAAATAAACTGCAGGCTTAAC;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=12;WE=166960286;WS=166960268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr3	166960448	.	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=222;ReadPosRankSum=-1.548;SC=TATTTTATTTCATGCATTGTC;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=15;WE=166960456;WS=166960438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr3	167023573	rs140166106	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=1.821;SC=AGTGTCCTTGCTTTCAAGTGA;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=10;WE=167023581;WS=167023563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr3	167023654	.	G	A	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=3;PP=38;QD=14.5542425094;SC=TCTTTCAAAGGAGGTGCTTTC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=5;WE=167023662;WS=167023644;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,5:0.28:18
chr3	167023738	rs13096767	G	C	363.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=-1.338;SC=TGAAGTTTCTGCTGTTAAAAA;SOR=0.515;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=10;WE=167023746;WS=167023728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr3	167023822	.	T	TA	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5001;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=24;QD=22.5;SC=AGTTCTGTGGTAAAAAAACTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=167023830;WS=167023812;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr3	167034814	rs13068132	T	C	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=655;ReadPosRankSum=-0.838;SC=CGACTATCTTTAGAGATGGTT;SOR=0.475;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=44;WE=167034822;WS=167034804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,77:0.65:119
chr3	167035501	rs4580553	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=4;PP=69;SC=TGATGAAACCGTAACTGTACC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=167035509;WS=167035491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	167040054	.	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr3	167051769	rs11923054	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.241;SC=TATTTGAGATTTTGCCTATTA;SOR=0.160;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=167051777;WS=167051759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	167068256	rs4619784	T	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr3	167077691	rs4257551	T	A	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	167167100	rs6803996	C	T	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.936;QD=10.98;ReadPosRankSum=2.319;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,80:0.54:148
chr3	167167186	rs6770577	T	A	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=853;ReadPosRankSum=1.495;SC=ACACTTCAGATGAATCTGGTT;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=54;WE=167167194;WS=167167176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,76:0.62:123
chr3	167167243	.	G	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr3	167183317	.	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=199;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GACAGTTGAACCATTTTTCTT;SOR=0.616;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=14;WE=167183325;WS=167183307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr3	167184878	rs9841174	T	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.286;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=528;ReadPosRankSum=0.651;SC=ACTTATCATCTCTGCACAAGC;SOR=1.190;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=31;WE=167184886;WS=167184868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr3	167191652	rs4129073	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr3	167217964	rs13060964	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=-0.973;SC=CGGGGCCTCCAGAATTTGGGG;SOR=1.078;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=13;WE=167217972;WS=167217954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr3	167218188	rs13061345	A	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=1.591;SC=ACTTTTATAAATTTAACCTTC;SOR=0.270;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=12;WE=167218196;WS=167218178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr3	167218241	rs13061499	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GCAAACCCTACAAACACAGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=167218249;WS=167218231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	167245841	.	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CTAAAAAATTCAAATATGAAA;SOR=1.270;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=20;WE=167245849;WS=167245831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr3	167254558	rs138019711	TAA	T	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TATATATATATAAAACAACTG;SOR=0.368;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=167254567;WS=167254548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	167277774	.	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=153;ReadPosRankSum=-1.705;SC=AAAAAATGAGAATATCTATAG;SOR=0.673;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=13;WE=167277782;WS=167277764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr3	167319847	.	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=0.685;SC=AAATTCAGATCCCAGAGTTGA;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=167319855;WS=167319837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr3	167351418	rs9845725	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.977;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=-1.356;SC=TTGCTACAAATTCTTAGTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=15;WE=167351426;WS=167351408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr3	167542916	.	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.10;ReadPosRankSum=0.326;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr3	167745703	rs9861339	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr3	167754573	rs6786410	A	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=350;SC=CCTCTTGGCAACTTGACAGAG;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=167754581;WS=167754563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	167754852	.	A	ATCTATGAATGCCCATTCATAGATGGGCATTTGT	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.75;QD=42.34;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	167758964	rs62273305	T	C	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	167762678	rs57702503	C	CA	289.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-0.285;SC=TGCTGTAAATCAAAAAAAAAA;SOR=0.793;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=11;WE=167762686;WS=167762668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,19:0.83:23
chr3	167764820	rs77249029	A	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=198;SC=AAACAGTGATAATTCACTACA;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=167764828;WS=167764810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	168542454	rs145528794	T	TCA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.4998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=0.620;SC=TGCAGCTCTGTCACACACACA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=1;WE=168542462;WS=168542444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr3	168810980	rs12634348	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TTGATCAGTGCTGTTTCTTAA;SOR=0.301;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=168810988;WS=168810970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr3	168818560	rs9857376	C	T	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	168819788	rs9290358	A	G	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=50;SC=AAACAGCAAGACCTTTTGAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=168819796;WS=168819787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	168840571	rs3851380	A	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=16;PP=387;SC=AAACGGAACAACATTTTATTG;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=168840579;WS=168840561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	168840607	rs3851381	C	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=175;SC=ATTAAAGAAACAAGAAGGAAA;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=168840615;WS=168840597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	168851934	rs6773653	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TTTCTTTGTAGTCCACTATTA;SOR=0.148;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=168851942;WS=168851924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	168862967	rs151149708	CACACACACACAGAG	C	310.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=38.84;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	169283921	rs3863106	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=1.547;SC=CTCACTATCACAAGAACAGCA;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=169283929;WS=169283911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr3	169486090	.	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-1.183;SC=GCTTCCACATGATCTCCATGT;SOR=1.061;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=10;WE=169486098;WS=169486080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr3	169486144	rs9822885	A	G	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=513;SC=GGTAACTGTAAGGAAAGCAAT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=27;WE=169486152;WS=169486134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	169492016	rs34847803	T	TA	695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=735;SC=GATGAGAACTTACGGTTACTG;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=169492024;WS=169492006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	169492101	rs10936599	C	T	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=27;PP=1366;SC=ATTCGCACCACTGTGAGCACC;SOR=1.027;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=75;WE=169492109;WS=169492091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	169500487	rs3772190	G	A	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=480;SC=AAGAAAAAGGGGACTTGGGCC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=169500495;WS=169500477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	169514585	rs10936600	A	T	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=20;PP=736;SC=GCATCACATAACTGTTGTATA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=44;WE=169514593;WS=169514575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	169518455	rs6793295	T	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	169526272	rs28626343	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=7;PP=442;SC=GTGTTGCTCGTGTACTTACTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=169526280;WS=169526262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	169539812	.	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=411;ReadPosRankSum=1.900;SC=TGCCTCTAATCAGAGCTTGAC;SOR=0.391;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=38;WE=169539820;WS=169539802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
chr3	169540397	rs1920119	T	C	5912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=63;PP=2812;SC=GCCCGCGTCCTTGTGCCAGTG;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=138;WE=169540405;WS=169540387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	169550759	rs12486767	G	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=10;PP=815;SC=CCACCATTACGAAAAAATCTT;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=169550767;WS=169550749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	169555162	rs66506858	TTC	T	1060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=667;SC=TCACATCCCATTCTCTCCACG;SOR=1.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=169555171;WS=169555152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	169558025	rs3732451	C	T	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=27;PP=1006;SC=TGGTCCACCCCGCATCACAGA;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=169558033;WS=169558015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	169566090	rs9290375	A	G	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=30;PP=900;SC=AAGTGATAACAATACGAACAG;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=169566098;WS=169566080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	169574465	rs11919269	T	G	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	169642805	.	T	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr3	169646334	.	C	T	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=928;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CAGCTTCATTCGCAGCCTTCC;SOR=0.601;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=65;WE=169646342;WS=169646324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,97:0.63:154
chr3	169684687	rs2072576	G	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=271;ReadPosRankSum=1.411;SC=TCGGCGCGCTGGATAGTGGAA;SOR=0.641;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=13;WE=169684695;WS=169684677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr3	169703671	rs2287486	A	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GTGAGATGTTAATAGCTATAA;SOR=1.629;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=169703679;WS=169703661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr3	169710363	rs2160898	G	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.864;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=196;ReadPosRankSum=0.634;SC=CTCAATTAGAGAAATTTTTCT;SOR=2.139;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=16;WE=169710371;WS=169710353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr3	169710660	.	G	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=825;ReadPosRankSum=-0.035;SC=AGGCTCGGGGGGAGAACGGCA;SOR=0.844;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=50;WE=169710668;WS=169710650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,86:0.66:130
chr3	169894680	rs1386333	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr3	169988364	.	CTT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	170016766	.	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	170016766	.	CC	TT	145	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=145;QD=49.6169687156;SC=GAGCTGTCATCCAGTATGTCT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=170016775;WS=170016762;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	170016767	.	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	170078232	rs3772173	C	T	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=45;PP=1845;SC=GACATTCATGCAAATGGAAAA;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=100;WE=170078240;WS=170078222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	170099218	rs146524896	ATTAT	A	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=368;ReadPosRankSum=-2.036;SC=TGGGAATTTAATTATTTATTT;SOR=0.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=170099229;WS=170099208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr3	170105233	rs6786374	C	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=8;PP=398;SC=TGTGGCTTTTCATGTCTGGTC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=170105241;WS=170105223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	170105309	rs77658498	ACTT	A	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=158;ReadPosRankSum=-0.403;SC=ATGTACCAGTACTTCTTTTTA;SOR=0.653;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=6;WE=170105319;WS=170105299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr3	170105378	rs6786542	C	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=20;PP=580;SC=CTTCGTCAGTCGGACATTTGC;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=170105386;WS=170105368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	170185134	.	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-1.111;SC=GGGTGCTGTTCCAGATGCCAT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=4;WE=170185142;WS=170185124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	170198898	rs3732449	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=331;ReadPosRankSum=1.262;SC=CCAGGAACCCCGACACGATGC;SOR=1.082;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=29;WE=170198906;WS=170198888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,38:0.37:104
chr3	170218862	rs16855165	T	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=334;ReadPosRankSum=1.755;SC=CTTGGTAAGTTTGCATGTTGA;SOR=0.950;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=21;WE=170218870;WS=170218852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr3	170218941	.	G	A	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,75:0.63:119
chr3	170584249	rs13462	C	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=110;ReadPosRankSum=-2.641;SC=TCAGATGCAACCACTCGAAGC;SOR=0.874;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=13;WE=170584257;WS=170584239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr3	170727948	.	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-1.017;SC=AGCATGTTGAGATTTTTTTTA;SOR=0.307;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=170727956;WS=170727938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr3	170802864	.	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=205;ReadPosRankSum=0.065;SC=TACCAGAAAGGAAGACGAAGC;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=18;WE=170802872;WS=170802854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr3	170825905	rs6444960	C	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=19;PP=630;SC=GTTTCACCTTCGCAGGCTCAT;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=170825913;WS=170825895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	170825920	rs2291900	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=180;ReadPosRankSum=-1.798;SC=GCTCATGGGGGAGCACAGGTG;SOR=0.481;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=12;WE=170825928;WS=170825910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr3	170857167	.	GCACA	G	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.253;QD=32.62;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	170858101	.	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=339;ReadPosRankSum=-0.265;SC=ACTGAGCATTCCTCAGAAAAG;SOR=2.093;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=20;WE=170858109;WS=170858091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr3	170858406	rs2292006	T	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=27;PP=759;SC=TTTAATGAGATATGCCTAAAT;SOR=1.342;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=170858414;WS=170858396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	170885097	rs2292005	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5039;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=0.958;SC=GATAAAACGGCGATCCAAAGA;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=16;WE=170885105;WS=170885087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr3	170893070	rs12637875	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=371;ReadPosRankSum=0.720;SC=GAGGCGCTGGGTTCCGGGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=26;WE=170893078;WS=170893060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr3	170928797	rs6444972	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	171065010	rs3082367	G	GA	1541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.53;ReadPosRankSum=2.209;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,50:0.89:56
chr3	171065031	rs1389047	G	C	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.185;HP=9;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=1277;ReadPosRankSum=2.227;SC=AAAAAGAAAAGAAAAATGACA;SOR=0.855;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=59;WE=171065039;WS=171065021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,47:0.92:51
chr3	171087469	rs3796295	G	A	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=41;PP=1251;SC=AGATCCCTGCGGGGTCCTGAA;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=171087477;WS=171087459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	171338237	rs9881788	T	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=11;PP=448;SC=TAAGCTCAGTTACTAGGTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=171338245;WS=171338227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	171395468	rs2124147	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=26;PP=1038;SC=TCTGTAAACTACGGATGGACC;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=48;WE=171395476;WS=171395458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	171405384	rs2305547	A	T	188.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=186;SC=GCTGAGAAAAATTTTTTTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=171405392;WS=171405374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	171442635	rs7647840	C	T	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=69;PP=2155;SC=CCACTTAGCTCGTACAGCCTC;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=123;WE=171442643;WS=171442625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	171442750	rs10710862	AG	A	2004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=35;PP=1630;SC=CGGGTACCCTAGAGGCGAACC;SOR=2.393;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=37;WE=171442758;WS=171442740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	171443607	rs4131284	C	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=145;SC=GTGACAAAGACAGTGGAGCAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=171443615;WS=171443603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	171443955	rs4131283	T	A	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=198;SC=GCTGTGTGTATATACTGTTTG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=171443963;WS=171443945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	171510238	rs3934620	C	T	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=12;PP=462;SC=ATCAGGGGCCCCTGGCCATCC;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=27;WE=171510246;WS=171510228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	171965629	rs7625921	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=98;ReadPosRankSum=0.134;SC=CAATAGTTCAAGGCGGTCCTT;SOR=0.478;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=10;WE=171965637;WS=171965619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr3	171969077	rs7652177	C	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=-1.595;SC=GGAATGTCAACCTACATCACC;SOR=0.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=16;WE=171969085;WS=171969067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr3	172003831	rs67373503	CT	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=1.117;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr3	172016725	rs16845307	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=319;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TTGACTCTCAAGAGCATCGTA;SOR=0.478;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=22;WE=172016733;WS=172016715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr3	172034271	rs9837821	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=2.662;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	172046695	rs201161345	G	GT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	172046861	rs2270568	T	C	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=651;ReadPosRankSum=-1.153;SC=ACGACATTGGTACCAGGTATG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=42;WE=172046869;WS=172046851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,70:0.64:109
chr3	172046933	rs6799133	A	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=421;ReadPosRankSum=-1.094;SC=TCTTTTACATAGCTGGAAGGC;SOR=0.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=28;WE=172046941;WS=172046923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr3	172048545	rs61995683	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr3	172052897	rs71300460	G	GT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=1.216;SOR=1.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr3	172060700	rs606797	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AACCCCTTTTCGGTAACATTT;SOR=0.188;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=6;WE=172060708;WS=172060690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr3	172064091	rs583550	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=153;ReadPosRankSum=-0.280;SC=ATATACATACGTGTGTGTGCG;SOR=0.831;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=16;WE=172064099;WS=172064081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr3	172162829	rs482204	G	A	356.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	172162837	rs477251	T	C	356.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	172166033	rs495225	G	A	4455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	172224303	rs1131532	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=298;ReadPosRankSum=-0.306;SC=AAAAGGCCCCAAAAAAACTGG;SOR=0.751;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=23;WE=172224311;WS=172224293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr3	172224769	rs111284464	GC	G	614.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=380;ReadPosRankSum=-0.523;SC=AAAGCAAGGAGCTTTTTTGCA;SOR=0.324;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=8;WE=172224779;WS=172224759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr3	172224771	rs17848019	T	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=388;ReadPosRankSum=-0.505;SC=AGCAAGGAGCTTTTTTGCAGC;SOR=0.324;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=10;WE=172224779;WS=172224759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr3	172227199	rs3815496	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATCAGCCATCGTAAGCATAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=172227207;WS=172227189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr3	172365619	rs9865941	G	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=501;ReadPosRankSum=0.808;SC=ACTCAGTTACGCATCTCCCCC;SOR=0.631;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=32;WE=172365627;WS=172365609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr3	172365832	rs2302815	T	G	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=502;ReadPosRankSum=0.795;SC=GCGCTTTTTTTGCCAAAAGAA;SOR=0.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=40;WE=172365840;WS=172365822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,60:0.42:143
chr3	172428508	rs7629698	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=4;PP=263;SC=TGGACCACCTCAAAAAGCGAC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=172428516;WS=172428498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	172428782	rs2276805	T	C	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=45;PP=1497;SC=CATCTTGCCCTGGCTCGGCTC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=91;WE=172428790;WS=172428772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	172473484	rs1403088	A	G	103.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	172480173	rs10654513	A	ATT	98.25	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	172480174	rs11313111	AC	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	172501443	rs7649589	A	C	138.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=0.792;SC=TTATAAAATAAGTTTGTTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=172501451;WS=172501433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr3	172520818	rs7644191	G	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	172534428	rs10936738	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	172537850	rs35236458	T	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=470;SC=TTGTAAAATGTAAAAATAATA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=172537858;WS=172537840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	172538065	rs76864072	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.509;SC=AATGTATAGACACCTCATACT;SOR=0.392;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=12;WE=172538073;WS=172538055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr3	172634025	rs141570329	T	TTG	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr3	172643172	.	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=0.236;SC=GATATTTTTTCCAAAAATTTT;SOR=0.801;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=17;WE=172643180;WS=172643162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr3	172835082	rs16846616	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=444;ReadPosRankSum=-1.061;SC=TGGCTGACTCCCAGTAGACAT;SOR=0.744;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=33;WE=172835090;WS=172835072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr3	172835125	rs1515442	T	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=416;ReadPosRankSum=-0.515;SC=CGAACACCCATTTCATCAATG;SOR=0.724;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=29;WE=172835133;WS=172835115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr3	172835290	rs1515441	C	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=482;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GCTGCTTTCTCTAAATCATTG;SOR=0.600;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=34;WE=172835298;WS=172835280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr3	172835467	.	C	T	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=648;ReadPosRankSum=0.451;SC=ACAAGCTGATCATGATAGATC;SOR=0.581;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=51;WE=172835475;WS=172835457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,89:0.57:157
chr3	172835549	.	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=1.824;SC=CCTGCAGGGGGGAGAAAAAGG;SOR=0.583;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=22;WE=172835557;WS=172835539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr3	173322277	rs11718812	G	A	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=679;ReadPosRankSum=1.484;SC=TTCTCGACAAGCTCCCCTGTA;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=37;WE=173322285;WS=173322267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,43:0.81:53
chr3	173323278	rs3853390	A	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=267;ReadPosRankSum=0.615;SC=CCGGCGGTCTATGATGGAGCG;SOR=0.312;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=16;WE=173323286;WS=173323268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr3	173507395	rs4499633	T	C	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=1;PP=246;SC=GAGTTCAAACTAGAACCCAAG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=173507403;WS=173507392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	173507744	rs2046722	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=217;ReadPosRankSum=0.809;SC=CAGAGCACAGTCCCTACCCTT;SOR=1.008;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=12;WE=173507752;WS=173507734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr3	173997153	rs7646919	G	A	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=763;ReadPosRankSum=1.806;SC=CCAGAAGAAAGACATTACTGG;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=53;WE=173997161;WS=173997143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,93:0.53:177
chr3	174581888	rs6445184	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr3	174951756	rs4371530	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=295;ReadPosRankSum=-1.881;SC=GAAGATGACATGGAAATTTCA;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=21;WE=174951764;WS=174951746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr3	175087275	.	A	G	44	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=44;QD=19.6928031368;SC=GTATACATATATAGGTAACAA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=175087283;WS=175087265;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	175087408	rs78831152	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr3	175165079	rs6802937	C	T	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	175165201	rs2161041	T	G	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=671;SC=TACAGTTTTTTTAAAGACCAT;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=175165209;WS=175165191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	175189406	rs35213579	CT	C	964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.378;NF=9;NR=10;PP=544;ReadPosRankSum=0.779;SC=CAGATAGATCCTTTTTTTTTT;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=19;WE=175189425;WS=175189396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr3	175189417	rs79264590	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=12;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.192;NF=13;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=1.726;SC=TTTTTTTTTTGTTATTTCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=18;WE=175189425;WS=175189396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr3	175189447	rs9290555	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-1.134;QD=11.42;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
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chr3	175205248	rs77907800	A	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=456;ReadPosRankSum=0.993;SC=ACAAATGAACATAATTTATTT;SOR=0.877;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=28;WE=175205256;WS=175205238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,63:0.72:88
chr3	175293864	.	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=298;ReadPosRankSum=0.294;SC=GAGCCCAGTGCCCAGAAACCA;SOR=0.686;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=20;WE=175293872;WS=175293854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr3	175345143	rs9866564	C	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=5;PP=109;SC=GAAATGGATCCCTCTTTCAAC;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=175345151;WS=175345133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	175345232	rs74954153	G	A	114.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=0.366;SC=TTTATTGGTAGATGGAGCAAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=175345240;WS=175345222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr3	175473047	rs9826737	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=195;SC=GCCATGGCGTTACGCCTGCGG;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=175473055;WS=175473037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	176765253	rs1201300	G	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=11;PP=409;SC=AACAAAGTAAGAAGGAAAATG;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=176765261;WS=176765243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	176771833	rs138539758	CGTGT	C	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.157;NF=1;NR=5;PP=255;ReadPosRankSum=0.674;SC=AGACGAAGGTCGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=176771844;WS=176771823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr3	178542417	rs9857119	A	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=-3.005;SC=CCGCCTCGGCATCCGAAAGTG;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=5;WE=178542425;WS=178542407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr3	178545952	rs35616186	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=0.682;SC=TTACTCTCACCCCTTTCTCTG;SOR=0.483;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=11;WE=178545960;WS=178545942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr3	178546026	rs9831934	T	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=424;ReadPosRankSum=-0.395;SC=AAACATTTAATTGCTCCTTCA;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=31;WE=178546034;WS=178546016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr3	178560581	rs6443583	A	C	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.60;ReadPosRankSum=2.545;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,64:0.85:75
chr3	178785549	rs6772028	G	A	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=463;SC=ATTGGGTAGGGAAGCCTGGGG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=178785557;WS=178785539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	178921639	rs2699895	C	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	178922274	rs2699896	C	A	574.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=269;ReadPosRankSum=1.206;SC=TAGTATATACCTACTTTTTTC;SOR=0.922;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=21;WE=178922282;WS=178922264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr3	178922430	rs3729679	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=0.307;SC=GTTTAGCAGTATGATCCATAA;SOR=1.292;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=12;WE=178922438;WS=178922420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr3	178937630	.	TA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr3	178942431	rs2699889	C	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.812;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	178943901	rs1356413	C	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	178976591	rs56400023	T	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=429;SC=GAATGTACACTGATAACAAAT;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=178976599;WS=178976581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	178976777	rs11720871	C	T	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=863;SC=CTCAGACTTCCTGTGCACCAC;SOR=0.898;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=44;WE=178976785;WS=178976767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	178976821	rs11720935	G	A	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.21;NF=14;NR=17;PP=654;SC=GACATGGTACGGTCTTCTTTG;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=178976829;WS=178976811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	179047534	rs370992926	G	A	106.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	179051472	rs35983049	A	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.822;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,50:0.28:180
chr3	179085630	rs147084232	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	179085654	rs138496759	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=-2.042;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	179092989	rs9865666	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=0.132;SC=TAATGTGTTACGGCTTGGGCC;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=179092997;WS=179092979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr3	179096508	rs7637065	C	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=17;PP=621;SC=ATTGTATTTCCTTTTTCCCTG;SOR=0.884;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=39;WE=179096516;WS=179096498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	179103342	rs200984893	C	CTT	104.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.99;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	179109735	rs2287209	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.279;SC=TGACCTTTATAGTAATTAGAT;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=4;WE=179109743;WS=179109725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	179137273	rs1362650	A	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,34:0.26:130
chr3	179143941	rs1078749	A	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.19;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr3	179280680	.	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-1.037;SC=ACTTAGGCCTGGACCCTAGTG;SOR=2.236;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=5;WE=179280688;WS=179280670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr3	179291308	rs71907893	CT	C,TT	907.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.76;QD=20.63;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,29,15:0.66,0.34:44
chr3	179291309	rs6443658	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.76;MQRankSum=-1.256;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr3	179298999	rs1132429	C	T	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=40;PP=1502;SC=GTGATATTGACATCAGACCAG;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=82;WE=179299007;WS=179298989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	179304255	rs9818068	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.679;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	179305654	rs6443659	A	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=184;SC=AAAAAAAAAAATTTTTTAAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=179305662;WS=179305644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	179341908	.	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr3	179399570	rs13080037	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=0.832;SC=TGCCAGGCCTCGTCTTCAGCG;SOR=0.573;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=13;WE=179399578;WS=179399560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr3	179448066	rs11309768	AT	A	449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5349;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.452;NF=1;NR=14;PP=227;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CCAGATTTGTATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=179448075;WS=179448056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr3	179448383	rs3213761	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.211;SC=CTTTTTGTTTCTGTTTCTCTG;SOR=0.557;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=7;WE=179448391;WS=179448373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr3	179448553	.	G	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=-0.226;SC=GCTTTAGAATGTGGGTTTCCT;SOR=0.260;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=179448561;WS=179448543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr3	179463076	rs58527921	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=7.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-0.804;QD=17.14;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr3	179463081	rs59131484	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=8.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.49;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr3	179469995	rs2239639	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=1.538;SC=TGCCTCAGACAAAGTTGATAT;SOR=1.581;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=10;WE=179470003;WS=179469985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr3	179472674	rs2287240	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-1.819;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,50:0.34:149
chr3	179481971	rs71917525	CTG	C	568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.742;NF=0;NR=9;PP=384;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GCATGAGAGACTGTGTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=9;WE=179481980;WS=179481961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr3	179501981	rs201974472	C	CA	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr3	179592053	rs1609981	G	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=168;SC=TGAAAATAAAGCATTTATGCT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=179592061;WS=179592043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	179592240	rs2339914	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=11;PP=300;SC=GGAAATTAAACGTACACTAGA;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=179592248;WS=179592230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	179593072	rs55664665	T	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=153;SC=GACTTAACTCTTTGGCTATTT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=179593080;WS=179593062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	179593352	rs2302743	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=17;PP=412;SC=GAGGGTGGAGCGTGTGGTGCA;SOR=2.226;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=179593360;WS=179593342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	179597979	rs13067789	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ATAGGTTTCAGTTGGGTACAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=179597987;WS=179597969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	179754328	rs200729896	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.482;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=267;ReadPosRankSum=1.835;SC=CTTAAATTAGCCCCCAAGAAT;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=28;WE=179754336;WS=179754318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,39:0.25:154
chr3	180319907	.	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.149;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=308;ReadPosRankSum=-0.345;SC=AGAACACTTCCGGGTGTAACT;SOR=0.247;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=21;WE=180319915;WS=180319897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr3	180319981	rs1532485	G	T	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.234;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.056;SC=TGTACCACCCGGCTCAAGTAG;SOR=0.507;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=79;WE=180319989;WS=180319971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,110:0.69:159
chr3	180320897	.	A	AT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
chr3	180325487	rs9858483	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr3	180334623	rs7612917	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=194;ReadPosRankSum=0.531;SC=CCTGTTTGGTCACTCTTTCTA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=16;WE=180334631;WS=180334613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr3	180362043	.	A	C	379.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=177;ReadPosRankSum=-1.006;SC=AATAAAGATCATTCTGCAAAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=180362051;WS=180362033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr3	180365043	rs34160752	T	TA	55.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=-1.309;SC=TGTTACAGTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.180;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=180365051;WS=180365033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	180365956	rs6769457	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CATCTACCTGGCTGTACATAA;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=8;WE=180365964;WS=180365946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr3	180630672	rs80057905	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=-0.295;SC=TCTCCCCCCTCCACCCGCGGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=4;WE=180630680;WS=180630662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr3	182546017	rs9814205	C	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=7;PP=233;SC=ATTACTCAATCTTAAGTTTGT;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=182546025;WS=182546007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	182575631	rs661774	G	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=128;SC=TAATACATGAGTTGTATGTTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=182575639;WS=182575621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	182576923	rs645597	T	A	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	182590354	rs771156	C	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=317;SC=AAAAATATTACTTTTCTCTCA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=182590362;WS=182590344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	182598863	rs796406	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=314;SC=ATTAAAGTACAGTATCAAATT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=182598871;WS=182598853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	182681740	rs4859146	C	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=336;SC=TGAACTTCCACGCAATAATCA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=182681748;WS=182681730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	182681853	rs4859147	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=15;PP=340;SC=AAAATAACAATGCAATATTAA;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=182681861;WS=182681843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	182735182	rs6786878	C	A	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=38;PP=1070;SC=TAGATATGTTCATCTGCTTCA;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=182735190;WS=182735172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	182755209	rs2270968	T	G	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=20;PP=574;SC=AATGTTGGTGTGCAGTCCAAC;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=182755217;WS=182755199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	182757084	rs2270967	G	A	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=369;SC=GAGGTTCAGAGGGCTTTGAAA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=182757092;WS=182757074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	182790249	rs7622479	G	A	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=11;PP=569;SC=TGTTTTCTGAGAGAAAACCGC;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=182790257;WS=182790239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	182804385	rs6806083	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=9;PP=679;SC=TAAAGATCTTGGGAAAGGCTA;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=182804393;WS=182804375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	182810144	rs3732604	T	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=582;ReadPosRankSum=-0.806;SC=ACGAAAATACTGACACAGTAA;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=39;WE=182810152;WS=182810134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr3	182817328	rs937652	C	G	5759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=84;PP=2740;SC=TGACCCCCGCCGGCCACCGTC;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=141;WE=182817336;WS=182817318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	182817387	.	C	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=775;ReadPosRankSum=-0.322;SC=AGGGCGTCTCCACGAACACCA;SOR=0.443;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=55;WE=182817395;WS=182817377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,63:0.65:97
chr3	182841739	.	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.877;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr3	182841859	.	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,57:0.31:183
chr3	182853670	rs482912	T	C	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=28;PP=936;SC=CCTTGGTAAATTGTCTCTGAA;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=182853678;WS=182853660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	182858287	rs522235	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=420;ReadPosRankSum=0.185;SC=ACAGAAACAGCGTCATGGCTG;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=31;WE=182858295;WS=182858277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,60:0.41:145
chr3	182858461	rs831256	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=0.585;SC=ACTTTGTTTAAGATTCCAGCT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=182858469;WS=182858451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr3	182870082	rs682396	G	A	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	182871962	rs653316	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=9;PP=429;SC=TTTTTGTAGTCGCTGGGGTAG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=182871970;WS=182871952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	182880480	rs3811729	A	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=0.920;SC=CGTGCGGCGAAGTCCGGGCAG;SOR=0.857;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=14;WE=182880488;WS=182880470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr3	182880629	rs602762	A	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=12;PP=194;SC=CCTACGGAGCAGGGAGGGGCG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=22;WE=182880638;WS=182880619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	182880630	rs3811731	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr3	182897442	.	G	A	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=631;ReadPosRankSum=0.947;SC=TGGAGGAACAGGTTTCGTGAC;SOR=0.621;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=41;WE=182897450;WS=182897432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,71:0.39:182
chr3	182897603	.	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TGGGCCACGGGGCTCTCAGCG;SOR=0.082;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=182897611;WS=182897593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	182913092	rs577136	T	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.70;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	182925404	rs6804951	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	182946002	rs6803121	A	G	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=31;PP=1498;SC=TAGACCATTGATGTTTCCATT;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=76;WE=182946010;WS=182945992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	182947413	rs1122143	C	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=0.765;SC=CCACCCTTCTCTTACTCTCCA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=182947421;WS=182947403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr3	182987515	rs3811732	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.967;SC=TACGAAACACGAAGTTCTATG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=182987523;WS=182987505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	183211906	rs1520101	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr3	183212026	rs2256061	C	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=287;ReadPosRankSum=0.119;SC=ACTTGTTGATCGAAGAATTAT;SOR=0.558;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=28;WE=183212034;WS=183212016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,46:0.40:115
chr3	183217344	.	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=358;ReadPosRankSum=0.554;SC=AGTGCTACTGGAGCTTGCTTT;SOR=1.256;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=28;WE=183217352;WS=183217334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,35:0.40:88
chr3	183226114	rs73188786	G	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=430;ReadPosRankSum=0.769;SC=GAGTGTCCACGGGCAGGTCAA;SOR=1.111;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=31;WE=183226122;WS=183226104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,50:0.39:127
chr3	183368216	rs3755648	A	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=374;ReadPosRankSum=1.595;SC=CAACTAAGCGAAAAGTTTTTG;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=31;WE=183368228;WS=183368206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr3	183368891	rs2293031	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=342;ReadPosRankSum=-1.995;SC=CACTGTTACACGAGCTCCTGA;SOR=0.781;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=31;WE=183368899;WS=183368881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,49:0.39:126
chr3	183432983	rs3736535	C	T	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,60:0.35:170
chr3	183474418	.	C	T	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,55:0.54:102
chr3	183491340	rs262961	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-1.453;SC=AAAATAAGAATTTATTGCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=8;WE=183491348;WS=183491330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr3	183491720	rs262960	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.875;SC=TAGCATTTGCTCAGATGGATT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=183491728;WS=183491710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	183493743	rs146705467	CGGA	C	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.164;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr3	183510782	.	T	A	59	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=59;QD=18.7542425094;SC=AACTTGAAAGTTCAGTTTTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=183510790;WS=183510772;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,5:0.36:14
chr3	183521133	rs263042	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.789;SC=GGTAACCCACATCTGCCTGTC;SOR=0.616;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=10;WE=183521141;WS=183521123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr3	183524193	rs263034	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr3	183524349	rs263033	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=0.289;SC=AAAATCAGGTCAGTCCTTAAT;SOR=0.136;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=183524357;WS=183524339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	183524379	rs263032	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=0.366;SC=GAGGGGGATGACCTGGTTTTT;SOR=0.039;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=183524387;WS=183524369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	183524948	rs263031	T	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.963;SC=GACGTTCAGCTTCACAGACCC;SOR=0.582;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=4;WE=183524956;WS=183524938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	183528442	rs263024	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=0.483;SC=CCCTGCTGCTCGGGAAGGAGG;SOR=0.465;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=14;WE=183528450;WS=183528432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr3	183535763	rs897604	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=6.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr3	183536063	rs894000	T	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GCAAGGCAAGTGCACTCCCGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=183536071;WS=183536053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	183543291	rs263006	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr3	183558402	rs3732581	C	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr3	183560292	rs7652031	A	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr3	183604723	rs1829515	A	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=1.538;SC=TAGCGGTAGCATGTCAAGGAA;SOR=0.799;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=12;WE=183604731;WS=183604713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr3	183604801	rs4420923	G	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=0.722;SC=CTCTTGTGGAGGGCCTGACAT;SOR=1.112;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=7;WE=183604809;WS=183604791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
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chr3	183663833	rs2292998	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=176;ReadPosRankSum=-0.174;SC=ACTGAGCACATGCAGCAGCTG;SOR=0.839;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=21;WE=183663841;WS=183663823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr3	183669932	.	CTTT	C	62.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr3	183679532	rs6443924	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=208;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TCTACAGGAGACGAGTTAAGC;SOR=0.526;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=15;WE=183679540;WS=183679522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr3	183685534	rs939336	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=227;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CCACACTGCCACAGATTCCAA;SOR=0.947;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=25;WE=183685542;WS=183685524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,33:0.25:132
chr3	183695508	rs116583553	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=300;ReadPosRankSum=1.221;SC=TAGGAAGGCTGCAACTTCACG;SOR=0.987;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=23;WE=183695516;WS=183695498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr3	183696402	rs1132776	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=0.494;SC=GGAAGTACCCAGCTTTTTCCA;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=13;WE=183696410;WS=183696392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr3	183699516	rs7636910	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=212;ReadPosRankSum=-0.350;SC=TAAACTCACTTTGAACACTCT;SOR=0.412;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=16;WE=183699524;WS=183699506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr3	183700211	rs2293001	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-1.253;SC=GGAGAAGCTGCCAGGATTCAG;SOR=0.444;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=7;WE=183700219;WS=183700201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	183706630	rs6443926	A	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=0.150;SC=GTCTCCCCAGATGATCTAATC;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=183706638;WS=183706620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	183749731	rs939334	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=54;ReadPosRankSum=0.215;SC=GTGACACTGATGGCTTTGTAC;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=183749739;WS=183749721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr3	183750907	.	AT	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr3	183753029	.	C	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.740;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=-1.429;SC=GACTCAGTTTCCCCTTTCCTC;SOR=0.916;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=26;WE=183753037;WS=183753019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,52:0.36:145
chr3	183754029	rs6792482	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.056;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr3	183754294	rs6443930	G	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=142;ReadPosRankSum=-0.544;SC=ATGGACAGAGGTGAACGCTCT;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=11;WE=183754302;WS=183754284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr3	183755822	rs1000952	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=181;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GCCATCAGGCGCAGGTGCAGG;SOR=0.515;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=18;WE=183755830;WS=183755812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr3	183756426	rs6799766	T	C	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=46;PP=1636;SC=AGGGAAGTCATACTTCCTCTT;SOR=0.864;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=82;WE=183756434;WS=183756416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	183756702	rs6789754	G	A	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=25.65;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr3	183756742	rs55674402	C	T	7589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=73;PP=2497;SC=TCATCACCGTCATATGCCTCT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=74;TCR=73;TR=147;WE=183756750;WS=183756732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr3	183756780	rs6765152	A	C	7000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=157;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=78;PP=2536;SC=GCTCACCTGCAAACTTCAGTC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=133;WE=183756788;WS=183756770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	183756808	rs6789882	G	A	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=196;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=65;PP=1789;SC=CTTTTTGCCAGAGAACTCCAG;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=112;WE=183756816;WS=183756798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	183756836	rs11274156	A	AT,ATGTCAGTCCAAAT	4951.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=36;PP=2845;SC=TCAGGCTCTCAGTCAGCCTTG;SOR=1.674;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=38;WE=183756845;WS=183756823;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:112
chr3	183756837	.	G	T	945	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MMLQ=27;MQ=59.84;NF=7;NR=33;PP=945;QD=24.4942803137;SC=CAGGCTCTCAGTCAGCCTTGT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=40;WE=183756845;WS=183756823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,40:0.89:45
chr3	183756837	rs66883074	G	GTCAGTCCAAATT	4952.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.62;QD=44.22;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	183756897	rs55953689	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GTAGTTTCAGACCAGACCTGA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=7;WE=183756905;WS=183756887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr3	183772683	.	T	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=445;ReadPosRankSum=1.446;SC=GTGGTGAGACTTAGTCCCTGC;SOR=0.335;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=27;WE=183772691;WS=183772673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr3	183773895	.	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.586;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=457;ReadPosRankSum=1.062;SC=AAGAAGAATGGAAAGGGTGGG;SOR=0.256;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=28;WE=183773903;WS=183773885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr3	183774762	rs6766410	C	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.091;NF=24;NR=10;PP=480;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GCATCTGTAACCTGGACATCT;SOR=1.236;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=34;WE=183774770;WS=183774752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,58:0.46:125
chr3	183774872	rs11432832	G	GA	1084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.817;NF=3;NR=19;PP=787;ReadPosRankSum=0.209;SC=AAGATTCAGGGAAGACATTTG;SOR=0.384;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=22;WE=183774880;WS=183774862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr3	183776469	rs7617316	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=0.045;SC=AAAGAAGCTCCAGGCCGGGTG;SOR=0.209;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=9;WE=183776477;WS=183776459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr3	183777919	rs6807271	G	A	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.518;NF=35;NR=26;PP=901;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CCATGACTGAGCCTCTGTCCT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=61;WE=183777927;WS=183777909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,95:0.66:145
chr3	183778010	rs6807362	G	C	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1551;ReadPosRankSum=-0.346;SC=GGGGGCTCAGGATGGACAAAG;SOR=0.588;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=136;TCF=94;TCR=42;TR=85;WE=183778018;WS=183778000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,104:0.60:174
chr3	183815439	rs6765267	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-0.580;SC=TCTCTCTAGTAGAACATCTAG;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=183815447;WS=183815429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr3	183818416	rs7627615	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=351;ReadPosRankSum=0.949;SC=CATCTCCTTCGCGATGTCTGC;SOR=0.560;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=36;WE=183818424;WS=183818406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,47:0.41:114
chr3	183818511	rs55683908	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=0.124;SC=GTGGCCCCCCAAAGCCCTTAT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=21;WE=183818519;WS=183818501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr3	183819155	rs7432211	T	C	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=13;PP=803;SC=GAGCTTTTGTTCTGGATCACA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=183819163;WS=183819145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	183823576	rs4912524	T	C	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=20;PP=1238;SC=GCAGGCCCAGTCTCTATGTCA;SOR=1.528;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=65;WE=183823584;WS=183823566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	183823863	rs150341032	G	GAAGA	2463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=26;PP=1996;SC=GATTGGAAGAGAAGAAATTCT;SOR=1.371;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=36;WE=183823871;WS=183823853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	183824184	.	C	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.571;NF=14;NR=23;PP=594;ReadPosRankSum=1.905;SC=GCTCCTGCCTCCTTCCCTGTC;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=37;WE=183824192;WS=183824174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr3	183856549	rs6787322	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=0.204;SC=TCAGCCTCCCAGGTTCAAGGG;SOR=0.627;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=5;WE=183856557;WS=183856543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr3	183857809	rs112477801	C	CA	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr3	183884550	rs73185720	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=328;ReadPosRankSum=0.136;SC=AACCCCCATATCTATCCTGTT;SOR=1.528;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=22;WE=183884558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr3	183896164	.	CC	TA	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=0.668;SC=TGGTACTTCTCCCTCCTTTGT;SOR=0.175;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=183896173;WS=183896154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	183896641	rs2231216	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr3	183900680	rs843366	G	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=187;ReadPosRankSum=1.570;SC=GGGGCCTAGAGTCATGCCAGG;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=15;WE=183900688;WS=183900670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr3	183900729	rs843365	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.267;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr3	183900836	rs843364	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=0.664;SC=TACTATTTGTGATGAGGCAAA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=4;WE=183900844;WS=183900826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	183903910	.	G	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr3	183903931	.	A	AGGGCGGG	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=591;ReadPosRankSum=-1.721;SC=TTTCGGGGGCAGGGCGGGGGG;SOR=1.230;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=13;WE=183903943;WS=183903921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr3	183903935	rs16833781	C	CG	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=2.115;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr3	183904049	rs11539876	A	G	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.61;ReadPosRankSum=1.604;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,132:0.60:220
chr3	183904232	rs1709624	T	A	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=16;PP=573;SC=CTGTCTGGGGTCTGAAACTGC;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=183904240;WS=183904222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	183905103	rs2942056	G	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.121;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr3	183906515	rs843345	T	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.610;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=0.516;SC=AGACTGCCCCTGCTTAGGCCA;SOR=0.623;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=15;WE=183906523;WS=183906505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr3	183907032	rs843344	G	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=2.823;SC=GCCATGTATTGTTTTTCATAG;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=12;WE=183907040;WS=183907022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr3	183954283	.	GG	AA	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.62;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
chr3	183961834	rs2233465	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr3	183975365	rs7633387	C	T	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=29;PP=968;SC=GCAGGCTCGCCATGCCCATGT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=183975373;WS=183975355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	183994536	rs843371	A	G	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=27;PP=820;SC=AACAGACTCAAGGCTCAACTC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=183994544;WS=183994526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	183995341	rs1001817	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-0.537;SC=AGGCAGTGTCCATGAATGAGG;SOR=0.566;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=183995349;WS=183995331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	183995854	rs2272471	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=363;ReadPosRankSum=-2.726;SC=CCACTGAGCCGGTTGAGGGCA;SOR=0.818;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=20;WE=183995862;WS=183995844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr3	183996068	rs3752904	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=290;ReadPosRankSum=0.304;SC=ACATCAGTGCCGACTCTAAGA;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=18;WE=183996076;WS=183996058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr3	183996213	rs843372	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=349;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CCCCTACCCCCGCTCGGGAAT;SOR=0.849;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=19;WE=183996221;WS=183996203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr3	183996484	rs140658066	CTTTCTTCT	C	687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.632;QD=29.90;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr3	183996511	rs1387976	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.55;ReadPosRankSum=-1.555;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr3	184003194	rs1687230	C	T	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	184010048	rs3914188	G	C	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=49;PP=1581;SC=GGGAGAAATGGCCAGCTGTCA;SOR=1.211;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=76;WE=184010056;WS=184010038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	184018267	.	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=1.315;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr3	184020100	rs71185698	C	CA	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=192;SC=TAAGTGAATTCATGGGGAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=184020108;WS=184020094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	184020905	rs2272473	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr3	184033408	rs73187631	A	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=254;ReadPosRankSum=1.123;SC=GTTGGTGGGGACAGGCTGTAT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=19;WE=184033416;WS=184033398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr3	184037533	rs13319149	A	G	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=22;PP=868;SC=CGTGGCCCCCACCCCAGTTTT;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=184037541;WS=184037523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	184039666	rs2178403	A	G	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=62;PP=2048;SC=GACAGCATCAATGGCGCCCCC;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=97;WE=184039674;WS=184039656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	184043815	rs77414982	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=-2.638;SC=AAGTTGAGAAGGTGACAGCTG;SOR=0.164;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=12;WE=184043823;WS=184043805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr3	184045799	rs939317	A	G	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=23;PP=707;SC=GGGTATGACCAGCTTCTCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=184045807;WS=184045789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	184046355	rs1879244	C	T	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=14;PP=529;SC=AGCCATGCCACGTTGCCCCAG;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=184046363;WS=184046345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	184046470	rs2230571	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=0.332;SC=ACATCCCCCACGTGTGGCTCT;SOR=0.997;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=20;WE=184046478;WS=184046460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr3	184052420	rs62287502	G	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=336;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GTGCATCAGGGCCTTGTTTGA;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=21;WE=184052428;WS=184052410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr3	184056101	rs1881973	G	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=1.879;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr3	184056464	.	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=30;ReadPosRankSum=0.652;SC=GAGGCCGCCCCCGTGCCGGTC;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=5;WE=184056472;WS=184056454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr3	184062776	rs9839000	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=298;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CATGCCTGGCAGTGGCATGCA;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=24;WE=184062784;WS=184062766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr3	184064916	rs2293603	C	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=1.438;SC=GAGGGGTGCCCCAGATTGGGA;SOR=0.317;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=9;WE=184064924;WS=184064906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr3	184070675	rs3749223	A	G	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=18;PP=556;SC=AGGAAGACACAGGGAGAGGTA;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=184070683;WS=184070665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	184071017	rs41266265	G	A	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,42:0.28:148
chr3	184071017	.	GTT	ATC	687	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=59.91;NF=10;NR=11;PP=687;QD=35.2603749934;SC=TTTAGGAAGCGTTTGTGGCTT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=21;WE=184071027;WS=184071007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:50,21:0.30:71
chr3	184071019	rs11920716	T	C	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,42:0.29:147
chr3	184071063	rs9820367	G	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=-0.208;SC=AGCCTCAGGGGTAGGGGGACC;SOR=0.791;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=18;WE=184071071;WS=184071053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr3	184072459	rs73189624	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.666;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr3	184075047	rs2228291	A	G	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=1135;ReadPosRankSum=1.297;SC=AGAGGGCTGTAATAGTCTCTA;SOR=0.705;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=64;WE=184075055;WS=184075037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,96:0.68:142
chr3	184075958	rs41266271	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr3	184090266	rs6141	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=316;SC=GAGCTGTACACGAGACAATGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=184090274;WS=184090256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	184091149	rs6142	G	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=0.315;SC=GGTCTTCTAGGGGGACTGAGT;SOR=1.042;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=12;WE=184091157;WS=184091139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr3	184094183	rs956732	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=-0.726;SC=CCAAGGGTGAAGAATCTATCC;SOR=0.333;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=184094191;WS=184094173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr3	184098169	.	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr3	184098193	rs1920128	A	C	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr3	184098647	rs885650	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=373;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GCGCGGGCGTCGGAGTGGACT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=22;WE=184098655;WS=184098637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr3	184099378	rs35929225	C	A	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=972;ReadPosRankSum=-0.742;SC=GGGAGCCAGGCGCTGAGGAGC;SOR=0.656;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=60;WE=184099386;WS=184099368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,85:0.69:124
chr3	184100961	rs3833587	G	GT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.366;NF=1;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGTGAGGCGGGGGGGGGGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=184100969;WS=184100951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	184106217	rs1881972	A	G	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5222;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=110;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=81;SC=CCATCCATCCATCCGTCCCTT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=184106225;WS=184106207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	184106650	rs78777137	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=1.715;SC=GCCTCTGGGGGACACTCAGTG;SOR=0.667;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=18;WE=184106658;WS=184106640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr3	184289033	rs191044755	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=1.754;SC=TGAGCCACTTCGCTCATCTGT;SOR=0.273;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=10;WE=184289041;WS=184289023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr3	184293564	rs7640497	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=1.080;SC=CTGCGGAGGTCTGGTGTCTGC;SOR=1.061;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=11;WE=184293572;WS=184293554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr3	184293610	rs9823034	T	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=441;ReadPosRankSum=0.925;SC=TCCTCTTCTCTCCCACAGCCT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=29;WE=184293618;WS=184293600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr3	184293769	rs7652597	T	C	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=860;ReadPosRankSum=0.751;SC=ACAGTGCCTGTACCAGTGAGT;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=57;WE=184293777;WS=184293759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,92:0.55:168
chr3	184295008	rs7644069	C	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=351;ReadPosRankSum=0.869;SC=GCCTGGGTCACTTTCTCCTGG;SOR=1.119;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=22;WE=184295016;WS=184294998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr3	184295828	rs4072650	C	A	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=428;ReadPosRankSum=-1.327;SC=CCATGGGCCGCCTCGAACTGC;SOR=0.419;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=30;WE=184295836;WS=184295818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr3	184295921	rs4072651	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.58;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr3	184295921	.	CCA	TCG	523	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=10;PP=523;QD=36.0292421789;SC=CCTCCTGGGGCCAGCCGTTGC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=16;WE=184295931;WS=184295911;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr3	184295923	rs4072652	A	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.20;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr3	184299068	rs9881589	G	A	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=53;PP=1439;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TGGACCGCACGGTCCCAGATT;SOR=0.521;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=100;WE=184299076;WS=184299058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,138:0.58:238
chr3	184299167	rs1138510	T	C	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=1398;ReadPosRankSum=0.881;SC=GGTTTGCATCTTTTGACCTGG;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=78;WE=184299175;WS=184299157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,92:0.64:144
chr3	184299414	rs2230596	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=391;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GGTCTGACACCGGCTCCCACG;SOR=0.724;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=27;WE=184299422;WS=184299404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr3	184428903	rs9872799	T	G	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=54;PP=1938;SC=GAATTCATATTCTGGTGGATT;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=98;WE=184428911;WS=184428893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	184429133	rs10656187	A	ATCC	3491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=1185;ReadPosRankSum=0.043;SC=CTCCTCCCAGATCCTCCTCCT;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=35;WE=184429151;WS=184429123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr3	184429414	rs10937187	C	A	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=41;PP=1408;SC=CTTGCCAAGGCTTTGGCCGCC;SOR=0.972;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=71;WE=184429422;WS=184429404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	184542693	rs71298576	A	AT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.003;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.833;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr3	184550501	rs9830734	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=284;ReadPosRankSum=0.826;SC=TGAGTCTTTTATTCTTGAGGA;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=18;WE=184550509;WS=184550491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr3	184560969	rs16859344	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	184561140	rs11384502	G	GA	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=1.086;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.029;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr3	184567039	rs2305240	C	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=-0.937;SC=GATGAATTTACAAAAACTTAC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=23;WE=184567047;WS=184567029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr3	184573555	rs6443999	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr3	184577917	rs7340698	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-1.696;SC=TCTATGATATATTAAAGCTAC;SOR=1.347;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=184577925;WS=184577907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr3	184588420	rs2305239	A	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.246;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=322;ReadPosRankSum=0.985;SC=AATTCTAATTATGTATTATTT;SOR=0.151;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=21;WE=184588428;WS=184588410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr3	184616504	rs9845800	C	T	72.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr3	184631103	rs9821657	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	184633247	rs4686879	A	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.469;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr3	184642587	rs11391596	A	AT	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.683;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	184647413	rs4643688	T	C	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	184654166	rs6444004	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=13;PP=368;SC=ATCTAGTGGAAAGACAATTAT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=184654174;WS=184654156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	184658058	rs142586532	T	TTATA	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	184675095	rs3732934	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=-1.458;SC=TTACTGGTAGCTTTTAATTAT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=184675103;WS=184675085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr3	184675147	rs3832240	CTTTTA	C	981.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=675;ReadPosRankSum=0.886;SC=TTCTCTTTATCTTTTATGTTT;SOR=1.670;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=15;WE=184675159;WS=184675137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr3	184675359	rs4501092	T	C	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	184684313	rs4470487	G	A	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=113;SC=AAACAGAAGAGTTTACTTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=184684321;WS=184684303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	184700356	rs4572747	A	C	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.47;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr3	184700426	rs11555405	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=229;ReadPosRankSum=0.643;SC=TCCTCATCTACACTCTGAAGG;SOR=0.818;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=19;WE=184700434;WS=184700416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr3	184714014	rs9860814	C	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=0;PP=380;SC=TCAATTTTAGCTGTTGGTAGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=184714022;WS=184714004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	184717703	rs2291737	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=323;SC=CCAATGTCATTTGGGCCTGGT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=184717711;WS=184717693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	184766148	rs3821748	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AGCTGGTAGCATGGATTGTTT;SOR=0.968;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=23;WE=184766156;WS=184766138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr3	184766186	rs3821749	A	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.994;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=494;ReadPosRankSum=-3.030;SC=GCACCATGTTATGCTTCAGCA;SOR=1.059;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=29;WE=184766194;WS=184766176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr3	184766249	rs6779564	TC	CT	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.13;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,60:0.62:97
chr3	184766392	rs3821751	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=397;ReadPosRankSum=-0.708;SC=CCTATTTATAGTTTACTGCTT;SOR=0.592;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=27;WE=184766400;WS=184766382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr3	184801494	rs9845482	G	A	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	184907503	.	CT	C	184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=14.21;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	184935807	rs35531967	A	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=498;SC=CCCACCTCGGACTCCCAGAGT;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=21;WE=184935815;WS=184935797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	184971024	.	TA	T	71.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-1.713;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	185046909	rs34308085	AT	A	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=8;PP=306;SC=CAGTAGTTTTATTTTTTTTTA;SOR=1.143;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=185046917;WS=185046899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	185046975	rs9863304	T	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	185146640	rs369957279	G	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=574;ReadPosRankSum=1.044;SC=AAGGGAACACGATGAATCAGA;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=37;WE=185146648;WS=185146630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr3	185155430	rs113427759	C	CT	351.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.038;HP=11;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=251;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TAGGTCAAGGCTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=12;WE=185155438;WS=185155420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,22:0.85:26
chr3	185212593	rs6798873	T	C	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=21;PP=656;SC=AGAAAGGGTCTCCAGGTGTTG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=35;WE=185212601;WS=185212583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	185229464	rs61730237	T	C	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=27;PP=864;SC=CTTGGTGATATTTCTGAAATG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=185229472;WS=185229454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	185232169	rs1837882	G	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=334;SC=GGGAAATAGCGCACTGCAAAC;SOR=2.066;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=185232177;WS=185232159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	185300395	rs7651346	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=190;ReadPosRankSum=0.613;SC=CAAGCCAAGGGCAGAAATCTC;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=15;WE=185300403;WS=185300385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr3	185304018	rs17523471	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=230;ReadPosRankSum=0.858;SC=ACGTCAGGAGTGGTGGCGGGC;SOR=0.906;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=19;WE=185304026;WS=185304008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr3	185318804	rs13100034	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=30;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TGAACTTAGGGGTGTGTTATA;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=185318812;WS=185318794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	185330304	rs62877061	TTGA	T	637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=317;ReadPosRankSum=-2.000;SC=GAGGAATGTCTTGATGTTGTG;SOR=0.665;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=185330314;WS=185330294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr3	185331165	rs6762208	C	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.136;SC=GATACAGAGACGATGGTCGGA;SOR=0.458;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=5;WE=185331173;WS=185331155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr3	185335156	rs34765114	T	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=1.043;SC=TATATTTTTCTCAAGAGTCAG;SOR=0.074;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=185335164;WS=185335146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	185339575	rs13076556	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CTCCTCTTACATTTAAGATGT;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=10;WE=185339583;WS=185339565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr3	185341970	rs1823238	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.019;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,44:0.36:121
chr3	185347459	rs6774871	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=178;ReadPosRankSum=-0.522;SC=AAATGTCAACACTTAGAAAAA;SOR=0.936;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=18;WE=185347467;WS=185347449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr3	185431172	rs55701287	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.603;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr3	185431197	rs80061571	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=-1.256;SC=GGAAAAGCAGCAGTGGGCGGC;SOR=0.527;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=8;WE=185431205;WS=185431187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr3	185635685	rs16860328	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr3	185655454	rs1862904	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=-1.763;SC=CTATCCACAAAGGCTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=6;WE=185655462;WS=185655445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr3	185766711	rs79060173	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=258;ReadPosRankSum=-1.342;SC=CAGGGGAAGAGAACGAGGTAT;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=16;WE=185766719;WS=185766701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr3	185879296	rs13073156	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=8;PP=291;SC=ACAGTCCCTGTGACTCTGAGA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=185879304;WS=185879286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	185905876	rs13087397	G	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=2;PP=414;SC=CAGCATATCCGCAGAGCATGG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=185905884;WS=185905866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	185960192	rs6799929	A	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=34;SC=CCAAGTCCCCAGCGGCCCTGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=185960200;WS=185960182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	185960414	rs12489063	G	A	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.12;NF=27;NR=27;PP=1012;SC=AGTGCAGTGCGGAGGGAAGGG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=185960422;WS=185960404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	185975789	rs13315397	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=153;ReadPosRankSum=2.188;SC=ACATTGATACATGTTGAGTCA;SOR=0.489;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=16;WE=185975797;WS=185975779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr3	185982955	rs3815620	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=117;ReadPosRankSum=-0.968;SC=ATGCTTTTCTGTAGAACCCAA;SOR=0.191;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=185982963;WS=185982945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr3	185982972	rs3815619	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CCAAACCCCGTCTTGCCCGCC;SOR=0.910;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=13;WE=185982980;WS=185982962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr3	185983273	rs11354963	CT	C	255.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=334;ReadPosRankSum=-1.512;SC=ACCCCTATGACTTTTTCTAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=185983281;WS=185983263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr3	185985706	rs145318120	CGT	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=1.579;SC=ACAGTATTGCCGTGTGTGTGT;SOR=0.148;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=4;WE=185985715;WS=185985696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr3	185990096	rs2193587	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=0.008;SC=AGGAATGTTTCTGGACACACA;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=22;WE=185990104;WS=185990086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,35:0.30:117
chr3	185998475	.	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=161;ReadPosRankSum=0.639;SC=CAGCTCTGTGGGATCCCACTC;SOR=0.950;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=12;WE=185998483;WS=185998465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr3	186006566	rs710443	T	C	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,64:0.38:168
chr3	186006618	rs1004588	G	C	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=787;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TTCCAGGGGGGTCGCAGCCAC;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=50;WE=186006626;WS=186006608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,84:0.65:129
chr3	186015283	rs3819860	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=7;PP=303;SC=CTGAGGAAAAAAAAGAAGATT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=186015291;WS=186015273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	186015303	rs3819859	A	G	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=8;PP=344;SC=TTAAAGACCAACCCAGGCCCT;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=186015323;WS=186015293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	186015315	rs3819858	T	C	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=336;SC=CCAGGCCCTCTAGCTTCTTGG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=186015323;WS=186015293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	186015438	rs3819857	C	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=189;SC=GCTGTGTCTCCCCCATTATAG;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=186015446;WS=186015428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	186287777	rs2889755	T	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=3;PP=215;SC=ATACGCCCGATGATTTACCGA;SOR=2.985;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=186287785;WS=186287767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	186287980	rs12330397	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.286;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=416;ReadPosRankSum=-1.693;SC=CTTATGGAGTTGCTTGGAGAA;SOR=1.930;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=32;WE=186287988;WS=186287970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr3	186288565	rs3806714	A	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=2;PP=659;SC=CTGCGGACCAAGGAGACCCCC;SOR=4.479;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=28;WE=186288573;WS=186288555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	186288810	rs3733160	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr3	186290127	.	CATTT	C	219	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=27;MQ=60.54;NF=0;NR=6;PP=219;QD=38.3333333333;SC=TTTCAGCTCACATTTATTTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=186290138;WS=186290117;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr3	186290143	rs374076917	TA	T	213.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.254;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr3	186290145	rs368298566	TTTA	T	213.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.252;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr3	186290155	rs2010555	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.40;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr3	186293588	rs2280391	A	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=588;ReadPosRankSum=-1.879;SC=ACTGGATATTACCAACTCATG;SOR=0.591;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=32;WE=186293596;WS=186293578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr3	186293820	rs2280390	T	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=109;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CAGAAACTTTTGATGAACAGT;SOR=0.735;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=12;WE=186293828;WS=186293810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr3	186295417	rs60278421	AT	A	161	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr3	186299905	rs6784026	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr3	186300683	rs9851299	G	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	186301703	rs8147	A	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=477;ReadPosRankSum=2.422;SC=AAATGTGACAATCTCATTAGT;SOR=1.048;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=34;WE=186301711;WS=186301693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr3	186301840	rs13326516	T	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=1.039;SC=TATCAGCTGTTTCAGTCATTG;SOR=1.418;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=21;WE=186301848;WS=186301830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr3	186302391	.	A	ATTGTGTGTGTGTGTGT,ATTGTGTGTGTGT	642.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.167;NF=2;NR=6;PP=916;ReadPosRankSum=-1.130;SC=ATGGCATATTAGTGTGTGTGT;SOR=0.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=186302399;WS=186302381;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.95:20
chr3	186302424	rs112885079	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=0.473;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	186330745	rs112673334	G	GT	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
chr3	186333328	rs111917542	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=328;ReadPosRankSum=0.980;SC=AGAGCTAGACGGAGTTGCAGA;SOR=1.349;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=21;WE=186333336;WS=186333319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr3	186337713	rs4917	T	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=322;ReadPosRankSum=1.129;SC=GTGACCTGCATGGTGTTCCAA;SOR=0.556;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=21;WE=186337721;WS=186337703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr3	186337827	rs2518136	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=185;ReadPosRankSum=-2.105;SC=TTTGCTCTCCTGTGCTTCTGA;SOR=0.813;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=17;WE=186337835;WS=186337817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr3	186338382	rs4918	G	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=427;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CAGCCCGTGAGCTCACAGCCC;SOR=0.441;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=33;WE=186338390;WS=186338372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr3	186338425	rs1071592	A	C	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.286;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=840;ReadPosRankSum=1.021;SC=CAGTCCCCACACCCGTGGTGG;SOR=0.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=58;WE=186338433;WS=186338415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,85:0.62:136
chr3	186338631	.	CA	C	2398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.927;NF=4;NR=32;PP=1366;ReadPosRankSum=0.737;SC=CCCCGGAAAACACGCACAGTG;SOR=0.600;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=6;TCR=58;TR=36;WE=186338639;WS=186338621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr3	186358768	rs66965282	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
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chr3	186370333	rs1131364	G	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr3	186386664	rs5855108	T	TA	253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=190;SC=CTTTAATACATAAAAAAAAAC;SOR=2.833;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=186386672;WS=186386654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	186390627	rs9898	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.638;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,27:0.25:106
chr3	186393087	.	T	TGAGAGA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	186393089	rs200614979	T	A	137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;QD=34.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	186393091	rs201939393	T	A	177.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.42;QD=35.41;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	186393093	rs34359202	T	A	177.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.35;QD=35.41;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	186393095	rs2378122	T	A	177.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.31;QD=35.60;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	186393097	rs7428891	T	A	258.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.27;QD=36.97;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	186395113	rs2228243	A	G	8502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=137;NR=130;PP=2965;SC=GCCCAAAGACATTCTCATAAT;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=270;TCF=138;TCR=132;TR=267;WE=186395121;WS=186395103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr3	186395180	rs7629680	T	C	12059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.864;SC=AGCATCCCCATGGACACCATC;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=172;TCR=130;TR=300;WE=186395188;WS=186395170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,466:1.00:468
chr3	186395572	rs1042464	A	T	4807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=78;PP=2432;SC=AAGCCAGACAATCAGCCCTTT;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=127;WE=186395580;WS=186395562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	186435370	rs1050274	G	A	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=27;PP=1194;SC=GCTCCAGGCTGCTACTAAGTT;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=59;WE=186435378;WS=186435360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	186438037	rs2304452	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=384;SC=GGCCTTCTGTTTTCTCCGTTG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=186438045;WS=186438027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	186445052	rs2304456	T	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=10;PP=607;SC=ACTTTCGAATTACCTACTCAA;SOR=1.094;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=186445060;WS=186445042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	186445186	rs3841557	G	GA	1795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=965;SC=TTTACATTTTGTGGTAACTAT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=20;WE=186445194;WS=186445176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	186445237	rs5030025	A	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=313;SC=TTTAGATGACATTCAGCAATT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=186445245;WS=186445227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	186449582	rs1648698	G	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=466;SC=GTACCCCTTCGCTGCCCAGTT;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=186449590;WS=186449572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	186461349	rs5030095	G	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=240;SC=CTCTGAGTTTGTCTTTCATTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=186461357;WS=186461340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	186501502	rs266720	C	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=12;PP=403;SC=GTGGATGGCACGGAGGCAAAA;SOR=0.902;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=186501510;WS=186501492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	186504148	rs266718	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=1.207;SC=ATGTGTTTTGTTGTCGTTCCC;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=4;WE=186504156;WS=186504138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	186507922	rs2066500	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=636;ReadPosRankSum=0.420;SC=GTGCAAAGTACCTACTTACGG;SOR=0.703;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=36;WE=186507930;WS=186507912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr3	186509517	rs187868	G	A	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=41;PP=1726;SC=CTCTTACCCCGGCAATGTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=186509525;WS=186509507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	186518806	rs3917109	C	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=411;ReadPosRankSum=0.671;SC=GTACACAGAGCAAGATATTTA;SOR=0.264;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=21;WE=186518814;WS=186518796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr3	186519136	rs1648703	A	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr3	186519141	rs1656941	A	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr3	186522633	rs710450	A	C	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.78;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	186570776	.	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr3	186917751	rs6764714	C	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=44;PP=1528;SC=GTCGCAGGACCAGACGGGCTC;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=88;WE=186917759;WS=186917741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	186947410	rs850318	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=194;SC=TCCAGTCTAGCCGAGAACTCT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=186947418;WS=186947400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	186953808	rs850312	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=1731;ReadPosRankSum=1.844;SC=TGACATACTGCAGGACATCTG;SOR=1.047;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=56;WE=186953818;WS=186953798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,59:0.36:162
chr3	186953810	.	G	A	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.935;SC=ACATACTGCAGGACATCTGAC;SOR=0.494;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=77;WE=186953818;WS=186953798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,97:0.62:157
chr3	186954285	rs710452	A	G	5789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=70;PP=2299;SC=GGAAGAGGCCAGGCTCAGCAT;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=56;TCR=71;TR=126;WE=186954293;WS=186954275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	186961478	rs710460	A	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=236;SC=TGATGGATCTATCTCATGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=186961486;WS=186961468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	186969371	rs3214401	C	CG	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GGGCAGGTTTCGAGAGTTTCT;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=5;WE=186969379;WS=186969361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	186969634	rs698092	A	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=208;SC=ATGAAGGTGAATAAAACATGG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=186969642;WS=186969624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	186970962	.	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.963;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=216;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TTACCTGCAGCCCTGTATGAG;SOR=0.069;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=16;WE=186970970;WS=186970952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr3	186980264	rs710468	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=1.321;SC=AAGGAGAGGTCACAAGGCAGT;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=4;WE=186980272;WS=186980254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr3	186980285	rs141348175	GGA	G	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.243;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr3	187003495	rs698105	A	G	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	187086081	rs5855133	TCAGA	T	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=389;SC=TTCTGTGTACTCAGACAGTCT;SOR=2.147;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=187086092;WS=187086071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	187088926	rs1533594	G	A	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=986;ReadPosRankSum=0.370;SC=TTAAAAAGCTGCATGACAAAG;SOR=0.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=54;WE=187088934;WS=187088916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr3	187386831	rs4988514	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr3	187416253	rs1523468	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-0.670;SC=ACTCTCAAGCCCATGTGCCCT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=3;WE=187416261;WS=187416243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr3	187416634	rs1973791	C	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=0.136;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.447;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr3	187416666	rs11927120	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.274;NF=11;NR=15;PP=402;ReadPosRankSum=-0.491;SC=CGCGCCGTGCCGCACTCATAG;SOR=0.843;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=26;WE=187416674;WS=187416656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr3	187416719	rs11707167	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.698;NF=9;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GCCCGCCCGCTGGGCGCGGTC;SOR=0.685;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=17;WE=187416727;WS=187416709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,21:0.26:82
chr3	187419661	rs113681515	G	GCCTGCC	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=7;PP=1172;SC=ACCAGAATAAGCCCGCGACTG;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=187419669;WS=187419651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	187419816	rs61754877	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=742;ReadPosRankSum=0.421;SC=GGGCTTGAGGTTGGGGTCTAT;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=49;WE=187419824;WS=187419806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,64:0.55:116
chr3	187420445	rs4389470	C	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=18;PP=510;SC=TAGCACAAACCGCTTGACCTG;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=187420453;WS=187420435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	187440506	rs1005099	C	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=123;ReadPosRankSum=0.510;SC=TCTTGCCTCTCCAAGGCCAGG;SOR=0.850;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=12;WE=187440514;WS=187440496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr3	187443213	rs9755700	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.542;NF=4;NR=3;PP=352;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CTCCTCCGCTTGCCTGCCCAC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=187443249;WS=187443208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	187443225	.	CCTCCGCTCGCCTGCCCG	C	561	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=22;MQ=61.88;NF=2;NR=3;PP=561;QD=118.4;SC=CCTGCCCACTCCTCCGCTCGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=5;WE=187443249;WS=187443208;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,5:0.42:12
chr3	187443249	.	TCGCC	T	345.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.94;MQRankSum=2.209;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.164;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	187443254	.	TGCCCGCTCCGCTC	T	339.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.71;MQRankSum=2.455;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr3	187443267	.	C	T	110	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=22;MQ=61.26;NF=6;NR=4;PP=110;QD=14.4771212547;SC=CCGCTCCGCTCGCCTGCCCAC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=187443275;WS=187443257;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr3	187447032	rs1056932	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr3	187447926	rs1491997	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	187450128	rs4417855	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=-2.377;SC=ATTGCATTTACACTTATTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=10;WE=187450136;WS=187450118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr3	187451609	rs1880101	A	G	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=18;PP=595;SC=GGTCCCTTGTATTTGATCTTT;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=31;WE=187451617;WS=187451599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	187897339	.	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.252;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
chr3	188202550	rs2067078	A	T	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=612;SC=TCATGTTTATAAGCCATCCTA;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=188202558;WS=188202540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	188202582	rs1559814	G	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=299;SC=AATTTCATGAGTGTTTCTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=188202590;WS=188202572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	188242386	rs147041442	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr3	188242666	.	C	CCCTT	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.81;ReadPosRankSum=0.170;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr3	188327461	rs1059380	C	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=17;PP=628;SC=ATGACTCTGACCCTACCTATG;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=188327469;WS=188327451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	188464248	rs3830584	G	GT	1663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=9;PP=909;SC=TGTATTTGTTGTAACTATCTC;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=20;WE=188464256;WS=188464238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	188478197	rs3841956	G	GGTGT	181.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.43;MQRankSum=0.366;QD=25.96;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr3	188584186	rs1877547	G	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=27;PP=866;SC=CTACTCTCTCGTCACCACCCT;SOR=0.864;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=51;WE=188584194;WS=188584176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	188590358	rs4687001	C	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr3	188590446	rs1136644	A	G	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=462;ReadPosRankSum=0.390;SC=TTGCCCCGCGATGTTCTGTGT;SOR=0.753;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=38;WE=188590454;WS=188590436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr3	188937307	rs112033944	GA	G	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.825;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr3	189028117	rs60448566	A	ATT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.323;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	189033292	rs6773831	C	G	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=498;ReadPosRankSum=0.373;SC=TATGCAGAGACTACTGCTGGG;SOR=0.819;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=39;WE=189033300;WS=189033282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,76:0.58:131
chr3	189038648	rs1055152	T	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=148;ReadPosRankSum=0.464;SC=TCCACAGATATGTCACTTTGA;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=16;WE=189038656;WS=189038638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr3	189038696	.	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TGGACTGAAACAATTAATTAT;SOR=1.828;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=8;WE=189038704;WS=189038686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr3	189349247	rs28673064	A	T	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	189582249	rs2276792	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=0.080;SC=CCTCCTTGAAGGTCAAGATTC;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=12;WE=189582257;WS=189582239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr3	189585852	rs7653848	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-0.671;SC=CCTTTGTGCTCTAAATCCTTG;SOR=2.939;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=10;WE=189585860;WS=189585842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr3	189587091	rs6789961	A	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
chr3	189587274	rs6790167	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=0.638;SC=TCATCATCTCATTATCTGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=5;WE=189587282;WS=189587264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr3	189590824	rs9840359	GG	CA	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.950;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=394;ReadPosRankSum=0.811;SC=GCATGAGTGAGGGTGACTTTA;SOR=0.324;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=16;WE=189590833;WS=189590814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr3	189604149	rs1554131	T	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=1033;ReadPosRankSum=1.082;SC=TCAGTGTCCCTTGCTCACCAT;SOR=0.796;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=35;WE=189604168;WS=189604139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,60:0.39:155
chr3	189604160	rs1345186	T	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.785;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,61:0.37:166
chr3	189625218	rs1515488	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CTTCCTGTGAGCATGGTTTAG;SOR=0.866;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=19;WE=189625226;WS=189625208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr3	189688569	rs3732920	C	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	189689815	.	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=244;ReadPosRankSum=-2.498;SC=AAAGGGAATAGGGAAGAACGA;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=15;WE=189689823;WS=189689805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr3	189689904	rs710543	A	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=294;SC=GCAAATGGGCAGAGGCAGACA;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=189689912;WS=189689894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	189690816	rs71674435	G	GA	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr3	189690861	rs710545	T	A	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=17;PP=416;SC=TCATTGGAGGTCGTAAGAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=189690869;WS=189690851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	189691499	rs1815171	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=321;SC=ATTTTTAGTAGAGACGGGGTT;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=189691507;WS=189691489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	189692565	rs1985690	G	A	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=44;PP=1200;SC=TGCAATTCGAGTGAGTCCATT;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=189692573;WS=189692555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	189702200	rs710558	T	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=250;SC=GACCTGGATGTAGAGCTCCTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=189702208;WS=189702190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr3	189705268	rs11354217	TA	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
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chr3	189712089	rs1719599	GG	AA	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.607;NF=9;NR=13;PP=1033;ReadPosRankSum=1.653;SC=TGAAACAGACGGGAAAAAACA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=22;WE=189712102;WS=189712079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr3	189712094	rs139834656	A	AAAAC	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.79;MQRankSum=1.583;QD=19.95;ReadPosRankSum=0.821;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr3	189713205	rs9821880	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=423;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TGTGAGCTGCTTCCACTGCTT;SOR=0.661;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=28;WE=189713213;WS=189713195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,51:0.56:91
chr3	189713345	.	G	GTT	50.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	189837993	rs710596	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=214;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TCAAGAGAGCGTGTGAGAGCC;SOR=0.407;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=18;WE=189838001;WS=189837983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr3	190030680	rs9869263	A	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=16;PP=793;SC=GAAATATCGCACCCCCAATGA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=190030688;WS=190030670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	190106071	rs368234054	AG	A	3547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=1463;SC=AAGTGGGGCCAGGGCTGGTGT;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=35;WE=190106082;WS=190106061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	190106074	rs3214506	G	C	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=26;PP=999;SC=TGGGGCCAGGGCTGGTGTCTG;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=50;WE=190106082;WS=190106061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	190106242	rs1491994	T	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=467;SC=GGTAAGAAGATAGCAGCTTCT;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=190106250;WS=190106232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	190106332	rs1491993	T	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=52;SC=CTAAGGCTAATGATACCAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=190106340;WS=190106322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	190157898	rs6767754	G	A	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=10;PP=370;SC=ACTCTCCTCAGTGCAGGCCTT;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=190157906;WS=190157888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	190282197	rs6764468	G	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=40;PP=1184;SC=GTAGGGTAATGAGTCCACTCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=190282205;WS=190282187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	190333162	rs35429399	TG	T	1406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=18;PP=919;SC=GTCCTTTTGTTGTTGCTTTTG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=190333170;WS=190333152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	190338039	rs11368884	C	CT	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=3.736;HP=13;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=0.256;SC=AAAAAGTAAACTTTTTTTTTT;SOR=2.494;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=190338047;WS=190338029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr3	190341241	rs4687160	C	A	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=45;PP=1310;SC=CACTTAGATTCTCTTAATTAC;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=190341249;WS=190341231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	190341292	rs4687161	C	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=645;SC=AGAAAATAGACGACTGTTGTA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=190341300;WS=190341282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	190345098	rs34908328	GT	G	376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.69;QD=19.83;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	190347391	rs7611887	C	T	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=22;PP=570;SC=GCACCTAGCCCGACGGCATCT;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=190347399;WS=190347381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	190363429	rs78136844	A	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr3	190366152	.	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CTTTGAGCTTCATTCAGAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=190366160;WS=190366142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	190578566	rs13075089	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr3	190594309	rs9880320	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQRankSum=0.999;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr3	190594334	rs9842242	A	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=0.634;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr3	190594452	rs9842514	A	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.619;NF=4;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=1.467;SC=TACCCACCCCACCTCGTGATC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=9;WE=190594460;WS=190594442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr3	190936482	rs9290979	A	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr3	190967779	rs2034771	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=9.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr3	190991384	rs9857697	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=1.405;SC=GTGCTGTGCTGCAAGCATTGG;SOR=0.469;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=17;WE=190991392;WS=190991374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr3	190991439	rs9877400	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=0.450;SC=AGATTTAGATTACAACTGTTA;SOR=1.061;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=10;WE=190991447;WS=190991429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
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chr3	190999917	rs6788319	C	A	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=642;ReadPosRankSum=0.527;SC=TTGTAAAAAACTCAACACGGA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=46;WE=190999925;WS=190999907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr3	190999990	rs6444535	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=436;ReadPosRankSum=0.199;SC=TTAAAAAAAACCTTCTGGACT;SOR=0.478;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=34;WE=190999998;WS=190999980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr3	191047532	rs9847278	A	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=1.071;SC=CCGGAGGGAGAGCGCGCGGGA;SOR=0.967;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=25;WE=191047540;WS=191047522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr3	191074815	.	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.975;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=1.366;SC=AAAATCCTTTCCTTTGTATGT;SOR=1.210;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=8;WE=191074823;WS=191074805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr3	191074873	rs188384	C	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=0.295;SC=TCCATCTACTCTAGTATGCCG;SOR=0.631;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=12;WE=191074881;WS=191074863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr3	191075012	rs1520203	G	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr3	191075656	rs13434281	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=332;ReadPosRankSum=1.603;SC=ATTATATATTGTTGTTGAGAC;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=20;WE=191075664;WS=191075646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr3	191075902	rs11542549	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=427;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TCCAGAAGCGCTACAAAGACC;SOR=1.112;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=25;WE=191075910;WS=191075892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr3	191087546	rs4677632	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.35;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr3	191087551	rs697905	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.86;ReadPosRankSum=1.183;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr3	191093053	rs2028572	T	C	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr3	191093175	rs2028574	T	A	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=902;ReadPosRankSum=1.402;SC=GAGACTAAGATTAACCATCAG;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=63;WE=191093183;WS=191093165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,110:0.67:163
chr3	191093310	rs4677728	A	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.286;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=531;ReadPosRankSum=-0.540;SC=GAGCACAGAAAAAGGAGACAC;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=33;WE=191093318;WS=191093300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr3	191093384	rs4677729	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CGCAGGTAATAGAGGACAGTC;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=15;WE=191093392;WS=191093374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr3	191093434	rs293806	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.283;SC=ACTACAAACCAATGAATTTAA;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=10;WE=191093442;WS=191093424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr3	191093475	rs4677730	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TCTTTCTCTCTAGTTCATGCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=191093483;WS=191093465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	191097928	rs34031057	G	GT	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5282;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.912;NF=2;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.272;SC=ATTACATTGAGTTTTTTTTTT;SOR=0.970;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=191097936;WS=191097918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr3	191097966	rs293813	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=-0.038;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr3	191098121	rs293814	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-0.350;SC=TTTTGTGAATCTAGTCCATCT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=14;WE=191098129;WS=191098111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr3	191098731	rs211043	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5027;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=-1.676;SC=GGTAGAGTGTGTTTTGTTTGT;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=16;WE=191098739;WS=191098721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr3	191100448	rs383529	G	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=1.379;SC=ATAAACATACGTTAAACTTAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=191100456;WS=191100438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	191100561	rs364519	C	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr3	191107192	rs436393	A	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=188;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TTCATTTCACAAGAAAATGTT;SOR=0.425;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=18;WE=191107200;WS=191107182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr3	191179193	rs293833	A	G	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=-2.404;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr3	191179303	rs176823	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=-0.992;SC=CTTGGTTCTGCCTCCATTTTA;SOR=0.985;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=16;WE=191179311;WS=191179293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr3	191888452	rs34265167	GA	G	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=5.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.351;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr3	192125768	rs2249551	A	G	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=306;ReadPosRankSum=1.970;SC=GGAGGGAGAAAGAGGGCGTCC;SOR=0.770;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=18;WE=192125776;WS=192125758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr3	192635348	rs9819230	C	G	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=1;PP=107;SC=CGAGAAGCGGCAATGGGTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=192635356;WS=192635338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	192980784	rs35525262	C	T	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=501;ReadPosRankSum=-2.719;SC=CCTTTACAAGCGCCAAGTCTG;SOR=0.681;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=42;WE=192980792;WS=192980774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,82:0.37:221
chr3	192993762	rs13084990	C	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr3	193016895	rs1878716	T	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=127;SC=AAAAACAATATAGTTTTCTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=193016903;WS=193016885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	193023255	rs10937578	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=0.973;SC=TCTGTTGCAGCATTTATCACT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=193023263;WS=193023245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr3	193023585	rs5855481	TA	T	520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.798;NF=0;NR=9;PP=266;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GGTCTCTGTTTAATGCTGTCC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=9;WE=193023593;WS=193023575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr3	193024928	rs10804952	C	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=CAGAAAGCATCGGAAGTGTCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=193024936;WS=193024918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	193031926	rs2280268	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=351;ReadPosRankSum=1.795;SC=ACTTGGCTGCCTGGAGGGATC;SOR=0.541;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=22;WE=193031934;WS=193031916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr3	193036739	rs73888251	G	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=2.053;SC=GCACTTCATGGGCACAGAGCC;SOR=0.483;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=18;WE=193036747;WS=193036729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr3	193036794	rs6788770	G	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=13;PP=550;SC=CTAAGTGCTCGACTTCTGAAA;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=193036802;WS=193036784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	193042776	rs11926955	T	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=31;PP=690;SC=CAGCCTGGCCTGAGGCAAAGC;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=52;WE=193042784;WS=193042766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	193042964	rs11715170	G	A	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=44;SC=CCTTAGCCTGGTATTCAAAGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=193042972;WS=193042954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	193044923	rs1387700	T	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=14;PP=391;SC=AAAACCCAAGTTTCTAAGATA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=193044931;WS=193044913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	193051474	.	C	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=254;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TAAACCAATCCTCTGAGTTAG;SOR=0.307;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=18;WE=193051482;WS=193051464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr3	193061735	.	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=6.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.225;SOR=1.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr3	193062906	rs6444706	G	A	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=37;PP=1032;SC=GATAGTTCATGTTCTGAAAAC;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=193062914;WS=193062896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	193068800	rs1038719	G	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=626;SC=AATACCATGGGCTTTACTTCT;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=193068808;WS=193068790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	193071888	rs11300573	CA	C	1244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.68;MQRankSum=0.605;QD=17.29;ReadPosRankSum=-2.050;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,68:0.94:72
chr3	193080414	rs6797429	C	G	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=48;PP=1555;SC=TTCTGCACTTCCATGCACCGC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=193080422;WS=193080404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	193081206	rs2367605	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=588;SC=AAATTCTCAAGTGTTATTCAG;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=193081214;WS=193081196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	193081830	rs923496	A	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=328;SC=CCACAGAGTTATGCCACAGAG;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=193081838;WS=193081820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	193081866	rs4386441	T	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=8;PP=508;SC=CGATCATGGCTTTCAAAATAG;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=193081874;WS=193081856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	193082138	rs923494	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=-1.239;SC=TTTCTTTCAATAAACCAAACT;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=193082146;WS=193082128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	193090255	rs2171848	C	T	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.44;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	193090260	rs6444712	T	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.37;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr3	193153562	rs1996735	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=297;ReadPosRankSum=1.745;SC=GATAAAGACATGAAAGTAATG;SOR=1.267;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=21;WE=193153570;WS=193153552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
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chr3	193183817	rs3796181	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
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chr3	193210963	.	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-1.810;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr3	193272417	rs9883845	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	193272442	rs67119318	CGTGTGTGT	C	181.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.37;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	193332420	rs145894722	C	CTGTG	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=282;ReadPosRankSum=1.125;SC=ACGTATGGGGCTGTGTTTCCT;SOR=0.197;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=193332428;WS=193332419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr3	193334991	rs7624750	G	A	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=7;PP=295;SC=GCCCTTCCTAGTTCAGAAGAC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=193334999;WS=193334981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	193336639	rs3772393	T	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=218;ReadPosRankSum=0.890;SC=ATGTAAAGGGTTGCATATTTA;SOR=0.811;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=16;WE=193336647;WS=193336629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr3	193336676	rs34307082	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr3	193355074	rs166850	T	C	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.98;NF=11;NR=15;PP=342;SC=GCCACGGGTATGTGAAAAATT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=193355082;WS=193355064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	193355102	rs10451941	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.487;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr3	193364872	rs78767626	A	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=1.494;SC=TGCTAAAGGCACACCAAGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=16;WE=193364880;WS=193364862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr3	193365749	rs113367640	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=298;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GGGTCATAGGCGCACTCTCAG;SOR=2.236;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=20;WE=193365757;WS=193365739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr3	193365974	rs9831900	T	G	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=23;PP=586;SC=TTAATGTTGTTTGCTAACTAA;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=193365982;WS=193365964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	193374964	rs9851685	T	C	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	193383973	rs10804957	A	G	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=251;SC=GGTAAATCTGAGTACTTTTTA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=193383981;WS=193383963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	193384203	rs10937595	T	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=558;ReadPosRankSum=-1.663;SC=GACTGCAGTCTTATTTTGACA;SOR=0.883;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=46;WE=193384211;WS=193384193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,74:0.58:127
chr3	193385188	rs115528092	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=0.570;SC=GGCTGAGCACGGTGGCTCACG;SOR=0.377;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=14;WE=193385196;WS=193385178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr3	193385233	rs114568312	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.929;NF=1;NR=6;PP=53;ReadPosRankSum=1.236;SC=GCCAAGATGGGTGGAAAACAA;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=7;WE=193385241;WS=193385223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr3	193386239	rs12494482	C	T	6003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr3	194061906	rs4974538	T	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=176;ReadPosRankSum=-1.269;SC=GGAGCCCTGCTGAGGAGAGAG;SOR=0.867;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=15;WE=194061914;WS=194061896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr3	194063300	rs62288099	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=1.674;SC=GGATGTCCAGTGGGACGGTGG;SOR=0.631;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=17;WE=194063308;WS=194063290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr3	194118874	rs1223989	T	C	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=25;PP=1278;SC=TGGGCAGGCCTAGCGCGGAGA;SOR=0.982;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=65;WE=194118882;WS=194118864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	194124646	.	TGG	T	32.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr3	194309536	rs77857298	A	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9458;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.709;SC=CTGGGACCTAAGGAGGCAAGC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=11;WE=194309544;WS=194309526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr3	194313541	.	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=0.340;SC=CAGGGTTTCACCATGTTGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=194313549;WS=194313531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr3	194313832	rs1773184	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr3	194325006	rs732124	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AGCAGGCAACAGCCGTGTACC;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=8;WE=194325014;WS=194324996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr3	194325325	rs708632	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=0.191;SC=GGCCATCCAGCTCTCCCCAGG;SOR=1.445;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=194325333;WS=194325315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	194336418	.	G	A	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=311;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CACACGAAAGGAAAATAATCT;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=22;WE=194336426;WS=194336408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,55:0.70:79
chr3	194337144	.	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=1.111;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr3	194337901	rs922282	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr3	194343970	.	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=410;ReadPosRankSum=0.619;SC=GAGAGAGGGGGGATCCGAGAA;SOR=0.948;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=25;WE=194343978;WS=194343960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr3	194344526	rs709011	G	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=1.085;SC=ACATGATGCTGAAGCGGGTTC;SOR=0.481;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=10;WE=194344534;WS=194344516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr3	194346544	rs1773191	T	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr3	194346553	rs1773190	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr3	194346803	rs1773189	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr3	194353875	rs1675955	G	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr3	194362721	rs1060827	G	A	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=104;SC=GTCTTGGGACGGTTCCACAGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=194362729;WS=194362712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	194371496	rs1773206	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-1.000;SC=AACTTGTGCAGATCACTAGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=194371504;WS=194371490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr3	194373832	rs1675953	TG	CA	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.243;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=881;ReadPosRankSum=-2.182;SC=TGTCCAAACTTGGTTGTGTTG;SOR=1.156;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=23;WE=194373841;WS=194373822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,46:0.39:117
chr3	194379567	rs1675948	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CAGCACACAGAGGAAAAACTC;SOR=1.302;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=5;WE=194379575;WS=194379557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr3	194379596	rs1705971	C	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=0.798;SC=ACAGATTTTCCATAAGAATAA;SOR=1.589;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=8;WE=194379604;WS=194379586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr3	194379646	rs11438897	T	TC	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=-0.973;SC=AAATCAAAATTCCCTCTTTGA;SOR=0.973;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=10;WE=194379654;WS=194379636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr3	194379905	rs11357453	TA	T	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=1.426;SC=TTCAAACAAGTAAAAAAATGA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=194379913;WS=194379895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	194381530	rs1705969	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=-1.017;SC=CGTATAAGAAAGTACAGCAAT;SOR=1.432;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=5;WE=194381538;WS=194381520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr3	194381680	rs1675947	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr3	194386881	rs1675944	A	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-1.450;SC=CATGCCAAATATCTGAACTCA;SOR=0.567;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=24;WE=194386889;WS=194386871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr3	194387300	rs1675943	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=0.468;SC=TATTAAGTTTCTCTGTTCAAA;SOR=0.976;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=20;WE=194387308;WS=194387290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr3	194390617	rs1773230	G	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CTGATATCACGCCACTGCACT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=6;WE=194390625;WS=194390607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr3	194390713	rs1675926	C	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.693;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=222;ReadPosRankSum=0.650;SC=ACAGTCTCACCTGCACTCAGC;SOR=1.123;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=24;WE=194390721;WS=194390703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,38:0.31:123
chr3	194390869	rs36028600	G	GA	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.338;NF=0;NR=12;PP=278;ReadPosRankSum=0.595;SC=GTGCAACTATGAAAAAACACA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=12;WE=194390877;WS=194390859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr3	194392683	rs1773231	A	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.278;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=226;ReadPosRankSum=1.368;SC=TCATCCTTCAAAACCCGGCTG;SOR=0.399;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=18;WE=194392691;WS=194392673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr3	194408704	rs4677673	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,45:0.39:116
chr3	194790422	rs3796158	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.585;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=1083;ReadPosRankSum=0.870;SC=TGGAGGCCCCGGGGGCAAGGC;SOR=0.200;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=29;WE=194790442;WS=194790412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr3	194790434	rs3796159	C	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.973;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=1062;ReadPosRankSum=2.356;SC=GGGCAAGGCACGGGGAGCGCC;SOR=0.317;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=31;WE=194790442;WS=194790412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr3	194991000	rs74943389	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.911;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr3	194991022	rs62285259	G	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=0.369;SC=ACTCTCCTGGGGGCTGCGCTT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=194991030;WS=194991012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	194991220	rs7640099	AA	GC	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=304;SC=CCGGGAGCGCAAACTGACCTC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=194991229;WS=194991210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	194999996	rs7610022	T	A	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	195022534	rs2275519	G	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.867;SC=GTCCTCAACAGCTTTTACAAA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=195022542;WS=195022524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	195028183	rs13059843	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TTAGAAACAGGGGTTATCAAT;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=195028191;WS=195028173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	195029738	rs10636354	G	GAAAGT	227.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=101;SC=GAAAACTACTGAAAGAACAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=195029746;WS=195029728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	195053916	rs62287109	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.061;SC=TGAAATATTACATATATATAT;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8;WE=195053924;WS=195053906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr3	195076877	rs6437374	C	G	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	195102787	rs2275518	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=-2.333;SC=AGGTTGAAGATAGTTTTACAA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=195102795;WS=195102777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr3	195133474	rs57063250	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=1114;ReadPosRankSum=0.974;SC=AATTAAAACCGTAACTGCCTT;SOR=1.402;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=21;WE=195133483;WS=195133464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr3	195133475	rs10645683	T	TAAC	872.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.979;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=1073;ReadPosRankSum=1.266;SC=ATTAAAACCGTAACTGCCTTT;SOR=1.284;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=15;WE=195133483;WS=195133464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr3	195245805	rs17847362	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.462;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr3	195295708	.	G	GGGGGT,GGGGT	634.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.45;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=16,16;NR=0,0;PP=151,35;SC=TTTATGGGGGGGGGGTAGGGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=16,16;WE=195295716;WS=195295698;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:14
chr3	195300676	rs1568566	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=8;PP=392;SC=GTCACTCTGCATCAGCACTCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=195300684;WS=195300666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	195306055	rs4677691	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.136;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=292;ReadPosRankSum=1.615;SC=TGCAGTCTTTATCTCAGCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=15;WE=195306063;WS=195306045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr3	195306287	.	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=151;ReadPosRankSum=-2.016;SC=TCTGCCGCACCGAAGAGGCCA;SOR=1.130;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=16;WE=195306295;WS=195306277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr3	195345827	rs201267685	C	T	6977.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FS=3.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.68;MQRankSum=-6.510;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.620;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,330:0.59:557
chr3	195345827	.	CAG	TGA	2934	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=40.0;NF=151;NR=141;PP=2934;QD=20;SC=GCAGTGATCCCAGGGAAGCCA;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=526;TCF=277;TCR=249;TR=292;WE=195345837;WS=195345817;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:234,292:0.56:526
chr3	195345828	rs148520845	A	G	19483.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.80;MQRankSum=-8.472;QD=34.61;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,468:0.83:563
chr3	195345829	rs147830733	G	A	19483.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.92;MQRankSum=-8.168;QD=33.94;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,477:0.83:574
chr3	195345953	rs145174488	C	T	12918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=2.524;NF=141;NR=228;PP=2962;ReadPosRankSum=4.313;SC=CAGAGAGCAGCGCCTCTTCCG;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=434;TCF=164;TCR=270;TR=369;WE=195345961;WS=195345943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:40,550:0.93:590
chr3	195346255	rs368910411	T	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	195346352	rs201553387	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.69;MQRankSum=-0.634;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr3	195346477	rs7631117	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQRankSum=-0.319;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.193;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,82:0.24:347
chr3	195346623	rs78469087	A	G	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1113;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-5.891;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:931,179:0.16:1110
chr3	195346665	rs73212302	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-4.985;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1023,165:0.14:1188
chr3	195346677	rs73214503	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-5.017;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:948,151:0.14:1099
chr3	195346861	rs116014205	T	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-5.298;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:371,70:0.16:441
chr3	195347059	rs2410778	C	T	6396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.371;NF=83;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.148;SC=ACAGCCACGCCCACCACTGCT;SOR=0.671;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=336;TCF=135;TCR=201;TR=200;WE=195347067;WS=195347049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,301:0.57:524
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chr3	195395289	rs79370883	A	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.420;NF=18;NR=7;PP=372;ReadPosRankSum=0.911;SC=CACTGAGAAGATGGTGCCCGG;SOR=1.121;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=25;WE=195395297;WS=195395279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr3	195395314	rs79206144	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQRankSum=-1.646;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
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chr3	195395334	rs75539242	A	T	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQRankSum=-1.854;QD=14.80;ReadPosRankSum=-3.210;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,66:0.66:100
chr3	195395347	rs78747381	G	A	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-1.614;QD=25.36;ReadPosRankSum=-1.903;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,76:0.64:118
chr3	195395354	rs80181010	A	G	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQRankSum=-1.621;QD=24.23;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,83:0.64:129
chr3	195395379	rs73216381	T	G	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.655;NF=34;NR=16;PP=824;ReadPosRankSum=2.605;SC=TGCTCTCTGTTGTTTCCATAG;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=75;TCR=34;TR=50;WE=195395387;WS=195395369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,92:0.59:157
chr3	195395402	rs199554501	C	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-7.708;QD=0.19;ReadPosRankSum=-4.587;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,17:0.08:208
chr3	195395533	rs9847770	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=1.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.29;MQRankSum=2.097;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,66:0.22:305
chr3	195395549	rs58717446	C	CAT	7666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.036;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.500;NF=7;NR=91;PP=2966;ReadPosRankSum=0.791;SC=GCGTTCGGCTCGTGTGTCTTG;SOR=1.125;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=111;TCF=7;TCR=104;TR=98;WE=195395557;WS=195395539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,193:0.80:242
chr3	195395564	rs78351752	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.852;NF=15;NR=27;PP=432;ReadPosRankSum=-1.970;SC=GTCTTGTAAGCGTGTGGTGCC;SOR=0.491;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=131;TCF=41;TCR=90;TR=42;WE=195395572;WS=195395554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,47:0.23:200
chr3	195395624	rs74539433	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.43;MQRankSum=-4.712;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr3	195395631	rs201911835	A	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQRankSum=-3.952;QD=15.31;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr3	195395663	rs78122231	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQRankSum=-2.823;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	195398250	rs80193871	C	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.943;NF=12;NR=61;PP=1340;ReadPosRankSum=-1.164;SC=GCACCGCTCGCCCTCACCTTC;SOR=0.859;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=15;TCR=82;TR=73;WE=195398258;WS=195398240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr3	195398271	rs142433257	A	G	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.344;NF=6;NR=51;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GTGTGCAGGCACATGTGCACA;SOR=1.654;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=57;WE=195398279;WS=195398261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,43:0.80:54
chr3	195399599	rs2461859	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.836;NF=14;NR=15;PP=264;ReadPosRankSum=1.905;SC=GCTGGGACAATGGGGCCCATC;SOR=0.505;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=29;WE=195399607;WS=195399589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr3	195399620	rs9840981	C	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQRankSum=-5.084;QD=7.25;ReadPosRankSum=2.353;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr3	195399678	rs9874761	G	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.302;NF=2;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=0.130;SC=TGTATTGTTTGCTAAATTGCA;SOR=0.321;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=17;WE=195399686;WS=195399668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr3	195400795	rs7615357	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=33.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQRankSum=-5.996;QD=1.84;ReadPosRankSum=2.495;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,13:0.12:113
chr3	195400799	rs7635172	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=33.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.56;MQRankSum=-5.988;QD=1.88;ReadPosRankSum=2.854;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,13:0.12:112
chr3	195400814	.	C	CTT	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=18.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQRankSum=-5.132;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.106;SOR=2.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,20:0.18:109
chr3	195400822	rs56170658	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.517;NF=20;NR=5;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GTCTGGTCAGGCATGTGCCCT;SOR=2.393;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=25;WE=195400830;WS=195400804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,23:0.21:109
chr3	195400841	rs7615369	C	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=13.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.87;MQRankSum=-3.376;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.769;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr3	195400848	rs7635190	G	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=11.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.00;MQRankSum=-3.218;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr3	195400918	rs55992531	C	CT	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.291;HP=15;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.251;NF=2;NR=20;PP=294;ReadPosRankSum=1.817;SC=AGTCTTTTTTCTTTTTTTTTG;SOR=0.281;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=22;WE=195400926;WS=195400908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr3	195408646	rs149717045	T	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	195412621	rs113400760	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQRankSum=-4.713;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.848;SOR=0.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr3	195412842	rs113920966	A	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.868;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-1.342;SC=TGCATGTGTCAATGTCATAAC;SOR=0.484;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=4;WE=195412850;WS=195412832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr3	195412859	rs79486430	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.38;MQRankSum=-1.407;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.972;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr3	195412876	rs11185503	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.33;MQRankSum=-0.417;QD=13.44;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr3	195426490	rs3107775	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,51:0.21:238
chr3	195447795	rs147994480	CCCT	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.911;NF=3;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=-0.625;SC=AGGAGGCTGCCCCTCCTCCCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=3;WE=195447813;WS=195447785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr3	195447886	rs7627924	G	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-3.621;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr3	195451810	rs200706535	A	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.50;MQRankSum=-0.713;QD=1.43;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,15:0.17:86
chr3	195451841	rs201228126	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=2.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.00;MQRankSum=0.834;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,39:0.19:200
chr3	195451880	rs142096782	AG	GA	17137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.44;QD=44.75;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr3	195452005	rs145612981	C	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=13.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.47;MQRankSum=-2.283;QD=11.22;ReadPosRankSum=-7.272;SOR=1.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
chr3	195452018	rs2688539	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=9.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.33;MQRankSum=-3.700;QD=7.78;ReadPosRankSum=-5.310;SOR=2.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,7:0.14:51
chr3	195452535	.	T	C	82.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.39;QD=13.82;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	195452689	rs141077164	C	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=8.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.81;MQRankSum=-4.332;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=1.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,47:0.39:122
chr3	195452770	rs2550231	G	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=6.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.95;MQRankSum=0.404;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=1.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr3	195452799	rs2550232	C	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQRankSum=0.898;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.078;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr3	195452870	.	G	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=26.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-11.371;QD=4.96;ReadPosRankSum=-3.709;SOR=2.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,40:0.17:236
chr3	195452872	.	AG	CA	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=32.964;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-11.070;QD=4.76;ReadPosRankSum=-3.441;SOR=2.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,43:0.18:245
chr3	195452951	rs2688542	G	C	9372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=8.761;NF=143;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.312;SC=AGCTGCACCTGATGCCACGGT;SOR=0.502;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=410;TCF=228;TCR=182;TR=273;WE=195452959;WS=195452941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,419:0.65:643
chr3	195453064	rs2550233	T	G	12568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.260;NF=126;NR=193;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.337;SC=GGAATCCCCTTGAAGAAACCT;SOR=0.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=127;TCR=195;TR=319;WE=195453072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,476:1.00:477
chr3	195453192	.	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQRankSum=-5.403;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,53:0.25:216
chr3	195453243	rs3828408	C	T	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-9.891;NF=37;NR=26;PP=1889;ReadPosRankSum=0.111;SC=TCAGAGACACCGACCATGGAC;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=217;TCF=126;TCR=91;TR=63;WE=195453265;WS=195453233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,83:0.26:319
chr3	195453257	rs3828406	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-8.150;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,88:0.25:348
chr3	195456623	rs147782113	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr3	195460236	rs712011	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CCAAGCCCCTGACCCCAGATG;SOR=0.876;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=9;WE=195460244;WS=195460226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr3	195461592	rs1809785	T	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr3	195474159	rs62284986	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=2.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.514;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,76:0.25:307
chr3	195475989	rs7621695	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr3	195476085	rs2688497	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=486;SC=TCAGATCAGCATGGTGGATAA;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=195476093;WS=195476075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	195477713	rs2291654	G	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.53;QD=37.95;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	195477713	.	GCC	ACA,ACC	162	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000,0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=55.45;NF=8,18;NR=1,2;PP=155,162;QD=23.1630972069;SC=CTGTTTGCCCGCCCCCCGCAG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=9,20;WE=195477723;WS=195477703;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:20
chr3	195477715	rs2291653	C	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-0.289;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr3	195477791	rs2291652	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.334;QD=12.61;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr3	195478012	rs2291651	G	C	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=5.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	195478188	rs2291650	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=-1.040;SC=GGCCCCATCCGGGGGGGAGAC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=32;WE=195478196;WS=195478177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr3	195479256	rs2258447	T	C	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=12;PP=546;SC=AGGCGTTGACTTCTGCCATGG;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=195479264;WS=195479246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	195480153	rs78765346	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=333;ReadPosRankSum=-0.383;SC=GCAGAGGGACGGCCCAGCCCG;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=20;WE=195480161;WS=195480143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr3	195484244	rs2550270	G	A	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=17;PP=657;SC=GAGACTCCTCGGCTCTGTGGT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=27;WE=195484252;WS=195484234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	195487737	rs2246771	A	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=5;PP=219;SC=AGGCCTCCCCAGGCCTCGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=195487745;WS=195487727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	195489009	rs2246901	C	A	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	195489669	rs2550263	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=8;PP=487;SC=ACGCGGCTTCCCGCCCACCTC;SOR=1.556;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=30;WE=195489677;WS=195489659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	195489930	rs76733630	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=0.210;SC=GGGAGGAAGGCGCTGGAGGCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=195489938;WS=195489920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	195490284	rs2550261	T	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=309;SC=GCAGGGAGGTTCCCGGCACCC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=195490292;WS=195490274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	195490839	rs28406367	T	A	145.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	195492027	rs11926236	T	C	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=32;PP=904;SC=AGGCCCAGGCTGGGGCTGCCA;SOR=0.973;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=70;WE=195492035;WS=195492017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	195495916	rs2550240	G	C	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=439;ReadPosRankSum=1.110;SC=TGAGCACCGGGTTGCCTGAGC;SOR=0.789;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=29;WE=195495924;WS=195495906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
chr3	195496129	rs2688492	C	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=105;SC=ACGCACAGCACCTGTTCCTGG;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=195496137;WS=195496119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	195497174	rs2259102	C	G	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=13;PP=694;SC=CGTTGTTTGTCATCTTTCTAA;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=195497182;WS=195497164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	195497809	rs2259153	T	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.550;NF=7;NR=16;PP=394;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CCGTCACCTGTAGGTCTTCTC;SOR=0.671;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=23;WE=195497817;WS=195497799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr3	195501074	.	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GGAGCCAAGGGGGAAGCCAGT;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=7;WE=195501082;WS=195501064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr3	195501258	rs2259331	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAGCGCTCCCTGCAGGCTGCC;SOR=1.336;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=195501266;WS=195501248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr3	195505247	rs76650792	G	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr3	195505664	rs2688513	G	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=19;PP=547;SC=CAGCTACCTGGTGTTTCCATC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=195505672;WS=195505654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	195511993	.	A	G	379	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=17;MQ=54.27;NF=12;NR=12;PP=379;QD=17.2404671895;SC=ACCTGTGGATACTGAGGAAGT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=24;WE=195512012;WS=195511983;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr3	195512042	.	T	C	1007	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MMLQ=22;MQ=57.45;NF=22;NR=25;PP=1007;QD=22.1653449478;SC=CCTGTGGATGTTGAGGAAGGG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=47;WE=195512050;WS=195512032;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr3	195512107	.	T	A	898	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MMLQ=20;MQ=59.18;NF=24;NR=23;PP=898;QD=19.8461960116;SC=AGCATCGGTGTCATGAAGAGC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=47;WE=195512115;WS=195512097;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr3	195515449	rs200672669	A	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=1.020;QD=5.68;ReadPosRankSum=-3.279;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr3	195515459	rs201513283	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=0.654;QD=5.42;ReadPosRankSum=-2.468;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,3:0.13:23
chr3	195515460	.	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=0.654;QD=3.51;ReadPosRankSum=-2.468;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,3:0.13:23
chr3	195515594	rs13095016	C	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	195515617	rs2641776	G	C	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=272;SC=TGTAAGCCCAGTGGATGTGAT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=195515625;WS=195515607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	195516305	rs3749331	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=292;ReadPosRankSum=0.448;SC=CTGCTGGGTGCTGCCTGCAGT;SOR=0.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=20;WE=195516313;WS=195516295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr3	195516630	rs3103954	G	T	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=28;PP=871;SC=TAATTTGTTGGGATGTGTGTC;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=195516638;WS=195516620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	195516878	rs2177336	T	C	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=33;PP=1270;SC=GTGCCAGCTGTCCCTGTAGAT;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=66;WE=195516886;WS=195516868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	195517124	rs1806440	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=8.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.976;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr3	195517258	rs1106502	G	A	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=28;PP=1194;SC=GTCTCTGGAGGTTGGCATTCT;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=195517266;WS=195517248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	195517321	rs1104760	G	A	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=22;PP=1084;SC=AGGGGATGAGGTGGTTGTTTC;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=57;WE=195517329;WS=195517311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	195517553	rs882605	A	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=26;PP=1079;SC=TCTGGATCAAATGTTACTAAG;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=195517561;WS=195517543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	195518112	rs142781032	T	TGTCTCCTGCGTAACA	1923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=2957;SC=CTGGAGGAGCTGTCTCCATCA;SOR=0.741;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=15;WE=195518120;WS=195518102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	195518330	rs3107764	C	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=238;ReadPosRankSum=0.913;SC=ACTGGGGCAGCAGTTTTACTT;SOR=0.754;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=18;WE=195518338;WS=195518320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr3	195538529	rs62282514	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=282;ReadPosRankSum=-0.955;SC=CTGTCTCCCCGGACCTCTTTC;SOR=0.667;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=21;WE=195538537;WS=195538519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,45:0.35:130
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chr3	195596907	rs2278034	T	C	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=17;PP=951;SC=ACAGCAGCCTTAGGGTGGCCT;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=48;WE=195596915;WS=195596897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	195603652	rs9815549	T	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=52;SC=CCCACAACCCTCCCAGGAGCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=195603660;WS=195603642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	195612034	rs3747672	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TGCCAAACTGTCAGTGGGGCA;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=6;WE=195612042;WS=195612024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr3	195619254	rs9863553	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=156;ReadPosRankSum=1.132;SC=ACCAGTCCCCAGCAGTCCAGC;SOR=0.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=15;WE=195619262;WS=195619244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr3	195686868	rs147286278	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.81;MQRankSum=-2.673;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr3	195686891	rs201127123	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.35;MQRankSum=-2.474;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.841;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	195686899	rs201656277	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.48;MQRankSum=-0.543;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr3	195690216	rs189732960	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-9.366;QD=1.37;ReadPosRankSum=3.042;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,26:0.19:139
chr3	195690233	rs199975852	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-9.937;QD=1.14;ReadPosRankSum=5.466;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,26:0.17:150
chr3	195690251	rs200738162	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-10.670;QD=0.95;ReadPosRankSum=3.517;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,28:0.17:166
chr3	195690397	rs148308206	A	G	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.78;QD=29.72;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	195692311	rs62282793	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.871;NF=6;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=0.462;SC=TTCCCAGTGCTGACGTCCACA;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=8;WE=195692319;WS=195692301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr3	195692347	rs62282794	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.416;NF=9;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TTCCTCCAGTGCTCCTCAAAG;SOR=0.438;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=17;WE=195692355;WS=195692337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr3	195692419	rs77887672	C	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-7.578;QD=3.93;ReadPosRankSum=2.422;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,33:0.28:118
chr3	195701278	rs200131790	C	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=4.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.59;MQRankSum=-12.800;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.229;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,66:0.15:449
chr3	195701285	rs201085786	G	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQRankSum=-11.928;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:410,77:0.16:487
chr3	195701304	rs200047587	C	T	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FS=2.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQRankSum=-10.125;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.820;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:460,94:0.17:554
chr3	195701310	.	C	CAA	2461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DP=573;ExcessHet=3.0103;FS=3.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQRankSum=-10.140;QD=4.30;ReadPosRankSum=2.591;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:479,93:0.16:572
chr3	195701331	rs78212497	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FS=3.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQRankSum=-8.205;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:467,106:0.18:573
chr3	195701388	rs57251344	GC	AA	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQRankSum=2.122;QD=1.66;ReadPosRankSum=1.730;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,35:0.11:322
chr3	195701472	.	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQRankSum=-1.144;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr3	195701483	rs377526928	TCCA	T	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.78;MQRankSum=-0.068;QD=7.53;ReadPosRankSum=-2.547;SOR=0.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr3	195704020	rs200828293	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.60;MQRankSum=-0.476;QD=1.78;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr3	195706589	rs146645407	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.85;QD=27.16;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	195710971	rs4927836	G	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.253;NF=21;NR=15;PP=485;ReadPosRankSum=1.336;SC=GGTGGACGGGGGGCGGCCTTA;SOR=0.848;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=36;WE=195710979;WS=195710961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,46:0.35:133
chr3	195710989	rs2620604	G	A	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQRankSum=-6.711;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,64:0.46:139
chr3	195710993	rs4927692	A	G	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQRankSum=-6.948;QD=16.94;ReadPosRankSum=1.425;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,61:0.45:136
chr3	195711042	rs56383352	C	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.120;NF=9;NR=18;PP=347;ReadPosRankSum=0.142;SC=CAGCAGCACCCATGGGCCTGC;SOR=1.095;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=27;WE=195711050;WS=195711032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,33:0.31:108
chr3	195754164	rs6782834	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=0.805;SC=TGAGGCAGGCATCAGAAAACA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=195754172;WS=195754154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr3	195779155	rs41298097	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
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chr3	195782184	rs419059	C	T	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr3	195784997	rs3933	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=0.566;SC=TGTAATCCTCGTCATTTGTCC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=195785005;WS=195784987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	195789376	rs526860	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=182;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TGCACTCCAGCCTGGGCGACA;SOR=0.856;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=14;WE=195789384;WS=195789366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr3	195789414	rs2239641	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-1.104;SC=CAAAAAAGTTTACCTGAATTC;SOR=0.986;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=9;WE=195789436;WS=195789404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr3	195789428	rs507131	C	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	195789708	rs2239640	G	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr3	195792288	.	CGGGG	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=19;HapScore=1;MGOF=151;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=0;PP=80;SC=AAAAGCGGGGCGGGGGGGGGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=195792299;WS=195792278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	195794788	rs9855973	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr3	195798258	rs480760	T	C	6764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=66;PP=2860;SC=ACTGTTTTGCTTTACTTACAG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=154;WE=195798266;WS=195798248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr3	195800811	rs3817672	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-1.815;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr3	195801917	.	C	CAAAA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr3	195804021	rs41300435	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.318;SC=GAATTATTGAGAAAGATACTA;SOR=1.106;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=5;WE=195804029;WS=195804011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr3	195926234	rs939892	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=256;SC=CAAGAGCCTTTGCTGTCATGT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=195926242;WS=195926232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	195926552	rs7630971	C	T	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.92;NF=11;NR=26;PP=701;SC=AGATGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=195926560;WS=195926542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	195935207	rs12497404	C	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CTCTGCAGCCCCCTCCTTGGC;SOR=1.802;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=195935215;WS=195935199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr3	195936382	rs11719281	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CCTGCTCAGCGGAGCCTGGCG;SOR=1.880;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=15;WE=195936390;WS=195936372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr3	195936446	rs4916502	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	195937678	rs12718059	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=0.253;SC=CCTGTGGCTTGCTCAGGTCAG;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=195937686;WS=195937668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr3	195938003	rs201416127	CTT	C	1609.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.439;NF=6;NR=7;PP=436;ReadPosRankSum=1.120;SC=CTGGCTGTCTCTTTGTGGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=13;WE=195938012;WS=195937993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr3	195953775	rs68119320	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	195954069	rs147316733	A	ACGTCACTTC	814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=2736;ReadPosRankSum=0.549;SC=TAAACTCAGCACGTCACTTCG;SOR=0.746;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=7;WE=195954077;WS=195954059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr3	195955178	rs72611184	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr3	195955762	rs939885	G	A	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=21;PP=726;SC=CCTGTTTCTCGTCCCCGACGG;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=195955770;WS=195955752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	195956827	rs17852687	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.666;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr3	195956970	rs67261052	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.369;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr3	195959924	rs1476331	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=-0.278;SC=TATTTCACCCTACACTGCAGT;SOR=1.188;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=14;WE=195959932;WS=195959914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr3	195960225	rs9343	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-1.327;SC=ACAATGTTAGAATAAAATTGC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=195960233;WS=195960215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	195965509	rs3184886	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
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chr3	195968643	rs1045075	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=-0.733;SC=AGACCGTAACGGCAGAAACTG;SOR=1.127;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=16;WE=195968651;WS=195968633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr3	195974505	.	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=606;ReadPosRankSum=0.508;SC=TTCCCCAACTGGAAAAAAGTC;SOR=1.085;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=34;WE=195974513;WS=195974495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr3	195974648	rs76599149	T	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GATCTTTGACTCTGAAATAAA;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=195974656;WS=195974638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr3	195975284	rs3772107	C	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	195984818	.	TA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr3	196022750	rs2293160	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr3	196033637	.	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=0.052;SC=GTCTTGAACTCCTGACCTCAG;SOR=1.302;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=6;WE=196033645;WS=196033627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr3	196044894	rs2270769	G	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=-1.981;SC=CCCCGCCACAGCCCGTCCTCT;SOR=0.835;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=23;WE=196044902;WS=196044884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,37:0.28:130
chr3	196054439	rs6785339	T	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr3	196083433	.	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=-1.412;SC=ATAAGAGAAGGAAGGTGACTT;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=196083441;WS=196083423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr3	196088809	.	T	TAAA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.505;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr3	196096451	rs9860931	C	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=302;SC=CCTTCTTATACACCAACATCA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=196096459;WS=196096441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	196118621	rs6583305	A	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=16;PP=699;SC=GTAATTTTTTAAAAAAAGGCA;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=196118629;WS=196118611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	196118868	rs6779332	A	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=18;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=486;SC=AAAAAAAAAAACACAAACTTC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=19;WE=196118876;WS=196118858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	196158468	rs10532490	TCC	T	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.893;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=642;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CGCCATCGTCTCCGTCTTTAT;SOR=0.337;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=17;WE=196158477;WS=196158458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr3	196158773	rs6583309	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=254;ReadPosRankSum=-1.936;SC=GGCCGGGGAAGAAAGGAAAAA;SOR=0.420;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=16;WE=196158781;WS=196158763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr3	196294104	rs9842616	C	G	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=39;PP=1205;SC=CTACAGGCTTCGGGTTTCTGA;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=196294112;WS=196294094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	196386964	rs1798631	C	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=1.076;SC=ACATGGCAGCCCTCATGCTCC;SOR=0.856;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=22;WE=196386972;WS=196386954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,31:0.31:101
chr3	196434364	rs67479689	AGTCTG	A	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TTCCAGAACCAGTCTGGTAAT;SOR=1.312;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=4;WE=196434376;WS=196434354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr3	196443803	rs1906044	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GTAAGTTGCCTGTTGATTTCT;SOR=0.458;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=9;WE=196443811;WS=196443793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr3	196443947	rs35314545	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-0.842;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	196455682	rs71323744	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=251;ReadPosRankSum=2.245;SC=CATGTACTATGTGTTTCTTTT;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=21;WE=196455690;WS=196455672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr3	196460680	rs34830136	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=477;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CTGTACATACCTCTCTAGTAT;SOR=0.619;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=33;WE=196460688;WS=196460670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr3	196533671	rs35013100	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=300;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GTTTAAAATCGTTTAGTATGG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=24;WE=196533679;WS=196533661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr3	196541580	rs11185455	G	A	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=27;PP=706;SC=CTCCATCTCCGTGCCATTTCA;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=196541588;WS=196541570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	196547431	.	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=1.621;SC=AATGAAAATCCCTTGAGGGTA;SOR=0.960;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=13;WE=196547439;WS=196547421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr3	196547446	rs2084382	G	C	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=16;PP=525;SC=AGGGTAAGATGAGTTAAACAC;SOR=0.970;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=26;WE=196547454;WS=196547436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	196547538	rs2166799	G	A	273.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=224;SC=TAAAGTAGAAGGTTGATAAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=196547546;WS=196547528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	196554266	rs62410763	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=0.961;SC=CGACAGAAAGCTTTCCTAGGG;SOR=1.329;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=10;WE=196554274;WS=196554256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr3	196554314	rs77117853	G	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.133;SC=ATCACCAGCGGTATGGCAGCT;SOR=1.085;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=8;WE=196554322;WS=196554304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr3	196613075	rs34533379	C	T	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=920;ReadPosRankSum=-1.417;SC=TTAGTTTAGACGAAGCATTCC;SOR=0.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=63;WE=196613083;WS=196613065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,77:0.64:121
chr3	196627088	rs9825635	A	G	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=4;PP=133;SC=TTTGATTACTATTGGCAGTAA;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=196627096;WS=196627078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	196627335	rs6764463	T	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=220;SC=TGTATTAAAATGAGTAGTTTT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=196627343;WS=196627325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	196627356	rs9810317	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.729;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr3	196627361	rs6772870	G	A	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	196654536	rs2054200	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=130;ReadPosRankSum=-2.041;SC=AATTGTTCCAGCTTCTTAATG;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=196654544;WS=196654526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr3	196656772	rs1602	G	A	124.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAGTGTGGGTGTCATCCATGT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=196656780;WS=196656762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr3	196656790	rs55931516	G	C	60.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.32;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr3	196657670	rs63736860	CT	C	791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.28;NF=15;NR=8;PP=446;SC=TTTCTGGGACCTTTTTTTTTG;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=23;WE=196657678;WS=196657660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	196666059	rs553783	A	G	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	196669488	rs3214858	C	CA	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=361;ReadPosRankSum=0.832;SC=CCGAGGGCGGCGTGTCGTCAT;SOR=0.608;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=10;WE=196669496;WS=196669478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr3	196669950	rs3732874	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TGGCATCAATGTGGAGGGGTC;SOR=0.569;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=196669958;WS=196669940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr3	196674259	rs61179255	G	A	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1045;ReadPosRankSum=0.195;SC=CTGGTTGTCTGGTGAAGCTTT;SOR=0.709;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=68;WE=196674267;WS=196674249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,132:0.67:197
chr3	196674749	rs4916589	C	T	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=23;PP=1170;SC=GACTTGCAGCCGTTGCCACGC;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=196674757;WS=196674739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	196674879	rs12636891	A	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=398;ReadPosRankSum=1.186;SC=TTGTAGTGCAAGAAGTTGACA;SOR=0.892;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=27;WE=196674887;WS=196674869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,53:0.37:145
chr3	196674972	rs574365	CT	TC	5066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=36;PP=2505;SC=GCTGTGAGGGCTGCCCCAGGG;SOR=0.763;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=71;WE=196674981;WS=196674962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	196735808	rs41284045	G	A	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=642;ReadPosRankSum=0.766;SC=TCACGGGCACGCAGCTGGCAT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=50;WE=196735816;WS=196735798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,72:0.60:120
chr3	196736547	rs146339339	G	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=225;ReadPosRankSum=1.467;SC=GGGCACCCACGGGGACATCCC;SOR=0.603;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=18;WE=196736555;WS=196736537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr3	196736575	rs41284047	A	G	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=-0.097;SC=AGGGCTGCCGAAACCGGCGTG;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=20;WE=196736583;WS=196736565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr3	196749798	rs2288766	T	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=184;ReadPosRankSum=2.662;SC=CTCCCTGCCCTCGGCCCCTCC;SOR=0.260;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=15;WE=196749806;WS=196749788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr3	196750016	rs2288765	A	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=0.569;SC=GTCACTCAGCAGAACTTTCTT;SOR=1.075;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=20;WE=196750024;WS=196750006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr3	196750841	rs2280294	C	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr3	196751474	rs2280296	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.832;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	196754519	rs2276789	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	196754819	rs2276788	C	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5350;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=312;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CTCCCCCGCCCTGCCCAGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=16;WE=196754827;WS=196754809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr3	196754856	rs12637442	C	A	231.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=2.111;SC=GTGGCTCCAGCAGTTCTGTGT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=196754864;WS=196754846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr3	196778438	rs7629533	C	T	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=47;PP=1575;SC=TGTTACAACACGGTTCCAACC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=99;WE=196778446;WS=196778428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	196793466	rs140259336	T	TA	172.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=118;SC=GTATATGTAGTAAAAAAAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=196793474;WS=196793456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	196865242	rs1134986	C	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=21;PP=551;SC=TTCATTTACTCGTAATATACA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=196865250;WS=196865232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	196869518	rs9866058	T	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=49;SC=GAGATCTCCCTTGGATTCTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=196869526;WS=196869508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	196869688	rs7628652	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=12;PP=362;SC=TGTAAAATCCAAAATGGCAAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=24;WE=196869696;WS=196869678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	196869820	rs9866550	T	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=106;SC=CAAATGTGATTAATGAGTTGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=196869828;WS=196869810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	196921360	rs1802668	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.504;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr3	197020630	rs364644	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.51;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	197020718	rs434681	T	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=13;PP=471;SC=AAGACCCCTGTTCTCCTTTAA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=197020726;WS=197020708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	197020780	rs3836429	G	GA	340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=247;SC=CTTACTGAGAGAAAAAACCTT;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=197020788;WS=197020770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	197020871	rs450891	G	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=129;SC=GCTTAGGGCAGTTTACAAGCT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=197020879;WS=197020861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	197249693	rs3828369	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=390;ReadPosRankSum=-0.751;SC=CCTTCCTTCCCACCCTGAGGC;SOR=1.264;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=28;WE=197249701;WS=197249683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr3	197273342	.	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=-1.193;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,55:0.64:86
chr3	197361995	rs56411292	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQRankSum=-6.915;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.878;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,35:0.25:140
chr3	197362030	rs2451791	C	T	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-12.625;NF=44;NR=29;PP=913;ReadPosRankSum=0.029;SC=CTTCATCTCACGATAAAGACA;SOR=0.679;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=89;TCR=61;TR=73;WE=197362038;WS=197362020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,117:0.50:235
chr3	197362080	rs9815968	T	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQRankSum=-4.458;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,59:0.20:295
chr3	197362184	rs9867990	C	T	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQRankSum=-2.879;QD=18.19;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr3	197362187	rs9867993	C	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQRankSum=-3.197;QD=19.53;ReadPosRankSum=-1.326;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr3	197401242	.	T	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=273;ReadPosRankSum=0.762;SC=GCTTCAAATATTTCAAACAGG;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=20;WE=197401250;WS=197401232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr3	197408242	.	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=333;ReadPosRankSum=-1.764;SC=ATGTAATCTGGAAAAACCGGA;SOR=0.451;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=22;WE=197408250;WS=197408232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr3	197427515	rs116791711	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,42:0.33:128
chr3	197482760	rs13068986	C	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.31;QD=25.94;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	197483279	rs6794391	A	G	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=650;ReadPosRankSum=-0.661;SC=AAAATAATTGACATTTCCTCT;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=34;WE=197483287;WS=197483269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr3	197495334	rs3205525	G	A	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	197496984	rs1708460	A	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=250;SC=GATTAACATAATTTCTTGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=197496992;WS=197496974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	197500394	rs3830497	T	TTTTG	2335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=44.07;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	197544200	rs55896070	C	CGTGTGTGTGTGT	415.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.65;QD=37.79;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	197544201	.	A	G	116	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=68;MMLQ=23;MQ=56.65;NF=1;NR=5;PP=116;QD=25.1285354245;SC=ATTGTCCAACATGTGTGTGTG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=197544209;WS=197544191;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr3	197544201	.	A	ATTTTGTGTGTGTGTGCG	415.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.38;QD=46.19;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	197544233	rs201576282	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr3	197544235	.	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr3	197544237	.	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr3	197547332	rs114109218	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=-0.852;SC=AAACCATGAAATAATTGTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=197547340;WS=197547322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	197557635	rs501101	C	T	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	197562505	.	GGT	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.561;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr3	197574936	rs2306439	G	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr3	197581147	rs9863587	A	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=402;ReadPosRankSum=0.459;SC=CTCTATGTCAACGTCTTCAAA;SOR=0.862;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=24;WE=197581155;WS=197581137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr3	197616312	.	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=722;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CAGGCAAAGTGAAATCAGGCT;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=42;WE=197616320;WS=197616302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr3	197659180	.	G	A	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.19;ReadPosRankSum=0.565;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr3	197659180	.	GGA	AGT	1555	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=18;NR=32;PP=1555;QD=32.1693574972;SC=CTGCCTGTAAGGAGAAACAGA;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=50;WE=197659190;WS=197659170;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:30,50:0.62:80
chr3	197659182	.	A	T	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.845;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.69;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
chr3	197681207	.	G	GT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.869;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr4	53379	.	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=0.000;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,66:0.16:423
chr4	53428	rs2859214	G	A	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=101;PP=2928;SC=GGGAGGCCTCGTCGGAACCGG;SOR=1.393;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=50;TCR=101;TR=151;WE=53436;WS=53418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr4	60210	rs3908749	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.901;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,12:0.16:73
chr4	60294	.	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,21:0.19:113
chr4	60303	rs3864127	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=3.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,21:0.18:117
chr4	60335	rs2780400	A	T	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=1.808;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr4	60345	rs4248885	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.824;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,22:0.21:106
chr4	60400	rs3864128	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=347;ReadPosRankSum=1.459;SC=TATTATTTTCGCATCATGCCT;SOR=0.852;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=28;WE=60408;WS=60390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr4	67783	.	CTT	C	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.686;SOR=1.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr4	67857	rs6599364	C	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=2.243;SC=CTCCCATGTTCACACCATTGT;SOR=3.251;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=5;WE=67865;WS=67847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr4	85995	rs61336127	C	CA	5633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=35;PP=2566;SC=AGAAACCCTACAATGTGAAAA;SOR=0.707;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=54;WE=86003;WS=85985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	86016	rs57253237	G	GC	5431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.36;QD=43.80;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	86022	rs74490941	C	A	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.85;QD=46.47;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	86022	.	CAG	ATA	1788	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=23;MQ=47.15;NF=12;NR=11;PP=1788;QD=80.4986032549;SC=CAAAGCTTTACAGGGTCCACA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=23;WE=86052;WS=86006;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:18,23:0.56:41
chr4	86023	rs78362263	A	T	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.85;QD=45.60;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	86024	rs77715101	G	A	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.85;QD=45.60;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	86031	rs367720730	CA	C	4867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.82;QD=47.72;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	86032	.	AAT	A	1078	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=25;MQ=48.55;NF=5;NR=11;PP=1078;QD=69.0625;SC=CAGGGTCCACAATCCACTGAA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=86052;WS=86006;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	86034	rs57594632	TC	T	4822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.88;QD=46.37;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	86040	rs17853557	G	T	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.85;QD=47.78;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	86042	rs17857099	A	G	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.79;QD=48.75;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	86044	rs17857100	G	A	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.79;QD=46.08;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	86101	rs58319295	G	GC	7362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=38;PP=2957;SC=ATGTGGCAAAGCTTTAGACGG;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=86109;WS=86091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	86738	rs2353625	A	G	7357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=87;PP=2965;SC=TCCATTCTGGACAAAAACCTT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=99;TCR=88;TR=185;WE=86746;WS=86728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr4	87277	rs2006764	G	C	7798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=100;PP=2965;SC=TGTGGCAAAGGTTTTAATCGG;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=82;TCR=100;TR=182;WE=87285;WS=87267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr4	87313	rs60154095	G	GA	10852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=100;PP=2957;SC=GTACACAAGCGATTCATACTG;SOR=0.862;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=17;TCR=103;TR=117;WE=87322;WS=87303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr4	135694	rs12504142	G	A	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=336;SC=GTTATTTTCAGTGCATGTTTT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=135702;WS=135684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	265139	.	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.856;NF=22;NR=20;PP=495;ReadPosRankSum=0.440;SC=TCTTCACATTCGTAAGGTTTC;SOR=0.765;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=42;WE=265147;WS=265129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,54:0.25:212
chr4	331693	rs5855672	G	GC	6785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=59;PP=2957;SC=TTCGGCCACAGCTCAGCCTCC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=80;WE=331701;WS=331683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr4	367267	rs201021508	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-14.714;QD=2.06;ReadPosRankSum=-7.108;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,60:0.14:429
chr4	367275	.	A	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.688;ClippingRankSum=0.000;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=8.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-14.977;QD=1.64;ReadPosRankSum=-5.728;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,31:0.08:380
chr4	437082	.	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=583;ReadPosRankSum=1.216;SC=CCACACTCTTCACATTTGTAA;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=47;WE=437090;WS=437072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,56:0.26:218
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chr4	628468	.	C	T	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=970;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TGCGGCAGTGCCCTCACTTCA;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=63;WE=628476;WS=628458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,73:0.82:89
chr4	647634	.	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.537;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,16:0.20:81
chr4	647750	.	C	T	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=1409;ReadPosRankSum=-3.342;SC=GAGCGGTACTCCGTGGGCCTC;SOR=0.437;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=89;WE=647758;WS=647740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,132:0.78:170
chr4	648643	rs10902758	G	A	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=32;PP=1232;SC=GATCGACTACGTCCTCCACGG;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=65;WE=648651;WS=648633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	663908	rs28675771	A	G	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	664028	rs374413250	AT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=2.154;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
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chr4	673872	rs73219286	T	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=32;PP=961;SC=ATCCGGACATTTCACGTAAAA;SOR=1.430;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=673880;WS=673862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	682937	.	C	T	300.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr4	738512	rs6841958	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=-0.276;SC=AGTGTTAGTGTTCGCCGTGGA;SOR=0.343;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=738520;WS=738502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr4	758737	rs191958093	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.430;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr4	759733	rs6816483	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.977;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,20:0.17:120
chr4	780237	.	G	A	801.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.08;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,34:0.89:38
chr4	780286	rs10794536	C	G	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=28;PP=1325;SC=GTCCCGCGCGCGGCTACTTCT;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=780294;WS=780276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	786508	rs2306250	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=125;ReadPosRankSum=1.094;SC=CTCCATCCACTCGACCCTCTG;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=10;WE=786516;WS=786498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr4	843508	rs1134921	C	T	4569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1833;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GACCAGGCGTCATTCAGCTCC;SOR=0.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=72;TCR=77;TR=115;WE=843516;WS=843498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,207:0.77:270
chr4	845772	rs10031922	T	C	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=25;PP=541;SC=CCTGTGGAGATGGAGATCGGA;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=845780;WS=845762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	858941	rs1026738	T	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=19;PP=496;SC=CCACTGCCGATGCTGCAGTCT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=858949;WS=858931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	871675	rs1564280	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr4	906647	rs2279178	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,53:0.21:251
chr4	946262	.	CTGTG	C	190.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.44;QD=38.16;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	954247	rs3733345	G	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GGATGAGGGCGGGTCCCGCTC;SOR=1.371;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=9;WE=954255;WS=954237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr4	954275	rs3733346	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.148;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr4	954275	.	TGT	CGC	387	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=11;NR=4;PP=387;QD=29.3645249908;SC=GGGAAGATGCTGTGGTCAGGG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=15;WE=954285;WS=954265;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:31,15:0.33:46
chr4	954277	rs3733347	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.115;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr4	954311	rs3733349	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=0.496;SC=ACCACAGGGCCGGCCACTGTG;SOR=1.522;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=21;WE=954319;WS=954301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,24:0.23:103
chr4	954753	rs185767693	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.389;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,36:0.14:253
chr4	960081	rs4690324	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=7.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.703;SOR=0.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,32:0.26:123
chr4	960713	rs4690196	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=43;ReadPosRankSum=-1.583;SC=ACCCCCCACCGAGTCTGGCCG;SOR=1.139;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=7;WE=960721;WS=960703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr4	961191	rs1377587	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.326;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr4	961373	rs1377586	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,27:0.20:135
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chr4	980464	rs4690220	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
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chr4	1050653	rs3816474	G	A	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=10;PP=590;SC=AGCAGGCTGGGGATGCTGATG;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=1050661;WS=1050643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr4	1052078	rs2290410	A	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	1052125	rs11724371	T	C	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=19;PP=700;SC=GGCTTTCCCATGCTCCTCTGA;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=1052133;WS=1052115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	1052166	rs2248083	A	C	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=22;PP=719;SC=CTCGGGGCCCAGGGAGGAGAC;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=1052174;WS=1052156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	1052206	rs2045069	T	C	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.67;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr4	1052355	rs2045067	C	T	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=153;SC=AGGTTGCGGGCAGCCCTGGTG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=1052363;WS=1052345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	1067267	rs2290408	G	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=357;SC=CCCATGCACCGGGTGGAAGGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=1067275;WS=1067262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	1067638	rs6852155	T	G	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=53;PP=1441;SC=GTGGTAGAGGTGGTGTGGGTG;SOR=1.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=1067646;WS=1067628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	1084723	rs658846	G	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=139;SC=ACTCTCAGGAGAGCTCACAGT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=1084731;WS=1084713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	1087168	rs61648964	A	AAT	3985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=20;PP=1694;SC=TATTGTAACAAATGCCAATAT;SOR=1.375;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=36;WE=1087179;WS=1087158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	1087171	rs59985183	G	T	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=22;PP=1047;SC=TGTAACAAATGCCAATATTTA;SOR=1.329;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=57;WE=1087179;WS=1087158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	1087225	.	C	G	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.229;NF=44;NR=33;PP=1197;ReadPosRankSum=1.022;SC=TACCACCTCACGTCACACAGC;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=77;WE=1087233;WS=1087215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,161:0.83:193
chr4	1087241	.	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.131;QD=1.69;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,35:0.18:192
chr4	1087265	rs1670534	T	C	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=119;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=43;PP=1517;SC=GCGTTTGTGATGCTCACCTCC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=93;WE=1087273;WS=1087255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr4	1087327	rs138488801	G	GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC	5378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=2965;SC=CAGAGCCTGTGACCTCCACGG;SOR=1.253;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=27;WE=1087346;WS=1087317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	1087329	rs118112880	C	T	5525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=58.78;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	1087338	rs11725984	C	T	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	1087487	rs60035268	G	A	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=850;ReadPosRankSum=0.395;SC=CTGTGGCTCTGATGTCTGTGA;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=50;WE=1087495;WS=1087477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,83:0.71:117
chr4	1087901	rs13106356	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=69;ReadPosRankSum=-1.594;SC=AAGCCCATGAAGGAGAGTGCC;SOR=0.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=1087909;WS=1087891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr4	1090625	rs4045481	G	A	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
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chr4	1107316	rs148945469	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
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chr4	1165741	rs922697	A	G	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=45;PP=1443;SC=GTATTTGGCCAGGGCTCTGGC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=85;WE=1165749;WS=1165731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	1194586	rs77049343	T	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=529;ReadPosRankSum=-1.620;SC=CTGCCTTTGCTGTGAGCAAGT;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=46;WE=1194594;WS=1194576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,68:0.32:210
chr4	1194630	rs56401136	T	C	4244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=61;PP=2239;ReadPosRankSum=-1.321;SC=TGGGGCCAAGTCTGCAGTGTC;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=189;TCF=104;TCR=85;TR=131;WE=1194638;WS=1194620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,187:0.65:286
chr4	1207517	rs11247979	T	C	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=100;SC=CCCACGGCCCTGCTCTGCTCG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=1207525;WS=1207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	1215585	rs1250088	T	C	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,125:0.75:167
chr4	1217056	rs2004531	G	A	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=7;PP=768;SC=GGGCAGAGGTGTGAGGAACAG;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=1217064;WS=1217046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	1235211	rs62293620	C	T	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=696;ReadPosRankSum=0.723;SC=CGTCCTGTCTCGGAGCCTCAT;SOR=0.482;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=47;WE=1235219;WS=1235201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,71:0.73:97
chr4	1243329	rs79746330	C	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.600;NF=28;NR=11;PP=526;ReadPosRankSum=-0.194;SC=AGCTGCCGCCCTCCCGCGCTC;SOR=1.064;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=39;WE=1243337;WS=1243319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,53:0.76:70
chr4	1243404	rs1680033	C	T	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.540;NF=44;NR=23;PP=1064;ReadPosRankSum=0.164;SC=AGGCCGCGGGCCCCCCATCGC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=67;WE=1243412;WS=1243394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,110:0.79:140
chr4	1243573	rs1680032	T	C	6200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=68;PP=2466;SC=GGAGAACCCCTTCCCCGACCC;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=122;WE=1243581;WS=1243563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr4	1243617	rs3755920	T	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=289;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GGTTTGTAGCTAACCAACGTC;SOR=0.667;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=26;WE=1243625;WS=1243607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,41:0.27:153
chr4	1244267	rs2291199	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=1.592;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr4	1244416	rs1732115	A	G	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=15;PP=598;SC=CTGTCTGCTCAGCATGGACAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=1244424;WS=1244406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	1244879	rs1564508	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.337;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,41:0.17:243
chr4	1283556	.	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=1.436;SC=TTCGCGCCTTCTTCCGCCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=1283564;WS=1283546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr4	1291640	rs2293633	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.899;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,13:0.16:82
chr4	1291711	rs2293634	T	G	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,60:0.26:234
chr4	1291791	rs2293635	A	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=1.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,70:0.23:298
chr4	1305802	rs34402978	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.956;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,30:0.19:158
chr4	1330759	rs1128427	T	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=2.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-1.166;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,92:0.26:351
chr4	1332175	rs13147602	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=1.762;SC=GGCTGCCCTGAGTGGCCCCCA;SOR=0.180;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=9;WE=1332183;WS=1332165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr4	1343405	rs2276903	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,29:0.18:163
chr4	1348806	rs3903127	A	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr4	1369093	rs11941200	CT	GG	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=329;ReadPosRankSum=1.005;SC=CCGGTCTTGCCTGATGTGCCT;SOR=0.555;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=12;WE=1369102;WS=1369083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr4	1369885	rs11724369	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.765;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,21:0.19:109
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chr4	1374774	rs28522910	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
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chr4	1389524	rs370222193	C	T	5546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=3.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=-2.489;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,250:0.76:331
chr4	1397297	rs11945310	T	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=1.952;SC=CGGTGGGCCCTGGGCAACGGG;SOR=0.925;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=8;WE=1397305;WS=1397287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr4	1397611	rs13133264	A	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,18:0.22:82
chr4	1619816	.	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=211;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CAACATACTTGGTGAAACAGT;SOR=0.874;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=16;WE=1619824;WS=1619806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr4	1659351	.	C	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,22:0.19:114
chr4	1698183	rs798719	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=26;PP=729;SC=TTAAATATTACAGATCACCAG;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=1698191;WS=1698173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	1701317	rs2247341	G	A	7925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=82;PP=2965;SC=TATAACGATCGTAGGCAATTG;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=173;WE=1701325;WS=1701307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr4	1714161	rs812821	T	C	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=3;PP=63;SC=CACTCAGCTGTGCGCGCCTCG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=1714169;WS=1714151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	1718883	rs2236787	A	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=6;PP=308;SC=GGAGACACAGAGTCACCTCAA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=1718891;WS=1718873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	1719572	rs798751	A	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=368;SC=TGGGCACGGGACGGACCTAGG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=1719580;WS=1719562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	1720757	rs798754	A	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=352;SC=CCAGAGCTGAAAAGTTATGTG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=1720765;WS=1720750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	1720793	rs148117097	A	AG	1382.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=7;PP=716;SC=GTCTCAAAGAATGATGGGACA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=18;WE=1720802;WS=1720783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	1720794	rs61675353	T	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=8;PP=505;SC=TCTCAAAGAATGATGGGACAT;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=27;WE=1720802;WS=1720783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	1720824	rs798755	A	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=17;PP=690;SC=ACACGGAGCCAGCTTCAGGGC;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=1720832;WS=1720814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	1725651	rs3099555	T	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=486;SC=TGTCCGATGGTTCTTGCAGGA;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=1725659;WS=1725641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	1737108	rs3752747	C	T	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=21;PP=627;SC=AGAGCAGCCACGGCAGGTCTT;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=1737116;WS=1737098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	1737404	rs34859791	C	CCT	6352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=40;PP=2973;SC=CCTTAGCCCCCGTGTGTGTTA;SOR=0.952;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=62;WE=1737412;WS=1737394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr4	1737502	rs11248073	C	T	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=47;PP=1388;SC=ACCTCAAGTTCGACCCCCTCC;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=1737510;WS=1737492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	1737585	rs11729657	T	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=23;PP=521;SC=CCCTCCCTCATGCATGAAGCC;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=1737593;WS=1737575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	1739518	rs140693140	CGCCATCCCT	C	6501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=55;PP=2982;SC=CAGCCTGACCCGCCATCCCTG;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=69;WE=1739534;WS=1739508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	1739592	rs2305188	A	G	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=183;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=53;PP=1622;SC=GCCTGTCACTACTGCCCAGGT;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=95;WE=1739600;WS=1739582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	1742400	rs4865463	T	C	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=73;SC=TAGAAGATCCTGGGTGGAGGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=1742408;WS=1742394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	1742779	rs1530588	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=197;SC=AAGCCAGCGGGGCTACAAGCT;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=1742787;WS=1742769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	1746207	rs185868501	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=376;ReadPosRankSum=1.036;SC=CTCCAGCAGACGGCGTGGTAC;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=26;WE=1746215;WS=1746197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr4	1746229	rs2290011	G	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=16;PP=773;SC=CACAGCTAATGCCTGCCCCTT;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=1746237;WS=1746219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	1746844	rs8389	A	T	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=53;PP=1440;SC=CAACTTTTTTAAAAACTAGAT;SOR=1.436;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=77;WE=1746852;WS=1746834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	1795321	rs4450996	C	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	1803307	rs2305183	T	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=4.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,33:0.24:140
chr4	1803704	rs2234909	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,58:0.26:227
chr4	1803824	rs2305184	C	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=47;ReadPosRankSum=0.431;SC=CCCTTGGCTGCGGGTTGCGTG;SOR=0.743;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=7;WE=1803832;WS=1803814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr4	1805296	rs3135883	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=2;PP=441;SC=CAAGTTGGCGGTGGCTGAGGA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=1805304;WS=1805288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	1806012	rs377096563	TG	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr4	1806834	rs4865476	G	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=109;SC=GTTCTGTGGAGATGCTCCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=1806842;WS=1806824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	1807894	rs7688609	G	A	8116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=86;PP=2965;SC=ACAAGAAGACGACCAACGTGA;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=76;TCR=87;TR=162;WE=1807902;WS=1807884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr4	1809127	rs34562534	CGT	C	1145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.97;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr4	1818594	rs9328763	C	T	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=79;PP=2268;SC=CTTCCACGTACTTTTCTTCAC;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=125;WE=1818602;WS=1818584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	1954945	rs489550	A	G	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=39;PP=1811;SC=CTTTAGCAGCATGGCTGCCTC;SOR=1.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=105;WE=1954953;WS=1954935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	1961137	rs474235	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=8;PP=548;SC=AGTGGTGGGTGTGCAAGGGTA;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=1961145;WS=1961127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	1994102	rs1116585	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,41:0.21:192
chr4	2009095	rs382441	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=-1.828;SC=TTTACAAGAGCACAAAAGCTA;SOR=0.330;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=10;WE=2009103;WS=2009085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr4	2010831	rs231189	G	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.486;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr4	2044128	rs570712	C	T	1113.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.25;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,50:0.91:55
chr4	2158102	rs34241266	CT	C	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr4	2158273	rs3216822	GGA	G	1568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.407;NF=3;NR=29;PP=1459;ReadPosRankSum=1.329;SC=CCTGCACACTGGAGTGCATGG;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=2158282;WS=2158263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr4	2158408	rs428361	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=6;PP=572;SC=AGTATGAAGTCCCCTCTTGGA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=2158416;WS=2158398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	2210065	rs2353552	C	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr4	2275145	rs736455	G	A	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=252;SC=AGATCAGTCAGGGAGGGAGGA;SOR=1.371;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=15;WE=2275153;WS=2275135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	2275718	rs2182682	G	A	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=34;PP=1492;SC=TACACGCCCCGCCTGACCTCC;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=86;WE=2275726;WS=2275708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	2275835	rs2051561	G	A	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=62;PP=2082;SC=GGCTGCCGTGGAACCTGGACC;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=109;WE=2275843;WS=2275825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	2276047	rs11248093	T	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=253;SC=TCGCAGACGCTCACCCCACAG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=2276055;WS=2276037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	2306053	rs661301	A	G	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1393;ReadPosRankSum=-1.910;SC=TCGTGAGCCGAGGGGCTCCCA;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=83;WE=2306061;WS=2306043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,111:0.74:149
chr4	2322039	rs113929105	G	GC	3031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=43;PP=1842;SC=AGGCCCTGTGGCCCCCTGGGT;SOR=1.493;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=47;WE=2322047;WS=2322029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	2337603	rs599642	GC	TT	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=8.434;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr4	2339330	rs73203396	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.749;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=77;ReadPosRankSum=1.063;SC=GGGCAAGGTGGGGGCGGGGGG;SOR=1.069;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=11;WE=2339342;WS=2339320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr4	2341194	rs2071680	T	C	6671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.65;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr4	2341194	.	TGCGAACAG	CGCGAACAA,CGCGAACAG	1381	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=19,71;NR=9,51;PP=252,1381;QD=10.9095669594;SC=GCTCAAACTCTGCGAACAGGA;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=28,122;WE=2341210;WS=2341184;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.23:124
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chr4	2502637	rs1203863	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=0.094;SC=GTAACAATAATAATAACAAAG;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=2502645;WS=2502627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	2513620	rs3128839	G	A	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.37;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr4	2691372	.	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.545;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,19:0.18:103
chr4	2698364	rs3733215	C	T	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=25;PP=632;SC=GGTCTGAGGGCATTTGAAGGT;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=2698372;WS=2698354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	2717690	rs2295499	C	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=789;SC=TGATTTCTTCCGTTCTGATAA;SOR=2.252;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=2717698;WS=2717680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	2743999	rs232712	A	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=130;SC=GGCAGCACTCAGCCACATGCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=2744007;WS=2743989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	2744087	rs2269495	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=10;PP=1074;SC=GCCTCTCTGGGCCGCGCCAGG;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=2744095;WS=2744077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	2746285	rs13145281	A	C	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=75;PP=2965;SC=GAAGCGCCCCACCAGGCTTCT;SOR=1.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=71;TCR=76;TR=144;WE=2746293;WS=2746275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	2746307	rs11728346	A	C	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NR=76;PP=2071;SC=CCACCCCCACAGTGACCACTG;SOR=2.852;Source=Platypus;TCR=76;WE=2746315;WS=2746297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	2822289	rs2239727	C	A	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=1264;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CCTGGCTCAGCCATCTCCTGC;SOR=0.464;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=78;WE=2822297;WS=2822279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,121:0.84:144
chr4	2822467	rs231402	G	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=746;ReadPosRankSum=-1.275;SC=GTACCCAGCTGCAGCTGCTGA;SOR=1.428;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=39;WE=2822475;WS=2822457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr4	2826218	rs34274570	C	CA	597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=479;SC=AGGGCCCACCCGATCTGCCCT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=2826226;WS=2826208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	2826400	rs3213501	T	C	5671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=68;PP=2536;SC=AGATCATCCATATCAGCAAGA;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=131;WE=2826408;WS=2826390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr4	2826472	rs62620003	G	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=286;ReadPosRankSum=0.599;SC=CTGGGGGTCCGAGGACGAGTG;SOR=0.621;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=28;WE=2826480;WS=2826462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,35:0.28:126
chr4	2826912	rs16843413	C	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,25:0.15:165
chr4	2828527	rs62637096	G	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr4	2828771	rs1794395	T	G	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=2.931;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=847;ReadPosRankSum=0.243;SC=TCTGTCAGCGTATCCGTGTGT;SOR=1.027;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=43;WE=2828779;WS=2828761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,54:0.83:65
chr4	2829077	rs2269485	T	C	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=34;PP=1225;SC=ACTGCCCGTTTGCCTCTCCCC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=68;WE=2829085;WS=2829067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	2829409	rs28516876	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=46.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=2.446;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,55:0.35:156
chr4	2829478	rs13137906	G	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=63;PP=1875;SC=GAGCCCCTCCGAGGCTGGGGA;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=65;WE=2829486;WS=2829468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	2831182	rs16843167	C	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.312;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,28:0.19:147
chr4	2831383	rs231399	T	G	4670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.226;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=86;PP=2579;ReadPosRankSum=0.356;SC=TTGGCCTGGCTGCTGAGGACT;SOR=0.502;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=116;TCR=118;TR=170;WE=2831391;WS=2831373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,211:0.76:278
chr4	2831914	rs59360049	C	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=1.864;SC=CCTCCAGCTACAGGGACCCTG;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=9;WE=2831926;WS=2831904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr4	2831918	rs113845224	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=885;ReadPosRankSum=-1.506;SC=CAGCTACAGGGACCCTGGCCT;SOR=0.951;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=27;WE=2831926;WS=2831904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,45:0.82:55
chr4	2833966	rs231396	G	A	2871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1311;ReadPosRankSum=-2.392;SC=ACAGCGAGAGGACAGAAAGCC;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=79;WE=2833974;WS=2833956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,128:0.76:168
chr4	2901349	rs2071695	A	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=293;ReadPosRankSum=0.113;SC=GAGGTGAAGGATTCCTGGTAT;SOR=0.038;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=17;WE=2901357;WS=2901339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr4	2906453	rs2239728	T	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=510;ReadPosRankSum=-1.844;SC=TTTTGAGATCTGGAATATTGA;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=35;WE=2906461;WS=2906443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr4	2906707	rs4961	G	T	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,107:0.80:133
chr4	2916762	rs4963	C	G	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=840;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CAGAAGGGCTCTGAAGGTGAG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=54;WE=2916770;WS=2916752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,73:0.71:103
chr4	2928125	rs1263345	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr4	2928413	rs4964	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=-1.128;SC=GTAAGTACCGTGCTGCCTCCG;SOR=0.724;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=10;WE=2928421;WS=2928403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,19:0.24:79
chr4	2933271	rs1263348	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,42:0.23:181
chr4	2934308	rs1263349	G	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=1.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,101:0.26:394
chr4	2935251	rs2301374	T	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,40:0.19:208
chr4	2935397	.	G	A	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,85:0.76:112
chr4	2951804	rs2515960	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,66:0.20:325
chr4	2955145	rs1475977	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-2.229;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr4	2955192	rs1475976	C	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr4	2955465	rs1475975	T	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=1.146;SC=CACACAGTGATCACTCAGTTG;SOR=2.564;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=4;WE=2955473;WS=2955455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr4	2958589	.	C	CA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	2965611	rs13120295	G	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.173;SC=AGGGCCTGCGGAGGCGGCGGC;SOR=0.352;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=9;WE=2965619;WS=2965601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr4	2966987	rs60504719	C	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=3.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.289;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,73:0.25:291
chr4	2988436	.	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr4	2988636	rs2488815	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=0.061;SC=TTGTTGTAACCCCCCCATTGT;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=6;WE=2988644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr4	3006043	rs1024323	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=6.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-2.721;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,32:0.22:145
chr4	3029588	rs2857844	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr4	3039150	rs1801058	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,23:0.24:95
chr4	3040068	rs34020100	T	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.448;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,28:0.18:158
chr4	3040279	rs11451355	G	GA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr4	3076603	.	CCAGCAG	CCAG,C	1054.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=395;ReadPosRankSum=-1.706;SC=TCAAGTCCTTCCAGCAGCAGC;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=22;WE=3076616;WS=3076593;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.67:54
chr4	3076654	.	G	GCAA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.255;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,6:0.13:47
chr4	3076659	.	A	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.032;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,6:0.13:47
chr4	3076659	.	A	AACAGCC	961	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=10;NR=23;PP=961;QD=29.2121212121;SC=CAGCAGCAGCAGCAACAGCCG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=33;WE=3076680;WS=3076644;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,33:0.94:35
chr4	3076662	rs61792465	A	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,6:0.13:47
chr4	3076665	rs61792466	A	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr4	3076672	rs76533208	A	G,ACCGCCGCCG	1529.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.681;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=52.75;ReadPosRankSum=1.111;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,6,20:0.21,0.69:29
chr4	3076693	.	G	GCCT	444	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MMLQ=23;NF=4;NR=18;PP=444;QD=20.6363636364;SC=CGCCGCCGCCGCCTCCTCAGC;Source=Platypus;TR=22;WE=3076701;WS=3076683;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr4	3118116	rs2071655	T	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=146;SC=GCGCTGCTCGTTTCCAACCCT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=3118124;WS=3118106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	3138080	.	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.56;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr4	3142528	rs363072	A	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.210;SC=CTTTGATAGGATATTATCATT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=3142536;WS=3142518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr4	3161846	rs363141	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr4	3162056	rs363099	C	T	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,90:0.78:116
chr4	3174496	rs11276773	TGATTCACA	T	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=2954;ReadPosRankSum=0.726;SC=GTATTAATAGTGATTCACAGG;SOR=0.569;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=20;WE=3174511;WS=3174486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr4	3180021	rs363096	T	C	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=6;PP=717;SC=GTTTTTGTTTTTAGGGAATCA;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=3180029;WS=3180011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	3180283	rs363095	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr4	3188265	rs363093	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=0.690;SC=AGCTGGTGTACAGGAAGCTGT;SOR=0.665;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=19;WE=3188273;WS=3188255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr4	3189547	rs363125	C	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.524;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,33:0.25:134
chr4	3210456	rs3025825	A	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.654;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr4	3210518	.	C	T	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=1027;ReadPosRankSum=1.148;SC=GGCTCTATTCCCTGCTGGACA;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=66;WE=3210526;WS=3210508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,119:0.73:162
chr4	3213832	rs362336	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=519;ReadPosRankSum=0.824;SC=TGCCTGCAGAGCCGGCGGCCT;SOR=0.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=29;WE=3213840;WS=3213822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr4	3213875	rs362278	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=1.116;SC=GTTTGGTAATTAAAATTAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=6;WE=3213883;WS=3213865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr4	3215835	rs362331	T	C	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	3216815	rs916171	C	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=12;PP=675;SC=AAATTCTTCTCTTTGTTCTGT;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=3216823;WS=3216805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	3219613	rs2857790	A	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=28;PP=832;SC=CGCCATTGCTAAGGAACATCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=3219621;WS=3219603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	3221872	rs362276	C	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=-0.580;SC=TGTCCTGACTCAACTCGGATG;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=15;WE=3221880;WS=3221862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr4	3225371	rs82334	A	C	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=970;ReadPosRankSum=-1.761;SC=AGCAGCTTCAACCAGGCCGTT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=51;WE=3225379;WS=3225361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,67:0.81:83
chr4	3225389	rs82333	A	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=40;PP=1065;SC=GTTTTCCTTCATTGCTAGAAT;SOR=2.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=3225397;WS=3225379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	3227419	rs362273	A	G	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=692;ReadPosRankSum=0.473;SC=AGCTGCTGCTACAGATCAACC;SOR=0.402;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=39;WE=3227427;WS=3227409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,72:0.80:90
chr4	3227592	rs2276882	T	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=12;PP=420;SC=TCCTTTTTTTTAAAAAAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=3227600;WS=3227582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	3234980	rs362272	G	A	4270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=53;PP=2067;ReadPosRankSum=-1.302;SC=CCTGCACGGCGTCCTCTATGT;SOR=0.640;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=133;WE=3234988;WS=3234970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,191:0.81:237
chr4	3235184	rs3216820	GC	G	2743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=58;PP=2425;SC=CAGATGGCAGGCCAGGTATCA;SOR=2.599;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=60;WE=3235192;WS=3235174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	3235241	rs362314	A	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=808;SC=GAGACGCAAGAGCACAGGTGC;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=3235249;WS=3235231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	3240159	rs2071704	C	T	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=16;PP=1132;SC=CTCTGACCTGCGTCCCTCCTC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=3240167;WS=3240149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	3240526	rs2858081	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=11;PP=651;SC=ACACTCAGGCACCTGCTTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=3240534;WS=3240516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	3255258	rs2798227	A	G	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=78;PP=2263;SC=CTCAGCCCCCACCATTTAGAG;SOR=1.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=24;TCR=78;TR=102;WE=3255266;WS=3255248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	3255292	rs2798226	C	T	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.25;SOR=2.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	3255292	.	CGGC	TGGC,TGGT	691	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=14,3;NR=48,10;PP=691,56;QD=11.7059872991;SC=GTGGCAAGGCCGGCGGCGGCG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62,13;WE=3255303;WS=3255282;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:62
chr4	3255295	.	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr4	3257373	rs3135173	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=187;SC=CCAGTAGGATTGTCGGGAGGG;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=3257381;WS=3257363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	3257593	rs362287	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=17;PP=507;SC=AGGTGCGCCGCGTGCTGGACC;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=3257601;WS=3257583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	3263138	rs3095073	G	A	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=58;PP=1797;SC=CCAGTTGCTCGGGCAGGACGT;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=85;WE=3263146;WS=3263128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	3265479	rs3095078	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=647;SC=CTTGTGTACACTAGTGAGTTT;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=3265487;WS=3265469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	3265710	rs3095077	C	T	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=36;PP=934;SC=GTGGATGTGTCGGGCCCGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=3265718;WS=3265700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	3318413	rs2236052	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,37:0.32:117
chr4	3417845	rs3213507	G	C	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.448;NF=29;NR=35;PP=1103;ReadPosRankSum=-0.568;SC=AGCAGCAGCTGCAGGTAACCG;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=64;WE=3417853;WS=3417835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,105:0.82:128
chr4	3443931	rs13108218	A	G	614.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.50;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,27:0.90:30
chr4	3445745	rs4690097	C	T	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.81;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,112:0.82:136
chr4	3446132	rs1987546	C	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GCGAGTGCTTCGGGGGCCGGA;SOR=0.976;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=28;WE=3446140;WS=3446122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr4	3446751	rs3752439	T	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GGCCGCCGCATGCGGGGCAGG;SOR=0.434;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=25;WE=3446759;WS=3446741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr4	3446883	rs3752442	A	G	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=696;ReadPosRankSum=-2.094;SC=CTCTCTTCCCACTGCTCCAGG;SOR=0.606;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=49;WE=3446891;WS=3446873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,63:0.83:76
chr4	3447156	rs4690098	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.610;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=525;ReadPosRankSum=1.113;SC=CTAGCCCCTCCGCACACCTGG;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=26;WE=3447164;WS=3447146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr4	3451109	rs2498323	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,38:0.15:251
chr4	3475107	rs2344208	G	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=83;SC=GTTGGCTGGCGTCCCTGACGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=3475115;WS=3475097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	3475252	rs4325970	T	C	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=14;PP=459;SC=CTACGAGGGCTTGGTCCACAC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=3475260;WS=3475242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	3475390	rs77051823	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.10;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr4	3478323	rs2699426	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=383;SC=CCACTTCCCCTGAGAACTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=3478331;WS=3478313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	3487151	rs916189	A	G	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GGGGCCAGGCAGGGTGTCATT;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=67;WE=3487159;WS=3487141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr4	3487237	rs2006791	A	G	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=50;PP=2005;SC=CTCGGGCCAGACTGACCTGTC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=102;WE=3487245;WS=3487227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	3494430	rs6830812	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,25:0.24:104
chr4	3495095	rs9684786	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.660;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,26:0.18:141
chr4	3495283	rs11733064	C	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr4	3498448	rs3135164	T	C	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=20;PP=1236;SC=CCAGCCTGTGTCACTCTTGGG;SOR=1.396;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=3498456;WS=3498438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	3501802	rs10805009	G	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=2;PP=279;SC=CTCAGGATGGGGCAGCGCTGG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=3501810;WS=3501800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	3501835	rs2858035	C	A	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=595;SC=CGGTCAGGAACATGGAGCGGG;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=3501857;WS=3501825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	3501849	rs2699409	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=739;SC=GAGCGGGAACTTCCAAGGTGC;SOR=1.721;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=36;WE=3501857;WS=3501825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	3501873	rs2699408	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=15;PP=777;SC=AGAGGCGGAGTGGGGAGGAGG;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=3501881;WS=3501863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	3501924	rs2858036	A	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=28;PP=1176;SC=ACAATCTTTGAGATCTGTGCC;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=65;WE=3501932;WS=3501914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	3502163	rs2858037	A	G	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=28;PP=801;SC=GGCACTGACAATTGGGGGCTG;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=3502171;WS=3502153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	3502303	rs2071700	G	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=7;PP=198;SC=CATCCCCTGAGGGTGTCCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=3502311;WS=3502293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	3514695	rs6789	A	G	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=758;ReadPosRankSum=1.097;SC=GGGCTCCCCAATGCCTTCAGA;SOR=0.405;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=41;WE=3514703;WS=3514685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr4	3514938	rs1741553	A	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=223;SC=GCAGCTCAGTACTAACTAGAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=3514946;WS=3514928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	3516560	rs11549512	G	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=2.438;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,55:0.23:244
chr4	3516689	rs2515967	T	C	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=64;PP=1955;SC=AGTGTTCCCTTCCCGTGCTCG;SOR=1.273;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=101;WE=3516697;WS=3516679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	3516742	rs1794442	A	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=39;PP=1099;SC=AGGACGCCAAAGGACGGCGCC;SOR=2.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=46;WE=3516750;WS=3516732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	3517732	rs1794444	G	C	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=25;PP=1062;SC=GAAACTGCGAGAATCTTGAGA;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=55;WE=3517740;WS=3517722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	3520079	.	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=195;ReadPosRankSum=0.623;SC=AGAAACGACCGTTGGCACAGC;SOR=1.101;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=18;WE=3520087;WS=3520069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr4	3521754	rs1799746	G	GT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=0.017;SC=AACACTCAACGTAACGGCACC;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=4;WE=3521762;WS=3521744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr4	3521939	rs1741547	T	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=22;PP=693;SC=GAGGGGAGGTTCTATTTGATA;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=3521947;WS=3521929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	3589623	rs10937959	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.674;NF=14;NR=3;PP=206;ReadPosRankSum=-1.203;SC=TGGTGCACCTGCACTTCCACA;SOR=0.402;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=17;WE=3589631;WS=3589613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr4	3589669	.	G	GACTTCCTGGTGCACCTGC	1557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=2066;ReadPosRankSum=0.195;SC=CCCAGATGCAGACTTCCTGGT;SOR=0.927;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=33;WE=3589677;WS=3589659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,31:0.28:112
chr4	3589689	rs7657417	C	A	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,76:0.42:179
chr4	3589719	rs59190481	CA	C	6655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.903;NF=31;NR=45;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GGTTCATCTGCAACTTCCTGG;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=76;WE=3589727;WS=3589709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,177:0.79:224
chr4	3589846	rs7672828	T	C	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.281;NF=30;NR=41;PP=1015;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTGGTGAGAATCCCTTGAGCA;SOR=0.620;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=69;TCR=90;TR=71;WE=3589854;WS=3589836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,99:0.41:239
chr4	3590537	rs73199384	G	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.348;HP=2;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=205;ReadPosRankSum=0.231;SC=GGAGACCCTCGCTGGGGAGGG;SOR=0.047;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=7;WE=3590557;WS=3590533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr4	3590549	rs73793633	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.832;HP=3;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=205;ReadPosRankSum=1.122;SC=TGGGGAGGGCGCCAAGCAGTG;SOR=0.042;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=7;WE=3590557;WS=3590533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr4	3590577	rs73793634	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr4	3590588	rs73199385	A	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=0.998;SC=TCAGCCAAGCATCAGCCCCTA;SOR=0.627;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=7;WE=3590596;WS=3590567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr4	3590683	rs62272966	T	G	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,55:0.32:171
chr4	3590711	rs62272967	G	T	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.654;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,58:0.31:189
chr4	3590730	rs62272968	G	A	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.664;QD=11.38;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,54:0.31:172
chr4	3590817	rs62272969	T	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=10.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.539;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.655;SOR=1.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,31:0.24:131
chr4	3590823	rs72180705	GACAC	G,GAC	3860.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.220;QD=34.17;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,46,66:0.41,0.58:113
chr4	3590878	rs62272970	C	T	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.792;NF=27;NR=17;PP=491;ReadPosRankSum=-0.999;SC=CACAGACACACACACACAGAG;SOR=0.974;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=155;TCF=87;TCR=68;TR=44;WE=3590886;WS=3590862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,61:0.24:253
chr4	3590911	rs34447251	A	C	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.168;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.886;NF=40;NR=22;PP=734;ReadPosRankSum=-1.323;SC=GCTCACAAGTAGAGCTCTTCG;SOR=1.092;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=189;TCF=111;TCR=78;TR=62;WE=3590919;WS=3590901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,82:0.28:289
chr4	3591015	rs62272971	A	C	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,148:0.33:448
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chr4	3591069	rs62272973	C	T	6418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=59;PP=1570;ReadPosRankSum=2.129;SC=ACCTTGAGGACTTTCGAGCAA;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=338;TCF=165;TCR=173;TR=116;WE=3591077;WS=3591059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,193:0.33:588
chr4	3769789	rs11269124	G	GGGGGAGCTTTCCCAGAGACCC	1440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.94;ReadPosRankSum=-1.705;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr4	4190792	rs2920255	A	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=24;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TGGGAGCTGAACCTAATGCAC;SOR=0.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=5;WE=4190800;WS=4190782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr4	4199634	rs2916414	A	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=266;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CCATGACCCCATCAGACTTGA;SOR=0.697;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=24;WE=4199642;WS=4199624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,45:0.29:156
chr4	4204299	rs2920182	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.75;MQRankSum=-2.824;NF=6;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=-2.912;SC=AGTGGATCACTCCAAACCTGA;SOR=0.903;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=17;WE=4204307;WS=4204289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,24:0.28:87
chr4	4228008	rs1811445	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5562;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.660;NF=7;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=0.114;SC=CGGCGACCCAAGCTTCAGAGA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=4228016;WS=4227998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	4228028	rs55839893	G	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-0.224;QD=32.15;ReadPosRankSum=0.108;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr4	4228029	rs36055674	A	AAAG	376.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-0.224;QD=31.39;ReadPosRankSum=0.108;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr4	4238746	rs57797443	T	G	1070.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.195;NF=24;NR=9;PP=670;ReadPosRankSum=1.778;SC=AACAGAGTTATCCGACACTCA;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=33;WE=4238754;WS=4238736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,44:0.90:49
chr4	4238906	rs34548596	A	AT	890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5138;FS=2.564;HP=8;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.019;NF=1;NR=23;PP=493;ReadPosRankSum=0.601;SC=AGATGGCAGAATTTTTTTTCC;SOR=1.184;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=24;WE=4238914;WS=4238896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr4	4238922	rs12498280	A	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.679;NF=7;NR=19;PP=439;ReadPosRankSum=-0.633;SC=TTTCCCAATTAGGTAAAATTG;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=26;WE=4238930;WS=4238912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr4	4239516	rs62286913	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=8.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQRankSum=-5.879;QD=7.44;ReadPosRankSum=2.183;SOR=0.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,18:0.25:73
chr4	4239539	rs62286914	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=8.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-4.506;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr4	4241953	rs3817719	T	A	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=150;SC=CTGTTTTAACTTTTTTTCTTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=4241961;WS=4241943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	4249297	rs2916469	C	T	8305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.64;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	4249300	rs2916468	T	C	8361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr4	4249414	rs2980101	AT	GC	13579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=93;PP=2947;SC=AGTCGACCTGATGTGTCAGGT;SOR=0.922;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=167;WE=4249423;WS=4249404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr4	4249483	rs2916466	CA	TC	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=64;PP=2947;SC=CAGATATTTCCAGTAATTCGC;SOR=1.490;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=92;WE=4249492;WS=4249473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	4249909	rs2272746	C	T	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=24;PP=1133;SC=GGAGCTGCTGCCGGGCCCGCG;SOR=0.953;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=59;WE=4249917;WS=4249899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	4249974	rs2272745	C	A	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	4250133	rs2272744	G	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=250;SC=ACTGAGCTTTGCCGGTGGAAG;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=4250141;WS=4250123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	4275976	rs11723469	A	C	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.75;ReadPosRankSum=0.412;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr4	4275986	rs11723471	A	C	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.16;ReadPosRankSum=0.111;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,52:0.95:55
chr4	4276021	rs12639962	C	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,24:0.21:113
chr4	4276132	rs7376390	T	C	6709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=79;PP=2786;SC=TGCGCCCACGTGTGCCTCTTC;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=92;TCR=80;TR=171;WE=4276140;WS=4276122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr4	4285221	rs2980214	A	C	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	4301537	rs60953649	T	A	345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=7;PP=244;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAAA;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=4301545;WS=4301527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr4	4303644	rs113456844	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr4	4304337	rs2916382	C	T	5221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=60;PP=2477;SC=AGCCTTGTGCCGTCAGTCATT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=123;WE=4304345;WS=4304327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr4	4422558	rs34931639	A	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,41:0.25:162
chr4	4422756	rs80225626	A	C	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=805;ReadPosRankSum=0.043;SC=ATTTCCTTTGAGTGTCATGTC;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=22;TCR=59;TR=60;WE=4422764;WS=4422746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,62:0.76:82
chr4	4425422	rs10675705	C	CAG	873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=309;SC=GTGGGAGAGACAGGGGGCACA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=4425430;WS=4425412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	4861974	rs34165410	C	T	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,109:0.75:146
chr4	4862125	rs149370601	AGGGGGCCGGGT	A	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.474;NF=2;NR=21;PP=1420;ReadPosRankSum=0.328;SC=GCGCAGAGGGAGGGGGCCGGG;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=23;WE=4862143;WS=4862111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr4	5016841	rs6847131	G	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=343;ReadPosRankSum=-0.278;SC=TGACATAACTGTAGTTCTCTT;SOR=0.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=5016849;WS=5016831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr4	5017146	rs67449859	A	AT	463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.94;QD=42.16;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	5017150	rs34659865	C	CATTTCA	482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=40.23;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	5018702	rs11724788	G	A	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=55;PP=2016;SC=CTGGGAGTGGGCAATGGGGAG;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=101;WE=5018710;WS=5018692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	5053674	rs10222952	C	T	9678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=114;PP=2965;SC=ATTCCCGCTTCGCGGGGCATC;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=85;TCR=114;TR=199;WE=5053682;WS=5053664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr4	5128641	rs11726208	A	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	5128650	rs895679	T	C	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.00;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	5170214	rs3749567	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	5418383	rs2301858	G	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=2;PP=459;SC=ATATGCATAAGTTACCAAATG;SOR=2.387;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=5418391;WS=5418373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	5418539	rs168985	C	T	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=42;PP=1493;SC=CTGCAGCCCACGCTAACTGGA;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=5418547;WS=5418529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	5448293	.	C	CA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr4	5448592	rs34453123	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=2.374;SC=CAGGGCCCGCGGTGCAGGAAG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=13;WE=5448600;WS=5448582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr4	5461801	rs2301856	A	G	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=6.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=721;ReadPosRankSum=0.680;SC=TGCCCAATTCATGGAAACTCA;SOR=1.109;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=53;WE=5461809;WS=5461791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,70:0.85:82
chr4	5469810	rs2301855	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=0.023;SC=AAGTCCTTCATACTGTCCCCC;SOR=0.679;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=8;WE=5469818;WS=5469800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr4	5469916	rs41268643	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-1.062;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr4	5500511	rs13116133	A	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=5;PP=419;SC=CCATCTGGCTACAGTGCACAG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=5500519;WS=5500501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	5544739	rs10937650	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=337;ReadPosRankSum=0.715;SC=TAAGTGATGCGGGCAGAGCAG;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=19;WE=5544747;WS=5544729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr4	5570104	rs12508361	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	5570221	rs12511039	G	A	527.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=3.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=351;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TCTCAGCTGCGTGGTCCACAT;SOR=2.093;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=20;WE=5570229;WS=5570211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr4	5577884	rs6840591	T	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=9;PP=727;SC=CAGGTGGGTATGGGTGGGCTG;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=5577892;WS=5577874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	5586706	.	G	A	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=43;PP=966;ReadPosRankSum=2.611;SC=CAATGGAGACGCACTGGGAAC;SOR=0.976;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=54;WE=5586714;WS=5586696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,57:0.83:69
chr4	5624704	rs73198153	A	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=638;ReadPosRankSum=-1.651;SC=CCTGCTCCCTACGCTGCTCCC;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=40;WE=5624712;WS=5624694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,64:0.65:99
chr4	5630470	.	T	TA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=-0.226;SC=TCCTGTCAATTAAAAAAAAAA;SOR=1.230;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=5630478;WS=5630460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr4	5642274	rs13131655	T	C	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.286;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=800;ReadPosRankSum=2.001;SC=ACTCTTCTGCTTCCTCCATTG;SOR=0.399;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=48;WE=5642282;WS=5642264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,82:0.79:104
chr4	5664798	rs147183830	CAT	C	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.678;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,10:0.15:67
chr4	5686924	rs957727	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
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chr4	5687210	rs113806963	C	T	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=778;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TCTCCCACTGCGCAGAGAAAA;SOR=0.518;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=55;WE=5687218;WS=5687200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,64:0.74:87
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chr4	5746915	rs369153323	TC	T	239.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
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chr4	5747131	rs13145958	C	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=441;ReadPosRankSum=1.680;SC=AAATTGGCTACATTAGAGAGA;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=26;WE=5747139;WS=5747121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr4	5749807	rs56193413	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
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chr4	5749961	rs4688962	G	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,39:0.23:168
chr4	5750003	rs33929747	A	G	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=734;ReadPosRankSum=1.242;SC=CCGAAGGGCTATTGTGCGATT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=47;WE=5750011;WS=5749993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,70:0.80:87
chr4	5754544	rs899691	T	C	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,69:0.73:95
chr4	5755542	rs2302075	C	A	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=24;PP=817;SC=GACCTGGTCACGGCGTCTCTG;SOR=0.950;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=43;WE=5755550;WS=5755532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	5757932	.	G	GA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.712;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.141;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr4	5785442	rs1383180	G	A	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=859;ReadPosRankSum=0.046;SC=AATCGCTTCCGGAGGCAGCAG;SOR=1.087;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=53;WE=5785450;WS=5785432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,66:0.74:89
chr4	5798627	rs2291152	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr4	5803669	rs1031919	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=-1.202;SC=CTTCCTTTCTTCCCTCAGAGG;SOR=0.320;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=8;WE=5803677;WS=5803659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr4	5803904	rs1031918	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr4	5809897	.	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=236;ReadPosRankSum=0.543;SC=TTCCTTCCTCCCTGCCAGCCT;SOR=0.643;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=9;WE=5809905;WS=5809887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr4	5812195	rs2279250	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.740;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr4	5827493	rs73206228	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr4	5827503	rs10605297	GCA	G	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr4	5830414	rs6818391	T	C	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=64;PP=1581;SC=ACAGCCTCAGTGTTACTTCCC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=101;WE=5830422;WS=5830404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	5838513	rs12331	C	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,34:0.15:225
chr4	5841423	rs71640227	T	TAAAC	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.873;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,8:0.15:55
chr4	5843196	rs2286283	T	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,23:0.26:87
chr4	5850901	.	A	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr4	5851234	.	TA	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.440;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr4	5863032	rs13130069	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=457;ReadPosRankSum=0.112;SC=AAACATTTCTGAGCCAGGCCC;SOR=0.542;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=27;WE=5863040;WS=5863022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,41:0.75:55
chr4	5925186	rs4348041	G	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=351;SC=CTTTTGTGGCGGGGGCGGCTG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=5925194;WS=5925176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	5960941	.	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=260;ReadPosRankSum=2.160;SC=GCGTTTCTCTCAAGCTCTGAC;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=13;WE=5960949;WS=5960931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	5966618	rs6828891	A	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	5969113	rs9997727	G	A	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	5969235	rs7690750	A	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=19;PP=651;SC=GGCACTGGAGAGACAGCCTTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=5969243;WS=5969225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	5969252	rs7690889	A	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=18;PP=587;SC=CTTGCACAGAAGACTGCAATT;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=5969260;WS=5969242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	5969292	rs6446420	C	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	5969303	rs6446421	T	A	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=270;SC=AAAAAACCGCTTTCTGTGTAG;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=5969311;WS=5969282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	5969364	rs6446422	T	C	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=153;SC=CTCTCCAGGATGCTCAAAGGA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=5969372;WS=5969354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	5975538	rs16837960	G	A	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=53;PP=1566;SC=TTCCTCTCCCGGCACTTCCGG;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=76;WE=5975546;WS=5975528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	5977462	rs4689291	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.738;NF=3;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GCAATCCACCCGCCTCAGCCT;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=6;WE=5977470;WS=5977452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr4	5977553	rs4689290	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-2.355;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,16:0.17:95
chr4	5977566	rs4689289	C	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,20:0.18:109
chr4	5990110	rs4689287	C	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-2.395;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,42:0.22:189
chr4	5990339	rs6845455	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=314;ReadPosRankSum=-0.416;SC=ACAGGCTCTTGAAAGCAGCTG;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=32;WE=5990347;WS=5990329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr4	5990551	rs58136927	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,42:0.24:178
chr4	5990599	rs751240	T	C	4098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=57;PP=2028;SC=CCGAGATCAGTGTCTGGAGCT;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=109;WE=5990607;WS=5990589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	5990791	rs2016083	A	G	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.913;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,86:0.27:318
chr4	5991384	rs4234711	T	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,57:0.24:235
chr4	5991476	rs4266238	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=268;ReadPosRankSum=-3.081;SC=TGGCAAACCTGTCTCTCCTGC;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=29;WE=5991484;WS=5991466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,40:0.28:145
chr4	6031511	.	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.410;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,18:0.19:93
chr4	6031632	rs10461053	T	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=353;SC=GGCAGCCTGATGAGCTCTGAT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=6031640;WS=6031622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	6042402	.	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,25:0.16:158
chr4	6056737	rs67965562	CTGTCCCAAATGCCCT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GGGTTGCTCGCTGTCCCAAAT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=2;WE=6056759;WS=6056727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr4	6058481	.	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.725;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.707;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,33:0.20:163
chr4	6062237	.	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-2.544;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,22:0.21:103
chr4	6082053	.	G	A	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.719;SC=CAGCCACAGGGAGACAGACCA;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=69;WE=6082061;WS=6082043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,101:0.71:142
chr4	6086752	rs10516179	G	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.372;NF=0;NR=26;PP=582;ReadPosRankSum=0.250;SC=TGAAGAAGTTGTGTGGAGCCT;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=26;WE=6086760;WS=6086742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr4	6279047	rs10937714	C	T	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=355;SC=TACTGAGTGTCAGCGAGATCC;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=6279055;WS=6279037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	6291003	rs4689394	C	G	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=152;SC=TGGTGGCCTTCTCATTTTAGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=6291011;WS=6290993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	6292751	.	G	GTGGCAGGGGCA	2957	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=23;MQ=61.11;NF=15;NR=3;PP=2957;QD=20;SC=GAGAGTGGGCGTGGCGCGATG;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=18;WE=6292766;WS=6292746;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,18:0.86:21
chr4	6292755	rs55640037	C	CAGGGGCATG	1409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.21;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	6292758	.	G	A	583	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=23;MQ=60.85;NF=22;NR=5;PP=583;QD=22.8804152795;SC=GGCGTGGCGCGATGTCCTCTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=6292766;WS=6292746;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	6292758	rs56102017	G	GCA	1438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.95;QD=42.32;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	6292799	rs5018647	A	C	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=153;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=14;PP=936;SC=CTTCCCTGGTAACCAAGTCCT;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=6292807;WS=6292789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	6292818	rs5018648	C	G	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=116;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=19;PP=1097;SC=CTGACACCTTCTATGAGTCTC;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=6292826;WS=6292808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	6292909	rs9998519	C	T	7472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	6292915	rs10010131	A	G	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.55;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	6293446	rs13101355	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	6293474	rs13147655	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=6;PP=405;SC=TACTGGAGGTACAGAGGTGTG;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=6293482;WS=6293464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	6293696	rs1801213	C	G	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=32;PP=1035;SC=AGCAGAGGCGCATGCTGGAGC;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=6293704;WS=6293686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	6302519	rs1801212	G	A	11993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=134;PP=2965;SC=CTTCTTCATCGTCAGCAACCT;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=133;TCR=134;TR=267;WE=6302527;WS=6302509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr4	6302707	rs1801206	C	T	12692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=153;PP=2965;SC=AGGCCGAGGTCAACTTCGGCT;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=158;TCR=153;TR=309;WE=6302715;WS=6302697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr4	6303022	rs1801214	C	T	8549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=106;PP=2965;SC=TCGTCCTCAACGTCAGCGTCC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=110;TCR=108;TR=215;WE=6303030;WS=6303012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr4	6303354	rs734312	G	A	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=85;PP=2910;SC=CTGCTGTTGCGCTGGTGGACC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=158;WE=6303362;WS=6303344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr4	6303955	rs1046314	G	A	4510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=65;PP=2208;SC=GCGAGTTCAAGAGCGTGCTGC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=116;WE=6303963;WS=6303945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	6304087	rs1046316	A	G	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=50;PP=1628;SC=CCCAGCTCTCACCCACCAGGC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=85;WE=6304095;WS=6304077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	6304242	rs1046317	T	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=382;SC=CCATGAGGCCTTTCCCCAGTG;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=6304250;WS=6304232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	6325018	rs3796402	A	T	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=14;PP=1107;SC=GGGGCCGGGAACTGCACATAC;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=6325026;WS=6325008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	6325086	rs3796403	G	A	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=42;PP=1976;SC=TGGTGGCGGCGATGGCAATGA;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=110;WE=6325094;WS=6325076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	6335186	rs4689405	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=7;PP=416;SC=ACCTACATACCGGGCATATGA;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=6335194;WS=6335176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	6335203	rs10937722	C	T	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=11;PP=535;SC=ATGAAAGCCACGCCTGGCTAG;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=6335211;WS=6335193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	6374189	rs6837903	A	G	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	6374230	rs35520578	C	CA	2956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=20;PP=2044;SC=AGGCACTGGCCAGGCCACAGT;SOR=1.468;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=46;WE=6374238;WS=6374220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	6377530	rs4688997	C	G	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	6377534	rs4688998	A	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.02;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	6377713	rs4234738	G	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=14;PP=465;SC=CCGGATGGAAGAGAAGATCCA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=6377721;WS=6377703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	6415866	rs114192497	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.890;SOR=0.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr4	6536979	rs13141184	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=351;ReadPosRankSum=-0.680;SC=CTGCCCGGCTGTGAGAACGGG;SOR=0.863;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=23;WE=6536987;WS=6536969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr4	6578487	rs4689485	A	G	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TTGGCCCAGTATCCTGGCAAA;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=64;WE=6578495;WS=6578477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,90:0.73:123
chr4	6580290	.	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=1.435;SC=GACATGGTATCAGAACCCCCA;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=24;WE=6580298;WS=6580280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr4	6594827	rs10937747	A	G	4955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=51;PP=2658;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CTGGGAGAACATGGCACTTGG;SOR=0.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=156;TCF=105;TCR=51;TR=154;WE=6594835;WS=6594817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr4	6596360	rs2301795	G	A	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=54;PP=1519;SC=CGGTGTCTCGGTGCAGTATGC;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=83;WE=6596368;WS=6596350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	6606864	rs2301788	A	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,73:0.24:301
chr4	6611813	rs4689487	T	C	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=6.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.04;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,99:0.80:123
chr4	6619052	rs4689488	A	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=3;PP=498;SC=TAGACCAGGGACATTGGGGTT;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=6619060;WS=6619044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	6619165	rs4689489	A	G	5193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	6619204	rs4689490	G	A	7380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr4	6623032	rs4234768	G	T	8013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=99;PP=2965;SC=AGATGCCCCGGCCCCAGGGCT;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=81;TCR=99;TR=179;WE=6623040;WS=6623022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr4	6695635	.	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,42:0.20:213
chr4	6698500	rs113431497	C	CTGAGCCTGAA	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=2978;SC=GGCCCTGGCCCTGACAGCAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=6698508;WS=6698492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr4	6698706	rs11733989	A	C	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=34;PP=932;SC=GTGAGTTCATAGTGTTCGTGG;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=6698714;WS=6698696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	6718775	rs3172604	G	T	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=182;SC=TGTCTTCCAAGTTTAAAAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=6718783;WS=6718765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	6925654	rs140427960	C	G	3048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=76;PP=1872;ReadPosRankSum=2.786;SC=CATCTTGGACCTTGTGGTCAC;SOR=1.427;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=149;TCF=55;TCR=94;TR=113;WE=6925662;WS=6925644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,132:0.73:181
chr4	6955922	rs4484301	C	G	548.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=325;ReadPosRankSum=-1.441;SC=CCGAGTGCACCCATGGAGTTT;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=21;WE=6955930;WS=6955912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,25:0.89:28
chr4	6956059	rs11732887	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=3.036;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,33:0.20:164
chr4	6956134	rs11732898	T	C	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=54;PP=1516;SC=GAGTCTTTCCTGCGTGTAGCT;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=93;WE=6956142;WS=6956124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	6968942	rs9291126	C	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=6;PP=812;SC=CAGAGGAAAGCTGACTTGTTT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=6968950;WS=6968932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	7002803	rs2301817	C	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	7027041	rs6834102	C	T	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=23;PP=614;SC=GCAAGTGGCGCGACTCAGGAA;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=7027049;WS=7027031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	7044357	rs871133	A	G	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=16;PP=811;SC=CCTCAGCCCCAACCTCGGCCG;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=7044365;WS=7044347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	7044380	rs871134	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.296;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=514;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TCTTCGGGCTCGGGCTGGGGC;SOR=1.729;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=26;WE=7044388;WS=7044370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr4	7045657	rs6842659	C	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=0.319;SC=GCGCAGGCAGCGCTGGACCTG;SOR=0.582;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=5;WE=7045665;WS=7045647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	7064003	rs11422620	A	AC	607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.39;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	7064214	rs9291128	T	G	6516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.38;QD=42.87;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	7064218	rs60881938	TA	T	970.80	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.73;MQRankSum=5.319;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,60:0.82:73
chr4	7064220	rs376145748	TATATA	T	796.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.78;MQRankSum=6.474;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr4	7064243	rs6812318	C	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.24;MQRankSum=3.522;QD=20.31;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,69:0.91:76
chr4	7064277	rs4689585	C	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=92;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=35;PP=880;SC=CTCTGTATGTCGCTCAGGCTG;SOR=3.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=7064285;WS=7064267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	7066052	rs2359011	TA	GC	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=738;SC=AACTATTTACTATTACTTGGG;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=7066061;WS=7066042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	7069606	rs2276969	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=16;PP=987;SC=CGGGGCCGAGGCCGGGAAGGA;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=50;WE=7069614;WS=7069596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	7069804	rs3822270	C	A	8144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=82;PP=2965;SC=ACCAAGCGTGCGTGCAGGCAG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=172;WE=7069812;WS=7069794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr4	7069901	rs3822269	T	C	5360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr4	7312054	rs3930439	A	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,10:0.16:61
chr4	7434988	rs4318651	A	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=19;PP=904;SC=GGATGGGGAAAGCACCCACCT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=7434996;WS=7434978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	7435379	rs4689746	A	G	4951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=67;PP=2827;SC=TTGCTCTCCAAGTTGTGGGAG;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=134;WE=7435387;WS=7435369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	7461661	rs73212545	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=377;ReadPosRankSum=0.198;SC=GGGAGCATTGGCAGAGTGGGT;SOR=1.743;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=21;WE=7461669;WS=7461651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr4	7461769	rs12512664	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.190;QD=1.54;ReadPosRankSum=2.073;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,23:0.18:127
chr4	7461826	rs10655902	C	CCCA	7088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=55;PP=2970;SC=CCCAGCAGTCCCTCCCCCTGC;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=78;WE=7461834;WS=7461816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	7461915	rs12498272	T	A	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.07;NF=31;NR=55;PP=1793;SC=GCGTGCCAGCTAGTAGAATCC;SOR=1.002;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=86;WE=7461923;WS=7461905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	7533227	rs147622320	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,38:0.20:190
chr4	7655855	rs2285789	C	T	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr4	7717012	rs2285781	G	A	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,88:0.26:342
chr4	7719665	.	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
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chr4	7728472	rs2301746	C	T	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=14;PP=854;SC=CTGCCTCACTCGGCCAGGCCC;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=7728480;WS=7728462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr4	7735215	rs2285775	C	T	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=232;SC=GAAGCCATGTCCCTGCAGGGC;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=7735223;WS=7735205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	7736343	.	A	C	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=11.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.13;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr4	7736347	.	T	C	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=10.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.04;ReadPosRankSum=-1.912;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,73:0.63:116
chr4	7737137	rs4689845	G	A	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.13;NF=45;NR=39;PP=1513;SC=TTTCATGTGTGCCCCCGTTCC;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=84;WE=7737145;WS=7737127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	7737269	rs11307451	TG	T	2158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=1511;SC=AGAGCTGAACTGGAGAATCTG;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=37;WE=7737277;WS=7737259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	7737341	rs4689846	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=14;PP=387;SC=AGGAGTCTGTGGGGCAAAGAA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=7737349;WS=7737331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	7738775	rs75849760	G	A	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=19;PP=1188;SC=AAGCTGAGCCGCCCTTGCCTC;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=7738783;WS=7738765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	7765555	.	A	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,19:0.22:88
chr4	7780582	rs41264705	C	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=24;PP=756;SC=TTAGACGCCACGGGGGGCTTT;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=7780590;WS=7780572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	7783163	rs28542374	G	A	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=12;PP=641;SC=CAGACTGAGCGGAGGCAGGGT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=7783171;WS=7783153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	7802292	rs11728778	G	A	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=32;PP=1243;SC=TCTTCAGGTCGGTCCTGTCCT;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=7802300;WS=7802282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	7817698	rs35907552	GT	G	1933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.553;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.27;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,105:0.94:112
chr4	7820727	rs4447865	T	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=248;SC=TTCTCAGAGATTGTTATCAAA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=7820735;WS=7820717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	7820795	rs35726835	G	A	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=11;PP=666;SC=CAAGAGCAGCGCCCTTACCTT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=7820803;WS=7820785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	7840462	rs144211014	A	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr4	7845067	rs62289296	G	A	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=1117;ReadPosRankSum=-3.147;SC=TCATCGCATCGGAATCATAAT;SOR=0.549;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=63;WE=7845075;WS=7845057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,96:0.83:115
chr4	7845123	rs62289297	G	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.061;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=536;ReadPosRankSum=0.830;SC=TCTTTACCTTGAAGTTTACCC;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=31;WE=7845131;WS=7845113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr4	7870518	rs34570748	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.348;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,46:0.26:175
chr4	7940857	rs7695142	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.902;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,20:0.22:92
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chr4	7940915	rs7669645	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.439;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,35:0.22:161
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chr4	8010035	rs116400685	C	T	660.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.7450;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=3.364;SC=ACGAGCTGACCCCACTGTGAG;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=23;WE=8010043;WS=8010025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
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chr4	8021478	rs34327175	TG	CA	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.038;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.018;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,16:0.16:99
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chr4	8046865	rs59097324	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr4	8062689	rs6811028	TG	CA	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	8062871	rs6853901	A	C	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=107;SC=GCATGCCCTGAGCACAGGTAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=8062879;WS=8062861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	8108372	rs375827321	G	A	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.724;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.816;SC=ACACTGTTGGGAAAGAGAGAA;SOR=1.390;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=60;WE=8108380;WS=8108362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,87:0.81:108
chr4	8214636	rs1712287	T	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=11;PP=214;SC=TGTCTGAGACTGGGGACACAG;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=8214644;WS=8214626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	8216099	rs2291069	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=394;SC=GTCCCCCGCCGGGGCCACATC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=8216107;WS=8216089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	8221058	rs4696782	G	A	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	8224414	rs113477900	T	TGTC	351.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.19;QD=35.17;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	8227044	rs2279196	G	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=402;SC=CATTGGGTGCGGCTGTCACCC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=8227052;WS=8227034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	8228632	rs1678300	A	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=4;PP=751;SC=GCTGGGGATGAGGGGACCCTG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=8228640;WS=8228622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	8228731	rs1281145	T	C	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=49;PP=1412;SC=TGCCTGAGCCTGGAGCCACAG;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=97;WE=8228739;WS=8228721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	8228894	rs1292647	T	C	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=28;PP=821;SC=AAGCCGAGGATGACTGGGAGG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=8228902;WS=8228884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	8229203	.	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=231;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AGGGCAGCTTCGGGGACCTGT;SOR=0.844;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=22;WE=8229211;WS=8229193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,23:0.23:101
chr4	8229218	rs1281146	A	G	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=40;PP=1639;SC=ACCTGTTCCTAGTGGTGGCTG;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=88;WE=8229226;WS=8229208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	8229326	rs1281147	T	C	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=45;PP=1379;SC=TGGGGACGCCTGACCACATCT;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=8229334;WS=8229316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	8237096	rs1678260	G	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=7;PP=421;SC=GGGGGAGTCCGACCTGGGTGG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=8237104;WS=8237086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	8242344	.	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-1.312;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,9:0.17:52
chr4	8242466	rs1281103	A	G	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=62;PP=2426;SC=TGGCGCTGGCAGCCGCCGTGG;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=136;WE=8242474;WS=8242456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr4	8288581	rs7678398	A	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=28;PP=772;SC=AGACGCCGGAACCCAGAGGCA;SOR=2.356;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=8288589;WS=8288571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	8288612	rs7678420	A	G	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=483;SC=ACCTTCCATCAGCCAGGGGGA;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=8288620;WS=8288602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	8293974	rs4235258	C	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=479;SC=TGGTTAGAGGCAGATCTGGAG;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=8293982;WS=8293964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	8304038	rs4696797	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=3;PP=476;SC=GCAGCTTTGCTGGACCGCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=8304046;WS=8304031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	8304097	rs4696798	G	T	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=19;PP=1546;SC=TCCTGGTCCTGCAGGGGAACT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=75;WE=8304105;WS=8304087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	8306028	rs4696801	C	T	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=44;PP=1363;SC=CAGAGGAGATCGCTCGAGGCA;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=8306036;WS=8306018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	8306091	rs4696802	T	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=769;SC=TCATGTGACCTTGAGCTTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=8306099;WS=8306081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	8358192	rs7657076	A	T	4764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=50;PP=2607;SC=AGTTTGCTAAACTTGTACATT;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=90;TCR=50;TR=140;WE=8358200;WS=8358182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr4	8396193	.	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=227;ReadPosRankSum=-1.532;SC=TCGCGGCAGAGGCCAAGAGCT;SOR=1.688;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=15;WE=8396201;WS=8396183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr4	8415982	rs2245515	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=344;ReadPosRankSum=0.530;SC=GTCTCATATGCTCCAAACTCA;SOR=0.734;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=21;WE=8415990;WS=8415972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr4	8453779	.	T	A	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=757;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CGACCTCAGCTTCTCTGGAGT;SOR=0.689;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=49;WE=8453787;WS=8453769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,77:0.79:98
chr4	8454639	rs1880024	A	G	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=527;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GGCTGAGAGGAGACTAACTGC;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=37;WE=8454647;WS=8454629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr4	8456701	rs2002860	C	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=0.300;SC=GAAAAAGAGACATGAAACTAG;SOR=0.392;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=12;WE=8456709;WS=8456691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr4	8473050	rs2631768	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=0.811;SC=AGCAAGTTCCGCGGTGCCCCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=8473058;WS=8473040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr4	8582742	rs17844776	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=639;ReadPosRankSum=-0.192;SC=TGGCGGGTCTCCTGGTGATGG;SOR=0.321;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=41;WE=8582750;WS=8582732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,56:0.78:72
chr4	8582856	rs17844777	T	G	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=939;ReadPosRankSum=-1.151;SC=TGAATCTGTCTCTGGGCCACC;SOR=0.521;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=61;WE=8582864;WS=8582846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,93:0.72:129
chr4	8583312	rs17844778	A	C	3753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=40;PP=1533;ReadPosRankSum=0.971;SC=TGGCACGCAGACACTGCCAGC;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=98;WE=8583320;WS=8583302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,173:0.70:247
chr4	8584448	rs6824455	T	C	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.654;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=1320;ReadPosRankSum=0.528;SC=CCTCTGAGGTTTCCCAGCAAG;SOR=0.388;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=80;WE=8584456;WS=8584438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,124:0.77:161
chr4	8584493	rs6857501	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=35;PP=737;ReadPosRankSum=-2.611;SC=GAGGACCCTCCTCCACACCTG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=39;WE=8584501;WS=8584483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr4	8584511	rs6857510	C	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=638;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CTGACGGGCTCAGGGCTGTGC;SOR=2.649;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=30;WE=8584519;WS=8584501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr4	8594574	rs2302583	T	C	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.95;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	8594574	.	TGCC	CGCC,CGCT	495	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=30,7;NR=19,5;PP=495,57;QD=10.8116573989;SC=CCGCCCCCGCTGCCGCTGCTG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49,12;WE=8594585;WS=8594564;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:49
chr4	8594577	rs34964084	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,21:0.23:93
chr4	8594815	rs4411969	T	G	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=34;PP=957;SC=GGACTGGTAGTGTGACCTCTC;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=8594823;WS=8594805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	8601298	rs11723641	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,41:0.16:249
chr4	8601381	rs7671320	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,27:0.19:143
chr4	8602793	rs4299567	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	8602798	rs2241069	G	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr4	8602816	rs4594711	A	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=431;SC=GGGCCACTGCAGGAGGGACTG;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=8602824;WS=8602806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	8602884	rs4301095	T	C	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=25;PP=1225;SC=GGACCTGCAGTGATGCCGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=8602892;WS=8602874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	8602935	rs4431213	A	G	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=42;PP=1659;SC=AGCACCGGTCATGGGAGGTGG;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=99;WE=8602943;WS=8602925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	8605818	rs6852001	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,40:0.29:139
chr4	8607587	rs4696703	G	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=2;PP=824;SC=ATATACAGAGGTTCTTGAGTC;SOR=4.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=34;WE=8607595;WS=8607577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	8608634	rs2302580	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=680;ReadPosRankSum=3.791;SC=AGGTAGGAGCCGCCGCTGCCC;SOR=0.433;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=41;WE=8608642;WS=8608624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr4	8608934	rs2302579	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=-2.196;SC=AAGCCCAGGGCATGGCTGCGG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=15;WE=8608942;WS=8608924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr4	8608979	rs2302578	G	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=565;ReadPosRankSum=-0.862;SC=GGGCGGCCTCGTCTGTCCTGG;SOR=0.490;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=36;WE=8608987;WS=8608969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,53:0.79:67
chr4	8612722	rs72237922	TTCACTCATTCAC	T	848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=2;PP=2537;SC=CACTCACTCTTTCACTCATTC;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=14;WE=8612741;WS=8612712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	8613026	rs3796727	G	A	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=21;PP=783;SC=ACGGCCCAGAGCCCCCACAAA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=38;WE=8613034;WS=8613016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	8613152	rs3796726	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=271;SC=AACATGTCAAGGGTGGCAGAT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=8613160;WS=8613142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	8613837	.	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-1.574;SC=GAGGCAATTTCCTGAAGAGGG;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=14;WE=8613845;WS=8613827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,19:0.21:90
chr4	8613908	rs34978619	G	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.36;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	8613917	rs12511563	C	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.39;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	8613918	rs12508541	G	T	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.44;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	8613961	rs13120023	G	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=14;PP=421;SC=GGGGCAAGGCGTAACTCCACG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=8613969;WS=8613951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	8616179	rs7378066	T	C	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=40;PP=1912;SC=GCCCTGTACATACTCTGGCAG;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=96;WE=8616187;WS=8616169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr4	8620023	rs6447885	G	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=598;SC=GCGAGGGCTGGCAGAGTGGGG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=8620031;WS=8620017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	8620045	rs4444816	A	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=8;PP=935;SC=TCTGTGGGGTAGTTCCCCCTA;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=8620053;WS=8620035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	8620103	rs7670383	C	T	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	8620325	rs4696872	A	G	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=50;PP=1500;SC=GGCAGCCGGCACCCTCAGGCA;SOR=1.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=73;WE=8620333;WS=8620315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	8621194	rs28514374	A	G	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=48;PP=1961;SC=CCCACGACCCACTGGGAGGTG;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=106;WE=8621202;WS=8621184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	8621392	rs1050465	G	A	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=583;SC=GCCCATCTCCGCATCCCGGGC;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=8621400;WS=8621382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	8869587	rs13303225	T	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=128;SC=CAGCGGCGGCTGCGGCCGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=8869595;WS=8869577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	9370690	rs10032245	G	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.43;MQRankSum=0.072;QD=19.93;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr4	9370897	rs6857841	C	T	142.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=0.508;SC=AATATCAGTGCCTAGTGCCTA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=9370905;WS=9370887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	9784631	rs6283	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=6.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.934;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=1.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,23:0.21:111
chr4	9785081	.	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=170;ReadPosRankSum=0.955;SC=CGAATGGATTCCATTAAACTG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=16;WE=9785089;WS=9785071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr4	9785134	rs1967551	T	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=594;SC=CGCACAGACATTGACAAGCAC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=9785142;WS=9785124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	9836311	.	G	A	145.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=1.534;SC=AGCATTTAGGGAAGCTCTAGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=9836319;WS=9836305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr4	9909923	rs2280205	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,27:0.23:117
chr4	9922130	rs3733591	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.750;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,87:0.25:345
chr4	9943700	rs4292327	G	A	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=1258;ReadPosRankSum=1.045;SC=GCTGAGTGCAGTGGCCTTTGG;SOR=0.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=81;WE=9943708;WS=9943690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,115:0.79:146
chr4	9982330	rs13125646	A	G	5091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=55;PP=2046;SC=AGATCTCACTAAGGTACATGG;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=108;WE=9982338;WS=9982320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	9998440	rs10939650	C	T	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=40;PP=1442;SC=TCACAATTAACGTCCCCACAA;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=86;WE=9998448;WS=9998430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	9998493	rs13113918	A	G	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=50;PP=1609;SC=GACCAGAGCAAAGTCAGAGTG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=93;WE=9998501;WS=9998483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	9998605	rs28592748	T	C	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	10020757	rs2240722	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GGCCGAGGGAAGACCTGGAAC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=10;WE=10020765;WS=10020747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr4	10022981	rs2276961	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr4	10027509	rs61256984	GA	G	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=2.474;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr4	10027542	rs6820230	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=255;ReadPosRankSum=0.146;SC=TTCTTTTTCGCTGAATCACTT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=19;WE=10027550;WS=10027532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr4	10027643	rs6449237	A	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=1.090;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr4	10027744	rs6449238	G	A	276.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GCTCTGGCTGGGATGCCAGGA;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=9;WE=10027752;WS=10027734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
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chr4	10086015	rs2241474	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
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chr4	10094671	rs3822247	G	A	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,182:0.80:228
chr4	10094783	rs3822245	T	C	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=996;ReadPosRankSum=0.396;SC=AGCACACACATGCTCACTACC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=77;WE=10094791;WS=10094773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,126:0.78:161
chr4	10099340	rs13441	T	C	1033.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.956;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.87;ReadPosRankSum=1.261;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,47:0.90:52
chr4	10099542	.	CA	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr4	10100801	rs2241484	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr4	10100812	rs2241485	A	G	153.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr4	10105797	rs3756223	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=0.842;SC=CTCTGGGTGATAGAATTTCAT;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=10105805;WS=10105787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	10118377	rs11557743	C	G	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=533;ReadPosRankSum=-0.262;SC=AGGCCGAGCCCGGGGACTGGA;SOR=0.430;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=37;WE=10118385;WS=10118367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,58:0.73:80
chr4	10446184	.	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=265;ReadPosRankSum=0.765;SC=ATGTTGAGAGGAAATCTGGCC;SOR=0.914;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=28;WE=10446192;WS=10446174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,38:0.24:158
chr4	10446385	rs9291410	C	T	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=70;PP=2636;SC=CTGCTGTGAGCTACTGTGTAA;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=148;WE=10446393;WS=10446375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr4	10446906	rs10016022	A	G	4620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=90;PP=2459;ReadPosRankSum=1.427;SC=CAACCTTCACATCTATCAACT;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=93;TCR=115;TR=163;WE=10446914;WS=10446896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,215:0.73:294
chr4	10447168	rs66538112	C	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,35:0.20:177
chr4	10447640	rs10016702	A	G	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.713;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=1148;ReadPosRankSum=2.117;SC=GTCGCACTGGAATTATTGCTC;SOR=0.934;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=61;WE=10447648;WS=10447630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,75:0.64:118
chr4	10502937	rs2903960	T	G	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=32;PP=1643;SC=CCAGGAAGCGTATTTTTACAT;SOR=1.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=86;WE=10502945;WS=10502927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	10509699	rs2868941	T	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=421;ReadPosRankSum=-0.957;SC=TTAGGGTCAATGGGAAGTATG;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=33;WE=10509707;WS=10509689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,71:0.81:88
chr4	10525711	.	A	AGAGGAG	711.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.099;QD=33.89;ReadPosRankSum=1.409;SOR=1.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr4	10527342	rs2108878	C	T	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=6;PP=637;SC=TCTTGAGCCTCATTATTGGGC;SOR=1.885;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=30;WE=10527350;WS=10527332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	10542058	rs1962796	C	G	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	10573410	rs17383033	C	A	3154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GGCCTGCCAACACAAACAGAC;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=85;WE=10573418;WS=10573400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,145:0.78:186
chr4	10586376	rs6816045	C	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=193;ReadPosRankSum=1.719;SC=AAGCTTTGGACAGTCACAGAT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=10586384;WS=10586366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	10586530	rs6846414	T	C	3986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=35;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.587;SC=ACCACTTAGGTGACAGAGAGC;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=92;WE=10586538;WS=10586520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,180:0.79:229
chr4	11370592	rs6448674	T	C	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	13545792	rs9684692	G	T	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=883;ReadPosRankSum=1.888;SC=TCCGCAGTCCGCCCCGCAGCT;SOR=0.589;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=57;WE=13545800;WS=13545782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,101:0.78:130
chr4	13548796	rs2080023	T	G	5656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr4	13548911	rs73231543	C	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=99;ReadPosRankSum=-0.694;SC=CGCGACCGCGCGGGCGTGCCT;SOR=0.241;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=11;WE=13548919;WS=13548901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr4	13571867	rs17806666	C	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=14.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
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chr4	13602938	.	C	G	5494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,257:0.77:332
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chr4	13604418	rs17745712	G	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=5.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=1.903;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,38:0.15:246
chr4	13606576	rs1971278	A	T	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	13615174	rs2035820	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=3.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,50:0.24:210
chr4	13615293	rs2109917	C	A	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=57;PP=1647;SC=AATCTTCAAGCGGAAAATAAA;SOR=1.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=88;WE=13615301;WS=13615283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	13627943	.	CAA	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=7.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.242;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	13629721	rs12499127	G	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=18;PP=551;SC=ATAGACATTTGTAATGCGAAC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=13629729;WS=13629711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	15004655	rs7435318	G	A	6230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=3.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,305:0.78:392
chr4	15005604	rs112476821	G	A	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.45;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,150:0.79:190
chr4	15005832	.	C	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.777;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=782;ReadPosRankSum=2.721;SC=CAACAGCAGCCCCCGCCGCCC;SOR=1.803;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=40;WE=15005840;WS=15005822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,51:0.77:66
chr4	15009232	rs1874207	C	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=437;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGTAAATGACCTTATCTCTA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=25;WE=15009240;WS=15009222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr4	15059987	rs987399	AA	GG	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.90;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr4	15480225	rs9993580	A	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=524;SC=ACTGTCCCCCAACTCACACTC;SOR=2.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=15480233;WS=15480215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	15482477	rs10000250	A	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=34;PP=1116;SC=CCATTCAGCTACTGCTTGTTA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=15482485;WS=15482467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	15482809	rs6810461	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.74;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr4	15513147	rs1058412	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-0.580;SC=AACCTGCCACCACCAGGAGAA;SOR=0.560;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=14;WE=15513155;WS=15513137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr4	15521403	rs73235032	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=4.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.467;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,23:0.18:129
chr4	15530124	rs4698395	C	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=203;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GATGCTTGAACATCCGTTCCA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=13;WE=15530132;WS=15530114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr4	15534713	rs4698397	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	15538744	rs1558572	T	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=185;SC=GGCCAGGAAGTGTCTGGGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=15538752;WS=15538734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	15539453	rs73237160	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=0.540;SC=CCATCTGGCTATGAAGACTGT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=13;WE=15539461;WS=15539443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr4	15539498	rs1861044	A	G	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	15559128	.	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-0.788;SC=AAAGGTATTCCAGGTAAGAAA;SOR=2.066;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=15559136;WS=15559118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr4	15568992	rs13121363	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-1.765;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,11:0.16:69
chr4	15569018	rs73125627	G	A	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.48;ReadPosRankSum=2.052;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,73:0.86:85
chr4	15569146	rs13116304	A	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-3.291;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,22:0.23:97
chr4	15575718	rs4280723	C	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	15575751	rs4280724	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=3.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=-1.135;SC=AGGATGTTTACCAAGTCATAT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=15575759;WS=15575741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	15587897	rs6832789	A	T	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=59;PP=1593;SC=ACAGATTTAGAAACTTGAGCT;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=94;WE=15587905;WS=15587887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	15589345	rs28419165	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=2.177;SC=CACTTCAAGACACTAACCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=12;WE=15589353;WS=15589335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr4	15602773	rs80080596	C	CTTA	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=3;PP=397;SC=ATCCAGAACACTTATCTTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=15602781;WS=15602763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	15603069	rs1134634	G	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.473;SC=TGTACTTTCTGTATCATGTAA;SOR=0.283;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=15603077;WS=15603059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr4	15632228	rs3775956	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=2.229;SC=TAATAATTATAAGTACTTAAT;SOR=1.085;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=7;WE=15632236;WS=15632218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr4	15657036	rs184805452	C	T	148.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=145;SC=CGCGCCCGGTCGGCTTGGCCG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=15657044;WS=15657026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	15689632	rs11729955	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=0.272;SC=ATCTCATGGAGGTATTGAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=12;WE=15689640;WS=15689622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr4	15689928	rs4235380	G	A	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=590;ReadPosRankSum=1.183;SC=AATGAACTGAGTTTAAAACTA;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=34;WE=15689936;WS=15689918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,57:0.83:69
chr4	15690233	rs6449160	C	A	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=25;PP=1243;SC=TGCTTTTCGACACCCTGAATC;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=15690241;WS=15690223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	15706466	rs3756247	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,19:0.20:94
chr4	15706502	rs35181008	G	GTC	847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,33:0.19:173
chr4	15717226	rs4301112	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GAAGAAAAACTTCTAAAAGCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=15717234;WS=15717216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr4	15717321	rs3213710	G	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr4	15717511	.	T	A	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=132;SC=ATTTTCAGTTTAGGGGAAATG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=15717519;WS=15717501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	15737863	rs4273468	G	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=865;ReadPosRankSum=0.776;SC=AATGTCCTACGCTAGGGTCCT;SOR=1.421;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=52;WE=15737871;WS=15737853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,71:0.76:94
chr4	15737890	rs4613561	T	C	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=533;ReadPosRankSum=-0.986;SC=ATCGTCCTCTTGCTCAAAATC;SOR=1.445;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=37;WE=15737898;WS=15737880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,54:0.82:66
chr4	15737937	rs4538475	A	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=353;ReadPosRankSum=0.414;SC=ACAAATTTCAAATTTTAAAAT;SOR=1.445;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=17;WE=15737945;WS=15737927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr4	15739390	rs4263397	T	G	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=698;ReadPosRankSum=-2.276;SC=GGTAACAAGGTACTTTCTGAA;SOR=0.605;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=42;WE=15739398;WS=15739380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,61:0.82:74
chr4	15739416	rs3900588	G	C	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=999;ReadPosRankSum=-0.824;SC=ACAGGAAACTGTGGGAACCAT;SOR=0.501;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=34;WE=15739436;WS=15739406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,53:0.79:67
chr4	15739428	rs4320134	A	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=926;ReadPosRankSum=0.714;SC=GGGAACCATGATGGGGAAGAT;SOR=0.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=30;WE=15739436;WS=15739406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,49:0.78:63
chr4	15739488	rs4283655	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.39;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	15739498	rs997250	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.99;ReadPosRankSum=0.827;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr4	15826415	rs147070346	G	GT	160.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.7331;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GATATGCTCTGTTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=5;WE=15826423;WS=15826405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr4	15849986	rs3796863	G	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=211;ReadPosRankSum=1.394;SC=TTTTTGACCAGCAGGTGGCAT;SOR=1.569;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=13;WE=15849994;WS=15849976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr4	15850330	rs1803404	T	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.241;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=603;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TGGAGGGTCCTCCACAATAAG;SOR=0.165;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=39;WE=15850338;WS=15850320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr4	15937731	rs2072313	T	C	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=61;PP=2770;SC=TCTCTTTGCCTTTGATGTGCT;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=132;WE=15937739;WS=15937721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr4	15964485	rs758329	G	A	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=33;PP=1508;SC=TTCCAGTAAGGTTTGGGGTCA;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=77;WE=15964493;WS=15964475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	15964573	rs758328	A	G	5117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.58;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	15964573	.	AC	GC,GT	1272	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=72,17;NR=47,12;PP=1272,200;QD=10.9812706937;SC=GGCAGTCGACACGAAGCCAGA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=119,29;WE=15964582;WS=15964563;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:122
chr4	15964574	rs62617788	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,35:0.20:172
chr4	15977572	rs11734657	T	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=354;SC=ACCCTTGGAGTTCTACTATAG;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=15977580;WS=15977562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	15981885	rs3841512	G	GA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr4	15981926	rs58036643	TA	T	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.939;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr4	15985802	rs2302167	A	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=-0.416;SC=GCAGAAAACAAATATTATAAT;SOR=0.180;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=10;WE=15985810;WS=15985792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr4	15985984	rs3815344	G	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,14:0.18:79
chr4	15986042	rs7675574	G	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=27;PP=800;SC=GGAATGAGACGTGCCATTTAC;SOR=1.123;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=42;WE=15986050;WS=15986032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	15986113	rs7659341	T	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=11;PP=303;SC=CCCCAACTCCTGGGTCACAGA;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=15986121;WS=15986103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	15987509	.	T	TTTAAG	526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.88;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	15987512	.	T	TGCTTATTTAATCTGTATTAAATATTTAATACAGATAA	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=73.21;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	15989191	rs2191004	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.464;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr4	16002050	rs6449212	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr4	16014738	rs16892779	G	A	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=5;PP=817;ReadPosRankSum=-1.088;SC=GTTTTTAACTGTCCGAATGAC;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=41;WE=16014746;WS=16014728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,47:0.82:57
chr4	16024885	rs2013854	A	G	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=19;PP=923;SC=AAGAGTGAGCAAGCCTGCCAA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=58;WE=16024893;WS=16024875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	16025837	rs17478336	C	T	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=16;PP=899;SC=CTTTCACGTACGTCATTTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=16025845;WS=16025827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	16192413	rs7666361	C	T	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=8;PP=531;SC=GATTTTCATACGCTGAATGCT;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=16192421;WS=16192403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	16227823	rs3749544	G	A	197.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=2.406;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr4	16228538	rs13136055	C	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	16590588	rs11945652	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr4	16597280	rs1506462	T	A	145.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=71;SC=TCTTTAATGCTCTCAGAGTAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=16597288;WS=16597270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	16675898	rs4698505	C	A	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=29;PP=994;SC=TCCGAATCCCCGAGCTGGTTG;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=16675906;WS=16675888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	16676046	rs7699941	A	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=43;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GTGATAATTCAGGAGCACCCA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=16676054;WS=16676036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr4	16760916	.	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=2.333;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,28:0.18:157
chr4	17494054	rs2597772	A	G	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=32;PP=863;SC=TCTATTCCCTAAAAACTTTAT;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=17494062;WS=17494044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	17506164	rs2315248	G	A	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=67;PP=2055;SC=GCATCTTTACGGATACTCAGT;SOR=1.358;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=98;WE=17506172;WS=17506154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	17506240	.	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.264;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=105;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GAATTAGACGGAAGACTAAGC;SOR=0.017;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=10;WE=17506248;WS=17506230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr4	17511127	rs3733574	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TGTGGGAGGATCTCTTGAGGC;SOR=1.508;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=17511135;WS=17511117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	17513498	rs3217604	GC	G	5096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=41;PP=2299;SC=CCTCTAGACTGCCCCCCGCCG;SOR=0.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=72;WE=17513506;WS=17513488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	17517099	rs1551091	A	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=33;PP=964;SC=GAGGGTGTAAAGTGCGGCAGT;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=17517107;WS=17517089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	17581617	rs10939736	T	A	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=36;PP=986;SC=CGAAACAGTATTTTTTCTTTC;SOR=1.248;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=17581625;WS=17581607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	17581643	rs35153429	CAG	C	1528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=1171;SC=TTTTTTGAAACAGAGTCTTGC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=25;WE=17581652;WS=17581633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	17583200	.	TAA	TA,T	199.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.49;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5739;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;NF=5;NR=3;PP=90;SC=TGTCTCTATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=8;WE=17583210;WS=17583190;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:15
chr4	17586703	rs3733576	T	C	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	17590671	rs17499929	G	A	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=36;PP=1070;SC=CTTGGTTATAGGGTTTTTTGG;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=55;WE=17590679;WS=17590661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	17590686	rs35467396	AT	A	449.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=-1.764;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr4	17590734	rs11737120	A	T	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=535;SC=CCCAGGCTAGAGTGCAGTGGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=17590742;WS=17590724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	17599894	rs3775927	G	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=209;SC=GGTGCTGGGGGATTATTAAAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=17599902;WS=17599891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	17608620	rs4698628	A	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	17608884	rs4698629	C	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=381;SC=TATTCTGAAACTGATATGTGG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=17608892;WS=17608874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	17625209	rs11733730	G	C	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=4;PP=870;SC=CTTAGTCCATGACTTTCATCT;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=17625217;WS=17625207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	17627294	rs2315552	A	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	17627332	rs2315553	T	C	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=30;PP=1097;SC=GCTGCTAACTTTTTCAGGGAG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=17627340;WS=17627322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	17634213	rs6825562	A	G	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=30;PP=997;SC=TTTCTGCTGGACTTCTTTGGC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=17634221;WS=17634203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	17634255	rs6847966	G	A	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=31;PP=963;SC=GGTCCTAAAAGCAAAAAAAGG;SOR=0.899;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=55;WE=17634264;WS=17634245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	17634256	rs142873186	C	CAA	2554.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=24;PP=987;SC=GTCCTAAAAGCAAAAAAAGGT;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=30;WE=17634264;WS=17634245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	17635556	rs140729140	CAAAAT	C	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=476;SC=ATGCAAAAAACAAAATAAAGC;SOR=1.426;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=17635568;WS=17635546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	17636507	.	G	GT	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5764;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=24;QD=12.0;SC=AAACAAGTGGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=17636515;WS=17636497;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	17640858	rs6811887	C	T	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=42;PP=1567;SC=CCCTGGGGCCCGAGGCCTCAC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=17640866;WS=17640848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	17643620	rs28501187	G	A	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=2;PP=312;SC=TAGGGGGAGGGGGGGTGGCGG;SOR=3.611;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=18;WE=17643628;WS=17643610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	17643848	rs2286771	G	A	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=30;PP=886;SC=GGGCCGCCCCGCTCCTGAGGA;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=17643856;WS=17643838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	17649233	rs3733577	T	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=9;PP=407;SC=GGAGGGGTATTGCTGGTGCAA;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=17649241;WS=17649223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	17649494	rs6813374	T	C	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.62;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	17649499	rs6813375	T	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	17654648	rs3815413	T	C	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	17659936	rs10939742	G	T	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	17660082	rs1860596	C	T	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	17660237	rs2302391	T	C	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=130;SC=TTTCCTGGGATGTTTTCTTCA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=17660245;WS=17660227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	17689901	rs11306510	AT	A	84.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	17689974	rs4698646	T	C	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=257;SC=CAGCATGTGTTACTGGGGACA;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=17689982;WS=17689964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	17694880	rs6449324	G	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=343;ReadPosRankSum=-0.066;SC=AAGCTCCCAGGGACCAGAAAC;SOR=1.214;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=25;WE=17694888;WS=17694870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr4	17694916	rs3822235	A	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=665;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GCATTTGGTCAGGGCTCACCT;SOR=0.986;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=45;WE=17694924;WS=17694906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr4	17694943	rs3733579	A	G	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.456;SC=GAGAATTCTGAAGCTTCACAT;SOR=0.909;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=60;WE=17694951;WS=17694933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,76:0.68:111
chr4	17706928	rs13139898	T	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr4	17707301	rs72619125	C	T	273.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=254;SC=GGGGACTGGCCTCTACCTGAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=17707309;WS=17707291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	17711076	rs3733583	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,34:0.24:142
chr4	17812615	rs2074974	A	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=170;SC=ATAGAAGACTACTCGGAGAGC;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=17812623;WS=17812605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	17818885	rs2302212	T	C	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=47;PP=1487;SC=ACTCAATAGATGCTGTGAAAC;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=97;WE=17818893;WS=17818875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	17841948	rs2286534	T	A	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=17;PP=414;SC=ATGAATGAAATTTTTTTTCTA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=17841956;WS=17841938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	17875936	.	A	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=512;ReadPosRankSum=0.288;SC=AAGAGAGTGCAAATTTTTTAA;SOR=0.780;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=31;WE=17875944;WS=17875926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr4	17885296	rs139656197	A	AAC	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.76;ReadPosRankSum=-1.203;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr4	17885336	.	A	G	668.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=380;ReadPosRankSum=-0.134;SC=TTTTCCTAACAAGTAATCTAC;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=25;WE=17885344;WS=17885326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr4	17910628	.	A	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.644;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=-2.419;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr4	20256722	rs1323066	G	A	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=1.218;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=830;ReadPosRankSum=0.215;SC=TCGCGGTTGCGTGTGGGCCGG;SOR=1.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=46;WE=20256730;WS=20256712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,62:0.82:76
chr4	20256804	rs813216	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr4	20270600	rs2196476	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=246;ReadPosRankSum=0.619;SC=CCTGGAATCTGTTCATCAATA;SOR=2.215;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=16;WE=20270608;WS=20270590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr4	20482554	rs2290752	A	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=445;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GTGAATACAGAGAAGAGTCTA;SOR=1.056;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=24;WE=20482562;WS=20482544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr4	20490667	rs4443280	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=8.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=-0.119;SC=AACAGAATGTGAGGGCTGCAT;SOR=2.833;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=20490675;WS=20490657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr4	20490710	rs543593	T	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=6.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=0.668;SC=TCACTAATGTTCAATTGTGCA;SOR=2.833;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=20490718;WS=20490700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr4	20493404	.	C	T	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=957;ReadPosRankSum=-0.155;SC=ATTTATGGCTCCTTCTTGTAG;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=60;WE=20493412;WS=20493394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,103:0.77:134
chr4	20520993	rs519813	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	20525253	rs17613593	A	C	96.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CTAAATTATTAAAGTTAAAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=20525261;WS=20525251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr4	20526985	rs146437952	C	CAT	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=116;SC=TGATGTTAAACATATATTATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=20526993;WS=20526975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	20530737	rs55972345	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.092;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=666;ReadPosRankSum=-0.142;SC=GTTCATCCCCCAACAAAATTC;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=49;WE=20530745;WS=20530727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,74:0.80:93
chr4	20533700	rs3215198	A	AT	847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=333;SC=CTTGTTAGCTATTTTTTTTAT;SOR=0.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=20533708;WS=20533690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	20535460	rs74466092	T	TTC	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=464;ReadPosRankSum=0.340;SC=CTCTTTCACATTCTCTGTTAC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=20535468;WS=20535450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr4	20541005	rs35993588	AG	A	2389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=1847;ReadPosRankSum=0.744;SC=ATCCTCAGATAGGCAAAATTG;SOR=0.652;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=29;WE=20541016;WS=20540995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,58:0.71:82
chr4	20541008	rs3842004	C	A	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=1872;ReadPosRankSum=0.352;SC=CTCAGATAGGCAAAATTGATT;SOR=0.671;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=40;WE=20541016;WS=20540995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr4	20547578	rs12501870	G	C	190.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=1;PP=116;SC=TCAGTTAAGAGTGAAGTACTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=20547586;WS=20547568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	20552515	.	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=548;ReadPosRankSum=-1.777;SC=TCTGCATTATCACATCTGTGA;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=38;WE=20552523;WS=20552505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,69:0.67:103
chr4	20555818	.	T	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=285;ReadPosRankSum=0.333;SC=CCAAGTTTTCTTGAAAGTGTA;SOR=0.904;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=20;WE=20555826;WS=20555808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr4	20569099	rs2290750	A	G	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=45;PP=1753;SC=TGTATGTGCCAAGAACTACTT;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=20569107;WS=20569089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	20569254	rs12506323	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=1.604;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr4	20569259	rs2290751	C	T	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=552;SC=AGTCTATGACCATCTGTGTCT;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=20569267;WS=20569244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	20570787	rs17620615	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	20597151	rs140494204	A	AACAT	862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=817;ReadPosRankSum=0.000;SC=TAGAACATGGAACATACTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=18;WE=20597159;WS=20597145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr4	20599783	rs67622693	CAT	C	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.697;NF=4;NR=2;PP=303;ReadPosRankSum=-0.293;SC=ATCAGGAAAACATAAACCATA;SOR=0.714;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=6;WE=20599804;WS=20599773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr4	20599796	rs12507257	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.762;NF=6;NR=2;PP=311;ReadPosRankSum=0.113;SC=AAACCATAGTAAAACCTGTTC;SOR=0.646;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=8;WE=20599804;WS=20599773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr4	20611545	.	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=10.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr4	20611818	rs35891001	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=0.726;SC=TTCAGGTGGTCCTGAAACCCT;SOR=0.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=22;WE=20611826;WS=20611808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr4	20620683	rs1379659	G	A	893.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=525;ReadPosRankSum=-1.438;SC=CTTCTTGACCGTGTGGGACTA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=28;WE=20620691;WS=20620673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,37:0.88:42
chr4	20714949	rs148284824	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,15:0.18:82
chr4	20760683	rs17623902	A	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=426;ReadPosRankSum=-1.652;SC=TGTTTGTTCCAGTTCTCACAA;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=22;WE=20760691;WS=20760673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr4	20884140	.	T	G	315.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=198;ReadPosRankSum=2.217;SC=TAGAATATACTGATTCTTTGT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=20884148;WS=20884130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr4	20884482	rs57696441	G	GAA	110.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5950;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=0.674;SC=CCCCCGAAAGGAAAAAAAAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=20884490;WS=20884472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	21305653	.	TGAGA	T	235.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.47;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr4	21764761	rs717531	C	T	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr4	21950259	rs6448102	A	G	5330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	22416133	rs7658234	C	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=175;SC=AACAATTAACCATCTAAAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=22416141;WS=22416123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	22416195	rs13106386	C	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=393;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CTTCTAACCTCTCTTCTTCTA;SOR=0.317;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=21;WE=22416203;WS=22416185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr4	22439914	rs6823735	A	C	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=52;SC=CCCTCTCTGGAGGACAGTACT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=22439922;WS=22439904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	22444692	rs10018144	C	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=12;PP=378;SC=AATTTCATAACCAGTTCTGAC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=22444700;WS=22444682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	22457478	rs16872669	C	T	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=36;PP=1255;SC=GGACTTAGCCCTATGCAAGAA;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=22457486;WS=22457468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	22715639	rs1963996	A	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=137;SC=ATTCTGTTATATATTATACTG;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=22715647;WS=22715629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	22715676	.	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-0.645;SC=AGACTTTTAGGAAATCCTTAT;SOR=1.472;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=22715684;WS=22715666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr4	22820504	rs358231	A	T	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.09;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	22820518	.	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=603;ReadPosRankSum=1.392;SC=AAGATCATCCGAAACAATGGC;SOR=0.861;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=42;WE=22820526;WS=22820494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,56:0.85:66
chr4	23815924	rs2970847	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
chr4	23822328	rs2932976	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,41:0.23:182
chr4	23822442	.	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr4	23886323	rs2946385	G	T	1113.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.8670;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=612;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CATGTTAGTCGGGCCCAAGCC;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=34;WE=23886331;WS=23886313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,45:0.87:52
chr4	24550558	.	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,43:0.22:192
chr4	24801315	rs2536512	G	A	5158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=64;PP=2563;SC=CGACGACGGCGCGCTCCACGC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=134;WE=24801323;WS=24801305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	24801949	rs2695232	C	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	24809884	rs1019229	T	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=426;SC=ACAGGATCAGTGCGTTTTCTC;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=24809892;WS=24809875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	25156593	.	A	AT	3017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.567;NF=27;NR=15;PP=1553;ReadPosRankSum=-1.306;SC=ATAAACAGCTAAAGGACAATA;SOR=0.443;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=42;WE=25156601;WS=25156583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,84:0.77:109
chr4	25160732	rs34423002	T	TA	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr4	25236017	.	T	C	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=23;QD=28.8856062736;SC=CCGGAGTTCGTCCGCCGAGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=25236025;WS=25236007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	25253995	rs313567	C	T	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=68;PP=2499;SC=CAGAATTTGCCGATATTATGC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=132;WE=25254003;WS=25253985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr4	25315637	.	C	CTTT	716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.000;QD=24.71;ReadPosRankSum=-2.114;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr4	25316815	rs12508686	T	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=2;PP=399;SC=TTTTGTTTTCTCCTGAAATGA;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=25316823;WS=25316805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	25363901	rs315675	T	A	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=44;PP=1256;SC=CACTGTGAGCTCTGTAATTCT;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=25363909;WS=25363891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	25370962	rs315689	A	T	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=123;SC=CTCTGGAGACATGGGGAGTTG;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=25370970;WS=25370952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	25378974	.	C	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=304;ReadPosRankSum=0.089;SC=CAGGTACAGGCGCGGTCGGGG;SOR=0.327;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=17;WE=25378982;WS=25378964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr4	25382216	rs315676	C	G	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=164;SC=ATAAATATCACTTTGGGAACT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=25382224;WS=25382206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	25390301	.	TAA	T	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=1.127;SC=GTATTTTTACTAAGAGTATTT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=5;WE=25390310;WS=25390291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr4	25391584	rs186408	G	A	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=44;SC=AAAAAGGAATGAGCCTGATGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=25391592;WS=25391574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	25393889	rs2292407	C	T	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=17;PP=613;SC=TAGTTTGACCCACACTCTAAA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=25393897;WS=25393879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	25394078	rs2292408	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=235;SC=GTGAATATTTATTATCGGCTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=25394086;WS=25394068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	25395674	rs17605267	C	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=524;SC=TCAGATTTGCCAAAAGGGCTC;SOR=3.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=25395682;WS=25395664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	25404553	rs10023139	C	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	25408516	rs3214034	T	A	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=13;PP=400;SC=AGGTAAGAAGTTGATATTTCT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=25408524;WS=25408506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	25408724	rs28616687	A	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=190;SC=ACTGCCACTCACAGCTCTCTT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=25408732;WS=25408714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	25408838	rs34811474	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr4	25417244	rs3816587	C	T	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=233;SC=GACTCAGTTACGGTGGTAATA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=25417252;WS=25417234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	25419283	rs9174	T	C	5038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=67;NR=51;PP=1792;SC=CCATGCATTTTGAGAAGCACT;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=118;WE=25419291;WS=25419273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	25674905	.	TCACA	T	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	25674911	.	G	GAGGGA	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	25674913	rs62409436	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.12;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	25675857	.	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=595;ReadPosRankSum=1.716;SC=GCCCCTACCCCAGGCCACCAG;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=32;WE=25675865;WS=25675847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,54:0.79:68
chr4	25678199	rs6448389	A	G	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=46;PP=1702;SC=TTGCTGTGTGACTGCCCCAAG;SOR=0.825;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=86;WE=25678207;WS=25678189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	25678396	rs3733545	G	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr4	25758580	rs4401441	G	A	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=35;PP=1105;SC=CAGTTTCTTAGGCTTTTTAAA;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=25758588;WS=25758570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	25759078	.	C	CA	41.15	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	25759079	rs28556807	C	A	50.18	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.55;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	25759109	rs11352729	CT	C	77.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr4	25767133	rs6823220	A	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=506;SC=TGGCGCATTCACATGAATGCA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=25767141;WS=25767123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	25767183	rs4697616	G	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=6;PP=154;SC=ACATCTTTATGTTTCCCTGAT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=25767191;WS=25767173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	25769135	rs2290577	T	C	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=23;PP=1496;SC=TGCACCGTTTTTCTATACATA;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=25769143;WS=25769125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	25834697	.	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.508;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,44:0.17:254
chr4	25915515	rs192352093	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=-1.257;SC=AAAGCTGGCTGGTAAAGAAGG;SOR=0.534;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=7;WE=25915523;WS=25915505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr4	25915648	rs2305669	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.062;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.983;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,20:0.19:103
chr4	25915822	.	G	A	5102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=2253;ReadPosRankSum=1.066;SC=CTCAAGGCCCGGAAGCGAAAG;SOR=0.494;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=149;TCF=69;TCR=80;TR=110;WE=25915830;WS=25915812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,232:0.76:305
chr4	26097294	rs142549871	GAAGGAAGGAAGGAAGGA	G	1384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.45;QD=41.96;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	26122858	rs6825116	G	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=326;SC=AAGCCAGTGGGCTGCCCTGCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=26122866;WS=26122848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	26274274	rs7680528	T	A	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=25;PP=1250;SC=GCATTTTGTCTTCATTTTTTC;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=26274282;WS=26274264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	26322446	.	C	T	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.142;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=863;ReadPosRankSum=1.173;SC=GGGTAGGTTTCCAGGGAAGGC;SOR=1.592;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=45;WE=26322454;WS=26322436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr4	26322759	rs113697915	C	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=82;SC=GGGGCCGCGGCGCGCTTGGCG;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=26322767;WS=26322749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	26364300	rs13116873	C	G	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=17;PP=531;SC=ATAGAATGAACACTCATGATT;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=26364308;WS=26364290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	26387959	rs56122711	AT	A	168.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	26407681	rs3109839	A	G	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=196;SC=TGTTTTTAAGATTTGCTTATT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=26407689;WS=26407671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	26417136	rs2270226	T	C	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=20;PP=1212;SC=TTATGGGCAGTGGATGGAAGA;SOR=1.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=67;WE=26417144;WS=26417126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	26484904	rs41267457	G	A	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=54;PP=1257;ReadPosRankSum=0.574;SC=AGGAATGTGTGCCTAATGAAA;SOR=1.043;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=83;WE=26484912;WS=26484894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,135:0.82:164
chr4	26487541	.	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=494;ReadPosRankSum=-1.673;SC=AACAAAGAAGCCGGTTATGTT;SOR=0.651;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=25;WE=26487549;WS=26487531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr4	26491117	rs1800855	A	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,27:0.20:138
chr4	26615982	rs260954	C	T	77.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	26673761	rs9997999	T	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	26673787	rs7691219	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=257;SC=TTGAAAATGAACATGTACGTA;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=26673795;WS=26673777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	26721578	rs4590010	T	C	40.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	26737063	rs33992685	C	CT	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5263;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=-0.297;SC=AAAGAAATACCTTTTTTTTTT;SOR=0.551;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=7;WE=26737071;WS=26737053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr4	26741509	.	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr4	26862546	.	CTTTT	C,CTTT	509.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,11,30:0.22,0.60:50
chr4	27000995	rs6822297	A	G	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=637;ReadPosRankSum=-1.265;SC=CACTCAGAGGATGATGTAAAA;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=49;WE=27001003;WS=27000985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,73:0.84:87
chr4	27004011	rs10028164	G	A	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=167;SC=TGGACTTACAGGAGAGGTAAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=27004019;WS=27004001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	27022800	rs10031905	A	G	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=10;PP=279;SC=CCTACCGTAAACTTGCCACTC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=27022808;WS=27022790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	28394949	.	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=481;ReadPosRankSum=1.233;SC=CAGCCTGAATGAAAGTAGTAT;SOR=0.474;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=31;WE=28394957;WS=28394939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,44:0.81:54
chr4	30132766	rs34540632	ATG	A	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TAACATATATATGTGTGTGTG;SOR=0.798;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=6;WE=30132777;WS=30132756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr4	30222333	.	C	CAT	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=4;NR=4;PP=75;QD=10.375;SC=TGTGTGTAGACATATATATAT;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=8;WE=30222342;WS=30222323;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,8:0.44:18
chr4	30341486	.	G	GGTGTGTGT	193.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.68;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	30341516	rs72354606	TGTGA	T	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=360;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TGAGTGTGCGTGTGAGTGTGT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=10;WE=30341527;WS=30341506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr4	30480934	rs7655003	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=-0.410;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr4	30481018	rs73216844	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.432;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,18:0.17:104
chr4	30976765	.	TTGTGTGTGTG	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.777;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr4	31099262	.	A	T	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	31116254	rs71190493	A	AAC,AACAC	743.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.442;QD=29.75;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,7,16:0.28,0.64:25
chr4	36081878	rs4833069	C	T	5696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=66;PP=2282;SC=CGTCTGAGTTCGTGAACTATC;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=137;WE=36081886;WS=36081868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr4	36109409	rs7688562	C	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=61.53;NF=2;NR=12;PP=267;SC=CATTTGAAAACATCTGTAGGC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=36109417;WS=36109399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	36123024	rs1397423	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=0.213;SC=CAGTTTATCAATTTTTAAACA;SOR=1.781;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=14;WE=36123032;WS=36123014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr4	36126393	rs2271331	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr4	36130099	rs6148397	T	TACAC,TACACACACACAC	845.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8,8;NR=5,5;PP=62,1002;ReadPosRankSum=1.747;SC=GTCTATATTATACACACACAC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=13,13;WE=36130107;WS=36130089;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.93:14
chr4	36130125	.	C	CACAT	935	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=8;NR=5;PP=935;QD=72.1538461538;SC=CACACACACACATATCTACAA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=13;WE=36130135;WS=36130115;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,13:0.33:39
chr4	36130127	rs5009416	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr4	36130375	rs5857473	TA	T	728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=389;ReadPosRankSum=0.600;SC=AACCTTTGTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.248;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=27;WE=36130383;WS=36130365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,35:0.92:38
chr4	36130393	rs1397419	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.637;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr4	36148837	rs73225587	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr4	36149025	rs1567483	G	A	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	36149113	rs1567484	C	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=15;PP=697;SC=AAGGCTATCACTATTGTATGC;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=36149121;WS=36149103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	36152584	rs13148785	G	T	1101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=490;ReadPosRankSum=0.923;SC=TGATATTAATGGTGCCATTAG;SOR=0.538;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=35;WE=36152592;WS=36152574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,49:0.91:54
chr4	36160340	rs1546495	G	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.018;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr4	36162923	rs2271330	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=0.378;SC=TTCTCAAAGAGTTACTACTAT;SOR=0.551;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=6;WE=36162931;WS=36162918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr4	36168706	rs3055951	CAAAA	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TATAAAGAAACAAAAAAAAAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=2;WE=36168717;WS=36168696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr4	36211914	rs4394022	C	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=0.810;SC=GTGTGTGTGGCGGTGGAGTGG;SOR=1.140;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=5;WE=36211922;WS=36211904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr4	36258197	rs7686575	T	C	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=16;PP=639;SC=CTCACTTCCTTGCTTGTTCGC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=36258205;WS=36258187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	36292018	rs1995319	T	A	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=31;PP=1210;SC=CTGAGTGATGTTACTGGCCCC;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=36292026;WS=36292008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	36295406	.	GTATCAATATTTAATA	G	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.230;NF=0;NR=6;PP=1874;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AACAAAGAAGGTATCAATATT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=36295428;WS=36295396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	36317970	rs9995922	T	C	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=469;ReadPosRankSum=-0.088;SC=GAAACTATAGTTGCCCTCATT;SOR=0.315;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=36;WE=36317978;WS=36317960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,55:0.79:70
chr4	36340891	rs56246836	T	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=697;ReadPosRankSum=-0.543;SC=AGAAAGTGACTTTCCAATCAA;SOR=1.428;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=34;WE=36340899;WS=36340881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr4	37243756	rs144889108	TA	T	446.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.500;NF=3;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=0.886;SC=TAATCGGATATAAAAAAAACA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=20;WE=37243764;WS=37243746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr4	37246639	rs892826	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=1.008;SC=GGCAGGAACCCGAGGAGCAGG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=37246647;WS=37246629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	37247021	rs892825	C	T	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=404;SC=CCCTCGCTGGCCGGTTTTGCC;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=37247029;WS=37247011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	37327418	.	C	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=286;SC=ACACCAACAGCCAAATATCCT;SOR=2.049;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=37327426;WS=37327408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	37327583	rs73130327	A	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr4	37432416	rs2973217	A	C	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=26;PP=859;SC=CCTTTCCCTCAAGCCTATGGA;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=37432424;WS=37432406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	37445885	rs11724784	T	C	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.320;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=967;ReadPosRankSum=0.965;SC=GCACACCATCTTAGCAGATTA;SOR=0.489;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=52;WE=37445893;WS=37445875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,68:0.76:90
chr4	37590570	rs2279994	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-2.600;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,37:0.26:145
chr4	37592128	rs2973275	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=231;ReadPosRankSum=-1.610;SC=TGTGCTGCTGGCCTCAGAAGG;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=24;WE=37592136;WS=37592118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,39:0.28:138
chr4	37592674	rs937941	T	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=217;SC=AGCATGCAGATGCATTTGCTC;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=37592682;WS=37592664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	37636341	rs11730085	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=755;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TAGGATTCTTCTGTTGTTGGA;SOR=1.058;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=37;WE=37636349;WS=37636331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr4	37636750	rs2276943	T	G	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=65;PP=1550;ReadPosRankSum=1.178;SC=ACGGGGCTAATGTGGGGAGGA;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=30;TCR=81;TR=89;WE=37636758;WS=37636740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,104:0.83:126
chr4	37651155	rs2292298	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TGCATTAGATATCTGTCCAGG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=37651163;WS=37651145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr4	37666995	rs1221653	T	C	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=66;PP=1875;SC=CAGAAGTTTCTAGTTTGCAAA;SOR=1.364;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=92;WE=37667003;WS=37666985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	37828175	rs2059484	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=321;SC=TCCCACCCCCTGCAGCGCACC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=37828194;WS=37828172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	37828186	rs2059483	C	T	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=348;SC=GCAGCGCACCCGCAAACGGCA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=37828194;WS=37828172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	37831850	rs2911907	C	T	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=2;PP=73;SC=ACATGTCTTACCAGCTTGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=37831858;WS=37831840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	37841561	.	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=1.684;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,21:0.21:100
chr4	37850312	rs35704131	TG	T	2275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=1340;SC=AATAATATTTTGAAATGTTCT;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=30;WE=37850320;WS=37850302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	37857166	rs6842360	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-1.428;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr4	37922416	rs60244784	A	T	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	37922423	rs36075899	A	G	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	37953481	rs3796713	C	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.116;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=224;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CATTCAGATACAATTTTTAGC;SOR=1.087;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=20;WE=37953489;WS=37953471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr4	37962133	rs2290740	G	A	2268.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.6612;FS=1.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1303;ReadPosRankSum=0.456;SC=TGCTGAAGCTGGAGTCTAGAC;SOR=0.426;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=79;WE=37962141;WS=37962123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,102:0.90:113
chr4	37962186	rs6811863	G	C	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=44;PP=2472;SC=GTTTTAACACGACGTTTTGGC;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=113;WE=37962194;WS=37962176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	38016171	.	C	T	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.544;SC=CGGGGAAGATCGCCCGGCAGG;SOR=0.491;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=81;WE=38016179;WS=38016161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,122:0.79:154
chr4	38016372	rs61731587	G	A	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=58;PP=1463;ReadPosRankSum=0.194;SC=CCCATGCCGCGCCCACAGGGA;SOR=0.533;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=7;TCR=80;TR=63;WE=38016380;WS=38016362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,89:0.77:116
chr4	38016395	rs10501	T	G	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.468;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=61;PP=1715;ReadPosRankSum=-0.956;SC=CAGGAGCCTGTGCGCAGGCCC;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=13;TCR=78;TR=72;WE=38016403;WS=38016385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,88:0.81:109
chr4	38022087	rs10015663	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.463;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=345;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CAACAAGAGTAAAATTCCATC;SOR=1.519;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=19;WE=38022095;WS=38022077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr4	38047545	rs6845120	A	G	3324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1459;ReadPosRankSum=1.174;SC=TTCTCTTTATACGACACCCTG;SOR=0.474;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=98;WE=38047553;WS=38047535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,150:0.79:191
chr4	38053788	rs58659939	CTGTGTGTGTG	C	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.879;NF=0;NR=12;PP=2997;ReadPosRankSum=-1.710;SC=AGCAGAGCCACTGTGTGTGTG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=12;WE=38053805;WS=38053778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr4	38117281	rs73134647	C	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=398;ReadPosRankSum=-2.213;SC=GTTCAATAGGCTTTCTTTTTT;SOR=1.501;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=26;WE=38117289;WS=38117271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr4	38138688	rs16994261	T	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=2.260;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	38628540	rs168086	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-1.049;SC=AGGTGCGAGCAGGAACCGGGG;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=38628548;WS=38628530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	38628725	rs62294474	C	T	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	38690342	.	C	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.499;ClippingRankSum=0.000;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,48:0.20:240
chr4	38698924	rs36023504	C	T	4794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=71;PP=1975;ReadPosRankSum=1.033;SC=CCCCACTCACCTGGCTCTCTC;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=120;WE=38698935;WS=38698914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,214:0.72:296
chr4	38775640	.	G	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,39:0.19:206
chr4	38776107	rs11096955	T	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=587;ReadPosRankSum=-1.522;SC=GGCAGTTGGATAGTTCTTTTA;SOR=0.701;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=35;WE=38776115;WS=38776097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,51:0.75:68
chr4	38776303	rs11466652	T	C	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=2.162;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr4	38776491	rs11096957	T	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=341;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GTCTTAGCATTTTCTAAACTA;SOR=0.862;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=23;WE=38776499;WS=38776481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
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chr4	38777236	rs10856839	T	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=429;ReadPosRankSum=0.273;SC=TTTTACCACTTATTTCCTCAT;SOR=0.437;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=26;WE=38777244;WS=38777226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
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chr4	38907021	.	T	TA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=9.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
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chr4	38924275	rs12509328	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=303;ReadPosRankSum=-1.341;SC=TTCAACCCAGCGATACCTCCC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=22;WE=38924283;WS=38924265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr4	38924330	rs10000037	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=553;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GGACCGCTGTGTGTAAACGTT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=37;WE=38924338;WS=38924320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr4	38924358	rs12498685	A	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=545;ReadPosRankSum=0.215;SC=AGAAGAAAAGATGACAGTCGT;SOR=0.869;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=37;WE=38924366;WS=38924348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,65:0.72:90
chr4	38930995	rs58035134	C	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,15:0.14:108
chr4	38931097	rs13150445	A	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr4	38932922	rs2291493	C	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=236;SC=TTATCTTTTTCGGGGGTTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=38932930;WS=38932912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	38933726	rs4833106	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=1.653;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr4	38937316	rs377231719	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr4	38937372	rs2271031	T	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.164;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=312;ReadPosRankSum=1.115;SC=AAGTGGCCTCTTTATCAAAGA;SOR=0.295;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=20;WE=38937380;WS=38937362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr4	38942697	rs11398065	C	CT	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.066;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr4	38944976	rs34903665	A	AT	818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=8;PP=375;SC=ATAATCCAATATGGGGGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=38944984;WS=38944966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	38990334	rs3821986	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=358;ReadPosRankSum=-0.999;SC=GTTTTATCTACGTTTTTATTC;SOR=0.627;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=21;WE=38990342;WS=38990324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr4	38995310	rs11721954	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=585;ReadPosRankSum=1.076;SC=AATTTTACATATCTATATCGG;SOR=0.359;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=30;WE=38995318;WS=38995300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr4	38995374	rs10212770	T	C	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=34;PP=1820;SC=TATCCATCTCTAGGTGCAAAG;SOR=1.016;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=94;WE=38995382;WS=38995364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	39000305	rs11542133	A	G	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=709;ReadPosRankSum=1.869;SC=TTTCCTTTAGACTCACAAACC;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=44;WE=39000313;WS=39000295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,65:0.75:87
chr4	39000569	rs73236699	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=-1.562;SC=TACTGTAAAGCTTTGAGTTTT;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=13;WE=39000577;WS=39000559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr4	39034119	.	T	TA	54	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	39046586	rs111344840	CA	C	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=452;SC=GCTGCCCGGACAGGGTCTAGG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=39046594;WS=39046576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	39064126	rs2711942	G	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=657;SC=AGTAATTGTAGATATATATAT;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=39064134;WS=39064116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	39064162	rs2711941	A	C	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=16;PP=1139;SC=TCCTTTACATATTTTTGTTGT;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=39064170;WS=39064152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	39065091	rs2711940	G	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=153;SC=GAAAGGTTTTGCAAAGAGATG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=39065099;WS=39065081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	39094738	rs2566149	G	A	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=32;PP=1225;SC=CCATCAACTGGTGAATGGATA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=39094746;WS=39094728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	39094954	rs2712007	G	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=30;PP=1226;SC=GTGCTTGGGAGAGAAGATGGG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=39094962;WS=39094944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	39109399	rs12508577	A	G	484.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=1.199;SC=CACCAAATTTATTAAGCTATA;SOR=0.483;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=17;WE=39109407;WS=39109389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr4	39114929	rs3796510	G	A	283.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.555;NF=2;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TTTGGAGAACGTGTTGGAGAA;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=39114937;WS=39114919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr4	39114945	rs3839126	A	AG	251.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.632;NF=0;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GAGAATTGGAAGGGAAAGTCG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=39114953;WS=39114935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr4	39116775	rs10026775	A	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=285;ReadPosRankSum=-0.312;SC=AAATTTTCTTACAGATATGAT;SOR=0.249;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=19;WE=39116783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr4	39116911	rs3733276	T	C	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=589;ReadPosRankSum=0.535;SC=ACCTTAATACTGTGGAGGCTT;SOR=0.533;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=53;WE=39116919;WS=39116901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,77:0.67:115
chr4	39117103	rs3733277	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AAGAGGCAATGTTTAATTTTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=39117111;WS=39117093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	39122577	rs3733274	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.51;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr4	39122697	rs3733275	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.511;SC=TTTAGTGCCCCGTTTTCTACA;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=12;WE=39122705;WS=39122687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr4	39128101	rs7694760	A	T	476.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.6549;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=317;ReadPosRankSum=0.194;SC=CCGTATTGACAGATGTGGGTA;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=17;WE=39128109;WS=39128095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr4	39187522	rs6839511	G	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.667;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,49:0.83:59
chr4	39205365	rs1451817	C	T	4508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=62;PP=1953;SC=ATCAAATCCACGTGCAAATCA;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=112;WE=39205373;WS=39205355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	39206998	.	C	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=421;SC=TTCTATACGTCACATTTTCTG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=39207006;WS=39206988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	39217352	rs3733287	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=241;ReadPosRankSum=-0.212;SC=CTAGTAAGGAAAATATTTGAA;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=12;WE=39217360;WS=39217342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr4	39219593	rs16995189	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-2.076;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,14:0.18:76
chr4	39226486	.	AT	A	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=2.329;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr4	39233977	rs11729098	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=63;ReadPosRankSum=-1.037;SC=GGGTGCAGCCGCTCACGCCTC;SOR=0.760;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=7;WE=39233985;WS=39233967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr4	39242111	rs9998591	C	A	81.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TAGTTAAATCCTTTTAAAACA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=39242119;WS=39242101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	39276623	rs11096989	A	AG	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,11:0.17:65
chr4	39279671	.	CA	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr4	39279724	rs12648082	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=-1.716;SC=TAAAGATGAATTTAACTCTTA;SOR=0.534;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=25;WE=39279732;WS=39279714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr4	39279907	rs2276888	A	G	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,112:0.75:150
chr4	39301605	rs2066788	G	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=0.868;SC=CTTAGTAAAAGCAGAGCCTGC;SOR=0.512;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=8;WE=39301613;WS=39301595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr4	39302029	rs2066786	T	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=433;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CAACATCAAATGGGCCCTGAA;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=36;WE=39302037;WS=39302019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,48:0.87:55
chr4	39303925	rs2066782	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,26:0.18:144
chr4	39308187	rs2066789	G	A	347.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=0.777;SC=TTATCTGTCCGACCACACTGT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=39308195;WS=39308177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr4	39313232	.	C	CA	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
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chr4	39368083	rs3736168	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-2.462;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr4	39409416	rs900563	C	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.199;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
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chr4	39456392	rs1463478	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr4	39456635	rs10025155	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=-1.805;SC=GAGGCACTAATTTATTCCATG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=10;WE=39456643;WS=39456625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr4	39456708	rs1985998	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.243;SC=AGTGGCTCACGCCTGTAATCT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=5;WE=39456716;WS=39456698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	39457870	rs3216720	T	TG	1438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=11;PP=754;SC=CACCAACAGTTTAAGTGTAAT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=39457878;WS=39457860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	39458051	rs2125313	A	G	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=22;PP=1074;SC=CCCTGCGGATATATTTTTCAC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=39458059;WS=39458041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	39459724	rs2687958	T	C	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=12;PP=544;SC=CACTGAACCTTAATTCGAAAA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=39459732;WS=39459714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	39460413	rs2276889	C	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=192;ReadPosRankSum=-0.513;SC=GGGGGACAAACAGGACAAGGT;SOR=0.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=22;WE=39460421;WS=39460403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr4	39460490	rs2276890	C	G	4284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=44;PP=1719;ReadPosRankSum=-1.297;SC=AGTACCCCCACGAGCACAGAA;SOR=0.930;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=147;TCF=85;TCR=62;TR=111;WE=39460498;WS=39460480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,195:0.73:267
chr4	39460797	rs2687959	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=4.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=1.619;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,23:0.21:111
chr4	39463903	rs61731032	C	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr4	39469279	rs79572060	A	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=2.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,44:0.20:220
chr4	39472786	rs79140300	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=1.755;SC=TTAAATATTCCTTAGGAAAAT;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=16;WE=39472794;WS=39472776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr4	39472842	rs2125314	T	A	3031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=4.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,140:0.79:177
chr4	39472946	rs67611743	CT	C	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=-2.541;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr4	39478832	rs1048140	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr4	39478946	rs11934814	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.917;NF=2;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GTCAGGAGTTCGAGACCAGCC;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=39478954;WS=39478936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr4	39505927	.	C	CA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,16:0.20:80
chr4	39507457	rs6832089	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-1.014;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr4	39510175	rs6815780	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,32:0.19:171
chr4	39510264	rs1129052	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=4.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.239;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,48:0.18:266
chr4	39511359	rs6531722	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr4	39511530	rs71645104	T	TA	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
chr4	39606533	rs73240622	A	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.693;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=169;ReadPosRankSum=0.938;SC=GCCCGGTCACATTTTAATCAT;SOR=0.148;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=11;WE=39606541;WS=39606525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr4	39700173	rs1055582	C	T	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=7;PP=212;SC=CGCCGCCTTCCCCTCCCCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=39700181;WS=39700163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	39747536	rs302931	A	G	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=111;SC=AGCTTTATGAATTGCTTACTG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=39747544;WS=39747526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr4	39827804	rs374518376	GTT	G	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.535;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
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chr4	39929827	.	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=429;ReadPosRankSum=-0.207;SC=ACTCCTGGAATTTAGAAATCA;SOR=0.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=23;WE=39929835;WS=39929817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr4	39930196	rs28643320	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=0.108;SC=AAAATTGCTATTTCATTTCAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=4;WE=39930204;WS=39930186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr4	40044833	rs28550618	C	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=804;ReadPosRankSum=-0.716;SC=AAGCCCTTCTCGTCCTGGGTC;SOR=1.244;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=46;WE=40044841;WS=40044823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
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chr4	40115239	rs4974962	A	T	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=28;PP=837;SC=TTGTAACTTAATTTCTATTGC;SOR=1.302;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=41;WE=40115247;WS=40115229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	40121562	rs794001	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=210;SC=CCCAAGAGACGATGAAGATAT;SOR=1.739;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=13;WE=40121570;WS=40121552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr4	40350763	rs10029872	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
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chr4	40778146	rs2465570	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
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chr4	40788544	rs2953325	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=0.588;SC=CAAGATTTGAAGAACTCATTG;SOR=0.712;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=11;WE=40788552;WS=40788534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr4	40792613	.	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr4	40809207	rs113167696	GA	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
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chr4	40825819	rs3841555	TA	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=-0.382;SC=TAAAGCCACTTACCACACTCA;SOR=0.405;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=5;WE=40825827;WS=40825809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
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chr4	40946750	rs4327523	A	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr4	41016484	rs10025369	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=303;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TGAGTAAATATTTTTATATAG;SOR=0.941;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=16;WE=41016492;WS=41016474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr4	41258970	rs11556271	A	G	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.632;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,36:0.22:163
chr4	41258978	rs9321	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.514;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,45:0.26:170
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chr4	41262886	.	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=149;ReadPosRankSum=0.194;SC=CAGCTGTTTTCCCGAGGTCAG;SOR=0.603;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=13;WE=41262894;WS=41262876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr4	41362806	rs183521603	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.678;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr4	41526250	rs10014221	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=305;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CCAACTTGATGTTGGCAAAGC;SOR=1.201;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=18;WE=41526258;WS=41526240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr4	41526503	rs4266323	C	T	3075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.298;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1298;ReadPosRankSum=-0.806;SC=CTGGTGAGTACGTGGAATTGA;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=78;WE=41526511;WS=41526493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,139:0.77:180
chr4	41607754	rs11943304	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=369;SC=TTAAAGTGATTTTACATTTAA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=41607762;WS=41607747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	41611557	.	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,30:0.27:113
chr4	41611575	rs1105886	A	G	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=39;PP=1285;SC=AATGTTGAGCAGTAAAAGAGA;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=82;WE=41611583;WS=41611565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	41615249	rs66955637	A	AT	391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=369;SC=TTATTTGGGGATTTTTTTAAA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=13;WE=41615257;WS=41615239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	41615690	rs13146318	T	A	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=62;PP=1700;SC=TAGGTTGGAGTCTTAATAAAC;SOR=2.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=78;WE=41615698;WS=41615680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	41629036	rs5857808	G	GGTGT	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=0.385;QD=27.98;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr4	41631809	.	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.023;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=472;ReadPosRankSum=0.145;SC=CATTTTGAAGGCATCAAATGC;SOR=0.242;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=31;WE=41631817;WS=41631799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr4	41631832	rs113955118	CT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr4	41633082	rs113754792	G	GT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.248;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr4	41634844	.	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=2.303;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,25:0.24:103
chr4	41646651	rs2304647	G	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=458;ReadPosRankSum=-0.894;SC=GATGTGAGTTGTGGCCAAGGC;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=34;WE=41646659;WS=41646641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,52:0.81:64
chr4	41646758	rs13101981	T	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=0.293;SC=CCCTAGAGGGTTTCAAAAGGT;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=15;WE=41646766;WS=41646748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr4	41663865	.	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.054;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr4	41663981	.	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr4	41673609	rs149571949	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=1.872;SC=TGTTATGACACCTGTAAGTCA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=12;WE=41673617;WS=41673599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr4	41684251	.	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	41684277	.	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr4	41684380	.	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr4	41687801	.	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,37:0.22:172
chr4	41691709	rs77420897	T	C	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=980;ReadPosRankSum=0.256;SC=TTTGGCATCGTTCCGTGCTGA;SOR=0.652;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=57;WE=41691717;WS=41691699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,110:0.80:138
chr4	41699082	.	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=1.224;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,13:0.18:71
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chr4	41749265	rs28647582	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.551;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	41749668	rs6811325	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,30:0.19:156
chr4	41750437	.	G	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=369;ReadPosRankSum=1.672;SC=CAGGCTGCAGGATCCCGGCGT;SOR=0.855;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=25;WE=41750445;WS=41750427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr4	41984118	rs2660320	C	T	6987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=77;PP=2965;SC=GCATCATCAGCCTGCGAACTC;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=92;TCR=77;TR=169;WE=41984126;WS=41984108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	41985101	rs2660332	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=746;SC=CGTGTTGTATATAGATCGCAT;SOR=4.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=41985109;WS=41985091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	41992677	rs2581434	C	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=19;PP=638;SC=GGATGTTACCCGGCTTGGCCG;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=40;WE=41992685;WS=41992667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	42003671	rs1047626	A	G	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=30;PP=1030;SC=CTTTTCAAACATGGTTCCCTG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=42003679;WS=42003661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	42003835	rs2581453	C	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=403;SC=TTTCTGTATACTGGAATAGTT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=42003843;WS=42003825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	42020142	rs2581423	A	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=8;PP=264;SC=AGGTATAGGCACAGAACTCAA;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=42020150;WS=42020132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	42020347	rs2581422	A	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=205;SC=ATTCTCTTACATATAAACTAA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=42020355;WS=42020337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	42022464	rs15857	C	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	42024982	rs13107768	A	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	42025049	rs3213766	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=226;SC=CTTTTTAAAAACAATATTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=42025057;WS=42025039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	42025207	rs3213767	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=1;PP=347;SC=ATGTTTCTCCAAAAGCACCTT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=42025215;WS=42025197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	42040947	rs12641900	C	T	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=22;PP=951;SC=CCACCAGTTACAGTGCTTCTC;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=42040955;WS=42040937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	42051257	rs7684837	A	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=197;SC=TGTTGGCATTATAGGTGTGAG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=42051265;WS=42051247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	42051608	rs4241696	T	G	98.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=68;SC=GCTTGTGGGATAAAATAAAAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=42051616;WS=42051598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	42065269	rs3804190	A	G	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=9;PP=208;SC=GTAGGGTTATATATCTATAGT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=42065277;WS=42065259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	42069029	rs12643893	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=453;SC=TGGATACTTATTAAAATGTTA;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=42069037;WS=42069019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	42077940	.	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=21;SC=TTAACAGAGACCTTTATATTT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=42077948;WS=42077930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	42122322	.	G	A	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=49;PP=1478;ReadPosRankSum=0.493;SC=CTGGAAAAGCGAAATATTTTC;SOR=0.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=88;WE=42122330;WS=42122312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,127:0.84:151
chr4	42145642	.	G	A	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1374;ReadPosRankSum=0.726;SC=TGTATGCACAGGAGAGGTTGA;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=87;WE=42145650;WS=42145632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,114:0.75:153
chr4	42402992	rs66671329	A	G	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=8;PP=715;SC=GGAGATCCTCATCTGAGCATC;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=42403000;WS=42402982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	42403561	rs55934419	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=23;PP=476;SC=AAATTTCCCTTGTAACTGATC;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=42403569;WS=42403551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	42466641	rs12647640	C	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=235;SC=GAAAACGTCTCCATAAAGAAA;SOR=2.147;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=13;WE=42466649;WS=42466631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	42557859	rs145505019	C	CTAAA	372.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=2;PP=291;SC=AACTAACTAACTAAATAAATA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=42557867;WS=42557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	42571074	rs6845603	A	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	42577517	rs2290868	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=1.950;SC=ACTAACAAATATATTATTCAA;SOR=0.627;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=17;WE=42577525;WS=42577507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr4	42582047	rs6447171	A	C	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=188;SC=ATGATTTAGCAATCTATACTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=42582055;WS=42582037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	42592935	rs3833615	C	CA	854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.704;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.674;NF=1;NR=19;PP=340;ReadPosRankSum=-2.008;SC=TTAAAATGGCCAAAAAAAAAA;SOR=1.203;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=20;WE=42592943;WS=42592925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,46:0.88:52
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chr4	42639186	rs898500	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.481;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,20:0.20:98
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chr4	42965159	rs10213360	A	C	3165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=58;PP=1250;ReadPosRankSum=0.426;SC=GGGGTAAGTAAGCTGCCCAGG;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=96;WE=42965167;WS=42965149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,151:0.73:206
chr4	43022515	.	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr4	43032612	rs4861050	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=-1.618;SC=CAATACTTTGGTTTATATATA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=30;WE=43032620;WS=43032602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr4	44176960	rs13143747	T	C	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,121:0.73:165
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chr4	44295943	rs13145563	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=5.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-1.048;SC=CATTTGTTTAACAATTTTCTT;SOR=1.919;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=11;WE=44295951;WS=44295933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	44652187	rs1113098	C	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=251;SC=TATTTACAAACATCAAATGAC;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=44652195;WS=44652177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	44682465	rs6447368	T	C	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=12;PP=566;SC=TAGGAAAAACTTGACATGTCT;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=44682473;WS=44682455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	44684455	rs13117025	C	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=13;PP=381;SC=AACAGTGTTGCTATTTCACTT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=44684463;WS=44684445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	44684507	rs9291245	C	T	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=180;SC=TTGTACTATTCATTATATGAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=44684515;WS=44684497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr4	44685225	rs58659516	T	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.82;QD=42.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	44690320	rs1491304	A	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	44691795	rs11373408	T	TA	1073.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=0.803;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,71:0.82:87
chr4	44696538	rs12641137	C	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=11;PP=340;SC=CAAGTAAGTTCAATAGAAACT;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=44696546;WS=44696528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	44699484	rs6851576	T	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	44699506	rs6821295	C	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=13;PP=347;SC=CTTTTATGGGCTTTAAATCAA;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=44699514;WS=44699496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	44700453	rs1547526	G	C	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=81;SC=TCTGCCTTATGGATAATAATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=44700461;WS=44700443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	44709695	rs1491302	C	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=0;PP=211;SC=GAGATTTAACCCCACAGTCAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=44709703;WS=44709688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	44712908	rs3749582	T	C	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=18;PP=1270;SC=GCATCATAACTCCTCCAAAAT;SOR=1.528;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=64;WE=44712916;WS=44712898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	44713235	rs1124828	A	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=236;SC=GAACAAAAAAAAAATCACCTT;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=44713243;WS=44713225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	44719048	rs1873522	A	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=214;SC=TACATTACACAATGGGAAGAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=44719056;WS=44719038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	44720248	rs3792705	T	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=7;PP=455;SC=CAAATATACTTGTATTCTAAA;SOR=1.893;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=44720256;WS=44720238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	46042945	rs6447493	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=488;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GTTACTGAAGCACAAAAGATT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=46042953;WS=46042935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr4	46060509	rs139933358	C	T	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=879;ReadPosRankSum=0.332;SC=TACCAGAGATCGTGTGAGTGA;SOR=0.673;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=56;WE=46060517;WS=46060499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,87:0.78:112
chr4	46066356	rs6838525	C	T	64.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=1;PP=35;SC=GAACATAACTCACACTTTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=46066364;WS=46066346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	46086060	rs976156	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr4	46263862	rs35496835	A	AG	1583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=1121;SC=CTTTAATGTCAGTTTTTAGAA;SOR=2.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=24;WE=46263872;WS=46263852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	46263864	rs10938435	T	A	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=722;SC=TTAATGTCAGTTTTTAGAAAC;SOR=2.774;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=30;WE=46263872;WS=46263852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	46307633	.	C	T	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.183;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1363;ReadPosRankSum=1.870;SC=CCCAGCAGGTCATATTGATTT;SOR=0.647;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=91;WE=46307641;WS=46307623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,147:0.77:190
chr4	46737210	.	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.475;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr4	46976431	.	C	T	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=682;ReadPosRankSum=1.135;SC=GTCAATGCTCCTTTTTCATCC;SOR=0.468;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=41;WE=46976439;WS=46976421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,61:0.85:72
chr4	46994972	rs34464680	G	GA	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.525;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr4	46995366	rs2229940	G	T	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=811;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CAAACCGCCAGGCACAGGAAG;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=59;WE=46995374;WS=46995356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,95:0.79:120
chr4	47034145	rs72109821	G	GCA	34.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	47163234	.	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.419;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr4	47322190	rs4482737	T	C	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=43;PP=1738;SC=AAGATATCCATTGGATGAGCA;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=92;WE=47322198;WS=47322180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	47408665	rs6287	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr4	47408838	rs6290	C	T	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1249;ReadPosRankSum=-0.281;SC=TGGAGTATGCCTTTGTAAATT;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=76;WE=47408846;WS=47408828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,124:0.81:153
chr4	47465802	rs78348307	G	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.18;ReadPosRankSum=-1.821;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr4	47524932	rs4475121	T	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=343;ReadPosRankSum=0.309;SC=ACTTAATATATACTTTAAATT;SOR=3.056;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=17;WE=47524940;WS=47524922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr4	47524997	rs11368204	CT	C	939.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=272;ReadPosRankSum=0.268;SC=ACTTGATATTCTTTTTTTTTT;SOR=0.763;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=22;WE=47525017;WS=47524987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr4	47525009	rs5858076	T	A	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.27;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	47527537	rs6447564	T	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=528;ReadPosRankSum=0.573;SC=GGGTTTAACCTTGAATTCTTA;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=37;WE=47527545;WS=47527527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,49:0.83:59
chr4	47538360	rs13152689	T	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=10;PP=699;SC=CCAACCAAAATGAATACTCTC;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=47538368;WS=47538351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	47548818	.	G	A	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=385;ReadPosRankSum=-0.901;SC=TTTACTCTAGGAAGTGGAGAA;SOR=1.143;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=47548826;WS=47548808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr4	47560163	rs11729411	C	A	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,56:0.25:223
chr4	47560859	rs79884646	A	C	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=111;SC=TTTAGTGTGGATAAAACTACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=47560867;WS=47560849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	47562802	rs34470690	G	GC	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=0.509;SC=AGTTTGGGAAGCTAGTGTCCA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=3;WE=47562810;WS=47562792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr4	47570965	.	C	T	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=1171;ReadPosRankSum=2.902;SC=TCCTGTCCCCCGGGACTCAGG;SOR=0.819;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=68;WE=47570973;WS=47570955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,94:0.78:121
chr4	47582387	rs2351791	A	C	7772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=1.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.770;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,357:0.81:443
chr4	47625936	.	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,30:0.19:161
chr4	47666981	rs17462881	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=-1.807;SC=TCCAAACTCAACTAAGTCTTC;SOR=0.469;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=16;WE=47666989;WS=47666971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr4	47667064	rs11934749	T	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=447;ReadPosRankSum=1.884;SC=AGGAGGGATATGCTCGCCTGT;SOR=1.103;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=34;WE=47667072;WS=47667054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,57:0.65:88
chr4	47676530	.	G	A	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.993;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,40:0.24:170
chr4	47682174	rs10517195	A	G	5686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=62;PP=2199;ReadPosRankSum=2.275;SC=TGACCTCGTCAGACTTATCCA;SOR=0.878;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=209;TCF=118;TCR=91;TR=152;WE=47682182;WS=47682164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,267:0.77:348
chr4	47746602	rs372683178	TA	T	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr4	47880805	.	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=3.179;SC=AAGTTTGCACGAATAATAATA;SOR=0.511;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=25;WE=47880813;WS=47880795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr4	47901315	rs59694214	AT	A	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
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chr4	48073360	.	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=-0.531;SC=AAAACAAAATGGATTCATGAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=48073368;WS=48073359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	48073501	rs906486	G	T	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=44;PP=1574;SC=TGCTGGGACTGCCAACCTTCA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=100;WE=48073509;WS=48073491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	48078593	rs6850108	C	A	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=30;PP=952;SC=TCTGTGTGTACCGCCAAGTCA;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=48078601;WS=48078583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	48078620	.	C	T	1320.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.401;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=614;ReadPosRankSum=-2.129;SC=TGGTGATATCCATCAATGGTA;SOR=0.986;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=38;WE=48078628;WS=48078610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,60:0.88:68
chr4	48081896	rs11358014	CA	C	966.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=1.753;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.535;NF=21;NR=14;PP=457;ReadPosRankSum=-1.241;SC=AGGTATGATACAAAAAAAAAA;SOR=1.463;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=35;WE=48081905;WS=48081886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,57:0.89:64
chr4	48082208	rs2352590	T	C	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=35;PP=1064;SC=TGTTTGAACATAACTGGTAGT;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=48082216;WS=48082198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	48088446	rs6858664	A	G	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=21;PP=1384;SC=ACACCAGGGCATGGTATGATA;SOR=1.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=81;WE=48088454;WS=48088436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	48088511	.	C	T	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=45;PP=2122;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TCAATGAAATCCTCTTCAGAC;SOR=1.136;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=183;TCF=114;TCR=69;TR=129;WE=48088519;WS=48088501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,165:0.68:242
chr4	48091854	.	AG	TA	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=299;ReadPosRankSum=-0.811;SC=AAGGAGAAAGAGAAATCAATA;SOR=0.522;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=11;WE=48091863;WS=48091844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr4	48141055	.	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,17:0.19:89
chr4	48343693	rs1876834	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.260;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr4	48344154	rs28464394	G	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,27:0.23:115
chr4	48372085	rs1466631	T	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=24;ReadPosRankSum=0.199;SC=ATATTGAGCATTGTGTTTTTA;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=48372093;WS=48372075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr4	48486193	rs6845250	C	G	4513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.13;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,210:0.84:249
chr4	48487297	rs7676578	T	A	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr4	48491010	rs3811759	A	G	71.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.524;SC=TCATATTTATAGCCTGTGGTA;SOR=1.447;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=48491018;WS=48491000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	48492287	rs10938533	G	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr4	48492434	rs10008444	G	C	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=21;PP=757;SC=GCTGGCAGCAGCGCGGCAGGG;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=48492442;WS=48492424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	48493049	.	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr4	48494708	rs35912975	A	T	932.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=603;ReadPosRankSum=0.624;SC=AATATCAAGTAGATCCTTCCC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=31;WE=48494716;WS=48494698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chr4	48496368	rs17472127	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	48516970	rs7434721	C	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=370;SC=TAAACTGAAACAGAGGGGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=48516978;WS=48516960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	48517352	rs7661515	C	A	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=47;SC=TTTTACAACACAATAAATAAG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=48517360;WS=48517342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	48529683	rs11356838	TA	T	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.667;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr4	48529733	rs4695385	G	A	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=398;SC=TGCGTATGAGGTATCAGTACC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=48529741;WS=48529723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	48537603	rs3838234	T	TACAC	946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.34;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	48547041	rs952289	A	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=409;SC=TAAATAGGTCACAGTCTACTA;SOR=2.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=48547049;WS=48547031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	48558882	rs4694898	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=2;PP=509;SC=GTCTTCATCCCGGCCCTTGCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=48558890;WS=48558874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	48565101	rs13138269	A	T	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=214;SC=GCTTATAGGCATCTATCTTCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=48565109;WS=48565091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	48577121	rs28558226	C	T	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=43;PP=1310;SC=AAAAAATGTACGAACATAGTT;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=75;WE=48577129;WS=48577111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	48582836	rs4695390	A	T	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=21;PP=1167;SC=TGTGTCTGTCATAAGTCTCAA;SOR=1.216;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=48582844;WS=48582826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	48588742	rs34558821	C	T	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=61;PP=1890;SC=GTTTTCTTTCCCCCCTGAAAA;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=102;WE=48588750;WS=48588732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	48607938	rs2940319	T	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	48611149	rs2354348	A	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	48611153	rs776603	A	T	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	48611639	rs5858122	G	GA	279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr4	48625213	rs776579	C	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	48655635	rs776580	T	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=510;SC=AACAGCTTTTTATCTATTTGG;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=48655643;WS=48655625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	48655824	rs141132438	AAGCAGC	A	745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5167;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=583;SC=TCAGCTGCAAAAGCAGCAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=48655840;WS=48655814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	48851937	rs3761729	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=9;PP=963;SC=CATTCAGTTACACTTTTTGTT;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=48851945;WS=48851927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	48988450	rs3747690	C	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=0.675;SC=CGCGGCGATGCCCTCGCTGTG;SOR=0.523;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=12;WE=48988458;WS=48988440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,14:0.18:76
chr4	48988705	rs2572344	G	A	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=181;SC=TCTGCGAGGCGCCCGCGAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=48988713;WS=48988695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	48990476	rs10537617	CT	C	1156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.885;HP=13;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=-0.603;SC=CTCTCTTTAACTTTTTTTTTT;SOR=1.276;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=35;WE=48990485;WS=48990466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,79:0.83:95
chr4	48994034	.	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,37:0.26:142
chr4	48994138	rs28678278	G	T	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=33;PP=947;SC=TTTTCTCTTTGCAGAGCTTAC;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=48994146;WS=48994128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	49019232	rs28610228	T	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=-2.099;SC=TTATTTATTTTAAAAAAACCC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=12;WE=49019240;WS=49019222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr4	49019365	.	G	A	358.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.85;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr4	49033168	.	C	T	207.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=0.282;SC=CTGGATATTTCCAGTTCTTCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=49033176;WS=49033158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr4	49063872	rs1051447	C	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=8;PP=398;SC=AAACAACCATCATTTTCATAT;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=49063880;WS=49063862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	52740322	rs187515775	A	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=0.090;SC=TTTAACATCTAAATTCCTTAC;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=7;WE=52740330;WS=52740312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr4	52927229	rs784944	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-1.264;SC=TTGAACAGGTAGAGATCAGAC;SOR=1.508;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=18;WE=52927237;WS=52927219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr4	52928352	rs34989037	GT	G	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=7.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.381;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr4	52945799	rs7689145	C	T	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=4;PP=579;SC=CTTTAACTTGCTTTGGCTCAC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=52945807;WS=52945789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	52946161	rs7657148	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.51;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	52946161	.	AGG	GGA	285	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5001;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=13;PP=285;QD=19.9098749919;SC=AAACAATTTAAGGAAAAGAAC;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=17;WE=52946171;WS=52946151;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,17:0.85:20
chr4	52946163	.	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.62;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr4	52948834	rs35414474	C	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=1.025;SC=AGAACTGATTCTTTTCTTTGA;SOR=1.508;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=52948842;WS=52948824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	52951213	rs376564514	CTTT	C,CT	1144.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.911;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.324;QD=26.62;ReadPosRankSum=0.667;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,17,25:0.40,0.58:43
chr4	52960968	rs34763682	G	A	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,55:0.65:84
chr4	53822307	rs301093	A	G	4246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=1984;ReadPosRankSum=-2.533;SC=CCAGAGCTCTAAATCTGGAAG;SOR=0.595;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=119;WE=53822315;WS=53822297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,187:0.80:235
chr4	54011424	rs4864727	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr4	54011576	rs79628372	T	C	3355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,157:0.74:212
chr4	54245476	rs1471596	A	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=126;SC=GGTTGTGTGAAACAATGGTTC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=54245484;WS=54245466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	54248418	rs56007140	A	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=8;PP=318;SC=AATGCCTGACATGTATACTTA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=54248426;WS=54248408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	54250189	rs10012853	T	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=257;SC=TCATCATGAATATACTTCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=54250197;WS=54250179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	54257865	rs62325162	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=456;SC=CTATTATACTAACAAATGCCG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=54257873;WS=54257855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	54280705	.	G	GA	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr4	54325444	.	CTT	C	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.004;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.298;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr4	54327032	rs34823651	C	CTAT	2523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=12;PP=710;SC=ACTTCTTAGCCTATTTGTGAT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=29;WE=54327041;WS=54327022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	54362676	rs2271559	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=315;SC=CTGCTCTCCCACCTCATCCTG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=54362684;WS=54362666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	54364673	rs2292578	T	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=212;SC=CAGAGAGTCATAAAATGATAG;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=54364681;WS=54364663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	54852693	rs201460622	CTTTTA	C	778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.99;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	54876132	rs4437313	C	A	857.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.82;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,44:0.86:51
chr4	54966667	rs3194383	C	T	9591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=132;PP=2965;SC=GCTGCCCGTCCCGCAAGAGCG;SOR=0.892;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=225;TCF=90;TCR=135;TR=222;WE=54966675;WS=54966657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr4	54966830	rs13144341	G	A	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=53;PP=2335;ReadPosRankSum=1.030;SC=TCTGCTTAAGGGCCAGTTCTC;SOR=0.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=115;WE=54966838;WS=54966820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr4	54966919	rs1132998	T	C	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=59;PP=2645;SC=AGCACCACCATCACCATCATC;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=137;WE=54966927;WS=54966909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr4	54967214	rs6554148	C	T	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=26;PP=755;SC=TTAGTGTAACCGTAGAGTCAG;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=54967222;WS=54967204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	54967709	rs2278142	C	A	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=12;PP=770;SC=AGCACCTTGCCCGAGCCTTAC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=54967717;WS=54967699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	55130078	rs2229307	T	C	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.870;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,89:0.77:115
chr4	55130154	rs2307049	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.91;ReadPosRankSum=1.885;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr4	55131001	rs71823029	TA	T	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr4	55133726	rs4358459	T	G	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1186;ReadPosRankSum=-1.023;SC=CAGAGAAAGGTTTCATTGAAA;SOR=0.516;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=85;WE=55133734;WS=55133716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,132:0.71:185
chr4	55133936	rs28489067	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=-0.080;SC=CCAAGTATGCCTTTTTTTAGT;SOR=0.352;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=11;WE=55133944;WS=55133926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr4	55133959	rs28650939	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.843;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GCATCAGAGGCGGACTGAGGT;SOR=0.055;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=55133967;WS=55133949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr4	55138578	.	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=664;ReadPosRankSum=-0.998;SC=ATCCATTCTGGACTTGGTCGA;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=45;WE=55138586;WS=55138568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,74:0.79:94
chr4	55139771	rs35597368	T	C	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=721;ReadPosRankSum=0.385;SC=GGAGATCCACTCCCGAGACAG;SOR=0.889;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=45;WE=55139779;WS=55139761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,83:0.69:120
chr4	55141055	rs1873778	A	G	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=64;PP=2207;SC=CAATCAGCCCAGATGGACATG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=126;WE=55141063;WS=55141045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	55143577	rs10028020	G	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.00;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,52:0.81:64
chr4	55146406	rs6148442	T	TTGTAGGTCCCCCAG	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=2900;SC=ACCTGGCACATAATCATCATC;SOR=2.584;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=55146414;WS=55146405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	55146754	rs1547905	C	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-0.650;SC=GTGAACCTGGCAGCCCACGTG;SOR=2.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=15;WE=55146762;WS=55146744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr4	55151711	rs2412559	C	A	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=41;PP=1235;SC=GGAGTGTGGACGGAGATGCTA;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=54;WE=55151719;WS=55151701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	55151958	rs3830355	T	TA	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=284;ReadPosRankSum=0.635;SC=GGTGATGCTATTCAGCTACAG;SOR=0.392;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=10;WE=55151966;WS=55151948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr4	55152040	rs2228230	C	T	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.453;NF=41;NR=24;PP=1102;ReadPosRankSum=-2.119;SC=CTCGCAACGTCCTCCTGGCAC;SOR=1.071;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=65;WE=55152062;WS=55152030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,97:0.68:142
chr4	55153837	rs7695657	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=29;PP=771;SC=TGCTGCAGCCACCTCAAACCA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=55153845;WS=55153827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	55154891	rs55732997	T	C	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=792;ReadPosRankSum=-1.389;SC=TTTCTAACAGTGTTCTATCAT;SOR=1.078;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=52;WE=55154899;WS=55154881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,74:0.73:101
chr4	55156380	rs4864506	G	A	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=1;PP=511;SC=GTAGTTTGGAGATATGTACAG;SOR=3.690;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=55156388;WS=55156370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	55156400	rs2276948	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr4	55161254	rs3733540	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,21:0.20:104
chr4	55161391	rs7685117	T	C	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=58;PP=1293;SC=ACATGATGGATGACATCGGCA;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=90;WE=55161399;WS=55161381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	55524304	rs999020	T	C	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=47;PP=1095;SC=AGCCTGTGCCTGGGAGGGTGG;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=55524312;WS=55524294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	55599159	rs4864921	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=405;ReadPosRankSum=1.120;SC=CAACACTATAGTATTAAAAAG;SOR=1.847;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=25;WE=55599167;WS=55599149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr4	55599436	rs1008658	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=2.953;SC=TTTCCTGTGATTTTCATAATG;SOR=0.395;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=11;WE=55599444;WS=55599426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr4	55603217	rs3752400	A	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=388;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TATGTTATCTATATGTCAGTC;SOR=0.132;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=19;WE=55603225;WS=55603207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr4	55946081	rs4421048	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=223;SC=TGTGATGTCCAGGAGTTGGGG;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=55946089;WS=55946071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	55948108	rs2412617	A	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=698;SC=TCTTTTTAATATGGCTGAGTC;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=55948116;WS=55948098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	55948836	.	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=2.431;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr4	55955232	rs1531289	T	C	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=29;PP=644;SC=TGTAAAGAGCTGACGAGGTGA;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=55955240;WS=55955222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	55955737	rs3217703	A	AT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr4	55961159	rs2219471	T	C	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=771;ReadPosRankSum=0.773;SC=ACTCCTTGAATACAAAATGAG;SOR=0.843;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=44;WE=55961167;WS=55961149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,76:0.75:101
chr4	55962545	rs3214870	T	TG	3802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=47;PP=2037;ReadPosRankSum=-1.249;SC=ATCATAGGTATGGACATTTCC;SOR=0.844;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=54;WE=55962553;WS=55962534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,122:0.84:145
chr4	55964101	rs6838752	T	C	872.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=614;ReadPosRankSum=-0.297;SC=CCCCCTTCACTCTCCAAATGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=32;WE=55964109;WS=55964091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,34:0.89:38
chr4	55964565	rs3816584	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=-1.037;SC=ATGGAGTTTGAGAGTGGTCCT;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=55964573;WS=55964555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr4	55968053	rs7655964	A	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,22:0.20:110
chr4	55970680	rs13109660	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.454;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr4	55971846	.	G	T	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=29;QD=15.9428031368;SC=CTGAGAAGTTGTAATTTATGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=4;WE=55971854;WS=55971836;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr4	55972974	rs1870377	T	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=-1.548;SC=CTGAGACAGCTTGGCTATAAG;SOR=0.811;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=26;WE=55972982;WS=55972964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
chr4	55976451	rs3828550	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=0.219;SC=ACTTTTGTACGCAGGCCCAGC;SOR=0.323;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=7;WE=55976459;WS=55976442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr4	55976947	rs5858314	T	TA	182.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=9;PP=120;SC=TGGAAGAAAATAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=55976955;WS=55976937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	55980239	rs7692791	C	T	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=1.536;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,66:0.73:90
chr4	55980456	rs2305949	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=718;ReadPosRankSum=-1.413;SC=ATTGAAAAAACAGAACATGAG;SOR=0.356;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=43;WE=55980464;WS=55980446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr4	56235931	rs819268	C	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=0.059;SC=AAATGATTTGCGAGTGAAGTG;SOR=0.883;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=8;WE=56235939;WS=56235921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr4	56290496	rs6828454	C	T	374.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=295;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TGGGTTATTTCAACTTTTAGG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=56290504;WS=56290495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr4	56290558	rs11732723	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=416;ReadPosRankSum=0.674;SC=CATTACACCTCTCATAAATTT;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=25;WE=56290566;WS=56290548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr4	56290573	rs6810483	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=388;ReadPosRankSum=-0.375;SC=AAATTTATTATACACCTGCAT;SOR=1.371;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=27;WE=56290581;WS=56290563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr4	56309992	rs3736544	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=116;ReadPosRankSum=1.103;SC=GTTGCTGGATATTAGATGAAT;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=15;WE=56310000;WS=56309982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr4	56314768	.	C	CGTGT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.792;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.006;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	56319350	rs11240	C	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=1.248;SC=GTTTAAAATACTGCACAGCTG;SOR=0.619;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=14;WE=56319358;WS=56319340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr4	56322244	rs10529254	TG	T	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=1.524;SC=AAATAAACTTTGGGGGGGGGG;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=56322252;WS=56322234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr4	56336854	rs116340185	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.508;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr4	56447146	rs34437483	GA	G	86.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCAATGTCTAGAAAAAAACCG;SOR=0.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=56447154;WS=56447136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	56447200	.	C	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=4;PP=74;SC=CAGCCGGGTGCGATGGAATCC;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=56447208;WS=56447190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	56447215	rs6817663	A	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	56458302	rs73817207	C	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,34:0.22:156
chr4	56465418	rs1387198	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=22;PP=569;SC=AGAAACAGATTGATGATTTAG;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=36;WE=56465426;WS=56465408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	56466653	rs62310886	G	A	493.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.29;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr4	56734701	rs3213948	C	T	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=672;ReadPosRankSum=0.215;SC=TAAGACTTTCCTGAATTCTAT;SOR=0.605;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=49;WE=56734709;WS=56734691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,65:0.68:96
chr4	56736794	rs150749988	T	TTTTG	943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.60;ReadPosRankSum=2.553;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr4	56739053	.	C	T	514.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=281;ReadPosRankSum=-1.108;SC=TTAACAGCAGCCGAATCTTTA;SOR=0.504;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=17;WE=56739061;WS=56739043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr4	56763170	rs10014018	A	G	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=2;PP=20;SC=ATATCTTATAATCTTTTTTAG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=56763178;WS=56763160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	56830434	.	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,28:0.24:117
chr4	56830605	rs62308567	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-0.537;SC=GAGTGTATATAATGGTGTTTA;SOR=2.004;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=19;WE=56830613;WS=56830595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr4	56835413	rs1811473	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=267;ReadPosRankSum=-2.023;SC=ATCAACATGGCGAAACCCCGT;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=15;WE=56835421;WS=56835403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr4	56840830	rs62308569	A	G	464.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=278;ReadPosRankSum=2.807;SC=CTTTCATTCTAAAAGTTATTA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=15;WE=56840838;WS=56840820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr4	56840846	rs2290014	A	G	678.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9954;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=372;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TATTAATATAATTTACTTGAC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=24;WE=56840854;WS=56840836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr4	56874517	rs3214045	A	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TCAAATGAAGATAATGATCTC;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=14;WE=56874525;WS=56874507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr4	56874606	.	TTATC	T	1484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=685;ReadPosRankSum=0.716;SC=GAATACAGCTTTATCTATTCA;SOR=0.746;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=15;WE=56874617;WS=56874596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr4	56878193	rs11724411	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=0.490;SC=ATTTAGTGAAACAGAAAACAT;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=14;WE=56878201;WS=56878183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr4	57167507	rs58767323	C	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=6.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,30:0.18:169
chr4	57176710	rs13123803	G	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=289;SC=CTGGCTCTCTGAGGCCAGCTG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=57176718;WS=57176700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	57176964	rs371414283	CT	C	314.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr4	57176966	rs60121364	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr4	57180473	rs6823339	C	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=483;ReadPosRankSum=-0.167;SC=AAGGCAGGAGCTCTTGGAGGA;SOR=0.435;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=29;WE=57180487;WS=57180463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,47:0.85:55
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chr4	57193762	rs6826795	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=3;PP=123;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AAAATTTGTAGTGTGGCTGTG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=57193770;WS=57193752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr4	57194460	rs6811153	A	G	3201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=41;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.647;SC=AAGAACACCCATTCTCCTGAA;SOR=0.810;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=97;WE=57194468;WS=57194450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,152:0.74:206
chr4	57194525	rs6834736	C	G	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=60;PP=1691;ReadPosRankSum=0.010;SC=CTGTGCCCATCTTAGTTTTCA;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=109;WE=57194533;WS=57194515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,175:0.73:241
chr4	57208955	rs9996468	A	T	168.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.77;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr4	57215677	rs3796544	G	A	5239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=78;PP=2418;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AGTCCCTATCGCAGGTTTCCC;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=104;TCR=106;TR=157;WE=57215685;WS=57215667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,235:0.74:317
chr4	57219523	rs6554347	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TATGAATACAATTAGTATTAT;SOR=2.670;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=12;WE=57219531;WS=57219513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr4	57219592	rs6554348	G	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=336;ReadPosRankSum=-0.093;SC=ATGGTAGAGAGTCGATCAATA;SOR=0.724;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=26;WE=57219600;WS=57219582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr4	57237683	rs6554354	G	A	3474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1349;ReadPosRankSum=-1.123;SC=GCAACTTGACGGAAGTTGGTA;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=83;WE=57237691;WS=57237673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,156:0.80:194
chr4	57269363	rs35136233	TA	T	2653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.489;NF=18;NR=26;PP=1592;ReadPosRankSum=-2.376;SC=TGGAATTAATTAAATAATTGA;SOR=0.871;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=44;WE=57269371;WS=57269353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,88:0.82:107
chr4	57269591	rs34121369	T	TA	1580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.820;SC=AAGAGAAGTTTAATCATCAGA;SOR=1.241;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=27;WE=57269599;WS=57269581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr4	57269646	rs112538106	A	AAAAG	1366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=469;ReadPosRankSum=0.726;SC=AACCATAATGAAAATAAGGCA;SOR=1.022;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=12;WE=57269654;WS=57269636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr4	57270197	rs7661712	T	C	531.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5443;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=247;ReadPosRankSum=2.268;SC=AGACTGGTACTAGTCCCTAGC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=18;WE=57270205;WS=57270187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr4	57273766	.	G	A	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=29;PP=1392;ReadPosRankSum=1.658;SC=TTACAGGCATGAACCACCGCA;SOR=1.028;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=87;WE=57273774;WS=57273756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,122:0.76:160
chr4	57273840	rs11538098	C	G	5770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=2145;ReadPosRankSum=-1.459;SC=ATGTTGGCACCGAACTCCCAT;SOR=0.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=105;TCR=92;TR=147;WE=57273848;WS=57273830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,274:0.76:360
chr4	57276619	rs2139512	G	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=52;SC=AACCAGCCATGTGGTTTCCTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=57276627;WS=57276609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr4	57302389	.	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=209;ReadPosRankSum=-1.434;SC=CGCCTCCTTCCCCGCCCAGCG;SOR=1.515;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=15;WE=57302397;WS=57302379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
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chr4	57516468	rs7442219	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=223;ReadPosRankSum=-1.670;SC=AGCAGAAAGAGCACAGCTGTG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=18;WE=57516476;WS=57516458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr4	57516896	rs4371677	G	A	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=938;ReadPosRankSum=-0.734;SC=AGCCAAGCACGGCAGACTATC;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=54;WE=57516904;WS=57516886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,91:0.75:122
chr4	57521972	rs144818228	GGCTCAGCC	G	1528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.817;NF=10;NR=8;PP=2406;ReadPosRankSum=0.446;SC=GCCGCGAGAAGGCTCAGCCCA;SOR=1.666;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=18;WE=57521987;WS=57521962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr4	57522220	rs4626270	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
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chr4	57686821	rs3733303	T	A,TA	534.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,13,14:0.41,0.44:32
chr4	57829891	.	C	T	395.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.99;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr4	57832666	.	G	A	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=3.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=797;ReadPosRankSum=-0.966;SC=ATGAGGTGAGGGAAAGCTAGC;SOR=1.487;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=42;WE=57832674;WS=57832656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,55:0.85:65
chr4	57843320	rs4865167	A	G	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=35;PP=1438;SC=GCTCTGCCCCACAGCCCGAGC;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=57843328;WS=57843310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	57861117	rs1713951	G	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=218;SC=AAAAAAGAAAGAAAGATTTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=57861125;WS=57861107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	57861358	rs2293175	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=299;SC=ATTTTACTCTCTTTTCTCTTC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=57861366;WS=57861351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	57871400	rs41553919	AT	A	207.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.34;NF=5;NR=1;PP=179;SC=TTTTATTTAAATTGTCTGATA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=57871408;WS=57871390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	57871750	.	T	TTC	708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr4	57876955	rs1718878	G	A	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=232;SC=CCTTGATGGCGTATATTTCAG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=57876963;WS=57876945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	57881715	rs1713982	G	A	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	57883175	rs1718866	G	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=11;PP=614;SC=TAAAATACTTGAGGAAGTAGA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=57883183;WS=57883165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	57886946	rs1718831	T	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=564;SC=GCAGTTACCATGATAACAAAC;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=57886954;WS=57886936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	57888510	rs1718830	T	C	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=38;PP=861;SC=TGCCTGCCCCTGTCCTCCTCT;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=57888518;WS=57888500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	57889332	rs1718862	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=289;SC=TTCTGTGTGGGCTGTAGTATT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=57889340;WS=57889331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	57891239	rs6843644	G	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=262;SC=CTGAAACAATGTAACCTTTTA;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=57891247;WS=57891229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	57897570	rs12621	G	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=14;PP=325;SC=TGAATTGGCAGGTAGTTGAGT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=57897578;WS=57897560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	57976487	rs11573021	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr4	62445190	rs73215849	G	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	62449316	rs3075153	GTA	G	2014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=15;PP=1435;SC=TTCACTAGCTGTATGTTTGAT;SOR=1.464;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=31;WE=62449325;WS=62449306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	62542606	.	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr4	62542879	rs1391319	G	C	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=111;SC=ATATGAATACGTGTTCTAACA;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=62542887;WS=62542869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	62598689	rs10434219	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=220;ReadPosRankSum=0.972;SC=AGCTCCCTCACAGGGTGGATG;SOR=0.841;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=25;WE=62598697;WS=62598679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,33:0.22:151
chr4	62599289	rs9312082	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=1.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,12:0.17:69
chr4	62599304	.	G	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.663;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=865;ReadPosRankSum=1.138;SC=ACTCTTTGGGGAAATATTTAC;SOR=1.044;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=43;WE=62599312;WS=62599294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,43:0.84:51
chr4	62758251	rs7691112	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=430;ReadPosRankSum=-1.944;SC=ATCAGGTTGAAGACTTCTAGA;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=19;WE=62758259;WS=62758241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr4	62778315	rs12503398	A	G	401.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=235;ReadPosRankSum=2.066;SC=TTTCTTCTGAAAAGTAGTGAA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=62778323;WS=62778305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr4	62800554	rs2305339	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.249;SOR=1.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr4	62800728	rs734644	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=1.196;SC=TCAGGGAGAATACAGACAATA;SOR=1.113;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=11;WE=62800736;WS=62800718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr4	62845388	rs1397547	G	C	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=28;PP=1209;SC=GCTTTTTCCGGGGGCTCCAGA;SOR=1.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=62845396;WS=62845378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	62845490	rs1397548	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,45:0.24:187
chr4	62936234	.	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,49:0.20:248
chr4	65146711	rs1483709	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr4	65147299	rs61736172	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GAAAGTAAAATGTCAATGATG;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=14;WE=65147307;WS=65147289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr4	65165661	rs11935568	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=1.176;SC=AAATTAGAGCGTGAATAGCAA;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=10;WE=65165669;WS=65165651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr4	65180291	.	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=213;SC=CTAGTTCATCCCCTCCTTAAC;SOR=2.494;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=13;WE=65180299;WS=65180281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	65180308	rs372504807	GGTGT	G	405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.88;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	65240750	rs6551826	T	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=46;SC=AAAGAAATATTAAGCAAACTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=65240758;WS=65240740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	65240805	rs6551827	A	T	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	65241100	rs13117957	T	G	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=51;SC=AAGCTTGAAATGTTGCAATCA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=65241108;WS=65241090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	66197804	rs7349683	C	T	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=73;PP=2268;SC=ATCTGTAGGCCCCAGATCCTA;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=118;WE=66197812;WS=66197794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	66214043	rs2290254	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=19;PP=454;SC=GTTTGACAGCGCGCAGTGTCT;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=66214051;WS=66214033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	66218728	rs3792649	C	T	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	66218980	.	G	GAAAT	34	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=34;QD=58.0192521865;SC=TTTATTAAATGAAAGATATTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=66218988;WS=66218970;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr4	66231707	.	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,28:0.21:136
chr4	66233029	rs2198104	A	G	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=17;PP=1231;SC=ATAACAATAAAGTGTCCCCTA;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=66233037;WS=66233019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	66280171	rs2305351	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,28:0.22:128
chr4	66286088	rs6551921	G	A	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=103;SC=TCTTCTGCAAGTTGGATAATT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=66286108;WS=66286078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	66286100	rs6551922	T	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=193;SC=TGGATAATTGTAGTTGCTAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=66286108;WS=66286078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	66286414	rs6551923	T	C	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=83;SC=ATTTTAGTTTTTCTATATAAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=66286422;WS=66286404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	66468046	rs5858973	TA	T	429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=19;PP=408;SC=AATAGAAAGATAAAAAAAATT;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=66468054;WS=66468036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	66509194	rs4343775	T	C	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=36;PP=1169;SC=TTATCATGAATATTGTATCTC;SOR=1.211;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=58;WE=66509202;WS=66509184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	67142620	rs73239138	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=0.615;SC=GGACTGAGCCGTGCTACTGGC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=15;WE=67142628;WS=67142610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr4	68214260	.	C	G	256	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=54;MMLQ=21;MQ=56.92;NF=7;NR=0;PP=256;QD=41.5387446496;SC=AAGAAAAACACAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=68214289;WS=68214252;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr4	68214270	.	G	GAGGA	253.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQRankSum=-0.319;QD=31.73;ReadPosRankSum=0.489;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr4	68357814	rs1497430	A	G	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=113;SC=GAGAAAGGGAAAGTAGACAGG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=68357822;WS=68357804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	68359499	rs41278557	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.303;SC=ATTTGGGGGGGTGATGATTAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=68359507;WS=68359489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	68360694	rs2632453	T	C	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=45;SC=AATAGACTAATTCAAGTGGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=68360702;WS=68360684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	68360955	rs2646282	A	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=317;SC=AGATAATATCATAAGAAATGA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=68360963;WS=68360945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	68374597	rs1056789	C	T	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.15;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,60:0.83:72
chr4	68374925	.	TACACACAC	T	74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.9999;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=74;QD=38.5;SC=CATATACACATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=68374940;WS=68374915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr4	68376708	rs190255	T	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=744;ReadPosRankSum=1.043;SC=TGTTTATGTATTCATCTGCCA;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=50;WE=68376716;WS=68376698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,69:0.76:91
chr4	68380215	rs11250	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=397;ReadPosRankSum=-1.675;SC=CTACCTTGAAGGAGTGCAGTG;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=24;WE=68380223;WS=68380205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr4	68384008	rs355510	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	68384861	rs355507	G	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=56;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AATATAACAAGATTGAATTAC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=68384869;WS=68384851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	68396525	rs355477	G	C	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=602;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CATGGAGATGGCACCAACCTG;SOR=0.459;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=39;WE=68396533;WS=68396515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr4	68406626	rs3836713	TATTA	T	1432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=816;ReadPosRankSum=2.108;SC=CTGCATTTGATATTAATTACC;SOR=0.763;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=18;WE=68406637;WS=68406616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr4	68416393	rs11436062	T	TA	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr4	68416639	.	GTTGTTTTGTTTTGTT	G	1817	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=61.07;NF=1;NR=5;PP=1817;QD=304.333333333;SC=AAAAGTAAGAGTTGTTTTGTT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=68416661;WS=68416629;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,6:0.67:9
chr4	68436883	rs13111555	T	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=16;PP=564;SC=AGTAAGTAAATATGTTGAGCT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=68436891;WS=68436873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	68441091	rs2306810	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=9.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=0.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr4	68442968	rs11556614	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=1.163;SC=TCATTCTTACAGTAACAGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=10;WE=68442976;WS=68442958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr4	68447200	rs2242331	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=2.118;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,43:0.20:211
chr4	68447249	rs2242330	A	G	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TTCTAATTATAAAGGAGAGTT;SOR=0.991;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=60;WE=68447257;WS=68447239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,79:0.76:104
chr4	68458937	rs3816821	G	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-0.728;SC=CTATACTTATGCAGGTGATGC;SOR=1.022;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=68458945;WS=68458927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr4	68496080	rs354866	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=239;SC=ATCAAAAAGAGTGATTCTTAT;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=68496088;WS=68496070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	68562379	.	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5126;FS=1.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=303;ReadPosRankSum=0.860;SC=AATGCATCATCGATTTCCACA;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=19;WE=68562387;WS=68562369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr4	68700956	rs6824984	A	G	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TGGGGTTGGGAGGTGGTCCTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=68700964;WS=68700946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	68777054	rs12646286	C	T	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=961;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TAACTTTTATCGTGAATTAGA;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=60;WE=68777062;WS=68777044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,95:0.77:124
chr4	68780253	rs1371933	G	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=577;ReadPosRankSum=0.126;SC=AATATATTCTGAGCCAGATAC;SOR=0.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=38;WE=68780261;WS=68780243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,60:0.83:72
chr4	68780399	rs1371932	A	G	3165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.279;SC=TGCAGACATCATCACTTATGA;SOR=0.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=62;TCR=67;TR=82;WE=68780417;WS=68780389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,154:0.69:223
chr4	68780427	rs150048717	C	T	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.914;SC=TCTGGCTTCTCGGAGATCATT;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=77;WE=68780435;WS=68780417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,125:0.68:185
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chr4	68810346	rs139010197	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=0.483;SC=ATAGTACTCCTTTTTTTGGTC;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=68810354;WS=68810336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr4	68812251	.	G	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.827;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,23:0.16:142
chr4	68812283	rs11930532	C	T	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=42;PP=1427;SC=TGCCAAATCCCACTGTCCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=82;WE=68812291;WS=68812273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	68812444	rs34591422	T	TAA	208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	68829207	rs6552134	G	A	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=38;PP=1131;SC=AGAAGTCTACGGCTCAAAGAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=68829215;WS=68829197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	68904637	rs6552141	A	C	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=52;PP=2349;SC=GTCATCTCAAACCTCACAAAA;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=120;WE=68904645;WS=68904627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	68904834	rs9999589	T	G	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=40;PP=1389;SC=TTGACAACCTTTTTATTGACA;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=68904842;WS=68904824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	68919617	rs10018943	G	A	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=13;PP=737;SC=TAACTCATGGGCAATCCACAC;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=68919625;WS=68919607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	68928740	rs1837215	G	A	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=35;PP=1081;SC=TTTCTGACACGCTCATTTGGG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=68928748;WS=68928730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	68934306	rs10004522	G	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=345;SC=ACTGTGAAAAGAAGGCTCACA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=68934314;WS=68934296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	68937943	rs61052562	A	AT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	68937944	.	A	ATAT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	68937946	.	A	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	68937948	rs59550028	A	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	68956422	rs57121360	T	A	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=16;PP=451;SC=GTCCCCTACGTCTTGCCCACA;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=68956430;WS=68956412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	68956498	rs13115830	C	T	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=159;SC=GAAGACACTTCTCAAATACTC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=68956506;WS=68956488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	69057073	rs4860284	G	A	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=8;PP=394;SC=TCAAATTCCAGTACTTATATT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=69057081;WS=69057063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	69078113	rs4463136	T	C	4661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr4	69083563	rs10008636	C	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=206;SC=GGGAGTCATACTGGGGAGATA;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=14;WE=69083571;WS=69083553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	69094507	rs2319797	T	A	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=21;PP=641;SC=CATAACATTGTATCAGTCACA;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=69094515;WS=69094497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	69094575	rs2319796	T	G	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=314;SC=CTTCAAAAAGTCTTCTTGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=69094583;WS=69094565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	69094926	rs63181060	TTAAA	T	401.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=381;SC=GATTGATTGATTAAATAGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=69094937;WS=69094916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	69095197	rs12331141	T	C	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=22;PP=648;SC=TTTACTACAATTCCAAAGTTG;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=69095205;WS=69095187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	69095235	.	C	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATTATTTTTCCTAGAGGACAC;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=17;WE=69095243;WS=69095225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr4	69096810	rs10024748	G	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=189;SC=CTATGTGATTGTAAATTTCAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=69096818;WS=69096800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	69097150	rs5859125	TA	T	386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=9;PP=231;SC=TTACGCATTATAAAAAAATAT;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=69097158;WS=69097140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr4	70346711	rs28679647	G	C	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=32;PP=980;SC=AATCCCAGCAGTTTCCGAGGT;SOR=0.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=55;WE=70346719;WS=70346701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	70352266	rs1826690	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=344;ReadPosRankSum=0.370;SC=TTTCATGATAACTATTAACAC;SOR=1.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=20;WE=70352274;WS=70352256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr4	70355211	rs1845555	T	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=352;SC=TTTCTTCTGATGTGTTACTGA;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=70355219;WS=70355201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	70360752	rs13104687	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,23:0.19:123
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chr4	70391454	rs11732996	G	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=-0.793;SC=ACATTATGATGTAGTCCCTGT;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=33;WE=70391462;WS=70391444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr4	70391536	rs66653481	C	T	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=345;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GAAAGGGCTCCAGGCTGGGCG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=22;WE=70391544;WS=70391526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr4	70391561	rs68096061	G	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5024;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GGCTCACACCGTTAATCCCAG;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=15;WE=70391569;WS=70391551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr4	70455478	rs2288741	G	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=269;SC=ATAGTTACGTGGAGAAAATAT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=70455486;WS=70455468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	70460328	rs4148304	C	T	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=989;ReadPosRankSum=1.524;SC=AACATGGGAACTCCCACCATA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=74;WE=70460336;WS=70460318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,94:0.78:120
chr4	70501545	rs28560191	C	A	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr4	70599073	rs1847366	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=442;ReadPosRankSum=2.989;SC=CAAATATCAACCCTTTTACAG;SOR=1.371;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=32;WE=70599081;WS=70599063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr4	70615308	rs1503723	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TACGTACAACGTGAGTGGGTA;SOR=1.426;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=9;WE=70615316;WS=70615298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr4	70620708	rs2134668	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=5.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=405;ReadPosRankSum=2.407;SC=ATTTAGAATGGTAATGATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=20;WE=70620716;WS=70620698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr4	70707945	rs1220724	A	G	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=173;SC=CTCAATTTTAAGAATCAAATG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=70707953;WS=70707935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	70802218	rs962689	T	C	699.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,34:0.87:39
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chr4	70807747	rs62305467	T	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=-1.307;SC=TAAAACAGAATGTTTTCTCCT;SOR=0.495;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=14;WE=70807755;WS=70807737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
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chr4	70811806	rs1237375	T	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=1.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr4	70865621	rs17698678	G	A	69.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	70898953	rs1136515	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,19:0.23:82
chr4	70899037	rs776852	T	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=0.122;SC=AAGGAAAAATTAAAAAAAAGC;SOR=1.473;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=10;WE=70899045;WS=70899027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
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chr4	70934964	rs4694266	A	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=347;SC=CTTTTAGTCTATGATCAATGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=70934972;WS=70934954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	70936305	rs17644242	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.6876;FS=1.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=292;ReadPosRankSum=-1.343;SC=ATTGCTTGAACGTATGGGGAG;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=19;WE=70936313;WS=70936295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr4	70944452	rs1399812	G	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	70947318	rs2063819	C	T	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	70947376	rs2063820	T	A	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=34;PP=936;SC=AAATGAAATTTAAAAAAGAAT;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=70947384;WS=70947366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	70948533	rs7675265	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=172;SC=TTAAATACTTTAGATAAATTC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=70948541;WS=70948523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	71008313	rs777398	G	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=458;SC=ATAGTTATCTGTTGTGCTAAA;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=71008321;WS=71008303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	71008375	rs777399	T	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=173;SC=CAAGTAGAAGTTGAAACAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=71008383;WS=71008365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	71009033	rs777400	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=206;SC=TCATATTTTCATTTATAAAGT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=71009041;WS=71009023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	71020205	rs1709273	C	G	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=310;SC=TGTTTATAGGCATTTGTGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=71020213;WS=71020195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	71021888	rs1709274	C	T	47.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	71024010	rs111347259	T	TACAA	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=396;SC=ACAGGACAAATACAATCAACT;SOR=2.448;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=71024018;WS=71024000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	71027213	rs62305548	G	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=418;ReadPosRankSum=1.751;SC=TCTCAGAGAAGAAAGGTTATT;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=32;WE=71027221;WS=71027203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr4	71062256	rs3756132	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.7346;FS=2.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=-0.076;SC=ATATATCATACGAAAATGAAA;SOR=2.303;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=71062264;WS=71062246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr4	71062342	rs3756131	C	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.71;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,47:0.84:56
chr4	71062426	rs17704351	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=2.140;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,42:0.84:50
chr4	71063964	rs2306445	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=1.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-0.119;SC=AAATAGGCAGGGGTTTTTGAA;SOR=1.493;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=13;WE=71063972;WS=71063954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr4	71064240	.	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=442;ReadPosRankSum=-1.263;SC=GCAGCTCAGGGATTTTTAAAT;SOR=0.394;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=26;WE=71064248;WS=71064230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr4	71065943	rs34093806	GA	G	217.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=2.115;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr4	71066455	.	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr4	71067010	rs62307377	T	C	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	71067317	rs4694273	C	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=166;SC=TGACCAGGAGCGCACCTCTAA;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=71067325;WS=71067307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	71068489	rs3196714	T	C	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=1286;ReadPosRankSum=-1.590;SC=GGAGAAGAGATACCATATTTA;SOR=0.645;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=71;WE=71068497;WS=71068479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,97:0.76:127
chr4	71069004	rs3775757	G	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-3.117;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr4	71110488	rs41292331	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr4	71110505	rs140888032	AT	A	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=9.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr4	71110639	rs13103289	G	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=10;PP=264;SC=AGAAAATTTTGTTTAAGGGCT;SOR=0.850;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=71110647;WS=71110629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr4	71114702	rs57550378	A	AT	422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=313;ReadPosRankSum=-1.582;SC=TGTATAATTTATTTTTTTTGC;SOR=1.802;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=15;WE=71114710;WS=71114692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr4	71115053	rs3775740	T	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,64:0.18:358
chr4	71115060	rs3775739	G	A	6335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.812;SC=ACCTACACCAGCTCCTGCCAC;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=226;TCF=102;TCR=124;TR=182;WE=71115068;WS=71115043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,282:0.83:341
chr4	71115152	rs3775738	T	C	6587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=98;PP=2965;SC=CAACCACAGTTGCAGTTACTC;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=170;WE=71115160;WS=71115142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr4	71115243	rs3775737	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,18:0.17:104
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chr4	71201943	rs13039	A	G	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=848;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TTCATGATTTAAAAGCAACAA;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=50;WE=71201951;WS=71201933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,70:0.67:105
chr4	71227802	rs1842478	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQRankSum=-0.889;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,13:0.20:66
chr4	71227998	rs1842477	A	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr4	71228001	rs1842476	G	A	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.53;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	71232388	rs10031844	G	A	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=2.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,92:0.27:339
chr4	71232430	rs10024123	T	C	15173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=25.98;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr4	71232524	.	C	T	16554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DP=990;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CCCTATGGTCCAGGGAGAATC;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=533;TCF=274;TCR=259;TR=399;WE=71232532;WS=71232514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,744:0.76:978
chr4	71232701	rs6853742	C	T	6059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=1.133;SC=CTCCCTACTCCTGCACCCTAA;SOR=0.725;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=237;TCF=75;TCR=162;TR=178;WE=71232709;WS=71232691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,266:0.74:361
chr4	71232742	rs3775732	C	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,60:0.19:308
chr4	71250308	rs2233586	T	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.50;QD=23.96;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	71250399	rs7676909	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=370;SC=ATTAATCATCAATGAAACACT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=71250407;WS=71250389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	71250456	.	CAT	C	98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MMLQ=23;MQ=62.65;NF=0;NR=3;PP=98;QD=43.0;SC=AATAACCACACATGTCTGATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=71250465;WS=71250446;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	71255368	.	T	C	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=1326;ReadPosRankSum=1.597;SC=TATTTACTTCTTATTTCCACA;SOR=0.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=106;TCR=32;TR=40;WE=71255378;WS=71255358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,46:0.28:167
chr4	71255370	rs7674958	A	T	3099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=23;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.924;SC=TTTACTTCTTATTTCCACAGC;SOR=0.573;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=146;TCF=112;TCR=34;TR=103;WE=71255378;WS=71255358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,132:0.74:179
chr4	71255502	.	C	T	12948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DP=833;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.75;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,601:0.73:822
chr4	71255593	rs2988	G	A	8191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=0.847;SC=TGATGCCCCAGGTTATCCACA;SOR=0.934;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=314;TCF=123;TCR=191;TR=226;WE=71255601;WS=71255583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,362:0.73:494
chr4	71255767	rs3733493	A	G	3974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1588;ReadPosRankSum=0.444;SC=TACTGCTTCTACTACCCAAAA;SOR=0.775;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=59;TCR=83;TR=99;WE=71255775;WS=71255757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,182:0.73:248
chr4	71265172	rs1844635	A	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=116;SC=GGCTGTTGATAATTATGGACT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=71265180;WS=71265162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	71275012	rs1352689	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.367;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=212;ReadPosRankSum=-0.124;SC=AGTAGATATATTAATACATAG;SOR=2.448;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=13;WE=71275020;WS=71275002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr4	71275221	.	C	T	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=45;PP=1597;ReadPosRankSum=0.330;SC=AGACTTAATTCACCACTTTCT;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=106;WE=71275229;WS=71275211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,146:0.78:186
chr4	71339723	rs2306949	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,28:0.13:218
chr4	71339728	rs2306948	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,28:0.12:224
chr4	71339820	.	C	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=5.718;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=42;PP=1018;ReadPosRankSum=-1.182;SC=TAAGTTTTTTCCTTAACTATC;SOR=1.503;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=57;WE=71339828;WS=71339810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,67:0.79:85
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chr4	71384488	rs28674149	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=129;ReadPosRankSum=0.268;SC=AGGTAGCAATCTGAAACATGA;SOR=1.047;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=11;WE=71384496;WS=71384478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr4	71388350	.	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
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chr4	71389578	.	C	T	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1140;ReadPosRankSum=0.525;SC=CTTTCAATCCCCTGCAGGTCT;SOR=0.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=75;WE=71389586;WS=71389568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,129:0.76:170
chr4	71389669	rs3912755	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TTGTTTATATTATTTTAATAC;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=11;WE=71389677;WS=71389659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr4	71459248	rs3924573	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.708;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,19:0.23:84
chr4	71467443	rs71599963	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr4	71467593	rs28538959	A	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=5.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.202;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,18:0.15:121
chr4	71467697	rs79200974	T	C	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=1606;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CTGGTCTTTTTTGGTATTGGA;SOR=0.628;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=61;WE=71467718;WS=71467687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,85:0.86:99
chr4	71468249	rs35870385	A	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.875;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	71468345	rs141384720	CAGG	C	979.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=380;ReadPosRankSum=0.224;SC=ATATAGCTCCCAGGAGTAGAT;SOR=0.765;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=71468355;WS=71468335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr4	71468396	rs35859385	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.849;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr4	71468444	rs145723122	TTTA	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=42;ReadPosRankSum=0.628;SC=TGTTCACTTTTTTATTTTTAT;SOR=0.340;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=6;WE=71468454;WS=71468434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr4	71468583	rs142022847	AT	A	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=330;ReadPosRankSum=-2.019;SC=AGACACTTCTATTTTTTATTT;SOR=0.802;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=12;WE=71468591;WS=71468573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr4	71468611	rs34230455	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=2.950;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr4	71469529	rs7439194	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=361;ReadPosRankSum=0.316;SC=TAACTTTTAACTTTGTCTTGA;SOR=1.721;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=21;WE=71469537;WS=71469519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr4	71469556	rs7439191	C	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=583;ReadPosRankSum=-2.367;SC=AAGAAGGTAGCTGGTTCGTAA;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=39;WE=71469564;WS=71469546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,53:0.80:66
chr4	71469604	rs7439186	C	T	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=935;ReadPosRankSum=1.953;SC=AATGCCCCTGCCAGACTTGGC;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=61;WE=71469612;WS=71469594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,95:0.81:118
chr4	71472426	rs7680880	A	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,33:0.21:157
chr4	71498303	rs144929717	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr4	71500333	.	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=68;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GCCTCGGAGAGATTTGGAGGG;SOR=0.343;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=8;WE=71500341;WS=71500323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr4	71501674	rs139228330	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr4	71509086	rs7671281	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,31:0.20:156
chr4	71509431	rs3796704	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TTTCCTTCACGGAATTCCTGG;SOR=0.286;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=12;WE=71509439;WS=71509421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr4	71510369	rs140345705	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=4.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,52:0.20:260
chr4	71691743	rs6814981	C	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=6;PP=548;SC=AACGCAGAAACACTATATTTT;SOR=2.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=32;WE=71691751;WS=71691733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	71697931	.	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,8:0.15:54
chr4	71698183	rs4694081	C	A	4451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=89;PP=2489;SC=AAGAAAAAACCCAACAGGGAT;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=37;TCR=90;TR=126;WE=71698191;WS=71698173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
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chr4	71705262	rs6813092	A	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=7;PP=198;SC=CGGAGGGCAGAGTAGGACGCG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=71705270;WS=71705252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	71768079	rs1871048	C	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=11;PP=523;SC=CGCCCCCTCCCCCTGCCATTG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=71768087;WS=71768069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr4	71864013	rs6446988	A	G	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=73;SC=CTTTAGGTATATATCTTCATC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=71864021;WS=71864003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	71892513	rs1486271	A	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	71894321	rs35880082	C	CTTTT	400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.43;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	71894563	rs12513202	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.24;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr4	71895260	rs4643786	C	T	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=185;SC=AACTTTTTGACCAGTTTCTTT;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=71895268;WS=71895250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	72316822	rs10022349	C	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=308;SC=ACTCCATCTCCCCATTAGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=14;WE=72316830;WS=72316812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	72397710	rs3775162	C	T	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=320;SC=GTTCTTCATTCAGTTCAAACA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=72397718;WS=72397700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	72397964	rs10446504	T	C	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	72411967	rs4694097	A	G	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=57;SC=CAAGCAAAGCAAGTCAGTTTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=72411975;WS=72411957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	72423624	rs1453474	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,15:0.19:80
chr4	72425863	rs1453458	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,20:0.18:111
chr4	72429452	rs2290397	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-2.037;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr4	72432991	rs965606	A	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=225;SC=CCTAGTTACTATTACAAATAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=72432999;WS=72432981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	72433759	rs1453453	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	72618296	rs9016	T	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=21;PP=852;SC=AAAGTCTGAGTGCTTGTTAAC;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=72618304;WS=72618286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	72618323	rs4588	G	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=230;ReadPosRankSum=0.156;SC=TGCCAGTTCCGTGGGTGTGGC;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=13;WE=72618342;WS=72618313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr4	72618334	rs7041	A	C	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=1140;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TGGGTGTGGCATCAGGCAATT;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=41;WE=72618342;WS=72618313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,66:0.73:91
chr4	72620865	rs71673486	C	CTATTTATT,CTATTTATTTATT	1141.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=12,12;PP=349,107;SC=TATATATTTCCTATTTATTTA;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=12,12;WE=72620873;WS=72620855;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.35,0.65:20
chr4	72622403	rs222033	A	C	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=27;PP=1196;SC=AAAATGGGAAAACGTTTTCAC;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=63;WE=72622411;WS=72622393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	72634975	rs222016	G	A	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=33;PP=1185;SC=TCCATGCTGAGTCAAAGTTAC;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=72;WE=72634983;WS=72634965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	72649605	.	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=189;ReadPosRankSum=0.772;SC=CTTTTTATTTCATTTTTTAAG;SOR=2.337;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=15;WE=72649613;WS=72649595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr4	72897488	.	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.424;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,3:0.14:22
chr4	72897490	.	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,3:0.14:21
chr4	72934539	rs9884712	A	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=255;SC=TAGAATATGAATGCCTGAGGT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=72934547;WS=72934529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	72934578	rs11444220	C	CT	319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.84;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	72934632	rs9884478	C	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	73003649	.	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=288;ReadPosRankSum=1.716;SC=CTCTGCCTATCATGTAGAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=15;WE=73003657;WS=73003639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr4	73148909	.	C	T	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=913;ReadPosRankSum=0.582;SC=ATCTTTCCATCTTTCTTTGAG;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=54;WE=73148917;WS=73148899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,82:0.79:104
chr4	73175093	rs10024487	C	T	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=13;PP=945;SC=AATACTAAATCCATGAGAGAC;SOR=1.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=73175101;WS=73175083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	73414286	rs788908	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,28:0.18:154
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chr4	73933671	rs66478166	ATGTG	A,ATG	1878.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.04;ReadPosRankSum=1.459;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,20,46:0.30,0.69:67
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chr4	73958035	.	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TTGAGAAAAAAAAATTAGGTA;SOR=0.732;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=7;WE=73958043;WS=73958025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr4	73991006	rs6822576	T	C	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=47;PP=1011;SC=CAAGTGTTAGTGCCGTGTCAT;SOR=1.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=73991014;WS=73990996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	74008036	.	C	T	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=4.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=1.719;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,93:0.77:121
chr4	74014809	rs1534450	A	C	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=726;ReadPosRankSum=0.807;SC=AGCACCATTAAAAAAATCTTG;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=37;WE=74014817;WS=74014799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr4	74274864	.	GCA	G	106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=106;QD=27.5;SC=AACCATTTATGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=74274873;WS=74274854;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr4	74280990	.	C	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr4	74285758	rs2236766	G	T	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=13;PP=686;SC=ACTTAAAATTGCCCTTTATGG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=74285766;WS=74285748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	74285823	rs2236767	G	A	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=26;PP=814;SC=GTGAGCTTCCGTCCAGAGATT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=74285831;WS=74285813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	74302800	rs41265655	A	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr4	74302870	rs16849384	T	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=19;PP=655;SC=TTTATTTTGCTTTCCAGCTTC;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=33;WE=74302878;WS=74302860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	74304118	rs6446932	T	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=273;SC=AATGCATTTATATATTTGAAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=74304126;WS=74304108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	74313169	rs7667494	T	C	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	74318177	rs35920062	T	C	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=708;ReadPosRankSum=0.572;SC=TAAACCCTGGTGTTGGCCAGT;SOR=0.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=64;WE=74318185;WS=74318167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,112:0.84:133
chr4	74318330	rs4235117	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=255;SC=CGCTGCAAACAATGAAGCAAG;SOR=1.382;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=74318338;WS=74318320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	74319668	.	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=562;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TTTCTGTAGTGGATAATGAAA;SOR=1.008;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=30;WE=74319676;WS=74319658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr4	74349867	rs11939341	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=-0.273;SC=TATAGCCATTACAATAGATAA;SOR=0.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=6;WE=74349875;WS=74349866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr4	74352916	rs2071098	A	G	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=731;ReadPosRankSum=0.106;SC=CTTACCATATATGATGTTCTC;SOR=0.430;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=45;WE=74352924;WS=74352906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,49:0.80:61
chr4	74354632	rs13107306	T	C	62.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TAAACATTTTTATAAATAAAC;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=74354640;WS=74354622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	74361254	rs10212657	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=135;ReadPosRankSum=0.417;SC=GAAAATGTGATTGGCTAATCT;SOR=0.871;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=12;WE=74361262;WS=74361244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr4	74363282	rs1158101	T	C	112.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=1.383;SC=ACCATAGAAATAAGAAATGCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=74363290;WS=74363272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	74364992	rs67050083	CT	C	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.885;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.267;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
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chr4	74367706	rs1159624	C	T	76.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5157;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CAGAACCCTGCAGGACACTGC;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=74367714;WS=74367696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr4	74453656	rs10019146	G	A	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=60;PP=1663;ReadPosRankSum=0.781;SC=GTCATTCTGAGAAGTAATAAA;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=104;WE=74453664;WS=74453646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,152:0.75:204
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chr4	74458987	rs34169741	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-1.280;SC=CCTGCCTTGGCCTCCCGAAGT;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=6;WE=74458995;WS=74458978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr4	74486052	rs1247591	C	G	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr4	74713950	rs7658970	T	C	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=9;PP=833;SC=AGAGGTACAATTACTGTCAAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=74713958;WS=74713940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	74714098	rs2367288	G	A	6019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=66;PP=2504;SC=ATTCATCCCAGCAACATCATC;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=139;WE=74714106;WS=74714088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
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chr4	74718941	rs941758	C	A	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=11;PP=826;SC=CGCTGTCCACCCCAGGCTTCC;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=74718949;WS=74718931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	74719925	rs11723868	G	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=25;PP=654;SC=TTATATTAACGAAATAAATCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=74719933;WS=74719915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	74736144	rs4074	A	G	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=56;PP=2017;ReadPosRankSum=0.216;SC=TGCATTCGGAAAACTCTAGAG;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=102;WE=74736152;WS=74736134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,190:0.99:192
chr4	74847292	rs352007	G	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=24.97;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	74863997	rs425535	T	C	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=71;PP=2965;SC=GATGAACTCCTTGCGTGGTCT;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=156;WE=74864005;WS=74863987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr4	75023609	rs6840665	T	C	5581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=56;PP=2506;SC=CACTGCACGCTTCCACATCCT;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=125;WE=75023617;WS=75023599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr4	75023709	rs2289443	C	T	7403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=80;PP=2728;SC=CCGCTCTTTACCCCACTCTGC;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=140;WE=75023717;WS=75023699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr4	75040944	rs13116686	T	G	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=45;PP=1890;ReadPosRankSum=-0.816;SC=ACACTATTGATGAAAAACCAT;SOR=0.404;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=100;WE=75040952;WS=75040934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr4	75046310	rs4694183	A	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=455;SC=GTTTCCATGCATCTCATTTGA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=75046318;WS=75046300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	75046372	rs561583	A	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=17;PP=1031;SC=TGGTACTGGGACTGTCACAAG;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=75046380;WS=75046362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	75046465	rs561844	C	G	3700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=39;PP=1516;SC=CAGGCTTGCTCTTTGTCCAGT;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=75046473;WS=75046455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	75107397	rs1246578	A	G	422.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.6759;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=316;ReadPosRankSum=0.204;SC=ACCCGGCACTATATAAGTATT;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=17;WE=75107405;WS=75107387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr4	75147041	.	C	CGTGTGTGTGTGTGT	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=-1.379;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr4	75231244	rs1460006	C	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=10;PP=361;SC=TCTGTCTTCCCCTATGGTGGG;SOR=1.179;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=14;WE=75231252;WS=75231234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	75245343	rs7660209	T	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=393;SC=GATAATTTTTTAAAAAAGGGT;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=75245351;WS=75245333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	75246617	rs4694187	A	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=475;SC=TCTCCTTGACAGATTGGCATC;SOR=3.352;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=19;WE=75246625;WS=75246610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	75248434	rs2367707	A	G	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=39;PP=1447;SC=TAAGCAAAGAATATGTGGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=75248442;WS=75248424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	75248544	rs2367708	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=25;PP=629;SC=TCTGCTTTTACAAATTACTTT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=75248552;WS=75248534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	75482263	rs201229958	A	G	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.87;QD=20.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	75485813	rs78161216	C	T	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.17;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	75719761	rs2278862	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GCCTCCTATTTATCCCCCCTC;SOR=0.610;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=75719769;WS=75719751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr4	75858518	rs75120017	G	C	4848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=45;PP=1898;ReadPosRankSum=-0.433;SC=CCCGGGCTGGGCACCAAATAC;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=115;WE=75858526;WS=75858508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,218:0.81:268
chr4	75937971	rs3822109	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,67:0.18:364
chr4	75938179	rs3775527	G	A	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FS=1.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-2.083;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,138:0.27:512
chr4	75938236	rs1062293	A	G	9661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=166;PP=2965;SC=CTGAGCCAGTACCCCAGGAGA;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=93;TCR=166;TR=259;WE=75938244;WS=75938226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr4	75938373	rs919052	C	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=43;PP=1272;SC=GAGTCTCTATCCAGTCCACTA;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=75938381;WS=75938363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	75971289	rs3733467	C	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=332;ReadPosRankSum=0.882;SC=CCATAAGCATCCCCAGTTCAG;SOR=1.409;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=18;WE=75971297;WS=75971279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr4	75971364	.	C	T	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=694;ReadPosRankSum=-1.782;SC=TCTTCTGTTTCTCCACCAGGC;SOR=0.968;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=44;WE=75971372;WS=75971354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,75:0.62:120
chr4	76415985	rs6833496	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=69;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AGAAGATGCAGGCTAACTGCC;SOR=0.439;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=9;WE=76415993;WS=76415975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr4	76416779	rs2045863	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=-0.397;SC=ACACAAAAAAGTCAAACATCT;SOR=0.891;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=10;WE=76416787;WS=76416769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,17:0.19:88
chr4	76446921	rs112121251	G	GATT	708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=458;ReadPosRankSum=-0.841;SC=CTCACTTGATGATTATTATTA;SOR=1.075;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=11;WE=76446929;WS=76446911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr4	76474866	rs6535531	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.020;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	76474892	rs6535532	A	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr4	76481628	rs62318656	A	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=279;ReadPosRankSum=-0.646;SC=AACAATATCCATCGTTATGGG;SOR=2.584;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=17;WE=76481636;WS=76481618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr4	76489345	rs2306175	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=1.287;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,49:0.18:265
chr4	76525648	rs67518748	AT	A	192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.77;NF=1;NR=7;PP=128;SC=ATAGTCAACGATTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=76525656;WS=76525638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	76584157	rs115156285	A	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.163;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,38:0.20:189
chr4	76584186	rs55747366	G	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,24:0.16:154
chr4	76649924	rs2280095	C	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=11;PP=523;SC=GGGATTGGGGCCCAGGCCCTG;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=76649932;WS=76649914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	76650176	rs7657871	C	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=255;SC=ATGGAGGGGGCATCCACATGC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=76650184;WS=76650166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	76670180	rs3853184	T	C	7598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=86;PP=2965;SC=CTCTTAAATTTAGGTCTTTCC;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=91;TCR=86;TR=176;WE=76670188;WS=76670170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr4	76678576	rs4859552	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=211;SC=TAAAATTGCTAAATAACTAAA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=76678584;WS=76678566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	76691828	rs324715	G	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=8;SC=GATCCACATGGATGTTTCAAG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=76691836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	76695810	rs10588680	TTCTC	T	1789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=12;PP=1108;SC=CCACTAAACATTCTCTTTCTT;SOR=1.347;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=76695821;WS=76695800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	76711200	rs67037358	TA	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.938;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr4	76720885	rs13119659	T	C	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=27;PP=761;SC=ATGTTCCATTTGTATCCTTTA;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=76720893;WS=76720875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	76721414	rs13145290	C	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=5;PP=345;SC=CTTATGGGAACTCTTATGTGA;SOR=1.721;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=76721422;WS=76721404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	76721459	rs4859409	G	A	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=11;PP=750;SC=ATTGCAAAATGTACTAGATAT;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=76721467;WS=76721449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	76721671	.	C	CTT	226	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr4	76721705	rs2271472	C	G	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=22;PP=1007;SC=ATTATGTAGACCAAGCTTTTA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=42;WE=76721713;WS=76721695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	76722041	rs324727	G	A	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=527;SC=AGGTTATATGGTAACTCTAAA;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=76722049;WS=76722031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	76722353	rs324726	G	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	76722422	rs13133472	T	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=16;PP=460;SC=GGGAGCCTTTTTTTCTGACAT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=76722430;WS=76722412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	76725245	rs381067	G	T	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=9;PP=1236;SC=TAATGCTAACGAGTATGACTT;SOR=2.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=55;WE=76725253;WS=76725235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	76726528	rs11733253	T	C	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=37.64;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	76726539	rs11728073	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.40;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	76727576	rs11312984	GT	G	272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=6;PP=206;SC=GTACAGTTCTGTTTTTTTTTC;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=76727584;WS=76727566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	76730004	rs324687	G	C	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=67;SC=GATTTTAAAAGTAGGAGGTTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=76730012;WS=76729994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	76730061	rs324688	T	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=140;SC=CCTTGATGAATTTAATACCAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=76730069;WS=76730051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	76730258	rs324690	T	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=356;SC=GTTGATGTATTATTTCTTAGC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=76730266;WS=76730248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	76730309	rs145662788	CTTTAGATTACTTACTAGCCGG	C	393.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=2179;SC=AGCACCTTCTCTTTAGATTAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=76730337;WS=76730299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	76734343	rs17284996	C	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=8;PP=340;SC=ATATTAAATACGTCTTTTTCC;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=76734351;WS=76734333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	76785716	rs1394913	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.07;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	76785723	rs1394914	A	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	76785736	rs1394915	T	C	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=177;SC=TGTTCCAATATATAATTAACA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=76785744;WS=76785706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	76787673	rs7654738	T	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=918;SC=GAAGCTAGGCTTGCCAGATAA;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=76787681;WS=76787663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	76788692	rs2135234	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=264;SC=GCTCAGTTTTCGAGGGAGAGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=76788700;WS=76788682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	76793228	rs1394916	A	G	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	76793443	.	TTTTC	T	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=64;QD=38.0;SC=CTGGGAATCCTTTTCTTTCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=2;WE=76793454;WS=76793433;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,2:0.15:13
chr4	76794345	rs6858658	T	G	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=51;PP=2069;SC=AGGAATTGCATGTTGTATTTT;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=114;WE=76794353;WS=76794335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	76800729	rs13130621	A	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=545;SC=TTTTTTTGTCAGATTCTTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=30;WE=76800737;WS=76800719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	76800991	rs68095351	A	AT	192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.27;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	76804067	rs4859564	A	G	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=39;PP=1735;SC=GTATTATTTCATTAACCACTA;SOR=1.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=108;WE=76804075;WS=76804057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	76805902	rs1976518	C	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=34;PP=1167;SC=GTTCTGGCGACGGGAGGCCAT;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=67;WE=76805910;WS=76805892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	76805962	rs1976517	G	A	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=27;PP=791;SC=GAAGGAAATAGGAAATCAGGT;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=43;WE=76805970;WS=76805952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	76805978	rs1566975	C	T	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	76809319	rs7691712	A	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=451;SC=CAGGTAGAGCATTCTTCTTTG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=76809327;WS=76809309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	76809386	rs7691755	A	G	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=18;PP=861;SC=TGATCTCCTCACTGTAACAGG;SOR=1.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=76809394;WS=76809376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	76809569	rs2280100	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.676;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=473;ReadPosRankSum=0.317;SC=TAACAACCCCCATCACCTAAG;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=24;WE=76809577;WS=76809559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr4	76812673	rs13116688	C	G	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=99;SC=GCCATTTACTCCTCAGCCCCT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=76812681;WS=76812663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	76836137	rs6823734	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=656;ReadPosRankSum=1.145;SC=TAAATTGTGAAGCTGAAAATT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=38;WE=76836145;WS=76836127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,64:0.80:80
chr4	76838929	rs34444403	TA	T	991.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.670;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.256;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,87:0.78:111
chr4	76841748	rs2280101	A	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=153;ReadPosRankSum=1.559;SC=CTCCCTTCCCAGCCAAGGCAC;SOR=0.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=76841756;WS=76841738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr4	76846755	rs937788	T	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=482;SC=AAGATTTATATGCACTTTGCA;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=25;WE=76846763;WS=76846745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	76857148	rs138725752	AT	A	586.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.47;ReadPosRankSum=0.661;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr4	76857150	rs200169565	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.83;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr4	76857164	rs4859570	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.381;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr4	76857309	rs4859571	C	T	4079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=2.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,188:0.75:251
chr4	76857388	rs4859572	C	T	4788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.50;ReadPosRankSum=0.871;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,128:0.76:168
chr4	76857395	rs4859573	A	G	4495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.58;ReadPosRankSum=2.146;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,110:0.75:147
chr4	76861137	rs6847716	G	C	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=7;PP=968;SC=TACTCCGCGCGGGCTTGGGGC;SOR=2.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=76861145;WS=76861127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	76861859	rs2292533	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.545;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,27:0.23:118
chr4	76877402	rs9790644	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=0.725;SC=CAAGGGCACAGAATGGACAGG;SOR=0.733;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=17;WE=76877410;WS=76877392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr4	76878688	rs2242470	G	A	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.65;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,87:0.83:105
chr4	76878716	rs2242471	G	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,20:0.21:97
chr4	76878956	rs2242473	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,16:0.20:81
chr4	76878982	rs2242474	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.272;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr4	76881401	rs4859577	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=1.658;SC=ACCTTAATCATGAAAGGTAGT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=15;WE=76881409;WS=76881391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr4	76903295	rs10021434	G	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CGATCACATGGAGAAAAAGAT;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=18;WE=76903303;WS=76903285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr4	76911752	rs34740469	G	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.742;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=899;ReadPosRankSum=0.878;SC=GGCATGTCCCGTCCCCAACCC;SOR=1.364;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=52;WE=76911760;WS=76911742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr4	76926197	.	A	AT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr4	76928428	rs2276886	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=693;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TTATGACTGACCAAATATTAC;SOR=0.418;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=41;WE=76928436;WS=76928418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr4	76942943	rs3921	C	G	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=627;ReadPosRankSum=-1.960;SC=TGGTGACCATCATTGGTCACC;SOR=1.063;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=35;WE=76942951;WS=76942933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,51:0.71:72
chr4	76943137	rs4859584	G	C	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=866;ReadPosRankSum=1.230;SC=AAGTGTGATAGTCTGACTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=56;WE=76943145;WS=76943127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,76:0.76:100
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chr4	76943677	rs4859588	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=-1.367;SC=GGCATACGCAGTTCTGAAGTC;SOR=0.105;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=24;WE=76943685;WS=76943667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
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chr4	76997157	rs10674212	G	GT	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr4	77003594	.	G	A	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=793;ReadPosRankSum=-1.282;SC=CTCTGAATGAGGTTTTTCAAG;SOR=0.618;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=51;WE=77003602;WS=77003584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,71:0.81:88
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chr4	77189984	rs1876538	T	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=21;PP=673;SC=AGTGGTAATATTTAAACCTAC;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=77189992;WS=77189974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	77190069	rs1876539	C	T	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=127;SC=TCCTCAAAGTCGTAAAGGAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=77190077;WS=77190059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	77192688	rs3733253	G	T	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	77192868	rs3733250	G	A	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=49;PP=1421;SC=TAAACTGCAGGAGACAGAGTT;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=77;WE=77192876;WS=77192858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	77199414	rs964051	C	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=24;PP=640;SC=ATCTGAGCTTCAGATGATCAC;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=77199422;WS=77199404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	77201332	rs1036787	G	A	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	77201487	rs1036788	C	T	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=24;PP=925;SC=GGCTACAGGACGCCACGTGTG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=77201495;WS=77201477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	77204500	rs1542096	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=295;SC=GTTTTGTTTGCCAATCTAATG;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=77204508;WS=77204490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	77204598	rs375654215	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr4	77244336	.	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr4	77274242	rs12504985	T	C	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=20;PP=1477;SC=ACTATTTAGTTGATAATTACT;SOR=1.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=72;WE=77274250;WS=77274232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	77276660	.	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=268;ReadPosRankSum=1.870;SC=TTTGATGGTTAAACTTTATGA;SOR=0.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=23;WE=77276668;WS=77276650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr4	77289047	rs5859510	CT	C	74.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=10.68;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	77290561	rs72657825	G	A	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=503;SC=CGATGGCACAGCCTGTGCAGG;SOR=3.334;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=77290569;WS=77290551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	77296600	rs1876535	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=14;PP=804;SC=TGGCGGTGCATTGGCAGAACT;SOR=1.117;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=77296608;WS=77296590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	77303898	rs6844174	C	T	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=19;PP=561;SC=TGGTGATTGTCATTTGATACA;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=77303906;WS=77303888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	77317509	.	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=1.872;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,17:0.14:123
chr4	77476725	.	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=181;ReadPosRankSum=0.059;SC=CCAGGGGAAAGCTCACTCGTG;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=13;WE=77476733;WS=77476715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr4	77494534	rs71212430	CAAT	C	117	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=95;SC=TGCTGGTTGGCAATAATAATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=77494547;WS=77494524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr4	77871016	rs873090	T	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=234;SC=GGAGTCGGCGTAAAGCACCCG;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=77871024;WS=77871006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	77871187	rs141562324	C	CGCG	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=248;SC=TGCTCGGCCCCGCGGCGGCGG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=77871195;WS=77871177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	77916865	rs6532758	G	A	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	77917194	rs7356354	A	G	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=155;SC=TTTTTTCACTATGAGTTGACA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=77917202;WS=77917184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	77917458	rs7685131	A	G	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=870;SC=GCAGCTGTGGAGGGTCTCCTT;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=37;WE=77917474;WS=77917448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	77940160	rs3816965	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TTGGTTATAAGGGGGGTGGGA;SOR=0.120;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=77940168;WS=77940150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr4	77976617	rs11378505	C	CT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr4	77987351	rs4241602	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=464;SC=GTATGGCAGTAGTATGTTTAT;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=77987359;WS=77987341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	78081744	rs28648488	G	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.267;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr4	78532189	.	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,28:0.17:169
chr4	78669454	rs6855336	A	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=261;SC=AAGGAAGAATAAGAAAAACTA;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=78669462;WS=78669444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	78697552	rs34417165	T	TA	208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=-2.362;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr4	78740066	rs6811439	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=222;SC=CCAGCCCCGCTGCCGCGCGTG;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=78740074;WS=78740056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	78740132	rs6828302	G	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	78740203	.	G	GACACACACACAC	924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=51.37;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	78815272	.	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-2.245;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr4	78830272	rs10551874	AAC	A	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=1;PP=157;SC=AATGAATGTGAACACCAGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=78830281;WS=78830262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	78870940	rs4859513	T	A	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=25;PP=1057;SC=ATGTATATTATTTTCTTTCAG;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=78870948;WS=78870930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	78979141	rs34237418	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.915;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.634;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,21:0.22:96
chr4	78979257	rs71661147	C	CGTGT	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.691;NF=0;NR=12;PP=326;ReadPosRankSum=1.023;SC=AGCGGTGCCGCGTGTGTGTGT;SOR=1.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=12;WE=78979266;WS=78979247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr4	78987157	rs4859905	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=1.038;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,21:0.14:150
chr4	79103059	.	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=2.463;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=0.723;SC=GCCCCAGGGCCCCCAACGCCA;SOR=1.206;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=79103067;WS=79103049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr4	79173515	rs34015316	C	CT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,23:0.18:130
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chr4	79187832	rs2008587	G	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=296;SC=TTTTCATAGAGGCTATTCCTA;SOR=2.448;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=79187840;WS=79187822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	79188160	rs2008786	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=551;ReadPosRankSum=0.464;SC=CTTCTTATTCCGGTGTGTCCT;SOR=0.352;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=21;WE=79188169;WS=79188150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr4	79188161	rs2198635	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TTCTTATTCCGGTGTGTCCTT;SOR=1.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=4;WE=79188169;WS=79188150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr4	79202779	rs34535077	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-0.401;SC=TCTTTAGCCAGTTGTTTTATG;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=6;WE=79202787;WS=79202769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr4	79204209	rs1378236	C	T	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=12;PP=343;SC=TGCTTCTTTTCATTTTTATTT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=79204217;WS=79204199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	79205538	.	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=552;ReadPosRankSum=-0.515;SC=GAGTTCTCCCCTTCTTTGTCC;SOR=0.843;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=37;WE=79205546;WS=79205528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,67:0.74:90
chr4	79205699	rs12504081	T	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-1.395;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr4	79205747	rs6815945	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=37;ReadPosRankSum=1.141;SC=TGTGTGGGAGATAGACTCATC;SOR=0.404;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=6;WE=79205755;WS=79205737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr4	79238448	rs345515	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr4	79238496	rs17457087	G	A	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=878;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GTCCCATGGCGTTCTCCCTCT;SOR=0.673;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=59;WE=79238504;WS=79238486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,97:0.77:126
chr4	79238649	rs345514	T	C	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=44;PP=1033;SC=ACTCTGACCATGGAGTCTGCA;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=79238657;WS=79238639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	79240063	rs345513	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,25:0.23:109
chr4	79240196	rs11727404	C	G	433.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=268;ReadPosRankSum=-0.301;SC=CTTGAGAGATCCTGTGAGGTG;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=15;WE=79240204;WS=79240186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr4	79240473	rs345511	C	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=438;SC=ATTTATTATTCCTTCTAATTT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=79240481;WS=79240463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	79258775	rs10010238	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,11:0.17:64
chr4	79258862	rs396790	G	T	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.6027;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=683;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GTCATGGGCCGTTGGAGTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=43;WE=79258870;WS=79258852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,74:0.86:86
chr4	79295156	rs7687731	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=0.728;SC=TCCTTTGCCCAGTACACTAGG;SOR=0.593;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=79295164;WS=79295146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr4	79295322	rs17459809	G	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.11;MQRankSum=0.718;NF=12;NR=16;PP=443;ReadPosRankSum=-1.001;SC=CGCTGCAAAGGGCCATTTCTC;SOR=0.756;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=28;WE=79295330;WS=79295312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,64:0.67:95
chr4	79295378	rs114077522	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.693;NF=14;NR=16;PP=403;ReadPosRankSum=-1.315;SC=GGGGTACTTTGCAGATCATGC;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=30;WE=79295386;WS=79295368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr4	79295418	rs34889042	C	CTG	1351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.811;NF=4;NR=12;PP=715;ReadPosRankSum=1.482;SC=AACTTGGAGACTGCTGATTAT;SOR=0.598;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=16;WE=79295426;WS=79295408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr4	79297117	rs11098162	A	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,17:0.20:87
chr4	79339950	rs12649596	G	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr4	79345650	rs1471752	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr4	79350200	.	C	CTGTGTG,CTGTGTGTG	1780.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=8,8;NR=16,16;PP=62,468;SC=GTGCGTGTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=24,24;WE=79350208;WS=79350190;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.42,0.58:48
chr4	79359615	.	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.213;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,13:0.18:72
chr4	79359885	rs2170899	T	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr4	79366655	rs3749489	G	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.522;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,26:0.16:159
chr4	79372856	rs10026662	A	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=24;PP=1312;SC=AATTGAATTCACACCTCTTGC;SOR=1.157;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=72;WE=79372864;WS=79372846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	79372930	rs753752	C	T	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=48;PP=1684;SC=TTATAGGCCACGTAGAATATA;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=104;WE=79372938;WS=79372920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
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chr4	79385632	rs13123710	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,27:0.25:106
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chr4	79385803	rs11933507	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-1.408;SC=CAGCTATCACGTTGCAGCTGT;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=79385811;WS=79385793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr4	79387442	rs7660664	C	T	4989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=56;PP=1809;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AGCATTTCCACCTCACCTCCA;SOR=0.754;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=184;TCF=96;TCR=88;TR=122;WE=79387450;WS=79387432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,235:0.66:357
chr4	79387464	rs7684722	A	G	8871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr4	79391020	rs7681619	C	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=3;PP=783;SC=TTGCCCATCCCTCATCTCTGA;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=79391028;WS=79391010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	79391036	rs1496602	T	C	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=9;PP=987;SC=TCTGAAGTGTTAGCAGACTTC;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=41;WE=79391044;WS=79391026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	79391256	rs7664505	T	C	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=54;PP=1678;SC=GTAAGGCCTGTCCCTCTGTCA;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=82;WE=79391264;WS=79391246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	79391427	rs11728668	T	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=1.465;SC=GTAGGATCGGTTACGATTGTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=79391435;WS=79391417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	79400868	rs11098194	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr4	79403146	rs34505482	A	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=111;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GAGACTCCACAAAGTTGACAG;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=13;WE=79403154;WS=79403136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr4	79409997	rs1496603	T	C	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=2;PP=147;SC=CTTCCACTAATGGTGCGTCTG;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=79410005;WS=79409987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	79420864	rs7677541	T	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.99;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,18:0.95:19
chr4	79420869	rs76630865	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.22;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,16:0.94:17
chr4	79420870	rs7695038	C	G	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.14;ReadPosRankSum=1.417;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr4	79437155	rs3749487	C	T	3402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=54;PP=1365;ReadPosRankSum=0.062;SC=GCTCTGTAACCGCTGACTTCC;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=99;WE=79437163;WS=79437145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,156:0.78:199
chr4	79440425	rs2903471	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=0.103;SC=GATGTGGTGATAGTATGTCTT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=79440433;WS=79440415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr4	79440573	.	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,20:0.18:111
chr4	79442873	rs17470769	C	T	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	79443774	rs931604	T	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	79443850	rs931606	G	A	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=547;ReadPosRankSum=0.795;SC=GAAATCTTTCGTATTGACTCC;SOR=0.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=40;WE=79443858;WS=79443840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,87:0.79:110
chr4	79444029	rs1496598	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=334;ReadPosRankSum=2.179;SC=CAGGAGCTTGGGAAATAGTGC;SOR=0.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=22;WE=79444037;WS=79444019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr4	79455714	rs4975070	C	G	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=841;ReadPosRankSum=0.846;SC=TAATGGATCCCAATACATCTG;SOR=0.920;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=54;WE=79455722;WS=79455704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,76:0.68:112
chr4	79455733	rs4975139	C	T	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=823;ReadPosRankSum=0.806;SC=TGATATGTCACTAGCAGAAAT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=51;WE=79455741;WS=79455723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,67:0.66:101
chr4	79455858	rs4975140	T	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=329;SC=TCTGCTCATATGCTCTCAGTC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=79455866;WS=79455848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	79460375	rs3749486	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=2.133;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr4	79460647	rs10591745	GA	G	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.891;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
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chr4	79503402	rs5946	A	G	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=617;ReadPosRankSum=-1.412;SC=TAGTGACTCCACCAGCAGTCT;SOR=0.762;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=42;WE=79503410;WS=79503392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,79:0.71:112
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chr4	80990704	rs116760692	A	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=2.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=313;ReadPosRankSum=-1.510;SC=TTTTAAAAAGAAATATTGATA;SOR=0.190;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=20;WE=80990712;WS=80990694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr4	81123013	rs141824276	CGT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.910;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr4	81207508	.	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-2.351;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,23:0.18:127
chr4	81341255	rs73829280	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=372;ReadPosRankSum=-1.096;SC=ATCATGGGAGGGGGAGAAGAG;SOR=0.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=20;WE=81341263;WS=81341245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr4	81341413	rs73829281	G	A	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=551;ReadPosRankSum=-0.304;SC=ACAAAGAAAAGCCTCAAAGAA;SOR=0.613;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=36;WE=81341421;WS=81341403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,67:0.78:86
chr4	81529380	rs2903671	T	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=11;PP=524;SC=AATAGATAACTGATTCCAACA;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=81529388;WS=81529370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	81529518	rs2867782	T	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=25;PP=816;SC=GCTGCTCATATCTTGAAGAAG;SOR=0.925;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=41;WE=81529526;WS=81529508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	81866026	.	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr4	81884610	rs11452353	A	AT	580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.26;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr4	81884613	.	T	TA	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.17;MQRankSum=-1.525;QD=2.96;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr4	81884722	rs1052325	G	A	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=46;PP=1570;SC=AGAACTCTACGTACAAGCTGT;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=86;WE=81884730;WS=81884712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	81967188	rs6831040	C	T	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=44;PP=1544;SC=TATCACTCAACTCTTGAGGAA;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=77;WE=81967196;WS=81967178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	81973224	rs12647814	A	T	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	81973260	rs1390318	C	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=19;PP=530;SC=ATGCTGGGAGCTTTAGGAGTT;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=81973268;WS=81973250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	81974435	.	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=2.151;SC=TGTGTAATGAGGACTGAGGAG;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=13;WE=81974443;WS=81974425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr4	82070173	.	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-1.336;SC=TTTTATTAGGGAATGTACTAA;SOR=2.049;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=16;WE=82070181;WS=82070163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
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chr4	83368980	rs1113576	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
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chr4	83483562	rs35866205	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
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chr4	83552809	rs3857138	A	C	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=299;ReadPosRankSum=0.956;SC=TTGGTTACTGACTCCAAAGGC;SOR=1.326;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=20;WE=83552817;WS=83552799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr4	83582084	.	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr4	83582211	rs3733227	C	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.154;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=342;ReadPosRankSum=0.264;SC=GCTCTTCCTTCTTTCTGGATG;SOR=0.811;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=24;WE=83582219;WS=83582201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chr4	83626674	rs6853042	G	A	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=38;PP=1199;SC=GTGTCAGGGGGGAAAGCTGCA;SOR=1.310;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=57;WE=83626682;WS=83626664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	83742336	rs4634209	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr4	83778378	rs4235054	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=42;ReadPosRankSum=0.752;SC=ATATATATACATGAATGGAGA;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=5;WE=83778386;WS=83778368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr4	83778839	rs7658703	T	C	1079.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.509;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,51:0.86:59
chr4	83784337	rs7666917	G	A	267.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=189;SC=AAGAAAAAGGGAAAAAACGCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=83784345;WS=83784327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	83787845	rs7356522	G	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=448;SC=ATACCCACAAGTACATCTCAA;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=83787853;WS=83787835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	83788139	rs2290739	C	A	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=494;SC=ATAACATAAGCATCCGACCAT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=83788147;WS=83788129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	83788344	rs2045478	A	T	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr4	83788562	rs2045479	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=28;PP=798;SC=ACAAGTATAGTTAAATTGAAT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=83788570;WS=83788552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	83791373	rs10015419	C	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=5;PP=717;SC=TCCACATACTCTTCACATAGT;SOR=2.613;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=34;WE=83791381;WS=83791363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	83791649	rs3762902	G	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=25;PP=624;SC=TTCTGCCTAGGTTTTGTAGAT;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=83791657;WS=83791639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	83792464	rs10548601	TACAC	T	220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	83792498	rs7685043	G	T	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	83792555	rs7686508	C	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=4;PP=108;SC=TGCAGTAAGTCGTTACTTAAT;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=83792563;WS=83792545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	83793243	rs4693525	A	C	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=30;PP=905;SC=AATGCATCTGAAGATAGTTAA;SOR=0.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=47;WE=83793251;WS=83793233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	83793354	rs143845447	A	ATTTTG	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=4;PP=278;SC=GCTGTGGCTTATTTTATTTAT;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=83793376;WS=83793344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	83793368	rs11942312	C	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=131;SC=TATTTATGATCTATTTATTGT;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=83793376;WS=83793344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	83795806	rs10025654	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=4.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.798;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,14:0.14:100
chr4	83801849	rs6820324	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.904;NF=7;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=0.641;SC=GTTCTTGATGGTATTCCTTGT;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=83801857;WS=83801839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr4	83822334	rs982146	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=374;ReadPosRankSum=0.361;SC=GAAGTGAGGAGGCCGAAAGGG;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=25;WE=83822342;WS=83822324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr4	83827822	rs3214025	A	G	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=685;ReadPosRankSum=0.253;SC=AAAAATAGCTATTTTTCTGAG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=38;WE=83827830;WS=83827812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,47:0.77:61
chr4	83838217	rs1031639	G	A	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=52;PP=1993;SC=TAAAAAGTATGCCTCTCAAGC;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=111;WE=83838225;WS=83838207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr4	83838262	rs897945	G	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.395;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=466;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GTCACAGTTTGCAGGGGTTTA;SOR=0.957;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=38;WE=83838270;WS=83838252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,66:0.32:208
chr4	83839799	rs6535411	A	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=21;PP=717;SC=TGGGCATATTAATCTTTTTGT;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=83839807;WS=83839789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	83849581	rs6535412	A	G	402.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=1.880;SC=GAGCATCACAATTTACACAGT;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=83849589;WS=83849571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr4	83852065	rs985899	G	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=19;PP=966;SC=TATTTGGGAAGTACTATAAAA;SOR=1.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=83852073;WS=83852055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	83857108	rs6535413	AT	GA	7374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.107;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=38;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TTTAAAAGATATTATTTTCCG;SOR=0.926;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=136;TCF=85;TCR=51;TR=107;WE=83857117;WS=83857098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,180:0.80:226
chr4	83857402	rs6535415	T	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=528;SC=TGGATATTTCTGTCAGTTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=83857410;WS=83857392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	83900043	rs6535422	A	G	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=23;PP=1192;SC=AACCTGCAATAACTGGTGGTG;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=61;WE=83900051;WS=83900033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	83900260	rs7674484	A	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=347;SC=ATGTAAAACCAGCTCACTTAA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=83900268;WS=83900250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	83977975	rs6535432	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=199;SC=GATTCCCTTACGGTACCAGAA;SOR=2.147;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=83977983;WS=83977969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	83986380	rs10555484	TATTTA	T	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=303;ReadPosRankSum=0.330;SC=CTGGATTGGATATTTAATTTA;SOR=0.678;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=83986392;WS=83986370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr4	83989516	rs2868747	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=163;SC=AACCAGAAGCTTTCTGTTCTC;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=83989524;WS=83989506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	83989571	rs5859858	G	GT	460.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5129;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=1.871;SC=GTTTCTGAGAGTTTTTTTTTC;SOR=0.498;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=83989579;WS=83989561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr4	84015768	.	A	G	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	84016092	.	C	T	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	84188850	rs1129617	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr4	84189012	rs11448409	G	GT	84.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	84191031	rs6535454	A	G	2719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=35;PP=1360;ReadPosRankSum=1.063;SC=CATAAATAGTATCATATATTA;SOR=0.680;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=89;WE=84191039;WS=84191021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,122:0.72:170
chr4	84193366	rs6841889	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=323;ReadPosRankSum=0.505;SC=ATTACCACTACCTCTTAGAAA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=24;WE=84193374;WS=84193356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr4	84205618	rs13113787	A	C	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=11;PP=563;SC=GCCGACTCGGAGGCTGCTACT;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=84205626;WS=84205608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	84205872	rs6818847	C	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=663;ReadPosRankSum=1.697;SC=GCCAGTGCCACAGCCCGCAGG;SOR=0.600;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=41;WE=84205880;WS=84205862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,57:0.85:67
chr4	84223188	.	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=387;ReadPosRankSum=-0.871;SC=CTTTACTAAATTGCAACTGCC;SOR=1.911;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=21;WE=84223196;WS=84223178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr4	84223461	rs4285078	G	C	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=36;PP=1057;SC=AAAAATAGATGTTTACTTATG;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=84223469;WS=84223451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	84230619	rs11099592	T	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=11;PP=347;SC=AAAATCTTCCTTGGTAGCAGT;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=84230627;WS=84230609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	84232104	rs6535455	T	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=415;SC=AGCAAACATATAGCAGTATTT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=84232112;WS=84232094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	84234190	rs6818355	A	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	84234229	rs6840520	G	A	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=15;PP=804;SC=GCTAGTGGGGGATCTCCTTAT;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=84234237;WS=84234219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	84234319	.	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,21:0.16:130
chr4	84240654	rs12501123	G	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=378;SC=TAGAAGGTCTGTTTTCACAGT;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=84240662;WS=84240644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	84240680	rs12501124	G	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=243;SC=GACTGAAATCGCATATATTTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=84240688;WS=84240670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	84347363	rs4693624	A	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=465;SC=CAAGATAAATATATTTGTAAA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=84347371;WS=84347353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	84350972	.	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=1.454;SC=TATTAATCAAGATAACTCATT;SOR=0.534;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=10;WE=84350980;WS=84350962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr4	84352750	rs12645412	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=158;SC=TATAAAGTTATTGCATAACTT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=84352758;WS=84352740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	84353154	rs2047210	T	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=272;SC=TTCTTAATCATATAGGAAAGA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=84353162;WS=84353144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	84362443	rs4693088	T	G	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=19;PP=720;SC=GGAATTTAAATGTTATCAATG;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=84362451;WS=84362433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	84364751	rs7665103	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=7;PP=278;SC=CACTCATACCAATAATTTGAG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=84364759;WS=84364741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	84364808	rs6535473	T	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	84367050	rs11099599	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=205;SC=TAAAACAAAGGCAAAAAGCTT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=84367058;WS=84367040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	84367286	rs11099600	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=16;PP=453;SC=TCTTCATATAGTGCTCATATA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=84367294;WS=84367276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	84368225	rs11272773	GCATTGTGGCCAATGCCTGTAATCC	G	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=9;PP=2922;SC=AATTGGCCAGGCATTGTGGCC;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=84368256;WS=84368215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	84369823	rs11380846	A	AG	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr4	84370091	rs13141136	A	G	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=56;PP=1496;SC=ACAGAATTCAATGTTAAACAA;SOR=2.006;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=70;WE=84370099;WS=84370081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	84370124	rs10718573	TA	T	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.159;HP=11;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.607;NF=0;NR=33;PP=466;ReadPosRankSum=1.533;SC=TCTGTGGAATTAAAAAAAAAA;SOR=3.881;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=33;WE=84370133;WS=84370114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chr4	84374480	rs1494961	C	T	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	84376743	rs6831595	A	T	7463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=103;PP=2965;SC=ATCTCCGGGCACGAGCTCGGC;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=70;TCR=104;TR=173;WE=84376751;WS=84376733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr4	84377497	rs2279658	A	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=241;SC=AGTGTCGTCTAATCCACTCCT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=84377505;WS=84377487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	84380955	rs12505955	G	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=218;SC=TTACAGGTATGTTCTTTTTTA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=84380963;WS=84380945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	84381035	rs34365268	CA	C	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=222;SC=CTCAAATTTTCAAATTGTGCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=84381043;WS=84381025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	84382058	rs34734728	CA	C	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	84383810	rs12642536	C	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=18;PP=578;SC=AAGTCTAAGGCTTTATGCTTA;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=84383818;WS=84383800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	84393475	rs6535478	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=2;PP=46;SC=ATTTCAAATACGCTAAAAATA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=84393483;WS=84393465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	84397590	rs17352803	A	C	145.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	84397620	rs17352824	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	84401623	rs6838354	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=3;PP=55;SC=ATCCATGAAATAGTAGTTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=84401631;WS=84401613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	84403491	rs35608460	A	AG	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=68;SC=TATGTATACAATATGTGCTAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=84403499;WS=84403481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	84509465	rs11394944	T	TG	5116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=42;PP=2615;SC=GAGTATCTGCTCCAATGTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=58;WE=84509473;WS=84509455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	84519775	rs149629973	A	AT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.507;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr4	85166020	rs348700	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr4	85465390	.	ATT	A	831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=29.70;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	85530796	rs17009168	A	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=0.476;SC=GTCACAGAATATTTAGTTCCT;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=4;WE=85530804;WS=85530786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr4	85556392	.	C	CT	37.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr4	85564376	.	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=39;ReadPosRankSum=1.246;SC=GTCCGCTCATGATCTACATTA;SOR=0.631;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=6;WE=85564384;WS=85564366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
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chr4	86863206	rs11367691	CT	C	389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=140;ReadPosRankSum=-1.160;SC=TACTGTGATCCTTTTTTTTTA;SOR=0.420;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=10;WE=86863214;WS=86863196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
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chr4	87643296	rs112034531	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5191;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=135;ReadPosRankSum=0.551;SC=TTAAAATGAAATTTGCTTGAT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=9;WE=87643304;WS=87643293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr4	87655803	.	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=174;ReadPosRankSum=-0.074;SC=ATAAACTCATGGAAATTAACC;SOR=1.148;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=87655811;WS=87655793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr4	87656159	rs7699564	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.566;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=333;ReadPosRankSum=1.778;SC=TGGTTCCTCAGAATGACCAAG;SOR=0.314;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=19;WE=87656167;WS=87656149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr4	87662703	rs28682899	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=379;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GGGGGGACACGGCCAAACCAT;SOR=1.781;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=23;WE=87662711;WS=87662693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr4	87672108	rs10032979	A	T	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=1141;ReadPosRankSum=0.204;SC=TCTTTTTGTTATGACATTTTA;SOR=0.541;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=64;WE=87672116;WS=87672098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,72:0.64:113
chr4	87679642	rs1420624	A	C	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=40;PP=1252;SC=AAGCCCATCAACCTACCCGCC;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=87679650;WS=87679632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	87684031	rs710832	A	G	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=24;PP=1087;SC=CCTTTGGGCCATCTGGGGGCC;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=87684039;WS=87684021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr4	87689268	rs11097118	A	G	173.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=0.887;SC=ATCTGACATCACACCATACTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=87689276;WS=87689258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr4	87690998	rs2230600	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=276;ReadPosRankSum=0.060;SC=ATAATCTTATACCGGAGCAAA;SOR=1.104;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=21;WE=87691006;WS=87690988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,33:0.26:125
chr4	87692393	rs12500797	G	A	4330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=55;PP=1740;ReadPosRankSum=0.604;SC=ATCATGTGTGGAGCAAAGCAC;SOR=0.626;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=117;WE=87692401;WS=87692383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,198:0.78:255
chr4	87695455	rs11097120	G	A	98.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TAAGGGAAATGATAGTCATCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=87695463;WS=87695454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	87696470	rs12507034	A	G	5625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.08;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,143:0.76:187
chr4	87696476	rs12499471	G	A	5599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.11;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,143:0.77:186
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chr4	87728676	rs17694112	A	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
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chr4	87752909	rs7690165	T	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=466;ReadPosRankSum=1.397;SC=CCCCTGAGTCTGAGGACGTGC;SOR=0.961;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=34;WE=87752917;WS=87752899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr4	87754419	rs10050311	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
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chr4	87809387	rs1550931	G	T	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=70;PP=1985;SC=TAGGTTTGTGGACCAGGTCTT;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=119;WE=87809395;WS=87809377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr4	87812564	rs10011798	G	C	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=19;PP=966;SC=ACTCCCCACCGCAGTCAATGC;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=51;WE=87812572;WS=87812554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	87812586	rs55723875	TA	T	1420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.470;NF=11;NR=22;PP=473;ReadPosRankSum=-0.946;SC=TACCCTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.502;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=33;WE=87812595;WS=87812576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,84:0.88:95
chr4	87812810	rs35305216	G	GA	655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=549;SC=CCAAATAATAGAAAAAAATTC;SOR=1.863;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=19;WE=87812818;WS=87812800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	87957989	rs340629	T	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=25.15;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	87968798	rs6854749	A	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.169;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,48:0.27:180
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chr4	88052219	rs342467	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.785;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,14:0.16:88
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chr4	88056719	rs56703224	GT	G	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.917;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
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chr4	88226231	rs11735092	T	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=142;SC=TTAATCTTGTTCGTTTGACTG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=88226239;WS=88226221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	88226480	rs6850131	A	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=260;SC=AAAGAAAAAAAAATTGAAAAA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=88226488;WS=88226470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	88231322	rs13125803	T	G	133.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-0.000;QD=19.11;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	88231324	.	TAA	T	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.000;QD=20.29;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	88231392	rs72613567	T	TA	1065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=12;PP=771;SC=GTGCTGTACTTACTTCTGTAG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=88231400;WS=88231382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	88234874	rs7698974	C	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=138;SC=ATTTTTCCTTCTTCATTTTCT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=88234882;WS=88234864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	88238448	rs6531975	A	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=31;PP=930;SC=ATATAATCCAAAGATGAGAGT;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=88238456;WS=88238438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	88239609	rs13118664	A	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.768;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.02;ReadPosRankSum=0.807;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr4	88258483	rs9991501	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=13;PP=254;SC=ACTGATTTTTTGTTTTAAAAC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=88258491;WS=88258473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	88261828	rs7679024	A	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,32:0.23:137
chr4	88312293	rs28654511	A	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr4	88356111	rs28736552	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr4	88362904	rs13104303	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.548;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=137;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CTTATGTTCTCTTCTTTTGGG;SOR=0.154;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=11;WE=88362912;WS=88362894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr4	88395045	.	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.220;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr4	88415592	.	C	T	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=55;PP=1764;ReadPosRankSum=1.406;SC=CTTTTATGTCCAATGTACCTT;SOR=0.592;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=111;WE=88415600;WS=88415582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,150:0.71:211
chr4	88532182	rs142413098	A	AGT,AGTGT	68.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=1,1;NR=5,5;PP=119,82;ReadPosRankSum=1.200;SC=TACAAAATGTAGTGTGTGTGT;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6,6;WE=88532191;WS=88532172;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.50:10
chr4	88533163	rs35939827	TTGTGTGTG	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	88533441	rs13131929	T	C	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.31;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	88533441	.	TACTT	CACTC,CACTT	451	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=6,27;NR=6,16;PP=118,451;QD=14.2889895719;SC=AGATCATTGATACTTATAATT;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=12,43;WE=88533453;WS=88533431;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.28:43
chr4	88533445	rs13131936	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr4	88534235	rs2736982	A	G	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=26;PP=1129;SC=GTCAAAATTCAGATAGTAAAG;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=61;WE=88534243;WS=88534225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	88535785	rs116512524	C	T	9231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.09;MQRankSum=-4.857;NF=118;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GTGATAGCAGCGACAGCAGCA;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=323;TCF=148;TCR=175;TR=262;WE=88535793;WS=88535775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,399:0.85:467
chr4	88535832	.	A	ATAGCAGTGACAGCAGCAG	1463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=2.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=10.297;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,45:0.17:264
chr4	88537737	rs2615489	G	A	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=69;PP=1738;SC=AGAAAAACCCGTAAGATTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=90;WE=88537745;WS=88537727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	88577573	rs2615480	A	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=24;PP=1419;SC=AAAAGTTGAAACTACTTTATT;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=88577581;WS=88577563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	88577754	rs4693851	A	G	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.144;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=770;ReadPosRankSum=1.674;SC=AAACTCCACAATTTTGATTGG;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=48;WE=88577762;WS=88577744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,60:0.80:75
chr4	88578310	rs2615479	A	G	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=3;PP=46;SC=CATTGCAAATATTGAAACTGC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=88578318;WS=88578300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr4	89060909	rs4148152	T	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=1.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=357;ReadPosRankSum=-0.965;SC=TGTAGGTAAATTAAAAAGCTG;SOR=1.162;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=22;WE=89060917;WS=89060899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr4	89061114	rs2231137	C	T	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=686;ReadPosRankSum=1.406;SC=CCTTGTGACACTGGGATAAAA;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=40;WE=89061122;WS=89061104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,51:0.78:65
chr4	89189786	.	G	A	182.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.802;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=-0.282;SC=AAAACAAAAAGAAAACCAAGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=89189794;WS=89189784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	89311962	rs12510688	T	C	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.004;NF=28;NR=24;PP=631;ReadPosRankSum=-1.077;SC=CCTGTCTCTCTGTGGGACTTC;SOR=0.645;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=52;WE=89311970;WS=89311952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,90:0.66:136
chr4	89319296	rs17014118	T	C	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=12;PP=586;SC=TCTTTTAGACTTCGTGGATGT;SOR=1.199;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=34;WE=89319304;WS=89319286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	89352469	.	C	CT	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=3.262;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,37:0.20:189
chr4	89357072	.	C	T	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=1.539;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr4	89381178	rs79421641	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr4	89389640	rs4585264	C	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr4	89397091	rs7699006	A	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,47:0.27:171
chr4	89415396	rs6857425	T	C	6810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr4	89444586	rs116570897	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=334;ReadPosRankSum=-1.201;SC=AGAGGCCGCGGTCCACCGCTC;SOR=0.963;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=24;WE=89444594;WS=89444576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr4	89583727	.	AT	A	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr4	89599421	rs2604227	A	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=195;SC=TTAATCACCTACTTTTGTCAA;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=89599429;WS=89599411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	89689354	rs3756049	A	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=411;SC=TGTTTAAACTAGTAAAATTAT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=89689362;WS=89689344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	89702564	rs2290784	C	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=287;SC=GAATGATACTCTAACTACATC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=89702572;WS=89702554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	89711690	rs112676553	T	TA	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr4	89711849	rs2290782	T	C	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.71;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	89711849	.	TGGATC	CGGATC,CGGATT	993	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=34,22;NR=53,40;PP=141,993;QD=2.02035876491;SC=ACATGTGAAGTGGATCGCAGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=87,62;WE=89711862;WS=89711839;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:87
chr4	89711854	rs2290781	C	T	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.38;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,85:0.80:106
chr4	89726073	rs3822075	T	A	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.209;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=1.481;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr4	89726283	rs2276936	A	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=213;SC=TTCTACCTGTAAAAAATGTTG;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=89726291;WS=89726273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	89827492	rs13132415	G	T	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=12;PP=463;SC=CCATGCTAAAGATTTCACATG;SOR=0.950;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=89827500;WS=89827482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	89978281	rs11097210	G	A	86.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	90168882	rs13115988	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=182;ReadPosRankSum=1.262;SC=ATAGAGGGACGCATGTGAATA;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=16;WE=90168890;WS=90168872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr4	90743317	.	T	TC	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.25;NF=4;NR=1;PP=65;QD=25.7691520942;SC=AGTATCTTGCTCCTGCCTCCA;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=5;WE=90743339;WS=90743307;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,5:0.19:27
chr4	90743331	rs10005233	C	T	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=18;PP=1066;SC=GCCTCCAGGCCTCACATGAAA;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=90743339;WS=90743307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	90756550	rs7681440	C	G	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=447;SC=ATTCACCTACCTACACATACC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=90756558;WS=90756540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	90816023	rs1442140	A	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=454;SC=AACTGGCAAAACTCAGTCTTA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=90816031;WS=90816022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	90816294	rs1442138	A	G	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=949;ReadPosRankSum=-1.094;SC=ACTGCCAACCACTCGGGTCAT;SOR=0.778;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=68;WE=90816302;WS=90816284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,96:0.66:146
chr4	90816790	rs2289515	T	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr4	90874095	rs3832297	A	AC	865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=403;SC=ATAAGGAAAGAAAAATAAGAT;SOR=1.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=90874103;WS=90874085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	90874286	.	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=518;ReadPosRankSum=0.770;SC=CCAAGAACTGGAAAATTTAGA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=30;WE=90874294;WS=90874276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr4	91230149	rs146032287	A	G	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=1048;ReadPosRankSum=1.152;SC=CAGAACGGGCAGGAAGCTCTT;SOR=0.523;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=64;WE=91230157;WS=91230139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,99:0.79:126
chr4	91234250	rs1466391	A	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=285;SC=TCTATATCCGACATGTTCATG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=91234258;WS=91234240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	91246656	rs1870795	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=8;PP=636;SC=CTTAATTTTCCGTGAGAGGAC;SOR=1.519;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=91246664;WS=91246646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	91246905	rs9284586	C	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=16;PP=426;SC=TTATTTTATACTTATTTTATG;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=91246924;WS=91246895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	91246916	rs9284587	G	A	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=316;SC=TTATTTTATGGTGTTGAAATT;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=91246924;WS=91246895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	91584992	rs6842926	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=0.432;SC=ATTGTTACTTATAGGTTCACT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=6;WE=91585011;WS=91584982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr4	91585003	rs62314392	T	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=541;ReadPosRankSum=0.328;SC=TAGGTTCACTTGTCAAGGATG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=20;WE=91585011;WS=91584982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr4	91585060	rs6843110	A	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr4	91701720	rs2271592	C	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=546;SC=AAGACTCTTTCCATCCAGTTC;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=91701728;WS=91701710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	91737018	rs3796673	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,38:0.23:167
chr4	91737022	rs17187511	C	T	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=1949;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GCTTGGCCCACGAGTGTACTT;SOR=0.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=73;WE=91737030;WS=91737008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,123:0.76:162
chr4	91737057	rs17017644	G	A	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=892;ReadPosRankSum=-1.854;SC=TTTGTTCCACGCCCTTATTTA;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=62;WE=91737065;WS=91737047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,93:0.73:128
chr4	91737150	rs17017647	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=345;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GTCATGAAAACTATAGATCTT;SOR=1.358;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=19;WE=91737158;WS=91737140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr4	91832545	rs62312306	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-1.016;SC=GTATAATGTTGCATTTTCATT;SOR=0.482;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=21;WE=91832553;WS=91832535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,24:0.23:106
chr4	91832609	rs6855137	G	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=0.245;SC=GATTCTCTCTGTGTCTCTCTT;SOR=0.790;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=22;WE=91832617;WS=91832599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr4	91832645	rs62312307	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=0.013;SC=AAATAATCTTGGGGGCGGTTC;SOR=0.596;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=17;WE=91832653;WS=91832635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr4	91839549	.	C	T	392.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=0.578;SC=TATTTCAGCTCGTTTTACAGC;SOR=1.739;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=12;WE=91839557;WS=91839539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr4	92240031	rs9999729	C	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=3;PP=409;SC=TGTGCATATTCCCTCATTAGT;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=92240039;WS=92240021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	92240080	rs9999885	G	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	92240278	rs7653977	A	T	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=470;SC=CTTCTGGATAATTTTTTCTAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=92240286;WS=92240268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	92240317	rs7683541	T	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=13;PP=332;SC=AGATGATGCATAAGTTTACAT;SOR=2.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=92240325;WS=92240307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	92240802	rs6532289	C	T	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=550;SC=CTACCTAATACAAAACCCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=92240810;WS=92240792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	92240892	rs6816636	C	A	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=28;PP=1066;SC=GAGGCAGAAGCACCATTTGTT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=92240900;WS=92240882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	92240925	rs6532290	T	G	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=939;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GCTGCTTCTCTTATGCTCTAA;SOR=0.293;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=58;WE=92240933;WS=92240915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr4	92241031	rs6817404	G	T	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=19;PP=521;SC=CTTACTTGTGGTCACCCACAA;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=92241039;WS=92241021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	92241071	rs6816883	A	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=344;SC=AATTCCAGAAACAAACCAATC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=92241079;WS=92241061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	92246180	.	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=296;ReadPosRankSum=0.149;SC=ATAGTGAATGGAAATGCAAAA;SOR=1.508;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=17;WE=92246188;WS=92246178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr4	92246344	rs3762827	G	A	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=31;PP=1042;SC=AGCATAGTAGGTGGCTCTTGC;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=92246352;WS=92246334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	92246541	rs1528572	T	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=243;SC=CATCTATAGATGAAAGGGAGC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=92246549;WS=92246531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	93511481	rs2870639	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=34;PP=915;SC=TTCAATTCAAGTGGCAATGAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=93511489;WS=93511471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	94032125	rs2271385	G	C	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=44;PP=1024;SC=ATTGTCTTGGGGTGAGAGTTG;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=94032133;WS=94032115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	94137898	.	G	A	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,100:0.72:138
chr4	94159658	rs17020286	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,33:0.28:117
chr4	94159770	rs13142615	A	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	94180159	rs7687990	A	G	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=23;PP=847;SC=AAGTCAGGAAAATGAGTCTTC;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=94180167;WS=94180149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	94223664	.	C	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=488;ReadPosRankSum=0.194;SC=TTCATGTTTTCCACTTATAAT;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=36;WE=94223672;WS=94223654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr4	94316763	rs1385405	T	G	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=49;PP=1898;SC=TTCAGCTTGGTTGCTGGAATC;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=94316771;WS=94316753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr4	94547357	rs11726506	C	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=488;ReadPosRankSum=-1.669;SC=TTCATCCTGTCTATGTAAATT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=25;WE=94547365;WS=94547347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr4	94690271	.	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=1.347;SC=CAGCCACCATCCTACAGAGGT;SOR=0.551;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=12;WE=94690279;WS=94690261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr4	94750058	rs10009502	C	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.273;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr4	95161996	rs2306803	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr4	95169682	rs10034781	G	T	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=52;PP=1536;SC=TTTTGAAATGGTTTCTCCAGA;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=95169690;WS=95169672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr4	95173732	.	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr4	95173779	rs7439869	T	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=7;PP=260;SC=ATGCAATATGTATCACAAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=95173787;WS=95173769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	95185854	rs10029551	A	G	305.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TTTTTATGCTATAGTTCACAA;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=95185862;WS=95185844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr4	95186055	rs2306802	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-0.539;SC=TTCTAAACCAAAGGTAATCTT;SOR=0.669;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=11;WE=95186063;WS=95186045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr4	95197520	rs6823404	C	T	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=22;PP=1093;SC=GTTCTGATGACCGTAGTCTGT;SOR=1.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=95197528;WS=95197510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	95198301	.	C	T	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=611;ReadPosRankSum=-1.481;SC=GAATGTTTTCCTCTAAGACAG;SOR=0.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=46;WE=95198309;WS=95198291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,71:0.67:106
chr4	95199479	rs35670996	C	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	95206252	rs67631469	TTATC	T	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=487;SC=ACTTCAATATTTATCTATATG;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=95206263;WS=95206242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	95229745	rs55710447	T	C	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=830;ReadPosRankSum=0.516;SC=TGGCAGGTGGTATATAATTAA;SOR=0.414;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=47;WE=95229753;WS=95229735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,61:0.81:75
chr4	95255637	rs2289186	T	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.478;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=257;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TTTATTATTTTTGCTACTTAC;SOR=0.116;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=16;WE=95255645;WS=95255627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr4	95498617	rs35078286	GAT	G	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr4	95500628	rs3828518	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=-1.351;SC=GATTAAAAAAAAATGATGTGG;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=95500636;WS=95500618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	95503670	rs3857212	G	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=292;SC=TTCATTTTTTGGTCTGTGTTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=95503678;WS=95503664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	95503902	rs5013417	T	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,35:0.30:115
chr4	95506214	rs2172448	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=0.733;SC=TATAAGTGCAGTTTTTTACTT;SOR=0.283;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=14;WE=95506222;WS=95506204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr4	95506842	rs11097431	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=190;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GAACAACTCAGTCTCGCTCTT;SOR=0.777;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=17;WE=95506850;WS=95506832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr4	95529430	rs10033359	C	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=212;SC=GATTACAGAACGGACATCATT;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=95529452;WS=95529420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	95529444	rs9307146	C	A	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=125;SC=CATCATTAACCTATAGACAAG;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=95529452;WS=95529420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	95531417	rs10017461	A	G	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=27;PP=882;SC=TGAGCAGCGCAGCTGCTACTG;SOR=0.934;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=47;WE=95531425;WS=95531407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	95531538	.	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=1.583;SC=AAAACATGCCCCTTTGAAGCA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=95531546;WS=95531528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr4	95531562	rs10007050	T	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=168;SC=ATAGCTCTATTGTGAGCTCTT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=95531570;WS=95531552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	95539267	rs966845	G	A	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=55;PP=1696;SC=CAGCCTCACAGCTGCAGCTGC;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=101;WE=95539275;WS=95539257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	95561459	rs7690296	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,28:0.29:98
chr4	95561651	rs10716970	GT	G	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr4	95578588	rs13107595	G	A	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	95583827	rs10031423	C	T	254.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5487;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TTGTAAATTTCGAAAGTTGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=95583835;WS=95583817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr4	95585038	rs56921499	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=1.131;SC=CCATTGGGGGGAAAAATCACT;SOR=1.244;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=14;WE=95585046;WS=95585028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr4	95585225	rs1056772	A	G	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=624;ReadPosRankSum=0.754;SC=TTGAAAGTCAACAGTTCAGGA;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=39;WE=95585233;WS=95585215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,63:0.73:86
chr4	95587259	rs11550270	A	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.00;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,54:0.77:70
chr4	96106322	rs2289043	A	G	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.578;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=665;ReadPosRankSum=1.647;SC=CTGTCCTCCCATCTGTCTCTC;SOR=0.771;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=41;WE=96106330;WS=96106312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,65:0.90:72
chr4	96123981	rs3733212	C	T	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=35;PP=1105;SC=TGAGGCGCTTCGCAGCCGCTT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=64;WE=96123989;WS=96123971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	96127869	rs2276322	T	G	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=20;PP=655;SC=TGAGGACGACTGGGCGGGTGA;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=96127877;WS=96127859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	96137512	rs995062	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=240;SC=CCTTCCTCATTGGCCTCCTTA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=96137520;WS=96137502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	96256616	rs4699423	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,32:0.22:145
chr4	96256673	rs1843018	G	A	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	98480227	.	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=147;ReadPosRankSum=-1.196;SC=TATCAGCAGCCATTTCACCAA;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=13;WE=98480235;WS=98480217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr4	98893437	rs783960	A	G	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=27;PP=924;SC=TTACCTGATAATCAGCAGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=98893445;WS=98893427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	98893476	rs783959	C	T	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=28;PP=987;SC=CTTTCTGAACCGAGAAGAAAG;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=98893484;WS=98893466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	99408068	rs34110880	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=75;ReadPosRankSum=-1.473;SC=AACAAGGCACGGGGATGTGGG;SOR=0.871;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=9;WE=99408076;WS=99408058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr4	99408106	rs6838913	T	C	340.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5168;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=-1.153;SC=TAAAGATTATTGCATTTGTCC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=15;WE=99408114;WS=99408096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr4	99802395	rs11729285	C	T	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=100;SC=TATTAAAAAACATAGACTTGA;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=99802403;WS=99802385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	99808254	rs62323192	G	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=9;PP=517;SC=AGCGATCGAGGTCACTTCGTC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=99808262;WS=99808244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr4	99824665	rs34445885	T	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=485;SC=GCTAATTCTTTTTTATTTTTA;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=99824673;WS=99824655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	99850126	rs11723037	A	G	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr4	99952607	rs1037476	C	T	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.223;SC=TAATACTTTTCCTTCCACTCC;SOR=0.792;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=76;WE=99952615;WS=99952597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,107:0.81:132
chr4	100001247	rs1154412	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATATTTACAGTAAGAGACACT;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=100001255;WS=100001237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	100047812	rs1126672	G	A	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=22;PP=691;SC=TGGGTCACCAGTGCATCCAGA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=100047820;WS=100047802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	100048327	rs9307234	G	A	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr4	100048509	rs6813415	T	C	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	100052963	rs35019093	C	CT	1505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=36;PP=1119;SC=GCCAGTCCCACTTTTTTTCTT;SOR=1.467;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=38;WE=100052971;WS=100052953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	100053025	rs13129488	G	T	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=14;PP=412;SC=AAGACAGCCTGCTATTAAACT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=100053033;WS=100053015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	100057858	rs55878268	T	TA	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=391;SC=ACTAGAAAATTAAAAAAAAGA;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=17;WE=100057866;WS=100057848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	100062675	rs13138294	T	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	100062819	rs2032349	A	G	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=37;PP=1417;SC=TATGGCACAGAGAGGTAGCAA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=100062827;WS=100062809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	100064233	rs2213035	G	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=429;SC=CTATAACAGAGAGAATAGATT;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=100064241;WS=100064223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	100064305	rs4699715	C	G	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=21;PP=1047;SC=TTTGAAATCACCTCTGAATTA;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=100064313;WS=100064295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	100064326	rs3919370	A	T	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=25;PP=1040;SC=CCTGAGTCAGATAATTGCTGG;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=100064334;WS=100064316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	100128753	rs4147545	T	C	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=64;PP=1246;ReadPosRankSum=0.488;SC=TAGAAAGTGATGCAATACAGT;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=110;WE=100128761;WS=100128743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,150:0.79:191
chr4	100131163	rs6833176	G	C	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=879;ReadPosRankSum=1.223;SC=TATGATAAGAGATGACAAAGA;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=49;WE=100131171;WS=100131153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,70:0.74:94
chr4	100131343	.	C	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=2.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-2.459;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,66:0.25:266
chr4	100134713	rs5860571	A	AT	2130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=1280;ReadPosRankSum=0.955;SC=CATTTTCTCGAGTTGGTTCCA;SOR=0.553;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=31;WE=100134721;WS=100134703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,61:0.64:95
chr4	100137292	.	ATT	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.678;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr4	100140306	rs4699735	A	T	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=35;PP=1191;SC=CCTGTAGTACACATGCTGATT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=71;WE=100140314;WS=100140296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	100200509	rs3819197	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=340;ReadPosRankSum=0.605;SC=CATCCTTCCACCTTTTCATTT;SOR=1.329;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=20;WE=100200517;WS=100200499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr4	100229016	rs75967634	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.265;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,27:0.15:178
chr4	100231342	rs10033960	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	100232624	rs13133908	T	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=460;ReadPosRankSum=0.041;SC=ATATTGAGATTAATGAGATAT;SOR=0.910;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=26;WE=100232632;WS=100232614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr4	100235053	rs1789882	A	G	8944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.983;NF=155;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GCACTTCCTGAATGGGTTTCT;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=377;TCF=197;TCR=180;TR=292;WE=100235061;WS=100235043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,388:0.76:509
chr4	100239319	rs1229984	T	C	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=55;PP=2080;SC=GTCATCTGTGTGACAGATTCC;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=120;WE=100239327;WS=100239309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr4	100258054	rs1693453	C	A	8270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=78;NR=109;PP=2965;SC=CAGCCACTCCCTTCCCATCCC;SOR=0.978;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=78;TCR=110;TR=187;WE=100258062;WS=100258044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr4	100258155	rs1614972	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr4	100260669	rs5860576	GCCC	G	687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=42.98;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	100260681	rs1975438	C	A	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=342;SC=CCCCCCCCCCCCCGCCGCTAC;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=100260689;WS=100260659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	100260741	.	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=2.715;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr4	100266133	rs2241894	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,30:0.19:162
chr4	100266478	rs70956000	CA	C	755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=506;ReadPosRankSum=-1.532;SC=ATTAATAGAGCAAAAACTTAA;SOR=0.859;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=100266491;WS=100266468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr4	100266483	rs200651908	A	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=502;ReadPosRankSum=-1.457;SC=TAGAGCAAAAACTTAACGCTC;SOR=0.859;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=11;WE=100266491;WS=100266468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr4	100268190	rs283413	A	C	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=28;PP=1272;SC=ACCCCTTCTCAAACACTTTCC;SOR=1.130;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=71;WE=100268198;WS=100268180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	100334449	rs17588403	T	A	536.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9982;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=414;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTATTGGAAATCCTCTGGGCT;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=21;WE=100334457;WS=100334439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr4	100341643	rs1154460	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr4	100341656	.	GG	AA	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=1239;ReadPosRankSum=0.142;SC=TAATAACTTGGGTATTTTGTG;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=28;WE=100341665;WS=100341633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr4	100341861	rs971074	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,23:0.21:107
chr4	100348837	rs11480228	G	GT	311.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.603;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr4	100349669	rs1573496	C	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=2.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,42:0.15:280
chr4	100350594	rs35006747	A	ATC	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=413;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CATGGGAAGCATCTCCTTATT;SOR=0.439;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=10;WE=100350602;WS=100350584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr4	100356466	rs17537595	A	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=642;ReadPosRankSum=-1.948;SC=TCTGTTGTATATAACAGCAGC;SOR=0.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=37;WE=100356474;WS=100356456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,65:0.71:92
chr4	100434176	.	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=1.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=554;ReadPosRankSum=-1.329;SC=TGAGGTCAATCAAGTTAGACC;SOR=0.983;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=34;WE=100434184;WS=100434166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,48:0.74:65
chr4	100457117	rs111869659	A	ACAGT	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=247;ReadPosRankSum=2.173;SC=TTTTCTTCTAACAGGCCACTC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=7;WE=100457125;WS=100457107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr4	100457344	rs10019266	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GGAGGTATTACCGGGTCAGGA;SOR=1.565;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=100457352;WS=100457334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr4	100477462	rs11935423	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=0.589;QD=4.86;ReadPosRankSum=2.655;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	100478624	rs3817083	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=1.653;SC=TGTCTATGGCCATTCTATGAT;SOR=0.705;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=12;WE=100478632;WS=100478614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr4	100495817	rs1800804	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=-0.852;SC=AGTTTCCTCATTGGGTGAAAA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=100495825;WS=100495807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr4	100503272	rs17532601	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-2.843;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr4	100504664	rs3816873	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr4	100510859	rs991811	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.592;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,39:0.28:139
chr4	100512350	rs11734413	C	T	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=1053;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCAAATGGCCCACAAGGAATC;SOR=0.814;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=66;WE=100512358;WS=100512340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,108:0.72:150
chr4	100512919	rs17599091	C	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=231;ReadPosRankSum=1.738;SC=GAATTTCCTACAAACCATTAA;SOR=0.539;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=19;WE=100512927;WS=100512909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,31:0.30:104
chr4	100516022	rs2306985	C	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=315;ReadPosRankSum=1.634;SC=TCCAGAGCCACTGTAAAGGAT;SOR=0.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=28;WE=100516030;WS=100516012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,44:0.33:135
chr4	100518283	rs17533489	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=109;ReadPosRankSum=-1.637;SC=TTTCCAAGGCTGAGGCTGTCA;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=12;WE=100518291;WS=100518273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr4	100530148	rs41275713	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,21:0.20:105
chr4	100532637	rs745075	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GGATTTTGCTTAATAAAGTAT;SOR=0.698;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=13;WE=100532645;WS=100532627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr4	100542167	rs1491244	A	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.668;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr4	100570601	rs142020179	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,20:0.23:88
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chr4	100572365	rs35595171	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.23;ReadPosRankSum=1.996;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,18:0.12:155
chr4	100572746	rs17029267	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=272;ReadPosRankSum=1.574;SC=GTCTGATCACCGCTGTGGAGG;SOR=0.673;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=29;WE=100572754;WS=100572736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,45:0.28:163
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chr4	100574726	rs13146743	G	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,52:0.23:222
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chr4	100738097	.	G	A	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=463;ReadPosRankSum=-2.011;SC=TTCTAGAAGGGAAGATGAGCA;SOR=0.510;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=30;WE=100738105;WS=100738087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
chr4	100757048	rs3733463	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=43;ReadPosRankSum=-0.833;SC=AATGATGAGGGTGTAAAACAA;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=100757056;WS=100757038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr4	100782681	rs2282587	A	G	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=3.721;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,90:0.81:111
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chr4	100784980	rs3737484	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-2.415;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr4	100787665	rs28445732	T	G	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=5.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.03;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,72:0.88:82
chr4	100787670	rs78793210	GA	TG	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.890;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.45;ReadPosRankSum=0.243;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,76:0.87:87
chr4	100805207	rs6532835	C	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=101;SC=TATTTAAGGTCATTAAACACA;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=100805215;WS=100805197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	100829746	rs7676564	T	C	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	100870182	rs61203457	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,43:0.21:206
chr4	100870375	rs2276939	T	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr4	100871152	rs73832925	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,24:0.23:106
chr4	101108934	rs11553154	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,17:0.18:94
chr4	101109385	rs3749603	A	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=300;ReadPosRankSum=0.718;SC=TAGAAAAAAAACACCAAGATA;SOR=0.148;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=15;WE=101109393;WS=101109375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr4	101337150	rs4699401	C	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=17;PP=445;SC=ATTAACACCACAGTAATCAGC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=101337158;WS=101337140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	101338217	rs3733437	T	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=15;PP=785;SC=AGAGTAACAATAATTTTCACT;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=101338225;WS=101338207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	101368501	rs1157181	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.42;ReadPosRankSum=1.171;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr4	101368661	rs1157180	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.334;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr4	101386692	.	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=195;ReadPosRankSum=1.101;SC=TTGTGGCTTTCAATCCTATAA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=12;WE=101386700;WS=101386682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr4	101950269	.	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,36:0.21:172
chr4	101953322	rs2851060	C	T	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=449;ReadPosRankSum=1.394;SC=GAAGAAGAACCGAAGACCAAG;SOR=1.312;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=28;WE=101953330;WS=101953312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr4	102171591	rs2583404	T	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=267;ReadPosRankSum=-0.634;SC=ATTTAATAGATTATTGTTATG;SOR=0.622;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=102171599;WS=102171581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr4	102171606	rs2850958	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=269;SC=GTTATGTTACATAGAAAGGAT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=102171614;WS=102171596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	102267821	rs2850327	AA	CG	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=68;NR=21;PP=2947;SC=GGAGGGGAGGAAAGGCGAGGC;SOR=3.237;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=111;TCF=78;TCR=33;TR=89;WE=102267830;WS=102267811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	102642453	rs10856962	T	C	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=8;PP=703;SC=TTGAATTTTTTAATTGTCTTA;SOR=1.828;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=102642461;WS=102642443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	102750922	rs17266594	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	102751076	rs10516487	G	A	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=946;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CTGTTATATCGCTTGGAGAAT;SOR=0.871;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=65;WE=102751084;WS=102751066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,98:0.75:130
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chr4	102751401	rs58497383	GTTT	G	850.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.500;QD=25.03;ReadPosRankSum=0.222;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr4	102791905	rs10516483	C	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=446;ReadPosRankSum=0.099;SC=GATTGAATAACAGTGAATTAC;SOR=0.293;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=24;WE=102791913;WS=102791895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr4	102839287	rs3733197	G	A	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=854;ReadPosRankSum=0.623;SC=TTCAGACCCCGCACATATTGC;SOR=0.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=56;WE=102839295;WS=102839277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,83:0.75:110
chr4	102839351	.	G	GT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.431;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr4	102839362	rs3733198	A	T	351.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.254;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.51;ReadPosRankSum=1.130;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr4	102942765	rs139919861	T	TTA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TTTTTCCATGTTATATATATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=102942773;WS=102942755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr4	102965043	rs3113676	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=7;PP=108;SC=TGACAAGTTCTGTGGTCTTCC;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=102965051;WS=102965033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	103174491	rs151370	A	G	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5193;FS=1.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1252;ReadPosRankSum=0.232;SC=GGTCATAACTATGTCATATGC;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=84;WE=103174499;WS=103174481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,132:0.86:153
chr4	103225513	rs11097773	T	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=-1.110;SC=AATGGATATGTCCATTAGCTT;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=21;WE=103225521;WS=103225503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,41:0.30:136
chr4	103228734	rs35411892	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,41:0.28:148
chr4	103514658	rs1609993	T	C	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=18;PP=462;SC=GTAGTGGTGCTGGAGCTGGAG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=103514666;WS=103514648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	103514741	rs4648050	T	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=524;ReadPosRankSum=-0.297;SC=AAAATACTTATTCTTCCTAAA;SOR=0.521;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=21;WE=103514749;WS=103514727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,33:0.87:38
chr4	103527876	rs4648095	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-1.826;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,35:0.21:164
chr4	103534560	rs3817685	C	G	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=6;PP=239;SC=GAACATGCTCCTCCTTCCTTT;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=103534568;WS=103534550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	103553447	rs5860729	GA	G	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.01;MQRankSum=1.117;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.762;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr4	103555992	rs2272697	A	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.79;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr4	103556316	rs909349	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=239;ReadPosRankSum=-1.348;SC=TAAGAGACTATGAAACCTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=19;WE=103556324;WS=103556306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr4	103556367	rs11436517	G	GT	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=253;ReadPosRankSum=-0.812;SC=ATGTGACTAAGTAACTTCTCA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=103556375;WS=103556357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	103557077	rs2866413	G	A	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.22;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,133:0.79:168
chr4	103557192	rs4547797	C	T	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=859;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TGTCAGGAGACGGCAAGGTCA;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=58;WE=103557200;WS=103557182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,101:0.73:139
chr4	103557219	rs2866414	C	T	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=713;ReadPosRankSum=-1.818;SC=CAGAGAGGCACTGTCCAATGG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=45;WE=103557227;WS=103557209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,73:0.70:104
chr4	103557251	rs10027437	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=468;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GTGGCTCATCGGGGTTCTAAG;SOR=0.576;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=27;WE=103557259;WS=103557241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr4	103557311	rs4496586	G	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.908;SC=CCATGTTTGTGAAGCGCTCTG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=103557319;WS=103557301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr4	103594938	rs227277	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr4	103610872	rs227365	A	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	103611845	rs227368	C	T	7309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=70;PP=2617;SC=GGGATGGCTACGATCACTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=72;TCR=70;TR=142;WE=103611853;WS=103611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr4	103612018	rs227369	G	T	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=663;SC=TTGAAGGTAAGACTAAAGCAG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=103612026;WS=103612008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	103732704	rs201561589	T	TG	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.60;QD=33.89;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	103911069	rs2715591	C	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=11;PP=306;SC=TAGTTTCTTCCTGTGCAGTAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=103911077;WS=103911059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	103941410	rs57424390	G	GT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
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chr4	104003993	rs56412006	A	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
chr4	104004064	rs79460377	T	C	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TTCTTTCTTGTAGAGATGGCG;SOR=0.932;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=84;WE=104004072;WS=104004054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,119:0.75:159
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chr4	104013796	rs1054707	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=-1.197;SC=CTCAACTTCATTGGCAAACTG;SOR=0.784;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=9;WE=104013804;WS=104013786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr4	104016200	rs7668568	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
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chr4	104061845	rs3052340	CTTA	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr4	104061993	rs1381657	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
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chr4	104066890	rs2169508	T	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TATAACTATTTTGTTGTAATT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=7;WE=104066898;WS=104066880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr4	104079424	rs2251322	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.906;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr4	104082664	.	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=0.521;SC=TCACAGAGTTGGAAAATTCTT;SOR=0.287;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=16;WE=104082672;WS=104082654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr4	104510766	rs2765	G	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=346;SC=GACAGGACTGGTAAATAGGAG;SOR=1.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=104510774;WS=104510756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	104640665	.	G	A	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=59;PP=2066;ReadPosRankSum=2.277;SC=GTCCCAGCGCGGAAGGGGAGG;SOR=0.523;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=87;TCR=77;TR=122;WE=104640673;WS=104640655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,146:0.75:194
chr4	105393320	rs4282179	T	C	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	105393329	rs10693247	C	CTT	268.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	105393361	rs4413407	A	G	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	106154990	rs71971966	TATAGATAG	T	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=480;ReadPosRankSum=1.393;SC=TTAGTATTTTTATAGATAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=7;WE=106155005;WS=106154980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr4	106164980	rs17319679	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=891;ReadPosRankSum=0.593;SC=GCCACTGATAGGAAAGCCCAA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=45;WE=106164988;WS=106164970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr4	106196596	.	C	T	5182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=67;PP=2418;ReadPosRankSum=0.810;SC=ACAACTGCTCCCCATATCTGG;SOR=0.538;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=173;TCF=90;TCR=83;TR=134;WE=106196604;WS=106196586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,223:0.78:287
chr4	106196951	rs2454206	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,42:0.21:196
chr4	106292121	rs2726526	G	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	106317370	rs145622118	T	TATAAA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	106320399	rs1490593	G	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr4	106320446	rs1490594	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr4	106359209	rs2713862	T	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr4	106395181	rs4699179	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=1.955;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr4	106474096	rs6533206	T	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=10;PP=180;SC=CTGACAGGACTGAATACAACC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=106474104;WS=106474086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	106848314	rs4546247	C	T	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=202;SC=ACATACATAACACATGTGTGT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=106848322;WS=106848313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	106848703	rs10856978	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=17;PP=375;SC=TGTGAGCTGCCATTTTGCTGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=106848711;WS=106848693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	106861557	rs4627867	A	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=21;PP=676;SC=ATCTGCCAATATTATGTAGAT;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=106861565;WS=106861553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	106861730	rs4340795	A	G	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=25;PP=1083;SC=ATGTTATAACATACGTGGGTC;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=106861738;WS=106861720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	106891531	rs6817700	A	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=256;SC=ATTTTCTGCTATTTTTGCCAG;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=106891539;WS=106891521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	106892210	rs4449421	T	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=3;PP=317;SC=TTTCTTCATGTTAAAGGTATA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=106892218;WS=106892200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	106924931	rs17258724	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.21;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,68:0.76:90
chr4	107154273	rs13138528	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=667;SC=TAATCAGCAATAAACCCTTAA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=107154281;WS=107154263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	107156365	rs7668276	C	G	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=23;PP=762;SC=GGAAAGCACTCTCCTTCTCCA;SOR=0.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=47;WE=107156373;WS=107156355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	107157623	rs34307452	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=0.635;SC=TAAAGGGAGCGTGGCAGCTGC;SOR=0.883;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=10;WE=107157631;WS=107157613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr4	107165685	rs58634260	TA	T	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.923;NF=12;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-0.569;SC=ACAACCAATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=14;WE=107165694;WS=107165675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr4	107168431	rs3775091	G	C	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=1427;ReadPosRankSum=1.682;SC=TTCATTAATTGATCTGGGGTT;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=69;WE=107168439;WS=107168421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr4	107172377	rs13113845	C	G	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=25;PP=685;SC=ATTAACTGTACATATACCACA;SOR=2.133;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=31;WE=107172385;WS=107172367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	107258228	rs3737495	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TAATAGTTTCGGAATCAGTTC;SOR=0.734;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=23;WE=107258236;WS=107258218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr4	107268866	rs185429433	A	G	667.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=2.927;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=1.282;SC=TCCACTACCAAAAGACATTAG;SOR=0.193;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=17;WE=107268874;WS=107268856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr4	107279386	rs114682579	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=0.047;SC=TATAAATTCCATGATTCTTTC;SOR=0.430;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=107279394;WS=107279376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr4	108048977	rs2158182	A	C	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=506;ReadPosRankSum=2.509;SC=GCAAGATGTAAGGCTGAAGGC;SOR=0.653;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=34;WE=108048985;WS=108048967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,59:0.82:72
chr4	108581002	rs11291153	GC	G	1137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=11;PP=511;SC=CAACATCTTTGCCCCCCCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=19;WE=108581010;WS=108580992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	108608100	rs45502094	CTCTAACACT	C	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr4	108641169	rs2074372	C	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,11:0.17:65
chr4	108641300	rs973126	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,68:0.21:319
chr4	108641317	rs1127006	G	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.152;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,59:0.20:293
chr4	108641437	rs2074374	C	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.420;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr4	108641464	rs1319253	AA	GC	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=233;ReadPosRankSum=0.299;SC=GCGCTGACTTAAGCACGCGCC;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=7;WE=108641473;WS=108641454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr4	108853384	rs6849089	C	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=0.223;SC=TCCGGCCGCCCGCGCCCCCAG;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=3;WE=108853392;WS=108853374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr4	108868515	rs6856745	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr4	108926170	rs3775973	T	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=207;SC=ATGTTTATTTTATACTGTAAC;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=108926178;WS=108926160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	108931039	rs4956145	T	C	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	108935770	rs7677408	T	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr4	108935871	rs4956147	G	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=316;SC=ATATTGTGTAGTGGTGAAGTC;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=108935879;WS=108935861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	108944579	rs4956032	C	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=18;PP=1138;SC=ACCATTCTACCGAAGTTGCTT;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=108944587;WS=108944569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	108944821	rs4956033	C	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=233;SC=AAAGAAGGAGCATTGTATACT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=108944829;WS=108944811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	108944846	rs4956034	A	G	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=154;SC=GCTTGTCCACATGCTGTAAAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=108944854;WS=108944836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	108969590	rs4245927	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=404;SC=CGCAGATATGAGGGGAGAAAA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=108969598;WS=108969580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	108985388	rs4613638	A	G	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	108991979	rs2276335	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=425;SC=ATAGCAATAGCATATTTTATG;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=108991987;WS=108991969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	108999300	rs4956156	G	T	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=32;PP=2171;SC=ACCTGATATGGGATTAAATTG;SOR=1.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=83;TCR=32;TR=115;WE=108999308;WS=108999290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	108999366	rs4956157	G	A	5372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=69;PP=2298;ReadPosRankSum=2.466;SC=CACATGACTCGGCTACTTACC;SOR=0.479;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=143;WE=108999374;WS=108999356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,239:0.80:297
chr4	109000536	rs6819640	T	C	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	109002986	rs7681524	T	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=326;SC=TCCCCTTCCTTACCCTCCACC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=109002994;WS=109002976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	109010207	rs16996935	A	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	109478108	rs11731416	C	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,11:0.16:70
chr4	109541499	rs7677415	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,29:0.16:182
chr4	109576843	rs2851380	G	T	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=14;PP=417;SC=ATGATTTGGTGGTGGGAAAGA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=109576851;WS=109576833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	109588238	rs2851374	G	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=228;SC=GGTGAGGGGGGCAAAATATGA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=109588246;WS=109588228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	109664819	rs6533381	T	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=4;PP=351;SC=CAACAATAAGTGAACCTAATA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=109664827;WS=109664809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	109734959	rs2305437	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.432;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=1.013;SC=ACTACTGCCAGCAGGAAGAAG;SOR=0.039;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=13;WE=109734967;WS=109734949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr4	109735041	.	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=-0.745;SC=ATTAAAAATGGACCCTTATAT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=12;WE=109735049;WS=109735031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr4	109735133	rs2305436	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TTAGTAGTCTTGAATTAAAAT;SOR=1.085;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=6;WE=109735154;WS=109735123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr4	109735146	rs2305435	T	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr4	109745336	rs7689008	T	G	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.27;ReadPosRankSum=-1.048;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,130:0.76:171
chr4	109759469	rs4956063	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=111;ReadPosRankSum=0.622;SC=TTGTCTTGCACGAAACATTAA;SOR=0.974;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=11;WE=109759477;WS=109759459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr4	109762918	rs11942576	C	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=107;ReadPosRankSum=1.326;SC=GAATTGATTCCCTGTTTCCCA;SOR=1.150;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=13;WE=109762926;WS=109762908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr4	109765661	.	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=1.495;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr4	109766177	rs10015534	G	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=197;SC=TATACTTTGTGTATCACTGTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=109766185;WS=109766173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	109766290	rs11098004	T	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=-1.587;SC=GTAAGTAACATGTCAGTGTGT;SOR=0.903;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=13;WE=109766298;WS=109766280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,26:0.29:90
chr4	109767453	rs5860952	C	CA	4068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=49;PP=2406;SC=AACAGAATTCCGATCAATTTC;SOR=1.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=53;WE=109767461;WS=109767443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	109769832	rs78189306	A	G	341.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=236;ReadPosRankSum=-1.153;SC=ATCAATGCTCATGACATTTTG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=109769840;WS=109769822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr4	109782249	rs13133634	C	T	300.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TGAAAAACAACAGCAACCACC;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=109782257;WS=109782239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr4	109790129	.	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.46;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr4	109790346	rs72348233	CAATA	C,CAATAAATAAATA	630.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.42;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,10:0.38,0.62:16
chr4	109841743	rs17596705	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-2.660;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr4	109861557	rs113808298	A	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=0.728;SC=TACTCCACTCATCATCCCACT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=3;WE=109861565;WS=109861547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr4	109863599	rs113261936	CT	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.542;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
chr4	109931455	rs376144125	AC	A	433.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=409;ReadPosRankSum=-1.425;SC=TTGCAGAAAGACCTCCACACT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=109931465;WS=109931445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	109931457	rs4995475	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=423;ReadPosRankSum=-1.373;SC=GCAGAAAGACCTCCACACTGG;SOR=1.508;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=109931465;WS=109931445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	109969183	rs3096481	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.618;NF=6;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=1.251;SC=CCACCGCGACTGACCACTTTA;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=109969191;WS=109969173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr4	109969337	rs3108954	G	T	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=366;ReadPosRankSum=-2.230;SC=AGGACCTATGGGGGGAGCAGG;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=27;WE=109969345;WS=109969327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr4	109969456	rs3096482	T	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.619;SC=GAAGTTTTTTTAAATTCACTG;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=109969464;WS=109969446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	109971414	rs1863292	T	A	367.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=192;ReadPosRankSum=1.748;SC=ATAATTTATATATATTTTCTC;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=109971422;WS=109971404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	110370867	rs13123618	C	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=190;SC=TCATGGTGGTCCTGCCTTCAT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=110370875;WS=110370857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	110384047	rs70949082	G	GCTTTT	3958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=18;PP=1904;SC=GTAAATACTTGCTTTTTCAGG;SOR=1.153;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=37;WE=110384055;WS=110384037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	110437870	rs74400739	C	T	127.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5434;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ATGAAGTGTTCGCAGTTTGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=110437878;WS=110437860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	110581341	.	T	C	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=929;ReadPosRankSum=-1.169;SC=TTTCTTTTTTTCCTTAACAGA;SOR=0.499;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=63;WE=110581349;WS=110581331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,90:0.78:116
chr4	110585645	rs767598	G	A	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=9;PP=252;SC=CAGTGACGTCGTCATAGCTCA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=110585653;WS=110585635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	110602430	rs4698780	T	G	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	110603784	rs3733611	T	C	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=43;PP=1623;SC=ACATGAAATCTTTGGTTCACA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=110603792;WS=110603774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	110605744	rs13846	A	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CCAGTTACATACTTCATCACA;SOR=0.458;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=16;WE=110605752;WS=110605734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr4	110606394	rs3214165	C	CT	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.654;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	110608536	rs13151303	C	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=4;PP=595;SC=ATATATATTTCAGCCATTTGC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=110608544;WS=110608526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	110619534	rs2301717	T	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=342;SC=AATTATTTTTTACTTATGGCA;SOR=1.528;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=110619542;WS=110619524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	110635770	.	G	A	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=61;PP=1571;ReadPosRankSum=1.233;SC=TATGCTAGATGAAATCACCAA;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=45;TCR=76;TR=97;WE=110635778;WS=110635760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,125:0.77:162
chr4	110638810	rs2285714	C	T	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=29;PP=1463;SC=TGCCACAGGTCTCATAGCACC;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=110638818;WS=110638800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	110661937	rs551	G	A	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=5;PP=164;SC=AAAATATCCAGTGAGATTTGC;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=13;WE=110661945;WS=110661927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	110662294	.	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=431;ReadPosRankSum=-0.731;SC=AAGAGAAAATCACACATTTCC;SOR=1.650;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=27;WE=110662302;WS=110662284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr4	110670807	rs7441380	G	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=380;SC=ACCCATTAGCGTTTTTAACAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=110670815;WS=110670797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	110678819	rs5860990	CA	C	599.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=285;ReadPosRankSum=1.159;SC=AAAATGTGGTCATATCATGCT;SOR=0.395;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=8;WE=110678827;WS=110678809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr4	110678925	rs11098044	T	C	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=5;PP=109;SC=TTACCTTGAGTCACAGATGCA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=110678933;WS=110678915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	110678979	rs146158558	T	TTTTAA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=152;SC=AAAGGATAATTTTTGGAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=110678987;WS=110678969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	110679002	rs7437142	G	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=47;SC=GCACACTATAGCAATATACTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=110679010;WS=110678992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	110681505	rs2298749	C	T	4198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=74;PP=1939;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TGCAAACACCCGATTTGCAAT;SOR=0.620;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=75;TCR=96;TR=132;WE=110681513;WS=110681495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,191:0.79:241
chr4	110681618	rs4382037	C	T	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=39;PP=1244;SC=AGTAAAGTTGCTTTTCCTCTT;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=110681626;WS=110681608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	110682953	rs17610314	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=-1.721;SC=CTCATTCTCTATATAGGAGTT;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=15;WE=110682961;WS=110682943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr4	110737549	rs6828254	G	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	110765361	rs7681770	T	G	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=48;PP=1398;SC=TGAAATAAGATAAAAGGACAC;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=110765380;WS=110765351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	110765372	rs7657133	A	G	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=49;PP=1412;SC=AAAAGGACACACTATCAAAAC;SOR=1.265;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=76;WE=110765380;WS=110765351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	110772711	rs17040904	C	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=595;ReadPosRankSum=0.469;SC=CGAACCTCCCCGTGGACACTG;SOR=0.641;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=35;WE=110772719;WS=110772701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,45:0.80:56
chr4	110773067	rs4698797	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,29:0.17:171
chr4	110786290	rs7679048	C	T	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=24;PP=1351;SC=TAGAACGTTACGGCTGTAAAA;SOR=1.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=110786298;WS=110786280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	110786517	rs7679303	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=1.440;SC=ACTAATACGTACAATAATGAC;SOR=0.320;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=8;WE=110786525;WS=110786507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr4	110790911	rs764205	A	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,30:0.20:153
chr4	110865271	rs10470911	T	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=420;SC=TCATTTGAAGTCCACAAGATA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=110865279;WS=110865261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	110866178	rs4698755	A	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=4;PP=427;SC=TTCTAATAAGACAAGGAACAA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=110866186;WS=110866168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	110866442	rs4698756	G	A	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=38;PP=1070;SC=GTGAGTCATCGTTGACCTTGC;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=56;WE=110866450;WS=110866432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	110866508	rs4698800	C	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=21;PP=527;SC=GACAATGAGGCGTTGTAGGGG;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=110866516;WS=110866498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	110880364	rs2067004	T	C	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=22;PP=1208;SC=GATGCAGCTGTAGACGTTGTA;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=110880372;WS=110880354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	110882051	rs11568937	T	C	2786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=944;ReadPosRankSum=1.002;SC=TTTGGAATCATGGCTGTACTC;SOR=0.585;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=79;WE=110882059;WS=110882041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,130:0.80:162
chr4	110896050	rs10002971	A	C	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=36;PP=1155;SC=ACCAGAAACCAAGAAAATCCA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=110896058;WS=110896040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	110897315	rs11568993	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr4	110901198	rs2237051	G	A	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=48;NR=31;PP=1390;SC=CATCAGTAATGAGAGTAAACA;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=110901206;WS=110901188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	110914427	rs4698803	A	T	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.078;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=717;ReadPosRankSum=1.095;SC=CAACTGGGGGAGCACAGCTGT;SOR=0.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=110914435;WS=110914417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr4	111398208	rs10004516	A	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=21;PP=550;SC=GAGAACGGACAAGTCAAGTAA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=111398216;WS=111398198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	111398252	rs11734805	C	A	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=158;SC=CTTAAGCTCACATATCTGCTT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=111398260;WS=111398242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	111436565	.	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=1.228;SC=TTGAAGACTGGATAAAACCAG;SOR=0.807;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=7;WE=111436573;WS=111436555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr4	111437103	rs2348432	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	111454153	rs671841	A	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=310;SC=CTGGTAAAAGACATAATAAGA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=111454161;WS=111454143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	111469295	.	GTTTTTTTTTTTT	G	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	111480920	rs6533525	G	A	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=758;ReadPosRankSum=1.290;SC=CCAAGAAGGAGCAGAATGAAA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=51;WE=111480928;WS=111480910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,83:0.76:109
chr4	111781650	rs10213399	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=160;SC=TGTGGTCTGTCGTTGACTGGA;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=111781658;WS=111781640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	113066831	rs10002700	G	A	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	113153208	.	GGGA	G	69	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=21;MQ=60.26;NF=0;NR=3;PP=69;QD=28.6666666667;SC=GGCATTGAGCGGGAGGAGGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=3;WE=113153218;WS=113153198;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,3:0.17:18
chr4	113178966	.	T	TA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=1.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr4	113186198	rs116585845	C	T	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=433;ReadPosRankSum=-1.838;SC=GCAATATCATCCTTCCAACAA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=31;WE=113186206;WS=113186188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,58:0.79:73
chr4	113344685	rs1989924	C	T	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	113344826	rs1989925	A	G	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=28;PP=1083;SC=TACTCCTCAAACCCTGCTCTA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=113344834;WS=113344816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	113344925	rs1989926	C	T	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=26;PP=943;SC=AAAACTTCATCTTTCTTTTCA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=113344933;WS=113344915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	113346714	rs916868	T	C	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	113346996	rs10017209	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr4	113347496	rs9994944	A	G	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=11;PP=975;SC=ATCTAAGCCTAAGTTTTCCTA;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=113347504;WS=113347486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	113347609	rs35182774	C	CT	1342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=2.969;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,93:0.58:161
chr4	113349020	rs4834277	C	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=424;SC=AGCACTGTAACAGACACTCAG;SOR=4.294;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=113349028;WS=113349010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	113350154	rs35133578	C	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=0.305;SC=GGTCTTTAGACCCACTTACTC;SOR=0.489;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=9;WE=113350162;WS=113350144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr4	113350415	rs11944513	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,25:0.22:116
chr4	113350498	rs17444613	C	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr4	113352397	rs2074388	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=293;ReadPosRankSum=0.772;SC=TACAGCAATGGTGAGGGAGCT;SOR=0.803;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=26;WE=113352405;WS=113352387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr4	113352628	rs13148353	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,29:0.23:125
chr4	113352899	rs2074379	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.306;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,31:0.30:104
chr4	113353052	rs17044681	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-1.820;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,27:0.21:128
chr4	113353285	rs11726117	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,25:0.17:150
chr4	113356495	rs11098156	G	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=-0.741;SC=AATGTAAGATGAGCTAACCTT;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=9;WE=113356503;WS=113356485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr4	113359703	rs231247	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=1.760;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,26:0.12:208
chr4	113362316	rs1486868	A	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,69:0.28:244
chr4	113362463	rs11730442	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=2.100;SC=TCACTTTAAGTCCTGCATTTA;SOR=0.180;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=5;WE=113362471;WS=113362453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr4	113436044	rs901474	T	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=8;PP=802;SC=CGGCGCTGGCTCCTCCCGGGC;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=113436052;WS=113436034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	113483446	rs6838559	C	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=145;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CATTTATATACTGTACTTTTA;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=113483454;WS=113483439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr4	113502707	rs58897804	T	G	82.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TACTATTAAATTATACTTTTA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=113502715;WS=113502697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	113524723	rs17669218	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-1.751;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,39:0.24:163
chr4	113539969	rs7696816	T	C	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=971;ReadPosRankSum=1.790;SC=ACTGCTTTCATTGAATGAAGG;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=54;WE=113539977;WS=113539959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,64:0.80:80
chr4	113545165	rs6853745	T	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAACTTGGATTTGAAAATTCA;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=113545173;WS=113545155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr4	113549989	rs12054518	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=413;ReadPosRankSum=-0.583;SC=ATATCTACAAGATTTTAAAGA;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=27;WE=113549997;WS=113549979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr4	113554385	rs13104310	A	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	113568359	rs141178932	G	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=850;ReadPosRankSum=0.028;SC=TTACAGAAGAGAAGAAAAAGA;SOR=0.469;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=50;WE=113568367;WS=113568349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,92:0.79:116
chr4	113569135	rs13136737	G	T	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=39;PP=1438;SC=GGGCGTTAACGCAATTGCTGA;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=76;WE=113569143;WS=113569125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	113570639	rs4513633	C	A	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=72;SC=AGATATTTCCCTATTTACTTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=113570647;WS=113570629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	113578482	.	G	GA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=0.398;SC=GAATATGATTGAAAAAAAAAA;SOR=0.653;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=113578490;WS=113578472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr4	114067233	rs3112981	G	A	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=504;ReadPosRankSum=-0.192;SC=TCATTGGTCAGACCTCTAAAC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=32;WE=114067241;WS=114067223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr4	114176848	rs34725737	GA	G	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr4	114185878	rs11452087	C	CA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.797;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr4	114254454	.	A	ATG	166.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr4	114267023	rs9968405	G	A	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	114276335	.	C	T	3147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=-1.888;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,144:0.78:184
chr4	114278672	.	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,67:0.16:416
chr4	114286357	rs34201791	ATG	A	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.955;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr4	114309839	rs6533681	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=249;SC=ACTTTTCTTCCGGAAAAAATT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=114309847;WS=114309829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	114310106	rs70961814	C	CTG	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.55;ReadPosRankSum=2.594;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr4	114375461	rs112087287	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr4	114426077	rs5861139	CA	C	237.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr4	114458402	rs734348	G	A	139.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=2.287;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr4	114530150	rs3764805	T	A	87.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=1.282;SC=CAATGCTGAGTAGTATCCTCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=114530158;WS=114530144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	114530230	rs3764806	G	A	496.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5169;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=285;ReadPosRankSum=-0.466;SC=AATTTGGACTGTACAGTGAGA;SOR=0.407;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=19;WE=114530238;WS=114530220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr4	114823667	rs61730233	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr4	114824223	.	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-1.906;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,21:0.16:129
chr4	115544714	rs6851610	A	G	5515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=0.098;SC=ACCTGCTGCCAGAGAAGTCCA;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=94;TCR=72;TR=164;WE=115544722;WS=115544703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr4	115586696	rs4833463	A	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=218;SC=ATTTGCTGTTACCAAAGCATG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=115586704;WS=115586686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	115586972	.	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.144;QD=3.95;ReadPosRankSum=1.447;SOR=0.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr4	115589159	rs6831964	C	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	115589302	rs11098261	A	G	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=36;PP=1471;SC=TTGAAACTATATATCATGGTG;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=75;WE=115589310;WS=115589292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	115769330	rs10022934	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr4	115773829	.	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=1.139;SC=ACCAATGTATTTCATAAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=115773837;WS=115773819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	115792095	.	G	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.239;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=889;ReadPosRankSum=1.760;SC=AATGGGTCATGAAAATGCTGA;SOR=1.389;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=47;WE=115792103;WS=115792085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,60:0.80:75
chr4	115792154	rs17047425	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5042;FS=2.500;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=439;ReadPosRankSum=0.492;SC=TGCTTAAGCTTAAAAGTAGCA;SOR=2.015;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=21;WE=115792162;WS=115792144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr4	115891740	.	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=512;ReadPosRankSum=0.418;SC=CTCTTCAGTCCCTTTAAAACA;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=31;WE=115891748;WS=115891730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,43:0.81:53
chr4	115898522	rs13115130	A	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=266;SC=TGAGTAAAACAAAATGATATG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=115898530;WS=115898512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	118976252	rs75853426	G	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=8.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-2.403;SOR=0.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr4	119035948	rs5861378	T	TC	4636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=51;PP=1429;SC=GGATAATATTTCCCCCCCTAA;SOR=0.830;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=77;WE=119035956;WS=119035938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	119158345	rs138955155	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.902;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,29:0.17:167
chr4	119161619	rs641962	A	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=149;SC=ACAAAGATTGATTTTTAATTA;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=119161627;WS=119161609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	119174640	rs5861382	CT	C	179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=2;PP=61;SC=TGTGTGTATTCTTTTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=119174648;WS=119174630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	119176703	rs7684275	A	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=596;ReadPosRankSum=2.035;SC=TATGAAATGTAATAAACAAAA;SOR=0.391;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=36;WE=119176711;WS=119176693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr4	119203479	rs71608358	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.766;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr4	119216054	rs3828500	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=247;ReadPosRankSum=2.628;SC=AACTGATGAATAGAAGCTACA;SOR=0.385;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=19;WE=119216062;WS=119216044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr4	119217114	rs788665	C	G	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=29;PP=856;SC=ATGTCAAAATCCCTTTTCTCT;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=119217122;WS=119217104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	119237348	rs2292597	T	C	4641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=38;PP=2157;SC=TAAATCCCAATTGTCGACAAA;SOR=1.185;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=111;WE=119237356;WS=119237338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	119239788	rs972813	A	G	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=675;ReadPosRankSum=-1.047;SC=TGTCCCTAGTAAAAGCATTAT;SOR=0.563;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=44;WE=119239796;WS=119239778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,69:0.83:83
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chr4	119401424	rs7659489	T	A	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=24;PP=1813;SC=TTTCTGTTTCTTCTGCTTTAG;SOR=1.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=90;WE=119401432;WS=119401414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	119401616	rs115540404	T	C	2908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=68;PP=1538;SC=TCAGTCACTGTGACATTAAAT;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=101;WE=119401624;WS=119401606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	119409612	.	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.308;NF=15;NR=18;PP=384;ReadPosRankSum=-0.542;SC=AGACTTGCTGGGGATTCAAAC;SOR=0.507;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=33;WE=119409620;WS=119409602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,41:0.29:142
chr4	119409830	rs112805522	A	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=279;SC=TTACTAGACTACTAGTAGATA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=119409838;WS=119409820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	119414256	rs113100030	AAGG	A	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=338;SC=TTGGATTGATAAGGAGGAGGG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=119414266;WS=119414246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	119414828	rs145087150	G	A	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.69;QD=29.06;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr4	119435061	rs147652632	C	T	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.42;QD=24.75;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	119435092	.	T	TCAA	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.66;QD=36.73;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	119435862	rs202102941	A	G	121.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.03;QD=20.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	119436130	rs72551018	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.14;QD=25.73;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	119436487	rs2728182	T	C	117.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.40;QD=19.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	119436589	rs2728184	G	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.66;QD=40.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	119444456	rs28720014	G	A	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.59;QD=25.23;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	119461284	rs60711916	G	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=8;PP=988;SC=AATAACTTCTGTCTAATTATA;SOR=2.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=45;WE=119461292;WS=119461274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	119472407	.	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.556;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=-3.061;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.911;SOR=1.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr4	119475387	rs3753546	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQRankSum=-2.905;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	119475430	rs2787272	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.19;QD=25.23;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	119609039	rs9968326	G	A	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=24;PP=805;SC=AGGCTATCCAGTGCATTGCAA;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=50;WE=119609047;WS=119609029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	119609182	.	C	CT	325.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=-1.708;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,23:0.82:28
chr4	119615544	rs57581623	T	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=301;SC=TTACTGATATTAACTTCAGTT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=119615552;WS=119615534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	119618385	.	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.976;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AACTAACACCCAAATTTGATG;SOR=0.492;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=32;WE=119618393;WS=119618375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,48:0.27:179
chr4	119666217	.	TA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.803;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr4	119673982	.	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,37:0.18:202
chr4	119736598	rs6843524	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=1.721;SC=GCACCCTGTCCGCCTTACCCT;SOR=1.148;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=9;WE=119736606;WS=119736588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr4	119736796	rs2389688	A	C	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=924;ReadPosRankSum=0.204;SC=GCAAAATGGAAGGCTGTGGAG;SOR=0.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=68;WE=119736804;WS=119736786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,103:0.82:126
chr4	119737860	rs3775840	G	A	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.76;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr4	119737885	rs3775839	T	C	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=504;ReadPosRankSum=1.874;SC=ACAGTGGAGCTTTCCATGACT;SOR=0.404;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=34;WE=119737893;WS=119737875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr4	119944611	rs1459058	G	T	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=31;PP=1337;SC=AAGCCTCTGGGTCTGGGCTCT;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=81;WE=119944619;WS=119944601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	119950975	rs111780874	A	AT	434.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr4	119951631	.	G	A	4563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=60;PP=2572;ReadPosRankSum=-2.022;SC=TTCCCCAACAGAATGGCTTCA;SOR=0.615;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=202;TCF=125;TCR=77;TR=154;WE=119951639;WS=119951621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,200:0.75:267
chr4	119951647	rs7698598	A	G	6058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.835;SC=CTTCAGTGGGACATCTGAGAC;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=243;TCF=148;TCR=95;TR=187;WE=119951655;WS=119951637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,262:0.78:338
chr4	120071926	rs6853794	T	C	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
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chr4	120169906	rs113583516	A	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=308;ReadPosRankSum=0.171;SC=TTCCCAGACGATATTTGCACA;SOR=1.029;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=29;WE=120169914;WS=120169896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,41:0.23:176
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chr4	120177708	rs7668423	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=1.286;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=283;ReadPosRankSum=0.094;SC=TAATTATCAACGATATTAATA;SOR=1.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=18;WE=120177716;WS=120177698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr4	120189732	rs7690674	T	A	124.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=0.366;SC=CTCTGAGAGCTGTAGTTTTAC;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=120189740;WS=120189722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	120192436	rs199580098	A	AT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,15:0.19:79
chr4	120194718	rs35610634	G	GT	2155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.106;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=506;ReadPosRankSum=-1.545;SC=AACAAATGTTGTTTTTTTTTA;SOR=0.328;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=35;WE=120194726;WS=120194708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr4	120220085	rs111948904	A	AAAAC	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=276;ReadPosRankSum=2.067;SC=TCAGGTCATAAAAACACACAC;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=120220097;WS=120220075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr4	120240131	rs2964	T	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=160;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GTGAAATAAATAGTTCTGGTA;SOR=0.904;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=13;WE=120240139;WS=120240121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr4	120240181	rs1511024	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=180;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TTGGACTGTGCGCCAAGAATA;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=16;WE=120240189;WS=120240171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr4	120240238	rs1511025	T	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CTCCTTCATATACATAAGTCT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=13;WE=120240246;WS=120240228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr4	120240802	rs71595363	C	CATAATAATAATA	212.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.64;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr4	120241849	rs4834770	A	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CGTCTGCTAGATTGTAATTAA;SOR=0.495;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=14;WE=120241857;WS=120241839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr4	120241902	rs1799883	T	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=213;ReadPosRankSum=-0.370;SC=TTTCGAAAAGTGCTTGATTCT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=20;WE=120241910;WS=120241892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr4	120242145	rs10006259	C	T	182.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=45;SC=ATTGCTTCTACAGAAGTTCAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=120242153;WS=120242135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	120243336	rs5861422	TA	T	2780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.733;NF=2;NR=33;PP=1356;ReadPosRankSum=0.726;SC=TTTCTTATCTTAGAACCAACT;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=35;WE=120243344;WS=120243326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,80:0.66:121
chr4	120243389	rs5861423	A	ACTACT	1038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=964;ReadPosRankSum=-0.635;SC=AAATCACCTAACTATGTCAAG;SOR=1.547;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=18;WE=120243397;WS=120243378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr4	120243417	rs5861424	T	TTC	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=676;ReadPosRankSum=0.357;SC=TTAATTCTTATTAATTAATTC;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=13;WE=120243427;WS=120243407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr4	120243419	rs1973598	A	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=665;ReadPosRankSum=1.123;SC=AATTCTTATTAATTAATTCTT;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=9;WE=120243427;WS=120243407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr4	120255513	rs201825016	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=15.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQRankSum=-4.306;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.344;SOR=4.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr4	120265259	rs10028773	C	G	129.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.84;QD=21.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	120265322	rs10006524	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.825;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.788;NF=2;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=1.717;SC=GTCAAAATTTACTGTGCGATG;SOR=1.461;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=6;WE=120265330;WS=120265312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr4	120423686	.	T	TA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.001;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr4	120446868	rs3832310	GA	G	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.697;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr4	120463856	rs2622497	A	C	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=576;SC=GACTTTAACAAACACACCCAA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=120463864;WS=120463846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	120484174	rs114276127	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.194;SC=ATTGTAATTATTAAAGCACAA;SOR=1.402;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=120484182;WS=120484164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
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chr4	120548074	rs3839163	A	AAAAAC	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.284;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=348;ReadPosRankSum=-2.057;SC=TCCTTAGGAAAAAAACAAAAC;SOR=3.912;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=120548082;WS=120548064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
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chr4	122137662	rs7663440	T	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=1.860;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
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chr4	122251500	rs56169343	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=168;ReadPosRankSum=1.775;SC=AAGTGAACAGCGACACATTTC;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=15;WE=122251508;WS=122251490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr4	122254119	rs33977434	G	A	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=1171;ReadPosRankSum=1.944;SC=GGATGACAAGGATGAAGGTGG;SOR=0.528;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=71;WE=122254127;WS=122254109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,112:0.71:158
chr4	122254262	rs76291924	A	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=525;ReadPosRankSum=-1.206;SC=GCATCAAAAAACAGAAATCAG;SOR=0.392;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=30;WE=122254270;WS=122254252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr4	122255895	rs56351803	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.554;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr4	122257942	rs4558890	A	C	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.09;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	122257942	.	ACATCTCAA	CCATCTCAA,CCATCTCAG	882	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=53,14;NR=22,4;PP=882,228;QD=12.2236161673;SC=ATATGATTATACATCTCAACT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=75,18;WE=122257958;WS=122257932;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:76
chr4	122257950	rs2302309	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=4.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,35:0.26:137
chr4	122258063	rs4490481	A	G	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1206;ReadPosRankSum=1.540;SC=GACTCAGTTGAGTAAAACACA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=76;WE=122258071;WS=122258053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,110:0.71:156
chr4	122261475	rs2276957	T	C	387.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=346;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GGGAAAGCACTGAAACTCTCA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=122261483;WS=122261465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr4	122261785	rs2276955	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,16:0.16:100
chr4	122301622	rs17438900	A	C	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1298;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GCATTGCCAAAGAGCGCCAGG;SOR=0.504;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=86;WE=122301630;WS=122301612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,117:0.79:148
chr4	122590883	.	TA	T	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr4	122599447	rs13109053	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=382;ReadPosRankSum=0.322;SC=CAGAATCATCGCAGTAAGAAT;SOR=1.197;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=21;WE=122599455;WS=122599437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr4	122617493	rs2306413	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=297;SC=TCACCAGCTGTTGCGCGCGAA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=122617501;WS=122617490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	122617631	rs2306415	C	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,16:0.16:99
chr4	122681373	rs4342205	T	C	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=15;PP=1289;SC=AGATCCACCATCATCTTCTTC;SOR=1.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=122681381;WS=122681363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	122683007	rs4370153	G	A	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=41;PP=1071;SC=TAGTGCAACAGCCAAGATTGT;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=122683015;WS=122682997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	122687238	rs13108419	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GTGTCGGGTTACTCATGAGGC;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=17;WE=122687246;WS=122687228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,27:0.25:110
chr4	122687491	rs4833772	G	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.679;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr4	122722693	rs3811742	C	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,49:0.23:210
chr4	122723106	rs67772833	G	A	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=841;ReadPosRankSum=0.556;SC=ATACACATTCGGAAGGGAGAA;SOR=0.830;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=52;WE=122723114;WS=122723096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,61:0.80:76
chr4	122732899	rs4295291	A	G	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=107;SC=TTTTAGTATAAGCAAGCTTTA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=122732907;WS=122732889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	122735225	rs141260260	C	CTTA	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=103;SC=TTATGGCACACTTACTATATA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=122735233;WS=122735215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	122737278	rs3217780	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.7354;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=2.747;SC=GCCTGGCTAATTTTTCTATTA;SOR=0.804;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=122737286;WS=122737268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr4	122737487	rs71985276	C	CT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.361;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr4	122739121	rs3217773	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=173;ReadPosRankSum=0.922;SC=TGGCAGATTCATGAATAAGGT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=11;WE=122739129;WS=122739111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr4	122739183	rs3217772	C	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=0.167;SC=GCTTCAATATCCAAGTTAATT;SOR=0.449;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=10;WE=122739191;WS=122739173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr4	122740162	rs2071486	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=1.036;SC=CCTTTGATAACGGCTCTGTAG;SOR=2.428;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=15;WE=122740170;WS=122740152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr4	122740454	rs1396080	T	G	278.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CTAGGTTCCTTTACAAAGGAA;SOR=1.329;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=122740462;WS=122740444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr4	122742217	rs769242	T	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=45;PP=1496;SC=TCTTCTAATATAATTGACATG;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=122742225;WS=122742207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	122749436	rs2706793	G	T	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=31;PP=1314;SC=TATTTAAAATGAAAAACAGAA;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=122749444;WS=122749426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	122749541	rs1507994	C	T	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=1136;ReadPosRankSum=-1.723;SC=CAGTCCACGACGACACATGTA;SOR=0.430;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=68;WE=122749549;WS=122749531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,123:0.69:178
chr4	122754530	.	A	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,44:0.28:157
chr4	122769967	rs6824258	T	C	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.90;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,74:0.82:90
chr4	122776067	rs4833236	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=1.150;SC=TATCATTTTAAAAAGTACTAT;SOR=1.755;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=4;WE=122776075;WS=122776057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr4	122782879	rs56159666	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=494;ReadPosRankSum=-1.838;SC=TTACTTTATTGTGAGCATTTT;SOR=0.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=35;WE=122782887;WS=122782869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,53:0.77:69
chr4	122791601	rs2271176	G	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=0.607;SC=CCGCGCCTAGGTCCTGGGCTG;SOR=0.877;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=9;WE=122791609;WS=122791591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr4	122824052	rs11732666	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,21:0.21:98
chr4	122831281	rs1507993	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=-0.118;SC=TCCCAAAACACAAGGGGACCC;SOR=0.699;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=8;WE=122831289;WS=122831271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr4	122854116	rs13121031	G	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,60:0.24:249
chr4	122872719	rs1396082	G	A	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-1.755;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr4	123108762	rs7670081	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=351;SC=AAATTAAATAGTTTTGTGGAG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=123108770;WS=123108752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	123130886	rs7656479	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=1.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr4	123140739	rs6534345	G	C	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=30;PP=1066;SC=GTTTACACATGAAAGTAGTCT;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=123140747;WS=123140729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	123145751	rs7658836	T	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-1.565;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,32:0.26:123
chr4	123150286	rs6848868	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=149;ReadPosRankSum=-0.858;SC=TTGAGTTGTATTCCTGGGCCT;SOR=0.732;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=13;WE=123150294;WS=123150276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr4	123175900	rs66570627	G	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=311;ReadPosRankSum=-1.071;SC=AGGTATGGGAGATTGTTTGGA;SOR=0.887;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=18;WE=123175908;WS=123175890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr4	123176566	rs45500303	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.676;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr4	123178574	rs45534531	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,50:0.25:197
chr4	123184245	.	C	T	275.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=0.916;SC=CAACTAATCTCTCATACCTTA;SOR=1.981;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=123184253;WS=123184235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr4	123185682	rs7664976	C	A	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=557;SC=TCTAGTGAGGCTATACCTTAC;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=123185690;WS=123185672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	123187869	rs7683061	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr4	123192383	rs45574236	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=6.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,29:0.23:125
chr4	123222417	rs10718670	TA	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=1.509;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr4	123229132	rs7688384	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=0.798;SC=ATTATAAGGCCGCCTATGACA;SOR=0.638;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=9;WE=123229140;WS=123229122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr4	123246971	.	G	GT	119.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.97;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	123329214	.	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.614;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr4	123333671	rs2086346	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GCTGTTAGGTACAGGTAGATT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=123333679;WS=123333661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr4	123536963	rs4833837	G	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=508;SC=CCTTCTGAAAGCAGGAAAAAG;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=123536971;WS=123536953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	123664109	rs34296401	G	C	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.127;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.414;SC=ATCAGCCTGTGCGAATAGTTC;SOR=0.833;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=58;WE=123664117;WS=123664099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,82:0.74:111
chr4	123664204	rs309370	G	A	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=1135;ReadPosRankSum=-1.153;SC=GATAGCATGCGGCTTCAAGAA;SOR=0.568;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=68;WE=123664212;WS=123664194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,122:0.67:181
chr4	123664247	rs309371	G	A	5409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=3.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.32;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,140:0.71:198
chr4	123664256	rs17006092	G	A	5454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.69;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,141:0.72:197
chr4	123664457	rs13135445	C	T	3229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=1437;ReadPosRankSum=-1.588;SC=ACGGGGTCTGCGTGACCTTCT;SOR=1.054;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=84;WE=123664465;WS=123664447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,140:0.79:178
chr4	123748086	rs1449683	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GACACCCATCCGTGAACCCCA;SOR=0.419;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=14;WE=123748094;WS=123748076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr4	123748616	rs2922979	C	G	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=708;ReadPosRankSum=-1.864;SC=GACCCTAGCGCTCCGTGTGGT;SOR=0.279;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=42;WE=123748624;WS=123748606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,62:0.83:75
chr4	123748670	rs114399263	C	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=401;ReadPosRankSum=-0.932;SC=CACCACTCACCCCCTCCTTTC;SOR=0.250;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=25;WE=123748678;WS=123748660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr4	123838758	rs12648093	A	G	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=22;PP=818;SC=TGGTGAAAGCAGAAGCCCAGG;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=123838766;WS=123838748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	123843716	rs13134412	T	C	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=83;PP=1983;SC=CCCAGCTCAGTGGCTGCCGCA;SOR=2.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=20;TCR=83;TR=103;WE=123843724;WS=123843706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	123854495	rs1563706	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=239;SC=ATTCTTTTGATTAAGTCTATA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=123854503;WS=123854485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	123868279	rs11098682	G	T	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=73;SC=GGACTTAGTAGCCTGGACAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=123868287;WS=123868272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	123949556	rs1472949	G	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=41;PP=1191;SC=TAAAGGTAGGGTGTTAAATTT;SOR=1.547;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=56;WE=123949564;WS=123949546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	124235009	.	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,16:0.23:69
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chr4	126241320	.	G	A	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.364;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.367;NF=34;NR=30;PP=1115;ReadPosRankSum=0.732;SC=TATAATAAAAGGAAATGAAGA;SOR=0.482;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=64;WE=126241328;WS=126241310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,97:0.87:112
chr4	126241871	rs2710555	C	T	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=89;PP=2965;SC=ACATTCCCATCGGTACATCTG;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=170;WE=126241879;WS=126241861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr4	126315034	rs925243	T	C	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=20;PP=901;SC=ACCAGAGTTTTACTGCTCAGG;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=126315042;WS=126315024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	126315282	rs925242	A	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=11;PP=243;SC=TGCAGAAAACATGGAAGTGCC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=126315290;WS=126315272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	126319857	rs11946554	C	T	305.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5132;FS=3.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=191;ReadPosRankSum=2.448;SC=GTCTTGATTGCGTGGATTCCT;SOR=2.093;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=11;WE=126319865;WS=126319847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr4	126328094	rs144922340	C	T	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=1027;ReadPosRankSum=-2.798;SC=GTTTTCGCATCGACCCAGAAT;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=60;WE=126328102;WS=126328084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,78:0.80:98
chr4	126329789	rs958415	T	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=21;PP=600;SC=GAGCAGAAGATGGTGGGGGAC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=126329797;WS=126329779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	126335978	rs4605670	G	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=3;PP=556;SC=AAAAGTTTTGGTATAGCTTGT;SOR=2.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=126335986;WS=126335968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	126336703	rs17009618	T	C	4400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=63;PP=2026;ReadPosRankSum=1.543;SC=GCATTGTTAATGGTAATACCA;SOR=0.840;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=140;WE=126336711;WS=126336693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,198:0.76:259
chr4	126336990	rs10010000	G	T	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=36;PP=1010;SC=AGCAAGTATTGTCTTAATTAT;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=38;WE=126336998;WS=126336980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	126337555	rs7675556	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=4;PP=621;SC=TTATTTCATGAGATGCATTGT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=126337563;WS=126337545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	126355609	rs7656135	T	G	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.870;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=59;PP=1622;ReadPosRankSum=1.233;SC=GTAAAGTTTGTCTGTTTTCTC;SOR=2.165;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=75;WE=126355617;WS=126355599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr4	126369554	rs115240175	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=1.883;SC=ATGCACTTATCTGCTACCAAA;SOR=0.425;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=126369562;WS=126369544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr4	126369872	rs988863	G	C	8333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=95;PP=2965;SC=TCCCTAAAGTGAGAGCCAAAG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=106;TCR=95;TR=201;WE=126369880;WS=126369862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr4	126370473	.	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,42:0.22:188
chr4	126371814	rs73849225	C	T	5390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=82;PP=2474;ReadPosRankSum=0.794;SC=AACAGTTATCCACCTAAATGC;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=92;TCR=100;TR=158;WE=126371822;WS=126371804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,240:0.81:296
chr4	126373570	rs75380987	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=239;ReadPosRankSum=0.660;SC=AAGGTGGAATCTGTGGATCAT;SOR=0.995;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=23;WE=126373578;WS=126373560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,31:0.23:133
chr4	126373789	rs12650153	G	A	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=28;PP=1304;SC=CCTTGCCACAGTGGTGGAACC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=126373797;WS=126373779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	126389627	rs6814158	A	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=14;PP=877;SC=TAAAATTTTCATGAAATTTTA;SOR=1.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=52;WE=126389635;WS=126389617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	126390010	rs35304021	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=330;ReadPosRankSum=1.292;SC=TGTATATCCAACTGGATCTTC;SOR=2.147;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=13;WE=126390030;WS=126390000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr4	126390022	rs34927272	A	G	249.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=279;ReadPosRankSum=0.537;SC=TGGATCTTCAAATAAAGTATG;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=126390030;WS=126390000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr4	126397321	rs17009761	C	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=648;ReadPosRankSum=0.236;SC=TCTCTTGCTTCGTAGGCAGCC;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=48;WE=126397329;WS=126397311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,80:0.70:114
chr4	126400825	rs1506361	G	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	126402921	rs11098815	T	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr4	126408586	rs17009825	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.231;SOR=1.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,25:0.16:157
chr4	126411690	.	G	A	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1246;ReadPosRankSum=0.525;SC=ACATGACTGTGAGGAAGCAGC;SOR=0.815;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=71;WE=126411698;WS=126411680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,96:0.78:123
chr4	126412089	.	C	T	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=60;PP=1929;ReadPosRankSum=1.007;SC=ACAGTCCAGCCCCTTTCTCCA;SOR=0.504;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=117;WE=126412097;WS=126412079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,175:0.71:245
chr4	126412575	rs1014866	A	G	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=38;PP=1349;SC=ATACTTCCAGAATGCCCAAAT;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=126412583;WS=126412565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	126413027	.	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=362;ReadPosRankSum=-0.531;SC=AGGCCAGTATGGACTAGTGGT;SOR=2.636;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=17;WE=126413035;WS=126413017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr4	128544514	rs12650360	C	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr4	128544696	rs4834207	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.506;SC=CTTGCCCCGGAAATGTTGGCG;SOR=0.427;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=17;WE=128544704;WS=128544686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr4	128554404	rs2255457	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr4	128565000	rs3749507	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=0.623;SC=TCCAACAGCGATACAAAGATG;SOR=0.676;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=33;WE=128565008;WS=128564990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,51:0.32:158
chr4	128584580	rs4833380	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.557;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr4	128621272	rs12331481	A	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr4	128635022	rs34240473	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr4	128651824	.	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,16:0.16:98
chr4	128685453	.	C	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,58:0.75:77
chr4	128689936	rs2305958	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.708;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,11:0.15:75
chr4	128807219	rs3811740	T	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,30:0.21:143
chr4	128814964	rs17012739	G	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=2.208;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,39:0.19:203
chr4	129012181	rs2306054	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr4	129029009	rs34678812	G	GA	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.322;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=313;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TCCCTCTTGGGAAAAAATGTG;SOR=1.456;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=15;WE=129029017;WS=129028999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,27:0.24:114
chr4	129043286	rs3733320	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr4	129043601	rs3832282	T	TG	805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=14.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=2.915;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.008;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr4	129043614	rs3733321	G	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=10.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=3.110;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr4	129043617	rs3733322	T	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=9.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=3.008;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr4	129043809	rs12509092	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.854;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr4	129100643	rs12645577	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,35:0.22:160
chr4	129805716	rs167618	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=157;SC=ATAAACAATCGGTAAGTAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=129805724;WS=129805706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	129867280	rs10028124	T	A	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=834;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTGTAATCACTCTCATTTCCT;SOR=0.608;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=56;WE=129867288;WS=129867270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,100:0.82:122
chr4	129873433	rs10857134	A	G	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=851;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TTATTCTCCTATAAGCAAGGT;SOR=0.491;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=52;WE=129873441;WS=129873423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,68:0.84:81
chr4	129878342	rs35006492	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.272;SC=AATAACAGGTGAAAACCTATC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=129878350;WS=129878332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	129924852	rs3099900	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=0.386;SC=TTTAAAAAGGTATGTTAATTC;SOR=0.120;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=7;WE=129924860;WS=129924842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr4	129924977	rs3113487	C	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=2.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,54:0.29:184
chr4	130023759	rs1757935	A	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=1.654;SC=TCTTTTAGAGACTTCAGATGG;SOR=0.828;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=17;WE=130023767;WS=130023749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr4	130030652	rs337277	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.011;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,21:0.20:104
chr4	133367588	rs1827132	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=10;PP=450;SC=AGTCCTGAATTGCAGGTGCCA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=133367596;WS=133367578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	133367655	rs1827133	G	A	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=13;PP=420;SC=TGGGCACTGGGGGAAGGAGAA;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=28;WE=133367663;WS=133367645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	133368361	rs70948202	T	TC	824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=640;SC=TGGGTAAGGCTTGAGACTTGC;SOR=1.931;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=133368369;WS=133368351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	134074058	rs3749589	A	G	747.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=498;ReadPosRankSum=2.853;SC=TTGTGGGAGCAGAGATGGGCG;SOR=0.784;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=30;WE=134074066;WS=134074048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,33:0.89:37
chr4	134076285	rs2271172	C	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=1.000;SC=AGGTCTAATGCTGGTAACTCT;SOR=0.836;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=16;WE=134076293;WS=134076275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr4	134085208	rs4461537	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=-2.413;SC=ATTGTAGTGACAACAATAGGT;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=17;WE=134085216;WS=134085198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr4	135121066	rs11099273	T	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=539;ReadPosRankSum=0.649;SC=TCTTTCCTAGTGTCTCTGGGC;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=30;WE=135121074;WS=135121056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,49:0.82:60
chr4	135121368	rs2044116	G	T	4234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=1830;ReadPosRankSum=-1.114;SC=CCTGTCGCTCGACTTTCTTTT;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=122;WE=135121376;WS=135121358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,188:0.81:231
chr4	135121601	rs10009368	C	T	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TTTATGTAAACATTGGTGAAT;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=92;WE=135121609;WS=135121591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,138:0.73:189
chr4	138449510	rs58884168	T	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr4	138449683	rs10018837	A	G	7604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=80;PP=2965;SC=CCTTCACCCAACAGCCTATCT;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=174;WE=138449691;WS=138449673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr4	138449812	rs10006580	C	G	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=62;PP=2128;ReadPosRankSum=1.689;SC=AGATAAATCACAAAAAAAAAT;SOR=0.321;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=107;WE=138449820;WS=138449801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr4	138453453	rs28566714	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,29:0.25:115
chr4	139100372	rs4479754	C	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=339;SC=AATTCTTACCCGACATTATTC;SOR=2.531;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=139100380;WS=139100362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	139103366	rs10016559	A	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=4;PP=259;SC=AGAAAGTAAAATACTATCTAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=139103374;WS=139103356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	139140388	rs10025342	G	A	5670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr4	139163377	rs41280525	C	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=293;ReadPosRankSum=0.367;SC=CAAAGGTGTGCTTTTTCCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=20;WE=139163385;WS=139163367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr4	139482958	rs7694744	G	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=804;ReadPosRankSum=0.016;SC=TGACTACATCGCCGGGATGTC;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=49;WE=139482966;WS=139482948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,60:0.72:83
chr4	139483034	.	G	A	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.015;NF=18;NR=19;PP=686;ReadPosRankSum=-0.476;SC=AGCACCTTGGGAGCTGGGCGG;SOR=0.463;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=37;WE=139483042;WS=139483024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr4	139483177	rs7679047	T	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.341;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.528;NF=10;NR=17;PP=403;ReadPosRankSum=0.737;SC=CCATGTCGTCTCCAGGACCAC;SOR=1.460;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=27;WE=139483185;WS=139483167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr4	139937071	rs3749515	C	T	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	139966663	rs60662360	A	ATTT	104.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	139994863	rs17050688	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=0.035;SC=CTCTAAGCCATTGATATCTAT;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=139994871;WS=139994853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr4	140005294	rs4863628	A	G	12499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=115;NR=136;PP=2965;SC=TACCGGCCCGAATGAGCAGAT;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=116;TCR=136;TR=251;WE=140005302;WS=140005284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr4	140039107	rs60424237	C	CA	211.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.625;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr4	140270875	rs2044810	G	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=10;PP=287;SC=GCAGTGGCTCGTGCCTGTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=140270883;WS=140270865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	140297651	.	CC	TT	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.299;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,19:0.14:133
chr4	140417471	rs4863655	G	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=9.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr4	140417671	rs4863656	G	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,19:0.18:104
chr4	140587261	.	C	CGT	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.40;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr4	140587263	rs2646047	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.94;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr4	140587271	.	C	CGCGCGCGCGT	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.14;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	140625323	rs925424	A	G	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=40;PP=1452;SC=TCCCTTTAATACTTGCAGAAG;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=140625331;WS=140625313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	140651584	rs5862430	TCTG	T	6706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=56;PP=2993;SC=TCCGCCAAAATCTGCTGCTGC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=73;WE=140651597;WS=140651574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	140809656	rs6839194	C	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=458;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CAGGGTAGAACAAATGTTATA;SOR=0.551;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=28;WE=140809664;WS=140809646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr4	140809710	rs3775241	C	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=636;ReadPosRankSum=-1.231;SC=GATGAAGAGACTGAAAAGCTT;SOR=0.554;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=39;WE=140809718;WS=140809700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,61:0.75:81
chr4	140810334	rs3733381	T	C	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=25;PP=1750;SC=CCTTTTCCATTTCTTAGGAGA;SOR=1.340;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=85;WE=140810342;WS=140810324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	140810637	rs11100342	C	T	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=71;PP=2601;SC=GTGGAGGTGGCGGCTGCTGCT;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=136;WE=140810648;WS=140810627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr4	140810700	rs11729794	C	T	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1270;ReadPosRankSum=0.850;SC=GCTGGATATACGGCATCAAGG;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=81;WE=140810708;WS=140810690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,122:0.74:165
chr4	140811063	.	TTGCTGCTGCTGCTGC	TTGC,T	2997	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=23;NF=10,10;NR=58,58;PP=2997,210;QD=20;SC=TTGAGTGCTGTTGCTGCTGCT;Source=Platypus;TR=68,68;WE=140811107;WS=140811053;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.60:113
chr4	140811083	rs373804063	GC	G	6633.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=3.397;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.02;MQRankSum=1.453;QD=37.27;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,171:0.96:178
chr4	140811085	.	TGCTGCTGCTGCTGC	T,TTGC	6099.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=3.361;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.04;MQRankSum=1.641;QD=40.66;ReadPosRankSum=1.177;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,14,129:0.09,0.86:150
chr4	140811096	.	C	T	2940	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=27;NF=47;NR=63;PP=2940;QD=20;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=110;WE=140811107;WS=140811053;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:35,110:0.76:145
chr4	140811135	rs3733382	T	C	8208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=110;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=75;PP=1860;SC=GCTGTTGCTGTTTCTGCTGCA;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=50;TCR=75;TR=124;WE=140811143;WS=140811125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	141290574	rs2668577	C	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=280;SC=GGAACATGTTCTGCAAATTAA;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=141290582;WS=141290564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	141310388	.	C	T	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=3.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.00;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,146:0.82:178
chr4	141311960	rs358329	T	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=173;SC=ATACAATAAATGGGATTTATT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=141311968;WS=141311950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	141321425	rs2252427	A	G	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=1;PP=109;SC=TGGGGTACACATTTGTTTTCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=141321433;WS=141321415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	141372485	rs6536966	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=23;SC=GTGTCTTATGTCACCACTTCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=141372493;WS=141372475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	141377775	.	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=0.796;SC=ACCTTTACCTGAAAAATGTCA;SOR=0.566;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=16;WE=141377783;WS=141377765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr4	141383034	rs10644682	T	TAC	1006.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.648;QD=14.80;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr4	141458485	rs882930	T	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=368;SC=GCTTTCTAAATAGACATATGA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=141458493;WS=141458476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	141481203	.	A	AT	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.231;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.779;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,39:0.37:105
chr4	141489262	rs61450409	CGTGTGT	C	416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.67;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	141543997	rs1560440	G	A	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=1052;ReadPosRankSum=-1.766;SC=CTGCCGTGGCGTGGTACAGCT;SOR=0.817;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=67;WE=141544005;WS=141543987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,94:0.82:115
chr4	141548795	.	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr4	141549393	rs2291711	C	A	3088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1405;ReadPosRankSum=-1.784;SC=ACACCTAAAACAGAGACTTCA;SOR=0.532;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=85;WE=141549401;WS=141549383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,141:0.79:179
chr4	141554949	rs10002459	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TAGAGGCAACGATTTATCCAT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=141554957;WS=141554940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr4	141555062	rs6851737	G	T	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=728;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CACAACTCCAGCATCCCATCC;SOR=1.051;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=45;WE=141555070;WS=141555052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr4	141578866	.	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,33:0.25:132
chr4	141590135	rs61742550	C	T	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=700;ReadPosRankSum=2.254;SC=CCAGCTCCCGCGTTTTCTCTG;SOR=0.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=48;WE=141590143;WS=141590125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,87:0.68:128
chr4	141598126	rs2303911	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,31:0.18:171
chr4	141598290	rs2303912	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=41;ReadPosRankSum=1.051;SC=CATAAGAAAAATGTTTCCATA;SOR=1.048;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=5;WE=141598298;WS=141598280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr4	141600320	rs4956329	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
chr4	141622682	rs150506921	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,14:0.15:93
chr4	141677006	rs70943501	A	AG	1508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=1314;SC=CCTGCAGCCCAGGCCGCGGGC;SOR=2.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=141677014;WS=141676996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	141847077	rs13138724	G	A	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=30;PP=1375;SC=TCCCTGCTTTGAGGGCAACGC;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=141847085;WS=141847067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	141847110	rs13120735	T	C	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=45;PP=1379;SC=ATTATAATGCTGTAGGCTGTG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=94;WE=141847118;WS=141847100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	141847279	rs12503723	G	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=23;PP=628;SC=GAGAATACCTGGTCCACCATG;SOR=2.432;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=141847287;WS=141847269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	141847350	rs28372287	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=73;SC=CTCAAACCTCCATCCCTAACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=141847358;WS=141847340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	141868736	rs2321687	G	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=0.947;SC=CCAGCAGGTCGGGGCCAGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=141868744;WS=141868726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr4	141869062	rs6857782	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr4	141924720	.	TAC	T	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.476;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	141940074	rs4245936	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.70;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	142000004	rs34299443	T	C	70.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=89;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=1;PP=22;SC=CACACACACATACATACATAC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=142000012;WS=141999994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	142155214	rs3822128	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=1.648;SC=TTGTGTGTGGTTGTTCAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=13;WE=142155222;WS=142155204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr4	142640538	rs2254514	T	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=25;PP=824;SC=TAGGAGGCATTGTGGATGGAT;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=142640546;WS=142640528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	142640637	rs2857261	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr4	142641789	.	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=615;ReadPosRankSum=1.540;SC=ATATATTTTCCATTAAATTAG;SOR=0.943;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=37;WE=142641797;WS=142641779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,43:0.83:52
chr4	142650901	rs7349640	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5129;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=0.842;SC=GTGTATCTTTATAAAATATTT;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=142650909;WS=142650897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	142651159	rs12510030	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,40:0.19:212
chr4	143003155	rs11446749	G	GA	1082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=8;PP=665;SC=GACCTTAAAAGAAAAAAACTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=23;WE=143003163;WS=143003145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	143007197	rs336325	C	T	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	143007419	rs336324	A	G	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=13;PP=383;SC=TCTGAAGGGGAAAAAACAAAG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=143007427;WS=143007409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	143007460	rs336323	T	G	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=141;SC=GTGTTCACATTAAGCTGCCCA;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=143007468;WS=143007450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	143044666	rs2645786	A	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=452;SC=AGATTCGATTATCAGGTATGT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=143044674;WS=143044656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	143045831	.	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.918;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr4	143114513	.	A	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=452;SC=GGAGCTAATAATCAATCTTTC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=143114521;WS=143114503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	143130034	rs1907123	A	T	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=29;PP=1156;SC=GTAAGTAGAGAAATTGCTTCC;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=143130042;WS=143130024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	143130219	rs1994217	T	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=337;SC=TATTTTTATCTTAAATCCATA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=143130227;WS=143130209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	143181748	rs1907111	T	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr4	143226768	rs2627808	G	T	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=26;PP=914;SC=CAAACAAAATGAGTCTTTAGA;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=143226776;WS=143226758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	143226784	rs2636640	G	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.27;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	143226784	.	GA	AA,AG	519	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=12,0;NR=23,6;PP=519,30;QD=15.8220346442;SC=TTAGAAGAATGAAATATTAAA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35,6;WE=143226793;WS=143226774;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:35
chr4	143226785	.	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.074;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=11.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=1.001;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr4	143268528	rs882004	T	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=8;PP=441;SC=TCCAATTACCTGATTATTATT;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=143268536;WS=143268518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	143324036	rs1982965	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=9;PP=632;SC=AAAAATCCAATCGTGTGGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=33;WE=143324044;WS=143324026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	143324094	rs1982966	G	A	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=29;PP=1374;SC=TACTTACGGTGTCATGAGACT;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=143324102;WS=143324084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	143326312	rs138973882	AAGAG	A	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.67;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	143344785	rs3775712	T	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=199;SC=ATTGTACCAGTACATATTGTT;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=143344793;WS=143344775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	143348523	rs3775717	A	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=85;SC=GTTTCTTAGTATATTTTAAAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=143348531;WS=143348513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	143348680	rs3775718	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=8;PP=395;SC=ACTTGGCTTTCTAAACAAACA;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=143348688;WS=143348670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	144124492	rs4234886	G	A	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=261;SC=TTTGTGTTCTGTTTGTAGGCT;SOR=1.828;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=144124500;WS=144124482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	144125549	.	C	CT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-2.175;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr4	144130979	rs148666231	A	AT	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	144135718	rs4285045	G	A	5733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=72;PP=2872;SC=CTTATGCCAGGAATATCACAA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=138;WE=144135726;WS=144135708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr4	144136193	rs10000911	T	G	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=166;SC=GAGTTTTTATTAAATTCTGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=144136201;WS=144136183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	144141432	rs12646742	T	C	354.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=3.189;SC=TTCATAAAAGTTATTTTTAAT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=144141440;WS=144141422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr4	144264722	rs300919	T	C	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=44;PP=1641;SC=AGGCCCACTCTCTGCCCTTAA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=144264730;WS=144264712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	144378748	rs144852070	CT	C	50.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	144442611	rs11100790	T	C	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.598;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,99:0.72:137
chr4	144442735	rs11541117	C	T	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=1187;ReadPosRankSum=-1.701;SC=GCAGAACTTACTATCCGTTGG;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=82;WE=144442743;WS=144442725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,121:0.76:160
chr4	144445789	rs6857360	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GAGCATATTACAGGATAGTAG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=144445797;WS=144445779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	144446519	rs2292362	C	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=257;ReadPosRankSum=-1.106;SC=AAAATAAAGTCAGTAGATATG;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=15;WE=144446527;WS=144446509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr4	144456124	rs6818251	A	G	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	144466050	rs7692376	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr4	144466100	rs11289994	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr4	144467104	rs13139128	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	144471378	.	C	CTT	229.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr4	144471402	rs1979776	T	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=1.355;SC=TTTTTTTCCTTAAGGGAGAAC;SOR=1.051;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=14;WE=144471410;WS=144471392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr4	144471460	rs6810805	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=200;ReadPosRankSum=0.369;SC=TAGGTAGTGGTATAATTTTTA;SOR=1.402;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=10;WE=144471468;WS=144471450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr4	144618610	rs1034494	G	C	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=32;PP=1666;SC=ACTCCCCGACGAAGACCTTGG;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=80;WE=144618618;WS=144618600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	144620480	.	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,39:0.19:205
chr4	144620719	.	T	C	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.183;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=1027;ReadPosRankSum=-1.873;SC=CTGGAAGCCCTAGAGGGTCGT;SOR=0.985;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=58;WE=144620727;WS=144620709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,93:0.80:116
chr4	144621244	.	G	A	4372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=67;PP=2210;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TCAGGGAGGCGAAGTCCAGCA;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=85;TCR=82;TR=136;WE=144621252;WS=144621234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,193:0.81:238
chr4	144801662	rs1132785	C	G,T	6724.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.72;QD=25.47;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,38,226:0.14,0.86:264
chr4	144801662	.	CCTGTATAAA	GCTGTATAAC,TCTGTATAAA	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=58.75;NF=5,59;NR=11,90;PP=399,2962;QD=28.2792421789;SC=GCTCACAATTCCTGTATAAAA;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=166;TCF=65;TCR=101;TR=16,149;WE=144801679;WS=144801652;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.10:166
chr4	144801671	rs146400730	A	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-3.544;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,35:0.14:243
chr4	144809800	rs143390057	C	A	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=65;PP=2154;SC=TTGTCTTGGACAGAATTAACG;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=124;WE=144809808;WS=144809790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	144811428	rs4095436	A	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.03;QD=26.23;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	144811470	rs4095435	A	G	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.89;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	144824194	rs138724961	T	C	4213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.70;MQRankSum=-23.291;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.029;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,247:0.39:636
chr4	144824235	rs79701609	C	T	4135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQRankSum=-22.983;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,242:0.42:571
chr4	144824269	rs1899967	C	T	13106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.98;QD=35.52;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr4	144824269	.	CTCCC	TTCCC,TTCCT	2149	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=22;MQ=49.95;NF=90,53;NR=145,87;PP=1064,2149;QD=4.67562218105;SC=CAGAAAATAACTCCCTGCTAC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=90;TCR=146;TR=235,140;WE=144824281;WS=144824259;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:236
chr4	144824273	rs6818201	C	T	4351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQRankSum=16.838;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,206:0.61:340
chr4	144824308	rs202179013	TG	CC	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.105;NF=11;NR=35;PP=1652;ReadPosRankSum=-1.833;SC=TCGGCATTCATGTTTATCATC;SOR=1.045;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=142;TCF=40;TCR=102;TR=46;WE=144824317;WS=144824298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,56:0.34:166
chr4	144824346	rs4091835	T	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQRankSum=-4.894;QD=1.03;ReadPosRankSum=-2.394;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,8:0.15:55
chr4	144917514	rs1980037	A	C	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=33;PP=1053;SC=ATGAGCTAAGACTCCACTTCA;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=55;WE=144917522;WS=144917504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	144918867	rs1473055	A	G	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=32;PP=869;SC=TAACATCAGCATAACATCACC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=144918875;WS=144918857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	144918893	rs4835126	A	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.25;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	144918900	rs1849110	G	A	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	144921607	rs1849119	C	T	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=17;PP=453;SC=ATGAGCTGGACATGTGTCCCG;SOR=1.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=144921615;WS=144921597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	144922436	rs201662569	T	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=1.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQRankSum=-7.104;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,70:0.23:306
chr4	144922549	rs6537239	G	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=24;PP=597;SC=TGAGCTAAGCGCTTTAGTATA;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=144922557;WS=144922539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	144938033	rs5862681	A	AT	418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.52;QD=32.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	144938047	rs12503691	C	T	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.67;QD=27.20;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	144938081	rs28373876	C	T	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.69;QD=22.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	144938120	rs4561879	TG	CC	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.88;QD=41.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	145020726	.	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.077;NF=11;NR=14;PP=248;ReadPosRankSum=1.566;SC=TCATTCCTGTGATAAAAAGAC;SOR=0.838;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=25;WE=145020734;WS=145020716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,31:0.27:115
chr4	145035788	rs6857303	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.443;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr4	145038021	.	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=386;ReadPosRankSum=-1.114;SC=ATCAGTCGGCGAATACCGTAA;SOR=1.495;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=26;WE=145038029;WS=145038011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr4	145038318	rs62334650	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.349;NF=0;NR=5;PP=34;ReadPosRankSum=2.102;SC=TGTCCAAGGTCGCAAAATAGT;SOR=0.752;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=5;WE=145038326;WS=145038308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr4	145040784	rs62334651	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=0.383;SC=CTCGTGTAAATAGAGTTCAAT;SOR=0.538;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=11;WE=145040792;WS=145040774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr4	145040898	.	C	T	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=403;ReadPosRankSum=-1.642;SC=TTCATGAGCTCTAGGAGTGGC;SOR=0.838;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=28;WE=145040906;WS=145040888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,58:0.76:76
chr4	145040962	rs6857144	CA	GT	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=432;SC=TGAGAAAGGGCACAAGAATGA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=145040971;WS=145040952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	145041686	rs4867	A	G	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=54;PP=1962;SC=CTGAAGAAGAAGTTGAAGTGT;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=97;WE=145041694;WS=145041676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	145041741	rs4449373	T	G	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=40;PP=1460;SC=GCTCACAATTTCTGTATAAAA;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=145041749;WS=145041731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	145061822	rs71590434	CA	C	2478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.405;NF=13;NR=50;PP=1505;ReadPosRankSum=2.852;SC=GAAGTTAGTGCAAAAAAACTA;SOR=0.606;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=63;WE=145061830;WS=145061812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,128:0.73:175
chr4	145573954	rs3215015	GA	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.683;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr4	145636612	.	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=520;ReadPosRankSum=0.617;SC=TGTTAAGTTTCATTCTCACTT;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=31;WE=145636620;WS=145636602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr4	145975056	.	CTG	C	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=47;QD=14.25;SC=CTGATTACTACTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=4;WE=145975065;WS=145975046;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr4	146046138	rs4835203	T	C	116.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=0;PP=49;SC=TTTTTTTCTCTTAGTCCTCAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=146046146;WS=146046128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	146048554	rs4148234	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,19:0.24:79
chr4	146048583	rs1378314	T	G	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=31;PP=963;SC=AGGCACTGTTTTAAGCACAGC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=146048591;WS=146048573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	146065006	rs9991890	C	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=6;PP=602;SC=TATAAAATTTCGAAATTATTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=146065014;WS=146064996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr4	146086269	rs17726651	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-2.880;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr4	146436286	rs377610507	CTG	C	111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=37.24;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	146463966	rs1497126	T	C	146.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=0.366;SC=AAAAATAGAGTCCAATGTTAA;SOR=2.303;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=8;WE=146463974;WS=146463956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	146475243	rs10715854	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr4	146601346	rs181753963	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,28:0.22:129
chr4	146681872	.	GTT	G	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr4	146682314	.	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,25:0.26:97
chr4	146697205	rs4835257	A	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=21;PP=575;SC=TCAAGGAAAGAATGGTTCAAG;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=146697213;WS=146697195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	146700781	rs9308196	A	T	698.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=361;ReadPosRankSum=0.864;SC=AGTAATTGCAAATGAGTCTCC;SOR=1.115;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=20;WE=146700789;WS=146700771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr4	146767313	rs34221205	C	A	708.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=442;ReadPosRankSum=1.491;SC=AGATCCTCCCCATCTTACTGG;SOR=0.416;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=25;WE=146767321;WS=146767303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,29:0.91:32
chr4	146770389	rs71973224	GT	G	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TATAATTCAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=13;WE=146770397;WS=146770379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr4	146791574	.	C	T	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=789;ReadPosRankSum=1.110;SC=GACTCCCCTTCCTTAGGCTCC;SOR=0.593;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=53;WE=146791582;WS=146791564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,99:0.76:131
chr4	147177822	rs28406249	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.596;QD=1.37;ReadPosRankSum=3.297;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,12:0.16:75
chr4	147177868	rs34063596	T	TC	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=13;PP=608;SC=CTTTGTCATTTCCCCTCCCAC;SOR=1.302;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=16;WE=147177876;WS=147177858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	147213912	rs4516736	T	C	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=92;SC=CCCTTTGTAATGTCTACAATT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=147213920;WS=147213903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	147214029	rs12711434	C	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=258;ReadPosRankSum=1.179;SC=CCAAGTAGACCGCATGATTCC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=18;WE=147214037;WS=147214019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr4	147364052	rs1344140	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr4	147425114	rs7439061	A	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=38;PP=1098;SC=AAATAATTTTATAATCATAGA;SOR=1.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=147425122;WS=147425104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	147431302	rs6816737	G	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=226;SC=CTTAATTTTGGGTTTTTTCAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=147431310;WS=147431292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	147436426	.	A	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr4	147438084	rs2357080	C	G	845.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=512;ReadPosRankSum=0.677;SC=ATAGTGAATCCTTCAGATTAT;SOR=0.748;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=34;WE=147438092;WS=147438074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,38:0.88:43
chr4	147442694	rs79564196	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr4	147560199	rs35733768	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=206;ReadPosRankSum=2.121;SC=GCCCTTCCCAGCTCCAGCCCC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=15;WE=147560207;WS=147560189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr4	147560411	rs13152799	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=-0.764;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.011;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,25:0.23:108
chr4	147560457	rs67194443	TGGCGGCGGC	T,TGGCGGCGGCGGC	2011.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.803;NF=12,12;NR=21,21;PP=2582,2992;ReadPosRankSum=0.543;SC=ACGCTGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=33,33;WE=147560473;WS=147560447;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.21,0.69:68
chr4	147560692	rs1504360	T	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.17;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,46:0.87:53
chr4	147561449	.	G	A	5451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=67;PP=2337;ReadPosRankSum=3.555;SC=CACGCGCACGGGCTGCCGTCG;SOR=0.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=130;WE=147561457;WS=147561439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,239:0.74:322
chr4	147863723	.	C	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=680;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AAACGGGCCTCCCAAGAGCTT;SOR=0.787;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=41;WE=147863731;WS=147863713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,65:0.84:77
chr4	148457005	rs113823592	CT	C	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr4	148550841	rs151036604	T	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.38;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,36:0.92:39
chr4	148560357	rs2654935	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=180;SC=TAGTACTTGACAGAATGCTTT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=148560365;WS=148560347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	148589677	rs2718454	C	T	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=627;ReadPosRankSum=-1.051;SC=TGAAAATGGACTAATACACTT;SOR=0.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=43;WE=148589685;WS=148589667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,80:0.86:93
chr4	148591769	rs2036502	G	T	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=22;PP=1101;SC=TTAATCAGTTGTAAGTATTTT;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=63;WE=148591777;WS=148591759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	148601729	rs7666065	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=0.418;SC=CACTATTGAACAATCACCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=15;WE=148601737;WS=148601719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr4	148796464	rs7663294	C	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=15;PP=451;SC=TTAGGAGAAACACATTCCAGC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=148796472;WS=148796454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	148800299	rs13147854	A	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=17;PP=1110;SC=CGTTTTAGACATTTCCTCTTT;SOR=1.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=148800307;WS=148800289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	148803101	rs17024037	T	C	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=839;ReadPosRankSum=0.714;SC=ATTGGAATTATTGGACATGGT;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=52;WE=148803109;WS=148803091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,73:0.70:105
chr4	148827747	rs12509618	A	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,23:0.20:117
chr4	148827933	rs10049932	T	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.083;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=448;ReadPosRankSum=1.663;SC=CATTCATTTTTATGTTATTTT;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=22;WE=148827941;WS=148827923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr4	148827973	rs11099672	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-0.886;SC=GTTCCCTTCTATAACAGGTAT;SOR=0.069;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=148827981;WS=148827963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr4	148831070	rs4627844	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=1.545;SC=ATAATCCTCTATTGCATGTGT;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=11;WE=148831078;WS=148831060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr4	148984321	rs2276932	A	G	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.458;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,104:0.24:425
chr4	148985720	rs3775327	T	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=479;ReadPosRankSum=-2.005;SC=GTCTGCAGCATGGAGTGAGCA;SOR=0.825;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=44;WE=148985728;WS=148985710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,68:0.80:85
chr4	149002128	.	C	T	88.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTCGTTAGTCCTTGAACCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=149002136;WS=149002118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	149073555	rs2272089	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTAGAAATTACTGAAAGAAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=149073563;WS=149073545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	149115960	.	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.973;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5213;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=-0.787;SC=TTCTTTCGTCGAATCTTATCA;SOR=0.906;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=19;WE=149115968;WS=149115950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr4	149116035	rs4835500	A	G	406.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=227;ReadPosRankSum=-0.432;SC=AATAAAAAATAACTGTTAAAA;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=13;WE=149116043;WS=149116025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr4	149356516	rs5525	A	G	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=64;PP=2039;SC=AATAGCTCCCATCATCTGGTT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=119;WE=149356524;WS=149356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	149357164	.	A	T	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=892;ReadPosRankSum=2.326;SC=TGGAGACTGGAGATTTTACAC;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=58;WE=149357172;WS=149357154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,79:0.71:111
chr4	149357475	rs5522	C	T	4620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=60;PP=2256;SC=CTTTTAACAACGGCGCGCATG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=122;WE=149357483;WS=149357465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	151119076	rs13435901	A	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=511;ReadPosRankSum=-0.685;SC=AGTTCTGGTCAGTAAACAATT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=23;WE=151119084;WS=151119066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr4	151161470	rs11931842	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.479;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
chr4	151161490	rs6838238	T	C	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=16;PP=1165;SC=AATACTCCAGTACCATGGAAG;SOR=1.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=52;WE=151161510;WS=151161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	151161502	rs6813035	G	T	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=25;PP=1031;SC=CCATGGAAGGGTCTTGGGAGC;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=60;WE=151161510;WS=151161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	151161596	rs149449246	C	T	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,90:0.75:120
chr4	151168941	.	C	T	282.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GTATTGCATTCCAGAAAGCTC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=151168949;WS=151168931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr4	151174249	rs145393005	GTCCTCCTCA	G	1189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=7;PP=1874;SC=CATCCTCCTCGTCCTCCTCAT;SOR=1.143;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=13;WE=151174265;WS=151174239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	151177340	rs13152819	CC	TG	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=418;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CACCCCCCACCCTCCTCCCGC;SOR=1.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=22;WE=151177349;WS=151177330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr4	151177432	rs13101258	A	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=251;SC=CGCCTGCTGCAGCCCAGGAAG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=151177440;WS=151177422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	151199080	rs2290846	G	A	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=63;PP=2252;SC=CTTGAGGTCCGACACCTGCCG;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=134;WE=151199088;WS=151199070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr4	151207127	rs3749574	C	T	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=30;PP=960;SC=GCACACACCGCAGCACATGTG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=151207135;WS=151207117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	151242312	rs11737450	C	T	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=33;PP=1377;SC=TCAGCAGTTACCATGCCTTAT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=151242320;WS=151242302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	151356900	.	G	T	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=70;QD=20.9542425094;SC=TGTTCCCTCAGGCATAAAAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=151356908;WS=151356890;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr4	151408800	rs7674989	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	151505322	rs13105060	T	A	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=46;PP=1333;SC=CACACAACTCTGCTATAAACA;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=68;WE=151505330;WS=151505312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	151511715	rs4401437	T	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=0;PP=383;SC=AAGGAGAAACTGTAGAAGGGG;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=151511723;WS=151511713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	151656589	rs1993109	C	T	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=38;PP=999;SC=TCACTGCTTACGGTGGAGAGG;SOR=3.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=45;WE=151656597;WS=151656579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	151765243	rs186080	G	A	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	151792401	rs41280457	T	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=9.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr4	151818923	.	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.761;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr4	151829659	rs1201207	T	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=12;PP=500;SC=TCAATGATTTTTTTTCCAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=151829667;WS=151829649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	152024326	rs4696658	T	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=495;SC=AAAGGTCTGTTGAAATCCTGT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=152024334;WS=152024316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	152048936	rs11099782	A	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=654;SC=AACATTTTTTAAAAAAAAACG;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=29;WE=152048944;WS=152048926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	152053408	rs7664483	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=16;PP=818;SC=ATATTCTCTTGAAAATTATGA;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=152053416;WS=152053398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	152070633	rs3792611	T	A	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=21;PP=827;SC=TTTCTCTAACTTTTCCCACAT;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=152070641;WS=152070623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	152201018	rs148861921	G	GCAGGT	2352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=1567;ReadPosRankSum=0.985;SC=GCTGGCCTTGGCAGGTCAGCC;SOR=0.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=28;WE=152201026;WS=152201008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,58:0.79:73
chr4	152201053	rs36097019	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr4	152201204	rs1875308	A	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=110;SC=AAAGTGGTAAAATAGGCAGGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=152201212;WS=152201194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	152203664	rs6849871	C	G	592.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5031;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=342;ReadPosRankSum=-0.281;SC=AAATATTTTTCAACAAAACCA;SOR=0.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=21;WE=152203672;WS=152203654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr4	152212486	rs13126069	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,33:0.19:171
chr4	152212603	rs2407221	T	G	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CAGGGGCAGATAACTCACAGG;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=46;WE=152212611;WS=152212593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr4	152498625	rs17275536	C	T	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=961;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TGGAGAAGCACGACCCCTTGA;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=62;WE=152498633;WS=152498615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,88:0.80:110
chr4	152507998	rs10683925	G	GCA	3137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.440;NF=3;NR=33;PP=1596;ReadPosRankSum=-0.880;SC=TTCATTCAGAGCACAAGCACT;SOR=0.865;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=36;WE=152508006;WS=152507988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,78:0.86:91
chr4	152508014	rs7664663	G	C	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=600;ReadPosRankSum=-1.392;SC=GCACTGCAAAGGATTAATTTT;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=40;WE=152508022;WS=152508004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,60:0.83:72
chr4	152510130	rs2165789	A	T	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=971;ReadPosRankSum=-0.526;SC=AGTGATGGACACTGAGGAGGG;SOR=0.898;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=60;WE=152510138;WS=152510120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,75:0.74:102
chr4	152559717	rs11450944	T	TA	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr4	152578088	.	C	T	624.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=493;ReadPosRankSum=0.296;SC=TCCTTAAATTCCTCCTCCACG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=26;WE=152578096;WS=152578078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr4	152583907	rs11378262	C	CT	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=8.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=-1.792;SOR=1.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr4	152592469	rs112033226	A	ATTAC	2233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.668;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=32;PP=1700;ReadPosRankSum=-0.063;SC=AAGGACAGAAATTACTTACTT;SOR=1.481;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=32;WE=152592477;WS=152592459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,56:0.73:77
chr4	152601092	rs368156732	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.954;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr4	152601146	rs907237	T	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=8.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=1.501;SC=GGGGTAAATATCGGACCCACG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=152601154;WS=152601136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr4	152609920	rs11292952	TA	T	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.760;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr4	152609998	rs11390610	C	CA	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=205;ReadPosRankSum=0.183;SC=CTGAAACTGTCCCCTCTGCCT;SOR=0.190;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=152610006;WS=152609988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr4	152626515	rs113829752	TA	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr4	152643184	rs6817586	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.98;ReadPosRankSum=-1.501;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr4	152679816	rs3828546	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	152679967	.	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,24:0.22:111
chr4	152681952	rs1429559	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=208;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TGTATGAAACAGAATACCCTT;SOR=0.498;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=17;WE=152681960;WS=152681942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr4	153267968	rs2714803	A	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=6;PP=606;SC=TGATTTCAAAATTCATCCACA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=153267976;WS=153267958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	153549745	rs138358407	C	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.89;QD=22.67;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	153565641	rs12650966	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr4	153565645	rs62320820	A	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=833;ReadPosRankSum=-1.103;SC=TTCTGTAACAACTTTTAATTT;SOR=0.586;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=29;WE=153565653;WS=153565631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr4	153568103	.	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=3.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,20:0.18:113
chr4	153690842	rs4696354	T	C	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=42;PP=1589;SC=TTGGTGCATATGGAATCACCA;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=99;WE=153690850;WS=153690832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	153750918	rs10010297	G	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=39;PP=1037;SC=AAGAATCATGGTAAGTCTTTA;SOR=2.231;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=153750926;WS=153750908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	153793489	rs35670437	CT	C	314.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=369;SC=TTGTGGGAACCTTTTTTTCTT;SOR=3.126;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=14;WE=153793497;WS=153793479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	153802060	rs80127385	A	G	98.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=38;SC=ATGCTCTAGCATTTATATTTT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=153802068;WS=153802050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	153870273	.	TAATAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAG	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.56;MQRankSum=-1.074;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.707;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
chr4	153870276	.	TAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAG	T	678.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.56;MQRankSum=2.457;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr4	153870355	rs12651510	T	C	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=2;HapScore=1;MGOF=92;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.247;NF=19;NR=23;PP=665;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GGACCAGGCATGGTGGCTGAA;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=42;WE=153870363;WS=153870345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,72:0.77:93
chr4	153881835	rs3811834	C	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=38;PP=1031;SC=TTATTCTTCACGCAGTAAGAT;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=153881843;WS=153881825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	153884092	.	G	GGT	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=7.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr4	153889265	rs6535885	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,12:0.15:79
chr4	153896358	rs3811833	C	T	2882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.244;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=51;PP=1419;ReadPosRankSum=0.443;SC=CAGAGCTCGGCGCCAGGGCGT;SOR=1.003;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=86;WE=153896366;WS=153896348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,127:0.75:170
chr4	153897770	rs3811832	G	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=645;ReadPosRankSum=1.536;SC=GTGCCAACACGGAGGCCCCTC;SOR=0.687;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=39;WE=153897778;WS=153897760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr4	154091111	rs34284701	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr4	154091282	rs147079859	GAGA	G	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.826;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.558;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr4	154178549	rs72727901	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr4	154178697	rs12643843	A	G	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=40;PP=1529;SC=CTGTGCATGAACTGGCACATC;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=74;WE=154178705;WS=154178687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	154191710	rs1470104	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=1.036;SC=AGTTTCGCAGGCTGACCTCCT;SOR=0.871;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=154191718;WS=154191700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr4	154216710	rs893805	G	A	4042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1588;ReadPosRankSum=-1.157;SC=ACCTCGGGACGATCTTAACCA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=143;TCF=76;TCR=67;TR=103;WE=154216718;WS=154216700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,181:0.78:231
chr4	154471113	rs9996529	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr4	154513531	rs1371158	A	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=296;ReadPosRankSum=0.944;SC=GTTACATGATATTTCCTCATG;SOR=0.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=14;WE=154513539;WS=154513521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr4	154513627	rs7669418	A	G	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=863;ReadPosRankSum=0.442;SC=TCACACCTAGATCAAGTACTT;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=55;WE=154513635;WS=154513617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,81:0.70:115
chr4	154513722	rs7669741	C	T	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=955;ReadPosRankSum=0.332;SC=CCCTAGTGCACCTGCTCCACA;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=63;WE=154513730;WS=154513712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,112:0.70:160
chr4	154513856	rs893628	G	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=1.375;SC=AGTATTAACCGATTAGCTCAT;SOR=1.218;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=16;WE=154513864;WS=154513846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr4	154514847	rs13109887	T	C	396.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5747;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=266;ReadPosRankSum=0.281;SC=TGTGTGCAAATGTACTCACCT;SOR=0.420;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=17;WE=154514855;WS=154514837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr4	154514918	rs17279217	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=805;ReadPosRankSum=-0.034;SC=CAGATGTGAGTGCTGTTTTAA;SOR=1.078;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=50;WE=154514926;WS=154514908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,60:0.76:79
chr4	154514965	rs17370297	T	C	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1129;ReadPosRankSum=1.000;SC=GGCACTGATATGCAGATGATT;SOR=0.789;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=82;WE=154514973;WS=154514955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,107:0.76:141
chr4	154517294	rs7690932	G	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=1.108;SC=TTGATTAGGAGGATCAAATCT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=154517302;WS=154517284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr4	154519658	rs13118469	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.79;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	154519666	rs13118949	G	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.54;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	154519679	rs13145743	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=324;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TATTTAAATTTAAGTACATTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=154519687;WS=154519648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr4	154542814	rs7663417	G	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.563;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	154544267	rs2289319	G	A	246.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGGCACTCTCGGTGGCCCTTC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=154544275;WS=154544257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr4	154554183	rs3217466	TAAAA	T	379.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=320;ReadPosRankSum=0.166;SC=AAACATGAAATAAAAGAAAGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=154554194;WS=154554173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr4	154557383	rs142471814	ATG	A	1900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=1432;SC=GTATTCGCTGATGTGTATTCA;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=154557392;WS=154557373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	154557405	rs3214684	CT	C	1020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.172;HP=10;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.334;NF=18;NR=15;PP=492;ReadPosRankSum=-1.282;SC=CTTTCTAAGGCTTTTTTTTTT;SOR=1.528;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=33;WE=154557413;WS=154557395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,56:0.93:60
chr4	154624656	rs3804099	T	C	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1129;ReadPosRankSum=1.903;SC=CAATTCAGAATGTAAGTCATC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=83;WE=154624664;WS=154624646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,113:0.75:151
chr4	154631543	rs2405432	A	T	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=41;PP=1694;SC=TAGTGAATAGATAATGCCTTG;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=92;WE=154631551;WS=154631533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	154631587	rs1337	C	G	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=1001;ReadPosRankSum=-1.693;SC=GCCAGGCCACCAAATAACGAA;SOR=0.624;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=67;WE=154631595;WS=154631577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,123:0.75:165
chr4	154633580	rs33952548	GA	G	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr4	154633734	rs2289318	G	C	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1288;ReadPosRankSum=-1.394;SC=GAAAGCTGAAGCATCTTGTTA;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=85;WE=154633742;WS=154633724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,150:0.77:195
chr4	154641489	rs1439166	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GAAATAAGAATGTGGCATATT;SOR=1.167;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=18;WE=154641497;WS=154641479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr4	154644454	rs1456384	T	C	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=27;PP=1189;SC=CAGGTGAGTGTGCCAAGCAAG;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=67;WE=154644462;WS=154644444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	154644537	rs10517577	T	C	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=51;PP=1452;ReadPosRankSum=3.197;SC=ATTGTAAACATGATCGCCAAG;SOR=0.811;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=114;WE=154644545;WS=154644527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,178:0.80:222
chr4	154669733	rs62325093	G	A	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=5.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=513;ReadPosRankSum=0.292;SC=AACATGTCCTGGAAAAAAACA;SOR=1.949;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=27;WE=154669741;WS=154669723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr4	154669993	rs145820112	C	CAAAA	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=9.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.862;QD=21.29;ReadPosRankSum=1.116;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr4	154709480	rs3810765	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=2.163;SC=AAGAGGGAAGGCTTACCTTCC;SOR=0.492;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=16;WE=154709488;WS=154709470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
chr4	154709856	rs6535952	A	C	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=41;PP=1121;SC=GCAGGTTGGCAGGGATGGGCT;SOR=1.116;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=154709864;WS=154709846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	155156207	rs7655799	G	A	4849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=63;PP=2623;SC=CTTTTCTAACGTCAGCCAGGA;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=135;WE=155156215;WS=155156197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	155161666	rs6535989	C	T	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=27;PP=1645;SC=GCTTTGGTTTCGGCATCTCTT;SOR=1.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=83;WE=155161674;WS=155161656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	155176591	.	GG	AT	3803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.43;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,96:0.77:125
chr4	155180652	rs147630053	CCA	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr4	155243573	rs13109747	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,31:0.20:153
chr4	155243604	rs1352714	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=5.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-4.157;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,23:0.18:125
chr4	155244401	rs140019361	TTTTG	T	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=2.733;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr4	155244475	rs12500437	G	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr4	155250915	rs993975	G	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=34;SC=AGGCGCACCAGGGCCAGAACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=155250923;WS=155250905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	155252992	rs142096527	TTAAA	T	293.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=293;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ATTGTAAGGATTAAATAAACT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=155253003;WS=155252982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr4	155253011	rs72966161	A	T	290.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.32;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr4	155253016	rs77300771	T	C	262.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.85;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr4	155255954	rs72617463	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.269;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=378;ReadPosRankSum=-0.027;SC=AGATTGTACCGCCTACAAAAA;SOR=0.126;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=25;WE=155255962;WS=155255944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr4	155256205	rs6858712	G	A	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=44;PP=1651;SC=GACCATCAACGAAAGTGTGGT;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=82;WE=155256213;WS=155256195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	155287535	rs10017772	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr4	155305491	rs34927139	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=615;ReadPosRankSum=0.304;SC=TATGGCCCTCCTCCTCATGCA;SOR=0.388;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=41;WE=155305499;WS=155305481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr4	155305772	rs55809190	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=112;ReadPosRankSum=0.741;SC=AGAGGAGAATCTTATCCTTGC;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=13;WE=155305780;WS=155305762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr4	155407407	rs4346631	A	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=591;SC=AGGTCTCGTCAGGGCATGAGA;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=155407415;WS=155407397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	155407569	rs12501998	T	C	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=35;PP=832;SC=TTTTATCAGATGACATGGTAT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=155407577;WS=155407559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	155407680	rs13151559	A	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=526;SC=AAGCTGTAAAAGAGGAAAACT;SOR=2.012;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=155407688;WS=155407670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	155410650	rs72731014	T	C	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.328;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=0.432;SC=CGGTCTAGAGTCCGGATAGTG;SOR=0.428;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=28;WE=155410658;WS=155410640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,46:0.34:134
chr4	155410667	rs55810732	G	A	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=237;ReadPosRankSum=-0.574;SC=AGTGCTGATCGCACCGCTTTC;SOR=0.487;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=26;WE=155410675;WS=155410657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,46:0.35:130
chr4	155410731	rs72731016	G	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=1.689;SC=ATCTTTGATTGCAGGGAGCCG;SOR=0.687;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=18;WE=155410739;WS=155410721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,25:0.25:102
chr4	155410763	.	T	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,30:0.25:122
chr4	155410822	rs4696593	G	A	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CATCGGAGGCGCTGACCCACA;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=73;WE=155410830;WS=155410812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,97:0.73:133
chr4	155411065	rs7656522	T	C	9890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=108;PP=2965;SC=GGCCGCCGGGTAGCAACGCGA;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=143;TCR=108;TR=250;WE=155411073;WS=155411055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr4	155411104	rs6536016	A	C	12224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=0.565;SC=CCAAGGACAGAGAGATGCTCC;SOR=0.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=157;TCR=139;TR=295;WE=155411112;WS=155411094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,477:1.00:478
chr4	155411423	.	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=5.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,56:0.25:227
chr4	155411649	rs13130030	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,50:0.21:233
chr4	155411939	rs17373874	A	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=304;ReadPosRankSum=1.537;SC=ATCGTGGGCAACTGGCAGGCG;SOR=0.673;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=33;WE=155411947;WS=155411929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,34:0.27:126
chr4	155412464	rs13149269	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,22:0.19:115
chr4	155460459	rs12642770	T	C	184.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AAAACACATATGTTCTAAATG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=155460467;WS=155460449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr4	155469959	rs11451354	G	GA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=3.643;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,22:0.19:117
chr4	155505241	rs148317511	A	AGAAGACAGAGTGCTCCCATTCCCACTTC	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=53.25;ReadPosRankSum=0.484;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	155507590	rs6050	T	C	9177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.789;NF=120;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.181;SC=CAGCTTCCAGTACTTCCAGGT;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=160;TCR=174;TR=249;WE=155507598;WS=155507580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,406:0.76:533
chr4	155508627	rs2070018	G	A	5446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr4	155510224	rs7656433	A	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=5;PP=107;SC=TTCCTACCCTATCTCTTCCAG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=155510232;WS=155510214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	155511897	rs2070011	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr4	155525276	rs2066865	G	A	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=75;SC=GTCAATAAAGGTACCATGTAT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=155525284;WS=155525266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	155525970	rs1049636	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=172;ReadPosRankSum=1.121;SC=GTCAATAGAAGTTAGCAGTTA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=155525978;WS=155525960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr4	155531340	.	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=178;ReadPosRankSum=-1.512;SC=TATATATTTCCTGCAAATATC;SOR=0.449;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=18;WE=155531348;WS=155531330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr4	155718171	rs57686041	A	AT	114.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.230;NF=0;NR=8;PP=102;ReadPosRankSum=0.253;SC=GCTTTAAGACATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=155718179;WS=155718161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	155719919	rs33918255	AT	A	473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.74;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	155720274	rs156502	T	C	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=56;PP=1925;SC=AGCATCTTAATGGTCAGATTA;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=123;WE=155720282;WS=155720264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	155720434	.	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,35:0.21:166
chr4	155747891	rs34828322	CTTT	C,CTT	1359.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.458;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:17,36,46:0.36,0.46:99
chr4	156135676	rs1047214	C	T	2945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.18;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,126:0.86:146
chr4	156136027	rs2880415	C	T	3210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=47;PP=1496;ReadPosRankSum=0.982;SC=TGTTCCACATCATCGCCATGT;SOR=0.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=100;WE=156136035;WS=156136017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,146:0.79:184
chr4	156271269	rs17377470	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr4	156273768	rs2305050	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=-1.458;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
chr4	156274377	rs1058992	T	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=255;ReadPosRankSum=-1.708;SC=TTCAGTTTTCTTCTTGTTTTT;SOR=0.662;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=19;WE=156274385;WS=156274367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr4	156274584	rs10004913	T	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	156274606	rs33994283	CATT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=61.78;MQRankSum=0.674;NF=1;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-1.150;SC=CTCTGATATTCATTATACTTA;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=156274616;WS=156274596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr4	156276096	rs3775249	G	A	55.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5209;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AAGTAAAACCGGAAATCATTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=156276104;WS=156276086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	156276289	rs2341894	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=-1.822;SC=CATGTAAATACACATTTTTCT;SOR=0.561;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=17;WE=156276297;WS=156276279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr4	156276317	rs2880181	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=217;ReadPosRankSum=0.812;SC=CCACTCCTATAAGAACAAGAA;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=13;WE=156276325;WS=156276307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr4	156276433	rs2341893	C	T	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=74;SC=CTATTCTACTCTAAAAAAGAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=156276441;WS=156276423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	156276742	rs34426198	ACT	A	100.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=139;SC=TTAAAAGGAAACTCTTTCTCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=156276751;WS=156276732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	156276788	rs6857158	G	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr4	156276841	rs6834126	T	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=337;ReadPosRankSum=-1.049;SC=TCATTCTTCTTCTCTTAAAAA;SOR=1.214;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=21;WE=156276849;WS=156276831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr4	156281666	rs111798466	ACT	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=61.53;MQRankSum=0.366;NF=0;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CTATCTATAAACTCTTTTTTC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=156281675;WS=156281656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	156283302	rs6829123	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=1.877;SC=TCCTGTTTTCGCAAAAAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=156283310;WS=156283292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr4	156290032	rs3733392	G	C	475.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=291;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTCTCTGGGTGCTACCATACT;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=15;WE=156290040;WS=156290022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr4	156295965	rs11723273	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=483;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CTAAAATTAGTGAATGCTTAG;SOR=1.866;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=25;WE=156295973;WS=156295955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr4	156296868	rs986416	T	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.69;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr4	156297060	rs17377679	A	G	161.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=5;PP=79;SC=TCAACTTCTGATAGTAGCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=156297068;WS=156297050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	156632391	rs11944673	A	G	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=48;PP=1443;SC=ACTCTGTGAAAAAATCTTCAA;SOR=1.131;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=75;WE=156632399;WS=156632381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	156643183	rs2306554	C	A	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=368;ReadPosRankSum=0.605;SC=TTATTTTTTGCTTTCAGATGC;SOR=0.826;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=31;WE=156643191;WS=156643173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,56:0.34:167
chr4	156680340	rs1459845	G	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr4	156706412	rs17033527	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=275;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TTTATGAAGCCTAGAAGAATG;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=20;WE=156706420;WS=156706402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr4	156706482	rs1459853	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=15;PP=502;SC=GTGCTGCAATGTAAGAGTTTA;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=156706490;WS=156706472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	156721198	rs2229202	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,33:0.21:159
chr4	156757789	rs113590442	G	GA	54	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=1;PP=58;SC=TTTCAATAAAGAAAAAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=156757797;WS=156757779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	156757818	rs1399046	A	C	151.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr4	156784608	rs34566545	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,28:0.26:109
chr4	156784970	rs932081	C	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=260;SC=TAATGCTATCCGTAAAAAAAC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=156784978;WS=156784960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	156787214	rs1399044	A	G	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=222;SC=TATATTACTTATATTGTGTTC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=156787222;WS=156787208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	156787340	rs6848883	G	A	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	156787391	.	T	C	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=612;ReadPosRankSum=1.524;SC=GTGATTTCAGTTAAGCAAGAG;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=42;WE=156787399;WS=156787381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,92:0.77:119
chr4	156824973	.	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,12:0.16:75
chr4	156825298	.	GG	AA	3424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=1736;ReadPosRankSum=1.049;SC=GTCCTTACAGGGTTTGGTGTC;SOR=0.460;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=48;WE=156825307;WS=156825288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,86:0.79:109
chr4	156826166	rs2137778	C	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=5;PP=166;SC=TACTAAAGTTCATAAAAACCA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=156826174;WS=156826156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	156830277	rs34133854	T	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	156839462	rs2292537	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=8;PP=215;SC=TATACATTTGCTATCTAAAAA;SOR=1.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=156839470;WS=156839452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	156847230	rs1543108	A	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=13;PP=417;SC=TACCTAAGGGAAAAAAAAGGA;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=24;WE=156847245;WS=156847220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	156847237	rs10714400	AG	A	1299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=601;SC=GGGAAAAAAAAGGAATTATTA;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=15;WE=156847245;WS=156847220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	156874833	rs2292538	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr4	157563266	rs7658059	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=380;SC=TTGCCTGAGAAAGGCTAGACA;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=157563274;WS=157563263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	158043604	.	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr4	158065038	rs12507409	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=7;PP=214;SC=ACGCCCCAACTCTGCTCATTG;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=158065046;WS=158065028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	158238607	rs41279337	C	T	123.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=2.100;SC=ATTTATTAAGCGTTAATATGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=158238615;WS=158238597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	158238830	rs4302506	T	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	158257520	.	C	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.577;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,79:0.73:108
chr4	158281006	.	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=339;ReadPosRankSum=1.223;SC=AATTTTTTAGGGCCATCTCTT;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=20;WE=158281014;WS=158280996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr4	158283689	.	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=13.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr4	159076826	rs6830702	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,30:0.19:160
chr4	159528140	.	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=370;ReadPosRankSum=-0.024;SC=AATGTTCGCTCATATTGATTT;SOR=0.459;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=23;WE=159528148;WS=159528130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr4	159531820	.	G	A	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=873;ReadPosRankSum=-0.266;SC=GAAAAATGAAGAGGACTGGGC;SOR=0.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=62;WE=159531828;WS=159531810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,80:0.70:114
chr4	159568122	.	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,15:0.16:94
chr4	159568383	rs13111939	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=255;SC=ATGTTCACAAATTTTTATTTC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=159568391;WS=159568373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	159601676	rs11559290	C	T	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=20;PP=608;SC=CTATGTGCTACAAGATGGTCT;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=159601684;WS=159601666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	159618695	.	C	CT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr4	159620035	rs7679753	A	C	178.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.7989;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=1.593;SC=CTTTTGAGTAAAAGAAATTTA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=159620043;WS=159620031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr4	159629814	rs17843966	A	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=1.150;SC=AAAATTTTATACTATATGTAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=159629822;WS=159629804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	159630817	rs8396	T	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=322;ReadPosRankSum=-0.536;SC=ATCATATTCATAGACAAAAAC;SOR=0.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=19;WE=159630825;WS=159630807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr4	159631991	rs9410	G	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=255;ReadPosRankSum=0.229;SC=GATGGGTCTAGTTCAAGAGCC;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=17;WE=159631999;WS=159631981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr4	159634503	rs17843943	A	AT	1229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.862;NF=0;NR=28;PP=1095;ReadPosRankSum=0.090;SC=CATTTCTGATATAAAAAGCTC;SOR=0.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=28;WE=159634511;WS=159634493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,40:0.89:45
chr4	159640565	rs7666472	G	C	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=300;SC=CCTGTTTGTCGCTCCCCACCC;SOR=3.767;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=13;WE=159640573;WS=159640555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	159644494	rs2070630	G	C	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.54;ReadPosRankSum=-1.733;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,71:0.81:88
chr4	159644501	rs2070629	C	T	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.86;ReadPosRankSum=-1.411;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,58:0.78:74
chr4	159690622	rs55960593	C	T	236.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=-0.472;SC=AGCGTGGACGCGCCTGATCCG;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=159690630;WS=159690612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr4	159690640	rs59971723	C	A	175.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=1.097;SC=CCGAGTGTGGCTCCGGACCCT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=159690648;WS=159690630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	159754865	.	G	GT	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=20.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.352;SOR=1.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr4	159790451	.	C	T	2859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=907;ReadPosRankSum=-0.002;SC=GGAGACATTCCCCGAAATGAA;SOR=0.615;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=59;WE=159790459;WS=159790441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,130:0.79:164
chr4	159858736	rs11737459	T	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr4	159881328	rs978297	T	C	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=46;SC=AAAACCTACATGAAATAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=159881336;WS=159881323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	159881479	rs9784569	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=204;ReadPosRankSum=2.476;SC=CAAGAGAAGCTTGACTTAGTT;SOR=0.741;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=14;WE=159881487;WS=159881469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr4	159894250	rs619128	C	T	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=11;PP=872;SC=AAAGCCACTCCCCAGTCTTGA;SOR=1.649;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=41;WE=159894258;WS=159894240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	159894305	rs662473	T	C	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	160107918	rs10014197	T	C	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=197;SC=TTGAAGCATGTAACAATTTAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=160107926;WS=160107908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	160114277	rs6834634	G	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=2;PP=84;SC=GACTGTATGTGTCATTTAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=160114285;WS=160114267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	160159949	rs77229150	C	A	480.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr4	160251417	rs10692663	A	ATG	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=331;ReadPosRankSum=0.086;SC=GTATATGTATATGTGTGTGTG;SOR=0.307;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=7;WE=160251425;WS=160251407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr4	160251449	rs55734414	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=5.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=7;PP=200;ReadPosRankSum=1.351;SC=GTGTGTGTGTATATATATGTA;SOR=0.439;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=14;WE=160251457;WS=160251439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr4	160264324	.	C	T	2976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1309;ReadPosRankSum=0.028;SC=CAAAAAGGATCTCACCTTCCT;SOR=0.600;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=77;WE=160264332;WS=160264314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,133:0.80:166
chr4	162307060	rs17040984	G	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=7.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,25:0.22:114
chr4	162376046	rs62326380	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=-0.933;SC=AGCAAGTTCAATTGTACATGT;SOR=0.074;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=162376054;WS=162376036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr4	162380521	rs140036351	T	TA	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=310;ReadPosRankSum=0.339;SC=ACTATTAGTTTAAAGCTAGGC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=162380529;WS=162380511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	162431624	rs143070893	G	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr4	162431695	.	C	T	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5003;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=28;QD=15.6928031368;SC=TGTATATAAACGTAGTGAAGT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=162431703;WS=162431685;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	162459299	rs4691769	T	C	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=19;PP=1276;SC=TGTGTGCTGTTGGGTGGTTCT;SOR=1.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=66;WE=162459307;WS=162459289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	162463668	rs72685743	A	T	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.667;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=472;ReadPosRankSum=1.368;SC=GAGAAAAAAAAGCAAGTAAAA;SOR=1.244;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=28;WE=162463676;WS=162463658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr4	162577696	.	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr4	162841814	rs5863499	T	TA	1059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.21;NF=2;NR=22;PP=516;SC=CCTGAAGAATTAAAAAAAAAT;SOR=1.251;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=24;WE=162841822;WS=162841804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	162954926	rs60202022	A	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5135;FS=2.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=367;ReadPosRankSum=0.462;SC=TCCCAGGAACATGATTCTCGC;SOR=1.244;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=21;WE=162954934;WS=162954916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr4	164048199	rs4691895	G	C	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.119;SC=AAACCAAAAAGTTTGTGTGAC;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=76;WE=164048207;WS=164048189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,138:0.75:183
chr4	164050124	.	T	G	26	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=26;QD=15.1928031368;SC=GGGGAGGGGGTGGGGGTAGGG;Source=Platypus;TCF=9;TR=4;WE=164050132;WS=164050114;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,4:0.27:15
chr4	164085425	rs4691896	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr4	164087954	rs936562	A	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.58;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,38:0.83:46
chr4	164272425	.	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,20:0.21:94
chr4	164415734	rs2276979	A	G	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=45;PP=1480;SC=GTTGGGCTAGAGCTTAAAAGC;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=164415742;WS=164415724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	164435265	rs2304802	A	C	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=14;PP=935;SC=CTTGATCCCCAAAAAAAGAGA;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=164435273;WS=164435255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	164438523	rs12643109	G	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=263;SC=ATTATTTGTTGTACATAAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=164438531;WS=164438513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	164438790	rs140868699	TACAA	T	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=407;SC=AAGTTGGGCGTACAAACAGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=164438801;WS=164438780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	164440581	rs1561736	T	C	5216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=25.08;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	164440743	rs4362779	T	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=28;PP=759;SC=CTAATTGTCATGATACAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=164440751;WS=164440733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	164450255	rs372244193	A	AT	348.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.85;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr4	164466824	rs13130399	C	T	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=58;PP=2125;SC=CACAGGTGATCGCGATTACGT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=128;WE=164466832;WS=164466814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr4	164466970	rs11726828	C	T	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=32;PP=783;SC=TTCCCAGACACAGATCATGAA;SOR=2.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=41;WE=164466978;WS=164466960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	164533316	rs907431	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=1.356;SC=AAAAAGAACAATGTAAATAAA;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=164533324;WS=164533306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr4	164534321	.	G	A	198.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TGAAGAAAATGAACTAAATGA;SOR=0.307;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=164534329;WS=164534317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr4	164621883	rs9308064	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGATAACAATTATAGGTTAA;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=164621891;WS=164621873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr4	164622012	.	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GGGGATTTTTCATTCTGAAAA;SOR=0.905;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=3;WE=164622020;WS=164622002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr4	165118066	rs35028495	G	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.086;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.682;NF=18;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=2.018;SC=GGAGGGGGGAGGGGATATGGG;SOR=1.888;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=20;WE=165118074;WS=165118056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr4	165118652	rs2288675	C	T	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=61;PP=1762;ReadPosRankSum=0.339;SC=CCCTGAGACTCTTAGTTCAAG;SOR=0.854;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=148;TCF=64;TCR=84;TR=104;WE=165118660;WS=165118642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,171:0.72:237
chr4	165118796	rs2288674	G	A	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.129;NF=30;NR=40;PP=1096;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GTTGTCCAGGGCAAGTTCTTT;SOR=0.783;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=70;WE=165118804;WS=165118786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,98:0.76:129
chr4	165119006	rs35492692	A	AAT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=1.140;SC=CAAATATTATAATAAAGGGAC;SOR=0.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=4;WE=165119014;WS=165118996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr4	165878170	rs3733419	A	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=271;ReadPosRankSum=0.648;SC=CATGTACCACAGTGGATGGAA;SOR=0.456;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=20;WE=165878178;WS=165878160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr4	165878335	rs3733418	A	G	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=979;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GGCGGCCGCCATGGCAGTGTC;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=69;WE=165878343;WS=165878325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,136:0.77:177
chr4	165962255	.	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,42:0.21:201
chr4	165981142	rs6819917	A	G	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=1036;ReadPosRankSum=0.153;SC=TTCCTCCCCAATATTCTGCTC;SOR=1.005;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=58;WE=165981150;WS=165981132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,68:0.83:82
chr4	165981670	rs17045936	A	G	630.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.11;ReadPosRankSum=-1.323;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,29:0.88:33
chr4	166009654	.	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=327;ReadPosRankSum=-1.505;SC=GGGAACAGATGAGTTCCAGTG;SOR=0.228;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=27;WE=166009662;WS=166009644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,46:0.85:54
chr4	166021811	rs6536890	G	C	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,99:0.73:136
chr4	166022093	.	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=463;ReadPosRankSum=1.097;SC=TTGTAATTAGGAAGCAATAAC;SOR=1.206;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=23;WE=166022101;WS=166022083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr4	166150086	rs72699582	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQRankSum=-6.616;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr4	166199345	rs55806488	C	T	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.736;NF=49;NR=34;PP=1228;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TCAAACCGCTCCATCGTGACG;SOR=0.549;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=83;WE=166199353;WS=166199335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,119:0.78:152
chr4	166215662	rs374375227	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.604;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr4	166231868	rs28678193	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=333;ReadPosRankSum=-2.316;SC=TAAATGGATTATTATACGCTG;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=19;WE=166231876;WS=166231858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr4	166231910	.	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=1.419;SC=CAGGTAATTTCCTTTTCATTT;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=166231918;WS=166231900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr4	166232839	.	C	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr4	166243082	rs60759634	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=2.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=194;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TGATTTGTACAGTTCCTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=15;WE=166243090;WS=166243072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr4	166321799	rs113176485	C	T	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=682;ReadPosRankSum=-0.132;SC=AGGGCAGTTTCACCTCTAACA;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=51;WE=166321807;WS=166321789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,80:0.70:115
chr4	166403574	rs2289230	A	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=612;ReadPosRankSum=-0.417;SC=AGGTTTTATAAGATGATTTCT;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=38;WE=166403582;WS=166403564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,51:0.73:70
chr4	166408782	rs3822062	T	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=633;ReadPosRankSum=-1.289;SC=TTCAAACCTGTCCTACAATGG;SOR=1.276;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=36;WE=166408790;WS=166408772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr4	166416643	rs7692951	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr4	166976442	.	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr4	166978539	rs59089153	CT	C	907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=915;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GTCTGTCTTCCTCTTTCTTTC;SOR=3.056;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=22;WE=166978547;WS=166978529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr4	167012241	rs377180243	GTTT	G,GTT	1076.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=4;PP=544;SC=TGAGTGATTTGTTTTTTTTTA;SOR=3.014;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=21;WE=167012258;WS=167012231;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:25
chr4	167012250	.	T	TAA	1327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.78;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	167012381	rs2654492	G	A	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=59;PP=1941;SC=TTGGACGACTGTGTGGCAACA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=113;WE=167012389;WS=167012371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr4	167012480	rs2646914	T	C	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=37;PP=1115;SC=GCTTTCAAGCTACACATTCTA;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=167012488;WS=167012470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	167012506	rs2254420	A	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=29;PP=819;SC=CAGCAAATTCAAGTCATGCTT;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=167012514;WS=167012496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	167012543	rs2654493	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=586;SC=ATCCAGGTTTTTCTTCTGGTG;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=167012551;WS=167012533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	167020778	rs72361647	CA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr4	167656278	rs12499704	A	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=462;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CCTTTATTTGACTGAATACTG;SOR=0.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=27;WE=167656286;WS=167656268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr4	167675635	rs2305593	G	A	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=17;PP=1008;SC=AACTATTTGCGTCTGTAAGGG;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=167675643;WS=167675625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	167932327	rs2558141	T	C	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,86:0.78:110
chr4	168155020	.	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.242;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=1.515;SC=GCCGCGTTTCCCTAAACCCCT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=4;WE=168155028;WS=168155010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr4	169085233	.	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=-0.975;SC=AAACCACTTCCTTTCCCTGCC;SOR=1.127;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=14;WE=169085241;WS=169085223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr4	169157391	.	C	T	511.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.854;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=200;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TTATCAGAATCACACAGTTTA;SOR=0.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=15;WE=169157399;WS=169157381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr4	169201536	.	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,63:0.15:429
chr4	169279170	rs497151	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=273;SC=AGCAGAGCTGATATCTGAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=169279178;WS=169279160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	169282112	rs2684346	C	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=128;SC=AAAAAAACAGCGTGACAGTGT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=169282120;WS=169282102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	169282232	rs2684347	G	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=11;PP=337;SC=CTTACACAAAGGAAGAGCTAT;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=169282240;WS=169282222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	169282355	rs2684348	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=433;SC=AGCTGTCCCATACGCATCCTA;SOR=1.005;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=169282363;WS=169282345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	169292759	rs6829368	T	C	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=5;PP=819;SC=ACCCATAAACTTACCCATTTT;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=169292767;WS=169292749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	169299528	rs13110927	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr4	169299676	rs10517990	T	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	169301059	rs1489232	T	C	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	169311790	rs34009039	G	GT	55.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=0.210;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	169312801	rs6840397	A	G	985.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,64:0.93:69
chr4	169315571	rs11337868	TA	T	920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=807;SC=TTCAGCATCATAATATGCACA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=169315579;WS=169315561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	169315760	rs3749499	C	A	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.432;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.12;ReadPosRankSum=1.346;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr4	169317081	rs1826028	C	A	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=250;SC=ACAACTGTAACGTATTATATT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=169317089;WS=169317071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	169317279	rs3857035	C	T	248.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.54;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	169317284	rs5863929	T	TA	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.56;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	169336662	rs4692661	T	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=8;PP=255;SC=TCTCTCTCCATAGAGCACTAG;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=169336670;WS=169336652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	169337741	rs17054123	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr4	169340639	rs1021318	C	A	133.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.489;SC=TATGCTGCTGCTGATAGCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=169340647;WS=169340629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr4	169341435	rs2130145	A	G	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=33;PP=1454;SC=ACATTGTGACAATAATCTCTT;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=90;WE=169341443;WS=169341425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	169341608	rs141226900	TACACATACACACACACACAC	T	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.09;MQRankSum=2.347;QD=24.05;ReadPosRankSum=3.594;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr4	169354319	.	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=126;ReadPosRankSum=0.045;SC=TATCCTATATGAATTTTGAAC;SOR=0.333;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=169354327;WS=169354309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr4	169362557	rs13151700	C	G	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GACTTTCCAACGTTAAATTCT;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=72;WE=169362565;WS=169362547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,101:0.75:135
chr4	169369820	rs2712113	T	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=371;ReadPosRankSum=2.284;SC=AGTAGAAGGCTATATTCTTTA;SOR=1.013;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=24;WE=169369828;WS=169369810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr4	169369853	rs2712114	A	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=488;ReadPosRankSum=-1.148;SC=CATACAAGTCAGAAACATGAT;SOR=1.040;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=32;WE=169369861;WS=169369843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
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chr4	169393972	rs113626526	G	GA	1301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.412;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=900;ReadPosRankSum=0.969;SC=TGTAATAAAAGAAAAAATAGA;SOR=0.359;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=31;WE=169393980;WS=169393962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,61:0.78:78
chr4	169432841	rs1806729	G	A	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5029;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=832;ReadPosRankSum=1.555;SC=ACTCGGAAAAGGAGATCTCGC;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=49;WE=169432849;WS=169432831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,70:0.84:83
chr4	169433326	rs7655494	TG	CA	5710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.04;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,136:0.83:163
chr4	169433333	rs7673220	C	T	5620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.35;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,132:0.83:159
chr4	169611978	.	A	G	573.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.8098;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=359;ReadPosRankSum=-1.205;SC=TAAGTCATTAAGATGAATTGA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=20;WE=169611986;WS=169611968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr4	169612461	.	G	GT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr4	169799448	rs62333013	A	G	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=34;PP=1154;SC=CTTCGGCCACAGCCAGACGCC;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=169799456;WS=169799438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	169812313	rs6827082	T	C	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=16;PP=562;SC=ACATCATCATTATTATTATTA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=169812321;WS=169812303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	169835048	rs1532651	C	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	169846255	rs3733656	T	C	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=24;PP=981;SC=TCTCATTTCATTGCGTTTACT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=169846263;WS=169846245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	169846359	rs66895777	GCT	G	1993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.18;NF=10;NR=19;PP=1404;SC=AATTCATATTGCTCTCTCTCT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=29;WE=169846368;WS=169846349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	169847646	rs35375934	TA	T	323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=19.04;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	169923363	.	CAAAAA	C	451.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;MQRankSum=0.588;QD=30.12;ReadPosRankSum=2.293;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr4	169928842	rs2877380	G	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	169930210	rs34403282	CA	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr4	169931268	rs28371817	G	A	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.17;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	169931274	rs2279038	G	A	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.88;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	169931288	rs2279039	T	C	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	169931326	rs67305871	CA	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.170;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	170017860	rs1471172	G	A	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.639;NF=16;NR=38;PP=906;ReadPosRankSum=0.806;SC=AGAGATTTTGGTTAAGGCGAT;SOR=0.968;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=54;WE=170017868;WS=170017850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,81:0.70:116
chr4	170037323	rs10017472	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=-1.902;SC=TTGTTGAACAGTGAGTCCTCT;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=8;WE=170037331;WS=170037313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr4	170037572	rs3811813	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=226;ReadPosRankSum=1.719;SC=GAAGTCAGTGGAGCAGCTGCT;SOR=0.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=25;WE=170037580;WS=170037562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,35:0.26:134
chr4	170041864	rs147918956	T	TAAC	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CTTGGCTATGTAACAGGCAAT;SOR=0.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=3;WE=170041872;WS=170041854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr4	170077432	rs9312445	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTTCAGAAGCATAGTGAGTAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=170077440;WS=170077424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	170077459	.	AT	A	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=30;QD=11.0;SC=CAAAACTTGTATTTTTTTTTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=170077467;WS=170077449;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
chr4	170077540	rs10024401	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr4	170077789	rs10518039	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.480;NF=6;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=1.504;SC=CTTTTCCTTCATAGTTGTATA;SOR=0.465;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=14;WE=170077797;WS=170077779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
chr4	170315496	rs4692721	C	T	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.20;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	170354836	rs7680152	C	T	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=23;PP=633;SC=ATAAACGTAACGAGAGACATC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=170354844;WS=170354826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	170354873	rs13139925	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=19;PP=554;SC=CAAGAGAATATTGAATAAACT;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=170354881;WS=170354863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	170483143	.	GT	G	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=10;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=19.0;SC=GTTCAATGAGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=170483151;WS=170483133;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	170581570	rs4692739	G	A	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=40;PP=1483;SC=GGAGGAGACAGTATTCCCCTG;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=83;WE=170581578;WS=170581560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	170616918	rs2062609	G	A	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=73;SC=TTTCAGTTTTGTAGGTGATGT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=170616926;WS=170616908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	170623928	rs60812626	CAAAAAAAAAAAA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr4	170628524	rs9996636	A	G	170.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=9.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GGCAAGGGACATTATTTTATG;SOR=4.163;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=170628532;WS=170628514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr4	170639124	rs201196035	ATATCCTAC	A	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,18:0.20:92
chr4	170663235	rs1047642	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=157;SC=CGTTATTTCTCTAAGTTTTTT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=170663243;WS=170663225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	170663321	rs6849004	C	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=141;SC=AAAGACCTTTCAAAGTTGAGC;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=170663329;WS=170663311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	170678993	rs11540095	T	C	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=41;PP=1782;SC=GCGGCCCCTCTCCGCCGGGCC;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=93;WE=170679001;WS=170678983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	170982899	.	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GTCTTTTAATGATAGTTCATG;SOR=0.148;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=170982907;WS=170982889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	170987636	rs1480544	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=454;ReadPosRankSum=0.487;SC=AACCCTAGAAAAAGAAAACAA;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=152;TCF=61;TCR=91;TR=44;WE=170987644;WS=170987626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,56:0.26:216
chr4	170991811	rs149355054	AGGTT	A	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr4	170994554	rs5864015	GT	G	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.294;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr4	172735897	rs3796654	C	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=381;SC=AAAGATCACACAAGGATTGGT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=172735905;WS=172735887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	172973421	rs1505494	G	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=289;SC=AGAGCCTCAAGGCAGAGAGGA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=172973432;WS=172973411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	172973423	rs10572855	CAG	C	766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=599;SC=AGCCTCAAGGCAGAGAGGATA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=172973432;WS=172973411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	172973580	rs1505495	C	A	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.49;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr4	173232679	rs2136033	A	G	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=2;PP=616;SC=AATAGGCGATAATACACATTC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=173232687;WS=173232669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	173232944	rs168011	G	T	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	173269638	rs333399	T	C	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=749;ReadPosRankSum=-0.103;SC=AAGAGTTTTGTATTTGACACA;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=43;WE=173269646;WS=173269628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,61:0.79:77
chr4	173269915	rs333398	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-1.335;SC=TTAAAAAAGACAATGGGAGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=173269923;WS=173269905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	173803914	rs6810619	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=164;ReadPosRankSum=-3.611;SC=TCATAGTCCTTTAAAGATTAT;SOR=1.121;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=14;WE=173803922;WS=173803904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr4	173873170	rs11322401	TG	T	1134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=9;PP=432;SC=ATGACATTTTTGTTTTCCTGC;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=173873178;WS=173873159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	173873256	rs61737890	G	A	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.857;NF=35;NR=21;PP=868;ReadPosRankSum=-1.780;SC=GGCGGCCGGAGTACAGGCATC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=56;WE=173873264;WS=173873246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,82:0.81:101
chr4	173930479	rs4696042	A	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=540;SC=GGCAGTGGGAACCAGTCGGGG;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=173930487;WS=173930469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	173942657	.	C	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=426;ReadPosRankSum=0.974;SC=AGAAGATATTCGACCCGGTGA;SOR=1.298;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=26;WE=173942665;WS=173942647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,48:0.83:58
chr4	174090004	rs3733477	G	A	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	174217122	rs4696055	A	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=422;SC=GTTATCCCTCATCTATTTGTT;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=174217130;WS=174217112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	174310777	rs4695833	A	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=286;SC=AGGTCTGGGGAGGAGTCCAAG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=174310785;WS=174310767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	174450419	.	G	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=217;SC=GGGTGGTGGGGAAAACCACCT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=174450427;WS=174450409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	174537063	rs4413383	G	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=7;PP=659;SC=TGGAGATCCAGACATAAGTGA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=174537071;WS=174537053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	174537513	.	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.950;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,24:0.18:136
chr4	175225452	rs4695918	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr4	175237408	rs1553669	T	C	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=38;PP=860;SC=GAGCCTCTACTGTTAATTACT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=175237416;WS=175237398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	175414234	rs13126570	T	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=215;SC=ATTTCTTCCCTTTTTATAGCT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=175414254;WS=175414229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	175414246	rs2612694	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=350;SC=TTTATAGCTTATCTAAATAAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=175414254;WS=175414229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	175414278	rs34299544	G	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=341;SC=TCATTTAAAAGAAAATAGACA;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=175414286;WS=175414268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	175429213	rs3846298	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CCATGTTCTTCTTCTCTTTCT;SOR=0.438;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=10;WE=175429221;WS=175429203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr4	175429370	rs5864277	GT	G	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.067;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,22:0.19:114
chr4	175429808	rs3775977	G	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.979;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr4	175580119	rs6553802	T	C	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=136;SC=TCCCAATTGCTTCTCTTTTCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=175580127;WS=175580109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	175598280	rs12648678	A	G	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=979;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TCGTTAGCACAGTGGTTATCC;SOR=0.660;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=62;WE=175598288;WS=175598270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,91:0.91:100
chr4	175598334	rs6812439	T	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=33;PP=836;SC=TGATCCAGAATGAAACCCAGG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=175598342;WS=175598324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	175649861	rs1872548	T	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.607;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.11;ReadPosRankSum=1.141;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr4	175688138	rs7696263	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,32:0.20:161
chr4	176622969	rs200605053	A	AT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr4	176733450	rs62338073	G	T	350.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.98;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	176733452	rs113129787	G	T	350.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.12;QD=43.85;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	176923343	.	G	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.773;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=762;ReadPosRankSum=1.174;SC=AGGCGCGGGGGGAACAGAGCT;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=51;WE=176923351;WS=176923333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,61:0.88:69
chr4	177017536	rs74983969	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr4	177050057	rs78649239	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=264;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAAATATTGTGTTTTCTATCA;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=177050081;WS=177050047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	177050062	rs71830098	CTATCAAATAAAA	C	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=1664;ReadPosRankSum=-1.383;SC=ATTGTGTTTTCTATCAAATAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=177050081;WS=177050047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	177073026	rs4690661	G	A	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=60;NR=57;PP=2050;SC=TGGTGTACCTGCTAAAGAGGA;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=117;WE=177073034;WS=177073016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	177083166	rs2877924	A	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=290;SC=AAAAAGTATTAGTTTGCTTTT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=177083174;WS=177083156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	177087322	rs4388031	C	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=235;SC=TTTAAGAACACATTCCTTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=177087330;WS=177087312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	177093505	rs4538426	T	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr4	177095908	rs4690665	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CATTAGAGCAATTTCTCTTGC;SOR=0.601;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=8;WE=177095916;WS=177095898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr4	177098285	rs17625943	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,19:0.18:105
chr4	177113764	rs6857056	A	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr4	177113836	rs6832177	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr4	177114198	rs140439880	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.05;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr4	177116463	rs994252	C	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.566;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.679;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,19:0.13:145
chr4	177116779	rs4565028	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=370;SC=GGCGGCGCGGTCTCGTGGGGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=177116787;WS=177116769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	177136855	.	G	A	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=765;ReadPosRankSum=-0.446;SC=AGTCGGCAAAGTTGGTAAAGA;SOR=0.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=50;WE=177136863;WS=177136845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,93:0.67:138
chr4	177137988	rs6827525	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=107;ReadPosRankSum=0.272;SC=GAAGCAATATCCTTTCCACCA;SOR=0.420;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=14;WE=177137996;WS=177137978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr4	177142488	rs34466424	C	T	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.192;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1529;ReadPosRankSum=0.028;SC=ATCCACCCCACACACCTCACC;SOR=0.909;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=144;TCF=66;TCR=78;TR=106;WE=177142496;WS=177142478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,141:0.76:186
chr4	177142776	rs10032098	C	A	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.98;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	177142777	rs13120838	A	C	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.84;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,75:0.81:93
chr4	177143417	rs13147229	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=299;ReadPosRankSum=-0.227;SC=TGTTGGATTCCCTCCGTCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=18;WE=177143425;WS=177143407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr4	177143664	rs6553937	C	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=286;SC=ATATTTTAGACATCAAAGAAT;SOR=1.721;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=177143672;WS=177143654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	177241155	rs148376945	A	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr4	177248446	rs13104798	A	T	503.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=302;ReadPosRankSum=-1.146;SC=ATTCTTGGTCATTTTTTTACA;SOR=1.508;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=16;WE=177248454;WS=177248436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr4	177605081	rs5864401	CTCA	C	6303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=31;PP=2969;SC=ACAATCTTAGCTCATCATTTG;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=70;WE=177605091;WS=177605071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr4	177608707	rs7664413	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=1.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr4	177608775	rs4604006	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=140;ReadPosRankSum=1.030;SC=ATGTTTTCCATCAAAGGATTG;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=177608783;WS=177608765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr4	177608875	rs4529000	A	C	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=211;SC=TCACTTATTTAGAAGAATGAT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=177608883;WS=177608865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	177609203	rs13136065	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=445;ReadPosRankSum=-1.600;SC=AGAATTATGAGATAAAATGTG;SOR=0.566;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=25;WE=177609211;WS=177609193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr4	177609259	rs2877962	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.29;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr4	177609264	rs2333495	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.88;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	177650614	rs3836595	T	TA	184.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=280;SC=ACACTGAAATTAAAGAACCAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=177650622;WS=177650607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	178167074	rs2118922	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=253;SC=TAGTGCCAACGTTTCGTATTT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=178167082;WS=178167064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	178167282	rs1347894	G	A	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	178169500	rs3828517	G	A	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	178262613	rs35370036	GT	G	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.868;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr4	178262683	rs17676249	T	C	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.501;NF=26;NR=25;PP=839;ReadPosRankSum=-1.258;SC=ACAAGCGTCCTAATTGTGGTC;SOR=0.372;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=51;WE=178262691;WS=178262673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,72:0.82:88
chr4	178262811	rs28618113	T	C	586.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=-1.367;SC=GATATTGAATTTAAAGGGATA;SOR=1.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=20;WE=178262819;WS=178262801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr4	178272748	rs1054753	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr4	178274565	rs2048074	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=8.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr4	178274694	rs10007075	T	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=4.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,43:0.22:198
chr4	178274750	rs13112358	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=1.334;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,38:0.19:202
chr4	178274968	rs7691152	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CACCTAGGCTACAGTGCAGTG;SOR=1.901;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=178274976;WS=178274958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	178281754	rs1876268	G	A	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=48;PP=1613;SC=CCGAGTTGTGGGGAAGGATGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=84;WE=178281762;WS=178281744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	178352679	rs1061814	T	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=210;ReadPosRankSum=0.187;SC=TAAGAAAGGTTAAATAAAAAT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=11;WE=178352687;WS=178352675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr4	178353046	rs3805167	G	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=202;SC=TATTTGACTAGACACTGGCTA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=178353054;WS=178353036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	178355482	.	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,10:0.15:68
chr4	178355668	rs4690521	C	G	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=52;PP=1581;SC=TAACAATTTACGGCAGGAAAT;SOR=1.016;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=86;WE=178355676;WS=178355658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	178357566	rs71599314	A	ATAATTG	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=2.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.516;NF=0;NR=13;PP=749;ReadPosRankSum=-0.320;SC=ATATAACCAAATAATTGAGCA;SOR=1.814;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=178357574;WS=178357556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr4	178359960	rs2228119	G	C	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=19;PP=620;SC=TTGAGAAGCAGTGGTAGATAA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=178359968;WS=178359950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	178361414	rs34241758	A	C	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.902;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,82:0.72:114
chr4	178363378	rs11131799	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=391;ReadPosRankSum=-1.277;SC=CGGCGCAGCCGCCCGCCCAGG;SOR=0.623;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=27;WE=178363386;WS=178363368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr4	178881982	rs13109967	G	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=9;PP=325;SC=TCTTTCCGGGGATCAAAAGAA;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=178881990;WS=178881972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	178882120	rs9994032	A	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=154;SC=CCTGAAATGAAATATTTGAAT;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=178882128;WS=178882110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	178887795	rs113648256	T	TTTTC	1939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.108;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=43.11;ReadPosRankSum=-1.428;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr4	178911746	.	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=456;ReadPosRankSum=2.705;SC=TGGCTCTGCCGGACTTACAAG;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=31;WE=178911754;WS=178911736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr4	183267728	rs33933747	TA	T	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr4	183268148	rs11373586	C	CG	143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	183268174	rs6552554	C	T	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	183271186	rs10644033	G	GAA	47.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	183370056	rs11721730	C	T	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	183370244	rs35591339	AGCG	A	2513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=25;PP=1415;SC=AAGGTGGGTGAGCGGCGGCGG;SOR=0.800;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=30;WE=183370254;WS=183370234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	183522021	rs141344153	C	CAT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=11;NR=1;PP=313;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TGTGTATATACATATATATAT;SOR=0.132;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=12;WE=183522029;WS=183522011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr4	183601590	rs34738241	A	AG	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=13.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.715;SOR=2.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr4	183601594	rs11934254	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.689;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	183601847	rs2871328	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=287;ReadPosRankSum=0.341;SC=TCATGGGCTCTTGTGCTTGCA;SOR=0.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=27;WE=183601855;WS=183601837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,53:0.30:177
chr4	183650026	rs5864796	GA	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.645;QD=10.08;ReadPosRankSum=-2.456;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr4	183652081	.	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,38:0.24:160
chr4	183652175	rs10866256	T	C	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=49;PP=1769;SC=AAGAGAATGATATTCCCAGCT;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=183652183;WS=183652165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	183659722	rs74988363	G	C	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=39;PP=1179;SC=ATAGATAACTGATGTTGTAAT;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=183659730;WS=183659712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	183664539	.	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-2.651;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,49:0.23:210
chr4	183664593	rs7676674	G	A	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=43;PP=1245;SC=CCTAAATTTGGGCTTTTAACC;SOR=1.190;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=183664601;WS=183664583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	183665437	rs6835335	C	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=12;PP=374;SC=CAGTATCACACATCATCGAAG;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=183665445;WS=183665427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	183674597	rs71620945	A	C	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=13;PP=1541;SC=CTTCTCTCAAATACAGGAATG;SOR=2.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=62;TCR=13;TR=74;WE=183674605;WS=183674587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	183710332	rs61736044	G	A	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=913;ReadPosRankSum=0.311;SC=AATTTCTACTGAGGATCGCCT;SOR=0.790;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=57;WE=183710340;WS=183710322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,85:0.76:112
chr4	183713630	rs6857162	A	G	5787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=99;PP=2948;ReadPosRankSum=1.682;SC=GGCTGCTTCTACAAACAGCTT;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=85;TCR=120;TR=167;WE=183713638;WS=183713620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,250:0.79:316
chr4	184170025	rs907357	G	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=25;PP=825;SC=TAAGTTATCTGTGCTGAAGAG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=184170033;WS=184170015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	184171187	rs10020261	T	C	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=43;PP=1478;SC=CTCAAACATTTTCTTTTCCAG;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=184171195;WS=184171177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	184180920	rs11132172	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr4	184190233	rs11941467	G	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.795;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,56:0.19:302
chr4	184190355	rs11407064	A	AC	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,14:0.12:117
chr4	184190535	rs6858486	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=266;ReadPosRankSum=0.086;SC=GTGATTTTCTGTAAAAGTTGC;SOR=0.972;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=22;WE=184190543;WS=184190525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,30:0.25:120
chr4	184202148	rs11132174	G	T	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=42;PP=1191;SC=ATTCCAGAATGATGGAATGCA;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=65;WE=184202156;WS=184202138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	184205470	.	C	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=2.327;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=502;ReadPosRankSum=1.318;SC=AGACAGCATCCGTTTGTGAGG;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=31;WE=184205478;WS=184205460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr4	184236951	rs73006745	G	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr4	184242959	rs6839940	C	G	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=610;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GGTAGGGACACTGAGTTTGCA;SOR=0.481;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=39;WE=184242967;WS=184242949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr4	184243528	rs7688467	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-2.126;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr4	184366629	rs11282266	T	TGCACA	443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.30;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	184367558	rs147291711	TCTG	T	5303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=41;PP=2948;SC=TAAACACGGTTCTGCATCATT;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=60;WE=184367568;WS=184367548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	184426387	rs8872	C	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=20;PP=772;SC=ACTCGTCGGCCGCGCTCCTGA;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=184426395;WS=184426377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	184426526	rs6552675	A	G	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	184570715	rs10015804	T	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=0.858;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr4	184572341	rs56817841	GA	G	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=61;ReadPosRankSum=0.258;SC=AGAGTGAAATGAAAAGCAGTA;SOR=0.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=184572349;WS=184572331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr4	184577177	rs6838230	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	184619017	rs12651215	C	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr4	184931818	rs4861597	G	A	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=57;PP=1806;SC=CTAGTGAGACGGTGCTCACGG;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=184931826;WS=184931808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	184932609	rs4862282	G	A	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=28;PP=962;SC=ACACACATGCGCCTAGCGGGG;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=184932617;WS=184932599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	185034015	rs79633596	A	C	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.258;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=45;PP=1141;ReadPosRankSum=1.009;SC=ATATGTGTGAATATTTACTGG;SOR=1.374;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=54;WE=185034023;WS=185034005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,69:0.80:86
chr4	185038022	rs201732875	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.00;ReadPosRankSum=1.921;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr4	185038274	rs4642291	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=380;ReadPosRankSum=0.433;SC=AATGATAGGAGAAAGGCTATC;SOR=1.295;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=21;WE=185038282;WS=185038264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr4	185074686	rs13147555	A	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=459;ReadPosRankSum=-0.248;SC=TGAGATTTGGAATGGATGTTC;SOR=0.280;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=23;WE=185074694;WS=185074676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr4	185309946	.	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.071;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=331;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GGTGATATCCGATGTTTTCTT;SOR=0.218;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=23;WE=185309954;WS=185309936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr4	185310218	rs1131553	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=629;ReadPosRankSum=-0.450;SC=AGTGTGGCCGCCCCTTTCAAG;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=40;WE=185310226;WS=185310208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr4	185312027	rs66641943	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=439;ReadPosRankSum=2.463;SC=CTTTGTAAAGCGAAACATTCT;SOR=0.941;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=28;WE=185312035;WS=185312017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr4	185350307	rs807684	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5039;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCCGCCTGACTCTTTCCTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=185350315;WS=185350297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	185550764	rs4647693	T	C	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5126;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=218;SC=ACATAAGTCTTATTAGTCATA;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=11;WE=185550772;WS=185550754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	185553098	rs2705897	T	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr4	185559487	rs2705901	G	C	3759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=30;PP=1470;SC=TTGCCCCACTGCTCGAGGTTT;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=76;WE=185559495;WS=185559477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	185578229	rs13108061	G	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TTTGTTGTTTGTTTTAGTAGT;SOR=0.484;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=5;WE=185578237;WS=185578219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr4	185583092	rs60624489	C	CTATT	2892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=1625;SC=TTATTTCTATCCATCTCTTCA;SOR=1.146;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=31;WE=185583100;WS=185583082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	185587165	rs2463447	A	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	185612682	.	G	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	185612953	rs2696035	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	185615567	rs139656616	G	GTATC	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=408;ReadPosRankSum=0.196;SC=ATTCACTTTAGTATCTGTCAC;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=8;WE=185615575;WS=185615563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	185616438	rs13478	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=238;ReadPosRankSum=0.921;SC=GTAGACTGCTCTTCTCATCCC;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=17;WE=185616446;WS=185616428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr4	185620561	.	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr4	185622046	rs11728389	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr4	185637418	rs2077205	C	T	212.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=1.552;SC=AAACAAACATCTTTATTACAT;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=185637426;WS=185637408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr4	185652147	rs3806796	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr4	185652201	rs7675046	G	A	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=11;PP=262;SC=GACCCTTTCCGCGCATTTTTA;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=185652209;WS=185652191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	185652224	rs11362720	AC	A	221.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr4	185655171	rs902174	C	T	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=768;ReadPosRankSum=1.590;SC=AGTACTTACCCCTCAGACCTG;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=49;WE=185655179;WS=185655161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,89:0.64:138
chr4	185655190	rs876840	C	G	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=638;ReadPosRankSum=1.658;SC=TGTGAGGCCGCGGCCGCCGCC;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=41;WE=185655198;WS=185655180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,77:0.66:117
chr4	185681475	rs6825554	G	C	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=23;PP=1329;SC=ATGGCAATGTGTATGCAGCAA;SOR=1.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=67;WE=185681483;WS=185681465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	185683840	rs939040	A	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=17;PP=440;SC=GGTCTGCGAGAGATCTCCAGT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=185683848;WS=185683830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	185686032	rs2292898	C	T	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=35;PP=1389;SC=CAGGCATGGTCAGGCAGCACC;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=185686040;WS=185686022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	185686856	rs3792314	C	G	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=8;PP=1029;SC=TAATTAGCTTCATTTAGCCAT;SOR=2.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=44;WE=185686864;WS=185686846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	185686948	.	AAC	A	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,31:0.15:207
chr4	185735054	rs7676928	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GAAACTGCACGCAGAGAAGGT;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=15;WE=185735062;WS=185735044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr4	185736113	rs2280297	G	C	3882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=45;PP=1664;ReadPosRankSum=0.843;SC=ACTCTCCTTAGTTCCTGACAA;SOR=0.700;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=98;WE=185736121;WS=185736103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,176:0.76:233
chr4	185772384	rs1032299	A	G	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=35;PP=1039;SC=GAGACTAGTCACCAAGAGTCC;SOR=2.137;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=185772392;WS=185772374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	185859505	rs6821859	T	G	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.60;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr4	185859682	rs10446837	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr4	185940461	rs4862491	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GGAGAGGCGGCTTGCACCCAG;SOR=0.813;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=15;WE=185940469;WS=185940451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr4	185999348	rs10023344	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=273;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAAACATGGGTGGGTTTCATG;SOR=0.898;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=17;WE=185999356;WS=185999338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr4	185999543	rs6841061	G	A	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,105:0.73:144
chr4	185999587	rs6818170	T	A	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=47;PP=1306;SC=TAAGCCTTGATCTACCCTATA;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=67;WE=185999595;WS=185999577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	186065844	rs34795113	C	CT	316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=209;SC=AAGTGCAAACCTTTTTTTTTC;SOR=1.473;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=11;WE=186065852;WS=186065834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	186111639	rs1133657	T	C	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=37;PP=2151;SC=CATTTTGGTGTAGTACTTGAA;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=101;WE=186111647;WS=186111620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	186112111	rs3108237	G	A	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=46;PP=1586;SC=CATTCTCTACGGGGTGTTCTG;SOR=0.995;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=77;WE=186112119;WS=186112101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	186112369	rs34825796	G	GA	440.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.452;NF=2;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=-1.205;SC=AAATATATCTGAAAAAAAAAT;SOR=1.085;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=186112377;WS=186112359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr4	186188373	rs57930723	TA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=13.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr4	186241986	rs35700132	G	A	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=437;ReadPosRankSum=-0.624;SC=TAGTTTTTGGGAATCTGTGGA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=28;WE=186241994;WS=186241976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,50:0.93:54
chr4	186272721	rs61731371	A	G	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=707;ReadPosRankSum=-1.199;SC=CATTATCCTCATTTTTGGAAA;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=51;WE=186272729;WS=186272711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,78:0.65:120
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chr4	186278735	rs74735070	A	C	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=580;ReadPosRankSum=-1.414;SC=AATCATCTTAAGTGGTAAGAT;SOR=1.215;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=38;WE=186278743;WS=186278725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr4	186288457	rs138875428	C	CT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.929;SOR=1.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
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chr4	186295175	rs17884285	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=169;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CTTTACATTTAAAGGAACTAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=186295183;WS=186295166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	186299260	rs2030802	A	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr4	186318482	rs58348740	C	T	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=887;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TTGCTGTGTACAGCCGTCCCC;SOR=0.501;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=60;WE=186318490;WS=186318472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,103:0.81:127
chr4	186318536	rs115820456	G	T	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=738;ReadPosRankSum=-1.729;SC=GCCAAGAGTTGTTTCAGCTGT;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=52;WE=186318544;WS=186318526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,85:0.81:105
chr4	186320666	rs11287696	TA	T	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=0.635;SC=TTGTAAGATATAAAAAAAAAG;SOR=1.473;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=186320674;WS=186320656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	186320880	rs4631093	A	G	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=1173;ReadPosRankSum=0.376;SC=TCAGACAGAAACGGAGTCTCG;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=70;WE=186320888;WS=186320870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,104:0.78:133
chr4	186320906	rs4317244	C	G	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=1015;ReadPosRankSum=0.508;SC=GTAGAAAATACCAGTGGGAAA;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=55;WE=186320914;WS=186320896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,75:0.77:98
chr4	186323294	rs72138918	CCTT	C	1431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=723;ReadPosRankSum=1.683;SC=TTTGCACTCTCCTTCTCTGTC;SOR=1.052;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=17;WE=186323304;WS=186323284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr4	186324637	rs57531660	T	C	2374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.293;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=31;PP=882;ReadPosRankSum=0.715;SC=TTGTGTTAAATGGATACTTAC;SOR=0.205;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=71;WE=186324645;WS=186324627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,111:0.82:136
chr4	186324841	rs13126680	T	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=689;ReadPosRankSum=-1.627;SC=TCAATTTAAATAGACAGATTA;SOR=0.334;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=42;WE=186324849;WS=186324831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr4	186334799	rs73873445	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=476;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TAATGAATCAAGTCTCCTACT;SOR=1.064;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=27;WE=186334807;WS=186334789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr4	186336583	rs10032989	G	A	55.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	186339584	rs10003160	A	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=401;SC=GAAGACAGATAGTTTGCTTAC;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=186339592;WS=186339574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	186347092	rs10866275	T	C	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=35;PP=830;SC=CCTGAAGTGGTGTCACCGCAC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=186347100;WS=186347082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	186350440	rs11388869	C	CT	1595.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.709;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.939;SC=TTAGTAACCACTTTTTTCTAA;SOR=0.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=46;WE=186350448;WS=186350430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,69:0.88:78
chr4	186357523	rs7697970	C	G	714.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5643;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GGTAAAAAATCTGTTTTGAAT;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=22;WE=186357531;WS=186357513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr4	186361876	rs4476640	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=299;ReadPosRankSum=-1.369;SC=GTAAAAAGGTAAGTTTACAAT;SOR=0.773;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=12;WE=186361884;WS=186361866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr4	186365998	rs12650364	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=266;ReadPosRankSum=0.569;SC=GAATTAAACAGTATCATTTTC;SOR=0.330;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=16;WE=186366006;WS=186365988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr4	186366315	rs2120414	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=669;ReadPosRankSum=-0.187;SC=GCTTACAAACTAAGAAAAAAT;SOR=1.786;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=31;WE=186366323;WS=186366305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr4	186366615	rs11737048	G	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=-2.159;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr4	186370676	.	TA	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.308;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr4	186370846	rs73873453	C	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.9842;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=380;ReadPosRankSum=-0.079;SC=GAGTAATTCACTATCAAGAGC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=27;WE=186370854;WS=186370836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr4	186378541	rs11722096	C	G	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=521;ReadPosRankSum=0.650;SC=TCTAAGCTCACTCTCTCCTGT;SOR=0.913;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=37;WE=186378549;WS=186378531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,51:0.77:66
chr4	186378790	rs4279261	T	C	46.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	186379104	rs7664578	T	C	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	186379371	rs7687202	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=30;PP=878;SC=TTCTTGAAATGTAAGTTGTTT;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=186379379;WS=186379361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	186379899	rs35596415	G	C	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=23;PP=832;SC=CTTTTAGCTGGATTATCTCTA;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=186379907;WS=186379889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	186380243	rs59319722	A	C	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=266;SC=TCTTTGCTGTATTCTTCTGTT;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=186380251;WS=186380233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	186380295	rs36007437	A	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=8;PP=468;SC=CTTCAACCAGATTCTTAAGTT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=186380303;WS=186380285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	186380515	rs11132306	G	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=386;SC=CTCATTTTCAGATATTATTGA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=21;WE=186380523;WS=186380505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	186380846	rs7698680	A	T	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=13;PP=643;SC=TTACCGTCCAAGTTTTCTTCC;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=38;WE=186380854;WS=186380836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	186381115	rs7699687	G	T	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=22;PP=792;SC=CATCACATTTGGAGGTGCAGT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=186381123;WS=186381105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	186381165	rs7699724	G	A	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=18;PP=775;SC=TCTTCAAGATGTCAGAATTTT;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=41;WE=186381173;WS=186381155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	186382206	rs11132309	A	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=577;SC=AACATACCAAATCCTTTTCAA;SOR=1.055;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=24;WE=186382214;WS=186382196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	186382407	rs62345633	A	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=2.100;SC=GGTGTGTTTAAATTTCCTGCC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=186382415;WS=186382397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	186393233	.	G	GT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.003;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,24:0.17:143
chr4	186423637	rs4635850	G	A	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=28;PP=805;SC=CCACAGCACCGCTGTTGGGGA;SOR=0.995;Source=Platypus;TCF=15;TR=43;WE=186423645;WS=186423627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	186423677	rs10866276	G	A	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=462;SC=AAAAACCACAGAGCAAAAATA;SOR=1.230;Source=Platypus;TCF=5;TR=21;WE=186423685;WS=186423667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	186427841	rs2306705	T	C	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=44;PP=1029;SC=CATCGTCAGGTGCTGGGAGGC;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=186427849;WS=186427831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	186444698	rs4862543	A	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.85;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	186444704	rs4861669	C	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.70;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	186456617	rs4862545	A	G	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=52;PP=1504;SC=ACCGGGCTCTAAGTGTCCCCG;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=186456625;WS=186456607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	186508805	rs61744509	G	T	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=728;ReadPosRankSum=0.290;SC=CGTAGTTTCCGGGGAAAGTAC;SOR=0.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=49;WE=186508813;WS=186508795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,81:0.85:95
chr4	186528433	rs13144963	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr4	186541301	rs61753946	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=476;ReadPosRankSum=0.988;SC=TAGGGGACTCACGGTCTATTG;SOR=0.596;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=32;WE=186541309;WS=186541291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr4	186544879	rs61910743	G	C	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.74;ReadPosRankSum=1.014;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,160:0.77:207
chr4	186551624	rs1471794	T	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.230;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr4	186559479	.	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=-1.335;SC=AAAGTAAAACGAGTAGCATGA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=13;WE=186559487;WS=186559469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr4	186567900	.	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,33:0.29:115
chr4	186568023	rs192424410	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TTCAACATTACTTTTAGCATA;SOR=1.154;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=7;WE=186568031;WS=186568013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr4	186569283	rs57907928	G	GT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr4	186569435	rs62336068	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=2.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=245;ReadPosRankSum=-0.435;SC=ACTTTGGGAAGCCAAGGTGGG;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=14;WE=186569443;WS=186569425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr4	186570869	.	GAATTA	G	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.622;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr4	186572791	rs4862557	C	T	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=16;PP=1016;SC=TTGTTATGCACGCTCTGAGAA;SOR=1.539;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=186572799;WS=186572781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	186578529	rs2306703	T	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=454;ReadPosRankSum=0.886;SC=CCGTCCTTTGTGGAGTCTGTG;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=26;WE=186578537;WS=186578519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr4	186599991	.	A	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-1.373;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr4	186606135	rs72700110	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=196;ReadPosRankSum=-1.110;SC=TGGAATGCACCTGCCAATTTC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=20;WE=186606143;WS=186606125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr4	186606175	rs55654028	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.35;ReadPosRankSum=-2.367;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr4	186611551	rs6823677	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.765;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr4	186611663	rs6823546	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.337;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr4	186997643	rs1568358	C	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=291;SC=TGGCATAAAACTATGAGTAAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=186997651;WS=186997633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	187004074	rs3775291	C	T	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=50;PP=1776;SC=CTTACACATACTCAACCTAAC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=104;WE=187004082;WS=187004064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	187004777	.	C	T	5416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.095;ClippingRankSum=0.000;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=1.417;SC=CGCTTTAATCCCTTTGATTGC;SOR=0.887;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=179;WE=187004785;WS=187004767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,235:0.73:323
chr4	187005376	rs6830345	T	C	335.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=-1.198;SC=TTCAATTAAATTTCTTTTTTT;SOR=1.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=15;WE=187005387;WS=187005366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr4	187005379	.	CT	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.78;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr4	187072932	rs2276914	A	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=558;SC=CAAAGCCACCATCTTTTTACC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=187072940;WS=187072922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	187073000	rs2276913	A	G	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=24;PP=989;SC=GCGTTGATCCAGAAGCCCGCA;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=59;WE=187073008;WS=187072990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	187073030	rs2276912	T	C	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=30;PP=1140;SC=CTTGCAGTGTTGTAACCAAGT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=187073038;WS=187073020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	187074833	rs4862650	A	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=20;PP=617;SC=GCCCACTGACAAAGGCGTCCA;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=34;WE=187074841;WS=187074823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	187077206	rs4862653	A	G	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=28;PP=1052;SC=GAAATGGCGCAAACTCGGACT;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=187077214;WS=187077196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	187077393	rs7670550	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	187077437	rs13114283	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=260;SC=GACCTAGAACGTGACCAGTGA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=187077445;WS=187077427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	187078785	rs2276924	A	G	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=53;PP=1731;SC=CTCGTTCCACACGCTCACGCC;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=99;WE=187078793;WS=187078775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	187078922	rs2276921	G	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=20;PP=700;SC=CTGTGTGTCTGTCACCTCAGT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=187078930;WS=187078912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	187079017	rs1877321	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr4	187079047	rs2276919	A	G	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	187083964	rs56973296	CTTT	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr4	187088665	rs201993653	CAAA	C	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.22;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	187093018	rs4241814	G	T	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=8;PP=862;SC=TTCTGAGTGGGTGCCTTTGTA;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=187093026;WS=187093008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	187113041	rs1055138	C	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=8;PP=456;SC=GGCGAGTGCCCTTTCCCTGGC;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=187113049;WS=187113031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	187115632	rs10013653	C	A	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=452;ReadPosRankSum=0.346;SC=GATTGAATTTCAAATTTGATG;SOR=1.048;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=30;WE=187115640;WS=187115622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr4	187115777	rs62350517	G	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.885;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,41:0.26:158
chr4	187115841	rs7682918	C	T	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=535;ReadPosRankSum=-1.032;SC=ATCAATATAACGTGTCCTTAT;SOR=1.196;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=32;WE=187115849;WS=187115831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,66:0.82:80
chr4	187118358	rs62350518	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr4	187118361	.	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr4	187118662	rs4862662	G	T	3572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.244;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1431;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GAATTGAATGGTTGCTTCTCA;SOR=0.707;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=103;WE=187118670;WS=187118652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,169:0.73:232
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chr4	187122319	rs3736455	T	G	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.21;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,66:0.78:85
chr4	187126550	rs3216724	TC	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.762;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,11:0.16:67
chr4	187129995	rs2276917	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=1.057;SC=CTTTCAGGTCATCTTATCTAC;SOR=0.652;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=22;WE=187130003;WS=187129985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,25:0.25:99
chr4	187130198	rs2276918	A	G	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.926;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1589;ReadPosRankSum=1.205;SC=GAAACTTTCTAATGTCTACCT;SOR=0.306;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=134;TCF=82;TCR=52;TR=91;WE=187130206;WS=187130188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,121:0.72:167
chr4	187149540	rs1912826	G	A	407.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9989;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=226;ReadPosRankSum=2.078;SC=TTCAGGACACGTGTCTATTTA;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=12;WE=187149548;WS=187149530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr4	187158034	rs3733402	G	A	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,132:0.81:163
chr4	187159282	rs4253256	G	C	537.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=325;ReadPosRankSum=0.893;SC=TAATAATGCAGACCCCTAACC;SOR=0.346;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=19;WE=187159290;WS=187159272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr4	187171355	rs4253299	A	G	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=35;PP=1615;SC=ATTTAGCCTCATGTCATTTCC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=92;WE=187171363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	187172280	rs2304595	G	A	316.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;MQRankSum=0.548;QD=18.64;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr4	187172353	rs4253300	C	CT	486.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.526;NF=2;NR=7;PP=188;ReadPosRankSum=2.716;SC=TTCTCTCTTGCTTTTTTTTAA;SOR=0.446;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=9;WE=187172361;WS=187172343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr4	187175722	rs2292423	T	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5050;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=384;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TTCAAACAGGTATTTATTTTT;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=24;WE=187175730;WS=187175712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr4	187178599	rs4253326	C	T	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	187178613	rs4253327	A	T	113.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	187179210	rs925453	T	C	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=20;PP=958;SC=GCAAACACAATGGAATGTGGC;SOR=1.080;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=55;WE=187179218;WS=187179200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	187194199	.	T	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr4	187208745	.	A	AAT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr4	187348142	rs139935425	G	A	1453.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.38;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,67:0.89:75
chr4	187348308	.	G	A	1024.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=-0.598;SC=CACTGCAAATGAGGGGTTTAT;SOR=0.748;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=27;WE=187348316;WS=187348298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,49:0.88:56
chr4	187511852	.	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
chr4	187511861	rs1973352	G	A	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=36;PP=648;SC=TGAAAACACAGAATTTCCTTA;SOR=1.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=187511869;WS=187511842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	187513623	rs3836618	TA	T	469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=484;SC=AGATCTCATGTAAATCACTAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=187513631;WS=187513614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	187516776	rs143315416	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr4	187516880	rs1298865	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=127;ReadPosRankSum=-0.172;SC=AGGAGCTCAGAGACTGCACTT;SOR=0.326;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=13;WE=187516888;WS=187516870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr4	187518976	rs2306990	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.972;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,52:0.22:237
chr4	187518980	rs1280096	T	C	6715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=98;PP=2246;SC=ATAAACCTCATGATCCTATTG;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=63;TCR=100;TR=160;WE=187518988;WS=187518966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr4	187519206	rs1280097	C	G	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=47;PP=1656;SC=AGAGGCATGGCTTGGAGGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=92;WE=187519214;WS=187519196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	187521037	rs10009030	C	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=0.037;SC=AAGATGGCAACATTACGGAGC;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=5;WE=187521045;WS=187521027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr4	187525020	rs2637777	A	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.307;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,27:0.19:140
chr4	187527472	rs2584344	A	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=16;PP=450;SC=CCAGTGAGCTACCACTATCTG;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=187527480;WS=187527462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	187530313	rs4862722	C	T	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=15;PP=713;SC=TTGTAAACAACGTAAATCAAC;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=187530321;WS=187530303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	187531022	rs28647489	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,35:0.19:185
chr4	187532981	rs74707004	CT	C	68.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr4	187534363	rs2249916	G	A	6503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.90;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	187534375	rs2249917	A	G	3046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=2.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,146:0.74:196
chr4	187534542	rs2249926	T	A,C	3130.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=4,36;NR=9,47;PP=33,1386;SC=AAGACGTGACTTGCAGTTGTA;SOR=0.962;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=13,83;WE=187534550;WS=187534532;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.17,0.83:132
chr4	187535588	rs56242383	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TCATTCATCTTTGACCACAGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=187535596;WS=187535578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr4	187538133	rs1280100	A	G	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	187538330	rs1280099	G	A	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=835;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TAGTTTCAACGGCAAACTGTC;SOR=0.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=49;WE=187538338;WS=187538320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,70:0.84:83
chr4	187538942	rs1280098	T	G	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=37;PP=2023;SC=CACCCCACCTTGGGGGTCATC;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=97;WE=187538950;WS=187538932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr4	187542755	rs28489116	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,30:0.17:175
chr4	187542986	.	G	C	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=32;QD=16.6928031368;SC=AGTAGTAGTAGTAGTTAGAGA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=4;WE=187542994;WS=187542976;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,4:0.19:21
chr4	187557893	rs328418	T	C	5385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=93;PP=2778;SC=GGCTATGACGTGATAGAGCGG;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=77;TCR=94;TR=170;WE=187557901;WS=187557883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr4	187561080	rs10001377	A	G	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=168;SC=TGGATTACTTAAGGTCAGGAG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=187561088;WS=187561070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	187584771	rs172903	C	G	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=36;PP=1351;SC=ATGACACCTACAGAGAAAAAA;SOR=0.825;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=64;WE=187584779;WS=187584761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	187627659	rs200130748	TA	T	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.036;QD=5.18;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr4	187627792	rs11939575	T	C	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=64;PP=2232;SC=CCATCTCTTCTGGCGTCCTCA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=134;WE=187627800;WS=187627782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	187628398	rs1877731	C	G	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=35;PP=1863;SC=GTGTCTGTAACAATTGAGTAC;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=77;WE=187628406;WS=187628388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	187629140	rs367863	G	C	4930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr4	187629497	rs458021	G	A	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=46;PP=1818;SC=TCACGTACCCGTTCTCACCCT;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=97;WE=187629505;WS=187629487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	187629538	rs3733413	C	T	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=985;ReadPosRankSum=0.224;SC=AGGCTCATGACAGTAGTACCA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=74;WE=187629546;WS=187629528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,103:0.73:141
chr4	187629770	rs3733414	A	C	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1586;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTCCAGGTGTACTTTTAAAAA;SOR=0.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=80;WE=187629778;WS=187629760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr4	187629896	rs11722204	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,39:0.24:161
chr4	189012456	rs2279548	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr4	189012456	.	CAC	TAA	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=2;PP=75;QD=25.6935749724;SC=GGTTAGTTTACACAAATTCTT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=5;WE=189012466;WS=189012446;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr4	189012458	rs2279549	C	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr4	189012728	rs2279550	G	C	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=46;PP=2196;SC=CAAGGAAAACGCCAACTGTGT;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=112;WE=189012736;WS=189012718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	189012809	rs2279551	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,56:0.22:259
chr4	189013156	.	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=-0.744;SC=CCAGAGACATGATTTCTAACA;SOR=0.527;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=7;WE=189013164;WS=189013146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr4	189013880	rs12499630	T	G	144.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=0.566;SC=ACATCAGGCATTACATCAGAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=189013888;WS=189013870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr4	189018613	rs10004012	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=-1.036;SC=CATTTCTTCAACCTCATAATG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=189018621;WS=189018603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	189020293	rs11736108	G	A	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=727;ReadPosRankSum=-0.479;SC=CTCTCCTTCAGTTTCTCCATG;SOR=0.853;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=50;WE=189020301;WS=189020283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,91:0.77:118
chr4	189020348	rs902910	G	A	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=830;ReadPosRankSum=0.339;SC=GCATTTCTTCGTTACTATTCA;SOR=0.530;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=60;WE=189020356;WS=189020338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,103:0.79:130
chr4	189022324	rs79698746	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=8.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr4	189022404	.	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-2.375;SC=TGTTCCTCTTCCTTCCTCATA;SOR=2.147;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=189022412;WS=189022394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr4	189025972	rs9685561	A	C	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=44;PP=1496;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CCCAAGAATCAAGATAAGCAC;SOR=0.503;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=99;WE=189025980;WS=189025962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,144:0.75:192
chr4	189061106	rs13131525	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,14:0.19:75
chr4	189063361	rs142330916	CGTGTGTGT	C,CGT	818.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.99;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,12:0.43,0.57:21
chr4	189064873	rs72725001	C	T	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr4	189064952	rs28463290	C	G	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=39;PP=1491;SC=GTGTTATGATCAAAGCGCACC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=189064960;WS=189064942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	189065055	rs11940009	C	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=548;ReadPosRankSum=-1.812;SC=AGCTGCGGGGCAGTGGTGCTG;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=35;WE=189065063;WS=189065045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr4	189065104	rs9784566	T	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=595;SC=TCTGCGCTGTTGCTGGGGGAG;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=189065112;WS=189065094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	189065441	rs11940227	G	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=297;SC=GCCACAGACCGTCTCTGAGCG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=189065449;WS=189065431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	189068556	.	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=161;SC=CACAGCGGGCGATGTCTGAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=189068564;WS=189068546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	189660493	.	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQRankSum=-0.094;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.887;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr4	190328957	rs67780838	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=0.781;SC=AAGATTCTAACTTGTGTATTT;SOR=0.573;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=190328965;WS=190328947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr4	190329166	rs10622647	G	GCA,GCACACACA	420.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.028;NF=3,3;NR=11,11;PP=94,481;ReadPosRankSum=-0.300;SC=ACATGCACGTGCACACACACA;SOR=1.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=14,14;WE=190329174;WS=190329156;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.79:19
chr4	190394938	rs138612273	CAAGAAG	C	1163.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=41.56;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	190862103	rs4145513	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,19:0.15:127
chr4	190862155	rs4145515	T	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-1.669;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,28:0.14:198
chr4	190862182	rs2411530	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.16;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,28:0.13:211
chr4	190862287	rs4145517	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-2.034;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr4	190863127	rs6837422	C	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr4	190876177	rs80264746	G	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=7.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=55.300;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-14.687;NF=46;NR=0;PP=861;ReadPosRankSum=-3.114;SC=TTTTATCTATGTTATTAATGT;SOR=4.998;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=159;TCF=110;TCR=49;TR=46;WE=190876185;WS=190876167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,29:0.13:218
chr4	190876192	rs200322789	A	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=15.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQRankSum=-10.225;QD=0.15;ReadPosRankSum=-2.903;SOR=2.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,25:0.09:276
chr4	190876195	rs7684300	C	T	8447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.09;QD=29.54;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr4	190876195	.	CGCCCTGAAG	TGCCCTGAAA,TGCCCTGAAG	1783	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=25;MQ=47.87;NF=57,126;NR=11,70;PP=1783,1670;QD=27.0068805127;SC=TGTACAGAATCGCCCTGAAGT;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=226;TCF=150;TCR=76;TR=68,196;WE=190876226;WS=190876185;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.30:226
chr4	190876204	rs3207892	G	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=26.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQRankSum=-16.460;QD=3.42;ReadPosRankSum=-5.137;SOR=1.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,71:0.24:292
chr4	190876242	rs1061653	G	A	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=11.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQRankSum=-13.141;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,120:0.37:321
chr4	190876319	rs77450681	A	T	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=10.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.27;MQRankSum=-8.433;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,105:0.58:182
chr4	190876349	rs199599460	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.503;NF=3;NR=56;PP=1170;ReadPosRankSum=-2.116;SC=GTCAGTTTAACAGAAAGTCTG;SOR=0.626;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=103;TCF=7;TCR=96;TR=59;WE=190876357;WS=190876339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr4	190878463	rs62345288	T	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=15.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQRankSum=-5.326;QD=4.11;ReadPosRankSum=2.199;SOR=3.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr4	190878472	rs12641802	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQRankSum=-2.199;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.688;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr4	190878485	rs62345289	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=21.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQRankSum=-5.782;QD=2.75;ReadPosRankSum=3.365;SOR=4.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,12:0.13:89
chr4	190878506	rs12643923	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=26.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQRankSum=-7.330;QD=2.08;ReadPosRankSum=3.177;SOR=4.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,15:0.13:115
chr4	190878538	rs34697501	A	AT	1409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=21.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQRankSum=-10.350;QD=7.83;ReadPosRankSum=-3.223;SOR=2.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,68:0.38:180
chr4	190878563	rs137858630	C	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=3.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQRankSum=-3.090;QD=1.55;ReadPosRankSum=-2.996;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,66:0.18:362
chr4	190878596	.	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DP=583;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQRankSum=-3.869;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:542,41:0.07:583
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chr4	190878750	rs113800771	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=25.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQRankSum=-7.909;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.187;SOR=4.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,22:0.22:99
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chr4	190903938	rs2898750	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=0.184;QD=1.11;ReadPosRankSum=-2.763;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,15:0.17:90
chr4	190947451	rs140385360	C	T	5029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.009;NF=108;NR=35;PP=2349;ReadPosRankSum=-2.246;SC=GCTCAAGCCTCGTATAAAAGT;SOR=0.607;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=212;TCF=155;TCR=57;TR=143;WE=190947459;WS=190947441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,232:0.77:301
chr4	190947582	rs201879157	C	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.79;MQRankSum=-4.617;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,77:0.21:369
chr5	143560	.	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=438;ReadPosRankSum=0.648;SC=CTGGACCAGGGAACACTCGTC;SOR=0.622;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=33;WE=143568;WS=143550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,67:0.44:152
chr5	163205	rs3810870	G	C	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=664;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GGGAACCTGCGCAACCACTGT;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=43;WE=163213;WS=163195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,73:0.54:135
chr5	163260	rs29674	A	C	4790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.16;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	163266	rs3810867	C	G	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	163769	rs29675	G	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=14;PP=447;SC=AAGTAAATCCGCAGACATCCC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=163777;WS=163759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	169361	rs13159868	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=1;PP=134;SC=CTCATCCCTCCGGGTTTTCAT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=169369;WS=169351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	169763	rs1108868	A	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=515;SC=AGCCGGTGTCAGAGAGGCGGG;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=169771;WS=169753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	171569	rs4956981	T	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=455;SC=CGTAAGTGCCTCAGACGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=171577;WS=171559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	171643	rs13171103	C	G	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=126;SC=CAGCAGCACACTTTTCTTGGT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=171651;WS=171633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	172971	rs6868964	G	A	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=355;SC=CACAGACGCCGGATTTTCTTG;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=172979;WS=172961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	173200	rs6885136	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=344;SC=CCGCCCGGTCCGATTGGGTGC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=173208;WS=173190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	173258	rs6893369	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=311;SC=TGTCTCACCTAAGGCCAGCAG;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=173266;WS=173248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	174106	rs4956987	G	A	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=31;PP=1103;SC=CGCAGGCGGCGGAAATCTCAG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=59;WE=174114;WS=174096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	174240	rs6875054	GC	AA	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=376;SC=CGCAGGGCCTGCCAGGCTCAG;SOR=0.804;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=14;WE=174249;WS=174230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	181660	rs7717970	T	G	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	181730	rs12519352	C	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	181762	rs11133847	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	182077	rs4956924	T	A	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=38;PP=1784;SC=GCTGCACTTCTGGAGCGGAAG;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=92;WE=182085;WS=182067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	195507	rs13167067	C	T	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=25;PP=1089;SC=TGCATTTCAGCCTGCAGGTGC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=195515;WS=195497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	218598	rs2303740	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	225768	rs12520059	G	C	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=227;SC=GGCGGATGTGGCAGCCAAAAG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=225776;WS=225758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	230980	rs2288461	A	G	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=22;PP=1022;SC=ACTGCTCTCTATTGTTTCCAG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=57;WE=230988;WS=230970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr5	256472	rs6961	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=3.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-13.644;QD=0.62;ReadPosRankSum=4.298;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,32:0.15:215
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chr5	311478	rs2244029	T	C	7355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=96;PP=2921;SC=GGGGGCAGATTGCCTTCGACG;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=75;TCR=96;TR=171;WE=311486;WS=311468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr5	314011	rs4957018	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	344218	rs6887387	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=10;PP=343;SC=GGCTGAGCTCCGGCGCGGGCG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=18;WE=344226;WS=344208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	354051	rs2013782	T	C	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=-1.371;SC=TGCTCCCACCTGTTCACTTGA;SOR=0.132;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=35;WE=354059;WS=354041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr5	376618	.	G	GTGAGAACCGTGGGGTGAACGCGGGGAAACACAGGAAAGATGTGAATGAA	2763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=394.82;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	421403	rs11741946	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=123;ReadPosRankSum=3.292;SC=AACGGGCGAGGCTGTTGCGCT;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=11;WE=421411;WS=421393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr5	421426	rs11745813	A	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=186;ReadPosRankSum=-2.003;SC=AGGTGCCCCCACGGTCGCGAT;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=16;WE=421434;WS=421416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr5	421455	rs11741954	G	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=194;ReadPosRankSum=0.016;SC=GGGGGATGCCGGTGGGTATCA;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=15;WE=421463;WS=421445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr5	421551	.	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=209;ReadPosRankSum=0.916;SC=GCAGCCTCGCGGGTGCCGGCG;SOR=0.678;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=15;WE=421559;WS=421541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr5	421647	rs10068732	A	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=1.485;SC=GATTGGGCGCATTTTGGCCTA;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=6;WE=421655;WS=421637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	422752	rs10072668	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=234;ReadPosRankSum=0.745;SC=CTTTGACAAGTGGAGTGGAAA;SOR=1.038;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=21;WE=422760;WS=422742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr5	423906	rs55932239	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=172;ReadPosRankSum=-1.485;SC=TGTGACACGTGTGTTTTGGCT;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=16;WE=423914;WS=423896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr5	428166	rs143087196	GC	G	470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=282;ReadPosRankSum=-1.609;SC=CCTGCTGGCGGCCCCCACAAA;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=10;WE=428174;WS=428156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr5	432905	rs72717420	C	A	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,207:0.67:310
chr5	434722	rs34453673	G	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=663;ReadPosRankSum=-0.701;SC=GGAGCCCACAGACGGCCTTCC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=41;WE=434730;WS=434712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr5	434981	rs2672725	G	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TCAGATCTGTGTGTCTACGCT;SOR=0.892;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=434989;WS=434971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr5	434998	rs72717421	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CGCTCAGATGCGTCGGTGGCT;SOR=0.818;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=435006;WS=434988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	442571	rs56146525	A	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=253;ReadPosRankSum=-1.740;SC=CTCCTCCAGGAAGCGACTCAG;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=16;WE=442579;WS=442561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr5	443059	rs77101200	G	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr5	464339	rs72698510	C	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=258;ReadPosRankSum=-1.420;SC=TGCCTCCCTCCCACATGCACT;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=19;WE=464347;WS=464329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr5	465164	rs76667725	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=1.169;SC=CTGGGTTTCAATGAGGGTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=465172;WS=465158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr5	465510	rs1035908	T	C	67.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5266;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=1.282;SC=GGGGGGAGCCTGGGTCCAGGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=465518;WS=465500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	466811	rs2434697	T	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=773;ReadPosRankSum=-1.209;SC=GGCTGCTAAGTGGGCATGGGC;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=47;WE=466819;WS=466801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,67:0.68:99
chr5	472221	rs72698516	G	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=0.623;SC=CTTGCCGTCTGAGGGATGGAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=472229;WS=472211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr5	475104	rs2247114	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=191;ReadPosRankSum=-1.233;SC=ATCAGGCGGCAGAAGGTGCCG;SOR=0.481;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=14;WE=475112;WS=475094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
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chr5	475626	rs41282625	C	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CCTCCTGGGGCGGCAGGAGCC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=475634;WS=475611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr5	476353	rs2230437	C	T	2469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1091;ReadPosRankSum=-0.643;SC=ACAGCTTGGCCGCCTTCTTGT;SOR=0.638;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=76;WE=476361;WS=476343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,116:0.59:196
chr5	476530	rs2244240	C	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=463;ReadPosRankSum=1.420;SC=GCTGTGCCCACCGCCGGACAT;SOR=0.732;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=25;WE=476538;WS=476520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr5	476910	rs890977	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=1.342;SC=CGCCTTCCCATGGTGGGCACC;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=476918;WS=476900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr5	477634	rs4334924	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=5;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=0.566;SC=GCCCTGGGGGGAAGCGCCCAG;SOR=0.061;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=477642;WS=477624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	478571	rs33925304	TG	T	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=91;SC=TGCCGTGGGGTGGGGGGGCGC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=478579;WS=478563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	478655	rs3734141	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CCAGGTGTGGGGACCCCCGCT;SOR=0.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=7;WE=478663;WS=478645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr5	479050	rs3836908	CCA	C	2385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.810;NF=5;NR=27;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TGGCATGGCCCCAGTCACGGG;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=32;WE=479059;WS=479040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,61:0.62:99
chr5	479879	rs376525752	G	GC	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.625;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=285;ReadPosRankSum=1.591;SC=TCTCCTCACTGCCCCATGGCA;SOR=3.611;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=479887;WS=479870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr5	479905	rs890986	A	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=250;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AGCCAGTGCCAGAGCCTGCTG;SOR=0.734;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=16;WE=479913;WS=479895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr5	481610	rs6872510	T	C	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	482151	rs56916156	GC	G	136.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-2.200;SC=AACACGCAGTGCCCCCCCCCC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=482159;WS=482141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr5	482186	rs9885312	C	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=427;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CACTTACGCGCCCGTGCAGCT;SOR=1.101;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=20;WE=482194;WS=482176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr5	482653	rs3777230	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr5	483564	rs56098739	A	G	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=730;ReadPosRankSum=0.528;SC=TGGCCTTCACATACTTCTGAC;SOR=0.889;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=52;WE=483572;WS=483554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,83:0.69:120
chr5	483675	rs56082422	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=212;ReadPosRankSum=-0.408;SC=AGCCCCCCACGGCCTGGCGCC;SOR=0.647;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=18;WE=483683;WS=483665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr5	485259	rs55989315	G	T	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=759;ReadPosRankSum=-1.972;SC=CTGACCCACAGCTACACACCT;SOR=0.682;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=54;WE=485267;WS=485249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,110:0.52:212
chr5	488310	rs2303737	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.896;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=274;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GGGACGCCCCCGGGAGGGGAG;SOR=1.477;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=18;WE=488318;WS=488302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr5	491826	rs11746373	G	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=351;ReadPosRankSum=0.529;SC=ATGAGGCAGCGCCGCCCCTCC;SOR=0.973;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=23;WE=491834;WS=491816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr5	619022	rs1617985	C	T	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=0;PP=282;SC=GTTTCTACTCCATATCCAACA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=619030;WS=619012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	619333	rs1709531	T	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=1002;SC=TCTGCTTACATCTGTATACGG;SOR=1.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=619341;WS=619323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	741736	rs61128505	G	T	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.64;QD=24.79;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	745275	rs436541	A	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.21;QD=23.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	745306	rs172870	A	C	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.26;QD=28.99;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	745371	rs62332112	C	G	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.870;NF=20;NR=12;PP=385;ReadPosRankSum=-2.053;SC=CTCTTCTTTGCGGGTATTAAT;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=32;WE=745379;WS=745361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr5	751412	.	T	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.19;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	756307	rs367198	T	C	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.92;QD=16.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	766910	rs1809933	C	T	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;MQRankSum=-0.050;QD=25.56;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
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chr5	796047	rs33929417	CTG	C	19928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=44.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
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chr5	1036521	rs60180971	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=333;ReadPosRankSum=-1.649;SC=AGGCCACCCTGGGCGTGAGGC;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=27;WE=1036529;WS=1036511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr5	1036900	rs34309815	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=241;ReadPosRankSum=2.140;SC=TGTGGATGGCCGGCAGTGTGG;SOR=0.639;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=18;WE=1036908;WS=1036890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
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chr5	1038446	.	GCAC	G	1764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.83;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
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chr5	1052360	rs3810854	C	T	636.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5132;FS=1.817;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=168;ReadPosRankSum=0.767;SC=GCAGCTTGGGCGGCATCACTG;SOR=0.614;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=16;WE=1052368;WS=1052350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr5	1052735	rs4046186	GGAGCA	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.559;NF=0;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=-1.540;SC=CAGGCGGGGAGGAGCAGGGCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=1052747;WS=1052725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr5	1053341	rs2241602	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=249;ReadPosRankSum=1.959;SC=TAGCTCCCAGAGCCTGGGGCT;SOR=0.361;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=20;WE=1053349;WS=1053331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr5	1053396	rs2241603	C	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-4.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.311;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=2.042;SC=ACCCACAAACCCAGGTCTTAG;SOR=0.334;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=27;WE=1053404;WS=1053386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr5	1057615	rs2241606	A	G	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.60;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr5	1057782	rs12108965	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=20;PP=429;SC=GCCCGGGACTTGGTGAGACCA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=1057790;WS=1057772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	1060379	rs35661060	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr5	1060400	rs4975568	G	A	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=2;PP=427;SC=GAAAAGACTCGGCGAAGTCGG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=1060408;WS=1060390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	1060634	rs4246750	C	T	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	1060654	rs4246749	G	A	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=40;PP=1127;SC=AGACCGAGCCGCCCTGAGCGG;SOR=1.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=1060662;WS=1060644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	1060685	rs2241608	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.282;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=585;ReadPosRankSum=0.863;SC=CACGCGTCCCGGGCCCCACAG;SOR=1.751;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=29;WE=1060693;WS=1060675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr5	1062900	rs13170649	C	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.220;NF=8;NR=6;PP=188;ReadPosRankSum=1.598;SC=TCCTGGGGGACAGCGTGACAG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=14;WE=1062908;WS=1062890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr5	1063187	rs6863419	T	C	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=81;SC=GCCCACCAGATCCCCAGGATC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=1063195;WS=1063177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	1063900	.	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=1.198;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr5	1065290	rs4362981	A	G	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=45.18;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	1065290	.	AGGACAGCGAGGGGACACT	GGGACAGCGAGGGGACACT,GGGACAGTGAGAGGACAGC	1015	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=60.38;NF=20,4;NR=5,1;PP=994,1015;QD=41.1508485019;SC=GGACAGTGAGAGGACAGCGAG;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=25,5;WE=1065327;WS=1065280;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.81:31
chr5	1065297	rs62331176	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=-0.033;QD=19.11;ReadPosRankSum=-3.939;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr5	1065298	rs55643147	GAGGGGACACTGAGGAGACACAC	G	773.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.127;NF=6;NR=6;PP=2971;ReadPosRankSum=3.939;SC=AGAGGACAGCGAGGGGACACT;SOR=0.536;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=12;WE=1065327;WS=1065280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr5	1065301	rs79273934	G	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=-0.064;QD=18.68;ReadPosRankSum=-3.915;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr5	1065306	.	ACT	A	831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=-0.064;QD=18.48;ReadPosRankSum=-3.665;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr5	1065310	.	A	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.977;QD=19.55;ReadPosRankSum=-3.247;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr5	1065311	.	GGAGACACAC	G	830.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.977;QD=19.32;ReadPosRankSum=-3.076;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr5	1065399	rs737154	C	T	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,71:0.52:136
chr5	1065683	rs56078134	A	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr5	1065689	rs13186367	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.98;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	1073689	rs10780095	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=10;PP=630;SC=TGCCAGGGCACGTTTCCTGTG;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=34;WE=1073697;WS=1073679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	1074560	rs12523242	A	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=260;ReadPosRankSum=1.791;SC=TTCACACCCCAGACCTTGCCT;SOR=1.091;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=19;WE=1074568;WS=1074550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr5	1074818	rs41280366	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=0.008;SC=TTTGTCCAGCCGCGTACCTGG;SOR=0.432;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=24;WE=1074826;WS=1074808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr5	1074921	rs7714914	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=5.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TGAGGAGGGAGGCCTCCATGC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=1074929;WS=1074911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	1076245	rs11951420	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,21:0.24:89
chr5	1076459	rs11952124	G	T	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=38;PP=1058;SC=CCTGCGCCTTGTCTCCCCATG;SOR=1.264;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=1076467;WS=1076449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	1076521	.	A	ATCCTGTGACCACCT	593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.706;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.822;NF=0;NR=9;PP=2920;ReadPosRankSum=0.842;SC=AGGCCCCCTCAGGTTCCAGCC;SOR=2.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=1076537;WS=1076509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr5	1076524	.	T	TCCA	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr5	1076526	.	C	CCTGTGACCA,CATCCTGTGACCA	486.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=2846;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCTCAGGTTCCAGCCATCCT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=1076537;WS=1076509;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.63:19
chr5	1077928	.	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=0.417;SC=GGGTCCCCCCGACGAGGGTGC;SOR=1.552;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=9;WE=1077936;WS=1077918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr5	1077973	rs148501261	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=222;ReadPosRankSum=-2.153;SC=GATGCCGTCACGGGCAATGGC;SOR=0.315;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=17;WE=1077981;WS=1077963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr5	1078018	.	A	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.169;NF=18;NR=12;PP=400;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GAGGCTCTGCAGGCCGGCACC;SOR=0.407;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=30;WE=1078026;WS=1078008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,46:0.61:76
chr5	1078124	rs200032397	T	TGCAG	2493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.821;NF=1;NR=17;PP=927;ReadPosRankSum=0.746;SC=TCCCCGAACCTGCAGGCAGGC;SOR=0.925;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=18;WE=1078132;WS=1078114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
chr5	1078898	rs4975564	A	G	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	1081668	rs13176210	G	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.896;NF=25;NR=11;PP=519;ReadPosRankSum=0.569;SC=AAAGAGAAGGGGAAGCCTGGA;SOR=0.918;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=36;WE=1081676;WS=1081658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
chr5	1081702	rs6865765	A	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.855;NF=25;NR=17;PP=569;ReadPosRankSum=0.066;SC=CGGTCACGGAAGGGAAGTAGA;SOR=0.684;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=42;WE=1081710;WS=1081692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,63:0.41:152
chr5	1081767	rs4526148	C	T	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr5	1085604	rs11133624	C	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=683;ReadPosRankSum=-1.409;SC=GGAACAAGGCCGGTCGGGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=39;WE=1085612;WS=1085594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,58:0.57:101
chr5	1093609	rs56276350	G	GGGGCGGGGACT	636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=1890;SC=CGGGACACACGGGGCGGGGAC;SOR=3.767;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=1093617;WS=1093599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	1093860	rs6883411	C	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=-2.098;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr5	1093860	.	CC	GT	153	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=153;QD=51.6169687156;SC=GGAGCTCAGGCCCTCCCCGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=4;WE=1093869;WS=1093850;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr5	1093861	rs6883412	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr5	1094389	rs4975552	T	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.138;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,49:0.43:114
chr5	1116066	rs6554618	C	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	1160435	rs141202269	GGA	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.274;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr5	1160601	.	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	1202000	rs13188787	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=256;ReadPosRankSum=-1.275;SC=CGGGCGAGGCCGTGGCCAGGG;SOR=0.756;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=19;WE=1202008;WS=1201990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr5	1214264	rs6554663	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=0.109;SC=GGTGGAAAGCACTCTGTGGCT;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=15;WE=1214272;WS=1214254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr5	1216775	rs4975629	A	G	5489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=65;PP=2463;SC=TCCGCGCCACACAGCGCTACG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=133;WE=1216783;WS=1216765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	1216900	rs35329108	G	A	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.449;SC=AATCTGACCCGCAGGAACATC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=79;WE=1216908;WS=1216890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,125:0.60:210
chr5	1217074	rs76207842	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=377;ReadPosRankSum=-2.008;SC=GGTCCATTCCGGAGCTCGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=20;WE=1217082;WS=1217064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr5	1219611	rs80151745	G	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=442;ReadPosRankSum=1.497;SC=TCTGTCCCCCGGCCTGCAGGC;SOR=0.587;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=30;WE=1219619;WS=1219600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr5	1219859	rs11746371	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=93;ReadPosRankSum=2.282;SC=AGGACCCGGGCTGTGTTCAGG;SOR=1.112;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=9;WE=1219867;WS=1219849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr5	1219874	rs6869718	G	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=568;SC=TTCAGGGTACGGAGGGAGAGT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=1219882;WS=1219864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	1221199	rs12513763	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=17;PP=789;SC=TAGCAGAACGTACAGAAAGCT;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=1221207;WS=1221189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	1225564	rs7728646	T	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=483;SC=GCACCACCCTTGCCCTGAAGC;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=1225572;WS=1225554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	1225613	rs7704058	G	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=11;PP=690;SC=CCCCAGAACCGGACCCGGCCG;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=1225634;WS=1225603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	1225626	rs7728667	T	A	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=14;PP=681;SC=CCCGGCCGCCTGCGACCTCGG;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=37;WE=1225634;WS=1225603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	1225687	rs7705355	CT	TC	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=27;PP=1935;SC=CTGAGCTGCACTGGGTTTGCC;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=49;WE=1225696;WS=1225677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	1225703	rs7724858	A	G	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=29;PP=1049;SC=TTGCCGTGGGACTGGGGAACA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=52;WE=1225711;WS=1225693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	1225801	rs7704363	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr5	1232240	rs7379178	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=-0.514;SC=GTCCCGTCTGCCCCTTGAAGA;SOR=0.536;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=8;WE=1232248;WS=1232230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr5	1232408	rs113861454	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=475;ReadPosRankSum=1.464;SC=GCTCGCCATCGGCCAGCGGCT;SOR=0.617;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=28;WE=1232416;WS=1232398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr5	1232491	rs4975623	G	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=8;PP=345;SC=CACCGTCCTCGCTTGCCCTGA;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=1232499;WS=1232481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	1232775	rs6858999	T	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.298;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr5	1240757	rs7447815	C	G	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,56:0.43:131
chr5	1240848	rs6554684	A	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.68;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	1240848	.	AGGCATGAGG	CGGCATGAGA,CGGCATGAGG	258	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3,10;NR=13,31;PP=231,258;QD=17.7792421789;SC=GAGAATCCCAAGGCATGAGGA;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=16,41;WE=1240865;WS=1240838;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.39:41
chr5	1240857	.	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr5	1243009	rs7721679	A	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=46;PP=1295;SC=GTAGCCAGGCAGGGCCGTCCA;SOR=2.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=56;WE=1243017;WS=1242999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	1243873	rs149337877	T	C	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=552;ReadPosRankSum=-0.577;SC=AGGCCCTGACTGGTGAGCGCA;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=45;WE=1243881;WS=1243863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr5	1244425	rs4073918	C	T	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=20;PP=857;SC=GCCGCTTCCCCGAACCTGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=1244433;WS=1244415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	1271524	rs11133719	T	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=226;SC=TGACACAGAATGTCTCCTCTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=1271532;WS=1271514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	1278584	rs2075785	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=350;ReadPosRankSum=-0.979;SC=CAAATATGCACGCCACAGATA;SOR=0.844;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=20;WE=1278592;WS=1278574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr5	1334507	rs5865369	GA	G	1564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.06;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr5	1338887	.	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=156;ReadPosRankSum=-1.576;SC=GGGGACTCCACGGTGCAGGAG;SOR=0.392;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=12;WE=1338895;WS=1338877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr5	1344741	.	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.348;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=0.936;SC=TCTGGGGCCTGGAGGAGAGGC;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=1344749;WS=1344731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr5	1409127	rs429699	T	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=9;PP=557;SC=TTGGCTGCCTTCCCCCGGACT;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=1409135;WS=1409117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	1409863	.	G	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,60:0.46:130
chr5	1411412	rs6347	T	C	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=28;PP=812;SC=CGGCCCAGGCTGAGGACAGAG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=1411420;WS=1411402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	1416142	rs40358	C	A	3199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=28;PP=1448;SC=CCAGGGACACCCTATTTCTGG;SOR=1.064;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=82;WE=1416150;WS=1416132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	1442974	rs2254408	C	A	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.99;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	1442974	.	CCCTAC	ACCTAC,ACCTAT	266	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=25,14;NR=6,3;PP=164,266;QD=6.4119745983;SC=CCCCGGCTGCCCCTACGACCC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31,17;WE=1442987;WS=1442964;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:31
chr5	1442979	rs2270914	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr5	1464028	rs6876662	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr5	1466813	rs2277007	T	C	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.364;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=394;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CCACACTCTGTCCAGCCCCCG;SOR=1.071;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=31;WE=1466821;WS=1466803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr5	1470900	rs2277005	G	A	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=38;PP=1615;SC=TGACTGCACCGCCCTGTCCCC;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=90;WE=1470908;WS=1470890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	1471109	rs27054	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=376;SC=GGGTTTCCCATGGGTGCTGGT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=25;WE=1471117;WS=1471099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	1479678	rs27059	G	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=10;PP=486;SC=CCTGGTGTAAGCTCGTGTCTG;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=1479696;WS=1479668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	1481135	rs139885091	CAGGGCCTGCACCA	C	766.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=2037;ReadPosRankSum=-1.341;SC=GGCCTGCACCCAGGGCCTGCA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=1481156;WS=1481125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr5	1481148	rs2447846	A	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=682;ReadPosRankSum=1.707;SC=GGCCTGCACCAAGCACCTGCG;SOR=0.577;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=14;WE=1481156;WS=1481125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr5	1494909	rs3733796	C	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=711;ReadPosRankSum=-0.946;SC=ACGAGTGAGGCGCGAGCGTGA;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=48;WE=1494917;WS=1494899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,65:0.71:91
chr5	1494935	rs28715640	T	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=496;ReadPosRankSum=-1.034;SC=GCCGCCTCGGTGGGCAGCGCC;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=40;WE=1494943;WS=1494925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,53:0.73:73
chr5	1708872	rs62338366	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=-0.155;SC=ACTTGGAGCCCGCCCAGGGGC;SOR=0.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=27;WE=1708880;WS=1708862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,52:0.45:116
chr5	1708983	rs12523324	G	A	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=36;PP=1149;SC=CCTCGACCCAGAGCCAGACAA;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=1708991;WS=1708973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	1801426	rs13176353	G	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.38;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	1801427	rs34372448	C	CG	1624.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=522;SC=GCGCTCCCCGCCCCCAGGGCG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=1801440;WS=1801416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	1801432	rs11745573	A	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=11;PP=395;SC=CCCCGCCCCCAGGGCGAAATA;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=24;WE=1801440;WS=1801416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	1801689	rs2242412	A	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	1814395	rs36074605	TTGTA	T	2340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=13;PP=1203;SC=GTGGGTTAAATTGTATGTAGT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=23;WE=1814406;WS=1814385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	1814783	rs4147773	T	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=41;PP=991;SC=CTTTCAACTGTGAAGTGGTGG;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=61;WE=1814791;WS=1814773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	1878307	.	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=529;ReadPosRankSum=-0.521;SC=CTGAGGATGGGGTCGTGGAAG;SOR=0.815;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=33;WE=1878315;WS=1878297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr5	1878972	.	C	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.564;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=632;ReadPosRankSum=-2.080;SC=CCCCTGTCCCCGTCCACCATT;SOR=1.058;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=43;WE=1878980;WS=1878962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr5	1880891	rs2232376	C	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=652;ReadPosRankSum=1.360;SC=TAGGCGGCAGCGGCTGGTGCC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=52;WE=1880899;WS=1880881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,81:0.70:116
chr5	2748427	rs111879512	C	G	52.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr5	2748432	rs111347141	G	A	52.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,2:1.00:2
chr5	2748439	rs112775132	G	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	2755031	rs62333234	A	G	126.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	2755191	rs76652220	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.796;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr5	2755485	rs62333235	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr5	3600334	rs844154	T	C	4878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=86;PP=1926;SC=GGGCACTCAATGGAGACAAGG;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=41;TCR=86;TR=127;WE=3600342;WS=3600324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr5	3610658	rs1373997	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-1.900;SC=AGGAGTGGAGTGGGCCCAGGA;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=12;WE=3610666;WS=3610648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr5	4087346	.	CTG	C	57	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=57;QD=33.0;SC=TTTCGTGTGTCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=2;WE=4087355;WS=4087336;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chr5	4095679	.	T	TTTTCTTTTC	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=13.88;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	4420188	rs140931368	G	GTGTA	3784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.523;NF=4;NR=63;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TGCCTGGCATGTGTATGTGTG;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=4;TCR=68;TR=67;WE=4420196;WS=4420178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,102:0.97:105
chr5	4420474	rs2436584	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=1.535;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr5	4702311	.	CTGTG	C	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=66;QD=23.0;SC=ATGAGCATGCCTGTGTGTGTG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=4702322;WS=4702301;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,3:1.00:3
chr5	4702347	.	GT	G	217.75	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	4702349	.	GTGT	G	218.75	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	4702352	.	T	G	130	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=3;NR=5;PP=130;QD=20.5964015684;SC=TGTGTGTGTGTGCTCAGGCCC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=8;WE=4702360;WS=4702342;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr5	4702461	.	C	T	78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=78;QD=22.5542425094;SC=TTTTGTTAATCTTTGGTCTAT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=4702469;WS=4702451;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	4830593	rs816473	TG	CA	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=1440;ReadPosRankSum=3.028;SC=TTCTCAAATATGGTATATTAT;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=44;WE=4830602;WS=4830583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,55:0.64:86
chr5	4830690	rs816474	A	G	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=878;ReadPosRankSum=0.102;SC=AGACAGAAACACACTGATGTG;SOR=0.819;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=53;WE=4830698;WS=4830680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,100:0.60:166
chr5	4886607	rs17752940	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	4930067	.	A	ATG	79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=79;QD=17.0;SC=TCCCTCACATATGTGTGTGTG;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=5;WE=4930075;WS=4930057;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr5	4930181	rs560366	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=236;ReadPosRankSum=-0.467;SC=CTCATGCAATCGTGGGAGCTG;SOR=0.512;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=17;WE=4930189;WS=4930171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr5	5140632	rs270208	T	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=4;PP=114;SC=GTGGATGCTGTTGGCGCAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=5140640;WS=5140622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr5	5140970	rs270206	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=199;ReadPosRankSum=0.395;SC=TGAATGTTCACGACTCTGTGG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=12;WE=5140978;WS=5140948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr5	5141009	rs59628659	CT	C	280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.6748;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=178;SC=CTGTTGTGAACTTTTTTTTTT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=5141018;WS=5140999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	5146200	rs1863969	A	T	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,55:0.53:103
chr5	5146223	rs1871468	G	C	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=36;PP=1540;SC=CTCAGCCTCTGCTCACTCTTT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=87;WE=5146231;WS=5146213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	5146335	rs2086310	C	G	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=48;PP=1783;SC=AAGAGCAGTGCCCGTGTCCGA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=90;WE=5146343;WS=5146325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	5146377	rs1019747	T	C	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=40;PP=1382;SC=GCTGAAAGGCTCCAGGCACGA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=5146385;WS=5146367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	5186416	rs62339905	T	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=418;ReadPosRankSum=-1.650;SC=CTTCGTAGGGTGTGTGTGTGT;SOR=1.255;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=20;WE=5186424;WS=5186406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr5	5187776	rs1863972	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=146;ReadPosRankSum=-0.901;SC=TTCTAGGCCCGCTAGTAAGTA;SOR=0.651;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=12;WE=5187784;WS=5187766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr5	5189950	rs6859975	G	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=181;SC=AAATACACGCGTTAGCTTATA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=5189958;WS=5189940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	5189978	rs72647746	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr5	5200220	rs58639468	A	ATCTC	1367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=2;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=1090;ReadPosRankSum=0.143;SC=TGAAAGAACCATCTCTCTCTC;SOR=0.358;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=13;WE=5200242;WS=5200210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr5	5200234	rs1896622	C	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=488;ReadPosRankSum=-1.017;SC=CTCTCTCTCTCTCTCTCATAG;SOR=0.834;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=18;WE=5200242;WS=5200210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr5	5200271	.	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=621;ReadPosRankSum=2.327;SC=GATGGAGAAGGGAACATGTGC;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=21;WE=5200289;WS=5200261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr5	5200281	rs6555335	C	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=5;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=1132;ReadPosRankSum=-1.554;SC=GGAACATGTGCAAAAAGTCCG;SOR=0.536;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=34;WE=5200289;WS=5200261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,62:0.65:95
chr5	5200430	rs16875038	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.952;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	5223073	rs12652968	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=213;ReadPosRankSum=0.426;SC=CTCCTCTTGCATAGGTATTTT;SOR=0.676;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=23;WE=5223081;WS=5223063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr5	5232346	rs2913623	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=408;ReadPosRankSum=-1.242;SC=ATTAGGTGCTGCTTGAGTGTA;SOR=2.038;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=5232365;WS=5232336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr5	5232356	rs150710468	AGG	A	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=5;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=332;ReadPosRankSum=0.305;SC=GCTTGAGTGTAGGGGGAGGCT;SOR=2.165;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=5232365;WS=5232336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	5232398	rs2913624	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=1.220;SC=ATTCCCCACTGCTCAGCCTTA;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=15;WE=5232406;WS=5232388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr5	5235001	.	A	G	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=18;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=26;MQ=57.15;NF=3;NR=2;PP=56;QD=18.1542425094;SC=AAAAAAAAAAAGAATCCACTT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=5235009;WS=5234991;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	5235028	rs2913630	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=-0.200;SC=TAATTACCCATTCTAACACTC;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=5235036;WS=5235018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	5235096	rs2913631	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=-1.633;SC=ACTAAAATATAAAAATTCTAA;SOR=0.976;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=6;WE=5235104;WS=5235086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr5	5239921	rs11742341	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=376;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GGCACTGGACCGTGGACTGGC;SOR=0.957;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=28;WE=5239929;WS=5239911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr5	5240002	rs11742370	C	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-0.733;SC=AGAACTTAATCGCTACTGGAC;SOR=1.283;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=12;WE=5240010;WS=5239992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr5	5242152	.	T	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=315;ReadPosRankSum=0.192;SC=TTTTTCCCCTTTCTTATTTTG;SOR=0.768;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=26;WE=5242160;WS=5242142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,42:0.33:129
chr5	5303349	rs11959893	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=0.366;SC=GATGGAGCCATCCCTCACCGA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=5303357;WS=5303339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	5303614	rs11134110	C	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=471;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TGGGTGGCAGCAGGGCCCCTG;SOR=0.891;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=37;WE=5303622;WS=5303604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,56:0.64:87
chr5	5460569	rs2578565	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=323;SC=TTGGAGAATACACAGATTCCA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=5460577;WS=5460559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	5460619	rs2619844	G	C	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=9;PP=836;SC=TCTGCTGAGTGTGTTTCAGAA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=5460627;WS=5460609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	5462148	rs2578500	G	A	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=59;PP=1827;SC=TATGTCAACTGTAGCAAAATG;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=93;WE=5462156;WS=5462138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	5476250	rs11416699	T	TG	128.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	6020374	rs464221	A	G	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=13;PP=498;SC=TCATCCAACCATAATTGTCTA;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=6020382;WS=6020364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	6020418	rs457263	T	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=14;PP=466;SC=ATCCAACCCTTTAAGCCAGCA;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=6020426;WS=6020408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	6020488	rs412953	C	T	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=290;SC=CTCCTCAAGTCGGCATTCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=6020496;WS=6020478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	6337112	.	T	A	106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=27;MQ=58.73;NF=3;NR=1;PP=106;QD=35.1928031368;SC=TTAAACCTCTTTCCCCTGTAT;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=4;WE=6337120;WS=6337102;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,4:0.27:15
chr5	6337241	rs4702336	T	A	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,99:0.69:144
chr5	6378614	rs7723985	G	C	5877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=66;PP=2267;SC=GCCCGTCCCCGACCCACACAG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=119;WE=6378622;WS=6378604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	6602544	rs2303711	T	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=403;ReadPosRankSum=-0.986;SC=AAGGCGTGTGTGTCTAAGGGC;SOR=0.564;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=30;WE=6602552;WS=6602534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr5	6604205	rs2303709	A	G	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.02;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,79:0.71:111
chr5	6604787	rs13181449	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=395;ReadPosRankSum=0.309;SC=CTTTGATCCCCGTGTTAATAA;SOR=0.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=28;WE=6604795;WS=6604777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr5	6604931	rs6889694	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=1.387;SC=CCGAGAAACCCCGGTTAAGAA;SOR=0.760;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=13;WE=6604939;WS=6604921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr5	6604970	rs6888601	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=69;ReadPosRankSum=1.311;SC=TTGTGATTACGTCGTTTGGAG;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=6604978;WS=6604960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr5	6605532	rs2303707	C	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.592;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr5	6607125	rs3217325	GAAC	G	1273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=557;ReadPosRankSum=1.741;SC=GTGCAACATGGAACGGTTTGC;SOR=0.586;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=14;WE=6607135;WS=6607115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr5	6611757	rs10454287	A	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr5	6611983	rs3733776	C	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr5	6617011	rs6887702	C	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=502;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CAAATGTATCCATGAAGTGCA;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=33;WE=6617019;WS=6617001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr5	6618186	rs10475338	T	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=342;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGTGGATGACTGCACTTTAAC;SOR=0.396;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=25;WE=6618194;WS=6618176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr5	6632598	.	C	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr5	6737571	rs2279657	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.90;ReadPosRankSum=-1.599;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	6737576	rs2279656	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.11;ReadPosRankSum=-2.020;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr5	6739791	rs419128	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=2.834;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,48:0.74:65
chr5	6748518	rs274682	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=0.044;SC=GAGAAGATCCAAAACATGTGG;SOR=0.593;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=11;WE=6748526;WS=6748508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr5	6748659	rs274681	T	C	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=417;ReadPosRankSum=-1.531;SC=TCAGCCATGCTGTGTCACCGC;SOR=0.656;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=40;WE=6748667;WS=6748649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,70:0.58:121
chr5	6754762	rs274676	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=304;ReadPosRankSum=-0.621;SC=ATCCCTGCTCTCTATGTAACA;SOR=0.141;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=20;WE=6754770;WS=6754752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
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chr5	7306615	rs11955700	A	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.46;QD=23.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	7306748	rs56373287	T	A	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=22;PP=581;SC=TCCAGTCATGTACCACACAGC;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=7306756;WS=7306738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	7414954	.	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr5	7690754	rs2914289	C	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=321;SC=ATTTGGTCATCCCCCGAGGTG;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=7690762;WS=7690744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	7698282	rs60394679	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=217;ReadPosRankSum=-0.897;SC=GCAGAGCTGGCGCTTGATGAT;SOR=2.303;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=13;WE=7698290;WS=7698280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr5	7698551	rs4257743	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=332;ReadPosRankSum=0.440;SC=ATGTGCACAACGTGCAGGTTT;SOR=1.581;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=23;WE=7698559;WS=7698541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr5	7712810	rs6555488	C	T	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=45;SC=TTGATTCACACTTAGGATTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=7712818;WS=7712807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	7717396	rs6878196	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=69;ReadPosRankSum=-1.189;SC=TTTATTATGTTCCAGTTGTAT;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=7;WE=7717404;WS=7717386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr5	7743787	rs62342477	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=226;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GTAGAACGTCCGTCCTGGGCA;SOR=0.613;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=25;WE=7743795;WS=7743777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,41:0.32:129
chr5	7826648	rs141881348	AAAC	A	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.748;NF=2;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-1.679;SC=GCGCTGAATTAAACAACATTG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=3;WE=7826658;WS=7826638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	7826680	rs6887726	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.228;NF=7;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=0.900;SC=CTTTTTTTCTTGTGGATTACT;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=10;WE=7826688;WS=7826670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr5	7835555	rs6883562	C	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr5	7835685	rs179044	G	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=-1.780;SC=GGAGCACAGAGGCCAGTTCTT;SOR=0.994;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=9;WE=7835693;WS=7835675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr5	7850898	rs11276029	TGCCCAGCC	T	544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=6;PP=831;SC=CGCCCGCCCCTGCCCAGCCGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=7850913;WS=7850888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	7850947	.	GCCCAGCCT	G	596	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=596;QD=101.0;SC=CCGCCCAGCCGCCCAGCCTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=7850962;WS=7850937;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr5	7859523	rs1046012	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr5	7859729	rs7727993	G	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=381;ReadPosRankSum=0.895;SC=TACTTTGTTTGTTTCTTACAC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=26;WE=7859737;WS=7859719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr5	7862926	rs3733784	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=-1.488;SC=AAACTCCTTATACTACTTACC;SOR=0.569;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=7;WE=7862934;WS=7862916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr5	7866106	rs17184211	A	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=0.051;SC=CCTGAAACAGAAAGCATCCCA;SOR=0.548;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=22;WE=7866114;WS=7866096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,26:0.23:113
chr5	7866967	rs162030	G	C	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=22;PP=766;SC=GTTCCATTAAGGCAGAAATCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=7866975;WS=7866957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	7867027	rs77130393	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=409;ReadPosRankSum=-0.430;SC=CTGCCACTGCATTGAGGATGG;SOR=0.835;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=30;WE=7867035;WS=7867017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr5	7868030	rs2966952	T	C	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=46;PP=1657;SC=ATGATGGAATTTGACCCCGAA;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=7868038;WS=7868020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	7869455	rs34828626	TC	T	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.678;NF=1;NR=2;PP=41;ReadPosRankSum=1.846;SC=CCCTTCGGCCTCCGGGGGTCG;SOR=0.735;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=3;WE=7869463;WS=7869445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr5	7870083	rs326119	C	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=623;ReadPosRankSum=0.064;SC=GAAAGCCAAGCTTTTGGTTTG;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=18;WE=7870103;WS=7870073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr5	7870095	rs12653464	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=623;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TTTGGTTTGGGTTTCAGTTTA;SOR=0.644;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=18;WE=7870103;WS=7870073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
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chr5	7872303	rs140605937	A	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=1.550;SC=GAAGCATTAAATACTTCGGTA;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=7872311;WS=7872293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr5	7886885	.	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=1.299;SC=ATTGATTAAACAAATTTAGAA;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=8;WE=7886893;WS=7886875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
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chr5	7891596	rs79735541	A	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=-1.925;SC=CTTCCAGATCATTAGAGTTTA;SOR=0.850;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=8;WE=7891604;WS=7891586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr5	7892933	rs35890938	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
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chr5	7893121	rs162049	G	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=300;SC=ATTCATTACTGTCATAAGAAA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=7893129;WS=7893111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	7895896	.	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=0.833;SC=CCAGATGACCCCTCAATCCCC;SOR=0.639;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=12;WE=7895904;WS=7895886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr5	7896051	rs6868871	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=1.724;SC=AATTGGACTTTGTAAAATTTT;SOR=1.106;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=11;WE=7896059;WS=7896041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr5	7897061	rs6874544	T	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=691;ReadPosRankSum=-1.148;SC=ATAGGGATTATCTATTCAGGT;SOR=0.840;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=46;WE=7897069;WS=7897051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,71:0.68:105
chr5	7897319	rs1802059	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=1.055;SC=AGCAGGTGGCGAGAATCCTCC;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=12;WE=7897327;WS=7897309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr5	7900220	rs142538539	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=-1.240;SC=TGAAAGTACTAAAAGTCAGCT;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=18;WE=7900228;WS=7900210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr5	8461166	rs341899	T	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=350;SC=GTTTCTAAGTTTATTATTAAA;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=8461174;WS=8461156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	9043142	rs3834271	T	TA	393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=206;SC=GAAAATATATTAAAAAAAAAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=9043150;WS=9043132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	9050410	rs257098	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=141;ReadPosRankSum=0.618;SC=TGACTTTCTCCGGTTTTTCAT;SOR=1.005;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=10;WE=9050418;WS=9050400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr5	9053945	rs257095	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=1.746;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
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chr5	9066802	rs786846	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-0.281;SC=GGGGTAAACAGAGCAACCTCA;SOR=0.634;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=15;WE=9066810;WS=9066792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr5	9154659	rs1806151	G	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	9197434	rs3216958	A	AGAG	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.733;QD=27.32;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr5	9280957	rs6555597	C	A	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=36;PP=1079;SC=TAAAATGTAACGTTTTAGCAA;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=55;WE=9280965;WS=9280947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	9629529	rs2234233	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=1.414;SC=CTCATTTGCCGGGTGTGCCTC;SOR=0.656;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=14;WE=9629537;WS=9629519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
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chr5	10227823	rs3080459	C	CCT	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.502;NF=0;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CCCAAAATTTCCTGTTTTTAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=10227831;WS=10227813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
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chr5	10237155	rs6876650	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=0.397;SC=AAAATAACCTGTCAATGAAAA;SOR=1.781;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=17;WE=10237163;WS=10237145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr5	10239278	rs2252505	C	T	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=4.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,118:0.69:171
chr5	10261065	rs12516390	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=0.393;SC=AGTAGGGGTTCATCTTATGTG;SOR=1.036;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=12;WE=10261073;WS=10261055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,20:0.26:76
chr5	10261542	rs2607327	C	T	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=8;PP=1076;SC=GGAGATGTCTCGGTCAAAGTG;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=10261550;WS=10261532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	10263453	rs147103051	GA	G	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.448;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr5	10263582	rs2292267	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	10282396	rs10067744	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=-1.459;SC=AATCCTTGACAATGCCTGAAA;SOR=0.861;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=11;WE=10282404;WS=10282386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr5	10282479	rs10052785	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=0.719;SC=CCGCATGATCCCCACACTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=8;WE=10282487;WS=10282469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr5	10282519	rs10067826	A	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=1.457;SC=TTTGGGTTTGATTTTTCAAAG;SOR=0.346;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=8;WE=10282527;WS=10282509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr5	10417589	rs2967956	G	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=161;SC=GCCAGGCATGGGGCTTACGCC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=10417597;WS=10417579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	10423731	rs35814421	A	G	65.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-0.253;SC=AATTGTTGCCAATCCTATAGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=10423739;WS=10423728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	10442443	.	C	G	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=750;ReadPosRankSum=-1.469;SC=GCTGTCCGGTCTACATGCCCA;SOR=0.527;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=47;WE=10442451;WS=10442433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr5	10442496	rs2567577	T	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=25;PP=699;SC=ACCAGGGGCCTTACGCGGCAC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=10442504;WS=10442486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	10448247	rs1976360	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=130;SC=ACATAAGCCCGGGATGTTGGT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=10448255;WS=10448237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	10461345	.	C	T	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,100:0.61:163
chr5	10505467	rs62362463	A	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=308;SC=GGAGGACACAATTCAATCCAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=10505475;WS=10505457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	10505585	rs17816571	A	G	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=23;PP=886;SC=TTATTTCAAGACTGATTATTC;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=10505593;WS=10505575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	10505851	rs373652829	TAAA	T	284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	10509069	rs1392005	C	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=230;SC=GAACCAGTGGCGGCCAGTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=10509077;WS=10509059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	10564846	rs814576	C	T	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.48;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	10565027	rs1103749	C	G	161.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	10624866	rs10062687	T	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr5	10624887	rs1531839	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=0.922;SC=TGGCTCCCAATCTTGCGCCTC;SOR=0.740;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=19;WE=10624895;WS=10624877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr5	10638180	rs11745612	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=-1.957;SC=ACTATTTCCCTGGTCTTGACC;SOR=0.479;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=15;WE=10638188;WS=10638170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr5	10638364	rs6889196	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-1.120;SC=GAGATTAATCACTCCCATAGA;SOR=0.650;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=11;WE=10638372;WS=10638354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr5	10649784	rs113222960	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	10650150	rs56969869	A	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=-1.177;SC=AGAGGAAGGCAGAGGAGGCCG;SOR=0.784;Source=Platypus;TCF=12;TR=9;WE=10650158;WS=10650140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr5	10650251	rs140897444	CGGGGCT	C	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.417;QD=10.31;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr5	10650324	rs13354827	T	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.615;QD=19.06;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr5	10650324	.	TT	GG	201	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=18;MQ=60.54;NF=2;NR=5;PP=201;QD=36.3525535517;SC=ATCGCACCACTTCCGCTCCAT;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=10650333;WS=10650314;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,7:0.58:12
chr5	10650325	rs13354828	T	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.615;QD=19.06;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr5	10665259	.	C	T	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=36;QD=17.6928031368;SC=TCTCCCGAAACGACTGGCTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=10665267;WS=10665249;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	10680997	rs5745297	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=333;ReadPosRankSum=1.445;SC=GTTTGGGCTGGAGCTGTTTCT;SOR=0.667;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=29;WE=10681005;WS=10680987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,42:0.30:142
chr5	10748231	rs267944	C	T	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=19;PP=1051;SC=AATGTTAATGCTTAACCGAAT;SOR=1.259;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=59;WE=10748239;WS=10748221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	10748462	rs267943	C	T	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	10761009	rs11740244	C	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	10761182	rs267927	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=154;SC=CGAAGACATGACGCGGCGGGG;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=10761190;WS=10761172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	11018288	.	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=1.036;SC=GGTGATCTATGATCAGTGCTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=11018296;WS=11018278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr5	11082762	rs2277053	T	C	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=30;PP=1441;SC=CTAGAGAAAATATTTTCACTT;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=75;WE=11082770;WS=11082752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	11084189	rs1024621	T	C	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=38;PP=1076;SC=CTACTTTGTATCTCAAGCTCT;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=11084197;WS=11084179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	11098987	rs2301851	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.783;SC=ATAGACTGCACGGAGGCTATT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=11098995;WS=11098977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr5	11159657	rs1990003	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=-1.255;SC=GGGAAGATGGTGGGAGGAGGC;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=11159665;WS=11159647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr5	11412302	rs31750	C	T	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	11564995	rs7719578	A	G	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=540;ReadPosRankSum=-0.647;SC=GAAGAGAAACATCACGATTTA;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=48;WE=11565003;WS=11564985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,80:0.58:137
chr5	11903909	.	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-2.489;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr5	13692262	.	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.102;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=1.455;SC=AAACATAAAAGAAAAGAACTT;SOR=1.660;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=12;WE=13692270;WS=13692252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr5	13729714	rs3777093	A	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=498;SC=TTCCTTCACTATAAAACAATC;SOR=2.191;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=13729722;WS=13729704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	13735874	.	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=287;ReadPosRankSum=-0.373;SC=GTAATGTCATCATTTTAGTGC;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=21;WE=13735882;WS=13735864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr5	13735892	rs3734109	T	C	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=14;PP=713;SC=TGCACAGATATAGAATTCAGC;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=13735900;WS=13735882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	13737317	.	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.777;NF=8;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-0.965;SC=ATTCCTCTCTCATTTCATTTT;SOR=0.656;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=9;WE=13737325;WS=13737307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr5	13737700	rs2401811	A	G	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=110;SC=TGAAGCTCCCATACTGTATTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=13737708;WS=13737690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	13754394	rs2401809	C	T	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=34;PP=1185;SC=CACTGATGAGCGTGGAAGCTG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=68;WE=13754402;WS=13754384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	13759172	rs34516765	TA	T	711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=15;PP=623;SC=AGAACTCAGCTAACGTCACAT;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=13759180;WS=13759162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	13762972	rs6554812	T	C	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=60;PP=1846;SC=GACTCAAAAATTCTATCACCT;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=89;WE=13762980;WS=13762962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	13763039	rs6554813	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=784;SC=AAATAAAGTCGAAACACTTCT;SOR=3.202;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=13763047;WS=13763029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	13769356	.	G	GTT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.349;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	13769561	.	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=357;ReadPosRankSum=2.300;SC=TAACACTTGTGAACTGAGAAT;SOR=0.617;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=30;WE=13769569;WS=13769551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,40:0.38:105
chr5	13769791	.	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CTCAAGTACTGGTCCAATAAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=7;WE=13769799;WS=13769781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr5	13770757	rs138234449	C	CA	813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=798;SC=CTATGATACACAAAATGTCTC;SOR=1.765;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=21;WE=13770765;WS=13770747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	13780799	.	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=0.264;SC=GTTGACAGGGGAAGATGATAA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=13780807;WS=13780789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	13792111	.	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=1.158;SC=ACATTTGGTTCCTTGATGACC;SOR=0.481;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=14;WE=13792119;WS=13792101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr5	13850651	rs795528	T	C	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=3;PP=138;SC=CAGCTTTATATATAAATTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=13850659;WS=13850641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	13850750	rs6554820	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=438;SC=TCAAAGAGCCAGTGAACTTAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=13850758;WS=13850740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	13851016	rs795526	C	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=196;SC=GAGGCTAGAGCTTTAACCAGT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=13851024;WS=13851006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	13859743	rs1502043	G	T	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	13859807	rs1867677	G	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=13;PP=317;SC=ATTTTTAACCGCTTTCTTTAC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=13859815;WS=13859797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	13862600	rs7724453	T	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=402;SC=TCATTAATTTTAAATGTTTGC;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=13862608;WS=13862590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	13862616	rs7704417	C	T	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=6;PP=479;SC=TTTGCTATTACGGTTCTCAAA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=13862624;WS=13862606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	13864728	rs6554827	C	A	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=18;PP=523;SC=CCTTCAAGGCCCGGGGAAGCT;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=32;WE=13864736;WS=13864718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	13864885	rs6554828	G	A	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=47;SC=CTTGCAGGCTGTCTGTTCATA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=13864893;WS=13864875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	13865717	rs7720415	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	13865980	rs7703349	T	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=9;PP=250;SC=CTCCAGTATATGTGATGTATT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=13865988;WS=13865970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	13866450	rs11748811	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=224;SC=AATTTCATGAACTCAATCCAT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=13866458;WS=13866440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	13867819	rs1445810	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=2;PP=225;SC=TTTTAGACAACTACATTTTGC;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=13867827;WS=13867809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	13867993	.	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=367;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TTCTGGACTTCGCCAGCACGT;SOR=0.389;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=24;WE=13868001;WS=13867983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr5	13868103	rs35398031	TA	T	380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=226;SC=ATAAGATTCCTAAAAAAAAAT;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=13868111;WS=13868093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	13871925	rs10513159	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=342;SC=TGAAAGGCACAATGATATAAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=13871933;WS=13871915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	13876664	rs1445804	T	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=100;SC=GCTGAGCACATACAAGATGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=13876672;WS=13876654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	13894894	rs4701997	T	A	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=50;PP=1633;SC=GCAGCAGGTATTTTTGACTTC;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=94;WE=13894902;WS=13894884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	13901654	.	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr5	13911405	rs3765045	G	T	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=618;SC=AGATACCTCTGCCTTCTGATT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=13911413;WS=13911395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	13911704	rs67065537	A	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=337;SC=TTGCCAGAAAAAAAATAAGTT;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=13911712;WS=13911694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	13919255	rs35925547	T	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=17;PP=670;SC=TTATTCCCATTTCACAAGGCA;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=13919263;WS=13919245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	13944512	rs339445	A	C	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=709;ReadPosRankSum=-0.657;SC=GAGTGACGCTATGCTTCCAGA;SOR=0.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=35;WE=13944520;WS=13944502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr5	14183866	rs354302	T	C	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=97;SC=AGGGAAGGCATGCGGCCGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=14183874;WS=14183856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	14183979	rs71597901	CAG	C	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=533;SC=TAACCTTTGGCAGATAGTGAC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=14183988;WS=14183969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	14184022	rs354301	G	A	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=381;SC=CGTGGTAACCGTTTTTTAAAA;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=14184030;WS=14184012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	14184079	rs354300	G	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=16;PP=553;SC=GTAAGGATGTGTCCCAGACTT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=14184087;WS=14184069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	14184211	rs354299	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=188;SC=ACAGAGAATGTTGTGTGTTTG;SOR=1.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=14184219;WS=14184201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	14184254	rs354298	A	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=109;SC=TAAAAATCCAACCGGCTAGTA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=14184262;WS=14184244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	14290805	rs30629	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=478;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CTTCTCATACGTGATTTTTTT;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=36;WE=14290813;WS=14290795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
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chr5	14387489	rs30794	G	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CACTGTGTTTGAGGTTTCTGG;SOR=0.452;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=13;WE=14387497;WS=14387479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr5	14394283	rs256412	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=1.722;SC=TATGAATTATGTATTATTTTG;SOR=1.051;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=11;WE=14394291;WS=14394273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr5	14397238	rs30774	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GAGCCAATGATGCCATGCACC;SOR=0.703;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=9;WE=14397246;WS=14397228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr5	14398902	.	AT	A	115	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5002;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=115;QD=47.0;SC=CATTTTTAAAATTGTTGAAAA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=14398910;WS=14398892;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr5	14405895	rs389729	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr5	14420027	rs30612	A	C	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=37;PP=1314;SC=TGGTGCGGACAACTGACCGCT;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=14420035;WS=14420017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	14462816	rs27100	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.58;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr5	14479938	rs26173	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.482;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr5	14481270	rs111593684	TA	T	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.766;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr5	14485161	.	G	GT	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr5	14485386	rs26098	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=2.129;SC=AGATGTGTGCTTTCTTTCCTC;SOR=0.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=13;WE=14485394;WS=14485376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr5	14498727	rs26107	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=1.062;SC=CAGCCTCATCGTCGGCCAGCC;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=23;WE=14498735;WS=14498717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
chr5	14509487	rs150510776	T	TTG	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	14607339	.	G	GA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr5	14609088	.	C	T	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=510;ReadPosRankSum=1.359;SC=CATGATGAATCACCTGAATTC;SOR=0.744;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=39;WE=14609096;WS=14609078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
chr5	14610184	rs25960	C	G	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=11;PP=425;SC=ACACTTCCCCCCACCGTGGCG;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=14610192;WS=14610174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	14664821	rs250435	G	A	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	14678762	.	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr5	14678996	rs31930	G	A	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=72;SC=TATAGACGTTGTTATTGGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=14679004;WS=14678986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	14741984	rs2288474	T	C	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=443;ReadPosRankSum=-1.177;SC=TGATGTGGGCTGCCGTGACTG;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=35;WE=14741992;WS=14741974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr5	14745814	rs35971379	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-1.345;SC=ACTTGCCCCTGTTATTTTCTG;SOR=0.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=14745822;WS=14745804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	14749551	rs697569	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	14751055	rs16903692	G	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5266;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.084;SC=TTGGCCTCTGGGTATGACATC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=14751063;WS=14751045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	14751385	.	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.546;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=544;ReadPosRankSum=0.856;SC=TCAGAGGGGAGAAGCGGGAAC;SOR=0.078;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=13;WE=14751408;WS=14751375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr5	14751399	rs697570	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=10.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.302;SOR=3.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr5	14751399	.	CT	TC	276	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=276;QD=82.3669687156;SC=CGGGAACCGACTGACAGAAGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=4;WE=14751408;WS=14751375;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr5	14751400	rs2291943	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=10.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.090;SOR=3.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr5	14871620	rs139106733	AGGGGCGAC	A	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=329;ReadPosRankSum=0.319;SC=CGGGGAGGCGAGGGGCGACGG;SOR=0.916;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=2;WE=14871635;WS=14871610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr5	15616202	rs3032721	ATCTC	A	1713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.008;NF=3;NR=19;PP=1052;ReadPosRankSum=1.102;SC=GGTCTTCATTATCTCTCTTTC;SOR=0.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=22;WE=15616213;WS=15616192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr5	15936475	.	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-0.582;SC=CTTGGGCGAGGGTCAGGAATG;SOR=0.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=7;WE=15936483;WS=15936465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr5	16091242	rs11389357	G	GA	240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=196;SC=AATTAAAAAAGAAAAAAAAAC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=16091250;WS=16091232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	16177807	rs2582666	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=184;ReadPosRankSum=-0.665;SC=AAATTATTTCAGGAAAAATAA;SOR=0.527;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=17;WE=16177815;WS=16177797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr5	16508674	rs332811	A	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=691;ReadPosRankSum=-1.266;SC=ACGTACGTATATATCACAATT;SOR=0.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=38;WE=16508682;WS=16508664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr5	16508898	rs33684	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=111;ReadPosRankSum=0.027;SC=CTCAGAAAGTTGGTGTTTACA;SOR=1.402;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=13;WE=16508906;WS=16508888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr5	16617099	rs35003	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.623;SOR=1.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr5	16667003	rs26743	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=36;PP=1025;SC=CTCCCGTAGCCTTCCATGCTA;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=16667011;WS=16666993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	16667065	rs33273	C	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=0.884;SC=CTTTCACCTTCCTCATCAGGG;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=16667073;WS=16667055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	16668256	rs35579	A	G	389.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=254;ReadPosRankSum=-1.071;SC=GGACCACCACACTGTATTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=18;WE=16668264;WS=16668246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr5	16670618	rs27431	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=326;SC=CCCCAACACACGGCAGCCAGT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=16670626;WS=16670608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	16673975	rs25901	C	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr5	16676103	rs28057	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=0.057;SC=AGTGGAATCATGGTCTCTGAG;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=8;WE=16676111;WS=16676093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	16679914	rs10060411	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=141;ReadPosRankSum=2.284;SC=AATTACAGGCGTGAGCCACCG;SOR=0.252;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=16679934;WS=16679904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr5	16679926	rs3217321	G	GC	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=2.208;SC=GAGCCACCGTGCCGGCCAACC;SOR=0.160;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=3;WE=16679934;WS=16679904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr5	16679966	rs35580	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=-0.901;SC=AGAAAAAAAACTGAGCTTCAC;SOR=0.701;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=10;WE=16679974;WS=16679956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr5	16681966	rs399833	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-1.582;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr5	16684109	rs2303703	T	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.165;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr5	16699512	rs256930	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr5	16711365	rs3214558	CA	C	911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5022;FS=2.362;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=379;ReadPosRankSum=-2.080;SC=CTAAACCATGCAAAAAAAAAA;SOR=1.061;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=27;WE=16711373;WS=16711355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,55:0.77:71
chr5	16711451	rs27552	G	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.507;NF=5;NR=14;PP=342;ReadPosRankSum=-1.810;SC=GGTTTACCCCGCTTCAAAACA;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=19;WE=16711459;WS=16711441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr5	16762024	rs56407231	A	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr5	16762646	rs31511	T	C	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=16;PP=475;SC=TTGCAGGTTTTGACATACCGC;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=16762654;WS=16762636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	16764255	rs375881422	CA	C	618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=9;PP=346;SC=GACTCCTTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.911;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=21;WE=16764263;WS=16764245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	16764334	rs250341	C	T	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=35;PP=1762;SC=AGAGAATTCACGTGCTGCACT;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=95;WE=16764342;WS=16764324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	16766093	rs2561232	C	T	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	16783437	rs71595983	T	TAAAC	1155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.605;NF=8;NR=10;PP=801;ReadPosRankSum=-0.352;SC=AGAAAATCAATAAATACCTGC;SOR=0.582;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=18;WE=16783445;WS=16783427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,33:0.28:116
chr5	16794916	rs396514	G	A	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=21;PP=911;SC=AGGGGTTCACGGAGGCCAGGA;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=16794924;WS=16794906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	16795027	rs35681033	CA	C	1674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=61.07;NF=5;NR=20;PP=1049;SC=GAGTGTGCGCCAGGGGGAAAG;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=25;WE=16795035;WS=16795017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	16818363	rs12188582	A	G	175.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=72;SC=ATACAATCTCAGTATAATTTC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=16818371;WS=16818353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	16916071	rs145081788	GAA	G	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.005;QD=9.59;ReadPosRankSum=2.603;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	16916236	.	G	A	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=636;ReadPosRankSum=-0.618;SC=TCTCATTACCGACCCATCAAG;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=45;WE=16916244;WS=16916226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,73:0.72:101
chr5	17276053	rs59080603	CCT	C	452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=30.18;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	19473892	.	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=348;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AGATTTTACAACAGCAATTTC;SOR=0.772;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=20;WE=19473900;WS=19473882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr5	19503243	rs6867491	C	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=59;ReadPosRankSum=-0.767;SC=AACTCTAAATCGTAAATTTAA;SOR=0.706;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=7;WE=19503251;WS=19503233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr5	19520932	rs441865	T	C	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=553;ReadPosRankSum=-0.224;SC=ATGCACACTTTAGAGGCTCGG;SOR=0.663;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=35;WE=19520940;WS=19520922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr5	19543891	.	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	19721490	rs12187552	T	C	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=29;PP=1115;SC=AGGGTTGTCCTTGGAGAATGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=58;WE=19721498;WS=19721480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	21121275	rs248205	G	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=1.516;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr5	21461786	rs4701564	T	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.754;NF=13;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=-0.922;SC=ATTGGAGCCATGCTATAAACT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=13;WE=21461794;WS=21461785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr5	21751718	rs66936623	AGTGT	A	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=429;SC=CTTGTCCCAGAGTGTGTGTGT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=21751729;WS=21751708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	21760731	rs2303749	T	C	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.758;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,53:0.46:116
chr5	21842436	rs17839323	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=-2.092;SC=TTCTAATAACACCTTAAGGGA;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=20;WE=21842444;WS=21842426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr5	22078584	rs4371716	C	T	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=53;PP=2027;SC=TCGGAGCCCACGTATTCTTCC;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=113;WE=22078592;WS=22078574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	23509141	.	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.668;NF=21;NR=7;PP=340;ReadPosRankSum=-0.289;SC=AGTCCCAGCACCATGAGCCCT;SOR=1.310;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=28;WE=23509149;WS=23509131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,31:0.30:105
chr5	23510158	.	A	AT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr5	23510203	rs2973615	A	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=524;SC=TGCTCTTTTCACCCAGGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=23510211;WS=23510193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	23517930	.	G	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=570;ReadPosRankSum=1.415;SC=ATAGAAGAGAGAATCTCTAGT;SOR=1.051;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=33;WE=23517938;WS=23517920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr5	23523348	rs1874165	C	T	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=27;PP=1019;SC=TAAAATAATTCTTCTGATTTT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=23523356;WS=23523338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	23523528	.	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=-0.986;SC=AGCTGGATTTCCTTCCTTATC;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=10;WE=23523536;WS=23523518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr5	23527919	rs2099081	A	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=50;PP=1436;SC=ATAGCCACAAAAAGACAAATG;SOR=2.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=65;WE=23527927;WS=23527909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	23976115	rs1501940	G	A	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=17;PP=614;SC=GTTGCAGTCCGTAGGCACTTG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=23976123;WS=23976105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	23976163	.	A	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr5	24488000	.	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=5.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr5	24511654	rs201402189	CAGAGAGAGAG	C	417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.77;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	24593311	.	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TTCAAATTTTCATCAGTAAAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=24593319;WS=24593301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	24593449	.	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr5	26881810	rs80242977	G	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=576;SC=TGTGAAATTCGTTTGGTGCAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=26881818;WS=26881800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	26885787	.	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CGGCTGAAAGGATCAGGGCTT;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=8;WE=26885795;WS=26885777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr5	26886261	rs72744728	A	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=219;SC=AAGATATCTTAAATCCATGTA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=26886269;WS=26886251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr5	26988328	rs2288466	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.117;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TGTCAGACCCGCTATCTTTTT;SOR=1.164;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=26;WE=26988336;WS=26988318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr5	26988424	rs2288467	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=0.752;SC=TAATGGTATATAATGGTAAGT;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=26988432;WS=26988414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr5	31294291	.	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,65:0.36:183
chr5	31302288	rs2287582	C	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=18;PP=597;SC=AAGCCAGCGACGCTGATGTGG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=31302296;WS=31302278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	31302461	.	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr5	31317494	rs2302904	C	T	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=33;PP=1411;SC=GATTCAGACCCTGCATGCTGT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=76;WE=31317502;WS=31317484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	31317529	rs2302903	A	G	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=40;PP=1677;SC=CTTATAGTGGACACCAATTTT;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=83;WE=31317548;WS=31317519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	31317540	.	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=348;ReadPosRankSum=0.202;SC=CACCAATTTTCGTTTTCCTTG;SOR=0.753;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=30;WE=31317548;WS=31317519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,50:0.35:141
chr5	31317952	rs2229575	T	C	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=54;PP=1624;SC=AATCCTGCCATGCGGAGGCGC;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=96;WE=31317960;WS=31317942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	31322851	rs2962790	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=7;PP=431;SC=ATTTGAGCACAGTGTTTCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=31322859;WS=31322841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	31401447	rs10719	A	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=365;ReadPosRankSum=-2.163;SC=AGCACACTTCATTCATTGTCT;SOR=0.728;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=32;WE=31401455;WS=31401437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr5	31407139	rs507816	G	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=1.536;SC=CATGTACTTAGTGCCTAGACA;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=14;WE=31407147;WS=31407129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr5	31409115	rs644236	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=272;ReadPosRankSum=0.106;SC=AAAGTCAATTTTAGGCATGCT;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=16;WE=31409123;WS=31409105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr5	31409252	rs2241337	A	G	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=417;ReadPosRankSum=0.463;SC=TCCAATCCTGATTCAAAATGA;SOR=0.684;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=32;WE=31409260;WS=31409242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,61:0.56:108
chr5	31410679	rs2287583	C	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=1.930;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	31423007	rs2287584	T	C	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.10;ReadPosRankSum=2.148;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr5	31423014	.	G	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.05;ReadPosRankSum=2.142;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr5	31472087	rs6885959	T	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=328;ReadPosRankSum=0.547;SC=ACTTTTAAAATGTGCTGTTAC;SOR=0.327;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=25;WE=31472095;WS=31472077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr5	31472117	rs3763075	G	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=446;ReadPosRankSum=0.120;SC=GAAACATTCAGATCTGGAAAA;SOR=0.624;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=31;WE=31472125;WS=31472107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr5	31483596	rs10052174	G	A	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=14;PP=779;SC=AGACTGAAAGGAAAATGGCAA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=43;WE=31483604;WS=31483586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	31483753	rs11341915	GA	G	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.864;QD=7.40;ReadPosRankSum=2.198;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr5	31485230	rs7712436	T	C	87.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=33;SC=TAGTTTCAGATGGAAATGAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=31485238;WS=31485220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	31486540	rs7735863	A	G	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=46;PP=1996;SC=TTAAAATAGTAGTATGGAACA;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=106;WE=31486548;WS=31486530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	31508933	rs56327412	G	GT	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=0.619;QD=31.23;ReadPosRankSum=0.619;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr5	31508945	rs4374769	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=-1.457;QD=15.15;ReadPosRankSum=1.763;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr5	31511106	rs13183642	G	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=490;ReadPosRankSum=1.102;SC=AGCTATAATCGCAAGGGTCTC;SOR=0.944;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=33;WE=31511114;WS=31511096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr5	31515373	rs7730136	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=33;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TACTCTTCCACTGTAAAAACT;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=4;WE=31515381;WS=31515363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr5	31515657	rs55656741	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.179;SC=AGGAACAACCGATAAACCGTA;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=6;WE=31515665;WS=31515647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr5	31529299	rs6859527	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	31529306	rs6450850	T	C	267.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	31532429	rs2291109	A	T	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=15;PP=614;SC=GCTGGCCGGGATGAGGCGCCG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=31532437;WS=31532419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	31532789	rs17409893	A	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	31534450	.	C	G	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=702;ReadPosRankSum=-2.433;SC=TTTTACATTTCGACTCACATC;SOR=0.815;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=49;WE=31534458;WS=31534440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,85:0.63:135
chr5	31538692	rs17410000	A	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-2.310;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,49:0.33:147
chr5	32000483	rs10054504	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=15;PP=439;SC=TGTGCACTTGTACGTTTGCCT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=32000491;WS=32000473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	32052965	rs114096471	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=191;ReadPosRankSum=0.090;SC=TGCCCAGGCCGGAGTGCAGTG;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=12;WE=32052973;WS=32052955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr5	32054092	rs149414	C	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	32058115	rs151861	A	G	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=49;PP=1538;SC=GGGGAGCCTCAGCGGGAGGTT;SOR=0.973;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=83;WE=32058123;WS=32058105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	32060985	rs35665699	T	TATC	807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=763;SC=CGGGAAAAGATATGAGCTTCT;SOR=3.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=32060993;WS=32060975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	32069910	rs6862076	T	C	61.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=54;SC=CTCTTGGCTGTTAGTTTTGAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=32069918;WS=32069900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	32071325	rs56223765	G	A	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=10;PP=441;SC=GATCAGGTACGCAGGTAGACT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=32071333;WS=32071315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	32074392	rs2291114	G	A	4903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=55;PP=2560;SC=CCAACCTCACGGACTCTGCAG;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=75;TCR=55;TR=130;WE=32074400;WS=32074382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	32087228	rs157494	C	T	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=11;PP=705;SC=GTTTACGTTCCCCACGTAGAA;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=38;WE=32087236;WS=32087218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	32087253	rs157495	A	G	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=15;PP=856;SC=ACAGCTCCTCAGACCTCATCT;SOR=1.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=32087274;WS=32087243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	32087374	rs157496	A	G	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=38;PP=1698;SC=GCCCAGGGTCACCAAGTGCAA;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=93;WE=32087382;WS=32087364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	32087802	rs157497	A	G	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=45;PP=1529;SC=ACTGCTGCCCAGGGGGGAGTA;SOR=0.814;Source=Platypus;TCF=41;TR=86;WE=32087810;WS=32087792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	32089263	.	G	A	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1230;ReadPosRankSum=-1.247;SC=CCCCTGCTGCGAATGCTGTGA;SOR=0.413;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=78;WE=32089271;WS=32089253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,104:0.65:161
chr5	32209751	rs202157337	TA	T	182.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-0.282;QD=20.30;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr5	32209753	rs147321365	A	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-0.282;QD=21.31;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr5	32242340	.	A	AT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr5	32242381	rs7729256	G	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=529;SC=GAAAAGAAACGAACTTCCATT;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=32242389;WS=32242371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	32248077	rs11960898	C	T	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
chr5	32255690	.	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=441;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GATTGTTCTTGGACTGAAAAC;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=29;WE=32255698;WS=32255680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr5	32263099	rs61418287	G	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=312;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CTTTTTGGGAGGATGAAAATG;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=19;WE=32263107;WS=32263089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr5	32270747	rs59928961	C	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr5	32379210	rs1862636	G	A	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=25;PP=1090;SC=ATACAGTTACGTACTACTTAC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=32379218;WS=32379200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	32388471	rs889318	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=350;SC=TTAAAACACATAGAACTCACA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=32388479;WS=32388461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	32397465	rs72735340	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=194;ReadPosRankSum=0.798;SC=AAAAAAAATTCAAGAATCATC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=17;WE=32397473;WS=32397455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr5	32403346	rs4867440	C	T	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=55;PP=2126;SC=GACGTTGCAACTGATGACGTA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=112;WE=32403354;WS=32403336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	32415360	rs5867145	TA	T	468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=339;SC=CCAGTATCCTTAAAAAGCTGG;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=32415368;WS=32415350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	32417694	rs178935	G	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=281;SC=TTCATTAAACGCAGTAAGTCA;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=32417702;WS=32417684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	32419805	rs7445799	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=2.297;SC=TACTTTTCTCTATCAGTACAT;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=32419813;WS=32419795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr5	32419849	rs324428	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=1.280;SC=TGAGAAGCAATGGCTAGGGCA;SOR=0.593;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=5;WE=32419857;WS=32419839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr5	32444199	rs2922295	C	G	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=83;SC=GAGAGGCCGCCGGGCTGGGCC;SOR=4.174;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=32444207;WS=32444197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr5	32523298	rs687659	T	A	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.445;NF=21;NR=26;PP=768;ReadPosRankSum=1.869;SC=CTCCTATATCTGTCCTGAGGA;SOR=0.845;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=47;WE=32523306;WS=32523288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,57:0.55:103
chr5	32523343	rs2457151	C	T	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=38;PP=1650;SC=TAAGAATGCTCGGACTGTCAC;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=88;WE=32523351;WS=32523333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	32591804	.	AT	A	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr5	32710693	.	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=0.177;SC=GTGGCCCAGGGGGAGGGGGCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=32710701;WS=32710683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr5	32710965	rs56022335	GT	G	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr5	32711000	rs34939454	A	ATG,ATGTG	552.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=24,24;PP=521,343;ReadPosRankSum=0.479;SC=GTGTGTGTATATGTGTGTGTG;SOR=0.330;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=25,25;WE=32711008;WS=32710990;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.45,0.41:22
chr5	32716474	rs34628434	C	CT	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr5	32716589	rs10057069	T	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.072;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr5	32725072	rs1147224	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=0.024;SC=GAATCATGTCTTTTGCAGCAA;SOR=0.136;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=32725080;WS=32725062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	32775047	rs1173743	G	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=20;PP=527;SC=CCTTTCCAGCGTCTTGCTTTT;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=32775055;WS=32775037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	32784776	rs2246427	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=0.047;SC=CCCTTAGAAAATATTTCTGAA;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=11;WE=32784784;WS=32784766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr5	32786389	rs2270915	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=1.040;SC=AGAAGAAAGTAACCTTGGAAA;SOR=0.570;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=18;WE=32786397;WS=32786379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,23:0.24:97
chr5	32786465	.	C	CT	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,25:0.21:121
chr5	32789852	rs1173756	T	C	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=47;PP=1378;SC=CAGTCAACAATGAGATGAAGG;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=32789860;WS=32789842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	33448962	rs5867190	A	AT	506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=667;SC=AATCTGTTTAATTTGCCTACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=33448970;WS=33448952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	33453368	rs35931457	CT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.708;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr5	33546113	rs11338120	TA	T	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr5	33615904	rs10057235	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=321;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TAGCACACATGTCAGCAGTTT;SOR=0.120;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=22;WE=33615912;WS=33615894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr5	33630839	rs4260678	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=561;SC=AATTAGTAAAAGTCATGATTT;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=33630847;WS=33630829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	33637596	rs4076945	G	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=5;PP=364;SC=TAAGCTTTGTGTGGATCACAG;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=33637604;WS=33637586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	33637891	rs4076946	C	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	33637899	rs4076947	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	33643395	rs10066043	A	T	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=100;SC=TCCCTTAGAGAGAGTTGCCCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=33643403;WS=33643386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	33643617	rs4866409	C	T	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=28;PP=809;SC=TCAAAACCTGCCACAAAGCAT;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=33643625;WS=33643607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	33648842	rs34079160	GTT	G	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=85;SC=TGGATGTTCAGTTATTTCCAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=33648851;WS=33648839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	33648906	rs6870538	G	C	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=181;SC=CCTGCATATAGCCACCAAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=33648914;WS=33648896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	33649220	rs4866353	A	G	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=5;PP=144;SC=TAGGCCCATCATGGGAGTTAT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=33649228;WS=33649210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	33649637	rs4242082	G	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=500;SC=AGGTGAGGGCGTCATGAGACA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=33649645;WS=33649627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	33649807	rs4504387	C	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=20;PP=628;SC=CCGAAGCTGGCAGGGAAGAAC;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=33649815;WS=33649797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	33649905	rs4621563	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=270;SC=AGACAGCCACGTTTGTACAGA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=33649913;WS=33649895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	33684184	.	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=1.312;SC=AGAAGACAATGGTCTAACACT;SOR=1.140;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=4;WE=33684192;WS=33684174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr5	33751389	rs5867210	T	TA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.6964;FS=3.010;HP=10;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.524;NF=7;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=-0.405;SC=ATGAAGATATTAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=33751397;WS=33751379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr5	33751454	rs1530507	A	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=662;SC=TTAATAAAACAACCAAAAGAA;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=33751462;WS=33751444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	33951693	rs16891982	C	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=9;PP=423;SC=AGTTGATGCACAAGCCCCAAC;SOR=1.036;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=33951701;WS=33951683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	33954511	rs2287949	T	C	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=24;PP=673;SC=ACAGGAAGGCTGTCCATCCAA;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=33954519;WS=33954501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	33963731	rs141348470	AAAC	A	814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=612;SC=ACAATTAAAAAAACAACAACA;SOR=1.508;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=14;WE=33963741;WS=33963721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	33964210	rs183671	T	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=400;SC=GTGGGAAAACTCCCTGAAGAC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=33964218;WS=33964200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	33964241	rs6451048	A	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=249;SC=ACCTGGATATAATTGGAAAAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=33964249;WS=33964231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	33969149	.	A	ACT	274.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.32;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr5	33969172	.	G	C	180	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=116;MMLQ=22;MQ=56.83;NF=1;NR=9;PP=180;QD=21.4771212547;SC=CTCTCTCTCTGTGTGTGTGTG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=33969180;WS=33969162;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,10:0.71:14
chr5	33969202	.	G	GTGT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr5	33988535	rs15612	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=0.875;SC=AAACAGGCCCCGAGTTACTGG;SOR=0.283;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=33988543;WS=33988525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr5	34004707	rs10941112	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=352;ReadPosRankSum=1.426;SC=CTGACCCTTGCCAGTGCGTGT;SOR=0.845;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=25;WE=34004715;WS=34004697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr5	34008100	rs3195676	C	T	3392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.075;NF=34;NR=60;PP=1453;ReadPosRankSum=-1.802;SC=GACAGCTCCACGACCGAGATG;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=50;TCR=85;TR=94;WE=34008108;WS=34008090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,156:0.73:214
chr5	34008206	rs3217251	CCGGCGCCACGCCCCCAGCCG	C	1008.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.99;MQRankSum=3.051;QD=22.93;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr5	34033670	rs299594	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=343;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CCATTCAGAATAATCCCAAAT;SOR=0.906;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=19;WE=34033678;WS=34033660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr5	34035609	rs17583316	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	34687911	rs2279604	G	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=14;PP=346;SC=TTGCTTTGCCGTGAATTATAT;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=34687919;WS=34687901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	34688210	rs142375133	CGACAAA	C	2418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=1409;SC=AAAGAGACTTCGACAAAGACA;SOR=0.884;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=25;WE=34688223;WS=34688200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	34716120	rs1867714	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr5	34716124	rs1867715	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.233;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr5	34716270	rs1867716	A	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.179;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr5	34803675	rs66603667	AC	A	272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	34807928	rs6895634	C	T	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=22;PP=977;SC=CCGAAAGTGTCGACAGCTCTG;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=34807936;WS=34807918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	34811137	rs2271522	T	G	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=25;PP=804;SC=TACCGCTGCTTCTTGCTGTAC;SOR=0.796;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=48;WE=34811145;WS=34811127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	34818976	rs3884194	GT	G	679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.372;HP=12;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.380;NF=3;NR=17;PP=296;ReadPosRankSum=-1.131;SC=GGAAGCATCTGTTTTTTTTTT;SOR=0.751;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=20;WE=34818985;WS=34818966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
chr5	34821825	rs10461947	C	T	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=12;PP=557;SC=AAATGGCTTTCTCTTTCCCAA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=34821833;WS=34821815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	34822926	rs7730728	T	C	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=295;SC=GTAGCTGGGATCACAGGCGCC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=34822934;WS=34822916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	34824555	rs1048944	G	T	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=574;SC=GAAAAGATACGCTGAGAGCTC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=34824563;WS=34824545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	34845473	rs336486	C	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=1.108;SC=TTATTCCTTCCGGTTTATGTT;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=34845481;WS=34845463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr5	34863034	rs3906383	A	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.157;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,46:0.40:114
chr5	34863220	rs3846632	G	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=46;SC=ATGCCAGATGGGTCATCTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=34863228;WS=34863210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr5	34935899	.	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=1.239;SC=TACGCTATTTCACCGTTACCT;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=11;WE=34935907;WS=34935889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr5	34945812	rs6868348	A	G	213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	34954588	rs37437	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=2;PP=602;SC=TTAATCTTGATATTAAAACCT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=34954596;WS=34954578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	35003683	rs11426533	C	CT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr5	35026683	rs344513	A	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	35032769	rs237252	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=72;ReadPosRankSum=-1.094;SC=CTCAGGGATGGGTCTGCCTTT;SOR=0.042;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=35032777;WS=35032759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	35033047	rs2291698	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-1.186;SC=CTCATTCTTCCCCCACTTAAG;SOR=1.154;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=10;WE=35033055;WS=35033037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr5	35033526	rs2291701	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
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chr5	35033706	rs2291702	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=41;ReadPosRankSum=1.683;SC=CCTGGTCCACTGAGTAGGACA;SOR=0.818;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=35033714;WS=35033696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	35035579	rs344156	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	35037006	rs171081	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=7;PP=363;SC=ACCTTTTTTTTTCCCCCATAA;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=35037014;WS=35036996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	35039486	rs37370	C	T	916.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=4.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=457;ReadPosRankSum=1.278;SC=CAGGTATCTGCTTCCTTCAGC;SOR=0.162;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=31;WE=35039494;WS=35039476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,41:0.89:46
chr5	35047845	rs40201	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=1.426;SC=CAGCAGCCTTCGGAGCTCAAG;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=35047853;WS=35047835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	35065055	.	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.653;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr5	35069079	.	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=322;ReadPosRankSum=1.912;SC=GTGTTTTCCTCCATTCATATA;SOR=0.811;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=22;WE=35069087;WS=35069069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr5	35700598	rs6451206	T	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=516;ReadPosRankSum=0.226;SC=TTCAATTTAGTGAGATACCTG;SOR=0.279;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=39;WE=35700606;WS=35700588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,57:0.71:80
chr5	35702209	rs35297265	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=-2.670;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	35702212	rs11357084	GA	G	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=-2.268;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	35702306	rs6874120	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GTTGGGTGCAACATGCAGTTC;SOR=1.200;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=16;WE=35702314;WS=35702296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr5	35704584	rs7448971	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	35704892	rs10058349	G	A	87.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GGTAAAAGAAGACTAAGTAGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=35704900;WS=35704882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	35709095	rs13170082	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr5	35709184	rs13170390	G	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.048;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr5	35712780	rs10078803	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=179;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TCAAAGTAAAAACCTGAGCCA;SOR=0.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=35712788;WS=35712770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr5	35713007	rs10073537	T	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=0.408;SC=GATAAAAATATATATAATTAC;SOR=0.467;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=8;WE=35713015;WS=35712997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr5	35727806	.	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.340;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=264;ReadPosRankSum=-1.071;SC=ATCAGGAGGAAAAGTACCAGT;SOR=1.230;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=18;WE=35727814;WS=35727796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,30:0.31:98
chr5	35739960	rs10043875	A	G	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=34;SC=TTCTTTTGACACTATTATTCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=35739968;WS=35739950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr5	35753843	.	C	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.628;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
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chr5	35763877	rs11298650	AG	A	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=599;ReadPosRankSum=0.180;SC=ATATGCTATAAGTGGAAAATT;SOR=1.037;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=16;WE=35763885;WS=35763867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr5	35763895	rs6876874	T	C	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=18;PP=396;SC=ATTGACACAATGCTCTCAAGC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=35763903;WS=35763885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	35763916	rs6895801	A	G	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=16;PP=400;SC=ACTGTAGAAAATTGTACCTTC;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=35763924;WS=35763906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	35764587	rs4869466	G	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=8;PP=616;SC=CACACCATGGGGAAGATACAC;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=35764595;WS=35764577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	35764603	rs4869467	A	G	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=8;PP=683;SC=TACACACAGAATTTAACTCAG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=35764611;WS=35764593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	35764696	rs4242258	C	T	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=38;PP=1376;SC=AAGCCTTCTTCGAGTTTCCAT;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=81;WE=35764704;WS=35764686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	35788511	.	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.879;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr5	35788679	.	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr5	35789039	.	C	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr5	35789164	rs1494576	G	A	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=393;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GTATTATTTTGCTTTTTCAGA;SOR=0.507;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=31;WE=35789172;WS=35789154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr5	35789661	.	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=353;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TGCCTCAGAGGGAAAGAAAAC;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=27;WE=35789669;WS=35789651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,51:0.39:131
chr5	35792356	rs7730148	A	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=233;SC=AGAGAGTTTTAAAATACTCAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=35792364;WS=35792346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	35795738	rs716971	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=0.053;SC=TCAGTCTCTGTGGCTTTTAGA;SOR=0.610;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=11;WE=35795746;WS=35795728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr5	35799994	rs3822735	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=-1.204;SC=GCTCCTGGGGAGATTCTTCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=6;WE=35800002;WS=35799984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr5	35806725	.	T	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=-0.703;SC=AAGTGTGTGATTATGAAATTG;SOR=1.508;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=11;WE=35806733;WS=35806715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	35807070	rs36093359	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.419;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=1.022;SC=TTAAATTATTTTGAAAAAAGT;SOR=0.257;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=13;WE=35807078;WS=35807060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr5	35807455	rs7736291	T	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=345;ReadPosRankSum=-0.753;SC=AAAGAAGCTGTACTCTGCCAG;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=21;WE=35807463;WS=35807445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr5	35857177	rs1353252	G	C	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=34;PP=1098;SC=TCATTTCTAAGTTTTCTTATG;SOR=1.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=55;WE=35857185;WS=35857167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	35857235	rs1494561	C	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=20;PP=601;SC=AGTTCCCTAACAGACCTGAGT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=35857243;WS=35857225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	35857262	rs1353250	A	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=512;SC=CTGGGTTTGAATGCAGTTTGA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=35857270;WS=35857252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	35857308	rs5867289	T	TC	594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=464;SC=TTTTTAATGTTTAACCACCAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=35857316;WS=35857298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	35861068	rs1494558	T	C	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=48;PP=1407;SC=GATGTCAACATCACCAATCTG;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=83;WE=35861076;WS=35861058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	35861152	rs11567705	C	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=0.107;SC=TTCATATGCTCTTTTTAATAG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=12;WE=35861160;WS=35861142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr5	35871114	.	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=220;ReadPosRankSum=0.763;SC=TAATTATTTCCTTGGCTGCCC;SOR=0.776;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=11;WE=35871122;WS=35871104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr5	35871190	rs1494555	G	A	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=20;PP=694;SC=CCTGAGTGTCGTCTATCGGGA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=35871198;WS=35871180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	35874575	rs6897932	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,52:0.39:134
chr5	35875593	rs987106	A	T	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	35876274	rs3194051	A	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=419;ReadPosRankSum=0.171;SC=GGATGTAGTCATCACTCCAGA;SOR=0.472;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=32;WE=35876282;WS=35876264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr5	35904614	rs1833907	G	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
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chr5	35910529	rs1445898	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=-0.246;SC=ATCAAACCTCCGGAAAAGTTC;SOR=1.257;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=21;WE=35910537;WS=35910519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr5	35921069	rs6859892	T	C	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=48;PP=1811;SC=TCCCTGCCACTTGTAGCTGGG;SOR=0.762;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=89;WE=35921077;WS=35921059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	35921266	rs3734107	G	A	266.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=0.294;SC=AGGCCTCGCCGCTGCCTCTGG;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=35921274;WS=35921256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr5	35955689	.	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=-0.788;SC=ACACAGTATCCCTTGTGTTTT;SOR=0.148;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=7;WE=35955697;WS=35955679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr5	35962873	rs76212882	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=309;ReadPosRankSum=0.558;SC=ACCTTTGTTCCGAGGGCTAGG;SOR=0.931;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=22;WE=35962881;WS=35962863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr5	35962933	.	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=442;ReadPosRankSum=0.979;SC=CAGTGGTTCAGGATACACAGG;SOR=0.691;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=30;WE=35962941;WS=35962923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
chr5	35962984	rs1070895	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=240;ReadPosRankSum=1.357;SC=GGTCAAAGCCATCTCAGTGGT;SOR=0.960;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=22;WE=35962992;WS=35962974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr5	35991315	.	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=432;ReadPosRankSum=0.527;SC=AGGAAGGCCACTAGAAGCAGC;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=72;TCR=68;TR=40;WE=35991323;WS=35991305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,70:0.25:282
chr5	36037778	rs2247611	G	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=455;SC=CCCATGTCCTGGAAAATACAG;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=36037786;WS=36037768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	36051834	rs72303780	ATCCG	A	146.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=0.115;SC=CAATCCATCCATCCGTCCATC;SOR=1.075;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=36051846;WS=36051824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	36051838	rs2591712	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=0.689;SC=CCATCCATCCGTCCATCCATC;SOR=0.418;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=36051846;WS=36051824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr5	36111167	rs43189	A	T	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=101;SC=AGATTAAAAAATATTCACAAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=36111175;WS=36111157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	36123065	.	T	TA	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr5	36124294	.	T	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.543;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr5	36136675	rs267758	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=423;ReadPosRankSum=-1.534;SC=AGATAAAATGCGACTGCATAA;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=13;TCR=63;TR=29;WE=36136683;WS=36136665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr5	36137620	rs267759	A	G	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=98;SC=CCAGAAATATATGAATCTCAA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=36137628;WS=36137610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	36141386	rs13156321	T	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=1.499;SC=GTGGCCAAGTTAATTTACATT;SOR=2.267;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=9;WE=36141394;WS=36141376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr5	36142589	rs267764	T	A	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr5	36142648	rs12658867	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=0.702;SC=TAATGTTGCTATTCTCAGGAG;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=16;WE=36142656;WS=36142638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,31:0.29:108
chr5	36143392	rs267766	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=240;ReadPosRankSum=1.130;SC=ATCGATGAAGCAGAAATAATG;SOR=0.589;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=25;WE=36143400;WS=36143382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr5	36147806	rs10071838	C	T	128.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr5	36168582	rs7736391	T	C	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=488;SC=CAAAGGCAGTTGATTTTATGT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=36168590;WS=36168572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	36170607	.	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=371;ReadPosRankSum=0.977;SC=TCCCTCACATCTGTATAAAAT;SOR=1.234;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=22;WE=36170615;WS=36170597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr5	36176874	rs40030	G	A	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=129;SC=TTTCTTTTTCGGATGATTCTC;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=36176882;WS=36176864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	36201336	rs7705396	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=268;SC=GAATAACCTACTTAAAATATA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=36201344;WS=36201326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	36207424	rs2303163	G	T	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=52;PP=1390;SC=GTAAATAAGAGAGTCTTCTTC;SOR=1.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=36207432;WS=36207414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	36217764	rs111441491	G	GTTAATCA	1765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=6;PP=1492;SC=CTAAAAACAAGTAAATTATTA;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=36217772;WS=36217754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	36217997	rs3761973	T	A	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=46;PP=1489;SC=CTTAGAAAAATGAAGAAAAGG;SOR=1.306;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=68;WE=36218005;WS=36217986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	36241955	rs74717771	T	C	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=18;PP=561;SC=CTCAGCTCCCTACCGCCGGGA;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=36241963;WS=36241945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	36241988	rs34888491	G	C	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=311;SC=CGCGCCGCCCGGGCCTCTAAC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=36241996;WS=36241978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	36251342	.	T	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-0.393;SC=TTAAAAAATCTACCTAATATA;SOR=0.892;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=8;WE=36251350;WS=36251332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr5	36253937	rs4869473	G	A	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=46;PP=1378;SC=CAGTTGACACGGAGGAATTTA;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=73;WE=36253945;WS=36253927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	36260976	rs6881086	T	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=243;SC=TCTAAGAAAATGAAATAAGCA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=36260984;WS=36260966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	36262256	rs2362977	G	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=115;SC=CTATGTTTAAGTACTGCCTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=36262264;WS=36262246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	36268218	rs6869599	A	G	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=9;PP=688;SC=TGATCGCTAAAAAAGAAAAGT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=36268226;WS=36268208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	36269551	rs1035480	G	C	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	36271491	rs5867310	CT	C	162.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=64;SC=TATTTGAAGACTTTTTTTTTT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=36271499;WS=36271481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	36301362	rs10941287	T	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=1.625;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr5	36301369	rs884692	T	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.30;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	36301374	rs884693	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr5	36301420	rs884694	G	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=9;PP=723;SC=TGAGCTGGACGGACTCACCTT;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=36301428;WS=36301410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	36613053	rs7728680	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=15;PP=383;SC=CTGAAAGCCCACTGGTGAGAC;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=36613061;WS=36613043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	36629529	rs78316512	CT	C	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr5	36683801	rs56038114	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=3;PP=146;SC=CAGAGTGAGATACTGTTTCAA;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=36683817;WS=36683791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	36683809	rs11284736	CA	C	332.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.27;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	36683903	rs56039629	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=8;PP=598;SC=TATTTTGCAGCGTATATGCTC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=36683911;WS=36683893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	37115000	.	C	CA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	37142620	.	T	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=-1.841;SC=AATAAAATAGTAGAGGAAAAA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=37142628;WS=37142610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	37181077	.	TCTGACACCCAGTGTCACGATTCTCTACCATCTAAAGCAAACCATTTAAAGTATTTAGTATTTATTG	T	1582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=2.030;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr5	37196118	.	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr5	37242941	rs376022376	TA	T	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-1.586;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr5	37247700	rs6876576	G	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=10;PP=427;SC=CTGGTATTGCGTGAATAAAGA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=37247708;WS=37247690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	37292319	.	AT	A	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	37364443	rs217852	C	T	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=28;PP=763;SC=CAGGTCCTTGCAAAGGATAAT;SOR=1.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=37364451;WS=37364433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	37392279	.	G	GT	74.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.605;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr5	37605048	rs1400853	A	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	37605122	rs150300664	CT	C	109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	37687843	rs35188065	AT	A	430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.452;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr5	37688010	rs4371784	A	G	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=32;PP=1011;SC=TTTCTTCTCCAGAGCAACAAG;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=37688018;WS=37688000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	37688094	rs6451337	C	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=698;SC=ATCCACTGGACTCTATAACTT;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=34;WE=37688102;WS=37688084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	37724990	rs7444391	G	A	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	37752460	rs1549251	T	C	63.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	37752497	rs2973079	A	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=281;SC=TATTCCCCACATTTGCTCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=37752505;WS=37752487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	38258707	rs2561096	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=177;ReadPosRankSum=0.266;SC=TCTTGGAACTACCCGTGTTTC;SOR=0.307;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=12;WE=38258715;WS=38258697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr5	38305547	rs2451018	G	A	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=33;PP=1241;SC=GGTGTTGGAGGATGACTGTCA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=71;WE=38305555;WS=38305537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	38339008	.	GG	AA	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=608;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TAGTCCTTTAGGATTTCCAAA;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=17;WE=38339017;WS=38338998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr5	38370256	rs16903957	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=-1.000;SC=AAATCAGGATTACTTTCAGAT;SOR=3.076;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=8;WE=38370264;WS=38370246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr5	38370537	rs1465567	T	C	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=30;PP=672;SC=CCCCCGCAGCTGGCCCAGTGA;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=38370545;WS=38370527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	38406978	.	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=377;ReadPosRankSum=0.142;SC=ATTTTTGGTGGAAAGCAAGAA;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=33;WE=38406986;WS=38406968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,52:0.37:139
chr5	38408093	rs60540056	C	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr5	38425008	rs3812046	G	A	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=12;PP=605;SC=TGGGGTCAGCGCCACTGTGTT;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=38425016;WS=38424998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	38427006	.	T	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=0.949;SC=CTGCTGGGAATTGTAGTTTAG;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=4;WE=38427014;WS=38426996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	38435130	rs2956598	T	G	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=212;SC=GATGGGTCTCTAGGCTCTGTC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=38435138;WS=38435120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	38451410	.	C	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=190;ReadPosRankSum=0.643;SC=TTGTGTATTTCCTCCAGGGTG;SOR=0.740;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=20;WE=38451418;WS=38451400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,37:0.34:109
chr5	38482504	rs2256595	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=0.598;SC=GTTATTAATACTTGTGGGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=38482512;WS=38482503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	38510481	rs34968906	AC	A	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=0.489;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	38512154	rs1037033	T	C	215.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ATAGATTCCATACAATCATCA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=38512162;WS=38512144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr5	38527228	rs2289779	T	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=-2.123;SC=TGACTTACTTTAAAATTGAGT;SOR=0.399;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=9;WE=38527236;WS=38527218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr5	38528951	rs34759137	GAC	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.496;NF=0;NR=15;PP=258;ReadPosRankSum=-1.928;SC=CCCTGGAGGAGACACACACAC;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=38528988;WS=38528941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr5	38528971	.	CACACACACAG	C	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.003;QD=18.74;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr5	38530485	rs11293177	CA	C	53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=52;SC=AAAAAGATGACAAAAAAAATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=38530493;WS=38530475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	38820695	rs446650	G	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=25.34;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	38820802	rs542867	A	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=31.22;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	38820823	rs113106049	C	CAT	281.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.78;NF=0;NR=5;PP=199;SC=TGAATATACACATATGTATAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=38820831;WS=38820813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	38820839	rs640966	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=TATACCTATGCATATATGAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=38820847;WS=38820829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	38822040	rs413278	A	G	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=47;SC=CGTGGCATTCACAGGCCGGTG;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=38822048;WS=38822030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	38823254	rs369886	C	T	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=17;PP=710;SC=TAAGTGTGTACATGTATACAT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=38823262;WS=38823244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	38823318	rs142353288	G	GTGCA	3684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=25;PP=1438;SC=GTGTATACGTGTACATACATG;SOR=0.718;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=34;WE=38823326;WS=38823308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	38823344	.	A	ACGTGCATACATACATGGGTACGTGTGTATACG	4021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.35;MQRankSum=-0.330;QD=51.56;ReadPosRankSum=1.787;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr5	38823377	.	C	CGTGCATACATACCTGGGTACGTGTGTATACGT	2520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.01;MQRankSum=-1.642;QD=39.39;ReadPosRankSum=1.809;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,56:0.88:64
chr5	38876573	rs357271	T	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=383;SC=GTTTTGGAAATATATTAGCAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=38876581;WS=38876563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	38881628	rs525735	G	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=0.405;SC=TTTGGGATAAGTCAAGTCAAG;SOR=0.283;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=38881636;WS=38881618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	38903923	rs11949864	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=0.017;SC=AACTGCCTATTACCAATGTCT;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=38903931;WS=38903913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr5	38904363	rs1239334	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr5	38919158	rs10941412	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=667;ReadPosRankSum=-1.425;SC=TGCAGACCCCGAAAACAGTGA;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=47;WE=38919166;WS=38919148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,61:0.37:164
chr5	38923171	.	T	C	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=25;QD=19.9237375157;SC=AGCCAACGTGTCATGCCTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=38923179;WS=38923161;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,3:0.30:10
chr5	38931919	rs357277	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr5	38932190	.	G	A	465.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=1.413;SC=AAGAACAAAGGAGGCTGGGGT;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=16;WE=38932198;WS=38932180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr5	38932466	rs357278	A	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=213;ReadPosRankSum=0.659;SC=ATAAGTTACAACGCAAGGATT;SOR=0.801;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=16;WE=38932474;WS=38932456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr5	38942554	rs200385182	A	AT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=8.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
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chr5	38950776	rs2115949	G	A	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=30;PP=802;SC=GGAAAAATGTGCTAGTAGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=38950784;WS=38950766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	38953665	rs33912683	G	GA	345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=184;SC=TCTGGAGAAAGAAAAAAAAAT;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=38953673;WS=38953655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	38954994	rs9292726	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=199;SC=ACTATATCTCTTGGCTAATTT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=38955002;WS=38954984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	38955796	rs2043112	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=332;ReadPosRankSum=-0.005;SC=AACATATTTGGAGTTGTATTC;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=25;WE=38955804;WS=38955786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr5	38958750	rs6868087	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=0.382;SC=GTATTAAATTATAAAAAATGA;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=9;WE=38958758;WS=38958740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr5	38958968	rs6868591	A	C	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	38959794	rs2115946	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=5;PP=185;SC=ACCAAACACATGTACACAGAA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=38959802;WS=38959784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	38962543	rs7729745	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	38971912	rs7732615	T	A	231.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.07;ReadPosRankSum=1.780;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr5	38990957	.	T	TATGAGATATATGATATATATATGATAG	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.83;QD=75.96;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	39021369	rs13177690	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5065;FS=3.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CCCCAAATCTGTTAATTTAAA;SOR=1.492;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=39021377;WS=39021359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	39074296	rs2303808	G	C	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=674;ReadPosRankSum=0.951;SC=AATTAGGATTGGCTCGCAGGC;SOR=0.664;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=175;TCF=84;TCR=91;TR=61;WE=39074304;WS=39074286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,106:0.36:297
chr5	39108322	rs430630	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr5	39119723	rs379707	C	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=1.837;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr5	39124508	rs2303807	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=242;ReadPosRankSum=0.636;SC=TGTTGACCATCATTTCTTTCT;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=17;WE=39124516;WS=39124498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr5	39124593	rs2303806	A	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.674;SC=TGAACCCCAAATGTTTGCCAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=39124601;WS=39124583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	39134295	rs4957318	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=321;ReadPosRankSum=0.937;SC=TTCTACAATACGTACTTGCAC;SOR=0.840;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=19;WE=39134303;WS=39134285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr5	39341445	.	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.394;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=312;ReadPosRankSum=0.764;SC=CAAATTTTCTCTTTCTTTCTG;SOR=0.327;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=30;WE=39341453;WS=39341435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr5	39342308	rs476569	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	39375082	rs2686162	C	T	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=9;PP=475;SC=TCACAAAAACCCCTGAGACAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=39375090;WS=39375072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	39377418	rs2738238	G	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=203;SC=CTTATCAGGAGTCAAGCTTGA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=39377426;WS=39377408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr5	39390121	rs34356831	A	AT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.589;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.309;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr5	40772071	rs837103	C	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=11;PP=267;SC=AAAATCTTCCCAATGAACTTC;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=40772079;WS=40772061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	40777531	rs144157386	T	TTA	1492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=868;ReadPosRankSum=0.713;SC=CTATATTTAATATAAACAGAG;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=20;WE=40777539;WS=40777521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
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chr5	40835381	.	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=334;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CACTTCCTGCGGGGCGCGGTG;SOR=0.695;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=26;WE=40835389;WS=40835371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,29:0.28:103
chr5	40852451	rs188934	C	G	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=45;PP=1774;SC=GAGATGTGACCGCTAGGGATT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=102;WE=40852459;WS=40852441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	40860097	rs147659275	C	A	251.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.00;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
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chr5	40928574	rs2443040	A	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=1.282;SC=ATTGAGAAATAATAACATCAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=40928582;WS=40928564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	40928792	rs2459467	T	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr5	40958073	.	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=194;ReadPosRankSum=1.150;SC=GCCTAAACATGAAAAGCAAAA;SOR=0.264;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=14;WE=40958081;WS=40958063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr5	40964885	rs60714178	A	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr5	40972017	rs11747673	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CCTATGAATAATCACTGCTCT;SOR=0.743;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=40972025;WS=40972007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr5	40972111	rs10805655	C	T	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=25;PP=1041;SC=TAATTTCAGACGGCAAAATAT;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=40972119;WS=40972101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	40980086	rs1450664	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=0.724;SC=ATGTGGTTTCTAGTTTAGCAG;SOR=1.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=5;WE=40980094;WS=40980076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr5	40981689	rs1061429	C	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=184;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CCTGGAGGCCCTGGTCAGCTT;SOR=1.545;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=13;WE=40981697;WS=40981679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr5	40998172	.	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=0.988;SC=GAATGCTTGTCTCTTTACACC;SOR=0.723;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=16;WE=40998180;WS=40998162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr5	40998196	rs704040	T	C	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=678;ReadPosRankSum=0.273;SC=TCAGGAGGGTTTGCAAAGCAG;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=39;WE=40998204;WS=40998186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr5	40998235	rs722575	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
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chr5	40998851	rs2329435	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=1.654;SC=TAGCAGGTTAGACTCTGCACC;SOR=0.756;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=17;WE=40998859;WS=40998841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr5	41000243	rs1376177	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	41000343	rs1001420	G	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=5;PP=393;SC=AGAATTGCCTGTAGAAATCCC;SOR=1.236;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=41000351;WS=41000333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	41000504	.	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr5	41000512	.	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=6;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TTCCAGAAGGGAAAAAATGCT;SOR=0.838;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=37;WE=41000520;WS=41000494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr5	41001023	rs2167229	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=12;PP=256;SC=CACCCTTCCCGCTTCAGCAAA;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=41001031;WS=41001013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	41004396	rs7712140	G	T	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.64;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	41004396	.	GTTTCTGTTCA	TTTTCTGTTCA,TTTTCTGTTCT	320	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=23,13;NR=5,0;PP=203,320;QD=8.49182901954;SC=ACCTAAACCTGTTTCTGTTCA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28,13;WE=41004414;WS=41004386;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:29
chr5	41004406	rs7711722	A	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr5	41004507	.	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=0.950;SC=CTCACGTCTCGGTCTGTCAGC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=29;WE=41004515;WS=41004497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,33:0.35:94
chr5	41004807	rs2305314	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=181;SC=AACAACTAGGCGTGGGTTATT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=41004815;WS=41004797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	41005791	rs10941529	T	C	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	41005896	.	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=0.045;SC=ACTTTGGGAGGCCGAGGCAGG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=41005904;WS=41005886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr5	41008780	rs2271704	A	G	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr5	41008818	.	G	A	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=738;ReadPosRankSum=0.886;SC=CCAGCTTCAGGAGGAGAGTGA;SOR=0.713;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=50;WE=41008826;WS=41008808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,79:0.69:114
chr5	41009025	.	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr5	41010093	.	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=358;ReadPosRankSum=0.321;SC=GGCTATCTGGGAGATGGCTTC;SOR=0.633;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=26;WE=41010101;WS=41010083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr5	41012615	rs6876879	AA	GC	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=608;ReadPosRankSum=-0.341;SC=ACAAACAGAGAAAGTGGCTGA;SOR=0.503;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=18;WE=41012624;WS=41012605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr5	41012709	.	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=0.747;SC=CAGCTCCCTGCTGCTTCAGGA;SOR=0.800;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=21;WE=41012717;WS=41012699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,33:0.32:104
chr5	41018615	.	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=0.553;SC=GTCTCTGCCTCTTTTGTAACA;SOR=0.577;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=10;WE=41018623;WS=41018605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr5	41019229	rs896118	A	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-1.471;SC=CTAACGTGTCACATTTTCTGA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=41019237;WS=41019219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr5	41032998	rs325831	A	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=23;PP=862;SC=CAACCTCATCAGACCATTGGG;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=41033006;WS=41032988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	41033112	rs4957367	G	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=712;ReadPosRankSum=-1.881;SC=GAATACTCAGGGCCTTTCTTA;SOR=0.393;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=47;WE=41033120;WS=41033102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,72:0.61:118
chr5	41033909	rs143823987	ATCTATCTATCTATC	A	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.34;MQRankSum=3.374;QD=21.67;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr5	41033931	.	C	CTATCTATT	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.93;MQRankSum=-3.518;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr5	41034181	rs325833	A	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=546;SC=TCCCCCAGGTAAGTCATGAGT;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=41034189;WS=41034171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	41039000	rs325849	A	G	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	41039015	.	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr5	41042284	rs325854	G	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=12;PP=289;SC=ATGCTAAGGTGGTTCCCAAGG;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=41042292;WS=41042274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	41045730	rs11297360	CT	C	373.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr5	41045768	rs325860	G	A	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=10;PP=729;SC=CTTTGATTGTGATACAGACAA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=41045776;WS=41045758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	41045835	rs6864243	C	G	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=666;ReadPosRankSum=0.794;SC=TTCCCCTCAGCTGAAAAACCA;SOR=0.848;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=49;WE=41045843;WS=41045825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,75:0.58:129
chr5	41048388	rs325861	T	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TTTATGTTCTTGCCCCCTGGG;SOR=0.502;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=12;WE=41048396;WS=41048378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr5	41048533	rs13173930	C	T	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1104;ReadPosRankSum=0.312;SC=ACCAGCCCCACGTAACTCCCC;SOR=0.633;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=83;WE=41048541;WS=41048523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,124:0.57:219
chr5	41049389	rs325863	T	C	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	41049397	rs325864	C	T	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.92;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	41050999	rs325866	C	T	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=457;SC=GGAGAACAAACTCATGTCTTT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=41051007;WS=41050989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	41052780	.	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=231;ReadPosRankSum=1.297;SC=AAGGATAATTAAGTGGGAACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=41052788;WS=41052770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr5	41054934	rs325874	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=-0.406;SC=TGATCCCTCAACCTGGGCTCT;SOR=0.822;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=25;WE=41054942;WS=41054924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr5	41057562	rs618334	T	C	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=219;SC=AAAACAAGCTTCTCATCTTCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=41057570;WS=41057552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	41061716	rs865093	A	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	41061871	rs587412	T	C	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=28;PP=633;SC=AATATAAGGATGGGGCAGACG;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=41061879;WS=41061861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	41065578	.	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=1.033;SC=CTAGCATTCTGATTTCTCTGA;SOR=0.486;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=15;WE=41065586;WS=41065568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr5	41069734	rs10512757	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr5	41069765	.	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=-0.216;SC=CTGAAAAAGGGAAAAAGATTT;SOR=0.223;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=41069773;WS=41069755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	41069852	rs13174484	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.541;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr5	41069944	.	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.876;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr5	41069952	rs35526955	CCTCT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=262;ReadPosRankSum=2.369;SC=ATTCATTTATCCTCTCTCTCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=41069963;WS=41069942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr5	41070840	rs1423391	C	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=806;ReadPosRankSum=-1.339;SC=AATGACGCGCCACTCCCAGCC;SOR=0.900;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=59;WE=41070848;WS=41070830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,88:0.61:145
chr5	41071057	.	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=293;ReadPosRankSum=-0.594;SC=ATATAAGGTTCACATAAGCCT;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=17;WE=41071065;WS=41071047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr5	41154150	rs4957374	A	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.030;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=347;ReadPosRankSum=-2.048;SC=GAATAAACAAAAAATTTAGGC;SOR=1.404;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=18;WE=41154158;WS=41154140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr5	41158671	rs10075985	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=0.470;SC=TTAAAGTCAATAGGAGATTAT;SOR=0.307;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=8;WE=41158679;WS=41158661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr5	41158863	rs6866352	G	A	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	41162051	.	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=341;ReadPosRankSum=1.001;SC=TGTACAGAAGGGAGAAGTAGA;SOR=1.329;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=18;WE=41162059;WS=41162041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr5	41176518	.	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr5	41199959	rs1801033	G	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=-1.588;SC=TACCAGAGGCGCAGTGCATGG;SOR=0.412;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=15;WE=41199967;WS=41199949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr5	41201498	.	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=235;ReadPosRankSum=0.632;SC=ACCCCCTCTTCCCCCCACAAA;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=14;WE=41201506;WS=41201488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr5	41203360	.	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-1.822;SC=GCCCTAAAATGAAAGAATACA;SOR=0.758;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=8;WE=41203368;WS=41203350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr5	41381987	.	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-1.658;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr5	41382681	rs319013	G	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr5	41382691	rs545358	C	A	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=625;ReadPosRankSum=-0.701;SC=GCCCTTCCCACCTTCTTTCCC;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=51;WE=41382699;WS=41382671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr5	41475766	rs318039	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=563;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CAGGCGCCACCTGTGGCTGTC;SOR=0.789;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=40;WE=41475774;WS=41475756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,64:0.43:150
chr5	41739684	rs33967331	G	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=23;PP=739;SC=CAAGTTCGACGAGGTCGGGTG;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=41739692;WS=41739674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	41803415	rs34569700	C	T	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=4;PP=68;SC=TCACCCATGGCGCATTATTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=41803423;WS=41803405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	41805575	rs16871955	G	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=8;PP=478;SC=CCATAGACTAGAGATGACTCA;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=41805583;WS=41805565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	41842746	rs13164201	T	C	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=19;PP=924;SC=GTTGCTGATATGCACGAGTGT;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=41842754;WS=41842736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	41843797	rs4957430	C	T	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	41909830	rs35921233	CT	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr5	41927423	rs277414	A	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=205;SC=ATCCAAGTTAATCCTGACCCT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=41927431;WS=41927413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr5	42646260	rs11415813	C	CT	307.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=255;ReadPosRankSum=-0.951;SC=TTTTACTAAACTTTTAGAACA;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=8;WE=42646268;WS=42646250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr5	42695270	.	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-1.219;SC=CAAGTATAATCAAGTAGGAAG;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=42695278;WS=42695260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
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chr5	42713472	rs33972388	TG	T	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=2.609;SC=GAAAGGGAAATGTAAACTGTG;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=2;WE=42713480;WS=42713462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr5	42719239	rs6180	A	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=375;ReadPosRankSum=-0.270;SC=CAAAAAGTGCATCCCTGTGGC;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=29;WE=42719247;WS=42719229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,37:0.32:115
chr5	42719254	.	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=382;ReadPosRankSum=1.227;SC=TGTGGCTCCTCACATCAAGGT;SOR=0.746;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=30;WE=42719262;WS=42719244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,37:0.31:119
chr5	42762717	.	A	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-1.244;SC=ACAGTGATTAATATTACACCA;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=42762725;WS=42762707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr5	42769844	rs1109882	G	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.262;SC=GTTTTTACATGGTTGATAATA;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=42769852;WS=42769834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	42779562	.	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr5	42779686	.	G	GAA	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=0.929;SC=TTCAAATTAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.368;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=42779694;WS=42779676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr5	42779736	rs1423656	T	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.330;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr5	42799719	rs4041462	T	TTTA	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=207;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TGTACTAAATTTTATTTCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=42799727;WS=42799709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr5	42800724	rs6413428	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=1.242;SC=GCACAAATCTAATTTCTATTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=42800732;WS=42800714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	42801040	.	C	T	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=1093;ReadPosRankSum=0.059;SC=CCTGTTTTTTCAAATATCAGA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=76;WE=42801048;WS=42801030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,123:0.68:182
chr5	42801268	rs3877899	C	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=665;ReadPosRankSum=-1.275;SC=TGAGTAGGAGCATTTGGTGCT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=48;WE=42801276;WS=42801258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,70:0.56:125
chr5	42804895	rs202162289	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,41:0.40:103
chr5	42804988	.	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-1.542;SC=AAGACCCTTTCACGCCTTTAC;SOR=0.836;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=42804996;WS=42804978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr5	42807080	rs28919895	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TGATAAACAGGAATATGCTCT;SOR=0.914;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=42807088;WS=42807070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr5	43039793	rs1054428	T	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=564;ReadPosRankSum=3.069;SC=GGGAAGCTGCTGGAGCCTGAG;SOR=0.558;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=51;WE=43039801;WS=43039783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,77:0.41:186
chr5	43066774	rs316408	T	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=760;SC=ATGGCGGTGCTGGGACCCTAA;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=43066782;WS=43066764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	43122348	rs60096743	CTT	C	33.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	43161317	rs55714804	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GATCTTCTTATAGATTTTTTA;SOR=0.124;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=8;WE=43161325;WS=43161307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr5	43161351	rs71627581	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=252;ReadPosRankSum=-1.191;SC=TGTATTTCAGGAACAAAGAAA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=18;WE=43161359;WS=43161341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr5	43245922	rs13176855	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=285;ReadPosRankSum=0.442;SC=TGAACCCCCACTATGCCCGGT;SOR=0.963;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=19;WE=43245930;WS=43245912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr5	43280276	.	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=431;ReadPosRankSum=0.173;SC=GCATTTACGTGGATATCTGGG;SOR=0.664;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=30;WE=43280284;WS=43280266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,44:0.40:109
chr5	43292483	rs113830463	C	CTTACTATGAA	681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=2974;SC=TCCCAGAGCCCTTACTCTTCT;SOR=2.303;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=11;WE=43292491;WS=43292473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	43292908	rs55794239	C	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=215;SC=ATGATATCAGCCCTCCAAATG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=43292916;WS=43292898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	43294357	rs138459217	TAAGTAA	T	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=783;SC=ATTTAGGCTATAAGTAAAAGT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=15;WE=43294370;WS=43294347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	43297032	rs3733768	C	T	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=7;PP=682;SC=AAGTAGTTGCCTACCAAAGAT;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=43297040;WS=43297022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	43297144	rs3733769	A	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=39;PP=1400;SC=AGTAGACAGAATAGCAGCGGT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=79;WE=43297152;WS=43297134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	43298557	rs35239179	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=257;SC=AAAGTGTCATCTGGGTCTATT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=43298565;WS=43298547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	43492265	rs6876588	T	C	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=128;SC=GCTTATTCTCTGTTAGTTAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=43492273;WS=43492255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	43492978	rs10039298	G	A	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	43493592	rs7732089	T	C	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=2;PP=26;SC=AGTATGGATATAAACAATAAA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=43493600;WS=43493582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	43494636	.	CC	TT	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.65;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr5	43509348	rs6872851	T	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=25.75;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	43509462	rs11415989	T	TC	1031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=18;PP=834;SC=GGATAAGATATCTTCTAAGTC;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=43509470;WS=43509452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	43527673	rs4318791	C	G	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=100;SC=CCTAGACTGACTTATAATAGA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=43527681;WS=43527663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	43533963	rs114943096	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=0.904;SC=ACAATAATGAAGCATGGCTGA;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=43533971;WS=43533953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr5	43533992	rs11741521	A	G	144.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=23;SC=GTCTGCACCTAATAATGCAAG;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=43534000;WS=43533982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	43704542	rs55984047	C	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=-0.303;SC=ATAATGCCACCTCTGCAGTTT;SOR=0.450;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=21;WE=43704550;WS=43704532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr5	44305309	rs2290070	C	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=457;ReadPosRankSum=-0.358;SC=AAAGGAAAAACAGAATCTTTT;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=28;WE=44305317;WS=44305299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr5	44310492	rs6881797	A	T	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.723;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=605;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GTAATGGTTTACTGGAGTGGA;SOR=1.124;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=38;WE=44310500;WS=44310482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,58:0.75:77
chr5	45262845	.	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=225;ReadPosRankSum=-0.561;SC=TTTCGTTCTCCTGATTGTTGA;SOR=1.182;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=20;WE=45262853;WS=45262835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr5	45267335	.	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=249;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GTACGACGTCCTTTGGTCAGC;SOR=1.149;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=20;WE=45267343;WS=45267325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,39:0.39:101
chr5	45645772	.	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=0.674;SC=TCCCCCCCATGAAAAATTATT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=45645780;WS=45645762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr5	49695048	rs4030567	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.274;NF=17;NR=11;PP=370;ReadPosRankSum=-2.052;SC=GAAGGATAAACAAAGCTGAAA;SOR=0.671;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=28;WE=49695056;WS=49695038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr5	49698180	rs13172025	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.585;NF=12;NR=14;PP=376;ReadPosRankSum=-2.587;SC=GAATTTGACTGTGAAGTTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=26;WE=49698188;WS=49698170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr5	49698986	rs13154223	C	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-0.840;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.698;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr5	49701519	rs34041280	CTGT	C	1317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.774;NF=8;NR=9;PP=708;ReadPosRankSum=-1.135;SC=TAAATGTTTTCTGTTGTTGTT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=17;WE=49701529;WS=49701509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr5	49701755	rs2271236	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.715;NF=5;NR=12;PP=288;ReadPosRankSum=0.303;SC=TAAATGTGCAAATATTGTCTC;SOR=0.307;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=17;WE=49701763;WS=49701745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr5	49724000	.	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=200;ReadPosRankSum=-1.487;SC=TGTTATGACTCTCCAAGGAAA;SOR=0.362;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=16;WE=49724008;WS=49723990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr5	49963235	rs62366937	C	T	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	50040778	rs282561	T	C	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=54;SC=TTAAGCTTTGTTCTTTCCACG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=50040786;WS=50040768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	50045967	rs2442107	G	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=8;PP=322;SC=AGCCTTTTTTGTTTGTTTGTT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=50045975;WS=50045957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	50046053	rs201907652	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr5	50046139	rs282553	A	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=161;SC=TGGTAGAGGAAGCCTTAAAGC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=50046147;WS=50046129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	50052800	rs282551	T	C	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=105;SC=GCATAACGTCTTCCATGTTCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=50052808;WS=50052795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	50052888	rs282550	C	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=516;SC=TGTGTACCTCCGTTTCTTTAT;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=50052896;WS=50052878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	50052920	rs114669824	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=398;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TTGATGAACACTTAGAACTTA;SOR=0.900;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=25;WE=50052928;WS=50052910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr5	50053015	rs282549	G	A	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	50057729	rs282547	G	A	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=341;SC=ATTACGGAGGGCAGGTAAGGA;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=50057737;WS=50057719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	50130754	.	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=-1.291;SC=ATTTTATTTTCCACTTAACAG;SOR=0.768;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=25;WE=50130762;WS=50130744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,45:0.32:140
chr5	50679341	.	C	T	81.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5102;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=1.383;SC=AATTGGACTCCTAGATCCGCG;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=50679349;WS=50679333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr5	50683655	rs2288468	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-0.694;SC=CCACAACAACTATGGTAGCTA;SOR=0.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=50683663;WS=50683645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr5	50685505	rs2303751	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=96;ReadPosRankSum=-0.397;SC=CCAGGCAGCCAGCCCTGCGGC;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=12;WE=50685513;WS=50685495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr5	52084365	rs10067659	G	C	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=481;SC=ATCCACTTTCGGGCATTCCAG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=52084373;WS=52084355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	52084441	rs2897351	C	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=7;PP=183;SC=AATTAGTTTTCGTGTCTCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=52084449;WS=52084431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	52096889	rs1499280	C	A	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=42;PP=1540;SC=CTGCGACTACCTGTTTCAACA;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=52096897;WS=52096879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	52097764	rs11886	T	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=15;PP=384;SC=GCTGCAAGAATGGCACTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=52097772;WS=52097754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	52157374	rs2447867	T	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=15;PP=469;SC=CATTACCTTGTGTAAAGTTGG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=52157382;WS=52157364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	52193237	rs870992	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=170;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TCAGTAGTGCATGAAAAGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=15;WE=52193245;WS=52193227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr5	52193287	rs1531545	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=433;ReadPosRankSum=1.011;SC=ATGTTATAGCCACAGCTGACC;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=26;WE=52193295;WS=52193277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr5	52193414	rs377107895	C	CA	3524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=45;PP=2079;SC=CTTCCCTTCCCAAACCAACAT;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=48;WE=52193422;WS=52193404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	52193518	rs17829997	A	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=0.338;SC=GGAAAATATCATTTCACAAGC;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=13;WE=52193526;WS=52193508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr5	52201508	rs62357156	T	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=174;ReadPosRankSum=0.428;SC=AAAATGATTATCTTGGCCATT;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=13;WE=52201516;WS=52201498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr5	52204943	rs1478441	C	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=229;SC=TAATAAATTCCAATTTTTCAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=52204951;WS=52204933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	52218600	.	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,51:0.30:168
chr5	52223350	rs923837	A	G	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=37;PP=1362;SC=GAAAATTCTGAAAGAACACGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=52223358;WS=52223340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	52235802	rs1904165	T	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=285;SC=TCTATGCACTTATTGAATAAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=52235810;WS=52235792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	52235853	rs9637769	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=4;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=161;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ATGCAAGGCACTGTGCTGCTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=52235862;WS=52235843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	52235854	rs2447874	T	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=4;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=0.566;SC=TGCAAGGCACTGTGCTGCTTT;SOR=0.086;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=52235862;WS=52235843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	52243059	rs3764924	A	G	228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=0;PP=181;SC=ATGTTTTCTCATTATATAGTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=52243067;WS=52243049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	52243307	.	C	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
chr5	52243361	rs3764923	A	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=-1.149;SC=AAGCTCTGATATATTCAGACT;SOR=0.686;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=14;WE=52243369;WS=52243351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr5	52285117	rs28095	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=0.367;SC=AGGGGCGGGCTGGGGCGGGCC;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=6;WE=52285125;WS=52285107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr5	52285453	rs75823056	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=329;ReadPosRankSum=0.937;SC=ACTAGGGAGCGAGCTCCGTGT;SOR=0.559;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=22;WE=52285461;WS=52285443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr5	52337908	rs3212441	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=404;ReadPosRankSum=0.229;SC=CTATACTTAACACTTTGTGTC;SOR=1.193;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=29;WE=52337916;WS=52337898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr5	52338083	rs1363192	T	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=320;ReadPosRankSum=-1.538;SC=AGGCATGTGATTTGTCTTAGA;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=26;WE=52338091;WS=52338073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr5	52341064	rs1421937	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=1.067;SC=TGGCTATCCAATGTTGAATAT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=10;WE=52341072;WS=52341054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr5	52344610	rs1421933	A	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=848;SC=GGTATGGCTAACAGAAATGCA;SOR=3.442;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=52344618;WS=52344600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	52347369	rs1126643	C	T	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=689;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CAAACACATTCGGAGCAATTC;SOR=0.686;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=46;WE=52347377;WS=52347359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,80:0.77:104
chr5	52351413	rs1062535	G	A	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=505;ReadPosRankSum=1.703;SC=GAAGTGCTACGAAAGTAATGG;SOR=0.598;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=35;WE=52351421;WS=52351403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr5	52354103	rs996765	A	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=409;SC=AATTTGAAGGATAATAATGTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=52354111;WS=52354093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	52355854	rs2303127	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=407;ReadPosRankSum=-1.731;SC=TAAGGCATGGTAATAATTGGC;SOR=0.404;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=27;WE=52355862;WS=52355844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr5	52358761	rs35940809	TA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr5	52361875	.	G	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr5	52366138	rs2112290	G	A	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=29;PP=934;SC=TCCTAAAGACGAGAGAGTGGT;SOR=0.955;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=46;WE=52366146;WS=52366128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	52367666	rs2287872	A	T	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=523;SC=ACTGTGCTCTAAATTGTAAAC;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=52367674;WS=52367656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	52367706	rs2287871	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=383;ReadPosRankSum=0.765;SC=TGTTTTAATGTTGCTATGCTC;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=25;WE=52367714;WS=52367696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr5	52368922	rs984966	T	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=-0.603;SC=TAATGGCTTTTCCCCCCTCCT;SOR=0.507;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=10;WE=52368930;WS=52368912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr5	52370174	rs3212591	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=577;ReadPosRankSum=0.544;SC=CACAAATGTTGTATGCCAATT;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=36;WE=52370182;WS=52370164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,46:0.69:67
chr5	52374527	rs3212605	TTAAA	T	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.39;ReadPosRankSum=1.743;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr5	52379277	rs2303122	C	T	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=642;ReadPosRankSum=0.120;SC=ACGGGACTTTCGCATCAGTAA;SOR=0.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=51;WE=52379285;WS=52379267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,72:0.69:105
chr5	52396439	rs3214755	GA	G	605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=397;SC=CTAGACAGATGAAAAAAAATC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=18;WE=52396447;WS=52396429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	52404312	rs153602	C	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=14;PP=598;SC=TTGAAAATATCTAAGTGTTAC;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=52404320;WS=52404302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	52405432	rs62359375	T	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=322;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GGTTGGGGGCTAGTGGGGAGG;SOR=0.509;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=24;WE=52405440;WS=52405422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr5	52779584	.	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-0.158;SC=AAGACTGGATCTGTCCCCTCC;SOR=0.852;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=10;WE=52779592;WS=52779574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr5	52781376	rs33951575	GTT	G	380.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr5	52781597	rs722910	A	T	1111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=888;ReadPosRankSum=-1.055;SC=CTTTAAAAAAATTTTTTTAAC;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=47;WE=52781605;WS=52781587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr5	52781902	.	CA	C	42.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.242;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	52856504	rs2279516	G	C	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=17;PP=620;SC=TGGCGGCGGTGTCAATGTCAG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=52856512;WS=52856494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	52856716	rs1532163	A	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TCTCGGGAGAAGTCGGGCGGA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=52856724;WS=52856706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	52942083	rs31304	A	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=16;PP=711;SC=CTTTAACTGGAGTTCCAGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=46;WE=52942091;WS=52942073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	52942197	rs31303	A	G	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=37;PP=1069;SC=TTGATACCAGAGAGCGATGGG;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=52942205;WS=52942187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	52978776	rs3085740	GGATT	G	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	52979097	rs567	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=308;SC=AAAGTCAGCTGTGCAGTATTT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=52979105;WS=52979087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr5	53751901	rs7699	G	A	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=972;ReadPosRankSum=-1.359;SC=AAGGCTGGCTGCTGATAAAAG;SOR=0.820;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=65;WE=53751909;WS=53751891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,98:0.59:166
chr5	53751988	rs7823	T	C	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=504;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TACCAGATGGTGTGGAAATCA;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=43;WE=53751996;WS=53751978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,72:0.65:111
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chr5	53814052	rs2548615	T	C	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=23;PP=542;SC=AGCCCCTGCCTGTCGCGCCCC;SOR=1.316;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=38;WE=53814060;WS=53814042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	53814293	.	C	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=640;ReadPosRankSum=1.244;SC=GCCGGGCGCTCTGGGCAGCGG;SOR=0.622;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=42;WE=53814301;WS=53814283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,72:0.78:92
chr5	53814394	rs2548614	T	C	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=23;PP=1161;SC=TGTCCCTGGGTTCCCGCGGCG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=54;WE=53814402;WS=53814384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	53815066	rs2548613	C	A	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=857;ReadPosRankSum=-0.099;SC=AGAGCAAGATCGACGGCTTCA;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=53;WE=53815074;WS=53815056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,88:0.70:126
chr5	53815495	rs2548612	A	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=714;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GGGTTTCAGAATCATATTCTA;SOR=0.513;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=43;WE=53815503;WS=53815485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr5	53815560	rs13162502	A	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=216;ReadPosRankSum=0.131;SC=CTAGAGTGTAAGTTGGATTGC;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=22;WE=53815568;WS=53815550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr5	53815722	rs2565014	G	A	156.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=1.534;SC=TGAGACGAGGGTAGAATTAGA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=53815730;WS=53815712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr5	54153803	rs10040872	C	T	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=53;PP=1752;SC=GTACATACTGCGGGAAAGCCT;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=95;WE=54153811;WS=54153793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	54154209	rs3916738	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=-0.966;SC=GAAACCTTTCGTATGTAAAGA;SOR=0.572;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=30;WE=54154217;WS=54154199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr5	54154328	rs4242050	C	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=654;SC=TTTAGCCCATCGGTTGCCATC;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=54154336;WS=54154318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	54252345	rs6877572	T	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=428;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TCAAATCTAATGTGGCCTGCA;SOR=1.157;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=31;WE=54252353;WS=54252335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,50:0.76:66
chr5	54252463	rs6893219	C	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CCCAGCACACCTCCTGTCTGG;SOR=0.793;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=54252471;WS=54252453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr5	54253339	rs2897761	T	C	166.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5669;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=-0.967;SC=ATCCTTCTGATTGGGGCAAAT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=54253347;WS=54253329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr5	54253555	rs3815922	A	G	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=424;ReadPosRankSum=-0.945;SC=GCTGGGAGCAAGATGGCTGCC;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=29;WE=54253563;WS=54253545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr5	54253581	rs3815923	A	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=392;ReadPosRankSum=-0.573;SC=ACCCAAGCACAACTATATCCA;SOR=0.696;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=29;WE=54253589;WS=54253571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr5	54253615	rs11954366	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr5	54253635	rs3815924	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=2.668;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr5	54253754	rs6883914	T	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=229;SC=GGAGATGCATTAGGCTTTATC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=54253762;WS=54253744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	54403957	rs3104233	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=16;PP=686;SC=CAACAGCTGATGGAAAAAGCA;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=54403965;WS=54403947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	54404015	rs1875506	C	T	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=22;PP=933;SC=AAAAGGGGGACGATGTGAAAC;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=50;WE=54404023;WS=54404005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	54410099	rs444527	G	A	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=458;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GAAAACACCCGGGTCTGGTCT;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=35;WE=54410107;WS=54410089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr5	54410120	rs3104230	A	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=25;PP=835;SC=GGACTCAAAGACAGGTGCAGC;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=54410128;WS=54410110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr5	54423075	rs72766134	C	T	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=25;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TCCAACAAGACGCTTCTTACC;SOR=1.119;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=76;WE=54423083;WS=54423065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,109:0.62:175
chr5	54424431	.	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=433;ReadPosRankSum=-0.087;SC=AAACTCCAATCTAGGATATTC;SOR=0.871;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=28;WE=54424439;WS=54424421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr5	54433393	rs336081	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=1.228;SC=GTATTCAGAGGGCCTCTCAAT;SOR=0.836;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=16;WE=54433401;WS=54433383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,28:0.30:94
chr5	54433604	rs336080	A	G	221.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AACAAACACTATGGGAGTGAA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=54433612;WS=54433594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr5	54436068	rs114595843	T	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=1.122;SC=ATAATATATTTTAAGATTAGG;SOR=0.521;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=14;WE=54436076;WS=54436058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr5	54439466	rs1021580	G	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=21;PP=663;SC=TGTTCTTTGCGGGATCCTACA;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=54439474;WS=54439456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	54439513	rs191396	A	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr5	54459961	rs381852	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=2.520;SC=AAGTTCTGGAAGCCAGAGGAG;SOR=0.779;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=16;WE=54459969;WS=54459951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr5	54468921	rs336115	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.614;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=51;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GACGCCTAATCGTCAAACCCC;SOR=0.086;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=54468929;WS=54468911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr5	54516521	rs6879219	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=325;ReadPosRankSum=0.744;SC=CCACTTCCGCGCAATCCTGCC;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=29;WE=54516529;WS=54516511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,45:0.35:128
chr5	54516752	rs3111181	C	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=1.227;SC=TCTCCTCTCCCGGGCCCCCAC;SOR=1.527;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=7;WE=54516760;WS=54516742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr5	54518354	rs79191922	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.11;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	54518354	.	CC	TT	53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=53;QD=35.4892916207;SC=CACCCTTACTCCTAAACGCCT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=54518363;WS=54518344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	54518355	.	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.11;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	54518660	rs7730048	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=0.434;SC=ATGAGTTGCTGGAGAGTCGTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=9;WE=54518668;WS=54518650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr5	54528393	rs334892	G	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=387;ReadPosRankSum=1.807;SC=AAGGAGGGGGGAGGCGGGCCC;SOR=1.382;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=20;WE=54528401;WS=54528383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr5	54557146	rs231365	C	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=7;PP=494;SC=CTCAATGGTACTGGAAGTTGA;SOR=1.911;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=54557154;WS=54557136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	54557438	rs400437	T	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=223;SC=CATTTTAAGCTCAGAGTATTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=54557446;WS=54557428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	54569062	rs13355909	C	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	54603822	rs2290595	T	C	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=24;PP=1319;SC=GAGGGAGATTTGCTCTCACTG;SOR=1.274;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=72;WE=54603830;WS=54603812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	54693374	rs230802	G	A	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=25;PP=634;SC=AATTTCATAAGTTAAGTATAA;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=41;WE=54693382;WS=54693364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	54693402	rs230801	G	A	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=499;SC=GTAAATACAGGTAGTGTTTAT;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=26;WE=54693410;WS=54693392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	54706325	rs139320115	T	TTTTAAA	2752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=15;PP=1620;SC=TATTCTGACATTTTATTCTTT;SOR=1.160;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=26;WE=54706333;WS=54706315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	54709943	rs230766	G	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=4;PP=258;SC=TTGTTAAAACGGGTAGTGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=54709951;WS=54709933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	54710072	rs35724444	G	GT	142.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.338;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr5	54718618	rs230753	G	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	54721619	rs3217330	A	AT	500.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,29:0.88:33
chr5	54721642	rs230750	A	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=8;PP=527;SC=ATTTACTTATATAAATGTTTA;SOR=1.154;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=26;WE=54721650;WS=54721632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	54737538	rs2278258	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=609;SC=TACTTCTCAGTATGAAACTTA;SOR=1.559;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=54737546;WS=54737528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	54737791	rs2278257	G	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	54771380	rs6870449	A	G	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	54804621	rs7707766	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=9;PP=405;SC=GAAGTGAAGACCCAGGTGTAC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=54804629;WS=54804611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	54830295	rs2292280	T	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=4;PP=146;SC=GCCCCACAGCTGCGCACGCGT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=54830303;WS=54830285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	54830380	rs11745331	A	G	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=14;PP=682;SC=CGCCCCTCGGACCCGGCGGCG;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=54830388;WS=54830370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	54941810	rs6450329	TG	CA	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=-0.827;SC=AAAAATCAGTTGTCACTGTTT;SOR=0.368;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=54941819;WS=54941800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr5	54944945	rs35843566	TA	T	30.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	54944976	rs11738633	G	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	54948586	rs138550751	C	CA	989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=7;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=552;ReadPosRankSum=0.543;SC=AAGAAGATGACAAAAAACAAA;SOR=0.715;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=9;WE=54948606;WS=54948576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr5	54948598	rs11424790	C	CA	966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.97;ReadPosRankSum=0.490;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr5	54952688	rs11397177	C	CTT	30.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.26;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	54960609	rs4865614	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=404;ReadPosRankSum=-1.216;SC=CCAAGGAGAAAAGGAGACTCG;SOR=0.475;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=28;WE=54960617;WS=54960599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr5	54960673	rs4865615	C	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=618;ReadPosRankSum=-1.025;SC=ATATTCCCAGCTAGTGGTATC;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=23;WE=54960695;WS=54960663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr5	54960687	rs4865616	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=618;ReadPosRankSum=0.909;SC=TGGTATCCAACGAAACTAGAT;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=18;WE=54960695;WS=54960663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr5	54964974	rs7737254	A	G	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=-0.660;SC=ACACACATGTAGCATATACAC;SOR=1.112;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=19;WE=54964982;WS=54964964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr5	54965513	rs11749883	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=173;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TTAATTGAGACAAAAATTTAA;SOR=0.351;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=14;WE=54965521;WS=54965503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr5	54965854	rs2408031	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=1.304;SC=GTGCAGTGACGCGATCTCGGC;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=54965862;WS=54965844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr5	54986963	rs3846505	A	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=382;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AGAGCACCTGAAATGTTCTCA;SOR=0.604;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=28;WE=54986971;WS=54986953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr5	54990005	rs7728664	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CATCACACTCCAGTGTGGGCT;SOR=0.439;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=54990013;WS=54989995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr5	54990035	rs10654694	C	CA	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr5	54993829	rs3761766	A	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TCCTACACAAAGAAGATAAAT;SOR=0.699;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=18;WE=54993837;WS=54993819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr5	54993929	rs3761767	A	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr5	55075890	.	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr5	55076914	.	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AGACCCAGACGAATGTATGCA;SOR=0.698;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=12;WE=55076922;WS=55076904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr5	55112262	rs71602915	CT	C	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=2.002;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr5	55147318	.	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=349;ReadPosRankSum=0.479;SC=GGCACTAAATAGACCATGAAA;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=19;WE=55147326;WS=55147308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr5	55149407	rs10940487	T	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	55155402	rs1009639	C	T	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=35;PP=1235;SC=GGATGCTCCCCTCACTCTGCA;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=55155410;WS=55155392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	55168328	rs71602921	C	CCTT	158.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=75;SC=ATGTTTACCTCCTTCTCTGTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=55168336;WS=55168318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	55179052	rs10940491	A	T	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=36;PP=1081;SC=ATAATATTCCAATTAGAGGCC;SOR=0.982;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=55179060;WS=55179042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr5	55213023	rs161699	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=1.510;SC=AGACTCGGCACGCAGCGCTTG;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=55213031;WS=55213013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr5	55412347	rs318805	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=0.193;SC=TAATAATATTATTATTGGTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=3;WE=55412355;WS=55412337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr5	55422681	rs321768	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr5	55807370	rs464605	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-2.628;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
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chr5	55851796	rs35483518	C	CA	138.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr5	56111751	rs28710284	G	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=8;PP=242;SC=ACGGAGCCGCGAGCCGCGGCG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=56111759;WS=56111741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	56152416	rs832567	C	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=338;SC=TTGTTTCTGCCTGCATTTTAG;SOR=2.124;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=56152424;WS=56152406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	56161787	rs832575	G	A	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=43;PP=1178;SC=GTACTTCTACGTCTAGTTCAG;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=69;WE=56161795;WS=56161777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	56168712	rs2229882	C	T	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=563;ReadPosRankSum=2.238;SC=AGCAGCAAACCGTACAGCAGC;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=41;WE=56168720;WS=56168702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr5	56170813	rs16886448	C	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=317;ReadPosRankSum=0.136;SC=GCTCTGGGTCCATAAGCTTTT;SOR=0.931;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=24;WE=56170821;WS=56170803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr5	56176446	rs9687226	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=150;ReadPosRankSum=-1.742;SC=ATTATTTCTCCACTTTTTCAC;SOR=1.981;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=56176454;WS=56176436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr5	56177443	rs702689	G	A	3700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=45;PP=1689;SC=GCAGTCCATTGATAATTCCCA;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=100;WE=56177451;WS=56177433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	56177743	rs832582	G	A	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=49;PP=2338;SC=TGAGTGCACAGTCCATTTAGA;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=121;WE=56177751;WS=56177733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	56177848	rs5868032	TCAA	T	17104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;MQRankSum=0.127;QD=43.86;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,388:0.99:390
chr5	56178111	rs3822625	A	G	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1370;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TTTCTCTACAATTCCACAGAA;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=61;TCR=80;TR=86;WE=56178119;WS=56178101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,117:0.55:212
chr5	56178217	rs832583	A	C	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=59;PP=2090;SC=AAAGCCATCTAGACCTACCCC;SOR=0.705;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=118;WE=56178225;WS=56178207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	56205643	rs252924	A	G	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=41;NR=69;PP=2049;SC=GGCGGGACGCAAAGCGGAGAG;SOR=1.002;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=121;TCF=41;TCR=80;TR=110;WE=56205651;WS=56205633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	56205662	rs252923	T	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=6.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.504;SOR=0.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr5	56206073	rs33321	G	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.546;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
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chr5	56224485	rs10684065	T	TTGGC	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TGAAATGCTATAAGGGAACAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=56224493;WS=56224475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	56224714	rs252893	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=335;ReadPosRankSum=2.062;SC=AAATAAAATTTATGGGCCCCC;SOR=1.270;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=56224728;WS=56224704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	56224720	rs61154548	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=-0.708;SC=AATTTATGGGCCCCCAAATTT;SOR=0.368;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=3;WE=56224728;WS=56224704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr5	56226410	rs252890	T	C	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=577;ReadPosRankSum=-1.697;SC=GATTGCTCTGTCCCTTAGGAT;SOR=0.791;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=43;WE=56226418;WS=56226400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,72:0.42:171
chr5	56229288	rs832529	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=247;ReadPosRankSum=0.168;SC=TGTACACAAACAATTCTTTGT;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=18;WE=56229296;WS=56229278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr5	56233541	rs2591968	G	A	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.91;ReadPosRankSum=1.487;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr5	56233551	rs2591967	C	G	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.05;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
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chr5	56246276	rs34804097	A	AAAC	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=178;ReadPosRankSum=-0.552;SC=ATGCAAGAGAAAACAAAGAAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=56246284;WS=56246266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	56246610	rs2662040	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=1.368;SC=ACGTAGCTTCACTCGAATCGC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=56246618;WS=56246600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	56255367	.	A	AT	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=2.539;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr5	56526565	rs1544737	G	T	220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	56526783	rs1130203	G	A	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=45;PP=1311;SC=CTGCTATTGGGCGTCCTAATG;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=56526791;WS=56526773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	56526819	rs3214438	GT	G	3026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=36;PP=1812;SC=AAGGAATGATGTTTATGGCTA;SOR=0.883;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=45;WE=56526827;WS=56526809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	56527224	rs1862172	T	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=275;SC=CCTCAGCCTCTCCAGTATCTG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=56527232;WS=56527214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	56527247	rs1862173	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=197;SC=ATTACAGGCATCCACCACCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=56527255;WS=56527237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	56542024	rs11349725	TA	T	83.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr5	56546749	rs34533194	C	CT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr5	56547059	rs6893468	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=379;SC=AGGTTTATTGGAATACAACTT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=56547067;WS=56547049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	57750350	rs15009	C	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=304;SC=ATTCTTTTGGCTTCCCTGTAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=57750358;WS=57750340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	57753456	rs702723	C	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=198;SC=TATTCCACTACTTAAACTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=57753464;WS=57753446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	57754005	rs1848510	G	A	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=53;PP=2078;SC=TTCCCTAGACGATAAACAAAA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=110;WE=57754013;WS=57753995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	57754132	rs697134	G	C	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=56;PP=1906;SC=TTGCAGACACGAGATCCCAAT;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=95;WE=57754140;WS=57754122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	57754808	rs697133	G	A	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=49;PP=1713;SC=AGAGTCATACGCACCTTTTCC;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=100;WE=57754816;WS=57754798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	57755703	rs3211270	C	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=28;PP=765;SC=TCTTCGAGTCCGCTCCGCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=57755711;WS=57755693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	57790337	rs7704785	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=231;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TAACACCAAATCACTAAACAG;SOR=1.110;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=17;WE=57790345;WS=57790327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr5	57842049	rs6870990	C	G	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,67:0.58:115
chr5	58120753	rs75681594	GT	G	131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=96;SC=TGGACATCGTGTTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=58120761;WS=58120743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr5	58270457	.	T	TA	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.525;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.852;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr5	58271713	rs112200987	T	TA	386.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;MQRankSum=0.463;QD=16.81;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr5	58284208	rs3805557	C	T	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=160;SC=CACATATATACACATCTCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=58284216;WS=58284198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	58284283	rs3805556	G	A	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=8;PP=332;SC=AAATGTACAAGGGAAAAATGT;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=58284291;WS=58284273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr5	58286836	rs1973451	A	G	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=161;SC=GGCCGGGCATAGAGGCTCAAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=58286844;WS=58286826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	58287553	rs3840337	AAAC	A	583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=553;SC=GAAAAAAAAAAAACCCCAATT;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=58287563;WS=58287552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	58289046	rs7737685	G	T	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=230;SC=CTCAGAGGCGGATAGTGTCGA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=58289054;WS=58289036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	58289334	rs7724713	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=193;SC=GAAGAGGAAAATTTAAGTGAA;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=58289342;WS=58289324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	58295380	rs35776313	G	GTA	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=-1.981;SC=TTGATTATATGTATATATATA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=58295388;WS=58295370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	58297881	rs2968014	A	G	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=43;PP=1284;SC=CTTTCAGTTTATTCCTTACCA;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=73;WE=58297889;WS=58297871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	58334645	rs2279737	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=344;ReadPosRankSum=0.298;SC=CATGGGAATCAGCAGCCTGGG;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=27;WE=58334653;WS=58334635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr5	58476117	rs9292195	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=1.300;SC=GAATGGGAAGTGACTTGAAAG;SOR=1.085;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=5;WE=58476125;WS=58476107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr5	58476225	rs62357974	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=-1.600;SC=AGTAAAAAACGTAAATCGGTA;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=8;WE=58476233;WS=58476215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr5	58489218	rs1445950	G	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=551;SC=ATTTGTATTTGTACTTGTGCT;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=58489226;WS=58489208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	58489384	rs27175	G	A	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	58511501	rs6450512	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=-0.536;SC=TACATTGGAGGAGAGTGATAC;SOR=0.116;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=10;WE=58511509;WS=58511491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr5	58882331	.	C	CAA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr5	59725661	.	G	GT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.901;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr5	59894838	rs58987696	T	TA	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr5	59899413	rs11740327	G	A	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=2.791;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,76:0.78:97
chr5	59940502	rs6877561	A	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=33;ReadPosRankSum=0.185;SC=AAGGGTCAGAAAGGAGCTGAT;SOR=0.252;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=59940510;WS=59940492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr5	59984897	rs57521726	A	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=816;ReadPosRankSum=1.836;SC=GGGGAAAACAAGAGGTATGGA;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=56;WE=59984905;WS=59984887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,73:0.60:121
chr5	59995820	rs9942410	G	C	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=4.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=0.497;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,75:0.64:118
chr5	60063576	rs1460958	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=5.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=0.394;SC=CTAAGTTTACGTTCAGTGTTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=11;WE=60063584;WS=60063566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr5	60083275	rs10072745	C	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=380;ReadPosRankSum=0.141;SC=TAAAATAAAACAGAAATGAGT;SOR=0.430;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=27;WE=60083283;WS=60083265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr5	60170605	rs4647150	T	C	33.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr5	60186618	rs2306350	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr5	60241142	rs158921	G	A	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=13;PP=821;SC=GGGAAGTGAAGGAGCACGTGG;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=60241150;WS=60241132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	60241268	rs158920	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=-1.471;SC=CAGTAAAGGAGGGAAAAGTGA;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=22;WE=60241276;WS=60241258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
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chr5	60448903	rs33927273	T	TAA	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=138;SC=CTATTAATCTTGAGTTCATTT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=60448911;WS=60448893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr5	61643769	rs3776614	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.161;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GTATTCATTAGGCTAAAGTAA;SOR=2.262;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=61643777;WS=61643759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr5	61643816	rs3776615	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=315;ReadPosRankSum=0.756;SC=TACTTGAAAAGTAAAAGGTTA;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=20;WE=61643824;WS=61643806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr5	61645870	rs35699711	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr5	61648332	rs71305053	T	TG	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.671;QD=19.73;ReadPosRankSum=2.045;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
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chr5	61650843	rs2289883	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=1.534;SC=AACCACAACTGTGAAACTATA;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=61650851;WS=61650833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	61653414	rs34220654	A	G	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=104;SC=CATTTATGCTATGTATAAATT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=61653422;WS=61653404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	61657228	rs247265	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=0.132;SC=CTTAATTCTGTGAACTAAATT;SOR=0.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=18;WE=61657236;WS=61657218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr5	61657377	rs247266	A	T	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=126;SC=TTTTTCCATAAAATTTGGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=61657385;WS=61657367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	61668150	rs16875037	A	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-1.550;SC=ACATTGTCACAACAATATCAA;SOR=0.269;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=61668158;WS=61668140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr5	61673670	rs464058	A	G	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	61676902	rs247253	G	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.600;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr5	61676911	rs247254	T	G	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.87;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	61689716	rs2272291	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=211;ReadPosRankSum=1.762;SC=TCTGCTGTTATAGGCACACAT;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=13;WE=61689724;WS=61689706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr5	61694379	rs247264	T	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=446;ReadPosRankSum=0.071;SC=AGACAAAAGGTGAAGAGATCT;SOR=0.570;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=33;WE=61694387;WS=61694369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,54:0.67:81
chr5	61697859	rs27089	C	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=761;ReadPosRankSum=3.199;SC=AATCCCCTTTCTACCTTTTTT;SOR=0.685;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=52;WE=61697867;WS=61697848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,67:0.57:117
chr5	61699231	rs27693	A	C	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=813;ReadPosRankSum=-1.218;SC=ATTAGGCAGTACCAGAGAAGA;SOR=0.590;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=53;WE=61699239;WS=61699221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,77:0.60:129
chr5	61733348	rs153857	G	A	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=202;SC=AATAGATTCAGATGTTTGGCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=61733356;WS=61733338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	61745737	rs11329383	CT	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.418;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;MQRankSum=0.453;QD=14.47;ReadPosRankSum=-2.116;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr5	61747500	rs2441115	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=272;ReadPosRankSum=-1.043;SC=ATTTGTCACCGTGAATGCATT;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=19;WE=61747508;WS=61747490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr5	61747608	.	C	T	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,92:0.63:146
chr5	61762880	rs35119	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=-0.570;SC=TAAAACTAAAATATATTACTT;SOR=0.260;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=11;WE=61762888;WS=61762870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr5	61772535	rs26635	G	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr5	61772591	rs26620	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	61781127	rs26640	C	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=GTTCCCAAGGCTTTGCTCTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=61781135;WS=61781117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	61785027	.	TAATTG	T	79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=79;QD=54.0;SC=GTGTTATACTTAATTGAATTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=61785039;WS=61785017;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	61785240	rs36030071	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-0.482;SC=TCTGTTTTGTGGTAGATTTTG;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=8;WE=61785248;WS=61785230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr5	61826663	rs32179	G	T	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=291;SC=AACCATAATTGGGAGGCATTG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=61826671;WS=61826653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	61847019	rs138304551	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr5	61847073	rs32170	G	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=0.671;SC=TGATGTCCACGTATCTTGGAG;SOR=1.002;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=10;WE=61847081;WS=61847063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr5	61874619	.	TA	T	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr5	62073118	rs1845526	G	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=343;ReadPosRankSum=2.678;SC=CCCGGTGCCTGGGGCCGGAGG;SOR=0.748;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=36;WE=62073126;WS=62073108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,73:0.37:199
chr5	63510119	.	C	T	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=742;ReadPosRankSum=-0.200;SC=TGTATTCTGACCATACTAATA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=49;WE=63510127;WS=63510109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,68:0.64:107
chr5	63665293	rs56066106	TA	T	32.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=0.431;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	63665335	rs28615727	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.187;NF=6;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=-0.330;SC=ACATAACTCCGCTCAGTGAAA;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=8;WE=63665343;WS=63665325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr5	63890387	rs4700641	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=0.431;SC=CATGTATATACCTAATTATTT;SOR=0.180;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=63890395;WS=63890377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	63905068	rs889248	A	G	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=31;PP=1214;SC=GTGTTGTCTCATCTCAAGCTA;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=63905076;WS=63905058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	64064411	rs3756739	G	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=235;ReadPosRankSum=-1.572;SC=CGCCAGCTGTGAGAACAAGGC;SOR=1.082;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=14;WE=64064419;WS=64064401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr5	64070617	rs140062546	A	AAATTATGAC	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=1276;ReadPosRankSum=-0.204;SC=TTTGGAAGGTATGTTGACTTT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=2;WE=64070625;WS=64070607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	64077966	rs2011079	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	64096046	rs79929128	CT	C	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.318;NF=3;NR=5;PP=264;ReadPosRankSum=-1.517;SC=TATTTCCCCCCTCATGATTAT;SOR=0.519;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=8;WE=64096054;WS=64096036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr5	64096170	rs6449760	G	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.226;NF=4;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=1.182;SC=TCCATTGTTGGTATGATCCTA;SOR=0.586;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=10;WE=64096178;WS=64096160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr5	64103714	rs1870437	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=0.812;SC=ATTTTATTTCCTGTCCCTACC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=64103722;WS=64103704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr5	64181315	.	AGCAGCAAAACAAAAAAAAGTAGAAAAT	A	1512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.801;QD=24.40;ReadPosRankSum=-0.782;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr5	64267431	rs2278352	A	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=8;PP=334;SC=AAGCAAGCCCAAGTGCCAACC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=64267439;WS=64267421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	64267595	rs2278351	T	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=442;SC=GTATGAAGCTTTGAGGAAGCA;SOR=0.984;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=64267603;WS=64267585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	64313879	rs2910769	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=4;PP=454;SC=AACCCATCTTGGTGTTCTGTA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=64313887;WS=64313869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	64447777	rs17206779	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr5	64468739	.	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GGTTTGCTTTCCTCTGGACAT;SOR=0.797;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=25;WE=64468747;WS=64468729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,39:0.32:121
chr5	64468923	rs144337843	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=1.372;SC=AAATGTGTGTTTTAGTATAGA;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=7;WE=64468931;WS=64468913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
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chr5	64510443	.	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=205;ReadPosRankSum=0.089;SC=TTACATGAGGTTGAAAACAAA;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=14;WE=64510451;WS=64510433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
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chr5	64838758	rs6891955	G	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-1.121;SC=GGTTTTCTAAGATACTTCTTT;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=4;WE=64838766;WS=64838748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	64847680	rs2305117	A	G	41.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr5	64857424	rs10560318	AACAC	A	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr5	64859592	rs261252	T	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,33:0.25:133
chr5	64859884	rs35326591	CTG	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AACCCGAAGTCTGTGGTTTTG;SOR=0.368;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=2;WE=64859893;WS=64859874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
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chr5	64865405	rs149208	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=-0.612;QD=4.31;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr5	64881936	rs27141	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr5	64890479	rs36135	A	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr5	64906617	rs37330	T	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=0.391;SC=TGCCCATTAATTACTTAGTAG;SOR=0.473;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=64906625;WS=64906607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr5	64919991	rs154854	G	A	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=684;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GAGGCCGATGGTGGAGAATAG;SOR=0.720;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=53;WE=64919999;WS=64919981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,83:0.50:167
chr5	64920803	rs37254	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=136;ReadPosRankSum=-0.997;SC=TTTGGTTTTGCCAAACGCGAG;SOR=0.105;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=64920811;WS=64920793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr5	64931971	.	C	CT	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.9992;HP=15;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=48;QD=12.75;SC=ATACATTTACCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=64931979;WS=64931961;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	64942799	rs154955	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TTATTCCCCTATTCTTTCCAC;SOR=0.941;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=64942807;WS=64942789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr5	64946836	.	G	T	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=28;QD=15.6928031368;SC=ATTTTTGAATGTGTCATATGA;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=64946844;WS=64946826;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	64954159	rs28084	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=0.528;SC=TTTAAATGCCACCACACCTTG;SOR=1.270;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=10;WE=64954167;WS=64954149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr5	64960311	rs36031543	A	ATCTC	726.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=593;ReadPosRankSum=-0.069;SC=ACTTAGACTCATCTCTCTCTC;SOR=0.387;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=12;WE=64960319;WS=64960301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr5	64968170	rs5868414	AT	A	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.251;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.284;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr5	65008946	rs3833969	GT	G	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=54;ReadPosRankSum=0.472;SC=AAAGAAACAAGTTTTTTTTTT;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=65008954;WS=65008936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr5	65018126	rs2548786	C	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=-0.920;SC=CCCGGGCGCCCAGGCGCTGCC;SOR=0.395;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=12;WE=65018134;WS=65018116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr5	65018321	rs2548785	C	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
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chr5	65075858	rs252648	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=1.097;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	65105622	rs2561196	G	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=284;SC=TTCATTTTAAGTGGTATCCCA;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=65105630;WS=65105612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	65108215	rs2254485	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=252;SC=TAATGAATCCAGAGGTATAGT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=65108223;WS=65108205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	65317181	rs706679	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr5	65350374	rs36303	A	G	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.764;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=741;ReadPosRankSum=1.494;SC=CAATCCAGCGACAAAGTAGTG;SOR=1.073;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=43;WE=65350382;WS=65350364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,60:0.62:97
chr5	65372793	rs34201831	C	CT	279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.48;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	65455250	rs74658271	ATCT	A	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.84;MQRankSum=2.624;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr5	65474560	rs140648529	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=178;ReadPosRankSum=-0.040;SC=AAAGAGCACAATAAAGAACCA;SOR=0.620;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=17;WE=65474568;WS=65474550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr5	66084378	rs2252849	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=425;ReadPosRankSum=-0.189;SC=ATTACTGGGTATGGCAGAAGT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=32;WE=66084386;WS=66084368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr5	66084676	rs183763	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CCTCTCTAGGGACAATTTAAG;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=66084684;WS=66084666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	66085489	rs1982329	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-1.678;SC=GGCCCATCACATCCATCTGCC;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=23;WE=66085497;WS=66085479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr5	66166427	rs1160971	CAT	C	989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.996;NF=18;NR=5;PP=828;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TTGCACATCACATGTGCTTTT;SOR=0.869;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=23;WE=66166436;WS=66166417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr5	66195760	rs151148515	G	GT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr5	66212985	rs37567	C	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.715;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr5	66255326	rs2280174	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=0.210;SC=TCAGAGGAAAAGCATTGCTGC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=66255334;WS=66255316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	66282428	.	T	TTATA	97	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.67;NF=0;NR=4;PP=97;QD=26.0;SC=ATGTATGAATTTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=66282436;WS=66282418;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,4:0.27:15
chr5	66350448	.	A	C	336.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=237;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TTTTATCCCTAAGTTGTTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=66350456;WS=66350438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr5	66429329	rs2371882	G	T	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	66459878	rs1705399	G	C	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=37;PP=1179;SC=TCGGATGGCCGGGTGCCTGCG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=66459886;WS=66459868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	66480004	rs1697144	T	C	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=60;PP=2414;SC=CTTTGGAAGATCGTTGAATCA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=130;WE=66480012;WS=66479994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	67493961	rs12654191	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr5	67494070	rs12658274	A	T	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=533;ReadPosRankSum=-2.837;SC=ATTAAAACACACAACAGCAAC;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=39;WE=67494078;WS=67494060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,61:0.67:91
chr5	67522722	rs706713	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,54:0.75:72
chr5	67522851	rs706714	A	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=156;ReadPosRankSum=0.594;SC=AGTATTGATAAGTGGTTGCTT;SOR=0.622;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=13;WE=67522859;WS=67522841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr5	67569746	rs171649	G	A	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=14.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.89;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,71:0.78:91
chr5	67575323	rs201581886	ATT	A	241.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.004;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr5	67575344	rs16897620	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.945;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr5	67575642	rs3815701	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=0.308;SC=CATATATAGAAATAGTGGTTA;SOR=2.636;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=67575650;WS=67575632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr5	67584758	rs1862162	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=-1.408;SC=TGGGAAAGATAGGGTTTAGGT;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=67584766;WS=67584748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr5	67587994	rs3730087	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTTACTCTAACTTTTTATTTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=67588002;WS=67587984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	68412048	rs34215592	A	AT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=216;ReadPosRankSum=0.928;SC=TTGTGTAAGCATTCCCCCCTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=8;WE=68412056;WS=68412038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
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chr5	68470559	rs426392	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=0.094;SC=AGAAATAAACTGACTTTTTCA;SOR=0.551;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=15;WE=68470567;WS=68470549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr5	68470599	rs3087334	C	CATTA	789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=864;ReadPosRankSum=0.691;SC=GATATGGTGTCATTAAGATTT;SOR=1.638;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=18;WE=68470607;WS=68470589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr5	68485366	rs648489	C	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr5	68491714	rs11283275	T	TAGTCAAG	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.48;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr5	68513572	rs2242351	C	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=-0.435;SC=CGTGACGTCCCGGGAAGCACC;SOR=1.148;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=10;WE=68513580;WS=68513562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr5	68513599	rs2242350	G	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr5	68513635	rs372001195	A	G	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=469;ReadPosRankSum=2.593;SC=CGCGCCCCGGAAACTGCCCCT;SOR=0.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=30;WE=68513643;WS=68513625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr5	68525027	rs2932777	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-1.077;SC=TTATTTTTTCCTTTTCAGCGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=68525035;WS=68525017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	68531253	rs2972388	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=174;ReadPosRankSum=0.157;SC=GAGATAAGAACACCAACCAAA;SOR=0.425;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=14;WE=68531261;WS=68531243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr5	68546706	rs2972367	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=-1.581;SC=CAGGGGCTCTATAGTGAGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=9;WE=68546714;WS=68546696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr5	68550348	.	CA	C	45.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-0.253;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr5	68550631	rs2054975	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	68550635	rs2054976	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	68551507	rs2291519	T	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=0.780;SC=AAAGGATCTCTAGTTATTTTC;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=13;WE=68551515;WS=68551497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr5	68558282	rs34449359	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GATCACTTGAGGTCAGGAGTT;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=5;WE=68558290;WS=68558272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	68568858	rs34584424	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr5	68572492	.	G	A	258.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=107;ReadPosRankSum=2.654;SC=CAATAAAAAGGAAAAGAACAG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=8;WE=68572500;WS=68572482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr5	68572668	rs4077460	C	T	32.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5209;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAGACTGTGCCGTTTTAGGTA;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=68572676;WS=68572658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	68581389	rs3890705	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr5	68596068	rs28704183	C	G	126.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.14;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	68602746	rs6881767	G	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=-0.234;SC=AAAGAAAATAGTACCTTCATG;SOR=0.648;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=9;WE=68602754;WS=68602736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr5	68609885	rs11749723	G	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5827;FS=2.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TTGGGAGGGAGGAGAAAAGAA;SOR=1.545;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=18;WE=68609893;WS=68609875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr5	68610009	rs28462372	A	C	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	68616331	rs10471774	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=385;ReadPosRankSum=-0.664;SC=CAGAGCTGCACGTCTGACTCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=31;WE=68616339;WS=68616321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr5	68665492	.	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=329;ReadPosRankSum=1.112;SC=ACCTGGCTTTCGATGACACAT;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=27;WE=68665500;WS=68665482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,48:0.37:131
chr5	68688608	rs299080	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=1.034;SC=TGAATGGAATTCGTATTCTTT;SOR=0.951;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=23;WE=68688616;WS=68688598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr5	68692375	rs34097088	T	TA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr5	68695940	rs1045051	T	G	151.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr5	68696051	.	A	ATTTATTTG	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	68706252	rs10940223	G	T	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr5	68720419	rs299099	T	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TGAACTCTTTTTGTTCCAGAT;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=8;WE=68720427;WS=68720409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr5	68728544	rs299075	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.365;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=0.610;SC=AGAAGTTGAGGGGCCCCATTT;SOR=1.047;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=15;WE=68728552;WS=68728534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr5	68862361	rs375045774	TG	T	131.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.18;MQRankSum=-2.928;QD=6.93;ReadPosRankSum=2.691;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr5	68862365	rs201465285	G	T	378.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.18;MQRankSum=-0.606;QD=19.94;ReadPosRankSum=0.467;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr5	69325573	.	CT	C	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQRankSum=-6.995;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr5	70200973	rs189447511	C	A	203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.00;QD=20.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr5	70308251	rs28409706	C	T	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=24;PP=1215;SC=TCCTGAAGGACGCAAGTCTAG;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=70308259;WS=70308241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	70308807	.	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=-1.032;SC=AAGAGCATTTCCCACTGTTTC;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=16;WE=70308815;WS=70308797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr5	70751818	rs3748043	T	G	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.91;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr5	70762191	rs10079014	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=1.368;SC=TGTAAATAGAAAAGTGGGTTA;SOR=0.061;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=70762199;WS=70762181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	70791010	rs2059196	T	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	70800475	rs3761966	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5068;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-0.127;SC=AGATCAATCGCGTAAAGATTT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=70800483;WS=70800465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr5	70800538	rs3761967	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TTTTCAAAATGTGCAGCCAGA;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=9;WE=70800546;WS=70800528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr5	70805277	rs60403720	CT	C	220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=4;PP=133;SC=TGTGTGCCCCCTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=70805285;WS=70805262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	70806457	rs715748	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=3.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,63:0.33:192
chr5	70806649	rs1961760	T	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=208;ReadPosRankSum=0.057;SC=GCTAGCAGAGTTCAGTGCTAT;SOR=1.302;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=20;WE=70806657;WS=70806639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,26:0.30:87
chr5	70806711	rs715747	C	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=25;PP=886;SC=ACATTCCCATCATGGAGAAAG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=40;WE=70806719;WS=70806701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	70806958	rs6886336	G	A	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=30;PP=936;SC=CTTCAGTGCTGTGCCTTCACT;SOR=1.031;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=48;WE=70806966;WS=70806948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	70807016	rs375426591	CT	C	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.793;NF=0;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=0.589;SC=TTTTTGAATGCTTTTTTCAGA;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=14;WE=70807024;WS=70807006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr5	70807073	rs421128	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=0.106;SC=TCCAACAACACTTAAAAATCT;SOR=0.160;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=13;WE=70807081;WS=70807063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr5	70809169	.	A	G	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=40;QD=18.6928031368;SC=ATCAGAAACCAAGAAAATGGA;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=4;WE=70809177;WS=70809159;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr5	70811821	rs279322	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	70818329	rs34331239	C	CA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.15;MQRankSum=0.859;QD=3.99;ReadPosRankSum=1.407;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr5	70834703	rs276591	A	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=52;SC=TAAATTGTTTATGTTCTTGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=70834711;WS=70834693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	70834833	rs276590	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr5	70834926	rs276589	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr5	70837295	rs6453014	A	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	70840233	rs182190	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr5	70841097	rs78106443	TA	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.748;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr5	70849021	rs469039	G	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr5	70858194	rs277941	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr5	70858268	rs17276250	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=117;ReadPosRankSum=1.372;SC=CAGGAAAAAAATCGAGAGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=11;WE=70858276;WS=70858258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr5	70860493	rs277944	T	C	40.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr5	70892027	rs71612573	GATTAAGT	G	1030.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.835;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.840;NF=6;NR=5;PP=678;ReadPosRankSum=0.263;SC=CTATATTTTGGATTAAGTATT;SOR=1.284;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=11;WE=70892041;WS=70892017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr5	70922616	rs12516456	G	A	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	70927856	rs277980	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=-1.945;SC=AAAAAGTACAGGTATAGTCAG;SOR=0.610;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=70927864;WS=70927846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr5	70928083	rs277981	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=2.332;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr5	70930966	rs277984	A	G	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=612;ReadPosRankSum=0.963;SC=AACATGATCTATATTTCTGCA;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=39;WE=70930974;WS=70930956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
chr5	70931883	rs1553314	G	A	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=3;PP=84;SC=ATATTTTTTTGTTTTACTTTT;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=70931891;WS=70931873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	70932002	rs7444180	G	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=11;PP=390;SC=ATGGTAAGTAGTCAGTAACTA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=70932010;WS=70931992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	70932170	rs7444232	G	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=150;SC=ATTTTTAAATGAGGTTTTTAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=70932178;WS=70932160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	70945075	rs10064079	A	G	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=16;PP=420;SC=GTGGCAGAGCATATAGGTAGG;SOR=0.950;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=25;WE=70945083;WS=70945065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	70946113	rs169406	G	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr5	70946123	rs182191	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.30;ReadPosRankSum=0.063;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr5	70948385	rs6888301	T	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=173;SC=ATGCACATGTTAGATGTAACA;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=70948393;WS=70948375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	70948654	rs2242372	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=231;SC=ACAGAGCTCTGTGTAGTTGAG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=70948662;WS=70948644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	70952506	rs7443786	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=3;PP=204;SC=ATTTCTGCACATGGAGAGTGT;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=70952514;WS=70952496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	71015273	.	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=311;ReadPosRankSum=-1.483;SC=CCCACGAGAAGGAGCTGGTCG;SOR=0.850;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=28;WE=71015281;WS=71015263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,60:0.30:197
chr5	71016462	rs5868607	CA	C	636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.765;NF=6;NR=2;PP=276;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CATTCTCCTCCATACATCCCC;SOR=1.088;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=8;WE=71016470;WS=71016452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr5	71016481	rs41271753	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=-0.468;QD=1.99;ReadPosRankSum=2.489;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr5	71403306	rs3112402	T	A	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=247;SC=CCTGCCGCAGTGGAGAGGAGC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=71403314;WS=71403296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	71411718	rs1531312	T	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=18;PP=499;SC=AAAGACTCTCTTATTGCTAAA;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=71411726;WS=71411708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	71412373	rs1466343	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=288;SC=CTGGCGCTGGAGATGTATTCA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=71412381;WS=71412363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	71488904	rs7736611	C	T	113.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=159;SC=GGGGAACGAACTTGGCCAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=71488912;WS=71488894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	71489169	rs67199223	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=3.224;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	71490962	rs1866374	A	G	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=23;PP=823;SC=AGACAAGCCAATAAAAACAGA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=71490970;WS=71490952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	71494931	rs13153166	A	C	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=1138;ReadPosRankSum=0.685;SC=AAAATCTCCAAGTGACAGTGG;SOR=0.437;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=71494939;WS=71494921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr5	71522125	rs9293821	A	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=8;PP=186;SC=ACCTGGCAGCACTAGAAATAG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=71522133;WS=71522115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	71634712	rs10942271	A	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=237;SC=ATGGCAACCTATATCTATACC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=71634720;WS=71634702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	71739546	rs4267851	C	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=378;SC=GAACTGCCTCCTTCTCATTTT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=71739554;WS=71739536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	71743024	rs10043295	G	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	71756102	rs7721922	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=537;ReadPosRankSum=-0.910;SC=TGGTTCTGCAGCTGGCTCGGG;SOR=0.666;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=38;WE=71756110;WS=71756092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,72:0.73:98
chr5	71756670	rs2278600	C	T	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=954;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TCTCCTGGGGCTCGGCTTTCC;SOR=0.922;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=58;WE=71756678;WS=71756660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,107:0.78:138
chr5	72112421	rs34648	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	72112430	rs34647	C	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	72112540	rs184025964	G	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=187;ReadPosRankSum=-1.184;SC=TTCGGCCGAAGGCCCGAGCGC;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=13;WE=72112548;WS=72112530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr5	72147269	rs34655	A	G	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=8;PP=220;SC=GATGTGGGATAAACAGTCTTA;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=72147277;WS=72147259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	72151807	rs41271135	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=-1.467;SC=CATTTTTAGAGATGACAGATT;SOR=0.119;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=7;WE=72151815;WS=72151797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	72151858	rs34660	T	A	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=4;PP=73;SC=TTAAATTGTGTTGGGGAAACT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=72151866;WS=72151848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	72168584	.	C	CT	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,28:0.19:145
chr5	72174320	.	G	GTT	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=22;MQ=58.88;NF=0;NR=1;PP=28;QD=37.0;SC=ATAGTAAAGGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=1;WE=72174328;WS=72174310;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,1:0.08:12
chr5	72174432	rs266435	C	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=296;SC=TGTATTTGGACGGTAAGGTTA;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=72174440;WS=72174422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	72183850	rs7720717	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=2.019;SC=TTCATAATCAACCAAAATAAT;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=72183858;WS=72183840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	72184098	rs17606	C	T	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=27;PP=1032;SC=GCATCCTGGACAGCAACAAGA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=72184106;WS=72184088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	72347223	rs7712838	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr5	72364673	rs470926	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr5	72419267	rs638333	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=332;ReadPosRankSum=-0.449;SC=CAAACTCATCTTCTGCTTCTT;SOR=0.864;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=22;WE=72419275;WS=72419257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr5	72419410	rs7731777	A	G	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=46;PP=2169;SC=CCGTGGTTGGACTTGGGGCTG;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=112;WE=72419418;WS=72419400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	72427404	rs61746311	C	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=18;PP=650;SC=CTGAAAGAGACTGTGAATCTA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=72427412;WS=72427394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	72469074	.	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=522;ReadPosRankSum=-0.296;SC=AGGAGCAATGGAGCAGGGCAG;SOR=0.898;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=32;WE=72469082;WS=72469064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr5	72742882	rs2972191	T	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=1.291;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr5	72743299	.	G	GGC	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	72798502	rs200370518	GTT	G	605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,22:0.81:27
chr5	72800408	rs703882	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr5	72850282	rs343104	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=398;SC=ATGCTGCTGTAAGAAGTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=72850290;WS=72850272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	72851535	rs819584	A	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TGCTGACTTTATGTTGGTGTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=72851543;WS=72851525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	72853314	rs1640	T	C	30.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5060;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTTTTGTCTTTAGGACTTTCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=72853322;WS=72853304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr5	72861459	rs168222	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=262;ReadPosRankSum=0.457;SC=CCAGAGCAGAGGAAGCCCCAA;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=17;WE=72861467;WS=72861449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr5	72868546	rs1220634	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-1.054;SC=ATAAGTATACAGATAATGATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=72868554;WS=72868536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	72872766	rs1220622	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=9;PP=502;SC=AAAGCTTTTCCTTTTTATTAG;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=72872774;WS=72872756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	72873925	rs7443182	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=43;ReadPosRankSum=-0.090;SC=AGTTCACATGGCACTTTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=7;WE=72873933;WS=72873915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr5	72874801	rs12652195	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=227;ReadPosRankSum=-1.980;SC=TTTTTTTTGTGCTGTTTTGTC;SOR=1.081;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=16;WE=72874809;WS=72874791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr5	72874907	rs343122	A	C	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=316;ReadPosRankSum=-1.619;SC=ATCGAAGAGGAGTCCTTGCAA;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=31;WE=72874915;WS=72874897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,56:0.63:89
chr5	72980837	rs16870681	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=2.114;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
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chr5	73090165	rs10683146	A	AGTT	1287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=711;ReadPosRankSum=0.946;SC=GTCAGCTAGTAGTTGTTGTTC;SOR=0.752;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=14;WE=73090173;WS=73090155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr5	73090261	rs7716253	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=164;ReadPosRankSum=1.299;SC=GATCAGCAGCTGAAAAGGAAG;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=19;WE=73090269;WS=73090251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr5	73091126	rs2973549	T	A	755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=343;ReadPosRankSum=0.078;SC=TGTAATTTTTTAAAAATCCAC;SOR=0.573;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=22;WE=73091134;WS=73091116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr5	73091228	rs2973548	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=444;ReadPosRankSum=-1.331;SC=TATGAAATAACGCTTTTACCT;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=29;WE=73091236;WS=73091218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr5	73142296	rs2973571	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=0.627;SC=AATCTACAGTCGAAGGTATTC;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=17;WE=73142304;WS=73142286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr5	73144845	rs2973568	A	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=375;ReadPosRankSum=1.040;SC=ATTCTTGCTCATCACCCAAAA;SOR=0.507;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=30;WE=73144853;WS=73144835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr5	73148481	rs2973566	G	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=373;ReadPosRankSum=-1.185;SC=GTAGAGCAAAGAGCTTACAGC;SOR=1.002;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=25;WE=73148489;WS=73148471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr5	73153389	rs10543482	TACAC	T,TACACACAC	805.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=9,9;NR=2,2;PP=655,543;SC=CATATATGTGTACACACACAC;SOR=1.508;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11,11;WE=73153402;WS=73153379;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.38:21
chr5	73160730	rs1014550	G	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=388;ReadPosRankSum=-1.932;SC=ATATATATGTGGCATGGTTGC;SOR=0.805;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=29;WE=73160738;WS=73160720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr5	73160775	rs1979551	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=-0.141;SC=ACTCTTTTTTATTACCATCTA;SOR=0.898;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=21;WE=73160783;WS=73160765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr5	73163831	rs2931423	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=221;ReadPosRankSum=0.456;SC=GTGTTCCAGGCACCACCTTGG;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=17;WE=73163839;WS=73163821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr5	73163861	rs2931422	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=11;PP=522;SC=GCTGAGTGTGCTTTTACATAT;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=73163869;WS=73163851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	73163965	rs2973558	C	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=300;ReadPosRankSum=1.342;SC=TGAGAGTGACCATAACAGCTG;SOR=0.523;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=23;WE=73163973;WS=73163955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr5	73164138	rs34777247	AT	A	68.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=13.77;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	73178550	rs2973528	T	G	158.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.80;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr5	73189145	rs2973529	G	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=260;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CTCCCTGGTCGTGGTGTTCTC;SOR=0.547;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=19;WE=73189153;WS=73189135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr5	73190119	rs2973530	T	A	97.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=71;SC=CTTGGAGGTCTTACTGCTTGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=73190127;WS=73190110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	73197185	rs434065	A	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=0.531;SC=CTGGTCTGTCACGGCAGTCAG;SOR=0.503;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=73197193;WS=73197175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr5	73197200	rs384927	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-0.612;SC=AGTCAGTGGGGCAAAGGTGCT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=73197208;WS=73197190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr5	73207372	rs1478453	T	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=400;ReadPosRankSum=-1.547;SC=TTCCTTTCCATGAAAGCAGCA;SOR=1.067;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=23;WE=73207380;WS=73207362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,48:0.77:62
chr5	73339114	rs285599	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=279;ReadPosRankSum=1.611;SC=AAGTGATCTACATCCTTGGTC;SOR=0.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=26;WE=73339122;WS=73339104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,38:0.32:119
chr5	73981270	rs820878	T	C	12279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.024;SC=CTGCCGCTCTTGGTGAAGATG;SOR=0.356;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=285;TCF=151;TCR=134;TR=276;WE=73981278;WS=73981260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,486:1.00:487
chr5	73985107	rs41271747	T	A	357.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=234;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TTTAAAAATTTGGCTAAAATC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=73985115;WS=73985097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr5	73989561	.	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.034;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr5	73992609	rs1665894	G	A	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=7;PP=338;SC=TAGACAAATTGCTAATAGAAA;SOR=1.005;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=73992617;WS=73992599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	74017080	rs35491723	CTG	C	681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=437;SC=AGATATTAGACTGTTTTTTGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=74017089;WS=74017070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	74028752	.	GACACACAC	G,GAC	1094.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.513;QD=31.28;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,11,21:0.31,0.60:35
chr5	74054783	.	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.812;SC=TGTTTAAAAGGAAAAAATAAG;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=74054791;WS=74054773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	74061081	rs62366412	T	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=424;SC=TCCCATTTATTCAACAAGAAT;SOR=5.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=74061089;WS=74061071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	74324437	rs3811986	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=178;ReadPosRankSum=0.281;SC=GGCATAGTATGGTATTCAATT;SOR=0.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=4;WE=74324459;WS=74324427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr5	74324451	rs35535831	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=435;ReadPosRankSum=0.217;SC=TTCAATTCCACACTGACTCCA;SOR=1.639;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=13;WE=74324459;WS=74324427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr5	74324548	rs3811987	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=234;ReadPosRankSum=0.290;SC=TTTTCTGAGGGCAAAGTGATC;SOR=0.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=23;WE=74324556;WS=74324538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr5	74324902	rs4704166	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=294;ReadPosRankSum=0.394;SC=AAGTCTTGAACGATGGAGTTG;SOR=0.558;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=28;WE=74324910;WS=74324892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr5	74414030	.	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=84;ReadPosRankSum=1.211;SC=GTAATTCTTTCATTTTTTCAT;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=10;WE=74414038;WS=74414020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr5	74518022	.	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=2.249;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr5	74715147	.	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CCAGCTGAGGGGAAAAATGTA;SOR=0.608;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=74715155;WS=74715137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	75427518	rs1423099	C	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=516;SC=AGAGCTGAACCACTGAAAGGA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=75427526;WS=75427508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	75427935	rs10070440	G	A	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=46;PP=1516;SC=ACAAGGACCGGCGGGAGCTGG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=84;WE=75427943;WS=75427925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	75469778	rs113058744	C	T	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-0.634;NF=57;NR=64;PP=2308;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CTAATGCAAACCCTTGTCCAT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=121;WE=75469786;WS=75469768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr5	75469807	rs200350374	T	TC	2282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=4;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.456;NF=11;NR=21;PP=2953;ReadPosRankSum=2.119;SC=TATAAATCCCTCATTGCTGTA;SOR=0.538;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=32;WE=75469823;WS=75469797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
chr5	75469809	.	A	G	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQRankSum=-1.363;QD=18.52;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,60:0.48:126
chr5	75469812	rs200268981	G	T	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-1.236;QD=19.02;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr5	75469813	.	C	CA,CATG	2409.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.236;NF=11;NR=21;PP=2971;ReadPosRankSum=1.230;SC=TCCCTCATTGCTGTAAATTGC;SOR=0.628;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=32;WE=75469823;WS=75469797;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.49:127
chr5	75469815	.	G	A	2494	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=23;NF=20;NR=21;PP=2494;QD=61.6773466475;SC=CCTCATTGCTGTAAATTGCTC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=41;WE=75469823;WS=75469797;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr5	75469815	rs200542126	G	GTA	2413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-1.243;QD=19.31;ReadPosRankSum=1.272;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr5	75469885	rs62622369	C	T	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=51;NR=56;PP=2051;SC=TCAACTTGCTCTCTATAAGAA;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=107;WE=75469893;WS=75469875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	75470086	rs10805899	T	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.64;NF=10;NR=28;PP=602;SC=CGTCGCCCCGTGCTCCCCGCG;SOR=1.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=38;WE=75470094;WS=75470076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	75505517	.	C	T	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=491;ReadPosRankSum=1.402;SC=CTCACATGAGCTGTCCACACC;SOR=0.629;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=34;WE=75505525;WS=75505507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,70:0.63:111
chr5	75591624	.	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=205;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TATCCGTTTGGTTCCCTGATG;SOR=0.774;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=22;WE=75591632;WS=75591614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr5	75591710	rs2270927	C	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
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chr5	75597494	rs246816	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
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chr5	75648938	rs142457579	TA	T	308.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.891;NF=2;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GCTAATTTTTTAATTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=75648948;WS=75648928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr5	75648940	rs66963762	AT	A	102.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.73;MQRankSum=-1.803;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.754;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr5	75757556	rs10045155	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-2.081;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr5	75884734	rs1131232	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.502;SC=CTTTCAGTTTGTATCTGTTCA;SOR=0.420;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=10;WE=75884742;WS=75884724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr5	75888788	rs3736394	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.215;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr5	75893179	.	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=0.635;SC=TGCTTAGGTTCAAATCCTTGG;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=9;WE=75893187;WS=75893169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr5	75904811	rs3822529	C	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=8.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr5	75907065	rs3797390	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr5	75923141	rs2455221	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=0.206;SC=GAATTTGTGGGAATTATGATT;SOR=1.479;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=5;WE=75923149;WS=75923131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr5	75923285	rs2431351	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.427;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr5	75923294	rs2431352	T	G	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.66;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	75923307	rs2909888	A	G	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=16;PP=970;SC=CAACGTGGACAAGGACAGAGC;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=75923315;WS=75923275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	75923393	rs2431353	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=-1.061;SC=TGAAGTCATGTGATTTTTAAT;SOR=0.824;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=15;WE=75923401;WS=75923383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr5	75923459	rs2455222	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr5	75923494	rs2431354	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=1.279;SC=AGTGATTTGACTCTATCTCCA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=75923502;WS=75923484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr5	75924469	rs3822541	G	T	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GTTGTATCAGGTCAGAGAAGG;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=32;WE=75924480;WS=75924459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr5	75924472	rs2455225	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=444;ReadPosRankSum=0.007;SC=GTATCAGGTCAGAGAAGGTTC;SOR=0.854;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=20;WE=75924480;WS=75924459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
chr5	75927595	rs431160	C	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	75927606	rs3797409	C	T	237.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.29;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr5	75927635	rs3797410	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGCCTTGAAGTAAGTGGAAG;SOR=0.399;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=75927643;WS=75927625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr5	75927938	rs441157	A	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=0.254;SC=AAGACAAGTAATGCTTTCAAA;SOR=1.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=8;WE=75927946;WS=75927928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr5	75927954	rs3797412	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr5	75932869	rs2910819	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,26:0.24:107
chr5	75932965	rs2455230	G	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,41:0.24:170
chr5	75933097	rs2937415	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=1.547;SC=GAGGAACTAACTGATTTATCT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=75933105;WS=75933087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr5	75936944	rs457821	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=315;ReadPosRankSum=0.022;SC=TGGATCACCTGCCACTGTTTA;SOR=0.358;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=27;WE=75936952;WS=75936934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr5	75948474	rs2252231	T	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr5	75948650	rs2431363	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=0.545;SC=TACTGATTCTATTGTGAAGGT;SOR=0.626;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=24;WE=75948658;WS=75948640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
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chr5	75964702	rs3764935	G	A	122.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AAAAATACCAGTGAATCAATC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=75964710;WS=75964692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr5	75969396	.	C	T	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,88:0.71:124
chr5	76114963	rs1529505	C	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=392;SC=TTCGAATCGGCGGCGGCGGAT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=76114971;WS=76114953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	76128521	rs616235	G	A	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=22;PP=1256;SC=ACAGGAACCAGTAGATCCTCT;SOR=1.234;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=68;WE=76128529;WS=76128511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	76128963	.	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=307;ReadPosRankSum=0.935;SC=ATTGGGTCATCGTGAACCCCA;SOR=0.827;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=24;WE=76128971;WS=76128953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr5	76129053	rs631465	T	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=30;PP=1280;SC=TGGTCACCATTCCTTTGTATG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=76129061;WS=76129043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	76171252	rs1320308	A	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.090;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr5	76249536	rs1715771	C	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr5	76259261	.	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TTTAGCTGATCTCTGCTACCC;SOR=0.735;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=9;WE=76259269;WS=76259251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr5	76326885	rs2278241	G	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=472;SC=GGGGTCCCTGGCAGGGGCTCA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=76326893;WS=76326875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	76335623	rs35359101	A	C	100.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=38;SC=TGAAACTGACAATCATTCAAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=76335631;WS=76335613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	76351308	rs74848595	C	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GATTTAGTGGCTTTTTTTTAA;SOR=0.330;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=76351316;WS=76351298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr5	76355477	.	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=241;ReadPosRankSum=0.569;SC=ATTGAAGAATCCAAAATATAA;SOR=0.507;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=15;WE=76355485;WS=76355467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr5	76359024	rs34400049	C	A	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=21;PP=646;SC=AGAAACTAAGCCTCAAAAAGA;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=76359032;WS=76359014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	76373240	rs2303713	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	76373241	rs2303714	G	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	76607627	rs11413850	C	CT	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=1;PP=344;SC=TAAATGGATACTTTTTTTTTA;SOR=3.442;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=76607635;WS=76607617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	76607792	rs372458437	G	A	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=783;ReadPosRankSum=-2.513;SC=AAGACTTGACGCTTCTCTTGT;SOR=0.834;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=56;WE=76607800;WS=76607782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,90:0.67:135
chr5	76621612	rs4133658	A	T	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=214;SC=TAAAACGAATATCATTTATAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=76621620;WS=76621602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	76645529	rs2306343	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=19;PP=474;SC=AAATGAGTTCGTTTTTAAGTT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=76645537;WS=76645519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	76703374	rs3101866	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=1.886;SC=CATGGAGCTCAGTCTAGTGGA;SOR=0.213;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=22;WE=76703382;WS=76703364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr5	76704849	rs186753	T	C	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	76708215	rs16874241	G	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TGAGCAGAGAGACTATGGCCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=76708223;WS=76708205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr5	76709249	rs335615	A	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=2.450;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	76709268	rs335616	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	76714380	rs2242159	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=1.593;SC=TCCCACTGTACCAGATGATAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=76714388;WS=76714370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	76717583	rs13160107	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=1.649;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr5	76722442	rs62362531	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-1.783;SC=GTAGCGTAAACGAGAGGCCTT;SOR=0.527;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=12;WE=76722450;WS=76722432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr5	76736884	rs12188735	A	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.6265;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-1.691;SC=ATATAACTGAATGGAATGTCT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=76736892;WS=76736874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr5	76785406	.	GA	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.759;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr5	76916335	rs5868876	G	GC	3396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=1555;SC=TGAACAATTAGCTTCATGCAT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=32;WE=76916343;WS=76916325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	76926578	rs13357072	T	C	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=14;PP=587;SC=TGGTCGTCTTTTTGCGCTTCT;SOR=1.259;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=32;WE=76926586;WS=76926568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	76926651	rs62362480	A	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=15;PP=550;SC=ACAGACAGGGAGCTATTAGCC;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=76926659;WS=76926641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	76926748	rs77572607	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-0.466;SC=AAGTGCCGTAGGCCCGACAAG;SOR=1.136;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=76926756;WS=76926738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr5	77004275	rs352548	A	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr5	77071835	rs352575	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=0.842;SC=GGGAAGCGGCGTGCGAGGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=77071843;WS=77071825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr5	77298619	rs11552314	A	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr5	77412011	rs42360	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=-1.055;SC=AAAACTTCTTAGCAGAATTCT;SOR=0.737;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=16;WE=77412019;WS=77412001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr5	77425028	rs6453373	A	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	77473165	rs4532349	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,18:0.17:109
chr5	77512158	rs9293731	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.375;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.381;SC=ATGCCAATCAGTATTAAAGTA;SOR=3.145;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=77512166;WS=77512148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr5	77523092	rs7714159	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr5	77524068	rs368175252	T	TA	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=9;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=-1.792;SC=CTTGATCTGTTAAAAAAAAAT;SOR=0.399;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=15;WE=77524076;WS=77524058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr5	77524091	rs4499809	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.778;QD=13.46;ReadPosRankSum=-1.476;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr5	77563263	rs10065892	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGTATTTAACGTATTTTTATA;SOR=1.981;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=77563271;WS=77563253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	77656402	rs4072853	G	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=459;ReadPosRankSum=-0.974;SC=GGATCTGCTCGGCGGCGGCGA;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=28;WE=77656410;WS=77656392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr5	77684726	rs3922654	G	A	401.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.27;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr5	77745853	rs66744502	C	CA	1017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=427;SC=ATAACTGGGGCATTGGTAAGT;SOR=0.997;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=77745861;WS=77745843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	77755035	rs6453391	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=0.272;SC=TTACATCAACTTTTGCCTAAT;SOR=2.129;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=5;WE=77755043;WS=77755025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr5	77784738	rs2241566	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr5	78135241	rs25414	C	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=353;ReadPosRankSum=0.961;SC=GGGGGATGGGCTTCCTTCACT;SOR=0.830;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=25;WE=78135249;WS=78135231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr5	78181426	rs200040980	C	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=529;ReadPosRankSum=-2.386;SC=TTCCACACGTCGAAGCCATCC;SOR=0.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=35;WE=78181434;WS=78181416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr5	78301315	.	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.445;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-0.184;SC=ATTTGTCTTTCCTATTTTCTC;SOR=0.260;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=7;WE=78301323;WS=78301305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr5	78340062	rs248384	T	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=11;PP=919;SC=ACAGCCATCCTCCAGCCATGG;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=78340070;WS=78340052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	78340257	rs248385	C	G	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=58;PP=1979;SC=GGAGCACAGGCAGTTCTCGTT;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=103;WE=78340265;WS=78340247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	78340286	rs532964	A	G	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=56;PP=1648;SC=TTCACTTCAGATATAGTCGAT;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=89;WE=78340294;WS=78340276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	78340411	rs531982	T	C	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=351;SC=TGTCAGCCCATATATAAACAC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=78340419;WS=78340401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	78350099	.	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=259;ReadPosRankSum=-1.278;SC=CGAGTCATTTGATATTTAAAT;SOR=0.947;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=18;WE=78350107;WS=78350089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr5	78351636	rs2253262	A	C	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=781;ReadPosRankSum=1.656;SC=CCTTTACCTGACCAGTTTCTT;SOR=0.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=78351644;WS=78351626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr5	78359376	.	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GAACGGGAAGGAAATGGACTT;SOR=0.105;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=78359384;WS=78359366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	78373431	rs682985	C	T	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=268;SC=AACACCCAGACGCAGGTTGGT;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=78373439;WS=78373421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	78376730	.	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=0.361;SC=GAAAAGGATTGAACCTATTTT;SOR=0.798;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=22;WE=78376738;WS=78376720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr5	78415104	.	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=0.334;SC=ATCGAGAGTTCCTCAGAGCTG;SOR=0.969;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=15;WE=78415112;WS=78415094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr5	78573790	rs13182512	A	T	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=25;PP=1466;SC=CTTGTATCAGATGGAGGATGA;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=78573798;WS=78573780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	78573970	rs16876598	T	C	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=37;PP=786;SC=TGAAAGGCCATGCGTTATCCA;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=78573978;WS=78573960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	78573993	rs375255338	TA	T	191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr5	78586914	rs10043008	G	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=441;SC=GTATTAAGTTGTTATTTGTCT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=78586922;WS=78586904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	78596044	rs10514159	T	C	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=19;PP=623;SC=ATTATTATGATCTGCAACTTC;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=78596052;WS=78596034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	79029413	.	G	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	79041057	rs12514461	A	G	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	79058815	.	C	T	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=75;SC=CGTGGAAGATCACGTGCTTCT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=79058823;WS=79058805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	79086620	rs13155037	G	A	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=20;SC=CCAGCCACCGGCATCCACGAA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=79086628;WS=79086616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	79086649	rs259096	G	A	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=133;SC=CATGAGTGAAGTTTTCAGCTG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=79086657;WS=79086639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	79086903	rs10052867	G	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=230;SC=GTAAGTAGAAGAAGAAAGCAC;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=79086911;WS=79086893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	79281658	rs7734858	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=-1.697;SC=TCGAATGCTCTAAAACTAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=14;WE=79281666;WS=79281648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr5	79285898	.	CA	C	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.763;NF=6;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=0.741;SC=AATGAGTTGGCAAAAAAAAAT;SOR=0.675;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=21;WE=79285906;WS=79285888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr5	79286568	rs76766140	C	T	4154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=2.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=1.600;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,192:0.67:286
chr5	79355150	.	CAAAAA	C	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=-0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr5	79367072	.	G	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=-1.496;SC=CTCTGAGAGAGTAGGAATAGA;SOR=1.112;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=79367080;WS=79367062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr5	79368016	rs256437	T	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=6;PP=500;SC=CAGGCAGAAGTGACTCACCAT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=79368024;WS=79368006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	79374921	.	C	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,28:0.22:125
chr5	79375151	.	T	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=0.971;SC=ATATTGTGTTTTCCCATGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=79375159;WS=79375141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr5	79412238	rs10474607	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=25;ReadPosRankSum=-1.712;SC=CCAGATCACTATGAACCTTAT;SOR=0.527;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=5;WE=79412246;WS=79412228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr5	79439630	rs12652646	G	A	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,77:0.64:121
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chr5	79443198	rs78285752	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=0.234;SC=GAACCACCTCCCAGGCCCTTC;SOR=0.521;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=26;WE=79443206;WS=79443188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
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chr5	79734409	rs259029	G	A	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=1094;ReadPosRankSum=0.833;SC=ATCAATTATCGGTCTCTGATA;SOR=1.048;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=64;WE=79734417;WS=79734399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,91:0.65:140
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chr5	79809658	rs249011	A	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TATTTTTTTTAATGTTATCCA;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=5;WE=79809666;WS=79809648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr5	79815658	rs369998	T	C	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=32;PP=1237;SC=GACACCGTGATATCCTTCTTT;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=79815666;WS=79815648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	79855372	rs32857	A	G	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=40;PP=1284;SC=CCCACAGGGCAACTTTGCTGT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=79855380;WS=79855362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	79855876	rs187262	T	C	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=528;SC=TTATCAAAGATGGCAAAGACC;SOR=0.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=79855884;WS=79855866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr5	79974646	rs836807	T	C	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=101;SC=TACATACTCCTGAGTGTATCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=79974654;WS=79974636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	80021168	rs32951	A	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr5	80021193	rs245016	C	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.83;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr5	80109630	.	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=-1.153;SC=CATGAATTTTCCTTTTGTGTA;SOR=0.627;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=12;WE=80109638;WS=80109620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
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chr5	80388625	.	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr5	80390225	rs505748	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=-1.344;SC=GAATTAGAGGCGGGAGAGAGA;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=7;WE=80390233;WS=80390215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr5	80409229	rs26422	C	G	322.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.8169;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=245;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TTTAGATTAACGGAAGTCCAG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=12;WE=80409237;WS=80409224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr5	80409729	rs10942942	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=481;ReadPosRankSum=1.916;SC=TAAAACGAAGTATTCAAAAAG;SOR=0.468;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=25;WE=80409737;WS=80409719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr5	80419349	rs26891	C	G	65.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr5	80423109	rs153244	G	A	172.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTGGGAAGCCGAAGCAGAAGG;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=80423117;WS=80423099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr5	80504353	.	CTTTTTTTTTTTTTTTTT	C	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.91;ReadPosRankSum=1.630;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr5	80512974	rs6868762	G	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr5	80513068	rs6870105	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=263;ReadPosRankSum=0.730;SC=AAAGGTTTTGCTCTTCAGTAC;SOR=1.047;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=15;WE=80513076;WS=80513058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr5	80550918	rs374325893	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr5	80552960	rs10525993	AGTGTGTGTGTGTGTGTGT	A	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=872;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CTACTTGGAAAGTGTGTGTGT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=80552985;WS=80552950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	80561943	rs34054011	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=167;ReadPosRankSum=1.136;SC=TCATTCATCTTCTTCACTGTC;SOR=0.941;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=16;WE=80561951;WS=80561933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr5	80600619	rs16878594	C	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=136;ReadPosRankSum=-0.933;SC=TAACAAGAGACCCTTGCCTGC;SOR=0.741;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=10;WE=80600627;WS=80600609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr5	80604733	rs10514218	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CATATGTATTGTCAACTGAAT;SOR=1.371;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=8;WE=80604741;WS=80604723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr5	80631511	rs6452399	G	A	306.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9784;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=1.579;SC=GGACGATGGAGATGGACTTCA;SOR=2.147;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=80631519;WS=80631501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr5	80631642	rs10371	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=401;ReadPosRankSum=1.395;SC=AGACGATAAGCCAAATGTGCT;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=27;WE=80631650;WS=80631632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr5	80640919	rs147835552	TGCACACCGCTGCCACCTCCTC	T	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.525;NF=0;NR=7;PP=2788;ReadPosRankSum=-2.910;SC=AGGCCCTCCTTGCACACCGCT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=80640947;WS=80640909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr5	80689953	rs13178695	C	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=173;ReadPosRankSum=2.559;SC=GAGAGCGCTACGCCTGCGGCC;SOR=0.968;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=11;WE=80689961;WS=80689943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr5	80690028	rs115140513	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GAGGGCACTGGCGCCGCCCGC;SOR=0.175;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=80690036;WS=80690018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	81474225	rs9293290	A	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=409;SC=AAGTCATGATATTCTTCCAGG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=81474233;WS=81474215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	81538528	rs12654645	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=5;PP=311;SC=ATCATTGTAACCTAGAATTTT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=81538536;WS=81538518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	81549216	rs1864183	C	T	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=39;PP=1082;SC=GCCAAAGCAACGTCTCAGGAT;SOR=0.907;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=81549224;WS=81549206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	81549240	rs1864182	C	A	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=36;PP=1053;SC=CGAAATGTCCCTTAACAAGGT;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=81549248;WS=81549230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	81549280	rs1864181	C	T	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=27;PP=715;SC=AATGTTTTGCCGTTACAAAGA;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=81549288;WS=81549270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	81572184	rs226200	G	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	81572464	rs226199	G	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=112;SC=CTGAGCTGAAGTCCTGTGATG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=81572472;WS=81572454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	81573992	rs226198	C	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=21;PP=1516;SC=CGCCGGACCACGTGCCTCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=79;WE=81574000;WS=81573982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	81601075	rs62365440	G	A	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=149;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=101;SC=GGAGGTGGAGGTTGTGGTGAG;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=81601083;WS=81601066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	81613845	.	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr5	82136064	rs113309601	T	TTCTTC	726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=793;SC=TTTTTGCTTCTTCTTTGCCTT;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=13;WE=82136085;WS=82136054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	82136077	rs116488720	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=1.274;SC=TTTGCCTTTTAGTTTAATCTT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=6;WE=82136085;WS=82136054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr5	82353083	rs7724935	C	T	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	82353087	rs7707143	T	C	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	82360783	rs2306336	T	C	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	82407098	rs1478482	G	A	319.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	82407105	rs1478481	A	G	319.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	82499307	rs2662238	G	A	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=103;SC=TGATTATTAGGCTGAATTATG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=82499315;WS=82499297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	82648943	rs1805377	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr5	82648977	rs1056503	T	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.764;SC=CTGAGACGTCTAAAAAGGAGC;SOR=0.783;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=17;WE=82648985;WS=82648967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr5	82786194	rs12332199	T	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=538;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CCTCCCTCACTGTGGTCAAGC;SOR=0.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=46;WE=82786202;WS=82786184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr5	82789647	rs4470745	A	G	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=555;ReadPosRankSum=-0.697;SC=CTCCCAGAGTAGGCTGTTATG;SOR=0.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=40;WE=82789655;WS=82789637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr5	82833145	rs2548541	G	A	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=49;PP=1756;SC=CACCTTCTCAGAATTTCTCGG;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=89;WE=82833153;WS=82833135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	82833369	rs309559	A	G	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=43;PP=1722;SC=GGAACAGCCAAAAAAGGGGCA;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=84;WE=82833377;WS=82833359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	82833391	rs16900528	A	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=0.965;SC=AATCAGTCACAGAGAGAGATA;SOR=0.729;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=27;WE=82833399;WS=82833381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,55:0.37:147
chr5	82834299	rs188703	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=617;ReadPosRankSum=0.938;SC=ACTCTCCCACGTAGTCCTGCC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=35;WE=82834307;WS=82834289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr5	82834630	rs309557	T	C	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=47;PP=1664;SC=ATTTCAGTGGTGACTTTAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=94;WE=82834638;WS=82834620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	82835545	rs160279	A	G	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=46;PP=1571;SC=AAGGCATGAGACCAACAATTC;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=83;WE=82835553;WS=82835535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	82835724	rs160278	T	A	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=18;PP=770;SC=ATTGAAGACTTTAACAGAATG;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=82835732;WS=82835714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	82837631	rs160277	G	T	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,111:0.71:156
chr5	82837897	rs113014073	G	A	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,106:0.69:154
chr5	82838056	rs139453864	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=349;ReadPosRankSum=-1.696;SC=TTAATGAAGAGTCAGTGGAAG;SOR=0.935;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=27;WE=82838064;WS=82838046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
chr5	82843711	rs3842065	T	TATC	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=237;SC=TCTTGTATGTTATCTTGCAAC;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=82843719;WS=82843701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	82849120	rs6873404	T	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=5;PP=268;SC=TAACACTTGGTTGGGGGTGCC;SOR=1.071;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=82849128;WS=82849110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	82850631	rs2290673	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-0.022;SC=AAGGTAGACTAGGAGAGATTT;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=82850639;WS=82850630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	82875800	rs308365	C	T	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=18;PP=1059;SC=TTCCTTTAGTCGCTTGCGGCC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=53;WE=82875808;WS=82875790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr5	82940506	rs41271133	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr5	82940510	rs1457081	T	C	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr5	83402456	rs55742505	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TTGTCCCATCCCATCTGTTAC;SOR=1.751;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=6;WE=83402464;WS=83402446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr5	83433002	.	TAC	T,TACAC	698.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,17,24:0.33,0.46:52
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chr5	86564995	rs3734000	T	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=407;ReadPosRankSum=2.101;SC=ACCTGGCGTCTTCCTACATTT;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=23;WE=86565003;WS=86564985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr5	86633973	rs3752862	G	A	124.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=2.200;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr5	86667856	rs35014912	G	GA,GAA	530.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.42;QD=22.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,11:0.54,0.46:24
chr5	87497977	rs358289	C	T	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=182;SC=AGTTAAATAACCTGCCTCAAA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=87497985;WS=87497967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	87498849	rs3097146	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=7.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.012;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr5	87502325	rs357515	G	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	87503087	rs34534189	GACT	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=-1.147;SC=AATAAAATTTGACTACAACAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=87503097;WS=87503077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr5	87963272	rs5869431	G	GA	1535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=376;SC=TAGGCACCATGGCTTTTTACC;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=87963280;WS=87963262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	87968912	.	CA	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=4.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-2.269;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
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chr5	89703641	rs4873	C	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=0.251;SC=TTGTCCACTACAAGCTCACTT;SOR=0.834;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=8;WE=89703649;WS=89703631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr5	89705390	rs10041922	T	A	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=747;ReadPosRankSum=-2.026;SC=CCAAACGTCCTCCCTTCCACA;SOR=0.629;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=58;WE=89705398;WS=89705380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,85:0.67:127
chr5	89705752	rs11315430	GC	G	115.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=147;SC=ACCTCCTAACGCCCCCCCGCC;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=89705760;WS=89705745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	89769647	rs3763072	G	A	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=1100;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GCCCGCGGGGGCCCATTACCA;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=76;WE=89769655;WS=89769637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,104:0.62:167
chr5	89769728	rs2162986	T	C	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=56;PP=1889;SC=GGGCTGGGCGTCCGCACCACC;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=96;WE=89769736;WS=89769718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	89781594	rs2115500	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-0.157;SC=ATGATTATAGCATCCTCAAGT;SOR=0.404;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=9;WE=89781602;WS=89781584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr5	89807711	rs6897910	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=1.140;SC=TGACAAGAGTGGAAGGTGGTG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=89807719;WS=89807701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr5	89814604	rs1305059	G	GTGACC	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=194;ReadPosRankSum=0.707;SC=AGATGCACATGTGACCACTAA;SOR=0.197;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=4;WE=89814612;WS=89814594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr5	89815312	rs34548009	G	GA	720	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5751;FS=1.684;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=302;ReadPosRankSum=1.084;SC=CTGTGGGGGGGAAAAAAAAGC;SOR=0.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=15;WE=89815320;WS=89815302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
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chr5	89816309	rs35118083	A	AT	1054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=4;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.449;NF=2;NR=24;PP=1636;ReadPosRankSum=0.046;SC=CTAAATGCAGATTTTAGATAT;SOR=0.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=26;WE=89816317;WS=89816289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
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chr5	89825210	rs603870	G	A	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=891;ReadPosRankSum=-1.392;SC=CGCAGCTGGGGCTCAACCCCG;SOR=0.660;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=72;WE=89825218;WS=89825200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,101:0.64:158
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chr5	89923430	.	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
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chr5	89975338	.	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=410;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GTGTTGTGTGGGTTGTGTCTC;SOR=0.556;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=35;WE=89975346;WS=89975328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,63:0.36:173
chr5	89979589	rs4916684	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=0.165;SC=CTCTGTGTCAGTCCTCAGTGT;SOR=0.687;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=14;WE=89979597;WS=89979579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr5	89979967	rs200372116	G	A	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=706;ReadPosRankSum=-0.083;SC=TGTCTTTATCGAACTACTCAA;SOR=0.728;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=44;WE=89979975;WS=89979957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,63:0.71:89
chr5	89986963	rs17621985	T	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=-1.809;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr5	89989752	rs111033429	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=1.498;SC=GTACTTCCGACATTGATGTAG;SOR=0.773;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=89989760;WS=89989742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr5	89990324	rs1878878	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,35:0.29:120
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chr5	90001988	rs1160121	G	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=153;ReadPosRankSum=-0.255;SC=AAATTCACAAGGGGATATTAT;SOR=0.576;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=14;WE=90001996;WS=90001978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr5	90002220	rs60522638	C	CT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.171;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr5	90007075	.	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=-0.028;SC=GGCCATGTTTCCTTATTTGTG;SOR=0.830;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=16;WE=90007083;WS=90007065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr5	90012379	rs13157270	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,39:0.29:134
chr5	90015792	rs6881412	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=7.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
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chr5	90020868	rs7723259	A	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TTAGATGTATAATGAATAACT;SOR=0.495;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=5;WE=90020876;WS=90020858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	90050853	.	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.307;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,43:0.28:151
chr5	90052954	.	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5274;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=301;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CATCTCATGGGATTCTTGAAT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=18;WE=90052962;WS=90052944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr5	90074874	.	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=393;ReadPosRankSum=-0.138;SC=AGGCCCAGAGGAATTTTCTCT;SOR=0.856;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=28;WE=90074882;WS=90074864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr5	90079811	rs41311745	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.820;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr5	90079820	rs17554631	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.513;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr5	90101035	.	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=127;ReadPosRankSum=0.909;SC=TTACGTTTAACCCATTCCTCA;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=12;WE=90101043;WS=90101025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr5	90106920	.	G	A	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,48:0.38:127
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chr5	90119324	rs2438378	G	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr5	90669400	rs6452952	A	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=124;SC=TGTTCTGTTAACATGATAATC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=90669408;WS=90669392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	92923894	.	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.039;ClippingRankSum=0.000;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=4.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.195;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,85:0.30:286
chr5	92956623	rs147889267	T	TCGA	1518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=1318;ReadPosRankSum=-1.205;SC=GGGAGTCCGCTCGACACAAGC;SOR=0.732;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=26;WE=92956631;WS=92956613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr5	92956865	rs6892853	G	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr5	93076586	.	G	A	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.00;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,66:0.69:95
chr5	93294451	.	C	CA	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr5	93410244	rs7732578	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr5	93731985	rs308207	A	G	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=794;ReadPosRankSum=-2.062;SC=ATCTGTCAAGAGAGGCACCTG;SOR=0.814;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=54;WE=93731993;WS=93731975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,99:0.59:167
chr5	93732334	rs308206	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GATCAAGTGCCTGACATATTC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=93732342;WS=93732324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	93753017	rs29910	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=168;ReadPosRankSum=-0.599;SC=TTAAAGATGGCTTCCATCAAG;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=11;WE=93753025;WS=93753007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr5	93872945	rs6556847	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	93998112	rs10684163	G	GTTA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=165;ReadPosRankSum=0.137;SC=TTTGTGTTTTGTTATTAGTTA;SOR=0.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=93998120;WS=93998102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr5	94022491	rs113089557	TTTAG	T	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.952;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr5	94043353	rs7735924	G	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=0.988;SC=AATGAGAGACGGTGCTTGGGG;SOR=0.603;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=14;WE=94043361;WS=94043343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr5	94043430	rs7737187	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=-0.279;SC=AATAGAATGACAGAGCAAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=7;WE=94043438;WS=94043420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr5	94046387	rs306573	A	G	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=206;SC=ATTTTTAACCAACCTGTCTCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=94046395;WS=94046377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	94050388	rs62365699	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=498;ReadPosRankSum=2.239;SC=AAGGAGTGTCCCCTGCCAAAA;SOR=0.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=31;WE=94050396;WS=94050378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr5	94050447	rs2638	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.64;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,72:0.72:100
chr5	94050487	rs2636	T	A	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=930;ReadPosRankSum=3.553;SC=CTCACTTCTTTATCCTTTCGC;SOR=0.563;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=67;WE=94050495;WS=94050477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,93:0.70:132
chr5	94114594	rs255372	T	C	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=161;SC=TTGTTTGTTCTTGGCAGAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=94114602;WS=94114584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	94203211	rs159034	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.733;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr5	94230358	rs9885412	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=0.420;SC=ACGTACATATCTCTTTAATAT;SOR=0.787;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=94230366;WS=94230348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr5	94289014	.	C	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=1.928;SC=TATCTTACTTCTAAAAACTTC;SOR=0.419;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=9;WE=94289022;WS=94289004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr5	94353024	rs12658252	T	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=259;ReadPosRankSum=-0.613;SC=AAGTTTGTCATAAACACATAA;SOR=0.442;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=22;WE=94353032;WS=94353014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr5	94619545	rs5869672	G	GC	774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=143;SC=CTCCGGCCGCGCCACCGGCAC;SOR=0.963;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=94619553;WS=94619535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr5	94728631	rs2546097	G	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=578;SC=CACATTAAAAGTAGAATACTT;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=94728639;WS=94728621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr5	94756261	rs62365043	C	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.103;SC=ATAGAACTTTCAATGCCTCAC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=10;WE=94756269;WS=94756251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	94756278	rs62365044	G	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr5	94759802	rs17084711	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	94772540	rs6878669	C	T	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=38;PP=1301;SC=AACTGCCAGTCCTGAGCAAAC;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=68;WE=94772548;WS=94772530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	94852771	.	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.280;SC=ACACCTACGGGAATATAAAAG;SOR=0.643;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=10;WE=94852779;WS=94852761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr5	94956619	rs113272282	G	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=187;ReadPosRankSum=0.710;SC=CTGGCCGGGGGAGCGTCGCTG;SOR=0.978;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=16;WE=94956627;WS=94956609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr5	95067287	.	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=-1.259;SC=ACGCGGCCGGGGATGAGCGGA;SOR=0.976;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=16;WE=95067295;WS=95067277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr5	95103925	.	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr5	95124328	rs3822753	T	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=620;SC=TGTCACAGTATACTGAAAGCT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=95124336;WS=95124318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	95152313	rs4561	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=-0.270;SC=AATCTTTACCAATAAAGACTC;SOR=0.751;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=13;WE=95152321;WS=95152303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr5	95194571	rs13168014	T	C	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=30;PP=1084;SC=CGCAGCCACTTCAGGCTGCTG;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=95194579;WS=95194561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	95226655	rs6556893	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TTCAAGAACTATTTCAAATAT;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=8;WE=95226663;WS=95226645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr5	95227061	rs41276259	G	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=45;SC=AATATTTAGAGATTAGATCCA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=95227069;WS=95227051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	95234350	rs3777204	A	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=18.66;ReadPosRankSum=1.380;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr5	95234377	rs3777203	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=0.779;SC=CAGGGGGCAGCGGGAGGCCTG;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=16;WE=95234385;WS=95234367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr5	95234392	rs3777202	A	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=231;ReadPosRankSum=1.723;SC=GGCCTGCAGCAGATTTTTCAC;SOR=0.086;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=17;WE=95234400;WS=95234382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr5	95234630	rs3777201	G	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=0.655;SC=TATTACCAGGGTTGTAATATT;SOR=0.259;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=11;WE=95234638;WS=95234620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr5	95236415	rs17085249	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=127;ReadPosRankSum=-1.106;SC=AAGATACAGCGTCTCTACTAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=10;WE=95236423;WS=95236405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr5	95236459	rs3815768	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=0.375;SC=CTGGTGCCTGCAGCATTCTGA;SOR=0.430;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=10;WE=95236467;WS=95236449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr5	95255379	rs4642392	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=0.241;SC=ATACATCCTCGCAGCATTTAA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=95255387;WS=95255369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	95278679	rs3734131	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=1.047;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr5	95414786	rs5869706	T	TTAAAA	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=474;SC=ACCCATGCACTTAAAGTTAAA;SOR=0.892;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=95414794;WS=95414776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	95728898	rs6235	C	G	3355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=1302;ReadPosRankSum=-2.517;SC=GAGCTTTGCACTTGGGGACTT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=84;WE=95728906;WS=95728888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,152:0.77:197
chr5	95728974	rs6234	G	C	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=712;ReadPosRankSum=2.056;SC=AGCATGGCCTGGGAAGGGGCT;SOR=1.292;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=56;WE=95728982;WS=95728964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,80:0.73:109
chr5	95732986	rs271920	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=108;ReadPosRankSum=-2.386;SC=TTAAAAGTGCTTCAAAATGTT;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=9;WE=95732994;WS=95732976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
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chr5	95746355	rs156020	T	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.473;SC=AAGTGTGAGTTCTCCCAACTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=3;WE=95746363;WS=95746345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr5	95747963	rs35364611	TCTC	T	1201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.11;ReadPosRankSum=1.931;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
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chr5	95768847	rs6230	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=187;SC=CTCGGGCTCTAGACCACTCCT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=95768855;WS=95768837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	95998357	rs146973537	G	GGCAGGTGGCT	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=1498;ReadPosRankSum=1.660;SC=GCCGCTGCCAGGCAGGTGGCT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=95998365;WS=95998347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	96031569	rs9667	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr5	96064633	rs27531	A	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=195;SC=TGAATTTTTCATTATTCTGAT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=96064641;WS=96064623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	96064715	rs28042	A	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=5;PP=212;SC=CTGTGATCCTAAAGAGTGGGC;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=96064723;WS=96064705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	96066652	rs151904	C	T	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=33;PP=974;SC=AACCTATCATCTGGCAAAACT;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=96066660;WS=96066642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	96078309	rs26503	G	A	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=12;PP=811;SC=TGGATTGTTCGGGCTCCAGAG;SOR=1.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=96078317;WS=96078299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	96079387	rs26505	C	T	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=19;PP=685;SC=CAGTGTGGCACGATAAGCTTT;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=96079395;WS=96079377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	96079402	rs26506	C	T	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=22;PP=700;SC=AGCTTTGTGACGGTGAACGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=96079410;WS=96079392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	96089658	rs27583	G	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=153;SC=AAAAGATAGCGTGTGCCTTTT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=96089666;WS=96089648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	96089976	rs27772	A	G	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	96090383	rs142879548	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr5	96093222	rs27654	G	A	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr5	96093391	.	G	GT	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr5	96093441	rs27969	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=582;SC=GTCATCCAGGCGGGAGTACAG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=96093449;WS=96093431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	96097895	rs27980	T	G	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=0;PP=128;SC=TTAAGCTATCTTTAAGAGTTA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=96097903;WS=96097885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	96098214	rs27582	G	A	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=299;SC=CAGAAGAGCCGAGACTGATGA;SOR=2.030;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=96098222;WS=96098204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	96101031	rs373206248	TAAAA	T	1121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.68;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	96101066	rs11399505	T	TA	978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=39;PP=1863;SC=AATTCACTAATAGTGAAATTT;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=41;WE=96101074;WS=96101056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	96101944	rs27524	A	G	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=28;PP=847;SC=CTCCTTTACAATAGCATAAAA;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=96101952;WS=96101934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	96107202	rs27689	G	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=4;PP=239;SC=TCACAATATTGTGGCCAGATG;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=96107210;WS=96107192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	96116031	rs71978924	AACTC	A	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=243;SC=ATCCATTTCTAACTCACCACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=96116042;WS=96116024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	96116940	rs27042	G	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=435;SC=GCAATGAATAGGTGATGAAAC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=96116948;WS=96116930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	96117300	rs27043	G	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=10;PP=608;SC=AGCAGGATAGGCAATTCCTGG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=96117308;WS=96117290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	96118852	rs27044	G	C	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=30;PP=958;SC=AGTAGTAGTTGACTCCGCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=96118860;WS=96118842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	96119579	.	A	ACT	322	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=72;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=7;NR=3;PP=322;QD=34.6;SC=AATGATTAACACTTTTTAACA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=96119587;WS=96119569;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	96121370	rs11386832	T	TA	472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=477;SC=TAGAAGAACTTAAAGGAAAAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=13;WE=96121378;WS=96121360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	96121406	rs469876	A	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=8;PP=622;SC=GTTATCAATCAATCATTTTTG;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=96121414;WS=96121396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	96121524	rs469783	C	T	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=38;PP=1721;SC=TAATGAGACTCGCCCGATCAT;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=96;WE=96121532;WS=96121514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	96121715	rs469758	C	T	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	96122260	rs30379	T	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=11;PP=395;SC=GTACCTAAAATAAAGGAGAGG;SOR=0.906;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19;WE=96122268;WS=96122250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	96122281	rs30380	A	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=10;PP=314;SC=TGGATTGTTCATTTGTTGATT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=96122289;WS=96122271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	96124330	rs30187	T	C	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=20;PP=1007;SC=GGGAAAACCCTTCTGCAGTGT;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=96124338;WS=96124320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	96124447	rs30186	G	C	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	96125910	rs26510	C	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=13;PP=937;SC=TAATCAAGGACCTCAGAAAGT;SOR=1.451;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=46;WE=96125918;WS=96125900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	96126197	rs27710	A	G	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1586;ReadPosRankSum=-0.296;SC=ATGCAGAGATATTCAAAAACA;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=79;WE=96126205;WS=96126187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr5	96126308	rs27529	A	G	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=25;PP=708;SC=ATGCGTCAGCACTAAGATACT;SOR=1.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=32;WE=96126316;WS=96126298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	96127905	rs27640	T	C	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=40;PP=1271;SC=CCTATTGAGATAGAAAAAAGA;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=96127913;WS=96127895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	96129512	rs27434	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=12;PP=654;SC=ATACCTGGTGAGCCAGTTCAT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=96129520;WS=96129502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	96130836	rs26618	T	C	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=37;PP=1471;SC=CTGCTTGATTTATCTTGTCTG;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=79;WE=96130844;WS=96130826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	96139250	rs26653	C	G	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=15;PP=753;SC=TTGCTCCTGACGGGGGTGTTC;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=96139258;WS=96139240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	96253104	rs1363908	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=264;SC=GGATTACAGGTGTGAACCACC;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=96253112;WS=96253094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	96322419	rs38034	C	T	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=36;PP=1044;SC=TCACAAGAGGCTCAGAGGACC;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=60;WE=96322427;WS=96322409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	96329857	rs27304	G	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=105;SC=GATGTTTGACGTTACAGGTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=96329865;WS=96329847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	96363608	.	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr5	96364151	.	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=468;ReadPosRankSum=0.572;SC=CTTCCGGCTTCGTTGTGTCCA;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=32;WE=96364159;WS=96364141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr5	96498783	rs8654	G	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=210;SC=CCCAAAAGCTGGCTGCTTCCA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=96498791;WS=96498773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	96503523	rs160632	C	T	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=50;PP=1557;SC=TTTTCTGACCCGTAAACCTCT;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=91;WE=96503531;WS=96503513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	96509055	rs316194	G	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.80;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	96512865	rs2548319	T	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	96512871	rs2544772	T	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	96513471	rs2544773	G	C	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=30;PP=1201;SC=GTTTCCAACAGACTCAACTAC;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=67;WE=96513479;WS=96513461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	96518792	rs3734010	T	G	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=35;PP=1859;SC=TCACACAGTGTTAAGGGGAAG;SOR=1.284;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=98;WE=96518800;WS=96518782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	96519094	rs3806945	A	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=14;PP=713;SC=GTCTTATGAAACACATAGTAT;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=96519102;WS=96519084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	98109838	rs2662263	A	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=12;PP=262;SC=GCAGCGCCGCAGCCCCGGGCT;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=98109846;WS=98109828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	98109985	rs2545730	G	A	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	98224945	.	T	TA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=2.248;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr5	99921841	rs2370612	G	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=0.030;SC=TTTTAAAATTGTTCTAGAAAG;SOR=1.472;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=4;WE=99921849;WS=99921831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	101574885	rs41403944	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr5	101574897	rs199652834	A	AT	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.676;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
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chr5	101592742	rs174414	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=0.637;SC=TTTCTCACCATTTAAGAAAAC;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=101592750;WS=101592732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr5	101627027	rs841929	T	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.558;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=277;ReadPosRankSum=0.072;SC=AAAACAAACATAAACACAATA;SOR=2.356;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=15;WE=101627035;WS=101627017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
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chr5	101631592	rs3114659	A	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=677;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CCCGAGCCTCAAGCGGGCGCT;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=48;WE=101631600;WS=101631582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr5	101631764	.	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=1.262;SC=GGAGACATTGGGAGGGGCTGA;SOR=0.659;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=23;WE=101631772;WS=101631754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
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chr5	101724612	.	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-2.238;SC=TAATATATATGAATGACGACT;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=5;WE=101724620;WS=101724602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr5	101726648	rs6874612	C	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-2.167;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
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chr5	101795490	rs11746217	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
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chr5	101815888	rs150189521	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr5	101816228	rs10041652	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=33;ReadPosRankSum=1.408;SC=ATTACATGATGTAAGTTTATT;SOR=0.293;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=6;WE=101816236;WS=101816218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
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chr5	102363858	rs26433	C	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=297;SC=GACTGGGACTCATTTTGAAAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=102363866;WS=102363848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	102364542	rs2067133	A	AAT	863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=415;SC=AAGGTAACAGACATTGCTGCA;SOR=1.402;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=9;WE=102364550;WS=102364532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	102494751	rs257292	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TTTATTTATGATAAACTTAAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=102494759;WS=102494747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	102512570	rs11408825	C	CA	776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=359;SC=GTTTAAAGACCATGATTCTCA;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=102512578;WS=102512560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr5	102890560	rs11373550	G	GA	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=0.094;SC=TGGATCTGTTGAAAAAAAAAA;SOR=0.856;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=5;WE=102890568;WS=102890550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
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chr5	107006446	rs35553	T	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=664;ReadPosRankSum=2.364;SC=AAAATGAAAGTGGGCGAGAAA;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=28;WE=107006454;WS=107006436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr5	107197420	rs61749621	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=462;ReadPosRankSum=3.189;SC=AGGCAGGAGCGCTAGGAGGAG;SOR=0.352;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=38;WE=107197428;WS=107197410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr5	107197445	.	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=545;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CAGACATGTTGGGGGTCCAGC;SOR=0.466;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=40;WE=107197453;WS=107197435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,59:0.59:100
chr5	107197502	rs34990078	G	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=476;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CCTGCAGGACGGTGCTGAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=30;WE=107197510;WS=107197492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr5	107560101	rs2044710	A	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=350;SC=TTTAAAAGTCATCTCTTGACC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=107560109;WS=107560091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	107683989	rs3756573	T	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TTTGATTAAGTAGTATTTGAA;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=107683997;WS=107683979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr5	107684324	rs1862195	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=0.078;SC=AAAATAACCACGTCAGAGTTA;SOR=0.776;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=13;WE=107684332;WS=107684314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr5	107703446	rs34546708	CAAG	C	668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.67;NF=10;NR=4;PP=619;SC=TCTTAAAAAACAAGAAGACAG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=107703456;WS=107703436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	108168451	rs376837075	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr5	108203451	rs34195313	G	GT	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=1.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr5	108281909	rs2229086	C	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=-1.327;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
chr5	108281997	rs112946339	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=0.271;SC=TAATGAATATATATATATGTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=108282005;WS=108281987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	108290403	rs66958414	GT	G	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;QD=13.84;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr5	108290447	.	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-0.571;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr5	108295157	.	A	AAAAG	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=70;QD=45.5;SC=AGTTCAGAAAAAAAGTTTTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=108295165;WS=108295147;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr5	108373066	rs78764938	A	G	3388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.10;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,87:0.64:135
chr5	108373075	rs73779109	A	G	3390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,86:0.65:133
chr5	108373106	rs3822684	C	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=572;ReadPosRankSum=0.091;SC=AACAACTGTTCTTATTCTTTG;SOR=0.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=39;WE=108373114;WS=108373096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr5	108386985	rs2416195	A	T	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=539;SC=CACAAGTGAGAGGAATCTTGA;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=108386993;WS=108386975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	108387169	rs115715653	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.461;NF=14;NR=10;PP=291;ReadPosRankSum=0.396;SC=AAGGCTGTGCGTGGGAGTTAG;SOR=0.748;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=24;WE=108387177;WS=108387159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,19:0.17:113
chr5	108387229	rs113844089	AG	A	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.331;NF=4;NR=11;PP=481;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CACTGTAATTAGCCCAGTTTT;SOR=0.880;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=15;WE=108387237;WS=108387219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,29:0.25:118
chr5	108387334	rs190798243	A	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=537;ReadPosRankSum=-1.032;SC=GCGAGAGGGGAGCAGTTGGTG;SOR=0.622;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=32;WE=108387342;WS=108387324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr5	108388047	rs61741032	T	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.695;NF=15;NR=16;PP=486;ReadPosRankSum=-1.380;SC=ACCACTGTCTTCAGCAGCAGG;SOR=0.162;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=31;WE=108388055;WS=108388037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr5	108516629	rs6594349	A	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=21;PP=650;SC=TTTTTTTTTTAATGGTAAAAA;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=108516637;WS=108516608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	108672946	rs246105	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GGTGCTTCTGCAATACTGTCA;SOR=0.191;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=108672954;WS=108672936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr5	108679870	rs142828555	T	TTTAA	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr5	108691738	rs2431253	A	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-2.213;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr5	108713970	rs10042721	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=709;ReadPosRankSum=1.526;SC=TGTTATCCACCTCTTGCCTTC;SOR=0.785;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=29;WE=108713990;WS=108713960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr5	108713982	rs12523186	T	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=709;ReadPosRankSum=1.026;SC=CTTGCCTTCCTGCTGTGGCTC;SOR=0.786;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=29;WE=108713990;WS=108713960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,39:0.36:107
chr5	108714298	rs1045706	T	C	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=465;ReadPosRankSum=-0.124;SC=ATTGGTATTTTGTTCACTACA;SOR=0.772;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=49;WE=108714306;WS=108714288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,71:0.41:174
chr5	108719151	rs1045704	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.533;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,38:0.32:119
chr5	109049507	rs12657204	C	G	267.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.510;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr5	109052086	rs17638392	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=21;PP=556;SC=CTGACTTTTAACATTAATATA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=109052094;WS=109052076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	109117171	rs13189822	A	G	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=36;PP=1575;SC=ACAAGGGCCAATCGATGTTCC;SOR=0.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=86;WE=109117179;WS=109117161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	109125072	rs2112212	C	G	190.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	109125075	.	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	109152873	rs112578884	ATATATGTATATG	A	439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=2;PP=2337;SC=TCTCAAAAATATATATGTATA;SOR=1.802;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=109152892;WS=109152863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	109181682	rs3186988	A	T	5440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=72;PP=2306;SC=CTGCTCAGTCATTAGGGGTTT;SOR=0.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=128;WE=109181690;WS=109181672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	109183341	rs11241041	G	T	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	109190935	rs3217225	TCTC	T	3450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=23;PP=1098;SC=GCAAATAAGTTCTCCTCACCT;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=109190945;WS=109190925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	109200553	rs12656073	A	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=6;PP=430;SC=GCTCAGTACAAGTAGGAGAGA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=109200561;WS=109200543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	109219577	rs13161708	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,45:0.34:134
chr5	109976774	rs112654571	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-0.405;SC=AACTCTTAATTGTGCTCCAAA;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=109976782;WS=109976764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr5	110285588	.	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.754;NF=4;NR=6;PP=147;ReadPosRankSum=2.136;SC=AGGACTTCTTCGTGAAGGGAT;SOR=0.190;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=10;WE=110285596;WS=110285578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr5	110407507	rs2289276	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=2.765;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr5	110407549	.	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=2.139;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr5	110408705	rs11466741	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=254;ReadPosRankSum=0.156;SC=TATCCTGCTACGTGCAGAACT;SOR=0.425;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=19;WE=110408713;WS=110408695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr5	110409067	rs2289277	C	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=174;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTACTCAACCCTGACCTCTTC;SOR=1.739;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=15;WE=110409075;WS=110409057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr5	110434307	.	G	A	48	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=48;QD=27.5904041824;SC=AAAAGTTGGGGTACATTTCTT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=110434315;WS=110434297;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	110436450	rs10038177	C	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	110439509	rs11241095	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=0.440;SC=TGTTGTTGCTATTGGTCTTAT;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=110439517;WS=110439499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr5	110443228	rs10043631	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=2.241;SC=ATAATATTGACTGAAAAAACG;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=110443236;WS=110443218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	110446091	rs34962120	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TAAGTGCTGGGCATTTTGCTA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=110446099;WS=110446081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	110446741	rs13161853	C	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=179;ReadPosRankSum=-0.590;SC=AAATCAGACTCTTTAATAAAG;SOR=0.242;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=14;WE=110446749;WS=110446731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr5	110448752	rs35527062	T	TA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	110454681	rs17553936	A	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=628;ReadPosRankSum=-0.244;SC=TAGAGTTCAAATACTTTTAAC;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=41;WE=110454689;WS=110454671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr5	110456704	rs13186912	A	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=137;ReadPosRankSum=-0.631;SC=ATGTAGAAGTATCAGAAGAAA;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=10;WE=110456712;WS=110456694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr5	110679657	rs446176	C	G	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=11;PP=550;SC=CACTTATTTTCAAGCTTTCCC;SOR=1.148;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=30;WE=110679665;WS=110679647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	110679873	rs387238	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-1.881;SC=CTGATTTGAAGAACAAAGGGG;SOR=0.859;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=8;WE=110679881;WS=110679863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr5	110710360	rs306067	G	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=224;SC=CTGGCTGTATGTTACGTCAGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=110710368;WS=110710350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	110710699	rs5870446	A	AG	1196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=15;PP=327;SC=GATAATGAGAAGGGATTCTCC;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=15;WE=110710707;WS=110710689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	110712491	rs306129	A	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=225;SC=TAGCCATAGTATTAGCTATTT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=110712499;WS=110712481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	110730557	rs523389	C	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=398;SC=AAGAAATGCGCATCTGTGATA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=110730565;WS=110730547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	110782634	rs34007984	T	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=0.722;SC=TTGGAAGTTTTTGCTCTTTCC;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=110782642;WS=110782624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr5	110784822	rs2116824	A	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=18;PP=624;SC=TTCTTGTGTTATTAGCTGATT;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=110784830;WS=110784812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	110818421	rs3733995	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=187;ReadPosRankSum=-0.167;SC=AGTTTGTAAGCTGAGGGCAAG;SOR=1.002;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=12;WE=110818429;WS=110818411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr5	110819753	rs25925	G	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=3;PP=255;SC=TGGCCTCTTCGCGCCTGGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=110819761;WS=110819743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	111013858	rs26042	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.630;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr5	111066616	.	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=0.949;SC=GAGGTGTTACGATTAAAAAAA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=111066624;WS=111066606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	111070298	rs3756605	T	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	111071106	rs3797722	T	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=272;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GTGTTAACAATATGGCATCTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=14;WE=111071114;WS=111071102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	111091630	rs144568737	TTAAGA	T	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.819;NF=1;NR=11;PP=515;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TTTTCTGTGGTTAAGATAAGT;SOR=0.859;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=111091642;WS=111091620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr5	111479750	rs62372418	T	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=504;SC=ATAAACTGCCTTCAGAAACAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=111479758;WS=111479740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	111481599	.	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.03;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,71:0.77:92
chr5	111497358	rs3816657	T	G	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=31;PP=1014;SC=CTGCTAGCCTTAAGTGTATGG;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=111497366;WS=111497348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	111500816	.	C	CTAAAA	929	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.42;NF=1;NR=15;PP=929;QD=60.75;SC=CATTTCTTCTCTAAAATATAT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=16;WE=111500832;WS=111500806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,16:0.84:19
chr5	111500822	.	T	TAAA	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=43.26;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	111500824	.	T	C	416	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.57;NF=2;NR=14;PP=416;QD=28.1732007842;SC=CTCTAAAATATATTTGAAAAA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=111500832;WS=111500806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr5	111500824	rs33929905	T	TAC	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=43.26;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	111504479	rs7703522	C	T	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=61;PP=1951;SC=ATCCGAAGAACGGGTCACCGG;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=114;WE=111504487;WS=111504469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr5	111505885	rs1560052	T	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=207;SC=CCTAGTTTTGTTTAAAATGTA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=111505893;WS=111505875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	111506069	rs10040749	G	A	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	111519740	rs1560058	T	C	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=24;PP=991;SC=GGATCGCCTGTTGTTGGGGTC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=111519748;WS=111519730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	111530284	rs7719346	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=16;PP=514;SC=TTTTTCCGGTATTCTCTATTA;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=111530292;WS=111530274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	111540950	rs12658467	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=355;SC=ATTTCCACTTCAGAAATCCCA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=111540958;WS=111540940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	111540968	rs373807306	T	TC	624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=6;PP=670;SC=CCAGCCCCTCTCCCCTGGGTC;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=111540976;WS=111540958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	111545670	rs890757	C	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=6;PP=158;SC=CCTACTGATGCTGTTTGATTC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=111545678;WS=111545660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	111643257	.	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=0.250;SC=AGTCATGGTTCTCATCTTTTA;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=111643265;WS=111643247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr5	112162854	rs2229992	T	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=298;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GTGAAATGTATGGGCTTACTA;SOR=0.427;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=24;WE=112162862;WS=112162844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,58:0.71:82
chr5	112164561	rs351771	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-1.482;SC=AGGTTATTGCGAGTGTTTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=6;WE=112164569;WS=112164551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr5	112175372	.	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=293;ReadPosRankSum=1.197;SC=AGCGAAATCTCCCTCCAAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=21;WE=112175380;WS=112175362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr5	112175770	rs41115	G	A	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=730;ReadPosRankSum=0.574;SC=ATTTTGCCACGGAAAGTACTC;SOR=0.746;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=49;WE=112175778;WS=112175760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,71:0.58:123
chr5	112176325	rs42427	G	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=612;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TTAGAGGAGGGGCACAGTCAG;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=35;WE=112176333;WS=112176315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr5	112176559	rs866006	T	G	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=730;ReadPosRankSum=0.308;SC=CATCTGCGTCTTCTTCTGCAC;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=51;WE=112176567;WS=112176549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,71:0.66:108
chr5	112176756	rs459552	T	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=10;PP=740;SC=AATTCCAAGGTCTTCAATGAT;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=112176764;WS=112176746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	112177171	rs465899	G	A	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=971;ReadPosRankSum=0.629;SC=AAAATACTCCGGTTTGCTTTT;SOR=0.601;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=58;WE=112177179;WS=112177161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,77:0.65:119
chr5	112196949	rs460137	A	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=243;ReadPosRankSum=0.497;SC=GCGGACGCGGAACCATTTCTT;SOR=0.455;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=17;WE=112196957;WS=112196939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr5	112197986	.	A	T	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=24;QD=14.6928031368;SC=TCAATCAGAAAGAGGAGTAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=112197994;WS=112197979;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr5	112198015	.	A	G	54	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=4;NR=2;PP=54;QD=14.7952020912;SC=CAGTCTGATTAGTTGCTCGAG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=6;WE=112198023;WS=112198005;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	112198071	rs112093457	AAGG	A	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=218;ReadPosRankSum=0.124;SC=CACGCAGAAAAAGGAGGGGTT;SOR=0.693;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=6;WE=112198081;WS=112198061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr5	112217737	rs35726351	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	112222694	rs712662	C	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr5	112227799	rs712665	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,33:0.24:138
chr5	112227939	rs712666	T	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.776;NF=17;NR=20;PP=544;ReadPosRankSum=0.658;SC=TCCCAACATCTAGTCCTACCC;SOR=0.454;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=37;WE=112227947;WS=112227929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr5	112228667	rs430665	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr5	112238039	rs153546	A	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr5	112256814	rs149190	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.200;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr5	112257242	rs33570	G	C	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	112257366	rs153557	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr5	112257591	rs151980	C	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	112257908	rs153556	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=349;ReadPosRankSum=2.364;SC=GTCTCGCCGCTCGGGGCTGTT;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=30;WE=112257916;WS=112257898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,33:0.31:108
chr5	112312528	rs33556	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=2.629;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,36:0.32:112
chr5	112312676	rs33555	T	C	5756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=58;PP=2074;SC=CCTGGACGATTTCTGCAGGTA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=108;WE=112312684;WS=112312666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	112312736	rs33554	G	C	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.716;SC=TCAGTTTCGCGGACCCCCAGA;SOR=0.457;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=70;WE=112312744;WS=112312726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr5	112321488	rs33543	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr5	112328267	rs3733968	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AAATTATTGGCGATAACAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=9;WE=112328275;WS=112328257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	112328377	rs3733969	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr5	112343544	rs2052484	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=0.442;SC=TAAAAACTTGGTTCAACCAGC;SOR=0.148;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=112343552;WS=112343534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr5	112346432	rs61417979	GTT	G	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=1.385;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr5	112349070	rs9326869	T	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=489;ReadPosRankSum=1.590;SC=TAGAACATGCTGAGGGACAGC;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=37;WE=112349078;WS=112349060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr5	112379083	rs4627978	A	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=559;SC=TGGCACCAACAGGCCTTCTCC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=112379103;WS=112379073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	112379095	rs4277906	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=12;PP=617;SC=GCCTTCTCCATTTCTGGCTTC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=112379103;WS=112379073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	112384725	rs113825892	GGTCACTGGGCA	G	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.603;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr5	112384802	rs6594664	G	A	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	112389747	rs4705536	C	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=12;PP=272;SC=TCCACATTCCCTCTCCCCAGT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=112389755;WS=112389737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	112389802	rs79203374	G	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr5	112399791	rs2227947	G	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=471;ReadPosRankSum=0.021;SC=CCTTGGCAGCGTTCTCAGCTG;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=37;WE=112399799;WS=112399781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr5	112399934	rs10477486	C	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=1.097;SC=AGGGACTATGCATAATTAACT;SOR=0.627;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=6;WE=112399942;WS=112399924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr5	112406718	rs4705771	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=8;PP=380;SC=CCTATTTCCTACTTTTATTCT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=112406726;WS=112406708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	112406785	rs149928825	G	GCCTCGCGCTGTCTT	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=1176;ReadPosRankSum=0.626;SC=CCCAGTGTGTGCCTACCTGTA;SOR=0.741;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=3;WE=112406793;WS=112406775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr5	112406862	rs2227950	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=0.394;SC=TCATCCTCTCGGCATTGCTTT;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=7;WE=112406870;WS=112406852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr5	112439941	rs6594681	T	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=12;PP=484;SC=CTCAATGTGCTTGTCCACCTC;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=112439949;WS=112439931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	112479004	rs2227949	T	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=23;PP=842;SC=CATAGCGAAGTGTCGTTCGCT;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=112479012;WS=112478994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	112487137	rs1947026	A	C	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=279;ReadPosRankSum=0.086;SC=GACAGAAAGGAGGAGATTAGA;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=29;WE=112487145;WS=112487127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr5	112629887	rs485210	C	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=175;SC=AGAAAATCTACTAATCTTCAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=112629895;WS=112629877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	112676182	.	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=724;ReadPosRankSum=-0.105;SC=CAGACAGGCCGAAATATGTAT;SOR=0.641;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=29;WE=112676199;WS=112676172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr5	112676191	rs10900684	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-2.187;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr5	112770027	rs26980	T	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=346;ReadPosRankSum=1.670;SC=TCTTGCTTAATGCCATTCGAC;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=23;WE=112770035;WS=112770017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
chr5	112851088	rs11241213	T	A	87.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	112851121	rs1035408	C	T	85.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	112878266	.	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	112884197	rs4444963	C	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=443;SC=GTTTGAAGTACTTTGGAAATT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=112884205;WS=112884187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	112884728	rs4639215	G	A	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=22;PP=564;SC=GTAAAACTTTGTACTATTTTA;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=33;WE=112884736;WS=112884718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	112888778	.	T	TA	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=46;QD=23.3333333333;SC=AAGTGTCACTTACCTTACCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=112888786;WS=112888773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr5	112898969	rs35926701	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-0.792;SC=CAGAGACTCTACTAGTCTGTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=112898977;WS=112898959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	112899018	rs188130342	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5891;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TTAAATGTGTAGGTTAGTATT;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=112899026;WS=112899008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr5	112899250	rs6886199	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-0.667;SC=AAACTAAAAGGAAATATGTCT;SOR=0.048;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=112899258;WS=112899240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr5	112899301	rs6886338	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	112899573	rs6867579	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=267;ReadPosRankSum=1.188;SC=ATGCAATGGATACATGGGAAG;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=16;WE=112899581;WS=112899563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr5	112901494	rs3763139	G	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=10;PP=590;SC=GCAAATTCACGTCGAGGAATT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=112901502;WS=112901484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	112926982	rs2303717	A	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=313;SC=TGTTCTGGCTATAGGTTAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=112926990;WS=112926972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	112927686	rs10077431	C	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=0.170;SC=TCCCATTTTACCTACAGGGAT;SOR=3.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=112927694;WS=112927676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	112927888	rs11344649	AT	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.576;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr5	112929013	rs1132528	T	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	113698544	rs40179	G	C	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=56;PP=1909;SC=GCCGGAACCTGCACGAGATGG;SOR=0.863;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=100;WE=113698552;WS=113698534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	113698631	rs111266015	T	TGCC	3957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.210;NF=6;NR=33;PP=2000;ReadPosRankSum=1.281;SC=CTGCAGCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=39;WE=113698639;WS=113698621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr5	113822197	rs72801872	G	A	363.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	113822205	rs12719181	C	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.71;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	113829121	rs1841251	A	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=22;PP=818;SC=TAAAAATGGAACAGAGGAAAC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=113829129;WS=113829111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	114462355	rs2974617	C	T	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=56;PP=1985;SC=TCATAGAAATCTACTTTGCCT;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=104;WE=114462363;WS=114462345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	114462589	rs2921623	A	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=918;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TATCTTCAACAATAGATCTAA;SOR=0.970;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=38;WE=114462597;WS=114462579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr5	114462630	rs2974528	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=19;PP=517;SC=CAGGATAATATACATTGATGT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=114462638;WS=114462620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	114499470	.	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=128;ReadPosRankSum=0.788;SC=AAATAGTCCAAGTTAAAGGCT;SOR=0.773;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=15;WE=114499478;WS=114499460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr5	114605323	rs76812913	A	T	296.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.16;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr5	114611356	rs267295	A	C	203.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ATTAACCCTTAATTTTCCATC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=114611364;WS=114611346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr5	114632423	rs3111171	C	T	76.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	115167595	rs3215095	CT	C	138.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=1.534;SC=CAAACTCAATCTTTTATTATT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=115167603;WS=115167585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr5	115176589	rs26536	A	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=12;PP=517;SC=TTCATTCTGCATAAGAATTTG;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=115176597;WS=115176579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	115177668	rs144226661	G	GAGGC	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=7.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr5	115188660	rs152368	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=8;PP=211;SC=GTGACCATATATTCTCATTTC;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=115188668;WS=115188650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	115238716	rs41332950	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.116;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=238;ReadPosRankSum=-2.094;SC=CTGTAGTTAAGAAGGTTCTAA;SOR=0.537;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=21;WE=115238724;WS=115238706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr5	115298232	rs9326980	G	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=24;PP=997;SC=GGCAGGGGTCGCAGCACTGAA;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=115298240;WS=115298222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	115298378	rs10062297	C	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=23;PP=966;SC=GCTGGCTGGGCTGGTAGCCGC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=115298386;WS=115298368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	115298475	rs12520255	T	C	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=31;PP=1469;SC=CTCAGGGACTTGGAAGCCGAG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=83;WE=115298483;WS=115298465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	115298518	rs12522632	A	G	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=46;PP=1984;SC=AGCCGACGCCAACCCCGAAAC;SOR=0.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=115298526;WS=115298508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	115323489	rs10519436	T	C	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,68:0.70:97
chr5	115323724	rs10519437	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CAAACCCATAAGGATTCACCA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=115323732;WS=115323714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	115339086	rs6594929	A	G	40.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	115341611	rs10078748	G	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=506;ReadPosRankSum=-1.593;SC=TTCTGCAGGCGATTCCTGTTA;SOR=0.476;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=34;WE=115341619;WS=115341601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,62:0.72:86
chr5	115341638	rs10078759	G	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=561;ReadPosRankSum=-1.066;SC=GACTGCAGTTGATTGATGATG;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=34;WE=115341646;WS=115341628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr5	115351498	rs17485148	C	T	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=565;ReadPosRankSum=1.337;SC=TTCATTTAGGCCACTGGTTTG;SOR=0.597;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=40;WE=115351506;WS=115351488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
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chr5	115394396	rs6880121	C	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=-0.480;SC=GCACTGTCATCTTAATGTCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=115394404;WS=115394386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	115394626	rs6880759	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=482;ReadPosRankSum=0.613;SC=GCACGCTGCCGTTTAATGTTC;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=35;WE=115394634;WS=115394616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr5	115426746	rs10065554	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=-0.163;SC=GAATATGTGCTAATATAATAG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=115426754;WS=115426736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr5	115428334	rs1129494	G	T	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,64:0.67:96
chr5	115428439	rs6894046	T	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=310;ReadPosRankSum=2.807;SC=CAATAACATATGGCATAAATT;SOR=1.883;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=16;WE=115428447;WS=115428429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr5	115469773	rs1129496	C	T	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,114:0.64:178
chr5	115628120	rs11337562	CT	C	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr5	115803578	rs10551961	AGTG	A	1044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=14.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.178;QD=14.51;ReadPosRankSum=-2.122;SOR=0.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr5	115811220	rs423834	T	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,50:0.33:151
chr5	115813726	rs34966	A	G	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=51;PP=2172;SC=CACTTCCCATATCGTTCACAC;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=118;WE=115813734;WS=115813716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	115814496	rs40102	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=452;ReadPosRankSum=0.534;SC=ACAGCTGCGACATAGCCTTCT;SOR=1.041;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=25;WE=115814504;WS=115814486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr5	115827356	rs154599	C	T	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=21;PP=803;SC=TGTGACTCCACGAATCCTCTA;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=47;WE=115827364;WS=115827346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	115827407	rs154600	G	A	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	115831305	rs32973	G	A	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=47;SC=TAAGGTTAAAGTGGAGGTGGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=115831313;WS=115831295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	115837772	rs154466	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=5;PP=234;SC=TGCTTGATAAGTTAAAGGAGG;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=115837780;WS=115837762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	115838117	rs54100	C	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=79;SC=ACAAAAGAAACCCGTGTTTAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=115838125;WS=115838107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	115840528	rs153644	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=-1.192;SC=TGAGTGAGACCATGGGTACTT;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=17;WE=115840536;WS=115840518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr5	117329051	rs5870786	T	TAGAC,TAGACAC	2557.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=1,1;NR=23,23;PP=854,113;SC=ATATTATATATACACACACAC;SOR=0.906;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24,24;WE=117329059;WS=117329041;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.15,0.85:60
chr5	117938634	.	CACAT	C	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=63.17;NF=3;NR=2;PP=63;QD=13.2;SC=CACACACACACACATATATAT;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=117938645;WS=117938624;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr5	117938636	.	CAT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=-0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	117938684	rs62370420	C	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.092;NF=7;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=-0.453;SC=CTTGCACATACCTTAGGTCTA;SOR=1.445;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=9;WE=117938692;WS=117938674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr5	118456977	rs10056088	T	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.49;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr5	118484804	rs7734532	G	A	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=743;ReadPosRankSum=-1.990;SC=GGGTCCTTGAGCAGACAATTC;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=51;WE=118484812;WS=118484794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,88:0.61:144
chr5	118500981	.	TAAAA	T	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-2.025;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr5	118513246	rs34139050	C	CTG	1018.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.068;NF=0;NR=12;PP=453;ReadPosRankSum=-1.243;SC=AGTAGAAAGACTTTTAGTTTT;SOR=0.320;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=12;WE=118513254;WS=118513236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr5	118532034	rs6595178	A	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=444;ReadPosRankSum=-0.999;SC=CTATAGAAATAGTTAACAGAT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=27;WE=118532042;WS=118532024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr5	118556350	rs2271059	C	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=18;PP=467;SC=ATTTACTGAACTAAAACTTTC;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=28;WE=118556358;WS=118556340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr5	118691929	rs6595185	A	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=246;SC=CTTTGTCCGCATGCCCTGCGC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=118691937;WS=118691919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	118727224	rs3733855	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=0.649;SC=GGAGGCTGAGATGGGCAGATC;SOR=1.402;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=9;WE=118727232;WS=118727214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr5	118728495	.	CT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr5	118788196	rs26180	C	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CCCGCCATTCCCCGCCTCCTC;SOR=0.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=118788204;WS=118788186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr5	118809533	rs10601221	CCA	C	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr5	118811533	rs25640	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=-1.700;SC=CTGAGGGATCGTTCCTTTGCT;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=10;WE=118811541;WS=118811523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr5	118813240	rs457106	T	C	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=684;ReadPosRankSum=-1.517;SC=AGATGTTGTGTCTGGGGGTTC;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=46;WE=118813248;WS=118813230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,66:0.62:106
chr5	118813316	rs463513	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=317;ReadPosRankSum=1.533;SC=AATATGTACAACCTTTTAACA;SOR=1.044;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=21;WE=118813324;WS=118813306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr5	118832388	.	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=1.043;SC=TGGAGACTTTCCCTCCCTTCT;SOR=0.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=21;WE=118832396;WS=118832378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr5	118837658	rs257969	T	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=285;ReadPosRankSum=-0.857;SC=AAAATGTCACTTGCGAGTAAC;SOR=0.286;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=21;WE=118837666;WS=118837648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr5	118837833	rs460945	CA	TG	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=0.629;SC=CTTTTATTTCCAGATTAACCT;SOR=0.551;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=118837842;WS=118837823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	118845089	rs32663	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	118845139	rs32664	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5129;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CCCAATGTGAGGATGATGAGG;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=118845147;WS=118845129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	118861713	rs11205	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=188;ReadPosRankSum=0.497;SC=ATTCAAGGCAATTAAGGTAAA;SOR=0.346;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=15;WE=118861721;WS=118861703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr5	118862971	rs2636961	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	118965609	rs2431372	C	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr5	118965623	rs2434599	A	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=13;PP=458;SC=GTCTCGCTCTATCGCCCAGGC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=118965631;WS=118965599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	118968423	rs328698	T	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=2.225;SC=ATATCTCTGTTCCCTTCATAC;SOR=0.772;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=16;WE=118968431;WS=118968413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr5	118969960	rs328694	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr5	118970770	rs2434600	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GTGTGGCCTTCTCTTGCAAGA;SOR=0.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=24;WE=118970778;WS=118970760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr5	120021817	rs17853861	C	A	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,68:0.43:160
chr5	120021817	.	CCG	ACA	267	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=15;NR=13;PP=267;QD=11.4452812451;SC=CCCAGCACACCCGTCTGCTAT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=28;WE=120021827;WS=120021807;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:48,28:0.37:76
chr5	120021819	rs1158194	G	A	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=39;PP=776;SC=CAGCACACCCGTCTGCTATCC;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=74;WE=120021827;WS=120021807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	120022398	.	C	T	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.09;MQRankSum=0.942;NF=12;NR=31;PP=737;ReadPosRankSum=-2.356;SC=CCACTACAACCGTGTGATGTA;SOR=0.794;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=43;WE=120022406;WS=120022388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr5	121330223	rs6595336	C	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=180;SC=TCTTAAGATACGGAAAGGAAC;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=121330231;WS=121330213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	121355961	rs55708726	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=595;ReadPosRankSum=1.557;SC=AAATATTGGCGAAGAAACCAA;SOR=0.900;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=33;WE=121355969;WS=121355951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
chr5	121358189	rs13356899	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=0.366;SC=GTTGCTTAATATAGCCTGAAT;SOR=0.917;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=5;WE=121358197;WS=121358179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr5	121413208	rs1800449	C	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=720;ReadPosRankSum=0.756;SC=GCTGGGCGGCCGCAGGTTACT;SOR=0.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=55;WE=121413216;WS=121413198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,85:0.77:110
chr5	121488506	rs35262183	C	G	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.416;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=923;ReadPosRankSum=1.083;SC=AATGCACAGTCCAGCCAAGCG;SOR=0.617;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=64;WE=121488514;WS=121488496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,105:0.34:307
chr5	121726714	rs1946649	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=4;PP=155;SC=TTGTTTAAATGTAGACATTAT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=121726722;WS=121726704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	121739436	rs6875859	T	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=1.169;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr5	121779262	rs2737094	C	T	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=22;PP=972;SC=TCCTTCCCACCCAGACTAGAC;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=53;WE=121779270;WS=121779252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	121779438	rs2737095	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=319;SC=ATGCAACCTCCCTGAAAGTTG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=121779446;WS=121779428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	121785398	rs2737092	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=0;PP=316;SC=TTTCTGAACCTGTAAGGATGA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=121785406;WS=121785388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	122012270	rs17132683	C	T	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=0.887;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.488;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr5	122012354	rs2407398	A	G	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.319;NF=16;NR=23;PP=598;ReadPosRankSum=0.789;SC=CACAAACCTGACCCAGTATGA;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=39;WE=122012362;WS=122012344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr5	122111005	rs2276988	G	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=298;ReadPosRankSum=1.487;SC=GTGTTTGCAAGGACCGTCTTG;SOR=0.557;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=20;WE=122111013;WS=122110995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr5	122165470	rs138443824	TACACACACACACAC	T	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.041;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.579;NF=0;NR=10;PP=2997;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TGGTTTTATATACACACACAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=10;WE=122165491;WS=122165460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	122272641	rs30042	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=-1.019;SC=CTTTTATCATAAAGTAAATTT;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=11;WE=122272649;WS=122272631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr5	122281651	rs1038078	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	122281709	rs5871017	G	GT	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.640;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr5	122301079	rs30055	T	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=263;ReadPosRankSum=-1.468;SC=GTTTAAAGAGTCAGGGACTTC;SOR=0.721;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=13;WE=122301087;WS=122301069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr5	122335807	rs45551539	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr5	122343354	.	CT	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr5	122359640	rs451195	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.246;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr5	122359839	rs144851383	G	GAC	367.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=171;SC=TGACTACTAAGCGTTTTTTAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=122359854;WS=122359829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	122359840	rs374638812	CGTTTTTT	C	367.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=215;SC=GACTACTAAGCGTTTTTTATG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=122359854;WS=122359829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	122364450	.	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=569;ReadPosRankSum=0.324;SC=AATGGGAAAGGAAAAATGCAA;SOR=0.699;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=37;WE=122364458;WS=122364440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,62:0.65:95
chr5	122372402	rs28373879	G	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-0.346;SC=TGACGGGACTGCCGGCCGGCT;SOR=0.313;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=10;WE=122372410;WS=122372392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr5	122436528	rs163188	C	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr5	122491461	rs375132011	TA	T	221.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CAATAAGCACTAGCAAACCTA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=122491469;WS=122491451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr5	122522974	.	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.549;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr5	122682154	rs2303719	T	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=3;PP=666;SC=ACTTTTGAGGTTTTTACAAAG;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=122682162;WS=122682144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	122682334	rs2303720	C	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=646;ReadPosRankSum=0.867;SC=TTCTATCAGGCGAGTCAAATA;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=77;TCR=71;TR=54;WE=122682356;WS=122682324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,75:0.30:247
chr5	122682348	rs1047438	A	G	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=72;PP=2948;SC=TCAAATAATCATCCAAACCTT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=144;WE=122682356;WS=122682324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr5	122685727	rs1047437	C	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=476;ReadPosRankSum=0.758;SC=GTAGTCTCATCTGTTCCAATT;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=35;WE=122685735;WS=122685717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,70:0.67:104
chr5	122685801	rs485847	G	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=26;PP=678;SC=GAAACAAAGAGACAAGTCATA;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=39;WE=122685809;WS=122685791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr5	122739242	rs73799308	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.712;SC=AATATATTCATAATTTCACAA;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=122739250;WS=122739234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	122739421	rs7715577	G	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CGTGGCATCTGTTCGATGATA;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=20;WE=122739429;WS=122739411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr5	122754293	rs71574108	GTT	G	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.091;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.776;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr5	122758268	rs6882791	G	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=564;ReadPosRankSum=-0.808;SC=ATCGCAGGAAGCCTGTATTCA;SOR=0.773;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=36;WE=122758276;WS=122758258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr5	123973735	rs12655148	C	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=22;PP=628;SC=CCTCTGCCTCCTGGGTTCAAG;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=123973743;WS=123973725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	123974608	rs4371750	T	C	504.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=228;ReadPosRankSum=4.905;SC=TCTAAAAAACTAATCAGTTAA;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=123974616;WS=123974598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr5	123974673	rs62370761	T	C	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=4;PP=170;SC=AAGTTGCATGTGAAGCAACTT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=123974681;WS=123974663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	123977035	.	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=220;ReadPosRankSum=0.779;SC=TGGCCGAAGGGGGAGTGGCGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=16;WE=123977043;WS=123977025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr5	123983915	rs6862252	G	T	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=16;PP=655;SC=TTTGCAGTTGGTAGCTTTTTT;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=123983923;WS=123983905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	123984763	rs7708070	C	T	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=62;PP=2039;SC=CAGCAGACCTCGCTCTCTTCC;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=114;WE=123984771;WS=123984753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr5	123985484	rs11422549	C	CA	470.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=464;SC=TTTTTGCCAGCAAGTTCTATT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=123985492;WS=123985474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	124044428	rs11241764	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.01;ReadPosRankSum=-2.750;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr5	125696140	rs11241887	G	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=24;PP=668;SC=CAGTGGGTCCGGACCTGGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=125696148;WS=125696130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	125802027	rs62394179	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.692;NF=13;NR=16;PP=331;ReadPosRankSum=0.976;SC=TCAGGACCAAGAGTAAGTCTT;SOR=0.650;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=29;WE=125802035;WS=125802017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,47:0.33:141
chr5	125828803	rs4358517	A	G	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=141;SC=CAGGAAAGTGAGGAGGGAAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=125828811;WS=125828793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	125891500	rs62391521	C	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=13;PP=692;SC=AGCCTAATAACCTGCTTCATG;SOR=1.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=125891508;WS=125891490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	125895126	.	G	GTT	310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.42;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr5	125904208	rs3734174	A	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=7.656;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=0.375;SC=TGAGAAGGAAAAAAGTTTTTC;SOR=3.209;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=13;WE=125904216;WS=125904198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr5	125906344	rs6897789	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5707;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=281;ReadPosRankSum=-0.202;SC=ACAAAGTCCATAATAATAATG;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=15;WE=125906352;WS=125906334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	125928395	rs60720055	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=0.629;SC=CTTTCTTTACAGTTTCTTCAT;SOR=0.741;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=9;WE=125928403;WS=125928385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr5	125929000	.	A	AACAC	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr5	125929187	rs75035568	GA	TT	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=6;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=219;ReadPosRankSum=-0.135;SC=AACAAGAGAGGAAAAAATGAT;SOR=0.252;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=125929196;WS=125929177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr5	125944219	rs112502491	G	GTGTTTT	770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=487;SC=TGTTTATCCTGTGTTTTTGTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=125944227;WS=125944209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr5	126156538	rs6867254	T	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.265;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr5	126161629	rs3763156	G	A	95.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	126168563	rs5871235	TG	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=147;ReadPosRankSum=0.531;SC=ACCAAGAGTGTGGTTGGGTTT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=126168571;WS=126168553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	126171999	rs1051643	T	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=10;PP=258;SC=TATGGTAATCTTTACCTGTAT;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=126172007;WS=126171989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	126250459	.	A	AACACACAC	671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.99;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr5	126746277	rs31483	C	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=17;PP=497;SC=TCCCTGCCACCTGGAAAACAC;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=28;WE=126746285;WS=126746267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	126792974	rs3812052	T	A	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=60;PP=1802;SC=AGGACAGTGGTGGTAGCAGCA;SOR=1.453;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=85;WE=126792982;WS=126792964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	126993249	rs45074	G	C	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=20;PP=898;SC=CATCCCTAGTGCCCCTTGGGA;SOR=1.013;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=52;WE=126993271;WS=126993239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	126993263	rs248709	A	T	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=25;PP=959;SC=CTTGGGAACGAATCAGCAGAT;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=126993271;WS=126993239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	127469859	rs2228112	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	127477418	rs3805607	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=1.264;SC=GGAGTAGATATGTAGTCACTA;SOR=0.256;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=12;WE=127477426;WS=127477408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr5	127485599	rs2617618	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=6;PP=294;SC=TGGGGTGTTACGTTGTTATCT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=127485607;WS=127485589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	127493679	rs17164310	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=-1.462;SC=TAGGGAAACAACTTAAAATCT;SOR=0.425;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=5;WE=127493687;WS=127493669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr5	127512873	rs1559263	A	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr5	127514436	rs17764954	A	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=0.960;SC=TTGTGAGAATAGTAAGAAATG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=6;WE=127514444;WS=127514426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr5	127520386	.	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-0.521;SC=CACGAAAATTCATTTCAGTTT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=127520394;WS=127520376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr5	127522153	rs11382084	G	GT	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.560;NF=8;NR=6;PP=167;ReadPosRankSum=0.030;SC=ATTGCTCAGGGTTTTTTTTTT;SOR=0.648;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=14;WE=127522161;WS=127522143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,30:0.86:35
chr5	127613791	rs426987	C	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	127614472	rs190450	A	G	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=27;PP=933;SC=GATTGCGACTACTGGATGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=46;WE=127614480;WS=127614462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	127622983	rs2042327	C	T	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=17;PP=718;SC=GAACTACTCCCGAGTCTGAGG;SOR=0.950;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=38;WE=127622991;WS=127622973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	127625559	rs56131649	T	C	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	127636485	rs28763934	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=-1.241;SC=TACTAGTGGGCCTCAGAATAA;SOR=1.085;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=12;WE=127636493;WS=127636475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr5	127637267	.	G	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=-2.029;SC=TTCACAAGACGCTACTTAAAA;SOR=0.307;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=30;WE=127637275;WS=127637257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr5	127637362	rs2307110	A	G	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=101;SC=CATAAGGATCATATAATTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=127637370;WS=127637352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	127638553	rs28763937	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TTTTGGCACATATTTGCAATT;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=127638561;WS=127638543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	127638759	rs11955288	A	G	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=516;ReadPosRankSum=-1.296;SC=TTCCACATGGATGCCGCTCGC;SOR=0.187;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=36;WE=127638767;WS=127638749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr5	127640783	rs27713	G	A	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=28;PP=894;SC=ATCTAAAACAGAAAAAAATAA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=43;WE=127640791;WS=127640773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	127646859	rs3215046	GA	G	43	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=43;SC=ACATTGATATGAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=127646867;WS=127646849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	127648188	rs461146	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr5	127654696	.	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=221;ReadPosRankSum=-1.702;SC=ATCAATATCTGAAGATTTTAA;SOR=1.187;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=17;WE=127654712;WS=127654686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
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chr5	127685135	rs154001	C	T	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=16;PP=509;SC=TTTGGACAAACGCCAGGGAAC;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=127685143;WS=127685125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr5	127697281	rs3215047	AT	A	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=1.630;SC=AAACTGGCAGATTAGCTAAAT;SOR=0.148;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=127697289;WS=127697271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr5	127727602	.	T	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GTTTGGAAATTAGCTGTATTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=127727610;WS=127727594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	127777997	rs13180243	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=331;ReadPosRankSum=0.166;SC=GAATGTTAACGAAGGTATAGT;SOR=0.608;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=27;WE=127778005;WS=127777987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,47:0.47:101
chr5	127855152	rs140146961	GTTAAA	G	1602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.919;NF=1;NR=20;PP=937;ReadPosRankSum=0.115;SC=AGGATCTTATGTTAAATTATA;SOR=1.172;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=21;WE=127855164;WS=127855142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr5	127863579	rs147157552	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=283;ReadPosRankSum=0.715;SC=TCCACAATAAGTTCCAATATA;SOR=0.726;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=25;WE=127863587;WS=127863569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr5	127873094	rs62390671	G	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=474;ReadPosRankSum=1.211;SC=GGCCACTGCGGCACCCTCCTC;SOR=0.803;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=34;WE=127873102;WS=127873084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr5	128301824	rs2526246	T	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CTGGCCCAGTTGCCCCCATGC;SOR=1.201;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=7;WE=128301832;WS=128301814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr5	128301885	rs2526247	T	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=-1.163;SC=CCTGCACTTCTTGCAGAAACT;SOR=1.038;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=10;WE=128301893;WS=128301875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr5	128301971	rs2577541	T	C	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TGAAGAAGTATGAAAAGAGAG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=32;WE=128301979;WS=128301961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr5	128302368	rs147696009	CCT	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=462;ReadPosRankSum=2.395;SC=GCTTTCATACCCTTTTTTTTT;SOR=0.540;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=15;WE=128302377;WS=128302358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr5	128321068	rs11743701	G	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=96;ReadPosRankSum=-1.905;SC=ATGAATGCGAGAAATTTGCAA;SOR=0.698;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=11;WE=128321076;WS=128321058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr5	128324283	.	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GTTCTTTTCTTTTCTTCCAGG;SOR=0.423;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=16;WE=128324291;WS=128324273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr5	128430757	rs1127827	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=0.774;SC=CCTCGTGCCGTTGCAGATCCA;SOR=0.724;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=17;WE=128430765;WS=128430747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr5	128732672	rs13171514	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.759;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr5	128797043	.	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr5	128863471	rs6595908	A	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=139;SC=CAAGAGTCTGAGTGTGCAGGT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=128863479;WS=128863461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	129015452	rs30645	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=181;ReadPosRankSum=-0.930;SC=TGAACCTCTTTATAGCTCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=11;WE=129015460;WS=129015442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr5	129015668	rs246443	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.57;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	129072635	rs67725256	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr5	129072943	rs1465686	G	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=15;PP=343;SC=CACAGCTCTTGGCAATTACAT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=129072951;WS=129072933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	129084084	rs4836471	G	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.748;SC=GGGGATGGAGGCTTGTTTCTT;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=129084092;WS=129084074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr5	129096074	.	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=1.016;SC=CTCTTAGAGGGAAAAGAAGAA;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=129096082;WS=129096064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	129100819	rs35674869	AC	A	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.303;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr5	129240972	rs33917	G	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=263;ReadPosRankSum=1.859;SC=ACGGCCGGCCGGGGAGTAGCC;SOR=0.540;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=19;WE=129240980;WS=129240962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr5	129244122	rs32234	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5726;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TCTAGGGCAGCGATTCTATTC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=129244141;WS=129244112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	129244133	rs2431206	A	G	125.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.7863;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=116;SC=GATTCTATTCATTCTCTCTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=129244141;WS=129244112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	129519874	rs10066410	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=186;SC=TTTCTTTTTAGATAAATCTTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=129519882;WS=129519864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	129521126	rs2015018	A	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=778;ReadPosRankSum=0.383;SC=CCCACTGATGATTACTTCATA;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=49;WE=129521134;WS=129521116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,67:0.68:98
chr5	130500751	rs2278060	A	C	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=933;ReadPosRankSum=-0.285;SC=GACGATACCCACCTCAGCAGG;SOR=0.780;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=62;WE=130500759;WS=130500741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,106:0.62:171
chr5	130766662	rs1291602	T	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=356;ReadPosRankSum=2.340;SC=CAATACTCTCTGTTTAACTGT;SOR=0.729;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=31;WE=130766670;WS=130766652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr5	130808198	rs31241	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=13;PP=631;SC=CAAGTAACTCTAGCACTTGCT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=130808206;WS=130808188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	130831365	rs40400	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=21;PP=632;SC=TGTGGAAACATAAAAGAGGCA;SOR=1.105;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=33;WE=130831373;WS=130831355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	130867733	rs1029472	G	A	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=171;SC=CTCATTTACAGTTCAAAATAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=130867741;WS=130867723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	130928249	rs147304515	TA	T	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=404;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CTGATAATAGTACAAATAATT;SOR=0.560;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=130928257;WS=130928239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	130982768	rs26006	A	G	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=39;PP=2045;SC=GCCAAAAAAGAAACCATTAAC;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=107;WE=130982776;WS=130982758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr5	131006082	rs27450	A	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=4;PP=378;SC=GACCAAAAATATAAGGCAATT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=131006090;WS=131006072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	131006356	rs26007	T	A	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=25.85;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	131008194	rs26008	T	C	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=58;PP=1683;SC=AGAAATCATCTGGCACTCATC;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=96;WE=131008202;WS=131008184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	131014695	rs78850796	A	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=204;ReadPosRankSum=-1.989;SC=CAATCTAGATATCTAGTTATA;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=16;WE=131014703;WS=131014685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr5	131066577	rs7729787	A	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=7;PP=337;SC=TGAATAAATAAATGACATCAA;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=131066585;WS=131066567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	131066725	rs7730228	C	A	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	131298252	.	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=0.168;SC=CATGGACATAGATTTGCGCCA;SOR=0.929;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=12;WE=131298260;WS=131298242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr5	131308997	.	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=282;ReadPosRankSum=-0.587;SC=GGGACCACAGGGAAGATGGTG;SOR=0.525;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=20;WE=131309005;WS=131308987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr5	131312237	.	G	GA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.668;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr5	131312327	rs370652	G	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.613;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,43:0.28:152
chr5	131320959	rs67060241	GT	G	1210.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.10;MQRankSum=6.369;QD=24.71;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr5	131320960	.	TC	GC	1063	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=64.81;NF=14,10;NR=7,7;PP=1044,1063;QD=51.3700577403;SC=GTGCAGGAGGTCACCCAGTGT;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=21,17;WE=131320968;WS=131320950;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr5	131320960	.	TC	T	1063	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=64.81;NF=14,10;NR=7,7;PP=1044,1063;QD=51.3700577403;SC=GTGCAGGAGGTCACCCAGTGT;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=21,17;WE=131320968;WS=131320950;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr5	131320961	rs115222986	C	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.10;MQRankSum=6.369;QD=24.89;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr5	131322494	rs77938	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=7;PP=408;SC=TCAATAAAGACCTGCAGGTGA;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=131322502;WS=131322484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	131322666	rs67212057	CCACACACTCACA	C	467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;QD=38.98;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	131324119	rs71970	T	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=16;PP=1038;SC=CAGAAGGCCATGGAACCTCCT;SOR=1.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=131324127;WS=131324109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	131324250	rs3043838	C	CTG	5788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=43;PP=1500;SC=GGGCTGTACCCTGTGTGGAGG;SOR=0.781;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=54;WE=131324258;WS=131324240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	131325888	rs422130	A	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=19;PP=694;SC=CTTGTGTCAGAGAGGGGTCAG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=131325896;WS=131325878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	131326522	rs5871439	AC	A	1584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;MQRankSum=0.286;QD=27.80;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr5	131330054	rs253944	C	G	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=48;SC=GGCAGGCCCTCGGGGAGTTGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=131330062;WS=131330044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	131396449	.	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=-0.177;SC=GTCCGCCCCGGACTCCAAGCT;SOR=0.560;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=9;WE=131396457;WS=131396439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr5	131411385	.	C	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=1.060;SC=TTCCTTCCCCCACGTTACCCA;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=10;WE=131411393;WS=131411375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,16:0.22:74
chr5	131533991	.	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=-1.255;SC=GAATGAACAGGTGGGCCTGGA;SOR=0.990;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=16;WE=131533999;WS=131533981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr5	131539989	.	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr5	131593336	rs70974026	C	CG	61.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	131593363	.	GGCT	G	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=0.619;QD=26.09;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	131593373	.	GCGGCGGCTC	G	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=0.875;QD=22.25;ReadPosRankSum=-2.200;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr5	131602166	rs1007602	T	C	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=437;ReadPosRankSum=-0.568;SC=GGCCTGAGGGTAGGAGCTGGC;SOR=0.637;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=31;WE=131602174;WS=131602156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr5	131607096	rs145687686	G	A	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=898;ReadPosRankSum=0.331;SC=GCCCGTGGCCGCGGAGCCCAA;SOR=0.983;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=56;WE=131607104;WS=131607086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,77:0.65:118
chr5	131649186	rs270607	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GATGTGACAGAGAAAAAAGTC;SOR=0.269;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=131649194;WS=131649176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	131658085	rs270600	T	C	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=16;PP=457;SC=CCCTCTGCTGTGGGTCAGCAC;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=131658093;WS=131658075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	131658115	rs115925466	C	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=2.166;SC=ACACCTGGAGCCTGATGCTGA;SOR=0.885;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=18;WE=131658123;WS=131658105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr5	131663062	rs272893	T	C	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=426;ReadPosRankSum=-0.064;SC=ATGAACAACATAGCTGTACCA;SOR=0.772;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=30;WE=131663070;WS=131663052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr5	131701279	rs367805	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=-1.284;SC=ACTGGACAGATGCTCTGAATC;SOR=0.561;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=14;WE=131701287;WS=131701269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr5	131705949	rs2631365	T	C	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=55;PP=2082;SC=TCTCGGCGCTTGGGCTGGAGC;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=105;WE=131705957;WS=131705939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	131706074	rs11568522	G	A	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,73:0.62:117
chr5	131719999	rs4551059	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=442;SC=CCTGGGTATGACCATCAGGTT;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=131720007;WS=131719989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	131720070	rs274559	A	G	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=209;SC=TCTGGAGACAACTGTGATGTC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=131720078;WS=131720060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	131721174	rs274558	A	G	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=34;PP=1093;SC=CGGGGGTGCTATGCGTGGCAC;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=131721182;WS=131721164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	131721204	rs274557	T	C	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=32;PP=1168;SC=GAGTGTGACCTTGTGCCCCAT;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=131721212;WS=131721194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	131721279	rs75999741	C	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=410;ReadPosRankSum=0.208;SC=CCATGAATCCCTATTTTGTCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=25;WE=131721287;WS=131721269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr5	131722951	rs274555	C	T	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=363;SC=GCCCTCTCTCCGCCCAAGCCC;SOR=2.400;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=131722959;WS=131722941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	131728091	rs11568515	A	G	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=741;ReadPosRankSum=-0.567;SC=ATGGGTTGGTACCTACTCCTA;SOR=0.824;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=47;WE=131728099;WS=131728081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,79:0.72:109
chr5	131729839	rs11568523	A	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=0.739;SC=GCATCTTTTTAAAATGTGTTA;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=15;WE=131729847;WS=131729829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr5	131730052	rs60522531	CA	C	1305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=1053;SC=CCTTCAGTGACAAAAGGCCTT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=27;WE=131730060;WS=131730042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	131755651	rs1003533	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=-1.171;SC=AGAGCCTGACCGGAGTTTTTC;SOR=0.687;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=8;WE=131755659;WS=131755641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr5	131796498	rs2522048	T	C	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=45;PP=1393;SC=AACAAAACCATCAGCCCTGCT;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=73;WE=131796506;WS=131796488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	131796573	rs2522049	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=32;PP=731;SC=CCTGTAATGGTGGTTGTGAGG;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=131796581;WS=131796563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	131796609	rs2522050	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=2.403;SC=CAGCCACACACGCCAGTTCCC;SOR=0.555;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=9;WE=131796617;WS=131796599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
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chr5	131819970	rs7701588	T	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.31;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
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chr5	131821738	rs2070726	C	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=0.593;SC=CCTCCTCTCACCAGCCCCCAC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=131821746;WS=131821730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr5	131821788	rs2070725	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=428;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CTAGTGTCCCCGTCGCTTGCC;SOR=1.246;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=23;WE=131821796;WS=131821778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr5	131821866	rs10214312	T	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=786;ReadPosRankSum=0.367;SC=GGAGTTCTGATCATCTTTTCT;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=50;WE=131821874;WS=131821856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,62:0.58:106
chr5	131822055	rs9282762	T	C	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=608;ReadPosRankSum=0.087;SC=TGACAGCACATGGCGACAGTG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=51;WE=131822063;WS=131822045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,74:0.52:142
chr5	131822072	rs2070724	A	G	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.663;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=913;ReadPosRankSum=-0.654;SC=AGTGCTGGGGAACAGCAGAAG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=61;WE=131822080;WS=131822062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,88:0.54:163
chr5	131822133	rs9282763	T	C	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1376;ReadPosRankSum=1.378;SC=TCGAGCGCCCTCCGACCAACC;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=95;WE=131822141;WS=131822123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,140:0.62:227
chr5	131822224	rs9282761	T	C	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=1278;ReadPosRankSum=-1.629;SC=CTGTGGGGTCTCCTGCCAGAC;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=81;WE=131822232;WS=131822214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,118:0.60:198
chr5	131823862	rs35829610	C	CTG	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=293;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CTGGCTTGGACACCCATCTTG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=131823870;WS=131823852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr5	131877845	.	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=0.990;SC=GCTAAATGAGGAAAATTTTTA;SOR=0.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=31;WE=131877853;WS=131877835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr5	131892357	rs2706335	C	T	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	131892979	rs4526098	G	A	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=20;PP=1162;SC=GCCTTTGTGGGCTCCAGGTCC;SOR=1.193;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=131892987;WS=131892969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	131915213	rs17166050	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=75;SC=CCCTTAAATAGACTTTGTAGT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=131915221;WS=131915203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	131973663	rs2074369	T	C	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=92;SC=ATTGTTTTCCTCTGGTAATGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=131973671;WS=131973660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	132009710	rs2070874	C	T	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=831;ReadPosRankSum=-1.102;SC=AAACTAATTGCCTCACATTGT;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=57;WE=132009718;WS=132009700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,86:0.64:134
chr5	132015321	.	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TGTCCTCCTGGAAAGAAGAAA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=14;WE=132015329;WS=132015311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr5	132018132	rs2243289	A	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=440;ReadPosRankSum=1.163;SC=CAGGCAGGCAAGACAAATGCT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=26;WE=132018140;WS=132018122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr5	132018169	rs2243290	C	A	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=475;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TGAAATGTTTCTTTTGCAGAA;SOR=0.803;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=31;WE=132018177;WS=132018159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr5	132036252	rs1468216	T	C	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr5	132038199	rs3213639	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.771;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
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chr5	132069847	rs9784600	G	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr5	132098242	rs30510	A	G	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=46;PP=1451;SC=TCTGGACCCCATTGCTGACCA;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=90;WE=132098250;WS=132098232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	132149684	rs40274	G	C	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=27;PP=1379;SC=CCCTTGGTCCGGGTGCCGCGG;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=68;WE=132149692;WS=132149674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	132150948	rs40470	T	G	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=47;PP=1468;SC=TGCCCAGTTTTCCTCCAACAA;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=132150956;WS=132150938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	132161270	.	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GTGGCTGAGCGAGGCGGAGCG;SOR=0.929;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=7;WE=132161278;WS=132161260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
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chr5	132198199	rs254286	G	A	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=39;PP=1140;SC=AGTGTTCAACGGTAGTAATGC;SOR=1.578;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=51;WE=132198207;WS=132198189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	132198287	rs254285	C	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=180;SC=GCTTGAAAATCAGTCAACACA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=132198295;WS=132198277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	132199991	.	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=310;ReadPosRankSum=1.234;SC=TCTGGCTGCAGCCTAGGTGAC;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=23;WE=132199999;WS=132199981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr5	132202539	rs13183734	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=234;ReadPosRankSum=-0.968;SC=AGCCAAGCGCCTGTCCACCCT;SOR=0.215;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=20;WE=132202547;WS=132202529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr5	132220941	rs3835017	CGTGTGT	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=4;PP=568;SC=CACCAAAATACGTGTGTGTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=132220954;WS=132220931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	132227677	rs6596093	A	G	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=329;SC=CTGACTTACCACCTTCACAGT;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=132227685;WS=132227667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	132234152	rs34099243	C	CG	404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=427;SC=ACATCCAAATCGACAACCAAC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=132234160;WS=132234142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	132239920	.	G	GA	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr5	132412339	.	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5025;FS=1.764;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=297;ReadPosRankSum=0.285;SC=CTCATTTTTTCCTTAAGGTTC;SOR=1.287;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=18;WE=132412347;WS=132412329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr5	132425415	rs61130801	G	GA	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=1.394;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.294;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr5	132431960	rs78035060	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=194;ReadPosRankSum=1.964;SC=TTTAAAGTCTATTGGAACAAT;SOR=0.769;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=17;WE=132431968;WS=132431950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr5	132535046	rs3749817	G	A	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=777;ReadPosRankSum=-1.768;SC=GTCCGGCTCCGTGTGCAGAGC;SOR=0.455;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=48;WE=132535054;WS=132535036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,87:0.66:132
chr5	132546059	rs3828692	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=GTATGCATGGGCATCACTCCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=132546067;WS=132546049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	132559950	rs2303671	T	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=212;ReadPosRankSum=-1.545;SC=TGTGATGGAGTCAAGGAAAAA;SOR=1.102;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=14;WE=132559958;WS=132559940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr5	132561277	rs2241583	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=7.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
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chr5	132652281	rs17683306	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
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chr5	133450497	rs173424	A	G	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	133451557	rs56319840	GC	TT	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=8.972;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.06;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=1.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,78:0.61:128
chr5	133459347	rs17167273	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=1.691;SC=GTGCGGTGAGACTGGAGAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=133459355;WS=133459337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	133459573	rs17167274	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=196;ReadPosRankSum=1.116;SC=GAACTCGAACAGAGCCAAGGG;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=13;WE=133459581;WS=133459563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr5	133473635	rs75401751	CT	C	770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.836;NF=19;NR=2;PP=840;ReadPosRankSum=-1.149;SC=TCGCTGAGGCCTGTGGTTTTG;SOR=1.352;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=21;WE=133473643;WS=133473631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr5	133473697	rs249610	T	C	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.837;NF=36;NR=23;PP=1042;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CATCCCAGTGTCTTCCTCCCT;SOR=0.700;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=59;WE=133473705;WS=133473687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,80:0.60:134
chr5	133474591	rs891896	A	G	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,133:0.67:198
chr5	133474745	rs201667020	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TGTGGGCCCAATGGGAAAGGG;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=18;WE=133474753;WS=133474735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr5	133477711	rs6876997	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=0.050;SC=TGCTGGGAGCAGGTATTTGTA;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=7;WE=133477719;WS=133477701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr5	133478341	rs152402	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=-1.986;SC=CTAGGCCCACGCTAGAGGAGG;SOR=0.375;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=9;WE=133478349;WS=133478331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr5	133478359	rs152401	A	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=87;ReadPosRankSum=-1.171;SC=AGGAGGCTGCAATTAGGTGGG;SOR=0.174;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=133478367;WS=133478349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr5	133509294	rs17167353	A	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=0.825;SC=TTTTCCAAAGACCTTAATTTC;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=7;WE=133509302;WS=133509284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr5	133509736	rs3815506	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=1.526;SC=GACATTAAATATAAAATTTAA;SOR=0.754;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=8;WE=133509744;WS=133509726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr5	133509752	rs73791514	A	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.34;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr5	133537438	rs2302598	T	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr5	133537479	rs2302599	T	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.923;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr5	133541548	rs2239543	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=1.712;SC=TAACTGGGGGAAAAAAAACTT;SOR=0.877;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=5;WE=133541556;WS=133541538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr5	133561339	rs3895755	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=330;ReadPosRankSum=2.023;SC=GGTCTCGGAGACTCGGGGGGC;SOR=2.518;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=17;WE=133561347;WS=133561329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr5	133561589	rs3863186	G	C	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=-0.019;SC=GCTCCGCGCTGCTCCCGCGCC;SOR=0.521;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=36;WE=133561597;WS=133561579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,73:0.39:189
chr5	133637967	.	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=437;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GGCCATATAACCATATATTTA;SOR=0.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=32;WE=133637975;WS=133637957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr5	133638156	rs6871362	T	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=0.751;SC=TCTGTTTCTTTAGTTCAAAGA;SOR=0.707;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=5;WE=133638164;WS=133638146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	133642326	rs142248452	T	C	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr5	133643746	rs115070772	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=1.824;SC=CAGTTTACATACAGACACTAT;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=133643754;WS=133643736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr5	133702282	rs10463917	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5072;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=258;ReadPosRankSum=0.692;SC=AACGTTTATACTTTTATTTAT;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=19;WE=133702290;WS=133702272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr5	133747354	rs141449831	C	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=169;ReadPosRankSum=0.160;SC=AGAGGGAGAGCAGCTGGTCCA;SOR=0.828;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=12;WE=133747362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr5	133873572	rs329126	A	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TTTCTCCCTCATGAACATTCT;SOR=0.631;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=15;WE=133873580;WS=133873562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr5	133887780	rs12163993	G	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=2.743;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,88:0.26:334
chr5	133896744	rs2589404	A	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=347;SC=TGTGGACAGAAGCCCTTAAGA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=133896752;WS=133896734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	133897829	rs329304	C	T	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=26;PP=1346;SC=ATGCAGCTGACTGCTGACCAG;SOR=1.234;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=75;WE=133897837;WS=133897819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	133900111	rs329311	A	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=21;PP=971;SC=CAGCAGACAAACCCCCATTTT;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=133900119;WS=133900101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	133909475	rs329322	G	A	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=40;PP=1113;SC=CCCACCTGCCGCCGCCACCTC;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=67;WE=133909483;WS=133909465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	133942492	rs7728741	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=141;ReadPosRankSum=0.255;SC=TCAATTCTCATTCAAATTAAG;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=11;WE=133942500;WS=133942482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr5	133944043	rs201249311	AT	A	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.104;QD=3.47;ReadPosRankSum=2.511;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr5	134015276	.	G	GT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr5	134015523	rs10042142	C	G	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=7;PP=137;SC=TTATTTACCTCTAGTCAATCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=134015531;WS=134015513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	134033777	rs246341	G	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=19;PP=489;SC=GCGTAGGACTGAATAATATTT;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=134033785;WS=134033767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	134076812	rs12657663	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CTCCCTCAGCGTTCCTTCCGT;SOR=1.104;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=14;WE=134076820;WS=134076802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr5	134106761	rs35505581	CTCTT	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	134113558	rs254713	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=21;SC=TACTTTTTCTGAGTACCAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=134113566;WS=134113548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	134162733	.	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.802;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr5	134164284	rs34675300	GT	G	218.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr5	134223593	rs3733897	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=343;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CTGAGGACAAAGTGAGTTCAG;SOR=0.506;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=25;WE=134223601;WS=134223583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,35:0.34:102
chr5	134343661	rs10044000	C	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=635;SC=TGATCACCGCCGTGGGGCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=134343669;WS=134343651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	134344497	rs299376	T	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=13;PP=685;SC=CCACTGGGTCTGGGCCCTCAG;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=134344505;WS=134344487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	134344929	rs299378	C	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=192;SC=GCTTGAGTGGCGGCTGGCCCT;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=10;WE=134344937;WS=134344919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	134782414	rs12518053	G	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,20:0.19:104
chr5	134782450	rs12520799	T	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,21:0.22:94
chr5	134782510	rs12520809	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.034;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr5	134782576	rs1031844	T	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr5	134870913	rs8192559	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=478;ReadPosRankSum=1.996;SC=CACCGCCTCCGGGCAGCCCTT;SOR=0.346;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=31;WE=134870921;WS=134870903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr5	134871440	rs8192558	A	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.256;SC=TGCAGCCCGGACTGAGGGCAG;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=134871448;WS=134871430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr5	134914350	rs2072347	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,46:0.33:141
chr5	134986006	rs801560	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	134986170	.	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.978;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr5	134986196	rs10045717	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr5	134986256	rs149152270	A	AAAC	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr5	134989563	.	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=1.934;SC=GAATTGTATAGCCAGACACAG;SOR=1.002;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=9;WE=134989571;WS=134989553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr5	135178124	rs2304075	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-1.127;SC=GTGTCATCGTTGGCCACCCTC;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=16;WE=135178132;WS=135178114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr5	135185983	rs113304805	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=274;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CACCAGCCTGGCCAGGACTGA;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=21;WE=135185991;WS=135185973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr5	135186032	.	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=513;ReadPosRankSum=0.598;SC=CTATGAGCAGGGCCTTTCCCT;SOR=0.334;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=34;WE=135186040;WS=135186022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr5	135186075	rs2304077	A	G	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=611;ReadPosRankSum=1.354;SC=GGCTATGAATAACCTCTGCGC;SOR=0.608;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=40;WE=135186083;WS=135186065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,75:0.52:145
chr5	135188214	rs2304078	G	C	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=775;ReadPosRankSum=0.524;SC=ACGGCAGCCCGGGGTCCTCAC;SOR=0.880;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=56;WE=135188222;WS=135188204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,88:0.68:129
chr5	135207382	rs2304080	C	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=616;ReadPosRankSum=0.138;SC=GCCCCTGTGCCGTGTGGCTGG;SOR=0.540;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=42;WE=135207390;WS=135207372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
chr5	135215575	rs2269926	A	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=116;ReadPosRankSum=-1.028;SC=AGGCAGCACCACTAGCTATTC;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=135215583;WS=135215565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr5	135215835	rs71857174	C	CT	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr5	135223713	rs9327734	G	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-2.318;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
chr5	135228165	rs2069885	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=-0.179;SC=GTTGCCTGCCGTGGTTTGGTT;SOR=0.656;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=10;WE=135228173;WS=135228155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr5	135228270	.	C	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CAGAAGCCTACCTGCCAAGAG;SOR=0.602;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=8;WE=135228278;WS=135228260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr5	135229633	rs2069882	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=0.842;SC=CATCCTTTTGTGTTCAAACAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=135229641;WS=135229623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	135276201	rs1160982	AGTT	A	647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=243;ReadPosRankSum=0.663;SC=CAGCACTTACAGTTGTTTTTA;SOR=0.886;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=7;WE=135276211;WS=135276191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr5	135276314	rs40986	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.058;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=88;ReadPosRankSum=0.506;SC=CTAAGACTCCCAAAGATGAGT;SOR=1.357;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=12;WE=135276322;WS=135276304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
chr5	135276701	rs31548	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=168;ReadPosRankSum=-2.455;SC=TGAGAATTTTTCCCAACTTCC;SOR=0.922;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=15;WE=135276709;WS=135276691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr5	135276847	rs31547	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr5	135277394	rs11376205	G	GT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.461;QD=3.86;ReadPosRankSum=-2.071;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr5	135365006	rs4976361	A	G	127.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=40;SC=ACCTTGCAGCATGGAGCGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=135365014;WS=135364996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	135379612	rs4976464	A	G	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=426;SC=CTTAGCAAATAACTCCTAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=135379620;WS=135379602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	135382989	rs1442	G	C	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=18;PP=854;SC=GTGCCCGGCTGCTGAAAGCCG;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=135382997;WS=135382979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	135388540	.	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=219;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TGCAAGTGGTCCCTGAGGTTA;SOR=0.754;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=22;WE=135388548;WS=135388530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr5	135392275	.	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GGTATTTAAGGAAAATACCTC;SOR=1.518;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=135392283;WS=135392265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	135469527	rs3764941	T	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.447;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr5	135469726	rs10544057	TGGG	T	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.52;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	135469737	.	G	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.34;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	135489891	rs10479111	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.516;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr5	135496820	rs11437885	C	CA	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=9.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr5	135496895	rs10563477	TATA	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=0.723;SC=CATGCCAAGGTATAATAGCTG;SOR=0.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=135496905;WS=135496885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr5	135498944	rs11318760	AT	A	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TTTAATTATTATTTTTTTTCC;SOR=0.653;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=6;WE=135498952;WS=135498934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr5	135508381	rs4585442	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=1.744;SC=ATCGAATTCAATCATTTGTTG;SOR=0.921;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=7;WE=135508389;WS=135508371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr5	135510033	rs4146185	T	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=247;ReadPosRankSum=-0.236;SC=ATGATTCTTTTAGCTGACTCT;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=18;WE=135510041;WS=135510023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr5	135512916	rs10078857	C	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=2.056;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr5	135513085	rs55765823	T	TC	1861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=1158;SC=GGATTGAGATTATCTTCATGG;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=26;WE=135513093;WS=135513075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	135522877	rs66932414	AG	A	1122.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=751;ReadPosRankSum=-0.012;SC=TAATAACTGAAGTGTTACACA;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=8;WE=135522887;WS=135522867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr5	135522879	rs58669675	T	TAATATA	1122.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=751;ReadPosRankSum=-0.255;SC=ATAACTGAAGTGTTACACAGG;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=8;WE=135522887;WS=135522867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr5	135527905	rs2287963	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=0.662;SC=CCCAAGCTACACCGGCCGCGT;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=135527913;WS=135527895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr5	135549206	rs201400042	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TGAATCAGGTCTGCCAGCTCA;SOR=0.805;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=21;WE=135549214;WS=135549196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr5	135561058	rs3734124	A	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=2.146;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,31:0.31:100
chr5	135561995	rs374184967	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=1.812;SC=GATTTAACAACGGAGCCCAAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=135562003;WS=135561985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	135587747	rs59268520	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	135692452	.	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=0.986;SC=AGGAGTCTTTCCGCTGTTTCT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=26;WE=135692460;WS=135692442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,36:0.28:127
chr5	135700760	rs11307237	GA	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	135700900	rs11404834	G	GA	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=-1.172;SC=ACCTCTACTGGAAAAAAAAAT;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=18;WE=135700908;WS=135700890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr5	136315200	rs3217011	AT	A	2165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=1047;SC=AGACATGCAGATGATACTCGG;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=136315208;WS=136315190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	136320758	rs17521219	A	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=361;ReadPosRankSum=3.188;SC=AACCATTGCCATGCTGATCAT;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=32;WE=136320766;WS=136320748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr5	136328224	.	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.042;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr5	136403595	.	T	TG	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=281;ReadPosRankSum=0.492;SC=GAAACAGCAGTGCCCTTTGCT;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=8;WE=136403603;WS=136403585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr5	136448333	rs146759088	CAAAT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=-0.330;SC=AATAAAAGGCCAAATAAATAA;SOR=0.892;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=2;WE=136448344;WS=136448323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr5	136833955	.	C	CCACA	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.39;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr5	136961400	rs2074344	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=225;ReadPosRankSum=-0.145;SC=CCCCAGTGTGTTGGAGGCCTC;SOR=1.230;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=136961421;WS=136961390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	136961413	rs2074345	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=1.448;SC=GAGGCCTCTCGGATGGGCATG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=8;WE=136961421;WS=136961390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr5	136969793	rs2301708	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr5	136997743	rs144352569	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.855;QD=12.08;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr5	136997803	.	A	AAG	276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=21.29;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	137013106	rs2967791	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=0.765;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr5	137027953	rs2301710	A	T	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=187;SC=GAGGAGGTGCAGCAGTCCGGC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=137027961;WS=137027943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	137028029	rs2905608	T	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=305;SC=CATCTGCAAATGCACGGATGC;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19;WE=137028037;WS=137028019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	137028074	.	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=0.206;SC=GAGACTGCAGGAAGTCACAGC;SOR=1.101;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=15;WE=137028082;WS=137028064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr5	137034169	rs41298968	C	T	149.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AGATGGTCTCCTGCCCTGTCT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=137034177;WS=137034159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr5	137056006	rs11741787	A	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.03;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr5	137056027	rs6887727	T	C	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=8;PP=621;SC=GGAACTCAAGTGACTAAGAAT;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=137056035;WS=137056017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	137206560	rs6890689	A	C	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.440;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=2141;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TGCTTCTCCCAAGCAGCATGC;SOR=0.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=110;WE=137206568;WS=137206550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr5	137229934	rs41298970	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.697;SC=GGTAGCTTGGTCAATAGTTTG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=137229942;WS=137229924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr5	137259251	rs13188503	C	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=158;SC=CTAAGACAAACCTCATATAGT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=137259259;WS=137259241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr5	137272113	.	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
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chr5	137292095	rs3777115	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.799;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr5	137292133	rs3836896	C	CA	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.321;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=242;ReadPosRankSum=0.669;SC=CCATAAAAGGCAAAAAAACTA;SOR=1.131;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=13;WE=137292141;WS=137292123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,23:0.24:95
chr5	137295823	rs9327802	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=-0.790;SC=TAGGCAAGTTTTTAAAGACTA;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=137295831;WS=137295813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	137323117	rs7714536	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	137347403	rs12187885	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.566;NF=8;NR=4;PP=142;ReadPosRankSum=0.093;SC=CACCGTGCCCGGCCTCACATA;SOR=1.165;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=12;WE=137347411;WS=137347393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr5	137347498	rs10064910	G	A	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=12;PP=395;SC=AAGAATTTGCGGACCAAATTT;SOR=0.902;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=20;WE=137347506;WS=137347488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	137354851	rs66908638	CA	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	137372207	rs6596419	A	T	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=52;PP=1722;SC=CTCTGAGCAGATCCATTGAAG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=105;WE=137372215;WS=137372197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	137420376	rs4835762	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=419;SC=GTGAATGGAGTGGGGCTTGCA;SOR=1.308;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=137420384;WS=137420366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	137426768	rs12520886	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-2.215;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	137451460	.	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	137454358	rs6878575	C	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.43;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	137464826	rs217275	A	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-1.364;SC=TCTGCCCCCCAAAAAAGTTGA;SOR=0.283;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=8;WE=137464834;WS=137464816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	137475787	rs423258	C	T	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=27;PP=943;SC=TTCCATCATCCACTGGGTTAG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=55;WE=137475795;WS=137475777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	137476416	rs412051	T	C	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=36;PP=1090;SC=CAGGACTTCTTGCCGCATCTC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=137476424;WS=137476406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	137485292	rs217270	C	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=127;SC=AACAGAAGTACGAATCTTAAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=137485300;WS=137485282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	137486426	rs217272	T	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=144;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TTTAAGTTACTTTCTTACCTC;SOR=1.207;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=14;WE=137486434;WS=137486416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr5	137497717	.	CCTA	C	1722.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=884;ReadPosRankSum=3.400;SC=AGAAAATGAACCTACTGACTG;SOR=0.744;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=23;WE=137497727;WS=137497707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,51:0.29:178
chr5	137501396	rs2269957	A	C	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=209;SC=GCCTGGATGAAAGAGCAAGAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=137501404;WS=137501386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	137524951	.	G	GT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.431;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr5	137548809	rs2231472	A	G	5566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=78;PP=2491;ReadPosRankSum=0.463;SC=CCAAGGATCCAAGCCCCGTCC;SOR=0.598;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=134;TCR=123;TR=163;WE=137548817;WS=137548799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,264:0.66:401
chr5	137588937	rs77536832	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=339;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CCCAGCCGGCCCAGTAAAGGT;SOR=0.830;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=24;WE=137588945;WS=137588927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr5	137661434	rs3734165	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=282;ReadPosRankSum=-0.657;SC=CTATGTCTCATTATGATACCA;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=15;WE=137661442;WS=137661424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr5	137682665	.	CC	TT	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.060;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=247;ReadPosRankSum=-2.141;SC=GAGGCTACTTCCTGGGGCCAC;SOR=0.407;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=137682674;WS=137682655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	137708434	rs4835678	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=1.090;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
chr5	137708598	.	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=0.091;SC=TGACATGTTAGGGACAGAGTA;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=10;WE=137708606;WS=137708588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr5	137710847	.	T	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=494;ReadPosRankSum=0.261;SC=ATCTTCTGGATCGAGAGCTTC;SOR=0.411;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=35;WE=137710855;WS=137710837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr5	137717213	rs10073922	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=1.464;SC=AGAGTGGTGAGATCAAGTCGG;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=15;WE=137717221;WS=137717203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr5	137717265	rs6865472	G	A	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=411;SC=GGATAATTCAGCGCCTCAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=137717273;WS=137717255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	137735754	rs4835680	A	T	201.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-1.036;SC=GGTATGTCCAAGATGTTGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=137735762;WS=137735744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr5	137754695	rs7726234	T	C	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=1.291;SC=CCTTCTCTGGTGGAGGAGGAC;SOR=0.800;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=33;WE=137754703;WS=137754685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr5	137763615	rs2240334	A	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=311;ReadPosRankSum=1.683;SC=ATTCTTCCAAATATTGGCCCT;SOR=1.563;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=19;WE=137763623;WS=137763605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr5	137763892	.	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr5	137765663	rs77413831	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=0.959;SC=AGGTACGCCCCTGGGTGGGCT;SOR=0.481;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=13;WE=137765671;WS=137765653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr5	137775581	rs982085	C	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr5	137776931	rs2269947	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TCCCACACAGCGCCTCCAACA;SOR=0.368;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=11;WE=137776939;WS=137776921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr5	137777269	rs12516269	A	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=456;ReadPosRankSum=-1.571;SC=TGACAATTTCATGGGGTCCTT;SOR=1.115;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=30;WE=137777277;WS=137777259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr5	137780336	rs4835794	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=25;PP=1388;SC=CCAAAGTGACTTGGCAGGGCT;SOR=1.194;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=66;WE=137780344;WS=137780326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	137780368	rs2240331	C	A	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1137;ReadPosRankSum=1.214;SC=CCGGAGCAGGCAGGGGCCTCT;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=70;WE=137780376;WS=137780358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,86:0.72:119
chr5	137846155	rs4835685	A	G	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=37;PP=1553;SC=CAATTAGTATAAGGTTTGGTT;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=137846163;WS=137846145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	137847082	rs35404194	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	137847088	.	CACAT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.112;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr5	137847090	rs376642798	CAT	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr5	138148064	rs13154573	T	C	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=29;PP=928;SC=ATTCTGTGTGTTTTCTGAAAG;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=138148072;WS=138148054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	138209404	rs11744283	G	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=-1.822;SC=TATCCATGAGGAGTATTTTAA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=22;WE=138209412;WS=138209394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,23:0.26:89
chr5	138209613	.	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr5	138216625	rs5871683	G	GA	557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.37;NF=8;NR=6;PP=169;SC=ATATGGCAAGGAAAAAAAAAA;SOR=1.519;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=14;WE=138216633;WS=138216615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	138221989	rs288028	G	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	138266546	rs1059110	G	A	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=30;PP=1479;SC=AAAATACATCGGATGTCATCA;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=72;WE=138266554;WS=138266536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	138356775	rs10077796	C	A	50.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	138456815	rs3088052	T	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=12;PP=345;SC=CTTTTCTCTCTGTTTCTTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=138456823;WS=138456805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	138456994	rs11750382	G	A	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=101;SC=CTGGACACTCGCAATTCCTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=138457002;WS=138456984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	138473077	rs11431215	C	CA	1560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=922;SC=AGTTTGGCCCCAAAGCCATGC;SOR=0.846;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=23;WE=138473085;WS=138473067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	138642997	rs112107315	A	AT	250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=359;SC=TGGCGTTACCATTTTTGAAGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=138643005;WS=138642987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	138643062	rs12153162	T	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	138713631	.	CC	TT	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.058;HP=3;HapScore=3;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TGGGCCCACCCCGCCTTTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=13;WE=138713640;WS=138713621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr5	138713959	rs6596474	A	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=15;PP=396;SC=GGGAGCGAGGAGAAGAGGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=138713967;WS=138713949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	138714474	rs11950646	G	A	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=45;PP=1194;SC=TGTGGGGGCTGCAGCTATCAG;SOR=1.194;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=72;WE=138714482;WS=138714464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	138718476	rs11242461	T	C	125.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	138718878	.	C	CA	175	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=0.9800;HP=6;HapScore=4;MGOF=31;MMLQ=22;MQ=61.53;NF=0;NR=3;PP=175;QD=66.3333333333;SC=CCCCTGCCCCCCCTAGCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=138718886;WS=138718854;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr5	138720156	rs12515989	C	T	5338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=71;PP=2693;SC=GCCCGCCTGCCGGTGTCCACA;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=145;WE=138720164;WS=138720146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	138720336	rs6596476	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=23;PP=649;SC=CCCCTGCAGATACGGCTCCAT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=138720344;WS=138720326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	138724126	rs33937093	TG	T	614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=449;SC=AGGAGGGAGGTGGGGGGCAGG;SOR=2.200;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=15;WE=138724134;WS=138724116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	138724362	.	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=0.665;SC=AGTCTCTGGGGAAAATAAAGT;SOR=0.436;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=13;WE=138724370;WS=138724352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr5	138724457	rs9327846	A	G	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=153;SC=TGGGATGGGGATGGGGGATGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=138724465;WS=138724447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	138728483	rs10078623	A	G	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=13;PP=814;SC=CTGGGCCTCTACATCCCTGTT;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=39;WE=138728491;WS=138728473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	138732579	rs10900862	C	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=25;PP=963;SC=CCATGTAGCTCTCCTGCTGCT;SOR=0.729;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=47;WE=138732587;WS=138732569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	138738178	rs4074032	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	138754741	rs4835728	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=7;PP=277;SC=GCACTGTGACTGAAGAGCTAA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=15;WE=138754749;WS=138754731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	138773090	rs10900864	A	G	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=32;PP=1118;SC=GTTCCTCACTATACGTGGAGT;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=63;WE=138773098;WS=138773080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	138775173	rs3923059	T	C	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=64;PP=1547;SC=GCCTCCCCCGTGCCCGAGGCT;SOR=1.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=91;WE=138775181;WS=138775163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	138852369	rs13153461	G	A	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	138856009	.	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=158;ReadPosRankSum=0.709;SC=AACCTCCTGGGACAGCGAGAA;SOR=0.773;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=13;WE=138856017;WS=138855999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr5	138857919	rs1131769	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=12;PP=524;SC=GATGCCAGCATGGTCACCGGT;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=138857927;WS=138857909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	138861146	rs7447927	C	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=19;PP=1160;SC=CTAGGTGGAGCACCAGGTACC;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=138861154;WS=138861136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	139213452	rs4912884	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=311;SC=TGTGCCTCGTAAAATCCTGGC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=139213460;WS=139213442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	139216901	rs11440487	A	AG	1971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=24;PP=1071;SC=GGCACCCCGAAGCCCCAGGCA;SOR=1.009;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=139216909;WS=139216891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	139245199	.	C	T	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=875;ReadPosRankSum=0.108;SC=TCCGAAGAATCCATTTGGACA;SOR=0.766;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=53;WE=139245207;WS=139245189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,83:0.60:139
chr5	139422531	.	CGCT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,8:0.09:86
chr5	139641896	rs6867870	C	A	199.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.7539;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CATTTCTTTCCGAGTAAAAGT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=139641904;WS=139641886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr5	139661279	rs6893253	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=67;SC=TTAAACCTTCTTGGCTGAGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=139661287;WS=139661269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	139722345	rs2074611	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr5	139741370	rs717097	C	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr5	139742479	.	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=1.583;SC=ACCACCCATTCTGTGCCCCCA;SOR=0.731;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=30;WE=139742487;WS=139742469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,63:0.35:181
chr5	139745154	rs6860077	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr5	139887565	rs114577754	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr5	139907713	rs77154401	CT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	139907750	.	G	GT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr5	139916920	.	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=320;ReadPosRankSum=-0.658;SC=ATTTTGCCACCAGGTGACTCT;SOR=0.191;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=17;WE=139916928;WS=139916910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr5	139921961	rs9324644	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=0.009;SC=TGCAAGAGAGGACCATCCTTA;SOR=0.743;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=139921969;WS=139921951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr5	139931628	rs3085220	A	AGT,AGTC	585.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=619;ReadPosRankSum=1.099;SC=ATCCTCCATCACAGCCTCAGA;SOR=1.203;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=9;WE=139931637;WS=139931618;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.19:106
chr5	139931629	rs5871740	C	CG	585.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.918;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,21:0.20:107
chr5	139931776	rs60236323	AGG	A	328.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=516;ReadPosRankSum=0.845;SC=GGGACTGAAAAGGTACAGCAG;SOR=1.144;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=9;WE=139931787;WS=139931766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr5	139931779	rs10589076	T	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=515;ReadPosRankSum=0.751;SC=ACTGAAAAGGTACAGCAGGAT;SOR=1.215;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=10;WE=139931787;WS=139931766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr5	139936760	rs250426	G	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GGGGTGCGGCGACCCTCTTGG;SOR=0.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=12;WE=139936768;WS=139936750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr5	139936980	rs250427	A	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=0.066;SC=CCGGGGCGACAACCTAGTGCC;SOR=0.892;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=30;WE=139936988;WS=139936970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,52:0.30:172
chr5	139937052	.	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=239;ReadPosRankSum=-0.081;SC=ACTTCCGCTTGGCCAGCGGGG;SOR=0.870;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=20;WE=139937060;WS=139937042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
chr5	139940233	rs250431	G	A	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=666;ReadPosRankSum=-1.993;SC=CCTGAATGGGGTGTGCAGTCA;SOR=0.755;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=175;TCF=77;TCR=98;TR=57;WE=139940241;WS=139940223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,102:0.37:275
chr5	139941228	rs250430	A	G	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=620;ReadPosRankSum=2.031;SC=ACATCACAGCAAAACACATGG;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=44;WE=139941236;WS=139941218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,63:0.46:138
chr5	139941318	rs171632	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=344;ReadPosRankSum=-2.401;SC=CTGGGGTAGAAGCTGGTTAGA;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=26;WE=139941326;WS=139941308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,38:0.34:111
chr5	140023818	rs753279	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=82;ReadPosRankSum=2.292;SC=ATCTGGTAGTCGGATTGTATG;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=10;WE=140023826;WS=140023808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr5	140024042	rs753280	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-1.867;SC=TGAGAACATGTATGTAGAAGA;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=140024050;WS=140024032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr5	140024115	rs150507013	TTGTG	T	917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.793;NF=10;NR=5;PP=697;ReadPosRankSum=1.337;SC=GTTATGATCTTTGTGTTTCAT;SOR=0.818;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=15;WE=140024126;WS=140024105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr5	140024432	rs702399	C	T	385.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=283;ReadPosRankSum=0.741;SC=CCTGGCTAACCTATATAGGTT;SOR=0.776;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=14;WE=140024440;WS=140024422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr5	140024491	rs702398	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=289;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CCTCTGGAGTAGGCTGACCCA;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=13;WE=140024499;WS=140024481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr5	140027216	rs778593	T	C	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=864;ReadPosRankSum=-1.566;SC=GGCCAAGTGCTCCGGTCTGAC;SOR=1.051;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=52;WE=140027224;WS=140027206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,68:0.78:87
chr5	140027304	rs778594	T	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=385;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GATATAAAAGTATTGTAGGAC;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=18;WE=140027312;WS=140027294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr5	140027448	rs139482464	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,66:0.62:106
chr5	140027592	.	G	GGT	131	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=4;NR=8;PP=131;QD=11.1666666667;SC=GCTTAAGCCGGGTGTGTGTGT;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=12;WE=140027600;WS=140027582;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr5	140027627	rs34449052	GTGTATGTA	G	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.873;NF=3;NR=8;PP=1487;ReadPosRankSum=0.687;SC=GTGTGTGTGTGTGTATGTATG;SOR=1.123;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=140027642;WS=140027617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr5	140031537	rs1583005	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=346;ReadPosRankSum=0.433;SC=ACAAATATTGGTGTGGATTTC;SOR=0.278;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=21;WE=140031545;WS=140031527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr5	140035710	rs5871748	TC	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.489;NF=0;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=-2.369;SC=CTCAACTGAATCCATTCACTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=140035718;WS=140035700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	140037272	rs778596	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=301;ReadPosRankSum=3.410;SC=AGAGAGAGAAGCCTTACCCAC;SOR=0.227;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=22;WE=140037280;WS=140037262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr5	140038638	.	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=267;ReadPosRankSum=1.403;SC=GAGACCGTGACCGAGAGCGAG;SOR=0.695;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=27;WE=140038646;WS=140038628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,43:0.34:127
chr5	140041960	rs4801	T	G	230.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=1.023;SC=TGCTCCCCACTGTTTTCTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=140041968;WS=140041950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr5	140048209	rs2251860	T	C	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=663;ReadPosRankSum=0.526;SC=CCCCCATCAATAGTCTTCTGC;SOR=0.689;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=42;WE=140048217;WS=140048199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,61:0.56:108
chr5	140048267	rs2530245	T	C	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=24;PP=940;SC=AGGTGGTATCTGTCTCTGGGA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=140048275;WS=140048257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	140051983	rs2530243	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=0.000;SC=TATAAAGTGCCGGGCAGAACG;SOR=0.627;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=7;WE=140051991;WS=140051973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr5	140052271	rs2563333	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.698;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr5	140054485	rs2530241	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=552;ReadPosRankSum=-1.177;SC=AAGCTGGCACCCTGTTCTTAG;SOR=0.255;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=36;WE=140054493;WS=140054475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr5	140057216	rs811382	G	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=516;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TCTGGGAAAAGAAGTCAAGTA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=33;WE=140057224;WS=140057206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr5	140062547	rs2530239	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=1.335;SC=TTCTTGTCCCCCTTCTTATTG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=140062555;WS=140062545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	140063167	rs186663247	A	G	195.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CTGTAATCCCAGCACTTCGGG;SOR=0.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=140063175;WS=140063157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr5	140075011	.	C	CAGTTGATAT	211	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9990;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=211;QD=311.0;SC=GGATGAGATCCAGGCCCAGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=1;WE=140075019;WS=140075005;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1:0.50:2
chr5	140077699	rs2530234	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=505;SC=GGGACGAAGTATTTCTGCCTT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=140077707;WS=140077689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	140079884	.	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	140080022	.	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=61;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CGTTTTTCAGCTCGCCATTCA;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=7;WE=140080030;WS=140080012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr5	140080298	rs801168	T	C	66.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=-0.253;SC=AAAGAGGCTTTGCTTTCAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=140080306;WS=140080288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	140081791	rs809635	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=-1.518;SC=AGGAAGTGTTAAGGAAGGTCC;SOR=1.058;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=11;WE=140081799;WS=140081781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr5	140167463	rs3733710	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=1.114;SC=GGAGCTGGAGCTGCTGCAGTT;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=11;WE=140167471;WS=140167453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr5	140167677	.	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=1.830;SC=GACGCCGACTCGGGCTACAAC;SOR=0.700;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=22;WE=140167685;WS=140167667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr5	140168070	rs2240696	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
chr5	140168151	rs2240695	G	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.491;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,31:0.23:132
chr5	140174622	rs9686540	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr5	140174865	rs11167600	G	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=311;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TAGCATCCACGTGGAGGTGAT;SOR=0.979;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=23;WE=140174873;WS=140174855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr5	140176817	.	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.316;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=-0.155;SC=AGAGGCGGCAGAGGGTGTGCT;SOR=0.257;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=28;WE=140176825;WS=140176807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr5	140180737	rs3806845	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr5	140180858	.	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=0.193;SC=AGCCTCGGAGGTGGGGAGCGG;SOR=0.910;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=9;WE=140180866;WS=140180848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr5	140181648	rs3733709	T	C	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TCAGCAGATATTCTGTCAAAA;SOR=0.657;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=59;WE=140181656;WS=140181638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,84:0.58:146
chr5	140181734	rs3733708	A	G	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=693;ReadPosRankSum=1.849;SC=GTCATATGAAATCCAGGTAGA;SOR=0.724;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=172;TCF=98;TCR=74;TR=63;WE=140181742;WS=140181724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,83:0.32:257
chr5	140181892	rs3733707	T	C	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=588;ReadPosRankSum=0.166;SC=CAGTCATCGCTCTGATCAGCG;SOR=0.459;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=41;WE=140181900;WS=140181882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,53:0.44:121
chr5	140182101	rs7701755	G	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.142;NF=18;NR=11;PP=404;ReadPosRankSum=1.395;SC=GCCACGGCCAGCGTGTCCGTG;SOR=1.056;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=29;WE=140182109;WS=140182091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,39:0.39:101
chr5	140183058	rs2240694	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.993;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,50:0.33:151
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chr5	140187048	rs3822349	G	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=11.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-3.506;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.308;SOR=3.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
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chr5	140187322	rs3822346	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=207;ReadPosRankSum=0.276;SC=GGAAAAACCACCTGATGACGA;SOR=0.627;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=18;WE=140187330;WS=140187312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chr5	140188383	rs2337987	T	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.316;NF=4;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=0.551;SC=AGGTGACCGCTCGCGATGCCG;SOR=0.440;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=8;WE=140188391;WS=140188373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr5	140188401	rs2879086	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.618;NF=6;NR=4;PP=130;ReadPosRankSum=1.194;SC=CCGGCGTGCCACCTCTGGGCA;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=10;WE=140188409;WS=140188391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr5	140188575	rs2879087	G	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=267;ReadPosRankSum=1.445;SC=ATGCTGACTCGGGCTACAACG;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=20;WE=140188583;WS=140188565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr5	140188595	.	C	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=596;ReadPosRankSum=1.949;SC=GCGTGGCTTTCGTACGAGCTG;SOR=0.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=38;WE=140188603;WS=140188585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr5	140201264	rs4151682	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=1.131;SC=CTCAGAAAGGCGATAATATAA;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=12;WE=140201272;WS=140201254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr5	140201293	.	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr5	140201420	rs11958868	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,43:0.34:127
chr5	140203432	rs4141841	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CCCGAGGCTGCCCTGGTGGAT;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=26;WE=140203440;WS=140203422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr5	140208133	.	C	T	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=701;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TTCTGTGTTTCCACTGGAGGG;SOR=0.596;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=48;WE=140208141;WS=140208123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,80:0.58:137
chr5	140209467	rs7710794	T	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=0.504;SC=TGCGCGCAGTTGACGCCGACT;SOR=0.434;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=26;WE=140209475;WS=140209457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr5	140214381	rs10067182	G	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.257;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-3.589;NF=17;NR=22;PP=462;ReadPosRankSum=-1.730;SC=GCGACACAAAGGAATCTGTTC;SOR=0.571;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=39;WE=140214389;WS=140214371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,46:0.31:150
chr5	140214995	rs17844309	G	A	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.188;NF=43;NR=32;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.925;SC=AGTTGTGGATGTAAATGACAA;SOR=0.482;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=75;WE=140215003;WS=140214985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,97:0.70:139
chr5	140215011	.	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.024;NF=23;NR=12;PP=364;ReadPosRankSum=1.525;SC=GACAATGCTCCACAGTTGACT;SOR=1.038;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=35;WE=140215019;WS=140215001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,45:0.27:168
chr5	140215333	.	C	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=302;ReadPosRankSum=3.160;SC=CCCCGGCGTTCGCGCAGCCCG;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=22;WE=140215341;WS=140215323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr5	140221011	.	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-0.000;QD=20.08;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	140221012	.	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-0.000;QD=20.08;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	140221195	rs199713478	G	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-4.371;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr5	140222157	rs3733705	A	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.884;NF=9;NR=20;PP=345;ReadPosRankSum=-0.809;SC=ACCGCGAGAGAGTGTCGGCCT;SOR=0.973;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=29;WE=140222165;WS=140222147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr5	140222641	rs6580012	A	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr5	140228164	rs251353	C	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=-1.347;SC=TGGTGGGGAGCGGCCAGCTCC;SOR=0.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=11;WE=140228172;WS=140228154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr5	140228212	.	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=-1.603;SC=ACGGCACCTTCGTGGGCCGCA;SOR=1.527;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=14;WE=140228220;WS=140228202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr5	140228410	rs17844322	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-7.184;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,16:0.17:95
chr5	140228413	rs17844323	C	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-6.909;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,17:0.18:96
chr5	140228537	.	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=4.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQRankSum=-1.131;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,37:0.30:125
chr5	140229086	rs251354	C	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.223;NF=10;NR=7;PP=198;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TCATTGTACACTTCTTGTGGA;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=17;WE=140229094;WS=140229076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr5	140230370	rs369636	AA	CC	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=1056;ReadPosRankSum=1.892;SC=TGGCGAGGGTAAGCAGAAGAC;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=42;TR=38;WE=140230379;WS=140230360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,50:0.29:173
chr5	140230540	.	CC	TT	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.326;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=637;ReadPosRankSum=2.623;SC=ATCGATTACTCCCAGGGGCCG;SOR=1.508;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=17;WE=140230549;WS=140230530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr5	140237387	rs251364	T	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CGGTCGGTGGTTGCGGGTCAC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=16;WE=140237395;WS=140237377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr5	140237548	rs630162	A	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,67:0.35:193
chr5	140242451	rs11321479	GC	G	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=0.375;SC=ATGTGACGCTGCCAGGTATTA;SOR=1.071;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=9;WE=140242459;WS=140242441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr5	140242479	rs251369	T	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.582;NF=9;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=1.596;SC=AACGACAACTTTGTCTGCGCT;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=12;WE=140242487;WS=140242469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr5	140250080	.	G	A	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=833;ReadPosRankSum=-1.043;SC=TGTTCGTGAAGGAGAACAACC;SOR=0.759;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=54;WE=140250088;WS=140250070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,86:0.51:167
chr5	140250095	rs185967358	A	G	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=681;ReadPosRankSum=-1.571;SC=ACAACCCACCAGGCTGCCACA;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=49;WE=140250103;WS=140250085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,77:0.51:152
chr5	140255792	rs251377	C	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=-1.122;SC=TTGATAAGCCCAGCTATAAAG;SOR=0.702;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=35;WE=140255800;WS=140255782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,48:0.30:158
chr5	140256722	.	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.166;NF=10;NR=5;PP=154;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AGGTGTTCGTGCTGGACGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=15;WE=140256730;WS=140256712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr5	140263290	rs251380	T	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=-0.755;SC=CGGTGTCTGCTCAGGACGCGG;SOR=0.902;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=12;WE=140263298;WS=140263280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr5	140263489	rs146827381	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=530;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GCCGCCTCTGGGCAGCAACGT;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=36;WE=140263497;WS=140263479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr5	140307284	rs155361	G	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.918;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=752;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GGGAAGTCCAGTACTCCCTAA;SOR=1.066;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=48;WE=140307292;WS=140307274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,67:0.69:97
chr5	140307746	rs155820	C	G	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=550;ReadPosRankSum=0.167;SC=GTGGCTCACCCCCACTTAGCA;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=35;WE=140307754;WS=140307736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,80:0.68:118
chr5	140307969	rs246074	C	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=398;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CTCTAGCTTGCTGGCAGTGGA;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=23;WE=140307977;WS=140307959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr5	140309016	rs155360	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=-0.780;SC=ATCAATTGAACTAAACACTCC;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=21;WE=140309024;WS=140309006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr5	140346468	rs155364	T	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=399;ReadPosRankSum=0.179;SC=TACCTGGCCCTGCGGCCTCCC;SOR=0.844;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=26;WE=140346476;WS=140346458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr5	140346712	rs155808	T	C	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=710;ReadPosRankSum=0.286;SC=CCTGCTCAGCTTGGAAGTGCT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=47;WE=140346720;WS=140346702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,70:0.67:105
chr5	140347053	rs155807	C	T	2682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=1255;ReadPosRankSum=-1.015;SC=ATGGGGGCATCCCAGCCCGCT;SOR=0.783;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=67;WE=140347061;WS=140347043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,119:0.65:184
chr5	140348978	.	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.120;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr5	140389575	.	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=305;ReadPosRankSum=-1.405;SC=AATGGCAAATCTCTCCCATGT;SOR=0.837;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=23;WE=140389583;WS=140389565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr5	140431625	.	A	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=506;ReadPosRankSum=1.092;SC=ACGGGCCTAAATATGCTGAGC;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=43;WE=140431633;WS=140431615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,66:0.35:187
chr5	140482483	rs31848	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.72;MQRankSum=-0.336;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.448;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr5	140482520	.	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.768;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=8.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.27;MQRankSum=-0.015;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr5	140502177	rs3776100	G	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=1081;ReadPosRankSum=-1.276;SC=ACAAACCACTGGATCGAGAGG;SOR=0.930;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=55;WE=140502185;WS=140502167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,67:0.75:89
chr5	140502400	.	G	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-2.418;SC=TGGAAACTTCGGGAGTGTTTC;SOR=0.565;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=17;WE=140502408;WS=140502390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr5	140504014	.	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=241;ReadPosRankSum=0.591;SC=TTGTCAAACTTCCCACTGCAA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=17;WE=140504022;WS=140504004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr5	140516175	.	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=217;ReadPosRankSum=2.919;SC=CATCCAGAATGATCTCCCCTT;SOR=0.499;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=21;WE=140516183;WS=140516165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,30:0.27:111
chr5	140517174	rs400562	T	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=390;SC=CAGGGCGGCCTCGGTCGGTCG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=140517182;WS=140517164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	140529711	rs4151693	C	T	101.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TCCGGGAAGGCAGTCGTCGCC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=140529719;WS=140529701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	140529778	rs4151694	C	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	140530310	.	G	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=-1.089;SC=AATGGCACACGATTTAGACAC;SOR=0.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=56;WE=140530318;WS=140530300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,99:0.31:322
chr5	140530529	rs3776096	G	A	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=1123;ReadPosRankSum=-1.668;SC=TCAGATCCAGGTTTTGGACAT;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=63;WE=140530537;WS=140530519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,88:0.58:152
chr5	140530841	.	G	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=514;ReadPosRankSum=-1.813;SC=AGTCGTCAGGGTCCTGGACGT;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=39;WE=140530849;WS=140530831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,53:0.40:134
chr5	140535859	.	G	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=790;ReadPosRankSum=-1.298;SC=GGACCGGGAAGAGTTGTGCGG;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=49;WE=140535867;WS=140535849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr5	140553581	rs2910313	G	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=280;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CCAGGACGATGTCCCCTTCAT;SOR=1.460;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=18;WE=140553589;WS=140553571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr5	140554606	rs11741863	T	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=353;ReadPosRankSum=2.092;SC=AGGGCCCCTTTCCACGACATC;SOR=0.622;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=23;WE=140554614;WS=140554596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr5	140554808	rs6892507	T	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=296;ReadPosRankSum=-0.287;SC=ATAAAGAATGTAAACTAAATC;SOR=0.985;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=26;WE=140554816;WS=140554798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr5	140557665	.	C	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.21;MQRankSum=-2.577;QD=8.76;ReadPosRankSum=2.024;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr5	140557936	.	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.642;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.88;MQRankSum=0.318;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr5	140558313	.	T	TCC	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.790;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=29.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-10.472;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=4.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,11:0.08:146
chr5	140558315	.	GTC	G	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.578;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=17.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-10.209;QD=2.05;ReadPosRankSum=-2.193;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,16:0.10:156
chr5	140558326	rs2910317	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-8.157;QD=3.20;ReadPosRankSum=-4.418;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,32:0.18:173
chr5	140559914	rs2740583	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TGAGTTCCAGTTCCTGAAACC;SOR=0.745;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=8;WE=140559922;WS=140559904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr5	140561983	rs2204704	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTGGAAGCAAAAGAATAGCT;SOR=0.399;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=6;WE=140561991;WS=140561980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	140564048	rs17844664	G	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.309;NF=9;NR=1;PP=131;ReadPosRankSum=-1.142;SC=CAGCCAAGCAGAGGCTGGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=140564056;WS=140564038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr5	140564088	rs13176519	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.6287;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.006;NF=10;NR=8;PP=226;ReadPosRankSum=0.860;SC=CGAGCCTCCGCGCTCGGCCAC;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=18;WE=140564096;WS=140564078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr5	140564263	rs17844666	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=246;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CTGTTCGTGGCGGTGCGGCTG;SOR=0.668;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=15;WE=140564271;WS=140564253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr5	140566952	rs998793	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=1.460;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr5	140567264	rs2740588	G	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.729;NF=22;NR=18;PP=503;ReadPosRankSum=-1.196;SC=TGAGAGTCAGGGATATAAATG;SOR=0.510;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=40;WE=140567272;WS=140567254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,68:0.65:104
chr5	140567445	rs17844512	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.290;NF=14;NR=9;ReadPosRankSum=-0.768;SC=AATTAGTGGCAGTGATGAAGG;SOR=0.897;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=23;WE=140567453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr5	140567608	rs11167743	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.929;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,41:0.29:139
chr5	140567781	.	T	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr5	140568026	rs2697531	T	C	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=670;ReadPosRankSum=0.321;SC=CCGGAGAAAATGGAAAGACAT;SOR=0.496;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=55;WE=140568042;WS=140568016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,85:0.71:119
chr5	140568034	rs33974901	C	CA	4777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=44;PP=2425;SC=AATGGAAAGACATTTGCTATG;SOR=1.028;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=52;WE=140568042;WS=140568016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	140569353	rs3733691	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=1.383;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	140572668	rs597064	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr5	140579866	.	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=0.769;SC=ACACAATAAGCCCCAACTCTC;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=11;WE=140579874;WS=140579856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr5	140581510	rs638054	G	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GGGCGGCCTCGGTGGGAAGCT;SOR=0.459;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=12;WE=140581518;WS=140581500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr5	140594442	rs17844607	A	G	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.185;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-10.423;NF=16;NR=29;PP=479;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CTTTCTATAGAGTGCAGATCT;SOR=0.940;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=154;TCF=68;TCR=86;TR=45;WE=140594450;WS=140594432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,73:0.31:235
chr5	140594466	rs17844608	GG	AA	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=12.939;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-11.582;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.464;SOR=1.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,44:0.25:177
chr5	140594470	rs17844610	G	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=9.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-11.871;QD=7.90;ReadPosRankSum=-1.873;SOR=1.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,41:0.24:170
chr5	140614307	rs184425682	G	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=455;ReadPosRankSum=0.621;SC=CTGGCTGCAAGGGGGGGCCAG;SOR=0.698;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=31;WE=140614315;WS=140614297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr5	140626566	rs618506	A	C	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=-0.613;QD=34.19;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chr5	140626571	rs652104	C	A	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQRankSum=-0.578;QD=33.90;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chr5	140626627	rs618096	G	A	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.515;NF=21;NR=17;PP=518;ReadPosRankSum=1.314;SC=CTGCCGCCCCGGGACCCGCAC;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=38;WE=140626635;WS=140626617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,66:0.84:79
chr5	140682757	rs3749780	C	T	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=923;ReadPosRankSum=2.554;SC=GGGAACACGACAAGCCACAGG;SOR=0.594;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=58;WE=140682765;WS=140682747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,95:0.55:172
chr5	140683265	rs11952797	G	A	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=860;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GACCCACTTGGGCGTATGTCT;SOR=0.715;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=199;TCF=93;TCR=106;TR=68;WE=140683273;WS=140683255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,85:0.33:255
chr5	140710168	.	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=-0.966;SC=GAATTCTCCTGAAAATTGGGT;SOR=1.230;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=7;WE=140710176;WS=140710158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr5	140710705	rs2472647	G	A	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=14;PP=661;SC=AGGTACCAGAGTCTCATTGCC;SOR=1.220;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=34;WE=140710713;WS=140710695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	140711128	.	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=340;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CCAAATATTTCGTTTAGATTC;SOR=0.682;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=20;WE=140711136;WS=140711118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr5	140718901	.	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=339;ReadPosRankSum=0.473;SC=CAGTAGAGGTGGAAATAACAG;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=24;WE=140718909;WS=140718891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,46:0.35:133
chr5	140719090	rs6861047	G	A	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1292;ReadPosRankSum=-0.969;SC=ACGTGCGAAGGGGAGCTGATG;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=75;TCR=52;TR=80;WE=140719098;WS=140719080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,136:0.66:206
chr5	140725286	.	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.136;NF=8;NR=14;PP=323;ReadPosRankSum=-1.754;SC=CGCCCGAGATCCTGTACCCCG;SOR=0.619;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=22;WE=140725294;WS=140725276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr5	140731252	rs376017038	GG	AA	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=3.058;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.537;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,48:0.27:180
chr5	140731962	.	G	A	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=843;ReadPosRankSum=1.018;SC=CTGCGCCTGCGACGTTCCTCC;SOR=0.871;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=56;WE=140731970;WS=140731952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,74:0.35:209
chr5	140736781	.	C	T	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.937;SC=CCCAGATGTCCTGGCTGACTT;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=77;WE=140736789;WS=140736771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,133:0.62:214
chr5	140739845	.	G	A	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1311;ReadPosRankSum=1.009;SC=TCGGTCGTAGGAAACCTCGCC;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=85;WE=140739853;WS=140739835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,125:0.68:184
chr5	140740277	.	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=450;ReadPosRankSum=0.088;SC=CGTAAATATCCTGAGTTGATT;SOR=0.595;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=35;WE=140740285;WS=140740267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr5	140750044	rs6860609	T	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=12;PP=646;SC=TTAGACCAGGTTCTCTCCGAA;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=140750052;WS=140750034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	140764778	.	CC	TT	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=773;ReadPosRankSum=0.861;SC=CTGATCTTCCCCCAGCCCAAC;SOR=0.755;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=23;WE=140764787;WS=140764768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,35:0.32:111
chr5	140772770	.	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr5	140772815	.	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=1.758;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr5	140774288	rs4912749	T	C	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=20;PP=1480;SC=TGGACAGAGATGCGCTCAAGC;SOR=2.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=74;WE=140774296;WS=140774287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	140774689	rs72790033	T	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=279;ReadPosRankSum=0.324;SC=CACCTGATCTTTCCCCAGCCC;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=17;WE=140774697;WS=140774679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr5	140784376	.	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=566;ReadPosRankSum=1.638;SC=TCTTCTCGGTGGGGCTGCACA;SOR=0.950;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=32;WE=140784384;WS=140784366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,39:0.36:107
chr5	140798186	.	G	A	4518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.235;ClippingRankSum=0.000;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=1753;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CCTTCGGGAAGACGTGCCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=101;TCR=101;TR=126;WE=140798194;WS=140798176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,216:0.67:321
chr5	140802616	.	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=128;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GCTGTCCTATCGCCTGCTTAA;SOR=1.064;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=11;WE=140802624;WS=140802606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr5	140858245	rs3805695	C	T	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=677;SC=TTCAACTGGCCCTTCCTAGAT;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=140858253;WS=140858235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	140867488	rs17097340	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=298;SC=AGGAGGCTACAGTGCACAGGG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=140867496;WS=140867478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	140890770	rs2233613	G	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=41;PP=1280;SC=GCCACAGGGCGGCCTCTCCCC;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=140890778;WS=140890760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	140908957	.	A	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.394;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr5	140930162	rs11748064	C	T	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	140940449	rs144507799	G	GT	561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=256;ReadPosRankSum=-1.202;SC=TCATACTGCTGTTTTTTTCCC;SOR=0.425;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=140940457;WS=140940439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr5	140953563	rs5871778	T	TGGA	750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.75;ReadPosRankSum=0.412;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr5	140955680	.	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=152;ReadPosRankSum=0.923;SC=GAACTACACTATTGGGTGCTA;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=140955688;WS=140955670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr5	140955777	rs2302103	C	T	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	140957189	rs143356915	A	AAT	971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=497;SC=AAGGAAAGCAAATATGCAGAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=140957197;WS=140957179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	140963901	rs138815890	TAAGTA	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	141014494	rs2530223	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=437;SC=ACATGTCATGTTGGGAGGCCT;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=141014502;WS=141014484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	141016276	rs32954	T	C	10549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=79;PP=2817;SC=GTGTCCCAACTCCTCATGCAT;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=144;WE=141016296;WS=141016266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr5	141016288	rs1421896	T	G	10354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=80;PP=2857;SC=CTCATGCATATCCCTGTTTCC;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=59;TCR=80;TR=139;WE=141016296;WS=141016266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr5	141018454	rs11741647	C	G	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=43;PP=1310;SC=CCCTTGCTCCCTCTTCTCCAA;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=141018462;WS=141018444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	141019110	rs14251	C	A	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	141019569	rs17855844	G	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=8;PP=803;SC=CTGGGGCTCTGGTGGGGGACA;SOR=1.877;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=37;WE=141019577;WS=141019559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	141019830	rs11742646	C	G	5631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=83;PP=2820;SC=GGCAAATGGGCAGCCAAGCAA;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=61;TCR=85;TR=144;WE=141019838;WS=141019820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	141024048	rs469522	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=5.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=2.012;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,32:0.30:105
chr5	141029072	rs11739451	G	A	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=80;PP=2421;SC=GCATCCAGCAGGCAGCGCCAG;SOR=1.642;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=32;TCR=81;TR=110;WE=141029080;WS=141029062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	141034123	rs6580194	T	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=258;SC=CATGTATGATTCTGGAACAAC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=141034131;WS=141034113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	141034749	.	T	TACACACACACAC	92.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.82;QD=46.12;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	141035955	rs2306339	G	A	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=30;PP=1014;SC=AGAAGTCGGGGGCAGGGAAGC;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=141035963;WS=141035945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	141041435	rs3749759	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=181;SC=GGATTTTTAGGCACAAATGCA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=141041443;WS=141041425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	141050373	rs80161128	G	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=190;ReadPosRankSum=-1.651;SC=AGAGAGGCAGGGGGTAATGAG;SOR=1.022;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=141050381;WS=141050363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr5	141052870	rs440279	G	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=8;PP=368;SC=TCACTGCCCCGCCCACACACA;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=141052878;WS=141052860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	141059158	rs1031904	C	G	6487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=73;PP=2228;SC=TCTCTTCTGTCGGGGGCTCCT;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=129;WE=141059166;WS=141059148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr5	141059649	rs417503	A	G	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=25;PP=1154;SC=GGAGAGGAGGAGGCCTTGGGC;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=57;WE=141059657;WS=141059639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	141235916	rs145694332	TGGGAGGTTAGACAAGGGCCC	T	351.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=14;PP=2565;SC=ACCTAGGGCCTGGGAGGTTAG;SOR=3.056;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=15;WE=141235943;WS=141235906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	141243646	rs3797054	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=273;ReadPosRankSum=-0.153;SC=AGATCAGCTCAGCATTGACAC;SOR=0.503;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=22;WE=141243654;WS=141243636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr5	141247191	.	A	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr5	141304315	.	AT	A	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=1.649;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr5	141309824	rs351260	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=21;PP=529;SC=TGTTTCCATCGCTTTCAACTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=141309832;WS=141309814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	141312847	.	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=-0.009;SC=GAAGAGTGGCGACCACACGGC;SOR=0.746;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=11;WE=141312855;WS=141312837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr5	141325249	rs105633	T	C	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=37;PP=1044;SC=GGAAGGTCCTTGGCTCCTCCG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=62;WE=141325257;WS=141325239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	141335498	rs164515	C	T	5179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=73;PP=2416;SC=TTCATTTCCACTGCGGATGCT;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=133;WE=141335506;WS=141335488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr5	141337225	rs164077	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=411;ReadPosRankSum=0.476;SC=CCTGGAAGGCAGCCCCAGCTT;SOR=0.514;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=38;WE=141337233;WS=141337215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,52:0.29:181
chr5	141354220	rs187542	G	C	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=107;SC=TGGTGGCTACGAAGTTAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=141354228;WS=141354210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	141354300	rs41290613	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=-0.570;SC=TTTCTTGAGCGCTGCTCAACA;SOR=0.591;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=141354308;WS=141354290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr5	141357719	rs66768569	TTGTA	T	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=558;SC=TTGTACTGTTTTGTATGTAGC;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=141357730;WS=141357709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	141364511	rs252099	A	G	5401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=57;PP=2014;SC=ATGTATACACAGAATTCCTCA;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=123;WE=141364519;WS=141364501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	141364637	rs252100	C	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=836;SC=AAGGAATTTTCATATTATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=141364645;WS=141364627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	141367202	rs374840	GA	TT	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=9;PP=679;SC=GATGTACAAAGATGTTATAAG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=141367211;WS=141367192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	141382584	rs252114	T	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=1;PP=389;SC=GGATGAAAGCTGGATCTACTC;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=141382592;WS=141382574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	141488792	rs9324865	T	C	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	141488807	rs55865281	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=21;SC=CCCCAGGTGGGACTCCGGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=141488815;WS=141488797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	141533062	rs449454	A	G	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=43;PP=1102;SC=TGACATTTCAATGATCCCTCT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=64;WE=141533070;WS=141533052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	142393562	rs3822397	G	A	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=13;PP=528;SC=ACTAGGGAAAGTGAGGAAGAT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=142393570;WS=142393552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	142393582	.	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=196;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TAATGGTTTTCTACAGTGAAC;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=16;WE=142393590;WS=142393572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr5	142416741	rs192194	T	C	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=10;PP=875;SC=AACTTGACTGTCCTTCTCTTG;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=142416749;WS=142416731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	142421287	rs59126415	GA	G	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr5	142421415	rs2270068	T	G	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=36;PP=1084;SC=GAATTGTGGGTGTCAACTCCA;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=142421423;WS=142421405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	142513686	rs246607	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=136;ReadPosRankSum=1.159;SC=TCTTTGCTGCATAGGGCCAGC;SOR=0.360;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=16;WE=142513694;WS=142513676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr5	142545707	.	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TATCTCAATTAAAGAATAACA;SOR=0.627;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=11;WE=142545715;WS=142545697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr5	142593484	.	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.60;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr5	142593566	.	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr5	142593652	rs258819	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	142661490	rs6196	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=146;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TGATATTTCCATTTGAATATT;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=13;WE=142661498;WS=142661480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr5	142671092	rs150299999	A	ATTACTTTTCTTTAGCCTAAG	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=2099;ReadPosRankSum=-1.767;SC=CCTGGCTGGGATATATCCTCT;SOR=0.481;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=4;WE=142671100;WS=142671082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr5	142680344	rs6188	C	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=-1.202;SC=GGTATTTAAACAAATACATAG;SOR=0.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=142680352;WS=142680334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
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chr5	143191907	.	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=2.338;SOR=1.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr5	143853754	.	G	A	83.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=0.524;SC=ATATTTTAAAGGAAAAAAATA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=143853762;WS=143853744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	145144419	rs338887	G	T	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=17;PP=699;SC=CAGGGAGGCTGCTGTAGAATA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=145144427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	145176221	rs338898	C	T	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=129;SC=AAAATAATATCCTTAATAATT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=145176229;WS=145176211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	145197411	rs6870210	C	T	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=45;PP=1871;SC=ACTCATGTGTCCATCCCTGCA;SOR=0.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=108;WE=145197419;WS=145197401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr5	145198805	rs624380	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	145199430	rs11293460	AG	A	752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=6;PP=523;SC=CCTTTACATCAGAAAATGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=145199438;WS=145199420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	145202461	rs6898776	C	T	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	145246085	rs2569006	T	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr5	145252574	rs10037373	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.079;SC=TCCGTGCAGCCGGTGAAACTT;SOR=0.976;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=145252582;WS=145252564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	145383552	.	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.231;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=363;ReadPosRankSum=0.565;SC=ACTCCAAACTGATCTCTGCTG;SOR=0.986;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=32;WE=145383560;WS=145383542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,46:0.32:142
chr5	145393364	rs758037	C	T	6954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=79;PP=2887;SC=CCAGTCATCCCGCACAAAAAA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=80;TCR=80;TR=159;WE=145393372;WS=145393354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	145439647	rs2962525	T	C	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=47;PP=1721;SC=CAGTGAGGCCTGGATCCACTC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=145439655;WS=145439637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	145442133	rs11435	G	A	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=731;ReadPosRankSum=-1.941;SC=AGAGATGACCGTCCTATTTGC;SOR=0.832;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=182;TCF=77;TCR=105;TR=61;WE=145442141;WS=145442123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,91:0.34:264
chr5	145442203	rs1056149	G	C	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=73;PP=2422;SC=TCAGCTCTTGGCAAGGCCACA;SOR=1.210;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=117;WE=145442211;WS=145442193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	145465111	.	C	T	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=877;ReadPosRankSum=2.018;SC=CTCCATAATGCCTGGCGATGT;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=61;WE=145465119;WS=145465101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,90:0.66:137
chr5	145483703	rs2962544	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=-2.369;SC=AGGTTGATTCGATAGTCCAAC;SOR=1.112;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=11;WE=145483711;WS=145483693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr5	145508515	.	T	TA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr5	145512367	rs11321164	TA	T	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr5	145515379	rs2963919	C	T	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=74;SC=AATTTTAGAGCGGTGAAAACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=145515387;WS=145515369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	145522912	rs2962504	A	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=23;PP=987;SC=ATTTAAATACATAAATCAAAT;SOR=1.109;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=66;WE=145522920;WS=145522902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	145529101	rs113738975	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=261;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TCCAGGTTCTACTGTAGAACT;SOR=1.292;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=15;WE=145529109;WS=145529091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr5	145838440	rs11743333	G	A	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.49;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	145890028	rs4705103	A	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=17;PP=623;SC=TCCAAGAATCAGATCAGCACC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=145890036;WS=145890018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	146018123	.	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-0.752;SC=AAACTTGTCCCAGGCAGATGA;SOR=1.536;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=7;WE=146018131;WS=146018113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr5	146030055	rs6866598	C	T	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=21;PP=886;SC=AGCCCACTCGCACCTGAATAC;SOR=0.859;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=49;WE=146030063;WS=146030045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	146434047	rs5872003	TA	T	394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=301;ReadPosRankSum=1.107;SC=TGTCCAACTGTAAAAAAAAAG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=17;WE=146434068;WS=146434037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr5	146434060	rs2400241	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=1;PP=568;SC=AAAAAAAGTCCATGAGATATC;SOR=3.126;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=24;WE=146434068;WS=146434037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	146435163	rs11958187	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.22;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	146619206	rs4705132	G	C	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=26;PP=844;SC=CCATGGGAGCGAACACTTCAA;SOR=0.878;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=146619214;WS=146619196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	146657584	rs6580458	T	C	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=0;PP=315;SC=TCTGAGATCATGTTTTAGACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=146657592;WS=146657574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	146657838	rs6580459	G	A	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=19;PP=640;SC=TGCTGGGACCGCAAGGAAAGA;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=146657846;WS=146657828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	146728149	rs10072514	C	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=8;PP=628;SC=CATGAGCATACATAATCTTGT;SOR=1.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=146728157;WS=146728139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	146728396	rs72831396	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.983;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr5	146753004	rs4235731	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr5	146754839	rs10515585	C	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GCTGCAATATCTTCGAGAGCT;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=10;WE=146754847;WS=146754829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr5	146775311	rs2288808	A	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=0.185;SC=GCATGTCACCATTCATTCATT;SOR=2.285;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=6;WE=146775319;WS=146775301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr5	146777188	rs2304045	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=0.879;SC=TGAGTGGAACACAAAGCTCCT;SOR=1.554;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=21;WE=146777196;WS=146777178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr5	146777400	.	C	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.253;NF=5;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=0.466;SC=AGATGTTGTACTCTGCCGCCT;SOR=0.476;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=17;WE=146777408;WS=146777390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr5	146777447	rs74828553	A	ATAGAAAGAG	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.892;NF=0;NR=7;PP=1981;ReadPosRankSum=1.820;SC=CAGTAAGGGTAGAGAAAGAGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=146777455;WS=146777437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr5	146780521	rs13168262	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-2.194;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr5	146788160	.	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=416;ReadPosRankSum=1.177;SC=ACGGGCTCCTGAGTTAGAGTC;SOR=0.815;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=27;WE=146788168;WS=146788150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr5	146971253	rs7449194	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=477;SC=GGTTACTCTGCAAAACAGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=146971261;WS=146971243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	146981164	rs111740872	TCAAAACAAAACAAAA	T	326.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=1;PP=721;SC=AGACTCTGTCTCAAAACAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=146981186;WS=146981162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	147028094	.	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.908;SC=CAAAGTTTGGGAATATCACTT;SOR=1.445;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=6;WE=147028102;WS=147028084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr5	147028140	.	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GTTCTCTTATCTGGCTCCTGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=147028148;WS=147028130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr5	147204192	rs11319	G	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=461;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CAGGCCTCGCGGTGACCTGAT;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=31;WE=147204200;WS=147204182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr5	147258495	rs2278376	C	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=0.210;SC=AACTAGTAAGCCTTGCCTCAC;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=13;WE=147258503;WS=147258485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr5	147258535	.	AT	A	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=42;QD=14.0;SC=TAGGAATTGTATTTTTTTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=147258543;WS=147258525;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr5	147261484	rs3910207	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=1.763;SC=TTTTGTTTCCCCATCAGTAAA;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=147261492;WS=147261474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	147281126	.	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr5	147286054	rs2250145	G	A	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=35;PP=1210;SC=GCGAAGTACTGAGACAGCCAT;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=147286062;WS=147286044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	147444989	rs9325061	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr5	147445023	rs1609851	C	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr5	147445108	rs3036741	TCACACA	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.036;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	147445124	rs1007979	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	147450085	rs3752676	C	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TAAATGTATTCTTTTTCTTTC;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=147450093;WS=147450075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	147468234	rs7711953	C	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=69;ReadPosRankSum=-2.820;SC=AGTAGGTGCTCTCCTCTTCCT;SOR=0.895;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=9;WE=147468242;WS=147468224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr5	147468614	rs10038561	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr5	147468971	rs4529181	G	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CAATGTCAGAGGGACTGAGTT;SOR=0.548;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=9;WE=147468979;WS=147468961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr5	147475488	rs11958432	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr5	147477351	rs140268040	T	TTTTAA	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=0.659;SC=AATTTCTCTTTTTTCTTTGTA;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=147477359;WS=147477341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
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chr5	147478785	rs1422991	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-1.278;SC=CTTCTTTTTCCCTCTTATTCA;SOR=0.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=15;WE=147478793;WS=147478775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr5	147479991	rs2303061	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=1.068;SC=AAATATATGGCCAACTTACTT;SOR=0.992;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=12;WE=147479999;WS=147479981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chr5	147480007	rs2303062	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=0.269;SC=TACTTCTTCTATCTCGGCAGG;SOR=1.157;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=13;WE=147480015;WS=147479997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
chr5	147480027	rs2303063	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=2.098;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,14:0.16:86
chr5	147480112	rs2303065	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=-0.182;SC=GGAAAGTGCATGGCAACACCT;SOR=0.269;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=20;WE=147480120;WS=147480102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr5	147480955	rs2303067	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.133;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GAAGGAAGGTAAATCAAGAAA;SOR=1.384;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=8;WE=147480963;WS=147480945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr5	147481018	rs2303068	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=83;ReadPosRankSum=0.662;SC=ATATCCTCCAGCAACTCAGAG;SOR=0.921;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=11;WE=147481026;WS=147481008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr5	147481430	rs6896303	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=-1.336;SC=GCCCAGATGGAAAAATGCATG;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=12;WE=147481438;WS=147481420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr5	147486677	rs880687	C	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=341;ReadPosRankSum=-1.363;SC=CTGTCCGTGGCCCAGATGGCA;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=26;WE=147486685;WS=147486667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,37:0.28:133
chr5	147486774	rs41291431	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=493;ReadPosRankSum=1.319;SC=CATCCATGATCGCCCCTGAGT;SOR=0.501;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=38;WE=147486782;WS=147486764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,62:0.42:149
chr5	147486818	rs3036740	CGT	C	1539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=813;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GAGTATAGACCGTGAGTTATA;SOR=0.413;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=21;WE=147486827;WS=147486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr5	147488367	rs2303071	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=86;ReadPosRankSum=-0.497;SC=AAGGGAAAGTCGAGGCTGAAA;SOR=0.988;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=11;WE=147488375;WS=147488357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr5	147488555	.	C	T	98.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACTCCCCTTTCCTTATTCAAT;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=147488563;WS=147488545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	147493871	rs3815735	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.543;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr5	147516470	rs4334874	C	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=5;PP=433;SC=GATTAAGATGCAGCTATAAAT;SOR=1.547;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=147516478;WS=147516460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	147516598	rs4349706	T	C	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=27;PP=1071;SC=TAAACCCCAGTTCTGAATCAC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=147516606;WS=147516588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	147516762	rs3088193	C	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=262;SC=ATAAAGACATCTCCACCAAGT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=147516770;WS=147516752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	147549163	rs4269285	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=2.143;SC=ATACAATGGGTGGAGTAGAGA;SOR=0.509;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=9;WE=147549171;WS=147549153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr5	147554997	rs147123556	TTTTTTCC	T	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.752;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr5	147555029	rs10074328	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr5	147585797	.	C	CTCATT	757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=494;SC=TTTAAAAGAACCTAACCACAC;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=147585814;WS=147585787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	147585799	.	TAAC	T	881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	147585805	.	C	T	767.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	147585806	.	AC	A	758.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.31;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=332;SC=ACCTAACCACACATTCTCATA;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=147585814;WS=147585787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	147593497	rs12186491	C	A	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=30;PP=1029;SC=GTTCCAGGACCCCAAGGTCTA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=147593505;WS=147593487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	147691840	rs13168328	T	C	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=77;SC=AAATCATTGGTCAGATAAGAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=147691848;WS=147691837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	147785802	rs201558003	AT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr5	147861252	rs201394278	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=-0.591;SC=GAAAAAAAGAGAATATGATAA;SOR=2.303;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=147861260;WS=147861242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
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chr5	148207447	rs1042719	G	C	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=619;ReadPosRankSum=-0.120;SC=AGGCCTATGGGAATGGCTACT;SOR=0.717;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=35;WE=148207455;WS=148207437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr5	148207633	rs1042720	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=2.472;SC=ACTCACTGCTGTAAAGCAGTT;SOR=1.201;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=18;WE=148207641;WS=148207623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr5	148207667	rs141761380	C	CCG	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=227;ReadPosRankSum=0.210;SC=AGACCCCCCCCCCCAACAGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=148207675;WS=148207657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr5	148383345	rs1432798	C	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
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chr5	148384559	rs1432799	G	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=1.929;QD=8.82;ReadPosRankSum=2.240;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr5	148386525	rs6871030	T	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=1.491;SC=TCTGCAGCCATGGTGGACAGA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=14;WE=148386533;WS=148386515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr5	148389763	rs1025476	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr5	148392362	rs11954893	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,29:0.29:99
chr5	148407242	.	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=207;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AGGTGTGGAAGATATTTCTTG;SOR=0.410;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=14;WE=148407250;WS=148407232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr5	148407708	rs1432794	A	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=30;PP=1251;SC=GGAAGCAGAGACGGGCATGGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=148407716;WS=148407698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	148407893	rs6875902	C	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=368;ReadPosRankSum=0.065;SC=AATATGGGGGCGAAGTTCTCA;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=26;WE=148407901;WS=148407883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr5	148408101	rs1432793	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr5	148425518	rs250676	A	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.141;SC=TGGTTTTTTTATAATACCTAA;SOR=0.634;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=7;WE=148425526;WS=148425508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr5	148562890	rs6886262	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-1.063;SC=ATGAATTGAAGATACTTTGCA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=148562898;WS=148562880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr5	148562981	rs6887628	C	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.509;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr5	148578566	rs2068262	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=396;ReadPosRankSum=1.522;SC=TTTTTATTATCCTTTTCATTA;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=25;WE=148578574;WS=148578556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr5	148578636	rs13362048	T	C	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.304;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=758;ReadPosRankSum=-1.014;SC=AGCTCATCCCTGCCTCCTGCT;SOR=1.061;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=53;WE=148578644;WS=148578626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,74:0.59:126
chr5	148580025	rs6580602	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=258;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CCCTGTCCATGGGTGTGATCT;SOR=1.112;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=18;WE=148580033;WS=148580015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr5	148586451	rs5872113	A	AG	279.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.08;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	148590182	.	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	148590423	rs2918281	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-2.049;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr5	148596693	rs3839234	TG	T	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=434;ReadPosRankSum=1.991;SC=AGTGTTATCTTGGCTTCAGGT;SOR=1.155;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=14;WE=148596701;WS=148596683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr5	148610276	rs2918265	C	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.973;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr5	148618708	rs58203769	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-1.057;SC=ACTGCTGCAAACCCTCTCTGC;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=8;WE=148618716;WS=148618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr5	148618749	rs59032271	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr5	148618752	rs59757169	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr5	148618964	rs34180939	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=0.920;SC=AAGCAGGGAAGTGCTGGAGAG;SOR=0.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=148618972;WS=148618954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr5	148619189	rs11326264	AG	A	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=399;ReadPosRankSum=0.067;SC=CTCAGGGAGGAGGGGGGTCTC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=17;WE=148619197;WS=148619179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr5	148620224	rs3797315	T	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=-1.812;SC=GGCGACCACTTCCTGCGTGCT;SOR=0.514;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=24;WE=148620232;WS=148620214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,43:0.33:132
chr5	148620451	rs45498700	C	T	342.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=1.214;SC=TCCTGAGGGACCTCCCTAACC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=148620459;WS=148620441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr5	148625972	rs34340554	TA	T	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=2.682;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr5	148627054	rs10035236	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GTGGCTATCTGCCCATTGTTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=148627062;WS=148627048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	148627252	rs9325136	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=352;ReadPosRankSum=0.872;SC=AGGCTGCTATGGAGGATGTGA;SOR=0.774;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=25;WE=148627260;WS=148627242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr5	148627503	rs2304609	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.371;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=123;ReadPosRankSum=3.025;SC=GTAAGCATGGCTCTGGAAGCC;SOR=0.100;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=12;WE=148627511;WS=148627493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr5	148630191	rs1808828	C	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.784;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr5	148639062	rs1438688	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CATACCATACCCCCGCCAGTC;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=5;WE=148639070;WS=148639052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr5	148678994	rs7715371	G	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=4;PP=603;SC=CCCAACTCTAGGTGGTGGGGG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=148679002;WS=148678985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	148680020	rs77005424	A	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.932;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr5	148695274	.	A	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=-1.248;SC=AACATTTGTTAGCTAATTATC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=148695282;WS=148695264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr5	148889672	rs2077482	A	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCTAAAAAAAATTTTTCCCAA;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=6;WE=148889680;WS=148889662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	148909383	rs112633640	G	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	148989122	rs2400891	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr5	148989312	rs7443869	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	148989320	rs7447560	T	C	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	148997686	rs6579750	A	G	6577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=70;PP=2883;SC=CGTGACATCCACTTTCCTGAG;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=168;WE=148997694;WS=148997676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr5	148999881	rs11409449	G	GC	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=111;ReadPosRankSum=0.442;SC=GCCATGACAGGCATGATTGGA;SOR=0.327;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=4;WE=148999889;WS=148999871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr5	149000039	rs7733761	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr5	149000130	rs184471987	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TGGTGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=18;WE=149000138;WS=149000120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr5	149001283	rs78820823	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr5	149006518	rs147615867	TCAGTGG	T	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=441;ReadPosRankSum=-1.290;SC=GGTGGGCCCTTCAGTGGCAGA;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=8;WE=149006531;WS=149006508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr5	149006640	rs9324624	C	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=708;ReadPosRankSum=0.466;SC=CTCTCCCAGCCGCTCCTTCCA;SOR=0.663;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=44;WE=149006648;WS=149006630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,64:0.74:86
chr5	149006837	rs7732873	A	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=21;PP=565;SC=CACCGGGGGTACGTGAGCCTT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=149006845;WS=149006827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	149006879	rs7733002	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=279;SC=GGGGAAAACCACCCCACAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=149006887;WS=149006869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	149008403	rs1056993	A	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=11;PP=458;SC=CTGGGAAACTACAGCTGTACC;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=149008411;WS=149008393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	149008467	rs3733662	C	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=-0.317;SC=GAACAAAGACCCCCGATGTCT;SOR=1.048;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=5;WE=149008475;WS=149008457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr5	149008521	rs1135093	A	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=9;PP=231;SC=TATTCCCACCATGAACCAGGT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=149008529;WS=149008511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	149112300	rs41287082	T	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CCCAGTGTGCTCCTCCTTATT;SOR=0.668;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=14;WE=149112308;WS=149112290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
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chr5	149214789	.	C	T	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=990;ReadPosRankSum=0.024;SC=CTCCCTGCGACCCTTTCATGG;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=66;WE=149214797;WS=149214779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,94:0.74:127
chr5	149240689	rs138029321	TCACGGAAA	T	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=1.675;QD=14.65;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr5	149242788	rs4705390	G	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=383;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TGGTGATCCCGTCCAACATTG;SOR=0.664;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=32;WE=149242796;WS=149242778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr5	149245617	rs17110641	G	A	232.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=0.323;SC=GATGAGAAGCGCTTTGTAAAG;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=149245625;WS=149245607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr5	149245754	rs17110644	A	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=236;ReadPosRankSum=0.946;SC=AGGTGCAAACAAAGTCAATGA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=18;WE=149245762;WS=149245744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr5	149247637	rs111830959	T	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=192;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CCCCTCCTCTTGGGTCAGCAG;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=16;WE=149247645;WS=149247627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr5	149265875	rs61733360	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=614;ReadPosRankSum=0.936;SC=TGTCATGGCAGAAAGCAGCAG;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=44;WE=149265883;WS=149265865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,62:0.75:83
chr5	149276124	rs10053292	T	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=203;ReadPosRankSum=1.576;SC=GGTGCCCACCTCCTGTCCAGC;SOR=0.748;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=14;WE=149276132;WS=149276114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr5	149276567	rs30818	T	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=353;SC=ATGCTTCTGATCTTCAGTTTC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=149276575;WS=149276557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	149278258	rs30819	A	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	149283406	rs251346	C	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=1.826;SC=AGACAGTTTTCAATTATTCAC;SOR=0.511;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=13;WE=149283414;WS=149283396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr5	149324247	rs112926956	C	A	180.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.827;SC=GGCTGGGAATCCCACTGGCTA;SOR=0.368;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=8;WE=149324255;WS=149324237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr5	149360877	rs30832	T	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=34;PP=1442;SC=AACCTTCAGATTAAGCCAGGC;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=149360885;WS=149360867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	149374879	rs3832324	CT	C	3507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=46;PP=2599;SC=TCCACCTCTTCTTGATCCTCA;SOR=0.969;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=63;WE=149374887;WS=149374869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	149374932	rs10875553	T	C	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=32;PP=916;SC=AAGGTGGCTCTGGTACAGTAC;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=149374940;WS=149374922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	149380158	rs3812008	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=2.461;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,52:0.29:179
chr5	149380159	rs3812009	G	C	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=48;PP=1215;SC=TACTAGACCCGCTCCAAGCCT;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=104;WE=149380167;WS=149380148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr5	149404179	rs35341726	G	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=1.318;SC=TGGAGCAGACGTACCAACACC;SOR=0.870;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=20;WE=149404187;WS=149404169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr5	149406271	rs6579767	C	T	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=30;PP=1036;SC=CTTTTCAGAGCTGACCTGCTT;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=149406279;WS=149406261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	149406733	rs2304069	G	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=49;SC=CTGCTTCCATGTAATGTATCA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=149406741;WS=149406723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	149424966	rs2276983	G	A	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=297;SC=GACGGGGTAGGCTGTTGTGTT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=149424974;WS=149424956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	149427387	rs2043284	T	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=15;PP=455;SC=ACTTTTTAGGTCAGGGATATG;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=149427395;WS=149427377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	149428395	rs216125	C	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=119;SC=GTGCTACCCCCTGGGCTAGGG;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=149428403;WS=149428385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	149428424	rs216126	G	C	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=113;SC=TGGGTCTTCTGTCAGTATTTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=149428432;WS=149428414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	149431223	rs216131	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=0.169;SC=GAGTGTTCTCGTCACCAGATG;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=11;WE=149431231;WS=149431213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr5	149431259	rs216132	A	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=351;ReadPosRankSum=-0.576;SC=ATTCCTTCTTATCAAAATGCA;SOR=1.026;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=25;WE=149431267;WS=149431249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr5	149433596	rs2066934	TG	GA	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=219;ReadPosRankSum=0.272;SC=TTGAAGTTTGTGGGAGGGGAG;SOR=0.580;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=11;WE=149433605;WS=149433586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr5	149435759	rs216136	G	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=2.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,54:0.25:213
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chr5	149437190	rs216138	C	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=0.302;SC=GCAGAGGTCACTCATCATCAC;SOR=0.420;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=12;WE=149437198;WS=149437180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr5	149440644	rs170037	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=-1.223;SC=GCAGGGCATACCCCAAGACCC;SOR=0.380;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=15;WE=149440652;WS=149440634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr5	149441016	rs11286566	AC	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=-0.840;SC=AGCATCTACCACCCCCCATCC;SOR=0.527;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=6;WE=149441024;WS=149441006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr5	149447628	rs216150	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=-1.540;SC=CCAGCAGCTGACTCATGTTGG;SOR=0.042;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=149447636;WS=149447618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	149456771	rs2855781	CT	AA	3478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=1547;ReadPosRankSum=0.995;SC=CAGCTTCCTCCTCAAAACCCT;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=52;WE=149456780;WS=149456761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,98:0.32:309
chr5	149457678	rs2228422	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=496;ReadPosRankSum=0.581;SC=GACTGACCTTGGTGTTGTTGT;SOR=0.597;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=33;WE=149457686;WS=149457668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr5	149460553	rs216123	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.659;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=0.565;SC=CGACCAGCTCAGGGACACTGG;SOR=0.313;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=12;WE=149460561;WS=149460543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr5	149513072	rs2240780	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=0;PP=289;SC=TCTCACCATCACTCTGCACCC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=149513080;WS=149513062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	149515074	rs740750	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	149516480	rs2240781	C	T	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=8;PP=414;SC=TGGTGCTTCACGCCCTGCCAC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=149516488;WS=149516470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	149563013	.	C	T	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=381;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CTGCCCACTCCATCTCTGTCC;SOR=0.587;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=33;WE=149563021;WS=149563003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,68:0.34:199
chr5	149574534	rs17652448	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.723;SC=CCCTGGGGTACAGTGAGCTTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=149574542;WS=149574524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr5	149576233	rs2270145	G	A	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=13;PP=851;SC=TGGGCTTTTGGGGGAGCTGCC;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=149576241;WS=149576223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	149576273	rs2270146	C	T	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=26;PP=1174;SC=ACCCCGCTCCCGGCAGGCGCC;SOR=0.932;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=66;WE=149576281;WS=149576263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	149578999	rs731376	T	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=284;SC=AAGGCAGGGCTTGGACTGAGC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=149579007;WS=149578989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	149580819	rs3733680	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=710;ReadPosRankSum=0.632;SC=CAGAGGGAGGGGCCAGGCCTG;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=45;WE=149580827;WS=149580809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,61:0.63:97
chr5	149582103	rs2240788	C	T	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=450;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GAAAGGAAGGCCCACTCACCC;SOR=0.651;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=36;WE=149582111;WS=149582093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,70:0.61:115
chr5	149583300	rs2240793	T	C	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,140:0.69:204
chr5	149583336	rs2240794	T	C	5197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.08;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	149583383	rs35380195	G	GGT,GGTGTGT	848.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=5.630;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.471;QD=29.27;ReadPosRankSum=1.197;SOR=0.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,13,13:0.45,0.45:29
chr5	149584341	rs6878880	T	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	149584506	rs34262805	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TGGGGAGGGCGGGAGGGTTTC;SOR=0.054;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=8;WE=149584514;WS=149584496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr5	149584863	rs2342283	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.29;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	149584870	rs4423986	C	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	149584881	rs5024534	G	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	149584881	.	GTT	TTC	689	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=81;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=11;NR=3;PP=689;QD=53.033419633;SC=CCACTTCAGGGTTCGGTACAG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=149584891;WS=149584853;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	149584883	rs5024533	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	149584969	rs11428067	A	AG	2767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=1252;SC=TCGGGCCTTAAGCAGTTTAGA;SOR=1.057;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=28;WE=149584989;WS=149584959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	149584981	rs4705425	A	G	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=22;PP=885;SC=CAGTTTAGACAAAAGCCCGCA;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=149584989;WS=149584959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	149585025	rs4705426	A	C	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=34;PP=1330;SC=GCAGGCCCTCATGGTGTATAG;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=73;WE=149585033;WS=149585015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	149596955	rs980272	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=1.696;SC=TAGTAGTGCCCTCAGTGGAGG;SOR=0.399;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=149596963;WS=149596945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr5	149597304	rs5872169	G	GT	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.696;NF=0;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CTAGCCCAGGGACGGGGGAGG;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=149597312;WS=149597294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr5	149602280	rs55976097	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=0.400;SC=CCCTCAGCTGTAAGACACACA;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=13;WE=149602288;WS=149602270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr5	149602608	rs2241694	A	G	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=45;PP=1788;SC=GCCATTTGCCATCCCGGCGGT;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=100;WE=149602616;WS=149602598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	149602824	rs2241695	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=0.425;SC=CAACCGGGGGCCTCCTGTCTC;SOR=0.997;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=17;WE=149602832;WS=149602814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr5	149607912	.	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.682;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=78;ReadPosRankSum=0.208;SC=CCTTGGAGGGTGAGCCTGTGA;SOR=1.561;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=11;WE=149607920;WS=149607902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr5	149610967	rs139987809	AAATAAT	A,AAAT	1020.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=31.90;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,21,11:0.66,0.34:32
chr5	149624901	rs149294022	GCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT	G	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=2994;ReadPosRankSum=-1.702;SC=CCTGGGGGAGGCCTCCTCCTC;SOR=1.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=10;WE=149624929;WS=149624891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr5	149627423	rs7711562	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=379;SC=GCCGGAGTGAAGGGACCCAGG;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=149627431;WS=149627413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	149629683	rs4958452	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=385;SC=TAAATGCTTATTGAATCAATG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=149629691;WS=149629673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	149631413	rs2288799	A	G	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	149636073	rs10463293	T	G	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=192;SC=CTCTGCAGGATTAGGGACGTG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=149636081;WS=149636065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	149636109	rs10463294	G	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=6;PP=246;SC=CTCCCGGGGTGAGCCACACCC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=149636117;WS=149636099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	149644597	rs891938	T	G	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=52;PP=1832;SC=CAGAGGCTCATGTGAGTCCCC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=101;WE=149644605;WS=149644587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr5	149677851	rs6579784	A	G	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=37;PP=1235;SC=CGCGCTGGGCATAAAGCATAG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=149677859;WS=149677841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	149737221	rs4565199	T	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=1;PP=51;SC=GCCGGAAGTGTGGCGCGCGAG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=149737229;WS=149737211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	149743976	rs891941	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=0.264;SC=GCCCTTCCTCCGTGCCAGGCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=149743984;WS=149743966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	149753988	rs56113366	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=-0.050;SC=AGCCAGGCCCGTCCCCAGAAG;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=149753996;WS=149753978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr5	149754991	rs2071238	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=1.479;SC=CAGTGCCACCCGGGAAGGTGG;SOR=0.998;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=6;WE=149754999;WS=149754981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr5	149755421	rs2071239	A	G	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=639;ReadPosRankSum=0.176;SC=GCGAGGAGTCATCGGACAGTG;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=47;WE=149755429;WS=149755411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,58:0.70:83
chr5	149755744	rs2071240	G	C	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-0.672;QD=13.97;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,82:0.68:121
chr5	149759065	rs151182547	TCTCTC	T	3913.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.912;NF=26;NR=51;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.378;SC=CCCTCCAGGCTCTCTCCTCTC;SOR=0.780;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=37;TCR=77;TR=77;WE=149759077;WS=149759055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,178:0.60:295
chr5	149759096	rs7713638	T	C	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.004;NF=64;NR=56;PP=1588;ReadPosRankSum=-0.791;SC=TCCCTCCAGGTGAAGCCTTCA;SOR=0.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=167;TCF=87;TCR=80;TR=120;WE=149759104;WS=149759086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,183:0.65:283
chr5	149762739	rs75194147	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=551;ReadPosRankSum=-0.675;SC=GACCCAGGTGCGCCATGCCTT;SOR=0.255;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=39;WE=149762747;WS=149762729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr5	149763305	rs7715100	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=0.320;SC=GTTTAGGACCAGGAGTCTTCT;SOR=0.874;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=14;WE=149763313;WS=149763295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr5	149772280	rs1136103	C	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=1.639;SC=GGTCCCACCCCCTCCAGGACA;SOR=0.563;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=16;WE=149772288;WS=149772270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
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chr5	149914401	rs2545341	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=474;SC=GCCCAGTGGGTGGTTCTGAGC;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=149914409;WS=149914391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr5	150072857	.	G	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,7:0.16:45
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chr5	150400587	rs870407	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=-2.467;SC=CTTTCTCCCCACTGCCACCTC;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=150400609;WS=150400577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr5	150400601	rs870406	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=-1.106;SC=CCACCTCGAGGGTCGCCTTGC;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=3;WE=150400609;WS=150400577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	150407456	rs8177447	T	C	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	150410135	rs3924	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.92;ReadPosRankSum=2.580;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr5	150410219	rs2233311	C	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=294;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TCTTGGCAATCTGAGATCAGC;SOR=0.991;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=22;WE=150410227;WS=150410209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr5	150413406	rs2233305	A	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=56;SC=ACAGGCTGCAAAGGACACCCA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=150413414;WS=150413396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	150415098	rs2233302	C	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=-2.652;SC=CCCCTCTCCCCACGAGGACAG;SOR=0.314;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=15;WE=150415106;WS=150415088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr5	150415338	rs2287720	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=-0.818;SC=CAGGCCCAGACTCCCATGCCT;SOR=0.657;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=9;WE=150415346;WS=150415328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr5	150422064	.	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=344;ReadPosRankSum=0.696;SC=TAATGTGGAGGGGAACTGACT;SOR=0.615;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=28;WE=150422072;WS=150422054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,38:0.28:134
chr5	150425467	rs2233299	G	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=-1.365;SC=TCTCGGCTGCGCCCAAGGCCA;SOR=0.839;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=25;WE=150425475;WS=150425457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
chr5	150429563	rs2233294	A	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=198;ReadPosRankSum=0.503;SC=TAAGAAACCTACAGGGCTCCT;SOR=0.675;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=19;WE=150429571;WS=150429553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr5	150436422	rs52817781	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=-1.871;SC=AAGAGCTGGCCGTGGTCCGGC;SOR=0.495;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=21;WE=150436430;WS=150436412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,43:0.28:154
chr5	150483095	rs4958892	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=254;ReadPosRankSum=1.117;SC=TCTGACACTCACCCGCTTCCT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=21;WE=150483103;WS=150483085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr5	150484889	rs868531	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=324;ReadPosRankSum=-0.038;SC=AGAGAGATGCGGGGAACGTGG;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=20;WE=150484897;WS=150484879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr5	150489372	.	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr5	150489390	rs1133202	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr5	150498981	rs2303022	C	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=11;PP=428;SC=ATGATCTCAGCCATAGTTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=150498989;WS=150498971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	150499080	rs2303023	T	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=196;SC=GACATGGCCCTCAGGCCCAAG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=150499088;WS=150499070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	150499102	rs2303024	A	G	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=170;SC=CCTTGGCACAACCAAGGCTGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=150499110;WS=150499092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	150503784	rs2303027	C	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=8;PP=600;SC=TGCCAGCCCACGGCCAAACCC;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=150503792;WS=150503774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	150504097	rs56708608	TGAGAGAGAGA	T	441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.640;NF=0;NR=9;PP=1967;ReadPosRankSum=1.145;SC=GCACGAGAGCTGAGAGAGAGA;SOR=1.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=150504114;WS=150504087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr5	150510757	rs2303032	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-2.391;SC=ATAGTCCTCTCCCCAAACCCC;SOR=0.340;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=9;WE=150510765;WS=150510747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr5	150511910	rs2303033	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=506;ReadPosRankSum=-1.664;SC=TAGAATTCACGGCCCACATGG;SOR=1.648;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=29;WE=150511918;WS=150511900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr5	150516887	rs2303034	G	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.08;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	150518358	rs3213802	AG	GA	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=1233;ReadPosRankSum=2.698;SC=AGGTCCTGGCAGGTGGGGAAG;SOR=0.951;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=36;WE=150518367;WS=150518348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
chr5	150518435	rs3213804	T	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=0.256;SC=AATGAGCACTTACTCTGGCAG;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=13;WE=150518443;WS=150518425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr5	150518892	rs3214444	GC	G	1294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=669;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CACCCCATGGGCCCTCCGGTT;SOR=0.900;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=21;WE=150518900;WS=150518882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr5	150518988	rs2228458	G	A	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=501;ReadPosRankSum=-2.222;SC=ATTATGTCCAGTATGGCCTCC;SOR=0.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=38;WE=150518996;WS=150518978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,65:0.60:108
chr5	150603444	rs248461	C	G	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=303;ReadPosRankSum=2.109;SC=CCGCACTCCCCTCTCCTCTGA;SOR=0.661;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=27;WE=150603452;WS=150603434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr5	150639409	rs153477	A	G	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
chr5	150639439	rs153478	A	G	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=729;ReadPosRankSum=0.348;SC=CCTCAGTGTCATGGGCAGCAC;SOR=0.678;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=52;WE=150639447;WS=150639429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,97:0.64:152
chr5	150647239	rs989	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=0.176;SC=AGCCCAGGGCATCTGCTGGGC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=6;WE=150647247;WS=150647229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr5	150664208	.	CC	TT	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=606;ReadPosRankSum=-1.182;SC=GATGGCTGTACCAAAGAACAG;SOR=0.555;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=17;WE=150664217;WS=150664198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr5	150666933	rs375396	C	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=447;ReadPosRankSum=-1.014;SC=GCAGGATTATCAGCATGTAGA;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=32;WE=150666941;WS=150666923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,47:0.82:57
chr5	150667771	rs246499	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=1.803;SC=ACTTTAGCTCGTCTATCCTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=150667779;WS=150667766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	150677976	rs2431072	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=107;ReadPosRankSum=0.767;SC=TGTGCCCCCTTCAGGGATGCT;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=10;WE=150677984;WS=150677966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr5	150696301	rs58447874	C	CAA	75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	150696447	rs369907	C	T	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=23;PP=773;SC=CGTCCAGGGCCTGGTAGGTCC;SOR=0.770;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=46;WE=150696455;WS=150696437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	150696498	rs428064	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.666;NF=10;NR=10;PP=260;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TGATCAGGGCGTCCTTGAAGA;SOR=0.567;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=20;WE=150696506;WS=150696488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr5	150696540	rs431240	C	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=13;PP=409;SC=CTGAGTAGAACGTGGTGACCT;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=150696548;WS=150696530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	150704758	rs246496	A	G	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=110;SC=TCTAGACCTCAGTTTCCCAGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=150704766;WS=150704748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	150722675	rs2431079	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr5	150723806	rs192192	G	A	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	150838284	rs35256722	C	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.707;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr5	150838293	rs35074529	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.703;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr5	150838603	rs56026426	A	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr5	150838636	rs6891599	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr5	150843996	rs415426	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=257;ReadPosRankSum=0.441;SC=TAATCCTTTGTGAACTGAGTA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=21;WE=150844004;WS=150843986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr5	150847505	rs441652	T	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.663;QD=8.08;ReadPosRankSum=-2.527;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,30:0.26:115
chr5	150847509	rs394736	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.630;QD=8.53;ReadPosRankSum=-3.452;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,29:0.27:108
chr5	150847604	.	A	G	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MMLQ=27;MQ=56.99;NF=0;NR=3;PP=33;QD=22.5904041824;SC=ATCACCTGAGATCAGGAGTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=3;WE=150847612;WS=150847594;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr5	150848653	rs10709981	TA	T	889.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.042;NF=11;NR=7;PP=686;ReadPosRankSum=-1.475;SC=AAGCATAACTTAAAAAAAAAA;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=18;WE=150848670;WS=150848643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr5	150848662	.	A	C	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.093;QD=17.27;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
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chr5	150853193	rs11279332	CTTTTGCTTTG	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=838;ReadPosRankSum=1.032;SC=TCTGTATAGCCTTTTGCTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=2;WE=150853210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
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chr5	150886616	rs7723079	G	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=542;SC=GGTTGGATGCGTGGTAGCTAA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=150886624;WS=150886606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	150886725	rs7723266	G	A	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=28;PP=1101;SC=CCATCTCCTCGCTGGACCAGG;SOR=0.878;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=64;WE=150886733;WS=150886715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	150886882	rs1105168	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=4.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr5	150887184	rs75548276	G	GAGA	2359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=33;PP=1884;SC=TGCGGAGACAGAGTAGTCAGG;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=33;WE=150887192;WS=150887174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	150887200	rs41290577	A	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=480;ReadPosRankSum=0.440;SC=TCAGGGGGCCAAGTCATGAAA;SOR=0.086;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=29;WE=150887208;WS=150887190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr5	150891663	rs6862750	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=-0.917;SC=CCTGACATGCTTTTCCCACCT;SOR=1.270;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=150891671;WS=150891656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	150891733	rs2304028	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=273;ReadPosRankSum=-1.426;SC=CACCTGCCCCATGGGTCCATG;SOR=1.296;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=20;WE=150891741;WS=150891723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr5	150901111	rs3822699	A	G	4869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=70;PP=2018;ReadPosRankSum=0.993;SC=CCAGGAGCACATCCACACCAG;SOR=0.502;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=196;TCF=93;TCR=103;TR=140;WE=150901119;WS=150901101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,224:0.71:316
chr5	150901261	rs6650971	C	T	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1573;ReadPosRankSum=1.284;SC=AGCCCATCCACATGGCCTGCT;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=96;WE=150901269;WS=150901251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,129:0.68:190
chr5	150901300	rs3734046	G	A	3553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1455;ReadPosRankSum=0.128;SC=CATGCCACACGTACACATGGA;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=72;TCR=77;TR=102;WE=150901308;WS=150901290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,165:0.74:223
chr5	150901597	rs3734047	G	C	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=615;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CTGTGACATGGACACGGACAG;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=34;WE=150901605;WS=150901587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr5	150901613	rs2053028	A	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=471;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GACAGACGTCAAAGACGAGAG;SOR=0.324;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=28;WE=150901621;WS=150901603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr5	150901630	rs3734049	G	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=383;ReadPosRankSum=-0.298;SC=AGAGGGGAGGGATGCCACTGT;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=26;WE=150901638;WS=150901620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr5	150905398	rs3734051	C	T	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=615;ReadPosRankSum=-2.356;SC=GCCATCCATCCGGGGTCACTC;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=43;WE=150905406;WS=150905388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,83:0.59:141
chr5	150907819	rs11743288	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	150908813	rs2304024	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr5	150914184	rs1432643	A	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=-0.276;SC=GGTCTAGGGCAGTGAGTGTGG;SOR=0.761;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=34;WE=150914192;WS=150914174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
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chr5	150921805	rs6579879	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr5	150923405	rs6892335	A	G	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=24;PP=885;SC=GCTGTTAATGAAGAAGTGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=150923413;WS=150923395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	150925144	rs3797875	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr5	150942919	rs6872614	A	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=9;PP=557;SC=AATCCCATGTAGTTCCCACTG;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=150942927;WS=150942909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	150942969	rs2304053	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
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chr5	150945436	rs147733173	G	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=514;ReadPosRankSum=-2.137;SC=CATCCAGGACGATCACCTCCA;SOR=0.728;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=46;WE=150945444;WS=150945426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,74:0.35:213
chr5	150945483	rs3734055	C	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=681;ReadPosRankSum=0.225;SC=GGCCTCCCACCATCACTGGCC;SOR=0.603;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=55;WE=150945491;WS=150945473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,75:0.33:229
chr5	150945699	rs10085060	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=-2.122;SC=GGAACCTTCAGCCTGTTGTGT;SOR=0.523;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=24;WE=150945707;WS=150945689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,39:0.37:105
chr5	150945862	rs3734057	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,18:0.21:84
chr5	150945931	rs3734058	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,41:0.30:137
chr5	150946132	rs3734059	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-2.576;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr5	150946436	rs9324700	A	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=416;ReadPosRankSum=0.299;SC=AAGCCCAATAAAGTGGAGGAT;SOR=0.742;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=27;WE=150946444;WS=150946426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,51:0.36:140
chr5	150946773	rs1432862	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=314;ReadPosRankSum=0.695;SC=CAGTCTTGGCGGATAGACCCT;SOR=0.914;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=26;WE=150946781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,43:0.33:132
chr5	150946966	rs1465690	G	A	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=24;PP=1182;SC=TCCCCAGGTAGGGGTCAATAG;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=150946974;WS=150946956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	150947719	rs3734060	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=297;ReadPosRankSum=1.040;SC=TCACCACCACCGAAGCAATGG;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=24;WE=150947727;WS=150947709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr5	150948537	rs1469680	T	C	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=3;PP=54;SC=AAAGACAGGGTGCAAGTTAGG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=150948545;WS=150948527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	151043103	rs1053411	G	C	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=20;PP=826;SC=GGGTTAAAGAGAGAATCCGGT;SOR=0.986;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=47;WE=151043111;WS=151043093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	151043213	rs11950384	G	A	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=33;PP=876;SC=CGATGATAACGCACTTCCCAA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=151043221;WS=151043203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	151046107	rs113187222	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr5	151046928	rs729853	C	T	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=16;PP=1095;SC=TAAATGCACGCTCCGGAGCAG;SOR=1.771;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=63;WE=151046936;WS=151046918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	151049404	rs7719521	A	C	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.81;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr5	151052659	rs1978707	G	A	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=24;PP=1169;SC=AGGGCAGCTTGGATGTGCCAA;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=62;WE=151052667;WS=151052649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	151054137	rs2116780	A	C	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	151126135	rs113487729	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5087;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=1.397;SC=GAGCAGGGATCGGCAAACTTC;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=15;WE=151126143;WS=151126125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr5	151138211	rs1549921	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=0.480;SC=GAGAGTGCGCACTAGAGGCCT;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=11;WE=151138219;WS=151138201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr5	151167259	rs57723600	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr5	151171602	.	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=5.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.876;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,42:0.31:134
chr5	151174605	rs2964569	C	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=-1.732;SC=TTGGGAGGCCCAGGCGGGCAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=5;WE=151174613;WS=151174595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr5	151175139	rs10074267	A	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr5	151175202	rs10059511	G	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.254;SC=CTTTCCCTTTGTTGGAGGGCA;SOR=0.760;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=10;WE=151175210;WS=151175192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr5	151180451	rs200261823	AT	A	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=5.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.100;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr5	151231256	.	C	T	168.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGTCCTGGTTCAGTCTCACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=151231264;WS=151231246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr5	151236117	rs7711609	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	151239306	rs6870491	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr5	151771817	rs1363422	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=6;PP=251;SC=GAGAGGGCTGCTGGGAGGTGA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=151771825;WS=151771807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	151771838	rs4958531	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=441;ReadPosRankSum=0.660;SC=GAGTTGTGCATGGATGACTGA;SOR=0.580;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=15;WE=151771860;WS=151771828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr5	151771852	rs4958532	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=441;ReadPosRankSum=0.318;SC=TGACTGACATGGGAATTGGGG;SOR=0.742;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=16;WE=151771860;WS=151771828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr5	151771870	.	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=306;ReadPosRankSum=-1.908;SC=GGGACCTATATCTTCGGTCAG;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=20;WE=151771878;WS=151771860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr5	151772055	rs1895245	G	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=527;ReadPosRankSum=1.324;SC=TCAGGTAGAAGAAGACACCTG;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=41;WE=151772063;WS=151772045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,68:0.68:100
chr5	151772230	rs1422357	C	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr5	151775064	rs4958535	C	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CAGGGATTCACTCCACTCCTC;SOR=0.906;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=17;WE=151775072;WS=151775054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr5	151775155	.	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr5	151777457	rs72791443	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.70;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr5	151777466	rs716257	A	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.55;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=0.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr5	151777789	rs958955	GC	AT	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=434;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TAACTCAAACGCTCATTTTGA;SOR=1.863;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=12;WE=151777798;WS=151777779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr5	151783901	.	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	153029827	.	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=-0.179;SC=TGCCTGATGGGAGTGGGTGGT;SOR=0.732;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=4;WE=153029835;WS=153029817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr5	153029852	rs35033669	ACTGT	A	1922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=680;SC=ACAAATCCTGACTGTCTGTCA;SOR=0.990;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=13;WE=153029863;WS=153029842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	153029960	rs707176	T	C	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=19;PP=702;SC=CAGTCAACATTTTGACAACCA;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=35;WE=153029968;WS=153029950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	153035525	rs2963944	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=22;PP=575;SC=TGAACTGAGTAGGTGGAAGGG;SOR=2.049;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=32;WE=153035533;WS=153035515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	153053900	rs35168528	TA	T	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=239;ReadPosRankSum=0.615;SC=GTGCACAAACTAAGTAATAAT;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=8;WE=153053908;WS=153053890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	153065746	rs10035262	A	G	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=605;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CATAAAGTACATCTGAGTTCA;SOR=0.735;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=46;WE=153065754;WS=153065736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,71:0.77:92
chr5	153065868	.	G	A	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=712;ReadPosRankSum=0.472;SC=TGATTGAAATGAAACATGACG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=48;WE=153065876;WS=153065858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr5	153085668	rs140268951	T	TTTTGTTTGTTTG	270.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	153144216	rs3813470	A	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=17;PP=498;SC=TTGTCCCAAGACACTTTCACA;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=153144224;WS=153144206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	153149829	rs377215834	G	A	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.314;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=784;ReadPosRankSum=-2.211;SC=TTCGAGTGAGGAAATCCAAAG;SOR=0.771;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=54;WE=153149837;WS=153149819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,74:0.60:123
chr5	153181878	.	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TCACTTTATTCTTCCCCCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=153181886;WS=153181868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr5	153190769	.	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=542;ReadPosRankSum=1.869;SC=ATGCCCTTGGGAGCCACGGGA;SOR=0.483;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=37;WE=153190777;WS=153190759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr5	153372525	rs1057772	G	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=232;ReadPosRankSum=0.251;SC=AGGTCAAAACGTCTCCATTCT;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=23;WE=153372533;WS=153372515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,42:0.38:110
chr5	153372743	rs6866471	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-2.195;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr5	153382072	rs35082504	GTCT	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AATAAAGAGTGTCTTCTTCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=153382082;WS=153382062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr5	153406644	rs9324765	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=0.172;SC=AAAACATACACTTCATCTTCC;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=153406652;WS=153406642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr5	153406987	rs6889563	G	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=1.795;SC=AGACAGGTTAGAGTACAGAGG;SOR=1.432;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=153406995;WS=153406977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr5	153413390	rs2578377	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr5	153414545	rs34907432	C	CA	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=1.600;SC=AATGAAAGCCCAAAAAAAATT;SOR=0.722;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=3;WE=153414553;WS=153414535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr5	153429459	rs690592	T	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=469;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CGGATGATGATGTCATCATAG;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=43;WE=153429467;WS=153429449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr5	153432450	rs11451300	A	AT	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.104;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=179;ReadPosRankSum=-0.017;SC=TTTTGCTATAATTTTTTTTTC;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=13;WE=153432458;WS=153432440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr5	153432733	rs2578386	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CTGAGAAGGCTATCAATGAGT;SOR=0.633;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=25;WE=153432741;WS=153432723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
chr5	153432970	rs2255493	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.860;SC=TGCGAGTGGACGACCCTGATG;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=20;WE=153432978;WS=153432960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
chr5	153674536	rs376302156	TTGTGTGTG	TTG,T	510.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=1,1;NR=12,12;PP=531,51;SC=GCACATATGCTTGTGTGTGTG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=13,13;WE=153674551;WS=153674526;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:13
chr5	153677361	.	TGA	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.07;QD=45.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	153677362	.	GA	TC	433	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=66.18;NF=8;NR=1;PP=433;QD=54.0519860958;SC=TCTTTGTACTGAGCAAAAACT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=153677371;WS=153677352;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr5	153677363	.	A	ATCCCCCT,ACCCCT	412.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.25;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=586;SC=CTTTGTACTGAGCAAAAACTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=153677371;WS=153677352;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:9
chr5	153709043	rs1004976	G	A	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=13;PP=1135;SC=AGGAAGTGGGGTTTGCAGTTA;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=153709051;WS=153709033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	153783587	rs4958733	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=0.054;SC=TGCTGAGTGCACTAAGGGATG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=17;WE=153783595;WS=153783577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr5	153789078	rs6580077	C	G	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=627;ReadPosRankSum=-0.895;SC=AGACTGACCCCTCCATTGCTT;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=44;WE=153789086;WS=153789068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,67:0.60:112
chr5	153795209	rs11167678	C	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.713;NF=12;NR=1;PP=225;ReadPosRankSum=-0.394;SC=ACTTTTAAAGCTAGGTGGTTA;SOR=2.266;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=13;WE=153795217;WS=153795199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr5	153795274	rs11321246	TA	T	977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=12;PP=581;SC=TTCCATAATTTAAAAAAAATG;SOR=1.203;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=26;WE=153795282;WS=153795264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	153975576	rs936581	G	A	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=710;ReadPosRankSum=-0.872;SC=AGCATCTCCCGTCCCAGTGAA;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=50;WE=153975584;WS=153975566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,78:0.67:116
chr5	154065382	rs33982250	TA	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr5	154065495	rs11958012	GG	AC	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=681;ReadPosRankSum=0.130;SC=CTCGTGATTCGGTTAATCCTC;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=27;WE=154065504;WS=154065485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,42:0.29:143
chr5	154134818	rs11416035	C	CG	33.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	154193735	rs863649	A	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=24;PP=719;SC=AGTCCCAGGAAAGGGGACAAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=154193743;WS=154193725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	154203121	rs17641488	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=327;ReadPosRankSum=0.799;SC=AAGAACTGTGCGGATAGACTG;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=23;WE=154203129;WS=154203111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr5	154217840	rs112016466	G	GA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr5	154247297	rs35471086	TAA	T	754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=266;ReadPosRankSum=0.468;SC=TTGCTTGAGCTAAAAGACATA;SOR=0.693;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=8;WE=154247306;WS=154247287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr5	154268902	rs816739	C	T	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=26;PP=854;SC=CAGGAAATTTCGCCATTCTCT;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=154268910;WS=154268892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	154271391	rs702743	A	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=267;ReadPosRankSum=-0.834;SC=TTTCTTATCAACCAAGAAGCA;SOR=0.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=17;WE=154271399;WS=154271381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr5	154271948	rs816736	G	A	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=37;PP=1426;SC=GTCACTTACCGTCAGGGAGAA;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=84;WE=154271956;WS=154271938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	154278888	rs816740	C	T	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=37;PP=1203;SC=CAAGAACAGACCCTTTAGCCA;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=154278896;WS=154278878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	154282551	rs10515726	T	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=557;ReadPosRankSum=0.691;SC=CATTATAATATCACAGGATGA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=34;WE=154282559;WS=154282541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr5	154282573	.	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=688;ReadPosRankSum=0.673;SC=AGCCATCAAAGAGGTGCACAC;SOR=0.804;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=50;WE=154282581;WS=154282563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr5	154287016	rs76813157	T	TGAAAAAAAA	719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=65.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	154287115	rs6580119	T	C	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=26;PP=931;SC=GACACGACCATGAAATCCTAG;SOR=0.961;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=154287123;WS=154287105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	154291219	rs6580121	A	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=468;SC=TTCCTTGCTCAATCCTGATCA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=154291227;WS=154291209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	154291409	rs1974777	C	T	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=24;PP=805;SC=CAGTCGACCTCGATGTCCTCG;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=154291417;WS=154291399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	154291496	rs1974776	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=427;SC=GACATTTTCTGGTTATTCTAT;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=154291504;WS=154291486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	154296795	rs348735	A	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=1.016;SC=TACAAGTTACAATGCAAATAG;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=154296803;WS=154296785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr5	154300940	rs348739	A	C	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	154306972	rs2258437	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=5;PP=494;SC=TAGAAAGTAATAGCTGTTTGT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=154306980;WS=154306962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	154308282	rs2644743	C	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=16;PP=389;SC=ATGAAGTCACCGGTGGTTCAT;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=154308290;WS=154308272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	154308307	rs1035368	G	A	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=14;PP=377;SC=CACAGTCTGCGCTGTAAAAGC;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=154308315;WS=154308297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	154311235	rs2644744	T	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=356;SC=AGCTATCTCTTTCATAGGTCT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=154311243;WS=154311225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	154311576	rs2544866	T	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	154336073	.	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=2.581;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr5	154395158	rs6580126	G	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=380;ReadPosRankSum=0.004;SC=GAATTGGTTCGTGAACTTCAG;SOR=0.828;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=26;WE=154395166;WS=154395148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,38:0.36:106
chr5	154395458	rs17116710	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=131;ReadPosRankSum=1.292;SC=GAACGAGACCGTAAGAGGCAA;SOR=0.404;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=15;WE=154395466;WS=154395448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr5	154395682	rs56080630	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TGAGGTTATGGTCAGTACTGA;SOR=0.659;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=18;WE=154395690;WS=154395672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr5	154396505	rs60928118	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr5	155935512	rs71577199	TA	T	157.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=109;SC=CTTCAAAAATTAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=155935520;WS=155935509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	156074654	.	TAAATTGA	T	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=31;QD=43.7636120332;SC=CGTGAATACATAAATTGAAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=2;WE=156074668;WS=156074644;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr5	156349362	rs11134456	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr5	156375372	rs71591078	T	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.666;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr5	156376703	rs6873053	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.667;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr5	156381370	rs7724832	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=1.089;SC=TGATCCCATTGTCCATTAACC;SOR=0.250;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=156381378;WS=156381360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr5	156390297	rs6882076	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=389;ReadPosRankSum=0.198;SC=GGTGGGACTCTTTAGTTTCAT;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=28;WE=156390305;WS=156390287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr5	156459659	.	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr5	156464212	rs4704837	T	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=1.163;SC=CAGGCAATTTTGCTGTACATC;SOR=0.392;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=14;WE=156464220;WS=156464202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr5	156464242	rs2036402	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=201;ReadPosRankSum=-1.137;SC=TTAGGAACAATCTCGAAATGA;SOR=0.321;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=20;WE=156464250;WS=156464232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr5	156479323	rs1553318	G	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=-1.758;SC=TGGATGGTCCGCAGCTCCTCA;SOR=0.327;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=15;WE=156479331;WS=156479313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr5	156479424	rs1553317	A	C	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.358;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,71:0.35:200
chr5	156479424	.	AGT	CGC	1492	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.04;NF=34;NR=16;PP=1492;QD=30.9093574972;SC=AGGTAGAGACAGTTGTTGTCA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=157;TCF=103;TCR=54;TR=50;WE=156479434;WS=156479414;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:107,50:0.32:157
chr5	156479426	rs12522248	T	C	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.327;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,75:0.37:205
chr5	156479509	rs1553316	A	G	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.17;MQRankSum=2.727;NF=47;NR=42;PP=892;ReadPosRankSum=0.048;SC=CATTGTCGTCAGAACAGTCGT;SOR=0.612;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=238;TCF=121;TCR=117;TR=89;WE=156479517;WS=156479499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,131:0.41:323
chr5	156479557	rs141023871	GTTGGAACAGTCGTCA	G	3344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.207;NF=6;NR=38;PP=2930;ReadPosRankSum=0.538;SC=AACAGTTGTCGTTGGAACAGT;SOR=0.631;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=149;TCF=17;TCR=132;TR=44;WE=156479579;WS=156479547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,94:0.35:267
chr5	156482099	rs2270925	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	156482099	.	TTA	CTT	117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=117;QD=42.6169687156;SC=GAACAAGAGTTTATTTAAAAA;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=156482109;WS=156482089;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
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chr5	156522183	.	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.355;SC=TTATTGTTAGGATTTGGATGG;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=156522191;WS=156522173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr5	156522588	rs13170556	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	156525920	rs371359315	AAG	A	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CTGCTATAAAAAGAGAGAGAG;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=4;WE=156525929;WS=156525910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr5	156531561	rs2902306	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr5	156531736	rs1036199	C	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=0.676;SC=GTCTCTCTGCCGAGTCGGTGC;SOR=1.329;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=5;WE=156531744;WS=156531726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr5	156589399	rs2278385	G	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=2.326;SC=AAGAAAGCTGGGATGGGCTCC;SOR=0.485;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=9;WE=156589407;WS=156589389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr5	156589585	rs31208	A	G	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=702;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CTTCTCCACCATCTTAGCCAC;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=48;WE=156589593;WS=156589575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,61:0.65:94
chr5	156589869	.	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=646;ReadPosRankSum=-2.104;SC=GGCCAGATGCGGACCGGTGGG;SOR=0.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=41;WE=156589877;WS=156589859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr5	156590355	rs31220	A	G	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=714;ReadPosRankSum=-1.135;SC=TGGTCACTTGACCTGGGCCTG;SOR=0.665;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=43;WE=156590363;WS=156590345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr5	156640563	rs143962660	C	CT	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=15;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-1.667;SC=TAACTTTTTTCTTTTTTTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=156640571;WS=156640553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr5	156644775	rs5872504	T	TC	1589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=9;PP=772;SC=TCTGTTGTTTTCCTGGGCCCT;SOR=1.132;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=18;WE=156644783;WS=156644765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	156644939	rs246747	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=0.651;SC=CGCTAGCTCCGGGTGCAGGTG;SOR=0.782;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=14;WE=156644947;WS=156644929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr5	156715540	.	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.266;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr5	156721863	rs5872508	T	TC	2643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=33;PP=1823;SC=CCCGGGCCATTCCCAGGTGAG;SOR=0.718;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=44;WE=156721871;WS=156721853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	156721986	rs7724099	C	A	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.16;MQRankSum=-1.487;NF=11;NR=21;PP=452;ReadPosRankSum=-2.173;SC=TAAAGCAGGTCCTCTTATCCA;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=32;WE=156721994;WS=156721976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr5	156723913	rs1600014	T	C	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=137;SC=GCCCTACACATCCCTGGGTGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=156723921;WS=156723903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	156734632	rs529619	G	A	202.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=66;SC=AATATAATGTGTGTCTCTACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=156734640;WS=156734622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	156734644	rs144622623	G	GGTGTGTGTGT	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.46;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr5	156738830	rs393178	G	C	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=50;PP=1129;SC=CGTGGGCCCAGGGCCAGAAGG;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=156738838;WS=156738820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	156741519	.	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=412;ReadPosRankSum=-1.042;SC=TCTTTCCTTGGAATCTGCCTC;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=13;WE=156741535;WS=156741509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr5	156741527	.	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=329;ReadPosRankSum=-0.294;SC=TGGAATCTGCCTCCATCTCCC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=10;WE=156741535;WS=156741509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr5	156760902	.	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.273;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=2.544;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr5	156811670	rs4305634	G	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=79;SC=TCATGGGGCCGGGCGCGGTGG;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=156811678;WS=156811660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	156816522	rs889035	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.74;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	156887133	rs1105282	A	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=237;SC=TGCCCCCGGAATTGCCCAAGA;SOR=1.302;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=156887141;WS=156887123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	156898690	rs6860507	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=2;PP=51;SC=ATATTTCCTGAGGGAGAGTCT;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=156898698;WS=156898680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	156898886	rs79435800	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr5	156898899	rs4704869	G	A	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=279;SC=AAAAGGTCAGGTTGGGTTCTG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=156898907;WS=156898876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	156898967	rs6879450	G	A	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=81;SC=AATGTTAATGGGCTGGTACTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=156898975;WS=156898957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	156899290	rs9313607	T	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=158;SC=GCCCTAGACATTGCCTGCACC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=156899298;WS=156899280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	156899869	rs4704870	T	C	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=99;PP=2965;SC=AACCCACTGTTATTAGACTGG;SOR=2.623;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=151;TCF=52;TCR=99;TR=145;WE=156899877;WS=156899859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	156904633	rs10404	C	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	156916037	rs10674185	C	CAAAAAGAA	1076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=519;SC=GACTCCATCTCAAAAAGAAAA;SOR=1.127;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=8;WE=156916045;WS=156916027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	156916190	.	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=0.714;SC=ACCCTGAAGGGACAACTAGAA;SOR=0.646;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=156916198;WS=156916180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr5	156918987	rs11466790	G	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=27;PP=739;SC=TAGGAGGCAAGATTTTGCACT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=38;WE=156918995;WS=156918977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	156936549	rs1422794	G	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=19;PP=486;SC=TTTCATTCTGGTGGAGCTTGA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=156936557;WS=156936539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	157002552	rs6556092	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=302;SC=CGGACCCGCAAGGCTACTCCC;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=157002560;WS=157002542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	157065246	rs139814926	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=168;ReadPosRankSum=-0.171;SC=ACCTTGATGGGAAGTAGTGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=157065254;WS=157065236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	157075943	rs72284585	TAC	T	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.290;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=197;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TAATGTGCCATACACACACAC;SOR=3.249;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=157075952;WS=157075933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr5	157078475	rs3749797	C	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.421;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=243;ReadPosRankSum=-1.547;SC=GGATGGCTGCCGGGCTTTTGC;SOR=1.235;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=19;WE=157078483;WS=157078465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr5	157094771	rs36105993	TAC	T	902.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=0.000;QD=22.02;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr5	157158326	rs2270821	G	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	157158372	rs2270820	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=3.605;SC=AGACTATGACTGCCCTACGGC;SOR=0.542;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=157158380;WS=157158362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	157158393	rs35260937	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=1.212;SC=TAGAGTAGCCGCGAAGAGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=10;WE=157158401;WS=157158383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr5	157159841	.	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=217;ReadPosRankSum=-1.093;SC=TGACAGGCTTCCATCCATGCT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=11;WE=157159849;WS=157159831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr5	157164889	rs2270813	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr5	157164962	rs2270812	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=0.288;SC=AATAATGAGCTGCCGATGTAT;SOR=0.610;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=11;WE=157164970;WS=157164952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr5	157178592	rs56398160	TA	T	1245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=14;PP=639;SC=ATATCTTCTATAATATTTAAA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=157178600;WS=157178582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	157180930	.	C	CT	126.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	157241367	rs140043015	TA	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.722;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.731;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	158135098	.	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr5	158139263	.	G	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=432;ReadPosRankSum=1.988;SC=CGTGGTGACGGAGTTATAGTT;SOR=0.548;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=31;WE=158139271;WS=158139253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr5	158140222	rs3734105	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=273;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CCATTTTTTCGGTGCCAGGTA;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=17;WE=158140230;WS=158140212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr5	158204425	rs1368298	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=0.099;SC=TCTTACCTGTATAAATGAATC;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=8;WE=158204433;WS=158204415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr5	158511579	rs200028682	CA	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	158511794	.	G	GA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr5	158522577	rs12659540	C	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=101;SC=TCTTGACTGCCCTGAATTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=158522585;WS=158522567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	158523584	rs6556385	T	C	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=153;SC=CTCCGCCCCCTGTTCCTGACT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=158523592;WS=158523574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	158526534	rs5872586	TA	T	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.698;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr5	158588633	rs139682876	GAAAAA	G	863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=8;PP=250;SC=CCCAGAACCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=158588645;WS=158588623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	158603571	rs1473247	T	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=14;PP=684;SC=AAAAATGAACTATAACTTTAA;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=36;WE=158603579;WS=158603561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	158634926	rs79661254	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=471;ReadPosRankSum=-0.216;SC=CCTGGGTCACGACTGCAGCAC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=31;WE=158634934;WS=158634916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr5	158697481	rs3734104	C	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=109;ReadPosRankSum=1.162;SC=TAGAAGTAATCAGTTGTCATG;SOR=0.974;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=10;WE=158697489;WS=158697471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr5	159344461	rs3729604	G	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=583;ReadPosRankSum=-0.463;SC=CTCTCCTTGGGTGGAAGGAGC;SOR=0.598;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=36;WE=159344469;WS=159344451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr5	159462422	rs36052783	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=-0.324;SC=GGCACATGCATAGTCTTTCTG;SOR=1.012;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=8;WE=159462430;WS=159462412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr5	159478089	rs5872626	GT	G	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.501;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr5	159505208	rs4360078	C	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	159516404	rs4590210	C	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=294;SC=GAGATGGCAGCGGGGACGGGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=159516412;WS=159516403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	159516431	rs4441910	G	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=414;SC=GTTGCCCAGAGTGGTCTCGAA;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=159516439;WS=159516421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	159640652	rs6556482	G	A	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=217;SC=GCTGCTATGAGGAGCTCTGCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=159640660;WS=159640642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	159640844	.	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr5	159661895	.	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=-2.142;SC=CCTCAGAGATCGTGGGTGACA;SOR=0.699;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=7;WE=159661903;WS=159661885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr5	159665523	rs10071756	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.20;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	159665527	rs10056227	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	159665534	rs10079413	A	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.93;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	159665599	rs2277954	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=12;PP=547;SC=CTCTGTCCCGGCTGCTTCTTT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=159665607;WS=159665589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	159665726	rs10071871	C	T	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	159665733	rs2277953	C	T	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.01;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	159708053	.	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=1.047;SC=ATTGGGGTCAGAGGTCTAAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=159708061;WS=159708043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	159738709	rs6556490	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.04;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr5	159766379	rs13360090	C	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.52;ReadPosRankSum=0.007;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr5	159766380	rs61666605	A	AC	283.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.27;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr5	159776637	rs10053189	C	T	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=45;PP=1672;ReadPosRankSum=1.481;SC=CTGGCTCCCCCTTCTTGCCCT;SOR=0.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=87;TCR=65;TR=103;WE=159776645;WS=159776627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,140:0.65:216
chr5	159835658	rs2961944	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr5	159839317	rs1579074	T	C	52.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ATGAACTGTATACAAAGTATC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=159839325;WS=159839307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	159840688	rs2961949	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.109;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=560;ReadPosRankSum=1.348;SC=GAAAACTTCATACAACTTTTA;SOR=2.093;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=15;WE=159840708;WS=159840678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr5	159840700	rs12522744	A	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=353;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CAACTTTTACAGAGTGGGCAC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=14;WE=159840708;WS=159840678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr5	159842465	rs2910190	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=0.834;SC=CCCCCTCCTCAAGGTCTCTAC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=159842473;WS=159842455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr5	159851211	rs2910203	G	C	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=81;SC=GACTTCCACTGTCACTAACCC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=159851219;WS=159851201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	159912418	rs2910164	C	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=7;PP=212;SC=TGTCAGACCTCTGAAATTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=159912426;WS=159912408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	159992655	rs3812005	T	C	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=27;PP=1103;SC=GTTCGTGGAGTACTGACTCTT;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=55;WE=159992663;WS=159992645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	159992754	rs3812006	T	G	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=851;ReadPosRankSum=2.272;SC=GGTGGTGAGTTGGTCGAGCCA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=159992762;WS=159992744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
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chr5	160071277	.	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=0.736;SC=AAAAGACAGGGGGTGGTTTGG;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=24;WE=160071285;WS=160071267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr5	160097429	rs3828604	T	C	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=11;PP=453;SC=CTTGCATCCTTTCTATGACTT;SOR=0.866;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=25;WE=160097437;WS=160097419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	160097453	rs1990888	A	C	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	160097496	rs958912	A	G	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	160097632	rs958911	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=232;SC=AGTCTCCCACGCGCACATCCT;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=160097640;WS=160097622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	160758022	rs79319310	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=-1.003;SC=CCATGAAAACGAAGACAAAGC;SOR=0.722;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=20;WE=160758030;WS=160758012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr5	160763822	rs252958	A	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=2.410;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,30:0.25:120
chr5	161112807	.	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.837;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr5	161113395	.	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CCTGTAGTTTCCTTCCTCCGT;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=161113403;WS=161113385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	161116004	.	T	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=296;ReadPosRankSum=-1.607;SC=GATGAGAGGTTGAAGTTTGGG;SOR=0.641;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=17;WE=161116012;WS=161115994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr5	161116903	rs4921402	C	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=21;PP=544;SC=TGCTGTTTTGCAGTGATGAGT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=33;WE=161116911;WS=161116893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	161119071	rs12522663	G	T	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=38;PP=1421;SC=TCTTCTCTGCGCTTATCGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=161119079;WS=161119061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	161119125	rs13184586	C	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=-1.979;SC=CACAGAAGGCCAAAAGGAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=33;WE=161119133;WS=161119115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,51:0.35:147
chr5	161128627	rs34907804	C	T	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=720;ReadPosRankSum=2.132;SC=ACCTGTCACACCCCCACCACT;SOR=0.610;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=56;WE=161128635;WS=161128617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,79:0.62:128
chr5	161128761	rs4277944	C	G	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=31;PP=1050;SC=CAATGGAAGTCAGTAGCAGTG;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=161128769;WS=161128751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	161178931	.	TC	T	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=40;QD=27.0;SC=GCTTTTTTTTTCTTTATGTAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=161178939;WS=161178921;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr5	161178932	.	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	161277899	rs41275339	A	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=-0.247;SC=AGGTGGGGACACTTTTTTAAA;SOR=0.382;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=16;WE=161277907;WS=161277889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr5	161277941	.	T	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.201;SC=AACTTTTCATTTATTTTATCG;SOR=0.209;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=161277949;WS=161277931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr5	161281245	rs1129647	T	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=166;ReadPosRankSum=-1.193;SC=TCCTAGATGGTTATGACAATC;SOR=0.795;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=20;WE=161281253;WS=161281235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,32:0.30:105
chr5	161292685	rs41304896	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=324;ReadPosRankSum=1.534;SC=CTAATAAGGACGGTTGACAGA;SOR=0.644;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=29;WE=161292693;WS=161292675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,46:0.36:127
chr5	161302728	rs4260711	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=554;SC=AGAAAAACGCGTAGATAAGGG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=161302736;WS=161302718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	161309752	rs11135172	T	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=1.460;SC=AGAAGAAGAATAATATTTTGT;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=18;WE=161309760;WS=161309742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr5	161318086	.	G	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=1.285;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr5	161318158	.	A	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=1.482;SC=ATACACTCAAATATTAAGTTC;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=161318166;WS=161318148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	161322654	rs78782356	T	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=355;ReadPosRankSum=0.070;SC=TCATGTATGTTTTTTTTTTTC;SOR=0.616;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=21;WE=161322662;WS=161322644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr5	161322889	rs2279020	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=0.582;SC=ATGCTTTAATGGTCACTGTAG;SOR=0.337;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=24;WE=161322897;WS=161322879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr5	161324184	.	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.422;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=288;ReadPosRankSum=-0.549;SC=ACCAGCTACACCCCTAATTTG;SOR=0.439;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=28;WE=161324192;WS=161324174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,41:0.29:141
chr5	161510607	rs62384031	A	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=0.867;SC=ATCCTGACAGAGCTAAGTCAT;SOR=0.387;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=12;WE=161510615;WS=161510597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr5	161522556	rs11135176	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=4.487;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr5	161529571	rs211035	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=9;PP=237;SC=GTCTCGTTCTATTGCCCAGGC;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=161529579;WS=161529561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	161576328	.	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr5	161576418	rs211014	C	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr5	162866548	rs299322	T	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.810;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=294;ReadPosRankSum=0.041;SC=GCTACATTTTTGTAATTTTGC;SOR=1.675;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=19;WE=162866556;WS=162866538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr5	162869089	.	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=-2.582;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr5	162884073	rs150010030	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr5	162884097	rs200190066	A	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr5	162887648	rs17061707	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr5	162890953	rs380101	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	162891644	rs7722365	G	A	146.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr5	162894654	rs2287777	G	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	162896856	rs299283	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=240;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CTCATGATAATATTTACAATT;SOR=0.177;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=14;WE=162896864;WS=162896846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	162898565	rs169920	G	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-0.886;SC=TCAACCTTCTGTTAGTACTTA;SOR=0.293;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=162898573;WS=162898555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	162901156	rs2303078	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr5	162902707	rs299291	G	A	137.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TCATGTTTATGTATGACTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=162902715;WS=162902697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr5	162930287	rs75230624	T	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=0.450;SC=AAGCTGCTCCTCACGTTTTGG;SOR=1.516;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=7;WE=162930295;WS=162930277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr5	162932822	rs299299	T	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=-1.498;SC=CCACCGGGGCTCGGGCGGCTT;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=162932830;WS=162932812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr5	162938940	rs11307015	GT	G	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-0.952;SC=AACAACGATGGTGCCTAATAT;SOR=1.085;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=5;WE=162938948;WS=162938930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr5	162939259	rs77036976	A	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-1.282;SC=TGTCTGGATGATACAGAAACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=162939267;WS=162939249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	162940739	rs964945	G	A	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=652;SC=TAGAAATTAAGGTTTTGTAGA;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=28;WE=162940747;WS=162940729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	162944709	rs7733775	A	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
chr5	166802198	rs114776196	C	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TCACTGTCACCCTAGGAACCA;SOR=0.611;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=18;WE=166802206;WS=166802188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr5	167182055	rs1862875	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr5	167303142	.	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=0.166;SC=ATGAGGAATTCTCCCCCAATT;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=20;WE=167303150;WS=167303132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,33:0.26:127
chr5	167303317	rs1862198	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=300;SC=GGGAGCATCAGGGTGAAATGC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=167303325;WS=167303307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	167419976	.	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CCTCCTCGGGGAGCACACCCT;SOR=0.800;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=21;WE=167419984;WS=167419966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,47:0.33:142
chr5	167420063	.	G	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.780;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,59:0.41:145
chr5	167489049	rs11411759	C	CT	77.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	167489093	rs72824988	A	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.583;NF=5;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=-1.893;SC=ACAGCAGCATAGACAGTGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=6;WE=167489101;WS=167489083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr5	167517812	.	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=-1.390;SC=GCCATGAAGGGAAGATGGAAA;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=10;WE=167517820;WS=167517802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr5	167553880	rs10055910	C	T	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=596;ReadPosRankSum=0.441;SC=GCATTGAGCACGGGACCTGTA;SOR=0.702;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=43;WE=167553888;WS=167553870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,66:0.67:99
chr5	167554106	rs1560650	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr5	167566600	rs1432822	T	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=235;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CTCCATTTGGTTAATGAGGGC;SOR=0.716;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=16;WE=167566608;WS=167566590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr5	167576513	rs35438448	T	TG	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=468;ReadPosRankSum=1.720;SC=CCGAGGCATGTTAGGAAAACA;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=14;WE=167576521;WS=167576503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr5	167617352	.	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.218;SC=ATGGCCTGGTGGATTGTTTGG;SOR=1.022;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=8;WE=167617360;WS=167617342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr5	167622107	rs1472355	G	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=6;PP=242;SC=TGAGGATGAGGGAGCAGAGGC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=167622115;WS=167622097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	167653364	rs3733985	T	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=494;SC=TGGGAGGACTTCCAGAGACCC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=167653372;WS=167653354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	167653394	rs3733986	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=217;SC=CTAGCTTTCTATTTTATTCAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=167653402;WS=167653384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	167673962	.	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=257;ReadPosRankSum=-0.848;SC=ACGGCCGCATCCTGAAGACCT;SOR=1.036;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=19;WE=167673970;WS=167673952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,29:0.28:102
chr5	167674370	rs3733988	C	T	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=35;PP=1344;SC=TCAACCAGATCATCACCACTG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=73;WE=167674378;WS=167674360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	167674472	rs17070023	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.571;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,46:0.41:112
chr5	167675392	rs12189266	C	T	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=436;SC=GATTCTGCCACCAAAGGTGGG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=167675400;WS=167675382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	167689296	rs17632540	C	T	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=43;PP=1373;SC=TGCTGAACAACGCCTACTACC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=167689304;WS=167689286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	167689836	.	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TGCTGCCATTCCTTGTCTGAA;SOR=0.515;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=13;WE=167689844;WS=167689826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr5	167689897	.	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=0.127;SC=ATGAAGACCTAACAGGGGCAC;SOR=0.502;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=6;WE=167689905;WS=167689887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr5	167835766	rs6887919	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=-1.494;SC=TGGCCAGGGGTTCTCTGCAGG;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=167835774;WS=167835756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr5	167850748	rs12054944	A	G	5462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=85;PP=2965;SC=TCCGGCCCTCAGGCTGCATCA;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=83;TCR=85;TR=167;WE=167850756;WS=167850738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	167851168	rs4976606	A	G	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=21;PP=572;SC=GTCGATATTTACTGACTGCTT;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=167851176;WS=167851158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	167855568	rs3733982	T	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.82;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	167858462	rs376809293	TCTGGCTGG	T	1757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5780;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=0;NR=28;PP=1577;SC=AAGGGCCGTGTCTGGCTGGCT;SOR=2.191;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=28;WE=167858481;WS=167858452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	167868779	rs3733981	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=0.212;SC=ACTTGAAGAAACAGAGCAGGG;SOR=0.802;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=17;WE=167868787;WS=167868769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr5	167868809	rs3733980	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-0.822;SC=CAGTGGGAGTCATGGCCCCTG;SOR=0.807;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=14;WE=167868817;WS=167868799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr5	167868930	rs3948557	G	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=127;SC=GTGATCAGGCGTCATGAGAGG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=167868938;WS=167868920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	167891668	rs62384143	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=2.187;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr5	167891830	rs3203960	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,19:0.20:96
chr5	167927676	.	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr5	167933673	.	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr5	167956362	rs1870053	C	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=1.800;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr5	167956371	rs185216867	C	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.361;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
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chr5	168098235	rs2277933	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=0.258;SC=GGGCCTCCTGATCGCAGAGTG;SOR=1.005;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=10;WE=168098243;WS=168098225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
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chr5	168123313	rs1864954	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-4.192;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
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chr5	168176517	rs2304035	A	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
chr5	168179922	rs10039601	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.217;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=-1.243;SC=CAGAGTGGGATCCCAGAGTCC;SOR=0.120;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=11;WE=168179930;WS=168179912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr5	168180081	rs10036727	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=307;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CTCACACAGCCGATCAAGTTA;SOR=0.691;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=28;WE=168180089;WS=168180071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,49:0.34:143
chr5	168212951	rs891921	A	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=1.304;SC=CAGTCCCTTGACAATCTCGGT;SOR=0.883;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=26;WE=168212959;WS=168212941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr5	168222675	.	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr5	168233413	rs3797716	G	A	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,65:0.34:194
chr5	168244506	rs35712765	G	GA	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=277;ReadPosRankSum=1.064;SC=CATGGTCACAGGTGAAGTGTG;SOR=0.735;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=10;WE=168244514;WS=168244496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr5	168250350	rs924875	C	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=231;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TGGAGATAGACAAGGGAGATG;SOR=0.668;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=6;WE=168250362;WS=168250340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr5	168250354	.	G	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=738;ReadPosRankSum=0.428;SC=GATAGACAAGGGAGATGGTCA;SOR=0.972;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=21;WE=168250362;WS=168250340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr5	168250429	rs1875977	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=0.549;SC=TGGTTGTGACCGCAAGACCAT;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=168250437;WS=168250419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	168310315	.	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CCTCGGGATCCCCTGGATCTG;SOR=0.905;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=12;WE=168310323;WS=168310305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr5	168620435	rs11744813	C	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=257;ReadPosRankSum=-0.447;SC=CCACATCACCCAAGCCAGGCA;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=17;WE=168620443;WS=168620425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr5	168620720	rs79192318	C	T	219.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCCCTGTTGGCGGGGCTTAGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=168620728;WS=168620710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr5	168690612	rs62376934	A	G	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=23;PP=907;SC=ACATTGTTACAGCAGCCCTAG;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=57;WE=168690620;WS=168690602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	168690635	rs62376935	C	T	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=647;ReadPosRankSum=1.697;SC=TACAGATACGCCCAACGTTCA;SOR=0.840;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=50;WE=168690643;WS=168690625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,71:0.64:111
chr5	169021610	rs4493692	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
chr5	169025516	rs140884129	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=403;ReadPosRankSum=1.563;SC=GCCTTCAGTCGACTCTGGTAC;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=28;WE=169025524;WS=169025506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr5	169028481	rs3797713	T	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=500;ReadPosRankSum=-1.387;SC=AGTTTCTATATACACACCAGT;SOR=0.779;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=38;WE=169028489;WS=169028471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,51:0.33:153
chr5	169031150	rs3777084	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=1.730;SC=TGTAAGAAATTACACCCTATT;SOR=0.627;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=5;WE=169031158;WS=169031140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr5	169031218	rs2042248	G	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.277;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr5	169096207	rs139378784	T	TAAAAC	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.453;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr5	169097474	rs2306564	G	C	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.55;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	169097505	rs111473735	T	TTTTTA	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.91;ReadPosRankSum=1.988;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr5	169097940	rs2306565	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=467;SC=GCATAATGTAGTTGGTGTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=169097948;WS=169097930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr5	169101599	rs2244445	C	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=29;PP=719;SC=GCTTGCGTGCCGTTGTTACCA;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=169101607;WS=169101589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	169129422	rs2306559	A	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=25;PP=769;SC=AGGATGGCAAAACGCTGCCTG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=169129430;WS=169129412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	169138909	rs2306558	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-1.633;SC=TTAACTCATTGTGTTCTGAGC;SOR=1.863;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=169138917;WS=169138899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr5	169310213	rs17646221	A	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=249;ReadPosRankSum=-1.248;SC=GTATGGAGTTACTTACTTCAG;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=19;WE=169310221;WS=169310203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr5	169422920	rs2059110	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=-1.841;SC=AACAGCCCCGAGTCTAGAGTG;SOR=0.238;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=169422928;WS=169422910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	169435880	rs10056324	C	T	159.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CTGTGTGTACCCCAGTTCCTA;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=169435888;WS=169435870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr5	169468243	.	A	G	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=3;PP=49;QD=16.7542425094;SC=AAGAAAAAGAATCCAAATATT;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=169468251;WS=169468233;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	169468929	rs2270897	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=0.876;SC=GTGTGTTGGCAGGGTGGTTCC;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=169468937;WS=169468922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	169472765	rs6884561	C	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=-1.587;SC=CCTCAGCAAGCGCTCTGCAAA;SOR=0.366;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=16;WE=169472773;WS=169472755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr5	169474325	rs905155	A	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-0.643;SC=AGAGTGATTAACACAGTCCCT;SOR=0.105;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=169474333;WS=169474315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	169507067	rs9885452	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=249;ReadPosRankSum=1.424;SC=CATAGAAACCATGCCACGCCC;SOR=0.579;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=23;WE=169507075;WS=169507057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr5	169535522	rs10063424	T	C	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=61;PP=2185;SC=TGCTCAGCTATGGAGGATCTG;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=129;WE=169535530;WS=169535512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr5	169675693	rs80044664	AT	A	2390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=18;PP=1827;SC=TTGCTCGGCTATAACTTGCTA;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=42;WE=169675701;WS=169675683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	169677716	rs368014717	G	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.00;ReadPosRankSum=-2.240;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr5	169679354	rs1546451	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=334;SC=AATTCCTAGCCTGTAATTGGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=169679362;WS=169679344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	169679947	rs6880961	C	T	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=72;SC=TCTGAAAGAACGCCAAGGGAA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=169679955;WS=169679937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	169685163	rs315717	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr5	169685187	rs76219007	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=0.386;SC=AGAAGTAGAAAACAATGAATG;SOR=0.830;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=8;WE=169685195;WS=169685177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr5	169685708	rs1702380	G	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.022;SC=TCCATTTTACGATAGTTATGC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=169685716;WS=169685698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr5	169688155	rs116736533	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=402;ReadPosRankSum=-0.398;SC=AAATGAATTAGGGCAAATAAA;SOR=0.752;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=35;WE=169688163;WS=169688145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,54:0.35:154
chr5	169689604	rs395407	G	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=0.300;SC=GCCGGCCACTGTGAGTGACAA;SOR=0.061;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=169689612;WS=169689594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	169695446	rs2292254	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr5	169695611	rs366122	C	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.691;SC=CCCACATGAGCCCCAGCCACG;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=8;WE=169695619;WS=169695601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr5	169697707	rs315745	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=-1.699;SC=CAGAAAATCCGGAAACGGGCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=169697715;WS=169697697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	169698028	rs315744	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=340;ReadPosRankSum=-1.314;SC=ATAACCCGGGACCAGGCAGCC;SOR=0.608;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=20;WE=169698036;WS=169698018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr5	169702390	rs2271146	C	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr5	169715038	rs315721	A	G	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=466;ReadPosRankSum=1.550;SC=GAAGACACATATGGCAGGCAG;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=31;WE=169715046;WS=169715028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr5	169910084	rs4867968	G	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=11;PP=430;SC=AAGTGGAACTGGGGCCCGCAG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=169910092;WS=169910074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	170145584	rs6555913	G	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=209;SC=GGTGTTTGACGCAGAGGCTGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=170145592;WS=170145578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	170149573	rs2277952	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=339;SC=GAGCTCTTCACAGAGCATAGC;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=170149581;WS=170149564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	170149674	rs12514966	A	T	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	170149737	rs147147696	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.289;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,33:0.31:107
chr5	170159997	rs17650650	C	T	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	170160749	rs4868018	G	A	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	170162666	rs1363712	T	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=13;PP=973;SC=GTTTTCTCCATATAGGAAACC;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=170162674;WS=170162656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	170162964	.	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.630;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=0.572;SC=ACTTTCTATGGAACCCAGCAT;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=14;WE=170162972;WS=170162954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr5	170215490	rs4868028	T	C	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=609;SC=GAAAATGCTGTACCGACCACC;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=30;WE=170215498;WS=170215480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	170221379	rs58100877	CAA	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr5	170224694	.	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=217;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GACTGTACTTCCAGACAGATT;SOR=0.420;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=14;WE=170224702;WS=170224684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr5	170235849	rs72837689	G	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.706;SC=TATTCCTAAGGCAGTTCCAAG;SOR=0.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=13;WE=170235857;WS=170235839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr5	170288922	rs11749349	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	170289221	rs10475962	T	G	71.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	170323258	rs2287893	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TTGTGTGTGTATCTGTTTTAT;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=170323266;WS=170323248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr5	170336614	rs1833596	G	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	170341050	.	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	170380523	rs930891	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr5	170395419	.	GG	AA	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=436;ReadPosRankSum=-0.851;SC=ATGTTATTGGGGATGAAGAAA;SOR=0.836;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=170395428;WS=170395409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr5	170395820	rs11134672	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	170395885	rs2446049	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=145;SC=TTAGCATCAGTAAGTTAAGAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=170395893;WS=170395875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	170610273	rs6555936	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=-1.728;SC=AACATTTTACGAATAGTTGAG;SOR=0.299;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=7;WE=170610281;WS=170610263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr5	170640827	rs4867648	C	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=-1.063;SC=TGGTTTGTGTCTTTCCAAGGT;SOR=1.241;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=14;WE=170640835;WS=170640817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr5	170692965	.	A	AAT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=112;ReadPosRankSum=1.213;SC=ACTGGTAAAAAATATATATAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=170692973;WS=170692955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr5	170720733	rs2278255	C	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	170720755	rs2914330	T	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	170813951	rs28411383	C	CT	148.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=192;SC=GCTGGGGTGCCTCGGAGTTTG;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=170813959;WS=170813941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	170815125	rs2071276	G	T	163.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=3;PP=56;SC=CCAGACCGACGGGAGGCCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=170815133;WS=170815115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	170818897	rs3830032	A	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	170818906	rs3830033	T	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.41;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	170818964	rs138910433	G	GGT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=123;SC=TTTGGGGCGGGGGGGAGAGGA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=170818977;WS=170818954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	170818969	rs3830034	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=2;PP=85;SC=GGCGGGGGGGAGAGGAAATCT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=170818977;WS=170818954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	170819887	rs3830035	G	A	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=27;PP=819;SC=AACAGCTCTTGTTCATGAGTA;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=170819895;WS=170819877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	170827115	rs6555952	C	A	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.11;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	170827118	rs6555953	A	G	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	170847555	rs6555955	T	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=259;SC=TCCTGGGCGCTGAGCCCAGTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=170847563;WS=170847545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	171200659	rs27947	T	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.941;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr5	171201499	rs12153230	G	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=428;ReadPosRankSum=-0.448;SC=ACCTCGGATGGCCGAGGGGAT;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=36;WE=171201507;WS=171201489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,48:0.33:145
chr5	171217371	rs11950253	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=336;ReadPosRankSum=-1.879;SC=ATGTTAAGGGGACCTCCATAA;SOR=0.657;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=28;WE=171217379;WS=171217361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,46:0.36:127
chr5	171472417	rs4867662	A	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=1;PP=180;SC=TTTTTTTTTCAAAATACACAT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=171472425;WS=171472407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	171472575	rs4868136	G	A	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=26;PP=958;SC=GTGGGACCAAGGCCTTCTGTA;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=171472583;WS=171472565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	171480055	rs4569891	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr5	171481775	rs144527083	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=0.204;SC=TCAGCCCTGGCCCAGGGAGAC;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=8;WE=171481783;WS=171481765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr5	171509966	rs146527200	T	G	144.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CGCACTCACGTTGATTTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=171509974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr5	171523436	rs4868141	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=182;ReadPosRankSum=-2.306;SC=TTACGGAGGCGGCATCCACGG;SOR=0.932;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=14;WE=171523444;WS=171523426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr5	171533629	rs2306963	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=2;PP=353;SC=CTCACCACTTAGAGGGCGTGA;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=171533637;WS=171533619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	171533656	rs2306962	C	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=405;SC=TGGGAGGGTCCGACTTGGCGA;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=171533664;WS=171533646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	171554473	rs2279514	G	A	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=41;PP=1211;SC=CTGCCCAGCCGTCGAGACGGG;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=171554481;WS=171554463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	171583610	rs41275267	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GCTGGGACAGACAGGGCGGCA;SOR=0.992;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=13;WE=171583618;WS=171583600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr5	171583809	rs2306960	C	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=1.914;SC=AGAGGAGATACAGGAGGTCAA;SOR=0.950;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=20;WE=171583817;WS=171583799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr5	171627701	rs17074425	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr5	171627773	rs2306959	G	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=414;SC=AATGTGGCATGTGTGTGGCAG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=171627781;WS=171627763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	171630194	rs76175819	C	CTTT	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr5	171630197	rs201583078	T	TTTTC	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=566;ReadPosRankSum=-0.585;SC=AATTTTTCTTTCCCCCCCACC;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=171630216;WS=171630187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	171630202	rs199722799	CCCA	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.278;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr5	171630204	rs372914830	CACCCT	C	487.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=346;ReadPosRankSum=-1.223;SC=CTTTCCCCCCCACCCTAACCA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=8;WE=171630216;WS=171630187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr5	171760569	rs12033	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.164;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr5	171785892	rs2569232	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=-1.190;SC=CTGGGGAAGCAAGAGTGCAGA;SOR=0.765;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=14;WE=171785900;WS=171785882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr5	171800897	rs2731717	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.174;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr5	171808930	rs2731722	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CACAGGGGCTCAGCCGACGAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=171808938;WS=171808924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	171849289	rs6873315	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=78;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GTGAGCCACCACGCCCAGCCA;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=171849297;WS=171849279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr5	171849471	rs17074773	G	A	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=-1.865;SC=CGGTGGAGCCGCTGGACCACG;SOR=0.519;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=25;WE=171849479;WS=171849461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr5	171881423	rs139600850	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=-1.538;SC=GGAGCGCTGGGGGCGCGCCGC;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=19;WE=171881431;WS=171881413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr5	172096768	rs10476046	C	A	170.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CCTAACCGTGCTGCCTGTGTC;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=172096776;WS=172096758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr5	172097353	rs6556037	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.707;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=275;ReadPosRankSum=-0.127;SC=GGGCGCGGCGCCCCCTGGGGA;SOR=0.336;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=22;WE=172097361;WS=172097343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
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chr5	172196711	rs2431663	G	T	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=49;PP=1455;SC=TCAAGGCAGTGATGCCCAAGG;SOR=0.991;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=81;WE=172196719;WS=172196701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	172261462	rs35566639	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=193;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CCGGCCAGTCGGGAGTTCCCT;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=16;WE=172261470;WS=172261452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr5	172261489	rs35768025	C	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=1.610;SC=GCAGAGGGAGCGCCCCGGCAC;SOR=0.809;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=12;WE=172261497;WS=172261479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr5	172261538	rs78078909	C	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=2.512;SC=AAAGCGGCTCCCCGCCCTGTG;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=11;WE=172261546;WS=172261528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr5	172261583	.	G	GC	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	172261593	rs63376061	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.34;ReadPosRankSum=1.299;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr5	172294194	rs793027	G	T	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	172315872	rs4868227	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=1.436;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr5	172324128	rs13154777	A	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=477;ReadPosRankSum=1.155;SC=GGGACCCCAGACAAGAAGAGG;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=28;WE=172324136;WS=172324118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr5	172336616	rs2302957	C	T	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=29;PP=1422;SC=TCCCCCGCAGCTGAGATCTTT;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=75;WE=172336624;WS=172336606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	172341917	rs17716949	T	C	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.09;MQRankSum=1.166;NF=39;NR=45;PP=1089;ReadPosRankSum=-0.997;SC=AAACTGGTTGTGGAGGCACTC;SOR=0.554;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=84;WE=172341925;WS=172341907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,136:0.60:227
chr5	172342029	rs35941893	G	GT	1186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.468;NF=6;NR=26;PP=1068;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GCTCCCTGGGGTTTTAAGCCC;SOR=1.026;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=32;WE=172342037;WS=172342019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr5	172351160	rs2302958	G	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=662;ReadPosRankSum=-1.674;SC=GGGCCTTCAGGGGCTCTGTCA;SOR=0.665;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=35;WE=172351168;WS=172351150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr5	172362130	.	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,42:0.37:114
chr5	172395664	rs11749686	T	C	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=42;PP=1390;SC=TTCAAAGTTATTGGTGTTTTG;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=172395672;WS=172395654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	172396394	rs505788	C	T	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=33;PP=1334;SC=GAAATAAAGACCTGTTTTCTC;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=73;WE=172396402;WS=172396384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	172494981	rs582067	C	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.86;QD=25.48;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	172512686	rs671387	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.34;QD=22.49;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	172560793	rs35387209	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=-0.047;SC=CGTTTTGTCACGTTATCCATT;SOR=0.560;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=27;WE=172560801;WS=172560783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr5	172561286	.	TATATATAC	T	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=43;QD=11.75;SC=TATATATATATATATATACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=172561302;WS=172561276;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr5	172561292	.	TAC	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	172561294	rs2544581	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=163;ReadPosRankSum=-1.501;SC=TATATATATACACACACACAC;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=172561302;WS=172561276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr5	172573767	rs29798	T	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=6;PP=282;SC=ATAGTTAGTATGTTAATATTA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=172573775;WS=172573757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	172578549	rs374928255	AT	A	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr5	172585927	rs5745160	TC	T	4377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=51;PP=2441;SC=CCTCTTGTTTTCAGCTTGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=55;WE=172585935;WS=172585917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	172588027	rs255303	G	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	172659511	rs703752	C	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=245;ReadPosRankSum=0.528;SC=CCTTCTCCCCCCGAGAGTCAG;SOR=0.955;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=15;WE=172659519;WS=172659501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr5	172659905	rs376340952	AGGC	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=2.519;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,6:0.10:63
chr5	172660523	rs3095871	T	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.600;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr5	172660527	.	TA	T	750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.660;QD=26.81;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr5	172745269	.	AAGAGAG	A	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=-0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.12;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr5	172750436	rs2277950	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=444;ReadPosRankSum=0.557;SC=GACTTGCCCTGAGAACACACA;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=27;WE=172750444;WS=172750426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr5	173316729	rs359467	G	A	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=24;PP=971;SC=TGCTCCTAAAGATAATAAATG;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=173316737;WS=173316719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	173380346	rs969518	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.520;SC=AATATTAGAACGGGAGCATTT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=173380354;WS=173380336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr5	173416158	rs190777881	G	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=1;PP=94;SC=AATCCCCGCAGGGTGGTCTGG;SOR=2.093;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=173416166;WS=173416148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	173416191	rs72814721	C	T	359.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.99;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr5	173416365	rs61730190	C	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=281;ReadPosRankSum=1.037;SC=TGCAACTGGGCGGCCGTGGAG;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=18;WE=173416373;WS=173416355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr5	173416602	.	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.967;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GTGGTGCAGCGGGGCAGGGCG;SOR=0.307;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=16;WE=173416610;WS=173416592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr5	174152100	rs2048152	G	A	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=510;SC=GGAGCGGGGGGCGGGTGTTCC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=174152108;WS=174152090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	174156168	rs4242182	T	C	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=39;PP=1784;SC=CTAGGACATATGAGCCCTACC;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=105;WE=174156176;WS=174156158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	174178535	rs1108172	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=262;ReadPosRankSum=1.116;SC=CACAAAAGCTTCATATATTCT;SOR=1.234;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=15;WE=174178543;WS=174178525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr5	174178774	rs7709117	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=0.007;SC=GCTCTTGGGCGGCCGCGTTTC;SOR=0.865;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=15;WE=174178782;WS=174178764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr5	174178896	rs11749398	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TGCTCCCCTCTGTTCGGCAGG;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=14;WE=174178904;WS=174178886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr5	174868700	rs686	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=-2.475;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr5	174868840	rs155417	T	C	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=20;PP=822;SC=CCAATATGACTGATAGGGCTG;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=174868848;WS=174868830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	174870150	rs4532	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=381;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CTCAAGTTCCCAAGCAGGGAA;SOR=1.040;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=30;WE=174870158;WS=174870140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr5	174943551	rs3215174	GA	G	168.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=146;SC=TCAAATGGTTGAAAAAAAAAG;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=7;WE=174943559;WS=174943541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr5	175307293	rs150763264	A	AG	1846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=1054;SC=AGCAGGGGTCAGGGGGGCCCC;SOR=1.392;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=32;WE=175307301;WS=175307283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	175511992	rs62389230	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=-4.081;QD=6.87;ReadPosRankSum=2.328;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,57:0.40:144
chr5	175512075	rs200541109	A	AT	1917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.447;NF=8;NR=37;PP=657;ReadPosRankSum=0.748;SC=TGTCATTCTGATTTTTTTTTA;SOR=0.483;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=12;TCR=62;TR=45;WE=175512083;WS=175512065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,107:0.67:159
chr5	175523719	.	TA	T	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=0.339;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,13:0.14:95
chr5	175525597	.	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQRankSum=2.045;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr5	175528527	rs116633144	A	T	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.20;QD=28.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	175530166	rs146119027	G	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-4.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.509;NF=26;NR=11;PP=407;ReadPosRankSum=0.703;SC=ACCTCAAGCAGTGTTACTGAA;SOR=0.136;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=37;WE=175530174;WS=175530156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr5	175721967	.	CAA	C	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=11.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.319;SOR=2.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	175792605	rs2303667	G	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	175792842	rs114678394	C	T	71.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	175793717	rs3815898	C	T	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=39;PP=1141;SC=CACCGCTCTCCGGGGCACAGG;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=175793725;WS=175793707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	175798945	rs10214381	A	C	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1875;ReadPosRankSum=0.367;SC=CCATAGTTGTACTGCTGCTGC;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=104;WE=175798953;WS=175798935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr5	175811094	rs56989856	C	CGT	6456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=53;PP=2974;SC=GGAGTGTGCACGTGTGTGTAA;SOR=0.768;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=71;WE=175811102;WS=175811084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	175811133	rs1065212	T	C	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1266;ReadPosRankSum=-2.053;SC=CCTGGCCAGCTCCTCTGGAGC;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=80;WE=175811141;WS=175811123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,103:0.71:146
chr5	175813564	rs17078187	A	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=1.472;SC=TACCCATGCCAGAGATTTACT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=175813572;WS=175813554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr5	175815874	rs1060588	T	C	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=504;ReadPosRankSum=1.573;SC=CATCGAAGCCTCCAGTCATTG;SOR=0.492;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=36;WE=175815882;WS=175815864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr5	175819951	rs13167355	G	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=757;ReadPosRankSum=-1.295;SC=GATGCCCTGCGGGTGGAGATA;SOR=0.961;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=50;WE=175819959;WS=175819941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,71:0.71:100
chr5	175843461	rs33956988	CG	C	611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=493;SC=ACCCGAGCCGCGGGGGAGCCG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=175843469;WS=175843451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	175915835	rs2963667	C	T	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=4;PP=222;SC=AGGAACTGTACTTTAGAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=175915843;WS=175915825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	175923431	rs2963670	G	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=1;PP=184;SC=AAAGTCTAAGGGTTGATCTTT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=175923439;WS=175923426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	175927262	rs377249587	CAG	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=4.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.373;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr5	175933691	rs113700453	TGTGTGTGC	T	683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	175934026	rs71713898	G	GA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=9.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.552;SOR=1.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr5	175956271	rs890835	A	C	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=44;PP=1146;SC=ACCCAGGAGCAGACCTGGGCA;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=175956279;WS=175956261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	175956516	rs2241585	G	A	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=25;PP=953;SC=GTGGGGCAGGGTACTCACAGC;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=175956524;WS=175956506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	175992258	rs6556275	A	G	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=11;PP=629;SC=GGGTGGGCTCAGGTCAGACCC;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=175992266;WS=175992248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	175992296	.	GG	AA	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=941;ReadPosRankSum=0.537;SC=CCAAAAGGAGGGAGGCCTGAG;SOR=0.678;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=28;WE=175992305;WS=175992286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr5	175992519	rs4523018	T	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=9;PP=349;SC=GGGCCAGCCCTGTGCTTGGCT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=175992527;WS=175992509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	175994173	rs11392917	C	CT	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-2.129;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr5	175995935	rs10056130	C	T	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=38;PP=1521;SC=GGCTCACCACCGGCCCCTTCT;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=85;WE=175995943;WS=175995925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	176001975	rs1078450	T	C	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=153;SC=CTGGTGCCAGTGGCGTGACTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=176001983;WS=176001965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	176002144	rs4242200	A	C	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=19;PP=963;SC=ATGGCTCCATAGTCCTCAATG;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=176002152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	176002873	rs3762969	C	T	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=22;PP=1133;SC=CTGTCAGAACCCTGCTCTCTA;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=176002881;WS=176002863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	176002926	rs3762968	C	A	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=33;PP=1496;SC=TGGCTCTCTGCCCTCTGCCCT;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=77;WE=176002934;WS=176002916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	176004312	rs11749537	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=269;SC=CGGGCGGGGCATCCAGAGATA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=176004320;WS=176004302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	176004476	rs11134982	T	C	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=29;PP=1188;SC=GAGCGGGCAGTGGGCTCAGCC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=176004484;WS=176004466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	176004846	rs1565149	C	T	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=51;PP=1462;SC=AGCAAGCGGGCGTGCATGTGT;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=176004854;WS=176004836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	176004866	rs35146200	A	AGT	2179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.328;NF=6;NR=37;PP=2104;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TGAGTGTGAGAGTGTGTGTGT;SOR=0.850;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=43;WE=176004874;WS=176004856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr5	176004903	rs11747451	T	C	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=29;PP=767;SC=GGGGTGGCCATGAGTGAATCT;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=176004911;WS=176004893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	176005175	rs1565150	A	C	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	176005184	rs1565151	G	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	176005477	rs2358747	C	T	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=35;PP=1309;SC=AGGCCACAGACGGCGGGAACC;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=73;WE=176005485;WS=176005467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	176008238	rs4867840	G	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=443;SC=CAGGCCTGATGACTGCCTGCG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=176008246;WS=176008228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	176011264	rs752139	T	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=198;ReadPosRankSum=-0.744;SC=GATCCAGGTATGTGCTCCCTG;SOR=0.686;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=13;WE=176011272;WS=176011254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr5	176011371	rs200531459	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=292;ReadPosRankSum=1.408;SC=TTCCGATGGCGGGGTCAGGAG;SOR=0.437;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=21;WE=176011379;WS=176011361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr5	176011889	rs4868660	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=-0.863;SC=TCTCAGTGGCGGCCAACGGCT;SOR=0.924;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=15;WE=176011897;WS=176011879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr5	176013823	rs116138699	C	T	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=563;ReadPosRankSum=2.424;SC=GCTGCCCAACCGGGAGGTGGC;SOR=0.877;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=39;WE=176013831;WS=176013813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr5	176017473	.	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CTGCAGCTGGGGCTGGTGGTG;SOR=0.846;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=14;WE=176017481;WS=176017463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr5	176017549	rs4868662	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr5	176018545	rs11134984	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.766;QD=3.29;ReadPosRankSum=2.499;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr5	176024880	rs4868663	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=319;ReadPosRankSum=0.327;SC=CCCCTGCTTCCCCTGGTGCTG;SOR=0.684;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=25;WE=176024888;WS=176024870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,39:0.38:104
chr5	176025938	rs6556276	T	C	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=22;PP=795;SC=TCCAAGGGCATGGGATCTGCC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=46;WE=176025946;WS=176025928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	176026491	rs35847475	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=0.311;SC=CTGAGATGGAGGCTCCATGTG;SOR=0.441;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=14;WE=176026499;WS=176026481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr5	176048190	.	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=0.051;SC=TCCCAAAGTCCCGCCCAGCCC;SOR=0.481;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=14;WE=176048198;WS=176048180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr5	176053336	rs5873543	GGT	G	270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	176053645	rs2291441	C	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.092;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-1.184;SC=GAGTCTCCCCCGCCCCCGCCC;SOR=0.272;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=18;WE=176053653;WS=176053635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr5	176056529	rs4868669	A	G	6022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr5	176069831	rs901740	G	A	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.17;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	176069863	.	C	CT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	176069866	rs56115420	C	CCGCCCG	239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.96;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	176070004	rs13176195	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.579;NF=4;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=0.196;SC=CCCTCCTGGAGCAGGGGATGG;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=176070012;WS=176069994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr5	176070528	.	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TGCCCCAAATCTCATCTCCCA;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=6;WE=176070536;WS=176070518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr5	176081591	rs13182989	C	T	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1341;ReadPosRankSum=0.844;SC=CCAGCGCCTGCCTCTCAGGTA;SOR=0.823;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=141;TCF=78;TCR=63;TR=94;WE=176081599;WS=176081581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,141:0.61:231
chr5	176081856	rs13183320	A	G	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=40;PP=1430;SC=GGCTCCTGGGATGGGCCTGGC;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=176081864;WS=176081846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	176081907	rs11267007	C	T	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=671;ReadPosRankSum=-0.563;SC=GGTCTTGCTGCGGAGCCCGAG;SOR=0.632;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=45;WE=176081915;WS=176081897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,99:0.60:166
chr5	176083175	rs6878977	T	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=20;PP=486;SC=GGGTACTGGGTTGGGTATGAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=176083183;WS=176083165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	176083997	rs4868677	G	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=731;ReadPosRankSum=0.419;SC=CCTGGCCTACGCAGGCCTCTG;SOR=1.143;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=115;TCF=34;TCR=81;TR=50;WE=176084005;WS=176083987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,63:0.43:146
chr5	176304399	rs2304517	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=239;ReadPosRankSum=1.695;SC=GGAAAGAGCTATGCCTAAGCC;SOR=0.786;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=20;WE=176304407;WS=176304389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr5	176305136	.	C	T	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=1739;ReadPosRankSum=0.108;SC=AAGGTATCTCCCGCCCCTCAC;SOR=0.479;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=161;TCF=73;TCR=88;TR=110;WE=176305144;WS=176305126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,181:0.63:286
chr5	176305466	rs2304516	T	A	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=901;ReadPosRankSum=0.887;SC=CCTCTCTGCATCCCCATCAGG;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=89;TCR=97;TR=71;WE=176305474;WS=176305456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,115:0.38:301
chr5	176305678	rs478253	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GTGACGTGCTCCCACTACCAA;SOR=0.984;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=10;WE=176305686;WS=176305668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr5	176306676	rs2292257	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=2.175;SC=AGGAGGTGTCGGCTGGGGCCA;SOR=1.445;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=11;WE=176306684;WS=176306666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr5	176310718	.	A	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=754;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GAATCAACAGAAGGCAGCAAA;SOR=0.522;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=59;WE=176310726;WS=176310708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,84:0.65:130
chr5	176314434	rs2278493	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=358;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CGGTCCCACACTCAGGCCAGG;SOR=0.531;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=25;WE=176314442;WS=176314424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr5	176314459	rs2278492	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=287;ReadPosRankSum=1.397;SC=TACCGCTGCCGTCAGGGGTGG;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=25;WE=176314467;WS=176314449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr5	176314639	rs6875296	G	A	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1136;ReadPosRankSum=1.827;SC=GGGCAGCCACGGCAGTCACCA;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=74;WE=176314647;WS=176314629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,111:0.63:177
chr5	176315299	rs4976662	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=565;ReadPosRankSum=-0.352;SC=CGTGTTCATGCCAACTAATCA;SOR=0.525;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=42;WE=176315307;WS=176315289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,67:0.56:120
chr5	176316344	rs691044	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.069;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,17:0.24:71
chr5	176318162	rs147731204	C	T	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=1119;ReadPosRankSum=0.588;SC=CCCTGTGGCCCCCAGCTCCAG;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=70;WE=176318170;WS=176318152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,122:0.69:178
chr5	176318331	.	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=484;ReadPosRankSum=-1.185;SC=ACGTTTCCCTCCCCTAGATCA;SOR=0.743;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=37;WE=176318339;WS=176318321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,52:0.38:136
chr5	176477937	.	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=252;ReadPosRankSum=0.614;SC=TGACTTTCCAGGTGAGGGGGC;SOR=1.563;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=18;WE=176477945;WS=176477927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr5	176516953	rs434434	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=0.818;SC=TGAGCTCCTTACCTGGGTGTG;SOR=1.230;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=17;WE=176516961;WS=176516943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr5	176517136	rs59390048	C	CGTGT	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=253;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TGTGTGTATGCGTGTGTGTGT;SOR=1.085;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=8;WE=176517145;WS=176517126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr5	176517170	rs387598	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=8.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.832;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr5	176517292	rs442856	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=438;ReadPosRankSum=-0.680;SC=CATGCGTTGCAAAGTGCTTGT;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=29;WE=176517300;WS=176517282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,64:0.63:102
chr5	176517326	rs422421	T	C	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=449;ReadPosRankSum=0.196;SC=GGTGTGTTCTTTGTACACAGG;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=27;WE=176517334;WS=176517316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr5	176517461	rs446382	T	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=262;ReadPosRankSum=-1.354;SC=AGCCTGTGCGTCTGTGCTGTG;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=19;WE=176517469;WS=176517451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr5	176517797	rs376618	C	T	5346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=75;PP=2481;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CATAGGGACCCCTCGAATAGG;SOR=0.638;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=233;TCF=113;TCR=120;TR=153;WE=176517805;WS=176517787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,246:0.62:397
chr5	176518784	rs452885	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=-1.187;SC=GCAGCATCCGCTATAACTACC;SOR=0.715;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=21;WE=176518792;WS=176518774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr5	176519287	rs393923	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=253;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TATGGGTGCCGGTGGTCAGGG;SOR=0.327;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=15;WE=176519295;WS=176519277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr5	176520243	rs351855	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=356;ReadPosRankSum=1.773;SC=GCTGCTGGCCGGGCTGTATCG;SOR=2.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=23;WE=176520251;WS=176520233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr5	176522728	rs42409	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-1.324;SC=CCGGAAGGTACAGGCGCTAGG;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=176522736;WS=176522718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	176523562	rs31777	C	A	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=1095;ReadPosRankSum=-1.866;SC=CCCCGGTCGTCGGGAGGGCGC;SOR=0.518;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=72;WE=176523570;WS=176523552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,106:0.78:136
chr5	176523597	rs31776	A	G	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1280;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CCCTGGCCCTACCTCCAGGTG;SOR=0.672;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=80;WE=176523605;WS=176523587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,124:0.79:157
chr5	176630984	rs7721671	T	C	128.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=45;SC=GTATGATCTATTCTAGGTTGT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=176630992;WS=176630974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	176636882	rs1363405	C	T	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,73:0.56:130
chr5	176637149	rs3733874	G	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=-2.096;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr5	176637240	rs3733875	G	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=752;ReadPosRankSum=-1.574;SC=ACGAAGCCTGGTGTGTGGTTC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=46;WE=176637248;WS=176637230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,62:0.66:94
chr5	176637576	rs28932178	T	C	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=812;ReadPosRankSum=-1.073;SC=AACCGAGACGTCTCAGGTTAA;SOR=0.766;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=50;WE=176637584;WS=176637566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,82:0.53:154
chr5	176639217	rs35159794	T	TA	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr5	176639304	rs6556305	C	G	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=105;SC=TATAAACTAGCGGGGAAGAAT;SOR=3.611;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=176639312;WS=176639294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	176684229	.	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
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chr5	176721838	.	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.264;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr5	176729736	rs58443060	AC	A,ACC	1076.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=1.285;SOR=3.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,38,23:0.58,0.35:66
chr5	176731452	rs28362590	G	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=0.913;SC=TGGCGGGAGTGGGAATTTGCC;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=6;WE=176731460;WS=176731442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr5	176733116	rs4631	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.678;NF=9;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=1.070;SC=GTCTTGCCCGATTCAAAAGCA;SOR=0.643;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=17;WE=176733124;WS=176733106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr5	176733616	rs9834	T	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=467;ReadPosRankSum=-0.033;SC=AGGCTTAGCCTCTCTGCCCTC;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=34;WE=176733624;WS=176733606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,58:0.39:147
chr5	176737720	rs13190036	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=-2.407;SC=AGAGAGGATGAGGTGAAGGGG;SOR=0.586;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=15;WE=176737728;WS=176737710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr5	176759072	rs147436495	C	T	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=760;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GGACAGGCCCCGCCGGAGGCG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=52;WE=176759080;WS=176759062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,76:0.72:106
chr5	176764436	rs11541335	G	A	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1047;ReadPosRankSum=0.027;SC=CAGCCGTGCAGCCCGCCAGCT;SOR=1.098;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=67;WE=176764444;WS=176764426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,127:0.66:192
chr5	176798040	rs56235845	T	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CGGGTGAGCTTCCGGGCCGCG;SOR=0.846;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=13;WE=176798048;WS=176798030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr5	176798070	.	CGGGCCGGGGCCGGGGCCG	C	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=1.180;QD=26.06;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr5	176830627	rs17876032	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=2.377;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr5	176831119	rs17876031	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=1.343;SC=CTGAGGACGGAGAGCCCGCGG;SOR=0.352;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=17;WE=176831127;WS=176831109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr5	176831177	rs35966430	TC	T	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr5	176831826	rs17876030	C	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=10;PP=374;SC=TCGCAGAAGGCTCCGGTGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=176831834;WS=176831816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	176831980	rs17876029	T	C	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	176836532	rs1801020	A	G	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,58:0.34:170
chr5	176858049	rs867755	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GACCTTGCCCCGGAGCAGAGG;SOR=0.247;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=10;WE=176858057;WS=176858039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr5	176859848	rs2731664	C	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,17:0.24:71
chr5	176862963	rs4976695	T	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=-0.348;SC=AGGTCCCCCCTGGCCAGCGGG;SOR=0.307;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=176862971;WS=176862953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr5	176863519	rs1130857	G	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TGGAGCCGCCGTTCAAGCCTG;SOR=0.883;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=7;WE=176863527;WS=176863509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr5	176867943	rs335435	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=217;ReadPosRankSum=-0.081;SC=AGTGCTTCCAAGAGCTGAATG;SOR=0.535;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=19;WE=176867951;WS=176867933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr5	176885178	rs28538572	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=27;PP=1038;SC=GCAGCCAGGGACTCCCCTTCC;SOR=0.980;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=45;WE=176885186;WS=176885168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	176885499	rs2544809	T	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=350;ReadPosRankSum=-0.324;SC=GCATCGTGGATCTCCGTGGCG;SOR=1.029;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=28;WE=176885507;WS=176885489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr5	176886539	rs385981	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr5	176894756	rs2545794	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=414;ReadPosRankSum=1.130;SC=GGAAGAACTCCGCCACCTTAG;SOR=0.343;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=37;WE=176894764;WS=176894746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,58:0.38:152
chr5	176895817	rs446104	GC	AA	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=22;PP=2126;SC=GGTGGAGAAGGCGGCGAGGGA;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=60;WE=176895826;WS=176895807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	176916516	rs335462	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=402;ReadPosRankSum=-1.363;SC=TGGGCGTGGCCGGCTGGCTGT;SOR=0.913;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=25;WE=176916524;WS=176916506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr5	176917078	rs734825	T	C	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=484;SC=GCTCCTGGGGTTCCCCTCATG;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=176917086;WS=176917068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	176930135	rs28376231	G	A	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=9;PP=718;SC=GCTTGCGTGCGTGGCTGGCTC;SOR=1.654;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=37;WE=176930143;WS=176930125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	176930171	rs138153794	AGAG	A	1939.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.651;NF=9;NR=16;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.248;SC=GAGCAGGAGCAGAGGAGGGAA;SOR=0.363;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=25;WE=176930181;WS=176930161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr5	176931706	rs179810	G	C	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=25;PP=929;SC=AGGGTCCAGGGTGTCAGCCCC;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=176931714;WS=176931696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	176935215	rs55761704	GC	G	439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=327;SC=CAGCCCAATCGCCCCCCTGCT;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=176935223;WS=176935205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	176936650	rs28565502	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=18;PP=593;SC=TCCCTCCGTCTAGAGACAGCT;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=176936658;WS=176936640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	176938681	rs28695578	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=518;SC=CCTGGCCCATCCCAGGCCAGC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=176938689;WS=176938671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	176939688	rs28544348	C	T	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=42;PP=1847;SC=CACCATGGGACAGGGGAGTGG;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=176939696;WS=176939678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	176939735	rs335436	A	G	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=55;PP=2161;SC=TAGGTAAAGCACTGCTACTGC;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=117;WE=176939743;WS=176939725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	176940274	rs335437	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=478;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GGTGGACCCCCGGCTCCAATC;SOR=0.403;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=25;WE=176940282;WS=176940264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr5	176940384	rs335438	G	A	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CAGCCCCAGCGCGCCCCACAT;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=76;WE=176940392;WS=176940374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,151:0.69:220
chr5	176940871	rs335439	G	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=944;SC=GAGAGACCCTGAGGTTGGGGC;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=176940879;WS=176940861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	176942371	rs372373486	CAG	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.042;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.526;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr5	176943975	.	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.558;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=480;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GCGCCACGGCGAAACCCCGCC;SOR=0.428;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=37;WE=176943983;WS=176943965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr5	176950794	rs28723606	A	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=4;PP=414;SC=GTGGGTTTTCAGCAGGCAGGC;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=176950802;WS=176950784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	176950879	rs28688891	T	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=21;PP=1395;SC=TTTCTGAGGCTTGAGGCACAA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=176950887;WS=176950869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	176951276	rs337382	A	G	3918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=43;PP=1970;SC=GCTGGGCCTGAGGGCTGCACA;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=104;WE=176951284;WS=176951266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	176959296	rs2246566	T	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=409;ReadPosRankSum=0.255;SC=GCTGTGAGGATCAAGCGAGCA;SOR=0.165;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=22;WE=176959304;WS=176959286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr5	176963349	rs335460	G	A	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=13;PP=455;SC=CCTTCATGCAGCACACTTACC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=176963357;WS=176963339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	176981490	.	A	ACGCCGCGCCGC	299.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.967;NF=1;NR=1;PP=372;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CTCGCTCCACACGCCGCCGCC;SOR=0.446;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=176981498;WS=176981480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr5	177019262	rs57960711	C	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr5	177019688	rs4607363	G	C	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.679;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1091;ReadPosRankSum=-1.777;SC=TGAGCCAACCGCCCCCCTCCT;SOR=0.318;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=79;WE=177019696;WS=177019675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,103:0.94:109
chr5	177019830	rs73337753	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=75;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TCTGTGAAATGGGCGGATTAA;SOR=0.683;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=9;WE=177019838;WS=177019820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr5	177031348	rs11537644	T	C	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr5	177031602	rs28499092	C	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=-1.704;SC=GCTTCTCAGGCCCTGTGAGAG;SOR=0.604;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=18;WE=177031610;WS=177031592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr5	177031948	rs55763804	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr5	177031954	rs28742937	A	G	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=18;PP=1020;SC=GTCTGGCGTTATCCTAAAATC;SOR=2.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=70;TCR=18;TR=88;WE=177031975;WS=177031938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	177031967	rs28698736	T	C	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=25;PP=2382;SC=CTAAAATCCCTGCCCTTACCA;SOR=1.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=80;TCR=25;TR=105;WE=177031975;WS=177031938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	177031998	rs116141371	C	T	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=803;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CCTTCCATGACCACAGCCTGA;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=110;TCR=51;TR=59;WE=177032006;WS=177031988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,85:0.41:206
chr5	177032033	.	C	T	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,122:0.39:316
chr5	177034561	.	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=284;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TGCTCAGAGCCGGGAGCTCCC;SOR=0.704;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=24;WE=177034569;WS=177034551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr5	177035488	.	GC	G	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr5	177035964	rs729459	T	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,51:0.27:186
chr5	177036043	rs6600953	A	G	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=45;PP=1267;SC=CATTGGGGACAGATAGGTGGT;SOR=1.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=77;WE=177036051;WS=177036033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	177053334	rs5013573	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=4;PP=618;SC=CCTCGGCCTCTGAAAATGCTG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=177053342;WS=177053324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	177054649	rs10585103	AT	A	226.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.817;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr5	177054672	rs7728458	T	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=421;SC=TTTTTTGAGATGGAGTCTCGC;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=177054680;WS=177054662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	177058525	rs62398479	A	G	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.683;NF=48;NR=40;PP=1234;ReadPosRankSum=-0.722;SC=AGGCTCTGACAGTGATATTTC;SOR=0.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=88;WE=177058533;WS=177058515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,87:0.71:122
chr5	177058605	rs138626378	G	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.807;NF=24;NR=24;PP=555;ReadPosRankSum=-1.356;SC=ACTGTGGGCTGGGAGAGCAGC;SOR=0.647;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=48;WE=177058613;WS=177058595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,54:0.26:209
chr5	177058655	rs6876792	A	G	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=74;PP=2739;SC=GGCATGTCACAGTTCTGTACA;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=79;TCR=74;TR=153;WE=177058663;WS=177058645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	177075660	rs142739304	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.409;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.819;SC=GTGTTGGAGGTAGGACCTGGT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=177075668;WS=177075650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	177075678	rs188745628	T	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.297;NF=4;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=0.332;SC=GGTGGAATCATGGGGACAGAT;SOR=0.180;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=177075686;WS=177075668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	177099221	.	T	TGGCGGTGGC	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.02;MQRankSum=1.046;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=1.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,4:0.14:29
chr5	177099274	.	C	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	177161891	rs140979906	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.19;QD=29.94;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	177166053	rs4079422	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=0.428;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr5	177180012	rs199881665	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.70;MQRankSum=-0.420;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr5	177180236	rs76556918	G	A	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.463;NF=8;NR=26;PP=585;ReadPosRankSum=-0.302;SC=ACTAAGCTGCGTTTACTGCCA;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=34;WE=177180244;WS=177180226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr5	177302646	.	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.01;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	177305797	rs201185054	G	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.94;QD=27.99;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	177309472	rs199793923	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.08;MQRankSum=-2.596;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr5	177309528	.	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.74;MQRankSum=-4.596;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.987;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,28:0.13:221
chr5	177310717	rs139876295	A	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.54;QD=28.87;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	177344152	rs76284623	G	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.42;QD=24.61;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	177348037	.	C	CTTTG	715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.73;QD=44.73;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	177348098	rs4958970	G	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.18;QD=42.04;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	177348106	rs4958971	A	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.18;QD=42.04;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	177348150	rs4958972	C	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.58;QD=38.55;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	177348155	rs4958973	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.49;QD=46.89;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	177422823	rs4072924	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=2.173;SC=GACGGTCACTCACCCACCGTG;SOR=1.426;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=13;WE=177422831;WS=177422813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr5	177422876	rs7445271	T	C	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=24;PP=1394;SC=AGGCAACAGGTTGCTGCCGAC;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=72;WE=177422884;WS=177422866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	177422908	rs1135320	A	G	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=941;ReadPosRankSum=0.553;SC=TTGGCTTCTCAGCCTGGCGCC;SOR=0.600;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=67;WE=177422916;WS=177422898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,101:0.71:142
chr5	177457628	rs200475370	T	A	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQRankSum=-0.324;QD=12.76;ReadPosRankSum=1.069;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr5	177482472	rs3088218	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GGACCAGCACTGGCACCGGCC;SOR=0.061;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=177482480;WS=177482464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr5	177482694	rs11953084	T	C	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=21;PP=740;SC=GTGAGACCAATGAAATCGCCA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=49;WE=177482702;WS=177482684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	177483118	rs11953798	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.434;NF=8;NR=12;PP=603;ReadPosRankSum=0.061;SC=AGCAGGCAAGTGCCCTGAAGA;SOR=0.765;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=20;WE=177483138;WS=177483108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr5	177483130	rs376065778	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.430;NF=7;NR=8;PP=603;ReadPosRankSum=0.311;SC=CCCTGAAGAGCGCCTCCAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=15;WE=177483138;WS=177483108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
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chr5	177483184	rs11953029	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-2.470;NF=3;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=0.027;SC=GGAGGAAGAGACCAAGAAATA;SOR=0.914;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=12;WE=177483192;WS=177483174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr5	177546990	rs13163671	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
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chr5	177562183	rs72536798	C	CTG	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=235;ReadPosRankSum=-1.611;SC=GGGTCTCACTCTTGCTCAGGC;SOR=0.582;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=177562191;WS=177562173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr5	177562251	rs10060446	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=140;ReadPosRankSum=-1.293;SC=GGCTCAAGCAGTCCTCCGTCC;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=14;WE=177562259;WS=177562241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr5	177565520	rs10657977	T	TTGTGTG	315.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.08;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	177570759	rs6601218	T	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=17;PP=727;SC=GCCAGCAGCATTCTGCTTCGA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=177570767;WS=177570749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	177574901	rs7380934	C	G	3742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=1765;ReadPosRankSum=1.227;SC=TCCCCGTGCTCTACTCCACCT;SOR=0.574;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=195;TCF=94;TCR=101;TR=126;WE=177574909;WS=177574891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,177:0.64:275
chr5	177612634	rs7715618	A	C	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	177612734	rs7720480	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	177612744	rs7715796	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.15;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	177612983	rs13169133	G	A	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=52;PP=2346;SC=GACCCGCTGCGTGGCTGATTC;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=124;WE=177612991;WS=177612973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	177613123	rs10479619	T	C	5834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=80;PP=2698;SC=CCTCATGCTATTTCCCTCTAG;SOR=0.969;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=55;TCR=80;TR=135;WE=177613131;WS=177613113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	177613168	rs13184406	C	T	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=67;PP=1985;SC=CCCTACCTCACGGTCTTGTTC;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=106;WE=177613176;WS=177613158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	177613296	rs13184677	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=0.238;SC=TATATTGTAACCTTAAATGTC;SOR=0.680;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=7;WE=177613304;WS=177613286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr5	177614001	rs3812083	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr5	177614090	rs2913782	G	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr5	177614094	rs2961665	C	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.03;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr5	177614183	rs2913783	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=-0.340;SC=AAGCCGTAGCTCGCCGCATCG;SOR=0.912;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=16;WE=177614191;WS=177614173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr5	177614366	rs3828691	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.482;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr5	177614387	rs6886332	A	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.59;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	177633116	rs3812089	A	G	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=178;SC=CATGTGATTTAAGTGCTTTGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=177633124;WS=177633106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	177634401	rs7705458	T	C	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=81;SC=GAAAGACTTCTCAGGCTGGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=177634409;WS=177634391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	177636587	rs73351260	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=1.295;SC=GGAATAGGAACGGCTCTGGGT;SOR=2.476;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=11;WE=177636595;WS=177636577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr5	177636990	rs111881090	CT	C	553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.644;NF=17;NR=1;PP=583;ReadPosRankSum=-0.675;SC=GCCCAGGGCCCTTATACACCA;SOR=1.382;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=18;WE=177636998;WS=177636980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr5	177637447	rs2913751	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=361;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GAGGAAGGCAGTCTCTGCTGT;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=22;WE=177637455;WS=177637437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr5	177642177	rs2913748	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=203;ReadPosRankSum=0.238;SC=CTCTTGAGAGCGGACATAACC;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=15;WE=177642185;WS=177642167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr5	177655512	rs11740356	T	G	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=376;ReadPosRankSum=0.452;SC=CCAGCTCCCTTCTCTTTCCAG;SOR=0.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=27;WE=177655520;WS=177655502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr5	177656900	rs75990575	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=586;ReadPosRankSum=2.131;SC=TCTTTGTTACCGTCTCACCCT;SOR=0.778;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=53;WE=177656908;WS=177656890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,77:0.37:208
chr5	177658625	rs3833653	CG	C	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=208;ReadPosRankSum=2.000;SC=TTTCTGGTGGCGGGGGGGAAA;SOR=0.529;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=10;WE=177658633;WS=177658615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr5	177658883	rs2973729	C	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=190;SC=ATGGGATGGGCCAGGGCACCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=177658904;WS=177658873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	177658896	rs3749810	A	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GGGCACCAACATTAGGTGCCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=177658904;WS=177658873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	177659429	rs3749806	C	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-1.198;SC=GTGCGTGCGTCGTGCGTGCGC;SOR=0.330;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=6;WE=177659437;WS=177659419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	177659463	rs138665724	C	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	177659519	rs116735771	C	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr5	177666112	rs73336873	G	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=-0.986;SC=CCTCTCCCAAGCCTGCCCTGG;SOR=1.549;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=13;WE=177666120;WS=177666102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr5	177668882	rs2241581	T	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=2;PP=199;SC=ACCGCGATGATGGCAGTAGCA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=177668890;WS=177668872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	177668965	rs2241580	C	T	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=12;PP=694;SC=AGCTGAGTTCCGAGGACAGGG;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=177668973;WS=177668955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	177669413	rs2241579	T	G	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=58;PP=2266;SC=AAGGATTAGATGCTAAACCCG;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=124;WE=177669421;WS=177669403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr5	177673153	rs35716676	AGTGCAGGGACCCAGTGAG	A	476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=1837;SC=GGCCCTGCGAAGTGCAGGGAC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=177673178;WS=177673149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	177674431	rs3812092	G	A	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=19;PP=681;SC=GGGCCAGGGCGGAGCGTCAGG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=177674439;WS=177674421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	177674770	.	C	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,55:0.31:177
chr5	177674995	rs11746830	C	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=21;PP=591;SC=TATAGTGAGCCGAGGTTGTGC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=177675003;WS=177674985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	177676986	rs5873601	GCA	G	579.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5576;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=605;ReadPosRankSum=-0.623;SC=ACATGCACACGCACACACACA;SOR=0.776;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=14;WE=177676997;WS=177676976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr5	177689300	rs186559263	T	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr5	177689350	rs115296711	C	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=-1.538;SC=GCTCTAAGTACATTATCTTAT;SOR=0.552;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=12;WE=177689358;WS=177689340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr5	177694492	rs76100990	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=277;ReadPosRankSum=0.663;SC=TCCAACGAGGAAGCAGACACA;SOR=0.997;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=22;WE=177694500;WS=177694482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr5	177697454	.	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=267;ReadPosRankSum=0.298;SC=TCAGTGACAAGAAAACAAAGC;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=28;WE=177697462;WS=177697444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,41:0.28:146
chr5	177715452	rs6892747	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=131;ReadPosRankSum=0.949;SC=CGCCCCCCGACAGCTGGTTGG;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=6;WE=177715473;WS=177715442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr5	177715465	rs6860225	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=131;ReadPosRankSum=0.521;SC=CTGGTTGGTGACTTCCTCTGC;SOR=0.814;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=7;WE=177715473;WS=177715442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr5	177715581	rs2913832	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr5	177717290	.	C	T	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,71:0.58:123
chr5	177989211	.	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	178040674	.	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=155;ReadPosRankSum=-2.510;SC=TCAGTTTATGGAAACCTGAAT;SOR=0.552;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=15;WE=178040682;WS=178040664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr5	178040919	rs560842	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=0.033;SC=CTAAAGCATAGTCTTAATTAC;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=7;WE=178040927;WS=178040909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr5	178049444	rs34183525	C	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-1.860;SC=ATCTGGTAAACAGTCCCAATG;SOR=1.123;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=7;WE=178049452;WS=178049434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr5	178139275	.	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr5	178139442	rs1132338	T	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.480;NF=18;NR=18;PP=486;ReadPosRankSum=-1.486;SC=GAATGAGAGCTGAACTCTGTC;SOR=0.597;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=36;WE=178139450;WS=178139432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr5	178140090	rs1132336	C	T	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=508;ReadPosRankSum=-2.275;SC=CTCCAGTATGCGTTATTTGAT;SOR=0.562;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=38;WE=178140098;WS=178140080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,53:0.65:82
chr5	178153317	rs34544499	C	CT	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=2.167;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
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chr5	178154220	rs35528027	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.614;NF=6;NR=20;PP=405;ReadPosRankSum=-3.442;SC=GAAACACTTCCCATACTATTC;SOR=1.058;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=26;WE=178154228;WS=178154210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr5	178154250	rs35287913	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-4.833;QD=1.84;ReadPosRankSum=-2.750;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr5	178293175	rs146176056	C	CT	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=7.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-11.205;QD=1.83;ReadPosRankSum=3.888;SOR=1.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,46:0.16:290
chr5	178294059	rs11952817	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	178310446	rs4130052	C	T	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=883;ReadPosRankSum=-0.259;SC=ACAATCCAGGCAGGAAGGCAT;SOR=0.742;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=70;WE=178310454;WS=178310436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,100:0.65:153
chr5	178359136	rs961030	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=0.575;SC=AGTGTAGTCAATGTGGAAAAG;SOR=1.023;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=28;WE=178359144;WS=178359126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr5	178368465	rs111995800	C	CCAAA	3189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.082;NF=4;NR=25;PP=1476;ReadPosRankSum=-2.338;SC=AGATTTGATCCCAGAGAGGGA;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=29;WE=178368473;WS=178368455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,81:0.64:127
chr5	178368577	.	GA	AG	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=1.908;SC=AGCGGACTCCGAGAAGCCCAG;SOR=0.117;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=5;WE=178368586;WS=178368567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr5	178369673	rs10060764	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	178373271	rs17078801	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr5	178391860	rs6867221	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=277;ReadPosRankSum=2.948;SC=TCACAGGAATGTGATGAATCC;SOR=0.550;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=30;WE=178391868;WS=178391850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,43:0.38:113
chr5	178391902	rs12719860	A	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=516;ReadPosRankSum=0.830;SC=CTTCACAGTGATCAAAGTCAG;SOR=0.922;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=35;WE=178391910;WS=178391892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
chr5	178395850	rs11741688	G	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=1.752;SC=GGACCAAGGCGTGCAGCCACT;SOR=0.435;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=10;WE=178395858;WS=178395840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr5	178396742	rs4700759	G	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=28;PP=818;SC=ACCTCGGAGCGTTCCGAGACC;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=178396750;WS=178396732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	178401552	rs4700991	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=6;PP=351;SC=ATCTCCTGACCTCGTGATCCA;SOR=1.781;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=178401560;WS=178401542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	178404573	rs146228548	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=-0.623;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr5	178406807	.	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=0.644;SC=GGAAAACTTTCCCTTGGAGAT;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=8;WE=178406815;WS=178406797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr5	178407292	rs2856351	C	T	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=14;PP=971;SC=GGACATAAAACTCCATAACTT;SOR=1.367;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=178407300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	178410151	rs2071247	C	T	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=44;PP=1351;ReadPosRankSum=1.163;SC=CGGGGTCCACCGTCCGCTGTT;SOR=0.823;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=251;TCF=134;TCR=117;TR=98;WE=178410159;WS=178410141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,138:0.35:392
chr5	178410190	.	C	T	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=54;PP=1348;ReadPosRankSum=0.185;SC=TGTGTGGGGGCCGGGCCCCCA;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=131;TCR=134;TR=107;WE=178410198;WS=178410180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,148:0.34:436
chr5	178410738	rs903988	C	T	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=23;PP=868;SC=CCGAGGAGTACTGGAGTCTGT;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=178410746;WS=178410728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	178411315	rs2645341	C	T	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=20;PP=786;SC=GAACGGACTCCTGCAAAATAA;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=44;WE=178411323;WS=178411305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	178412273	rs35715923	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
chr5	178412405	rs10716144	TA	T	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.190;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr5	178412592	rs6880010	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=214;SC=TAGTCCCAGCTACTCGGGAGG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=178412600;WS=178412586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	178412667	rs59347166	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr5	178412702	.	T	TA	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr5	178414532	rs10464074	A	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=14;PP=355;SC=CCTGGAGGACATGATGCTCGG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=178414540;WS=178414522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	178415982	rs4701014	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	178416227	.	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.499;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=1.195;SC=CACCACCCTCCCCACCCTCCC;SOR=0.141;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=15;WE=178416235;WS=178416217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr5	178419279	rs11283410	G	GGGCAAGGTCT	2320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=11;PP=2967;SC=TGGAAGCTGTGGTGTTTTGCG;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=25;WE=178419296;WS=178419269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	178419288	rs2645335	C	T	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=14;PP=564;SC=TGGTGTTTTGCGAGTGGGCCT;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=31;WE=178419296;WS=178419269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	178419396	rs11449973	A	AC	2671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=28;PP=1256;SC=CTGAACAAGGACCCCCAGCAG;SOR=0.839;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=33;WE=178419404;WS=178419386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	178455198	rs10464075	G	A	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=345;SC=AGGAGGCTGCGCTCAAGGGTC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=178455206;WS=178455188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	178507069	rs1445846	T	C	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=33;PP=1026;SC=TCAGAGATTTTTTAAAGGAGA;SOR=1.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=47;WE=178507077;WS=178507059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	178507090	rs1445845	G	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=24;PP=713;SC=TAAAGCCTATGAGGTTTAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=178507098;WS=178507080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	178540975	rs1054480	G	A	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=33;PP=1154;SC=ATTAGGTTGGGTGGCTGGACT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=178540983;WS=178540965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	178548514	rs2303640	G	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=1.705;SC=CGAGCTCAGAGGCCCGGGAGA;SOR=0.507;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=178548522;WS=178548504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr5	178549791	rs2303641	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.070;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=291;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GGGGAGAGTCGCCAGGCAGGG;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=22;WE=178549799;WS=178549781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr5	178555097	rs35445112	C	T	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.811;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=642;ReadPosRankSum=-0.375;SC=CAGTGAGACCCGGGTGTCTCC;SOR=0.706;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=46;WE=178555105;WS=178555087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,92:0.59:155
chr5	178557142	rs2251105	A	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=347;ReadPosRankSum=-0.852;SC=GTCACCCAAGAGCAGGACCCA;SOR=0.358;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=22;WE=178557150;WS=178557132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr5	178559411	rs3822594	C	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr5	178565052	rs9286046	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.015;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr5	178567054	rs2303638	A	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr5	178567082	rs34369919	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=299;ReadPosRankSum=-0.085;SC=CACACCGGGCCGTGGGGACAG;SOR=1.187;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=21;WE=178567090;WS=178567072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr5	178579119	rs2303637	C	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=345;ReadPosRankSum=0.133;SC=TGCTGCCCTCCAAGAGCCCTT;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=30;WE=178579127;WS=178579109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,48:0.31:153
chr5	178579394	rs11746123	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=0.114;SC=TGGTGGGTGTTGTGATTCTGG;SOR=3.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=178579402;WS=178579384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr5	178581797	rs2278222	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=240;ReadPosRankSum=-1.096;SC=GTGCCCCACCCTTCCCCAGGC;SOR=0.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=18;WE=178581805;WS=178581787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr5	178581859	rs2278221	G	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=307;ReadPosRankSum=-0.432;SC=AGGAGAAGCCGTCCTCATGGT;SOR=0.680;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=24;WE=178581867;WS=178581849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr5	178581977	rs4700784	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=0.524;SC=GGGAAGGTGAGGCCTGGCCTA;SOR=0.856;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=6;WE=178581985;WS=178581967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr5	178634547	rs66565583	G	A	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=605;ReadPosRankSum=1.301;SC=ACTTCTGTACGTGCTCCTTCC;SOR=0.584;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=31;WE=178634555;WS=178634537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,65:0.38:173
chr5	178634619	rs423552	C	T	5797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=58;PP=2411;SC=AGTCATCGTCCGCAGCATGCC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=112;WE=178634627;WS=178634609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr5	178634672	rs398829	C	T	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=656;ReadPosRankSum=-1.964;SC=TCCTCTAGGACGCCCAGGGCG;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=45;WE=178634680;WS=178634662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,83:0.65:128
chr5	178768401	rs76429249	G	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=2.829;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr5	178770718	rs2271214	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=0.196;SC=CTTTTCCAAAACCCAGGCGAG;SOR=0.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=12;WE=178770726;WS=178770708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr5	178770759	rs2271213	C	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=0.954;SC=TAGAGAAGTGCGTACTCACCA;SOR=0.406;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=16;WE=178770767;WS=178770749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr5	178770981	rs2271212	A	G	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,66:0.35:191
chr5	178772259	.	G	GGCA	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.262;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=353;ReadPosRankSum=1.303;SC=GAGCGGCGGCGGCAGCAGCAG;SOR=1.785;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=9;WE=178772267;WS=178772240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr5	178949499	rs28689892	C	T	225.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.474;NF=9;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CAGGGCTCAGCTGCCTGAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=178949507;WS=178949489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr5	178949560	rs28413987	AG	GT	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=20;PP=1541;SC=AGTGTTATTGAGACAGAGCTG;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=178949569;WS=178949550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	178949781	.	A	G	264	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=42.25;NF=8;NR=5;PP=264;QD=22.9824009652;SC=TTCCACATCAACCAGAGGCGC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=13;WE=178949789;WS=178949771;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr5	178951351	rs145029017	A	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.14;MQRankSum=-0.517;QD=17.92;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr5	178951365	rs138816614	C	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.55;MQRankSum=-1.123;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr5	178951598	rs4701188	G	A	10013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=114;PP=2965;SC=GGCCACCTGCGAGCACCCTAT;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=148;TCR=115;TR=260;WE=178951606;WS=178951588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr5	178952039	rs35678620	G	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=2.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-0.341;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,88:0.37:240
chr5	178977513	.	T	TGCCCGCCCGCCCCCACCCCGC	74.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=74.37;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr5	178986978	rs7704349	C	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=13;PP=593;SC=AGTCTGACCTCCCCACGCTCA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=178986986;WS=178986968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	179021676	rs372939933	G	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.48;MQRankSum=-0.812;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr5	179021677	.	G	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.48;MQRankSum=-0.812;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr5	179021679	rs377257638	G	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.48;MQRankSum=-0.812;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr5	179021686	rs28638777	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.47;MQRankSum=-0.854;QD=9.97;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr5	179021761	.	CAAAAAAAA	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.918;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr5	179021982	rs28685239	G	A	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=43;PP=1259;SC=CTTCCCCCTGGCAGATATTCT;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=179021990;WS=179021972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	179025550	rs4701136	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GTGACCCTGGAGGAGAGGGAA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=179025558;WS=179025540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	179028818	.	CAAAAAAAAAAA	C	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.34;ReadPosRankSum=0.794;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr5	179032755	rs6877888	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=270;SC=TAACAACTCACGTTCTGGGTC;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=179032763;WS=179032745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	179036268	rs60104959	A	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=242;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CCACAGAAACATAAGAACCCA;SOR=2.636;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=13;WE=179036276;WS=179036267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr5	179036433	rs17355294	G	A	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GCAACGAGCTGGCCCTGCCCT;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=67;WE=179036441;WS=179036423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,119:0.64:186
chr5	179036608	rs8087	T	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=180;ReadPosRankSum=0.192;SC=TTCCCAAGAGTATCAAAGGAA;SOR=2.044;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=179036616;WS=179036598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr5	179042400	rs61408162	C	T	40.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	179043075	rs4515257	T	C	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=27;PP=1076;SC=AGTACAGTAATGAACAGGCTT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=74;WE=179043083;WS=179043065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	179043982	rs34734159	C	CAA	3441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.567;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=1893;ReadPosRankSum=0.253;SC=AAAAGGCATACAAGGTTAGCT;SOR=0.520;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=43;WE=179043990;WS=179043972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,97:0.73:133
chr5	179049138	rs4301193	C	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=218;SC=ACTGCAAAAACACTTCCCTGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=179049146;WS=179049128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	179050188	rs1136267	A	C	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=760;ReadPosRankSum=-1.037;SC=GAGGACCAGAACTGAGAGCGC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=63;TCR=89;TR=57;WE=179050196;WS=179050178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,83:0.36:229
chr5	179069309	rs6887611	G	C	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=27;PP=1501;SC=TGTGGGGTGCGCAGATGAGGG;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=80;WE=179069317;WS=179069299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	179069468	rs62405726	A	G	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-15.629;NF=34;NR=33;PP=767;ReadPosRankSum=0.265;SC=CCCTGCCTCCACCTGCCTGCA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=102;TCR=100;TR=67;WE=179069476;WS=179069458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,82:0.29:285
chr5	179069551	rs12519906	G	A	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=8.570;NF=35;NR=57;PP=1552;ReadPosRankSum=0.300;SC=GGAACTGTGAGGAGGTGCAGT;SOR=0.683;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=138;TCF=50;TCR=88;TR=92;WE=179069559;WS=179069541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,147:0.69:214
chr5	179071866	rs4990390	A	G	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.539;NF=40;NR=32;PP=830;ReadPosRankSum=1.883;SC=GGCGTAAGATAATCAGGATCA;SOR=0.759;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=217;TCF=117;TCR=100;TR=72;WE=179071874;WS=179071856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,96:0.29:334
chr5	179071947	rs4645306	A	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-1.794;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,68:0.24:278
chr5	179072006	rs13153811	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQRankSum=-3.294;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,28:0.23:124
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chr5	179079104	rs113370076	G	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.699;NF=19;NR=24;PP=768;ReadPosRankSum=0.038;SC=GCCCCTGAGCGCTCCTGTCCA;SOR=0.406;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=43;WE=179079112;WS=179079094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr5	179125678	rs17079630	C	G	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=789;ReadPosRankSum=-1.940;SC=GCCTGTTAAACCAGCCCCGCC;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=49;WE=179125686;WS=179125668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr5	179126090	rs1134924	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr5	179136138	rs6601068	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=21;PP=599;SC=GGCCGGGTGCAGTGGCTCACG;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=179136146;WS=179136128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	179146829	.	G	GT	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr5	179147641	rs59666900	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr5	179159781	rs7723450	T	C	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	179160373	.	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-2.655;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr5	179227286	rs166624	G	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=289;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GGCCTCAGAAGTTCAGACCCC;SOR=0.592;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=20;WE=179227294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr5	179260153	rs4935	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=304;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GCTGCTCTGACCCCAGCAAGC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=26;WE=179260161;WS=179260143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr5	179260213	rs4797	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.215;SC=AGCAGATGAGGAAGATCGCCT;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=13;WE=179260221;WS=179260203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr5	179260478	rs2241350	C	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GCAGCCTTAACTGCACGTGTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=179260486;WS=179260468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr5	179260494	rs155787	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GTGTGCATGCGTGCTCCCCGA;SOR=2.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=179260502;WS=179260484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr5	179264690	.	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=240;ReadPosRankSum=0.746;SC=CTTGGCTGCTCACTGTCCACA;SOR=0.686;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=24;WE=179264698;WS=179264680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,37:0.33:112
chr5	179264731	rs10277	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-2.219;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr5	179264915	rs1065154	G	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=1.162;SC=TGCCCTCCATGTGTAAGAACA;SOR=2.419;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=8;WE=179264923;WS=179264905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	179267783	rs248247	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=239;ReadPosRankSum=-1.438;SC=GGTAGGAATCGCACACTTCGT;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=21;WE=179267791;WS=179267773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr5	179267949	rs248248	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=-1.702;SC=ACGGTGCTCCTGCTCCACTTC;SOR=0.483;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=22;WE=179267957;WS=179267939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr5	179278466	rs4700702	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr5	179280379	rs1650893	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=1.244;SC=AGGACTCACCTGCAAAAAGGA;SOR=0.763;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=19;WE=179280387;WS=179280369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,26:0.25:103
chr5	179285752	rs10060182	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=306;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GGAAGAGGCGGCAGCTGCAGC;SOR=0.901;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=23;WE=179285760;WS=179285742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr5	179287576	rs248254	C	G	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=4.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,52:0.37:141
chr5	179287585	rs416974	G	C	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,38:0.32:119
chr5	179287586	rs378684	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,39:0.33:118
chr5	179287597	rs248253	C	G	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=1657;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CTACCCACACCGGGGATGTTG;SOR=0.401;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=30;WE=179287605;WS=179287566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr5	179287622	rs1611076	G	GTA	1284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=675;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CTCCCTTGCTGTAGCAAGCTC;SOR=0.468;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=17;WE=179287630;WS=179287612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,36:0.36:99
chr5	179290845	rs30386	T	G	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=55;PP=2182;SC=CTGTGGGGCTTTTCCGAGGTG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=107;WE=179290853;WS=179290835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	179291279	rs172056	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CCCATCTCACAGATCAGGACA;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=179291287;WS=179291269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr5	179298342	rs248252	G	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr5	179299867	rs532795	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.163;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=107;ReadPosRankSum=-2.084;SC=GCCCAGCCCCTGCCCAGCCCT;SOR=0.148;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=8;WE=179299875;WS=179299857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr5	179321728	rs17079782	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=1.171;SC=TAAGGGCTACAGGCACAGCTG;SOR=1.072;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=14;WE=179321736;WS=179321718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr5	179334857	rs185073	A	G	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=24;PP=655;SC=GGCCCGCGAGACGGAAGCGCC;SOR=1.197;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=179334865;WS=179334847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	179498595	rs3749821	C	T	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=25;PP=809;SC=TGATGAGCGCCGTGTAGTACT;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=179498603;WS=179498585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	179498658	rs3828698	G	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=18;PP=443;SC=TCAGCAGGGCGAGCGCGGCGA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=179498666;WS=179498648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	179528351	rs67139455	TG	T	944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=0;PP=474;SC=ATGGCCACTGTGGGGGGGGGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=12;WE=179528367;WS=179528348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	179528359	rs113499659	G	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=43.35;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	179529124	rs7725201	G	A	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=22;PP=644;SC=TCTCACTTTCGTAAGAAGCCA;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=179529132;WS=179529114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	179542289	.	T	TA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.211;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr5	179542290	rs4700873	T	A	501.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.808;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr5	179542473	rs35177368	TCACTC	T	1952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.027;NF=1;NR=30;PP=1539;ReadPosRankSum=-0.034;SC=CCCAGACTCTTCACTCCTGAC;SOR=0.925;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=31;WE=179542485;WS=179542463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr5	179545562	rs62405054	C	G	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=57;SC=AGCCAGCACCCAGGTTCCCTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=179545570;WS=179545552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	179548294	rs55667285	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr5	179554522	rs7728345	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CTCCAGCGCTCGCCCAGAGAA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=10;WE=179554530;WS=179554512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr5	179554602	rs57288534	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr5	179555407	rs13354066	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=1.304;SC=TGGGCCGGCTTACCAGTTCCA;SOR=0.892;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=179555415;WS=179555397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr5	179555654	rs6895192	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=12;PP=305;SC=ACACTCATCTCTGCATCTCTA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=19;WE=179555662;WS=179555644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	179563532	rs2890346	G	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=2.198;SC=GCAAGCGAGGGGCACCGCGCT;SOR=0.502;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=26;WE=179563540;WS=179563522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr5	179565071	rs4700878	G	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=7;PP=272;SC=GCAATGGCAAGGAGCAGTGAG;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=179565079;WS=179565061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	179565136	rs4700715	C	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=167;SC=GCTGCTGGTCCCGGGGCTCCT;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=12;WE=179565144;WS=179565126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	179663614	rs6601104	C	T	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=183;SC=TTTCTCGGCTCTGTCCTTTTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=179663622;WS=179663604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	179667933	rs6895740	C	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=252;ReadPosRankSum=-1.387;SC=AAATGGAGAACTTGCTACCCA;SOR=0.928;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=16;WE=179667941;WS=179667923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr5	179675052	rs55756747	C	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=107;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GTTGTTGATACCACACCTCCT;SOR=0.818;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=179675060;WS=179675042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr5	179686378	rs33928286	G	A	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=52;PP=1840;SC=CCCTTTGACCGTAAGGGATGT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=99;WE=179686386;WS=179686368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	179707061	.	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr5	179707194	rs7715540	G	A	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=88;SC=AAAATGAAAGGAAAAAGAAAC;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=179707202;WS=179707184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	179728707	rs4700931	T	C	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=20;PP=527;SC=AAGAGACAGATGTTCACCATG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=36;WE=179728715;WS=179728697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	179729519	rs1035411	A	G	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	179734200	rs73343449	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=18;PP=778;SC=GGCAGGTGGCATAGTTGTAGC;SOR=0.986;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=45;WE=179734208;WS=179734190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	179751390	rs1559113	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=264;SC=TCCCCTCTGAATATGTGTGGG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=179751398;WS=179751380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr5	179765467	rs55946431	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-0.998;SC=GGTCCCCAGCCACGAGGCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=179765475;WS=179765457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr5	179780340	rs5873687	GT	G	730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=362;SC=TCCAGCTCCCGTCCGCTCGGC;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=179780348;WS=179780330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	179956197	.	C	CAA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	179996111	rs6877400	C	T	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=20;PP=797;SC=CTAATGTAGCCGGAAAGCCAC;SOR=0.855;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=179996119;WS=179996101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	179998454	rs13164597	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=276;ReadPosRankSum=-1.365;SC=GACTGATAAGCTTTTCAAACC;SOR=0.456;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=23;WE=179998462;WS=179998444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,37:0.36:102
chr5	180017824	.	C	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.529;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr5	180017950	.	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TGCCCGGCTCCCCGACCGCCC;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=15;WE=180017958;WS=180017940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr5	180018299	rs149953239	G	C	166.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.8061;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TCTGGGCGCCGGGCGAGGCTG;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=180018307;WS=180018289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr5	180036871	rs2242219	C	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=193;ReadPosRankSum=-0.505;SC=AGCCCTGAGCCGAGAGCGCAG;SOR=1.508;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=16;WE=180036879;WS=180036861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr5	180040134	.	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=156;ReadPosRankSum=-1.077;SC=GGGGAGGTGGGTGGGGAGCAA;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=11;WE=180040142;WS=180040124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr5	180041001	rs421662	G	C	6148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	180041008	rs366388	T	C	6349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.50;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	180043388	rs1130378	G	A	4325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=55;PP=2238;SC=GGACGTAGTCGGGGTCTTTGT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=115;WE=180043396;WS=180043378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	180043731	rs3765095	C	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=14;PP=613;SC=AGCCAAGAGACCTTGGGAGGT;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=180043739;WS=180043721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	180046839	rs7707285	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-2.019;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr5	180047412	rs382266	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=75;ReadPosRankSum=0.533;SC=TCCTGCGGGGTTCTCAGTCAA;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=10;WE=180047420;WS=180047402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr5	180047739	rs141972439	C	CGTGT	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=453;ReadPosRankSum=-0.429;SC=AAGGGGCCGGCGTGTGTGTGT;SOR=0.504;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=15;WE=180047750;WS=180047729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr5	180047793	rs34419336	G	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=140;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CCCTTCTGGTGGCCACGACTT;SOR=0.346;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=15;WE=180047801;WS=180047783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr5	180047863	rs423086	C	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=10;PP=352;SC=AGGGGTGCAGCCTGAGGCCAG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=180047871;WS=180047853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	180048035	rs2242215	T	C	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=22;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GAGGTGCGGGTCCACCTGGGT;SOR=0.860;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=123;TCF=86;TCR=37;TR=78;WE=180048043;WS=180048025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,107:0.66:161
chr5	180048056	rs2242214	C	T	5159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=49;PP=2486;SC=TTGGGATCGTCGGCCTCGCGG;SOR=1.202;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=139;WE=180048064;WS=180048046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr5	180048218	rs146456244	G	T	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=715;ReadPosRankSum=-0.991;SC=CCAGGAGGTCGGTCAAGTTCT;SOR=0.835;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=153;TCF=61;TCR=92;TR=61;WE=180048226;WS=180048208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,81:0.41:200
chr5	180048641	rs55667289	G	A	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.896;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=743;ReadPosRankSum=0.306;SC=GCGACGCGGGGGATACTCAGG;SOR=1.055;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=44;WE=180048649;WS=180048631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,61:0.65:94
chr5	180048986	rs10635355	G	GCCTC	718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=496;ReadPosRankSum=1.263;SC=GTCTCCTCCTGCCTCCCTCCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=180048994;WS=180048976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr5	180049907	rs2242208	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	180049926	rs113248876	CCA	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	180049928	rs307828	A	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.398;HP=10;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GCTGTGCACCACCCCCCCCAA;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=180049936;WS=180049916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr5	180053090	rs56401579	G	A	4449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.47;ReadPosRankSum=-1.709;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,113:0.70:162
chr5	180053097	rs56193546	C	T	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=-1.230;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,116:0.69:167
chr5	180053307	rs402647	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=24;PP=702;SC=AGATCCCACCACAGCCCCAAC;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=180053315;WS=180053297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	180055862	rs383985	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GCGGGGTCGGTGGGGAGCCAG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=180055870;WS=180055852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr5	180056044	rs13359473	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=378;ReadPosRankSum=0.296;SC=CTGACCCGTCGTGGACTGACC;SOR=0.540;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=34;WE=180056052;WS=180056034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,47:0.36:132
chr5	180056620	rs414348	G	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=5;PP=556;SC=CATCCTCCACGCGGAGGCCCA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=180056628;WS=180056610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	180057231	rs3736061	C	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=441;ReadPosRankSum=0.355;SC=GTACCGAGCGCAGCGTGACAT;SOR=0.416;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=27;WE=180057239;WS=180057221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr5	180057356	rs56188706	C	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=265;ReadPosRankSum=-1.034;SC=AGGGAGCAAGCTGTTGGGGAA;SOR=0.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=18;WE=180057364;WS=180057346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr5	180057504	rs12719871	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=1.003;SC=GGCGGTGTGGGCCCCAGCTGC;SOR=1.195;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=16;WE=180057512;WS=180057494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr5	180165983	rs2054696	G	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=506;SC=TGTTCCCCCCGCCACCAAAAA;SOR=2.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=180165991;WS=180165967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	180166461	rs10464105	C	G	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=31;PP=1311;SC=ACTCGGGCCACAAACATCTTG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=180166469;WS=180166451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	180218668	rs634501	A	G	2507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=29;PP=1205;ReadPosRankSum=1.145;SC=CTCCCACGTCAGTGGGGGCGC;SOR=0.852;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=85;WE=180218676;WS=180218658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,119:0.61:194
chr5	180276402	rs168726	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=506;ReadPosRankSum=-0.760;SC=ATGGGGTGTCCTGCCAGGGTG;SOR=0.509;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=34;WE=180276410;WS=180276392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr5	180276664	.	G	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=339;ReadPosRankSum=0.159;SC=TCCCCAAGATGAACTTTTTTG;SOR=0.904;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=28;WE=180276672;WS=180276654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,40:0.33:122
chr5	180278393	rs705441	C	G	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,87:0.41:214
chr5	180288239	rs2121117	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GGCGCCGCGGGAACCCGGCCG;SOR=1.002;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=7;WE=180288247;WS=180288229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr5	180288285	.	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-1.720;SC=ACGGCCGGAAGAACCCGCGCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=180288293;WS=180288275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	180430976	.	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-0.334;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr5	180477128	.	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=-0.901;SC=AGGGCTTCAAGGAAGGAGGCA;SOR=1.000;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=10;WE=180477136;WS=180477118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr5	180482768	.	CA	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr5	180486224	rs7379015	T	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=253;SC=ACTAACGCTGTGGCTCTGCGC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=180486232;WS=180486214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	180486247	rs6601166	G	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=380;SC=TGGATGTGACGCTGGACCCGG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=180486255;WS=180486237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	180486785	rs10068763	G	C	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;MQRankSum=0.197;QD=24.69;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr5	180486841	rs10054109	C	T	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=23.64;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	180486891	rs33927456	C	CG	1849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=37;PP=1231;SC=GGACTGGCCCCGGGGGGCCCC;SOR=1.573;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=38;WE=180486899;WS=180486881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	180551937	rs10073017	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=1.609;SC=GGCCACGTAGCGGTCATAAGC;SOR=0.694;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=8;WE=180551945;WS=180551927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr5	180552412	rs7724668	G	C	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=142;SC=TGCTCTGAGAGATGCAGGAGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=180552420;WS=180552402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	180582604	rs2546423	A	G	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=49;PP=1524;SC=TCCTATGCTCACATTCTAGGG;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=180582612;WS=180582594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	180582980	rs7380309	G	A	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=26;PP=696;SC=TGGTTTCCTCGTGAATTATGA;SOR=1.000;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=180582988;WS=180582970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	180583039	.	G	GTTCTTTCTTTCTTTCT,GTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT	373.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=46.72;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,4:0.50,0.50:8
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chr5	180659870	.	G	A	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=758;ReadPosRankSum=-0.370;SC=AGCCAGCAGGGGGGTCTCCGG;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=50;WE=180659878;WS=180659860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,81:0.62:130
chr5	180660259	rs35032551	G	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=413;ReadPosRankSum=0.089;SC=TGGTTGAAATGGATGTGTGTT;SOR=0.544;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=23;WE=180660267;WS=180660249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr5	180664759	rs34681418	CA	C	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=176;ReadPosRankSum=0.319;SC=ACTTACCAATCAAGAGAGTCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=180664767;WS=180664749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	180665829	rs144843273	AAAC	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-1.902;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	180665933	rs13160776	A	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=1.179;SC=ACATATTCTCAGATTGCCATT;SOR=1.106;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=15;WE=180665941;WS=180665923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr5	180666276	rs2287716	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=185;ReadPosRankSum=1.016;SC=TACGGTAGCCATTTCTCATTC;SOR=0.657;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=13;WE=180666284;WS=180666266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr5	180668964	rs2241370	T	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-1.352;SC=ACTCAGAACTTTTGCACCTGG;SOR=2.093;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=180668972;WS=180668954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr5	180669370	rs2287715	A	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.457;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=523;ReadPosRankSum=-0.878;SC=ACAGAAGAAAAATCAGTGAGG;SOR=0.375;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=29;WE=180669378;WS=180669360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr5	180670251	rs1279738	C	G	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=694;ReadPosRankSum=-1.490;SC=AGTAGGCCGACACTTGAGCCA;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=36;WE=180670259;WS=180670241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr6	203397	rs11757325	C	T	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=633;ReadPosRankSum=0.591;SC=TGCTCAACACCCAACTACTCA;SOR=0.667;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=72;TCR=29;TR=46;WE=203405;WS=203387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,67:0.47:144
chr6	311797	.	G	GT	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=2.723;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,35:0.29:119
chr6	312029	rs150517961	TAATG	T	1798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.249;NF=1;NR=27;PP=1099;ReadPosRankSum=-1.682;SC=CCTACGACGTTAATGAAGGCA;SOR=0.993;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=80;TCF=5;TCR=75;TR=28;WE=312040;WS=312019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,51:0.38:135
chr6	335175	rs2671431	A	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=13;PP=637;SC=TAAGTTTCTTATTTCTGTATT;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=335183;WS=335165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	335251	rs3757305	T	C	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=0.306;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr6	335251	.	TGT	CGC	737	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=15;NR=11;PP=737;QD=30.4026105716;SC=ACTGTGAAGTTGTCAGAGCTC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=26;WE=335261;WS=335241;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:35,26:0.43:61
chr6	335253	rs3757306	T	C	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,41:0.41:99
chr6	335268	rs4959733	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=360;ReadPosRankSum=1.214;SC=GCTCACGGGACCCTTGCTGAC;SOR=0.578;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=31;WE=335276;WS=335258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr6	346429	rs10642379	G	GACACAC	3380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.476;QD=14.89;ReadPosRankSum=2.257;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,116:0.51:227
chr6	348051	rs1877172	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=396;ReadPosRankSum=0.742;SC=TTGGGCGATGAACCCGGAGAT;SOR=0.180;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=24;WE=348059;WS=348041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr6	348080	rs2797333	A	G	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=10;PP=1342;SC=GCCCTCACACATGTGCTTCTC;SOR=2.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=61;TCR=10;TR=71;WE=348088;WS=348070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	348906	rs11242812	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=362;ReadPosRankSum=-1.000;SC=GCAGTTTTCCGGCACTGGCTC;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=25;WE=348914;WS=348896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr6	350940	rs11408655	T	TA	1912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=955;ReadPosRankSum=2.095;SC=AAAAGCAACATAGAGTTTAAG;SOR=0.725;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=23;WE=350948;WS=350930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr6	367243	rs7776416	T	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=575;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CTCAACCCTCTTCTTTGTTTT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=41;WE=367251;WS=367233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr6	367352	rs7764099	C	T	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=50;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.860;SC=CATGCACATACACACATGTAC;SOR=0.766;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=233;TCF=131;TCR=102;TR=119;WE=367360;WS=367342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,174:0.52:335
chr6	367552	rs12527701	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=572;ReadPosRankSum=2.349;SC=ACACAATACACGCATACCCAC;SOR=0.663;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=39;WE=367560;WS=367542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr6	391623	rs6935510	C	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=0.280;SC=CGGCCGGCCCCGGCTCTCGGC;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=14;WE=391631;WS=391613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
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chr6	406552	rs56116020	C	CA	327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.85;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr6	599042	rs2294664	T	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.399;SC=ATGTATGACATCTACAACCAT;SOR=1.004;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=7;WE=599050;WS=599032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr6	601244	.	A	G	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=48.86;NF=1;NR=4;PP=58;QD=18.5542425094;SC=CACCCCGTGTACGAATCCACA;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=601252;WS=601234;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr6	619600	rs1150856	A	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.270;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-2.846;SC=AAAAATGGAAAAGGTATCACT;SOR=0.018;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=10;WE=619608;WS=619590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr6	656143	rs1211554	C	A	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=18;PP=1093;SC=AGAGAGACATCTTCTTGAACC;SOR=1.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=656151;WS=656133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	1053665	rs4960488	T	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=540;ReadPosRankSum=-0.760;SC=AGAGATCCAATAACTAATTAT;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=37;WE=1053673;WS=1053655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr6	1053752	.	G	A	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.218;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=37;PP=1289;ReadPosRankSum=1.385;SC=CTCCACAACGGACCCCAATTT;SOR=0.665;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=169;TCF=105;TCR=64;TR=95;WE=1053760;WS=1053742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,135:0.56:243
chr6	1053816	rs12194400	C	T	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,159:0.45:350
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chr6	1313121	rs9502890	A	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	1313952	rs992327	A	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=369;SC=GGCGCGCGCGAGGCCGAGGTG;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=1313960;WS=1313942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	1313980	rs147255181	C	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=183;SC=CCGCGCCGCCCCTCCTGCTTG;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=1313988;WS=1313970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	1624879	rs115927032	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.087;SC=TCTGGGCGCACAAGGCTCCGG;SOR=2.303;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=1624887;WS=1624869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr6	1961013	.	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=2.144;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
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chr6	2624053	rs17135340	T	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.947;SC=AGTGGATAGATCATCAGGGAC;SOR=0.573;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=14;WE=2624061;WS=2624043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr6	2671394	rs1324496	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=0.520;SC=GGCCCTCCACGCCAGCCAAAA;SOR=0.877;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=12;WE=2671402;WS=2671384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr6	2675271	rs9328114	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=0.316;SC=GAGCAAGAAGCCGTGGTCACC;SOR=0.637;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=19;WE=2675279;WS=2675261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr6	2678512	.	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr6	2678750	rs4959699	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CATATTATTGTAATCAAGAAA;SOR=1.911;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=2678758;WS=2678740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr6	2838248	rs316341	G	A	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=20;PP=582;SC=TAAAAAAAAGGAAAAGGAAAT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=2838256;WS=2838238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr6	3077141	rs2272990	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=166;SC=GCGGAGGCTTTGGGAAGGTGT;SOR=0.874;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=12;WE=3077149;WS=3077131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	3118947	rs2231355	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=262;ReadPosRankSum=0.681;SC=GCGCATGCGCACTCCCGGCAG;SOR=0.623;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=21;WE=3118955;WS=3118937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
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chr6	3255340	rs9503498	A	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=997;ReadPosRankSum=1.338;SC=GCATAGGAGCACAACATCACC;SOR=0.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=56;WE=3255348;WS=3255317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr6	3259463	rs9501962	G	T	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	3263830	rs12193912	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=5;PP=328;SC=CTGCCATCGTCGTGAAGAATC;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=3263838;WS=3263820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	3264101	rs4959785	A	G	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=32;PP=897;SC=GCTAAGAACCATCACCTCATT;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=3264109;WS=3264091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	3264487	rs4959786	T	C	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=896;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TGGCGTAGAGTGGGGATTAAG;SOR=0.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=62;WE=3264495;WS=3264477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr6	3264502	rs4959787	G	C	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.121;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.50;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr6	3264526	rs4959788	CT	TC	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=28;PP=2154;SC=ATGCTCCACTCTTCCCACACC;SOR=0.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=55;WE=3264535;WS=3264516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	3264582	rs11757564	G	A	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=30;PP=890;SC=TGTGCTCTGCGACCCCCAGCC;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=3264590;WS=3264572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	3264671	rs13193012	T	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=315;SC=CAGCTGCTTCTGCTCTGGAGT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=3264679;WS=3264661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	3285286	rs10793841	A	G	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=34;PP=1109;SC=GAGACGAGGAAGCACAGCCCA;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=3285294;WS=3285276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	3287118	rs6910086	T	C	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=2.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	3410247	rs2277076	T	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=451;SC=GAGTGAAATGTTTCACGGCAT;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=3410255;WS=3410237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	3438738	rs12197689	G	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=16;PP=705;SC=GGCCTCCAGCGCTTGGTGTCT;SOR=1.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=3438746;WS=3438728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	3439510	rs9503595	T	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=11;PP=391;SC=TGCCGAATGTTCTCTGGGAGC;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=3439518;WS=3439500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	3439595	rs35613438	G	GA	477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=366;SC=AGGCATTTCTGAAAGTTCCCC;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=3439603;WS=3439585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	3439637	rs9502003	G	A	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=253;SC=GAGCCACTGCGGCCCTGGACG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=3439645;WS=3439627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	3723764	rs1045778	G	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=1.803;SC=CAGAGCTGGGGCAGCAGCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=3723772;WS=3723760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr6	3727811	rs226959	C	G	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	3728024	rs7767269	A	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=140;ReadPosRankSum=0.434;SC=CCACACCGTAAGAGAATGCCG;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=12;WE=3728032;WS=3728014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr6	3738897	rs11390464	A	AG	709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=3;PP=333;SC=GAAAAAAGTCAGATCTCTGCC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=3738905;WS=3738887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	4020336	rs9392546	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=251;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CCACCGCGCCCGGCCCTAACA;SOR=1.091;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=13;WE=4020344;WS=4020326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr6	4020356	rs9405217	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.494;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=294;ReadPosRankSum=0.549;SC=ATTTCAAAACGTTTGGAATTC;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=20;WE=4020364;WS=4020346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr6	4020528	rs11751316	A	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-1.089;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.665;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,66:0.55:120
chr6	4020540	rs36124455	A	AT	532.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.844;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr6	4021554	rs11752006	A	G	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	4031998	rs9503893	A	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=9;PP=766;SC=AAGAAAAGAGATTATTGATGC;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=4032006;WS=4031988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	4033065	rs6924389	A	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=367;SC=CTTGTGGACCATTAAAAATGA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=4033073;WS=4033055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	4037458	rs7744603	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=25;SC=TTTGCCTGCAATAACACCAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=4037466;WS=4037454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	4037582	rs7763233	C	A	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=396;SC=AGAAAAAAATCATTTACTTTG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=4037590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	4040922	rs9392551	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	4049340	.	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.524;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr6	4052167	rs3747761	C	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=5;PP=432;SC=TTCAATTTTACCCCAATTTTT;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=4052175;WS=4052157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	4052383	rs3747762	G	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=37;PP=1102;SC=TCATCTTTACGATCTCATTTT;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=4052391;WS=4052373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	4052458	rs3833454	G	GT	438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=440;SC=TCTGGTTTTTGTTTTTAACTT;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=4052466;WS=4052448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	4057233	rs853407	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=77;SC=TCAGTTTTCTCTATCCTCGTA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=4057241;WS=4057223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	4057429	rs853408	A	G	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=19;PP=567;SC=AAGGTAAGACATTAGCATGAG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=4057437;WS=4057419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr6	4116262	rs7166	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=555;ReadPosRankSum=-1.758;SC=AATTCTCAAGGCCTGGAAAAA;SOR=1.131;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=37;WE=4116270;WS=4116252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr6	4119516	rs2326408	A	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
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chr6	4125655	rs659305	A	G	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=551;ReadPosRankSum=1.653;SC=CAGCATGACTAAAGCATGGGC;SOR=0.898;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=37;WE=4125663;WS=4125645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,65:0.43:152
chr6	4125941	rs660560	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=241;ReadPosRankSum=1.168;SC=CAATATCACAACAAGTGGGAA;SOR=2.651;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=4125949;WS=4125931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr6	4126097	rs661404	G	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=380;ReadPosRankSum=1.083;SC=CTCTGCCTCAGTGCAAGATAA;SOR=0.730;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=30;WE=4126105;WS=4126087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr6	4133855	rs3177253	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.146;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=436;ReadPosRankSum=0.649;SC=TCACTTGATTCATTGAATTTT;SOR=1.018;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=39;WE=4133863;WS=4133845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,52:0.35:148
chr6	4135225	rs35071107	C	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.562;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
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chr6	4715882	rs3812183	A	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=107;SC=CTCAGATTCAATGTAGAACTG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=4715902;WS=4715872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr6	4715980	rs3812180	C	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=298;ReadPosRankSum=-0.869;SC=TGCAGGTGGTCATCAGAGAAC;SOR=0.908;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=23;WE=4715988;WS=4715970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr6	4716016	rs3812179	A	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=394;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GAATTTTATGACATTTCAGGC;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=27;WE=4716024;WS=4716006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr6	4716037	rs3812178	T	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=425;ReadPosRankSum=0.197;SC=AAGCCACAGGTCAGCCTGGGG;SOR=0.969;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=30;WE=4716045;WS=4716027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr6	4716150	rs9502225	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=2.631;SC=AGTTCTGATGCAGTAGGCAGA;SOR=0.866;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=16;WE=4716158;WS=4716140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr6	4716185	rs9502226	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.591;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=-0.825;SC=CCCTTTTATTTAAAAATGATT;SOR=2.285;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=12;WE=4716193;WS=4716175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr6	4734868	rs62384814	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=272;ReadPosRankSum=0.616;SC=TATGTTCAGTTAGACTCCTAA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=7;WE=4734890;WS=4734858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr6	4734882	rs71311001	A	AGTGAGGG	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
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chr6	4735035	rs13196069	T	C	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=519;ReadPosRankSum=-1.864;SC=AGCATCTCCGTGAGCAGTGAG;SOR=0.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=42;WE=4735043;WS=4735025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,74:0.59:126
chr6	4735071	rs28360500	C	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.175;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=419;ReadPosRankSum=1.175;SC=CAGCCTCCCGCTTTACAGGTA;SOR=0.348;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=33;WE=4735079;WS=4735061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr6	4735146	rs35047361	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=-2.293;SC=ATAGGGGAATCGCCCCACACC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=15;WE=4735154;WS=4735136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
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chr6	5086070	rs667752	A	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=13;PP=625;SC=CGGAGGACGCACAGCTCGGCC;SOR=1.157;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=5086078;WS=5086060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr6	5086558	rs436556	C	A	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=53;PP=2044;SC=CCAGAGGCACCGTCTGGGGCC;SOR=0.746;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=107;WE=5086566;WS=5086548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
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chr6	5139012	rs463054	C	A	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=630;ReadPosRankSum=-0.455;SC=GTTAAGAGTACCAGTTAACAG;SOR=0.266;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=5139020;WS=5139002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr6	5148679	.	T	TTCTGAATCGTAATCCTGAGCTGGGCTGGGGGCGCAGAGTCAGAACTCTGAATCGTAATCCTGAGCTGGGCTGGTGGGGCAGAGTCAGAAC	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	5148719	rs200871	T	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	5217010	rs41302851	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=42;PP=903;ReadPosRankSum=-2.218;SC=AAGGTGTCAGCGTGTCTGAGG;SOR=0.567;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=57;WE=5217018;WS=5217000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,67:0.70:96
chr6	5260812	rs7752203	C	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr6	5260816	rs4141761	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=836;ReadPosRankSum=-0.264;SC=ATTCCGCGTCAGCCCGCACCC;SOR=0.619;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=29;WE=5260824;WS=5260802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
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chr6	5431960	rs10900967	A	G	5098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
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chr6	6152140	rs5987	C	T	5497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.11;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,139:0.61:228
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chr6	6167558	rs57207647	ATTTTTT	A,AT	1236.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.79;MQRankSum=0.394;QD=35.34;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,23,11:0.66,0.31:35
chr6	6167621	rs435048	G	A	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=36;PP=1479;SC=ATACAAGCACGCATATGCACA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=85;WE=6167629;WS=6167611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	6174786	rs380058	G	C	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=6;PP=652;SC=GCGAGTCTCAGAAAGAACCAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=6174794;WS=6174776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	6174856	rs5986	T	C	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=673;ReadPosRankSum=-1.143;SC=CCTTCTTGAATTCTGCCTTCG;SOR=0.419;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=44;WE=6174864;WS=6174846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,70:0.69:102
chr6	6175174	rs3024444	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=0.302;SC=ATGGATGCACCGTGTACTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=15;WE=6175182;WS=6175164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr6	6197468	.	CC	TT	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=-1.125;SC=TCGCTATTTTCCTGGGGGGTG;SOR=0.656;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=9;WE=6197477;WS=6197458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
chr6	6250967	rs3024370	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=687;ReadPosRankSum=-0.347;SC=TCGATATATGGGATCCTGTAG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=33;WE=6250975;WS=6250957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr6	6251223	.	A	G	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.06;MQRankSum=1.344;NF=11;NR=31;PP=551;ReadPosRankSum=-1.682;SC=AACACTTGCAAGTTTATGCAA;SOR=0.723;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=123;TCF=37;TCR=86;TR=42;WE=6251231;WS=6251213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,62:0.36:172
chr6	6251275	rs3024368	T	TA	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.16;MQRankSum=1.732;NF=0;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=0.782;SC=GCCAAATTTTTAAAAAATGCC;SOR=0.566;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=11;WE=6251283;WS=6251265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr6	6320808	rs2815822	T	G	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=41;PP=2374;SC=GGGTGCAGGGTCGGTGGCTTA;SOR=1.324;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=84;TCR=42;TR=123;WE=6320816;WS=6320798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	6321128	rs1024231	T	C	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=45;PP=1369;SC=CCCATCCCCATCCCTAGATCT;SOR=2.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=6321136;WS=6321118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	6588881	rs977785	A	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=5;PP=696;SC=CTGAACATCCAACTGCCTTGG;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=6588889;WS=6588871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	6589192	rs112924538	G	GGA	798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=11;PP=591;SC=AGTTGGGGTGGGAGGGGAGAG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=6589200;WS=6589182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	6625242	.	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=175;ReadPosRankSum=-2.761;SC=TGGAATTATTCTGAGTAAGTA;SOR=0.800;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=19;WE=6625250;WS=6625232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
chr6	6625418	rs2233124	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr6	6626526	.	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,48:0.30:158
chr6	7187773	rs67936125	CTTTTA	C	3768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=43.82;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	7211751	rs1334577	G	A	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=15;PP=1271;SC=CCTCTCTTCCGAAGCCATCCC;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=7211759;WS=7211741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	7211818	rs1334576	G	A	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=41;PP=1996;SC=GGTAGAAGACGGGCAGTCAGG;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=103;WE=7211826;WS=7211808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr6	7230680	rs9502564	G	T	6342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-4.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CTGGGCGGGGGCCACAAGGGC;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=159;TCR=141;TR=189;WE=7230688;WS=7230670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,286:0.65:437
chr6	7232098	.	C	T	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=3.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,104:0.34:303
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chr6	7295283	rs7764613	T	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=212;ReadPosRankSum=-0.556;SC=AGCCCCCAATTCTCTAGCAAA;SOR=0.454;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=18;WE=7295291;WS=7295273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
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chr6	7295605	rs9502587	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.787;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
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chr6	7298287	rs2714309	G	A	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=46;PP=1333;SC=GAAATACCACGTCTAATTACA;SOR=1.379;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=72;WE=7298295;WS=7298277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	7313406	rs2274210	C	G	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=431;ReadPosRankSum=2.216;SC=TCGGCGGCTCCGGCGGTAATG;SOR=0.867;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=35;WE=7313414;WS=7313396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,50:0.27:185
chr6	7329417	rs62387870	C	T	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,65:0.75:87
chr6	7329873	rs2764095	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.876;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr6	7368917	rs1324502	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=1.342;SC=AATAAATATAATACCTCTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=8;WE=7368925;WS=7368907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr6	7390369	rs2296358	T	C	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=746;ReadPosRankSum=-2.627;SC=CCCCTTGGGGTGTGGACTCTT;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=63;WE=7390377;WS=7390359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,109:0.69:157
chr6	7393452	rs2274212	C	T	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,66:0.61:108
chr6	7395497	rs6899625	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=0.041;SC=CTGTAATCCCGGCACTTTGGG;SOR=0.593;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=14;WE=7395505;WS=7395487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr6	7396836	rs12212766	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=2.491;SC=TTTAGAAAGTGTAGAAGAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=13;WE=7396844;WS=7396826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr6	7396887	rs12212772	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=258;ReadPosRankSum=0.047;SC=CTCTGTTAATGTCTTTTCGTC;SOR=0.754;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=18;WE=7396895;WS=7396877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr6	7398832	rs2296359	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=244;ReadPosRankSum=1.248;SC=TAGAGAAACTACCTACTTAGG;SOR=0.283;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=15;WE=7398840;WS=7398822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr6	7401382	rs147185967	AAAAC	A	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=1.242;SC=AGAAGAAAGAAAAACAAAGCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=7401393;WS=7401372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr6	7413094	.	A	AT	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr6	7414382	rs2245533	T	C	168.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.802;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=0.319;SC=GAGCCTAAAATCTGAATTCTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=7414390;WS=7414372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr6	7414657	rs4960314	T	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=216;ReadPosRankSum=0.718;SC=TTTTCTTTAGTGTGGGAGCAC;SOR=0.923;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=22;WE=7414665;WS=7414647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr6	7563983	rs2806234	T	G	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=27;PP=1256;SC=AGAAATCTGCTATCTACCAGT;SOR=0.973;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=7563991;WS=7563973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	7564139	rs1358903	C	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=39;PP=1041;SC=AATGTTGTTGCTGCTGCTGAG;SOR=1.516;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=56;WE=7564147;WS=7564129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	7566745	rs200962599	G	GA	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
chr6	7567970	rs2076296	C	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=21;PP=847;SC=TGAAATTGCTCATTGAGTTGC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=7567978;WS=7567960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	7569437	.	G	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=848;ReadPosRankSum=-1.334;SC=GCATAAGGGGGATGAGTGTAT;SOR=0.632;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=64;WE=7569445;WS=7569427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,91:0.45:202
chr6	7569515	.	CC	TT	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=2057;ReadPosRankSum=1.475;SC=CATGCTTGTTCCCTCTGTGGG;SOR=0.540;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=61;WE=7569524;WS=7569505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,79:0.52:152
chr6	7571874	rs926411	G	A	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=15;PP=746;SC=TTAAAAAGAAGGGAGTTTGCA;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=7571882;WS=7571864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	7572026	rs2076303	T	A	5081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=42;PP=2305;SC=CCTAGCACCTTGATACCTAGG;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=115;WE=7572034;WS=7572016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr6	7572262	rs2076304	A	G	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=54;PP=1508;SC=CAGACCAGGGATCTTCTCACC;SOR=1.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=72;WE=7572270;WS=7572252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	7574805	rs2259208	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=1.916;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr6	7574852	rs2295859	T	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=280;ReadPosRankSum=-0.004;SC=ACTAATTATGTCACTGGCAAT;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=23;WE=7574860;WS=7574842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr6	7576527	rs1016835	G	A	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=32;PP=1578;SC=TTCCCCCCAGGTTATGGGACC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=92;WE=7576535;WS=7576517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	7577079	rs2260359	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=1.151;SC=ACAAGTACATGTAGTAATAAA;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=7577087;WS=7577069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr6	7577354	rs2064218	C	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TGTTGTAAAGCGTATACACTT;SOR=1.075;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=7577362;WS=7577344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr6	7578189	rs6942260	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.781;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,23:0.24:97
chr6	7578779	.	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.428;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=2.665;SC=ATGCTGAAGAGTTTGGAAGAT;SOR=0.500;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=25;WE=7578787;WS=7578769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,43:0.33:130
chr6	7578819	rs2806229	T	G	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.28;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	7578823	rs2842691	G	A	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	7579363	rs2806227	A	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=217;SC=TTTCTTGAATATTTGCCTAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=7579371;WS=7579353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	7579393	rs2744379	C	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.44;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	7579393	.	CA	TG	624	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=2;PP=624;QD=48.3905624902;SC=CATGTATGTCCATGTGTGTAA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=7579402;WS=7579383;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	7579394	rs2806226	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.44;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	7579412	rs2806225	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=378;SC=AAAGAGAAATAAGAATGCACA;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=7579420;WS=7579402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	7584617	rs2076300	C	T	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1062;ReadPosRankSum=0.769;SC=AGATCGCAACCGGGGGGATCA;SOR=0.686;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=78;WE=7584625;WS=7584607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,111:0.60:186
chr6	7585390	.	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,66:0.30:218
chr6	7585967	rs2744380	G	C	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=47;PP=1992;SC=CGGCTCCGGGGTCCCGCTCCG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=7585975;WS=7585957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	7590624	rs2757594	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=267;ReadPosRankSum=0.646;SC=AGTCTGGATCCCGGGGAAGAG;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=19;WE=7590632;WS=7590614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr6	7590653	rs2744384	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=-1.498;SC=GGAGGTGAGGAGCGCGGCCGC;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=20;WE=7590661;WS=7590643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr6	7590802	rs2744385	G	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=34.68;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr6	7590807	rs2744386	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=34.68;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr6	7606255	rs2757597	G	A	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=839;ReadPosRankSum=-0.997;SC=ATTCTTTTCTGTGTTTTAGGA;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=65;WE=7606263;WS=7606245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,97:0.66:146
chr6	7608863	rs1535433	T	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=1.068;SC=GATTTTTTTTTAATTACGCTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=7608871;WS=7608861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr6	7727522	.	G	GAGC	914.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.939;NF=8;NR=23;PP=1247;ReadPosRankSum=1.574;SC=GCAGCAGGAGGAGCAGCAGCA;SOR=0.648;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=95;TCF=20;TCR=75;TR=31;WE=7727532;WS=7727512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,57:0.33:173
chr6	7727931	rs77624055	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,24:0.23:104
chr6	7862631	rs17557	G	C	4646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=57;PP=2282;SC=TGAGTGAGGTGCACGTGCGCA;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=122;WE=7862639;WS=7862621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	7879407	rs267172	T	C	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=36;PP=1219;SC=ACACGGGGGATAAAGGTCCTT;SOR=0.965;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=7879415;WS=7879397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr6	7987804	.	G	A	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;ReadPosRankSum=-0.379;SC=CTCCCCAAAAGGCTCTGTATT;SOR=0.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=176;TCF=79;TCR=97;TR=59;WE=7987812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,82:0.36:230
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chr6	8026577	rs9328452	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=309;ReadPosRankSum=0.595;SC=ATTATATGCCTCATTATCTAA;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=21;WE=8026585;WS=8026567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
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chr6	8054562	rs9505348	T	C	4126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=68;PP=1345;ReadPosRankSum=0.740;SC=ACACAGCCACTGGATATTACA;SOR=0.581;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=190;TCF=78;TCR=112;TR=119;WE=8054570;WS=8054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,201:0.67:298
chr6	8073858	rs67471655	CAG	C	1503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=26;PP=1279;SC=AAAGTTTTAACAGATATTTTA;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=28;WE=8073867;WS=8073848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	8090594	rs77336917	G	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=1.068;SC=TGACTTAAAAGATTTAGGCTA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=8090602;WS=8090584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr6	8102885	rs112839011	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr6	8417521	rs6905235	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=0.929;SC=GGCATGTTATGTTAAAGGAGG;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=8417529;WS=8417511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr6	9616231	rs143324041	A	AGAAGAAGAG,AGAAGAAGAAGAG	2699.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=66.87;MQRankSum=1.032;QD=55.10;ReadPosRankSum=1.460;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,9,38:0.18,0.78:49
chr6	9705636	rs12215551	T	C	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=83;PP=2225;SC=GTGAGGAAGTTGGGTAGCAAA;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=136;WE=9705644;WS=9705626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr6	9707874	rs143425289	AAAT	A	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=591;SC=TTGTCTTTTCAAATAATCTCT;SOR=1.739;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=13;WE=9707884;WS=9707864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	9707900	rs12216536	C	T	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=7;PP=534;SC=TTAGGTTGTACGGTAAATTGA;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=9707908;WS=9707890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	9750430	rs10949284	T	C	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=26;PP=1495;ReadPosRankSum=1.530;SC=CTACAGAGGGTAAAAAGGACA;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=9750438;WS=9750420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr6	9750730	rs375191856	GTAATAATAA	G	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=8;PP=2994;SC=CCTCCTCTATGTAATAATAAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=9750746;WS=9750720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	9795472	.	A	AAGG	734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;QD=40.82;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	9795492	.	G	GGAGGAGGAGGAGGAA	297	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=0.000;QD=27.00;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr6	9795549	.	G	GAAGAGGA	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-0.000;QD=30.59;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	9795586	.	GGAAGAAGAA	G	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=0.000;QD=25.88;ReadPosRankSum=2.736;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr6	9819548	.	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,34:0.24:143
chr6	9819565	rs16892602	C	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=416;ReadPosRankSum=1.266;SC=GCTCAGCCCACAGCCCGGTCC;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=42;WE=9819573;WS=9819555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,60:0.36:165
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chr6	10587038	rs539351	C	G	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=73;PP=2503;SC=TTACCAGAGACTTTGTCGACT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=135;WE=10587046;WS=10587028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr6	10587056	rs71548508	A	G	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=47;PP=1349;ReadPosRankSum=-1.523;SC=ACTTTGTTCTACGTGACCAAA;SOR=0.747;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=56;TCR=76;TR=83;WE=10587064;WS=10587046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,132:0.64:205
chr6	10695136	.	GTT	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=-0.589;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr6	10709632	rs72821574	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=397;ReadPosRankSum=-2.176;SC=GAGGAAAATGGTAGAAATGTT;SOR=1.044;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=28;WE=10709640;WS=10709622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr6	10724943	rs4711068	T	C	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=15;PP=1027;SC=GAAAAGAACCTTAAGAGTAGA;SOR=1.201;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=42;WE=10724951;WS=10724933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	10729020	rs2153073	C	T	4451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.297;NF=54;NR=59;PP=1962;ReadPosRankSum=1.900;SC=CCCAGGATACCTTATGCATTC;SOR=0.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=113;WE=10729028;WS=10729010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr6	10764727	rs126405	A	G	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=24;PP=1035;SC=CTGTCCTCCCATGCACTGAGG;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=60;WE=10764735;WS=10764717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	10775446	rs478791	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=11;PP=679;SC=TGGAAAACCTTTGTGTATCTC;SOR=1.292;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=32;WE=10775454;WS=10775436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	10784851	.	G	GATCTCGCCCACCCTCTGCAC	1013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.27;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	10785011	rs113945134	C	CCAGA	7382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=44;PP=2464;SC=ATTTCTGATACCAGTATGTGA;SOR=0.938;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=82;WE=10785020;WS=10785001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr6	10785227	rs70991044	AAAG	A	3248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=38;PP=2079;SC=TGAAATGGGGAAAGAAGTGCT;SOR=1.340;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=44;WE=10785237;WS=10785217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	10785263	rs6936890	C	G	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=33;PP=930;SC=TACAATTTCCCGTCACCCTAG;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=10785271;WS=10785253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	10792197	rs521802	T	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=30;PP=655;SC=GTTCCATACATGTAAGGGCAT;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=39;WE=10792205;WS=10792187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	10802045	rs569418	C	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=8;PP=798;SC=TGAGAATAGACCTGCCTTTGT;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=10802053;WS=10802035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	10802101	rs4712966	G	A	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=25;PP=1274;SC=ATTTTTAAAGGTCTAACAGGA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=10802109;WS=10802091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	10808981	.	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr6	10808985	.	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr6	10814091	rs6909367	A	G	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=76;PP=2187;SC=ATAGATTTATACTCTTAAAGC;SOR=1.437;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=115;WE=10814099;WS=10814081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	10881954	.	C	T	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=587;ReadPosRankSum=-0.857;SC=ATCTGCGGATCGTTGATGTCC;SOR=0.692;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=45;WE=10881962;WS=10881944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,77:0.35:219
chr6	10882100	rs2153156	G	A	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=41;PP=1070;SC=CGCCAGGTGGGTTTTTTTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=59;WE=10882108;WS=10882090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	10887251	rs9366663	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.740;SOR=1.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr6	10887251	.	TCG	CCC	210	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=11;NR=3;PP=210;QD=18.8191339187;SC=CAGGGCTCTTTCGGCAGCGCC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=14;WE=10887261;WS=10887241;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,14:0.40:35
chr6	10887253	rs9358956	G	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.96;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	10887276	rs9348724	C	G	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=17;PP=1029;SC=GCGGGCGGGGCTCTTGGGCGG;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=10887284;WS=10887266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	10891781	rs1538441	C	T	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=25;PP=752;SC=TTAAGGAAGACAGGACTGGGA;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=49;WE=10891789;WS=10891771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	10891842	.	CTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	C,CTGTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	1446.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.29;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1,0;NR=19,19;PP=70,828;SC=TTTATAATCTCTCTCTGTGTG;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=20,19;WE=10891881;WS=10891828;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:34
chr6	10891892	rs12523744	G	A	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.64;QD=44.58;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	10894255	rs9368453	G	A	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=1626;ReadPosRankSum=1.519;SC=GGTTTGCTTTGTGACCAAAAT;SOR=0.553;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=48;WE=10894276;WS=10894245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,74:0.67:111
chr6	10894268	rs6456745	A	G	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=1626;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ACCAAAATACAAATGTATAAT;SOR=0.602;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=52;WE=10894276;WS=10894245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,77:0.68:113
chr6	10911225	.	A	G	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=722;ReadPosRankSum=-0.190;SC=AAGGATGCCAACGTCTTCTAA;SOR=1.239;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=47;WE=10911233;WS=10911215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,56:0.79:71
chr6	10924992	rs1225764	A	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=364;SC=CTGGTCTTTCAAATGCCATGT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=10925000;WS=10924982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	10931587	rs1225729	T	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=11;PP=1067;SC=TTGCTTTTAGTGTTAGCATAT;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=10931595;WS=10931577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	10955408	rs1225746	C	T	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=70;NR=52;PP=2075;SC=AGAGGTTGCTCCGGGATCCCC;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=122;WE=10955416;WS=10955398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr6	10955594	rs1225747	T	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=35;PP=775;SC=TTTGTGCTTTTGGAGACAAAT;SOR=2.348;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=44;WE=10955602;WS=10955584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	10964011	.	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=427;ReadPosRankSum=-1.729;SC=CCAATTTCTTCCAGGTTCAAT;SOR=0.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=26;WE=10964019;WS=10964001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr6	10964194	rs60098704	AT	A	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.991;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr6	10989873	.	CA	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.193;QD=2.37;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr6	11094681	rs2273884	G	T	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,16:0.20:80
chr6	11185257	rs10601	A	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=7;PP=806;SC=CTGAAAGTTGACTGACCCATA;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=11185265;WS=11185247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	11185533	rs1050775	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=670;ReadPosRankSum=-1.128;SC=CCATGACTATGGTCTTGAGCT;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=46;WE=11185541;WS=11185523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,60:0.34:176
chr6	11185967	rs6456968	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=20;PP=518;SC=GGAAATTCACTAGGCCTTGGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=11185975;WS=11185957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	11190215	rs35719173	G	A	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1089;ReadPosRankSum=0.508;SC=GGACGTAATCGTAGTCATCCA;SOR=0.592;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=75;WE=11190223;WS=11190205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,107:0.61:175
chr6	11190626	rs941982	A	G	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=53;PP=1710;SC=GGGAGTCTTCAACTCGTTGCA;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=89;WE=11190634;WS=11190616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	11192522	rs5874310	C	CT	2137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=30;PP=1889;SC=CTGCACCCCCCGACACACAGA;SOR=1.342;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=41;WE=11192530;WS=11192512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	11192575	rs1465131	C	T	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=46;PP=1848;SC=GTCACTCACTCACCCCTTTTG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=82;WE=11192583;WS=11192565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	11192829	rs112090949	C	CTT,CTTT	659.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=34.72;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,10:0.47,0.53:19
chr6	11194093	.	C	CT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.558;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr6	11200421	rs2078599	C	T	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=10;PP=916;SC=CTCACCAAGGCAGGGACCCCA;SOR=1.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=11200429;WS=11200411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	11200574	rs726230	A	C	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=430;ReadPosRankSum=0.795;SC=ATGCTTGCCTATGAGGCTGGC;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=40;WE=11200582;WS=11200564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,71:0.35:203
chr6	11201135	rs3798733	C	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=573;ReadPosRankSum=1.644;SC=AGATATTTATCCAAGAGAAAG;SOR=0.925;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=67;TCR=14;TR=32;WE=11201143;WS=11201125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,34:0.37:93
chr6	11201157	rs3798734	C	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=628;ReadPosRankSum=1.583;SC=CGGCAAGCCTCCAAACTCAGG;SOR=1.350;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=110;TCF=84;TCR=26;TR=40;WE=11201165;WS=11201147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,44:0.32:139
chr6	11201437	rs9368610	C	T	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=51;PP=1341;SC=GGCAGAGCAGCGGCAGCAGAG;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=11201445;WS=11201427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	11213468	rs12215094	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=139;ReadPosRankSum=0.273;SC=GTGTAATGGGAAAAAAAAATA;SOR=0.686;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=13;WE=11213476;WS=11213458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr6	11213832	rs3734404	T	C	3063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=2.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,188:0.36:528
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chr6	12124587	rs2228212	C	G	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1250;ReadPosRankSum=-1.499;SC=CAAATCCATGCACCGCCTAGC;SOR=0.778;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=225;TCF=115;TCR=110;TR=89;WE=12124595;WS=12124577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,134:0.36:375
chr6	12124855	rs2228213	G	A	5363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=77;PP=2361;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TTGACAGCATGTCTAATTCGC;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=263;TCF=127;TCR=136;TR=148;WE=12124863;WS=12124845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,250:0.58:432
chr6	12164378	.	T	C	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=758;ReadPosRankSum=0.671;SC=GCAAAAAAAGTTCTGAATCCA;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=51;WE=12164386;WS=12164368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,75:0.32:235
chr6	12294137	rs1800543	T	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=430;ReadPosRankSum=1.215;SC=GACTATTAATTACACTAATAT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=24;WE=12294145;WS=12294127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr6	12294258	rs5369	A	G	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr6	13273318	rs202054	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=-1.808;SC=ACCTCCCCAAAGAGAAGGCAA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=13273326;WS=13273308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr6	13278648	rs3817735	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr6	13281412	rs3846903	A	G	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=926;ReadPosRankSum=2.016;SC=GACATTAGTAAAATCCAGGTC;SOR=0.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=61;WE=13281420;WS=13281402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,84:0.56:149
chr6	13288535	rs202040	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GGGAGCGTGACTGTGGGTGTG;SOR=0.903;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=12;WE=13288543;WS=13288525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr6	13288578	rs202039	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=439;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TAGGGTGTGCGATGAGGCCAG;SOR=0.992;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=29;WE=13288586;WS=13288568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr6	13288648	rs202038	A	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.851;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,54:0.56:96
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chr6	13288737	rs202036	T	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr6	13294866	rs6910418	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=386;ReadPosRankSum=1.516;SC=CTGACGTGTCGTGGCTTTCCC;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=28;WE=13294874;WS=13294856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
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chr6	13295515	rs1550526	A	C	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=1090;ReadPosRankSum=-0.659;SC=ACCCTGAGCCAGAATTCCAGA;SOR=0.898;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=31;WE=13295523;WS=13295492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,63:0.60:105
chr6	13295536	rs454563	C	T	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.21;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,63:0.58:108
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chr6	13308083	rs2439538	T	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=1.038;SC=CAAGGAAGTATTAGAAAACAA;SOR=0.601;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=6;WE=13308091;WS=13308073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
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chr6	13597295	.	C	CA	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.026;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,37:0.20:182
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chr6	13639700	rs6915775	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=1.293;SC=GTGAGCCACCGTGCCCAGCTG;SOR=0.518;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=7;WE=13639708;WS=13639690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr6	13659079	rs204232	T	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,52:0.29:178
chr6	13711279	rs6905991	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=428;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CCGGGTAGAGACGCTTCAGCC;SOR=0.576;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=34;WE=13711287;WS=13711269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,54:0.31:175
chr6	13794110	rs4715568	C	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,49:0.84:58
chr6	13800626	rs3215484	TAA	T	999.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=307;ReadPosRankSum=-1.913;SC=TAAAAACACATAAAAAAAAAG;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=19;WE=13800635;WS=13800616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr6	13814340	rs1204145	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=558;ReadPosRankSum=-0.281;SC=CTCCACGCGCTGCTGCGCCCG;SOR=0.907;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=44;WE=13814348;WS=13814330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr6	14118034	rs111804875	G	A	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.048;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=19;PP=934;ReadPosRankSum=0.427;SC=GCGGCGCAGCGCTCCAGCCAT;SOR=0.304;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=60;WE=14118042;WS=14118024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,76:0.77:99
chr6	15373652	rs11757092	T	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=397;ReadPosRankSum=-1.058;SC=CTTGTATTCGTTCTGGAGCAA;SOR=0.751;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=123;TCF=83;TCR=40;TR=36;WE=15373660;WS=15373642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,61:0.34:178
chr6	15374508	rs9383050	A	G	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=26;PP=754;SC=GGAATATCTCATTGGAATGTA;SOR=1.148;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=42;WE=15374516;WS=15374498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	15374544	rs2072820	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=17;PP=458;SC=TGGACTTGTTCCTGAATTGGA;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=15374552;WS=15374523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	15401385	rs140011539	CTA	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr6	15468722	rs147212247	AGGGTGAG	A	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.925;NF=6;NR=1;PP=420;ReadPosRankSum=-1.377;SC=CCTTCTGGAAAGGGTGAGGGT;SOR=1.828;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=15468736;WS=15468712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr6	15487782	rs2076056	C	G	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=907;ReadPosRankSum=-0.547;SC=AGGTAAAGTCCAGCAGGGGTG;SOR=0.629;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=211;TCF=81;TCR=130;TR=69;WE=15487790;WS=15487772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,111:0.34:327
chr6	15496662	rs742099	C	T	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,61:0.33:186
chr6	15497229	rs138152195	CC	TT	3986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=2020;ReadPosRankSum=0.360;SC=GGGTGATCCCCCCTCCGGACT;SOR=0.698;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=173;TCF=82;TCR=91;TR=62;WE=15497238;WS=15497219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,112:0.36:307
chr6	15497422	rs9349979	A	G	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=663;ReadPosRankSum=-0.555;SC=GCGGGGGGTCAGGGGGTGGTG;SOR=0.638;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=42;WE=15497430;WS=15497412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr6	15500999	rs13192234	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=1.820;SC=CCGGGAGTCTGCTGTTCACCA;SOR=0.752;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=10;WE=15501007;WS=15500989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr6	15501310	rs149364410	C	T	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,124:0.66:187
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chr6	15511409	rs35360051	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=2.561;SC=CCATCCCTGCCGGCGTGGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=15511417;WS=15511399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr6	15511429	rs55742636	C	CCCAT	2167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=7;PP=978;SC=CAGAGCCTCTCGTGTGCTCGG;SOR=1.345;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=15511437;WS=15511419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	15513482	rs2235258	G	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=12;PP=718;SC=ATACAGAGCTGCGGCAGCGCA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=15513490;WS=15513472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	15513744	rs9396589	G	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.807;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=558;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GGCGCTCTCTGCCCAGGAGAC;SOR=0.230;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=36;WE=15513752;WS=15513734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,44:0.83:53
chr6	15520920	rs112303618	G	GCA	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=259;ReadPosRankSum=1.530;SC=AGACACACGCGCACACACACA;SOR=0.945;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=9;WE=15520928;WS=15520908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,21:0.22:95
chr6	15533951	rs4236167	C	T	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=60;PP=1448;ReadPosRankSum=-1.173;SC=CTTCTCAGGTCGTCCTTCTAC;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=110;WE=15533959;WS=15533941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,187:0.67:278
chr6	15546294	rs34253215	C	CT	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.969;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr6	15586009	rs6926401	G	T	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=855;ReadPosRankSum=-1.419;SC=GAGACCTGAAGGAGTGAACAG;SOR=0.951;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=60;WE=15586017;WS=15585999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,88:0.66:133
chr6	15593240	rs7758659	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.64;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr6	15660871	rs909706	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.869;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr6	15663118	rs11558324	T	C	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,98:0.37:266
chr6	16306751	rs16885	G	A	4225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=61;PP=2090;ReadPosRankSum=1.045;SC=GGCGCTGCAGGCAATCCCATT;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=202;TCF=111;TCR=91;TR=138;WE=16306759;WS=16306741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,195:0.62:313
chr6	16327419	.	G	A	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-2.249;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,57:0.28:202
chr6	16327615	rs179990	A	G	4048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-4.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;PP=1539;ReadPosRankSum=-0.273;SC=GGCTGCTCTCAGCTTTCTTGG;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=115;WE=16327623;WS=16327605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,196:0.69:286
chr6	16327864	.	G	GTGC	960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.966;NF=5;NR=27;PP=2497;ReadPosRankSum=-5.326;SC=CCCTGCTGAGGTGCTGCTGCT;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=32;WE=16327874;WS=16327854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,34:0.32:107
chr6	16327903	.	C	CTGCTGCTGA	2866	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=59.93;NF=12;NR=38;PP=2866;QD=20;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGATGCT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=50;WE=16327925;WS=16327893;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr6	16327915	.	A	C	2833	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;NF=17;NR=21;PP=2833;QD=20;SC=GCTGATGCTGATGCTGCTGCT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=38;WE=16327925;WS=16327893;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
chr6	16327915	.	A	ATGCTGC	2217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=5.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.20;MQRankSum=1.608;QD=21.74;ReadPosRankSum=3.498;SOR=1.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,63:0.62:102
chr6	16761757	.	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr6	17102429	rs9367941	G	A	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=517;ReadPosRankSum=0.633;SC=AGCGCGGCAGGGAGCGCTCGC;SOR=0.653;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=37;WE=17102437;WS=17102419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr6	17102600	rs2147230	A	G	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,70:0.63:111
chr6	17282415	rs1108512	G	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=763;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TGGGGCTGTTGCCCTTGTGTC;SOR=0.555;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=41;WE=17282423;WS=17282405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr6	17290459	rs11403725	G	GT	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.683;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=151;ReadPosRankSum=-1.932;SC=GCTGTTTTCTGTTTTGAGTTC;SOR=0.031;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=6;WE=17290467;WS=17290449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr6	17493690	rs751502	C	G	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=654;ReadPosRankSum=-0.429;SC=ACAGACTGTACCCATAATGGA;SOR=0.730;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=46;WE=17493698;WS=17493680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,70:0.64:110
chr6	17513954	rs4716146	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=218;ReadPosRankSum=-1.021;SC=GGTGCCTGGGTTGCAAGGACG;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=14;WE=17513962;WS=17513952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr6	17536482	.	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=0.147;SC=GAGAAGAGACGGAGGCAAAGA;SOR=0.601;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=22;WE=17536490;WS=17536472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,41:0.29:141
chr6	17541484	rs4716155	G	T	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.73;ReadPosRankSum=1.151;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr6	17541490	rs4716156	G	A	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=8.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.03;ReadPosRankSum=1.299;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr6	17543036	rs2296249	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=0.812;SC=ATATATGCTGATGTTTAATAT;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=17543044;WS=17543026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr6	17606413	rs1969830	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=351;SC=TTTTACAGTACACATTTTCAA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=17606421;WS=17606403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	17616493	rs7765156	C	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.48;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	17616513	rs3836949	T	TG	172.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=0.674;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr6	17628841	rs11422297	T	TA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.7370;FS=2.836;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CGACAACTTGTAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=17628849;WS=17628831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr6	17629616	rs942467	G	A	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=34;PP=1342;SC=ACCCAGAATCGGATGACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=69;WE=17629624;WS=17629606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	17633061	rs2274136	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	17688798	rs1065057	G	A	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=60;PP=1913;SC=TATCTTTGTAGCCACCCTGGC;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=112;WE=17688806;WS=17688788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr6	17764530	rs9371018	C	T	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=45;PP=1672;SC=AATCTTTTCCCTCTGACACTC;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=17764538;WS=17764520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	17777614	rs11396690	C	CT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=5.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.785;QD=0.46;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,18:0.19:95
chr6	17779476	.	ATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTT	A	402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=40.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	17779731	rs9477524	G	A	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=26.04;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	17783927	.	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.643;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=428;ReadPosRankSum=-1.844;SC=TCCAGGAGGTGGGATCCTAAA;SOR=0.591;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=32;WE=17783935;WS=17783917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr6	17785948	rs4716186	A	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=30;PP=759;SC=AATAGATTTCAGCCTGGGCAA;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=17785956;WS=17785938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	17794494	rs3734234	G	A	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=31;PP=1211;SC=TAACTGTCCAGCCCTCTTTGG;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=17794502;WS=17794484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	17799766	rs6459573	T	C	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=196;SC=TGAAACAAATTGGTCATCCAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=17799774;WS=17799756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	17800131	rs41267716	G	T	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=36;PP=1941;SC=TTGTAAAATGGTTTTGCATGA;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=108;WE=17800139;WS=17800121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr6	17809199	rs6913612	G	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	17815716	rs6920106	C	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=12;PP=721;SC=AGGTAATGGGCGCCTTCTCAG;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=17815724;WS=17815706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	17817235	rs9383327	C	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=261;SC=TGGGCTGCCCCCGCTGCAGTT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=17817243;WS=17817225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	17855864	rs624105	G	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=32;PP=845;SC=GAACAGCAAGGAAAAAGAAGA;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=17855872;WS=17855854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	17856397	.	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=461;ReadPosRankSum=-0.315;SC=AAAGAATAATTTTTCTTGACA;SOR=0.634;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=28;WE=17856405;WS=17856387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr6	17873560	rs41267728	A	C	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr6	17882140	rs7757737	A	T	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GGCATGAGAAATGCTTGAACC;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=17882148;WS=17882130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr6	17951668	rs367652478	TA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.889;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr6	18122506	rs10949483	G	A	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.750;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=72;PP=1832;ReadPosRankSum=0.619;SC=GAGGGCTCCGGGGGCGCTGGG;SOR=1.244;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=138;TCF=33;TCR=105;TR=92;WE=18122514;WS=18122496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,103:0.66:156
chr6	18122526	rs115931931	A	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.985;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=454;ReadPosRankSum=0.184;SC=GGGCGGCGCGATGGGCGGCCG;SOR=0.342;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=107;TCF=33;TCR=74;TR=33;WE=18122534;WS=18122516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr6	18134008	rs113956700	G	GA	1126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=41.73;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	18134021	rs2842949	C	A	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;QD=39.17;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	18139214	rs2842934	G	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=23;PP=757;SC=CACCTGGATTGATGGCAACTA;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=18139222;WS=18139204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	18139964	rs375276814	GA	G	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr6	18148019	rs4449636	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=269;SC=CATCATTAAGGCAAGATAATT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=18148027;WS=18148009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	18148247	rs12529220	T	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=292;SC=TAATAAGCAGTTACTATTAAT;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=18148255;WS=18148237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr6	18149526	rs3930696	C	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=490;SC=TTTTTTATTTCTGGTTTTATT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=18149534;WS=18149516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	18166802	rs912528	T	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=491;SC=TAGGCTGGGTTTGGTGGCTCA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=18166810;WS=18166792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	18171477	rs1011620	G	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=11;PP=884;SC=ATGCAAGGAGGAGAAAAAATA;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=18171485;WS=18171467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	18187916	rs372534	C	T	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=5;PP=965;SC=AAAAGCATAGCGGGTTAAGGA;SOR=2.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=18187924;WS=18187906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	18197732	rs185311923	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GTAAATGAACGAATTTGCTCT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=9;WE=18197740;WS=18197722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr6	18201961	rs214612	T	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=500;SC=GCAGTGGCATTGTTCATTTGC;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=18201969;WS=18201951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	18215303	rs214585	T	C	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=45;PP=1281;SC=GGACCCTGGATGACAAACAGG;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=18215311;WS=18215293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	18222100	rs3734242	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=423;ReadPosRankSum=0.737;SC=ATCAACTCAACTCTATGCATG;SOR=1.143;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=31;WE=18222108;WS=18222090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,35:0.27:130
chr6	18237661	rs1013062	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=282;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TATCTGCTTTCTTAACATTGG;SOR=0.796;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=20;WE=18237669;WS=18237651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr6	18256224	rs58144742	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.615;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.872;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr6	18264210	rs11544757	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=359;ReadPosRankSum=-0.488;SC=CAGGGGCCGAGGCGGACATGC;SOR=0.664;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=26;WE=18264218;WS=18264200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,42:0.37:113
chr6	18264658	rs9383352	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr6	18387692	rs9396858	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CTGGGAGCGCAAGTCCTGTTG;SOR=0.892;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=18387700;WS=18387682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr6	18387815	rs764885	A	C	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=485;ReadPosRankSum=-2.307;SC=AGCGCGAGGGAGGCTACTGAG;SOR=0.871;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=37;WE=18387823;WS=18387805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr6	18399750	rs2296198	T	C	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=623;ReadPosRankSum=-0.021;SC=GACTGAAGAATGCTGAAGACA;SOR=0.556;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=42;WE=18399758;WS=18399740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,62:0.60:104
chr6	18406387	rs6925570	G	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=587;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TCAACTTTTCGTATGAGACAT;SOR=0.905;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=38;WE=18406395;WS=18406377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr6	18427676	rs6903543	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=205;ReadPosRankSum=-2.514;SC=ATTCACACTTGTGATAACTTA;SOR=1.112;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=12;WE=18427684;WS=18427666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr6	18427784	rs6909275	C	T	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=462;ReadPosRankSum=-1.277;SC=ATGGAATGGGCAATTGTCTTT;SOR=0.538;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=33;WE=18427792;WS=18427774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
chr6	18463633	rs9371061	C	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=0.612;SC=TTATAGGGAGCGTGACATAAA;SOR=0.629;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=33;WE=18463641;WS=18463623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,63:0.41:152
chr6	18465261	.	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=-1.365;SC=AAGTCCTGTCGGGGCAAGAAG;SOR=0.669;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=28;WE=18465269;WS=18465251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,41:0.35:117
chr6	18572233	rs9396886	A	C	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1298;ReadPosRankSum=1.031;SC=CACTATGCAGAAGCTAAGAGC;SOR=0.546;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=78;WE=18572241;WS=18572223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,106:0.60:178
chr6	19838516	rs113135736	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=1.316;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr6	20109696	rs2457334	A	C	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=533;ReadPosRankSum=1.480;SC=TAAAGCTTCTATGGACACTTC;SOR=0.744;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=31;WE=20109704;WS=20109686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr6	20115512	rs114631523	T	C	2507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-4.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.862;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=1500;ReadPosRankSum=1.837;SC=GTTTTTGTTTTTCTTACCACT;SOR=0.483;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=90;WE=20115520;WS=20115502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,139:0.72:194
chr6	20115611	rs76188572	T	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=395;ReadPosRankSum=2.110;SC=ACACCTATCATTAGCTTTAAA;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=26;WE=20115619;WS=20115601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,36:0.37:97
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chr6	20124860	rs949550	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=1.876;SC=CAGTGTCACCGTGCAGAAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=20;WE=20124868;WS=20124850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
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chr6	21201493	rs9465994	G	A	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=851;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GAGAAGTCTCGGGTTTGACAA;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=51;WE=21201501;WS=21201483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,76:0.67:114
chr6	21594705	rs190902899	C	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GAGGGCCCGGCGATCGCGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=6;WE=21594713;WS=21594695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr6	22136879	rs6921113	G	T	5875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=81;PP=2633;SC=CTTCATCTCTGTGGGTTTCAG;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=65;TCR=84;TR=145;WE=22136887;WS=22136869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr6	22136938	rs6900792	T	C	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=66;PP=2060;SC=AGAGTTGTTATAACAATTAGA;SOR=1.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=101;WE=22136946;WS=22136928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
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chr6	22146818	rs5874858	AT	A	125.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.97;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	22292976	rs1205955	A	T	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=24;PP=698;SC=GTGTAATTTTAAAAAATTAGA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=22292984;WS=22292966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	22570189	rs6922960	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=461;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CGGCGACGAATTGGGGAAGCC;SOR=0.240;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=27;WE=22570197;WS=22570179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr6	22570245	rs6900627	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=289;ReadPosRankSum=0.088;SC=CGCTGAAGAGGAGCGCGGGGG;SOR=0.280;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=18;WE=22570253;WS=22570235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr6	24134525	.	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=191;ReadPosRankSum=-1.255;SC=GGCATTAATCCATGTGGATGT;SOR=1.493;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=24134533;WS=24134515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr6	24174955	rs9358755	G	C	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=28;PP=1405;SC=TTTTAAAAATGTTCTAAGCCA;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=24174963;WS=24174945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	24291203	rs2274305	T	C	6970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=77;PP=2306;SC=AGTAACTCACTGTAAGGCAGT;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=155;WE=24291211;WS=24291193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr6	24302087	rs807703	G	A	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=82;PP=2965;SC=GGAAAACAGGGGGCAAACCTT;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=154;WE=24302095;WS=24302077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr6	24353742	rs813227	A	G	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=18;PP=764;SC=GACACACCATAAGAAACAAAT;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=24353750;WS=24353732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	24357838	.	G	A	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-2.042;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,95:0.31:308
chr6	24418348	rs2793422	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=1.814;SC=ATGCAGAAGAGATGGAGTTGC;SOR=0.627;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=17;WE=24418356;WS=24418338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
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chr6	24423930	rs62401890	C	G	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=567;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TAGGAACAGCCCCGTGGATAC;SOR=1.020;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=38;WE=24423938;WS=24423920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
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chr6	24445718	rs793714	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=395;SC=CCAATACGACATGTACAAGCA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=24445737;WS=24445708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	24448061	rs796985	A	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=3;PP=563;SC=TGTCGTAGACACACAGAGCAG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=24448069;WS=24448051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr6	24448554	rs140486588	TCCCAGTGCTTTGGGAGGCCCAAGTGGGAACATTGCTTGAGG	T	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.45;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
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chr6	24463055	rs2793442	A	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=461;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TTAGCCATTTATCTACTTCTT;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=35;WE=24463063;WS=24463045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,54:0.35:154
chr6	24467060	rs35276216	GA	G	1188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=893;ReadPosRankSum=0.296;SC=ATGGCAGAGAGAAAGAAAAAA;SOR=0.862;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=26;WE=24467068;WS=24467050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr6	24467633	rs2793445	C	T	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=31;PP=799;SC=TTACATGCACCAGTTATTTAA;SOR=1.893;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=40;WE=24467641;WS=24467623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	24474018	rs35864956	G	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=0.808;SC=ACGCATAATAGACTCAATTTT;SOR=0.399;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=15;WE=24474026;WS=24474008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr6	24475353	.	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=402;ReadPosRankSum=0.192;SC=ACTCACAGCTCCCATGGTCCT;SOR=0.718;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=34;WE=24475361;WS=24475343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,56:0.32:177
chr6	24475517	rs66707391	TATTA	T	1338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=857;ReadPosRankSum=-0.059;SC=ATAACAATCCTATTAAAAGTT;SOR=0.446;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=20;WE=24475528;WS=24475507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr6	24476553	rs760904	G	A	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=23;PP=713;SC=AAAAGTTGGAGAGTCTCAATC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=24476561;WS=24476543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	24480025	rs5874986	CAT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.998;NF=2;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=-0.871;SC=ATTGTACACACATATATATAT;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=24480034;WS=24480015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	24489652	rs1126617	C	T	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1309;ReadPosRankSum=1.019;SC=CCTATTTCTACGTGTGTTGAA;SOR=0.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=92;WE=24489660;WS=24489642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,132:0.69:191
chr6	24489741	rs2076316	A	C	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=801;ReadPosRankSum=-0.964;SC=AGCAGACATGATCTCATTGCC;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=53;WE=24489749;WS=24489731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,63:0.71:89
chr6	24495234	rs200793796	T	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
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chr6	24505030	rs2744583	A	G	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=743;ReadPosRankSum=0.296;SC=ACTTCCCAACATGCCTTCCTT;SOR=0.916;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=56;WE=24505038;WS=24505020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,71:0.59:121
chr6	24505221	rs2817220	G	A	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=43;PP=1090;ReadPosRankSum=-1.232;SC=GAGGTGAGCCGCTCTCCCTGT;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=75;WE=24505229;WS=24505211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,102:0.62:164
chr6	24505354	rs2744584	G	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=467;ReadPosRankSum=-0.347;SC=ATCTACTGGTGATTACTTTAA;SOR=0.454;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=31;WE=24505362;WS=24505344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr6	24556675	rs807538	A	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=236;SC=GACTACAGGCATGCATCACCA;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=24556683;WS=24556665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	24559433	rs3903801	A	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=139;SC=GATGGTGACTACCATGACACG;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=24559441;WS=24559423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	24569189	.	AGG	A	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=8;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=439;ReadPosRankSum=-0.622;SC=AACATAAGGGAGGGGGCATGG;SOR=0.512;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=7;WE=24569201;WS=24569179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
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chr6	24588884	rs4504469	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=7;PP=264;SC=GAGGGGGCTGCGCTAGTGGGA;SOR=0.746;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=24588892;WS=24588874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr6	24687765	rs926529	A	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=536;ReadPosRankSum=-0.837;SC=GTGTAAAGTCATCTTTATGGA;SOR=0.271;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=41;WE=24687773;WS=24687755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,56:0.56:100
chr6	24714681	rs199572171	TA	T	902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
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chr6	24809771	rs9379692	A	G	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=1;PP=651;SC=GGGGTGAGATAGACACTGATC;SOR=3.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=24809779;WS=24809761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	24809853	rs9393587	C	T	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=39;PP=1810;SC=CATGAAACTTCTCCTTACTGG;SOR=1.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=108;WE=24809861;WS=24809843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	24809874	rs55640933	A	C	10023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr6	24809881	rs9358801	T	A	10276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.36;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr6	24818785	rs9358802	A	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=16;PP=609;SC=GGATTTTCAGAGCCAGGCAAG;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=24818793;WS=24818775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	24825511	rs9358804	A	G	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=10;PP=811;SC=TCACAGCCTCACTAACTTCGT;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=24825519;WS=24825501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	24828318	rs35374726	C	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=6;PP=506;SC=GCAGAGATAACGCCAAATTGA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=24828326;WS=24828308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	24828566	rs142564211	C	CCATT	2268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=1535;SC=AGATAGATGACCATTCATTCA;SOR=1.480;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=28;WE=24828574;WS=24828556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	24836161	rs6901565	C	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=426;ReadPosRankSum=-0.271;SC=AGGTCAAGTCCACATGGTTTG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=24836169;WS=24836151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr6	24850325	rs5875008	C	CT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr6	24850715	rs7761191	A	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=4;PP=669;SC=CTTGTGCAGAAAAGTCTGTGG;SOR=2.649;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=24850723;WS=24850705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	24852701	.	TA	T	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.809;QD=0.44;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,21:0.18:116
chr6	24852751	rs9467333	C	A	6193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=62;PP=2784;SC=TGACAACTGGCCCCTACCCTT;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=151;WE=24852759;WS=24852741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr6	24852962	rs4421189	T	C	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=37;PP=1094;SC=CAAACTCACATAACACTTTTT;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=24852970;WS=24852952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	24869300	rs2817747	T	C	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=49;PP=1458;SC=AAACAGGCAATGAGAACAGGA;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=86;WE=24869308;WS=24869290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	24871021	rs2817748	C	A	7028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=79;PP=2965;SC=GGATGACAGGCGTGAGCCACC;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=121;TCR=80;TR=199;WE=24871040;WS=24871011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr6	24871032	rs2817749	G	A	7513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=122;NR=90;PP=2965;SC=GTGAGCCACCGTGCCCAGCAA;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=122;TCR=91;TR=212;WE=24871040;WS=24871011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr6	25084691	rs303007	C	T	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=30;PP=1297;SC=CTCCCAAACCCACAGGATATT;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=66;WE=25084699;WS=25084681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	25084718	rs303006	A	G	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=36;PP=1441;SC=TTGCAAAATCACAGGCCCATT;SOR=0.820;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=76;WE=25084726;WS=25084708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	25092031	rs9654585	T	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=411;SC=TCTAAAATTATAAGTTTATTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=25092039;WS=25092021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	25097450	rs392852	T	C	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=52;PP=1548;SC=AAAGCATTCCTATGTAAGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=25097458;WS=25097440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	25106745	rs2295737	A	G	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=46;PP=1347;SC=GATTTAGATTAGAGTCTCCTC;SOR=1.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=25106753;WS=25106735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	25106783	rs1923195	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	25108989	rs3215685	AC	A	3138.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.123;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-8.717;NF=1;NR=41;PP=1878;ReadPosRankSum=-0.522;SC=AATCTTGAACACCCATAGTTT;SOR=2.012;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=42;WE=25108999;WS=25108979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
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chr6	25114011	.	C	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=-0.935;SC=GATATGTTATCTGTTAAAAGA;SOR=0.935;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=26;WE=25114019;WS=25114001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,41:0.32:130
chr6	25115296	rs2273671	G	T	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=30;PP=956;SC=AGTTCTAAAAGCAAAAGTCCG;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=25115304;WS=25115286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	25279839	rs377675604	CT	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.965;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
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chr6	25420344	rs913455	C	G	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=31;PP=1915;SC=TCTTACAGGTCCTTACATCAT;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=93;WE=25420352;WS=25420334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	25426640	rs5875038	AT	A	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr6	25426768	rs9358856	G	A	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=625;ReadPosRankSum=-1.857;SC=TCATGGCGTCGTTTGCAGCAA;SOR=0.607;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=202;TCF=89;TCR=113;TR=59;WE=25426776;WS=25426758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,98:0.28:344
chr6	25435758	rs9467515	A	G	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=69;PP=2110;SC=AGATGGCGTCACCCGAGGACG;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=121;WE=25435766;WS=25435748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	25435826	.	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=212;ReadPosRankSum=0.869;SC=CCTGGCCTCTCTCCAGTGTGA;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=18;WE=25435834;WS=25435816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr6	25450026	rs9295661	C	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=72;SC=TTGAAGTGACCCTCATCTTTG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=25450034;WS=25450016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	25472787	rs9393646	G	A	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=592;ReadPosRankSum=0.265;SC=TGCCAGAATTGTAAGAGGATT;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=46;WE=25472795;WS=25472777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,67:0.44:154
chr6	25492296	rs1034051	C	T	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=52;PP=1559;SC=GAAGTGTCTTCTTCTGAGAAA;SOR=1.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=25492304;WS=25492286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	25492364	rs1034050	A	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=22;PP=578;SC=GAAAGAAGGCAGCCTTAAGCA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=25492372;WS=25492354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	25509976	rs4568443	T	C	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=49;PP=1522;SC=GTAAGTCAGATATTGAAAAGA;SOR=1.142;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=25509984;WS=25509966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	25510051	rs3915740	A	G	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	25510058	rs4559085	G	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.63;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	25510648	rs7453991	TA	CG	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=598;SC=CATCCAACTATATGTCACCTT;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=25510657;WS=25510638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	25511008	rs34965228	C	CAT	1251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=645;SC=TTATGTTAAACTTTTTACTAA;SOR=1.071;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=25511016;WS=25510998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	25516126	rs301379	C	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=22;PP=536;SC=GAGCAGATTCCGAACAGCAAG;SOR=4.091;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=24;WE=25516134;WS=25516116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	25516158	rs301378	G	A	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=372;SC=TGCTGGGCCCGAGGGGACCTG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=25516166;WS=25516148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	25557132	.	GT	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.710;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr6	25610203	rs11962024	A	T	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=841;ReadPosRankSum=-0.499;SC=ATTTTTATATATAGATTTACC;SOR=0.775;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=55;WE=25610211;WS=25610193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,90:0.71:127
chr6	25652568	rs3215471	AG	A	932.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=674;ReadPosRankSum=1.589;SC=AATACGGTGAAGGAGTCCTTC;SOR=0.962;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=20;WE=25652576;WS=25652558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr6	25653566	rs34327841	T	TA	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=392;ReadPosRankSum=0.134;SC=TGTCATGTGTTTTTTATATGT;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=12;WE=25653574;WS=25653556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr6	25653842	rs1406927	T	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5198;FS=2.128;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=1.543;SC=ATTTAGGCAGTTTTTATAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=15;WE=25653850;WS=25653832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr6	25661887	rs2072847	A	T	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=61;PP=1349;ReadPosRankSum=1.920;SC=CTTTACTGACAGTATTTTTCA;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=40;TCR=90;TR=88;WE=25661895;WS=25661877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,117:0.67:174
chr6	25661971	.	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.471;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=0.878;SC=AAAGACAATGGAAACTTTACA;SOR=0.350;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=11;WE=25661979;WS=25661961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
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chr6	25669636	rs2064127	A	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=175;ReadPosRankSum=-0.884;SC=TGGAATTTCCATTCAGTTAAG;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=13;WE=25669644;WS=25669626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
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chr6	25726539	.	C	T	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=774;ReadPosRankSum=2.471;SC=TTTTTGTTATCGCGAGACGCA;SOR=0.476;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=54;WE=25726547;WS=25726529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,69:0.35:196
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chr6	25770707	rs4712970	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.055;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=406;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CAGGTAACTGGTACCCTAAAC;SOR=1.238;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=105;TCF=32;TCR=73;TR=31;WE=25770715;WS=25770697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,39:0.29:133
chr6	25776949	rs11754288	G	A	3460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=46;PP=1503;ReadPosRankSum=-1.666;SC=ACTCTTCACTGCCATTGGTAA;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=104;WE=25776957;WS=25776939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,166:0.63:264
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chr6	25779164	.	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-1.393;SC=CTGGGAAGCCCATGGAAGCCA;SOR=0.770;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=8;WE=25779172;WS=25779155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr6	25798932	rs1165215	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=265;ReadPosRankSum=-0.732;SC=ATTCCTTCTCGTCTGAGGAGT;SOR=0.977;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=26;WE=25798940;WS=25798922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,39:0.38:102
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chr6	25813150	rs1165196	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=4.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,59:0.32:183
chr6	25849620	rs942379	A	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,53:0.32:166
chr6	25913543	.	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.780;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,34:0.21:160
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chr6	25914901	rs2071298	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=162;ReadPosRankSum=0.596;SC=TTGCATATCTGTGGGAAGATG;SOR=0.758;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=18;WE=25914909;WS=25914891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
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chr6	26027135	rs3752420	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=6.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.035;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,84:0.37:230
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chr6	26087856	rs2858993	T	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=291;ReadPosRankSum=1.443;SC=TGCTCAACCCTATCCGCAAGC;SOR=0.565;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=26;WE=26087864;WS=26087846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,34:0.32:105
chr6	26093171	.	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.397;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=324;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CTGGATCAGCCCCTCATTGTG;SOR=0.368;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=21;WE=26093179;WS=26093161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
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chr6	26104071	rs10636318	G	GA	758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.002;QD=17.24;ReadPosRankSum=0.303;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr6	26104096	rs198853	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.018;QD=19.88;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr6	26104280	rs2229768	T	C	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=667;ReadPosRankSum=0.122;SC=AACCGGCTATTCGCCGTTTGG;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=171;TCF=83;TCR=88;TR=55;WE=26104288;WS=26104270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,87:0.36:244
chr6	26104448	rs198852	A	G	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.289;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TATATGCCCTAAAACGTCAGG;SOR=0.940;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=69;WE=26104456;WS=26104438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,97:0.68:143
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chr6	26108282	rs198844	C	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=40;PP=1265;SC=ATAGCGGCTACACCAGCACTG;SOR=1.516;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=58;WE=26108290;WS=26108272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr6	26124430	rs198819	C	T	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=32;PP=1499;ReadPosRankSum=-1.212;SC=GAGCTTAGGCCGCTGGTTTTG;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=103;TCR=50;TR=98;WE=26124438;WS=26124420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,129:0.67:192
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chr6	26199524	rs438534	A	G	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=39;PP=1116;SC=GTAAAAGTGAATTTTGTTAGC;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=26199532;WS=26199514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	26271178	.	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=331;ReadPosRankSum=0.739;SC=TTTTAAGTTGGATAGAATTAC;SOR=0.816;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=27;WE=26271186;WS=26271168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,47:0.33:144
chr6	26271713	rs9393690	A	T	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=728;ReadPosRankSum=2.065;SC=TTTTCAAAAGACCCGCGCAAC;SOR=0.468;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=48;WE=26271721;WS=26271703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr6	26285503	rs41266829	C	T	6451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GTTTGGCGTGCTCTGTGTAAG;SOR=0.778;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=338;TCF=194;TCR=144;TR=207;WE=26285511;WS=26285493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,297:0.61:484
chr6	26285560	rs2393592	A	G	7463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TCAGAACACCACGAGTCTCCT;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=391;TCF=206;TCR=185;TR=238;WE=26285568;WS=26285550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,352:0.63:561
chr6	26285683	rs2393593	T	C	6243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.463;SC=GACGCTTAGCTCCTCCCTTAC;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=312;TCF=120;TCR=192;TR=187;WE=26285691;WS=26285673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,290:0.63:463
chr6	26285759	rs41266831	A	G	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=68;PP=1710;ReadPosRankSum=-1.039;SC=AACTTAAGAAACCTAAACGCC;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=47;TCR=105;TR=98;WE=26285767;WS=26285749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,145:0.64:228
chr6	26285837	.	G	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=1.629;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr6	26285867	rs3999544	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.671;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=357;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GGCCCCACCCCGCATAGCCCA;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=21;WE=26285875;WS=26285857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr6	26365702	.	C	CTGTGTG	606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.92;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	26428842	rs1741740	A	G	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=20;PP=1210;SC=TTCTTCTGTTAAAGACATGAT;SOR=1.275;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=26428850;WS=26428832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	26463321	rs3734540	A	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=337;SC=TTTCTTCCTTACCCTCATCCT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=26463329;WS=26463317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	26466225	rs1977198	A	C	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=39;PP=1299;SC=TTCCTTAACTACATGTACAAT;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=68;WE=26466233;WS=26466215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	26501471	rs3215660	AG	A	2389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=21;PP=1542;SC=GAAGCTCCTGAGGGGACTCAC;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=41;WE=26501479;WS=26501461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	26501777	rs2255070	C	G	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=20;PP=904;SC=TCCGTAGTTCCCATCTCCACA;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=26501785;WS=26501767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	26501897	rs1321479	T	C	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=35;PP=1464;SC=GTCGCCTGTCTCCGAACGCGA;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=77;WE=26501905;WS=26501887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	26505135	rs3736780	C	T	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=8;PP=519;SC=ACATTAAGTCCAGATTCTCTC;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=26505143;WS=26505125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	26505362	rs3736781	G	A	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=39;PP=1408;SC=AGACACTTCTGCGAAAAATGT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=26505370;WS=26505352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	26505403	rs3736782	C	A	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=38;PP=1546;SC=TCCTTCTTGGCCAGGAGAAGA;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=77;WE=26505411;WS=26505393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	26509330	rs9393728	C	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=28;PP=879;SC=TGGGGGAGGACTCTGCCCCTA;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=26509338;WS=26509320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	26545308	rs1884946	C	G	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=6;PP=993;SC=CGTTTACATTCGTCAGTCTTT;SOR=2.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=40;WE=26545316;WS=26545298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	26545632	rs4871	G	A	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=44;PP=1441;SC=GAAAGGATGGGAACAACCCTG;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=71;WE=26545640;WS=26545622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	26597333	rs3800302	A	G	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=36;PP=1496;SC=GCAGCAAGAAACGGGTAGTGC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=26597341;WS=26597323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	26598188	rs3800303	A	G	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=36;PP=1814;SC=CTGCCGGAGGAAAAAAGCGGT;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=87;WE=26598196;WS=26598178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	27216848	rs1234145	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.38;QD=30.48;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	27223099	.	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=212;ReadPosRankSum=-1.871;SC=GTCTGAATCTCATACCCTTTC;SOR=0.813;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=18;WE=27223107;WS=27223089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr6	27253937	.	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=379;ReadPosRankSum=-0.829;SC=GCTGGAAAAGGAAAAAAGACA;SOR=0.570;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=37;WE=27253945;WS=27253927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,60:0.32:189
chr6	27277402	rs6456773	C	T	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=30;PP=1014;SC=GCTGGAATGCCGCCAATGCCT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=27277410;WS=27277392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	27277552	.	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,16:0.17:93
chr6	27279852	rs2235233	T	C	7504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=101;PP=2816;SC=GTGAAGGGGCTGAGGTGGCCG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=78;TCR=101;TR=179;WE=27279860;WS=27279842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr6	27293409	.	C	T	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=764;ReadPosRankSum=-0.437;SC=ATATTAGCTCCATGTATGAGA;SOR=0.648;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=49;WE=27293417;WS=27293399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,74:0.61:121
chr6	27326863	rs2235232	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr6	27327233	.	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=260;ReadPosRankSum=0.052;SC=GATGTGTGTTCTGACTAAAAG;SOR=0.946;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=23;WE=27327241;WS=27327223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,30:0.27:111
chr6	27327349	rs9357037	C	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=530;ReadPosRankSum=0.115;SC=TCAGTACCCTCATAAGGTTTC;SOR=0.706;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=38;WE=27327357;WS=27327339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,56:0.31:182
chr6	27327607	rs34125661	GT	G	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.947;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
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chr6	27356902	rs10807020	A	G	6715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=52;PP=1518;ReadPosRankSum=0.398;SC=GGTTCTTCGAAGGAAACGGGC;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=95;WE=27356910;WS=27356892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,184:0.67:274
chr6	27356925	rs10807021	T	G	6251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.491;SC=AAGGGTCGCGTGTGGTTTGGC;SOR=0.477;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=147;TCF=61;TCR=86;TR=86;WE=27356933;WS=27356915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,158:0.65:243
chr6	27357308	rs6904883	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=-1.866;SC=AGTACTTGCTTGGCCGGGCGC;SOR=1.047;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=16;WE=27357316;WS=27357298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr6	27368335	.	C	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=515;ReadPosRankSum=2.458;SC=GCCCTGAATCCAGTGAATTTA;SOR=0.552;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=45;WE=27368343;WS=27368325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,65:0.30:217
chr6	27369121	.	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chr6	27419959	.	G	A	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TTGAGCAAGGGATGACCAGTA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=78;WE=27419967;WS=27419949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,114:0.55:207
chr6	27424443	rs764461	T	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=0.522;SC=ATTAGTGACATAACAAAGCAT;SOR=0.132;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=12;WE=27424451;WS=27424433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr6	27424960	rs10484398	G	C	394.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5153;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=273;ReadPosRankSum=-1.157;SC=TAGAAATTTAGAAATGGTTGG;SOR=0.560;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=15;WE=27424968;WS=27424959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr6	27425185	rs1883216	C	A	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=957;ReadPosRankSum=2.122;SC=AAAGTCACCGCTTCCTGAAAT;SOR=0.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=63;WE=27425193;WS=27425175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,108:0.61:176
chr6	27435707	rs2272814	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=-0.978;SC=GATCTAGGGGGAGAAGCAGGA;SOR=0.843;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=27;WE=27435715;WS=27435697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
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chr6	27799258	rs41269273	A	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.88;MQRankSum=-1.474;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,22:0.24:93
chr6	27806902	.	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.833;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,37:0.26:143
chr6	28054185	.	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=45;ReadPosRankSum=0.781;SC=ATGGTCCTTTCCTTTATTACC;SOR=0.787;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=7;WE=28054193;WS=28054175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
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chr6	28215638	.	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=480;ReadPosRankSum=0.938;SC=AAAACTCCAAGGTTGTTGTGA;SOR=0.583;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=38;TCR=84;TR=39;WE=28215646;WS=28215628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,48:0.32:148
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chr6	28269775	.	C	T	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=697;ReadPosRankSum=0.446;SC=TGTTGTGATGCTGATAACGAA;SOR=0.698;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=86;TCR=95;TR=59;WE=28269783;WS=28269765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,111:0.35:316
chr6	28403965	.	C	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=533;ReadPosRankSum=-1.296;SC=CAGGAATGTTCCTCCTCTTCC;SOR=0.766;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=42;WE=28403973;WS=28403955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,62:0.35:179
chr6	28473368	.	C	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=349;ReadPosRankSum=-2.544;SC=GAGCCTTGAACTTATCTGAGC;SOR=0.574;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=36;WE=28473376;WS=28473358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,65:0.38:170
chr6	30859320	.	G	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQRankSum=-3.693;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr6	31322470	rs2442717	C	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.965;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.636;NF=6;NR=10;PP=135;ReadPosRankSum=0.759;SC=CCTGTGAGGGCACTGGGAGGA;SOR=0.205;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=16;WE=31322478;WS=31322460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr6	31371488	.	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.88;MQRankSum=-2.431;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr6	32411129	.	G	A	158.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.85;MQRankSum=-1.150;QD=19.84;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr6	32489588	.	TCA	T	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=5.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=2.990;SOR=1.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,33:0.18:180
chr6	32551794	.	TCACACA	T,TCA	4363.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.998;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.91;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,29,93:0.23,0.74:125
chr6	32551832	.	ACACT	A	1089	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=17;MQ=59.37;NF=24;NR=37;PP=1089;QD=17.9016393443;SC=ACACACACACACACTCAGATT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=145;TCF=62;TCR=83;TR=61;WE=32551843;WS=32551822;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:84,61:0.42:145
chr6	32557316	rs9256942	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=154;ReadPosRankSum=0.796;SC=AATCTCTGAAGAAAACGTCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=9;WE=32557324;WS=32557306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr6	32611056	rs9272938	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=1.239;SC=CAAATTTTTCCATCTTTCATC;SOR=1.148;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=12;WE=32611064;WS=32611046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr6	33382457	rs41267647	G	A	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQRankSum=0.444;QD=13.83;ReadPosRankSum=2.257;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,84:0.67:126
chr6	33399778	rs9394145	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.74;MQRankSum=-2.158;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr6	33408680	rs75579703	G	A	54.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.66;MQRankSum=-0.674;QD=13.70;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr6	33541719	rs513349	A	G	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=995;ReadPosRankSum=2.013;SC=CAGAGAGGCTAGCAGAAGATA;SOR=0.837;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=265;TCF=131;TCR=134;TR=78;WE=33541727;WS=33541709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,112:0.30:377
chr6	33542523	rs9296095	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.601;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr6	33542895	rs188089916	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CCCAAAATACAAGTCTGGGAC;SOR=0.264;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=33542903;WS=33542885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr6	33545340	rs2227925	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=326;ReadPosRankSum=1.534;SC=CAGGCTCTCCGCACTCCTGCC;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=18;WE=33545348;WS=33545330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr6	33553580	rs394199	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=0.626;SC=GGGTGCAATACCAGCAGGTAC;SOR=1.445;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=33553588;WS=33553570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr6	33555348	rs4559081	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=298;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TTTTAGTCTGGCATTAGCTTG;SOR=1.044;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=18;WE=33555356;WS=33555338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr6	33556605	rs12214669	G	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTTGTGGCAGGGAGGTGGCT;SOR=2.584;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=33556613;WS=33556595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr6	33561164	rs210163	C	T	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.682;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=917;ReadPosRankSum=-2.789;SC=GCCTCGCCCTCAGGGGTCGAC;SOR=0.999;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=170;TCF=68;TCR=102;TR=74;WE=33561172;WS=33561154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,112:0.41:276
chr6	33608379	rs4713647	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=35;PP=1014;SC=GCTGCAGGGTTCTGGACCTGC;SOR=1.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=33608387;WS=33608369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	33625592	rs3831080	CTG	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,8:0.15:53
chr6	33625696	rs2274200	T	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-2.680;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,42:0.27:155
chr6	33626905	rs75742993	G	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=396;ReadPosRankSum=-1.400;SC=AGGTGAGGGGGTGGGGGGTCA;SOR=0.925;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=29;WE=33626913;WS=33626895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr6	33630590	.	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=530;ReadPosRankSum=-0.978;SC=AGAGAGGGTCCAGAACCCACC;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=30;WE=33630598;WS=33630580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr6	33630624	rs2296339	C	T	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=22;PP=1235;SC=CCAGGCCTCCCTGGGGTCTGA;SOR=1.194;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=61;WE=33630632;WS=33630614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	33630816	rs2296338	G	A	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=34;PP=931;SC=GCTGGGGCTCGTGTGTGCATG;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=33630824;WS=33630806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	33630846	rs9366827	A	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=710;SC=GTGTGCGGGAACATGTGTGCA;SOR=1.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=33630854;WS=33630836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	33631155	rs5875457	TGGGAGG	T	1704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=1291;SC=TGGGCACCCCTGGGAGGGTGC;SOR=1.493;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=24;WE=33631171;WS=33631145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	33631163	rs3068491	T	C	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=10;PP=609;SC=CCTGGGAGGGTGCAGCCTGCC;SOR=1.552;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=32;WE=33631171;WS=33631145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	33636232	rs9380372	T	C	7770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=62;PP=2965;SC=GGGTGGGCTCTGTCCTTAGAG;SOR=1.504;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=211;TCF=149;TCR=62;TR=210;WE=33636240;WS=33636222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr6	33636907	rs2077163	C	T	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GCAACGCCCACGACGAGAATG;SOR=0.517;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=82;WE=33636915;WS=33636897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,105:0.70:150
chr6	33641379	rs1803831	T	C	3640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,180:0.59:305
chr6	33641956	rs7769838	T	C	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=954;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GGGCCTACAATCTGCTTCCAT;SOR=0.823;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=146;TCF=72;TCR=74;TR=65;WE=33641964;WS=33641946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,106:0.39:275
chr6	33643558	rs2229637	G	A	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=715;ReadPosRankSum=0.730;SC=ACTATGCGCCGCTGGTCTCGG;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=49;WE=33643566;WS=33643548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,94:0.73:129
chr6	33644768	rs2068236	T	C	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.42;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	33644773	rs4713652	T	A	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	33646328	rs2274195	T	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=20.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=3.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,38:0.34:111
chr6	33646375	rs116454384	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=15.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=4.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,82:0.59:138
chr6	33647594	rs4713653	C	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.147;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,24:0.25:97
chr6	33647651	rs4713654	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=376;ReadPosRankSum=1.740;SC=GCCCCCTCCCACCCGCAGCTG;SOR=0.721;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=34;WE=33647659;WS=33647641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,55:0.30:181
chr6	33648097	rs9469554	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=265;ReadPosRankSum=-2.284;SC=CCTCCCGCCCACTGCCCAGGT;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=19;WE=33648105;WS=33648087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr6	33648228	rs2229638	C	T	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=41;PP=2441;SC=TGGACATGGCCCGGGTCTGTC;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=118;WE=33648236;WS=33648218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	33650430	rs2296331	G	C	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,91:0.57:161
chr6	33651129	rs942636	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.707;NF=10;NR=22;PP=332;ReadPosRankSum=2.374;SC=GCGTCACCCCCACCGCCAACC;SOR=0.832;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=32;WE=33651137;WS=33651119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,55:0.34:161
chr6	33651277	rs2296328	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=388;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TTCTTCCTGTCCTGCCCACAC;SOR=1.101;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=20;WE=33651285;WS=33651267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr6	33651975	rs35095444	C	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=214;ReadPosRankSum=-0.921;SC=ATGGGGGCAGCAGGGGTGCAG;SOR=1.292;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=14;WE=33651983;WS=33651965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr6	33653111	rs942637	T	C	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=24;PP=1517;SC=GCTGAGGTTGTTCCCTGGCCA;SOR=1.449;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=75;WE=33653119;WS=33653101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	33653448	rs749338	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-2.042;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,52:0.30:176
chr6	33654378	rs4640882	A	G	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=61;PP=1775;SC=TGTCAAGTGTACATAGTGGTG;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=84;WE=33654386;WS=33654368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	33654897	rs942642	T	C	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=49;PP=1826;SC=GCTGGGCAGGTGGGCAGGCGG;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=113;WE=33654905;WS=33654887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	33655173	rs2281916	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=471;SC=GCTGCCATCATCCCCCAGTCG;SOR=1.721;Source=Platypus;TCF=6;TR=22;WE=33655181;WS=33655163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	33655369	rs150517020	G	GGGGT	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.822;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=236;ReadPosRankSum=-1.198;SC=GACTGGGGTGGGGGTGGGGCC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=5;WE=33655377;WS=33655359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr6	33655728	rs2281917	G	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=342;ReadPosRankSum=-0.075;SC=GGGGACACTCGCTGAAGTGTA;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=17;WE=33655736;WS=33655727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr6	33656250	rs2296736	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=0.840;SC=TCTGGAGCTGTTCACTGATGC;SOR=0.859;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=27;WE=33656258;WS=33656240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
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chr6	33657246	rs3818521	C	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=3.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,57:0.29:194
chr6	33658000	rs72878685	G	A	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.443;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,69:0.64:107
chr6	33658066	rs764752	G	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.476;HP=2;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=0.161;SC=GCACCAGTCTGTCTGTCCAGT;SOR=0.160;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=13;WE=33658074;WS=33658056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr6	33659472	rs2229642	C	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.441;NF=18;NR=10;PP=342;ReadPosRankSum=-1.203;SC=TGTCTCAGGGCTCTCGGTGCC;SOR=0.769;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=28;WE=33659480;WS=33659462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,53:0.33:161
chr6	33659536	rs2296740	A	G	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.981;HP=4;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.395;NF=24;NR=14;PP=2167;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GTGGGGTAGGAGGAGCAGGCA;SOR=1.024;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=38;WE=33659565;WS=33659526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,55:0.34:160
chr6	33659550	rs36034973	C	CG	1993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.936;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.376;NF=13;NR=16;PP=2482;ReadPosRankSum=-0.433;SC=GCAGGCAGCCCGGGCCTCAGC;SOR=0.956;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=29;WE=33659565;WS=33659526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,56:0.35:160
chr6	33659557	rs2296741	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.851;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=2416;ReadPosRankSum=-0.236;SC=GCCCGGGCCTCAGCACACTCT;SOR=1.111;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=41;WE=33659565;WS=33659526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,59:0.35:170
chr6	33659793	rs2296742	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=1.604;SC=TTGGCCTCGCGTCAGATATTC;SOR=0.604;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=17;WE=33659801;WS=33659783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr6	33660411	rs653536	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=422;SC=GGCTGGGTCCTCAATATCACA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=33660419;WS=33660404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	33660695	rs3818524	G	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=375;ReadPosRankSum=-0.010;SC=CTGCTCTGTGGAGGCCGCAGC;SOR=0.330;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=31;WE=33660703;WS=33660685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,57:0.52:110
chr6	33661222	rs3818530	C	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=274;ReadPosRankSum=-1.861;SC=ATCCCGAGAACAAATGCCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=16;WE=33661230;WS=33661212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr6	33668370	rs942643	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=0.246;SC=CATTTCACCTAGGCCCTGGGC;SOR=0.591;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=5;WE=33668378;WS=33668360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr6	33679596	rs2274458	A	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.953;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=153;ReadPosRankSum=0.273;SC=TTGTAGGCGCACCGCTACTCT;SOR=0.116;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=13;WE=33679604;WS=33679586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr6	33690796	rs4713668	CA	TG	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,55:0.31:180
chr6	33693487	.	CC	TT	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=780;ReadPosRankSum=0.627;SC=CTGGAAATTCCCTATTCTGGG;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=22;WE=33693496;WS=33693477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr6	33696131	rs13204162	C	T	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=881;ReadPosRankSum=0.052;SC=AGCCTCCACACGGACATGCAG;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=50;WE=33696139;WS=33696121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,61:0.68:90
chr6	33740325	rs11755593	G	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=446;ReadPosRankSum=1.209;SC=ATTCAGCACCGCAGGCCTGGT;SOR=0.775;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=29;WE=33740333;WS=33740315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,39:0.39:101
chr6	33748831	rs2182658	T	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,48:0.38:127
chr6	33748937	rs3833665	G	GA	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=3.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.483;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,55:0.32:174
chr6	33762625	rs11758463	A	G	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=0.971;SC=GGAGAAAAGCAGAGGTTTGCG;SOR=0.606;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=21;WE=33762633;WS=33762615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,47:0.41:114
chr6	33768679	.	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=123;ReadPosRankSum=-0.565;SC=TGAGTGATGCCAGTGAAGGCG;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=11;WE=33768687;WS=33768669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr6	33992315	rs142390852	T	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=56;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AGGCAGAAGTTTGGTGTCCAA;SOR=0.069;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=33992323;WS=33992313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr6	33992533	.	G	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GAATCACTTAGCCGGATGGTG;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=14;WE=33992541;WS=33992523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr6	34003314	rs34906910	A	T	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=5.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=1.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr6	34003336	rs2451381	T	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=1.250;SOR=1.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,7:0.11:66
chr6	34003685	rs2228623	T	C	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1051;ReadPosRankSum=0.722;SC=GGGGGTCGAGTGTCCGCTGGT;SOR=0.691;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=306;TCF=146;TCR=160;TR=106;WE=34003693;WS=34003675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,159:0.34:469
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chr6	34026938	rs2451359	C	T	9632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=108;PP=2965;SC=AGCCCAGCCGCGTCTGTCCAC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=93;TCR=108;TR=200;WE=34026946;WS=34026928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr6	34078463	rs744102	G	A	15117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.02;NF=166;NR=238;PP=2965;SC=CTCCAGGAGCGTGTGTCTGCC;SOR=0.977;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=406;TCF=168;TCR=238;TR=404;WE=34078471;WS=34078453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,604:1.00:604
chr6	34211341	rs35381162	GT	G	4200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=33;PP=1889;SC=GCTCTTTTGAGTTGAGGGTGT;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=45;WE=34211349;WS=34211331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	34212743	rs2780219	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=687;SC=CACCGCCCCCACCCCTTCCCC;SOR=3.180;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=19;WE=34212751;WS=34212724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	34213296	rs1150783	T	C	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=60;PP=2144;SC=CCCCCTTCGGTTACAGGAAGG;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=112;WE=34213304;WS=34213286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	34214322	rs1150781	C	G	8274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=95;PP=2965;SC=ACCAGCCGCCCCCATCCCAGA;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=86;TCR=96;TR=180;WE=34214330;WS=34214312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr6	34214994	rs3997805	G	GTC	2101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=32;PP=1848;SC=TGGCTGCCTCGTCTCCTCCCT;SOR=1.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=39;WE=34215002;WS=34214984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	34215228	rs1150780	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr6	34389796	rs34411335	GA	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.713;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.817;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr6	34512032	.	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=501;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TGTCCTCAGGGTACAGCATGT;SOR=0.519;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=46;WE=34512040;WS=34512022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,68:0.33:203
chr6	34664207	rs3800456	T	G	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=16;PP=1087;SC=GCGCTGGCACTGCGGGGCCGG;SOR=2.463;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=67;WE=34664215;WS=34664197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	34735652	rs371572218	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr6	34848264	rs4646938	T	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr6	34949451	rs3817473	C	T	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=39;PP=2830;SC=ATGTGATCTGCTTGTTAACCC;SOR=1.523;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=102;TCR=40;TR=141;WE=34949459;WS=34949441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	34949607	rs2293242	C	T	12382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=144;PP=2965;SC=CAGCACTGTACGGGCGACTGG;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=276;TCF=132;TCR=144;TR=275;WE=34949615;WS=34949597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr6	34951024	rs76989831	G	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=912;ReadPosRankSum=0.663;SC=GGGTGACCAGGGGACACACGA;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=197;TCF=95;TCR=102;TR=69;WE=34951032;WS=34951014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,102:0.31:324
chr6	34962019	rs11755713	G	C	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=714;SC=ATTTGTTCCAGACTGCCTGTC;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=34962027;WS=34962009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	34962060	rs3823438	G	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=388;ReadPosRankSum=-1.672;SC=AAGATACACTGGATGTTTCTC;SOR=0.952;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=25;WE=34962068;WS=34962050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr6	34977663	rs9380481	C	A	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.42;QD=29.38;SOR=5.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	34977813	rs12661991	A	G	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.55;QD=25.73;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	35027814	rs820086	G	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=2.041;SC=TTGGCTGTTTGATGGTAATGA;SOR=0.357;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=8;WE=35027822;WS=35027804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr6	35027927	rs820085	T	C	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=18;PP=736;SC=TCATCAGGTTTACGGACGCTG;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=35027935;WS=35027917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	35046154	rs820100	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=4;PP=363;SC=CAGCTCTGCCTAGCTCCCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=35046162;WS=35046144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	35047579	rs2762338	G	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=507;ReadPosRankSum=2.203;SC=CTGTCACCTCGCTGCTCCTCA;SOR=0.718;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=30;WE=35047587;WS=35047569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
chr6	35047732	rs2689094	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=-0.028;SC=CAGAAAGGAATGTATGTTTGT;SOR=0.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=15;WE=35047740;WS=35047722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr6	35050506	rs2177382	G	A	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=74;PP=2921;SC=TGCGGCCCCCGAGCCTGGCAG;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=90;TCR=74;TR=164;WE=35050514;WS=35050496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr6	35053383	rs66645129	CTAGGAAGAG	C	1226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=2938;ReadPosRankSum=-1.127;SC=CAACAGAGACCTAGGAAGAGT;SOR=0.929;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=15;WE=35053399;WS=35053382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr6	35054672	rs4276486	G	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=0.748;SC=GGGGCCTGCTGCCTCCAGCCC;SOR=0.380;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=19;WE=35054680;WS=35054662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
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chr6	35056443	rs2005	A	G	8942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=140;PP=2965;SC=ATAGGCTCCCACTGCCACCAC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=95;TCR=142;TR=234;WE=35056451;WS=35056433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr6	35058117	rs707968	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.35;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
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chr6	35087938	.	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=309;ReadPosRankSum=1.401;SC=CAGCTCACCTGGAGTGAAAGT;SOR=0.735;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=22;WE=35087946;WS=35087928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
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chr6	35089811	rs2077750	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=-0.344;SC=TGGTCAAGACGATGGCTATAA;SOR=0.313;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=11;WE=35089819;WS=35089801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr6	35104018	rs12661389	C	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=900;ReadPosRankSum=3.032;SC=AACAATGAGCCCATGCAAGTC;SOR=0.601;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=61;WE=35104026;WS=35104008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,84:0.67:125
chr6	35107682	rs3777748	T	A	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.610;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=351;ReadPosRankSum=1.049;SC=CAAATTTTTTTAAAAAGGAAT;SOR=3.368;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=20;WE=35107690;WS=35107672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr6	35109032	rs142118879	CGCGGCCTG	C	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=6;PP=2080;SC=CGGTGGGCCTCGCGGCCTGGC;SOR=0.846;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=35109047;WS=35109022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	35203203	rs13214290	T	G	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.68;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr6	35205541	rs1929849	T	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=11;PP=830;SC=GAGCCTCCCTTGGCTTAATGC;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=35205549;WS=35205531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	35205881	rs734538	G	A	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=47;PP=1441;SC=ATTAGGGGATGACACCTCCTC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=35205889;WS=35205871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	35212848	.	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=1.538;SC=AGGGCAGGAAGGAAGATGGAC;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=35212856;WS=35212844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr6	35216296	rs2071920	C	T	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	35258539	rs763157	C	A	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=44;PP=1283;SC=GGAGGGTTCTCGTTCTGTTTG;SOR=1.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=57;WE=35258547;WS=35258529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	35259261	rs1894650	C	G	4687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=48;SC=GACCTGGAGCCCAGTGCCATC;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=131;WE=35259269;WS=35259251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr6	35259646	rs9366883	G	C	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=107;PP=2757;SC=GCTGGTCTGGGGGTAGGGTAT;SOR=1.363;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=55;TCR=107;TR=161;WE=35259654;WS=35259636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr6	35260503	rs1557567	C	T	9312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=141;PP=2965;SC=GCAGTGCCCACGGCGAGCTGG;SOR=0.927;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=245;TCF=102;TCR=143;TR=243;WE=35260511;WS=35260493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr6	35260530	rs1557568	C	T	8265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=123;PP=2965;SC=CGGAGGAGAGCGAGCAGGCCC;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=102;TCR=123;TR=225;WE=35260538;WS=35260520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr6	35279942	.	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr6	35279972	.	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr6	35285720	rs2395617	A	C	7889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=88;PP=2965;SC=AAGACAGCCAACCGCACGTAT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=89;TCR=88;TR=177;WE=35285728;WS=35285710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr6	35288616	.	A	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=465;ReadPosRankSum=-0.714;SC=ACTCCATGCCATGGATGATGG;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=28;WE=35288624;WS=35288606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr6	35378778	rs2016520	C	T	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=25;PP=1094;SC=ATGGGAACCACCCTGTAGAGG;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=35378786;WS=35378768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	35391787	rs2076167	C	T	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=39;PP=1673;SC=TGACTGCAAACGAGGGGAGCC;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=95;WE=35391795;WS=35391777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	35423489	rs7757405	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=265;ReadPosRankSum=0.990;SC=CCTTCAGCCAAACACTTAACT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=20;WE=35423497;WS=35423479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr6	35423662	rs4713867	A	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=504;ReadPosRankSum=0.289;SC=CCCCTGACCCAGATGCCTGGC;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=46;WE=35423670;WS=35423652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,76:0.42:179
chr6	35423774	rs140563583	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,28:0.22:130
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chr6	35443921	.	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr6	35448189	rs760782	T	C	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,127:0.37:342
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chr6	35473318	rs72896709	C	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=496;ReadPosRankSum=0.511;SC=TGTAGACTCCCGGGCCCACCC;SOR=0.815;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=45;WE=35473326;WS=35473308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,74:0.30:244
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chr6	35477025	.	CTTCTTTA	GTTCTTTA,GTTCTTTG	1404	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=59.94;NF=94,34;NR=45,12;PP=1404,703;QD=10.3508720327;SC=TTTGATTGCTCTTCTTTATCA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=139,46;WE=35477040;WS=35477015;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:141
chr6	35477032	rs2064317	A	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=4.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,64:0.34:191
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chr6	35477303	rs9296155	T	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=1224;ReadPosRankSum=0.290;SC=ACTCTAGACCTGGCAAACTCC;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=59;WE=35477311;WS=35477293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr6	35477804	rs9688674	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=231;ReadPosRankSum=-0.076;SC=CAGGGAGGCTGAAAGCTTGAC;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=14;WE=35477812;WS=35477794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr6	35478612	rs2273001	G	A	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=50;PP=1650;ReadPosRankSum=-2.176;SC=TTCCCTGTGAGCTCTCTCAGC;SOR=0.470;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=107;WE=35478620;WS=35478602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,166:0.69:239
chr6	35478782	.	C	T	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=926;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TCTTCCTCCTCCTCCTCTGCA;SOR=0.577;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=50;WE=35478790;WS=35478772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,65:0.64:102
chr6	35479574	rs7764472	G	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=24;PP=669;SC=CGGCCTCCCCGTCCGCCCAGC;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=35479582;WS=35479564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	35479876	rs2273003	C	G	107.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=-0.792;SC=CAGGGCTCGGCGACACCCGCG;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=35479884;WS=35479866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr6	35480082	.	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=2.682;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr6	35480262	rs1540910	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.512;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=225;ReadPosRankSum=2.514;SC=AAACCCCAAGTCCCCAAACAG;SOR=0.859;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=12;WE=35480270;WS=35480252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr6	35586816	.	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.289;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,51:0.36:143
chr6	35587072	.	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=116;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CCAATTATTTCATTTTACAAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=9;WE=35587080;WS=35587062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr6	35610681	rs2143404	T	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=32;PP=856;SC=ATCTTGAATGTCCCTGGGAAC;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=35610689;WS=35610671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	35705892	rs2817041	T	C	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=37;PP=1101;SC=AGGATGAGTATGCCAAGAGCA;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=35705900;WS=35705882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	35706062	rs371929037	GT	G	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCTGATAGCGGTGGGGGGGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=35706071;WS=35706052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr6	35715303	rs2252881	G	C	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=668;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CTTCCTTGCTGAGGCCCAGAC;SOR=0.637;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=159;TCF=62;TCR=97;TR=50;WE=35715311;WS=35715293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,64:0.28:229
chr6	35744303	rs2766578	C	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr6	35745655	rs2478467	C	T	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr6	35748931	rs34109614	T	C	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=-3.315;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
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chr6	35803283	rs2859420	C	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,72:0.26:281
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chr6	35960390	rs17707331	C	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=569;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CAGGTAAGCACTCATTGCAGA;SOR=0.674;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=41;WE=35960398;WS=35960380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,68:0.61:112
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chr6	35967772	rs17713154	T	C	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=638;ReadPosRankSum=1.383;SC=AACTCACCAATGGACATTTGA;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=53;WE=35967780;WS=35967762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,85:0.64:132
chr6	35980105	.	G	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=491;ReadPosRankSum=-0.400;SC=TTCTAGGAAGGGAAAGATTGT;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=44;WE=35980113;WS=35980095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,75:0.31:241
chr6	35980121	rs743923	C	T	4264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=50;PP=1218;ReadPosRankSum=-1.218;SC=ATTGTAAGCACGCATCGTAGG;SOR=0.561;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=55;TCR=87;TR=83;WE=35980129;WS=35980111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,143:0.66:216
chr6	36041431	rs851010	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=-2.335;SC=TGACAATAGAAGGTTGGAGGT;SOR=1.022;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=8;WE=36041439;WS=36041421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr6	36041707	rs3730326	G	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=306;ReadPosRankSum=0.539;SC=GTAGGATGGAGATTGTCTTTT;SOR=1.220;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=19;WE=36041715;WS=36041697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr6	36064036	rs851007	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GCATGCACAAGTGTGTTTTAT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=5;WE=36064044;WS=36064026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr6	36075219	rs9470219	A	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=-2.507;SC=CTTCCTGTCTATGGTACTGAT;SOR=0.459;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=17;WE=36075227;WS=36075209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr6	36098333	rs12191295	T	C	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=14;PP=811;SC=GCCGCCACGCTGGGGCCGCCG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=36098341;WS=36098323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	36098410	rs1059227	A	C	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=25.08;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	36098497	rs146539855	T	TGGGGGGC	170.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=34.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	36103921	rs2252430	G	A	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=37;PP=1225;SC=TTGGAGGGAGGGGACACTGCC;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=36103929;WS=36103911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	36189887	rs2301422	C	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=365;SC=GAAGGGGAGTCGGCGTTTTAG;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=36189895;WS=36189877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	36190156	rs2157317	C	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=161;SC=TGAGCTCCCCCAAACTCTTGG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=36190164;WS=36190146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	36198106	.	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.651;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr6	36198107	.	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.444;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr6	36260914	rs2239796	C	T	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=35;PP=1196;SC=GTGAGTGCTTCGGCATGGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=72;WE=36260922;WS=36260904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	36261885	rs4713949	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=959;SC=CTGGTGCCATATCCCATGGGC;SOR=2.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=40;WE=36261893;WS=36261875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	36262991	rs4713951	C	T	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=459;SC=TCTTAGCAGACAGTGAGGGAT;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=36262999;WS=36262988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	36269603	rs10947600	G	A	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=24;PP=1309;SC=CTGCTGCCAGGGCTGAGTAAC;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=68;WE=36269611;WS=36269593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	36270130	rs12199580	C	A	13016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=153;NR=186;PP=2965;SC=CCCACTTCACCCAGGCCATCC;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=339;TCF=153;TCR=186;TR=339;WE=36270138;WS=36270120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr6	36274153	rs12197079	C	T	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=72;PP=1669;ReadPosRankSum=0.908;SC=CCTTATGTAACGTAAGTTTCC;SOR=0.820;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=172;TCF=67;TCR=105;TR=113;WE=36274161;WS=36274143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,170:0.65:263
chr6	36275458	rs4713956	T	C	3511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=60;PP=1598;ReadPosRankSum=-0.769;SC=CCCAAGACATTCGGGATCCAA;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=111;WE=36275466;WS=36275448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,168:0.65:257
chr6	36287312	rs743852	G	C	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=-0.097;SC=TGGCTGCGCAGGGTGGCTACC;SOR=0.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=31;WE=36287320;WS=36287302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr6	36288879	rs112374394	G	GGTCTCAGCT	516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=2897;ReadPosRankSum=2.574;SC=ATGGAACCCAGGTGGGTAGAT;SOR=0.593;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=36288887;WS=36288869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr6	36289145	rs763018	A	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr6	36290030	rs12190546	C	G	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=664;ReadPosRankSum=0.986;SC=CCTGTGAACTCCATGTGGAAG;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=47;WE=36290038;WS=36290020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,56:0.71:79
chr6	36290176	.	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=339;ReadPosRankSum=1.646;SC=CAACTGGCTCCCCTTCTGCGG;SOR=0.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=28;WE=36290184;WS=36290166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,42:0.37:114
chr6	36290330	.	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=1.140;SC=CAGGCTCCTCGGTGAGTTTCC;SOR=0.804;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=12;WE=36290338;WS=36290320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr6	36294200	rs763020	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=351;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CAACGCAACCTTTAAAATGGT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=17;WE=36294208;WS=36294190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr6	36294864	rs41270098	A	G	4459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=61;PP=2181;ReadPosRankSum=-1.847;SC=TCTGAATGATAGCATCCTCTG;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=111;TCR=92;TR=135;WE=36294872;WS=36294854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,205:0.65:316
chr6	36294915	rs6923009	T	A	5024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=73;PP=2250;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CTAAATGCACTGACAACTCCT;SOR=0.522;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=144;WE=36294923;WS=36294905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,225:0.67:335
chr6	36296623	rs12192390	G	A	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.014;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=764;ReadPosRankSum=1.674;SC=GCTGCAGCCCGCTCTAGGCTT;SOR=0.296;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=52;WE=36296631;WS=36296613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,62:0.69:90
chr6	36341294	rs3213530	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=6.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.158;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr6	36353169	rs6901513	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=1.908;SC=CTTGAACCCAGGAGCTGGAAG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=36353177;WS=36353159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr6	36355372	rs2234071	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CTCCCCTGGCTGTGGCTGCTG;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=15;WE=36355380;WS=36355362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr6	36359696	rs199820722	TTA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-2.371;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr6	36452603	rs201092661	TA	T	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
chr6	36489608	rs145025744	A	G	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=543;ReadPosRankSum=0.044;SC=AAAAGTTATAAAAGAAATGCC;SOR=0.986;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=38;WE=36489616;WS=36489598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,60:0.40:150
chr6	36645588	rs762624	A	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,28:0.26:107
chr6	36645696	rs2395655	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-3.526;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
chr6	36652339	rs3176352	C	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,52:0.29:177
chr6	36686272	rs236487	C	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=8;PP=473;SC=CTCCACAGAGCGACTCTCGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=36686280;WS=36686262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	36686407	rs236486	C	T	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=19;PP=832;SC=CCGAACAGGTCTTTAATATCT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=36686415;WS=36686397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	36688424	rs5875554	TG	T	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TAGCACACAGTGCACACATAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=2;WE=36688432;WS=36688414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr6	36689030	rs236478	A	C	9978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=112;PP=2965;SC=GGGACCAGCTACTGAGCAACT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=116;TCR=113;TR=228;WE=36689038;WS=36689020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr6	36689630	rs236477	C	T	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	36689961	rs183541	A	C	11666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=110;PP=2965;SC=ACAAGAGGGCAGAGGTGGGCA;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=180;TCR=111;TR=290;WE=36689969;WS=36689951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr6	36695519	rs236472	T	C	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=46;PP=1532;SC=TCAAGAGGGATCTTATATCCT;SOR=0.932;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=80;WE=36695527;WS=36695509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	36695661	rs236471	A	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=422;SC=CATAGTACAGACTTCAAACCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=36695669;WS=36695651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	36696330	rs236470	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=244;SC=GAAGGATGGGGGAAAGGGTCC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=36696338;WS=36696320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	36698285	rs190201	G	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr6	36698556	rs57522248	AC	A	796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.94;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	36698561	rs13199451	C	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5982;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=487;SC=CCCCCACCCCCCCCCTTGCAG;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=12;WE=36698569;WS=36698546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	36711406	rs3213534	G	A	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=20;PP=1318;SC=GGGGTGTGAGGTCCGCCTGGC;SOR=1.497;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=64;WE=36711414;WS=36711396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	36712632	.	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=315;ReadPosRankSum=-1.496;SC=ATCCAGCACCGGACTCTGCAG;SOR=0.357;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=21;WE=36712640;WS=36712622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr6	36712962	rs743870	C	T	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=87;PP=2363;SC=GGTCTGTCTGCGGGACCTCTG;SOR=1.566;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=34;TCR=87;TR=121;WE=36712970;WS=36712952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	36713263	rs763046	A	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=26;PP=977;SC=CGTCGATGCCACAGCATGAGG;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=55;WE=36713271;WS=36713253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	36714139	rs3213535	A	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=5;PP=567;SC=CCCCAGCCTGATCAGTCCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=36714147;WS=36714129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	36715833	rs1010790	A	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=12;PP=1257;SC=TGGGGATACTACTGCCATCTT;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=36715841;WS=36715823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	36723884	.	C	G	148	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.7605;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=3;PP=148;QD=20.3079125052;SC=CACCCCTCCCCACCCCATCTC;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=36723892;WS=36723874;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr6	36733070	rs3752482	A	G	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.260;NF=33;NR=21;PP=564;ReadPosRankSum=2.634;SC=GGCTGTCCCCATCCCCACTCA;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=54;WE=36733078;WS=36733060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,97:0.39:249
chr6	36733132	rs763048	G	A	6671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.02;MQRankSum=-1.333;NF=96;NR=69;PP=2364;ReadPosRankSum=-1.257;SC=GATCCCAGTCGTACACCTCCA;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=148;TCR=106;TR=165;WE=36733140;WS=36733122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,322:0.64:502
chr6	36742708	.	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,39:0.29:135
chr6	36759741	rs9366916	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=586;SC=CAGGGGCTCAGGGAGGCCAGC;SOR=1.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=36759749;WS=36759731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	36759768	rs9349011	C	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=430;ReadPosRankSum=0.538;SC=TCCATCACCCCCACCCCAACC;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=31;WE=36759776;WS=36759758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr6	36760195	.	T	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=516;ReadPosRankSum=0.636;SC=AGACCAGTGGTTCTCAAACTT;SOR=0.842;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=43;WE=36760203;WS=36760185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,65:0.38:171
chr6	36766292	rs6940728	C	T	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=547;ReadPosRankSum=1.248;SC=CACAGAGAAACGATGAAGGCA;SOR=0.562;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=44;WE=36766300;WS=36766282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr6	36767920	rs11419511	T	TG	564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=288;SC=GGGAGAGCACTGGCTCAGAGC;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=36767928;WS=36767910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	36789940	rs3842097	C	CG	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.187;NF=3;NR=6;PP=159;ReadPosRankSum=-0.340;SC=ACGCACACTGCGGGGGGAGGA;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=9;WE=36789948;WS=36789930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,24:0.23:103
chr6	36790639	rs4711470	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=126;ReadPosRankSum=-0.750;SC=CTTCACAAGCGTGCAGGCTGG;SOR=0.481;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=11;WE=36790647;WS=36790629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr6	36824399	rs2071823	C	T	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=505;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CATCTTCAAACTGTTTGCCAT;SOR=0.701;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=40;WE=36824407;WS=36824389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,67:0.32:212
chr6	36842427	rs2303993	C	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=2;PP=223;SC=GCCAGGAACGCAGACCCGTGG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=36842435;WS=36842417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	36853685	rs11461876	G	GC	566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=452;SC=ACAAGGCCTCGCCCAGGAGTG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=36853693;WS=36853675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	36853708	.	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.842;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.923;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=163;ReadPosRankSum=0.676;SC=GGGTTGCTTCCGGGTCGCGCT;SOR=0.470;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=9;WE=36853716;WS=36853698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr6	36853786	rs11461877	A	AG	1384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.168;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=850;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GAGGAGCCCGAGGGGCGCGAG;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=36853797;WS=36853776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
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chr6	36887476	rs11542163	C	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=471;ReadPosRankSum=0.390;SC=CAGGGGATATCGGTATGTAGG;SOR=0.457;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=35;WE=36887484;WS=36887466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr6	36922385	rs1405070	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=1.084;SC=GACCCAAAGCGCCCAGCCCTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=9;WE=36922393;WS=36922375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr6	36930687	rs17624006	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=155;ReadPosRankSum=0.439;SC=CAGCACTCATGCCCGTTCTCG;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=16;WE=36930695;WS=36930677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr6	36930814	rs41272198	T	C	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=34;PP=1365;ReadPosRankSum=1.183;SC=AAATGGGTACTCCTTCTTCCC;SOR=0.619;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=200;TCF=135;TCR=65;TR=94;WE=36930822;WS=36930804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,114:0.43:265
chr6	36931162	rs2296934	A	G	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=823;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GGGCAAGGGAACTCCTACCCC;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=58;WE=36931170;WS=36931152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,79:0.36:220
chr6	36936640	rs1042987	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.167;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=818;ReadPosRankSum=0.230;SC=CCTCACCCACGGTGGCCAGGT;SOR=0.508;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=174;TCF=64;TCR=110;TR=60;WE=36936648;WS=36936630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,76:0.31:248
chr6	36944495	rs708007	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CCTGGCACCTACCCAGGGCTG;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=36944503;WS=36944485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr6	36949527	rs2293390	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=2.084;SC=ACACCTCTTGCCCCCTTTGCT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=18;WE=36949535;WS=36949517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr6	36976539	.	A	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
chr6	36976637	rs831510	G	C	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=434;ReadPosRankSum=0.366;SC=CCAGAGGCCAGAGGCTAGAGG;SOR=0.683;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=38;WE=36976645;WS=36976627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,68:0.27:251
chr6	36976901	rs6927538	C	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=668;ReadPosRankSum=0.460;SC=CCCTGACCTCCCCTCCACACA;SOR=0.490;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=46;WE=36976909;WS=36976891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr6	36976946	rs4714032	G	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=64;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TTCCCCAGGTGGGGGTATGGT;SOR=0.307;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=8;WE=36976954;WS=36976936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr6	36978745	rs1724088	G	A	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,145:0.36:408
chr6	36978834	rs1753288	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=557;ReadPosRankSum=0.318;SC=CAGGCCAGTGACCAGGACACC;SOR=0.852;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=127;TCF=41;TCR=86;TR=40;WE=36978850;WS=36978824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,50:0.31:159
chr6	36978879	rs1724087	T	C	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=52;PP=1503;SC=TCTCCTCACCTCACCCCTTCT;SOR=2.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=64;WE=36978887;WS=36978869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	36982664	rs6916366	C	G	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=983;ReadPosRankSum=1.659;SC=CCCCAACCCCCTAGGAGCGGC;SOR=0.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=65;WE=36982672;WS=36982654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,85:0.65:131
chr6	36983526	rs41272210	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=199;ReadPosRankSum=-1.356;SC=GGGCCACTCACGCCTGTGTCT;SOR=0.671;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=17;WE=36983534;WS=36983516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr6	36988664	rs200533829	ATG	A,ATGTG	32.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.282;NF=1;NR=2;PP=40;ReadPosRankSum=-2.117;SC=GTATGTATGCATGTGTGTGTG;SOR=0.774;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=3;WE=36988673;WS=36988654;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.16:32
chr6	36990915	rs13217855	G	A	16938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=278;PP=2962;ReadPosRankSum=0.469;SC=CACCCACCCCGTCATCCTCTC;SOR=0.742;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=775;TCF=358;TCR=417;TR=493;WE=36990923;WS=36990905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:473,895:0.65:1368
chr6	36995212	.	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,49:0.24:201
chr6	37138023	rs59116171	GGCA	G	4985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=24;PP=2248;SC=CGGCGGGACCGGCAGCAGCAG;SOR=1.074;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=45;WE=37138036;WS=37138013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	37140670	rs71773641	AT	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.733;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
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chr6	37250112	rs195753	A	G	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.224;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,96:0.30:315
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chr6	37349066	rs34150698	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=523;ReadPosRankSum=0.583;SC=GCATTAATAAGATGGTAAATA;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=45;WE=37349074;WS=37349056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,81:0.38:216
chr6	37418263	rs2270687	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.790;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=0.710;SC=CTGTGTCAAGAGGGAGTGTCA;SOR=1.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=21;WE=37418271;WS=37418253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr6	37443950	rs9462313	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=417;ReadPosRankSum=-1.499;SC=AGCCTAGTCGGCCCGACATGA;SOR=0.473;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=33;WE=37443958;WS=37443940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
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chr6	37447075	rs2797790	G	A	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=34;PP=895;SC=GCAGCCTCAAGTACTCCTGCA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=53;WE=37447083;WS=37447065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	37447994	rs1874736	C	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GCCCACAGTGCTGGCTTCTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=37448002;WS=37447984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr6	37450914	rs10692	T	C	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=40;PP=1882;SC=TTGATCCTGATCAAGGGGCCA;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=100;WE=37450922;WS=37450904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	37475508	rs62408372	A	G	157.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=1.383;QD=26.30;ReadPosRankSum=0.674;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr6	37475514	rs62408373	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=1.282;QD=26.35;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr6	37501866	rs1541227	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=0.590;SC=GACAAAATGTAAATTAACTCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=37501874;WS=37501856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr6	37501967	rs2797786	A	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=19;PP=998;SC=TTGAGTTACCAAGAGGTGTCC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=37501975;WS=37501957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	37502110	rs62406767	C	G	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=405;ReadPosRankSum=0.980;SC=GAGTCCTGGACAAATCAAGAT;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=27;WE=37502118;WS=37502100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,40:0.29:138
chr6	37502585	rs1317487	C	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TTAAATTATGCAAGTAATACA;SOR=1.085;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=37502593;WS=37502575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr6	37522966	rs6942122	T	C	142.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	37605768	.	G	A	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.926;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=8;PP=1006;ReadPosRankSum=0.123;SC=TGCTCATCACGAGGGTGGGGG;SOR=0.994;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=155;TCF=131;TCR=24;TR=62;WE=37605776;WS=37605758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,70:0.39:180
chr6	37611796	rs45511994	G	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=254;SC=TCTCTGCCTAGGCCTCTGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=37611804;WS=37611786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	37614203	.	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=635;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CCCTCAGTTTCCTCATCTGTG;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=40;WE=37614211;WS=37614193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr6	37620129	rs2273109	G	A	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=54;PP=1673;SC=GTGAGTGGATGGGGAGGGAAG;SOR=1.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=86;WE=37620137;WS=37620119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	37623566	rs3846874	C	T	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=66;PP=2167;SC=AGCGGGCAGGCGGGTTGGAGT;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=119;WE=37623574;WS=37623556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr6	37664563	rs193136982	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,50:0.30:166
chr6	37787810	.	TGGGGGCG	T	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.180;QD=24.53;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr6	37897839	rs2273441	C	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=1.603;SC=TTTTTTGGTTCTTTTTAAGAC;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=17;WE=37897847;WS=37897829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
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chr6	38109839	rs9470796	T	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=1.286;SC=GGTCTAAAGCTCACACTCCAT;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=38109847;WS=38109829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr6	38110010	rs12662543	G	A	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=682;ReadPosRankSum=1.414;SC=GGGAAAGATGGGGAAAATGTT;SOR=0.650;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=47;WE=38110018;WS=38110000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,77:0.58:133
chr6	38147355	rs6458044	A	G	7640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=112;PP=2965;SC=CCCACAGCGCAGCTCCTGCCC;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=105;TCR=112;TR=217;WE=38147363;WS=38147345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr6	38312936	rs28360643	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,49:0.31:158
chr6	38455368	rs113789617	CGA	C	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr6	38472125	rs9380754	GG	CT	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=560;ReadPosRankSum=-0.621;SC=AACTGATGATGGGCTATTATT;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=14;WE=38472134;WS=38472115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr6	38520431	rs113914480	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=0.517;SC=TCATCCTAGCTACTCGGGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=6;WE=38520439;WS=38520421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr6	38560215	rs2180106	T	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=6.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr6	38560242	rs73733941	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=7.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr6	38650628	rs4746	T	G	8222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.064;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.047;SC=ACTCTGGGTCTCATCATCTTC;SOR=0.272;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=95;TCR=90;TR=183;WE=38650636;WS=38650618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,327:1.00:328
chr6	38670837	rs1049346	G	A	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,165:0.63:261
chr6	38697839	rs56284095	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=390;SC=TCTCTTATACATAGATAATCC;SOR=1.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=38697847;WS=38697829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	38702212	rs1698996	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	38718186	rs56323406	C	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=478;SC=CTGAATTTCCCGAGTAAACTT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=38718194;WS=38718176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	38718402	rs56148146	G	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=31;PP=765;SC=TAAACTGAGGGCAGTGGCTCG;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=38718410;WS=38718392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	38743659	.	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=175;ReadPosRankSum=1.188;SC=ATATGACATTCTGGATCCAAG;SOR=0.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=16;WE=38743667;WS=38743649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr6	38746090	rs1033526	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.34;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr6	38746098	rs1033525	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.69;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr6	38750705	rs3800357	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=225;ReadPosRankSum=0.053;SC=CATTTTACATATAAGTACTTT;SOR=0.307;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=14;WE=38750713;WS=38750695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr6	38759404	.	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,42:0.22:192
chr6	38771096	rs12192604	T	C	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr6	38794183	rs34231573	A	AT	664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=251;ReadPosRankSum=-0.421;SC=AAATGATTGCATTTTTTTTTC;SOR=0.356;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=19;WE=38794191;WS=38794173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr6	38795956	rs61748602	G	T	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=941;ReadPosRankSum=1.347;SC=CCTTCATCCTGCAGGAAGCCT;SOR=0.691;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=67;WE=38795964;WS=38795946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,92:0.68:136
chr6	38802347	.	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=0.799;SC=TTATATTCTTCCTTACAGGAA;SOR=0.830;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=9;WE=38802355;WS=38802337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr6	38817991	.	AATGCTAATCTTT	A	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.673;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.18;MQRankSum=1.627;NF=12;NR=1;PP=2934;ReadPosRankSum=0.811;SC=CAATTATCCAAATGCTAATCT;SOR=2.559;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=13;WE=38818010;WS=38817981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr6	38867567	.	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=383;ReadPosRankSum=-0.384;SC=ACGAATAATTCGAACGTCGTG;SOR=0.560;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=25;WE=38867575;WS=38867557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr6	38873960	rs7750330	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=0.998;SC=TGGGATTACAGGTGTGAGCCA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=3;WE=38873968;WS=38873950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr6	38877605	rs4714198	C	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=230;ReadPosRankSum=0.611;SC=CAGCAGAAGACTCTTTCTATT;SOR=0.850;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=19;WE=38877613;WS=38877595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr6	38885010	rs11291395	TA	T	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=201;ReadPosRankSum=-0.658;SC=TAATCCCAAATATAGACTATC;SOR=0.743;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=7;WE=38885018;WS=38885000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
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chr6	38913177	rs522327	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,34:0.29:118
chr6	38950129	.	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=615;ReadPosRankSum=2.549;SC=AAGGAGCGACGAAAATTTGGC;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=81;TCR=65;TR=52;WE=38950137;WS=38950119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,90:0.36:250
chr6	38952246	rs34819199	GCACA	G,GCACACA	560.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=31.15;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,13:0.28,0.72:18
chr6	38952287	rs35676616	G	T	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=7;PP=232;SC=CCAGCAATTGGGCCAGGCATG;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=38952295;WS=38952277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	38957720	.	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr6	38957771	rs3737095	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=-0.473;SC=ATTTCTTTTGTTTTCTCTCAC;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=19;WE=38957779;WS=38957761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr6	38957853	rs3737094	A	G	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=622;ReadPosRankSum=1.034;SC=AAATCCCCTTATGCAAAACCT;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=146;TCF=91;TCR=55;TR=50;WE=38957861;WS=38957843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,74:0.34:215
chr6	38976849	rs28360624	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=0.506;SC=TGGTGACTATGTGGCAGATTA;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=38976857;WS=38976839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr6	38979946	rs9296273	T	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=345;SC=AAGAGAAATGTCAGATGAGAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=38979954;WS=38979936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	38980081	rs10484847	A	G	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=577;ReadPosRankSum=-0.902;SC=AGTCATTTCAATACTCCGCAG;SOR=0.869;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=41;WE=38980089;WS=38980071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,67:0.64:105
chr6	38980297	.	C	T	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=593;ReadPosRankSum=0.166;SC=TCTTGGGATTCGTCCACACTG;SOR=0.710;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=51;WE=38980305;WS=38980287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,98:0.36:271
chr6	38980428	.	G	A	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=565;ReadPosRankSum=0.235;SC=GTGCTCATAGGAGATTTGGCA;SOR=0.884;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=134;TCF=49;TCR=85;TR=42;WE=38980436;WS=38980418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,71:0.32:224
chr6	39016636	rs10305420	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr6	39033495	.	GG	AA	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=450;ReadPosRankSum=1.174;SC=AGTGCCGCAGGGCCACGTGTA;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=16;WE=39033504;WS=39033485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr6	39033602	rs6918287	A	G	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=42;PP=1741;SC=AGCGAGGGGAAAGAGTGAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=39033610;WS=39033592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr6	39033803	.	G	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=205;ReadPosRankSum=0.968;SC=CAGGGCCCAAGATATCCAAGA;SOR=0.313;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=15;WE=39033811;WS=39033793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr6	39034095	rs10305457	C	T	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.241;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=56;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GTGGCCCGGACCCTGGGAGGG;SOR=0.932;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=91;WE=39034103;WS=39034085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,148:0.67:221
chr6	39034195	rs4711571	A	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=-1.109;SC=TCCTTCTCTCAAGAGCTCTCT;SOR=0.641;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=29;WE=39034203;WS=39034185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr6	39034210	rs4711572	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CTCTCTACAGAGCCCTGACCG;SOR=0.502;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=19;WE=39034218;WS=39034200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr6	39034248	rs9296277	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-0.690;SC=AACACAGGATGTGATACTGTG;SOR=0.922;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=14;WE=39034256;WS=39034238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr6	39040654	rs2235868	A	C	5334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=75;PP=2138;ReadPosRankSum=0.930;SC=GCACTGCACCAGGAACTACAT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=129;TCR=100;TR=170;WE=39040662;WS=39040644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,253:0.70:359
chr6	39041502	rs1042044	A	C	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=5.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,123:0.65:190
chr6	39046363	.	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=-2.035;SC=ATGACTAACGGAACTGGGTCT;SOR=1.125;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=21;WE=39046371;WS=39046353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
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chr6	39053657	rs201609729	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=259;ReadPosRankSum=2.024;SC=TGATGGCTTTCGTTTCCCTCC;SOR=0.849;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=22;WE=39053665;WS=39053647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
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chr6	39267447	.	C	T	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=428;ReadPosRankSum=0.082;SC=CCATGCCATCCCAAAGAGGAT;SOR=0.703;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=42;WE=39267455;WS=39267437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,78:0.33:233
chr6	39313544	.	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.542;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,34:0.24:143
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chr6	39325078	rs20455	A	G	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,107:0.59:181
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chr6	39545689	rs12697946	T	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=0.536;SC=AAGCCGCCACTCTTAACTGGC;SOR=0.481;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=13;WE=39545697;WS=39545679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr6	39563863	rs7738892	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=210;ReadPosRankSum=-1.723;SC=AGTTGATATACTTGGCCTCTG;SOR=1.133;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=21;WE=39563871;WS=39563853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr6	39682367	rs303701	G	A	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=30;PP=2034;SC=TGCAGCCTAAGTATATAATTG;SOR=1.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=97;WE=39682375;WS=39682357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	39828593	rs2504099	A	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=399;ReadPosRankSum=0.861;SC=GGAGGAAGATAGTAGTAGCCT;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=25;WE=39828601;WS=39828583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr6	39828840	.	G	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=604;ReadPosRankSum=1.041;SC=TCATGGCATGGGGTGGCTCTT;SOR=0.855;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=45;WE=39828848;WS=39828830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,63:0.41:155
chr6	39828862	rs2504098	A	C	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=855;ReadPosRankSum=0.020;SC=CTGCCTTGGCATGCTCATGCA;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=51;WE=39828870;WS=39828852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,80:0.57:140
chr6	39832111	rs2504787	A	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=396;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GGCAGAGCTGAGAAATGAATC;SOR=1.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=24;WE=39832119;WS=39832101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr6	39832363	rs2504094	C	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.04;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	39832964	rs2504093	T	C	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=49;PP=1192;SC=TGGCCAACTCTGCCTCACCTG;SOR=1.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=68;WE=39832972;WS=39832954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	39839164	rs2504088	T	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	39845825	.	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=299;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GACCTGGAGAGACACCTGGGA;SOR=2.200;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=17;WE=39845833;WS=39845815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr6	39846137	rs2504086	A	G	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=35;PP=1316;SC=CATTACTCACATTCTCTCCTT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=39846145;WS=39846127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	39851679	rs2504082	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=377;ReadPosRankSum=0.746;SC=GGAGGCATGGAGCATCTTCAT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=21;WE=39851687;WS=39851669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr6	39851818	rs3003929	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr6	39855112	rs3003945	T	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=1;PP=393;SC=TTAGCTATTATCCACCCTCCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=39855120;WS=39855111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	39855427	rs3008810	C	T	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=18;PP=611;SC=GGTGGAGGAACGGAGTGGTGG;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=30;WE=39855435;WS=39855417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	39855490	rs5875688	C	CTGGA	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=601;SC=AGGCATTGATCTGGAACTGTC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=39855498;WS=39855480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	39864730	rs3008815	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,74:0.28:265
chr6	39865047	rs3004067	T	C	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=478;ReadPosRankSum=0.319;SC=TTCCAGAAGCTGCCAAAGTCA;SOR=0.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=47;WE=39865055;WS=39865037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,85:0.42:203
chr6	39866805	rs3830992	A	AACAATGGGC	1191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.277;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,35:0.28:124
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chr6	39873399	rs1063171	G	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=428;ReadPosRankSum=-2.842;SC=AAGAGGGGTGGGTGGAACAGC;SOR=0.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=26;WE=39873407;WS=39873389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
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chr6	39895410	rs3008822	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,15:0.20:76
chr6	40360465	rs3734557	A	G	6781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=61;PP=2965;SC=TGCCGCCCAGAATCTGGCTGT;SOR=1.082;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=102;TCR=62;TR=163;WE=40360473;WS=40360455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	40360755	rs3734555	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=9.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr6	40360781	rs3734554	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.211;HP=4;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=359;ReadPosRankSum=0.049;SC=AAGACAGACACGGGGACACAG;SOR=0.727;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=23;WE=40360789;WS=40360771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr6	40399446	rs7775772	T	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=2.823;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr6	41001948	.	GG	AA	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=261;ReadPosRankSum=1.517;SC=AGCTGAGATGGGCCTGGTAGG;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=10;WE=41001957;WS=41001938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr6	41052002	rs6908595	A	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=374;SC=ATTACAACCTATTTGATAATT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=41052010;WS=41051992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	41057862	rs202114917	A	AT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,14:0.19:72
chr6	41127558	.	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=455;ReadPosRankSum=-0.926;SC=ACATGGGCATCCTCGAAGCTC;SOR=0.630;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=59;TCR=83;TR=41;WE=41127566;WS=41127548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,78:0.32:244
chr6	41169021	rs5875743	C	CA	701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.54;NF=0;NR=15;PP=668;SC=GGCCCCAAGCCGGGAGGACTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=41169029;WS=41169011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	41196034	rs6458202	T	C	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=47.19;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	41196040	rs6458203	T	C	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=43.99;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	41196041	rs6458204	C	T	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=43.99;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	41196095	rs6458205	C	T	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=44.62;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	41196104	rs10700462	C	CCTT	3574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=20;PP=1749;SC=GCGTCTGACTCCTCCTGAGAG;SOR=1.108;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=33;WE=41196112;WS=41196085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	41196156	rs2803496	C	T	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=25.25;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	41196605	rs9369265	T	C	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=50;PP=1960;SC=CTCCAAGCCCTGGACAGCAGT;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=115;WE=41196613;WS=41196595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	41196727	rs2101269	C	T	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=66;PP=1907;SC=GAATCTACAACGCTTCCGAAA;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=113;WE=41196735;WS=41196717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	41197785	rs9296357	T	C	4772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=44;PP=1532;SC=ACTGTCTTCTTTGTGTCCTCT;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=86;WE=41197793;WS=41197775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	41197857	rs7769759	C	T	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=38;PP=1188;SC=GGCTCTGAGACCAGGTAGGTC;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=65;WE=41197865;WS=41197847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	41198909	rs4337930	T	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=22;PP=491;SC=TATTACAACATGATAATAATA;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=34;WE=41198917;WS=41198899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	41200293	rs12526284	T	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=414;SC=ACTGTGCATTTTATTTATTTA;SOR=2.200;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=41200301;WS=41200283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	41204405	.	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.116;SC=GGGCCAGATTCTGTTCCTAGA;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=7;WE=41204413;WS=41204395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr6	41243786	.	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.888;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr6	41244020	rs2234242	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr6	41250466	rs2234237	T	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=398;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TTTTCCTCAGTTAATTTAGTT;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=40;WE=41250474;WS=41250456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,63:0.38:165
chr6	41250609	rs12524876	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-2.400;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr6	41303539	.	C	T	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.417;ClippingRankSum=0.000;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1056;ReadPosRankSum=0.857;SC=GCAGCAGAATCAGGCCCAGCT;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=253;TCF=141;TCR=112;TR=91;WE=41303547;WS=41303529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,164:0.38:436
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chr6	41303784	rs9471575	G	A	3916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1355;ReadPosRankSum=-2.244;SC=GGCAGGTTGTGCGCGTGGCCT;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=87;WE=41303792;WS=41303774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,103:0.67:154
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chr6	41318438	rs2273962	A	G	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=19;PP=1242;SC=GTGGAAAACCATGATGGAGCT;SOR=1.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=41318446;WS=41318414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr6	41553057	rs72858995	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=0.306;SC=GAAAGCCAGACCATGTTTTAG;SOR=0.264;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=14;WE=41553065;WS=41553047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr6	41554993	rs11758591	G	C	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=915;ReadPosRankSum=1.857;SC=GTAGAAAGCCGAGTGTTCGTG;SOR=0.786;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=69;WE=41555001;WS=41554983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,97:0.37:262
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chr6	41562530	rs9367109	A	G	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,99:0.58:170
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chr6	41617600	.	T	A	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=618;ReadPosRankSum=0.305;SC=CCATCCCATCTCTCCCTGGGA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=72;TCR=96;TR=58;WE=41617608;WS=41617590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,90:0.35:258
chr6	41617626	rs2073159	G	C	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,107:0.65:164
chr6	41617658	rs2281326	G	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=909;ReadPosRankSum=2.650;SC=TGGGCCCACTGGAGCACCTTC;SOR=1.426;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=53;WE=41617666;WS=41617648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr6	41620975	rs2842657	A	G	3099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.721;NF=69;NR=46;PP=1631;ReadPosRankSum=0.891;SC=CCGCTGCCGCAGGCCCCCACA;SOR=0.731;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=169;TCF=104;TCR=65;TR=115;WE=41620983;WS=41620965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,148:0.65:227
chr6	41652604	rs1062966	T	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=474;ReadPosRankSum=-2.771;SC=GGAATGGGGATGGTGGCTGGG;SOR=0.516;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=42;WE=41652612;WS=41652594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr6	41652876	.	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=7.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=-2.985;SOR=1.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr6	41654110	rs1076727	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=638;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GGTGGAGGTGGCTGATCTCAG;SOR=2.093;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=35;WE=41654118;WS=41654100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr6	41655005	rs2073157	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=292;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CTTCAGGGCAGCCTGCAGCTT;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=20;WE=41655013;WS=41654995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr6	41655340	rs9462736	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=297;ReadPosRankSum=0.812;SC=CACCACTGAGCGACAGCAATG;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=19;WE=41655348;WS=41655330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
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chr6	41658889	rs1015149	C	T	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=919;ReadPosRankSum=0.475;SC=TGCGCTCCCGCTGCTCCTCCT;SOR=0.754;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=65;WE=41658897;WS=41658879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,95:0.66:144
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chr6	41710111	rs61731757	G	A	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.965;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=530;ReadPosRankSum=-1.057;SC=CCTCATCCACGGACAGAGCAG;SOR=0.481;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=147;TCF=85;TCR=62;TR=50;WE=41710119;WS=41710101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,79:0.35:224
chr6	41721617	rs55967101	T	C	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.404;NF=22;NR=10;PP=398;ReadPosRankSum=-0.649;SC=ATTTTTTCTCTGGTCTTTGAT;SOR=0.464;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=32;WE=41721625;WS=41721607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,67:0.67:100
chr6	41721682	rs59644697	G	GT	980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.556;NF=10;NR=11;PP=803;ReadPosRankSum=1.589;SC=TGGAAAGGAGGTGTACTGGAT;SOR=1.040;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=21;WE=41721690;WS=41721672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,38:0.30:128
chr6	41740483	rs140148336	CGT	C	175.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	41744948	rs3761781	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAGTTACAATGTGTTAAGGAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=41744956;WS=41744938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr6	41748279	rs10947986	A	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=403;SC=GGCAGAGGCCATGGAGCCCGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=41748287;WS=41748269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	41753380	rs3747753	G	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=575;ReadPosRankSum=-1.087;SC=GTATCAGGGAGTGGGGAGAAG;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=30;WE=41753388;WS=41753370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr6	41754370	rs10947987	C	T	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=6;PP=920;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CGAGGACTCTCGGCGGCGGCG;SOR=1.055;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=73;TCF=62;TCR=11;TR=51;WE=41754378;WS=41754360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,62:0.73:85
chr6	41754573	rs140326303	C	CCTT	12721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.003;NF=37;NR=95;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.870;SC=CCCGAACACTCCTCGCTGCTG;SOR=0.585;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=61;TCR=152;TR=132;WE=41754581;WS=41754563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,317:0.67:475
chr6	41755708	rs41273794	C	T	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=738;ReadPosRankSum=-1.481;SC=GGCTGTGCCTCACTGAGATCC;SOR=0.668;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=41;WE=41755716;WS=41755698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr6	41771487	.	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=290;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GCAGCACCTTAAACTGATATT;SOR=0.144;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=14;WE=41771495;WS=41771477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr6	41773576	rs2185798	G	C	4556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=53;PP=2353;ReadPosRankSum=1.880;SC=ACACTGAGTGGAGCATGGCGA;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=131;TCR=84;TR=137;WE=41773584;WS=41773566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,207:0.67:311
chr6	41773735	rs6926173	G	A	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=972;ReadPosRankSum=0.671;SC=TCCAGCAGAAGCCCTCCCGCT;SOR=0.831;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=211;TCF=84;TCR=127;TR=80;WE=41773743;WS=41773725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,120:0.39:306
chr6	41884700	rs41271269	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GCACCAAATCGTCAGTTATCC;SOR=0.633;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=11;WE=41884708;WS=41884690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr6	41888827	rs2274578	C	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=530;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CACAGAAACTCCTTCAGTTCC;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=142;TCF=56;TCR=86;TR=43;WE=41888835;WS=41888817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,53:0.27:198
chr6	41895150	rs2296916	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=0.466;SC=TGACGAGGACGAGGAGTGGCC;SOR=0.755;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=29;WE=41895158;WS=41895140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,42:0.28:148
chr6	41898096	rs2479726	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=99;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TGCCTGCATCACATACTAAAG;SOR=1.251;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=9;WE=41898104;WS=41898086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr6	41898564	rs12661819	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GAGTTTGGGACGGACAGGCTT;SOR=0.527;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=41898572;WS=41898554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr6	41903782	rs1051130	A	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,33:0.30:111
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chr6	42045171	rs2492931	A	G	4355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=58;PP=1908;ReadPosRankSum=1.397;SC=AGTGTCCTGCAGTCTAGGGAC;SOR=0.754;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=190;TCF=99;TCR=91;TR=128;WE=42045179;WS=42045161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,215:0.66:328
chr6	42094585	rs35231653	C	CAA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr6	42096364	.	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CCTTGGTGTCCCCAGCCAGAG;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=9;WE=42096372;WS=42096354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr6	42110263	rs6911399	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=334;SC=TCAGCACGGTTTCCCCAGGGG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=17;WE=42110271;WS=42110253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr6	42123416	.	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=175;ReadPosRankSum=0.603;SC=GGACCTCTGCGATCTCTCTGG;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=17;WE=42123424;WS=42123406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
chr6	42130646	.	C	T	3650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DP=626;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,210:0.34:624
chr6	42130658	.	G	A	3331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=67;PP=1524;ReadPosRankSum=-0.209;SC=CCCCTCCCAGGACTCACAGAA;SOR=0.666;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=395;TCF=207;TCR=188;TR=130;WE=42130666;WS=42130635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:444,204:0.31:648
chr6	42141269	rs9471793	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=-0.232;SC=GGACGGCCCCGTTGTCGGCCA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=42141277;WS=42141260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	42146298	rs1467448	G	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,30:0.26:115
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chr6	42154104	rs6909313	G	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=282;SC=GCCGAGGCGGGTGGATCATTT;SOR=2.093;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=42154112;WS=42154094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	42155594	rs34922942	C	CT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.268;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr6	42155611	rs9462780	T	G	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.66;QD=30.30;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	42155666	rs9462781	C	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=9;PP=304;SC=CTTACTGCAGCCTTCAACTCC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=42155674;WS=42155656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	42155930	rs9462782	G	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=5;PP=128;SC=TCTAATATGTGTATTTTAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=42155938;WS=42155920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	42156031	rs151241798	CGTGTGTGTGTGTGTGT	C	143.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	42156239	rs73434275	G	A	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.851;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=401;ReadPosRankSum=0.499;SC=TTCAGTCCCCGCTGGCCACTT;SOR=0.074;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=27;WE=42156247;WS=42156229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr6	42156550	rs74600252	T	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=3.155;SC=ACACAGGGCTTCTCCTCCTCC;SOR=0.293;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=10;WE=42156558;WS=42156540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr6	42162575	rs1474867	A	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=25;PP=645;SC=CCTGAGGAGCATCAGGGAGCA;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=42162583;WS=42162565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr6	42182183	rs1884317	C	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=12;PP=271;SC=TTATTTCAGACGAAGATACTG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=42182191;WS=42182173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	42185564	rs9471809	A	C	9391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=115;PP=2965;SC=GGCACACAGCACCGAACGCTG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=104;TCR=117;TR=218;WE=42185572;WS=42185554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr6	42185712	rs9471810	A	T	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=47;PP=1338;SC=AGAGACATGAACCTGTGCTTT;SOR=1.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=42185720;WS=42185702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	42210936	rs3830886	T	TG	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=344;ReadPosRankSum=0.904;SC=AACCTGGGCCTGGGGTGGGAG;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=13;WE=42210944;WS=42210926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr6	42210951	rs2295276	C	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.903;NF=11;NR=7;PP=196;ReadPosRankSum=0.468;SC=TGGGAGCTGTCCCAGCACAAG;SOR=0.886;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=18;WE=42210959;WS=42210941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,21:0.22:95
chr6	42224546	rs2295275	A	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,31:0.17:180
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chr6	42532102	rs3749897	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
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chr6	42571346	rs16895863	A	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.14;ReadPosRankSum=-1.904;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr6	42600319	rs5014584	A	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=10;PP=515;SC=AAGAAAACTTAATGAGCATTA;SOR=1.236;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=29;WE=42600327;WS=42600309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	42600698	rs112421447	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.94;MQRankSum=0.812;QD=9.86;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr6	42607841	rs12204274	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=0.494;SC=GATAGGTTCCCAAAGAGAAAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=42607849;WS=42607831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr6	42611872	rs12198323	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr6	42611936	.	TA	T	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr6	42612312	rs7767888	C	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=246;SC=ATAAATTACACTGACGTTTAT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=42612320;WS=42612302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	42613379	rs3749900	A	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=434;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TTCCCTGCCTATCAGTCTAGT;SOR=0.138;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=25;WE=42613387;WS=42613369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr6	42615950	rs2273176	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=208;ReadPosRankSum=-1.046;SC=TTTTACTTTTCCAGTACATTC;SOR=0.638;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=17;WE=42615958;WS=42615940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr6	42626341	rs7748447	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=336;ReadPosRankSum=1.818;SC=AAAAATGTGCGTTTTAGCATC;SOR=0.698;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=26;WE=42626349;WS=42626331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr6	42627258	rs67388762	TACACAC	T	666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=41.67;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	42627430	rs6916713	C	T	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,42:0.27:156
chr6	42627434	rs6917033	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=4.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,42:0.26:162
chr6	42633368	rs16895923	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr6	42638354	rs3835247	TACATA	T	1192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.763;NF=13;NR=6;PP=932;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TATTAAAATATACATAACATA;SOR=0.754;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=19;WE=42638366;WS=42638344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr6	42638564	rs4460209	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=487;ReadPosRankSum=0.272;SC=ACTTCTTTCGTAGTAAAAACC;SOR=0.550;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=32;TCR=80;TR=36;WE=42638572;WS=42638554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,50:0.33:151
chr6	42641704	rs761537	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=1.462;SC=GCTTCTCTCAGTAATGAATTA;SOR=0.416;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=8;WE=42641712;WS=42641694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr6	42644623	rs2038261	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.176;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
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chr6	42652667	rs434505	G	A	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.74;ReadPosRankSum=0.502;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
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chr6	42666020	rs361524	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-5.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.091;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=733;ReadPosRankSum=-2.222;SC=GGAGGGGAGGGGCCCCAGGGC;SOR=0.042;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=65;TCF=59;TCR=6;TR=38;WE=42666028;WS=42666010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr6	42666061	rs434102	T	C	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=26;PP=2665;SC=CTGGCCTGCGTCTGCGCCCTC;SOR=2.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=93;TCR=26;TR=118;WE=42666069;WS=42666051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	42666145	rs425876	C	T	9491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=144;NR=103;PP=2965;SC=CGGCACGCTCCTCTCCAGCAG;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=145;TCR=107;TR=247;WE=42666153;WS=42666135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr6	42666164	rs390659	G	C	10296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=143;NR=126;PP=2965;SC=AGCCAGCCCTGGCTCTCGCTC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=143;TCR=126;TR=269;WE=42666172;WS=42666154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr6	42666293	rs41273820	G	A	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=66;PP=1589;ReadPosRankSum=0.194;SC=GAATCGCTGGGAGCTGGACCA;SOR=0.206;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=147;TCF=43;TCR=104;TR=99;WE=42666301;WS=42666283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,127:0.70:181
chr6	42666365	rs389999	G	C	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=41;PP=1257;SC=GAGCACTGTGGAGTGTGGGTT;SOR=3.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=42666373;WS=42666355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	42672416	rs3818086	A	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=787;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CTTCCTCCCAACCCCTGCCTC;SOR=0.917;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=50;WE=42672424;WS=42672406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,60:0.63:95
chr6	42689411	rs6928781	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr6	42689526	.	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=200;ReadPosRankSum=-0.351;SC=TCCAGGTAGCGATTGCTGATC;SOR=0.675;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=19;WE=42689534;WS=42689516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr6	42689755	rs7764439	A	G	6793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=80;PP=2965;SC=TGTTGAAGAGAACACAGATAG;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=90;TCR=80;TR=170;WE=42689763;WS=42689745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	42713618	rs2234026	A	G	9614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=113;PP=2965;SC=TCGCTCCCGAACAAAGGTGGC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=123;TCR=113;TR=236;WE=42713626;WS=42713608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr6	42823529	rs9381223	C	T	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=583;ReadPosRankSum=0.988;SC=CTATAGTGACCTTTATGTATA;SOR=1.002;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=35;WE=42823537;WS=42823519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr6	42824756	rs9462840	A	G	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=489;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TTTTATTTGCATGCAAATAAA;SOR=0.667;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=36;WE=42824764;WS=42824746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,57:0.67:85
chr6	42824907	rs9471932	G	A	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TAAGTGATGCGGTACAGAGAC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=76;WE=42824915;WS=42824897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,114:0.67:171
chr6	42830484	rs10456518	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=-0.027;SC=AGCTGGGCACGGTGGCTCACA;SOR=0.986;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=14;WE=42830492;WS=42830474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr6	42851396	rs2395939	G	A	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=586;ReadPosRankSum=-1.118;SC=CTGGGGCAAAGTGTTGCTTAA;SOR=0.639;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=44;WE=42851404;WS=42851386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,78:0.60:131
chr6	42853842	rs2179719	A	G	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	42883911	rs2235831	G	C	2899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1412;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TCAGTCTGCCGAAGCCCATCC;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=92;WE=42883919;WS=42883901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,139:0.61:227
chr6	42890602	rs9462851	A	G	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=709;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CTAGATGGGAAAATGCAAGGA;SOR=1.071;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=38;WE=42890610;WS=42890592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr6	42891022	rs9471966	G	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=725;ReadPosRankSum=-0.089;SC=GGAGCCTTTGGTCTGCCACAC;SOR=0.436;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=49;WE=42891030;WS=42891012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,93:0.68:137
chr6	42902312	.	C	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=718;ReadPosRankSum=2.069;SC=GACCAGAAGGCCTCTGGAGTC;SOR=0.803;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=48;WE=42902320;WS=42902302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,64:0.63:102
chr6	42906241	rs116255295	GCT	ATA	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=1212;ReadPosRankSum=1.228;SC=CCTGCTCAGTGCTCCTTGCCC;SOR=0.560;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=25;WE=42906251;WS=42906231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr6	42906384	rs9471969	G	T	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=642;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AAGAAGAGCAGCAGGGCCAAG;SOR=0.472;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=41;WE=42906392;WS=42906374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,63:0.62:102
chr6	42928461	rs10948059	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=-0.076;SC=AGTGCTTATGCTTTAAGTGCG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=42928469;WS=42928451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
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chr6	42932538	.	G	A	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=947;ReadPosRankSum=-0.408;SC=CTTCCTCCAGGTCATGAACCC;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=60;WE=42932546;WS=42932528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,80:0.71:112
chr6	42932715	rs2274517	C	T	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1490;ReadPosRankSum=0.301;SC=CCTCCTCCCTCGAAAGCCAGT;SOR=0.623;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=152;TCF=60;TCR=92;TR=101;WE=42932723;WS=42932705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,141:0.62:228
chr6	42934500	rs2274514	C	T	4980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=90;PP=2207;ReadPosRankSum=2.532;SC=TCCGCCTTTCCGGTGCCCACG;SOR=0.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=246;TCF=99;TCR=147;TR=153;WE=42934508;WS=42934490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,234:0.64:364
chr6	42934620	rs3818554	C	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.842;NF=12;NR=27;PP=557;ReadPosRankSum=0.518;SC=GGAAAGGACACATGAGCAGGG;SOR=0.476;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=39;WE=42934628;WS=42934610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr6	42935998	rs9471982	G	A	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=531;ReadPosRankSum=0.012;SC=GGCCCCCCCAGCTTTGAGAGG;SOR=0.958;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=31;WE=42936006;WS=42935988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,57:0.65:88
chr6	42936900	rs3805953	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.685;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=442;ReadPosRankSum=-0.453;SC=ACACCACCTGCGGTGCTCTGG;SOR=0.264;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=31;WE=42936908;WS=42936890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr6	42942779	rs9986447	A	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=501;ReadPosRankSum=0.397;SC=AAGTACCTCTATTAGAGAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=30;WE=42942787;WS=42942769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr6	42946490	rs9462858	C	A	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=638;ReadPosRankSum=-1.465;SC=GCGGTCCGGGCACTGGGAGGG;SOR=0.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=38;WE=42946498;WS=42946480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr6	42946559	rs140486558	G	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=290;ReadPosRankSum=-1.573;SC=GCCCCAGCGAGGTGCCAAGCA;SOR=0.951;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=25;WE=42946567;WS=42946549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr6	42946943	rs9462859	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr6	43014298	rs9394939	TT	CC	6985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=44;PP=2947;SC=TGTTGATGGGTTGGTGGGTTC;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=109;WE=43014307;WS=43014288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	43018765	rs372224208	TCTC	T	2214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=1073;ReadPosRankSum=1.872;SC=CCGGCACTGATCTCCTCATAA;SOR=0.435;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=28;WE=43018775;WS=43018755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,61:0.37:164
chr6	43021976	rs34298469	CG	C	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.832;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr6	43023883	.	G	A	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=55;PP=1162;ReadPosRankSum=-2.704;SC=TTTCTGTGGCGATGATCCAGC;SOR=0.764;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=275;TCF=119;TCR=156;TR=93;WE=43023891;WS=43023873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,139:0.36:391
chr6	43030975	.	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=263;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CCTCAGGGTCCATCAGCTCTA;SOR=0.976;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=15;WE=43030983;WS=43030965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr6	43044707	rs192759295	C	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=175;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CCCACCCCACCCGGCAGGGTC;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=20;WE=43044715;WS=43044697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,26:0.29:90
chr6	43106761	.	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=207;ReadPosRankSum=0.987;SC=GCGGGGCCTTCCCTCCACTTG;SOR=1.796;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=15;WE=43106769;WS=43106751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr6	43109751	rs6905948	G	A	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=62;PP=2965;SC=AGGCCCAGGGGGACCCCAAGC;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=101;TCR=62;TR=162;WE=43109759;WS=43109741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
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chr6	43114211	rs60930750	C	CT	307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=376;SC=TCCCAGTGAACTTCCCCCTGG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=43114219;WS=43114201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr6	43222724	.	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=281;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TTGGTGGCAGGGTTGAGAGGT;SOR=0.404;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=25;WE=43222732;WS=43222714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
chr6	43266454	rs368655555	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=1020;ReadPosRankSum=0.557;SC=CTGGGAGTACGACCACTCAGA;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=60;WE=43266462;WS=43266444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,80:0.60:134
chr6	43266627	rs367819534	A	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=342;ReadPosRankSum=-1.773;SC=GGGGCTATGAATATAAGGCAC;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=17;WE=43266635;WS=43266617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr6	43269029	rs1574430	A	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=616;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GCATGCATATATGTGTGTGGT;SOR=0.349;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=40;WE=43269037;WS=43269019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr6	43269179	rs2841648	CC	AA	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=692;ReadPosRankSum=-1.633;SC=CATTCGAGACCCACTCGTCTC;SOR=0.212;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=18;WE=43269188;WS=43269169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr6	43270097	rs2651184	T	C	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=16;PP=439;SC=TCACGCAAGCTGGGACACTGC;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=43270105;WS=43270087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	43270151	rs2270860	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=2.244;SC=TAGTGTCCTCCGGTGAGCCCA;SOR=0.715;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=7;WE=43270159;WS=43270141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr6	43270326	rs2841646	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=5;PP=374;SC=GAGACTCCGCACCCTATCCAG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=43270334;WS=43270316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	43272188	rs4149178	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.325;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=262;ReadPosRankSum=0.805;SC=ACATGAGTGTATGAACACAAA;SOR=1.371;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=17;WE=43272196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr6	43273604	rs2242416	A	G	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=842;ReadPosRankSum=0.329;SC=CACATCGCCAATGTTCACACC;SOR=0.690;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=50;WE=43273612;WS=43273594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,84:0.62:135
chr6	43276383	.	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=1761;ReadPosRankSum=1.357;SC=CGCTGCAGGTGAAAAGGGTGT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=52;WE=43276398;WS=43276373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,71:0.44:160
chr6	43276390	rs2254303	G	A	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=2206;ReadPosRankSum=-2.170;SC=GGTGAAAAGGGTGTCTGGGAC;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=63;WE=43276398;WS=43276373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,106:0.56:188
chr6	43304971	.	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=371;ReadPosRankSum=1.409;SC=TTCCCTGAGGGACCATATTGT;SOR=0.733;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=30;WE=43304979;WS=43304961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,49:0.34:143
chr6	43306346	rs1459675	A	G	11163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NR=134;PP=2965;SC=GCTGGTACTTACTCCCTCATC;SOR=0.833;Source=Platypus;TCR=134;WE=43306354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr6	43306788	.	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=462;ReadPosRankSum=0.032;SC=AGGGCCACCAGAGTTTTTGCA;SOR=0.696;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=36;WE=43306796;WS=43306778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
chr6	43307861	rs10948072	G	A	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=826;ReadPosRankSum=-1.519;SC=GATACTTGGGGTCACCAATGA;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=204;TCF=106;TCR=98;TR=64;WE=43307869;WS=43307851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,97:0.30:320
chr6	43336771	rs9381238	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=217;SC=GGGACTCCCCCCGGCTGCTGC;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=43336779;WS=43336761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	43399837	rs700008	A	G	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=26;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CTGGCTCCTGAGTCAGCCACG;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=100;TCR=43;TR=88;WE=43399845;WS=43399827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,116:0.63:183
chr6	43401105	rs9394952	G	A	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=1176;ReadPosRankSum=0.166;SC=TAAGGTGAGCGGGTACTTGGG;SOR=0.450;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=66;WE=43401113;WS=43401095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,95:0.66:145
chr6	43413077	rs139298364	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.040;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=365;ReadPosRankSum=0.498;SC=CCTCGGGGGTAGGGGAGTGCA;SOR=0.278;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=71;TCF=15;TCR=56;TR=26;WE=43413085;WS=43413067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr6	43414216	rs1214746	T	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=653;SC=CCCTACCTCATCCACAAGTTA;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=43414224;WS=43414206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	43414234	rs1214747	G	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=17;PP=493;SC=TTAGTCCACCGCTCTCCCAGA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=43414242;WS=43414224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	43417047	.	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.271;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=193;ReadPosRankSum=-0.147;SC=AGTTCATTTTCCTTTTAGAGC;SOR=2.167;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=16;WE=43417055;WS=43417037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr6	43469445	.	GACACACACACAC	G	122.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.55;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr6	43469496	.	A	T	616	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=80;MMLQ=23;MQ=58.99;NF=1;NR=11;PP=616;QD=54.2309343789;SC=ACACACACACACTCTCTCTGT;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=12;WE=43469505;WS=43469476;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,12:0.57:21
chr6	43469519	rs111549887	C	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=0.610;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTCTCTG;SOR=0.486;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=14;WE=43469527;WS=43469509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr6	43469816	.	T	A	141	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=24;MQ=46.25;NF=7;NR=2;PP=141;QD=19.5301347275;SC=ACACACACACTCTCTCTCTCT;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=9;WE=43469824;WS=43469811;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,9:0.45:20
chr6	43471637	rs114801660	A	T	5079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=93;PP=2409;ReadPosRankSum=-1.765;SC=GCCCATCACTAGTTCTGGGGG;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=232;TCF=90;TCR=142;TR=155;WE=43471645;WS=43471627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,236:0.65:361
chr6	43484730	.	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=342;ReadPosRankSum=1.678;SC=GGACGGGGGCGGGGAAAAATC;SOR=0.766;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=18;WE=43484738;WS=43484720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr6	43492578	rs2257082	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=184;ReadPosRankSum=1.869;SC=CCAGTGCCTCGTATATCTGGA;SOR=2.462;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=11;WE=43492586;WS=43492568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr6	43494319	rs1150800	A	G	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=23;PP=1215;SC=ACTACATGTAAGGTGTCTTCT;SOR=1.265;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=65;WE=43494327;WS=43494309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	43495909	.	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,41:0.27:151
chr6	43496662	rs1106841	A	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=0.633;SC=TTACAAAGACACGTGCTGCAA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=22;WE=43496670;WS=43496652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr6	43501580	rs11404474	C	CA	364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	43521263	.	TAC	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,12:0.13:89
chr6	43533305	rs11362688	TA	T	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.136;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr6	43538208	rs35642078	T	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=10.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr6	43546261	.	CA	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.733;QD=1.24;ReadPosRankSum=-1.909;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr6	43572950	rs12212631	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,13:0.18:73
chr6	43623281	.	C	T	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=542;ReadPosRankSum=0.839;SC=CAGGGGGGCTCCTCTCCTGTC;SOR=0.570;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=44;WE=43623289;WS=43623271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,67:0.47:142
chr6	43738350	rs2010963	C	G	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	43738977	rs25648	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=324;ReadPosRankSum=-1.520;SC=GTCGGGCCTCCGAAACCATGA;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=28;WE=43738985;WS=43738967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,54:0.35:156
chr6	43745095	rs2146323	C	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=1.826;SC=TTTGGAAGGACTTGCCTGATT;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=43745103;WS=43745094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr6	43745484	.	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.373;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr6	43747371	rs3025007	C	T	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=844;ReadPosRankSum=0.619;SC=TGTCTGCCTCCAGTGCTGTGC;SOR=0.402;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=56;WE=43747379;WS=43747361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,88:0.63:140
chr6	43747450	rs3025009	G	A	7937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=124;NR=87;PP=2965;SC=CCAGAGCGAGGGGATGCGGAA;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=126;TCR=88;TR=211;WE=43747458;WS=43747440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr6	43747577	rs3025010	T	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=660;ReadPosRankSum=-1.675;SC=TCTCTTGGGCTTGGCAGGCAT;SOR=0.841;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=156;TCF=59;TCR=97;TR=49;WE=43747585;WS=43747567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,80:0.32:250
chr6	43748643	rs3025052	T	C	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=11;PP=348;SC=CCCCTGGTCCTTCCCTGGCTC;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=19;WE=43748651;WS=43748633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	43968564	.	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.067;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr6	43970503	.	C	CGCG	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.489;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr6	44081718	rs6883	G	A	6356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=86;PP=2965;SC=TGTTGGAGTCGAATCTGGGGG;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=76;TCR=87;TR=162;WE=44081726;WS=44081708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr6	44081987	rs4711767	T	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=20;PP=540;SC=CTGTATCTCTTATGGTCAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=44081995;WS=44081977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	44102572	rs3841315	C	CT	15671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;PP=2966;SC=CCACCTGCCCCGGTTTCCCAG;SOR=1.039;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCF=35;WE=44102580;WS=44102562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr6	44104306	rs56168551	G	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=28;PP=890;SC=CAAAGAAAGTGATTCAACCAA;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=44104326;WS=44104296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr6	44121383	rs368796332	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=335;ReadPosRankSum=-0.163;SC=GCACTGGTTCCGAGGTCAGGG;SOR=0.679;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=26;WE=44121391;WS=44121373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr6	44122416	rs10537719	TCTC	T	745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.196;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr6	44134581	rs914503	C	T	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.07;NF=39;NR=69;PP=2033;SC=GACTGCAGACCCGTCGTGGCT;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=108;WE=44134589;WS=44134571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	44134610	rs34901210	TTCC	T	752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.349;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.284;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
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chr6	44136630	rs35949119	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=354;ReadPosRankSum=2.687;SC=AATGCTGGGATTACAGGTGTG;SOR=0.829;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=23;WE=44136638;WS=44136620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr6	44136667	rs35889800	A	AT	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=1.603;SOR=1.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
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chr6	44136911	rs112447145	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=145;ReadPosRankSum=-1.359;SC=GCTGAAGAGATCCTCCCACCT;SOR=0.838;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=10;WE=44136919;WS=44136889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr6	44140275	rs1418487	A	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=18;PP=537;SC=TGGGTTTTGGACTAATTATCA;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=44140283;WS=44140265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	44140320	rs1418488	C	G	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=148;SC=ATCATGTAAGCTAATTTTTTA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=44140328;WS=44140310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	44140818	rs3813500	C	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,22:0.22:98
chr6	44144743	rs57294700	A	AG	1091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.572;NF=2;NR=32;PP=969;ReadPosRankSum=-0.560;SC=CTGGTGGGTGAGGGGTGAGAG;SOR=0.992;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=110;TCF=11;TCR=99;TR=34;WE=44144751;WS=44144733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,49:0.32:155
chr6	44144861	rs62401127	T	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.386;NF=12;NR=12;PP=508;ReadPosRankSum=-1.061;SC=GTTAGTCAGATTTCACAGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=24;WE=44144869;WS=44144851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr6	44145212	.	C	CCTTT	973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=38.95;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	44147337	rs56277421	C	T	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=44;PP=1644;SC=TCTGACTCTCCTCTTTCTTCC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=92;WE=44147345;WS=44147327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	44149113	rs67257607	A	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	44149153	rs143990221	CCA	C	105	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	44149211	.	TACAG	T	105	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5001;HP=2;HapScore=4;MGOF=117;MMLQ=27;MQ=45.01;NF=0;NR=4;PP=105;QD=37.0;SC=CACACTCACATACAGACACAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=44149236;WS=44149201;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,4:1.00:4
chr6	44185254	rs3734701	T	C	6480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.76;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr6	44185254	.	TGCCTGCTGCT	CGCCTGCTGCA,CGCCTGCTGCT	1353	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=59.87;NF=42,63;NR=35,49;PP=1353,297;QD=18.2658165567;SC=GCTGCTGTCCTGCCTGCTGCT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=77,112;WE=44185272;WS=44185244;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.69:112
chr6	44185264	rs79241016	T	A	3369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=3.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.46;ReadPosRankSum=-1.909;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,152:0.79:193
chr6	44216544	rs112518852	GT	G	1182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=4.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.305;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,103:0.35:297
chr6	44218120	rs13296	A	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.717;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.776;NF=34;NR=25;PP=886;ReadPosRankSum=0.225;SC=ATGAAGAAAAACCCAAGATCG;SOR=0.947;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=174;TCF=90;TCR=84;TR=59;WE=44218128;WS=44218110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,86:0.34:250
chr6	44219435	.	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr6	44220076	rs504697	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,28:0.25:112
chr6	44222161	rs35131506	C	CTG	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=169;ReadPosRankSum=0.463;SC=GGAAGAGTAACTGGAACCTAC;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=44222169;WS=44222151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr6	44223010	rs1875324	G	T	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=867;ReadPosRankSum=-0.798;SC=TGGAGATGAGGGTGGCTGTCA;SOR=0.783;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=244;TCF=117;TCR=127;TR=78;WE=44223018;WS=44223000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,121:0.36:338
chr6	44224004	.	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=0.783;SC=CTGGGACTGGTAAAATGGAAA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=44224012;WS=44223994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr6	44224924	rs575034	C	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr6	44233400	.	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.244;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=575;ReadPosRankSum=0.188;SC=GCGGGCGCTTCCGGAAAGAGG;SOR=1.190;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=128;TCF=66;TCR=62;TR=43;WE=44233408;WS=44233390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,63:0.36:176
chr6	44241274	.	C	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=463;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GCAGGACATTCAACATGGGAG;SOR=0.985;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=131;TCF=44;TCR=87;TR=37;WE=44241282;WS=44241264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,52:0.31:167
chr6	44247951	rs484757	T	G	8698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.143;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.265;SC=CATTGGCAGTTATGGTTGACA;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=110;TCR=95;TR=203;WE=44247959;WS=44247941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,331:1.00:332
chr6	44253650	rs2297335	A	G	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=6;PP=661;SC=GGGAGAGGGAATCTGAGAGAT;SOR=2.356;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=31;WE=44253658;WS=44253640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	44253749	rs324143	A	G	2834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	44253765	rs2297336	A	G	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.624;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1546;ReadPosRankSum=-0.683;SC=GGTGAAGAGGAAGAGATTCCA;SOR=0.691;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=76;WE=44253773;WS=44253755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr6	44268135	rs325009	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=9;PP=507;SC=CCTTGTGTCACGTAGGCCCTG;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=44268143;WS=44268128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	44268371	rs325008	T	C	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=67;PP=1879;SC=CCACCACTCGTGAGCCCCACG;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=126;WE=44268379;WS=44268361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr6	44269023	rs325007	T	C	13484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=146;PP=2965;SC=GAAAGACAGATGGTGAGCCCA;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=156;TCR=147;TR=301;WE=44269031;WS=44269013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr6	44269059	.	C	T	3045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DP=586;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:398,186:0.32:584
chr6	44269640	rs325006	G	A	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=2;PP=896;SC=TGGGGGAATGGCCTGGGTGAT;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=44269648;WS=44269631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	44269664	rs10578812	CAGG	C	2528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=8;PP=1961;SC=TCTCAGCTGGCAGGAGAAGGA;SOR=2.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=43;WE=44269688;WS=44269654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	44269680	rs325005	C	G	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=19;PP=1579;SC=AAGGAAGCTGCCACCACCCCG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=73;WE=44269688;WS=44269654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	44271045	.	G	A	3852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1547;ReadPosRankSum=1.747;SC=GCGCAGGCCAGGGACCTGGGC;SOR=0.674;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=86;TCR=85;TR=105;WE=44271053;WS=44271035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,184:0.64:287
chr6	44272485	rs79962181	C	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=612;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CTGGCCTTTCCCCACGGAGGC;SOR=0.869;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=42;WE=44272493;WS=44272475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,64:0.40:160
chr6	44272513	rs142094090	C	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=460;ReadPosRankSum=-1.400;SC=GTCCCGTCCTCTGTATACAGT;SOR=0.736;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=37;WE=44272521;WS=44272503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,63:0.41:153
chr6	44273702	rs9395001	C	A	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=209;SC=TGCCTCAAGGCCAGAGCTGGG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=44273710;WS=44273692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	44274797	rs7740535	T	C	6071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=77;PP=2965;SC=CAGACATGAATCCCCAGCGGC;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=91;TCR=77;TR=167;WE=44274805;WS=44274787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr6	44275011	rs324136	T	C	10374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=125;PP=2965;SC=CCAGGGAAGATGCCATCAGAG;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=119;TCR=125;TR=243;WE=44275019;WS=44275001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr6	44278592	rs10807297	A	G	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=12;PP=953;SC=TATTATCTATAAGGTGTTGAG;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=44278600;WS=44278582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	44279114	.	G	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=382;ReadPosRankSum=-0.534;SC=ACATAAGAAGGGGGCTGACTT;SOR=0.515;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=29;WE=44279122;WS=44279104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,46:0.40:115
chr6	44310606	rs883194	C	G	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	44310691	rs883193	A	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=580;SC=TGGAGGGAGTAAGGCTCCCGT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=44310699;WS=44310681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	44310854	rs10948132	G	A	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=25;PP=1174;SC=CATGCTCACTGGAAACAGTCC;SOR=0.870;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=59;WE=44310862;WS=44310844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	44355399	rs2297334	G	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=375;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TATCTCGCGAGACTTGCTATT;SOR=2.170;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=22;WE=44355407;WS=44355389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr6	44355423	rs2297333	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=768;ReadPosRankSum=1.730;SC=CGCCCCCTCCCACCTTGCGCT;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=49;WE=44355431;WS=44355413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr6	44355677	rs11571898	C	CGG	749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.342;QD=11.03;ReadPosRankSum=1.604;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr6	44355682	rs34753552	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=-1.777;QD=13.90;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr6	44355699	rs2297331	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.200;NF=3;NR=18;PP=285;ReadPosRankSum=-1.607;SC=GAGGAGACCCTGTGGGGTCTG;SOR=0.948;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=21;WE=44355707;WS=44355689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr6	44357884	rs6908640	T	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=253;SC=TTAACCTAGGTGGTGTGTATG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=44357892;WS=44357874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	44360680	rs6942323	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AGTAAACCCAAAGCTAAAGCC;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=44360688;WS=44360670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr6	45480190	rs11498194	G	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.287;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,56:0.31:180
chr6	45870999	rs35735653	CAG	C	4536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=38;PP=2299;SC=CAATCTAAAACAGAGATGGCA;SOR=0.961;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=47;WE=45871008;WS=45870989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	45922849	rs3734206	C	T	5155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.26;ReadPosRankSum=2.716;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,235:0.74:317
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chr6	46047590	.	C	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=430;ReadPosRankSum=0.792;SC=CTTCCTTCATCACACTCCCAT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=32;WE=46047598;WS=46047580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr6	46048000	rs1416165	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=461;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CCGAGAGATCTGTTTACAGGG;SOR=0.946;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=40;WE=46048008;WS=46047990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr6	46107312	rs11752816	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GTCCTTCAACGTGTTCATTAT;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=15;WE=46107320;WS=46107302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr6	46107752	rs7451713	C	G	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=61;PP=2664;SC=TACCCATTCACGATACCATCT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=133;WE=46107760;WS=46107742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	46129345	rs2235881	G	A	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=31;PP=1362;SC=GTGGCATGGCGGTGATATTGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=46129353;WS=46129335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	46135489	rs6926570	T	C	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=36;PP=1588;SC=AACCATTCAATAATTTTGGCA;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=82;WE=46135497;WS=46135479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	46135984	rs3806995	G	T	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=34;PP=1061;SC=GACACCAAGAGAAATTTCGAA;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=46135992;WS=46135974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	46293328	rs2277121	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=400;SC=CCTTGCTCTGGGGACGGCTGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=46293336;WS=46293318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	46521602	rs699939	C	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CTGGAAGAAACGAATAAAATT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=46521610;WS=46521592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr6	46563780	rs201855604	G	A	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.636;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,73:0.52:141
chr6	46563817	rs7761731	A	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=396;ReadPosRankSum=-0.309;SC=TTAGAAGGAGATTCTCCAGGT;SOR=0.571;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=34;WE=46563825;WS=46563807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr6	46620252	rs12192544	C	G	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=42;PP=1395;SC=CAAATTCTTCCGCTGAAGGAG;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=84;WE=46620260;WS=46620242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr6	46623698	rs3757241	T	C	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=20;PP=735;SC=TGCGCACAGCTCTAGGGATCA;SOR=0.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=43;WE=46623706;WS=46623688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	46626353	rs953062	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr6	46630068	rs9381469	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=1.969;SC=TATAAAATTCGTGAAATTAAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=46630076;WS=46630058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr6	46632594	rs35884480	T	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr6	46636556	.	GT	G	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr6	46649231	rs7740677	C	T	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=42;PP=1693;SC=GAATACATTACTTTCTTCTCT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=100;WE=46649239;WS=46649221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	46657057	rs3799277	A	G	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=27;PP=1127;SC=TGACCTGAAGACACTGATACT;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=57;WE=46657065;WS=46657047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	46658470	.	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=376;ReadPosRankSum=0.490;SC=TTATTCAATTAGTGAAGAATT;SOR=0.399;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=26;WE=46658478;WS=46658460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
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chr6	46672452	rs148052037	TAATC	T	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TATAAAGTGTTAATCAACATA;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=4;WE=46672463;WS=46672442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr6	46672943	rs1051931	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=9;PP=538;SC=ATCAATAGCTACATTTGAATC;SOR=1.352;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=27;WE=46672951;WS=46672933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr6	46682079	rs1362931	A	C	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=697;SC=TATTGAGGAAACCCAACTCCT;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=46682087;WS=46682069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	46683978	rs41361844	T	TA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=0.812;SC=GCCTGGGCTTTAAAGAAATAC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=46683986;WS=46683968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr6	46684222	rs1805017	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=367;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GGTGTCAAGGCGATCATTATC;SOR=0.721;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=30;WE=46684230;WS=46684212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,52:0.45:116
chr6	46714466	rs9367255	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.286;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr6	46714598	rs9349374	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=505;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CACCAGACACCTAGGGAAGCT;SOR=0.726;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=36;WE=46714606;WS=46714588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,62:0.52:119
chr6	46726441	rs9395212	G	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=1.834;SC=AGTTCAGAAGGCTCTCTCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=46726449;WS=46726431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr6	46761495	rs2274656	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=-0.874;SC=GAAATTACTTGAAACCCAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=46761503;WS=46761485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr6	46766467	rs872018	GG	CC	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=650;ReadPosRankSum=0.346;SC=GCCAGCCCTGGGATGGGCACT;SOR=0.489;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=23;WE=46766476;WS=46766457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr6	46793175	rs6920863	G	A	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,99:0.53:186
chr6	46794048	rs2297018	C	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=2.461;SC=TTTGGAATGACTATCTTTCAT;SOR=0.107;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=19;WE=46794056;WS=46794038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr6	46797329	rs2274657	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-1.830;SC=GCATTCACACGAGGAATGGAT;SOR=0.283;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=11;WE=46797337;WS=46797319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr6	46801071	rs2274658	G	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;ReadPosRankSum=0.318;SC=TGGTTTTGGGGTAACTTTATA;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=36;WE=46801079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,65:0.54:120
chr6	46803018	rs2297020	A	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.865;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr6	46803102	rs2297019	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=173;ReadPosRankSum=-1.531;SC=GGGAAAGGCCATGTTAGAGGA;SOR=0.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=15;WE=46803110;WS=46803092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr6	46803345	rs12196017	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTGCATGCTTGCTCCTGGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=46803353;WS=46803335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr6	46806710	.	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.204;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr6	46806809	rs1804211	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr6	46826508	rs613870	G	A	6306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=65;PP=2859;SC=AAGAAGTCCGGTTCTTGGTCA;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=150;WE=46826516;WS=46826498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr6	46826715	rs572248	T	A	10464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=136;NR=113;PP=2965;SC=CACCTTCTTCTACATAGCACC;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=137;TCR=114;TR=249;WE=46826723;WS=46826705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr6	46826844	rs571247	T	C	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=99;PP=2895;SC=ATGGCATAGTTGTATTGTGGC;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=65;TCR=99;TR=163;WE=46826852;WS=46826834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr6	46826910	rs611779	G	A	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=73;PP=2831;SC=GGATATCCTGGGCAAGGATGG;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=128;WE=46826918;WS=46826900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr6	46826979	rs9381487	A	G	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.603;NF=29;NR=27;PP=716;ReadPosRankSum=0.665;SC=AGTTTTCTAGATAGCTCTTGT;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=56;WE=46826987;WS=46826969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,91:0.49:185
chr6	46827073	rs547499	A	G	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.926;NF=21;NR=29;PP=677;ReadPosRankSum=0.771;SC=CTTGATTACCATGCTGCTCAT;SOR=0.812;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=50;WE=46827081;WS=46827063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,94:0.48:194
chr6	46827126	rs610856	C	T	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=60;PP=2042;SC=GGCTATCTCCCGACTGTAATG;SOR=0.794;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=111;WE=46827134;WS=46827116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr6	46827239	rs9395218	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.103;NF=10;NR=24;PP=533;ReadPosRankSum=1.209;SC=CCAAGGATGACATTAACCGTA;SOR=0.887;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=34;WE=46827247;WS=46827229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr6	46828670	rs540727	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=388;SC=AAATTTACCAATCAATTCAGC;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=46828678;WS=46828660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	46831060	rs476374	C	T	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=72;PP=2030;SC=CTTTTCCTAACAGAATTTTAT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=42;TCR=72;TR=114;WE=46831068;WS=46831050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr6	46832741	rs529201	T	C	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=27;PP=1380;SC=GTCCCTGCCCTGACTATAACA;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=81;WE=46832749;WS=46832731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	46832813	rs614826	G	A	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=626;ReadPosRankSum=-0.071;SC=ATGGGCTCCAGACTGAATTAT;SOR=0.754;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=49;WE=46832821;WS=46832803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,88:0.40:220
chr6	46834685	rs586024	G	A	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	46834906	rs5875987	TG	T	947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=21;PP=864;SC=TGAGATGGAATGGAAATAATC;SOR=2.387;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=46834914;WS=46834896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	46836995	rs515866	T	C	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=7;PP=149;SC=TTGCTGCTCCTGGGCTTTACT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=46837003;WS=46836985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	46838659	rs10668775	T	TTG	520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=322;SC=ACACAACTCTTTGTTAAAACT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=46838667;WS=46838649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	46856100	rs678312	G	A	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=25;PP=1343;SC=TCAAAATGTCGGTAATTTGGT;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=46856108;WS=46856090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	46856263	rs677439	G	A	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=40;PP=1216;SC=AGCACATGAAGGCTGAGAGAA;SOR=1.223;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=62;WE=46856271;WS=46856253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	46867717	rs220702	C	T	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	46996644	.	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=3.349;SC=AGTTGCAGTCCCCTAGAGAGT;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=46996652;WS=46996634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr6	47220867	.	CGT	C	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=41;QD=12.5;SC=CAGGCGTATGCGTGTGTGTGT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=4;WE=47220876;WS=47220862;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,4:0.22:18
chr6	47445927	rs9349406	T	A	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=12;PP=677;SC=GAGCCACCACTGGAGGAGGAG;SOR=1.278;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=37;WE=47445935;WS=47445917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	47522357	rs9473132	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=312;ReadPosRankSum=-0.882;SC=AGTTGTTTTTGCTTTTGAATT;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=29;WE=47522365;WS=47522347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr6	47548672	rs1014001	C	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.157;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=-0.829;SC=TTGCTATTTTCCATTTTTTAA;SOR=1.272;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=19;WE=47548680;WS=47548662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr6	47549883	rs2275446	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.981;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr6	47563692	rs2039503	C	T	6538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr6	47577064	rs9395287	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr6	47591856	rs10948368	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-1.259;SC=CTTAATGACATAGAGTAAAAT;SOR=0.760;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=7;WE=47591864;WS=47591846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr6	47624239	rs1485784	A	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=417;ReadPosRankSum=1.208;SC=CTGACTGCCTATGGGAACCGC;SOR=0.202;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=31;WE=47624247;WS=47624229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr6	47624299	rs9369730	A	G	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,82:0.45:183
chr6	47624452	rs78412997	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=0.376;SC=TTCTCCTTCCAGTGACTTCCT;SOR=0.172;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=17;WE=47624460;WS=47624442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr6	47626685	rs6935668	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr6	47626833	rs12201065	C	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=203;ReadPosRankSum=0.427;SC=CTGCCATCCCCTAATGCAGTC;SOR=0.668;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=14;WE=47626841;WS=47626823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr6	47626945	.	A	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr6	47641307	rs1411049	G	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=-1.283;SC=AACCAGCTTTGGGTTACCAGA;SOR=0.957;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=14;WE=47641315;WS=47641297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr6	47645772	rs9369734	G	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	47646748	rs13212023	T	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.389;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
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chr6	47649222	rs8180544	T	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=483;ReadPosRankSum=2.191;SC=TCACTTTTTCTATGAGAATTA;SOR=0.663;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=36;WE=47649230;WS=47649212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
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chr6	47653536	rs9381596	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=-0.198;SC=AGCTTTTGAGAGTTGGACTGG;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=9;WE=47653544;WS=47653526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr6	47653812	rs60074575	TA	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.735;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr6	47653851	rs9296570	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr6	47654591	rs10948376	G	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=1.381;SC=GGTGTTGTGAGCTAAGGATGA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=5;WE=47654599;WS=47654581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr6	47654662	rs10485315	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=278;ReadPosRankSum=1.962;SC=GGTAATAACTAAGAGTATGTT;SOR=1.623;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=19;WE=47654670;WS=47654652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr6	47654742	rs9296573	A	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
chr6	47654817	rs1556133	C	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.539;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=776;ReadPosRankSum=0.861;SC=TTATCAGTACCTGGCCATGTA;SOR=1.207;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=25;WE=47654839;WS=47654807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr6	47654831	rs1556132	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=776;ReadPosRankSum=0.914;SC=CCATGTAAAGACTTGTAAAGG;SOR=0.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=21;WE=47654839;WS=47654807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr6	47654864	rs1556131	T	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=-1.271;SC=AAGCTTTCACTTCAGTCATTT;SOR=0.139;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=10;WE=47654872;WS=47654854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr6	47661387	rs9395311	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=388;ReadPosRankSum=-1.115;SC=AATAAATGCAATTTTACTTTG;SOR=0.489;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=32;WE=47661395;WS=47661377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr6	47676150	rs9369737	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.230;SC=TCTGTGCTTACCAGTATTGAT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=47676158;WS=47676140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr6	47678455	rs11356177	CT	C	1309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.482;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,77:0.50:154
chr6	47678678	rs944056	C	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=17;PP=472;SC=AGAAAGTAGACACATTTTTAA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=47678686;WS=47678668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	47681494	rs6916562	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=342;SC=TACAACAATGTGTAAATCCTT;SOR=3.611;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=47681502;WS=47681484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	47682604	rs9369738	A	C	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.237;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1383;ReadPosRankSum=0.407;SC=AGCCAGAGAAAGGCTACATGA;SOR=0.416;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=83;WE=47682612;WS=47682594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr6	47684483	.	A	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=1.365;SC=GTATGAAAATAACAGCAGGAA;SOR=0.473;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=47684491;WS=47684473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr6	47684591	rs1360157	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr6	47684722	.	G	GA	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=14;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=29;QD=13.6666666667;SC=GCTGTGAAAAGAAAAAAAAAA;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=3;WE=47684730;WS=47684712;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr6	47686101	rs6914013	T	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	47686235	rs11754756	C	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=0.741;SC=GTCAATCCACCAATGCCCCTT;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=25;WE=47686243;WS=47686225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr6	47749728	rs7741473	T	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=334;ReadPosRankSum=1.349;SC=TATGAAATGGTTCAAGCTGGC;SOR=0.607;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=25;WE=47749736;WS=47749718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr6	47759446	rs9463355	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr6	47762938	rs28625759	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=465;ReadPosRankSum=1.200;SC=AGATTACATCCGGGTAATGCT;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=35;WE=47762946;WS=47762928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr6	47847179	rs3799276	A	G	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,116:0.53:220
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chr6	47847683	rs9367307	A	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
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chr6	49412433	rs1141321	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,48:0.48:100
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chr6	49439805	rs4267943	G	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=2.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,76:0.34:223
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chr6	49440614	rs4469291	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=1.085;SC=CATAATTTTTAAAAACCTGAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=3;WE=49440622;WS=49440604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr6	49459978	rs2501968	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr6	49479775	rs1480615	A	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=2.430;SC=TTCCTGAATCACTCAAGGTAC;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=7;WE=49479783;WS=49479765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr6	49483517	.	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr6	49483578	rs113145900	A	ACTAT	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=460;ReadPosRankSum=0.155;SC=AGCTTACAACACTGTTTCACC;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=9;WE=49483586;WS=49483568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr6	49485266	rs9367358	C	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=852;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TTTTCAAATACAAGGTGAGGT;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=58;WE=49485274;WS=49485256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,90:0.54:167
chr6	49485384	rs2501969	C	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-4.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=0.202;SC=CTATACACACCTGTATGTATA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=13;WE=49485392;WS=49485374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr6	49489629	.	AGT	A	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=59;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=46;QD=28.5;SC=TATGTGTGTGAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=2;WE=49489638;WS=49489619;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,2:0.15:13
chr6	49494241	rs9367359	A	G	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=715;ReadPosRankSum=-1.640;SC=GAGTGTTGCCAATGCGGATCT;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=57;WE=49494249;WS=49494231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,109:0.42:260
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chr6	49660418	rs12624	A	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.375;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=290;ReadPosRankSum=1.846;SC=TACAATTTCCACTGGTATGTC;SOR=0.387;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=21;WE=49660426;WS=49660408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr6	49663465	rs2248263	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.234;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr6	49665750	rs575562	A	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=0.103;SC=CAAATATAAAACTGAAAAATG;SOR=0.165;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=16;WE=49665758;WS=49665740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr6	49701439	rs1864312	C	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=616;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CCAACCACTGCGTTGGGAGTC;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=42;WE=49701447;WS=49701429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,54:0.38:143
chr6	49701523	rs495335	A	G	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,79:0.42:186
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chr6	49989657	rs10948540	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5955;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=2.670;SC=ATGGTAGAGAGTTTCTTAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=49989665;WS=49989647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr6	50811115	rs2857513	A	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=495;ReadPosRankSum=0.238;SC=AAAAATTTTTAAAAAAAGAAG;SOR=0.587;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=37;WE=50811123;WS=50811105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr6	51274751	.	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=1.269;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
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chr6	51491884	rs4715227	T	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=443;ReadPosRankSum=-1.202;SC=ATTATTAGTCTGGGATTCAGG;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=39;WE=51491892;WS=51491874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
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chr6	51605784	rs78229456	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
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chr6	51618170	rs1326605	T	G	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.612;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=55;PP=1690;ReadPosRankSum=0.709;SC=ATAGGAGTTGTGGGAAAAAAA;SOR=0.329;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=84;WE=51618181;WS=51618159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
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chr6	51890299	.	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=476;ReadPosRankSum=-0.237;SC=GTGTGGTCTCCCAAACTCAAA;SOR=0.853;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=33;WE=51890307;WS=51890289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr6	51890823	rs9296669	G	A	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.367;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=694;ReadPosRankSum=1.122;SC=AACAGTGGGAGCGCCCGCATC;SOR=1.021;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=48;WE=51890831;WS=51890813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr6	51891011	rs2499480	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=512;ReadPosRankSum=-1.277;SC=CAAAATATTATAGCTGATATT;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=29;WE=51891019;WS=51891001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr6	51913240	rs10948667	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=316;ReadPosRankSum=-1.655;SC=TTGGGAATGTGAGTGAGAATA;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=23;WE=51913248;WS=51913230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
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chr6	51938242	rs9474140	A	G	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.707;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,106:0.52:204
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chr6	51949862	rs9370097	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=0.470;SC=TTTTGTTTACATACGATTATT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=7;WE=51949870;WS=51949852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr6	52109408	rs3215541	GT	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GAATGCAGGGGTTTTTTTTTT;SOR=0.061;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=52109416;WS=52109398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr6	52129484	rs2230240	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=340;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AAGGGCTCTTCGCTGTCCCGG;SOR=0.935;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=25;WE=52129492;WS=52129474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr6	52131254	rs10807441	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=0.871;SC=CCAAAGTTTCCCCTGAAGCTC;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=52131262;WS=52131244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr6	52138640	.	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
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chr6	52269046	rs3799274	C	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=676;ReadPosRankSum=0.229;SC=GGCACAAAGTCAAGGCCAGAC;SOR=0.601;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=43;WE=52269054;WS=52269036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,68:0.48:142
chr6	52288586	.	G	C	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=23;QD=14.4428031368;SC=TTATAGGCACGAGCCACCATG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=52288594;WS=52288576;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
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chr6	52303361	rs3804505	G	A	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=795;ReadPosRankSum=1.318;SC=AAAACTTTCCGCGTTGTTGAC;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=55;WE=52303369;WS=52303351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,89:0.51:173
chr6	52355206	rs2273120	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=0.354;SC=ATCATTCTTTTCTAAAGGCAA;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=18;WE=52355214;WS=52355196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr6	52387719	rs17664241	T	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=0.573;SC=GCCTTTACATTTCCCAGTCCT;SOR=1.093;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=26;WE=52387727;WS=52387709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr6	52400825	rs1883929	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
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chr6	52522199	rs73433304	C	T	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=3.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,82:0.45:182
chr6	52522308	rs72934798	G	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.613;NF=19;NR=19;PP=555;ReadPosRankSum=0.165;SC=ACAACGCCCTGAGGGATGAGA;SOR=0.573;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=38;WE=52522316;WS=52522298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,85:0.43:196
chr6	52541811	rs13211066	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=390;ReadPosRankSum=-1.277;SC=CCATATAAGCGTATCATTTTT;SOR=1.136;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=26;WE=52541819;WS=52541801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr6	52546777	rs41273850	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=172;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TTGATACCCTATGCTAGATAT;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=12;WE=52546785;WS=52546767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr6	52548768	rs41503153	A	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=0.106;SC=CTCAGTACCTATCCATAATAG;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=23;WE=52548776;WS=52548758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr6	52617731	rs2180314	C	G	5777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=78;PP=2327;SC=CTCAGGTTGACTAAAGGGCAG;SOR=0.989;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=131;WE=52617739;WS=52617721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr6	52620013	rs10626189	C	CT	118.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.224;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr6	52622814	rs2254050	C	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=643;SC=ATAATTGAAACGATAGAATCA;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=52622822;WS=52622804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	52657552	rs4715326	C	T	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=19;PP=979;SC=CACTGAAGGCCTGGAGAAGAC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=50;WE=52657560;WS=52657542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	52657685	.	G	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=552;ReadPosRankSum=0.534;SC=GATAAGACTGGAGTCAAGCTC;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=34;WE=52657693;WS=52657675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr6	52661212	rs144227166	A	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=2;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.826;NF=5;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=-1.690;SC=GTAAAATGGCAAAGAAATTAC;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=19;WE=52661220;WS=52661202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr6	52661253	rs70977384	CTATATATATATATATATATA	C	428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;QD=38.98;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	52661313	.	G	A	57.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;MQRankSum=-0.967;QD=19.30;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr6	52662263	rs2397106	C	T	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=23;PP=1334;SC=TAACCACTTTCTCCCTCTGCA;SOR=1.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=71;WE=52662271;WS=52662253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	52697576	rs4715344	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=14;PP=851;SC=GGGGTCAAAACATGGTCAGTC;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=52697584;WS=52697566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	52697825	rs4715345	A	C	5151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.97;QD=42.93;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	52697834	rs4715346	C	A	4711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.86;QD=43.63;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	52701143	rs2397118	C	T	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=28;PP=1050;SC=ACCATTGGTACTTGCTGGAAC;SOR=1.011;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=64;WE=52701151;WS=52701133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	52702324	rs4715350	T	C	6949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=97;PP=2789;SC=TACTAGAAACTCTCATCAGAG;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=64;TCR=98;TR=161;WE=52702332;WS=52702314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr6	52762874	.	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=282;ReadPosRankSum=0.482;SC=ATGGTGTGAAGGTCCAGGCCT;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=20;WE=52762882;WS=52762864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr6	52767407	.	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.655;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr6	52843131	rs367836	G	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=335;SC=AGATGATCTCGTTGACACAAA;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=52843139;WS=52843121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	52843477	rs375887	A	G	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=181;SC=GCCCACCAAAATTTGTTCAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=52843485;WS=52843467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	52847551	rs316133	G	C	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=52;PP=1730;SC=CATGGAGAGAGTGATGAGGCT;SOR=1.115;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=85;WE=52847559;WS=52847541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	52849146	rs316128	G	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=4;PP=536;SC=TTAGCGCTTAGGTTAGTTCAA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=52849154;WS=52849136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	52849481	rs11444456	C	CT	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.809;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.794;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr6	52895757	.	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=277;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CAACTCTTCAACCTTTTCTGG;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=21;WE=52895765;WS=52895747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr6	52938468	rs5876299	AT	A	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=276;SC=AACAAATTACATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=18;WE=52938477;WS=52938458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	52943757	rs17616311	C	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=450;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GCATCTTTGCCCTGTTGACTC;SOR=1.005;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=32;WE=52943765;WS=52943747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr6	52943841	rs35757290	TA	T	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=25;PP=1017;SC=AGAAATTTTTTAATTAGGGAA;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=25;WE=52943849;WS=52943831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	52958479	rs2816350	A	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=363;SC=GCAATCATTCAGGGTCTTAGG;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=52958487;WS=52958469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	52958667	.	G	GT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr6	52962715	rs2744455	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.56;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	52963071	rs2876	A	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=25.06;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	52998788	rs2816346	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=240;ReadPosRankSum=2.292;SC=GCCCTTGGGCGGTGCTGGGAC;SOR=0.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=15;WE=52998796;WS=52998778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr6	52998834	rs2816345	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=353;ReadPosRankSum=0.141;SC=CTGAGGGATGCCAGCTTTTTT;SOR=0.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=25;WE=52998842;WS=52998824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr6	52998856	rs2518573	T	G	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=456;ReadPosRankSum=-0.334;SC=CTGGTGCCACTAAGCTCTACT;SOR=0.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=34;WE=52998864;WS=52998846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr6	53134104	rs3830806	C	CACAG	1200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=986;ReadPosRankSum=0.743;SC=ACCAAATGACCACAGTTTTCT;SOR=0.634;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=11;WE=53134112;WS=53134094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr6	53134164	rs70980834	C	CCTTTT	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr6	53138260	rs9463895	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=0.854;SC=GACTTCCAACGGAGCTGACAA;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=53138268;WS=53138250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	53140161	rs2294862	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-2.261;SC=ATGTCAACTCGGAGAAGCCCG;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=53140169;WS=53140151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr6	53140928	rs2294864	T	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AATTTATTTTTAAAAACTCAA;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=53140936;WS=53140918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr6	53152642	rs6458913	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.075;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr6	53152758	rs6907982	A	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=492;ReadPosRankSum=-0.105;SC=AAACACAATTAGATCCTCTCT;SOR=0.831;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=36;WE=53152766;WS=53152748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
chr6	53152845	rs3817960	T	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GGACAGAGCATCTGCCTAAGA;SOR=0.884;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=13;WE=53152853;WS=53152835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr6	53160383	rs3736732	G	T	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=831;ReadPosRankSum=0.694;SC=TATTTACAAGGGACTATAGGC;SOR=0.712;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=62;WE=53160391;WS=53160373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,96:0.53:180
chr6	53363784	rs17885800	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.317;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr6	53363809	rs17880610	GT	G	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.884;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
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chr6	53379405	rs3736729	A	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CAAATTAGTTATCTAAGACAA;SOR=0.321;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=53379413;WS=53379395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr6	53387242	rs2066508	C	A	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=845;ReadPosRankSum=0.706;SC=CCTTCTCTTGCAGAGTTTCAA;SOR=0.815;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=67;WE=53387250;WS=53387232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,123:0.47:259
chr6	53387281	.	G	A	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=724;ReadPosRankSum=1.126;SC=GGACCAACCGGACTTTTTTAT;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=60;WE=53387289;WS=53387271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,108:0.47:229
chr6	53516876	rs6928338	T	G	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=42;PP=1725;SC=AGGCGTTGGCTATGTAGCCTC;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=93;WE=53516884;WS=53516866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	53519062	rs10948758	A	G	6564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=102;PP=2965;SC=TCTCTATACAAGATGTCTCTG;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=90;TCR=102;TR=192;WE=53519070;WS=53519052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr6	53519605	rs3799260	C	T	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=33;PP=1441;SC=CACATCTTTACAAGAGTATGG;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=53519613;WS=53519595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	53519857	rs12210809	G	A	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=801;ReadPosRankSum=1.289;SC=AAGTCACATAGGAAGTTCTCC;SOR=0.789;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=51;WE=53519865;WS=53519847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,80:0.53:152
chr6	53520088	rs2038939	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=29;PP=788;SC=AATACACTGTTACAGGCAAGA;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=39;WE=53520096;WS=53520078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	53520124	rs2038940	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=510;SC=AAAAAAAAAAACATGGTTTTG;SOR=3.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=20;WE=53520132;WS=53520114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	53707098	rs4286781	C	T	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=37;PP=1019;SC=AATATAGCTACGAGTGAGAAC;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=53707106;WS=53707088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	53762293	rs71775183	GA	G	413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=359;SC=GGCACATTTGGAAAAAACATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=53762301;WS=53762283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	53764829	rs71558840	T	G	180.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.38;MQRankSum=-0.399;QD=10.60;ReadPosRankSum=2.034;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr6	53767652	rs79494319	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=455;SC=CATCCCAAAACGGTCTTACAA;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=53767660;WS=53767642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	53784275	.	T	TTAA	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.03;MQRankSum=0.319;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr6	53847528	rs9370250	G	A	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	53847672	rs9370251	A	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,52:0.55:95
chr6	53986171	.	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=305;ReadPosRankSum=1.586;SC=AGATAAATATCATGTCATATG;SOR=0.760;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=21;WE=53986179;WS=53986161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr6	53989526	rs4712056	G	A	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.07;MQRankSum=-1.043;NF=20;NR=34;PP=780;ReadPosRankSum=1.276;SC=CACCGCAGCTGTCCGGCCCAA;SOR=0.835;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=54;WE=53989534;WS=53989516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,76:0.53:144
chr6	54002162	.	C	T	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=957;ReadPosRankSum=-0.326;SC=AGACCCTTTTCCCCTGCATCC;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=61;WE=54002170;WS=54002152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,103:0.56:185
chr6	54002231	rs2754779	A	C	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GACCAAAAAGAAAAGCAGACC;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=69;WE=54002239;WS=54002221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,104:0.55:190
chr6	54003184	rs2754780	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=241;SC=TATTAATTGTACTCCTACAAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=54003192;WS=54003174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	54013765	rs2145755	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=391;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TTGATAACGTATCATTTAACT;SOR=2.262;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=22;WE=54013773;WS=54013755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr6	54034258	.	C	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr6	54054686	rs6934690	T	A	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=15;PP=452;SC=CTCCTCACCATCTTCTACAGT;SOR=0.780;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=31;WE=54054694;WS=54054676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr6	54067088	rs67016420	AT	A	1185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=32.94;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr6	54191970	rs1848440	T	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=398;ReadPosRankSum=1.733;SC=AGATGGCCGATCAAGAACAGC;SOR=0.652;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=36;WE=54191978;WS=54191960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr6	54208293	rs45620541	C	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.328;SC=AAGAAAGTAACCTGAAGATTA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=54208301;WS=54208283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr6	54214779	rs3736350	A	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=2.559;SC=TTAAAAACTAATTAAAACTAT;SOR=0.631;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=54214787;WS=54214769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr6	54245392	rs12153943	A	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.315;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
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chr6	54735122	rs1472679	A	G	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.213;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1186;ReadPosRankSum=1.461;SC=ACTACAAGGAATGGTATCGAG;SOR=0.856;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=170;TCF=84;TCR=86;TR=80;WE=54735130;WS=54735112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,104:0.44:236
chr6	54792312	.	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=-2.672;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr6	54806240	.	T	C	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=683;ReadPosRankSum=-0.609;SC=GACACAAAAGTTGATTCATCT;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=38;WE=54806248;WS=54806230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr6	54806389	.	G	A	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.025;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.751;SC=AGGTCCAGTTGAAAGCAAGTT;SOR=0.585;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=67;WE=54806397;WS=54806379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,96:0.49:194
chr6	55105701	rs9357853	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=0.682;SC=TTTCACGTTCTCTTATTTATA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=55105709;WS=55105691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr6	55113347	rs62416818	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.473;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr6	55113350	rs62416819	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.473;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr6	55113411	rs3122169	C	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=9;PP=673;SC=TTGTTGAGTGCCTATTCCTTT;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=55113419;WS=55113401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	55113664	rs9396073	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=340;ReadPosRankSum=-0.225;SC=AATGTTCAGCCATAGCGATGG;SOR=1.585;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=22;WE=55113672;WS=55113654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr6	55142337	rs2653349	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=423;SC=GATGTTGATGATTGTGCTTTT;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=55142345;WS=55142327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	55142458	.	C	CT	43	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.9999;HP=15;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=21;MQ=61.78;NF=0;NR=4;PP=43;QD=11.5;SC=TCTTAATTAACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=55142466;WS=55142448;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	55196587	rs12199003	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr6	55215079	rs1032767	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=232;SC=ATAAAATGCAGCAAAATCATT;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=55215087;WS=55215069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	55216477	.	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.980;SC=AGCTAGAGTTCCCACCATCAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=55216485;WS=55216467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr6	55223962	.	G	GTCTATCTATCTATCTATCTA	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr6	55223984	.	C	CT	99	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=99;QD=37.0;SC=ATCTATCTATCATCTATCTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=55223992;WS=55223974;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr6	55264022	.	A	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=1.888;SC=ATTGTATACAAGAAAACATGC;SOR=0.580;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=9;WE=55264030;WS=55264012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr6	55264362	rs6936510	T	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=143;SC=TTAAGACATATTAAATCAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=55264370;WS=55264352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	55266625	rs9370418	T	C	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=18;PP=768;SC=AGATCCTTCATCGATCCAAAT;SOR=0.920;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=55266633;WS=55266615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	55266722	rs12529201	C	T	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	55266796	rs10948913	C	T	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=365;SC=TTTTTTGTGGCGGAGTTTTGC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=55266804;WS=55266786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	55300581	rs371294650	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=310;ReadPosRankSum=0.961;SC=AAATGAAGGAATATCAGGAAG;SOR=1.460;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=23;WE=55300589;WS=55300571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr6	55381262	rs6459082	G	A	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=17;PP=840;SC=TCTTTAAAACGATAAGAGGCC;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=55381270;WS=55381252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	55406399	rs9367638	C	T	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=2;PP=73;SC=ATATCACAGTCCACAGGTTAA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=55406407;WS=55406389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	55428658	rs4398737	A	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	55441838	.	G	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=413;ReadPosRankSum=0.693;SC=CTCACACTAGGAAGAGTGTAG;SOR=0.409;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=27;WE=55441846;WS=55441828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr6	55442033	rs147198216	GATAGAAAAA	G	677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=2957;SC=ATTACGATAAGATAGAAAAAA;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=55442049;WS=55442023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	55639079	.	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.192;SC=TTATGAAAAAGAAAGAACAAT;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=10;WE=55639087;WS=55639069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr6	55739711	rs200061411	T	TA	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr6	55929347	rs2235735	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TGTTATTTCATTTTTTATCAG;SOR=0.819;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=12;WE=55929355;WS=55929337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr6	55932035	rs138548441	A	AT	208.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.365;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.45;MQRankSum=1.606;NF=3;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=0.436;SC=TAAAATAAGAACTTTTTAAAA;SOR=1.785;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=55932044;WS=55932025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr6	55932036	rs62406152	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.365;HP=5;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.606;NF=3;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=0.503;SC=AAAATAAGAACTTTTTAAAAG;SOR=1.785;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=3;WE=55932044;WS=55932025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr6	55932278	rs12209529	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=1.038;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr6	55932287	.	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.639;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr6	55933914	.	C	T	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.194;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,54:0.48:112
chr6	55933942	rs12189567	A	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=415;ReadPosRankSum=-2.137;SC=TTCCAGAAAGATCACAGATCT;SOR=0.427;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=31;WE=55933950;WS=55933932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr6	55933987	rs12189571	A	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TTTTATCTCTACATATCTCAA;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=18;WE=55933995;WS=55933977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr6	55942956	rs17218770	C	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=333;ReadPosRankSum=-0.529;SC=ACAGGTCACTCTTTCACGTGG;SOR=0.646;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=25;WE=55942964;WS=55942946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr6	55943073	rs76049205	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=1.478;SC=AAGAGTTCTATTGTCTGCCTT;SOR=1.488;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=13;WE=55943081;WS=55943063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr6	55943101	rs62404861	C	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.473;SC=ATTTACCCAACATGATCATTT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=55943109;WS=55943091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr6	55966418	rs4379279	A	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=24;PP=703;SC=AAGAACATTAAATACAAACAG;SOR=1.552;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=35;WE=55966426;WS=55966408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr6	55989044	.	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,44:0.39:114
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chr6	56006843	rs2076473	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr6	56044578	rs2038149	T	C	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=58;PP=2433;SC=CATCTTGGGATTTGCCATCCG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=124;WE=56044586;WS=56044568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	56044596	.	C	T	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1042;ReadPosRankSum=1.035;SC=CCGTAAGTACCACTGCTATCT;SOR=0.825;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=72;WE=56044604;WS=56044586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,91:0.57:160
chr6	56045043	rs2038150	C	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=73;SC=TTTAAATTGTCTGTGAAATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=56045051;WS=56045033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	56047428	.	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=247;ReadPosRankSum=1.594;SC=TTTCTGTTTTCGTTCTAATAT;SOR=0.854;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=16;WE=56047436;WS=56047418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr6	56047462	.	G	A	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=2.404;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr6	56365814	rs4283892	A	G	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=17;PP=1101;SC=AAATATATCCAAGAAATCTGA;SOR=1.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=56365822;WS=56365804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	56374754	rs9296849	C	A	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=11;PP=288;SC=ACATTTTTTACAATTTAATGT;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=56374762;WS=56374744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	56381912	rs4715626	G	A	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=19;PP=1162;SC=TGTGGATAACGGAGAAGTGTT;SOR=1.312;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=62;WE=56381920;WS=56381902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	56394173	rs9357922	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=5;PP=653;SC=CATAAAATTGTACAGAAATAA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=56394181;WS=56394163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	56395051	rs6939305	C	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=545;SC=TCTAAGGTTACAATTTAAATC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=56395059;WS=56395041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	56417282	rs4715630	C	T	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=50;PP=2012;SC=CATTGCTTGCCATGAGGGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=56417290;WS=56417272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	56417545	rs4715631	T	C	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=78;PP=2965;SC=ACATCAGAGGTTCCCTTTGAG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=149;WE=56417557;WS=56417535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr6	56480554	.	G	A	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,94:0.45:211
chr6	56485023	rs35497571	T	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=469;ReadPosRankSum=0.056;SC=TAATTTATTTTTTTGTTGCTC;SOR=0.755;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=30;WE=56485031;WS=56485013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr6	56507135	rs1024195	T	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=371;ReadPosRankSum=1.161;SC=AAACATTATGTAAAAGTTTTA;SOR=0.505;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=26;WE=56507143;WS=56507125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr6	56716504	.	C	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr6	56818706	rs986245	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=530;SC=AGACCAGGGTTGGGAAAGCAC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=56818714;WS=56818696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	56873069	rs6925819	T	C	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=44;PP=1460;SC=CGGGTCCTGGTGCTAGGAATC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=91;WE=56873077;WS=56873059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	56918651	.	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=173;ReadPosRankSum=-2.088;SC=TTCTATTTATCATCAACCTAA;SOR=0.671;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=13;WE=56918659;WS=56918641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr6	56966956	.	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.366;SC=CTTGTTCCTCCTTGTACAAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=56966964;WS=56966946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr6	57007034	rs367618711	TAGTG	T	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=0.154;SC=AAATTTAACATAGTGAGAGAA;SOR=0.055;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=57007045;WS=57007024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr6	57244672	rs5011404	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TCAAATTTTTGTAACAGCTTA;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=19;WE=57244680;WS=57244662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr6	57244780	rs5011403	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=0.795;SC=GTTGGGGTTCGAGTCCATTTA;SOR=0.842;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=22;WE=57244788;WS=57244770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr6	57244830	rs5011402	T	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=0.590;SC=TAGGTTTTGTTAAATATGTCG;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=13;WE=57244838;WS=57244820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr6	57244893	rs5011401	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.348;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr6	57246708	rs6913779	G	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=357;ReadPosRankSum=-0.105;SC=TAATCATTTTGATATTCTTTT;SOR=0.582;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=19;WE=57246716;WS=57246698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
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chr6	57246884	rs6913546	A	G	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=969;ReadPosRankSum=1.834;SC=TATTTGGAAGATGGCTTTGCT;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=210;TCF=101;TCR=109;TR=83;WE=57246892;WS=57246874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,133:0.42:316
chr6	57246969	rs4256440	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=988;ReadPosRankSum=-1.826;SC=CTTTGGCAGTGAGTATTTTAC;SOR=0.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=39;TCR=86;TR=39;WE=57246990;WS=57246959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,54:0.33:162
chr6	57246982	rs4585567	G	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=988;ReadPosRankSum=-0.624;SC=TATTTTACTTGATTTCTGTAT;SOR=0.591;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=27;WE=57246990;WS=57246959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,39:0.32:122
chr6	57247022	rs4382263	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.181;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=142;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AGTTATATACCCCTGGTAGTT;SOR=0.262;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=13;WE=57247030;WS=57247012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr6	57254789	rs2397264	A	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=491;ReadPosRankSum=0.896;SC=CAGCAAATCCATCAATATGCA;SOR=0.953;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=37;WE=57254797;WS=57254779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr6	57254811	rs941685	A	G	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=40;PP=2066;SC=GTAGCATATCACGATATGCAA;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=116;WE=57254819;WS=57254801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	57254839	rs2397265	T	C	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.571;NF=54;NR=30;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.274;SC=ATGCTTTCACTTCCACCATTA;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=170;TCF=107;TCR=63;TR=84;WE=57254847;WS=57254829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,118:0.45:262
chr6	57254927	rs2397266	A	G	3181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.963;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,153:0.52:293
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chr6	57254950	rs5876554	A	AT	4511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.974;QD=19.96;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,117:0.52:226
chr6	57254955	rs2894842	G	A	4501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.46;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,114:0.52:220
chr6	57254986	rs2397267	G	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=849;ReadPosRankSum=-0.460;SC=GGCAAAGACTGCAATTACTTT;SOR=0.717;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=116;TCF=34;TCR=82;TR=56;WE=57254994;WS=57254976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr6	57255001	rs2894843	C	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr6	57255015	rs2894844	G	C	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr6	57255016	rs5876555	A	AC	1103.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=0.230;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr6	57255032	rs7769711	C	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.304;HP=5;HapScore=2;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=399;ReadPosRankSum=1.106;SC=AATCATTTTTCGGGGGAAAAT;SOR=1.721;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=21;WE=57255040;WS=57255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr6	57372104	rs2024986	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=0.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr6	57372116	rs9382768	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.29;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr6	57372126	rs9396314	C	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr6	57372199	rs9382769	T	C	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=1289;ReadPosRankSum=0.113;SC=GCCTCCCTATTTGCCCTTCAG;SOR=0.965;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=71;WE=57372207;WS=57372189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,117:0.63:186
chr6	57372361	rs9382770	C	A	3542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.031;NF=36;NR=60;PP=2224;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CTCAGGTAATCTAAAGGCACA;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=57;TCR=94;TR=96;WE=57372382;WS=57372351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,138:0.66:210
chr6	57372365	rs9396315	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.590;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.666;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,31:0.15:204
chr6	57372374	rs68090917	CT	C	1843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.868;NF=4;NR=38;PP=1027;ReadPosRankSum=1.427;SC=AAGGCACAGCCTTGTTATGCT;SOR=0.707;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=100;TCF=7;TCR=93;TR=42;WE=57372382;WS=57372351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,68:0.37:185
chr6	57372436	rs9382771	G	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=4.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.85;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr6	57372437	rs79221898	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.899;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr6	57372480	rs79601039	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.950;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
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chr6	57415223	rs7741129	A	T	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.602;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,77:0.27:284
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chr6	57433544	rs562762	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=-0.830;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
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chr6	57457704	.	AT	ATT	425	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=69;MMLQ=27;MQ=65.19;NF=6,6;NR=1,1;PP=396,425;QD=65.6922514959;SC=CTGAGCTTGAATTCTGTTAGT;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7,7;WE=57457712;WS=57457694;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr6	57457843	rs4110760	T	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
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chr6	57467100	rs4535533	G	C	3823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=-2.510;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,137:0.63:216
chr6	57467107	rs9885751	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,46:0.20:228
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chr6	57467279	rs6459263	T	C	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=2.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,68:0.27:254
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chr6	57472344	rs111230027	A	AT	946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,73:0.25:293
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chr6	57472495	rs62400219	C	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.713;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,32:0.24:131
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chr6	57472534	rs74369127	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr6	57498894	rs3846934	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=309;ReadPosRankSum=0.017;SC=AAGGCCAACAGCTGTGAGCTA;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=20;WE=57498902;WS=57498884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr6	57498944	rs3846935	G	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=551;ReadPosRankSum=1.157;SC=ATTTTTATTTGTCTTTTTCCT;SOR=1.024;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=32;WE=57498952;WS=57498934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr6	57499042	rs5876654	A	AT	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr6	57499171	rs3846936	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=0.211;SC=ATTAAGTAACTTACAGCATTT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=57499179;WS=57499161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr6	57499188	rs2151627	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr6	57512340	rs4364484	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GCTGATTAAGCGTTAGAATGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=57512360;WS=57512330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr6	57512352	.	A	T	84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=84;QD=39.5904041824;SC=TTAGAATGCAAACAGCTAGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=3;WE=57512360;WS=57512330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr6	57512439	rs4294006	T	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=451;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CTTTGCCATGTATTAATGCAA;SOR=0.709;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=96;TCF=79;TCR=17;TR=31;WE=57512447;WS=57512429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,38:0.32:119
chr6	57512476	rs4307164	G	A	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.844;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=24;PP=1647;ReadPosRankSum=0.207;SC=TTACAGGTGGGTGATTGTGGC;SOR=1.060;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=176;TCF=128;TCR=48;TR=101;WE=57512484;WS=57512466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,123:0.55:225
chr6	57512510	rs4294007	T	G	12004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=96;PP=2965;SC=ATCCTAATCATTTCTTTTGTG;SOR=1.195;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=274;TCF=178;TCR=96;TR=273;WE=57512518;WS=57512500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr6	57512529	rs5001076	C	A	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,127:0.27:475
chr6	57512565	rs4294008	T	C	9985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.668;SC=AAAGAAGGAATCTATCCAACC;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=437;TCF=243;TCR=194;TR=290;WE=57512573;WS=57512555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,466:0.66:710
chr6	57512678	rs4398719	G	A	6809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.189;SC=AAGGACTAGAGGATTACTTTA;SOR=0.870;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=346;TCF=135;TCR=211;TR=227;WE=57512686;WS=57512668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,306:0.67:460
chr6	57512711	rs5001484	G	C	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,76:0.31:249
chr6	57512718	rs5001483	T	A	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=5.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.002;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,60:0.27:226
chr6	57512775	rs7773110	T	G	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=5.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-0.813;QD=22.50;ReadPosRankSum=0.279;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr6	57512779	rs76296076	G	T	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=6.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-0.817;QD=24.06;ReadPosRankSum=0.383;SOR=1.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr6	57512787	.	T	TCACCAAGGC	1836.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-0.831;QD=25.16;ReadPosRankSum=0.494;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
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chr6	57512792	rs372064495	T	C	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.75;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr6	62390712	.	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.008;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=0.076;SC=AGTACAGAGGGAAATACTAGA;SOR=2.621;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=4;WE=62390720;WS=62390702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr6	62390916	rs1204114	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=312;ReadPosRankSum=1.307;SC=TGGCTGACCTTTGCGGTGGTG;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=23;WE=62390924;WS=62390906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr6	62407067	rs1555167	G	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=740;ReadPosRankSum=0.159;SC=TGGATGTTCCGATTTCACAGT;SOR=0.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=56;WE=62407075;WS=62407057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,87:0.56:156
chr6	62442604	rs10484690	A	G	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=28;PP=845;ReadPosRankSum=0.082;SC=TTTGGGTCGCATAGCTGTTAT;SOR=0.674;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=139;TCF=82;TCR=57;TR=72;WE=62442612;WS=62442594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,128:0.54:237
chr6	62526443	rs1005815	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AAAAGGAGCACGACCCTGCTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=62526451;WS=62526433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr6	62757987	rs9346001	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=325;SC=TATAGGTTTTCCAAACTTTAC;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=62757995;WS=62757977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	62887031	rs9346218	C	T	69.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr6	62887099	rs6921170	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=1.059;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr6	63921360	rs10943599	CA	AG	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	63921573	.	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=1.626;QD=11.56;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr6	63991209	.	A	AATATATAT	97.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=3;PP=163;SC=TGCTAATGAAAATATATATAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=63991217;WS=63991199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	64003459	rs9343928	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9984;FS=2.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TCTGACTCCCGGGCTAGTATT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=64003467;WS=64003449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr6	64410500	.	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr6	64497934	rs72886371	A	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.353;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=340;ReadPosRankSum=-0.678;SC=ATACTCTTTAAAATATTTTTT;SOR=2.075;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=19;WE=64497942;WS=64497924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr6	64515987	rs138375660	C	CT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=0.799;SC=AGGCAAAGGTCTTTTTTTTAC;SOR=1.911;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=8;WE=64515995;WS=64515977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr6	64574278	.	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-1.766;SC=TTTAAAAATTCATTAGGAAAC;SOR=0.905;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=14;WE=64574286;WS=64574268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr6	64694354	rs4710457	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CTTTCCATGTCGTGCTTCATC;SOR=0.699;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=26;WE=64694362;WS=64694344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr6	64694560	rs1482457	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=208;ReadPosRankSum=-0.987;SC=AAAAGATGTAGGATGTTTGGT;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=64694568;WS=64694550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr6	64708907	rs66502009	A	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=-2.102;SC=AACATAAAAAATACTTATCTG;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=11;WE=64708915;WS=64708897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr6	65016977	rs35395170	TGA	T	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.513;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr6	65098515	rs36133910	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=-1.260;SC=TTCTTTTTCATTTATCAATAT;SOR=0.275;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=14;WE=65098523;WS=65098505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr6	65098768	rs587278	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GTTTTAGTATAAGTCATATAA;SOR=0.674;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=21;WE=65098776;WS=65098758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr6	65149185	rs9353806	T	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr6	65300516	rs57312007	T	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=150;ReadPosRankSum=-0.386;SC=TTTGTAAGTTTAACTCAAAAT;SOR=0.789;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=11;WE=65300524;WS=65300506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr6	65301504	rs624851	A	G	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=51;PP=1981;SC=GGTAGCAGATAAAGCAACAGT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=101;WE=65301512;WS=65301494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	65336143	rs9445051	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=3.287;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
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chr6	65525121	rs1390272	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=1.667;SC=TTGCTGAAAACGTGAACTTGT;SOR=0.617;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=20;WE=65525129;WS=65525111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
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chr6	66045118	rs1502964	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=197;SC=TGAGAGATCATGATAGATGCC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=66045126;WS=66045108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	66053835	rs1502963	T	G	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr6	66115281	rs34154043	G	GAAA	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.358;QD=10.41;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr6	66204945	rs12193967	G	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=693;ReadPosRankSum=0.998;SC=CTGATCTTCCGTTGTGGTATT;SOR=0.706;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=50;WE=66204953;WS=66204935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
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chr6	68599166	.	ATTA	GTTA,GTTT	59	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=2,1;NR=7,4;PP=19,59;QD=5.97457917191;SC=CATAAGGTACATTATCACAAG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9,5;WE=68599177;WS=68599156;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:9
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chr6	69666183	rs143618979	T	TTA	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.307;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr6	69666193	.	ATG	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr6	69666195	rs28734080	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr6	69666197	rs116993255	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr6	69666520	rs7757138	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=0.526;SC=ACATTGACCATGAAACATTTC;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=69666528;WS=69666510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr6	69666684	rs1932618	A	G	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=15;PP=459;SC=AGAAGATGCAATGAGCAGCGA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=69666692;WS=69666674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	69666747	rs3215965	GA	G	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=178;SC=TTCATAACGTGAAAAAAAAAA;SOR=0.990;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10;WE=69666755;WS=69666737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	69724069	rs1336655	G	A	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=10;PP=282;SC=CTAAATTAATGGCTTGCTATT;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=69724077;WS=69724059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	69728522	rs2785573	C	T	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=92;SC=ATATTTCTAACACTTGGTATC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=69728530;WS=69728512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	69759148	rs618372	A	T	154.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr6	69786046	rs35445308	G	GA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-0.570;SC=TGCATTCAGAGAAAAAAAAAT;SOR=1.162;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=69786054;WS=69786036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr6	70037528	.	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=0.664;SC=GTTAAAAGCTCAGGTACCTCT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=70037536;WS=70037522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr6	70043009	rs74971437	G	C	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=1744;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TGTTATTGATGTACTAGTGTG;SOR=0.524;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=30;WE=70043017;WS=70042984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,52:0.73:71
chr6	70064010	.	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
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chr6	70386320	rs3214021	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=527;ReadPosRankSum=0.140;SC=GGTCAAATCACGCGTGGGATA;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=42;WE=70386328;WS=70386310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,68:0.49:140
chr6	70407465	rs12648	A	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-2.931;SC=CTTCAGGAGCATCTGCATCAC;SOR=0.641;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=10;WE=70407473;WS=70407455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr6	70411157	rs2445969	G	A	56.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	70423739	rs2305837	A	G	156.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ATCTTAATAAAGTACCCAGCA;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=70423747;WS=70423729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
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chr6	70500463	rs2305839	T	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=574;ReadPosRankSum=0.132;SC=TTATGTGAAGTAAAGGTTATT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=15;WE=70500471;WS=70500441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr6	70639541	.	C	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=482;ReadPosRankSum=1.400;SC=CTGTGGATTTCCATGGACGGA;SOR=0.579;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=35;WE=70639549;WS=70639531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr6	70744141	.	T	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=634;ReadPosRankSum=0.187;SC=CTACAGGGTTTGAAAGGTGAC;SOR=0.468;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=44;WE=70744149;WS=70744131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,61:0.54:114
chr6	70744264	rs7764390	G	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=589;ReadPosRankSum=1.187;SC=ACTTCTCATTGATACTGTTTA;SOR=0.531;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=39;WE=70744272;WS=70744254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,48:0.44:109
chr6	70744344	.	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-2.299;SC=AACAGCCTTTTTGTTCATTTA;SOR=0.525;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=13;WE=70744352;WS=70744334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr6	70812123	rs7772672	A	G	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=41;PP=1391;SC=CTGTGAGTAAACAATACAATG;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=70812131;WS=70812113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	70851932	.	C	T	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=706;ReadPosRankSum=-2.151;SC=CTGGAGATCCCGGACCCCCTG;SOR=0.657;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=51;WE=70851940;WS=70851922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,83:0.62:133
chr6	70852493	rs9342783	A	G	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=59;SC=CTTGGTAATCACAAAGCACAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=70852501;WS=70852491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	70852607	rs3831024	C	CT	1047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=12;PP=267;SC=TACAATCTATCTTTTTTTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=21;WE=70852615;WS=70852597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	70852841	rs2296013	A	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=181;SC=TCTATGCCACAAAAACTGATC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=70852849;WS=70852831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	70854183	rs9364074	A	G	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=301;SC=CTCATTTTATATGTTAAGTAG;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=70854191;WS=70854173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	70854208	rs58591338	CAG	C	2080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=10;PP=685;SC=GAGGAAGAGACAGAGGATCAT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=70854217;WS=70854198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	70854924	rs3841703	A	AT	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=398;SC=TTTTGTTAATATTTTTCTTGC;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=70854932;WS=70854914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	70856536	rs7762409	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=153;SC=TGTATTCATACTTTTTTTCTT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=70856544;WS=70856526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr6	70861135	rs3818327	T	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=93;SC=CACATTTCTTTATACGAAACA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=70861148;WS=70861125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	70866421	rs3736843	T	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=81;SC=GATGTAAAAGTCACTTGCAAA;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=70866429;WS=70866411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	70866609	rs2229799	C	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=12;PP=306;SC=GGGAGAAAGGCGATGAGGTAA;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=70866617;WS=70866599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	70873331	rs2296010	G	A	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=33;PP=976;SC=CTGGGGCTTGGAGTGGGAGCA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=70873339;WS=70873321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	70875976	rs802174	T	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=20;PP=450;SC=AAAGATAAAATTCTTCTGAAT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=70875984;WS=70875966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	70876046	.	T	C	114	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=114;QD=24.7952020912;SC=TTTGTTCTCCTTTTGGTTCAG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=70876054;WS=70876036;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	70877980	rs1464159	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=2.075;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr6	70894909	rs2296005	A	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	70897698	rs3749913	A	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=9;PP=340;SC=AATAAGTGCCAGTATGAATCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=70897706;WS=70897688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	70909252	rs5877242	AT	A	195.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=167;SC=GTATTTTGAAATTTTTTGACA;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=70909260;WS=70909242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	70909763	rs3806064	T	C	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=79;SC=TCTAGGAATCTTAGAATTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=70909771;WS=70909753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	70909779	rs3806065	T	C	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=84;SC=TTTTTTAGGCTTCCCCTTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=70909787;WS=70909769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	70916830	rs3215860	AT	A	858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.352;NF=11;NR=23;PP=595;ReadPosRankSum=1.821;SC=CTGCATTGTAATTTTTTTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=34;WE=70916838;WS=70916820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,46:0.94:49
chr6	70916888	rs1200576	A	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=20;PP=788;SC=CCCCAGGCCCACAGGGCCCCC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=70916896;WS=70916878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	70916998	rs1736	G	A	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=18;PP=627;SC=AAGAAGACTTGGTTCCTGGTA;SOR=0.693;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=32;WE=70917006;WS=70916988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	70926898	rs1200569	G	A	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=45;PP=1275;SC=GCTTTTGGAAGCGATGGATGA;SOR=1.313;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=70926906;WS=70926888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	70926933	rs2881343	G	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=181;ReadPosRankSum=1.023;SC=TGGTGATGATGATGATGATGA;SOR=0.315;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=16;WE=70926941;WS=70926923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr6	70944442	rs10945205	G	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=426;ReadPosRankSum=-0.585;SC=GAACAGCCCTGCTGCTGTGGG;SOR=1.378;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=27;WE=70944450;WS=70944432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr6	70944465	rs12191701	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=417;ReadPosRankSum=-0.307;SC=GGAGTCTCCAAAGGGAAACCA;SOR=1.270;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=26;WE=70944473;WS=70944455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr6	70949107	rs45464198	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.653;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr6	70961833	rs1135056	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=136;ReadPosRankSum=-0.843;SC=AGGAAGCCCCTGGGGTCCTCG;SOR=0.602;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=13;WE=70961841;WS=70961823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
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chr6	70963156	rs701690	T	G	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.002;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,104:0.52:199
chr6	70963232	rs701689	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=660;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GGGAATCATGATAACCTCAAA;SOR=0.722;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=40;WE=70963240;WS=70963222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
chr6	70963279	rs701688	T	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=333;ReadPosRankSum=-0.175;SC=AGTTCCCAAATTCTGCACAGT;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=16;WE=70963287;WS=70963269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr6	70965125	rs633762	A	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=436;SC=TTAATACAAGAAAAAGTTACT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=70965133;WS=70965115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr6	70970501	rs12210870	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=37;ReadPosRankSum=-1.027;SC=TAGACAATGGATATTATCATA;SOR=1.124;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=7;WE=70970509;WS=70970491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
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chr6	70984562	rs603304	TG	CA	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.41;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr6	70989703	rs3806099	A	G	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1070;ReadPosRankSum=0.693;SC=CAGGGACAAAATCAAGGACTG;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=159;TCF=74;TCR=85;TR=87;WE=70989711;WS=70989693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,121:0.50:240
chr6	70990670	rs41303785	G	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.170;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr6	70991003	rs34962262	GA	G	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.764;QD=8.24;ReadPosRankSum=-2.436;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
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chr6	71004332	rs3840415	TC	T	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=222;ReadPosRankSum=1.289;SC=TTTACCACATTCCCTTTTGAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=71004340;WS=71004322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr6	71011907	rs202054376	CTTTTTTTTT	C	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.27;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr6	71011921	rs199556602	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.18;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr6	71012575	rs2242588	T	C	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=732;ReadPosRankSum=0.311;SC=GACCCCCAGCTCCATCTCCCC;SOR=0.808;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=53;WE=71012583;WS=71012565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,89:0.51:175
chr6	71190687	rs61741206	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=-0.551;SC=ACTCTTGAAAGTGTGGTCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=27;WE=71190695;WS=71190677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr6	71236216	rs7740873	C	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.384;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=584;ReadPosRankSum=0.468;SC=ATGGTATAAACATGCCTACTG;SOR=0.414;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=47;WE=71236224;WS=71236206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,73:0.40:183
chr6	71238105	rs2747701	A	G	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=396;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GAAGAAGAGGATGGTTCTGAA;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=28;WE=71238113;WS=71238095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr6	71243352	rs9283835	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TAAAACATTGAACTTAACCAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=71243360;WS=71243342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr6	71289189	rs1048886	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CTTGTCAAACAGTCCCTTAAG;SOR=0.990;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=9;WE=71289197;WS=71289179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr6	71298388	rs73488105	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=316;ReadPosRankSum=0.306;SC=CTACCCGATATGGAGATTGGG;SOR=0.976;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=32;WE=71298396;WS=71298378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr6	71378188	rs781984	A	G	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=134;SC=GGGTCTGGGCAGAGCTTAGGG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=71378196;WS=71378186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	71482975	rs1413353	G	A	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=4;PP=128;SC=TAGAGTCCCAGCTTTGTGGAG;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=71482983;WS=71482965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	71547371	rs12199707	C	T	82.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	71567694	.	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.888;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=376;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GGCTTTCCATCGATGGGCGTG;SOR=0.869;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=25;WE=71567702;WS=71567684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr6	71665473	rs9455275	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=9;PP=306;SC=GGGGCGTGTGACTGCAGCCCG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=71665481;WS=71665463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	71665986	rs1574490	G	A	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=20;PP=653;SC=GGAGTCGGGCGCCCCCGCGGC;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=71665994;WS=71665976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	71666146	rs1320315	T	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=287;SC=GCACGCTCCCTGGCCTCTCGG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=71666154;WS=71666136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr6	72113489	rs148432834	GA	G	737.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=528;ReadPosRankSum=-0.183;SC=AAACAAATAAGAAGGCTCATG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=15;WE=72113497;WS=72113479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
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chr6	72962352	rs9351902	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=0.041;SC=ATTAGTCTTCATAAGTTTTCA;SOR=1.646;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=9;WE=72962360;WS=72962342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
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chr6	72984277	rs4504440	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=5;PP=138;SC=AGCCAACTCTGGTAAAGCACC;SOR=1.112;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=9;WE=72984285;WS=72984267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	72993954	.	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.721;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.071;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=-0.983;SC=TAACTAAACCTACCCCTAAAT;SOR=2.133;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=15;WE=72993962;WS=72993944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
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chr6	73516697	.	T	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=2.369;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	73751635	.	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=193;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GCTTCTCTCTGATATGTCTTA;SOR=0.468;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=18;WE=73751643;WS=73751625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
chr6	73821239	rs2000205	T	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=379;ReadPosRankSum=-1.646;SC=TGTTCCTTTTTATAAAATGAA;SOR=0.420;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=26;WE=73821247;WS=73821229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
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chr6	73951349	.	G	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=424;ReadPosRankSum=-0.444;SC=ACTTATCCTGGGAGCCAAAGA;SOR=0.758;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=30;WE=73951357;WS=73951339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr6	74072681	rs9446890	G	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=525;ReadPosRankSum=-0.893;SC=CATACCCACAGCCCACATATT;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=31;WE=74072689;WS=74072671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr6	74073531	rs561930	C	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=505;ReadPosRankSum=0.615;SC=GCCAGCAAGGCAGTGACCCAG;SOR=0.878;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=35;WE=74073539;WS=74073521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,78:0.48:164
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chr6	74079024	rs496530	A	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=238;ReadPosRankSum=0.891;SC=GGTGATTTCGACTAGGTTCCC;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=24;WE=74079032;WS=74079014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,54:0.41:132
chr6	74079041	rs497243	A	C	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=31;PP=1332;SC=TCCCTGAGTCAACTATGTCCA;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=69;WE=74079049;WS=74079031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
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chr6	74104557	rs558198	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=1.529;SC=TGGCACGCTACTCTTACGACG;SOR=0.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=10;WE=74104565;WS=74104547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr6	74110212	rs3757106	T	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=0.143;SC=GTCTTAATGATTTTTTACTAT;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=74110220;WS=74110202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr6	74111524	rs60478350	CA	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=8.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.398;SOR=3.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr6	74114365	rs5877364	AT	A	886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.968;NF=11;NR=6;PP=585;ReadPosRankSum=-2.921;SC=CTAAGTATTCATGATGCTGTA;SOR=0.859;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=17;WE=74114373;WS=74114355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr6	74114559	.	C	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=469;ReadPosRankSum=-0.306;SC=ATTAACACTTCGGGCAAATGT;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=34;WE=74114567;WS=74114549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr6	74115935	rs57549301	C	CGG	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.921;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr6	74119084	rs4708053	T	C	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=15;PP=580;SC=ACGTATATGCTTAATTACTGT;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=30;WE=74119092;WS=74119074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	74123363	rs9442907	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=3.123;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr6	74125875	rs311686	A	G	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=592;ReadPosRankSum=2.428;SC=TGAGAGGTTTAAGGCACATCA;SOR=0.809;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=21;WE=74125896;WS=74125865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr6	74125888	rs311685	A	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=2.772;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr6	74126084	rs311684	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr6	74134849	rs311679	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=-0.088;SC=GAGCTGGGATTACAGGTGTGA;SOR=0.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=74134857;WS=74134839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr6	74135016	rs311678	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=194;ReadPosRankSum=-0.030;SC=TCAGAAATTCCTTACTTCTTT;SOR=0.293;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=17;WE=74135024;WS=74135006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr6	74155346	rs610913	G	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-2.961;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr6	74155491	rs2985419	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=8;PP=261;SC=GTAAAAATAGTACTGAAATAT;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=74155499;WS=74155481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	74161503	rs9446904	A	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=45;PP=1314;SC=GCCCGGGCGGAGGTCTTGGCT;SOR=1.450;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=74161511;WS=74161493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	74161801	rs9352000	G	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=524;ReadPosRankSum=0.694;SC=CGGAGACTCGGTGGGATCCAT;SOR=1.308;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=74161809;WS=74161791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr6	74162010	rs34413328	CA	C	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.730;NF=0;NR=10;PP=344;ReadPosRankSum=1.754;SC=GGCGGGCACACAAGAGTCTGC;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=10;WE=74162018;WS=74162000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr6	74171467	rs1713862	C	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=4;PP=655;SC=GACGTCCTACCCCGTGATATT;SOR=2.891;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=74171475;WS=74171457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	74181194	rs6453676	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=2.697;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr6	74183000	rs138624045	C	CAGAT	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GACTTCATCTCAGATAGATAG;SOR=1.508;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=3;WE=74183008;WS=74182990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr6	74189574	rs7766570	G	A	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=30;PP=1117;SC=CTCGGTAAGGGCAAAATGTCA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=74189582;WS=74189564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	74190448	rs2036039	T	C	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=2.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,116:0.49:237
chr6	74190692	.	GTTTTT	G	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.96;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr6	74202160	rs73452507	A	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=0.444;SC=CTGTTGGACCAGCACAGTGTT;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=8;WE=74202168;WS=74202150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr6	74228049	rs1874230	A	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=417;ReadPosRankSum=1.454;SC=AGCCTCTGCAATAAGTTAATG;SOR=0.832;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=29;WE=74228057;WS=74228039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
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chr6	74481076	rs4706554	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=1.431;SC=CTATATTTTGGGCCAGTGGTC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=74481084;WS=74481066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr6	74490863	rs7762433	T	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr6	74491138	rs9447019	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=109;ReadPosRankSum=0.872;SC=AACATAGAGATTGTGATTTTC;SOR=0.617;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=7;WE=74491146;WS=74491128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
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chr6	74491468	rs7763367	T	C	132.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.77;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr6	74492618	rs2047670	G	T	54.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=1.150;SC=TTTAGGAAATGATATTTATTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=74492626;WS=74492608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr6	74493432	rs10455097	A	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=400;ReadPosRankSum=2.851;SC=GACTTCAGTTACAGGATTTAC;SOR=0.762;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=29;WE=74493440;WS=74493422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr6	74493615	rs11301365	AT	A	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=186;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CAGCTCCTCAATTTTTTTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=16;WE=74493623;WS=74493605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr6	74495257	rs6453700	A	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=374;ReadPosRankSum=-1.109;SC=TCGAGGTAGCATGAAGGGATT;SOR=0.641;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=31;WE=74495265;WS=74495247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr6	74497009	rs2351528	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=410;ReadPosRankSum=0.468;SC=ATGACTTCAAATGAAATAAAT;SOR=0.504;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=28;WE=74497017;WS=74496999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr6	74497152	rs5023688	G	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.178;NF=21;NR=26;PP=580;ReadPosRankSum=1.896;SC=TTCTGATGCTGTCACCCAGAT;SOR=0.449;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=47;WE=74497160;WS=74497142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,64:0.60:107
chr6	74497237	rs35066559	G	GT	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.326;NF=1;NR=8;PP=226;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GAAGCAGAAGGTTTTTTCTCT;SOR=0.631;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=74497245;WS=74497227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr6	74498432	.	TAAG	T	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=44;QD=37.5;SC=TGAGTCCTAATAAGAAGAGAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=74498442;WS=74498422;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr6	74502210	rs12662725	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GTGTAAAGTTCCAACTCTGTT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=74502218;WS=74502201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr6	74521787	rs1501192	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=207;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TAGCTTTTGATATGTGAGACA;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=14;WE=74521795;WS=74521777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr6	74521947	rs2917862	C	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=452;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GTACAGCCAACGGCAGTTAAT;SOR=0.725;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=33;WE=74521955;WS=74521937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,61:0.45:137
chr6	74528293	rs3005506	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=1.508;SC=TGTTGACAAAACCACTGTGTT;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=74528301;WS=74528283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr6	74530416	rs11753946	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr6	74530421	rs3005537	A	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=6;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=652;ReadPosRankSum=0.092;SC=GGAGGCGGGGAGGCAGGAAGT;SOR=0.479;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=24;WE=74530429;WS=74530406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr6	74533192	rs2917887	T	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=22;PP=761;SC=GGAGACAGGCTGTGAGAAGTT;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=74533200;WS=74533182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	75795122	rs112607771	G	GCA,GCACA	1732.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4,4;NR=18,18;PP=718,126;ReadPosRankSum=1.983;SC=GATTTGGAAGGCACACACACA;SOR=0.520;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=22,22;WE=75795130;WS=75795112;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.21,0.73:48
chr6	75796364	.	GTA	G	187.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	75797302	rs970547	C	T	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	75798722	rs672648	C	A	592.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=271;ReadPosRankSum=1.812;SC=GTCTCAAAAACAAAAAAAAGA;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=11;WE=75798730;WS=75798706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
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chr6	75830974	rs499018	G	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CAAAGGAAAGGCAAGACATCA;SOR=0.335;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=11;WE=75830982;WS=75830964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr6	75833876	rs240722	C	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=1.285;SC=AATTTTATATCGCATTGTTAT;SOR=0.798;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=27;WE=75833884;WS=75833866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr6	75841722	rs594012	A	T	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=41;PP=1365;SC=CAGGTCCTGGAGCAGGGTCCC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=75841730;WS=75841712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	75843845	rs1332778	T	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=402;SC=AAGTAGTGAATAAACGACACA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=75843853;WS=75843835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	75890933	rs34433354	T	TA	277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.34;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr6	75893457	rs36085827	TA	T	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.102;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.416;NF=16;NR=4;PP=324;ReadPosRankSum=0.268;SC=CGTGCTTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=2.670;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=20;WE=75893465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr6	75901292	rs743003	C	T	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=144;SC=GTGCTCCTTCCAGATAAAGCT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=75901300;WS=75901282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr6	75950109	rs56897555	T	TA	204.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.830;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.375;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr6	75951719	rs240419	A	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	75966269	rs418485	A	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=190;SC=GTAGTTTCTCAGGTGCTTTTG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=75966277;WS=75966259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	75968720	rs147523	G	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=341;SC=GGAGTGGGGAGGGGATAAGGA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=75968728;WS=75968710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	75977591	rs240395	T	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=176;SC=ACAAAAACTGTTTTTAAGGTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=75977599;WS=75977581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	76022082	rs9352202	A	G	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.69;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr6	76022090	rs9343281	G	C	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.01;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr6	76023743	.	C	T	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=502;ReadPosRankSum=-3.369;SC=TTCCTCTATACCATCAAGTCT;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=39;WE=76023751;WS=76023733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,69:0.39:178
chr6	76024012	.	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=279;ReadPosRankSum=0.478;SC=TCATATTTTTCCTTTCATCAA;SOR=0.646;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=17;WE=76024020;WS=76024002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr6	76063133	rs6913979	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TCAAAAATTGACATTAGACCC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=76063141;WS=76063125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr6	76072642	.	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=0.152;SC=GCCTGTAATAGAAAGTGCAGC;SOR=0.604;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=13;WE=76072650;WS=76072632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr6	76072772	.	A	AT	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.4999;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=25;QD=11.3333333333;SC=TTCTGCTCTAATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=76072780;WS=76072762;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr6	76124792	rs2808201	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.666;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.448;SC=TTACCACATCGCCAATAAGGA;SOR=0.037;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=76124800;WS=76124782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr6	76138146	rs5877455	C	CAG	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=295;ReadPosRankSum=0.414;SC=TCACCACCTCCAGTTTCTGAA;SOR=0.914;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=9;WE=76138154;WS=76138136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr6	76333486	rs655471	G	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=201;SC=TGCAAAGACTGTGGTTTGGCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=76333494;WS=76333476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	76357593	rs569731	G	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=463;ReadPosRankSum=0.588;SC=ATACGATGCTGGCTTTAGAAT;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=34;WE=76357601;WS=76357583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr6	76357657	rs613562	T	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=370;ReadPosRankSum=-1.152;SC=GTAACTGATTTGAGAATTTCT;SOR=0.972;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=20;WE=76357665;WS=76357647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr6	76369054	rs507662	A	G	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	76385511	rs2842535	A	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr6	76405700	rs7755068	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-1.030;SC=CTAAGTGAAAAATCACGTACT;SOR=0.956;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=4;WE=76405708;WS=76405690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr6	76558260	rs144408691	A	AT	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.891;NF=2;NR=13;PP=340;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TTTGCTTTTTATTTTTTTAAG;SOR=0.345;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=15;WE=76558268;WS=76558250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr6	76566734	rs3798439	T	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr6	76576527	rs6453845	G	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=240;ReadPosRankSum=0.160;SC=TAGTGGTGACGGCGTTGGACA;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=13;WE=76576535;WS=76576517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr6	76583113	rs9443195	T	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=1.008;SC=ATTATCTTGATTATTTTACAG;SOR=0.601;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=17;WE=76583121;WS=76583103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr6	76595741	.	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.431;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr6	76607983	rs720862	T	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr6	76640803	rs10943299	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=519;ReadPosRankSum=0.793;SC=TCCTCAGTCCGTTCGTTCTTT;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=39;WE=76640811;WS=76640793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,56:0.50:113
chr6	76656978	rs3215818	AT	A	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.891;NF=11;NR=9;PP=652;ReadPosRankSum=0.199;SC=ACAGAACGAAATTAAAAAAAT;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=20;WE=76656986;WS=76656968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr6	76660940	.	A	AT	29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9998;HP=13;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=29;QD=17.0;SC=TTCAATAGTCATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=76660948;WS=76660930;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr6	76715175	.	G	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=0.547;SC=AAAGACAGGAGGTCACTTGCA;SOR=0.304;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=18;WE=76715183;WS=76715165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr6	76744385	.	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=0.754;SC=AAGTTTTTTCCAATGTCAAAG;SOR=0.481;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=6;WE=76744393;WS=76744375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr6	76751791	.	T	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=0.224;SC=TTTCATTTCTTGGGGGATTGT;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=30;WE=76751799;WS=76751781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr6	76782049	rs1320537	C	A	95.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	78171941	rs6297	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=298;ReadPosRankSum=2.061;SC=CCACTGCAAACGGCAAGTCAA;SOR=0.518;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=24;WE=78171949;WS=78171931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr6	79424433	rs9352613	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr6	79577644	rs9350789	A	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=19;PP=451;SC=AAGAGCCGGAAGACACAAAAG;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=79577652;WS=79577634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	79595097	rs6908105	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TGTTTCAGGCAGAAAATATAA;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=17;WE=79595105;WS=79595087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr6	79595167	rs146020132	A	ACTTAT	2140.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=1045;SC=AGAGGTATGTACTTAACAAAT;SOR=0.866;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=17;WE=79595175;WS=79595157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	79612800	rs9352675	G	A	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,135:0.48:284
chr6	79656562	rs2275291	A	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr6	79656570	rs2275290	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=-2.153;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr6	79657391	rs1984195	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=267;ReadPosRankSum=-1.310;SC=AAATAAGTCTGACATCTTTAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=22;WE=79657399;WS=79657381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr6	79657668	.	T	TC	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5208;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=21;QD=19.0;SC=TATTTCATACTCCCCCCCCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=79657676;WS=79657658;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chr6	79664440	rs9443632	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=-1.752;SC=AAATAAACTATAATCATAAAA;SOR=0.960;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=11;WE=79664448;WS=79664430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr6	79664748	rs10455356	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=0.305;SC=ACTTTTAATGTAGTCTTAGAT;SOR=0.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=79664756;WS=79664738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr6	79665198	rs373838156	GT	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=14;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=191;ReadPosRankSum=-0.238;SC=ACTGCCAGTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.518;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=6;WE=79665218;WS=79665188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	79665210	rs7753358	T	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr6	79675701	rs9350797	A	G	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=472;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AGGGTACTCAAGTTGAAGAGG;SOR=0.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=37;WE=79675709;WS=79675691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,70:0.43:162
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chr6	79707923	rs11752126	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
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chr6	79752792	rs9343863	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=-0.280;SC=TTTTAAGAATTCACATACTCC;SOR=2.075;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=20;WE=79752800;WS=79752782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr6	79912189	rs2236543	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-1.385;SC=CTGTCCAAACACAAGGTGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=79912197;WS=79912179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr6	79913379	rs67281239	GA	G	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-1.626;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr6	79918309	rs9341761	G	A	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=47;PP=1473;SC=AAGGGAATGGGAAAATATACA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=70;WE=79918317;WS=79918299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	79944096	rs3076135	C	CAG	1216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=960;SC=GTAGGGGGGACAGAGAGAGGA;SOR=2.621;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=21;WE=79944104;WS=79944086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	79944355	rs9361504	T	G	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.294;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1720;ReadPosRankSum=0.824;SC=TGCCTCTGCCTCTGCAGCTGC;SOR=0.451;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=86;WE=79944363;WS=79944345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr6	80201253	.	T	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.797;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr6	80228541	rs2655655	A	G	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=781;ReadPosRankSum=0.755;SC=AAAATCAGATAAGTAAGAATA;SOR=0.635;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=55;WE=80228549;WS=80228531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,91:0.49:185
chr6	80228673	rs2803195	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=194;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GAGGAGACTATGACAATACTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=13;WE=80228681;WS=80228663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr6	80341320	rs6926093	CG	GC	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=9;PP=403;SC=TGCGCTCAGCCGGTCCGCCCG;SOR=2.147;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=80341329;WS=80341310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	80382863	rs1883877	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr6	80382916	rs1883878	G	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	80513565	rs149560703	G	GCTCTCTGATATGCCATC	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr6	80517065	.	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=312;ReadPosRankSum=0.790;SC=TTATCTAACAGTAAAGTCGAT;SOR=1.154;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=28;WE=80517073;WS=80517055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,46:0.41:113
chr6	80579937	rs59710738	A	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=338;ReadPosRankSum=0.483;SC=ATTGAAATACACTACAGGCTT;SOR=0.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=28;WE=80579945;WS=80579927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr6	80580038	rs9361569	T	G	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=33;PP=1353;SC=CTTATGCTCATCAACGACTGT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=69;WE=80580046;WS=80580028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	80626333	.	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr6	80631539	rs700483	T	A	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=301;SC=GCGTGTTATATACACCAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=80631547;WS=80631529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	80657086	rs62407622	C	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=1.411;SC=ACGGGGCGAGCGGCGGCCGGG;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=80657094;WS=80657076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr6	80774236	rs7771228	C	T	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=25;SC=TGGCTATTTCCCGTGTGCTTG;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=54;WE=80774244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	80775188	.	C	T	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.828;NF=23;NR=34;PP=812;ReadPosRankSum=0.656;SC=TTGATTTCTTCATGGAAAACC;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=57;WE=80775196;WS=80775178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,83:0.49:169
chr6	80775330	rs3812152	G	A	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=44;PP=1748;SC=ACAGCTGAGAGTTGGTGACTT;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=91;WE=80775338;WS=80775320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr6	80777467	rs3828761	C	T	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=17;PP=1034;SC=ATAAATGGGACGGAAGCCAAA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=80777475;WS=80777457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	80777608	rs3967160	G	A	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=42;PP=1374;SC=CTGCCAAGATGTAAGACTGAT;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=80777616;WS=80777598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr6	80778853	rs6923330	G	C	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=48;PP=1866;SC=ATTCCAGAAGGTTCCAATGAT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=94;WE=80778861;WS=80778843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr6	84284664	rs6941004	G	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=214;ReadPosRankSum=1.822;SC=CAAAATGCACGCTACTTTACA;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=13;WE=84284672;WS=84284654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr6	84284880	rs2022269	T	A	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,85:0.65:130
chr6	84290137	rs147751300	TAAAG	T	840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.237;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=134;ReadPosRankSum=-0.720;SC=ATGCTTCAGTTAAAGAAAAAA;SOR=0.116;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=9;WE=84290149;WS=84290127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr6	84292139	rs1033653	T	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=1.780;SC=CCATAAAAACTGAATTTAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=17;WE=84292147;WS=84292129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
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chr6	84310997	.	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=185;ReadPosRankSum=-2.130;SC=AACCTCCAAAGAGATCCACTT;SOR=0.779;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=18;WE=84311005;WS=84310987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,30:0.25:122
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chr6	84350654	rs217325	C	G	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=50;SC=AGTTGGATGACACGACTTCCA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=84350662;WS=84350651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	84351002	.	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.524;SC=GATTACTACTCAAAACTTAAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=84351010;WS=84350992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr6	84366385	rs3037027	C	CAAG	2633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.09;MQRankSum=0.946;NF=13;NR=18;PP=1466;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TATTGCCCACCAAGTGAGACA;SOR=1.230;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=31;WE=84366393;WS=84366375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,67:0.54:125
chr6	84368819	rs11368249	TA	T	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.436;QD=2.80;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,40:0.34:118
chr6	84375377	rs217302	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=-0.397;SC=GAACATATAAGCCTGTTTACT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=23;WE=84375385;WS=84375367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr6	84935866	rs9449851	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=1.901;SC=CCATGAGTTGAGAACTGCTGC;SOR=2.093;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=84935874;WS=84935856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr6	85454055	.	G	A	738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.200;NF=11;NR=17;PP=334;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TGCAGAGTAGGAAAAAAAAAT;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=28;WE=85454063;WS=85454045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr6	85466413	.	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=0.133;SC=GCCATCTACTCACATGGCCTT;SOR=1.473;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=10;WE=85466421;WS=85466403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr6	85473758	rs172562	C	T	3788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=59;PP=1465;ReadPosRankSum=0.234;SC=TCCACGGCCCCCGCCGCCTCT;SOR=0.617;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=80;TCR=100;TR=105;WE=85473766;WS=85473748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,183:0.63:292
chr6	86176764	rs182350528	T	C	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=842;ReadPosRankSum=-0.855;SC=TTTTCTCTTTTCTGTTTTATC;SOR=0.887;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=52;WE=86176772;WS=86176754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr6	86328431	rs2758843	A	T	93.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=29;SC=GTCTTCTTTAAAGAGATGTTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=86328439;WS=86328421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	87797942	.	C	CA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
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chr6	87955206	rs72438234	C	CT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr6	87964716	.	C	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.750;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=813;ReadPosRankSum=-1.446;SC=ACGACAATGTCTTGCATTAAT;SOR=0.428;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=41;WE=87964724;WS=87964706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,73:0.63:115
chr6	87967308	.	C	T	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.225;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1454;ReadPosRankSum=0.171;SC=TGCAGTTTTTCCTTCACAAGT;SOR=0.829;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=81;WE=87967316;WS=87967298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,127:0.63:202
chr6	87970298	rs187534807	G	A	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.922;SC=AACATCGGGGGACCAAGCACA;SOR=0.587;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=241;TCF=101;TCR=140;TR=77;WE=87970306;WS=87970288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,108:0.31:351
chr6	88054980	.	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=5.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,68:0.35:192
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chr6	88109304	rs1051550	G	A	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=27;PP=724;SC=GCTTGGGGGTGGGTTGGGGAT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=88109312;WS=88109294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	88125473	rs35978098	A	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=795;ReadPosRankSum=2.049;SC=GAAATTACAGATAACAGAGCA;SOR=0.535;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=62;WE=88125481;WS=88125463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,85:0.56:153
chr6	88126360	.	C	CT	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.058;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr6	88138488	.	C	T	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,161:0.70:231
chr6	88182656	.	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr6	88265192	.	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=519;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TCCATATTTTGAGCCATCTTC;SOR=1.009;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=124;TCF=41;TCR=83;TR=39;WE=88265200;WS=88265182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,53:0.33:163
chr6	88317292	rs10706424	CA	C	130.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.34;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	88317394	rs141721711	T	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr6	88366708	rs2307373	C	T	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=31;PP=949;SC=AAGGTCAGGTCACTCTCTTCC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=88366716;WS=88366698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr6	89616267	.	A	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-1.795;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr6	89790559	rs66688820	CTTCA	C	5878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=2935;ReadPosRankSum=0.214;SC=TCTTCACTGGCTTCATTCACC;SOR=0.861;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=65;WE=89790570;WS=89790549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,150:0.56:266
chr6	89790749	.	C	T	6017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=88;PP=2878;ReadPosRankSum=0.060;SC=ACCCCGGATCCCGGACCCCCG;SOR=0.669;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=303;TCF=152;TCR=151;TR=182;WE=89790757;WS=89790739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,276:0.61:451
chr6	89814711	rs9362618	T	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.196;SC=GGAGGTCAAGTCTACAGTGGG;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=89814719;WS=89814710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr6	89814772	rs35869140	CA	C	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr6	89814830	rs7753709	A	G	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=489;ReadPosRankSum=-1.833;SC=CAGTCCTCTTATACTCACTCT;SOR=1.118;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=31;WE=89814838;WS=89814820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
chr6	89858851	rs6926895	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TTGCGTAAGCGTCATAGAACA;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=9;WE=89858859;WS=89858841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr6	89862725	rs6937095	T	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5217;FS=5.251;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=222;ReadPosRankSum=-0.039;SC=TTAGCAATAATAACAAAAGTA;SOR=2.419;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=16;WE=89862733;WS=89862715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr6	89864679	rs4053639	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=211;ReadPosRankSum=-1.011;SC=GTGGGCTAGCACTGTTAGATT;SOR=0.813;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=20;WE=89864687;WS=89864669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr6	89868190	.	G	GT	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=48;QD=17.25;SC=GTAATTAAGTGTTTTTTTATA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=4;WE=89868198;WS=89868180;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr6	89868287	rs2297308	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr6	89871759	rs2297309	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=-0.141;SC=TGAGATACGGGTAGCTAACCT;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=29;WE=89871767;WS=89871749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,36:0.30:122
chr6	89888443	rs3734201	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=6;PP=587;SC=CAGTTATTTCTGTAGTGCATG;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=89888451;WS=89888433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	89895202	rs406462	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.60;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=1.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr6	89895207	rs364936	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.60;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=1.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr6	89907873	rs422751	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=356;ReadPosRankSum=0.964;SC=CCAGCCGGCCGTCAAACGTCA;SOR=0.762;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=31;WE=89907881;WS=89907863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,61:0.35:173
chr6	89913108	rs4590241	C	G	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,57:0.38:151
chr6	89913112	rs4457139	G	A	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,61:0.39:157
chr6	89913209	rs4590242	C	T	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=6.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,94:0.32:290
chr6	89913218	rs4445034	T	A	3229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=5.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,94:0.33:289
chr6	89913286	rs4386788	T	C	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,56:0.28:203
chr6	89914477	rs1556432	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=473;ReadPosRankSum=4.321;SC=AATATTATTAGATAACTTTTT;SOR=1.122;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=29;WE=89914485;WS=89914467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr6	89926962	rs1186902	T	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-2.510;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,63:0.33:192
chr6	89926966	rs12200969	T	C	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=2826;ReadPosRankSum=1.946;SC=GGCCAGTGCATTCTGCTTTCA;SOR=0.819;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=103;WE=89926974;WS=89926952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,130:0.68:192
chr6	89927155	rs34012805	CA	C	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.793;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.26;MQRankSum=0.828;NF=0;NR=18;PP=248;ReadPosRankSum=1.999;SC=TTTACTCATGCAAAAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=18;WE=89927163;WS=89927144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr6	89967498	rs282129	G	A	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.928;SC=ACGAAAACCCGTCTGGCCCTT;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=66;WE=89967506;WS=89967488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,124:0.67:185
chr6	89974063	rs723041	T	C	6146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=54;PP=2102;SC=CTCTGCCCCCTGGCCCAGAAG;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=76;TCR=54;TR=130;WE=89974071;WS=89974053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
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chr6	89977906	rs4707535	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=320;SC=CACAACTGAGTAGCTGCCTCC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=89977914;WS=89977896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr6	90360757	rs9359858	A	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=31;PP=975;SC=CTTCCAGCTGAGGGTGGTGGC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=90360765;WS=90360747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr6	90362090	rs9359859	T	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=3.298;SC=CAGTATGAACTCAAAGTACAT;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=14;WE=90362098;WS=90362080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr6	90372574	rs36040566	A	C	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=2.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,117:0.27:436
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chr6	90387233	rs6454769	C	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=19;PP=1267;SC=ACAAGGAGTTCTAAATTACTT;SOR=1.516;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=63;WE=90387241;WS=90387223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr6	90390443	rs9353689	C	A	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=51;PP=1414;ReadPosRankSum=0.873;SC=GAAGGAGCAGCGCCCTGACAC;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=89;WE=90390451;WS=90390433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,123:0.67:183
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chr6	90415764	rs7743484	A	G	4267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=32;PP=1863;SC=ATAAAACAAGATGCAGTTCCT;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=90;WE=90415772;WS=90415754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr6	90415960	.	A	C	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=781;ReadPosRankSum=1.278;SC=GATTTAAAATAATCTCTGGAC;SOR=0.259;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=46;WE=90415968;WS=90415950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr6	90416006	rs9344954	T	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=392;ReadPosRankSum=0.038;SC=AATTTAAATGTTATCCCCAGT;SOR=0.957;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=23;WE=90416014;WS=90415996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr6	90418262	rs2026634	C	T	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=31;PP=1129;SC=CAGGCTGGTCCGTTTGTGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=90418270;WS=90418252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	90422627	rs2013736	G	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=364;SC=ACTCTTCAATGAAAAACACAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=90422635;WS=90422617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	90426270	rs9342205	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=3;PP=527;SC=TTAAGAAAAACAGTAGCTTCA;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=90426278;WS=90426260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	90426657	rs2273244	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=0.211;SC=AAATAGAAGAATGTTTTGCTT;SOR=0.760;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=18;WE=90426665;WS=90426647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr6	90428968	rs6454774	G	A	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=28;PP=739;SC=ATAATGCAATGAAAACACAAA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=37;WE=90428976;WS=90428958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	90432565	rs34376900	CA	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=8.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr6	90432621	rs764108	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=281;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TCTCACCCACAGGAAATCAAC;SOR=0.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=21;WE=90432629;WS=90432611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr6	90432662	rs756363	C	T	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=22;PP=1027;SC=AAATACCAAGCGTGAAACTCA;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=56;WE=90432682;WS=90432652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	90437699	rs7767196	G	A	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=25.60;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	90447924	rs72915946	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=324;ReadPosRankSum=0.213;SC=ATTTACCTATCTCCTTTCTTC;SOR=0.555;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=23;WE=90447932;WS=90447914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr6	90448092	rs4140446	C	T	7485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=109;PP=2965;SC=AAGATTATGACTGATGATCTG;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=83;TCR=110;TR=191;WE=90448100;WS=90448082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr6	90453248	rs2273245	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.92;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr6	90453256	rs3215598	G	GT	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=475;ReadPosRankSum=0.859;SC=GCTAACTGCAGTTTTTTAAAA;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=6;WE=90453271;WS=90453238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr6	90453263	rs2273246	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=465;ReadPosRankSum=1.326;SC=GCAGTTTTTTAAAATAACAGG;SOR=0.730;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=10;WE=90453271;WS=90453238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr6	90453492	rs11358713	AC	A	9272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=100;PP=2979;SC=ATCCATAAACACCCCCCCTCA;SOR=0.746;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=121;TCF=15;TCR=106;TR=115;WE=90453500;WS=90453481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
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chr6	90455429	rs9444704	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=0.486;SC=TATGAAACAATAGAAACTCTC;SOR=1.038;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=90455437;WS=90455419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
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chr6	90604253	.	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.181;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=359;ReadPosRankSum=-1.018;SC=CCATAGTGGGGAAAATCTGGC;SOR=1.205;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=28;WE=90604261;WS=90604243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
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chr6	90642358	rs3798789	G	A	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.180;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=-0.854;SC=AGCAGGGCACGTTTTCCCCCA;SOR=1.061;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=16;WE=90642366;WS=90642348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
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chr6	91228423	rs1145727	A	G	87.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACCATGCCCTAGAAAATCTCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=91228431;WS=91228413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr6	91278170	.	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
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chr6	91281634	rs35467094	TA	T	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr6	91296420	rs282070	C	G	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=875;ReadPosRankSum=-1.738;SC=TCAGAGCCGGCACCAGGCAGA;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=50;WE=91296428;WS=91296410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,62:0.77:81
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chr6	93956769	rs450238	T	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=20;PP=416;SC=CCAAATTTCCTGGTAGGCAAA;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=93956777;WS=93956759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr6	93982124	rs345713	A	G	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=27;PP=1097;SC=TCATTACTCCACTCACTTGCG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=93982132;WS=93982114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	94120192	rs474809	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
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chr6	94124530	rs540816	C	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr6	96034881	rs148967607	A	ATATATG	511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=615;SC=ATATATATATATGTGTGTTTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=96034889;WS=96034871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	96650908	rs4307180	A	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=8;PP=435;SC=AGGAAAATGCAGTTGATTACT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=96650916;WS=96650898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	96651740	rs3811069	A	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=9;PP=391;SC=TACCATATCTACTTGTAAATT;SOR=0.906;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=22;WE=96651748;WS=96651730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	96974386	rs9320194	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=12;PP=332;SC=TGGAAGGGGGAAAAAAAAATG;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=96974394;WS=96974376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	96988407	.	T	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=73;SC=ATGTTTTATTTTAGGAAATGA;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=96988415;WS=96988397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	97000341	.	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.749;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr6	97247566	rs392127	T	A	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=30;PP=1076;SC=TTGTGTTGGATGTCCCGGTAT;SOR=0.971;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=54;WE=97247574;WS=97247556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	97677118	rs9481410	G	A	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=24;PP=930;SC=TCTCTGAGACGTTACAAAAGC;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=97677126;WS=97677108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	97679540	rs34952523	GA	G	350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.63;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	97694582	rs113639235	A	ATAG	812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=527;SC=AAGGGAGAAAATAGTGCATCA;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=97694590;WS=97694572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	97702313	rs67917473	AATTT	A	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=170;SC=ATACATAAATAATTTATCTCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=97702324;WS=97702303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr6	99572771	rs35787630	AT	A	70.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr6	99817419	rs11437017	T	TC	260.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.36;QD=28.97;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	99817601	rs4144164	A	G	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	99819379	rs6925344	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=7;PP=343;SC=GGTACAATACTTGCAATTTGC;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=18;WE=99819387;WS=99819369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	99823732	.	T	A	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=189;SC=GGACTGCTAATGCATTATGGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=99823740;WS=99823722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	99825348	rs11548336	T	C	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=40;PP=1161;SC=GGAATTGTTTTCAGAAGATTG;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=99825356;WS=99825338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	99841907	rs9389317	T	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	99842138	rs9376138	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=25.94;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	99842148	rs35863376	C	CTT	134.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;QD=14.97;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	99853862	rs72928686	A	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	99853866	rs7744072	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.80;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	99860747	rs9321539	T	C	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=110;SC=TGAGGGAAATTAGAAAAATTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=99860755;WS=99860737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	99883704	rs6570065	T	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=17;PP=555;SC=TGCTGATTCATTATCAGCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=99883712;WS=99883694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	99883842	rs7745005	C	T	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=106;SC=ACCTGAGAAGCCTGTTTTTTC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=99883850;WS=99883832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	99914601	.	G	A	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=12;PP=357;SC=ATAAAGATCCGATCTATGAAG;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=99914609;WS=99914591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	99935975	rs2181687	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	99951750	rs6934692	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	99955243	rs11410603	G	GA	165.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5342;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=132;SC=AAAGCTTAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=99955258;WS=99955233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	99973893	rs10223892	G	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=127;SC=AAACCTGTTCGTTTAAACCTT;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=99973901;WS=99973883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	100006244	rs486881	T	G	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=102;SC=AGATATAAAGTTATCCTCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=100006252;WS=100006234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	100010653	rs3831048	AC	A	95	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=59;SC=AAATTACCACACAAAAACATT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=100010661;WS=100010643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	100014918	rs9484032	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=380;SC=TTTAGGACTATTTGAATTGGG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=100014926;WS=100014908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	100016240	rs330872	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=423;SC=CTTGATTCTGACCGCTGCGGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=100016248;WS=100016230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	100056653	.	G	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=7;PP=435;SC=GGACGAGTCGGGGGGCTCCCC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=100056661;WS=100056643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	100056899	rs9494877	T	C	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=20;PP=1165;SC=GTAGTTACTATTGTTTTTCCG;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=100056907;WS=100056889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	100061624	.	C	CCCG	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=349;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TCGCTGGGGACCCGCCGCCGC;SOR=1.911;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=100061632;WS=100061614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr6	100368759	rs4839764	G	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=155;SC=TGCCCTTTCTGATAATACCAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=100368767;WS=100368749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	100895344	rs397662	C	T	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=23;PP=743;SC=CTGGGACTGGCCCCAAATGCA;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=100895352;WS=100895334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	100901521	.	G	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	100964147	rs240780	G	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	101166095	rs41288423	G	A	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=26;PP=856;SC=CAGACAGTCCGAGAATCCTTA;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=101166103;WS=101166085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	101215223	rs11345864	TA	T	704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=291;ReadPosRankSum=0.893;SC=CTGTCCGATCTAAAAAAAAAA;SOR=1.121;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=18;WE=101215231;WS=101215213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr6	101215244	rs7746961	A	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	101247503	rs3811078	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=12;PP=332;SC=AGGTAATGCATACACCAAAAC;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=101247511;WS=101247493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	101253788	rs4839792	A	T	129.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=4;PP=69;SC=AACAAACATCAGTTATCTCAA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=101253796;WS=101253778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	101312097	rs846791	C	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=152;SC=TTATCTGAAACAGAGATTATA;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=101312105;WS=101312087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	102247406	rs117873092	C	T	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=207;SC=CTTCTTTATACAAAGAAAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=102247414;WS=102247396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	102247673	rs6922753	T	C	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=27;PP=825;SC=AGAGGTAAGTTAGGAGAAGAA;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=102247681;WS=102247663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	102266322	rs34747916	C	G	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=23;PP=670;SC=TCACAGATTCCTTATCCAATC;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=43;WE=102266330;WS=102266312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	102503157	.	G	A	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=104;SC=CTTTAATTATGAAATTTCAGG;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=102503165;WS=102503147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	102503317	rs2227283	G	A	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=26;PP=840;SC=CAGAAGAGGAGAGCAAAGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=102503325;WS=102503307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	105219748	rs142619769	G	GA	515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=319;ReadPosRankSum=-0.934;SC=TCCTCAAACTGAAAAAAAAAC;SOR=0.544;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=15;WE=105219756;WS=105219738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr6	105225097	.	G	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=16;PP=598;SC=GAACCAGCAGGATATCATTTT;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=105225105;WS=105225087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	105232204	rs2290515	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=308;SC=TTGAATAGTACGAGAAATAGT;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=105232212;WS=105232194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	105232233	rs9322817	A	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=522;SC=TGTTTAGATGAAACTGTAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=105232241;WS=105232223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	105232460	rs71763197	C	CA	179.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=1.744;SC=GCTTCTAAACCAAAAAAAAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=105232468;WS=105232450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr6	105243619	.	A	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=373;SC=ATCTTATCAAACAATTAAGTA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=105243627;WS=105243609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	105244526	rs6918700	A	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CACAAATACAATACCATGTTT;SOR=0.317;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=105244534;WS=105244516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr6	105259152	rs2168394	C	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=7;PP=211;SC=TATATATGAGCATATATAGCA;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=105259160;WS=105259142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	105300103	rs142463116	T	TGTGTGC	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=417;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGTGC;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=105300111;WS=105300093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr6	105300250	rs9499992	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=10;PP=281;SC=TCATTATCTGAGTAAAAAAAA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=105300258;WS=105300240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	105307378	rs9499993	G	A	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=42;PP=1562;SC=TGACGCGGCCGGAGCTCCTGC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=89;WE=105307386;WS=105307368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr6	105388405	rs7766336	T	G	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.09;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	105405220	rs61701350	T	TC	53.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	105548850	rs221657	C	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=0;PP=129;SC=CCTCCGACTCCACCAGTCTGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=105548858;WS=105548847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	105577172	rs9404603	A	G	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=170;SC=TATGCTAGATACTTACTCTTA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=105577180;WS=105577162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	105577224	rs9404604	A	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=243;SC=CTTTAAAATCACTTCCTTATT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=105577232;WS=105577214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	105577401	rs4946656	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	105595261	rs1190274	G	A	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=493;SC=TAAAGGTACTGTTTTATTTAG;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=105595269;WS=105595251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	105602108	rs1190280	T	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=274;SC=TATTTATGGCTTTTGTCAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=105602116;WS=105602098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	105609905	rs193002399	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	105614712	rs1190292	T	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=317;SC=GGGTTACATATTCAAGCATTT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=105614720;WS=105614702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	105825327	.	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr6	106899793	rs7763469	C	T	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=106;SC=CTAAGAAACACATACTTAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=106899801;WS=106899783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	106959961	rs4946759	A	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=10;PP=489;SC=GTGCCGAAGAAGGCTCCCTGG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=106959969;WS=106959951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	106959999	rs1340623	C	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=11;PP=506;SC=AGCCAGCCCCCCAAGGGCGCG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=106960007;WS=106959989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	106967185	rs1159148	A	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	106975415	rs2219666	A	T	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=106;SC=AAGGGAAATGATCATTTTACG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=106975423;WS=106975405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	106978314	rs2306099	G	A	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=154;SC=TAACTGTAAGGTATATTTTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=106978322;WS=106978304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	106987370	rs783396	A	C	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=32;PP=1188;SC=GATACAGAAGAAGCGTACATT;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=57;WE=106987378;WS=106987360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	106991299	.	C	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=6;PP=355;SC=ACTGGTATATCTCATTTCTAT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=106991307;WS=106991289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	106992464	rs1799693	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=10;PP=395;SC=CATATGAGAAACCTGGATTTA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=106992472;WS=106992454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	106992592	rs2247335	A	T	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=15;PP=453;SC=GGACAAGCTAATGGCTAATAC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=106992600;WS=106992582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	106992637	.	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=12;PP=348;SC=GCTAGCCTTTGAATTTTGAAT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=106992645;WS=106992627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	106992844	rs2066201	C	G	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	106999658	rs1676010	A	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	106999822	rs2297970	G	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=12;PP=364;SC=GGCAAAAATTGTAAGATCTCT;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=106999830;WS=106999812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	107001456	rs1770731	A	T	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	107001581	rs1770732	T	C	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=6;PP=138;SC=TGCTTCGTGATATCTGAGTAC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=107001589;WS=107001571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	107003810	rs2066202	T	C	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=458;SC=CAGAAATGTATGCCTCATATA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=107003818;WS=107003800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	107006347	rs4946763	T	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=341;SC=AACATTGTTTTTGTTCCTCAA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=107006355;WS=107006337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	107050867	rs6568446	A	T	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=46;SC=GTTTTCAACAAATAACTGGTT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=107050875;WS=107050857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	107069232	rs1870868	G	A	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=3;PP=297;SC=AAAAACACCAGTTATTTCAGA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=107069240;WS=107069222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	107077502	rs2054365	G	A	150.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=2;PP=102;SC=AGCGACCGGTGACCTCTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=107077510;WS=107077492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	107097123	rs34503502	AAC	A	566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=238;SC=CCCAAATACAAACAGTCATAA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=107097132;WS=107097113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	107113715	rs2015205	G	A	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=23;PP=829;SC=CAATAGGACTGCAGTTTATTG;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=45;WE=107113723;WS=107113705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	107113953	rs2169463	C	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=11;PP=328;SC=CTTTGGGAGGCCAAGGCGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=107113961;WS=107113943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	107351195	.	G	GT	116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=61.34;NF=2;NR=2;PP=55;SC=TTTACAGGGTGTTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=107351203;WS=107351185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	107351457	rs1665924	G	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=4;PP=134;SC=AGACTTTGCTGTTCTCTGAGT;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=107351465;WS=107351447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	107361476	rs311207	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=230;SC=GCTCGTAGTCATGTTATTTTA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=107361484;WS=107361466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	107365376	rs7767291	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=5;PP=235;SC=AGTTTTGTTACGTGGATATAC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=107365384;WS=107365366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	107365411	rs311249	G	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=5;PP=212;SC=GTCTGGGCTTGAGTGTACCCA;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=107365419;WS=107365401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	107372242	rs3833659	GTTTTC	G	1263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=841;SC=CCAAGCCTCTGTTTTCTTTTA;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=107372254;WS=107372232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	107391396	rs3814073	G	A	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	107827753	rs17068251	T	C	51.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	107956095	rs9486659	A	G	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=105;SC=GCGCGAGCCGAGCGCCGCGGA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=107956103;WS=107956085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	108026317	rs1546962	G	T	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	108026402	rs1546961	A	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.78;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr6	108026455	rs1546960	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=12;PP=373;SC=GTTTCAGTGCAGGTCCCAGCT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=108026463;WS=108026445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	108028967	rs6921672	T	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	108029020	rs3734752	T	C	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=26;PP=1264;SC=ACTCTCCTTCTGTGCCTGCTC;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=70;WE=108029028;WS=108029010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	108029109	rs3734754	T	C	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=54;PP=1758;ReadPosRankSum=-0.865;SC=CCAGAGCCTGTGGGTCGGCGT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=109;WE=108029117;WS=108029099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr6	108042213	rs846977	G	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=18;PP=538;SC=CAATAAGGCAGTACAGAGAAG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=108042221;WS=108042203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	108042334	rs846978	T	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	108066144	rs6922304	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=261;SC=GAAGCAGGACAAGGCCTACCT;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=108066152;WS=108066134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	108068003	rs6934505	C	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=18;PP=539;SC=CGCCGATGGCCGCTCGGGCCC;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=108068011;WS=108067993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	108076672	rs7750796	C	G	156.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=94;SC=AGGGAGTCACCCATGATTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=108076680;WS=108076662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr6	108277287	rs9486756	C	A	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=190;SC=TCAAGACCAGCCTGGGTAAAT;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=108277295;WS=108277277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	108279290	rs2272884	G	A	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=25;PP=707;SC=CCAACGCCCCGGCCCGAGTGG;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=108279298;WS=108279280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	108497573	.	C	T	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr6	108616169	.	C	T	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr6	109201129	rs17316116	A	C	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=14;PP=374;SC=ATCTCCTTCTAGCCCTCACTG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=109201137;WS=109201119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	109560739	rs35237549	TA	T	100.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=6;PP=67;SC=AAGTCAGATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=109560747;WS=109560729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	109575596	rs6919557	C	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=188;SC=TCCCGTCGCTCTGCTGGGCCC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=109575604;WS=109575586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	109583186	rs1040285	A	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	109615603	rs9487048	G	T	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=13;PP=722;SC=TTCCTCAATTGATGGTTCATA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=109615611;WS=109615593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	109616762	rs9400272	A	G	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	109621494	rs6927569	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=331;SC=CAAGACCCTATCCGGGTGGCC;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=109621502;WS=109621484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	109629142	rs56150455	C	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=298;SC=TAATTTTGAACACAAAGTACA;SOR=1.828;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=109629150;WS=109629132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	109659589	rs61282496	TCA	T	467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;QD=25.99;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	109761352	rs142756236	GGT	G	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.947;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,12:0.14:84
chr6	109769336	.	TCA	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=57.55;MQRankSum=1.085;NF=1;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCTCCCTCTGTCACACACACA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=1;WE=109769345;WS=109769326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr6	109773791	.	G	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=11;PP=236;SC=AGGGGGGTTGGGTTGGAGCTG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=109773799;WS=109773781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	109867090	.	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=9;PP=364;SC=GTATTTTCTTCCTCAACTTTG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=109867098;WS=109867080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	109996751	rs829815	T	G	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=48;SC=CAATATGTGGTTTTTATTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=109996759;WS=109996741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	110036479	rs6924436	A	T	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=131;SC=TATTTTTATCATAAATCTAAA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=110036487;WS=110036469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	110048489	rs11459279	C	CT	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.6245;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=99;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TGGTAACTACCTTTTTTTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=110048497;WS=110048479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr6	110053824	rs11377100	G	GT	211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.29;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr6	110064255	rs72045093	TATTTC	T	845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=234;SC=CATTGAAAGTTATTTCATTAA;SOR=2.093;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=110064267;WS=110064245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	110064869	.	C	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	110065049	rs149608939	TAAC	T	722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=524;SC=CAGAGGGGGTTAACAAGCCAT;SOR=1.371;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=110065059;WS=110065039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	110106277	rs9320315	C	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr6	110107517	rs9885672	T	C	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=12;PP=645;SC=ATCTGTGCTGTGAACTTAAAG;SOR=1.358;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=110107525;WS=110107507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	110113766	rs72944974	T	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.97;ReadPosRankSum=-2.249;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
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chr6	110424809	.	G	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=7;PP=161;SC=TTATTGGGAGGAAAGGGTTCT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=110424817;WS=110424799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	110534345	.	C	T	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=27;PP=840;SC=TGTCTTGTTCCATGGACTGTA;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=110534353;WS=110534335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	110643956	rs6908306	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	110644112	rs112341783	A	AG	285.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	110679062	rs4945854	T	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	110679413	rs62435951	A	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	110736610	rs9384742	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	110745977	rs3778650	A	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=393;SC=TATTAAAAAGACATACAAACA;SOR=3.500;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=110745985;WS=110745967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	110746388	.	G	A	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=308;SC=TAATGGATTTGAATTTGACAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=110746396;WS=110746378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	110746526	rs7756222	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=13;PP=346;SC=CACCATGGAGTGCCTCCTTAA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=110746534;WS=110746516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	110746545	rs9487402	T	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=13;PP=463;SC=AATTGCCAGCTACTGCCTGCA;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=110746553;WS=110746535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	110777910	.	C	T	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=30;PP=1242;SC=CAAGGAAACTCTTTCTTACTG;SOR=0.744;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=63;WE=110777918;WS=110777900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	110796405	rs7768422	T	C	101.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=54;SC=TTGGCCCAGCTGAGGAGCCGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=110796413;WS=110796395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	110796969	rs55679760	T	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=232;SC=CTGAGTCAGATAGAGGAGCTC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=110796977;WS=110796959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	110797705	rs62421706	G	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=45.99;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	110797706	.	CGGGG	C	955.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=53.10;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	110797710	.	G	GCACC	955.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=53.10;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	110797821	rs11153236	A	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=27.10;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	110943914	rs9487465	T	C	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=132;SC=GGTGGTATCATTGAAAAAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=110943922;WS=110943904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	111346806	rs1044387	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.25;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	111346806	.	CTG	TTA	264	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=3;NR=5;PP=264;QD=39.6834843578;SC=CCAGCCACTACTGTTTCATTG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=111346816;WS=111346796;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	111346808	rs1044388	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.25;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	111346843	rs1044389	G	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	111527988	rs402940	G	A	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=31;PP=805;SC=CTCATCACCCGATGTCTCATT;SOR=2.356;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=40;WE=111527996;WS=111527978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	111587266	rs11153279	T	C	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=36;PP=1129;SC=AATCATCTGATGCTGACTCAG;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=75;WE=111587274;WS=111587256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	111587375	.	T	C	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=22;PP=726;SC=TTTTTGTCTGTTTTTAAAGAA;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=111587383;WS=111587365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	111654680	rs5879102	CT	C	48.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=4;PP=42;SC=GATTGTATGACTTTTTTTTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=111654688;WS=111654670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	111665023	rs240990	G	A	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=44;SC=GTAAGCCACCGCAACTGGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=111665031;WS=111665013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	111665071	rs1623806	T	C	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=132;SC=TTATTACATATAAATTACATC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=111665079;WS=111665061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	111695073	rs455645	C	T	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=15;PP=893;SC=CTTCTGATAACGACCTCGGTT;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=111695081;WS=111695063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	111695268	rs455732	C	T	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=42;PP=1367;SC=CCGCTATGCACACAATCTGCT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=111695276;WS=111695258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr6	111695887	rs462779	G	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=11;PP=350;SC=CTTAAGTGTTGTATGCTTTCT;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=111695895;WS=111695877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	111696257	rs461646	G	A	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=15;PP=550;SC=CTATAATTCAGGTCACAATCT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=111696265;WS=111696247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	111696852	rs458486	T	C	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=110;SC=TTTCTAACGTTCCATCTCCAA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=111696860;WS=111696842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	111711232	rs11376056	C	CG	335.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=296;SC=CCACCACACCCGCCGGTCATT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=111711240;WS=111711222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	111880846	rs117019258	C	T	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=170;SC=TCTGGCTTTCCCTACATGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=111880854;WS=111880836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	111884058	rs2280985	A	G	138.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	111896777	rs12192705	C	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	111896792	rs12206072	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	111901453	rs1043730	G	T	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=18;PP=530;SC=GCCTCTCTTCGTGGTCCCAGG;SOR=1.040;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=31;WE=111901461;WS=111901443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	111918865	rs174393	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	111918869	rs11153302	A	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.77;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	111919108	rs6941014	T	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=292;SC=CAGAGGGCGGTGCCTGGATTG;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=111919116;WS=111919098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	111995666	rs3730353	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=465;SC=AAAAGCCTCCAATCTCAGGCC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=111995674;WS=111995656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	112438912	rs3216857	GA	G	1296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=9;PP=632;SC=AGCATTTCATGACTCATATTT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=112438920;WS=112438902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	112443134	rs4945897	G	A	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=244;SC=AAGGAAAGATGGGAAAAAACG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=112443142;WS=112443124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	112450351	rs2157550	G	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=139;SC=TTATGGAAGTGAAAGAGCTTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=112450359;WS=112450341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	112451341	.	G	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=157;SC=AATTGAAATGGAACATGTGGT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=112451349;WS=112451331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	112457390	rs2032567	C	T	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=28;PP=1126;SC=ACAGGGCCACCGCTGAATCCA;SOR=0.907;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=67;WE=112457398;WS=112457380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	112457471	rs2032568	G	A	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	112460648	rs2072020	G	A	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	112462470	.	ATG	A	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.32;NF=3;NR=1;PP=66;QD=18.75;SC=AAGACTGTGTATGTGTGTGTG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=4;WE=112462479;WS=112462460;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,4:0.18:22
chr6	112480041	rs3752577	A	G	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=26;PP=755;SC=CTTGTAGTTCACTTTTGGCTC;SOR=1.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=42;WE=112480049;WS=112480031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	112508769	rs9387061	TG	GT	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=15;PP=1098;SC=CTAACCGCAGTGCATCAGTCA;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=112508778;WS=112508759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	112521183	rs2237242	G	A	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=261;SC=ACTACATATCGTTTAGCTGCC;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=112521191;WS=112521173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	112521387	rs4947176	A	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.95;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	114178831	rs113531174	C	CGCT	686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=756;SC=TTGCCGCCGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=8;WE=114178839;WS=114178821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	114181209	.	G	GA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
chr6	114379177	rs367902000	G	A	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	116264354	rs550480	C	A	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=12;PP=441;SC=TCTACCTGTTCATGTATTAAG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=116264362;WS=116264344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	116264386	rs11330350	AT	A	339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.382;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr6	116288912	rs11398565	T	TAA	377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	116325142	rs3756772	C	T	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=452;SC=TCTGATCTTCCGATTGCTCCA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=116325150;WS=116325132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	116429623	rs517352	T	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=7;PP=161;SC=TTGTGAAGTCTAAACTTTACC;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=116429631;WS=116429613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	116757557	rs560644	T	C	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.07;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr6	116782488	rs2858833	T	C	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=5;PP=278;SC=GGTAGGGAGATGGAAAGGGTG;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=116782496;WS=116782478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	116783330	rs1057192	G	A	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=6;PP=222;SC=CCTGCTCACCGGATGCTGCTC;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=116783338;WS=116783320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	116783389	.	C	T	83.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	116783390	rs10784	A	G	83.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=3;PP=52;SC=CCTGGTGTGCACGCAAATCAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=116783398;WS=116783380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	116938232	rs13213314	C	G	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=42;PP=1447;SC=GAAGGAAACACCTTTCAACAG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=116938240;WS=116938222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	116947149	rs112580115	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=465;SC=ACTCTTCCAAGCATAAAGAGT;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=116947157;WS=116947139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	116950833	rs784133	T	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=13;PP=384;SC=GAAGTGGGGCTTCCTCTTTTG;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=24;WE=116950841;WS=116950823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr6	117053235	.	G	GTT	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=59.23;NF=2;NR=0;PP=26;QD=28.0;SC=GTAACAGTTTGTTTATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=117053243;WS=117053225;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	117073848	.	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr6	117113866	.	G	A	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	117121894	rs6917467	G	A	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	117127829	.	G	A	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=30;PP=1226;SC=CTGTCACTGGGAAGCAAGTGC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=117127837;WS=117127819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	117203732	.	GA	G	29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=0.9999;HP=13;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=29;QD=11.3333333333;SC=TGTGAGAACTGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=117203740;WS=117203722;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,3:0.43:7
chr6	117215114	rs339340	T	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	117237524	rs1321372	G	A	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=4;PP=75;SC=ATTTCTTTACGTAGCATTCTA;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=117237532;WS=117237514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	117237584	rs2184343	T	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=2;PP=23;SC=TATGGCTGGATATACACTGTC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=117237592;WS=117237574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	117239141	rs6936629	T	C	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=120;SC=ACCAATAATATGTCTTTCTAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=117239149;WS=117239131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	117243181	.	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr6	117243260	rs7764347	T	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=22;PP=557;SC=AGAATGCCACTGTGGAGGCTT;SOR=0.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=117243268;WS=117243250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	117243472	.	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	117244374	rs7770158	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=360;SC=CCTTGAACAATGCATCCAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=117244382;WS=117244364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	117246719	rs4946206	C	T	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	117248218	rs611349	T	C	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=22;PP=1304;SC=AGATTGCTGGTCATCTGATGA;SOR=1.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=67;WE=117248226;WS=117248208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	117249847	rs597688	A	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=442;SC=TCACCTCATTACTTTGTCACT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=117249855;WS=117249837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	117250182	rs673055	C	T	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=283;SC=AGTTGTTAACCTCAGGTATGC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=117250190;WS=117250172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	117252672	rs631089	C	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	117252759	rs630695	T	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=166;SC=TAAGAGTAAATAAAAATGAAT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=117252767;WS=117252749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	117631463	rs71554877	T	TTAA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=94;SC=GAAGTTATATTTAATAATAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=117631471;WS=117631453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	117678115	.	T	A	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=772;SC=ACTTAATGAGTAAAATACATC;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=117678123;WS=117678105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	117681436	rs150963992	G	GACACACAC	362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;QD=45.34;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	117686943	rs2243383	A	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=200;SC=GGAGAAAAAAATGGGGATTAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=117686951;WS=117686933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	117714346	rs1535330	C	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=1;PP=114;SC=ATTATTTATTCCCAATGGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=117714354;WS=117714336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	117724462	rs2243379	C	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=217;SC=AGTGATCAATCATCAGCATTA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=117724470;WS=117724452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	117724499	rs1407179	A	C	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=176;SC=CATTGGGACTAAAAAGCATAG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=117724507;WS=117724489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	117725578	rs2243378	T	A	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=16;PP=576;SC=GAGCAGTTGGTAGGTCTGCAT;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=117725586;WS=117725568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	117730592	rs2273602	G	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=TGGCCTATACGTTTGAAATTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=117730600;WS=117730582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	117730819	rs2273601	G	A	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=14;PP=456;SC=TGGAAGACAGGGAGCATGACA;SOR=0.968;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=24;WE=117730827;WS=117730809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	117737390	rs2243	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=3;PP=200;SC=AGAAACATCAGTATCAAAATA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=117737398;WS=117737380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	117804117	.	GCGGGGCGGGCCGGGCCGGGCCGAGGGCTA	G	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=39.30;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	117842759	rs35394851	CTG	C	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=495;SC=GGTATCCTAACTGTGTTGCAG;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=117842768;WS=117842749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	117860677	.	C	T	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=2;PP=81;SC=GCCTGTAATCCCCAAGCTTTG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=117860685;WS=117860667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	117862048	rs2071825	C	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	117864144	rs210619	A	G	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=108;SC=TTGCTTTCCAATATCAGTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=117864152;WS=117864134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	117865928	rs9320608	C	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=133;SC=TTAATGGCCACTTTACTTTTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=117865936;WS=117865918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	117869491	rs210621	G	A	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=72;PP=2816;SC=CCGAAAGCGGGCACCCTGACT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=146;WE=117869499;WS=117869481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr6	117996818	rs9767451	T	C	125.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.81;QD=20.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	118475798	rs205966	G	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=25;PP=630;SC=GCTCACAAAAGCACCAGGAAT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=118475806;WS=118475788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	118556628	rs9489326	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=245;SC=CAATTTATTCTATTTCAGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=118556636;WS=118556618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	118635079	rs1572226	C	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=262;SC=GCCAACTCATCATGCTGCCTG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=118635087;WS=118635069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	118635122	rs283049	G	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=573;SC=TCATGTTTCTGTGTGCCTCAT;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=118635130;WS=118635112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	118786486	rs3798420	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=12;PP=717;SC=GCAAGTCATGTCACTTGCAAC;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=39;WE=118786494;WS=118786476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	118801232	rs67283653	TCA	T	45.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	118832320	rs9489424	T	C	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=114;SC=AGTTGGACACTCTTTGCCACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=118832328;WS=118832313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	118886615	rs763254	T	C	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=10;PP=514;SC=GAACACTTGTTATATGCTTAC;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=118886623;WS=118886605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	118886961	rs3734382	G	T	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=16;PP=775;SC=ATGTCTACAGGCTGTCTCCTA;SOR=1.047;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=39;WE=118886969;WS=118886951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	118887303	rs3734381	T	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=18;PP=602;SC=TCCCCCCTACTGTGGTTTCCC;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=118887311;WS=118887293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	118973953	rs9489486	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=11;PP=272;SC=ATGTAATGTTAGCCAAGGGTC;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=118973961;WS=118973943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	118974042	rs9489487	C	T	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	119149149	rs284921	C	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=371;SC=AGCGTTCCGGCAATCACTCTG;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=119149157;WS=119149139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	119177480	rs36160966	T	G	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=86;SC=CATTTTCCCCTAAGCATATAT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=119177488;WS=119177470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	119300477	rs4946382	A	G	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=7;PP=637;SC=GAATTTAAAAAATGTTAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=119300485;WS=119300467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	119323987	rs3756940	A	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	119327112	rs794262	G	A	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	119346912	rs6929403	G	A	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=246;SC=CCCCGGAAGCGAAAAGAAGTA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=119346920;WS=119346902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	119509870	rs2142888	G	A	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=270;SC=AGGACCCTCCGAGGATAACAA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=119509878;WS=119509860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	119510739	rs2072888	C	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=127;SC=ATAGGCAGAGCGGATAGTCTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=119510747;WS=119510735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	119510777	rs2072889	T	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=6;PP=250;SC=AAAACTGCATTAAATCAAAGC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=119510785;WS=119510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	119510941	rs2072890	C	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	119522252	rs3822996	G	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	119522306	rs9387641	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=7;PP=476;SC=AGCCATGCCCTTTTCTCCTTT;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=119522314;WS=119522296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	119611708	rs9489670	C	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	119627976	rs6915559	G	A	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	119628029	rs195092	C	T	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=23;PP=1050;SC=GAGAAGTTATCGTCACTAAGA;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=119628037;WS=119628019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	119628160	.	G	GA	453.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=311;ReadPosRankSum=1.120;SC=TTCATCATCTGAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=17;WE=119628168;WS=119628150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,24:0.89:27
chr6	119628198	rs6915947	G	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=355;SC=TTTGAATGGAGATGTTTTTGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=119628206;WS=119628188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	119653186	rs7754482	G	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=198;SC=ATAAAATGAGGAGAATAATGT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=119653194;WS=119653176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	121436422	rs7772508	G	T	93.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=53;SC=ATAAAGTGCAGAAAAGTTTGC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=121436430;WS=121436412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	121491472	rs1273749	G	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=349;SC=CATTAAACAAGCTATATCAAA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=121491480;WS=121491462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	121526447	rs9320795	G	C	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=3;PP=60;SC=TAAATAATAAGAAGAAGAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=121526467;WS=121526437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	121526459	rs35328788	G	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	121526465	rs35549991	G	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	121620608	rs9387944	G	T	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=193;SC=CTTATATTTCGTTTCAAGAAG;SOR=2.147;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=121620616;WS=121620598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	121625774	rs150140922	G	GA	189.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.640;QD=14.55;ReadPosRankSum=-2.081;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr6	121629167	rs9398629	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=14;PP=401;SC=TCAGTTTTTCGCAGAGAGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=121629175;WS=121629157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	121632008	rs9372653	T	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=363;SC=AACACAATTGTCAGGACATTC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=121632016;WS=121631998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	121768239	.	C	T	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=25;PP=1273;SC=TCCTGCAGATCATATTTGTGT;SOR=1.076;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=67;WE=121768247;WS=121768229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	122720806	rs6926219	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=11;PP=481;SC=CGTTCTCGGGGAGCTGCTGCC;SOR=0.883;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=122720814;WS=122720796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	122734972	rs549302	G	A	47.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=3;PP=36;SC=TGTGGCCACTGACTTTACTCT;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=122734980;WS=122734962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	122743502	rs487487	T	C	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=82;SC=TATTACAGAGTAAAATTCAAA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=122743510;WS=122743492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	122752550	rs149578348	T	TTA	117	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=29.25;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	122772692	rs510283	T	C	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=2;PP=154;SC=ATCAAAACTTTGTACTTTATT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=122772700;WS=122772682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	122772921	.	A	AATAT	62.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=20.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	122775195	rs499825	A	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.20;ReadPosRankSum=0.829;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr6	122793033	rs1267941	A	G	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=28;PP=842;SC=AGGCCTGGGTAGGATAAAACA;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=122793041;WS=122793023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	123022496	rs4382328	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=272;SC=CAGGCTAGACATGGTGATCAG;SOR=2.833;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=123022504;WS=123022486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	123038887	rs6920792	CT	GC	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=3;PP=186;SC=TGAACATTTACTTCTGAATAG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=123038896;WS=123038877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	123101348	rs2171068	G	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=77;SC=ACTTTAGAACGTGGATTCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=123101356;WS=123101342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	123118218	rs72968550	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=159;SC=ATGGGTCTTATAGAGGGAGAA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=123118226;WS=123118208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	123319382	rs11154131	C	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=21;PP=529;SC=CGAGTAGTGTCATGGTTTTGT;SOR=2.468;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=25;WE=123319390;WS=123319372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	123384942	rs199920685	G	A	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=14;PP=454;SC=ATTAGAAATGGAAAGTATTGG;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=123384950;WS=123384932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	123539684	rs361508	C	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=469;SC=GCCTGAACTACTGTGGACAAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=123539692;WS=123539674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	123687288	rs2873479	A	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	123687432	rs7769808	T	C	142.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=66;SC=ATGTTGCACATGAGAGCAAAG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=123687440;WS=123687422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	123699019	rs28494009	A	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=2;PP=23;SC=ACCTGGTTCCACATGTTTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=123699027;WS=123699009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	123702499	rs3813328	G	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=7;PP=231;SC=CAAATACACTGCATGCATTTC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=123702507;WS=123702489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr6	123777762	rs13210103	T	C	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=92;SC=TACAGGCATATGCCTCCATGC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=123777770;WS=123777757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	123777833	rs13194238	C	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr6	123778732	rs6915179	T	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=27.40;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	123778835	rs143257093	T	TAACTG	1521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=918;SC=TTTAACATATTAACTGAAAGA;SOR=0.869;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=123778843;WS=123778825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	123819847	rs9320940	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=7;PP=123;SC=TTTCTAGACATGAGATTGTTT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=123819855;WS=123819837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	123833457	rs6902416	G	C	144.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	123851590	rs12198164	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	123851610	rs12198167	G	A	137.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=44;SC=ACACAAAAATGTATATCTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=123851618;WS=123851600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	123892001	rs2145735	G	A	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=93;SC=AGCAGGAACTGGAGGGGACAC;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=123892009;WS=123891991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	124811558	rs3052658	G	GTT	324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.30;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr6	124979671	.	G	A	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	124979689	rs1479039	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=16;PP=483;SC=CAGGTTAAACTAAACCATCCT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=124979697;WS=124979679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	125139473	rs1923726	TG	GC	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=8;PP=1005;SC=TCTGTGTGGGTGCTTGATCAT;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=24;WE=125139482;WS=125139463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	125139496	.	C	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=11;PP=550;SC=ATGTATATCTCTTCTGAAAAG;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=125139504;WS=125139486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	125144352	rs2025251	T	G	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=33;PP=1333;SC=AAAAACATCTTTTCTCTCTCT;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=73;WE=125144360;WS=125144342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	125230075	rs781735	A	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=9;PP=235;SC=TTTGCCAACCATTGTTATTAT;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=125230083;WS=125230065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	125232587	.	G	A	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=104;SC=TGGCCTACATGGTGAAACCCC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=125232595;WS=125232577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	125284457	rs9401790	T	C	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=57;PP=1661;SC=GATCCCTATGTGCCCCTCATG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=106;WE=125284465;WS=125284447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	125330619	rs112538609	GA	G	158.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=121;SC=TAAGAAGGCAGAAAAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=125330627;WS=125330609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	125569672	.	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=77;SC=TATGATTGATGACTAAGATAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=125569680;WS=125569662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	126210395	rs6919947	T	G	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=29;PP=1287;SC=CGACACTTCTTCTGCATTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=56;WE=126210403;WS=126210385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	126242004	rs4563736	CG	GC	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=347;SC=TTTTCAAGCACGGGTGTCCCT;SOR=1.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=126242013;WS=126241994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	126249024	rs76949168	G	A	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=177;SC=TCCGGGCTGGGTCAGCCCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=126249032;WS=126249014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	126249755	.	CT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr6	126278230	rs2295005	G	C	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=25;PP=899;SC=GAAGCCGCTGGCAAGTCACCA;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=126278238;WS=126278220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	126288023	rs3757212	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=8;PP=448;SC=ACAAATGTTTTTTCCTTTAGA;SOR=1.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=126288031;WS=126288013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	126307962	rs6569448	A	G	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=110;SC=TCCGAGACCAAACCCCTCGGC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=126307970;WS=126307952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	126319881	rs6569449	T	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=6;PP=155;SC=TGAAAGCTACTTATTAGGCCT;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=126319889;WS=126319871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	126334041	rs2206941	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=13;PP=641;SC=CTTGAGAAGAGGCATGTGGCT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=126334049;WS=126334031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	126669479	rs9401876	C	A	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=74;SC=AAGGTGATTTCCAATTTGGAA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=126669487;WS=126669469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	127768762	rs6902288	G	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=290;SC=GATTCTTCCTGTTTTTCTGTT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=127768770;WS=127768752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	127768950	rs2236027	A	C	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=165;SC=TCAAAAGCAAACATAGCTAAA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=127768958;WS=127768940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	127770923	rs3818135	A	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.64;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	127771452	rs3734447	T	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=229;ReadPosRankSum=-0.384;SC=ATCTTAGCACTTTCATTGATA;SOR=1.308;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=127771460;WS=127771442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr6	127794289	rs41285272	T	G	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=24;SC=TTGTATCTTTTTAAAGAAATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=127794297;WS=127794279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	127796326	rs12194762	G	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=46;SC=GCCCTGAGCGGGGGCTTCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=127796334;WS=127796316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	128030957	rs490008	G	T	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=4;PP=266;SC=TATATCATAGGTTTCTGTAAG;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=128030965;WS=128030947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	128040839	rs675531	T	C	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=12;PP=490;SC=GTACCTGCTATTGCTGTGGCC;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=128040847;WS=128040829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	128176383	rs270032	A	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=194;SC=AAACAGTGAAAAACAAAGTAG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=128176391;WS=128176373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	128297986	rs4321844	G	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=7;PP=340;SC=CTAGTTAGGAGAGTATAAAGC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=128297994;WS=128297976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	128307118	rs4341027	T	G	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=140;SC=CTGACAATGATAACAATAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=128307126;WS=128307108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	128324241	rs717851	T	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	128330249	rs9321104	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=443;SC=GGTAAGTGAGTGGGACAGGAC;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=128330257;WS=128330239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	128385998	rs4897241	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=182;SC=TTCCTGTTTCATAAACTATAA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=128386006;WS=128385988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	128388688	.	G	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=467;SC=TCATCGCCTGGAAATAGATGT;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=128388696;WS=128388678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	128388799	rs35030557	G	T	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=18;PP=647;SC=TTCCCGGGGGGAGTTCTGCAG;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=39;WE=128388807;WS=128388789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	128388990	rs4897242	A	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=15;PP=377;SC=ATATTTAGAGATTTAAGATAC;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=20;WE=128388998;WS=128388980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	128389074	rs4897243	T	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TAACCTGGTATACTCTTTTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=128389082;WS=128389064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	128403745	rs17828130	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=395;SC=CAGCCACTGGAACTGCAGGAT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=128403753;WS=128403735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	128404804	.	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	128556815	rs77369097	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=341;SC=TCTGAGTAGCGTGATGAAATC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=128556823;WS=128556805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	128718905	.	A	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=46;SC=TGGAGAAGGAAATGTTATATT;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=128718913;WS=128718895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	129204675	rs35108091	G	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=9;PP=195;SC=CCATGAGAGCGTAGTGTAGGG;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=129204683;WS=129204665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	129380843	rs143205326	C	CG	642.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=261;SC=TTGTTTTAACCATTTTTTTTT;SOR=1.911;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=129380852;WS=129380833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	129380844	rs74936600	A	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=192;SC=TGTTTTAACCATTTTTTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=11;WE=129380852;WS=129380833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	129381026	rs4404787	C	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	129612808	rs1027199	A	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=360;SC=GCCACAGTCAAACTGGACAGT;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=129612816;WS=129612798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	129619150	rs1027200	G	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=126;SC=TTATTTTTACGTTACTTAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=129619158;WS=129619140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	129799682	rs2784895	C	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=4;PP=422;SC=AACCAGTAGACAATGGAAACC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=129799690;WS=129799672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	129802302	rs2275214	G	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=255;SC=AACCTATGATGTATTTCATAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=129802310;WS=129802295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	129807483	rs6569604	C	G	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=135;SC=TTTTCAAAACCGTTTGAGAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=129807491;WS=129807473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	129807629	rs2229848	C	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=19;PP=676;SC=GCCTATTATGCAATACTCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=129807637;WS=129807619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	129807699	rs2229849	G	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=21;PP=790;SC=GGAAAATTGTGATCAGACCAG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=129807707;WS=129807689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	129807869	rs6938825	C	A	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=181;SC=GTGTGTGGACCTACTATGCAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=129807877;WS=129807859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	129823645	rs7754167	A	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	129835370	rs13196682	T	A	60.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=39;SC=TGTCAAGTTTTAAAATTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=129835378;WS=129835366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr6	129937567	.	C	A	58.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	130031215	rs3752536	T	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=14;PP=429;SC=TTCCCGACGGTCTGGTCCTTG;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=130031223;WS=130031205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	130152479	rs7758540	T	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=5;PP=196;SC=CAAGCAATTTTGATATACCTA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=130152487;WS=130152469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	130154667	rs9492393	T	C	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	130154686	rs4629709	A	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=23;PP=765;SC=GGAACAAAAAACAATCCACAA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=130154694;WS=130154676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	130164764	rs9321190	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=13;PP=329;SC=GATGTTATAAGTGAAAACAGT;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=130164772;WS=130164754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	130164821	rs17396508	G	A	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=282;SC=AGTGACACACGTTACTATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=130164829;WS=130164811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	130164856	rs9402185	C	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=209;SC=CTATGCGATTCACCCACATTG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=130164864;WS=130164846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	130387431	.	GTA	G	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.4999;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=22;QD=31.0;SC=TTATTTTTGTGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=1;WE=130387440;WS=130387421;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,1:0.20:5
chr6	130389707	rs35622104	TA	T	156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=160;SC=AATTAAAGTTTAAAATTAGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=130389715;WS=130389697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	130466413	rs4897369	G	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr6	130483222	rs9321214	G	A	97.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=71;SC=AGGAATCAGCGTAAATTAACC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=130483230;WS=130483212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	130504481	rs370056383	CA	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr6	130530715	.	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	130530815	rs1932100	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	130535420	rs4897377	G	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	130535623	.	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=198;SC=CAGTTGCTGAACCATCCGATC;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=130535631;WS=130535613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	130536494	rs34071457	AT	A	904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.369;NF=0;NR=26;PP=443;ReadPosRankSum=-1.492;SC=TTGTGCCTTAATTTTTTTTTT;SOR=1.659;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=26;WE=130536502;WS=130536484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr6	130537005	rs2326951	G	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=17;PP=516;SC=TTTTCCGTTAGCAAGAAGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=130537013;WS=130536995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	130761798	rs3813360	T	C	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	130762287	rs17053432	G	T	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=20;PP=799;SC=AGAGTTCTGGGCATCTTATGC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=130762295;WS=130762277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	131148541	rs4895897	A	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=15;PP=758;SC=TCCACAAAAAATTCCACTGAG;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=131148549;WS=131148531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	131156226	rs942	C	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=9;PP=216;SC=CTAAGATACTCATTCTGAACC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=131156234;WS=131156216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	131186578	rs7775013	T	G	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=293;SC=ACTGTCTGTATCTTACTTGGA;SOR=1.931;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=131186586;WS=131186568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	131186791	.	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=564;SC=ATAGTTGGGGGAAAAATACAA;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=131186799;WS=131186781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	131211616	rs140909070	GA	G	113.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=65;SC=CCTATGGGAGGAAAAAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=131211624;WS=131211606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	131481394	rs67922791	CA	C	142.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=77;SC=ATTTAAAGTACAACTAAATGC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=131481402;WS=131481384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	131490472	rs1408027	T	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=451;SC=TTTTTTTCAATTTTGTAACAG;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=131490480;WS=131490462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	131900390	rs34504481	C	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	131904704	rs60712846	G	GA	480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=521;SC=TCCTTGACCTGAAACCAAGTC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=131904712;WS=131904694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	131914232	rs77187818	A	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=8;PP=300;SC=TAACATGGAGAGCATGGGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=131914240;WS=131914222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr6	132043349	rs378697	A	T	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	132207964	rs10692757	C	CTCT	498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=563;SC=GAAAGCACAACTGAGTACACA;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=132207972;WS=132207954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr6	132271980	rs6934749	T	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=332;SC=GCGGGTCGCATGGGTCGCGCT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=132271988;WS=132271970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	132641675	rs599660	T	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	132644035	rs604196	G	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=434;SC=AGGAAGACCCGATTAGCCCAC;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=132644043;WS=132644025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	132649427	.	G	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=7;PP=514;SC=CTACGAAAATGGAGTTAAGCC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=132649435;WS=132649417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	132789363	rs3765577	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=4;PP=186;SC=CGAGTTAAAAATGAGATCTGT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=132789371;WS=132789353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	132859609	rs2842899	T	A	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=27;PP=1114;SC=CCTTCACTTCTAACAACTGCA;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=62;WE=132859617;WS=132859599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	132860522	rs2842898	C	G	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	132910612	rs3813355	G	A	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=30;PP=1197;SC=GAGAGCAGCAGGAAGTTGGTG;SOR=0.731;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=63;WE=132910620;WS=132910602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	132966279	rs8192620	T	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	133070995	rs4895944	G	T	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=36;PP=954;SC=CACTTCAGCAGTGTGCAGACC;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=133071003;WS=133070985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	133138067	rs111916606	AT	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=2.085;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr6	133595826	.	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	133703325	rs2235485	A	G	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	133827148	rs6929656	T	C	209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	133844286	.	T	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=11;PP=478;SC=GCTTTCCCCATTGAGAATATT;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=133844294;WS=133844276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	134210497	rs5880197	G	GTCTC,GTC	987.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=9,9;NR=10,10;PP=34,660;SC=CTGTCTCTCTGTCTCTCTCTC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19,19;WE=134210506;WS=134210487;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.92:26
chr6	134303825	.	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=324;SC=TTATTTTTTACTTTTTCCCTC;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=134303833;WS=134303815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	134304023	rs2076583	C	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=8;PP=180;SC=TTTCAGGTAACGTTTTCAAAT;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=134304031;WS=134304013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	134493167	.	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=3;PP=130;SC=AAGGACTTGGGATTTCTCATG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=134493175;WS=134493157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	134494548	rs1743965	C	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=27;PP=973;SC=AGGGAGAATACAAAAGAGGAC;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=134494556;WS=134494538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	134495291	rs3215438	T	TC	148.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=77;SC=AAAGTGAGTTTCTGGCTCTAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=134495299;WS=134495281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	134536309	rs4896026	G	A	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=223;SC=TGCCCAGGCTGGAGTACAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=134536317;WS=134536299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	135271328	rs4646870	C	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=383;SC=TGGGAGGGCACCTGACGCTCT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=135271336;WS=135271318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	135286438	rs35078158	CA	C	51.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr6	135287533	rs13064	A	G	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	135290355	rs35571217	T	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.30;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	135290639	.	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=CAGGTGGTTACTTAACTCACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=135290647;WS=135290629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	135299959	rs13214669	T	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	135307740	rs4376365	T	C	63.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	135314182	rs7741626	C	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=120;SC=ACCACTGTGCCACAACTGCTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=135314190;WS=135314172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	135314265	rs7761964	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=143;SC=AGCCTAGGTGTATAAAAGATG;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=8;WE=135314273;WS=135314255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	135318854	rs4895439	A	T	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=127;SC=TCCTACAATGACAGAAGGGCA;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=135318862;WS=135318844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	135323779	rs72972165	C	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=223;SC=ATATATTATGCGAAATTGAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=135323787;WS=135323769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	135324051	rs45544135	T	C	364.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=180;SC=TTACATAGTATTTTAAATTAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=135324064;WS=135324041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	135324052	rs140431690	TTTAAA	T	355.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=285;SC=TACATAGTATTTTAAATTATA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=135324064;WS=135324041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	135358567	rs7742542	T	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=229;SC=AACTTCAGTTTCTTTACTAGC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=135358575;WS=135358557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	135375762	rs2297338	G	A	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=36;PP=1271;SC=GGAAAAGAACGTCCCGGCATG;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=135375770;WS=135375752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	135424179	rs35959442	C	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=11;PP=486;SC=CTTCCTGAAGCCTGCTGTAGA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=135424187;WS=135424169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	135424203	rs6930223	G	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=7;PP=371;SC=CTATAAGAGCGGCCCTCTCTC;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=135424225;WS=135424193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	135515448	rs11154794	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	135517996	rs12660713	G	A	123.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=96;SC=CCAAACCAACGGGCCTAGTGT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=135518004;WS=135517986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	135522755	rs3752383	A	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=8;PP=397;SC=GAAACAACAAAGCACTTTCTA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=135522763;WS=135522745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	135523786	rs41294868	G	A	215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	135524765	.	C	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=77;SC=GTGTCACTATCTTCTTCTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=135524773;WS=135524755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	135606703	.	G	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=7;PP=190;SC=TGAAAATTCTGAACTCTGAAG;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=13;WE=135606711;WS=135606693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	135639644	rs6914831	C	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=3;PP=160;SC=TACGTATGCTCAAAAACATTT;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=135639652;WS=135639634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	135763585	rs2614274	T	C	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=139;SC=ACTTTCTTTGTTTGAAGAAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=135763593;WS=135763575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	135763866	rs2757645	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=123;SC=AAAAACATACGTTTAAAAAAT;SOR=1.244;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=135763874;WS=135763856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	136582417	rs62431283	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.455;NF=14;NR=2;PP=282;ReadPosRankSum=-2.414;SC=TCTTCCTTGCGTCTGTCCTTC;SOR=1.667;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=16;WE=136582425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr6	136582497	rs62431284	G	T	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-3.450;QD=13.67;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,122:0.66:184
chr6	136589383	.	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.91;MQRankSum=-1.862;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=2.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr6	136589448	rs78267720	C	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQRankSum=-3.507;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr6	136590613	rs62431285	T	C	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQRankSum=-3.538;QD=13.24;ReadPosRankSum=-2.532;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr6	136590640	rs62431286	A	C	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=8.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-3.761;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,110:0.65:169
chr6	136590698	rs62431287	C	T	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQRankSum=-4.909;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,110:0.57:192
chr6	136590712	rs62431288	C	T	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.900;NF=13;NR=19;PP=1356;ReadPosRankSum=1.191;SC=CAATGTCATGCCGAAGGTCAG;SOR=0.704;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=32;WE=136590720;WS=136590688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,102:0.55:184
chr6	136595439	.	T	TA	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9772;HP=13;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=61.34;NF=0;NR=4;PP=40;QD=11.25;SC=ACAGTTCTTTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=136595447;WS=136595429;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,4:0.80:5
chr6	136597004	rs7762367	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.370;NF=9;NR=4;PP=174;ReadPosRankSum=-4.148;SC=CAAGAGGAACAGGTGCCATTT;SOR=0.706;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=13;WE=136597012;WS=136596994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr6	136597262	rs1967444	T	C	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.183;NF=58;NR=41;PP=1618;ReadPosRankSum=1.564;SC=GCCTTTCCACTACATATCCAG;SOR=0.577;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=157;TCF=96;TCR=61;TR=99;WE=136597270;WS=136597252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,161:0.64:250
chr6	136597281	rs1967445	A	T	6072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.090;QD=23.91;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,159:0.63:254
chr6	136597288	rs1967446	A	C	6085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.100;QD=24.25;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,156:0.62:251
chr6	136599171	rs145724464	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.899;NF=21;NR=4;PP=360;ReadPosRankSum=0.369;SC=AGGACTGTATCGACTAGATCC;SOR=1.409;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=25;WE=136599179;WS=136599161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr6	136599393	rs6940018	G	C	4014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.414;SC=AATATCACCGGATGTGGCTGA;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=211;TCF=105;TCR=106;TR=132;WE=136599412;WS=136599383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,180:0.62:288
chr6	136599404	rs6919254	T	C	3510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.414;SC=ATGTGGCTGATGACTTATTAA;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=203;TCF=99;TCR=104;TR=123;WE=136599412;WS=136599383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,168:0.61:274
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chr6	136599822	rs9942517	C	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
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chr6	137167445	rs9321575	T	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=8;PP=219;SC=TTCTTTTGTGTTCTTAAGACT;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=137167453;WS=137167435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	137187641	rs1884940	G	A	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=180;SC=AAATAAGTCTGAAGGTGGCAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=137187649;WS=137187631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr6	137323213	rs1342642	G	A	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=32;PP=984;SC=TGCTGGGTGAGAGAAGTACCT;SOR=0.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=137323221;WS=137323203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	137325847	rs1555498	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr6	137338357	rs442663	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	137477823	rs2064501	C	T	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=112;SC=GAAATTTATACAATCTTGGTC;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=137477831;WS=137477813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	138196066	rs2230926	T	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=12;PP=554;SC=AAGGCGCTGTTCAGCACGCTC;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=138196074;WS=138196056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	138417415	rs2484067	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=569;SC=TCACGGGTCTTCTTTGTGGAA;SOR=2.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=138417423;WS=138417405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	138820271	.	GAC	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=3.067;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr6	139013015	rs9321669	G	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=9;PP=707;SC=ACAAAGAGCTGGTGGGTCAGT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=139013023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	139013227	rs59509731	TC	T	5402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=55;PP=2843;SC=ATTTATATTCTCCCCTGGCTT;SOR=0.718;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=76;WE=139013235;WS=139013217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr6	139013263	rs10223712	A	C	7086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=61;PP=1788;SC=TGCCTGTGACAGTTTTCCCAC;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=114;WE=139013271;WS=139013253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	139013283	rs72082963	T	TC	6936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=57;PP=2967;SC=CGAACTTGGCTCTCCTCTGTC;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=74;WE=139013291;WS=139013273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	139013526	.	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=142;SC=CCCCCGCGCCGACCCAGGGCC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=139013534;WS=139013516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	139013686	rs117648354	G	T	225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=3;PP=39;SC=GCAGCGCGGCGGTGCGGTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=139013694;WS=139013676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	139017657	rs9484199	T	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	139017815	rs9399249	A	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=19;PP=545;SC=GCTAGCAGGCAAGAGAGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=139017823;WS=139017805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	139017832	rs9399250	C	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=19;PP=531;SC=GGGTGGAGGCCGGCAGTAAGG;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=139017840;WS=139017822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	139017873	rs5880395	G	GT	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=420;SC=TGGTGGAATGGGTCACCCACG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=139017881;WS=139017863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	139106599	rs3763185	A	C	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=19;PP=909;SC=ATTTTAATGTATACAATCACG;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=139106607;WS=139106589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	139106722	rs3763186	C	A	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=22;PP=615;SC=CCCCTAGCAACCCCTAATCTA;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=139106730;WS=139106712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	139106787	rs3763187	G	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=376;SC=GTGGAATTATGCAGTATGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=139106795;WS=139106777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	139113869	rs139961983	T	TTAAC	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	139114113	rs6570282	A	G	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=50;SC=GCTGTAATTCACCATAACTGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=139114121;WS=139114103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	139232528	.	T	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=210;SC=AATATGTTTATCACTATTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=139232536;WS=139232518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	139456761	rs185694700	T	C	95.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	139487394	rs7768941	T	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	139487836	rs3173082	T	C	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=40;PP=1628;SC=GGCCCCCAAATAAGCCCCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=80;WE=139487844;WS=139487826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	139563914	rs9495391	C	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=15;PP=670;SC=TTCCAGGACGCCTGATCAGCC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=139563922;WS=139563904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	141004964	rs5880480	G	GT	648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.16;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	141005059	rs4535568	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	142384082	rs6907175	G	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=ACGTCAGTGAGGAAGAGAGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=142384090;WS=142384072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	142491463	rs11446143	C	CG	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=218;SC=TAAACTAGACCGCTCTCTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=142491471;WS=142491453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	142691950	rs71643377	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr6	142718801	rs989946	G	A	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=43;PP=1248;SC=ATACTAATTTGGAAGGAAAAA;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=65;WE=142718809;WS=142718791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	142758631	rs1262686	A	G	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=21;PP=670;SC=CAGTGGCGGCAGCATCTCTGC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=142758639;WS=142758621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	143090633	rs75657229	T	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=9;PP=460;SC=CACTATGTAGTCTGCTCAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=143090641;WS=143090623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	143090734	rs34530989	T	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=16;PP=670;SC=GCTTGCCGGTTCCAGGCCTAT;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=143090742;WS=143090724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	143091263	rs109836	A	G	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=15;PP=578;SC=CTTGCTGGGCAGGAATGGCTC;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=33;WE=143091271;WS=143091253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	143091769	rs34947356	G	A	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=26;PP=781;SC=TATTCTCATCGACTTTGCATA;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=143091777;WS=143091759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	143093293	.	C	T	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=31;PP=1074;SC=GAGAGGGTTTCCCCCCACTTT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=143093301;WS=143093283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	143382254	rs138059311	CGT	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.047;NF=4;NR=7;PP=307;ReadPosRankSum=-0.820;SC=CCTGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.593;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=11;WE=143382265;WS=143382244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr6	143792611	rs13203340	A	G	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=359;SC=TGTGACTTTTATACTAATTTT;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=23;WE=143792619;WS=143792601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	144258619	.	G	A	73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=73;QD=21.5542425094;SC=TTATTTGTCTGTAGCTACCCC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=144258627;WS=144258609;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	144258670	rs3215583	C	CA	105.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=3;PP=183;SC=CACCTCCCACCAAAAAAAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=144258678;WS=144258660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	144808668	.	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.15;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	144814625	rs368319861	GTC	G	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr6	145095545	rs10650309	G	GT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=1.367;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr6	145822992	rs380883	A	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=18;PP=550;SC=ATCTAAAAGAAGACAGGGATA;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=145823000;WS=145822982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	145823642	rs370653	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=150;SC=CTGGGAGGAGGTGCATACTCA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=145823650;WS=145823632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	145823844	rs391524	A	G	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=46;SC=TGTAATATACATAGTATTTAG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=145823852;WS=145823834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	145947080	rs1045820	C	T	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=147;SC=GAATCAAACCCAGCTTTGTAT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=145947088;WS=145947070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr6	146125466	rs9403747	T	G	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=11;PP=760;SC=ATTATTAAAGTCCTCTTTATG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=146125474;WS=146125456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	146125793	rs3811102	A	T	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=34;PP=1182;SC=ATGACCTCAAATGGCGGTCAT;SOR=0.712;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=68;WE=146125801;WS=146125783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	146126419	rs9373475	C	T	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=30;PP=1226;SC=ACATTCTTCACGTCCCCTAAG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=65;WE=146126427;WS=146126409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	146234644	rs9497426	G	A	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=6;PP=127;SC=CACAGATTGGGCAAGGTTCTG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=146234652;WS=146234634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	146242676	rs11326222	GT	G	70.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=101;ReadPosRankSum=0.319;SC=AATTTGGCCAGTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=146242684;WS=146242666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr6	146243581	rs6917482	C	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	146244743	rs6923545	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=222;SC=TGCTTTTAAAATTATGAGTAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=146244751;WS=146244733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	146254100	rs55757353	T	TC	48.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	146262697	rs9285508	G	T	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.97;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	146268623	rs9386141	T	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	146480596	rs201053682	C	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	146678929	rs362893	T	C	188.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=131;SC=CATAACTGTCTAGAAAGGGTG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=146678937;WS=146678919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	146678952	rs362894	A	G	137.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	146678953	rs35301667	G	GT	128	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	146755140	rs2942	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=20;PP=870;SC=CCGTCATCAAGCCCCTCACTA;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=146755148;WS=146755130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	146755324	rs6923492	T	C	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=42;PP=1582;SC=GCCTCTGCCGTCCCACCTGAC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=80;WE=146755332;WS=146755314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	146755515	rs6923864	T	G	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=30;PP=1133;SC=CAGGCCCCGGTGGTCCCGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=146755523;WS=146755505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	146755560	rs1047006	T	G	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=31;PP=1113;SC=CCCCGCCACCTCCGCAGCACC;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=146755568;WS=146755550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	146755842	rs9373491	C	A	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=31;PP=1013;SC=CCAGCTCCCCCGTGTCCGAGT;SOR=0.922;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=51;WE=146755850;WS=146755832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	146975456	rs71778473	TTA	T	899.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=16;PP=767;SC=AGTTTTGGTATTATATATATA;SOR=1.697;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=17;WE=146975465;WS=146975446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	146977900	rs76071490	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=187;SC=ATGTTTTTTATCTCTAGCTGA;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=146977908;WS=146977890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	146978183	.	T	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=2.057;SC=TGTCCTGGCATGGTGGCTCAT;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=146978191;WS=146978173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr6	146993445	rs9497606	T	C	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=25;PP=843;SC=GAAAGCAAAATAGCAGTGTTA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=146993453;WS=146993435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	147006845	rs12195808	A	G	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=66;SC=GAATTTTCACAACATAATGTA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=147006853;WS=147006835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	147012191	rs9403804	T	C	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=152;SC=TATTTTTACATTGGAAAAAGC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=147012199;WS=147012181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	147103358	rs1325701	A	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=271;SC=TATTTGAGTGACTTAATGATT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=147103366;WS=147103348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	147103416	rs259405	C	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=127;SC=AGGACAAAACCGTGAAACATT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=147103424;WS=147103406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	147106841	rs259391	A	G	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=25;PP=805;SC=CTAAACCAAAAGAAGAAGGTG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=147106849;WS=147106831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	147136212	rs1052444	A	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.44;QD=24.54;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	147136244	rs259370	A	G	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=17;PP=588;SC=GAAGCTGAGCACCTAAAGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=147136252;WS=147136234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	147136444	rs1052449	A	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=115;SC=ATTAGGCCAAATGAAAATAGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=147136452;WS=147136434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	147631201	rs6928919	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.13;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr6	147635547	rs1039085	C	T	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=188;SC=TGTTAACTTACTGGACAGGTA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=147635555;WS=147635537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr6	148841011	rs13196292	C	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=11;PP=240;SC=AGAAGGGTCTCGGGTCCCTAA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=148841019;WS=148841001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	148848919	rs2110198	C	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=105;SC=CTTTGGGCTGCTCAGCACCGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=148848927;WS=148848909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	148853867	rs1465307	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=378;SC=ATACCTTCAATACCTTTCTGC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=148853875;WS=148853857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	148865257	rs208696	A	G	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=38;PP=1232;SC=CCCCTGGAGCAAGACTCTGCT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=68;WE=148865265;WS=148865247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	148869370	rs17643290	G	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=6;PP=341;SC=TTAGACATACGCGAAGTAGTC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=148869378;WS=148869360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	149285719	rs3734377	A	G	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=81;SC=GTCGCATGCAAAAGGCGGTCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=149285727;WS=149285709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	149340390	rs2275423	G	C	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=30;PP=867;SC=CTAAAGCAGGGTCATGGCATG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=149340398;WS=149340380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	149700805	rs2031450	G	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=100;SC=AGTATTATATGTATATACATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=149700813;WS=149700795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	149862316	.	C	CT	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.4999;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=25;QD=10.3333333333;SC=CAAAATATTACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=149862324;WS=149862306;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr6	149903597	rs1137086	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=5;PP=169;SC=GTGGATGGAAAAGTTTAGAAA;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=149903605;WS=149903587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	149953835	rs9322202	A	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=9;PP=432;SC=CCTCCTCCTAAATATAATCAA;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=149953843;WS=149953825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	149997653	.	A	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=226;SC=GGCTGGTCTAAAGGTCTACTG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=149997661;WS=149997643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	150064968	rs58509133	C	CT	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=218;SC=AGCAAAGAGCCATGAGTGCTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=150064976;WS=150064958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	150184882	rs9322225	G	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=8;PP=302;SC=GCCGCTGCCCGGGCCCGGGCA;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=150184890;WS=150184872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	150209196	rs9968871	G	A	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.28;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	150209204	rs9969044	A	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	150209309	rs9322228	C	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=11;PP=468;SC=TCAGGGTGAACGGGAAAAGGG;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=150209317;WS=150209299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	150209432	rs7774787	G	A	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=136;SC=CCAGGCAGGCGTTCCAGATCT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=150209440;WS=150209422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	150209717	rs2342767	C	G	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	150209805	rs10671072	T	TAA	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr6	150209828	rs2342768	A	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.30;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	150209849	rs5880858	TA	T	94.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=20;PP=231;SC=CCCTGTCACATAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=20;WE=150209857;WS=150209839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	150210681	rs9371533	G	A	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	150210685	rs9383921	C	T	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	150210802	rs6933882	A	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=16;PP=469;SC=CTCTTTGAGAAGTCCATCATC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=150210810;WS=150210792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	150210994	rs6939761	T	C	266.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	150210999	rs3823021	G	C	266.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	150211123	rs2151910	A	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=14;PP=377;SC=CTGGTGGCATATACCTTCTTC;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=150211131;WS=150211113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	150211360	.	CC	TT	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=328;SC=ACCCAAGACTCCCTGGACTGG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=150211369;WS=150211350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	150212003	rs9383583	C	T	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=13;PP=446;SC=CAAAAGAAGGCGCACAGGGCT;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=150212011;WS=150211993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	150212150	rs9371539	C	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	150239330	rs17079029	C	T	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=518;SC=AAAGGACTCTCCTCAGCAGCC;SOR=1.480;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=150239338;WS=150239320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	150240083	rs9383944	T	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=7;PP=796;SC=CATAAACGTGTACACTGGGAT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=150240091;WS=150240073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	150240829	rs9397449	G	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=24;PP=646;SC=GGGTGTGACTGTCTTGCTGCC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=150240837;WS=150240819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	150244216	rs71656790	TGTCTGAATGCAGCCC	T	1091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=2957;SC=GCTCGCAGGCTGTCTGAATGC;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=150244238;WS=150244206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	150244261	rs9397451	C	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=320;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=128;SC=CTCCAGTAAGCCCTAAACTCT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=150244269;WS=150244251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	150263186	rs4343924	A	C	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=59;PP=2304;SC=CAAGTCTCTCATCCCTAGCGC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=121;WE=150263194;WS=150263176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr6	150266578	.	T	C	211	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=50.34;NF=14;NR=2;PP=211;QD=15.3607007842;SC=CAGTCACACCTGTCAGTCCCC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=16;WE=150266586;WS=150266568;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:33,16:0.33:49
chr6	150266740	rs62439758	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.941;NF=7;NR=21;PP=363;ReadPosRankSum=-5.433;SC=ACAGCAGGGAACAGATACAGT;SOR=1.339;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=28;WE=150266748;WS=150266730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,26:0.17:155
chr6	150322408	rs11752135	T	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=103;SC=TTCTGATTTATTTTTTACAGG;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=150322416;WS=150322398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	150341990	rs9397120	A	G	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.73;QD=43.32;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	150341993	rs9384047	C	A	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.73;QD=43.32;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	150342232	rs61730071	G	A	7425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=106;PP=2965;SC=GAGTAGGAAGGTCTGTCCATC;SOR=0.901;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=186;TCF=77;TCR=109;TR=183;WE=150342240;WS=150342222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr6	150343148	rs78563624	A	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.48;QD=23.67;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	150346532	rs1543547	T	C	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=13;PP=521;SC=CCGTCTCGCCTAGCCCGGGAC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=150346540;WS=150346522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	150346740	rs1544123	A	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=177;SC=AGTCACCTCGATTCTGAAAAG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=150346748;WS=150346730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	150387302	rs669009	A	T	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.74;ReadPosRankSum=-1.589;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr6	150387312	rs6935471	A	G	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	150390313	rs622317	G	C	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=136;SC=GGCCCCGTCCGGTCCCGTCCC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=150390321;WS=150390303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	150713769	rs672766	C	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=GGAGGAATTACGGAAGTTAAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=150713777;WS=150713759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	150716696	rs612421	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=414;SC=CTCACAAGGCTGCCCAGGTGC;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=150716704;WS=150716686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	151116876	rs67415110	CAT	C	93	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	151121760	rs2073062	T	C	199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	151121915	rs2073061	G	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=12;PP=379;SC=TCTTCAGGGAGCGTCAGGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=24;WE=151121923;WS=151121905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	151125723	rs35118684	AC	A	135.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.380;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr6	151125724	rs803432	C	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=2.140;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr6	151125896	rs712218	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=224;SC=GCGAGGTGTCGGTGCCCGGCA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=151125904;WS=151125886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	151152257	rs926624	A	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=14;PP=554;SC=AGGACTTAAAACTAATGGTTG;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=151152265;WS=151152247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	151152656	rs803411	T	C	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=23;PP=1066;SC=ATCAGGCCACTCCCGATCATG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=151152664;WS=151152646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	151186857	.	CCCG	C	54	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=54;QD=31.5;SC=CCAGGTCCTTCCCGCCGCCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=2;WE=151186867;WS=151186847;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr6	151219963	rs149723194	G	GATTATT	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=1;PP=244;SC=GTATAGGGAAGATTATTATTA;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=151219971;WS=151219953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	151220245	rs803419	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=90;SC=AATATCTTTGATATTTTCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=151220253;WS=151220235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	151247439	rs803455	A	G	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=19;PP=519;SC=TGGGTAAGACACCATCTAACA;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=151247447;WS=151247429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	151266504	rs803445	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	151270231	rs61748674	G	A	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=12;PP=388;SC=AAATTTGCCCGTCTCGACATC;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=151270239;WS=151270221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	151281567	rs1771798	T	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=278;SC=TGTTTCCAACTCGGAAGCTTC;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=151281575;WS=151281557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	151281707	rs1771796	A	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	151285993	rs117559482	G	T	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=127;SC=GTGGCCCAGGGTTGCCTGTGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=151286001;WS=151285983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	151286224	rs1627462	A	C	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=31;PP=951;SC=GGATTGCCACACAATGTGAAC;SOR=1.103;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=50;WE=151286232;WS=151286214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	151561921	.	TG	T	95	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5130;HP=12;HapScore=2;MGOF=142;MMLQ=27;MQ=57.57;NF=0;NR=1;PP=95;QD=109.0;SC=GGGGTGGGGGTGGGGGGGTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=1;WE=151561929;WS=151561911;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,1:0.33:3
chr6	151626774	rs9397388	T	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=5;PP=358;SC=AACTTCCTTTTCTCTGTATTT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=151626782;WS=151626764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	151665302	rs6941075	T	A	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=45;SC=TGGGTTTTTCTTGAAATCTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=151665310;WS=151665292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	151669875	rs10872670	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=5;PP=400;SC=AGATGTGAGCAAAAGAGACTC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=151669883;WS=151669865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	151670172	rs3734799	A	C	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=9;PP=343;SC=TGGCGACCACAAGGACCCCAG;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=151670180;WS=151670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	151670897	rs900654	T	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=15;PP=531;SC=CTCAGGAAGCTGAACCTGCCA;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=34;WE=151670905;WS=151670887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	151674116	rs3842128	T	TGAG	4701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=26;PP=1120;SC=GTGTAGCAATTGAGGATTTAG;SOR=0.876;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=43;WE=151674129;WS=151674106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	151674326	rs3823310	A	C	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	151686905	rs11155787	C	T	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=39;PP=1432;SC=GACTCCCTTCCTCAAATGTGC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=83;WE=151686913;WS=151686895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	151726300	rs1065310	G	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=4;PP=115;SC=GCACCGCGCCGGGCCGAACAT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=151726308;WS=151726290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	151726756	rs3757314	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=222;SC=CAGCCTCTTTTCTGCTAATAA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=151726764;WS=151726746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	151726829	rs3757315	C	T	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=11;PP=322;SC=GGTAACTGATCATAGTACAGA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=151726837;WS=151726819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	151742541	rs4870017	T	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=6;PP=125;SC=AAATCTGAAGTGGCATAATTT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=151742549;WS=151742531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	151743629	rs6912830	A	C	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=162;SC=CATATTTTTTACATATAAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=151743637;WS=151743619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	151754273	rs6904364	T	C	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=40;PP=1567;SC=CCTAATGGGGTTTCTTTCCTG;SOR=0.719;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=84;WE=151754281;WS=151754263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	151773504	rs13201167	T	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=10;PP=491;SC=AGATTGGGTCTTCTGGCGAGC;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=151773512;WS=151773494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	151779420	rs142167376	GAC	G	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.265;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr6	151857370	rs1532401	T	C	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=598;SC=TGCTTCTGCCTTTAATCTGGC;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=151857378;WS=151857360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	151857594	rs6931664	A	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=389;SC=AAGATAATGCATTTCCAGCAC;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=151857602;WS=151857584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	151859146	.	G	GT	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.336;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr6	151859314	rs4870034	A	G	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=40;PP=1382;SC=GAGTTCAGGAACTAGAAGAAG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=79;WE=151859322;WS=151859304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	151869725	rs3842129	A	AT	131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=108;SC=ACTGATTACGATTTTTTTTAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=151869733;WS=151869715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	151894278	rs4242277	G	T	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=74;SC=ACTTCTAATGGTATTGTCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=151894286;WS=151894268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	151894505	rs953767	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=17;PP=613;SC=AGCCAGTACTTCTCATTTAGG;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=151894513;WS=151894495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	152201875	rs4986934	T	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	152265522	rs1801132	G	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=17;PP=559;SC=CTGAGCCCCCGATACTCTATT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=152265530;WS=152265512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	152382014	rs9322354	A	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=79;SC=TTTTTTGTTAAAGATTTAGAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=152382022;WS=152382004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	152382087	rs3841686	C	CT	391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=442;SC=GTTTTTTAATCTTTTTATTTA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=152382095;WS=152382077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	152382311	rs2273206	G	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=224;SC=TTTATTTGTAGTTTTCAACCA;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=152382333;WS=152382301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	152382325	rs2273207	A	G	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=198;SC=TCAACCAGATACGATCTACCC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=152382333;WS=152382301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	152476296	rs117243178	G	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=215;SC=TGTGCCAAACGATAACCATTC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=152476304;WS=152476286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	152489294	rs998147	T	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=21;PP=499;SC=TCCACACAGCTGTCCTCTGCC;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=26;WE=152489302;WS=152489284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	152534946	rs684807	T	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	152534946	.	TT	AA	167	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=167;QD=55.1169687156;SC=TTATTCTTACTTCTCTAGCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=152534955;WS=152534936;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	152534947	rs2763029	T	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	152536142	.	C	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=18;PP=473;SC=TATATCCAAGCTCATTTAGAC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=152536150;WS=152536132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	152539572	.	T	TA	106.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=0.253;SC=GTATTTCAGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=152539580;WS=152539562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr6	152540278	rs2147377	A	C	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=143;SC=TCATGGAGAAAAAAGAGGGAA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=152540286;WS=152540268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	152545865	rs17082358	T	C	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	152552375	rs2274142	G	A	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=132;SC=CAGGTTAAAGGAAGTTTAGGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=152552383;WS=152552365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	152558197	rs11751190	G	A	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	152565897	rs3888239	T	C	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=174;SC=ATGTAAAACATTCTCAATATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=152565905;WS=152565887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	152570415	rs6557210	G	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=24;PP=757;SC=GGAAAGCAACGGGAAAACTCA;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=152570423;WS=152570405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	152577804	.	C	T	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=22;PP=710;SC=TGGTTCAGTCCATCCAGCAAA;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=41;WE=152577812;WS=152577794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	152629586	rs9371581	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=351;SC=AATCAAGCCAGTTTCCTGCCC;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=152629594;WS=152629576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	152629815	rs4112833	C	T	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=104;SC=TTTTTCTCTACCAATAACTAG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=152629823;WS=152629805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	152631256	rs11292345	CA	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=94;SC=AAACATTTTGCAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=152631273;WS=152631246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	152631265	rs34118755	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=84;SC=GCAAAAAAAAAAAAATGTTTA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=152631273;WS=152631246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	152647681	rs2306916	A	T	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	152652034	rs6911096	A	T	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=353;SC=TGAAGCTCAGAACTCTCATTC;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=152652042;WS=152652024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	152658142	rs9479297	T	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=12;PP=449;SC=CTGGACAAGCTTTTGTTCAAT;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=20;WE=152658150;WS=152658132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	152658191	rs9479298	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=8;PP=199;SC=CAACCATACATGGAAACATTT;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=152658199;WS=152658181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	152660451	rs71575926	G	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=15;PP=461;SC=TGGAGCAAAGGAGATCTAGGT;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=152660459;WS=152660441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	152665261	rs4645434	C	A	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	152665464	rs35003170	TC	T	143.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=135;SC=AAATGGATTTTCCCCCCAAGA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=152665472;WS=152665454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	152671475	rs9478320	A	C	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=27;PP=847;SC=ATGCTCCTGCAAAACCAGGTG;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=152671483;WS=152671465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	152671553	rs9478321	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=471;SC=AACCCAGTGCAACTCACAGGG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=152671561;WS=152671543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	152671919	rs5880967	G	GA	1002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=226;SC=GAATTACAAAGAAAAAAAAAT;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=21;WE=152671927;WS=152671909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	152671975	rs1387549	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=262;SC=ACATATTCCCATGGTATGCAA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=152671983;WS=152671965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	152673147	rs6908392	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=181;SC=ATCTGTCAATGAGTAAACACA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=152673155;WS=152673137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr6	152675854	rs9397102	A	G	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=21;PP=1134;SC=TGGTCCTGGGACTAACTTTCT;SOR=1.008;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=152675862;WS=152675844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	152683183	rs7771657	G	T	69.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	152683199	rs7771662	G	A	118.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	152683413	rs4407724	G	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=7;PP=364;SC=ACTGTCGAACGCCATCCTGAT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=152683421;WS=152683403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	152685865	rs199700712	G	GAGGA	480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	152688567	rs7775637	C	T	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=443;SC=CAGAGACAAACTGCAAAGCTA;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=152688575;WS=152688557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	152690559	rs1873176	G	A	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=212;SC=GACAGAGGACGGACAAAGACT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=152690567;WS=152690549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	152694184	rs6913579	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=220;SC=CTAGAGCAGATTCTTTTTGGT;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=152694192;WS=152694174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	152725251	.	TAC	T	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=2.218;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr6	152777200	rs150764932	A	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=313;SC=ATGAAACCCCACAACAATGTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=152777208;WS=152777190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	152809615	.	C	T	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=4;PP=73;SC=CTTTCATTTCCTTAAAAATTA;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=152809623;WS=152809605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	153311001	rs3860814	A	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	153365100	rs2295230	A	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=7;PP=326;SC=GGTTTCCAGGAGCTTGAGACA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=153365108;WS=153365090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	153365348	rs2295231	G	A	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=132;SC=TTTTTAGAAGGATATACTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=153365356;WS=153365338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	154414446	rs540825	A	T	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=22;PP=747;SC=CTCTAGAGCAAGGCTGCTTGG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=46;WE=154414454;WS=154414436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	154414563	rs675026	A	G	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.70;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	154414573	rs562859	C	T	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	154415434	rs660756	G	T	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=23;PP=875;SC=AAGTGGAGTGGCGATTTGGCA;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=154415442;WS=154415424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	154428702	rs650245	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=278;SC=AGTCTAGAGCATTAATTTTGA;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=154428710;WS=154428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	154428786	.	C	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=217;SC=ATTCCTGTTCCCTTGAAGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=154428794;WS=154428776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	154429085	rs71021021	AT	A	82.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=1;PP=63;SC=ATAAACACTGATTTTTTTATT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=154429093;WS=154429075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	154431393	rs497332	C	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=25;SC=AATCTATGTACCTTTGGGGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=154431401;WS=154431383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	154535444	rs2293537	A	G	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=36;PP=1387;SC=TGTTGACCAAAGAGATTAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=81;WE=154535452;WS=154535434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	154542491	rs2272381	A	G	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=14;PP=445;SC=CAAACACATAAAAAATTAGTG;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=154542499;WS=154542481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	154567676	rs7759388	G	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=307;SC=TGCCTTTAACGTATCCCTCAT;SOR=1.358;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=154567684;WS=154567666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	154567863	rs34427887	C	T	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=37;PP=1104;SC=GATCTTTACACGATATCCTCC;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=154567871;WS=154567853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	154727825	rs12528985	C	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=255;SC=CAATCCCAGCCGGGCGTGGTG;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=154727833;WS=154727815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	154735973	rs13219628	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	154743525	rs7771159	T	C	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=2;PP=84;SC=ATAGGATAATTACATACAAAC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=154743533;WS=154743515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	154749225	rs9384217	A	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=505;SC=CTGTTTAAACACACAACAGAT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=154749233;WS=154749215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	154771277	rs9322467	A	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=207;SC=CCTGGTGTCCAATCCGTGTGA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=154771285;WS=154771267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	154771449	rs4870285	T	C	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	155094988	rs7762129	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=77;SC=CTTATGGGCAGTGATGTTGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=155094996;WS=155094978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr6	155503392	.	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=17;PP=573;SC=GGATGAGCGTCAGCATCTCAG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=155503400;WS=155503382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	155561564	rs11751085	C	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr6	155561796	rs11751128	C	T	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr6	155565744	rs6907595	T	C	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=25;PP=750;SC=CGTGGTGTCCTGAACTTCATG;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=51;WE=155565752;WS=155565734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	155566889	.	G	GTTTTT	582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.37;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	155571113	rs3011902	A	G	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=19;PP=555;SC=GGTCCGTGAGACATCTGCACC;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=155571121;WS=155571103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	155571697	rs1041474	T	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=8;PP=419;SC=TCAGAGGTGATGGATGTACTA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=155571705;WS=155571687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	155573331	rs3011898	A	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	155574198	rs2989458	C	T	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.16;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	155574207	rs2274824	T	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.16;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	155575546	rs1331213	C	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=12;PP=734;SC=TCTCCCCCCCCACCCAGTGAC;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=155575554;WS=155575536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	155575607	rs3011895	G	A	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=24;PP=1211;SC=TTCTGAGGGAGAACTTCAGGC;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=155575615;WS=155575597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	155743748	.	C	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=391;SC=TAAAATCCTCCCCAAGAATCG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=155743756;WS=155743738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	155744013	rs1889503	C	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=308;SC=AGGAATGCAGCCTATTTGACC;SOR=1.981;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=155744021;WS=155744003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	155750219	rs231955	G	A	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=21;PP=657;SC=CTTTGTCCTCGAAATAATAAA;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=155750227;WS=155750209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	157101072	rs1261893	A	C	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=167;SC=GAACTTTCTCACACCTTTAGC;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=157101080;WS=157101062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	157150230	rs12206233	A	G	174.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=108;SC=ATGTTTTGTCAGGTCATTGTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=157150238;WS=157150220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	157256677	.	C	G	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=31;PP=910;SC=AAGACTTGAACTTAATACAGC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=157256685;WS=157256667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	157502257	.	C	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=9;PP=303;SC=GGCAAGAAGCCCCTGGACCTG;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=157502265;WS=157502247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	157744588	rs4708868	C	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=8;PP=200;SC=AAGCGAGAACCAGGCGGAGGA;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=157744596;WS=157744578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	158074504	rs636169	A	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=282;SC=GTGCTGCTGCATCTCTGGCTT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=158074512;WS=158074494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	158361899	rs912879	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=10;PP=283;SC=GATTGATGTTCTGATTTGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=158361907;WS=158361889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	158475941	rs2296510	T	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=187;SC=GGAAAAACCATGGCCTCCTTG;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=158475949;WS=158475931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	158484691	.	CAAAAAAAAA	C	493.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=10.212;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.89;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr6	158485552	rs73017928	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=5;PP=568;SC=CACAGGCTGCCGAATAAGGAA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=158485560;WS=158485542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	158502590	rs173263	C	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	158502668	.	C	T	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.9999;HP=21;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=43.51;NF=0;NR=5;PP=112;QD=29.3542425094;SC=TTTTTTTTTTCTCTGAGACAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=158502676;WS=158502658;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,5:0.56:9
chr6	158505088	rs1744173	A	G	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=29;PP=961;SC=ATCAGCCTGGAGTCTCGGACA;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=158505096;WS=158505078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr6	158515111	rs13217929	C	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=11;PP=264;SC=CTGCTTCCCCCCTAGAGAGTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=158515119;WS=158515101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	158569886	rs9356399	T	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=7;PP=227;SC=AGTCATATAGTGGATATTTAC;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=17;WE=158569894;WS=158569876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	158570024	rs71027384	A	AT	376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.93;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr6	158571655	rs6929520	G	C	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=139;SC=ATCATAAATAGACAATCAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=158571663;WS=158571645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	158735087	rs9364951	C	T	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr6	158735336	.	C	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=184;SC=TTGGTCACTTCCAGTGGTGTT;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=158735344;WS=158735326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	158833935	rs341159	G	A	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=20;SC=GTGGACTCTCGTGTGAGCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=158833943;WS=158833925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	158833981	rs341158	A	G	226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=108;SC=ATTCGCCCCCAGTCTTCTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=158833989;WS=158833971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	158870081	rs705956	A	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=17;PP=791;SC=GCCACGGCAGAATGCTGGCCC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=158870089;WS=158870071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	158870278	rs341136	T	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=368;SC=CAGAGTAGACTGATGTGGAGG;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=158870286;WS=158870268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	158910491	rs2274884	T	C	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	158910543	rs2274883	T	C	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=136;SC=GTCTGTCTTTTAGTTTATAGT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=158910551;WS=158910533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	158915909	.	C	T	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=23.70;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	158923434	rs9364968	G	C	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=50;PP=2086;SC=CCCAGAACACGTACACCCTCC;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=158923442;WS=158923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	158924088	rs914690	T	C	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=40;PP=1629;SC=TGGGTGAGGATGTTTGGGTTC;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=96;WE=158924096;WS=158924078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	158927651	rs3828712	A	G	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	158993341	rs34964890	CATA	C	842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=467;SC=CCAGGCTGAGCATACTATGTC;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=158993351;WS=158993331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	158994577	rs4709217	T	G	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=27;PP=829;SC=TTTTTACTCATTGAATCTTTT;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=158994585;WS=158994567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	159047217	rs62432928	G	T	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=75;SC=GGCGAAGTGGGCTTGGTCCTG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=159047225;WS=159047214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	159128430	rs59396937	CT	C	118.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr6	159139270	rs41267057	C	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=10;PP=212;SC=AAGGCCTCCACGCTGATCACC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=159139278;WS=159139260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	159146690	rs147871222	CTTTTTTTG	C	3273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=34;PP=2983;SC=TTCCAATGCTCTTTTTTTGTT;SOR=1.194;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=37;WE=159146705;WS=159146680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	159181885	rs3127155	G	A	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=138;SC=TCCTTTCTACGTCCCCGTGCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=159181893;WS=159181875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	159184462	rs2291387	A	G	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=18;PP=623;SC=TGAGGCAGTCAAGCTTGGAGT;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=159184470;WS=159184452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	159185563	rs3123101	T	A	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=341;SC=GCATGCTCACTATCGAAGCTC;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=159185571;WS=159185553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	159188128	rs2242318	A	G	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=19;PP=557;SC=ATTAAGCAGCATTGGTCTAGT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=159188136;WS=159188118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	159188549	rs3212310	G	A	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=36;PP=1168;SC=TTTGGCCTTTGGAAAGCAAAT;SOR=1.685;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=47;WE=159188557;WS=159188539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	159190596	rs41267745	A	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=295;SC=AGCAGGGTCCATTGTGCACCC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=159190604;WS=159190586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	159190800	rs3127177	C	G	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=22;PP=793;SC=CATCTTGAAACTCAGGCCATT;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=159190808;WS=159190790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	159192045	rs1038537	A	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=106;SC=GGGCCACCCTAGCCTGCTGCC;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=159192053;WS=159192035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	159192575	rs3127181	A	G	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=160;SC=TCTCGGCACTAGGAATGTGCA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=159192583;WS=159192565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr6	159206478	.	G	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=8;PP=727;SC=CATCGCTAAGGATTCCTTCCT;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=159206486;WS=159206468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	159210283	rs56194802	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=208;SC=CAGTTTTTTTTTGTAGGTGGA;SOR=3.442;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=159210291;WS=159210273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	159210605	rs16889184	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=256;SC=GCAAACCAAACGCAGCTTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=159210613;WS=159210595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	159239004	rs1994350	G	T	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=250;SC=CGTCTTCTGCGTGTGAGAAGA;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=159239012;WS=159238994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	159262735	rs73013670	G	A	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	159291490	rs6455609	G	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=3;PP=112;SC=AACACATCAGGAAACCTCAAA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=159291498;WS=159291480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	159316430	rs9457507	C	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=13;PP=367;SC=TGATGGAATACGTGGCATCCT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=159316438;WS=159316420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	159652931	rs420137	G	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=11;PP=515;SC=GGCGGATGTTGAGCAGAACAC;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=27;WE=159652939;WS=159652921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	159653635	rs381639	C	G	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=52;PP=2171;SC=CCTCGCCGGCCCGGAGGACCC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=101;WE=159653643;WS=159653625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	159654487	rs404435	G	T	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=43;PP=1539;SC=CTGCTCGTCCGCCCGCAGCAC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=159654495;WS=159654477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	159654551	rs370434	C	G	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	159654556	.	G	A	6208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.67;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	159654994	rs402388	A	C	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	159655084	rs420054	C	G	1860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CCGAGGACGACGAGGAGGAGG;SOR=0.405;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=53;WE=159655092;WS=159655074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr6	159655102	rs436743	A	G	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	159655326	rs3003174	T	C	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=43;PP=1708;SC=CCTTCCCGACTGCCGCCTCGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=104;WE=159655334;WS=159655316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	159655383	rs2501176	A	G	8618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=73;PP=2590;SC=CCCTGGCCGCAGTACACCACG;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=78;TCR=73;TR=151;WE=159655391;WS=159655373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr6	159655402	rs2932988	A	G	8742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=73;PP=2657;SC=CGCGCGCCCCACCTGGCCACT;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=78;TCR=73;TR=149;WE=159655410;WS=159655392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr6	159655593	rs2501177	C	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=569;SC=TATTCTATTGCATTTAGCACC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=159655601;WS=159655583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	159657195	rs420339	G	T	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=152;SC=CCAACTTCCCGGGCATGTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=159657203;WS=159657185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	159659481	rs419836	C	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=101;SC=ACTCACATTACGGTTTCCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=159659489;WS=159659471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	159659523	rs450538	A	G	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=195;SC=TACATATATAATTGGACTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=159659531;WS=159659513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	159660779	rs141435210	GCCACCACCCGCCGCACGA	G	910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.37;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	159660879	rs386360	C	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	159667961	rs294911	T	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=11;PP=360;SC=AGACTGACACTGCAGTACCTA;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=159667969;WS=159667951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	159669953	rs28487880	G	C	464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=8;PP=315;SC=GTGTGTGTGTGTGTCTGTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=159669961;WS=159669928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	159670276	rs294907	A	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=255;SC=TTGAAGAAAAACATTACTAAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=159670284;WS=159670266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	159670303	rs294906	G	A	273.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=224;SC=GCCTCGCCAAGGCAGTGCATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=159670311;WS=159670293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	159672455	rs294899	C	T	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=36;PP=1128;SC=AGAAGAGTGACCTGCCTCCCC;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=159672463;WS=159672445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	159677498	rs294890	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=6;PP=304;SC=TGGGTTACATCTTGTGTGTGA;SOR=1.426;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=159677506;WS=159677488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	159677730	.	G	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=25;PP=664;SC=GCTTTGGTTGGAAATGAAGGG;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=159677738;WS=159677720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	159682206	rs294883	C	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	159692321	rs409691	G	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=8;PP=263;SC=TGGTTCAGGGGCCTCTGACGC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=159692329;WS=159692311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	159692559	rs455162	G	A	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=156;SC=GACAGCCAGCGTGCTCAGCCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=159692567;WS=159692549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr6	160113872	rs4880	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=17;PP=453;SC=ATACCCCAAAACCGGAGCCAG;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=160113880;WS=160113862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	160133957	rs752779	G	A	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=57;PP=1703;SC=ATTTAAAAAGGTCTCCCTGTA;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=160133965;WS=160133947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	160148406	.	T	TGGCAGGAGGCGGGAGGCGGGA	518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=1337;SC=GCGGGGAGGCTGGCGGGAGGC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=160148414;WS=160148396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	160174456	rs1440	T	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=12;PP=467;SC=GAGAGTTTTGTCTTCATTTTG;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=160174464;WS=160174446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	160182749	rs2277073	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	160182845	rs2277072	A	G	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=80;SC=TCTGCCCGCAAGCCCAGACCC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=160182853;WS=160182835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	160183325	rs2273819	G	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=284;SC=GAACCCTGCGGCTCCCGCGTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=160183333;WS=160183315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	160184137	rs112953742	AAC	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=-0.895;SC=ACAGCCCATAAACACACACAC;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=160184146;WS=160184127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr6	160196343	rs25683	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=543;SC=TCAACTAGAAAAGGTGAGTAT;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=160196351;WS=160196333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	160198395	rs3465	G	A	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=18;PP=662;SC=ATAAACGTGGGCTTACACCTT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=160198403;WS=160198385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	160199454	.	TTTAAAAA	T	745	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=745;QD=160.305444813;SC=CTTCCCAAGGTTTAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=160199468;WS=160199444;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	160199687	rs15982	T	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	160201295	rs2295901	C	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	160201677	rs3818300	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=13;PP=317;SC=AGCATTTGTGGTAAAAGTGCT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=160201685;WS=160201667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	160202167	rs2295899	G	A	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	160205991	rs1547093	C	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=495;SC=TCTATTAAAGCAGCAAGCATT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=160205999;WS=160205981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	160206631	rs3818299	T	C	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	160207049	rs2273828	T	C	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=14;PP=441;SC=AAACATTCACTGGTCTGAGTG;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=160207057;WS=160207039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	160211485	rs2273823	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=105;SC=TCCGGGTCGGTGGCGTCTGGC;SOR=1.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=160211493;WS=160211475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	160211554	rs1128661	T	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=355;SC=ATATGGCTGCTCCTGGCGAGC;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=160211562;WS=160211544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	160211636	rs1128670	G	A	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=19;PP=881;SC=CTTCGGTCGCGGTTTTGGGGG;SOR=0.986;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=48;WE=160211655;WS=160211626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	160211645	rs58504486	GGTT	G	2687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=1435;SC=CGGTTTTGGGGGTTGTTCTCG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=160211655;WS=160211626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	160211728	rs11757681	T	G	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=27;PP=957;SC=CACAGTACATTGGAACGTGCG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=160211736;WS=160211718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	160218605	rs3777423	A	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=348;SC=TCTTGGCATTAGATAACTTAC;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=160218613;WS=160218595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	160218957	rs2342479	C	T	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=228;SC=TCTGAAAAACCGTTGTAGGCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=160218965;WS=160218947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	160219337	rs4739	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=46;SC=CAAGAACTACGTTCTGCCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=160219345;WS=160219327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	160221475	rs733319	A	G	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=133;SC=GGCGAGCTTGAGGAGGGGGTG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=160221483;WS=160221465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	160221690	rs35229038	GCTT	G	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=438;SC=ACCTCACTTGGCTTCTTGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=160221700;WS=160221680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	160221992	rs35619423	CTTT	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=279;SC=GAGGACCTTGCTTTTTTCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=160222002;WS=160221982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	160224346	rs2146163	T	C	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=32;PP=803;SC=CAAACAAGTATGTATCAAGAG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=160224354;WS=160224336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	160225012	rs35435543	T	G	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=19;PP=676;SC=TAGCCCATTCTTGTAACTTCT;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=160225020;WS=160225002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	160225463	rs11757783	G	T	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=476;SC=TGATCTAGACGAACTGGCTTA;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=160225471;WS=160225453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	160225559	rs9364536	G	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=20;PP=654;SC=TGTTCTGTTTGTTGTTCTGTT;SOR=0.865;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=35;WE=160225567;WS=160225549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	160225726	.	C	T	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=4;PP=103;SC=GTCTGCATTTCCCGTGGGCGG;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=160225734;WS=160225716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	160229889	rs35872675	T	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=10;PP=393;SC=GGCTCCATTGTTTCTCTCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=21;WE=160229897;WS=160229879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	160237192	.	C	G	82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=6;HapScore=4;MGOF=65;MMLQ=23;MQ=54.81;NF=0;NR=4;PP=82;QD=29.1928031368;SC=TCCCCACCCCCCCACACCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=160237200;WS=160237178;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	160237489	rs2342480	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=277;SC=TTGTATGAGCTGCAGCCACTG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=160237497;WS=160237479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	160237662	.	CTTT	C	121.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	160239835	rs9347350	T	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=12;PP=534;SC=GTTTCTCCACTAAAGCCAACA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=160239843;WS=160239825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	160465456	rs3822842	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	160465598	.	GAA	G	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=369;SC=CCATGAAAGAGAAAGGAAACA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=160465607;WS=160465588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	160468851	rs146539241	C	T	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=19;PP=597;SC=CTACAACTTCCGGTGGTACAC;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=160468859;WS=160468841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	160494409	rs629849	A	G	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GCCTGAGGCCAGGCCAACCAA;SOR=0.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=86;WE=160494417;WS=160494399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr6	160505199	rs614754	C	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=8;PP=276;SC=CCTGGTCCCTCGTCCACAACG;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=160505207;WS=160505189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	160551204	rs683369	G	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=17;PP=547;SC=CGGGCTTCTTGTTTGGCTCTC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=160551212;WS=160551194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	160579527	rs622591	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=9;PP=488;SC=TTAACTCCAACTTTTAATTTT;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=160579535;WS=160579517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	160645832	rs316003	C	T	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=35;PP=1172;SC=CCAAGCCAAGCACGCCTGAAA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=160645840;WS=160645822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	160645921	rs3219197	C	CT	582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=18;PP=433;SC=TTGTTTAAAACTTTTTTTTAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=18;WE=160645929;WS=160645911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	160666660	rs11422119	A	AC	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=376;SC=ATAATTTCTTACCGTCCTGAG;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=160666668;WS=160666650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	160668389	rs2279463	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=346;SC=CCCATCCCCCATTTTTTTATA;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=160668397;WS=160668379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	160670282	rs316019	A	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=15;PP=752;SC=TTGGGCAGAGAAACTGTGAAC;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=160670290;WS=160670272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	160858188	rs2292334	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=395;SC=TCCCCTTTGCGGCAAGCAATA;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=160858196;WS=160858178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	160868668	rs3918286	A	G	85.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	160868687	rs3918287	GC	G	77.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=83;SC=GAGTGAGCAGGCCCCATGGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=160868695;WS=160868677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	160872151	rs1810126	C	T	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=23;PP=670;SC=CAAAGCTGTGCCTTGCAGAGA;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=160872159;WS=160872141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	160952838	rs3124784	G	A	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=34;PP=1350;SC=TTATTGGGGCGTGCACAGCCA;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=71;WE=160952846;WS=160952828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	160953035	rs3127596	A	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	160969629	rs1801693	A	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=10;PP=462;SC=GCTGGGGTCCATGGTAAAACA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=160969637;WS=160969619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	160969738	rs10755578	C	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=14;PP=485;SC=GAAGAATATTCAGGGACATCC;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=160969746;WS=160969728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	160998452	.	G	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	161007487	.	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=294;SC=TTACCTTCTTCAGAAGGAAGC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=161007495;WS=161007477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	161022004	.	G	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=5;PP=191;SC=GAGGGACGAAGGCAGTCCATT;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=161022012;WS=161021994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	161136058	rs4252105	T	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	161137779	rs14224	T	C	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=19;PP=662;SC=GGGAACTTTGTGACATCCCCC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=161137787;WS=161137769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	161139480	rs1130656	C	T	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=15;PP=405;SC=CAGAAAACTTCCCCTGCAAGT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=161139488;WS=161139470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	161139502	rs2295368	G	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=312;SC=AGTCCCCTCCGGTCTCATTCT;SOR=1.721;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=161139510;WS=161139492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	161143314	.	C	T	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=182;SC=GTTAATCTGTCTGCTAATACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=161143322;WS=161143304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	161160083	rs2859879	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=9;PP=501;SC=TCCTCTTGACGTCCTCATCTT;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=161160091;WS=161160073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	161173946	rs11060	T	G	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=17;PP=585;SC=ACAGTGGAGGTCCTCTGGTTT;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=161173954;WS=161173936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	161469455	rs9346846	T	A	32.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	161469774	rs4559074	G	A	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=21;PP=803;SC=GAGCGTGATCGTAAAAAAAAT;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=161469783;WS=161469764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	161509003	rs9355332	T	A	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=13;PP=310;SC=CTCATCTCCATCTTTGCAGCA;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=161509011;WS=161508993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	161517964	rs2177587	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	161519350	.	CCTGCTG	C,CCTG	3304.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=18,18;NR=18,18;PP=1846,48;SC=CCATGGCAGCCCTGCTGCTGC;SOR=1.429;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=36,36;WE=161519366;WS=161519340;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.13,0.87:87
chr6	161531006	rs4709493	G	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=83;SC=GCCCGTGGGAGGTGCTCTGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=161531014;WS=161530996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	161532855	rs35961625	CT	C	2077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=1105;SC=ACAACTACTTCTTTTCTTTTT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=161532863;WS=161532845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	161557703	rs6455706	A	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=13;PP=477;SC=GGAGTAGCCCAAACAGACTAC;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=161557711;WS=161557693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	161970150	rs111859679	ATGTGTG	A,ATG	541.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;NF=0,0;NR=11,11;PP=102,346;SC=AAAATAATGCATGTGTGTGTG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11,11;WE=161970163;WS=161970140;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.50:14
chr6	161990483	rs3765474	C	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	161990516	rs3765475	G	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=16;PP=441;SC=TTCTTACACAGAGTTATGACT;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=22;WE=161990524;WS=161990506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	162622304	rs4709583	A	G	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=149;SC=AAAAAGCAGAAGAAGTGGCTA;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=162622312;WS=162622294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	163587146	rs1124951	C	G	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=14;PP=545;SC=GGCTGCAGGGCTTGGCGCGGG;SOR=0.990;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=34;WE=163587154;WS=163587136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	163587312	rs3064931	CAAA	C	2303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=561;SC=ACAACAACAACAAAAAAATGT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=163587322;WS=163587302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	163600225	rs742956	C	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=12;PP=346;SC=CGCTGCTCCTCACATGTGCGT;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=163600233;WS=163600215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	163611793	rs6907521	C	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=8;PP=383;SC=TCTCTTATACCAAAAAGCCCA;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=163611801;WS=163611783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	163612783	rs6937392	C	A	5703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=65;PP=1937;SC=AGAGCCATGACGTCCCTCTGC;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=110;WE=163612791;WS=163612773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr6	163836175	.	CCGG	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr6	163836376	rs2757578	C	T	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	164891969	rs75907516	T	TTTC	1411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=12;PP=705;SC=CAGCTGAGTCTTTCTTTCTTT;SOR=1.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=164891977;WS=164891959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	165108670	rs13191120	C	T	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	165108725	rs13220455	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=27;PP=722;SC=GTTTTCTTCCGTTTTTTCATT;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=165108733;WS=165108715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	165693624	rs1413100	C	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	165694945	rs1333501	C	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=50;SC=TGCTCTAGTTCTTTTATCATG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=165694953;WS=165694935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	165703633	rs5881641	CA	C	73.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=100;SC=GTATTATTAACAATATTATGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=165703641;WS=165703623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	165806114	rs220794	A	C	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	165808605	rs220792	T	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	165827194	rs220749	A	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	165845027	rs148704004	AATATACTATATATC	A	233.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	165846658	rs79469867	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=183;SC=TTCAGTGAAATGATCATTAAG;SOR=1.426;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=165846666;WS=165846648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	165863695	rs57550533	C	CA	1335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=12;PP=925;SC=AATCTTTGCCCATTTTTTCTA;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=22;WE=165863703;WS=165863685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	165989776	rs1410479	C	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	166075362	rs6456003	G	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=6;PP=294;SC=CACCCAGCAGGCCAAGCCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=166075370;WS=166075352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	166307718	rs6456029	T	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	166308090	rs2140232	AT	TC	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	166401512	rs697475	T	A	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=15;PP=464;SC=TTGGGGGTGCTTGTGCTCTCA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=166401520;WS=166401502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	166571935	rs35819705	C	T	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=18;PP=466;SC=AGGAAGAGGGCGCCGAGACCG;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=166571943;WS=166571925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	166574246	rs3127334	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=186;SC=AGGACTAAGGGCCTATGGGAA;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=166574254;WS=166574236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	166576161	rs2278678	T	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	166579270	rs2305089	C	T	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=16;PP=650;SC=GCGCTGTGGACCCCCAACTCT;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=166579278;WS=166579260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	166581147	rs3099266	T	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=8;PP=173;SC=CCACCTTCCCTGCTCTTGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=166581155;WS=166581137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	166720806	rs911203	G	C	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=438;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CGGCAGCCGCGGACTCCACGC;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=32;WE=166720814;WS=166720796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr6	166721211	rs13204594	G	T	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=289;SC=CGGCCTCGGGGGTGAGATTCA;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=166721232;WS=166721201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	166721224	rs7757150	C	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=276;SC=GAGATTCAGGCAGAAGCGCGC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=166721232;WS=166721201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	166733725	.	A	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=9;PP=248;SC=AGAGAAGAACAGCATTTAATA;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=166733733;WS=166733715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	166736235	rs35147403	CA	C	49	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	166737980	rs4710041	G	A	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=17;PP=905;SC=TGCTCGTCACGTCTCAGGCAA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=166737988;WS=166737970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	166739684	rs10806847	G	A	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=205;SC=TAGATTATAAGTTTGAGATCC;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=166739692;WS=166739674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	166741921	rs9459653	T	A	113.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=49;SC=ACTACTTTTTTAAAAAAGAAG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=166741929;WS=166741911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	166743760	rs9348119	G	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=158;SC=GGAAAATTTAGAATATAGTCT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=166743768;WS=166743750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	166755975	rs10862	T	C	7429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	166755979	rs11168	A	C	7481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.75;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	166862136	.	G	A	67	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=67;QD=25.4428031368;SC=CCTATGCTCCGTGCTCCCACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=166862144;WS=166862126;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	166862233	rs2230730	T	C	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=8;PP=342;SC=ACTCGGTGTCTGTGGCTTTAT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=166862241;WS=166862223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	166862431	rs6932660	A	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=10;PP=248;SC=GAAGAGAGGCACCGACTGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=166862439;WS=166862421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	166864785	.	A	AGT	74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=74;QD=46.0;SC=GTGAAGTGATAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=166864793;WS=166864775;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr6	166873010	rs2230729	C	T	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=29;PP=1004;SC=CTGGTTTGAACGGTGGCTTGA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=166873018;WS=166873000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	166952264	rs1003857	G	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=264;SC=CCTTCACGACGCCTTCTTCCT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=166952272;WS=166952254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	167040508	.	C	T	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	167271711	rs943687	T	C	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	167271716	rs9347162	T	C	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	167411214	.	G	A	157	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=123;MMLQ=19;MQ=55.19;NF=6;NR=1;PP=157;QD=27.3958875067;SC=CCAGAGACGTGTTTGGAAGCC;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=7;WE=167411222;WS=167411201;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,7:0.35:20
chr6	167411388	rs73024234	C	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=2.665;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,25:0.26:95
chr6	167411401	rs73024236	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.983;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,24:0.27:89
chr6	167413539	rs12212247	T	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=440;SC=TTCTTAACTTTTTTTTAAGGC;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=167413547;WS=167413529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	167424293	rs1322077	T	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=455;SC=TAAACTAAAATATTTTAGGGT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=167424301;WS=167424283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	167435798	.	C	CACAA	255	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=25;MQ=60.83;NF=4;NR=1;PP=255;QD=55.2;SC=GTTGCACACACACAGGTTTGA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=167435806;WS=167435788;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	167436159	rs3752520	T	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=172;SC=AGACTAGGGGTTTAAAAATAA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=167436167;WS=167436149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	167440128	rs2282861	C	T	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=9;PP=315;SC=AGTTTTTGTGCTGATCGTTTT;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=167440136;WS=167440118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	167440244	rs2282860	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	167447489	.	C	CT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.373;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr6	167453519	rs368396376	A	AT,ATT	605.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.993;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.93;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,19,11:0.59,0.34:32
chr6	167550042	rs2071171	C	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	167571048	rs6902566	T	C	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=15;PP=618;SC=CAGCAGGAAGTGCAGGGCCCA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=167571056;WS=167571038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	167584201	rs137960900	C	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=22;PP=877;SC=AAGTGACTGGCGGGGACCAGG;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=167584209;WS=167584191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	167584353	rs201194115	C	T	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.76;QD=25.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	167585869	.	C	T	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=154;SC=CCTCGCCAGACCCCTGTAGGA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=167585877;WS=167585859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	167590454	rs71571482	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.564;NF=13;NR=8;PP=270;ReadPosRankSum=1.322;SC=CTTTGAAAATGTGAACATTTT;SOR=1.697;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=21;WE=167590462;WS=167590444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr6	167590574	rs2989541	G	C	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.44;QD=25.88;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	167590723	rs71534963	T	G	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.53;QD=19.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	167591954	rs200583385	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.16;MQRankSum=-2.823;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr6	167592464	rs60509455	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=145;SC=CAGGGACCTTATGACAAGGGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=167592472;WS=167592454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	167592524	rs2989545	T	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=214;SC=TCCCGAAGTCTGCAAAACTCC;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=167592532;WS=167592514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	167592576	rs60976240	G	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=11;PP=454;SC=AGGCCGCCACGCTGCAGGAGC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=167592584;WS=167592566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	167592656	rs4710193	G	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.46;QD=24.93;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	167609855	.	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.57;MQRankSum=-1.068;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr6	167622105	rs28661326	A	G	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.65;QD=16.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	167622205	rs28588506	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.63;QD=24.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	167704944	rs2076005	T	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=8;PP=422;SC=CAAATTTACGTGTTCACTGGT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=167704952;WS=167704934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	167752312	.	G	GTTCC	185.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	167754661	rs909545	A	G	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=27;PP=1013;SC=AAATGAGGGGAGAGAAGCCAG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=167754669;WS=167754651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	167754710	rs41266331	A	C	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=24;PP=874;SC=GACGCTGCAAAAAGTGACAGA;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=167754718;WS=167754700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	167786551	rs146852129	T	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQRankSum=-0.892;QD=17.98;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr6	167786554	.	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.22;MQRankSum=-1.254;QD=16.23;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr6	167786686	rs140649985	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.836;NF=17;NR=6;PP=284;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CTGGAGGGAGCGGCGTGCAGA;SOR=0.507;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=23;WE=167786694;WS=167786676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chr6	167786961	rs151165498	G	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQRankSum=-1.391;QD=23.31;ReadPosRankSum=1.510;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr6	167786961	.	GGC	TGT	683	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=47.96;NF=3;NR=15;PP=683;QD=40.9148819368;SC=TAAGTCAGTGGGCGCGGCTGA;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=18;WE=167786971;WS=167786951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr6	167786963	rs201342351	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQRankSum=-0.955;QD=25.11;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr6	167789404	rs28409124	C	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=10;PP=408;SC=AGAAAGCCCCCCACTTTACAG;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=167789412;WS=167789394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	167789493	rs3010590	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.84;QD=24.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	167789590	rs3010591	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=16;PP=493;SC=GTCAGAGGCCCCCCTTGTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=167789598;WS=167789580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	167789622	rs60376002	G	A	230.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.24;MQRankSum=-0.853;QD=20.99;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr6	167791530	rs17855837	G	C	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.96;QD=27.26;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	167791549	rs3010594	T	G	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.97;QD=26.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	167796415	rs9457321	A	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=9;PP=254;SC=TCCTTGGGCTACCCGGCCTCG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=167796423;WS=167796405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	167797844	rs75736096	C	T	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=21;PP=810;SC=TCCCTCAGCCCCACTAACAGA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=167797852;WS=167797834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	167907609	.	T	TAC	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.30;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	167907677	.	T	TACACAC,TACACACAC	706.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.5;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQ=60.54;NF=5,5;NR=3,3;PP=223,107;SC=CACTGATACATACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8,8;WE=167907685;WS=167907667;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.42,0.58:19
chr6	168060257	rs200326828	T	TAC	1622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=1392;SC=GAAGTGTAGATACACACACAC;SOR=1.206;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=17;WE=168060265;WS=168060247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	168060289	.	C	CACAT	1053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=1415;SC=CACACACACACACACATACAT;SOR=1.893;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=168060297;WS=168060279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	168060333	rs201764822	T	TACAC	391.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=89;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=1020;SC=CATTTATACATACACATATAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=168060341;WS=168060323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	168265102	rs2301530	A	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=14;PP=406;SC=ATCTCTCTACATTAGTCTCAG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=168265110;WS=168265092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	168297757	rs11459878	C	CT	1305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=22;PP=982;SC=TAATTACCGACTTGTATTTAA;SOR=1.455;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=24;WE=168297765;WS=168297747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	168298875	rs9346511	C	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=10;PP=545;SC=TGGTTTCCTTCGGTTTCCAGT;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=168298883;WS=168298865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	168316118	rs3213591	T	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=15;PP=384;SC=GTGCAGGTGATTGCTGGTGCC;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=168316126;WS=168316108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	168317994	rs9364207	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=384;SC=AAAGGAAATCCTATTTAATAC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=168318002;WS=168317984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	168323664	rs2301533	A	G	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=22;PP=710;SC=GGTACCATGAAGTGAAATGGA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=41;WE=168323672;WS=168323654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	168323754	rs639777	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=378;SC=TTTTAAAATCGCTGTTAAATA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=168323762;WS=168323744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	168343838	rs1132306	T	C	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=8;PP=312;SC=TAGGAATCTATGTGAAGTCGG;SOR=0.902;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=168343846;WS=168343828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	168344880	rs9346632	T	C	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=85;SC=CGCTTCAGCATAGTGCCTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=168344888;WS=168344870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	168348401	rs9364210	T	A	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=128;SC=TGCCTTGATTTTTTTTTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=168348409;WS=168348393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	168348504	rs35550837	CT	C	573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TAATATTACACTTTTTTTTTT;SOR=0.404;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=16;WE=168348512;WS=168348494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr6	168349011	rs9364371	C	T	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	168377309	rs61743855	G	A	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.65;QD=21.99;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	168430555	rs60520213	TA	T	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=35;SC=GAACACCTCATAAGGGTCCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=168430563;WS=168430545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	168436563	rs2306946	G	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=73;SC=GAGCAGACACGGACCGTGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=168436571;WS=168436553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	168442687	rs12197062	A	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=193;SC=CAGGGAGCAAACAGAGGCAGG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=168442695;WS=168442677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	168457801	rs3734898	A	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	168457966	rs3734899	G	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	168458074	rs3734900	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=149;SC=TCCCACCACCGCACACGGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=168458082;WS=168458064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	168459724	.	C	T	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=51;QD=28.5904041824;SC=AGGAAGGTCCCCAGGGCCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=168459732;WS=168459714;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	168459790	rs1465182	G	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.13;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	168459790	.	GGG	TGA	330	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=7;NR=3;PP=330;QD=38.3467874862;SC=TCTGGCCCGTGGGGGGGACTC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=168459800;WS=168459780;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	168459792	rs2269680	G	A	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.13;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	168459845	rs1548349	G	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	168462765	rs3823460	C	T	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	168467737	rs3816861	G	A	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=37;PP=1253;SC=GGCGGGCTTCGGGCGGGCACA;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=168467745;WS=168467727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	168468186	rs6906979	G	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=359;SC=GTGTCACCGTGTGTTCAAAAC;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=168468194;WS=168468176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	168475764	rs9364396	G	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=257;SC=GTACATGTGAGTGGTGTGTAA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=168475772;WS=168475754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	168475822	rs3816859	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=12;PP=615;SC=AGAGTGGTGTATAACTGTGTA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=168475830;WS=168475812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	168476198	rs2306943	A	G	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=91;SC=CCATCAGAGCACCTGTGAGTG;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=168476206;WS=168476188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	168479604	rs34054991	G	A	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=18;PP=877;SC=GCAGCAGCACGAGGACATCCC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=168479612;WS=168479594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	168479790	rs11750985	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=26;PP=668;SC=CGTTACTCGGCCCTCCCCCGC;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=40;WE=168479798;WS=168479780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	168482110	rs4708429	C	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=289;SC=GGGCAGTGGACGGGCAGAGGC;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=168482118;WS=168482100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	168482329	rs4708430	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	168694467	rs33979593	A	AG	265.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=103;SC=TGGCGGGCAGAGGGGGGCCGA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=168694475;WS=168694457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	168694594	rs7764061	C	T	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=393;SC=CTTGAAATTCCTGATGATTTT;SOR=0.927;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=168694602;WS=168694584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	168695030	rs9456037	T	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=254;SC=CTCCTAGTCCTTCCCTACCTG;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=168695038;WS=168695020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	168709846	.	C	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=46;SC=GATTTCATTTCATGCGTGGCA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=168709854;WS=168709836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	168719924	rs4292501	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	168720359	rs9364433	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	169008945	rs3734421	C	T	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=66;PP=1677;ReadPosRankSum=-0.677;SC=GAGTGTGGCCCGAATCCACAG;SOR=1.142;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=22;TCR=67;TR=86;WE=169008953;WS=169008935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr6	169617840	rs12435	A	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.65;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	169617934	rs58423957	GA	G	221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=64;SC=TCTACAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=169617942;WS=169617924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	169619687	rs9800623	G	A	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=2;PP=69;SC=GGATCCACCCGCCTTGGCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=169619695;WS=169619677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	169619933	rs113367461	T	TTTCCTTCC	906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=43.18;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	169620247	rs9393165	T	C	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=3;PP=118;SC=TTTCCCTTTCTGGGTGCCACA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=169620255;WS=169620237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	169620450	rs140725844	AAAG	A	1111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.04;QD=41.18;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	169620541	rs36045897	G	A	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=95;SC=TGGATACTCCGCCCAGGGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=169620549;WS=169620531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	169621536	rs1132742	A	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	169622490	rs9505895	G	A	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=45;PP=1635;SC=AGACGAAGCCGGCATAGTCGT;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=93;WE=169622498;WS=169622480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	169622638	rs59244158	C	A	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=428;SC=GCCTGTAATCCCAGCACTTTG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=169622646;WS=169622628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	169641971	rs61730651	C	T	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=18;PP=723;SC=GCCTCCTCTCCGAGCTGGGGC;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=43;WE=169641979;WS=169641961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	170118085	rs7760142	C	T	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=44;SC=AAAACCTTGACTTTTTAAAGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=170118093;WS=170118075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	170156471	rs17860634	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=5;PP=190;SC=GAAAGTCTACAATCTCCTGCT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=170156479;WS=170156461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	170594819	rs2255020	T	C	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=444;SC=CAGATGGACGTTGACTGTTGC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=170594827;WS=170594809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	170595430	rs2747757	G	C	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=34;PP=991;SC=CGCCAAGTACGTCCCAACAGG;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=170595438;WS=170595420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	170597276	rs2738822	C	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=12;PP=610;SC=TCCCTGCGCGCGGTCCGTGTT;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=170597284;WS=170597266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	170598227	rs2747756	T	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=358;ReadPosRankSum=-0.483;SC=CTCCGGGTGGTAGCGGTCGCG;SOR=0.295;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=25;WE=170598235;WS=170598217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr6	170598352	rs2738821	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=7;PP=232;SC=CGGAAATCTCCCGGGCGCGCT;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=170598360;WS=170598342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	170598368	rs67433119	TCTC	T	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=357;SC=GCGCTCGGCCTCTCCTCCTCG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=170598378;WS=170598358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	170627651	rs9460113	G	A	6473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=2.061;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;MQRankSum=8.201;QD=23.89;ReadPosRankSum=2.091;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,267:0.99:271
chr6	170704444	rs7738466	C	A	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=3;PP=131;SC=TGCGTTTTTTCATGACCCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=170704452;WS=170704434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	170845354	rs9348278	A	G	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=3;PP=181;SC=TGTATAAACTATATGTAGATA;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=170845362;WS=170845344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	170858045	rs2076319	C	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=243;SC=CTCACAACATCAAATCATTAC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=170858053;WS=170858035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	170862051	rs4710839	G	C	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=126;SC=GGAAACACAGGGCATGAGAGG;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=170862059;WS=170862041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	170862300	rs12717	G	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=11;PP=471;SC=TCTCTGCCAGGAGCCGAATAC;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=170862308;WS=170862290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	170866334	rs117681043	A	G	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=52;SC=TTGAATAGGCACAATGGTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=170866342;WS=170866324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	170871037	rs71815788	GCAA	G	1863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=3.709;NF=22;NR=46;PP=2553;ReadPosRankSum=2.080;SC=AGCAGCAGCAGCAACAGCAAC;SOR=0.808;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=68;WE=170871063;WS=170871027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,53:0.93:57
chr6	170871046	.	ACAG	A	1838	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=57.19;NF=13;NR=46;PP=1838;QD=31.2033898305;SC=AGCAACAGCAACAGCAGCAGC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=59;WE=170871063;WS=170871027;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,59:0.92:64
chr6	170871051	.	AGC	A	1861.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;MQRankSum=3.709;QD=32.66;ReadPosRankSum=2.925;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,53:0.93:57
chr6	170871054	rs71554912	AG	A	1615.27	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=3.501;QD=27.38;ReadPosRankSum=2.965;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,49:0.83:59
chr6	170871055	.	G	A	1360	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=27;NF=13;NR=16;PP=1360;QD=48.0955590534;SC=AACAGCAGCAGCAGCAGCAGC;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=29;WE=170871063;WS=170871027;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:56,29:0.34:85
chr6	170878793	rs1042327	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=404;SC=AGATTCAGAATATGGTGGGGA;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=170878801;WS=170878783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	170886531	rs8770	T	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=77;SC=GTAAGCAATCTGTCAACATCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=170886539;WS=170886521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	170887693	rs3173219	G	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=5;PP=251;SC=GTGGAGAGCAGTGTAGATATC;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=170887701;WS=170887683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	170888208	rs960744	A	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=52;SC=ACCTGGCTGTACCAGTGTGCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=170888216;WS=170888198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	170892100	rs9295417	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=23;SC=TTCTTCCAAGTATTATGTTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=170892108;WS=170892090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	170892483	rs17860837	A	AT	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=8;PP=535;SC=GGCATGAAAAATTTTAAAGTA;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=15;WE=170892491;WS=170892473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	170892848	rs4140615	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=13;PP=334;SC=AAAAAAGAATACAGAGAAAAG;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=170892856;WS=170892838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	170892919	rs113114915	T	TACTC	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=272;SC=AAACTGAAAATAACAACAACA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=170892927;WS=170892909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	170893364	rs4140616	C	T	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=4;PP=135;SC=ATGGCCCCGTCCCGACCCCGT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=170893372;WS=170893354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	170893682	.	C	T	111.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=20;SC=GGGGCGCGGGCTGGCGTGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=170893690;WS=170893672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	286402	rs141256626	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=2.492;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr7	288169	rs148750123	G	C	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.35;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr7	288174	rs142310673	G	C	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=7.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.90;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr7	299841	.	C	T	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=637;ReadPosRankSum=-1.393;SC=ACCGGCGGCTCCGCGTCGTGC;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=47;WE=299849;WS=299831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr7	330822	rs36180337	A	C	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=46;PP=734;ReadPosRankSum=-1.433;SC=CGGGTGTCCCAGCGTGGCGAC;SOR=0.864;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=157;TCF=47;TCR=110;TR=60;WE=330830;WS=330812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,84:0.42:201
chr7	330882	rs4077171	T	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.425;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr7	330882	.	TCA	GCG	767	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=16;PP=767;QD=48.2628161684;SC=CGCGGCGGCTTCAGGGAGGTC;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=17;WE=330892;WS=330872;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:39,17:0.30:56
chr7	330884	rs4077172	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr7	538277	rs34223855	G	C	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.45;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,62:0.60:104
chr7	538284	rs35782510	T	C	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.24;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,59:0.60:98
chr7	538348	rs12720025	A	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=0.217;SC=CAAGTTTTCAAGAAATTTCCA;SOR=0.416;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=30;WE=538356;WS=538338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
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chr7	540741	rs1800814	G	A	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1338;ReadPosRankSum=-1.991;SC=GCCGACGAAGGCAGCCACTCA;SOR=0.805;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=238;TCF=123;TCR=115;TR=96;WE=540749;WS=540731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,159:0.38:415
chr7	550399	rs192632660	A	G	212.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	550409	rs183980841	G	A	212.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.48;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	550737	rs62433334	G	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=0.423;SC=ACCAGGGTAAGCCACAGGCCA;SOR=1.234;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=15;WE=550745;WS=550727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr7	551946	rs9692018	T	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=6;PP=610;SC=GGACTCACCCTGACCCGGCCC;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=551954;WS=551936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	552046	rs1129401	A	G	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=487;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GCTTAGTGGCATGGACCCCGT;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=37;WE=552054;WS=552036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,69:0.52:133
chr7	559572	.	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.409;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	559778	.	G	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=212;ReadPosRankSum=-1.285;SC=GCAATCCTGCGGCACCGGGTG;SOR=0.885;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=23;WE=559786;WS=559768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,39:0.38:104
chr7	591125	rs71518309	C	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.173;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr7	618855	rs62431411	T	C	5640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=57;PP=2175;SC=CCTGCCCCAGTGCACACCCAG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=135;WE=618877;WS=618845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr7	618869	rs62431412	G	A	6105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=60;PP=2384;SC=CACCCAGAGCGCCCACGTGGG;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=141;WE=618877;WS=618845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	618938	rs3211362	A	G	7610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr7	766214	rs150662951	G	GACGAT	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=353;ReadPosRankSum=1.647;SC=GGGCGAGCACGACAAGAGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=766228;WS=766204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	766220	rs79984239	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=343;ReadPosRankSum=0.522;SC=GCACGACAAGAGCACAGGCCC;SOR=1.802;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=766228;WS=766204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	772174	rs4724987	G	A	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=461;ReadPosRankSum=-1.828;SC=CCTTCCGGGAGCAACAGATGT;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=38;WE=772182;WS=772164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,76:0.57:134
chr7	780687	rs62432212	T	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=30;PP=725;SC=GGTGTCCCTTTGTCCCTGTGC;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=780695;WS=780677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	780980	rs6943337	T	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr7	794092	rs6951032	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=2.232;SC=GTCAGCTTTGCGTCCACCCCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=794100;WS=794082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr7	794471	rs34761279	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=291;ReadPosRankSum=-0.900;SC=AAGTGGCCGTATTCCAGTCGT;SOR=0.416;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=17;WE=794479;WS=794461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr7	794576	rs62432239	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=2.632;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=-0.494;SC=CCCTCACCCCCGGGCCGCAGG;SOR=1.802;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=794584;WS=794566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	801634	rs142752861	T	TTGAGCCCCAGGCCTCAAACATGTC	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=2.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr7	808730	rs148315210	C	T	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=919;ReadPosRankSum=-2.160;SC=ATTGCGTCTCCGTGTGGCAAG;SOR=0.948;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=53;WE=808738;WS=808720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,89:0.58:154
chr7	813578	.	C	T	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=24;PP=1320;ReadPosRankSum=0.900;SC=GGGTCGAGTTCGTTTTCCTGT;SOR=0.633;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=121;TCF=87;TCR=34;TR=81;WE=813586;WS=813568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,93:0.64:145
chr7	813618	rs4719279	T	C	3982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=50;PP=2195;ReadPosRankSum=0.769;SC=CATTCATCCCTAGTCTGAAAC;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=129;TCR=77;TR=133;WE=813626;WS=813608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,181:0.62:293
chr7	813650	rs62432869	G	A	5969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=73;PP=2555;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GCACCTGTCCGGTCTCCTCAT;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=271;TCF=154;TCR=117;TR=166;WE=813658;WS=813640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,285:0.63:451
chr7	813867	rs6973746	C	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=687;ReadPosRankSum=1.212;SC=CGGTGGACACCGGCCGGGGAC;SOR=0.437;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=35;WE=813875;WS=813857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
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chr7	814788	rs3922641	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=371;ReadPosRankSum=0.932;SC=AAACTCATCAGGATTTATCCT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=30;WE=814796;WS=814778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
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chr7	900035	rs4276575	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=275;ReadPosRankSum=0.097;SC=TCGGCGAGTCGGCGGCAAGAG;SOR=0.943;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=18;WE=900043;WS=900025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr7	905786	rs4721952	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-1.290;SC=CCACAGCTCCATGGAACTTCG;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=905794;WS=905776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr7	912755	rs4722034	C	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=15;PP=932;SC=ATTTCCAACTCAGCTGCTTCC;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=912763;WS=912745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	916534	rs150362623	C	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.575;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
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chr7	925949	rs10226357	A	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=264;SC=CACTCTCAAGACTGGGGCTCT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=925957;WS=925939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr7	926827	rs4722203	T	C	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=54;PP=2328;SC=CTCTGGGGCATATGGCGCTGG;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=120;WE=926835;WS=926817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	931876	rs141243318	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=-1.599;SC=GAAGCTGTGTCCTCCAGCCCT;SOR=0.760;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=13;WE=931884;WS=931866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr7	933234	rs35157448	T	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=149;SC=GTGTTGGGCATGGGCGCGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=933248;WS=933224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	933240	rs34784960	C	CGGT	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=347;SC=GGCATGGGCGCGGTGTGTGCA;SOR=1.493;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=933248;WS=933224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	939630	rs34786986	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=4.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,67:0.36:186
chr7	940181	rs10256887	C	T	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=27;PP=765;SC=TCTGCGTCGCCGGCCCCTGGG;SOR=1.270;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=37;WE=940189;WS=940171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	940258	rs113839920	G	GGGCAAAGGCA	2819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=17;PP=2974;SC=AATCTCCTAGGGGCAAAGGTG;SOR=1.366;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=20;WE=940275;WS=940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	940267	rs3824079	T	C	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.19;NF=15;NR=19;PP=535;SC=GGGGCAAAGGTGGGCACAGGC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=940275;WS=940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	940298	rs13224354	C	G	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=314;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=17;PP=557;SC=GAGGCTGCAGCGCTGGGGTCC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=940306;WS=940288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	940501	rs72074799	AGAAGGGCC	A	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=457;ReadPosRankSum=0.518;SC=CGAAGTCCTGAGAAGGGCCGA;SOR=0.593;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=940516;WS=940491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr7	940724	rs11765973	G	A	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=483;SC=TTGGAGCTGTGGCCCCTACCG;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=940732;WS=940714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	943995	rs192616571	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr7	943998	rs3824077	C	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.90;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	944683	rs1881121	C	T	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=21;PP=1016;SC=ACCCCACCCCCGTCTGTGACT;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=944691;WS=944673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	944874	rs10243781	G	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=320;ReadPosRankSum=-1.036;SC=AAGGAGTGACGATGGACAGGA;SOR=0.602;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=21;WE=944882;WS=944864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr7	944923	.	GGGGGACACGGACA	G	330	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=84;MMLQ=20;MQ=59.11;NF=2;NR=1;PP=330;QD=120.333333333;SC=GGACACGGACGGGGGACACGG;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=3;WE=944943;WS=944913;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr7	959692	rs6962883	G	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=558;ReadPosRankSum=-1.001;SC=AGGAGCCTGTGGGGAGAGGAG;SOR=0.769;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=39;WE=959700;WS=959682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,66:0.66:100
chr7	960705	rs10250309	T	C	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=29;PP=917;SC=CACCCCAAAATTCGGTCCCCG;SOR=2.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=35;WE=960713;WS=960695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	966926	rs3824074	G	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=16;PP=633;SC=AGGCTGTCACGCACACTGTGC;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=966934;WS=966916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	974661	.	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=170;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TTTCCTTAGAGACAGGGTCTC;SOR=0.283;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=12;WE=974669;WS=974651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr7	974905	rs71538121	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=254;ReadPosRankSum=-1.118;SC=GAGTAGCCCAAGGCTCCAGGG;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=17;WE=974913;WS=974895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr7	1023013	rs2272375	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=5.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=1.433;SC=GGACCGGTCCCTGATGGAGGT;SOR=1.727;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=1023021;WS=1023003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr7	1023052	rs75358992	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr7	1023995	rs34743661	A	AG	1344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=6;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.846;NF=10;NR=9;PP=1062;ReadPosRankSum=2.147;SC=AGGGGACCTAAGGGGGGTCTT;SOR=1.194;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=19;WE=1024010;WS=1023985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr7	1024002	rs3735689	T	C	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.459;HP=6;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.886;NF=21;NR=11;PP=1053;ReadPosRankSum=2.666;SC=CTAAGGGGGGTCTTGTGGGTG;SOR=1.172;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=32;WE=1024010;WS=1023985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr7	1024581	rs3824081	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=-1.567;SC=TGTATCTGCCTACAGGCATCT;SOR=0.248;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=10;WE=1024589;WS=1024571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr7	1024855	rs3735684	G	A	3582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=1180;ReadPosRankSum=0.106;SC=TATCACCTTCGCGCTCCTCTT;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=87;WE=1024863;WS=1024845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,174:0.62:281
chr7	1037322	.	G	A	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=727;ReadPosRankSum=-0.099;SC=GGGGGGATCAGAGCCCTCCTC;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=52;WE=1037330;WS=1037312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,90:0.59:153
chr7	1040037	.	GGACGTGCCTGCCCCGCCGTGCACAGACCTCAGCCCCCAGGA	G	1210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.34;MQRankSum=3.020;QD=24.71;ReadPosRankSum=2.091;SOR=1.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr7	1062527	rs3735686	GC	AT	4276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=2043;ReadPosRankSum=-1.689;SC=GCTACAAAGCGCGGCGACGTC;SOR=0.606;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=67;WE=1062536;WS=1062517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,111:0.59:189
chr7	1068096	.	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CCTCGGCGCGGGGGTGGGAGA;SOR=0.527;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=3;WE=1068104;WS=1068086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	1068186	rs115018039	G	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=0.090;SC=GAGGCTCTCTGGCCGCCCGGG;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=1068194;WS=1068176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr7	1094819	rs4720335	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=332;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GTCCAAGCACGGCCCCTCGTT;SOR=1.242;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=21;WE=1094827;WS=1094809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr7	1097952	rs6953080	C	T	3440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=37;PP=1570;ReadPosRankSum=0.980;SC=AGCCCGTGGACGCACACTACC;SOR=0.985;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=165;TCF=100;TCR=65;TR=103;WE=1097960;WS=1097942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,160:0.57:279
chr7	1131356	rs3802141	T	C	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=33;PP=1352;ReadPosRankSum=0.713;SC=AGCTGCACGGTGCAGAGACAT;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=93;TCR=59;TR=85;WE=1131364;WS=1131346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,128:0.55:232
chr7	1131411	rs11544331	C	T	4618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=54;PP=2143;ReadPosRankSum=-1.230;SC=GAGATGTACCCAGGCACCGCG;SOR=0.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=218;TCF=126;TCR=92;TR=133;WE=1131419;WS=1131401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,216:0.59:369
chr7	1132456	rs10246354	C	T	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=2025;ReadPosRankSum=1.870;SC=CAGACAGCACCGAGCAGTCGG;SOR=0.568;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=215;TCF=103;TCR=112;TR=125;WE=1132464;WS=1132446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,187:0.60:310
chr7	1132505	rs2070118	G	A	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=55;PP=1656;ReadPosRankSum=0.379;SC=AGCCTTGGCCGCATAGGCCCA;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=99;TCR=100;TR=111;WE=1132513;WS=1132495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,152:0.57:268
chr7	1132748	rs10235056	G	A	4748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=77;PP=2461;ReadPosRankSum=0.878;SC=AAAGGCCAGCGGTGACCAGCC;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=221;TCF=108;TCR=113;TR=150;WE=1132756;WS=1132738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,216:0.66:328
chr7	1133305	rs1133043	C	G	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=703;ReadPosRankSum=1.700;SC=ACTCCAGCACCTGTGGCTGAC;SOR=0.438;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=52;WE=1133313;WS=1133295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,74:0.54:136
chr7	1197994	rs12702435	T	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=340;ReadPosRankSum=0.994;SC=AAACGCACTGTGTGGGGAGCA;SOR=0.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=30;WE=1198002;WS=1197984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr7	1481919	rs4236408	C	A	6124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=57;PP=2768;SC=CTGAGGATTCCGCCAAGTTCC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=135;WE=1481927;WS=1481909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr7	1484572	rs10435184	A	G	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=25;PP=790;SC=GGGCTCCCCCACCCTGGGGTG;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=1484580;WS=1484562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	1486540	.	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=0.313;SC=ACAGGTGGCCGGAAGAGCCCA;SOR=0.818;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=18;WE=1486548;WS=1486530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr7	1514500	rs146843925	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.610;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=322;ReadPosRankSum=0.115;SC=CTCTGAGGCCGGGGCCGCTGG;SOR=0.246;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=23;WE=1514508;WS=1514490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr7	1516489	rs373790659	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=-0.418;SC=TGGGCCAGCTGGACTGATGCG;SOR=0.741;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=18;WE=1516497;WS=1516479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr7	1519313	.	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=1.002;SC=CGGGCTGAGCGGGAAAATCTG;SOR=0.818;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=10;WE=1519321;WS=1519303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr7	1522175	rs10224038	A	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=402;ReadPosRankSum=1.512;SC=CCCAGCCTGGACCGTACCGGC;SOR=1.048;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=28;WE=1522183;WS=1522165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr7	1528947	.	T	TCCCGGGCCCGCCGAGGGGACGTGCGCACTCACTTCAGGCCCTGCTCCCAGC	3822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.81;QD=81.33;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr7	1544063	.	G	T	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=471;ReadPosRankSum=0.743;SC=ACAACCGGAAGGAAAACAGTG;SOR=0.877;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=43;WE=1544071;WS=1544053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,93:0.42:223
chr7	1574403	rs4720833	A	G	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.934;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=843;ReadPosRankSum=0.890;SC=AGCGAGCGGCAGCCCCGATGC;SOR=0.660;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=191;TCF=91;TCR=100;TR=64;WE=1574411;WS=1574393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,106:0.34:309
chr7	1574541	.	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr7	1574562	rs4720834	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.980;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=476;ReadPosRankSum=1.821;SC=TCCTAAAAGATAAGGTCTTGC;SOR=1.591;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=26;WE=1574570;WS=1574552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr7	1586653	rs112463195	A	AGCC	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.28;MQRankSum=0.924;NF=2;NR=6;PP=577;ReadPosRankSum=0.117;SC=CTCCCGCCGGAGCCGCCGCTG;SOR=0.534;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=8;WE=1586670;WS=1586643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr7	1586662	rs3779607	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=4;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.868;NF=8;NR=7;PP=568;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GAGCCGCCGCTGGGGTGGGTG;SOR=0.439;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=15;WE=1586670;WS=1586643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr7	1586866	rs3824072	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-1.292;SC=GCACTCCAGCTCCCCGGACAA;SOR=0.859;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=3;WE=1586874;WS=1586856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr7	1588391	rs3814481	A	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=384;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CCCTAGAGCCACCGCCGCTGC;SOR=0.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=31;WE=1588399;WS=1588381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr7	1588549	rs3814482	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=432;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CAGGGACGTGGCCGTTCTCCC;SOR=0.705;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=33;WE=1588557;WS=1588539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr7	1588768	rs1124871	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=-0.630;SC=GGTGGGGTGCGCTGTGTGTGT;SOR=0.552;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=9;WE=1588776;WS=1588758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr7	1588912	rs3890492	C	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.873;SOR=1.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr7	1589056	rs4294092	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=205;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GGTGGACCTTGGTCCCCTTGG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=15;WE=1589064;WS=1589046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
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chr7	1590368	.	ACTGGCCAT	GCTGGCCAC,GCTGGCCAT	592	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=12,37;NR=5,15;PP=128,592;QD=10.6745808742;SC=TGCCCTGGGGACTGGCCATGG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=17,52;WE=1590384;WS=1590358;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.33:52
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chr7	1590443	rs2304361	T	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,57:0.35:161
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chr7	1626835	rs73289427	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=309;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CTCAGGCAGCGGCAGATGATG;SOR=0.678;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=24;WE=1626843;WS=1626825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr7	1627632	rs7800178	T	C	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=789;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CACAGCCACCTGATGGGGAAG;SOR=0.617;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=68;WE=1627640;WS=1627622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,136:0.47:291
chr7	1627726	rs62436912	C	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=501;ReadPosRankSum=-1.045;SC=CGTTGTAGAACTGCAGTTCCA;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=32;WE=1627734;WS=1627716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr7	1657844	rs10225166	A	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-1.340;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr7	1657923	rs12702990	T	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr7	1855531	rs7680	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.855;NF=10;NR=7;PP=218;ReadPosRankSum=-0.182;SC=ACGTGGAGAGGGTGCTGGCCG;SOR=0.811;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=17;WE=1855539;WS=1855521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr7	1878377	rs3889573	A	G	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.358;NF=22;NR=15;PP=504;ReadPosRankSum=0.148;SC=ATAGACTGTGATGATGGCTGC;SOR=0.912;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=37;WE=1878385;WS=1878367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
chr7	1886805	rs11762803	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=0.391;SC=CCTGGGAACAAGGAGTTCCTC;SOR=0.086;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=7;WE=1886813;WS=1886795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr7	1886904	.	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=273;ReadPosRankSum=-1.051;SC=TTTTCTTTCGGGACACAACCG;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=18;WE=1886912;WS=1886894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr7	1887037	rs73046334	T	C	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=734;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TGGGAAGATGTGGGGGGCCCG;SOR=0.954;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=55;WE=1887045;WS=1887027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,84:0.58:146
chr7	1888294	rs4719320	C	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=282;ReadPosRankSum=1.111;SC=GAGAGCCCAGCGCTGAATCCT;SOR=0.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=23;WE=1888302;WS=1888284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr7	1888683	rs66991912	TACACACACAC	T	1921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=2997;ReadPosRankSum=-1.220;SC=GGTGTACATGTACACACACAC;SOR=0.152;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=33;WE=1888700;WS=1888673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr7	1914059	rs55934553	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GGCCGTGACATCGAGGGTAGC;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=1914067;WS=1914049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr7	1914140	rs112425367	T	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=-0.659;SC=ATCTTGATAATCCTATAGCTT;SOR=0.458;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=11;WE=1914148;WS=1914130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr7	1914350	rs60238952	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-1.545;SC=TGTGTGGCTCAGCAGGACCCA;SOR=1.688;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=1914358;WS=1914340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	1976263	rs2280552	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-1.390;SC=CAAAGGCGCACGGATGGACCT;SOR=1.329;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=9;WE=1976271;WS=1976253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr7	1976635	rs2280549	G	A	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=700;ReadPosRankSum=-0.480;SC=CACACAGCACGGGTCACACAC;SOR=0.569;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=118;TCF=31;TCR=87;TR=45;WE=1976643;WS=1976625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,56:0.37:151
chr7	2041638	rs1107591	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=646;ReadPosRankSum=0.326;SC=GGGGACAGGCGTCCCTGCCCA;SOR=0.499;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=49;WE=2041646;WS=2041628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,79:0.43:183
chr7	2041887	rs4721296	A	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1196;SC=AGGAGCTGGGAAGTGGGCAGC;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=2041895;WS=2041877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	2054314	rs142140779	CG	C	1466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.853;NF=1;NR=25;PP=742;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GGACCCGGGACGGGGGATGAG;SOR=0.709;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=26;WE=2054322;WS=2054304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
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chr7	2252986	rs1002170	G	A	3013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=61;PP=1596;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TCATGATCACGGTGCTAAGTC;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=65;TCR=97;TR=100;WE=2252994;WS=2252976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,139:0.62:224
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chr7	2280105	rs62442508	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=0.266;SC=GTGAGGTCACGGTTCAACGCA;SOR=0.330;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=22;WE=2280113;WS=2280095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr7	2281083	.	A	ATT	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.603;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr7	2284416	rs34185397	C	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=0.588;SC=CACAGGGATTCGGGCTGTAGG;SOR=0.180;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=8;WE=2284424;WS=2284406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr7	2290522	rs1799832	C	T	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=578;ReadPosRankSum=0.280;SC=TGTGGCCCGACGACAGCTACT;SOR=0.752;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=43;WE=2290530;WS=2290512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,80:0.50:159
chr7	2290685	rs1062492	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=1.568;SC=GCTGAACAGCCGCAAACCATC;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=2290693;WS=2290675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr7	2292881	rs3075440	C	CTG	2539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.985;NF=5;NR=29;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TCCTTGGGGGCTGTCAGGAGC;SOR=0.873;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=34;WE=2292889;WS=2292871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
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chr7	2297006	rs6888	A	G	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=487;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CCACCTCCACAATGCGGGACT;SOR=0.398;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=35;WE=2297014;WS=2296996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,69:0.77:90
chr7	2297212	rs62442513	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=449;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CCTGCGGAGCCGGCCGAGGGA;SOR=0.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=28;WE=2297220;WS=2297202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr7	2303986	rs2286206	T	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TGGCCCGCGATGCGATCCGCT;SOR=0.757;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=10;WE=2303994;WS=2303976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr7	2304191	rs2286205	A	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	2309158	rs375189373	TA	T	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-1.427;QD=2.97;ReadPosRankSum=3.743;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr7	2315008	rs2398667	G	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=1.764;SC=CCCTGTGACGGCTTCGTATAT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=8;WE=2315016;WS=2314998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr7	2349470	rs10479970	T	C	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,65:0.54:121
chr7	2349608	rs7805462	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	2394746	rs9690787	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=2;PP=168;SC=CGGGCCGGAGTCCGAGGTGAG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=2394754;WS=2394736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	2395075	.	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=2.169;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
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chr7	2402427	rs181856373	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=0.938;SC=CACAAGGAAGTGGACGTTGAC;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=21;WE=2402435;WS=2402417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr7	2402724	rs148785184	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=269;ReadPosRankSum=1.488;SC=GATCAGTGACGAGTGGGATAT;SOR=0.734;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=24;WE=2402732;WS=2402714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,41:0.34:119
chr7	2405885	rs2286204	C	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=158;SC=CGTGTTCTGGCCGCACAGACA;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=2405893;WS=2405881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	2406737	rs60382761	CA	C	287.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.574;QD=9.90;ReadPosRankSum=-2.157;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,25:0.86:29
chr7	2409035	rs2301944	C	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	2411393	rs189767749	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=381;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GTCACCCCTTCCCCCTTTTTT;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=32;WE=2411401;WS=2411383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,52:0.30:171
chr7	2414142	rs886632	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=16;PP=695;SC=AGCTCGTGACAGGCGCGCTCT;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=2414150;WS=2414132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	2414365	rs884565	A	G	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=36;PP=1056;SC=GGGTTGCCCCAGTGTCAGTGG;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=2414373;WS=2414355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	2416822	rs2240347	A	G	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=62;PP=1799;SC=TAAAAACGTGACATTTGCAAG;SOR=1.469;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=87;WE=2416830;WS=2416812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	2418645	rs6461351	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=363;SC=TGAATGGACTAGCCATTCCTG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=2418653;WS=2418635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	2434522	rs1978169	G	A	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	2434594	rs10607224	AT	A	303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=-0.000;QD=15.19;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr7	2445320	rs17793630	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GATGTTGCCAAATCCACTGGG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=2445328;WS=2445310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr7	2480040	.	ATG	A	111	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.33;NF=0;NR=5;PP=111;QD=24.0;SC=GTGCAAGAGAATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=5;WE=2480049;WS=2480030;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr7	2515382	rs5881927	G	GC	4667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.16;NF=25;NR=31;PP=2460;SC=GGAAGGCATTGCCACCACAGT;SOR=0.978;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=56;WE=2515390;WS=2515372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	2552986	rs286560	A	C	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=771;ReadPosRankSum=0.527;SC=TCCTGGGGACATAACCTCCCC;SOR=0.533;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=49;WE=2552994;WS=2552976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,65:0.62:104
chr7	2557266	rs755179	T	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TGTGGGGAGATGGACTCACAG;SOR=0.192;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=26;WE=2557274;WS=2557256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr7	2565268	rs893239	C	A	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.278;SC=GGGGTGGGACCGTGAGGGGCA;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=71;WE=2565276;WS=2565258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,96:0.54:178
chr7	2582153	rs138295649	C	CCCCCAGCCTCCCGGGTGT	4137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=10;PP=2969;SC=GGATGGGGTGCCCCCAGGTGT;SOR=1.704;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=39;WE=2582161;WS=2582143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	2598757	rs6963930	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr7	2606934	rs10488610	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	2611654	rs6953966	G	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=467;ReadPosRankSum=-1.106;SC=AATCAGGACTGTATTAATTGA;SOR=0.972;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=22;WE=2611662;WS=2611644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr7	2611878	rs2917751	T	C	7035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=87;PP=2478;ReadPosRankSum=0.213;SC=ATGCGTGGACTGGCGTCCCCG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=155;WE=2611886;WS=2611868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,279:0.99:281
chr7	2612294	rs2969042	TC	AA	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,51:0.36:142
chr7	2612335	rs6945441	T	C	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,86:0.56:154
chr7	2613008	rs62442625	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.612;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr7	2613042	rs2304540	G	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=409;SC=ATTTGTTTATGTTTCTCTAGG;SOR=1.061;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=21;WE=2613050;WS=2613032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	2613062	rs61739566	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=89;ReadPosRankSum=2.251;SC=GTCATGTCCCTGGGACTCCTG;SOR=1.036;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=9;WE=2613070;WS=2613052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr7	2613133	rs62442626	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=6.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=-1.689;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr7	2619363	rs377084597	G	GTC,GTGTC	2120.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.99;QD=30.74;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,15,49:0.22,0.71:69
chr7	2619416	rs117437253	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.870;NF=6;NR=14;PP=260;ReadPosRankSum=0.333;SC=CTCACTCTGTTGCCCAGGCTG;SOR=0.560;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=20;WE=2619424;WS=2619406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr7	2621567	rs7798469	T	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=198;SC=AGGATGGTCTTGATCTCCTGA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=2621575;WS=2621557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	2622101	rs1550204	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=0.496;SC=GAGAGCACAGCGCTGGAGGGA;SOR=0.904;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=9;WE=2622109;WS=2622091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr7	2622133	rs62439479	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=385;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GAGGTGTGCCGGTGCTCTGGC;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=23;WE=2622141;WS=2622123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr7	2625838	rs2257285	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr7	2626038	rs3217437	CCAGGGAATGG	C	541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.57;NF=0;NR=7;PP=2985;SC=AGGAGGGAGGCCAGGGAATGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=2626055;WS=2626028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	2627294	rs56412903	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=0.746;SC=ACTGGGCCAGCGCTGGCAAAA;SOR=0.235;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=10;WE=2627302;WS=2627284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr7	2627310	rs2917733	T	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=618;SC=CAAAATTCTCTGGTAGCCAGG;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=2627318;WS=2627300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr7	2646950	rs1056568	T	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=188;ReadPosRankSum=-0.801;SC=AAGCCCGGGCTGTGTCGGGAC;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=14;WE=2646958;WS=2646940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr7	2646975	.	T	TC	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=328;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GGGAGGAGTGTCCCATCTGGA;SOR=0.316;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=11;WE=2646986;WS=2646965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr7	2649673	rs3735108	T	C	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=41;PP=2120;SC=GGTTCATTTCTGCAGACCCCT;SOR=1.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=122;WE=2649681;WS=2649663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	2649704	rs3735109	T	G	6494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=114;NR=79;PP=2965;SC=GCCACAGGCCTTGGCACCTCT;SOR=0.982;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=116;TCR=80;TR=193;WE=2649712;WS=2649694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr7	2649765	rs77267206	C	T	6892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=0.686;SC=GTCATTGCACCGTCTCTGCCC;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=224;TCF=109;TCR=115;TR=113;WE=2649785;WS=2649755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,181:0.53:344
chr7	2649777	rs1061566	C	T	6883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.78;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,182:0.52:348
chr7	2649819	rs3735110	C	T	7676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=116;PP=2965;SC=GTCTCCACGCCGTGATGGCAG;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=88;TCR=117;TR=204;WE=2649827;WS=2649809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr7	2649932	rs3735111	T	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=403;ReadPosRankSum=2.109;SC=TCGTGTCTCTTTGTGCTTTTG;SOR=1.597;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=24;WE=2649940;WS=2649922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr7	2672065	rs11976974	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TACCGGCCTCCTTCCTTCTCG;SOR=0.105;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=2672073;WS=2672055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr7	2685556	.	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=660;ReadPosRankSum=0.604;SC=GGGACGGGCTCTGGGGTCCTG;SOR=0.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=41;WE=2685564;WS=2685546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr7	2686441	.	G	A	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=391;ReadPosRankSum=-1.188;SC=GTGGGACTCTGAGCTGGGGGT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=38;WE=2686449;WS=2686431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,52:0.38:136
chr7	2686761	rs3801079	G	C	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=43;PP=1713;SC=CATCTCACGGGCCCGCCCTCT;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=89;WE=2686769;WS=2686751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	2687228	rs62439525	G	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=344;ReadPosRankSum=-1.516;SC=CGGCGGTGTCGCTGGAGGTGC;SOR=0.963;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=20;WE=2687236;WS=2687218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr7	2689472	rs3801077	A	C	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=62;PP=2609;SC=ACTCCAGGGGACGGGTTCTAC;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=142;WE=2689480;WS=2689462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr7	2699524	rs139527284	ACT	A	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=5.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,17:0.15:110
chr7	2699687	rs56409742	C	CG	5987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=65;PP=2936;SC=ACTGACCCACCGGTCCCCCAT;SOR=1.120;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=7;TCR=68;TR=72;WE=2699695;WS=2699677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	2748758	rs59438885	G	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=457;ReadPosRankSum=1.914;SC=TCCCGAAGTCGGGGCCCAGCG;SOR=0.587;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=42;WE=2748766;WS=2748748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,70:0.57:122
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chr7	2748901	rs58748470	G	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=-0.061;SC=TCTGGGGCTGGTAAGAGGGGA;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=2748909;WS=2748891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
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chr7	2773035	rs34004158	C	CAT	4933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=30;PP=2965;SC=TCTCTGGACACGTTTTCTAAC;SOR=1.483;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=64;WE=2773043;WS=2773025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	2802173	rs17132665	T	C	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=2.796;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,73:0.54:136
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chr7	2854010	rs2644275	G	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=312;SC=TCCATCTGGTGTGCTTCCCGA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=2854018;WS=2854000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	2949644	.	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=374;ReadPosRankSum=-1.694;SC=GGGGTGCTAGGGACAGGAGGG;SOR=1.031;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=26;WE=2949652;WS=2949634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr7	2954801	rs1182157	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=9;PP=1049;SC=CCGATGTTCCTCCAGGTGAGG;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=48;WE=2954809;WS=2954791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	2958151	.	T	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.483;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=-1.333;SC=GTGTGGTGGGTGCCGTCTACC;SOR=1.476;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=21;WE=2958159;WS=2958141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr7	2962753	rs2527509	G	A	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	2963829	.	C	T	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,108:0.55:197
chr7	2971977	rs5881948	T	TG	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=452;SC=TTTCAGCAGTTGGGCTCCTGC;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=13;WE=2971985;WS=2971974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	2977732	rs17257454	T	C	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=52;PP=1646;SC=TGAAAGCTGTTCTCTGCTCGT;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=2977740;WS=2977722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	2977811	.	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=-0.932;SC=CATGGCCTGCCCTTCTGGGAA;SOR=2.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=6;WE=2977819;WS=2977801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr7	2978387	rs377615302	C	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,72:0.35:205
chr7	2985361	rs3839716	GAC	G	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=208;ReadPosRankSum=0.353;SC=CACTACTGAGGACACACACAC;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=8;WE=2985372;WS=2985351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr7	3179785	.	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=249;ReadPosRankSum=1.100;SC=TTTTAGAATTCATAAATCTGG;SOR=0.465;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=23;WE=3179793;WS=3179775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr7	3179968	rs7779230	T	G	7361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=43.30;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	3179973	rs7791857	G	C	7306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=44.28;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	3179991	rs7779245	T	C	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=60;PP=1744;SC=GTTCAAACTATCGGCAAGACA;SOR=1.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=88;WE=3179999;WS=3179981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	3180550	rs11374295	C	CT	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr7	3180657	rs6964682	C	T	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=33;PP=1577;SC=GAACTCCCCACGATGCACACC;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=88;WE=3180665;WS=3180647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	3180880	.	CTTT	C	227.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.22;ReadPosRankSum=1.482;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr7	3187085	rs6954885	T	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CAGACTTTTTTTTTTTATTTT;SOR=0.439;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=16;WE=3187093;WS=3187075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr7	3188513	rs7810868	C	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=2;PP=63;SC=GAGATGTAGACGTCTTGCTAT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=3188521;WS=3188510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	3188549	rs10257432	T	C	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=46;SC=AGTCTGTTCTTGCAGTGCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=3188557;WS=3188539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	3188576	rs10257447	T	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	3188712	rs10254519	A	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.81;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	3188738	rs34925290	G	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	3197788	rs73672278	G	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
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chr7	3205635	rs7801306	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
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chr7	4172006	rs13224870	C	T	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.98;MQRankSum=-1.125;NF=44;NR=71;PP=1626;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GACTCACCTCCGTGCGGATAG;SOR=0.746;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=232;TCF=86;TCR=146;TR=115;WE=4172014;WS=4171996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,143:0.44:326
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chr7	4189075	rs659182	G	C	6517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=76;PP=2652;SC=GCCATGAGGCGACAGCATGCG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=60;TCR=77;TR=136;WE=4189083;WS=4189065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr7	4189123	rs4720177	G	A	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=56;PP=1756;SC=GCACCTCCCCGGGGAACGGGG;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=4189131;WS=4189113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	4213749	rs4723444	T	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	4213877	rs601424	T	C	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	4213940	rs671756	T	C	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=32;PP=1049;SC=GGTCAGGCACTGAGGCCAAGA;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=66;WE=4213948;WS=4213930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	4213962	.	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr7	4213975	rs671694	A	G	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	4214041	rs4723445	C	T	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.23;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	4214046	rs600537	T	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.43;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	4215298	rs4720185	T	C	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=38;PP=1730;SC=GCGTGGGAAGTGGCTGGCATC;SOR=1.041;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=99;WE=4215306;WS=4215288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	4217969	rs649494	T	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=355;SC=CCGGTCACAGTGGATGCAGGT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=4217977;WS=4217959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	4218094	.	C	T	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=649;ReadPosRankSum=0.150;SC=GGAAGCTGATCCATATTTCCT;SOR=0.585;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=51;WE=4218102;WS=4218084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,74:0.62:120
chr7	4304727	rs10270413	A	G	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=26;PP=1150;SC=CCTGCCCTGCACTCACACCTT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=4304735;WS=4304717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	4490854	rs314605	C	T	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	4490934	rs442775	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr7	4490934	.	AC	GT	311	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=9;NR=15;PP=311;QD=15.1861614526;SC=GGTACCCTTGACGGAAATAGA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=24;WE=4490943;WS=4490924;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr7	4490935	rs369198	C	T	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.65;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	4714912	rs28631893	C	T	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,100:0.42:236
chr7	4780514	rs3087749	G	T	10182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=134;NR=116;PP=2965;SC=TCCAGTTCACGTCGCTCTATC;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=134;TCR=116;TR=250;WE=4780522;WS=4780504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr7	4802029	rs6976790	T	G	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.38;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	4802029	.	TGCTGTA	GGCTGTA,GGCTGTG	250	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=18,10;NR=20,7;PP=250,216;QD=7.49397927756;SC=AGCCCAGTGGTGCTGTAACCA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38,17;WE=4802043;WS=4802019;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:38
chr7	4802035	rs1053753	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=-2.381;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
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chr7	4823178	rs11764272	G	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.97;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
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chr7	4829449	rs118139547	C	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,59:0.39:150
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chr7	4839163	rs3736241	A	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=902;ReadPosRankSum=1.352;SC=ACCAGGGGAGACCCACAGGGT;SOR=0.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=74;TCR=84;TR=64;WE=4839171;WS=4839153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,87:0.42:209
chr7	4839882	rs3816854	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr7	4839993	rs3816853	C	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=97;ReadPosRankSum=-2.150;SC=GGAATCACGACGAGGAATGGG;SOR=0.465;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=13;WE=4840001;WS=4839983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr7	4841313	rs6966329	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-1.163;SC=GAGGCCGCTGAGTCCGTTCCT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=14;WE=4841321;WS=4841299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr7	4841470	rs414035	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=19;PP=558;SC=CCCCCACGGCTGGGTTGCCTT;SOR=0.853;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=38;WE=4841478;WS=4841460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	4841655	rs58207166	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=1.185;SC=ACAGCTCAGGTAGAGGAGTGG;SOR=0.854;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=8;WE=4841663;WS=4841645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr7	4845312	rs2306919	T	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,41:0.41:101
chr7	4862259	rs3816852	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=20;ReadPosRankSum=0.560;SC=CTCTTTCTACATAAGGATGCG;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=4862267;WS=4862249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr7	4874735	rs148761575	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.241;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=455;ReadPosRankSum=1.189;SC=TGGCCGCTGTCCGGGAGCGGT;SOR=0.455;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=36;WE=4874743;WS=4874725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,53:0.41:130
chr7	4899694	rs77680119	T	C	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.351;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1180;ReadPosRankSum=0.661;SC=TGAACTTTCATTGGTATTCAC;SOR=0.723;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=78;WE=4899702;WS=4899684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,100:0.54:185
chr7	4946973	rs10951715	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr7	4959789	rs932060	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr7	4959807	rs932061	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-2.233;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
chr7	5023453	.	TTTG	T	840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.977;NF=0;NR=10;PP=360;ReadPosRankSum=-0.669;SC=AATGCTGTGCTTTGTTGTTGT;SOR=0.597;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=10;WE=5023463;WS=5023443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr7	5026170	rs57714855	TA	T	609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.22;QD=27.72;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	5026295	.	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQRankSum=-0.775;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr7	5161512	rs117992329	G	T	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=11;PP=877;SC=TTAAAGCACTGCCACACTGGT;SOR=1.532;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=45;WE=5161520;WS=5161502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	5161640	rs62441986	G	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQRankSum=0.400;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.839;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,43:0.38:113
chr7	5161858	rs11289360	GA	G	774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQRankSum=-0.218;QD=11.23;ReadPosRankSum=1.149;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr7	5166400	rs73318773	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.003;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=0.703;SC=ACATCCATGGGTTCTGCTTTG;SOR=1.562;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=14;WE=5166408;WS=5166390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr7	5166500	rs112252777	A	G	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=2.013;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,77:0.47:163
chr7	5167160	rs9655048	C	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.083;NF=12;NR=3;PP=213;ReadPosRankSum=-1.716;SC=CCAGCTTAGCCCTTTTAGTGC;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=15;WE=5167168;WS=5167159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr7	5167408	rs888584	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.717;NF=15;NR=28;PP=576;ReadPosRankSum=-0.269;SC=ATGTGGAGTGGTTGGCACTGG;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=43;WE=5167416;WS=5167398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr7	5172011	rs73057804	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-2.852;QD=3.29;ReadPosRankSum=2.180;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr7	5172045	rs200698976	T	TG	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.397;NF=2;NR=4;PP=329;ReadPosRankSum=-1.283;SC=AAATCCCTGCTAAAAAGGGCA;SOR=0.709;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=6;WE=5172060;WS=5172035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr7	5172052	rs113343750	G	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.733;NF=6;NR=4;PP=325;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TGCTAAAAAGGGCAGTAGAAA;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=10;WE=5172060;WS=5172035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr7	5172088	rs80233906	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-7.027;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,12:0.15:80
chr7	5172093	.	TTC	T	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.681;NF=3;NR=4;PP=964;ReadPosRankSum=0.322;SC=GCCATAGTTCTTCTTCTCTAT;SOR=0.584;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=7;WE=5172123;WS=5172078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,11:0.14:76
chr7	5172099	.	T	TTG	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-6.776;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr7	5172102	rs77898154	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-5.726;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,13:0.16:80
chr7	5172115	rs73057805	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-5.670;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,14:0.16:85
chr7	5172176	rs67170096	T	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.116;NF=6;NR=10;PP=137;ReadPosRankSum=0.668;SC=ACGCTTGCCCTTGGGCTCCCA;SOR=0.735;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=16;WE=5172184;WS=5172166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr7	5172208	rs74491186	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.250;HP=4;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=775;ReadPosRankSum=0.054;SC=GGACCACCCCCGCCCTCTCCC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=14;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr7	5172213	rs72125963	TCTCCCA	T	769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.435;HP=4;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=908;ReadPosRankSum=1.740;SC=ACCCCCGCCCTCTCCCAGGCG;SOR=0.377;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=9;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr7	5172223	rs77639783	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=2;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=679;ReadPosRankSum=2.564;SC=TCTCCCAGGCGCAGGTGGGAG;SOR=0.467;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=12;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr7	5172282	rs73057807	A	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=2;HapScore=4;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=289;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CCCTCACCTTACAAATGTCAT;SOR=0.307;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=12;WE=5172303;WS=5172272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr7	5172295	rs73057808	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=2;HapScore=4;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=289;ReadPosRankSum=-0.530;SC=AATGTCATAGAGACTCAATCT;SOR=0.307;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=5172303;WS=5172272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr7	5172316	rs66755282	T	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=2.157;SC=TGTGAGGCCTTACTTGGATTT;SOR=0.160;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=5172324;WS=5172306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr7	5254227	rs4587243	C	G	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=42;PP=2109;SC=TGGCCATCGTCAGCCTTAAAG;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=100;WE=5254235;WS=5254217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	5257490	rs7791896	T	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=554;SC=GGACCAAGTGTCAGCCCTGGG;SOR=1.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=5257498;WS=5257480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	5262385	rs4720537	G	A	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=512;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CAAACAAGTAGAACCCCCAGG;SOR=0.677;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=38;WE=5262393;WS=5262375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr7	5267911	rs148532690	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CACCTGGCGAACGTTTGTTTA;SOR=0.160;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=5;WE=5267919;WS=5267901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr7	5269424	rs7785898	A	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=27;PP=805;SC=CCCGAGTGCTACTGCCTTCTG;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=35;WE=5269432;WS=5269414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	5331307	rs12667188	A	G	51.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.01;QD=17.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	5334469	rs4724524	G	T	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.06;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr7	5334472	rs10623123	C	CCT	974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr7	5334636	rs11760864	A	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.436;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CTTCCCAGGGACTCCCCATGA;SOR=0.204;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=16;WE=5334644;WS=5334626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr7	5334742	.	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GGGTAGAAAAGGGGTGCACTC;SOR=1.447;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=5334750;WS=5334732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	5336855	rs137903684	TCCCTTCTCTGTC	T	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=2934;ReadPosRankSum=1.019;SC=CCACCTCTGTTCCCTTCTCTG;SOR=0.640;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=9;WE=5336874;WS=5336845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
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chr7	5347051	.	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=-1.240;SC=CGTGGCCGGGCGACAGTTTCA;SOR=0.525;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=7;WE=5347059;WS=5347041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr7	5347295	rs7794563	A	G	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=181;SC=GGTGGGCTCCATGCTAAGGGT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=5347303;WS=5347285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	5348020	.	AGAGACAGAAGCAGAGGGAGCCCCAGGGACT	A	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.239;NF=0;NR=4;PP=643;ReadPosRankSum=-0.067;SC=CCACAGGGACAGAGACAGAAG;SOR=0.895;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=4;WE=5348057;WS=5348010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr7	5352659	rs138591330	G	T	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.55;QD=29.82;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	5352665	.	T	TGAGGAG	506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-2.194;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.908;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr7	5352949	rs76882791	G	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=0.756;SC=TCCTGGGCGAGGTCCCCGTCG;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=14;WE=5352957;WS=5352939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr7	5353253	rs140781391	G	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=0.629;QD=6.99;ReadPosRankSum=-2.610;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr7	5353344	rs12532973	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.683;NF=5;NR=4;PP=100;ReadPosRankSum=0.838;SC=GGGCTGCGGCGGTGCCGGGCG;SOR=0.551;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=9;WE=5353352;WS=5353334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr7	5359916	rs56056769	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr7	5364041	rs1056173	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=1.319;SC=GGGTCCTGCCGGGTTGGGGAC;SOR=1.038;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=12;WE=5364049;WS=5364031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr7	5372406	rs13238738	G	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=11;PP=350;SC=TGCGCTCGCTGCGGCGCCGCG;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=5372414;WS=5372396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	5391702	rs3801048	C	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=587;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TTCAGGAATTCTTCGTCTTCC;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=43;WE=5391710;WS=5391692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr7	5396715	rs35508364	T	C	8926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr7	5396955	rs7805732	A	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=37;PP=1045;SC=ACAAAACAGTATAGTGGGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=5396963;WS=5396945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	5399044	rs12531309	C	G	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=491;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TGATGAAGTCCGACGAGGCCT;SOR=0.939;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=46;WE=5399052;WS=5399034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,58:0.32:180
chr7	5409937	rs58182076	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=5;PP=580;SC=CTGGGCAACACAGCAAGACCC;SOR=2.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=5409945;WS=5409931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	5410425	rs12671708	G	C	6096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=69;PP=2842;SC=CACGGGCACCGCCACAGGCAC;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=80;TCR=69;TR=149;WE=5410433;WS=5410415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr7	5417044	.	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=124;ReadPosRankSum=1.062;SC=TTGCCCGAGCGGGGCAACCAG;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=8;WE=5417052;WS=5417034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	5417421	rs7796767	A	G	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=755;ReadPosRankSum=0.897;SC=TGAGGACCAGAGTGACTCCCG;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=46;WE=5417429;WS=5417411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,66:0.66:100
chr7	5427652	rs4720623	G	A	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=902;ReadPosRankSum=-1.800;SC=CAGGGCGCACGGCCACGGCGT;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=62;WE=5427660;WS=5427642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,106:0.58:183
chr7	5427720	rs4724663	A	G	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=41;PP=1411;SC=GCCTCTCCAGACCCGTGGGCC;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=5427728;WS=5427710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	5428445	.	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr7	5429989	.	CAA	C	253.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
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chr7	5434135	rs4724668	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=8;PP=386;SC=GGGAGCGGAAAGACAGGTCAG;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=5434143;WS=5434125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr7	5541657	rs4724704	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=466;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CTTTGTCCTCGCTCGCCTGCG;SOR=0.393;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=33;WE=5541665;WS=5541647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,60:0.75:80
chr7	5553439	.	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CTCGTCACTTCCGGCGCCCGC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=5553447;WS=5553429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr7	5568366	rs852423	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=705;ReadPosRankSum=1.058;SC=AGGCAGAGATACACCATGTCA;SOR=0.611;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=49;WE=5568374;WS=5568356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,75:0.38:199
chr7	5569206	.	C	CG	908.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=690;ReadPosRankSum=2.306;SC=GAAGACGGCCCGGGGGGCATC;SOR=0.414;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=26;WE=5569214;WS=5569196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr7	5569327	rs2908425	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=314;ReadPosRankSum=-2.637;SC=TGTGAGCCGAGGTCGCCCCCG;SOR=0.880;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=28;WE=5569335;WS=5569317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
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chr7	5643278	rs11974907	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=372;ReadPosRankSum=-0.273;SC=TCCCTGGAGCCGTCCTGGAGT;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=34;WE=5643286;WS=5643268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,46:0.34:137
chr7	5645114	rs116867877	C	T	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=498;ReadPosRankSum=-0.251;SC=AGGGCCGGCCCGTCCTTCCCC;SOR=0.928;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=38;WE=5645122;WS=5645104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr7	5691982	rs148675517	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=191;ReadPosRankSum=0.288;SC=CTCTCTACCAAAAAGCAGGTT;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=13;WE=5691990;WS=5691972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr7	5751250	rs3735289	G	A	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	5756155	rs117238116	A	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=1.803;SC=TCTTCCCTTCAATTCTGATTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=5756163;WS=5756145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr7	5760971	rs4720636	A	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=633;SC=TCTTACCATTAGCCAACCTAC;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=5760979;WS=5760961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	5769150	rs61753114	G	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.219;NF=34;NR=25;PP=789;ReadPosRankSum=0.965;SC=CGGCCATGAGGAGGTCAGCAG;SOR=0.833;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=166;TCF=83;TCR=83;TR=59;WE=5769158;WS=5769140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,77:0.33:234
chr7	5770454	rs139784853	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.95;MQRankSum=0.421;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.106;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr7	5770520	rs118091826	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.524;NF=0;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CAAATGCAATGGTTGAAGAAT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=5770528;WS=5770510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	5778791	rs75422147	A	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-0.437;SC=AATAATGTGAATTTACTTAAC;SOR=1.306;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=7;WE=5778799;WS=5778781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr7	5778847	rs117488276	T	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=298;ReadPosRankSum=-0.923;SC=GTAAATTTTTTATTACATATA;SOR=1.148;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=23;WE=5778855;WS=5778837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
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chr7	5800769	rs3857756	A	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=34;PP=965;SC=TTTCAAAAGAACTGAAAAGGA;SOR=1.654;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=50;WE=5800777;WS=5800759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr7	5959661	rs199977794	C	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=29;PP=750;SC=ACGTAGTTTTCACTTACAAAT;SOR=1.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=41;WE=5959669;WS=5959651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr7	6036980	rs1805319	G	C	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=25.32;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	6037057	rs60794673	GA	G	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=6.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.703;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr7	6048973	rs1062372	C	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=0.455;SC=CACGCGCTACCCCCTTTTGCT;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=6;WE=6048981;WS=6048963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr7	6054987	rs6979676	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TGGGAAGGTAGGTTCGTTTTG;SOR=0.895;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=17;WE=6054995;WS=6054977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr7	6057777	rs371698854	CTT	C	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=1.675;QD=10.55;ReadPosRankSum=1.400;SOR=0.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr7	6064470	.	C	CT	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
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chr7	6066057	rs34019419	G	GC	8826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=75;PP=2936;SC=GCCCCAGGAAGTTTCCTACCG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=25;TCR=75;TR=99;WE=6066065;WS=6066047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
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chr7	6086941	rs80259084	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=1.974;SC=AATTATTACCGATGTTGTACA;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=7;WE=6086949;WS=6086931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr7	6088339	rs523254	T	C	300.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	6088349	rs523276	A	G	275.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	6089831	rs10249956	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr7	6097868	rs559842	A	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.12;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	6151400	.	A	AT	31.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr7	6185194	rs10225119	A	G	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=774;ReadPosRankSum=-0.086;SC=ATATGTCTCAACCCAACGGAG;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=55;WE=6185202;WS=6185184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,101:0.61:165
chr7	6185356	rs6944071	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=0.602;SC=GCATTCTTGGGGTAGGGAGAG;SOR=0.874;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=10;WE=6185364;WS=6185346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr7	6193464	rs61732616	T	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=355;ReadPosRankSum=0.760;SC=GCCGAATCCCTGGAGGAGCCA;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=26;WE=6193472;WS=6193454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr7	6193521	rs61729726	G	C	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=23;PP=1546;SC=CCGCCGCCCCGCGATCCCGGC;SOR=1.396;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=74;WE=6193529;WS=6193511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	6193752	rs61753119	G	A	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=860;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GAAGGGTTGAGTCCGGCTCCG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=67;WE=6193760;WS=6193742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,89:0.34:259
chr7	6194274	rs6463529	T	C	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=749;ReadPosRankSum=1.110;SC=GGGGTGGAGCTGGACTGGGTC;SOR=0.853;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=56;WE=6194282;WS=6194264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,105:0.62:170
chr7	6194383	rs73058659	C	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=428;ReadPosRankSum=-0.966;SC=ATGACAGGTACGCCCTGTACG;SOR=0.719;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=40;WE=6194391;WS=6194373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,56:0.38:146
chr7	6197045	rs10255918	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=39;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TTTTATTTTTTGAGACGGAGT;SOR=1.688;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=6;WE=6197053;WS=6197035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr7	6199256	rs59486546	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=288;ReadPosRankSum=-0.859;SC=GGAGAGGCCCCGGCAGGTTCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=8;WE=6199273;WS=6199246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr7	6199265	rs10246266	C	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=1.533;SC=CCGGCAGGTTCCCAGCCAGCC;SOR=0.527;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=4;WE=6199273;WS=6199246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr7	6204999	rs2301910	A	C	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=46;PP=2049;SC=CGTCGGCCTCAGTCTTACAGG;SOR=1.132;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=125;WE=6205007;WS=6204989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr7	6213396	rs17136059	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	6227166	rs17495860	T	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=382;ReadPosRankSum=-1.647;SC=GGAGAGGAATTAACAACTCCA;SOR=0.666;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=30;WE=6227174;WS=6227156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,45:0.34:131
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chr7	6370077	rs2241445	C	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.255;SC=ATCTGCAGACCATCTGAGGTG;SOR=0.528;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=65;WE=6370085;WS=6370067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,81:0.49:166
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chr7	6441688	rs2303364	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
chr7	6441799	rs836551	G	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=0.475;SC=GCAAGGCCCTGTGGGTCTTAA;SOR=1.288;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=7;WE=6441807;WS=6441789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr7	6450128	rs836561	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=0.400;SC=GAAACCCCGCTTGGAAGACTC;SOR=1.251;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=12;WE=6450136;WS=6450118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr7	6456302	rs2288152	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.298;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=515;ReadPosRankSum=1.693;SC=ACCTGACCTGCGGGTAGGCGG;SOR=1.262;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=105;TCF=75;TCR=30;TR=41;WE=6456310;WS=6456292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,42:0.37:115
chr7	6456669	rs836508	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=1.940;SC=GGATCTGAGACTGCAGAATCA;SOR=0.016;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=7;WE=6456677;WS=6456659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr7	6465472	rs2272156	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=7.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr7	6472354	rs836532	G	A	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	6487293	rs3750037	G	C	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=13;PP=1741;SC=TGCTTGGGAAGCCACTTCTGT;SOR=3.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=66;TCR=13;TR=79;WE=6487301;WS=6487283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	6505901	rs2230263	T	C	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=31;PP=1003;SC=TGATCATAAATAGCTGCGGAA;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=6505909;WS=6505891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	6537821	rs6463568	G	C	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=62;PP=1897;SC=GCAGCCCGTCGAGCGCCCGAA;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=97;WE=6537829;WS=6537811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	6541347	rs7791451	C	T	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=14;PP=853;SC=ACTGGAGCCACAGCCAGCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=44;WE=6541355;WS=6541337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	6544691	rs2881698	C	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=29;PP=807;SC=ACCTCCCCCGCCCCGTGTCCT;SOR=2.252;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=6544699;WS=6544681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	6545335	rs9640023	G	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=10;PP=783;SC=GGGACTGAAGGCTTGAGGACG;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=6545343;WS=6545325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	6547908	rs184043502	G	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr7	6550494	rs12702520	G	A	8563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr7	6566322	rs2881723	T	G	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=26;PP=1109;SC=GGGCCCGGCGTGCGCGGCACA;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=6566330;WS=6566312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	6566442	rs12702526	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=348;ReadPosRankSum=0.143;SC=TTCCCGGACCCCGGATCTCTG;SOR=0.679;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=29;WE=6566450;WS=6566432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr7	6570618	rs11772639	G	C	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr7	6590693	rs6463571	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.47;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	6591041	rs4724818	C	G	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=37;PP=1330;SC=AGCCCTGGTTCGTGGCCGGCG;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=6591049;WS=6591031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	6620177	.	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr7	6641635	rs13246348	C	T	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr7	6714961	rs377679285	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
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chr7	6845594	rs202001623	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQRankSum=-5.505;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.181;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
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chr7	7136061	rs35367486	G	GA,GAA	2252.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.4996,0.5004;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11,11;NR=39,39;PP=11,517;ReadPosRankSum=-0.679;SC=ATGGTGTCTGGAAAAAAAAAC;SOR=0.712;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=50,50;WE=7136069;WS=7136051;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.21:107
chr7	7136077	rs17163287	C	A	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=45;PP=1580;SC=AAAACTGCAACGAATATAAGA;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=7136085;WS=7136067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	7277807	rs3807862	G	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=3;PP=160;SC=AATTAGGACAGTGCTTTCTTC;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=7277815;WS=7277797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	7278447	rs61744815	T	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr7	7278670	.	C	T	53.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTTCCTTAGTCTTTTTAAATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=7278678;WS=7278660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr7	7398457	rs2348042	T	G	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=74;PP=2058;SC=AAAAGGAAAATGTGTCACGGA;SOR=2.393;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=17;TCR=74;TR=91;WE=7398465;WS=7398447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	7400239	rs7786515	A	G	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=216;SC=GAACATATAAAGACTAGTTCA;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=7400247;WS=7400229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	7415217	rs1294651	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=271;SC=ACAATCAGCACTGGACCATTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=7415225;WS=7415207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	7421019	rs1294626	C	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=287;SC=TATAGGTAGACAAAGCAATGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=7421027;WS=7421009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	7421310	rs1294627	A	G	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=27;PP=774;SC=TCTTTGGGTCAGAAACACACT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=7421318;WS=7421300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	7471372	.	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.301;SC=AGTTATAGGAGGACAGAGGTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=3;WE=7471380;WS=7471362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr7	7491873	rs4720735	AG	CT	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=7;PP=792;SC=AGAGTCTGTAAGGCAATTGGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=20;WE=7491882;WS=7491863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	7528880	rs12671912	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=418;SC=CAGCCTGGGTGACAGTGAGAT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=7528888;WS=7528870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	7528951	rs6463696	C	T	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=16;PP=777;SC=GACCATTTATCCTAAACAGAA;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=7528959;WS=7528941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	7557297	rs1016028	T	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=17;PP=1120;SC=GATTGCCTTCTTGAGCCATCA;SOR=1.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=52;WE=7557305;WS=7557287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	7561580	rs10486180	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CATTCACAAATCTTGCGTTCA;SOR=1.005;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=22;WE=7561588;WS=7561570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr7	7571094	rs7804532	G	C	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=59;PP=2164;SC=CGTAGAAAGTGCAATGGTGAT;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=115;WE=7571102;WS=7571084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr7	7572367	rs60871237	AT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.627;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr7	7622696	rs4720741	C	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=305;SC=AACTGACTTACTTTCCAAATA;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=7622704;WS=7622686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	7627994	rs6463702	T	C	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=130;SC=TTAATGGCTCTGCAAGATAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=7628002;WS=7627984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	7628275	rs7801367	C	T	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=181;SC=TTTATAATTACATATGTATGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=7628283;WS=7628265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	7645535	rs10276434	A	G	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=5;PP=938;SC=ATAAAATATTATGATATAGTT;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=7645543;WS=7645525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	7645806	rs2286209	A	G	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=58;PP=1735;SC=CCAAAGTATGAATTTTATTTT;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=87;WE=7645814;WS=7645796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	7646651	rs7806046	G	T	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=23;PP=1043;SC=GCCCTGTGTCGGCATGCACGT;SOR=0.936;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=58;WE=7646659;WS=7646641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	7646687	rs4222	A	G	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=35;PP=1217;SC=TGGATACAACAGGGAATCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=71;WE=7646695;WS=7646677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	7676835	.	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.398;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr7	7712941	.	TAGC	T,TAGCAGCAGC	3101.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.159;NF=6,6;NR=25,25;PP=1503,963;ReadPosRankSum=1.161;SC=CTATTTCAGGTAGCAGCAGCA;SOR=1.230;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=31,31;WE=7712957;WS=7712931;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.72,0.26:108
chr7	7841524	rs6463722	G	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=20;PP=469;SC=AGTCAGTGGAGAGCAGTACAG;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=7841532;WS=7841514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	7841561	rs2348558	C	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=365;SC=TGCTAAACTCCTTTAGTGCTA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=7841569;WS=7841551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	7916817	rs73043329	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.36;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr7	7916824	rs73043332	A	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.20;ReadPosRankSum=1.370;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr7	8009077	rs144036658	C	A	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=849;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GGTCCCCGCCCGCCGTCGCCG;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=60;TCR=83;TR=64;WE=8009085;WS=8009067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,108:0.43:252
chr7	8043504	rs38013	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=201;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TATTTTATTCACTAATGACTA;SOR=1.252;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=20;WE=8043525;WS=8043494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr7	8110475	rs10253861	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=212;ReadPosRankSum=0.846;SC=ATGAAATCAAGGGAAATACTA;SOR=2.133;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=16;WE=8110483;WS=8110465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr7	8125964	rs929509	C	T	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=883;ReadPosRankSum=-1.691;SC=TCAAGAACTCCCCTAACTCTG;SOR=0.713;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=209;TCF=102;TCR=107;TR=71;WE=8125972;WS=8125954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,121:0.37:326
chr7	8132252	rs4725069	T	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-2.028;SC=TAGCTGACTCTCTGTTCACCT;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=18;WE=8132260;WS=8132242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,24:0.23:104
chr7	8181555	rs80350640	C	CCA	14075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.070;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=110;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AACACATACACCACACACACG;SOR=0.669;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=162;TCF=43;TCR=119;TR=146;WE=8181573;WS=8181545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:29,398:0.93:427
chr7	8181565	rs6952542	G	A	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=2.560;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,140:0.31:447
chr7	8196529	rs10282493	A	T	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=2.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.063;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,150:0.59:254
chr7	8196559	rs71014766	TAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	T	791.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.91;MQRankSum=-2.685;QD=5.54;ReadPosRankSum=-2.276;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,51:0.36:143
chr7	8196567	rs200840693	AAAAAAAAAAAAAAAAAAG	A	539.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=4.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.10;MQRankSum=3.484;QD=4.25;ReadPosRankSum=2.243;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,48:0.38:127
chr7	8261139	.	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=-0.736;SC=AAGACGAGATGAAATTAAATC;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=17;WE=8261147;WS=8261129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr7	10973362	rs7789764	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr7	11022230	rs218966	A	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr7	11022564	rs218965	G	A	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=908;ReadPosRankSum=0.315;SC=GGAGATCTGCGTCTCAGAAAG;SOR=0.502;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=60;WE=11022572;WS=11022554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,77:0.59:130
chr7	11075263	rs2353340	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=388;ReadPosRankSum=1.459;SC=CTTTCTTTGTATAGGATATAG;SOR=0.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=24;WE=11075271;WS=11075253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr7	11151221	rs181145158	T	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CAGTACACCTTAAGAATATAT;SOR=0.321;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=12;WE=11151229;WS=11151211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr7	11208989	rs28394821	C	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=124;SC=TCAAGTATAGCTGATAAATGC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=11208997;WS=11208979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	11464297	rs1859226	T	C	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr7	11485527	rs10262052	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=475;SC=TGCCATTGAATGTCCTGTTAC;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=11485535;WS=11485523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	11486939	rs1432	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=353;ReadPosRankSum=-1.067;SC=TCAATTGACAGTCATCCTGGC;SOR=0.757;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=27;WE=11486947;WS=11486929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr7	11487100	rs2074434	C	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=18;PP=552;SC=CGTCTAATTACTCTATAATTT;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=11487108;WS=11487090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	11509561	rs2285744	G	C	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	11521542	rs3735502	T	C	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=47;PP=1516;ReadPosRankSum=-1.292;SC=CTTTCGGGCATGGGGCATCAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=11521550;WS=11521532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr7	11581121	rs47	T	C	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1094;ReadPosRankSum=1.162;SC=GGCTCGCAGTTTCCCAGTCTC;SOR=0.926;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=72;WE=11581129;WS=11581111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,88:0.54:164
chr7	11675855	rs61996273	C	T	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=45;PP=1460;ReadPosRankSum=0.116;SC=GTCTGTTCTGCCTGTTTCTGT;SOR=0.642;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=86;TCR=81;TR=97;WE=11675863;WS=11675845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,131:0.54:243
chr7	11676377	rs2074598	G	A	3081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1415;ReadPosRankSum=-1.485;SC=TTGAAATCACGGGCTGACACT;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=93;TCR=77;TR=92;WE=11676385;WS=11676367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,152:0.56:271
chr7	12255336	rs141661143	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr7	12263751	rs183236960	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=164;ReadPosRankSum=0.723;SC=TCTTATATATGTTGCTGCTGA;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=14;WE=12263759;WS=12263741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr7	12370657	rs2253353	A	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=85;SC=TATGATTACAACAGAGATCAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=12370665;WS=12370647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	12370702	rs3217131	AT	A	364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=4;PP=160;SC=TCTTTAAGATATTTTTTGAAT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=12370710;WS=12370692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	12370794	rs1059002	T	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=8;PP=429;SC=TTGTAATTCATATACTTGATG;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=12370802;WS=12370784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	12370952	rs6954265	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	12371001	rs6954555	G	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=10;PP=259;SC=CATACTTAAGGTCCAAGCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=12371009;WS=12370991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	12371019	rs3815534	A	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=8;PP=204;SC=TGTCATAACCAAATGGAGCTT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=12371027;WS=12371009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	12372999	rs6460928	T	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=436;SC=TTGGAAATAATAAAAAAACAT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=12373007;WS=12372989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	12373082	rs6460929	C	T	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=19;PP=1207;SC=TCTTTAAACTCTGAAATACCT;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=12373090;WS=12373072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	12373353	rs6460930	TG	CA	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=1142;SC=TATGTACTCTTGTCTTTCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=12373362;WS=12373343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	12375667	rs35608044	G	GA	782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=420;SC=GCATGCTGGAGTTTTTTCCCC;SOR=2.200;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=12375675;WS=12375657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	12376811	rs2192828	A	C	6083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=72;PP=2913;ReadPosRankSum=-0.941;SC=ACTTTTTTGGAATCTCCTACC;SOR=0.227;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=74;TCR=72;TR=146;WE=12376819;WS=12376792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr7	12382637	rs1440030	C	T	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=14;PP=1141;SC=GTTCATTTCACGTAGCATTAA;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=12382645;WS=12382627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	12383967	rs1440032	T	A	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=44;PP=1591;SC=CAAATACAATTTATCATGCAA;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=86;WE=12383975;WS=12383957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	12391268	rs11454536	T	TA	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=266;ReadPosRankSum=1.242;SC=TCCTCTTCTTTATTTACACTT;SOR=0.905;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=12391276;WS=12391258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr7	12391319	rs6967385	G	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=14;PP=343;SC=GTAGTAAATTGATTTACAAAC;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=12391327;WS=12391309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	12393966	rs6944618	A	G	4222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=5.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.42;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,106:0.69:154
chr7	12393974	rs6944626	A	C	4459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=4.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.63;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,115:0.66:174
chr7	12394053	rs6945167	G	T	4016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=54;PP=1453;ReadPosRankSum=0.221;SC=ATTCAGGCATGCTACTCCCTC;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=84;TCR=90;TR=103;WE=12394061;WS=12394043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,194:0.62:313
chr7	12394202	rs10267441	A	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=0.592;SC=TCTACTTTTTATGTCTGTCCT;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=15;WE=12394210;WS=12394192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr7	12395813	rs2119141	T	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=368;ReadPosRankSum=1.374;SC=AAGGGTTGGATTGGCACCCAC;SOR=0.793;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=27;WE=12395821;WS=12395803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr7	12399190	rs4721093	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr7	12400837	rs2053380	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-1.326;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr7	12401021	rs80272295	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=580;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GTTGGTTTCCCACCCACCAGA;SOR=0.893;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=46;WE=12401029;WS=12401011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,81:0.36:222
chr7	12407167	.	GA	G	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=45;QD=11.8;SC=CTTAATTTCAGAAAAAAAAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=12407175;WS=12407157;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr7	12409327	rs17165910	C	T	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=973;ReadPosRankSum=-0.945;SC=TATTTCCCCTCCTCCACAATC;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=112;TCR=98;TR=71;WE=12409335;WS=12409317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,115:0.36:316
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chr7	12409535	rs3801366	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=1361;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CGGTGAGGCCAGAGGGAGTGG;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=38;WE=12409543;WS=12409512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,42:0.32:130
chr7	12410112	rs963323	G	A	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=32;PP=944;SC=CAGTGTGTCAGACATGCTTTT;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=12410120;WS=12410102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	12410362	rs1072557	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr7	12414620	rs6945357	G	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=-1.608;SC=CAGTATTAGTGTTGTAATTTG;SOR=0.105;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=8;WE=12414628;WS=12414610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr7	12414725	rs17165936	G	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=553;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TCTCCATCTCGAGAAAAATCT;SOR=0.957;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=44;WE=12414733;WS=12414715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr7	12417362	rs16877400	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.330;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr7	12417407	rs7793993	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=0.059;SC=ATTACCTTGACCAATAGTTTT;SOR=0.970;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=7;WE=12417415;WS=12417397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr7	12418964	rs10270931	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.901;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr7	12418975	.	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=1185;ReadPosRankSum=1.871;SC=TCAAATATGGGGACTCATGGG;SOR=0.573;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=46;WE=12418983;WS=12418954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr7	12419039	rs10570724	TCA	T	1899.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.956;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=591;ReadPosRankSum=1.404;SC=CATGGACAGATCACAGTTTGG;SOR=0.977;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=17;WE=12419048;WS=12419029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,54:0.33:164
chr7	12419108	rs6967241	A	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,64:0.43:150
chr7	12420092	rs1025787	G	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AAAATAAAATGCAACTGTTTT;SOR=0.653;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=12;WE=12420100;WS=12420082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr7	12420447	rs6959370	T	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.314;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=168;ReadPosRankSum=-0.193;SC=TATAACTCTGTGGTTTATCTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=10;WE=12420455;WS=12420437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr7	12428608	rs6954047	C	A	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.956;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=661;ReadPosRankSum=2.600;SC=CCAATGTAAACAGAAATTTAG;SOR=1.167;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=42;WE=12428616;WS=12428598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr7	12428803	rs848016	G	A	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=37;NR=41;PP=1435;SC=TAAGTATACAGAAAAGTTCCC;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=12428811;WS=12428793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	12429112	rs848015	T	C	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=70;SC=TTATGGCTTGTACCTGTTCTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=12429120;WS=12429102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	12433195	rs12669558	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GAAAATAACATGCAGTACTTA;SOR=0.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=12433203;WS=12433185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr7	12433347	rs17165995	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=240;ReadPosRankSum=-0.806;SC=TGAGTCAAAACGGACACTTCT;SOR=0.766;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=18;WE=12433355;WS=12433337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr7	12443085	rs7796586	G	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.757;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=7;PP=573;ReadPosRankSum=0.011;SC=CAAAAGAAAAGTGTAGAGTTT;SOR=1.613;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=129;TCF=95;TCR=34;TR=43;WE=12443093;WS=12443075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,47:0.31:154
chr7	12443128	rs7796334	A	G	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.702;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=29;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.291;SC=CAAAGACAGCAGAGGGACAGA;SOR=0.950;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=233;TCF=148;TCR=85;TR=88;WE=12443136;WS=12443118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,109:0.34:319
chr7	12443390	rs17166017	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=669;ReadPosRankSum=0.006;SC=CCCGGGCCGCGGGTGCCAGGA;SOR=1.015;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=44;WE=12443398;WS=12443380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,47:0.41:114
chr7	12609988	rs2240571	G	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=1.014;SC=CCAGAAATAAGAGGATTAGCG;SOR=0.481;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=11;WE=12609996;WS=12609978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr7	12610594	rs2240572	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=0.693;SC=TTCACCTACCACCTGCACTTC;SOR=0.857;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=23;WE=12610602;WS=12610584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr7	12611252	rs6460967	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=0.297;SC=CAGATAGAAGTAAGAAAAAAA;SOR=0.327;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=15;WE=12611260;WS=12611242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr7	12617224	rs55829483	C	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.358;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr7	12636026	rs758111	T	C	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=64;PP=1608;SC=GCCTCCCTGATGTCTGCATTC;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=108;WE=12636034;WS=12636016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	12644334	rs849778	G	T	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.828;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,86:0.60:143
chr7	12644348	rs78612532	G	GGT	1531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.941;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.839;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr7	12675546	rs2708655	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=309;ReadPosRankSum=0.292;SC=AACAGCTTGTATCATGTTAAA;SOR=0.156;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=16;WE=12675554;WS=12675536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr7	12684340	rs2691810	C	T	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=25;PP=651;SC=TGTAAGTGTCCTTAAAAATAG;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=12684348;WS=12684330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	12727826	rs2280633	G	C	3799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=26.57;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	13946316	rs17167633	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=0.511;SC=TATGGTTAAACCACAATCAAC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=4;WE=13946324;WS=13946306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr7	13947289	rs10950497	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.256;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr7	13947605	.	G	GT	47	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=47;QD=39.0;SC=ATTTATCTCAGTTTTTCCTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=13947613;WS=13947595;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	13978645	rs3801098	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	13978648	rs3801099	T	A	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	13978809	rs9639168	T	C	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=42;PP=1322;SC=CAGGCAGAGCTGATTTCTGAA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=13978817;WS=13978799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	14026357	rs3213661	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CAAATCTTTAATCTTCATTAA;SOR=0.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=14026365;WS=14026347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr7	14028220	rs72368501	GA	G	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.707;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr7	14028245	rs11460974	G	GA	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr7	14384832	rs2271267	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=0.810;SC=ATTGCTAATATATATTTCATT;SOR=0.293;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=8;WE=14384840;WS=14384822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr7	14517650	rs3839747	T	TAC	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=228;ReadPosRankSum=-1.125;SC=TCTTAATATTTACACACACAC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=14517658;WS=14517640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr7	14517977	rs3823843	G	A	80.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5024;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=1.111;SC=TGCCAAGAAGGTTATGTAAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=14517985;WS=14517967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	14622510	rs17595234	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=218;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TTTGCCAGTTGAATTTTTGAA;SOR=0.399;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=14;WE=14622518;WS=14622500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr7	14712793	rs34768816	AG	A	907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=860;ReadPosRankSum=-1.225;SC=AGAGTCATAAAGGAATTCATA;SOR=0.776;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=24;WE=14712801;WS=14712783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr7	14775821	rs139628753	TG	T	470.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=175;ReadPosRankSum=1.769;SC=ATCTATTGTCTGGAAAAAAAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=15;WE=14775832;WS=14775811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr7	14775824	rs80024169	A	C	479.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=189;ReadPosRankSum=1.940;SC=TATTGTCTGGAAAAAAAAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=16;WE=14775832;WS=14775811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr7	14881079	rs74902981	CAA	C	229.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=126;SC=TAAAGAACTGCAAAAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=14881088;WS=14881069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	15346196	rs5882493	T	TA	238.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr7	15405005	rs60202363	TA	T	158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr7	15405301	rs144317470	CAT	C	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.32;MQRankSum=0.896;NF=0;NR=11;PP=406;ReadPosRankSum=0.455;SC=TATATGTTCACATGTTATAAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=11;WE=15405310;WS=15405291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr7	15405866	rs62450359	G	T	3071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,153:0.59:258
chr7	15426956	rs4541808	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=529;ReadPosRankSum=0.672;SC=TGAAAACAGCGTATGTACAGG;SOR=0.797;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=35;WE=15426964;WS=15426946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,44:0.63:70
chr7	15430259	rs6942879	A	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=-2.627;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr7	15430599	rs35830831	GT	G	64.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=1.068;SC=CTTCCATCTTGTTTTTTAGAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=15430607;WS=15430589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	15433667	rs148081590	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr7	15458033	rs4469360	C	G	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	15458186	rs28635514	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.399;SC=GTTTTACCTCTGTATGGATCC;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=10;WE=15458194;WS=15458176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr7	15458330	rs28754437	C	T	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	15725797	rs113582077	ATGG	A	3632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=20.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-0.688;QD=26.13;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,93:0.67:139
chr7	15726066	rs1050290	G	A	4775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=65;PP=1699;ReadPosRankSum=0.278;SC=AGACTTCACGGCGGTTCCAAA;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=121;TCR=131;TR=126;WE=15726081;WS=15726056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,233:0.57:407
chr7	15726117	rs33970897	A	AT	1778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=10;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=40;PP=2051;ReadPosRankSum=0.600;SC=AAACCGTGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.610;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=125;TCF=19;TCR=106;TR=50;WE=15726137;WS=15726106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,108:0.51:210
chr7	15726129	rs11975534	A	C	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=2028;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TTTTTTTTTAACCTCCCAAAG;SOR=0.630;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=146;TCF=58;TCR=88;TR=69;WE=15726137;WS=15726106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,123:0.59:209
chr7	16129153	rs28379235	C	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=1;PP=266;SC=TATATATGTACGTACATACAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=16129161;WS=16129143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	16129172	rs9691136	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=352;SC=ATATATATGTATATACATGTA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=16129180;WS=16129162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	16129214	rs11773533	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr7	16131260	rs1528137	C	T	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	16255602	rs4389828	A	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	16298434	rs1295153	T	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.89;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	16298438	rs7799150	T	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.67;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	16298766	rs5882563	A	AT	325.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=332;SC=AAAAAAATGAAACATGCTGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=16298774;WS=16298756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	16505341	rs6945425	T	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=23;PP=707;SC=ATTCTTTTGCTTCTGCTTCTG;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=16505349;WS=16505331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	16566391	rs6461263	T	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr7	16566645	rs2301968	C	G	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.974;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=627;ReadPosRankSum=1.610;SC=GCATCCGAAACTGCCCTACAG;SOR=0.491;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=48;WE=16566653;WS=16566635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr7	16571973	rs1404173	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-2.965;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr7	16571976	rs1404172	C	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-3.182;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr7	16572051	rs1404171	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=354;ReadPosRankSum=1.129;SC=GTTATTGTTACTGACTGCAAG;SOR=1.190;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=25;WE=16572059;WS=16572041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr7	16577376	rs6961390	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TCTTAATTTTGTATTCCTAAT;SOR=0.061;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=16577384;WS=16577366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr7	16597114	rs6951596	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=-1.081;SC=AATTAAGTAATAACTTTCAAC;SOR=0.551;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=12;WE=16597122;WS=16597104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr7	16597174	rs6969347	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-1.541;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	16598655	rs6979816	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=31;PP=780;SC=ATGGCCATAAGTTAAAATAGT;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=16598663;WS=16598645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	16605861	rs11463350	A	AT	556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=3;PP=502;SC=GAATCTCTTAATTTTTTGTAT;SOR=3.352;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=17;WE=16605869;WS=16605851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	16606095	.	G	A	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=798;ReadPosRankSum=1.463;SC=GTTTAAAAACGAAGACTACCT;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=51;WE=16606103;WS=16606085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,62:0.70:89
chr7	16607177	rs11379958	T	TA	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr7	16620928	rs562687	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr7	16640358	rs543387	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=0;PP=510;SC=AGGGTGAGGATCATCCACACT;SOR=3.690;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=16640366;WS=16640348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	16643267	.	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr7	16650427	rs572570	C	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=448;ReadPosRankSum=-2.600;SC=TTAAAGGAGACACTTGTTCAT;SOR=0.871;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=28;WE=16650435;WS=16650417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,38:0.36:106
chr7	16655632	rs9638734	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=0.242;SC=AAACATGCACCAATATCTTTA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=16655640;WS=16655622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr7	16664511	rs34435348	A	AC	488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.512;NF=13;NR=2;PP=491;ReadPosRankSum=0.503;SC=TTTTAAAGCAACATGATAATA;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=15;WE=16664519;WS=16664501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr7	16666741	rs11532682	T	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=0.539;SC=CATGTCGCAGTAGTAATTTGC;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=14;WE=16666749;WS=16666731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr7	16666759	rs11531477	G	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TGCACATATCGAGTTTTCCTT;SOR=0.671;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=15;WE=16666767;WS=16666749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr7	16713933	rs11465103	A	AT	100.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=3.090;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TGCTCTGTGGATTTTTTTTTC;SOR=1.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=16713941;WS=16713928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr7	16722353	rs818503	A	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.833;NF=8;NR=6;PP=167;ReadPosRankSum=1.276;SC=TCTATTACCTACTTCTGTGTC;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=14;WE=16722361;WS=16722343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr7	16725501	.	CTT	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.309;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	16736478	rs73679839	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr7	16736478	.	GC	AG	551	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=26;NR=12;PP=551;QD=15.9070493385;SC=TGGGCAGCTAGCGGGGAGATG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=38;WE=16736487;WS=16736468;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,38:0.58:65
chr7	16736479	rs7796792	C	G	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.43;SOR=1.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	16736742	.	G	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=402;ReadPosRankSum=-0.910;SC=AGCTTTTTTTGTTTGTTTGTT;SOR=0.425;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=23;WE=16736750;WS=16736731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr7	16745589	rs1149510	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=178;ReadPosRankSum=0.250;SC=AGTATGCTGGTGCAATGGCAG;SOR=1.262;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=16745597;WS=16745579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr7	16793504	rs6975847	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=2;PP=751;SC=CGCCTGGGCCAGGCCCCAAAG;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=16793512;WS=16793494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	16793779	rs11405941	G	GC	2233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=37;PP=1790;SC=GGCTTCCCACGTCTGCGCGCC;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=40;WE=16793787;WS=16793769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	16815786	rs2290836	C	G	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	16816000	rs2290837	T	C	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=30;PP=835;SC=TGTTGCTATTTTTTGTATCCT;SOR=1.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=42;WE=16816008;WS=16815990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	16818799	rs6461276	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=801;SC=GTTTTGCATGACAAAGGGCCT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=16818807;WS=16818789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	16823095	rs11491	G	A	6021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr7	16834444	rs2272246	C	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=9;PP=973;SC=AAACTGAGTCCGAGGCGTCCC;SOR=2.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=16834452;WS=16834434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	16834551	rs4719480	C	A	5893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=63;PP=2651;SC=AATTGAAGGTCACACTTACAC;SOR=0.913;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=148;WE=16834559;WS=16834541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr7	16834597	rs6842	A	G	6432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=83;PP=2816;SC=CATAGAGACGATTTGAATATC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=168;WE=16834605;WS=16834587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr7	16837404	rs819010	C	T	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=365;SC=TGTCCATTTCCGGCCAGGCAT;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=16837412;WS=16837394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	16872873	.	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=1.776;SC=TTGTAGAATTCCCATACCTGA;SOR=0.874;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=11;WE=16872881;WS=16872863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr7	16899197	rs11798	C	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.84;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	16900232	.	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.084;SC=ACCAAGTCACGAAAGTATAAT;SOR=1.480;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=10;WE=16900240;WS=16900222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr7	16901185	rs4236289	C	T	144.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=3;PP=34;SC=TAATTCCATACAACTTTCTGT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=16901193;WS=16901175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	16913394	rs10249749	A	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=13;PP=579;SC=TGAGCTGAGAAGCATGTTACC;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=16913402;WS=16913384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	16913520	rs4472406	G	A	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=32;PP=1112;SC=AGAAGAGCTCGGAAATGGGTA;SOR=0.884;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=60;WE=16913528;WS=16913510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	16913617	rs4389824	A	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=17;PP=463;SC=CACAATTTTCACAAGATATGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=16913625;WS=16913607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	17373771	rs2074113	G	T	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=444;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TATTTTATTGGATGTACATTA;SOR=0.336;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=36;WE=17373779;WS=17373761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr7	17379110	rs2066853	G	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=990;ReadPosRankSum=1.508;SC=GAAGACATCAGACACATGCAG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=72;TCR=74;TR=65;WE=17379118;WS=17379100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,80:0.44:181
chr7	17854532	rs2723501	G	T	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	17854575	rs34649849	G	GAA	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.656;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr7	17854616	rs2723502	T	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=21;PP=470;SC=ACTGACAGAATGCTAGAAATT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=17854624;WS=17854606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	17874271	rs4721660	T	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=52;SC=ATTGCCATAGTTTATCTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=17874279;WS=17874261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	17874300	rs4721661	G	A	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=134;SC=TCTACTTTTAGAAAGTTTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=17874308;WS=17874290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	17890413	rs3839705	CA	C	127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=0;PP=175;SC=AATAATACTTCAAAAAAATAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=17890421;WS=17890403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	17908130	rs2389858	T	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=12;PP=326;SC=AAAAAGTAAATAACAAAAACA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=17908138;WS=17908120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	17913083	rs5882635	A	AC	1194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=7;PP=662;SC=GGGTCTTAAGACAAAAATTTT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=17913091;WS=17913073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	17962382	rs11397631	G	GA	1499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=1006;ReadPosRankSum=0.187;SC=AAACTACTGGGAAAAAAAGAT;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=34;WE=17962390;WS=17962372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr7	18066569	rs3800962	C	A	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=946;ReadPosRankSum=0.263;SC=GCTTCATCTTCTCATCTTGAG;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=63;WE=18066577;WS=18066559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,98:0.53:186
chr7	18067479	rs35708479	ACT	A	1653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=985;ReadPosRankSum=-2.007;SC=TGAAGCACAGACTCTAATGGC;SOR=0.884;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=24;WE=18067488;WS=18067469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr7	18201881	.	A	T	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,73:0.39:188
chr7	18202067	.	C	CT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr7	18330269	.	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=2.271;SC=TCATGCGGAGGGAAGCAAAAG;SOR=0.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=4;WE=18330277;WS=18330259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr7	18617666	.	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.689;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=5.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=1.098;SC=CCATCCCCACCAGCTTAGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=18617674;WS=18617656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	18624800	rs2073974	T	C	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=23;PP=1424;SC=TAAAATTTGTTGTACAGGGTC;SOR=1.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=80;WE=18624808;WS=18624790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	18630208	rs1726610	A	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=620;SC=AGACTCGTCAAAATTATCTGT;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=18630216;WS=18630198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	18631098	.	ATGTG	A,ATG	1655.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.20;QD=31.24;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,18,35:0.34,0.66:53
chr7	18674435	rs2285431	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=24;PP=658;SC=CAAAGTGATATTTCTGAGTTG;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=18674443;WS=18674425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	18688033	rs145105320	A	ATGTG	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr7	18688075	.	A	AT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.825;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,19:0.18:103
chr7	19035711	.	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TCTGATATTTCCTGTGTGTGA;SOR=0.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=10;WE=19035719;WS=19035701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr7	19184746	rs34966908	C	CTCT	7078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.865;NF=12;NR=48;PP=2750;ReadPosRankSum=-2.218;SC=TTCCGCGCTCCTCTTCCTCCT;SOR=0.745;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=126;TCF=28;TCR=98;TR=60;WE=19184754;WS=19184736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,185:0.58:317
chr7	19744805	.	C	T	185.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=2.362;SC=TTACACATCTCCTAAATACAC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=19744813;WS=19744795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr7	20180425	rs72337102	TACAC	T	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.279;NF=6;NR=6;PP=187;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CTTTCTTTCCTACACACACAC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=12;WE=20180436;WS=20180415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr7	20180507	rs55989776	G	GAC	1323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5352;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.561;NF=5;NR=14;PP=694;ReadPosRankSum=0.125;SC=GACACACACAGACACACACAC;SOR=0.788;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=19;WE=20180516;WS=20180497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,42:0.88:48
chr7	20180717	rs3735615	C	G	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=40;PP=1416;SC=TAACACATCTCTGTAGTTATT;SOR=0.798;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=75;WE=20180725;WS=20180707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	20198721	.	C	A	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=831;ReadPosRankSum=0.905;SC=ATGACTGCTTCCCCCAGAGCT;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=61;WE=20198729;WS=20198711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,110:0.44:250
chr7	20371395	rs206197	T	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=6;PP=471;SC=CGGAAGGCAGTCAGGCGGCGG;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=20371403;WS=20371385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	20371635	.	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.720;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=-0.483;SC=CCGGCCAGAGCATCCCGGCCA;SOR=0.420;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=11;WE=20371643;WS=20371625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
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chr7	20406542	rs34556056	A	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=-0.408;SC=AAAATGATATAAAATACCAAA;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=11;WE=20406550;WS=20406532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
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chr7	20438370	rs6944997	A	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=-0.748;SC=ATAGAAACAGACTCTTTGATC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=20438378;WS=20438364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr7	20438743	rs6945675	C	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=0.322;SC=ATTTATACTTCAAGGAAACTT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=20438755;WS=20438733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	20438747	.	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=330;ReadPosRankSum=-0.322;SC=ATACTTCAAGGAAACTTTCAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=20438755;WS=20438733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr7	20444532	rs2074424	C	T	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=28;PP=856;SC=TGTCCTTTTTCGTTCTGACTT;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=20444540;WS=20444522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	20445945	rs111699363	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-1.424;SC=AGGCCAAGGCGGGTGGATCAC;SOR=0.399;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=13;WE=20445953;WS=20445935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr7	20668516	.	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.023;SC=ATTGAATAAAGCAAACAAACG;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=4;WE=20668524;WS=20668506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr7	20698738	.	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=1.205;SC=AGTGGAGAATCGCTGACCTTG;SOR=0.686;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=20;WE=20698746;WS=20698728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr7	20706645	rs12535128	G	T	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=6;PP=121;SC=TTAGGTCACAGGAATGATCTA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=20706653;WS=20706635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	20739632	rs11762180	A	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=195;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TATATCAACTAAATGTTACAA;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=13;WE=20739640;WS=20739622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr7	20739672	rs12700230	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TTGTTTGTTTGCTTTTCAGGG;SOR=0.926;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=11;WE=20739680;WS=20739662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr7	20739774	rs5882753	AT	A	283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.92;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	20739839	rs13229035	A	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.006;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr7	20744538	.	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=236;ReadPosRankSum=0.713;SC=TGACCCACATCATTAATGAGG;SOR=0.495;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=20744551;WS=20744528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr7	20744543	.	A	C	107	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=107;QD=47.2570708491;SC=CACATCATTAATGAGGCCAGG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=3;WE=20744551;WS=20744528;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,3:0.25:12
chr7	20766943	rs11976861	C	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=198;SC=TTGAGGGCAACCACAATTAGA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=20766951;WS=20766933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	20768013	rs10254317	G	A	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=52;PP=1650;SC=TTGCCTATGCGGCAGGGTTTC;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=99;WE=20768021;WS=20768003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	20778646	rs6461515	G	A	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=23;PP=1028;SC=GGCCATCGGAGAAACGCTCGT;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=20778654;WS=20778636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	20778773	rs6461516	C	G	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=21;PP=545;SC=GTAAGCACAACTGTGATCTTA;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=20778781;WS=20778763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	20778844	rs11380694	A	AG	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr7	20782474	rs12669866	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=0.325;SC=GTCATTCTTCTCAACTCTGTC;SOR=2.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=20782482;WS=20782464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr7	20803107	rs55827389	T	TC	808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=909;SC=AGTCTGTTTTTCTTTAGTGTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=20;WE=20803115;WS=20803097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	20824940	rs372591893	AGCC	A	1496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.924;NF=0;NR=20;PP=756;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TGCGCGGAGGAGCCGCCGCCG;SOR=0.919;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=20;WE=20824950;WS=20824930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr7	21468579	rs39303	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr7	21468869	rs141294478	TCC	T	586	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=6.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.64;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr7	21470513	rs39304	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=2.158;SC=TCATAACAATTATTGCTTTTC;SOR=0.399;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=16;WE=21470521;WS=21470503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
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chr7	21516627	rs3214203	AT	A	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=9.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.755;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr7	21582963	rs2285943	GA	TT	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.157;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr7	21582968	.	CGAG	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,7:0.11:66
chr7	21583329	rs2285946	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=0.152;SC=TTTAACAAACTTGGCTTGAAG;SOR=0.914;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=21583337;WS=21583319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr7	21584820	rs7781669	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr7	21598564	rs117064287	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=-0.952;SC=TCTTCTACCAATTCCCACTGT;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=19;WE=21598572;WS=21598554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr7	21599233	rs10950854	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr7	21609623	rs62441676	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.763;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr7	21628197	rs12670130	A	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=0.517;SC=AAATGGGCCCAGCAGGTTCTC;SOR=0.778;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=29;WE=21628205;WS=21628187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,50:0.32:158
chr7	21628237	rs6963535	C	T	5647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.09;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	21628237	.	CGCATC	TGCATC,TGCATG	1060	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=60,20;NR=48,17;PP=1060,371;QD=10.1367704865;SC=GGTCAAACTTCGCATCTCTCC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=108,37;WE=21628250;WS=21628227;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:109
chr7	21628242	rs62441683	C	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=2.499;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,64:0.36:176
chr7	21630982	rs4615458	A	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=442;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GGGTGAGGGCAGCCACGTCCG;SOR=0.602;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=38;WE=21630990;WS=21630972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,57:0.45:126
chr7	21639801	.	A	G	99	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5001;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=4;PP=99;QD=16.7214015684;SC=ATTGTGGCTGAGTATGGTAGC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=8;WE=21639809;WS=21639791;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr7	21640361	rs10269582	T	C	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=817;ReadPosRankSum=-1.046;SC=GTGGTGAATGTCATCAACAAA;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=51;WE=21640369;WS=21640351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,71:0.59:120
chr7	21640405	rs10224537	A	G	4354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=43;PP=2127;SC=GGAGACCCACACTTACCTCTG;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=123;WE=21640413;WS=21640395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	21640618	rs17745898	C	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.889;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=529;ReadPosRankSum=-1.320;SC=TAATCTTTTTCTCACTACAGA;SOR=0.347;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=40;WE=21640626;WS=21640608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,51:0.43:118
chr7	21641218	rs3827657	G	A	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=34;PP=1145;SC=TGCCTGAGCAGGTCTATATTC;SOR=0.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=67;WE=21641226;WS=21641208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	21641269	rs10499531	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=2.433;SC=CATAATTACCATAAATTGAGC;SOR=0.642;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=28;WE=21641277;WS=21641259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr7	21654602	rs7779983	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr7	21654970	rs55937657	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-0.389;SC=ATATTATTCTATTTGGGTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=21654978;WS=21654960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	21657130	rs12539987	C	G	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=78;SC=AATGCTTTCACTCTTTTCTAA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=21657138;WS=21657120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	21657185	rs8180768	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	21675610	.	G	A	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1258;ReadPosRankSum=1.666;SC=GAAGTCCAGCGAACTTGGTCT;SOR=0.594;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=90;WE=21675618;WS=21675600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,149:0.60:249
chr7	21695405	.	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=483;ReadPosRankSum=1.000;SC=CAGAATATACCTACAGTAAGA;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=30;WE=21695424;WS=21695395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr7	21695416	rs11769118	A	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	21695649	rs4385378	G	A	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=29;PP=851;SC=TTTTCAGCATGCTCTTAGAAG;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=21695657;WS=21695639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	21726808	.	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=351;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GACCACCAAAGACCTAGGACG;SOR=0.520;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=23;WE=21726816;WS=21726798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr7	21726931	.	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=1.179;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr7	21757287	rs2965409	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=0.605;SC=AAACGTGTCCTTGAAGTGTTG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=21757295;WS=21757282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	21757528	.	G	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,66:0.39:171
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chr7	21765452	rs12536928	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
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chr7	21765636	rs2965424	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=356;SC=TGTATTAGTCTGTTTTCATAT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=21765644;WS=21765626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	21775153	rs2072219	A	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=139;SC=GATTTCAATTATAAAGTGACT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=21775161;WS=21775143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	21775210	rs2270022	A	G	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=10;PP=724;SC=TCTCGCACGCACTCTCTCTCT;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=21775218;WS=21775200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	21775443	rs2072221	G	A	5799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=72;PP=2474;SC=ACTACTACACGACATCCACAG;SOR=0.912;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=122;WE=21775451;WS=21775433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr7	21778296	.	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=0.454;SC=TGATGGGTGGACAGAAATATA;SOR=0.498;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=11;WE=21778304;WS=21778286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr7	21778449	rs1109806	C	T	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=32;PP=1173;SC=TTCAGCCTCACACCCTGATCC;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=21778457;WS=21778439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	21779084	rs2906686	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=2;PP=386;SC=GAGTGATTATGAAGATAAGGA;SOR=4.047;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=21779092;WS=21779074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	21779278	rs9639393	A	G	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=47;PP=1675;SC=TTCACCATCAATCCCAGGCTA;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=92;WE=21779286;WS=21779268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr7	21789442	rs4355679	T	C	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=43;PP=1148;SC=ACACATTTCTTGAAAGATCTT;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=21789450;WS=21789432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	21813318	rs11374411	A	AT	712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=1;PP=691;SC=CATTTACTTGATTTTTTTTAA;SOR=4.680;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=28;WE=21813326;WS=21813308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	21818486	rs4273751	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=4;PP=133;SC=AAATTGTTAGAGATCCCTGAA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=21818494;WS=21818476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	21826199	rs2072093	G	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=1.926;SC=CCAGACTTCCGCTAATCCTGT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=6;WE=21826207;WS=21826189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr7	21826409	.	G	A	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=659;ReadPosRankSum=2.094;SC=CTGGCAAGATGAAAATCCTGA;SOR=0.509;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=47;WE=21826417;WS=21826399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,81:0.59:137
chr7	21828743	rs11412202	T	TA	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5132;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=213;ReadPosRankSum=0.651;SC=CCCATCTCAATAAAAAAAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=21828751;WS=21828733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr7	21847457	rs6969900	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TGGAGTTGACATTCAGCCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=11;WE=21847465;WS=21847447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr7	21856109	.	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=997;ReadPosRankSum=-0.019;SC=AACCGAAGGCCTGGACTTGAT;SOR=0.839;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=28;WE=21856130;WS=21856099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr7	21856122	.	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GACTTGATATCCATGTTGACG;SOR=0.783;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=30;WE=21856130;WS=21856099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,38:0.38:101
chr7	21856151	rs2214326	G	A	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=465;ReadPosRankSum=1.573;SC=TACAATTGCCGCCTGGAATAA;SOR=0.993;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=33;WE=21856159;WS=21856141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr7	21856390	rs4141347	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=387;ReadPosRankSum=-1.111;SC=TTATAAAGGCGTGATGTTTCT;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=27;WE=21856398;WS=21856380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr7	21858043	rs10277757	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=1.069;SC=CAAGCAGTCTATTGAAATCTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=21858051;WS=21858033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr7	21882424	rs17145649	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=465;ReadPosRankSum=1.613;SC=CACAAATCACAGTGCTAGACA;SOR=1.230;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=28;WE=21882432;WS=21882414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr7	21891183	.	T	G	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.649;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=770;ReadPosRankSum=0.742;SC=TAATGGTTACTTTTCCCATCC;SOR=0.476;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=59;WE=21891191;WS=21891173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,97:0.69:140
chr7	21892023	rs55939718	T	TAA	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=1.222;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.577;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	21892321	rs28672970	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=-0.901;SC=TGGGCAGTGTGATCAGACTTG;SOR=0.412;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=21892329;WS=21892311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	21893993	rs4722064	G	T	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.837;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,175:0.56:310
chr7	21894086	rs73279830	G	A	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=821;ReadPosRankSum=0.153;SC=AATGCTGAATGAGCTAAGAAA;SOR=0.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=54;WE=21894094;WS=21894076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,77:0.46:169
chr7	21894119	rs117160443	A	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=1178;ReadPosRankSum=0.553;SC=TAGGAGTTCAATTTGTTTCTG;SOR=0.499;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=36;WE=21894141;WS=21894109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,48:0.45:107
chr7	21894133	rs11982264	C	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=1178;ReadPosRankSum=1.624;SC=GTTTCTGGAACATTGGAATTT;SOR=0.700;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=26;WE=21894141;WS=21894109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr7	21901566	rs4722067	T	C	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=20;PP=671;SC=GCATCACCCATGCTGTCTTCC;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=21901574;WS=21901556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	21901740	.	C	CTT	102.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	21907427	rs11773662	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.726;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TGGTGACTCTTTTCAAGGTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=21907435;WS=21907417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr7	21907452	rs5882827	G	GT	670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.60;MQRankSum=5.031;QD=20.33;ReadPosRankSum=1.136;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
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chr7	21920556	rs62445884	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.041;SC=AGTTTACAAAGCTGTCAGTCT;SOR=0.829;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=8;WE=21920564;WS=21920546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr7	21924014	rs6461613	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	21932044	rs12537531	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr7	21932317	rs9639401	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=0.402;SC=TTCTTTTTCATTGAAGTATAA;SOR=1.230;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=17;WE=21932325;WS=21932307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr7	21939485	rs34245961	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=0.263;SC=GTGCCAATGCCCAAGAACCTA;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=21939493;WS=21939478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr7	21940480	rs56268505	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5435;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=0.090;SC=AAGCTCAGTCCGGCCAGCTCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=21940488;WS=21940470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	21940557	rs10555456	AACTT	A	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=8;PP=939;SC=TGCATCAAACAACTTACTTGA;SOR=1.542;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=18;WE=21940568;WS=21940547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	21940736	.	C	T	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,108:0.64:168
chr7	21940823	rs77448980	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=320;ReadPosRankSum=0.904;SC=AGCGAAGAGAAGACTGCAAAA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=28;WE=21940831;WS=21940813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr7	21941861	rs60370798	ATCTT	A	1314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.286;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=827;ReadPosRankSum=-1.512;SC=CTGTAAAAAAATCTTTCTTAG;SOR=1.061;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=18;WE=21941872;WS=21941851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr7	21945086	rs6953368	C	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=-1.570;SC=CCAATGCCTTCGACTCCCAAT;SOR=1.270;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=14;WE=21945094;WS=21945076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr7	21945204	.	G	A	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=886;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TCCACTGGCCGAAAAGAAGAT;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=61;WE=21945212;WS=21945194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,114:0.65:176
chr7	21945840	rs4445125	C	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=266;SC=GTGACAGTGACGTGCGTTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=21945848;WS=21945830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	21985347	rs1406706	G	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=23;PP=874;SC=GGTGGCAAAGGGAAGTCAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=21985355;WS=21985337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	22165421	rs17146285	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=289;ReadPosRankSum=-0.262;SC=ATGTAGCTTTGATTCTATGGA;SOR=1.358;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=17;WE=22165429;WS=22165411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr7	22175681	.	G	A	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=534;ReadPosRankSum=1.506;SC=GCATGAAAGGGATTTTTGGTG;SOR=0.354;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=39;WE=22175689;WS=22175671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr7	22190131	rs11321630	GA	G	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.691;QD=10.43;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr7	22197507	rs7809342	A	G	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=28;PP=852;SC=TACAGTGCTGAAAGGAAAAAT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=22197515;WS=22197497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	22200255	rs955484	G	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=248;ReadPosRankSum=0.499;SC=AGACAAATGAGAGCTCAGTGG;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=23;WE=22200263;WS=22200245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr7	22202117	rs12592	G	A	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=26;PP=888;SC=TACGCGGAACGTCTGAGTTTT;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=22202125;WS=22202107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	22202196	rs1981600	T	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TTGTTGAAAATTTTAAAATAT;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=17;WE=22202204;WS=22202186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr7	22202485	rs1981601	T	C	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=29;PP=993;SC=ACAGTGACTCTAAGAAGAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=22202493;WS=22202475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	22242370	rs4722110	G	T	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=7;PP=611;SC=CAAATTAAACGGATATCCACC;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=22242378;WS=22242360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	22242535	rs4719687	T	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=30;PP=996;SC=CCTCAGTAAATAGAGGGCAGA;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=22242543;WS=22242525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	22270375	.	A	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.882;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=246;ReadPosRankSum=-0.298;SC=CATAAAAGGTAAAACCTATAT;SOR=0.768;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=15;WE=22270383;WS=22270365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr7	22330862	.	T	TA	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=2.714;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr7	22349761	rs55757213	CA	C	2206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=46;PP=1349;SC=ATCCGTTTGCCAAAAAAACAA;SOR=0.999;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=48;WE=22349769;WS=22349751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	22354955	.	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=529;ReadPosRankSum=1.558;SC=TCCTCAAAGAGAATTTCTGAC;SOR=0.729;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=37;WE=22354963;WS=22354945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,65:0.60:109
chr7	22355166	.	CTA	C	214	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5003;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=214;QD=44.0;SC=CAATAGCATACTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=22355175;WS=22355156;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	22357488	rs62447095	A	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.63;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	22459324	rs2177142	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=328;ReadPosRankSum=0.302;SC=GTTCATTGTGGCAGAGGGAAA;SOR=1.480;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=19;WE=22459332;WS=22459314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr7	22478207	rs2528843	G	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=348;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TTGAAGGGCTGGCTGCTGATA;SOR=0.889;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=29;WE=22478215;WS=22478197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,39:0.36:108
chr7	22532434	rs4000921	G	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.031;NF=2;NR=27;PP=626;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TTCCCTGTGTGTACTATGAAG;SOR=0.344;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=29;WE=22532442;WS=22532424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr7	22533452	rs201338533	C	T	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.253;NF=8;NR=50;PP=1063;ReadPosRankSum=-2.050;SC=CCCGTGTCCTCATGCTACAAA;SOR=2.314;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=103;TCF=21;TCR=82;TR=58;WE=22533460;WS=22533442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,57:0.45:126
chr7	22768219	rs1524107	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=122;ReadPosRankSum=2.237;SC=TTCTTAGAGACTTTCCTGGCT;SOR=0.027;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=11;WE=22768227;WS=22768209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr7	22768249	rs2066992	G	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=219;ReadPosRankSum=0.360;SC=CAATGAAAAGGCCCTCTAGTG;SOR=0.293;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=18;WE=22768257;WS=22768239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr7	22768572	rs2069840	C	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=0.286;SC=AGGAGGCCAACTTCAAGCTTT;SOR=0.245;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=19;WE=22768580;WS=22768562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr7	22857589	rs7782015	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=0.018;SC=TGAACATTTGTCCTGAAATGT;SOR=0.683;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=14;WE=22857597;WS=22857579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr7	22857682	rs28617621	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-0.178;SC=ATCAAGGAAGACAGAAGAGAA;SOR=0.316;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=22857690;WS=22857672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr7	22861739	rs35353454	T	C	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,65:0.53:122
chr7	22861978	rs4354222	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.698;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=0.103;SC=CCTAGTGCTAGAGAGTGAATT;SOR=0.257;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=16;WE=22861986;WS=22861968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr7	22862192	rs2270106	A	G	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=33;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CGTGCACGGCAGTGTCCCCTA;SOR=0.498;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=175;TCF=115;TCR=60;TR=91;WE=22862200;WS=22862182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,115:0.55:210
chr7	22896231	rs1608553	G	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=268;ReadPosRankSum=-0.043;SC=AATTGAAATTGTGGCCAAGGA;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=22;WE=22896239;WS=22896221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr7	22985868	rs2286491	T	C	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=114;SC=AGTTATGCTTTACATAAATTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=22985876;WS=22985858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	23000783	rs35493358	G	GCTCT	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=560;SC=ACTATGAATGGCTCTCAATTT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=10;WE=23000791;WS=23000773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	23015831	rs3735231	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=72;ReadPosRankSum=-2.132;SC=TACTTTACCTTGAACAAATTT;SOR=0.622;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=10;WE=23015839;WS=23015821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr7	23145837	rs1005786	G	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	23157640	rs150888471	G	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=399;ReadPosRankSum=-0.429;SC=ACGTGGGGCAGTTGACTGCAT;SOR=0.305;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=32;WE=23157648;WS=23157630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,42:0.34:125
chr7	23163270	rs11982002	C	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=231;SC=AGAAATTCTGCGCTGGAAAAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=23163278;WS=23163260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	23164206	rs7789664	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=0.187;SC=AGAACTGTCCCGTTATTTTTC;SOR=0.330;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=6;WE=23164214;WS=23164196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr7	23164526	rs2058275	C	G	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=323;SC=GGAAGAGTTTCAGTATCCTAT;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=20;WE=23164534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	23164701	rs15775	C	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=15;PP=602;SC=TCAGTCTTTGCTGGATGCAGC;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=23164709;WS=23164691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	23191625	rs2178140	G	C	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=19;PP=953;SC=TGGGTATTTCGTTTTCAAAGC;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=23191644;WS=23191615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	23191636	rs2178139	A	G	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=21;PP=982;SC=TTTTCAAAGCACTGGTTAGTG;SOR=1.105;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=60;WE=23191644;WS=23191615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	23191664	rs2141306	G	A	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=30;PP=1305;SC=TTCTTGAAGCGTTGCCATGTA;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=78;WE=23191672;WS=23191654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	23191899	rs2141305	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=473;SC=ACTCACCAACTAGAAGTAGTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=23191907;WS=23191889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	23195555	rs141774430	CTTTAT	C	1386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=553;SC=ACTCTTAGCACTTTATTTTTA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=23195567;WS=23195545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	23221870	rs7808488	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=455;ReadPosRankSum=-0.934;SC=CCGGGAAGGGTCCGCCGGCGG;SOR=1.995;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=22;WE=23221878;WS=23221860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr7	23227555	rs373870179	GTC	G	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	23286315	rs858239	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=1.473;SC=AGATCAGGCAGTGCCGCTTAA;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=23286323;WS=23286305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr7	23293098	rs199348	C	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=478;ReadPosRankSum=0.503;SC=AAGATTCAAACCAAACACCTG;SOR=0.643;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=38;WE=23293106;WS=23293088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr7	23293746	rs199347	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=455;ReadPosRankSum=0.155;SC=AACGAAAGGAAAAAGATGCTG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=28;WE=23293754;WS=23293736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr7	23296533	rs199355	G	A	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=779;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CTGCTGATCCGTATGTTTACA;SOR=0.682;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=52;WE=23296541;WS=23296523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,96:0.60:159
chr7	23300049	rs199351	A	C	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=972;ReadPosRankSum=0.721;SC=TGCATTCTTTATTTCTTTGGG;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=53;WE=23300057;WS=23300039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,75:0.62:120
chr7	23306020	rs156429	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=201;ReadPosRankSum=1.178;SC=CATAGTATAGTGTTCCTGATA;SOR=0.191;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=11;WE=23306028;WS=23306010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	23307634	rs2307783	ATGGG	A	1042.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=610;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CGACAGAGGCATGGGTGGGTC;SOR=1.101;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=14;WE=23307645;WS=23307624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr7	23352512	rs199653	C	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	23357321	rs156414	C	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=546;ReadPosRankSum=0.747;SC=CTGGTGCTTCCGCTGGAGCAA;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=43;WE=23357329;WS=23357311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,60:0.54:111
chr7	23545119	.	TAA	T	71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	23562226	rs6976831	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	23624570	rs227933	G	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=1.969;SC=ATATAGAGAAGCAGCAGGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=23624578;WS=23624560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr7	23719766	rs56391241	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr7	23719779	rs56359038	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr7	23737795	rs5029444	T	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr7	23740338	.	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=-1.668;SC=GAAAACTTTTCTTTCTTTTAT;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=23740346;WS=23740328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr7	23749832	rs3807888	G	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	23751736	rs7779633	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=304;ReadPosRankSum=1.509;SC=GAATTGTTCAAATGGATGAAG;SOR=0.927;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=8;WE=23751748;WS=23751726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr7	23751740	.	G	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=903;ReadPosRankSum=-1.103;SC=TGTTCAAATGGATGAAGATAC;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=23;WE=23751748;WS=23751726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr7	23757011	rs138454658	TTTTAAG	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.873;NF=3;NR=0;PP=134;ReadPosRankSum=1.501;SC=GCCTAAAATCTTTTAAGTTTA;SOR=1.755;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=3;WE=23757024;WS=23757001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr7	23757260	rs2058995	T	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-2.376;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,36:0.38:96
chr7	23793882	rs12532929	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=1.845;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
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chr7	23794139	rs34664371	TA	T	724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.317;NF=1;NR=12;PP=415;ReadPosRankSum=-2.002;SC=CTGTTGAACATAAGGAAGTGT;SOR=1.112;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=13;WE=23794147;WS=23794129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
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chr7	23810517	rs7785154	G	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=130;SC=AAATCACTGCGGAAATCTGTT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=23810525;WS=23810515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr7	23810845	rs1469001	G	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=343;SC=TCAGTAAATTGTTATTACTAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=23810853;WS=23810835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	23823144	rs10950961	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=408;SC=GAAGAGCAACATGTCAAAATT;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=23823152;WS=23823134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	23826066	rs1862068	A	G	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=12;PP=809;SC=AATTGGAATGATGTATAATTA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=23826074;WS=23826056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	23827820	rs145276788	TATATA	T	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.734;NF=1;NR=6;PP=257;ReadPosRankSum=0.726;SC=TCAGCACTTATATATAATATA;SOR=0.787;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=7;WE=23827832;WS=23827810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr7	23854717	rs2390814	C	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	23854838	rs5882915	G	GA	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TCTGGTATGTGACCTTTTTGA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=23854846;WS=23854828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr7	23871772	.	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.932;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr7	23872024	rs56362098	C	CTTTG	456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=401;SC=TTTTTAAAAACTTTGGTTTGG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=23872032;WS=23872014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	23872409	rs2214236	T	A	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=812;ReadPosRankSum=-0.278;SC=TTCCTTCACCTTCCACCACAA;SOR=0.763;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=65;WE=23872417;WS=23872399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,105:0.60:174
chr7	24324759	rs16141	T	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	24325009	rs5573	G	A	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=53;PP=1791;SC=GATACTACTCGGCGCTGCGAC;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=91;WE=24325017;WS=24324999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	24329001	rs113179092	AT	A	675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=497;SC=CTTGTTACAGATGAACACCTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=24329009;WS=24328991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	24329133	rs5574	C	T	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=28;PP=1268;SC=GAAAACGATCCAGCCCAGAGA;SOR=0.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=70;WE=24329141;WS=24329123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	24742553	rs2240005	G	A	227.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.95;ReadPosRankSum=1.651;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	24742576	rs66851582	C	T	229.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GGGAGGTACTCAGCAGTTGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=24742584;WS=24742566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr7	24789116	.	CA	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr7	24789345	.	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=0.298;SC=ATCAGGTCACCATCAGCATCA;SOR=1.004;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=12;WE=24789353;WS=24789335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr7	24860000	rs6979174	G	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=329;ReadPosRankSum=0.376;SC=CTCATCAAGTGTGTCCTCAAG;SOR=0.741;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=20;WE=24860008;WS=24859990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr7	24873911	rs2285687	T	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=1.816;SC=CCCAACCCCGTCTCCAAATCC;SOR=0.538;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=12;WE=24873919;WS=24873901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr7	24874459	rs2285688	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.792;SC=CAATGTTACTATTAAACTCAG;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=24874467;WS=24874449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	24888620	rs757156	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr7	24891947	rs6461822	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=1.510;SC=GCTATTAAGACTTGGATAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=24891955;WS=24891937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr7	24901503	rs11324094	CT	C	129.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=14.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	24902762	rs2285690	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=287;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TGCTGGCACACGGCATGCAGA;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=19;WE=24902770;WS=24902752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr7	24902904	.	G	A	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=559;ReadPosRankSum=-0.519;SC=ACTTTCAAAAGATCCACCCTT;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=47;WE=24902912;WS=24902894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,67:0.34:199
chr7	24903107	rs2285691	C	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=618;ReadPosRankSum=-0.630;SC=AAGAGGAGTCCGGCTCACCTG;SOR=0.563;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=42;WE=24903115;WS=24903097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
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chr7	25181912	rs2285738	T	C	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=48;PP=1271;SC=CATCTTTTCATGGTAATCATC;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=88;WE=25181920;WS=25181902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	25182001	rs2285737	C	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=26;PP=682;SC=CGAAGAACGACAGTTATATTA;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=25182009;WS=25181991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	25182172	rs2285736	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=338;SC=AAAAGGCAAAAACATGAGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=25182180;WS=25182162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	25191044	rs12532548	G	A	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr7	25194618	rs2523073	G	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=352;SC=CTGATTCCAGGTCACATTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=25194626;WS=25194608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	25194665	rs2523072	G	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	25194753	rs12535348	C	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=13;PP=501;SC=GGGAACATGGCGCCGCGACAG;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=25194761;WS=25194743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	25194857	rs2717899	A	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=368;SC=GAACAGAAAGAAGTATGGTTG;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=25194865;WS=25194847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	25194918	rs2523071	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=200;SC=AATGGCAGAAACTGTTCTAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=25194926;WS=25194908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	25197987	rs34214585	C	CAA	111.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.12;QD=15.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	25200976	rs13221848	A	G	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=62;SC=ACATATCCACATATATGTAGA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=25200984;WS=25200966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	25218661	rs10642607	A	AAAACAAAC	711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	25267934	rs877834	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-3.264;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr7	25267963	rs886354	G	C	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=11;PP=357;SC=GAAGATTGGAGATCACTAATT;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=25267971;WS=25267953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	25268094	rs877835	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=2.025;SC=CTATGTGCAGCCCAATGTTTA;SOR=0.859;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=8;WE=25268102;WS=25268084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr7	25989520	rs6977848	T	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=0.430;SC=ACTGGCGGCATCGGCGACCAC;SOR=0.346;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=25989528;WS=25989510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr7	25989732	rs111299611	GA	G	537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=389;ReadPosRankSum=1.406;SC=ACCGATAATGGAACGGGTCAT;SOR=0.732;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=12;WE=25989740;WS=25989722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr7	26247984	.	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.601;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,17:0.27:64
chr7	26404071	rs2253569	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.856;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=0.473;SC=TAGAGTGAATGTTGAGATCAT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=10;WE=26404079;WS=26404061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr7	26404231	.	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=567;ReadPosRankSum=0.056;SC=CTGAGGCAGAGACTCCAAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=41;WE=26404239;WS=26404221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
chr7	26576535	rs740182	T	C	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=730;ReadPosRankSum=1.168;SC=CTTCAAAGTATTTCTCGGTCC;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=43;WE=26576543;WS=26576525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr7	26578283	rs55970331	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.355;SC=TGCTTCTATAGGATGTTTTCG;SOR=0.160;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=7;WE=26578291;WS=26578273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr7	26678856	rs57000259	A	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=215;ReadPosRankSum=1.487;SC=CAGAGACAAGACACATGAGGA;SOR=0.652;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=17;WE=26678864;WS=26678846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr7	26685934	rs12671270	T	C	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=960;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TCTCCGCATGTGGGACTCTCG;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=75;WE=26685942;WS=26685924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,120:0.65:186
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chr7	26724279	rs212850	T	G	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=8;PP=824;SC=CTTCCCTAGCTCTGTAAATCC;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=26724287;WS=26724269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr7	26778406	rs10951145	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	27135314	rs10951154	C	T	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=4.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=-3.274;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,157:0.57:277
chr7	27141267	rs706016	C	T	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=14;PP=1070;SC=AGACCCCGTCCCCTCCATCTC;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=27141275;WS=27141257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	27141282	.	G	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=525;ReadPosRankSum=0.397;SC=CATCTCTATCGAATTCATGCC;SOR=0.606;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=35;WE=27141290;WS=27141272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr7	27141657	rs2428431	C	G	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=61;PP=1334;ReadPosRankSum=-2.427;SC=CCCCTCCCCCCACAGCCACTC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=126;TCR=152;TR=111;WE=27141665;WS=27141647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,151:0.35:433
chr7	27147451	.	TAAAAAA	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr7	27169093	rs2158218	T	G	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=67;PP=2965;SC=GGGTCAGGTATCGATTGAAGT;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=153;WE=27169101;WS=27169083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	27169617	rs6943542	T	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=15;PP=908;SC=GCAGCCCGGGTCAGATGGGGG;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=36;WE=27169625;WS=27169607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	27169934	rs10251056	A	G	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=22;PP=708;SC=GGGCGGCGGCAGCTGGGGCTG;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=27;WE=27169942;WS=27169921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	27170145	rs6944345	T	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=477;SC=TAGGAGGCAGTGGGCTCTCGG;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=27170153;WS=27170135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	27192088	rs145281130	A	AGGCCT	1400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.547;NF=5;NR=29;PP=977;ReadPosRankSum=-1.583;SC=GGGAGCCGCCAGGCCTGGCCT;SOR=1.480;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=34;WE=27192102;WS=27192078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr7	27196069	rs2301720	A	C	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=55;PP=1562;SC=GTGAGTTGGGAGCAAAGGAGC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=106;WE=27196077;WS=27196059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	27196113	rs2301721	C	T	4070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=57;PP=1795;SC=AACAGAGAAGCCCCCGCCGTA;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=27196121;WS=27196103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	27203139	rs7810502	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.157;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	27238691	rs2071265	C	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=8;PP=555;SC=AGAACAGAAACGCACCCGGGA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=27238699;WS=27238681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	27279191	rs3801321	T	G	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=28;PP=957;SC=TGGGGGCCTATGCCCGGCTTC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=27279199;WS=27279181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	27282732	.	C	A	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,104:0.57:182
chr7	27571058	rs1014372	C	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CATCTTCTCTCTCCATTTATT;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=27571066;WS=27571048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr7	27578068	rs17607303	T	C	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=516;ReadPosRankSum=-0.227;SC=ATTAAATATCTGTATTTTCAA;SOR=0.944;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=44;WE=27578076;WS=27578058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
chr7	27578167	rs9639553	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TTCTCGAGTGCGGAAGAGAAC;SOR=0.534;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=16;WE=27578175;WS=27578157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr7	27581495	rs6462029	T	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=384;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CATTTTATGCTCAATACTTGT;SOR=0.936;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=23;WE=27581503;WS=27581485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr7	27582783	rs978447	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=365;ReadPosRankSum=-0.529;SC=GTTTAGGCAGGTAATAAAATT;SOR=0.604;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=27;WE=27582791;WS=27582773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr7	27668860	rs6415252	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATCAGTTTGGCTTTATTTTTA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=8;WE=27668868;WS=27668850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr7	27671899	rs7779990	T	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=504;ReadPosRankSum=-1.082;SC=AGTTCTAACATGTGAAATTCA;SOR=0.808;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=38;WE=27671907;WS=27671889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr7	27671953	.	A	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
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chr7	27807441	rs7807729	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr7	27886011	rs141603370	C	CATATACGTATACGTGTAT	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.316;QD=17.81;ReadPosRankSum=1.318;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
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chr7	28280044	rs73302643	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=355;ReadPosRankSum=0.550;SC=CTTTCTGTGTGATCCAGTTTG;SOR=0.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=24;WE=28280052;WS=28280034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr7	28319234	rs177484	A	C	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=884;ReadPosRankSum=0.735;SC=GTCTTTGGAAACTTTTCTGCA;SOR=0.574;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=56;WE=28319242;WS=28319224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,103:0.55:186
chr7	28449965	rs12538330	T	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,52:0.39:133
chr7	28534501	rs3216916	C	CT	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
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chr7	28673541	rs41305	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=1.112;SC=AATCACTGTTGTCTGTAGCCA;SOR=0.073;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=28673549;WS=28673531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr7	28676906	rs41309	A	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr7	28857606	rs12531253	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=359;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GAGTTTGCCAGTTTTGTTGTT;SOR=1.147;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=25;WE=28857614;WS=28857596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr7	28858456	rs10951205	A	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=20;PP=644;SC=AAAAAGACAAAATGGGGAAGT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=28858464;WS=28858446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	28995800	rs61742220	G	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=581;ReadPosRankSum=-0.934;SC=CAAAGAGCAGGCGGAAGCGCG;SOR=0.710;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=42;WE=28995808;WS=28995790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,66:0.40:164
chr7	28996220	rs1006521	G	A	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=639;ReadPosRankSum=0.326;SC=TCAGCCTTAGGGCGCTGCGGT;SOR=0.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=45;WE=28996228;WS=28996210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,79:0.61:129
chr7	28996557	rs3735562	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=316;ReadPosRankSum=-1.799;SC=GCGCTTCAGGCCTCGCAGCCG;SOR=0.481;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=25;WE=28996565;WS=28996547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr7	28996944	rs740250	T	C	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=13;PP=917;SC=GTGCTGCAGGTTGTTGGCCGA;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=28996952;WS=28996934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	28997141	rs6950750	G	C	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=661;ReadPosRankSum=2.494;SC=AGGGAGCGAAGACCGCGTCCG;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=44;WE=28997149;WS=28997131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,56:0.35:162
chr7	28997497	rs67010340	GC	G	3895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=49;PP=2387;SC=TGGGGGCTCGGCCAGCGAGCT;SOR=1.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=57;WE=28997505;WS=28997487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	28997596	rs5883174	G	GC	1007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=20;PP=876;SC=CACGGGCTCGGCAGCGGCGGG;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=28997604;WS=28997586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	29070209	rs7313	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,62:0.44:141
chr7	29103867	rs644763	T	C	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=40.90;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	29103877	rs2074783	T	C	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=44.98;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	29103944	rs34641639	A	AT	571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=610;SC=AACATACAACATGGAGAAACG;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=29103952;WS=29103934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	29105776	rs2270027	A	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.23;ReadPosRankSum=1.992;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr7	29111578	rs2074784	A	C	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=83;PP=2637;SC=GACCTTAAGGAAGCCCATTTG;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=43;TCR=83;TR=126;WE=29111586;WS=29111568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr7	29111620	rs317719	A	C	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=44;PP=1364;SC=AATTGTTAATATTGTGCTGGT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=29111642;WS=29111610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	29111634	rs2074785	C	A	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=32;PP=871;SC=TGCTGGTTAGCCAAGTAGGAT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=29111642;WS=29111610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	29132212	rs2687636	A	G	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=25;PP=1310;SC=GTCTTAGGAAAGCCAAGAGAA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=29132220;WS=29132202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	29134526	.	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.468;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=-1.352;SC=ACTCCGATATGATTATACATG;SOR=0.051;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=29134534;WS=29134518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr7	29186256	rs245880	A	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=14;PP=603;SC=TCCTGGTCCCAGAAACCTGGC;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=29186264;WS=29186246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	29186576	rs245881	A	G	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=35;PP=1034;SC=CTGCACTAGCAGTAAGCTCGC;SOR=1.139;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=56;WE=29186584;WS=29186566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	29394048	rs757327	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=0.623;SC=CTGAAGAAAGTGGTGCTGAGT;SOR=0.495;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=11;WE=29394056;WS=29394038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr7	29394220	rs66659316	CTT	C	1139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.627;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,55:0.42:132
chr7	29394435	rs10215545	C	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=-1.891;SC=TAGTCAGAGACGATTAACAGA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=10;WE=29394443;WS=29394425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr7	29407518	rs142914048	TTC	T	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.773;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,16:0.12:137
chr7	29437867	rs7799981	T	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=4;PP=538;SC=GTCACCCCCCTTCTTCACTCA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=29437875;WS=29437865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	29439641	rs12669481	G	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=4;PP=163;SC=CAACTAGGGCGGAAGGCATGG;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=29439649;WS=29439631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	29520042	rs1476991	G	A	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,84:0.59:142
chr7	29544468	rs73684725	A	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=433;ReadPosRankSum=-2.570;SC=ATGCCATCTGACATCCTAACA;SOR=0.973;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=30;WE=29544476;WS=29544458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr7	29546763	rs11388362	A	AT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr7	29552463	rs1420145	C	G	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=110;SC=GCTAGAATTTCCTGGACTGCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=29552471;WS=29552453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	29605935	rs2302617	G	A	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=7.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,94:0.41:229
chr7	29605975	rs2302618	C	G	9355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=91;PP=2965;SC=CTGGCAGCTCCGGCCCCTGGT;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=111;TCR=91;TR=200;WE=29605983;WS=29605965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr7	29606288	rs10271996	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GGGCAGGTCCCCGGAGGAGGC;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=25;WE=29606296;WS=29606278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr7	29688702	rs66956566	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=0.033;SC=TTAGCTGTATAGTTTTGCATG;SOR=0.293;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=5;WE=29688710;WS=29688692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr7	29688768	rs73090343	T	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-1.891;QD=12.47;ReadPosRankSum=1.252;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr7	29688773	rs73687726	T	C	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-1.860;QD=12.56;ReadPosRankSum=1.028;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr7	29688827	rs1641209	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=291;ReadPosRankSum=-0.942;SC=ACTCAGGCCATAGGCAGGTAT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=30;WE=29688835;WS=29688817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,50:0.32:157
chr7	29688860	rs17150665	T	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CAAAAGAAGTTAAGACGAGGC;SOR=0.721;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=29;WE=29688868;WS=29688850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,43:0.29:150
chr7	29689018	rs1641210	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=2.331;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr7	29689158	rs17136535	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=197;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCGGGGGTGCCGCGTGCACTG;SOR=0.731;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=16;WE=29689166;WS=29689148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr7	29689176	rs111649163	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.011;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr7	29689180	rs76480599	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr7	29689256	.	G	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=693;ReadPosRankSum=0.564;SC=AGAAGACTGGGAGGTCCGCAT;SOR=0.605;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=48;WE=29689264;WS=29689246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,97:0.66:146
chr7	29689338	rs17150667	G	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=211;ReadPosRankSum=-0.162;SC=ACTGGGCTGGGCTGCGCCGGA;SOR=0.628;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=16;WE=29689346;WS=29689328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr7	29720392	rs113821008	TACA	T	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-2.327;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,21:0.14:153
chr7	29720404	rs850108	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-3.535;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,19:0.12:160
chr7	29771546	rs112712037	CT	C	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=1.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr7	29915593	rs2301922	G	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=104;ReadPosRankSum=2.758;SC=GTGAGCAGCCGGGCCAGGCCT;SOR=0.593;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=12;WE=29915601;WS=29915583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr7	29923572	rs28439342	T	C	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,128:0.59:217
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chr7	29954137	rs1056061	A	G	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=788;ReadPosRankSum=2.119;SC=CGGTGAGAAGACAGATGAAGC;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=51;WE=29954145;WS=29954127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr7	30113862	rs149548208	T	TTG	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=728;ReadPosRankSum=-0.991;SC=AGAAACAAAGTTGTGTGTGTG;SOR=1.186;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=20;WE=30113871;WS=30113852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr7	30177095	rs6954451	G	T	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=0;PP=260;SC=AGGCCACCCAGATTTTAAATA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=30177103;WS=30177085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	30329453	rs373052300	CTGT	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQRankSum=-5.966;QD=0.79;ReadPosRankSum=2.553;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,16:0.09:180
chr7	30538651	rs38409	T	C	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=38;PP=1076;SC=GTGTATGGGATTAAACATTTA;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=30538659;WS=30538641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	30540399	rs38410	G	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=134;SC=AATTAAAACAGTCAATAAACT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=30540407;WS=30540389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	30544360	rs38414	G	A	8944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=122;PP=2965;SC=GCCTGAAGCAGAGTGTAAGGA;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=85;TCR=123;TR=207;WE=30544368;WS=30544350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr7	30634661	rs1049402	C	G	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=28;PP=1424;SC=GGCCTCCTGCCCCCCGATCTC;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=30634669;WS=30634651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	30635600	rs10265589	C	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=26;PP=733;SC=ATATAGACCTCCTTTTCCTAG;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=30635608;WS=30635590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	30643069	rs1558064	C	A	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=177;SC=AGTGCATTGTCCTTTTTCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=30643077;WS=30643059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	30651938	rs1986756	G	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=29;PP=772;SC=CTGTTTTGAAGCAATTCTGCT;SOR=2.511;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=30651946;WS=30651928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	30660938	rs10951271	A	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=8;PP=561;SC=TATAATCTGCATGCATTTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=30660946;WS=30660928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	30662237	rs10249885	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=496;SC=TGGCATTATAGCCTGAAAAAA;SOR=4.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=30662245;WS=30662227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	30673345	rs2240401	C	T	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=31;PP=1219;SC=CTTTCCTTGTCTCTAGATCTC;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=30673353;WS=30673335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	30673512	rs78960380	TAA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	30694260	rs3779250	C	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=14;PP=705;SC=TTTTCTGTGGCAGGTAGCGGG;SOR=1.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=41;WE=30694268;WS=30694250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	30705105	rs8192496	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=11;PP=690;SC=GTGCTGTAGGGGGAGGGATGA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=30705113;WS=30705095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	30726335	.	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr7	30728908	rs255100	A	T	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=26;PP=1023;SC=TGCCTAGGGGACAGCAAGGAT;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=30728916;WS=30728898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	30739409	rs255117	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-2.127;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr7	30739525	rs255119	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=1.320;SC=TGCTCCTGGCGCCCCACCTCG;SOR=0.904;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=8;WE=30739533;WS=30739515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr7	30739691	rs107540	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.654;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr7	30791848	rs4723010	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=23;PP=726;SC=CTACAGCTTCGATGGCAGCCC;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=40;WE=30791856;WS=30791838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	30795288	rs2302339	A	G	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.594;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,69:0.41:169
chr7	30795310	.	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=465;ReadPosRankSum=0.569;SC=CGTGAATTTTCCTGCGTGGCC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=40;WE=30795318;WS=30795300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,63:0.38:165
chr7	30795436	rs4720015	T	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=25;PP=746;SC=GGGGTCTGCTTCATTGTGGCT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=30795444;WS=30795426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	30805809	.	T	TCA	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5024;FS=2.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.546;NF=11;NR=7;PP=628;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GGATATGATTTCTCACACACA;SOR=1.445;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=18;WE=30805820;WS=30805799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr7	30805811	rs2013200	T	A	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=509;SC=ATATGATTTCTCACACACACA;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=28;WE=30805820;WS=30805799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	30805913	rs3901848	G	A	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.88;QD=25.85;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
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chr7	30876432	rs10258097	A	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=28;PP=741;SC=GAATGGATATAGATGGCGTGA;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=30876440;WS=30876422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr7	30922481	.	C	T	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=5.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,107:0.61:175
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chr7	30963661	.	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.334;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=360;ReadPosRankSum=0.304;SC=TCCTTCTTTTCCTAACATGCA;SOR=0.109;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=21;WE=30963669;WS=30963651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr7	31003819	rs4988494	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=0.384;SC=TGGAGCCTGGCGGAGACCCTA;SOR=2.049;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=31003827;WS=31003809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr7	31011485	rs4988501	A	G	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=36;PP=1474;ReadPosRankSum=0.894;SC=GTTTGATTCGATTCACCTCCT;SOR=0.600;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=111;TCR=60;TR=100;WE=31011493;WS=31011475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,124:0.56:221
chr7	31014002	.	G	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=392;ReadPosRankSum=0.717;SC=CAGAGTCAAGGATGCAGACTC;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=36;WE=31014010;WS=31013992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,57:0.38:149
chr7	31018616	rs190060210	T	C	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=647;ReadPosRankSum=0.562;SC=AGCATGACTTTTCCTGCCCCA;SOR=1.000;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=36;WE=31018624;WS=31018606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,52:0.55:95
chr7	31023502	rs28371570	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=1.935;SC=AGCTCAGCGAGCCGAAGGGGC;SOR=1.828;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=31023510;WS=31023492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr7	31023793	.	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.415;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-0.574;SC=AGCCAGCCTCCCCGCGGGTCC;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=31023801;WS=31023783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr7	31104367	.	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr7	31120072	.	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=0.150;SC=GCTTATAGTCCTGATGCCTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=31120080;WS=31120062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	31121501	rs2302475	T	C	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=51;SC=CAGGTGACTTTTTTTCTCTGA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=31121509;WS=31121491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	31125082	rs11410563	A	AG	1577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=22;PP=1021;SC=CAGACCCATTAGGCTCTGCCG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=31125090;WS=31125072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	31125133	rs3214344	AT	A	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr7	31127158	rs76824070	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=131;ReadPosRankSum=0.162;SC=TGTCGGGCACCCAGCTAGGCA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=31127166;WS=31127148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr7	31127398	rs55856551	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GAGTCCCCACACAACCTGACT;SOR=1.169;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=15;WE=31127406;WS=31127388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr7	31132235	rs112436908	CT	C	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,26:0.26:100
chr7	31135471	rs2267734	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr7	31145991	.	G	A	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=779;ReadPosRankSum=0.291;SC=TGCAACTGGGGAGTGGGGAGG;SOR=0.639;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=61;TCR=13;TR=44;WE=31145999;WS=31145981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr7	31146037	.	C	T	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=25;PP=1282;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GGGAAGGGCCCCAGGCCAGGA;SOR=0.346;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=141;TCF=100;TCR=41;TR=80;WE=31146045;WS=31146027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,107:0.61:175
chr7	31378326	.	C	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=665;ReadPosRankSum=0.783;SC=CAGGAAACTCCTGGCGTTGAG;SOR=1.023;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=43;WE=31378334;WS=31378316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr7	31378933	rs2233404	A	G	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=57;PP=1553;SC=ATATTTAAAGAGTTTTCATTT;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=81;WE=31378941;WS=31378923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	31569547	rs12701110	G	A	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=21;PP=537;SC=GGCAGCGATGGCGTGTTCTGA;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=31569555;WS=31569537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	31569579	rs2067727	G	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	31592491	rs7793859	T	A	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=492;SC=CAGGTTCATGTATGACTGTGA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=31592499;WS=31592481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	31592733	rs7811042	C	A	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=35;PP=963;SC=AGCGCGTGGGCTCCGCTGGAT;SOR=1.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=31592741;WS=31592723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	31594166	rs2286710	C	T	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=32;PP=1049;SC=GTGTGCCTTACATGTTTCTCT;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=31594174;WS=31594156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	31594258	rs12155214	G	T	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=25;PP=724;SC=TTAATTGTACGTGAAGTATTA;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=31594266;WS=31594248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	31617733	rs6945679	T	C	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	31618008	rs10252720	A	G	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=44;PP=1227;SC=AGCTTGTCTCATCTTGCAGGC;SOR=1.450;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=64;WE=31618016;WS=31617998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	31682601	rs38396	T	C	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=48;PP=2132;SC=AAGACAGCCATCTGTGGCAGC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=103;WE=31682609;WS=31682591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	31682853	rs38397	T	C	5256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=55;PP=2208;SC=AGGAAAGCAGTGGATTCTGTC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=121;WE=31682861;WS=31682843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	31683610	rs38398	G	A	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=78;PP=2138;SC=AGATGCACCCGTGATAAACAC;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=28;TCR=78;TR=106;WE=31683618;WS=31683600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	31690625	.	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-1.355;SC=CCTATTCCCTCCCCCTTATAT;SOR=1.085;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=6;WE=31690633;WS=31690615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr7	31735263	rs34173	G	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.786;NF=10;NR=19;PP=458;ReadPosRankSum=3.558;SC=CTGCACAGCTGTAAAGGAGAG;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=29;WE=31735271;WS=31735253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,39:0.39:99
chr7	31735297	rs34174	T	G	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.82;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr7	31735300	rs2240966	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.03;ReadPosRankSum=-1.475;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr7	31793185	.	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=2.821;SC=CCATGGAAAGGAAGACAGACA;SOR=0.425;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=19;WE=31793193;WS=31793175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr7	31847878	.	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=0.404;SC=GTCTGGGATTCTCTCAAAAAC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=11;WE=31847886;WS=31847868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr7	31855420	rs1860789	A	G	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=11;PP=821;SC=AAGGAACTGGATGAGCAGGGA;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=31855428;WS=31855410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	31855577	rs2230175	A	C	3276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,154:0.62:250
chr7	31855577	.	AG	CA	1352	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=43;NR=43;PP=1352;QD=16.3426497077;SC=TCGGCTTTGGAGTTTTTCCCA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=86;WE=31855586;WS=31855566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:55,86:0.61:141
chr7	31855578	rs1860790	G	A	6361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.86;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,244:0.99:246
chr7	31868046	.	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=1.387;SC=ACCCAGATTTCATTTAGCAAC;SOR=0.838;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=25;WE=31868054;WS=31868036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr7	31876717	.	T	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=0.929;SC=ATAGTCCTTATCCTAGCATTG;SOR=1.098;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=10;WE=31876725;WS=31876707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr7	31876766	rs2270218	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=222;ReadPosRankSum=0.846;SC=ATGATGACAGTCCTGATGGAG;SOR=0.913;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=20;WE=31876774;WS=31876756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,29:0.32:91
chr7	31890106	rs917756	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=177;SC=TTGAAGCTGATCAGACTGATC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=31890114;WS=31890096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	31890128	rs2072431	G	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-1.264;SC=CTCATTTAGAGGTTCATTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=31890136;WS=31890118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr7	31917509	.	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=0.316;SC=TGAAAGCCTCTTATTTTCTAA;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=31917517;WS=31917499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr7	31918879	rs1860786	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TCTGCCTCACCTGCATGTTAG;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=31918887;WS=31918869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	31920395	rs61729940	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=3.307;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr7	32092037	rs2190128	G	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=23;PP=654;SC=ATATCCCAAAGTTCTTCATAT;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=32092045;WS=32092027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	32110115	rs30598	C	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.508;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr7	32209227	rs977623	A	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=370;SC=TTCAGGAAATACAGCCAGAAG;SOR=2.400;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=32209235;WS=32209223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	32209283	rs977624	T	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=11;PP=1089;SC=TTTTAATTTATTCAGTGCAAA;SOR=1.885;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=53;WE=32209291;WS=32209273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	32209376	rs2072312	T	C	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=971;ReadPosRankSum=-0.222;SC=AAGGAACACATTGAGTTGCAA;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=63;WE=32209384;WS=32209366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,101:0.45:223
chr7	32209425	rs977625	A	G	5507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=73;PP=2546;SC=AAGACTTCTGAGCTATCCAGC;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=144;WE=32209433;WS=32209415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr7	32209459	rs977626	C	T	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=71;PP=2003;SC=CAGCTAGGATCTCCTCTGGGG;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=119;WE=32209467;WS=32209449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	32248984	rs10951324	G	A	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=206;SC=GATATTTCCTGCATTACTATT;SOR=1.426;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=32248992;WS=32248974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	32249216	rs2240676	A	G	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=179;SC=ATATGCCCCAATACAGCCAAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=32249224;WS=32249206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	32338132	.	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr7	32338337	rs215607	G	A	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=32;PP=874;SC=CCTGTTGCCGGCGTCCGTCAT;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=32338345;WS=32338327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	32527009	rs7800049	G	A	6520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr7	32528796	rs41276006	T	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=2.279;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr7	32529622	rs12532994	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=241;ReadPosRankSum=0.835;SC=CCAGGCTGAGAAGTAGGCCTA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=12;WE=32529630;WS=32529616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr7	32529936	rs1584614	G	C	7355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=106;PP=2677;SC=GATTACCTAAGGGCAGCAGCT;SOR=1.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=65;TCR=106;TR=171;WE=32529944;WS=32529926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr7	32591135	rs3213972	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=1.782;SC=ATTACCTTAAGAAAGACATTC;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=32591143;WS=32591125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr7	32591158	rs3213973	G	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=5;PP=96;SC=ATGTGAAAACGCATTTGCATT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=32591166;WS=32591148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	32593234	rs10717407	CT	C	559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.471;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.624;SOR=1.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chr7	32593271	rs6961786	G	A	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=22;PP=1197;SC=TGTTAAGGGGGAAATAACCTT;SOR=1.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=32593279;WS=32593261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	32594278	rs2290210	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=1.602;SC=ACATTATTTCATAAAATTGAA;SOR=2.272;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=6;WE=32594286;WS=32594268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr7	32597989	rs147955430	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=0.709;SC=AGGATGGTCTCGATCTCCTGA;SOR=1.981;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=5;WE=32597997;WS=32597979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr7	32598087	rs12673921	G	A	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=12;PP=607;SC=TCTTATATAAGGAATTTTTCC;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=32598095;WS=32598077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	32598138	rs12673881	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=19;PP=688;SC=CTTCATGGGTCTTCTAATTTG;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=32598146;WS=32598128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	32598359	rs1562828	G	A	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=100;SC=TTAATATGACGTCTTCCTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=32598367;WS=32598349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	32598524	rs1466144	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=491;SC=GCTGTTCTTTGATATTGCATA;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=32598532;WS=32598514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	32599204	rs34973430	A	AT	164.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=156;SC=TGTAAAGTACAACCAAATACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=32599212;WS=32599194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	32609565	rs2305320	A	G	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=9;PP=619;SC=CTGTTAGCTCACTAAGTTTAA;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=32609573;WS=32609555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	32613020	rs1993050	A	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=839;SC=TGGCTGCCACACTGCAATTAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=32613028;WS=32613010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	32615553	rs6462381	C	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=547;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TTCTTTCAAACATTTACTTGA;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=41;WE=32615561;WS=32615543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr7	32619653	rs6462383	T	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=1.915;SC=TAATCTTTTCTGGATGTCGTC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=32619661;WS=32619643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr7	32620325	rs35499747	T	TTG	1174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=561;SC=AGAGTGACTATTGTGTGTGTG;SOR=2.093;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=32620340;WS=32620315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	32620658	rs139472456	AAAATTCC	A	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=233;ReadPosRankSum=-1.209;SC=ATTCATTTGAAAAATTCCAAA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=32620672;WS=32620648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	32623250	rs1817046	C	T	251.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.8894;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=158;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GTGACCACTGCACTGCACTCC;SOR=0.477;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=9;WE=32623258;WS=32623245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr7	32623322	rs67384597	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr7	32660137	rs201339873	CCA	C	753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.278;NF=1;NR=10;PP=373;ReadPosRankSum=0.037;SC=GCTTCATATTCCACAGACATA;SOR=0.709;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=11;WE=32660146;WS=32660127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr7	32660208	rs371020167	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.402;NF=2;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CTATCTACAAGAGAAAATGCT;SOR=0.846;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=10;WE=32660216;WS=32660198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
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chr7	33016120	rs3750116	G	T	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=42;PP=1270;SC=TGGTAAGTCCGTCTCCTTCTT;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=33016128;WS=33016110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	33028487	rs35727868	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=329;ReadPosRankSum=0.754;SC=ACTACAGGCACGCACCACCAC;SOR=0.260;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=21;WE=33028495;WS=33028477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr7	33059407	rs2392209	A	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=304;SC=TTATTACAAAACATTCTTCCA;SOR=1.508;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=33059415;WS=33059397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	33060946	rs3750117	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.53;QD=25.99;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	33063492	rs6955792	A	G	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=221;SC=ATAATATGGGAAAAAAAACCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=33063500;WS=33063482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	33102462	rs13228639	C	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=385;SC=CCGCGCAGCTCCGCCCCCACG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=33102470;WS=33102452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	33102514	rs13228827	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=188;SC=GCCAGGACGCGGCGGGAGGGG;SOR=2.147;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=33102522;WS=33102504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	33136983	rs6462460	G	A	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=47;PP=1435;SC=ACCTAAAAACGAAAAGAGAAA;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=73;WE=33136991;WS=33136973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	33139147	rs17472556	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr7	33186082	rs1969575	C	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=-0.898;SC=GGGAGGCCGACGTGGGCAGAT;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=18;WE=33186090;WS=33186072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr7	33282577	rs7793096	G	A	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=555;ReadPosRankSum=1.062;SC=TAAATCATTTGAACTTTCTTG;SOR=0.605;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=46;WE=33282585;WS=33282567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,77:0.42:184
chr7	33297108	rs142354634	TCA	T	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=208;ReadPosRankSum=1.748;SC=AGCTTCAATATCACAAATGAA;SOR=0.238;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=33297117;WS=33297098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr7	33376047	rs61756571	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=260;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CTCTTCCTTATTGTAGTGATT;SOR=0.442;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=22;WE=33376055;WS=33376037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr7	33376191	.	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=-0.292;SC=ATGTAGAAATGAAAGAACTTC;SOR=1.165;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=10;WE=33376199;WS=33376181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr7	33380598	rs11981364	G	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=258;ReadPosRankSum=0.612;SC=AGGTGTACTTGCAGATTTTAA;SOR=0.821;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=25;WE=33380606;WS=33380588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,37:0.34:108
chr7	33380673	rs10486527	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=1.472;SC=TAAAGTTTGGTCCTCCAAGTA;SOR=2.120;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=13;WE=33380681;WS=33380663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr7	33385852	rs6974593	C	T	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=18;PP=896;SC=CCAAGATATACAACCATGCAA;SOR=1.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=33385860;WS=33385842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	33388618	rs9785054	C	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=73;SC=TAAGTAGTTACGATAGTCTAT;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=33388626;WS=33388608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	33388829	rs73101660	T	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr7	33545047	.	CC	TT	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=300;ReadPosRankSum=0.963;SC=GTGAAATTATCCCTAACCGAA;SOR=0.967;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=13;WE=33545056;WS=33545037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr7	33644941	rs1050719	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=-1.940;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr7	33644948	rs1050721	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-2.557;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr7	34014235	.	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=206;ReadPosRankSum=-1.052;SC=GGCAACGGATGAACTGTGGAT;SOR=0.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=16;WE=34014243;WS=34014225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr7	34101562	rs3083769	G	GTTTT	217.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;QD=31.11;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	34118431	rs376712263	G	C	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=523;ReadPosRankSum=0.425;SC=TCCTTGGCTTGGTTTGTGACC;SOR=0.418;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=40;WE=34118439;WS=34118421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr7	34125420	rs77064045	G	T	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=970;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TGGCTGCGCCGCATCTCAAGG;SOR=0.603;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=59;WE=34125428;WS=34125410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,104:0.65:161
chr7	34182913	.	C	T	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,76:0.58:130
chr7	34192762	rs6968741	G	C	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=50;PP=1846;SC=GTATCAAGACGTGTGACAACT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=103;WE=34192770;WS=34192752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	34685745	.	A	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=-2.512;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr7	34697982	rs887020	A	G	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=430;SC=TCCCTCACTCAGCTGCAGGAG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=34697990;WS=34697972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	34724373	.	CAA	C	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr7	34818113	rs324981	A	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=634;ReadPosRankSum=0.990;SC=ACAGATATTAATTGGCGATTC;SOR=0.807;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=52;WE=34818121;WS=34818103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,81:0.34:240
chr7	34819123	rs62462890	T	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr7	34874209	rs17170017	C	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=339;ReadPosRankSum=0.907;SC=CAGACCAGACCCACCAAAGGC;SOR=0.078;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=22;WE=34874217;WS=34874199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr7	34884438	.	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=288;ReadPosRankSum=-0.874;SC=CTTTAATGTTCCTATTGGCTG;SOR=1.189;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=18;WE=34884446;WS=34884428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr7	34888010	rs10270521	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr7	34889182	rs6972158	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=1.182;SC=TCCAGGGAGCAAAGATCACAG;SOR=0.634;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=19;WE=34889190;WS=34889172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr7	34889222	rs10275028	T	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.340;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr7	34917740	rs7809642	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-2.853;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr7	34979159	rs718812	T	C	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=83;SC=AAAGTAGCAGTTGGCAGCCAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=34979167;WS=34979149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	34979748	.	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr7	34979905	rs1637696	C	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=8;PP=178;SC=CACAATAGCACCAGGATGTAC;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=34979913;WS=34979895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	34989337	rs2021390	T	G	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=29;PP=1252;SC=GAGTCTGATATAAGAGGAGCA;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=67;WE=34989345;WS=34989327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	34989364	rs2021391	T	C	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=25.95;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	34995022	rs117105222	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.102;NF=9;NR=14;PP=323;ReadPosRankSum=1.198;SC=TTAATACTTATAGACATAAAT;SOR=1.012;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=23;WE=34995030;WS=34995012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr7	34995075	rs1637670	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=612;SC=ATTCTCAAGTATCTAAAATTT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=34995083;WS=34995065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	35008891	.	TCTAAAAAATGTTTTAGAAAAACATTTTTC	T	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=1868;ReadPosRankSum=1.255;SC=GTTCAATATTTCTAAAAAATG;SOR=1.445;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=35008927;WS=35008881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	35050227	rs328939	C	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.59;QD=23.55;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	35053304	.	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CTTGAAATAGGAATAATATAG;SOR=0.743;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=13;WE=35053312;WS=35053294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr7	35053484	rs76882258	CTA	C	440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=271;SC=TGTGAAAAAACTATGTATTTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=35053493;WS=35053474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	35057721	rs66718921	AT	A	58	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=91;SC=TAGTATCTATATTTTTTTCAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=35057729;WS=35057711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	35058177	rs10282006	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=10;PP=325;SC=GAAAAAAACAATCTTACCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=35058185;WS=35058167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	35058349	rs6963995	C	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=71;SC=CCCAGGGCTACGTTTAAAATT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=35058357;WS=35058339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	35142711	rs9768370	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=4.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,50:0.32:158
chr7	35145811	rs2107636	T	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=105;SC=GGAACATACATAAAAATAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=35145819;WS=35145801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	35225518	rs10262841	C	A	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=37;PP=1269;SC=CTCCTGGCGCCCCCTGGCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=35225526;WS=35225508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	35270988	rs2109090	G	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=58.45;NF=6;NR=0;PP=125;SC=AAGGAATGGGGTGCAGAGAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=35270996;WS=35270981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	35280693	rs2072434	C	T	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=695;SC=CATACTTATACTGCTAAACAG;SOR=1.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=35280701;WS=35280683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr7	35709772	rs3779235	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
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chr7	36124292	rs1986593	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=-1.851;SC=CGGAGTTCACGTGGAGGACGC;SOR=0.831;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=26;WE=36124300;WS=36124282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr7	36320821	rs196586	G	A	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=52;PP=1612;SC=AAGCCCTCGAGTCAGCTCCAG;SOR=0.848;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=93;WE=36320829;WS=36320811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	36324435	rs196589	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=416;ReadPosRankSum=1.051;SC=TCAAGGTACCCGCTCCACGCC;SOR=1.036;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=12;WE=36324444;WS=36324425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr7	36324436	rs13232200	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr7	36327275	.	A	C	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=779;ReadPosRankSum=0.283;SC=GACCCTTGTTAACCTTCACCT;SOR=0.638;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=59;WE=36327283;WS=36327265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,79:0.40:199
chr7	36327317	rs196594	C	T	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=46;PP=1446;ReadPosRankSum=1.525;SC=GAGCGAGAATCCCAGCAAGAA;SOR=0.600;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=94;WE=36327325;WS=36327307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,134:0.57:234
chr7	36327410	rs196595	A	G	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=853;ReadPosRankSum=-0.448;SC=TTTTGCTGTGACTCGGCCACT;SOR=0.694;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=56;WE=36327418;WS=36327400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,71:0.56:126
chr7	36338564	rs2241141	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=139;ReadPosRankSum=-0.247;SC=AGGACCTCCCGCACCCAACCC;SOR=0.603;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=13;WE=36338572;WS=36338554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
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chr7	36338749	rs196613	T	C	5813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=62;PP=2019;SC=GCAAGAAGGATGCCCCTCGGA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=66;TCR=62;TR=128;WE=36338757;WS=36338739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr7	36338841	rs196614	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=282;ReadPosRankSum=1.388;SC=GTGTCCACCCTGGGACCCAGG;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=30;WE=36338849;WS=36338831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
chr7	36370499	rs196659	C	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=12;PP=745;SC=ACTAAAAATACTGTGAAGCTA;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=36370507;WS=36370489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	36370555	rs196660	G	T	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=21;PP=865;SC=GCTGATCTGGGGTGTTCGGGG;SOR=1.039;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=55;WE=36370563;WS=36370545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr7	36456603	.	G	GA	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=27;QD=13.0;SC=TTTATAATCAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=36456611;WS=36456593;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
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chr7	36552790	rs57543920	G	GT	3782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=39;PP=1669;SC=CCCCCATAGGGTTGTGGAATG;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=63;WE=36552799;WS=36552780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr7	36588405	rs5883561	A	AC	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.989;NF=0;NR=8;PP=218;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CCTCTTGGCAACTTTTTGCTA;SOR=0.360;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=8;WE=36588413;WS=36588395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr7	36588955	rs3735397	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.052;SC=TTTATGCTCAGTAAAAATGAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=36588963;WS=36588945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr7	36656147	rs2727818	A	T	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=28;PP=742;SC=GACTGGGTAGATATAAGAGCG;SOR=1.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=38;WE=36656155;WS=36656137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	36656205	rs13235549	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=0.587;SC=ACAGTAATGCATTACCACTTT;SOR=0.693;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=36656213;WS=36656195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr7	36661423	rs2727822	T	C	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=31;PP=912;SC=GGGTTCAGCCTGCTTTGATGT;SOR=0.842;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=55;WE=36661431;WS=36661413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	36726136	rs60875600	AT	A	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=9;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=1.232;SC=TGCCCAGAGCATTTTTTTTTG;SOR=1.565;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=13;WE=36726145;WS=36726126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr7	36726476	rs58947801	CGTGT	C	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=275;ReadPosRankSum=-1.909;SC=AGAAAGGATGCGTGTGTGTGT;SOR=0.307;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=7;WE=36726487;WS=36726466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr7	36729757	rs7790095	T	C	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=0.267;SC=AGGACTCTTATGACAGTTGTG;SOR=0.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=38;WE=36729765;WS=36729747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,56:0.55:101
chr7	36729822	rs11427708	C	CA	1155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=8;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=503;ReadPosRankSum=-0.966;SC=TAAAAAGAAGCAAAAAAAATT;SOR=0.784;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=27;WE=36729834;WS=36729812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,64:0.62:104
chr7	36729951	rs6462691	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-0.841;SC=TCATGAACACCCAGGTTGGGC;SOR=1.015;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=16;WE=36729959;WS=36729941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr7	36763688	rs2228411	C	T	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=666;ReadPosRankSum=-0.622;SC=CTGGAGAGGCCGAGGACTGAA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=48;WE=36763696;WS=36763678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,69:0.56:123
chr7	36934448	rs6462722	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=10;PP=690;SC=AGTCAATACTAGGTAACTTAC;SOR=1.159;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=36934456;WS=36934438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	37172594	rs5883589	AT	A	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	37272769	rs35387639	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
chr7	37298800	rs2717968	C	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=733;ReadPosRankSum=1.636;SC=TGCCGCTCTCCACCATCTGCG;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=50;WE=37298808;WS=37298790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,64:0.60:107
chr7	37299056	rs2717969	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=-0.302;SC=AAGCCAAAAGCGCAAGACTAT;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=37299064;WS=37299046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr7	37311272	rs79055895	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=338;ReadPosRankSum=0.413;SC=AGTGGGAAATCTACGGAGGGG;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=24;WE=37311280;WS=37311262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr7	37311517	rs17257293	T	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CTTTGTAAATTTTCAAGTAGA;SOR=0.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=13;WE=37311525;WS=37311507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr7	37355590	rs11383031	C	CT	1335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=799;SC=AAAGGAAATACTTGTTAGTTT;SOR=1.508;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=20;WE=37355598;WS=37355580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	37780626	rs61729277	C	T	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=760;ReadPosRankSum=0.349;SC=GGTGCAGAAGCTACGCCACTC;SOR=0.803;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=48;WE=37780634;WS=37780616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,80:0.37:219
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chr7	37901581	rs2249451	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=779;ReadPosRankSum=0.886;SC=TTAGTTCTTGGTGTGTTCTCC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=58;WE=37901589;WS=37901571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,76:0.72:106
chr7	37903853	rs3816419	A	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=0.729;SC=CAATTAACTGATCATTAGAAA;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=37903861;WS=37903843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
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chr7	37904065	rs3841582	TAAC	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=111;SC=AATTGCAAAATAACAACCTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=37904075;WS=37904055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	37904099	rs3816417	G	A	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=44;SC=AAAGACAAGCGTACCATTTAG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=37904107;WS=37904089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	37907304	rs10250905	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=314;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TATTTTGTAGTGTGACTTCGA;SOR=0.436;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=27;WE=37907312;WS=37907294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr7	37907434	rs201987014	G	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,128:0.57:225
chr7	37916455	rs62001868	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=157;ReadPosRankSum=-0.561;SC=ATCTGGAAAGACAACATTTAG;SOR=0.560;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=15;WE=37916463;WS=37916445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr7	37923849	rs1993052	G	A	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	37923976	.	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-3.302;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr7	37924737	rs1530822	T	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=10;PP=1042;SC=TTTGTTTTCTTTTCTAATAGT;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=37924745;WS=37924727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	37924879	rs2242027	A	G	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=58;PP=1920;SC=ATGGGTCACTATCTGTTTTCG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=104;WE=37924887;WS=37924869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	37927779	rs2251179	T	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=495;SC=GATCTGGAATTATTTGCTGTT;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=37927787;WS=37927769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	37933983	rs10260487	C	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=5;PP=268;SC=ATTAAACTATCATTTTCCTTA;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=37933991;WS=37933973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	37934146	rs56128139	TA	CT	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=665;ReadPosRankSum=-0.457;SC=CCTGAGCAAATAGAGAAAATT;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=17;WE=37934155;WS=37934136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr7	37934234	rs10261071	G	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=8;PP=236;SC=ATACATAATTGTTTGCATTAT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=37934242;WS=37934224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	37936686	.	G	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=544;ReadPosRankSum=-0.998;SC=GGATCCTGAGGAAAACTAAAG;SOR=0.930;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=41;WE=37936694;WS=37936676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,59:0.44:134
chr7	37947103	rs1802074	C	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr7	37947164	rs1802073	G	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr7	37951726	rs1132553	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=831;ReadPosRankSum=0.577;SC=CCTACCTTGAGCGCCACTCGT;SOR=0.616;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=22;WE=37951743;WS=37951716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr7	37951735	rs61761894	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=323;ReadPosRankSum=-1.253;SC=AGCGCCACTCGTAACACATGA;SOR=0.839;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=13;WE=37951743;WS=37951716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr7	37953720	rs2248554	C	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=0.929;SC=GTTTTCTTTACTTTGTGACTA;SOR=1.201;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=6;WE=37953728;WS=37953710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr7	37953840	rs1132552	C	T	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=467;ReadPosRankSum=0.323;SC=TGCTGAGATACGTTGCCAAAG;SOR=0.667;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=44;WE=37953848;WS=37953830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,86:0.44:196
chr7	37960262	rs201513905	AAGGCAGTGGCAGC	A	5356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.065;NF=17;NR=63;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.478;SC=GAAGCGGCAGAAGGCAGTGGC;SOR=0.791;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=149;TCF=28;TCR=121;TR=80;WE=37960282;WS=37960252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,136:0.65:210
chr7	37960955	rs4723716	T	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	37966201	rs12666164	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=357;ReadPosRankSum=0.215;SC=CTTTTAAAGATTGCAGGCCAG;SOR=0.538;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=22;WE=37966209;WS=37966191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr7	37988589	rs2044831	C	T	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=27;PP=768;SC=AGTACTCCATCGGGGGGCCTC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=37988597;WS=37988579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	37989775	rs1450851	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=-2.212;SC=CTTCTTTATTTAAAAGTCAAC;SOR=0.569;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=15;WE=37989783;WS=37989765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr7	38256938	rs6959603	C	T	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=38;PP=1060;SC=CCTCCTGAGGCGGACTGGATA;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=38256946;WS=38256928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	38268395	rs7795499	C	T	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	38282130	rs369281628	GGT	G	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,34:0.19:175
chr7	38282166	rs2009434	T	G	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.339;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=73;PP=2256;ReadPosRankSum=2.123;SC=AATGAATATTTATAAAACCTG;SOR=1.038;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=111;WE=38282174;WS=38282156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
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chr7	38284804	rs4629747	T	C	8768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.69;QD=45.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr7	38284808	rs4434531	A	C	8686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.63;QD=44.55;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	38284834	rs67534383	A	G	7459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=126;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=70;PP=2400;SC=GGTGACATCTAGAAGAATGAG;SOR=0.800;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=123;TCF=49;TCR=74;TR=119;WE=38284842;WS=38284824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	38284854	rs73360756	C	T	6970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.02;QD=44.40;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	38284884	rs200076851	A	AGG	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.97;QD=24.03;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	38284902	rs200052170	A	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.62;QD=38.23;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	38289121	rs1053756	C	T	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=83;PP=2681;SC=TTTCAGCAATCGAAGGAAGAA;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=54;TCR=83;TR=137;WE=38289129;WS=38289111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	38292853	rs55734725	C	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.92;QD=44.66;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	38292857	rs12701617	G	A	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.18;QD=40.37;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	38292890	rs10267672	T	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.03;QD=23.37;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	38292926	rs12701618	C	A	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.77;QD=27.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	38296130	rs6462828	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=27;PP=564;SC=TTTTGTGACATGTGATAGTTT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=38296138;WS=38296120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	38301741	rs2392542	T	A	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=67;PP=2661;SC=AACAAAATGATCAGGAGGAAG;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=145;WE=38301749;WS=38301731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	38304926	rs3901405	C	T	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=15;PP=1520;SC=AGTGTTCTGACAGATGATATG;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=72;WE=38304934;WS=38304916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	38305142	rs113809137	G	C	6778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.61;QD=26.48;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr7	38305340	rs2302343	A	G	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.80;QD=30.71;SOR=4.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	38309102	rs2075010	A	C	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=57;PP=1884;SC=CTGTGACAACAAGTGTTGTTC;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=106;WE=38309110;WS=38309092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	38356943	rs34482025	G	GA	3767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.173;NF=14;NR=65;PP=1415;ReadPosRankSum=0.770;SC=ACACACTGGGGAAAAAAATGG;SOR=0.322;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=15;TCR=72;TR=79;WE=38356951;WS=38356933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr7	38357075	rs11769443	T	C	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=32;PP=781;SC=AGCGTTGATGTGTGGAGCAGT;SOR=1.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=38357083;WS=38357065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	38388773	rs13227721	G	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.46;QD=26.71;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	38388910	rs113354949	C	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.966;NF=25;NR=9;PP=602;ReadPosRankSum=0.943;SC=GAGGCAGCCACAAGGCAGATT;SOR=0.750;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=34;WE=38388918;WS=38388900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr7	38393712	rs2215951	CA	TG	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.875;QD=15.93;ReadPosRankSum=1.906;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,70:0.43:164
chr7	38398564	rs1810377	AG	GC	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.215;NF=19;NR=48;PP=2522;ReadPosRankSum=0.622;SC=TAGAAGCACCAGTAGGGCCCA;SOR=0.876;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=158;TCF=49;TCR=109;TR=67;WE=38398573;WS=38398554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,85:0.42:204
chr7	38402496	rs2735118	A	G	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=947;ReadPosRankSum=-1.075;SC=ATAGACCCCAAAGTCATTTTC;SOR=0.506;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=69;WE=38402504;WS=38402486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,104:0.42:248
chr7	38402781	rs2011898	A	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.786;NF=15;NR=14;PP=368;ReadPosRankSum=-1.484;SC=ACTGGCTGCAATGGGAACAAC;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=29;WE=38402789;WS=38402771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr7	38402857	.	C	T	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.517;NF=22;NR=39;PP=938;ReadPosRankSum=-2.075;SC=AAACAAAACCCGTGATCCTCT;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=61;WE=38402865;WS=38402847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,86:0.57:151
chr7	38402943	rs11495989	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.292;NF=6;NR=16;PP=286;ReadPosRankSum=0.512;SC=TTCCTCTCTGGGGCCTTGGAA;SOR=0.384;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=22;WE=38402951;WS=38402933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr7	38407580	rs112349801	A	G	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.005;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.851;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,74:0.41:182
chr7	38424539	rs76851151	G	A	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,91:0.41:224
chr7	38429370	rs6977263	C	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.995;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,55:0.37:150
chr7	38431511	rs2229922	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=-0.507;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr7	38431644	rs79759611	G	GC	830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=508;SC=CCGTGGCGATGCCGGCAGGGC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=38431652;WS=38431634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr7	38460546	rs1019287	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.419;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=119;ReadPosRankSum=-0.997;SC=AAACACTGGGGCGTTTTCTTG;SOR=0.257;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=10;WE=38460554;WS=38460536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr7	38461878	.	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.506;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=158;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TTACAGACACATTCTCTCCTG;SOR=0.021;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=15;WE=38461886;WS=38461871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr7	38462154	rs57006229	G	GTATC	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=2.680;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.939;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr7	38467923	rs6958300	A	G	5439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=80;PP=2660;SC=GTATGACTACAGTTCTCAGTT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=143;WE=38467931;WS=38467913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr7	38468463	rs2267808	C	T	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=37;PP=1424;SC=TTTTCATTGGCGTTTGTACTT;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=79;WE=38468471;WS=38468453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	38468695	rs2392572	C	T	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=56;PP=2170;SC=GAGAATCTTCCATCTTCTGTT;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=107;WE=38468703;WS=38468685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	38469039	rs2215955	C	A	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=971;ReadPosRankSum=1.321;SC=TCTTGGCTGACCCTGTCTGTA;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=70;WE=38469047;WS=38469029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,104:0.65:161
chr7	38469636	rs10253674	G	T	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=328;SC=TTCCAAAATTGTTTAAGACCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=38469644;WS=38469626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	38471753	rs10232299	A	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=460;ReadPosRankSum=0.036;SC=TCTGGGGATCAAGATACATGA;SOR=0.435;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=27;WE=38471761;WS=38471743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr7	38505025	rs722334	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=233;ReadPosRankSum=-1.446;SC=AGAAATTTTAGCAAGCAGGAC;SOR=0.937;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=19;WE=38505033;WS=38505015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr7	38530568	rs2043786	G	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=522;ReadPosRankSum=1.107;SC=TTGAGGACTTGTAATAATTCT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=32;WE=38530576;WS=38530558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr7	38530807	rs3837078	T	TA	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.067;NF=2;NR=20;PP=490;ReadPosRankSum=0.771;SC=ACCAAACTTCTAAAAAAATCT;SOR=0.613;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=22;WE=38530815;WS=38530797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr7	38543103	rs10225047	TG	GC	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=3.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	38543371	rs6946268	C	T	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=51;PP=1419;SC=GTAAGAAGTGCTAAGTCTCAA;SOR=1.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=74;WE=38543379;WS=38543361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	38725588	rs374472663	T	A	3257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;ReadPosRankSum=1.156;SC=CCACCCTCTCTTTCGGGTGTC;SOR=0.694;Source=Platypus;TCF=100;TR=101;WE=38725596;WS=38725578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,157:0.58:271
chr7	38725804	rs11980087	C	T	7855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=103;PP=2965;SC=GAAAAAGGCTCGCCATCAACT;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=206;WE=38725812;WS=38725794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr7	38725883	rs12701651	C	A	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.265;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1405;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TCCTTGAGAACAGATTCGATG;SOR=0.621;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=205;TCF=104;TCR=101;TR=102;WE=38725891;WS=38725873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,129:0.47:277
chr7	38726473	rs17508140	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=413;ReadPosRankSum=2.080;SC=GGCAGGAAGTTTGAGGAGTAA;SOR=0.924;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=29;WE=38726481;WS=38726463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr7	38766611	rs73119730	G	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=217;ReadPosRankSum=-2.522;SC=GCAGAGAAAGGAGGAGAACTT;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=13;WE=38766619;WS=38766601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr7	38768444	.	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.205;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.639;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=466;ReadPosRankSum=0.586;SC=CAAATCTGAGGGGTGAAGGGA;SOR=1.721;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=24;WE=38768452;WS=38768434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr7	38780883	rs6951429	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=13;PP=368;SC=AACAACAGTCCGAATTTTTAA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=38780891;WS=38780873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	38780924	rs6975410	T	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=10;PP=324;SC=TCTATAGAAGTTACCAGCATC;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19;WE=38780932;WS=38780914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	38782944	rs11971020	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=630;ReadPosRankSum=0.802;SC=TAATCTAGACATAACTGGTTA;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=18;WE=38782959;WS=38782934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr7	38782951	rs10254567	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=858;ReadPosRankSum=-0.608;SC=GACATAACTGGTTACACTGAG;SOR=0.811;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=25;WE=38782959;WS=38782934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr7	38784989	.	CCTT	C	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-0.464;SC=AACAACTCTTCCTTCTTTACT;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=38784999;WS=38784979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr7	38785062	rs28520398	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TCTGTGTTACGTTGGTCTAAA;SOR=1.288;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=6;WE=38785070;WS=38785052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
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chr7	38813711	rs976350	C	T	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=21;PP=1156;SC=TTCATATCTCCTACCTAAATG;SOR=1.122;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=61;WE=38813719;WS=38813701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr7	38860933	rs56002981	A	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=519;ReadPosRankSum=0.488;SC=GTCAGTATGAACACATACTAT;SOR=0.582;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=45;WE=38860941;WS=38860923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,59:0.41:144
chr7	38869708	rs7790054	C	T	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=6;PP=1181;SC=TATTTTACTTCAATTATGACC;SOR=2.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=38869716;WS=38869698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	38908876	rs3735346	T	C	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=10.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,73:0.54:136
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chr7	39074034	rs140865112	C	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=340;ReadPosRankSum=-2.717;SC=GAAGTGTTCTCGGCAGGAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=24;WE=39074042;WS=39074024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr7	39125413	rs1950001	T	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=18;PP=1071;SC=GCACTCTAAATCTGCCACTTT;SOR=1.276;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=55;WE=39125421;WS=39125403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	39243674	.	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr7	39243750	rs4507668	A	G	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=23;PP=1115;SC=CCACTCTGTCATATCATCTAT;SOR=1.166;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=62;WE=39243758;WS=39243740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	39379287	.	CCAG	C	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=3.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.671;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,27:0.12:228
chr7	39491081	.	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=218;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CTGGCATTTTTCCCCTAATTT;SOR=0.336;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=16;WE=39491089;WS=39491071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr7	39500352	rs885689	C	G	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	39605965	.	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr7	39649055	rs4723883	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=-2.863;SC=ATGTTATCAAATTGGGAGAAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=39649063;WS=39649045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr7	39649275	rs4723884	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=432;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CCGGAGGTTGGGACGCAACTA;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=33;WE=39649283;WS=39649265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,43:0.34:127
chr7	39649456	rs4723885	G	C	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=608;ReadPosRankSum=-2.040;SC=GCCACCGCCGGCGTTTCAGAC;SOR=0.652;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=41;WE=39649464;WS=39649446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,89:0.42:213
chr7	40228028	rs644966	A	T	130.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.81;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	40314165	rs12669315	G	A	3130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=49;PP=1243;ReadPosRankSum=0.187;SC=CCACTGGCCTGTATGCATATG;SOR=0.594;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=91;WE=40314173;WS=40314155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,167:0.57:293
chr7	40356305	rs73135029	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.921;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=1019;ReadPosRankSum=-1.638;SC=TTCTCTTTATGAGTATAGATA;SOR=1.374;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=30;WE=40356323;WS=40356295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr7	40356315	rs10245165	A	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=313;ReadPosRankSum=1.049;SC=GAGTATAGATAAACTAGCTGT;SOR=0.358;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=12;WE=40356323;WS=40356295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr7	40899967	rs2010706	G	C	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=748;ReadPosRankSum=0.051;SC=GGCCGCCCCCGCTGCTCGGGC;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=48;WE=40899975;WS=40899957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,97:0.64:151
chr7	41368737	.	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr7	41729940	.	A	G	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=63;PP=1526;ReadPosRankSum=3.086;SC=TCCCCCTTTAAGCCCACTTCC;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=127;TCR=155;TR=115;WE=41729948;WS=41729930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,194:0.38:505
chr7	41730188	.	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=627;ReadPosRankSum=0.400;SC=CCTGTTAATTCCAACATTTAC;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=36;WE=41730196;WS=41730178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr7	42005678	rs929387	G	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=21;PP=879;SC=GCCGTGGCCCGGCGCATCGTG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=42005686;WS=42005668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	42007071	rs4724083	C	T	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=46;SC=TAAACATTAACGGATGGTTAC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=42007079;WS=42007061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	42064852	rs846273	C	G	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=10;PP=726;SC=TGTGCGGCCTCGGTGTCCTAC;SOR=1.453;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=37;WE=42064860;WS=42064842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	42187734	.	GCACACACA	GCA,G	174	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=6,6;NR=4,4;PP=174,165;QD=17.7;SC=CATAAAGCGCGCACACACACA;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=10,10;WE=42187751;WS=42187724;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.77:13
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chr7	42957465	rs71008875	ATT	A	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr7	42972199	.	C	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.275;SC=ACAGTTCGCCCTCAGCCCCGG;SOR=0.132;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=42972207;WS=42972189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr7	42976789	rs630191	A	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=536;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AGGTGGAACTAGATGGTGTAT;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=40;WE=42976797;WS=42976779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,54:0.30:178
chr7	42977091	rs631132	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=310;ReadPosRankSum=-1.445;SC=TGCTGTACACGGGAGAGACAC;SOR=1.255;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=21;WE=42977099;WS=42977081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr7	43190479	rs12702015	T	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=207;ReadPosRankSum=2.238;SC=TTCAGCATCTTTATCAGCGCC;SOR=0.661;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=17;WE=43190495;WS=43190469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr7	43190564	.	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr7	43400635	.	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=0.484;SC=TCTTCACTTTCCTATTTTGTT;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=8;WE=43400643;WS=43400625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr7	43400656	rs145865375	CGT	C	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	43484310	rs73098706	T	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=941;ReadPosRankSum=-1.942;SC=GAGATGTGTCTACCCTGGAGC;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=50;WE=43484318;WS=43484300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr7	43485248	rs6960889	A	G	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.765;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=482;ReadPosRankSum=-0.348;SC=AAAAACAAGAAGGGCGGGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=22;WE=43485256;WS=43485238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr7	43495878	rs3214631	C	CT	1362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=11;PP=1144;SC=TTCTTTTTGCCTTTTTATTAA;SOR=1.358;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=29;WE=43495886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	43496138	rs2304331	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=269;ReadPosRankSum=0.116;SC=CTGCTCAGACTGTATGAGGAG;SOR=0.671;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=28;WE=43496146;WS=43496128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr7	43506015	rs2304330	C	A	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=21;PP=630;SC=TTTCCCAATGCATTCTGTTGC;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=43506023;WS=43506005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	43506059	rs2304329	A	G	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	43506113	rs138489968	A	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr7	43506158	rs2304328	T	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=15;PP=348;SC=CTGTGCTACATGCCAATTATG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=43506166;WS=43506148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	43519337	rs2304327	T	C	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=426;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GTTACAGCGCTGGAGAGGTAA;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=49;TCR=91;TR=45;WE=43519345;WS=43519327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,66:0.35:190
chr7	43531855	.	G	A	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=629;ReadPosRankSum=-1.424;SC=TTGTTTTTCTGGTTTTTGTCA;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=41;WE=43531863;WS=43531845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,60:0.59:102
chr7	43548832	rs74368380	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=120;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CCAGATGTTATGAGGGATGAG;SOR=1.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=10;WE=43548840;WS=43548822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr7	43580595	rs2304322	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=5.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=108;ReadPosRankSum=0.264;SC=GGATTGTTCATGGTAAAGCAA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=43580603;WS=43580591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr7	43580628	rs2304321	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=205;ReadPosRankSum=-1.135;SC=AGGTGCCTCCCTTGTGTCATC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=14;WE=43580636;WS=43580618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr7	43580904	rs3816072	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=1.879;SC=CCCTGTCTGCAGGGCAAGGAC;SOR=0.704;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=12;WE=43580912;WS=43580894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr7	43581356	rs12534814	T	C	261.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=209;ReadPosRankSum=-0.831;SC=AAGTATCCAATTGTTAGGATA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=43581364;WS=43581346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr7	43590229	rs13243191	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=0.294;SC=GCTGTGGCCAGGGTGCTGCTT;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=13;WE=43590237;WS=43590219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr7	43591955	rs4724220	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=-2.230;SC=CAGGAGCTGTAATGATGCAAT;SOR=0.578;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=20;WE=43591963;WS=43591945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr7	43601324	.	T	C	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=661;ReadPosRankSum=1.279;SC=TTTTGATTCCTTTTTGAATCA;SOR=0.651;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=48;WE=43601332;WS=43601314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,78:0.39:199
chr7	43622806	rs10251937	T	C	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=299;ReadPosRankSum=-1.500;SC=CTGCTCGGAGTGAACAGGCGG;SOR=0.694;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=30;WE=43622814;WS=43622796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr7	43623123	rs2241738	C	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	43647879	rs11555026	C	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.840;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,60:0.42:142
chr7	43664198	rs10233697	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=349;ReadPosRankSum=-2.441;SC=TCAGGATGGAAAAGGCACTAG;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=24;WE=43664206;WS=43664188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,31:0.28:111
chr7	43664280	rs1044141	A	G	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=35;PP=1118;SC=ATCAGAAACCAAGGAATCCAT;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=43664288;WS=43664270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	43664477	rs15866	T	C	135.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GATTTCTACATTGAAAATGTT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=43664485;WS=43664467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr7	43684803	rs2302031	C	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=168;ReadPosRankSum=0.223;SC=AGACTCTCCTCTCCTTCAGCA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=9;WE=43684811;WS=43684793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr7	43685150	rs10263142	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=1.655;SC=CTACTCTAAATTGTCCATTTT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=43685158;WS=43685140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	43686194	rs970134	G	A	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=632;ReadPosRankSum=-1.012;SC=AGGGAGAAAGGCTGTCACACC;SOR=0.682;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=51;WE=43686202;WS=43686184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,111:0.48:233
chr7	43686224	rs970135	C	T	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,93:0.45:206
chr7	43687074	rs143305109	TGGA	T	543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.969;NF=4;NR=3;PP=245;ReadPosRankSum=0.464;SC=TTTCCTCTGATGGAGGAGCAG;SOR=1.061;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=7;WE=43687084;WS=43687064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr7	43687296	rs2240516	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=346;SC=GGGATTTGCCCGGCTTGGACC;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=43687304;WS=43687286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	43687967	rs17531127	G	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.702;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr7	43687998	rs143959045	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=195;ReadPosRankSum=0.598;SC=AGCTTCCAACGCCAGCATGAG;SOR=0.425;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=16;WE=43688006;WS=43687988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr7	43810695	rs699511	A	G	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=11;PP=994;SC=GAGTTTGGGCAGGTGCCACCA;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=43810703;WS=43810685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	43810764	rs699512	G	A	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=47;PP=2211;SC=CAAGATGAATGCAGAGGTGAG;SOR=1.135;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=80;TCR=48;TR=127;WE=43810772;WS=43810754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr7	43810820	rs10234057	C	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=561;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TATTGTGTCCCTCATTTCTCC;SOR=0.795;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=45;WE=43810828;WS=43810810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,83:0.32:257
chr7	43827373	rs17239537	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=146;ReadPosRankSum=-1.004;SC=ATCCTGATGCTGTGGCTTCCT;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=14;WE=43827381;WS=43827363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr7	43827414	rs849165	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=337;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CATCTTGCTCGTCGGGACCCT;SOR=1.047;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=24;WE=43827422;WS=43827404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr7	43846603	rs7738	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9969;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=-0.212;SC=AAGAAAAAGGACCTGGTCTAA;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=43846611;WS=43846593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr7	43916491	rs2232109	G	A	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=42;PP=1676;SC=CCCGGAAGCCGTCGCCCTGTT;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=43916499;WS=43916481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	43917274	rs2232103	A	G	7309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=121;PP=2965;SC=TGGTGCCCCCATGCTTTGGTC;SOR=0.972;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=83;TCR=121;TR=204;WE=43917282;WS=43917264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr7	43945982	rs200939452	G	GC	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=68;SC=CCGCGCGGCCGGTCCGCCCAA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=43945990;WS=43945972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	43946034	.	C	T	109.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	43978084	rs61751727	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-1.647;SC=AGGACCTGTCGGTGATGACTG;SOR=0.546;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=13;WE=43978092;WS=43978074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr7	44026116	rs62458706	T	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=10;PP=1159;SC=AGCTGACCTGTTCCCCCAGCC;SOR=2.925;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=53;WE=44026124;WS=44026106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr7	44027348	rs2330943	A	G	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=30;PP=1031;SC=TATCATTGCCAACACGGAGGA;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=44027356;WS=44027338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	44076236	rs28595396	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.570;NF=20;NR=8;PP=416;ReadPosRankSum=-0.066;SC=ACAGTGTTCAGGCCACTCCCA;SOR=0.573;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=28;WE=44076244;WS=44076226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr7	44076350	rs28378571	T	C	7543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=83;PP=2965;SC=GCTGCCAAAGTTCTTTTCCTC;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=104;TCR=83;TR=187;WE=44076358;WS=44076340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr7	44081323	rs3099757	C	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.41;QD=30.06;SOR=3.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr7	44084210	rs17553434	A	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=204;SC=GCTGGCCCCTACCATTTCCGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=44084218;WS=44084200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	44084486	rs6944386	C	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.32;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	44084526	rs6964599	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=23;PP=524;SC=CGCGGAGCGGTGCCCAGGCAG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=44084534;WS=44084516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	44089904	rs3812251	A	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=27;PP=721;SC=AAATGGACTCAGGGACACCAG;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=41;WE=44089912;WS=44089894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	44091343	rs17172569	A	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=412;SC=CTGGTTTAGAAGCAGCTCGGC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=44091351;WS=44091342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	44097696	rs6968228	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=5;PP=145;SC=AGTGGCAGCATAGGGCTGAGC;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=44097704;WS=44097686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	44098865	rs4582459	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=278;ReadPosRankSum=0.086;SC=GAGACTGCCTCGAGCACACCA;SOR=0.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=18;WE=44098873;WS=44098855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr7	44098907	rs5006232	G	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.769;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
chr7	44099664	rs11552797	T	C	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=21;PP=885;SC=AGCAAGGTGCTGGCTCTGAGC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=44099672;WS=44099654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	44112873	rs3218660	G	T	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=29;PP=993;SC=GAGTGGAAGTGGGGGACACAG;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=44112881;WS=44112863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	44113656	rs3218661	T	C	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=19;PP=787;SC=GCTGAGACCATCCGGTGGTGT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=44113664;WS=44113646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	44118323	rs28382645	GC	G	4978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.366;NF=23;NR=50;PP=2607;ReadPosRankSum=1.793;SC=GTAGGTCCGAGCCCTGCCCTG;SOR=0.562;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=73;WE=44118331;WS=44118313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,163:0.62:263
chr7	44118473	.	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.460;NF=18;NR=41;PP=772;ReadPosRankSum=0.285;SC=GAAGGGCGGGGAGTTAGGGTC;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=137;TCF=44;TCR=93;TR=59;WE=44118481;WS=44118463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,68:0.41:164
chr7	44120037	rs28382637	T	C	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=22;PP=941;SC=CCGCTCGGAGTTGCTGTGTCA;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=48;WE=44120045;WS=44120027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	44144201	rs28362520	C	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=615;ReadPosRankSum=0.667;SC=TCCGCCCTTTCCCAGAGACCC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=44144209;WS=44144191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr7	44147567	rs58863562	C	CG	3043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=36;SC=GCCATGGCCACGGCGCTCTGG;SOR=1.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=47;WE=44147575;WS=44147557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	44148553	rs2595701	A	G	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=547;ReadPosRankSum=-0.847;SC=AGCGCCAGACAGACGAAGAGA;SOR=0.743;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=44;WE=44148561;WS=44148543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,75:0.54:140
chr7	44149374	rs11979310	T	A	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=64;PP=2191;SC=GTTCTCCAGATGGGGCAGCTG;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=114;WE=44149382;WS=44149364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr7	44151009	rs62460065	C	T	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=15;PP=933;SC=GGGTCATGCCCGTCCCTCGCC;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=44151017;WS=44151005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	44152119	rs11377645	A	AG	1867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=1038;SC=TAGTGGCCGGAGCTGCAGCCC;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=44152127;WS=44152109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	44152524	rs144604735	A	AG	3099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.761;NF=19;NR=32;PP=1798;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TCAGCCTGGGAGGGGCTGTGG;SOR=0.793;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=51;WE=44152532;WS=44152514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,114:0.64:178
chr7	44152549	rs41279612	G	A	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1411;ReadPosRankSum=1.628;SC=GGCCTGGTCCGGAGAGGGGCT;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=85;WE=44152561;WS=44152539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,109:0.61:179
chr7	44153082	rs67670401	G	GC	1116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=1128;SC=GGAGGGCGGTGCTGGGGGCGG;SOR=1.839;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=24;WE=44153090;WS=44153072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	44153115	rs34515254	G	GC	588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=0;PP=856;SC=GGAGGGCGGGGCTGGGGGCAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=18;WE=44153123;WS=44153105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	44153780	rs13928	A	G	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.57;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,230:0.96:240
chr7	44154865	rs5883885	A	AG	3824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=31;PP=2314;SC=TCAGCAAATCAGCCTGGGCCC;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=44154873;WS=44154855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	44156146	rs3087367	G	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=517;SC=AGGCCCAGGCGAGTCCCAGGC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=44156154;WS=44156136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	44157770	rs34484835	G	GC	1152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=904;SC=CAGGGCCCTGGCCTTGCCAGG;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=21;WE=44157778;WS=44157760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	44178626	rs1008384	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=431;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CTCCACCTGCAGGGGACACTG;SOR=0.961;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=29;WE=44178634;WS=44178616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr7	44178964	.	T	A	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,61:0.52:118
chr7	44180044	rs75267165	T	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.715;NF=17;NR=31;PP=798;ReadPosRankSum=1.721;SC=GGGTGGGGCATGAGGTGCACA;SOR=0.895;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=48;WE=44180052;WS=44180034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,77:0.56:138
chr7	44180079	rs5883888	A	AG	2618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=49;PP=2253;SC=GTCCCCCAGAAGGCCCAGGCC;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=53;WE=44180087;WS=44180060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	44180220	rs73691404	G	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr7	44180226	rs55908146	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.23;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	44185047	rs13306387	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=398;ReadPosRankSum=-2.311;SC=CCTTGGAGCGCGCGCTTTTTG;SOR=0.843;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=29;WE=44185055;WS=44185037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr7	44185656	rs887688	G	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.092;NF=13;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=2.604;SC=CGGGCAGGGAGCACCGAGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=28;WE=44185664;WS=44185646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
chr7	44185786	rs5883890	GC	G	759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=590;SC=CTCGGGCCCCGCCCCTCCCTT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=16;WE=44185794;WS=44185776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	44185805	rs887687	C	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=0.677;SC=TTTGCATCCCCGTCCTGTCCC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=44185813;WS=44185795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr7	44189321	rs2268574	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=286;ReadPosRankSum=-0.237;SC=AGGGAGCCTCAGCAGTCTGGA;SOR=0.641;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=27;WE=44189329;WS=44189311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
chr7	44190468	rs2268573	T	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=205;ReadPosRankSum=0.336;SC=TCTGAGCACATGGTATGGGGG;SOR=2.147;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=11;WE=44190476;WS=44190458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr7	44197583	rs2070971	G	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=130;ReadPosRankSum=-1.316;SC=CTTGGTGAAAGCGATAAGAGT;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=11;WE=44197591;WS=44197573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr7	44243953	rs1476892	C	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	44247258	rs3824065	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TACGTTCAGACCGGGGAACCC;SOR=0.724;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=44247266;WS=44247248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr7	44250279	.	GCACA	G,GCA	586.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=32.60;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,12:0.33,0.67:18
chr7	44250826	rs2072439	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=15;PP=380;SC=TTCTTAGACTGTTGAATCATG;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=44250834;WS=44250816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	44259554	rs149624128	T	TG	1237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=8;PP=518;SC=TTCCCAGGCATGGCTCTGCAC;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=15;WE=44259569;WS=44259544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	44259561	rs138799733	G	GC	1207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=8;PP=672;SC=GCATGGCTCTGCACAGGCCCC;SOR=1.382;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=44259569;WS=44259544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	44259706	rs1065359	G	A	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=901;ReadPosRankSum=-1.486;SC=GGAAGTGCACGTTCTGCCACT;SOR=0.658;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=62;WE=44259714;WS=44259696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,100:0.62:160
chr7	44259871	rs1127065	C	T	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=914;ReadPosRankSum=0.221;SC=TCGTGTGGATCGGCTTGCTGT;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=70;WE=44259879;WS=44259861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,100:0.65:155
chr7	44266077	rs10951758	G	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=16;PP=652;SC=GAGCCCCTCCGGGCAGCCGCT;SOR=0.934;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=37;WE=44266085;WS=44266067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	44268785	rs917791	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.322;SC=CTTGAGCAGGAAAGTGGTCCA;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=11;WE=44268793;WS=44268775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr7	44270764	rs13438284	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.830;NF=5;NR=13;PP=230;ReadPosRankSum=0.484;SC=CAGGCTCTGAAGCTGATCTCT;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=18;WE=44270772;WS=44270754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr7	44272314	rs5883896	G	GC	298.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=218;SC=GGCGGCCAGGGCATGGGACAT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=44272322;WS=44272304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	44281475	rs2075073	T	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=392;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GGGTCCCCACTTGCCAAGAGC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=26;WE=44281483;WS=44281465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
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chr7	44442296	rs1473114	A	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=698;SC=CTGCTCCATGATCTGCACTGA;SOR=1.033;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=44442304;WS=44442286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	44524990	.	A	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=-0.852;SC=AAAGTCAGAAACTGACAAGTT;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=44524998;WS=44524980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	44558256	.	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr7	44576143	.	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=530;ReadPosRankSum=1.220;SC=ACCCCTTGCTCCTTCTCCCCC;SOR=2.267;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=25;WE=44576151;WS=44576133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr7	44580876	rs41279633	G	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.422;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr7	44580991	rs17655652	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr7	44606098	rs6656	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=319;ReadPosRankSum=0.059;SC=TGTGAGGGCGCACCAGGCCAC;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=27;WE=44606106;WS=44606088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr7	44610229	rs2289054	C	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GTGGGGCTCTCTGGGCTACAC;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=14;WE=44610237;WS=44610219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr7	44611890	rs2289055	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=425;ReadPosRankSum=-0.964;SC=AGGAGCATCAAGATCTTTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=23;WE=44611898;WS=44611880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr7	44612347	rs217374	G	C	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=1101;ReadPosRankSum=0.884;SC=CACAGCTCTGGAGGTGGACAA;SOR=0.570;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=68;WE=44612355;WS=44612337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,111:0.51:219
chr7	44612753	rs217372	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr7	44613611	rs11308115	CG	C	2113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.668;NF=4;NR=32;PP=1341;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GAAGTGCTGGCGGCCTAGGCT;SOR=0.545;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=36;WE=44613619;WS=44613601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,65:0.71:92
chr7	44619302	rs217361	T	C	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=795;ReadPosRankSum=0.170;SC=CTGCGTGTAATTACTCAACTC;SOR=0.900;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=47;WE=44619310;WS=44619292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr7	44620836	rs8580	C	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=486;ReadPosRankSum=1.869;SC=CGAGATGCACCCGCTACAAGG;SOR=0.491;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=31;WE=44620844;WS=44620826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr7	44687175	rs113649447	C	CT	806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,53:0.43:123
chr7	44734160	.	C	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,85:0.45:187
chr7	44736236	rs144097169	CCCCA	C	1151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.685;NF=2;NR=20;PP=983;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TGACCTTGGCCCCCACCCATC;SOR=1.314;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=22;WE=44736247;WS=44736226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr7	44737679	rs17133935	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.38;MQRankSum=1.282;QD=16.06;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr7	44737716	rs3216978	T	TAAG	1158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.84;MQRankSum=1.637;QD=23.17;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr7	44737922	rs3213662	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GGAAACCTGGGGAAGAGCAAT;SOR=0.264;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=44737930;WS=44737912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr7	44747514	rs61756583	C	T	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=44;PP=1251;ReadPosRankSum=2.908;SC=CTCCAGCCACCGGCAACAAGA;SOR=0.567;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=82;WE=44747522;WS=44747504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,129:0.64:200
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chr7	44747589	rs61756584	C	T	4083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=2191;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TCTTCAAGAACTTCTCGTAGA;SOR=0.651;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=64;WE=44747597;WS=44747568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,103:0.66:156
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chr7	45009341	rs3735485	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=252;ReadPosRankSum=-1.285;SC=GCGGTGGTGCATGTCCAGGGT;SOR=1.531;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=18;WE=45009349;WS=45009331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr7	45009723	rs11555636	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
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chr7	45040063	.	G	GT	79.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	45077978	rs2107732	G	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=340;ReadPosRankSum=-1.453;SC=GCCTGAGCGCGTCGAGCCAGA;SOR=0.583;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=28;WE=45077986;WS=45077968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr7	45104131	rs11552377	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=0.224;SC=TGCGTACAACGTCAAGCTGGC;SOR=0.838;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=15;WE=45104139;WS=45104121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
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chr7	45111482	rs1001349	A	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=385;ReadPosRankSum=-0.851;SC=GTCAGCTGATAAGCATCCTTT;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=39;WE=45111490;WS=45111472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,69:0.36:194
chr7	45112446	.	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=0.753;SC=CTGGTGTTGTCCAGGCTGCAG;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=9;WE=45112454;WS=45112436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr7	45112902	rs10272243	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=142;SC=CCACCCTGCATGCCCAGTCAG;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=45112910;WS=45112892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	45114089	rs2289370	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=93;ReadPosRankSum=2.159;SC=GCACACGGACCCCTCAGTGGG;SOR=0.473;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=10;WE=45114097;WS=45114079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr7	45120160	rs117271190	G	A	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.244;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=994;ReadPosRankSum=-1.459;SC=GAAGCACCCCGCAGTGGAGCC;SOR=1.597;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=59;WE=45120168;WS=45120150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,67:0.53:126
chr7	45120248	rs1132130	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=0.887;SC=CCATGATGGCGTTGACGATGT;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=41;WE=45120256;WS=45120238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,60:0.28:214
chr7	45120453	rs10264280	C	T	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=464;ReadPosRankSum=-0.240;SC=CCCTGCGAGGCCCTGGAGCCC;SOR=1.044;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=39;WE=45120461;WS=45120443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,64:0.35:184
chr7	45122324	rs3735493	C	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=-0.181;SC=AGACTCTGGGCAGGAGTCCAG;SOR=1.096;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=26;WE=45122332;WS=45122314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr7	45122464	rs10243185	A	C	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=21;PP=1430;SC=CAGGAGGCGCATCGGGGACCT;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=45122472;WS=45122454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	45122723	rs61740895	G	A	6328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=73;PP=2491;ReadPosRankSum=-0.137;SC=AGTGGAATCCGCATCTTCCTG;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=139;WE=45122731;WS=45122713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,246:0.99:248
chr7	45123906	.	T	G	106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=23;MQ=47.0;NF=6;NR=1;PP=106;QD=20.110173221;SC=TGGGACACAATCGTGGCTGCA;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=45123914;WS=45123896;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,7:0.47:15
chr7	45123925	.	C	T	422	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=30;MMLQ=25;MQ=51.79;NF=12;NR=2;PP=422;QD=32.6265151819;SC=CAGCCACAGGCTTTGGGGCTG;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=14;WE=45123945;WS=45123915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr7	45123937	.	T	C	581	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=30;MMLQ=23;MQ=54.83;NF=12;NR=5;PP=581;QD=36.2218360322;SC=TTGGGGCTGATGAGAGATCTG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=17;WE=45123945;WS=45123915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr7	45124008	rs7777835	T	C	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=15;PP=1009;SC=AGGTCCTCTTTAGCCTGCCTG;SOR=1.207;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=50;WE=45124016;WS=45123998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	45124286	rs3735494	A	G	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=52;PP=1915;SC=TCTGGTAGCCACCTCCACCTG;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=102;WE=45124294;WS=45124276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	45124465	rs3735495	A	T	3704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=51;PP=1844;SC=ACACAGTCCCATCCTGAGCCT;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=98;WE=45124473;WS=45124455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	45125775	rs9791417	G	A	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=283;SC=GGCCAGGCCCGGGGAGATGAA;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=18;WE=45125783;WS=45125765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	45139892	rs4553	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=296;ReadPosRankSum=0.463;SC=ACCTCCGGCGGAGAGGCACGC;SOR=0.939;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=27;WE=45139900;WS=45139882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,29:0.26:113
chr7	45139919	rs2289373	A	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.212;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,53:0.34:156
chr7	45142834	rs2289374	G	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=705;SC=GGCCCCTCCCGCCTCCACCTA;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=45142842;WS=45142824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	45143090	rs59494919	G	GGACAGCC	577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.34;MQRankSum=1.002;NF=0;NR=7;PP=563;ReadPosRankSum=2.372;SC=TCTCTGCCCAGCACGCTGTCC;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=45143101;WS=45143080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr7	45143093	.	C	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=463;ReadPosRankSum=1.930;SC=CTGCCCAGCACGCTGTCCTCC;SOR=0.712;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=10;WE=45143101;WS=45143080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr7	45143108	rs2119056	T	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=260;SC=TCCTCCTGCCTGGCTCTGAGT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=45143116;WS=45143098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	45143892	rs6973982	A	G	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=909;ReadPosRankSum=0.705;SC=TTAGCTGGAGAGAGTCAGCAA;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=58;WE=45143900;WS=45143882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,107:0.65:165
chr7	45144113	rs41280672	C	T	3658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.364;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=57;PP=1543;ReadPosRankSum=1.213;SC=CCCCTCTCTCCACCGTTCTGT;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=103;TCR=103;TR=113;WE=45144121;WS=45144103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,191:0.49:391
chr7	45144403	rs2289375	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=-0.786;SC=CAGTGCAGCCCCTGTGACAGC;SOR=2.441;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=11;WE=45144411;WS=45144393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr7	45144494	rs2289376	T	C	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.18;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	45144494	.	TG	CA,CG	267	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=59.52;NF=12,26;NR=6,10;PP=220,267;QD=15.1926597146;SC=AGGGAACCCCTGGACCTGGAG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=18,36;WE=45144503;WS=45144484;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.49:37
chr7	45144495	.	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr7	45148667	rs2304693	G	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=748;ReadPosRankSum=0.138;SC=CTTCTCCACCGGCTCCATCAA;SOR=0.676;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=50;WE=45148675;WS=45148657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,72:0.60:120
chr7	45148773	rs2304694	C	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=706;ReadPosRankSum=0.461;SC=GGAGCCATGGCAGGGGCCTGA;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=49;WE=45148781;WS=45148763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,79:0.61:130
chr7	45151340	.	G	A	3207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=87;PP=2067;ReadPosRankSum=0.009;SC=AGCGCCGGCGGAAACGAGACG;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=46;TCR=126;TR=119;WE=45151348;WS=45151330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,139:0.69:200
chr7	45197361	.	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=7.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=0.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr7	45216761	rs1294940	G	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=642;ReadPosRankSum=0.697;SC=GGTCAGGGTGGAGGGTGAAGG;SOR=0.623;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=39;WE=45216769;WS=45216751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr7	45225558	rs118191920	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=1.282;SC=GTTTTCTCCAGGGCACCAAGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=45225566;WS=45225548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	45697295	rs2461131	C	G	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	45697295	.	CCT	GCC	1224	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=41;NR=22;PP=1224;QD=20.277267855;SC=CAAGGTGGGCCCTAGCCCCAC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=63;WE=45697305;WS=45697285;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr7	45697297	rs2471231	T	C	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	45703971	rs1042009	G	A	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=40;PP=1183;SC=GACTGTGCACGTAGCTTCAGG;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=45703979;WS=45703961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	45742998	.	G	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=559;ReadPosRankSum=-0.897;SC=GAGAGGACATGGAGAAGGTGA;SOR=1.176;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=30;WE=45743006;WS=45742988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr7	45743403	rs2461114	G	A	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=61;PP=1658;SC=ATCCTGTTGCGTGGGCAGAGC;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=81;WE=45743411;WS=45743393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	45928647	rs9658192	C	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr7	45954679	rs34091405	AAC	A	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=612;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CAGCTAAGGCAACACAAGAGC;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=10;WE=45954700;WS=45954669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr7	45954692	rs10255707	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=610;ReadPosRankSum=0.488;SC=ACAAGAGCCATGCGTGCCTAG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=45954700;WS=45954669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr7	45957055	rs2471551	G	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.047;NF=5;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=0.637;SC=ACGCCCAAGAGAGACAAACAC;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=15;WE=45957063;WS=45957045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr7	45957161	.	GT	G	36	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.9998;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=61.78;NF=0;NR=4;PP=36;QD=11.25;SC=ATCCAAGTGAGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=45957169;WS=45957151;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr7	46728937	rs1404727	T	C	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=26;PP=1439;SC=GCAAAATCTCTTGTACTTTTG;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=46728945;WS=46728927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	46732428	rs700747	A	G	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=23;PP=1097;SC=AGGAAGCAAAACAAGCAAGTC;SOR=0.979;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=60;WE=46732436;WS=46732418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	46732627	rs1917602	A	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=407;SC=CCCTTCTATGAAGTAAATAGG;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=46732635;WS=46732617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	46736733	rs71003346	GA	G	314.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=283;SC=TTCAGAGGAGGAAAATGATGC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=46736741;WS=46736723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	46736788	rs144623777	T	TA	203.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=185;SC=GAGCATTTTTTTAAAAAAATC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=46736797;WS=46736778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	46736789	rs115328936	T	A	303.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=179;SC=AGCATTTTTTTAAAAAAATCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=46736797;WS=46736778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	47317510	rs3750163	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=573;SC=TCACGGTGATGTTGTTTGTTC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=47317518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	47317600	.	G	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=793;ReadPosRankSum=2.126;SC=AAAAAGTGGGGGCCCCACCCT;SOR=0.986;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=45;WE=47317608;WS=47317590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
chr7	47319723	rs4720590	C	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	47319852	rs6971754	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=245;ReadPosRankSum=-2.338;SC=ATTAAGTACACTCCTTGCTCA;SOR=1.023;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=21;WE=47319860;WS=47319842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr7	47323456	rs3750164	A	G	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=39;PP=1505;SC=AGTACCACACATTGCAGGCTG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=47323464;WS=47323446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	47332238	rs884824	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=262;SC=CTGTCAGTGAAGTAGAATCTC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=47332246;WS=47332228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	47332311	.	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=366;ReadPosRankSum=-0.018;SC=AAGAGAATACGAAAAAACTTC;SOR=0.346;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=20;WE=47332319;WS=47332301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr7	47436558	rs2177795	A	C	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=27;PP=768;SC=CCTCCATCCAACCGACTCCAC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=47436566;WS=47436548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	47451295	rs834607	A	G	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=15;PP=747;SC=TGGGGACACCAACCCATCTGC;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=45;WE=47451303;WS=47451285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	47546547	rs148358400	GA	G,AA	743.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.056;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.41;MQRankSum=0.469;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,31,16:0.61,0.31:51
chr7	47578450	rs334507	A	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TTTTCTGTATACATTCATCAT;SOR=1.123;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=14;WE=47578458;WS=47578440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr7	47578772	rs334506	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=26;PP=792;SC=CCAGGATTCATACTCTCTGGG;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=47578780;WS=47578762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	47596775	rs615300	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=1.670;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr7	47814529	rs17545279	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=302;ReadPosRankSum=0.424;SC=TGAACTCTCCGAATGGTGATT;SOR=3.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=15;WE=47814537;WS=47814519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
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chr7	47840510	rs1466203	T	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=409;SC=GCACTGACCTTGTCACCTCTT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=47840518;WS=47840500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	47847679	rs1074780	G	A	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	47851654	rs73103467	A	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=330;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TCAGTCCTGTAAAACAGCACA;SOR=0.341;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=20;WE=47851662;WS=47851644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr7	47853498	rs6463449	C	T	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=65;PP=2062;SC=TCCATTTATTCTTGGAAGCAA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=118;WE=47853506;WS=47853488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	47859239	rs3757379	C	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=2.433;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr7	47869038	rs7788583	T	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=168;ReadPosRankSum=0.702;SC=CAACCTCGCCTGCACAGTCAG;SOR=0.719;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=16;WE=47869046;WS=47869028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr7	47869751	rs6463451	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=-0.171;SC=CAGTGGTCAGCCCCCTCTAAG;SOR=0.337;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=29;WE=47869759;WS=47869741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr7	47872845	rs921634	A	G	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=31;PP=939;SC=TGGCTGATGCAGGTTGCTAGA;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=47872853;WS=47872835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	47874062	rs34069037	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=329;ReadPosRankSum=-0.066;SC=AAGGATTAGCGGGGACACTAC;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=23;WE=47874070;WS=47874052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr7	47874630	rs66755489	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=385;ReadPosRankSum=-0.168;SC=GGCAGACCCCGGGGCTTCCTG;SOR=0.638;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=28;WE=47874638;WS=47874620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr7	47884539	rs6950328	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=197;ReadPosRankSum=0.465;SC=CATCCTGAGTGAACAGTAAAA;SOR=2.704;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=16;WE=47884547;WS=47884529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr7	47884555	rs13237611	A	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=12.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=1.475;SOR=0.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr7	47884601	.	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=413;ReadPosRankSum=-0.155;SC=ACCTCTGTAGCTTGGAAATGT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=32;WE=47884609;WS=47884591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,38:0.37:104
chr7	47884829	rs1980279	C	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATTCACCTGACACCTAAGTTA;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=6;WE=47884837;WS=47884819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr7	47886707	rs10280228	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-1.139;SC=TACAACCTGAGGTTTGCAGAA;SOR=0.029;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=13;WE=47886715;WS=47886697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr7	47898222	rs34177211	T	TG	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=407;ReadPosRankSum=0.368;SC=GTTAACATCCTGGGATATGGA;SOR=0.549;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=15;WE=47898230;WS=47898212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,26:0.31:83
chr7	47904737	rs1554495	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-2.128;SC=TCTGGACAGTGTATTTTTCAA;SOR=1.414;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=5;WE=47904745;WS=47904727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr7	47913579	rs1470859	T	C	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=3.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=2.124;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,95:0.48:198
chr7	47917120	.	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=324;ReadPosRankSum=0.611;SC=CACTGAAGACGGTGTGTGCTT;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=22;WE=47917128;WS=47917110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr7	47917144	.	G	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=404;ReadPosRankSum=1.319;SC=GACCATGGTGGGGCTGCACCT;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=28;WE=47917152;WS=47917134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr7	47921682	rs10951936	A	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=157;ReadPosRankSum=0.016;SC=TGGTGTCCTTAGCTAGGAAGA;SOR=1.075;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=14;WE=47921690;WS=47921672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr7	47921785	.	T	TCG	205.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr7	47921786	.	GCT	G	202.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.207;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr7	47921798	rs12702396	C	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr7	47968927	rs2686817	C	A	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GCCATATGAACACGGAATCCC;SOR=0.825;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=163;TCF=73;TCR=90;TR=87;WE=47968935;WS=47968917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,127:0.56:227
chr7	47971575	rs885337	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=293;ReadPosRankSum=-2.501;SC=TCCCAGTAGCACACAGCCGCC;SOR=0.576;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=25;WE=47971583;WS=47971565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
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chr7	47979922	rs2708913	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
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chr7	48018455	rs2242479	T	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.79;ReadPosRankSum=1.549;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,48:0.83:58
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chr7	48046714	rs1574242	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.810;NF=6;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=0.644;SC=GGACATCCGCGCTAACCACCA;SOR=0.346;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=10;WE=48046722;WS=48046704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr7	48068258	rs7357251	G	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=-0.930;SC=AGACTGTGATGAAGAGAAACC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=48068266;WS=48068253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr7	48081095	rs10951942	G	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=0.679;SC=TGTGAAGCTCGCGAAACAAGG;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=18;WE=48081103;WS=48081085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,33:0.34:97
chr7	48083339	rs6978838	A	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.026;SC=TCTTTGAGGGATGTAGCCTAA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=48083347;WS=48083329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	48086077	rs2708912	C	T	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=17;PP=916;SC=GTCTCCATGCCGGATTACATG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=48086085;WS=48086067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	48086161	rs10233232	T	C	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	48089394	rs909059	T	C	3199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=34;PP=1627;SC=AAGCTTTGTATCTTTGCTACC;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=87;WE=48089402;WS=48089384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	48089542	rs2686788	T	C	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=52;PP=1694;SC=GCCCTAAGAATCCTGCAGGAA;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=48089550;WS=48089532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	48089571	rs2708890	C	A	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=49;PP=1308;SC=TCCTTCCCCCCCGTGTAAGTG;SOR=1.449;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=69;WE=48089579;WS=48089561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	48092486	rs2686791	T	C	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=32;PP=1348;SC=GGCTCCAGGATGCAGAGGCTT;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=48092494;WS=48092476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	48092601	rs17547209	C	T	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=412;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TCACATGATGCGTCTCGTAAT;SOR=0.686;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=35;WE=48092609;WS=48092591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,56:0.39:144
chr7	48092644	rs17629333	C	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=339;ReadPosRankSum=0.623;SC=CATGTGAAAACGCCCACAGAA;SOR=0.591;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=28;WE=48092652;WS=48092634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,44:0.33:135
chr7	48092847	rs2686792	C	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=244;SC=CAGATCCAAACAATGTTGACC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=48092855;WS=48092837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	48143488	rs117848508	A	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr7	48237802	rs2188	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=0.128;SC=AGCAGGTATACGGACTCATTT;SOR=1.212;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=14;WE=48237810;WS=48237792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr7	48260869	rs10252745	T	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=0.460;SC=TAAACCTTCTTTATTATAGAT;SOR=0.777;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=7;WE=48260877;WS=48260859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr7	48269679	rs60553397	G	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=829;SC=AAAAAAGTATGAATTGTTTCT;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=48269687;WS=48269669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	48273869	rs7357106	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.571;SC=GAGAGTTCGGTCAAAACCCGA;SOR=0.154;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=48273877;WS=48273859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
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chr7	48312674	rs1358066	G	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=548;ReadPosRankSum=0.082;SC=ATGTCAGTGTGTTCAACAAGT;SOR=0.675;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=36;WE=48312682;WS=48312664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
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chr7	48391642	rs4145714	G	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=184;ReadPosRankSum=0.233;SC=ACTGCGGGCTGGGGCTCTGAG;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=12;WE=48391650;WS=48391632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr7	48428715	rs17132289	A	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr7	48431389	rs113609560	T	TA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=278;ReadPosRankSum=-0.021;SC=ACTGATTGTGTAAAAACCAGG;SOR=0.330;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=10;WE=48431397;WS=48431379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr7	48431762	rs7780299	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr7	48443570	rs6978753	G	A	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=38;PP=1016;SC=TTGTATCCCAGTGAGGCTACA;SOR=1.288;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=57;WE=48443578;WS=48443560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	48450097	rs62447267	C	T	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=43;PP=2310;SC=GGTGCTGATGCACCCTGTGCT;SOR=1.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=124;WE=48450105;WS=48450087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	48450157	rs17548783	T	C	9324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=90;PP=2965;SC=TGGATGAAGCTGAAGCGCTGA;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=108;TCR=90;TR=198;WE=48450165;WS=48450147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr7	48450289	rs62447268	C	G	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=60;PP=1916;SC=GGAGTGCAACCATTCTATCTC;SOR=1.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=82;WE=48450297;WS=48450279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	48451939	rs1865195	T	C	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=13;PP=895;SC=TTTCCTTTTTTTTATGGATAG;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=42;WE=48451947;WS=48451929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	48452200	rs7789493	G	A	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=23;PP=687;SC=AAACTGAAGCGTGCTTTAATT;SOR=0.831;Source=Platypus;TCF=16;TR=39;WE=48452208;WS=48452190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	48467355	rs13233421	T	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr7	48467581	rs13243091	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=193;ReadPosRankSum=0.113;SC=AGTGAGGAGATGTGAGTGTAT;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=18;WE=48467589;WS=48467571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr7	48467634	rs34541457	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.029;SC=AAAAAAAACGTTGAGTTTTAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=48467642;WS=48467624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr7	48467653	rs34529024	GAA	G	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=-0.405;SC=ATCCTGGCTTGAAAAAAAAAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=48467662;WS=48467643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	48494921	.	C	T	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=3.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,97:0.40:242
chr7	48506702	.	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TTGTAGCCTGGGAGGACTGTT;SOR=0.540;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=26;WE=48506710;WS=48506692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,42:0.36:118
chr7	48522769	rs59521533	A	AT	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=-1.832;SC=AGGTAATCATATTTTTTTATT;SOR=0.750;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=16;WE=48522777;WS=48522759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr7	48522845	rs1918584	C	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.613;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr7	48522845	.	CA	GG	238	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.86;NF=0;NR=6;PP=238;QD=48.5779791437;SC=GCACAGGGTTCAGAAGGACCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=6;WE=48522854;WS=48522835;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr7	48522846	rs1918585	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.563;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr7	48545976	rs6583448	A	G	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=25;PP=1082;SC=CTTGCTGAACAAGGACAAGAT;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=48545984;WS=48545966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr7	48886783	rs62454386	G	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.103;NF=19;NR=26;PP=573;ReadPosRankSum=-3.501;SC=GCAATAAATCGGTCTGGTATT;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=54;TCR=71;TR=45;WE=48886791;WS=48886773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,65:0.36:180
chr7	48887548	rs4404869	G	C	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=58.98;NF=35;NR=66;PP=1588;SC=CGTCGTCCTGGGGGTCCCAGC;SOR=1.323;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=101;WE=48887556;WS=48887538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	48964172	rs6945680	G	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=356;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TGGCCGCGGCGGCCTCCAGGA;SOR=1.528;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=21;WE=48964180;WS=48964162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr7	48964209	rs58317831	TG	T	927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=678;ReadPosRankSum=1.146;SC=GCGGTCGAGCTGGGCCGCCGC;SOR=0.578;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=20;WE=48964217;WS=48964199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr7	48964255	rs6968293	A	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;ReadPosRankSum=0.280;SC=TTGACCTCGCAGGGTGTGAAG;SOR=0.551;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=44;WE=48964263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr7	48964322	rs11767646	G	T	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.666;NF=41;NR=29;PP=1083;ReadPosRankSum=2.798;SC=AGGACGACGTGTACGTGGACA;SOR=0.551;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=70;WE=48964330;WS=48964312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,94:0.64:147
chr7	48965000	rs10259692	G	A	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.464;NF=41;NR=39;PP=1301;ReadPosRankSum=-1.301;SC=AACGCTTTACGGATGCTGGCT;SOR=0.586;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=80;WE=48965008;WS=48964990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,86:0.59:147
chr7	48965427	rs145470654	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=5.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.475;NF=47;NR=19;PP=1125;ReadPosRankSum=-3.874;SC=CAAACCTTACAGTGATGACGA;SOR=1.050;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=161;TCF=98;TCR=63;TR=66;WE=48965443;WS=48965417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,40:0.20:196
chr7	49815390	rs769604	C	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=342;ReadPosRankSum=-0.525;SC=ACCCCGCAGGCGGAAGCCCTG;SOR=0.703;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=24;WE=49815398;WS=49815380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr7	49951519	rs10639154	G	GCACACACA,GCACACACACACA,GCACACA	565.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010,0.4990;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=4,4;NR=2,2;PP=112,19;SC=ACAAATACACGCACACACACA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6,6;WE=49951527;WS=49951509;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.58,0.42:12
chr7	49951544	rs7792519	T	C	375.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.612;NF=14;NR=4;PP=321;ReadPosRankSum=1.492;SC=CACACACACATATATATACTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=49951552;WS=49951534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr7	50023122	rs988392	C	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=21;PP=555;SC=TAGCCTAAAACATAAATACAA;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=50023130;WS=50023112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	50070921	rs1351691	C	G	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=81;SC=AAAAAATTAACAAGAGAAAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=50070929;WS=50070911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	50121269	rs3807322	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr7	50144059	rs3034461	T	TTA	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=12;PP=612;SC=TTTCATTGTATTATATATATA;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=13;WE=50144067;WS=50144049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	50156916	rs6959792	C	G	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=24;PP=853;SC=AGTAGCTAAGCCATATTTTAA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=50156924;WS=50156906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	50169508	rs1456900	G	A	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=256;SC=GACATCAAACGCAGACATTTA;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=50169516;WS=50169498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	50169595	rs1456899	T	A	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	50173596	.	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=0.674;SC=CAAGGGGCAGGGATCCTCAGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=50173604;WS=50173590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	50173777	rs998928	A	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=237;ReadPosRankSum=1.208;SC=ATTGGAAAAAACCGCTGACCC;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=18;WE=50173785;WS=50173767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr7	50175654	rs12718244	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=-0.393;SC=AAATTATAACGTGCTCATTAA;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=27;WE=50175662;WS=50175644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr7	50175681	rs12672941	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=1.933;SC=TTGATTTTGACGATTATTTTT;SOR=0.827;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=16;WE=50175689;WS=50175671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr7	50180972	rs1456908	C	T	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,131:0.69:190
chr7	50191216	rs10260654	G	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=497;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CCTAATTGTGGTTATTCCATT;SOR=0.525;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=139;TCF=41;TCR=98;TR=44;WE=50191224;WS=50191206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,58:0.34:173
chr7	50198626	rs4917120	T	C	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	50198846	.	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=61;ReadPosRankSum=0.389;SC=GCTGCTTCTCCGCGCTGCGCA;SOR=0.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=9;WE=50198854;WS=50198836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr7	50435777	rs12669559	T	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=430;ReadPosRankSum=0.787;SC=AGTATATGCCTTGCTTCTGGA;SOR=0.606;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=38;WE=50435785;WS=50435767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr7	50436033	rs10899750	A	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GTTACTTCGCAGATGCTGCTG;SOR=0.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=32;WE=50436041;WS=50436023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr7	50512857	rs10230307	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AAGTACAGAACTTAGAATATA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=50512865;WS=50512847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	50512929	rs10230343	C	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=290;ReadPosRankSum=0.193;SC=GAAGACTGTACTACAGAGATG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=20;WE=50512937;WS=50512919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr7	50537677	rs11378977	C	CA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr7	50537983	rs3757472	A	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=637;ReadPosRankSum=1.161;SC=CTGGTGGCCAACCTGCTCCCA;SOR=0.982;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=36;WE=50537991;WS=50537973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr7	50544269	rs5884156	AG	A	856.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=558;ReadPosRankSum=2.113;SC=GCTGTGGCGTAGCCCCCCAGC;SOR=0.468;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=16;WE=50544277;WS=50544259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr7	50545191	rs4992502	C	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=288;ReadPosRankSum=-0.095;SC=CCATAGCAGGCCCTGACCATG;SOR=0.787;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=20;WE=50545199;WS=50545181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr7	50547584	rs11575457	A	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-2.584;SC=AACAAATGAAAGGGCTGATAA;SOR=0.791;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=13;WE=50547592;WS=50547574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr7	50547661	rs11575456	AGCCCT	A	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=1.362;SC=ACCTGCTCCCAGCCCTGCCCT;SOR=0.269;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=3;WE=50547673;WS=50547651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr7	50566671	rs3807562	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=201;ReadPosRankSum=0.381;SC=AGGACAGGCTGTATGGCTGGG;SOR=0.495;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=15;WE=50566679;WS=50566661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr7	50566762	rs2876829	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=476;ReadPosRankSum=1.492;SC=TAGCAAGAGACTGGACGTCAG;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=37;WE=50566770;WS=50566752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr7	50596864	rs3735273	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=-0.788;SC=ACCAAACATTCGGGTCTTGAA;SOR=0.511;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=11;WE=50596872;WS=50596854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr7	50597056	rs6950777	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=1.426;SC=TTCAAGAGAAGGTCCAAATGA;SOR=0.719;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=29;WE=50597064;WS=50597046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,56:0.42:134
chr7	50611735	rs6264	T	C	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	50663299	.	TACACACAC	T	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.87;ReadPosRankSum=2.655;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	50671481	rs7456867	C	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=321;SC=TACAGATACACTCTGGGCAGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=50671489;WS=50671475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	50671756	.	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
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chr7	50685625	rs2240498	A	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.231;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=284;ReadPosRankSum=-1.203;SC=CCCTCCCCCCAACCACCCCTC;SOR=1.367;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=20;WE=50685633;WS=50685615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr7	50694457	rs1468450	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=-1.764;SC=TGGCAGCAGCAGTCTTCATTC;SOR=0.080;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=15;WE=50694465;WS=50694454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr7	50737384	rs2072235	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TCTGGCATATCCCTCAGCCTG;SOR=0.502;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=50737392;WS=50737374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr7	50742118	rs2715128	A	G	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=155;SC=CTCTGCCCATAAGGCCTGGAC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=50742126;WS=50742108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	50742180	rs1800504	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=269;ReadPosRankSum=0.921;SC=CCCTCTGCCTCGGGGACACCT;SOR=0.929;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=16;WE=50742188;WS=50742170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr7	50799889	rs2074777	C	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=4;PP=371;SC=AGAAACGATCCATGGCTGCTG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=50799897;WS=50799879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	50800169	rs2108350	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=22;PP=613;SC=CAGCTCTTGGTCTTAGCTTGT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=50800177;WS=50800159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	51093013	rs2240087	A	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=151;ReadPosRankSum=-0.433;SC=CCGAGCCCTGAGCAGAGAGTG;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=14;WE=51093021;WS=51093003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr7	51094216	rs2285841	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr7	51096974	rs2240090	C	T	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=31;PP=1301;SC=CCTTTTCCGACGTCATGGGAA;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=51096982;WS=51096964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	51097059	.	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr7	51097063	rs10230120	T	G	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.07;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	51153024	rs59837144	GTACAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGT	GACAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGT,G	1331.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=2974;ReadPosRankSum=1.343;SC=AAGAAGGAAAGTACAATCAAA;SOR=1.316;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=12;WE=51153069;WS=51153014;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.51:69
chr7	51153027	.	CAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGTACAAAGA	C	1320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.60;ReadPosRankSum=1.097;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr7	51153056	.	CAAAGA	C	2439	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=58.44;NF=0;NR=14;PP=2439;QD=178.073460667;SC=CTATGAAGTACAAAGAAGGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=14;WE=51153069;WS=51153014;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,14:0.50:28
chr7	51239995	.	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=1.763;SC=AGCATGGGCAACTAAAAAAGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=51240003;WS=51239985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	53103371	rs72598684	G	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=1089;ReadPosRankSum=-0.005;SC=AGCCATGGGCGCTGCAGCTCC;SOR=0.434;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=33;WE=53103390;WS=53103361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr7	53103382	rs72598685	G	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=1089;ReadPosRankSum=0.611;SC=CTGCAGCTCCGGCCGAGTCCG;SOR=0.468;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=34;WE=53103390;WS=53103361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr7	53103599	.	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=468;ReadPosRankSum=1.485;SC=CCACCTCATCGAGGTGCGGCC;SOR=0.610;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=41;WE=53103607;WS=53103589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,61:0.39:158
chr7	53103673	rs1184320	C	A	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=41;PP=1486;SC=CTGCCCTTCCCGGGGAGACCG;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=53103681;WS=53103663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	53104078	rs72598686	G	A	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=61;PP=1650;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CTCTGAAGCCGAGCCTCGGCC;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=111;WE=53104086;WS=53104068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,173:0.65:267
chr7	53104297	rs189198453	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=480;ReadPosRankSum=0.632;SC=CACAAGCCCACGTATCTACTT;SOR=1.182;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=37;WE=53104305;WS=53104287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,45:0.31:143
chr7	54612214	.	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr7	54614585	rs657449	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=7.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.879;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr7	54614698	rs11432820	C	CG	7271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=63;PP=2966;SC=AGCGTGAGTGCGGGGCGCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=79;WE=54614706;WS=54614688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr7	54618010	rs2293343	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=501;ReadPosRankSum=0.851;SC=AGGTGAGCACCGAGCCTGCAC;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=31;WE=54618018;WS=54618000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr7	54621526	rs662136	T	C	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=988;ReadPosRankSum=-0.383;SC=ATATACTAAGTCATTCTCTAC;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=58;WE=54621534;WS=54621516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,74:0.54:136
chr7	54826922	.	G	A	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1028;ReadPosRankSum=0.152;SC=CACCGGAACCGGAATCCGGGT;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=176;TCF=85;TCR=91;TR=69;WE=54826930;WS=54826912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,119:0.39:308
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chr7	55004546	rs2005868	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.850;NF=16;NR=24;PP=583;ReadPosRankSum=-0.907;SC=ATTTTAAAAACAATTGAAGCT;SOR=0.567;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=40;WE=55004554;WS=55004536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr7	55086780	rs712830	A	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=309;SC=TGAGCGCCCGACGCGGCCGAG;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=55086788;WS=55086770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	55210188	rs17336331	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=0.067;SC=AGTGGAGAAAGGCCTGGGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=12;WE=55210196;WS=55210178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr7	55214535	rs17336451	A	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=0.389;SC=AGTCACATTAATCAGAAACAA;SOR=0.197;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=23;WE=55214543;WS=55214525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr7	55221655	rs4947986	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=14;PP=914;ReadPosRankSum=-1.935;SC=CGTGTGTGGCGCTGAGTGTAC;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=111;TCR=32;TR=62;WE=55221663;WS=55221645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,69:0.40:172
chr7	55228053	rs1558544	A	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=0.860;SC=CTTTCTGTTTAGTTTATGGAG;SOR=0.048;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=55228061;WS=55228043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	55229255	rs2227983	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=341;ReadPosRankSum=1.624;SC=CCGGAGCCCAGGGACTGCGTC;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=26;WE=55229263;WS=55229245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr7	55233863	rs9649769	A	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr7	55237977	rs17336974	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=324;ReadPosRankSum=1.671;SC=CATATTGAAATGTACTTGTCC;SOR=0.862;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=29;WE=55237985;WS=55237967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,32:0.30:105
chr7	55237996	.	C	T	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.225;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=359;ReadPosRankSum=1.178;SC=CCATCTTTCTCCAGGCCAGGA;SOR=0.474;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=32;WE=55238004;WS=55237986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,69:0.61:114
chr7	55238268	rs10228436	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.166;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=0.573;SC=TGTTCCCCCCGCTTTTCCTTT;SOR=2.359;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=13;WE=55238276;WS=55238258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr7	55238874	rs2227984	T	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=428;ReadPosRankSum=1.444;SC=ACAGATGCACTGGGCCAGGTC;SOR=0.994;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=35;WE=55238882;WS=55238864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,51:0.37:139
chr7	55239080	rs17290260	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=0.329;SC=CTGGTTCCACGTGGCTCCACG;SOR=0.479;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=16;WE=55239088;WS=55239070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr7	55240461	rs2241055	G	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr7	55240775	.	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=359;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GGCGCCACATCGTTCGGAAGC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=24;WE=55240783;WS=55240765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr7	55242609	rs2017000	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=-1.701;SC=GACCCTGCTCATCTCCACATC;SOR=0.662;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=8;WE=55242617;WS=55242599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr7	55266417	rs1140475	T	C	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=56;PP=1776;SC=CAGGGGTGACTGTTTGGGAGT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=116;WE=55266425;WS=55266407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	55268916	rs2293347	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=1.145;SC=GTCCTACAGACTCCAACTTCT;SOR=0.811;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=22;WE=55268924;WS=55268906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr7	55272826	rs2692456	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=262;SC=GGGCCCTCCCGAGGCTCCTGC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=55272834;WS=55272816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	55433880	rs2272262	G	C	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.69;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr7	55433884	rs2272263	A	C	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.02;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr7	55466002	rs6973684	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr7	55467923	rs2272226	G	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CTCATCAAAAGTAAGAAATAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=55467931;WS=55467913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr7	55468773	rs815929	C	A	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=-0.008;SC=GCCTCTCTCTCTATATATGTC;SOR=2.093;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=55468781;WS=55468763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr7	55496054	.	C	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,77:0.63:122
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chr7	55540791	rs712819	G	C	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=43;PP=1458;SC=CCATCACACCGCAAGTATGTG;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=55540799;WS=55540781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	55560207	rs815951	C	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=609;ReadPosRankSum=-0.907;SC=CTCGGGGGTCCGGGACCAATG;SOR=0.562;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=42;WE=55560215;WS=55560197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,60:0.46:131
chr7	55750390	rs11238374	A	G	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=67;PP=2431;SC=TAAATTCCTCAGCTGTGACCT;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=129;WE=55750398;WS=55750380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	55774888	rs12666519	C	T	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.120;NF=38;NR=22;PP=906;ReadPosRankSum=1.046;SC=CATCCAGAAGCGTGCCATTGT;SOR=0.697;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=60;WE=55774896;WS=55774878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,85:0.52:165
chr7	55779103	rs28695422	C	T	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.196;NF=31;NR=32;PP=878;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GGTGATGATGCGCTTCTCACC;SOR=0.778;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=63;WE=55779111;WS=55779093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,78:0.58:134
chr7	55779220	rs12536949	A	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.224;NF=13;NR=24;PP=518;ReadPosRankSum=0.494;SC=TAATGAGAAAAGGAAAAAGTT;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=37;WE=55779228;WS=55779210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr7	55780176	rs10267547	T	C	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.151;NF=40;NR=19;PP=849;ReadPosRankSum=-2.228;SC=CTGCCATGAATGACAGGACTT;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=59;WE=55780184;WS=55780166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,73:0.55:132
chr7	55780845	rs77949648	T	C	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQRankSum=-11.380;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,71:0.47:150
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chr7	55832454	rs4388410	A	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQRankSum=0.424;QD=16.82;ReadPosRankSum=1.143;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr7	55832480	rs4577914	T	C	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.793;NF=25;NR=28;PP=926;ReadPosRankSum=0.684;SC=TATTTTGTATTTTATTTTGCA;SOR=0.845;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=53;WE=55832488;WS=55832470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,70:0.71:98
chr7	55912185	rs4294144	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.477;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr7	55991292	rs2174460	G	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=12;PP=450;SC=TGTTACTCCTGTGAATAGGGT;SOR=0.984;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=29;WE=55991300;WS=55991282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	56022544	rs59849749	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=2.118;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr7	56022981	rs15892	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=435;SC=CTGTGGTGTTTATGAAATAGC;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=56022989;WS=56022971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	56047572	rs60160896	C	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=0.687;SC=CTTACAATCTCCATTCAGGTA;SOR=0.480;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=26;WE=56047580;WS=56047562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr7	56047612	rs71543773	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=429;ReadPosRankSum=0.852;SC=CAGGTTTGGGGTCCCCAGCAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=24;WE=56047620;WS=56047602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr7	56051672	rs150298305	T	TTATATGTATA	231.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=4;PP=2239;SC=ATGTCTAGCATTATATGTATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=56051680;WS=56051662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	56059454	.	A	AT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.978;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr7	56059456	rs56337423	A	T	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.202;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr7	56059458	rs11562101	A	T	1567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.50;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,51:0.93:55
chr7	56059591	rs10435504	G	C	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=67;PP=2287;SC=AGTATGTTTTGTTTGCCTACC;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=123;WE=56059599;WS=56059581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr7	56062432	rs71015151	CTT	C	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.617;NF=7;NR=4;PP=383;ReadPosRankSum=-1.253;SC=AATAAAATAACTTTTGATTTG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=11;WE=56062441;WS=56062429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr7	56082992	rs4255091	C	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=1.295;SC=GGTAAAGTCACACAGCCTGGA;SOR=0.275;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=56083000;WS=56082982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr7	56084856	rs71015158	C	CA	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=198;ReadPosRankSum=-0.203;SC=AGTTGCATTCCAAAGACATTA;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=56084864;WS=56084851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr7	56087219	.	A	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.429;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,3:0.09:34
chr7	56087232	.	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,5:0.11:47
chr7	56087233	.	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,5:0.11:47
chr7	56087240	.	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.190;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,5:0.10:51
chr7	56087241	.	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.206;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,5:0.10:51
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chr7	56087379	rs201935398	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.793;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.769;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,28:0.24:116
chr7	56087399	rs79321413	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.610;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,27:0.28:95
chr7	56087409	rs74874687	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.629;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr7	56087423	rs79451216	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.022;NF=9;NR=16;PP=1207;ReadPosRankSum=0.836;SC=ATGGCTCGCCGTGTCCTAGGA;SOR=0.445;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=25;WE=56087431;WS=56087389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr7	56087465	rs77534057	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-2.498;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr7	56087474	rs77874436	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-2.506;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr7	56087504	rs76724548	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQRankSum=-2.232;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	56087508	rs75713723	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.243;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQRankSum=-2.166;QD=16.65;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	56087533	.	C	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=91;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.655;NF=1;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=2.655;SC=GAAGATGCTACCAAGAGCCCA;SOR=0.105;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=56087541;WS=56087523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr7	56088630	rs73698984	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=12.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr7	56088640	.	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.575;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=9.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.355;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,6:0.11:57
chr7	56088649	.	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.796;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=8.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,6:0.09:66
chr7	56088650	.	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=8.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,6:0.09:66
chr7	56088654	.	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.854;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=9.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,6:0.09:66
chr7	56088780	rs75497420	G	A	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.531;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,105:0.23:449
chr7	56088786	rs202027697	A	T	3381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=2.551;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,106:0.24:439
chr7	56088789	rs199851385	G	A	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=2.891;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,106:0.24:434
chr7	56088811	rs78599516	T	C	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=1.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=2.481;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,106:0.26:407
chr7	56088825	rs74445297	T	A	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,106:0.28:372
chr7	56088902	rs77329757	C	T	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=3.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-1.392;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,47:0.34:140
chr7	56088907	rs201445503	GC	CT	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-1.433;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr7	56088928	rs200942360	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.985;HP=3;HapScore=3;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.581;NF=1;NR=20;PP=940;ReadPosRankSum=2.251;SC=TTTCCTCCTACAAGAAAAAAG;SOR=2.215;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=67;TCF=8;TCR=59;TR=21;WE=56088939;WS=56088918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr7	56088931	.	G	GA	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.556;HP=8;HapScore=3;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.591;NF=0;NR=17;PP=949;ReadPosRankSum=2.751;SC=CCTCCTACAAGAAAAAAGATA;SOR=2.391;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=17;WE=56088939;WS=56088918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr7	56119730	rs3735665	T	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	56122058	rs6593297	A	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=128;SC=TTTTCTACTTACAGCAAATTC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=56122066;WS=56122051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	56126360	rs2230197	T	C	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	56132122	rs3813505	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GGATGGGGCGCTCCGCCCTGA;SOR=0.659;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=13;WE=56132130;WS=56132112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr7	56136260	rs4245575	C	A	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=48;PP=1601;SC=GAGATGGTGACGGGCCTGTGC;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=82;WE=56136268;WS=56136250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	56140548	rs76519777	T	C	461.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=294;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TCACTCAGGCTTCAGGTTAAT;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=16;WE=56140556;WS=56140544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr7	56140618	rs13238899	T	G	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=657;ReadPosRankSum=-1.547;SC=TATCTGAAGTTTCCTGGAGCA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=43;WE=56140626;WS=56140608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,56:0.71:79
chr7	56142519	rs4948104	A	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=30;PP=896;SC=GGCTGGGCGCAGTGGCTTATG;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=56142527;WS=56142509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	56146004	rs3735066	G	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=665;ReadPosRankSum=-1.949;SC=TCAGAGGGTAGGCGGGGTGGT;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=42;WE=56146012;WS=56145994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr7	56146595	.	C	CT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-2.044;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr7	56146737	rs13226699	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=335;ReadPosRankSum=-1.456;SC=CTACAGGTGCGGCTAATTTTT;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=23;WE=56146745;WS=56146727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr7	56147589	rs10800	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=428;ReadPosRankSum=4.154;SC=CACACAAACAATTGGAACAGA;SOR=0.726;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=29;WE=56147597;WS=56147579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,45:0.42:108
chr7	56149475	rs199775883	G	GGC,GGCAGGT	2522.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.487;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=2398;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GGGGAACCGAGAATGTCAAGG;SOR=1.092;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=22;WE=56149485;WS=56149465;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.44:122
chr7	56149476	.	AA	CC	2380	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=18;NR=11;PP=2380;QD=83.9126853401;SC=GGGAACCGAGAATGTCAAGGC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=29;WE=56149485;WS=56149465;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:73,29:0.28:102
chr7	56149476	.	A	AGGTC	2521.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=5.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.17;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr7	56149477	rs199778139	A	C	2530.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.75;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,65:0.48:135
chr7	56149939	rs13238521	G	A	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1084;ReadPosRankSum=0.745;SC=TGGGGGTCCCGCAGACCTCTG;SOR=0.644;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=65;WE=56149947;WS=56149929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,86:0.67:128
chr7	56151526	rs2242509	G	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=511;ReadPosRankSum=1.033;SC=GCCACTCTCCGTGGAGAACCA;SOR=1.018;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=39;WE=56151534;WS=56151516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,75:0.46:164
chr7	56151816	rs2242510	C	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=267;ReadPosRankSum=0.144;SC=CAATGGGCCCCGAGCTGGTGG;SOR=1.099;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=21;WE=56151824;WS=56151806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr7	56155219	rs6945795	C	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=429;SC=TGGGGCCACACTCCCTGGCTT;SOR=2.753;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=24;WE=56155227;WS=56155209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	56174115	rs10043	A	C	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1165;ReadPosRankSum=0.061;SC=ATCCTAGGTAAGCGACGGCTA;SOR=0.359;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=77;WE=56174123;WS=56174105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr7	56174140	rs816407	G	T	3841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=37;PP=1561;SC=TCCGGACGTGGGACAACCACC;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=91;WE=56174148;WS=56174130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	56174183	.	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=510;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GAGACCGGAAGATGGGAGGCG;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=43;WE=56174191;WS=56174173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,76:0.42:182
chr7	56879403	rs10277636	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CTGCGGGGGCTGCCCCAAGGC;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=56879411;WS=56879393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr7	56879426	rs12671117	C	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=208;ReadPosRankSum=0.334;SC=GAGCCTGGCCCGAAGAGGCCA;SOR=0.105;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=56879448;WS=56879416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	56879440	rs12671133	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=200;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAGGCCACGGCCAGGCAAGAG;SOR=0.387;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=9;WE=56879448;WS=56879416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr7	56879552	rs10277871	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=127;ReadPosRankSum=0.495;SC=ATGAGCTGGGTCTCAACAGGC;SOR=0.893;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=10;WE=56879560;WS=56879542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr7	56879668	rs12671601	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=2.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-1.812;SC=CAGGGGCCCACGCTGAACTCC;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=56879676;WS=56879658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	56879694	rs12667117	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CGTGAGAGAGGCCAATGTGAG;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=56879702;WS=56879684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr7	57069669	rs1467279	T	C	97.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.58;QD=19.58;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	57069935	rs1966122	G	C	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.90;QD=29.72;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	57069935	.	GG	CA,CG	512	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=42.64;NF=2,9;NR=6,30;PP=30,512;QD=10.4334843578;SC=GGGCGGTGGGGGGAGCTCCTT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=8,39;WE=57069944;WS=57069925;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.21:39
chr7	57069936	.	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.52;MQRankSum=-1.054;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr7	57071650	.	G	GAGCAGCAGCAGC	854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.67;QD=94.97;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	57071671	rs187876791	T	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=6;PP=338;SC=GCAGCAGCAGTGGCTCGGAGA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=57071679;WS=57071661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	57071725	rs62463099	C	T	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.64;QD=25.34;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr7	57245916	.	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=377;ReadPosRankSum=-0.551;SC=ACCACGATATCATAGGAGTGG;SOR=1.004;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=17;WE=57245924;WS=57245906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr7	57528583	.	A	T	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1026;ReadPosRankSum=1.682;SC=GAGGTGCACAAAGGAGGTTAT;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=199;TCF=107;TCR=92;TR=88;WE=57528591;WS=57528573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,125:0.41:307
chr7	62910311	rs139704667	T	C	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=120.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQRankSum=-11.681;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.282;SOR=6.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,73:0.26:284
chr7	62910311	.	TTG	CTC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=41.36;NF=3;NR=78;PP=2944;QD=20;SC=CTACAGAAACTTGGTCTCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=221;TCF=51;TCR=170;TR=81;WE=62910321;WS=62910301;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:140,81:0.37:221
chr7	62910313	rs145724107	G	C	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=114.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.09;MQRankSum=-12.181;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=6.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,71:0.26:276
chr7	63033167	.	T	TGAGGAG	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-3.764;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr7	63033229	.	T	TACGGCCCCCGGCGCC	909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.242;NF=6;NR=9;PP=751;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GCGCTGCAGTTACGGCCCCCG;SOR=0.856;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=15;WE=63033255;WS=63033219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr7	63033298	.	C	CGCT	1624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.373;NF=11;NR=18;PP=1379;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GTCTCCGAGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.789;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=29;WE=63033306;WS=63033288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,78:0.54:144
chr7	63033433	.	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.007;NF=11;NR=15;PP=311;ReadPosRankSum=0.144;SC=TGGGCGAGGTCCCGGTCGGTG;SOR=0.904;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=26;WE=63033441;WS=63033423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr7	63529450	.	C	CT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.793;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr7	63529956	rs4349869	G	A	5420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=55;PP=2067;SC=CTTGGAATGCGAGGAGACAGA;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=112;WE=63529964;WS=63529946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr7	63537638	rs34875861	CT	C	712.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,46:0.85:54
chr7	63537849	rs4717170	G	A	8199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=93;PP=2965;SC=TCAGCTACCCGTAGCAAAACC;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=110;TCR=94;TR=203;WE=63537857;WS=63537839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr7	63673533	.	C	T	3938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.651;NF=55;NR=56;PP=1509;ReadPosRankSum=-1.836;SC=ATGCCTGGATCATGCTCAGCA;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=98;TCR=97;TR=111;WE=63673541;WS=63673523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,189:0.60:317
chr7	63680384	.	C	T	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.613;NF=48;NR=46;PP=1207;ReadPosRankSum=-2.058;SC=CAAGAGAATTCATACTGGAGA;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=235;TCF=118;TCR=117;TR=94;WE=63680392;WS=63680374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,136:0.35:386
chr7	63796822	rs60337982	AT	A	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.112;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.085;NF=3;NR=13;PP=636;ReadPosRankSum=0.152;SC=TTTTCTTCTGATTTTTTTGGA;SOR=0.220;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=16;WE=63796843;WS=63796812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr7	63796835	rs7787036	T	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=8.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.248;SOR=1.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr7	63797256	rs2086168	A	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=1.360;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.661;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,54:0.47:114
chr7	63808518	rs145262202	G	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=892;ReadPosRankSum=-1.706;SC=TGACATAAAAGATTCATTTCA;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=48;WE=63808526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr7	63808867	rs11976837	C	A	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=1147;ReadPosRankSum=-2.091;SC=TGTGGCAAAGCGTTTAAAAAG;SOR=0.629;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=67;WE=63808875;WS=63808857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,90:0.58:154
chr7	63981563	rs10243954	A	G	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=31;PP=1800;SC=AATTATTGTCACATTTTTCAG;SOR=1.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=96;WE=63981571;WS=63981553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	63986829	rs73128772	G	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=2.670;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	64023371	rs6969879	T	C	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=982;ReadPosRankSum=1.858;SC=GATAACGGAGTCACAGAGGCT;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=75;TCR=114;TR=75;WE=64023379;WS=64023361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,104:0.39:265
chr7	64023437	rs6965883	A	G	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=434;ReadPosRankSum=1.923;SC=GAGCTCCCGCAGCAGCTAGAG;SOR=0.678;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=31;WE=64023445;WS=64023427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,58:0.43:135
chr7	64152353	rs4718101	A	G	5581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=1.671;QD=11.80;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,275:0.58:473
chr7	64166642	rs35661712	T	TG	1782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=1464;SC=AGATTAGATTTTAAAGTACAT;SOR=2.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=64166650;WS=64166638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr7	64254791	rs10949938	G	T	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=43;PP=2396;SC=TCTTCCGGGAGGCGGCGGGGT;SOR=1.284;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=126;WE=64254799;WS=64254781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	64254901	rs11983033	T	C	11070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=156;NR=115;PP=2965;SC=ATCTGGTTATTGGGAGATTCA;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=156;TCR=115;TR=271;WE=64254909;WS=64254891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr7	64275284	rs7809431	C	T	7090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=1.551;SC=TTTGTGTGTGCGTGTTTTTCA;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=145;TCR=80;TR=217;WE=64275292;WS=64275276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,279:0.95:294
chr7	64275548	rs10236928	A	G	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=47;PP=1251;SC=CTGTTTTCAAAAGAATCTTTG;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=49;WE=64275556;WS=64275538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	64276089	rs9654821	A	G	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=95;PP=2831;SC=CAAGGAGAAGACCACTCCTTT;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=53;TCR=95;TR=148;WE=64276097;WS=64276079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	64291225	rs6460193	G	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=549;SC=GGATGTGTCAGGTCTGAAATT;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=64291233;WS=64291215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	64291244	rs7787287	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=12;PP=848;SC=TTTTTTAGGGTTTTTTTAGTT;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=64291252;WS=64291234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	64291267	rs6460194	A	T	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=16;PP=923;SC=TTCTTGTTTCATCTTAATAGT;SOR=1.119;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=64291275;WS=64291257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	64291333	rs4483043	T	A	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	64291991	rs4236203	T	A	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=52;PP=1669;SC=CAAGGAGGTTTTAATGGACTT;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=89;WE=64291999;WS=64291981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	64312707	rs7804955	T	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=194;SC=TAGTCTTTAATTGAAGCGATG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=12;WE=64312715;WS=64312697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	64437406	rs4607487	A	G	7614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=89;PP=2965;SC=GTTTGAGGATAAGTTAAAAGC;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=67;TCR=89;TR=156;WE=64437414;WS=64437396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr7	64437648	rs10949955	G	A	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=31;PP=1077;SC=GGTCTGTAAGGTTTGAAGATC;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=64437656;WS=64437638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	64438403	rs4718175	G	A	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=51;PP=2054;SC=TGTTTAGTAAGGGTTGAGAAA;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=105;WE=64438411;WS=64438393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	64438667	rs1404453	G	A	10442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=143;PP=2965;SC=GTTGAAGATCGGTTAAAGGCT;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=122;TCR=143;TR=265;WE=64438675;WS=64438657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr7	64439613	rs3807068	T	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=31;PP=887;SC=TGCGACATTCTTTACATTTAA;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=45;WE=64439621;WS=64439603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	64439701	rs3807069	C	T	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=13;PP=661;SC=ATATTTATTACATTGAAATAT;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=64439709;WS=64439691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	64439938	rs1852016	C	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=461;SC=AAGTAACAAACTACTTCACTT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=64439946;WS=64439928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	64451558	rs11771269	G	A	4644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=45;PP=2247;SC=TCCAAGGGATGAGAACCAACC;SOR=1.134;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=125;WE=64451566;WS=64451548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	64451656	rs4718177	G	A	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NR=69;PP=2441;SC=TTTCTTTGATGACCTTTCCTT;SOR=0.815;Source=Platypus;TCR=69;WE=64451664;WS=64451646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr7	64451699	rs4717229	T	C	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NR=57;PP=2091;SC=GTTAGTAAGGTTGAACTTTCC;SOR=0.998;Source=Platypus;TCR=57;WE=64451707;WS=64451689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	64451932	.	A	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=351;ReadPosRankSum=2.232;SC=CTGGGCCATAATATTGAATTA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=24;WE=64451940;WS=64451922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr7	64451963	rs4618579	T	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	64453136	rs6460219	G	A	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=43;PP=1617;SC=TTCAAACCAGGTCCCAGGTGA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=82;WE=64453144;WS=64453126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	64498782	rs34438629	G	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	64535312	rs71533998	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	64535417	rs1852024	T	C	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.06;QD=24.49;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	64535529	rs5001356	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=205;SC=TGGGGCCCTCCGCCCTGGCGG;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=14;WE=64535537;WS=64535519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	64639915	rs368760026	AC	A	728.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.355;NF=0;NR=27;PP=1096;ReadPosRankSum=0.949;SC=TTCATCCCTCACCCCCCCCCC;SOR=0.735;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=86;TCF=0;TCR=86;TR=27;WE=64639934;WS=64639905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
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chr7	64657679	.	T	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.594;NF=7;NR=15;PP=263;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CTATTCAGAATTTAATGTTGC;SOR=0.763;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=22;WE=64657687;WS=64657669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,26:0.31:83
chr7	64670116	rs141830477	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=7;PP=262;SC=AATTATTTTACGTTTCTTTTC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=64670124;WS=64670106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	64852790	.	TTG	T	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,34:0.16:214
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chr7	65157864	rs2671990	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-2.541;QD=3.09;ReadPosRankSum=-2.424;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
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chr7	65220463	rs4718275	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.61;MQRankSum=0.032;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.782;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr7	65220697	rs4718276	G	A	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=34;PP=1064;SC=TCCAAGAATTGTCTGAACTTT;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=56;WE=65220705;WS=65220687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	65229721	rs6966573	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.274;NF=2;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=0.594;SC=CTGGGGAGGTCGCTCTCGGTG;SOR=0.551;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=7;WE=65229729;WS=65229711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr7	65425894	rs9530	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr7	65426054	.	C	CA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr7	65439879	rs781143	G	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=138;ReadPosRankSum=-1.258;SC=AAGCAGCCCCGACAAGGACCC;SOR=0.512;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=12;WE=65439887;WS=65439869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr7	65440835	rs112120049	CA	C	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.769;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr7	65444359	rs139791587	T	TGA	524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=225;ReadPosRankSum=1.055;SC=TGGGCCCCGCTGAGAGGATCC;SOR=0.126;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=65444367;WS=65444349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr7	65541185	rs1183245	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=542;ReadPosRankSum=-1.280;SC=CTCCAGGAAGCAATTTTGAAA;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=37;WE=65541193;WS=65541175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr7	65541307	rs1144895	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=0.517;SC=GGCAAACCCACCAACCCACAC;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=65541315;WS=65541297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	65551931	rs313830	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.847;SC=AGCGGGGGACTCTGCATGGAG;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=65551939;WS=65551921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr7	65552230	rs60878697	CGT	C	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.756;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr7	65552497	rs313829	A	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TTCATTGCCTATGGGCACTGA;SOR=1.244;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=23;WE=65552505;WS=65552487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr7	65552614	rs313828	T	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=469;ReadPosRankSum=-0.739;SC=CCCCCAGCTGTTGCCCCACCC;SOR=0.763;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=25;WE=65552622;WS=65552604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr7	65554352	rs160647	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=379;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CTGGCTAGTACGTGCCAGTTC;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=28;WE=65554360;WS=65554342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr7	65554385	rs2460432	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CACACTCAGGCAGGGCCCCAC;SOR=1.405;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=17;WE=65554393;WS=65554375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr7	65556936	rs1167406	G	C	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=570;ReadPosRankSum=2.037;SC=TCCTGGGCCTGGCAGCTTCAG;SOR=1.099;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=43;WE=65556944;WS=65556926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr7	65599246	rs5884583	CT	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-1.277;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr7	65610458	.	C	T	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,111:0.55:201
chr7	65751460	rs4291144	T	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=2.342;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr7	65817333	rs709595	G	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=0.132;SC=TTCCCTCAGTGCTGCCCACTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=65817341;WS=65817323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	65841981	rs6974355	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.707;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr7	65842128	rs11769079	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.803;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	65842221	rs11765965	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr7	65842543	rs112115083	C	CAT	2669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.696;NF=3;NR=23;PP=1698;ReadPosRankSum=0.700;SC=ATCCAACACACGTGCTGTTCC;SOR=0.807;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=26;WE=65842553;WS=65842533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,72:0.41:174
chr7	65842545	rs3815685	T	C	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.721;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,72:0.41:177
chr7	65904274	rs150544397	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=0.111;SC=CTGGGAGCTTTTGCTTCCTGA;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=27;WE=65904282;WS=65904264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,38:0.32:117
chr7	66094008	rs35526611	C	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.260;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr7	66098482	rs3764903	G	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-1.669;SC=GGTGATTAGCGTAGGCTTGAG;SOR=0.607;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=17;WE=66098490;WS=66098472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr7	66147057	rs1882655	T	C	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=18;PP=569;SC=CCGGAAGTGATGTTTGCGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=66147065;WS=66147047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	66147101	rs2420827	G	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.69;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr7	66147110	rs3800823	C	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.64;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr7	66147149	rs3800822	A	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.39;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	66147149	.	ACCC	GCCA,GCCC	224	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=7,11;NR=11,17;PP=224,88;QD=15.4148819368;SC=GGACTGGGGAACCCAGACCTG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=18,28;WE=66147160;WS=66147139;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.64:28
chr7	66147152	.	C	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr7	66147178	rs3800820	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=275;ReadPosRankSum=1.329;SC=CGTGGGCGAGCGGTGACCTGG;SOR=0.473;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=18;WE=66147186;WS=66147168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr7	66147656	rs2003301	G	C	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.493;NF=23;NR=22;PP=672;ReadPosRankSum=2.608;SC=AACGCGCCGGGATGGGACGCT;SOR=0.529;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=45;WE=66147664;WS=66147646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr7	66147697	rs5884599	A	AG	2362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=32.82;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	66147746	rs2003300	C	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=310;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AGAAGCGTCCCGGAGTTGGGA;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=19;WE=66147754;WS=66147736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr7	66416137	rs148803801	TTG	T	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,14:0.12:115
chr7	66459145	rs11763269	A	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.426;NF=16;NR=10;PP=329;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TAATATATCTACAAATACGTT;SOR=0.598;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=26;WE=66459153;WS=66459135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr7	66463195	rs145124227	A	AT	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr7	66482730	rs117207241	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=362;ReadPosRankSum=0.527;SC=TCTTCCTTAGCGGCAGCCCAT;SOR=0.619;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=24;WE=66482738;WS=66482720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr7	66532235	rs2711910	A	G	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.687;NF=30;NR=17;PP=579;ReadPosRankSum=1.071;SC=GTGCTTTGACAATTTTATTCA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=47;WE=66532243;WS=66532225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr7	66773480	.	C	T	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;ReadPosRankSum=-1.470;SC=ACAGTGTTTCCTTGCTCATAT;SOR=0.741;SbPval=0.67;Source=Platypus;TCR=67;TR=66;WE=66773488;WS=66773470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,103:0.48:216
chr7	66785029	rs2537522	G	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.626;NF=9;NR=5;PP=160;ReadPosRankSum=0.770;SC=CGGGTTCTTAGAATAGCAATG;SOR=0.459;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=14;WE=66785037;WS=66785019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr7	66785137	rs9443	C	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.698;NF=16;NR=12;PP=296;ReadPosRankSum=0.509;SC=ATGAGACATGCGATATGAGTT;SOR=0.753;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=28;WE=66785145;WS=66785127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,36:0.27:135
chr7	69583231	.	TA	T	132.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.730;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr7	70193932	rs4718987	T	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=1;PP=286;SC=ATGTCTCCTCTCCTCCCAGTT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=70193940;WS=70193931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	70194024	rs4718988	G	A	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=9;PP=637;SC=TAGCAGCCTGGGAGGAGCCAC;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=70194032;WS=70194014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	70229595	rs1983487	T	G	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=130;SC=GAAAGTGTGCTCGTACAGGGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=70229603;WS=70229585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	70231070	rs2293509	C	T	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=18;PP=2094;SC=AAGGAAAAGGCGTCATCGTCT;SOR=2.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=77;TCR=18;TR=94;WE=70231078;WS=70231060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	70233139	rs3750170	G	A	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=81;PP=2360;SC=ATGACTAGCAGCCTTCCTTAA;SOR=1.126;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=45;TCR=81;TR=126;WE=70233147;WS=70233129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	70249760	rs9886311	C	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.76;QD=22.80;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	70249868	rs3817575	G	A	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=50;PP=1884;SC=AGTAGAAGCCGGTTGCATCTT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=94;WE=70249876;WS=70249858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	70249908	rs2293504	C	T	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=52;PP=1856;SC=ACTCTGGTTTCGTTATGTTTG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=98;WE=70249916;WS=70249898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	70252185	rs2293500	A	G	7432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=78;PP=2965;SC=TCTCCACTTCACCATTTCAGC;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=111;TCR=79;TR=188;WE=70252193;WS=70252175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr7	70254674	rs941346	G	T	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GCAGCCCCTGGCCCGGCCGAC;SOR=0.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=70254682;WS=70254664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr7	70597675	rs6957446	T	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=484;SC=GAGCAGGGGCTTGGATCCCTG;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=70597683;WS=70597665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	70598059	rs2903458	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=15;PP=487;SC=CCGGGGCTCGACGCGGGCGGG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=70598067;WS=70598049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	70765503	rs7806503	C	G	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=36;PP=1178;SC=GTTATTTTCTCATCCTAATAA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=65;WE=70765511;WS=70765493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	70772801	rs4520056	C	G	65.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	70880889	.	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=0.621;SC=GCTGAAGGTCCCCCTAGAGGA;SOR=0.658;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=19;WE=70880897;WS=70880879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr7	70885883	rs11455717	C	CT	4647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=33;PP=2973;SC=GTCTATTTCTCTATGTTTCAG;SOR=1.379;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=70;WE=70885891;WS=70885873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	70886107	rs11455716	G	GC	2058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=50;PP=2136;SC=TGGCTGGTGAGCCTGGCGGCC;SOR=2.910;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=50;WE=70886115;WS=70886097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	71036473	rs10277319	C	T	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=456;SC=ATTTAAAGCTCCTTACAGCTG;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=71036481;WS=71036463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	71135192	rs2302440	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=40;PP=1114;SC=CATTCATTCAATGAGTGGTTT;SOR=1.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=52;WE=71135200;WS=71135182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	71176013	.	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=-0.037;SC=AGCAAAGAGCGACCCCGAACC;SOR=0.419;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=20;WE=71176021;WS=71176003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr7	71176900	rs887584	G	A	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	71571436	rs10950296	G	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	72277621	.	G	A	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=762;ReadPosRankSum=-0.821;SC=CCAAGCAGAGGGGGAAAGCCT;SOR=0.561;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=53;WE=72277629;WS=72277611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,85:0.53:161
chr7	72304470	rs5884895	GT	G	1299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.575;NF=1;NR=16;PP=533;ReadPosRankSum=3.572;SC=ACTGATCAAGGTCATAGAAAG;SOR=0.616;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=17;WE=72304478;WS=72304460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,42:0.39:109
chr7	72413443	rs62463429	G	A	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.647;NF=56;NR=12;PP=1169;ReadPosRankSum=1.126;SC=CCCCCAGCCCGCATTTGGGGC;SOR=0.755;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=77;TCR=16;TR=68;WE=72413451;WS=72413433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,69:0.72:96
chr7	72413581	rs71554687	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=11.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-16.702;QD=0.20;ReadPosRankSum=1.449;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,42:0.13:335
chr7	72413593	rs71554688	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=7.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-17.655;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,44:0.14:315
chr7	72413657	.	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=9.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-10.513;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.477;SOR=1.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,24:0.14:174
chr7	72416333	rs237934	C	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=12;PP=388;SC=TCTGAGGCCCCGTGAAGATCA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=72416341;WS=72416323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	72418963	rs7056	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.053;NF=21;NR=20;PP=512;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GCCCAGGGTCTTCCACGGAGA;SOR=0.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=41;WE=72418971;WS=72418953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,48:0.35:139
chr7	72418992	rs9955	C	T	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.239;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.982;NF=36;NR=26;PP=1036;ReadPosRankSum=-1.190;SC=ATCTTCCTTTCCCACCAGGAA;SOR=0.942;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=62;WE=72419000;WS=72418982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,83:0.61:136
chr7	72658255	rs2539089	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=8.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=47.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.635;NF=43;NR=4;PP=972;ReadPosRankSum=-1.587;SC=TCAGTTTTGTAACAAGCCCGT;SOR=4.359;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=113;TCF=87;TCR=26;TR=47;WE=72658263;WS=72658245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,42:0.32:132
chr7	72664015	rs202030378	C	CG	86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.12;QD=21.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	72711816	rs374232589	G	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.92;QD=27.51;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	72711867	rs62465076	A	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=23;PP=1206;SC=GCCAGCCCTTACCCCCAGCTT;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=66;WE=72711875;WS=72711857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	72738350	rs55963844	C	CG	2005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=887;SC=CTGGTCCCCGCGGCCTCTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=72738358;WS=72738340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	72738749	rs28626137	A	G	6162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=57;PP=1751;SC=CACTGAAGCCAGTCCTCCAGC;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=103;WE=72738771;WS=72738739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	72738762	rs6980258	CA	TG	5839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=52;PP=2947;SC=CCTCCAGCTCCAGCAGGCTCA;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=86;WE=72738771;WS=72738739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	72750627	rs4717751	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TTTACAGCATGGGAATAGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=8;WE=72750635;WS=72750617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr7	72754919	.	C	CTTTT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr7	72850178	rs1178947	T	C	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=75;PP=1829;ReadPosRankSum=1.468;SC=GCCCCCTGCATCCCCTAGAGA;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=51;TCR=123;TR=106;WE=72850186;WS=72850168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,128:0.58:221
chr7	72857049	rs1178977	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-1.447;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.142;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr7	72861622	.	TTCC	T	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.596;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.16;MQRankSum=1.862;NF=4;NR=6;PP=357;ReadPosRankSum=0.627;SC=CATAATCTTCTTCCTCCTCCT;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=10;WE=72861632;WS=72861612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr7	72861849	rs2237279	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.009;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	72877166	rs2074755	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=219;ReadPosRankSum=0.747;SC=AGGAGGGTCATGTTGGGAAGT;SOR=0.352;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=15;WE=72877174;WS=72877156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr7	72891754	rs2074754	C	T	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,86:0.41:211
chr7	72971728	rs13234157	C	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-0.977;SC=CAGCGCCGGCCGGTCGGCTCC;SOR=0.582;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=9;WE=72971736;WS=72971718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr7	72984780	rs14415	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=0.731;SC=ATGGCAGCAGTGCCATGAGGA;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=6;WE=72984788;WS=72984770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr7	72987354	rs2286276	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=-2.428;SC=CCAACTGTCACTCTCCAAAGA;SOR=0.339;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=16;WE=72987362;WS=72987344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr7	72989141	rs34550818	C	CA	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.269;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=1.200;SC=GACCCTGTCTCAAAAAAAAAC;SOR=0.442;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=8;WE=72989149;WS=72989131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr7	73008326	rs144164348	CAG	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.635;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,9:0.11:82
chr7	73008883	.	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.734;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr7	73010442	rs13247874	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.91;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr7	73012042	rs35332062	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr7	73013901	rs13235543	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=1.662;SC=CCGAGGAAGCCGGGGGCACCT;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=15;WE=73013909;WS=73013891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr7	73019975	rs61010704	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=190;ReadPosRankSum=0.323;SC=TTCCTCACACAGACCCTGCCC;SOR=0.507;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=16;WE=73019983;WS=73019965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr7	73020301	rs799157	T	C	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=46;PP=1468;SC=AGAGAGTGTCTGAGATGTCGG;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=82;WE=73020309;WS=73020291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	73020337	rs3812316	C	G	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=705;ReadPosRankSum=3.036;SC=GGTCCAGGAGCTGCCGCCCAC;SOR=0.550;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=45;WE=73020345;WS=73020327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr7	73022211	.	G	A	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=69;MMLQ=27;MQ=51.19;NF=0;NR=8;PP=70;QD=13.0964015684;SC=TTGGAGATAGGGTTTCACTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=73022219;WS=73022201;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,8:0.42:19
chr7	73038472	rs370239468	AC	A	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr7	73084175	rs36067105	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=10;PP=579;SC=TAGGACGAGGAGCAGAAACTT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=73084183;WS=73084165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	73084309	rs7795181	G	C	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	73085710	.	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.664;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr7	73097238	rs1569062	G	A	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=43;PP=1685;SC=GTTGTTCCCCGTAGTGGGCCT;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=84;WE=73097246;WS=73097228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	73101137	rs11769825	A	G	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=36;PP=1112;SC=GTGTCTGGTCATGTCTTCCAG;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=73101145;WS=73101127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	73105144	rs34951011	GT	G	557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=320;SC=GGGAGGAGGGGTTTCTCTTGG;SOR=1.739;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=73105152;WS=73105134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	73107003	rs2293490	C	A	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=35;PP=1432;SC=CTGGGTGTGCCGGGGAGTTGG;SOR=0.918;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=76;WE=73107011;WS=73106993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	73108205	rs2293488	G	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=380;SC=GTTCCTTCTCGTGGGACTGGA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=73108213;WS=73108195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	73108310	rs2293487	T	C	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	73117172	.	C	CAA	1938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=1313;ReadPosRankSum=1.748;SC=GCCCGGCACTCACCTGGCTCT;SOR=0.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=32;WE=73117180;WS=73117162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,56:0.34:164
chr7	73117420	rs12539475	T	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=37;PP=809;SC=GAAGGGGGCCTGAGGCTTCCT;SOR=3.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=73117428;WS=73117410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	73118196	rs4363087	T	C	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=25;PP=860;SC=CCAGCCCTCTTCGGGGAGTTC;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=73118204;WS=73118186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	73118398	rs7807316	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=10;PP=949;SC=GCAGCAGCCTTGAGCCACGCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=73118406;WS=73118388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	73118819	rs72555386	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=283;ReadPosRankSum=-2.084;SC=ACCCGCACACCCAGCATCTAT;SOR=0.830;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=17;WE=73118827;WS=73118809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr7	73153235	.	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=1.322;SC=CCCGCCCTCTCCCCGCCCCCA;SOR=0.354;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=12;WE=73153243;WS=73153225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr7	73243786	rs4717822	T	G	6425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.14;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	73243786	.	TTGG	GTGA,GTGG	1093	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=25,46;NR=39,62;PP=1093,407;QD=17.9135605447;SC=CCCAGCATGGTTGGGAAGAGA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=64,108;WE=73243797;WS=73243776;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.59:108
chr7	73243789	.	G	A	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,99:0.59:169
chr7	73245519	rs8629	T	C	4871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=47;PP=1419;SC=TCAACTCCCGTGGACGCTGAA;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=73245527;WS=73245509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr7	73249165	rs13246460	T	A	5565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=65;PP=2050;SC=GGATACCACCTCCAGCTCGGA;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=117;WE=73249173;WS=73249155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr7	73249299	rs13232463	G	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=24;PP=708;SC=AAGGTTGGACGAGTTGGTCCT;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=73249307;WS=73249289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	73254812	rs13241921	T	C	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=24;PP=640;SC=GCCGGGGGCCTGGGCCTGTTC;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=73254820;WS=73254802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	73254910	rs13242043	T	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=372;SC=TCAGTCATGGTTCACACCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=73254918;WS=73254900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	73255647	rs4717823	G	C	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=27;PP=643;SC=AAGCCTGGCTGGGGCTAGCGT;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=73255655;WS=73255637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	73275396	rs4324825	G	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=321;SC=GCAGTGGAGCGGCAGGAGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=73275404;WS=73275386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	73275501	rs11770024	T	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=15;PP=683;SC=TTCTCCCAGCTGGAGTAGGTG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=73275509;WS=73275491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	73275565	rs11770052	T	A	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=12;PP=615;SC=CTTTTGGGGATCCTGTTGCAG;SOR=1.524;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=36;WE=73275573;WS=73275555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	73275769	rs11767129	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=12;PP=377;SC=AACTACAGTGCTGACATTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=73275777;WS=73275759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	73279233	rs10675041	C	CAA	436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.99;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr7	73279482	rs13227841	T	C	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=44;PP=1631;SC=CCAGGCTCTCTGGGCTGGGCT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=73279490;WS=73279472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	73280020	rs1136647	C	T	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.26;ReadPosRankSum=1.179;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr7	73457424	.	C	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=540;ReadPosRankSum=-1.158;SC=GGAGCCAACTCTGATGCAGCC;SOR=1.015;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=36;WE=73457432;WS=73457414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
chr7	73467650	.	C	CTGTG	206.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.82;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	73469169	rs2239691	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.758;SC=AAGGACCCTCCTCTACTTGCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=73469177;WS=73469159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr7	73470714	rs2071307	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=355;ReadPosRankSum=0.340;SC=AGGTGTCCCTGGTGTCGGAGG;SOR=0.811;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=21;WE=73470722;WS=73470704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr7	73470782	rs2856728	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.721;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;ReadPosRankSum=0.036;SC=CTTAGTCACACCTGGGGACAT;SOR=0.461;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=11;WE=73470790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr7	73479946	.	G	GA	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.096;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.613;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr7	73481028	rs3757587	C	T	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=604;ReadPosRankSum=1.592;SC=GTTTCCACCCCTACCAACCCA;SOR=0.791;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=176;TCF=101;TCR=75;TR=52;WE=73481036;WS=73481018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,102:0.29:347
chr7	73510891	rs2527839	G	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-1.830;SOR=2.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr7	73513242	.	CAA	C,CA	602.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-0.411;QD=11.82;ReadPosRankSum=1.647;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,21,21:0.41,0.41:51
chr7	73530046	rs149618	A	G	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=13;PP=796;SC=GGCTGTCTACAGGTTGGCTTG;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=73530054;WS=73530036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr7	73803303	rs7790414	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.798;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=245;ReadPosRankSum=-0.047;SC=ACCGTCAAAACTATGCAGTGG;SOR=1.688;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=15;WE=73803311;WS=73803293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr7	73803644	rs35415684	T	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=389;SC=CCCTTGCTCCTCTTCTTGACA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=73803652;WS=73803634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr7	73818404	rs2240436	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.990;SC=GGTACAGCCCCGGCCTGACCC;SOR=0.648;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=73818412;WS=73818394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr7	73959331	rs2074665	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=72;ReadPosRankSum=-0.130;SC=AGAACCAGGAAGTTCCTGGTC;SOR=0.385;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=7;WE=73959339;WS=73959321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	73969541	rs2301895	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=247;ReadPosRankSum=0.756;SC=AGAGCCCATCATGGATAGTCA;SOR=0.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=17;WE=73969549;WS=73969531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr7	73973438	rs141132786	GA	G	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=458;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TTGCACCTGCGAATCCTTAGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=15;WE=73973446;WS=73973428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr7	73973891	rs190787987	C	T	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=330;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GCCACTGAATCCCAGGGGTGT;SOR=0.412;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=25;WE=73973899;WS=73973881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,62:0.57:108
chr7	74114847	rs2301907	T	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr7	74129126	.	AT	A	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=-1.087;SC=GTCACCCCACATTTTTTTTTG;SOR=0.910;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=15;WE=74129134;WS=74129116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr7	74167356	rs116428284	A	T	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.65;QD=24.95;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	74193642	.	G	A	128	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=43.98;NF=10;NR=0;PP=128;QD=16.2771212547;SC=GCCGAGAACCGCCAGGGCACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=10;WE=74193650;WS=74193632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:28,10:0.26:38
chr7	74193668	rs17295741	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.749;NF=16;NR=16;PP=463;ReadPosRankSum=3.576;SC=CGAGTACTGCGGCACGCTCAT;SOR=0.639;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=32;WE=74193676;WS=74193658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr7	74197598	.	T	A	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.86;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	74251390	rs200184967	A	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.36;MQRankSum=-2.195;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr7	74489228	rs75800152	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=264;ReadPosRankSum=-1.479;SC=GAAGGAGAGAGGGAGGAAGCC;SOR=0.173;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=18;WE=74489236;WS=74489218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr7	74489486	rs6955671	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=2.179;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,63:0.43:148
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chr7	74582468	rs201210150	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.24;MQRankSum=-4.890;QD=0.97;ReadPosRankSum=-1.890;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr7	74582543	.	T	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.22;MQRankSum=-2.362;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.988;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	74582567	.	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.25;MQRankSum=-0.935;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	74608658	.	CT	C	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.09;MQRankSum=0.478;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.313;SOR=1.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,11:0.14:81
chr7	74608661	rs199941375	T	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=5.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.02;MQRankSum=0.521;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.690;SOR=1.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,11:0.13:84
chr7	74608662	.	CT	C	198.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.14;MQRankSum=0.376;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.815;SOR=1.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,11:0.13:86
chr7	74608740	.	CT	C	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.13;MQRankSum=-7.812;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,53:0.30:176
chr7	75039300	rs112848269	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.395;NF=7;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CATATATATACACACACACAT;SOR=0.392;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=11;WE=75039308;WS=75039290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
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chr7	75044431	rs236650	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.918;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.098;NF=4;NR=5;PP=112;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GCTGGACCCCCGCCAGGCTCC;SOR=0.223;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=9;WE=75044439;WS=75044421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr7	75044830	rs236651	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.746;NF=18;NR=10;PP=352;ReadPosRankSum=0.283;SC=TAGCTGCTCCGTGCATGCTCA;SOR=1.163;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=28;WE=75044838;WS=75044820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr7	75045496	rs201842651	AG	A	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=15.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQRankSum=-10.376;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.601;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,26:0.17:157
chr7	75045694	rs7050	C	T	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=3.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQRankSum=-3.627;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,169:0.42:407
chr7	75048750	rs6465926	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.023;NF=4;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=2.401;SC=ACAGAGAGCTGGCCAGTGAGC;SOR=0.249;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=16;WE=75048758;WS=75048740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr7	75071497	rs2077267	G	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=8.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.42;MQRankSum=-1.585;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
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chr7	75145266	rs5884966	TA	T	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.881;NF=4;NR=23;PP=782;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CATTTTTTTTTAACCTTATCA;SOR=1.187;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=75;TCF=6;TCR=69;TR=27;WE=75145274;WS=75145255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr7	75156912	rs184194877	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.339;NF=10;NR=9;PP=187;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GGGCTCCGCAGCCTCTGCCCC;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=19;WE=75156920;WS=75156902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr7	75167627	.	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=328;ReadPosRankSum=-0.168;SC=CCACCATGGGGGCTCAAAAAT;SOR=0.581;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=21;WE=75167635;WS=75167617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr7	75168764	rs3757603	G	T	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=2.608;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,64:0.36:176
chr7	75168788	rs3757602	G	T	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=526;ReadPosRankSum=0.978;SC=CTCTTAATCAGCTCTCAGAGA;SOR=0.882;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=39;WE=75168796;WS=75168778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,59:0.41:143
chr7	75171427	rs11762702	C	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=0.079;SC=ATGAAAGTAACTGAGGGGGCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=2;WE=75171446;WS=75171417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr7	75171438	rs11773745	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=-1.602;SC=TGAGGGGGCCGGACAACGGTG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=2;WE=75171446;WS=75171417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr7	75176196	rs1167800	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr7	75176385	rs1167802	A	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.773;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr7	75183403	rs1167807	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=185;ReadPosRankSum=0.029;SC=CTCATGCCCCAGTACTCACAG;SOR=0.665;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=16;WE=75183411;WS=75183393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr7	75185985	rs794368	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	75210763	rs237239	TG	CA	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=477;ReadPosRankSum=-0.443;SC=GTCTTAGCCTTGTGGGTATTA;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=11;WE=75210772;WS=75210753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr7	75216202	rs1167787	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=-1.364;SC=CATAACAGTCAAGAGATCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=16;WE=75216210;WS=75216192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr7	75228483	rs41281695	G	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=504;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GGTCTTCCAAGCAACATCCAA;SOR=0.952;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=37;WE=75228491;WS=75228473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr7	75398998	rs2302009	A	C	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=620;ReadPosRankSum=-0.096;SC=CCTCGGATGAAAATTCAGCTG;SOR=0.856;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=44;WE=75399006;WS=75398988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,77:0.60:128
chr7	75441108	rs11465315	C	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.88;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr7	75441111	rs11465314	G	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.21;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr7	75508284	.	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=0.084;SC=GGGCCTCTGGGAGGCGTGGCC;SOR=0.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=75508292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	75513062	rs42183	A	G	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=62;PP=2317;SC=AGCGAGTGGCACTGAAGCTCG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=129;WE=75513070;WS=75513052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	75597545	rs10954724	C	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=154;SC=TTCCTCCTGGCGGGGACCTGC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=75597553;WS=75597535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	75609677	rs1135612	A	G	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=69;PP=2886;SC=GCAGCCTGCCAGAGATCGACA;SOR=0.982;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=104;TCR=69;TR=173;WE=75609685;WS=75609667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	75610420	rs201513102	G	C	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=1.923;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,76:0.62:123
chr7	75610763	rs2286819	G	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=15;PP=729;SC=GGGTCGGGGCGTGCCTGGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=75610771;WS=75610753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	75612770	rs13223707	C	G	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=14;PP=1322;SC=CAACCAGAAGCGTCCTTGGAG;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=75612791;WS=75612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	75612783	rs13240147	G	A	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=18;PP=1369;SC=CCTTGGAGACGGAGACTCAGA;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=75612791;WS=75612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	75613998	rs4732514	C	T	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=6;PP=1045;SC=CACCTGTTGCCGCAGAGCTGG;SOR=2.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=45;WE=75614006;WS=75613988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	75614029	rs4732515	T	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=14;PP=1485;SC=CACCCCCTCCTGCCGCAGCCA;SOR=2.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=70;WE=75614037;WS=75614019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	75614082	rs4732516	C	G	5829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=57;PP=2793;SC=TCCTGCCTGTCTCTTCCCTGC;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=85;TCR=57;TR=140;WE=75614090;WS=75614072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr7	75614288	rs2286822	C	T	20489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.96;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr7	75614296	rs2286823	G	A	20910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.49;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr7	75614863	rs2302431	TG	CT	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=14;PP=1736;SC=AGGGCCTCGGTGTGGCGGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=43;WE=75614872;WS=75614853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	75614953	rs2228104	T	C	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=45;PP=2176;SC=AGACCAAGGCTGGCCGCATCA;SOR=1.151;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=124;WE=75614961;WS=75614943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	75616778	rs11767816	A	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-1.004;QD=11.73;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,45:0.34:133
chr7	75616778	.	AC	TA	946	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=23;MQ=60.14;NF=16;NR=11;PP=946;QD=37.0173286986;SC=TACTCAGAAGACCCAGTCCCT;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=27;WE=75616787;WS=75616768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr7	75616779	rs11766464	C	A	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-1.004;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,44:0.34:130
chr7	75616817	rs201142190	GGACA	G	5297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=40;PP=2979;SC=CGCAGAGGACGGACAGACAGA;SOR=0.778;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=58;WE=75616828;WS=75616807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	75618380	rs112021685	C	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.61;QD=18.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	75621661	rs2286826	G	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=11;PP=329;SC=AGGGCAAACAGGGCCCAGAGA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=75621669;WS=75621651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	75621827	rs4732519	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	75621979	rs6467956	T	C	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=115;SC=CTGGGAGGGTTTCGCTCAGCG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=75621987;WS=75621969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	75623975	.	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=0.409;SC=CCGTCCGCTTCCGGGCTCGCG;SOR=0.610;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=9;WE=75623983;WS=75623965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr7	75628461	rs4728538	A	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=211;SC=GTCTCAAAAAAAAATAAATAA;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=75628469;WS=75628451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	75629778	rs3801472	T	C	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=38;PP=1392;SC=AGTTAGGAGCTCCGAGTTCCG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=75629786;WS=75629768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	75630274	rs8565	T	C	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	75633209	rs2058389	T	C	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=33;PP=898;SC=TCAGGTGGAATGCAGAATGCA;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=75633217;WS=75633199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	75643313	rs7798794	C	T	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=22;PP=694;SC=TATTTATTTTCTGAGACAGAG;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=37;WE=75643321;WS=75643303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	75658197	rs13240967	C	T	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=43;PP=1238;SC=AACCCCAGCACTTTGGAAGGC;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=75658205;WS=75658187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	75659815	rs1044483	T	C	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=52;PP=1359;SC=AAAGCTCTGTTGGTTCACATA;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=75659823;WS=75659805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	75677430	rs10231092	C	G	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=37;PP=1308;SC=AGTCACTTCCCCGTCACCAGC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=75677438;WS=75677420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	75694067	.	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GCCGGCTCACCTGGGCGTCAC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=9;WE=75694075;WS=75694057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr7	75694345	rs3214335	TC	T	1381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=951;SC=TCAGGAGCTCTCCCTGGCCCT;SOR=1.788;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=23;WE=75694353;WS=75694335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	75877354	rs1859795	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=0.216;SC=AGTGCTGAAGACCTGGCTTGA;SOR=0.066;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=75877362;WS=75877349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr7	75889151	rs150272766	G	GC	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=1.110;SC=GCTAGGTCAGGCCCCCTGCGC;SOR=0.490;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=3;WE=75889159;WS=75889143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr7	75889184	rs6950229	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=1.449;SC=TGAAGAAAAGTCGTCCCGAGA;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=8;WE=75889192;WS=75889174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
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chr7	75896466	rs6955911	A	G	363.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=223;ReadPosRankSum=1.005;SC=AGGCAGGTGGAGGGCTGCTCT;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=75896474;WS=75896456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr7	75912536	rs3839766	TG	T	285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	75914934	rs75544239	G	GC	2122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=11;PP=1195;SC=TCCCGGCAGCGCCGCAAGCGT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=27;WE=75914942;WS=75914924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	75959188	rs2072435	G	A	6584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=83;PP=2965;SC=AGGCCTTCTCGGAGGACTCCA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=167;WE=75959196;WS=75959178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr7	76022688	.	CCGCTGTCAGCCTCACCTT	C	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=1628;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GTGCGCGGCCCCGCTGTCAGC;SOR=0.760;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=4;WE=76022713;WS=76022678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr7	76023088	rs140509712	C	CG	5587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=53;PP=2933;SC=TGCCGGCTCCCGGCAGAGCCC;SOR=0.884;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=69;WE=76023096;WS=76023078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	76023131	rs35508921	A	AG	6544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=59;PP=2251;SC=CCGCAGACCCAGGCACCGCCA;SOR=0.852;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=79;WE=76023139;WS=76023121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	76029842	.	C	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=728;ReadPosRankSum=2.393;SC=GACGCTGCCCCAGGAGCCACC;SOR=0.528;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=53;WE=76029850;WS=76029832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,69:0.40:173
chr7	76062441	.	T	TTTGGTTTTGG,TTTGGTTTTGGTTGGTTTTGGTTGGTTTTGGTTGGTTTTGG	1666.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=66.67;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,12:0.52,0.48:25
chr7	76130742	.	G	GCCGTTTCAC	599	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=42.5;NF=0;NR=1;PP=599;QD=699.0;SC=GTGTGACTGGGCCGTTTCACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=1;WE=76130750;WS=76130732;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,1:0.17:6
chr7	76131586	rs2690683	G	A	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=12;PP=621;SC=CACTGTTGGCGAGCATGACCC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=76131594;WS=76131576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	76131645	rs6979487	A	G	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.50;QD=44.74;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	76131650	rs6958774	G	A	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.23;QD=41.93;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	76131695	rs4728775	A	G	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=33;PP=1079;SC=TCGGGTCCCTAGCTGTGGGCC;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=59;WE=76131703;WS=76131685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	76131812	rs6963784	C	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.56;NF=3;NR=16;PP=452;SC=GGTGGCCCGCCCCCACAGTCC;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=76131820;WS=76131802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	76132898	rs17855260	T	C	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.92;QD=28.44;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	76132962	rs2690526	A	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=358;SC=CCCCGCCCACATCCCAGCAGT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=76132970;WS=76132952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	76135134	rs7398	G	A	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=49;PP=1628;SC=TGGGGGCTTAGGATGCAGCTA;SOR=0.907;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=84;WE=76135142;WS=76135124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	76140186	rs12666503	T	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.920;NF=20;NR=24;PP=644;ReadPosRankSum=0.630;SC=CACGCCCGTCTCCGTGGCTCA;SOR=0.668;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=44;WE=76140194;WS=76140176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr7	76142536	rs2286988	G	A	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=63;PP=1775;SC=TCTCTGGGCCGCCTCTGCTGA;SOR=1.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=97;WE=76142544;WS=76142526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	76144229	rs2004545	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.442;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;MQRankSum=0.444;QD=32.19;ReadPosRankSum=-1.824;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr7	76144455	rs1799125	A	C	10972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=1.355;SC=TCCCACCCAGAGAGGCCGCCA;SOR=0.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=90;TCR=122;TR=210;WE=76144463;WS=76144445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,432:1.00:433
chr7	76144483	rs1636632	A	G	7907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=108;PP=2965;SC=GGTGGGCTGCAAGCCTGGCCT;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=76;TCR=109;TR=184;WE=76144491;WS=76144473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr7	76144560	rs1799126	T	C	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=53;PP=1255;SC=GATGGGGCGCTGGGAGTGAGT;SOR=2.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=67;WE=76144568;WS=76144550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	76607938	rs56083327	C	T	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=128;SC=GGGAAGATGGCCATGGCCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=76607946;WS=76607928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	76608143	rs2245368	C	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.75;QD=25.43;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	76610299	rs62473743	A	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.84;QD=30.14;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	76610346	rs71552449	C	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.72;QD=25.88;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	76610407	rs62473744	A	G	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=44;PP=1503;SC=CCTTTGCACCATACAACAAAC;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=80;WE=76610415;WS=76610397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	76610621	rs6956966	T	C	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.14;QD=20.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	76619795	rs149365700	G	A	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=57.63;NF=1;NR=4;PP=76;SC=GGGAGAGCCAGAGGGGCTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=76619803;WS=76619785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	76632736	rs3748126	C	G	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=39;PP=1321;SC=GGACCATCCTCATAGTTTACA;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=76632744;WS=76632726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr7	76751305	rs3114350	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=91;ReadPosRankSum=2.023;SC=AGCGCTCGCCCCTACCTGAGC;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=8;WE=76751313;WS=76751295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr7	76751357	rs3095481	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=0.311;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
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chr7	76751658	rs6962194	C	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=578;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CTGACCTGGACCCCTTGCCTA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=35;WE=76751666;WS=76751648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
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chr7	76871113	rs17230060	A	G	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=592;ReadPosRankSum=1.211;SC=TTCCAGAAGCATTCTCCACGG;SOR=0.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=45;WE=76871121;WS=76871103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
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chr7	76916046	rs6949008	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-1.115;SC=TCAAGACCCTAGGCAATGTGA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=5;WE=76916054;WS=76916036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr7	76916819	rs3763402	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=291;ReadPosRankSum=0.520;SC=TCTATGAGCAGGTCTCCAGGC;SOR=1.138;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=22;WE=76916827;WS=76916809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr7	76922490	rs17151219	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.07;MQRankSum=1.381;NF=13;NR=25;PP=443;ReadPosRankSum=1.705;SC=AAGAAATGCACGCCTTGGCCA;SOR=0.983;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=104;TCF=39;TCR=65;TR=38;WE=76922498;WS=76922480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,54:0.35:155
chr7	76922547	rs17151224	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.265;NF=7;NR=13;PP=224;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TTGCATTTCTAAAGGGTGCCA;SOR=0.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=20;WE=76922555;WS=76922537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr7	76922575	rs113826533	GCAA	G	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.513;NF=0;NR=6;PP=409;ReadPosRankSum=-0.920;SC=TTGCATTCAGGCAACCCACAG;SOR=0.555;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=6;WE=76922590;WS=76922565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr7	76922581	rs55803623	C	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr7	76922581	.	CA	GT	407	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=5;PP=407;QD=57.5584843578;SC=TCAGGCAACCCACAGTTATCC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=8;WE=76922590;WS=76922565;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr7	76922582	rs59657581	A	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr7	76924216	rs1133045	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr7	76941289	rs17805805	A	G	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=548;ReadPosRankSum=0.595;SC=GTGTAAGCTGATTCTCCACAA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=46;WE=76941297;WS=76941279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,75:0.48:157
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chr7	76941549	rs148017002	A	AAT	890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=926;ReadPosRankSum=0.891;SC=AAATGTAGCGAATACCACACA;SOR=0.737;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=14;WE=76941557;WS=76941537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
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chr7	76984572	rs2037753	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=473;ReadPosRankSum=0.493;SC=AGTAGAGCGCGCAGTGCAACG;SOR=0.662;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=32;WE=76984580;WS=76984562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr7	76984752	rs35161141	CA	C	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
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chr7	77006092	.	C	CA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=-0.502;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.786;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	77006114	rs76764879	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=-0.761;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
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chr7	77227241	rs6955503	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=288;ReadPosRankSum=0.412;SC=CATTTATAGACTATCTGTAAG;SOR=0.745;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=20;WE=77227249;WS=77227231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr7	77247821	rs9640663	G	A	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=727;ReadPosRankSum=-2.968;SC=TGAAAACATGGTCAGCTCCAT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=59;WE=77247829;WS=77247811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,115:0.57:202
chr7	77255941	rs17467232	T	C	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=283;ReadPosRankSum=-0.234;SC=GCTCTTAATATGCTACTCTTA;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=20;WE=77255949;WS=77255931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr7	77265140	rs2230602	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr7	77365770	rs3764824	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr7	77397906	rs10538970	ATAT	A	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.086;NF=8;NR=1;PP=324;ReadPosRankSum=0.057;SC=CAGGGGAACAATATTATTATT;SOR=1.765;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=77397916;WS=77397896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr7	77402746	rs10953349	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=0.755;SC=TTTTACCCGTATTTGGATATC;SOR=1.802;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=77402754;WS=77402736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr7	77423152	rs1045463	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=158;ReadPosRankSum=1.156;SC=TTCACCAATCCTGTTTTATGG;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=9;WE=77423160;WS=77423142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr7	77423574	rs7953	G	A	3316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=57;PP=1700;ReadPosRankSum=-0.562;SC=AGACTGGAATGAATATGAGGA;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=88;TCR=98;TR=109;WE=77423582;WS=77423564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,155:0.61:253
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chr7	77523521	rs10267180	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=-1.352;SC=ATGTAATCATATCTCTTATGC;SOR=0.593;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=77523529;WS=77523511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
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chr7	77708105	rs67657112	ATG	A	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.866;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr7	77756580	rs2074641	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=16;PP=772;SC=TGTAGTCCAGTAGGGGAGGCT;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=77756588;WS=77756570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	77756724	rs7812015	C	T	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=38;PP=1353;SC=CTTTCACTTCCGACCTGTAAC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=77756732;WS=77756714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	77756815	rs9656109	G	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=575;SC=CCAGAGGTGGGCCAGCCATGA;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=77756823;WS=77756805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	77756849	rs2074642	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=335;SC=CCACTCCTCTCGGTGGTCCTG;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=77756857;WS=77756839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	77756865	rs2074643	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=90;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TCCTGTTGGATGCTCAGGATT;SOR=0.169;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=77756873;WS=77756855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr7	77762213	.	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,56:0.49:115
chr7	77764253	rs1465221	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=-2.200;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	77764591	rs767682	C	A	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=38;PP=1074;SC=GTCCCAGCCCCAAAGGAAACA;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=77764599;WS=77764581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	77789353	.	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=338;ReadPosRankSum=0.568;SC=TATAGTGGATCCAGACTCAGG;SOR=0.610;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=25;WE=77789361;WS=77789343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr7	77885174	.	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=269;ReadPosRankSum=0.359;SC=CATTCAACTCCAAGGAAATCT;SOR=1.201;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=16;WE=77885182;WS=77885164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr7	78118982	rs1548868	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=314;ReadPosRankSum=-0.621;SC=AATTGTTTCAGCTAGATTATT;SOR=1.745;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=21;WE=78118990;WS=78118972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr7	78119109	rs3735442	C	T	1606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=805;ReadPosRankSum=0.202;SC=GAGGTTTAGCCTTTTTCGCAA;SOR=0.701;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=53;WE=78119117;WS=78119099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,85:0.39:217
chr7	78119199	rs1990577	A	C	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr7	78119221	rs3086374	G	GA,GAA	1163.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.75;ReadPosRankSum=1.096;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,22,26:0.45,0.53:49
chr7	78130801	rs10641091	C	CT	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.418;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr7	78256643	rs38117	G	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=0.399;SC=TGAATATTCAGTGCCACTTGT;SOR=1.432;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=5;WE=78256651;WS=78256633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr7	79082684	.	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=7.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.249;SOR=1.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chr7	79840212	rs3801356	T	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=5.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.617;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=373;ReadPosRankSum=-0.177;SC=GAGCTTTTTTTGTTAGCATTA;SOR=3.442;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=20;WE=79840220;WS=79840202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr7	80290369	rs3211892	A	G	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=29;PP=1305;SC=GTTTACTGCTATTTCTTTAGA;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=80290377;WS=80290359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	80299113	rs3173803	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=148;SC=ATGCCTGGCCGGTTATTTCTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=80299121;WS=80299103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	80300520	.	T	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=1.336;SC=ATACCATAATTTGTGATATTC;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=13;WE=80300528;WS=80300510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr7	80374342	rs1949971	A	G	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=46;PP=1865;SC=TGTCTTTGCAATATTGGTTAA;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=101;WE=80374350;WS=80374332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	80374438	rs1949972	T	C	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=42;PP=1789;SC=CCCAGGTCCATGGGGACCATT;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=93;WE=80374446;WS=80374428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	80378148	rs1405743	T	C	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=659;ReadPosRankSum=1.693;SC=TGAGCCTCGCTGAGGGACAGT;SOR=0.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=37;WE=80378156;WS=80378138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr7	80378175	rs2886793	T	C	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=17;PP=934;SC=ATGTTCTCTCTGAAGCCCTGA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=80378183;WS=80378165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	80378319	rs2272351	G	C	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	80418689	rs17275986	A	G	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=719;ReadPosRankSum=1.404;SC=CTATCTTTGTATACTTGTAGT;SOR=0.448;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=51;WE=80418697;WS=80418679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,88:0.62:141
chr7	80434918	rs2030924	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=107;ReadPosRankSum=-0.162;SC=TAGTTTAACACGATACTAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=11;WE=80434926;WS=80434908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr7	80456841	rs4461841	C	T	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=35;PP=1081;SC=ATAATCTCACCTGGACATATG;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=80456849;WS=80456831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	80817269	rs327695	T	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=19;PP=602;SC=GTGACAATTGTTAATATGCTT;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=80817277;WS=80817259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	81339304	rs2074725	A	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=2;PP=280;SC=CAGAGCTTACAGTCTGGCAAG;SOR=1.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=81339312;WS=81339294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	81346685	rs1800793	T	C	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=76;PP=1959;SC=GATATGACTGTGGAAACAACA;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=56;TCR=77;TR=132;WE=81346693;WS=81346675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr7	81350208	rs12536657	A	G	294.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=1.682;SC=ATATCAAGGCAGATAAAACAA;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=81350216;WS=81350198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr7	81350223	rs10272030	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=257;SC=AAACAAAAAGGTTTTTTACAA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=81350231;WS=81350213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	81355066	rs2887069	G	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=13;PP=1055;SC=GAAAAATCCAGCTTCAAACTT;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=81355074;WS=81355056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	81355449	rs2286194	T	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=200;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GAGTTCTAACTTTTTGGACTC;SOR=1.110;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=13;WE=81355457;WS=81355439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr7	81359116	rs5745686	CA	C	995.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=21.19;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	81366210	.	G	GGTGTGTGT,GGTGTGTGTGT	506.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.55;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=0,0;NR=9,9;PP=122,175;SC=TGTGTAGAGGGGTGTGTGTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9,9;WE=81366218;WS=81366200;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:12
chr7	81372156	rs5745676	A	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=10;PP=509;SC=ATCAGCTATAAAGATTAGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=81372164;WS=81372146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	81372452	rs2214826	A	G	227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=88;SC=AATGTTTTCTATGGATGTGTG;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=81372460;WS=81372442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	81374500	rs4732406	G	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	81381326	rs5745646	C	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=7;PP=857;SC=TGCATTTGCACGAACAACATA;SOR=2.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=81381334;WS=81381316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	81588636	rs1229502	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=399;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TTCGGTATCTGGGTTGCTTAA;SOR=0.614;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=36;WE=81588644;WS=81588626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,77:0.36:214
chr7	81591114	rs72063149	GTAATGATTATAACAGTATATACAATTTCT	G	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=0;PP=307;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AGTTTTTTCTGTAATGATTAT;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=1;WE=81591150;WS=81591112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	81591716	rs1229503	T	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr7	81600197	rs37067	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.48;ReadPosRankSum=1.139;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr7	81601231	rs1229505	C	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.256;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr7	81603945	rs61006565	AT	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=3.010;HP=13;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=1.213;SC=TGAAAACACTATTTTTTTTTT;SOR=1.492;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=81603953;WS=81603935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr7	81624251	.	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.729;SC=CATCTTATTTCGAATCTAAGA;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=15;WE=81624259;WS=81624241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr7	81626356	rs6944326	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=524;ReadPosRankSum=-0.694;SC=AAATTTTAATGACAAAGAACA;SOR=0.800;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=36;WE=81626364;WS=81626346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr7	81634822	rs71885491	GA	G	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr7	81641570	.	GA	G	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.603;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr7	81642634	rs37135	A	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=-1.611;SC=CAATGTATCAACAAGATACTC;SOR=0.269;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=81642642;WS=81642624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	81642949	rs37136	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	81746301	.	G	A	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr7	81964578	rs5885290	G	GA	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.250;HP=13;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.442;NF=0;NR=10;PP=123;ReadPosRankSum=0.277;SC=CTGTGTGAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.520;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=10;WE=81964586;WS=81964568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr7	82497343	rs4628206	T	A	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=41;PP=2257;SC=ATCAACATGATATGTGGTCTG;SOR=1.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=117;WE=82497351;WS=82497333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	82538156	.	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=1.275;SC=AGTCTTTTTTGATAAATCTAA;SOR=0.807;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=14;WE=82538164;WS=82538146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr7	82544987	rs17156844	A	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=630;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TCACATAACTATGCAATCTAG;SOR=0.700;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=45;WE=82544995;WS=82544977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,70:0.59:118
chr7	82545811	.	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=534;ReadPosRankSum=0.920;SC=ATGTAATCACGATCCTCAGCT;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=42;WE=82545819;WS=82545801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,60:0.34:179
chr7	82581488	rs10630259	T	TTCA	8913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.31;NF=25;NR=52;PP=2969;SC=CAACGGGTTTTTCATCTTCTA;SOR=0.765;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=77;WE=82581496;WS=82581478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr7	82581859	rs976714	C	T	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=782;ReadPosRankSum=0.634;SC=GTGTAACTTGCACTAGCTGTG;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=50;WE=82581867;WS=82581849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,65:0.56:116
chr7	82582846	rs10954696	C	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=515;ReadPosRankSum=-0.119;SC=ATTCTTGTAACAGGTAATCCA;SOR=0.606;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=34;WE=82582854;WS=82582836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,57:0.52:110
chr7	82585486	.	C	T	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TTTGTTTCTTCCTTCTTCTGG;SOR=0.533;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=199;TCF=108;TCR=91;TR=86;WE=82585494;WS=82585476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,124:0.42:293
chr7	82763534	.	A	AATATAT	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.9461;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=62;QD=33.0;SC=CTCCATATGTAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=82763542;WS=82763524;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr7	82764425	rs2877	C	G	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=71;PP=2581;SC=ATCAAATGGGCTGACTTTTTC;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=139;WE=82764433;WS=82764415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr7	82784017	rs6951239	G	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=276;ReadPosRankSum=0.804;SC=TTGTATAAGAGGATGATATGG;SOR=0.760;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=19;WE=82784025;WS=82784007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr7	82785304	rs61738783	G	A	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=637;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CTTAGGAATCGGCTTGGGTGG;SOR=0.735;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=40;WE=82785312;WS=82785294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr7	83021799	rs201556609	TAAA	T	884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.60;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	83023587	.	TAC	T	4293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=33.03;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	83026100	rs150931802	C	CAA	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=272;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GTACGGTTTTCAAAAAAACCA;SOR=0.502;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=83026108;WS=83026090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr7	83029280	rs2255906	T	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr7	83029639	rs2255820	A	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=242;ReadPosRankSum=0.905;SC=AATTATGAGAAGAATCAGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=23;WE=83029647;WS=83029629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr7	83031907	rs2709930	T	C	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=639;SC=ACCAAAAGTATACTTAAAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=83031915;WS=83031897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	83032187	rs2722976	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=220;ReadPosRankSum=0.536;SC=TCAAGTCTTTTGGGTAAAGTG;SOR=0.169;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=19;WE=83032195;WS=83032177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr7	83095955	rs7806439	A	G	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=40;PP=1209;SC=CTATCAGTATAATAAACATGT;SOR=1.218;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=83095963;WS=83095945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	83098714	.	C	CTTTT	140.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.61;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr7	83119676	rs73707854	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=0.724;SC=TGTTTTCATCCCTATTGGAAC;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=83119684;WS=83119666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr7	83246043	.	C	CT	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=4.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.672;SOR=0.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr7	83277699	rs372307036	CT	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.491;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr7	83590852	rs797821	T	C	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=82;PP=2387;SC=ACTCATCCATTGTGTTGAGAT;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=70;TCR=82;TR=151;WE=83590860;WS=83590842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr7	83592491	rs7809708	T	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.912;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=414;ReadPosRankSum=-2.138;SC=ATCTTAGATATAAATGATCCA;SOR=1.051;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=27;WE=83592499;WS=83592481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr7	83606353	rs35361892	T	TGA	917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=702;SC=TTAAGTATTCTGAGAGATGCA;SOR=3.258;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=15;WE=83606361;WS=83606343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	83606518	rs701320	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=482;SC=TGCGTCTGAAGCAATTACATT;SOR=1.067;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=83606526;WS=83606508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	83610497	rs7789094	C	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.097;SC=AAACAAAACGCAACAATCCCC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=83610505;WS=83610492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr7	83643681	rs2272222	A	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.41;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr7	83643687	rs2272221	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.80;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr7	83739762	rs1990044	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=304;ReadPosRankSum=-1.381;SC=TGGACAAATATAATTTTTAAA;SOR=0.776;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=24;WE=83739770;WS=83739752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,45:0.35:128
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chr7	83823737	rs67227861	AG	A	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
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chr7	84651889	.	C	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=632;ReadPosRankSum=1.244;SC=TGGAAAATCTCGGGTGGACTT;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=41;WE=84651897;WS=84651879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr7	86274196	rs274623	T	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=386;ReadPosRankSum=1.007;SC=GAGGTAAGGGTCCCAGAGGAG;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=21;WE=86274204;WS=86274186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr7	86493489	.	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.903;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr7	86493832	.	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=1.294;SC=TGATGTGCTAGAACTTTCTAG;SOR=0.765;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=86493840;WS=86493822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	86536849	rs10547506	CA	C	56.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.37;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	86542455	rs35895874	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=216;ReadPosRankSum=0.802;SC=AGGACGCCACCCCATCAACTG;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=18;WE=86542463;WS=86542445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr7	86544248	rs1029367	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=135;ReadPosRankSum=-1.382;SC=GTATATATTACAAATGTATTC;SOR=1.508;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=86544256;WS=86544238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr7	86548621	.	C	T	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=961;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CCAGCCACCTCCCAACCTAGA;SOR=0.918;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=67;WE=86548629;WS=86548611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,104:0.57:182
chr7	86554932	.	G	A	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=877;ReadPosRankSum=1.677;SC=TATATTCAAAGCCAAGTGCAG;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=60;WE=86554940;WS=86554922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,108:0.59:182
chr7	86567364	rs7797095	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=-0.019;SC=ATATCTCTCACGAACAAATTA;SOR=0.405;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=12;WE=86567372;WS=86567354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr7	86569438	rs185737704	A	G	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=693;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TTACCTATAAAGAGAAACATA;SOR=0.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=50;WE=86569446;WS=86569428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,73:0.59:124
chr7	86571235	rs2373361	C	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=192;ReadPosRankSum=-1.596;SC=TTTCTTAAAACGTTATGAAAG;SOR=0.599;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=16;WE=86571243;WS=86571225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr7	86577346	rs1557665	A	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=138;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TGCCACACTCAAACGAAAGCC;SOR=0.582;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=11;WE=86577354;WS=86577336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr7	86594379	rs6976741	G	A	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=49;PP=1361;SC=GTTAGAGCCAGTTCTAACGGG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=86594387;WS=86594369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	86594423	rs6976877	G	A	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=31;PP=913;SC=CCAAGCCCCTGTTTCCAAGCT;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=86594431;WS=86594413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	86781423	rs2286267	G	A	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=621;SC=CGGCTCCCTCGGCTCGGAGCC;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=86781431;WS=86781413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	86795947	rs3058402	TAG	T	4328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=32;PP=1837;SC=TTAAGAGCCATAGAGTTCCCT;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=39;WE=86795956;WS=86795937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	86800351	rs3747807	A	G	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=45;PP=1805;SC=CCATGACTGCAACCACAGAAG;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=92;WE=86800359;WS=86800341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	86820459	rs1558050	G	A	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=33;PP=857;SC=ATGAATGGTAGACTAAATCAG;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=86820467;WS=86820449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	86827147	rs75771893	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr7	86978347	rs802037	C	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=1.553;SC=TGTGAGGGCTCTCTCTCTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=11;WE=86978355;WS=86978337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr7	86983715	rs7808249	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=298;ReadPosRankSum=-1.152;SC=GCTTGGATTTAACTGGACCTA;SOR=0.507;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=21;WE=86983723;WS=86983705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr7	86991189	.	C	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=2.110;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr7	86998842	rs6966140	G	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.853;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=484;ReadPosRankSum=0.565;SC=GTCTTATGGTGTTGCTTGAAT;SOR=0.402;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=37;WE=86998850;WS=86998832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,56:0.57:98
chr7	86998936	rs35374737	AT	A	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=340;ReadPosRankSum=-1.786;SC=TTAAAAAAAAATCTATTTGTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=86998944;WS=86998926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr7	87005168	.	G	T	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.111;NF=14;NR=21;PP=573;ReadPosRankSum=-1.439;SC=GATTGGTCTTGATCCAGAGAA;SOR=0.901;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=35;WE=87005176;WS=87005158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,60:0.56:107
chr7	87005287	rs59190666	C	CT	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr7	87011349	rs31630	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=309;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TCTCCTAATAGTTCTATAGAT;SOR=0.385;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=21;WE=87011357;WS=87011339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr7	87022024	rs31644	G	C	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr7	87027419	.	C	CTT	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr7	87032613	rs31653	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=324;ReadPosRankSum=1.292;SC=AGTTAACCAAATTATAAATAT;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=22;WE=87032621;WS=87032603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr7	87053150	rs31667	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=0.670;SC=GGAGCCAGTCAGTGAGGTTGG;SOR=0.425;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=19;WE=87053158;WS=87053140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr7	87053206	rs31668	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=466;ReadPosRankSum=-1.342;SC=CTGTTATGTGGTGTTTGCAAA;SOR=0.933;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=34;WE=87053214;WS=87053196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,59:0.53:111
chr7	87056260	rs57643634	A	AGTGTGTGT	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	87069758	rs31675	T	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=726;ReadPosRankSum=1.525;SC=ATTTAACCATTTAATAGCTGA;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=41;WE=87069766;WS=87069748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr7	87079406	rs2109505	T	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=600;ReadPosRankSum=1.844;SC=ATGCCGAGAGTATCTGGACAG;SOR=0.519;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=43;WE=87079414;WS=87079396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,60:0.47:127
chr7	87082292	rs1202283	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=439;ReadPosRankSum=0.484;SC=CAGTGGTGTCGTTGATGTCAA;SOR=0.783;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=29;WE=87082300;WS=87082282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr7	87092185	rs2302387	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=298;ReadPosRankSum=1.396;SC=ATGGTACCCAGCGACATAAAC;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=31;WE=87092193;WS=87092175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,44:0.29:153
chr7	87168749	rs4728699	C	T	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	87178626	rs2235013	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr7	87179086	rs2235035	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=370;ReadPosRankSum=1.183;SC=CCGATTTATAGTAGTTTCCTA;SOR=0.703;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=27;WE=87179094;WS=87179076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr7	87179143	rs2235033	A	G	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=600;ReadPosRankSum=0.573;SC=ACCTCTAGAAAGGCAAAGGGC;SOR=0.897;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=45;WE=87179151;WS=87179133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,71:0.33:216
chr7	87179601	rs1128503	A	G	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=616;ReadPosRankSum=0.870;SC=TCAGGTTCAGACCCTTCAAGA;SOR=0.559;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=43;WE=87179609;WS=87179591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr7	87180198	rs10276036	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,37:0.36:103
chr7	87192731	rs11975994	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=-1.030;SC=AATATCCTCAGCAAAATCCTG;SOR=0.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=15;WE=87192739;WS=87192721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr7	87199564	rs2235015	C	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr7	87215114	rs1211152	A	C	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=210;SC=ACTGATACCAACCTAGTCCAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=87215122;WS=87215104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	87229440	rs9282564	T	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=223;ReadPosRankSum=-1.012;SC=TACCTTTTATTGTTCAGTTTA;SOR=0.982;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=18;WE=87229448;WS=87229430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr7	87229501	rs2214102	T	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=20;PP=820;SC=CAAGATCCATTCCGACCTGAA;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=87229509;WS=87229491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	87459205	.	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr7	87476272	.	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.531;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=265;ReadPosRankSum=-0.789;SC=ACCTGAGAAAGGTACATCTCT;SOR=1.101;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=20;WE=87476280;WS=87476262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr7	87526550	rs11422356	T	TA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr7	87594188	rs1637500	T	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GGCAGATTTATGTCATACTGA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=87594196;WS=87594178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
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chr7	87822647	.	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=461;ReadPosRankSum=0.500;SC=TTTTTCCTCCCTTGTTCCTAA;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=27;WE=87822655;WS=87822637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr7	87840263	rs6964163	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=-2.149;SC=GAAAAGTACATACATATTAAC;SOR=0.701;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=9;WE=87840271;WS=87840253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr7	87911987	rs73205916	C	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,19:0.19:99
chr7	87913361	rs1981529	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GATTATGATGCCAGACTTCTT;SOR=0.615;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=11;WE=87913369;WS=87913351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr7	88389420	rs1858848	A	G	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,174:0.56:308
chr7	88423433	rs72289236	G	GT	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CTTTAAAAATGTTTTTTTTAT;SOR=1.688;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=13;WE=88423441;WS=88423423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr7	88423881	rs2293583	T	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=768;ReadPosRankSum=1.629;SC=ATTTGTTGAATAAAAAATACT;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=48;WE=88423889;WS=88423871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr7	88847451	rs4140973	A	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=-1.822;SC=ACCAACATTTATGTATTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=10;WE=88847459;WS=88847441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr7	88956699	rs38971	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=5.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr7	88963039	rs1916830	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=519;ReadPosRankSum=0.737;SC=ACCCATGATTGTAACAAGTCA;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=36;WE=88963047;WS=88963029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr7	88963674	.	G	A	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=28;PP=868;ReadPosRankSum=1.491;SC=ATGGCCTACGGAACTTCTGCT;SOR=0.718;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=189;TCF=110;TCR=79;TR=72;WE=88963682;WS=88963664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,121:0.39:311
chr7	88964000	rs801839	C	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=443;ReadPosRankSum=0.355;SC=AATATACTTTCAGTGCAAATG;SOR=0.954;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=28;WE=88964008;WS=88963990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,45:0.34:134
chr7	88964196	rs801840	T	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=829;ReadPosRankSum=-1.274;SC=CATCTCTAGGTTTAAAAAGCA;SOR=0.652;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=56;TCR=77;TR=59;WE=88964204;WS=88964186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,81:0.42:193
chr7	88966456	rs1524127	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=151;ReadPosRankSum=-0.029;SC=GCTGCCAATTCAAAATGTGAC;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=10;WE=88966464;WS=88966446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	89783895	rs7799132	C	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=11;PP=397;SC=CCGTTTGCTCCTCGAGTCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=22;WE=89783903;WS=89783885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	89792250	rs39286	A	C	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=709;SC=AATTTTAAAAATATCTCAGAT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=89792258;WS=89792240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	89793641	rs2286254	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=322;SC=GCAAAAAGAGTAGAAAGATGT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=89793649;WS=89793631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	89797144	rs259136	G	T	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=15;PP=423;SC=TATGGCCTATGAAGTGTGGAA;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=89797152;WS=89797134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	89854554	.	G	A	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=895;ReadPosRankSum=1.537;SC=ATTAGATGCGGCTATCATGTG;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=68;WE=89854562;WS=89854544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,94:0.46:203
chr7	89854975	.	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.240;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=-0.510;SC=ATACCAAACTCTGACACTTTC;SOR=0.098;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=11;WE=89854983;WS=89854965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr7	89861890	rs194525	G	T	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=31;PP=876;SC=AAGAAGGTATGGGAGGAACAA;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=89861898;WS=89861880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	89861942	rs194526	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr7	89884667	rs11563919	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TATCATATAAATTAGTGTGTT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=89884675;WS=89884657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr7	89912301	rs1029365	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=339;ReadPosRankSum=0.873;SC=CCTGAGAGCCGTGGTCTACCT;SOR=0.919;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=28;WE=89912309;WS=89912291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr7	89927191	rs6465256	T	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=14;PP=397;SC=AATATGTCTATTAAAGGCCGT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=89927199;WS=89927181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	89937210	rs4728881	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-1.421;SC=ACAAATAGCCAACTCTTACAG;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=4;WE=89937218;WS=89937200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr7	89938588	rs7803620	C	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr7	89983808	rs42663	T	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=165;ReadPosRankSum=0.374;SC=GAAAAGACTGTGAAATCCCTG;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=13;WE=89983816;WS=89983798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr7	90001521	rs147840858	C	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=2.200;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
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chr7	90225928	rs7782773	T	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=376;ReadPosRankSum=-1.116;SC=TTGTCGGGGCTCCGCGTCGCC;SOR=0.366;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=28;WE=90225936;WS=90225918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr7	90356175	rs10240049	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=419;ReadPosRankSum=-0.637;SC=AGGAATAGCCTTCTTATGATA;SOR=0.456;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=23;WE=90356183;WS=90356165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr7	90547207	rs117233226	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=-0.497;SC=GCATAAAATATAATGCTTTGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=90547215;WS=90547197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr7	90742137	rs112066860	G	GGT	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.445;NF=0;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=1.061;SC=GTGCATTACAGGTGTGTGTGT;SOR=0.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=12;WE=90742146;WS=90742127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr7	90747315	rs803167	AA	TT	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=969;SC=CCATTTTTTTAAAAAAAAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=19;WE=90747324;WS=90747305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	90747428	.	G	A	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=753;ReadPosRankSum=0.396;SC=CCAGAAGCTGGAGAAAGCATG;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=46;WE=90747436;WS=90747418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,94:0.58:161
chr7	90894102	rs2232158	C	G	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	90894459	rs139480179	A	ACCG	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=351;ReadPosRankSum=0.671;SC=CGGGGCAGCAACCGCCGCCGC;SOR=0.446;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=8;WE=90894467;WS=90894449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr7	91503228	rs10266424	C	T	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=45;PP=1832;SC=TTGATGTTTGCGTAGCTTCTT;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=101;WE=91503236;WS=91503218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	91570290	rs4727267	G	C	8188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=80;PP=2965;SC=GCGGGGGAGCGCCGGACCGAA;SOR=1.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=146;TCR=83;TR=225;WE=91570298;WS=91570280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr7	91632306	rs1989779	C	T	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=25;PP=1007;SC=GAGTTGTGACCATGACAAGCA;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=91632314;WS=91632296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	91669960	.	GT	G	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.942;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
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chr7	91714911	rs1063242	C	T	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=37;PP=1103;SC=GGTTTCAGAACCTTGGCTAGA;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=91714919;WS=91714901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr7	92028039	rs38794	C	A	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=63;PP=2144;SC=GGATGTGGAACTGGTGCTGCC;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=120;WE=92028047;WS=92028029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr7	92077203	rs10281879	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=528;ReadPosRankSum=0.024;SC=AGGGACTGGGGGCAGCGGCGG;SOR=0.942;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=34;WE=92077211;WS=92077193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr7	92129161	rs5885806	CA	C	1229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.948;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,92:0.70:131
chr7	92131289	rs10278857	G	T	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=664;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CCACAAACCCGCCAGTTTCTT;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=47;WE=92131297;WS=92131279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,106:0.53:200
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chr7	92136499	rs151002946	T	TA	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=201;ReadPosRankSum=1.623;SC=AATTTAGCTATAAAAAAATGC;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=92136507;WS=92136489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr7	92147584	rs38809	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=0.770;SC=AACCAACAGACGAAAAGATCA;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=12;WE=92147592;WS=92147574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr7	92157802	rs12386703	G	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=262;ReadPosRankSum=1.007;SC=AAAGGACCCGGGACCCGGCAG;SOR=0.620;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=26;WE=92157810;WS=92157792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr7	92244422	rs42039	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=0.052;SC=GGGTGTTCTCCGCAGGATCAG;SOR=0.916;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=92244430;WS=92244412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr7	92244630	rs3731387	TATACA	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AATTGGTTGATATACAATACA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=92244642;WS=92244620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr7	92247333	rs42043	A	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=278;ReadPosRankSum=0.664;SC=GTCTGGGTAGAGCAGGTGTCT;SOR=0.776;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=22;WE=92247341;WS=92247323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr7	92252203	rs42046	C	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
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chr7	92733766	rs10279499	C	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.930;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=564;ReadPosRankSum=1.657;SC=GGGTCATCCACAGAGGACAGT;SOR=0.984;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=43;WE=92733774;WS=92733756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,56:0.34:165
chr7	92734451	rs6965201	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=208;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TAATCTGGAAATAATCATATT;SOR=1.044;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=18;WE=92734459;WS=92734441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr7	92734891	rs373775990	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=740;ReadPosRankSum=0.745;SC=AACTTGTAACGATATGGATTA;SOR=0.873;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=55;WE=92734899;WS=92734881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,78:0.40:194
chr7	92734983	rs6969691	A	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=455;ReadPosRankSum=1.813;SC=TTTATCTTCTATGAGCTCAAC;SOR=0.748;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=37;WE=92734991;WS=92734973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,42:0.33:128
chr7	92760502	rs4268	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
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chr7	92764489	rs10488532	C	T	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=2.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,98:0.42:232
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chr7	93107093	rs2074120	A	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=617;ReadPosRankSum=-1.666;SC=GTCATAACCAACCACATTTCA;SOR=0.395;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=39;WE=93107101;WS=93107083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr7	93112249	.	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=83;ReadPosRankSum=-0.585;SC=ACTGAAGATGGAATTTTCCCA;SOR=1.032;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=10;WE=93112257;WS=93112239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr7	93116138	rs9691220	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
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chr7	93116391	rs3214144	A	AT	49.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=92;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTTCATTTTCATTTTTTCTAT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=93116399;WS=93116381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr7	93346095	rs2027984	C	A	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=2;PP=93;SC=ATCTATCTATCTATATATGCA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=93346103;WS=93346085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	93540348	rs2798	T	G	40.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr7	93551428	rs4262	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=0.496;SC=AGAGCTAGCCCGAGCCCGGTT;SOR=0.318;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=11;WE=93551436;WS=93551418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr7	93555311	rs180233	A	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=-1.803;SC=TTAAAAACTTATTGTATTCAA;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=93555319;WS=93555301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr7	94028427	rs4729131	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.792;SC=AAAGGGCTTCGTCCCGTATTT;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=11;WE=94028435;WS=94028417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr7	94038934	rs42518	C	T	4857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=52;PP=2128;SC=AGTATACCTGCGTAGCTAAAA;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=108;WE=94038942;WS=94038924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr7	94039032	rs42519	C	T	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=56;PP=1950;SC=TTTTCCTTCACAGGGCCTTCC;SOR=0.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=113;WE=94039040;WS=94039022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr7	94039187	rs2521206	A	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=-2.027;SC=CTCTGCCATCATTTCATCACT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=20;WE=94039195;WS=94039177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr7	94039900	rs42520	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	94040133	rs389328	T	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=262;SC=TGCTATTTTTTACAAACTCTA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=94040141;WS=94040123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	94040345	.	G	GTT	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.373;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr7	94041937	rs412777	A	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=1.337;SC=CAATTGGCCCAGCTGGAGCAA;SOR=0.874;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=19;WE=94041945;WS=94041927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr7	94043239	rs42524	C	G	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=39;PP=1577;SC=ACAGGGTCCCCCTGGTCCTCC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=94043247;WS=94043229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	94043274	rs421587	A	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=774;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GTCAACTCAAACATATACAAT;SOR=0.708;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=45;WE=94043282;WS=94043264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,64:0.61:105
chr7	94045576	rs42526	G	A	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=48;SC=CTAGTGGAGAGATTAGGAACA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=94045584;WS=94045566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	94047677	rs42527	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GGTAAGGAATCGAGACATTGC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=94047685;WS=94047667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	94047903	rs3216182	AT	A	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=126;ReadPosRankSum=-1.113;SC=TCGTACTTGGATTTTTTTTTT;SOR=1.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=12;WE=94047911;WS=94047893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr7	94051084	rs143308704	CCTACCTCCTACTCCTTGGTCTATTCCTGGTCACATGTA	C	791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=2970;ReadPosRankSum=1.397;SC=TATGAAGCTGCCTACCTCCTA;SOR=1.696;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=10;WE=94051129;WS=94051074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr7	94052292	.	C	T	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=700;ReadPosRankSum=2.162;SC=CTCCTGGTCCCCCTGGTCCTG;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=47;WE=94052300;WS=94052282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,81:0.62:131
chr7	94055885	rs62464631	G	A	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=637;ReadPosRankSum=0.586;SC=TGATCCTGAAGGCCTTCAGCT;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=44;WE=94055893;WS=94055875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,74:0.56:132
chr7	94056006	rs400218	A	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=340;SC=GCTATTTCATACCAACATGAA;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=94056014;WS=94055996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	94056244	rs413826	C	G	314.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=111;SC=GTTTCCCATTCAATTTGGAAA;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=94056260;WS=94056234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	94056251	rs199900944	GAA	G	251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5330;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=20;SC=ATTCAATTTGGAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=94056260;WS=94056234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	94056349	rs1800248	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GTGCTCCTGGCTCCGTGGGTC;SOR=0.458;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=9;WE=94056357;WS=94056339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr7	94058395	rs6465412	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=12;NR=0;PP=196;ReadPosRankSum=1.383;SC=GATCTGAGTCTACTCTTCCTG;SOR=3.590;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=12;WE=94058403;WS=94058385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr7	94058410	rs11374490	C	CT	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.37;ReadPosRankSum=2.037;SOR=4.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr7	94146975	rs2301646	T	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr7	94157585	rs57770781	CT	C	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr7	94174854	rs3793326	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr7	94175073	rs3793325	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=0.319;SC=GAAATTTCTTTGTAGTTGCTA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=94175081;WS=94175063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	94176627	rs6958243	G	C	100.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=3;PP=40;SC=CTGAAGCTGAGTACTCAGTGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=94176635;WS=94176617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	94178749	rs10272136	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.35;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr7	94178761	rs7801436	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.84;ReadPosRankSum=1.441;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr7	94182373	rs6465417	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=4;PP=205;ReadPosRankSum=1.584;SC=GCGTTGTACAACTTATGCAAT;SOR=1.402;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=12;WE=94182381;WS=94182363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	94183993	rs10280843	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TATGAAAATCGGACGTACTTT;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=14;WE=94184001;WS=94183983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr7	94184691	rs10238176	T	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-0.921;SC=AATAAAATGGTTTTAGGAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=94184699;WS=94184681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	94184999	.	T	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=1.145;SC=CTTGAAAAGGTTGGCATGTAT;SOR=0.793;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=11;WE=94185007;WS=94184989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr7	94227276	rs10247562	T	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	94227509	rs10232398	G	A	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=107;SC=CCTCACCCTTGTCTACTCCTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=94227517;WS=94227499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	94247971	rs6465421	C	A	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=190;SC=CTTATTAAAACGAAAAATGCA;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=94247979;WS=94247961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	94257449	rs138881114	T	TAC	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.950;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr7	94539477	.	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=307;ReadPosRankSum=1.466;SC=AAGTGCCTCTCCTCACAGGAA;SOR=0.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=26;WE=94539485;WS=94539467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,44:0.36:121
chr7	94539905	.	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=469;ReadPosRankSum=0.538;SC=ACCGCTATTCCCCAAAGAAAG;SOR=0.848;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=31;WE=94539913;WS=94539895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,57:0.35:165
chr7	94740547	.	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr7	94855187	.	T	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=-1.495;SC=GTACATGTCTTACTTGTCTTT;SOR=0.467;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=11;WE=94855195;WS=94855177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr7	94897801	rs854522	T	C	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=120;SC=TCAGTGTCTGTGGTCTCTTCA;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=94897809;WS=94897791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	94898811	rs854524	G	A	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=53;PP=1450;SC=AAAATATTACGAGAAAAAGGT;SOR=1.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=94898819;WS=94898801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
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chr7	94946084	rs854560	A	T	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,110:0.44:249
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chr7	94947799	rs2074351	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=-1.096;SC=CTCCTTCACTGTACTTTGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=19;WE=94947807;WS=94947789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr7	94953895	rs705379	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
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chr7	94996913	rs3757708	T	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TCTTGCATTTTACCCTCACAG;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=94996921;WS=94996903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr7	95019355	rs6977389	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=391;ReadPosRankSum=0.094;SC=TGGTTTACCCGGAGGTGGGAT;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=29;WE=95019363;WS=95019345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr7	95024046	rs11970910	A	G	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=1220;ReadPosRankSum=-0.111;SC=ATAAAACCCAACCCTGGAAGT;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=85;WE=95024054;WS=95024036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,149:0.55:269
chr7	95025600	rs13226149	G	A	4541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=55;PP=1648;ReadPosRankSum=-0.822;SC=TAAACGCCAGGAACATCTCCC;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=108;WE=95025608;WS=95025590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,216:0.65:332
chr7	95034775	rs7493	G	C	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.219;SC=AGGCTTCTCAGATAGAATGTT;SOR=0.572;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=68;WE=95034783;WS=95034765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,96:0.65:147
chr7	95035582	rs3735586	A	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
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chr7	95221269	rs2301630	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr7	95221489	.	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=-1.043;SC=CTAAGGTACAGGTTTATGTAT;SOR=0.653;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=11;WE=95221497;WS=95221479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr7	95221927	rs200624704	CA	C	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr7	95442690	rs35397709	T	TA	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.196;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.677;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr7	95447785	rs10590197	ATT	A	680.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.27;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
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chr7	95447877	.	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=444;ReadPosRankSum=0.170;SC=TCTCCTCCCTCTTCATCCCAA;SOR=0.454;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=27;WE=95447885;WS=95447867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
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chr7	95813831	rs6962870	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=-1.241;SC=AAGGACAAGACTGAGAAAAGA;SOR=0.080;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=15;WE=95813839;WS=95813821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr7	95818444	rs2073976	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CATTTCTAAGCAATTTCTCTT;SOR=0.836;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=95818452;WS=95818434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	95818475	rs6957286	G	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	95818864	rs11335226	CA	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr7	95864108	rs6957975	T	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=410;ReadPosRankSum=-1.730;SC=GAAGCATGCTTCTTACCAAAA;SOR=0.798;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=32;WE=95864116;WS=95864098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr7	95906821	rs73235936	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	96279996	.	GCA	G	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=-1.525;SC=ACAGATGCGCGCACACACACA;SOR=0.886;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=4;WE=96280005;WS=96279986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr7	96649884	.	A	AG	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5004;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=78;QD=24.75;SC=CTGTAAAAAAAGGGGGGGTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=96649892;WS=96649874;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr7	97483860	.	T	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=1.229;SC=GTTTTTTTGTTTTTGTTTTAC;SOR=0.078;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=97483868;WS=97483850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr7	97484478	rs4568556	A	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	97486213	rs2074891	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=0.799;SC=TCACAAAGCTTTATGAATTAA;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=97486221;WS=97486203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	97488146	rs36021744	G	GT	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.266;NF=4;NR=6;PP=231;ReadPosRankSum=0.248;SC=ATATAATTAGGTTTTTTTAAT;SOR=0.889;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=10;WE=97488154;WS=97488136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr7	97488569	rs1049674	A	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=16;PP=631;SC=GTGCAGGGGTACATCCCGACA;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=97488577;WS=97488559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	97488733	rs7797354	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=0.880;SC=AATGATACCTTTATTCAAATT;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=22;WE=97488741;WS=97488723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr7	97498535	rs6465630	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=535;ReadPosRankSum=-0.434;SC=TCAATATCCAATCCAACTCTG;SOR=0.656;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=37;WE=97498543;WS=97498525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr7	97617658	rs13242307	C	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.834;NF=21;NR=6;PP=352;ReadPosRankSum=0.107;SC=TACTGAGCAACCTGGCCCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=73;TCR=22;TR=27;WE=97617666;WS=97617648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr7	97617697	rs12704956	A	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.992;NF=32;NR=15;PP=512;ReadPosRankSum=-1.209;SC=CAGCAGTGCCAGGTACCAGAC;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=47;WE=97617705;WS=97617687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,64:0.35:182
chr7	97619528	rs149655243	ATTT	A	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.728;QD=11.81;ReadPosRankSum=1.293;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr7	97766865	.	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr7	97784061	rs17435590	T	C	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=40;PP=1362;SC=AACTGTTCTTTGATTTTAGGT;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=86;WE=97784069;WS=97784051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	97816327	rs6465657	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=591;ReadPosRankSum=1.224;SC=ATTGGCTTACCGTTTTATTAG;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=46;WE=97816335;WS=97816317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
chr7	97820868	rs11451148	C	CA	745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,59:0.66:90
chr7	97822115	rs11765552	T	A	3734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=44;ReadPosRankSum=0.407;SC=TAAGCCAGGCTTGTCTTTGTT;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=162;TCF=95;TCR=67;TR=104;WE=97822123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,173:0.63:274
chr7	97822210	rs3801294	G	A	3935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=58;PP=1874;ReadPosRankSum=-0.983;SC=AGTCTTCCCCGGAAGTGCAGG;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=94;TCR=93;TR=114;WE=97822218;WS=97822200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,180:0.64:282
chr7	97823494	.	C	T	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=723;ReadPosRankSum=-0.387;SC=TTGCCTACACCAATTCTGCGC;SOR=0.695;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=55;WE=97823502;WS=97823484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,111:0.34:322
chr7	97846856	rs11471393	CGAG	C	2374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=25;PP=1276;SC=CTCGGGGACTCGAGGATCCTG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=27;WE=97846866;WS=97846846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	97851109	rs4729416	T	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=228;SC=TTCTCCTCCTTGCATGGGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=97851117;WS=97851099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	97852899	rs2270595	A	G	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=18;PP=954;SC=CCCGGGGTGCAGGGAACCAGA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=97852907;WS=97852889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	97862097	rs139511001	GA	G	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr7	97866082	.	A	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=14.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.609;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr7	97874143	rs3816944	C	A	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=45;PP=1799;SC=CAGGGACAGGCGGGAGGCACC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=89;WE=97874151;WS=97874133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	97911618	rs111849767	G	A	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	97920270	rs7778015	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=334;SC=TGTAGCTGGGTGGTGGGGTGG;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=97920278;WS=97920260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	97921834	rs6465664	A	G	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=199;SC=TTGGCAGCCAAAGATGATTTC;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=97921842;WS=97921824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	97922773	rs12873	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=279;SC=GCAGACAGGATGCGCCCATCA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=97922781;WS=97922763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	97922851	rs12728	C	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=11;PP=469;SC=TGATGGGTGCCGAGCGATCAT;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=97922859;WS=97922841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	97922875	rs13008	G	A	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=12;PP=443;SC=TCACAGTCGGGCGGAGTTTCA;SOR=0.773;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=26;WE=97922883;WS=97922865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	97933601	rs1045916	C	T	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=34;PP=1223;SC=CCCCCATGGACAAGCATTCCA;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=75;WE=97933609;WS=97933591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	97935671	rs13232181	C	G	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=21;PP=1243;SC=GCCTGCGACACAGCTAGATGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=97935679;WS=97935661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	97937258	rs6465666	T	C	6179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=76;PP=2965;SC=TGAGAATCAATAGGCACATTC;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=160;WE=97937266;WS=97937248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr7	97939998	rs139666268	C	CTATTTATT	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=1481;SC=AAATAATAGGCTATTTATTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=97940006;WS=97939988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	97944744	rs2107716	G	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	97944931	.	A	AAATAAT	757	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.9993;HP=12;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=16;PP=757;QD=42.3333333333;SC=CATACTAAAAAAAAAAAAATA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=18;WE=97944945;WS=97944921;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,18:0.60:30
chr7	97944933	rs11385557	A	AT	2181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	97944935	rs11385558	A	AT	2182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.47;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	97944937	rs372695844	A	ATAAT	2122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.15;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	97944986	rs6963210	G	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=370;SC=ATCAGATAGCGTGCAGCCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=97944994;WS=97944976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	97984487	.	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=1.103;SC=GACAAGGAAAGGAGGAAGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=16;WE=97984495;WS=97984477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr7	97991792	rs3801257	A	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=23;PP=656;SC=AAAATAAACCAAGTCATCTTC;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=97991800;WS=97991782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	98452839	rs371049022	C	T	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=46;PP=1611;ReadPosRankSum=0.043;SC=GGGGCACCCCCAGTGCGCTCT;SOR=0.563;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=165;TCF=98;TCR=67;TR=109;WE=98452847;WS=98452829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,146:0.64:229
chr7	98460824	rs10238224	C	A	6079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.82;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr7	98461062	rs1548622	G	A	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=33;PP=936;SC=TCAGAATGGTGTGTGGCAAGG;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=98461070;WS=98461052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	98495299	rs35409546	G	GTT	258.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-1.687;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr7	98495304	rs56294747	G	T	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=38.07;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	98500956	rs7777927	C	T	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=22;PP=1180;SC=TTTTTCTTAACACTCTCCTAT;SOR=1.225;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=68;WE=98500964;WS=98500946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	98503707	rs3214239	TG	T	823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=687;SC=CATATCAGACTGGCGGGCTGG;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=98503715;WS=98503697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	98504025	rs139837317	TTTTATTTATTTA	T	556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	98513300	rs1859662	C	T	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=619;SC=GGGTATAGACCCTCCTCATTT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=98513308;WS=98513290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	98522622	rs142400135	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=749;ReadPosRankSum=-0.356;SC=AGCGAGACTCCGTCTCAAAAA;SOR=1.299;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=39;WE=98522636;WS=98522612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,44:0.81:54
chr7	98522627	.	C	CA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr7	98535180	.	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=0.841;SC=AAAGGAGAACGGAAACTTGCA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=8;WE=98535188;WS=98535170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr7	98548682	.	C	CTGTGTGTGTG,CTGTGTG	152.27	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0,0;NR=4,4;PP=44,105;ReadPosRankSum=1.383;SC=GGATGAACATCTGTGTGTGTG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4,4;WE=98548690;WS=98548672;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.83:6
chr7	98550654	rs66469618	TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	T	2226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=10;PP=3000;SC=TCATGTTACATTGTGTGTGTG;SOR=2.170;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=20;WE=98550693;WS=98550644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	98553739	rs3214240	T	TC	128.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=3;PP=192;SC=GCTCCCATGTTCCGGCGTGAT;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=98553747;WS=98553729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	98558880	rs160384	G	C	4531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=47;PP=2439;SC=GTTGTCCATTGCAGGAGCAGC;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=125;WE=98558888;WS=98558870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	98560145	rs181458972	G	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=1.141;SC=GGCTCCGGTTGTTGGGCAGAG;SOR=0.848;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=18;WE=98560153;WS=98560135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,24:0.31:78
chr7	98576234	.	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.935;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=2.316;SC=GGGCTCTCCCCACAATGGAGC;SOR=1.659;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=11;WE=98576242;WS=98576224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr7	98647140	.	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=-2.010;SC=GAAAGCATTCGATTACCAATG;SOR=0.339;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=10;WE=98647148;WS=98647130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr7	98649755	.	C	CA	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.570;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr7	98658130	rs11311529	CT	C	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.04;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr7	98659720	.	CT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr7	98659812	rs67817120	GGT	G	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	98659813	.	GTGA	G	455	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=4;PP=455;QD=56.2810749558;SC=GAACTCCTGGGTGATTCAAGC;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=9;WE=98659825;WS=98659803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr7	98659816	rs11295323	AT	A	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.27;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	98659817	.	T	A	250	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10;NR=4;PP=250;QD=20.3408008962;SC=TCCTGGGTGATTCAAGCAATC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=14;WE=98659825;WS=98659803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr7	98771462	rs10499948	A	G	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.772;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,65:0.37:177
chr7	98775453	rs17161599	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=0.547;SC=ACCTGCCACACGCAACAGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=13;WE=98775461;WS=98775448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr7	98775511	rs62473048	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=333;ReadPosRankSum=0.356;SC=CCAAGACCCCTGGATACTCCT;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=24;WE=98775519;WS=98775501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr7	98779740	rs6465740	G	T	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	98785818	.	A	AAAAG	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=1.389;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.689;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	98877275	rs115927539	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=1.055;SC=GCCGCCAAGCGCAAGTTGGAA;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=21;WE=98877283;WS=98877265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr7	99030787	.	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=281;ReadPosRankSum=1.465;SC=AGATGACTCTGAGGCCAGGGA;SOR=0.652;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=22;WE=99030795;WS=99030777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
chr7	99130650	.	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.703;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=0.525;SC=CTTAGGGGAGCAGAGAAGACA;SOR=0.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=7;WE=99130658;WS=99130640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr7	99293475	rs2740565	T	A	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=25.25;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	99293859	rs11401860	C	CT	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.239;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr7	99297601	rs2037500	A	C	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=50;PP=1758;SC=AGAGGAGCACAAGGCTGACAG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=102;WE=99297609;WS=99297591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	99297804	rs2177180	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=343;SC=GAGAAGGAGGCGGGGCTGCAG;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=99297812;WS=99297794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	99302994	rs10211	C	T	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=22;PP=1191;SC=ACAGAATCCCCGATTATTTAT;SOR=1.165;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=63;WE=99303002;WS=99302984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	99303094	rs12360	G	A	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=51;PP=1690;SC=CAGCTTTCTTGAAGAGCAAAC;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=92;WE=99303102;WS=99303084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	99306566	rs2687077	C	T	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=8;PP=1113;SC=GACAAGCAAACGATTGTACAA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=50;WE=99306574;WS=99306556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr7	99312311	.	G	GA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.565;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
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chr7	99365943	rs2687116	C	A	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=13;PP=388;SC=TTTAAGAGAGCAAGATAAATA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=99365951;WS=99365933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	99367328	.	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=415;ReadPosRankSum=0.554;SC=AATATCAGCTCCATGGCAGGC;SOR=2.271;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=22;WE=99367336;WS=99367318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr7	99370493	rs2738258	T	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=786;SC=CAGGAGCCACTCAAGTCTTCA;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=99370501;WS=99370483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	99441735	.	G	A	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=602;ReadPosRankSum=-0.177;SC=AGGCAAGCGAGGTTTAGTCAG;SOR=0.838;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=44;WE=99441743;WS=99441725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,76:0.50:153
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chr7	99473624	rs1025576	T	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=350;SC=AAGGAAGCTATCTCCCTGAAA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=99473632;WS=99473614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	99474427	rs2572023	A	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=571;ReadPosRankSum=-0.336;SC=CTTCAGGATGATTGTGGAGAC;SOR=0.779;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=44;WE=99474435;WS=99474417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,81:0.55:148
chr7	99474729	rs2572022	T	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=460;SC=TGGGGTCCAGTATACCCAAGG;SOR=1.040;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=99474737;WS=99474719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	99489868	rs33998596	G	C	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=793;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TGAGACAGAAGAACAAGAAAA;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=62;WE=99489876;WS=99489858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,103:0.46:225
chr7	99490190	rs35432946	G	A	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,138:0.43:319
chr7	99499872	rs2527913	A	T	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=518;SC=GGTTCTTTTTAGTTTGTTTGT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=99499880;WS=99499862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	99500899	rs2247762	T	C	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=684;ReadPosRankSum=0.538;SC=TCTTCACCTTTACAGCTTCAA;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=45;WE=99500919;WS=99500889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,113:0.52:216
chr7	99500911	rs2247761	A	G	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=50;PP=1747;SC=CAGCTTCAAGAGAATAGTTCA;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=87;WE=99500919;WS=99500889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr7	99501313	rs2572003	A	T	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=60;PP=1818;SC=TGACGGTTGCATTTGCTCATG;SOR=1.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=94;WE=99501321;WS=99501303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	99507354	rs77711029	T	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr7	99514417	rs2571997	A	C	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=39;PP=1165;SC=AACAAAAAAAACGATCATATC;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=99514425;WS=99514407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	99567858	rs140897498	TTTTTTTG	T	1316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=586;ReadPosRankSum=1.302;SC=TATTATTTCCTTTTTTTGTTT;SOR=0.711;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=13;WE=99567872;WS=99567848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr7	99567908	rs2527917	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=3.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=0.309;SC=CTCTTGTCACCCAGGCTGTAG;SOR=0.706;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=16;WE=99567916;WS=99567898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr7	99569394	rs17295356	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,43:0.41:105
chr7	99580907	rs2301806	C	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=0.022;SC=GCCCCTGGGACCATGGAGACA;SOR=0.548;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=23;WE=99580915;WS=99580897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,36:0.29:123
chr7	99589843	rs66748925	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=0.959;SC=GCGTGGTGTCATGCACCTGTA;SOR=1.501;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=99589851;WS=99589833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr7	99654600	rs11558475	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=0.747;SC=ACAGAGTCCCATCTTTGGTGA;SOR=0.730;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=99654608;WS=99654590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr7	99654689	rs11558476	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CACAGGAGCAGGTGGGGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=11;WE=99654697;WS=99654679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr7	99662511	rs71689664	GTAGT	G	6654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=53;PP=2954;ReadPosRankSum=2.094;SC=TACCTTTTGCGTAGTTAAACA;SOR=0.702;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=107;TCF=21;TCR=86;TR=68;WE=99662522;WS=99662501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,167:0.62:269
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chr7	99686873	rs4729575	G	T	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.057;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=533;ReadPosRankSum=-0.677;SC=AGAACGTGGGGCCCGGACTCT;SOR=1.094;Source=Platypus;TCF=76;TR=43;WE=99686881;WS=99686863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,56:0.37:153
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chr7	99701176	rs999885	G	A	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=33;PP=975;SC=TGAGGAAAGAGAAGAGGGGTT;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=99701184;WS=99701166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	99701640	rs4729577	T	C	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=24;PP=938;SC=ACTGTCCTGTTCTTTCTCCCT;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=99701648;WS=99701630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	99703407	rs35827619	GA	G	294.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;MQRankSum=0.588;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr7	99703958	rs2293479	T	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=552;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GGGGAGAGAGTGAGCTCAGCA;SOR=0.634;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=45;WE=99703966;WS=99703948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr7	99704827	rs1050542	A	G	77.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	99705181	rs145939245	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=433;ReadPosRankSum=0.815;SC=CGCTGGGGACGGTGGTGGTGA;SOR=0.883;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=30;WE=99705189;WS=99705171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr7	99706303	rs4134923	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=280;SC=GCCCCTGTTGAAGGCCAAATT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=99706311;WS=99706293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	99707712	rs2272338	A	G	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=63;PP=2687;SC=AGAAGGGAAAAGGACAAGCAA;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=139;WE=99707720;WS=99707702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	99707950	rs4134917	C	T	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=42;PP=1090;SC=GGATGATTGACAGGGACCTAA;SOR=1.367;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=60;WE=99707958;WS=99707940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	99710584	rs4134904	A	AG	2549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=39;PP=1948;SC=TGAGCATAGTAGAAAAGTAAA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=42;WE=99710592;WS=99710574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	99711040	rs4134903	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=316;ReadPosRankSum=0.259;SC=TGCAAGGAAGGCAGGTGTCAA;SOR=0.536;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=22;WE=99711048;WS=99711030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr7	99711057	.	T	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=201;ReadPosRankSum=0.207;SC=TCAAGGTGAATTGCCACGCAT;SOR=0.856;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=15;WE=99711065;WS=99711047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr7	99711461	.	ACC	A,AC	3416.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.482;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=59;PP=1200;ReadPosRankSum=-1.043;SC=ATGGCGTCTCACCCCCCCCCC;SOR=0.502;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=27;TCR=77;TR=80;WE=99711479;WS=99711449;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.17,0.78:141
chr7	99717401	.	C	T	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,103:0.68:152
chr7	99720640	rs1569055	C	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=454;SC=GGGGAAGGGGCCAGAGTGAGG;SOR=1.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=99720648;WS=99720630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	99722266	rs1880949	G	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=345;ReadPosRankSum=0.638;SC=TAAGCGTAAGGGTTGAACTCC;SOR=0.990;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=26;WE=99722274;WS=99722256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr7	99746378	.	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.812;NF=5;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GTTAAAGAGGGGATATCACCA;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=99746386;WS=99746368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	99746419	.	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=-0.794;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr7	99746444	rs58185311	CG	C	764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.934;NF=11;NR=6;PP=644;ReadPosRankSum=0.539;SC=GGTCTGACGACGTGGCCACTG;SOR=1.371;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=17;WE=99746452;WS=99746434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr7	99747130	rs12878	G	A	5540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=72;PP=2644;SC=AGACTTCTGCGCTGACCCAGG;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=143;WE=99747138;WS=99747120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr7	99747378	rs7785392	G	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=19;PP=473;SC=TGGAATCTTAGTCTCCTAACG;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=99747386;WS=99747368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr7	99751281	rs3736590	G	T	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.270;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=50;PP=1779;ReadPosRankSum=1.925;SC=GGGACTCCCTGGTATCAGAAT;SOR=0.436;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=92;WE=99751289;WS=99751271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
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chr7	99811464	rs1727130	C	G	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=829;ReadPosRankSum=0.819;SC=ATGTATCCTTCGGAAATGCTG;SOR=0.688;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=59;WE=99811472;WS=99811454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,97:0.43:228
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chr7	99816272	rs1636986	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=6.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-8.041;QD=1.85;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=1.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,11:0.12:92
chr7	99816275	rs1636987	G	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=7.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-8.609;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.729;SOR=2.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,10:0.11:87
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chr7	99818137	rs2906646	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.722;NF=4;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=0.204;SC=CTCGGGAACTGGCCACCCATC;SOR=0.646;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=9;WE=99818145;WS=99818127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
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chr7	99819004	rs141918023	CTCTG	C	673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.415;NF=0;NR=17;PP=754;ReadPosRankSum=0.794;SC=CGGATGTGGTCTCTGTGTGTG;SOR=0.996;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=17;WE=99819015;WS=99818994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr7	99821381	rs858508	C	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.69;MQRankSum=-1.035;NF=10;NR=18;PP=393;ReadPosRankSum=0.035;SC=AACCTCTCACCCTGAGACTCT;SOR=0.735;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=28;WE=99821389;WS=99821371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,39:0.38:102
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chr7	99821685	rs863450	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.085;NF=6;NR=15;PP=282;ReadPosRankSum=-1.082;SC=TCAGGTGCTCCGAGGAGGGCA;SOR=0.777;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=21;WE=99821693;WS=99821675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
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chr7	99971313	rs2405442	T	C	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,154:0.41:375
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chr7	99987506	.	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=0.286;SC=CTCATCTCTCCCCAGCTGTCA;SOR=0.906;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=19;WE=99987514;WS=99987496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr7	99987716	.	G	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=514;ReadPosRankSum=-1.358;SC=TCCTCAGGTGGAGGAGAAGGA;SOR=0.553;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=37;WE=99987724;WS=99987706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr7	100004446	rs1476679	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GATCCTGTTACGGACTCCTGT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=23;WE=100004454;WS=100004436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr7	100013457	rs5015756	T	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=0.294;SC=AAATTATTCTTTCGGCAGCAT;SOR=1.131;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=10;WE=100013465;WS=100013447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr7	100014711	rs6465770	T	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=384;ReadPosRankSum=0.464;SC=TCAGTATCAGTAGCAGAAGCA;SOR=0.518;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=21;WE=100014719;WS=100014701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr7	100064719	rs7806537	A	G	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.402;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,93:0.35:267
chr7	100075757	.	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=1.510;SC=CACATGGCGGGGACATCCGAG;SOR=0.793;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=4;WE=100075765;WS=100075747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr7	100085727	.	C	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.103;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=428;ReadPosRankSum=0.887;SC=CCCACTTGCTCCCCTCATTAA;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=33;WE=100085735;WS=100085717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr7	100086961	.	CC	TT	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=797;ReadPosRankSum=0.306;SC=GCCTTCCGGACCCAACTGTAG;SOR=0.652;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=27;WE=100086970;WS=100086951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,45:0.39:114
chr7	100154079	rs6651109	A	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=152;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GCCTTCTGCCATTGGACATCC;SOR=0.769;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=12;WE=100154087;WS=100154069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr7	100160264	rs17855473	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=432;ReadPosRankSum=0.737;SC=TCTGTCACGATGGGCGGCGGC;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=39;WE=100160272;WS=100160254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,48:0.33:145
chr7	100172084	rs60247889	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=1.898;SC=GCTCGGGGCTCGGCGACAAAT;SOR=0.446;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=100172092;WS=100172074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	100173481	rs2075668	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.375;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=370;ReadPosRankSum=2.009;SC=CCTCTTCCCCAGCCCCAACTG;SOR=0.347;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=22;WE=100173489;WS=100173471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr7	100173750	rs76022902	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GTCCTCAGGGGAGGTGCCAGA;SOR=0.412;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=4;WE=100173758;WS=100173740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr7	100175473	rs909152	T	C	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=1119;ReadPosRankSum=1.383;SC=GTTCTCTGGGTCCCCGGGGCT;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=78;WE=100175481;WS=100175463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,123:0.43:283
chr7	100175611	.	G	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=837;ReadPosRankSum=0.105;SC=TCCTGTGTGGGACTAAGCTCA;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=45;WE=100175619;WS=100175601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr7	100176297	.	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=380;ReadPosRankSum=0.831;SC=TCTGCAGAGGGTTGCTGTCCA;SOR=0.945;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=27;WE=100176305;WS=100176287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr7	100198386	rs11768465	C	T	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=766;ReadPosRankSum=-2.830;SC=CAGGACCGCACGGAGAAGATG;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=59;WE=100198394;WS=100198376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,90:0.33:270
chr7	100201230	rs112882557	AC	A	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.730;NF=0;NR=18;PP=201;ReadPosRankSum=0.159;SC=CTGCGAAGGGACCCCCCCCCC;SOR=0.749;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=18;WE=100201239;WS=100201220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr7	100202219	rs56328569	C	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=1.311;SC=CCTCCAACCCCGGGGGGCCCC;SOR=0.434;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=10;WE=100202227;WS=100202209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr7	100227188	rs7457868	A	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=26;PP=561;SC=TGGGTGCCTGAGGTCATTCTG;SOR=3.477;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=28;WE=100227196;WS=100227178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	100238795	.	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr7	100240771	rs1052897	A	T	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr7	100283261	rs221795	C	T	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=99;SC=AGAGGGAATGCGGTGCCCTGA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=100283269;WS=100283251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	100284115	rs374251154	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=458;ReadPosRankSum=-1.008;SC=CAGCGGCCCCCTCTGCTGCAG;SOR=0.534;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=27;WE=100284123;WS=100284105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr7	100284510	rs35436931	TG	T	3661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=42;PP=1910;SC=CAAGAAACGTTGGGGGGGCCA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=69;WE=100284518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	100284913	rs221796	C	G	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=42;PP=1809;SC=GCCCCCTCCCCGCCCCACCTG;SOR=0.955;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=67;TCR=42;TR=107;WE=100284921;WS=100284903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	100285896	.	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.162;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=502;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GCCGGGGGTGGGGAGGAGGGG;SOR=0.189;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=31;WE=100285904;WS=100285886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr7	100285974	rs221797	A	C	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=20;PP=1080;SC=ACGAAGGAGAACTTTAAAGCG;SOR=1.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=100285982;WS=100285964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	100348513	.	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=299;ReadPosRankSum=-2.910;SC=ACCAACAGCCCATGCAGGTGA;SOR=0.221;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=21;WE=100348521;WS=100348503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr7	100355966	.	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=359;ReadPosRankSum=-1.585;SC=CCACCCCTACGGTGAGAGCCC;SOR=0.737;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=25;WE=100355974;WS=100355956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr7	100367408	.	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=234;ReadPosRankSum=0.978;SC=GGTCTCAAGCGATCCTCCTGC;SOR=0.316;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=17;WE=100367416;WS=100367398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr7	100371100	rs2734880	C	A	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=57;PP=1848;SC=ACTGACCCAGCGGGCTCCTAC;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=100371122;WS=100371090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	100371114	rs314298	C	T	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=51;PP=1752;SC=CTCCTACCACCCGGTGAGAGG;SOR=1.212;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=83;WE=100371122;WS=100371090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	100371473	rs314299	C	T	6395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=94;PP=2791;SC=TGGGCTGCTCCGTTTCGGGCC;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=59;TCR=94;TR=153;WE=100371481;WS=100371463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr7	100374087	rs314300	A	G	6956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=71;PP=2794;SC=GGGAACTTCAATGATGAGGAA;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=159;WE=100374095;WS=100374077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	100374265	rs149853621	TCCCTC	T	837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=41.89;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	100376978	rs314303	T	C	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=9;PP=829;SC=CCAGCCTGGGTGACAGAGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=41;WE=100376986;WS=100376968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	100383605	rs160602	T	A	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	100385561	rs72364644	GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT	G	6272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=45;PP=2908;SC=CACATTTGACGGCTTCAGCTA;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=54;WE=100385603;WS=100385551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	100386900	rs191137	T	C	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=44;PP=1463;SC=GGTCACCCTGTGGGGCCAACG;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=98;WE=100386908;WS=100386890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	100388501	rs5886138	TA	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr7	100391581	rs314339	T	C	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=66;PP=2314;SC=ATGCCTACAGTGGCACCCAGA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=133;WE=100391589;WS=100391571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	100391644	rs314340	T	C	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=55;PP=1943;SC=CTACCAGGTCTGAGCTGGCAG;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=102;WE=100391652;WS=100391634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	100393141	rs314343	C	G	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=132;SC=ATTAATATATCTTGTATATTA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=100393149;WS=100393131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	100395003	rs314344	G	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	100401270	rs314348	T	G	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=35;PP=1000;SC=CGCTCTCCTCTCTTGGCTCCT;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=100401278;WS=100401260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	100410657	rs314358	A	G	10590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=150;NR=160;PP=2965;SC=CTCCCGCTCCAGTGTGGCCCT;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=150;TCR=161;TR=310;WE=100410665;WS=100410647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr7	100411278	rs314359	T	C	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=38;PP=1486;SC=ACCCACCATGTCCGATGAGAT;SOR=0.838;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=84;WE=100411286;WS=100411268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
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chr7	100416332	rs314364	T	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.443;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.127;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,63:0.89:71
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chr7	100482720	rs3757868	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=135;ReadPosRankSum=0.837;SC=GAGGTGAGAGGTTGGCGACAT;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=11;WE=100482728;WS=100482710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr7	100484381	rs12705095	T	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=316;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TCTGAAGGTCTTCTCTGCCTT;SOR=0.621;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=31;WE=100484389;WS=100484371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr7	100484917	rs6954151	C	T	11333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr7	100485396	rs199528372	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr7	100486088	rs3087504	C	T	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=47;PP=1988;SC=TACCTCTCACCTCACAGGATG;SOR=0.796;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=102;WE=100486096;WS=100486078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	100486656	rs13241786	T	G	4995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.98;NF=48;NR=59;PP=1917;SC=TGCCTGACCCTACGCAGACTC;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=107;WE=100486664;WS=100486646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	100486754	rs12666989	G	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=487;ReadPosRankSum=0.715;SC=AGCCTCTCCAGCTCCCCGTGC;SOR=0.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=37;WE=100486762;WS=100486744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,54:0.43:127
chr7	100494222	rs66793456	G	GC	3990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=34;PP=2711;SC=GCTGGGCGAGGCGCACTCCGC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=60;WE=100494230;WS=100494212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	100547148	.	GCAA	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.47;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr7	100547155	rs74789991	C	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr7	100547173	rs75482949	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.296;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	100547175	rs78695034	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr7	100549884	rs73163752	C	T	17330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.63;ReadPosRankSum=1.785;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,441:0.50:883
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chr7	100549896	rs79035545	G	C	16774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=885;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.474;QD=19.00;ReadPosRankSum=2.141;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:459,424:0.48:883
chr7	100549902	rs75991009	C	T	16768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FS=1.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.482;QD=19.01;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:461,421:0.48:882
chr7	100549914	rs73714228	G	A	16413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=888;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.512;NF=134;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.442;SC=TGACACAGAAGCCAGTGACCA;SOR=0.585;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=545;TCF=248;TCR=297;TR=277;WE=100549922;WS=100549863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:472,414:0.47:886
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chr7	100552094	rs62483698	G	C	9356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.946;SC=TCTATCACAGGCTTTCCTAGT;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=447;TCF=209;TCR=238;TR=214;WE=100552102;WS=100552084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,268:0.43:618
chr7	100552117	rs62483699	G	T	11199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.648;SC=CTCTTCCTCTGCAACTACCAG;SOR=0.610;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=446;TCF=217;TCR=229;TR=213;WE=100552125;WS=100552107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,283:0.45:633
chr7	100552135	rs62483700	T	C	11186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=2.186;SC=CAGCACTTCTTCAACCAGCTC;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=457;TCF=225;TCR=232;TR=220;WE=100552143;WS=100552125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,318:0.48:667
chr7	100552251	rs9691900	T	C	9000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TCCCTGCCTCTCCCACTGATC;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=441;TCF=210;TCR=231;TR=287;WE=100552259;WS=100552241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,410:0.66:621
chr7	100552311	rs12535515	C	T	4351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=96;PP=2285;ReadPosRankSum=-1.437;SC=CTCCCACCACCCCATTAACAG;SOR=0.993;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=369;TCF=162;TCR=207;TR=155;WE=100552319;WS=100552301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,219:0.42:518
chr7	100552338	rs73398798	C	T	5461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=75;PP=1653;ReadPosRankSum=1.307;SC=CCTTTACTACCGAAATGGTCA;SOR=0.931;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=316;TCF=141;TCR=175;TR=126;WE=100552346;WS=100552328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,163:0.36:448
chr7	100552358	rs73714254	C	G	5358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=1.323;SC=ACCTGTCCTACCTCCATCAGT;SOR=0.951;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=287;TCF=126;TCR=161;TR=113;WE=100552398;WS=100552348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,146:0.35:415
chr7	100552371	rs73714255	C	G	5091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=0.915;SC=CCATCAGTATCCAAACTACTC;SOR=0.924;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=278;TCF=128;TCR=150;TR=109;WE=100552398;WS=100552348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,136:0.34:397
chr7	100552384	rs75597914	A	G	4986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=3.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,126:0.33:380
chr7	100552390	rs73714257	T	C	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,123:0.33:378
chr7	100552412	rs73714259	T	C	4308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=45;PP=1348;ReadPosRankSum=-0.022;SC=TCTTCCATGATGCCAGAAAGT;SOR=0.744;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=261;TCF=142;TCR=119;TR=103;WE=100552420;WS=100552402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,118:0.33:354
chr7	100552435	rs76244845	TC	AT	4620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=4.256;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.687;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,125:0.34:370
chr7	100552440	rs80290400	C	T	4579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=5.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-1.877;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,125:0.34:371
chr7	100552535	rs73163758	GT	AC	14076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=903;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=86;PP=2944;ReadPosRankSum=-2.099;SC=CTGAGCAACAGTTCTGTGATC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=617;TCF=382;TCR=235;TR=231;WE=100552558;WS=100552525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:518,376:0.42:894
chr7	100552549	rs73163760	CT	AC	15777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1031;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=101;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TGTGATCCCCCTACCTCTTCC;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=668;TCF=405;TCR=263;TR=256;WE=100552558;WS=100552525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:595,422:0.41:1017
chr7	100552644	rs2904850	C	A	20664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1715;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=-1.336;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:975,722:0.43:1697
chr7	100552657	rs75471530	A	G	25802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1735;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.03;ReadPosRankSum=2.133;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1028,689:0.40:1717
chr7	100552657	.	ACT	GCC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=216;NR=209;PP=2944;QD=20;SC=CCCACCCACCACTAGGACTTC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1104;TCF=563;TCR=541;TR=425;WE=100552667;WS=100552634;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:679,425:0.38:1104
chr7	100552659	rs78182596	T	C	26095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1740;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=2.816;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1038,684:0.40:1722
chr7	100552675	rs73163764	C	T	21106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1733;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=223;PP=2962;ReadPosRankSum=2.417;SC=TTCAGAGACACCAGTGGCCAC;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1113;TCF=564;TCR=549;TR=455;WE=100552683;WS=100552665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1021,699:0.41:1720
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chr7	100552837	rs73714264	G	A	7246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=894;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=1.157;SC=TGTCACTGAGGTCAGGCTTTA;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=651;TCF=260;TCR=391;TR=269;WE=100552845;WS=100552827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:517,368:0.42:885
chr7	100552854	rs73714265	G	A	12101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.319;SC=TTTATCCTGAGCTTCCCTTTC;SOR=0.565;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=557;TCF=221;TCR=336;TR=236;WE=100552875;WS=100552844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:410,313:0.43:723
chr7	100552867	rs73714266	T	C	10699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.129;SC=TCCCTTTCTTTCTGTGTTTTC;SOR=0.604;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=510;TCF=205;TCR=305;TR=220;WE=100552875;WS=100552844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,280:0.44:641
chr7	100552915	rs2904852	A	C	7043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.922;SC=GGGAACAGGGACAGTGTGCTT;SOR=0.621;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=345;TCF=130;TCR=215;TR=239;WE=100552923;WS=100552905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,299:0.68:438
chr7	100552978	rs73163765	T	C	5667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=2.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.33;ReadPosRankSum=-1.040;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,148:0.45:327
chr7	100552984	rs73163766	T	C	5755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.66;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,144:0.44:326
chr7	100553002	rs68094465	A	G	5284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=1586;ReadPosRankSum=-1.642;SC=ATGGCCTCAAATGCCAGTGCC;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=89;TCR=131;TR=98;WE=100553010;WS=100552992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,149:0.46:326
chr7	100553073	rs73714269	T	A	4279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.92;ReadPosRankSum=1.825;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,113:0.45:253
chr7	100553077	rs73714270	A	C	4298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.92;ReadPosRankSum=1.623;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,115:0.45:254
chr7	100553117	rs73400705	G	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=950;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GGGTGTCACTGACTCTCCCCA;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=45;TCR=79;TR=62;WE=100553125;WS=100553107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,79:0.46:170
chr7	100606918	rs4316092	A	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=16;PP=403;SC=GGGGTGGAGGAGGTACATAAG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=100606926;WS=100606908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	100607640	.	G	GCT	2480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.40;ReadPosRankSum=1.765;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,58:0.73:79
chr7	100607642	.	C	T	2815	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=40;NR=12;PP=2815;QD=20;SC=TGACCTCTGCCCTCTTTCCCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=52;WE=100607654;WS=100607632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr7	100607643	.	CTCT	C,CCT	2480.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=2954;ReadPosRankSum=1.373;SC=GACCTCTGCCCTCTTTCCCCC;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=36;WE=100607654;WS=100607632;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.75:83
chr7	100607851	rs6960854	C	G	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=837;ReadPosRankSum=1.557;SC=AGGAGGGGCTCCAGAACGCCA;SOR=0.546;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=53;WE=100607859;WS=100607841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,76:0.46:164
chr7	100607871	rs6960868	C	T	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=628;ReadPosRankSum=0.087;SC=AGCCAGGATGCGAACAGCTGC;SOR=0.404;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=50;WE=100607879;WS=100607861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,66:0.53:125
chr7	100607903	rs6961167	G	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=437;ReadPosRankSum=0.043;SC=GAGTGAGCCCGGGCTGGAGGG;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=33;WE=100607911;WS=100607893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr7	100608154	rs10250885	G	A	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.22;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	100608154	.	GGATAAGGGAGAG	AGATAAGGGAGAG,AGATGAGGCAGGC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=72,15;NR=11,0;PP=2962,2914;QD=20;SC=TATTCAGGGGGGATAAGGGAG;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=93;TCF=82;TCR=11;TR=83,15;WE=100608205;WS=100608144;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.89:93
chr7	100608158	rs79221376	A	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=19.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.039;SOR=3.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,24:0.23:104
chr7	100608162	rs79761591	G	C	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=22.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.924;SOR=4.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,26:0.23:114
chr7	100608165	rs76431635	A	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=24.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.319;SOR=4.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,26:0.21:121
chr7	100608166	rs75884804	G	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=21.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.222;SOR=4.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,26:0.22:120
chr7	100608180	rs77646533	C	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=24.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.857;SOR=3.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,32:0.21:153
chr7	100608188	.	C	CT	1145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.821;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=37.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.886;SOR=4.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,37:0.20:185
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chr7	100608194	.	C	CGTCTGGG	1577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.016;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=44.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.952;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.222;SOR=4.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,42:0.21:200
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chr7	100608778	rs73163792	TC	CT	5827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.94;ReadPosRankSum=1.911;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,158:0.46:344
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chr7	100608868	rs67377634	A	G	4159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=53;PP=1170;ReadPosRankSum=0.126;SC=AGTGCGTTCTAGAGACGAGCG;SOR=0.527;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=172;TCF=62;TCR=110;TR=90;WE=100608876;WS=100608858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,116:0.54:213
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chr7	100608912	rs73163798	A	G	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.22;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
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chr7	100608953	rs78404383	TA	CT	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.84;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr7	100608958	rs76888130	T	C	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.969;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr7	100608961	rs74773493	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.94;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr7	100608964	rs77850164	G	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.65;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
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chr7	100609720	.	T	TGCGGGGG	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,6:0.09:67
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chr7	100612732	.	A	ATG	187.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
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chr7	100612786	rs73168325	G	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
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chr7	100612898	rs73168327	T	C	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=3;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=287;ReadPosRankSum=1.368;SC=GCCCGTTCCCTGGGAGATGCT;SOR=0.506;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=23;WE=100612906;WS=100612888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,49:0.41:120
chr7	100612945	rs76619309	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
chr7	100612952	rs79881008	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,34:0.29:116
chr7	100612955	rs150485202	A	ACTG	1149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=2642;ReadPosRankSum=0.107;SC=CGCGTCCGTTACTACAGTGAC;SOR=0.880;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=16;WE=100612977;WS=100612935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,33:0.30:111
chr7	100612961	rs78487486	G	C	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,31:0.29:107
chr7	100612969	rs73168328	A	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=5.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.476;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,32:0.29:109
chr7	100612996	rs76589634	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=1299;ReadPosRankSum=1.686;SC=CTGATGCTCCAGGTCCAGTGC;SOR=1.367;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=26;WE=100613035;WS=100612986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,26:0.25:102
chr7	100613010	rs80354726	T	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=2.577;SOR=1.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,22:0.23:96
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chr7	100613018	rs78041688	A	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.189;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr7	100613027	rs73168330	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.475;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,21:0.25:84
chr7	100613059	rs66842488	GCCT	G	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.293;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=254;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GCTGCAGGTGGCCTCCTCCCC;SOR=2.187;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=10;WE=100613069;WS=100613049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr7	100613107	rs73168333	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.825;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,3:0.14:22
chr7	100613112	rs75250895	G	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-2.170;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,3:0.14:21
chr7	100615281	rs73400789	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
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chr7	100615313	rs79548447	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=-2.599;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr7	100615453	rs5021605	T	C	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
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chr7	100615584	rs76813732	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-1.200;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr7	100615615	rs73168345	T	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-1.162;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr7	100615631	rs77947559	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-0.812;QD=13.40;ReadPosRankSum=-2.804;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr7	100616195	rs77180957	G	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-3.438;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
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chr7	100616199	rs78022349	T	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-3.358;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,29:0.27:109
chr7	100616277	rs117288840	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-1.893;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,11:0.13:84
chr7	100616279	.	C	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-2.202;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,11:0.13:83
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chr7	100624665	.	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=203;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TGAAGAACCTGGGCTTGGTGG;SOR=0.914;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=15;WE=100624673;WS=100624655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr7	100624718	rs4363124	G	C	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr7	100634356	rs61746936	G	A	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=941;ReadPosRankSum=-1.888;SC=TCCCACAGCCGACCAGGCCCA;SOR=0.617;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=206;TCF=90;TCR=116;TR=69;WE=100634364;WS=100634346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,132:0.38:347
chr7	100634476	rs6980143	C	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.683;NF=14;NR=21;PP=570;ReadPosRankSum=-1.293;SC=TCCCCTGGCACTACCACACCA;SOR=0.604;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=35;WE=100634484;WS=100634466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,47:0.41:114
chr7	100634640	rs1791	T	G	9547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.92;NF=130;NR=93;PP=2965;SC=ACTGTCCCCTTCCAGCTCTAC;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=130;TCR=93;TR=223;WE=100634648;WS=100634630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr7	100634783	rs11770526	A	C	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,154:0.58:266
chr7	100634964	rs4370452	C	A	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=4.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.982;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,139:0.36:382
chr7	100635143	rs34337783	T	C	6116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TCTCAGGCCGTAGTGAGGAAT;SOR=0.909;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=315;TCF=146;TCR=169;TR=204;WE=100635151;WS=100635133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,271:0.64:425
chr7	100635375	rs10808115	A	C	3165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.252;NF=29;NR=42;PP=822;ReadPosRankSum=-0.144;SC=CTTACCTGCCAGCATGACAAG;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=75;TCR=107;TR=71;WE=100635383;WS=100635365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,95:0.39:246
chr7	100635392	.	C	T	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.172;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,85:0.38:222
chr7	100635591	rs10953312	C	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.701;NF=31;NR=12;PP=657;ReadPosRankSum=0.118;SC=CTTCCACAGCCGCCCAGGCTC;SOR=1.027;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=43;WE=100635599;WS=100635581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,51:0.47:109
chr7	100635661	rs10953313	T	C	7842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=52;PP=2595;SC=GAAGCATCTATGCCCGTCCAC;SOR=1.204;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=98;TCR=54;TR=150;WE=100635669;WS=100635651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr7	100635679	rs10953314	C	G	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.669;NF=48;NR=34;PP=1122;ReadPosRankSum=-1.908;SC=CACAGCAGCACCAGATCGCCA;SOR=0.542;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=174;TCF=107;TCR=67;TR=82;WE=100635687;WS=100635669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,119:0.46:258
chr7	100635767	rs34214710	G	C	3935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=3.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.567;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,203:0.50:408
chr7	100635890	rs35002853	C	T	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.482;NF=35;NR=58;PP=1422;ReadPosRankSum=1.316;SC=CCTCAGGCCTCGTTGAAGAAT;SOR=0.775;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=161;TCF=64;TCR=97;TR=93;WE=100635898;WS=100635880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,114:0.55:209
chr7	100647875	rs11766048	C	A	6077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=73;PP=2965;SC=CCACAACCTCCGGCCGTAGTG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=153;WE=100647883;WS=100647865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr7	100647920	rs11772963	A	C	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=1082;ReadPosRankSum=-1.937;SC=GCCCAGATACAAATGGAATCA;SOR=0.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=75;TCR=93;TR=68;WE=100647928;WS=100647910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,104:0.40:263
chr7	100648029	rs10953315	G	A	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=78;PP=2965;SC=AGCCAGCACTGCCACAACACC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=157;WE=100648037;WS=100648019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr7	100648117	rs11766125	C	G	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=792;ReadPosRankSum=0.254;SC=GCCAGCATGACAAGCTCCAGC;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=59;WE=100648125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,92:0.37:246
chr7	100648875	rs6964653	A	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=413;ReadPosRankSum=0.638;SC=ATCCATTACAACCTCTCTTGG;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=26;WE=100648883;WS=100648865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr7	100651855	rs12532750	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=407;ReadPosRankSum=0.035;SC=GAATGTATCAATCCTGGGGGA;SOR=1.001;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=29;WE=100651863;WS=100651845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr7	100652317	rs12540832	T	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr7	100656003	rs3924886	G	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=1.447;SC=CATTGGCCCAGGGGAGGGCAT;SOR=1.089;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=10;WE=100656011;WS=100655993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr7	100658717	rs10229453	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=0.903;SC=TGGCCAGTGCTTGCCTTGGTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=100658725;WS=100658713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr7	100663606	rs13242391	T	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=-1.473;SC=CCAATAGGGGTGTGCCCTCTG;SOR=0.567;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=22;WE=100663614;WS=100663596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr7	100674309	rs80250975	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GGGCCAGGGACTTTCCAGGGC;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=11;WE=100674317;WS=100674299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
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chr7	100675512	rs10259584	G	A	10562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.665;SC=GCTCCTAGTGGAGGAAGCACT;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=525;TCF=265;TCR=260;TR=323;WE=100675520;WS=100675502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,477:0.63:757
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chr7	100680299	rs111850657	G	C	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1080;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQRankSum=-16.210;QD=2.75;ReadPosRankSum=3.558;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:938,140:0.13:1078
chr7	100680313	rs201138200	A	G	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1074;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQRankSum=-17.555;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:943,129:0.12:1072
chr7	100680370	rs10257974	C	T	14921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1046;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.166;NF=211;NR=209;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.172;SC=CAACAACTCCCGCTGTCACCA;SOR=0.722;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=678;TCF=336;TCR=342;TR=420;WE=100680378;WS=100680360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:383,657:0.63:1040
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chr7	100681172	rs28555173	A	G	9792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.509;NF=169;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.380;SC=TTATAGTGACAGAAGAACTCC;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=535;TCF=290;TCR=245;TR=317;WE=100681180;WS=100681162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,462:0.63:738
chr7	100681266	rs142126972	C	A	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1146;ExcessHet=3.0103;FS=0.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-24.519;QD=1.77;ReadPosRankSum=8.194;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1015,127:0.11:1142
chr7	100681293	rs141217694	G	A	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1199;ExcessHet=3.0103;FS=0.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-25.102;QD=1.62;ReadPosRankSum=4.680;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1062,128:0.11:1190
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chr7	100682275	rs4386914	A	G	8311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=757;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.867;NF=161;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.652;SC=GCACCACGCCAGTGGCCAGTC;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=545;TCF=288;TCR=257;TR=298;WE=100682283;WS=100682265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,396:0.54:740
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chr7	100684573	rs144023476	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-27.643;QD=0.64;ReadPosRankSum=2.470;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1185,125:0.10:1310
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chr7	100691073	rs34411816	T	C	95.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr7	100692680	rs10246021	T	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=32;PP=971;SC=GTCTGGGCCCTTGGGAAGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=100692688;WS=100692670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	100693849	rs6978780	C	T	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=424;ReadPosRankSum=1.603;SC=ACAATGCCACCGAAGTAGTGA;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=37;WE=100693857;WS=100693839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,53:0.39:137
chr7	100695058	rs6966570	T	C	4775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=62;PP=2437;SC=ATCACGGCTGTTCCCTGTCCC;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=124;WE=100695066;WS=100695048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr7	100695138	rs73168398	G	A	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=898;ReadPosRankSum=-1.422;SC=GTGGAGTACCGGGACCAGAAG;SOR=0.691;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=58;WE=100695146;WS=100695128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,106:0.58:184
chr7	100731505	rs4524722	C	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=7;PP=230;SC=TGGCCAGGGCCGCAGCCGCCT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=100731513;WS=100731495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	100731829	rs6948536	T	C	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=52;PP=1948;SC=AGCCCCAGGCTGGAGATGGAG;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=116;WE=100731837;WS=100731819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr7	100732321	rs11760747	C	T	6094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,310:0.58:538
chr7	100771717	rs6092	G	A	3211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=54;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CCTGGGCCTGGCCCTTGTCTT;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=96;WE=100771725;WS=100771707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,151:0.63:241
chr7	100775087	rs199827473	AAAC	A,AAACAAC	1218.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.85;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,7,26:0.21,0.76:34
chr7	100776931	rs2227684	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=248;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TGCCATCAGCGAGAGCTGGAG;SOR=0.421;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=18;WE=100776939;WS=100776921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr7	100780176	rs2227694	A	G	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=4;PP=742;SC=CTGCACTCCCACCTGGGCGAC;SOR=5.186;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=41;WE=100780184;WS=100780166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	100781445	rs7242	T	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.804;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr7	100800131	rs4727481	T	C	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=201;SC=ATGGTCGTCCTGTAGGTCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=100800139;WS=100800121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	100802316	rs6954408	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=354;ReadPosRankSum=0.706;SC=CCATGCTCAACTTAGCCTCTC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=31;WE=100802324;WS=100802306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr7	100802786	rs11983381	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=1.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=161;ReadPosRankSum=1.423;SC=CTTAACACCAAAGGGTTAAGG;SOR=0.928;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=13;WE=100802794;WS=100802776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr7	100803689	rs35208462	C	T	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,111:0.57:195
chr7	100803710	rs2074684	C	T	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=806;ReadPosRankSum=3.105;SC=GTGCCTCCCCCGTCTGACTCT;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=85;TCR=61;TR=66;WE=100803718;WS=100803700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,91:0.39:233
chr7	100816527	rs2009973	A	G	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=11;PP=555;SC=GGGTCTCCCCATATGCCCCAG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=100816535;WS=100816517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	100817901	rs34985488	A	G	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,129:0.43:298
chr7	100818193	rs2015923	G	C	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=35;PP=980;SC=TACACAAATAGCCTTTCTTTT;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=100818201;WS=100818183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	100839401	rs3735338	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=1265;ReadPosRankSum=1.297;SC=GAGGGAGACAGGTGGGCGAGG;SOR=0.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=39;WE=100839420;WS=100839391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
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chr7	100860401	rs28361887	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=0.489;SC=GGCAGGCACGCCAGCCTCTGC;SOR=1.380;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=100860409;WS=100860391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr7	100860636	rs1056678	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=-0.695;SC=AGGGGAGCTCTGGAAAGGGGG;SOR=0.544;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=13;WE=100860644;WS=100860626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr7	100861213	rs17319250	T	C	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=929;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TAAGATTTCTTGTAAGAACAC;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=73;WE=100861221;WS=100861203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,108:0.62:175
chr7	100861452	rs11769624	T	C	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=963;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GCGCAGCAGTTTCTTCCGACA;SOR=0.949;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=53;WE=100861460;WS=100861442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,68:0.65:104
chr7	100865847	rs10953329	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=395;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TGCTCTTTCTTGGAAGCCCTG;SOR=1.295;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=22;WE=100865855;WS=100865837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
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chr7	100953904	.	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=222;ReadPosRankSum=1.544;SC=CAGTAATTCTCCAGCAACAGA;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=17;WE=100953912;WS=100953894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr7	100965096	rs11369267	A	AG	2117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=40;PP=1694;SC=AGAGGCCCGCAGGGCCGACGG;SOR=1.646;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=41;WE=100965104;WS=100965086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	101063159	.	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=534;ReadPosRankSum=0.219;SC=CTCCACCCCAGGTTTGCGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=17;WE=101063168;WS=101063149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr7	101063160	rs73179295	G	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=598;ReadPosRankSum=0.190;SC=TCCACCCCAGGTTTGCGGGGG;SOR=0.760;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=16;WE=101063168;WS=101063149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr7	101090831	rs17135418	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	101123749	rs36085186	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=1.557;SC=TGTTGCTGGGGCTTTAATCTT;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=4;WE=101123757;WS=101123739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr7	101126347	rs34682212	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=1.769;SC=CAACCTCTTACAACTTAACTG;SOR=0.859;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=9;WE=101126355;WS=101126337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr7	101126511	rs35677699	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=0.455;SC=CAGAGTCTCGCTCTGTCACCC;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=13;WE=101126519;WS=101126501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr7	101126604	rs28693638	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=-1.451;SC=TCAGTCGCCCAAGTAGCTGGG;SOR=0.250;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=101126612;WS=101126594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	101196488	rs12674244	T	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=373;ReadPosRankSum=-0.123;SC=AGCACCCGTTTCCCAGGCCCT;SOR=1.244;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=23;WE=101196496;WS=101196478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr7	101196688	rs13235234	C	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=611;ReadPosRankSum=0.532;SC=CGTTCCCTCCCGCCTCCTTGG;SOR=0.862;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=44;WE=101196696;WS=101196678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr7	101196728	.	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.276;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=566;ReadPosRankSum=0.186;SC=AGGGCAGGTGCCCCACAGATC;SOR=1.508;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=31;WE=101196736;WS=101196718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr7	101196756	rs3800980	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=336;ReadPosRankSum=-1.111;SC=ACCGTCAGCCAGCCCCGAGCT;SOR=1.994;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=18;WE=101196764;WS=101196746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr7	101199257	rs4729728	G	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=31;PP=883;SC=TCCCTCCCTTGCCCCTAGTCT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=101199265;WS=101199247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	101200595	rs17393028	A	G	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=5;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.029;NF=40;NR=25;ReadPosRankSum=-2.530;SC=GATCAAATGTACCCCCAAGTG;SOR=0.882;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=65;WE=101200603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,114:0.50:230
chr7	101200669	rs36008849	A	AG	6408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=63;PP=2969;SC=GCCTCCCCAGAGGAGGTTCTG;SOR=0.850;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=82;WE=101200677;WS=101200659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr7	101200727	rs17393069	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=4;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=568;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GAGGGGTGGCGCCCAACCCGA;SOR=0.894;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=41;WE=101200735;WS=101200717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,52:0.39:134
chr7	101200765	rs17471501	C	T	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=636;ReadPosRankSum=-1.772;SC=TGCTTGGGCCCGACCCTGGAC;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=40;WE=101200773;WS=101200755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr7	101200835	rs7809926	A	G	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=29;PP=810;SC=AGGACACCCTATCCTGGCTAG;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=46;WE=101200843;WS=101200825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	101256833	rs2240389	T	C	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=644;ReadPosRankSum=0.598;SC=CTGGGGGAAATGCTGCAAACA;SOR=0.591;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=54;WE=101256841;WS=101256823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,72:0.50:144
chr7	101257075	rs2240390	T	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=222;ReadPosRankSum=0.246;SC=GAGGGGCAAGTGGGGGCAGGG;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=16;WE=101257083;WS=101257065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr7	101265350	rs4263675	T	C	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=29;PP=1642;SC=CTGCTGCCCCTCCAGGACTCC;SOR=1.222;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=101265358;WS=101265340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	101266379	rs7794055	T	C	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=56;PP=1869;SC=TGCTAAGTAGTCACCTGCCCT;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=96;WE=101266387;WS=101266369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	101267315	.	A	AAAT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=2.193;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr7	101267435	rs876825	T	C	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=21;PP=694;SC=AACAGCCCCATGGGGCAGCAG;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=101267443;WS=101267425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	101272465	rs848644	T	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=5;PP=91;SC=AGTGGTGAAGTGAAAAAGTTC;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=101272473;WS=101272455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	101459147	rs190979222	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=232;ReadPosRankSum=1.269;SC=TCGGGCTCGCCATGGCTGCGG;SOR=0.515;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=15;WE=101459169;WS=101459137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr7	101459161	rs28650922	T	C	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=7;PP=705;SC=GCTGCGGCGGTGCCGTGAGGA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=101459169;WS=101459137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	101559302	rs10231075	C	G	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=504;ReadPosRankSum=0.394;SC=ACTGGGGTCTCTCCCCCAGTG;SOR=0.512;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=36;WE=101559310;WS=101559292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr7	101671585	rs448877	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=604;SC=TCTGTGATGTAATTTTCCATT;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=101671593;WS=101671575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	101713590	rs377612	T	C	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=257;SC=GCTCTTTGTTTTTCTTTTCTT;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=101713598;WS=101713580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	101740606	rs1637257	T	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	101740610	rs1734879	C	A	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.07;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	101740827	rs10638510	T	TTC	2444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=40.08;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	101747575	rs201480	A	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=9;PP=987;SC=ATGGAATTGTATGCTTCTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=47;WE=101747583;WS=101747565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	101747593	.	G	GT	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=1.627;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr7	101754865	rs201493	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=5;PP=337;SC=TACCCCGTGGTGCGCCTGCCG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=101754873;WS=101754855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	101758584	rs201501	G	A	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,77:0.49:156
chr7	101801920	rs57634989	C	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=-1.234;SC=GTCCTAAAACCCACAATAGCG;SOR=0.938;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=17;WE=101801928;WS=101801910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr7	101833044	rs17135077	C	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=466;ReadPosRankSum=1.450;SC=TGAAGTCCGTCGACCTGTTGT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=31;WE=101833052;WS=101833034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr7	101837149	rs11540899	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr7	101838941	rs74566154	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=0.734;SC=GGGGTCGGTCGAGGACGAGGA;SOR=0.872;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=18;WE=101838949;WS=101838931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr7	101840640	rs80150170	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=60;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AGAGTTGCACATGTGTGTGTG;SOR=0.297;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=8;WE=101840648;WS=101840630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr7	101843536	rs34285499	A	AT	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.381;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr7	101844851	rs60987662	A	G	4426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.112;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:415,250:0.38:665
chr7	101870599	rs430841	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=9;PP=736;SC=TGGTCGTGGTAAAAGACAGCT;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=101870607;WS=101870589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	101877227	rs78876017	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=-1.371;SC=GCCCAACCCTGAGCCTTTAAA;SOR=0.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=8;WE=101877235;WS=101877217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr7	101892121	rs410825	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-2.627;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr7	101892328	rs368214	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TCTGAGGGGCCGCGGCCCTGG;SOR=0.462;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=17;WE=101892336;WS=101892318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr7	101916647	rs813000	A	G	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=13;PP=1066;SC=GACGCTGTGCAGAGCTGCAAG;SOR=1.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=54;WE=101916655;WS=101916637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	101917521	rs803064	G	A	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=38;PP=1585;SC=GCAGGGTGCCGCTGAGCACCG;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=87;WE=101917529;WS=101917511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	101917647	rs712839	A	G	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=57;PP=1743;SC=GATACCGCCTAAGAACACAGA;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=101917655;WS=101917637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	101917772	rs712840	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=382;SC=CTATAGTCCCAGCTACTTTGG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=101917780;WS=101917762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	101923315	rs57030737	T	TC	7685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=66;PP=2967;SC=TCTCTTCCCCTCCTGTCTGTG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=22;TCR=69;TR=87;WE=101923323;WS=101923305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr7	101925065	rs803069	G	T	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=8;PP=767;SC=TTTCTGTGAAGCCCAGGCAGC;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=101925073;WS=101925055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	101925338	rs2257738	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=28;PP=825;SC=CTAGCTTGCGACCATGCCTCT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=101925346;WS=101925328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	101926228	rs803070	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=10;PP=725;SC=ATCCACTACCTCCTAGCCCCA;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=101926236;WS=101926218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	101928495	rs803074	G	C	2727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1152;ReadPosRankSum=0.210;SC=ATCTCAGGACGCTCTCTGGCC;SOR=0.792;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=213;TCF=118;TCR=95;TR=90;WE=101928503;WS=101928485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,147:0.43:343
chr7	101928585	rs803075	G	A	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=46;PP=1119;ReadPosRankSum=0.403;SC=CCCCTCTCCCGGGAGGGTGGA;SOR=0.792;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=72;TCR=110;TR=75;WE=101928593;WS=101928575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,120:0.38:316
chr7	101936555	rs3215392	CCTA	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GCCGGCTGGACCTACTGTCTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=101936565;WS=101936545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	101952374	rs76100825	A	G	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=455;ReadPosRankSum=-1.524;SC=AATCGCCAGCAGACTCTGTGA;SOR=0.639;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=41;WE=101952382;WS=101952364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,85:0.35:243
chr7	101953534	rs809120	T	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=170;SC=GGAGGCAGAGTTTGCAGTGAG;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=101953542;WS=101953524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	101954412	rs4729780	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TTGCTCTGTCACCCAGGCTGG;SOR=0.566;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=14;WE=101954420;WS=101954402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr7	101955750	.	T	C	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=23;QD=28.8856062736;SC=TGAGGATCACTTGAAGCCAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=2;WE=101955758;WS=101955740;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
chr7	101957518	rs2023407	C	A	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=25;PP=1022;ReadPosRankSum=0.362;SC=AAAAACCAACCAACTTTTTAA;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=160;TCR=69;TR=82;WE=101957526;WS=101957508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,107:0.35:307
chr7	101957767	.	G	A	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=96;PP=2379;ReadPosRankSum=-2.204;SC=GGTTCTGGCAGGGGGGCCCCG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=210;TCF=63;TCR=147;TR=136;WE=101957780;WS=101957757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,187:0.63:297
chr7	101962247	rs2960257	C	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=322;ReadPosRankSum=0.323;SC=TCTCAGAGACCCCCGTCCATC;SOR=0.927;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=23;WE=101962255;WS=101962237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr7	102036396	rs28366045	AC	A	2414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=21;PP=1515;SC=AAGCTCAGTGACATGTTTGCG;SOR=1.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=102036404;WS=102036386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	102036769	rs56992893	CGGAGACTGCGTATGCG	C	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=2733;SC=TTCCCCTCTGCGGAGACTGCG;SOR=1.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=102036792;WS=102036759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	102038153	.	CTGTGTG	C,CTG	3723.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;NF=3,3;NR=43,43;PP=381,1694;SC=TGGGTAATGGCTGTGTGTGTG;SOR=1.095;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=68;TCF=3;TCR=65;TR=46,46;WE=102038166;WS=102038143;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.28,0.72:92
chr7	102046070	rs6971258	T	A	210.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=203;SC=AATTTTTTTTTAAAAAGCACC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=102046078;WS=102046060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	102046359	rs6955864	G	C	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=29;PP=887;SC=ATTTGAAGAAGTCTTGGAAAG;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=102046367;WS=102046349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	102063363	rs143532608	GGAAACATCC	G	1403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=2;PP=2983;SC=TCCAAAGTCTGGAAACATCCG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=18;WE=102063379;WS=102063353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	102063527	rs7384395	G	C	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	102065322	rs1983476	A	G	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=471;SC=GGACTGGTGGACGTGAGGCAT;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=102065330;WS=102065312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	102065651	rs1047998	C	T	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=21;PP=559;SC=CGCAAGGACCCGCTGACCCGC;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=102065659;WS=102065641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	102086891	rs12672132	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=5;PP=284;SC=CTCTGCCTGGCAGGTGGCCCT;SOR=1.358;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=18;WE=102086899;WS=102086881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	102105984	rs10953368	T	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=272;SC=TTAAGTGGTGTGGAGTCGGGA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=102105992;WS=102105974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	102106857	rs140459331	CTTTA	C	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=362;SC=TGATGTGCTACTTTATTTATT;SOR=1.244;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=102106868;WS=102106847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	102107697	rs11761361	G	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.516;NF=18;NR=5;PP=368;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GCTTCCAGCAGGTGGCGGGAT;SOR=2.381;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=102107705;WS=102107687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr7	102111936	rs60871950	G	A	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=583;ReadPosRankSum=1.951;SC=GGTAGTTATGGGCTTCTCTTT;SOR=0.822;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=42;WE=102111944;WS=102111926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,64:0.59:108
chr7	102112980	rs3800987	G	A	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=44;PP=2279;SC=GCCAGTCCACGGTGGCAGTGG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=109;WE=102112988;WS=102112970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	102113093	rs3800988	T	C	10375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=103;PP=2965;SC=TCCCGCGGGCTTCCGGGAGCT;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=226;TCF=120;TCR=106;TR=222;WE=102113101;WS=102113083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr7	102113563	rs61229695	TG	T	1404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=2.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	102120821	rs11767570	T	G	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=22;PP=619;SC=TGTTTGGAGCTCTCCAAGTTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=102120829;WS=102120811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	102136550	rs77782294	G	A	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.43;MQRankSum=-1.550;QD=25.99;ReadPosRankSum=1.256;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr7	102147148	.	T	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.57;QD=22.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	102235692	.	G	GCT	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.874;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=27.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.363;NF=12;NR=2;PP=557;ReadPosRankSum=0.781;SC=CCCCTCTGTCGCTCTCTGAAG;SOR=5.028;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=14;WE=102235700;WS=102235682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr7	102235708	rs200503327	T	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.125;NF=18;NR=18;PP=458;ReadPosRankSum=4.063;SC=TGAAGCTCAGTGTTGTCATTT;SOR=0.134;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=36;WE=102235716;WS=102235698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr7	102235769	rs144395384	T	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQRankSum=1.606;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,33:0.22:152
chr7	102318861	rs374405684	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-0.588;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,50:0.16:304
chr7	102319015	rs138714346	G	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=1.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQRankSum=-0.163;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,40:0.13:309
chr7	102319079	rs368279784	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.90;MQRankSum=-1.352;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,11:0.15:74
chr7	102343967	rs4729850	A	G	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=46;PP=1264;SC=ATTTAGGAGTATCTTCACCTA;SOR=1.961;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=61;WE=102343975;WS=102343957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	102389833	rs28695887	G	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=220;SC=CCTGGCCCGGGGCGCCGAACT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=102389841;WS=102389823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	102398410	rs199537059	C	CT	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQRankSum=-2.934;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.982;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr7	102574999	rs3832497	TGAA	T	7597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=66;PP=2973;SC=AGTTGTGTAATGAAGAAGAAA;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=19;TCR=71;TR=84;WE=102575009;WS=102574989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr7	102616469	rs2228687	G	A	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=31;PP=1778;SC=GTAAACCCACGAGGCCATGCC;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=91;WE=102616477;WS=102616459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	102668001	rs7805950	A	C	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=17;PP=474;SC=TCCGCAATAGAATATCTGAAG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=102668009;WS=102667991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	102669251	.	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GGCAATATATCATTAAATAAA;SOR=0.846;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=18;WE=102669259;WS=102669241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr7	102722505	rs4729868	G	A	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=57;PP=1572;SC=AATTCTTTCCGTTCTAAAAAG;SOR=1.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=89;WE=102722524;WS=102722495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	102722516	rs4729869	T	C	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=58;PP=1716;SC=TTCTAAAAAGTTGTGTTTTTA;SOR=1.397;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=85;WE=102722524;WS=102722495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	102724372	rs4729871	A	T	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=44;PP=1526;SC=TCAGACCCTCAATTTCCTCAT;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=80;WE=102724380;WS=102724362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	102739043	rs4729879	C	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.79;QD=25.17;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	102755330	rs4729882	A	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=378;SC=TTCTGACTGTATATGTGTGTA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=102755338;WS=102755320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	102760722	rs1974715	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=308;SC=AAAAAGTATTATATCATCATA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=102760730;WS=102760712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	102825871	rs4317507	T	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=30;PP=1368;SC=AAGAAATACTTATCAGCTGCC;SOR=0.992;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=74;WE=102825879;WS=102825861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	102825987	.	GA	G	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-8.657;QD=0.74;ReadPosRankSum=3.177;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,24:0.24:102
chr7	102874366	rs3987883	C	T	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=897;SC=ATTTTATGGTCATTACATATA;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=102874374;WS=102874356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	102883497	.	TA	T	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-1.302;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr7	102948040	rs11489600	T	C	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=29;PP=1843;SC=TCTTTCAATTTAGGTGTTTCC;SOR=1.437;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=89;WE=102948048;WS=102948030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	102994236	rs71572234	C	A	54.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr7	103003988	.	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=1.934;SC=TAATATTTTCCCTAATGAGAG;SOR=0.078;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=103003996;WS=103003978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	103007949	rs4520097	A	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=17;PP=692;SC=TTTTGATCCTAGAGGCAATAT;SOR=1.101;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=47;WE=103007957;WS=103007939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	103018016	rs10273883	A	G	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=22;PP=1432;SC=GCATAGAGGTATTAAATGACT;SOR=1.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=103018024;WS=103018006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	103019613	rs12705120	A	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=10;PP=512;SC=GTATATACAAAGGTATACTAG;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=103019621;WS=103019603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	103033573	rs13240456	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=324;SC=AAAAAAAACCTTGCGACTGCA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=103033581;WS=103033563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	103053415	.	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=290;ReadPosRankSum=0.946;SC=AATACACAAGGAAAGGTAATA;SOR=0.749;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=20;WE=103053423;WS=103053405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr7	103130403	rs736707	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=365;ReadPosRankSum=0.114;SC=CCATGGCTGCATCCTGCCTCC;SOR=0.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=28;WE=103130411;WS=103130393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr7	103132303	.	T	TCACA	51.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	103136102	rs2528873	C	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=900;ReadPosRankSum=-1.842;SC=AGTTGTCTGACTAACCATTCT;SOR=0.619;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=58;WE=103136110;WS=103136092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,84:0.61:137
chr7	103136850	rs190932068	T	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=-0.717;SC=ACAGCTAACATTTGTTGAGCA;SOR=1.483;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=12;WE=103136858;WS=103136840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr7	103138517	rs2711885	C	G	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=41;PP=1969;SC=ACAAAAAATTCACTTACTTTG;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=101;WE=103138525;WS=103138507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	103141147	rs13232021	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=181;ReadPosRankSum=0.681;SC=CCTAGGCATGACCCATGATGT;SOR=0.264;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=103141155;WS=103141137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr7	103141437	rs13235135	A	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=501;ReadPosRankSum=-1.958;SC=ATTGTCCTGCATGTGTATTCA;SOR=1.121;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=33;WE=103141445;WS=103141427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr7	103143719	.	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=431;ReadPosRankSum=1.809;SC=AAAACTATATGATATGATTCT;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=27;WE=103143727;WS=103143709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr7	103155515	rs13241499	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CCCTTTTCAGCGTTTCTACAC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=103155523;WS=103155505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr7	103155705	rs2229864	A	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=560;ReadPosRankSum=1.440;SC=GGGAGCGCTCATGCTGGGGTA;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=42;WE=103155713;WS=103155695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr7	103155944	rs2528862	C	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=466;ReadPosRankSum=-0.031;SC=AATATCTTCTCTGAGTAAAAG;SOR=0.793;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=10;WE=103155959;WS=103155934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr7	103155951	rs78832383	A	AAAG	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=467;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TCTCTGAGTAAAAGATTTACA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=6;WE=103155959;WS=103155934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
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chr7	103162370	rs10282605	C	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr7	103281133	.	G	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=654;ReadPosRankSum=0.219;SC=TAATACTCATGAAATATGGCC;SOR=0.580;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=39;WE=103281141;WS=103281123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
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chr7	103389954	rs607755	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TATTTCAGCTAAAAGAAAAAG;SOR=0.549;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=10;WE=103389962;WS=103389944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr7	103393536	.	C	T	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=713;ReadPosRankSum=-0.085;SC=AGGACAGCTTCCTTGCCTCTA;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=43;WE=103393544;WS=103393526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,79:0.63:125
chr7	103417134	rs262338	G	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr7	103417139	rs13243284	A	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr7	103417557	rs11496125	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=0.645;SC=CTATTCAAAGCTTTCATAATA;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=103417565;WS=103417547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
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chr7	103557432	.	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=470;ReadPosRankSum=-0.006;SC=AGTAATAAAGGTCTAACACTG;SOR=1.292;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=32;WE=103557440;WS=103557422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr7	103557697	rs711443	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=716;SC=TATTTCTGAAATGTTAGACAT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=103557705;WS=103557687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	103629803	.	T	TGCC,TGCCGCC	2997.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=3,3;NR=31,31;PP=1222,270;SC=CTGCGCTCCATGCCGCCGCCG;SOR=1.131;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=34,34;WE=103629811;WS=103629793;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.17,0.83:69
chr7	103807202	rs2307405	G	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=0.533;SC=AAAGTGAAAAGAAGTATGTTA;SOR=0.948;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=10;WE=103807210;WS=103807192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr7	103824722	rs34556202	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=0.126;SC=GGAAATTTTACTTAACACATT;SOR=0.132;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=103824732;WS=103824712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	103824724	rs11384924	T	TA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=0.126;SC=AAATTTTACTTAACACATTTG;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=103824732;WS=103824712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	103835732	rs2307400	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=-0.295;SC=AAAGTAACTTCGCATTTAAAA;SOR=1.071;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=10;WE=103835740;WS=103835722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr7	103838120	rs13238183	A	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=83;ReadPosRankSum=-1.760;SC=AACTTTTACAACACAATCCAT;SOR=0.363;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=9;WE=103838128;WS=103838110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr7	103844557	rs2245659	T	G	92.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr7	103848094	rs2075217	T	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.27;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
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chr7	103848133	rs10953406	C	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=502;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GTGGGTGAAGCTGCAGTACAG;SOR=0.171;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=29;WE=103848141;WS=103848123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
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chr7	104110657	rs6949602	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=1.064;SC=AAATGGAAAAAAATGATCAGT;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=12;WE=104110665;WS=104110647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr7	104263404	rs1113933	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=0.487;SC=TTTTATTTTTATCTGTCATTT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=11;WE=104263412;WS=104263394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr7	104263425	rs1073012	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=5;PP=261;SC=TTATTATAGCTATCCTGGAGG;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=104263433;WS=104263415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	104377453	rs4236573	A	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=249;ReadPosRankSum=-1.255;SC=GCTTCCCCTGAGGTTCTAATT;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=19;WE=104377461;WS=104377443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr7	104704611	.	G	GTTTTTTTTTT	82.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.20;QD=27.40;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr7	104742744	rs35494387	G	C	42.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr7	104745818	rs2299298	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=5;PP=265;SC=TTCAAATCTGGTATTAGAATA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=104745826;WS=104745808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	104748407	rs34102092	GT	G	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr7	104767295	rs3815256	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=5;PP=262;SC=CTGAGGGGGCATCAAACTCAA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=104767303;WS=104767285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	104785779	rs7780887	T	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.099;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.17;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr7	104800939	rs4730071	C	T	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	104844328	rs2240463	C	T	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=34;PP=1093;SC=AAAAATAAAACTTGTCACATA;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=104844336;WS=104844318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	104844416	rs200398298	CAA	C,CA	648.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.348;QD=17.53;ReadPosRankSum=1.634;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,13,23:0.35,0.62:37
chr7	104844519	rs10281422	G	A	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	104845094	rs41562	T	C	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=44;PP=1138;SC=TTGCCCGACATGTGAGTGCCA;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=104845102;WS=104845084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	104845124	rs2237611	A	C	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=33;PP=1029;SC=GCATTTCTGCAACGGCAGCCC;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=104845132;WS=104845114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	104845962	.	TCTCACACACACACACA	T	146.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=477;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SOR=0.752;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=32;WE=104845989;WS=104845950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr7	104845964	.	TCACACACACACACA	T	194.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=1.875;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr7	105029687	rs186609024	G	A	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=30;PP=1116;ReadPosRankSum=-1.051;SC=TCTCCCCTCCGCACCCCGGCC;SOR=0.567;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=158;TCF=108;TCR=50;TR=87;WE=105029695;WS=105029677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,104:0.54:191
chr7	105105777	.	A	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.898;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr7	105111102	.	G	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=173;ReadPosRankSum=-0.977;SC=AAAACGCCTTGAGCCATTGCC;SOR=0.391;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=14;WE=105111110;WS=105111092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr7	105122891	rs57080279	TA	T	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr7	105135545	rs76888161	T	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr7	105146593	rs11421080	A	AT	971.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.703;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=803;ReadPosRankSum=1.162;SC=AGGAAATGCTATTTTTATACA;SOR=1.118;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=26;WE=105146601;WS=105146583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr7	105146812	rs77972725	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=0.045;SC=CCTTACTATTATGCAAAACAA;SOR=1.445;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=105146820;WS=105146802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr7	105148460	rs55700120	G	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GTATAAACAAGCCTTGGAGAT;SOR=1.270;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=105148468;WS=105148453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
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chr7	105172685	rs818620	G	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=1.981;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
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chr7	105222581	rs58194204	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-1.425;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
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chr7	105250905	rs940370	G	A	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=38;PP=1575;SC=TCTGACCCCAGTGTCCAAACT;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=94;WE=105250913;WS=105250895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	105254085	rs57819574	T	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=-0.208;SC=AGTGAGGTAATAACCGTAAAG;SOR=0.950;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=20;WE=105254093;WS=105254075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr7	105258149	rs117933980	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=215;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CTGGCCCAGGGAAGTCCCACA;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=12;WE=105258157;WS=105258139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr7	105615406	rs35008315	G	A	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=28;PP=1220;SC=ATTGTCACCTGTGATCCCAGG;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=105615414;WS=105615396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	105615426	rs34426483	G	C	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr7	105658521	rs117797654	G	A	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=820;ReadPosRankSum=-0.769;SC=CTGTCACTGTGAGTGGTGCTG;SOR=1.099;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=55;WE=105658529;WS=105658511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,79:0.55:143
chr7	105732265	.	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=2.797;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,59:0.54:109
chr7	105732446	rs7782719	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCATGCCCTACTTAAAAATCT;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=105732454;WS=105732436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr7	105733619	rs176486	G	A	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=30;PP=790;SC=ATAATGAACAGTTAATTTTAA;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=105733627;WS=105733609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	105738368	rs12705333	T	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=0.089;SC=GTATGAATTATTGGACTTTCC;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=20;WE=105738376;WS=105738358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr7	105752804	rs13246433	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=10.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr7	105903904	rs2302559	T	C	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=64;PP=2473;SC=GTGTACTTCTTGATACTATTA;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=140;WE=105903912;WS=105903894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr7	105904150	rs4730153	A	G	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=46;PP=1222;SC=CATGTTTACTATACCAAACCA;SOR=2.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=55;WE=105904158;WS=105904140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	105909828	rs35479106	C	CT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.014;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr7	105909890	rs2072457	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-0.181;SC=ACAGAACTGCGCAGCAGGATG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=105909898;WS=105909880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr7	106508905	.	G	A	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1688;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CTCAAGAACGGAGAAGAGATT;SOR=0.707;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=166;TCF=81;TCR=85;TR=105;WE=106508913;WS=106508895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,150:0.60:252
chr7	106508978	rs849389	A	G	9547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr7	106508987	rs849390	T	C	9807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.21;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr7	106509071	.	G	A	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1177;ReadPosRankSum=-2.960;SC=TGTCCCTGTGGGACTGCGACC;SOR=0.482;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=71;WE=106509079;WS=106509061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,110:0.54:203
chr7	106513011	rs1129293	C	T	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=64;PP=2295;SC=ACCATGATAGCGCCCTTGCCA;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=127;WE=106513019;WS=106513001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr7	106515076	.	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=209;ReadPosRankSum=-0.823;SC=GTGTTCTCAGGAAATGTAATA;SOR=0.990;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=14;WE=106515084;WS=106515066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr7	106515262	.	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=677;ReadPosRankSum=0.300;SC=GGTATCACTTGGATGTCTCCA;SOR=0.766;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=43;WE=106515270;WS=106515252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr7	106519943	rs849370	T	C	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	106519985	.	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=4.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,81:0.39:207
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chr7	106851102	rs7784140	T	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=0.234;SC=CTTTAGTAAATGGCAGCAAGT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=23;WE=106851110;WS=106851092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
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chr7	106888946	.	TA	T	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.347;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,25:0.20:122
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chr7	106897237	rs17349904	A	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=83;ReadPosRankSum=1.105;SC=GACTGGAAACAACCTAGAACA;SOR=0.591;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=9;WE=106897245;WS=106897227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr7	107002806	rs2269970	A	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=320;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TTGGTCCAGAATGAGGCACGC;SOR=0.614;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=22;WE=107002814;WS=107002796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
chr7	107053157	rs372240169	CA	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr7	107114400	rs11453718	A	AT	248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=258;SC=CAATTGAAAGATTTTTTTTCT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=107114408;WS=107114390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	107167661	rs201626701	T	TA	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr7	107194911	rs2520270	C	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=-0.242;SC=AAAGAAAAAACCACAGGTTTT;SOR=0.160;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=10;WE=107194919;WS=107194901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr7	107198405	rs2520272	A	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=395;ReadPosRankSum=-1.580;SC=ATAGGGACCCAGAAGATCAGA;SOR=0.902;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=26;WE=107198413;WS=107198395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr7	107207695	rs4730250	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=-1.729;SC=TGACTTTTTAAAAGTACTGTA;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=21;WE=107207703;WS=107207685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr7	107208118	rs1468335	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TACCTCTCGATCATTTTTAAG;SOR=0.138;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=11;WE=107208126;WS=107208108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr7	107208250	rs1468336	T	C	6541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr7	107216738	rs10276604	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=255;SC=AGATGAAATACCATTTTAGTC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=107216746;WS=107216728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	107217068	rs3839819	TG	T	2275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=29.55;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	107218033	rs711442	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-1.292;SC=TTTTAATATATACTTTTAGAC;SOR=0.665;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=107218041;WS=107218023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr7	107255548	rs3801944	T	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=10;PP=964;SC=CAGTTTCTTATGGCCAGTGTC;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=107255556;WS=107255538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	107303622	rs2248464	A	T	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr7	107330434	rs2072063	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=0.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr7	107340372	rs35161285	CAAA	C	458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=28.67;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr7	107414419	rs41669	A	G	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=47;PP=1770;SC=CTGAAAAGTCAAGAATGAGGC;SOR=0.868;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=106;WE=107414427;WS=107414409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr7	107423907	rs41280236	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=0.221;SC=GTGTCTCACTTTGGAGTATGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=107423915;WS=107423897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr7	107531832	rs11373214	G	GC	2077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=40;PP=2082;SC=GCTGGCGGAGGCGGGCGCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=107531840;WS=107531822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	107542662	rs10250718	T	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=240;SC=TGTGAAAACATAGCCCGAATA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=107542670;WS=107542659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	107545586	rs17412104	G	A	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=204;SC=TTTGAACTTGGTTACAGGGGA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=107545594;WS=107545576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	107545799	rs10263341	T	C	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=27;PP=881;SC=AAGATTATTTTGTAAAGGTTG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=63;WE=107545807;WS=107545789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	107559722	rs8721	A	T	222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.25;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	107564366	rs7561	T	G	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=24;PP=1114;SC=TTTTACCTTGTTCACCTCAGC;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=107564374;WS=107564356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	107564539	rs3213673	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.054;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.41;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr7	107564542	rs3213674	G	T	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.68;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,41:0.93:44
chr7	107569517	rs1131398	A	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=8;PP=877;SC=ACCGAAGTTAACAGGTTCTGG;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=107569525;WS=107569507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	107577448	rs34337564	CT	C	1241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=4;PP=716;SC=TATTAGAAAACTTTTTTTTTT;SOR=3.180;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=24;WE=107577464;WS=107577438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	107577456	rs56285692	T	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=871;SC=AACTTTTTTTTTTCCCCAAAA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=107577464;WS=107577438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	107580839	rs2158836	A	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=25;PP=655;SC=TGATCTACTTAATCATGAACC;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=107580847;WS=107580829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	107593989	rs20556	T	C	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=21;PP=810;SC=ACAGTCCTGCTGGAGGGCATC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=54;WE=107593997;WS=107593979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	107603431	rs2230156	A	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=21;PP=730;SC=AAGCCCCTTCAGGCACTCGGA;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=107603439;WS=107603421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	107613379	rs2701034	G	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=419;ReadPosRankSum=1.472;SC=ACCCATTCCTGTAAGTCATGA;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=28;WE=107613387;WS=107613369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr7	107664429	rs1636944	G	A	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=604;ReadPosRankSum=-0.737;SC=AGCCCCAGGGGCTTGTACATC;SOR=0.680;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=40;WE=107664437;WS=107664419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr7	107664446	rs1616041	C	T	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=623;ReadPosRankSum=0.128;SC=CATCAGAAACCAGAAACAAAG;SOR=0.889;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=42;WE=107664454;WS=107664436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,60:0.45:133
chr7	107664659	rs1636945	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-0.285;SC=ATATATTTCCATTTAATGGAT;SOR=0.078;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=107664667;WS=107664649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr7	107667497	rs1732157	G	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=476;ReadPosRankSum=1.404;SC=TGGAAACAATGTGTGTATGAC;SOR=0.787;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=30;WE=107667505;WS=107667487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr7	107671407	rs2528693	C	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr7	107677984	rs1627354	G	A	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=46;PP=1119;ReadPosRankSum=-1.263;SC=ATTGGTAGGTGAATGTCAAGC;SOR=0.797;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=156;TCF=72;TCR=84;TR=82;WE=107677992;WS=107677974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,129:0.56:231
chr7	107710123	rs11974886	C	T	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=912;ReadPosRankSum=-0.354;SC=ATGTCAGTGCCTCAGTAGAGC;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=59;WE=107710131;WS=107710113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,82:0.63:131
chr7	107720162	rs9690688	C	A	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=754;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GTCCATGTAACAGGGTTCCCA;SOR=0.777;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=47;WE=107720170;WS=107720152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr7	107746432	rs2074749	G	A	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=2.205;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,101:0.45:226
chr7	107791018	rs443552	G	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	107800953	rs12670313	A	G	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	107808639	rs12537654	A	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=3;PP=498;SC=AAGATGATCCATAGTAAATTC;SOR=2.649;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=107808647;WS=107808629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	107815858	rs11983886	T	A	4008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=61;PP=1946;SC=AACACACCCATGAGCATGTAT;SOR=1.022;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=100;WE=107815866;WS=107815848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	107818851	rs428459	T	C	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=18;PP=808;SC=CAGTACTTGTTTGACGCATGA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=107818859;WS=107818841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	107820911	rs414077	G	T	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=29;PP=830;SC=GCAGAAAGGAGCAAACAAGAT;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=43;WE=107820919;WS=107820901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	107822198	rs2839850	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=735;SC=CTCCTGTGGTATGCATGACAA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=107822206;WS=107822188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	107822396	rs2142325	G	A	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=46;PP=1394;SC=GAAAAGGACAGGGAAGTGGTA;SOR=1.234;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=68;WE=107822404;WS=107822386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	107824556	rs10561815	TTA	T	246.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=328;SC=ATATGTATCTTTATATATATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=107824565;WS=107824550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	107824678	rs6970656	A	G	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=30;PP=1476;SC=AAGGCATCATAGCTCACCTTC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=79;WE=107824686;WS=107824668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	107824889	rs401433	C	G	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=30;PP=1149;SC=ACTGCTCAGACGCCTCGCTGG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=107824897;WS=107824879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	107825108	rs427909	T	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=367;SC=TTCAGTCAACTCAGGGGTAGC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=107825116;WS=107825098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	107830251	rs117767459	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.100;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr7	107831520	rs6962066	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=0;PP=23;SC=GAAAAATCTGTGGTTATGATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=107831528;WS=107831519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	107834613	rs6958498	G	C	5396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=69;PP=2745;SC=ATCCATGTAGGATCTGAAATG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=136;WE=107834632;WS=107834603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr7	107834624	rs6978315	T	C	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=73;PP=2857;SC=ATCTGAAATGTAGAGTCATCG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=72;TCR=74;TR=144;WE=107834632;WS=107834603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	107834734	rs404287	C	T	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=57;PP=2031;SC=CTTCATTCTTCGCCATCCCTA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=108;WE=107834742;WS=107834724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr7	107836064	rs34680676	G	GA	383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=250;SC=TGTCTCACAAGAAAAAAAAAT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=107836072;WS=107836055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	107836117	rs35825013	GT	G	864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=9;PP=679;SC=TTCCCTGTTTGTTTTTTGAAT;SOR=1.739;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=23;WE=107836125;WS=107836107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	107838464	rs381318	G	T	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=12;PP=390;SC=TGCACTGATAGACTGCACTTG;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=107838472;WS=107838454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	107838637	rs388557	C	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=128;SC=ATAAAGACTGCTCTAAGTACA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=107838645;WS=107838627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	107849908	rs1269621	G	A	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=24;PP=1042;SC=CTCCTAATGCGTTTTTTGCTA;SOR=0.929;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=60;WE=107849916;WS=107849898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	107872816	rs2072546	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=8;PP=629;SC=CTCCGCGTTCGTTCCTTGCTG;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=107872824;WS=107872806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	107874906	rs1269632	G	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=186;SC=ATATCCAACTGAAAAAGGAAG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=107874914;WS=107874896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	107875143	.	G	GA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr7	107875170	rs1269633	T	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=528;SC=AAAAACAAATTATTTAAAATC;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=107875178;WS=107875160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	108137253	rs11448779	G	GA	2342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=1330;SC=CCCTTATGATGTAAGATTTCC;SOR=1.123;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=29;WE=108137261;WS=108137243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	108142870	.	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.157;NF=22;NR=2;PP=354;ReadPosRankSum=1.024;SC=CTGGGCAACAGAGGGAAACTC;SOR=2.160;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=24;WE=108142878;WS=108142860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr7	108155319	.	A	C	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=7.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr7	108212353	rs1043615	G	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=-0.528;SC=ATAAGAGCCCGGATGCTGAAG;SOR=0.782;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=25;WE=108212361;WS=108212343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,57:0.45:126
chr7	108524003	rs2280645	T	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.566;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=316;ReadPosRankSum=-1.648;SC=TTTTTATACTTTTGACACATT;SOR=0.314;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=13;WE=108524011;WS=108523993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr7	108524444	.	CA	C	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr7	110303602	.	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=3.050;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr7	110603427	rs10225614	G	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=8;PP=353;SC=CACTAAAGATGTACCAGCTCA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=110603435;WS=110603417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr7	110764247	rs11979902	C	T	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CAGACAAGTTCTATGTCCATT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=72;TCR=78;TR=79;WE=110764255;WS=110764237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,128:0.55:233
chr7	111032703	rs37675	A	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=232;ReadPosRankSum=1.253;SC=TAGCATCAGAATTTTTAGTGC;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=15;WE=111032711;WS=111032693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr7	111372095	rs10953696	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=2.515;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr7	111379582	rs2074115	A	G	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=630;ReadPosRankSum=-2.668;SC=AAGGCTTCCCACGACACTGAC;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=40;WE=111379590;WS=111379572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr7	111379634	rs10246451	C	A	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=22;PP=627;SC=AAATTAGCAACAAAAAGTCCG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=29;WE=111379642;WS=111379624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	111379706	rs2074116	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-1.616;SC=GAATTAATGAAAAGTCTGAGA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=111379714;WS=111379696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	111382272	rs3757649	G	A	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=47;PP=1049;ReadPosRankSum=2.064;SC=ACTTTACTACGCATTTCGCTT;SOR=1.052;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=127;TCF=46;TCR=81;TR=69;WE=111382280;WS=111382262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,95:0.53:178
chr7	111382324	rs3757648	C	T	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=55;PP=1542;SC=GTAGGAACAGCTGTCACTTTA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=83;WE=111382332;WS=111382314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	111386365	rs3735535	G	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr7	111386511	rs3832524	G	GT	1694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=692;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CTTTAGTGGAGTACAAGGCAA;SOR=0.639;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=18;WE=111386519;WS=111386501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr7	111400501	rs17158794	T	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=0.635;SC=ATAACAAAAATTACGCTGGAA;SOR=0.770;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=15;WE=111400509;WS=111400491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr7	111503628	.	A	G	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=581;ReadPosRankSum=-1.156;SC=AGCCTTAAAAAGAAGAAGACA;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=45;WE=111503636;WS=111503618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,73:0.41:176
chr7	111512032	rs10224326	A	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=427;ReadPosRankSum=-0.717;SC=TAATTACAAGATACAGGGCCT;SOR=0.816;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=28;WE=111512040;WS=111512022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr7	111512630	rs28593141	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.787;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr7	111535497	rs2074131	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=-0.641;SC=ATATGTTCTAAAATATAACCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=111535505;WS=111535494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr7	111535863	rs2074132	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.061;SC=GAAATATAACTCATACACAAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=111535871;WS=111535853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	111541692	rs12154775	T	C	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=936;ReadPosRankSum=0.042;SC=AAAGCAATTATACAGACTTGT;SOR=0.642;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=59;WE=111541700;WS=111541682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,94:0.65:144
chr7	111629366	rs2074129	G	A	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=217;SC=CAAACTGTTCGCTCACTATCC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=111629374;WS=111629356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	111634067	rs566714	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=315;SC=GTTAATATCTATATCCCCAAG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=111634075;WS=111634057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	111634368	rs847541	A	G	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=106;SC=AGATAACTAGAAAAGAAAGCT;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=111634376;WS=111634358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	111634389	rs847542	T	C	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	112095782	rs6944364	T	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=10;PP=542;SC=TATATGGCAATAAAATAATTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=112095790;WS=112095772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	112096043	rs11773535	A	C	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=776;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TGGCTGTTTTATATTATTTCT;SOR=0.754;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=50;WE=112096051;WS=112096033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,66:0.60:110
chr7	112099136	rs34627083	TATA	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=322;SC=GTGGTGCGCCTATAGTACTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=112099146;WS=112099126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	112101909	rs2708609	T	A	159.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	112102098	.	A	G	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=743;ReadPosRankSum=1.293;SC=TATCTTCACTAAATCCTATCT;SOR=0.673;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=51;WE=112102106;WS=112102088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,78:0.69:113
chr7	112107999	rs1024569	T	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=9;PP=784;SC=AAAAGAAAAATAATAATAAAG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=112108007;WS=112107989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr7	112724417	rs2256044	A	G	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=57;PP=2185;SC=CGATAGCTAAATATCTGGTGA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=114;WE=112724425;WS=112724407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	112724525	rs1608890	A	G	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=61;PP=2965;SC=TCCAGGTAGAACCATTTTTGA;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=89;TCR=61;TR=150;WE=112724533;WS=112724515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr7	112724795	rs1575012	G	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=550;ReadPosRankSum=1.880;SC=GGAGGATAAGGATACAGCCTC;SOR=0.911;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=34;WE=112724803;WS=112724785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr7	112758605	.	G	A	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=455;ReadPosRankSum=0.575;SC=AGCCATTACAGGAATGGCGAG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=30;WE=112758613;WS=112758595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr7	113518502	rs2974938	A	T	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=27;PP=1506;SC=AACCTGCCTAAGATCTCTGTT;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=113518510;WS=113518492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	113519719	rs2974944	A	T	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=39;PP=1370;SC=TTACTTCAATATTTTTAGCTC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=78;WE=113519727;WS=113519709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	113519796	rs2974942	C	T	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=37;PP=1466;SC=GGTATTTGCACTGTGCCATTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=74;WE=113519804;WS=113519786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	114138751	rs2040658	G	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=-0.405;SC=CCAAAAGAAAGATTTTAGTTA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=114138759;WS=114138749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	114293859	rs11765385	G	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=348;ReadPosRankSum=0.383;SC=TCCTCCTGACGCAGACTTTTA;SOR=0.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=21;WE=114293867;WS=114293849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr7	114296590	rs12531344	A	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=426;ReadPosRankSum=0.581;SC=AGCTTACACCAGTGGCTTTGT;SOR=0.606;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=46;WE=114296598;WS=114296580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,77:0.32:237
chr7	114299595	.	T	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=0.098;SC=AAACCATTATTTTATGTCACT;SOR=0.488;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=30;WE=114299603;WS=114299585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,48:0.41:117
chr7	114299774	rs72603568	A	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=466;ReadPosRankSum=-0.619;SC=ACAGTTCCTTACAGATAGCAC;SOR=0.568;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=36;WE=114299782;WS=114299764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,48:0.33:144
chr7	114303617	.	C	CT	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.699;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr7	114619598	rs2594449	C	A	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=28;PP=1367;SC=AGACTTCAGCCCAGGTGCCAA;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=72;WE=114619606;WS=114619588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	115596637	.	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-1.068;SC=AACTGTTTTGTTATACTTTTA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=115596645;WS=115596627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	115850937	rs1866961	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=0.360;SC=CCCAGGGACCTGGCCCCCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=115850945;WS=115850927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	115874560	rs2030978	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=0.764;SC=AATCTAATAACAGATTCATGA;SOR=0.473;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=9;WE=115874568;WS=115874550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr7	115874817	rs3030639	TAA	T	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=0.699;SC=GAATACAACATAAAAAGTGTT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=4;WE=115874826;WS=115874807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr7	115892295	rs17138466	C	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=221;ReadPosRankSum=-0.501;SC=AAACTTTAGACCCTGAGAAAG;SOR=0.582;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=16;WE=115892303;WS=115892285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr7	115892650	rs1048508	T	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr7	115897222	rs2402058	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.513;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	115897242	rs2402059	T	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=-1.752;SC=TCTGAGGTTGTCATTATGAGT;SOR=0.105;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=14;WE=115897250;WS=115897232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr7	115897392	rs4710	G	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr7	116140076	rs2535220	T	C	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=55;PP=1624;SC=CCACCATTGCTACCGGGTCGG;SOR=3.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=67;WE=116140084;WS=116140066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	116140275	rs11767363	T	C	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=18;PP=1030;SC=GGCGTCAGGTTGGCTGACAGT;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=116140283;WS=116140265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	116140508	rs3214317	CG	C	851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.857;NF=2;NR=15;PP=521;ReadPosRankSum=0.763;SC=TCTGGTGAGACGGGGCACACC;SOR=0.473;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=17;WE=116140516;WS=116140498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr7	116140524	rs2270188	G	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=-0.183;SC=ACACCGGGTGGACCGGCTTTC;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=15;WE=116140532;WS=116140514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr7	116145957	rs4730743	A	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr7	116165162	rs148066554	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=1.629;SC=CATCCGTGGGGGGGCGCCGGC;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=14;WE=116165170;WS=116165152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr7	116165360	rs1997623	A	C	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=24;PP=594;SC=GAGGGGGCCTAGGGAGCCCCT;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=116165368;WS=116165350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	116165463	rs2742125	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=222;SC=GGATGCTCCCTTGTCGCGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=116165471;WS=116165453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	116364823	rs34822187	CA	C	777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=281;ReadPosRankSum=3.095;SC=TCTCCCTTTACAGGCAGAAAA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=116364831;WS=116364813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr7	116409675	rs72220100	CT	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr7	116421967	rs6947629	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=0.290;SC=TATAAATAAATATTTCAGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=12;WE=116421975;WS=116421957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr7	116435768	rs41736	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=224;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CTTATCCTGACGTAAACACCT;SOR=0.616;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=17;WE=116435776;WS=116435758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr7	116436022	rs2023748	G	A	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=68;PP=2326;SC=GGATATCAGCGATCTTCTCTA;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=127;WE=116436030;WS=116436012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr7	116436097	rs41737	G	A	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=60;PP=1887;SC=GTGTCGCTCCGTATCCTTCTC;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=104;WE=116436105;WS=116436087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	116550456	rs2074025	C	T	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=74;SC=GTATATCATACACATTTCTTT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=116550464;WS=116550446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	116596697	rs6960131	A	G	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=40;PP=1034;SC=TTCTGGAGTCATTCTTGGATA;SOR=3.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=50;WE=116596705;WS=116596687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	116598735	rs6466595	A	G	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=35;PP=923;SC=GGCCACTGCAATAAAGTGAGT;SOR=3.467;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=116598743;WS=116598725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	116599178	rs76032681	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=223;ReadPosRankSum=0.068;SC=AGTTTATGTAATATTCTAAAT;SOR=1.739;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=13;WE=116599186;WS=116599168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr7	116600049	rs10262671	A	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=6;PP=936;SC=GACTCTTAATACTTAGTGAAT;SOR=3.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=116600057;WS=116600039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	116607172	.	CTTT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.035;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	116607501	rs10259502	T	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=19;PP=573;SC=GTCAGGCAGCTTGTGCAGGTC;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=116607509;WS=116607491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	116660464	rs5886844	AC	A	2104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=16;PP=1480;SC=TTTCAATCACACCGGGAGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=37;WE=116660472;WS=116660454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	116660803	rs7788320	A	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=626;SC=TTTTGGCTCTAATTACAAAGG;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=116660811;WS=116660793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	116838311	rs193573	G	A	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=784;ReadPosRankSum=-0.561;SC=TACCTGCTCAGTACATGTTGG;SOR=0.725;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=60;WE=116838319;WS=116838301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,112:0.57:198
chr7	117188660	.	ATG	A	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr7	117188736	rs4727853	C	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.84;MQRankSum=-2.576;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr7	117307016	.	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=349;ReadPosRankSum=-1.167;SC=ACTGCTGAACGAGAGGAGCCT;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=27;WE=117307024;WS=117307006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr7	117396695	.	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.735;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-1.235;SC=GGACCTGTAGGAAAGGACAGA;SOR=1.234;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=16;WE=117396703;WS=117396684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr7	117420450	rs77345073	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=91;ReadPosRankSum=1.242;SC=TACAAATATATTGCAAATTAT;SOR=0.269;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=10;WE=117420458;WS=117420440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
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chr7	117450792	rs2111204	A	C	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=201;SC=TGTTGTGGGGAAAATGACCAT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=117450800;WS=117450786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr7	117824239	rs2896242	G	C	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-1.125;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,93:0.35:267
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chr7	117825681	rs45604739	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=207;ReadPosRankSum=-0.496;SC=ATTCCCTAAGAAACACTTTCT;SOR=0.483;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=18;WE=117825689;WS=117825671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr7	117825834	rs2041527	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.714;SC=TCTAATGCCTAGACAGCACAT;SOR=0.631;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=4;WE=117825842;WS=117825824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr7	117832138	rs1061731	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=-1.843;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr7	117867960	rs60066163	C	CT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	117876808	.	C	T	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1018;ReadPosRankSum=-2.330;SC=TGTTTAAGATCTTTACATGGG;SOR=0.577;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=77;WE=117876816;WS=117876798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,126:0.58:218
chr7	120428607	rs41622	G	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=7;PP=746;SC=CACAAGTCCAGTAAAACAAGT;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=120428615;WS=120428597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	120428799	rs41623	C	A	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=44;PP=1472;SC=GGTCTGTCCCCGGCTCCCTTC;SOR=0.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=80;WE=120428807;WS=120428789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	120450658	rs7805733	G	A	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	120450678	rs112555207	T	TCA	969.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.20;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr7	120590786	rs11408222	C	CG	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=1;PP=748;SC=AGGCAAGCGCCTCAGGCGCCA;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=120590794;WS=120590776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	120613419	rs2721369	A	G	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=73;SC=TATTAGTTATATTATGCTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=120613427;WS=120613409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	120655676	rs4730984	G	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=500;ReadPosRankSum=-1.069;SC=CAAGGGAAATGTACTACTTTT;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=36;WE=120655684;WS=120655666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr7	120704289	rs2721375	C	T	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr7	120739962	rs199844199	GTT	G	1740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.832;QD=16.90;ReadPosRankSum=2.566;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,75:0.73:103
chr7	120740103	rs798937	G	T	5830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=85;PP=2746;SC=TTCATTCGACGGGCACAGTTT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=65;TCR=86;TR=149;WE=120740111;WS=120740093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr7	120740225	rs1917112	C	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=37;PP=1087;SC=GCCATTTTCCCACCTTTATGG;SOR=2.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=120740233;WS=120740215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	120764477	rs1524498	G	C	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=57;PP=1650;SC=TACTGCTAGCGGCTGAAGTAT;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=110;WE=120764485;WS=120764467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	120764573	rs798948	C	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	120765954	rs798949	T	C	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.06;NF=51;NR=50;PP=1499;SC=CAGGTCAGTATGCCAAAGGCC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=101;WE=120765962;WS=120765944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	120773954	rs61128227	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=9;PP=198;SC=AAAGGTAAAAATATAGATATT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=120773962;WS=120773944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	120776097	rs41281692	C	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	120781884	rs11979314	G	T	212.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TATTTTCATAGTTTAGGTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=120781892;WS=120781882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr7	120884453	rs2272196	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-1.561;SC=ACTAAAAATCGTATAGTTGTA;SOR=1.292;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=120884461;WS=120884443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr7	120901695	rs10953934	G	A	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=629;ReadPosRankSum=0.232;SC=GTTGGGTGTCGATGTCCAGAG;SOR=0.709;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=41;WE=120901703;WS=120901685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr7	120965464	rs10668066	G	GCACC	924.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=532;ReadPosRankSum=1.250;SC=AGATGGAAAGGCACCCATGCA;SOR=0.744;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=11;WE=120965472;WS=120965454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr7	120965562	rs4727920	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
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chr7	121081052	rs6962156	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr7	121081115	rs6466786	A	C	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=12;PP=608;SC=CCCACCCTGAAGATGTGGCTG;SOR=1.036;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=121081123;WS=121081105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	121081222	rs76006173	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr7	121081251	.	C	T	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,57:0.70:81
chr7	121160956	rs73225231	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,51:0.33:154
chr7	121164363	rs2896305	C	G	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=22;PP=1368;SC=GAAAAGTCAACACCTGAGGGT;SOR=1.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=121164371;WS=121164353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	121513382	rs3069073	T	TCA	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.589;NF=4;NR=5;PP=349;ReadPosRankSum=1.966;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=9;WE=121513390;WS=121513372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr7	121548780	rs10236018	A	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=193;ReadPosRankSum=0.792;SC=AAATGTTTTCAATAAGTACAT;SOR=0.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=12;WE=121548788;WS=121548770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr7	121636647	rs7795588	T	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=473;ReadPosRankSum=0.014;SC=TTGTTTTACATAGGGTAACAT;SOR=0.175;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=26;WE=121636655;WS=121636637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr7	121644586	.	T	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=0.566;SC=TTTTTAATTTTTTCTCTTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=121644594;WS=121644576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	121650963	.	C	T	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.869;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=919;ReadPosRankSum=0.947;SC=CATATGATGTCCTTATACCAG;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=64;WE=121650971;WS=121650953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,111:0.60:186
chr7	121651743	.	C	T	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=1120;ReadPosRankSum=-2.115;SC=ATGTGCTGTCCACTACTCATG;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=76;TCR=62;TR=67;WE=121651751;WS=121651733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,85:0.41:209
chr7	121653374	rs35947407	GTGA	G	3457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=1883;ReadPosRankSum=2.389;SC=GATGATGATGGTGATGATGAT;SOR=0.604;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=42;WE=121653387;WS=121653364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,86:0.56:154
chr7	121653398	rs1147504	G	A	3672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=1048;ReadPosRankSum=2.065;SC=GATGACAGAGGTAGTGATGGC;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=69;WE=121653406;WS=121653388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,101:0.57:178
chr7	121680783	.	CGTGTGTGTGTGTGTGTGT	C	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=262;SC=GTTGAAGAACCGTGTGTGTGT;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=121680810;WS=121680778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr7	121684718	rs1147487	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=370;ReadPosRankSum=-0.081;SC=AGTGGGCAGTATGGGTACAAT;SOR=0.387;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=24;WE=121684726;WS=121684708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr7	121698827	rs1206381	A	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.997;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr7	121699151	rs59593536	AT	A	80.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;MQRankSum=0.157;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr7	121699789	.	CT	C	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.306;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr7	121719586	rs1206368	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=0.809;SC=TTAACTTTTTCTGAGTAGAAA;SOR=0.631;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=8;WE=121719594;WS=121719576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr7	121719823	rs1206369	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.629;NF=2;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=0.601;SC=TTTTTTAATTGACTGAAAAAT;SOR=1.426;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=121719831;WS=121719799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	121753406	.	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=0.036;SC=AAAAGTATACGCGAAAATAAA;SOR=1.085;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=14;WE=121753414;WS=121753396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr7	121758290	rs279677	G	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=417;ReadPosRankSum=0.646;SC=CCACAAAATGGCTGCCCACAT;SOR=1.609;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=24;WE=121758298;WS=121758280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr7	121942832	rs10685687	G	GACA	7473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=42;PP=2969;SC=AACCATGAGAGACATTTCCTG;SOR=1.157;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=76;WE=121942840;WS=121942822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr7	121942847	rs6968786	G	C	8082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=51;PP=2341;SC=TTCCTGGTTTGCATACCTTTT;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=128;WE=121942855;WS=121942837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	121943594	.	GGGAGGGAAGGAAGGAGGGAA	G	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.73;QD=40.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	121943632	rs139019500	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.078;QD=31.80;ReadPosRankSum=1.494;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr7	121943642	rs111662975	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.061;QD=30.88;ReadPosRankSum=1.509;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr7	121943681	rs62476008	T	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.366;QD=19.16;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr7	121944527	rs11761299	T	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=25;PP=792;SC=CGGGGCTGGGTTGCGCCGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=121944535;WS=121944517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	121960407	rs1348442	T	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.065;SC=AGAAAGAAGATAAAATTTGCT;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=9;WE=121960415;WS=121960397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	121960438	rs1443749	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=0.529;SC=AGATTATATGCGTGTACATAG;SOR=0.260;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=121960446;WS=121960428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr7	121965437	rs17369598	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GATACTTTTTAGTTACATCAA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=121965445;WS=121965434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr7	121985541	rs798685	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=0.898;SC=AAGGAGACTATGCTTTGCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=10;WE=121985549;WS=121985531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr7	121985556	rs798684	C	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr7	121985577	.	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=252;ReadPosRankSum=-1.530;SC=CAACTTTTCTCTTTGCAGTTT;SOR=0.525;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=18;WE=121985585;WS=121985567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr7	122026263	rs73216113	T	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=-1.611;SC=ATAATTTTAATTTGAAAAGAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=122026271;WS=122026253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	122033379	rs2074588	A	G	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CCTGTAAAGAAACAAACAACG;SOR=0.943;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=81;WE=122033387;WS=122033369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,117:0.59:197
chr7	122078414	rs2074589	T	G	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-1.238;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,149:0.61:244
chr7	122091566	rs3764810	C	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr7	122119952	.	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.841;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GGCAGCTTTTCTGGTTCATTT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=122119960;WS=122119946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	122131535	rs1476589	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.658;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=360;ReadPosRankSum=-1.734;SC=TTTAACTTTCGTTTTTTTATC;SOR=2.183;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=23;WE=122131543;WS=122131525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr7	122303321	rs2251761	C	T	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=23;PP=1592;SC=GCTGGTGTTCCAGTTTTTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=81;WE=122303329;WS=122303311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	122769378	rs71694478	CTGTGTGTGTGTGTGTGTG	C,CTG	3790.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.853;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7,7;NR=22,22;PP=424,1277;SC=TCTCTCTTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.828;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=29,29;WE=122769407;WS=122769368;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.66:99
chr7	122769396	rs201876307	G	C	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr7	122769398	.	G	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,25:0.24:106
chr7	122769616	rs13243580	T	C	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=28;PP=565;SC=TGTAAAACGTTGTCATCTTCA;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=122769636;WS=122769606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	122769628	rs13229376	G	A	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=554;SC=TCATCTTCACGCAATATGAAT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=122769636;WS=122769606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	122788665	rs12706498	G	A	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=48;PP=1394;SC=TAACTTTTCCGGTCATTTCAT;SOR=1.142;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=122788673;WS=122788655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	122809111	rs1880178	T	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=14;PP=929;SC=CATGTATAGATGGTTAATTCA;SOR=1.733;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=51;WE=122809119;WS=122809101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	122809234	rs2140516	T	C	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=42;PP=1669;SC=GGTTGATCCGTTGAAGTAAGT;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=81;WE=122809242;WS=122809224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	123097380	rs12673749	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.878;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr7	123097468	rs10234745	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr7	123101257	.	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.782;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-1.358;SC=GAGCAGGAGGGAAAAAAAGCA;SOR=0.048;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=123101265;WS=123101252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr7	123120070	rs12155170	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=460;ReadPosRankSum=-1.825;SC=AAAATCCCATCTTGAATGATC;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=31;WE=123120078;WS=123120060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr7	123142588	rs11770523	A	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=-1.420;SC=AAAGAGACACACTCGGAACAA;SOR=0.601;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=8;WE=123142596;WS=123142578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr7	123150194	rs1917708	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=-1.366;SC=TTTAATTACATAGAATACAAG;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=123150202;WS=123150184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	123150236	rs4276609	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr7	123152019	rs10255061	C	T	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=525;ReadPosRankSum=-1.026;SC=GAATCTTCCACTGATTCTTGC;SOR=1.133;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=32;WE=123152027;WS=123152009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr7	123152035	rs10270705	T	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=685;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CTTGCAAAGATTCCTTTACAG;SOR=1.200;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=44;WE=123152043;WS=123152025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,56:0.66:85
chr7	123196787	rs113495801	C	CA	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.486;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr7	123256427	rs6962756	C	T	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=42;PP=1160;SC=GGTCACATTCCTGAGCTCCAG;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=123256435;WS=123256417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	123264804	rs11769381	C	T	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=890;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GATTTGGAGTCACACCACTAG;SOR=0.486;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=62;WE=123264812;WS=123264794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,91:0.59:154
chr7	123269118	rs4731112	G	C	8641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=115;PP=2965;SC=CTGTATTTTGGCGTTTCTAAT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=87;TCR=115;TR=202;WE=123269126;WS=123269108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr7	123269152	.	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1125;ReadPosRankSum=0.807;SC=GCACAGAAGTCCTTCTGGCTG;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=75;TCR=107;TR=79;WE=123269160;WS=123269142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,104:0.42:247
chr7	123269976	rs3993666	G	GGC	759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=616;SC=TTATGTATATGATATTAAAAA;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=123269984;WS=123269966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	123295964	rs7779099	C	T	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=20;PP=755;SC=TGCTTCTGGCCGCCTTGAATG;SOR=0.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=123295972;WS=123295954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	123296320	rs12538876	C	A	281.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CCTTGGCTAACCCCACCTCCC;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=123296328;WS=123296310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr7	123301887	.	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr7	123301940	rs7809453	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=296;ReadPosRankSum=-0.350;SC=AGGAAAGTGAAGAAGAGCTTA;SOR=1.115;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=20;WE=123301948;WS=123301930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr7	123324546	rs5887151	AAT	A	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=256;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TCACCTTAAAAATATATATAT;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=7;WE=123324557;WS=123324536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr7	123324745	rs147291543	CCAG	C	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=0.306;SC=AATGTGACTCCCAGAAGAATC;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=123324755;WS=123324735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr7	123329060	.	GTCTCTC	G,GTCTC	511.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=34.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,8:0.47,0.53:15
chr7	123334696	rs35280100	GT	G	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.609;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr7	123336722	rs78688359	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GGGAGATGTTGTTGACTTGTG;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=14;WE=123336730;WS=123336712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr7	123336804	rs10270793	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=1.165;SC=ATTAGGACCTGCAAATAAAAC;SOR=0.351;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=123336812;WS=123336794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr7	123360332	.	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr7	123388732	rs1054706	G	A	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=713;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TGAGCAACAGGGACCCCACGT;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=43;WE=123388740;WS=123388722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,69:0.59:116
chr7	123594206	rs2285996	G	A	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=56;PP=2099;SC=AATTTGAAAAGGCAGGGAAGG;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=100;WE=123594214;WS=123594196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	123594903	rs6972388	A	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=1;PP=100;SC=TTTTATAGTAAGGCAATGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=123594911;WS=123594893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	123610406	.	C	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.052;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=491;ReadPosRankSum=0.581;SC=CTTGTTTCTTCCCCTTATAAG;SOR=1.651;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=28;WE=123610414;WS=123610396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
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chr7	124467470	rs10244817	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=187;ReadPosRankSum=1.611;SC=TTTACTAAAATAACTCAAGAT;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=11;WE=124467478;WS=124467460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr7	124469216	.	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.681;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr7	124469267	rs10263573	A	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=-0.531;SC=TAACCTTGTAAACAAACAGTT;SOR=0.488;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=11;WE=124469275;WS=124469257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr7	124475296	rs142780416	TAAACA	T,TAAACAAAACA	2445.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.76;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,28,32:0.47,0.53:60
chr7	124477182	rs7787804	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	124481168	rs79314063	C	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=2.688;SC=AGCTTGACATCTGGGGTTTTA;SOR=0.801;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=18;WE=124481176;WS=124481158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,26:0.27:98
chr7	124481245	rs3815221	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr7	124486980	rs7794637	T	C	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=17;PP=567;SC=ATCTCAAAAATGATACATAGT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=124486988;WS=124486970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	124499002	rs6977407	AT	CA	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=570;ReadPosRankSum=1.100;SC=TTTTCCTACTATACATCACCT;SOR=0.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=18;WE=124499011;WS=124498992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr7	124533680	rs4377885	C	T	3094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1262;ReadPosRankSum=-1.761;SC=GAGAACGAGTCTGCTGATATC;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=86;WE=124533688;WS=124533670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,144:0.61:235
chr7	124533740	rs10954048	C	T	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=54;PP=1369;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CCTGAATTTGCACATGCAACC;SOR=0.598;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=189;TCF=96;TCR=93;TR=101;WE=124533748;WS=124533730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,180:0.56:319
chr7	124540841	rs4383910	A	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.043;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GAACATCGGGACACTCCTGCC;SOR=0.039;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=14;WE=124540849;WS=124540831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr7	124540872	rs7782354	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=1.595;SC=GCTTTTCCAACGGTCTTAGCA;SOR=0.223;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=16;WE=124540880;WS=124540862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr7	124540969	rs7782525	C	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=-1.479;SC=ACAGCAGTCCCAGATTGAACT;SOR=0.902;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=15;WE=124540977;WS=124540959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr7	125588728	rs17149089	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=-1.056;SC=GCATTCTAAACTGAATCAAAA;SOR=0.848;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=14;WE=125588736;WS=125588718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr7	125753485	rs1419526	C	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=319;SC=AGGCTCTGTTCATGAATTTCA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=125753493;WS=125753475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	125753551	rs1419527	A	G	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=44.25;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	125753556	rs5887285	A	AG	2340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=45.01;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	125753603	rs1419528	A	G	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=24.63;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	125753636	rs1419529	A	G	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=46;PP=1710;SC=AGAGTTACAAACATGAACCAA;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=95;WE=125753644;WS=125753626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	125753737	rs4395830	A	C	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=700;ReadPosRankSum=0.933;SC=TGGGCATGACAAAGGTTTTGA;SOR=0.837;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=40;WE=125753745;WS=125753727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr7	126079144	rs712723	A	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=148;ReadPosRankSum=-0.288;SC=CATATACCACATCTCTTCAGA;SOR=0.698;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=18;WE=126079152;WS=126079134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr7	126172972	.	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=0.739;SC=TTAAATCCAGGAAAAAGTTGT;SOR=0.534;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=8;WE=126172980;WS=126172962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
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chr7	126542667	rs78124913	A	T	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-2.523;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,165:0.58:286
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chr7	127228728	rs12536382	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=1.424;SC=CCCCGAGTCACCCACCTCATA;SOR=1.073;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=12;WE=127228736;WS=127228718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr7	127230276	rs1419428	A	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=0.390;SC=GGGAGCCCCCAACAGGCATTG;SOR=1.204;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=12;WE=127230284;WS=127230266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr7	127234121	.	C	T	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=51;QD=17.1542425094;SC=TGTGCGCGCGCGCGTGTGTGT;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=5;WE=127234129;WS=127234111;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr7	127347820	rs376441748	AGT	A	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr7	127447499	rs325440	A	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=352;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TTCATTTGATATTGTTCATTC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=127447507;WS=127447489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
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chr7	127950725	rs12850	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=0.224;SC=GGGCACCTCCGAGCACAGTGG;SOR=0.479;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=10;WE=127950733;WS=127950715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr7	127953113	rs41281728	G	A	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=506;ReadPosRankSum=-0.691;SC=AAAAGCTACCGTCCTACACAG;SOR=0.352;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=33;WE=127953121;WS=127953103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr7	127953243	rs7804796	T	C	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1085;ReadPosRankSum=0.774;SC=CGGACGATAATTGCTGCTTCT;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=78;WE=127953251;WS=127953233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,104:0.60:172
chr7	127957602	rs2290225	A	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=0.609;SC=GGGAACTAGGAGCAAAAAAAC;SOR=0.141;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=127957610;WS=127957592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr7	127961534	rs73230649	A	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=645;ReadPosRankSum=1.607;SC=AGGTAGGCTCATAATTCTCCA;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=47;WE=127961542;WS=127961524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr7	127963553	rs73230652	G	A	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=845;ReadPosRankSum=0.598;SC=CACGCAGAACGTGAAGGTCAA;SOR=0.413;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=60;WE=127963561;WS=127963543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,85:0.63:135
chr7	127973133	rs359650	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=0.475;SC=GAAATCTAAATGAAAACGTGA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=127973141;WS=127973123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr7	127976119	rs359651	G	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=651;ReadPosRankSum=0.872;SC=GTAAAGAAAGGAGGAATTCAT;SOR=1.195;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=38;WE=127976127;WS=127976109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr7	127977352	rs2402890	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=213;ReadPosRankSum=0.384;SC=ATGGAACCAGTGGAGACAAAG;SOR=1.389;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=17;WE=127977360;WS=127977342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr7	127978445	rs41281731	C	T	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=893;ReadPosRankSum=-0.744;SC=AGGAGGTAGCCAGAATACTAA;SOR=0.612;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=60;WE=127978453;WS=127978435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,86:0.69:124
chr7	127979915	rs56007906	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=0.870;SC=AGCCAAGAGCACTAAATGAGT;SOR=1.721;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=15;WE=127979923;WS=127979905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr7	127991133	rs891215	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=1.925;SC=AGGGCAGCGCGGGGGCCTGTC;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=16;WE=127991141;WS=127991123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr7	127992437	rs1651945	C	G	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=25;PP=1197;SC=CGGGCGGGCACCGCCAGGGCA;SOR=0.925;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=59;WE=127992445;WS=127992427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
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chr7	128034467	rs72624969	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,43:0.36:121
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chr7	128102508	rs10647404	C	CTCTT	456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=437;SC=ACATATGGTGCTCTTGTGAGC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=128102516;WS=128102498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	128117010	.	G	GCCGGCCACGAGTCAAGCTGCCCTAC	891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-1.458;QD=26.23;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
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chr7	128120810	rs139670586	G	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.55;MQRankSum=0.792;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.180;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	128128133	rs2732429	T	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.17;QD=31.04;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr7	128133984	rs2562741	G	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=58;PP=1616;SC=TCTTTCAGCAGTTGTTCCAGA;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=82;WE=128133992;WS=128133974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	128141865	rs1053124	T	C	6590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=60;PP=2965;SC=AAGTTCAGAATCTGGTGGACC;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=118;TCR=60;TR=178;WE=128141873;WS=128141855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr7	128142023	rs12539729	A	T	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=55;PP=1153;ReadPosRankSum=3.237;SC=GAGCTTTTTTAAAAAAAAATT;SOR=0.642;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=153;TCF=51;TCR=102;TR=87;WE=128142031;WS=128142013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,102:0.50:202
chr7	128220111	rs139965573	G	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQRankSum=-1.757;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,50:0.40:124
chr7	128298600	rs73723614	T	A	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=556;ReadPosRankSum=0.152;SC=GCACTCCCTGTCCCACCTGGT;SOR=0.750;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=38;WE=128298608;WS=128298590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr7	128298973	rs58211466	G	GT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.883;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.364;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr7	128312450	rs11769769	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=-1.743;SC=TACCAAGAACCAATGAGTAAA;SOR=0.124;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=12;WE=128312458;WS=128312440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr7	128312703	rs67851440	AG	A	138.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.157;QD=17.34;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr7	128315588	rs13308199	T	A,C	1212.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=15,28;NR=2,5;PP=226,547;SC=GGGAGGCCAATGAAAAGGATC;SOR=2.880;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=17,33;WE=128315596;WS=128315578;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.67:49
chr7	128315672	rs78302479	A	ATTC	2015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=1243;ReadPosRankSum=1.159;SC=CAGCATCTGTATTCCACCCCT;SOR=0.703;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=29;WE=128315680;WS=128315662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,57:0.34:170
chr7	128315791	rs61738927	C	G	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=803;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TCCTCGGGGTCACCTCCTCGG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=61;WE=128315799;WS=128315781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,91:0.34:270
chr7	128315882	rs17169357	C	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr7	128317658	rs6467210	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=251;ReadPosRankSum=-1.849;SC=AATCTACGACCGGCTCCAGCG;SOR=0.972;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=19;WE=128317666;WS=128317648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr7	128317882	rs7797745	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.598;NF=3;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=-0.863;SC=GTGGGCCTCCTTCCGGGACCT;SOR=1.061;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=13;WE=128317890;WS=128317872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr7	128317931	rs139645567	CTG	C	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.502;NF=0;NR=6;PP=199;ReadPosRankSum=-0.140;SC=ATGTAAGTGTCTGTGTATATA;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=128317940;WS=128317921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr7	128319982	rs2290229	A	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=2.552;SC=TTAGGGTGTGAAACTCAACTG;SOR=1.000;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=20;WE=128319990;WS=128319972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr7	128322918	rs4554406	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=1.156;SC=GGTGTGAGCCACTGCACCCAG;SOR=0.668;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=12;WE=128322926;WS=128322908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr7	128323034	rs1109552	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,69:0.40:173
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chr7	128358891	rs745229	C	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr7	128359133	rs6949056	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=106;ReadPosRankSum=0.119;SC=TCAGGAGATTCGAAGGTAAGT;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=12;WE=128359141;WS=128359123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr7	128363287	rs6971091	G	A	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=857;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCAGCCCAGCGAGAGTCTCAT;SOR=0.768;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=57;WE=128363295;WS=128363277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,86:0.59:146
chr7	128371206	rs339066	G	A	5902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=67;PP=2078;SC=TGCAAGCCTCGTCAACACCAC;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=118;WE=128371214;WS=128371196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr7	128371298	rs339065	C	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=-2.345;SC=AGTCATCTCACGGTGACAGCA;SOR=0.699;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=21;WE=128371306;WS=128371288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr7	128434900	rs3736279	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.507;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr7	128444733	.	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-1.649;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr7	128444820	rs2291573	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TGAGAGGTACAGCTGTCTCTG;SOR=0.867;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=15;WE=128444828;WS=128444810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr7	128449405	rs2307037	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=0.703;SC=ACAGGGAGAGGATCACAAGAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=128449413;WS=128449400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr7	128451353	rs111409895	C	CAGAGAGCCTGGGA	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=2971;ReadPosRankSum=0.462;SC=AAGCCAGGCCCAACATGCCCA;SOR=0.339;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=6;WE=128451361;WS=128451343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr7	128451741	rs17165198	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=266;ReadPosRankSum=-0.347;SC=GAGGTGGAAATGTAGGTGTGC;SOR=0.504;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=20;WE=128451749;WS=128451731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr7	128455767	rs4728137	C	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	128455916	rs2270590	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=1.290;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr7	128470838	rs3734972	C	T	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=1006;ReadPosRankSum=0.295;SC=GCAATGAGCACCTCAAGTGCG;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=92;TCR=71;TR=69;WE=128470846;WS=128470828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,79:0.39:201
chr7	128487866	rs2249128	T	C	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=20;PP=977;SC=TCACAGTGGATTGCAGTCAAG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=53;WE=128487874;WS=128487856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	128487934	.	G	A	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.691;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=640;ReadPosRankSum=0.455;SC=GAATGGCCGGGGCAGGGAGGA;SOR=0.130;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=41;WE=128487942;WS=128487924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,56:0.72:78
chr7	128491244	.	T	A	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=706;ReadPosRankSum=1.043;SC=GCTCAGATAATCCCTGATGCT;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=43;WE=128491252;WS=128491234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr7	128491281	.	CC	TT	3452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=1312;ReadPosRankSum=0.138;SC=TCTCTGTATCCCCAGGGAGCC;SOR=0.650;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=42;WE=128491290;WS=128491271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,89:0.50:178
chr7	128491514	.	C	T	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.446;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=910;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TACAGGGGGTCTGTCACTGGC;SOR=0.628;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=65;WE=128491522;WS=128491504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,87:0.43:203
chr7	128492691	rs374743518	GG	AA	5377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.852;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=44;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.371;SC=GCACCTCCACGGACGTGTCAC;SOR=0.370;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=95;WE=128492700;WS=128492681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,137:0.62:221
chr7	128493848	.	C	T	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,141:0.59:237
chr7	128505281	rs145310125	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=-1.908;SC=AGGGTTGAGCGTGGCAGCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=15;WE=128505289;WS=128505271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr7	128506970	rs4323418	T	C	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=19;PP=588;SC=GGGTCCAGACTATAAACAGAG;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=128506978;WS=128506960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	128508965	rs3736617	A	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=2.221;SC=TGAAACTATCAGACCTGCAAG;SOR=0.144;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=128508973;WS=128508955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr7	128520443	.	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.827;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=396;ReadPosRankSum=-1.428;SC=CACTCACGGGGCCACACGAGA;SOR=0.156;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=22;WE=128520451;WS=128520433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr7	128527093	rs11982744	T	G	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1026;ReadPosRankSum=1.412;SC=CTACTGAGCCTGCAGGGGCCC;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=79;WE=128527101;WS=128527083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,109:0.65:167
chr7	128531072	rs3734971	T	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=2.406;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr7	128532980	rs7782976	T	C	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.601;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=937;ReadPosRankSum=-1.079;SC=GCCCCGCACTTGGGTACCCCA;SOR=1.097;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=73;WE=128532988;WS=128532970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,101:0.59:170
chr7	128533514	rs34061445	T	TC	2661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=28;PP=1601;SC=GATACTGGTGTCCTGGTACTC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=37;WE=128533522;WS=128533504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr7	128543678	rs6955736	C	T	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=640;ReadPosRankSum=0.283;SC=AGCTCCGCCACGGACCAAACC;SOR=0.522;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=45;WE=128543686;WS=128543668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,71:0.72:98
chr7	128544133	rs56144153	G	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=632;ReadPosRankSum=1.796;SC=GTAGACAAGGGTTGGAGCTGG;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=42;WE=128544141;WS=128544123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,65:0.60:109
chr7	128547512	rs6948542	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=521;ReadPosRankSum=-1.932;SC=TTATTCTGGAGGAAGGAGATG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=32;WE=128547520;WS=128547502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr7	128548463	rs7786945	A	C	7126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.02;MQRankSum=0.839;NF=95;NR=96;PP=2734;ReadPosRankSum=0.931;SC=GCAAACCAGCACTGTCTCCAT;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=328;TCF=164;TCR=164;TR=191;WE=128548471;WS=128548453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,348:0.59:591
chr7	128550577	rs75709678	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.696;NF=8;NR=3;PP=152;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CAGCCCCTCTCGGCCCCCTCA;SOR=1.706;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=11;WE=128550585;WS=128550567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr7	128550680	rs11335250	GC	G	1573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=709;SC=CAGCGCCAGGGCCCCCGAGGT;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=20;WE=128550688;WS=128550670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	128550894	rs1609545	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=1.134;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr7	128588434	rs34270648	T	TG	932.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.996;NF=3;NR=17;PP=690;ReadPosRankSum=0.204;SC=TGGGGAATCCTGGGGCTAGGC;SOR=0.739;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=20;WE=128588442;WS=128588424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr7	128610484	rs1691779	A	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=26;PP=851;SC=GTGTGTGTGCACGCGTGGCTG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=128610501;WS=128610474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	128624189	.	T	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=378;ReadPosRankSum=0.431;SC=AAACATCTTATATTTGTTTCA;SOR=1.121;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=26;WE=128624197;WS=128624179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr7	128630227	rs1154329	C	T	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=40;PP=1309;SC=CAGGCTGTGACGACACACAGC;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=128630235;WS=128630217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	128630313	rs6969930	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=346;ReadPosRankSum=-1.572;SC=TTTTCAAATCTTCAAAAAAGA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=18;WE=128630321;WS=128630303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr7	128640334	rs4728144	A	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.553;SC=TAATTTTTTTAAAAAATTCCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=128640342;WS=128640324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr7	128645254	.	A	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.040;SC=ATGTTAATCTATATATTTAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=128645262;WS=128645244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr7	128694976	rs2242028	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=-1.273;SC=GGGCAGAAGGCTCTCCGTGGA;SOR=2.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=128694984;WS=128694966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr7	128766505	rs6952057	A	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.981;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.497;SC=TAGGCGCCGAACGCTCCCGGC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=128766513;WS=128766495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	128766528	rs10464697	G	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-2.402;QD=18.83;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	128766533	rs10464698	A	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-3.113;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	128766553	rs6952077	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-2.054;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr7	128767250	rs61740497	G	A	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.564;NF=31;NR=32;PP=776;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAACTCCTTCGTGGGCACGCG;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=63;WE=128767258;WS=128767240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,79:0.36:217
chr7	128767410	rs10247566	A	G	4044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=3.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-2.018;QD=12.48;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,194:0.60:324
chr7	128767490	rs7809681	T	C	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=56;PP=1916;ReadPosRankSum=1.847;SC=CAACAGCGGTTACGGGATGGA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=73;TCR=93;TR=100;WE=128767498;WS=128767480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,120:0.56:216
chr7	128767506	rs7809687	T	G	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1537;ReadPosRankSum=-0.427;SC=ATGGACAGCCTGCCCGCCATG;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=98;WE=128767514;WS=128767496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,115:0.57:200
chr7	128784723	rs13309419	A	G	82.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	128785008	rs13243618	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=549;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GCGCGGGAGCCGCACTGCCGA;SOR=1.379;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=34;WE=128785016;WS=128784998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr7	128802409	.	C	T	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=976;ReadPosRankSum=0.873;SC=CTCTCCCCATCATGCCTCTTA;SOR=0.746;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=167;TCF=83;TCR=84;TR=73;WE=128802417;WS=128802399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,115:0.40:287
chr7	128802936	rs919551	T	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=715;SC=TTTAAGATCATAAGGTGCTTT;SOR=2.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=28;WE=128802944;WS=128802926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	128804218	rs2566892	G	A	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	128807570	rs73230567	C	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=294;ReadPosRankSum=1.160;SC=AAAACAAGGCCATCACTCACT;SOR=1.197;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=24;WE=128807578;WS=128807560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr7	128843169	rs2566871	C	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=478;SC=GGTGAAGCTGCGTCTGTGGGT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=128843177;WS=128843159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	128845018	rs2703091	C	T	5772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=48;PP=2952;SC=TGCCTTGACACCGTCTTTTCC;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=98;TCR=48;TR=146;WE=128845026;WS=128845008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr7	128845277	rs2075777	G	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=34;PP=1247;SC=GGGCAGGCCCGGGGGGCCCTC;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=57;WE=128845285;WS=128845267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	128845325	rs2566872	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=18;PP=1268;SC=GGGAAGGGGGGCAAAGAGGTC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=128845333;WS=128845315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	128845907	rs2075779	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=10;PP=636;SC=CCTCAGCAGCTGAGGGTCTGG;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=128845915;WS=128845897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	128846328	rs2228617	G	C	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=72;PP=2768;SC=CTGTGAGTGGGATTTGTTTTG;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=138;WE=128846336;WS=128846318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	128846469	rs2735842	A	G	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=26;PP=651;SC=GCAACAAAATATACTGGGCAC;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=128846477;WS=128846459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	128851007	rs12674259	G	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=340;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CTGCCCATGTGCTAGTCTCTC;SOR=1.456;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=21;WE=128851015;WS=128850997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr7	128851813	.	T	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=355;ReadPosRankSum=0.367;SC=GGAGCGGGGGTGGCATGGACA;SOR=0.752;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=28;WE=128851821;WS=128851803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr7	129028857	rs35404531	AT	A	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr7	129029093	rs10954231	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=456;ReadPosRankSum=1.062;SC=CTTTTTGTCCATATTAATCCC;SOR=1.129;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=27;WE=129029101;WS=129029083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr7	129029391	rs1541711	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.735;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr7	129037029	rs17168750	G	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr7	129040018	rs17552411	T	C	304.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=110;ReadPosRankSum=-1.708;SC=ATCCAAGGAGTATAGCAGAAT;SOR=0.169;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=129040026;WS=129040008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr7	129049507	rs6467244	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=30;PP=856;SC=ATAGTAGCCCACAAAGCCAGC;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=129049515;WS=129049497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	129067053	rs4728164	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=390;ReadPosRankSum=0.788;SC=CCTGTGCCTGTAGTGTTGGCC;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=25;WE=129067061;WS=129067043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr7	129079805	.	C	T	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=538;ReadPosRankSum=3.563;SC=TACAGTCTTCCCTTGGCAACC;SOR=1.091;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=32;WE=129079813;WS=129079795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr7	129091302	rs4731578	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=137;SC=TCCTTTTCCCATACCTTATTC;SOR=1.244;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=129091310;WS=129091298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	129094195	rs581829	T	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=5;PP=264;SC=AGAGACCATCTCTGAGGTCTG;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=129094203;WS=129094185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	129098313	rs3214796	AC	A	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=344;SC=AGCATCAGGGACCCCTATGCT;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=129098321;WS=129098303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	129110452	rs142206569	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=133;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TGCTGTTGCCATTTACCTAAA;SOR=0.110;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=12;WE=129110460;WS=129110442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr7	129110498	rs61746947	T	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=394;ReadPosRankSum=-1.070;SC=AGCATCTCAGTCCTGGATTAT;SOR=0.515;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=25;WE=129110506;WS=129110488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr7	129125352	rs10500117	C	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.46;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	129142694	rs691332	C	G	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	129142775	rs610591	G	A	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=29;PP=801;SC=CCCTGGGGTCGACCTCAACGC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=129142783;WS=129142765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	129297332	rs1882094	T	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.692;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.256;NF=16;NR=28;PP=646;ReadPosRankSum=2.483;SC=CGCCTTCTTCTCCCGAGGACA;SOR=1.044;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=44;WE=129297340;WS=129297322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,70:0.44:158
chr7	129349101	rs11769146	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=187;ReadPosRankSum=0.378;SC=TGAGTTGCCTGGTTGCTTTTC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=129349109;WS=129349091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr7	129350170	rs3736626	A	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=385;ReadPosRankSum=1.049;SC=AAATAACCAAAGTTCTTTGTG;SOR=1.300;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=25;WE=129350178;WS=129350160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr7	129351444	rs1962038	C	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=0.741;SC=TCTGCATCTTCTTAAATACTT;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=22;WE=129351452;WS=129351434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
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chr7	129504928	rs17639487	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TCCAAATCACACTTAATGTAA;SOR=1.091;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=17;WE=129504936;WS=129504918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr7	129658319	.	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=199;ReadPosRankSum=0.479;SC=TCCCTGAAAGGAAACGGGTCT;SOR=0.317;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=15;WE=129658327;WS=129658309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr7	129658655	rs2242488	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-2.058;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr7	129663496	rs11556924	C	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=418;ReadPosRankSum=1.429;SC=TGGCTCAGGACGGTCAACAGG;SOR=0.436;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=34;WE=129663504;WS=129663486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr7	129664158	.	G	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=737;ReadPosRankSum=-0.929;SC=CATCCTCCGAGGAGATTCAGG;SOR=0.933;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=44;WE=129664166;WS=129664148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,78:0.59:133
chr7	129664312	rs1464890	T	C	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=762;ReadPosRankSum=1.637;SC=TGCGAACATGTTATCAGGGAG;SOR=0.907;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=47;WE=129664320;WS=129664302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,64:0.59:109
chr7	129680994	rs34409527	A	ATG	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=923;ReadPosRankSum=3.067;SC=ATGTGTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=24;WE=129681002;WS=129680984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr7	129736880	rs12531444	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=376;ReadPosRankSum=1.879;SC=TCTGTGCTTCGTATGGGTTAA;SOR=0.599;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=32;WE=129736888;WS=129736870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr7	129765758	.	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr7	129806363	rs6467284	A	T	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=-0.463;SC=GAGAAAAAAAATTTTTATTAG;SOR=0.582;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=12;WE=129806371;WS=129806353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr7	129806441	rs4507710	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=49;SC=ACATGTTTAACTGATATTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=129806449;WS=129806431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	129815212	rs4731667	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=324;SC=GAGCTGGGAGGAGCACTTGAG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=129815220;WS=129815206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	129843689	rs35299461	G	GA	631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=6;PP=291;SC=TTCCAGTCCTGAAAAAAAATT;SOR=1.179;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=13;WE=129843697;WS=129843679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	129847482	rs2727837	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	129910463	rs2291457	C	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=93;ReadPosRankSum=0.494;SC=GAGTGTTACCCTTTCCTTCAC;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=9;WE=129910471;WS=129910453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr7	129910818	rs3816830	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	129913520	rs10257530	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=7.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.578;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.656;SOR=1.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr7	129916390	rs59738706	A	AAC	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=436;ReadPosRankSum=0.914;SC=ATCTGGAAAAAACACTACCTT;SOR=1.027;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=11;WE=129916398;WS=129916380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr7	129916515	rs17590	T	C	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=535;ReadPosRankSum=2.370;SC=CCATTCTGGATGCCCTGGATA;SOR=0.709;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=47;WE=129916523;WS=129916505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,82:0.38:215
chr7	129938598	rs34587586	G	T	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.721;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=675;ReadPosRankSum=1.169;SC=ACCAAGTTTTGAGGATTAATG;SOR=0.502;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=51;WE=129938606;WS=129938588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,99:0.60:166
chr7	129940561	rs12538292	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=0.985;SC=TGAAAGGGCCGCCATCTTGGC;SOR=0.368;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=129940569;WS=129940551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr7	129948013	rs1038628	G	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=703;ReadPosRankSum=0.541;SC=TGCTCAATGAGGACTAGGAGC;SOR=1.010;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=44;WE=129948021;WS=129948003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr7	129950654	.	C	T	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=541;ReadPosRankSum=-0.992;SC=AACCCTTGCTCCGAAGTGTAC;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=39;WE=129950662;WS=129950644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,80:0.60:134
chr7	129950740	rs2171492	G	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=445;ReadPosRankSum=0.136;SC=GAATTTCAAGGGCTTCATCGA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=31;WE=129950748;WS=129950730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr7	129950879	rs901800	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=1.902;SC=CCCTCCTGGCGCTGCTAAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=129950887;WS=129950869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr7	129962360	rs1569133	A	G	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=37;PP=1480;SC=TCGACTGGGCATATGACAACG;SOR=0.919;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=90;WE=129962368;WS=129962350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	129986226	rs6955991	T	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr7	129986236	rs6955995	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.321;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr7	129986338	rs6973851	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=640;ReadPosRankSum=-0.717;SC=TGCAGGGCACCCCTGGAGGCG;SOR=0.998;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=45;WE=129986354;WS=129986328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,59:0.42:141
chr7	129986521	rs6467306	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=128;ReadPosRankSum=1.497;SC=GTGGCTGCCCTGCTGGTGCCT;SOR=1.127;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=12;WE=129986529;WS=129986511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr7	129987764	rs12532645	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=349;ReadPosRankSum=-2.259;SC=TGTCCTGCCCCCCTTTATCCC;SOR=0.346;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=20;WE=129987772;WS=129987754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr7	129989878	rs7808823	T	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TTCCTTTCTCTGAACTGAAAG;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=32;WE=129989886;WS=129989868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,52:0.43:121
chr7	130002317	rs1544705	T	C	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=61;PP=2087;SC=CCATCTGGATTGACACTGGAA;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=133;WE=130002325;WS=130002307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr7	130007901	rs2241272	A	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=1322;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GGCAGTGCCAAGGATCTAGCT;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=40;WE=130007921;WS=130007891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr7	130007913	rs2241273	T	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.827;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=1322;ReadPosRankSum=0.476;SC=GATCTAGCTGTGCTGGCCCAA;SOR=1.048;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=33;WE=130007921;WS=130007891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr7	130008159	rs2302823	A	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.761;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr7	130020569	rs7790688	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=-1.212;SC=GCTGGCAGATAAGCAACCAGG;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=130020577;WS=130020559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr7	130021488	rs1126899	G	C	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TCTGGCGGGGGCCTGCCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=169;TCF=101;TCR=68;TR=74;WE=130021496;WS=130021478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,110:0.44:248
chr7	130023179	rs6972781	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=422;ReadPosRankSum=-1.004;SC=GGGCAGCAAGATGAGGCCTCA;SOR=0.771;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=23;WE=130023187;WS=130023169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr7	130023657	rs34925618	TG	T	3195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.212;NF=7;NR=54;PP=1772;ReadPosRankSum=2.066;SC=CTCCTGTCCTTGGGGGAAGCA;SOR=0.621;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=167;TCF=22;TCR=145;TR=61;WE=130023665;WS=130023647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,130:0.41:319
chr7	130024308	rs3043750	A	ACC	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.212;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.343;NF=8;NR=1;PP=211;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CCTCTGAACCACCCCCCACCC;SOR=1.538;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=9;WE=130024316;WS=130024298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr7	130025895	rs2239606	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-2.164;SC=GGCAAGGGCTATTCTGAGGGG;SOR=0.160;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=5;WE=130025903;WS=130025885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr7	130027633	rs10263705	A	G	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.251;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=505;ReadPosRankSum=1.686;SC=AAAGTGATTGACCCTTTCTCT;SOR=0.981;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=35;WE=130027641;WS=130027623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,50:0.35:144
chr7	130050854	.	G	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=816;ReadPosRankSum=1.641;SC=ATTACAAATAGATACATCAAA;SOR=0.348;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=56;WE=130050862;WS=130050844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,79:0.71:112
chr7	130080812	rs2287371	T	G	7496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=73;PP=2965;SC=GGACATATTTTCTCCAACCGA;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=94;TCR=73;TR=166;WE=130080820;WS=130080802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr7	130136902	rs2072573	G	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=11;PP=575;SC=GGTCACAGTTGCTTGTTCTTT;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=130136910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	130138155	rs6968284	A	G	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=53;PP=2361;SC=GATGCTAGGAAAGTACATTGT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=118;WE=130138163;WS=130138145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	130139660	.	T	TA	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr7	130140766	rs765205	C	A	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=22;PP=632;SC=TTTCCAGAGACGTGTTTTTGT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=130140774;WS=130140756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	130147307	rs2302826	T	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	130148507	rs2072575	G	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=131;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=484;SC=GCAACTGGAGGAGAAGGGAGG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=130148515;WS=130148497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	130148562	rs58927323	T	TTCTTAGGAAGTG	1055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=6;PP=2976;SC=TTTCCATCATTCCATCTGTAC;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=15;WE=130148570;WS=130148552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	130148903	rs12706941	A	G	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=42;PP=1416;SC=CTGTGGTAAAAAGCATACAGA;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=63;WE=130148911;WS=130148893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	130149061	rs12706942	G	C	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=25;PP=806;SC=TGAGTTTCTAGTATTGGTAAA;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=130149069;WS=130149051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	130149247	rs138977511	AAAG	A	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=-1.036;SC=GGGATGAAGAAAAGGCATTTA;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=2;WE=130149257;WS=130149237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	130150705	rs12706944	G	A	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=22;PP=1034;SC=GCCTTTCCATGGCAAGAAAAT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=130150713;WS=130150695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	130151604	.	G	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=820;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TCCTGTCTAGGTCTAAATGGT;SOR=0.842;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=62;WE=130151612;WS=130151594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,92:0.60:153
chr7	130288598	.	CA	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr7	130292531	rs12706946	T	C	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=22;PP=1084;SC=GTGATTTTTGTAGAGTTTAAA;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=50;WE=130292539;WS=130292521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	130297119	rs34699820	GA	G	2044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.502;NF=3;NR=58;PP=942;ReadPosRankSum=0.259;SC=GCTAAATACAGAAAAAAAAAA;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=4;TCR=68;TR=61;WE=130297127;WS=130297109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,106:0.95:112
chr7	130298550	rs4731696	C	T	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=37;PP=938;SC=GAAAAACATGCTTATGCAAAA;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=130298558;WS=130298540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	130354106	rs10232683	G	C	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=52;PP=1437;SC=TAAAGGAGACGCACTTGGAGG;SOR=1.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=130354114;WS=130354096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	130356691	.	CTTTAT	C	376	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.77;NF=4;NR=4;PP=376;QD=48.125;SC=GAACTATTCACTTTATTTTAT;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=130356703;WS=130356681;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,8:0.57:14
chr7	130418525	rs76603546	G	A	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=618;ReadPosRankSum=-1.615;SC=CGGAGAAGCCGGACGAGGCGC;SOR=0.645;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=42;WE=130418533;WS=130418515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr7	130418689	rs111400400	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GCGGGCCCCGATGGCCCCGGA;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=8;WE=130418697;WS=130418679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr7	130418720	rs111359117	A	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.35;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	130418720	.	AT	CG,CT	140	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=5,10;NR=5,12;PP=66,140;QD=11.9467874862;SC=CGGACTCCGGATGCGCCGCAC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=10,22;WE=130418729;WS=130418710;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:22
chr7	130418721	rs184537657	T	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr7	130418744	rs111731678	T	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.880;SC=CCTCCGAGCCTGCGGCTCCAC;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=10;WE=130418752;WS=130418734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr7	130418883	.	C	CGAGCGCCGTCCGAACGCGGCCGGCCGCGGGCGACGGAGTTCCCGGGAGCGTCCGTCCCGCAGCCTCG	351.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	131012805	.	AC	TT	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=1.659;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,71:0.36:196
chr7	131060277	rs3823557	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=0.047;SC=ATCCCTTAATGCTGTTTAGAA;SOR=1.197;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=18;WE=131060285;WS=131060267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr7	131155588	rs1733861	G	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr7	131190554	rs7799613	C	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=0.814;SC=TTCTGCAACTCGGGAATCACG;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=10;WE=131190562;WS=131190544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr7	131190696	rs6651125	T	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=351;ReadPosRankSum=-2.215;SC=GCAGGAATGATGCCATGCAGA;SOR=0.584;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=31;WE=131190704;WS=131190686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr7	131191536	rs3212303	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=-0.188;SC=ACAGCAGCCTAGGCCTGTGGG;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=18;WE=131191544;WS=131191526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr7	131191554	rs56231781	TC	T	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=181;ReadPosRankSum=-0.262;SC=GGGGCTGCCCTCCCAGCTAAG;SOR=0.233;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=131191562;WS=131191544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr7	131191609	rs11770771	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-0.896;SC=CTCCCTCTCTAGCCCCAGCTG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=131191617;WS=131191599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	131195535	rs3847113	G	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GAGCCATCACGCCTGGCCCTG;SOR=1.192;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=7;WE=131195543;WS=131195525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr7	131195712	rs12670788	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=554;ReadPosRankSum=1.448;SC=AGGATGCGTCGAAGTGGGTTG;SOR=0.268;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=38;WE=131195720;WS=131195702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr7	131195959	rs3735035	C	T	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=733;ReadPosRankSum=-1.815;SC=TTGCCTGAGCCGCCTCCTCTA;SOR=0.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=50;WE=131195967;WS=131195949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,66:0.46:144
chr7	131815118	rs10954359	C	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=196;SC=GAGAGAGAAACAGCGCTGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=13;WE=131815126;WS=131815108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	131815220	rs10954360	G	A	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=15;PP=787;SC=CTCCAGGGCGGCCCTGGAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=131815228;WS=131815210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	131815310	rs2671103	A	G	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=27;PP=1012;SC=CACACTGGTCATCGTGGTCCA;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=131815318;WS=131815300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	131815343	rs10954361	G	A	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=31;PP=1121;SC=TCTGCGGAAGGGCCAAGAACA;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=131815351;WS=131815333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	131832627	rs1450882	A	G	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=9;PP=562;SC=CAGGACACCCAGGCCTCCCTA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=131832635;WS=131832617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	131849204	rs896167	T	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=20;PP=478;SC=CTTCTCTCCATCTCCTCATCC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=131849212;WS=131849194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	131859496	rs7808586	G	A	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=12;PP=953;SC=TTGCCAACACGCTCCCCTGCT;SOR=1.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=131859504;WS=131859486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	131859678	rs13232207	G	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,54:0.39:137
chr7	131864591	rs3734989	T	C	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=34;PP=833;SC=CGCCAGCCACTGCGATGCTGA;SOR=1.249;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=131864599;WS=131864581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	131866083	rs3734987	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.159;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=1.347;SC=TGAACACCCCCTTCCATGCAG;SOR=1.691;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=9;WE=131866091;WS=131866073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr7	131866972	rs3734983	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=281;ReadPosRankSum=-1.330;SC=AAAGAAGGAGATGTGTAAATG;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=24;WE=131866980;WS=131866962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,42:0.33:129
chr7	131869952	rs3734981	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	131870108	rs3734980	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GGTCTTCCACATACTGAAAGA;SOR=1.007;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=10;WE=131870116;WS=131870098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr7	131887315	rs79959239	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr7	131908244	rs145924892	CACA	C	1390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.443;NF=12;NR=6;PP=719;ReadPosRankSum=0.500;SC=GTCCCATGCTCACAACAAGAG;SOR=1.238;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=18;WE=131908254;WS=131908234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr7	131910841	.	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=0.888;SC=GACTCCCTGGGAATAGTGATG;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=10;WE=131910849;WS=131910831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr7	131910891	rs11761569	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=-1.591;SC=CCCCAGGAACGGGAAGTGGGT;SOR=0.586;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=7;WE=131910899;WS=131910881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr7	131913288	rs62464985	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=475;ReadPosRankSum=0.433;SC=GGGAGGGGCGGATGCTGAGGT;SOR=1.270;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=25;WE=131913296;WS=131913278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr7	131915507	rs1868781	A	G	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=750;ReadPosRankSum=-0.555;SC=GAGAGCTGGTACGGGCTTAAA;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=46;WE=131915515;WS=131915497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr7	131926112	rs3925378	C	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=1.749;SC=ACATATGCATCCAGGGAGACA;SOR=0.301;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=131926120;WS=131926102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	132070014	rs183271681	G	A	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=949;ReadPosRankSum=0.640;SC=TCGGGGTCCCGTCTGTAGCTC;SOR=0.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=64;WE=132070022;WS=132070004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,78:0.66:119
chr7	132070054	rs741664	T	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=270;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GTACCAGGCATCTGGAAAAGA;SOR=0.695;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=24;WE=132070062;WS=132070044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,45:0.34:133
chr7	132169720	rs17852615	T	G	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=708;ReadPosRankSum=1.196;SC=TGGGTCTCCCTCCACTCCAAT;SOR=0.971;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=47;WE=132169728;WS=132169710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,71:0.63:113
chr7	132169749	rs17852614	C	G	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=726;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GGGTGATTCCCCCTTGTGGAC;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=45;WE=132169757;WS=132169739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
chr7	132192231	rs156960	A	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.843;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=391;ReadPosRankSum=0.026;SC=CTACACTCCCAACCATCCCAG;SOR=1.091;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=32;WE=132192239;WS=132192221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chr7	132192295	rs156961	G	A	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=805;ReadPosRankSum=1.459;SC=CCTTCACCTTGAGCCAGGCCA;SOR=0.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=58;WE=132192303;WS=132192285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,98:0.58:170
chr7	132192651	.	C	G	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=435;ReadPosRankSum=0.357;SC=GTGGTGGAGCCTGGTGGAGAC;SOR=0.628;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=42;WE=132192659;WS=132192641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,65:0.35:187
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chr7	132409606	rs594208	T	C	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=862;ReadPosRankSum=-1.568;SC=CAGGGGTGACTCCAACAGCAC;SOR=0.674;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=53;WE=132409614;WS=132409596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr7	132570358	rs12707059	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr7	132706981	rs17421819	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=0.674;SC=CAAAATGTACGTACGTAGATG;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=132706989;WS=132706971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	132707007	.	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=0.054;SC=GTCCAGCTATGAAGTGCTTGA;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=132707015;WS=132706997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	132938039	rs10641096	C	CCCTT	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=117;ReadPosRankSum=-1.383;SC=ACCCTGCTCTCCCCTTTCCTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=132938047;WS=132938029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr7	132990536	rs5887620	C	CT	251.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=366;SC=CGTAAGCTCCCTTTGTTAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=132990544;WS=132990526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	133041163	rs143291638	C	G	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=878;ReadPosRankSum=0.079;SC=TTATGGGTATCCTCATTAAGG;SOR=0.954;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=61;WE=133041171;WS=133041153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,85:0.61:140
chr7	133580447	rs2042456	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=647;ReadPosRankSum=0.271;SC=TGGTGTGCGTGAAGCTCCAGG;SOR=0.701;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=43;WE=133580455;WS=133580437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,76:0.67:114
chr7	133580545	rs2042455	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GGTGGTTCCAATTGGTGAAAT;SOR=0.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=133580553;WS=133580535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr7	133602230	rs75286006	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=382;ReadPosRankSum=2.158;SC=ATGTTCAAAGGAGAGATGAGT;SOR=1.445;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=25;WE=133602238;WS=133602220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr7	133682181	rs3735050	T	C	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=753;ReadPosRankSum=0.207;SC=CAAAATAATATGTCATTTCAG;SOR=0.705;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=55;WE=133682189;WS=133682171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,66:0.56:118
chr7	133749164	rs6953296	G	A	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=56;PP=2036;SC=ACCGCAGCCAGACTGGGGTGG;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=108;WE=133749172;WS=133749154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	133749328	rs33995948	C	CT	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.263;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.32;MQRankSum=1.267;NF=2;NR=14;PP=401;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GTCACACTCACTTTTTTCCTT;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=16;WE=133749336;WS=133749318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr7	133821619	rs13246630	A	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=112;SC=TAATATGTATATGTTATCAAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=133821627;WS=133821616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	133868368	rs1222420	C	T	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=5;PP=663;SC=TATTCTTCTACGCAGGGTCTT;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=133868376;WS=133868358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	133868507	rs1222419	C	T	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=57;PP=2268;SC=GCCTGGATGCCCCTTATCCCA;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=128;WE=133868515;WS=133868497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr7	133881919	rs10611703	ATG	A	914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.60;QD=31.54;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	133881935	.	GTA	G	353	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=25;MQ=62.56;NF=0;NR=23;PP=353;QD=15.7391304348;SC=GTGTGTGTGTGTATATATGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=23;WE=133881944;WS=133881925;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr7	133886356	rs369598961	AT	A	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.446;QD=0.89;ReadPosRankSum=-1.464;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,24:0.25:95
chr7	133933671	rs34245697	G	GT	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr7	133979545	rs2504	A	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.03;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr7	133979552	rs2505	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr7	133979578	rs2241336	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=168;ReadPosRankSum=-1.307;SC=CGTACTCCAGACAGGCCTCAG;SOR=0.603;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=14;WE=133979586;WS=133979568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr7	133979795	rs1421484	T	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=-0.605;SC=AGGCGCATTCTGTGGTGAGGA;SOR=0.827;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=23;WE=133979803;WS=133979785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr7	133980999	rs1862050	T	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TTCCCTGAATTGGTCTCTGTC;SOR=1.038;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=9;WE=133981007;WS=133980989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr7	133981021	rs1862051	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=173;ReadPosRankSum=-2.237;SC=CCAGCTTACCGCAGAATAAAT;SOR=0.963;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=11;WE=133981029;WS=133981011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr7	133981227	rs1862052	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr7	133984127	rs2075371	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=9;PP=731;ReadPosRankSum=0.685;SC=TTGCTGCTGCAATGACTGGAA;SOR=1.410;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=50;WE=133984135;WS=133984117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,52:0.66:79
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chr7	133989543	rs447266	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=332;ReadPosRankSum=1.882;SC=AAAATACAGAAGTGTATTGTT;SOR=0.667;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=20;WE=133989551;WS=133989533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr7	133989816	rs2544217	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GCTCACGCCCGTAATCCCAGC;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=133989824;WS=133989806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	134127418	.	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=370;ReadPosRankSum=0.049;SC=CATTTGCAAGGAAAAAAATGA;SOR=0.493;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=21;WE=134127426;WS=134127408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr7	134133183	rs188664638	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr7	134133620	rs17660462	T	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=449;ReadPosRankSum=-2.513;SC=GAATCATAACTCAGGACTCTG;SOR=0.909;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=36;WE=134133628;WS=134133610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr7	134135751	rs2734649	C	T	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=1.868;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,137:0.58:236
chr7	134136584	rs1732035	A	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=32;PP=950;SC=AGCCACCGATACCTGCTGACC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=134136592;WS=134136574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	134143690	rs1424426	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=290;ReadPosRankSum=1.562;SC=CCCTCGCCAATACAGGCCGCG;SOR=0.573;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=19;WE=134143698;WS=134143680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr7	134143958	rs759853	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=308;ReadPosRankSum=1.831;SC=TGGTTGCGCTGGGGGTGCCGC;SOR=1.109;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=16;WE=134143966;WS=134143948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr7	134212741	rs2037005	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=328;ReadPosRankSum=1.069;SC=TAAATATGCAAATCTTTGCAC;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=23;WE=134212749;WS=134212731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr7	134215259	rs1722886	A	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=1.078;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr7	134215403	rs1722883	T	C	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=30;PP=1080;ReadPosRankSum=0.358;SC=AGTCTCCTCTTGGCAAAGTGA;SOR=0.719;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=75;WE=134215411;WS=134215393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,87:0.58:149
chr7	134221694	rs706159	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.828;NF=18;NR=12;PP=468;ReadPosRankSum=1.021;SC=ATCTCAGTGGGCAGGTGTTTG;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=30;WE=134221702;WS=134221684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr7	134225827	rs4728329	A	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=23;PP=637;SC=CTATCCCTTCAATGCAGAATA;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=134225835;WS=134225817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	134576441	rs6953822	T	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	134612759	rs11438725	G	GT	1512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=14;PP=930;SC=CAAAGTCCCGGTTGGTAGTGT;SOR=0.773;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=23;WE=134612767;WS=134612749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	134618710	rs6973420	A	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=525;ReadPosRankSum=-1.876;SC=GAGAAAAAACATGCCATGCAA;SOR=1.087;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=34;WE=134618718;WS=134618700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,57:0.59:97
chr7	134678463	rs12540686	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=512;ReadPosRankSum=0.710;SC=ATTCAGACATTAGCAAACTTA;SOR=0.739;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=28;WE=134678471;WS=134678453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr7	134678523	rs2252826	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr7	134694773	.	CTTT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr7	134694939	rs6958457	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=248;SC=GCCACCACGCTCAGCTAATTT;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=134694947;WS=134694929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	134701856	rs4236655	G	C	6620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=91;NR=73;PP=2951;SC=CTTAGAAACGGAACCCCTTTA;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=91;TCR=74;TR=164;WE=134701864;WS=134701846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr7	134719551	rs9656447	C	G	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=64;PP=2218;SC=TACCCATGCTCAATCCAGATG;SOR=1.074;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=104;WE=134719559;WS=134719541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	134730151	rs2348054	G	C	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=584;SC=TTTGTTTATAGTGTTTTGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=134730159;WS=134730141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	134730441	rs2348055	A	G	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=49;SC=TTGGGGTTTTAGCACTTAATT;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=134730449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	134735953	.	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATGATTCTTCCCTTATATTTA;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=134735961;WS=134735943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	134744060	rs146909058	CA	C	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.929;NF=2;NR=17;PP=315;ReadPosRankSum=0.590;SC=AATAATCAGGCAAAAAAAATT;SOR=0.405;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=19;WE=134744068;WS=134744050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr7	134765148	rs10215144	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-1.299;SC=TTTCTTCCCTGCAGGACCTCA;SOR=0.495;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=134765156;WS=134765138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr7	134813853	rs2348282	G	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=570;ReadPosRankSum=0.252;SC=CTACTGGTCAGGTCAAAGAGC;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=42;WE=134813861;WS=134813843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,72:0.60:121
chr7	134833056	rs3735002	C	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=258;ReadPosRankSum=-1.662;SC=CACAGCTTACCCAGACGTCTA;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=17;WE=134833064;WS=134833046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr7	134849209	rs292500	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=856;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CGGCCCAAGGCCTCGGTGGCG;SOR=0.943;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=25;WE=134849221;WS=134849199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr7	134849213	rs3800592	G	A	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=1897;ReadPosRankSum=0.709;SC=CCAAGGCCTCGGTGGCGCGAC;SOR=0.476;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=45;WE=134849221;WS=134849199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr7	134849280	rs292501	T	A	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=62;PP=2919;SC=GCCTGATGTTTTACGCTCTTC;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=160;WE=134849288;WS=134849270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr7	134849577	rs2288237	A	C	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=929;ReadPosRankSum=-0.868;SC=TGCTGCTGGCAGGCGGCCTGG;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=79;WE=134849585;WS=134849567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,110:0.71:155
chr7	134852399	rs2288238	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.795;NF=11;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=0.154;SC=GGCAGAGGGCGTCTCTCTTAC;SOR=1.863;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=13;WE=134852407;WS=134852389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr7	134852420	rs138841490	CA	C	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.828;NF=8;NR=6;PP=506;ReadPosRankSum=0.973;SC=TGACGGTGACCAAGGGTCTAG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=14;WE=134852440;WS=134852410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr7	134852432	rs292505	C	T	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=13;PP=1032;SC=AGGGTCTAGCCTCTGCCCATG;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=134852440;WS=134852410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	134853844	rs9649052	C	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=0.508;SC=GGTGAATTCCCATACCTCCAG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=134853852;WS=134853834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr7	134871775	rs292557	C	T	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	134872003	rs292558	C	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=163;SC=ACCCACCCCACAGCAGAGGCT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=134872011;WS=134871993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	134873355	rs292564	G	A	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=53;PP=1521;ReadPosRankSum=1.997;SC=GAAGGAATCTGCCTGCAGCAG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=134873363;WS=134873345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr7	134877935	rs292573	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=0;PP=603;SC=CCAGGGGAATACAGAGTGTGT;SOR=4.332;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=134877943;WS=134877925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	134879830	rs292575	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=14;PP=463;SC=TCCCAGAGCAGTCCACTCTGA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=134879838;WS=134879820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	134880884	rs292578	G	C	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=59;PP=1945;SC=CTTGGCCCCAGGCCCAACCCA;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=118;WE=134880892;WS=134880874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr7	134880949	rs143418650	A	G	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=911;ReadPosRankSum=-1.116;SC=GTCCCAGCACAATAAAGGGCT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=60;WE=134880957;WS=134880939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,116:0.55:210
chr7	134882592	rs292581	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=0.359;SC=AATGATGAACCCAAATAACCA;SOR=1.765;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=10;WE=134882600;WS=134882582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr7	134882680	rs292582	A	G	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=33;PP=1633;SC=AGAAGAGAAGACCCCCCACAG;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=85;WE=134882701;WS=134882668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	134882693	rs292583	T	C	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=41;PP=1861;SC=CCCCACAGTGTTCCTCAGTAG;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=98;WE=134882701;WS=134882668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	134889141	rs292592	G	A	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=36;PP=1444;SC=GCCCACACGAGGTGACTGGGA;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=73;WE=134889149;WS=134889131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	134890855	rs292593	T	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=26;PP=768;SC=TCACCTAACCTTCCCTCTGCG;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=134890863;WS=134890845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	134895532	rs292601	T	C	5355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=65;PP=2696;SC=CTGCCTCTCATTGAAGTCAGT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=142;WE=134895540;WS=134895522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr7	134896383	rs292602	T	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=366;SC=CCGCACGCACTGGGCGACCAG;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=134896391;WS=134896373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	134930169	rs113633449	A	AGAG	3590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.90;MQRankSum=0.797;QD=41.27;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr7	134936517	rs143517906	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr7	134962043	rs10239950	C	G	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=38;PP=1348;SC=GGCCACTAGGCAGTTAGTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=134962051;WS=134962033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	134968479	rs11762990	A	C	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=990;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TGAAGGTGGAACTCAATTAAC;SOR=0.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=65;WE=134968487;WS=134968469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,93:0.55:170
chr7	135047703	rs6969632	T	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	135048033	rs2059367	G	C	282.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=233;SC=CAAAAGGAAAGACAGAAGAGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=135048041;WS=135048023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	135069272	rs7798560	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=588;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CTCCTGACCTTGTGATCTGCC;SOR=1.445;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=32;WE=135069280;WS=135069262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr7	135069311	rs7779374	A	G	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.474;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=732;ReadPosRankSum=0.505;SC=TGTTGGGATTACAGGCGTGAG;SOR=0.333;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=47;WE=135069319;WS=135069301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr7	135095270	rs2696877	A	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=5;PP=119;SC=CTTACGTATCATACCTCTGCA;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=135095278;WS=135095260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	135242910	rs6961420	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GGCTCCAGCCCTCGAGTTGGG;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=135242918;WS=135242900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr7	135262533	rs10252250	T	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=504;ReadPosRankSum=0.680;SC=TAGTCATGTTTTTATTTCTAG;SOR=0.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=32;WE=135262541;WS=135262523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr7	135279315	rs7800214	A	C	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=818;ReadPosRankSum=1.086;SC=CTCGCTTGGCACTCTGTGAAC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=57;WE=135279323;WS=135279305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,77:0.58:132
chr7	135282698	rs79816318	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=-2.023;SC=TCTTCACTTCATAGCTAATAG;SOR=0.269;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=12;WE=135282706;WS=135282688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr7	135285788	rs4296989	T	C	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=55;SC=CTATGTTATATATAAATTAAA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=135285796;WS=135285778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	135301521	.	TA	T	42	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=58.32;NF=1;NR=2;PP=42;QD=15.6666666667;SC=AGACATATATTAAAAAAAAAA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=135301529;WS=135301511;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	135304273	rs7810767	G	C	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=31;PP=1426;SC=TGAACAGAAGGAAACATCAGT;SOR=0.868;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=74;WE=135304281;WS=135304263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	135311120	rs7810260	G	A	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=26;PP=730;SC=GTAAGTGTCTGTATAGATTAA;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=135311128;WS=135311110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	135311167	rs10234309	G	A	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=548;SC=ATTAAGGGAAGAAAAAATTCC;SOR=1.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=27;WE=135311175;WS=135311157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	135344722	rs76188788	A	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATTAATGTTAAAACACAGACC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=135344730;WS=135344718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	135375921	rs56341417	C	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-1.016;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr7	135375924	rs201222459	CA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.836;QD=0.56;ReadPosRankSum=2.605;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,22:0.18:121
chr7	135375925	rs35065926	A	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-1.055;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,45:0.37:121
chr7	135376892	.	C	T	155.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CAACCCCAGACCGGGACTCCA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=135376900;WS=135376884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr7	135378854	rs3800763	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=306;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TTCTGCTGGAGAAGGAGGGAA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=24;WE=135378862;WS=135378844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr7	135387473	rs3112345	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=488;ReadPosRankSum=0.659;SC=CCTCACTGAAAGGAACTCTAA;SOR=1.164;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=28;WE=135387481;WS=135387463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr7	135387495	rs3112346	A	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=512;ReadPosRankSum=-1.628;SC=GTGGATCTGTAGCTGTTGAAA;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=34;WE=135387503;WS=135387485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr7	135387656	rs3112347	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=405;ReadPosRankSum=0.181;SC=GAGGACACAGGAGCCACGTCA;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=31;WE=135387664;WS=135387646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr7	135392876	rs3110800	T	C	3684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1678;ReadPosRankSum=0.520;SC=CCGGCTTGGCTCCGGCCATCA;SOR=0.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=113;WE=135392884;WS=135392866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,176:0.64:275
chr7	135406176	rs4596594	A	G	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=873;ReadPosRankSum=0.185;SC=AGAACGGGTAAAGGAAGGCCG;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=54;WE=135406184;WS=135406166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,88:0.63:140
chr7	135412273	rs3112369	T	C	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,67:0.47:142
chr7	135413626	rs3807338	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=214;ReadPosRankSum=-1.026;SC=AAAAGGAAACCGAAGACCTTC;SOR=1.339;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=15;WE=135413634;WS=135413616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr7	135421790	rs4338044	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=299;ReadPosRankSum=0.207;SC=CAAAAAAGATAGAGAAAGTGC;SOR=0.556;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=23;WE=135421798;WS=135421780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr7	135635404	rs35513241	A	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=511;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CAGACAGAAGAGGAGTAATAT;SOR=0.994;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=36;WE=135635412;WS=135635394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr7	136588109	rs6963819	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=15;PP=427;SC=TCAAAAGGAAGTCTTACTCTT;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=136588117;WS=136588099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	136921062	rs322295	C	T	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=28;PP=724;SC=ACTTTCTTTACACAGTAGAGT;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=43;WE=136921070;WS=136921052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	136939582	rs1162122	G	T	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=24;PP=1341;SC=TGAAGCATCTGGCCTTCAGAA;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=136939590;WS=136939572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	137097086	rs1731959	G	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=19;PP=495;SC=ATATCTTGGTGAAGCAGACCG;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=137097094;WS=137097076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	137154572	rs2293546	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=288;SC=AAAATTAGCATGAGGTTTTTA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=137154580;WS=137154562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	137304765	.	G	GCA	104	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=61.78;NF=0;NR=2;PP=104;QD=53.5;SC=ATGTACACACGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=137304773;WS=137304755;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
chr7	137339598	.	G	GA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr7	137531147	rs71815938	GT	G	7361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=51;PP=2951;SC=CCCTTGCTGGGTAGAAGAGTG;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=137531155;WS=137531137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	137563914	.	T	TA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.892;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,15:0.19:80
chr7	137590369	rs273968	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=7;PP=452;SC=AGTGCTGGCCGTTGGGAAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=137590377;WS=137590359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	137600690	rs273957	C	T	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=21;PP=705;SC=TCGTCTGTAACTGGCTCTGTC;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=40;WE=137600698;WS=137600680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	137612913	rs66593747	CTGG	C	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.53;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr7	137641123	rs274003	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CCAACTACCACTCTTGCCAGA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=137641131;WS=137641122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr7	137761110	.	G	A	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=-0.109;SC=GGACAACCTGGAAAAAAAAAC;SOR=2.636;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=137761118;WS=137761100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr7	137773291	rs2120846	T	G	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=1.630;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,94:0.65:145
chr7	137773563	rs2166188	T	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=0.714;SC=AAGGTTTCAGTTGTTCATTTT;SOR=0.283;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=9;WE=137773571;WS=137773553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr7	137773587	.	C	CGT	80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=80;QD=22.25;SC=ATTCATCTTCCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=137773595;WS=137773577;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	137776411	rs202194493	C	CA	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=2.250;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr7	137782593	rs200250280	CTT	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=2.241;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr7	137798395	.	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=3.019;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr7	137798593	rs2306847	A	T	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=32;PP=900;SC=AAGGCTCATAAGAACCCTGAC;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=137798601;WS=137798583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	137801413	rs1872929	A	C	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=24;PP=618;SC=TACTGACTGCAGGGAGTTCCT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=137801421;WS=137801403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	137801444	rs1872930	C	T	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	138145778	rs112619223	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=295;ReadPosRankSum=-0.346;SC=GGGGGAGGGGCGAGCAGGAGG;SOR=0.970;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=19;WE=138145786;WS=138145768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr7	138188932	rs10488642	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=245;ReadPosRankSum=-0.692;SC=TGAATTTAAAAAGAATGGACA;SOR=0.105;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=14;WE=138188940;WS=138188930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr7	138200117	rs3757381	A	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=507;SC=AATAAATGAGATCTTTGCATT;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=138200125;WS=138200107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	138261319	rs59147816	TAAC	T	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.674;NF=0;NR=9;PP=323;ReadPosRankSum=-2.015;SC=AAAATTTTAATAACTACTATA;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=138261329;WS=138261309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	138262283	.	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr7	138265310	rs33935215	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=458;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CTAACAGTGGAGAGTGGATTT;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=33;WE=138265318;WS=138265300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,61:0.38:159
chr7	138268563	rs3213902	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=198;SC=GAATTTAGCTATTTGTATTAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=138268571;WS=138268553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr7	138312122	rs2305816	A	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=23;PP=1268;SC=GAGGAGAAGGAAGAATAAAGC;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=63;WE=138312130;WS=138312112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	138333933	rs58569190	GA	G	326.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
chr7	138356659	rs5887893	AG	A	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.59;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	138356662	rs5011821	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr7	138356664	rs5887894	C	CA	592.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	138356722	rs10234595	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.260;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr7	138356730	rs202122915	T	TG	1799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	138356733	rs5887896	TG	T	1799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	138391554	rs73166921	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=396;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GAAGCAGAGCGTTCGTAAAAT;SOR=0.812;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=27;WE=138391562;WS=138391544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr7	138391596	rs12707394	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-1.661;SC=TGGCCACGGCAGGCACCCAGG;SOR=0.542;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=8;WE=138391604;WS=138391586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr7	138394695	rs141195167	G	GCAAT	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=0.314;SC=CTGGCCTGAAGCAATCCTCCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=138394703;WS=138394685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr7	138417596	rs148944306	T	TA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	138417718	rs3807154	A	G	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=-1.819;SC=GCTGAGATACATGGACGTCAA;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=34;WE=138417726;WS=138417708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,62:0.41:151
chr7	138418910	rs1026435	G	A	7291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=64;PP=2540;SC=GGATGACACCGAAAACCATCT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=137;WE=138418918;WS=138418900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr7	138419085	rs1037692	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=26;PP=673;SC=AACTTTCCCTAAGCAAACCGC;SOR=2.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=138419093;WS=138419075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	138429823	rs55843107	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TCACTGAGGCCACCTGGATGG;SOR=0.404;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=8;WE=138429831;WS=138429813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr7	138429851	rs6467797	T	C	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=428;ReadPosRankSum=0.999;SC=CTACACCATCTCTGTCTGTCA;SOR=0.423;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=25;WE=138429859;WS=138429841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr7	138434066	rs11324444	GA	G	75.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr7	138440607	rs296911	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=347;ReadPosRankSum=0.560;SC=CTAAGACATCGTTTGCTGACT;SOR=0.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=31;WE=138440615;WS=138440597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr7	138441083	rs11764089	A	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TTATGTGAGAAAGTTATTCTA;SOR=0.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=18;WE=138441091;WS=138441073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr7	138441124	rs296910	A	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=4.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr7	138444492	.	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=355;ReadPosRankSum=-0.663;SC=GCCCAAGGTTCCCACCGTCAC;SOR=0.814;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=26;WE=138444500;WS=138444482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr7	138453892	rs374123555	GAA	G	660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;QD=21.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,24:0.77:31
chr7	138455988	rs10258719	A	G	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=40;PP=1161;SC=AAACACAGACACCATCTTGGC;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=138455996;WS=138455978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	138485954	rs6945259	G	T	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=8;PP=780;SC=ATGCCCATGCGGGAGCTTCTA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=138485962;WS=138485944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	138486096	rs61729750	G	C	6229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=70;PP=2652;SC=AACAGCTCAAGCTTGACCGCT;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=80;TCR=72;TR=149;WE=138486104;WS=138486086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr7	138545984	.	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=325;ReadPosRankSum=0.151;SC=CGGGCAGGCCGGGTGGGACTC;SOR=0.703;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=20;WE=138545992;WS=138545974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr7	138583840	rs7802841	C	A	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=35;PP=1488;SC=TGAGCTGTACCGGATTGTCAT;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=138583848;WS=138583830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	138707177	rs10249949	G	A	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=8;PP=372;SC=CTATAGTCCCGGCTACTAGGG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=138707185;WS=138707167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	138713476	rs17856272	C	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=719;ReadPosRankSum=1.454;SC=TGTGCAGCTTCATATGCTTGT;SOR=0.568;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=39;WE=138713484;WS=138713466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,53:0.76:70
chr7	138713715	rs11767739	G	C	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=44;PP=1357;SC=ACCTGGTACAGAAATGAGGGA;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=68;WE=138713723;WS=138713705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	138719194	rs10713373	AG	A	1344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=10;PP=676;SC=GTTGCTTCGAAGGCAATTAAA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=18;WE=138719202;WS=138719184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	138719231	rs7810237	T	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=24.64;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	138732274	rs3087999	C	G	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=19;PP=1283;SC=CTCCTGTCTGCGGCAATTTAG;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=138732282;WS=138732264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	138732457	rs3735008	G	A	5887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=69;PP=2609;SC=CACAGCTGTCGAACTGTGGAG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=130;WE=138732465;WS=138732447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr7	138732497	rs3735007	G	A	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=73;PP=2399;SC=ATTTCCTTCAGTAAACTTTCC;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=126;WE=138732505;WS=138732487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	138738573	rs11436095	G	GA	108.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr7	138739816	rs10261597	C	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=425;SC=GATTACAGGGCTGAGCCACTG;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=138739824;WS=138739815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	138740037	rs2297236	G	C	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=50;PP=1841;SC=TTTGCTGGCTGATGGCTACAA;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=91;WE=138740045;WS=138740027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	138740186	rs2297237	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.71;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	138740195	rs2297238	T	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	138740224	rs2297239	T	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=14;PP=350;SC=ATCATGTCTTTTAAAAATGCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=138740232;WS=138740214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	138740240	rs2297240	T	C	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=333;SC=ATGCTGCAACTATTCATAATC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=138740248;WS=138740230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	138818744	rs7789074	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.431;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=0.047;SC=TTCCCACGGGGGACAGGGATG;SOR=0.139;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=16;WE=138818752;WS=138818734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr7	138819610	rs28571193	T	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr7	138822504	rs10674402	T	TGTTC	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.625;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=657;ReadPosRankSum=2.175;SC=GATTGCCTGTTGTCAGTAACC;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=13;WE=138822512;WS=138822494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr7	138822762	rs7809077	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=260;ReadPosRankSum=0.706;SC=AATAATACATATTCATGGTAA;SOR=0.498;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=21;WE=138822770;WS=138822752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr7	138824842	rs3217610	GA	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TTTCTCTTGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.627;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=138824850;WS=138824832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr7	138826913	rs2354977	G	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.399;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=534;ReadPosRankSum=0.593;SC=AGTAAGGTTTGGGAAGATTCA;SOR=0.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=37;WE=138826921;WS=138826903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,55:0.65:84
chr7	138831707	rs10248924	C	T	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.828;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,83:0.51:163
chr7	138845889	.	C	T	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr7	138853315	rs112942380	CA	C	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=-2.481;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr7	138872067	rs2249153	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=382;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TTTCATACAGTCCCGTTTCAT;SOR=0.598;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=22;WE=138872075;WS=138872057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr7	138872345	rs2249070	C	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGGAAAATACTTGTTCTCTT;SOR=0.416;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=15;WE=138872353;WS=138872335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr7	138960761	rs74719948	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.241;SC=CTACTGAAAATTAAATTACTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=138960769;WS=138960751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	138960793	rs77129794	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=0.083;SC=ACAATTATGTTACTATCTGCT;SOR=1.034;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=6;WE=138960801;WS=138960783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr7	138967814	rs61995684	G	A	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,81:0.63:128
chr7	138978318	rs201538099	GT	G	131.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.17;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr7	139077240	rs4732370	C	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=1.945;SC=TTATTTGGTCCACATTTCATG;SOR=0.704;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=13;WE=139077248;WS=139077230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr7	139077317	rs4732371	T	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=-0.786;SC=AAGCATTTTTTAAAAAATCTA;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=11;WE=139077325;WS=139077307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr7	139094364	rs368249579	AAG	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.780;QD=0.39;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,11:0.12:94
chr7	139097282	rs11409457	A	AC	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr7	139102490	rs3778931	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=-1.531;SC=TGATGTGTCAATCAGAGGATA;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=24;WE=139102498;WS=139102480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr7	139138551	rs10954649	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=184;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TCACCTCTACCGGCCTGGGCA;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=14;WE=139138559;WS=139138541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr7	139138871	rs11763327	T	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=533;ReadPosRankSum=0.738;SC=GGGGCGGGAGTGGGGCCTCGT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=38;WE=139138879;WS=139138861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,59:0.76:78
chr7	139164345	rs12707445	C	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=7.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,30:0.28:107
chr7	139164348	rs138611866	C	T	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=1.656;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,77:0.70:110
chr7	139167610	.	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.109;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr7	139167934	rs1860150	T	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	139168063	rs12707447	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=270;ReadPosRankSum=0.606;SC=AGCCCCGGGCGCCTCGCCATT;SOR=1.010;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=21;WE=139168071;WS=139168053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr7	139259895	rs56300656	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=0.493;SC=TGAGTGGCTGCTGCTGCTGGA;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=14;WE=139259903;WS=139259885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr7	139285306	.	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr7	139299197	.	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=-1.312;SC=ATGGAGACTTCGGGATTGGCT;SOR=0.829;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=13;WE=139299205;WS=139299187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr7	139415723	rs10224408	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=363;ReadPosRankSum=-1.601;SC=CCTTGTGGACGGTCTTACCTG;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=23;WE=139415731;WS=139415713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr7	139415775	rs7456421	G	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=373;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CAGCCTTGGAGACGTGGCTGG;SOR=0.845;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=29;WE=139415783;WS=139415765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
chr7	139415943	rs4074826	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.639;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=472;ReadPosRankSum=1.404;SC=TGTATTTGAGGGGCAAGGGGC;SOR=1.020;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=35;WE=139415951;WS=139415933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
chr7	139416939	rs10278124	C	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.720;SC=CACTTGAAAACAAGGTTGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=9;WE=139416947;WS=139416929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr7	139478175	rs1860509	T	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=1.127;SC=GTGCGAGGGTTCGCGCGTGTG;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=18;WE=139478183;WS=139478165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr7	139605869	rs35857550	CT	C	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr7	139653196	rs5768	A	C	5040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr7	139661795	.	C	T	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=1068;ReadPosRankSum=0.868;SC=ACTTTGACATCGTCAGAGACG;SOR=0.604;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=70;WE=139661803;WS=139661785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,79:0.54:145
chr7	139725514	rs73160828	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-0.952;SC=TCTTGAATTTCGATTTCCAAA;SOR=0.495;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=139725522;WS=139725504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr7	139741390	.	CCT	C	3288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.053;NF=17;NR=23;PP=1651;ReadPosRankSum=0.537;SC=TTATTTGGCTCCTCTCTTACA;SOR=0.674;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=40;WE=139741399;WS=139741380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,89:0.65:137
chr7	139746599	.	A	AGT	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=397;ReadPosRankSum=1.056;SC=GGCTGCTCACAGTGTGTGTGT;SOR=0.627;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=22;WE=139746612;WS=139746589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr7	139762273	rs737321	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.36;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	139762282	rs6945590	A	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	139791633	.	G	A	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=636;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GATAGGTGGTGGATTTGATGC;SOR=0.595;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=42;WE=139791641;WS=139791623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
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chr7	139827494	rs62491412	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=375;ReadPosRankSum=1.640;SC=TATAAAACTATGTAGTCTAGA;SOR=0.494;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=34;WE=139827502;WS=139827484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr7	140036999	rs4332050	G	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr7	140048262	rs66700092	CT	C	149.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=7.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr7	140051790	rs73472791	T	C	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=500;ReadPosRankSum=2.373;SC=AGAGATTCGATTTCTTGGCCT;SOR=0.504;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=32;WE=140051798;WS=140051780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr7	140069361	rs4448174	G	C	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr7	140082363	rs6968618	G	A	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,90:0.62:146
chr7	140107680	.	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.59;MQRankSum=3.290;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.969;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr7	140125750	rs2948386	T	C	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=997;ReadPosRankSum=2.442;SC=GGCTGAGAAGTACGGCCTCCT;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=75;TCR=68;TR=67;WE=140125758;WS=140125740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,81:0.41:199
chr7	140125839	rs4726807	G	A	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=1043;ReadPosRankSum=1.490;SC=AGCTGATCGCGCGCAACAGCC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=78;WE=140125847;WS=140125829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,141:0.56:251
chr7	140159798	rs11763850	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=0.645;SC=TGTAATCCCAACAGTTTGGGA;SOR=0.275;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=11;WE=140159806;WS=140159788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr7	140173010	.	CA	C	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=2.337;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr7	140218464	rs6852	C	A	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.44;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr7	140255623	rs4342501	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=157;ReadPosRankSum=2.124;SC=CCACATATCATAGCTCTGGAA;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=14;WE=140255631;WS=140255613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr7	140255657	rs11763409	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.586;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr7	140257841	rs10252031	A	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=3;PP=530;SC=GTGCCTCATCAGGGAATCTCA;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=140257849;WS=140257831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	140257907	rs12704002	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=214;ReadPosRankSum=-1.342;SC=AGGAAGTCCACGAGGCTCTTG;SOR=0.799;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=21;WE=140257915;WS=140257897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr7	140258000	rs12704003	T	C	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,97:0.43:227
chr7	140269625	rs587373	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr7	140301731	rs269243	G	T	10062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=122;PP=2965;SC=CACGGAGAGGGGATCGTTCTG;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=133;TCR=122;TR=253;WE=140301739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr7	140396472	rs57717083	C	CG	722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=658;SC=ACGGGAGGCGCGGGCGGAGCG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=140396480;WS=140396462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	140397792	rs1267673	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=0.122;SC=GCCACTGCGCTTGGTCTCACT;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=140397800;WS=140397782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr7	140426257	rs3829814	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr7	140434597	rs60814637	G	GA	265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	140447373	.	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=-1.192;SC=ACTGACAAATGAATTTCATCC;SOR=0.287;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=140447381;WS=140447363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr7	140534492	.	G	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,81:0.38:216
chr7	140702199	.	C	CTTTT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr7	140774467	rs477223	C	G	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=453;ReadPosRankSum=-1.508;SC=GCTTCGACCCCGAGATCGCCG;SOR=0.771;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=31;WE=140774475;WS=140774457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr7	141137460	rs13233459	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
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chr7	141137554	.	ACG	GCA,GCG	548	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=9,23;NR=12,36;PP=209,548;QD=12.4984702315;SC=AGGTAAGGCTACGGGCTCGGC;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=21,59;WE=141137564;WS=141137544;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.36:59
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chr7	141300992	rs374601217	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=584;ReadPosRankSum=1.234;SC=TATATTTTTTCCTTTGTTAAC;SOR=0.504;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=42;WE=141301000;WS=141300982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chr7	141315550	.	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TTGTGGGACTCTTATAATAAG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=141315558;WS=141315540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	141362431	rs6949729	T	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=499;SC=CCACGTGAAGTGGCTCCCAGT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=141362439;WS=141362421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	141362693	rs2269984	A	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.237;HP=7;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=568;ReadPosRankSum=0.242;SC=AGCGGGGGGGAATAAAAAGCT;SOR=1.123;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=36;WE=141362701;WS=141362683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr7	141374030	.	A	AAC	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=0.775;SC=CCTGCAGAAAAACACACACAC;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=11;WE=141374039;WS=141374020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr7	141386264	rs35707772	AC	A	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=816;ReadPosRankSum=0.013;SC=TACACACAGCACACGAAGACC;SOR=2.007;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=21;WE=141386272;WS=141386254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr7	141418885	.	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=137;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TGTGTTTTACGAGAAACCAAC;SOR=0.673;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=9;WE=141418893;WS=141418875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr7	141420707	rs6971275	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=2.230;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr7	141420768	rs6967301	A	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=261;ReadPosRankSum=0.346;SC=ATGCTCACGCAGTGCTTGGGC;SOR=0.824;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=26;WE=141420776;WS=141420758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,49:0.36:136
chr7	141429224	rs35399772	TC	T	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.036;NF=8;NR=2;PP=308;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GCTTTTCGTTTCTGTAAATAC;SOR=0.264;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=10;WE=141429232;WS=141429214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr7	141429515	rs6962507	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=137;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GCAGCCGGGCGTGGTGGCTCA;SOR=1.254;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=12;WE=141429523;WS=141429505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr7	141442218	.	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CCCCTGTTCTCCTTATCAGCC;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=141442226;WS=141442208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr7	141536351	rs370442337	CAG	C	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.003;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.748;NF=3;NR=13;PP=372;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GGAGATCATGCAGAGAGAGAG;SOR=0.303;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=16;WE=141536362;WS=141536341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr7	141539137	rs201625816	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr7	141618891	.	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=472;ReadPosRankSum=-1.771;SC=AGATCCTGGTCACAACCATAA;SOR=0.910;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=32;WE=141618899;WS=141618881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr7	141635538	rs5888023	C	CA	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=9;PP=857;SC=CCCCACTCCCCCAAGTTTCTA;SOR=1.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=141635546;WS=141635528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	141635569	.	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.299;NF=13;NR=8;PP=278;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CCCACTGAGGCTGTGTGGAGT;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=21;WE=141635577;WS=141635559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr7	141672604	rs10246939	T	C	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.009;SC=GAGATCAGGATGGCTGCATGC;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=153;TCF=78;TCR=75;TR=86;WE=141672612;WS=141672594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,106:0.54:196
chr7	141672705	rs1726866	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=612;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GATGAAGGCAGCACAGGATGA;SOR=0.722;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=42;WE=141672713;WS=141672695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,60:0.36:167
chr7	141673345	rs713598	C	G	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=1167;ReadPosRankSum=-1.571;SC=TTGCTCAGTGCCTGCCTCTTC;SOR=0.689;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=79;TCR=71;TR=82;WE=141673353;WS=141673335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,111:0.57:195
chr7	141705515	rs1285964	A	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=9;PP=324;SC=CAAACCTTCAACAATGTCAGG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=141705523;WS=141705505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	141705540	rs1285965	A	C	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.67;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	141708625	rs1465093	A	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=21;PP=425;SC=TTTATGTTGCAGCCATTAGTG;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=141708633;WS=141708615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	141720643	rs1852508	T	C	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=16;PP=944;SC=CCACCTGCCTTGGCCTCCCAA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=141720651;WS=141720633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	141724967	.	G	A	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1505;ReadPosRankSum=0.531;SC=AATATTCATGGAAAAAACAAG;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=97;WE=141724975;WS=141724957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,133:0.62:216
chr7	141727059	rs375109584	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=506;ReadPosRankSum=2.260;SC=TATGACTCAGGAAATCCTAAA;SOR=0.915;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=36;WE=141727067;WS=141727049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,43:0.40:108
chr7	141727455	.	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=2.625;SC=GCTTGGATTTCACCTCAGTCG;SOR=0.941;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=23;WE=141727463;WS=141727445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,34:0.29:116
chr7	141727679	rs34441915	AT	A	147.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.07;NF=0;NR=7;PP=111;SC=AATACTAGACATTTTTTTTTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=141727687;WS=141727669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	141730427	.	C	A	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=60;PP=1416;ReadPosRankSum=1.565;SC=TCATTGTATTCTTCCTATTTT;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=72;TCR=105;TR=102;WE=141730435;WS=141730417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,138:0.58:236
chr7	141730618	rs111279755	CTG	C	546.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5576;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=621;ReadPosRankSum=-1.468;SC=TTGAATGTGTCTGTGTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=14;WE=141730627;WS=141730608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr7	141731340	rs4374898	G	A	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=99;SC=TGTGAGCACCGCACCTTCTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=141731348;WS=141731333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	141733994	rs10693852	T	TTG	1091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=8;PP=825;SC=TCATTTCGGATTGTGATAGTC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=18;WE=141734002;WS=141733984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	141747658	rs2960746	A	G	6895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=78;PP=2730;SC=TTTCTGGGATAATGGGGAAAC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=134;WE=141747666;WS=141747648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr7	141752733	rs150559219	C	T	5625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.248;NF=76;NR=88;PP=2453;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CACCCGTGAACCCCCTTCGCC;SOR=0.723;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=335;TCF=160;TCR=175;TR=164;WE=141752741;WS=141752722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,274:0.53:515
chr7	141756750	.	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,67:0.35:191
chr7	141760228	rs6959057	T	C	3863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=62;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.879;SC=CAGGGGCAGCTGTTCCTGGGA;SOR=0.897;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=55;TCR=74;TR=107;WE=141760236;WS=141760218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,181:0.83:219
chr7	141760293	rs2961073	T	G	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-0.683;QD=24.53;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,91:0.81:113
chr7	141760293	.	TG	GC,GG	763	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=59.83;NF=7,20;NR=13,43;PP=211,763;QD=13.2233937431;SC=AACACTTAGGTGATGTGTCTT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=20,63;WE=141760302;WS=141760283;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.25:81
chr7	141760294	rs2961072	G	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-1.982;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,38:0.34:113
chr7	141760312	rs62477621	T	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.898;NF=7;NR=13;PP=178;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TTGGGTGTCATTCTGTATGCC;SOR=0.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=20;WE=141760320;WS=141760302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr7	141762625	rs62477625	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=319;SC=TGGACATAGCAGACACTTCTT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=141762633;WS=141762615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	141765768	rs147060456	G	GT	134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=16.84;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	141770960	.	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=347;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TTTCAGTTAGCTCAACAATTT;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=25;WE=141770968;WS=141770950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr7	141776260	.	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.511;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr7	141776782	rs10259247	A	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.481;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.101;NF=14;NR=37;PP=1034;ReadPosRankSum=1.093;SC=TTTTTTGGGGAAAAAAATGAG;SOR=2.256;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=51;WE=141776790;WS=141776772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr7	141784326	rs10952514	G	C	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=26.33;SOR=2.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	141785887	.	C	T	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=987;ReadPosRankSum=-0.992;SC=ATGTGTATTTCCCTGGACTCA;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=57;WE=141785895;WS=141785877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,69:0.49:140
chr7	141785934	.	C	T	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1074;ReadPosRankSum=-2.099;SC=CCAACAAGTTCGCCCTGGAGG;SOR=0.763;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=75;WE=141785942;WS=141785924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,113:0.53:212
chr7	141791736	.	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.11;MQRankSum=0.462;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	141793422	.	C	A	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=51;PP=1307;ReadPosRankSum=1.346;SC=AGCTACCCTACTTTTCTTTTC;SOR=0.525;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=150;TCF=57;TCR=93;TR=87;WE=141793430;WS=141793412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,121:0.56:218
chr7	141794763	rs138070479	ATT	A	1290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.66;MQRankSum=0.402;QD=35.85;ReadPosRankSum=0.434;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr7	141794790	rs4259331	A	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=714;SC=TTTGAGACAAAGACTCATTCT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=141794798;WS=141794780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	141795437	.	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.591;NF=13;NR=5;PP=241;ReadPosRankSum=0.557;SC=CAGATACACCCTGTTGCCATA;SOR=0.412;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=18;WE=141795445;WS=141795427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr7	141796131	rs6975672	G	A	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.13;QD=26.91;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	141796250	rs6976953	C	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=32;PP=831;SC=GGGAGGATCCCAGCTGTGAGG;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=48;WE=141796258;WS=141796240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	141816712	.	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr7	141820046	.	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=626;ReadPosRankSum=1.983;SC=TGGCTTCCTTCCTGGAGCTGT;SOR=0.791;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=37;WE=141820054;WS=141820036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,60:0.59:101
chr7	141820198	.	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=2.308;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr7	141840487	.	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CCTGGAAATTCCAGGATCATT;SOR=0.141;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=12;WE=141840495;WS=141840477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr7	141840581	rs73158439	T	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=522;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TAGGTTCTGATTGACCAGAGC;SOR=0.971;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=32;WE=141840589;WS=141840571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr7	141840765	.	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=7.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.159;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr7	141843530	.	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=229;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GAAAAACCTTCAACCAAGCTG;SOR=0.489;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=15;WE=141843538;WS=141843520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr7	141844888	rs12154456	C	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=200;ReadPosRankSum=0.658;SC=GCCGAAGTCTCTGCAGCAGTG;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=18;WE=141844896;WS=141844878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr7	141847309	.	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=569;ReadPosRankSum=0.336;SC=CACGGAGTTTCATGGGGGCCT;SOR=0.831;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=39;WE=141847317;WS=141847299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
chr7	141854006	.	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=1.465;SC=CTTATTTCCAACCAGGGAACT;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=141854014;WS=141853996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	141854757	.	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=0.733;SC=GCAGCAGAAGGATAAAAAAGT;SOR=0.619;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=16;WE=141854765;WS=141854747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr7	141857846	rs7811706	A	G	4218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=57;PP=1901;SC=CTTTTCTACCATGCTCACACC;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=109;WE=141857854;WS=141857836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	141857985	rs10282156	A	G	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,68:0.57:120
chr7	141858955	.	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.566;SC=TCTGTGTTTTCCTTTGTAGAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=141858963;WS=141858951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr7	141871177	.	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=489;ReadPosRankSum=0.364;SC=CTGAGCACACGACTTTCAGAA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=40;WE=141871185;WS=141871167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,62:0.46:135
chr7	141872094	.	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=257;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GGGGGCAAGGGAAATGGAACA;SOR=1.340;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=18;WE=141872102;WS=141872073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr7	141873000	rs9986803	T	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=167;ReadPosRankSum=0.314;SC=TAAGAAATCTTTCTGGATGCA;SOR=0.753;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=16;WE=141873008;WS=141872990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr7	141883102	.	C	T	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=764;ReadPosRankSum=0.172;SC=ACAGTATCTCCCATTCATTAG;SOR=0.824;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=185;TCF=96;TCR=89;TR=61;WE=141883110;WS=141883092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,105:0.34:308
chr7	141885813	.	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr7	141885877	.	A	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr7	141896059	rs4236467	A	G	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=351;SC=ACACAGCTGCATGGGACCAGC;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=141896067;WS=141896049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	141897393	.	C	T	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=4.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,74:0.37:198
chr7	141897595	rs3110843	T	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=29;PP=848;SC=AAAAGCATTTTAAAGATCATC;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=141897603;WS=141897585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	141898023	rs4260813	C	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=-1.235;SC=TGTGAAGAACCAGTTTGGTCT;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=26;WE=141898031;WS=141898013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,52:0.38:138
chr7	141898522	rs2960768	T	A	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=36;PP=1050;SC=AAGAGCCTGCTATGAACACTC;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=141898530;WS=141898512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	141898680	rs2961065	T	C	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=39;SC=ATCCTGTGAGTGCTTTCTGAG;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=141898688;WS=141898670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	141899660	rs11402165	C	CT	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.736;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.126;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr7	141899904	.	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GAGAATTTTTCCAACTTTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=141899912;WS=141899894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr7	141901322	rs6963175	G	A	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	141901506	rs6464469	C	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=188;SC=TTTCTTGTTACTATTTTGTAA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=141901514;WS=141901496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	141908381	.	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=0.247;SC=AGATACCTATGAAAATGGAAA;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=20;WE=141908389;WS=141908371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr7	141920023	.	C	T	5703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.095;NF=118;NR=80;PP=2803;ReadPosRankSum=0.241;SC=CCACACCTTTCCCAACAAGTA;SOR=0.732;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=521;TCF=302;TCR=219;TR=198;WE=141920031;WS=141920013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:514,307:0.37:821
chr7	141920198	.	C	T	6459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=1001;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TACAACTGCCCCTTTCCCAAC;SOR=0.826;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=620;TCF=300;TCR=320;TR=226;WE=141920206;WS=141920188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:636,356:0.36:992
chr7	141952110	rs1052406	G	A	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=957;ReadPosRankSum=0.895;SC=TGCCAACATCGGCTCTCAAAA;SOR=0.839;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=63;WE=141952118;WS=141952100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,90:0.52:173
chr7	141955250	rs4470937	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=280;ReadPosRankSum=0.066;SC=TCCCAAAGGCCTTTCTAATCC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=14;WE=141955258;WS=141955240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
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chr7	141957623	.	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=5;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=343;ReadPosRankSum=0.094;SC=TGTAGAATTGGAAAAATATAT;SOR=0.148;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=8;WE=141957642;WS=141957613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr7	141957634	.	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=319;ReadPosRankSum=0.917;SC=AAAAATATATCATCTGAATTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=141957642;WS=141957613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr7	141957653	rs35443843	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr7	142001030	rs56095598	A	G	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=33;PP=1179;SC=GTGATCTTGCACTGTGTCCCC;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=142001038;WS=142001020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	142008453	.	C	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-2.109;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,11:0.09:117
chr7	142008469	.	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-1.770;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,14:0.10:140
chr7	142008477	.	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-1.212;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,15:0.10:149
chr7	142008484	.	T	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,14:0.09:157
chr7	142008491	.	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,16:0.10:165
chr7	142008502	rs370591069	TA	CG	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,19:0.11:178
chr7	142008515	.	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,21:0.12:182
chr7	142008529	rs367608484	C	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.826;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,24:0.12:194
chr7	142008533	.	CCG	C	542.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=2.076;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,24:0.12:194
chr7	142008536	.	T	TAC	545.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=2.220;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,24:0.13:191
chr7	142008542	rs373709044	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.900;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,26:0.14:191
chr7	142008573	rs375153223	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,26:0.16:158
chr7	142008577	rs369645839	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,25:0.16:155
chr7	142008581	rs371566486	CT	AC	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=4.266;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,24:0.16:153
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chr7	142008634	.	ACG	A	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,15:0.11:140
chr7	142008638	.	C	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-1.882;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,15:0.11:138
chr7	142008639	.	A	AGG	222.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-2.179;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,15:0.11:133
chr7	142008644	.	CA	TC	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,13:0.11:120
chr7	142008653	rs370721246	T	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,15:0.12:122
chr7	142008672	.	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,16:0.15:109
chr7	142008675	rs376217909	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.480;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,15:0.15:102
chr7	142008718	.	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,10:0.12:85
chr7	142008727	.	G	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,11:0.12:90
chr7	142008733	.	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,11:0.13:87
chr7	142008737	.	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-2.318;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,11:0.13:83
chr7	142008745	.	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.800;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=7.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-2.147;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,9:0.11:79
chr7	142008746	.	C	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=7.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-2.317;SOR=2.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,9:0.12:78
chr7	142008750	.	A	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.684;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=5.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-1.899;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,8:0.10:78
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chr7	142021521	rs72430962	TCA	T	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=592;ReadPosRankSum=-3.455;SC=TTTCTGCAACTCAGGGCTGGG;SOR=1.220;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=15;WE=142021530;WS=142021511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
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chr7	142028500	.	A	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.737;ClippingRankSum=0.000;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-17.576;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,52:0.14:377
chr7	142028506	.	CA	TG	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.541;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-17.749;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.648;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,53:0.14:383
chr7	142028533	.	C	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-17.175;QD=2.97;ReadPosRankSum=2.882;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,48:0.13:356
chr7	142028538	.	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQRankSum=-16.974;QD=3.05;ReadPosRankSum=2.454;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,48:0.14:348
chr7	142028540	.	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-16.789;QD=3.13;ReadPosRankSum=2.777;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,46:0.13:343
chr7	142028542	.	G	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.365;ClippingRankSum=0.000;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-16.822;QD=2.98;ReadPosRankSum=3.080;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,44:0.13:337
chr7	142028546	.	TC	CT	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-16.557;QD=2.70;ReadPosRankSum=3.154;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,42:0.13:329
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chr7	142028555	.	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.246;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-16.196;QD=2.88;ReadPosRankSum=1.475;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,41:0.13:307
chr7	142028578	.	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-13.944;QD=0.59;ReadPosRankSum=-2.667;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,34:0.14:236
chr7	142032115	rs10567930	CTG	C	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr7	142032161	rs149220181	TGA	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr7	142032571	.	G	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-4.204;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,36:0.17:215
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chr7	142032633	rs80121287	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=5.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,20:0.16:122
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chr7	142032646	.	GTGTACATAGTGCAA	ATGTACATAGTGCAA,ATGTACATGGTGAAG	2299	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=16,5;NR=42,7;PP=2299,475;QD=40.2374346991;SC=TTAAAAATGTGTGTACATAGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58,12;WE=142032668;WS=142032623;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:58
chr7	142032654	rs190649630	A	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
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chr7	142045446	rs56060483	G	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,21:0.17:120
chr7	142045449	rs371824542	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.905;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,20:0.16:124
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chr7	142045678	rs61750018	ACT	GTC	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,91:0.23:391
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chr7	142045690	rs61750021	A	G	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,95:0.23:409
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chr7	142099541	.	T	C	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DP=615;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-20.140;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:543,71:0.12:614
chr7	142099548	.	A	G	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=3.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-21.729;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:549,59:0.10:608
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chr7	142119831	rs361390	G	A	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=38;PP=2296;SC=CTAAGCTGCTGGCACAGCGAT;SOR=1.445;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=131;TCF=91;TCR=40;TR=121;WE=142119839;WS=142119821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	142120168	rs57417024	T	TCA	1825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=2038;ReadPosRankSum=-0.202;SC=TGTAGTCATCTCACACACACA;SOR=0.765;Source=Platypus;TR=52;WE=142120178;WS=142120156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,91:0.68:134
chr7	142124170	rs361452	C	T	5925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=60;PP=2856;SC=CACAGATGTCCGGGAGGGAGC;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=100;TCR=62;TR=159;WE=142124178;WS=142124160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr7	142124424	rs361449	T	G	6320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.871;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=3.916;NF=90;NR=75;PP=2768;ReadPosRankSum=2.656;SC=CAGCATTCACTGGACCTGCAG;SOR=0.036;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=165;WE=142124432;WS=142124414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,254:0.98:259
chr7	142124492	rs199752543	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=8.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-14.236;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,33:0.12:265
chr7	142124496	rs72463875	A	AG	650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=8.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-13.911;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=1.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,34:0.13:265
chr7	142124539	rs76007943	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=11.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQRankSum=-12.117;QD=1.58;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,40:0.19:216
chr7	142124610	.	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-8.191;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,12:0.17:69
chr7	142124612	.	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQRankSum=-8.066;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.565;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr7	142124616	.	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQRankSum=-7.624;QD=4.46;ReadPosRankSum=1.995;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr7	142124624	.	G	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQRankSum=-7.213;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.654;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr7	142124626	.	A	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQRankSum=-7.010;QD=5.96;ReadPosRankSum=2.186;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr7	142124629	.	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQRankSum=-6.938;QD=5.36;ReadPosRankSum=2.164;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr7	142131832	rs371240412	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-7.781;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,29:0.13:229
chr7	142131836	rs375356148	C	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-8.335;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,28:0.12:225
chr7	142131858	rs367836940	C	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-7.597;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.570;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,24:0.14:171
chr7	142131868	rs374575972	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-8.373;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.643;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,20:0.13:151
chr7	142131872	rs368030585	G	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-8.986;QD=3.20;ReadPosRankSum=-2.538;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,19:0.14:137
chr7	142131885	.	A	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=5.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-10.124;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=1.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,9:0.09:104
chr7	142131889	.	A	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=5.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-9.873;QD=0.77;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=1.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,9:0.09:99
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chr7	142139271	rs146977487	TG	CA	6188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.759;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=9.174;NF=83;NR=33;PP=2944;ReadPosRankSum=1.543;SC=GACTATGCCATGCTGTGGCTA;SOR=1.553;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=98;TCR=42;TR=116;WE=142139280;WS=142139249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,147:0.91:162
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chr7	142144022	rs371600923	T	C	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.107;HP=3;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.659;NF=68;NR=73;PP=1681;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CAAGGGGCCCTGCCCAGGACC;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=278;TCF=130;TCR=148;TR=141;WE=142144030;WS=142144012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,176:0.44:399
chr7	142144059	.	A	C	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.660;HP=3;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.605;NF=44;NR=65;PP=1794;ReadPosRankSum=-2.282;SC=AGAAAAGGCCACACAGCACAG;SOR=0.356;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=215;TCF=80;TCR=135;TR=109;WE=142144067;WS=142144049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,106:0.35:299
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chr7	142144101	.	C	T	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQRankSum=-9.060;QD=16.12;ReadPosRankSum=-1.333;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,69:0.42:164
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chr7	142148919	rs376682174	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=8.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=-15.521;QD=3.08;ReadPosRankSum=2.867;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,70:0.25:281
chr7	142148963	rs371195527	C	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=5.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-16.660;QD=3.22;ReadPosRankSum=2.517;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,58:0.14:407
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chr7	142149160	rs17217	T	G	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=9.155;NF=40;ReadPosRankSum=0.548;SC=TCAGAGTCACTTGCTGTCCTC;SOR=0.123;Source=Platypus;TCF=40;WE=142149168;WS=142149150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,135:0.98:138
chr7	142149349	rs140504979	A	C	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.394;NF=33;NR=33;PP=1272;ReadPosRankSum=-0.799;SC=CTCACCTGCTACCAGGAGACA;SOR=0.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=66;WE=142149357;WS=142149339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
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chr7	142162148	rs71877	C	T	6645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=107;PP=2965;SC=ATATCCTGGGCACACTGCAGT;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=88;TCR=107;TR=194;WE=142162156;WS=142162138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
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chr7	142162306	rs361442	A	G	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=13.893;NF=58;NR=81;PP=2602;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GGCCCTGTCCAGGACCCACCT;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=139;WE=142162314;WS=142162296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
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chr7	142168452	rs361355	C	A	16154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.84;QD=43.19;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr7	142168662	rs73742240	CG	TC	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=6.401;NF=36;NR=40;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GTGACTCCAGCGTCCACTGAG;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=76;WE=142168671;WS=142168652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,114:0.97:117
chr7	142168799	.	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-5.323;QD=1.31;ReadPosRankSum=1.313;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,11:0.10:108
chr7	142168803	.	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-5.116;QD=1.54;ReadPosRankSum=2.204;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,11:0.11:102
chr7	142168818	.	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQRankSum=-4.304;QD=2.64;ReadPosRankSum=3.594;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,11:0.14:81
chr7	142168819	rs361350	G	A	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=4.365;NF=17;NR=27;PP=2121;ReadPosRankSum=-3.643;SC=ACAAAGCAGCGCCCAGCAGAG;SOR=0.541;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=44;WE=142168847;WS=142168808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,71:0.87:82
chr7	142168825	.	C	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQRankSum=-3.947;QD=3.09;ReadPosRankSum=3.682;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,11:0.15:73
chr7	142168835	.	CA	TG	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQRankSum=-3.333;QD=4.44;ReadPosRankSum=3.173;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr7	142168839	.	G	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQRankSum=-3.099;QD=5.12;ReadPosRankSum=2.940;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr7	142168856	rs73742239	C	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.770;NF=8;NR=18;PP=725;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GCACAGTGGGCCAGGCAGCAC;SOR=0.846;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=26;WE=142168870;WS=142168846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr7	142168862	.	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.582;NF=1;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGGCCAGGCAGCACTGCACC;SOR=0.529;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=6;WE=142168870;WS=142168846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr7	142176378	rs361393	A	G	9473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=144;NR=100;PP=2965;SC=TGCTCTGTGCACTGGATCTTC;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=144;TCR=100;TR=244;WE=142176386;WS=142176368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr7	142176607	.	G	A	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1635;ReadPosRankSum=-1.147;SC=GGGACTGGGAGACTCCAGCAC;SOR=0.719;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=206;TCF=112;TCR=94;TR=101;WE=142176615;WS=142176597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,127:0.48:265
chr7	142180578	.	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.477;ClippingRankSum=0.000;DP=555;ExcessHet=3.0103;FS=13.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-23.434;QD=0.17;ReadPosRankSum=-2.530;SOR=2.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:514,37:0.07:551
chr7	142180584	rs373875376	TCC	T	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FS=15.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-24.306;QD=0.53;ReadPosRankSum=-3.456;SOR=3.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:548,45:0.08:593
chr7	142180591	.	TGG	T	562.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=8.834;ClippingRankSum=0.000;DP=629;ExcessHet=3.0103;FS=18.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-24.951;QD=0.90;ReadPosRankSum=-4.982;SOR=3.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:574,51:0.08:625
chr7	142180593	.	G	GTTTT	574.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=7.832;ClippingRankSum=0.000;DP=625;ExcessHet=3.0103;FS=18.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-24.870;QD=0.93;ReadPosRankSum=-4.735;SOR=3.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:570,51:0.08:621
chr7	142180596	.	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.716;ClippingRankSum=0.000;DP=628;ExcessHet=3.0103;FS=25.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-24.929;QD=0.82;ReadPosRankSum=-3.160;SOR=3.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:571,53:0.08:624
chr7	142180618	.	TG	CA	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.319;ClippingRankSum=0.000;DP=697;ExcessHet=3.0103;FS=7.828;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-20.410;QD=3.58;ReadPosRankSum=-5.059;SOR=1.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:591,103:0.15:694
chr7	142180625	.	T	C	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DP=696;ExcessHet=3.0103;FS=9.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-19.407;QD=4.36;ReadPosRankSum=-4.292;SOR=1.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:581,112:0.16:693
chr7	142180633	.	G	T	3297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.276;ClippingRankSum=0.000;DP=713;ExcessHet=3.0103;FS=9.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-18.778;QD=4.64;ReadPosRankSum=-2.040;SOR=1.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:589,121:0.17:710
chr7	142180635	.	T	G	3519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.749;ClippingRankSum=0.000;DP=709;ExcessHet=3.0103;FS=10.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-18.626;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.570;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:584,122:0.17:706
chr7	142180640	.	GA	TG	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.786;ClippingRankSum=0.000;DP=698;ExcessHet=3.0103;FS=10.181;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-17.480;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:567,128:0.18:695
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chr7	142180704	rs368420989	G	T	4010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-12.574;NF=66;NR=64;PP=1566;ReadPosRankSum=3.789;SC=TCGATACCAGGACATGTATTC;SOR=0.532;SbPval=0.33;Source=Platypus;TCR=232;TR=130;WE=142180712;WS=142180694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,221:0.36:609
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chr7	142180770	rs375278683	T	C	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-12.171;NF=41;NR=63;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CTTCAGGACCTGGAATTTTGG;SOR=0.756;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=311;TCF=134;TCR=177;TR=104;WE=142180778;WS=142180760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,128:0.32:401
chr7	142180818	rs377067235	AAGG	A	1400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=10.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-17.543;QD=3.55;ReadPosRankSum=3.385;SOR=1.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,60:0.15:395
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chr7	142197613	rs376535639	T	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-2.035;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr7	142197835	rs17280	C	T	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr7	142197986	rs148941368	T	C	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=26;PP=888;SC=GAGGGCCGCCTAGCAGAGGAG;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=42;WE=142197994;WS=142197976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	142206472	.	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-3.158;QD=3.93;ReadPosRankSum=-3.070;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr7	142206473	rs11764626	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=1.243;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr7	142206477	.	C	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-3.313;QD=3.55;ReadPosRankSum=-2.134;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,12:0.15:78
chr7	142206497	.	TG	CA	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-2.935;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,9:0.08:106
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chr7	142206525	.	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=5.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-5.231;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,18:0.13:139
chr7	142206531	.	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-5.378;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,18:0.12:146
chr7	142211193	rs6977669	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=227;ReadPosRankSum=0.043;SC=CTGGGTCACCCTCCCACCGCT;SOR=0.542;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=21;WE=142211201;WS=142211183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr7	142223845	.	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=9.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-8.732;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.237;SOR=2.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr7	142223942	rs368751965	A	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-10.318;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,25:0.18:141
chr7	142223948	.	TAC	T	621.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-10.357;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,25:0.17:146
chr7	142223951	.	A	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-10.425;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,24:0.17:145
chr7	142223953	.	T	TTC	600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-10.463;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,24:0.16:146
chr7	142223959	.	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-10.446;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,23:0.16:147
chr7	142223962	.	G	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-10.645;QD=3.13;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,22:0.14:154
chr7	142223964	.	A	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-10.682;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.535;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,21:0.13:157
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chr7	142223971	.	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-10.638;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,20:0.13:158
chr7	142223995	.	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=7.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-9.526;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.012;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,16:0.10:153
chr7	142223997	.	A	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=7.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-9.493;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,16:0.11:152
chr7	142224020	.	A	ATT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=6.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-9.980;QD=0.21;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,12:0.08:155
chr7	142231625	rs17249	C	A	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,68:0.45:151
chr7	142231694	.	T	C	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-3.947;QD=14.04;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,82:0.37:219
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chr7	142231701	rs17248	G	T	5294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-2.080;QD=24.18;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,163:0.74:219
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chr7	142231793	.	A	AT	1286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.961;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=26.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-5.193;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.513;SOR=2.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,38:0.31:124
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chr7	142231796	.	CCA	C	1257.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.369;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=22.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-5.221;QD=10.66;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=2.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,36:0.31:118
chr7	142231800	.	G	GA	1224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.403;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=22.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-5.161;QD=10.56;ReadPosRankSum=-2.489;SOR=2.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,36:0.31:116
chr7	142231805	.	C	CTG	1095.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.639;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=19.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-5.490;QD=9.45;ReadPosRankSum=-2.271;SOR=2.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,33:0.28:116
chr7	142231806	.	C	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=18.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-5.866;QD=9.89;ReadPosRankSum=-1.977;SOR=2.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,29:0.26:112
chr7	142231808	.	GCC	G	924.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=22.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-5.700;QD=8.26;ReadPosRankSum=-2.042;SOR=2.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,28:0.25:112
chr7	142231826	.	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.096;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=22.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-5.912;QD=5.50;ReadPosRankSum=-2.366;SOR=3.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,22:0.22:101
chr7	142232163	rs144354683	T	C	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=150;SC=TTCTCTTCCCTGCAGGAACAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=142232171;WS=142232153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	142242670	rs17219	T	G	6342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=75;PP=2707;SC=ATCTGAGAATTGGGCTGCTGT;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=139;WE=142242678;WS=142242660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr7	142247134	rs361363	T	C	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=39;PP=1804;SC=CAGAGATACATGGCTGAGTCC;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=106;WE=142247142;WS=142247124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	142247263	.	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=9.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-9.139;QD=0.97;ReadPosRankSum=-3.473;SOR=1.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,21:0.09:234
chr7	142247270	rs375846702	TG	CA	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=12.541;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-9.144;QD=1.61;ReadPosRankSum=-3.818;SOR=1.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,25:0.11:226
chr7	142247288	.	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.275;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=19.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-7.649;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=2.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,30:0.12:247
chr7	142247347	rs361359	AT	CC	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=9.359;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-6.604;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.243;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,53:0.22:237
chr7	142247380	rs374995027	T	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=8.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-6.103;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.695;SOR=1.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,36:0.18:198
chr7	142247396	.	A	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.496;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=9.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-5.206;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.539;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,31:0.16:196
chr7	142247410	rs56172210	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=8.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-5.495;QD=3.13;ReadPosRankSum=-1.688;SOR=1.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,27:0.14:187
chr7	142247417	rs370449003	AC	A	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=9.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-4.731;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.657;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,22:0.12:185
chr7	142247425	.	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=9.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-4.827;QD=1.82;ReadPosRankSum=-2.816;SOR=1.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,21:0.11:183
chr7	142247432	.	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=14.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-5.678;QD=0.58;ReadPosRankSum=-2.477;SOR=2.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,15:0.09:175
chr7	142247443	.	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.267;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=4.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-8.815;QD=0.61;ReadPosRankSum=-2.593;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,10:0.06:162
chr7	142247456	.	C	CACACGAATGCACACAGCCCACCCCT	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.388;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-10.148;QD=1.11;ReadPosRankSum=-3.229;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,9:0.06:159
chr7	142247474	rs372827613	T	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=2.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-11.484;QD=3.22;ReadPosRankSum=-3.922;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,24:0.14:174
chr7	142247478	rs368525308	G	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-11.077;QD=3.80;ReadPosRankSum=-3.569;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,25:0.15:170
chr7	142247486	.	G	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=5.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-10.389;QD=4.30;ReadPosRankSum=-2.457;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,30:0.17:175
chr7	142247494	.	C	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=5.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-9.674;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,30:0.19:162
chr7	142247517	rs361380	C	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-7.854;QD=0.82;ReadPosRankSum=1.556;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,21:0.16:131
chr7	142247529	.	GGC	G	1347.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-7.771;QD=9.42;ReadPosRankSum=2.175;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,40:0.28:143
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chr7	142247535	.	G	GAA	1374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=3.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-7.363;QD=9.82;ReadPosRankSum=2.512;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,40:0.29:140
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chr7	142247571	rs376050671	A	G	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=4.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-7.319;QD=17.37;ReadPosRankSum=2.183;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,66:0.46:142
chr7	142247605	rs370122363	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.785;NF=15;NR=19;PP=404;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CCAGATCAGGGTCACTGTGAG;SOR=0.320;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=34;WE=142247613;WS=142247595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,34:0.30:114
chr7	142250938	rs361439	T	G	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=54;PP=2107;SC=AGTGTCATGCTCCGTCCTGCT;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=103;WE=142250946;WS=142250928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	142250988	rs361437	G	A	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=59;PP=2483;SC=GATCCCAGCAGTCACTGGACC;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=125;WE=142250996;WS=142250978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr7	142251132	rs361436	G	T	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=51;PP=1575;SC=GGAGCCTGATGCTCATGGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=142251140;WS=142251122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	142326909	rs76454382	C	G	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=56;PP=2055;SC=ACTACTCACACATAGTAAATG;SOR=0.851;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=100;WE=142326917;WS=142326899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	142353577	rs71522189	C	CTTTGT	4875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=54;PP=2494;ReadPosRankSum=2.328;SC=CAGATCCAAGCTTTGTTTTGT;SOR=1.392;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=133;TCF=15;TCR=118;TR=62;WE=142353591;WS=142353567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr7	142364553	rs17254	G	A	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=33;PP=1136;SC=CTGGGCCTACGGTTGATCTAT;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=142364561;WS=142364543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	142378708	rs361418	T	G	7192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=69;PP=2933;SC=TAATTCCTCTTTGTTGGGTTT;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=89;TCR=69;TR=158;WE=142378716;WS=142378698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr7	142378831	rs76429157	C	G	7550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=93;PP=2965;SC=TTGTTATAGGCACAGGAAAGA;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=92;TCR=94;TR=185;WE=142378839;WS=142378821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr7	142423161	rs112325538	A	G	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=223;SC=AGGTGGAGACATTACAGAAAC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=142423169;WS=142423151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	142423289	rs17251	C	A	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=18;PP=1153;SC=ACATAGGCAACTTTTGGCCTT;SOR=1.190;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=57;WE=142423297;WS=142423279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	142423562	rs62001054	C	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=27;PP=1124;SC=AATGTTGAGGCGACTGATAAG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=142423570;WS=142423552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	142428611	rs361326	C	T	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=21;PP=996;SC=CCTACTATTTCGAGGTCTTTT;SOR=0.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=49;WE=142428619;WS=142428601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	142428626	rs361327	A	C	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=19;PP=1124;SC=TCTTTTATACAAAGCTCTTTT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=51;WE=142428634;WS=142428616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	142448199	rs112413030	GGGTGGAAA	G	1453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=2978;SC=TGTTAACACTGGGTGGAAAGG;SOR=0.811;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=142448214;WS=142448189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	142458304	.	T	A	968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=56;MMLQ=15;MQ=55.46;NF=22;NR=9;PP=968;QD=32.3474584693;SC=AGCCTCACTGTGCTTGTTAAG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=31;WE=142458324;WS=142458294;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:44,31:0.41:75
chr7	142458371	rs367779270	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-12.476;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,76:0.37:204
chr7	142458451	rs111033566	A	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=12.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-13.704;QD=1.67;ReadPosRankSum=-2.455;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,41:0.18:225
chr7	142458697	rs373299247	T	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=-4.249;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.541;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr7	142458700	rs376748793	G	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-4.319;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.891;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chr7	142458719	rs373298203	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-3.591;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.133;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr7	142458737	rs370066365	C	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-0.408;QD=3.60;ReadPosRankSum=-2.359;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,5:0.13:38
chr7	142458739	rs374137559	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-0.029;QD=3.51;ReadPosRankSum=-3.113;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr7	142458829	rs377669553	A	G	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-3.778;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,35:0.33:105
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chr7	142458841	rs375181092	AT	A	1230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.255;NF=6;NR=9;PP=1261;ReadPosRankSum=1.278;SC=GCAGGCAAGTATCTTTTGCTG;SOR=0.811;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=15;WE=142458851;WS=142458819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
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chr7	142458967	rs367567937	A	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=-4.142;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr7	142458972	rs371766102	T	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQRankSum=-4.242;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr7	142458987	rs375094420	C	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=81;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.301;NF=1;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=1.250;SC=TCTACCTCTGCTAACTGTAGA;SOR=1.501;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=7;WE=142458995;WS=142458977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr7	142459042	rs369844822	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.640;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	142459748	.	C	T	8328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.194;SC=ACAATGACATCATGTTAATCA;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=415;TCF=206;TCR=209;TR=246;WE=142459756;WS=142459738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,408:0.59:691
chr7	142460313	rs6666	T	C	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=4.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=6.537;NF=50;NR=47;PP=1246;ReadPosRankSum=-1.826;SC=AGTGCCTGGATGCTCCTGTGC;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=117;TCR=110;TR=97;WE=142460321;WS=142460303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,135:0.36:378
chr7	142460335	rs201550522	A	G	6752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-6.125;QD=20.40;ReadPosRankSum=1.622;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,211:0.64:331
chr7	142460339	rs200973660	G	A	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=2.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-1.430;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.320;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,100:0.32:317
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chr7	142460374	rs200070487	A	G	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=5.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQRankSum=-3.915;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.579;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,53:0.23:232
chr7	142460379	.	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=8.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-4.260;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.150;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,48:0.21:224
chr7	142460388	rs1804561	C	T	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=6.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQRankSum=-5.105;QD=5.37;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,40:0.19:214
chr7	142460394	rs377124851	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=-6.519;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,33:0.16:212
chr7	142460412	.	A	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.702;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=12.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-12.409;QD=6.85;ReadPosRankSum=-3.120;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,44:0.21:214
chr7	142460415	.	T	C	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.675;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=19.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-13.046;QD=6.11;ReadPosRankSum=-3.250;SOR=2.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,39:0.18:211
chr7	142460428	rs370303567	CCAA	C	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=6.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=30.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-14.905;NF=2;NR=28;PP=2945;ReadPosRankSum=-2.968;SC=GGTGATTTGACCAACCCTTCC;SOR=3.316;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=109;TCF=21;TCR=88;TR=30;WE=142460438;WS=142460402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,25:0.11:224
chr7	142460531	rs374907758	CA	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-9.301;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,10:0.11:88
chr7	142460556	rs374121411	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-7.887;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,10:0.14:69
chr7	142460569	rs377684105	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-6.710;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.588;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,6:0.11:53
chr7	142460603	rs370565903	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.311;NF=1;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-0.088;SC=ATGGGCCACCATGAGAAGGAC;SOR=0.330;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=6;WE=142460611;WS=142460593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr7	142460660	.	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.556;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-5.083;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,4:0.12:33
chr7	142460669	.	C	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-5.537;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,4:0.10:39
chr7	142460671	rs377695327	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-5.610;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.710;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,4:0.10:40
chr7	142460865	rs6667	T	C	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=69;PP=2476;SC=TAGCTGCCAATAGCTAAAGCC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=124;WE=142460873;WS=142460855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr7	142468205	.	A	C	3398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.286;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=3.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-14.094;QD=12.01;ReadPosRankSum=1.758;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,96:0.34:283
chr7	142468206	.	G	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.058;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-8.862;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,35:0.12:286
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chr7	142470450	.	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=24.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQRankSum=-7.147;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.575;SOR=4.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
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chr7	142470467	.	T	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.646;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=19.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQRankSum=-7.180;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.012;SOR=4.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr7	142470544	rs377545759	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=3.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-5.434;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.727;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,58:0.16:362
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chr7	142470597	.	G	A	11974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.960;ClippingRankSum=0.000;DP=812;ExcessHet=3.0103;FS=4.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-13.183;QD=15.10;ReadPosRankSum=7.287;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:460,333:0.42:793
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chr7	142470614	.	C	T	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DP=957;ExcessHet=3.0103;FS=1.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-2.543;QD=2.57;ReadPosRankSum=3.988;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:821,117:0.12:938
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chr7	142470683	.	C	CCT	3219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.052;ClippingRankSum=0.000;DP=887;ExcessHet=3.0103;FS=19.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-19.238;QD=3.95;ReadPosRankSum=-5.104;SOR=2.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:685,130:0.16:815
chr7	142470685	.	ATG	A	3209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.471;ClippingRankSum=0.000;DP=821;ExcessHet=3.0103;FS=18.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-19.867;QD=3.96;ReadPosRankSum=-5.345;SOR=2.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:691,119:0.15:810
chr7	142470691	rs10952531	G	C	16988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=773;ExcessHet=3.0103;FS=13.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=19.827;QD=22.12;ReadPosRankSum=6.813;SOR=0.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,656:0.85:768
chr7	142470693	.	T	C	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.255;ClippingRankSum=0.000;DP=762;ExcessHet=3.0103;FS=14.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-20.410;QD=3.52;ReadPosRankSum=-6.247;SOR=2.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:655,102:0.13:757
chr7	142470703	.	G	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.125;ClippingRankSum=0.000;DP=690;ExcessHet=3.0103;FS=19.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-23.882;QD=1.57;ReadPosRankSum=-4.293;SOR=2.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:625,64:0.09:689
chr7	142470707	.	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.983;ClippingRankSum=0.000;DP=678;ExcessHet=3.0103;FS=18.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-24.653;QD=0.87;ReadPosRankSum=-3.431;SOR=2.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:623,54:0.08:677
chr7	142470709	.	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.343;ClippingRankSum=0.000;DP=668;ExcessHet=3.0103;FS=16.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-25.230;QD=0.59;ReadPosRankSum=-3.192;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:617,50:0.07:667
chr7	142470759	.	C	T	3071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=0.000;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.342;NF=34;NR=80;PP=1602;ReadPosRankSum=0.072;SC=GCACCAAGTTCCTCATCTCTG;SOR=0.575;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=295;TCF=85;TCR=210;TR=114;WE=142470767;WS=142470749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,152:0.43:350
chr7	142478589	.	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=9.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-1.643;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr7	142478592	.	C	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,2:0.17:12
chr7	142478608	rs73742439	G	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=270;SC=TGCAGGAAAGGGCCGCTCTCC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=142478616;WS=142478598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	142478755	rs73742441	T	C	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=41;PP=2133;SC=GGAATGGTGATCCTCACCTCA;SOR=1.065;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=115;WE=142478763;WS=142478745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr7	142478771	rs201689354	A	AC	6991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=45;PP=2967;SC=CCTCACAGACACTCCTCTCTG;SOR=1.149;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=86;WE=142478779;WS=142478761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	142478881	.	T	TAG	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-10.864;QD=0.76;ReadPosRankSum=-3.466;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,38:0.09:423
chr7	142478897	rs73742442	T	C	13474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=162;NR=151;PP=2965;SC=TCATGCCCTGTCTCAGGCCCC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=163;TCR=154;TR=313;WE=142478905;WS=142478887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr7	142478905	.	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-14.345;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.743;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,50:0.10:499
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chr7	142479912	rs200484890	C	G	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=5.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQRankSum=-6.108;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.648;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,39:0.16:244
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chr7	142480052	.	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-5.749;QD=0.26;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,29:0.13:227
chr7	142480067	rs201659809	C	T	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=4;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.428;NF=12;NR=35;PP=2800;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CTGCTACAAGCCGTAAGTGTG;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=123;TCF=34;TCR=89;TR=47;WE=142480103;WS=142480057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,67:0.40:169
chr7	142480079	rs371397657	T	G	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=-9.977;QD=13.68;ReadPosRankSum=-2.696;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,52:0.39:133
chr7	142480083	.	A	C	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQRankSum=-10.385;QD=14.61;ReadPosRankSum=-3.427;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,49:0.39:125
chr7	142480095	rs374574556	G	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=3;HapScore=4;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.449;NF=4;NR=23;PP=1741;ReadPosRankSum=-2.915;SC=TGACTGCAAAGCTCCCAGCCA;SOR=1.075;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=27;WE=142480103;WS=142480057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr7	142480126	rs374398930	C	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.819;HP=2;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.599;NF=0;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=-3.203;SC=GAGAGCTTGGCTTCAGCCCAG;SOR=1.873;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=13;WE=142480156;WS=142480116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr7	142480137	rs57353422	A	G	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.74;QD=43.06;SOR=2.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	142480137	.	AGAACTACTGAG	GGAAGTACTGAC,GGAAGTACTGAG	966	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=59;MMLQ=25;MQ=54.24;NF=4,6;NR=19,29;PP=966,171;QD=44.7594728201;SC=TTCAGCCCAGAGAACTACTGA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=23,35;WE=142480156;WS=142480116;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:40
chr7	142480141	rs55775033	C	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.51;QD=44.80;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	142480148	rs10808021	G	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=5.359;QD=19.20;ReadPosRankSum=2.555;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,26:0.90:29
chr7	142481234	rs57725689	T	C	22001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=247;NR=241;PP=2965;SC=AACAGGATTATTCTGAACAAT;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=490;TCF=249;TCR=241;TR=488;WE=142481242;WS=142481224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,826:1.00:826
chr7	142481376	rs73740310	T	A	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=118;PP=2965;SC=CCCTGAGCTCTGGGGGTGAGT;SOR=1.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=36;TCR=118;TR=153;WE=142481384;WS=142481366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr7	142481807	rs4726591	C	T	5742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=58;PP=2800;SC=AGTGCCTGGACGCTCCTGTGC;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=144;WE=142481815;WS=142481797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr7	142481867	rs59320698	C	G	7354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=91;PP=2965;SC=TTACCAGCAACATGTTCTGTG;SOR=0.947;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=121;TCR=91;TR=210;WE=142481875;WS=142481857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr7	142481905	.	C	T	4698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=78;PP=2374;ReadPosRankSum=-2.034;SC=GGCAAGGATTCCTGCCAGGTG;SOR=0.583;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=239;TCF=121;TCR=118;TR=152;WE=142481913;WS=142481889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,218:0.65:336
chr7	142482184	rs73740312	A	C	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=11;PP=1028;SC=TCCATCTCTCAATAAAACTTG;SOR=1.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=142482192;WS=142482174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	142482376	.	A	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=-14.627;QD=0.94;ReadPosRankSum=-3.388;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,34:0.16:217
chr7	142494606	rs2071361	C	G	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	142495126	rs12532977	GG	AT	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=30;PP=2725;SC=TGCATGCGGGGGTGCACCTCC;SOR=0.968;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=73;WE=142495135;WS=142495116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	142495308	rs56352733	G	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=25;PP=717;SC=CGCTCCTGGGGAAAGACTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=142495316;WS=142495298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	142498687	rs1799887	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-3.238;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,22:0.17:127
chr7	142498699	.	A	G	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.392;QD=8.81;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,45:0.26:172
chr7	142498702	.	C	T	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.403;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,46:0.26:177
chr7	142498705	.	ATT	A	1800.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.373;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,50:0.26:189
chr7	142498708	.	A	ACC	1800.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.671;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=2.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.329;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,53:0.27:195
chr7	142498735	rs377360215	A	C	3500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.919;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,103:0.35:291
chr7	142498738	rs370415932	C	G	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.860;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,112:0.37:304
chr7	142498751	rs375334380	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=2.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.827;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,65:0.20:323
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chr7	142499071	rs1042960	T	C	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,122:0.47:257
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chr7	142500409	rs11327	T	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=0.303;SC=AATAAAAAATTGTGTGTTGGG;SOR=0.184;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=142500417;WS=142500399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	142510174	rs17270	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr7	142510309	rs17269	A	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=364;ReadPosRankSum=0.440;SC=AGTCACTGAGAAGGAGCTTCT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=36;WE=142510317;WS=142510299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,48:0.36:134
chr7	142510350	rs17268	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=443;ReadPosRankSum=1.384;SC=CGGTCCTGGGGTCTGGAGGCT;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=42;WE=142510358;WS=142510340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,58:0.37:158
chr7	142510446	rs17267	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=307;ReadPosRankSum=-2.131;SC=GCAGCCTGTCGGTACCAGTAT;SOR=0.852;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=27;WE=142510454;WS=142510436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,48:0.32:149
chr7	142566163	rs6944571	C	G	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=1582;ReadPosRankSum=0.248;SC=CTCCCTTGTGCCCTCCGCTGG;SOR=0.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=280;TCF=134;TCR=146;TR=109;WE=142566171;WS=142566153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,147:0.37:399
chr7	142572567	.	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=237;ReadPosRankSum=-1.924;SC=GGGGGCTCTGGAGCTAAGGTT;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=16;WE=142572575;WS=142572557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr7	142583330	rs17881456	A	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=710;SC=AGCCTTGGGGACACATCAGCC;SOR=1.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=36;WE=142583338;WS=142583320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	142625417	rs4252416	A	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=-1.476;SC=CAGTTGCCCAACCCTTGAGAC;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=22;WE=142625425;WS=142625407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr7	142626549	rs4236480	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=483;ReadPosRankSum=-0.957;SC=GCGGGGACTACGGCGGAAGGC;SOR=0.726;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=34;WE=142626557;WS=142626539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,41:0.35:116
chr7	142626773	rs4236481	A	C	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=794;ReadPosRankSum=0.715;SC=TGCTAGACTTATGCCCTGGGC;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=52;WE=142626781;WS=142626763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,62:0.53:118
chr7	142627048	.	T	A	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=1120;ReadPosRankSum=-0.864;SC=CTCCTGACCCTCCATCACCCC;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=80;TCR=59;TR=78;WE=142627056;WS=142627038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,134:0.59:226
chr7	142627138	rs4252402	G	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=3.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,106:0.39:272
chr7	142627580	rs4252400	G	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=-0.876;SC=GAGACAGTCAGAGCAGAATGA;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=20;WE=142627588;WS=142627570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr7	142639321	rs8176044	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.130;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr7	142639502	.	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=0.112;SC=AGCTGTGGCGGGAGGTGGCCG;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=12;WE=142639510;WS=142639492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr7	142640645	.	G	A	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=626;ReadPosRankSum=1.644;SC=GTCAGATACCGAATAGTAAGC;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=39;WE=142640653;WS=142640635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr7	142649679	.	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=264;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AGGGCTGGAGAAAGGGTCACC;SOR=0.907;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=19;WE=142649687;WS=142649669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr7	142649694	.	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=0.870;SC=GTCACCACCAGCCCTAAGATC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=19;WE=142649702;WS=142649684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr7	142659166	.	C	T	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=1.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,173:0.33:519
chr7	142723959	.	C	T	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=365;ReadPosRankSum=0.341;SC=GTCTGCATCCCAGGAAGAGCA;SOR=0.771;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=31;WE=142723967;WS=142723949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,47:0.39:122
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chr7	142836203	rs73170678	A	T	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=2.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,99:0.38:258
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chr7	143029371	rs2367941	G	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=158;SC=TCAAATATTGGTTTTTTGTGT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=143029379;WS=143029361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	143029983	rs7794560	T	C	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=567;ReadPosRankSum=0.191;SC=CTCCTGACACTAGCAACACCC;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=47;WE=143029991;WS=143029973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,87:0.37:233
chr7	143036318	rs2272253	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr7	143036337	rs2272252	C	T	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=340;ReadPosRankSum=-1.391;SC=ACGCTTCTTTCTACTCCAGTT;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=28;WE=143036345;WS=143036327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,62:0.63:99
chr7	143036548	rs6464542	T	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=809;ReadPosRankSum=1.557;SC=TTCTGAAAACTGAGAGCAAGG;SOR=0.695;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=49;WE=143036556;WS=143036538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
chr7	143039311	rs940864	A	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=519;ReadPosRankSum=-1.847;SC=CTGAGCTTAGAGTTAAAGTTT;SOR=1.039;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=30;WE=143039319;WS=143039301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr7	143042552	rs10952548	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=82;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TCAGGAGTGCGGAGCGCGGTG;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=8;WE=143042560;WS=143042542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	143042837	rs2272251	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=0.118;SC=AGGACGAAGACCTCTCTGGCA;SOR=0.552;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=9;WE=143042845;WS=143042827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr7	143043240	rs13438232	C	T	3688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1063;ReadPosRankSum=2.898;SC=CAGCTTCCTCCTTCCCTTGCT;SOR=0.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=76;WE=143043248;WS=143043230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,178:0.58:307
chr7	143043377	rs56680997	C	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=548;ReadPosRankSum=0.419;SC=CCCAACTCACCCCTTGTGGGT;SOR=0.500;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=37;WE=143043385;WS=143043367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr7	143043607	rs2242492	G	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=451;ReadPosRankSum=0.958;SC=TTAGGCACTGGGTGGGGCCCC;SOR=0.542;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=29;WE=143043615;WS=143043597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr7	143047375	rs41277416	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=0.514;SC=TTCTGGGCAGCGGCTAGGAGG;SOR=0.599;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=12;WE=143047383;WS=143047365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr7	143054585	rs6958357	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=587;SC=GGGGTAGGAAAACATCTTAGT;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=143054593;WS=143054575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	143078928	rs10808025	C	G	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=29;PP=849;SC=GGGGGGCAGTCGTTTCGGGAA;SOR=3.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=33;WE=143078936;WS=143078918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	143085822	rs41277428	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=294;ReadPosRankSum=1.029;SC=GCTGTGGGGTGCCGGTTCCCT;SOR=0.724;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=31;WE=143085830;WS=143085812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,56:0.35:158
chr7	143088823	rs1804527	T	C	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1027;ReadPosRankSum=2.342;SC=CGGTTCGATATGGGATCCCAT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=85;WE=143088831;WS=143088813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,119:0.55:215
chr7	143088867	rs6967117	T	C	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=981;ReadPosRankSum=-1.933;SC=CGAAGAGTCATCCTGTGGGAC;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=63;WE=143088875;WS=143088857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
chr7	143097100	rs4725617	A	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=550;ReadPosRankSum=-0.885;SC=GGAGCCAGACACAAGGTCTCG;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=38;WE=143097108;WS=143097090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr7	143104816	rs7794735	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=-1.004;SC=GGGGGAGGAGGTGCCCCTGCA;SOR=0.204;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=15;WE=143104824;WS=143104806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr7	143105830	rs12703524	C	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=0.748;SC=CCTTGGCGCGCGCCCCCGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=143105838;WS=143105820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	143105854	.	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=0.841;SC=GCGGGGCGCAGAGCAGCAGCA;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=6;WE=143105862;WS=143105844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr7	143141475	rs4595035	T	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	143175154	rs1404635	G	A	6245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=74;PP=2638;SC=TGGTTGGGACGGTGCACAACT;SOR=0.738;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=152;WE=143175162;WS=143175144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	143175345	rs10278721	C	T	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=45;PP=1285;SC=TGGAGGTTCCCAGGGTGGGTG;SOR=1.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=143175353;WS=143175335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr7	143632618	rs2240359	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=484;ReadPosRankSum=0.673;SC=CAGAGCTGTGCAGCCCAGTTA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=30;WE=143632626;WS=143632608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr7	143632833	rs13229174	A	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.374;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=851;ReadPosRankSum=1.248;SC=GCCCATGTGCACTAACAAGTT;SOR=0.738;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=57;WE=143632841;WS=143632823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,70:0.57:123
chr7	143632984	rs61740239	G	A	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.440;NF=29;NR=20;PP=779;ReadPosRankSum=0.543;SC=TCCTACATCCGGATCATCTCC;SOR=0.435;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=49;WE=143632992;WS=143632974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,68:0.49:139
chr7	143633157	rs13235235	T	C	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1489;ReadPosRankSum=0.727;SC=CTCTGTCTTCTATGCCATTGT;SOR=0.984;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=168;TCF=78;TCR=90;TR=91;WE=143633165;WS=143633147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,128:0.54:236
chr7	143633297	rs984764	A	G	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=35;PP=969;SC=ACATTACTTTAAGAAGAAGCT;SOR=2.137;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=143633305;WS=143633287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	143657747	.	C	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-2.119;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,42:0.28:152
chr7	143657801	rs2072166	A	G	6219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=74;PP=2622;SC=CTCACCTCACAGTGGTTGCCC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=159;WE=143657809;WS=143657791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr7	143701884	rs728275	C	T	3624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=47;PP=1782;ReadPosRankSum=0.326;SC=TTATCCATGCCTTCAACATGA;SOR=0.889;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=200;TCF=108;TCR=92;TR=110;WE=143701892;WS=143701874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,166:0.57:289
chr7	143747706	rs149614119	C	T	5050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=60;PP=2008;ReadPosRankSum=1.566;SC=ATTGATATTTCGTATGCTTCC;SOR=0.575;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=125;TCR=101;TR=131;WE=143747714;WS=143747696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,233:0.65:360
chr7	143747870	rs2961144	A	G	3808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=71;PP=1836;ReadPosRankSum=0.512;SC=GTACATGGCTATCTGCCACCC;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=73;TCR=109;TR=118;WE=143747878;WS=143747860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,174:0.63:278
chr7	143748098	rs6464573	G	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CATCTTTGCTGCTTCAGTGTT;SOR=1.129;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=31;WE=143748106;WS=143748088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr7	143748257	rs6464574	G	A	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.231;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.727;NF=29;NR=15;PP=646;ReadPosRankSum=0.997;SC=CTTTGGCAGCGCCATTGTCAT;SOR=1.278;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=44;WE=143748265;WS=143748247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,58:0.59:98
chr7	143748364	rs4407791	T	C	3233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,149:0.72:207
chr7	143771522	.	C	T	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=2196;ReadPosRankSum=1.059;SC=TCGTCGACATCGCCTGTGCTT;SOR=0.953;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=50;WE=143771544;WS=143771512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr7	143771536	rs6951485	G	A	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=2196;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TGTGCTTGCAGCACGGTGCCC;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=61;WE=143771544;WS=143771512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,73:0.63:115
chr7	143771937	rs2961135	G	C	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=1269;ReadPosRankSum=-1.419;SC=GCTGGTGGGAGCCTTCTTTTC;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=72;WE=143771945;WS=143771927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,99:0.62:159
chr7	143792991	rs34947817	G	A	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,114:0.60:189
chr7	143793162	rs34470072	A	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=658;ReadPosRankSum=1.226;SC=CTGAGTGTGTAAGCATGGTTC;SOR=0.505;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=41;WE=143793170;WS=143793152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr7	143806688	rs10230228	C	A	4560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.63;ReadPosRankSum=1.346;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,117:0.61:193
chr7	143806695	.	G	A	4658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.89;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,118:0.61:195
chr7	143806744	rs201786887	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=509;ReadPosRankSum=-2.272;SC=CAGCACTGGCGATTCTCCTCT;SOR=0.520;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=36;WE=143806752;WS=143806734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,68:0.35:192
chr7	143807304	rs10252253	T	C	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=3.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,156:0.54:287
chr7	143807401	.	C	T	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=989;ReadPosRankSum=-1.507;SC=CCTGCTCCTCCCACCTGTGTG;SOR=0.885;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=53;WE=143807409;WS=143807391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr7	143807666	rs10249545	A	G	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=35;PP=803;ReadPosRankSum=-1.038;SC=AATTTTGAATATATTTTGTAG;SOR=1.065;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=42;WE=143807674;WS=143807656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr7	143807763	.	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	143826603	rs2961160	G	T	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1207;ReadPosRankSum=2.723;SC=CGTTACAATAGCCTCATGAGC;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=71;WE=143826611;WS=143826593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,101:0.55:185
chr7	143826697	rs2961161	C	G	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=913;ReadPosRankSum=1.210;SC=TCATCCTGAGCCTGCCCTTCT;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=56;WE=143826705;WS=143826687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,68:0.56:121
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chr7	144068163	rs146660641	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.80;MQRankSum=0.660;QD=19.21;ReadPosRankSum=0.679;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr7	144068336	.	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.34;MQRankSum=-4.165;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,32:0.19:169
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chr7	144094613	rs1208216	G	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=264;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TGGCAAACAGGGGTCACTCCA;SOR=0.807;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=22;WE=144094621;WS=144094603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr7	144095600	rs2699503	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=-1.303;SC=GAGAACTGGAAGGGTCCTGGC;SOR=0.856;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=6;WE=144095608;WS=144095590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr7	144095713	.	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr7	144096068	rs2525702	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=0.426;SC=CCACAGGGGCCGTCCTTGTGG;SOR=1.302;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=11;WE=144096076;WS=144096058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr7	144096598	rs11769847	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=0.059;SC=AGAATGAAGACTGTAGCTTTG;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=21;WE=144096606;WS=144096588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr7	144096839	rs757388	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=222;ReadPosRankSum=-0.389;SC=AGAAAGAGGAAGAATTCTGAC;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=14;WE=144096847;WS=144096829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr7	144098330	.	G	A	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=775;ReadPosRankSum=-2.833;SC=ACCCGGAGATGATGTTGGGGC;SOR=0.908;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=53;WE=144098338;WS=144098320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,80:0.55:146
chr7	144098896	rs727712	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr7	144098922	rs727713	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=-0.931;SC=ATTCTGAGACGGCGTTAGCTC;SOR=0.723;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=20;WE=144098930;WS=144098912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr7	144098992	rs727714	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=350;ReadPosRankSum=0.292;SC=CCAGACACCAGGGGTATGAGT;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=31;WE=144099000;WS=144098982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,48:0.38:127
chr7	144100595	rs2525703	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=3;PP=262;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GCAGTGAGGTCGGCCTCCTCC;SOR=1.270;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=13;WE=144100603;WS=144100585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr7	144100874	rs375024030	ACGGGC	A	576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=438;ReadPosRankSum=0.096;SC=TGCAGCCCGCACGGGCCGGGC;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=10;WE=144100886;WS=144100864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr7	144107279	rs1208179	A	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=290;ReadPosRankSum=1.839;SC=TGTCCCAGGTACCCTCCAGGT;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=23;WE=144107287;WS=144107269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
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chr7	144227919	rs17169932	C	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=-1.840;SC=TGTCTTGATTCTTAACTGCAA;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=18;WE=144227927;WS=144227909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
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chr7	144462951	rs3779087	C	T	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr7	144707180	.	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=0.256;SC=TCTTGCAGTTCCTGATATGTC;SOR=1.371;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=144707188;WS=144707170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	145601076	.	C	T	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=-1.615;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,103:0.60:172
chr7	146471315	rs372332415	C	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-1.199;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,86:0.61:141
chr7	146536777	.	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=313;ReadPosRankSum=0.483;SC=TATTCATTTTCCCATCTTACC;SOR=0.979;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=22;WE=146536785;WS=146536767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr7	146536792	.	C	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=296;ReadPosRankSum=1.946;SC=CTTACCTCTGCCCATCTTCAG;SOR=1.161;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=25;WE=146536800;WS=146536782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr7	146536824	.	C	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=510;ReadPosRankSum=1.687;SC=TGGTCTCCATCAGACAGCGAC;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=39;WE=146536832;WS=146536814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,62:0.57:109
chr7	146537016	.	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=-1.840;SC=TGGCAGGAAAGCAAAGACACA;SOR=0.749;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=18;WE=146537024;WS=146537006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr7	146805228	rs35167289	T	TG	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTATTTTTTTTTTTGTTTTAG;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=146805236;WS=146805218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	146829338	.	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.915;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.266;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=253;ReadPosRankSum=2.846;SC=ATTTTACAGGGAAATTTGAGC;SOR=0.246;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=22;WE=146829346;WS=146829328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr7	146997203	rs2692185	T	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=507;ReadPosRankSum=-2.712;SC=AATTTTAAGATAAAAATGACT;SOR=0.845;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=37;WE=146997211;WS=146997193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr7	147074998	rs6945709	G	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=177;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TTATAAAAATGTTTAATTGGG;SOR=1.432;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=147075006;WS=147074988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr7	147075048	.	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=84;ReadPosRankSum=1.522;SC=TAAATGTTCTGGAAAATTCTT;SOR=0.892;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=8;WE=147075056;WS=147075038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr7	147092615	rs700308	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	147336191	.	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=199;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TGTTTTTCTCCCCACAGAGGA;SOR=0.317;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=16;WE=147336199;WS=147336181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr7	147336308	.	G	A	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=707;ReadPosRankSum=-1.460;SC=CGCCTCCATGGACCAGATAAG;SOR=0.505;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=52;WE=147336316;WS=147336298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,73:0.53:139
chr7	147600604	rs2538962	C	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=434;ReadPosRankSum=0.502;SC=GTGTGGCAGTCTAATGACTGA;SOR=0.594;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=34;WE=147600612;WS=147600594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr7	147869670	rs2074711	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=251;ReadPosRankSum=0.151;SC=TACCTTATTCTGAGGTTAAGA;SOR=1.670;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=19;WE=147869678;WS=147869660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr7	147926888	rs3779032	A	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=509;ReadPosRankSum=-1.600;SC=ATACATGTACATATAAATTAC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=40;WE=147926896;WS=147926878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,59:0.35:167
chr7	147963983	rs10248273	G	C	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=449;SC=TTTTCTCGGGGTGGTGTTTTA;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=147963991;WS=147963973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	148080647	rs1637841	T	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=239;ReadPosRankSum=0.032;SC=GAAACCTAAATGTAAGCTTTG;SOR=0.250;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=14;WE=148080655;WS=148080637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr7	148080887	.	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.061;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=-1.064;SC=CATCCAGGGCGAGCTGGTGGA;SOR=0.463;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=24;WE=148080895;WS=148080877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,55:0.37:147
chr7	148080968	.	C	T	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=120;ReadPosRankSum=0.553;SC=GCACCTGGATCACCTGGATTC;SOR=0.985;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=11;WE=148080976;WS=148080958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr7	148106465	.	C	CTCTT	1986	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=59.64;NF=18;NR=17;PP=1986;QD=57.4;SC=TGACACTTGACTCTTTCTTTC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=35;WE=148106498;WS=148106455;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,35:0.81:43
chr7	148106475	rs72268642	C	CTT	3916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.57;ReadPosRankSum=-1.741;SOR=1.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr7	148106477	.	C	G	1600	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=59.97;NF=48;NR=30;PP=1600;QD=20.9586052891;SC=CTTTCTTTCTCTACAGCCAGT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=78;WE=148106498;WS=148106455;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	148106477	.	C	CTG	5135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=1.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	148106490	rs9648691	G	A	5706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=39;PP=1798;SC=CAGCCAGTGCGGATTTTCCAT;SOR=0.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=91;WE=148106498;WS=148106455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	148106654	rs13241417	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=454;ReadPosRankSum=1.692;SC=AAAAAAAGTTTTCTAGGTTTT;SOR=1.016;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=26;WE=148106662;WS=148106644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr7	148131742	rs2108673	G	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	148143088	rs16883946	G	C	4428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=51;PP=2185;SC=CCTGGCCTATGCAGGCATGGA;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=110;WE=148143096;WS=148143078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	148143136	rs2530301	A	G	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=52;PP=1843;SC=CCTGGGCCTCACGCCAGGGTC;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=109;WE=148143144;WS=148143126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	148311115	rs11434056	G	GT	1589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=14;PP=888;SC=CAATTTGTTTGTTTGTTTGTT;SOR=1.009;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=21;WE=148311123;WS=148311105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	148312382	rs6962115	T	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=544;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AGGTAAATCATCCTGAGATAA;SOR=0.499;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=37;WE=148312390;WS=148312372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr7	148312520	rs6962292	T	C	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=516;ReadPosRankSum=-1.022;SC=AAGAGTCACATCTCTAAATTT;SOR=0.866;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=34;WE=148312528;WS=148312510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr7	148457664	rs117370222	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=0.910;SC=TTTAGCATATACAGCTTTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=8;WE=148457672;WS=148457654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr7	148463860	rs1014095	T	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=502;SC=TAATTATCTGTAGTTTTGATA;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=148463868;WS=148463850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	148464675	rs6956231	T	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=537;SC=TGCAAAATTTTTTTCAGTGCA;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=148464683;WS=148464665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	148480990	rs10271133	C	T	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.624;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.901;SC=AAGGTAGGTGCGTGAGGGTTG;SOR=0.917;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=66;WE=148480998;WS=148480980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,76:0.66:116
chr7	148483760	rs2072406	G	A	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=19;PP=527;SC=AATGTTATTTGTAGATGGCCT;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=148483768;WS=148483750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	148487329	rs933436	G	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=205;SC=TGGAACAGTGGGCTTTACTTA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=148487337;WS=148487319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	148487395	rs2007404	T	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=13;PP=547;SC=GCTGTCCTTTTATCTAGTTGG;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=30;WE=148487403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	148504716	rs3217095	AG	A	1869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=1096;ReadPosRankSum=0.850;SC=GTTTCAGAGGAGGGGGGAGGA;SOR=0.955;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=38;WE=148504724;WS=148504706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr7	148504854	rs55877618	A	AGACTT	2281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=27;PP=638;SC=ACATGTGCTGAGACTTAACAC;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=29;WE=148504863;WS=148504844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	148506064	rs740949	A	G	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=46;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AAAGTGACCCATCAAAAGAAG;SOR=0.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=112;WE=148506072;WS=148506054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr7	148508833	rs2072407	A	G	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	148543525	rs10274535	A	G	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	148543693	rs3214332	TA	T	2009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.163;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.438;NF=3;NR=61;PP=1021;ReadPosRankSum=1.028;SC=AACATACTCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.538;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=75;TCF=5;TCR=70;TR=64;WE=148543702;WS=148543683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,109:0.96:113
chr7	148638572	rs2035216	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=-1.573;SC=AGACTCACAGGATAACACAGT;SOR=0.941;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=9;WE=148638580;WS=148638562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr7	148700766	rs71667922	TA	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.94;MQRankSum=0.875;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr7	148705221	rs2306172	A	G	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=12;PP=611;SC=CGGGGTGTCCAGGGCTGGCAT;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=148705229;WS=148705211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	148768748	.	C	T	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=901;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CGCCACACTCCGAGCAGGAGC;SOR=0.900;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=56;WE=148768756;WS=148768738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,81:0.55:148
chr7	148778355	rs34939910	C	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TGGTGAAACCCCACCTCTACT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=148778363;WS=148778345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr7	148801091	rs11525060	G	A	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1316;ReadPosRankSum=-1.585;SC=GGCTTTTCAGGTTTCCCTTGA;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=87;WE=148801099;WS=148801081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,136:0.65:210
chr7	148801170	rs150412959	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=686;ReadPosRankSum=0.074;SC=CAGGTGCTCGGTGAGCTGAGA;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=55;WE=148801178;WS=148801160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,81:0.36:226
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chr7	148801658	rs1137432	C	T	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=841;ReadPosRankSum=0.784;SC=TCCCAATGTGCTGCAGCCCGT;SOR=0.678;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=60;WE=148801666;WS=148801648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,91:0.66:138
chr7	148809451	rs6464938	T	C	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=580;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TTTGGCCGGGTGTGGTGGCTC;SOR=0.712;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=47;WE=148809459;WS=148809441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr7	148823366	rs10251621	A	G	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=57;PP=1328;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GCCCCAACCCAACTCCCAGGT;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=46;TCR=90;TR=86;WE=148823374;WS=148823356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,126:0.61:207
chr7	148844884	rs2693317	G	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=394;ReadPosRankSum=0.570;SC=CGCGAGTGTTGTGAGCCCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=36;WE=148844892;WS=148844874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,74:0.43:173
chr7	148848257	rs917122	T	C	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,94:0.66:142
chr7	148848358	rs917123	G	A	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=39;PP=962;ReadPosRankSum=1.970;SC=ATTCAAGGCCGGAGGTTAGCT;SOR=0.886;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=57;WE=148848366;WS=148848348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,92:0.70:131
chr7	148851027	rs1202440	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=498;ReadPosRankSum=0.099;SC=CATCTTTCCACTGCATGCAGA;SOR=1.101;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=41;WE=148851035;WS=148851017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,55:0.40:136
chr7	148851213	rs917124	G	A	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=940;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TCCTACACCTGGAAGGTCGGA;SOR=0.640;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=60;WE=148851221;WS=148851203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,96:0.52:186
chr7	148863414	rs71990250	CAGCTCCA	C	1921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.938;NF=0;NR=29;PP=1540;ReadPosRankSum=-0.410;SC=GAAGTGACAGCAGCTCCAAGA;SOR=1.811;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=29;WE=148863428;WS=148863404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr7	148873497	rs1568944	T	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=-2.078;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr7	148875632	rs1202461	T	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=278;SC=CCTTCTGCTGTATTTCTGATC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=148875640;WS=148875627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	148903984	rs12537763	G	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=693;SC=ATTTGTCCACGTTAGCACCGC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=148903992;WS=148903974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	148904293	rs147860582	C	CAAGGTTCTTCATAAG	981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=2957;SC=GACTCGTTTTCAGATTACCCG;SOR=2.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=148904301;WS=148904283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	148904343	rs6464946	A	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=14;PP=750;SC=GACACCCAGGAGGAGAGGGGG;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=148904351;WS=148904333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	148904624	rs7784122	C	T	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=26;PP=724;SC=GCCGGCTTTCCGCACACTGCT;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=148904632;WS=148904614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	148907849	rs10952805	G	A	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	148909687	rs1202425	C	T	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=2;PP=37;SC=ATTTTTTGTTCTTTGAGACGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=148909695;WS=148909677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	148921732	rs11547158	G	A	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=743;ReadPosRankSum=-1.537;SC=CCTCCTGAGCGAGACTAGGGC;SOR=0.453;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=24;TCR=96;TR=48;WE=148921740;WS=148921722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,71:0.46:154
chr7	148936762	rs111428978	A	ACGG	2077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=635;SC=TGGCATCAACACGGCGGCGGC;SOR=0.866;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=148936770;WS=148936758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	148936878	rs11548535	G	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.101;NF=11;NR=9;PP=257;ReadPosRankSum=1.730;SC=CCATGGCGGAGTCGGCGCCTG;SOR=0.296;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=20;WE=148936886;WS=148936868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr7	148937136	rs1202427	C	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=31;PP=936;SC=ACTTCTCTGACGCTTGCTTTA;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=148937144;WS=148937126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	148947698	rs4725801	A	G	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=514;ReadPosRankSum=0.908;SC=TTTAATATGTAAGCACCTCAG;SOR=0.462;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=32;WE=148947706;WS=148947688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr7	148950023	rs10487889	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CTTTATGATTGTCGTTAGTTC;SOR=0.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=13;WE=148950031;WS=148950013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr7	148975601	.	C	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.663;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=779;ReadPosRankSum=1.152;SC=AGAGTGGCCCCAGCCGGGCCA;SOR=0.462;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=57;WE=148975609;WS=148975591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,74:0.60:123
chr7	148979323	rs61735518	C	T	3820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=61;PP=1496;ReadPosRankSum=3.472;SC=ACCACCTGGCCGTGCACATGC;SOR=0.620;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=252;TCF=102;TCR=150;TR=112;WE=148979331;WS=148979313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,200:0.45:443
chr7	148982455	rs34979431	G	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-0.421;SC=GTCCGTGCGGGGAAAGCAGGG;SOR=1.460;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=7;WE=148982463;WS=148982445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr7	148985897	rs17630156	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.976;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
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chr7	148991712	rs13236978	A	G	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=28;PP=1005;SC=AGCTTCGGCCAGAAGGAGCTC;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=148991720;WS=148991702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	149148319	rs4727071	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr7	149152675	.	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr7	149152770	rs3735319	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr7	149152906	rs3735318	G	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=693;ReadPosRankSum=-0.140;SC=TGTGGCATCCGGCCAGAAGTC;SOR=0.697;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=49;WE=149152914;WS=149152896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,77:0.62:124
chr7	149174542	rs4727073	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.109;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=366;ReadPosRankSum=1.239;SC=TTCTAAAGTTGTCAGGCCGGA;SOR=1.363;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=19;WE=149174550;WS=149174532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr7	149190098	rs13311996	T	C	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=510;ReadPosRankSum=1.749;SC=TTTGCCACGTTCCAGTCAAAG;SOR=0.666;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=35;WE=149190106;WS=149190088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,67:0.62:108
chr7	149256086	rs1978186	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=0.735;SC=GGCCAGGAGTCTGAGAGCAGC;SOR=3.145;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=11;WE=149256094;WS=149256076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr7	149317062	rs1808231	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-1.784;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr7	149318409	rs62490571	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.189;NF=15;NR=19;PP=422;ReadPosRankSum=-2.044;SC=GTTCCTGTTGTGCAGCAGGTT;SOR=1.012;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=34;WE=149318417;WS=149318399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr7	149321643	rs71532786	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=0.057;SC=CGGAGCTGCGGCCGCCTCCTC;SOR=0.586;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=5;WE=149321651;WS=149321633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr7	149321734	rs62490575	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.290;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	149426305	rs11424737	G	GC	3683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=19;PP=2004;SC=CTGCGAGTCAGCCGTCTCGGG;SOR=1.222;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=48;WE=149426313;WS=149426295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	149427409	rs709065	T	G	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=865;ReadPosRankSum=0.749;SC=CAGAGCCTGATCTCTGGAAGC;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=58;WE=149427417;WS=149427399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,78:0.39:201
chr7	149428637	.	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.655;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr7	149461428	rs73168052	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr7	149461487	rs73168053	T	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=127;ReadPosRankSum=-1.267;SC=TTTAAGTACATAAATAACCAC;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=11;WE=149461495;WS=149461477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr7	149473220	.	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=-1.233;SC=AAGGGTCCTCCTTCTGCCGCA;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=19;WE=149473228;WS=149473210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr7	149476666	rs57553723	G	GC	3217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=1598;SC=GGCTGTGACAGCCCCTGGGGC;SOR=0.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=40;WE=149476674;WS=149476656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	149481994	rs73168055	G	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.122;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=329;ReadPosRankSum=-0.145;SC=CAGGGAGCTTGTCTATGCCCC;SOR=0.278;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=23;WE=149482002;WS=149481984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr7	149484798	rs62490656	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=1.273;SC=CGCTGTGGGGCGCTGCTGCAG;SOR=0.719;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=28;WE=149484806;WS=149484788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,35:0.34:102
chr7	149485018	rs62617120	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=1.691;SC=GAGTGTGCCCGGCATGGGCAC;SOR=0.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=23;WE=149485026;WS=149485008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr7	149486109	.	C	G	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=786;ReadPosRankSum=1.781;SC=GGAGTGGCTTCTTTAGCTGCT;SOR=0.947;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=47;WE=149486117;WS=149486099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,55:0.61:90
chr7	149486574	rs855694	G	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=228;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TCACCTCCCCGCTCCTTTGCC;SOR=0.765;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=14;WE=149486582;WS=149486564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr7	149487451	.	G	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.496;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	149499115	rs61047652	CAT	C	1414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.230;NF=1;NR=17;PP=681;ReadPosRankSum=0.187;SC=CCCCGGCCCCCATGCCCCTGC;SOR=0.691;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=18;WE=149499124;WS=149499105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
chr7	149499318	rs2074690	C	T	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=73;SC=AGCCTTCCCTCGGGAAAGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=149499326;WS=149499308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	149500013	rs2074693	C	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=563;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CTGGTGGACCCACATGCTACC;SOR=0.427;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=41;WE=149500021;WS=149500003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,72:0.61:118
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chr7	149502827	rs12668484	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.498;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
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chr7	149503916	rs72359812	GGATA	G	2331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=1553;ReadPosRankSum=-1.049;SC=CAGGGCCCCGGGATAGATAGA;SOR=0.657;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=20;TCR=72;TR=34;WE=149503927;WS=149503906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,64:0.38:170
chr7	149504116	rs4461809	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=0.148;SC=GGAGAGGGGCCGGGGATCTAG;SOR=0.489;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=12;WE=149504124;WS=149504106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr7	149506211	rs71194663	G	GC	4174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=1913;SC=CGAGGCAGCAGCTGCGCAGCC;SOR=0.907;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=44;WE=149506219;WS=149506201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	149506471	rs6953743	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=3.132;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr7	149507861	rs55866915	A	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.077;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=218;ReadPosRankSum=1.050;SC=AGGAGGGCAGAGGGGAGAGCT;SOR=0.283;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=21;WE=149507869;WS=149507851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr7	149507964	rs55776327	C	T	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=743;ReadPosRankSum=-0.218;SC=AGGCCCAGCCCATCTGGAGCC;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=59;WE=149507972;WS=149507954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,82:0.47:175
chr7	149508019	.	CC	TT	3127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=1556;ReadPosRankSum=1.974;SC=GTGTGTGTGCCCACCCAGGAC;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=56;WE=149508028;WS=149508009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,84:0.44:190
chr7	149509807	rs740110	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr7	149509817	rs740111	G	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr7	149509833	.	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=106;ReadPosRankSum=1.259;SC=GGCCTGGACAGCCCAGCACAG;SOR=1.259;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=9;WE=149509841;WS=149509823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr7	149511509	rs79503371	G	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=261;ReadPosRankSum=1.092;SC=GGGGGGCCTGGGACCGGGCAA;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=19;WE=149511517;WS=149511499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,39:0.38:103
chr7	149511985	rs10952230	A	G	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,78:0.39:200
chr7	149512177	rs11979187	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=2.149;SC=GTGGCGGGTCCGAATGGGCGC;SOR=0.731;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=18;WE=149512185;WS=149512167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr7	149512911	rs2074695	A	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,56:0.37:153
chr7	149513152	rs7791767	C	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=507;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GCCAGAGCCGCACATGCAGCA;SOR=0.893;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=40;WE=149513160;WS=149513142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr7	149513288	rs7778489	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.069;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=230;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CCACCTGTCCTCCAGTGCCCT;SOR=3.672;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=14;WE=149513296;WS=149513278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr7	149513395	rs7795784	G	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=147;ReadPosRankSum=2.164;SC=CAGGTGAAAGGCACTCCCTGA;SOR=1.527;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=11;WE=149513403;WS=149513385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr7	149513560	rs12674102	T	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=395;ReadPosRankSum=0.306;SC=GCTGCTTCTCTGAGGGCTGCG;SOR=0.734;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=35;WE=149513568;WS=149513550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr7	149513780	rs2074688	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=-0.658;SC=TGACAGCGTCAGGGGCAGGCA;SOR=0.551;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=8;WE=149513788;WS=149513770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr7	149514651	rs77636271	C	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	149514931	.	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=464;ReadPosRankSum=0.432;SC=CAGGGACCGGGAACCCCAGTC;SOR=0.604;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=39;WE=149514939;WS=149514921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,45:0.34:131
chr7	149515103	rs10250401	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=272;ReadPosRankSum=2.198;SC=GAGGGCTGGGCACCCGTACCC;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=24;WE=149515111;WS=149515093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr7	149515188	rs60594151	TA	T	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.146;NF=0;NR=9;PP=311;ReadPosRankSum=1.338;SC=GGACCTCGAGTAACTGCCCCA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=149515196;WS=149515178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr7	149515754	rs740113	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,33:0.25:131
chr7	149515775	rs1557955	C	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=484;ReadPosRankSum=-1.875;SC=GGTCCCCCTGCTCCAGAAGCT;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=38;WE=149515783;WS=149515765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,47:0.27:171
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chr7	149516486	rs6464034	A	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=502;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GCAGCTGCGGAGTGGGCCAGC;SOR=0.642;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=36;WE=149516494;WS=149516476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,67:0.41:163
chr7	149516881	rs1005603	G	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=2.703;SC=TCCCTGAGAAGCCGCAGCTGC;SOR=1.055;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=18;WE=149516889;WS=149516871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr7	149518148	rs10233245	A	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=378;ReadPosRankSum=1.549;SC=GCCTGGAGCCACTGGTCGGCC;SOR=0.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=31;WE=149518156;WS=149518138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,51:0.43:118
chr7	149518532	rs11353848	TC	T	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.473;NF=3;NR=4;PP=128;ReadPosRankSum=0.369;SC=GGAGGAGCAGTCCCAGAGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=7;WE=149518540;WS=149518522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr7	149518961	rs1008335	T	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=613;ReadPosRankSum=3.243;SC=TGCCTGAGGCTTGGACGCTGT;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=40;WE=149518969;WS=149518951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,61:0.42:145
chr7	149519184	rs1008336	C	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=687;ReadPosRankSum=1.469;SC=CCTGGCCTCTCGCTCTGGGTC;SOR=0.594;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=54;WE=149519192;WS=149519174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,77:0.33:231
chr7	149521183	rs4389841	G	A	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=43;PP=1083;ReadPosRankSum=0.135;SC=AGTGAATGCCGGCGTGGGGAG;SOR=0.704;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=75;WE=149521191;WS=149521173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,140:0.46:305
chr7	149521479	.	C	T	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=1072;ReadPosRankSum=0.585;SC=CCCTGTCCTTCCAGGTCTTCT;SOR=0.808;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=123;TCF=84;TCR=39;TR=64;WE=149521487;WS=149521469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,101:0.58:175
chr7	149521544	rs12673475	C	T	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.701;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=803;ReadPosRankSum=0.429;SC=TGCCGCCCAGCGCCCTGGCCC;SOR=0.541;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=172;TCF=96;TCR=76;TR=68;WE=149521552;WS=149521534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,112:0.41:270
chr7	149522162	rs62617122	G	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=292;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GGAGGAGGCTGCCGGGAGCCA;SOR=1.292;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=22;WE=149522170;WS=149522152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr7	149522366	rs2074697	T	G	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=761;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GTCGTCAGGTTAGAGCTGCGA;SOR=0.835;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=49;WE=149522374;WS=149522356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,65:0.35:184
chr7	149522901	.	CC	TT	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-1.045;SC=TGCCGCTGTCCCCCTGGCCAG;SOR=0.892;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=4;WE=149522910;WS=149522891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr7	149523277	rs1004200	A	G	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,74:0.47:157
chr7	149526016	.	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GGACTCTCTCCCTCTGCAGGG;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=17;WE=149526024;WS=149526006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr7	149526094	.	G	A	618.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=0.853;SC=GGGTATGGAGGGAACCTGGGT;SOR=0.638;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=11;WE=149526102;WS=149526084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr7	149528218	.	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=401;ReadPosRankSum=0.309;SC=ATGCCCCTCCCCACAGAGGAG;SOR=0.415;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=25;WE=149528226;WS=149528208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr7	149528262	rs10261977	C	T	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=577;ReadPosRankSum=1.261;SC=CACGGAGCTTCGAAACTTCAC;SOR=0.558;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=40;WE=149528270;WS=149528252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,84:0.43:194
chr7	149528390	.	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr7	149528392	rs10262226	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=1009;ReadPosRankSum=0.201;SC=AGGGGAATCACGTTGGCCAGT;SOR=0.601;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=30;WE=149528400;WS=149528380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr7	149530894	rs6960187	G	A	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=616;ReadPosRankSum=0.953;SC=CGTGTCCCCTGGGAGGTGACT;SOR=0.619;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=48;WE=149530902;WS=149530884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,98:0.45:218
chr7	149541546	rs76878088	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=0.478;SC=AAACGAGTCTCGTTGTCACTG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=149541554;WS=149541536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr7	149544681	rs200471293	GGTGT	G	436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=39.70;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	149558409	rs2240361	G	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=563;ReadPosRankSum=-0.605;SC=CGCAGCTGCTGCCTGTCCACT;SOR=0.396;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=38;WE=149558417;WS=149558399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr7	149559273	rs2074700	C	T	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=993;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TCTCCATGCTCTGCAAAAACG;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=187;TCF=112;TCR=75;TR=70;WE=149559281;WS=149559263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,91:0.37:249
chr7	149559465	rs2074701	C	T	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=48;PP=1099;ReadPosRankSum=-1.746;SC=CTGTGAACGGCGTGGCCGTCA;SOR=0.619;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=263;TCF=121;TCR=142;TR=95;WE=149559473;WS=149559455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,161:0.37:439
chr7	149572842	rs10240203	G	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=976;ReadPosRankSum=0.356;SC=AATGCCTCTTGAAAGGCTGAA;SOR=0.682;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=62;WE=149572850;WS=149572832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,81:0.49:165
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chr7	149576818	rs7785847	A	G	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=347;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CGGGGGAGTCAGTGCCCAGTC;SOR=0.423;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=23;WE=149576826;WS=149576808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr7	149588429	rs4725317	G	A	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.95;QD=24.85;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr7	149589496	rs11428600	A	AC,ACAC	3861.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.986;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.040;NF=4,4;NR=44,44;PP=460,1127;ReadPosRankSum=0.542;SC=ACCTTAAAAAAACACACACAC;SOR=0.344;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=48,48;WE=149589504;WS=149589480;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.49,0.48:115
chr7	149589599	rs4725318	C	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=419;SC=TGTTAGGGCTCCATGTGGGGT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=149589607;WS=149589589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	149606918	rs200320073	T	TA	179.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.28;MQRankSum=-1.104;QD=14.99;ReadPosRankSum=1.379;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr7	149981774	rs143645753	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.37;MQRankSum=0.619;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr7	149981830	rs4725334	T	G	3697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.20;MQRankSum=-1.151;QD=26.60;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
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chr7	149986773	rs2286443	T	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.315;NF=4;NR=19;PP=376;ReadPosRankSum=-2.020;SC=TCAGCCTCCCTGTCTGCCCCT;SOR=1.164;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=23;WE=149986781;WS=149986763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr7	149990080	rs149246619	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.88;MQRankSum=-3.187;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.862;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,45:0.36:126
chr7	149990318	.	GT	G	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQRankSum=-6.761;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.844;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr7	149992184	rs2261646	C	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.714;NF=9;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=0.722;SC=CATGGGACACCTTCCCTATAG;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=9;WE=149992192;WS=149992180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr7	150020489	rs3735174	T	C	139.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr7	150020526	rs3735173	C	T	245.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr7	150033882	rs3735171	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=314;ReadPosRankSum=-1.252;SC=GGCGAGCACCAGCTGACCCCC;SOR=0.188;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=27;WE=150033890;WS=150033872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr7	150034184	rs3735170	T	C	4234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=69;PP=1681;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GCCAGCTAGCTGTGCTCAATG;SOR=0.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=210;TCF=91;TCR=119;TR=125;WE=150034192;WS=150034174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,205:0.60:344
chr7	150034378	rs3735169	A	G	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.051;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=919;ReadPosRankSum=0.420;SC=CTCTGTGCCAACCCCTCCTAC;SOR=0.726;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=58;WE=150034386;WS=150034368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,74:0.54:138
chr7	150035459	rs1047586	T	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=306;ReadPosRankSum=0.044;SC=ATAGAACGGGTTCCTCTCCCT;SOR=0.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=24;WE=150035467;WS=150035449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,46:0.61:76
chr7	150035500	rs1047575	C	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=0.591;SC=GGTTACCACCCGCAGCGGTCC;SOR=0.640;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=23;WE=150035508;WS=150035490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr7	150035526	rs4721	T	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=287;ReadPosRankSum=-1.106;SC=GCACCACGCATCTCTAGACAA;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=21;WE=150035534;WS=150035516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr7	150037660	rs1047207	A	G	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.98;NF=22;NR=29;PP=864;SC=CGCCCACCGCACCCAGCCACA;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=150037668;WS=150037650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	150066008	rs3735166	T	C	145.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=-1.876;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
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chr7	150067714	rs3757423	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
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chr7	150068605	rs17173702	G	A	3663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=958;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GAGTGTGGCCGTCGCTTTCGC;SOR=0.628;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=55;WE=150068613;WS=150068595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,101:0.48:210
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chr7	150068933	rs6722	T	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=701;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TGCACGTAGCTGAGGCCCTGG;SOR=0.649;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=48;WE=150068941;WS=150068923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr7	150093701	rs940453	A	C	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	150094851	rs13225910	A	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=1679;ReadPosRankSum=0.448;SC=GGCCCGGGACACGCTGTGGGG;SOR=0.478;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=54;WE=150094861;WS=150094841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr7	150094853	rs7780011	G	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=1544;ReadPosRankSum=0.219;SC=CCCGGGACACGCTGTGGGGCC;SOR=1.007;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=48;WE=150094861;WS=150094841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,57:0.46:124
chr7	150095271	rs7393	T	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=659;ReadPosRankSum=0.195;SC=TTGCTGGCTCTTAGAACCCCT;SOR=0.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=35;WE=150095279;WS=150095261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr7	150163837	rs2140595	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr7	150167856	.	TC	T	450.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=6.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr7	150167858	rs12533488	A	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr7	150168058	rs111800874	A	AGAAT	1744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.024;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.221;NF=1;NR=21;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.338;SC=CATATAAACCAGAAAATTCAC;SOR=1.342;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=22;WE=150168066;WS=150168048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr7	150171710	rs60114833	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr7	150217248	rs3735081	A	G	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=591;ReadPosRankSum=1.468;SC=TTCTTGTTGTAGACACTCCAG;SOR=0.573;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=42;WE=150217256;WS=150217238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,62:0.43:144
chr7	150217335	rs3735079	G	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=455;ReadPosRankSum=1.231;SC=CCTGCCCAGGGCCCCATGCTA;SOR=0.657;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=39;WE=150217343;WS=150217325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,58:0.35:166
chr7	150269087	rs13242186	G	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=117;ReadPosRankSum=-1.512;SC=ATCTCTGAGTGCAGCAGTAAC;SOR=0.627;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=11;WE=150269095;WS=150269077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr7	150269192	.	C	CT	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,22:0.21:103
chr7	150269542	rs2293172	G	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=683;ReadPosRankSum=-0.981;SC=GTTACACTGAGGAAGAGCACA;SOR=0.576;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=45;WE=150269550;WS=150269532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,64:0.38:170
chr7	150325190	.	CC	TT	3806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=2493;ReadPosRankSum=0.637;SC=GCCAGGTCTTCCTTCCGGGTG;SOR=0.623;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=200;TCF=103;TCR=97;TR=73;WE=150325199;WS=150325179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,107:0.36:294
chr7	150325629	.	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=491;ReadPosRankSum=0.748;SC=AGCAGAGGGAACTGGGGTAAG;SOR=0.329;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=31;WE=150325637;WS=150325619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr7	150384048	.	A	AAAAG	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=33.47;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr7	150384193	.	CGTGTGT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=-0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.09;MQRankSum=-0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.552;SOR=1.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	150416031	.	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-0.151;SC=GCTCTTTGGACTTTGCCTGAC;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=150416039;WS=150416021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr7	150416246	.	G	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=596;ReadPosRankSum=-0.310;SC=AAGGAGAATGGGGCTTCCTCA;SOR=0.888;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=39;WE=150416254;WS=150416236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr7	150417821	.	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=172;ReadPosRankSum=0.150;SC=TCCGGCGGGTGGCGGAGCGCG;SOR=0.741;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=12;WE=150417829;WS=150417811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr7	150438063	.	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=450;ReadPosRankSum=0.078;SC=TTGGGAGAATCACAATTCTCT;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=35;WE=150438071;WS=150438053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,75:0.52:144
chr7	150439578	.	G	A	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1183;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TGCTTCTGGTGATCCAGCTGG;SOR=0.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=194;TCF=96;TCR=98;TR=84;WE=150439586;WS=150439568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,111:0.42:267
chr7	150487582	.	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.394;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr7	150487671	.	C	T	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=684;ReadPosRankSum=0.241;SC=GCCCCTACTCCAAGTCCTGTG;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=40;WE=150487679;WS=150487661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
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chr7	150488840	rs141812679	C	CA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=0.163;SC=GCAGATCAGGCAAAAAAAAAA;SOR=0.883;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=4;WE=150488848;WS=150488830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr7	150490376	rs2072443	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GCAAAGCCTGCCAGGGTGAGC;SOR=0.391;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=17;WE=150490384;WS=150490366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr7	150490431	rs2072442	C	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=185;ReadPosRankSum=-1.358;SC=TCATGACACACGCTCCTTCAA;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=15;WE=150490439;WS=150490421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr7	150490797	rs72471023	GGACA	G	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.868;NF=3;NR=12;PP=681;ReadPosRankSum=1.051;SC=AGGATCCCAGGGACAGACAAA;SOR=0.656;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=15;WE=150490808;WS=150490787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr7	150491084	rs3173833	T	G	6175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CCTGAGGCACTCAGCACAGTC;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=210;TCR=145;TR=212;WE=150491092;WS=150491074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,306:0.57:536
chr7	150491851	rs61057705	T	G	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,129:0.63:206
chr7	150491995	rs145375921	CCACACACA	C,CCA	1473.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;QD=39.83;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,24:0.35,0.65:37
chr7	150492696	rs113645572	G	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=371;ReadPosRankSum=1.964;SC=TGAACACATTGCCTTGCACCT;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=23;WE=150492704;WS=150492686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr7	150498809	rs1127958	G	A	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=8.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.60;ReadPosRankSum=-1.739;SOR=0.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr7	150498823	rs372300178	C	T	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=6.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.70;ReadPosRankSum=-1.766;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr7	150498836	rs2075079	C	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.15;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr7	150499164	.	T	TTTCTC	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=1.319;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr7	150499267	rs12668797	C	A	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=752;ReadPosRankSum=-0.922;SC=GGCAGGTCCACCTAGGAGCCG;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=49;WE=150499275;WS=150499257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,85:0.58:146
chr7	150500356	rs741068	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr7	150500455	rs741067	A	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=313;ReadPosRankSum=0.700;SC=CATTTCCTGTACTAAGCCTGC;SOR=0.890;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=20;WE=150500463;WS=150500445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr7	150500520	rs741066	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=402;ReadPosRankSum=-0.931;SC=CCTTCATTTACGAGAAACGGG;SOR=0.471;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=12;WE=150500529;WS=150500510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr7	150500521	.	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=588;ReadPosRankSum=1.194;SC=CTTCATTTACGAGAAACGGGG;SOR=0.979;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=16;WE=150500529;WS=150500510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr7	150500729	rs741064	A	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.430;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr7	150501516	rs9088	A	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=534;ReadPosRankSum=-1.887;SC=GGCATCTCTGACCCCTCTGTG;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=41;WE=150501524;WS=150501506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,65:0.48:136
chr7	150502016	rs1044608	C	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=212;ReadPosRankSum=0.171;SC=CTGCATCTGACTGCTGGAAGA;SOR=0.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=14;WE=150502024;WS=150502006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr7	150502075	rs1044616	G	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=6.929;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=-0.483;SC=AGTTATCCTGGCCCCATGACC;SOR=2.245;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=150502083;WS=150502065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr7	150554857	.	C	T	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=650;ReadPosRankSum=-0.930;SC=ACTTTAATTCCAACTTTAAAG;SOR=0.778;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=45;WE=150554865;WS=150554847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,69:0.41:168
chr7	150555810	rs45455308	G	A	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=31;PP=1991;SC=TTCAGTTCTGGCAGCTTGATT;SOR=1.397;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=96;WE=150555818;WS=150555800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	150556002	rs1049748	T	C	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=79;PP=2853;SC=GGAAGCTGCCTAAGTACCTGC;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=57;TCR=79;TR=136;WE=150556010;WS=150555992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	150556055	rs6943147	CG	GC	7771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=50;PP=2947;SC=CACAAGCGCACGTACCGCCTG;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=93;WE=150556064;WS=150556045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	150556803	rs55671932	A	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	150557390	rs45615934	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=324;SC=CATTTGGGGAGGGGGGCGGGG;SOR=2.833;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=150557398;WS=150557386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	150558366	rs12539	C	T	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.06;NF=44;NR=96;PP=2848;SC=GACAATAAACCCTCAGAGCCT;SOR=1.447;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=44;TCR=96;TR=140;WE=150558374;WS=150558356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	150558444	rs34090933	G	GCA,GCACA	1615.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1,1;NR=31,31;PP=39,1227;SC=GAACAGACGTGCACACACACA;SOR=2.948;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=32,32;WE=150558452;WS=150558434;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:44
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chr7	150656582	rs41307316	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=210;ReadPosRankSum=-0.929;SC=CCTGCAGAGCGTTGACCTTGG;SOR=0.558;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=19;WE=150656590;WS=150656572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr7	150671677	rs116065480	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr7	150672162	rs11410979	T	TC	226.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=151;SC=GGGACTGGGGTCCCAGCAGGG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=150672170;WS=150672152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	150693985	.	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=236;ReadPosRankSum=0.534;SC=CCCCGCTGCGTGGGCCGGATC;SOR=0.402;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=24;WE=150693993;WS=150693975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr7	150695726	rs1549758	T	C	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=45;PP=1212;SC=GGCAGCAGGATGGCTCTGTGC;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=150695734;WS=150695716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	150696008	rs1007311	A	G	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=526;ReadPosRankSum=-0.746;SC=TCAGCCCCAGAACCCCCTCTG;SOR=0.431;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=25;WE=150696016;WS=150695998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr7	150696111	rs1799983	T	G	7561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=76;PP=2965;SC=CCCCAGATGATCCCCCAGAAC;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=96;TCR=76;TR=171;WE=150696119;WS=150696101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr7	150698879	rs1800780	A	G	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=22;PP=952;SC=CTGTGCACCCAGGACACCCTC;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=150698887;WS=150698869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	150699023	.	G	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=467;ReadPosRankSum=-0.186;SC=AGCAGCTGGGGAGACTCTTCC;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=33;WE=150699031;WS=150699013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,56:0.39:144
chr7	150700515	rs2566508	T	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=98;ReadPosRankSum=-1.369;SC=CACCTGGCCCTCAGTATCTTA;SOR=0.373;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=10;WE=150700523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr7	150703915	rs2853796	G	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=10;PP=533;SC=TGGGGCTGGGGCTGGGCCTAG;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=150703923;WS=150703905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	150704250	rs2566514	C	G	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=679;ReadPosRankSum=-1.360;SC=TTGCTCGTGCCGTGGACACAC;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=82;TCR=105;TR=58;WE=150704258;WS=150704240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,108:0.33:323
chr7	150706383	rs753482	C	A	6997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=33.723;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=2.037;SC=ACCGCCCCCCCACCCCTGTCC;SOR=1.496;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=203;TCF=85;TCR=118;TR=187;WE=150706391;WS=150706373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,284:0.98:291
chr7	150706436	rs142498418	G	GC	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,14:0.16:88
chr7	150707488	rs743507	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=-1.885;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	150708089	rs891512	A	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=22;PP=645;SC=GTGAGATGGAAGACTTGGTGG;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=150708097;WS=150708079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	150708850	rs2256314	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CTGACCTCACGATCCTCCCAC;SOR=0.895;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=9;WE=150708858;WS=150708840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr7	150709571	rs7830	G	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=-0.007;SC=GTGAGGCTGGGGACTAAAGGA;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=27;WE=150709579;WS=150709561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr7	150713636	rs3800787	G	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,38:0.35:109
chr7	150713740	rs3800788	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CCCACCCCCCTCCACATGCCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=150713748;WS=150713730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr7	150713902	rs11393607	G	GC	1045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=584;SC=GGCCAGGAAGGCTCAGGCTGG;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=150713910;WS=150713892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr7	150720902	rs13307588	A	G	13376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=158;PP=2965;SC=CCAGCCTGGGATAAGTACTGG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=164;TCR=158;TR=322;WE=150720910;WS=150720892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
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chr7	150731338	rs2303923	G	C	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=849;SC=AAACATTTGTGCCCTCTGTCT;SOR=2.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=150731346;WS=150731328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	150733602	.	C	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=625;ReadPosRankSum=-1.841;SC=GCCCTGGCTTCGTCCTCCCTC;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=46;WE=150733610;WS=150733592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,79:0.51:155
chr7	150739054	rs56198402	G	A	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=629;ReadPosRankSum=-0.134;SC=ACAGGAGCCCGTCCTGTTTGG;SOR=0.711;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=40;WE=150739062;WS=150739044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,67:0.60:112
chr7	150742388	rs61741011	A	C	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
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chr7	150748771	rs58134191	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.88;MQRankSum=-1.356;NF=2;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=-0.163;SC=GGAGTACAGGTGTGAGCCACC;SOR=0.735;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=3;WE=150748779;WS=150748768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	150748869	rs10255526	C	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr7	150751590	rs2069459	C	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=317;ReadPosRankSum=-1.672;SC=GAAAGGGCCACAGCTGCATCT;SOR=0.965;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=21;WE=150751598;WS=150751580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr7	150752066	rs891507	T	C	11522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=124;NR=133;PP=2965;SC=CAAAACTCCATGGACTCTCCC;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=124;TCR=133;TR=257;WE=150752074;WS=150752056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr7	150752608	rs2069456	T	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=324;ReadPosRankSum=1.818;SC=ATATCCCATCTTCTAGCTCAC;SOR=0.917;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=21;WE=150752616;WS=150752598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr7	150752982	rs2069454	C	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=1.111;SC=GAACATGCAACTGTGCCCAGC;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=22;WE=150752990;WS=150752972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr7	150753658	.	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=281;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CCAACACCACTCTCCTCACCT;SOR=0.299;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=19;WE=150753666;WS=150753648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr7	150753769	rs2069450	A	G	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=612;ReadPosRankSum=0.167;SC=TTTAACCTCAATCTGGGCCCC;SOR=0.771;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=33;WE=150753777;WS=150753759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr7	150759219	rs3217354	CGTGTGTGAGT	C	548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.861;NF=1;NR=13;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.390;SC=GGGGTGTGAGCGTGTGTGAGT;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=14;WE=150759236;WS=150759209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr7	150760076	rs34403003	G	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=11.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.375;SOR=3.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr7	150761150	rs6464122	C	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=166;SC=CTGCTGGGGGCATATAGAGCC;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=150761158;WS=150761140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	150761314	rs2303929	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-0.455;SC=TTGGGCCCTGGGACGCCTGGG;SOR=0.741;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=14;WE=150761322;WS=150761304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr7	150761880	rs2303931	C	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.005;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=481;ReadPosRankSum=0.225;SC=GCTCCTAGGGCATGTCGGCAG;SOR=1.113;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=35;WE=150761888;WS=150761870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr7	150763655	rs2229549	T	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=0.574;SC=CCAGTGGCACTGCAGGGGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=12;WE=150763663;WS=150763645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr7	150765065	rs2229550	T	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=19;PP=939;SC=AGGAGGAGACTGAGCGCTGGG;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=55;WE=150765073;WS=150765055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	150767184	rs35859353	G	A	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=970;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GGCCCTGTGGGCCAGTTGGGG;SOR=0.827;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=69;WE=150767192;WS=150767174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,109:0.53:205
chr7	150768786	rs2303937	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=338;ReadPosRankSum=0.522;SC=GAGAGAAGACGCAGGACCTGA;SOR=0.950;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=28;WE=150768794;WS=150768776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,41:0.34:121
chr7	150773072	rs2303939	G	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=563;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TAGGGAGGAAGCTGGGCTCAC;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=39;WE=150773080;WS=150773062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr7	150773807	rs7262	A	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5435;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=1.539;SC=CCCCACATCAACCCCTCAGCC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=150773815;WS=150773797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr7	150775306	rs2303942	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.441;SC=CAGTCCCTCCGGCCTCACAGT;SOR=0.180;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=5;WE=150775314;WS=150775296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr7	150783756	.	TGCC	T	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=43.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	150783900	.	C	CG	358.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	150783903	.	T	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=57.22;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	150783906	.	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.52;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	150783908	.	C	CG	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=53.14;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	150783911	.	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.05;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	150783917	.	T	G	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.85;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	150783919	.	GTCT	G	1138.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.55;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	150783922	.	T	TGGGG	1138.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.55;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	150784407	rs13239507	T	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GTGGTGTCGCTTGGGGGGGCC;SOR=0.715;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=16;WE=150784415;WS=150784397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr7	150812493	rs6971966	G	C	118.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	150813755	rs73169605	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=223;ReadPosRankSum=-0.012;SC=TTGGGGGTCCCGTGGAGGAAG;SOR=0.823;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=18;WE=150813763;WS=150813745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr7	150825567	rs2288650	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.28;SOR=7.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	150825839	rs7808252	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=0.296;SC=AACAGAATGCGGGTAGCAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=6;WE=150825847;WS=150825829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr7	150884266	rs372716545	CAG	C	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.287;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,36:0.20:178
chr7	150921296	.	A	AT	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,49:0.31:160
chr7	150937377	rs61667463	C	CG	1896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=1470;SC=TGCCCCCATACGGCCCCAGGG;SOR=0.970;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=34;WE=150937385;WS=150937367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	150939359	rs219227	C	T	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=36;PP=1009;SC=AGAACAGGGACGAGGTGGGAG;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=150939367;WS=150939349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	150939396	rs219228	C	A	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=827;SC=AGTTGGCAGCCGACAGGGCAG;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=150939404;WS=150939386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	150940657	rs122815	T	C	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=1;PP=601;SC=GTGACTGTGATGCTGAAGCTC;SOR=4.712;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=24;WE=150940665;WS=150940647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	150940867	rs219229	G	A	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=31;PP=934;SC=AGATTATCCCGACATCTCCGC;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=150940875;WS=150940857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	150972141	rs10249260	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=227;ReadPosRankSum=0.214;SC=AGGGCTGGCCGACTCGCCATG;SOR=0.458;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=15;WE=150972149;WS=150972131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr7	150972189	rs2072298	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=328;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GGCAGGGGAGGAAGCACCTAC;SOR=0.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=25;WE=150972197;WS=150972179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr7	151038958	rs2142172	T	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=16;PP=541;SC=CCGAGTGTCCTCGACCCCAGC;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=151038966;WS=151038948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	151039021	rs10085614	T	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr7	151048484	rs449081	G	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=8;PP=452;SC=ATTCAAGTACGTTTTACTTTG;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=151048492;WS=151048474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	151049002	rs3838706	A	AACACAC,AACACACAC	1028.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=47;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=5;NR=1;PP=189;SC=CCATCTGTAAAACACACACAC;SOR=1.828;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=6;WE=151049010;WS=151048992;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.48:21
chr7	151049025	rs379931	T	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=10;PP=515;SC=ACACACACGTTTGCCACATAC;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=151049033;WS=151049015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	151049231	rs366355	C	T	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=34;PP=1191;SC=GCGTAGAAGACCCTGTGGATC;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=151049239;WS=151049221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	151049337	rs394259	A	G	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=22;PP=648;SC=ATGGATCTACAGCACTGTGGT;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=151049345;WS=151049327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	151049818	rs444648	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=388;SC=CGTGAGCCACCGGGCCTGGCT;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=151049826;WS=151049808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr7	151097323	rs11767693	A	G	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=37;PP=1039;SC=CATAGCTTTCATGTCCTGCAG;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=69;WE=151097331;WS=151097313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	151127104	rs10265041	G	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=1.308;SC=AAACGGTGCAGGTGCATTTAC;SOR=1.059;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=16;WE=151127112;WS=151127094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr7	151133222	.	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=262;ReadPosRankSum=1.173;SC=GGTGCTGAAGGGCCTAGCCGG;SOR=0.368;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=16;WE=151133230;WS=151133212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr7	151133271	rs2075001	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=477;ReadPosRankSum=0.259;SC=CTCACGCTCCGTCCCCGTACA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=34;WE=151133279;WS=151133261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr7	151136792	.	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=2.771;SC=GAGTGGAGATGGAGACCTTCC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=151136800;WS=151136782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	151164348	rs17635434	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=2.846;SC=GCCGAACTCCGAGAGTATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=20;WE=151164356;WS=151164338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,38:0.33:116
chr7	151168415	rs35526149	CAAT	C	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=384;ReadPosRankSum=-0.250;SC=GACATCAGAACAATAATTAAA;SOR=0.169;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=10;WE=151168425;WS=151168405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr7	151168534	rs6956899	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-2.154;SC=TATTCTATTTGTAAGAAAAAA;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=15;WE=151168542;WS=151168524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr7	151195328	rs11772458	G	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=-3.072;SC=GGAAGAGGAAGAGAAGCAGCT;SOR=0.591;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=15;WE=151195336;WS=151195318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr7	151216353	rs6948477	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.765;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr7	151254445	rs764801	T	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=145;SC=AGGAGGGCGATGTGGGAAGGA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=151254453;WS=151254435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	151254462	rs764800	G	A	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=159;SC=AGGAGCAGGTGGCCCAAGCTC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=151254470;WS=151254452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	151262305	rs2302532	A	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.105;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr7	151292395	rs35348247	A	AT	1257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=10;PP=986;SC=CCATCCAAAAAATACCAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=151292403;WS=151292385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	151432869	rs1547470	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=188;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TGATGTTATATCCCAGTTGGA;SOR=0.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=15;WE=151432877;WS=151432867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr7	151478187	rs139668510	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=43;ReadPosRankSum=-1.534;SC=GCTGCAGAAGAGACCCCCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=151478195;WS=151478177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr7	151504019	rs9648725	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.134;HP=3;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.961;NF=17;NR=8;PP=428;ReadPosRankSum=-1.461;SC=ACCATTGCACTCCAGCCTGGG;SOR=1.083;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=25;WE=151504038;WS=151504009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr7	151504499	rs10257529	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=503;ReadPosRankSum=1.012;SC=TGTGGGTGACGGTCATACTTT;SOR=1.151;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=34;WE=151504507;WS=151504489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr7	151506155	rs6464173	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=447;SC=TACGCCTTGCACGGATGAGTA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=151506163;WS=151506145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	151506444	rs117512824	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.976;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr7	151668225	rs1919521	A	T	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=101;SC=GATAGATAGAAAGAAAACAGT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=151668233;WS=151668215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	151680072	rs6960270	T	C	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=68;PP=2232;SC=TGCCTGCAGGTGTCTTCAAAA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=142;WE=151680080;WS=151680062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr7	151684168	rs4726127	C	A	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	151723022	rs72200904	TGCG	T	2174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=751;SC=CCTCGAGAGCTGCGGCGGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=16;WE=151723032;WS=151723012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	151818235	rs12531704	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr7	151818777	rs967093	T	C	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=34;PP=773;SC=GATGCTGTGGTGGGAACGTTG;SOR=2.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=42;WE=151818785;WS=151818767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	151873853	rs6464211	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=809;ReadPosRankSum=-1.608;SC=GAGTGGATGCCTGAATGACAT;SOR=0.722;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=48;WE=151873861;WS=151873843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,75:0.42:177
chr7	151945007	rs137949498	C	T	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.013;NF=56;NR=23;PP=1086;ReadPosRankSum=1.368;SC=CGAGGTCTACCAGGAGAAAAT;SOR=0.964;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=234;TCF=152;TCR=82;TR=79;WE=151945015;WS=151944997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,112:0.34:333
chr7	151945071	rs150073007	G	GT	2812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=0.143;QD=5.66;ReadPosRankSum=2.310;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,118:0.24:497
chr7	151945140	rs57648310	C	T	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.591;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.258;NF=32;NR=59;PP=1109;ReadPosRankSum=3.222;SC=GCATGTCATGCGAAGGCAAGT;SOR=1.138;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=282;TCF=125;TCR=157;TR=91;WE=151945148;WS=151945130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,138:0.30:456
chr7	151945167	rs2537264	G	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.282;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.486;NF=17;NR=49;PP=811;ReadPosRankSum=-2.371;SC=AAGGTGTTGGGGAGGAAGACA;SOR=1.189;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=220;TCF=83;TCR=137;TR=66;WE=151945175;WS=151945157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,101:0.30:341
chr7	151945204	rs4024453	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=79.127;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-9.928;NF=1;NR=50;PP=906;ReadPosRankSum=-1.708;SC=GTCTGCTGATGATGAAAATGA;SOR=5.742;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=172;TCF=59;TCR=113;TR=51;WE=151945223;WS=151945194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,39:0.17:235
chr7	151962068	.	T	C	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQRankSum=-6.039;QD=9.07;ReadPosRankSum=-5.277;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,30:0.27:112
chr7	151962077	rs62478355	C	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQRankSum=-6.534;QD=4.92;ReadPosRankSum=-2.726;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,44:0.27:162
chr7	151962176	rs62478356	T	A	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.57;MQRankSum=-6.011;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:889,223:0.20:1112
chr7	151962257	rs62478357	C	T	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.70;MQRankSum=-10.210;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:732,89:0.11:821
chr7	151962265	rs201834857	C	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.00;MQRankSum=-10.230;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.594;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:665,81:0.11:746
chr7	151962309	.	G	A	1799	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=46.42;NF=3;NR=89;PP=1799;QD=19.9322957886;SC=AATTAACAGTGAAACAATGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=244;TCF=57;TCR=187;TR=92;WE=151962317;WS=151962299;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:152,92:0.38:244
chr7	151970705	.	A	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-0.010;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,11:0.14:76
chr7	151970856	rs10454320	T	A	8985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-13.051;NF=149;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=1.954;SC=TCCTGAAAGGTGCCGGCTCCT;SOR=0.673;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=486;TCF=237;TCR=249;TR=320;WE=151970864;WS=151970846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,433:0.62:699
chr7	151970931	rs56850341	G	A	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=67.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQRankSum=-14.010;QD=6.27;ReadPosRankSum=-2.632;SOR=3.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,81:0.28:285
chr7	152055766	.	G	GA	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.415;QD=3.12;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr7	152511598	rs112910296	C	T	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.386;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.817;NF=32;NR=6;PP=645;ReadPosRankSum=1.251;SC=ACATGAAATTCGGGTAAACAC;SOR=1.476;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=38;WE=152511606;WS=152511588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr7	152513769	rs116164729	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQRankSum=-3.450;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr7	152517378	.	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQRankSum=-1.791;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr7	152517547	rs147579589	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.64;MQRankSum=-1.399;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,27:0.25:109
chr7	152517552	rs114295156	G	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQRankSum=-1.834;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,28:0.26:108
chr7	152517560	rs201127372	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQRankSum=-2.252;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.155;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,28:0.27:104
chr7	152517622	rs114707951	T	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=-6.161;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr7	152517624	.	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=3.216;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr7	152520731	rs3864524	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.559;NF=0;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=0.040;SC=CTGCATCCCCTGTGCAGTTTG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=152520739;WS=152520721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr7	152549107	rs6944646	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=334;ReadPosRankSum=-1.269;SC=GCCGATGTGTCGTGCCCACAA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=18;WE=152549115;WS=152549097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr7	152550499	rs4726215	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=0.291;SC=TGGGTGCAGCTGTGGTCTCGT;SOR=0.662;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=18;WE=152550507;WS=152550489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr7	153417495	.	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.936;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.062;NF=12;NR=4;PP=181;ReadPosRankSum=0.940;SC=CTCTGTTTTTCAGATGGAACA;SOR=1.127;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=16;WE=153417503;WS=153417485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,34:0.33:103
chr7	153749753	rs1974615	C	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	153749772	rs374262699	TTGC	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr7	153750234	rs145699571	T	G	152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.77;QD=21.82;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	153750319	.	G	GC	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.02;QD=28.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	154143443	rs2291538	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=378;ReadPosRankSum=2.666;SC=AAAAGCAAGTCGCTGTCAGAG;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=28;WE=154143451;WS=154143433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr7	154172154	rs3750042	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,59:0.56:106
chr7	154429560	rs11243339	C	T	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	154429657	rs6972501	T	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=26;PP=830;SC=GGACGAGCTGTTTAACCCTTA;SOR=0.957;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=44;WE=154429665;WS=154429647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	154461112	rs3807218	A	G	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=35;PP=1526;SC=GCAATGCAAAACTTCAGTATG;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=154461120;WS=154461102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	154461248	rs10580981	TTGTGTG	T,TTG	1375.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=25,25;PP=653,338;SC=GTACATGGTGTTGTGTGTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=26,26;WE=154461263;WS=154461238;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.72,0.28:36
chr7	154461291	rs4960721	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=280;ReadPosRankSum=0.848;SC=TTAAAATCTGGAGAGGTACAC;SOR=0.250;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=20;WE=154461299;WS=154461281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr7	154564677	rs11291131	CA	C	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.974;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr7	154587367	rs10274635	G	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=269;SC=CCACGCACGAGACAAAGAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=154587375;WS=154587357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	154587503	rs201537690	AAAAGAAAAG	A	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr7	154592965	rs12531589	C	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	154598908	rs2293357	A	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=47;PP=1338;SC=GGGAGGGGGCAGCGGCTGTGG;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=59;WE=154598916;WS=154598898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	154645406	rs6962284	A	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=256;ReadPosRankSum=-1.080;SC=TCTACGTGGCATAAGAAAAGC;SOR=0.869;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=23;WE=154645414;WS=154645396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr7	154645576	rs3778732	C	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=293;ReadPosRankSum=1.285;SC=TCCTGAGACTCAGGAGAAAGG;SOR=0.850;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=20;WE=154645584;WS=154645566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr7	154645697	.	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=0.821;SC=CAATATCAACGAAATATGATG;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=14;WE=154645705;WS=154645687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr7	154667628	rs2293353	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=227;ReadPosRankSum=0.781;SC=ATGGCACCCCAGGCAGCCAGA;SOR=0.501;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=20;WE=154667636;WS=154667618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr7	154667643	rs2230064	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=279;ReadPosRankSum=1.296;SC=GCCAGAGTGTGGCTGAGAAGT;SOR=0.570;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=21;WE=154667651;WS=154667633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr7	154667841	rs367837269	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=1.327;SC=CAGGAGAGGCCGGGAGGGGAC;SOR=1.244;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=154667849;WS=154667831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr7	154672809	rs3817518	G	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=17;PP=421;SC=GATTCCAGCCGTGGGAGGTTT;SOR=2.226;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=154672817;WS=154672799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	154679447	rs940378	G	A	7434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=79;PP=2829;SC=CATACGAGGTGTGTATGGGCA;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=154;WE=154679455;WS=154679437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr7	154681363	rs13232266	A	T	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=27;PP=829;SC=GTGGTCGGTGATGAGCAAGGT;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=154681371;WS=154681353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	154720259	rs11543936	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-1.579;SC=TCAATATCAGTCCCACTGAGC;SOR=0.061;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=154720267;WS=154720249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	154746108	.	A	G	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=504;ReadPosRankSum=0.187;SC=AGACTCCGCAACCTCTCCACC;SOR=0.460;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=32;WE=154746116;WS=154746098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
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chr7	154755628	rs748811	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TTCTATTTACGGACTTTTCTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=154755636;WS=154755618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr7	154760369	rs935037	A	G	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=653;ReadPosRankSum=0.139;SC=GGAGCTGGGCAAGCTGCTGCT;SOR=0.984;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=40;WE=154760377;WS=154760359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
chr7	154760889	rs3800580	A	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=1.173;SC=AAACAGATGAATGATAATTTC;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=6;WE=154760897;WS=154760879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr7	154782854	.	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.753;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=59;ReadPosRankSum=0.179;SC=CATTACCCACCCACTCCGTCC;SOR=1.039;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=9;WE=154782862;WS=154782844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,10:0.16:64
chr7	154785362	rs306281	A	G	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1205;ReadPosRankSum=1.636;SC=TTTTCACTCCATTAACTATCA;SOR=0.958;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=159;TCF=96;TCR=63;TR=90;WE=154785370;WS=154785352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,113:0.52:218
chr7	154862508	rs3734967	A	G	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=35;PP=1660;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CCCACTGGCCAGAGGTTGCAA;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=117;TCR=52;TR=113;WE=154862516;WS=154862498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,136:0.69:197
chr7	154862591	rs1800883	G	C	8168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GTACCCCAGGGCGGTCTCCTG;SOR=0.550;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=352;TCF=199;TCR=153;TR=224;WE=154862599;WS=154862581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,375:0.67:561
chr7	154862621	rs6320	T	A	3671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=55;PP=1778;ReadPosRankSum=1.062;SC=TGGATTTACCTGTGAACCTAA;SOR=0.872;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=385;TCF=212;TCR=173;TR=128;WE=154862629;WS=154862611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:427,211:0.33:638
chr7	154862652	rs11575874	C	T	4093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FS=1.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:465,238:0.34:703
chr7	154863467	rs2241859	G	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=73;SC=GTTTGGGAGTGGGGGGAGTAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=154863475;WS=154863457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	154875780	rs1730208	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=481;ReadPosRankSum=0.976;SC=GTGGATGTGCGGAATCCAGGC;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=31;WE=154875788;WS=154875770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr7	154876342	rs980442	T	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=24;PP=684;SC=TGCACTGGCCTCTTTTCCACC;SOR=6.518;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=154876350;WS=154876332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	154988584	rs12530990	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=-1.973;SC=CAGGGATTCACCCCACTCCAT;SOR=0.804;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=5;WE=154988592;WS=154988574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr7	154988908	rs7458114	C	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=188;ReadPosRankSum=0.448;SC=AGGCAAAACTCACCCCCATTT;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=14;WE=154988916;WS=154988898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr7	154989054	rs2317164	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=294;ReadPosRankSum=0.024;SC=CGGAAGTGCACGTATTCCACC;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=21;WE=154989062;WS=154989044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr7	154989807	rs73176654	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=320;ReadPosRankSum=1.045;SC=CAACCCACAATATCTCCAAGG;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=22;WE=154989815;WS=154989797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr7	154989982	rs28664023	G	A	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1109;ReadPosRankSum=2.426;SC=GGCTCACCCCGAATCACTCAG;SOR=0.755;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=85;WE=154989990;WS=154989972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,135:0.47:288
chr7	154990003	rs12532373	C	T	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TGCTGTGTCACGTGTCATCCG;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=80;WE=154990025;WS=154989993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,120:0.51:237
chr7	155094172	rs9718441	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=275;ReadPosRankSum=0.131;SC=GCTTACTTAACTTTCATTAAA;SOR=0.976;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=17;WE=155094180;WS=155094162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr7	155095686	.	CTTT	C	343.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr7	155099855	rs9769506	C	A	254.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=0.475;SC=AAGTGTCAATCTTTCCCATGT;SOR=0.307;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=155099863;WS=155099845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr7	155150472	rs3922604	G	A	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=1020;ReadPosRankSum=0.982;SC=CTGTTTCCCCGCAGGGCTGCC;SOR=0.522;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=75;WE=155150480;WS=155150462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,94:0.61:153
chr7	155150560	rs6605563	A	G	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.891;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=46;PP=1385;ReadPosRankSum=-1.003;SC=AAGGACTCCAAGGGAAATGTC;SOR=0.430;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=184;TCF=102;TCR=82;TR=94;WE=155150568;WS=155150550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,133:0.52:255
chr7	155150602	rs6605562	T	C	3021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=50;PP=1623;ReadPosRankSum=-0.427;SC=GTGTACTTCCTCCGGGGCTGC;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=106;WE=155150610;WS=155150592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,143:0.51:282
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chr7	155174774	rs1421324	C	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=78;ReadPosRankSum=1.375;SC=AGTGTGCATGCGGGTGTGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=7;WE=155174782;WS=155174764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr7	155174801	rs147883222	ATGTGAG	A	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=285;ReadPosRankSum=1.211;SC=ATGTACACGAATGTGAGTGTG;SOR=0.534;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=6;WE=155174814;WS=155174791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr7	155251433	rs3735653	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CTCGGAGCAGCTCTTGGGCTC;SOR=1.118;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=5;WE=155251441;WS=155251423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr7	155295804	.	G	GA	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,36:0.20:181
chr7	155295854	rs7804744	G	A	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=68;PP=1873;SC=ACTCCAGCCCGTTAAGTCATT;SOR=1.561;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=94;WE=155295862;WS=155295844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	155301781	rs6947243	A	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
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chr7	155465422	rs7811556	C	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.006;NF=6;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=-0.855;SC=CTGGGCAACACGGTGAGGCTT;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=7;WE=155465430;WS=155465412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr7	155499799	rs4716543	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=184;ReadPosRankSum=-2.247;SC=CCTAGAACTTCAGAACAAATG;SOR=1.015;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=11;WE=155499807;WS=155499789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr7	155500084	rs10278893	A	G	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=649;ReadPosRankSum=-1.345;SC=GGTATTTCTGAGTGCATTACA;SOR=0.672;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=108;TCF=37;TCR=71;TR=50;WE=155500092;WS=155500074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr7	155503844	rs200646328	G	GT	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,23:0.22:103
chr7	155503920	rs7800753	A	T	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.236;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=28;PP=1349;ReadPosRankSum=0.135;SC=CTCCACCGCCACCGCCGCCTC;SOR=0.994;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=141;TCF=88;TCR=53;TR=83;WE=155503928;WS=155503910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,110:0.58:191
chr7	155530363	rs2249337	A	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=709;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GGAGGTACAGAAAGAGTGAGT;SOR=0.447;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=41;WE=155530371;WS=155530353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,50:0.39:129
chr7	155530954	rs2178428	T	C	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1226;ReadPosRankSum=-0.034;SC=ACGACCAGCCTTGCAGCCTCC;SOR=0.705;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=225;TCF=98;TCR=127;TR=76;WE=155530962;WS=155530944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,117:0.34:345
chr7	155531080	rs3735576	A	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,93:0.27:341
chr7	155532361	rs3801906	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=413;ReadPosRankSum=-1.411;SC=GATTATGCCCGGTGTAACCAT;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=30;WE=155532369;WS=155532351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr7	155559403	rs2272479	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=-2.128;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr7	155593438	rs1233560	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.505;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=625;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GAGGCCCTGCGCCATCCACCT;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=39;WE=155593446;WS=155593428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr7	155598879	.	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.311;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=308;ReadPosRankSum=1.594;SC=TCGCCCAGCGACCCTGCTCCT;SOR=3.391;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=16;WE=155598887;WS=155598869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr7	155599300	rs1233555	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=138;ReadPosRankSum=-0.202;SC=GCCTGGGCAACCGCCACCCCT;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=10;WE=155599308;WS=155599290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr7	155747865	rs7798508	C	G	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=24;PP=1384;SC=TGACCATTCTCAGGCTGTCAG;SOR=1.338;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=71;WE=155747873;WS=155747855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	155747907	rs7810074	T	C	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=51;PP=2416;SC=CACAGGGGAGTATGAAGCCGG;SOR=0.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=122;WE=155747915;WS=155747897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	155749929	rs115808529	G	A	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=571;ReadPosRankSum=1.117;SC=TGTGCAGGCCGGAGGCTCCAC;SOR=0.441;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=41;WE=155749937;WS=155749919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,64:0.59:109
chr7	155749951	rs35655547	C	T	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=33;PP=1247;SC=GAAACGTCAGCGGTAACATGC;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=76;WE=155749959;WS=155749941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	155750033	rs10256182	A	G	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	155755489	.	G	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=414;ReadPosRankSum=0.235;SC=CAGCCAAGACGAAATGCAGGG;SOR=0.504;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=34;WE=155755497;WS=155755479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,48:0.39:122
chr7	155755826	rs2007015	A	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=15;PP=512;SC=CCAGATTCTCATGTAGGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=155755834;WS=155755816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	155757502	rs1551630	T	C	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=34;PP=1092;SC=TCGCTTGCTGTCACTGCCTGG;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=155757510;WS=155757492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	156437414	.	A	T	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.815;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,75:0.63:119
chr7	156439242	.	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=517;ReadPosRankSum=1.874;SC=AGGTCAACATCCAGAGGTTCC;SOR=1.168;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=29;WE=156439250;WS=156439232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr7	156469096	rs2302149	C	T	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=720;ReadPosRankSum=0.855;SC=GGCCTCTTCCCGTCCTGTGTG;SOR=0.637;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=149;TCF=86;TCR=63;TR=56;WE=156469104;WS=156469086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,104:0.41:256
chr7	156473779	rs71838136	T	TA	479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.516;QD=15.99;ReadPosRankSum=-1.919;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr7	156518007	rs2072468	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=355;SC=CCAGTTTGTGTTTACGCAACT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=156518015;WS=156517997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	156529062	rs10640672	C	CAGT	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=1248;SC=AGCTTGCATTCATTATTTAGT;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=156529070;WS=156529052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	156685519	rs200299453	G	GC	606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=6;PP=544;SC=GGCGCGAGGCGAGGCCCGGAG;SOR=2.584;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=156685527;WS=156685509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	156685545	rs200101319	A	AC	766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.95;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	156755350	rs12672076	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=26;PP=988;SC=GCCTCCCTGTTGGAGTGAGTC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=61;WE=156755358;WS=156755340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	156759597	rs34856615	ATATAT	A	2642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=14;PP=2468;SC=GTTGTTAGTGATATATTATAG;SOR=2.381;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=45;WE=156759609;WS=156759587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	156759688	.	C	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.824;NF=37;NR=29;PP=762;ReadPosRankSum=0.634;SC=GGACAAATTTCGGGACTTGGA;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=66;WE=156759696;WS=156759678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,95:0.41:232
chr7	156761751	rs9969350	C	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=535;SC=ATCAGTGTAACTTTATTTTTC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=156761759;WS=156761741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	156761818	rs2302445	G	A	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=20;PP=1260;SC=CCCAGAGTCCGTTTTTTACGA;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=156761826;WS=156761808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	156761913	rs2302444	C	T	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=52;PP=1707;SC=CCCTTTCCGACGAGACATGGA;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=93;WE=156761921;WS=156761903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	156762224	rs2302443	G	C	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	156762248	rs12919	G	A	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	156762446	rs3087905	G	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=150;SC=AAATGTCCTTGGTAAACCCAA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=156762454;WS=156762436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	156786918	.	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=0.472;SC=TGAAATTGGCCCGTGTTTCTG;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=12;WE=156786926;WS=156786908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr7	156802643	.	A	AGCGGCG	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr7	156932105	rs59178327	C	T	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	156956547	.	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-1.728;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr7	156962874	rs6956046	G	A	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=183;SC=AGCAAGGACCGATAATGGTGT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=156962882;WS=156962864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	156971581	rs870745	T	C	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=40;PP=1056;SC=CTCAGCATCCTGATGGGGAGT;SOR=1.010;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=63;WE=156971589;WS=156971571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	156981672	rs7802642	A	G	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=3.159;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.74;ReadPosRankSum=1.687;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,148:0.99:149
chr7	156994311	.	C	T	153	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=58.67;NF=9;NR=1;PP=153;QD=18.7771212547;SC=CTAAATTGTACGTTGATCTTC;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=156994319;WS=156994301;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
chr7	157000040	rs370528507	C	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr7	157000176	rs2301914	T	C	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=52;PP=1787;SC=CACTCTTTTATCTTTTTAGCT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=96;WE=157000184;WS=157000166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	157023721	rs2301947	T	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=5;PP=411;SC=TAGTTGATGTTATTGCTTGCT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=157023729;WS=157023711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	157023759	.	A	AT	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.133;HP=9;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=0.070;SC=TCACCCTCCCATTTTTTTTTA;SOR=1.292;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=10;WE=157023767;WS=157023749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr7	157049530	rs1182373	T	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=441;SC=TTTCCGTGGGTGTCTGGACCA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=157049538;WS=157049520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	157049809	rs2301946	G	A	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=35;PP=1035;SC=CATTCAGTAGGGTTAAATGAA;SOR=1.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=157049817;WS=157049799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	157151234	rs3802100	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=2;PP=296;SC=CCTGTTTTTACTTGCAGGACC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=157151242;WS=157151224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	157156151	rs3802096	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=21;PP=582;SC=TAGGTAACCACGAGTGCTGGG;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=157156159;WS=157156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	157159423	rs3779591	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=418;SC=GCATTTAAAAGTCTTTTACGA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=157159431;WS=157159413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	157162068	rs9692250	T	C	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=28;PP=854;SC=GGGCAGTGTTTGGGTTGAAGT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=157162076;WS=157162058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	157162103	rs12672981	A	G	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=28;PP=844;SC=GGTGATTCTCATGGTGACCAA;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=157162111;WS=157162093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	157208617	rs1009135	C	T	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	157234117	rs60644045	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=246;ReadPosRankSum=-2.983;SC=TTCTGGGCGGCGCCTGACGTA;SOR=0.606;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=22;WE=157234125;WS=157234107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr7	157234912	rs12669046	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.924;NF=3;NR=2;PP=66;ReadPosRankSum=0.288;SC=GTGGTGGGCTATTCCACGCGG;SOR=0.811;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=5;WE=157234920;WS=157234902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr7	157234993	.	C	T	150	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=33;MMLQ=24;MQ=54.69;NF=3;NR=0;PP=150;QD=61.5904041824;SC=TGGGCTCTTCCGGGCGGCGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=3;WE=157235016;WS=157234983;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr7	157235229	rs6974109	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr7	157261127	rs34002063	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=-1.030;SC=CCCATCTGCCCGCCCGGCCAG;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=157261135;WS=157261126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	157261201	rs4716743	T	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=497;ReadPosRankSum=1.312;SC=CACCGTCACCTTCACGGGAGA;SOR=1.051;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=40;WE=157261209;WS=157261191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr7	157261258	rs4716744	C	T	4109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=1024;ReadPosRankSum=-2.199;SC=GGGACCATCCCTCACCTTTGG;SOR=1.068;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=69;WE=157261266;WS=157261248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,103:0.59:174
chr7	157261275	rs4716745	C	T	5063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=1099;ReadPosRankSum=-2.168;SC=TTGGTTTGCCCGCGTTCTCAC;SOR=0.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=83;WE=157261283;WS=157261265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,126:0.62:204
chr7	157261292	rs4716746	A	G	5137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1336;ReadPosRankSum=0.928;SC=TCACACGGGGACAGCTGTTTA;SOR=0.830;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=83;TCR=66;TR=86;WE=157261300;WS=157261282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,135:0.59:230
chr7	157261945	rs2109830	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=474;ReadPosRankSum=0.850;SC=CAGCAGGGGCAGGACCCTCGG;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=33;WE=157261961;WS=157261935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr7	157261953	rs11449038	C	CG	2604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=17;PP=1669;SC=GCAGGACCCTCGGCCTGGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=41;WE=157261961;WS=157261935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	157262170	rs7801907	T	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.355;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=634;ReadPosRankSum=0.016;SC=GAGTAGGGGGTGCAGACCCGG;SOR=1.837;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=40;WE=157262178;WS=157262160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr7	157262226	rs7778458	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=470;ReadPosRankSum=1.687;SC=AGGACATGCCGGCATCGGAGG;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=21;WE=157262234;WS=157262216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr7	157262920	rs7806450	T	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=244;SC=GCACTGGGTCTGCTCCCTGCA;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=13;WE=157262928;WS=157262910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	157263016	.	GCTGGCCTGGATTGGGTGTGTCCGTGTGTCCGGCA	G	535	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=24;MMLQ=21;MQ=52.44;NF=1;NR=8;PP=535;QD=63.3333333333;SC=TGTGTCCAGCGCTGGCCTGGA;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=157263057;WS=157263005;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr7	157263370	rs13244155	T	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=9;PP=381;SC=TGGGTGTGTCTGTGTGTCCGG;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=25;WE=157263378;WS=157263360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	157263391	.	G	T	187	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MMLQ=22;MQ=57.03;NF=8;NR=10;PP=187;QD=12.3206229193;SC=CGCTGGCCTGGGTTGGGTGTG;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=18;WE=157263399;WS=157263381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr7	157263410	.	C	T	273	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=20;MQ=56.88;NF=11;NR=10;PP=273;QD=14.6557720261;SC=TGTCCGTGTGCCCGGTGCTGG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=21;WE=157263418;WS=157263400;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr7	157263532	rs7785035	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr7	157318438	.	G	C	278	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=57.93;NF=8;NR=6;PP=278;QD=22.3408008962;SC=GCCGTGTGCAGTGTCGCAGGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=14;WE=157318446;WS=157318428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,14:0.45:31
chr7	157318477	.	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.427;NF=8;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=1.138;SC=GTGTCGCAGGGAAAAGAGGGC;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=15;WE=157318485;WS=157318467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr7	157333542	rs1124400	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=0.356;SC=CCTGCCACAGCGTCGGCTCCC;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=24;WE=157333550;WS=157333532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr7	157361564	rs7789467	C	T	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.423;SC=AGCTCTGAGCCGCAACAAAGC;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=63;WE=157361572;WS=157361554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,88:0.65:136
chr7	157361734	rs221294	T	C	6534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr7	157367205	rs146248159	T	TGA	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr7	157369564	rs221301	C	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=1.840;SC=CACGTCTGACCAGAGAAGGGG;SOR=1.078;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=13;WE=157369572;WS=157369554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr7	157370645	.	G	A	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=3;PP=36;QD=14.1542425094;SC=AATCCCATTCGGAGGAGGAGC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=5;WE=157370653;WS=157370635;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,5:0.29:17
chr7	157370688	rs122004	C	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=9;PP=549;SC=GTGGGTCCTGCCCTGGGTGGC;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=157370696;WS=157370678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	157387984	rs78328889	G	C	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=394;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CGATGTACGCGGGGTTCCTCG;SOR=0.483;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=35;WE=157387992;WS=157387974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,58:0.72:81
chr7	157396697	rs17853260	G	A	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-1.568;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,119:0.58:206
chr7	157406819	rs10247739	A	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=12.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr7	157414064	rs1130502	G	A	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=834;ReadPosRankSum=2.163;SC=AGGTCAGCACGGCCAGGGAGC;SOR=0.756;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=52;WE=157414072;WS=157414054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr7	157691523	rs56112490	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=2.433;SC=AAAATTTCAATTACATGACTG;SOR=1.270;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=11;WE=157691531;WS=157691513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr7	157800838	rs143545915	AGT	A	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=518;ReadPosRankSum=1.195;SC=CACATGTGTGAGTGTGTGTGG;SOR=1.737;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=15;WE=157800847;WS=157800828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr7	157800899	rs12666418	C	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=645;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TGGGCATGTGCATACACACTG;SOR=1.101;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=43;WE=157800907;WS=157800889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,52:0.38:138
chr7	157873975	rs3800863	T	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	157903478	rs3800861	A	G	7157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=78;PP=2751;SC=CTCTGCGACCAAGCAACAGGA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=77;TCR=78;TR=155;WE=157903486;WS=157903468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr7	157903504	rs3800860	C	T	6497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=81;PP=2498;SC=ACAGAAACCCCAGGGCCCCGT;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=72;TCR=81;TR=152;WE=157903512;WS=157903494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr7	157903538	rs1130501	A	G	5366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=82;PP=2574;SC=CAGCGAACGCACTGCTGGGCA;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=54;TCR=82;TR=136;WE=157903546;WS=157903528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr7	157929294	rs3800857	G	A	6872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=63;PP=2965;SC=TGAACAAAAAGATCACCAACT;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=115;TCR=64;TR=178;WE=157929302;WS=157929284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr7	157959620	rs10277232	C	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=104;SC=GGGGCTGGCTCACCATCGCCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=157959628;WS=157959610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	157959636	rs1130498	G	A	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=101;SC=CGCCTGTGCTGGAGGGGTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=157959644;WS=157959626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	157959879	rs1130497	C	T	4361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=28;PP=1081;SC=CGAGGGTCCGCGGCAGGAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=157959887;WS=157959869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	157959895	rs1130496	C	T	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=31;PP=1299;SC=GAGGTCCTCGCGGAGCTGGGT;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=65;WE=157959903;WS=157959885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	157959911	rs1130495	A	G	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=36;PP=1454;SC=TGGGTCCGGGACCCGGGAGGG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=72;WE=157959919;WS=157959901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	157997781	rs144438464	C	CA	629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=542;ReadPosRankSum=-1.621;SC=TACATTAAAACAAACAAACAA;SOR=0.471;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=17;WE=157997789;WS=157997771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr7	158055796	.	ACACACACACTG	A	2979	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=24;NR=43;PP=2979;QD=20;SC=CACACACTGCACACACACACT;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=67;WE=158055822;WS=158055786;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,67:0.91:74
chr7	158055802	.	ACAC	A	1104.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=2.353;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr7	158055806	.	TGCACACAC	T	1105.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=2.002;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr7	158055814	.	CA	TA	2973	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=24,31;NR=46,16;PP=2973,1828;QD=20;SC=ACTGCACACACATACACATAT;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=70,47;WE=158055822;WS=158055786;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:75,47:0.39:122
chr7	158055814	rs139835733	CA	CATA	2100.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24,31;NR=46,16;PP=2973,1828;ReadPosRankSum=-0.819;SC=ACTGCACACACATACACATAT;SOR=0.807;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=70,47;WE=158055822;WS=158055786;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.64:86
chr7	158055850	rs77811094	TCA	T	2718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1492;ReadPosRankSum=0.897;SC=CTGCACACAGTCACACATTCA;SOR=0.685;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=78;WE=158055859;WS=158055840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,84:0.34:245
chr7	158056045	rs10577937	CAT	C	1031.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=903;ReadPosRankSum=-0.302;SC=CATGTGTACACATATGAGCAC;SOR=1.483;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=24;WE=158056054;WS=158056035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr7	158282315	.	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr7	158325310	rs55857496	C	CAA	1332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=5;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=1380;ReadPosRankSum=3.914;SC=AAGAAAAGACCAAAAACGTCA;SOR=0.954;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=22;WE=158325324;WS=158325300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
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chr7	158325338	rs12670231	G	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.328;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,68:0.40:169
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chr7	158380138	rs200168427	G	GA	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.294;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr7	158380436	rs183488561	G	T	155.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=1.501;SC=TCCGGGCCCAGGGAGGCGCGC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=158380444;WS=158380426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr7	158384305	rs67404380	CTGTG	C	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.398;NF=8;NR=3;PP=459;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CTGTGTCTGTCTGTGTAAGAA;SOR=1.017;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=11;WE=158384316;WS=158384295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr7	158384590	rs10277152	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=0.356;SC=TGGGTTATTCTTTGATTACAA;SOR=1.119;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=8;WE=158384598;WS=158384580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr7	158424508	rs11973267	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.160;SC=GTTTGCAACCATGCATTTAAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=158424516;WS=158424498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr7	158434251	rs200241139	GA	G	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.230;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.802;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr7	158436924	rs35309808	T	C	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.498;SC=CTCATGCAGATCCAAAGAAGA;SOR=0.581;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=87;WE=158436932;WS=158436914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,133:0.56:239
chr7	158438197	.	G	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.711;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=702;ReadPosRankSum=0.825;SC=ATGACAGAGGGGAATGTAACC;SOR=0.955;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=52;WE=158438205;WS=158438187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,71:0.45:158
chr7	158455089	rs4484634	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=277;ReadPosRankSum=-0.455;SC=ATTGTGAAAGGATCTAATCAT;SOR=0.781;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=19;WE=158455097;WS=158455079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr7	158456710	rs10227735	C	T	224.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=0.838;SC=CTACAAAGGACATATAGCAAT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=158456718;WS=158456700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	158457458	rs3816466	A	G	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=965;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CAAAAAGCACATATGCAGAAG;SOR=0.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=73;WE=158457466;WS=158457448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,106:0.53:199
chr7	158468437	rs1530967	G	A	211.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TCAGGGATTCGTAACTTAGAG;SOR=2.093;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=158468445;WS=158468427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr7	158473339	rs2305470	G	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-0.533;SC=ATTGTAATTTGGACTTAGAGT;SOR=1.055;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=7;WE=158473347;WS=158473329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr7	158476106	rs6970374	C	T	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1276;ReadPosRankSum=-0.603;SC=ATGCAAAGCACTTGGTGTGTG;SOR=0.656;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=89;WE=158476117;WS=158476096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,122:0.65:188
chr7	158476148	rs6969248	G	A	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=1135;ReadPosRankSum=0.977;SC=CAAGCAGTGCGGCATTTGAGT;SOR=0.695;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=67;WE=158476156;WS=158476138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,105:0.64:165
chr7	158476271	rs6956496	T	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=4.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=1.009;SC=GGTTTTCTTATAGCAAGGAGA;SOR=1.791;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=19;WE=158476279;WS=158476261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr7	158527051	rs3750052	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=254;ReadPosRankSum=0.817;SC=CACTACCCACTGGGCGGGGAA;SOR=0.809;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=25;WE=158527059;WS=158527041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,47:0.44:108
chr7	158527260	rs3763413	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.455;NF=2;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TGGGAGGATCTCTTAAGCCCA;SOR=0.569;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=7;WE=158527268;WS=158527250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr7	158528158	rs3816461	C	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=768;ReadPosRankSum=0.438;SC=ATTTTACAAACTGCAGGAACT;SOR=0.845;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=23;WE=158528178;WS=158528148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr7	158528170	rs7787974	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=768;ReadPosRankSum=1.569;SC=GCAGGAACTGGTTGAGGATTC;SOR=0.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=25;WE=158528178;WS=158528148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr7	158528233	rs3816462	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.847;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GGAAGCCGCCACTGTTCTTCA;SOR=0.798;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=26;WE=158528241;WS=158528223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
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chr7	158528269	rs35914882	C	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=307;ReadPosRankSum=0.032;SC=TTCTCCTCTGCACTTCTGGTA;SOR=0.731;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=24;WE=158528277;WS=158528259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,38:0.34:113
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chr7	158534707	rs35420830	T	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	158536154	rs2305472	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr7	158536267	rs2305473	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=184;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CCCGAGTTACTGAGCTGGAAG;SOR=0.707;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=17;WE=158536275;WS=158536257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,35:0.32:111
chr7	158536345	rs2305475	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.441;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,22:0.24:90
chr7	158536376	rs2305476	A	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=1048;ReadPosRankSum=0.371;SC=TGACCTGCAAAACACAGGGTG;SOR=0.554;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=20;WE=158536437;WS=158536366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,18:0.19:96
chr7	158536388	rs2305477	A	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=1063;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CACAGGGTGGAAACACTGGCA;SOR=0.582;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=18;WE=158536437;WS=158536366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,17:0.18:96
chr7	158536402	rs71547563	C	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,11:0.12:91
chr7	158536408	rs71547564	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,10:0.11:89
chr7	158536411	rs71547565	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.539;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,10:0.11:88
chr7	158536422	rs71547566	C	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,9:0.11:80
chr7	158552398	rs896860	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=-0.432;SC=ATCCATGCAACAGAGACAGAA;SOR=0.936;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=7;WE=158552406;WS=158552388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr7	158555706	rs844521	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.553;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=305;ReadPosRankSum=0.978;SC=TTAAAACATACTTTTGATTAT;SOR=0.341;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=28;WE=158555714;WS=158555696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr7	158557692	rs35421678	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=105;ReadPosRankSum=-1.514;SC=TCCCAGCAGCGGGGAAATGCA;SOR=0.999;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=11;WE=158557700;WS=158557682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr7	158566138	rs842447	T	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr7	158566217	rs842448	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=232;ReadPosRankSum=0.967;SC=CTTCATCCTTCGTAATATACC;SOR=0.894;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=22;WE=158566225;WS=158566207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
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chr7	158590512	rs2788501	T	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-0.528;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
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chr7	158591851	rs2709855	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=112;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCTCATCATACGTCCTATGTT;SOR=0.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=158591859;WS=158591841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr7	158621637	rs4599756	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr7	158649280	rs2788473	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=1.769;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr7	158649373	rs2657385	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	158662182	rs842695	G	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=-1.404;SC=CATTTGGGACGTGAGTCTGTT;SOR=0.558;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=40;WE=158662190;WS=158662172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,56:0.38:148
chr7	158662250	rs712199	T	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=326;ReadPosRankSum=-0.526;SC=ACAGAATATTTGTCCTTCCTC;SOR=0.909;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=31;WE=158662258;WS=158662240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,53:0.38:141
chr7	158662511	rs3057377	T	TTTTAAAC	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.12;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	158662689	rs2308132	CTT	C	1351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.308;NF=3;NR=14;PP=868;ReadPosRankSum=0.760;SC=CACTGTATAACTTTGGTTATG;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=17;WE=158662706;WS=158662679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,38:0.38:101
chr7	158662698	rs842696	T	C	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=884;ReadPosRankSum=1.085;SC=ACTTTGGTTATGTGTGCCTCA;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=24;WE=158662706;WS=158662679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,37:0.38:97
chr7	158664074	rs145233696	TGAA	T	2428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=1110;ReadPosRankSum=2.125;SC=AAAGAAAAGCTGAAGGAGAAA;SOR=0.513;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=27;WE=158664084;WS=158664064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,64:0.49:131
chr7	158672476	rs2709859	C	G	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.274;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=1179;ReadPosRankSum=2.563;SC=ATCGAGACAACAAACACCGAG;SOR=0.442;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=67;WE=158672484;WS=158672466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr7	158672619	rs2788478	A	G	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=31;PP=1031;SC=GAGAGGCACCAAAGCAACGTG;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=158672627;WS=158672609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	158694530	rs842703	T	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=0.961;SC=GTTAAAACTTTCCTTAGCTTA;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=4;WE=158694538;WS=158694520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr7	158714921	rs62476510	A	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=0.840;SC=GTTCATCAAAACCTACGTTTC;SOR=1.071;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=10;WE=158714929;WS=158714911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr7	158715219	rs2730238	A	G	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=543;ReadPosRankSum=1.563;SC=GGCCACAGAAAGTTCTGATAT;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=33;WE=158715227;WS=158715209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr7	158715262	rs79349974	G	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=338;ReadPosRankSum=0.128;SC=GATGAGAGTCGCACGTTTGAT;SOR=0.269;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=19;WE=158715270;WS=158715252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr7	158718793	rs2527188	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=243;ReadPosRankSum=-0.375;SC=ACCCAGAAGCACCTCGTGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=18;WE=158718801;WS=158718783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr7	158723014	rs2730241	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=-1.268;SC=GGATGCTGTGTATTGATTTGC;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=8;WE=158723022;WS=158723004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr7	158723334	rs41271226	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=264;ReadPosRankSum=0.314;SC=CATTGTTTTTTTACTGTTTTG;SOR=0.368;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=15;WE=158723342;WS=158723324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr7	158726684	rs62476517	G	A	117.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.210;NF=4;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=1.383;SC=TAGAAACAGAGTGGCTAAACC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=158726692;WS=158726674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr7	158726798	rs34181207	T	TC	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.711;NF=3;NR=9;PP=416;ReadPosRankSum=1.546;SC=CATCTGTTCATTTTGTTACTT;SOR=0.283;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=12;WE=158726806;WS=158726788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
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chr7	158727276	rs2657331	T	A	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.881;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=447;ReadPosRankSum=3.638;SC=CCAATTCTTCTTTTTTTGTTT;SOR=1.547;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=26;WE=158727284;WS=158727266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
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chr7	158936966	.	C	A	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=946;ReadPosRankSum=1.160;SC=ACCGACGCCACGTCCCCCCGA;SOR=0.530;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=73;TCR=44;TR=62;WE=158936974;WS=158936956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,112:0.61:185
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chr8	182807	.	A	G	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=41.75;NF=2;NR=2;PP=20;QD=13.6928031368;SC=ATGCTTCCCCATCCTTCCCTC;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=4;WE=182815;WS=182797;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr8	182934	rs75792622	T	C	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.573;NF=20;NR=5;PP=360;ReadPosRankSum=0.134;SC=CTCGTGCTTCTGCACAATCGC;SOR=0.856;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=25;WE=182942;WS=182924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr8	182949	rs3008280	C	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.430;NF=22;NR=5;PP=377;ReadPosRankSum=1.476;SC=AATCGCCTCCCACTAGCGGTG;SOR=0.836;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=27;WE=182957;WS=182939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr8	194884	rs2906331	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=0.998;SC=GACAGGACAACTGTACAAACT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=194892;WS=194874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr8	280241	rs7388619	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=209;ReadPosRankSum=-0.149;SC=ACAGCACACCACTCGCACACT;SOR=0.399;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=17;WE=280249;WS=280231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr8	412978	rs182422034	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=399;ReadPosRankSum=-1.361;SC=CATCTTATGCGGATTCTGAAT;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=24;WE=412986;WS=412968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr8	441457	rs1064416	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=301;SC=GCTCTCAAACCGGTCGTCGAT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=441465;WS=441447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	442755	rs17813338	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=-1.089;SC=CTATAGGAGATGAAAGAGTTA;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=19;WE=442763;WS=442745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr8	494658	rs71202629	GGGCGGC	G	1673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=784;SC=ACCTGCGCCTGGGCGGCGGCG;SOR=0.798;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=13;WE=494671;WS=494648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	494804	rs10105131	C	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=1.633;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
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chr8	565232	rs1669694	C	G	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=32;PP=1578;SC=GTTAAGGCAGCCCCTCTCTCT;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=75;WE=565240;WS=565209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	566417	rs13276545	C	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=300;SC=TGAGGCTGACCGAACCCCGCA;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=566440;WS=566407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	566429	rs13255197	A	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	566432	rs13276566	C	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	566460	rs13276586	C	G	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=11;PP=350;SC=GCGGATTCAGCGCTGGCCAAC;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=566468;WS=566450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr8	566660	rs35578938	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
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chr8	676183	rs4735915	T	C	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.346;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=617;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TGGAAACAAATCTGAGCCAGC;SOR=1.080;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=48;WE=676191;WS=676173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,56:0.41:137
chr8	676308	rs56948427	G	A	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=898;ReadPosRankSum=1.733;SC=GTACAAACACGCCACACGCAG;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=80;TCR=102;TR=73;WE=676316;WS=676298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,122:0.35:350
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chr8	1496767	rs2906568	C	G	3144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=626;ReadPosRankSum=-0.500;SC=TCCGGGTGTTCAATGCCGTTT;SOR=0.591;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=44;WE=1496775;WS=1496757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,79:0.60:132
chr8	1496788	rs2906569	A	G	3546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=641;ReadPosRankSum=0.451;SC=CTGTTTCCCCACAGACCCGCA;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=50;WE=1496796;WS=1496778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,101:0.60:168
chr8	1514009	rs2301963	C	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=0.819;SC=GCAATCCTACCAGAGCCGCTG;SOR=1.765;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=16;WE=1514017;WS=1513999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr8	1649260	.	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CTGCGGTCGGGAAGGGTCAGG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=1649268;WS=1649250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr8	1749388	rs7017381	C	T	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=19;PP=636;SC=CACTCAGAAGCGGACTCCCTG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=1749396;WS=1749378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	1749410	rs7003112	T	A	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	1749513	rs12541297	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=283;SC=GTGACTTGCACGTATATGCCC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=1749521;WS=1749503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	1791433	rs11136431	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=-0.509;SC=TTCCTTTTTGCGGGGTTCTCT;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=13;WE=1791441;WS=1791423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr8	1791638	rs11136432	T	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-1.200;SC=GTGGGTCAGGTTGTGCTGCTG;SOR=0.230;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=1791646;WS=1791628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr8	1791663	rs11136433	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=1.166;SC=CATCAAGGACGGGGTACTTCT;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=1791671;WS=1791653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr8	1791672	rs11136434	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.34;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr8	1791685	rs11136435	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr8	1806045	rs373033848	GATCT	G	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.43;MQRankSum=-0.566;QD=6.05;ReadPosRankSum=2.522;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
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chr8	1830956	.	TG	T	29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;FR=0.9998;HP=8;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=29;QD=23.0;SC=GACACGGGGTTGGGGGGGGCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=1830964;WS=1830946;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr8	1833690	rs57467911	CTT	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.156;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr8	1833801	rs9657362	G	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.681;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,46:0.69:67
chr8	1842748	rs189787883	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=0.382;SC=GGTAATTAAGCTGGGACACCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=6;WE=1842756;WS=1842738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr8	1846545	rs755544	C	A	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.144;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=417;ReadPosRankSum=2.116;SC=GCCCCAGGGGCAGGGAGGGCA;SOR=1.371;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=28;WE=1846553;WS=1846535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr8	1846758	rs755542	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=521;ReadPosRankSum=0.348;SC=TTGAAAATGGCGTCTGTTCCT;SOR=0.902;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=39;WE=1846766;WS=1846748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,51:0.40:126
chr8	1857293	rs2294035	A	G	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=114;SC=TTATGGCAGCAAGTGGGGACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=1857301;WS=1857291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	1857366	rs2294036	GT	AC	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=904;SC=CAATTCAGCAGTGGGAAGTTT;SOR=2.621;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=22;WE=1857375;WS=1857356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	1857548	rs2294038	T	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=-2.312;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,54:0.44:122
chr8	1857649	rs2294041	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=43;ReadPosRankSum=-1.470;SC=AAGTGATGCTTTCTCTCACGT;SOR=0.836;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=6;WE=1857657;WS=1857639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr8	1871114	rs112914148	T	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.563;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr8	1871896	rs2272614	G	C	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=599;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TCACAGGATGGAGCACGTTTT;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=38;WE=1871904;WS=1871886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr8	1877480	rs17683288	T	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr8	1900855	rs7832438	A	G	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=12;PP=603;SC=GAAGCCACTCATGTCTTTCCG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=1900863;WS=1900845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	1901110	rs74808197	G	C	199.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=178;SC=ATTATCTGTGGTTTTTCAGTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=1901118;WS=1901100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	2005414	rs7833424	C	T	199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	2005676	rs3765208	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=194;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CATGGTGCTCAAGGGGCCGAG;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=17;WE=2005684;WS=2005666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr8	2005923	rs117274617	T	C	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr8	2007116	rs7461903	A	G	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=130;SC=ACCAGTGCGAACTCTGGGCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=2007124;WS=2007111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	2007230	rs6558591	A	C	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=17;PP=1004;SC=CACACACAAAATACAACTCTG;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=2007238;WS=2007220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	2017705	.	C	CTT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-2.365;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=1.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr8	2020377	rs150521018	G	GATGCTCTCTGCCCTTCGGCCATGAAAGCCTCCATCGTTTC,GATGCTCTCTGCCCTTCGGCCCTGAAAGCCTCCATCGTTTC	1451.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.38;QD=111.67;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,5:0.62,0.38:13
chr8	2020584	.	G	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GAGTGGTACCGCGATGGTGAG;SOR=1.002;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=9;WE=2020592;WS=2020574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
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chr8	2024405	rs3817698	G	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.768;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
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chr8	2044376	rs7815778	GG	AC	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=411;SC=TGATACAGACGGAAAAATGGA;SOR=2.636;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=2044385;WS=2044353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr8	2046880	rs2294067	G	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=145;SC=GCCTCTGTGGGTGCGACTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=2046888;WS=2046870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	2048640	rs3779838	C	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=13;PP=661;SC=ATGCGCGCAGCAACAAGGTGG;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=34;WE=2048648;WS=2048630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr8	2050383	rs2294070	A	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
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chr8	2054351	.	G	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=731;ReadPosRankSum=0.484;SC=AAGTGATACAGACGGAGTGTC;SOR=0.868;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=49;WE=2054359;WS=2054341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chr8	2054476	rs33927116	GA	G	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=1.723;SC=TACTTGCTTAGAAAAAAAGAC;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=2054484;WS=2054466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr8	2056569	rs1978898	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=423;ReadPosRankSum=-0.216;SC=ACTTTTTCTTCGTTTTAGAGC;SOR=0.787;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=31;WE=2056577;WS=2056559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr8	2057090	rs2280895	C	T	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=76;SC=TCTCAAAAATCTAATAACTAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=2057098;WS=2057080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	2057299	rs373969624	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr8	2071002	rs6558607	T	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=0;PP=179;SC=CGTCTGAGACTGTCTATAGTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=2071010;WS=2070996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	2071261	rs71270475	A	AGAC	3426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	2071306	rs6998711	A	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.18;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr8	2071673	rs2280898	T	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=291;SC=CTTTGGTTGCTTTCAGAGTTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=2071681;WS=2071663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr8	2091184	rs2280904	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=242;ReadPosRankSum=-1.361;SC=AACATATAAATCTTTTTCTTT;SOR=0.950;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=18;WE=2091192;WS=2091174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr8	2112080	rs33945248	G	GTT,GTTT	1321.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.54;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,28,19:0.58,0.40:48
chr8	2112130	rs1036689	G	A	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=21;PP=859;SC=CCTCCTGTGGGCTACACCATG;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=46;WE=2112138;WS=2112120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	2148368	.	G	GTC	108	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=39;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=108;QD=64.5;SC=GTATAGTTGTGTGTGTGCATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=2;WE=2148378;WS=2148362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr8	2148370	.	G	C	94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=39;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=94;QD=64.3856062736;SC=ATAGTTGTGTGTGTGCATGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=2;WE=2148378;WS=2148362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr8	2148429	rs2618847	T	A	855.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.66;ReadPosRankSum=2.146;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,22:0.92:24
chr8	2148429	.	TGC	AGT	667	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=12;NR=7;PP=667;QD=37.9193618349;SC=TGTGTGTGCATGCGTGTGTGC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=19;WE=2148439;WS=2148419;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,19:0.83:23
chr8	2148431	rs2618846	C	T	853.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.58;ReadPosRankSum=2.251;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,22:0.92:24
chr8	2148550	rs2618845	G	A	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.58;NF=8;NR=15;PP=449;SC=TGTGCATGCTGTATTTATGTG;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=2148558;WS=2148540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	2148587	rs138518302	TATGTGTGTACATATGTAC	T	526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.877;NF=0;NR=7;PP=1605;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TGCAGGTGTGTATGTGTGTAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=2148612;WS=2148577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr8	2148771	rs7008255	C	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=6;PP=202;SC=CATGTGTTTGCGTCTGTGTGC;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=2148779;WS=2148761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	2148832	rs12547598	A	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=0.877;SC=GTGGGGGCTAAACAAAGGATG;SOR=0.988;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=9;WE=2148840;WS=2148822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr8	2796277	rs585000	C	T	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=32;PP=1068;SC=CTAAGGAAAACAGAAAACAAA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=2796285;WS=2796267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	2799981	rs6997981	G	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr8	2800140	.	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=1.697;SC=TAAGATAAAGGAAATATTAAA;SOR=1.292;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=15;WE=2800148;WS=2800130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr8	2806920	rs5741961	G	GAAAGAAAAGA	1637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=43.10;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	2808623	.	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TTAGTGAATTCTTCGGGACCT;SOR=0.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=5;WE=2808631;WS=2808613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr8	2808860	rs1513337	T	G	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	2812993	rs190643569	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=302;ReadPosRankSum=0.989;SC=GGCAGGTGGCGATGCTGCAGC;SOR=0.627;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=21;WE=2813001;WS=2812983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr8	2813083	rs4875856	G	C	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=29;PP=1459;SC=CTTTGGAAAAGTATGCCACTC;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=75;WE=2813091;WS=2813073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr8	2830813	.	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=397;ReadPosRankSum=-0.771;SC=CAGAATCCAGGATTATTTCCT;SOR=0.450;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=27;WE=2830821;WS=2830803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr8	2832139	rs667595	C	G	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=39;PP=1166;SC=GGTGTCCACACGATATAGCTT;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=2832147;WS=2832129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	2836102	rs615578	C	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=655;SC=GCAGGGGTCTCTGCACAGAAA;SOR=2.242;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=30;WE=2836110;WS=2836092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	2909992	rs6558702	G	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=592;SC=ACGCTTACACGTGGGCGGCTT;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=2910000;WS=2909982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	2910020	rs6558703	A	G	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=11;PP=799;SC=TTACTCCACAACCCATCTTCT;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=2910028;WS=2910010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	2910223	rs6420209	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=17;PP=451;SC=TATTTTCCAGCTATTAAAACC;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=2910231;WS=2910213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	2910289	rs7004774	A	G	95.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	2949178	.	G	A	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr8	2964003	rs10503192	T	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=9;PP=593;SC=AATACAATTTTCCATGTTGAA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=2964011;WS=2963993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	2965122	rs113534820	C	CTGTTTT	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=157;SC=TTCTTTGTTTCTGTTTTTGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=2965130;WS=2965112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	2965209	rs1531351	A	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=25.45;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr8	3038525	rs259859	T	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=0.124;SC=TTTCACAGTTTTAGAAAAATA;SOR=0.141;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=3038533;WS=3038515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr8	3046506	.	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=-1.377;SC=TGTACCTCTTCGTTGAGTGAA;SOR=0.679;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=12;WE=3046514;WS=3046496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr8	3046635	rs199581353	GTACA	G	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=380;ReadPosRankSum=-0.553;SC=AAGAGAAAATGTACATGAACA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=9;WE=3046646;WS=3046625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr8	3059365	rs5888954	TA	T	222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=287;SC=AAGAATTTGGTAAAAAAATAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=3059373;WS=3059355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	3072018	.	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=0.502;SC=CGTGCACTCACCATTGCAGGA;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=3072026;WS=3072008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr8	3072107	rs73183587	G	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.539;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr8	3076920	.	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=0.338;SC=GGAATCTTCCCCTTCATAGAT;SOR=1.140;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=11;WE=3076928;WS=3076910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr8	3141555	rs10099968	A	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=4;PP=196;SC=AATTAGGCTCAATAAATTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=3141563;WS=3141545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	3141586	rs4875508	T	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=365;SC=GAGACGCTGGTGAATATAAAT;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=3141594;WS=3141576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	3201012	rs156075	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=25;PP=752;SC=TATGCCTTCACTGGATTCTTA;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=3201020;WS=3201002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	3201034	rs156076	G	T	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=20;PP=561;SC=GTTAGCAATGGTAATAAACAA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=3201042;WS=3201024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	3216814	.	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr8	3224583	.	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=297;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GCCCTCGTACGAAATTGAGAA;SOR=0.767;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=22;WE=3224591;WS=3224573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr8	3224788	.	GGA	G	250	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=20;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=10;PP=250;QD=21.75;SC=TGAAGCCGGGGGAGAGAGAGA;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=12;WE=3224807;WS=3224778;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,12:0.67:18
chr8	3224796	.	AG	A	442.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=-2.199;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr8	3224798	.	AG	A	442.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=-2.158;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr8	3224825	rs35870800	CG	C	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=451;ReadPosRankSum=0.883;SC=CACGGGGCGGCGGGGGCAGAG;SOR=0.765;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=13;WE=3224837;WS=3224815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr8	3224829	rs34455214	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=442;ReadPosRankSum=0.757;SC=GGGCGGCGGGGGCAGAGAGGG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=13;WE=3224837;WS=3224815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
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chr8	3253768	rs3802303	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=-0.146;SC=CAGTGGTGAACAGCAGGTACA;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=16;WE=3253776;WS=3253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr8	3263500	rs10097933	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr8	3263758	rs12543118	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-2.981;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr8	3265590	rs10088378	C	T	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=46;PP=1883;SC=GAAAGTCAAACTGAGGCTCAA;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=107;WS=3265580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr8	3266863	rs76650298	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=399;ReadPosRankSum=1.511;SC=CCCTAAATGGGCGGTCTGTGT;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=10;WE=3266884;WS=3266853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
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chr8	3807667	rs2627515	C	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=18;PP=541;SC=CATTTATACACCAGCTGACTT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=3807675;WS=3807657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr8	3855658	rs17068480	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CAGAAAGAAAGCATCACATTT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=3855666;WS=3855648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr8	4494811	rs2617007	T	G	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=129;SC=CTAGATTTCATAATCTGTGTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=4494819;WS=4494801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	4495107	rs2617008	G	C	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=14;PP=388;SC=ACACAAAAAAGCATATTATTC;SOR=1.179;Source=Platypus;TCF=3;TR=17;WE=4495115;WS=4495097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	6264130	rs2305023	G	C	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=14;PP=613;SC=CAGTGCCCGCGCGCGCCGCCA;SOR=1.010;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=37;WE=6264138;WS=6264120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	6264378	.	A	C	169	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=95;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=169;QD=40.7542425094;SC=TGCCTGTCCCACCAAAACCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=6264386;WS=6264368;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr8	6272185	rs2440437	G	T	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=160;SC=TCTGTCAGATGTTGAGAAACA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=6272193;WS=6272177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	6272399	rs2305022	G	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	6272477	rs2515415	A	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.71;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	6272481	rs2442545	C	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	6272532	rs2515417	T	A	217.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	6272540	rs3214738	TG	T	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.20;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	6272543	rs55687318	A	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	6288879	rs2251956	A	T	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	6296550	rs2442513	G	T	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	6299532	rs2053618	A	G	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=26;PP=1077;SC=TGCTGGCTTCATCTGCTAAGA;SOR=1.000;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=67;WE=6299540;WS=6299522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	6302183	rs930557	G	C	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=21;PP=941;SC=AGTCACCCCTGACCAAAAGCA;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=6302191;WS=6302173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr8	6793685	.	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-0.783;SC=GAGGAAGCATGAGAAATTAAG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=8;WE=6793693;WS=6793675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr8	7343806	rs148956195	C	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.42;QD=22.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	7398495	.	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.35;MQRankSum=-0.772;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
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chr8	7686323	rs201085281	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.75;MQRankSum=-2.570;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr8	8176221	rs13269488	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TTTGGGGTGCCGCCCGGCTTC;SOR=1.109;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=19;WE=8176229;WS=8176211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr8	8176387	rs143409664	C	CGGGGCG	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr8	8176825	rs6601691	A	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=-0.119;SC=AGATCTGTGGAGAGAAGAAGA;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=18;WE=8176833;WS=8176815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr8	8185899	.	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=335;ReadPosRankSum=1.292;SC=GTCCTCAGTGGAGCCTGAAGG;SOR=0.997;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=19;WE=8185907;WS=8185889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr8	8234192	rs4840953	G	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=350;ReadPosRankSum=-2.851;SC=GCTGCCGCCAGAGCTCCCATC;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=26;WE=8234200;WS=8234182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr8	8234218	rs4840954	CG	TA	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=704;ReadPosRankSum=2.823;SC=GGTCAGCCAGCGGTGACACTG;SOR=0.514;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=24;WE=8234227;WS=8234208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr8	8234714	rs3896980	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=22.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.873;SOR=3.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,18:0.20:88
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chr8	8643387	rs10903311	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=0.385;SC=TTCCCCAGTCGTCCAAAAAGC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=8643395;WS=8643385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr8	8643582	rs2271340	C	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=43;PP=1464;SC=GGGTGGACAACAAGAAAGCAC;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=8643590;WS=8643572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	8643725	rs2271341	T	A	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=327;SC=TCAGGCAACTTATGTCCCCAC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=8643733;WS=8643715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	8654898	rs3827812	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=346;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TGATCACAGTCGGCGTGGGTG;SOR=0.737;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=27;WE=8654906;WS=8654888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr8	8655023	rs3748144	C	T	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	8747894	rs429433	A	G	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=37;PP=1668;SC=AAACAACCCAAGTGGAAAAGT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=85;WE=8747902;WS=8747884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	8749729	rs3748141	G	C	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=33;PP=1275;SC=GGTTGGAGGAGAGGTTGAGCA;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=8749737;WS=8749719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	8750467	rs1062988	A	G	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=641;SC=CGGCGGCGGTAAGCGTGAGCT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=8750475;WS=8750457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	8860620	rs2288672	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=243;SC=GCCGTGGCTCTCGCGCTGCTG;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=8860628;WS=8860610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	8860709	rs28510464	T	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GCCTGGCTGTTGGCGCCAGCT;SOR=0.269;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=8860717;WS=8860699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr8	8866661	rs9329175	G	A	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=45;PP=1230;SC=ATGTTTATACGTTTATTCAAC;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=8866669;WS=8866651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	8868951	.	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=0.712;SC=TGCTAAATTTCGCTGTGATTG;SOR=0.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=8868959;WS=8868941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr8	8869035	rs9650628	C	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.004;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr8	8869199	rs9650616	T	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=12;PP=345;SC=GAAACCCACCTGAGTTTGTAC;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=8869207;WS=8869189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	8869277	rs28665409	G	A	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=5;PP=98;SC=GTGAATTTTTGTATTTTAATT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=8869285;WS=8869267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	8873646	rs3895823	T	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=165;SC=AAATTATGAATCAATTCATTT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=8873654;WS=8873636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	8875764	rs7822129	G	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=2.359;SC=TCTACGTGAAGCTGCAGCCCT;SOR=0.770;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=12;WE=8875772;WS=8875754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr8	8887566	rs34111588	A	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=5.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.01;ReadPosRankSum=2.147;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr8	8905926	rs2921379	A	G	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=24;PP=990;SC=AGTTTAAAAAACGTCCTTAAG;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=53;WE=8905934;WS=8905916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	9537635	rs12114182	G	A	32.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	9563797	rs11343041	CT	C	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5134;FS=1.814;HP=13;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=127;ReadPosRankSum=0.048;SC=GCATCATTTACTTTTTTTTTT;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=13;WE=9563805;WS=9563787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr8	9564437	rs7006985	A	G	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	9564600	rs12542457	T	C	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=115;SC=CCTTCCATTCTTACAAGCAGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=9564608;WS=9564590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	9577794	rs72301704	A	AT	313.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=102;SC=TTGAAAGTTGATTTTTTTTTC;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=9577812;WS=9577784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	9577804	rs5025210	C	A	353.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=149;SC=ATTTTTTTTTCATAAGAATGT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=9577812;WS=9577784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	9577940	rs6601360	T	C	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=33;PP=1356;SC=CCCTAGCAGGTCACCTGCAGA;SOR=0.905;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=78;WE=9577948;WS=9577930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	9593081	rs4841208	A	C	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=30;PP=916;SC=GAGGCCGAGGAAGGTAGATCA;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=9593089;WS=9593071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	9627603	rs34806026	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.761;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr8	10065325	rs369027929	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr8	10102863	rs4841293	A	G	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=127;SC=TATTATTTGTATATATATACT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=10102871;WS=10102853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	10210990	rs111889058	ACCGGAGGC	A	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	10285825	rs10903326	T	G	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=35;PP=1101;SC=AAAAATAATTTCTCCCCACAT;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=10285833;WS=10285815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	10383226	rs4521726	C	G	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=29;PP=812;SC=CCTCAGCCCCCTCATCCCCCC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=10383234;WS=10383216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	10411438	rs35201635	AT	A	1033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.19;MQRankSum=0.291;NF=17;NR=10;PP=503;ReadPosRankSum=-0.382;SC=TGTCAATTTAATTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=27;WE=10411446;WS=10411428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr8	10411743	rs78791583	G	A	77.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=56;SC=CTTTTCTTGTGTAATAATGAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=10411751;WS=10411733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	10464604	rs117007660	T	C	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=475;ReadPosRankSum=0.132;SC=CCTCTCTGCATGAGGGGTCCC;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=42;WE=10464612;WS=10464594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr8	10465097	rs4354268	C	T	8558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=107;PP=2965;SC=TGGGCCTCCTCTTCAGCCTCC;SOR=0.723;Source=Platypus;TCF=113;WE=10465105;WS=10465087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr8	10465771	rs11785822	G	T	8680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=112;PP=2965;SC=CTCCTGGGCCGCCTCTTCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=108;TCR=112;TR=220;WE=10465779;WS=10465761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr8	10466003	.	GCTGGGCCTCCCCTTCAGCCTC	G	2900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=4.563;NF=13;NR=31;PP=2967;ReadPosRankSum=2.483;SC=TCTGACTCTGGCTGGGCCTCC;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=42;TCR=99;TR=44;WE=10466031;WS=10465999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,87:0.29:301
chr8	10466482	rs13267180	G	A	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=70;PP=2365;SC=CTTGCCAGGGGCCACCTCTGC;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=54;TCR=71;TR=123;WE=10466490;WS=10466472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr8	10467207	rs4840498	C	A	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=23;PP=1089;SC=AGCCACTCTGCCTCTCGCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=10467215;WS=10467197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	10467605	.	C	T	1642	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=55;MMLQ=24;MQ=58.96;NF=51;NR=42;PP=1642;QD=18.0297979844;SC=AACTGCACCCCCTCTTCTTGC;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=312;TCF=155;TCR=157;TR=93;WE=10467613;WS=10467595;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:219,93:0.30:312
chr8	10467637	.	T	TCCTCTAACTGCACCCTCTCTTCTTGCAGCCCTTCTATTACTTTAGTCC	2852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=1.688;QD=20.09;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,83:0.58:142
chr8	10467651	.	C	CCTCTCTTCTT	2774.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=1.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-1.725;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,74:0.30:250
chr8	10467652	.	GC	CT	1843	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=58;MMLQ=22;MQ=59.03;NF=43;NR=52;PP=1843;QD=19.9628197354;SC=TAACTGCACCGCCTCTTCTTG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=267;TCF=126;TCR=141;TR=95;WE=10467661;WS=10467642;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:172,95:0.36:267
chr8	10467652	.	G	GCAGCCCTTCTATTACTTTAGTCCCCTCTAACTGCACCC	2774.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=2.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-2.048;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,94:0.35:271
chr8	10468172	rs4840502	G	A	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=1151;ReadPosRankSum=0.914;SC=TCCTGGTACCGAGGGGAGTCT;SOR=0.636;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=79;WE=10468180;WS=10468162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,107:0.64:167
chr8	10469233	rs35602868	A	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=22;PP=707;SC=CTCTTCCCCCAGGCTGGCAGC;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=10469241;WS=10469223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	10469817	rs6996950	G	A	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr8	10470068	rs74990397	C	T	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=54;PP=1848;SC=TGCTCTGGGCCGCCCAGCCCT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=10470076;WS=10470058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr8	10470148	rs74400517	G	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=472;ReadPosRankSum=0.683;SC=CCCTATCTGGGCAGAGGGGCT;SOR=0.736;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=31;WE=10470156;WS=10470138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr8	10470915	rs11773913	A	G	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=26;PP=721;SC=TGGGGGCAGCATCAGGATAAA;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=10470923;WS=10470905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	10470941	rs4840503	C	T	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=22;PP=601;SC=AAAACAGTCACGAGCCTCCCA;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=10470949;WS=10470931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	10530037	rs11250057	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr8	10530218	rs11250058	C	T	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	10531087	rs10216539	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr8	10532324	.	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.441;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr8	10532339	.	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=0.259;SC=GCTGCTAAGGGAAACCAAAGG;SOR=0.420;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=8;WE=10532347;WS=10532329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr8	10532355	rs4841419	T	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=16;PP=381;SC=AAAGGTATGGTGTGTCCAGGG;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=10532363;WS=10532345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	10532401	rs4840505	A	G	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=198;SC=TGGGGTGGGTACACATAGAAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=10532409;WS=10532391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	10583203	rs10110624	A	G	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=541;SC=TCAAGGCACAAGAAGGAGAGG;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=10583211;WS=10583193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	10583506	rs4841432	A	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr8	10583506	.	AAG	GAA	618	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=13;PP=618;QD=31.9746607077;SC=GAGGCGGGGAAAGCTGGCCCA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=21;WE=10583516;WS=10583496;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr8	10583508	.	G	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr8	10584212	rs10100209	C	T	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=29;PP=818;SC=ATGCTCAGTGCTGTGCCCCGC;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=10584220;WS=10584202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	10584288	rs10100333	C	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=315;SC=CTTCCCCCTCCCAGCCACAGA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=10584296;WS=10584278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	10622812	rs12750	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=0.414;SC=ATGCGCCCAGGCGCTCTGGGG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=10622820;WS=10622802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr8	10683127	rs7840785	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=1.025;SC=AGGTCTCAAACGGCTTTTTAC;SOR=0.317;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=10683135;WS=10683117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
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chr8	10691199	.	G	C	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MMLQ=23;MQ=61.34;NF=4;NR=0;PP=53;QD=21.9428031368;SC=ACTGGGGTGCGGGAGGCTGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=10691207;WS=10691197;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr8	10691277	.	A	C	635	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=23;MQ=60.21;NF=25;NR=9;PP=635;QD=19.6991533102;SC=AGGCTGGAGAAAAACGACGAC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=10691285;WS=10691267;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr8	10692359	rs1549796	C	T	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=30.37;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
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chr8	10782205	.	C	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.589;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr8	10782442	rs4841459	A	C	282.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr8	10892530	rs2898254	G	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=153;SC=TTTCATATGCGTACACATTTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=10892538;WS=10892520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	10920326	rs6601555	C	T	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	11058892	.	CG	C	97.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=-0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr8	11105077	rs2572431	C	T	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=187;SC=TCTCTGCAGACATGATGGCAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=11105085;WS=11105067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	11105304	rs2572430	T	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.537;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
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chr8	11142625	rs2272594	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.800;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CGGGGGTCCCTTGTGGGCGCC;SOR=0.289;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=10;WE=11142633;WS=11142615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr8	11155613	rs2409754	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=0.522;SC=GCAATAAGTTAGTGAAGCTTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=11155621;WS=11155603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr8	11292542	rs2280803	C	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=416;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CTGCCTCCCCCCCTCACTCAA;SOR=0.458;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=33;WE=11292550;WS=11292532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr8	11295511	rs2001463	A	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr8	11296091	rs1057750	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-1.402;SC=TTCCTATTTTGGAAACTTCGA;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=11296099;WS=11296081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr8	11301753	rs3021513	A	C	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=25;PP=762;SC=AGGGCCAGGTATGCTCCTCCA;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=41;WE=11301761;WS=11301743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr8	11400680	rs2245250	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=0.383;SC=TCTGTGCAGAGGATCTGAGGC;SOR=1.211;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=12;WE=11400688;WS=11400670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
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chr8	11415597	rs4841558	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=1.125;SC=CCACCTGCTGCCCACAATGGC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=11415605;WS=11415587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr8	11416122	rs2467518	T	C	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=2;PP=183;SC=TGGACCTCCTTGGCTACCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=11416130;WS=11416112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	11416171	rs7011778	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=0.255;SC=CATGCAGAACTTTCTGGACTC;SOR=0.963;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=7;WE=11416179;WS=11416161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr8	11416428	rs6988443	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TACCCAGTAGCGCCGCTGCAG;SOR=1.246;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=18;WE=11416436;WS=11416418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr8	11416635	rs11785333	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr8	11416643	rs11785335	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr8	11417257	rs11783065	A	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=211;ReadPosRankSum=0.025;SC=CCACCCCTCTACCTCCTCTGC;SOR=0.438;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=17;WE=11417265;WS=11417247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr8	11422045	rs1042701	G	A	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=870;ReadPosRankSum=1.957;SC=AGCAGGGGCAGCCCCAGCCTA;SOR=0.731;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=55;WE=11422053;WS=11422035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,80:0.43:188
chr8	11422130	rs7843987	T	C	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=513;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TCGTTACCTGTGACAAGCTGG;SOR=0.834;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=44;WE=11422138;WS=11422120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,66:0.35:186
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chr8	11422246	.	C	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=529;ReadPosRankSum=0.938;SC=GGCGCTGTGGCCTCATAAATC;SOR=1.432;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=31;WE=11422254;WS=11422236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr8	11614305	rs13250578	A	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.99;ReadPosRankSum=1.003;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr8	11614313	rs3729852	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.99;ReadPosRankSum=1.003;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr8	11614316	rs3729853	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.99;ReadPosRankSum=1.401;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr8	11618998	rs804285	G	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=5;PP=106;SC=CCCAGCTACTGGGGAAGCGGA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=11619006;WS=11618988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	11619205	rs13281294	C	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=232;ReadPosRankSum=0.136;SC=AGCTCTCACTCGTGGACCAAG;SOR=0.810;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=18;WE=11619213;WS=11619195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr8	11619261	rs2740431	T	A	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=32;PP=1330;SC=TTGGAGTGGGTCTGGGTGTTC;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=77;WE=11619269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	11619334	rs811966	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=510;ReadPosRankSum=0.241;SC=GTTTGCATCCCTGCCTTGCTT;SOR=0.612;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=40;WE=11619342;WS=11619324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr8	11619397	rs36018280	G	A	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=854;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ACAAGTATGCGTCATGCCTGC;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TCF=48;TR=55;WE=11619405;WS=11619387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,86:0.60:144
chr8	11619635	rs2645455	T	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
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chr8	11629241	rs804267	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=1.219;SC=TCAGTCTCACGTGTCTCAGCC;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=10;WE=11629249;WS=11629231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
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chr8	11660168	rs113207154	G	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=0.300;SC=AGCCCCGCTGGCGGCCGAGGC;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=8;WE=11660176;WS=11660158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr8	11660362	rs1047643	T	C	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,91:0.52:175
chr8	11666218	rs71711801	GTCCCAC	G	15107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=90;PP=2990;SC=GCCTGCCCCAGTCCCACTCCC;SOR=0.770;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=149;TCF=43;TCR=106;TR=122;WE=11666237;WS=11666208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr8	11666252	.	CACTCCT	C	2987	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.78;NF=31;NR=90;PP=2987;QD=20;SC=CTCCCACTCCCACTCCTGCTC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=177;TCF=50;TCR=127;TR=121;WE=11666265;WS=11666242;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:56,121:0.68:177
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chr8	11683653	rs904011	T	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=22;PP=645;SC=GGGCCTGTTTTTGCAGAAAAC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=11683661;WS=11683643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	11687938	rs1293313	G	C	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=242;SC=AGGTAGGGAAGGGGGCTCCTC;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=11687946;WS=11687928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	11702594	rs709821	G	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr8	11702840	rs1736081	T	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=89;ReadPosRankSum=0.229;SC=CTCCTGCTGTTGGCCCACTAG;SOR=0.752;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=8;WE=11702848;WS=11702830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr8	11703048	rs1692811	C	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=180;ReadPosRankSum=0.388;SC=AGGAGGAGCTCACAGCCTGGC;SOR=0.254;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=14;WE=11703056;WS=11703038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr8	11704457	rs1692816	A	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=5;PP=405;SC=CCAGCCCCTCACCTGCCTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=11704465;WS=11704447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	11704642	.	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=316;ReadPosRankSum=-1.570;SC=GCCATGATGTCCTTCTCGCTA;SOR=1.503;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=21;WE=11704650;WS=11704632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr8	11704719	rs1692817	C	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-1.289;SC=GGGCAGTGACCGTGCCTCGTG;SOR=0.155;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=11704727;WS=11704709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr8	11705139	rs2294138	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=251;ReadPosRankSum=-0.732;SC=AGGGATGCAGCAGCTCCCCAG;SOR=0.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=19;WE=11705147;WS=11705129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr8	11705342	rs1736088	G	C	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=104;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=24;PP=822;SC=CTGATGGGACGCGGGAGAAAG;SOR=0.902;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=11705350;WS=11705332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	11705380	rs149445749	A	AAGCCCCAGCTGGGCGAGGC	1829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=2967;SC=CCCCACGGAGAAGACCTGGGG;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=11705388;WS=11705370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	11705442	rs2294139	G	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CCTGCCAGAGGCCTGTGCACC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=11705450;WS=11705432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr8	11705677	rs2294140	C	G	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=942;ReadPosRankSum=-1.357;SC=AAGACAGCCTCTAATGAAAAC;SOR=0.553;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=61;WE=11705685;WS=11705667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,96:0.57:168
chr8	11705870	rs1736089	G	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=402;ReadPosRankSum=-1.284;SC=CCCCACCCCTGCCCACAAAGA;SOR=0.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=36;WE=11705878;WS=11705860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,57:0.38:152
chr8	11706581	rs13332	T	G	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=45;PP=1694;SC=TGCCACAGCATGTGAGCAGGT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=85;WE=11706589;WS=11706571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr8	11708355	rs2272766	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GCGCTTCCCCGCCAGCCAGCA;SOR=0.495;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=11708363;WS=11708345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr8	11710174	rs1803250	T	C	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1046;ReadPosRankSum=0.608;SC=TTCAAGTAGCTCATGTCCACG;SOR=0.684;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=67;WE=11710182;WS=11710164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,125:0.67:187
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chr8	11839964	.	T	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=2.429;SC=TCTACAAGAGTGAGAAAAAGG;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=9;WE=11839972;WS=11839954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr8	11853596	rs11250186	A	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
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chr8	12584659	rs10095845	C	T	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.63;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	12589179	rs3802269	C	A	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=146;SC=ATCCAGCTTGCGGTGAGGTTT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=12589187;WS=12589169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	12592956	rs13251315	C	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=526;SC=AAACTATCCACTGAAAAGCTT;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=12592964;WS=12592946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	12593045	rs13272425	A	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=200;SC=GAGGAGAGAAAGGGCAGTGAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=12593053;WS=12593035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	12595704	.	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TTTGGTTAAGGATAATTTTGT;SOR=0.086;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=12595712;WS=12595694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr8	12598608	rs4831354	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=281;SC=AGTGCCGATTCTGGGCCGGGT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=12598616;WS=12598598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	12600622	rs7837242	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=322;SC=AATGCATGTCCCTTATAGTTA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=12600630;WS=12600612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	12848359	rs77826707	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=531;ReadPosRankSum=0.714;SC=TGCTTCCTTCAGAGACTCACA;SOR=1.524;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=41;WE=12848367;WS=12848349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,53:0.77:69
chr8	12870160	rs2460338	G	C	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=452;ReadPosRankSum=1.334;SC=TTTCCATTGAGGATAGCATGT;SOR=0.465;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=38;WE=12870168;WS=12870150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,59:0.75:79
chr8	12878637	rs528255	A	G	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=25;PP=861;SC=AAGAACCGTCACTTTGAGAAG;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=54;WE=12878645;WS=12878627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	12878677	rs622106	T	C	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=18;PP=798;SC=GGAACAGGGCTCTGTGTTCCC;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=39;WE=12878685;WS=12878667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	12878807	rs3739310	T	G	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.403;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.573;SC=TAAAGAGCAGTGTGGTTCAAA;SOR=0.548;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=60;WE=12878815;WS=12878797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr8	12878830	rs3739309	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=1.478;SC=GGTCCCACAGCGTGGGCTATG;SOR=0.512;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=22;WE=12878838;WS=12878820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr8	12879062	rs503550	T	C	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=61;PP=2579;SC=ACACTCTAGTTTAGACTTTGA;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=116;WE=12879070;WS=12879052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr8	12879099	rs502882	G	A	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=52;PP=2191;SC=TCAACAAAAGGGCAAAGTTTA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=103;WE=12879107;WS=12879089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	12879334	rs608909	T	C	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	12879539	rs608052	A	G	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=41;PP=1157;SC=AGAGAAAAAGAGAGGTTGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=56;WE=12879547;WS=12879529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	12879600	rs498852	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=22;PP=580;SC=CACATTCTTTCCTCTTGGTTT;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=12879608;WS=12879590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	12888743	rs13281744	A	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=571;ReadPosRankSum=-0.767;SC=CCAGAAACAAACAATCATTTG;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=36;WE=12888751;WS=12888733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,58:0.37:155
chr8	12888908	rs7826836	T	G	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=54;PP=1667;SC=GGGTCATGTCTCGGCTTCATT;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=91;WE=12888916;WS=12888898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
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chr8	12948951	rs609020	A	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=27;PP=836;SC=CCTAGGTAGAAGAAATACAGG;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=12948959;WS=12948941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	12950110	rs7829535	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=262;SC=CACCTCCCATGCAGCCCGTAC;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=12950118;WS=12950100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	12952174	rs5889417	CA	C	962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.653;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.16;ReadPosRankSum=1.467;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr8	12952230	rs658948	C	T	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=41;PP=1852;SC=TCCCATTTTTCCCCAATGCCA;SOR=1.010;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=99;WE=12952238;WS=12952220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	12956132	rs75185273	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr8	12957475	rs532841	C	T	4562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=55;PP=2151;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TTCTGCTCCACCACGTTGTTA;SOR=0.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=110;WE=12957483;WS=12957465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr8	12960281	rs2280335	T	C	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	12972946	rs35858677	C	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	12972972	rs145012061	A	AT	793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	12972981	rs56332333	A	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.60;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr8	12973078	rs34462909	T	C	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	13072177	rs3739300	C	T	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=10;PP=454;SC=AAAGCCTCTTCTGGGGAAAGG;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=13072185;WS=13072167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	13251235	rs17805176	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr8	13258936	rs289583	T	A	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=98;SC=AGGTCAAGAGTTACGACTCCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=13258944;WS=13258926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	13356424	rs3736135	G	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=110;SC=GTGGGTAGTCGTTGAATTACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=13356432;WS=13356421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	13356802	rs3816747	G	A	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=49;PP=1942;SC=TGTGCAAGGAGTATCCAAGAA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=13356810;WS=13356792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	13356818	rs11203494	TT	CG	6417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=50;PP=2947;SC=AAGAACTCATTTTGTACTACA;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=99;WE=13356827;WS=13356808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr8	13357587	rs1383942	G	A	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=31;PP=803;SC=ACATGTCATCGTAGTTTAACA;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=13357595;WS=13357577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	13424583	rs13273355	C	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=754;ReadPosRankSum=-0.006;SC=TTGAAGAACTCTACTGATGAG;SOR=0.663;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=46;WE=13424591;WS=13424573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,66:0.57:115
chr8	13425353	rs11203497	T	A	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=55;PP=1751;ReadPosRankSum=2.002;SC=AGAGCAGAAGTTGCAGCGAGA;SOR=0.328;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=97;WE=13425361;WS=13425343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr8	13965581	rs11336839	AT	A	882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=525;SC=TGGGAGAAACATTTGTCTAGT;SOR=1.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=14;WE=13965589;WS=13965571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	14094993	rs35279380	A	AAAC	1815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.824;QD=28.37;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr8	14095199	rs13269000	T	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=552;ReadPosRankSum=1.211;SC=CTGGGAAACATGTATAAAATA;SOR=1.054;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=43;WE=14095207;WS=14095189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr8	14095250	.	AT	TT	445	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0,0;NR=15,9;PP=445,133;QD=31.0666666667;SC=TTACAAAAAAATATACTGCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=15,9;WE=14095258;WS=14095240;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr8	14095250	.	AT	ATT	445	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0,0;NR=15,9;PP=445,133;QD=31.0666666667;SC=TTACAAAAAAATATACTGCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=15,9;WE=14095258;WS=14095240;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr8	14095250	rs1478030	A	T,AT	822.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=30.47;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,19:0.30,0.70:27
chr8	15095085	rs4831331	C	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=2.097;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr8	15095296	rs11782187	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr8	15531381	rs17474327	T	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=413;ReadPosRankSum=0.714;SC=ATTCTGAAGTTTAATCCAGCT;SOR=0.826;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=32;WE=15531389;WS=15531371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,39:0.37:106
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chr8	16859281	.	G	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-2.807;QD=11.05;ReadPosRankSum=-1.394;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr8	16859291	.	C	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-2.807;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr8	16859304	.	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-3.070;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.292;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr8	16859332	rs112352647	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-3.070;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr8	16859341	.	C	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-3.455;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr8	16859347	.	G	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-3.573;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr8	16859356	.	G	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=14.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-3.086;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.273;SOR=2.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,2:0.09:23
chr8	16859398	rs10448135	C	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=-2.437;SC=GCCCGCCGCGCGCGCTCCGCT;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=10;WE=16859406;WS=16859388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr8	16859440	rs17514894	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=440;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CCAGCAGCGGCGGCCGCTCCC;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=32;WE=16859448;WS=16859430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr8	16921781	rs146772871	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr8	16944351	.	T	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr8	17042416	rs2517086	G	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.842;SC=ATAAATTGTTGTTTGAGAATG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=17042424;WS=17042406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr8	17067574	rs73198534	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
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chr8	17092164	rs2959606	G	T	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=45;PP=1770;SC=GCCTAGGCTCGCATGACAGTC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=95;WE=17092172;WS=17092154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr8	17100357	rs2904701	C	T	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=259;SC=AAGAAAACCACGCTTTTGAAA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=17100365;WS=17100347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	17100456	rs150002154	G	GA	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=2.078;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.093;SOR=2.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
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chr8	17396415	rs13259978	G	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=294;ReadPosRankSum=-1.381;SC=ACCGGTTTGCGACAGCAAGTT;SOR=0.575;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=24;WE=17396423;WS=17396405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,47:0.31:150
chr8	17401878	rs2517252	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=345;ReadPosRankSum=2.747;SC=GTGAACTCATGTTTATCCTAT;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=24;WE=17401886;WS=17401868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr8	17406183	rs737039	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=364;ReadPosRankSum=0.655;SC=CCCTTTTTCCATAGGTCTTTT;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=29;WE=17406191;WS=17406173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr8	17406367	rs11373918	GT	G	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=22;PP=362;SC=AATATTTGAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.911;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=23;WE=17406375;WS=17406357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	17419689	.	ATTTTTTTTTTTTTTTTTTT	A	766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr8	17486282	rs2229084	T	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=20;PP=440;SC=AGCTGCTCTATGTGGCGGGTA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=17486290;WS=17486272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	17491467	.	G	A	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=51;QD=17.1542425094;SC=ACTGGTCAGGGAGCTGTGAGA;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=17491475;WS=17491457;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,5:0.56:9
chr8	17491730	rs7006613	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=107;ReadPosRankSum=0.475;SC=AAGGTAAGTGTTGTACCTGCA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=17491738;WS=17491720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr8	17500223	rs4705	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=407;ReadPosRankSum=-1.364;SC=TGGAAGACTTTGAGACGATTG;SOR=0.572;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=35;WE=17500231;WS=17500213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
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chr8	17732085	rs2653404	C	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.64;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
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chr8	17796667	.	A	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.566;SC=TGCCAGATTTACTTAAAATAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=17796675;WS=17796657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr8	17797409	rs2285303	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TTATTTTTGTAGTATCTCAGT;SOR=0.964;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=9;WE=17797417;WS=17797399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr8	17814680	rs11777618	G	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr8	17819572	rs3780103	C	T	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=825;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GTAACTGTCCCACCAAAAAAT;SOR=0.532;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=55;WE=17819580;WS=17819562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,105:0.65:162
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chr8	17891259	rs17635795	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
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chr8	17916553	rs7465164	C	T	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.11;NF=28;NR=47;PP=1260;SC=CTGTTAGAAACACAGGTAACA;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=75;WE=17916561;WS=17916543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr8	17919031	rs61108931	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=175;ReadPosRankSum=-0.716;SC=AGTCAGGACCCGGAAGAGGCT;SOR=0.719;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=13;WE=17919039;WS=17919021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
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chr8	17920623	rs6586683	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=247;ReadPosRankSum=-1.117;SC=GTGATCCACCCGTGTCAGCCT;SOR=0.458;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=19;WE=17920631;WS=17920613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr8	17920807	rs7824644	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=4;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=950;ReadPosRankSum=0.424;SC=TGGACAATTAATTTTGATTAA;SOR=1.024;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=19;WE=17920829;WS=17920797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr8	17920817	rs200910951	ATTAAT	A	751.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.32;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr8	17921921	rs2073574	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=9.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=-1.884;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr8	17924609	.	T	TGCACCTGTGCTGTATATCTAAGACATACA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,1:0.11:9
chr8	17924612	rs138234399	ACCTGTGCTGTATATCTAAGACATACAGCAC	A	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=1886;ReadPosRankSum=1.154;SC=AGACCTGTGCACCTGTGCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=17924653;WS=17924602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr8	17924645	rs115973081	G	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.134;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr8	17924849	rs12675283	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr8	17927184	rs2427746	A	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=234;SC=ACAGTGAGCTAGATTCATGCA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=17927192;WS=17927174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	17927248	rs4921567	A	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=305;SC=TAAATAAATAACAGCGCATTT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=17927256;WS=17927238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	17927280	rs2106037	G	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=221;SC=AACATTTATTGTGAGAAATAA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=17927302;WS=17927270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	17927294	rs4921834	C	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=161;SC=GAAATAATATCTCTTACCAAT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=17927302;WS=17927270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	17927327	rs1049874	T	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=202;SC=ACCTGCATAATTTTTCCACTT;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=17927335;WS=17927317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	17928762	rs138422571	T	TATA	2369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr8	17928920	rs12547845	T	C	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=42;PP=1225;SC=AGGTGTATCATCTTGAAATGA;SOR=1.204;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=65;WE=17928928;WS=17928910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr8	17930772	rs3753115	C	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=20;PP=542;SC=CACCTTATAACAGCAGGGAAG;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=17930780;WS=17930762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	18074536	rs7387461	G	A	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=14;PP=498;SC=CTCCAGTTTCGCATACAAAAA;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=18074544;WS=18074526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr8	18258316	rs1208	G	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=480;SC=GAAGTGCTGAGAAATATATTT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=18258324;WS=18258306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	18393159	.	C	CTT	37.15	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=7.43;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	18413875	rs2260920	A	G	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	18414870	rs2717725	T	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=131;SC=ATTTTTTACATAAACAGAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=18414878;WS=18414860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	18415081	rs2634454	G	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr8	18430219	rs74625154	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=-1.945;SC=AGGATATTGCCATGTCTAAGT;SOR=0.264;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=11;WE=18430227;WS=18430209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr8	18432578	rs2248559	C	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=5;PP=606;SC=TTGTTCCTTGCAATAAAGTAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=18432586;WS=18432568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	18432924	rs1546002	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=-1.810;SC=ATGAAACAAACGGTGAGTAAA;SOR=0.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=18432932;WS=18432914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr8	18457957	rs2932001	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=371;SC=AGAAAGGGGGAAAAAATGTAA;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=18457965;WS=18457947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	18490356	rs2306824	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=211;ReadPosRankSum=-2.061;SC=CAAGCACCTATCATAATATTC;SOR=1.110;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=13;WE=18490364;WS=18490346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr8	18513220	rs10087662	C	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,46:0.36:129
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chr8	18623128	rs17127176	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=0.503;SC=GAGGCAGACCAATAATTTGTT;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=11;WE=18623136;WS=18623118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
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chr8	18656888	rs3214999	AG	A	1134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.206;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.489;NF=1;NR=25;PP=958;ReadPosRankSum=-0.429;SC=AAGAAAAAAAAGCATGAATTC;SOR=1.235;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=26;WE=18656896;WS=18656878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr8	18658750	rs1386692	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr8	18658929	rs1386691	C	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.98;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	18658950	rs11774165	T	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr8	18659019	rs1386690	C	T	161.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=86;SC=ATGAAGTTATCTCCCCCCAAA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=18659027;WS=18659009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	18659765	rs2638646	A	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=170;SC=TAGGAAGTGTATCAAAAACCA;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=18659773;WS=18659755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	18659780	rs2632848	T	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=-1.160;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr8	18659882	rs3837206	GA	G	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
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chr8	18729283	.	G	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=652;ReadPosRankSum=1.782;SC=AGCTTTCCAGGATTCATCCCA;SOR=0.686;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=45;WE=18729291;WS=18729273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr8	18729817	rs7016219	GT	AG	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=32;PP=2454;SC=AGCAGGGAGCGTTTTGTTGAC;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=64;WE=18729826;WS=18729807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr8	18730030	rs118013117	C	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=447;ReadPosRankSum=1.110;SC=GGGGGCCTCTCTGACATCTTT;SOR=0.704;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=39;WE=18730038;WS=18730020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr8	18793697	rs10092681	T	A	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	18870837	rs73594632	T	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=617;ReadPosRankSum=0.803;SC=AAAGCCGAGGTATGAACTAAA;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=34;WE=18870845;WS=18870827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr8	18941575	rs9657494	G	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=181;SC=GGAAGGCTGCGGCTCGTGGGT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=18941583;WS=18941572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	19177340	.	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-0.142;SC=GTGCAAGTTCCAGTTTGGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=19177348;WS=19177330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr8	19230955	rs143003649	G	GTA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=-0.345;SC=ATGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=2;WE=19230963;WS=19230945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr8	19263441	rs35971700	G	A	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.110;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.498;SC=GGGTCAGCTCGTCCATGCAGC;SOR=0.889;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=83;WE=19263449;WS=19263431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,139:0.65:213
chr8	19277735	rs7016592	A	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=229;SC=TTGCTATTGAAGTAAAACAGG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=19277743;WS=19277725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	19277817	rs6999786	G	A	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	19297583	rs13278459	A	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=480;SC=GGGAATCCAGAACCTTTCTGG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=19297591;WS=19297573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	19315034	rs10888163	G	T	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=46;SC=TGAGGCAGGAGAATTACCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=19315042;WS=19315024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	19316086	rs12155539	G	A	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=490;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GTTTGAATTCGTGTTTGTGGT;SOR=0.864;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=37;WE=19316094;WS=19316076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,66:0.52:126
chr8	19362768	rs7017776	C	T	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=29;PP=1417;SC=CTCTGCAGGACTGTTCAGGGT;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=80;WE=19362776;WS=19362758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	19363425	rs6984644	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CTGGGCTAGACCACAGGAAGC;SOR=0.172;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=14;WE=19363433;WS=19363415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr8	19456473	rs4244454	C	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr8	20035809	rs1532446	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=1.545;SC=AAACAGCAGAGCATTTAAACC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=20035817;WS=20035799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr8	20036043	rs1908809	C	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.899;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
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chr8	21771309	rs35282792	CT	C	47.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.282;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chr8	21890581	rs1947985	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=648;SC=TGCCTGAGGCTAGTCCCCGAG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=21890589;WS=21890571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	21891939	rs10089142	G	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=9;PP=405;SC=GGAGCTCAGCGGGGACCTTGT;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=21891947;WS=21891929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	21891968	rs4871915	C	G	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=12;PP=498;SC=GGAATCTGTTCTGGCTCTGGA;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=21891976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	21895146	rs11992609	A	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=26;PP=861;SC=CACACAGATGAGCCCTACACT;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=21895154;WS=21895136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	21904212	rs1078363	T	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=15;PP=251;SC=TAGGGCATCATGCTCCCCTCT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=21904220;WS=21904202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	21924297	rs9657287	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	21924743	rs11135821	G	A	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=46;PP=1306;SC=GGCTGCTAGCGTGCCTTCCCG;SOR=1.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=21924751;WS=21924733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	21924778	rs11135822	T	G	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=33;PP=999;SC=TGGTGGTCCCTCCGGTGCTGG;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=21924786;WS=21924768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	21924944	rs11135823	A	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=22;PP=1069;SC=ATGGCGGTCCATTTTCTTGGT;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=21924952;WS=21924934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	21925214	rs6997244	C	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=26;PP=680;SC=TCCTCTTGGGCAGGACTCCGG;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=29;WE=21925222;WS=21925204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	21927137	rs12680100	G	A	7203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=109;PP=2965;SC=CTCGCCTCAGGGCTAAGTAGG;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=70;TCR=109;TR=178;WE=21927145;WS=21927127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr8	21927211	rs12681799	C	G	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;SC=CTCCCCCAGCCGGAAAAGTGT;SOR=0.981;Source=Platypus;WE=21927219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	21927460	rs7386762	C	G	5824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=89;PP=2816;SC=TGAGGGCGCCCCTGGCTCACC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=66;TCR=89;TR=155;WE=21927468;WS=21927450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
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chr8	21974032	rs6557830	A	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TCTAATGACAACCACCCCCGA;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=7;WE=21974040;WS=21974022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
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chr8	22021037	rs4715	C	A	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=40;PP=1268;SC=GAGGCTCTCACTAGAAAAGTC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=74;WE=22021045;WS=22021027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	22021517	rs1124	G	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=237;SC=ATGGCCGTGAGCACCCTGTGT;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=12;WE=22021525;WS=22021507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	22021739	rs3216166	G	GA	4244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=37;PP=2382;SC=CCACTCCCCTGATTCTCTCTG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=22021747;WS=22021729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	22021883	rs7592	G	A	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=25;PP=787;SC=GCAGGGACAAGCCCTGGAGAA;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=22021891;WS=22021873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	22021934	rs1139547	G	A	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=19;PP=530;SC=CAGAGGTGGCGCCCAGGGGCC;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=22021942;WS=22021924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	22053163	.	A	AT	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.763;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr8	22066855	rs4463424	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=6;PP=349;SC=GTGGCCTTCACCCAGGCCTCC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=22066863;WS=22066845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	22079191	.	G	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.61;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr8	22079355	rs4872422	A	G	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=29;PP=903;SC=CGTGGCTGCCACTGTTGTCCT;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=22079363;WS=22079345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	22081708	rs4075536	G	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=12;PP=640;SC=GGAGAGGCCCGGCGGGTCCAG;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=22081716;WS=22081698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	22084653	rs4871975	C	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=241;SC=TGAGCAGGACCAATCTTGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=22084661;WS=22084643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	22085260	rs10100426	T	C	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=50;PP=1526;SC=GCAAAAGGGCTCCGCCCCGAC;SOR=0.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=83;WE=22085268;WS=22085250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	22104691	rs34392777	G	T	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=21;PP=842;SC=GTACTTTGGGGTCAGAACCTA;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=22104699;WS=22104681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	22105502	rs1126677	T	C	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=27;PP=785;SC=AGGGCCCAGCTGAAATGATGA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=22105510;WS=22105492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	22106901	rs77178113	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=0.262;SC=GAAGCAAAGCCGTGTCACCCT;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=22106909;WS=22106891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr8	22138819	.	T	TA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.074;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr8	22140763	rs77142846	G	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=2.181;SC=AGTAAGTCAGGAGCACTGCCT;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=7;WE=22140771;WS=22140753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr8	22147333	rs4872463	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.042;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
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chr8	22163331	rs12543697	C	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=285;SC=CTCCTTAGTGCGCAAGGTATA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=22163339;WS=22163321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	22172702	rs4397403	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=1.246;SC=CCAGAGAATCCTCCAAGCTGT;SOR=0.078;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=22172710;WS=22172692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr8	22173975	rs78456968	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=-1.441;SC=TTCTTCCTCTATCTTCATGTG;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=6;WE=22173995;WS=22173965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr8	22210805	rs139535064	GT	G	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.45;MQRankSum=1.461;NF=1;NR=7;PP=209;ReadPosRankSum=0.842;SC=GAATGGGGAGGTTTCCTGGAG;SOR=1.329;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=8;WE=22210813;WS=22210795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr8	22211756	rs66554545	T	A	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	22262098	rs896375	A	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=6;PP=352;SC=GGAGCAGAGAAGCAGAGACTG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=22262106;WS=22262088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	22262321	rs896378	T	C	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr8	22262418	rs2293144	A	G	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=44;PP=1519;SC=TGAAGGCCCTACTCAACCACC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=22262426;WS=22262408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	22266054	rs3817445	G	T	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=361;SC=CATCTCGCCCGCGTCTCACAA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=22266062;WS=22266044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	22267385	rs3802199	A	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=4;PP=291;SC=AATTCAGAACAGGGCCGCCCC;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=22267393;WS=22267375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	22370932	.	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr8	22380227	.	C	T	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=524;ReadPosRankSum=-0.476;SC=ACAATTTTCTCTGCCCCCAAT;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=38;WE=22380235;WS=22380217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,75:0.60:126
chr8	22389900	rs2449340	T	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=15;PP=381;SC=AGTTTTTTTATAATTGGAATG;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=23;WE=22389908;WS=22389890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	22396781	rs5890041	TC	T	91	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=2;PP=145;SC=TTAGAAACTCTCCCCCACCCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=22396789;WS=22396771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	22398414	rs7430	G	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=289;SC=CAACTTCAACGTGGAGGTGCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=22398422;WS=22398404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	22398462	rs7431	G	A	125.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=86;SC=TAAAAAGGTGGCTGTTTTATA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=22398470;WS=22398452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	22419191	rs2469764	T	C	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=10;PP=759;SC=ATGTAGTAAATGTCGTAAAGC;SOR=1.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=22419199;WS=22419185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	22421355	rs2449336	A	G	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=233;SC=CCACAGTTTAATCTTGCTTCC;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=22421363;WS=22421345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	22421395	rs2469762	G	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=381;SC=CAGAGGCAGAGTAGACCCCAC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=22421403;WS=22421385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	22422923	rs960509	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=361;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GGGTCGGGGCGAGCCGGGAGC;SOR=0.498;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=24;WE=22422931;WS=22422913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr8	22424489	rs11779261	A	G	175.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GGGGTGAGAGAACTGGGGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=8;WE=22424497;WS=22424479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr8	22426650	rs3830695	TC	T	1670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.027;NF=8;NR=17;PP=914;ReadPosRankSum=0.633;SC=TCATGACCTTTCTTCATGCAG;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=25;WE=22426658;WS=22426640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,67:0.66:101
chr8	22426859	rs13258049	G	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-0.938;SC=ACTAAAAACAGTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=22426867;WS=22426849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr8	22428658	rs2449331	T	C	6583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=81;PP=2913;SC=GCTGACCCCATCGACTTGGGG;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=67;TCR=81;TR=148;WE=22428666;WS=22428648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr8	22432377	rs710098	C	A	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,161:0.62:261
chr8	22436681	rs11545016	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=2.599;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
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chr8	22438314	rs76598232	A	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.532;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=663;ReadPosRankSum=0.048;SC=TTCTGGAGCTAGGGATCTGCT;SOR=0.598;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=21;WE=22438322;WS=22438303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr8	22442287	rs4872003	A	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=482;ReadPosRankSum=-1.108;SC=TGGGGGTTGCAGGGTGCAGGG;SOR=0.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=38;WE=22442295;WS=22442277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,55:0.77:71
chr8	22442661	rs2294047	A	G	3610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1380;ReadPosRankSum=-1.872;SC=CTGGAGAGGCAGCCATCAGCC;SOR=0.861;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=85;WE=22442669;WS=22442651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,165:0.72:229
chr8	22447426	rs3830696	CGGTCCGGGAG	C	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=2984;SC=AAGGAGCTGACGGTCCGGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=22447443;WS=22447416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	22457077	.	C	G	24	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=24;QD=29.3856062736;SC=CCCGCCCCCCCAGCCCCGCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=22457085;WS=22457067;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	22457205	rs755934	T	G	183.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr8	22457388	rs2272718	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.42;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	22460204	rs34268501	A	G	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=47;PP=1527;SC=GGAGACTGATAAGCCAGGATG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=84;WE=22460212;WS=22460194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr8	22462374	rs3735901	T	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=132;SC=GGGGGCCCCCTGCCGCCCCTC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=22462382;WS=22462364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	22463526	.	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=241;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TTTGGATTTACCACATCCTTT;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=14;WE=22463534;WS=22463516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr8	22463623	rs7843828	C	T	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=26;PP=1175;SC=CTCTTCTGGGCCCTCCTCCTG;SOR=0.987;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=68;WE=22463631;WS=22463613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	22463697	rs2291230	C	G	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	22464064	rs2291232	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=3;PP=284;SC=CATGGCAGAGTGTGATTTTGT;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=22464072;WS=22464054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	22464390	rs2291234	T	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=11;PP=903;SC=GGGTCCCTCTTCTGATGGGGC;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=22464398;WS=22464380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	22464980	rs34256757	G	GT	56.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr8	22465385	rs34027561	T	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=10;PP=831;SC=GTGATCCATCTGCACTGTCCT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=22465393;WS=22465375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	22465427	rs6999893	T	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=25;PP=1010;SC=GTGTGAGCTATTGCACCCGGC;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=22465435;WS=22465417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	22470710	rs1871902	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=291;SC=TTATGTAAATGAGATGGCGTC;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=22470718;WS=22470700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	22471824	rs3736147	G	A	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=40;PP=1503;SC=CTTATAGTTCGAAGGTAAGCT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=22471832;WS=22471814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr8	22472255	rs71299322	C	CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT	3651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=22;PP=1408;SC=TCCCCACTTCCGGCTGCCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=28;WE=22472263;WS=22472244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	22473158	rs11781149	C	T	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=47;PP=2167;SC=GGCCTAATCCCGGGACCCAGA;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=108;WE=22473166;WS=22473148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr8	22473465	rs7843128	T	C	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=38;PP=1501;SC=GGGCTGGGATTTGTGGGCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=65;WE=22473473;WS=22473455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	22477131	rs10551411	ACAT	A	3383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=1557;SC=GATTCTGGGTACATCATCTGT;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=29;WE=22477141;WS=22477121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	22481449	rs1871900	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=340;SC=TGAGGGACTCAAAGCTGGGCT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=22481457;WS=22481439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	22482799	rs876714	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=283;SC=CCCTCGGTGCAATGGCAGGGG;SOR=1.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=22482807;WS=22482789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	22482851	rs900268	A	C	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	22487388	rs6558170	C	G	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=141;SC=TCTGGGGACACGCAGCTAGAA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=22487396;WS=22487378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	22487422	rs6558171	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=5;PP=159;SC=CCCAAGTGGCTGCTGACCTGC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=22487430;WS=22487412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	22491980	rs17746902	G	T	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=30;PP=1305;SC=TTCCTTTTGTGATCAGTGCTT;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=78;WE=22491988;WS=22491970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	22492052	rs6558172	G	A	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr8	22582274	rs1877673	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr8	22675367	.	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=0.405;SC=CCTATGGCGTCCCATCCAGTT;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=22675375;WS=22675357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr8	22785013	rs1553778	T	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=222;SC=AGATGGTGCTTCTTGGTTCTG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=22785021;WS=22785003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	22785361	rs2466224	C	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-1.383;SC=GGGAGAAGGACAGGCAGCTTC;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=22785369;WS=22785351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr8	22852043	rs3739377	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=733;SC=TCCCCTGCCCCGCCCCATCCA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=22852051;WS=22852033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	22852096	rs78886842	G	A	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=22;PP=1117;SC=AACACAGAGCGATGCAAGCCT;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=22852104;WS=22852086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	22863004	rs2430811	A	G	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=29;PP=984;SC=GAAGGCCTCTAGCCGCCTGCA;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=51;WE=22863025;WS=22862994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	22863017	rs2466179	G	T	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=31;PP=952;SC=CGCCTGCAGAGAACCAACAGG;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=51;WE=22863025;WS=22862994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	22863191	rs2430812	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=243;SC=GATTGAGTTCCAGCTCTGTGC;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=22863199;WS=22863181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	22864622	rs2466178	T	C	7739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=107;PP=2965;SC=TCTCCACCTCTTCCTCCAAGT;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=93;TCR=107;TR=200;WE=22864630;WS=22864612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr8	22865320	rs2430815	T	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=19;PP=535;SC=ATTGCCTGTCTGTCTCAGCTC;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=22865328;WS=22865310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	22865339	.	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=391;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TCCTGGTGTCCTGGAGCTGCG;SOR=1.274;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=22;WE=22865347;WS=22865329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr8	22880162	rs1047275	G	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=17;PP=856;SC=GGGAAGGTCTGACTTCCTGAA;SOR=0.961;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=22880170;WS=22880152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	22881852	rs6557609	T	C	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=60;PP=2309;SC=ACCAGCCAGCTCTGAGACCTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=119;WE=22881860;WS=22881842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr8	22885109	rs1105944	A	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=15;PP=936;SC=AGCCCAGAGCACCCAGGCCAC;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=22885117;WS=22885099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	22885154	rs1105945	G	A	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=37;PP=1739;SC=GGACAATGGGGACCCACCCAC;SOR=1.095;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=96;WE=22885162;WS=22885144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr8	22885331	rs2293400	A	T	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	22886020	rs13265018	A	G	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=34;PP=1093;SC=CACAGCTGGGACTTCCCCACT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=22886028;WS=22886010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	22886130	rs2293399	A	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=18;PP=462;SC=GTACACACACAGAGGGAGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=22886138;WS=22886120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	22887013	rs6420148	C	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=364;SC=GCAGCCACAGCCTCAAGGATG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=22887021;WS=22887003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	22888407	rs10866818	G	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=13;PP=393;SC=GAGAAAAGCCGGTGAATGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=22888415;WS=22888397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	22926313	rs1129424	G	A	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.98;NF=46;NR=46;PP=1743;SC=GGGGACCCGGGGCCCAGGCCT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=22926321;WS=22926303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
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chr8	22960873	rs10109912	G	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TGGGCAGGAGGGACCCGGCCG;SOR=0.193;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=9;WE=22960881;WS=22960863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
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chr8	23059265	rs11294851	TC	T	1569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=9;PP=845;SC=TTTTTAGGGTTCCTTGCTTCT;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=22;WE=23059273;WS=23059255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	23059280	rs4872078	G	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=40.61;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr8	23060256	rs17620	T	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=37;PP=752;SC=GGCTCCAGGATGTTCTGATCT;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=23060264;WS=23060246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr8	23115398	rs56164900	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=1.782;SC=GAGTTTTTGCCGTCAGCATCA;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=23115406;WS=23115388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr8	23115646	rs3736022	G	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=-0.801;SC=CAGGCCTGGAGCAATGCCCAG;SOR=1.765;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=13;WE=23115654;WS=23115636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr8	23145320	rs11777755	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=288;ReadPosRankSum=0.941;SC=CCAACATGGAAGAAAAAAAGA;SOR=2.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=13;WE=23145328;WS=23145310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
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chr8	23148003	rs4469460	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-1.601;SC=TCTTGAGCCCGAAAAGGGAGG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=23148011;WS=23147993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
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chr8	23148940	rs2272761	G	A	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.75;ReadPosRankSum=1.105;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr8	23150878	rs13530	T	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=142;ReadPosRankSum=1.450;SC=TTTCCCTGCCTGGCCTCAGGT;SOR=0.798;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=15;WE=23150886;WS=23150868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
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chr8	23159784	.	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=316;ReadPosRankSum=-1.382;SC=GGCTCGGCATCCCACCCCACT;SOR=1.519;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=16;WE=23159792;WS=23159774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr8	23160778	rs3765215	C	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=385;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TCCCATCCCCCCACTCCGCTC;SOR=0.516;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=30;WE=23160786;WS=23160768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr8	23167353	rs1063582	T	G	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=29;PP=1156;SC=CACTGCAGCATGAACATGGGC;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=61;WE=23167361;WS=23167343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr8	23174425	rs3824213	T	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=2;PP=829;SC=CTGGTCCCCTTGGGAGCCCGG;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=23174433;WS=23174415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr8	23174748	rs13250587	A	G	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=47;PP=1310;SC=TTCAGATCGAAACAGCACGGA;SOR=2.338;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=57;WE=23174756;WS=23174738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr8	23217578	.	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=183;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TTGCATGAAGGAAACATCAAG;SOR=0.765;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=17;WE=23217586;WS=23217568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
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chr8	23282441	rs11276760	GCATTATACAA	G	2439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=10;PP=2940;SC=TAACATAATGGCATTATACAA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=23;WE=23282458;WS=23282431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	23290451	rs17089244	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.017;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=0.387;SC=ACAAGGTCCCCGGGGCATTCT;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=16;WE=23290459;WS=23290441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr8	23292985	rs3736652	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=0.486;SC=TTGTTGCACAATAATCCTGAA;SOR=0.895;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=8;WE=23292993;WS=23292975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr8	23297262	.	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=393;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GGTGCTTTACCTGTTCTTTTG;SOR=0.488;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=35;WE=23297270;WS=23297252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
chr8	23301340	rs11787224	A	C	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=24;PP=1288;SC=CCCAAATTTTAAACTGAAGAC;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=23301348;WS=23301330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	23302164	rs2272640	A	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=508;SC=TATTTTAGCTATAACATGTGA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=23302172;WS=23302154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	23307580	rs11777391	G	T	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=20;PP=547;SC=CTTTAAGTGTGTGCTTAAATC;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=23307588;WS=23307570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	23423758	rs10992	G	A	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=787;ReadPosRankSum=0.423;SC=GTGCAGGGCCGGCCCATGCCA;SOR=0.876;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=50;WE=23423766;WS=23423748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,78:0.54:145
chr8	23429448	rs59804560	A	AT	101.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6806;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CACGTAGATCATTTTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=23429456;WS=23429438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr8	23431045	rs1810193	T	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	23432326	rs1398232	T	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.47;SOR=5.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	23432332	rs8534	C	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.82;SOR=5.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	23540417	rs11781886	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=0.325;SC=GCGGCCCCGCCTTGGCCTGAA;SOR=0.465;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=5;WE=23540425;WS=23540407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr8	23559917	rs146685693	A	AG	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=330;ReadPosRankSum=-1.348;SC=GCGGAGGGGAAGGGAACGAGC;SOR=1.214;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=9;WE=23559925;WS=23559907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr8	23560648	rs35373423	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-1.047;SC=TCACCTGAGCGGTTCCTACTT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=23560656;WS=23560638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr8	23563815	rs2228697	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=6.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,37:0.31:121
chr8	23563908	rs61732911	A	G	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=711;ReadPosRankSum=-0.266;SC=GCTCCGAACCATCCAGCTTTC;SOR=0.712;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=188;TCF=96;TCR=92;TR=60;WE=23563916;WS=23563898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,114:0.33:344
chr8	23702220	rs2936	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.385;SC=ACACTCAAAACTGGTGTGTCA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=23702228;WS=23702210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr8	23702587	rs1992053	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=-1.058;SC=ATGGTGGTCACCCAGTGAGAG;SOR=1.059;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=8;WE=23702595;WS=23702577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr8	23702603	rs11135775	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.531;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=0.092;SC=GAGAGCCCGGCGAGACCCAGG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=5;WE=23702611;WS=23702593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr8	23708761	.	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=233;ReadPosRankSum=-0.133;SC=AACCCTCCCTCCCAGTCTGGC;SOR=0.560;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=18;WE=23708769;WS=23708751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr8	24188988	.	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.967;SC=CCAGGAAAATCTTTCTGACAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=24188996;WS=24188978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr8	24193264	rs4872222	T	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=443;SC=TTAGAAGCTTTGAACTCAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=24193272;WS=24193254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	24208649	rs10092862	C	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=3;PP=198;SC=AAGAAAGACACAATGGGAAAA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=24208657;WS=24208639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	24208934	rs5012230	C	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=20;PP=531;SC=TTTGCAGTAACACATTCAGAA;SOR=1.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=24208942;WS=24208924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	24209485	.	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,31:0.26:120
chr8	24211278	rs7815643	C	T	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=16;PP=561;SC=TTATAATTAACGTAGCATAAA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=24211286;WS=24211268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	24211331	rs7814768	G	A	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=16;PP=507;SC=GGATAATCCAGTGTCTACACC;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=24211339;WS=24211321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	24211884	rs10694022	A	ATGTC	1176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=535;SC=TTTAGAAGTTATGTCTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=24211892;WS=24211874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	24211993	rs10610134	ACTAT	A	1937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=940;SC=AGAGAAATATACTATCTATCT;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=24212004;WS=24211983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	24212115	.	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9986;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=64;SC=ACCTTTGCATGAATTTAAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=24212123;WS=24212105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	24247556	rs4872231	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-2.402;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr8	24250002	.	T	C	183.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=1.593;SC=TAGTTTCATATTGAAGCCCAT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=24250010;WS=24249992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr8	24250923	.	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=0.022;SC=TTTTGAGGCTCCATTTAGTGT;SOR=1.188;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=8;WE=24250931;WS=24250913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr8	24253182	.	TAC	T	57	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=57;QD=33.0;SC=CACACTCACATACACACACAC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=2;WE=24253191;WS=24253172;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr8	24256470	rs2291577	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TGGTGCCCAGCGCAAGCACCA;SOR=0.718;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=17;WE=24256478;WS=24256460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr8	24256770	.	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-1.108;SC=TAACACTAAGGAATAGTAGAA;SOR=0.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=7;WE=24256778;WS=24256760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr8	24261526	rs3765124	A	G	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=3.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,64:0.44:147
chr8	24321341	.	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.254;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,63:0.55:114
chr8	24323148	.	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=-1.606;SC=AAAATATTTAGATATTAGTAT;SOR=1.445;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=11;WE=24323156;WS=24323138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr8	24342940	.	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=-0.168;SC=GTCCTGGGTTCCATGGAAAGA;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=13;WE=24342948;WS=24342930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr8	24348221	rs1492401	T	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=316;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TTTAACTCTATCAGAATCCAC;SOR=0.612;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=22;WE=24348229;WS=24348211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr8	24349425	.	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr8	24350188	rs1352952	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr8	24365157	rs34338646	TCA	T	566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=364;ReadPosRankSum=0.605;SC=TCTGTACTTATCACAACAGAT;SOR=0.591;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=12;WE=24365166;WS=24365147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr8	24365181	rs11307556	AT	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr8	24774683	rs196864	C	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=31;PP=1016;SC=GATTCAGAAACCCAAGGTGGA;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=24774691;WS=24774673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	24810222	rs34505194	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=0.385;SC=ATTGACTTTTTAATTCACATA;SOR=0.339;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=11;WE=24810230;WS=24810212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr8	24811064	rs11300136	AG	A	1256.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=483;SC=TCTCCTTCAGAGGGGGGGCTC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=18;WE=24811072;WS=24811054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	25132735	rs4478580	T	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.869;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr8	25154316	.	GTA	G	69	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=69;QD=26.3333333333;SC=GATGAGGCAGGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=25154325;WS=25154306;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr8	25156296	rs2956656	T	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=475;SC=GCCCAGGCTGTTCTCAAATTC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=25156304;WS=25156291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr8	25181298	.	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=0.566;SC=AATGTGAAATCGTGTCATAGC;SOR=0.039;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=25181306;WS=25181288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr8	25181356	rs2666174	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=7;PP=345;SC=GTCTTTCTGCCTTTTCAGCCA;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=25181364;WS=25181346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	25182969	rs2666172	C	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=404;ReadPosRankSum=1.124;SC=TTCAAGCATCCAAAAACCTGG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=26;WE=25182977;WS=25182959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr8	25200148	rs10110351	A	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=14;PP=338;SC=TGCATGCTGAAATGACAGCCC;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=25200156;WS=25200138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	25202915	rs2468901	A	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=484;SC=CTGGTCGAGGAAGAGTTGCAG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=25202923;WS=25202905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	25203022	rs2468902	A	G	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr8	25246481	rs2709602	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TAGATTTTCAGTGAGAACTTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=25246489;WS=25246471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	25247821	rs113940021	TA	T	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.157;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
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chr8	25250423	rs6557840	A	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
chr8	25257531	rs3763520	A	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=294;ReadPosRankSum=-1.416;SC=GCTTTCCTCTACACTCCCAGG;SOR=0.423;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=21;WE=25257539;WS=25257521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr8	25258442	rs3750194	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=0.126;SC=CCCTTCTTTCCAGATGCCCCT;SOR=1.251;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=10;WE=25258450;WS=25258432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
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chr8	25267622	rs2709618	A	G	3070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1064;ReadPosRankSum=-1.297;SC=TAGGCTCCCCATCGTTGCAGA;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=77;WE=25267630;WS=25267612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,150:0.64:235
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chr8	25890478	rs1872497	G	C	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=10;PP=608;SC=TGTTGGATGAGCTTAGTGACT;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=25890486;WS=25890468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr8	25898316	rs12544694	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=-0.120;SC=ACGGTGACCTCCCAATCCCCT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=25898324;WS=25898306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
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chr8	25902513	.	GA	G	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.518;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.142;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr8	26240646	rs1055479	A	G	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GCTGTCCGACAATGTCGTCCC;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=75;WE=26240654;WS=26240636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,120:0.63:191
chr8	26249018	rs2304300	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-1.892;SC=GGAAAAATCTGTTTGCTTAAA;SOR=0.460;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=13;WE=26249026;WS=26249008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
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chr8	26363027	rs2197181	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GTGGTGCTACCGCTTTTAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=12;WE=26363035;WS=26363017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
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chr8	26483998	rs71553811	AACACACACACACAC	A,AACACACAC,AACACAC	679.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=9,9;NR=2,2;PP=146,45;SC=TCTGTACTGAAACACACACAC;SOR=2.584;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=11,11;WE=26484019;WS=26483988;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.62:24
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chr8	26492529	rs76617667	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=279;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GGGCCACTTGCACCATGTTCT;SOR=0.356;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=15;WE=26492537;WS=26492519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr8	26501169	rs187445527	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=386;ReadPosRankSum=-0.678;SC=ACCAGACTGACCTGTTAGGCG;SOR=0.854;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=25;WE=26501177;WS=26501159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr8	26505451	rs11776801	G	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=1.092;SC=GTTATGATTTGCAATTTGCTG;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=10;WE=26505459;WS=26505441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr8	26510792	rs708621	T	C	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=31;PP=965;SC=ATGACGGACCTGTGTGTGAAG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=26510800;WS=26510782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr8	26513313	rs71216769	G	GT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr8	26614222	.	C	T	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=553;ReadPosRankSum=1.023;SC=TGGTGGGTTTCATGCTCCCCT;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=45;WE=26614230;WS=26614212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,66:0.69:95
chr8	26614564	rs35661586	C	T	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1165;ReadPosRankSum=0.597;SC=ACTGAAAGAACTGAATACTCT;SOR=0.608;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=84;WE=26614572;WS=26614554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,119:0.62:191
chr8	26614706	rs11309325	CT	C	974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=635;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CCGAAAGTGACTTTTTTTCCT;SOR=0.615;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=30;WE=26614714;WS=26614696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr8	26614749	rs61759712	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=283;ReadPosRankSum=0.950;SC=TCTGAGTCACGAGAGACCATT;SOR=0.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=20;WE=26614757;WS=26614739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr8	26623384	rs3802241	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GTGAAAAATTGCCTGCCCAAG;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=26623392;WS=26623374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr8	26623477	rs34651910	C	CTTGTGAAAAGAAA	1117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=2897;ReadPosRankSum=-2.100;SC=CCAGTTTTCACTTAGGAACAA;SOR=1.535;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=12;WE=26623485;WS=26623467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr8	26628028	rs1048101	A	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=648;ReadPosRankSum=-0.974;SC=TGCTTTCTGCAGAGACACTGG;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=49;WE=26628036;WS=26628018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,64:0.53:120
chr8	26636925	rs6989854	T	C	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=969;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CATTTTTTCCTTCTTGGGCCT;SOR=0.728;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=53;WE=26636933;WS=26636915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,61:0.70:87
chr8	26716472	rs536401	A	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=828;SC=CCTTAGTGGAAAGAAGCTTGG;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=26716480;WS=26716462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	26906433	rs150141473	TTAAAG	T	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=216;ReadPosRankSum=0.863;SC=CGTAAAGTAATTAAAGTAATG;SOR=0.469;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=5;WE=26906445;WS=26906423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr8	26943632	rs935408	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=214;ReadPosRankSum=-0.825;SC=CATAAAGAGTCGGAATTAAAA;SOR=1.176;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=15;WE=26943640;WS=26943622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr8	26943929	rs1814489	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=234;SC=CGCGGAGGCTTACCCCTGTAA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=26943937;WS=26943919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	26944600	rs2028908	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=10;PP=361;SC=CCAATGACAAAGCCATTATTC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=26944608;WS=26944590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr8	27096634	rs1542185	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=233;ReadPosRankSum=1.300;SC=CCAGGGCCTACGCAACATTCA;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=18;WE=27096642;WS=27096624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr8	27099879	rs3739212	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=409;ReadPosRankSum=-1.167;SC=CAGGGCCCCCCCGCCCCTCAC;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=30;WE=27099887;WS=27099869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr8	27101204	rs4733040	T	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
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chr8	27101206	rs7830662	A	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=1.214;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
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chr8	27255325	rs2241650	C	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
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chr8	27279705	rs2241652	G	A	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.07;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr8	27294823	rs6996922	T	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=31;PP=1493;SC=GAGGAGGGGTTCCCGTCCTCC;SOR=1.015;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=75;WE=27294831;WS=27294813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr8	27310546	rs3735758	A	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=202;SC=GTAGAGGGGAAGGGGCTCATT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=27310554;WS=27310536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr8	27312040	rs10093964	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.259;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=-0.563;SC=GCCCCTTTCTCCCCCCAGAAT;SOR=1.508;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=10;WE=27312048;WS=27312030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr8	27312135	rs7007145	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,50:0.39:128
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chr8	27315876	rs1879182	A	G	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=17;PP=445;SC=TGCGGCTGGCACAGCAGAACG;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=27315884;WS=27315866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr8	27319292	rs735421	A	G	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=26;PP=692;SC=GACAGCACACAGTGACAGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=40;WE=27319300;WS=27319282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	27320645	.	G	A	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=587;ReadPosRankSum=-1.756;SC=AGGTGGCCGTGGCTGCAGAGG;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=44;WE=27320653;WS=27320635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr8	27321597	rs3735757	G	C	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=107;SC=AGGGGAACCCGAAGAACCAAG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=27321605;WS=27321587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	27324722	.	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=305;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CCCTCATCCCCCCAGGACCCC;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=21;WE=27324730;WS=27324712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr8	27324822	rs891398	T	C	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=10;PP=426;SC=CCAAAATCAGTGGGGTTCCAG;SOR=0.800;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=22;WE=27324830;WS=27324812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	27326838	rs139680977	AGG	A	2381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.592;NF=12;NR=20;PP=884;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GGACTGGAGGAGGGGGGCCCT;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=32;WE=27326847;WS=27326828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,67:0.55:122
chr8	27326927	.	A	C	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.631;NF=26;NR=31;PP=809;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GGAGCAATTAAAGGGGTGGGC;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=57;WE=27326935;WS=27326917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,84:0.47:179
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chr8	27394257	rs72477506	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=-2.701;SC=ACAGTTTCCACGATTTCTAGG;SOR=1.095;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=13;WE=27394265;WS=27394247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr8	27436236	.	G	GTTTGTTTTGT	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.32;ReadPosRankSum=1.183;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr8	27779545	rs10103504	C	T	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
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chr8	28210613	rs6558057	G	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=284;SC=AGGGTCCCCTGCTCTCCACGG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=28210621;WS=28210603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr8	28341110	rs11787273	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=1.074;SC=CTGAGGTGGGCGGATCACTTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=28341118;WS=28341100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr8	28384712	rs2241802	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=174;ReadPosRankSum=-1.033;SC=ATCTGAATTTAGCTGGAGAAC;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=16;WE=28384720;WS=28384702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
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chr8	28651300	rs2665912	A	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr8	28692783	rs28522383	C	T	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=19;PP=725;SC=TACAGTCTCTCGGTAAGAGAG;SOR=0.876;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=47;WE=28692791;WS=28692773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	28707570	rs4732887	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr8	28876221	rs7837237	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr8	28900087	rs1948132	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.871;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr8	28928454	.	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=42;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GCTAAATGAATGTGGCCAGGG;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=6;WE=28928462;WS=28928444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr8	28967679	rs3736225	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=187;ReadPosRankSum=1.085;SC=GAACGTATTCCAAAATTCCAT;SOR=0.358;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=13;WE=28967687;WS=28967669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr8	28970865	rs1466627	C	G	32.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
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chr8	28984042	rs3793435	T	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=15;PP=455;SC=AAAGAAAATATACATTACAAA;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=28984050;WS=28984032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	28984572	rs3763566	G	A	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=296;SC=AGTTTCGTACGGGTTCCAAAA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=28984580;WS=28984562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	28991405	rs3750265	A	G	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=108;SC=AGGAGTATAGATGCATTGACA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=28991413;WS=28991399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr8	29005128	rs13263819	A	G	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	29007683	.	A	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TATAATACACATGCAGCAAAT;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=29007691;WS=29007673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr8	29023421	.	T	TTCGATTGTAGATCGAAGTACC	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=4;PP=2378;SC=TGACATCTACTTCGATTGTAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=29023429;WS=29023411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	29033422	rs6558098	C	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=175;SC=AAAAAACCTACGTTTATTCCA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=29033430;WS=29033412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	29053761	rs10547393	TA	T	708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.573;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.869;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,55:0.79:70
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chr8	29197672	rs583034	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
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chr8	29207872	rs2637819	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=384;ReadPosRankSum=-1.030;SC=AGAAAGGGGCGGGCGAGAGCT;SOR=1.183;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=24;WE=29207880;WS=29207862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr8	29923732	rs2271367	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=-1.144;SC=TTCCTAAACTGTCAGAAAAAA;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=10;WE=29923740;WS=29923722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr8	29927300	rs6468093	C	G	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=25;PP=945;SC=AGACTACAAACGCGATCCCAA;SOR=0.772;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=54;WE=29927308;WS=29927290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	29927321	rs6468094	A	G	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=26;PP=1025;SC=GGAGTACCACAATGGTAATCA;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=29927329;WS=29927311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	29931375	rs986636	T	C	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=21;PP=909;SC=AGACTGCCATTACTGTAGTGG;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=29931383;WS=29931365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	29940271	rs13279112	A	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=254;SC=AGGCTCCGGGAAGACGGCGCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=29940279;WS=29940261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	29953256	rs56969689	C	T	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=499;SC=GGCTTCGCCCCGCAGCCCCCA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=29953264;WS=29953246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	29989399	rs13272159	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=0.388;SC=TTATCGATGCGTCATCTGGCA;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=29989407;WS=29989389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr8	29989564	rs7844812	A	G	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=40;PP=1616;SC=GAGAGGAGAGACTCCTGACCT;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=86;WE=29989572;WS=29989554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr8	29996158	rs4733141	A	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=15;PP=511;SC=CTTGCTGAGGAGCCAGGGAAC;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=29996166;WS=29996148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	29996256	rs7813902	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=220;SC=CCTCCTCCAGTCAGGAGAAAG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=29996264;WS=29996246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	30001915	rs12546113	T	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=5;PP=396;SC=GCCTCCCAAATTGCAGGGATT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=30001923;WS=30001905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	30013759	rs7012749	A	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=270;SC=ACGCGACGCAAACAAGAGTCG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=30013767;WS=30013749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	30021437	rs13249436	C	T	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=295;SC=AGGCTGGTGTCGAACTCCTGA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=30021445;WS=30021427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	30021461	rs71521373	C	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=343;SC=CAGGTGATCCCCCCACCTCGG;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=30021469;WS=30021451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	30210274	rs4349946	T	C	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=98;PP=2650;SC=TGCTGACCTCTGCAAGTTGGC;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=67;TCR=99;TR=165;WE=30210282;WS=30210264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr8	30242747	rs7813046	G	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr8	30402817	rs2915595	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CTGTTTCTCCGCAAAGATTAC;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=9;WE=30402825;WS=30402807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr8	30469805	rs7815625	A	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TAGAAAGAAAAGAGAGATTAC;SOR=1.356;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=6;WE=30469813;WS=30469795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr8	30494732	rs5890529	CTTGT	C	964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.020;NF=2;NR=9;PP=486;ReadPosRankSum=-0.389;SC=ACATTTAATGCTTGTTTAAGT;SOR=0.488;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=11;WE=30494743;WS=30494722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr8	30539623	rs2250192	T	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=618;SC=CTGTCTGTTTTAACATAGCTA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=30539631;WS=30539613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	30541915	rs1465477	C	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=464;SC=ACACCTGTAACCCCAGAACTT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=30541923;WS=30541905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	30546636	rs2551715	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=277;ReadPosRankSum=-1.061;SC=ATAAGACTCCTAGTAGATTCA;SOR=1.101;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=16;WE=30546644;WS=30546626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr8	30554006	rs8190996	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=460;ReadPosRankSum=-1.478;SC=GCTGAGACGCGAGCAGAGGGT;SOR=1.055;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=31;WE=30554014;WS=30553996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr8	30560887	rs3779647	C	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=338;SC=CACAATTCTCCGTTTTTCAAG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=30560895;WS=30560877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	30601610	rs3217273	TC	T	518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=500;SC=ATTGACCCTCTCCCAGCCGGC;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=30601618;WS=30601605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	30601805	rs2278092	C	T	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=33;PP=1245;SC=GTAAGTGTGACTTTTTCCCTT;SOR=0.731;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=68;WE=30601813;WS=30601795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	30608773	rs1991111	A	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=139;SC=GCTCATGCCTATAATCCTAGC;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=30608781;WS=30608763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	30608976	rs2911690	C	T	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=349;SC=CTTACTTTAACTATTTCTGTG;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=30608984;WS=30608966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	30609061	rs2911689	T	G	266.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=76;SC=ATTCTACCCTTTTATACCATT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=30609069;WS=30609051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	30609078	rs2911688	A	T	266.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=76;SC=CATTCTACTCAAATTTATTTA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=30609086;WS=30609068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	30620840	rs11388922	G	GT	1524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=10;PP=991;SC=TGAGGAGAAGGTTTTGAAGTC;SOR=1.342;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=25;WE=30620848;WS=30620830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	30620964	rs2956010	T	C	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=26;PP=777;SC=GTCATCTGCATCTCCCATCAG;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=30620972;WS=30620954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	30623996	rs2956016	T	C	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=108;SC=CAAATCACACTATACCTTGAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=30624004;WS=30623986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	30695226	rs2720593	C	T	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=53;PP=1857;SC=TCTGCAAAAGCGTCCCATGGT;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=103;WE=30695234;WS=30695216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	30705003	.	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=205;ReadPosRankSum=0.391;SC=CTGAAATTTTCGTTTGTATGA;SOR=1.244;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=12;WE=30705011;WS=30704993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr8	30717575	rs35279485	TA	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr8	30889771	rs11574152	G	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.735;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr8	30890047	.	G	A	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,68:0.64:106
chr8	30916085	rs2737316	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=158;SC=ACTATTCTTTTGGGTGAGAAA;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=30916093;WS=30916075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	30924557	rs1800389	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr8	30941317	rs2737325	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-4.429;NF=5;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=-1.036;SC=ATTATAAAAATATTACTTCAA;SOR=1.219;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=14;WE=30941325;WS=30941307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr8	30954244	.	G	GT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-2.195;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr8	30958353	rs3087419	CT	C	939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=13;PP=651;SC=ATGTGTTTTTCTTTTTTTACA;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=30958361;WS=30958343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	30973957	rs1800392	G	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=508;ReadPosRankSum=-1.719;SC=TTAGGAAACTGAATCTATCCT;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=47;WE=30973965;WS=30973947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,71:0.43:167
chr8	30977696	rs4987034	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=0.126;SC=ACAAAAAGGTATAAATGTAAG;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=30977705;WS=30977686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr8	30977717	rs2725352	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=1.685;SC=GTTTTCATTCTGCTAAATATG;SOR=1.402;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=10;WE=30977725;WS=30977707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr8	30981971	rs3087417	G	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr8	30999122	rs3024239	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.513;SC=AAAAGGTAAACGGTGTAGGAG;SOR=0.452;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=46;WE=30999131;WS=30999112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,59:0.66:89
chr8	30999123	rs2737335	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=748;ReadPosRankSum=0.482;SC=AAAGGTAAACGGTGTAGGAGT;SOR=0.853;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=21;WE=30999131;WS=30999112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr8	30999280	rs1801195	G	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
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chr8	31005017	rs3087415	T	TC	2769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=1382;SC=GCATGTGTTCTATTTATTTCC;SOR=1.103;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=30;WE=31005025;WS=31005007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	31024654	rs1346044	T	C	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,111:0.65:172
chr8	32453358	rs3924999	G	A	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	32505276	.	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr8	32600341	.	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=-0.352;SC=TCAGATTCCACCTAGAGCTAG;SOR=0.859;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=18;WE=32600349;WS=32600331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr8	32607241	.	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=1.716;SC=CTATAACAATGATTTCTCTGC;SOR=0.264;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=13;WE=32607249;WS=32607231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
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chr8	33246538	rs16880849	A	G	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=845;ReadPosRankSum=0.603;SC=ACTCAAATGCATCGATGTAAT;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=66;WE=33246546;WS=33246528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,109:0.66:165
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chr8	33370985	rs2581896	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=-1.384;SC=AATGTCAACTATAAGATGATC;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=9;WE=33370993;WS=33370975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr8	33371146	rs2581897	T	G	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=1.948;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,61:0.37:164
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chr8	33416189	rs3735950	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=176;ReadPosRankSum=0.323;SC=TGCCTGTGCCGAAGATGACCA;SOR=0.680;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=13;WE=33416197;WS=33416179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr8	33416222	rs3735951	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.627;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr8	33416303	rs35879627	G	GA	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.982;HP=10;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=55;ReadPosRankSum=-1.229;SC=CAAAGGGAGAGAAAAAAAAAT;SOR=1.668;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=33416311;WS=33416293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr8	33451026	rs2044162	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=0.711;SC=CCTGTTCTTTCCTGCTCCCAG;SOR=1.150;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=12;WE=33451034;WS=33451016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr8	35093427	rs10694226	C	CAGCT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=-2.380;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr8	35425870	rs2589340	T	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=289;SC=AAATGAGAGGTCTTAAATTTA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=35425878;WS=35425860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	35579177	.	T	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=0.100;SC=GTTGTCAGTGTACTTTTAATC;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=35579185;WS=35579167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr8	35648034	.	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr8	36703458	.	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.734;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=355;ReadPosRankSum=1.863;SC=GCCCAGCCTCTAGGGAGCTGC;SOR=2.200;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=17;WE=36703466;WS=36703448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr8	36746065	.	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=311;ReadPosRankSum=2.393;SC=TCTGGGAGATCACAAATGGGC;SOR=0.639;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=24;WE=36746073;WS=36746055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr8	36767024	rs28608091	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.870;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr8	36776267	rs10108041	T	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=86;ReadPosRankSum=-0.089;SC=CAAGTTACATTATATTCTTCT;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=10;WE=36776275;WS=36776257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr8	36786379	rs17400167	C	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr8	36786396	rs10089755	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr8	36788693	rs6986249	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=0.496;SC=AATTCAGTTTTTCACTTCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=10;WE=36788701;WS=36788683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
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chr8	37635649	rs7463174	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=-0.440;SC=AGCACTAACTATGCACTAACC;SOR=0.512;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=12;WE=37635657;WS=37635639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr8	37686749	rs6468442	A	G	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=35;PP=1342;SC=CCACGTGGCCAACATGCTGAG;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=77;WE=37686757;WS=37686739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr8	37693302	rs10101560	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=0.816;SC=AGGGACTGAATTCCCCGCCCC;SOR=0.412;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=37693310;WS=37693292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr8	37699195	rs4976898	C	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr8	37706057	rs11777510	A	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=412;ReadPosRankSum=-0.358;SC=GAGCCACAGCACCTGGCCTAG;SOR=0.726;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=30;WE=37706065;WS=37706047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr8	37728017	rs7817179	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.70;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	37728017	.	ATT	GTG	331	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=9;NR=11;PP=331;QD=19.2233937431;SC=CTTGGTGGCCATTGCATTCAT;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=20;WE=37728027;WS=37728007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr8	37728019	rs7820872	T	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.37;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	37730368	rs12541651	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=0.608;SC=TGATCCCAGGGCAGAAGAACC;SOR=0.756;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=16;WE=37730376;WS=37730358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr8	37796644	rs28723477	T	C	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=2;PP=54;SC=GGTTAAAAATTATACAAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=37796652;WS=37796634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	37821853	rs2071493	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=84;ReadPosRankSum=0.210;SC=GAACGCATATTTAGTTACACA;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=7;WE=37821861;WS=37821843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr8	37822769	rs4997	C	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=148;ReadPosRankSum=0.749;SC=GGTCCCTCTGCCCCGGTTACC;SOR=0.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=11;WE=37822777;WS=37822759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr8	37823156	rs200446990	G	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr8	37823798	rs4994	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=315;ReadPosRankSum=0.925;SC=CTCGGAGTCCAGGCGATGGCC;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=25;WE=37823806;WS=37823788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,33:0.31:105
chr8	37985779	.	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=0.686;SC=AAATAAGTTGCAGGCCTTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=37985787;WS=37985769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr8	37985897	rs2843740	A	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=21;PP=1074;SC=GAGTACGGAAAGGTGCCTGGT;SOR=1.039;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=37985905;WS=37985887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	37986561	rs2517394	G	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=16;PP=407;SC=TAGGAACTGAGCCACAGCTCA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=37986569;WS=37986551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	38003787	rs2720050	T	C	5722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=62;PP=2383;SC=CCCTGCCACCTGCACCTGGAC;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=137;WE=38003795;WS=38003777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr8	38005835	rs2229620	T	C	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=34;PP=1070;SC=GAGTCTCTTCTAGCCGAGAAC;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=38005843;WS=38005825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	38006330	rs35520501	TC	T	2368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=1140;SC=GATGGACCACTCCCACCCCCT;SOR=1.131;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=29;WE=38006338;WS=38006320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	38027519	rs16887236	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.375;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=634;ReadPosRankSum=0.397;SC=GTTATTTTGAAAAGATTTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=31;WE=38027527;WS=38027509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr8	38028726	rs2843739	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=3;PP=55;SC=CGGAACTGCTTTGAAGTCATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=38028734;WS=38028716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	38029694	rs200558035	AGC	A	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.17;ReadPosRankSum=1.501;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
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chr8	38099939	rs202207754	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=254;ReadPosRankSum=-0.127;SC=TTGTTAGCTGTGATTATATTT;SOR=0.929;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=20;WE=38099947;WS=38099929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
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chr8	38697649	rs13262797	T	C	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr8	38809663	rs6984871	A	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=-1.456;SC=AGGCGCTGATACTGACACTGT;SOR=1.099;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=12;WE=38809671;WS=38809653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
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chr8	38827185	rs5891050	GC	G	2110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=28;PP=1338;SC=GGAGGGCAGCGCCTCCTGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=38827193;WS=38827175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	38835456	rs4733960	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=422;SC=CCCCATCCCTTTTTGGGCACG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=38835464;WS=38835446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	38835666	rs4733961	T	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=12;PP=256;SC=CCACAATTAATGTAAGTCACT;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=38835674;WS=38835656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr8	38840738	rs56252379	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=-0.574;SC=ACTGAATTTTGAATTAAAGTA;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=6;WE=38840746;WS=38840728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr8	38845716	rs7823125	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AAGTTTTTGGATCTTTTTCTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=38845724;WS=38845706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr8	38848850	rs4733895	C	T	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=459;SC=GGCAGCTCTTCTTAGTAAACA;SOR=1.765;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=23;WE=38848858;WS=38848840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr8	38853620	rs6991968	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=308;ReadPosRankSum=-2.249;SC=AACGACCTCAGAGAGGCAGGG;SOR=0.615;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=24;WE=38853628;WS=38853610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
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chr8	38872186	rs7833611	C	A	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=235;SC=GGTATTATACCTTTTTTTCTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=38872194;WS=38872176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr8	38884342	rs10652213	G	GTTCT	3072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=1562;SC=GAGTACCTGGGTTCTTCTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=28;WE=38884350;WS=38884332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	38899772	rs34138150	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TATTTTGTTTGTATGGCTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=38899780;WS=38899762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr8	38911953	rs9643905	C	A	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=12;PP=686;SC=AATGAGTATTCATGTCAATTA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=38911961;WS=38911943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	38940143	.	A	AT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr8	38940292	rs72459173	GAAATCTCAGGACTAGA	G	1425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.932;NF=2;NR=19;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.555;SC=TAAATAATGAGAAATCTCAGG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=21;WE=38940315;WS=38940282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr8	38959498	rs4733905	G	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr8	38964647	rs4517088	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr8	38965271	rs59118660	C	T	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=729;ReadPosRankSum=0.812;SC=AACGGCTTCCCGCTGGCAGCC;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=60;WE=38965279;WS=38965261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,82:0.35:235
chr8	38987347	rs9650316	T	C	45.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	38988475	.	CTT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr8	38991720	rs6997278	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=-0.965;SC=TCAGGATGTAATCTGTTGGGG;SOR=0.591;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=11;WE=38991728;WS=38991710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr8	39004620	rs35335280	A	T	227.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=-1.270;SC=AAGAATAATTAAAAAAATTTC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=39004628;WS=39004610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr8	39022522	rs10088854	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=131;ReadPosRankSum=2.525;SC=TATTAATTATGCATGTATTTA;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=13;WE=39022530;WS=39022512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr8	39068890	rs11786404	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=0.135;SC=TATTGTTTTAATTTATCTTTT;SOR=0.743;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=8;WE=39068898;WS=39068880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
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chr8	39080726	.	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=0.304;SC=GCCATGATCTCGATGCACGTT;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=17;WE=39080734;WS=39080716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr8	39080824	rs4476978	T	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=179;SC=GATAATGGGGTATATTTTCAT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=39080832;WS=39080814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	39091526	rs4515515	T	C	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chr8	39114949	rs73608630	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AGTAGCAATACTTTACATATC;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=39114957;WS=39114939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr8	39128387	rs4733994	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr8	39128510	rs11347842	AT	A	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.549;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.791;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr8	39131756	.	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=1.196;SC=ATTATAAAATGGCCTGATTTT;SOR=0.765;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=8;WE=39131764;WS=39131746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr8	39133206	rs4733913	C	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr8	39142207	.	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=0.328;SC=TTCTTTTTTTCGTGCCACATG;SOR=0.914;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=10;WE=39142215;WS=39142197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
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chr8	39335244	.	C	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=396;SC=GACATGTCATCAAAGGAAATT;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=39335252;WS=39335234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	39442292	rs7007924	T	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=37;PP=1101;SC=ACCCTCCCCCTCTCCCTTCTG;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=39442300;WS=39442282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr8	39505826	rs3735880	C	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.884;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
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chr8	39525801	.	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.125;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TCTAGAAGTGGAAGAAACTGA;SOR=1.127;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=13;WE=39525809;WS=39525791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr8	39537746	.	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=210;ReadPosRankSum=0.814;SC=TCCAGAAATGGTAACAAAATG;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=21;WE=39537754;WS=39537736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr8	39537840	.	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-0.976;SC=ATATTGAATGGATTTAAACTT;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=39537848;WS=39537830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr8	39607105	rs112217136	C	CATGT	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.23;ReadPosRankSum=1.647;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr8	39618637	rs10093751	G	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTGTTTGATGGTATTTTCAAA;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=8;WE=39618645;WS=39618627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr8	39618865	rs10097616	C	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr8	39624492	.	G	A	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=803;ReadPosRankSum=0.067;SC=TGATGCAGATGATCCATTGCA;SOR=0.861;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=49;WE=39624500;WS=39624482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr8	39644691	rs3779718	C	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-0.573;SC=ATTAATGTAACATAGCATAAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=39644699;WS=39644681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr8	39666956	.	T	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=240;ReadPosRankSum=-1.040;SC=TAACATGCATTTCTATATACT;SOR=0.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=17;WE=39666964;WS=39666946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr8	39695535	rs7844819	T	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=-0.277;SC=TTGGAATTGCTGAGTTGGAAA;SOR=0.273;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=12;WE=39695543;WS=39695525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr8	39780922	rs67116979	CAA	C	379.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr8	39792675	.	G	A	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1285;ReadPosRankSum=-2.329;SC=ACCTTCTTAGGAAATGAAGCT;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=82;WE=39792683;WS=39792665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,128:0.62:206
chr8	39806830	.	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.122;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.070;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr8	39842443	rs140841420	C	CTTAT	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=335;ReadPosRankSum=0.423;SC=AGTGAAATAACTTATTTATTT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=7;WE=39842451;WS=39842433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr8	39843139	rs2729472	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr8	39847387	.	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr8	39871036	rs2955897	A	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=5;PP=230;SC=AAAATATACCATTACCTCCCT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=39871044;WS=39871026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	39872668	rs2955902	C	T	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=9;PP=468;SC=AGCAAGATCTCATCTAGAGAA;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=39872684;WS=39872658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr8	41519462	rs515071	A	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=245;ReadPosRankSum=-1.789;SC=CGAATGATCTAGGAAAGGAAG;SOR=0.764;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=22;WE=41519470;WS=41519452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,43:0.35:123
chr8	41521145	.	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=0.417;SC=ACCTGCCTCTCCCCAGCACAG;SOR=1.356;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=5;WE=41521153;WS=41521135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr8	41521663	rs563118	T	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr8	41525914	rs750625	C	T	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,139:0.50:276
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chr8	41543749	.	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=-1.343;SC=TGGGATTTTCCACTCGGATCC;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=15;WE=41543757;WS=41543739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
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chr8	41571963	.	A	T	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=25;QD=19.9237375157;SC=ACAGGGGGGAACGTGGGCAGT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=41571971;WS=41571953;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr8	41575054	rs149520651	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=0.752;SC=GGACTGGGAGCACTGGTGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=10;WE=41575062;WS=41575044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr8	41580825	.	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=33;ReadPosRankSum=1.248;SC=ATGGCATCATCCCAGCCCACG;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=4;WE=41580833;WS=41580815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr8	41580906	rs2304874	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=-3.011;SC=CACTGCACGCGGCACTGCCCA;SOR=0.446;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=7;WE=41580914;WS=41580896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr8	41583294	rs2304873	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=78;ReadPosRankSum=1.257;SC=AAAGCACGTCCGGGTTGGGGT;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=41583302;WS=41583284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr8	41584974	.	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.198;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=0.853;SC=CATTCCATTTCCTCCCACCTG;SOR=0.143;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=11;WE=41584982;WS=41584964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr8	41585384	rs2304872	T	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,52:0.34:152
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chr8	41615429	rs486223	G	A	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=129;SC=CCACAGGCAGGAGCCCTGGGG;SOR=1.473;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=41615437;WS=41615419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	41685814	rs12708213	A	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=418;ReadPosRankSum=0.982;SC=CCTCCACACCAAGCAGCCGCC;SOR=0.430;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=30;WE=41685822;WS=41685804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr8	41798202	rs2929896	G	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AATGTTCACTGGGAAGATCTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=41798210;WS=41798192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr8	41805173	rs56131485	A	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=204;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GACACCTAGGAGGTGCTGCAT;SOR=0.395;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=20;WE=41805181;WS=41805163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr8	42013563	rs150778126	T	TATG	4805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=28;PP=2289;SC=AAAACGTAAGTATAAGTCCCA;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=41;WE=42013571;WS=42013553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	42025838	rs3827659	T	C	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=520;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GCATTTACCATGTTCCAGGCA;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=50;WE=42025846;WS=42025828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,75:0.57:131
chr8	42026393	rs7016041	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=334;ReadPosRankSum=1.476;SC=TCCCACTGACTTCAGTGTATT;SOR=1.155;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=22;WE=42026401;WS=42026383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr8	42036577	rs1136159	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr8	42037630	rs2020923	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=419;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GGCCGCGTCCCCGGGAGGGGA;SOR=0.524;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=26;WE=42037638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr8	42037924	rs2020922	T	A	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=47;PP=1667;SC=TTAGAATGCTTTTTTTGCTGT;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=49;TCR=47;TR=95;WE=42037932;WS=42037914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr8	42044897	rs8178749	C	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=463;ReadPosRankSum=-2.111;SC=GGAATCCCTCCTTGGGGATGT;SOR=0.891;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=31;WE=42044905;WS=42044887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr8	42044954	rs1058720	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.888;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr8	42172017	rs7814513	C	G	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=46;PP=1295;SC=TCTTGGCTGGCCGTGGTGGCT;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=42172025;WS=42172007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	42175303	rs2294100	A	T	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=40;PP=1298;SC=AGAATTTGTTATGTTTTGTTT;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=42175311;WS=42175293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	42186579	rs2272732	T	C	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=3;PP=668;SC=TATTTTAAAATAGCAGTGTTA;SOR=3.026;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=42186587;WS=42186569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	42188550	rs1057741	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=23;PP=631;SC=GGCCTTGTGCAGTGGGGGGAC;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=42188558;WS=42188540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	42196441	rs3136717	C	T	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=20;PP=806;SC=GTCACTGTCTCTTAGAGGCTG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=42196449;WS=42196431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	42232414	.	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,35:0.32:110
chr8	42294465	rs117270872	GC	TA	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr8	42294495	.	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=1.697;SC=ATGAATGAATGAAAGCACCCA;SOR=0.926;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=16;WE=42294503;WS=42294485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr8	42302262	.	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr8	42404040	rs2974349	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=1.915;SC=CTTAGTACTTCTTTCAGATGT;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=42404048;WS=42404030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr8	42552633	rs4950	G	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,57:0.66:86
chr8	42587168	.	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=350;ReadPosRankSum=-0.005;SC=TACCCTCTTTCTCATCATCCC;SOR=0.996;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=26;WE=42587176;WS=42587158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr8	42587796	rs4954	G	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=45;SC=TAAATGTGACGTTATATAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=42587804;WS=42587786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	42614378	rs892413	C	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.213;SC=AAGAAGACTTCAAGGCAATGT;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=8;WE=42614386;WS=42614368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr8	42620404	rs11985288	C	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GCCACTGCAGCGATTCTAGGC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=42620412;WS=42620394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr8	42693157	rs140694378	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=604;ReadPosRankSum=-0.425;SC=AATCACATAACCTCTTTCTGA;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=40;WE=42693165;WS=42693147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr8	42711599	rs117167325	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr8	42711606	rs7014595	A	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr8	42752406	rs113969303	T	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=1.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr8	42761287	rs199564080	C	CT	1057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=9.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.12;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr8	42761288	.	T	TTC	426	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=23;MQ=59.19;NF=3;NR=19;PP=426;QD=19.9090909091;SC=ACAGAATCTCTCCCCCCCCCC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=22;WE=42761300;WS=42761278;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr8	42761292	rs200070946	C	CG	1057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=11.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.44;ReadPosRankSum=2.082;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr8	42785096	rs112318721	G	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=50;SC=GGATTATATAGTAGTACTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=42785104;WS=42785086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	42805345	rs74647408	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr8	42805679	rs137952645	T	TAA	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=160;ReadPosRankSum=-1.997;SC=TGGAAAATTTTAAGAGATTCT;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=5;WE=42805687;WS=42805669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr8	42814281	rs141352904	CAG	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=0.463;SC=TCAGGAAAGACAGGGGGGAGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=42814290;WS=42814271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr8	42814633	rs75492567	T	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.019;NF=2;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=-0.491;SC=AGGCTGAGGGTGGCGGGTCAC;SOR=0.235;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=7;WE=42814641;WS=42814623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
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chr8	43147987	.	CGT	C	237	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=237;QD=82.0;SC=GACGTGCCCTCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=43147996;WS=43147965;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
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chr8	43152416	rs73677912	C	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,20:0.22:92
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chr8	43172532	rs73677934	C	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr8	43196971	rs73677948	A	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr8	47842316	rs884920	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=0.057;SC=GTTGTTTAACGAAGTAAGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=47842324;WS=47842306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr8	47842901	rs6995866	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=1.558;SC=AAACAAGGGCATGGACATGGA;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=11;WE=47842909;WS=47842891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr8	48114035	rs4379458	G	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=246;ReadPosRankSum=-1.474;SC=AGAGGTTTTAGTTGCACCTCC;SOR=0.804;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=17;WE=48114043;WS=48114025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr8	48173607	rs58299877	C	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	48685753	.	G	GA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.697;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.387;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr8	48711857	rs8178225	C	T	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=826;ReadPosRankSum=-0.067;SC=AGCTGCAGGCCCACAGCTCCA;SOR=0.785;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=158;TCF=71;TCR=87;TR=61;WE=48711865;WS=48711847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,104:0.40:260
chr8	48739305	rs4278157	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=356;ReadPosRankSum=0.974;SC=GGCAGCAGGCGGAGCAGAGCC;SOR=0.546;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=23;WE=48739313;WS=48739295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr8	48794171	rs8178108	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=105;ReadPosRankSum=-1.519;SC=ATTCCAGAAATGAATTGTTAA;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=12;WE=48794179;WS=48794161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
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chr8	48846519	rs1231202	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
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chr8	51617430	rs7003356	T	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr8	52233310	rs2304552	T	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=1.600;QD=16.46;ReadPosRankSum=0.507;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr8	52233408	rs7827446	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.327;QD=10.29;ReadPosRankSum=1.728;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr8	52252171	rs11778598	A	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=629;ReadPosRankSum=-1.502;SC=TGTTATTTGAAGAGAAAACAA;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=42;WE=52252179;WS=52252161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr8	52252320	rs16916011	A	G	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.216;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=715;ReadPosRankSum=0.019;SC=TTGCCTATTTATAACAAGAAG;SOR=0.278;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=49;WE=52252328;WS=52252310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,52:0.69:75
chr8	52252405	rs1437593	T	C	341.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5348;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=217;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TCATTTGGCATGTACAAGGCA;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=16;WE=52252413;WS=52252395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr8	52284473	.	G	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=355;ReadPosRankSum=2.948;SC=CCACCTTCGGGATCTCGCTGC;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=25;WE=52284481;WS=52284463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr8	52284654	.	C	CA	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=39;QD=10.2;SC=GGTAGTCAACCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=52284662;WS=52284644;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,5:0.38:13
chr8	52321243	rs2977020	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=442;ReadPosRankSum=2.190;SC=TCCGTGGCCATCCTGTTGTGT;SOR=0.917;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=33;WE=52321251;WS=52321233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,42:0.32:132
chr8	52321395	.	C	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=743;ReadPosRankSum=-0.307;SC=TAAGGGCTTTCCGGAGGGAGG;SOR=0.676;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=44;WE=52321403;WS=52321385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,61:0.60:102
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chr8	52361772	rs1431636	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr8	52370326	.	TCT	CCC	143	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=143;QD=49.1169687156;SC=ATGTTTCATGTCTACCAAATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=4;WE=52370336;WS=52370316;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
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chr8	52384895	.	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=652;ReadPosRankSum=0.550;SC=ATGTATTTTTCAGAGATACAA;SOR=0.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=17;WE=52384903;WS=52384874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr8	52387486	rs6997795	A	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr8	52396241	rs7837348	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr8	52412226	rs755311	G	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=559;ReadPosRankSum=1.314;SC=ATGTAAAGCAGAAGCAAAGGA;SOR=0.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=46;WE=52412234;WS=52412216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,65:0.39:165
chr8	52721958	rs13252785	T	C	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=87;SC=GAGCAGCAGCTGCAGCTGCAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=52721966;WS=52721948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr8	52733050	rs12335014	T	A	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;MQRankSum=6.824;QD=21.70;ReadPosRankSum=3.888;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,75:0.94:80
chr8	52733076	rs77409139	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.885;NF=23;NR=9;PP=315;ReadPosRankSum=-6.566;SC=TTTCATCCTCTTCACTGTCTA;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=32;WE=52733087;WS=52733040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,33:0.30:109
chr8	52733127	.	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQRankSum=-3.485;QD=1.72;ReadPosRankSum=3.108;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,16:0.13:125
chr8	52733128	rs62506083	T	G	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQRankSum=-7.247;QD=16.19;ReadPosRankSum=3.583;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,77:0.62:124
chr8	52733148	rs76104220	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQRankSum=-3.781;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.116;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,18:0.15:118
chr8	52733228	rs73592211	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQRankSum=-3.294;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,8:0.13:60
chr8	52733231	rs75748152	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-3.481;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,7:0.12:56
chr8	52733340	rs35006940	A	AT	156.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.59;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	52746153	rs9298462	C	T	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=21;PP=906;SC=GGTCTTTCTGCACTCCAGCTC;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=52746161;WS=52746143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	52811681	rs10106734	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=168;SC=TGCGCAGAGAACCACGGGCAC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=52811689;WS=52811671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	52811758	rs13263909	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=133;SC=GCCCCGCCCCCCTCAGGGCTC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=52811766;WS=52811748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	53062412	rs16917324	T	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=603;ReadPosRankSum=0.900;SC=TTGTTTTGAATGGGGAAGAGG;SOR=0.787;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=47;WE=53062420;WS=53062402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,60:0.62:97
chr8	53092817	.	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=268;ReadPosRankSum=-0.677;SC=ACTGGAACCCCCAAAGCCTGA;SOR=0.631;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=23;WE=53092825;WS=53092807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,50:0.35:141
chr8	53447256	rs1440798	C	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-1.196;SC=TGCTTAAAGACTCTGTGGACT;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=13;WE=53447264;WS=53447246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr8	53450969	rs13280500	A	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=0.659;SC=AAACAGGATAAGAAAAATAAA;SOR=1.329;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=10;WE=53450977;WS=53450959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr8	53452359	rs34430102	T	TA	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
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chr8	53543090	.	TA	T	110.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
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chr8	55050107	.	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCTGCAACCTCCACCTCACAA;SOR=1.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=55050115;WS=55050097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr8	55538093	.	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=0.179;SC=TGGTGTTATAGAAATTACAAG;SOR=0.466;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=14;WE=55538101;WS=55538083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
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chr8	55542540	rs61739567	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
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chr8	55592336	rs405226	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr8	55613902	rs858396	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr8	55647367	rs370295274	AGT	A	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.358;NF=0;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GTAATGTAGAAGTGTGTGTGT;SOR=0.599;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=7;WE=55647378;WS=55647357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr8	55671483	rs17404707	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.256;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
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chr8	56047961	rs78435240	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=152;ReadPosRankSum=0.561;SC=ATAGTAGATATGCAATATATA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=56047969;WS=56047951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr8	56048060	rs1480763	T	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TCACTCTTTGTCCATCTGTAA;SOR=0.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=12;WE=56048068;WS=56048050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr8	56048107	rs1480764	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=187;ReadPosRankSum=1.265;SC=ACAAGGAGCACAGTCCAACAT;SOR=0.495;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=15;WE=56048115;WS=56048097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
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chr8	56076791	rs2291183	G	A	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,121:0.62:195
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chr8	56792685	rs167999	G	A	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.92;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr8	56882183	rs1027987	A	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=278;SC=TTTTGTGGGGAGTTCCCCTGT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=56882191;WS=56882173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	56882471	rs1027986	A	G	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=504;SC=TCCCAGCAGCAGTTATGAGAA;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=56882479;WS=56882461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	56911861	rs2175487	A	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=340;SC=CCTGGGTGACAAGAGTGAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=56911869;WS=56911851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	57026420	.	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=7.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.506;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr8	57125270	rs6474051	T	C	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=459;SC=CTCGATGTTGTAATTCAGCCC;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=57125278;WS=57125260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	57214239	.	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=0.517;SC=AAGTCACTCACTCATGCACAC;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=57214247;WS=57214229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr8	57295120	.	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=332;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TGCTATACTTGAAATACAAAC;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=31;WE=57295128;WS=57295110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,49:0.37:134
chr8	57878990	rs2135987	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=381;SC=CCCAAAGTGCTATGTATGACT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=57878998;WS=57878980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	57879655	rs13278878	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=6;PP=439;SC=AACTATACAAGAGAACAAACT;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=24;WE=57879663;WS=57879645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	57905697	rs13256360	G	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=553;SC=ATACTGTTAAGAGTCGACGGG;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=57905705;WS=57905687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	59059266	.	C	T	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=1345;ReadPosRankSum=-1.569;SC=GTCACTCCTTCGCGGAGTCCC;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=89;WE=59059274;WS=59059256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,115:0.65:178
chr8	59347184	rs1993453	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr8	59484899	rs7827910	T	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.125;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
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chr8	59498614	rs6995115	A	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=373;ReadPosRankSum=-0.227;SC=TGTGGTTTACATTATTCTGGA;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=26;WE=59498622;WS=59498604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr8	59498685	rs12679938	T	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=0.478;SC=TCCTTGTACTTAAGCAATGAC;SOR=0.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=59498693;WS=59498675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr8	59499237	rs3816846	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=0.770;SC=CTCTAGTCTGGTTCAAATATG;SOR=1.236;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=59499245;WS=59499227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr8	59508076	rs16923588	A	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=425;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CCTAACTTTTACCAGGACTAT;SOR=1.002;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=26;WE=59508084;WS=59508066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
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chr8	59511756	rs10111180	C	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=556;ReadPosRankSum=-1.542;SC=AATATTCACCCAATGCTAAAT;SOR=0.807;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=35;WE=59511764;WS=59511746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
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chr8	59555731	rs1387222	T	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTTCCATTCTTGAATTTAAC;SOR=1.371;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=16;WE=59555739;WS=59555721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr8	59720604	rs2726600	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=1.304;SC=GGAAACAAGAGAACGATCAAC;SOR=0.078;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=59720612;WS=59720594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr8	59739333	rs4737522	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.333;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr8	59764368	rs3837195	CAATA	C	121	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=2;PP=97;SC=CTGGCATCTACAATAAATAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=59764379;WS=59764358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	59872529	.	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=-1.355;SC=AGTCCTGGCTCGGCTCTGTCA;SOR=0.708;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=32;WE=59872537;WS=59872519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,65:0.35:186
chr8	61139280	rs12549573	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=4;PP=173;SC=TGCTTTTTGACCTATTTCTTT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=61139288;WS=61139270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	61139319	rs12549574	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACCACAAGGACAGCAGCTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=61139327;WS=61139309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr8	61144790	rs73683396	G	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=418;ReadPosRankSum=-0.336;SC=TTTACAAAATGATTTAGAAAT;SOR=0.948;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=28;WE=61144798;WS=61144780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr8	61178567	rs61743130	G	A	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.049;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr8	61178574	rs7464181	T	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=37.74;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	61178676	rs5891756	CT	C	254.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9962;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.548;NF=1;NR=9;PP=132;ReadPosRankSum=-0.604;SC=ACATTAGAGACTTTTTTTTTT;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=61178684;WS=61178666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr8	61192534	.	C	T	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=51;QD=28.5904041824;SC=CCCTTGATATCATGAAGAGAG;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=61192550;WS=61192524;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr8	61192542	rs55948763	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=0.967;SC=ATCATGAAGAGAGTAATGATA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=61192550;WS=61192524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr8	61193453	rs7002846	A	G	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=2;PP=75;SC=CCCGAAACGCACCAGGGGAGT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=61193461;WS=61193452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	61193522	rs7002871	A	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.76;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	61193522	.	AGCGG	GGCGA,GGCGG	302	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=21;MQ=59.51;NF=7,19;NR=2,8;PP=95,302;QD=16.4964305402;SC=CGGAGCGCGCAGCGGCAGCAG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=9,27;WE=61193534;WS=61193512;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.33:27
chr8	61193526	rs7003287	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.966;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr8	61193570	rs74792169	C	T	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=851;ReadPosRankSum=0.855;SC=CTGACGCCGCCGCGGGACCCC;SOR=1.056;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=54;WE=61193578;WS=61193560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,87:0.65:133
chr8	61193588	rs10086200	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,63:0.37:169
chr8	61193760	rs10101374	T	G	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=42;PP=1154;SC=GCGCCTTCGCTGGGCGCGGGG;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=61193768;WS=61193750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	61193809	rs10086341	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=425;SC=GAGTGTGAGCACGCGTGAGCG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=61193817;WS=61193799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr8	61707725	rs4540437	G	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=356;ReadPosRankSum=-0.393;SC=TTGGTTATTTGGCATGGGTAA;SOR=0.587;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=23;WE=61707733;WS=61707715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
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chr8	62003453	rs1367972	A	G	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=25;PP=1158;SC=TGAAGCTGTAATGAGTTAAGA;SOR=0.952;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=64;WE=62003461;WS=62003443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	62003547	rs35220668	G	GC	1996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=32;PP=1123;SC=AATGACCCATGCCCCCCCACC;SOR=1.078;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=38;WE=62003555;WS=62003537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	62200617	.	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=471;ReadPosRankSum=0.944;SC=TGCCAGAATAGGGGATCTCAC;SOR=0.922;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=30;WE=62200625;WS=62200607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr8	62289060	rs10957192	C	T	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=154;SC=ACCCTCCAGGCGGGGTTCATG;SOR=3.912;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=62289068;WS=62289053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	62371260	rs2291607	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=46;SC=AAACTGAAAACAAATGGGGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=62371268;WS=62371250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	62411925	rs71559334	G	GAAAT	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,9:0.16:55
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chr8	62416173	rs16918881	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=0.446;SC=AACAACCTTTGGGACATAACC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=62416181;WS=62416163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
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chr8	62438530	rs4738904	A	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=234;SC=GAAGTCAGAAACTCACCTTGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=62438538;WS=62438520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	62460886	rs10113272	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr8	62465580	rs4289805	T	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=335;ReadPosRankSum=0.598;SC=GAAATTCATATACCCATTACC;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=26;WE=62465588;WS=62465570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
chr8	62465795	rs4291265	T	C	107.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CAGAAAAATATATCTCCATAT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=62465803;WS=62465785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr8	62465814	rs4379440	G	T	69.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ATTAAACTTTGGGAATGAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=62465822;WS=62465804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr8	62475160	rs3802287	A	G	111.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5291;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ATGTTAAAACATAGTTTAGAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=62475168;WS=62475150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr8	62475276	rs3802286	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=0.186;SC=CTTAATTTGACGTAGTTAATA;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=20;WE=62475284;WS=62475266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr8	62475518	rs3824269	G	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=0.623;SC=TAAGTCATGAGAGACTATTCA;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=62475526;WS=62475508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr8	62479925	rs61226013	T	A	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=1371;ReadPosRankSum=0.433;SC=CTAGCTGTGTTTGTAATTACC;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=39;WE=62479942;WS=62479915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,54:0.65:83
chr8	62479934	rs10090754	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
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chr8	62489334	rs16927574	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=368;ReadPosRankSum=0.980;SC=AGAATACCTGCGCCTTCCCAT;SOR=0.696;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=28;WE=62489342;WS=62489324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
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chr8	62626962	rs3829051	C	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=340;SC=TGAGGGCTGGCGGACCTCCTT;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=62626970;WS=62626952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	62627004	rs3750279	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=6;PP=291;SC=CGACGCGGGAACCGCTGGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=62627012;WS=62626994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	62627510	rs4272369	C	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	63161462	rs2272014	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5209;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CCGCCCCGCCGGGAAACTAAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=63161470;WS=63161453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr8	63161612	rs2272013	C	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CAGTCAGCGCCGCTCGGACGC;SOR=0.504;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=22;WE=63161620;WS=63161602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr8	63161829	rs5020321	C	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr8	63257441	rs4442138	T	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	63296132	rs10808724	T	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=-0.181;SC=CCTTTTGGTTTGAAGAACATG;SOR=1.044;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=23;WE=63296140;WS=63296122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr8	63296232	.	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=1.265;SC=CTCCAACTTTCGGTCCTTCAC;SOR=0.175;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=63296240;WS=63296222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr8	63502434	rs72423486	TTGTGTGTGTGTGTG	T	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.489;QD=18.22;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr8	63659469	.	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=124;ReadPosRankSum=0.664;SC=TCATTTTGCTCTTTTGTCTCC;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=10;WE=63659477;WS=63659459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr8	63659610	rs1319275	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=206;ReadPosRankSum=0.458;SC=ACGATTACACGTACGTCTCTG;SOR=0.592;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=15;WE=63659618;WS=63659600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr8	63891510	.	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr8	63936384	.	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=47;SC=AAAGTAATATGATTTTATTGA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=63936392;WS=63936374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	63942717	rs4617146	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=14;PP=489;SC=ACCAATGCTGCCAACTTACCC;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=63942725;WS=63942707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	63948073	rs12682204	C	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr8	63948134	rs6998383	A	G	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	63948185	rs199816014	TAA	T	882.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.62;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr8	63948198	rs34099334	A	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr8	63951237	rs11545077	C	T	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=1080;ReadPosRankSum=2.737;SC=GGCTTCTTGGCGGTGTCGCCG;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=77;WE=63951245;WS=63951227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,123:0.54:226
chr8	63951312	rs1800909	A	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=759;ReadPosRankSum=-2.005;SC=CACAGCAGGCAGCCCGGACTG;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=55;WE=63951320;WS=63951302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,75:0.60:126
chr8	63978658	rs5891887	TA	T	1681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=36;PP=926;SC=CCCAGTGTGCTAAAAAAAATA;SOR=1.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=39;WE=63978666;WS=63978648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	64098729	rs58419856	A	AG	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=403;SC=CACCAATGTCAATCCATACAT;SOR=2.419;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=64098737;WS=64098719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	64122225	.	G	GT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.212;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
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chr8	65291845	.	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
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chr8	66439530	.	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=175;ReadPosRankSum=0.207;SC=AAAGTGCTGGGATTACAGGCA;SOR=0.160;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=12;WE=66439538;WS=66439520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr8	66439551	rs7825011	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=9;PP=395;SC=TGAGCCACCATGCCCAGCCCT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=66439559;WS=66439541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	66620359	rs13274205	G	A	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=536;ReadPosRankSum=-2.404;SC=AAAGGGAGGTGATACAGGATT;SOR=0.480;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=36;WE=66620367;WS=66620349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr8	66691934	rs972362	T	A	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=16;PP=894;SC=TCCGAGAAACTTCATGTCTAC;SOR=1.233;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=50;WE=66691942;WS=66691924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	67068131	rs2446433	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=413;SC=AAGACCTCTTTCTGAGGAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=67068139;WS=67068121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	67356375	rs11354983	GT	G	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=61.34;MQRankSum=0.319;NF=6;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=0.366;SC=TTTATGATGTGTTTGGGAAAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=67356383;WS=67356365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr8	67357361	.	C	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr8	67361018	rs12544088	G	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr8	67364085	rs2465982	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=359;SC=ATATATCCACTGTGGGTTGAG;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=67364093;WS=67364075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	67365860	rs7014306	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=248;ReadPosRankSum=1.296;SC=CCCAGTGGGTCCAGTGGGAGG;SOR=0.877;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=18;WE=67365868;WS=67365850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr8	67369184	rs2303519	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TCCCAATTTCCATAAATATAT;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=9;WE=67369192;WS=67369174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr8	67369355	rs2555588	G	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.324;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
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chr8	67380677	rs13682	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=452;SC=TTCATCTTTGCGCATAACTTA;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=67380685;WS=67380667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr8	67577178	rs61753692	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=373;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CTCTTTGGGCGTGAGCACCAT;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=34;WE=67577186;WS=67577168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,46:0.30:155
chr8	67590460	rs6983214	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CCAGGTCATACTTTAAGGAGC;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=7;WE=67590468;WS=67590450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
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chr8	67710676	.	C	CAAA	25	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BRF=0.33;FR=0.9990;HP=15;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=25;QD=28.0;SC=CAGACTGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=0;TCR=1;TR=1;WE=67710684;WS=67710666;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	./.:0,1:1.00:1
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chr8	68179244	.	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=5.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.849;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
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chr8	68864557	rs10093734	G	C	382.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=214;ReadPosRankSum=1.350;SC=GCCGCCGGGGGCCGGGCAGCA;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=68864565;WS=68864547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr8	68929993	rs12549702	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=0.524;SC=CTTTGGTTTGTTGTAAAGAAA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=68930001;WS=68929983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr8	68950289	rs6986739	C	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=294;SC=CTGTGCATAGCTTGCTTCTTA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=68950297;WS=68950279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	68965521	rs10504417	C	T	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=7;PP=189;SC=TTTGTGAAGACTCTAACTTAG;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=68965529;WS=68965511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	68968166	rs1434774	C	A	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	68968171	rs1434775	G	A	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	68972907	rs1369164	C	G	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.691;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=666;ReadPosRankSum=-2.041;SC=CTGACTTTCTCTTGCAGCGAA;SOR=0.521;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=48;WE=68972915;WS=68972897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,68:0.63:108
chr8	68981979	rs6990381	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.490;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr8	68993013	rs12682458	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=1.791;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
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chr8	68995404	rs1030751	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr8	68995468	rs1030752	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
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chr8	69009268	rs3812458	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-0.983;SC=TTGACAAATTCAACACTATGG;SOR=0.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=10;WE=69009276;WS=69009258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr8	69012364	rs1529819	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
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chr8	69358772	rs16934634	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=0.050;SC=AAAGGTATTAATTGAAGCCCA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=69358780;WS=69358762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr8	69552850	.	C	T	35.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr8	70514116	rs1155965	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-0.905;SC=AAGTGTGTCTAAGATAATTCA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=70514124;WS=70514106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr8	70515788	.	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.808;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
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chr8	70516969	rs4737284	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr8	70539911	rs4738002	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=0.076;SC=ATGAATAGCTGTTATTACAGA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=70539919;WS=70539908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr8	70540216	rs3802275	C	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=235;ReadPosRankSum=0.290;SC=TCATAGAGTACGATAACCTAA;SOR=0.300;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=15;WE=70540224;WS=70540206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
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chr8	70571175	.	A	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=649;ReadPosRankSum=1.189;SC=CCAGAAGTTAATCATTTGAAT;SOR=1.034;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=52;WE=70571183;WS=70571165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,59:0.40:149
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chr8	70978523	.	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.706;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
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chr8	71129120	rs71558586	A	AAC	306.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=319;SC=ACCAGTAATTAACATTGTTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=71129128;WS=71129110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	71486568	rs268566	G	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=19;PP=606;SC=GTGTTGTAACGATTATTATGT;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=71486576;WS=71486558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	71506634	.	G	C	136	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=5;NR=3;PP=136;QD=21.3464015684;SC=GTTGAGGTAAGAAGAATGGAG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=71506642;WS=71506624;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	71510093	rs268626	A	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr8	71512349	rs268592	A	T	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=30;PP=1118;SC=GATCAAGTCAATTTGTGACCC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=71512357;WS=71512339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	71550058	rs268571	G	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=309;SC=ACCATTCTCTGAAAGCAAAAT;SOR=1.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=71550066;WS=71550048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	71550895	rs11399242	C	CT	196.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.94;QD=19.67;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	71573259	rs35863913	C	T	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=14;PP=792;SC=AAGCAATCCACACACCTTGAC;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=71573267;WS=71573249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	71574251	rs17760050	A	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=491;SC=TTTAACATGCACAAAAACCAG;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=71574259;WS=71574241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	71593425	rs6991329	G	A	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=15;PP=793;SC=GTGCTTTAGCGTTAAGCTTTA;SOR=1.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=71593433;WS=71593415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	71593663	rs71560435	CTTA	C	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=332;SC=ACAAAGATCCCTTATTTGCAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=71593673;WS=71593653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	71595728	.	C	CT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=-0.381;SC=AATTACTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=4;WE=71595736;WS=71595718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr8	72128023	rs200995253	C	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.918;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,30:0.19:157
chr8	72137261	rs13262002	G	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TACATCAAGTGTAGGCTCCGT;SOR=0.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=5;WE=72137269;WS=72137251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr8	72181862	rs2053664	C	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=2;PP=650;SC=TATAGTTCTTCTCCATTTATA;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=72181870;WS=72181852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	72211834	rs3779747	A	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=76;SC=GTTGCATTTAAAGATATTTTT;SOR=1.112;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=72211842;WS=72211824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	72755040	rs7812453	A	C	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=47;PP=1260;SC=AAACCGAAACAGCTCTCCTAC;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=90;WE=72755048;WS=72755030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr8	72755647	rs35471181	C	CT	4071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=17;PP=2732;SC=ATGGCTGTCACTGGGGTACAA;SOR=1.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=62;WE=72755655;WS=72755637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	72756242	.	GCTCCTCCTCGCCGTCGGGGTC	G	1810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.935;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.826;NF=19;NR=8;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.456;SC=AGAGCGCAGCGCTCCTCCTCG;SOR=1.368;Source=Platypus;TR=27;WE=72756270;WS=72756232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr8	72914433	rs35305136	CT	C	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.808;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.309;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr8	72914638	rs12544348	G	A	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=788;ReadPosRankSum=0.348;SC=GGATGAAGACGTCGTTATTTT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=56;WE=72914646;WS=72914628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,82:0.80:102
chr8	72932259	rs66527710	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,44:0.20:215
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chr8	72935045	rs10086177	G	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=3.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr8	72966002	rs3735943	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=484;ReadPosRankSum=-1.093;SC=TCTTCATCCAGGCGATCTGTG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=33;WE=72966010;WS=72965992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
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chr8	72981318	rs28546865	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.833;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,31:0.25:124
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chr8	72983932	rs184833387	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr8	72984041	rs16937976	C	G	552.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.208;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=363;ReadPosRankSum=1.684;SC=ATCGTCACATCTTTTTAATTT;SOR=1.519;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=22;WE=72984049;WS=72984031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr8	72987638	rs13268757	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=441;ReadPosRankSum=0.771;SC=CTCAGGCTGCGCTTCATTGAC;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=29;WE=72987646;WS=72987628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr8	73117525	rs1842716	T	G	3932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.109;NF=71;NR=50;PP=1598;ReadPosRankSum=0.419;SC=GGGGAGGCACTGCACTTACCT;SOR=0.758;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=92;TCR=69;TR=121;WE=73117533;WS=73117515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,186:0.76:246
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chr8	73142574	rs181049248	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQRankSum=0.416;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,32:0.18:179
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chr8	73993200	rs10087744	T	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=13;PP=808;SC=TAGGATGAAGTGGTCAAAAAG;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=42;WE=73993208;WS=73993190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	74169087	rs111494397	TA	T	163.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=1.037;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
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chr8	74204653	rs2070764	A	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.586;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,28:0.19:144
chr8	74205731	rs111657422	T	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=-1.364;SC=AGCAGGGAGGTGGGCAAAGGT;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=20;WE=74205739;WS=74205721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr8	74209746	rs34188852	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.059;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=0.089;SC=AGTGCCAGCCTGAAAGCAACC;SOR=0.515;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=8;WE=74209754;WS=74209736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr8	74332207	rs6998213	A	G	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=13;PP=891;SC=AATCATTAAAAACAACCCTAG;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=74332215;WS=74332197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	74440125	rs143916422	T	TCAGGAAAATTCAAATAATTTA	4243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=32;PP=2965;SC=GGTCTAGATTTCACAGAACAC;SOR=2.535;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=32;WE=74440133;WS=74440115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	74463089	rs3088139	T	G	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=26;PP=876;SC=TTCGGTGAAGTGAAAAAAAAA;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=49;WE=74463097;WS=74463079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	74463724	rs79320778	TTTAA	T	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=868;SC=AAATATCATGTTTAATTAACT;SOR=1.061;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=18;WE=74463735;WS=74463714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	74463797	rs10112019	T	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=19;PP=724;SC=ATACTAGCAATAGAATGCAAA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=74463805;WS=74463787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	74473876	rs28418483	G	A	5603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=58;PP=1948;SC=AATGTCTACCGCAGCAGCTTC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=110;WE=74473884;WS=74473866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr8	74527996	rs949493	C	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=20;PP=659;SC=TCATCATCCACATCCTTTCCT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=74528004;WS=74527986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	74581290	rs11419133	A	AG	8309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=56;PP=2957;SC=CAAGGAAAAGACATCTCCTTG;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=74581298;WS=74581280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr8	74659116	.	C	CCCGCCCCCCGCCT	1540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.910;NF=0;NR=30;PP=2971;ReadPosRankSum=1.109;SC=CCTCGGGCTCCCCGCCCCCCG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=30;WE=74659124;WS=74659106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr8	74717707	rs12680411	C	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	74744721	rs7842946	T	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=7;PP=493;SC=ATTAAAAAAATAGCTTTGAAG;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=74744729;WS=74744711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	74782627	.	G	GA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
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chr8	74867927	rs72661848	C	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	75272287	rs3780014	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=269;ReadPosRankSum=-0.452;SC=ATGTTAATGATGAGTGGATAG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=14;WE=75272295;WS=75272281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
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chr8	75664694	rs34841297	CA	C	1559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,63:0.22:289
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chr8	75761317	.	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,12:0.14:88
chr8	75761531	rs117775004	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-0.930;SC=TCTGGGAACATGGGCATGTAT;SOR=1.154;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=6;WE=75761539;WS=75761521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
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chr8	75924820	rs12115090	A	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TTTATGAAAAAATAAGTGTTT;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=6;WE=75924828;WS=75924810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
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chr8	76452421	rs2943551	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTGCTGGAGAGTTTAGGGCTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=76452429;WS=76452411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr8	76455966	.	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=198;ReadPosRankSum=0.763;SC=GGAGTGTTATGAGCCTATAAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=76455974;WS=76455956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr8	76459726	rs1800922	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=192;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TTATCGAACCGAATTTGACAA;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=13;WE=76459734;WS=76459716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr8	76465522	rs1800924	T	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-1.691;SC=TAATGCATATTCTATATTACT;SOR=0.175;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=76465530;WS=76465512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr8	76468139	rs2941468	C	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr8	76468282	rs1805098	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr8	76468309	rs61003427	GTT	G	127.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.78;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr8	77694336	.	ATTTTTT	A	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=9.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-0.496;QD=5.16;ReadPosRankSum=1.284;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
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chr8	77911986	rs137919839	CTG	C	1803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=978;ReadPosRankSum=1.459;SC=TCAACTGCAGCTGTGTGTGTG;SOR=1.101;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=23;WE=77911995;WS=77911976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr8	79073248	.	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.821;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,35:0.21:169
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chr8	79591017	rs28429528	G	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=295;SC=ACAATTATCTGCTACATTAAG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=79591025;WS=79591007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	79598666	rs142222654	GTTTA	G	4880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=36;PP=2442;SC=GATACTGTTTGTTTATTTATT;SOR=1.109;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=48;WE=79598677;WS=79598656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	79601420	rs1872072	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=2;PP=273;SC=TTTCAAGTACTATGCTATTAA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=79601428;WS=79601410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	79610710	rs1054283	A	G	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=35;PP=1327;SC=TTCAGACCTTATCTCCCTCTC;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=74;WE=79610718;WS=79610700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr8	79629738	rs5892663	C	CA	532.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-2.065;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,41:0.75:55
chr8	80678122	rs57799278	G	A	795.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=599;ReadPosRankSum=0.248;SC=CAACAGTCAGGGGTTCTTCCG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=30;WE=80678130;WS=80678112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr8	80678427	rs2440624	T	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,61:0.29:212
chr8	80678493	rs142613628	AGGCATGT	A	3666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TTTCCTCAAGAGGCATGTGGC;SOR=0.955;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=75;TCF=13;TCR=62;TR=47;WE=80678517;WS=80678483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,92:0.63:145
chr8	80678532	rs139971115	CA	C	1095.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.866;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=37;PP=2966;ReadPosRankSum=0.794;SC=TCCCGTATACCAAAAATAAGA;SOR=1.599;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=42;WE=80678540;WS=80678522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr8	80965039	rs3824267	T	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=111;ReadPosRankSum=2.416;SC=TGAGAATCTTTTGATACCTAC;SOR=0.892;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=12;WE=80965047;WS=80965029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr8	80965070	rs3780010	C	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.376;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
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chr8	80976763	.	C	T	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=747;ReadPosRankSum=2.665;SC=GAGAGGGTCTCTGTGGCACTG;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=50;WE=80976771;WS=80976753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,78:0.74:105
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chr8	82392849	rs8192688	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
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chr8	82606782	rs2955006	A	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=1.543;SC=GCATTAGGATATTTCTATCAA;SOR=0.418;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=18;WE=82606790;WS=82606772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr8	82713930	.	A	AGAGT	104	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=8;PP=104;QD=15.3333333333;SC=CCTTATAGAAAATTTACATAC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=82713938;WS=82713920;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
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chr8	82727520	rs2600606	A	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,21:0.19:110
chr8	82727569	rs16909651	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.803;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,32:0.16:200
chr8	82741576	rs34550849	C	CA	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=1;PP=124;SC=GAATTTGACTCATTAACAAAG;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=82741584;WS=82741566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	82752291	rs12056632	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-1.907;SC=TATGCAATCCATTATTTTCTT;SOR=0.574;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=13;WE=82752299;WS=82752281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr8	85441856	rs13248532	T	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=403;SC=TGTTCATATATCTGGAAATTG;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=85441864;WS=85441846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	85716963	rs11784597	C	A	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=104;SC=GAATATACAGCAAATTTTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=85716971;WS=85716953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	86048000	rs36102162	AT	A	721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.430;QD=14.15;ReadPosRankSum=1.369;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,46:0.90:51
chr8	86089787	rs12926	C	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	86114525	rs3217409	T	TTTA	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=327;SC=TTCTGAAACCTTTTTTCTTCT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=86114533;WS=86114515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	86121311	rs3808538	G	T	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=6;PP=505;SC=CTGTCTTATTGTACTGTCTTA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=86121319;WS=86121301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	86126827	rs112611553	C	CAACATT	1942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=1405;SC=GTAGCTTCATCAACTGGTTTG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=21;WE=86126835;WS=86126817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	86134784	rs12550160	C	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=289;SC=ACCAACCAACCGTGTGATCTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=86134792;WS=86134774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	86135096	rs2132589	A	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=27;PP=758;SC=CAATGAGAGCAACACACACAA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=86135104;WS=86135086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	86135132	rs1021583	A	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=514;SC=CAGACCAGAGAACTCTGATGC;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=86135140;WS=86135122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr8	86158249	rs17740658	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=341;SC=GAGCCCAGTGCGAGAAGCGGA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=86158257;WS=86158239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr8	86171816	rs4739699	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=18;PP=565;SC=CACATGGTGGAATTTAAGGGG;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=86171824;WS=86171806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	86180256	.	C	T	246.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=-1.115;SC=CTCTTATCTTCCTTTAAAGAC;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=86180264;WS=86180246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr8	86180906	.	CTT	C,CT	525.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.652;QD=12.52;ReadPosRankSum=2.313;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,14,22:0.33,0.52:42
chr8	86180944	rs2006767	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=34;PP=930;SC=CTTAATTTCTACTGTGTTTTG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=86180952;WS=86180934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	86244914	rs1995058	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=100;SC=TAGAAGGGGAGATTTTTCAAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=86244922;WS=86244904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	86250709	rs4740049	T	C	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=54;PP=1567;SC=AAAATCAATGTCTTATCAAAT;SOR=1.322;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=81;WE=86250717;WS=86250699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	86253982	rs1496532	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=528;SC=TAGAAACTTACTTGCTTTTAA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=86253990;WS=86253972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	86254062	rs1496531	T	A	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=154;SC=TTGTAAAAAATTCTACAAGGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=86254070;WS=86254052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	86351997	rs20571	G	A	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=28;PP=968;SC=CCAGTCGCCCGTTGAGCTGCA;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=86352005;WS=86351987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	86354143	.	C	T	306.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=234;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CCCCAGACTTCATTTTGTGAG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=86354151;WS=86354139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr8	86360458	rs11340759	TC	T	1437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=875;SC=CTTCTGGTGCTCCTTACTCCA;SOR=1.151;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=86360466;WS=86360448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	86388228	rs2307075	A	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=16;PP=413;SC=GTAGAATATTACTTAAATATT;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=86388236;WS=86388218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	86389195	rs11780942	C	T	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=468;SC=GTTAATTTCTCTTTATTTTGT;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=86389203;WS=86389185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	86389403	rs703	T	C	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=59;PP=2339;SC=TCCTGAATCCTTGGATTACTG;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=122;WE=86389411;WS=86389393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr8	87076150	rs981711	C	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=470;SC=TGGAGAAGCCCCACTCTAAAC;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=87076158;WS=87076140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	87126151	rs17602780	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.457;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,46:0.28:167
chr8	87126178	rs17660682	G	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=197;ReadPosRankSum=0.125;SC=CAATTACAGGGTGGGTATCAA;SOR=0.534;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=21;WE=87126186;WS=87126168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr8	87151606	rs2466326	G	C	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=76;SC=TGTACCTAAAGAGTGTGTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=87151614;WS=87151596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	87155094	rs1483779	T	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=343;SC=TATGATCTTTTTTCTTTTTAA;SOR=1.519;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=87155102;WS=87155084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	87162566	.	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,27:0.20:135
chr8	87226963	rs76235312	C	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=110;ReadPosRankSum=1.621;SC=TGCAAAGATACAAGCTAATTA;SOR=0.160;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=13;WE=87226971;WS=87226953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr8	87235150	rs2976190	C	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,42:0.33:129
chr8	87235273	rs2976189	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,46:0.23:200
chr8	87241715	rs2954347	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CACAAAGAAGAAAGAAACATT;SOR=0.866;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=8;WE=87241723;WS=87241705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr8	87393954	.	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-2.435;SC=AGTTTTGTATCCATAAAGAAC;SOR=0.760;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=7;WE=87393962;WS=87393944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr8	87452766	rs4961191	A	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr8	87455070	.	TAA	T	342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=121;ReadPosRankSum=1.043;SC=AGAAGGCTTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=87455079;WS=87455060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
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chr8	87489562	rs66648775	AAC	A	1177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.951;NF=6;NR=11;PP=651;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GCCTGTCAAAAACACAAAGAG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=17;WE=87489571;WS=87489552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr8	87497176	rs11539113	G	A	1011.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=510;ReadPosRankSum=-1.261;SC=CATCACTAAGGCAGATTGCAT;SOR=0.529;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=31;WE=87497184;WS=87497166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,45:0.87:52
chr8	87507366	rs7837569	C	T	130.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5142;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.524;SC=TGAACAGATACTCAGAAAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=87507374;WS=87507356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr8	87517679	rs34596274	C	T	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,72:0.73:98
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chr8	87520969	.	C	CTTCCGCCTCCTGCACAGCACCTT	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.441;NF=0;NR=7;PP=2025;ReadPosRankSum=0.775;SC=CACAGCACCTCTTCCGCCTCC;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=87520977;WS=87520959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr8	87540872	rs10956871	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=155;ReadPosRankSum=-0.536;SC=TATGTGTGTTGTTTTTGAATA;SOR=0.562;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=17;WE=87540880;WS=87540862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,19:0.22:88
chr8	87543280	rs72690455	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
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chr8	87567193	rs2304789	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,23:0.19:122
chr8	87568560	.	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,28:0.19:144
chr8	87568644	rs2304787	T	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,23:0.22:105
chr8	87581682	rs10660354	T	TCA	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr8	87581708	.	GCCCACACACACACACATA	G	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=630;ReadPosRankSum=-0.341;SC=AATCACACATGCCCACACACA;SOR=0.129;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=7;WE=87581733;WS=87581698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr8	87588042	rs142846289	G	C	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=449;ReadPosRankSum=2.011;SC=TTATTGCTTAGCCTTTTCTTT;SOR=0.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=25;WE=87588050;WS=87588032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,55:0.82:67
chr8	87641345	.	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,16:0.18:88
chr8	87679303	rs6471482	A	C	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=540;ReadPosRankSum=0.955;SC=GTGGTATAAAACAGCAGTTCC;SOR=0.738;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=35;WE=87679311;WS=87679293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr8	87680112	rs7815125	T	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=362;ReadPosRankSum=0.186;SC=TGCAGGTTATTTAATTTAAAT;SOR=0.437;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=21;WE=87680120;WS=87680102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr8	87683465	rs1441242	C	T	107.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.42;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr8	87751848	.	G	GT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr8	87755680	.	A	G	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1021;ReadPosRankSum=-0.324;SC=ATTACCAGATAAGAAATGATG;SOR=0.921;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=69;WE=87755688;WS=87755670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,117:0.74:158
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chr8	90782024	.	T	A	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=739;ReadPosRankSum=-2.536;SC=TTTATCAAAGTGGCGCATGAT;SOR=0.546;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=47;WE=90782032;WS=90782014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,83:0.74:112
chr8	90784979	rs2230801	T	C	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=930;ReadPosRankSum=3.504;SC=CCATATGATATACCTCACCGA;SOR=0.608;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=58;WE=90784987;WS=90784969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,111:0.77:145
chr8	90792127	rs39506	A	C	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=106;SC=GATTCTCAACACTATTCCATT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=90792135;WS=90792117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr8	90967862	rs1805786	G	T	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=162;SC=TCGTTAAATAGTTCTAACGTA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=90967870;WS=90967852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr8	90970935	rs2234744	G	A	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=757;ReadPosRankSum=1.735;SC=CAATAGTACGGTAATGAAGAA;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=44;WE=90970943;WS=90970925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,63:0.63:100
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chr8	91963472	rs71528761	T	G	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=778;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TGTCCTTTTGTATTTTTGTTT;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=18;WE=91963480;WS=91963456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr8	91967658	rs2677572	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=137;ReadPosRankSum=-1.281;SC=GCACCTTGAATGTTCTTTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=12;WE=91967666;WS=91967648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
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chr8	92139254	rs12544236	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TGTAGAAAAGTAGAAAAGTGA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=8;WE=92139262;WS=92139244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr8	92145322	.	GT	G	38.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr8	92219147	.	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=224;ReadPosRankSum=0.392;SC=TATTCCTGATCCTTAACCAGA;SOR=0.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=23;WE=92219155;WS=92219137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr8	92301249	rs4734009	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
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chr8	92352887	rs7012287	C	T	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=35;PP=895;SC=CCTAACTGTACAGCAAGAGTG;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=92352895;WS=92352877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr8	93897045	.	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr8	93904087	rs3780016	T	C	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=113;SC=CAAAAACCTTTAAGTCTGGCA;SOR=1.402;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=93904095;WS=93904077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr8	94359032	rs12677732	A	G	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=-1.779;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr8	94715965	rs6997642	C	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=346;SC=CTGGCAAAGACTATGAGGTTT;SOR=0.869;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=94715973;WS=94715955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	94738629	rs36117362	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TAGGTTTTCCGAAATTCTCTG;SOR=0.469;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=13;WE=94738637;WS=94738619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr8	94740320	rs77899597	CA	C	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=1.013;SC=ATGACATGGACATTTTTTTGA;SOR=0.560;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=2;WE=94740328;WS=94740310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr8	94746698	rs3133974	G	T	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=44;ReadPosRankSum=-2.332;SC=AGTCCTCCTCGGGGAGCTGCC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=109;WE=94746706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,146:0.76:192
chr8	94770615	rs34022540	C	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-2.066;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr8	94794620	rs3097427	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=340;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TATTTTGCTGCAGCTTTGTCC;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=26;WE=94794628;WS=94794610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,38:0.86:44
chr8	94794799	.	G	GT	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr8	94798541	rs375991767	G	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,31:0.19:163
chr8	94800261	.	C	CT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr8	94808165	rs3134031	A	G	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1341;ReadPosRankSum=-1.615;SC=GCCAATGCCAATTCAGGAAGA;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=86;WE=94808173;WS=94808155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,134:0.77:173
chr8	95143172	rs1051624	T	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=4.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.895;SOR=1.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,23:0.20:117
chr8	95143186	rs1051623	C	G	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=54;PP=1577;SC=TCTCCTCAAACTCTGTGTGCC;SOR=1.563;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=73;WE=95143194;WS=95143162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	95158146	rs13263145	G	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,21:0.17:122
chr8	95158259	rs2251734	G	A	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.461;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1311;ReadPosRankSum=0.670;SC=CAGTAGCCTCGAAAATGAGAC;SOR=0.680;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=83;WE=95158267;WS=95158249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,119:0.74:160
chr8	95158382	rs1131830	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr8	95160949	rs151133817	GT	G	2757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=8.207;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.27;ReadPosRankSum=1.271;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,69:0.93:74
chr8	95160958	rs76453018	T	G	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=18.827;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.81;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,85:0.94:90
chr8	95161039	.	A	G	4004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=66;PP=2043;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GAGCCACACTAAAGATCTCAC;SOR=0.642;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=85;TCR=84;TR=134;WE=95161047;WS=95161029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,181:0.78:231
chr8	95161102	rs35792427	G	A	3357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TCAGTGAATAGCTTCATCAAA;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=65;TCR=85;TR=117;WE=95161110;WS=95161092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,153:0.74:208
chr8	95172403	rs11786634	T	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
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chr8	95174286	rs78214329	GA	G	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.745;NF=4;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=1.889;SC=ATAAAGTAAAGAAAAAACAAA;SOR=0.896;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=10;WE=95174294;WS=95174276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
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chr8	95565538	rs3133658	G	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,38:0.22:170
chr8	95651239	rs7824334	T	G	5218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=68;PP=2374;SC=GCGCTATCTGTTCCACCCGGC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=134;WE=95651247;WS=95651229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr8	95651303	rs12679585	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,38:0.23:164
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chr8	95651599	rs2162237	A	C	4705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=51;PP=2579;ReadPosRankSum=0.872;SC=TCTGGAACTCAAGCAGTGGAC;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=76;WE=95651607;WS=95651580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,110:0.83:133
chr8	95654043	rs62523409	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GCACCGGAACCGATGGCGAGT;SOR=1.371;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=6;WE=95654051;WS=95654042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr8	95658287	rs149099719	A	AT	296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=381;SC=TAAATTTTAAATTTTTCCATT;SOR=3.611;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=11;WE=95658295;WS=95658278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	95658526	rs60139063	T	C	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=28;PP=852;SC=CTTTAAATCATTACTCAAGAA;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=95658534;WS=95658516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	95658562	rs57602858	A	AAAAT	2068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=23;PP=1392;SC=GTTCCAGAAAAGGTAATTCAA;SOR=1.378;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=95658570;WS=95658552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr8	95902819	.	ATTT	A	1838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.509;QD=22.70;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,70:0.86:81
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chr8	95951807	rs2013597	G	A	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=6;PP=342;SC=GTTATTTTTTGTACAGACGGG;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=95951815;WS=95951797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	95951916	rs5893310	GTGAC	G	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=1000;SC=GTGAGACACTGTGACTGGTCA;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=95951927;WS=95951906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr8	98712107	rs76537339	AT	A	900.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.646;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.613;NF=2;NR=28;PP=583;ReadPosRankSum=-0.908;SC=ATTATCAGTTATTTTTTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=30;WE=98712115;WS=98712097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,49:0.86:57
chr8	98787930	rs146027280	G	GTGCTTGGAGCTCCAGCAGC	1733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.791;QD=27.52;ReadPosRankSum=0.614;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
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chr8	98788033	rs2449509	G	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=338;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CCGCTGCAGCGGTCGCCTTCG;SOR=0.903;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=23;WE=98788041;WS=98788023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
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chr8	99152269	rs111460631	AT	A	2321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=1402;ReadPosRankSum=0.102;SC=AGGTGGATTCATTGTTCGTCC;SOR=0.720;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=38;WE=99152277;WS=99152259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,73:0.72:101
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chr8	99162888	rs4735530	A	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
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chr8	99205612	rs3735887	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.656;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,40:0.19:209
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chr8	100133706	rs7460625	T	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=819;SC=TATATCTCTATCAACTTTAAT;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=100133714;WS=100133696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr8	100847269	rs184465164	A	T	448.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=362;ReadPosRankSum=-0.222;SC=AATATTATAAATATGTTACTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=17;WE=100847277;WS=100847259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
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chr8	100990217	.	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=229;ReadPosRankSum=-1.674;SC=TTCTCTCTAAAACACTCATAA;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=14;WE=100990225;WS=100990207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr8	100999583	.	G	A	206.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.62;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
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chr8	101014636	.	C	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr8	101117734	rs1471293	A	G	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1364;ReadPosRankSum=-0.740;SC=ACACAGGCAAACGTAGCACAT;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=88;WE=101117742;WS=101117724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,155:0.70:220
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chr8	101138096	rs1460933	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=203;ReadPosRankSum=1.669;SC=AACCAGGGCCTGCCAATAGGT;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=16;WE=101138104;WS=101138086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
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chr8	101153024	rs1460934	G	A	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=23;PP=1257;ReadPosRankSum=1.818;SC=TTTTCTTGCCGATCAGTCCTG;SOR=0.466;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=74;WE=101153032;WS=101153014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,120:0.78:154
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chr8	101163986	rs2453641	T	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=0.703;SC=AAATAATACATTTAAGATAAT;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=101163994;WS=101163979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr8	101199283	.	G	A	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.6035;FS=1.136;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=801;ReadPosRankSum=3.062;SC=AACTGAAGCTGAATTTCTCTA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=49;WE=101199291;WS=101199273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,58:0.79:73
chr8	101225241	rs11280812	C	CCCGCGGCCT	764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.210;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=2197;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GTCCTGCACCCCCGCGGCCTC;SOR=1.981;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=9;WE=101225257;WS=101225231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr8	101225281	rs34598120	A	G	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.68;ReadPosRankSum=-1.876;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,66:0.67:98
chr8	101225298	rs3098659	C	T	2816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=463;ReadPosRankSum=-1.006;SC=CCCTCACTTCCCGCATCCACT;SOR=0.476;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=38;WE=101225306;WS=101225288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,80:0.67:119
chr8	101225559	rs2514681	C	G	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=403;ReadPosRankSum=-1.872;SC=AGAACCCTGCCGGCCTGAAGA;SOR=0.746;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=27;WE=101225567;WS=101225549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr8	101225838	rs2514682	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=0.114;SC=CTGGGAATGCCGGCATGTTCC;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=101225846;WS=101225834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr8	101232701	rs2919471	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=437;ReadPosRankSum=1.873;SC=AGTTGTTTTATACTGTTTTTC;SOR=0.409;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=27;WE=101232709;WS=101232691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr8	101252680	rs6511	T	C	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=546;ReadPosRankSum=0.197;SC=GAGGTCTCCATGGGATGCCTT;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=42;WE=101252688;WS=101252670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr8	101253092	.	G	GT	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.487;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
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chr8	101281238	rs7014862	C	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr8	101281271	rs1660324	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.677;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr8	101395141	rs113252572	T	TAA	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr8	101540233	.	TA	T	130.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.962;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
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chr8	101586133	rs2022923	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.819;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,15:0.19:80
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chr8	103339881	rs2445948	A	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
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chr8	103372743	rs6468823	G	A	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=181;SC=GAGGGTTACCGAAATCAAAAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=103372751;WS=103372733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr8	103846823	rs71303443	A	AAAC	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CACAGGCAGAAAATACTTAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=103846831;WS=103846813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr8	104054513	.	G	GT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.397;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr8	104061092	.	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=-0.178;SC=ATTTTTTCTTCCCCAGAGTGG;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=6;WE=104061100;WS=104061082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr8	104078420	rs71984986	TGTAAAG	T	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=568;ReadPosRankSum=1.415;SC=TAGTTGAACTTGTAAAGGTAA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=11;WE=104078433;WS=104078410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr8	104081085	rs9992	G	C	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=47;PP=1190;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TGCTTCTTACGCCCTTTCCTA;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=69;WE=104081093;WS=104081075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,96:0.77:125
chr8	104166902	rs35605502	G	GC	2202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=18;PP=1011;SC=TGATCCCACAGCCCACCTGTC;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=25;WE=104166910;WS=104166892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	104312341	rs3736047	A	G	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=34;PP=1833;SC=AGAAAATGGAAATGTTTACAT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=94;WE=104312349;WS=104312331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	104319947	rs11312808	GT	G	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=1.657;HP=13;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=-0.858;SC=TCTAAGGTGTGTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=20;WE=104319955;WS=104319937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr8	104331088	rs3104026	G	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=323;SC=ATGTTAGTGAGAAGCTTTCAT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=104331096;WS=104331078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	104343686	rs1053917	G	A	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.06;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr8	104343822	rs2934725	A	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=19;PP=472;SC=TCACTGTTACATTCTTCTTTT;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=104343830;WS=104343812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr8	104426907	rs367610017	CG	C	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr8	104426910	rs114156661	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
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chr8	104927673	rs371644714	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=0.934;SC=ATCTTCAACCATGCTCATTTT;SOR=0.144;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=10;WE=104927681;WS=104927663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
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chr8	104930643	rs146191002	TTTC	T	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
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chr8	105105846	rs55788818	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,37:0.22:168
chr8	105106649	rs71297252	G	GACTT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GTTTTTTCTTGACTTTCTTTT;SOR=0.610;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=4;WE=105106663;WS=105106639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
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chr8	105257362	.	C	T	72.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CAGAGATTTTCCAACTCTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=105257370;WS=105257352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr8	105263751	rs2252152	T	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=8.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=0.454;SC=GAATGTACTTTAGTATTTTAA;SOR=3.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=105263759;WS=105263750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr8	105263979	rs10461	C	T	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.640;QD=16.04;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,110:0.72:153
chr8	105264087	rs34085789	C	CAA	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.003;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr8	105367096	rs2458431	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=532;SC=TTTTATTCTTTCATTTTAGAA;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=105367104;WS=105367086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	105393687	rs2253336	G	A	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=128;SC=GGCCTTTCACGGAAATTCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=105393695;WS=105393677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	105440462	rs2246815	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=297;SC=AGTCAGAAAAATCCAATGGAG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=105440470;WS=105440452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	105456657	.	C	T	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CCAACATCTTCTTTGCTCCCT;SOR=0.477;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=89;WE=105456665;WS=105456647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,142:0.81:175
chr8	105459793	rs7821992	C	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=16;PP=393;SC=TAATTTCAACCTTCTCTAAAA;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=105459801;WS=105459783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	105463690	rs2669429	A	G	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=22;PP=620;SC=TAAGTCATTTATCATCTTGAA;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=36;WE=105463698;WS=105463680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	105503818	rs201824078	T	TA	371.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.050;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.77;ReadPosRankSum=2.392;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,23:0.85:27
chr8	105509939	.	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,37:0.22:166
chr8	105601198	.	A	ACGCCGC,ACGCCGCCGC	2472.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=1,1;NR=24,24;PP=24,944;SC=GACGACGCCGACGCCGCCGCC;SOR=1.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=25,25;WE=105601206;WS=105601188;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.12,0.88:52
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chr8	105907786	rs3214884	GT	G	2668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=35;PP=1566;SC=ATGGAAAACAGTTAATTTTAA;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=105907794;WS=105907776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	105907833	rs2290866	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=159;ReadPosRankSum=1.558;SC=AAATAAAAGACCCAGAAATCA;SOR=0.385;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=9;WE=105907841;WS=105907823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr8	106331094	.	G	GGCGGCGGGA	1374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.02;QD=44.35;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr8	106628912	.	A	ATAG	535	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=24;PP=535;QD=21.88;SC=AATAATAATAAGGTAACCAAC;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=25;WE=106628920;WS=106628902;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr8	106628965	rs1817023	T	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=17;PP=537;SC=CACACCATAGTTTGGGTGCGG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=106628973;WS=106628955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	106646683	rs4734883	A	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=537;SC=CAAAGTATAAATTGATCCTCT;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=106646691;WS=106646673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	106814656	rs2920048	G	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=568;ReadPosRankSum=0.499;SC=GGCTAGGAGAGTGCTACCACC;SOR=0.832;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=46;WE=106814664;WS=106814646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,74:0.33:225
chr8	107277717	rs2938306	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr8	107371924	rs2022982	C	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=37;PP=1063;SC=GCAGTATTTTCTGAGGGAGTC;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=107371932;WS=107371914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	107460202	.	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=462;ReadPosRankSum=-1.385;SC=TGATCAGATCCGCCCCGGCTC;SOR=0.922;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=29;WE=107460210;WS=107460192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr8	107630536	rs3134136	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=60;ReadPosRankSum=-1.128;SC=GGATCTGTGACGATGCAGTTG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=6;WE=107630544;WS=107630526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr8	107670141	rs2282510	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-1.608;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr8	107704940	.	TA	T	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr8	107754473	rs1681904	G	A	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.166;SC=TAGCATCTGAGCCACTGAAAG;SOR=0.739;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=84;WE=107754481;WS=107754463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,122:0.70:175
chr8	107754583	rs1784468	T	G	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=57;PP=1675;SC=TTATAAAGAGTTGACATAACA;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=87;WE=107754591;WS=107754573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	107757885	rs1681905	G	A	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=86;SC=CCTTCTGTGCGGAGCTTTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=107757893;WS=107757875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	107782335	rs11996457	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,37:0.22:167
chr8	107782395	rs11996466	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,19:0.20:96
chr8	108264348	.	C	T	365.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=-0.870;SC=CTTGCTTGTTCTTGTTATGCT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=108264356;WS=108264338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr8	108315277	rs4472483	T	G	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=77;SC=AAAAGGTGTGTGGATTGGGGA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=108315285;WS=108315274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	108359117	.	GA	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr8	108359133	.	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.903;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=1.011;SC=AAAAATTTTTCCTTGTTGAGT;SOR=3.556;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=5;WE=108359141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
chr8	108970264	rs3039298	T	TCA	3610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=1935;ReadPosRankSum=-1.165;SC=GCGGGAGAATTCAGGAAGCAC;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=43;WE=108970272;WS=108970254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,89:0.73:122
chr8	108970367	rs601558	A	G	4026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.816;NF=66;NR=62;PP=1692;ReadPosRankSum=1.676;SC=GGTTGGACACAGTATTGTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=81;TCR=77;TR=128;WE=108970375;WS=108970357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,199:0.75:264
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chr8	109488937	rs1871685	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
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chr8	110283353	rs34660136	T	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
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chr8	110293431	rs34035584	A	AT	1085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.169;NF=1;NR=18;PP=748;ReadPosRankSum=0.705;SC=GCATCATGTAATAAAAAATTA;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=19;WE=110293439;WS=110293421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr8	110301944	rs2980616	A	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr8	110301951	rs2980617	C	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr8	110301998	rs2980618	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr8	110302047	rs2980619	T	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=267;ReadPosRankSum=0.797;SC=GAACAAATGTTAAAGACTTGT;SOR=0.832;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=26;WE=110302055;WS=110302037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,42:0.27:155
chr8	110348249	rs2980571	A	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr8	110355501	rs34301269	CT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=-0.405;SC=ATAACTTTACCTTTTTTTTAA;SOR=0.148;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=110355509;WS=110355491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr8	110397738	rs7016085	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=11;PP=417;SC=TTACACAGAATCTTTTTGGGG;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=24;WE=110397746;WS=110397728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	110400698	rs66889268	A	AT	261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=179;SC=ACATAACTTGATTTTTTCTAA;SOR=1.022;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=110400706;WS=110400688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	110401434	.	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,51:0.19:272
chr8	110402491	rs9642806	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=73;SC=CACCTTATTACGTATATTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=110402499;WS=110402481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	110402577	.	G	A	364.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=183;ReadPosRankSum=-0.998;SC=ATACAATTTTGATTTTGTACT;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=15;WE=110402585;WS=110402567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr8	110412519	rs1379369	G	A	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=63;PP=1990;SC=TCTACATCAAGGGTGATGACC;SOR=1.122;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=99;WE=110412527;WS=110412509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr8	110413762	rs964307	T	C	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=35;PP=1431;SC=TGCCAACAGTTATTTTTCCAG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=76;WE=110413771;WS=110413752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr8	110413824	rs2061294	C	T	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	110416813	rs1457286	C	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=13;PP=808;SC=TGCAGGAGTACAGATTAAGTG;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=110416821;WS=110416803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr8	110418461	rs12679728	G	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=325;SC=CAGAGTATAGGTGCTTTAAAA;SOR=1.931;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=110418469;WS=110418451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	110420245	rs16879470	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=7;PP=732;SC=TATTAGTTAATGTCTACAAAT;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=110420253;WS=110420235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	110420384	rs13254245	T	C	6956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=65;PP=2536;SC=TCACACTGAATTGGGATGGGA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=139;WE=110420392;WS=110420374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr8	110420429	rs13252234	A	G	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=68;PP=2287;SC=GGTCATCAGAAGCTGAAGTAC;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=116;WE=110420437;WS=110420419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	110425594	rs4604408	G	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=128;SC=TTGAATTGTTGTGAAACAATG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=110425602;WS=110425584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	110431217	rs7016609	G	T	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=336;SC=CCTGATGGTCGTCTTGTGGGA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=110431225;WS=110431214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	110437384	rs4735133	A	G	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=44;PP=1276;SC=TCAAAAATTCATATTCAAAGA;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=110437392;WS=110437374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr8	110439166	rs13264587	A	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=142;SC=ACAGGCGTGAACCACCACATC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=110439174;WS=110439162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	110439519	rs12544835	G	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=306;SC=TTCTTTAAAAGGAAGTTAAGG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=110439527;WS=110439509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	110455300	.	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,60:0.19:315
chr8	110455321	rs1673408	C	A	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=88;PP=2952;SC=GTTTGTGGGTCGCTCTGAAGC;SOR=0.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=64;TCR=88;TR=150;WE=110455329;WS=110455311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr8	110457192	.	C	T	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=5.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.225;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,69:0.26:264
chr8	110460488	rs1673407	G	T	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=61;PP=2069;SC=TGATAGTGTGGTGCAGTGCAT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=121;WE=110460496;WS=110460478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr8	110461518	rs1673405	A	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	110465060	rs1673404	G	C	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=36;PP=1277;SC=AGACCATTCTGCTGGATCAAA;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=71;WE=110465068;WS=110465050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	110471673	rs11356938	AT	A	62	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=103;SC=AGAATAAAATATTTTTTCTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=110471681;WS=110471663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	110471796	rs5893958	TA	T	948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.58;QD=25.64;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	110473907	rs1026439	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=510;SC=TGAGATCATATGTGAATCAAA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=110473915;WS=110473897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	110473965	.	A	AT	2451.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.38;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=11;PP=445;SC=GGATTCCGACAATTTTTTTAA;SOR=2.345;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=34;WE=110473974;WS=110473955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	110473966	rs1026438	A	T	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=11;PP=951;SC=GATTCCGACAATTTTTTTAAT;SOR=2.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=45;WE=110473974;WS=110473955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	110476993	rs1673398	A	G	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=56;PP=2132;SC=CAGTGCCTGCACCTGCAATAT;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=120;WE=110477001;WS=110476983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr8	110489600	.	C	T	4443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,202:0.77:264
chr8	110489620	rs1783148	A	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,58:0.24:241
chr8	110491840	rs1783147	C	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-1.262;SC=CTGTACCTCACCCAGGGGCAA;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=9;WE=110491848;WS=110491830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr8	110491877	rs1630942	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=0.826;SC=AGGTAAATGCGTAAACACAAA;SOR=0.833;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=10;WE=110491885;WS=110491867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
chr8	110491964	rs1630134	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr8	110492214	.	T	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=-0.969;SC=AAGTATTGTTTTATAGGAACA;SOR=0.560;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=9;WE=110492222;WS=110492204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr8	110492949	rs1026437	G	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,21:0.24:88
chr8	110495192	rs2844254	T	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.016;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
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chr8	110703413	rs3134332	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TGTGCATCGCCGAGCACCCTG;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=25;WE=110703421;WS=110703403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,31:0.23:134
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chr8	113259132	rs1895014	A	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=0.586;SC=AATATGTTTTATAATCTAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=113259140;WS=113259122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr8	113267709	rs7006723	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-0.714;SC=ACAGCAGAGTACACAGTTTGG;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=9;WE=113267717;WS=113267699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
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chr8	113307926	.	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=178;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TGCATAGCAGTATCAAATTGG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=9;WE=113307934;WS=113307918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
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chr8	113599184	rs16892598	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr8	113842114	rs57982384	GCACACACACA	G	261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=20.13;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
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chr8	116504323	rs800883	A	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=940;ReadPosRankSum=-1.026;SC=AAGAAAAAAAATCTATTGAGA;SOR=1.154;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=53;WE=116504331;WS=116504313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,66:0.77:86
chr8	116599199	rs2293889	T	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.170;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=1.389;SC=TCAAAACAAATGAATTATTTA;SOR=1.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=7;WE=116599207;WS=116599189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr8	116635688	rs2737219	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=210;SC=CTCCCCTAGCGAGTCGTAAGT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=116635696;WS=116635678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	116635872	rs35329862	T	TA	2038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=1077;SC=CATGTGGCTTTAGAGTGCTTT;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=116635880;WS=116635862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	116635942	rs2721939	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=507;SC=TCTTAGAAGACGCTCAGAAGA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=116635950;WS=116635932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	117768084	.	G	A	3770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=61;PP=1781;ReadPosRankSum=2.177;SC=ACCGGAAGCGGAAGTACAAGT;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=104;WE=117768092;WS=117768074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,166:0.77:215
chr8	117782385	rs4514005	C	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=3;PP=624;SC=TTTTTTACACCTTATGTAAAC;SOR=2.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=117782393;WS=117782375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	117783737	.	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-2.451;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,24:0.19:129
chr8	117791733	rs979866	T	C	7938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=81;PP=2965;SC=GGATCTCTGCTAGCTTACTAA;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=124;TCR=83;TR=205;WE=117791741;WS=117791723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr8	117799012	rs1867840	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=428;SC=TTTTTACTTGAATTATTTTAT;SOR=2.636;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=117799020;WS=117799002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr8	117866718	rs200333487	A	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=409;ReadPosRankSum=0.555;SC=CTGGAATGATAATAAAAAATA;SOR=1.084;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=24;WE=117866726;WS=117866708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr8	117868531	rs35902828	TA	T	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-3.329;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr8	117887121	rs28365847	GC	G	7660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=18.787;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=129;PP=2983;ReadPosRankSum=2.322;SC=GCCAGCCCAAGCCCCCCCCTC;SOR=3.448;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=168;TCF=23;TCR=145;TR=146;WE=117887145;WS=117887110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,268:0.99:272
chr8	117950768	rs16889283	G	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=17;PP=458;SC=GAGCTGGACGGGCGTTGAGGC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=117950776;WS=117950758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	117955005	rs4629901	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chr8	118165073	.	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=604;ReadPosRankSum=0.078;SC=ATCTCTTTTTCCTCTAAAGTT;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=36;WE=118165081;WS=118165063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,43:0.80:54
chr8	118165285	rs148780595	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,14:0.14:98
chr8	118175865	.	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=33;ReadPosRankSum=-0.083;SC=CTGTTAATTTGAATTATGGGA;SOR=0.243;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=5;WE=118175873;WS=118175855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
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chr8	118185025	rs3802177	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
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chr8	119209773	rs2514743	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
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chr8	119451983	rs34337924	ATGT	A	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=381;SC=CAGCAGGAAGATGTTGTTTCA;SOR=2.494;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=119451993;WS=119451973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	119938916	.	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,28:0.16:179
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chr8	120575003	.	A	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.539;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr8	120580640	rs2243749	G	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TCCTAACTGCGTTATACAACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=120580648;WS=120580630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	120581643	rs12544233	G	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=542;SC=CAGCAATGCCGTGGCTCTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=120581651;WS=120581633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	120583148	rs2305125	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=543;SC=TTAAAGAAATGTTGGAAGAGT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=120583156;WS=120583138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	120583185	rs2305126	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
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chr8	120594958	rs55774238	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CAAATCAGAACTGGACAAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=120594966;WS=120594948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr8	120596023	rs10283100	A	G	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=23;PP=1777;SC=TTAAATGTTGAGCCATAACCT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=81;WE=120596031;WS=120596013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	120598395	rs72688223	G	A	3308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1234;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TTGTGGAAATGAGAAACAGAA;SOR=0.858;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=76;WE=120598403;WS=120598385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,153:0.76:200
chr8	120599245	rs921044	C	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=460;ReadPosRankSum=1.482;SC=GGGGCAGAGGCCTGGGCAGGG;SOR=0.340;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=31;WE=120599253;WS=120599235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,48:0.83:58
chr8	120602908	rs935359	C	T	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	120602914	rs935360	C	T	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	120613747	rs2289888	C	T	5447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=62;PP=2227;SC=GTTTCATTTCCGCAAACTCAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=123;WE=120613755;WS=120613737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr8	120613822	rs2289889	C	T	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=64;PP=1887;SC=TCTGTTTTCACTTCATTTGTA;SOR=0.955;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=109;WE=120613830;WS=120613812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
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chr8	120631657	rs5894488	CA	C	311.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
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chr8	120790304	rs1509348	T	C	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=11;PP=447;SC=CTAAAATAAATGTTAAGACTT;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=120790312;WS=120790294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	120790378	rs35033415	G	GA	749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=300;SC=GTCTACAAAAGAAAAAAAAGA;SOR=1.112;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=19;WE=120790386;WS=120790368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	120793296	rs7002501	C	T	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=3;PP=147;SC=ACTGTACCTTCTGTAGAAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=120793304;WS=120793286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	120795607	rs13268676	G	A	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=18;PP=1291;SC=CCTTTATGCTGTATATAATCT;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=120795615;WS=120795597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	120801805	rs6469846	C	T	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=50;PP=2420;SC=CTTCCCCACTCTGTTGAACTG;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=78;TCR=51;TR=128;WE=120801813;WS=120801795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr8	120803637	rs9297605	C	G	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=12;PP=421;SC=CTGAAACATACTGTAGTATTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=120803645;WS=120803627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	120803654	rs11996390	C	T	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=12;PP=353;SC=ATTCCCAGGACAGTGTATGTG;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=120803662;WS=120803644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	120814020	rs7813438	A	G	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=30;PP=1682;SC=TAAGAGAGGAAAGCTCTGACT;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=84;WE=120814028;WS=120814010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	120816010	rs4871629	A	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=1;PP=622;SC=CTAAATTTGGAAGGGAATAAA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=120816018;WS=120816005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	120818709	.	CTTT	C,CT	1133.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;QD=39.09;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,17:0.41,0.59:29
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chr8	120818716	.	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.674;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr8	120843775	rs7828086	T	C	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	120844782	rs17818842	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.80;ReadPosRankSum=-1.317;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr8	120844846	rs11552092	G	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr8	120847078	rs1055133	C	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=377;SC=TATTTTTCTTCTATCCAGCAA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=120847086;WS=120847068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	120847123	rs1055131	C	T	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=14;PP=606;SC=AAGAAAAGACCGTTGTTCTTT;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=120847131;WS=120847113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	120847188	rs1055130	T	C	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=23;PP=585;SC=CATCGAAGAATGAGAATATTT;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=120847196;WS=120847178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	120862767	rs112349158	T	TA	1218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=963;SC=CTAGAAATTATATATATCGTA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=120862775;WS=120862757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	120867693	rs55889147	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.6916;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=1.648;SC=CTAACTGGACGGCCCACCGGA;SOR=1.445;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=10;WE=120867701;WS=120867690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr8	120886370	rs7840728	T	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr8	120940652	rs16893299	C	T	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=39;PP=1625;ReadPosRankSum=-0.555;SC=TCAGGCTGCACGAAGAAAAGG;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=94;TCR=47;TR=115;WE=120940660;WS=120940642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,151:0.77:196
chr8	120940867	rs28461628	G	A	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.57;ReadPosRankSum=2.429;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,73:0.68:107
chr8	120940874	rs62528677	T	C	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.45;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,69:0.73:95
chr8	120940889	rs374784228	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-2.323;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr8	120941953	rs7007554	G	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=1.207;SC=CATGAAGAATGTGATAGTGAA;SOR=0.527;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=8;WE=120941961;WS=120941943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr8	121013744	rs11395630	G	GT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
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chr8	121015156	rs80179318	G	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-2.355;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,24:0.21:112
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chr8	121209000	rs2305597	A	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=2.440;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,23:0.16:141
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chr8	121221871	rs10505377	C	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=1.045;SC=CAGGAACTTGCAATTTATTCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=5;WE=121221879;WS=121221861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
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chr8	121228679	rs4870723	A	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,74:0.22:332
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chr8	121259886	rs147129707	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,29:0.20:145
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chr8	121290573	rs2305609	T	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=575;ReadPosRankSum=1.063;SC=TTTAAAGATTTTTTTTTTCAT;SOR=0.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=29;WE=121290581;WS=121290563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr8	121292407	rs1869831	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=445;ReadPosRankSum=1.369;SC=TGGTTAAATAGTGAGTCCGAT;SOR=0.283;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=28;WE=121292415;WS=121292397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
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chr8	121293331	rs1563388	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=-1.320;SC=TAAAGTCATCGTATGTTTATT;SOR=0.357;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=23;WE=121293339;WS=121293321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr8	121293376	rs10107534	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=-0.391;SC=AACTTGAAATATGGTGTAATA;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=121293384;WS=121293366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr8	121296045	rs16893819	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=38;PP=898;ReadPosRankSum=1.460;SC=GATCACATTCACATATACATG;SOR=2.833;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=41;WE=121296053;WS=121296035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr8	121298046	rs73329045	C	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.65;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr8	121298156	rs17833992	G	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=220;ReadPosRankSum=-1.183;SC=TTTTCAAACTGTTACTTTCGA;SOR=0.446;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=15;WE=121298164;WS=121298146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr8	121309679	rs7357581	A	T	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=50;SC=TATATAATACATAACATAAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=121309687;WS=121309669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	121309862	rs2219241	A	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr8	121326427	rs10505379	G	T	111.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=2.100;SC=AGCCATTTTTGTGTCCAATGA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=121326435;WS=121326417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr8	121383048	rs4463470	T	C	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=17;PP=634;SC=TCCCTGCTCTTCCCTGGTGAT;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=121383056;WS=121383038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	121383082	rs6469922	A	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.49;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	121408195	rs6650	T	C	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr8	121530384	rs34340354	CTT	C	776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=529;SC=CATAGGAAGACTTTTTAAATT;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=121530393;WS=121530374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	121531154	rs13269481	G	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=694;SC=TACTGAGAGCGTATACTTGCT;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=121531162;WS=121531144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	121561201	rs138861807	GGA	G	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=7.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
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chr8	123683642	.	GA	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.594;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
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chr8	124042733	rs2891672	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=300;SC=ATTTACTATCTTTATGCAGTT;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=124042741;WS=124042732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	124085716	rs12541131	C	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=4.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.606;SOR=1.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,25:0.19:134
chr8	124096315	rs4871346	C	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-0.861;SC=CCACCCATTGCATCAGTTCAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=4;WE=124096323;WS=124096305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr8	124096721	rs4870845	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=-1.696;SC=CAAAGTGGCCAACACAAAGAT;SOR=0.616;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=8;WE=124096729;WS=124096711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr8	124114560	rs10956117	T	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=2.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,49:0.27:184
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chr8	124114598	rs146629815	C	CT	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,25:0.25:99
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chr8	124195487	.	G	A	7921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.319;SC=CTACCTGAAGGAAAAATCCAG;SOR=0.696;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=306;TCF=146;TCR=160;TR=228;WE=124195495;WS=124195477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,361:0.71:510
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chr8	124357253	rs16898247	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=2.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,46:0.20:226
chr8	124360487	rs77106954	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr8	124381445	.	GTA	G	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=2.066;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr8	124408350	rs4871359	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=239;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CGCCCACCCCCAGGCCCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=13;WE=124408358;WS=124408340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr8	124440336	rs10628888	A	AAAG	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr8	124442146	.	C	CA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr8	124448689	rs9297669	T	C	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=667;ReadPosRankSum=0.243;SC=ACTTTTACTTTTAGGATTACC;SOR=0.673;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=39;WE=124448697;WS=124448679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,55:0.70:79
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chr8	124453535	.	TA	T	659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=831;ReadPosRankSum=0.738;SC=TTTTTTCATATATTTTTTTAG;SOR=0.499;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=22;WE=124453543;WS=124453511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr8	124553222	rs4871385	G	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=29;PP=891;SC=AGTTCTGCCCGGGGGACCGCC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=124553230;WS=124553212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	124658404	rs11786734	A	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=20;PP=548;SC=TGGGATGTTGAGCTAACCTGC;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=22;WE=124658412;WS=124658394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	124659121	rs1122389	C	T	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=32;PP=1678;SC=GTTTGTGTCACGCCCAGTGAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=92;WE=124659129;WS=124659111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	124659329	rs11991744	C	A	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=37;PP=1026;SC=GTAGTAATTACGAGGGTGAAC;SOR=1.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=124659337;WS=124659319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	124663769	rs10109736	A	T	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=29;PP=1570;SC=GGTGTGTCCAAGCACACATAC;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=124663777;WS=124663759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	124664113	rs11784175	T	A	8719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=54;PP=2506;SC=ATGTAGACATTGTGACTGACC;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=128;WE=124664121;WS=124664103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr8	124664130	rs11780509	C	T	9125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=57;PP=2525;SC=GACCAGACTCCTCCCTGAGCT;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=135;WE=124664138;WS=124664120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr8	124664167	rs11784192	T	C	5621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=63;PP=2624;SC=AGCACATAGATGCTGCGGTGC;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=146;WE=124664175;WS=124664157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr8	124664792	rs7387544	C	T	4984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=76;PP=2639;SC=TCTGCAAGTACGAGGAGCAGG;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=63;TCR=76;TR=138;WE=124664800;WS=124664782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr8	124664873	rs7387792	AT	GC	5920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=52;PP=2947;SC=CAGTGGCAATATGTGCCTCCC;SOR=0.889;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=93;WE=124664882;WS=124664863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	124665211	rs7387855	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=27;PP=744;SC=AAGAGTCAAACCTTTCTCAGC;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=124665219;WS=124665201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	124693410	rs4471017	G	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.835;SC=AGTCTCATTTGCAAGTTTGAT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=124693418;WS=124693400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr8	124693444	rs3739283	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=225;ReadPosRankSum=-2.263;SC=TTGACAAAGGCGGTTCCACCC;SOR=0.343;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=12;WE=124693452;WS=124693434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr8	124693641	rs4314634	G	A	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=889;ReadPosRankSum=-1.569;SC=AACGTTTATGGTGTGTTCACA;SOR=0.758;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=62;WE=124693649;WS=124693631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,101:0.72:141
chr8	124696867	rs2294015	C	T	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.77;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,66:0.78:85
chr8	124710641	rs200326565	C	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=829;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TATTGGTCCTCGTGCACAGGA;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=53;WE=124710649;WS=124710631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr8	124725115	.	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.056;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=150;ReadPosRankSum=0.435;SC=GCTGTCACTTCACACACTGGT;SOR=0.255;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=16;WE=124725123;WS=124725105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr8	124749610	rs6470179	C	T	6419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=64;PP=2266;SC=TGTATTTCATCAAGAGATCAG;SOR=0.750;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=123;WE=124749618;WS=124749600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr8	124749651	rs11331268	TC	T	6579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=61;PP=2402;SC=ACAACAGTTTTCCCCCCGGAC;SOR=0.836;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=75;WE=124749659;WS=124749641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr8	124749704	rs10956146	T	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.907;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,26:0.22:118
chr8	124824826	rs1946586	G	A	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=42;PP=1635;SC=CAGTCATCGTGTGCTGACATG;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=93;WE=124824834;WS=124824816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	124982107	.	CA	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr8	124982125	.	A	AC	632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	124982215	rs7008604	G	A	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr8	124982286	.	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,46:0.20:232
chr8	124985780	rs10102622	A	C	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=43;PP=1480;SC=CCCCATCTGTATCTCACTTGT;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=81;WE=124985788;WS=124985770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr8	124987328	.	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.262;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=106;ReadPosRankSum=-1.532;SC=GTGTGGGAGAGAAAGGGGTGG;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=10;WE=124987336;WS=124987325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr8	124987478	rs7465584	T	C	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=17;PP=921;SC=GTGACATCAGTGTCATGGGAA;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=124987486;WS=124987468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	124998329	.	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,19:0.20:93
chr8	125034049	.	T	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=-1.327;SC=ACTCCTAGTTTAGAGAAGAGA;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=125034057;WS=125034039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
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chr8	125061895	rs4870887	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr8	125072426	rs4483140	T	C	5216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr8	125076589	rs7012186	T	G	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=22;PP=1350;SC=TCATTTCAGATATTTCAGATT;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=125076597;WS=125076579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr8	125076988	rs4871460	T	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=617;SC=AGCTTTGTTATAGGATCAGAA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=125076996;WS=125076978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	125078726	.	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.572;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,10:0.15:65
chr8	125088495	.	C	T	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=990;ReadPosRankSum=0.506;SC=ACATTGTGATCAAGCTTGGCA;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=69;WE=125088503;WS=125088485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,111:0.72:154
chr8	125088636	rs9643188	A	G	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=36;PP=983;SC=CTGTGGGGATAGTGCGTGTAT;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=125088644;WS=125088626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	125094847	rs10956163	C	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=371;SC=ATCAGCAGAGCTGGCTTGGGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=125094855;WS=125094837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	125107091	.	C	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=662;ReadPosRankSum=-1.042;SC=ATCACTGTCTCCTTGCAGGAA;SOR=1.050;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=33;WE=125107099;WS=125107081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chr8	125107201	rs6470219	G	A	7276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	125107207	rs6470220	C	T	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.39;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	125110258	rs10956164	C	T	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=49;PP=1366;SC=TTAAGGCCACCTTCTTTGTCT;SOR=1.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=70;WE=125110266;WS=125110248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	125130966	rs13438814	G	C	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=-1.665;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr8	125131813	rs78565233	G	GC	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.542;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
chr8	125132016	rs369999639	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,30:0.17:172
chr8	125326405	rs72721442	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TGGATTTGCTACCCTTCATAT;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=125326413;WS=125326395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr8	125343052	rs72711173	A	G	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=1.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=516;ReadPosRankSum=-1.392;SC=GAGAAAAAGGATGTGGGGCAA;SOR=0.407;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=37;WE=125343060;WS=125343042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,54:0.86:63
chr8	125343073	rs66726154	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=421;ReadPosRankSum=0.348;SC=GAATTAGTTACTACAGCGTGA;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=25;WE=125343081;WS=125343063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr8	125498547	rs3812471	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,22:0.16:135
chr8	125516237	rs76350429	T	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=0.167;SC=TGAGAATAAATTGGATTACCA;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=19;WE=125516245;WS=125516227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,25:0.30:84
chr8	125568182	rs141972884	AGG	A,AGGG	5933.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.230;NF=31,31;NR=55,55;PP=1642,318;ReadPosRankSum=1.532;SC=AGGTTGCTTTAGGGGGGGGGC;SOR=0.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=86,86;WE=125568191;WS=125568172;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.93:168
chr8	125570144	rs4870903	G	A	478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.81;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr8	125574913	rs7015228	G	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=327;SC=GGTTTCTCAAGTCAGTGGGCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=125574933;WS=125574903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	125574925	rs7015374	G	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=1;PP=517;SC=CAGTGGGCAGGGGATTGTCTA;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=125574933;WS=125574903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	125577869	rs2303952	C	G	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=17;PP=808;SC=AATGACCCGTCCTGAAAGCAA;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=125577877;WS=125577859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	125579788	rs3857944	G	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=569;SC=TAGCTTCAATGGATGACACGA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=125579796;WS=125579778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr8	125579990	rs6470252	C	T	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=38;PP=1415;SC=CGGGCTAGAACGATCCATGGA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=79;WE=125579998;WS=125579980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chr8	126056215	rs11370883	G	GC	5290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=43;PP=2324;SC=CCCGCCTCAGGTAGTTTCAGG;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=49;WE=126056223;WS=126056205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr8	126443348	rs2385113	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=177;ReadPosRankSum=0.165;SC=CGCCCTGCAGCCCGCAGCCCC;SOR=0.990;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=18;WE=126443356;WS=126443338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,20:0.21:94
chr8	126445505	rs13277396	G	C	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=30;PP=1580;SC=CAGGGGTTTGGGAGGCTGCCT;SOR=1.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=88;WE=126445513;WS=126445495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	128099242	rs13257371	C	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-2.530;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.875;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,61:0.23:264
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chr8	128099455	rs1840709	G	C	4435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=57;PP=1937;SC=GGAGTCCTTCGTCGTGGTGGT;SOR=1.295;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=85;WE=128099467;WS=128099445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr8	128428751	rs13274084	A	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.355;NF=22;NR=26;PP=790;ReadPosRankSum=-1.788;SC=AGCTGACAACAATGAAAATCT;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=48;WE=128428759;WS=128428747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,53:0.77:69
chr8	128428806	.	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.260;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
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chr8	129021000	.	AAG	GAA	474	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=10;NR=1;PP=474;QD=47.9516249875;SC=GCACAATGCTAAGCATGTGCA;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=11;WE=129021010;WS=129020990;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
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chr8	129021179	rs2114358	G	A	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1352;ReadPosRankSum=0.577;SC=CTTGCAGTAGGTTTTTGCAAG;SOR=0.669;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=87;WE=129021187;WS=129021169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,118:0.75:158
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chr8	130772882	rs11276511	T	TGCCTGAGTCTTTCCCATA	4381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=24;PP=2970;SC=AGGTTATTCCTGCCTGAACCT;SOR=1.609;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=27;WE=130772890;WS=130772872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr8	130774897	rs17190932	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.395;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr8	130788548	rs4733741	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.367;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,23:0.17:132
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chr8	131130594	rs10956511	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.819;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=551;ReadPosRankSum=-0.501;SC=GAGCACACCTCTTCACTCTCA;SOR=1.178;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=25;WE=131130602;WS=131130584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr8	131138344	rs2305510	A	C	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=65;PP=1255;ReadPosRankSum=1.230;SC=TTCTGTGGAAAGAATGTTGAA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=47;TCR=91;TR=97;WE=131138352;WS=131138334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,139:0.74:189
chr8	131165086	rs3935174	A	T	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=831;ReadPosRankSum=1.321;SC=AGATATAGTAACTGATTCACT;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=45;WE=131165094;WS=131165076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
chr8	131172791	rs34161158	GT	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=0.253;SC=AGTGAAAAGTGTTATGATGTC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=131172799;WS=131172781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr8	131172968	rs10089819	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=0.941;SC=AACTGCAGAACGAGAACATGG;SOR=0.817;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=26;WE=131172976;WS=131172958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr8	131173145	rs75636474	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TTTATATAATGTACACAGAAA;SOR=1.100;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=7;WE=131173153;WS=131173135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr8	131173179	rs62524650	G	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GATAATACCAGAAAACACATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=131173187;WS=131173169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr8	131192905	rs28495072	G	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=503;ReadPosRankSum=-1.415;SC=TAATCAAACAGAGTCTGCCTT;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=29;WE=131192913;WS=131192895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
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chr8	133041179	rs6471025	A	G	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.66;SOR=2.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr8	133045480	rs2202068	C	T	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=32;PP=842;SC=GATGGACATACGAAAGCCAAA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=133045488;WS=133045470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr8	133046927	rs6471028	T	C	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=33;PP=1202;SC=GACAAGGTCATGGTGCATTTC;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=84;WE=133046935;WS=133046917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr8	133047071	rs11779306	G	A	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=775;ReadPosRankSum=1.094;SC=CTTCCTGATCGTGGCCTGCTT;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=55;WE=133047079;WS=133047061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,84:0.78:108
chr8	133048593	rs1472571	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.528;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,34:0.23:149
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chr8	133053318	rs7386783	T	C	5431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	133053714	rs1466884	G	A	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=12;PP=655;SC=CAAGGTATCAGCCAGGCCTCC;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=133053722;WS=133053704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	133058325	rs6998359	A	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=516;SC=GGCTGAGGTAACCCTGATGTC;SOR=3.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=133058333;WS=133058315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	133067315	rs4736538	G	A	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=56;PP=1811;SC=CAACTGGAACGGACTCCTGGG;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=95;WE=133067323;WS=133067305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr8	133089975	rs2280851	A	G	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=770;SC=TCTCTTACCCAAGGTAGGGCT;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=133089983;WS=133089965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	133101818	rs6471038	G	A	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=65;PP=1905;SC=TAGAATTGCCGATGATATCTA;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=107;WE=133101826;WS=133101808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	133107830	rs7833441	T	C	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=30;PP=1494;SC=TGGCGGGGTCTACTGTCTTCA;SOR=1.010;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=78;WE=133107838;WS=133107820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	133107893	rs10956634	A	G	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=50;PP=2081;SC=CACACAGACCAGCCCTGCAAC;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=113;WE=133107901;WS=133107883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr8	133111307	rs2469493	C	G	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=589;ReadPosRankSum=-1.302;SC=AACTTCTTTGCACATGTGCTG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=32;WE=133111315;WS=133111297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,58:0.83:70
chr8	133112392	rs1370568	G	A	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=613;ReadPosRankSum=-1.681;SC=CTGGGAAGGAGACAGTTTTCA;SOR=0.361;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=41;WE=133112400;WS=133112382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,82:0.80:102
chr8	133113531	rs34842500	A	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=554;ReadPosRankSum=-0.933;SC=CTGAAATAAAAGTTTTCATGA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=36;WE=133113539;WS=133113521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,54:0.74:73
chr8	133116251	rs6998880	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=317;ReadPosRankSum=0.697;SC=GTGTTAGATGCGGATATAATC;SOR=0.105;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=22;WE=133116259;WS=133116241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,30:0.88:34
chr8	133117297	.	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=1.110;SC=CAGAAGTAGGGAAGTTATTCT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=4;WE=133117305;WS=133117290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr8	133117603	rs71526236	G	A	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=1006;ReadPosRankSum=2.151;SC=AGAACAGTGCGTGAGGAATCA;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=65;WE=133117611;WS=133117593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,91:0.70:130
chr8	133146807	.	GA	G	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.06;ReadPosRankSum=0.120;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr8	133146810	.	AGGGG	A	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.06;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr8	133175693	.	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=466;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GTGAAGAAGGGAATTCATAAT;SOR=0.343;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=24;WE=133175701;WS=133175683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr8	133175971	rs893391	G	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=537;SC=TTTTCAGCCAGTCATTCATTC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=133175979;WS=133175961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	133184644	rs3049340	TAC	T	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=3;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=150;ReadPosRankSum=0.723;SC=GGCACATTAATACACACACAC;SOR=1.547;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=9;WE=133184655;WS=133184634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr8	133196686	.	C	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,20:0.23:88
chr8	133584558	rs9297853	A	G	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1137;ReadPosRankSum=0.544;SC=GATGTTTCAAATCAGCGGAGG;SOR=0.573;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=73;WE=133584566;WS=133584548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,118:0.79:149
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chr8	133590719	rs13281184	C	T	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=717;ReadPosRankSum=-1.346;SC=GTCTTACCCACGACCTGACTG;SOR=0.494;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=48;WE=133590727;WS=133590709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,93:0.83:112
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chr8	133740259	rs199725105	AGTGTGTGT	A	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=303;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GTTCAGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=133740276;WS=133740249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr8	133811435	rs2244885	T	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GCCTTTTTTTTAAAAATTTTG;SOR=0.780;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=12;WE=133811443;WS=133811425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr8	133836432	rs235441	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=172;ReadPosRankSum=1.316;SC=GTTTTAGTTCCTACTAGTGTT;SOR=1.358;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=14;WE=133836440;WS=133836422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr8	133844508	rs16904746	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-1.350;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,47:0.25:187
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chr8	133882054	.	C	T	1429.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.789;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=830;ReadPosRankSum=-1.879;SC=AGCAGGCAGCCAGGACGGCCT;SOR=1.574;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=46;WE=133882062;WS=133882044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,60:0.90:67
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chr8	133899575	rs2069548	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=465;ReadPosRankSum=-1.360;SC=AGAGTCAGAGGTGGACAGCCA;SOR=0.561;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=43;WE=133899583;WS=133899565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,60:0.32:185
chr8	133900252	rs180223	T	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=3.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,83:0.23:360
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chr8	133913525	rs853322	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=2.012;SC=GTGGGTGGTGAGGAGGGTGAT;SOR=0.580;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=22;WE=133913533;WS=133913515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr8	133920411	rs2261147	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,38:0.25:155
chr8	133920518	rs2069556	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,62:0.25:246
chr8	133920624	rs853318	C	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=101;ReadPosRankSum=1.428;SC=GGCTTGGACTCAACTCAGGGT;SOR=0.338;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=12;WE=133920632;WS=133920614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr8	133923728	.	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-2.653;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,28:0.25:113
chr8	133925209	rs2687824	T	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=1.541;SC=CTGGATATTCTAGGCATCTCT;SOR=1.056;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=7;WE=133925217;WS=133925199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr8	133931748	rs853304	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
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chr8	133960991	rs2246624	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.627;SC=CTCCATCACACTGACCTCTCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=4;WE=133960999;WS=133960981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
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chr8	134062983	rs2252805	C	T	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=28;PP=1851;SC=ACCACTCTAGCTAACAATCAA;SOR=1.376;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=96;WE=134062991;WS=134062973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr8	134107223	rs2272706	A	G	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=234;SC=GGCACTGAGGACTCCAGGTGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=134107231;WS=134107222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr8	134108546	rs2069569	T	C	5864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=79;PP=2408;ReadPosRankSum=1.093;SC=GAGGTCTTTATGGGTAGAGGT;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=75;TCR=81;TR=153;WE=134108554;WS=134108536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
chr8	134114716	rs733735	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=8;PP=653;SC=AAGTCCCTCTGAAGACCCTCC;SOR=1.900;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=134114724;WS=134114706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	134114771	rs4478553	C	T	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=30;PP=1175;SC=CAGGGGGTCCCAATGACAGCA;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=71;WE=134114779;WS=134114761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	134125650	.	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,19:0.20:95
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chr8	134225396	rs55733525	T	TC	8720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=68;PP=2595;SC=CGTAAGTGAGTCCTCCATACC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=25;TCR=70;TR=92;WE=134225405;WS=134225386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
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chr8	134266970	rs2272650	C	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.673;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr8	134270468	rs139790285	CCA	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=214;ReadPosRankSum=-1.531;SC=TACCCATGCACCACACACACA;SOR=1.532;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=7;WE=134270477;WS=134270458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
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chr8	134292288	rs2977507	T	C	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=193;SC=TCCTGATTCTTTGGCCAGCAC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=134292296;WS=134292278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr8	135612595	rs894343	A	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=533;ReadPosRankSum=0.757;SC=GACCTGCAGCAGAGACACCTA;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=35;WE=135612603;WS=135612585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,40:0.87:46
chr8	135612745	rs894344	A	G	3711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=58;PP=1645;ReadPosRankSum=0.036;SC=AGTCACAGCCATCGGTGGGAC;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=91;TCR=79;TR=126;WE=135612753;WS=135612735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,179:0.71:253
chr8	135613624	rs894347	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.328;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.63;MQRankSum=0.617;NF=12;NR=2;PP=287;ReadPosRankSum=0.369;SC=CTTAGAAGGTATTCTTTGCAA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=135613632;WS=135613614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr8	135614705	rs3739423	A	G	4714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=86;PP=2517;ReadPosRankSum=-2.166;SC=TATGGCGGTCACGGTCCAGCT;SOR=0.599;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=221;TCF=98;TCR=123;TR=159;WE=135614713;WS=135614695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,213:0.72:295
chr8	135614972	rs3739422	A	G	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=1671;ReadPosRankSum=2.097;SC=TGAACGAGCAATAGTCGCAGG;SOR=0.547;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=89;WE=135614980;WS=135614962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,119:0.79:150
chr8	135620894	rs3739421	T	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=311;ReadPosRankSum=0.592;SC=CGAACAAGCATGCTGATCCTT;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=24;WE=135620902;WS=135620884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr8	135622640	rs2277138	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=235;ReadPosRankSum=-1.466;SC=TGACTCAGACTGTGACATCAG;SOR=0.859;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=15;WE=135622648;WS=135622630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr8	135649848	rs12541381	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=886;ReadPosRankSum=2.112;SC=GGAGCCAGCGGGCTGTCCTCA;SOR=0.887;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=51;WE=135649856;WS=135649838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,77:0.72:107
chr8	135651967	.	G	GCAATTCATATCAGAGAAGCA	1152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.910;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,34:0.22:156
chr8	135725058	rs71528372	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=0.999;SC=ACCCCCACCCCGTCTCACCCC;SOR=0.709;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=14;WE=135725066;WS=135725048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr8	136657198	rs4243846	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=415;SC=ATTTTCAGTCTTGCCCTTCAT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=136657206;WS=136657188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	136657534	rs4373553	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=1.542;SC=ATAAATATTTGAAGAGGACTA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=136657542;WS=136657524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr8	136659426	rs3184618	G	A	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr8	139151375	rs4634694	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.28;ReadPosRankSum=-1.320;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,40:0.82:49
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chr8	139165272	rs7835712	TG	CA	8211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=71;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CATTCTCACCTGGCTCTGGAC;SOR=0.896;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=129;WE=139165281;WS=139165262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,203:0.78:259
chr8	139165289	rs7835830	T	C	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=1.355;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,187:0.76:245
chr8	139165463	rs11311519	CA	C	154.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=134;ReadPosRankSum=-0.702;SC=TTATGCCCTACAAAAAAAAAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=11;WE=139165471;WS=139165453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
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chr8	139189630	.	CC	TT	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,12:0.11:107
chr8	139189762	.	C	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=318;SC=AATGATATTTCCTAATAGGAA;SOR=2.712;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=139189770;WS=139189752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	139190921	.	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr8	139190957	rs4909747	T	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=412;ReadPosRankSum=-0.354;SC=AAAGGTGGTATTCAAGGCTCC;SOR=0.970;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=29;WE=139190965;WS=139190947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr8	139268920	.	C	T	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=32;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CAATAATTTCCATGACACTCA;SOR=1.010;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=85;WE=139268928;WS=139268910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,126:0.70:179
chr8	139277934	rs61703386	T	C	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=826;ReadPosRankSum=-2.058;SC=TGGTGGTAGATTCATGACTTA;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=51;WE=139277942;WS=139277924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,78:0.79:99
chr8	139321179	rs6577909	A	G	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=54;PP=2007;SC=CCCTGAGAGCAGGTTCCTCAA;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=119;WE=139321187;WS=139321169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr8	139323246	rs56096441	A	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=226;SC=TAATCCTGAAAGCCATAGGAA;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=139323254;WS=139323236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	139380103	rs370836089	AAC	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.762;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr8	139601374	.	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr8	139614436	rs4394401	G	A	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=71;PP=2184;SC=TCATTGCCCCGGGCCCTCTGC;SOR=1.135;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=42;TCR=73;TR=113;WE=139614444;WS=139614426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr8	139614582	rs6993225	C	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	139617046	rs12546923	A	C	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=41;PP=1377;SC=GTGGCTCTGCAGCATCAGCCC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=82;WE=139617054;WS=139617036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr8	139618754	rs4471041	T	C	4235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=56;PP=1779;SC=CAAGCAGATTTGGAAACCTTG;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=106;WE=139618762;WS=139618744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	139620049	rs12681582	T	G	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=723;SC=TCCAACCTATTTCTACCACTC;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=139620057;WS=139620039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	139620267	rs11166829	G	A	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=53;PP=1624;SC=ATCCTGCCAGGGCATCAAAGA;SOR=1.265;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=81;WE=139620275;WS=139620257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	139626176	rs7000261	C	G	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=22;PP=747;SC=GGAACAAAGACAGAGAGATGG;SOR=0.950;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=139626184;WS=139626166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	139631650	rs7009396	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=403;SC=AGAGCCATGTAGCTGATGGGC;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=139631658;WS=139631640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr8	139638307	rs3924860	T	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=431;SC=GTTTCTAATTTTCTACAACAC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=139638315;WS=139638297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr8	139648892	rs11166830	G	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=24;PP=1202;SC=AGGCAAAGAAGAGACAAGGAA;SOR=1.233;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=67;WE=139648900;WS=139648882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	139658747	rs4909439	C	T	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=7;PP=548;SC=TGCTTAGACCCAGAACAGGGG;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=139658755;WS=139658737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	139668032	rs11166832	T	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=651;SC=GCTGTTATCGTTAATACTACC;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=139668040;WS=139668022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	139668300	rs12675091	C	T	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=49;PP=1500;SC=TGACACACTGCGCCGTGCGTG;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=85;WE=139668308;WS=139668290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	139672602	rs4072506	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=4;PP=703;SC=CCTCTTGAACTTTCTGAGTTG;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=139672610;WS=139672592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	139672671	rs3935045	T	C	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=30;PP=1553;SC=AACCATAAGATGACATACCGG;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=93;WE=139672679;WS=139672661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr8	139674213	rs11780732	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=4;PP=760;SC=TGGTGGAGGGCGGGCTTTCAG;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=139674221;WS=139674203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	139675869	rs11166835	G	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=9;PP=627;SC=AGTTTTTGGTGCTTCCCATTT;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=139675877;WS=139675859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	139676082	rs4410946	A	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=27;PP=761;SC=CAGTTGTCCTAGGAGGAGTCA;SOR=1.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=139676090;WS=139676072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	139688697	.	A	AAAGG	656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.88;MQRankSum=-0.294;QD=22.65;ReadPosRankSum=0.942;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr8	139696635	rs4506262	T	C	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=43;PP=1578;SC=CGGCAACTCGTGGCACCCACA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=93;WE=139696643;WS=139696625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr8	139697478	rs9644500	T	C	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=54;PP=1756;SC=CTTTTCCGGGTGGCCCAGGGA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=116;WE=139697486;WS=139697468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr8	139712323	rs4909835	A	G	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=23;PP=1328;SC=GCCGAGGCACACTGGGCACCC;SOR=1.189;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=71;WE=139712331;WS=139712313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	139727811	rs370969245	TTA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.152;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr8	139733062	rs11774914	C	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.611;NF=16;NR=31;PP=807;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GCAAAGTTAACAGGAGACGGG;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=47;WE=139733070;WS=139733052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,59:0.75:79
chr8	139733089	rs34929697	CA	C	1131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.650;NF=2;NR=26;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TTGGATTAAACAACACAAAGT;SOR=1.085;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=28;WE=139733097;WS=139733079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr8	139734462	rs12678237	T	C	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=39;PP=1146;SC=GCTCTTTGATTAGCAGGGCCC;SOR=1.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=139734470;WS=139734452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr8	139736933	rs10112806	C	A	3858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=50;PP=1478;ReadPosRankSum=0.125;SC=CCACATGGACCCTGTTAGCCT;SOR=0.523;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=103;WE=139736941;WS=139736923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,173:0.79:220
chr8	139737521	rs12545759	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-0.557;SC=TTTTGCACTGGACTTGGGTGG;SOR=0.136;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=7;WE=139737529;WS=139737511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr8	139749799	rs10111520	G	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=0.558;SC=ATTCCAGGTGGTCCCATGTCA;SOR=0.676;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=13;WE=139749807;WS=139749789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr8	139767349	rs2318338	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=13;PP=1153;SC=CCAAACCCATTGGTAAGAGAA;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=139767357;WS=139767339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	139768085	rs7825723	G	A	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=77;PP=2309;SC=GCACAGAAACGACAAACATTT;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=123;WE=139768093;WS=139768075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
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chr8	139774866	rs12550638	G	A	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=29;PP=1041;SC=AGCCCTAGACGGGATGTGTCT;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=139774874;WS=139774842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr8	141461266	rs3735801	A	G	2900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.460;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=59;PP=1802;ReadPosRankSum=1.862;SC=TCTGGAAGTCACCCCACTCGT;SOR=0.569;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=156;TCF=79;TCR=77;TR=112;WE=141461274;WS=141461256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,132:0.68:193
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chr8	141557497	rs2292782	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=433;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CCCTGCATACTGCACCCCACC;SOR=0.960;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=28;WE=141557505;WS=141557487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr8	141559358	rs2292781	G	A	3165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1352;ReadPosRankSum=0.288;SC=TGGGCATGCCGGCGTCTCTCG;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=85;WE=141559366;WS=141559348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,142:0.80:177
chr8	141561393	rs2292779	G	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=532;ReadPosRankSum=1.184;SC=CTGCCTGTGGGGGGCTTACTT;SOR=1.094;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=40;WE=141561401;WS=141561383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,51:0.78:65
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chr8	141566311	rs2271738	C	T	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=883;ReadPosRankSum=-1.376;SC=ACCTAGCAGTCGCTCTGATCA;SOR=0.380;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=59;WE=141566319;WS=141566301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,85:0.75:113
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chr8	141572497	rs2292774	GG	AA	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.366;HP=5;HapScore=2;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=472;ReadPosRankSum=0.637;SC=CCCTGCGGGGGGCCCTCGGAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=141572506;WS=141572488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr8	141582896	rs13276958	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr8	141583108	rs34527405	ATT	A	724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr8	141669818	rs3835176	AT	A	1601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=559;ReadPosRankSum=1.691;SC=GTTTTCAGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.315;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=35;WE=141669826;WS=141669808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr8	141684170	rs3639	T	C	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=18;PP=977;SC=TAAAATCTATTACACTGAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=141684178;WS=141684160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	141685641	rs6998337	C	A	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr8	141744917	rs45613837	G	A	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=28;PP=822;SC=GGTGGCAAAGGTCAGGAAAGG;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=141744925;WS=141744907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	141749052	rs11464275	A	AT	376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=184;SC=AAAAGAGATAATTTTTTTTTG;SOR=1.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=141749060;WS=141749042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	141762558	rs6578132	G	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=21;PP=603;SC=GAATGAGAGGGATACTTAAAA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=141762566;WS=141762548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	141774282	rs7840381	A	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=11;PP=625;SC=TTTTAAATGCAAGGAGGCATC;SOR=1.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=141774290;WS=141774272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	141774576	rs4378011	A	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=23;SC=ATCATTGTCCAATACGTTATA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=141774584;WS=141774566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	141779826	rs10875458	C	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=105;SC=AAATAAAAAACAATTACCCCC;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=141779834;WS=141779816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	141840645	rs4246127	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	141840739	rs4246128	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=226;SC=ATATTATTTAGGAAGGAAACA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=141840747;WS=141840729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	141919468	rs62521903	C	G	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=73;SC=GAGTAAGACCCTATAGATTAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=141919476;WS=141919458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	141994297	rs4961311	A	G	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=9;PP=280;SC=AGCATTACATAATCATGTAGT;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=141994305;WS=141994287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	142138860	rs3739232	C	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=461;ReadPosRankSum=-1.707;SC=TGCTGGAGCTCTGCGCGCTGC;SOR=0.426;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=31;WE=142138868;WS=142138850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr8	142139028	rs116915947	G	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-0.855;SC=GCTGAGTCCCGGTCCCCCGGC;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=7;WE=142139036;WS=142139018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr8	142146708	rs307772	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,56:0.26:219
chr8	142152442	rs307765	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,18:0.15:118
chr8	142160829	rs35212078	T	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr8	142161064	rs3816063	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=293;ReadPosRankSum=0.409;SC=TACGCGGCCCCGCCCCGGCGA;SOR=0.614;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=29;WE=142161072;WS=142161054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,31:0.27:116
chr8	142161666	.	AT	A	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr8	142166214	rs555399	C	T	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=26;PP=719;SC=ATTTTGTTTTCTGAGATTGAG;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=142166222;WS=142166204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	142173356	rs428300	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.057;SC=CTAACCATTTCTCTGCTACTA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=142173364;WS=142173346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr8	142176280	rs2241735	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=4.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,49:0.23:216
chr8	142176507	rs412706	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
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chr8	142186573	rs307732	A	G	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=577;SC=TGCCAGCAGGATGCGTGCCTG;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=28;WE=142186581;WS=142186563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr8	142200467	rs1045303	G	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=758;ReadPosRankSum=1.067;SC=TCCAGCTGCCGCGAGGTGGCC;SOR=0.903;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=43;WE=142200475;WS=142200457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,59:0.71:83
chr8	142202856	rs6990186	C	T	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1259;ReadPosRankSum=0.152;SC=CGCACGCCCTCGTGCCCTCCT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=74;WE=142202864;WS=142202846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,114:0.66:172
chr8	142202884	rs7014062	T	C	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=1254;ReadPosRankSum=-1.574;SC=CCTCTCAGGGTTCCCCTCCTA;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=71;WE=142202892;WS=142202874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,116:0.70:166
chr8	142204326	rs1045248	C	G	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr8	142222261	rs3824235	A	G	54.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=1.150;SC=CCACCCGCCCACTGGAATGTG;SOR=0.916;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=142222269;WS=142222251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr8	142222374	rs7017848	A	G	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.986;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=794;ReadPosRankSum=0.819;SC=CGCTGTTCCCACCGGCCCTGC;SOR=1.013;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=52;WE=142222382;WS=142222364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,77:0.75:102
chr8	142222445	rs3739238	T	C	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=25;PP=1394;ReadPosRankSum=0.160;SC=TCTGACACGTTGGGATAGATC;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=81;TCR=36;TR=86;WE=142222453;WS=142222435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,121:0.72:167
chr8	142226108	rs892364	C	T	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=44;PP=1072;ReadPosRankSum=2.290;SC=AGTGGGCAGGCGGCTGGCTCC;SOR=0.585;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=69;WE=142226116;WS=142226098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,92:0.77:120
chr8	142228077	rs3842198	AGAGCGGCCCCGCTCCGGT	A	2473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=2970;ReadPosRankSum=0.384;SC=GTGGGCAGAGAGAGCGGCCCC;SOR=1.055;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=25;WE=142228102;WS=142228067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,61:0.78:78
chr8	142228809	rs753779	T	C	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=31;PP=1265;ReadPosRankSum=0.185;SC=GCACGTGCAATGCCGAGTCGC;SOR=0.519;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=83;WE=142228817;WS=142228799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,127:0.82:154
chr8	142228909	rs753778	G	A	4173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=67;PP=2531;ReadPosRankSum=0.222;SC=GACGCCGTGCGGCTCGCCCCC;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=94;TCR=86;TR=141;WE=142228917;WS=142228899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,185:0.79:235
chr8	142229145	rs3739235	A	G	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=971;ReadPosRankSum=0.642;SC=GGGAGGAAGCAGCAGCCGGTG;SOR=1.110;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=51;WE=142229153;WS=142229135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,75:0.82:92
chr8	142229178	rs3739234	G	A	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.870;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=782;ReadPosRankSum=-1.086;SC=CAGGCCACAGGGGGGGAAGCT;SOR=2.448;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=35;WE=142229186;WS=142229168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,45:0.85:53
chr8	142229891	rs2304279	A	G	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=49;PP=1344;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GCACGATGCCAATGGGCTGCC;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=89;WE=142229899;WS=142229881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,125:0.79:158
chr8	142229946	rs4961256	G	A	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=765;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GAGCACACGGGAGGGCGGTCA;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=48;WE=142229954;WS=142229936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,60:0.77:78
chr8	142231944	rs6983780	G	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.58;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr8	142231944	.	GC	AG	868	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=17;PP=868;QD=48.4983092033;SC=CCCGCGACAGGCAGGTGCCTC;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=19;WE=142231953;WS=142231934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,19:0.63:30
chr8	142231945	rs59172574	C	G	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.34;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr8	142266958	rs71504829	CT	C	222	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=159;ReadPosRankSum=-2.392;SC=TGTAATGAAACTTTTTTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=16;WE=142266966;WS=142266948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr8	142367246	rs36092215	G	A	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=42;PP=1569;ReadPosRankSum=0.617;SC=GCCACTTGGCGGGCGTGGAAG;SOR=0.659;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=90;WE=142367254;WS=142367236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,153:0.76:201
chr8	142367335	rs10875472	T	C	4650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=62;PP=2040;SC=GCGACCCTGGTGGAGCAGACC;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=118;WE=142367343;WS=142367325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
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chr8	142367559	rs11785629	G	A	5055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=76;PP=2841;SC=GGGAGCCTTCGGGCCGCACGA;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=136;WE=142367567;WS=142367549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
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chr8	142445095	rs28592919	C	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.54;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	142445097	rs28590477	A	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.25;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr8	142445540	rs143051012	T	TGCCCGCGGCCCTGGCCC	8212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=35;PP=1350;SC=CAGGCTGGTCTGCCCGCGGCC;SOR=0.897;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=44;WE=142445548;WS=142445528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr8	142445680	rs11784911	A	T	6248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=79;PP=2965;SC=CACAGTCCATATTCACACAAG;SOR=0.736;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=77;TCR=81;TR=156;WE=142445688;WS=142445670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr8	142446923	rs11782383	C	T	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=18;PP=537;SC=TGGAAGAAGCCGTCGAGCAAG;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=142446931;WS=142446913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	142451177	rs7459842	G	A	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	142457961	rs13259488	A	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=6;PP=612;SC=GCGGAACCCTATGTGTGTCTG;SOR=2.012;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=31;WE=142457969;WS=142457951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	142458053	rs6578185	A	G	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=27;PP=1033;SC=TGCTTGGGCTAGGGCTCGCTG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=142458061;WS=142458043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	142459814	rs7003306	C	T	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=554;SC=CGTGGGCTGCCCAGCCCCCAG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=142459822;WS=142459804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	142477752	rs11775650	T	C	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=39;PP=932;SC=CCCAGGATCTTGCAAGTCTCT;SOR=1.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=58;WE=142477760;WS=142477742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	142480610	rs4907398	C	T	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	142482982	.	G	A	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,137:0.69:199
chr8	142483145	.	ACCC	A,AC	461.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=35.52;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,7:0.46,0.54:13
chr8	142484366	rs33975024	A	AG	3711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=47;PP=2353;SC=TGCCACGCCCAGTGGACGCAG;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=51;WE=142484374;WS=142484356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	142487333	rs2247440	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.15;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	142487349	.	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=1.620;SC=CCCTGCTGTCCCACAGCTGGG;SOR=0.376;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=11;WE=142487357;WS=142487339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr8	142488662	rs2613643	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	142489410	rs2748418	A	G	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=33;PP=1008;SC=CGCCAGCCCCAAGGTCAGAGC;SOR=1.392;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=51;WE=142489418;WS=142489400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	142489981	rs2748417	C	T	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=30;PP=1287;SC=CAGGTGGTGGCGGGGACAGGG;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=142489989;WS=142489971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	142490079	rs2613641	G	A	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=58;PP=1922;SC=CCGTGGCACCGTTTTTTTCAG;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=101;WE=142490087;WS=142490069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr8	142490120	rs2748416	G	T	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.336;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=56;PP=1819;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TAGGTAAACAGGAAGGCCTGT;SOR=0.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=97;WE=142490128;WS=142490110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr8	142505038	rs6578193	T	C	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr8	142505056	rs2246587	T	C	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr8	142505578	rs2748404	C	A	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=22;PP=740;SC=ATCTTGAAGCCGGTGGCTAAG;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=40;WE=142505586;WS=142505568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr8	143352978	rs11777062	T	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=15;PP=684;SC=AGGGGGTCAGTTTCAGGCAGG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=143352986;WS=143352968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr8	143396446	rs62000450	C	T	4428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=87;PP=2142;ReadPosRankSum=1.242;SC=CTGCTGCAGACGCTCCTGCTG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=54;TCR=107;TR=130;WE=143396454;WS=143396436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,193:0.78:246
chr8	143412377	rs34722595	T	C	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=53;PP=1079;ReadPosRankSum=1.430;SC=GGAGCTTCCCTGCCCCCTGCT;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=79;WE=143412385;WS=143412367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,107:0.84:128
chr8	143412988	rs116424300	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=80;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GTGGACCCACGAAACCCGGGA;SOR=0.293;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=11;WE=143412996;WS=143412978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr8	143425720	rs10100935	T	C	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=822;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GCCCGGGTAGTGCTGGGCCCC;SOR=0.574;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=72;WE=143425728;WS=143425710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,99:0.72:138
chr8	143447503	rs7388487	C	T	305.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5038;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=-0.607;SC=GTTCATGCCACTCTCCAGCCT;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=13;WE=143447511;WS=143447493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr8	143546381	.	TGGGCAGACAGGGGAGGC	T	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.210;NF=0;NR=2;PP=205;ReadPosRankSum=0.674;SC=ACAGGGGAGGTGGGCAGACAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=143546405;WS=143546371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr8	143556790	rs55875009	G	A	4068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=65;PP=1656;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TCCAGGCCACGAGCCCCTGCC;SOR=0.564;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=120;WE=143556798;WS=143556780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,198:0.69:286
chr8	143557060	.	A	AG	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.396;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.530;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr8	143560504	rs13279697	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CTGATGACTGATTTCTCCTCT;SOR=0.427;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=10;WE=143560512;WS=143560503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr8	143560555	rs13252518	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=1.293;SC=TGCCCCACATTCCTGGGTCCC;SOR=0.707;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=15;WE=143560563;WS=143560545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,25:0.32:79
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chr8	143563087	rs11782438	C	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,25:0.20:127
chr8	143563161	rs11776057	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr8	143570281	rs73714305	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GGCCCTGGACGCGACCTTGAA;SOR=1.118;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=8;WE=143570289;WS=143570271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr8	143570921	rs7825551	A	G	7042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=106;PP=2965;SC=TTCGAGAGCTACTTTTATCCC;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=62;TCR=107;TR=168;WE=143570929;WS=143570911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
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chr8	143599634	rs13254098	T	G	7557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chr8	143599704	rs13281694	A	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=123;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=42;PP=1302;SC=CCCTCCCTCCATTTGTCCTCA;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=48;WE=143599724;WS=143599694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr8	143599734	rs13281922	A	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=158;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=25;PP=758;SC=TCACCTCCGCATTTGCCACGG;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=143599761;WS=143599724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr8	143599753	rs13281945	A	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=45.30;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr8	143603269	rs7463713	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=226;SC=CTCAGTGGGGACAGGTGTGGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=143603277;WS=143603259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	143603318	rs7462471	C	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=6;PP=514;SC=GCCCTGGGCCCCACACAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=143603326;WS=143603308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	143603418	rs7460600	G	C	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=30;PP=1166;SC=CCTACATGGCGGTGACGGGCC;SOR=1.069;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=77;WE=143603426;WS=143603408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	143623624	.	G	A	5067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=84;PP=2355;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CTCTGGACACGAGCTACGTGA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=89;TCR=111;TR=151;WE=143623632;WS=143623614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,229:0.76:301
chr8	143624725	.	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=3.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,53:0.21:247
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chr8	143695678	rs28403912	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	143695681	rs28641083	G	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	143696749	rs28660666	G	A	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=1034;ReadPosRankSum=-1.024;SC=GACTTCTAAGGGGATGGAAGA;SOR=0.733;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=58;WE=143696757;WS=143696739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr8	143746087	rs33951456	CCA	C	10583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=81;PP=2973;SC=TTTCTGAACTCCACACACAAC;SOR=0.701;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=34;TCR=92;TR=112;WE=143746096;WS=143746076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr8	143746674	.	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.330;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,30:0.22:136
chr8	143747280	rs374553677	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,28:0.17:161
chr8	143761931	rs2294008	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,51:0.75:68
chr8	143762135	rs2920279	A	C	278.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=208;ReadPosRankSum=0.106;SC=TCCTCCAGGGAAGCTCTTGGC;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=9;WE=143762143;WS=143762125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr8	143762724	rs2976391	C	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr8	143762932	rs2976392	G	A	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=1111;ReadPosRankSum=0.005;SC=GTCCGCATCTGTGTGCTGTTT;SOR=0.479;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=78;WE=143762940;WS=143762922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,136:0.80:171
chr8	143763043	rs2920298	A	G	1094.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=567;ReadPosRankSum=2.106;SC=TCCTCCACTCATCTGTCCCTC;SOR=0.350;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=35;WE=143763051;WS=143763033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,48:0.89:54
chr8	143763259	rs71514093	T	TG	1190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.715;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.521;NF=18;NR=6;PP=841;ReadPosRankSum=1.910;SC=TTAGGCAGGGTGGGACAGGAG;SOR=0.285;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=24;WE=143763267;WS=143763258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr8	143763490	rs2978982	T	C	5432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=76;PP=2283;ReadPosRankSum=-1.736;SC=AGCCGGCTGCTGCCATCCTTG;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=203;TCF=106;TCR=97;TR=160;WE=143763498;WS=143763480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,247:0.79:314
chr8	143763547	rs1045531	C	A	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=71;PP=2603;ReadPosRankSum=1.057;SC=CCGGCCAGCTCTAGGCTCTGG;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=189;TCF=97;TCR=92;TR=150;WE=143763555;WS=143763537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,176:0.79:223
chr8	143763618	rs2976393	C	G	8943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=4.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.76;ReadPosRankSum=1.429;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,217:0.79:273
chr8	143763622	rs2976394	C	T	8915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=3.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.42;ReadPosRankSum=1.344;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,219:0.80:275
chr8	143763690	rs10216533	G	A	5605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.956;HP=5;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.657;SC=GTATGTCTGCGCCCCTGTCCC;SOR=0.990;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=337;TCF=189;TCR=148;TR=266;WE=143763698;WS=143763680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,253:0.80:316
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chr8	143763757	rs1045547	T	G	13666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=3.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.57;ReadPosRankSum=0.109;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,349:0.78:447
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chr8	143849626	rs7006366	T	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	143856967	rs2304398	C	G	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=27;PP=1321;SC=AGAACCTCCCCTTCGTGCTCC;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=74;WE=143856975;WS=143856957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	143857208	rs2304397	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.499;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,24:0.17:139
chr8	143857265	rs2585125	G	T	5895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=68;PP=2612;SC=CTTCCCTACTGTCAGCCCATC;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=145;WE=143857273;WS=143857255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr8	143857441	rs3214637	A	AGG	1630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.79;NF=1;NR=33;PP=1565;SC=GATCCAACTCAGGTGGCGCAC;SOR=3.556;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=34;WE=143857449;WS=143857431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	143866850	.	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=2.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,108:0.23:468
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chr8	143955864	.	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=-2.136;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,74:0.65:113
chr8	143956693	rs4541	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.068;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.616;NF=9;NR=24;PP=557;ReadPosRankSum=0.110;SC=GTCTGAGCTCGCCACTCGCTC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=33;WE=143956701;WS=143956683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr8	143956776	rs56715454	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.829;NF=7;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=-1.180;SC=GGATGGGGCTTCCTGTGCTCT;SOR=0.784;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=12;WE=143956784;WS=143956766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr8	143956803	rs28418310	G	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQRankSum=-3.932;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr8	143956808	rs6395	A	C	1160.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQRankSum=-2.088;QD=27.64;ReadPosRankSum=1.966;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,37:0.88:42
chr8	143956907	rs6393	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=4;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.046;NF=4;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=1.407;SC=AAGCAGCCCCGAGCGCAGAAG;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=11;WE=143956915;WS=143956897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr8	143956925	rs6392	T	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.034;NF=7;NR=13;PP=333;ReadPosRankSum=-0.675;SC=AAGGACATGCTCCACGTTAAT;SOR=1.136;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=20;WE=143956933;WS=143956915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr8	143956965	rs6391	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.314;NF=1;NR=8;PP=210;ReadPosRankSum=-0.079;SC=GATTCCAGAGAAAGAAGAGCT;SOR=1.802;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=143956973;WS=143956955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr8	143957163	rs6403	C	G	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.154;NF=46;NR=22;PP=1251;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GCAGCAAGGGCAGCTCGGTGG;SOR=1.123;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=68;WE=143957171;WS=143957153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,81:0.77:105
chr8	143957405	rs6471570	A	C	5299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=67;PP=1997;ReadPosRankSum=-0.258;SC=ATACCCTGAGAACGACAGAGC;SOR=0.592;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=120;WE=143957413;WS=143957395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,245:0.75:325
chr8	143957856	rs7822986	G	A	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.674;NF=12;NR=29;PP=795;ReadPosRankSum=0.437;SC=GGTGCTGGGAGACATCCTTCA;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=41;WE=143957864;WS=143957846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,67:0.81:83
chr8	143957886	rs10105643	A	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.586;NF=8;NR=21;PP=561;ReadPosRankSum=1.612;SC=TCCTGCCCAGACTGCCCCGAC;SOR=1.387;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=29;WE=143957894;WS=143957876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr8	143958427	rs6387	C	T	3071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-1.422;QD=18.18;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,139:0.82:169
chr8	143959188	rs9657020	G	T	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.445;NF=21;NR=19;PP=622;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GCCAGAGTGCGTGGGGGCTCC;SOR=0.490;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=40;WE=143959196;WS=143959178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,66:0.78:85
chr8	143959250	rs7818826	T	C	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.312;NF=27;NR=28;PP=872;ReadPosRankSum=-0.786;SC=CAGCCACATTTCTGCAAAACT;SOR=0.567;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=55;WE=143959258;WS=143959240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,99:0.74:134
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chr8	143961005	rs6410	T	C	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.589;NF=62;NR=43;PP=1690;ReadPosRankSum=0.368;SC=AAATGGGCCCTAGTTCCTGGA;SOR=0.555;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=105;WE=143961013;WS=143960995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,147:0.74:200
chr8	143961102	rs4534	C	T	4816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.662;NF=63;NR=78;PP=2139;ReadPosRankSum=-0.225;SC=GCCTGGACGCCGGGGCATGGC;SOR=0.762;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=202;TCF=92;TCR=110;TR=141;WE=143961110;WS=143961092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,222:0.69:323
chr8	143993315	rs3097	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
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chr8	143993660	rs6432	A	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCCCCACCTTACGGACCAGGC;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=143993668;WS=143993650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr8	143994041	rs4545	C	T	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.131;NF=34;NR=20;PP=905;ReadPosRankSum=-2.310;SC=AAGTTCCTGCCGGAGCCCCTG;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=54;WE=143994049;WS=143994031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,101:0.74:136
chr8	143994321	rs6435	T	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.554;NF=4;NR=16;PP=388;ReadPosRankSum=-0.235;SC=GGGGCATCCATAGAAAGGGTC;SOR=1.671;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=20;WE=143994329;WS=143994311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr8	143994349	rs6397	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.321;NF=2;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=-1.106;SC=GGATGGGGCTTCCTGTGCTCT;SOR=1.445;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=10;WE=143994357;WS=143994339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr8	143994427	rs6394	A	G	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=79;SC=CGTAGGAAGTACTTCCTTGCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=143994435;WS=143994417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	143994517	rs6421	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=0;PP=23;SC=ATCCCCAGGGTGTTGAAGAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=143994525;WS=143994507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	143994702	rs4538	G	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.956;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.757;NF=26;NR=8;PP=630;ReadPosRankSum=0.090;SC=AGCACCCACCGCAAGGTCTCC;SOR=0.147;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=34;WE=143994710;WS=143994692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
chr8	143994944	rs13252628	T	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.93;MQRankSum=-2.326;NF=18;NR=22;PP=426;ReadPosRankSum=0.333;SC=CAGGACAACCTCCCTCTGAGG;SOR=0.635;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=143;TCF=58;TCR=85;TR=40;WE=143994952;WS=143994934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,55:0.27:204
chr8	143994978	.	CAAA	C	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,31:0.25:125
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chr8	143995435	.	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,52:0.21:252
chr8	143995761	rs4536	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.551;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,35:0.22:157
chr8	143997309	rs13257680	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-2.406;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,14:0.14:97
chr8	143997795	rs11781816	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,55:0.20:275
chr8	143998426	rs13268153	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.746;NF=12;NR=1;PP=177;ReadPosRankSum=1.468;SC=CCCCTACACCCAGGCTGCCCA;SOR=0.850;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=13;WE=143998434;WS=143998416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr8	143998662	rs13276226	G	A	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,99:0.21:477
chr8	144064048	rs140972957	A	AT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr8	144097333	rs62525085	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.22;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr8	144097377	rs62525087	C	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=275;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GGCATTCGGCCCGGTCAGGAC;SOR=0.650;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=21;WE=144097385;WS=144097367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr8	144097453	rs13279735	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.674;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.675;SC=CTCCCCTTTCACCTGCCCCAA;SOR=1.565;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=12;WE=144097461;WS=144097443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr8	144102493	rs11136286	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=155;ReadPosRankSum=0.594;SC=GAGCAGACGCCCCAGGGGTCC;SOR=0.752;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=16;WE=144102501;WS=144102483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,15:0.24:62
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chr8	144124512	rs11136299	T	C	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=1024;ReadPosRankSum=-1.494;SC=AGGGTAGGCCTGCGGGGGAGA;SOR=1.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=67;WE=144124520;WS=144124502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,92:0.75:122
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chr8	144332012	rs6558339	T	C	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr8	144332082	rs11136275	T	C	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TGCAGAAGAGTGCGCTCAGAG;SOR=0.791;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=94;WE=144332090;WS=144332072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,140:0.83:169
chr8	144351394	rs7819483	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-1.397;SC=CTGTGGGTTCATCCTCCATCC;SOR=1.439;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=11;WE=144351402;WS=144351384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr8	144351632	rs6558341	A	G	7466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=94;PP=2965;SC=TCTCATCACCAGGGACACCTG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=87;TCR=95;TR=180;WE=144351640;WS=144351622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr8	144357213	rs3817675	G	C	5666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=0.635;SC=GTGGCCCCACGTGGACTCCTG;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=144;TCR=104;TR=183;WE=144357221;WS=144357203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,249:0.71:351
chr8	144357479	rs3812433	C	G	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=82;PP=2056;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TTTAACAGTGCTGAGCCCTCG;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=49;TCR=108;TR=119;WE=144357487;WS=144357469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,155:0.78:198
chr8	144357975	rs2293924	C	T	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=15;PP=953;SC=TAAGCCCCCCCGTCCAGCTCT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=47;WE=144357983;WS=144357965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	144357992	rs2293923	A	G	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=836;ReadPosRankSum=-0.905;SC=CTCTGCTCTCACTCCCCGTCC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=53;WE=144358000;WS=144357982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,74:0.79:94
chr8	144358302	rs1056146	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=0.736;SC=AAGCAGCGGCCGGGCCCGAGG;SOR=0.446;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=11;WE=144358310;WS=144358292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr8	144358381	rs1056148	G	A	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=17;PP=1360;ReadPosRankSum=1.113;SC=CGCGCGGGGGGCCAAGCCGCA;SOR=0.691;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=110;TCF=84;TCR=26;TR=80;WE=144358389;WS=144358371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,115:0.77:150
chr8	144378184	rs2235115	C	G	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=1500;ReadPosRankSum=-1.194;SC=CAGGCCCCGGCGCAGAGGGCG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=92;WE=144378192;WS=144378174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,129:0.84:154
chr8	144378868	rs7386259	A	G	8292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=92;PP=2965;SC=GGCACCAGCGACTCCACACGG;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=166;WE=144378876;WS=144378858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr8	144391452	rs11136285	G	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=441;ReadPosRankSum=0.401;SC=CAAAGTGCTGGGATTACAGGT;SOR=0.502;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=23;WE=144391462;WS=144391442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr8	144391728	rs7386475	A	G	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.593;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=48;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.789;SC=GGGAGGCAGCATCAGCCCAGG;SOR=0.350;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=71;WE=144391736;WS=144391718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,88:0.81:108
chr8	144391796	rs10088567	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=615;ReadPosRankSum=1.402;SC=AAGGGCGAGCGTCCTCCATGC;SOR=1.148;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=31;WE=144391804;WS=144391786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr8	144391873	rs10105378	A	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=545;ReadPosRankSum=-0.430;SC=CACCCCACGCATGCCGCCACC;SOR=0.237;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=35;WE=144391881;WS=144391863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
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chr8	144391930	rs10091561	G	A	3763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.88;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,96:0.71:135
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chr8	144403485	rs11544482	G	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,56:0.26:218
chr8	144406705	rs11544484	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,60:0.22:272
chr8	144406881	rs12680498	G	A	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=816;ReadPosRankSum=1.918;SC=CTGGTCAACCGTCCCACGTGG;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=54;WE=144406889;WS=144406871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,73:0.71:103
chr8	144408616	rs3829019	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-1.637;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
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chr8	144409938	rs11424162	A	AG	5632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=29;PP=2969;SC=ATCAGGCCAAAGAAGAGGGTC;SOR=1.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=74;WE=144409946;WS=144409924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	144411759	rs3812436	T	C	94.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.99;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	144411767	rs2467894	C	A	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	144417051	rs2956274	A	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=27;PP=750;SC=TCCGGGAAAGAGCGACAAGCT;SOR=2.891;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=30;WE=144417059;WS=144417041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	144425247	rs7837655	C	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=8;PP=723;SC=CTTATTTCACCATAAAATCTT;SOR=2.012;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=35;WE=144425255;WS=144425237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	144457678	rs72703712	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=-1.094;SC=AGCCTGGTGCGGGCGCCACGG;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=15;WE=144457686;WS=144457668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr8	144459231	.	C	CGT	1610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=779;ReadPosRankSum=0.869;SC=TCTGTGTGTGCGCGTGTGTGT;SOR=0.323;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=22;WE=144459241;WS=144459224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr8	144459233	rs3889112	C	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=623;ReadPosRankSum=0.230;SC=TGTGTGTGCGCGTGTGTGTGT;SOR=0.377;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=27;WE=144459241;WS=144459224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr8	144459310	rs140462652	TTG	T	2270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.520;QD=27.03;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,75:0.89:84
chr8	144459329	rs901760	C	T	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=25;PP=1072;SC=TGTGTGCGCGCGCATGTGTGT;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=59;WE=144459337;WS=144459319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr8	144460569	rs901762	G	A	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=36;PP=1032;SC=AGACACATGCGGAGGCTGAAG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=37;WE=144460577;WS=144460559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr8	144463267	rs13275994	C	T	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=3;PP=1252;SC=CAGAGGGGGCCGTGTGTTCAG;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=49;WE=144463275;WS=144463257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr8	144621084	rs3750207	T	G	3548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=58;PP=1880;ReadPosRankSum=0.959;SC=TCCAGGGGGTTTCCTCAAATT;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=106;WE=144621092;WS=144621074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,155:0.77:202
chr8	144623470	.	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,30:0.18:166
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chr8	144623735	rs2242092	G	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=60;PP=1699;SC=CCGCCGTCGCGCTGACAACGG;SOR=3.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=71;WE=144623743;WS=144623725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	144636949	rs7844860	T	C	12524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=228;PP=2965;ReadPosRankSum=9.626;SC=CCACACAACATGCACGTGCAT;SOR=0.855;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=375;TCF=144;TCR=231;TR=372;WE=144636957;WS=144636939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:42,498:0.92:540
chr8	144640506	rs80346174	G	C	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=28;PP=1178;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GGCGGGCCCTGCGTCAGGTTG;SOR=0.850;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=72;WE=144640514;WS=144640496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,123:0.67:184
chr8	144641159	rs59789236	G	GGTGA	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=2.725;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr8	144641161	.	A	G	288	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=7;NR=11;PP=288;QD=17.9317340304;SC=GGGTCCCTGCACCACGCTCAG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=18;WE=144641169;WS=144641151;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr8	144641161	.	A	ACTCTGGCTGGGTTTTGCAGTGGGTCCCTGCG	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=2.607;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr8	144641313	rs7840166	G	A	215.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GGAGAACACTGTAATTCTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=144641321;WS=144641303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr8	144641753	rs4874151	A	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,60:0.30:200
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chr8	144642244	rs73375262	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=531;ReadPosRankSum=0.610;SC=AGGTTTTGCTATCTCGGCCAG;SOR=0.287;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=28;WE=144642252;WS=144642234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr8	144642490	rs73375263	G	A	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=738;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CCTAAGGACCGGACTGAGCCC;SOR=0.520;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=43;WE=144642498;WS=144642480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,70:0.65:108
chr8	144642596	rs7835865	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=377;ReadPosRankSum=0.796;SC=AGTCCACCTTTCCTCATGGGG;SOR=0.883;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=26;WE=144642604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,35:0.27:132
chr8	144642626	rs7831485	A	G	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=38;PP=1746;SC=CGTGGGGAGCACACGGAGAGG;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=87;WE=144642634;WS=144642616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr8	144642854	rs11551202	G	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=999;ReadPosRankSum=1.141;SC=CTGAGGTGCTGCAGACACAGA;SOR=0.521;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=70;WE=144642862;WS=144642844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,94:0.71:133
chr8	144642986	rs11136298	T	C	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=25;PP=1088;SC=CACGTGGGCATGCGGCGGCGG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=144642994;WS=144642976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr8	144643603	rs2290414	G	A	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=59.99;MQRankSum=1.399;NF=38;NR=31;PP=928;ReadPosRankSum=0.130;SC=GGTGAGAGCCGAGAGCCCCCA;SOR=0.601;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=69;WE=144643611;WS=144643593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,131:0.66:199
chr8	144644583	rs1349806	G	C	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=41;PP=1777;SC=CCCGGTGGGCGTTCAGAAACC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=82;WE=144644591;WS=144644573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	144644787	rs1377663	T	A	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=57;PP=2369;SC=AGGCACAAGATGCCCAGATTT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=115;WE=144644795;WS=144644777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr8	144649550	rs7010602	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=7;PP=248;SC=AGCCCCGGGCACGGGCCAGCA;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=144649558;WS=144649540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	144649601	rs13268196	A	G	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=461;SC=CCGCGGCCACAGCCGGCTTGG;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=144649609;WS=144649591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	144649625	rs10097556	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=8;PP=627;SC=CGCTCTGCAGTCGCCCTAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=144649633;WS=144649615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	144649690	rs13254590	C	T	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=14;PP=722;SC=AGTGCCCGGGCCCCTGGCCCT;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=144649698;WS=144649680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	144649968	rs13255489	C	T	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=34;PP=1053;SC=ATAAGCACGGCGGCTGCCCGG;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=61;WE=144649976;WS=144649958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	144650503	rs13271361	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=-1.829;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr8	144650510	rs11136301	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=282;ReadPosRankSum=1.713;SC=GGGGGAGCAAGGGCATCGGGT;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=10;WE=144650518;WS=144650493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr8	144650547	rs11136302	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr8	144650550	rs10101426	T	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=350;SC=GGCAGGAGACTGGATTGATTC;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=144650558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	144651554	rs6983410	A	G	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.52;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	144651576	rs7013931	C	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	144652281	rs11990325	T	A	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TGGCGGCCTTTCTCCTCGAGA;SOR=0.481;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=60;WE=144652289;WS=144652271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,87:0.63:139
chr8	144652595	rs200070927	G	GGCAGTGGGA	3934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=2729;ReadPosRankSum=0.358;SC=GAGCTGAGAGGGTGACAGCAT;SOR=0.749;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=36;WE=144652608;WS=144652585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,93:0.62:149
chr8	144652599	.	A	AGAGGG	3943.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.784;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TGAGAGGGTGACAGCATGCTG;SOR=0.507;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=36;WE=144652608;WS=144652585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,92:0.62:148
chr8	144652600	.	C	G	3916.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.342;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.360;SC=GAGAGGGTGACAGCATGCTGG;SOR=0.760;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=52;WE=144652608;WS=144652585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,89:0.62:143
chr8	144653011	rs11777527	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.90;SOR=5.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	144653218	rs4874152	A	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=26.78;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	144654249	rs10866911	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,22:0.20:108
chr8	144654255	rs4874153	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,23:0.19:122
chr8	144654582	rs4874154	C	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.861;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,67:0.27:249
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chr8	144654594	rs4873803	G	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=4.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.233;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,65:0.27:242
chr8	144654693	rs4873804	G	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,26:0.18:146
chr8	144657269	rs2290417	G	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,37:0.27:135
chr8	144657687	.	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,13:0.16:81
chr8	144657801	rs9771743	G	A	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=679;ReadPosRankSum=1.930;SC=CCTTATAGACGCCACCCAGGG;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=41;WE=144657809;WS=144657791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,84:0.71:118
chr8	144658711	rs872935	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=5.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.263;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,40:0.20:200
chr8	144659608	rs12678314	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=92;ReadPosRankSum=0.307;SC=CAGGGTGAGGATCACTAGGCC;SOR=0.144;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=9;WE=144659616;WS=144659598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr8	144660046	rs896954	G	A	3870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=57;PP=1861;ReadPosRankSum=-1.390;SC=AGCAGTCGAGGGCCCGAAGGT;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=112;WE=144660054;WS=144660036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,171:0.77:221
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chr8	144662353	rs1062391	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
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chr8	144689914	rs11136305	C	T	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;PP=2279;SC=CACAAGCGCACGTGCAAACGC;SOR=1.004;Source=Platypus;TCF=61;WE=144689922;WS=144689904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	144689932	rs34360518	CACAT	C	4808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;PP=2974;SC=CGCACATGAGCACATACATAC;SOR=1.329;Source=Platypus;TCR=35;WE=144689943;WS=144689922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr8	144696203	rs4634659	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=0.479;SC=TGGCTCCTCTTGGAGCTCAGC;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=7;WE=144696211;WS=144696198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
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chr8	144732026	rs3750203	G	A	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=10;PP=701;SC=ATCCCCATCTGTTAAGTAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=35;WE=144732034;WS=144732016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	144732363	rs4875017	T	C	5250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=62;PP=2612;SC=ATATTCTGAATTCAGACCTTC;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=135;WE=144732371;WS=144732353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr8	144732418	rs4874084	A	G	5135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=68;PP=2491;SC=CAATCCTTGCAATATCTGTGG;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=130;WE=144732426;WS=144732408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr8	144772151	rs35228840	TG	T	2518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.63;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=1.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
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chr8	144774089	rs11136314	A	C	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.10;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	144774233	rs11785723	T	C	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=36;PP=1277;SC=GTGATGGCCATGTGGGGTCCC;SOR=0.949;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=84;WE=144774241;WS=144774223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
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chr8	144776109	rs11786757	A	G	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=63;PP=1803;SC=TAGAGCTGTCATTCATCTGCG;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=91;WE=144776117;WS=144776099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr8	144800004	rs12543136	G	A	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=37;PP=1122;SC=TGGGGGCAGGGAGGGGCAGCC;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=144800012;WS=144799994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	144800552	rs6997797	C	T	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=44;PP=1200;SC=TGCGTGTCCCCCTGCGTGTCC;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=144800560;WS=144800542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	144800891	rs4072747	C	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=646;ReadPosRankSum=-1.823;SC=CCACTCCCCCCAGGTTGCCCC;SOR=1.938;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=20;WE=144800899;WS=144800881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,39:0.85:46
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chr8	144801347	rs5895782	AC	A	2013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=41;PP=1323;SC=GACATCCCCAACCCCCCCTCC;SOR=2.200;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=47;WE=144801355;WS=144801337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr8	144808003	rs4875045	G	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=447;SC=TGCTCAAGCAGATGAGCAGGG;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=144808011;WS=144807993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	144808170	.	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,48:0.25:195
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chr8	144809804	rs13254035	G	A	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=29;PP=1180;SC=CGTCGTCTTCGTAAGCCTCCG;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=144809812;WS=144809794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr8	144810138	rs1137806	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=-1.198;SC=TCCGAGCTCCGGGAAGCGGGG;SOR=0.223;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=15;WE=144810146;WS=144810128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr8	144810182	.	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=116;ReadPosRankSum=1.928;SC=CCGGGTCCGCGAAACCCGCGC;SOR=0.731;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=15;WE=144810190;WS=144810172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr8	144810970	rs11136322	C	G	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=32;PP=1193;SC=GGGTGGGGCGCGGAGGACGCA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=52;WE=144810978;WS=144810960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	144811338	rs9969600	C	G	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=77;PP=2488;SC=CATCCACGTGCTGCAGGTTGA;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=125;WE=144811346;WS=144811328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr8	144818311	rs11463418	A	AT	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.674;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr8	144824898	rs7463016	A	C	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=69;PP=2965;SC=AGGATACACAACCACCCTACC;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=150;WE=144824906;WS=144824888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr8	144825035	rs4074642	T	G	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=104;PP=2965;SC=GTCACGGTGCTAAGGGGCCTG;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=96;TCR=105;TR=200;WE=144825043;WS=144825025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr8	144873666	rs9314416	G	C	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=24;PP=769;SC=AAACCACCCAGGTGGACGGGT;SOR=0.779;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=44;WE=144873674;WS=144873656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	144873779	rs9314417	G	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=20;PP=895;SC=GAGCGGATGGGGGCGGTGGCA;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=40;WE=144873787;WS=144873769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	144873997	rs6982642	A	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	144874366	rs7461245	T	C	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=33;PP=906;SC=CAGGGCGGGGTGGCGACCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=144874374;WS=144874356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	144874554	rs6991873	T	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	144876159	rs7460093	G	A	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=743;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TGGGTGGGGTGAGGATGGGCA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=49;WE=144876167;WS=144876149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,66:0.80:82
chr8	144877835	rs34691721	G	A	165.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.489;SC=GGCTGACCGCGTGGCTGGGGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=144877843;WS=144877825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr8	144885580	rs13281371	A	G	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=26;PP=1246;SC=TGCTGGCCTCAAAGCCGTCAC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=144885588;WS=144885570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	144887656	rs7830442	A	G	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=1006;ReadPosRankSum=0.482;SC=CGCCACAGACAGCCACGTGCT;SOR=0.350;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=63;WE=144887664;WS=144887646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,99:0.82:121
chr8	144889172	rs10866915	A	G	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=53;PP=2184;SC=GCCGCAGGATAGTGAGGGTCA;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=116;WE=144889180;WS=144889162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr8	144890873	rs10098508	A	T	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr8	144891995	.	G	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=619;ReadPosRankSum=0.537;SC=CCGCTGCCCCGACCAGGCACC;SOR=0.616;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=33;WE=144892003;WS=144891985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr8	144893084	rs6558394	G	A	10028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=131;PP=2965;SC=ACCGAGGCTGGGTGGGGGCTG;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=118;TCR=131;TR=247;WE=144893092;WS=144893074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr8	144894496	rs4875060	G	A	7786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=80;PP=2916;SC=CGATGGCCTCGGTCACCTCGC;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=156;WE=144894504;WS=144894486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
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chr8	144894667	rs151007727	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.000;NF=12;NR=26;PP=655;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CCCTTCTGCCGCCGCCGTACT;SOR=0.505;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=38;WE=144894675;WS=144894657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
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chr8	144917790	rs11774027	A	G	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr8	144940267	rs28441354	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=0.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-1.894;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:407,66:0.14:473
chr8	144940300	rs4977191	G	A	5959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.826;NF=136;NR=49;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.286;SC=CGGCCAGGACGCGGTTCATCT;SOR=0.793;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=308;TCF=199;TCR=109;TR=185;WE=144940308;WS=144940290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,274:0.56:486
chr8	144940807	rs375639727	G	T	4269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=62;PP=2113;ReadPosRankSum=1.926;SC=CTTGCGTCGTGCTCCGTCCCG;SOR=0.568;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=124;WE=144940815;WS=144940797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,187:0.78:239
chr8	144941419	rs12681478	C	T	4607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=87;PP=2329;ReadPosRankSum=0.837;SC=TCAGTGCCTCCGCCTTCTCGA;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=67;TCR=115;TR=138;WE=144941427;WS=144941409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,200:0.76:264
chr8	144941768	rs371299411	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.848;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,55:0.22:255
chr8	144942903	rs6558399	T	C	5861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=63;PP=2959;SC=TCGACCAGGGTGGTGACTGCG;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=152;WE=144942911;WS=144942893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr8	144944049	rs375623650	C	T	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=998;ReadPosRankSum=0.110;SC=ACCTGCTCCTCGGTGGGGAGG;SOR=0.483;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=62;WE=144944057;WS=144944039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,86:0.77:111
chr8	144944176	rs12542653	T	C	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=38;PP=1581;SC=TGGGGAAGGTTTCGGAGGAGC;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=144944184;WS=144944166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	144944337	.	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-1.414;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,63:0.28:224
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chr8	144945191	rs12543389	T	C	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.242;NF=55;NR=46;PP=1914;ReadPosRankSum=-1.500;SC=GCCGCGCCGGTAGGCCACGTC;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=101;WE=144945199;WS=144945181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,124:0.73:170
chr8	144945385	rs374561266	C	T	11225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.032;SC=ACAGCAGCTTCGCGAACACAT;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=355;TCF=180;TCR=175;TR=265;WE=144945393;WS=144945375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,509:0.78:656
chr8	144945792	rs13255110	T	C	5814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=86;PP=2965;SC=GCGCTCAGCTTAGCGGCCAGC;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=149;WE=144945800;WS=144945782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr8	144946252	rs11136330	C	T	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=20;PP=822;SC=GCCGCAGTGCCAGTGGCCTGT;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=144946260;WS=144946242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	144946345	rs34753358	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-1.174;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,24:0.21:115
chr8	144946472	.	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CTCTAGGAGTGGCAGCGCGGT;SOR=0.813;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=16;WE=144946480;WS=144946462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr8	144946818	rs13260439	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.995;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,43:0.20:217
chr8	144990335	rs1065837	G	A	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=203;SC=CGGGGTGGGCGCAGGCAGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=144990343;WS=144990325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	144990528	rs7014582	A	G	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=31;PP=1841;SC=TGCGGGAGCCAGCGGTAGAGC;SOR=1.526;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=101;WE=144990536;WS=144990518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	144991176	rs6558405	T	C	3910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=49;PP=1704;ReadPosRankSum=1.891;SC=CAGTGGGGTCTGACCAGGAGG;SOR=0.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=106;WE=144991184;WS=144991166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
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chr8	144992361	rs7822511	T	C	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=928;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGTCCGACAGTGGCAGGAGCA;SOR=0.698;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=61;WE=144992369;WS=144992351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,91:0.77:118
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chr8	145001372	rs11782890	T	C	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=31;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.929;SC=GCCATCATCCTGGCAACGGTC;SOR=0.967;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=83;WE=145001380;WS=145001362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,112:0.81:139
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chr8	145007534	rs7003580	C	T	3210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.012;SC=AAGGTCGTTGCCATGACTCGG;SOR=0.562;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=106;WE=145007542;WS=145007524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,142:0.76:188
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chr8	145012777	rs7823393	C	G	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1669;ReadPosRankSum=0.914;SC=CCCTGTGACACGCACCAGCAT;SOR=0.500;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=96;WE=145012785;WS=145012767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,129:0.73:177
chr8	145020477	rs12543539	T	C	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5034;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=667;ReadPosRankSum=-1.331;SC=GCCCCGGCCCTCTCCTCTGCC;SOR=0.563;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=47;WE=145020485;WS=145020467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,92:0.91:101
chr8	145020636	rs12549853	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chr8	145057868	rs11544989	A	G	5644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=72;PP=2693;SC=CCCTGGGGTCACCTCCTCCTC;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=147;WE=145057876;WS=145057858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr8	145058037	rs11989052	A	G	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=971;ReadPosRankSum=0.281;SC=GTTGGAATGGATGAAAGATGG;SOR=0.339;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=57;WE=145058045;WS=145058027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,69:0.80:86
chr8	145058986	rs11136343	A	G	6940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.895;SC=CTCCTGCCCCAGCAACCCCTT;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=321;TCF=166;TCR=155;TR=227;WE=145058994;WS=145058976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,317:0.71:445
chr8	145059425	rs11136344	T	C	4963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=82;PP=2065;ReadPosRankSum=-2.339;SC=GGCTCCAGGATGTCGTAGTGG;SOR=0.531;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=77;TCR=99;TR=149;WE=145059433;WS=145059415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,226:0.83:272
chr8	145060112	rs11136345	G	A	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=822;ReadPosRankSum=-0.423;SC=CATGTAGTTCGTGATCTGCCT;SOR=0.355;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=56;WE=145060120;WS=145060102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,88:0.74:119
chr8	145066004	rs67714660	C	G	5549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=1.929;SC=GCGGTGGGGGCTGTGGCTCCC;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=110;TCR=122;TR=181;WE=145066012;WS=145065994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,245:0.78:316
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chr8	145066886	rs13277282	A	G	8392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=107;PP=2965;SC=CCCAGCTGCTACTGGGGAACA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=95;TCR=108;TR=202;WE=145066894;WS=145066876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr8	145095401	.	G	A	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=2.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=-2.224;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,116:0.29:395
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chr8	145150101	rs11541475	T	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=82;SC=GCAGCGCGCGTCCCGGGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=145150109;WS=145150091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	145150832	rs7820984	A	G	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=35;PP=1788;SC=GGGGCTGGCCATGGCTCTGCA;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=99;WE=145150840;WS=145150822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr8	145151665	rs200379271	TGGCAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCC	TCAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCC,T	6805.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=50;PP=2918;SC=GCCTCCAGTCTGGCAGTGGGC;SOR=1.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=57;WE=145151701;WS=145151655;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:151
chr8	145151668	.	CAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCCA	C	6783.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=44.63;SOR=1.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	145151693	.	A	C	1600	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=59.94;NF=25;NR=50;PP=1600;QD=21.7969495006;SC=ATACTTCTCCACTACCCCCAG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=75;WE=145151701;WS=145151655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,75:0.89:84
chr8	145158446	rs12549149	C	T	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=16;PP=557;SC=CGCCCTCCGCCCCCACTCACC;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=145158454;WS=145158436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	145158503	rs11136254	G	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=19;PP=510;SC=CGCCCAGGCCGCTCAGGGTCC;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=145158511;WS=145158493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	145158607	rs34173062	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr8	145160646	rs11136256	T	C	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=50;PP=1990;SC=CTGTGGAGACTGGAGATGCCC;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=112;WE=145160654;WS=145160636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	145161823	rs11546144	G	A	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=21;PP=889;SC=AAGCAGAAGCGGGGGCAGTGG;SOR=0.902;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=48;WE=145161831;WS=145161813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	145161896	rs13263342	T	C	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=24;PP=1038;SC=ACCCGGGTCCTTGAAGCCTGG;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=145161904;WS=145161886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	145162598	rs10091401	G	C	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=24;PP=1410;SC=CTGCCGCTGCGGGCCGTGACC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=77;WE=145162606;WS=145162588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr8	145163414	rs4977196	C	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=28;PP=916;SC=GGCGCCTGTCCGGCTTACGGG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=145163422;WS=145163404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	145163647	rs4977195	T	C	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=22;PP=1709;SC=GGCAGTTCCGTTCAGGTGGTC;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=145163655;WS=145163637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	145164617	rs13281660	G	T	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=23;PP=824;SC=TCCTGTCGGCGGCCACCGGGC;SOR=0.758;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=43;WE=145164625;WS=145164607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	145164847	rs13250446	A	G	5970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=68;PP=2584;SC=ACGGATCTCGAAGGCGCCTTC;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=136;WE=145164855;WS=145164837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr8	145168298	rs5895787	T	TG	763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=7;PP=529;SC=GTGTCCAGGCTGGGGAATCCA;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=145168306;WS=145168288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	145168611	rs7463214	A	G	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=50;PP=1793;SC=GCCATCCCAAACCCAGTGGCA;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=145168619;WS=145168601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	145168824	rs7836836	T	C	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=36;PP=1483;SC=CCACGGGAGGTGGGCTTACAC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=86;WE=145168832;WS=145168814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr8	145170440	rs12543080	A	C	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=21;PP=659;SC=CTGGCACCCAAGCGCAGCTGG;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=145170448;WS=145170430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	145170704	rs13278106	A	T	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=39;PP=1158;SC=CACCCGCCAGAGCCCTACACG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=145170712;WS=145170694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr8	145171003	rs4977193	G	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=29;PP=1355;SC=GGCCCCATGCGGTCCCGGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=145171011;WS=145170993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	145171201	rs1132230	A	G	7246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=101;PP=2965;SC=AGCTGACCGGACTGGTGGCCT;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=174;WE=145171209;WS=145171191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr8	145223191	rs6982878	G	A	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=66;SC=AGGCTTTGTCGCTGCAGAGCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=145223199;WS=145223181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr8	145255553	rs6558320	C	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=22;PP=618;SC=GCTTTGAATTCTCTAGAAAGA;SOR=1.312;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=31;WE=145255561;WS=145255543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr8	145537369	.	C	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	145537372	.	G	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	145537374	.	G	C,A	736.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.45;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=151;SC=GCCTCCCCGCGCCGCCTCCCC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=3;WE=145537382;WS=145537351;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:17
chr8	145550338	rs6599571	T	C	110.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	145557497	rs7013127	A	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	145584688	.	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,66:0.18:368
chr8	145584731	rs11546261	A	G	3841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=75;PP=1991;ReadPosRankSum=-2.448;SC=CAATGCTGCCACCATGCCTGA;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=55;TCR=93;TR=120;WE=145584739;WS=145584721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,167:0.83:202
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chr8	145639320	rs736676	G	C	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr8	145639521	rs4992316	T	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=14;PP=595;SC=GGTCCCAGGGTGCCTCCCACC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=145639529;WS=145639511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	145639726	rs2272662	T	C	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=36;PP=1171;SC=ATGTAGTGGGTGACCCCCCTG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=74;WE=145639734;WS=145639716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	145640411	rs2977838	A	G	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=47;PP=1558;SC=ACAGGGTCCCAGCTGCTGGCT;SOR=0.937;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=79;WE=145640419;WS=145640401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr8	145641328	rs17855765	C	T	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=22;PP=962;SC=CCAGCCCGAGCGTCCTCACAG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=50;WE=145641336;WS=145641318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	145641417	rs117535951	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=-0.425;SC=GACCGGGCCCGGGGGCAGCCC;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=20;WE=145641425;WS=145641407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,25:0.25:101
chr8	145641564	rs2280839	T	G	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=52;PP=1723;SC=AGGGCCTGTTTCCCTTTCAAG;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=145641572;WS=145641554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr8	145642002	rs2280838	C	T	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	145651262	rs2272658	T	C	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=44;PP=1271;SC=GCCCACCTCTTGCTCCATCCT;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=145651270;WS=145651252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	145652408	rs139513541	G	GGT	5974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=81;PP=2965;SC=CCCTAAGCCAGGCGCTGGCTC;SOR=2.007;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=95;TCF=3;TCR=92;TR=83;WE=145652420;WS=145652398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr8	145652412	rs3929255	C	G	5735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=75;PP=2033;SC=AAGCCAGGCGCTGGCTCACAC;SOR=2.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=23;TCR=75;TR=98;WE=145652420;WS=145652398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	145654794	rs3862193	G	A	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=219;SC=AGGCTCCAGGGAACAAACTCG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=145654802;WS=145654784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	145660833	rs1010427	G	A	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=840;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GGTGGGCTGCGGGGTAGGGCA;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=48;WE=145660841;WS=145660823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr8	145663814	rs13255086	A	G	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=21;PP=1401;SC=CAGCTCCTCCATGCTAGGCAG;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=80;WE=145663822;WS=145663804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	145665407	rs2229315	C	T	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=11;PP=1017;SC=CCCTCACCGCCCTCTGAGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=47;WE=145665415;WS=145665397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	145665516	rs2306383	T	C	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=51;PP=2151;SC=TGAGCTCCCGTAGTCTGGTTT;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=106;WE=145665524;WS=145665506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr8	145665637	rs2620650	A	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=41;PP=1565;SC=GGGGCTGTGGACGCAGAGAAA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=145665645;WS=145665627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	145665761	rs2229313	G	A	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=43;PP=1345;SC=GGGCCTGCTGGGCACAGCTGA;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=145665769;WS=145665751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr8	145667405	rs2242264	C	G	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=2;PP=1085;SC=GCCCCATTCGCACCCCCAGGC;SOR=3.958;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=145667413;WS=145667395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	145668042	rs741969	G	A	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=64;PP=2006;SC=TCCCTCCTGGGGCGGGGCAGG;SOR=0.987;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=109;WE=145668050;WS=145668032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr8	145677469	rs2245052	A	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=12;PP=1157;SC=CCTTGCAGGGATGGTGAAGCC;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=145677477;WS=145677459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	145677973	rs2256094	C	T	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=62;PP=1734;SC=GCAGGTACATCACTCACAGAC;SOR=1.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=83;WE=145677981;WS=145677963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	145678020	rs1871538	C	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=29;PP=769;SC=AGCTGTCCTCCCATATGGCTT;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=145678028;WS=145678010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	145689915	rs2721167	G	A	4325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=66;PP=2288;SC=GGCAGTCTTCGTGTGTGCTCA;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=120;WE=145689923;WS=145689905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr8	145690111	rs3832555	CCTCT	C	1508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=17;PP=1309;SC=TTCCCACCAACCTCTCTCTAA;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=25;WE=145690122;WS=145690101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	145690308	rs2721166	C	T	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=55;PP=2347;SC=GCAGTATGTACGAGGACACAG;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=132;WE=145690316;WS=145690298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr8	145690348	rs2620644	G	A	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=75;PP=2668;SC=GGAGAGGAAGGAAGCGCAGAA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=71;TCR=75;TR=146;WE=145690356;WS=145690338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr8	145690396	rs2620645	A	C	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=69;PP=1928;SC=CACTCTAGTAAGCCCAGGTTC;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=122;WE=145690404;WS=145690386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr8	145692110	rs2306388	C	T	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=195;SC=CTGCCTGCCCCCCTCCTCAGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=145692118;WS=145692100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	145692296	rs2250895	A	C	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=24;PP=1078;SC=GGCCTGGCTCAAGCACGTGAC;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=145692304;WS=145692286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	145692385	rs2250891	C	T	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=34;PP=1433;SC=CAGCCGAGGGCCGCGCGGCCG;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=77;WE=145692393;WS=145692375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	145692812	rs2250779	C	T	10977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=126;PP=2965;SC=GGGTCATGTTCCGGAAGATTT;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=145;TCR=126;TR=271;WE=145692820;WS=145692802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr8	145693720	rs2250657	A	G	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=57;PP=1693;SC=AGGAGGAGGCAGAGGCATTGC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=145693728;WS=145693710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr8	145697244	rs4925823	G	A	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=14;PP=879;SC=ACCTGCCTTCGTGGCACTCCC;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=145697252;WS=145697234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	145699601	rs2721176	T	C	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=26;PP=1035;SC=GAGGGAGGAGTGGCCCCTGTC;SOR=1.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=66;WE=145699609;WS=145699591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	145722870	rs201300832	A	AG	3519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.874;NF=16;NR=48;PP=2797;ReadPosRankSum=1.426;SC=AGCTCCCAGCAGACGGCCCAC;SOR=0.800;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=64;WE=145722878;WS=145722860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,108:0.73:148
chr8	145723419	rs2721149	T	G	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=23;PP=849;SC=TCTGGAGTCTTGGGGGAAGAG;SOR=0.719;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=46;WE=145723427;WS=145723409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	145724275	rs3816732	T	C	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=76;PP=2421;SC=CGTGCTCTGGTCGCTCACGTG;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=115;WE=145724283;WS=145724265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr8	145729727	rs1063739	C	A	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=24;PP=1136;SC=GGCGGTGAGGCATGGACTGAG;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=145729735;WS=145729717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr8	145730330	rs2101039	G	A	7445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=98;PP=2965;SC=CCCTTGGGAGGGCTGAGGAGA;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=187;WE=145730338;WS=145730320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr8	145737040	rs2279243	C	T	5876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=69;PP=2965;SC=CAGCCTGCAGCGGGTGGGGCC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=85;TCR=69;TR=153;WE=145737048;WS=145737030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr8	145737286	rs756627	G	A	7901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=118;PP=2965;SC=TGGCCTTACTGCACTCACTCT;SOR=1.043;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=69;TCR=118;TR=187;WE=145737294;WS=145737276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr8	145737514	rs4244610	G	A	4636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=48;PP=2419;SC=GGCCCCGCCCGCCTCCTCCCA;SOR=1.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=124;WE=145737522;WS=145737504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr8	145737636	rs4925828	A	G	8969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=106;PP=2965;SC=TCAGCGGTCAAGTCCCCCGGG;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=98;TCR=106;TR=203;WE=145737644;WS=145737626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr8	145737816	rs4251691	C	T	6053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=67;PP=2916;SC=GCAGAGAGCCCGCCGCACAGA;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=142;WE=145737824;WS=145737806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr8	145738581	rs71320828	TGG	T	806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=168;SC=ACTGGCAGTGTGGGGGGGGGG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=17;WE=145738591;WS=145738571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	145738767	rs11342077	CG	C	16176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=112;PP=2951;SC=CACCACCACCCGGCAACTGGC;SOR=0.698;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=156;TCF=42;TCR=114;TR=148;WE=145738775;WS=145738757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr8	145739175	.	C	CGTGGGCG	508	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=64;MMLQ=23;MQ=52.91;NF=4;NR=1;PP=508;QD=110.2;SC=GAGGGGTCGGCGTGGGGAGTG;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=5;WE=145739192;WS=145739165;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,5:0.26:19
chr8	145739184	.	T	A	364	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=64;MMLQ=23;MQ=52.96;NF=6;NR=0;PP=364;QD=66.4618687579;SC=GCGTGGGGAGTGAGGAGGGGT;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=6;WE=145739192;WS=145739165;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,6:0.27:22
chr8	145739924	rs4244611	G	A	7031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=141;PP=2965;SC=AAATGCAGGAGCGACAGCCGT;SOR=1.391;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=68;TCR=142;TR=207;WE=145739932;WS=145739914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr8	145741130	rs4251689	C	T	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=22;PP=1730;SC=GACCCACCCTCCAGGGCAGAT;SOR=1.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=85;WE=145741138;WS=145741120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	145741702	rs4244612	C	G	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=33;PP=1480;SC=TCTCCCAGGGCTCCTCGTTCC;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=145741710;WS=145741692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	145741765	rs4244613	G	A	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1120;ReadPosRankSum=2.361;SC=CCACACGGATGCTGACTTCTT;SOR=0.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=77;WE=145741773;WS=145741755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,132:0.71:185
chr8	145742514	rs2721190	A	G	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=46;PP=1417;SC=CCTGGCGTAGACTGTGGACTC;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=145742522;WS=145742504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr8	145742716	rs2721189	C	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=419;SC=TGCCCCACGGCGGCCTGGCCG;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=145742724;WS=145742706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	145742879	rs2306386	T	C	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=12;PP=604;SC=GAGTGCGGTATTCCCGGTAGA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=145742887;WS=145742869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	145745182	rs2721172	T	C	7194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=79;PP=2965;SC=GGCCCTGCCCTTGCTGCCACG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=88;TCR=79;TR=167;WE=145745190;WS=145745172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr8	145747920	rs13277542	T	G	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=24;PP=1659;SC=CGCCCCCTGTTCCGGGCCGCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=82;WE=145747928;WS=145747910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	145750138	rs2721138	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=11;PP=411;SC=GCTTACCCCGTTGCGGGGGTC;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=145750146;WS=145750128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	145752900	rs11557085	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=251;SC=CCGCACGCTCCGGCGCCGGGT;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=145752908;WS=145752890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	145771211	rs2721161	C	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.494;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr8	145806681	rs2620647	A	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=17;PP=555;SC=GACAGGGTTAAGGCGGCTGGA;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=145806689;WS=145806671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	145830757	rs4541972	A	G	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=13;PP=898;SC=TGAGGGCTGCACTGTGCACAG;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=145830765;WS=145830747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	145830894	rs5895822	CT	C	7359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=70;PP=2951;SC=GCCCGGGCAGCTTCCGCAGGT;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=101;WE=145830902;WS=145830884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr8	146000095	rs2958493	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TCATCTCCAAAGTCCCAACAG;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=20;WE=146000103;WS=146000085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr8	146003567	rs2294120	A	G	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1348;ReadPosRankSum=-1.003;SC=GACAGGGACTACTGCAGCCCA;SOR=0.634;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=79;WE=146003575;WS=146003557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,108:0.66:163
chr8	146017591	.	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr8	146028061	rs2958527	A	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=376;SC=GTGAGAGCCAAAAAACATTGG;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=146028069;WS=146028051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	146032842	rs62531506	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,76:0.26:294
chr8	146033347	rs2976653	T	C	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=39;PP=2327;SC=GACGGCGGCGTGGGGCAGGGC;SOR=1.335;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=110;WE=146033355;WS=146033337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr8	146036234	rs2958511	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=215;SC=TCCAGACGTCAGCACCCAAGG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=146036242;WS=146036224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	146054703	rs1735157	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=2.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=373;ReadPosRankSum=0.475;SC=TTCCTTCCTCCTCCCCGAGAC;SOR=1.069;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=17;WE=146054711;WS=146054693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
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chr8	146076708	rs1209879	C	T	4021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.072;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=67;PP=1971;ReadPosRankSum=1.550;SC=GGAGTTGCAGCCCCCACAGCA;SOR=0.512;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=182;TCF=84;TCR=98;TR=129;WE=146076716;WS=146076698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,182:0.71:257
chr8	146105917	rs1209850	A	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=647;ReadPosRankSum=0.859;SC=AGTTAGCATAACCTTTCTGAT;SOR=0.561;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=38;WE=146105925;WS=146105907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
chr8	146115367	rs2735906	A	G	5815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=72;PP=2863;SC=TTCTGTAGAGACCCCTCTGAG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=151;WE=146115375;WS=146115357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr8	146156247	rs3735789	C	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,58:0.26:226
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chr8	146171285	rs3824110	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=0.685;SC=AGAGTACCCCGTCACCCTCCC;SOR=0.973;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=14;WE=146171293;WS=146171275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
chr8	146171437	rs3735785	A	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=275;ReadPosRankSum=-0.270;SC=CCAGCTCAGTATCACTACAGC;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=23;WE=146171445;WS=146171427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,36:0.28:130
chr8	146203412	rs2979109	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,69:0.22:311
chr8	146220094	rs2978442	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=0.860;SC=GGTCTCTAACCGTGGAGAAAG;SOR=0.661;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=5;WE=146220102;WS=146220084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr8	146221823	rs2978409	A	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=9;PP=654;SC=AGTTGTTGCAAGTATCTTCTT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=146221831;WS=146221813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	146222122	rs2978441	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=51;ReadPosRankSum=0.304;SC=AGGGCAATTGCTGGGTTGTGT;SOR=0.446;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=6;WE=146222130;WS=146222112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr8	146228392	.	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=270;ReadPosRankSum=-1.195;SC=CAGTCCTGCTCCTTCCCGGTT;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=16;WE=146228400;WS=146228382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr8	146229040	rs2978419	T	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr9	154795	rs2785333	T	C	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.79;QD=24.62;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	214864	rs2236547	C	T	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=1173;ReadPosRankSum=-2.056;SC=CAGCGCCGACCGACAGACGAG;SOR=0.694;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=168;TCF=86;TCR=82;TR=81;WE=214872;WS=214854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,139:0.52:267
chr9	214908	rs62533313	T	C	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1253;ReadPosRankSum=0.323;SC=CCGCGGCTACTCTGCGGCGCG;SOR=0.993;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=77;WE=214916;WS=214898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,119:0.49:243
chr9	215057	rs481905	T	C	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr9	215086	rs147359731	A	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=353;ReadPosRankSum=-1.029;SC=GCTGGTGTGAAGCGGAGCTTC;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=30;WE=215094;WS=215076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr9	277031	.	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=144;SC=CTGGTCTTGAACTCCTGAGCT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=277039;WS=277021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	286593	rs529208	C	A	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=14;PP=624;SC=GGTGTTCACGCCAAAGGAATG;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=286601;WS=286583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	312124	rs2039045	T	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=21;PP=709;SC=GGAGGACCAATAGGCAGGCCG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=42;WE=312132;WS=312114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	312194	rs12344468	A	T	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=17;PP=547;SC=CATACTGGAGAATCTCAGTGA;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=312202;WS=312184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	312264	rs12339042	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=13;PP=475;SC=GCAGCCCATGGTGTCAGGGCT;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=312272;WS=312254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	316998	rs2296824	C	T	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	317195	rs10813355	G	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=187;SC=CAAATGTTGTGTTTATTATCA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=317203;WS=317185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	317240	rs11793484	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=44;SC=CAAAATACGTCTAACAGTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=317248;WS=317230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	325731	.	G	C	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=28;PP=950;SC=TTAAAGAAAGGAAAAAGGTAA;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=325739;WS=325721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	325811	rs3831138	T	TC	1059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=702;SC=TGTTTTTAAATTTCTTTGCAG;SOR=1.893;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=325825;WS=325801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	325817	rs2360277	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=326;SC=TAAATTTCTTTGCAGCAAGAA;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=325825;WS=325801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	327938	rs2296825	G	C	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	328006	rs2296828	T	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=5;PP=503;SC=TATTTCACTTTGCTGCTCATT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=328014;WS=327996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	338906	rs12340920	G	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=587;SC=AAAGACTTGTGAGAATAAAAC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=338914;WS=338896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	365574	rs35000707	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.124;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr9	370244	rs913703	A	G	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=24;PP=763;SC=TCTTTGGAAAATCCAGCGGGC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=370252;WS=370234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	370370	rs11515377	G	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=201;SC=TCCAAGTCCCGTGGGTGGTTC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=370378;WS=370360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	376122	rs10973003	C	T	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=257;SC=ATAACCCTGACATTTCCAGTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=376130;WS=376112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	376179	rs35724655	T	A	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=564;SC=GGAATTGGATTGCTAATCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=28;WE=376194;WS=376169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	377111	rs10814431	G	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=10;PP=382;SC=TCATCTGCCTGAACTCCTCCC;SOR=0.746;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=377119;WS=377101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	379641	rs10814493	A	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.38;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	379641	.	ATC	GTT	349	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8;NR=2;PP=349;QD=40.2467874862;SC=CACCAAAACCATCTACCCTTC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=379651;WS=379631;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	379643	rs10814494	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.38;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	379965	rs10758420	T	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=19;PP=346;SC=GGGACTCTGGTGGGCGGGGCA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=379973;WS=379955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	380035	rs11790531	G	T	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=73;SC=CTGGGTGCAGGGGCTCACATC;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=380043;WS=380025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	382810	rs3739598	C	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=82;SC=CTTTAATGCTCAGCTTTGGAG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=382818;WS=382800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	386559	rs12551444	A	C	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=2;PP=78;SC=CACACACCCCACACACACTTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=386567;WS=386549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	390512	rs2297075	C	T	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=11;PP=415;SC=TGGTCAGCACCGGAATGGTGA;SOR=0.906;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=25;WE=390520;WS=390502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	390636	rs10814649	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=328;SC=AGGAATTGACATTTTGTTCAC;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=390644;WS=390626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	396712	rs2297076	T	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=175;SC=TCTGTGAGTCTTTCCCCCTTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=396720;WS=396702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	396749	rs2297077	TC	GA	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=6;PP=449;SC=AGGTCACCAATCTCCATGTTG;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=396758;WS=396739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	421032	rs2297079	C	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=13;PP=389;SC=AGGCTTTGCTCCGTGGGGAAG;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=421040;WS=421022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	421980	rs2297081	T	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=13;PP=660;SC=GAGCTTGTTATGAACTTCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=421988;WS=421970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	422157	rs10217719	T	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=22;PP=511;SC=GGCAACTTTCTGCTACTTTTA;SOR=1.159;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=422165;WS=422147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	429719	rs7854035	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=10;PP=343;SC=ACTTACTCTTTGAAGAGGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=429727;WS=429709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	432081	rs1329377	T	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=52;SC=GAGGAGTTGTTTGTGTCTGGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=432089;WS=432071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	432140	rs34439675	CTT	C	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.62;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr9	432330	rs7036567	C	G	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=26;PP=839;SC=CCCAGGTACACCGAAGCACAT;SOR=0.867;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=432338;WS=432320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	432503	rs7046598	T	C	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=138;SC=AATACATCCATCACTGTCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=432511;WS=432493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr9	433708	rs7041371	C	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=131;SC=CCTGGGCTGGCGAAGATGAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=433716;WS=433687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr9	2170512	rs3793511	G	C	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=12;PP=443;SC=CTAAATACAGGTATCCCTCGT;SOR=0.746;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=21;WE=2170520;WS=2170502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	2182062	rs2281786	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=218;SC=AGGGAAAATCAGGCTTTGTTA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=2182070;WS=2182052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr9	2622146	.	A	ACGG	896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=494;ReadPosRankSum=-1.053;SC=TGCGGAGCGAACGGCGGCGGC;SOR=0.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=2622154;WS=2622136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr9	2645201	rs2290465	C	G	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=97;SC=AACAATGCTGCTAACCTCATA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=2645209;WS=2645191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	2717698	rs7029012	C	G	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=301;SC=GGACCCCTACCACAGCCAGGA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=2717706;WS=2717688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	2717922	rs10967705	C	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=20;PP=832;SC=ACGAAGACGGCGAGGAGGAGG;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=2717930;WS=2717912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	2718498	rs10967709	A	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=15;PP=559;SC=TGGAGAAGCCATTCTCCTCGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=2718506;WS=2718488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	2729475	rs41312842	C	T	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=11;PP=569;SC=GCTACGGAGACATGTACCCAG;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=2729483;WS=2729465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	2729686	rs12352254	C	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr9	2810443	rs2277147	C	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=215;SC=TATGAAGGGTCAAGAACAGTT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=2810451;WS=2810433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	2810505	rs41272895	T	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=49;SC=GAATACATACTATTTATGCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=2810513;WS=2810495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	2811731	rs12340161	A	G	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TGTAGACAATAAGTGATACGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=2811739;WS=2811721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	2819919	rs3736389	C	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=223;SC=ATAGAAGGCACAGCTGCAAGT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=2819927;WS=2819909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	2824902	rs61277458	T	C	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=159;SC=GGGGCAGTTATGCAGAGAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=2824910;WS=2824892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	2828742	rs2270891	C	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=212;SC=TCTGGCTGTACCTCTAACACT;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=2828750;WS=2828732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	2828765	rs2173904	C	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=219;SC=GTCCAGAGTTCGGTGATCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=2828773;WS=2828755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	2831149	rs2292000	A	C	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr9	2838470	rs10968457	C	T	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=38;PP=1150;SC=TGTCTTTGTACTCTTTCCTGT;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=2838478;WS=2838460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	3270858	rs41312820	G	C	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=104;SC=AGCAGTTCATGGTTTATTTCT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=3270866;WS=3270848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	3277584	rs2304928	G	A	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=200;SC=ATAGTTGTAGGATTTTTTTCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=3277592;WS=3277574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	3301407	rs72699039	A	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=2;PP=419;SC=CCATTAAATGACACAGAGATC;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=3301415;WS=3301397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	3301708	rs2986686	C	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=437;SC=TCTTTAAAGTCCAACTTCTTC;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=3301716;WS=3301698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	3301731	rs7044448	T	C	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=205;SC=CAACGGTCGTTAATGAACAGT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=3301752;WS=3301721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	3301744	rs7025328	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=184;SC=TGAACAGTTGCCACTTAATGT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=3301752;WS=3301721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	3324206	rs2274487	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=14;PP=378;SC=TTGAGGCTAACTGTAAAACTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=3324214;WS=3324196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	3344954	rs3012670	C	A	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=99;SC=AGATTTAATACGGTAACAGAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=3344962;WS=3344944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	3453945	rs115939605	T	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	3469357	rs1970534	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	3828210	.	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=186;SC=GTGAGAGTACGAAAACAAAAG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=3828218;WS=3828200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	3855963	rs34461578	C	CA	2135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=1174;SC=AGCAACAGCACAATGTCACTT;SOR=0.980;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=28;WE=3855971;WS=3855953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	3879646	rs17692969	G	A	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=16;PP=449;SC=GGAAGCCCACGTTTTTTAAAT;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=3879654;WS=3879636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	3932521	rs587571	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=518;SC=ATAAAGGTAATTGGGGAATGT;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=3932529;WS=3932511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	3937255	rs676935	T	A	531.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=336;ReadPosRankSum=-2.009;SC=GGGGGACAGCTAAAAAAAAAA;SOR=0.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=18;WE=3937263;WS=3937244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,24:0.89:27
chr9	3937288	rs10974212	G	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=8;PP=251;SC=GTACTTTGCCGAAAATGATAA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=3937296;WS=3937278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	3937351	rs570820	A	G	61.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=67;SC=ATATCCGAATATTTATGTGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=3937359;WS=3937341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	4118111	rs6415788	G	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=6;PP=169;SC=TGGGGGGCCTGGGGGCGGCGG;SOR=2.584;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=16;WE=4118119;WS=4118099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	4118208	rs806052	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=10;PP=349;SC=AGGCCGGCCGACTGGCTGTCG;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=4118216;WS=4118198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	4285986	rs10758591	G	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=22;PP=766;SC=AATGGGATGGGGGAGAAAAAA;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=4285998;WS=4285976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	4544721	rs45518336	A	T	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=682;SC=CCTTGAGAAAACAGATGTTCT;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=4544729;WS=4544711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	4564432	rs2228622	G	A	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=8;PP=250;SC=AAGTCAGTACGGTGGATGCCA;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=4564440;WS=4564422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	4566210	rs7022772	A	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=26;PP=850;SC=GCAGGAAGTAAACCTGTGACT;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=4566218;WS=4566200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	4572480	rs3780412	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=290;SC=TGTCAACTGATGAAGCTAGAG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=4572488;WS=4572470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	4646363	rs301469	C	T	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=47;SC=TATAAACTTACAGACACATAA;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=4646371;WS=4646353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	4655915	rs7869353	G	C	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=94;SC=ATTTTACGTAGGCTGTCTTGA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=4655923;WS=4655905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	4661853	rs301489	C	T	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=327;SC=TAAGAACTCTCAGGTTATCTT;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=4661861;WS=4661843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	4688433	rs72695829	T	C	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=52;SC=ATAGGAAGAATTGCTAGATAT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=4688441;WS=4688423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	4793254	rs841990	G	A	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	4833436	rs463578	G	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	4833436	.	GC	AT	163	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=163;QD=54.1169687156;SC=CAGTGATGTTGCACTTCTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=4833445;WS=4833426;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	4833437	rs458552	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	4834034	rs466547	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=25;SC=TGGAAGAGCTATGCCTTGTAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=4834042;WS=4834024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	4844507	rs295259	G	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.92;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	4850421	rs455864	C	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.89;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	4850436	rs462480	G	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.71;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	4860300	rs15583	A	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=430;SC=TAAGGCCCCAATGCCTACAGA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=4860308;WS=4860290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	5304618	.	G	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=20;PP=552;SC=GGACGTTGCAGCCTTTCAGGA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=5304626;WS=5304608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	5339738	rs56235721	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=368;SC=ACAAGAACAGGCGAGGCATCC;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=5339746;WS=5339728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	5339799	rs2273784	G	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=9;PP=263;SC=TCAGGACTGCGGCTGCTGTGG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=5339807;WS=5339789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	5358505	rs10125658	A	G	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=133;SC=CCTCAGGAGAAGTAATATACT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=5358513;WS=5358495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	5361772	.	G	A	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=27;PP=1184;SC=CTGTTAAAGAGATGGCTGCAA;SOR=1.053;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=5361780;WS=5361762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	5465732	rs2297137	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=CTGTTCAACAGCAATTATATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=5465740;WS=5465722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	5467955	rs2297136	G	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=420;SC=GAAGGAATGGGCCCGTGGGAT;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=5467963;WS=5467945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	5557672	rs7854303	T	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=18;PP=808;SC=TTCATCCCCTTCTGCATCATT;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=5557680;WS=5557662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	5689901	rs117557047	C	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	5732532	.	G	GT	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr9	5787099	.	A	G	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	5968810	.	GG	AA	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=21;PP=2129;SC=ACAGAACTGTGGAAAATGTAC;SOR=1.061;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=53;WE=5968819;WS=5968800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	6007767	rs2773341	C	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=14;PP=406;SC=CCATCGCTCCCGGCGTCCCGG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=6007775;WS=6007757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	6012734	rs106033	A	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=8;PP=375;SC=CTTTTACCAGAAGTGGAACAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=6012742;WS=6012724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	6015011	rs343500	T	C	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=29;PP=1152;SC=TAGCGGATAATGTCCTGATTG;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=6015019;WS=6015001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	6254555	.	TA	T	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr9	6255881	rs1332290	T	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=203;SC=TAAATAAGTATTCCCCTTTAG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=6255889;WS=6255871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	6328440	rs11553814	C	T	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=133;SC=GGATCCCTCCCGCCTGAAATC;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=6328448;WS=6328430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	6328947	rs3847262	T	C	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=13;PP=436;SC=GTCGGCCACATTCAGATCTTT;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=6328955;WS=6328937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	6330915	rs1037885	G	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=101;SC=TCTCAACTCCGTAAAAGTAGT;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=6330923;WS=6330905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	6468447	rs3739654	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=10;PP=540;SC=CAGAGAATCAAAGAGAACCAA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=6468455;WS=6468437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	6475319	rs7852539	G	A	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	6499821	rs57099869	TC	T	320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	6499994	rs1929929	C	T	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=9;PP=254;SC=GTTGTTGAGACGGGGTCTCAC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=6500002;WS=6499984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	6506038	rs33962342	C	T	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=22;PP=986;SC=CATAGGATTGCCTACAGCGCT;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=6506046;WS=6506028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	6534845	rs2282160	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=354;SC=CTTCTCCTCCTACCCTGCACC;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=6534853;WS=6534835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	6565257	.	C	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=11;PP=440;SC=TCATCTGCTTCCAAGAAGGCT;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=6565265;WS=6565247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	6645251	rs12341698	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=104;SC=TTACCGCCAGCCCCAAGGTCT;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=6645259;WS=6645241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	6814698	.	G	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	6875054	rs12553688	A	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=12;PP=373;SC=GACTGACCCTAAAGTCAGGAA;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=22;WE=6875062;WS=6875044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	6986464	rs35826653	G	C	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=18;PP=854;SC=CCATTGTCTAGTGGCTATGAG;SOR=0.898;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=44;WE=6986472;WS=6986454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	6990364	rs2760657	G	T	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	7016001	rs818883	G	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=18;PP=534;SC=TTAAGTCTAGGGAAAAGATAA;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=7016009;WS=7015991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	7076371	rs1570511	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=209;SC=CCCATGCTATTTTCACTATAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=7076379;WS=7076361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	7076463	rs1570512	G	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=513;SC=CACAGCAACAGTAACAACAAC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=7076471;WS=7076453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	7076586	rs1570513	G	A	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=532;SC=AGCCAGCATCGTGTTTAGGAT;SOR=1.140;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=32;WE=7076594;WS=7076576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	7103816	rs3763651	C	T	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=19;PP=550;SC=AGCCTGATGACTGGCCTTATG;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=31;WE=7103824;WS=7103806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	7174673	rs913588	G	A	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	7174773	rs913589	G	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=224;SC=TGGGTTGGAAGAGAGAAGATG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=7174781;WS=7174763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	7174813	rs10976088	T	A	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=101;SC=GTGCCGTGAGTTTTGCTGGCA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=7174821;WS=7174803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	7798435	rs1254	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=377;SC=CGATTTTCTTCTCAGTCTTGT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=7798443;WS=7798425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	7798518	rs4742410	G	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=18;PP=605;SC=CATGCCTGCTGTGTGTGTCAC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=7798526;WS=7798508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	8338847	rs143960430	C	CAGAGAGAGAGAGAGAG	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=106.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	8340168	rs4742483	C	A	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	8376733	.	G	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=24;PP=710;SC=TCACCTACAAGAAACAAGTGA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=8376741;WS=8376723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	8376899	rs2291958	T	C	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=52;SC=CTGATGCCAATATAAACCACA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=8376907;WS=8376889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	8389364	rs2279776	C	G	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	8521210	.	T	A	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=AGGATGGGCTTTCTAGAGGCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=8521218;WS=8521206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	8526813	.	T	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=9;PP=207;SC=TTAGATAGTATTATTAGATCA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=8526821;WS=8526803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	12704725	rs2733832	C	T	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	12708910	rs2733834	C	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=263;SC=TAAATTTCATCTGTCCACTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=12708918;WS=12708900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	12708958	rs147565972	T	TA	1143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=7;PP=923;SC=TTTTTATTTTTATCTTCCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=12708966;WS=12708948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	12775861	rs139315731	T	TGGCGGCGGC	2453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=2986;SC=GCGGTGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=1.390;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=18;WE=12775869;WS=12775851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr9	12775889	rs3750501	A	G	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=152;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=22;PP=578;SC=CTGCAGTAGCAGCAGCAGCTA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=12775897;WS=12775879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	13109111	rs10732331	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=229;SC=AAAAACTATACATATATGTTA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=13109119;WS=13109101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	13112116	rs10809904	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=659;SC=CTCCTCCAGCAATGCTGATTC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=13112124;WS=13112106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	13112218	.	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	13113158	rs199904060	CT	C	84.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=146;SC=ACCTAGGTTTCTTTTTTTAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=13113166;WS=13113148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	13125201	rs2297003	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	13126470	rs10738323	C	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=341;SC=TAATCATGCCCAAGGATGGGC;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=13126478;WS=13126460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	13136875	.	A	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TTCCTCATTAATGAAAAGCAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=13136883;WS=13136865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	13175715	rs3831219	TGAG	T	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=3;PP=303;SC=TCAAGGGGGTTGAGGAGTAGG;SOR=1.445;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=13175725;WS=13175705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	13189017	rs41265290	T	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.92;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	13192320	rs1331676	C	G	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=286;SC=CATTGTCCAACAAACAACACT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=13192328;WS=13192310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	13206106	rs368811859	TA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
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chr9	14120655	rs6474818	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=16;PP=465;SC=AGATTGACTCATCAGCTGGTT;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=14120663;WS=14120645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	14306938	.	A	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	14306944	rs4741362	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	14313712	rs2273933	T	G	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=47;SC=GCGTGCTAGATTTCCAGGGGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=14313720;WS=14313702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	14618856	rs3802482	C	T	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	14619168	rs10810187	A	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=231;SC=AACAATACAGATTGGCTGGGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=14619176;WS=14619158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	14640055	rs6474849	C	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=181;SC=GAGTTGCTTACATTGCTTACA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=14640063;WS=14640045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	14690419	rs10961672	T	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr9	14693270	rs71476227	G	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=70;SC=TCTCCCGACCGCCAGCAGCTC;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=14693278;WS=14693260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	14737506	rs10961689	T	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=189;SC=CTTGGAGCGTTGAGAGGGCCC;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=14737514;WS=14737496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	14737616	rs10961690	A	G	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=4;PP=67;SC=AAAAGAATGTACCAATTACTT;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=14737624;WS=14737606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	14740300	rs2270528	A	G	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=137;SC=CGAAATGCATAACAGAAATAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=14740308;WS=14740290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	14759725	rs7045154	A	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=514;SC=ACACCAAAGAACAACATAAGT;SOR=1.414;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=14759733;WS=14759715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	14770521	rs17218977	G	A	76.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	14770658	rs17219005	G	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	14774329	rs7018782	T	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=175;SC=AGTTGTAGGCTTTAAGAGAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=14774337;WS=14774319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	14775853	rs1032474	A	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	14775859	rs10733289	G	A	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.10;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	14776027	rs2131880	C	T	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	14816968	.	C	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=208;SC=GCCATGTGTTCACTAAATAAA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=14816976;WS=14816958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	14841387	rs1552896	C	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=2;PP=218;SC=AACCACATCTCCTAGAATTGA;SOR=1.739;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=14841395;WS=14841377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	14848856	.	G	A	227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=144;SC=CCCACACACAGTGGATTCAGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=14848864;WS=14848846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	14868653	rs7856810	A	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=9;PP=438;SC=GAGGGGAGACATTTTACATCT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=14868661;WS=14868643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	15000445	.	G	A	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.07;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	15000551	rs7029527	T	C	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.95;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	15000684	rs1829852	A	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=25;SC=TTACCATTTTAACCTTCCCTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=15000692;WS=15000674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	15182239	.	G	A	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=7;PP=239;SC=TGTGCACAGGGAAAAGACAGG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=15182247;WS=15182229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	15190494	rs475932	A	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=394;SC=CAGGTGTAACACACCATGTCT;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=15190502;WS=15190484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	15203796	.	G	A	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	15267981	rs552693	G	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	15447361	rs3830477	A	AACT	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=410;SC=GATTCCATCAAACTACACTAT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=15447369;WS=15447351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	15457853	rs10756669	G	A	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=357;SC=AAAATTGAAAGTATCTATTTT;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=15457861;WS=15457843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	15458080	rs35960449	A	AT	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.429;HP=12;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=190;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GTGATAATGTATTTTTTTTTT;SOR=0.465;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=16;WE=15458088;WS=15458070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr9	15468414	rs34331255	CCTT	C	1612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=892;SC=ATGGTTTCTGCCTTAGAAGTC;SOR=0.984;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=15468424;WS=15468404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	15468480	rs4741507	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=334;SC=AGTCCTTCAATAGGCCCATCA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=15468488;WS=15468470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	15486958	rs2737828	A	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=3;PP=119;SC=ATTAATTTCAAAAAATAAGTT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=15486966;WS=15486948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	15678995	rs7037893	C	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=5;PP=105;SC=TAATAGTATGCAAGTTATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=15679003;WS=15678985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	15695418	rs1355172	G	A	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=22;PP=612;SC=GATGCCTCTTGTAGTCCCTCA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=15695426;WS=15695408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	15784496	rs2382540	C	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	15784631	rs1539172	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	15864506	rs770196	C	G	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=51;SC=TCCACTTCTTCTGTCCAAGTG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=15864514;WS=15864496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	15882977	.	A	AGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCT	141.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	15883004	.	C	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	15883263	rs809493	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	15920285	.	C	T	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=15;PP=786;SC=TTAAAAGTTTCATGGATGTCT;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=15920293;WS=15920275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	15922137	rs1328285	A	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=786;SC=TTTAGAAGAGATGGTTCACCC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=42;WE=15922145;WS=15922127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	15922325	rs2225181	A	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.67;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	16215728	rs3818712	T	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=173;SC=CTCTGAGCCTTTTGCATCCAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=16215736;WS=16215718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	16582890	.	G	GACACACAC,GACACAC	229.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.253;NF=2;NR=4;PP=583;ReadPosRankSum=-1.013;SC=CCTCTAAACAGACACACACAC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=16582898;WS=16582880;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.80:10
chr9	16685539	rs7046068	T	C	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=43;PP=1398;SC=GTTAAGACTCTAACCTGGACT;SOR=0.888;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=77;WE=16685547;WS=16685529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	16699287	rs10738447	C	T	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	16699292	rs10738448	C	T	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.86;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	16727698	rs1360285	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=104;SC=ATTTTAAAAAGTATTTAGAAA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=16727706;WS=16727688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	16738269	rs7858914	G	T	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=372;SC=GTGGCAGAAAGAAGAGGTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=16738277;WS=16738259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	16738307	rs7858709	A	C	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.75;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	16738312	rs7858712	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	16738338	rs35475650	GA	G	1097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=550;SC=CTTAAAGGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=27;WE=16738347;WS=16738328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	16738556	rs4007684	C	CTTTT	700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=11;PP=518;SC=TACATCAAAACTTTAAGAAAT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=16738564;WS=16738546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	17135115	rs41306071	C	T	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=123;SC=AGCGCGACAGCTGGGCCCCAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=17135123;WS=17135105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	17135434	rs12003380	G	C	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.87;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	17135443	rs111496959	T	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	17235642	rs67017076	AT	A	239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=91;SC=AGTAATTTAAATTTTTTTCCA;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=17235650;WS=17235632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	17309336	rs10756860	T	C	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	17332484	rs3084508	ATT	A	620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;QD=26.99;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	17342383	rs1442527	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=20;PP=534;SC=AAGATTCTGACGCTGTGTGGA;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=17342391;WS=17342373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	17366568	rs4961548	A	T	76.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=61;SC=TGATTTTTTTAAATAAAACAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=17366576;WS=17366558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	17394536	rs7035276	C	T	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=1;PP=146;SC=CTTTAGGTCACTGAGTTGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=17394544;WS=17394526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr9	17463049	.	C	T	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=181;SC=TATTTGGTGCCACCTAGTGGC;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=17463057;WS=17463039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr9	17747279	rs2031456	G	A	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=46;SC=TTTCATGTATGTTTTAAAACA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=17747287;WS=17747269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	17775367	rs2209429	C	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.70;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr9	18639300	rs776755	G	A	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=18;PP=707;SC=AACAGTCTCAGCTCCACAGGA;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=18639308;WS=18639290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	18639455	rs702206	A	G	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	18639484	rs702207	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=24;PP=658;SC=GAGCAGAGAGCGATTTTTGGT;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=39;WE=18639492;WS=18639474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	18657558	rs776776	A	G	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=53;SC=GCACTACCATATACTCTTGTT;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=18657566;WS=18657548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	18661848	rs41268977	T	G	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=110;SC=ATAATTTCCATTGATGTGAGC;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=18661856;WS=18661838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	18680679	rs1412672	C	G	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=81;SC=CCAGCATGACCAAAAGTAAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=18680687;WS=18680669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	18775810	rs934472	C	A	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.057;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=929;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GAAAACCGGCCTCTCAACGGT;SOR=0.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=52;WE=18775818;WS=18775800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr9	18776840	rs1549986	A	C	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=20;PP=982;SC=AGGTCTACATACAGACTCGCA;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=18776848;WS=18776830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	18777196	rs41268983	A	C	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=32;PP=1074;SC=GGCCCGAAGGAGGCCCTGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=18777204;WS=18777186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	18777368	rs7033684	T	C	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=27;PP=915;SC=CGCAGGACTCTGCGGAAAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=18777376;WS=18777358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr9	18817246	rs1433809	A	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=390;SC=GTGAGAAATTAATGTTCATTT;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=18817254;WS=18817236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr9	18826261	rs35525189	GT	G	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.747;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr9	18826500	rs934469	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=262;SC=CTGCACCCTGTTGGGAGTGAC;SOR=1.708;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=18826508;WS=18826490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	18830087	rs7026429	G	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=9;PP=244;SC=GGCCAACAGGGAATCACTAAA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=18830095;WS=18830077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	18905795	rs149316235	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=17;PP=539;SC=TGGGCCTTGCATCGGGCCTCA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=18905803;WS=18905785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	18950787	rs6475273	G	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=9;PP=290;SC=ATTGGTATAGGCCCTTTCTGG;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=18950795;WS=18950777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	18950895	rs7021572	T	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=142;SC=TTCTCTGTTTTATCATAAATC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=18950903;WS=18950885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	18950980	rs6475274	A	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=46;SC=TTGGGAGAAAAAAACCCAATT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=18950988;WS=18950970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	19033058	rs10963922	C	A	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	19063108	rs13302748	T	C	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.63;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	19076673	rs13286328	G	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=46;SC=CAAACGAAAGGGGAGACATTG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=19076681;WS=19076663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	19118353	.	C	T	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=26;PP=856;SC=ATCATCATATCCAATGCTCCT;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=19118361;WS=19118343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	19123745	rs10963972	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=365;SC=TGGGCTGGGCACGGTGGCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=19123753;WS=19123735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	19126476	rs3802335	C	T	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=72;SC=TTCAGAACACCGGGATAAGAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=19126484;WS=19126466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	19295941	rs10757051	A	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=277;SC=TGTAATAAGAAAAAAAGAGAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=19295949;WS=19295931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	19299362	rs10738535	T	C	120.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=53;SC=GATTAGTATATTATTAATATA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=19299370;WS=19299352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	19573483	rs149743267	AACACACACACACACACACACACACAC	A	290.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.30;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	19576815	rs2247818	C	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=187;SC=TGTGCTGCAGCGGTGTGTGTG;SOR=2.985;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=19576825;WS=19576805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	19576816	rs56172301	GGT	G	589.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=369;SC=GTGCTGCAGCGGTGTGTGTGT;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=19576825;WS=19576805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	19576949	rs2383101	T	G	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=24;PP=789;SC=CCATTCTGCCTCTCGTTCTCA;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=19576957;WS=19576939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	19619509	rs1885220	C	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=6;PP=308;SC=AGCACAAACACGTTTTATGCA;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=19619517;WS=19619499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	19622072	rs4977307	A	G	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=134;SC=GCATGTGTCCATGAATGCCAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=19622080;WS=19622062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	19622268	rs4977308	T	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=24;PP=605;SC=CCGGTAGAGTTGGTTCATCCT;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=19622276;WS=19622258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	20414343	.	ACTG	A	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=123;ReadPosRankSum=1.011;SC=TGCTGCTGCTACTGCTGCTGC;SOR=0.779;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=8;WE=20414356;WS=20414333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr9	20620575	rs2073855	G	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=11;PP=580;SC=GGCGGGGAGCGGGACAGCGGG;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=20620583;WS=20620565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	20720599	rs4977898	A	C	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=15;PP=425;SC=TCACTAAATCACTATTAAGAG;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=20720607;WS=20720589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	20765097	rs7871811	A	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=38;PP=1020;SC=CTCCTCCACAAATATAGGTCA;SOR=2.170;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=50;WE=20765105;WS=20765087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	20769987	rs7860490	G	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=130;SC=ATTATCTTTTGGTTTGTGTAT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=20769995;WS=20769977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	20778631	rs7875153	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=5;PP=225;SC=CAAAGCCATGATTCTGGGAAC;SOR=1.044;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=20778639;WS=20778621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	20781979	rs6475473	C	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=139;SC=TGTGGGATTTCGGTCTTTACG;SOR=1.473;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=20781987;WS=20781969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	20862506	rs4977779	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	20862515	rs4977780	A	C	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.04;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	20866974	rs7875872	C	G	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=31;PP=1092;SC=GCCAACTTTACTGCAGGAGAA;SOR=1.096;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=50;WE=20866982;WS=20866964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	20882117	rs7026225	T	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	20885240	rs2383156	G	A	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=13;PP=344;SC=GTAGGTTCCCGTGTCCTCTTC;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=20885248;WS=20885230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	20916828	rs4977812	A	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=226;SC=AATTGATGAAAAAGAGAAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=20916836;WS=20916818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	20923618	rs7044447	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	20933055	rs149998482	G	A	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	20946952	rs7851042	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=159;SC=CTAACTATTCTCTTTTCTCAC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=20946960;WS=20946942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	20949717	.	C	T	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=79;SC=AAACATATCCCCCTTTGTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=20949725;WS=20949707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	20976298	rs10119918	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=243;SC=AAGCGTTGATCGCAATTGAAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=20976306;WS=20976297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	20978312	rs4977616	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=329;SC=CTATATATTCAATTCTTTTCC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=20978320;WS=20978302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	20982503	rs4304410	T	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=439;SC=TACGATTGAATAATTGATTTC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=20982511;WS=20982493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	20988426	rs4977881	A	G	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=28;PP=865;SC=GGCTCTTGACAAGGTAAAATC;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=46;WE=20988434;WS=20988416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	20993461	rs4497056	T	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=366;SC=TGTTTTGGATTTTGGATGTTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=20993469;WS=20993451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr9	21026800	rs2275890	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=288;SC=GCACTTTGAAGTCAAATGGAG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=21026808;WS=21026790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	21816637	rs10114559	T	C	245.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr9	21816758	rs7023954	G	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	21838145	rs7868783	A	G	182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=119;SC=AAGTTTTATGAAGAGTTATTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=21838153;WS=21838135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	21967162	rs370747897	TA	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr9	21968199	rs11515	C	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=148;SC=CTAAGTTTCCCGAGGTTTCTC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=21968207;WS=21968189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	21971120	rs121913388	G	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=388;SC=TGCACGGGTCGGGTGAGAGTG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=21971128;WS=21971110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	22029547	rs564398	T	C	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=42;PP=974;SC=ACTTTCTTTGTGGTAGTTAGG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=68;WE=22029555;WS=22029537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	22451226	.	C	T	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=22;PP=809;SC=CTGATAGTATCCTGTCTCCTC;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=22451234;WS=22451216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	22452041	rs56665855	GTT	G	118.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9767;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=88;SC=AAAATGCTGGGTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=22452050;WS=22452031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	23693319	.	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=49;SC=AGCAGCTTTTCATTAGGTTGC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=23693327;WS=23693309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	23762344	.	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=14;PP=341;SC=AAACACAAGTCGTTCTAATGA;SOR=1.981;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=18;WE=23762352;WS=23762334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	24545292	.	G	A	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=21;PP=767;SC=CAGCTAGAGAGGGAGAGTAAA;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=24545300;WS=24545282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	24545513	rs6475797	G	A	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=839;SC=GAGTTCGGCCGGGGACTTCTG;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=24545521;WS=24545503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	25677698	rs72631815	A	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=366;SC=CAGGGCCCAGAGGGCTCCGAG;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=25677706;WS=25677688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	25677933	rs35110225	T	C	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=32;PP=991;SC=GGACCCGGCGTGCCTCCGCGG;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=25677941;WS=25677923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	25677953	rs34498078	T	C	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=30;PP=919;SC=GGCGTCCCGTTGCCGCCTTCG;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=25677961;WS=25677943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	25678122	rs72631814	G	C	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=21;PP=889;SC=CCGCCAGGTCGGCAAACCGCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=25678130;WS=25678112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	26982270	rs57511456	CT	C	256.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.8350;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=80;ReadPosRankSum=-0.870;SC=AGCTTTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=26982278;WS=26982260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr9	27047246	rs10812520	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.61;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	27047460	rs16910953	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=181;SC=GGCTCACTATTGTATCTTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=27047468;WS=27047450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	27061142	.	GGT	G	598	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5438;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=20;MQ=58.47;NF=0;NR=4;PP=598;QD=150.5;SC=GTAGTTAAGAGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=27061151;WS=27061132;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr9	27168315	rs10511802	G	A	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=131;SC=CAGATTCTTAGAAAGGTACAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=27168323;WS=27168305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	27172838	rs3739542	C	A	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=110;SC=TGGGAATGGACGCTAAATGGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=27172846;WS=27172828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	27173080	rs3824409	G	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	27173080	.	GTA	ATG	273	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=1;PP=273;QD=46.6382678375;SC=GGCCATAAGGGTATGTTCATC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=27173090;WS=27173070;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr9	27173082	rs3824408	A	G	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	27173429	rs41314569	T	C	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=52;SC=CAGTTTGCTGTCAATCACAAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=27173437;WS=27173419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	27183463	rs682632	A	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	27185762	rs17834811	T	G	45.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	27192330	rs2252883	G	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=270;SC=TCCTCATATTGGGAAGGATGA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=27192338;WS=27192320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	27197486	rs35030851	G	T	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=540;SC=CTTGACTTCGGTGCTACTTAA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=27197494;WS=27197476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	27203002	rs45563539	G	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=31;PP=1013;SC=CTCAGTATCAGCTCAAGGGCC;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=27203010;WS=27202992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	27206669	rs55789591	G	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	27217516	rs5897224	CTGTT	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=195;SC=AGGACTTATACTGTTTGTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=27217530;WS=27217506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	27217522	rs5004610	G	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=80;SC=TATACTGTTTGTTTGCATGTT;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=27217530;WS=27217506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	27217791	rs1923331	T	TC	386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=198;SC=GGATTTTTTTTCCCTCCCAGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=27217799;WS=27217781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	27217822	rs681754	G	A	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	27218726	rs667250	C	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=10;PP=421;SC=GGAAAATGAGCGGTGACTCTG;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=27218734;WS=27218716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	27228022	rs2273717	A	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=81;SC=TAAATCTATGAGGAGTTGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=27228030;WS=27228014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	27284708	rs1057524	T	A	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=9;PP=528;SC=CTTCACCGGGTTCCTTGATTT;SOR=1.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=27284716;WS=27284698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	27289812	rs1980661	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=146;SC=TGTATAATTATAGTACCCAGT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=27289820;WS=27289802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	27289832	rs1980660	G	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=133;SC=TGTGTGTACAGTCTGTTCTCA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=27289840;WS=27289822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	27290984	rs2383724	T	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=4;PP=80;SC=AAAACCAAAATGTTTCCCAAG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=27290992;WS=27290974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	27296595	rs7044345	C	G	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	27296705	rs3824406	A	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.14;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	27524731	rs700785	A	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=31;PP=886;SC=GGAGGAAGACAAGAATGAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=27524739;WS=27524721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	27561465	rs3063748	A	ATGT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=38;SC=CAAATACGTAATGTCCCTAGA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=27561473;WS=27561455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	27562352	rs2589050	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=3;PP=269;SC=ACTCATAAAGTGTATAATTGC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=27562360;WS=27562342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	28863459	rs13285849	A	T	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=249;SC=TGTTTGACACAGGTTTGATCA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=28863467;WS=28863449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	28889060	rs7043805	C	G	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=39;SC=CAGCAGCTTGCCTGGTGCTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=28889068;WS=28889050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	32384843	rs913762	A	C	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=21;PP=607;SC=CAGTGGCGGCACGGGGGACAC;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=32384851;WS=32384833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	32405515	.	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=224;ReadPosRankSum=-0.882;SC=ATGAGCAACCCATTCGCACAC;SOR=0.942;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=24;WE=32405523;WS=32405505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,38:0.28:138
chr9	32418237	rs2026739	G	T	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=11;PP=600;SC=TTTCTTTGTAGGCAGGGTACG;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=32418245;WS=32418227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	32425910	rs3780473	A	G	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=48;PP=1756;SC=ATAACACTGAATTCACCCTTG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=102;WE=32425918;WS=32425900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	32427600	rs2375965	A	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=6;PP=184;SC=ATCTAAAGAGAGCCCTCTTGC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=32427608;WS=32427590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	32431931	rs10970975	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.599;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr9	32435978	rs2068116	C	T	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=603;ReadPosRankSum=0.723;SC=CTTTTTTAGACTTCCTTCTTA;SOR=0.490;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=44;WE=32435986;WS=32435968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr9	32436014	rs7022554	A	G	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=931;ReadPosRankSum=-2.155;SC=TTGAAAGACAATTAACCCAGG;SOR=0.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=64;WE=32436022;WS=32436004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,108:0.68:160
chr9	32448745	rs10813817	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CAGAAATCACTCGCCTTCTGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=32448753;WS=32448735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr9	32450187	rs12985	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=0.718;SC=GAGGCCTCCCTGGCTGCCTCT;SOR=0.293;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=32450195;WS=32450177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr9	32459450	rs3205166	T	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=458;ReadPosRankSum=1.781;SC=CCTTATCAGGTACAGGTTTTG;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=29;WE=32459458;WS=32459440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
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chr9	32472895	rs10813823	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.828;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr9	32543388	.	G	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TCGTATGAAGGAGCAGGGCAA;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=16;WE=32543396;WS=32543378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr9	32552164	rs35002468	T	TCTC	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.70;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr9	32552172	rs35415231	CA	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.133;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr9	32552462	rs15014	C	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=37;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GCACGCTGGACTGGATTTATT;SOR=0.910;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=6;WE=32552470;WS=32552452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr9	32630225	.	G	A	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=1142;ReadPosRankSum=-2.513;SC=GCAGAGAAAGGATTGTCTCCT;SOR=0.567;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=72;WE=32630233;WS=32630215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,112:0.66:169
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chr9	32631966	rs45559233	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.535;NF=28;NR=37;PP=1128;ReadPosRankSum=0.169;SC=CTGGTTTTCGGACTGTCTCAC;SOR=0.905;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=65;WE=32631974;WS=32631956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,102:0.65:156
chr9	32633710	.	G	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CATGTGGGTGGGAAAGAAGGG;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=56;WE=32633718;WS=32633700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr9	32633801	.	A	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=324;ReadPosRankSum=0.313;SC=TGCTTGGGGAAATAATACTCA;SOR=0.795;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=28;WE=32633809;WS=32633791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,51:0.35:146
chr9	32973709	rs34659850	CA	C	185.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.266;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr9	32974372	rs4878522	C	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=206;SC=TGAGGTCAGACTGTTATTCAG;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=32974380;WS=32974362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	32974570	rs34600530	G	GA	246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=140;SC=CTAGTTGAAAGAAAAAAAAAC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=32974578;WS=32974560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	32986219	.	C	CT	249.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=2.311;SC=CCTATATTCTCTTTTTTTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=32986227;WS=32986209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr9	33116238	rs34433922	AT	A	480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.03;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	33240165	rs555445	G	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr9	33240225	rs706107	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,13:0.20:66
chr9	33245076	rs480583	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.911;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr9	33255743	rs706117	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=438;ReadPosRankSum=-0.271;SC=GCTGATAAATATAACCAAAAC;SOR=0.884;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=37;WE=33255751;WS=33255733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,47:0.30:155
chr9	33262655	.	C	CA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.942;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr9	33264540	rs1071545	C	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=525;SC=GGTGGACGCCCAGAGGGAGGC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=33264548;WS=33264530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	33270479	rs844239	A	G	75.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=1.282;SC=GTTTTTGCCAATTTTTCTGCG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=33270487;WS=33270469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr9	33270748	rs831271	G	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr9	33280749	.	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=3.248;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr9	33290532	rs830576	A	G	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.855;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=1067;ReadPosRankSum=-2.065;SC=GACAGTGCTGACTTGGCTGTA;SOR=0.343;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=60;WE=33290540;WS=33290522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,102:0.72:141
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chr9	33395031	rs72707429	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-3.367;QD=10.92;ReadPosRankSum=2.796;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr9	33395039	rs72707431	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-3.390;QD=9.91;ReadPosRankSum=2.540;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
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chr9	33465928	rs3739680	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
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chr9	33473861	.	C	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=700;ReadPosRankSum=0.010;SC=CCAGCACTCTCCCGCACTTCA;SOR=0.684;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=47;WE=33473869;WS=33473851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,55:0.28:193
chr9	33524684	rs3843933	G	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=25;PP=760;SC=GTCCGCGACAGAAAAGACAGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=33524692;WS=33524674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	33524725	rs3843934	G	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=492;SC=GTGGGAGGGGGCCCCCAGGCC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=33524733;WS=33524715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr9	33555701	rs199537216	TC	T	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=5;PP=474;SC=ACACTTTTTTTCAAGCCTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=33555709;WS=33555691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr9	33625185	rs36079164	C	T	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.131;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=51;PP=1381;ReadPosRankSum=0.652;SC=AAAATTAGGTCTGAATTCAAG;SOR=0.906;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=87;WE=33625193;WS=33625175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,131:0.63:207
chr9	33625360	rs10971607	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=0.651;SC=CTACTAAACATACAAAAGTTT;SOR=1.005;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=10;WE=33625368;WS=33625350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr9	33638046	rs7044689	G	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=4.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-1.767;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,61:0.29:213
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chr9	33662181	rs113011049	TCTGTAGCCCCAA	T	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=2199;ReadPosRankSum=0.636;SC=GGAGACATCCTCTGTAGCCCC;SOR=1.300;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=5;WE=33662200;WS=33662171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr9	33662389	rs1832325	A	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=557;ReadPosRankSum=1.289;SC=AAGGAAGCTGAAATCTACCAG;SOR=0.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=44;WE=33662397;WS=33662379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,67:0.35:193
chr9	33675629	rs7849845	A	C	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-4.810;QD=4.40;ReadPosRankSum=-2.611;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,53:0.28:187
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chr9	33750453	rs113217588	A	ACACAG	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=1.184;SC=CTCCTGAAGCACACAGCCTAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=33750461;WS=33750443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr9	33794667	rs369375802	C	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-6.416;QD=1.41;ReadPosRankSum=-2.265;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr9	33794707	.	TG	CA	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-8.332;QD=1.49;ReadPosRankSum=2.129;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,8:0.11:71
chr9	33794717	.	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-8.628;QD=1.27;ReadPosRankSum=3.734;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,8:0.11:76
chr9	33794726	.	GC	CA	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.924;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-9.185;QD=4.23;ReadPosRankSum=2.352;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,10:0.12:86
chr9	33794736	.	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.134;NF=17;NR=4;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.957;SC=GCATCACCCTAAGTGCAGGTT;SOR=0.604;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=21;WE=33794761;WS=33794727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,18:0.17:105
chr9	33794749	.	C	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-10.772;QD=5.60;ReadPosRankSum=-2.257;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,25:0.20:125
chr9	33794753	.	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-11.086;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.915;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,26:0.20:132
chr9	33794789	.	G	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-8.166;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,25:0.14:179
chr9	33794797	.	TGA	T	735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-6.904;QD=4.43;ReadPosRankSum=-1.132;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,28:0.17:166
chr9	33794809	rs201061108	G	A	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=4.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-12.033;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,61:0.35:174
chr9	33794811	.	GG	AT	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=8.155;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=-8.105;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,28:0.16:174
chr9	33794840	rs10117993	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQRankSum=-8.140;QD=3.24;ReadPosRankSum=-3.206;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,52:0.25:208
chr9	33794877	.	C	T	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQRankSum=-9.266;QD=7.96;ReadPosRankSum=3.520;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,69:0.34:205
chr9	33794890	.	T	A	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=3.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQRankSum=-8.865;QD=12.51;ReadPosRankSum=5.155;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,65:0.35:186
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chr9	33798052	rs377380263	C	T	4894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.263;HP=2;HapScore=1;MGOF=127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.773;NF=79;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GCCTCATCTCCGGCTGGGGCA;SOR=0.433;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=493;TCF=162;TCR=331;TR=213;WE=33798060;WS=33798027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,260:0.43:604
chr9	33798073	.	C	T	10651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=4.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-9.508;QD=25.30;ReadPosRankSum=-1.805;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,274:0.65:421
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chr9	33798079	rs144845866	T	C	2976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-8.220;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,161:0.43:371
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chr9	33799230	.	C	CTG	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.969;HP=1;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.536;NF=8;NR=23;PP=2969;ReadPosRankSum=1.219;SC=CCTGCTCTCACTCTGTGTCTG;SOR=0.336;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=87;TCF=12;TCR=75;TR=31;WE=33799275;WS=33799208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,34:0.21:162
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chr9	33932688	rs307648	G	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=-2.158;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
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chr9	33933705	rs874572	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr9	33934365	.	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.454;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr9	33935736	rs307652	A	G	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=453;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TTTAACGAATAAGCCATTGAC;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=26;WE=33935744;WS=33935726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr9	33938793	.	CAAA	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr9	33939062	rs2307692	TCC	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.748;NF=1;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=1.647;SC=CATGGAAAGCTCCCCATTTTA;SOR=0.527;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=33939071;WS=33939052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr9	33941759	rs307658	T	C	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=417;ReadPosRankSum=-1.285;SC=ACTAGCAGAATTCAGTGATGA;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=25;WE=33941767;WS=33941749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr9	33948652	rs307654	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr9	33960778	.	C	CA	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=2.322;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
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chr9	34017015	rs11432780	G	GA	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=3.311;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
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chr9	34093274	rs16935392	G	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=151;ReadPosRankSum=-0.993;SC=GTGCACACAGGGACTCTTACC;SOR=1.012;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=12;WE=34093282;WS=34093264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr9	34096597	rs7857551	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=208;SC=GCGAGACTCTGCCTCAAAAAT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=34096605;WS=34096587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	34096873	rs10971910	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=331;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GGGTCCTTTATTCCTGTCTCG;SOR=1.488;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=23;WE=34096881;WS=34096863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr9	34098257	rs17341977	G	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.03;ReadPosRankSum=0.825;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr9	34106410	rs10971917	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.418;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,32:0.29:110
chr9	34107310	rs10511915	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-0.755;SC=ACTGAGACCCGTTTAAAAACA;SOR=0.653;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=8;WE=34107318;WS=34107300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr9	34211942	rs1556439	T	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=10;PP=457;SC=AAAAATAGAATATCACTGATA;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=34211950;WS=34211932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	34241671	.	A	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=241;ReadPosRankSum=2.858;SC=AGGTCCTGGCATCCTTGGAAC;SOR=1.500;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=22;WE=34241679;WS=34241661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr9	34242242	rs7857658	G	A	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=18;PP=552;SC=TGGTGTGATCGTACCTTATTG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=34242250;WS=34242232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	34256347	rs10814083	C	T	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=23;PP=1069;SC=CAACTGGGCCCCCTGTGCTCT;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=34256355;WS=34256337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	34286486	rs6476442	G	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=124;SC=TTTACAGATGGGAAGTGGTGG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=34286494;WS=34286476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	34290407	rs11790773	C	T	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=20;PP=554;SC=GGATAATTTGCATTACTTATG;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=34290415;WS=34290397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	34310927	rs10972048	T	C	4241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=46;PP=1478;SC=TCTGGTAGCATGTGTTCTAGC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=89;WE=34310935;WS=34310917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr9	34370701	rs58832809	TG	T	687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=822;SC=GGTATAGAGGTGGGAGGTTCC;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=34370709;WS=34370691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	34372783	rs4879781	G	C	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=38;PP=1287;SC=GCGGCTTCAGGTCTTTGGAAG;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=34372791;WS=34372773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	34372850	.	G	C	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=537;ReadPosRankSum=-0.922;SC=AGCTGCGGCTGCGATGGCCTC;SOR=0.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=34;WE=34372858;WS=34372840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr9	34372873	rs4879782	C	A,G	1317.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=44;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=6;NF=4,9;NR=5,16;PP=76,366;SC=GGTTCTGACGCTATGCGTAGC;SOR=0.960;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=9,25;WE=34372881;WS=34372863;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.30,0.70:57
chr9	34379784	rs150598087	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr9	34381192	rs3753033	C	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=27;PP=934;SC=GGGAAGAGGCCGAGTCACGGA;SOR=1.251;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=43;WE=34381200;WS=34381182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	34382726	rs3808876	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	34397545	rs11790577	A	G	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=31;PP=903;SC=GTGGGTCCTTATAGACCTCCT;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=57;WE=34397553;WS=34397535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	34402173	rs10738926	A	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	34485329	.	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=243;ReadPosRankSum=-0.070;SC=AGCTTGCCCAGAACCTGGGTG;SOR=0.502;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=18;WE=34485337;WS=34485319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr9	34552437	rs2274592	C	T	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=106;SC=GTACTGCCTCCCCCATCAGGC;SOR=2.303;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=34552445;WS=34552427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr9	34615896	rs144108229	C	CA	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.776;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
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chr9	34635679	rs11559048	G	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=435;ReadPosRankSum=1.475;SC=CGGAGGCCCCGAGCATAGGAG;SOR=0.884;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=27;WE=34635687;WS=34635669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,55:0.68:81
chr9	34650279	.	C	CAAAAAAAAA	39	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.9998;HP=16;HapScore=3;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=53.21;NF=3;NR=0;PP=39;QD=14.0;SC=GACCTCGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=34650287;WS=34650269;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,3:0.30:10
chr9	34655255	.	C	T	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=496;ReadPosRankSum=-1.687;SC=GTCCTGGTGGCCGTGGCTACA;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=29;WE=34655263;WS=34655245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,63:0.77:82
chr9	34655436	rs2812357	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=251;SC=ACCTGGGTCCTCTCTCTACCC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=34655444;WS=34655426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr9	34723744	rs4878588	C	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=0.048;SC=CCCTGTGAAGCCTGGGGCAAC;SOR=0.857;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=12;WE=34723752;WS=34723734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr9	34724241	rs3739881	C	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-0.734;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.482;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
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chr9	34724796	rs150496452	T	A	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQRankSum=-5.567;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,52:0.35:148
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chr9	34725742	rs62547039	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-8.399;NF=18;NR=13;PP=380;ReadPosRankSum=0.656;SC=GATGGAGACATCCAGTTTGGG;SOR=0.946;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=31;WE=34725750;WS=34725732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,48:0.25:189
chr9	34726671	rs1854574	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.251;NF=18;NR=6;PP=369;ReadPosRankSum=0.370;SC=ATCTGCATACGTTGACTGGGC;SOR=0.627;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=24;WE=34726679;WS=34726661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr9	34832919	rs12377823	C	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.782;NF=16;NR=14;PP=435;ReadPosRankSum=0.902;SC=CCCAGGGACTCGTGGAGGTAG;SOR=0.610;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=30;WE=34832927;WS=34832909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,52:0.71:73
chr9	34833080	rs138460400	TC	T	952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.625;NF=7;NR=12;PP=729;ReadPosRankSum=-2.255;SC=GTCTCTCTTCTCTGGTTGAGG;SOR=0.826;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=19;WE=34833088;WS=34833070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr9	34834494	rs77822083	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQRankSum=-0.430;QD=2.74;ReadPosRankSum=-2.800;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,39:0.23:172
chr9	34834848	.	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=2.382;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr9	34834880	rs112468216	A	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.494;NF=13;NR=22;PP=571;ReadPosRankSum=-1.109;SC=GGAAGGAGAGATCATTGAAGA;SOR=0.454;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=35;WE=34834888;WS=34834870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr9	34834937	rs202203144	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.112;NF=1;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-3.307;SC=CAATCTTGGGAAGGCCTTGAG;SOR=1.347;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=9;WE=34834945;WS=34834927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr9	34835217	rs3934948	C	T	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.515;NF=41;NR=28;PP=956;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CACACATGAACACCAGGTCTG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=69;WE=34835225;WS=34835207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,80:0.51:158
chr9	34835273	rs521552	A	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=7.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-2.553;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,37:0.20:183
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chr9	34835573	rs139449799	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.137;NF=5;NR=14;PP=318;ReadPosRankSum=-2.257;SC=GGACAAGGCTGGGGTTGCTCT;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=19;WE=34835581;WS=34835563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
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chr9	35059610	.	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=347;ReadPosRankSum=0.736;SC=CAGGATCAATGATGTCAGGCC;SOR=1.082;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=24;WE=35059618;WS=35059600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr9	35060302	rs684562	T	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=9;PP=715;SC=CAGCCTATTGTAGCTCACCTT;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=35060310;WS=35060292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	35060746	rs562381	A	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	35060955	rs2258240	T	C	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=28;PP=1155;SC=ATGAGACTTATCAAGGGAGGG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=35060963;WS=35060945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	35061693	rs11272867	G	GACAGTACACAA	2431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=2900;SC=CGACCTGTGGGACAGTACACA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=20;WE=35061701;WS=35061683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	35062972	rs514492	C	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=11;PP=346;SC=CCAAATATCTCACCATTGATC;SOR=0.723;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=23;WE=35062980;WS=35062962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	35066579	rs35504855	T	TA	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=2.237;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr9	35068201	rs10972300	C	T	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=18;PP=877;SC=GGGAAAATCCCTCAAGTAAGT;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=36;WE=35068209;WS=35068191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr9	35077441	rs554098	T	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=17;PP=599;SC=TACAACCTCCTCGTCTTCTCC;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=35077449;WS=35077431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	35079361	rs504082	G	T	5689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr9	35089048	rs556766	A	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=305;SC=CACTGTTCTCAAGCACTCTCT;SOR=2.049;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=35089056;WS=35089038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	35090782	rs505297	A	C	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=115;SC=TACACACTCAAATGCCTATCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=35090790;WS=35090772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	35091880	rs10814196	C	T	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=49;PP=1849;SC=CTCCATACCACAAATTCTTGG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=35091888;WS=35091870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	35100002	rs664357	T	C	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=21;PP=974;SC=GCTTCCTTGTTCCCAGACTCC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=35100010;WS=35099992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	35100569	rs586017	A	G	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=185;SC=CCAGTGCTCTATGCTGGGTCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=35100577;WS=35100559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	35101383	rs34240345	GCA	G	2257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=1589;SC=TGGTACTGGAGCACCCTGAGG;SOR=1.094;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=34;WE=35101392;WS=35101373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	35101870	rs693325	C	G	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=24;PP=866;SC=GAGGGCAACTCAAAAGGCTGG;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=35101878;WS=35101860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	35107820	.	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=0.706;SC=AGTATTGCAGGAAGCATTTGA;SOR=1.021;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=22;WE=35107828;WS=35107810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr9	35107858	rs7039828	C	T	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=30;PP=1242;SC=TCCAGGCCCCCGAAGTCCAAG;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=35107866;WS=35107848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	35259202	rs68023360	GCTGT	G	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.524;NF=1;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=1.133;SC=TTCTCTGATGGCTGTCTATCT;SOR=0.527;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=35259213;WS=35259192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr9	35295984	rs661712	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=45;ReadPosRankSum=0.041;SC=CATGATGCAATTGGCAAGAAG;SOR=0.260;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=5;WE=35295992;WS=35295974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr9	35381504	rs2281999	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=491;ReadPosRankSum=-0.285;SC=TTGTTTTTGTCTTTCATATGT;SOR=0.393;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=33;WE=35381512;WS=35381494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr9	35382559	.	A	AT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=-0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr9	35398406	rs2274593	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=-1.639;SC=TCTGGGCTGGCTTAATCTGAG;SOR=1.506;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=13;WE=35398414;WS=35398396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr9	35546735	rs1535422	A	G	6056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=64;PP=2586;SC=CCTGCACTCTACTCCAGGAGG;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=130;WE=35546743;WS=35546725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	35555823	rs946483	T	C	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=252;SC=CATCCCTCCCTCAGCATCTGT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=35555831;WS=35555813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	35556250	rs870978	G	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=598;SC=CACTGAACTGGCCTGGAACTC;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=35556258;WS=35556240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	35556527	rs150786704	A	ACCTCTAAGTGCTGGCTGGGC	588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=3;PP=1481;SC=CCAGTCTGAAACCTCTAAGTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=35556535;WS=35556517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	35559213	rs2295842	C	T	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,75:0.65:115
chr9	35559905	rs12338773	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=157;ReadPosRankSum=-2.158;SC=TACATGCAAGTTGACTAGTGC;SOR=0.483;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=14;WE=35559913;WS=35559895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr9	35561063	.	C	T	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.723;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=546;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GCAGGAGCCACACTCCCCAGC;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=37;WE=35561071;WS=35561053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,58:0.77:75
chr9	35562328	rs5897609	TACAA	T	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.281;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr9	35562549	rs755774	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=253;ReadPosRankSum=-0.744;SC=GGAAGCGGGCGCAGGGCACAT;SOR=1.153;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=23;WE=35562557;WS=35562539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,37:0.27:139
chr9	35606738	rs7028425	C	G	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=169;SC=CCTATGACCTCTGTGATCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=35606746;WS=35606728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	35606884	rs2275422	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=17;PP=631;SC=CTGAACCCCTGTCCTGGCCGG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=35606892;WS=35606874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	35615896	rs869487	C	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=297;ReadPosRankSum=-0.227;SC=TATCTCCTTGCTCCAATCCAT;SOR=0.190;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=15;WE=35615904;WS=35615886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr9	35616143	.	C	T	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.240;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=53;PP=1464;ReadPosRankSum=0.259;SC=CGCCAGCTCTCTCCTGGACCC;SOR=0.676;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=94;WE=35616151;WS=35616133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,125:0.69:180
chr9	35616386	.	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.075;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=428;ReadPosRankSum=-1.478;SC=ATCACAGGCTGAAATACAAGA;SOR=1.335;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=21;WE=35616394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr9	35618523	rs10814260	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=791;ReadPosRankSum=-1.419;SC=GGGCCAGAGGGGCCACGGAGG;SOR=0.566;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=44;WE=35618531;WS=35618513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,60:0.65:92
chr9	35650458	rs2297880	G	A	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=49;PP=1911;SC=CTCGGTAAGAGAGAACTCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=35650466;WS=35650448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	35660901	rs2275420	C	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=656;ReadPosRankSum=1.231;SC=GACAAAGTCTCTGAAACTGGA;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=46;WE=35660909;WS=35660891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,65:0.69:94
chr9	35660990	rs1339374	A	G	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=26;PP=1099;SC=CGAGGAGGAGATTGGTGACAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=35660998;WS=35660980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	35661827	rs56077544	G	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=230;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TTTAAGAGTTGGTCAGATGAT;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=18;WE=35661835;WS=35661817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr9	35661943	rs72727021	A	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr9	35663228	rs10814266	G	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr9	35664642	rs147354245	G	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=176;ReadPosRankSum=0.141;SC=AAGGCCACAGGTGAGCTAACT;SOR=0.665;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=12;WE=35664650;WS=35664632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr9	35665153	rs45567235	C	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=-1.380;SC=CGAACCGGGGCAGGAGAGCTC;SOR=0.763;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=14;WE=35665161;WS=35665143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr9	35669729	.	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=2.213;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr9	35674053	rs2071676	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=200;ReadPosRankSum=2.177;SC=GCTGCTTCTGGTGCCTGTCCA;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=22;WE=35674061;WS=35674043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,44:0.34:129
chr9	35674101	rs12553173	T	C	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.491;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=799;ReadPosRankSum=0.685;SC=GGATTCCCCCTTGGGAGGAGG;SOR=0.973;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=49;WE=35674109;WS=35674091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,70:0.61:114
chr9	35676170	.	G	A	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=704;ReadPosRankSum=0.452;SC=CGGGCTCGGAGCACACTGTGG;SOR=0.988;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=47;WE=35676178;WS=35676160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,66:0.78:85
chr9	35677702	rs2857801	T	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=326;SC=ATGGGAGAGGTCTATGGGAAC;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=35677710;WS=35677692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr9	35719638	.	G	A	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=609;ReadPosRankSum=-0.022;SC=AAAGAGAGAGGAAAAGCCTTC;SOR=0.792;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=37;WE=35719646;WS=35719628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,71:0.61:116
chr9	35739115	rs3833700	G	GC	1798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=935;SC=AGCTGGGGGAGAGACACAGAA;SOR=1.038;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=35739123;WS=35739105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr9	35748669	rs34312177	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=225;ReadPosRankSum=0.896;SC=CTGGGACGCCGGTTCCCATGT;SOR=1.385;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=11;WE=35748677;WS=35748659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr9	35749610	.	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr9	35752048	rs62620193	C	A	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=713;ReadPosRankSum=0.857;SC=ATGTGACTCACGCCCGGCACC;SOR=0.675;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=51;WE=35752056;WS=35752038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,84:0.61:138
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chr9	35800450	.	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=2.459;SC=TCCTCTGGGCCATGGGAGACC;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=10;WE=35800458;WS=35800440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,10:0.17:59
chr9	35808334	rs3763631	C	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr9	35809328	rs2281645	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=395;ReadPosRankSum=-1.026;SC=AGGGAGACAAAGGGACTAACA;SOR=0.510;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=25;WE=35809336;WS=35809318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr9	35818947	.	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=195;ReadPosRankSum=-1.537;SC=TCGTGTTCCTCCCAGCGCCGG;SOR=0.815;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=14;WE=35818955;WS=35818937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr9	35825308	.	T	C	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=1013;ReadPosRankSum=0.153;SC=TCTCTATGCATTGCCTTAGCC;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=60;WE=35825316;WS=35825298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,121:0.72:167
chr9	35825413	rs4879930	C	T	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=789;SC=AGTGAGAAGGCCCTAAAACTA;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=35825421;WS=35825403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	35834942	rs2236291	T	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr9	35841783	rs2236293	G	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=362;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CTGTGTGTGCGGTTGCAAGGT;SOR=0.932;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=28;WE=35841791;WS=35841773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,43:0.32:136
chr9	35845929	rs7848557	A	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=549;SC=GTGGGTGGAGATGGAGGATGT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=35845937;WS=35845919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	35870001	rs7044405	T	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=668;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CATGAGCACGTGGTACCTGAG;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=39;WE=35870009;WS=35869991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,60:0.65:93
chr9	35870225	rs72727089	G	A	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=800;ReadPosRankSum=-0.545;SC=AGAAGTACACGGGCGTGTGCA;SOR=0.815;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=52;WE=35870233;WS=35870215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,78:0.74:106
chr9	35906347	rs370606246	CCTG	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,7:0.12:57
chr9	35906504	rs141107455	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.715;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,33:0.26:128
chr9	35906583	.	T	TCCACCACCACCA	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=3.233;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
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chr9	35957355	rs2233568	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CGATCACCACGGTGAGGTGGG;SOR=1.078;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=7;WE=35957363;WS=35957345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr9	35957669	rs2233564	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,47:0.39:120
chr9	35957985	.	G	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.688;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,54:0.34:158
chr9	35958047	rs2233558	T	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=-0.893;SC=GCAGAGAGCCTCAGGAGAACG;SOR=0.547;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=28;WE=35958055;WS=35958037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr9	36063743	rs942478	C	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=544;SC=CATGCTATCTCTTTTTATTGC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=36063751;WS=36063733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	36105264	rs11788747	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=126;ReadPosRankSum=0.785;SC=CCTGTCTTCCATACTTTTGTG;SOR=0.643;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=16;WE=36105272;WS=36105254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr9	36109947	rs10972726	C	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-2.336;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr9	36110063	rs10972727	T	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=190;ReadPosRankSum=0.503;SC=AAGATGACCGTCGTACCTTCA;SOR=0.947;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=17;WE=36110071;WS=36110053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr9	36110137	rs10972728	C	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-1.499;SC=CACATTTTTCCCTTCAAGGCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=36110145;WS=36110127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr9	36141817	.	AT	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.956;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr9	36148722	rs3739613	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=0.826;SC=ATGCCTCCTGGCCCCAGCACC;SOR=0.678;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=9;WE=36148730;WS=36148712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr9	36169494	rs3739610	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr9	36169598	rs3739609	T	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=374;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TGGCCCTGAGTGTGGACAACC;SOR=0.820;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=28;WE=36169606;WS=36169588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,44:0.63:70
chr9	36169723	rs34789048	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=472;ReadPosRankSum=1.910;SC=ATTGACACCAGTTACCTGAGC;SOR=0.571;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=31;WE=36169731;WS=36169713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,53:0.73:73
chr9	36216324	.	A	ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	455.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.000;QD=19.82;ReadPosRankSum=2.029;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr9	36263435	rs62541786	T	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr9	36276857	rs7875447	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr9	36369646	rs34904529	CA	C	463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.04;MQRankSum=0.453;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr9	36372737	rs12001805	C	A	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=75;SC=TTTCAAAGAACTCAAAGCTAA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=36372745;WS=36372727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	36378901	rs35905528	C	CT	240.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=1.050;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr9	36657364	rs367700205	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=402;ReadPosRankSum=-0.339;SC=ATCACAGGTTCGTCATTCTTA;SOR=0.374;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=25;WE=36657372;WS=36657354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr9	36669228	rs3780133	C	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	36674842	rs2274473	C	T	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	36840623	rs3780135	G	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	36864020	.	T	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=0.812;SC=GTAGAAGAATTGCTTGAACCC;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=36864028;WS=36864017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr9	36864066	rs4378045	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=0.143;SC=AGATTGCACCGCTACATTCCA;SOR=0.223;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=7;WE=36864074;WS=36864056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr9	36864119	rs4289895	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=7;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=-1.521;SC=CCGCCCCCCCAATAAAAGTGC;SOR=0.307;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=6;WE=36864127;WS=36864109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr9	36882264	.	TAC	T	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.904;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr9	37020622	rs2297105	A	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=476;ReadPosRankSum=-2.919;SC=GCCTCGAGCTACTGCCTTTAC;SOR=0.478;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=33;WE=37020630;WS=37020612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr9	37302155	rs10814518	C	T	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	37304168	rs11422051	A	AT	1825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=553;ReadPosRankSum=0.293;SC=TTAATTCTTGATTTTTTTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=41;WE=37304176;WS=37304158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
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chr9	37436632	.	CCT	C	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.866;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,16:0.14:112
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chr9	37489378	rs11542231	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AATTGTTCAACATGCAGCCAC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=23;WE=37489386;WS=37489368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,45:0.30:152
chr9	37489562	rs7860865	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTATATACACACTGTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=37489570;WS=37489552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr9	37492721	rs3739575	G	A	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,80:0.63:126
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chr9	37501752	rs17412622	T	C	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=682;ReadPosRankSum=-1.013;SC=CGAAGATTACTGCATATGTGA;SOR=1.110;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=51;WE=37501760;WS=37501742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,82:0.63:130
chr9	37503124	rs7047823	G	A	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	37503241	rs11792930	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-1.331;SC=GCATCACAGCCACTGGCTGGT;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=37503249;WS=37503231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr9	37512734	rs10973387	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=1.971;SC=GGTGCAAAACGAAAGTCAGTG;SOR=1.981;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=12;WE=37512742;WS=37512724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr9	37518032	rs17413149	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.339;NF=12;NR=2;PP=235;ReadPosRankSum=2.677;SC=TGAGTGATTACGGTTCTGTTC;SOR=2.120;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=14;WE=37518040;WS=37518022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr9	37529286	rs34323368	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr9	37529344	rs28401636	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCTCCGCGGCAGGATGAACAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=37529352;WS=37529334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr9	37531786	.	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.473;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr9	37531872	rs11789166	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=331;ReadPosRankSum=-0.971;SC=TGAAAACCAAGAGTCACCCTG;SOR=0.520;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=26;WE=37531880;WS=37531862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr9	37536998	rs927930	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=4;PP=336;SC=GTCAAGCGTGCGTGAATAAGT;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=37537006;WS=37536988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	37537557	rs7044153	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
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chr9	37708307	rs2296555	A	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TGGGAACTGGATCAGGGTGCC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=37708315;WS=37708304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr9	37715574	rs1952126	G	C	180.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=93;SC=CTGCTGCTTTGTGATGAATTA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=37715582;WS=37715564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	37715724	rs1952125	T	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=19;PP=709;SC=AAGATATTCATGGTAGCAGAG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=37715732;WS=37715714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	37719011	rs2013458	T	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=557;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AAGATAGATATACCTGGCTTT;SOR=1.154;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=35;WE=37719019;WS=37719001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr9	37724195	rs10814609	A	G	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=29;PP=1400;SC=AAAGACAGGGATACAACAATA;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=37724203;WS=37724185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	37729786	rs1359590	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,38:0.32:119
chr9	37732142	rs7035345	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=1.335;SC=ACCAAATGCTTGGAGAGTCTT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=37732150;WS=37732135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr9	37769811	rs10973531	T	G	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=5;PP=409;SC=TGTTGCCCAGTCTGGTCTCGA;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=37769819;WS=37769801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	37782111	rs7158	C	T	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr9	37887570	.	T	TA	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.942;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.258;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr9	37955983	.	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=-1.338;SC=CCAGGGGCACGAAGCTGGCGC;SOR=0.681;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=20;WE=37955991;WS=37955973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr9	37974743	rs1138374	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,23:0.25:92
chr9	38015327	rs2183130	C	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=222;ReadPosRankSum=0.209;SC=TGCTCCAAGTCTTGTATTATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=38015335;WS=38015317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr9	38015646	rs7047952	C	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=312;SC=CTGCCTACTACGAAGCTCTAA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=38015654;WS=38015636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	38016158	rs17847953	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=-0.106;SC=AGGTGTGAGTCCACCTTTGGC;SOR=1.509;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=16;WE=38016166;WS=38016148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr9	38016247	rs7037371	T	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=9;PP=260;SC=AGGCAGGAACTAAAGCCGGCG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=38016255;WS=38016237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	38068532	rs3750444	A	G	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=12;PP=414;SC=GGGGCTGCGAAGGCCGCTCGC;SOR=1.358;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=38068540;WS=38068522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	38395928	rs2073477	C	T	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=1140;ReadPosRankSum=-0.479;SC=ACCCTACCACCGGGGAGGTCA;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=73;WE=38395948;WS=38395918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,97:0.62:157
chr9	38395940	rs2228094	T	C	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=62;PP=2021;SC=GGGAGGTCATTGGGCACGTGG;SOR=0.991;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=38395948;WS=38395918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	38396002	rs2228093	C	T	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=1890;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GCCCGGGAAGCCTTCCGCCTG;SOR=0.805;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=57;WE=38396015;WS=38395992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,74:0.67:110
chr9	38396007	.	C	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=827;ReadPosRankSum=-0.648;SC=GGAAGCCTTCCGCCTGGGGTC;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=27;WE=38396015;WS=38395992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr9	38396065	rs2073478	G	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=0.773;SC=CTGCTGAACCGCCTGGCAGAC;SOR=0.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=24;WE=38396073;WS=38396055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr9	38396142	.	G	A	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=956;ReadPosRankSum=3.521;SC=GCCTTTCCAAGAGTCTTACGC;SOR=0.492;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=61;WE=38396150;WS=38396132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,88:0.73:121
chr9	38396502	rs4878199	G	A	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=25;PP=1050;SC=CGCCCAGCACGTGGATGTTGA;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=38396510;WS=38396492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	38397355	rs3043	G	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=10;PP=245;SC=CCACCTTGACGAATGCTTGCC;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=38397363;WS=38397345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	38411335	.	C	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=172;ReadPosRankSum=0.712;SC=TAAGCCACCTCAAATATCTCA;SOR=0.631;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=14;WE=38411343;WS=38411325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr9	38413159	rs7018644	T	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.086;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr9	38414030	rs10545424	TCA	T,TCACACA	1686.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.536;NF=22,22;NR=16,16;PP=349,1317;ReadPosRankSum=0.503;SC=TCCCTCTTTCTCACACACACA;SOR=1.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=38,38;WE=38414041;WS=38414020;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.80:85
chr9	38423826	rs7039990	T	A	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=9;PP=1022;SC=AGGAGAGATATGAAATACTGC;SOR=2.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=38423834;WS=38423816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr9	38575637	rs41278339	T	C	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=529;ReadPosRankSum=1.959;SC=AGAAAATATTTCATCCGCTGT;SOR=0.848;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=33;WE=38575645;WS=38575627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
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chr9	40503255	rs374071940	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.193;NF=11;NR=23;PP=530;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TCACGGCTTCCCTTTTTTAGT;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=34;WE=40503263;WS=40503245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
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chr9	43861081	rs62536501	T	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.361;NF=3;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=-0.083;SC=GGGCACCCGCTCTCGGCTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=7;WE=43861089;WS=43861071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr9	44175535	rs55633393	T	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.201;NF=19;NR=15;PP=513;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CTGGACATGATTACCATGCTG;SOR=0.778;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=34;WE=44175543;WS=44175525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
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chr9	66457003	.	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQRankSum=-1.544;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
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chr9	66457051	rs79307166	G	C	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=-5.786;QD=23.00;ReadPosRankSum=1.376;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
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chr9	66457106	.	C	T	371	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=139;MMLQ=24;MQ=48.44;NF=16;NR=14;PP=371;QD=13.5257070849;SC=CTGAGGGGTTCTGTCTGCAGC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=30;WE=66457120;WS=66457082;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:73,30:0.29:103
chr9	66457112	rs113087405	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-1.820;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,32:0.25:130
chr9	66457126	.	TGC	T	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=6.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQRankSum=-2.257;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,32:0.24:133
chr9	66457129	.	A	ATG	1050.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=6.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQRankSum=-1.850;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.177;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,31:0.24:127
chr9	66457151	rs78939328	G	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQRankSum=-1.881;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,33:0.27:123
chr9	66457169	rs138400587	AGAG	A	849.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=4;MGOF=114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.484;NF=12;NR=33;PP=933;ReadPosRankSum=1.198;SC=AAATAGAACCAGAGGGAGAGA;SOR=0.516;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=45;WE=66457249;WS=66457159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,26:0.25:106
chr9	66457173	.	GGA	G	507.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQRankSum=-3.724;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.898;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,18:0.20:88
chr9	66457178	.	G	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQRankSum=-3.267;QD=4.89;ReadPosRankSum=3.313;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,18:0.18:99
chr9	66457189	rs2874584	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQRankSum=-1.854;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,25:0.28:88
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chr9	66457206	.	G	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=5.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQRankSum=-0.617;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.806;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,9:0.14:65
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chr9	66457620	rs74362572	C	T	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQRankSum=3.723;QD=8.38;ReadPosRankSum=-3.110;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,43:0.24:178
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chr9	68372411	.	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQRankSum=-1.060;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,21:0.19:108
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chr9	68372441	rs371275705	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQRankSum=-0.994;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,8:0.10:79
chr9	68409477	.	A	T	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=69;MMLQ=23;MQ=45.96;NF=0;NR=3;PP=22;QD=18.9237375157;SC=CACGAGGAAAACCGTCCCTGT;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=3;WE=68409485;WS=68409467;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr9	68409521	.	A	G	116	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=35;MMLQ=23;MQ=42.04;NF=0;NR=3;PP=116;QD=50.2570708491;SC=GACTTCGTGTAAACTCCAGTC;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=3;WE=68409547;WS=68409511;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr9	68409659	rs34008877	C	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-4.164;QD=1.95;ReadPosRankSum=-2.744;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr9	68409672	.	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-3.646;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr9	68409677	rs113826078	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-4.554;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.059;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr9	68409701	rs112537853	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-6.040;QD=4.53;ReadPosRankSum=-2.348;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,12:0.17:70
chr9	68409702	rs79189381	C	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=6.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-1.545;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.134;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
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chr9	68433620	rs62543351	C	T	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.645;HP=4;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.450;NF=47;NR=58;PP=1690;ReadPosRankSum=3.071;SC=GTAGAAGAAACATTAAGTGTT;SOR=0.339;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=236;TCF=96;TCR=140;TR=105;WE=68433628;WS=68433602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,129:0.64:200
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chr9	71114312	rs12685375	C	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=30;PP=794;SC=CAGTGTGTCTCGCAGCTCCTG;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=71114320;WS=71114302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	71459220	.	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=76;ReadPosRankSum=1.703;SC=TGTGGGGTCAGAGGTCTGGGC;SOR=0.789;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=9;WE=71459228;WS=71459210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr9	71478595	rs72720038	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=372;SC=AATAGATTCTGCATCAAAAGA;SOR=2.124;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=71478603;WS=71478585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	71478986	rs10869434	G	T	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=127;SC=TATATGTACAGATGTGAATAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=71478994;WS=71478976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	71538069	rs2027208	A	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=338;SC=CCTGGGCCCCACGGGCTACAG;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=22;WE=71538077;WS=71538059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	71555492	rs10746973	A	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=6;PP=543;SC=GACTCATTTCAATTATTATAG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=71555500;WS=71555482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	71555522	rs10746974	C	T	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=13;PP=926;SC=CTGCATTTATCCTTGAGATTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=71555530;WS=71555512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	71629038	.	C	CGCGGCGGCG	1291.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=0;NR=12;PP=2990;SC=GCGGGGGTCTCGCGGCGGCGG;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=12;WE=71629046;WS=71629028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	71650752	rs2481598	A	G	117.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	71661198	rs188626252	G	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=41;ReadPosRankSum=1.485;SC=TGGAGCACTCGGTTACAGGCA;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=71661206;WS=71661188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr9	71668197	rs3829062	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr9	71686181	rs9314854	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GATGGTTTGGTTCACTCATTT;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=17;WE=71686189;WS=71686171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr9	71687400	.	C	CTG	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=31;QD=37.0;SC=CAGATATACACTAGCTCATTT;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=2;WE=71687408;WS=71687390;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr9	71687440	rs7025834	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=33;ReadPosRankSum=0.707;SC=TTACTCCAGTCAATTTCTTGG;SOR=0.732;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=6;WE=71687448;WS=71687430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr9	71687662	.	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=-1.545;SC=TTGGCCTATTCCGGAAAAGAT;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=14;WE=71687670;WS=71687652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr9	71687755	rs146039377	TTTG	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=0.183;SC=AGGTCTGTTTTTTGTTGTTGT;SOR=0.132;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=3;WE=71687765;WS=71687745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr9	71714693	rs10121021	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=409;ReadPosRankSum=2.079;SC=TTGGGAACCACAGGCAAGAAT;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=29;WE=71714701;WS=71714683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr9	71789156	rs13301644	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr9	71789386	rs144607139	T	TCGTGAG	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.809;NF=1;NR=4;PP=227;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GGGAGGAGGGTCGTGAGCGTG;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=71789394;WS=71789376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr9	71820008	rs2498440	A	G	175.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=153;SC=ACGTAACCACATGGAGTGATG;SOR=4.407;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=71820016;WS=71819998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	71827618	rs34883177	T	C	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=0.725;SC=GCTTTTTTTTTCCCTTGAGGT;SOR=1.942;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=13;WE=71827626;WS=71827608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr9	71831398	rs2498417	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=224;SC=CCTCCCTCGCTCCGCAGCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=71831406;WS=71831388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	71833230	rs72709079	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=530;ReadPosRankSum=0.664;SC=TGCTTCATTCGTTTGCAGTTC;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=33;WE=71833238;WS=71833220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr9	71843023	rs2309428	C	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=13;PP=477;SC=ACCAAGAGGACCCCCCAGGTG;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=71843031;WS=71843013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	71851877	rs34774441	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=155;ReadPosRankSum=0.591;SC=CTGAACAAATGGCCAGTGTTC;SOR=0.804;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=12;WE=71851885;WS=71851867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr9	71862817	rs41308892	C	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr9	72000701	rs369887452	TTTA	T	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=22;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=1.755;SC=TTTTTTTTTTTTTAAATCAGA;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=72000711;WS=72000690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr9	72046057	.	GA	G	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.277;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
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chr9	72086415	rs1761287	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=-0.977;SC=CAGCTATCATTCTTTGAGTCT;SOR=0.180;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=9;WE=72086423;WS=72086405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr9	72131469	.	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=0.441;SC=GCCTCGTCGCGCTCCTGCTCG;SOR=0.953;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=17;WE=72131477;WS=72131459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr9	72132199	rs11139063	G	A	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=16;PP=407;SC=CACTGGGCTGGAAAAACAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=72132207;WS=72132189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	72338180	rs11139996	T	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=6;PP=330;SC=TAACTAACACTTTCTGCAGCT;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=18;WE=72338188;WS=72338170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	72338610	rs11139997	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=21;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TCTCCATTATTGCCTCTGATT;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=72338618;WS=72338600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr9	72373624	rs10735564	A	G	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	72373716	rs10780612	G	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=0.718;SC=AAAAAATCATGAGCTCCAGTC;SOR=1.306;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=19;WE=72373724;WS=72373706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr9	72373752	rs10780613	A	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.476;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr9	72374677	rs2274745	T	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=12;PP=451;SC=CAGGACCCGCTGTCCGCCCGC;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=72374685;WS=72374667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	72374702	rs3831183	T	TGGACGCTTG	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=2042;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CGAGGTCGGGTGGACGCTTGG;SOR=1.123;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=7;WE=72374710;WS=72374692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr9	72374941	rs2274744	C	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr9	72374969	rs2252130	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=280;SC=CTAGGCCGCGTCCCCGCCGCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=72374977;WS=72374959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	72472746	rs35585376	TA	T	766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=839;SC=GCCCAGCCCCTAAATTAGTTT;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=72472754;WS=72472736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	72472831	rs10780682	C	T	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=30;PP=1476;SC=TTAGGGTCACCGGATTGCCTG;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=82;WE=72472839;WS=72472821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	72473053	rs1133275	TG	CA	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=1025;SC=TCCTTTCACATGCACAACATT;SOR=2.517;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=72473062;WS=72473043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	72501698	rs4407955	G	T	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=16;PP=818;SC=CAATAAAAATGTAAAATATTT;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=72501706;WS=72501688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	72501962	rs4548246	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=243;SC=ATTGGAATCATGACAATGTTT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=72501970;WS=72501952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	72517267	.	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.094;SC=CTATAATCTCCCAGGTTTGAT;SOR=0.624;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=14;WE=72517275;WS=72517257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr9	72740974	rs1927112	A	G	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	72741312	rs1998972	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=201;SC=GTCGAGTTCAGTGCTCCTTAC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=72741320;WS=72741302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	72783608	rs10780871	T	C	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=467;SC=TTTATTTTTATGAATTTCAGG;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=72783616;WS=72783598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr9	72961590	.	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=331;ReadPosRankSum=-2.145;SC=TTCTTTTTTCCCAAGCTCCTG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=31;WE=72961598;WS=72961580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,45:0.27:164
chr9	72965438	rs1536957	A	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=253;SC=ATCTCCTGTGACATAATCATA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=72965446;WS=72965428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr9	73150873	rs17535963	T	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=757;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GAAGGTTTAGTTGTGCTTGCT;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=49;WE=73150881;WS=73150863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,73:0.72:102
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chr9	73151970	rs3739776	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=355;ReadPosRankSum=0.133;SC=TCATATTGACCGAATAGAAAG;SOR=0.663;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=28;WE=73151978;WS=73151960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,38:0.38:101
chr9	73164611	rs1889914	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=-2.284;SC=AAAAAAAAAGGAAGTCTTGAG;SOR=0.628;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=16;WE=73164619;WS=73164601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr9	73164712	rs1889915	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=-1.655;SC=AGATTCCTTGTTAAGTCTCAA;SOR=0.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=8;WE=73164720;WS=73164702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr9	73213610	rs4744605	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=436;SC=AGGAGAGCAGAGTTAGGTCTG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=73213618;WS=73213600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	73213644	rs4744606	A	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=181;SC=TTTTCAGCCCAGTTGGGAAGT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=73213652;WS=73213634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	73233772	.	G	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.627;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
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chr9	73240674	rs56697575	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CTCTTGATATCATTTGGTTTC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=73240682;WS=73240664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr9	73250037	rs4322073	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GACAGGAATACTCTGGCAGCT;SOR=0.184;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=14;WE=73250045;WS=73250027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr9	73255337	rs1538670	A	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5062;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=173;ReadPosRankSum=0.797;SC=GGAGCTCAGGATACAGACTTT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=13;WE=73255345;WS=73255327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr9	73255432	rs1538669	G	C	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=13;PP=629;SC=AATACCCTTGGCCAACCAAAG;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=73255440;WS=73255422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr9	73296400	rs10123161	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=207;ReadPosRankSum=1.510;SC=TTTTCACACTCTCTGGACACA;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=18;WE=73296408;WS=73296390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
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chr9	73457832	rs1337031	G	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=4;PP=241;SC=ATACTATAATGTGCACATTTT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=73457840;WS=73457822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	73457861	rs1337030	A	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=347;SC=ATTTTATTATACTTTTCTGAT;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=15;WE=73457869;WS=73457851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	73458045	rs3833697	T	TA	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5317;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=199;ReadPosRankSum=1.493;SC=GAATAACACCTAAAAAAAAAA;SOR=1.015;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=21;WE=73458053;WS=73458035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,41:0.89:46
chr9	73461337	rs7862440	T	A	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=45;PP=1683;SC=CAGTTGTCATTGCTGCTTTGA;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=73461345;WS=73461327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	73461558	rs10868907	G	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=193;SC=ACTGGCTGAGGCTGGTTATCT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=73461566;WS=73461548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	73479213	rs10780981	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=1.371;SC=ATAAGATTGCCTCAAAGATGT;SOR=0.859;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=6;WE=73479221;WS=73479203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr9	74300021	.	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.576;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
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chr9	74300640	rs2310021	A	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=9;PP=424;SC=GAACTTCATGAAATAATACAA;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=74300648;WS=74300630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	74314368	rs5898223	T	TA	223.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr9	74324149	rs7046059	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=392;ReadPosRankSum=0.406;SC=GTAGGAACTTGAGCATTATAC;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=24;WE=74324157;WS=74324139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr9	74326961	rs3739781	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=1.779;SC=TCCTTTTTTCACCATAGTCAC;SOR=0.880;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=9;WE=74326969;WS=74326951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr9	74331267	.	GA	G	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.9998;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=26;QD=17.5;SC=AATTAATCCAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=74331275;WS=74331257;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr9	74331376	.	A	C	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=20;QD=18.2570708491;SC=CAGAAAAAAAAATCAAGGGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=3;WE=74331384;WS=74331366;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr9	74332784	rs2307005	T	G	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=83;SC=TCACTGTGCTTTCATGCTACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=74332792;WS=74332774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	74340458	rs62547007	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=290;ReadPosRankSum=-1.222;SC=CTTTACACTGTCTAGCATATG;SOR=1.295;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=17;WE=74340466;WS=74340448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr9	74340659	rs41308888	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=442;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TTAAAAGCCTAATTTATACAG;SOR=0.273;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=25;WE=74340667;WS=74340649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr9	74340700	rs62547009	T	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=2.376;SC=TAAACTAACTTCTTCATCAGC;SOR=0.387;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=74340708;WS=74340690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr9	74344659	rs62547028	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=0.071;SC=CAATGTCATGCTTGGGTTACA;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=15;WE=74344667;WS=74344649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr9	74344821	rs25693	T	C	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=998;ReadPosRankSum=0.824;SC=TCCAGAAAGTTGAAACAGCCC;SOR=0.483;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=79;WE=74344829;WS=74344811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,118:0.78:151
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chr9	74345158	rs25694	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=0.150;SC=CAAACCCAATGGTGTCTTTTA;SOR=0.412;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=74345166;WS=74345148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
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chr9	74355028	rs25690	A	G	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=623;ReadPosRankSum=-2.127;SC=GGCCATCCACAGTATAAAATT;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=48;WE=74355036;WS=74355018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,88:0.73:120
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chr9	74360096	rs25689	C	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=538;ReadPosRankSum=2.207;SC=GCTCTCATTGCGGTATTCATG;SOR=0.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=41;WE=74360104;WS=74360086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr9	74360234	rs25688	C	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=678;ReadPosRankSum=0.662;SC=ATTCAGGGTCCTTGCCAACAA;SOR=0.458;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=42;WE=74360242;WS=74360224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
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chr9	74365341	rs62544871	A	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GTATGTGTAAATTCTTTTTTA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=8;WE=74365349;WS=74365331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr9	74477617	rs10573097	TAAGA	T	593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=355;SC=AAATCACTCTTAAGATTTTGT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=74477628;WS=74477607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr9	74562050	rs35141787	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr9	74825707	rs11143170	T	C	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=717;ReadPosRankSum=0.334;SC=AAATGAAGCATGATTTATGGG;SOR=0.682;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=59;WE=74825715;WS=74825697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,80:0.60:133
chr9	74828718	rs200145454	CAAAAAAA	C	774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.28;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr9	74834384	rs10869148	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=-1.645;SC=CCATTTGTTGCTTTATTTCAG;SOR=0.770;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=16;WE=74834392;WS=74834374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr9	74843020	.	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=0.361;SC=CAGCCAAATGCCTTTGTTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=10;WE=74843028;WS=74843010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr9	74845989	rs10869150	C	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=475;ReadPosRankSum=-2.585;SC=TTTATTGGAACCACATGGATC;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=32;WE=74845997;WS=74845979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr9	74846104	rs17057536	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=486;ReadPosRankSum=0.096;SC=ACAGGTTAGTAGTTCACCATT;SOR=0.911;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=31;WE=74846112;WS=74846094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,51:0.76:67
chr9	74846187	rs34627726	TA	T	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=2.336;HP=14;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.693;NF=0;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=0.170;SC=CTGTTCTGTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=74846195;WS=74846177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr9	74862227	.	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=0.341;SC=GAAACAAATTCGTATTTCTGG;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=13;WE=74862235;WS=74862217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr9	74863449	.	AG	A	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=34;QD=33.5;SC=TCTGGTTGAGAGGGTTCATAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=74863457;WS=74863439;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr9	74975136	rs2809270	T	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=9;PP=336;SC=CACTAGCTGTTCCTATTTAAA;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=74975144;WS=74975126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	74975711	rs1853276	T	C	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=28;PP=642;SC=CTGCTATAGATGAAACGAAAT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=74975719;WS=74975701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	74979593	rs2224603	G	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=440;SC=GCTCCCACCCGCAGCCCCGTA;SOR=5.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=74979601;WS=74979583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	75242814	rs36038786	AT	A	182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.23;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	75303653	rs2589615	C	T	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=18;PP=644;SC=AAAAAGAAGACGAGACTGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=75303661;WS=75303643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	75315438	rs1796993	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=3;PP=158;SC=TTAAAGAGAAGAAGAAGAAAT;SOR=0.793;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=8;WE=75315446;WS=75315428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	75315641	rs66939074	TATATATATATATATATATACACACACACACACACATACAC	T	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	75357542	rs7848136	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=328;SC=TGGGAAGACTAGAAACAAACA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=75357558;WS=75357532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	75357543	rs146170244	GAAACAAAC	G	778.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=2526;SC=GGGAAGACTAGAAACAAACAA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=75357558;WS=75357532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	75407159	rs17058153	T	C	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=644;ReadPosRankSum=0.894;SC=GAAGCCAATATGATCAAGGCC;SOR=0.716;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=45;WE=75407167;WS=75407149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,68:0.68:100
chr9	75521060	rs348472	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=-0.375;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.456;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr9	75539077	rs3739962	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.373;SC=AAAAGTTACAGTATAAGAATT;SOR=0.559;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=11;WE=75539085;WS=75539067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr9	75540276	rs8187932	AT	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.72;MQRankSum=1.556;NF=4;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=0.433;SC=TGCTAAATGTATTCCCCCCAC;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=75540284;WS=75540266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr9	75541962	rs8187925	A	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=2.394;SC=GTTTTAGAGAAAGCTTCATCA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=75541970;WS=75541952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr9	75543974	rs8187922	T	TAA	1388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=21;PP=959;SC=TAAAATTCCATAAGTTTTAGA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=21;WE=75543982;WS=75543964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	75545882	rs13959	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=151;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TACGCCACGGGGATCCAATCT;SOR=0.735;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=15;WE=75545890;WS=75545872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
chr9	75554952	rs7027604	A	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=138;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GCTGCCCCAGAAACCATATTT;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=12;WE=75554960;WS=75554942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr9	75554982	rs348449	G	A	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=16;PP=684;SC=GTCTTTTGGAGCTTGCAATGG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=39;WE=75554990;WS=75554972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	75769283	.	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=1.495;SC=GAACACTGATCATGTCATTTT;SOR=0.621;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=17;WE=75769291;WS=75769273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr9	75780149	rs17058563	G	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
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chr9	75783937	rs3739959	A	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=302;ReadPosRankSum=0.540;SC=ACCCTCATTTATTTTGGCCAG;SOR=1.094;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=21;WE=75783945;WS=75783927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr9	75807171	rs202039128	T	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.14;MQRankSum=-2.135;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr9	77230477	rs3904058	A	G	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=13;PP=573;SC=AGTGAAAAGTATCATATTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=32;WE=77230485;WS=77230467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	77245162	rs2146777	A	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=18;PP=978;SC=GAAAGAAAACATCTGTATGCT;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=49;WE=77245170;WS=77245152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	77282615	.	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=0.714;SC=GTATGCACCTCCTTGGATAGC;SOR=0.160;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=77282623;WS=77282605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr9	77282927	rs1327838	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=-2.119;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr9	77359033	.	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=0.850;SC=GGTGAGGCTCTTGAGGGCTTT;SOR=0.681;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=11;WE=77359041;WS=77359023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
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chr9	77415284	rs7859201	A	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=-1.514;SC=CGGCCAGTTTAAGGCAGGTCG;SOR=0.696;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=21;WE=77415292;WS=77415274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,33:0.31:105
chr9	77436641	rs7018994	G	A	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=23;PP=870;SC=CCCTACCTGTGCCCTCACACA;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=50;WE=77436649;WS=77436631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr9	77473591	.	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-1.755;SC=TTACCTGTGAGGATTTTTTGA;SOR=1.080;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=6;WE=77473599;WS=77473581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr9	77478816	rs60062173	A	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=107;SC=TTTTTTTTTTAAAAAAACATC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=77478824;WS=77478814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	77479009	rs146980246	A	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,34:0.35:98
chr9	77479033	.	ATC	A	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,9:0.12:75
chr9	77502160	rs1333342	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=12;PP=320;SC=AACCGGCGCTGTCATCGCTCC;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=77502168;WS=77502150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	77562818	.	A	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
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chr9	77668902	rs11144201	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.622;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr9	77676305	rs1045882	T	C	123.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5209;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=1.465;SC=TGGATATTTATTGTTCCACAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=77676313;WS=77676295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr9	77681019	rs2376396	G	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=1.149;SC=TGTGAAAAACGAGACCTTGGT;SOR=0.138;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=12;WE=77681027;WS=77681017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr9	77681039	rs4357362	C	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=0.977;SC=TGATGACCTTCAGCAGTAGGA;SOR=0.208;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=17;WE=77681047;WS=77681029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr9	77681102	rs9722476	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr9	77681179	rs7852863	C	T	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=55;PP=2216;SC=TAGGCAGATCCCTGTCACTTG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=106;WE=77681201;WS=77681169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	77681193	rs10869492	A	C	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,55:0.35:158
chr9	77681818	rs2273762	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=0.211;SC=CAATGTTTACTTTGACACCCA;SOR=0.734;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=21;WE=77681826;WS=77681808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,27:0.29:94
chr9	77681928	rs2273763	C	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGCTAGCCAGCTATAATAGGT;SOR=0.518;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=5;WE=77681936;WS=77681918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr9	77684690	rs3752955	A	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr9	77745424	rs2295861	T	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=13;PP=599;SC=CCCTAGGAGCTAGATAATTTG;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=77745432;WS=77745414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	77746804	rs2281662	T	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=321;ReadPosRankSum=1.226;SC=CAATTAGCTTTGACAAGTGCA;SOR=0.640;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=26;WE=77746812;WS=77746794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
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chr9	78911794	rs11407417	C	CA	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.319;NF=0;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=-0.074;SC=ATGTGCCCCCCAAAAAAGAGG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=78911802;WS=78911784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr9	78917015	rs11451259	T	TA	139.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr9	78936564	rs11144829	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=0.193;SC=AGGTACCTAGGAGCTTCCCAC;SOR=0.850;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=21;WE=78936572;WS=78936554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,39:0.39:101
chr9	78937974	rs3001772	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=1.701;SC=CCAGAGTGCACGCCTGAGTTC;SOR=0.557;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=18;WE=78937982;WS=78937964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,30:0.27:110
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chr9	79321775	.	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=0.553;SC=GGAACGAAGCTTTGGGAGATA;SOR=0.705;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=10;WE=79321783;WS=79321765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr9	79325627	.	G	C	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=555;ReadPosRankSum=-1.855;SC=TGTTGGGGAAGAAGTCATCTG;SOR=0.878;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=32;WE=79325635;WS=79325617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr9	79326058	rs185829648	G	C	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=726;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CCCTGGGAGAGGGGGGCACTG;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=61;WE=79326066;WS=79326048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,96:0.69:140
chr9	79471995	rs12238848	T	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,56:0.38:149
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chr9	79867288	rs12335955	T	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,48:0.32:148
chr9	79888396	rs2050831	A	G	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=45;SC=TCCTTTTAAAATCTAGGTTCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=79888404;WS=79888386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr9	79910476	.	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.030;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr9	79920364	rs74478541	ATAT	A	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=390;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TAAAACATAAATATTATGTTC;SOR=0.839;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=10;WE=79920374;WS=79920354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr9	79922839	rs2275549	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=-0.732;SC=GCTAAAAAGAACAAATCTTTT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=79922847;WS=79922829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr9	79933486	rs141528779	G	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=156;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TAATAAATCTGCACTGTCAGC;SOR=1.277;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=14;WE=79933494;WS=79933476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr9	79934614	.	GTA	G	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.4999;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=21;QD=15.5;SC=GTCTATGTGTGTATATATATA;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=2;WE=79934623;WS=79934604;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr9	79952468	rs12348097	A	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=82;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CGGCAAACTGATTTAGTGCCT;SOR=0.830;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=10;WE=79952476;WS=79952458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr9	79954545	rs7025532	T	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
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chr9	79960141	rs7035855	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr9	82187750	rs1934610	A	G	5237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
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chr9	82264838	.	G	GT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr9	82267732	rs2297499	C	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=29;PP=919;SC=CTTGGAATGCCAATCTGAGAT;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=82267740;WS=82267722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	82286286	rs1475674	C	G	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=24;PP=799;SC=CTGACGAGCTCAACGAGTGGC;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=82286294;WS=82286276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	82286352	rs2297498	G	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=18;PP=489;SC=TTTTATTTTCGTGTCAGATTA;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=82286360;WS=82286342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	82308390	rs11138336	G	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=7;PP=577;SC=TTGCTTGTACGCATTAGGTTG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=82308398;WS=82308380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	82308670	rs7025437	A	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	82320887	rs4877147	A	T	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=37;PP=1078;SC=AATTTTTTGCACTTGCCCAGC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=82320895;WS=82320877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	82335294	rs7875032	T	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	84202827	.	G	GTGTGTGTGTGTGTGTCATCCCGCC	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-2.055;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.557;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr9	84202829	.	G	GTGTGTGTGTGTGTCATCCCGCC	556	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=59.26;NF=2;NR=37;PP=556;QD=14.3333333333;SC=GACCGTGTGTGTGTGTGTGTG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=39;WE=84202849;WS=84202819;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr9	84202837	.	G	GTGTGTCATCCCGCC	545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=1.001;QD=9.41;ReadPosRankSum=1.244;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr9	84202839	.	G	GTGTCATCCCGCC	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.537;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr9	84207898	rs7023704	C	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=419;ReadPosRankSum=-1.666;SC=ATTGAATCTCCAGGGAGAAAT;SOR=0.861;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=31;WE=84207906;WS=84207888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr9	84214974	rs7039820	T	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.681;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr9	84215034	rs2777781	A	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr9	84227006	.	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=144;ReadPosRankSum=1.027;SC=AGGGGAGGGGGAAAATCACCT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=14;WE=84227014;WS=84226996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr9	84267021	rs60087604	T	TACACACACACACAC	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	84267147	rs2228173	T	C	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=16;PP=729;SC=TGGCATTCAATTCTGCCATGG;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=84267155;WS=84267137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	84275014	rs2627002	C	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=4;PP=474;SC=AGCTTTCTACCTAAAAGCCTT;SOR=2.494;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=84275022;WS=84275004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	84275095	rs2796450	C	T	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=26;PP=957;SC=ATTTCTTTGCCGTACCTCCCC;SOR=0.934;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=58;WE=84275103;WS=84275085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	84275165	rs182295081	C	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-2.513;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,58:0.57:102
chr9	84275256	rs36108203	C	CA	257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.530;QD=14.32;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr9	84530210	rs148643857	G	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=173;ReadPosRankSum=0.615;SC=GTGAGGTCATGGGTGGGGGGC;SOR=0.382;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=13;WE=84530218;WS=84530200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr9	84530691	.	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=1088;ReadPosRankSum=0.462;SC=TTTCTCCCTTGGATTCCAAGT;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=59;WE=84530699;WS=84530681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,64:0.60:106
chr9	84531290	rs186823698	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=53;ReadPosRankSum=0.388;SC=AAAAAAGGAGTGATTTCCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=7;WE=84531298;WS=84531280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr9	84532199	rs513556	C	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQRankSum=-3.189;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr9	84532202	rs370587558	C	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQRankSum=-3.386;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr9	84563004	.	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.645;NF=14;NR=26;PP=596;ReadPosRankSum=0.903;SC=AATTCCTTTTCCCATTTCTAC;SOR=0.347;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=40;WE=84563012;WS=84562994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr9	84604599	rs145158256	TAATG	T	745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=396;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TATTCTTGTATAATGAATGAA;SOR=0.765;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=9;WE=84604610;WS=84604589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr9	84605629	.	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=291;ReadPosRankSum=0.008;SC=GCAGGCTTTAGGGAACCCACC;SOR=0.415;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=25;WE=84605637;WS=84605619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr9	84605665	.	C	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=609;ReadPosRankSum=-1.388;SC=AATCTCCTTTCCTTGTTCTGG;SOR=0.901;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=41;WE=84605673;WS=84605655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr9	84607758	rs10867826	T	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.728;NF=11;NR=18;PP=337;ReadPosRankSum=-1.570;SC=GTCCGGAGACTTCTTCAGACA;SOR=0.554;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=29;WE=84607766;WS=84607748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,54:0.40:135
chr9	84608900	rs75742550	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=396;ReadPosRankSum=-1.349;SC=TGCTCACTGACAAATGTGAAA;SOR=0.617;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=38;WE=84608908;WS=84608890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,53:0.34:155
chr9	84609249	rs116948895	A	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=4.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-2.648;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,29:0.28:104
chr9	84609913	rs12341627	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=423;ReadPosRankSum=-1.140;SC=GGGGAAGATACTGTGTCAAAG;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=39;WE=84609921;WS=84609903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,66:0.34:193
chr9	84675797	rs7019805	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=0.848;SC=GACAGAAGCCGCCAAATCCTC;SOR=0.458;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=84675805;WS=84675794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr9	85597720	.	CAG	C	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=354;ReadPosRankSum=0.215;SC=TAGAGAGAGACAGAGAGAGAG;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=14;WE=85597731;WS=85597710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr9	85637119	.	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=453;ReadPosRankSum=0.665;SC=GTAAAAATTCCTTTGCTGGGA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=23;WE=85637127;WS=85637109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr9	85677254	rs10573978	AG	A	1018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;MQRankSum=0.385;QD=26.12;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr9	85905666	rs942283	A	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CAAGCCAGACAGAGTTGGTTT;SOR=0.330;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=17;WE=85905674;WS=85905656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr9	85905737	rs942282	C	G	164.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=0.282;SC=TTTGTGTCTACAGGGAACTAC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=85905745;WS=85905727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr9	85905786	rs942281	G	A	45.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	85913590	rs11140011	A	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=469;ReadPosRankSum=-1.875;SC=TCACTACACAAAGGGATGTTA;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=26;WE=85913598;WS=85913580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
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chr9	85924600	rs374884095	GT	G	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=181;ReadPosRankSum=1.242;SC=TTTTCCATGGGTTTTTTTTTT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=85924619;WS=85924590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr9	86399815	rs7021357	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=2.036;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
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chr9	86474411	rs11999592	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.504;NF=3;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=-0.489;SC=ATTATTGTTTTCTCCCATGGA;SOR=0.193;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=86474419;WS=86474401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr9	86503542	rs11140284	C	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-3.124;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.250;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
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chr9	86518796	rs12001918	T	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=470;ReadPosRankSum=2.297;SC=CAAATGCTGATTGTAAAAATT;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=37;WE=86518804;WS=86518786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,60:0.38:159
chr9	86571454	rs41282419	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=408;ReadPosRankSum=0.208;SC=CTCTTCCCGCCCTAGGCGGGT;SOR=0.521;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=35;WE=86571462;WS=86571444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr9	86588789	.	A	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.819;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
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chr9	86592928	rs3737134	A	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=1.063;SC=AAAATTCTTTATATGCAAATC;SOR=1.336;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=7;WE=86592936;WS=86592918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
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chr9	87360106	rs144586764	ACACCT	A	845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=16;PP=903;SC=TAGGGTGTTAACACCTAGGTT;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=87360118;WS=87360096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	87475806	rs143811359	GTTTATTTA	G	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=8;PP=1566;SC=CAAGTGGTTTGTTTATTTATT;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=87475821;WS=87475796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr9	88667582	rs10780743	T	G	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr9	89561431	rs184053229	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=1.256;SC=AAGCGGCGGCGGCGGCCCCGG;SOR=0.740;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=14;WE=89561439;WS=89561421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
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chr9	90589016	rs666459	A	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=692;SC=AAGGTGGGTGAGGGGAAGGTG;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=90589024;WS=90589006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr9	90748837	rs10868714	T	C	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=58.63;NF=1;NR=4;PP=57;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=90748845;WS=90748827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr9	91262343	rs5899049	A	ATGG	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=408;ReadPosRankSum=1.297;SC=CTCTGGACACATGGAGAAGAT;SOR=0.845;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=10;WE=91262351;WS=91262333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
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chr9	91262597	rs7862585	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr9	91262618	rs28455807	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CACTGTGGTTTTCCAAACTGA;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=5;WE=91262626;WS=91262608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr9	91360612	rs28624420	T	C	348.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.44;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr9	91628546	rs944483	A	C	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	91628592	.	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr9	91652414	rs2282125	A	T	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=744;ReadPosRankSum=1.925;SC=AGTGCCAGGGATGGCCAACAT;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=55;WE=91652422;WS=91652404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,80:0.63:126
chr9	91653257	rs144228410	TAAA	T	426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.71;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,14:0.78:18
chr9	91653287	rs944481	G	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=-0.381;SC=TACAGTGAGAGAGATGGAAAT;SOR=0.883;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=91653295;WS=91653277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr9	91656963	rs3750399	T	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=571;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GGTCTTTCCTTGGGCTGCTCT;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=44;WE=91656971;WS=91656953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr9	91660741	.	C	T	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=2.415;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,80:0.62:128
chr9	91666812	rs7021743	C	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=0;PP=242;SC=CATATCCCAGCACCGACCAGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=91666820;WS=91666802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	91667136	rs7025214	C	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=293;SC=ACCTGGGCTCCTCTACAAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=91667144;WS=91667126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	91680531	rs3818668	C	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=1.457;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr9	91686159	.	C	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=572;ReadPosRankSum=0.974;SC=TGTGGTGATTCGCTATGATCT;SOR=0.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=40;WE=91686167;WS=91686149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,62:0.65:95
chr9	91686191	.	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.047;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=555;ReadPosRankSum=-0.206;SC=AACAAGAAACGAGATGTGCTG;SOR=1.104;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=36;WE=91686199;WS=91686181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr9	91727463	rs17054735	G	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=462;ReadPosRankSum=-1.137;SC=ATTTTCAAGAGGGCTTACCTG;SOR=1.347;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=28;WE=91727471;WS=91727453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr9	91926124	rs3211665	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr9	91934787	rs3763616	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=2.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=-1.017;SC=TCAAATACTCAGCAGTTACTG;SOR=0.959;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=91934795;WS=91934777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr9	91978539	rs13297725	A	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-0.933;SC=AGCCAATAAAACCCAAACCCA;SOR=0.520;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=15;WE=91978547;WS=91978529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr9	91978591	rs76395868	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.668;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,11:0.15:74
chr9	91993724	rs45483393	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=-1.095;SC=CCTCCCTATCCGTGGGGACTT;SOR=0.873;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=19;WE=91993732;WS=91993714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,41:0.32:128
chr9	92001366	.	G	A	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=764;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CAGCGTGCTCGAGGCTGATGG;SOR=0.479;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=51;WE=92001374;WS=92001356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,71:0.71:100
chr9	92001552	.	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.967;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.906;SC=AACAAAAAAAGGAAAAGGCTT;SOR=0.200;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=9;WE=92001560;WS=92001542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr9	92003679	rs11526468	C	T	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=29;PP=1192;SC=AGGTTGTAGGCGCACACTGCC;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=92003687;WS=92003669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	92017733	rs41287361	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=302;SC=GGCCAGGAGAGGCTGCCCACT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=92017741;WS=92017723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	92020433	rs7856677	G	A	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=38;PP=1078;SC=TGGCCGGGCAGGTGTGCTATT;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=92020441;WS=92020423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	92785610	rs586750	G	C	115.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr9	93606676	rs2278275	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=215;ReadPosRankSum=0.924;SC=CATGCAACACATGTGCCTATG;SOR=1.194;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=16;WE=93606684;WS=93606666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr9	93607912	.	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=-1.758;SC=CTCCTGCCACCAGGCCTGTGT;SOR=0.440;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=18;WE=93607920;WS=93607902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr9	93624755	rs914928	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=337;SC=AGGCCAGCAGTAGCTCTGGAG;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=93624763;WS=93624745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	93627484	rs4744516	C	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=13;PP=315;SC=ATTTTGATTGCGCTTCAAAAC;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=93627492;WS=93627474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	93629347	rs1760124	G	A	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=5;PP=360;SC=GTAGCATGTCGTGGAAGGGAT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=93629355;WS=93629337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	93629691	.	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=433;ReadPosRankSum=2.665;SC=CTCAGTCCGTCAGCTGGAAGT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=33;WE=93629699;WS=93629681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,44:0.37:118
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chr9	93639803	rs1760132	A	G	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=13;PP=881;SC=AGATTATCTAAAAGTGAGGCA;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=44;WE=93639811;WS=93639793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr9	94487459	rs10992065	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.428;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=375;ReadPosRankSum=-0.179;SC=GCAGAGCAGCCGGGAGGAGTG;SOR=1.417;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=22;WE=94487467;WS=94487449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr9	94493470	rs10992070	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.519;SC=GAAAACCTCCGGGGTACAACA;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=9;WE=94493478;WS=94493460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
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chr9	94518328	rs12683181	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=664;ReadPosRankSum=0.815;SC=CAGCAGAACACGGCTTGGGGA;SOR=0.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=49;WE=94518336;WS=94518318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,65:0.75:87
chr9	94817882	rs34684548	AT	A	1011.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=660;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TCCTAAAAAAATATTCTGAAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=17;WE=94817890;WS=94817872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
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chr9	95380726	rs2148537	G	A	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TGAGTAACATGTCTGTCCTTC;SOR=0.594;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=69;WE=95380734;WS=95380716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,103:0.64:160
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chr9	95397418	rs1111047	C	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=10;PP=578;SC=GGCTGCCCAACAGGGGGACCG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=95397426;WS=95397408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr9	95526667	rs2277164	G	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=236;ReadPosRankSum=0.712;SC=CCTCCGCCCCGGCGGCCCACC;SOR=0.675;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=17;WE=95526675;WS=95526659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr9	95527083	.	A	AGCCGCCGCCGCC	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.813;NF=0;NR=9;PP=555;ReadPosRankSum=1.006;SC=GGCCCTCCTCAGCCGCCGCCG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=9;WE=95527103;WS=95527073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr9	95527095	rs191031181	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=1.844;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.636;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
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chr9	95766471	rs6479445	A	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=327;ReadPosRankSum=0.216;SC=TCTCTAGACCAGGGTTCATGT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=20;WE=95766479;WS=95766461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr9	95780465	rs7048975	A	G	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	95821227	.	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=1.068;SC=CCACAGCAACGATCTGCCCCG;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=95821235;WS=95821217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr9	95872744	rs3819011	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=482;ReadPosRankSum=-0.069;SC=GGTGTCCTGACACCCAACAGG;SOR=0.375;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=30;WE=95872752;WS=95872737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr9	95874070	rs2027585	G	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=253;ReadPosRankSum=0.903;SC=GGCCCCAGGAGGCAGCAGCAA;SOR=0.760;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=20;WE=95874078;WS=95874060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr9	95874311	rs72741078	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.751;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TCAGGGGCTTCTCCACCCCAA;SOR=1.715;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=95874319;WS=95874301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr9	95875381	rs56145587	G	C	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=397;ReadPosRankSum=0.255;SC=TGACCTAGGGGGGCTCTGACA;SOR=0.913;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=38;WE=95875389;WS=95875371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
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chr9	95991895	rs7874101	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=0.834;SC=GGTCCTACTGTGTGGCGCTGC;SOR=1.074;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=18;WE=95991903;WS=95991885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
chr9	95992213	rs7871272	A	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=21;PP=613;SC=ACCATAGCTGAGGGTGAGGTC;SOR=1.445;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=95992221;WS=95992203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	95993326	rs11787888	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
chr9	96000622	rs1539670	C	T	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=15;PP=599;SC=CCCTGAAGGGCTGGGTTCTGG;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=33;WE=96000630;WS=96000612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr9	96015377	rs4744202	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=30;PP=773;SC=GAGTCAGAGCATCACTCCCAC;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=96015385;WS=96015367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr9	96019118	rs10122466	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=373;SC=GAATGTGAGCATGTGCGTGTG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=96019126;WS=96019108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr9	96024082	rs375797150	C	T	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=833;ReadPosRankSum=0.771;SC=GCACCTTGTCCCCTGTGCCCC;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=52;WE=96024090;WS=96024072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,88:0.70:126
chr9	96024182	rs12000967	G	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=2.218;SC=CGGTCCTCTCGCCGCCTCTGC;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=18;WE=96024190;WS=96024172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
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chr9	96024859	rs1936403	A	G	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=12;PP=684;SC=GGGCTGAGGAAGTGGGGAGGG;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=96024867;WS=96024849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	96024883	rs7867954	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=7.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
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chr9	96025717	rs10649709	C	CAG	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=684;SC=TCGCACAGGACGGGCTGCCTC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=96025725;WS=96025707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	96025771	rs6479467	G	A	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=692;SC=GACTGTTCCAGATAAGCTGAC;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=96025779;WS=96025761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	96026097	.	G	T	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5001;HP=4;HapScore=2;MGOF=69;MMLQ=23;MQ=57.55;NF=3;NR=0;PP=47;QD=27.2570708491;SC=CGTGGCGGGGGTGTGGTGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=96026105;WS=96026093;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr9	96030961	rs55821719	C	T	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=658;ReadPosRankSum=-0.802;SC=CTGAGCACCCCGCCCCCGAGG;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=43;WE=96030969;WS=96030951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,57:0.59:97
chr9	96031223	rs116057316	C	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TCAGTCAAAGCAGCCTCCAGG;SOR=0.318;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=8;WE=96031231;WS=96031213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr9	96031262	rs1936401	T	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=12;PP=379;SC=CCCCACCAAGTAGGTGGCTCG;SOR=1.143;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=96031270;WS=96031252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	96051266	rs143326467	G	A	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CAGAGCCAGCGTCAGGAACTG;SOR=1.005;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=58;WE=96051274;WS=96051256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,93:0.65:143
chr9	96051521	rs2169756	A	G	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=27;PP=1360;SC=CCTTGGGTCAACCTGCTCCCC;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=67;WE=96051529;WS=96051511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	96061681	rs374332748	TA	T	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=2.694;HP=12;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=91;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TTAAAAAGGATAAAAAAAAAA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=96061689;WS=96061671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr9	96070669	rs61753907	G	A	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=630;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CGCCCTGCACGTCCAGGCGCA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=44;WE=96070677;WS=96070659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,86:0.68:126
chr9	96080699	rs36081907	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=-1.802;SC=GGCTGAGAGACGGCGGGACGC;SOR=0.507;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=19;WE=96080707;WS=96080689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr9	96082919	rs13293217	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=286;SC=GGGATGTGACAGGGGTGGGGG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=96082927;WS=96082909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	96097662	rs4744219	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.22;MQRankSum=-3.774;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr9	96097747	rs78436873	C	T	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.84;QD=25.28;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	96209987	rs139372739	GA	G	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=15;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.037;NF=1;NR=15;PP=197;ReadPosRankSum=-2.038;SC=AATCTGAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=16;WE=96209995;WS=96209977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr9	96213491	rs41274392	G	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=393;ReadPosRankSum=-1.862;SC=AGAGTGGTGCGAGCCGACGGC;SOR=1.655;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=20;WE=96213499;WS=96213481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr9	96213529	rs7853605	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-0.933;SC=GTCCCGACGAACAGAGTGACT;SOR=0.551;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=96213537;WS=96213519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
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chr9	96238578	rs10821135	C	T	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
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chr9	96407953	rs35505758	G	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=393;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GTCAGCTCACGCTGGGCTACA;SOR=0.362;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=33;WE=96407961;WS=96407943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,54:0.74:73
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chr9	96422328	rs73523906	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5036;FS=5.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=300;ReadPosRankSum=2.584;SC=AGTGTGTCACATGATGGTGTG;SOR=3.611;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=19;WE=96422336;WS=96422318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
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chr9	96422788	rs73523907	C	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=356;ReadPosRankSum=0.379;SC=TGGACCTGCTCGAAGCCCACA;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=25;WE=96422796;WS=96422778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr9	96425138	rs3750358	T	C	134.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr9	96425363	rs3750359	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=-1.011;SC=GTGAGTGTGAGCAGAGGTGAA;SOR=0.625;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=26;WE=96425371;WS=96425353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr9	96425452	rs73523910	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=241;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GTGGGGTGTGCTTACGTGGGT;SOR=1.061;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=96425460;WS=96425442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr9	96426049	rs112327078	T	TCACA	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=237;SC=ACTCTGCATCTCACACACACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=96426057;WS=96426039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr9	96439004	rs149736720	C	CCCTGCCTCCACCACA	876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=5.528;NF=5;NR=8;PP=2964;ReadPosRankSum=0.204;SC=CCTCTACCACCCCGGCCTCCA;SOR=0.705;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=13;WE=96439012;WS=96438994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr9	96714491	rs11793856	C	G	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=33;PP=1173;SC=GCACCTCCGCCGGTTTCTCTG;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=70;WE=96714499;WS=96714481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	96714981	rs12684081	G	A	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=22;PP=1447;SC=CCAGGAAGCTGAGGGGTGGGA;SOR=1.449;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=74;WE=96714989;WS=96714971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	97054922	.	T	TGC	162	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=162;QD=33.0;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTGCAC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=97054930;WS=97054912;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,5:0.56:9
chr9	97055210	rs66868150	A	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
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chr9	97063628	rs12350212	G	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=314;ReadPosRankSum=0.010;SC=CTGGTCATCAGCTCCTACCCC;SOR=0.854;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=23;WE=97063636;WS=97063618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
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chr9	97369149	rs1769259	C	T	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=17;PP=654;SC=GTCAAAGTCCCTGGCGTAGCC;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=97369157;WS=97369139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	97372172	rs3739747	C	T	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=220;SC=AGACACCAGCCAAGCCCCCAG;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=97372180;WS=97372162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr9	97554941	rs150347083	T	TA	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=0.622;SC=AGTTGGCTCTTACCAGCTTAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=97554949;WS=97554931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr9	97572244	rs356125	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=-1.681;SC=CCAGCTGATTGTGCTGCAGGT;SOR=1.136;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=14;WE=97572252;WS=97572234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
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chr9	97849090	rs4657	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=1.167;SC=CCCTGTTCACATCTTGGTGCT;SOR=0.711;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=13;WE=97849098;WS=97849080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
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chr9	97873957	rs4647534	A	G	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=685;ReadPosRankSum=2.433;SC=TTGACAACCTAAATTCTTCTT;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=39;WE=97873965;WS=97873947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
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chr9	98997910	rs8190570	ATCTTTGTGG	A	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=2971;ReadPosRankSum=2.062;SC=ACCTCAGTTCATCTTTGTGGT;SOR=0.941;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=16;WE=98997926;WS=98997900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
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chr9	99064112	rs8190485	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr9	99064117	rs8190484	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr9	99064296	rs2066480	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TTCAGTAAAACACATCTGGAG;SOR=0.811;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=18;WE=99064304;WS=99064286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
chr9	99064396	rs2066484	C	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TGGCTGCACTCAACAGACTGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=99064404;WS=99064386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
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chr9	99086492	rs41281898	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TGCCTCACTACGCTGGGTAAT;SOR=1.162;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=14;WE=99086500;WS=99086482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
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chr9	99180243	rs141683626	G	A	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=41;PP=1476;SC=TCGGGGAGTCGTGGCAGAAGA;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=99180251;WS=99180233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	99212930	rs754560	T	G	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=46;SC=GACAGCGGGGTTAGCGGACCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=99212938;WS=99212920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	99233176	rs34151859	CA	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=7.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=3.095;SOR=2.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr9	99271775	.	T	TC	83.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AACAAAAGCCTACATTAAAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=99271783;WS=99271772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr9	99699485	rs7866127	G	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQRankSum=0.476;QD=17.71;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
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chr9	100043849	rs3747512	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.964;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,36:0.35:102
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chr9	100075702	rs7856924	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr9	100128061	rs75231710	C	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.416;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=-0.871;SC=GCCCTGGAAACCACGCCTGCC;SOR=2.147;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=10;WE=100128069;WS=100128051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
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chr9	100133973	rs2306093	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
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chr9	100190973	rs16920147	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
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chr9	100201551	rs7853578	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.048;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,13:0.17:76
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chr9	100388119	rs10817858	G	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TAAAATAGAAGCTGTCTGGTG;SOR=0.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=20;WE=100388127;WS=100388109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr9	100616583	rs3021523	T	C	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=63;PP=1222;ReadPosRankSum=-0.714;SC=ACTGGGCGCTTGACCCCAACG;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=51;TCR=103;TR=93;WE=100616591;WS=100616573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,128:0.57:226
chr9	100616694	.	TGCCGCAGCCGCC	T	635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.49;ReadPosRankSum=2.279;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
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chr9	100675816	rs1127703	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr9	100684645	rs3824496	C	T	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=885;ReadPosRankSum=-0.372;SC=CAACGAAGTCCGCTGCCTGGG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=67;WE=100684653;WS=100684635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,99:0.66:149
chr9	100684719	rs3183928	A	C	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=960;ReadPosRankSum=-1.980;SC=GAGCCGGCTTAACGCAGCCGC;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=60;WE=100684727;WS=100684709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,88:0.70:125
chr9	100684757	rs3183927	A	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=698;ReadPosRankSum=2.196;SC=CGAGGCCCCGACTCCTCCAAG;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=44;WE=100684765;WS=100684747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr9	100692237	rs79474766	T	TA	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=206;ReadPosRankSum=-1.550;SC=TAACAGGGAATACCCAGGATT;SOR=0.293;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=100692245;WS=100692227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr9	100767530	rs1131641	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-1.229;SC=GGCACACAACCGTAATCCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=100767538;WS=100767520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr9	100774646	rs987142	A	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TTTGTACTATATGCACTTTTC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=100774654;WS=100774636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr9	100777705	rs76167314	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-1.643;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.547;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr9	100777710	rs112073824	T	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-1.643;QD=5.21;ReadPosRankSum=2.183;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr9	100777717	.	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-1.097;QD=6.71;ReadPosRankSum=2.253;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr9	100777718	.	C	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-1.097;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.973;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr9	100777730	.	C	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-0.887;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.465;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr9	100777743	rs76372730	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-0.524;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr9	100819070	rs3199064	T	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=1.418;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr9	100823084	rs13049	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=296;ReadPosRankSum=0.397;SC=CTGATTGTGCTAAGTTCCAGA;SOR=0.469;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=22;WE=100823092;WS=100823074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr9	100823135	rs1058446	G	C	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=1.316;SC=AAGCCTTGGAGAGGCCATACA;SOR=0.608;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=23;WE=100823143;WS=100823125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr9	100843417	rs4237190	A	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=1.418;SC=GAAAAAGGATAGGCTGGCCTG;SOR=0.452;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=15;WE=100843425;WS=100843407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr9	100854765	rs10818475	C	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=367;ReadPosRankSum=-1.732;SC=ATTGGGGCCGCAGCTCACTCA;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=22;WE=100854773;WS=100854755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr9	100854920	rs4743163	C	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.429;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr9	100857095	.	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=611;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TCGTCTCTGGGCTAAAGGACA;SOR=0.952;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=43;WE=100857103;WS=100857085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr9	100881525	rs2761063	C	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.891;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=2.027;SC=CCAAGGGAAACCGAAACCTCG;SOR=1.536;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=16;WE=100881533;WS=100881515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr9	100889097	.	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=725;ReadPosRankSum=-0.668;SC=AGGGACACCAGGATTGGGTCT;SOR=0.207;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=39;WE=100889105;WS=100889087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,57:0.75:76
chr9	100890591	rs11794723	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-0.938;SC=TAGGCTGCTCAGATGGGAAAG;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=16;WE=100890599;WS=100890581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr9	100895443	rs735111	C	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,50:0.32:158
chr9	100900111	.	TC	T	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=38;QD=29.0102999566;SC=TACTTCTTATTCCCTGTGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=100900119;WS=100900101;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr9	100963653	rs3739668	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=438;ReadPosRankSum=0.070;SC=GTTCAACAGCTCTGACAAGTA;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=21;WE=100963661;WS=100963648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr9	100965472	rs3739667	C	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=493;ReadPosRankSum=-0.516;SC=AATGGAAGCCCGAGAGATTCC;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=34;WE=100965480;WS=100965462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr9	100970881	rs10985441	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GCCTGTCCACAGTCTGAGGGT;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=100970889;WS=100970872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr9	100971348	rs3739666	T	C	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=545;ReadPosRankSum=2.506;SC=GTGACTCCAATGCCTGGATCT;SOR=0.756;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=52;WE=100971356;WS=100971338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr9	100975629	.	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=42;ReadPosRankSum=-0.995;SC=AACAGAAGAGGAAGTCTGAAA;SOR=1.519;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=6;WE=100975637;WS=100975619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr9	100975688	.	G	A	603.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.51;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr9	100975694	rs7854249	G	A	546.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.06;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr9	101053051	rs56377484	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=-1.332;SC=AGGAGAGGGAGGAGTGTTAGT;SOR=0.307;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=101053059;WS=101053041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr9	101061639	rs970388	C	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=0.408;SC=TATCCAGCTACAAGACAAAGG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=101061647;WS=101061629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr9	101068463	.	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.012;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr9	101243021	rs2779547	T	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=228;SC=TCCTCGATGATGGTATTGTTC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=101243029;WS=101243012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	101243364	rs2808557	T	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=32;PP=1024;SC=CAACATTCCTTCACCTCTGGC;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=101243372;WS=101243354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	101258562	.	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr9	101258803	rs16916507	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-2.892;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr9	101258881	rs1000440	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.501;SC=GGGAAGTCAATTGGGCAAAGC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=101258889;WS=101258871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr9	101470702	.	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
chr9	101533220	rs6415847	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	101539601	rs4742741	G	A	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	101544627	rs7020056	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GACACTTGAGAGTGACTTTCC;SOR=0.412;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=101544635;WS=101544617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr9	101546578	rs12056975	G	C	266.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GGGATACTAAGAGGGCGTCAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=101546586;WS=101546568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr9	101552955	rs7027771	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-2.377;SC=TATGTCATCCTTAATTGGCAT;SOR=1.013;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=14;WE=101552963;WS=101552945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr9	101553014	rs7038640	G	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr9	101558609	rs138948716	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.464;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr9	101570336	rs1137654	A	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=1.815;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr9	101585444	rs2295922	G	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=382;SC=GTCCCCTTCCGCAGGGGACCA;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=101585452;WS=101585434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	101599558	rs10119864	A	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=381;SC=GATACGAGTAAGGGGAGAATT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=101599566;WS=101599548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	101602171	rs2277189	C	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=347;SC=TGGCATGCGACGAATGCTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=101602179;WS=101602161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	101606549	rs1885608	G	T	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=254;SC=AAATTAAATAGTTGAATTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=101606557;WS=101606539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr9	101749498	rs2075664	C	A	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=850;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TCTCCATTGCCAAAACAATCA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=60;WE=101749506;WS=101749488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,75:0.60:126
chr9	101767385	rs41305481	A	G	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr9	101785598	rs7861925	G	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=488;ReadPosRankSum=-0.277;SC=CTTGGAGTCTGGCAGTTAAAT;SOR=0.847;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=35;WE=101785606;WS=101785588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr9	101785633	rs7851787	T	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=327;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TTTCTTCTCTTTCCAGGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=20;WE=101785641;WS=101785623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr9	101787017	rs7028686	T	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=441;ReadPosRankSum=-0.378;SC=CTGAGCCTTATTTTCCGCATC;SOR=2.093;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=23;WE=101787025;WS=101787007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr9	101787138	.	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,26:0.22:120
chr9	101796906	.	T	TCTCCCTC	520	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=26;MQ=56.86;NF=0;NR=14;PP=520;QD=39.0714285714;SC=AGAACTTTCTTCTCCCTCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=101796914;WS=101796896;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr9	101804329	rs7854112	T	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr9	101804416	rs7851079	A	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=-1.727;SC=TATCTGAGTGAGATTGGGCGC;SOR=0.741;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=20;WE=101804424;WS=101804406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr9	101807112	rs16918154	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=272;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TTTCATACTTTGATTTGGTTA;SOR=1.453;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=17;WE=101807120;WS=101807102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr9	101812072	rs13296166	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=375;ReadPosRankSum=-0.058;SC=AGACCTTCCCGATTGGCCTAA;SOR=0.643;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=27;WE=101812080;WS=101812062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr9	101814626	rs4142986	C	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=258;ReadPosRankSum=0.468;SC=GCAAACACCACGGCAGAGCTT;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=16;WE=101814634;WS=101814616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr9	101814852	rs7019613	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=-1.056;SC=GGATGGCAGCTGAGCCAAGGC;SOR=1.292;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=12;WE=101814860;WS=101814842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr9	101816825	.	AT	A	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=22;QD=12.0;SC=GTGATTTTCCATTTTTTTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=3;WE=101816833;WS=101816815;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,3:0.33:9
chr9	101818716	rs11788317	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.605;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr9	101822220	rs4480177	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=-1.231;SC=CAGGGCTTCCCGGATCCAGAA;SOR=1.611;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=19;WE=101822228;WS=101822210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr9	101822302	rs7031588	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ACTCTGCCTACGATCTCCTGT;SOR=1.270;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=9;WE=101822310;WS=101822292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr9	101831113	rs4742758	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CTTGGAGTCAGAAGACCCAGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=101831121;WS=101831103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr9	101908915	rs334354	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=464;ReadPosRankSum=0.358;SC=CTCTCCCCCAGTAGTTTGTCA;SOR=0.583;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=41;WE=101908923;WS=101908905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,59:0.36:166
chr9	101910151	rs56020300	ACTTTT	A	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.685;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.734;NF=0;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TTTAAGGAAAACTTTTCTTTA;SOR=0.142;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=3;WE=101910163;WS=101910141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr9	101911656	rs868	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=5.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=1.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
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chr9	102068344	rs790287	C	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=235;SC=ATGACCTAAGCCGCACAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=102068352;WS=102068334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	102068770	rs7871150	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=214;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GCTCCAGCTTTGGCTCTGCCG;SOR=0.963;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=16;WE=102068778;WS=102068760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
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chr9	102068912	rs182704	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=238;ReadPosRankSum=2.632;SC=GGCAGCCCCACCCCGCCTGCC;SOR=0.732;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=18;WE=102068920;WS=102068902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
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chr9	103060386	rs3813712	T	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=719;SC=TTAGAACAGATATGGCCAGGG;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=103060394;WS=103060376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	103064530	rs7472	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=-0.707;SC=TATACACGTTGAAGCAGTAAT;SOR=0.569;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=15;WE=103064538;WS=103064520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr9	103065884	rs3923501	C	T	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr9	103108641	rs10989063	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=0.073;SC=TTAAAAAATGTTTATTATCCC;SOR=0.941;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=8;WE=103108649;WS=103108631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr9	103108941	rs2151131	C	G	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=23;PP=1251;SC=TTCAATACAGCAAAACTGTGT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=68;WE=103108949;WS=103108931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	103111418	rs41274961	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.876;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr9	103114876	rs11791943	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=6;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=228;ReadPosRankSum=0.541;SC=TCCCGCCCCCGCAGTGCCGGC;SOR=0.152;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=15;WE=103114884;WS=103114866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr9	103275692	rs1999484	T	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr9	103348634	rs2780956	G	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=7.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,73:0.72:102
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chr9	104133628	rs1572983	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
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chr9	104153155	rs10989486	G	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=0.391;SC=AAAACAAACAGACAAATCCAT;SOR=1.008;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=18;WE=104153163;WS=104153145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
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chr9	104184022	rs4577	G	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=180;ReadPosRankSum=-1.256;SC=TTCCAGGATTGGAGGAAAAGT;SOR=0.993;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=12;WE=104184030;WS=104184012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
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chr9	104313898	.	C	CATTATTGATATATATTTTTCTCCTTTTAGATTCTTATAGATCAAATTTAGGAGACAGAATA	138.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=138.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
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chr9	104335682	rs3739722	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=215;ReadPosRankSum=0.428;SC=CTGGTGGATCCGGATGCCCAG;SOR=1.215;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=19;WE=104335690;WS=104335672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr9	104341796	rs17774987	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=-0.250;SC=ACCTTCATTATACATCATGAA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=9;WE=104341804;WS=104341786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr9	104357166	.	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr9	104375538	rs17189821	T	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr9	104385711	rs10989563	CA	TG	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=628;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TTCTCTGGATCATTCCTATAT;SOR=0.581;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=17;WE=104385720;WS=104385701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr9	104385800	rs10989565	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=244;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TTTTGTTTAGGGGACAGAACC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=104385821;WS=104385790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr9	104385813	rs10989566	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=284;ReadPosRankSum=0.404;SC=ACAGAACCCGAACACTAAGGG;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=104385821;WS=104385790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr9	104390789	rs10819955	C	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=151;ReadPosRankSum=-0.949;SC=CGGAACTTTTCTAACCCCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=104390797;WS=104390779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr9	104432293	rs1323434	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=1.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=266;ReadPosRankSum=-1.127;SC=ATACAACATACGGAATTATAA;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=18;WE=104432301;WS=104432283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr9	104432873	rs942142	T	G	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1027;ReadPosRankSum=0.898;SC=CATTTTTCCATGCTCCATACT;SOR=0.649;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=73;WE=104432881;WS=104432863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,156:0.71:220
chr9	104433034	rs10512285	A	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=714;ReadPosRankSum=-2.001;SC=AGGCTGTCCAATGTGGAAGAG;SOR=0.598;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=45;WE=104433042;WS=104433024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,62:0.62:100
chr9	104433166	.	G	A	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=784;ReadPosRankSum=-1.242;SC=AGCTTACTTGGATGTTGGAAG;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=48;WE=104433174;WS=104433156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,64:0.68:94
chr9	104433235	rs10989589	C	T	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=756;ReadPosRankSum=2.361;SC=ACAATCTTTCCCCCCTGCCAG;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=49;WE=104433243;WS=104433225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr9	104433436	rs1885980	T	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=1.204;SC=CAGTGAGGCCTAAGATAGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=104433444;WS=104433426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr9	104449063	rs2506354	C	T	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=19;PP=768;SC=GAGCAATGAGCCCTAAGGGCA;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=104449071;WS=104449053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	104449098	rs10989591	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=329;ReadPosRankSum=-1.363;SC=AGTTCCTCCACATTCTGGGAA;SOR=1.117;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=23;WE=104449106;WS=104449088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
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chr9	105405415	rs10820216	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr9	105757558	rs10739861	A	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=425;ReadPosRankSum=-1.422;SC=CTTTTGTTTTACCCCTTTAAT;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=24;WE=105757566;WS=105757548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr9	105757756	rs1341205	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=286;SC=ATGAAGAGATATTTATTATAT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=105757764;WS=105757746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	105763912	rs10820335	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=0.000;SC=TAAGAAAGCATTCAATATTTA;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=105763920;WS=105763902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr9	105765610	rs2066261	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=588;ReadPosRankSum=2.737;SC=ATTATAACCATAATAAGTAAT;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=31;WE=105765618;WS=105765600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr9	105767023	.	G	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=2.578;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr9	106889531	.	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=1.590;SC=TTACATGTTACCTCACCACAT;SOR=1.371;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=106889539;WS=106889521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr9	107266503	rs41277749	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=1.131;SC=TGTGACGTTAATCCTTCTATG;SOR=0.465;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=9;WE=107266511;WS=107266493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr9	107266596	rs7049042	T	C	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=29;PP=1740;SC=CTGGGATTTTTTCACTACCCC;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=89;WE=107266604;WS=107266586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	107266774	rs1949755	C	G	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=54;PP=2035;SC=CCTCTTCTGCCCTCTCTCCAA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=106;WE=107266782;WS=107266764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	107266844	rs1403812	A	G	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=40;PP=1377;SC=CGCCACTCAGATGTACCTCTC;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=107266852;WS=107266834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	107266930	.	C	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=673;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TCTGCAACCCCCTGAGATACC;SOR=0.912;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=40;WE=107266951;WS=107266920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,60:0.66:91
chr9	107266943	rs1403811	G	A	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=30;PP=1255;SC=GAGATACCCTGTCATCATGAA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=57;WE=107266951;WS=107266920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	107267304	rs7030820	C	T	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=45;PP=1747;SC=TTCTATGGGACGGCTCTCTCC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=93;WE=107267312;WS=107267294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	107288995	rs41277753	A	G	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=710;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CAGAAAGGCCATCGCATGGCA;SOR=1.078;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=51;WE=107289003;WS=107288985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,86:0.62:139
chr9	107298199	.	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=217;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TTTTTCTTCCCCAATCAGGTC;SOR=0.623;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=17;WE=107298207;WS=107298189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr9	107331501	.	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.33;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,65:0.75:87
chr9	107331504	rs7026705	C	A	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.83;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	107360768	rs11314210	GT	G	787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=613;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TTCTCAGTAGGTGTTTTACTG;SOR=1.276;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=16;WE=107360776;WS=107360758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr9	107360826	rs1851725	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=359;ReadPosRankSum=1.295;SC=AGGATTCATCATGGGAGTCAT;SOR=1.105;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=31;WE=107360834;WS=107360816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr9	107360851	rs1523678	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=-2.425;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
chr9	107360922	rs1851724	A	G	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=34;PP=1126;SC=CTTCATGTACATGAGGAAGAT;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=64;WE=107360930;WS=107360912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	107361129	rs4117966	C	T	3783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.877;NF=64;NR=44;PP=1583;ReadPosRankSum=0.469;SC=GATGTCAGCACAGGCCAGTTT;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=110;TCR=78;TR=108;WE=107361137;WS=107361119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,179:0.64:280
chr9	107361178	rs202235686	TGTTA	T	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=7.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQRankSum=-8.302;QD=0.40;ReadPosRankSum=-5.984;SOR=1.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,31:0.08:385
chr9	107361312	rs1851723	T	C	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.777;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=5.056;NF=28;NR=33;PP=895;ReadPosRankSum=3.727;SC=TCTCAGAGGGTTGCAGATAGC;SOR=0.170;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=61;WE=107361320;WS=107361302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,91:0.61:150
chr9	107361346	rs2417534	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=5.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.594;NF=10;NR=28;PP=707;ReadPosRankSum=0.485;SC=AAGGCCATCACGCCCAGAAGC;SOR=3.407;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=38;WE=107361354;WS=107361336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,15:0.15:99
chr9	107361439	rs4629933	G	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.59;QD=41.33;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	107361449	rs146576115	T	C	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.52;QD=46.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	107361451	rs201540433	GC	AG	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.47;QD=47.81;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	107361460	rs116283639	G	A	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.64;QD=45.00;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	107361490	rs7042502	A	T	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.77;QD=26.56;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	107361573	.	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.94;MQRankSum=-0.708;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr9	107361599	rs6479260	G	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQRankSum=-0.623;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr9	107361642	rs1851722	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=1.093;QD=6.20;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr9	107361710	rs7856737	G	A	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-0.366;QD=14.12;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,73:0.66:111
chr9	107366884	rs7856643	C	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=358;ReadPosRankSum=-0.943;SC=TAAAAGTACCCAAAATTCTAA;SOR=0.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=26;WE=107366892;WS=107366874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
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chr9	107367132	rs10820679	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.314;NF=20;NR=18;PP=454;ReadPosRankSum=-1.405;SC=TGGGCTTCATGTACATGAAGA;SOR=0.696;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=38;WE=107367140;WS=107367122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,52:0.32:162
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chr9	107521496	rs2297397	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=1.988;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
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chr9	107533175	rs3739741	C	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=265;ReadPosRankSum=0.756;SC=GGTGGGCCAGCTCTGTGGGGT;SOR=1.278;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=16;WE=107533183;WS=107533165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr9	107548462	rs2066882	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=-0.405;SC=CTTTCCACTATACTGTTTTGC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=107548470;WS=107548452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr9	107548493	rs2740485	G	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=1;PP=447;SC=TTCCCTTTATGTTAGAGGCAC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=107548501;WS=107548483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	107548566	rs2066881	T	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
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chr9	107553185	rs2020927	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=1.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=363;ReadPosRankSum=1.207;SC=GCAAAATACAAGCCACTTCTT;SOR=0.504;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=24;WE=107553193;WS=107553175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
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chr9	107566877	rs2777801	C	A	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=561;SC=AGTAATAATACGGCAGGGGCC;SOR=0.986;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=107566885;WS=107566867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr9	107588033	rs2066715	C	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=460;ReadPosRankSum=-2.225;SC=ATCATGGAGACCGAAGTGGTG;SOR=0.643;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=30;WE=107588041;WS=107588023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr9	107591272	rs2853579	G	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=417;ReadPosRankSum=-0.200;SC=TAAACCAGAGGATGCTGTTGT;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=28;WE=107591280;WS=107591262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr9	107593182	rs4743763	A	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=387;ReadPosRankSum=-0.358;SC=ACTGGTTAAAAACAGTGGCTT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=28;WE=107593190;WS=107593172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr9	107599390	rs2297399	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GGAGTCAGGTGGGGAGCCAGG;SOR=0.298;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=107599398;WS=107599380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr9	107599438	rs4149346	G	GC	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GACAATGAGCGTTTGGCTCCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=107599446;WS=107599428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr9	107602813	rs2067484	A	AT	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.541;NF=2;NR=10;PP=414;ReadPosRankSum=1.013;SC=GGCGTCAGGGATGGGGACAGA;SOR=0.257;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=12;WE=107602821;WS=107602803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr9	107624029	rs2230805	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
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chr9	108127877	rs201114886	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=0.264;SC=GTCAAAATTCCGCGAATGATC;SOR=2.025;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=11;WE=108127885;WS=108127867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr9	108147627	rs2771034	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=161;SC=CAAAAATGTAGATGTTCTTTA;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=108147635;WS=108147617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	108147834	.	CCT	C	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=39;QD=27.0;SC=ACTTTCACTTCCTCTCTCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=2;WE=108147843;WS=108147824;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr9	108152199	rs2771040	G	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=30;PP=1098;SC=AGTAATGCTGGGAGGAATAAA;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=108152207;WS=108152189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	108275777	rs10739910	T	C	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=126;SC=CAGTAATGAATCCCCAAAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=108275785;WS=108275767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	108287143	.	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.447;NF=9;NR=3;PP=229;ReadPosRankSum=0.279;SC=GTGTGAAAATCACGACAATCA;SOR=0.773;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=12;WE=108287151;WS=108287133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
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chr9	108380355	rs17309806	C	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
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chr9	108483741	rs7859253	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CCAAATTGTTGTTGCTGTTAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=108483749;WS=108483731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
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chr9	110047132	rs10733562	G	C	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=22;PP=777;SC=GCAAATTACGGTTAGTTTCAT;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=110047140;WS=110047122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	110047316	rs10739234	A	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=8;PP=195;SC=TACATCTTTAATTTTTTAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=110047324;WS=110047306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	110080967	rs1805332	A	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=266;SC=ACATGAATCAATAAATGTATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=110080975;WS=110080957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	110081018	rs1805335	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr9	110093970	rs3056494	CA	C	949	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=1.314;HP=15;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.457;NF=5;NR=15;PP=216;ReadPosRankSum=-1.326;SC=AAACTGGAAACAAAAAAAAAA;SOR=0.459;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=20;WE=110093979;WS=110093960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,61:0.86:71
chr9	110249505	rs2236599	C	T	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TGAGCATCATCCCGTGTGTCC;SOR=0.694;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=66;WE=110249513;WS=110249495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,106:0.68:155
chr9	111616818	rs3750466	T	C	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=52;SC=GACTCCCCCCTACCCTCTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=111616826;WS=111616808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	111617746	rs115335677	G	A	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=988;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TGCTGCTGGGGCTGAGCGGAG;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=60;WE=111617754;WS=111617736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,82:0.66:125
chr9	111617784	.	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=331;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GCGTGCTCCTCGGGGAGGATC;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=28;WE=111617792;WS=111617774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,45:0.33:135
chr9	111625913	rs4978370	A	G	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=46;PP=1389;SC=GCTTCTGAACAGCGACGAGGA;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=111625921;WS=111625903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	111631647	rs3763644	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr9	111637331	rs1981268	CC	AG	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=18;PP=554;SC=AATCCCTACCCCCAGAAAACA;SOR=0.854;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=34;WE=111637340;WS=111637321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	111641627	rs2275496	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=211;ReadPosRankSum=0.523;SC=ATTCTCCCCACTCCCACTACA;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=11;WE=111641635;WS=111641617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr9	111642535	rs7874280	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.162;SC=AGGGTTAAAATTCAGCAAAAA;SOR=0.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=10;WE=111642543;WS=111642525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr9	111644243	rs7046977	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr9	111653574	rs1063110	C	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=650;ReadPosRankSum=0.434;SC=TGCCACATGTCAGAAAGGCTG;SOR=0.518;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=37;WE=111653582;WS=111653564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,64:0.69:93
chr9	111670513	rs2304779	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=350;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AGAACTGTTATCAGATGGCTG;SOR=0.793;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=19;WE=111670521;WS=111670503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr9	111670707	rs838824	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr9	111674566	.	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=125;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CAGCCACATTGGACAAGTCAC;SOR=0.857;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=12;WE=111674574;WS=111674556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr9	111678428	rs1772046	T	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=112;ReadPosRankSum=0.393;SC=CCCATACCTGTCTACTTTCAA;SOR=0.250;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=12;WE=111678436;WS=111678418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr9	111679964	rs56125645	C	CA	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=151;ReadPosRankSum=0.340;SC=AAAGCAAACTCAGAGTGTTAC;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=6;WE=111679972;WS=111679954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr9	111693132	rs838818	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=-0.703;SC=ATGTCTAACATGGCATATATA;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=111693140;WS=111693128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr9	111696845	.	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr9	111712910	rs2780334	G	C	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=761;SC=ACGAGCACAGGATCCCTCACT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=111712932;WS=111712900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	111712924	rs2289481	G	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=311;ReadPosRankSum=-0.425;SC=CCTCACTTCTGTCTGCTGCCT;SOR=0.878;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=22;WE=111712932;WS=111712900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr9	111727670	rs7021366	C	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5751;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=375;ReadPosRankSum=1.688;SC=CGTCTTCCTTCAAACACGTCA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=26;WE=111727678;WS=111727660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr9	111754288	rs838836	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=137;SC=AATTTTGTAGTTGTGGATAAT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=111754296;WS=111754278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	111755008	rs2297581	C	T	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=771;ReadPosRankSum=0.056;SC=CAGCCTTTATCACTCCTGTTT;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=57;WE=111755016;WS=111754998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,87:0.61:142
chr9	111775502	rs7856626	C	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=310;ReadPosRankSum=0.084;SC=GGCTGCCTCCCGTCCGGTCGT;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=21;WE=111775510;WS=111775492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr9	111775547	rs10538092	AAGG	A	945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=441;ReadPosRankSum=0.354;SC=CCGCGGCGGGAAGGAGAAGAG;SOR=0.479;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=13;WE=111775557;WS=111775537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr9	111775767	rs7032236	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=-1.461;SC=CCGCGGCGAGCCTGCCGCCAG;SOR=0.042;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=9;WE=111775775;WS=111775757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr9	111782670	rs10816767	G	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=11;PP=472;SC=GAAGGGCAGAGGGCCACAGCT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=111782678;WS=111782660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	111795561	rs7866253	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.37;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr9	111795565	rs7852550	T	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.37;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr9	111795938	.	TAATATTGAGATGCAAC	T	335	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=63.02;NF=1;NR=1;PP=335;QD=183.0;SC=CTGACTGCAATAATATTGAGA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=2;WE=111795961;WS=111795928;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr9	111798751	rs2256253	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=0.180;SC=TCCTCAACAACTTCCAACAAA;SOR=0.169;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=14;WE=111798759;WS=111798741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr9	111800234	rs534286	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=255;ReadPosRankSum=0.515;SC=TTTCCTAGATGTATGTAAAAT;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=16;WE=111800242;WS=111800224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr9	111800267	rs7029890	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=-0.090;SC=CTTAAATAGCGAATAGTGGAA;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=12;WE=111800275;WS=111800257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr9	111812825	rs614253	C	T	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.043;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.38;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr9	111822866	rs3750451	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=1.211;SC=AGCCATATTACGTTCTTTCCT;SOR=2.215;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=111822874;WS=111822856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr9	111835614	rs11792149	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,41:0.34:120
chr9	111843055	rs497196	A	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=6;NR=3;PP=132;SC=GCTAGCTTTTAATCCAGACTA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=9;WE=111843063;WS=111843045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	111848470	rs7031485	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TAAAATCAACGGAATGTAGTA;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=111848478;WS=111848460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr9	111868698	rs7871742	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=0.478;SC=TTTTAAATAGATTCAAAGCTG;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=111868706;WS=111868688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr9	111868885	rs2271878	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=-1.570;SC=AGCCAGCCAGGGATGCTGCAA;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=18;WE=111868893;WS=111868875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr9	111870700	.	TA	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.347;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr9	111881856	rs1051474	T	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=312;ReadPosRankSum=0.408;SC=GTGCGCGCGGTGCAGGCGCTG;SOR=0.652;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=25;WE=111881864;WS=111881846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr9	111881927	rs6825	T	C	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=544;ReadPosRankSum=0.613;SC=AAGTGCCGCATAGCACGGCCC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=34;WE=111881935;WS=111881917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr9	111882167	rs12001627	G	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=256;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GGCTTGGCGCGTCCTTAGGGC;SOR=0.577;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=19;WE=111882175;WS=111882157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr9	111899928	rs10759329	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=23;PP=602;SC=AAAAGAGAAGAGCAGGGGCAA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=111899936;WS=111899918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	111911775	rs1533641	G	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=315;SC=CGGGATGGCCGTTACGAAACT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=111911783;WS=111911765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	111911823	rs999729	C	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=1.092;SC=GCTCAGGCCCCCTGATTAGAA;SOR=0.421;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=12;WE=111911831;WS=111911813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr9	111929420	rs10979723	C	G	264.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	111929421	rs10979724	G	C	264.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	111929624	rs75742991	C	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr9	111966077	.	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=438;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GTTTTCAAGTCTCTTACATTC;SOR=0.350;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=27;WE=111966085;WS=111966067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr9	112013678	.	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=356;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CCTGATTTCACTGTAGTAAGG;SOR=1.009;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=24;WE=112013686;WS=112013668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr9	112020713	rs893917	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr9	112082760	.	G	GCGCTGC	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=1.915;SC=TCCGCCCCCTGCGCTGCCGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=112082768;WS=112082750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr9	112145605	rs59979489	C	G	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
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chr9	112151349	rs1371787	C	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=297;SC=AGGGCTGAGCCTCCCGTCACT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=112151357;WS=112151344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	112170578	rs45622434	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.205;NF=7;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=-0.255;SC=ACACGAGGAATAACATGGAAT;SOR=0.601;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=16;WE=112170586;WS=112170568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr9	112170701	rs35463120	T	TAAAC	1240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=41.36;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	112172477	rs2275699	T	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=20;PP=636;SC=GCCCTGGGTGTGTGGATCACC;SOR=1.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=112172485;WS=112172467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	112190884	rs2274785	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=0.638;SC=AAAGCAAGCAAAGACATAACT;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=17;WE=112190892;WS=112190874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr9	112207427	rs45581632	A	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=2.018;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr9	112219474	rs3793524	C	G	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.366;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,45:0.40:112
chr9	112225774	rs2274786	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,24:0.27:88
chr9	112225832	rs3808877	C	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=59;ReadPosRankSum=0.939;SC=TACTGTCTGACGGACTCACAG;SOR=0.404;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=9;WE=112225840;WS=112225822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr9	112273733	rs61358126	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=-0.642;SC=GAGCATGGCCATAGGACTTCG;SOR=0.990;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=7;WE=112273741;WS=112273723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr9	112625144	rs10980094	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,36:0.35:102
chr9	112625187	rs10816901	A	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=517;ReadPosRankSum=2.003;SC=AGATCAGGAGACTGCAAGTAG;SOR=0.598;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=40;WE=112625195;WS=112625172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,66:0.63:104
chr9	112625337	rs10980095	C	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=0.903;SC=AGGCAAGGGTCGGAGGTGGTC;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=112625345;WS=112625327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr9	112629397	rs7044189	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.773;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=1.308;SC=GGATTGAGACGTTTTTATTCT;SOR=0.947;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=13;WE=112629405;WS=112629387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr9	112629444	rs200516319	CTGTGTG	C	443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.13;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr9	112629858	rs2769154	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=313;SC=CAAGGTAAGCAGCTGATCCCA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=112629866;WS=112629848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr9	112687381	rs41278409	G	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=404;ReadPosRankSum=1.343;SC=TCTCTGCCCCGACTGTAGATG;SOR=0.755;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=34;WE=112687389;WS=112687371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr9	112852530	rs10759388	C	T	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr9	112899361	rs4978872	A	C	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=25;PP=1233;SC=GCTGCTGCAGAAGCAGTTACA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=57;WE=112899369;WS=112899351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	112900341	rs150402481	G	GGAAGCT	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=388;ReadPosRankSum=0.990;SC=CGACTGTAGAGGAAGCTGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=7;WE=112900349;WS=112900331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr9	112900785	rs3739456	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-0.825;SC=ATGCCCCATCACTGCCCTCCA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=112900793;WS=112900775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr9	112918531	rs10759392	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
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chr9	112924558	rs2148989	A	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=9.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
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chr9	112963702	rs4978888	G	A	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=-2.052;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,119:0.64:186
chr9	113006420	rs5843	A	G	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr9	113006606	rs148517648	T	TATATAC	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.627;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr9	113006622	rs12337227	A	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.835;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chr9	113007289	rs4135220	T	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr9	113007319	rs4135219	TGAA	T	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=428;ReadPosRankSum=-1.082;SC=ATATTCTCAATGAAGAAGTTT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=11;WE=113007329;WS=113007309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr9	113065883	.	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=3.261;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=0.369;SC=AATGCACAAAGGTGAAACATT;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=15;WE=113065891;WS=113065873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr9	113091523	rs7041938	T	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr9	113100012	rs7026528	T	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=217;ReadPosRankSum=1.468;SC=TCCCAAGATGTCCACATTTGA;SOR=0.827;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=20;WE=113100020;WS=113100002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr9	113128844	rs56790407	G	GA	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr9	113139489	rs2274485	C	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=1.471;SC=GGTAACTCCCCTCAGGTGGGA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=113139497;WS=113139479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr9	113139713	rs7873506	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr9	113139726	rs41278431	T	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=544;ReadPosRankSum=1.632;SC=CCCCTTTATATCTCATACTAT;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=16;WE=113139734;WS=113139703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr9	113139774	.	C	T	296.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.92;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr9	113139783	rs2077800	G	A	296.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=37.04;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,8:1.00:8
chr9	113141815	rs992883	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.494;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,40:0.36:111
chr9	113149508	rs79932775	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=288;ReadPosRankSum=0.421;SC=TTGGATATGCGGGAAGCTAAT;SOR=0.509;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=19;WE=113149516;WS=113149498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr9	113151713	rs2296779	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=248;ReadPosRankSum=1.165;SC=ACATTTTAATTACAAAACTAA;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=19;WE=113151721;WS=113151703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr9	113166697	rs1410049	T	A	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=25;PP=1145;SC=CGTCCCCATGTACAAGTATAT;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=113166705;WS=113166687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr9	113169126	rs2281937	G	A	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=981;ReadPosRankSum=-2.491;SC=TGTAGCCCTCGTGACAGTGGA;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=67;WE=113169134;WS=113169116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,87:0.55:158
chr9	113169230	.	G	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=634;ReadPosRankSum=0.415;SC=ACACAGTCGGGAGTGGCTCCA;SOR=0.921;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=130;TCF=56;TCR=74;TR=50;WE=113169238;WS=113169220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,66:0.33:198
chr9	113169630	rs7046213	T	C	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.38;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	113169630	.	TG	CA,CG	921	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=31,45;NR=30,42;PP=921,240;QD=15.9748831945;SC=AGTCAGAGCCTGCTAGAATGT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=61,87;WE=113169639;WS=113169620;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.70:87
chr9	113169631	rs7030192	G	A	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,87:0.68:128
chr9	113170503	.	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=436;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GAGCTGTGCTGAGATAGGCAA;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=27;WE=113170511;WS=113170493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr9	113171262	rs16914997	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr9	113192427	rs3739450	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.447;NF=2;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=0.980;SC=GGGTCATGTTTAAACATGAGC;SOR=0.148;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=113192435;WS=113192417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr9	113194819	.	C	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=308;ReadPosRankSum=0.777;SC=TAGATAGTAGCCATTGTTGCA;SOR=0.880;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=21;WE=113194827;WS=113194809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr9	113196674	rs7853155	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5841;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=175;ReadPosRankSum=0.160;SC=ACTGCACAGGGTTCCCGACCA;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=15;WE=113196682;WS=113196664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr9	113196733	rs7852962	A	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CCTGGCTTTAAATCTTCAGAT;SOR=0.799;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=13;WE=113196741;WS=113196723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr9	113197601	.	C	T	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=972;ReadPosRankSum=-1.257;SC=TAACACGTTTCCTTTACTGAG;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=68;WE=113197609;WS=113197591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,117:0.63:186
chr9	113199041	rs10980386	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.108;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr9	113206141	rs4304395	C	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=-0.910;SC=TTTTTTTTCTCCATTTGGTCA;SOR=0.038;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=11;WE=113206149;WS=113206131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr9	113207962	rs7847560	A	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=252;SC=TACGTTCTTAAAGAACTTGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=113207970;WS=113207959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	113208250	rs7863519	T	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=0.052;SC=GATGGGAGCATGCCATCTAGC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=17;WE=113208258;WS=113208240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr9	113212205	rs2095294	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=489;SC=GGAATATTCAGCTGTAGCCTA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=113212213;WS=113212202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	113212454	rs10817021	A	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=381;ReadPosRankSum=-1.216;SC=CATTTGCACAAGAATCCCCCA;SOR=0.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=33;WE=113212462;WS=113212444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,41:0.38:108
chr9	113213726	rs4421419	A	G	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=63;PP=2032;SC=AACTTGACAGAACTTTAAGAC;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=107;WE=113213734;WS=113213716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	113218098	rs112071235	T	TAAAGA	1207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=945;SC=TGGGTAGTGGTAAAGGGTAAT;SOR=1.382;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=16;WE=113218106;WS=113218088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	113220277	rs11405869	T	TG	241.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=-1.456;SC=ATAAAGCATTTGGTTTAGCTA;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=113220285;WS=113220267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr9	113221247	rs7038903	T	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=375;ReadPosRankSum=0.067;SC=CATTCTGTGATGGATCTGGAA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=30;WE=113221255;WS=113221237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr9	113228096	rs10980400	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=150;ReadPosRankSum=0.321;SC=CCTTCATGCATAGAACCTAGT;SOR=0.275;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=14;WE=113228104;WS=113228086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr9	113233956	rs7860284	C	T	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=176;SC=TTTTACCAAACAGAAATACTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=113233964;WS=113233946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	113234507	rs10817025	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.096;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr9	113234618	rs34710785	CAG	C	635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.450;NF=0;NR=9;PP=274;ReadPosRankSum=-0.604;SC=ATAGTCGGGGCAGAGACACAA;SOR=1.139;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=9;WE=113234627;WS=113234608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr9	113243810	rs3841727	CCTGTCTA	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=139;ReadPosRankSum=0.598;SC=AAGGACTCCTCCTGTCTATCG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=113243824;WS=113243800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr9	113308284	rs2991363	A	T	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=555;SC=TGTGCCACTGACCCCACACAC;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=113308292;WS=113308274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr9	113490776	rs10817087	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr9	113538347	rs11349092	AT	A	58.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.431;NF=0;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GGCATTTCTAATTTTTTTTTT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=113538355;WS=113538337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr9	113547001	rs572189	A	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=2;PP=549;SC=TAAATATATTATTATCATGAA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=113547009;WS=113546991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	113547056	.	G	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=597;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GCTTCTTAAAGGTTTGAGAAT;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=36;WE=113547064;WS=113547046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr9	113547322	rs484010	T	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=335;SC=CAGCTAACCATGTGTAGTAAT;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=113547330;WS=113547312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	113550168	rs2766999	T	C	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=37;PP=1547;SC=ACAGAGGCTTTCCAAGTTTTT;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=113550176;WS=113550158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	113734610	rs2277179	T	C	265.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=4.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=180;ReadPosRankSum=1.025;SC=TGTCAAATACTAGCTTAATGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=113734618;WS=113734600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr9	114090279	rs314452	A	G	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=39;PP=1635;SC=AGGAGACCGTAGCCATCCGTG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=75;WE=114090287;WS=114090269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	114124456	.	G	GA	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr9	114125835	rs2297524	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=345;SC=ACATGGCTTTATGGTCCCCCA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=114125843;WS=114125825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	114134198	rs10980884	C	A	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=179;SC=GACCAACAGTCTAAAAGCAGT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=114134206;WS=114134188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	114136169	rs7029123	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	114146686	rs12350482	C	T	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=19;PP=1097;SC=TGAACTACAACATGAAGCCAA;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=114146694;WS=114146676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	114148496	rs4978994	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	114155899	rs2598360	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=205;SC=ATTAATCCAGGTTTTTGAACA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=114155907;WS=114155889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	114170785	rs200231863	TAA	T	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr9	114174415	rs2418163	T	C	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	114178402	rs12338500	T	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=86;SC=TCCCAATACTTTTTTTTTAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=114178410;WS=114178392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	114193095	rs12348365	A	T	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	114202502	rs7860748	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=1;PP=277;SC=AAGCAGTGGAGCTGAAGTTTA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=114202510;WS=114202499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	114301585	rs10441737	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=230;SC=CTATTTATTACGCATTAAATT;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=114301593;WS=114301575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	114336892	.	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.795;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr9	114341239	.	G	GA	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=3.398;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
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chr9	114348513	rs2273786	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=0.515;SC=GAGTCAGGATGCTGTGTGGTT;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=9;WE=114348521;WS=114348503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr9	114356659	rs3739703	C	T	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=24;PP=634;SC=GTTGAGAAACCACCCATGAGG;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=114356667;WS=114356649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	114356738	rs3739702	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=0.293;SC=AATTTACCCATATAACAAGCC;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=114356746;WS=114356728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr9	114359624	rs1053959	C	A	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=541;SC=GGGAGCTCAGCTGTCTTCAAC;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=114359632;WS=114359614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	114365951	rs12236422	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=-1.392;SC=GGGCAGTTTCAGAAGCAAATA;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=16;WE=114365959;WS=114365941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr9	114365996	rs10980959	A	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=427;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CAGGAAACTGAAAGTCTGAGA;SOR=0.864;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=32;WE=114366004;WS=114365986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr9	114366094	rs966627	G	C	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=950;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CTACACTTTTGTCTGTTCCAT;SOR=0.613;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=62;WE=114366102;WS=114366084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,88:0.66:133
chr9	114371322	rs4978450	T	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=432;ReadPosRankSum=0.440;SC=TTTCTGTTCATTCTGGGCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=29;WE=114371330;WS=114371312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr9	114371493	rs12351897	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=489;ReadPosRankSum=0.998;SC=CTTCTCACATCGTTGTTGGGG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=32;WE=114371501;WS=114371483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr9	114449219	rs35475871	C	CT	92.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;MQRankSum=0.671;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.725;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
chr9	114454544	rs7869279	T	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=470;SC=ACTTGAGATTTCTTTTAGTTC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=114454552;WS=114454534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	114454580	rs1475110	A	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=349;SC=GTCATTCAAAATGGTGGTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=114454588;WS=114454570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	114456322	rs113054343	T	TTAAG	406.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=331;SC=AGAAAAGAGTTTAATAGTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=114456330;WS=114456312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	114462322	rs6477845	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=6;PP=150;SC=TTCTGTAAGCAGATACCTACA;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=114462330;WS=114462312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	114464487	rs1407390	T	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	114467446	.	T	TACACACACAC	262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=37.53;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	114467448	rs4993590	T	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	114467448	.	TAT	CAC	98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=98;QD=50.4892916207;SC=TCAGAATATATATACACACAC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=114467458;WS=114467438;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,3:0.50:6
chr9	114467450	rs28406980	T	C	309.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	114467478	rs28545063	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=0.792;SC=CACACACACATATATATATAA;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=114467486;WS=114467468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr9	114469078	rs10125413	T	G	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=228;SC=GTTATTATTTTGTTGAACTAT;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=114469086;WS=114469068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	114475262	rs6477846	T	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=5;PP=269;SC=ATACGCTTTCTAAGGGTGAAT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=114475270;WS=114475252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	114480602	rs2418174	C	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=15;PP=417;SC=AAAACATAGACTATACATTAC;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=114480610;WS=114480592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	114484682	rs1337581	T	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=253;SC=CTTTTATTTGTACTCACCTTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=114484690;WS=114484672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	114489887	rs953536	C	T	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=173;SC=ACCATATCTACGGCAAAATAT;SOR=1.911;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=11;WE=114489895;WS=114489877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	114490308	rs7470491	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=267;SC=AGGTGAAGAATGACTTTTATG;SOR=1.209;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=114490316;WS=114490298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	114537978	rs440164	A	T	337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.52;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	114543400	rs2786632	A	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=16;PP=380;SC=ATCTTTATTTATTCACAAATG;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=114543408;WS=114543390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	114677046	rs140717465	TTTTTG	T	1360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=14;PP=754;SC=GTGTTACGGTTTTTTGTTTTG;SOR=1.214;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=15;WE=114677058;WS=114677036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	114686929	rs35471909	TTAAA	T	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=97;SC=ATAGAGAATGTTAAATAATAT;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=114686940;WS=114686919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	114694486	rs7850023	A	G	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=17;PP=872;SC=TTCCTGCTACAATAATTTGTG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=114694494;WS=114694476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	114811154	rs1980739	C	T	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=17;PP=882;SC=GAGGAGAAAGCATGGGCCATA;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=114811162;WS=114811144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	114874135	.	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr9	114919707	rs700105	A	G	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=14;PP=1025;SC=CCCCAAGGACATCAACTCTTT;SOR=1.697;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=59;WE=114919715;WS=114919697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	114982463	rs7855745	T	C	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=30;PP=1303;SC=CAATTTTTTGTCCAAAAATAT;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=69;WE=114982471;WS=114982453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	114982549	rs7869523	C	T	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=39;PP=1122;SC=CACGGAGACACTGAAAAGAAC;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=114982557;WS=114982539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	114986021	rs34621641	C	CAGAA	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=337;SC=ATATCAAACTCAGAGTTATTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=114986029;WS=114986014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	114990841	rs111362962	T	TTATACTATA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=2;PP=803;SC=AAGGCATTTCTTACTCTCCCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=114990849;WS=114990831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	114993508	rs943620	C	T	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=101;SC=TAAATCATCACTGTAATTACT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=114993516;WS=114993498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	114993790	rs943621	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=154;SC=TTATTTTAAAGCATGGTTTTA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=114993798;WS=114993780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	114997288	rs2274519	C	T	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=366;SC=GATTCTGTTACGGAGTAAAGA;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=114997296;WS=114997278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	115024695	rs10981334	G	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	115024971	rs3843823	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=152;SC=ATGAAGCAATGTAGTTAAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=115024979;WS=115024961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	115030570	rs7870866	C	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=127;SC=AACCCATGCACTCTCAAGTAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=115030578;WS=115030560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	115030590	rs4500150	T	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=6;PP=123;SC=AAATGACATTTCCCCCAAGGG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=115030598;WS=115030580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	115038100	rs4979093	T	C	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=4;PP=331;SC=AATCACTCTTTGTCAATCTTT;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=115038108;WS=115038090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	115051546	rs11792085	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=21;PP=586;SC=CATATACCTTAGAGCACTGAC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=115051554;WS=115051536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	115060100	rs34861385	A	AC	384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=270;SC=TAAAAAAAAAAAAAAAACTCA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=115060108;WS=115060090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	115060682	rs3808881	G	A	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=45;SC=GATCTTTAATGCAGACTATTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=115060690;WS=115060672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	115092577	rs2418204	G	A	182.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	115092624	rs2900539	T	A	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.89;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	115095743	rs7040447	T	C	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=29;PP=1380;SC=CGCCGCCTAGTACTTACCCAT;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=115095751;WS=115095733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	115142330	rs35979933	CG	C	352.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=148;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GCACAGGCATCGGGGGGGGCA;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=115142338;WS=115142320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr9	115142507	rs7867831	A	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	115216222	rs10538330	GATTA	G	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=523;ReadPosRankSum=0.099;SC=CTGTCCTGCTGATTAATTAAT;SOR=1.429;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=10;WE=115216233;WS=115216212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr9	115249262	rs6477940	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=129;ReadPosRankSum=-1.326;SC=CACTTACCTTTGGTGCCCGGC;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=115249270;WS=115249252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr9	115249433	rs7031191	T	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=0.996;SC=CGGGGACGAGTGCGCCGACGC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=27;WE=115249441;WS=115249423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr9	115450087	rs12346474	T	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.37;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	115450093	rs786970	C	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	115567015	rs139599865	A	ATG	567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=345;SC=ACTCTCCAGTATGTTTTCATT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=115567023;WS=115567005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	115567184	rs1891402	T	C	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=29;PP=790;SC=TCGTTATAGTTGATGATCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=115567192;WS=115567174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	115580008	rs10117709	G	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr9	115598544	rs372729431	C	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=559;ReadPosRankSum=-0.019;SC=CCAGAATGGGCGAGTCAGTCA;SOR=1.011;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=31;WE=115598552;WS=115598534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,50:0.77:65
chr9	115600848	rs7023478	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=239;SC=GTGAGCTGGCTGAACCCCTGG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=115600856;WS=115600838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	115649520	rs3802493	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=9;PP=573;SC=GGAACTGTCTCAAGTGCCTTC;SOR=1.552;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=115649528;WS=115649510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	115760561	rs10981590	C	T	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=40;PP=1043;SC=TATGGCTTTACATTTATTTAT;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=115760569;WS=115760551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	115873850	rs11506773	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.437;NF=17;NR=6;PP=291;ReadPosRankSum=0.094;SC=CCGTTGGGAAGCGGCGAGGGA;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=23;WE=115873858;WS=115873840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr9	115918144	rs11791765	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	115918220	rs10817447	C	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=387;SC=GACTACTATTCTTTACTATCT;SOR=2.066;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=115918228;WS=115918210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	115918306	rs10121117	G	A	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	115919885	rs10122151	G	C	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=50;SC=ACTTCTGATGGCCCTTCCAGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=115919893;WS=115919878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	115920099	rs4344146	T	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=14;PP=473;SC=CTCAGACTTGTAGCTTGGAAA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=115920107;WS=115920089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	115928275	rs3810908	T	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=52;SC=CACCCTGTGGTTCGCCTAGAC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=115928283;WS=115928265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	115928566	rs16910202	A	C	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=80;SC=GACAGGGCCAACTCTGAGGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=115928574;WS=115928556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	115931703	rs3810910	G	A	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=33;PP=1145;SC=GTCAGGGACAGTCTTGTGGAG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=64;WE=115931711;WS=115931693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	115932299	rs7865125	T	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=416;SC=ACACTACTGGTCATGTAGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=115932307;WS=115932289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	115934022	rs5900041	A	AACCTGGATT	1280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=2900;SC=TGGCCTCAGGAACCAGGTGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=17;WE=115934030;WS=115934012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	115936903	rs3827673	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=-1.519;SC=TAGCTTGTTAACAGAGAATAA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=16;WE=115936911;WS=115936893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr9	115946500	rs10817454	A	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	115946892	rs10118429	T	A	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=24;PP=1374;SC=ATGCAGGAAATCAAAGAAGAG;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=72;WE=115946900;WS=115946882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	115950706	rs10435864	A	C	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=18;PP=667;SC=GATGGGCCGGATGAAGAGAGG;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=115950714;WS=115950696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	115952895	rs12684417	T	C	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=31;PP=1035;SC=TCACTGTGATTAAAGCTCATC;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=115952903;WS=115952885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	115959199	rs7866432	G	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,55:0.35:157
chr9	115961059	rs7874583	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=-1.424;SC=ATAAAAAAAGGAATTCCACAA;SOR=0.399;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=7;WE=115961067;WS=115961049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr9	115965015	rs7034425	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=0.768;SC=GGACCCAAAGGGAACTATCAG;SOR=0.287;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=115965023;WS=115965005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr9	115965339	rs67487726	GA	G	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.479;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr9	115968609	rs4281172	C	T	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	115968678	rs1133620	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr9	115968711	rs1133619	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.318;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr9	115968797	rs1133618	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
chr9	115968932	rs142259071	ACAGAAGTGGGAACAACAGTCATTCAGCCTCTAGG	A	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr9	115969433	rs5900043	T	TAGA	1239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=1068;SC=CGAGAAAAAGTAGCTTAACTG;SOR=3.690;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=21;WE=115969441;WS=115969413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	116022860	.	T	TACACAC	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.732;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr9	116037965	.	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-2.944;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
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chr9	116116425	rs28607343	G	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=224;ReadPosRankSum=-0.875;SC=ATGGGAGTGGGTGGCTGACAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=116116442;WS=116116418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
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chr9	116124523	rs7041125	C	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=335;ReadPosRankSum=-0.412;SC=TTATGCTGGTCTTAAAGACTA;SOR=0.327;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=23;WE=116124531;WS=116124513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr9	116131873	rs3827661	A	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr9	116132334	rs3088235	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=141;ReadPosRankSum=0.025;SC=GCCTCCGGCACAGTGCTCTGT;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=17;WE=116132342;WS=116132324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr9	116136198	rs1043836	C	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=849;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GCCAAGGCCCCCCAGGATGCC;SOR=0.729;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=61;WE=116136206;WS=116136188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,85:0.36:236
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chr9	116152940	rs2228083	G	A	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=709;ReadPosRankSum=0.547;SC=GGAATGCTCCGTTTTCACTCA;SOR=0.508;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=51;WE=116152948;WS=116152930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,89:0.72:124
chr9	116153066	rs8177805	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=451;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TGGTGGGAGGGAGGGAACTCA;SOR=0.633;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=26;WE=116153074;WS=116153056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr9	116153250	rs1805316	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-2.213;SC=TGTGTCTATTACATGTAGCTT;SOR=0.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=12;WE=116153258;WS=116153240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr9	116153900	rs1139488	A	G	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=1.630;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,73:0.61:120
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chr9	116186544	rs41313331	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,24:0.19:127
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chr9	116191244	rs78738447	G	A	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=459;ReadPosRankSum=-0.383;SC=AGTGTAAAAAGTAAGTTACTA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=32;WE=116191252;WS=116191234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,56:0.61:92
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chr9	116264014	rs6478016	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=42;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TCTTTGACCTTTCCTGCTCCC;SOR=0.102;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=4;WE=116264022;WS=116264004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr9	116267829	rs72761971	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=1.035;SC=GGGGATGCCAACCCCACTTGC;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=19;WE=116267837;WS=116267819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,33:0.33:101
chr9	116269520	rs7870265	T	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=141;ReadPosRankSum=0.019;SC=TGGCTGATACTGGCTTTCCCC;SOR=0.242;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=14;WE=116269528;WS=116269510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr9	116270976	rs10125960	C	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr9	116279701	rs72761985	G	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
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chr9	116285429	rs7037441	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=-1.294;SC=GGCACTGGAGTGTGTGCTGCT;SOR=0.141;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=116285437;WS=116285419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr9	116291390	rs55977108	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=1.250;SC=TCTCTTTTCCCAGGAGGTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=5;WE=116291398;WS=116291380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr9	116291514	rs34682731	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr9	116327691	rs143559895	T	TAGG	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.986;NF=0;NR=6;PP=227;ReadPosRankSum=-0.539;SC=GGAGGACAAGTAGGAGGAGGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=116327699;WS=116327681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr9	116345565	rs12343129	C	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=2.366;SC=GAATTGTTACCCAGCTAAGTC;SOR=0.307;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=6;WE=116345573;WS=116345555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr9	116346118	rs41305473	G	A	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1064;ReadPosRankSum=-1.502;SC=TCCCCCACCCGGGACCTTCCA;SOR=0.783;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=259;TCF=121;TCR=138;TR=86;WE=116346126;WS=116346108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,146:0.34:431
chr9	116346236	rs41301525	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=379;ReadPosRankSum=2.779;SC=ACCCACCTGCGGCCCCCAGGC;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=32;TCR=75;TR=29;WE=116346244;WS=116346226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,38:0.27:140
chr9	116356373	rs12350531	G	C	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=53;PP=1562;ReadPosRankSum=1.487;SC=GGCTCCTCCTGTCTGAGTCCC;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=88;WE=116356381;WS=116356363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,137:0.70:197
chr9	116356516	rs12341266	A	G	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=40;PP=1558;SC=GGTGCCTCCTACAGACCAATC;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=75;WE=116356537;WS=116356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	116356529	rs10817493	C	G	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=752;ReadPosRankSum=-2.226;SC=GACCAATCTGCGGCCCCAAGG;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=47;WE=116356537;WS=116356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,82:0.71:115
chr9	116356776	rs61749208	C	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=285;ReadPosRankSum=1.072;SC=GAGCCCCTCCCGCGGGCAAGG;SOR=0.473;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=28;WE=116356784;WS=116356766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,34:0.31:110
chr9	116356858	rs148080000	TC	T	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=-1.232;SC=ACTCACTGGCTCCCCGGGGAG;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=7;WE=116356866;WS=116356848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr9	116357408	rs884992	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=344;SC=GGGCTGAGCCCAAGCTGAGGC;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=116357416;WS=116357398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	116359339	rs1051013	T	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=424;SC=CCCCAGAGGCTGTGTCTCTGG;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=116359347;WS=116359329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	116764832	rs148995274	TTTTGCAC	T	8141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=45;PP=2967;SC=CCATGTTCTCTTTTGCACTTG;SOR=0.832;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=55;WE=116764846;WS=116764822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	116769515	rs4979321	C	T	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=13;PP=863;SC=TTCCTCCCTCCGCTAGCCAGA;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=116769523;WS=116769505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr9	116931666	rs2567705	A	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=0.256;SC=TGGCTATTCGATCTTCCACCT;SOR=0.644;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=29;WE=116931674;WS=116931656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,57:0.40:143
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chr9	116967952	rs2567720	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=0.874;SC=TCTTTATTCATTGTCAGCCCC;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=18;WE=116967960;WS=116967942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr9	116971622	rs2060133	G	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=0.967;SC=GCTTGGTGCCGTGCTAGCATC;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=116971630;WS=116971612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr9	116973361	rs10982109	C	T	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=734;ReadPosRankSum=0.411;SC=CCACCTCCCACGGCCACGCTG;SOR=0.633;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=55;WE=116973369;WS=116973351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,91:0.66:137
chr9	116980052	rs10982110	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
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chr9	117026581	rs4978576	C	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=337;SC=CCTGGTTCTCCGCCCGAGGGA;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=117026589;WS=117026571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	117028968	rs35380914	C	T	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,80:0.67:120
chr9	117033022	rs4143245	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.475;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr9	117033096	rs2636866	C	T	3613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=44;PP=1559;SC=CTGGGGACCCCGGCAGGGCAT;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=92;WE=117033104;WS=117033086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	117033219	rs10118121	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=0.521;SC=GTCAGCAGTGTCCAGCAGCCA;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=15;WE=117033227;WS=117033209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr9	117044751	rs2787330	T	C	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=63;PP=1916;SC=CCAAGGGCTATCAAGGACAGC;SOR=1.681;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=91;WE=117044759;WS=117044741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	117050568	rs186692543	A	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GTTCCACACCAGCCTGAGTCT;SOR=0.669;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=11;WE=117050576;WS=117050558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr9	117050998	rs10982134	G	A	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=35;PP=1326;SC=GTGGGTGATCGAGGAGACCGC;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=76;WE=117051006;WS=117050988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	117051586	rs72762675	C	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=15;PP=524;SC=GTAAGAGGGCCGGGGGTTCAG;SOR=0.869;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=36;WE=117051594;WS=117051576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	117051659	rs72764529	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.10;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	117052738	rs11386651	G	GT	337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=288;SC=ACATCCAGAAGTTCTCTGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=117052746;WS=117052728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	117052772	rs7018988	C	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	117053215	rs1249738	A	G	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=34;PP=1416;SC=ACCTCTTAATACACTTACCCA;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=70;WE=117053223;WS=117053205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	117053273	rs1249737	T	G	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=36;PP=1077;SC=TTCCGACCCTTTGGGCACCCA;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=117053281;WS=117053263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	117064306	rs1546049	T	C	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=20;PP=630;SC=TGACACCCTCTCAGATTCCAG;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=117064314;WS=117064296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	117064345	rs1546048	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr9	117066823	rs10817590	C	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=13;PP=854;SC=CCCTGGGGCTCCCACTTGATG;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=117066831;WS=117066813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	117085526	rs147960186	G	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=17;PP=776;SC=ACCCTGGACCGGGTGAGTGCC;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=117085534;WS=117085516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	117085635	rs74594458	T	C	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.46;QD=26.15;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr9	117085811	.	A	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.21;MQRankSum=-1.784;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr9	117086226	rs1111796	A	G	3984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=67;PP=2347;SC=CTCTTGCCCCAGGACTGTGAT;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=120;WE=117086234;WS=117086216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	117092570	rs139871678	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=14.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.68;MQRankSum=-0.916;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.842;SOR=3.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr9	117092582	rs143118548	A	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=15.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.17;MQRankSum=-1.308;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.214;SOR=3.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr9	117093029	rs17230081	C	T	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.377;SC=CACTTCTCCTCGATAACATTA;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=76;WE=117093037;WS=117093019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,110:0.65:168
chr9	117094073	rs113974644	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.022;NF=9;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GGCCCCACCATGTCCCCAGTC;SOR=0.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=16;WE=117094081;WS=117094063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr9	117103973	rs2250242	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=0.923;SC=GGAGTTGAAGATGCTTTTCTC;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=117103981;WS=117103963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr9	117106190	rs3748179	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=0.779;SC=TTTTAATAGTCTCTGTCTCTC;SOR=0.567;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=14;WE=117106198;WS=117106180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr9	117108122	rs3762054	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr9	117110046	rs3748178	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=33;ReadPosRankSum=0.246;SC=GTCTGCTGGCCGGCCGCGGGT;SOR=0.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=5;WE=117110054;WS=117110036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr9	117121840	rs2787348	A	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=31;PP=1153;SC=TAGGGTGGAAACAAACATTCT;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=117121848;WS=117121830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	117122202	rs3748177	C	T	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=47;PP=1935;SC=GGTAAACTTGCTCCATCTGCA;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=103;WE=117122210;WS=117122192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	117124519	rs2636901	A	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=357;SC=GACTCAAATCACAGCTTTTGA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=117124527;WS=117124509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	117124731	rs3748176	G	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=34;PP=1140;SC=GCCGGCAAGCGGCTGGGCAGG;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=117124739;WS=117124721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	117127034	rs2787351	C	G	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=105;SC=AGCATGGAGACGTGGGTGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=117127042;WS=117127024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	117138278	rs4979371	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.26;QD=22.53;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	117139527	.	G	A	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1263;ReadPosRankSum=0.451;SC=GTTGACCTCGGAATGTTCAGA;SOR=0.619;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=81;WE=117139535;WS=117139517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,121:0.64:190
chr9	117166206	rs2274158	G	T	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.443;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.26;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr9	117166246	rs2274159	A	G	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=34;PP=1316;SC=CTTGGTGGACACCGACTGCCT;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=117166254;WS=117166236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	117166338	rs6478078	G	C	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=36;PP=1315;SC=TGTCCGAGAGGTGGGAGAGCG;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=70;WE=117166346;WS=117166328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	117168551	rs10982200	C	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=10;PP=426;SC=AGCTGGTCCCCCCCTTCACTG;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=117168559;WS=117168541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	117169033	rs942519	A	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=8;PP=509;SC=GCAGGAAGGCATGGAGGAAGG;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=117169041;WS=117169023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	117170241	rs12339210	G	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.168;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr9	117186592	rs4979386	T	A	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	117186677	rs4979387	A	G	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=9;PP=473;SC=AGACGCTGCCACCACGGTACT;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=117186685;WS=117186667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr9	117188566	rs10817610	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	117188714	rs2274163	T	C	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=19;PP=573;SC=CACCACACAATACAGTCACCT;SOR=1.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=31;WE=117188722;WS=117188704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr9	117399404	.	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=403;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CAAGTTGTATCGATTTCATTA;SOR=0.401;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=29;WE=117399412;WS=117399394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr9	117428960	rs1055207	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr9	117430611	rs1359992	A	T	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=21;PP=633;SC=CTTCTGAAGCAGCAAATCTGG;SOR=0.790;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=117430619;WS=117430601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	117430743	rs2418316	A	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=8;PP=188;SC=GTGGGGGTGTACCTGAAACTA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=117430751;WS=117430733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	117433685	rs2296948	C	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=7;PP=272;SC=GCTTGTGCTCCTGGGTTTGAC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=117433693;WS=117433675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	117433811	rs3215861	C	CA	1553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=8;PP=1038;SC=GAATGAGGGGCATGGGTTCCG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=24;WE=117433819;WS=117433801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	117552885	rs3810936	T	C	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=1008;ReadPosRankSum=2.208;SC=CTACTTCGCATACAGACTTGG;SOR=0.632;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=58;WE=117552893;WS=117552875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,69:0.80:86
chr9	117553249	rs4246905	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr9	117554504	.	TACACACAC	T	306.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.34;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr9	117656633	rs3833492	C	CCTG	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=455;ReadPosRankSum=-1.110;SC=TCTAATTTAGCGGAATGGTTC;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=117656641;WS=117656623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr9	117666678	rs3181367	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.229;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.501;SC=CTAAGTCTTTGTTCAAAGTTT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=117666686;WS=117666668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr9	117692344	rs3181357	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.978;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr9	117782836	rs34490502	T	TA	96.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=51;SC=TGCTTTTATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=117782844;WS=117782826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	117783551	rs5900112	TA	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=94;ReadPosRankSum=0.658;SC=AACGCCCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=117783559;WS=117783541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr9	117791617	rs12346540	T	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
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chr9	117797359	rs3215885	A	AT	112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=0;PP=51;SC=GTCTCTACTAATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=117797367;WS=117797349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	117803185	rs35141770	A	AACAC,AAC	439.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.393;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7,7;NR=1,1;PP=77,165;ReadPosRankSum=-1.112;SC=GAAAAATAGTAACACACACAC;SOR=1.447;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8,8;WE=117803193;WS=117803175;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.91:11
chr9	117804544	rs1061495	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr9	117804667	rs7021589	T	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr9	117808785	rs2104772	T	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=338;ReadPosRankSum=-0.368;SC=AGACCTGTTATGTCCCTGGTA;SOR=0.485;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=21;WE=117808793;WS=117808775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
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chr9	117815273	rs11794797	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=1.477;SC=AAAGATTAGCGTGCCCAACTG;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=17;WE=117815281;WS=117815263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
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chr9	117846570	rs2274836	C	T	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=1799;ReadPosRankSum=1.950;SC=CCACACCAGGCTCCAGCTCCT;SOR=0.994;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=50;WE=117846588;WS=117846560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,61:0.63:97
chr9	117846580	rs1061494	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,36:0.34:106
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chr9	117848394	rs1757095	T	C	6105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=60;PP=2510;SC=ACAGCGACCCTGGCCATGGCA;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=131;WE=117848402;WS=117848384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr9	117849314	rs2992147	T	C	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,72:0.31:229
chr9	117853022	rs944510	C	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=590;ReadPosRankSum=0.243;SC=TTTCCCCATCCACTGTGTGCT;SOR=0.762;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=49;WE=117853030;WS=117853012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,83:0.30:276
chr9	118139133	.	C	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=207;ReadPosRankSum=0.473;SC=TCTGAGGGATCATAGGAGTAG;SOR=0.428;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=12;WE=118139141;WS=118139123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr9	118950454	.	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=-0.336;SC=CTGAAATCACCAATGTCACTC;SOR=0.839;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=14;WE=118950462;WS=118950444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr9	118969686	rs11268296	T	TTATTTAAATAG	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=2282;SC=AGAGGGCCTGTTATCTTTTTG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=118969694;WS=118969676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	118973903	.	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=195;ReadPosRankSum=1.503;SC=TGATTCTCTGGATTTCCCCTT;SOR=0.930;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=17;WE=118973911;WS=118973893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr9	118997305	.	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr9	119033470	rs3747823	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=2.077;SC=AGATGAAGAAGCAGAGACTCA;SOR=0.273;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=13;WE=119033478;WS=119033460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr9	119065043	rs35565319	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=445;ReadPosRankSum=0.572;SC=CAGATGAACCCAGCCGGTGCT;SOR=0.518;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=32;WE=119065051;WS=119065033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr9	119093757	rs72754266	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=0.319;SC=GTAAGAACAGGGAACAAAACA;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=119093765;WS=119093747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr9	119106881	rs7020782	C	A	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=21;PP=908;SC=GAGAATGCTTCTCTCAATTGC;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=119106889;WS=119106871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	119124871	.	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=281;ReadPosRankSum=0.715;SC=TGTTGTTCAGGGACTTGGGAG;SOR=0.806;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=18;WE=119124879;WS=119124861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr9	119124892	.	C	T	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=455;ReadPosRankSum=1.266;SC=CAATGTCATTCATTGCCGGAA;SOR=0.480;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=37;WE=119124900;WS=119124882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,65:0.65:100
chr9	119158814	rs8456	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=207;ReadPosRankSum=0.216;SC=TGTCCTGTGATCTACAAGGTG;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=20;WE=119158822;WS=119158804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr9	119199485	rs7034542	T	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=186;SC=ATAATAATAATAAAAAATACC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=119199493;WS=119199475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	119199820	rs7018569	C	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr9	119382768	rs2295741	A	G	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=50;PP=1444;SC=ACAACAGGGGAGAGATTGAGA;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=119382776;WS=119382758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr9	119770480	rs3761845	C	T	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=15;PP=757;SC=AAAGCTTGGCCGGGTTTAACC;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=119770488;WS=119770470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	119770551	rs7036098	G	A	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=26;PP=775;SC=ATGGGTGAACGGAGAGACAGA;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=119770559;WS=119770541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	119802013	.	G	A	34.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr9	119858278	.	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=1.599;SC=TCCAGGATTTCCTTCTACAAA;SOR=0.813;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=16;WE=119858286;WS=119858268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr9	119903807	rs57782747	A	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=583;SC=CACCCTCAGCACCTAGAGCAC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=119903815;WS=119903797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	119903827	rs13291457	A	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=521;SC=CTGGGGCTGAAGTTAGGGCTT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=119903835;WS=119903817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	119977077	rs4543613	T	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=285;SC=AATCGAGGGCTGCAGGGGATT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=119977085;WS=119977067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	120053776	rs7848630	T	C	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=23;PP=672;SC=AGATGTCCGCTGCTGTGCCAG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=120053784;WS=120053766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	120053875	.	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=1.160;SC=ACATAATCAGGAGCTCAGAAG;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=12;WE=120053883;WS=120053865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr9	120466694	rs2737192	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=-0.306;SC=CGGTGATAGCGAGCCACGCAT;SOR=1.493;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=10;WE=120466702;WS=120466684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr9	120471058	rs2770148	G	A	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=43;PP=1145;SC=TCATTGTCCTGTCATTTCATT;SOR=2.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=120471066;WS=120471048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	120475302	rs4986790	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=-1.507;SC=TACCTCGATGATATTATTGAC;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=13;WE=120475310;WS=120475292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr9	120475602	rs4986791	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=556;ReadPosRankSum=1.800;SC=TTTGGGACAACCAGCCTAAAG;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=34;WE=120475610;WS=120475592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr9	120476629	.	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CCCAGCACTTCATCCAGAGCC;SOR=0.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=6;WE=120476637;WS=120476619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr9	121976206	.	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=307;ReadPosRankSum=1.082;SC=CCTGAATTCTCCAGGTCCTTA;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=22;WE=121976214;WS=121976196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr9	122004587	.	C	T	101.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.967;SC=AGCCTTAAATCTCCAACCAAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=122004595;WS=122004577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr9	122075585	.	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=-0.266;SC=ACTGAGATACGGCCCCATATA;SOR=1.227;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=7;WE=122075593;WS=122075575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr9	122275247	rs10984573	A	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.29;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
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chr9	123152099	rs2297457	C	G	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=18;PP=690;SC=ATGATTAGGGCCATGGATATC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=123152107;WS=123152089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	123152241	rs2297456	A	C	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=175;SC=ACCCATCACAAACCCCAGGGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=123152249;WS=123152231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	123156742	rs10984902	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr9	123156761	rs4410972	G	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	123165026	rs202060038	C	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr9	123170733	rs4837768	C	G	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=14;PP=492;SC=CTCAACTTCACCTCCTCCTGC;SOR=0.728;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=29;WE=123170741;WS=123170723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	123177360	.	G	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,69:0.61:113
chr9	123223026	.	CT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
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chr9	123313246	rs954214	T	C	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.10;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr9	123334071	.	C	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=-0.221;SC=TTCCTCTAGTCCAGTGTTTAT;SOR=1.329;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=123334079;WS=123334067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr9	123342259	rs932975	C	A	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=36;PP=993;SC=TCCATCATGGCTACAGAGGTG;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=123342267;WS=123342249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	123342275	rs932974	A	G	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=29;PP=793;SC=AGGTGGCGACAGCGTTGGTGT;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=123342283;WS=123342265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	123367552	rs118083394	C	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=265;ReadPosRankSum=-0.255;SC=CCAACAATCCCGAAACATCTG;SOR=0.509;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=20;WE=123367560;WS=123367542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr9	123370345	rs991121	C	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=-1.529;SC=ATTAAAAATGCAAAACAACTA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=123370353;WS=123370335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr9	123374639	rs2416760	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.371;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=473;ReadPosRankSum=2.189;SC=GATTTTTTTTTCCCTCTAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=30;WE=123374647;WS=123374629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr9	123476542	rs369989873	ACGGCGG	A	1738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.21;MQRankSum=1.941;QD=25.57;ReadPosRankSum=1.427;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr9	123550027	rs7026635	G	A	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=19;PP=1234;SC=AACCCAAAAAGCAGTTTCAAC;SOR=1.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=123550035;WS=123550017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	123583192	rs1060817	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr9	123586581	rs35903891	CA	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-2.271;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr9	123586737	rs10760117	T	G	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1249;ReadPosRankSum=1.444;SC=TGTCAAAGATTAAGATATCCC;SOR=0.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=80;WE=123586745;WS=123586727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,132:0.69:191
chr9	123622246	rs72758134	T	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr9	123626311	rs10985064	C	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-0.437;SC=ACACTCCCTCCCCTCCCTGCA;SOR=0.565;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=20;WE=123626319;WS=123626301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,40:0.36:111
chr9	123631642	rs3753029	G	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=559;ReadPosRankSum=-2.046;SC=TCAACCACCAGGTCCGGGTGG;SOR=0.635;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=46;WE=123631650;WS=123631632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,86:0.64:135
chr9	123632045	rs1056567	A	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=319;SC=TGGAGCTCAGACTCTGTGATG;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=123632053;WS=123632035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	123632829	rs4836833	G	C	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=54;PP=1958;SC=GAAAGAGAGGGCCTCGAGGGT;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=97;WE=123632849;WS=123632819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	123632841	rs41273398	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=333;ReadPosRankSum=3.074;SC=CTCGAGGGTCGGGTCCAGCTC;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=32;WE=123632849;WS=123632819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,41:0.31:132
chr9	123753453	.	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=245;ReadPosRankSum=1.597;SC=AATAAAAATGGCATTTGTTAA;SOR=1.078;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=17;WE=123753461;WS=123753443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr9	123768271	.	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=455;ReadPosRankSum=-0.002;SC=ACAGAATATGGTATATTCATT;SOR=0.767;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=37;WE=123768279;WS=123768261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,54:0.31:174
chr9	123776047	rs41309858	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-0.699;SC=ATCTTTTCTACTTTCAATTCT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=123776055;WS=123776037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr9	123787697	rs140753263	T	TACACACACAC	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=206;ReadPosRankSum=0.248;SC=AAAGAAAGTATACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=123787705;WS=123787687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr9	123850770	rs10818503	G	A	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=876;ReadPosRankSum=0.438;SC=GTGTGAGCAAGTTGAGATTGC;SOR=1.037;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=62;WE=123850778;WS=123850760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,87:0.65:134
chr9	123888242	rs10760150	G	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.281;SC=CCTATTTTCCGTAGCTTCATA;SOR=0.397;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=13;WE=123888250;WS=123888232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
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chr9	123917355	rs10818512	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.393;SC=GTGAGAATTTATGCAAGTCAT;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=123917363;WS=123917345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
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chr9	123928569	rs1535655	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=-1.815;SC=AGCAGATACCGTAGGGCCATT;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=7;WE=123928577;WS=123928559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr9	123929710	rs10818513	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=327;ReadPosRankSum=0.751;SC=ATTGGCACTGACCACCTCTAG;SOR=2.368;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=20;WE=123929718;WS=123929700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr9	123929770	rs61745682	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=1.478;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
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chr9	123955765	rs6478504	A	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5323;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=2.089;SC=CGGATGACTGATATCCTTTAA;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=123955773;WS=123955755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr9	124043867	rs10985200	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=493;ReadPosRankSum=-0.070;SC=AGACACCTGTCGTCCTCTTAA;SOR=0.881;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=43;WE=124043875;WS=124043857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,65:0.32:203
chr9	124073176	rs306785	T	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=140;SC=CCTGGTCTGATCAGGGACTTG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=124073184;WS=124073166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr9	124088768	rs306769	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=10;PP=381;SC=GTCCCTGACTTGCTCTCCTGT;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=124088776;WS=124088758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	124089173	rs216784	C	T	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=100;SC=ACACTTTGCACAGTGGACAGC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=124089181;WS=124089163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	124091135	rs306771	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=368;SC=GGGTGATGGCGTCCCTTGGCA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=124091143;WS=124091125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	124094590	rs7039494	A	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=342;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GGGGGTGGGCAGTAGGGACAG;SOR=0.235;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=19;WE=124094598;WS=124094580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr9	124218133	rs3747845	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=92;ReadPosRankSum=-0.948;SC=GAAGAAAAAACAGCAACATTA;SOR=0.976;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=8;WE=124218141;WS=124218123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr9	124218276	rs76295567	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr9	124222267	rs2289068	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=-1.359;SC=CTAATATGCTAAGGCTCTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=12;WE=124222275;WS=124222264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr9	124525865	.	G	A	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=646;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GAACACACTGGCCACCAAGGC;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=42;WE=124525873;WS=124525855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,76:0.67:114
chr9	124622502	rs4381015	C	A	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.26;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	124632735	rs4384052	C	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=7;PP=300;SC=TGGACTCCACCCAGCCCAAAG;SOR=1.136;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=19;WE=124632743;WS=124632725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	124633096	rs4370602	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=30;PP=766;SC=GAGATTTACAGCCTCCTCGGG;SOR=1.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=40;WE=124633104;WS=124633086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	124736218	rs35609526	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=247;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CAAGAACTTACCTGCTTAGGA;SOR=1.911;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=124736226;WS=124736208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr9	124751353	rs41273744	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr9	124751361	rs41277110	A	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.272;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr9	124794020	rs61740840	G	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=-1.737;SC=CAAAGAGCTGGAACTCGTCAG;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=124794028;WS=124794010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr9	124854880	rs10818624	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr9	124855211	rs61742319	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=154;ReadPosRankSum=0.237;SC=CCCTCCTCAGCCGCACTGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=13;WE=124855219;WS=124855201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
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chr9	124882474	.	AG	CA,CG	368	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5,5;NR=17,21;PP=368,13;QD=19.1576306756;SC=CTAAGCCCAGAGACCCAGCTC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=22,26;WE=124882483;WS=124882464;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.85:26
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chr9	124895467	rs12380610	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr9	124906723	rs3818638	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.444;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr9	124910582	rs3793616	C	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr9	124914613	rs4679	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-2.042;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,23:0.25:91
chr9	124976475	rs62574050	C	G	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=5;PP=251;SC=CCGGGTCCGGCCCGAGGGGCG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=124976483;WS=124976465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	124990773	rs113188211	C	CG	875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=568;SC=CGACCCCCCCCCCCCGCTCGC;SOR=2.124;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=124990781;WS=124990763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	125048460	.	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=257;ReadPosRankSum=1.330;SC=AGGAATCCTCCTGTTCTTATT;SOR=0.874;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=16;WE=125048468;WS=125048450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr9	125084766	.	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,46:0.44:104
chr9	125133479	rs1236913	T	C	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=46;PP=1317;SC=TCTCTTGCTCTGGTTCTTGCT;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=88;WE=125133487;WS=125133469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	125144145	rs1238420	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=8;PP=181;SC=GGGAGTGGGAAGCTTGTGCCA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=125144153;WS=125144135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	125146103	.	G	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=-1.241;SC=GGGGCGGGGGGGTACTTAGAG;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=18;WE=125146111;WS=125146093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr9	125239253	rs1962091	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=2.747;SC=TCCCAAAGTGTTGAGATTACA;SOR=1.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=5;WE=125239261;WS=125239243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr9	125240175	rs147391208	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.887;NF=4;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=1.142;SC=AGGAGGAACTCGGACACGCTG;SOR=0.650;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=10;WE=125240183;WS=125240165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr9	125315376	rs11412445	C	CT	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.178;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr9	125315393	rs12684786	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=385;ReadPosRankSum=2.850;SC=TCCCAGCACAGTTCTGGCCAC;SOR=1.247;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=23;WE=125315401;WS=125315383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr9	125315557	rs1831370	T	C	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=756;ReadPosRankSum=1.253;SC=ACTCTCTGAGTGGCCAGAGGA;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=60;WE=125315565;WS=125315547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,88:0.63:139
chr9	125315778	rs1411271	G	C	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=4.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,109:0.72:151
chr9	125316033	rs1341042	T	C	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.20;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr9	125316042	rs1341043	T	C	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.66;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr9	125316179	rs1341044	T	G	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=1098;ReadPosRankSum=3.389;SC=GCTGTGTTTGTCATCTCATCT;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=67;WE=125316187;WS=125316169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,78:0.75:104
chr9	125316350	rs1411272	C	T	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=886;ReadPosRankSum=-0.430;SC=ATTATTCCCACGCTAAACCCA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=62;WE=125316358;WS=125316340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,94:0.66:142
chr9	125317337	rs141694359	TTTC	T	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=209;ReadPosRankSum=-0.317;SC=AGGTTATCAATTTCTTCTTTA;SOR=0.818;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=5;WE=125317347;WS=125317327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr9	125317424	rs10733658	G	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=186;ReadPosRankSum=-0.248;SC=AAAAAATGTTGCAGTGATAAC;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=13;WE=125317432;WS=125317414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr9	125317485	rs10760239	G	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=235;ReadPosRankSum=0.511;SC=AAGTTCATCCGGGGCCAAATT;SOR=0.521;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=14;WE=125317493;WS=125317475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr9	125330125	rs10739614	C	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=326;ReadPosRankSum=0.481;SC=GCAGAGAAAACGAGTCACCAA;SOR=0.634;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=21;WE=125330133;WS=125330115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
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chr9	125486165	.	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=465;ReadPosRankSum=0.549;SC=ATAGCAGTAAGATTTTTAAAA;SOR=0.992;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=30;WE=125486173;WS=125486155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr9	125486686	rs149895531	T	A	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.255;NF=34;NR=36;PP=911;ReadPosRankSum=-1.629;SC=TATGAAACCATGGCATTGCCT;SOR=0.878;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=222;TCF=117;TCR=105;TR=70;WE=125486694;WS=125486676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,93:0.30:306
chr9	125486968	rs2215530	G	A	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=60;PP=1778;SC=CTCTGCAGCCGGGAAGTGGAA;SOR=1.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=12;TCR=60;TR=72;WE=125486976;WS=125486958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	125512193	rs10760252	C	A	6497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=89;NR=94;PP=2965;SC=TTCCAACCCTCAGCTGCAGAA;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=89;TCR=94;TR=183;WE=125512214;WS=125512183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr9	125512575	rs4838012	G	A	7980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=121;PP=2965;SC=TTGGGTTCTTGCAGCATCTCC;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=105;TCR=123;TR=226;WE=125512583;WS=125512565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr9	125512770	rs10985760	T	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=20;PP=889;SC=TTCCTGTGTATCATCTTCTCC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=125512778;WS=125512760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	125512788	rs10818740	G	A	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.94;QD=45.29;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	125512795	rs10818741	G	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.42;QD=41.66;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	125512826	rs28670025	G	A	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=19;PP=884;SC=CTCTGCAGCCGGGAAGTGGAA;SOR=0.957;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=43;WE=125512834;WS=125512816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	125551621	.	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.315;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,39:0.29:135
chr9	125612129	rs3049156	CAA	C	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.596;NF=0;NR=9;PP=310;ReadPosRankSum=0.237;SC=ACATTAAAAACAAATTAGCTT;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=125612138;WS=125612119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr9	125617391	rs1823448	C	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr9	125617395	rs5900548	TA	T	497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.14;ReadPosRankSum=0.942;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,22:0.85:26
chr9	125620105	rs5900549	C	CA	274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=323;SC=CAAACCACTGCAAATATCCAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=125620113;WS=125620095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	125637471	rs2596699	A	T	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=9;PP=747;SC=TTCTCTAGGCACTTCAAGTGG;SOR=1.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=125637479;WS=125637461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	125637648	rs2596698	T	C	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=27;PP=789;SC=GGGGTTACACTTATGTAAGAT;SOR=1.278;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=41;WE=125637656;WS=125637638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	125652429	rs10818758	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=-1.465;SC=CAAACAAAACAAAACAGCAAT;SOR=0.385;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=7;WE=125652437;WS=125652419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr9	125652757	rs10818759	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=408;ReadPosRankSum=1.899;SC=CCAGTTGACAGTTTACAAGTG;SOR=0.504;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=29;WE=125652765;WS=125652747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr9	125659520	rs2793005	T	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=474;SC=ATAGTGATTATTTTTGCACCA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=125659528;WS=125659510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	125673051	rs1147321	T	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=0.554;SC=TAATACAAACTTTATATAACA;SOR=0.536;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=8;WE=125673059;WS=125673041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr9	125747038	rs614274	G	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=492;ReadPosRankSum=-1.435;SC=GAAGGTTATTGTTTTTAATAT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=125747046;WS=125747028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr9	125759861	rs138316961	TTTTC	T	740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=41.15;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	125760863	rs587364	T	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=8;PP=621;SC=AGCCTCTCTCTTTCTTTGTTT;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=125760871;WS=125760853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr9	125884719	rs66492320	TA	T	108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=13.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr9	125920376	rs803736	G	A	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=28;PP=739;SC=TGTAAATCTGGCCAAAGGCTG;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=125920384;WS=125920366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	125920807	rs142605162	GA	G	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.674;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.266;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr9	125922854	rs11437080	C	CA	113.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.7346;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=0.157;SC=ATCAGGCAAACAAAAAAATCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=125922862;WS=125922844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr9	125932152	rs147443012	C	CAT,CATAT	1390.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.91;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,18,25:0.40,0.56:45
chr9	126028395	rs7863265	C	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=414;ReadPosRankSum=-1.543;SC=CTGGTCTCTTCCAGTTTCACA;SOR=0.586;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=25;WE=126028403;WS=126028385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr9	126118517	rs72433015	AGCAGAGC	A	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=1.513;SC=ACAGCAGCCGAGCAGAGCGCA;SOR=1.282;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=4;WE=126118531;WS=126118507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr9	126118600	rs12551047	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-2.019;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr9	126125318	rs2808415	C	A	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=41;PP=1671;SC=CCAGATCCCACCGGCTTCCGC;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=88;WE=126125326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	126128654	rs4838052	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr9	126129751	rs201080656	CCT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr9	126131110	rs2488603	T	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	126132329	rs7034379	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=448;ReadPosRankSum=1.533;SC=AAGTTCTGGGTCAGTACTGTG;SOR=0.430;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=24;WE=126132337;WS=126132319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr9	126132919	rs33984675	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=769;ReadPosRankSum=-0.005;SC=TCCATCTAGCGACCCTGGAGC;SOR=0.798;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=48;WE=126132927;WS=126132909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,68:0.65:104
chr9	126133497	rs13290763	C	T	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=1014;ReadPosRankSum=-0.993;SC=CCAATGACTCCGCAGCTGGCC;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=69;WE=126133505;WS=126133487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,107:0.65:165
chr9	126133547	rs2488602	T	C	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=45;PP=1416;SC=CGGGCTGAGGTGCCGGGCAGT;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=126133555;WS=126133537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	126134542	rs61740213	G	A	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=42;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.019;SC=CGGGGCCTACGTGTGCCCAGC;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=75;WE=126134550;WS=126134532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,132:0.69:191
chr9	126135715	rs2488601	A	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=5;PP=292;SC=CCCGGCGGCCACCACCTCGCG;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=126135723;WS=126135705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	126136144	.	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=528;ReadPosRankSum=0.751;SC=TCACACGCACCCCGACGGCCG;SOR=0.473;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=38;WE=126136152;WS=126136134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr9	126139065	rs10760283	G	A	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=53;SC=TGAGGGCCCCGGCGTCCTCCC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=126139073;WS=126139062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	126144746	rs2491348	T	C	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=22;PP=840;SC=CCAGGGAGTTTCCGAGCAGGG;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=126144766;WS=126144736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	126144758	rs2808409	T	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=22;PP=675;SC=CGAGCAGGGCTGAGGGCTTCT;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=126144766;WS=126144736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	126145907	rs2797946	C	A	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=19;PP=972;SC=GGCCCCCGGCCGATACCCTCC;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=126145915;WS=126145897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr9	126202551	rs10739633	A	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.49;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr9	126783433	rs1042486	G	C	4514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=1.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.66;ReadPosRankSum=-3.256;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,209:0.68:308
chr9	126794648	rs28649641	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=447;ReadPosRankSum=0.822;SC=CAGTCGGGGGGATGCTCTGCC;SOR=0.243;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=25;WE=126794656;WS=126794638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
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chr9	127101924	rs10760354	C	T	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=63;PP=1997;SC=CATCTGGTCCCTGGGCTGTCT;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=102;WE=127101932;WS=127101914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr9	127177736	rs2236386	G	C	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=27;PP=582;SC=GGTCGGAGGCGGGTGCAAACA;SOR=1.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=127177744;WS=127177726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	127177818	.	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr9	127213321	.	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr9	127215167	rs59108500	C	T	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	127215344	rs7861556	A	G	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	127215772	rs72616654	C	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr9	127215778	rs67997410	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr9	127220952	rs12347840	T	C	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=49;PP=1697;SC=GGGACGTCACTGGAGAGGTCA;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=106;WE=127220960;WS=127220942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	127228596	rs4838184	A	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=23;PP=823;SC=GGGCCACCACAGGCTGCTCCG;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=49;WE=127228604;WS=127228586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	127228824	rs4838185	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=12;PP=231;SC=CAGGGCTGCATGCAGTAGTTC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=127228832;WS=127228814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	127230118	rs10818977	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=-2.259;SC=GGAGAGTTCACCACTGTAGCC;SOR=1.245;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=5;WE=127230126;WS=127230108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr9	127230891	rs10760365	G	A	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=573;SC=GTGGAGGAAGGTGGTAGCTGT;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=127230899;WS=127230881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	127231774	rs1570580	C	G	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=46;PP=1569;SC=CCGCCGTGCCCGCATGTTGAG;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=127231782;WS=127231764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	127244955	rs915034	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=6;PP=448;SC=TGAACCATGCGGAGCCAGCGG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=127244963;WS=127244945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	127245293	.	GG	AA	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=938;ReadPosRankSum=1.456;SC=ATCTGCAAAGGGAGGTTCTCG;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=34;WE=127245302;WS=127245283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,52:0.32:165
chr9	127255448	rs2297605	G	A	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=35;PP=1157;SC=AGAGGCACGCGGGGGGCCGGG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=127255456;WS=127255438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	127495508	rs10760374	C	T	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=445;SC=TTATCAATGACACCTTAAGTT;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=127495516;WS=127495498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	127549455	rs200585902	A	G	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=698;ReadPosRankSum=0.532;SC=CTCCTCTCTCAACCCCTGTGA;SOR=0.702;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=50;WE=127549463;WS=127549445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,94:0.61:153
chr9	127557152	rs7856071	G	T	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=591;ReadPosRankSum=0.848;SC=CCACCCGCCTGGGCCTCCCAA;SOR=1.974;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=34;WE=127557160;WS=127557142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr9	127561559	rs2281923	C	T	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.543;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.26;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr9	127563364	rs913231	G	A	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	127566378	rs7874348	A	G	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=31;PP=1131;SC=TGCAGACAACACCCTCCAGGG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=127566386;WS=127566368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	127572710	rs7020260	C	G	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=59;PP=1580;SC=CTGTGCTCCCCGGAGAGGGGC;SOR=2.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=76;WE=127572718;WS=127572700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	127618776	rs2274970	A	G	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=28;PP=1106;SC=TCCACCGTACACATCTGGGAC;SOR=0.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=68;WE=127618784;WS=127618766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	127618839	rs10760381	C	G	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=39;PP=1587;SC=GGACACAGTGCCAACATCAGC;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=85;WE=127618847;WS=127618829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	127619037	.	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=643;ReadPosRankSum=1.492;SC=ACAAGACCATCCACATCTGGA;SOR=0.790;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=51;WE=127619045;WS=127619027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,58:0.28:204
chr9	127619553	rs10819000	C	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=200;SC=GAAGACTCATCTCATATTTTG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=127619561;WS=127619543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	127619625	rs35041146	G	GC	1067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=8;PP=716;SC=TTCCTGACATGCCCCCCTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=22;WE=127619633;WS=127619615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	127619922	rs944952	T	C	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=28;PP=913;SC=CCAACCACCTTAGATGGTGCC;SOR=1.146;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=127619930;WS=127619912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	127620480	rs10593927	CAT	C	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=426;SC=GCAGGCCACACATGTCACTAA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=127620489;WS=127620470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	127637215	rs581558	T	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.52;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	127643946	rs2304957	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GGTGACCACAAGGGCGTCAAA;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=127643954;WS=127643936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr9	127644882	rs596231	G	A	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=47;PP=1550;SC=AAAGCCAATCGTTAGATGCAT;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=88;WE=127644890;WS=127644872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr9	127651384	rs117067893	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr9	127652662	.	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr9	127661521	rs750884	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.93;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	127661526	rs750883	A	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.03;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	127674200	rs583134	A	C	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=613;ReadPosRankSum=-0.601;SC=AGTTCTTGCAAGTGTTCTTCT;SOR=0.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=43;WE=127674208;WS=127674190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr9	127733926	rs2289631	C	T	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=21;PP=820;SC=TTCTGTTAAACGTGCAGTTAG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=127733934;WS=127733916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	127757310	rs6478690	C	T	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	127764305	rs764304	G	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=-1.172;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr9	127765856	.	G	GA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.101;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,19:0.19:100
chr9	127765978	rs4837005	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=0.309;SC=TTCTCTAATATTTCGTTACAG;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=127765986;WS=127765968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr9	127818298	rs11792367	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr9	127934350	rs2416954	A	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr9	127951072	.	C	CAATAATAATAATAATAAT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr9	127951863	rs466994	G	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=200;ReadPosRankSum=0.072;SC=CTGGAGAAAGGAAGGGCCGGC;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=18;WE=127951871;WS=127951853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr9	127962916	rs501963	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=5.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=311;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GGTCTATCACGGTCTCGGGCA;SOR=3.258;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=20;WE=127962924;WS=127962906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr9	127962972	rs10986636	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.634;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=402;ReadPosRankSum=1.511;SC=CGGGTGCAAAGAACGGGGAAG;SOR=1.448;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=35;WE=127962980;WS=127962962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,39:0.25:157
chr9	127965400	rs59356323	A	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-3.796;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr9	127969785	rs420423	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=26;ReadPosRankSum=-1.024;SC=AATGGAAAGAGCACACTACTG;SOR=0.839;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=6;WE=127969793;WS=127969775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr9	127969830	rs55736103	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=82;ReadPosRankSum=0.218;SC=TGAATACATCCTTCCTTTGGC;SOR=0.521;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=8;WE=127969838;WS=127969820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr9	127975583	rs359588	T	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.54;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	127975583	.	TCA	CCA,CCG	88	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12,6;NR=4,3;PP=42,88;QD=4.7982007842;SC=ATGACCCTCCTCAAGTGTGCC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=16,9;WE=127975593;WS=127975573;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.89:18
chr9	127975585	.	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.64;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
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chr9	128206717	rs907501	C	G	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=13;PP=787;SC=GGCCATGCCGCAAACAGCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=128206725;WS=128206707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	128209870	rs10986761	G	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CTCGCTAGCAGCCCTGTTTCG;SOR=1.371;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=128209878;WS=128209860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr9	128246786	rs2070113	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=-2.768;SC=ACTTGTAATGGTGGCTGCTAA;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=9;WE=128246794;WS=128246776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr9	128327891	rs545320	A	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr9	128724304	rs888230	A	C	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=295;ReadPosRankSum=0.053;SC=ACTTTTTCTCATCTCCCTGCC;SOR=0.479;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=18;WE=128724312;WS=128724294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
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chr9	129138963	.	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=0.996;SC=GTACGCTTGGTTACTCAATTA;SOR=0.671;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=8;WE=129138971;WS=129138953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
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chr9	129143434	.	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=158;ReadPosRankSum=-1.679;SC=TTCACAAGATCATTTTCCAAA;SOR=0.654;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=18;WE=129143442;WS=129143424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr9	129158002	rs722538	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=525;SC=GGTGTCTTGCGTTGTCCTGTG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=129158010;WS=129157992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	129183952	rs147012800	TC	T	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.625;NF=12;NR=1;PP=449;ReadPosRankSum=-2.145;SC=ACTTCCAAATTCCTTGAGAGG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=13;WE=129183960;WS=129183942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr9	129184091	rs2286888	T	C	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=932;ReadPosRankSum=-1.915;SC=TCTTGGGGAATGCTCCTTGTA;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=67;WE=129184099;WS=129184081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,108:0.74:146
chr9	129246177	rs2286886	T	C	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=27;PP=969;SC=GGTGTTACCATTGTCATGCAT;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=54;WE=129246185;WS=129246167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	129265271	rs28562924	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr9	129265334	rs28641758	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=306;ReadPosRankSum=0.922;SC=CCAGCTGCGCCATGTCAAGAT;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=25;WE=129265342;WS=129265324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,26:0.29:90
chr9	129265397	rs45520335	G	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=694;ReadPosRankSum=0.288;SC=GGCTGTGGAGGGGTTTCCCTA;SOR=0.703;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=57;WE=129265405;WS=129265387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,89:0.34:261
chr9	129377855	rs1336980	G	C	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	129595895	rs3118994	T	C	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=28;PP=917;SC=TCTCAGCCACTGACAAGCTGT;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=129595903;WS=129595885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	129728336	rs480796	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=281;SC=TATATGCCCAGCAAGAGGGGA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=129728344;WS=129728326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	129740101	rs10819259	G	T	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=28;PP=821;SC=CTGTTAGAGTGTCTCAGTTTC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=129740109;WS=129740091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	129740143	.	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=0.677;SC=GCATGTTATCCATTTAAACCC;SOR=0.665;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=17;WE=129740151;WS=129740133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr9	129831455	rs3832609	AC	A	1013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=8;PP=830;SC=ACAGTTATCCACTCTTTAGCT;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=129831463;WS=129831445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	129831659	rs1281158	T	A	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=33;PP=1083;SC=TTGGCTTATTTTTTTTTAAGA;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=129831667;WS=129831649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	129854199	rs2297866	G	A	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=24;PP=781;SC=AGTATTCGCCGTCAATGTTCC;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=129854207;WS=129854189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	129928600	rs946430	A	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=159;SC=ATTTTAATATATCGAGCATCA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=129928608;WS=129928590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	129930892	rs2297865	A	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=18;PP=1100;SC=TGATTTCTATACTTCTCATCT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=51;WE=129930900;WS=129930882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	129940379	rs3739556	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=710;SC=GTGTTACCAATCCCAGGGATG;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=129940387;WS=129940369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	130080231	rs56067901	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=238;ReadPosRankSum=1.251;SC=CATTCCCCTTGAGGAGAAAGA;SOR=1.106;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=14;WE=130080239;WS=130080221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr9	130083140	.	T	G	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=21;QD=13.9428031368;SC=ATAATCCTTATCCTGGGATGC;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=130083148;WS=130083130;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr9	130087508	rs62578844	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=1.612;SC=ACACATTGCGCGGAAAGAACT;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=12;WE=130087516;WS=130087498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr9	130094526	rs10987596	T	G	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=653;ReadPosRankSum=-1.022;SC=TAAAATTAACTGTAACACCTT;SOR=0.739;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=48;WE=130094534;WS=130094516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,80:0.73:109
chr9	130100305	rs3802370	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=-2.353;SC=AGCGCTGGTCGAGAATGACTC;SOR=0.624;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=17;WE=130100313;WS=130100295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr9	130117861	rs58473776	C	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGTTTAGTAGCCAACTAGGGA;SOR=0.551;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=130117869;WS=130117851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr9	130149403	rs4837149	G	A	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=131;SC=TGCAGTGATGGCAGGAGGGCC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=130149411;WS=130149393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	130155257	rs4074695	T	G	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=167;SC=GAGGGTTTGGTGAGCCAAACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=130155265;WS=130155247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	130155331	rs7864853	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=472;SC=GTACTCCCAAAGATCCTCTTA;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=130155339;WS=130155321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	130160769	rs10987633	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.135;SC=TTTCATCCCTGGCTTCGGGTC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=130160777;WS=130160759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr9	130164818	rs3802367	T	C	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=249;SC=GCCAGCCTCCTCCACCCACCC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=130164826;WS=130164808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	130166382	rs10819287	C	G	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.66;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr9	130167338	rs41302651	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TGTGGCGGCTCCCGGCAGGTG;SOR=0.193;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=7;WE=130167346;WS=130167328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr9	130168326	rs10987637	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TGCCTTCTCACGGATGGACTG;SOR=0.627;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=14;WE=130168334;WS=130168316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
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chr9	130191186	rs13292096	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=0.817;SC=GGTCTCCTCACAGCTGGGCCC;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=8;WE=130191194;WS=130191176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
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chr9	130198342	rs4500179	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=2.290;SC=TTTAAATCACGCATGAGTGTA;SOR=0.869;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=10;WE=130198350;WS=130198332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr9	130206295	rs142661397	AT	A	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.625;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
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chr9	130212876	rs2247322	T	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
chr9	130213508	rs2244624	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=-1.729;SC=CACGCGCGGCAGGGCCGAGGG;SOR=0.947;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=19;WE=130213516;WS=130213498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr9	130216951	rs2244218	G	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=1.147;SC=CCTCCGCACTGCCCCCAACAA;SOR=0.765;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=5;WE=130216959;WS=130216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr9	130219669	rs2243906	C	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,83:0.32:262
chr9	130219743	rs2243903	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=6.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr9	130221388	rs2243767	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,39:0.28:138
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chr9	130241374	rs56957982	G	GCA	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=0.865;SC=CCTCTTACACGCAGTCTGCTG;SOR=0.752;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=4;WE=130241382;WS=130241364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr9	130241822	rs1539569	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.478;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=0.346;SC=CCTGGCTGCATCCCCCAGCCA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=4;WE=130241830;WS=130241812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr9	130242051	rs56160932	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=1.186;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr9	130242109	rs1539568	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=146;ReadPosRankSum=0.573;SC=CCCCTACCTCCGGCTGCAGGA;SOR=0.905;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=15;WE=130242117;WS=130242099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr9	130242166	rs1539567	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=0.573;SC=GCGCCACCTCAACGCAGAGCG;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=25;WE=130242174;WS=130242156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,28:0.23:122
chr9	130248180	.	G	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=571;ReadPosRankSum=1.332;SC=CCAAGACCGTGGGATGAGAGC;SOR=0.600;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=32;WE=130248188;WS=130248170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr9	130251512	rs2245677	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr9	130253286	rs5900748	G	GA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=1.273;SC=GCACGTCCATGCCCCAGGAAC;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=130253294;WS=130253280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr9	130258160	rs2249052	A	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=41;ReadPosRankSum=-1.815;SC=TTATGTTATAAATATTCAAAC;SOR=0.283;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=6;WE=130258168;WS=130258150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr9	130259428	.	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=-0.651;SC=ATTTCCAGCAGGAGGTGTCGA;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=130259436;WS=130259418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr9	130259618	rs2248822	A	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=318;ReadPosRankSum=-1.579;SC=AGCCAGGTACAAGCACAGCTC;SOR=0.815;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=26;WE=130259626;WS=130259608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr9	130269353	.	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.731;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=194;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GTTGAGCAGGGGGCCGGCTGG;SOR=0.943;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=16;WE=130269361;WS=130269343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
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chr9	130286150	rs2251409	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=-1.727;SC=CCTGATGAGCAGCTGCCCTCT;SOR=0.275;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=9;WE=130286158;WS=130286140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
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chr9	130493513	rs482095	A	G	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=722;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GCCTCAGCAAAACTGAGTATG;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=41;WE=130493521;WS=130493503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
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chr9	130494667	rs534652	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=-2.074;SC=TCCCTCAGCCGCCTTCTGGGT;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=4;WE=130494675;WS=130494657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr9	130494811	rs515182	T	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=-0.823;SC=GGGGTGAAGCTGCCCGGGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=13;WE=130494819;WS=130494801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr9	130494957	rs538066	T	C	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=38;PP=1113;SC=TTGATCTGCTTGCCACCCGTG;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=70;WE=130494965;WS=130494947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	130495633	rs564754	C	G	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=760;ReadPosRankSum=-0.497;SC=AGTGGCCCCCCCACTGTGCCC;SOR=0.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=56;WE=130495641;WS=130495617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,74:0.65:113
chr9	130495890	rs3739812	A	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CTCCCCCAACACCAGACCTCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=130495898;WS=130495880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr9	130500945	rs41276214	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=158;ReadPosRankSum=0.851;SC=TCACAGTGTCCTTGGGGTGCT;SOR=0.657;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=130500953;WS=130500935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr9	130502238	rs7852090	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=1.877;SC=TCCTGGAAGCTGAGGTGCAGG;SOR=0.560;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=9;WE=130502246;WS=130502228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr9	130511581	.	GG	AA	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=457;ReadPosRankSum=2.632;SC=CTGCCCTTGGGGCCTGAGGGG;SOR=0.831;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=15;WE=130511590;WS=130511571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr9	130512071	rs2233500	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=1.178;SC=AGAGGACCCAATGAACAGAGA;SOR=0.064;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=130512079;WS=130512061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr9	130513469	rs2233499	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GGATGCGGCCATGGTACCAGG;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=130513477;WS=130513459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr9	130513777	rs7036428	A	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr9	130533361	rs60419096	T	C	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1247;ReadPosRankSum=0.730;SC=TCCCTGATGCTAACCCCGCCC;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=78;WE=130533369;WS=130533351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,143:0.68:209
chr9	130536717	rs10760500	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=0.576;SC=AGGTTGGAGAGACTCCCAAAG;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=17;WE=130536725;WS=130536707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr9	130548589	rs11403971	G	GC	681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.392;NF=0;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=-1.542;SC=GGATGCCCGGGCCCCCCCCGA;SOR=0.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=130548597;WS=130548579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr9	130549763	rs3217738	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=455;ReadPosRankSum=-2.297;SC=GTACTGCGCTCACTCTTGACC;SOR=0.673;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=34;WE=130549771;WS=130549753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,58:0.79:73
chr9	130550044	rs3217740	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=0.699;SC=GGTGCTTCCTCGGGGCCTGCC;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=15;WE=130550052;WS=130550034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr9	130550819	rs140058017	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=147;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GCTCTTCTTCCCAGGGGAGCG;SOR=1.802;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=8;WE=130550827;WS=130550809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr9	130550917	rs143718708	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=477;ReadPosRankSum=0.794;SC=AGGGCAACACGGAGCAGCACC;SOR=0.845;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=31;WE=130550925;WS=130550907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr9	130566539	rs7856096	A	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=416;ReadPosRankSum=0.093;SC=GCCTTAACCTACTATCTGGGC;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=32;WE=130566547;WS=130566529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr9	130566668	rs34330923	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=706;ReadPosRankSum=0.389;SC=CCATGGAACTGTACCTGGCAC;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=49;WE=130566676;WS=130566658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,73:0.54:134
chr9	130571225	.	AT	A	225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.640;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr9	130572046	rs200893897	G	A	152.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=150;ReadPosRankSum=1.501;SC=TGCGCACACCGCCAGCAGCGC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=130572054;WS=130572036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr9	130572123	rs7027767	A	G	77.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	130575515	rs35789560	C	T	3771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;PP=1705;ReadPosRankSum=1.018;SC=GGTCCTGCTCCGCTGCCTGGA;SOR=0.803;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=85;TCR=93;TR=115;WE=130575523;WS=130575505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,179:0.67:268
chr9	130578404	rs10760503	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=0.615;SC=GTGCTGGCCCATGTGGGCTTT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=130578412;WS=130578394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr9	130579599	rs1330684	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr9	130581049	rs34828244	T	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=399;ReadPosRankSum=1.589;SC=GGAGGAAGTGTGGGCTGAGGT;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=35;WE=130581057;WS=130581039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr9	130586657	rs36092484	G	A	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=707;ReadPosRankSum=0.201;SC=GACATGAGCAGCTCCGGGCTA;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=51;WE=130586665;WS=130586647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,94:0.67:140
chr9	130605348	rs7847860	C	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=-0.353;SC=TGAGCCCCCACCCGACCCTGC;SOR=2.041;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=7;WE=130605356;WS=130605338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr9	130630233	rs4226	G	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.540;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr9	130630639	rs913986	A	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=8;PP=475;SC=AGGCGATGACAGGTTCTGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=130630647;WS=130630629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	130630749	rs8192462	C	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-0.131;SC=GTCATGGTCTCAGGGCCTGCG;SOR=1.096;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=11;WE=130630757;WS=130630739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr9	130634944	rs743537	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=0.569;SC=ATCCCCTGCCTCTCACCCCAC;SOR=0.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=10;WE=130634952;WS=130634934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr9	130635540	rs2767398	A	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=14;PP=901;SC=GTCAGGGAAGAGAGGGTGCTC;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=130635548;WS=130635530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	130648680	rs913983	G	A	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	130649111	rs4837202	G	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=426;SC=GGTGAGCGCTGGCAGGGTCCT;SOR=2.636;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=130649119;WS=130649101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	130652979	.	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=198;ReadPosRankSum=1.360;SC=GGGAGAGACGGCATATGCTTC;SOR=0.681;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=17;WE=130652987;WS=130652969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,40:0.31:127
chr9	130657020	rs5900777	GC	G	704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=413;SC=CAGGCTCAGCGCCCCCACCTC;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=130657028;WS=130657010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	130670652	rs1043012	A	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=3;PP=619;SC=CGGCATGGCGACTGGCAGGAC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=130670660;WS=130670642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	130670903	rs10760511	C	A	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=33;PP=945;SC=AGAACCCACTCGCCTCCGGCC;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=130670911;WS=130670893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	130672106	rs7026378	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=1067;SC=TATCTGTGCTATGGTCACCCA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=130672114;WS=130672096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	130672221	rs10739700	C	T	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=59;PP=2224;SC=CCGGCCTGGCCGGTCTGACCT;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=124;WE=130672229;WS=130672211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr9	130690412	rs10760515	G	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=693;SC=CGGGGCCCAGGGCAGCCTGAT;SOR=1.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=130690420;WS=130690402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	130698029	rs7997	G	C	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	130698043	rs6781	A	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=22;PP=757;SC=TCAGCATCACATAGGAGATGA;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=43;WE=130698051;WS=130698019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	130699917	rs2274424	G	A	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=16;PP=723;SC=AGATGGTAGAGGGCTGACTAG;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=130699925;WS=130699907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	130700251	rs6478802	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=567;SC=CGCCTCCTCTTCTTTGCATAT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=130700259;WS=130700241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	130707081	rs2274426	A	G	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=31;PP=1414;SC=CATCTGTGAAATCCTGGCTCT;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=75;WE=130707089;WS=130707071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	130710726	rs4837212	A	G	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=53;PP=1604;SC=CTATGCCCTGACCACCCACAG;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=130710734;WS=130710716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	130710791	rs4837213	T	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	130715922	rs2417062	A	G	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=60;PP=2024;SC=AGTTGACTGCAGAATCCCAGG;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=110;WE=130715930;WS=130715912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	130829039	rs1539350	A	G	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=18;PP=785;SC=GGCCACCGCCACCACTGCCAC;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=130829047;WS=130829029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	130854127	rs10739712	A	G	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=2;PP=111;SC=AGTCGCCATCAGAGGCGTTTG;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=130854135;WS=130854117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	130860866	rs947624	T	C	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=23;PP=925;SC=TGTGCCTGTATGTGCCGGTCA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=130860874;WS=130860856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	130861039	rs947623	A	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=34;PP=969;SC=GGAGAGGCGCATTCAACCGGT;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=56;WE=130861047;WS=130861029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	130864676	rs7859709	T	C	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=56;PP=1940;SC=CGATGACCATTGACTGGAACG;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=118;WE=130864684;WS=130864666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	130868312	rs7864867	G	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=377;SC=GGCTCACCACGAGTTCCTTAC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=130868320;WS=130868302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	130868831	rs1418420	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=110;SC=TTTAGAAACCTCCTCCCAGCA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=130868839;WS=130868821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	130869499	rs4837239	A	T	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=51;PP=2025;SC=GGTCGGGGGGAGCGGACAGAA;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=102;WE=130869507;WS=130869489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	130883511	rs2040004	C	T	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=25;PP=1145;SC=GGTCATCGAACGCATCCAGCC;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=130883519;WS=130883501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	130884753	rs13283456	C	T	3837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,185:0.71:261
chr9	130886906	rs4837241	A	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=99;SC=TTAACAAGACACTCTGGGCAT;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=130886914;WS=130886896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	130889571	rs4837242	A	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=6;PP=287;SC=TTTTACACAAAAGAATACAGA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=130889579;WS=130889561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	130889600	rs4837243	C	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=8;PP=433;SC=AGACTTCAGACCAAGTCACTC;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=130889608;WS=130889590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	130889705	rs4837244	G	A	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=28;PP=938;SC=TCCCCGGCCGGGCCAGGCCTT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=130889713;WS=130889695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	130890034	.	G	A	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	130890449	rs11283643	A	AGGTGCGCGGC	3310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=1282;ReadPosRankSum=-0.610;SC=ACCCGGCACCAGGTGTTGCGG;SOR=1.046;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=46;WE=130890459;WS=130890439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chr9	130914170	rs11794980	C	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=15;PP=586;SC=GACCCCTCACCGTCCACGCCT;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=130914178;WS=130914160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	130914434	rs2232629	A	G	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=24;PP=903;SC=GGTGTCTGCCAGCCACTCACT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=130914442;WS=130914424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	130922952	rs1539351	G	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=9;PP=283;SC=CCCCGTGAGAGCTGCAGGTCA;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=130922960;WS=130922942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	130931586	rs10987905	C	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-1.412;SC=TCCAGACCCGCTGTGAGTTTG;SOR=0.555;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=11;WE=130931594;WS=130931576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr9	130932396	rs144699223	AAC	A	2049.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=1170;ReadPosRankSum=0.751;SC=CCTGAATGACAACAGTCAAAG;SOR=0.773;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=28;WE=130932405;WS=130932386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr9	130940121	rs4075428	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=264;ReadPosRankSum=3.078;SC=ATCTGCCAACGTTGTCTCATC;SOR=1.099;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=19;WE=130940129;WS=130940111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr9	130940822	rs3892074	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.164;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=532;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CAAGAGCTGCCTTCTCCGTCC;SOR=0.120;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=26;WE=130940830;WS=130940812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr9	130941741	rs11788797	C	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=0.958;SC=CAAAGAGGCCCCAGGGGCTCC;SOR=0.458;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=5;WE=130941749;WS=130941731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr9	130942972	rs45585631	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=1.594;SC=CATGTCCCTCTGAAGGGCCAG;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=12;WE=130942980;WS=130942962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr9	130981064	rs3003602	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=-1.328;SC=TGGCCACGCACCTCTGCGTGC;SOR=1.501;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=130981072;WS=130981054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr9	130982416	rs3003606	C	T	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=8.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,137:0.70:196
chr9	130984430	rs3003608	C	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=513;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CCCTTCCTGGCCCTGTGACCA;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=32;WE=130984438;WS=130984420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr9	130984755	rs3003609	C	T	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=1502;ReadPosRankSum=0.366;SC=TCCAGCAGTTCGCCGTAGACT;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=99;WE=130984763;WS=130984745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,157:0.69:226
chr9	130984809	rs35048348	C	T	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=4.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.240;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,53:0.27:197
chr9	130986557	.	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-0.434;SC=CAGACATGGCCTTTGAGACCA;SOR=0.574;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=10;WE=130986565;WS=130986547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr9	130988616	rs3003612	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=1.322;SC=CACTCATGACCCCTCCAGGCC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=130988624;WS=130988606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr9	130994179	rs3003578	C	T	131.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=0.623;SC=GCTCCAGGGGCTGTGTCCCTG;SOR=1.863;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=130994187;WS=130994169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr9	131001692	rs10987942	G	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=640;ReadPosRankSum=-1.955;SC=GGTGTCTTTTGCGCTTGCCCA;SOR=0.595;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=53;WE=131001700;WS=131001682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,93:0.30:315
chr9	131001846	rs34036148	CGT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr9	131001921	.	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=751;ReadPosRankSum=-2.220;SC=CTAGGTTAACCCTCTGGGTCC;SOR=0.663;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=48;WE=131001929;WS=131001911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr9	131015279	rs2267958	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=0.125;SC=CTCACAGCATGTGTGTGCACG;SOR=0.628;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=11;WE=131015287;WS=131015269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr9	131020795	rs112603354	GCCT	G	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
chr9	131027982	rs7871866	G	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=280;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TGGAATGAGAGAGGTTGAGAT;SOR=0.853;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=20;WE=131027990;WS=131027972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr9	131038503	.	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=325;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CCCACCTCGGGAGAGGGGCGG;SOR=0.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=20;WE=131038511;WS=131038493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr9	131040874	rs56203622	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=0.743;SC=CTATTGAGCATTGTCCCATCA;SOR=1.071;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=14;WE=131040882;WS=131040864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr9	131073995	.	GG	AA	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=972;ReadPosRankSum=0.187;SC=ATGTTTTGGAGGGATCCCCAT;SOR=0.751;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=28;WE=131074004;WS=131073985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,70:0.62:113
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chr9	131085373	rs3003601	G	C	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=53;PP=1375;SC=CTGCAGAAAGGGCTGTTGGCC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=92;WE=131085381;WS=131085363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr9	131218213	rs10819384	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr9	131235321	rs4512487	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr9	131255236	rs62584804	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr9	131287352	rs10988014	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=473;SC=AGTATCAATTCGTTGAATGTG;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=131287360;WS=131287342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	131287573	rs138310419	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=500;ReadPosRankSum=0.949;SC=CAGAGCCTGCGAAGACAAGAG;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=34;WE=131287581;WS=131287563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
chr9	131300143	rs7048583	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=214;SC=CTGCCCTGTGGCAGGTGCTAG;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=131300151;WS=131300133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	131331320	rs2152833	C	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=7;PP=134;SC=AGAAGTTACCCGAATCCTGCC;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=131331328;WS=131331310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	131337389	rs2297768	C	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=6;PP=216;SC=AACATGGCTCCGTCCCTAATG;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=16;WE=131337397;WS=131337379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	131337661	rs2297769	A	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=384;SC=TCACAACATTATTATGTTAAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=131337669;WS=131337651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	131340306	rs4837280	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=6;PP=341;SC=ATTTGAGAACATAGAATTCAG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=131340314;WS=131340296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	131340639	rs1890103	T	C	164.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=72;SC=TCACAGGTGTTTCTCATCATG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=131340647;WS=131340629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	131344607	rs5900808	GA	G	311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=359;SC=AAAGTTATGAGAAAAAATGTC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=131344615;WS=131344601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	131346218	rs10760566	A	C	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.587;SC=AGAAACATGCACTGCTAGAGG;SOR=0.275;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=65;WE=131346226;WS=131346208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr9	131346479	rs4240431	A	G	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	131347165	rs4836615	G	A	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.48;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	131347169	rs4837284	C	T	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	131350112	rs4837286	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=169;SC=CAGAGTTTAAAATAAGATTTA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=131350120;WS=131350102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	131351322	rs62584843	G	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=-0.328;SC=AAATGAGAAGGCTTAGAATTC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=131351330;WS=131351312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr9	131360750	rs2227864	C	T	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=7;PP=261;SC=CTGAAGGTCTCATGGCAGAGG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=131360758;WS=131360740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	131374165	rs7024498	C	G	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=38;PP=1129;SC=AGGAAGATGACCACCGTCACT;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=131374173;WS=131374155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	131375701	rs1415568	A	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=586;SC=GCAAAGACCTAGCTTCTGTGA;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=131375709;WS=131375691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	131379967	rs2227862	C	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	131380149	rs3750332	C	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=9;PP=362;SC=GTTCATGACCCCTCAGTCCAA;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=131380157;WS=131380139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	131380994	rs4837290	T	C	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=103;SC=GATCTCCTGATCTCGTGATCT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=131381002;WS=131380986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	131388643	rs3737308	C	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=529;SC=CTGGCGACTCCGCCAACTCAG;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=131388651;WS=131388633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	131389060	rs10694437	C	CAA	925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=676;SC=CACGACAAGACGAGCAGGATG;SOR=1.931;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=131389068;WS=131389050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	131392553	rs7866175	G	A	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=19;PP=653;SC=CTGAGCTCTCGGCCAGCTGGG;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=131392561;WS=131392543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	131397479	rs4837291	G	A	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=30;PP=977;SC=CCTTCCCGTCGGTGGCCACAC;SOR=1.105;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=46;WE=131397487;WS=131397469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	131398343	rs947182	T	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=249;SC=CACAGCCCCCTGTCCTGGCCC;SOR=1.061;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=12;WE=131398351;WS=131398333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	131398636	rs10760570	C	T	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=27;PP=990;SC=CGGCCGACGGCTGCTGGGGAC;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=131398644;WS=131398626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	131403096	rs2298045	A	G	4007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=61;PP=1779;SC=TGGGTATGTCATACTGGGACG;SOR=1.085;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=99;WE=131403104;WS=131403086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	131418828	rs4837292	A	C	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	131452121	.	C	CG	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	131452126	.	GCC	G	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	131452137	.	C	CG	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	131453331	rs4837293	G	A	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=5;PP=182;SC=TGGAACGCTTGCCTTTGTACT;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=131453339;WS=131453321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	131455760	rs10739728	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	131455903	rs4836618	C	T	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=19;PP=656;SC=AAAGCTCTTCCGGTATTCATT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=131455911;WS=131455893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	131456385	rs10637043	G	GTA	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.48;ReadPosRankSum=2.491;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr9	131465167	rs1572915	A	G	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	131465284	rs3750321	G	T	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	131468251	rs1572916	T	C	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=48;PP=1426;SC=GAGACACCATTCCAGCCTGCA;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=131468259;WS=131468241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	131475951	rs4837297	T	C	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=32;PP=743;SC=TCTGACTTGGTGGGACCCTGG;SOR=1.318;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=47;WE=131475959;WS=131475941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	131477544	rs7854055	G	A	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=20;PP=784;SC=GGTATGGGACGGGATTGGGGG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=131477552;WS=131477534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	131479023	rs10739729	T	C	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=44;PP=2236;SC=CTCTCTCCTGTAGCCTGTACT;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=109;WE=131479031;WS=131479013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	131482467	rs3750325	T	C	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	131483749	rs2900268	T	A	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=19;PP=813;SC=CCGCAACCACTGACCCCAGGG;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=39;WE=131483757;WS=131483739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	131484526	rs10988105	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=1.060;SC=GGACTGAGGGCGGCTGTGTAT;SOR=0.392;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=131484534;WS=131484516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr9	131497832	rs3750329	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr9	131502112	rs2298044	A	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=340;SC=GACCAGAAGGAAGGTGGGAGC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=131502120;WS=131502111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	131502440	rs3818931	G	C	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=40;PP=1343;SC=CACTCCCCCAGTTTCTCTTCA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=131502448;WS=131502430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	131502460	rs7027146	G	T	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=40;PP=1156;SC=AGATACCAGCGGCAGGACCCC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=131502468;WS=131502450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	131504787	.	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=156;ReadPosRankSum=1.876;SC=AGGAGGAAGGGGGCAGCGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=131504795;WS=131504777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr9	131505092	rs10739731	A	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=445;SC=TCTAGGAACTATCTAGAGGTA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=131505100;WS=131505082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	131513370	rs13284665	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=0.292;SC=GGGGAGGGACAGGAGGCCAAG;SOR=0.892;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=11;WE=131513378;WS=131513360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
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chr9	131550722	rs1891076	C	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=17;PP=442;SC=GGTTTCCCTACAGCAGCCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=131550730;WS=131550712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr9	131565554	rs1572912	T	C	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.39;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,78:0.74:106
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chr9	131580998	rs2293969	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr9	131585205	rs2997919	T	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=142;SC=GCCCGAGACCTGGCCCACTGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=131585224;WS=131585195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr9	131586913	rs4836630	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr9	131586918	rs2997917	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr9	131587240	rs2293968	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.118;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=0.217;SC=CAGGGGTTGGGGAACCTTCCA;SOR=1.392;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=8;WE=131587248;WS=131587230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
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chr9	131588813	rs6478853	C	G	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1394;ReadPosRankSum=3.741;SC=GGAGTGACCCCCTTACTGTGG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=94;WE=131588821;WS=131588803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,126:0.66:190
chr9	131588888	rs6478854	G	C	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=781;ReadPosRankSum=-1.394;SC=CCCAACTCCTGTGAATTCCCC;SOR=0.965;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=42;WE=131588896;WS=131588878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,68:0.64:107
chr9	131589234	rs2977991	C	G	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=13;PP=1359;SC=GTGGACGGGGCCATGGTGAAG;SOR=2.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=131589242;WS=131589224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	131591894	rs112086410	G	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=307;ReadPosRankSum=-1.285;SC=ACCTTCGGGGGCTTCCGGCCT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=15;WE=131591902;WS=131591884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr9	131592193	rs2997906	T	C	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=61;PP=1900;SC=GCTGCAGGGGTACGCGGGCTG;SOR=1.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=80;WE=131592201;WS=131592183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	131599008	rs2759009	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr9	131600111	rs2280841	T	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=222;ReadPosRankSum=2.253;SC=GCAGGTGGCATGGGGTGGTAC;SOR=0.912;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=20;WE=131600119;WS=131600101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr9	131602897	.	AT	A	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.427;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr9	131608879	.	CAAAA	C	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.480;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr9	131670457	rs3750320	T	C	4341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=56;PP=2025;ReadPosRankSum=-2.789;SC=TCTGCATGTATACACTGTGGT;SOR=0.495;Source=Platypus;TCF=81;TR=115;WE=131670465;WS=131670447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,198:0.67:295
chr9	131670919	rs3750319	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,58:0.32:182
chr9	131689361	rs751340	G	A	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=43;PP=1477;SC=TCTTGTCTGCGGAAGAGTGTG;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=131689369;WS=131689351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	131699847	rs12686860	G	A	137.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	131700209	rs10113912	C	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=106;SC=CATTCCTTCCCCTGATAGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=131700217;WS=131700199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	131702891	rs2273866	A	G	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=32;PP=971;SC=GTGTGTCAAGAAGGATGGTCC;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=131702899;WS=131702881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	131715001	.	C	CA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr9	131718489	rs113720142	T	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	131735559	rs17452428	T	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=15;PP=452;SC=AAGCTGTCTCTACTGCCCAGC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=131735567;WS=131735549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	131743077	.	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=1.502;SC=ATCTTTTTTGCTTTCCACATT;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=131743085;WS=131743059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr9	131743701	.	CT	C	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
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chr9	131761437	rs2004632	A	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=438;SC=TGGCCCACCCAGTATTCTTTC;SOR=1.352;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=26;WE=131761445;WS=131761427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	131761659	rs2302813	A	G	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=25;PP=732;SC=ACAGCCAGGCAGGGCTTCCTT;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=131761667;WS=131761649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	131761899	rs2302811	A	G	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	131764969	rs12683155	A	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=398;SC=TGGTGGCCAGACAGTGGCTGT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=131764977;WS=131764959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	131765987	rs10739740	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=263;SC=AAGAATACACTTGGGGCCGGG;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=131765995;WS=131765977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	131767668	rs2287363	A	C	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=42;PP=1877;SC=CCTCCTCCTCAAAGCAGCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=131767676;WS=131767658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	131771505	rs1129098	C	T	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=20;PP=653;SC=AGGCCTCCCCCGGAGGGGCCA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=131771513;WS=131771495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	131772389	rs3750340	T	G	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	131784786	.	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=1.047;SC=GAGGACTGCCCCTCCCCACCA;SOR=0.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=10;WE=131784794;WS=131784776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr9	131790531	rs11537529	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=91;SC=TGCTGCGGGGCACCAGCCCTC;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=131790539;WS=131790521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	131843226	.	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CTCGTTGGCTCCCAGGGGCCC;SOR=0.551;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=131843234;WS=131843216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr9	131846774	rs10988199	G	A	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=160;SC=ATCACGTATGGCTGTGACTGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=131846782;WS=131846764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	131846957	rs11541836	T	C	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=30;PP=1009;SC=GTGATCTCTCTGGCCACCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=61;WE=131846965;WS=131846947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	131848382	rs7859344	T	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=14;PP=651;SC=TGTGTCTGACTGGCTCTCACA;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=38;WE=131848390;WS=131848372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	131860901	rs3118635	G	T	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=28;PP=910;SC=AGGGGCACCAGGGGAGACCGC;SOR=0.955;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=49;WE=131860909;WS=131860891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	131862073	rs3118638	G	A	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=19;PP=1073;SC=TTCTCTATAAGCTGGTCTATC;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=131862081;WS=131862063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	131862730	rs10819462	C	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=305;SC=CAGGAAGTCCCGAGGCTGCAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=131862738;WS=131862720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	131862781	rs10988204	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.800;NF=13;NR=5;PP=248;ReadPosRankSum=0.773;SC=AAGCCCTGCCGGGCCTCACCT;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=18;WE=131862789;WS=131862771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr9	131863079	rs7866897	T	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=275;SC=CATTTGTACCTCTCTGGGATG;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=131863087;WS=131863069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	131871144	rs2768629	A	G	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=526;SC=CTACAAAGTGAGTGAGCAGAA;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=28;WE=131871152;WS=131871134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	131871249	rs2541163	A	C	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=109;SC=GCTGTGGTGGAATCGGGGGTT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=131871257;WS=131871239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	131871435	rs2541162	A	C	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=9;PP=465;SC=GGGAGTCAGGACAAAAGGTAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=131871443;WS=131871425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	131873222	rs3814492	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=3;PP=131;SC=AGGGCCGAGGGCGAGTCATTG;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=131873230;WS=131873212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	131873638	rs3124501	T	G	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=3;PP=130;SC=CGTCGCCCGGTTCCGCGCGTC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=131873646;WS=131873635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	131881492	rs10819466	G	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=4;PP=86;SC=TGGCCAGCCTGGTCTTGAACC;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=131881500;WS=131881482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	131882706	rs3124504	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr9	131882761	rs9409311	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.17;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	131882961	rs3739843	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=159;SC=GACGGGCGGTGAGTTCCTGGC;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=131882969;WS=131882951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	131891152	rs7023900	C	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=2;PP=110;SC=GGGGAGAGTTCCCAGTAGGGG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=131891160;WS=131891142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	131897221	rs7019373	C	T	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=127;SC=GAGGGGCCATCTGTTTCCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=131897229;WS=131897211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	131898880	rs1536548	A	G	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=28;PP=865;SC=GATAGGTACTAGAGCGGGAGG;SOR=1.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=41;WE=131898888;WS=131898870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	131899846	rs3118631	T	C	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=11;PP=353;SC=TGGTTCTGAATGCTGGGGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=131899854;WS=131899836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	131900180	rs2297112	G	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	131904617	rs57365080	T	TTG	448.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.535;NF=4;NR=4;PP=365;ReadPosRankSum=1.508;SC=GCGTGTGCGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.346;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=8;WE=131904625;WS=131904607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr9	131904827	.	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=593;ReadPosRankSum=-1.387;SC=ATGTATAAGGCCGAGGTGAGT;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=40;WE=131904835;WS=131904817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
chr9	131905814	rs913272	T	C	125.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=41;SC=CGGGGAAGGGTGCCAGAGGCC;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=131905822;WS=131905804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	132084885	rs913771	A	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=31;PP=832;SC=GGGTGAGGGAAGCAGAGAGAA;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=132084893;WS=132084875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	132374678	rs3087721	T	C	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=431;ReadPosRankSum=-0.177;SC=ATGGTACCCCTTAGGGCAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=29;WE=132374686;WS=132374668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr9	132381749	rs4240434	G	A	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	132382253	rs7467760	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=374;SC=ATCCTTCTAGCCTGGGTGGTG;SOR=1.931;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=132382261;WS=132382243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	132396281	rs10819551	G	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=474;SC=AGGAAGGGCCGCACGTGCGGT;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=132396289;WS=132396271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	132396655	rs1558873	A	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=15;PP=462;SC=ATAAGGTGTCAGGACCAGGGC;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=132396663;WS=132396645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	132400480	rs3739851	G	A	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=53;PP=2049;ReadPosRankSum=1.933;SC=AGTTGTAGGCGGCTCCGGACT;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=132400488;WS=132400470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr9	132401824	rs2302780	G	A	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=18;PP=522;SC=GGTCCTATCTGTCCGCATTCT;SOR=0.950;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=31;WE=132401832;WS=132401814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	132402908	rs2241247	C	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=12;PP=702;SC=GGGCGTTGCTCACGCCTTCCT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=35;WE=132402916;WS=132402898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	132404304	rs4837396	C	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=17;PP=464;SC=GCAGCAGGGCCGTCGCGCTTT;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=132404312;WS=132404294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	132484782	rs1051445	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.443;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=77;ReadPosRankSum=0.276;SC=TTGAGGCCCCTGCAGCCGGGC;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=132484790;WS=132484772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr9	132515081	rs2241271	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=1.133;SC=ACCTTGGCCATGTTTCCCTAT;SOR=0.914;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=13;WE=132515089;WS=132515071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr9	132515247	rs11792431	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=271;ReadPosRankSum=1.322;SC=AGAGCAGGAAGGCCGGGAGGG;SOR=1.602;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=18;WE=132515255;WS=132515237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr9	132565726	rs151251684	GGGGGGCGC	G	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=2.491;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr9	132569442	rs2302820	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TTCGCATCCTGTTTCTTCTTT;SOR=0.673;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=13;WE=132569450;WS=132569432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
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chr9	132581221	rs10988526	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=1.525;SC=GGGGAAAAAGCGAACACAAAG;SOR=1.426;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=21;WE=132581229;WS=132581211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr9	132585058	rs2296793	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.997;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,21:0.21:101
chr9	132586468	rs13300897	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr9	132618578	rs4836674	T	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	132618807	rs7862315	G	A	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=548;SC=CAAAGTCAGCGAATCCTGGGC;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=132618815;WS=132618797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	132620224	rs2417150	A	G	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=17;PP=754;SC=TGTGGCCCCTATTCAGGAGAG;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=42;WE=132620232;WS=132620214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	132620364	rs10819568	T	C	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=32;PP=878;SC=GAGAATCCTTTGCTGACCACA;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=59;WE=132620372;WS=132620354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	132620458	rs10819569	C	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.47;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	132620464	rs10760638	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	132620620	rs2174156	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=279;SC=AAGCAAAATTTGAGCTTCCGG;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=132620628;WS=132620610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	132620707	rs2134601	T	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=11;PP=579;SC=CTTGTTAGGCTAGAGTGCCCT;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=132620715;WS=132620697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	132620990	rs2174157	T	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=655;SC=GGTGTCTGTTTCTGGGTCAGT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=132620998;WS=132620980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	132623293	rs1503375	C	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=34;PP=1159;SC=AGTCAGAGGACGATGACCTGA;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=132623301;WS=132623283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	132623817	.	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,51:0.36:141
chr9	132623868	rs10115249	T	C	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=41;PP=1164;SC=ACATGAACGCTGCCCTGCAGG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=132623876;WS=132623858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	132623917	rs10124224	C	A	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=34;PP=1034;SC=GTCCGAGGGCCGAGAGCTGTC;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=132623925;WS=132623907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	132625417	rs4837419	CA	TG	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=233;SC=TAAACTGCCGCATGCCTCATT;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=132625426;WS=132625407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	132625602	rs2900279	T	C	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=33;PP=1013;SC=TCCCTAGCCTTGGGCGGTGTG;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=65;WE=132625610;WS=132625592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	132627480	rs913319	C	T	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=714;SC=TGTCAGGAAACGCCACACTCT;SOR=3.442;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=132627488;WS=132627470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	132627503	rs750466	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=366;ReadPosRankSum=0.760;SC=TCCAGCCTGACGGGCTGGCTG;SOR=0.915;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=24;WE=132627511;WS=132627493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr9	132627723	rs913320	G	A	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=35;PP=874;SC=TGACTTTGACGCCAAAACCAG;SOR=1.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=47;WE=132627731;WS=132627713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	132630231	rs913325	A	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=468;SC=GGCGCTGGAGACTGGTTCCTC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=132630239;WS=132630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	132630664	rs10602985	TGAC	T	2472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.17;NF=2;NR=20;PP=1067;SC=TGGCTGCCCTTGACGACCAGC;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=22;WE=132630674;WS=132630654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	132631680	rs6478920	T	C	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	132632162	rs5900871	G	GC	571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=596;SC=CATGGGCTGGGCCTGTCCTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=132632170;WS=132632152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	132635653	rs1809959	A	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=21;PP=946;SC=ATGAGCCACCATGCCCAGCCA;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=132635661;WS=132635643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	132635944	rs2296787	C	G	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=36;PP=1193;SC=GCCCTGATGCCGGACACTGAT;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=132635952;WS=132635934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	132636031	rs4332226	A	G	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.599;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.72;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr9	132636031	.	AGT	GGC	1510	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=23;PP=1510;QD=44.6705107103;SC=GAGGTGAGCCAGTGGCCTCGG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=35;WE=132636041;WS=132636021;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,35:0.90:39
chr9	132636033	rs4415421	T	C	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.617;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.95;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr9	132652677	rs60841376	G	GGA	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=317;SC=GGAGCATGCTGGAGAGAGAGA;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=132652685;WS=132652667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	132658044	rs2047837	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=4;PP=429;SC=GTAACAGTCATGGTTGTGGGG;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=132658052;WS=132658034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	132658078	rs71738364	G	GT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr9	132662585	rs10988544	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=0.926;SC=CAGGTCAATCGCAACAGACAT;SOR=0.260;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=132662593;WS=132662575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr9	132662786	rs1023000	C	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=26;PP=718;SC=CGCCTGCTCGCTGCGTGCTGG;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=132662794;WS=132662776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	132671359	rs3215850	T	TG	301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=247;SC=CCTGCAGCCATGGGGGGTGCA;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=132671367;WS=132671349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	132672319	rs7855720	G	A	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=35;PP=1310;SC=TCCCTTTTCAGAAGCAGCTGC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=132672327;WS=132672309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	132678195	rs7867211	G	A	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=21;PP=841;SC=TAAAAGACACGCCAGAAAACC;SOR=0.881;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=132678203;WS=132678185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	132681277	rs5900875	C	CT	79.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr9	132681619	rs1054874	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=283;SC=CAAAATCTTTCGGTCAACTTT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=132681627;WS=132681609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	132686186	rs4836680	A	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	132689671	rs4837429	A	G	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=40;PP=1153;SC=ATTATTAAACAAAGTTGTTTT;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=132689679;WS=132689661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	132720720	rs11394970	G	GA	921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=18;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=9;PP=514;SC=CAAAAAAAAAGAAAAAAAAAT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=25;WE=132720728;WS=132720710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	132816398	rs5900882	T	TC	2437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=28;PP=1372;SC=CCGAGGCCACTCCCCGGGTTT;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=34;WE=132816406;WS=132816388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	132838063	.	C	CTT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.976;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
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chr9	132845723	rs7855078	T	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GTCCCCAAGATTATTTTGTTT;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=132845731;WS=132845713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr9	132845986	rs10819597	T	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=507;ReadPosRankSum=1.726;SC=CATACATGCATGCACAGACAC;SOR=0.937;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=37;WE=132845994;WS=132845976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr9	132848653	rs11399718	C	CT	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=288;SC=AATTAGCATGCTTCTATGCCG;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=8;WE=132848661;WS=132848643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	132854482	rs10988589	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=243;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GAATAAGGGATGATATGTTTC;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=20;WE=132854490;WS=132854472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr9	132862830	rs10081664	AA	TC	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=695;SC=TAATTTCCCAAATGGGTCCAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=132862839;WS=132862820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	132862945	.	TC	AT	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=653;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GGCTTCCCTATCGAAGGCTGG;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=19;WE=132862954;WS=132862935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr9	132863035	rs2277196	G	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=0.150;SC=CAAGACAAGGGGGGTGGGCAA;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=132863043;WS=132863025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr9	132866883	rs7868997	T	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=501;SC=TCAAGCCCAATAGCTGAACTG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=132866891;WS=132866873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	132866906	rs887536	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=383;SC=CATTCCCAAACTGATCTCAGT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=132866914;WS=132866896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	132871091	rs146664980	TAGGTTCTTTTCAGTGGCTTTAAGC	T	1084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.505;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,32:0.29:110
chr9	132872686	rs4837460	A	G	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=17;PP=683;SC=GAGCGAATCTAAGAGCAGGAA;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=36;WE=132872694;WS=132872676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	132887249	rs11316087	TA	T	129.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=68;SC=TCTTGGTAAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=132887257;WS=132887239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	132891113	rs2286794	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.35;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr9	132891115	rs7853219	T	C	309.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	132897231	rs1003416	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=1.343;SC=CCTAATCACCGTGCTGTGGCA;SOR=0.516;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=28;WE=132897239;WS=132897221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,42:0.38:110
chr9	132962801	rs7037407	A	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr9	132962816	rs7022964	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr9	132963115	rs887534	T	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GAGCAGGCCGTTGCCCGGGGA;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=13;WE=132963137;WS=132963105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr9	132963129	rs887535	G	A	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=7;PP=509;SC=CCGGGGACATGGCCGTGGGGA;SOR=1.402;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=27;WE=132963137;WS=132963105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	132963350	rs4837482	T	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=14;PP=447;SC=GTCCAGCTGCTCAGGATGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=132963358;WS=132963340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	132988709	rs2277200	T	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=13;PP=566;SC=TCCAGGAGGGTTCCAAGGCAG;SOR=1.067;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=132988717;WS=132988699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	133230045	.	C	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.821;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr9	133230440	rs76392629	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.902;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr9	133233852	.	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=151;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GAGCAAGAGGGAAGTGGCGCT;SOR=0.884;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=18;WE=133233860;WS=133233842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr9	133236138	rs199552416	ACCAT	A	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=2;PP=144;SC=CATCCATCCAACCATCCATCC;SOR=1.022;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=133236149;WS=133236128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	133260005	.	C	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=375;ReadPosRankSum=-0.943;SC=GGCCGTCAGTCGTGCAGGGAT;SOR=0.399;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=20;WE=133260013;WS=133259995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr9	133260316	rs7858563	T	G	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=39;PP=1123;SC=CCCGCACAGATCAGCTCTGAG;SOR=1.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=133260324;WS=133260306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	133260353	rs11244109	G	A	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=751;SC=ACGGGCCCCAGGAGCCTGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=34;WE=133260361;WS=133260343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr9	133264059	rs35750041	GC	G	296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=170;SC=GTGCCGTGTTGCCCCCCCCCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=133264067;WS=133264049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr9	133269857	.	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=435;ReadPosRankSum=-1.224;SC=GTGATGCCCAGGGCACCCCCC;SOR=1.148;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=28;WE=133269865;WS=133269847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr9	133270740	rs6597641	T	C	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=28;PP=661;SC=TGCAGGTGGGTGCCAGGCAGG;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=133270748;WS=133270730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	133280580	rs1475732	C	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=340;SC=CGGGTACAGACAGCCAGAACT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=133280588;WS=133280570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	133281691	rs11244201	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=271;SC=GGTCTTCCAACGTGGCCCTAT;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=133281699;WS=133281681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	133283255	rs10736862	A	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=301;SC=CTGAAGTCCAAGTTCTACTTC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=133283263;WS=133283245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	133284310	rs10793975	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=399;SC=CTGACCATCCGCAGGACTGAG;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=133284318;WS=133284300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	133294244	rs13294886	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=154;ReadPosRankSum=0.164;SC=CCACTGGAGAGCCCACACCCA;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=14;WE=133294252;WS=133294234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,21:0.25:84
chr9	133305719	rs45564443	A	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=370;ReadPosRankSum=0.664;SC=TACCAGTGCCACAACCTCCAG;SOR=0.736;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=115;TCF=67;TCR=48;TR=37;WE=133305727;WS=133305709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,43:0.28:152
chr9	133305911	rs11244308	G	A	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=50;PP=1334;ReadPosRankSum=2.653;SC=GTCTCTCTCCGTCCGGGTCCC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=89;WE=133305919;WS=133305901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,140:0.66:211
chr9	133307004	rs11244312	G	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=342;SC=GTGGGGCGGGGAGGCAGGCTC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=133307012;WS=133306994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	133308780	rs1006615	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=-0.969;SC=CGGGCGGCCCCTCTACGCTGC;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=14;WE=133308788;WS=133308770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr9	133308960	rs12378343	G	A	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=51;PP=1762;ReadPosRankSum=0.849;SC=GCCTTGGCGCGGTCTACACCC;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=116;WE=133308968;WS=133308950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,156:0.71:221
chr9	133324400	rs11243372	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	133324502	rs10123082	A	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=284;SC=CAGATCGCTTAAGTCCAGGAG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=133324510;WS=133324492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	133325472	rs4740158	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=7;PP=336;SC=GGCTTCCACATATTTCCTGAA;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=133325480;WS=133325462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	133327439	rs1760275	T	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=690;SC=AGGTCAGGGTTCCCGGGGGTG;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=133327447;WS=133327429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	133327835	rs1615006	G	A	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=31;PP=967;SC=ACTCATTCAAGCCTGGCCTCT;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=133327843;WS=133327825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	133342270	rs11243414	A	C	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=1.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,99:0.34:293
chr9	133346920	rs652313	A	G	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=33;PP=972;SC=CCCAAACCCCATCTCCTCCCA;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=52;WE=133346928;WS=133346910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	133346983	rs641510	A	G	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=20;PP=548;SC=TGATGTATTTATAGCCTAATT;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=31;WE=133346991;WS=133346973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	133347080	rs486889	G	A	49.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.319;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr9	133364757	rs1057484	T	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr9	133488282	rs17453184	T	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.77;ReadPosRankSum=1.308;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,69:0.81:85
chr9	133498017	rs35428077	CA	C	116.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr9	133506079	.	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=223;ReadPosRankSum=0.532;SC=AGAGGAACCCCCCTCCCAACA;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=19;WE=133506087;WS=133506069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
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chr9	133710740	rs11433464	G	GC	222.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.13;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr9	133710819	rs11433463	T	TC	1640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=474;SC=GCCCCCGACGTGCTGGCGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=12;WE=133710827;WS=133710809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	133884820	rs3739512	T	G	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=42;PP=2484;SC=CGGGGGCTCATTGCCAGCGCT;SOR=1.294;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=127;WE=133884828;WS=133884810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	133911598	rs2275132	A	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=22;PP=930;SC=CCGACGTGGCAGGCCAGTTGG;SOR=0.952;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=54;WE=133911606;WS=133911588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	133911706	rs2275131	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=330;ReadPosRankSum=1.167;SC=CCGAGGCTGCCCACGAGTGTC;SOR=0.673;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=27;WE=133911714;WS=133911696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,46:0.33:140
chr9	133911821	rs2275130	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=358;SC=CTCCTGGGTACGCCCCGGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=133911829;WS=133911811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	133914570	rs2293518	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.897;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,57:0.37:156
chr9	133924451	rs869457	C	T	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=12;PP=615;SC=CTCTGAGCACCCCCCACAATG;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=133924459;WS=133924441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	133927878	rs10901333	A	G	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=15;PP=658;SC=TTGTCTTCAGAGAAGTTCCTG;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=30;WE=133927886;WS=133927868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	133928345	rs12349966	C	T	5651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=64;PP=2254;SC=CCGGCCCCAGCCCTGCCGGTC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=126;WE=133928353;WS=133928335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr9	133936381	rs3824398	G	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=19;PP=929;SC=CCATCTCTGGGCATTCTGGGT;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=133936389;WS=133936371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	133936571	rs3739510	C	G	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=37;PP=1154;SC=CCCAGAGAGCCGGGAGGTGGT;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=133936579;WS=133936561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	133942624	rs3765569	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=28;PP=740;SC=CCAGGGTGGCACATGGTGGGC;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=133942632;WS=133942614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	133944522	rs2275142	C	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	133944525	rs2275141	A	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	133948049	rs2275140	A	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=4;PP=220;SC=GCAGATGATGAGCCTCGAGGG;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=133948057;WS=133948039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	133962930	rs7024108	C	T	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=53;PP=1448;ReadPosRankSum=-0.207;SC=ACCAGCCAGACGCAAGCCACG;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=66;TCR=75;TR=101;WE=133962938;WS=133962920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,133:0.72:185
chr9	133963058	rs6597675	C	A	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=40;PP=1450;SC=CCTGGCAGCCCGGGTGGGGAC;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=133963066;WS=133963048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	133967240	rs818056	T	C	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.080;NF=20;NR=21;PP=485;ReadPosRankSum=-2.064;SC=GGGTGCACACTACCCCACAGG;SOR=0.524;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=41;WE=133967248;WS=133967230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,56:0.37:151
chr9	133967295	rs710074	C	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.081;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.861;NF=10;NR=29;PP=618;ReadPosRankSum=0.175;SC=TGTGAACTCGCCCCCGTGTGG;SOR=0.320;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=39;WE=133967303;WS=133967285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr9	133967310	rs10696088	T	TCA	1389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.940;NF=1;NR=23;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.163;SC=GTGTGGATAGTCACTCCCTGC;SOR=0.321;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=24;WE=133967318;WS=133967300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr9	133981634	rs77108388	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=411;ReadPosRankSum=0.753;SC=ACAGCTGCTTGCTGGCTCTGC;SOR=0.773;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=28;WE=133981642;WS=133981624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr9	133986836	rs353528	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=221;SC=CTCCAAGGGGCGACAGGAAGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=133986856;WS=133986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	133986848	rs353527	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=4;PP=289;SC=ACAGGAAGCCGGGGTGAACAA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=133986856;WS=133986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr9	133987060	rs353525	G	A	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=26;PP=773;SC=GGTAAGCTGGGGCGGGCTGCC;SOR=1.000;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=44;WE=133987068;WS=133987050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	133996460	rs353511	T	G	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.96;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
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chr9	134010236	rs16922	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
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chr9	134015899	rs2281902	C	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.543;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr9	134020092	rs103612	C	T	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1004;ReadPosRankSum=0.410;SC=AGCAATGAAGCCCTCCTTCCC;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=73;WE=134020100;WS=134020082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,110:0.59:188
chr9	134021630	rs2296710	A	G	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=3.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,97:0.28:341
chr9	134062609	rs77246077	T	A	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=859;ReadPosRankSum=2.235;SC=GAAGGTTGGCTTGAGAATGAA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=61;WE=134062617;WS=134062599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,89:0.62:144
chr9	134064345	rs2274427	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=-0.763;SC=TTGCTTATTTTAAATTATATT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=10;WE=134064353;WS=134064335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr9	134067795	rs4602942	G	A	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=437;SC=AGTTCTTACCGTGGCAGTAAT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=134067803;WS=134067785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	134074288	rs139339892	G	A	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=419;ReadPosRankSum=0.119;SC=CCAAAGCAACGCTCCTGCTTT;SOR=0.994;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=32;WE=134074296;WS=134074278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,60:0.40:150
chr9	134076950	rs56349054	C	CA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr9	134136248	rs9966	G	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=7;PP=339;SC=GCGGCTGCCCGTACTTGGGCC;SOR=1.143;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=134136256;WS=134136238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	134136515	rs352952	A	G	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=50;PP=1925;SC=CCCGGTAGATATTGGTGAGCT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=99;WE=134136523;WS=134136505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	134136677	rs352951	A	G	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=27;PP=884;SC=AGTTCACCCCATCCGAGTCGC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=134136685;WS=134136667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	134140113	rs7859822	C	T	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr9	134183379	rs2966332	C	T	5016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=63;PP=2190;SC=CCGTACGAGACGAGCCCCAGC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=121;WE=134183387;WS=134183369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	134183503	rs2986606	T	C	3919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=49;PP=1725;SC=TGCCCCTGCGTGTGCTGCTGG;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=105;WE=134183511;WS=134183493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	134305594	.	C	T	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=488;ReadPosRankSum=0.494;SC=ACTCGACTCTCAGCCTGTTTG;SOR=0.518;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=37;WE=134305602;WS=134305584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,70:0.69:101
chr9	134323240	rs2994064	A	C	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	134330322	.	T	G	52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=56.3;NF=3;NR=0;PP=52;QD=28.9237375157;SC=TGTTGGTCAGTCTGGTCTCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=134330330;WS=134330318;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	134330340	.	T	A	75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=26;MQ=57.38;NF=5;NR=1;PP=75;QD=18.2952020912;SC=CAAACTCCTGTCCTCATGATC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=134330348;WS=134330330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	134346424	rs77664147	G	C	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=57;PP=1690;SC=TAGCGTGGTGGTCAAGGGTGT;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=82;WE=134346432;WS=134346414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	134350231	rs17458486	C	T	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NR=50;SC=GGGACAAGAACGGGAGCCCCA;SOR=0.824;Source=Platypus;TCR=51;WE=134350239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	134350647	rs10793873	T	C	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr9	134358108	rs2275498	A	G	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=21;PP=1038;SC=ATTCAGAACAAGGCTCTGGAC;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=134358116;WS=134358098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	134358579	rs76680280	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=49;SC=CGTCCTGTCTCCTGTGCCGTG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=134358587;WS=134358569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	134358657	rs10901061	G	C	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=69;SC=TTTTGAGTCGGGGAAACTGCA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=134358665;WS=134358647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	134365978	rs137880301	C	A	3310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1302;ReadPosRankSum=1.904;SC=GCCCAGCCCCCCTACCCCATC;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=86;WE=134365986;WS=134365968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,156:0.64:243
chr9	134367015	rs45445092	C	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=575;SC=GGCCTTGTGTCACCAACTTTT;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=134367023;WS=134367005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	134367409	rs189843433	C	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=0.566;SC=AAACTGGGCCCTGGTGCCAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=134367417;WS=134367399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr9	134367743	rs4740253	G	T	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=353;SC=AGGGAGAGCCGCCAGAGACCT;SOR=1.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=134367751;WS=134367733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	134371165	rs41296113	C	T	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=28;PP=944;SC=GCCTGGGAGCCGTGAAGCTGC;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=52;WE=134371173;WS=134371155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	134386675	rs4740163	T	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.94;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	134386781	rs4740164	G	A	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	134390993	rs77373739	C	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=217;SC=CCGGAGCACTCCCTAACACAG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=134391001;WS=134390983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	134394610	rs749590	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.78;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	134394610	.	GGG	AGA	310	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=1;PP=310;QD=51.9239821232;SC=TCATTTGACCGGGCAGTCTTG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=134394620;WS=134394600;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr9	134394612	rs749591	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.78;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	134404199	rs4740260	A	G	209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=143;SC=GTATGTGGCCATAATGAGCCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=134404207;WS=134404189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	134406071	rs7867616	C	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=27;PP=797;SC=TGGAACCGCTCGTCCTGTGAC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=134406079;WS=134406061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	134433417	rs28731115	C	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=101;SC=CCCACCGCCCCCTCCTGCCCT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=134433425;WS=134433407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	134433463	rs4740167	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=305;SC=TGGGCAGGGGTGACCTGGCCC;SOR=1.302;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=134433471;WS=134433453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	134455796	.	G	A	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=861;ReadPosRankSum=-0.088;SC=GACGGGTTAGGCAGCCTGTTA;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=60;WE=134455804;WS=134455786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,86:0.66:130
chr9	134465398	rs3818581	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=14;PP=397;SC=AGCCATGTGGTCGGCTGAGGG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=134465406;WS=134465388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	134467578	rs3215862	GA	G	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=12;PP=474;SC=AATCTAGAGGGAAAAAACAAT;SOR=0.735;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=16;WE=134467586;WS=134467568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	134473517	rs2296950	T	C	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=20;PP=1399;SC=CAAGATCACATTCTTCTCTGC;SOR=1.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=134473525;WS=134473507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	134477387	rs3842210	AG	A	411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=350;SC=CTGCTCAGGCAGGCCTCATGA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=134477395;WS=134477377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	134479293	rs7037668	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=7;PP=576;SC=GGGAGGGCAGAGCCCAAGCCC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=134479301;WS=134479283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	134480272	rs72054278	GGT	G	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.447;NF=0;NR=6;PP=175;ReadPosRankSum=0.975;SC=CATGTGCAGGGGTGTGTGTGT;SOR=0.789;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=134480281;WS=134480262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
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chr9	135073967	rs3739930	C	T	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1122;ReadPosRankSum=1.298;SC=AGTACTTCTACGCCATCTCCA;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=76;WE=135073975;WS=135073957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,129:0.56:231
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chr9	135153673	rs11243705	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr9	135158690	rs34073320	C	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr9	135202829	rs543573	T	C	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=36;PP=1213;SC=GGTACAAATATGTCAGAATTC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=135202837;WS=135202819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	135203231	rs1183768	C	T	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=61;PP=2044;SC=CTATTCTGTCCTTTTTTGGCA;SOR=0.889;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=105;WE=135203239;WS=135203221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	135203409	rs1185193	A	C	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=29;PP=1045;SC=TTCCCACAAGATCTCTCTTAT;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=135203417;WS=135203399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	135206460	rs9411449	A	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=5;PP=324;SC=TTTCAGGATTATAATTGTATA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=135206468;WS=135206450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	135211609	rs111938515	AAC	A	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=382;SC=CAGCCTGGGCAACAGAGTGAG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=9;WE=135211618;WS=135211599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	135221597	rs497650	G	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=241;SC=AATTCTTATGGTACTAAAATA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=135221605;WS=135221587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	135224885	.	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-0.360;SC=GTGTCAAGAATAGGTACACTT;SOR=0.892;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=5;WE=135224893;WS=135224875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr9	135263573	rs556386	G	T	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=45;PP=1409;SC=TGCCATAGTAGATACGCCGAC;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=135263581;WS=135263563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	135265876	rs471890	T	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=447;SC=CTAGACACGATTGTTCTTGAC;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=135265884;WS=135265866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	135267618	rs150644972	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-0.368;SC=AAATGTTTTACAAGTTTAAAC;SOR=0.929;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=12;WE=135267626;WS=135267608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr9	135271987	rs1166321	T	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	135272061	rs5900975	GT	G	128.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr9	135273507	rs569288	G	A	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=7;PP=943;SC=ATGGTCAAAGGGTGATTGTTT;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=135273526;WS=135273497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	135273518	rs13298007	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.497;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr9	135273607	rs504525	C	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	135273759	rs5900976	G	GA	852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=803;SC=TGTTAATAATGACAAAAGCAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=18;WE=135273767;WS=135273749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	135276710	rs553323	C	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=283;SC=CAAATCTCCACCTCAAAAATA;SOR=1.230;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=13;WE=135276718;WS=135276700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	135276784	rs66478129	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=0.565;SC=TAAAGAGGTATCGGCAGAATC;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=7;WE=135276792;WS=135276774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr9	135277007	rs3739916	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.014;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,46:0.31:148
chr9	135470176	rs306549	C	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr9	135470414	rs306547	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=-1.472;SC=ACCTTGGCGATGTCGGCCTCC;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=16;WE=135470422;WS=135470404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
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chr9	135507628	.	T	TACACACACACACACAC	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.385;QD=24.37;ReadPosRankSum=2.128;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr9	135522454	rs140712462	AAAGT	A	3170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.685;NF=6;NR=18;PP=1157;ReadPosRankSum=2.295;SC=ACCTTGGATAAAAGTAAGAAG;SOR=0.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=24;WE=135522465;WS=135522444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,79:0.69:114
chr9	135522573	rs3824573	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=1.414;SC=GGGTATCACCAAGTCCCAGCA;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=17;WE=135522581;WS=135522563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr9	135538050	rs35918594	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CCTCACTGGACGCTTGGTATT;SOR=0.614;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=12;WE=135538058;WS=135538040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr9	135538807	rs2583805	G	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=138;ReadPosRankSum=0.832;SC=GCCTGATTGCGGATTACAGGC;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=16;WE=135538815;WS=135538797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr9	135544857	rs373110082	T	TAA	863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.30;ReadPosRankSum=0.341;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr9	135601354	rs396819	T	C	192.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=131;SC=TGGCCTGGCCTGGAAGCAGGG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=135601375;WS=135601344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	135601367	rs396801	G	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=226;SC=AAGCAGGGGAGAAAGGGACCC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=135601375;WS=135601344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	135602727	rs1999121	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=279;SC=ATAATCGTCCTTCAGTGGTCA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=135602735;WS=135602722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	135603108	rs139398120	TCC	T	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=115;SC=AGAGCCTGTGTCCCCCCAACC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=135603117;WS=135603098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	135702490	rs13299768	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr9	135703371	.	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=2.084;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr9	135730078	rs214640	T	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CCTTTTCCTTTGACAAAAGCA;SOR=1.112;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=10;WE=135730086;WS=135730068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr9	135739214	rs2285938	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.097;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr9	135739226	rs2251448	T	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.07;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	135750547	.	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr9	135763816	rs2073869	C	T	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=957;ReadPosRankSum=1.444;SC=GCGCAAGGTGCTGCAGCACGT;SOR=0.568;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=63;WE=135763824;WS=135763806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,91:0.69:132
chr9	135764081	rs1062218	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=1.909;SC=ACTGGTACCCATGGACCCTGC;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=7;WE=135764089;WS=135764071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr9	135764162	rs146375638	C	CT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=3.067;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr9	135776034	rs1076160	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.834;SC=CTATGCCATGCGGGAGACATA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=135776042;WS=135776024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr9	135776341	rs7020438	C	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr9	135776845	rs7020175	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=210;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GACTATGGGGGCAGCAGAACC;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=135776853;WS=135776835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr9	135777121	rs11243931	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=399;ReadPosRankSum=0.096;SC=AGTTTGAGGAACACCAACAGG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=22;WE=135777129;WS=135777111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr9	135780006	rs67465842	TACACTGG	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=196;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGGAGAAGCCTACACTGGACA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=135780020;WS=135779996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr9	135781563	rs10901220	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=2.011;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr9	135782026	rs7870151	C	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=0.381;SC=AAGAAAAATCCAGCAAGCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=135782034;WS=135782016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr9	135782221	rs7862221	T	C	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=592;ReadPosRankSum=-0.217;SC=CAGGTGGCTCTTCTGAAGAGA;SOR=0.931;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=41;WE=135782229;WS=135782211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr9	135782277	rs7872606	G	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=411;ReadPosRankSum=0.961;SC=ATCCCTGTAAGTGTAAAACTG;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=29;WE=135782285;WS=135782267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr9	135786112	rs6597586	T	C	82.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	135786904	rs1073123	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.11;ReadPosRankSum=0.335;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
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chr9	135976664	rs34018822	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=848;ReadPosRankSum=1.843;SC=CCTGACCTCACCTCCCCTACA;SOR=1.474;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=51;WE=135976672;WS=135976654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr9	135976698	rs35108384	G	A	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.308;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1084;ReadPosRankSum=1.101;SC=AGCTCCTGGGGGCTTTGCACG;SOR=1.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=72;WE=135976706;WS=135976688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,94:0.68:139
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chr9	135985796	rs3761824	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=2.162;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr9	136004770	rs34429998	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
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chr9	136029645	rs35898523	G	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
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chr9	136083801	rs4310274	A	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=339;SC=CACCAGGTGGATCTGGGGAGG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=136083809;WS=136083791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	136131022	rs8176751	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=-0.370;SC=ACGGGGCTGCCGGCAGCCCTC;SOR=0.048;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=13;WE=136131030;WS=136131012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr9	136131188	rs8176749	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.433;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,44:0.24:181
chr9	136131289	rs8176748	C	T	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.181;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1427;ReadPosRankSum=-1.783;SC=AGCCGCTGCACCTCTTGCACC;SOR=1.580;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=87;WE=136131297;WS=136131279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,107:0.67:159
chr9	136131315	rs8176747	C	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=21.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,54:0.32:169
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chr9	136131347	rs8176745	G	A	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.792;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CCTCGTCCTTGGGGATGTAGG;SOR=1.460;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=59;WE=136131355;WS=136131337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,91:0.71:129
chr9	136131415	rs8176743	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=492;ReadPosRankSum=0.741;SC=CCGTAGAAGCCGGGGTGCAGG;SOR=0.558;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=36;WE=136131423;WS=136131405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr9	136131437	rs8176742	C	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=861;ReadPosRankSum=0.596;SC=TGCCGAACAGCGGAGTCAGGA;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=55;WE=136131445;WS=136131427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,75:0.53:141
chr9	136131461	rs8176741	G	A	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=1205;ReadPosRankSum=1.517;SC=CCACGCCCACGTGGTCGCGGA;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=42;WE=136131480;WS=136131451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,68:0.43:158
chr9	136131472	rs8176740	A	T	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=2015;ReadPosRankSum=-1.170;SC=TGGTCGCGGAACTCCATGTCC;SOR=0.914;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=58;WE=136131480;WS=136131451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,108:0.61:177
chr9	136131592	rs7853989	G	C	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=420;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TTGTAGGCGCGCACCTCCAGC;SOR=0.830;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=41;WE=136131600;WS=136131582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,59:0.34:176
chr9	136131783	rs8176737	C	T	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.78;ReadPosRankSum=0.822;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr9	136131783	.	CGT	TGC	519	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8;NR=13;PP=519;QD=27.2603749934;SC=AGCCGCCGGCCGTGCACCCCT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=21;WE=136131793;WS=136131773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr9	136131785	rs8176736	T	C	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.78;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr9	136131846	.	T	C	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=20;QD=18.2570708491;SC=TTGGAAGGCTTAGAGCAGCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=136131854;WS=136131836;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr9	136132754	rs8176722	C	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr9	136132873	rs8176720	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr9	136132908	rs8176719	T	TC	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=0.768;SC=AGCCAAGGGGTACCACGAGGA;SOR=0.404;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=5;WE=136132916;WS=136132898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr9	136132954	rs75179845	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=9.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr9	136133380	.	CGGG	C	1870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=964;SC=GAGGAGAGAACGGGGAAGCAG;SOR=1.055;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=22;WE=136133390;WS=136133370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	136133506	rs512770	A	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=21;PP=690;SC=AGCACCTTTGACTGGGGGTAG;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=136133514;WS=136133496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	136133531	rs4962040	A	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.887;NF=11;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=-1.129;SC=TCCTGCAAGCACAAAGCGCCG;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=26;WE=136133539;WS=136133521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr9	136133582	rs8176712	AG	A	670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=491;SC=GCAGGTAAGCAGGGGGTGTGC;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=136133590;WS=136133572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	136135108	.	G	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr9	136135137	.	GCTTCTGTCCACAC	G	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=2957;SC=GCTCCCACATGCTTCTGTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=136135157;WS=136135127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	136135195	rs549331	G	C	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=199;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=13;PP=614;SC=GACATGGGAGGCACTGAAGGG;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=136135203;WS=136135185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	136135237	rs549443	AT	GC	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=119;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=16;PP=561;SC=GCAACGAGACATGCTGCAGAT;SOR=0.804;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=35;WE=136135246;WS=136135227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	136135365	rs624601	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=20;PP=569;SC=AGTGGAAGGGACACAGCGTCA;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=136135373;WS=136135355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	136135444	rs551322	G	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=181;SC=GATGGGCCTGGCGTGGGCCCG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=136135452;WS=136135434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	136136770	rs688976	A	C	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=45;PP=1674;SC=GGGCTTAGGAACCCGTAACTG;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=92;WE=136136778;WS=136136756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	136137657	rs8176693	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=0.602;SC=GTAATTCAGGCATCACACCCT;SOR=0.958;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=13;WE=136137665;WS=136137647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr9	136150466	rs616154	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=76;SC=GCGGCCGGCCCGAAGCCTCGC;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=136150474;WS=136150456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	136150484	rs559723	A	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	136185113	.	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.949;NF=4;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=-1.683;SC=GCAGGCCAGGGAAGGGGGAGG;SOR=0.743;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=136185121;WS=136185103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr9	136199466	rs886089	G	A	4643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=51;PP=1759;SC=CTGGGCCTCCGTGGCCTCCTC;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=99;WE=136199474;WS=136199456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	136199503	rs886090	G	A	4799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=55;PP=1561;SC=TCTTTCGCCCGCAGCTCCTTT;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=94;WE=136199511;WS=136199493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr9	136201470	rs563666	C	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=179;SC=GTTAAGTCCCCATCTCATGGC;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=136201478;WS=136201460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	136211248	rs9645009	A	G	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=587;SC=CTTGCCTACAAGTAGCTGATG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=136211256;WS=136211238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	136221658	rs112887839	A	G	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=697;ReadPosRankSum=-1.556;SC=AGAGTTACGCACACCAGATGC;SOR=0.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=47;WE=136221666;WS=136221648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,79:0.69:114
chr9	136223043	rs59358281	C	G	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	136223221	.	GCCCCGCA	G	131	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=17;MQ=54.59;NF=0;NR=2;PP=131;QD=70.5;SC=CCCTCCCCGCGCCCCGCACCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=136223235;WS=136223211;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr9	136232758	rs2269894	T	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=9;PP=630;SC=AGCGTCATGTTGGTGCCCAAG;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=136232766;WS=136232748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	136234124	rs1179033	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=15;PP=643;SC=ACCACCCGCAAAGCCACTCAC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=136234132;WS=136234114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	136253408	.	A	G	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=768;ReadPosRankSum=2.040;SC=GGGCAAAGTAACAGCGGGAGG;SOR=1.006;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=42;WE=136253416;WS=136253398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,49:0.84:58
chr9	136255149	rs62575992	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=362;ReadPosRankSum=0.732;SC=AGAGCCACCACGCTGAAGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=25;WE=136255157;WS=136255139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr9	136260696	rs41306714	G	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=451;SC=TTACTTAAGGGAATACACAGA;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=136260704;WS=136260686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	136268084	rs3124747	A	G	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=777;SC=CAGCTCCCTCAAAAGCAGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=37;WE=136268092;WS=136268074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	136290809	.	T	A	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr9	136291063	rs3118667	C	T	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=949;ReadPosRankSum=-1.070;SC=CGCAGGGTGCCCCAAATATCA;SOR=0.828;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=59;WE=136291071;WS=136291053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,86:0.65:133
chr9	136291539	rs3118668	A	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=359;SC=AGGTGGTCTTAGCAAGCAGTG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=136291547;WS=136291529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	136294827	.	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=1.341;SC=CAGACCCGTCCCTCCGTCGCC;SOR=0.784;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=8;WE=136294835;WS=136294817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr9	136295290	rs3124773	A	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=34;PP=990;SC=CACGTCCCCCAAAACGTGCAT;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=136295298;WS=136295280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	136298729	rs739469	G	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=307;ReadPosRankSum=-0.017;SC=TCACCCTGCTGTCTCACCCTC;SOR=0.687;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=22;WE=136298737;WS=136298719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
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chr9	136303253	rs2028002	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
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chr9	136308542	rs3124767	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr9	136311017	rs652600	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.422;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=-0.684;SC=GCCTCGTTCTGAAAAGCATTT;SOR=1.193;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=19;WE=136311025;WS=136311007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr9	136324239	rs1055432	C	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=1.710;SC=AGTACTGGACCCTCCAATCAT;SOR=1.122;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=14;WE=136324247;WS=136324229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr9	136325071	.	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=122;ReadPosRankSum=2.059;SC=GCCGCAGCCTGAAAGCCCCGC;SOR=0.420;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=136325079;WS=136325061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr9	136325160	rs2301614	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=133;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CCTTTGTGAGGGCTGTGAGCT;SOR=0.644;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=10;WE=136325168;WS=136325150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr9	136328657	rs3124765	T	C	5454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=83;PP=2168;SC=CTCTGAACATTGCGGCCGGCG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=55;TCR=83;TR=138;WE=136328665;WS=136328647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr9	136340095	.	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GCAGGACAGCGGTGCTGTCGA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=12;WE=136340103;WS=136340085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr9	136340200	rs2073935	T	G	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=17;PP=500;SC=GGCACACGTGTGGGGCCCGTG;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=136340208;WS=136340190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	136379890	rs17758315	A	G	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=443;ReadPosRankSum=0.088;SC=AGCTGTGGACATAAGTGTAGT;SOR=0.931;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=33;WE=136379898;WS=136379880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr9	136380039	.	C	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-2.128;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr9	136385437	rs9802272	A	G	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=780;ReadPosRankSum=0.043;SC=AGGTGGTCACAGCACAAAGAG;SOR=0.778;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=52;WE=136385445;WS=136385427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,66:0.55:120
chr9	136385453	rs9802273	A	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=724;ReadPosRankSum=0.863;SC=AAGAGGCCAGAGCTGGTCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=49;WE=136385461;WS=136385443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr9	136389751	rs73553561	A	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr9	136390015	rs13300181	A	G	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=132;SC=CTGGTGTCCCAGGTCCCCAGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=136390023;WS=136390005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	136401606	rs11507717	A	C	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=12;PP=1145;SC=GTCTTGCCTGAAGCAGGCATT;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=136401614;WS=136401596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	136409580	rs9802778	T	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr9	136412170	rs2073874	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,56:0.31:178
chr9	136412236	rs2073875	A	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,71:0.31:226
chr9	136412255	rs2073876	A	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,57:0.30:190
chr9	136412296	rs2073877	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=283;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TCGAGTACATCGTGGCACAGG;SOR=0.754;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=25;WE=136412304;WS=136412286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,30:0.31:98
chr9	136412346	rs2073878	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=107;ReadPosRankSum=-1.514;SC=GTACGTGTGCCGCAGGCCTTG;SOR=2.572;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=9;WE=136412354;WS=136412336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr9	136501941	rs2797849	G	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5168;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=264;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TCTGTCACCTGTCAGTGTTTG;SOR=1.276;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=15;WE=136501949;WS=136501931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr9	136505114	rs1108580	A	G	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.436;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.50;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr9	136505241	rs1108581	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=45;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CAGCTATGACAGAGAGAAAGC;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=136505249;WS=136505231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr9	136509514	rs1611128	G	A	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=795;ReadPosRankSum=-1.003;SC=AGCAAATCCCGCCCTTCGTCT;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=58;WE=136509522;WS=136509504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,77:0.71:108
chr9	136513099	.	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=459;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CGCCTTCATCCTCACTGGCTA;SOR=0.715;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=28;WE=136513107;WS=136513089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr9	136513183	rs1611129	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-1.525;SC=CCCGCGTCCCTCAGTGGAGGC;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=136513191;WS=136513173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr9	136513203	rs1611130	C	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=-2.559;SC=CCTGGCAGGTCGTGGCCCACG;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=136513211;WS=136513193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr9	136516912	rs7862391	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.603;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr9	136517009	rs10121827	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TGGCTTCTTTTTCCTGGGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=6;WE=136517017;WS=136516999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr9	136517062	rs142682914	G	GGGTGTCT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=153;ReadPosRankSum=1.754;SC=CTCCCCACTTGGGTGTCTGGT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=3;WE=136517070;WS=136517052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr9	136517486	rs147319581	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.675;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr9	136518097	rs77905	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr9	136555629	rs886016	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-1.020;SC=GCCCCGCCCATGGCCAGGTAG;SOR=0.814;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=18;WE=136555637;WS=136555619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
chr9	136559460	rs2073817	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr9	136561303	rs2502739	A	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=378;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GGCTGTGCCCATGGAGTGACA;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=23;WE=136561311;WS=136561293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr9	136561567	rs2427998	G	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.381;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=373;ReadPosRankSum=1.740;SC=CGGGGGCTGTGTCCAACACAC;SOR=2.636;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=21;WE=136561575;WS=136561557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr9	136570005	rs2510247	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=181;ReadPosRankSum=1.329;SC=ACGGGGCACGTGGAGGGGCAA;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=136570013;WS=136569995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr9	136573648	rs495464	A	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=351;SC=GGTCCCCTGCACCAGAGTCCC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=136573656;WS=136573638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	136584196	rs2027963	T	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=0.848;SC=CTTGGCATCATCCAGAACTGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=22;WE=136584204;WS=136584186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,33:0.35:94
chr9	136590812	rs150689824	A	AAAAC	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.733;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.505;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr9	136594864	rs2427988	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=184;ReadPosRankSum=0.380;SC=AGACTGACACAGAACCCGGGG;SOR=0.955;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=20;WE=136594872;WS=136594854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr9	136596397	rs916619	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=2.062;SC=GCTGGGAACAGGGGACCCAGA;SOR=1.244;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=136596405;WS=136596387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr9	136599146	rs573904	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=201;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CCGAGGTGCCCTGTCCCTCCT;SOR=0.756;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=18;WE=136599154;WS=136599136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr9	136599315	rs2488553	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.535;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr9	136629256	rs66574029	CTG	C	1544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=22;PP=1120;SC=AAGATCGTGTCTGTGTGTGTG;SOR=1.414;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=136629267;WS=136629246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	136629298	rs2797825	A	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=22;PP=585;SC=GTGCATGTCTATGTTGGGGTG;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=136629306;WS=136629288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	136629399	rs2797826	G	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=180;SC=GGGAGTAAGAGCAACCCAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=136629407;WS=136629389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	136633606	rs9722384	G	A	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1295;ReadPosRankSum=0.770;SC=GGTCTCCGCCGATGCGGCTGT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=86;WE=136633614;WS=136633596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,154:0.68:227
chr9	136637177	.	A	ACACACGGCCCCGGCGGTCACTGCGTGAGGGC	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.43;MQRankSum=7.134;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,15:0.22:68
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chr9	136645746	rs56305812	TTCTGGCTCTGCGCACACAGGGA	T	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=2922;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AATTGGGTCTTTCTGGCTCTG;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=136645775;WS=136645736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr9	136648535	rs2488563	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=1;PP=236;SC=CCGTGGGAGATGGTGCCCGAG;SOR=2.985;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=136648543;WS=136648525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr9	136654366	rs45607334	C	T	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	136654497	rs2072059	G	A	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=27;PP=823;SC=GTCAGCCGGGGCTGGAGCAGC;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=136654505;WS=136654487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	136654553	rs10821524	A	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=20;PP=603;SC=TCGTGCACCCAAGGGAACTCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=136654561;WS=136654543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	136662928	rs7865299	A	G	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=45;PP=1800;SC=CGTAGATCAGAAGCCTGGACG;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=100;WE=136662936;WS=136662918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	136672493	rs2510246	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=349;SC=GCTGTTGCCCACCCTCTCAAG;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=136672501;WS=136672483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	136672529	rs2428089	A	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=269;SC=GGAGGGTCCCAGGGCAGCTCC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=136672537;WS=136672519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	136677365	.	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GGGTTAGAGGGGAGGGGAGGC;SOR=0.657;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=14;WE=136677373;WS=136677355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
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chr9	136907108	rs467317	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=214;ReadPosRankSum=0.607;SC=GAAGACATGGGTGCCCATGGG;SOR=1.029;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=19;WE=136907116;WS=136907098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr9	136913355	rs464826	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CGCAGTAGCGTAGGTGCTCCG;SOR=0.784;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=13;WE=136913363;WS=136913345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,21:0.24:87
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chr9	137006445	rs117926597	G	A	345.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5977;FS=3.542;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=255;ReadPosRankSum=0.062;SC=GAAATTGCCCGTGGACCCTGG;SOR=2.368;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=15;WE=137006453;WS=137006435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr9	137013582	rs28695913	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=-2.938;SC=CTTAATTTCCGAAGCTTCTCT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=14;WE=137013590;WS=137013572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr9	137017051	rs34873912	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=2.367;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr9	137019511	rs28703244	T	C	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=58;PP=2377;SC=ACGTGGGGGATGGGGAGCGGG;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=148;WE=137019519;WS=137019501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	137019776	rs28694247	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=171;ReadPosRankSum=1.280;SC=CGGGATCCAGGCTCCTGGTGG;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=12;WE=137019784;WS=137019766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr9	137021803	rs28522840	C	T	284.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9968;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=1.554;SC=CGTAGGGTGCCGTCGTCTTCC;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=137021811;WS=137021793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
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chr9	137271408	rs34133915	G	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
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chr9	137622039	rs3128598	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.05;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr9	137623555	rs3109675	T	C	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=52;PP=1153;SC=GGGGGGCTGGTGGGGCATCAT;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=62;WE=137623563;WS=137623545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	137623601	rs3124310	C	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=878;SC=CAGGGGTGGGCCTCTACGGGC;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=137623609;WS=137623591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	137623968	.	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr9	137642477	rs62574081	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=4.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,58:0.27:213
chr9	137645974	rs183083175	C	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr9	137658730	rs4842159	T	C	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=13;PP=615;SC=CCGCTGGCATTAGGCAGTGGG;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=30;WE=137658738;WS=137658720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	137659000	rs72774432	C	T	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.16;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	137659005	rs4842160	A	T	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	137659236	rs45622539	C	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=25;PP=659;SC=GGCCACTGCCCGCCTGCAGGT;SOR=1.244;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=38;WE=137659244;WS=137659226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	137660194	rs4842162	G	T	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=9;PP=494;SC=CTTGGTGGCCGACGGAGAGGT;SOR=1.136;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=29;WE=137660202;WS=137660184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr9	137671814	rs34589987	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-2.274;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
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chr9	137676745	.	T	C	59	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=59.54;NF=6;NR=2;PP=59;QD=11.7214015684;SC=GCCTGTGACCTGTCCCCTTGC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=8;WE=137676753;WS=137676735;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,8:0.33:24
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chr9	137686906	rs4072883	C	T	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=23;PP=1155;SC=GAGTGACTGACCAGCCCCTTC;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=137686914;WS=137686896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr9	137688048	rs10776902	T	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=2;PP=590;SC=CAGGCTTTGATAGCCACAGAT;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=137688056;WS=137688038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	137688577	rs3811161	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=289;ReadPosRankSum=-0.551;SC=AGGAAAGGCCATGGGGGTGGG;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=20;WE=137688585;WS=137688567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr9	137688624	rs3811160	A	G	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=658;ReadPosRankSum=0.854;SC=CCACCGGCACAGGCAGGTCAG;SOR=0.994;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=45;WE=137688632;WS=137688614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,54:0.62:87
chr9	137688657	rs3811159	A	G	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,85:0.64:133
chr9	137688780	rs142676375	GCCTGTCCCCTCCAAAACCCA	G	6731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=41;PP=2927;SC=GGCCAGCACTGCCTGTCCCCT;SOR=0.881;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=50;WE=137688808;WS=137688770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	137688863	rs72774465	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=0.876;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
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chr9	137694032	rs10858281	C	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GGAGCAAGCACAGATGTGTTT;SOR=1.127;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=14;WE=137694040;WS=137694022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
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chr9	137704533	.	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.923;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr9	137707942	rs4841934	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr9	137708803	rs3811149	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TGAAATCGCCATGTGTTTTGC;SOR=0.811;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=18;WE=137708811;WS=137708793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr9	137708934	rs10858282	T	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=286;ReadPosRankSum=-2.241;SC=GGGTAAATAATCCTGCAGGCA;SOR=0.931;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=16;WE=137708942;WS=137708924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr9	137708960	rs10776910	A	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=395;ReadPosRankSum=-1.345;SC=TTGCTGTCAAATCCCTGCATG;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=12;WE=137708981;WS=137708950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr9	137708973	rs10858283	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=395;ReadPosRankSum=-0.039;SC=CCTGCATGAAACACCCCCGCC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=12;WE=137708981;WS=137708950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr9	137709517	rs7854010	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.75;ReadPosRankSum=1.141;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr9	137709780	rs11792894	T	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=281;ReadPosRankSum=0.728;SC=CCATGGAGGCTGAGAGTGGCT;SOR=0.260;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=25;WE=137709788;WS=137709770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
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chr9	137710961	rs10745388	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=548;ReadPosRankSum=0.137;SC=GTGGCCGTGGGTCTCAAACTC;SOR=1.775;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=35;WE=137710969;WS=137710951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
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chr9	137714027	rs9697186	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr9	137715150	rs3128599	AT	TG	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=27;PP=2078;SC=GCTGTGGCTGATAGGGCCACC;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=50;WE=137715159;WS=137715140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	137717610	rs7868111	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=-1.078;SC=TGACTCTGCCTGCCTCCCTCC;SOR=0.557;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=13;WE=137717618;WS=137717600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr9	137734146	.	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=162;ReadPosRankSum=0.653;SC=GCTTCATGGGCTAGGAGCCGC;SOR=1.234;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=14;WE=137734154;WS=137734136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr9	137741411	rs139588734	G	A	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=87;PP=2529;SC=ACCTCCCAGGGAGCACAGGAT;SOR=1.275;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=130;WE=137741419;WS=137741401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	137741480	rs113454901	G	A	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.097;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.70;MQRankSum=-1.769;QD=30.05;ReadPosRankSum=0.304;SOR=2.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr9	137741585	.	A	AGGATCACACCTCCCAGGAAGCACG	4082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.65;QD=57.50;SOR=2.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	137742018	.	A	ATATCACACCTCCCAGGAAGCACGG	1373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=7.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-3.355;QD=4.46;ReadPosRankSum=2.519;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,59:0.19:308
chr9	137742124	rs62571442	G	A	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQRankSum=-10.878;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,190:0.35:540
chr9	137742496	.	TGGGATCAGACCTCCCAGGGAGCACGGGATCACACCTCCCAGGAAAGCAC	T	2258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=8.726;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,72:0.23:311
chr9	137742597	rs72502717	A	G	4880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.939;NF=81;NR=82;PP=2642;ReadPosRankSum=-1.082;SC=CGAGTGTGGGATCACACCTCC;SOR=0.594;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=242;TCF=112;TCR=130;TR=163;WE=137742605;WS=137742587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,224:0.67:334
chr9	137742694	rs72502718	T	C	4572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=1.313;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.499;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,217:0.63:344
chr9	137772792	rs3128627	C	T	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=12;PP=328;SC=GGGCCTCCTCCTGGAAACTTC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=137772800;WS=137772782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	137774545	rs3124955	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-1.514;SC=AGATGCTGAGTTGGGCAACAC;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=12;WE=137774553;WS=137774535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr9	137775139	rs3128624	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr9	137775155	rs4520243	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr9	137806417	.	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=218;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CAATGGTGGGGAGGGGCCCCG;SOR=1.201;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=16;WE=137806425;WS=137806407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr9	137808287	.	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=263;ReadPosRankSum=0.085;SC=TCAGAGCCCTCCAGGCCCACC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=24;WE=137808295;WS=137808277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr9	137968919	rs61043559	G	GAA	3862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=2106;SC=CTCTAGGAGAGGTTTTCTTGG;SOR=0.763;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=45;WE=137968927;WS=137968909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	137978552	rs4446800	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=1.084;SC=CCTGCGCTTCAGGTGGGACTG;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=137978560;WS=137978542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr9	137978638	rs695156	T	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=0.619;SC=CCTGCCTCTGTGCCTGGGCGC;SOR=0.307;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=3;WE=137978646;WS=137978628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr9	137982127	rs500461	T	C	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=14;PP=568;SC=CAGTGGTCGCTCCACAGCAGA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=137982135;WS=137982117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	137982220	rs10628208	A	ATGTG	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.08;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.420;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr9	137982232	rs56337838	T	G	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.57;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=-2.023;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr9	137982234	rs10672761	G	GTT	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr9	137988675	rs655559	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-2.126;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr9	138236031	rs914398	A	G	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=60;PP=2239;SC=CCGGACGCCCAGTCCTGGGCT;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=130;WE=138236039;WS=138236021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	138236212	rs914397	T	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=43;PP=1180;SC=ACCGCCCCAATGGGGTTGGTT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=138236220;WS=138236202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr9	138377853	rs2004074	A	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=396;ReadPosRankSum=0.348;SC=CGGCCCCTGTAGAGGGCAGTG;SOR=0.595;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=28;WE=138377861;WS=138377843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr9	138378856	rs2078266	A	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=435;SC=AGTGGACAGCAACGACAGCAT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=138378864;WS=138378846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	138379002	rs1975518	T	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=16;PP=522;SC=GGAAGGAGCCTGCCCCACCGC;SOR=0.737;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=34;WE=138379010;WS=138378992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	138387483	rs2274650	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=334;ReadPosRankSum=-0.362;SC=AAAGGAACACGGATTAATGAC;SOR=1.678;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=18;WE=138387491;WS=138387473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr9	138391299	rs7037251	T	A	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1071;ReadPosRankSum=1.131;SC=CCGACACAAATCAGTGGAGCT;SOR=0.645;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=70;WE=138391307;WS=138391289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,117:0.72:163
chr9	138391517	rs2274651	A	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=193;ReadPosRankSum=-1.506;SC=GCTATCGAGCAGTGGACGCCA;SOR=1.782;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=15;WE=138391525;WS=138391507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr9	138391774	rs2274652	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GGGGAGCGAGCGGAGGGGCCT;SOR=0.216;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=22;WE=138391782;WS=138391764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr9	138395246	rs114368209	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=0.107;SC=CACGGGGAGCGTTGCAAATTG;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=15;WE=138395254;WS=138395236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr9	138413836	.	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=0.921;QD=1.84;ReadPosRankSum=1.669;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr9	138438189	rs141004230	G	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=192;SC=AGGTGTCACTGAAGGCTGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=138438223;WS=138438179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	138438190	rs200992384	AAGGCTGGCTTCTGACCCCGTGCTCCC	A	547.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.41;QD=42.13;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	138439005	rs504061	A	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=441;SC=CCGCTGCCCGAGTGTCTCCTG;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=25;WE=138439013;WS=138438995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	138440525	rs2590500	C	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-3.345;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr9	138440525	.	CTT	GTC	357	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=58.58;NF=10;NR=2;PP=357;QD=34.2056562385;SC=CTGTCCCCACCTTGGCTCACC;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=12;WE=138440535;WS=138440515;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr9	138440527	rs2590501	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-3.400;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr9	138440641	rs2853652	T	C	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.280;NF=27;NR=18;PP=489;ReadPosRankSum=0.429;SC=GACATTTTCATGCCCCTGCAG;SOR=0.707;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=45;WE=138440649;WS=138440631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,83:0.41:200
chr9	138440726	rs3827838	C	T	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=-1.869;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,56:0.37:150
chr9	138440726	.	CCA	TCG	1014	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=16;NR=19;PP=1014;QD=30.4990821389;SC=CCCATGACCCCCATGTCCTCC;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=35;WE=138440736;WS=138440716;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr9	138440728	rs3827839	A	G	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,55:0.37:150
chr9	138440756	rs3827841	G	A	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=320;ReadPosRankSum=-2.488;SC=CGCATTCCCCGTGTGCCCCGA;SOR=0.516;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=29;WE=138440764;WS=138440746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,38:0.38:101
chr9	138453811	rs697448	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	138454301	rs3748206	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,49:0.36:136
chr9	138454643	rs62578322	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=272;ReadPosRankSum=-1.439;SC=GTGGCCACTCATCCTATTGTC;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=24;WE=138454651;WS=138454633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr9	138456062	.	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GCTTCATCTTCCTTTTGGTTC;SOR=0.569;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=9;WE=138456070;WS=138456052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
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chr9	138515929	rs12336965	G	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=0.394;SC=CCAGCTGTATGCTGGTGATAA;SOR=0.836;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=138515937;WS=138515919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
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chr9	138516128	rs61739510	C	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=630;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GGGATGCAAGCTGCTGAGGTC;SOR=0.554;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=41;WE=138516136;WS=138516118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,65:0.69:94
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chr9	138518010	rs1333240	A	G	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=29;PP=764;SC=CCCATAGGACAGGAGCGAGCC;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=138518018;WS=138518000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	138518114	rs11103106	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=0.624;SC=AGCAGGTGCCGAGCAGTAATG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=138518122;WS=138518104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr9	138523332	rs1333234	C	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=601;ReadPosRankSum=0.274;SC=TTCCTGGATACAAAGAGAAAA;SOR=0.563;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=44;WE=138523340;WS=138523322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
chr9	138523411	rs1333233	C	T	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=594;SC=TTTGGTGTTTCGTCAACATGC;SOR=1.298;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=35;WE=138523419;WS=138523401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	138555936	.	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.027;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CCCTGGGAGGGAAGACTGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=138555944;WS=138555926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr9	138556136	rs117018551	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,23:0.25:92
chr9	138557256	rs492708	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=503;ReadPosRankSum=0.951;SC=CTCTGAAGTCCGGCCCAACCC;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=32;WE=138557264;WS=138557246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr9	138586198	rs572335	G	A	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.077;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=680;ReadPosRankSum=0.020;SC=GTGCTTACGCGGGGGGACCAG;SOR=0.374;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=49;WE=138586206;WS=138586188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,69:0.68:102
chr9	138586309	rs484524	A	G	2852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1114;ReadPosRankSum=1.258;SC=CAGACCTGGAAGCGACAAGCT;SOR=0.694;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=75;WE=138586317;WS=138586299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,135:0.66:204
chr9	138586457	rs548911	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=188;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CGGGGAGAAATGCAGAGGCCA;SOR=0.512;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=17;WE=138586465;WS=138586447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr9	138586966	rs3119932	GC	AA	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=1.860;SC=ATGGCCAGGGGCCCAGCCTGG;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=7;WE=138586975;WS=138586956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr9	138587203	rs2769033	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.272;SC=GTCCACTCACACTGACCGAGC;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=138587211;WS=138587193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr9	138587220	rs2483364	T	C	59.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=1.150;SC=GAGCACCTGCTCTGCTGCCTG;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=138587228;WS=138587210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr9	138590138	rs506498	T	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=418;ReadPosRankSum=1.116;SC=ATCACCGTGATGCCGGAGGAC;SOR=0.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=29;WE=138590146;WS=138590128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr9	138590347	rs529976	C	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=626;ReadPosRankSum=1.338;SC=GAAACAAATACCTCTGGGCCC;SOR=0.322;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=42;WE=138590355;WS=138590337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,70:0.67:104
chr9	138590680	rs474061	G	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=-0.525;SC=TTCCCCAACAGGGCTTTTCTG;SOR=1.508;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=13;WE=138590688;WS=138590670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr9	138590928	rs471525	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=-1.410;SC=GCCCGAGCCCCGGGCCGAGTC;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=17;WE=138590936;WS=138590918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr9	138591230	rs558113	C	T	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=548;ReadPosRankSum=-0.289;SC=ACCCCTTGGCCGCCAGCCCAA;SOR=0.676;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=45;WE=138591238;WS=138591220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,82:0.74:111
chr9	138591266	rs559326	A	G	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=614;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CCCTGACGGTAGGGATTCTGG;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=39;WE=138591274;WS=138591256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,81:0.70:116
chr9	138594012	.	G	GA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr9	138594266	rs5901089	A	AC	560.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.7373;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=250;ReadPosRankSum=-1.664;SC=CTAACCTAAGACCCCCAAGTT;SOR=0.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=138594277;WS=138594256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr9	138606581	rs141291153	C	CGG	1000.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.666;NF=3;NR=10;PP=665;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GGACCGGGCGCGGGGTGGGGG;SOR=0.599;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=13;WE=138606594;WS=138606571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,31:0.27:115
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chr9	138648829	rs13286338	C	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=2.347;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
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chr9	138648838	.	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.788;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr9	138648847	.	A	AC	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr9	138648849	.	C	CCTCTCCCA	2978	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=13;PP=2978;QD=20;SC=CCTCCCCCACCTCCCCCACCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=13;WE=138648859;WS=138648803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr9	138648851	.	C	CTCCCATCT,CT	427.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=1178;ReadPosRankSum=-1.130;SC=TCCCCCACCTCCCCCACCCTC;SOR=0.420;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=13;WE=138648859;WS=138648803;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.36:36
chr9	138650091	.	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.867;NF=19;NR=1;PP=401;ReadPosRankSum=1.523;SC=TGCCCCATGGGCCTCAGCCGA;SOR=1.536;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=20;WE=138650099;WS=138650081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr9	138650121	rs10776842	AC	GT	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-1.582;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr9	138656783	rs55816769	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=7;PP=517;SC=CCCAGGCCCCTAACAGACAGT;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=138656791;WS=138656773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	138656838	rs41298365	A	G	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=10;PP=682;SC=CTCGCTCCCCAGGCCTGGTCG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=138656846;WS=138656828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	138657053	rs58604946	T	G	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=35;PP=1098;SC=TGAGGCCCCTTACCGTGGCCC;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=138657061;WS=138657043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	138657635	rs10117578	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	138657687	rs10120407	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=236;SC=GGCATTGACCGTCGCTCTCCT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=138657695;WS=138657677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	138657727	rs62583545	A	C	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=195;SC=AGCATTATAGACTATCCCCAG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=138657735;WS=138657717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	138660879	rs11103179	A	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=416;SC=GCATGTGCACATGTGTGACGG;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=20;WE=138660887;WS=138660869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	138660946	rs11103180	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.06;QD=38.25;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	138662106	rs74843718	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=291;ReadPosRankSum=0.389;SC=CAGCCATGGCCGAGGGTGACG;SOR=0.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=21;WE=138662114;WS=138662096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr9	138662309	rs10776844	A	G	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=51;PP=1588;SC=GCCGGGCTGCATCCACAGGGC;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=87;WE=138662317;WS=138662299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	138662360	rs56157148	T	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=33;PP=1015;SC=CTCCCCACCCTCCCGGTCAGG;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=138662368;WS=138662350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	138662962	rs7869884	G	A	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=581;SC=ACAGGCGCGCGGGACTCCCTG;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=138662970;WS=138662952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	138669261	rs914428	G	A	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=58;PP=1947;SC=CGGCAGAGACGGCCGGCAATG;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=107;WE=138669269;WS=138669251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	138676328	.	GCTCCCTCCCTCC	G	188.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.77;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	138707727	rs913342	C	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=171;ReadPosRankSum=1.317;SC=GGAGGGCGAACGCCGTCACCT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=13;WE=138707735;WS=138707717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr9	138754582	rs2039330	A	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=264;SC=CAATTGCAATAATCTAGAAAG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=138754590;WS=138754572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	138816898	rs4842048	T	C	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.44;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	138816906	rs4842049	T	C	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	138825117	rs6569	A	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=511;SC=GAGCAGGAGCAGCTGCAGCAC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=138825125;WS=138825107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	138831567	rs1044193	T	C	9006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=85;PP=2965;SC=CTATCACCTCTTTCTCGTCGA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=92;TCR=86;TR=177;WE=138831575;WS=138831557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr9	138837113	rs10776856	T	C	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=218;SC=GGCAAGAGACTCTTTCCAACA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=138837121;WS=138837103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	138837893	rs72771957	C	A	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=50;PP=1444;SC=GGTTCAGGGGCCTTATCTGAG;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83;WE=138837901;WS=138837883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	138837958	rs2297691	C	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=31;PP=911;SC=CCCTCAGGCACATCAACAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=138837966;WS=138837948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	138838140	rs7028495	T	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=12;PP=488;SC=ACAATTCCACTGCATCTGGGT;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=138838148;WS=138838130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	138838305	rs2297690	G	A	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=24;PP=669;SC=TAGAACTCTTGATTCTGAGAG;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=138838313;WS=138838295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	138839888	rs2297689	C	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=391;SC=CCTTGATGAGCTGGGGGAGCC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=138839896;WS=138839878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	138898893	rs4842070	C	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	138899253	rs56162840	G	GCA	3411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.11;NF=3;NR=42;PP=2207;SC=ACACGCACGTGCACACAGACG;SOR=1.477;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=45;WE=138899261;WS=138899243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	138899301	rs56188305	GCA	G	2032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=119;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=28;PP=1140;SC=ACACACACGCGCACACAGACG;SOR=1.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=138899320;WS=138899291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	138899311	rs56102761	GCA	G	2143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=119;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=26;PP=1083;SC=GCACACAGACGCACACACACA;SOR=2.078;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=138899320;WS=138899291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	138903671	rs9626	A	G	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=52;PP=1927;SC=GTGCCGCGGCAGGCGGGAACT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=107;WE=138903679;WS=138903661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	138904997	rs2280485	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=407;ReadPosRankSum=0.799;SC=GGCTGGGATCTGAACCCAGCC;SOR=2.077;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=30;WE=138905005;WS=138904987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr9	138905136	rs2280486	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=1.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
chr9	138905884	rs11103273	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=10;PP=276;SC=GGCGCACAGATGGGTGAGGGG;SOR=0.859;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=21;WE=138905892;WS=138905874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	138908250	rs2275107	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=0.104;SC=GGCTCTCCAGCGGCACTGGCT;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=5;WE=138908258;WS=138908240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr9	138927108	rs183405924	C	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.38;QD=24.42;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	138927183	rs149084098	T	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.52;QD=24.63;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	139008803	rs3739466	T	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=150;SC=TCCAGGCGGCTGTTGGCGTAG;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=139008811;WS=139008793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	139010319	rs1717447	A	C	51.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	139085396	.	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-1.134;SC=AACCGGAGGCCGGCGAGGTCA;SOR=0.446;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=139085404;WS=139085386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr9	139089679	rs7860634	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=0.795;SC=CCCCTGGGTCGGAGAAAGAGT;SOR=0.233;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=8;WE=139089687;WS=139089669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr9	139089717	rs7850466	TA	GC	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TGACAGGTCATAACAGGCCCC;SOR=0.307;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=139089726;WS=139089707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr9	139091460	rs2274114	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=255;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CGCCCCCCTGGGCGTGGCCTC;SOR=0.627;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=17;WE=139091468;WS=139091450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,20:0.20:98
chr9	139091651	.	G	A	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=559;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GGTGGTACACGAAGTCCTGGG;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=38;WE=139091659;WS=139091641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,66:0.75:88
chr9	139091797	rs1924521	A	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=181;ReadPosRankSum=-0.787;SC=GGTTGGAGAGAGGCAAGCGGC;SOR=0.639;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=11;WE=139091805;WS=139091787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr9	139092679	rs4842131	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CGCGAGCCAGTCTCCCCTCCG;SOR=0.527;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=12;WE=139092687;WS=139092669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr9	139096898	rs10858245	T	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=121;ReadPosRankSum=0.837;SC=GCGCTCCTCCTAGGTCAGCGT;SOR=1.284;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=11;WE=139096906;WS=139096888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr9	139110818	.	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr9	139137626	rs79849109	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=433;ReadPosRankSum=1.966;SC=GGCTGCGCGCCACCGCCGCCC;SOR=0.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=24;WE=139137634;WS=139137616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
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chr9	139258462	rs1135314	A	G	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
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chr9	139261933	rs3812555	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.90;ReadPosRankSum=2.582;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr9	139266405	rs10781499	G	A	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=582;ReadPosRankSum=-0.924;SC=CCTCATCATCGGGGTTCAGGA;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=39;WE=139266413;WS=139266395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
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chr9	139271919	rs11791262	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr9	139272058	rs10781507	A	G	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,106:0.65:162
chr9	139272502	rs3812565	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=425;ReadPosRankSum=0.546;SC=CAGGCTGGGGTAGGGGCGGCT;SOR=0.467;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=23;WE=139272510;WS=139272492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr9	139273402	rs3812567	C	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=15;PP=793;SC=GTTTGGCTGCCGCGGGGGCCC;SOR=1.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=139273410;WS=139273392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr9	139275204	rs3812570	A	C	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=709;ReadPosRankSum=-1.876;SC=GCAGAAGATGAACTGGTGGGT;SOR=1.078;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=43;WE=139275212;WS=139275194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr9	139275294	rs3812571	G	C	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=779;ReadPosRankSum=2.133;SC=CAGTATCGATGTGGAACAGCT;SOR=0.484;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=47;WE=139275302;WS=139275284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,88:0.71:124
chr9	139276407	rs34569521	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=312;ReadPosRankSum=-0.968;SC=TCTCCAGCGCCGCTGCCCACT;SOR=0.334;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=22;WE=139276415;WS=139276397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr9	139276430	rs34850728	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=-0.817;SC=GGGTGGCTCTGTGCCGTAGCC;SOR=0.250;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=18;WE=139276438;WS=139276420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr9	139276680	rs3812573	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=357;ReadPosRankSum=0.133;SC=GTGGCGTGCGCGTGGGTGTCT;SOR=1.908;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=22;WE=139276688;WS=139276670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
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chr9	139279173	rs10781510	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=1.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=417;ReadPosRankSum=2.323;SC=GCAACTTACCGACACCATATT;SOR=0.757;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=28;WE=139279181;WS=139279163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
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chr9	139301704	.	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.079;NF=7;NR=7;PP=212;ReadPosRankSum=-0.504;SC=GGAGACACGCGAGAATCAGTG;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=14;WE=139301712;WS=139301694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
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chr9	139303301	rs4487900	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=333;ReadPosRankSum=-0.447;SC=CTACTCTAGGATCAAGACTGA;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=139303309;WS=139303280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr9	139305007	rs4400498	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CTCGCCGCTGCTTCCGCTCCG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=139305015;WS=139304997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
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chr9	139305041	rs4400499	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-0.114;SC=CGTGCCTGAACGCCTTGGGCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=139305049;WS=139305031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr9	139305140	rs149055087	C	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=322;ReadPosRankSum=0.575;SC=GTGGTGCTGGCGGCGACGCGG;SOR=1.077;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=20;WE=139305148;WS=139305130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
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chr9	139316601	rs10870165	C	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=617;ReadPosRankSum=1.420;SC=GTCGTGGGGTCGCAGACCTGG;SOR=0.910;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=43;WE=139316609;WS=139316591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,59:0.61:97
chr9	139316744	rs11145974	C	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=273;ReadPosRankSum=0.653;SC=GAGAAGGGCTCAGTAGAGGAC;SOR=1.162;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=18;WE=139316752;WS=139316734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
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chr9	139324737	rs33982662	C	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=602;ReadPosRankSum=-2.491;SC=ACTTGTCTCGCCCCGGCCTCA;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=38;WE=139324745;WS=139324727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,54:0.86:63
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chr9	139326253	.	T	C	112	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=59.03;NF=6;NR=1;PP=112;QD=20.9673160782;SC=TCTCCCTCCATGCCCGCCCCC;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=139326261;WS=139326243;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,7:0.58:12
chr9	139327034	rs10870194	A	G	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=642;ReadPosRankSum=1.313;SC=CCTTCCCGTCACCTGCTGTGG;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=41;WE=139327042;WS=139327024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,57:0.63:91
chr9	139327062	rs34936112	G	A	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.09;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,61:0.64:95
chr9	139327062	.	GGA	AGG	1405	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=20;MQ=59.91;NF=17;NR=22;PP=1405;QD=37.396612176;SC=AATGGGGTAGGGACCACAGGG;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=39;WE=139327072;WS=139327052;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,39:0.63:62
chr9	139327064	rs34302850	A	G	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.09;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,61:0.64:95
chr9	139327143	rs35531907	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.797;HP=1;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=839;ReadPosRankSum=-0.699;SC=CCCCGGCAGACGCAACCCCAC;SOR=1.751;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=27;WE=139327162;WS=139327133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr9	139327154	rs34985258	C	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.159;HP=3;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=876;ReadPosRankSum=-1.000;SC=GCAACCCCACCGGGCATCCGC;SOR=1.695;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=25;WE=139327162;WS=139327133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr9	139327277	rs34619169	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=223;ReadPosRankSum=1.078;SC=CTTAGCAAGCGTGGTGCCCAC;SOR=2.170;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=13;WE=139327285;WS=139327267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr9	139327439	rs10781542	A	G	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=1.262;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,112:0.65:172
chr9	139327599	rs71269007	G	GCGCCCACCCCTCCAGCCA	2233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=32.294;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=6.296;NF=4;NR=21;PP=2964;ReadPosRankSum=-1.063;SC=CCCTCCAGCCGCGCCCACCTG;SOR=2.779;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=25;WE=139327607;WS=139327589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr9	139328722	rs7851507	G	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=-0.153;SC=CAAAAAGGGAGCTGCCCGGTC;SOR=0.622;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=14;WE=139328730;WS=139328712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr9	139333049	rs5901103	GCCCT	G	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=420;SC=CACCCGCCAGGCCCTCCCTAC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=139333060;WS=139333039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	139340351	rs36066734	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-0.507;SC=AACCCTGTTGACTCTAGACCC;SOR=1.739;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=139340359;WS=139340341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr9	139341529	rs3841203	CA	C	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=10;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=230;ReadPosRankSum=1.377;SC=ACAGGCAAATCAAAAAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=19;WE=139341538;WS=139341519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr9	139341612	rs3812591	T	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=388;ReadPosRankSum=0.372;SC=GAGAGACTCATAGAAAGAGGA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=23;WE=139341620;WS=139341602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr9	139348837	.	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr9	139350595	rs17610266	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=272;ReadPosRankSum=0.615;SC=GCTGGGGATCGAAGAGTCGTA;SOR=0.414;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=18;WE=139350603;WS=139350585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr9	139354020	rs79041595	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr9	139354025	.	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr9	139354097	rs35857370	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=0.701;SC=CACCAGAGACGCCAGCCGGAC;SOR=0.148;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=9;WE=139354105;WS=139354087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr9	139357273	rs55824202	A	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5209;FS=3.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=431;ReadPosRankSum=0.241;SC=TGAAGGCTGCAACCCCGCACC;SOR=1.911;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=24;WE=139357281;WS=139357263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr9	139360354	rs3124590	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=198;SC=TTCAGATGCCAGGCTGGGTGG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=139360362;WS=139360344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	139368953	rs3812594	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=615;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TGATAAAAACGGTCAAGGTTA;SOR=1.535;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=37;WE=139368961;WS=139368943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr9	139369062	rs3812595	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=383;ReadPosRankSum=-2.015;SC=CAGGATTTTCCAAAGTCCTGC;SOR=0.721;Source=Platypus;TCF=27;TR=25;WE=139369070;WS=139369052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr9	139369212	rs17567909	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=1.036;SC=TAGCAAATCCGGGAAGAGCAC;SOR=0.650;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=11;WE=139369220;WS=139369202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr9	139371342	rs11999525	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=279;ReadPosRankSum=1.640;SC=TGGTGGCACAGGGCACCCCGC;SOR=0.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=19;WE=139371350;WS=139371332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
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chr9	139411714	rs11145767	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=1.348;SC=GGGGCGGGGGTGGCCCTCACC;SOR=0.801;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=19;WE=139411722;WS=139411704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr9	139411880	rs9411254	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=212;ReadPosRankSum=0.754;SC=CGCGGCCCCAGTGCCCCACTG;SOR=0.790;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=15;WE=139411888;WS=139411870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
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chr9	139440845	rs3013306	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=1.830;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr9	139440852	rs3013307	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=2.146;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr9	139564474	rs2297537	C	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr9	139565150	rs4636297	A	G	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=45;PP=1387;SC=CGCATCGAAAACGCCGCTGAG;SOR=1.069;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=139565158;WS=139565140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	139566823	rs1051828	A	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=30;PP=857;SC=GGGTCCAGAAACCACCTCGGG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=139566831;WS=139566813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr9	139569066	rs9411215	A	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=5;PP=420;SC=CATTCGCCACATGGTCACCGT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=139569074;WS=139569056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr9	139656618	rs2484658	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.84;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	139685672	rs2784044	C	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=7;PP=451;SC=CCTGTTCCAGCGCGGGCCGGT;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=139685680;WS=139685662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	139685722	rs2784043	T	C	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=22;PP=814;SC=TGCCCCTCCGTCCGTAACTGC;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=139685730;WS=139685712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	139686289	rs2811788	A	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=20;PP=749;SC=CCCTGCCCTGACTCCCCAGCA;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=139686297;WS=139686279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	139686357	rs2784042	T	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=19;PP=804;SC=GGGCCCTGGCTATCCCCGGGT;SOR=0.800;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=42;WE=139686365;WS=139686347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	139686556	rs2784041	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=12;PP=568;SC=GTGGTTCTGCGTCCCTGACTC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=139686564;WS=139686546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	139686949	rs2784040	G	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=222;SC=GCATGTGACTGCCAGATGGGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=139686957;WS=139686939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	139697061	rs2784100	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=2.025;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr9	139699964	rs2811793	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=12;PP=292;SC=GCCTCTCACGTCTGGGTAATG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=139699972;WS=139699954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	139700605	rs2811795	T	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=13;PP=595;SC=CTGTGAGGAGTGGCGGGTGCA;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=139700613;WS=139700595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	139701108	rs2254143	A	C	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	139701983	rs3739944	C	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=10;PP=523;SC=CTGCGCCTAGCTGGGCTAGCC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=139701991;WS=139701973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	139702908	rs7864908	C	T	127.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	139726239	rs2811748	A	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=19;PP=598;SC=GCGTGCTGGGAAACTACCGGG;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=139726247;WS=139726229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	139730129	rs2811744	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=207;SC=ATTCAGGGGCTGTGGGGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=139730137;WS=139730119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	139731969	rs2811742	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=376;SC=CCCTCAATGCCGCCCCACCAT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=139731977;WS=139731959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	139732331	rs2811741	G	C	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=103;SC=CCCGGCCGCAGAGGGCCCAGC;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=139732339;WS=139732321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	139739643	rs10870132	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=233;SC=GGCCCCTGCCTGGGCCCCGGG;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=139739651;WS=139739633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	139743831	.	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-1.974;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,10:0.16:63
chr9	139744524	rs8666	C	T	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=1049;ReadPosRankSum=-2.043;SC=CTGTGAGTGTCTGGGCGGCGG;SOR=0.947;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=65;WE=139744532;WS=139744514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,117:0.72:162
chr9	139744807	rs872463	A	G	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=11;PP=1215;SC=ACACCCCCAGACATGGCCGGC;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=139744815;WS=139744797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	139746992	rs10123375	G	A	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=525;SC=GGCAGTGACGGACACCAGGGC;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=139747000;WS=139746982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	139749067	rs7869864	C	T	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=21;PP=1460;SC=GGAACCACCGCGCTGGTGGTC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=139749075;WS=139749057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	139752899	rs2275156	T	G	6182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=75;PP=2564;SC=CCACCTGGCCTGGCCCGGCCT;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=138;WE=139752907;WS=139752889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	139760830	rs76229681	CG	C	1385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=35;PP=1113;SC=TGGCTGCACGCGGGGGGCGGG;SOR=3.516;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=36;WE=139760838;WS=139760820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	139781193	rs116932476	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr9	139793030	rs117439227	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=2.251;SC=TGCGATTCTGCTTCTCTGAGT;SOR=1.051;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=6;WE=139793038;WS=139793020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr9	139804274	rs4567138	G	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=531;SC=GTGCTCCTGCGGCCCCTCGGC;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=139804282;WS=139804264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	139804346	rs4448378	C	T	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=24;PP=1168;SC=CGTCCACCCTCACACTCCTGA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=139804354;WS=139804336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	139815053	rs10781522	G	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=169;SC=AGCAGGTCCTGGAGCTTTAGA;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=139815061;WS=139815043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	139818169	rs17250631	CTT	C	363.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=302;SC=GGAAAAAAAACTTTTCTTTGC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=139818178;WS=139818159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	139820421	rs7852970	G	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=34;PP=956;SC=GGGCCACCACGCTGGGCCAGG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=139820429;WS=139820411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr9	139847570	rs884218	T	C	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=24;PP=637;SC=CCATGGGCCCTGTCCCAGCAC;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=139847578;WS=139847560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr9	139848688	.	CGTCTTC	TGTCTTC,TGTCTTT	912	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=48,18;NR=36,12;PP=912,298;QD=11.2710858637;SC=ATGACAACATCGTCTTCCCAG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=84,30;WE=139848702;WS=139848678;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:85
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chr9	139863732	rs908829	G	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CAGCGCTCTGGAGCCTGCCCC;SOR=1.002;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=139863740;WS=139863722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr9	139863777	rs11793934	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=160;ReadPosRankSum=-0.601;SC=TCCTGCTGACGCCTCAGGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=10;WE=139863785;WS=139863767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr9	139863841	rs11787585	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=236;ReadPosRankSum=-0.191;SC=ACAGTGGACTCTCGCACGGTG;SOR=0.748;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=15;WE=139863849;WS=139863831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr9	139863909	rs11787588	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=301;ReadPosRankSum=0.029;SC=GCGACAGCTCCGAGGATGGAC;SOR=0.742;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=23;WE=139863917;WS=139863899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr9	139864087	rs11788014	C	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GGAAGGCACGCTCCTCAATCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=139864095;WS=139864077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr9	139864341	rs2386136	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=61;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CTGCCAGGCCAGCTGCTGCCC;SOR=0.148;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=7;WE=139864349;WS=139864331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr9	139864438	rs12351283	G	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=441;ReadPosRankSum=-0.189;SC=CAGCCACAGCGCCAGGGCCCC;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=31;WE=139864446;WS=139864428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr9	139864593	rs13301523	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=0.328;SC=AGCATGGCCCTCATGGCCCTG;SOR=0.341;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=19;WE=139864601;WS=139864583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr9	139865825	rs7033713	A	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TGACTCGAAAAACATAAATAA;SOR=0.160;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=11;WE=139865833;WS=139865815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr9	139866247	rs11790360	T	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=516;ReadPosRankSum=0.820;SC=CGGCAGGCCTTGGGGGTGTGG;SOR=0.458;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=36;WE=139866255;WS=139866237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,47:0.84:56
chr9	139872048	rs4880179	A	G	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	139875318	rs146717258	C	CCATT,CCATTCATT	532.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=0,0;NR=6,6;PP=76,198;SC=GTGAGCCACTCCATTCATTCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=6,6;WE=139875326;WS=139875308;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.67:12
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chr9	139878828	rs4880082	T	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=9;PP=452;SC=CCATGTCCTCTAAGGATTGTG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=139878836;WS=139878818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	139879067	rs2049042	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=8;PP=282;SC=GGAGGCTGCATGGACTGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=139879075;WS=139879057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	139879113	rs2049041	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=8;PP=557;SC=GGGGTGCCACGCTCGGGGGGG;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=139879121;WS=139879103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr9	139887298	rs3833710	C	CT	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.934;NF=5;NR=9;PP=520;ReadPosRankSum=2.144;SC=GGCTAGGGCTCTGGGGTCGGG;SOR=0.293;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=14;WE=139887306;WS=139887288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
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chr9	139902797	rs4880187	C	G	4361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=52;PP=1893;SC=ACCCCACCCGCGGCTGGAGCC;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=109;WE=139902805;WS=139902776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	139903352	rs59031144	G	GC	2485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=45;PP=1654;SC=GCCTGGCAGCGCCCCCCCACC;SOR=3.339;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=48;WE=139903360;WS=139903342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr9	139907842	rs4880188	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=324;SC=CTCGCCCGCCTGGCCCACCAA;SOR=2.400;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=139907850;WS=139907832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	139908139	rs10870162	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=394;SC=AGGAGACAGGACTCCCGGATG;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=139908147;WS=139908129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	139908265	rs10781531	T	C	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=18;PP=650;SC=CCAGCACCCCTGTCCAGCCGG;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=139908273;WS=139908255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	139910648	rs6560657	T	C	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=34;PP=1462;SC=GGCGGGGTCATGACCCCACGC;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=81;WE=139910656;WS=139910638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	139912178	rs879854	G	A	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=31;PP=1556;SC=GGCAGGCCCCGGGGAGGACGC;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=75;WE=139912186;WS=139912168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	139912484	rs908832	A	G	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=64;PP=2068;SC=GCTCCACCACATCGTGCCCCA;SOR=0.886;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=117;WE=139912492;WS=139912474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	139912807	.	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr9	139913239	rs908828	T	G	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	139913876	.	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.442;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr9	139916471	rs142576618	A	ATGGCTCAGATGGGGGTG	984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=7;PP=181;SC=GTGTGGGGGAATGGCTCAGAT;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=139916503;WS=139916461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	139917546	rs143669673	GGA	G	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr9	139923265	rs4880189	A	G	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=22;PP=842;SC=GCTCGCCGTGAGCGGAGCAGG;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=50;WE=139923273;WS=139923255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	139923408	rs111884603	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=365;ReadPosRankSum=-0.079;SC=GGGGCGCCCCGGGAGGTGGGG;SOR=0.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=25;WE=139923416;WS=139923398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
chr9	139926402	rs7469569	T	C	7304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=84;PP=2965;SC=TGTCCCCAGCTTGGGCCTCCC;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=110;TCR=84;TR=193;WE=139926410;WS=139926392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr9	139929152	rs41309978	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=644;ReadPosRankSum=-1.675;SC=CACGCCTGCGGGTGACCCGGC;SOR=0.411;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=39;WE=139929160;WS=139929142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,63:0.73:86
chr9	139929297	.	C	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.422;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=576;ReadPosRankSum=-0.023;SC=ACCCTCCGCCCCTAGCTTGCT;SOR=0.744;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=33;WE=139929305;WS=139929287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr9	139935200	.	G	A	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=775;ReadPosRankSum=0.759;SC=CTGCAGGAGGGGGCGTGTGAG;SOR=0.758;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=185;TCF=92;TCR=93;TR=58;WE=139935208;WS=139935190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,127:0.35:359
chr9	139937795	rs10781535	T	C	4600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.83;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	139937799	rs10781536	G	A	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	139943549	rs7390981	G	A	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=28;PP=1461;SC=GCGGGACACCGTCAGGCAGGC;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=139943557;WS=139943539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	139944496	.	T	C	559	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=20;MQ=59.28;NF=22;NR=22;PP=559;QD=13.4948002852;SC=GAGCACCTGCTGCCACCCGCC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=44;WE=139944517;WS=139944486;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr9	139944509	.	T	C	716	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=21;MQ=57.94;NF=19;NR=22;PP=716;QD=18.311492989;SC=CACCCGCCTGTCCCTACTCAC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=139944517;WS=139944486;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr9	139946905	rs34679600	C	CA	438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=995;SC=CTCCCCCCCCCACCCAGTCAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=139946924;WS=139946895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	139946916	rs11145979	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=456;SC=ACCCAGTCATGTGCCAAGCCT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=139946924;WS=139946895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	139959465	.	AGGGCGGGGAAGCACTAAACTGGCCTGGGCCC	A	584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.72;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
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chr9	139960894	rs72763246	C	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=9;PP=254;SC=TGAGGTGCAGCGGCCTCCACA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=139960902;WS=139960884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr9	139973186	rs7390974	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=548;SC=GGGAGCGTAGTTGGGGGTCCA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=139973194;WS=139973176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	139973614	rs118178799	T	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.053;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=258;ReadPosRankSum=-0.743;SC=AGCGCCCGACTGCGCGGCGCC;SOR=0.330;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=28;WE=139973622;WS=139973604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,41:0.37:110
chr9	139973629	rs7390710	A	C	3799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=47;PP=1933;SC=GGCGCCCCGCACCCGAGGCTG;SOR=1.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=89;WE=139973637;WS=139973619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	139973651	.	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr9	139973652	rs7390711	A	G	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=44;PP=770;SC=CCCGCCCCTCACGGAGCCCCG;SOR=1.759;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=63;WE=139973660;WS=139973641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	139973820	rs7037849	C	T	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=719;ReadPosRankSum=0.292;SC=CAGCTACGTGCCTCCGACGGG;SOR=0.772;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=48;WE=139973828;WS=139973810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,83:0.70:118
chr9	139975108	rs9314874	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=28;PP=864;SC=GCCTCTGTGCTGGGACGTGGG;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=139975116;WS=139975098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	139975195	rs41302685	C	T	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=644;ReadPosRankSum=0.652;SC=CACTGAAGAACGCAGAGCCAG;SOR=0.629;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=46;WE=139975203;WS=139975185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,84:0.59:142
chr9	139977195	rs4390039	T	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=311;SC=GCCCAGACTGTCCCCAGACTC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=139977203;WS=139977185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr9	139995361	rs11425109	C	CA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=-0.457;SC=CATGAGCCACCACGCCCAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=3;WE=139995369;WS=139995351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr9	139996193	.	CTG	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,15:0.16:96
chr9	139996376	rs72382842	TACAC	T	6416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-0.751;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:441,186:0.30:627
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chr9	139996691	.	ACATT	A	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=63;MMLQ=23;MQ=52.12;NF=31;NR=156;PP=2968;QD=20;SC=GGTGGTACACACATTCATGCT;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=269;TCF=38;TCR=231;TR=187;WE=139996747;WS=139996675;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:82,187:0.70:269
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chr9	139997563	.	A	ACATT	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=69;MMLQ=23;MQ=45.13;NF=36;NR=224;PP=2968;QD=20;SC=GGTGTTACACACATGCTGTTG;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=530;TCF=118;TCR=412;TR=260;WE=139997574;WS=139997551;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:270,260:0.49:530
chr9	139997591	.	GGT	G	2865	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=70;MMLQ=23;MQ=45.02;NF=30;NR=179;PP=2865;QD=20;SC=GCAGGTCGGTGGTGTTACATT;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=475;TCF=103;TCR=372;TR=209;WE=139997615;WS=139997581;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:266,209:0.44:475
chr9	139997719	rs111877141	A	G	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=1.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=1.588;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,168:0.29:572
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chr9	140002220	rs10117795	A	G	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=26;PP=888;SC=TGTGACCTGGATCCGGGAGGG;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=140002228;WS=140002210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	140002261	rs11790092	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=49;ReadPosRankSum=0.347;SC=GGGTGGCCACACTGCAGCTTG;SOR=1.237;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=8;WE=140002269;WS=140002251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr9	140002501	rs6420280	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=25;SC=AGAGTGTCACTTCCTGGCTCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=140002509;WS=140002491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr9	140003427	rs4567	A	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.083;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,62:0.73:85
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chr9	140006202	rs13631	G	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=868;ReadPosRankSum=2.163;SC=TGGCGGCTCTGAGATCTGCAA;SOR=0.764;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=55;WE=140006210;WS=140006192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,82:0.75:110
chr9	140006425	rs10747048	C	G	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=46;PP=1943;SC=AGGGCAGGTCCGGGAACATAT;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=83;WE=140006433;WS=140006415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	140006491	rs10870180	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=298;ReadPosRankSum=1.628;SC=CCTGCAGGTGCCCCAGCCTGA;SOR=0.612;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=25;WE=140006499;WS=140006481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,39:0.35:112
chr9	140008625	.	CCCCCGCCCGCGACCCCGCCCGGCACCCACGTGCCCCGCGA	C	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=1.465;QD=30.53;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
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chr9	140008934	rs11145999	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GGAAGCGCTGAGGGAAGGTCT;SOR=0.346;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=7;WE=140008942;WS=140008924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr9	140040156	rs10870196	G	A	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=31;PP=1121;SC=ACCTCAGCCCGCCGTGCCCCC;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=140040164;WS=140040146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	140051041	rs28687864	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=1.957;SC=TCCCTGCTCCAGAGGAGGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=7;WE=140051049;WS=140051031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr9	140051376	rs1126442	G	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,61:0.28:216
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chr9	140079522	rs11549106	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=0.799;SC=CGAGCCAGCCGACCACCCGCT;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=19;WE=140079530;WS=140079512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr9	140080499	rs3922734	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=1.981;SC=CGTCCTCGCTATCACCAGGGC;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=140080507;WS=140080490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr9	140080583	rs3922735	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=124;ReadPosRankSum=1.913;SC=CCAGGCCTCCGTGCTCTGGAT;SOR=0.815;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=10;WE=140080591;WS=140080573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr9	140083320	rs11556579	G	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=1.420;SC=CCGCCTCGCTGCGGGCATCGC;SOR=0.936;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=8;WE=140083328;WS=140083310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
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chr9	140084485	rs3087779	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=0.857;SC=CTCAGGTGCCGAGAGGGGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=140084493;WS=140084475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr9	140100126	.	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=1.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=380;ReadPosRankSum=-1.671;SC=TGCGTCACTTCCGGTCGACGG;SOR=1.197;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=21;WE=140100134;WS=140100116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr9	140100224	rs7032361	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-2.055;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr9	140100317	rs113809617	C	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr9	140100792	.	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=365;ReadPosRankSum=0.223;SC=CTCCTCAGATCCCTGCCCTCG;SOR=0.333;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=24;WE=140100800;WS=140100782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr9	140108915	rs149701237	CTG	C	2851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=43;PP=2171;SC=GGCCGTGGGTCTGGGGTTCGG;SOR=2.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=46;WE=140108924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	140110274	rs7390663	T	C	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=41;PP=1668;SC=ACCCAGGGTCTCCGGGCAGGG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=140110282;WS=140110264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	140120396	rs6606566	C	T	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	140126404	rs112695368	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=529;ReadPosRankSum=0.355;SC=TTCCCCGTTCCGTTTCTGTCC;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=32;WE=140126412;WS=140126394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr9	140128085	rs28407527	T	C	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=736;ReadPosRankSum=1.765;SC=TGGCCCCCAGTTGGACTCCGA;SOR=0.424;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=42;WE=140128093;WS=140128075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,72:0.67:108
chr9	140130606	rs28542318	A	T	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	140130882	rs28591989	A	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr9	140139757	rs9775264	G	A	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=19;PP=731;SC=TCCCCTGGCTGCCTGGTGCTG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=140139765;WS=140139747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	140142299	rs9330201	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=25;PP=642;SC=CAGGCCACCTCGCTAACCCTG;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=140142307;WS=140142289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	140147094	rs71387813	C	CCT	4284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=29;PP=2527;SC=CCCTGCAGCCCGTCTCCTACC;SOR=1.469;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=50;WE=140147102;WS=140147084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	140147152	rs28376526	C	G	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=34;PP=1570;SC=TCAGCCGGCCCGCCTTCCCCG;SOR=1.171;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=91;WE=140147160;WS=140147142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	140148051	rs28631372	A	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=648;SC=TGCCCCTGAAAGGTGCTCTCT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=140148059;WS=140148041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	140157429	rs13294457	G	A	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.17;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	140157429	.	GTC	ATC,ATT	396	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=26,17;NR=10,9;PP=113,396;QD=4.10475590409;SC=CGGGCGTGACGTCCCTGTGTC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36,26;WE=140157439;WS=140157419;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:36
chr9	140157431	.	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.14;ReadPosRankSum=1.035;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr9	140157460	rs13296455	T	C	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=14;PP=815;SC=CAGGACGGTCTGGGGGCCTGA;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=140157468;WS=140157450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	140157701	rs56368095	C	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.35;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	140158650	rs9695897	C	T	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=24;PP=718;SC=GGTCTCTGGTCATCCTGGGAG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=140158658;WS=140158640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	140158871	rs13295537	T	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=170;SC=GGTCTGCGCTTGCTGTGTTTT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=140158879;WS=140158861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	140161634	.	GGGGCT	G	1411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.21;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	140161641	.	AGGTGGG	A	1412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.18;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	140161647	.	G	A	391	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=26;NF=10;NR=9;PP=391;QD=22.4090111867;SC=GCTGAGGTGGGGCTGAGGTGG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=19;WE=140161655;WS=140161621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,19:0.70:27
chr9	140161871	rs9802270	C	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	140161909	rs9802698	G	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=77;SC=TGTCTCCCCAGCCCACCTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=140161917;WS=140161899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	140167022	rs3204123	G	A	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=24;PP=767;SC=GGGTGGCCCCGTCTAAGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=140167030;WS=140167012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	140202194	rs13288421	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=-0.030;SC=CTGAGCACAGTCACCTCATGG;SOR=0.803;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=15;WE=140202202;WS=140202184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr9	140218025	.	C	T	346	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=58.82;NF=17;NR=4;PP=346;QD=18.1319625022;SC=GAGGGATGCTCTGCCGACACC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=21;WE=140218033;WS=140218015;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr9	140218025	.	C	CTGCCGACACCTCACCCCGGACCACGAGGGATGCTT	687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-0.629;QD=40.45;ReadPosRankSum=-1.627;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr9	140242564	rs28671254	G	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=-0.483;SC=CCCAGCATGCGTGCATCCACA;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=26;WE=140242572;WS=140242554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr9	140243844	rs28545754	C	T	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=745;ReadPosRankSum=-1.590;SC=CTGCTCCTCGCAGAGCGGCCT;SOR=0.992;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=55;WE=140243852;WS=140243834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,97:0.74:131
chr9	140245644	rs115216154	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=0.472;SC=CAGGCAGGGACCGCACTGTCC;SOR=0.830;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=12;WE=140245652;WS=140245634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr9	140246050	rs11534416	T	G	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=41;PP=1154;SC=AGCCTGGAGGTCCTGAGCAGC;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=140246058;WS=140246040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	140247005	rs28480070	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr9	140247012	rs35287538	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr9	140247143	rs7020732	T	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=12;PP=458;SC=GCAGCAAGAGTTCCATGGCAC;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=140247151;WS=140247133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	140249253	rs11537108	AG	CA	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=969;SC=CTCAGCACTGAGGGCTCAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=23;WE=140249262;WS=140249243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	140250633	rs13293922	G	A	227.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.8675;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=156;ReadPosRankSum=0.334;SC=CCTGAACAACGGGCAGCCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=140250641;WS=140250625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr9	140250818	rs7389423	C	T	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=330;ReadPosRankSum=0.229;SC=CTCAGGGTACCGTCTGTGGGG;SOR=0.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=20;WE=140250826;WS=140250808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr9	140262218	rs11533157	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=0;PP=313;SC=GGTCAGCCCATGAGGAGGATG;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=140262226;WS=140262208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	140262354	.	G	A	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,56:0.64:88
chr9	140262426	rs11533158	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=430;ReadPosRankSum=0.464;SC=TTCAACGTCGCGCCCAGCGTG;SOR=1.438;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=25;WE=140262434;WS=140262416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr9	140267490	rs143312119	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-0.237;SC=GACTTTGACCGCTCGGGCCTG;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=13;WE=140267498;WS=140267480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr9	140267650	rs28688091	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.75;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr9	140268129	rs34481427	GTTT	G	2089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.928;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.753;NF=3;NR=21;PP=746;ReadPosRankSum=0.591;SC=CCGCAGAGAGGTTTTTTAAAA;SOR=0.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=24;WE=140268139;WS=140268119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr9	140268183	rs6606585	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=25;PP=563;SC=AGCCGCCATCTGCGCCTCCGT;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=140268191;WS=140268173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	140277826	rs13291830	C	T	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=25;PP=675;SC=GAGGGGGTCCCGGCCTGTGGA;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=140277834;WS=140277816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	140289696	rs9695232	A	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.49;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	140289947	.	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr9	140317999	rs112864733	C	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=1.551;SC=CTCTGGGGGACCTGGTGCGCG;SOR=0.669;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=18;WE=140318007;WS=140317989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr9	140320617	rs9414734	C	T	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=558;ReadPosRankSum=0.678;SC=AATTCCGTGGCCCTGTCACCC;SOR=0.427;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=39;WE=140320625;WS=140320607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,63:0.72:88
chr9	140327663	rs34155071	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr9	140329618	rs28589413	A	G	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.690;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=848;ReadPosRankSum=0.919;SC=CGACCTGCCCACGCCCACGCC;SOR=1.167;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=48;WE=140329626;WS=140329608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,72:0.60:121
chr9	140330976	rs13297080	T	C	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=23;PP=915;SC=AGCTGACCTGTACCAGCCCCA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=52;WE=140330984;WS=140330966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	140331301	.	C	T	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=388;ReadPosRankSum=0.539;SC=CAGCCCCCGCCCTCAGGCAGC;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=39;WE=140331309;WS=140331291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,70:0.36:193
chr9	140331548	rs28606499	G	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=608;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TGCCTGCCACGCTGGCTGAGA;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=41;WE=140331556;WS=140331538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr9	140331833	rs9414731	A	G	46.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=30;SC=CCCCAAAGACATGACCACCTC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=140331841;WS=140331823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	140332478	rs6606582	A	G	6373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr9	140344204	rs41309970	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=223;ReadPosRankSum=0.456;SC=GGAGCAGGGCCCACCCTCTTT;SOR=0.283;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=16;WE=140344212;WS=140344194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr9	140348401	rs9410194	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr9	140352873	.	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=359;ReadPosRankSum=0.453;SC=CACCCCCGGAGGCAGGGATCA;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=27;WE=140352881;WS=140352863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr9	140356422	rs28452008	G	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr9	140357972	rs1891627	A	G	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.163;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=1155;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CGCACGTACCACCACAGGGAG;SOR=0.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=61;WE=140357980;WS=140357962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr9	140358556	rs4962238	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.502;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr9	140358581	rs4962237	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=197;ReadPosRankSum=0.269;SC=TGCTCACCGTCGGTGTGGACC;SOR=0.936;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=18;WE=140358589;WS=140358571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr9	140373789	rs872341	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=0.493;SC=GGCAGGACCCCGGGAGCAGCT;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=140373797;WS=140373779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr9	140374861	rs1891630	A	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=23;PP=841;SC=CGTGCCATCTACCTGGTAGAG;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=140374869;WS=140374851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	140389613	rs13283256	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=564;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GGACAGGAGCCGGCTGCTGGG;SOR=0.092;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=39;WE=140389621;WS=140389603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr9	140392494	rs4962232	T	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=4;PP=796;SC=ACGGTAACCGTGCTTTGCCCA;SOR=2.891;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=140392502;WS=140392484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	140400275	rs3750381	T	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr9	140409997	rs200451754	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=-0.189;SC=CCGTAAGCAACCTTGTTTGCA;SOR=1.721;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=16;WE=140410005;WS=140409987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
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chr9	140444507	rs34754140	G	GA	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CAGGCGCCAAGAAGCCACGGG;SOR=0.275;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=140444515;WS=140444497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr9	140449582	rs10110	A	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=-0.857;SC=CCATCAGTGCACAGGCACCTG;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=140449590;WS=140449572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr9	140450159	rs1105221	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
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chr9	140483076	rs2259657	G	A	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=12;PP=468;SC=CACTGACCACGAGCATCAGGG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=140483084;WS=140483066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	140483339	rs2297004	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-2.823;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr9	140484517	rs2353078	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr9	140484597	.	C	CGCCCCCGGCCCCG	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr9	140507308	rs2282020	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=394;ReadPosRankSum=0.656;SC=GGGCCTGGGCCGTCGGCTGGC;SOR=0.543;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=26;WE=140507316;WS=140507298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr9	140507688	rs4962227	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.842;SC=GGCACAGCTGTTTCACCCTTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=4;WE=140507696;WS=140507678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr9	140508031	rs34249205	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=295;ReadPosRankSum=-1.669;SC=TGCAGGGTGGAAGGCAGCCAG;SOR=0.462;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=26;WE=140508039;WS=140508021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr9	140605334	rs7039441	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=306;ReadPosRankSum=0.653;SC=GTAACTACGATTTTTTGACTT;SOR=0.579;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=22;WE=140605342;WS=140605324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr9	140605355	rs4072654	A	C	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=570;SC=TTTCCAAATGATGTCCATTTG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=140605363;WS=140605345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	140611436	rs3812497	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr9	140637804	rs34385417	CT	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=1.814;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr9	140638461	rs1129768	T	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-3.072;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr9	140638607	rs4979643	A	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-1.562;SC=CGTGGTTCTGAAAATTAACAG;SOR=0.760;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=5;WE=140638615;WS=140638597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
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chr9	140686492	.	C	CT	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr9	140693181	rs4876947	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.486;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr9	140695576	rs7871917	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=7.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr9	140705796	rs11789631	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=-1.476;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr9	140706127	rs11789684	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=552;ReadPosRankSum=2.723;SC=CGCCCAGAGAGACCGCTTGAC;SOR=1.028;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=35;WE=140706135;WS=140706117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,52:0.75:69
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chr9	140710603	rs4876902	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
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chr9	141069905	rs71485051	C	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQRankSum=-1.087;QD=13.33;ReadPosRankSum=2.196;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,51:0.38:134
chr9	141069927	rs71485052	C	A	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQRankSum=-2.015;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,55:0.34:160
chr9	141069952	rs9410185	T	C	6647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.44;QD=34.27;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
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chr9	141069978	.	C	CCCCCGTCCTTCTCCCACCCAACGTGTACCACCACGAGGCCAGCGGTGA	1692.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=13.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=2.488;QD=12.36;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,47:0.34:137
chr9	141069993	rs200245769	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=9.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQRankSum=0.482;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr9	141070116	.	G	A	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=46.92;NF=0;NR=3;PP=50;QD=28.2570708491;SC=GACTCTGTGCGCTCGGGGCCC;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=3;WE=141070133;WS=141070111;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr9	141070125	rs10867114	C	T	384.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.362;NF=11;NR=2;PP=404;ReadPosRankSum=1.390;SC=CGCTCGGGGCCCTTCGGGCAG;SOR=2.381;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=13;WE=141070133;WS=141070111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr9	141070283	rs7868693	T	C	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.95;QD=25.23;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	141070335	rs7868705	T	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=29;PP=850;SC=CGGGAGGAAGTCCCGGGTGTC;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=141070343;WS=141070325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	141071672	.	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQRankSum=-5.008;QD=0.97;ReadPosRankSum=-1.836;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr9	141071738	rs199786532	GC	G	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.157;NF=1;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=1.694;SC=TCTAGGTAAAGCGGGGGAGGC;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=141071746;WS=141071728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr9	141071755	rs2507130	T	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-3.611;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr10	95096	rs11251929	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=144;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GGCCCGGGCTAGGCCCTCAGA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=95104;WS=95086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	95226	rs6560829	A	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.05;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	95229	rs6560830	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	282897	rs4600135	C	T	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=43;PP=1211;SC=TCCCAAAACACATTTTACTAT;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=282905;WS=282887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	285200	rs7919436	T	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=307;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TATACTATATTATTAAAACCG;SOR=1.426;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=16;WE=285208;WS=285190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr10	285479	rs10655220	G	GTGT,GTGTTT	1958.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.85;QD=25.11;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,48,30:0.62,0.38:78
chr10	292927	rs2303990	C	A	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=137;SC=AGTGTGTCTCCGGAAGGAAGT;SOR=2.584;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=292935;WS=292917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	294953	rs1017361	A	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=32;PP=1015;SC=AGTGTAAGGAAGAATTTGTAG;SOR=0.832;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=57;WE=294961;WS=294943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	329182	rs66861796	TG	T	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr10	329188	rs45445697	G	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.69;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr10	329191	rs371065533	GC	G	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr10	370977	rs3123241	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=576;SC=AGGCAAAGGAAGGCGGATCAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=370985;WS=370967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	375570	rs3832678	GGGAGCTCAGCAAGGCT	G	2949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=41;PP=2932;SC=CTGTCAGGGCGGGAGCTCAGC;SOR=2.483;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=42;WE=375593;WS=375560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	387060	rs7904155	G	A	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=4;PP=138;SC=GCAGTGCTTAGGTTGCCTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=387068;WS=387050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	394714	rs4880610	G	A	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=42;PP=1219;SC=TACACAAGGAGAGAAACATCA;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=394722;WS=394704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	395266	rs4880611	T	C	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=20;PP=1061;SC=ACCCTGCGCCTGTACCTGGGG;SOR=1.339;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=61;WE=395274;WS=395256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	395463	rs4242754	G	A	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=53;PP=1570;SC=GAGCGCGCACGCGTCATACAA;SOR=1.286;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=83;WE=395471;WS=395453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	410825	rs10795053	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=158;SC=CCAATCAGCAGTAACTGATTA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=410833;WS=410815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	412449	rs1133113	A	G	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=51;PP=1356;SC=ACCAGTGAACAGGAATGGGGT;SOR=2.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=62;WE=412457;WS=412439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	428503	rs4881200	A	G	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=14;PP=529;SC=CCTCAGCATCAACTGTTAGGA;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=428511;WS=428493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	429903	rs11289740	GA	G	95.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	436848	rs10904093	A	G	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=30;PP=922;SC=GACCTGCCCCACTCCGCCCAG;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=436856;WS=436838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	445061	rs6560837	C	T	4085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=45;PP=1465;SC=TCCTGGTGAGCGGCACCTCGA;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=445069;WS=445051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	468748	rs4881290	C	T	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	530644	rs1539231	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=-1.862;SC=ACGTCTGTACGGGATGGCACT;SOR=0.627;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=10;WE=530652;WS=530634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	687569	rs1631975	C	T	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=11;PP=496;SC=CACTGCCAGGCTACCCATGAG;SOR=0.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=687577;WS=687559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	696237	rs10904535	G	A	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=30;PP=1598;SC=TCAGGGCCAGGGACCATGGTG;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=696245;WS=696227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	707911	rs41289273	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=536;ReadPosRankSum=1.455;SC=GCACTGAATCGCTCAGCTCAC;SOR=0.358;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=40;WE=707919;WS=707901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr10	708192	rs3853289	A	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=54;PP=1534;SC=TCCTGAAGGTACTGTATGAGG;SOR=4.443;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=59;WE=708200;WS=708182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	1018585	rs4880745	T	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=597;ReadPosRankSum=-1.574;SC=TCCATTTCTATGTAAGCCGTT;SOR=0.740;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=44;WE=1018593;WS=1018575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,58:0.41:141
chr10	1042023	rs10665098	A	AAAC	3629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=29;PP=2350;SC=AGTGGAAAAAATAATATTTTT;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=43;WE=1042031;WS=1042013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	1043058	rs1250887	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=5;PP=662;SC=AATATCACCATAGGCCTGGAC;SOR=2.649;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=32;WE=1043066;WS=1043048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	1046712	rs2306409	G	A	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,57:0.49:116
chr10	1052950	rs2306408	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=188;ReadPosRankSum=1.472;SC=TCTTTTTTACGTTATTAGGCT;SOR=0.828;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=18;WE=1052958;WS=1052940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr10	1054276	rs10904595	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=0;PP=550;SC=ACCTGGGAGGTGGAGGTTGCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=1054284;WS=1054266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	1056310	rs3765102	G	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-0.751;SC=CGTAGTACTTGAAGATATTAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=1056318;WS=1056300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	1061625	.	GCTGAGCA	G	922	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=89;MMLQ=23;MQ=58.5;NF=13;NR=3;PP=922;QD=59.25;SC=GGTCCTGAGCGCTGAGCACTG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=1061639;WS=1061615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr10	1061862	rs2306406	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=-0.281;SC=GTGTAATGTAATAAAATGACA;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=24;WE=1061870;WS=1061852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr10	1068802	rs3750729	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=201;ReadPosRankSum=-0.559;SC=TCTGTTTCTCGTAGAAAAGCC;SOR=0.702;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=16;WE=1068810;WS=1068792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
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chr10	1093992	rs4880759	A	G	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=51;SC=GGGTCTTGCTATGTCTGTCGC;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=1094000;WS=1093982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	1126293	rs7087381	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=217;ReadPosRankSum=1.329;SC=GACCCATTTGTGAGGCTATAG;SOR=0.245;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=21;WE=1126301;WS=1126283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr10	1126619	rs7084283	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.139;NF=1;NR=3;PP=45;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GCTGAGGTGGATGGATCACTT;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=1126627;WS=1126609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr10	1142208	rs10794716	T	C	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=41;PP=1264;SC=TCCTTACCTGTGAATGTGTAG;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=79;WE=1142216;WS=1142198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	1170304	rs7916430	C	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=313;ReadPosRankSum=-0.410;SC=TAAAGTCAAACTGTTGGTTAA;SOR=0.846;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=26;WE=1170312;WS=1170294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr10	1230968	rs2271275	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=272;SC=CGCGCCTCGGCGTCACTCACG;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=1230976;WS=1230958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	1262872	rs34113348	AG	A	1935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.553;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.509;NF=12;NR=14;PP=914;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CATCCTCGAGAGGAAGCCGTG;SOR=1.073;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=26;WE=1262880;WS=1262862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr10	1313099	rs75036478	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=173;ReadPosRankSum=0.122;SC=AGATGCTAATGCTCCTTTCTT;SOR=0.920;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=16;WE=1313107;WS=1313089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr10	1405587	.	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=0.325;SC=GGGGCGGCCTCCCGCGAGTCC;SOR=0.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=7;WE=1405595;WS=1405577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr10	1406228	rs11250463	T	C	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=81;SC=CGCCCCCAGGTCAGGCCTGAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=1406236;WS=1406218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	1421516	rs10794748	A	G	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=40;PP=1576;SC=AATATCTGACAGCATTTTATC;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=83;WE=1421524;WS=1421506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	1598917	.	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=452;ReadPosRankSum=1.686;SC=CCTGCCTGCCCATGTCAACAG;SOR=0.754;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=31;WE=1598925;WS=1598907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,44:0.44:101
chr10	1779349	rs3750684	G	A	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=63;PP=1815;SC=GGCCATGGCCGAGACCCAGGC;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=111;WE=1779357;WS=1779339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	3124516	rs4881074	G	A	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	3143283	rs55882340	T	A	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=139;SC=GGCTGGTTCCTGCTCCATGTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=3143291;WS=3143273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	3143643	rs4881080	A	C	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=33;PP=895;SC=TGCTGCAGCGAGGCATCACCA;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=3143651;WS=3143633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	3143709	.	G	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=192;ReadPosRankSum=-2.005;SC=TCTTCCGGAAGGAGTGGAGTG;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=20;WE=3143717;WS=3143699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr10	3145885	rs10903966	T	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=262;ReadPosRankSum=-1.035;SC=TCTCTACCCATGGCCATTCTG;SOR=0.518;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=22;WE=3145893;WS=3145875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr10	3145906	rs11251719	A	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=303;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CCTCACCCCTAGTGGGGCACC;SOR=0.568;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=25;WE=3145914;WS=3145896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr10	3146155	rs2306293	C	G	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=533;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CTCAGAGGAACCGGCGGGAGG;SOR=0.791;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=37;WE=3146163;WS=3146145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,72:0.45:160
chr10	3146180	rs2306294	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr10	3147096	rs4424569	C	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.85;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
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chr10	3147508	rs4881082	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.619;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr10	3147519	rs2892549	G	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=0.241;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr10	3150973	rs1132173	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=510;ReadPosRankSum=1.029;SC=CTTCGGCATTCGACAGGATCT;SOR=0.933;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=40;WE=3150981;WS=3150963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr10	3154267	rs2306299	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=-0.332;SC=GCGGCCGGTCGTCTAGACCAT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=18;WE=3154275;WS=3154257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr10	3154339	rs2306301	C	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=439;ReadPosRankSum=0.603;SC=AGGACCGAGCCAGTCTCTACC;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=37;WE=3154347;WS=3154329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,53:0.45:118
chr10	3154534	rs2306304	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=112;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTCAGGCCCAGCCACTGCAA;SOR=0.582;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=12;WE=3154542;WS=3154524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr10	3155173	rs7896691	C	T	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=3;PP=839;SC=GCACATGGAACCCTGGGGCCT;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=3155181;WS=3155163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	3155217	rs6602023	T	C	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=23;PP=1120;SC=GCAGACACATTGAGTGCTGGC;SOR=1.218;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=69;WE=3155225;WS=3155207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	3155237	rs6602024	A	G	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=29;PP=1448;SC=CAGATAAGCCACCTTTTCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=3155247;WS=3155227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	3155263	rs7906901	T	C	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=45;PP=1641;ReadPosRankSum=-0.046;SC=AGCCCTGAGTTGTGTCCGGTA;SOR=0.257;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=105;WE=3155271;WS=3155253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr10	3155408	rs3816700	C	T	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=61;PP=2229;ReadPosRankSum=1.421;SC=CGCGATGCCCCGACCTCTCCT;SOR=0.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=122;WE=3155416;WS=3155398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr10	3155428	rs3816701	C	T	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=53;PP=2129;SC=TGCGGGCCTCCCCTCATGGCC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=106;WE=3155436;WS=3155418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	3155540	rs4881085	A	G	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=51;PP=1819;SC=GTGACCCAGCACTCACCTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=100;WE=3155548;WS=3155530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	3155620	rs1052309	A	G	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=58;PP=1756;SC=GGATGAACGCAGCCGTACGCT;SOR=1.036;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=94;WE=3155628;WS=3155610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	3155753	rs4881087	G	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=14;PP=385;SC=CACCCTGGCTGTGAGCACAGT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=3155761;WS=3155743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	3158848	rs7086902	C	T	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=262;SC=CTGTCTCATACGCCTCTCAAA;SOR=1.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=3158856;WS=3158838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	3160913	rs3829912	G	A	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.45;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	3160917	rs3829913	T	C	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	3161131	rs3829914	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=14;PP=439;SC=AAACATTAAGCTACTTGTTGG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=3161139;WS=3161121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	3161148	rs3829915	G	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=12;PP=401;SC=TTGGCTACTGGCCACGATCCG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=3161156;WS=3161138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	3162033	rs6602025	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=8;PP=787;SC=AGCGAGACCCTCTCCTCCCCA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=38;WE=3162041;WS=3162023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	3167465	rs3816703	A	G	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr10	3174499	rs3830217	G	GC	1629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=15;PP=882;SC=GCACTTCCCAGCCTGCAGTGC;SOR=0.919;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=21;WE=3174507;WS=3174489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	3178629	.	C	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=594;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GCTGTCTCCTCTTACCTCCAC;SOR=0.816;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=38;WE=3178637;WS=3178619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,55:0.50:111
chr10	3178905	rs7673	T	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=251;SC=CTGCCCCACCTGCTCCAGTGC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=3178913;WS=3178895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	3179738	rs79334726	G	A	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=26;PP=1116;SC=TTCTCAGGACGGTTTCCATGC;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=54;WE=3179746;WS=3179728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	3180298	rs10175	C	T	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=26;PP=1197;SC=CGTGTGTGCTCTTCCCAGTGC;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=66;WE=3180306;WS=3180288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr10	3201350	.	C	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-1.166;SC=TCTTGCATTTCAACATTTAAC;SOR=0.976;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=3201358;WS=3201340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	3214369	rs4880599	A	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=0.994;SC=GCGCTGAACTATTACCTTATA;SOR=0.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=11;WE=3214377;WS=3214359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr10	3214516	rs4881118	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
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chr10	4867313	rs2961562	A	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=20;PP=523;SC=GCTCACATTGAGGAGATGGAT;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=4867321;WS=4867303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	4868445	rs2924275	G	T	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	4873106	rs1005907	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.377;SC=CTACTTTCTTTATGGGAGTTG;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=6;WE=4873114;WS=4873096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr10	4877814	rs150127444	T	TTTTTG	1887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.04;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	4879465	rs2961584	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=213;SC=CCCAGCATCCTCTAGCCAGAA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=4879473;WS=4879455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	4883851	.	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=331;ReadPosRankSum=1.024;SC=TTAAAATTTCCTGTAGTCGGC;SOR=0.898;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=18;WE=4883859;WS=4883841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr10	4884784	rs2924269	T	C	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=34;PP=836;SC=GCCTCAGGGTTGCGGAGCTTG;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=4884792;WS=4884774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	4889525	rs2961597	T	C	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=41;PP=1228;SC=TTAATTAAACTTTCTCATTAT;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=4889533;WS=4889515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	5005549	rs7069696	G	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.554;NF=31;NR=11;PP=659;ReadPosRankSum=0.428;SC=CCAGCAGACAGTGTGCTCAGG;SOR=0.912;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=42;WE=5005557;WS=5005539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr10	5008987	rs10562538	GAAGA	G	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.000;NF=4;NR=0;PP=170;ReadPosRankSum=1.568;SC=GGCATCACAAGAAGAGAGAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=5008998;WS=5008977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr10	5009364	rs2904802	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=0.150;SC=GAATCCTAAATCTAACTCCTA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=12;WE=5009372;WS=5009354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr10	5010572	rs1138600	A	G	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr10	5032284	rs12774733	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-1.949;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,38:0.34:113
chr10	5040737	rs2854489	A	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQRankSum=-1.072;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr10	5041033	rs2854488	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=506;ReadPosRankSum=-2.491;SC=ACTGTCTAGACGTGACAATCA;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=38;WE=5041041;WS=5041023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr10	5041398	rs56259037	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.94;MQRankSum=-1.231;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	5043821	rs2854482	A	T	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=761;ReadPosRankSum=0.588;SC=AATATGGTGGAACCCGGCTTC;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=61;WE=5043829;WS=5043811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,102:0.50:204
chr10	5045862	rs67165977	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.97;QD=32.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	5120157	rs4881396	G	T	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=8;PP=298;SC=CAAGAAGGATGCAAATATCAC;SOR=0.826;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=5120165;WS=5120147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	5120332	rs7894134	T	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	5136499	.	A	G	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=51;QD=42.8856062736;SC=AAGACTGCCTATGTACCTCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=5136507;WS=5136489;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	5138607	rs7741	G	A	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=23;PP=918;SC=TCCAGGTTCCGAGAAGTAAAG;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=5138615;WS=5138597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	5139685	rs12387	G	A	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=47;PP=1597;SC=ACTCACTGAAGAAAGCTCAAT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=5139693;WS=5139675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	5144562	rs35558480	C	CG	183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=242;SC=TGGTGATGCTCGGGGGCCTCG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=5144570;WS=5144552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	5147909	rs2275928	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	5149703	rs3209896	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=538;SC=TAACATGGAGGGCTTTGCCTG;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=5149711;WS=5149693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	5196273	rs1781930	A	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=6;PP=186;SC=ATCAAATACTAAAATCCTCTC;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=5196281;WS=5196263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	5196479	rs1334471	C	T	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=25;PP=930;SC=AATTTACCACCACGTCCCTAC;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=5196487;WS=5196469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	5198055	.	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-2.749;SC=TGGCATTGGGGGAAGCATTTT;SOR=0.929;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=11;WE=5198063;WS=5198045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr10	5200076	rs11253019	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=27;PP=782;SC=CCTTTTCCCCAAATTCTCCAG;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=5200084;WS=5200066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	5200739	rs5782810	T	TAGG	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=698;SC=TTCGCTTTAATAGTTTTTCAG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=5200747;WS=5200729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	5200861	rs2020172	C	A	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	5202104	rs2801889	C	T	227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=22.78;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	5202145	rs111558200	T	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;MQRankSum=1.281;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr10	5202148	.	G	GAAA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=-0.162;QD=2.08;ReadPosRankSum=-3.058;SOR=0.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,2:0.10:21
chr10	5202204	.	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.927;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr10	5202241	rs1761599	C	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=25.85;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	5202881	.	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr10	5203864	rs11253021	C	T	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=25.82;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	5203944	rs11325738	AC	A	2494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=32;PP=1305;SC=AGCTGCAGTGACCAAAAGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=5203952;WS=5203934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	5204676	rs7080497	A	C	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=80;SC=TCAGAGTAAGAAAGTCTTTTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=5204684;WS=5204666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	5204928	rs7097295	C	T	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	5242346	rs7099651	G	A	6574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=80;PP=2729;SC=ATGCACATGTGTTTAATGGGA;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=154;WE=5242354;WS=5242336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr10	5244441	rs2151896	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=236;SC=TCCTTTTCCAATTTGGATTCC;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=5244449;WS=5244431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	5246584	rs11253042	C	A	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=58;PP=2176;SC=AAGTATAATGCCTAAGCCATT;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=101;WE=5246592;WS=5246574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	5246670	rs1413781	A	C	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=1453;ReadPosRankSum=-0.804;SC=AAAGCCTCTGATTCAAAAATT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=73;WE=5246678;WS=5246660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr10	5247842	.	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr10	5248381	.	C	T	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.178;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.849;NF=19;NR=16;PP=411;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TCAGCCTCCTCTCCTTTCTCT;SOR=0.647;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=35;WE=5248389;WS=5248371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,82:0.43:192
chr10	5254804	rs11253045	G	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=856;SC=GGGATAATTTGCATTTCTTAT;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=5254812;WS=5254794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	5255025	rs4880718	A	G	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	5258955	rs2050309	C	G	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=103;SC=GGGTCAGCATCGGTCAACCTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=5258963;WS=5258945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	5260553	rs1413622	T	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=3;PP=290;SC=AAAGACATTCTACAAATAGTC;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=5260561;WS=5260543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	5260812	rs2398157	A	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=368;SC=CTGGACACACAGCCTCTGGTT;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=5260820;WS=5260802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	5260836	.	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=0.210;SC=TCCCTCCCCTCCTGCTTGGCA;SOR=0.078;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=5260844;WS=5260826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	5435918	rs7097775	G	A	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=34;PP=1208;SC=ACTCAAAGCAGGCAGTGGTGA;SOR=0.959;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=59;WE=5435926;WS=5435908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	5436260	rs7910290	A	G	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=25;PP=1033;SC=GCTCTACCACAGCAGTGGAGA;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=54;WE=5436268;WS=5436250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	5436487	rs6601957	A	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=31;PP=834;SC=TGAATTGGACAGTAGTGGCAG;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=5436495;WS=5436477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	5437365	rs11253156	A	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=35;PP=1218;SC=CGTAATTGTTAGCAGCATCCT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=5437373;WS=5437355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	5446632	rs10904491	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=6;PP=338;SC=AGAAACAAATGTTTCTTTACA;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=5446640;WS=5446622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	5446794	rs7477466	C	T	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=26;PP=780;SC=GTAGTAATGACTGAGGAGCCT;SOR=0.933;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=5446802;WS=5446784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	5446942	rs4881435	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=208;SC=CTGAACAACCCGGGATAAAGT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=5446950;WS=5446932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	5446965	rs4881436	G	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=154;SC=GTACACAGCTGCAGATGAACT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=5446973;WS=5446955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	5471200	rs4604777	C	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=12;PP=353;SC=AAGGTAAGCCCTGCTGCCCTG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=5471208;WS=5471190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	5495218	rs4567355	T	C	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=11;PP=541;SC=GACAGGCCTATCATGACCCCA;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=5495226;WS=5495208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	5498248	rs4242790	G	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=10;PP=298;SC=TAAAATGCAGGCCTTCAATAA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=5498256;WS=5498238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	5558145	rs5782832	G	GC	5240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=36;PP=2670;SC=AATCAAACAGGCACCTGGGCA;SOR=0.794;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=60;WE=5558153;WS=5558135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	5558349	rs4072067	G	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=17;PP=486;SC=GAGGCTTGACGGGGAAAGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=20;WE=5558357;WS=5558339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	5567445	.	G	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=541;ReadPosRankSum=1.630;SC=GGACACGGACGGAGACGGACA;SOR=0.886;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=35;WE=5567453;WS=5567435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr10	5682641	rs7896492	C	T	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=9;PP=694;SC=ACGGGGGCAGCCACGGTCCGG;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=5682649;WS=5682631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	5682855	rs4427479	T	C	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.79;ReadPosRankSum=1.074;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr10	5682856	rs7893640	G	C	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.17;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr10	5684342	rs6602421	C	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=162;SC=TCTTGCGGGCCCAGGACGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=5684350;WS=5684332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	5684534	rs61006671	T	TA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.71;MQRankSum=2.021;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr10	5693379	rs6602483	A	G	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=35;PP=1204;SC=CACGCAACCCACTTTCCCATC;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=5693387;WS=5693369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	5708311	rs6602610	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-4.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=0.423;SC=CGGCACCACTGGGACCCTGCT;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=5708319;WS=5708301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr10	5708420	rs6602613	T	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr10	5766337	rs10737018	G	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=181;SC=CAAATTGACTGTAAGTACATA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=5766345;WS=5766327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	5781628	rs2254067	T	G	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=34;PP=1796;SC=TTCAAGAGGTTGTCAAGAAGA;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=93;WE=5781636;WS=5781618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	5781969	rs2797486	A	T	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=38;PP=1630;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CAGACTTAACAGTTAGCCAAG;SOR=0.355;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=84;WE=5781977;WS=5781959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr10	5784151	rs45575338	A	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=828;ReadPosRankSum=-1.012;SC=TCAGAACAAAATCATACGATC;SOR=0.828;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=56;WE=5784159;WS=5784141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,81:0.38:211
chr10	5784509	rs2797488	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=248;ReadPosRankSum=-0.658;SC=GCTGAATACCGTTAAATGTTG;SOR=0.141;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=17;WE=5784517;WS=5784499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr10	5788110	rs200661404	A	AT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr10	5788608	rs2797491	G	C	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=67;PP=2663;SC=GCTGATGAACGTACAACCTTT;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=121;WE=5788616;WS=5788598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	5790420	rs2669142	T	C	5067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=68;PP=2356;SC=GCAGAGCCAGTGTTTCAAGCA;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=129;WE=5790428;WS=5790410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	5798730	rs3793707	G	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.594;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr10	5799613	rs2275774	A	G	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=847;ReadPosRankSum=-1.719;SC=TCAGATGACAAGATACTAGAA;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=55;WE=5799621;WS=5799603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,79:0.59:133
chr10	5804531	rs2797501	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=3;PP=209;SC=TTTGAAAATAGTGGAATCCTT;SOR=0.963;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=5804539;WS=5804521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	5804633	rs79988786	T	TTC	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.37;ReadPosRankSum=0.956;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr10	5808086	rs1129614	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=471;ReadPosRankSum=-2.385;SC=CAAAATGAGTGGTGGCATCAT;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=40;WE=5808094;WS=5808076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr10	5827329	rs147494782	ATCT	A	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.920;NF=0;NR=6;PP=215;ReadPosRankSum=1.970;SC=TCAATCCGCTATCTTCTTTTT;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=5827339;WS=5827319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr10	5837038	rs10752110	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=158;ReadPosRankSum=1.368;SC=ATAAAGAACATTTACTAATAC;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=12;WE=5837046;WS=5837028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
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chr10	5855403	.	G	C	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=67;QD=16.9618687579;SC=GAACTGGGCGGGGAGAGGAGG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=5855411;WS=5855393;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,6:0.33:18
chr10	5919947	rs2985043	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr10	5922186	rs811561	T	A	188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=18.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	5924942	rs617165	C	G	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1513;ReadPosRankSum=1.895;SC=CAGGGAAGCTCGGACAACGTT;SOR=0.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=75;WE=5924950;WS=5924932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr10	5925971	rs631947	C	A	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=39;PP=1473;SC=CGTCGATGTGCCCACACTGGA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=81;WE=5925979;WS=5925961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	5926079	rs3750657	AT	CC	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=747;ReadPosRankSum=1.682;SC=AGAAAATTCAATACCTCAAAC;SOR=0.500;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=23;WE=5926088;WS=5926069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr10	5926131	rs7919785	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=0.422;SC=GGTGAACTGCGTGTGTGCAAA;SOR=0.409;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=21;WE=5926139;WS=5926121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr10	5926154	rs7907053	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-0.786;SC=ACCTGTGAGCATGGAGCTCTC;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=12;WE=5926162;WS=5926144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr10	5932187	rs2253422	C	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	5932475	rs10905405	T	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.29;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	5932491	rs10905406	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCGTGGGCAGGTGGAGGGCGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=5932499;WS=5932481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	5936425	rs12781700	C	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=0.246;SC=GTCAGGAGACCCGGGTTCTTG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=17;WE=5936433;WS=5936415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr10	5948638	rs7082434	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=0.670;SC=TCTAAAAGCACGTAACTTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=13;WE=5948646;WS=5948628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr10	5951025	rs595923	T	C	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=794;ReadPosRankSum=0.356;SC=TACGGTGAGCTTTGCCTGTGC;SOR=0.899;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=55;WE=5951033;WS=5951014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,81:0.49:165
chr10	5952854	rs7067928	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=-0.587;SC=TTCGTATTAACCATGGCCTGT;SOR=0.741;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=5952862;WS=5952844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr10	5957270	rs10508298	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=1.451;SC=GCTCTCAAGACAGAGGTGTGA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=5957278;WS=5957260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	5960209	rs2387092	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=296;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TCCAGTGTGCCCTGGCTTAGC;SOR=0.559;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=20;WE=5960217;WS=5960199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr10	5966190	rs2274029	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	5966192	rs2274030	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.27;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	5967158	rs2669126	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=1.501;SC=TTTTCTGTTCCCGACAGTTGT;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=5967166;WS=5967152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr10	5967176	rs11255971	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TGTCTGTTCCCGACAGTTGTT;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=5967184;WS=5967166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr10	5978411	rs646406	T	C	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=12;PP=548;SC=TCGCTCTTTCTTTCTCAGGAG;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=5978419;WS=5978401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	5979023	.	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr10	5990899	rs4367845	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TTATACAAGGCACAATGTCAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=5990907;WS=5990889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	5998285	rs3136627	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=368;ReadPosRankSum=0.231;SC=GCCAGGTGCAGCTCTTTTCTC;SOR=0.606;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=30;WE=5998293;WS=5998275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr10	6000259	rs17320853	T	C	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr10	6000409	rs12260233	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	6001696	rs3136618	C	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=299;ReadPosRankSum=-0.350;SC=ATAAACATACCGGACAAAGGG;SOR=0.885;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=24;WE=6001704;WS=6001686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
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chr10	6005674	rs3136614	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	6041873	rs11596136	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=367;ReadPosRankSum=0.185;SC=AGGACTTGTACTCCTGGCTGC;SOR=0.836;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=27;WE=6041881;WS=6041863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr10	6041923	rs10905599	T	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=554;ReadPosRankSum=2.790;SC=GGCTTTTGGGTATCACAACTG;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=35;WE=6041931;WS=6041913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr10	6042034	rs10795731	C	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	6061277	rs7069976	G	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=399;SC=CAACCTACCAGTCAACCAACT;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=6061285;WS=6061267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	6061781	rs10752175	T	C	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=40;PP=1660;SC=CCTGGTCACCTCTGCCCTTTT;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=6061789;WS=6061771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	6062051	rs9804284	T	A	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=124;SC=ATGCCACCCCTCATGGTTCCA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=6062059;WS=6062041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	6063670	.	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr10	6063674	rs942200	T	C	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.84;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	6066195	rs12358961	T	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=165;ReadPosRankSum=-1.928;SC=GGAGGACAGATTCATCTCTCA;SOR=0.327;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=17;WE=6066203;WS=6066185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr10	6066422	.	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=408;ReadPosRankSum=-3.547;SC=CAGGGCCCACGATGTGTCTGG;SOR=0.713;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=26;WE=6066430;WS=6066412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr10	6066462	rs12722574	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=-1.399;SC=TTACAAATACGAAACCAGAGT;SOR=0.639;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=20;WE=6066470;WS=6066452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr10	6067688	rs2025345	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.778;SC=TATCCTGTAGACTGGACTGGC;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=6067696;WS=6067678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	6143178	rs41295145	A	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	6150828	rs374720400	GCTCTGTC	G	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	6150837	.	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	6150843	.	G	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	6150844	.	C	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	6150845	.	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	6150848	rs75593307	ACCTG	A	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	6154095	rs80062330	T	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=306;ReadPosRankSum=-0.227;SC=AGAAGGAGGTTGTTGTGATGG;SOR=0.914;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=25;WE=6154103;WS=6154085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr10	6156118	rs10795823	T	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=18;PP=615;SC=GAAGTAAGAGTGTTTTCTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=6156126;WS=6156108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	6258015	rs2148293	T	C	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=12;PP=697;SC=TGTCGGGGCGTGTCGGGAGTT;SOR=1.426;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=39;WE=6258023;WS=6258005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	6258052	rs2148294	G	A	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=21;PP=1160;SC=CGGATGCACCGGCGCTGACAT;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=6258060;WS=6258042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	6258300	rs2516622	A	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=272;SC=CTCAGGAAGGAGGATGTGGGG;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=6258319;WS=6258290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	6258311	rs2516623	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=222;SC=GGATGTGGGGTGGACTCAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=6258319;WS=6258290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	6258796	rs2182412	T	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=708;SC=AGGAAAAGGCTTCAGGAAGCG;SOR=2.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=6258804;WS=6258786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	6258840	rs5782881	GC	G	748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=686;SC=CCCTCCTGCTGCCCATGTTCC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=18;WE=6258848;WS=6258830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	6258937	rs2765827	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=7;PP=703;SC=CTTGGGGGCCATGGGGCGTTC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=6258945;WS=6258927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	6259239	rs2516624	G	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=700;SC=GACCGGGTCCGGCTCGGAAGC;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=6259247;WS=6259229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	6261704	rs1557111	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=1.559;SC=TGAGGGTTCTTACTGAATTCT;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=3;WE=6261712;WS=6261694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr10	6265950	.	C	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=616;ReadPosRankSum=-0.538;SC=ATGCCCTCTTCACACCGTCCT;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=50;WE=6265958;WS=6265940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,96:0.41:232
chr10	6266956	rs4747951	G	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=111;ReadPosRankSum=1.143;SC=GGGGTGGCGGGTGGGGAGGCG;SOR=0.072;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=10;WE=6266964;WS=6266952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr10	6267175	rs4747952	C	A	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=316;ReadPosRankSum=1.743;SC=TTCTCTTAGACCGAGCGTGAC;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=31;WE=6267183;WS=6267165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr10	6273170	rs35890201	C	CT	891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.589;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.895;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr10	6319884	.	G	GT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.043;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr10	6368707	rs7087657	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=-1.445;SC=AAACAACCCACATTTATAAAG;SOR=1.445;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=9;WE=6368732;WS=6368697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	6368721	rs7074209	G	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	6368724	rs7074211	G	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	6368760	.	C	T	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=25;QD=19.9237375157;SC=TTCGGGCACTCAGGACTTGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=6368768;WS=6368750;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	6472830	.	T	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.493;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=698;ReadPosRankSum=-1.410;SC=CCAGTTGATCTCCCGAAACAA;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=56;WE=6472838;WS=6472820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,90:0.52:172
chr10	6472962	rs601150	T	G	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=32;PP=896;SC=CATCAGGAGGTCGTGGTGCTT;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=6472970;WS=6472952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	6483845	rs201724079	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr10	6498799	rs2296123	C	G	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=25;PP=700;SC=TGAAGCAAATCTCACATTAAT;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=6498807;WS=6498789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	6527122	.	C	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=539;ReadPosRankSum=0.092;SC=ACCTCTTTTTCCCGGTGTCGG;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=33;WE=6527130;WS=6527112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,66:0.43:154
chr10	6527143	rs2236379	G	A	4808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=42;PP=1476;SC=TAAACATGGCGGCCTTGCTTC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=6527151;WS=6527133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	6533625	rs527611	T	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=259;ReadPosRankSum=1.704;SC=CGGGCCATGCTCATCCCCCAC;SOR=1.074;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=15;WE=6533633;WS=6533615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr10	6533877	rs3815975	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=245;ReadPosRankSum=0.580;SC=TAATGAAAACACTGGCATTGT;SOR=0.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=16;WE=6533885;WS=6533867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr10	6533900	rs3815974	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=-2.022;SC=GCATTTTAAACCATCATTGTC;SOR=0.560;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=13;WE=6533908;WS=6533890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr10	6539284	.	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=2.128;SC=TTTAAGAGATGGATGAGATCT;SOR=0.972;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=20;WE=6539292;WS=6539274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr10	6540419	.	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.247;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr10	6540487	.	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=248;ReadPosRankSum=1.843;SC=AGCAAAGAAGCCTTCCGTCTC;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=16;WE=6540495;WS=6540477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr10	6557035	.	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CAGCCTCGCCCTGACAAGACT;SOR=0.636;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=8;WE=6557043;WS=6557025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr10	7205932	rs140120334	G	A	167.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.253;SC=ACACAGATGCGTCACAGCAGG;SOR=1.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=7205940;WS=7205922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	7230524	rs2462712	G	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=140;ReadPosRankSum=-0.499;SC=AAGTGGCAAGGTTCAAAGTAG;SOR=0.169;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=7230532;WS=7230514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	7262560	rs141321133	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=208;ReadPosRankSum=-1.777;SC=AAGCTGGGCAGATGAAGAAAG;SOR=1.264;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=14;WE=7262568;WS=7262550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr10	7285632	rs2248474	A	G	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=35;PP=1018;SC=GTCTTAGGTCATCAATAGTCA;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=61;WE=7285640;WS=7285622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	7285738	rs117096375	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=1.201;SC=TATAAAATAGTGGCAGAGCTT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=7285746;WS=7285728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr10	7318724	rs7075434	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	7318803	rs7097601	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=231;ReadPosRankSum=-1.276;SC=ACTTTGTAGATGATTTTATTC;SOR=0.795;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=20;WE=7318811;WS=7318793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr10	7319078	rs4338435	C	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr10	7319088	rs4611096	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	7325983	.	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,97:0.47:208
chr10	7409570	.	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=1.300;SC=GTCATGAAGGATGGCGGCTCG;SOR=1.058;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=13;WE=7409578;WS=7409560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr10	7423960	rs2254756	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=395;SC=ATCATATTGATTATATTCACT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=7423968;WS=7423950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	7423984	rs2254760	G	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.31;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	7601708	rs7092583	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.736;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr10	7601770	rs7074077	G	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.901;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.640;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr10	7605067	rs3824658	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr10	7605077	rs61199416	TC	T	2603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=22;PP=1642;SC=CGGCCAAGTGTCCATCCCTGT;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=37;WE=7605085;WS=7605057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	7605101	rs10795551	A	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=26;PP=1192;SC=AAATGGATGGAATGCCAGGTA;SOR=0.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=61;WE=7605109;WS=7605091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	7605457	rs10737022	G	A	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=205;SC=GCCACAGCCCGAGACTGGACT;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=7605465;WS=7605447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	7614918	rs11255194	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=280;SC=TTTTTGTATTTTTAGTAGAGA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=7614926;WS=7614917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	7614936	rs10737023	T	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=528;SC=AGACGAGGTTTCACCATGTTG;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=7614944;WS=7614926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	7615011	.	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-1.513;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr10	7618380	rs3818783	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=-0.291;SC=CTCAGGCCCGCGTCCCCCACA;SOR=0.330;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=7618388;WS=7618370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	7618458	.	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=201;ReadPosRankSum=2.545;SC=ACCACCGGTTCGGGTCCCATG;SOR=0.426;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=16;WE=7618466;WS=7618448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr10	7618501	rs2275068	A	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=349;ReadPosRankSum=1.820;SC=CCTCCAGGCCATCCATGCGTG;SOR=0.517;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=28;WE=7618509;WS=7618491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr10	7618686	rs2275069	T	G	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.375;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=739;ReadPosRankSum=-1.464;SC=ATGTGGTTGGTGTCCCCCTCT;SOR=0.898;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=49;WE=7618694;WS=7618676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,83:0.45:185
chr10	7618935	.	G	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=362;ReadPosRankSum=0.343;SC=TAATCGATGCGGATGTCAGAG;SOR=0.659;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=27;WE=7618943;WS=7618925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr10	7618993	rs10458802	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=1.607;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr10	7618997	rs10458803	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=1.621;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr10	7621578	rs11255201	C	A	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=11;PP=1634;SC=CATGGTGACACCTCCCATTGC;SOR=3.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=62;TCR=11;TR=73;WE=7621586;WS=7621577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	7621771	rs17431370	A	G	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=65;PP=1668;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GTGTGAGGCCACAGTTCTCCA;SOR=0.820;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=238;TCF=109;TCR=129;TR=113;WE=7621779;WS=7621761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,168:0.46:369
chr10	7622009	rs41298373	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=-1.633;SC=CCTCTGCAGGGCCCCGTTGAT;SOR=0.950;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=16;WE=7622017;WS=7621999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr10	7622047	rs12256183	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=15;PP=390;SC=ACCAACACGGAACAGCTCAAG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=7622055;WS=7622037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	7622075	rs12262854	G	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=221;SC=ACTCACCTCCGCACTCTGATT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=7622083;WS=7622065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	7627788	.	C	CA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.306;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr10	7629168	rs945149	C	A	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=262;SC=CAGGGATGCTCAGTGATAACA;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=7629176;WS=7629158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	7658137	.	G	A	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=16;PP=422;SC=GGTAGTCTATGGAATTTCTAA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=7658145;WS=7658127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	7684120	rs113650478	C	CT	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr10	7684185	.	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.888;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=0.145;SC=ATTCCAATTTCCTTTCTTCTT;SOR=0.307;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=7684193;WS=7684175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	7697504	rs11255267	G	A	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=702;ReadPosRankSum=-0.167;SC=TATATGTTTTGGAGGATCTGC;SOR=0.480;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=47;WE=7697512;WS=7697494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr10	7763661	rs7075296	A	G	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	7769604	rs2277226	A	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
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chr10	7785017	rs3736965	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=0.328;SC=ATATTTGTTCTGATTAAATTA;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=7785025;WS=7785007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	7786918	.	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr10	7788495	rs7912419	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=176;ReadPosRankSum=1.852;SC=GAGTCAATAATGAGCCTCTTT;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=14;WE=7788503;WS=7788485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr10	7795911	rs7342066	A	G	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1841;ReadPosRankSum=2.247;SC=GTTTGGCACCATACCTGTGTC;SOR=0.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=122;WE=7795919;WS=7795901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr10	7797903	rs138937189	C	CAACT	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=386;SC=TTTAGCTGAACAACTATACAG;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=7797911;WS=7797893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	7804308	rs1980856	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=532;SC=GCAGTTAATGCCGCCAAGACA;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=7804316;WS=7804298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	7811407	rs2296734	G	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=484;ReadPosRankSum=0.101;SC=GTGTGACATAGTAATTTACAG;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=30;WE=7811415;WS=7811397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr10	7816776	rs35067201	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=24;ReadPosRankSum=1.307;SC=TAAGATATCCGTGAATGATGC;SOR=1.022;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=5;WE=7816784;WS=7816766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr10	7820704	rs111726843	A	AAACAAC	813.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=479;ReadPosRankSum=0.677;SC=TCCATCTCCAAAACAACAACA;SOR=1.292;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=9;WE=7820712;WS=7820694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr10	7821007	rs17142985	A	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=459;ReadPosRankSum=-1.147;SC=CACTGCCATAAATTAGCATAC;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=30;WE=7821015;WS=7820997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr10	7829759	rs17553878	C	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=691;ReadPosRankSum=1.163;SC=CCTGGGAAGACGGGGCCACTC;SOR=0.676;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=96;TCR=48;TR=59;WE=7829767;WS=7829749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,97:0.45:215
chr10	7830319	rs1475406	G	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=512;SC=GGGGGCAGATGTGGGGTCGCA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=7830327;WS=7830309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	7844195	rs932971	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=-2.156;SC=CTATTCCTTCCATATAACTTG;SOR=1.609;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=8;WE=7844203;WS=7844185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr10	7844906	rs1244431	T	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=370;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TTTCGTTTTTTTCTTTTGAAG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=21;WE=7844914;WS=7844896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr10	7846152	rs914609	T	C	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=43;PP=1083;SC=ACCCACAGAGTGCAGAATACT;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=7846160;WS=7846142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	7849100	rs35665884	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	7866268	rs7070208	C	G	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=50;PP=2660;SC=ATTTGCTTTTCACTTTGTTTC;SOR=1.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=87;TCR=50;TR=136;WE=7866276;WS=7866258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr10	7866557	rs1244471	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=-0.324;SC=ATGTTAGTGATTATTTTAATG;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=19;WE=7866565;WS=7866547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr10	8007560	rs1244229	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr10	8019124	rs10795584	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=184;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TCAGTTTGTGAGAGTGGGAGA;SOR=0.976;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=15;WE=8019132;WS=8019114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr10	8019347	.	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.852;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=-2.221;SC=TCTACTCTTTCCTAAGGGACT;SOR=0.307;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=16;WE=8019355;WS=8019337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr10	8093034	rs501764	G	T	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.819;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.29;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=1.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr10	8093185	rs485411	T	C	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=25;PP=678;SC=CCCTACCGAGTGGAGAAAGTC;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=8093193;WS=8093175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	8111345	.	C	CT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=10.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.032;QD=0.84;ReadPosRankSum=-1.692;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr10	8111409	rs422628	C	T	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=46;PP=2323;SC=GTTTTGATTTCACCCTCTCCT;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=118;WE=8111417;WS=8111399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	8115709	.	G	A	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=692;ReadPosRankSum=0.855;SC=TAGATTAACAGACCCCTGACT;SOR=0.591;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=55;WE=8115717;WS=8115699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,81:0.51:160
chr10	9449563	.	G	C	1664	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=20;NF=51;NR=65;PP=1664;QD=14.6445794185;SC=CGGGGTCCTAGACACAGAGCG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=379;TCF=173;TCR=206;TR=116;WE=9449571;WS=9449553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:263,116:0.31:379
chr10	9449628	.	A	G	885	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=22;MQ=51.75;NF=26;NR=54;PP=885;QD=11.4971401568;SC=TGCAGAGCCCATCAGTGGGTT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=240;TCF=95;TCR=145;TR=80;WE=9449636;WS=9449618;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:160,80:0.33:240
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chr10	11047218	rs377078265	GGAGA	G	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.497;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
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chr10	11060187	rs61830380	G	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.406;SC=AGTCGGCGGCGCGAAGGGGAC;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=33;WE=11060195;WS=11060166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr10	11290997	rs2653522	A	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-0.441;SC=TACCTGGAGAAGTCTTGTTGT;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=11291005;WS=11290987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	11299735	rs2277212	A	T	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=17;PP=768;SC=TAGGAATGGTATCGAAGAAAT;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=11299743;WS=11299725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	11308790	rs72051267	TTC	T	643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=30.65;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	11316813	rs67013685	TAGTG	T	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	11316909	rs2244576	G	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=15;PP=756;SC=CATCAGTAGGGAGTAGCAACC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=11316917;WS=11316899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	11316987	rs2244573	G	A	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=28;PP=902;SC=TGCTCTCACCGTCTCCACTTT;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=11316995;WS=11316977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	11317225	rs146971483	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=0.420;SC=GGTGTTAACGTTGGAACCGCC;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=11317233;WS=11317215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr10	11330525	rs2277214	G	A	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=61;PP=1858;SC=GGTGAGTGTGGGGGGTGCTCT;SOR=1.374;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=89;WE=11330533;WS=11330515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	11356093	rs5783207	T	TTTTG	1159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=669;SC=TCTGTTTTCCTTTTTTCAGTG;SOR=1.981;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=15;WE=11356101;WS=11356083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	11360673	rs2279809	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=10;PP=705;SC=TTTGGCAAAAAGGAGAAAGAG;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=11360681;WS=11360663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	11362789	rs35548374	GT	G	1034.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.285;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,91:0.72:127
chr10	11367780	rs3832668	CT	C	837.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=-1.478;SC=CTTACTCTGACTTTTTTTTTC;SOR=0.789;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=21;WE=11367788;WS=11367770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
chr10	11532758	rs882206	C	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=0.563;SC=GAAATGTGCCCACAGGGCCCT;SOR=0.871;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=14;WE=11532766;WS=11532748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr10	11653468	rs189672296	G	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=338;ReadPosRankSum=0.639;SC=CTGCTAGGCTGTGGGCAGCGG;SOR=0.873;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=24;WE=11653476;WS=11653458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr10	11789290	rs4750089	G	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=358;SC=GGAATCGCAGGGGTCCTCACT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=11789298;WS=11789280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	11789382	rs4750090	G	A	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	11789405	rs4750091	G	A	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=27;PP=1028;SC=CAATGCTGAAGTCTCTCCAAA;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=62;WE=11789413;WS=11789395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	11789511	rs4750092	C	G	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=34;PP=1039;SC=GCAGTGCCCACAAGAGCTTTC;SOR=1.031;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=11789519;WS=11789501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	11789637	rs4750093	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	11791741	rs58243400	CCCAGCAAT	C	715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.64;QD=39.76;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	11797322	.	CAA	C	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.684;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr10	11797436	rs7899215	T	C	8997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=96;PP=2965;SC=ACCACCCCGTTCCCGTCATTG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=99;TCR=96;TR=194;WE=11797444;WS=11797426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr10	11797467	rs7910140	G	A	7442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=103;PP=2965;SC=TGGCCTGGCCGCGGCTGCCGG;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=88;TCR=103;TR=191;WE=11797475;WS=11797457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr10	11797619	rs902892	C	G	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=33;PP=1002;SC=TAATTTAACTCCCCCCACCCA;SOR=1.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=49;WE=11797627;WS=11797609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	11805152	rs61844892	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.558;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr10	11805204	rs72781916	A	C	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=495;ReadPosRankSum=1.255;SC=CCTCAGTGACATCCCGTGTCT;SOR=0.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=35;WE=11805212;WS=11805194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr10	11805249	rs61739577	T	C	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=-2.131;SC=TCTTTACTGGTGAGCCCATTT;SOR=0.644;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=46;WE=11805257;WS=11805239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,59:0.53:111
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chr10	11805354	rs12258196	A	G	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	11805357	rs10906011	G	A	4619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	11894221	rs142313031	GAC	G	1810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.031;NF=0;NR=19;PP=715;ReadPosRankSum=0.242;SC=TTTGGTGAGTGACAGTTTTTC;SOR=0.924;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=19;WE=11894230;WS=11894211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr10	11911425	rs72775915	G	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=426;ReadPosRankSum=-1.418;SC=TTCAGCGAGAGGGAACTTCAT;SOR=0.273;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=28;WE=11911433;WS=11911415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr10	11911764	rs117789748	G	A	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=730;ReadPosRankSum=0.604;SC=GGGCCGGCCCGGGGAGTGGAG;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=41;WE=11911772;WS=11911754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,63:0.57:111
chr10	11912228	rs74657303	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr10	11912431	rs12253600	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr10	11978499	rs7921794	T	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=451;ReadPosRankSum=-0.348;SC=AACCTAACTGTATAACTCACA;SOR=0.974;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=30;WE=11978507;WS=11978489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr10	12021312	rs3740023	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CCATCATAAAGAAGTGTTTGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=12021320;WS=12021302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	12046546	rs7079388	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=-0.607;SC=ATCATCTTTGTTGGACTCTTT;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=11;WE=12046554;WS=12046536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr10	12068445	rs72777744	A	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr10	12068542	rs12415637	C	T	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,104:0.53:198
chr10	12071316	rs78315861	A	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.036;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=1.234;SC=CATTAAAATCATGGGACAAGG;SOR=1.357;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=21;WE=12071324;WS=12071306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr10	12071397	rs11257490	G	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=532;ReadPosRankSum=0.916;SC=AACTTGAGTCGAGGCGGCTGA;SOR=0.629;Source=Platypus;TCF=47;TR=39;WE=12071405;WS=12071387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,62:0.43:144
chr10	12111090	rs1279138	T	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=21;PP=875;SC=TCTCCCTCTCTTCTGGCGTGG;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=12111098;WS=12111080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	12123363	rs1722446	T	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.475;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=240;ReadPosRankSum=-0.108;SC=AATAAATAAATAAAAAGTAAG;SOR=2.862;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=13;WE=12123371;WS=12123353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr10	12123667	rs1722445	A	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=109;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GGAGCTGCACACCAGGCCAGG;SOR=0.741;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=10;WE=12123675;WS=12123657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr10	12131218	rs3740016	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=829;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CTCCAGACAACTCAGCCCAGC;SOR=0.650;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=58;WE=12131226;WS=12131208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr10	12140030	rs10906076	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=442;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TATTGCTTCTCCTTCCTGCTC;SOR=1.126;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=26;WE=12140038;WS=12140020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr10	12142286	.	G	GTTTTTT	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	12143105	rs2062988	C	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr10	12148119	rs72779649	A	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr10	12148259	rs1701472	A	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=21;PP=985;SC=GCAACAGCCCACTGTCAGAAG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=12148267;WS=12148249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	12148286	rs1615510	T	C	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	12149808	rs72779653	G	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=0.033;SC=GTTTTGGGGGGCCAGGCAGAA;SOR=0.917;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=7;WE=12149816;WS=12149798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr10	12149939	rs1722462	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=262;ReadPosRankSum=-0.862;SC=AAAGCGGCATCGTCATCCTCC;SOR=0.985;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=24;WE=12149947;WS=12149929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr10	12159647	rs2399771	A	G	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=45;PP=1739;SC=TGCTTGCTGGATGTGTGGCCT;SOR=0.920;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=107;WE=12159655;WS=12159637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	12159668	rs12416681	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,81:0.50:161
chr10	12159844	.	GATCTCCCCTCTCCT	G	389	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=9;PP=389;QD=48.0;SC=AGGTGATGCAGATCTCCCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=12159870;WS=12159834;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr10	12159845	rs34396265	ATCTCCCCTCTCC	A	694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.87;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	12159859	rs376672314	ATT	A	693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.81;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr10	12209752	rs6686	T	C	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=535;ReadPosRankSum=1.008;SC=CATGTTTCAGTGCTAGAGCGT;SOR=0.790;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=43;WE=12209760;WS=12209742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,63:0.53:119
chr10	12211970	rs11257576	T	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=470;ReadPosRankSum=-0.531;SC=AGTGTCTGCTTCTTTCTAGAT;SOR=0.977;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=31;WE=12211978;WS=12211960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,35:0.40:88
chr10	12212186	rs11257577	T	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,61:0.46:134
chr10	12215870	rs35088067	CT	C	228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;MQRankSum=0.516;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
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chr10	12240640	rs11257591	G	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.10;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr10	12276906	.	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TGCCATCATGCCCGGCCAAGA;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=12276914;WS=12276896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	12391733	.	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=-1.510;SC=CCCGGCATCCCCGCCGCCTCT;SOR=0.120;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=15;WE=12391741;WS=12391723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr10	12595037	rs2815629	G	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=220;SC=CCACTGCGCCGGGCTGCCCCT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=12595045;WS=12595028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	12595147	rs2895524	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
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chr10	12833003	rs10717134	TA	T	704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.600;NF=17;NR=9;PP=352;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TTCCTTCCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.979;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=26;WE=12833011;WS=12832993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr10	12856057	rs10795984	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=342;ReadPosRankSum=2.057;SC=CAAATTGCTGGGATTACCTGC;SOR=2.187;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=19;WE=12856065;WS=12856047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr10	12856341	.	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=-2.413;SC=AGTGGGCGGCCCCCGCGACAC;SOR=0.286;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=17;WE=12856349;WS=12856331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr10	12858152	.	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr10	12866356	rs2482023	A	C	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=79;SC=CACCCTGTCCACGACTGAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=12866364;WS=12866355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	12867598	rs1757051	C	G	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=37;PP=1425;SC=CGGCCGTCGTCAGACATATGA;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=77;WE=12867606;WS=12867588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	12870714	rs2482075	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=16;PP=750;SC=AGTGGGAAGCAGGGTGAGAAT;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=12870722;WS=12870704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	12940377	rs10752280	T	C	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=1;PP=125;SC=TCAATTACCGTCAGGATTGGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=12940385;WS=12940367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	12940455	rs10906249	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=12;PP=513;SC=GCCCCCGGGCATTGATGTGCG;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=12940463;WS=12940445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	13158262	rs2244380	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.620;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr10	13166076	rs523747	A	G	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=35;PP=1044;SC=AAAACTCAGCAAAGCTGAGCT;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=62;WE=13166084;WS=13166066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	13167860	rs676302	G	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=-0.997;SC=TTTTTCTACTGGAGTGTTCAG;SOR=0.136;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=6;WE=13167868;WS=13167850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr10	13206233	rs7090944	A	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=505;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GTTTTCTGTTACTCTGTTTCA;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=43;WE=13206241;WS=13206223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,70:0.40:174
chr10	13212848	rs75610705	A	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=0.623;SC=CCATGGGGTCATTTAAATTGC;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=16;WE=13212856;WS=13212838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr10	13212884	rs2147279	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=18;PP=769;SC=TGGAATTAGCCGTGCTTATTC;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=13212892;WS=13212874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	13214427	rs17152897	A	G	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=1263;ReadPosRankSum=0.483;SC=GAGCAGCTAAAAGTAACAACA;SOR=0.572;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=150;TCF=89;TCR=61;TR=79;WE=13214435;WS=13214417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,116:0.53:217
chr10	13214812	rs6602637	A	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=14;PP=345;SC=GTATGTGTTTATGTGTGTGGG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=13214820;WS=13214802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	13217435	.	G	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=167;ReadPosRankSum=0.694;SC=GAACAAATCCGTAAAAACAAA;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=12;WE=13217443;WS=13217425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr10	13224886	rs3765520	G	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr10	13225119	rs11258235	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=1.695;SC=CTGTTTCTGGGATTTGATTGA;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=11;WE=13225127;WS=13225109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr10	13225203	.	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=0.549;SC=CACCTGTAATCCTAACACTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=13225211;WS=13225193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr10	13230837	rs6602641	A	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=169;ReadPosRankSum=0.405;SC=GCTGTTTCCCAGCCTGTTGCC;SOR=0.460;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=13;WE=13230845;WS=13230827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr10	13230950	rs2296222	C	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=436;ReadPosRankSum=0.410;SC=GCGTGCGGATCTGCAGTCCAC;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=37;WE=13230958;WS=13230940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr10	13231194	rs2296221	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-2.484;SC=TTTATCTTTCATAACTCACTA;SOR=1.075;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=4;WE=13231202;WS=13231184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	13233471	rs7916762	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=181;ReadPosRankSum=-0.422;SC=AAAGACTACACATTGGGTACA;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=16;WE=13233479;WS=13233461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr10	13237015	rs10796036	G	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=714;SC=CCCTGTTTGCGTATTTTGACT;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=13237023;WS=13237005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	13239875	.	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=0.265;SC=TCCATTTCCTCCTATATAGAA;SOR=1.721;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=11;WE=13239883;WS=13239865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr10	13239917	.	ATT	A	88.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=-2.369;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	13271513	.	G	GA	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr10	13275437	rs41291315	A	G	112.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=0.862;SC=CTTCGTGCCCAGCTGCATCCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=13275445;WS=13275427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	13275510	rs7893239	C	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=1.725;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr10	13275514	rs4750327	A	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.54;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	13275553	rs3829925	T	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=13;PP=651;SC=ACCTCATCTCTGGACTTGGGG;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=13275561;WS=13275543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	13275643	rs4750328	G	A	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=692;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TCTGAAACCCGGGAGAGGCCT;SOR=0.506;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=45;WE=13275651;WS=13275633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,69:0.56:124
chr10	13275676	rs3829926	T	C	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.172;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1332;ReadPosRankSum=0.131;SC=GTGGGGGTGCTGGGGCTGCTG;SOR=0.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=92;WE=13275684;WS=13275666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr10	13275691	rs10796042	G	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=536;ReadPosRankSum=-1.288;SC=CTGCTGCTTCGCTGGCTGCAC;SOR=0.818;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=42;WE=13275699;WS=13275681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,69:0.49:142
chr10	13276013	rs145048266	G	GT	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=7;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.056;NF=5;NR=6;PP=517;ReadPosRankSum=2.138;SC=TTTCTTTACTGTTTTTTATTA;SOR=1.179;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=11;WE=13276028;WS=13276003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr10	13276020	rs117607981	A	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.081;NF=9;NR=6;PP=539;ReadPosRankSum=2.587;SC=ACTGTTTTTTATTATTATTAT;SOR=0.804;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=15;WE=13276028;WS=13276003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr10	13276179	rs942418	A	G	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=22;PP=700;SC=AACACCCTCCACCTTGACCCT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=13276187;WS=13276169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	13320411	rs825625	A	T	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.537;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.41;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr10	13325946	rs648173	C	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=18;PP=577;SC=AAGCATTTCTCTCTCCCAAGA;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=13325954;WS=13325936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	13330291	rs7900830	G	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=177;SC=AAACTCTTTAGAGGTACTGAT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=13330299;WS=13330283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	13334058	rs1408364	A	G	164.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=4;PP=73;SC=TTGCAAACAAAGCATGAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=13334066;WS=13334048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	13337319	rs654536	A	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=130;SC=CAGAGTGAGAACCTTTCTCTA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=13337338;WS=13337309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	13337330	rs654553	T	C	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=3;PP=158;SC=CCTTTCTCTATAAAAAATAAA;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=13337338;WS=13337309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	13337588	rs1747682	G	A	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=486;SC=GGGTTAGAACGTTATTATCCA;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=13337596;WS=13337578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	13341836	rs511959	G	C	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=113;SC=AGGCGGGGACGCGGCGCTGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=13341844;WS=13341827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	13341889	rs732704	C	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=348;SC=CCCGAGGCCTCCACCCGGACC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=13341908;WS=13341879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	13341900	rs512109	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=4;PP=290;SC=CACCCGGACCAGGGCCACCAC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=13341908;WS=13341879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	13344169	rs3758423	G	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=95;SC=AGCATCACCAGCCCCTTCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=13344177;WS=13344159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	13350590	rs148418925	ATT	A	307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=16;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=105;SC=ATTACAGATAATTTTTTTTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=13350600;WS=13350580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	13481427	rs12415754	T	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=633;ReadPosRankSum=1.259;SC=TTGTCTGAGGTGAGCTCTGCA;SOR=1.119;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=42;WE=13481435;WS=13481417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,66:0.39:171
chr10	13494396	rs3832669	TAA	T	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=0.583;SC=AATAAGACTTTAAGAGAGCAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=13494405;WS=13494395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	13494594	rs2277222	T	C	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,72:0.46:157
chr10	13534851	rs2251555	A	G	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.541;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=725;ReadPosRankSum=-0.525;SC=GGGAAATTGGAGGTTGTTGTC;SOR=1.039;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=49;WE=13534859;WS=13534841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,76:0.64:119
chr10	13541724	rs113234105	T	TAAAAC	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=129;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TATTTAGAAATAGAACAGTAC;SOR=1.022;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=3;WE=13541732;WS=13541714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	13570569	.	GGCGGCAGCGGCGGCA	G	1088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=5;PP=1826;SC=CTGAGGAGGCGGCGGCAGCGG;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=13570591;WS=13570559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	13570673	rs10906401	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.10;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	13633835	rs10906419	A	G	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=850;ReadPosRankSum=-1.282;SC=CTTCAGGAAGACCGCCCTCTT;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=58;WE=13633843;WS=13633825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,76:0.56:136
chr10	13633929	rs10796097	T	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr10	13647579	.	C	CAA	32.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	13653490	rs2478121	C	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=265;SC=AAATTCCATCCGATTTTTAAG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=13653498;WS=13653480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	13653653	rs1135102	A	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=420;ReadPosRankSum=1.465;SC=ATGATCATAAAGACATGGACA;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=32;WE=13653661;WS=13653643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,64:0.49:131
chr10	13658335	rs2253308	G	A	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=20;PP=1241;SC=AATACTTTCAGTAAGAATTTG;SOR=1.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=13658343;WS=13658325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	13693883	rs11258499	C	T	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=760;ReadPosRankSum=0.886;SC=GCAGTAGGAACAAAACTCCCC;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=56;WE=13693891;WS=13693873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,101:0.49:205
chr10	13696570	rs10906442	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=238;ReadPosRankSum=-1.327;SC=CACAGGTGAAAGAGCTTGCGA;SOR=0.275;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=16;WE=13696578;WS=13696560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr10	13701360	.	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CGGACCCGCAGGTCTGGCGTG;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=9;WE=13701368;WS=13701350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr10	13702668	rs10796105	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=25;SC=AACCCACACCTTCACCCCTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=13702676;WS=13702658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	13705298	rs10796108	G	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=498;SC=CCCAACCAAAGAGGTGAATAC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=13705316;WS=13705288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	13705307	rs55876188	ACT	A	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=2;PP=1067;SC=AGAGGTGAATACTGGGAAATG;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=13705316;WS=13705288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	13717076	rs3814663	C	G	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=509;ReadPosRankSum=-0.048;SC=ACTTGGCCAGCTGACAGGGGA;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=32;WE=13717084;WS=13717066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr10	13735603	rs943090	G	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
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chr10	13743646	rs1541005	G	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=13;PP=393;SC=TGCGCACACAGCTTACAGACA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=13743654;WS=13743636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	13749228	.	G	A	80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=80;QD=19.1285354245;SC=AACAGAGACCGTAGTCTGTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=13749236;WS=13749218;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,6:0.38:16
chr10	13782109	rs11595190	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr10	13782110	rs11258567	A	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.000;QD=18.01;ReadPosRankSum=1.502;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr10	13782124	rs10906462	A	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.57;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	13782605	rs6602679	G	A	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.582;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=603;ReadPosRankSum=0.287;SC=GAATGCTGTTGTTGGAGTCTC;SOR=0.889;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=38;WE=13782613;WS=13782595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,60:0.53:114
chr10	13803866	rs17628770	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.105;SC=ATATGAAACTAAACTCTAGAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=13803874;WS=13803856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr10	13838604	rs3740121	A	G	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=45;PP=1300;SC=GAAAATAGAGACAAATTGGTT;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=13838612;WS=13838594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	14050161	.	C	CTGTGTG	64.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.64;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	14372306	rs35432616	G	GA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.399;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	14425204	rs12780876	T	A	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=331;SC=CTTGCTTCAGTCAGGCTGTTC;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=14425212;WS=14425194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	14572644	rs7922221	G	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=365;SC=CTGGGGCATCGCTGATAAATA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=14572652;WS=14572634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	14882040	.	A	AAT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.544;SC=CATACATTGTAATATATATAT;SOR=0.799;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=4;WE=14882048;WS=14882030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr10	14968656	rs5783424	C	CA	69.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	14969009	rs41259644	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-1.456;SC=TAATGGGCTCGCTTCAGCAGC;SOR=0.175;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=14969017;WS=14968999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	14976414	rs7076862	G	A	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.294;NF=38;NR=29;PP=842;ReadPosRankSum=0.707;SC=TTGGTGAACAGATATTCATAG;SOR=0.441;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=137;TCF=83;TCR=54;TR=67;WE=14976422;WS=14976404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,108:0.56:194
chr10	14976727	rs35441642	G	C	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.691;NF=36;NR=60;PP=1058;ReadPosRankSum=-1.296;SC=GTAAAATCTTGGATCACAGAA;SOR=0.778;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=219;TCF=90;TCR=129;TR=96;WE=14976735;WS=14976717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,182:0.49:371
chr10	14978451	rs12245497	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=0.674;SC=CCAGCCCCCTATTAATTTTAG;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=7;WE=14978459;WS=14978441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr10	15008493	rs4750568	A	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr10	15014369	rs1935401	C	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=178;ReadPosRankSum=0.511;SC=TTGTGGGTATCATACTTTAAA;SOR=0.602;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=12;WE=15014377;WS=15014359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr10	15014418	rs1935400	C	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=452;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TACTTTGTTTCTGTAAGTCAT;SOR=0.883;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=29;WE=15014426;WS=15014408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr10	15014440	rs1935399	A	G	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=510;ReadPosRankSum=1.672;SC=CTTTTTAACTATTTGATAGTA;SOR=0.801;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=36;WE=15014448;WS=15014430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr10	15014698	rs4418687	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=12.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.63;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr10	15014702	rs4295952	A	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=12.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.22;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=0.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr10	15057310	rs10906795	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=425;ReadPosRankSum=1.197;SC=CCAGAGCAACACGCAGCCTAG;SOR=0.414;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=34;WE=15057318;WS=15057300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr10	15057496	rs76994393	A	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=293;ReadPosRankSum=0.684;SC=TGTACGGGCAAATTATTTGAA;SOR=1.174;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=23;WE=15057504;WS=15057486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr10	15106441	rs10906818	A	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=25;PP=874;SC=CACTAGGTCTAAAAGAAAACA;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=49;WE=15106449;WS=15106431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	15107598	.	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=455;ReadPosRankSum=-2.188;SC=GGCCTGGCATCGCATTCCCAA;SOR=1.527;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=27;WE=15107606;WS=15107588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
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chr10	15121195	rs11259464	A	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=8.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-2.176;SOR=1.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
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chr10	15145855	rs15772	C	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=627;ReadPosRankSum=1.725;SC=CTAGCCTTGGCGTTCAAAAAG;SOR=0.641;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=44;WE=15145863;WS=15145845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,62:0.59:105
chr10	15146061	rs34040166	C	G	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=6.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
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chr10	15161334	rs45582333	G	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-0.056;SC=TTATCACCTTGTCTTTACCTC;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=15;WE=15161342;WS=15161324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr10	15177189	rs377605955	GT	G	640.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.80;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
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chr10	15177199	rs75862926	T	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.68;ReadPosRankSum=-1.651;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr10	15177237	rs12243440	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr10	15183159	rs41284467	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=2.105;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr10	15254840	.	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=1.097;SC=TTTCCTCCACGAACGGGTACG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=15254848;WS=15254830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	15256194	rs3814165	G	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=582;ReadPosRankSum=3.490;SC=GCCTTTAAGGGAAAAACCTCC;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=41;WE=15256202;WS=15256184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr10	15263100	rs6602828	C	T	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=417;ReadPosRankSum=0.385;SC=AAGCACACCACGCTCCTTTGT;SOR=0.494;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=33;WE=15263108;WS=15263090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr10	15296572	rs3824620	A	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=344;SC=ACAGTTTCAAAGCACTTGAAC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=15296580;WS=15296564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	15317834	rs45612734	GA	G	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=0.124;SC=AATAAAAACTGAAAAAAATAT;SOR=1.292;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=11;WE=15317842;WS=15317824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr10	15412873	.	C	CCCGCCG	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=-0.383;SC=CCGGGACCCTCCCGCCGCCGC;SOR=1.153;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=15412881;WS=15412863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr10	15413071	rs192904368	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr10	15573050	rs1041135	A	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=13;PP=625;SC=GATACTCACTACTATGCTTCC;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=15573058;WS=15573040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	15590372	rs9333229	G	T	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=107;SC=ATTAGAAATCGCTATGAAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=15590380;WS=15590362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	15600271	rs2277204	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=-0.382;SC=TTTAGCCTTGAACTCTAGGCA;SOR=1.643;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=15600290;WS=15600261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr10	15634075	.	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.125;NF=12;NR=4;PP=228;ReadPosRankSum=-1.608;SC=AAACAATTGAGAAAAACAAAG;SOR=0.876;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=16;WE=15634083;WS=15634065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr10	15639265	.	C	T	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=2.542;SC=GTTACATTTTCCATCTTGTAC;SOR=0.740;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=28;WE=15639273;WS=15639255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
chr10	15648104	rs2282384	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	15648243	rs2282383	C	T	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	15650401	rs3041592	TAC	T	168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=28.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	15685983	rs4748191	A	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=4;PP=414;SC=AATGGACTCTATTTCAGGACG;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=15685991;WS=15685973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	15701106	.	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=0.674;SC=GAATTGGAGCCTTTTTTAAAA;SOR=0.317;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=17;WE=15701114;WS=15701096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr10	15701162	.	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr10	15713507	rs7100228	A	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=11;PP=800;SC=CCTTTGGTATAGCAAATAAAA;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=15713515;WS=15713497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	15713541	rs6602051	T	C	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=20;PP=1012;SC=AAAAACTTTATATGCCATTTT;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=57;WE=15713549;WS=15713531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	15713667	rs7100510	C	G	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=41;PP=1152;SC=GAAAAAGAAACAAACTAATCA;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=15713675;WS=15713657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	15726014	.	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr10	15729923	rs1954181	C	T	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=70;PP=2591;SC=CACAAGCCCACGGCTCATACT;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=144;WE=15729931;WS=15729913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr10	15761527	rs9333070	T	C	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=18;PP=1023;SC=AGCGCCTTCGTCCCCGCGCGC;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=15761535;WS=15761517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	15879379	.	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TCATAAAAGGGAAAATTTTTA;SOR=0.160;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=15879387;WS=15879369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	15883344	.	A	AT	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=419;ReadPosRankSum=1.276;SC=ATTTTAAGTAATTTTTTCTTC;SOR=0.722;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=15883352;WS=15883334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr10	16526840	rs2275731	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=202;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TTCTTTGACAGTATTTGTTCA;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=14;WE=16526848;WS=16526830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr10	16547058	rs7904014	A	G	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=38;PP=1642;SC=AGTTTGCTCAACTTGGCTGCT;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=93;WE=16547066;WS=16547048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	16556710	rs7909832	T	C	5453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=90;PP=2223;SC=CACGCACCTATGTGAAACAGA;SOR=1.081;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=56;TCR=90;TR=146;WE=16556718;WS=16556700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr10	16562851	.	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.325;SC=CGCGGACCCGCCTTCCCGGGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=16562859;WS=16562841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	16794623	rs10445	C	T	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=860;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CCTTAGGCAGCGAGATCAGGT;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=64;WE=16794631;WS=16794613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,114:0.54:211
chr10	16796919	rs1049632	C	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=251;ReadPosRankSum=0.056;SC=AGTTGTTGTACGTCAAGTCCA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=16;WE=16796927;WS=16796909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr10	16866840	rs780636	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.636;NF=7;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=1.203;SC=TGATTCTATCCATGGTTTGGT;SOR=2.419;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=8;WE=16866848;WS=16866830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr10	16870912	rs1801232	G	T	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=511;ReadPosRankSum=1.006;SC=TGAAGTAGAAGTTGATGGTGA;SOR=0.993;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=38;WE=16870920;WS=16870902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,73:0.51:143
chr10	16876922	rs703060	A	G	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=82;SC=GAATCATATAATATTAGCAGC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=16876930;WS=16876918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	16878204	rs703062	T	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=9;PP=610;SC=GGCAGCTTTTTTGAATAAAAG;SOR=1.445;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=16878212;WS=16878194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	16882518	rs703064	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr10	16911605	rs703075	C	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=-1.097;SC=ACAGTCCTGACAAATAGATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=16911613;WS=16911595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr10	16918972	rs1801241	A	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=609;ReadPosRankSum=1.248;SC=GAACCGGCCCAGCGATGGTGA;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=50;WE=16918980;WS=16918962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,72:0.49:147
chr10	16932490	rs1801238	G	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr10	16943371	rs2796835	G	C	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=48;PP=1545;SC=CTCCAACAGCGAAGAGCAGTG;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=16943379;WS=16943361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	16945905	rs5783520	TG	T	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=239;ReadPosRankSum=0.384;SC=GAAATCTTTATGGAAAAAAAT;SOR=0.191;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=16945913;WS=16945895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr10	16946125	rs7088988	T	C	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=862;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CTGAACAAAATAATATACCAA;SOR=0.817;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=115;TCF=46;TCR=69;TR=55;WE=16946133;WS=16946115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,96:0.51:188
chr10	16948177	rs780807	A	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=14;PP=1152;SC=ATAAATGGGAAAACGCATTCT;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=16948185;WS=16948167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	16949401	rs780805	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=-0.420;SC=AAGATTTCAAGTATCACTAAA;SOR=1.148;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=14;WE=16949409;WS=16949391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr10	16949447	rs780804	A	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=15;PP=658;SC=TTGGCAGTAGATGGGGGCATC;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=16949455;WS=16949437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	16967401	rs1276712	C	T	3782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=59;PP=1670;SC=GGGTGGAGAACAGATATCAGG;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=16967409;WS=16967391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	16967445	rs1276713	T	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=41;PP=1167;SC=AATTAAAATTTCATCAACTCC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=16967453;WS=16967435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	16979661	rs1801234	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=2.502;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr10	17007818	rs57634749	C	CT	325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=139;SC=CTGATAGGTACTTAAATACAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=17007826;WS=17007808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	17007847	rs61151602	T	TA	732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=547;SC=ATTTGATTCTTACAGTTCCAC;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=17007855;WS=17007837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	17008171	rs1687708	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.72;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr10	17008183	rs1687706	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	17024503	rs1801231	G	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=6;PP=265;SC=GAGTCTTGTGGTTCAAGATCA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=17024511;WS=17024493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	17024615	rs1801229	A	T	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=23;PP=737;SC=TTGGAGAATGAATCTCTCCAC;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=17024623;WS=17024605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	17026010	rs2291523	A	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=10;PP=524;SC=ACTAAGTTATAAGTGTGTAGC;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=28;WE=17026018;WS=17026000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	17026384	rs3012494	A	G	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=75;SC=TATGATTATTAGAGATTGAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=17026392;WS=17026374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	17032559	rs925522	A	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	17032559	.	ACA	CCG	593	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=11;PP=593;QD=53.8723229052;SC=GGGCAACAGCACATGGAAAAT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=17032569;WS=17032549;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr10	17032561	rs925523	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.37;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	17110474	rs4747297	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=0.940;SC=AGAAAATATACATTCTTTGTC;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=17110482;WS=17110464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	17110595	rs10795440	G	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=-0.792;SC=AAAGGGAACAGTCTCTTACCC;SOR=0.489;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=26;WE=17110603;WS=17110585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr10	17113479	rs17432826	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=424;ReadPosRankSum=-1.116;SC=AGACAGTGAAGTTGAGGAGAA;SOR=0.991;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=30;WE=17113487;WS=17113469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,46:0.43:107
chr10	17113563	rs1801225	C	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=517;ReadPosRankSum=1.930;SC=GAAAAAAAGGCGAGCGAATGA;SOR=0.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=39;WE=17113571;WS=17113553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,59:0.52:114
chr10	17141952	rs1033765	C	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=103;SC=TGATTAAGAACACTTAATAAC;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=17141960;WS=17141942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	17146667	rs4748353	C	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=25;PP=670;SC=CTTTAATCAACCCAAATAATA;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=17146675;WS=17146657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	17147521	rs1801224	G	T	4219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=48;PP=1620;SC=CATCCATTTGGCCCATAACCA;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=88;WE=17147529;WS=17147511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	17156151	rs1801222	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=502;ReadPosRankSum=1.820;SC=GTTGGGTGAAAACATCCACCC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=33;WE=17156159;WS=17156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr10	17157630	rs2295813	C	T	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=18;PP=670;SC=TGTCAGGGCACGCGCTTTGGG;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=17157638;WS=17157620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	17164760	rs11409967	A	AC	761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=9;PP=1014;SC=TCAAAAATATACTGATATTTA;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=24;WE=17164781;WS=17164750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	17171265	rs2281648	G	C	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=36;PP=1239;SC=TAATTCAAACGAGAGAATGCA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=67;WE=17171273;WS=17171255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	17195428	rs2273736	G	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=424;ReadPosRankSum=-1.603;SC=GTTTAGGCAAGTCCTAGACAC;SOR=0.562;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=35;WE=17195436;WS=17195418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,59:0.42:141
chr10	17199419	rs2295810	C	G	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=30;PP=1306;SC=GATACAGGATCAATAGATCTT;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=17199427;WS=17199409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	17199830	rs7894268	A	C	32.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr10	17204139	rs33993216	G	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=5.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.677;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,69:0.49:140
chr10	17204187	rs11254413	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=5.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.278;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,71:0.46:154
chr10	17204246	rs111781208	TA	T	461.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=7.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.009;SOR=1.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr10	17204248	rs200006483	A	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=14.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.593;SOR=2.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
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chr10	17211383	rs7084476	T	C	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=109;SC=CATCTGTTAATATATTATCAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=17211391;WS=17211377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr10	17243443	rs11271712	G	GCCGCCCCACAGTGT	1078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=2790;ReadPosRankSum=2.369;SC=ACAACCGAGGGCCGCCCCACA;SOR=0.950;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=8;WE=17243451;WS=17243433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr10	17243480	rs1885394	T	A	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=35;PP=1247;SC=GTCCGCCCCTTGCGTCTCGCC;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=73;WE=17243488;WS=17243470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	17271400	rs3758410	G	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=-1.292;SC=CGCCGCCCAGGCCATCGCCAC;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=11;WE=17271408;WS=17271390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr10	17276066	rs57465155	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-0.904;SC=ATTGTGTTTGCCACCACAGCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=17276074;WS=17276056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	17365228	.	GCA	G	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.63;NF=0;NR=2;PP=43;QD=24.5;SC=ACATATGCGCGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=2;WE=17365237;WS=17365218;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr10	17636182	rs2272144	G	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=1.306;SC=TCAAATCAAAGTACTAATAAG;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=3;WE=17636190;WS=17636172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr10	17636309	rs1053926	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr10	17636512	rs11599234	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr10	17645652	.	A	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=546;ReadPosRankSum=0.268;SC=CAATTCCTTAAAAAGAAAAAC;SOR=0.527;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=42;WE=17645660;WS=17645642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr10	17645814	rs2252808	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TCAACATTGGCATTCAGCAAA;SOR=1.012;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=4;WE=17645822;WS=17645804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr10	17646048	.	TA	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr10	17659131	rs11254692	C	A	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=21;PP=646;SC=GTGGCCAAGACCCCCAGGCGC;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=17659139;WS=17659121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	17659149	rs7895850	C	T	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=18;PP=513;SC=CGCCTCCGCTCGCCGGGAGCC;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=17659157;WS=17659139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	17659355	rs76308933	G	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.451;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=1.068;SC=CGCGCAGGGGGCTCGGCGCAG;SOR=1.850;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=17659363;WS=17659345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	17750635	rs2688791	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TCAAAATGCCCGTTGACAGAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=17750643;WS=17750625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr10	17751046	rs942775	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=1.841;SC=CTAATAAATATCTGTGGTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=15;WE=17751054;WS=17751036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr10	17756778	.	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.471;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr10	17875857	rs56278466	T	G	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=62;PP=1815;SC=ATGAAAAGTCTCAAGTAAAAT;SOR=1.203;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=97;WE=17875865;WS=17875847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	17891705	rs1926736	A	G	9143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.84;QD=35.58;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr10	17891705	.	AGTGACCTC	GGTGACCTC,GGTGACCTT	1322	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=55.56;NF=74,37;NR=103,49;PP=955,1322;QD=5.5919277545;SC=GAAGGAAGGCAGTGACCTCGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=74;TCR=104;TR=177,86;WE=17891721;WS=17891695;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:178
chr10	17891713	rs141663670	C	T	2739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=0.224;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.673;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,132:0.52:255
chr10	18087564	rs56389130	C	A	7750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=72;PP=2965;SC=ATTCTACGCTCCACCAAATAC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=101;TCR=73;TR=173;WE=18087572;WS=18087554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr10	18242304	rs691112	T	C	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=49;PP=1893;SC=CAGCCCAGGATAGCAGAAGCC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=18242312;WS=18242294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	18254606	rs691513	C	A	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	18266989	rs2478568	G	A	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	18550887	rs12261375	T	C	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	18551154	rs10764369	G	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	18691018	rs3750592	G	A	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=22;PP=569;SC=GTTGTGCTGTGCCCCTGATAG;SOR=1.201;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=18691026;WS=18691008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	18789724	rs4485000	T	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.727;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=267;ReadPosRankSum=2.120;SC=TTTTAATGCTTTTGATTTTGT;SOR=1.697;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=15;WE=18789732;WS=18789714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
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chr10	18828663	rs4747352	G	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.42;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr10	18834797	.	TA	TAAAAAAA,T	162	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=13;HapScore=3;MGOF=20;MMLQ=22;MQ=59.03;NF=5,5;NR=2,2;PP=162,76;QD=23.8571428571;SC=ACACTTTGGTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=7,7;WE=18834805;WS=18834787;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.70:10
chr10	18836957	rs4747353	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TTTTACTTATCTCTTCGTTAA;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=18836965;WS=18836947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	18840919	rs12767546	T	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=2.094;SC=AGAATTATAATCATGTTTACT;SOR=1.091;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=15;WE=18840927;WS=18840909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr10	18875051	.	G	GA	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr10	18884992	rs78634075	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=-0.774;SC=CTGAGCTTAATATGTAGTGAC;SOR=0.155;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=7;WE=18885000;WS=18884991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr10	18903281	rs11405681	C	CA	604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.660;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;MQRankSum=0.411;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chr10	18955434	.	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr10	18957699	.	CTT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.775;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.760;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr10	19355918	rs72787427	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GGGAAGCAGAATCTTGTCTGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=19355926;WS=19355908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr10	19376734	rs112293611	G	GT	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.035;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.777;NF=5;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=-0.339;SC=ATTCTTTCTGGTTTTTTTTTG;SOR=0.285;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=16;WE=19376742;WS=19376724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr10	19377215	rs11008436	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=3.736;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=0.343;SC=CCAGTTTGCCAGGGACTGAGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=19377223;WS=19377205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr10	19392857	rs10159517	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	19413368	rs10450317	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=0.834;SC=GTATATAAGCTTTTTGGTTGA;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=8;WE=19413376;WS=19413358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr10	19413603	.	GA	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.335;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr10	19492566	rs7902704	A	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=3;PP=567;SC=ATACAGAAGCATAATAAGGTG;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=19492574;WS=19492556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	19492832	rs7476259	A	C	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=52;PP=1598;SC=CAGGGACTCTACAACCACTGC;SOR=1.374;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=75;WE=19492840;WS=19492822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	19493144	.	T	C	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=60;QD=18.9542425094;SC=AGTTAGACAATGATCTTGCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=19493152;WS=19493134;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,5:0.45:11
chr10	19493415	rs2358348	C	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=20;PP=506;SC=AGGCATACCTCTGCACTTATT;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=19493423;WS=19493405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	19494316	rs144770813	TTA	T	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.63;MQRankSum=1.315;NF=0;NR=5;PP=123;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CTGATGAATGTTATGTGTGGT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=19494325;WS=19494306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr10	19498278	rs2358355	G	A	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=41;PP=1857;SC=TGGACCAGGAGCCAGGGTCCA;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=103;WE=19498286;WS=19498268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	19498722	rs2245136	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TCAAAGTTACATTGAGACACA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=19498730;WS=19498712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	19546796	rs10763903	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AAATTTCCAATATGACCTTGC;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=8;WE=19546804;WS=19546786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	19571940	rs11009290	CA	TG	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.932;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.45;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr10	19572060	rs72796460	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=0.584;SC=GGAACGGGATCAGCATTCATC;SOR=1.152;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=20;WE=19572068;WS=19572050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr10	19572207	rs4748570	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=0.587;SC=GCCAATGCTACTGTAAAGACA;SOR=1.426;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=19572215;WS=19572197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	19616400	rs368517843	TA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr10	19616735	rs1577289	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=61;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GTGGACACCATGCTTAACACT;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=19616743;WS=19616725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	19620407	rs7100382	A	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=686;ReadPosRankSum=2.093;SC=AAGTGTACTGATCATGAATTC;SOR=0.581;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=46;WE=19620415;WS=19620397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr10	19620439	rs7100403	A	G	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=569;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TAAGCACTGCATTGCCAAAGA;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=47;WE=19620447;WS=19620429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,59:0.53:112
chr10	19620559	rs7082205	G	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=362;SC=AACTCCCACAGCCTTACTCAA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=19620567;WS=19620549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr10	19637088	rs1577307	G	A	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=196;SC=TATGTGAAGGGGGGAAAAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=19637096;WS=19637078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	19641035	rs10827306	T	C	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=577;ReadPosRankSum=-0.279;SC=AACCTCACTGTAGAACAAGGC;SOR=0.910;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=34;WE=19641043;WS=19641025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr10	19641231	rs7092566	A	G	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.785;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,94:0.56:167
chr10	19641239	rs10616221	CTG	C	6017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=68;PP=2986;SC=ACATTCTAATCTGTGTGTGTG;SOR=1.257;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=1;TCR=79;TR=69;WE=19641248;WS=19641221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	19676553	rs12773592	A	G	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.753;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr10	19676561	rs12771333	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=1.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr10	19678142	.	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.159;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=243;ReadPosRankSum=0.551;SC=CATAAATATCCCATCAGATCA;SOR=1.410;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=17;WE=19678150;WS=19678132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr10	19678286	rs10763974	C	T	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=31;PP=1113;SC=TCAGATCATACGAATTGTAAT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=19678294;WS=19678276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	19678497	rs10763975	G	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=26;PP=685;SC=CTGGTATTTCGTATCTGCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=19678505;WS=19678487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	19678602	rs7896087	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=168;SC=AGGGTCTTGCTCTGTCACTCA;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=19678610;WS=19678592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	19739459	rs6415957	T	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=14;PP=365;SC=AAGCACATTTTTAATCTAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=19739467;WS=19739449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	19778072	rs2184035	A	G	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=45;PP=1364;SC=GCCACAGGAAAAGCCTAACAG;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=19778080;WS=19778062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	19780543	rs10827499	C	T	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	19820219	.	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=2.478;SC=GCAAGCCTTGGAATGTGTACT;SOR=0.507;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=9;WE=19820227;WS=19820209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr10	19896830	rs7909976	C	A	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=29;PP=1062;SC=CCAGCTGCTCCGGTACCCCAT;SOR=0.855;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=52;WE=19896838;WS=19896820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	20105936	rs989767	T	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=3;PP=987;SC=GGCCCGGTCGTGCCTATTGCA;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=20105944;WS=20105926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	20106277	.	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CCCAAATGGGGAAAGAGGGTT;SOR=2.049;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=13;WE=20106285;WS=20106267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr10	20290956	rs1409344	T	A	210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=5;PP=77;SC=ATTAATGAATTTATTTCATGT;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=20290964;WS=20290946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	20336112	rs10740961	G	T	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=126;SC=AATTTAGATTGATTACTGCAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=20336120;WS=20336102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	20357183	rs7072650	A	G	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=34;PP=1135;SC=GTGGTTTTCTACCCATTCACC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=20357191;WS=20357173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	20436838	rs4626974	G	C	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=704;ReadPosRankSum=-0.096;SC=AGAAGTAAGTGATGCGTTGAT;SOR=0.653;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=47;WE=20436846;WS=20436828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr10	20500743	rs10827997	T	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=-0.044;SC=TATTCAAAATTTATGCCCTAA;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=13;WE=20500751;WS=20500733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr10	20506326	rs12783379	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=237;ReadPosRankSum=0.273;SC=GATCACTCCATTTGTTTTCCT;SOR=0.862;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=18;WE=20506334;WS=20506316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr10	20506404	.	G	A	2636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.423;SC=ACTTCTTCTCGAACCACCACA;SOR=0.781;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=40;WE=20506436;WS=20506394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,69:0.52:133
chr10	20506418	rs3817405	G	A	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CACCACAACCGTAGGAGCGAC;SOR=0.807;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=41;WE=20506436;WS=20506394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,72:0.53:136
chr10	20534333	rs2778979	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TGGCCTCATCATTGGAATCCT;SOR=0.757;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=17;WE=20534341;WS=20534323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr10	20568524	rs2681949	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=228;ReadPosRankSum=-1.146;SC=GATAATTTAATGTGTTAATTA;SOR=1.508;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=15;WE=20568532;WS=20568514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr10	21108377	rs1006363	C	T	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=16;PP=622;SC=CCTGGTTTCGCCTCACTCTCT;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=21108385;WS=21108367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	21141469	rs703089	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.88;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	21147072	.	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=1.370;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	21147091	.	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-1.334;SC=GGAAGCAGGTGAGCACATGAA;SOR=0.730;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=6;WE=21147099;WS=21147081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr10	21148584	rs4748729	C	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=4;PP=175;SC=ACAGTCGATTCTAAAAAAAAC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=21148592;WS=21148574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	21157492	rs2296609	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=130;SC=CTCTGTTTATTCTTGCAATTA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=21157500;WS=21157482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	21157763	rs5783755	CA	C	98.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.363;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	21176945	rs703100	G	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=359;SC=TGATGAAAACGTTTTATTAAA;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=21176953;WS=21176935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	21177156	rs67288319	GA	G	745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=13;PP=355;SC=AAAAAAACAGGAAAAAAATAA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=21177164;WS=21177146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	21185821	rs788971	A	C	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=17;PP=1073;SC=CAGCTCTATGACTCTATAACA;SOR=1.574;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=21185829;WS=21185811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	21185889	.	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=363;ReadPosRankSum=1.058;SC=CCACTTACATCGCTAATGAGT;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=32;WE=21185897;WS=21185879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,47:0.33:144
chr10	21359022	.	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.05;ReadPosRankSum=3.240;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr10	21414892	rs625223	C	G	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,82:0.58:142
chr10	21415006	rs11591355	T	C	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=438;ReadPosRankSum=-0.406;SC=ACCAGCTTCCTGGGAGGCCTC;SOR=0.748;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=41;WE=21415014;WS=21414996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr10	21435340	rs72102767	ACACT	A	3686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.404;NF=11;NR=30;PP=1951;ReadPosRankSum=0.782;SC=TAAAGCACAAACACTCTCTCT;SOR=0.676;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=23;TCR=69;TR=41;WE=21435351;WS=21435330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,100:0.47:213
chr10	21461232	rs35856892	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=220;ReadPosRankSum=0.320;SC=CAGTGAGTCAGTTCTTCAAAA;SOR=0.561;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=16;WE=21461240;WS=21461222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr10	21461410	rs11413698	G	GA	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.287;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr10	21805466	rs112207161	C	CCCTCCT	452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr10	21806832	rs946711	A	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=211;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GTTAATCCTCAGCCAGATGCT;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=24;WE=21806840;WS=21806822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr10	21827796	rs1802669	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=559;ReadPosRankSum=0.536;SC=CCACTGGACCGTGGTTTTGCA;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=46;WE=21827804;WS=21827786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,83:0.47:175
chr10	21884471	rs11592565	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=230;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AAATCCAGGGAGATTTGGAAA;SOR=1.565;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=16;WE=21884479;WS=21884461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr10	21977272	.	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=140;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TTTTAAATTTACATAGGTTTC;SOR=0.743;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=8;WE=21977280;WS=21977262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr10	22193422	rs792455	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.730;NF=5;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TTATATGACATTGTTAAAACA;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=10;WE=22193430;WS=22193412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr10	22497710	rs2479114	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=0.699;SC=CAGAGACAGACCAAGATTGAA;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=22497718;WS=22497700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr10	22498209	rs2243897	A	G	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;ReadPosRankSum=0.505;SC=GTAGTAGGTCATCATCTGTGC;SOR=0.622;Source=Platypus;TCF=49;WE=22498217;WS=22498199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,81:0.50:161
chr10	22498468	rs838759	C	T	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.889;NF=34;NR=32;PP=1056;ReadPosRankSum=1.311;SC=TCACTCGATCCGGCAGCAATG;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=66;WE=22498476;WS=22498458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,95:0.57:168
chr10	22498484	rs3059425	C	CAGA	3928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.903;NF=18;NR=34;PP=2547;ReadPosRankSum=0.377;SC=CAATGCCTATCAGATCACAGC;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=52;WE=22498492;WS=22498474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,97:0.56:174
chr10	22498749	rs2478476	A	T	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=71;PP=2591;SC=TTTTTCAATGACCTTAACATC;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=135;WE=22498757;WS=22498739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	22618286	.	C	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=650;ReadPosRankSum=-1.795;SC=AGGAGGTATTCCCTCCACCTC;SOR=1.073;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=43;WE=22618294;WS=22618276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,61:0.45:135
chr10	22826093	rs1053454	A	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=0.212;SC=ACCTCTGTCCATCCAATGTTC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=27;WE=22826101;WS=22826083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr10	22828833	.	AGAGAGAGG	A	444.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr10	22828841	rs150482394	GGA	G	445.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.673;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr10	22830719	rs943192	G	C	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=50;PP=2125;SC=AGGGTCCACAGTAATCAAACT;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=107;WE=22830727;WS=22830709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	22839628	rs2230469	T	C	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=563;ReadPosRankSum=0.147;SC=GACCTTCTTGTTGTTGTCATC;SOR=0.620;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=31;WE=22839636;WS=22839618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr10	22856946	rs2296624	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=0.956;SC=GCAGCCCATGCGGAATGGGCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=22856954;WS=22856936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr10	22862487	rs11013052	C	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=0.650;SC=AAAGTGAAAACCTCCAGCCAT;SOR=0.283;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=11;WE=22862495;WS=22862477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr10	22898559	.	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TTGTTAAAAAGGTGATTGTCC;SOR=1.445;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=8;WE=22898567;WS=22898549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr10	23003226	rs1132816	A	G	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=71;PP=1948;SC=TCGCCAGGACAGAGGACCCTA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=106;WE=23003234;WS=23003216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	23244917	rs11013203	C	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.180;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr10	23297301	rs11817610	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=-0.794;SC=AAGAAAAGAACAAGTAAGAAA;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=6;WE=23297309;WS=23297291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr10	23297336	rs11819616	A	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr10	23303253	rs1054052	T	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=25;PP=614;SC=TCAATGTGCGTCCCTTCTCTC;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=23303261;WS=23303243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	23393226	rs1555805	C	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	23408139	rs2296468	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=18;PP=553;SC=GAGTGGGAACAGATCCTGCTG;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=23408147;WS=23408129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	23482635	rs7918487	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.829;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=377;ReadPosRankSum=-1.275;SC=CTGTCCAGGGTCCCCCTCCCC;SOR=0.111;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=28;WE=23482643;WS=23482625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr10	23528557	rs7075896	C	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=339;ReadPosRankSum=-0.404;SC=ATCTCTAGAGCCTGTAATGAC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=25;WE=23528565;WS=23528547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr10	23528606	.	A	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr10	23592468	rs4439422	G	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=151;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TAGACACTCAGCATTAAAAAT;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=13;WE=23592476;WS=23592458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr10	23611188	rs5783834	TATTA	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	23622202	rs4259746	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=2.450;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	23632970	rs11013408	T	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr10	23633566	rs2036917	C	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=288;ReadPosRankSum=0.839;SC=CGCAGCAGACCCGCAGCTCGG;SOR=1.054;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=20;WE=23633574;WS=23633556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr10	24498289	rs11451939	G	GA	234.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=0.817;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr10	24544276	rs67303587	GCTGA	G	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=181;ReadPosRankSum=0.911;SC=ATCCTGAGCGGCTGACTGTCA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=24544287;WS=24544266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	24564831	rs10764458	C	T	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=25;PP=797;SC=CCTTCTGGTCCTGATATTCCT;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=42;WE=24564839;WS=24564821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	24564859	rs17583862	A	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr10	24669877	rs17506606	C	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr10	24722205	rs2274830	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAGGGGTTTTTTTTTACCCAC;SOR=0.859;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=24722213;WS=24722195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	24727492	rs3827853	C	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=0.039;SC=GTAATCAGAACTCTACAACTG;SOR=0.596;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=23;WE=24727500;WS=24727482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr10	24762465	rs3748215	A	G	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1082;ReadPosRankSum=0.545;SC=AAAACATTGCAATGTACAGAA;SOR=0.663;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=64;TCR=85;TR=68;WE=24762473;WS=24762455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,118:0.54:220
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chr10	24790491	rs2366916	GC	TT	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=0.799;SC=CTCATGCACGGCGGCCTCTGT;SOR=0.836;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=5;WE=24790500;WS=24790481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
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chr10	24810663	rs2297330	C	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=-1.406;SC=TGAGGGTTGTCGTTCTGGCTT;SOR=0.700;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=12;WE=24810671;WS=24810653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr10	24813454	rs10828663	G	A	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=977;ReadPosRankSum=-1.724;SC=GGTTCGCCACGCGCAGAGCTC;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=83;WE=24813462;WS=24813444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,137:0.55:250
chr10	24831505	rs867040	G	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TGGTGTGTAAGAAATATGCGT;SOR=0.979;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=14;WE=24831513;WS=24831495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr10	24873369	rs1127893	C	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.856;NF=15;NR=13;PP=392;ReadPosRankSum=-0.010;SC=CTCTGCTTTACTGCCTGGGGT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=28;WE=24873377;WS=24873359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr10	24878042	rs9663520	C	A	215.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.277;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr10	24878129	rs7478260	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=249;ReadPosRankSum=0.943;SC=ATGCATTTGTGTATCAACCAT;SOR=0.540;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=18;WE=24878137;WS=24878119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr10	24879281	rs10734053	A	G	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=32;PP=1281;SC=AGAATCGGGGATTTCTGCAGA;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=72;WE=24879289;WS=24879271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	24880712	rs10828678	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CTTAGGGAAAGATATTACAAC;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=24880720;WS=24880702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	24884779	rs3833494	GA	G	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.980;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.817;NF=4;NR=7;PP=176;ReadPosRankSum=-0.891;SC=ACCAAAGGGGGAAAAAAAAGG;SOR=0.312;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=11;WE=24884787;WS=24884769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr10	24889901	rs3748221	T	G	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=591;ReadPosRankSum=0.464;SC=AATATTTGGCTAAATCTTTGT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=45;WE=24889909;WS=24889891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,61:0.48:126
chr10	24908686	rs3748222	T	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.252;NF=18;NR=19;PP=550;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TAAATCTTGATTCCTTTGACT;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=37;WE=24908694;WS=24908676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr10	25140411	rs1326192	G	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr10	25231171	rs3748223	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=379;ReadPosRankSum=0.558;SC=GCAGCTCAGGAATAGGGTCCT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=24;WE=25231179;WS=25231161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr10	25273311	.	G	GAA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=8.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=1.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	25273988	rs2279547	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=0.389;SC=ACTTGGCCACGGTAACCAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=25273996;WS=25273978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	25279458	.	G	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=399;ReadPosRankSum=1.913;SC=GGTTTTCCTGGATATAACGAT;SOR=0.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=38;WE=25279466;WS=25279448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,53:0.38:139
chr10	25465327	rs11014433	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GTGCACGTGTGAGGAAGGAAC;SOR=1.402;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=7;WE=25465335;WS=25465317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr10	25701182	.	G	A	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=613;ReadPosRankSum=1.106;SC=CTTTCAGGAAGGGGTCCGGAT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=43;WE=25701190;WS=25701172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,75:0.56:133
chr10	25701341	rs2480345	C	G	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=28;PP=857;SC=TCCTTCCAAGCCCTGTGTATG;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=25701349;WS=25701331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	25877859	rs144466352	TAAAC	T	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.226;NF=5;NR=4;PP=328;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TGTTGAATAATAAACAAAATG;SOR=0.573;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=9;WE=25877870;WS=25877849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr10	25885496	rs140976958	GTATAGA	G	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.545;NF=9;NR=2;PP=542;ReadPosRankSum=0.464;SC=ATAGATATAGGTATAGATATA;SOR=0.569;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=11;WE=25885509;WS=25885486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr10	26310387	.	T	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=491;ReadPosRankSum=2.004;SC=TACATGCTTGTTAAAGTCACA;SOR=0.744;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=34;WE=26310395;WS=26310377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr10	26310410	rs3737275	T	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=577;ReadPosRankSum=0.597;SC=TTTCACCTTTTGATGGTGTGG;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=40;WE=26310418;WS=26310400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr10	26310679	rs17666079	A	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=276;ReadPosRankSum=0.297;SC=GATATATTCCAACAAGTTGGG;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=17;WE=26310687;WS=26310669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr10	26312824	rs1339814	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=344;ReadPosRankSum=0.085;SC=TCTTGGAATTGGGAAAAGATG;SOR=0.787;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=20;WE=26312832;WS=26312814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr10	26355771	rs3824703	C	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATATATTAGGCTATTTTCTGG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=26355779;WS=26355761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	26355862	rs3824702	G	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr10	26355872	rs3824701	A	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=2.667;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr10	26355906	rs3824700	G	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=337;ReadPosRankSum=-3.132;SC=CTCCACAGACGTGAACGTATT;SOR=0.576;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=28;WE=26355914;WS=26355896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr10	26355992	rs3824699	A	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr10	26356014	rs3824698	CA	TG	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=879;ReadPosRankSum=2.273;SC=GTAAGAATTTCAGTTTAATTA;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=28;WE=26356023;WS=26356004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr10	26356037	rs3824696	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=-0.798;SC=CTTAGACATTCCAGATGTTTT;SOR=0.512;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=21;WE=26356045;WS=26356027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr10	26356066	rs3824695	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=0.453;SC=ATAGAAGACACGGGTATTGGT;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=13;WE=26356074;WS=26356056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr10	26357625	rs3817421	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=214;ReadPosRankSum=0.335;SC=CTGTTTATTATTGTTTACTTT;SOR=1.158;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=15;WE=26357633;WS=26357615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr10	26357747	rs35379457	CG	TA	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.886;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,79:0.46:171
chr10	26357820	rs3817419	C	T	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=489;ReadPosRankSum=0.986;SC=AAAGGTATGTCGTATGGGGTG;SOR=0.576;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=36;WE=26357828;WS=26357810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,63:0.50:126
chr10	26359180	rs3758441	T	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=-0.259;SC=AATTTACCTCTTAGTTACTTA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=14;WE=26359188;WS=26359170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr10	26359200	rs3834403	T	TA	519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.931;NF=4;NR=8;PP=402;ReadPosRankSum=0.227;SC=AAATGTCACTTAATTTTGAGG;SOR=0.593;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=12;WE=26359208;WS=26359190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr10	26436287	rs2368158	G	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=304;ReadPosRankSum=0.780;SC=TGTTGTTGATGATGATGATGG;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=20;WE=26436295;WS=26436277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr10	26443646	rs3818956	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=491;ReadPosRankSum=2.316;SC=TAGATACCAAGGCATCACTGT;SOR=0.515;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=34;WE=26443654;WS=26443636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr10	26446312	rs3758449	G	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=383;ReadPosRankSum=0.449;SC=AAACCAAATAGTGAGCGTCAG;SOR=0.759;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=33;WE=26446320;WS=26446302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,67:0.49:136
chr10	26459260	.	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=0.608;SC=TGACATCAATGGTCAAAGCCA;SOR=1.112;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=7;WE=26459268;WS=26459250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr10	26462790	rs3740232	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=363;ReadPosRankSum=0.969;SC=ATGAGGAAGAGGTTAAGCAAG;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=28;WE=26462798;WS=26462780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr10	26463043	rs3740231	A	T	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=589;ReadPosRankSum=2.480;SC=CTTTAAAAAAACTTTGGAACC;SOR=0.721;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=46;WE=26463051;WS=26463033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,71:0.45:157
chr10	26463130	rs1999240	C	A	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=741;ReadPosRankSum=-1.324;SC=AGTTACCCAGCGTGCACCGAT;SOR=0.572;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=55;WE=26463138;WS=26463120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,82:0.48:171
chr10	26463569	rs3758448	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-3.090;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr10	26581560	.	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=0.980;SC=CCTCATCACTGATATGATGTA;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=26581568;WS=26581550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr10	26781388	rs1775246	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr10	26802633	rs35115529	A	AT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr10	26990849	rs1677726	T	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr10	26991037	rs1677725	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,6:0.11:55
chr10	26991045	rs1780186	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,6:0.11:56
chr10	26991067	rs71403882	CG	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,6:0.12:49
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chr10	26994150	rs1780192	A	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=115;ReadPosRankSum=-0.202;SC=ATCTGAGTCTACTAAATATAT;SOR=0.472;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=10;WE=26994158;WS=26994140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr10	26998490	.	C	CA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr10	27009334	rs1780196	A	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=14;PP=409;SC=TGAATCACACACTTTTCGGAC;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=27009342;WS=27009324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	27031214	rs10764638	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TTCTCCTCCCATACACCACCA;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=27031222;WS=27031204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	27031277	rs139808090	A	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TTGTTGCCACAGTTTACTGCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=8;WE=27031285;WS=27031267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr10	27037799	rs3839922	TG	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=1.097;SC=TCTTAATTTTTGTATCTATCA;SOR=0.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=27037807;WS=27037789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	27054276	.	A	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr10	27059608	rs1324637	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	27065976	rs7096584	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=377;ReadPosRankSum=2.467;SC=GCTTGTTAATGTAATATAAAA;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=33;WE=27065984;WS=27065966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr10	27294449	rs3215884	CAT	C	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=245;SC=AATATTTTTACATGTCATATA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=27294458;WS=27294439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	27303605	rs2274741	A	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=2.145;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr10	27317778	rs72807627	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr10	27317840	rs10829163	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TGCTTTTTGACTGTAACTTTT;SOR=0.430;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=10;WE=27317848;WS=27317830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr10	27318370	rs10829164	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TAAACCTTATCGGAACACAGT;SOR=0.180;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=27318379;WS=27318360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	27318371	.	G	A	68	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=68;QD=51.3856062736;SC=AAACCTTATCGGAACACAGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=27318379;WS=27318360;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr10	27322372	rs72515848	TTA	T	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=1.391;QD=18.53;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr10	27322391	rs12763200	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.977;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.06;ReadPosRankSum=-1.572;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr10	27324781	rs66585308	G	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-2.978;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	27325997	rs35564547	T	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	27326017	rs66494764	C	T	162.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.35;ReadPosRankSum=1.242;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	27326765	.	TA	T	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=32;QD=29.5;SC=GAAATAAAGTTAAAAATATAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=27326773;WS=27326755;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr10	27326999	rs7096505	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=8;PP=201;SC=GTTAAATATGTTTATCTTAAA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=27327007;WS=27326989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	27368126	rs3737055	A	C	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-2.371;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr10	27371623	rs10829173	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr10	27371647	rs10829174	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr10	27375377	rs10443987	A	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=6;PP=273;SC=ACTGATTTTTAAAACTGCTTT;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=27375385;WS=27375367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	27375559	rs66853312	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	27381349	rs2297145	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=2.902;SC=CCAACTTATCTACTGCATTTA;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=8;WE=27381357;WS=27381339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr10	27382236	rs2297146	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.915;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
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chr10	27382528	rs2297149	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=596;ReadPosRankSum=0.451;SC=TCACCAATTAGTTATATTTTA;SOR=0.745;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=35;WE=27382536;WS=27382518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
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chr10	27403635	rs12782501	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=67;ReadPosRankSum=-1.316;SC=AACAAATATATGGGGGACAAG;SOR=0.540;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=6;WE=27403643;WS=27403625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr10	27405096	rs2297152	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=181;ReadPosRankSum=-0.827;SC=ATTTTAAAACATATCTTTAAG;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=16;WE=27405104;WS=27405086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr10	27405310	rs2480718	C	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=25;PP=831;SC=AAAAAATAAGCAAAGAGGCTG;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=41;WE=27405318;WS=27405300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	27405331	rs7901976	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.981;NF=7;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=-0.009;SC=GGTGCGGTGGCTCACGCCTGA;SOR=0.498;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=17;WE=27405339;WS=27405321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr10	27405360	rs35804170	G	GC	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.891;NF=2;NR=10;PP=437;ReadPosRankSum=-0.615;SC=ACTTTGGCAGGCGAGGTGGGT;SOR=0.934;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=27405368;WS=27405350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr10	27409555	rs10829190	G	A	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	27412669	rs2274743	A	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=1.097;SC=AAGTATTTTTAAAAAATCCCT;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=18;WE=27412677;WS=27412659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr10	27423744	rs2275752	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=0.790;SC=ACACGGATGGTGTCAATTCAA;SOR=0.879;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=12;WE=27423752;WS=27423734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr10	27434483	rs2274634	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=2.774;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr10	27436295	rs3780926	A	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	27437964	rs11538750	T	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=495;ReadPosRankSum=1.178;SC=TCAGAGGAACTGTAACCTAGA;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=32;TCR=66;TR=47;WE=27437972;WS=27437954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,65:0.49:134
chr10	27437994	rs10764675	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=537;ReadPosRankSum=-1.864;SC=AAGTTAAAAACTAAGTAGTTT;SOR=0.370;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=36;WE=27438002;WS=27437984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr10	27442121	rs57671772	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr10	27443012	rs2274636	A	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=322;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CTTCATTTCTAGAGTCCCTTC;SOR=0.789;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=23;WE=27443020;WS=27443002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr10	27443083	rs2274637	A	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr10	27444303	rs3824593	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.780;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=0.483;SC=GTTGGCGGGAGTGGCTGCTCG;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=27444311;WS=27444301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr10	27444328	rs7919803	C	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr10	27444328	.	CT	AC	117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8;NR=1;PP=117;QD=18.9408749847;SC=GGGGCAGTGTCTGCGGGGCCG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=27444337;WS=27444318;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,9:0.60:15
chr10	27444329	rs7907981	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.86;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	27444344	rs7907988	T	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=398;SC=GGCCGCTGTATGCTGTCCAGC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=27444352;WS=27444334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	27454111	rs7068375	A	T	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=531;ReadPosRankSum=0.914;SC=TAAGTACTTGAGAAGAAAATT;SOR=0.862;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=40;WE=27454119;WS=27454101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr10	27456003	rs788238	G	A	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=600;SC=GCTGTAACATGGAATTCAATA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=27456011;WS=27455993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	27459670	rs1981296	C	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=314;ReadPosRankSum=-0.204;SC=ATAGAAGCATCAAAGAATCCT;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=22;WE=27459678;WS=27459660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr10	27461953	rs6482600	T	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=-2.292;SC=TAGTAGCCTATGAGCTAGTTA;SOR=0.283;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=7;WE=27461961;WS=27461943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr10	27475444	rs10741130	T	C	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-2.868;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,120:0.53:228
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chr10	27497074	rs7919523	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=283;ReadPosRankSum=1.481;SC=CTAAAAAAATCAGTAAAATAC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=20;WE=27497082;WS=27497064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
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chr10	27508758	rs10764690	T	C	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=475;ReadPosRankSum=-2.445;SC=TTTTGGCGTTTGGAGTAGAAG;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=46;WE=27508766;WS=27508748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr10	27508837	rs788213	T	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=27;PP=778;SC=TACAATAATGTCATAATTTCC;SOR=1.714;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=36;WE=27508845;WS=27508827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	27523967	rs534226	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr10	27529549	rs2797078	C	A	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1118;ReadPosRankSum=1.798;SC=CCTCCTCCCCCGGGGCGTGAC;SOR=0.709;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=166;TCF=94;TCR=72;TR=82;WE=27529557;WS=27529539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,125:0.45:275
chr10	27529565	rs2489372	T	C	9084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=102;NR=87;PP=2965;SC=GTGACTAAGGTCACGAATCCG;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=193;TCF=103;TCR=90;TR=189;WE=27529573;WS=27529555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr10	27538942	rs590142	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=-1.468;SC=TCATTATTAATAGGTTCCGGA;SOR=0.839;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=17;WE=27538950;WS=27538932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr10	27539507	rs7896532	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-1.471;SC=GTTCACGCTCCGTAGGATGAC;SOR=0.916;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=27539515;WS=27539497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr10	27570130	rs1252880	C	T	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.07;QD=25.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	27577568	rs2780686	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.046;NF=15;NR=12;PP=289;ReadPosRankSum=1.263;SC=TCTCCACACTGTAGCTTACAT;SOR=0.417;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=27;WE=27577576;WS=27577558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr10	27577773	rs2780685	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-0.221;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	27687225	rs2505323	A	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=18;PP=581;SC=CGTCGTAATTAGAATAACAAT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=27687233;WS=27687215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	27687775	rs1638630	T	C	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=42;PP=2173;SC=AAAACAAACTTATTGGATGGA;SOR=0.970;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=102;WE=27687783;WS=27687765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	27687965	rs2505327	A	G	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=48;PP=1867;SC=TAACAGGGTCATTCCTGTATA;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=95;WE=27687973;WS=27687955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	27687994	rs2484173	A	G	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=53;PP=1890;SC=AACATTGTACAGACCTAAAAG;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=92;WE=27688002;WS=27687984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	27688109	rs2429485	T	C	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.50;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	27692062	rs2429491	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=314;SC=AGAGCCACCTTAATACAATTC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=27692070;WS=27692052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	27692099	rs2484179	A	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=7;PP=361;SC=CCCCTACCCCACCACATACAC;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=27692107;WS=27692089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	27692279	rs2484180	A	C	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=32;PP=814;SC=TTTCGTATGCAGTCAAACCTG;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=27692287;WS=27692269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	27692371	rs2484181	T	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=286;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CACCTAGTCATAAATCTCTAA;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=27692379;WS=27692361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr10	27692403	rs2505307	C	A	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	27700887	rs2429499	G	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=5;PP=157;SC=CAGATAAATAGCTTTTAATTA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=27700895;WS=27700877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	27702012	rs181819595	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=1.946;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr10	27702174	rs143991061	C	T	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.512;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,132:0.49:271
chr10	27702256	rs112067123	G	GC	7994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.315;NF=24;NR=87;PP=2450;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TTCCTAGGCTGCCCCCCAAGA;SOR=0.778;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=116;TCF=24;TCR=92;TR=111;WE=27702268;WS=27702246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,267:0.99:271
chr10	27703208	.	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=-2.071;SC=AGCGCAGGAGGAACAGCAGGT;SOR=0.826;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=23;WE=27703216;WS=27703198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr10	27822619	rs72264716	TTC	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=0.674;SC=ACGCCATTGCTTCTTTCTTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=27822628;WS=27822609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr10	27964524	.	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=177;ReadPosRankSum=-1.097;SC=TTATGTTTTTCCTTTCTTTTC;SOR=0.683;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=17;WE=27964532;WS=27964514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr10	28023315	.	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TAAAATAAATCCCTCTGATGC;SOR=0.836;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=28023323;WS=28023305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	28032136	rs2252651	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=7;PP=291;SC=GCGGGCAGGGCCCCCAGGGGA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=28032144;WS=28032126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	28142245	rs7898085	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=0.792;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	28151604	rs34181914	AT	A	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.719;NF=2;NR=9;PP=239;ReadPosRankSum=-0.992;SC=ACATTTAGGCATTTTTTAAGA;SOR=0.636;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=11;WE=28151612;WS=28151594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr10	28225897	rs2297646	G	T	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=19;PP=468;SC=CTAGTAGCTAGGAAACTTCTT;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=28225905;WS=28225887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	28228865	rs7893462	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=-0.780;SC=GCAGCTGCTCATTCTCACTAT;SOR=0.798;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=20;WE=28228873;WS=28228855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr10	28233469	rs3802517	T	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=1.068;SC=TAAGAAATCATTTCCATTCCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=28233477;WS=28233459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	28233931	rs34717952	G	A	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=2.674;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,84:0.44:190
chr10	28233933	rs34084011	A	G	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.16;ReadPosRankSum=2.337;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,83:0.46:182
chr10	28247957	rs34350686	A	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GGACTCTCTTAATTCATCTTC;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=15;WE=28247965;WS=28247947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr10	28259936	rs139300652	TAAACAAAC	T	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr10	28276273	rs3808909	G	A	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=517;ReadPosRankSum=0.435;SC=CAGCAAGATTGTTTCTAAAAG;SOR=0.622;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=38;WE=28276281;WS=28276263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr10	28348815	.	C	T	69	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5015;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=69;QD=20.7542425094;SC=TAATAAAATACAGTAAGCTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=28348823;WS=28348805;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	28358548	rs2763318	CA	AC	269.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.54;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	28378642	.	G	A	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,89:0.54:164
chr10	28378758	rs2997211	T	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=685;SC=ACGAAAACTTTTTCTAAAACC;SOR=1.371;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=32;WE=28378766;WS=28378748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	28414151	.	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=-1.370;SC=AATGAGGCAGGAAAAATAGAC;SOR=0.627;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=18;WE=28414159;WS=28414141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr10	28491313	rs11598304	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.527;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr10	28822373	rs12767429	A	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=8;PP=665;SC=CTGGGAGCTGATGAGAGTCGC;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=28822381;WS=28822363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	28822613	.	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-0.771;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr10	28872481	rs35140807	C	CA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr10	28899841	rs11371837	A	AT	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr10	28903400	rs71391055	G	GTCTTCTTTAAAACA	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.232;SC=GAACTTGACTGCCACATTTTA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=8;WE=28903408;WS=28903390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr10	28905079	rs332176	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=365;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TAAACATACTACACATTCAAT;SOR=1.009;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=21;WE=28905087;WS=28905069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr10	29136129	rs813935	A	G	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.66;QD=25.94;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	29137085	rs787323	C	T	232.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CTCTTGTGCACGGGATGGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=29137093;WS=29137075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr10	29137232	rs76455499	C	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=485;ReadPosRankSum=-0.929;SC=TCTGTCCCCACGGGCCAAGGA;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=34;WE=29137240;WS=29137222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr10	29162295	.	G	GTA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=190;ReadPosRankSum=0.703;SC=AAGTTTTCTAGTATATATATA;SOR=1.901;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=29162303;WS=29162285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	29162324	rs35236571	TAC	T	138.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.13;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr10	29169046	rs199740171	AT	A	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr10	29580735	rs2148901	C	T	228.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.43;QD=45.77;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	29580743	rs2148902	G	A	228.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.17;QD=38.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	29581309	rs1751955	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=393;SC=GCCCCCTGGGCGCATGCCCGC;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=29581317;WS=29581299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	29581440	rs3818550	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.645;NF=24;NR=20;PP=437;ReadPosRankSum=0.003;SC=TGGCTTTCCCCCCTCCAGGGA;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=44;WE=29581448;WS=29581430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,63:0.31:204
chr10	29598896	rs2796293	A	G	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=19;PP=1494;SC=TAATGAAAATAAGATTGTGGC;SOR=1.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=67;WE=29598904;WS=29598886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	29747312	rs5784138	GT	G	3755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.751;NF=14;NR=30;PP=2936;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GGAGCCGGGCGTGCGTGTGTT;SOR=0.708;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=44;WE=29747323;WS=29747302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,95:0.57:167
chr10	29747315	rs2368409	C	T	3764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.742;NF=33;NR=30;PP=2929;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GCCGGGCGTGCGTGTGTTGTT;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=63;WE=29747323;WS=29747302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,96:0.57:168
chr10	29747417	rs1887465	C	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=534;ReadPosRankSum=-1.917;SC=CGACCCCCTCCGGGAGTGGCC;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=41;WE=29747425;WS=29747407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr10	29747618	rs7098527	T	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=158;ReadPosRankSum=-0.719;SC=ACCTGCATACTGCCTGAGGAT;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=29747626;WS=29747608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr10	29754609	rs1057952	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-0.949;QD=17.13;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr10	29754644	rs7921306	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.272;NF=2;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=-0.163;SC=CTGCTGAGGATGAACAGGCGG;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=29754652;WS=29754634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr10	29759174	rs3215848	TG	T	870.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=412;ReadPosRankSum=1.571;SC=GCCCGGTGTGTGGGGGGACTC;SOR=0.399;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=16;WE=29759182;WS=29759164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr10	29759427	rs2274492	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=231;ReadPosRankSum=1.362;SC=AGGGGGCACCGGCGGCGCGGA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=14;WE=29759435;WS=29759417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr10	29760209	rs2274494	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GTAAGGGGCGCGGGGCTTTCA;SOR=0.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=7;WE=29760217;WS=29760199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr10	29762997	rs932794	C	G,T	1107.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=7,5;NR=18,7;PP=386,101;SC=TCACTTTCCCCGGGCCTGCAA;SOR=1.426;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=25,12;WE=29763005;WS=29762987;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.71,0.29:48
chr10	29776325	rs34472178	TAA	T	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.981;NF=0;NR=5;PP=146;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTTTCACTTCTAAAGAGTCTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=29776334;WS=29776315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	29779936	rs45519332	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.850;NF=5;NR=8;PP=110;ReadPosRankSum=1.392;SC=GCTCGGCCACGGAAGACGTCA;SOR=0.481;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=13;WE=29779944;WS=29779926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr10	29782066	rs4749439	A	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=561;SC=ACTGGGGGAAAAGCCTCATGG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=29782074;WS=29782056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	29783813	rs6481600	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=608;SC=GAGATTCTGAGAGCAAAGCCT;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=29783821;WS=29783803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	29783885	rs1056782	A	G	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.412;NF=21;NR=19;PP=732;ReadPosRankSum=3.154;SC=AGCCTGTCCAACTTCAGGTCC;SOR=0.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=40;WE=29783893;WS=29783875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,55:0.85:65
chr10	29783908	rs78773460	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQRankSum=0.156;QD=2.82;ReadPosRankSum=-2.018;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr10	29783984	rs3031505	GAAACT	G	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=4.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.368;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.647;NF=1;NR=15;PP=684;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CTTCTGATCAGAAACTGCTTG;SOR=3.126;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=16;WE=29783996;WS=29783974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr10	29784004	rs28427082	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=16.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.28;MQRankSum=3.678;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr10	29784072	rs2368406	G	C	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.66;QD=25.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	29784114	rs6481601	T	C	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.72;QD=20.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	29784188	rs2368401	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.08;QD=40.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	29784190	rs2368400	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.08;QD=40.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	29785191	rs11007625	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=165;SC=TTGATTGATGGTGTCAATAAA;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=29785199;WS=29785181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	29812602	rs7070678	G	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=1.130;SC=TCCCTGGCTCGGTTCAGGATG;SOR=0.355;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=20;WE=29812610;WS=29812592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr10	29818604	rs913035	A	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr10	29818827	rs3780843	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr10	29820070	rs11819202	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr10	29821523	rs1328323	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=301;ReadPosRankSum=-1.612;SC=CGACAGAGACTTTTGTGTCCA;SOR=1.062;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=22;WE=29821531;WS=29821513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr10	29822032	rs1247696	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr10	29822159	rs7076239	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-2.002;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr10	29839864	rs1270874	A	C	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=501;ReadPosRankSum=-2.142;SC=ACAGAGAACTAGCATCTCTGC;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=56;TCR=83;TR=48;WE=29839872;WS=29839854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,60:0.33:184
chr10	29891161	rs11007666	A	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=413;ReadPosRankSum=-0.269;SC=ATGATGTTTCATGAAGTGCCC;SOR=0.502;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=33;WE=29891169;WS=29891151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr10	29891260	rs12416605	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CCTTTAAGGGCACATGGTACA;SOR=0.687;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=21;WE=29891268;WS=29891250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr10	29891321	rs2505901	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=1.617;SC=CCCTCCCTTCTCTGCTGTGGG;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=29891329;WS=29891311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	29932841	rs2488690	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	29932918	rs2488689	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=0.463;SC=GCAACATCGCGTTCCTGGACA;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=8;WE=29932926;WS=29932908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr10	30306804	rs2478839	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,11:0.18:62
chr10	30316072	rs3739998	C	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=374;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GATTTTCGGACTTTCCTGGGG;SOR=0.791;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=29;WE=30316080;WS=30316062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,51:0.34:150
chr10	30316208	rs2185724	T	C	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=1274;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TCCAGGTGTCTCTTCTCTGCA;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=71;WE=30316216;WS=30316198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,133:0.68:196
chr10	30316872	rs3739996	T	C	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=619;ReadPosRankSum=-0.861;SC=CGGTAGGGAATGCTGTGTGCG;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=47;WE=30316880;WS=30316862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,67:0.55:121
chr10	30317073	rs9337951	G	A	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,47:0.39:122
chr10	30317079	.	G	A	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,47:0.39:121
chr10	30317826	rs7920682	A	G	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=1651;ReadPosRankSum=1.874;SC=CGAAGCCGTCATAGGCAGTGA;SOR=0.611;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=61;WE=30317846;WS=30317816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,79:0.75:105
chr10	30317838	rs7920686	A	G	3071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=1714;ReadPosRankSum=0.640;SC=AGGCAGTGACAGGTCGGGGAT;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=61;WE=30317846;WS=30317816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,79:0.78:101
chr10	30317949	rs2478835	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=8.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=1.085;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,29:0.23:124
chr10	30611614	rs2484284	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=263;SC=AAATTAAACTCAAACCAAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=30611622;WS=30611604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	30615638	rs1029172	A	G	113.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	30629082	rs2689215	C	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	30629136	rs1047988	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TAAAAGTTGAGGTACACCTAA;SOR=0.885;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=14;WE=30629144;WS=30629126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr10	30629226	rs1047991	G	A	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,74:0.67:111
chr10	30629434	rs36002941	CTATTT	C	709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=542;ReadPosRankSum=1.761;SC=ATCTAACATACTATTTTAGCT;SOR=1.136;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=13;WE=30629446;WS=30629424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr10	30728101	rs1042058	T	C	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=54;PP=1918;SC=CAGTCAGATATGGAACTGTGG;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=121;WE=30728109;WS=30728091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	30728250	rs2907	A	G	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	30739058	rs303428	A	G	108.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=78;SC=TGGGCAGTCCATTTTCACACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=30739066;WS=30739048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	30747197	rs146674517	C	CGG	93	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	30749895	rs3034	G	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=149;SC=CCTGTGACCCGTGAATGTGCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=30749903;WS=30749885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	30901722	rs3832672	GC	G	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.639;NF=5;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=1.907;SC=GCCCATGACAGCCCAAGTCTT;SOR=1.085;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=6;WE=30901730;WS=30901712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr10	30901756	rs9954	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-2.256;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr10	30915637	rs3864847	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-2.798;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.376;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr10	30915882	rs7079108	C	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.329;NF=8;NR=20;PP=429;ReadPosRankSum=0.453;SC=GCCAAAGAGCCGGAGAACAGG;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=28;WE=30915890;WS=30915872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr10	30915930	rs2370118	T	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=293;ReadPosRankSum=0.179;SC=AAATCCAGCATCGGTGACTGT;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=9;WE=30915952;WS=30915920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr10	30915944	rs7079130	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=293;ReadPosRankSum=0.558;SC=TGACTGTGCACAGCCCTGCCT;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=30915952;WS=30915920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
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chr10	30978164	rs28363791	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.403;NF=3;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-1.112;SC=TGTGTGTTCCACAGGTTTGGC;SOR=0.375;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=5;WE=30978172;WS=30978154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
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chr10	30978282	rs11008182	G	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=3;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.443;NF=13;NR=12;PP=843;ReadPosRankSum=1.337;SC=CCTCGGCCACGCCAAGCCTGA;SOR=0.634;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=25;WE=30978290;WS=30978264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr10	30982526	rs7068784	T	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.373;NF=7;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=1.646;SC=AGAGAAGATCTCCTTCAGGAA;SOR=0.977;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=15;WE=30982534;WS=30982516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr10	30985070	rs11008186	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CACGTAAGGAGTCCTGACTGT;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=30985089;WS=30985060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	30985081	rs10826846	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=77;SC=TCCTGACTGTGTAATTCATCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=30985089;WS=30985060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	30986240	rs138927815	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=1.593;QD=30.18;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	30986242	rs11008188	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=1.593;QD=30.18;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	30986244	rs11007616	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=1.593;QD=30.18;ReadPosRankSum=0.112;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	30986253	rs4747726	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=2.200;QD=33.53;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	30986296	rs4749587	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=316;SC=GTGTCTGCCTCGTGTTCAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=30986304;WS=30986286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	30986348	rs4749588	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=224;ReadPosRankSum=0.754;SC=CTCGAGCTTCGGCGCTCAATA;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=16;WE=30986356;WS=30986338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr10	30986364	rs7078530	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.874;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr10	30989188	rs10740829	G	C	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=69;PP=2311;SC=CCGCTTATCCGCAGGTACTAC;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=121;WE=30989196;WS=30989178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	30993404	rs11008192	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=336;ReadPosRankSum=1.899;SC=TGCCCCAGACGACAGCAGGTG;SOR=0.733;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=36;WE=30993412;WS=30993394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,49:0.29:169
chr10	30993448	rs10826848	G	A	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=53;PP=1773;SC=GGCTGTGGCTGTGGCCTGGTG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=99;WE=30993456;WS=30993438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	31001494	rs1826619	A	C	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=818;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CAGGAAAAAAATCTCAAGAAG;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=62;WE=31001502;WS=31001484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,77:0.37:207
chr10	31138122	rs371743569	G	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=678;ReadPosRankSum=0.486;SC=ACTTATTAATGATATATTTCC;SOR=0.496;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=48;WE=31138130;WS=31138112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr10	31784776	.	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.203;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr10	31799880	.	A	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=442;ReadPosRankSum=0.196;SC=AAGGATTTTAATATATTTGAA;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=26;WE=31799888;WS=31799870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr10	31803516	rs220060	G	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=7;PP=247;SC=TAAAATACCAGTTCTTTTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=31803524;WS=31803506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	32097806	rs1029077	A	T	199.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=173;ReadPosRankSum=0.967;SC=AAATGTTTGGAGTAAAACAAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=32097814;WS=32097796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
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chr10	32103077	rs2799012	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=0.967;SC=CTGCACAGCCCTTTTGTAACA;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=32103085;WS=32103067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	32106851	rs2778650	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.507;SC=GAGTATGGTCAGTTTGTGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=10;WE=32106859;WS=32106841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr10	32115133	rs2255544	A	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=1;PP=735;SC=CACACTAGCTATAACTATAAG;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=32115141;WS=32115129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	32120678	rs2808100	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=100;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GAACCTTTTTCCCATTTTCAG;SOR=0.355;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=8;WE=32120686;WS=32120668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr10	32128611	rs2808096	A	G	371.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.71;ReadPosRankSum=1.921;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr10	32141460	rs2799021	T	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=616;ReadPosRankSum=-2.084;SC=GCAATTCCCATTCTGACCGAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=43;WE=32141468;WS=32141450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,74:0.67:110
chr10	32143208	rs2808090	A	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=2.697;SC=TCTAATAAATAAATTTTACTT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=32143216;WS=32143198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	32307534	.	T	TA	53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.9999;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=62.13;NF=0;NR=3;PP=53;QD=28.6666666667;SC=TTTTATTCTGTATATTGTACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=32307544;WS=32307524;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	32307536	.	T	A	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.9999;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=21;QD=27.8856062736;SC=TTATTCTGTATATTGTACTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=32307544;WS=32307524;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr10	32311969	rs176924	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=29;PP=895;SC=AGGCTGCTGTAAGGAAAAAGT;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=46;WE=32311977;WS=32311959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	32575793	rs2986931	A	G	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=18;PP=939;SC=AATCCAAATTATTTAATTTTG;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=32575801;WS=32575783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	32576121	.	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.864;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=331;ReadPosRankSum=1.044;SC=GTCTGTTGGGGAGTAGCAGCG;SOR=0.832;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=27;WE=32576129;WS=32576111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,34:0.31:110
chr10	32667234	.	G	GA	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.9998;HP=10;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=30;QD=21.0;SC=CTTTAACAATGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=32667242;WS=32667229;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr10	32742234	rs2505335	A	G	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.06;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	32742256	rs2490505	T	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=205;SC=AATTGGCTTTTATTTTTTTTT;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=32742264;WS=32742246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	32745396	.	A	G	66	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=66;QD=25.1928031368;SC=GCATTGGAAAACATTATTTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=32745404;WS=32745386;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	32751901	rs2505380	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=6;PP=172;SC=TGCAATTTAAGTAGTCACTAT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=32751909;WS=32751891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	32759918	rs2460710	G	A	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	32863171	rs12146257	A	G	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	32974969	rs1762526	A	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=7;PP=225;SC=CAAATTACAAATAAAGAAACA;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=12;WE=32974977;WS=32974959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	32978136	rs1763784	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	33018351	rs1414548	G	C	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=115;SC=AATCTCAAACGAAGAAACTTC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=33018359;WS=33018341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	33093858	rs35054696	TAC	T	879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	33123774	rs11009107	T	C	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=65;SC=AAGGTGTTAATGGAAAAGATA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=33123782;WS=33123764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	33123824	rs4448627	G	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.45;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	33134696	rs145287806	T	TAC	69.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=-1.282;SC=CTTCCATAATTACACACACAC;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=33134704;WS=33134686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr10	33137515	rs2488294	T	G	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	33137551	rs2504011	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=9;PP=287;SC=AACAAAGATATGTCCGTACAA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=33137559;WS=33137541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	33143396	rs1418538	G	A	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=14;PP=411;SC=GACCAATACAGTTGGAAAACC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=33143404;WS=33143386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	33144206	.	C	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.091;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.510;NF=7;NR=6;PP=172;ReadPosRankSum=0.417;SC=GGACCGGTTTCGTGGAAGACA;SOR=0.574;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=13;WE=33144214;WS=33144196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr10	33165226	rs2488305	G	A	190.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	33190567	rs2153875	C	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	33201128	rs2504020	C	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=748;SC=CAAACAGGAACAGCTCTAGTC;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=33201136;WS=33201118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	33209266	rs2230396	G	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	33211440	rs2252752	T	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=199;SC=TAAAAATTAATATAAACCACT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=33211448;WS=33211430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	33214818	.	A	G	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=2.359;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,76:0.72:106
chr10	33219008	rs2256455	T	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=178;SC=TAAATGAAAATTGTAATGGTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=33219016;WS=33218998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	33474644	rs61760432	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.009;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=370;ReadPosRankSum=0.707;SC=TTTCGCCCTCGAAAATCACCT;SOR=0.589;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=31;WE=33474652;WS=33474634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,50:0.31:163
chr10	33474751	rs12768811	A	G	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=553;ReadPosRankSum=1.710;SC=CATAAATTAAATTCATCAGAT;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=41;WE=33474759;WS=33474741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr10	33495306	rs2474715	A	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=-2.166;SC=GGTTTGGGACATGACTACAGA;SOR=0.865;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=27;WE=33495314;WS=33495296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,61:0.77:79
chr10	33496681	rs74656391	A	AAG	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.849;NF=1;NR=5;PP=136;ReadPosRankSum=1.104;SC=TTAAGGAAAAAAAAAAACAGA;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=33496689;WS=33496671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr10	33542835	.	T	C	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5001;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=49;QD=16.7542425094;SC=TTATACCTGATGGCCGTGAAC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=33542843;WS=33542825;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,5:0.71:7
chr10	33552407	rs2070299	G	A	143.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AGGTCTTCTTGAGCTCAAATA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=33552415;WS=33552397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	33552518	rs2070298	A	C	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.65;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr10	33552522	rs2070297	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.51;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
chr10	33552696	rs7079053	A	G	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=34;PP=1239;SC=CATCTTTGGCACAAAGACAAT;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=70;WE=33552704;WS=33552686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	33619562	rs1411924	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=294;SC=TTGTACACACCGACTTCCCCC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=33619570;WS=33619552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	34408745	rs3004928	A	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=387;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CTCCATTTCGATTCTTATGAA;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=23;WE=34408753;WS=34408735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr10	34420607	rs970166	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=-0.029;SC=GTGAAATGACGCCATTTAAGA;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=34420615;WS=34420597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr10	34573094	.	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr10	34671439	.	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	34671757	.	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=288;ReadPosRankSum=-1.923;SC=TCTCACTTTGGGATAGTTGTT;SOR=0.543;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=23;WE=34671765;WS=34671747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr10	34688287	rs2796011	G	A	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=37;PP=1342;SC=AAGGCACTACGTGGATTCCCA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=77;WE=34688295;WS=34688277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	34985197	rs5784425	C	CA	748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr10	35103684	rs113044591	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	35324076	rs2244174	A	G	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=16;PP=755;SC=GGAGGAAAACATTGCAGTTTC;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=35324084;WS=35324066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	35625845	rs59114674	C	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=129;SC=GGCCGGCCGCCGTTCCGCCCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=35625854;WS=35625838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	35625846	.	G	GC	457.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.53;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=308;SC=GCCGGCCGCCGTTCCGCCCCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=35625854;WS=35625838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	35894666	rs627267	A	G	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=14;PP=387;SC=TCAGTGTGCAAGCACCAAGCT;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=35894674;WS=35894656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	35894761	rs637881	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=7;PP=206;SC=GAATGGTTCCGCGGTTCCTCC;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=35894769;WS=35894751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	35896571	rs140432471	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=478;ReadPosRankSum=0.068;SC=GGGGCGACCCGTCTACCAGGA;SOR=0.532;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=49;WE=35896579;WS=35896561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,67:0.33:203
chr10	35928224	rs625858	C	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=3.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	36812362	rs2503084	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=3.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-1.942;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.571;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,48:0.27:181
chr10	36813180	rs2503083	T	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=389;ReadPosRankSum=0.492;SC=GCCAGGGGCGTGCGCGCCGGG;SOR=1.251;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=27;WE=36813188;WS=36813170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr10	36813198	rs2503082	A	G	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=25;PP=716;SC=GGGCTGGCCCAGCAGGGAAAG;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=36813206;WS=36813188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr10	37490229	.	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=199;ReadPosRankSum=1.215;SC=AAAAGAAATGGATAAAATAAG;SOR=0.435;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=13;WE=37490237;WS=37490219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr10	37505141	rs1200876	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=0.949;SC=CTTGGATACAGTTCATTCTTG;SOR=0.283;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=37505149;WS=37505131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	37505192	rs1200875	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-0.599;SC=CTGTGAACAACGTACAGGAAA;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=9;WE=37505200;WS=37505182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr10	37508450	rs1148259	A	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=457;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TCAATTATGCAGGAGATGCTC;SOR=0.604;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=33;WE=37508458;WS=37508440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr10	37508802	.	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-0.590;SC=ATATCAATATGAAAAAGAGAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=37508810;WS=37508792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr10	38121631	rs11011379	T	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,36:0.33:108
chr10	38241847	rs139587295	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=472;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CATGGGTTCTCAGATGTCTAC;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=34;WE=38241855;WS=38241837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr10	38245843	.	C	CAA	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=1.448;SOR=1.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr10	38246545	rs2799499	A	G	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=111;SC=AGACATGTGAACTAGCTCTTA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=38246553;WS=38246535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	38260558	rs67120012	AAC	A,AACAC	661.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.032;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.38;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,19,15:0.53,0.42:36
chr10	38306128	rs2738208	A	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=343;SC=TTCCACTGGCAACTCGAAGCA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=38306136;WS=38306118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	38536923	.	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr10	38599101	rs34686283	C	CT	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.139;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.404;NF=0;NR=13;PP=451;ReadPosRankSum=0.609;SC=GACATAGTGTCTTCCCATTGG;SOR=0.946;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=38599109;WS=38599091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr10	38638948	rs11815474	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.308;NF=23;NR=13;PP=570;ReadPosRankSum=0.697;SC=GTCTTTGATCGTAAGTCGAAT;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=36;WE=38638956;WS=38638938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr10	38645343	rs75687299	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQRankSum=-4.645;QD=1.98;ReadPosRankSum=2.692;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr10	38645403	rs72639552	T	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=4.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQRankSum=-3.614;QD=16.70;ReadPosRankSum=1.809;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr10	38647171	rs2800473	C	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.573;NF=6;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=0.623;SC=TTTTCTGAACCAGAGAGAAAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=38647179;WS=38647168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	38650104	rs2804643	A	G	95.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.842;NF=4;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CAATGGATGAACTCACACTAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=38650112;WS=38650094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr10	38667003	rs2804622	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQRankSum=-0.515;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr10	38672144	rs3087759	A	C	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.395;NF=27;NR=32;PP=862;ReadPosRankSum=0.810;SC=ATTCCTACTAATGGAACTCCA;SOR=0.556;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=59;WE=38672152;WS=38672134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,70:0.63:111
chr10	38740353	rs2754385	T	C	277.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GTCCCGAAGTTGGCCTCTCCA;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=10;WE=38740361;WS=38740343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
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chr10	42928858	rs371544593	T	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-4.602;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.877;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,3:0.13:23
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chr10	42928874	.	T	TGA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-3.888;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr10	42928879	.	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-3.888;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr10	42928885	.	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-2.638;QD=6.78;ReadPosRankSum=-2.638;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr10	42949828	rs200497651	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-7.373;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,7:0.11:66
chr10	42949838	.	TG	CA	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.954;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-6.347;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,6:0.12:51
chr10	42949858	.	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-5.460;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,5:0.12:40
chr10	42949867	.	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-4.835;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,4:0.12:34
chr10	42949923	.	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQRankSum=-2.100;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr10	42949930	.	G	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQRankSum=-1.981;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr10	42949932	.	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQRankSum=-1.981;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr10	42949933	.	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQRankSum=-1.981;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr10	42949940	.	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQRankSum=-1.981;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr10	43089965	rs210280	G	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=457;SC=CTCATTCCACGTGAGTCATAC;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=43089973;WS=43089955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	43119123	rs158377	G	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=9;PP=291;SC=CTGTTGGGAGGGGGGAATGAG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=43119131;WS=43119113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	43119159	rs158378	T	C	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=9;PP=274;SC=GGCAATACAGTTTCTGTTTGA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=43119167;WS=43119149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	43128395	rs209391	C	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=642;SC=AAATGGCCTGCTGCTGTCTTG;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=43128403;WS=43128385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	43132232	rs209387	A	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=276;SC=ACAGAGATGGAGACACTGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=43132240;WS=43132222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	43232450	rs702370	G	A	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=24;PP=1243;SC=ACCTTTTAATGTGAAAATGTG;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=43232458;WS=43232440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	43280057	rs55869085	CTT	C	3527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=29;PP=1149;SC=TCCATTGATTCTTTTTTTAAA;SOR=0.752;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=36;WE=43280066;WS=43280047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	43292647	rs787795	A	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	43572832	rs12267460	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=0.963;SC=AGTTGGCGCCGAGCAGCGGAG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=8;WE=43572840;WS=43572822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr10	43595781	rs2565206	G	T	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=143;SC=GAGTGTTCATGTTCTCAGGAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=43595789;WS=43595771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	43595836	rs57003029	AT	A	253.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr10	43595968	rs1800858	A	G	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=29;PP=1057;SC=TGGACCAGGCAGCCGGCACGC;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=43595976;WS=43595958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	43604390	rs1864404	A	T	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=2;PP=100;SC=CACCAGTGTGAGTGCAGGGCT;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=43604398;WS=43604380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	43607756	rs3026750	G	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=271;SC=CCAGCCTGGGGTGGCTCTCCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=43607767;WS=43607746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	43607759	rs34827976	GC	G	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=468;SC=GCCTGGGGTGGCTCTCCCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=43607767;WS=43607746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	43612226	rs760466	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	43613843	rs1800861	G	T	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=16;PP=742;SC=CGAGTGAGCTGCGAGACCTGC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=43613851;WS=43613833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	43620551	rs2742236	G	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=134;SC=GGATTGTGCAGAGAGAGAGAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=43620559;WS=43620541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	43622217	rs2075912	T	C	3782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	43657811	rs2257767	T	G	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=244;SC=ATGGCCAGGTTGGGTGGGGGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=43657819;WS=43657801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	43659536	rs2503865	C	T	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=21;PP=587;SC=GAATTTAGAACGTTGTCAGCA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=43659544;WS=43659526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	43671378	rs61579799	GT	G	171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.31;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	43697364	.	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=-0.207;SC=GGAGCTGCACGATCTTGGCTG;SOR=1.003;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=16;WE=43697372;WS=43697354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr10	43869097	rs10899795	C	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=1.158;SC=TGCCTCCTCTCGCTGACCAAT;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=16;WE=43869105;WS=43869087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr10	43869312	rs79954618	G	A	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1404;ReadPosRankSum=0.033;SC=CATCTCCTTTGGGAGTCTGGT;SOR=0.764;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=87;WE=43869320;WS=43869302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,150:0.70:215
chr10	43883342	rs1126487	T	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=-0.916;SC=TGGACACTTGTCAGGGTGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=23;WE=43883350;WS=43883332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr10	43932479	rs2244396	A	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=325;SC=GGGAGCAGCAAGGCTTCCGGA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=43932487;WS=43932469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	43932542	rs114589475	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.611;NF=2;NR=4;PP=104;ReadPosRankSum=0.245;SC=AGGCCCCGCCCCTCGGCGGCC;SOR=0.105;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=43932550;WS=43932532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr10	43976971	.	T	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=314;ReadPosRankSum=0.522;SC=AAACACTGACTATGGACAGAA;SOR=0.778;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=24;WE=43976979;WS=43976961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr10	43978087	rs3750890	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,12:0.15:81
chr10	43978274	.	C	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;ReadPosRankSum=-1.490;SC=AGGGGAGAAACCCTATGAATG;SOR=0.702;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=47;WE=43978282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
chr10	44052903	rs2230661	A	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=306;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CACTGACTACATTCGTATTGT;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=22;WE=44052911;WS=44052893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr10	44053013	rs2230660	G	C	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=606;ReadPosRankSum=-0.088;SC=CTCTGTATGAGCTCTCTGCTG;SOR=0.468;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=48;WE=44053021;WS=44053003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,67:0.45:149
chr10	44053585	rs2999278	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=221;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GTGTTTTCTGCTGAAGATTCT;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=20;WE=44053593;WS=44053575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr10	44103923	rs3128239	G	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=258;SC=CACATCCCCTGAGCCCTCAGC;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=44103931;WS=44103913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	44104513	rs7342073	C	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=338;SC=TGCCCCCTCCCTTTGCTTTAC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=44104521;WS=44104503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	44112029	.	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,30:0.22:136
chr10	44112245	rs12354886	G	A	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=584;ReadPosRankSum=0.290;SC=GAAAGCCTTCGCTCAGAATGC;SOR=0.624;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=36;WE=44112253;WS=44112235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,71:0.66:107
chr10	44112617	.	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=201;ReadPosRankSum=-0.486;SC=TCAGAGAATTCATACTGGAGA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=20;WE=44112625;WS=44112607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr10	44285777	rs3750724	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr10	44340865	rs4948785	G	A	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=24;PP=836;SC=GGTACTTCCTGTCCAGACGGG;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=44340873;WS=44340855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	44341072	rs10535963	CATTGATT	C	2083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=1214;SC=TTATCGGTCTCATTGATTATT;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=44341086;WS=44341062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	44793299	rs2505734	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=0.667;SC=TGTCCACTCTCGCTCAGCGTG;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=22;WE=44793307;WS=44793289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr10	44793355	rs56043323	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=-1.454;SC=ACTCCAAGGAGGAAAGAGAGA;SOR=0.507;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=21;WE=44793363;WS=44793345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr10	44868856	rs266091	A	C	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=46;PP=1554;SC=CCAGCTCCAGAAGGACAGCGG;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=80;WE=44868864;WS=44868846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	44869814	.	G	C	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=554;ReadPosRankSum=0.779;SC=CTTTTGTCAAGAGTCCCATGG;SOR=0.831;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=38;WE=44869822;WS=44869804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr10	44871548	rs2297630	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=431;ReadPosRankSum=-0.631;SC=GTCTGCATAAGATTTAACACT;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=34;WE=44871556;WS=44871538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr10	44873849	rs2839695	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CAACGTGCACAGGTACAGGGC;SOR=0.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=10;WE=44873857;WS=44873839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
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chr10	44874063	.	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=559;ReadPosRankSum=0.569;SC=AGCGGAAAGTCCTTTTTGGCT;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=34;WE=44874071;WS=44874053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr10	44874216	rs2236533	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=328;ReadPosRankSum=-1.369;SC=ACAGGAGGAAGGCGCGGCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=18;WE=44874224;WS=44874206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr10	44880260	rs72790862	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGCGCCCAGCTAAGCGAGCTG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=44880268;WS=44880250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	45423282	rs10900131	C	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=5;PP=303;SC=AGGAAGAAGACTCACTCCACA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=45423290;WS=45423272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	45427325	.	G	A	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=484;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TTGTCTGGGGGAATCCAGGTG;SOR=0.864;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=32;WE=45427333;WS=45427315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr10	45430462	rs17417442	C	T	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=26;PP=718;SC=CCTCCCTCGCCGAAGGTCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=45430470;WS=45430452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	45466726	rs4948938	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=133;SC=TACTCACAGGGCCATCACCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=45466734;WS=45466724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	45473317	rs3740094	C	T	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=638;ReadPosRankSum=-2.471;SC=TGGCCTTGTCCAGCACAGAGG;SOR=0.863;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=45;WE=45473325;WS=45473307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,103:0.69:149
chr10	45496120	rs12269028	A	T	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=36;PP=1187;SC=AAATCTCAAAATTTGTGGAAA;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=62;WE=45496128;WS=45496110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	45799319	.	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=7.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.115;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr10	45924023	rs1565096	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.581;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr10	45939136	rs7900977	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=264;ReadPosRankSum=-0.616;SC=CCTGGGGTCCTCAGGGACTGG;SOR=0.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=24;WE=45939144;WS=45939126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,37:0.31:120
chr10	46113580	.	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=358;ReadPosRankSum=1.071;SC=TCCAGCTCGCCAACCTGCCTG;SOR=0.537;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=28;WE=46113588;WS=46113570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr10	46135971	rs12354709	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.732;SC=GACAGTCTCACTCTTGTCGCC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=46135979;WS=46135961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr10	46148326	rs7091141	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=1.274;SC=ATGTGAACTATTCAGGAGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=5;WE=46148334;WS=46148316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr10	46960084	rs9422009	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.725;NF=7;NR=26;PP=513;ReadPosRankSum=-1.725;SC=ACAGCTTTGCGGACTACTTTG;SOR=0.995;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=33;WE=46960092;WS=46960074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,43:0.37:116
chr10	46963738	rs3127783	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-5.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.056;NF=22;NR=7;PP=358;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GAGCTCGTACAGCTCCTTCTG;SOR=0.242;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=29;WE=46963746;WS=46963729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr10	46964857	.	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.298;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr10	46964884	rs28468379	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
chr10	46965018	rs3127785	C	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,54:0.27:198
chr10	46965727	rs1889849	G	A	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=479;ReadPosRankSum=-0.955;SC=CCAGGCTCTCGGCCTCCAGGT;SOR=0.876;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=32;WE=46965735;WS=46965717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,71:0.56:127
chr10	46965923	.	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.038;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=-1.416;SC=GTCAGGCGTGGGGGTAGGGGA;SOR=1.641;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=19;WE=46965931;WS=46965913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr10	46967672	rs2152530	C	T	2706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1179;ReadPosRankSum=0.148;SC=TTTTGTCCTCCGGGAACTTGT;SOR=0.676;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=78;TCR=87;TR=85;WE=46967680;WS=46967662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,134:0.51:263
chr10	46968762	rs3127790	C	G	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,50:0.44:113
chr10	46969496	rs3127792	A	G	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=715;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TGCCTGGGAAAGCCACTCTCC;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=51;TCR=73;TR=49;WE=46969504;WS=46969486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,81:0.43:189
chr10	46970573	rs6587511	C	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=2.115;SC=GCTGCTGGTGCCCAGCTGCGG;SOR=0.905;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=3;WE=46970581;WS=46970563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr10	46998999	rs3127818	G	A	3359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=3;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CCAGAGCTCCGCAAGACTGCC;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=182;TCF=90;TCR=92;TR=92;WE=46999007;WS=46998985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,161:0.56:286
chr10	46999019	rs3127819	G	A	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,166:0.54:309
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chr10	46999151	rs3127820	T	C	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=702;ReadPosRankSum=-0.162;SC=AGGCCACTGGTGGAGCAGCAC;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=61;WE=46999159;WS=46999141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,82:0.52:159
chr10	46999178	rs7090312	A	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=4;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=2696;ReadPosRankSum=0.316;SC=CAATGTGTCCACCATGGGCGG;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=49;WE=46999206;WS=46999168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,63:0.47:135
chr10	46999189	rs3127678	C	T	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.57;ReadPosRankSum=0.964;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,67:0.51:132
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chr10	46999198	rs3127680	G	T	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.05;ReadPosRankSum=1.057;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
chr10	46999435	rs147805606	A	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,19:0.13:146
chr10	46999465	rs3127682	A	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.820;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.117;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,65:0.48:135
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chr10	46999577	rs11204659	G	T	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-4.299;NF=35;NR=26;PP=2962;ReadPosRankSum=1.303;SC=GCCCCCAGCTGCTCTACTCTG;SOR=0.677;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=61;WE=46999612;WS=46999561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,98:0.53:184
chr10	46999591	rs112620425	C	CATGAGGGAG	2712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=2.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=4.847;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,71:0.41:173
chr10	46999596	rs7895979	G	A	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=-3.922;QD=11.30;ReadPosRankSum=1.792;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,104:0.55:190
chr10	46999604	rs3127683	A	G	6971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=53;PP=2532;SC=GAGGGAGGTGAGGGCTGGTGG;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=127;WE=46999612;WS=46999561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr10	46999732	rs4579877	G	A	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=985;ReadPosRankSum=-0.677;SC=GGTTGTCTGGGGGGCTCCCTG;SOR=0.595;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=65;WE=46999740;WS=46999722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,115:0.54:212
chr10	46999747	rs3127821	T	C	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=905;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TCCCTGGGCATTCCCATTGCT;SOR=0.940;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=127;TCF=54;TCR=73;TR=60;WE=46999755;WS=46999737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,87:0.47:187
chr10	46999922	rs4926046	G	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=409;ReadPosRankSum=-1.706;SC=CTGCAAGGCTGTGGCCACCAG;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=29;WE=46999930;WS=46999912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr10	47000004	rs3127822	T	C	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=37;PP=1278;SC=CTGGAGGAGGTGCCGTCCCCT;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=81;WE=47000012;WS=46999994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	47000071	rs4244614	G	A	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=1;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=1922;ReadPosRankSum=3.036;SC=ACGGAGCTGCGGTGGACCTGG;SOR=0.744;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=61;WE=47000087;WS=47000061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,89:0.54:166
chr10	47000079	rs3127823	T	C	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=1258;ReadPosRankSum=-1.717;SC=GCGGTGGACCTGGAGGTGCTC;SOR=0.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=46;WE=47000087;WS=47000061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,76:0.46:167
chr10	47000146	rs3127684	C	T	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr10	47000155	.	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr10	47000188	rs3127824	A	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=29;PP=829;SC=GGAGGGGGCCACTGCGGGCTG;SOR=2.208;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=47000196;WS=47000178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr10	47086915	rs59974223	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,39:0.14:286
chr10	47087078	rs2229967	G	T	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=41;PP=1053;ReadPosRankSum=1.985;SC=GCCGCTGACCGCCGTCTACAC;SOR=0.632;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=269;TCF=150;TCR=119;TR=88;WE=47087086;WS=47087068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,142:0.33:427
chr10	47087474	rs1129838	C	T	7254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=95;PP=2965;SC=GGGCTTCATCCTGGTCTGTTA;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=86;TCR=95;TR=181;WE=47087482;WS=47087464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr10	47087608	rs1936339	T	C	7819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr10	47087608	.	TG	CA,CG	2385	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=59.89;NF=15,92;NR=18,93;PP=182,2385;QD=7.13539014734;SC=TGGCCTTTGCTGTGCTCTGGC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=33,185;WE=47087617;WS=47087598;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.18:188
chr10	47087609	rs79871698	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=3.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,50:0.19:265
chr10	47087680	rs1048157	C	T	6114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=84;PP=2965;SC=CCATCTGCCACGGGAACCTCA;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=96;TCR=84;TR=180;WE=47087688;WS=47087670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	47087731	rs1048158	C	T	7891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=100;PP=2965;SC=CCTCCACCTGCGTCAACCCAT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=107;TCR=100;TR=207;WE=47087739;WS=47087721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr10	47087830	rs1129839	G	A	6686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=111;PP=2962;SC=TGGAGGAGTCGGAGCATCTGC;SOR=1.082;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=186;TCF=74;TCR=112;TR=181;WE=47087851;WS=47087820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr10	47087843	.	C	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=611;ReadPosRankSum=-1.198;SC=GCATCTGCCCCTGTCCACAGT;SOR=0.566;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=162;TCF=59;TCR=103;TR=54;WE=47087851;WS=47087820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,67:0.32:207
chr10	47416867	rs28407202	G	A	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQRankSum=6.442;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.420;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,114:0.28:410
chr10	47416908	rs3127728	A	G	2995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-11.767;NF=56;NR=66;PP=1640;ReadPosRankSum=1.837;SC=GTTTACATCCATGTAGAATCA;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=220;TCF=99;TCR=121;TR=122;WE=47416916;WS=47416898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,152:0.51:299
chr10	47663227	rs4074141	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=0.022;SC=AGGCTGGGGGCGGGGCAGACA;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=8;WE=47663235;WS=47663217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr10	47663461	rs4074140	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr10	47664973	rs41284475	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=307;ReadPosRankSum=-1.766;SC=CCAAAGCGGAAGAGTTGGGGT;SOR=1.007;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=22;WE=47664981;WS=47664963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,29:0.26:110
chr10	47667508	rs34058224	C	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.36;NF=5;NR=19;PP=432;SC=TGCCGTCCCCCTGGTGGTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=47667516;WS=47667498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	47668720	rs72790466	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=1.710;SC=GGTAATTCCAAGCAGGTAACC;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=47668728;WS=47668710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	47673858	rs7092598	TG	CA	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.69;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr10	47673864	rs57149643	C	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr10	47677955	rs6602879	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr10	47678021	rs7100993	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.588;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr10	47680257	rs11596494	G	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=310;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GGCCAGCTAGGGAGAGTGAGG;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=22;WE=47680265;WS=47680247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr10	47680513	rs10572939	GCC	G	702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=517;SC=ACATGTGACTGCCCCCCGTGA;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=47680522;WS=47680503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	47682811	rs2999446	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=460;ReadPosRankSum=0.192;SC=CTCCACTCCCGCCTCCGCCCC;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=35;WE=47682819;WS=47682801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr10	47701275	rs10906952	G	A	6033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=106;PP=2965;SC=TCAGGCACACGGCAGAACCCC;SOR=2.579;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=38;TCR=107;TR=143;WE=47701283;WS=47701265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr10	47701302	rs7091749	G	C	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=86;PP=2965;SC=CACTCCCCCCGTCAGAGCCCA;SOR=3.331;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=102;TCF=14;TCR=88;TR=98;WE=47701310;WS=47701291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	47756004	rs3013885	T	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=15;PP=672;SC=AGCTGGCCTGTCTTACAGAGC;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=47756012;WS=47755994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	47756065	rs77623921	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQRankSum=2.765;QD=3.73;ReadPosRankSum=1.052;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chr10	47756145	rs200192962	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.705;NF=3;NR=12;PP=180;ReadPosRankSum=1.746;SC=ATCTGGACTCTGGCTCCTCTG;SOR=1.300;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=15;WE=47756153;WS=47756135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr10	48007199	.	C	T	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.670;NF=22;NR=37;PP=989;ReadPosRankSum=0.764;SC=AGTAAAAATTCATTTAATGAC;SOR=0.889;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=59;WE=48007207;WS=48007189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,96:0.62:154
chr10	48370691	.	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TCGAGAAGACGAACCGCCTGG;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=12;WE=48370699;WS=48370681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr10	48371283	.	C	T	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1181;ReadPosRankSum=1.355;SC=GGTGCCCCCACCCTCATCATC;SOR=0.768;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=80;WE=48371291;WS=48371273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,124:0.59:209
chr10	48371416	rs77048726	G	A	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=45;PP=1377;ReadPosRankSum=-0.663;SC=TTTCACATGCGATCCCACCAC;SOR=0.517;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=69;TCR=82;TR=87;WE=48371424;WS=48371406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,139:0.60:230
chr10	48387799	.	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
chr10	48388889	.	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=180;ReadPosRankSum=-0.167;SC=TGGCCCGCAGGAGGGCACTGG;SOR=1.039;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=18;WE=48388897;WS=48388879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr10	48390310	.	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.369;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=402;ReadPosRankSum=0.595;SC=ATGGTGTTCCCTGGGTGCAGG;SOR=0.885;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=37;WE=48390318;WS=48390300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,41:0.28:144
chr10	48414570	rs7923671	A	G	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=11;PP=247;SC=GTCTGTTTCCATGACACTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=48414578;WS=48414560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	48416258	rs3781226	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=242;ReadPosRankSum=0.028;SC=CTTGAAGAGCCTCCTATGGCC;SOR=0.202;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=15;WE=48416266;WS=48416248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr10	48426798	rs743509	C	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=597;SC=ACCTCAGCTCCGCCCTCACCC;SOR=3.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=48426806;WS=48426788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	48429578	rs2236724	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5214;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TGTGAGGGAAGGAGAGACCAC;SOR=0.713;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=19;WE=48429586;WS=48429568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr10	48438734	rs1126827	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.634;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr10	49392575	rs931743	C	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=0.863;SC=AACAGGGGAGCCTCTTAAGCT;SOR=0.386;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=9;WE=49392583;WS=49392565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr10	49393002	rs2062704	C	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr10	49395296	.	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=316;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GCTTCTGGATCACACAGGCAC;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=24;WE=49395304;WS=49395286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,47:0.77:61
chr10	49450443	rs280612	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=420;SC=CAGAGCTGCCACTACGAGGCC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=49450451;WS=49450433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	49459478	.	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=-0.056;SC=AATCACAGATCAAGCAGCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=13;WE=49459486;WS=49459468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr10	49609578	rs3730154	C	A	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=51;SC=ACTATCAGTACGTAAACAGTA;SOR=1.270;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=49609586;WS=49609568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	49633873	.	T	TAC,TACAAGAATACATTCTTGTAA	118.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=0;PP=385;ReadPosRankSum=-1.803;SC=GTAATATGAATATGACTAATG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=1;WE=49633886;WS=49633863;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.50:8
chr10	49633875	.	T	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	49633876	.	GACT	G	121	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=121;QD=147.0;SC=ATATGAATATGACTAATGTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=1;WE=49633886;WS=49633863;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,1:0.12:8
chr10	49633877	.	A	AATACATT	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.09;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	49633879	.	T	TTGTAAATG	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=40.41;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	49635072	rs3730160	T	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.157;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=370;ReadPosRankSum=-1.309;SC=ACTACAGAGTTAAAATACTCC;SOR=0.377;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=33;WE=49635080;WS=49635062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr10	49654342	rs1051508	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=-1.440;SC=GGCTCCAGAGCGCCTGGCTGC;SOR=0.610;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=10;WE=49654350;WS=49654332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr10	49654403	rs1051507	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=280;ReadPosRankSum=0.061;SC=GACCAGCAGACGTGGTACAGA;SOR=1.214;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=20;WE=49654411;WS=49654393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr10	49658248	rs1867585	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5234;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=250;ReadPosRankSum=-1.493;SC=CCAAGAGCACGGCTCTCCCTG;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=18;WE=49658256;WS=49658238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr10	49658943	rs1867586	G	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr10	49659351	rs1867587	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=377;ReadPosRankSum=0.285;SC=CACACACCCTCCAACTCCAGG;SOR=0.756;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=36;WE=49659359;WS=49659341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,45:0.28:163
chr10	49659559	rs10776601	C	T	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=792;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GGCTGCCCCACGTCACCCCTC;SOR=0.696;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=57;WE=49659567;WS=49659549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,107:0.59:181
chr10	49659637	rs3827681	T	C	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=704;ReadPosRankSum=-1.345;SC=GGACAGGGAATAGAGCCATCT;SOR=0.582;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=41;WE=49659645;WS=49659627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,79:0.59:134
chr10	49661341	rs7092959	A	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.327;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=495;ReadPosRankSum=-0.309;SC=TACACCTCCCACTTACCTTCC;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=34;WE=49661349;WS=49661331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr10	49662884	.	A	G	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=25;QD=29.8856062736;SC=TCCCCCACCCAAGCAGGATGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=49662892;WS=49662874;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	49667713	rs1867575	G	A	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.561;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.23;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,192:0.99:193
chr10	49667795	rs3853761	T	C	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=63;PP=1777;SC=TGGCCTGGCCTGGCATGCGGA;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=120;WE=49667803;WS=49667785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	49687556	rs4240511	A	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=7;PP=375;SC=CTGCTGTGAGAAGCACAGGAT;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=49687564;WS=49687546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	49687594	rs4838601	G	A	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=9;PP=459;SC=AGTGAGCAGGGTCTTTGGGGC;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=49687602;WS=49687584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	49687800	rs4080665	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=260;SC=CCCGCTCCCCGGCACCACCTG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=49687808;WS=49687790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	49687925	rs4575219	C	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.735;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr10	49687964	rs4240513	A	C	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	49687971	rs4240514	T	C	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	49688014	rs4838602	C	A	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	49690351	rs1445157	T	C	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=26;PP=1177;SC=GTTCATTCTTTTGCATATGCA;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=63;WE=49690359;WS=49690341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	49701445	rs9663545	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr10	49701652	rs10735226	G	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=-0.836;SC=CCACTCGGCTGCCTGTGTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=49701660;WS=49701642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	49791572	rs11593803	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	49804225	.	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.141;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=133;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GGAGACACCCGAAGTGTTTGC;SOR=0.301;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=13;WE=49804233;WS=49804215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr10	49804554	rs10776627	A	G	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=13;PP=689;SC=CCTCACTGAGAGGTGGAGTGT;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=49804562;WS=49804544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	49804785	rs10745280	T	G	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=44;PP=1257;SC=CCCATTCTGGTGTCTCTCTCG;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=49804793;WS=49804775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	49860130	rs2377612	G	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	49860153	rs2377613	G	A	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	49860258	rs2377614	A	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=649;SC=TTTCCCACATAGAACATAAAA;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=49860266;WS=49860248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	49917760	.	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=1.061;SC=TCTGAATTCAGATCTGCTTTG;SOR=0.350;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=14;WE=49917768;WS=49917750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr10	49939077	rs2377628	T	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=174;ReadPosRankSum=-1.166;SC=TGGCATGCCCTCTTAGTAATG;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=15;WE=49939085;WS=49939067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr10	49939139	rs1993986	T	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=404;ReadPosRankSum=0.136;SC=AAGATCATTCTTGTTTTCCTC;SOR=0.924;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=29;WE=49939147;WS=49939129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr10	49939594	.	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.299;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr10	49944249	rs4838645	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=2.462;SC=TATTAGGTAGCGTCAGGTGCT;SOR=0.490;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=20;WE=49944257;WS=49944239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr10	49968236	.	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.767;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=10.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr10	49982652	.	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,61:0.31:199
chr10	49983890	rs1871604	G	T	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	49996602	.	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-2.086;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr10	49998780	rs41282009	G	A	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1164;ReadPosRankSum=-1.438;SC=AGGGGTGAGGGTATTCCACTC;SOR=1.494;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=67;WE=49998788;WS=49998770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,78:0.70:111
chr10	50004372	rs41282011	C	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=422;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GGAAGAAGGCCTCTCTCCTGA;SOR=0.807;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=30;WE=50004380;WS=50004362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,59:0.72:82
chr10	50011029	rs141058855	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=-0.152;SC=ATATGGACACTTGGGCTGTGG;SOR=1.075;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=50011037;WS=50011019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	50013402	rs2170132	T	C	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=57;PP=1839;SC=CTCCAAGATCTCCACCATCAT;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=103;WE=50013410;WS=50013392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	50025396	rs7097397	G	A	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=59;PP=2023;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CCAGCGTGGCGAGCCCCGGAG;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=115;WE=50025404;WS=50025386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr10	50029033	.	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=178;ReadPosRankSum=0.191;SC=CCCAGCCAGGCTAGGGAGGCG;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=14;WE=50029041;WS=50029023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr10	50030730	rs10857651	G	A	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=9;PP=190;SC=TTAGTCCCAGGTAATACCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=50030738;WS=50030720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	50038720	rs3747875	G	T	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=75;SC=GCCATCCTGAGTGTGCCATGT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=50038728;WS=50038710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	50038800	rs3747874	A	G	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=7;PP=259;SC=TGGTGGCACAAAGGCAGCAGA;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=50038808;WS=50038790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	50040562	rs3747873	A	G	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=34;PP=1874;SC=AGCTAGCTATAAAAATAGTGT;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=89;WE=50040570;WS=50040552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	50040610	rs3747872	T	G	5726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=58;PP=2686;SC=TTGCTTCCCTTCCCTCAGCAT;SOR=0.886;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=131;WE=50040618;WS=50040600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr10	50075461	rs2663019	G	A	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=4;PP=109;SC=TAATTGGAAGGGCCTTTGGTT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=50075469;WS=50075451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	50083111	rs2620881	T	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	50085267	rs1904595	C	G	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	50108145	rs2671693	G	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	50109713	rs41283287	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr10	50109902	rs2663046	G	A	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	50110015	rs7068839	A	T	129.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=97;SC=CATGCCCAACAGTTTCCCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=50110023;WS=50110005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	50121784	rs10776653	T	C	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=24;PP=830;SC=GGGCCCCCAGTGTGGTGGGCA;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=50121792;WS=50121774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	50122181	rs7094610	C	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=13;PP=472;SC=GCCCTTGGGGCCTTTCTCACC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=50122189;WS=50122171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	50149674	rs2671717	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=288;SC=GGGTGGGGCAAGAAGAGCTGG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=50149682;WS=50149664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	50154768	rs2663066	A	T	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=503;SC=TGAATGTTTTACTTTAGGTCT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=50154776;WS=50154758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	50155036	rs113307003	T	TAC	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=220;ReadPosRankSum=-0.876;SC=CCACTCTCTGTACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=6;WE=50155044;WS=50155026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	50165411	rs3750867	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=20;PP=433;SC=CAACATCATCTGGACCTTTGC;SOR=1.819;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=50165419;WS=50165401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	50177333	.	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=-1.540;SC=CTCAGGACCTCAGCCTTCCTC;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=50177341;WS=50177323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	50178377	rs4838661	G	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=445;ReadPosRankSum=1.437;SC=GGTGGGGACAGTACTTCATGT;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=24;WE=50178385;WS=50178367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr10	50182822	rs73298969	A	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=469;ReadPosRankSum=-1.204;SC=CTCATCCAGCACCCAGCTTTA;SOR=0.873;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=35;WE=50182830;WS=50182812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr10	50183042	rs61733240	G	A	3685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1231;ReadPosRankSum=-1.369;SC=CCGCCTGCCCGCCCATCGGGA;SOR=0.564;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=88;WE=50183050;WS=50183032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,177:0.67:266
chr10	50184945	.	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=245;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GGAGCCATAACCTGCTGCTGC;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=20;WE=50184953;WS=50184935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr10	50185055	rs76424580	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=0.485;SC=ATGAGGACATGACACAAGAAA;SOR=0.416;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=24;WE=50185063;WS=50185045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr10	50186317	rs2292585	G	A	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	50190923	.	G	GA	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.9674;HP=11;HapScore=3;MGOF=24;MMLQ=26;MQ=57.66;NF=0;NR=6;PP=56;QD=10.8333333333;SC=CTATTGCACTGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=50190931;WS=50190913;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,6:0.86:7
chr10	50227785	rs1913525	T	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=9;PP=283;SC=TCAGCTCCAGTTCGGCATAGG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=50227793;WS=50227775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr10	50374819	rs9418839	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=-1.012;SC=GGCTCTGCGCTTGTGGGTTCA;SOR=0.628;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=10;WE=50374827;WS=50374809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr10	50376106	rs2466756	A	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.427;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=0.446;SC=CCATGTACCCACCAGGAGCAC;SOR=0.363;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=20;WE=50376114;WS=50376096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr10	50531549	rs56206226	G	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=363;ReadPosRankSum=0.692;SC=CCTCCTGAGCGCACAGTCTCT;SOR=0.564;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=37;WE=50531557;WS=50531539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,60:0.41:147
chr10	50531604	rs7093235	T	C	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.19;SOR=1.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	50531604	.	TGC	CGA,CGC	764	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=9,26;NR=16,49;PP=321,764;QD=14.9787149945;SC=AGAACAGACTTGCAGCAGGGG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=25,75;WE=50531614;WS=50531594;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.33:76
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chr10	50531972	rs45554335	A	C	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=939;ReadPosRankSum=2.035;SC=GATTCAGCAGACAGCCAGCCA;SOR=0.707;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=197;TCF=91;TCR=106;TR=68;WE=50531980;WS=50531962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,122:0.36:336
chr10	50532683	rs7921186	T	C	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	50532739	.	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr10	50533237	rs12217617	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=557;ReadPosRankSum=1.107;SC=GTCCTTGGAGGACTCCCTCAG;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=47;WE=50533245;WS=50533227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,47:0.34:138
chr10	50533617	rs2377940	T	C	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=59;PP=1994;ReadPosRankSum=0.734;SC=TACCCGAGGGTGACATAGAAG;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=117;WE=50533625;WS=50533607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr10	50533776	rs10857471	C	G	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.484;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=732;ReadPosRankSum=-1.207;SC=CCGGCTCCCCCGGGGAGAGCA;SOR=0.348;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=54;WE=50533784;WS=50533766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,102:0.68:151
chr10	50534312	.	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=2.259;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,54:0.27:198
chr10	50534328	.	C	T	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1286;ReadPosRankSum=-0.130;SC=ACCGCCACTCCGTGTCCGGCT;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=83;WE=50534336;WS=50534318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,128:0.70:184
chr10	50534599	rs10857472	G	A	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1234;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GCTGTACCCCGGCTTCCAGCC;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=75;WE=50534607;WS=50534589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,104:0.68:153
chr10	50534862	rs12411843	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=275;ReadPosRankSum=1.467;SC=TCTCCACTGATGACCTAGAGG;SOR=1.369;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=29;WE=50534870;WS=50534852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,27:0.27:101
chr10	50535186	rs71500272	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	50667105	rs2228529	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=-1.162;SC=AGAAGCTTCCTGCAGGTGCCC;SOR=0.789;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=8;WE=50667113;WS=50667095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr10	50678221	.	G	A	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1514;ReadPosRankSum=0.295;SC=CGTATCAAATGGATTACCTGA;SOR=0.624;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=92;TCR=64;TR=100;WE=50678229;WS=50678211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,142:0.64:223
chr10	50678369	rs2228527	T	C	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=602;ReadPosRankSum=0.563;SC=TTGGCGTCTCTGCAATGCTTA;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=80;TCR=86;TR=63;WE=50678377;WS=50678359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,84:0.37:229
chr10	50678717	rs2228526	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,42:0.29:146
chr10	50681033	rs2229760	G	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=551;ReadPosRankSum=-1.214;SC=CACCTAAGCCGCCCACCCGCG;SOR=0.549;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=41;WE=50681041;WS=50681023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,58:0.70:83
chr10	50686554	rs11101139	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=361;ReadPosRankSum=0.908;SC=TACTATATATGTTTAAGGAAC;SOR=0.919;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=22;WE=50686562;WS=50686544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr10	50691009	rs4240506	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr10	50691360	rs4253162	T	C	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=16;PP=1063;SC=TCTTCTCCACTTGGAAATCTC;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=50691368;WS=50691350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	50691565	.	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AGTTTCTCCTGAGACCACAAT;SOR=1.508;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=50691573;WS=50691555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr10	50701156	rs4253132	G	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=10;PP=724;SC=CTGAAATATTGTGTTACCTTT;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=50701164;WS=50701146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	50723684	rs4253073	G	A	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=54;PP=1849;SC=TGTAAGACCAGTTCGAAACAG;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=103;WE=50723692;WS=50723674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	50724016	rs4253072	C	T	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=40;PP=1264;SC=CAGTGGAACTCTGTCAATGTG;SOR=1.081;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=50724024;WS=50724006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	50740876	rs2228524	G	C	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=66;PP=2729;SC=AACGAAAGGAGAGGTACTCCT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=131;WE=50740884;WS=50740866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr10	50818762	rs1880675	C	T	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=0;PP=341;SC=CGGAGGCGTCCTCGGAAGAGC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=50818770;WS=50818752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	50820345	rs8187730	C	A	4892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=54;PP=2206;SC=CCTTTTGATGCGTGCGAGGAC;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=110;WE=50820353;WS=50820335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr10	50822192	rs7903315	G	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=23;SC=GGTAGATTCTGGGGGCCGGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=50822200;WS=50822182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	50828506	rs1880677	G	A	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=29;PP=1448;SC=GACTGTTTGGGGGGATGTGAC;SOR=1.074;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=76;WE=50828514;WS=50828496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	50833564	rs142237923	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=220;ReadPosRankSum=0.060;SC=TGTCAGGGCAGCCCCTTTGCA;SOR=0.350;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=13;WE=50833572;WS=50833554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr10	50856652	rs4838544	G	A	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=27;PP=875;SC=GCTCAAGCACGTGTGAGTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=50856660;WS=50856642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	50857835	rs1917813	T	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TGTAGTCAAATTAAAGGAGAG;SOR=1.101;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=17;WE=50857843;WS=50857825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr10	50863083	rs12264845	A	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=647;ReadPosRankSum=0.687;SC=TTTCTTTCCGAGTTTATGATT;SOR=0.618;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=36;WE=50863091;WS=50863073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,55:0.77:71
chr10	50863147	rs8178992	T	C	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=40;PP=1675;SC=GCAGGCTCCATCGAAGACTGG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=94;WE=50863155;WS=50863137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	50863565	rs7076926	C	T	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=34;PP=889;SC=ATGGGCACCACGGCATAAGAC;SOR=2.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=50863573;WS=50863555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	50863623	rs7094421	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=2.177;SC=TGGCAAGGCCACTTCACCACT;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=50863631;WS=50863613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	50873023	rs77144546	G	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=607;ReadPosRankSum=-0.509;SC=GTCTGCTGCCGCCTACTGAGA;SOR=0.384;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=40;WE=50873031;WS=50873013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr10	50887651	rs1153781	G	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=7;PP=206;SC=GGCCCCGCCCGGCGCGTAGCG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=50887659;WS=50887641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	50887827	rs144285786	G	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CCTTCCGCCTGCAGGGCCTGC;SOR=0.197;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=18;WE=50887835;WS=50887817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr10	50901809	rs1153797	T	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=266;SC=CTCCTTTTCTTTCCTTCCCAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=50901817;WS=50901799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	50901938	rs1133837	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=1.872;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr10	50902469	rs2278561	T	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=243;ReadPosRankSum=0.642;SC=TAGTTAACATTTTACCAGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=15;WE=50902477;WS=50902459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr10	50902684	rs1055421	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GTCGGCACAACAGCAGCTGCC;SOR=1.148;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=10;WE=50902692;WS=50902674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr10	50916484	rs1258236	A	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=24;PP=753;SC=CAGCCCGTGTAGGATGAAAGT;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=50916492;WS=50916474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	50916542	rs4838554	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.672;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,16:0.18:87
chr10	50916785	.	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CCACATCTCCCGAACCTCTCC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=50916793;WS=50916775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	50943186	rs1258256	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=328;ReadPosRankSum=-0.966;SC=AGCCCCTCTCCTGGGCAGGAG;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=20;WE=50943194;WS=50943176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr10	50943404	.	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr10	50944009	rs1258257	T	C	459.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=-1.129;SC=ATGGGACAGATGGAGCCAGGA;SOR=2.419;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=50944017;WS=50943999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr10	50944613	rs1258258	C	T	931.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=495;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CCCAGAGGGGCTGGGGCAGCT;SOR=0.262;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=33;WE=50944621;WS=50944603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,43:0.90:48
chr10	50947918	rs1258259	A	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=486;SC=CTTGCTGCACACAGTCACCAA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=50947926;WS=50947908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	50951975	.	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr10	50952851	rs1268723	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr10	50960209	rs1258184	G	A	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.065;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=802;ReadPosRankSum=-1.347;SC=CCCGCAGAGAGAGGGTGTTTT;SOR=0.528;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=57;WE=50960217;WS=50960199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,103:0.64:160
chr10	51051526	rs146508219	TGA	T	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=0.319;SC=GTAGACAGAATGAGAGTGTGT;SOR=0.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=4;WE=51051535;WS=51051516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr10	51124153	rs2664655	T	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.282;NF=8;NR=33;PP=807;ReadPosRankSum=-2.164;SC=ACAAGCTTCCTACTACCTCCC;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=41;WE=51124161;WS=51124143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,54:0.81:67
chr10	51537292	rs4131357	C	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=24;PP=636;SC=ACAATAGAGTCTTTTAATCTA;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=51537300;WS=51537282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	51539745	rs35494443	AC	A	579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=1;PP=514;SC=TGAACTTGCTACCCCCAATAG;SOR=3.611;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=51539753;WS=51539735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	51539762	rs10763588	G	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=441;SC=ATAGAGAATTGACTCCCTCAT;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=51539770;WS=51539752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	51540291	rs11006274	T	C	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=679;SC=CTGTGGGATCTCCCGCATGAA;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=51540299;WS=51540281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	51549496	rs10993994	T	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	51549545	rs4935176	G	T	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	51556921	rs10994385	G	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=1.550;SC=CAGCTACTCCGTCTTGCAAAA;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=51556929;WS=51556911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	51568378	rs10761581	T	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr10	51583018	rs34542065	CATT	C	746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.600;NF=0;NR=6;PP=230;ReadPosRankSum=1.089;SC=TACTATGTGTCATTGTTAACT;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=51583028;WS=51583008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr10	51592744	rs10995796	T	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.24;ReadPosRankSum=0.177;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr10	51620499	rs78584401	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQRankSum=-2.322;QD=17.36;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr10	51623004	rs201547968	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.20;MQRankSum=-3.936;QD=11.47;ReadPosRankSum=-1.469;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr10	51623014	rs201512669	G	GA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.17;MQRankSum=0.854;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.416;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr10	51623024	rs146205287	A	C	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQRankSum=-5.096;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr10	51623052	rs143647852	C	CT	2050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.030;NF=19;NR=24;PP=2213;ReadPosRankSum=0.850;SC=GGACGCGCAACTTAGTGTAGA;SOR=0.723;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=43;WE=51623069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr10	51623061	rs115719811	G	A	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-5.428;NF=33;NR=23;PP=2242;ReadPosRankSum=0.909;SC=ACTTAGTGTAGACGCAAGAAC;SOR=0.757;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=56;WE=51623069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,59:0.53:112
chr10	51623147	rs373071373	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.66;MQRankSum=-5.328;QD=17.37;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr10	51623153	rs201551654	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.75;MQRankSum=-4.605;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.275;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr10	51623174	rs141118546	C	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.50;MQRankSum=-4.192;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr10	51623190	rs137912947	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=12.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.88;MQRankSum=-2.450;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr10	51623647	rs377343859	CG	C	31.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.61;QD=15.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	51623866	rs374725846	A	G	338.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.83;MQRankSum=-1.262;QD=19.93;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr10	51631812	rs200391397	A	G	2994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.71;MQRankSum=-3.289;QD=17.31;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,137:0.79:173
chr10	51632906	rs146420399	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.81;MQRankSum=-4.162;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr10	51632971	rs200644678	A	G	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQRankSum=-4.615;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,73:0.41:178
chr10	51633027	rs115081809	T	C	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.980;NF=22;NR=46;PP=716;ReadPosRankSum=0.251;SC=AGTAACTATTTGGGTAGGTAG;SOR=0.775;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=160;TCF=62;TCR=98;TR=68;WE=51633035;WS=51633017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,89:0.41:215
chr10	51827763	rs4935425	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=6.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=1.311;SC=CCGGGCGGCTAGGATGGTGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=51827771;WS=51827753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr10	51827934	rs55875820	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=0.645;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.826;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr10	52070947	rs2251601	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.241;SC=TTCCAGAAAATGAGCTTTACC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=52070955;WS=52070937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	52071190	.	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr10	52086939	rs2246994	C	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,76:0.67:114
chr10	52088004	rs12358176	C	T	381.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=193;ReadPosRankSum=-1.072;SC=ACATTCTTTCCCTCTCTACCT;SOR=0.662;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=52088012;WS=52087994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr10	52103707	rs10763354	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr10	52466396	.	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.335;NF=11;NR=1;PP=232;ReadPosRankSum=-0.136;SC=GTACAGAGTCCATCATGCTGG;SOR=1.371;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=52466404;WS=52466386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr10	52569637	rs10994563	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GCCATTTCTGGCACAATTTTC;SOR=0.815;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=13;WE=52569645;WS=52569627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr10	52576068	rs4245008	G	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=309;SC=AAATATCAACGCGAGATGATA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=52576076;WS=52576058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	52595767	.	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=1.331;SC=TTAAAAATGCTTATTTTCTTT;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=6;WE=52595775;WS=52595766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr10	52595994	.	C	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=303;ReadPosRankSum=1.787;SC=TTTCTTCTCTCTTTTTGGTTT;SOR=0.707;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=26;WE=52596002;WS=52595984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,45:0.27:166
chr10	52610352	.	TTG	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr10	52751070	.	AGCC	A	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.074;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=91;ReadPosRankSum=0.680;SC=CTGCCGTCCCAGCCGCCGCCG;SOR=1.905;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=3;WE=52751080;WS=52751060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chr10	53667443	rs10823860	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.227;SC=TAAAAAATTTCTAAGCTCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=53667451;WS=53667433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	53667462	rs11000040	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=161;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GGGATGAGCTATATATTTGGC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=53667484;WS=53667452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	53667476	rs7081919	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=161;ReadPosRankSum=-0.262;SC=ATTTGGCTTCGTATAGAAAGC;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=53667484;WS=53667452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	53814140	.	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GGATAAAATTCCATTAGGATG;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=53814148;WS=53814137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	53814229	rs1904010	G	T	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=17;PP=832;SC=TTTTCTTATTGTTTCTACTTT;SOR=1.092;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=53814237;WS=53814219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	53814383	rs12778630	C	T	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=34;PP=825;SC=TTAGTAACTCCAGTAGGAACA;SOR=1.091;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=54;WE=53814391;WS=53814373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	53841337	rs1904024	A	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=6;PP=243;SC=AATACTTACCATATGCCATGT;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=53841345;WS=53841327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	53841639	rs5784902	AG	A	100	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=44;SC=TCCTGACAATAGGGGTCTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=53841647;WS=53841629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	53893539	rs17642863	A	T	157.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.53;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr10	53921754	rs10824173	C	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=209;SC=ATTTTGATTGCAAAATGATTT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=53921762;WS=53921744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	54050079	rs10762675	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.753;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr10	54074757	rs2241529	A	G	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=19;PP=823;SC=GAGGGGACGCAGGCGTGCAAA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=54074765;WS=54074747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	54076271	rs1569198	A	G	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=42;PP=1612;SC=TGCAGGTTTAACAGTAACTAT;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=54076279;WS=54076261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	54528266	rs930507	G	C	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=24;PP=696;SC=GAGAGAAGGTGAGCCCTAAAA;SOR=1.057;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=38;WE=54528274;WS=54528256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	54528298	rs930508	G	C	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=535;SC=GGGTGAAACTGACTCATCCTT;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=54528306;WS=54528288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	54528353	rs930509	C	G	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=280;SC=TTCTAGAGTACAGTTGCCGGA;SOR=2.448;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=54528361;WS=54528343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr10	54530694	rs1982267	G	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=CTGTATGGTGGGCACCTGAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=54530702;WS=54530684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr10	54531534	rs11003123	G	A	40.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr10	55581576	.	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr10	55663198	rs10740559	A	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.83;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	55663202	rs2593124	T	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.82;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	55719652	rs2593107	C	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=28;PP=734;SC=GTAAGAACAGCGTAACAGCAC;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=39;WE=55719660;WS=55719642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	55755340	rs11003980	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=392;ReadPosRankSum=1.024;SC=TCTTGTGATTCGGTCATTTAT;SOR=0.260;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=27;WE=55755348;WS=55755330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr10	55755478	.	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,36:0.36:100
chr10	55779915	rs3812658	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=383;SC=TGTAGAGAGAGCAAAGCAGGC;SOR=2.124;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=55779923;WS=55779905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	55782643	.	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.613;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=536;ReadPosRankSum=-0.582;SC=AATGCTTTTTCCCACACACCT;SOR=1.317;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=31;WE=55782651;WS=55782633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr10	55838950	rs1911433	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=206;ReadPosRankSum=0.115;SC=TAGCCTGTTGAAGAAAAGAGC;SOR=0.776;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=13;WE=55838958;WS=55838940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr10	55943184	rs7093302	T	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=19;PP=1057;SC=AGTGTACACTTATATTATGTG;SOR=1.467;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=57;WE=55943192;WS=55943174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	55973889	rs10763086	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=194;SC=CCCTTCATCAGCTGAGGAACA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=55973897;WS=55973879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	55996761	rs721825	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=21;PP=512;SC=GAGACAGATGCTTTAGTTTGG;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=55996769;WS=55996751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	56076975	rs10763098	A	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=431;SC=CTTGAACATGATCCCATTGGG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=56076983;WS=56076965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	56077209	rs10740579	G	A	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	56089166	rs11004239	C	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	56089223	rs11004240	A	G	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=102;SC=TATTATATATAAACACCAAGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=56089231;WS=56089213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	56089263	rs857395	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=241;SC=GAAGTGAGTGGCACAGAGCTC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=56089271;WS=56089253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	56287689	rs10825347	A	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=0.845;SC=GGCACACACAATGAGAAAAAA;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=19;WE=56287697;WS=56287679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr10	56288081	rs11004349	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=2.205;SC=GTTCTAAAGAGAATAAAACAA;SOR=0.491;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=19;WE=56288089;WS=56288071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr10	56335031	rs7070334	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=25;SC=TGCACAATGTACACATGTACC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=56335039;WS=56335021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	56335067	rs7070440	A	G	150.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=20;SC=TAATAAAAAAAAAAACTGAAA;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=56335075;WS=56335057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	56335099	rs10825362	C	T	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	56345303	rs4570492	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=6;PP=374;SC=ACTTCATAGCTGTAGGCTAAC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=56345311;WS=56345293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	56345335	rs2026413	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=421;SC=AAATAATTCATTCATTTCATT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=56345343;WS=56345325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	56345378	rs11396767	T	TG	1249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.396;NF=4;NR=12;PP=276;ReadPosRankSum=1.687;SC=ATATGTGTTTTTTTTTTTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=56345386;WS=56345368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr10	56345425	rs2026412	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=25.44;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	56345491	rs2026411	C	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=310;SC=CCACAGATAACAGCCGCAATC;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=56345499;WS=56345481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	56345511	rs2026410	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=6;PP=116;SC=CAACTTCAGCAGGTTCCCAGA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=56345519;WS=56345501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	56423968	rs11004439	A	C	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=20;PP=658;SC=TCAAAGAGAGAGCCCAGGATG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=56423976;WS=56423958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	58118630	rs2241666	T	C	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=75;PP=2080;SC=TGAAACACCCTGTCAAGCTCC;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=140;WE=58118638;WS=58118620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	58119976	rs3861049	G	A	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=41;PP=2048;SC=CTCTCTGCCAGTGCTGCCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=101;WE=58119984;WS=58119966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	58121034	rs41305014	C	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.688;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,14:0.18:77
chr10	59064371	rs1275284	C	G	177.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=-1.097;SC=ACATGTATCTCTCTGTGTGTA;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=9;WE=59064379;WS=59064361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	60095143	rs1905456	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=161;SC=CCAGCGGGCATCGGACAGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=60095151;WS=60095133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	60148415	rs34084383	G	GT	65.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=63.02;MQRankSum=0.712;NF=1;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ACTTACTTGGGTTTTTTATTT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=60148423;WS=60148405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	60150445	rs11006130	A	G	41.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	60160226	rs2170778	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-1.097;SC=ATCAGTAGACGTAAGGTTTGC;SOR=0.634;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=11;WE=60160234;WS=60160216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr10	60273121	rs7100474	T	C	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=593;ReadPosRankSum=-1.723;SC=TCTCGGACTCTCCGACTGAGC;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=36;WE=60273129;WS=60273111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,76:0.60:126
chr10	60273155	rs7079648	C	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=459;ReadPosRankSum=-2.701;SC=TCGGACATCCCCACCGCGCGC;SOR=0.815;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=32;WE=60273163;WS=60273145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
chr10	60273189	rs10571555	ACGGC	A	907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=508;ReadPosRankSum=-0.888;SC=ACTCCAGCCTACGGCCGGCCG;SOR=0.906;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=12;WE=60273200;WS=60273179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr10	60548276	rs11812567	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	60558125	rs2393503	A	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=455;ReadPosRankSum=0.264;SC=TCTTAAATTTATGTGAATTGA;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=33;WE=60558133;WS=60558115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr10	60559047	rs2893789	G	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=6.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=0.825;SC=TGTGTGATCTGTACTGTTTGT;SOR=3.014;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=60559055;WS=60559037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	60566137	rs3740451	G	A	296.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.79;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr10	60573753	rs9416746	G	T	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=992;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TCAAGTGAGCGTTGTGTTTTA;SOR=0.901;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=60;WE=60573761;WS=60573743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,93:0.56:165
chr10	60577393	rs4344442	T	C	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=432;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TGGCTGTAACTTAAATAGCTC;SOR=1.056;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=30;WE=60577401;WS=60577383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr10	60588553	rs4948550	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=245;ReadPosRankSum=1.582;SC=GCTTTTTGAATCGCCAAATGC;SOR=0.683;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=19;WE=60588561;WS=60588543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr10	60996453	rs10763600	G	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=255;SC=AAAAGCTTTAGTTGTTCTGGG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=60996461;WS=60996443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	61005244	rs2452505	G	C	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=45;PP=1710;SC=GGATCTTTCTGTGGGCACCGT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=88;WE=61005252;WS=61005234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	61007534	rs1459996	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=473;SC=TTCACAATGAATCAAGTCATT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=61007542;WS=61007524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	61007592	rs2446724	G	A	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=252;SC=ATACTGTAACGGCCTCCACTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=61007600;WS=61007582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	61014056	rs1903252	C	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=11;PP=339;SC=ATGTGACATCCTGTTAACTAC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=61014064;WS=61014046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	61062538	rs72808548	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-1.647;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr10	61111975	rs284606	G	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=6;PP=211;SC=GAACCGTGTGGCCTAGCCTAA;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=61111983;WS=61111965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	61122268	rs3078330	T	TTA	1151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=867;SC=TCTCCGGGAGTGAGCACATAC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=61122276;WS=61122258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	61412557	rs145767510	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CTTTGTACAAGAAAGTTGTTG;SOR=0.602;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=14;WE=61412565;WS=61412547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr10	61443751	rs7071865	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=0.223;SC=AGATATGTTATACTTTGAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=14;WE=61443759;WS=61443741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr10	61552692	rs1053266	G	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=34;PP=1120;SC=TGGGAGGAGGGGTGCGCCGAA;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=61552700;WS=61552682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	61552774	rs1053265	C	T	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	61554463	rs148666580	C	A	245.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=0.829;SC=CACAAAAATACAAACAGATGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=61554471;WS=61554453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr10	61574357	.	AAC	A	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.001;NF=5;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=0.156;SC=CCAGAGCAGCAACACACACAC;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=10;WE=61574368;WS=61574347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr10	61665886	rs1171830	C	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=334;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TCACGATGGTCACGCTGGCTT;SOR=1.577;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=22;WE=61665894;WS=61665876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr10	61802342	rs2393603	C	A	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=9;PP=769;SC=AAGGAAAGGACGGGGAAAATC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=61802361;WS=61802332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	61802353	rs2393604	A	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=11;PP=954;SC=GGGGAAAATCAGAATCACTTA;SOR=1.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=45;WE=61802361;WS=61802332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	61802374	rs2393605	AA	TT	3889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=19;PP=966;SC=TTTAGTGAAAAATATAAGTTT;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=51;WE=61802383;WS=61802364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	61802526	.	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=3;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.626;NF=9;NR=15;PP=274;ReadPosRankSum=0.076;SC=TGCTTTGAAAGGAGTGTACAT;SOR=0.822;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=24;WE=61802534;WS=61802516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,40:0.29:137
chr10	61802550	rs9888033	A	T	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=48;PP=1343;SC=AAGATTTCACAGTGAAACAGT;SOR=1.234;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=71;WE=61802569;WS=61802540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	61802561	rs2393607	G	T	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=42;PP=1250;SC=GTGAAACAGTGTTAGTTATAA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=61802569;WS=61802540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	61802577	rs5785427	T	TC	1956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=1520;SC=TATAAAGCAGTCCATTCTGAT;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=36;WE=61802585;WS=61802567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	61819024	rs34010158	TA	T	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=301;ReadPosRankSum=0.448;SC=AAGTCACCACTAAAAAGCATG;SOR=0.610;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=10;WE=61819032;WS=61819014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr10	61819049	rs10733757	T	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=354;ReadPosRankSum=-1.692;SC=TAAGATAAACTATTAACAAGT;SOR=0.474;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=25;WE=61819057;WS=61819039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr10	61823109	rs4568956	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=1.269;SC=AGCCCTGCTGACATTTTAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=5;WE=61823117;WS=61823099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	61831271	rs10821668	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=437;ReadPosRankSum=0.119;SC=TTGTACTGTCTTACATTCCTG;SOR=0.551;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=32;WE=61831279;WS=61831261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,43:0.38:112
chr10	61831744	rs10740006	A	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=480;ReadPosRankSum=0.704;SC=TCCTCTCATCAGCAACTCTGA;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=41;WE=61831752;WS=61831734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,70:0.36:197
chr10	61840460	.	G	A	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=100;QD=19.2530303639;SC=AGGATGGCATGTTGATAACTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=61840468;WS=61840450;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,7:0.39:18
chr10	61844960	.	G	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,10:0.15:67
chr10	61847825	.	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=-0.057;SC=TAGGATGTTAGAATAACTCTT;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=61847833;WS=61847815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	61867897	.	G	GA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr10	61868172	.	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	61868716	rs3750800	C	A	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=29;PP=1069;SC=GAGTGGGGGCCGTACACTTGC;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=60;WE=61868724;WS=61868706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	61893898	rs3213829	T	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr10	61894153	.	A	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=3.570;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=1.325;SC=ACAGTTAACCATTCAACAGTG;SOR=1.140;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=14;WE=61894161;WS=61894143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr10	61900356	rs6479694	A	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=411;SC=TCAGGCCCCCAAAAAAATCTT;SOR=5.421;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=61900364;WS=61900346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	62023741	.	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=341;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TTGGTCGTGACCTTGTTGCAA;SOR=0.682;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=22;WE=62023749;WS=62023731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr10	62029934	rs71495633	G	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=305;ReadPosRankSum=0.093;SC=GAAGAAACTTGACAACTTCCA;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=22;WE=62029942;WS=62029924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr10	62039654	rs1380451	G	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=448;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TAAAGTATAGGCACCTTAAAT;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=28;WE=62039662;WS=62039644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
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chr10	62060206	.	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.806;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr10	62375033	rs1837947	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-1.281;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr10	62551815	rs3212319	GC	G	650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=572;ReadPosRankSum=0.826;SC=TTTTCAGGTAGCTATTAAAAA;SOR=0.896;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=14;WE=62551823;WS=62551805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr10	62551889	rs2456777	AA	GT	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.50;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr10	62553763	rs1871446	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CATATGTTATATCAACAGATA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=62553771;WS=62553753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	62648570	rs372998480	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,29:0.28:105
chr10	62671305	rs2271126	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.791;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,60:0.32:189
chr10	63170292	rs7083475	A	G	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=54;PP=1247;ReadPosRankSum=3.298;SC=TAGAGTTGCAACACCACCACG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=260;TCF=122;TCR=138;TR=101;WE=63170300;WS=63170282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,151:0.37:405
chr10	63172694	rs16916115	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=0.676;SC=GTAGGATTCCAAGGACCTCCA;SOR=1.127;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=16;WE=63172702;WS=63172684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr10	63175794	rs16916122	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=0.336;SC=ATAGAGGAAAGTAGTTTCTAA;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=14;WE=63175802;WS=63175784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr10	63196057	.	CA	C	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.9998;HP=11;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=17.5;SC=GCTAATTTTCCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=63196065;WS=63196047;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	63422754	rs151189963	G	GGGGCCGACCCCGGCA	3547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=13;PP=2969;SC=CGACTCCCTGGGGGCCGACCC;SOR=1.284;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=23;WE=63422762;WS=63422744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	63519674	rs2588915	G	A	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=8;PP=845;SC=AGGACAAAAAGGGCAATGGCA;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=63519682;WS=63519664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	63520698	rs1992625	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=13;PP=427;SC=TAGTTGGTTTTACCATTGAAG;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=63520706;WS=63520688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	63759692	rs72833380	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=0.605;SC=CTGGATGGGTGAAGTGGGGCT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=63759700;WS=63759682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	63818920	rs3832683	GA	G	124.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=83;SC=CTTTCTCGTTGAAAAAAAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=63818928;WS=63818910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	63944176	rs3125730	A	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=7;PP=261;SC=ACCTTTAGTCACCCACAGAGG;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=63944184;WS=63944166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	63958112	rs3125734	T	C	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
chr10	63964653	rs41274060	C	T	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr10	63974950	rs4559572	C	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	63976912	rs149331212	TAGCTTC	T	2648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=1412;ReadPosRankSum=-1.198;SC=GGTTCCACTTTAGCTTCAATT;SOR=0.501;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=33;WE=63976925;WS=63976902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,67:0.64:105
chr10	63977011	rs148142088	GAAAAA	G	1175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=6.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.99;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr10	63977069	rs1432414	A	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CACTTTAAATACATCAAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=19;WE=63977077;WS=63977059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr10	63978077	rs11355398	GA	G	234.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=-2.301;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,16:0.84:19
chr10	63982984	rs10740069	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.645;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr10	63995983	rs3852448	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-2.516;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr10	64000878	rs1368158	T	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	64005586	rs28515713	G	A	108.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5149;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AAACTCTAAAGTTCTATATCA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=64005594;WS=64005576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	64005711	rs3815999	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=188;ReadPosRankSum=0.517;SC=CATGTAGTTACGTTATAGAAT;SOR=0.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=16;WE=64005719;WS=64005701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr10	64019037	rs10675790	A	ATAAAT	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=-0.003;SC=CTTTTTCTTAATACTCAGTCT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=64019045;WS=64019027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	64136751	rs1873686	G	C	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr10	64573771	rs224083	C	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=14;PP=481;SC=GCTTGGGGGACGGATAGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=64573779;WS=64573761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr10	64914016	rs35751397	T	TA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.917;NF=1;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=-0.701;SC=GAGGAAATAATACAGTAATCG;SOR=0.551;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=3;WE=64914024;WS=64914006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr10	64927823	rs1935	C	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
chr10	64944317	rs10740107	T	A	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=18;PP=891;SC=GCAAAAATTTTAAAAAATCCA;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=64944325;WS=64944307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	64945364	rs3211105	G	A	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=25;PP=725;SC=CTGAAGGCCAGTCTTTCAATT;SOR=1.278;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=41;WE=64945372;WS=64945354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	64953311	rs4747098	G	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=126;SC=ACAATATTTTGTATTATAATT;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=64953319;WS=64953301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	64953959	rs2306264	C	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TCTCTCCACCCTGTTATATTT;SOR=0.582;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=64953967;WS=64953949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr10	64960390	rs372791018	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,43:0.27:162
chr10	64960536	rs10465990	G	A	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=337;SC=GTGATGATACGGTAAGACTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=64960544;WS=64960526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	64967445	rs1904294	A	T	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=62;PP=2657;SC=TTTCACTAACACGATCTTTAG;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=136;WE=64967453;WS=64967435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr10	64974537	rs10761725	A	T	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=20;PP=881;SC=TGTTCTGACGAATGAATAATC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=64974545;WS=64974527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	65061697	.	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=-1.811;SC=CCATTTCCTATGAGTACATAC;SOR=0.757;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=10;WE=65061705;WS=65061687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr10	65139890	.	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.062;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr10	65139945	rs7477425	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=345;SC=TTCAAGCAATTGTCCTGCTTC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=65139953;WS=65139935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	65225244	rs1061259	GA	CG	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=16;PP=2081;SC=GGGGGGCGCTGACTCTCTTAC;SOR=1.545;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=54;WE=65225253;WS=65225234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	65225450	rs1054693	C	T	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1424;ReadPosRankSum=2.135;SC=CGGCCGCTGCCTCCTCCAGTG;SOR=0.566;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=162;TCF=84;TCR=78;TR=105;WE=65225458;WS=65225440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,156:0.65:240
chr10	65322464	rs36027145	A	ATCAG	2032.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.492;NF=5;NR=21;PP=1273;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CTCTGCAGCAATCAATCAATT;SOR=0.524;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=26;WE=65322472;WS=65322454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr10	65379304	rs35995927	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TGCAAAAAGAGTAACTGGGGG;SOR=1.085;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=65379312;WS=65379294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr10	65928826	rs10740151	T	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=10;PP=599;SC=CACTCTTTTCTGTATAGCTTG;SOR=1.123;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=33;WE=65928834;WS=65928816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	65929176	.	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.486;NF=6;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=-1.122;SC=GAATGAAGGTCCTTTTCCTTG;SOR=0.919;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=18;WE=65929184;WS=65929166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr10	65929269	.	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.47;MQRankSum=1.845;NF=10;NR=16;PP=399;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TCAGAAACATGAACAGATGCC;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=26;WE=65929277;WS=65929259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr10	67726514	rs2105702	A	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=-0.882;SC=ACTAAATATGAATCAAAGATA;SOR=0.689;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=18;WE=67726522;WS=67726504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr10	68139142	rs12761828	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=1.542;SC=TAGTTTTTGCGTGTGTCTGTG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=11;WE=68139150;WS=68139132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr10	68535082	rs5785786	C	CT	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=507;ReadPosRankSum=-0.221;SC=TATATTTACTCTTTTTTTCCT;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=21;WE=68535090;WS=68535072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr10	68685929	rs7902006	G	C	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=45;PP=1428;SC=AACTGCTGGGGTATGGAATAC;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=68685937;WS=68685919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	68857470	.	G	A	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=1.882;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,71:0.70:101
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chr10	69299209	.	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr10	69583206	rs962608	G	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=673;SC=AGTGACTCACGCCTATAATCT;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=69583214;WS=69583196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	69647332	rs932657	G	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	69648569	rs2236318	T	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=368;SC=GCTAACTCATTACTTCAGAAA;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=69648577;WS=69648559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	69651125	rs7896005	A	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=567;SC=AAGGTAGAAGATTTAATTTTA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=69651133;WS=69651115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	69668014	rs10997870	G	T	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=101;SC=GTTAGCATTTGGGAATTTTGG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=69668022;WS=69668004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	69692330	rs3758392	T	C	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=12;PP=910;SC=CATTTAACAATATCAGAGATT;SOR=1.651;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=47;WE=69692338;WS=69692320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	69750788	rs5785841	GA	G	1480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;MQRankSum=0.399;QD=17.22;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,81:0.94:86
chr10	69755112	rs2308195	C	CCTAT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	69797890	.	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr10	69896336	rs12221035	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.682;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr10	69902549	rs3814180	T	C	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=197;SC=CTTCTCACTGTTACAAAAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=69902557;WS=69902541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	69925123	rs10823146	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=3;PP=96;ReadPosRankSum=0.168;SC=GTAGGAGAATCGCTTGAACCT;SOR=0.358;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=69925131;WS=69925113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr10	69925176	rs10823147	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=147;ReadPosRankSum=-1.652;SC=GCCACTGCGCTCCAGCCTGGG;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=12;WE=69925184;WS=69925166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr10	69926097	rs2673794	T	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,37:0.24:154
chr10	69926334	rs10823148	C	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=349;ReadPosRankSum=0.655;SC=CCGATTCTTTCCAGGAGAGGT;SOR=0.834;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=30;WE=69926342;WS=69926324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,50:0.36:139
chr10	69933921	rs10997975	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,47:0.23:200
chr10	69933969	rs7916821	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,56:0.27:204
chr10	69934258	rs3814182	C	G	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.024;SC=CCATCCCCAGCGGAAACCAGT;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=111;TCR=96;TR=95;WE=69934266;WS=69934248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,135:0.40:334
chr10	69934467	rs3814183	A	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=35;PP=966;SC=GTCGATGTGCACATTGAATAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=69934475;WS=69934457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	69934523	.	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=0.952;SC=CTAGATAATCTTATTCTCTTA;SOR=1.051;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=10;WE=69934543;WS=69934513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr10	69934535	rs7917519	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=411;SC=ATTCTCTTAGGCACAGAATGG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=69934543;WS=69934513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	69935059	rs7097776	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr10	69935082	.	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr10	69935235	rs6480306	T	C	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	69948844	rs10733838	T	C	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=27;PP=920;SC=GCTCTCCAGTTACATTCACCT;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=69948852;WS=69948834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	69954290	rs7081213	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=3.169;SC=AGGGTTCTGCGCTGTGCTGCA;SOR=2.049;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=14;WE=69954298;WS=69954280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr10	69955140	rs7069569	T	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.550;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr10	69956999	rs34524918	C	CA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	69957340	rs7095603	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr10	69957350	rs7095607	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr10	69959097	rs7079549	G	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=1.804;SC=CATCAGTCATGTGCCTCAGCT;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=69959105;WS=69959087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr10	69959242	rs7079481	C	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.485;NF=13;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=-1.736;SC=GCTCATTGACCCACTCACTCA;SOR=0.601;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=27;WE=69959250;WS=69959232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,49:0.32:155
chr10	69959345	rs11279655	GCTGGGA	G	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.797;NF=2;NR=9;PP=494;ReadPosRankSum=-1.080;SC=AAGGTTTGCTGCTGGGACCCC;SOR=0.562;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=11;WE=69959358;WS=69959335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr10	69959397	rs7079974	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr10	69961470	rs7913133	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.541;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr10	69961501	rs7913146	A	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=234;SC=TCTTGCCACCACACTCCAGCC;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=69961509;WS=69961491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	69966392	rs3814185	T	G	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=170;SC=CTGCTCTTCTTTGACGTCTTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=69966400;WS=69966391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	70045201	rs7909365	C	A	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=33;PP=980;SC=AGACAATCCCCAAGAAAACAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=70045209;WS=70045191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	70045264	rs3816299	A	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=20;PP=541;SC=TCCAGTTTGAATAAACTCTAG;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=70045272;WS=70045254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	70051810	rs3835100	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=409;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GATGGGGGGAAAAAAAACAAA;SOR=1.270;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=19;WE=70051818;WS=70051800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr10	70051928	rs10823171	A	G	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	70056600	rs2394470	C	T	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=10;PP=634;SC=CACTCCAGCCCGTGCGACAGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=70056608;WS=70056590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	70098948	rs2273903	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=1.413;SC=GGCTATGGGAATGATGGCTTT;SOR=0.385;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=7;WE=70098956;WS=70098938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr10	70105560	rs1162753	G	A	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=35;PP=1342;SC=TGAATGAGCAGTGCATGACAG;SOR=0.851;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=80;WE=70105568;WS=70105550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	70143774	rs7899885	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=13;PP=422;SC=ATTTCTGACACGAGATTGTCT;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=25;WE=70143782;WS=70143764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	70166913	rs59831114	T	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=422;SC=ACTGAGGGCCTAGCGTTCGGT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=70166921;WS=70166903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	70276728	rs2664412	G	A	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=2;PP=45;SC=TGCCCACAGCGTATAGATATG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=70276736;WS=70276718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	70332066	rs3814177	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=126;SC=CTGTTTCCTGCGCCCTTTCAT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=70332074;WS=70332056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	70332580	rs10823229	A	G	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=30;PP=1383;SC=CCAATGCAAGACACCCAAGTC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=70332588;WS=70332570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	70392319	rs10733844	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=518;SC=TTGGAGTAGGGGGGTTTATCT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=70392327;WS=70392309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	70392375	rs1747	G	A	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=12;PP=899;SC=AATTATGCAAGGCAAAGAATC;SOR=1.649;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=70392383;WS=70392365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	70405237	rs12241767	G	A	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=1071;ReadPosRankSum=-1.646;SC=AGAAGGATGAGGAATCAGAGC;SOR=0.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=62;WE=70405245;WS=70405227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,85:0.73:116
chr10	70405539	rs16925541	A	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=667;ReadPosRankSum=-1.021;SC=ATTGACACCAATAAAAGTATT;SOR=0.293;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=44;WE=70405547;WS=70405529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr10	70405855	rs3998860	A	G	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=630;ReadPosRankSum=0.538;SC=AGGGCACAATACAACAGAAAC;SOR=0.751;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=47;WE=70405863;WS=70405845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,66:0.38:174
chr10	70406864	rs36081642	C	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=1.634;SC=TATTTTTTCCCCATTCTTATT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=13;WE=70406872;WS=70406854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr10	70411536	rs12243354	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=207;ReadPosRankSum=2.546;SC=AAGTATAAAAGTAGCTTCTCC;SOR=0.379;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=16;WE=70411544;WS=70411526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr10	70433290	.	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=3.029;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr10	70442868	rs11284778	GA	G	82.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=61.19;MQRankSum=0.180;NF=0;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=-0.792;SC=AAAATAAAGTGAAAAAAAAGA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=70442876;WS=70442858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	70481547	rs1616158	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=0.838;SC=CGAGCTCTGGCCCTTGAGGGT;SOR=0.512;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=70481555;WS=70481537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	70497482	rs1162961	A	G	141.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=2;PP=104;SC=TCAATGCCACACCAGAACAGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=70497490;WS=70497472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr10	70531217	rs10823258	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr10	70534744	rs1782323	A	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	70546223	rs36124907	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr10	70546309	.	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-0.584;SC=TTAGGAAAAAGAAAAGACTCA;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=7;WE=70546317;WS=70546299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	70641860	rs1341667	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GATGAAACATTACCCAGGTAG;SOR=0.723;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=12;WE=70641868;WS=70641850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr10	70645376	rs10509305	A	C	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=961;ReadPosRankSum=0.823;SC=TGAGATATGAAGTGTATGGTG;SOR=0.622;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=73;WE=70645384;WS=70645366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,97:0.62:156
chr10	70645697	rs10509306	C	T	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1237;ReadPosRankSum=1.230;SC=AGCTTTCTAACGATGACCAGG;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=83;WE=70645705;WS=70645687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,121:0.66:182
chr10	70645854	rs375614914	C	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=480;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CCAGGGAAATCATTTAGGAAA;SOR=1.106;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=32;WE=70645862;WS=70645844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr10	70652272	rs4472827	G	A	117.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=1.383;SC=GTAGCAAATGGAAGTATAATG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=70652280;WS=70652262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr10	70696009	rs7084726	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=306;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCGGGCA;SOR=1.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=70696017;WS=70695999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	70696713	rs5030895	C	T	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=154;SC=CCGTTTCTTACGCTGCTGTTG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=70696721;WS=70696703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	70696908	rs1539166	G	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=6;PP=154;SC=TTGAACATAGGAAATATTGTA;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=70696916;WS=70696898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	70700944	rs5030900	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=1.056;SC=TCCTGAAAGGAAATATGGTAG;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=4;WE=70700952;WS=70700934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr10	70716106	rs5030896	A	G	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=33;PP=1003;SC=GGGACGCTGAATGGAGCGGAA;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=70716114;WS=70716096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	70722939	rs5030897	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr10	70725128	rs3898314	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=0.408;SC=ATTTTTCTTTATCAGGTACTG;SOR=0.551;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=9;WE=70725136;WS=70725118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr10	70733266	rs5030899	T	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.381;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr10	70734589	rs3740595	T	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr10	70734599	rs5030902	A	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.51;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,40:0.93:43
chr10	70856852	rs2229498	G	A	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=17;PP=689;SC=TATCCTACGCGGAGAGCCAGG;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=70856860;WS=70856842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	70946090	rs28712790	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.78;ReadPosRankSum=0.765;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	70946091	rs201719697	AAAAAAAAAAG	A	248.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.87;ReadPosRankSum=0.765;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
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chr10	70968199	rs4746821	G	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
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chr10	70992949	rs5030971	T	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=6;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=298;ReadPosRankSum=-1.566;SC=TGGGCACGGGTGGGAGTCAGG;SOR=0.252;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=18;WE=70992957;WS=70992939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr10	70992970	rs5030972	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=0.066;SC=CTGCACGCAGGAGAGAACAGC;SOR=0.776;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=70992978;WS=70992960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr10	70998738	rs4145930	G	A	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=9;PP=470;SC=AAGTTTCTGCGGCTCAGTTGC;SOR=1.094;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=70998746;WS=70998728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	71008272	.	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=202;ReadPosRankSum=-0.811;SC=ACCAAGGGGGCCGCCATGGTG;SOR=0.751;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=19;WE=71008280;WS=71008262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
chr10	71010026	rs4745978	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=223;SC=GGAATGCAGCTGCTGCTTTCT;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=71010034;WS=71010016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	71010375	rs5030948	C	T	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-1.141;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr10	71018660	rs1111335	T	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=395;SC=AGATGACATCTGGACCCGATA;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=71018668;WS=71018650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	71027231	rs2611	G	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=-0.161;SC=TGTGTTGCAGGTGTTGATAGT;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=10;WE=71027239;WS=71027221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr10	71052083	rs4746836	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=-1.454;SC=CCTGCCTCAGCCTCCTAAAGT;SOR=0.495;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=5;WE=71052091;WS=71052073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr10	71098195	rs906216	G	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	71098295	rs7912524	T	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=311;SC=CAGCTGGAAGTGGTGCTGTGC;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=71098303;WS=71098285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	71098436	rs71922966	AGTGTGTGTGT	A	323.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5725;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=4;PP=1228;SC=TGGAGATGTGAGTGTGTGTGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=71098453;WS=71098426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	71103597	rs1133189	C	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=269;ReadPosRankSum=0.877;SC=ACAAGTATCTCTATGCCATGC;SOR=1.321;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=16;WE=71103605;WS=71103587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr10	71103866	.	C	CCCAT	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=395;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATCTGCTCTCCCATCCATCC;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=71103874;WS=71103856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	71103884	.	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=0.256;SC=TCCATCCATCCATCCGCTGAT;SOR=1.565;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=71103892;WS=71103874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	71124619	.	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=559;ReadPosRankSum=1.163;SC=CTGTGGGATTCACGTTTTCTT;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=39;WE=71124627;WS=71124609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr10	71142420	rs748235	G	A	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	71144324	rs2305196	G	A	431.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=2.969;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=271;ReadPosRankSum=0.480;SC=CCGCCACGGGGTGCCCACATG;SOR=0.180;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=19;WE=71144332;WS=71144314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr10	71144702	rs749105	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.767;SC=CTCAGTGATCGGGCAGCACTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=7;WE=71144710;WS=71144692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr10	71149217	.	G	GTC	580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=292;ReadPosRankSum=-1.412;SC=AGGCAGCAGAGTCTCTGGCGG;SOR=0.269;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=71149225;WS=71149207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr10	71152091	rs2278745	T	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=1.156;SC=GAGAGGACACTCACAGTCAGG;SOR=0.250;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=23;WE=71152099;WS=71152081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr10	71158268	rs1227938	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr10	71168685	rs55953810	A	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	71243323	rs10823396	C	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	71244832	rs2305201	C	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=333;ReadPosRankSum=2.135;SC=CAGATGGTGCCTCCCCTGTAC;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=23;WE=71244840;WS=71244822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,38:0.83:46
chr10	71263991	rs5785921	G	GT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=171;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CATTCCTACAGTTTTTTCACG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=71263999;WS=71263981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
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chr10	71267406	.	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.48;ReadPosRankSum=0.500;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
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chr10	71267417	rs3750790	T	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.07;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
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chr10	71390393	rs977096	A	G	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=23;PP=661;SC=TTCGGCATACATGTCACCAGT;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=71390401;WS=71390383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	71391538	rs1381932	T	C	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=23;PP=840;SC=TCGTGCAGGATGACGACCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=71391546;WS=71391528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	71391707	rs2262274	C	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=16;PP=410;SC=CTGAAGCCCTCTTTGCAGAGA;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=71391727;WS=71391697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	71391719	rs144716370	C	CTGGGTAAGACT	956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=2957;SC=TTGCAGAGAGCTGGGGAAGAT;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=71391727;WS=71391697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	71392495	rs2616089	T	A	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	71392501	rs2616088	G	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	71392557	rs12020	C	T	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	71392692	rs1052152	T	C	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=31;PP=1147;SC=AGTGGCATCTTGGCAACCATG;SOR=0.799;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=69;WE=71392700;WS=71392682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	71562437	rs10998973	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr10	71582371	rs8181302	G	A	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=127;SC=TGCCTGCCCCGCATCCATCAG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=71582379;WS=71582361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	71583757	rs11598684	C	T	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	71620388	rs10762320	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=1.491;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr10	71620436	rs67173564	A	AC	1329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.62;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,44:0.81:54
chr10	71620532	rs12573749	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.8508;FS=1.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=377;ReadPosRankSum=2.081;SC=AGGGATGTGGGACTCTGGCAT;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=20;WE=71620540;WS=71620522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr10	71620671	rs4341432	C	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=227;SC=GCTAGGCTGGCGAACGGCTTC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=71620679;WS=71620661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	71634969	rs59942449	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=464;ReadPosRankSum=-1.067;SC=TTGCTTCTCCGTGCTGGCCTG;SOR=1.047;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=34;WE=71634977;WS=71634959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr10	71634986	rs59126631	A	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=383;ReadPosRankSum=0.124;SC=CCTGTCCTCTAAACCATGGCA;SOR=0.739;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=27;WE=71634994;WS=71634976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr10	71637905	rs10823446	C	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=580;SC=AGCCCTCCCCCCCATGAAAGC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=71637913;WS=71637895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	71647169	rs11813062	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-1.453;SC=GCTCTGTCTCCTCCTTGCTCA;SOR=0.974;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=10;WE=71647177;WS=71647159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr10	71647196	rs35268667	GT	G	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.726;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr10	71647223	rs11816811	A	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=0.521;SC=GTCAACCAGGAACTAGAGGTT;SOR=1.051;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=10;WE=71647231;WS=71647213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr10	71649046	rs10999015	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=0.460;SC=ATGGAGCACAGGGGACAGGGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=71649054;WS=71649036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr10	71649309	rs2683572	A	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=26;PP=695;SC=ATGGCTGTCCATGCTGGTCAC;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=71649317;WS=71649299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	71655440	.	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=1.912;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr10	71655443	rs1227744	G	A	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.25;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	71657272	rs1227746	A	G	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr10	71658512	rs1227747	G	A	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=64;PP=1976;SC=AAAGGCGGACGTTCCAGGTAG;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=116;WE=71658520;WS=71658502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr10	71662783	rs942576	G	T	220.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.03;ReadPosRankSum=0.520;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr10	71664661	.	CTT	C	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.759;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	71665676	rs2683575	G	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=114;SC=TTCCAACCTAGGTGGCTGTGC;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=71665684;WS=71665666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr10	71681530	rs2274180	C	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=108;ReadPosRankSum=0.373;SC=GCAGGGGCACCGAGGCAGGAG;SOR=0.412;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=71681538;WS=71681520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr10	71681766	rs4237324	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr10	71685532	rs1227778	G	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.396;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=306;ReadPosRankSum=1.108;SC=GGTCCAGGCCGTGGGTTGAGA;SOR=1.668;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=18;WE=71685540;WS=71685522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr10	71689645	rs2763339	T	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=2.380;SC=AGAGAGGCAATGCAAATTCAT;SOR=0.074;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=71689653;WS=71689635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	71689966	rs59283631	TG	T	216.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	71692556	rs7094009	C	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CACAGAGCACCTCCCATGCTT;SOR=0.088;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=18;WE=71692564;WS=71692546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr10	71696387	.	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=257;ReadPosRankSum=-1.394;SC=TACCTCTCATGGGCAGGGACC;SOR=0.793;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=17;WE=71696395;WS=71696377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr10	71696413	rs12571041	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.455;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr10	71705445	.	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=0.886;SC=AGGAGACCCTGGGATGACAGG;SOR=0.690;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=19;WE=71705453;WS=71705435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr10	71868763	rs2271698	G	A	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=10;PP=480;SC=GAAATAACCCGCGGCATTTTC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=71868771;WS=71868753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	71876382	rs2394656	C	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=288;SC=GCTCACCAAACGCTTTGCGGT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=71876390;WS=71876372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	71880757	rs4746962	A	C	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	71903582	rs74560210	GC	TT	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=177;ReadPosRankSum=0.654;SC=TTCAGGCTGCGCCCTTCGTCC;SOR=0.776;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=7;WE=71903591;WS=71903572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr10	71905472	rs147890007	C	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=1.091;SC=GTGAAGCCCACCCATTCGCCG;SOR=0.850;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=12;WE=71905480;WS=71905462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr10	71905695	rs10999158	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=560;ReadPosRankSum=1.517;SC=GCAATGGCGCACCCTTGGGCA;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=90;TCR=40;TR=45;WE=71905703;WS=71905685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,57:0.34:166
chr10	71905735	rs11549689	G	A	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=801;ReadPosRankSum=-1.239;SC=CGCCATGGCTGGCCCGCGCTC;SOR=0.621;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=63;WE=71905743;WS=71905725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,99:0.40:247
chr10	71906010	rs11549688	C	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=-0.397;SC=GCTCGAGGCTCGCGCACTGGG;SOR=1.109;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=21;WE=71906018;WS=71906000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr10	71913416	rs3847357	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AATGAATCCCATTTAAAACGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=71913424;WS=71913411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	71968757	rs56090559	C	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=-1.616;SC=TCCATGTTGTCCAGGCTGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=7;WE=71968765;WS=71968747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	71970022	rs67336131	G	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=201;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TTGTAGAAATGGGGTCTCGTC;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=15;WE=71970030;WS=71970012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	71974468	rs7911572	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.928;SC=TCTTTATTCGCATTTAAGAAT;SOR=0.582;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=71974476;WS=71974458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr10	72014967	rs113487866	G	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=179;ReadPosRankSum=0.287;SC=GGGCAGAGGCGGGCGCGGAAG;SOR=0.816;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=16;WE=72014975;WS=72014957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr10	72043389	rs1889394	T	G	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=47;PP=1683;SC=GTCGGTACCCTGCCCCACGGC;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=99;WE=72043397;WS=72043379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	72061079	rs10740336	C	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	72061420	rs4746997	A	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=367;SC=AGCCCTGTGCAAAGGGCCATC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=72061428;WS=72061410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	72195844	rs7909303	T	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=16;PP=408;SC=TTACCTTATATAGAATTACCT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=72195852;WS=72195834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	72207517	rs34717077	AC	A	987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=8;PP=838;SC=CCACCAGCCTACCAGATTGTG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=72207525;WS=72207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	72288964	.	GCCCCCC	G,GCC	609.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.65;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,8:0.47,0.53:15
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chr10	72297411	rs871870	T	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=3;PP=181;SC=GGTGAGACACTTAGAAGAACT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=72297419;WS=72297401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	72298304	rs10999381	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=266;SC=TGGGATCCTCTTGTGAACAGA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=72298312;WS=72298294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr10	72324143	rs7093516	A	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	72326400	rs10999406	G	A	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=24;PP=794;SC=GCTGGAGAGCGGGGAGGACCA;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=72326408;WS=72326390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	72358183	.	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=-1.079;SC=GTGGCAGTGAACCAGTCCCCC;SOR=0.883;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=27;WE=72358191;WS=72358173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,44:0.26:168
chr10	72358577	rs885822	G	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=748;ReadPosRankSum=0.422;SC=CCACTTCCGAGTGGCGCTCCC;SOR=0.593;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=52;WE=72358585;WS=72358567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,79:0.59:133
chr10	72360038	rs10999426	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TTGATTGGAGGACTCTGCCTT;SOR=1.101;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=15;WE=72360046;WS=72360028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr10	72360059	rs10999427	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=237;ReadPosRankSum=1.739;SC=TCCAGGGCTCCTAGACCACCC;SOR=1.150;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=18;WE=72360067;WS=72360049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr10	72432438	rs373452188	AGGCGGCAGC	A	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.319;NF=1;NR=3;PP=581;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GAGGCGGCTGAGGCGGCAGCG;SOR=0.105;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=72432454;WS=72432428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	72432498	rs12762780	C	A	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=6;PP=330;SC=CTAGCCTCGCCGCCCTCAGCC;SOR=1.143;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=72432506;WS=72432488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	72432521	rs12762616	A	C	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=465;SC=GGACTTGGGGATCGGGCGCTT;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=72432529;WS=72432511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	72492155	rs41277996	G	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.220;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr10	72492212	rs2587478	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=309;SC=TTGGCCTGGTTCCAGTGTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=72492220;WS=72492202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	72492244	rs10740357	A	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=195;SC=GAGGAGCTGGACTGCCACTGC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=72492252;WS=72492234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	72493509	rs7085143	A	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=1.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=192;ReadPosRankSum=0.734;SC=GTGGTTGGAAAACTGAGGCCA;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=13;WE=72493517;WS=72493499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr10	72493876	rs10740358	T	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=24;PP=566;SC=TTCCCCACGTTGCCCCTGGCT;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=72493884;WS=72493866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	72494778	rs12765664	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=391;SC=AAGGCAGCCCGTCCTCCCTGG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=72494786;WS=72494768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	72496375	rs1861517	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=7;PP=572;SC=CTCCATCACTACCCTTTGTTC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=72496383;WS=72496365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	72500763	rs10823607	T	C	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=28;PP=972;SC=GGAGGCCGCCTGTGCTTAGGG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=72500771;WS=72500753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	72500863	rs10999500	C	G	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,55:0.70:79
chr10	72505208	rs7907248	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=1.737;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	72505243	rs7923892	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=-0.616;SC=ACCCATTCCATGGTTTACATT;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=7;WE=72505251;WS=72505233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr10	72505315	rs2791183	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=-0.998;SC=CCCTGGGGGCAGTTTTCTTCC;SOR=0.631;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=5;WE=72505323;WS=72505305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	72509809	rs2541229	C	T	185.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GCTACATCTGCTGCCAAGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=72509817;WS=72509799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr10	72511778	rs10999511	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CCACAGGTACTGCCCCTGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=9;WE=72511786;WS=72511768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr10	72513682	rs2587475	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CCAAAGCCTGCGCCGGGGACC;SOR=0.990;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=22;WE=72513690;WS=72513672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr10	72517830	rs10999516	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=341;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CAGGTCTGCAGCCTGCCCGCC;SOR=0.773;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=10;WE=72517845;WS=72517820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr10	72517837	rs6480463	C	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=1155;ReadPosRankSum=0.936;SC=GCAGCCTGCCCGCCTGTGGAG;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=35;WE=72517845;WS=72517820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr10	72518009	rs4747096	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CCACAATCTGAACCCCTACAT;SOR=0.770;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=17;WE=72518017;WS=72517999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
chr10	72518075	rs4747097	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,11:0.16:70
chr10	72520254	rs61736607	C	T	4235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=52;PP=1933;ReadPosRankSum=-1.499;SC=GGCCCAGACCCTGGCCCAACC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=103;TCR=82;TR=119;WE=72520262;WS=72520244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,193:0.66:292
chr10	72520660	rs10999519	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr10	72532037	rs2253793	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=599;ReadPosRankSum=2.674;SC=ATGTAAGTTCCGTGACAGCAG;SOR=0.626;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=44;WE=72532045;WS=72532027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,64:0.62:104
chr10	72532238	rs2253801	T	C	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=394;ReadPosRankSum=-1.311;SC=CCTTGGTGAGTCCCCCAAATG;SOR=0.465;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=24;WE=72532246;WS=72532228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr10	72533910	rs7077672	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=243;SC=CCAGGTCCCACTGGCCTCACC;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=72533918;WS=72533900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	72535007	rs2254174	C	T	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=45;PP=1493;SC=TTCCAGGATCCGACACAGGAG;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=92;WE=72535015;WS=72534997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	72536288	rs7897034	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=99;SC=TTTGCTGCATTGTGGTAAGGT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=72536301;WS=72536278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	72536779	rs2254422	A	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=450;SC=TGCTGACTCCACAGGGCTGGA;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=72536787;WS=72536769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	72536936	rs2254433	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=2.016;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr10	72537450	rs2254445	T	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=412;SC=TAGGTCCTCCTTGCTGCTCCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=72537458;WS=72537440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	72541790	.	G	A	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=617;ReadPosRankSum=1.101;SC=CTCAGCCTTTGGACTGAAGGA;SOR=0.457;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=37;WE=72541798;WS=72541780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,74:0.70:105
chr10	72610767	rs11594636	A	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr10	72614421	rs2171157	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=-0.250;SC=CTGTCTCTACTGTACTCTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=8;WE=72614429;WS=72614411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr10	72614524	rs11597050	A	G	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=1066;ReadPosRankSum=1.761;SC=CATTCCTGAAAGTGGACAAAG;SOR=0.724;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=76;WE=72614532;WS=72614514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,105:0.68:155
chr10	72617210	rs113290175	A	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	72617256	rs2297842	A	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=0.833;SC=TTGGGTTTCCACTCAACATTT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=72617264;WS=72617246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr10	72619033	rs112777083	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TTATATTGTTGTGCCTAATAC;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=72619041;WS=72619023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	72619205	rs827255	C	T	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	72628054	rs41305999	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=389;ReadPosRankSum=-0.337;SC=ATGAAGAGCCGGGGCATTCCT;SOR=1.110;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=28;WE=72628062;WS=72628044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr10	72631820	rs113285001	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.074;SC=GTAGCTTCCCCGCAAAGTATA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=13;WE=72631828;WS=72631810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr10	72633458	rs10762410	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.210;SC=TTGTCTCCTGCGATATAGAGG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=72633466;WS=72633448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	72636450	rs923177	T	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=231;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TTTCTTCTCTTGGAAATTTAG;SOR=0.798;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=21;WE=72636458;WS=72636440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,38:0.26:145
chr10	72643671	rs9712	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=1.407;SC=TCAGTCACCCCTTCCCCCGGA;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=10;WE=72643679;WS=72643661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr10	72648083	rs2854614	TC	GT	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr10	72648086	rs827239	A	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=312;SC=GTGGGATTCGAACCCGCCACC;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=72648094;WS=72648076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	72648134	rs827238	A	G	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=10;PP=524;SC=CCCCGCCGCCAGCGACAGAGA;SOR=1.036;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=72648142;WS=72648124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	72813306	rs10762420	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=1.496;SC=GCCTCTGTCTGTGTTCCTGGG;SOR=1.075;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=17;WE=72813314;WS=72813296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr10	72813361	rs10740361	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=69;ReadPosRankSum=-0.353;SC=ATCTAATTGCAGGGTCACCCA;SOR=0.309;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=10;WE=72813369;WS=72813351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr10	72813395	.	GG	AA	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr10	73039860	rs4415677	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=546;SC=GAGGCACAGGCCTAGCTCCAT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=27;WE=73039868;WS=73039850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	73044382	rs10823716	T	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=327;SC=TGGGCAAGAGTGCCAGCAGGA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=73044390;WS=73044372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	73044413	rs10762434	G	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=555;SC=AAGGCCGGGGGTGTCCTGTGC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=73044421;WS=73044403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	73044580	rs12770025	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.950;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=443;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GGAGCTCCGCGGGCACCACCA;SOR=0.975;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=36;WE=73044588;WS=73044570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,51:0.28:179
chr10	73044674	rs10999762	G	A	6080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr10	73044924	rs7350453	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	73044930	rs7350455	C	T	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.28;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	73044954	rs6480503	A	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=7;PP=476;SC=GAAATTTCCCAGGCAAAGGCC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=73044962;WS=73044944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	73047593	rs7074280	G	A	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=55;PP=1718;SC=TGCCAGAGCCGGGACAGCCAT;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=93;WE=73047601;WS=73047583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	73050983	rs3740462	C	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=668;SC=CCAGAGTTTGCTCTAGAGATA;SOR=2.554;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=73050991;WS=73050973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	73104056	rs2243540	A	G	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=58;PP=2168;SC=CAGGTAGGCGACTCTCTTCCC;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=114;WE=73104064;WS=73104046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	73104178	rs883764	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=6.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.053;SOR=1.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr10	73111258	rs780667	G	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=0.435;SC=TGGCTCACCAGCCCCAGCCCA;SOR=0.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=12;WE=73111266;WS=73111248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr10	73111408	rs780668	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GTGGACACTTCCTCCTGGACC;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=27;WE=73111416;WS=73111398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,45:0.26:174
chr10	73115941	rs2252997	TG	CA	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.234;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=509;ReadPosRankSum=1.747;SC=TGACGGCCACTGTCTTCCTCG;SOR=1.121;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=18;WE=73115950;WS=73115931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr10	73121913	rs2487068	A	G	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=569;ReadPosRankSum=0.265;SC=CTACCCCGCCATCTGCACCAA;SOR=0.895;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=178;TCF=99;TCR=79;TR=59;WE=73121921;WS=73121903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,91:0.33:278
chr10	73121945	rs1084004	T	C	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=925;ReadPosRankSum=-1.443;SC=TCAACAAGGGTTCGGGCTCAC;SOR=0.695;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=178;TCF=91;TCR=87;TR=64;WE=73121953;WS=73121935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,97:0.36:273
chr10	73157033	rs147915565	C	CCGAGG	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.978;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr10	73199501	rs4747153	C	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr10	73269714	rs2297953	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TGTGATGATCTGTGGCCTGCT;SOR=0.593;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=9;WE=73269722;WS=73269704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr10	73270906	rs3802720	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,38:0.26:144
chr10	73270982	rs3802719	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.759;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr10	73270995	rs3802718	A	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.642;HP=4;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=470;ReadPosRankSum=1.390;SC=GTTACCCTTGAGGGTATCAGA;SOR=0.252;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=17;WE=73271003;WS=73270972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr10	73337850	rs6480531	G	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=44;PP=1284;SC=AGAGGTCTGCGGGCATGTGGG;SOR=1.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=60;WE=73337858;WS=73337840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	73377314	rs7903772	C	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=13;PP=316;SC=AATCACTAGTCTCTACTTTTG;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=73377322;WS=73377304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	73403490	rs10823810	A	G	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=14;PP=780;SC=CTAGGGTGTGATCCTGGGGTC;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=73403498;WS=73403480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	73406636	rs11598249	C	T	168.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=4;PP=54;SC=TGCCTTTCCCCGAGAGAGACT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=73406644;WS=73406626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	73439066	rs3802717	A	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=7.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,50:0.76:66
chr10	73439101	rs1227042	T	C	4896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=68;PP=2522;SC=TGGCCCCCAGTCTCCTGCAGG;SOR=1.357;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=31;TCR=68;TR=99;WE=73439109;WS=73439091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
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chr10	73455273	rs3752751	T	C	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	73455308	rs3752750	T	C	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=51;PP=1153;SC=GCAGCAGAACTGCCAGGCGGC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=80;WE=73455316;WS=73455298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	73462220	rs144705891	C	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=449;ReadPosRankSum=-0.671;SC=ATCTGCCACCCTCTCACCACT;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=25;WE=73462228;WS=73462210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr10	73462568	.	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=0.135;SC=GGGTCTTGAAGGACAGAGGCT;SOR=0.507;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=12;WE=73462576;WS=73462558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr10	73464748	.	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=333;ReadPosRankSum=0.785;SC=GCATGGACTTCCTCATCAACA;SOR=0.633;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=29;WE=73464756;WS=73464738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,44:0.26:170
chr10	73472868	rs2394838	C	G	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-1.297;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,62:0.58:106
chr10	73472882	rs2166631	C	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.467;SC=GAGAAAGAGACGTCACAATTT;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=38;WE=73472890;WS=73472858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,64:0.61:105
chr10	73483645	rs3802713	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=0.081;SC=AAGACATACACGTCCCCTTGT;SOR=1.688;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=73483653;WS=73483635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr10	73485232	.	G	A	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=832;ReadPosRankSum=2.001;SC=TGCTGATAGTGGAGGCCTACA;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=54;WE=73485240;WS=73485222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,78:0.66:119
chr10	73492079	rs1227065	A	G	4116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=58;PP=1932;SC=GTACCGCTTCAACGCCTACAC;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=106;WE=73492087;WS=73492069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	73494159	rs1227062	T	A	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=16;PP=540;SC=TGACACTTCCTAACCCATGTC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=73494167;WS=73494149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	73494229	rs1227061	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=445;SC=AGCCTGAGGCTTCGCCATGTC;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=73494237;WS=73494219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	73494288	rs55724553	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=423;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GAGACCTCAGGCAGGTGGAGG;SOR=0.769;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=27;WE=73494296;WS=73494278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr10	73499561	rs10762474	C	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=14;PP=469;SC=ACTGAGAGACCACTGGCTAAG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=28;WE=73499569;WS=73499551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	73501374	rs1227052	C	T	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=12;PP=844;SC=GGGGAGCCTTCGGGCTACAGG;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=73501382;WS=73501364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	73501556	rs1227051	G	A	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=81;PP=2611;SC=CAAGGACATGGCCTTCCGCAT;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=151;WE=73501564;WS=73501546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr10	73511007	rs371981423	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=360;ReadPosRankSum=-0.484;SC=TCCCCCAGCTGGGCTAGATGA;SOR=0.575;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=27;WE=73511015;WS=73510997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr10	73511658	rs74649893	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=446;ReadPosRankSum=0.936;SC=TGTGCTGTCCGGAGCGTGAAC;SOR=0.330;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=27;WE=73511666;WS=73511648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr10	73514911	rs9415993	G	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=112;ReadPosRankSum=-2.237;SC=AAAGGGGCTGGTGGGCACTTG;SOR=0.277;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=10;WE=73514919;WS=73514901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr10	73515103	rs3747858	G	T	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=15;PP=514;SC=CCCAGGCAGGGAGGAATACTC;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=73515111;WS=73515093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	73520632	rs3747869	A	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=162;ReadPosRankSum=0.291;SC=TACTTTCACTATCCTGGGAGG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=8;WE=73520640;WS=73520622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	73537358	rs41281328	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=0.849;SC=AGTGAGTTCAGCCCAGGAGAA;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=73537366;WS=73537348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr10	73537388	rs7917781	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=1.563;SC=GGATCCACCTTGGTCCCTCTG;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=11;WE=73537396;WS=73537378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr10	73537449	rs41281330	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=283;ReadPosRankSum=-1.586;SC=CACCACGCACGTGTACGTGAC;SOR=0.246;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=22;WE=73537457;WS=73537439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr10	73538109	rs10740390	C	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.699;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=529;ReadPosRankSum=-0.406;SC=TGGAGGTTGGCGAAGGATGGG;SOR=0.351;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=33;WE=73538117;WS=73538099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
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chr10	73558750	.	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=0.296;SC=GCTGCCTGACCACCCTCCTTC;SOR=0.527;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=73558758;WS=73558740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr10	73571521	rs11000013	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=699;ReadPosRankSum=2.551;SC=GTAAGTGAGGGCCATAGTGGG;SOR=0.509;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=40;WE=73571529;WS=73571511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,53:0.70:76
chr10	73581601	rs41307569	C	A	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=944;ReadPosRankSum=0.092;SC=CATTGCACAGCCCTGACCAGG;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=64;WE=73581609;WS=73581591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,85:0.65:130
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chr10	73583573	rs56911723	C	CA	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
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chr10	73767315	.	C	T	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GTCCTTCGAGCCGGGGGGCGC;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=73;WE=73767323;WS=73767305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,97:0.63:154
chr10	73822507	rs1530803	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=-0.037;SC=GCAGCCGGCTCCTGAGGGCGT;SOR=0.273;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=8;WE=73822515;WS=73822497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr10	73822957	rs1530802	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=132;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CAGAGCAGGGGCCCAGGCTGT;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=15;WE=73822965;WS=73822947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr10	73823019	rs1668172	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr10	73824181	rs2242251	C	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-2.074;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	73827292	rs1530804	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr10	73832859	rs896074	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.260;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	73846826	rs1245546	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=1.281;SC=CACCAGGTCGCCAGGAGCAGC;SOR=0.260;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=73846834;WS=73846816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	73856984	rs3312	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=265;ReadPosRankSum=0.462;SC=ACCACCCAGGAAAGTCACCAT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=19;WE=73856992;WS=73856974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr10	73862032	rs1668154	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.446;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,31:0.26:117
chr10	73964004	rs4237336	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=309;SC=CGAGACTCTGCCTCAAAAAAT;SOR=1.739;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=73964025;WS=73963994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	73970451	rs7069703	G	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,30:0.29:102
chr10	74035041	rs1053639	T	A	228.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=0.558;SC=GACTGATTCCTGTGGTTGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=74035049;WS=74035031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr10	74100642	rs9416018	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr10	74139200	rs11000276	T	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TAACCATTCCTTTTTCTGCAT;SOR=0.352;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=7;WE=74139208;WS=74139190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr10	74182917	rs10823922	T	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr10	74234817	rs915432	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=0.454;SC=TGCCCATCAGTTCCACATGTG;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=4;WE=74234825;WS=74234807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr10	74235771	rs11000322	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.981;NF=2;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=2.379;SC=GATCACCTGCGGTCAGGAGTT;SOR=0.078;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=74235779;WS=74235761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr10	74237247	rs35126406	C	CT	1826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.547;QD=25.37;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,57:0.79:72
chr10	74268031	rs3793927	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	74283800	.	G	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=2.369;SC=AAGAAAAAAAGATTAATTTTT;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=74283808;WS=74283790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	74293584	rs10509343	A	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr10	74293601	rs11818304	T	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr10	74322743	.	CC	TT	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.04;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,60:0.59:101
chr10	74452931	rs112298026	AGT	A	240.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=8;PP=245;SC=CTCTTGGGTGAGTGTGTGTGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=74452940;WS=74452921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr10	74658531	.	G	A	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.779;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=1192;ReadPosRankSum=0.621;SC=ATGTGAATGGGGAGTGGTACC;SOR=0.308;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=66;WE=74658539;WS=74658521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,91:0.78:116
chr10	74671611	rs3750736	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr10	74673415	.	G	GTGAAGAATT	1529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,42:0.30:140
chr10	74684072	.	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=456;ReadPosRankSum=1.476;SC=TTCATCATCCGAACCAGCAAG;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=40;WE=74684080;WS=74684062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,53:0.29:184
chr10	74684092	.	CC	TT	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=1150;ReadPosRankSum=0.513;SC=GCTGCTGATCCCGGTGACCTG;SOR=0.646;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=145;TCF=76;TCR=69;TR=40;WE=74684101;WS=74684082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,58:0.28:206
chr10	74695287	rs2461917	T	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=200;SC=GTTGGAAGAATGAATGAGTCA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=74695295;WS=74695277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	74906122	.	TA	T	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.162;QD=2.13;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr10	75214137	.	T	TA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	75283631	rs141803742	T	TTTA	288.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.08;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	75294383	.	G	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=420;ReadPosRankSum=2.210;SC=TCTGAGACATGGAATCATTTT;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=27;WE=75294391;WS=75294373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr10	75490217	rs11814282	T	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=138;SC=GGCACCGAACTTGCTCACAAC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=75490225;WS=75490207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	75490711	.	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	75519322	rs10740418	T	C	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=23;PP=1224;SC=GACACTTCTGTAGACTTCAAA;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=75519330;WS=75519312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	75519933	.	C	T	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1081;ReadPosRankSum=0.515;SC=CCTCCAGCTTCACACCCCCAG;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=74;WE=75519941;WS=75519923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,108:0.72:151
chr10	75525999	rs3849969	A	G	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=24;PP=872;SC=GTGTTTCCTGAGGTTAATGAT;SOR=0.966;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=42;WE=75526007;WS=75525989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	75532848	rs145929404	GCCAGGACTCCAGGTGTCCAGGACTCCAGGTGT	G	470.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=2973;SC=GCGGGTTGAGGCCAGGACTCC;SOR=1.445;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=75532887;WS=75532838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	75541781	rs71642203	GT	G	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=301;ReadPosRankSum=2.269;SC=GCCCGTAGGGGTCACGCGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=8;WE=75541789;WS=75541771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr10	75545251	rs12256103	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=537;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TTAAATAAAAATGTCCCCTAC;SOR=5.136;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=24;WE=75545259;WS=75545241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr10	75554172	rs150242337	A	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=126;ReadPosRankSum=2.302;SC=CAAGTTTCTGAATCACCTTTA;SOR=0.929;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=10;WE=75554180;WS=75554162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr10	75556108	.	T	TA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	75558867	rs2271271	G	A	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=23;PP=874;SC=GGTTCTGGCTGTATGAGCAAA;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=75558875;WS=75558857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	75559662	rs141230821	C	CTCTA	2161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=8;PP=665;SC=CAGAGCGAGACTCTATCTCAA;SOR=2.303;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=29;WE=75559670;WS=75559652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	75562161	rs13013	C	A	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=127;SC=TCTGGACCTGCCCCTTAGGGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=75562169;WS=75562151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	75585210	rs117740727	G	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=182;ReadPosRankSum=1.042;SC=GAGGAGGTAGGCCTGAGGTGG;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=14;WE=75585218;WS=75585200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr10	75597140	.	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=-1.563;SC=AAGATTCCCTGGGAAAGGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=75597148;WS=75597130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr10	75607696	rs67135801	CA	C	823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=749;SC=GCCCGAGGAGCAAGGACATCT;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=75607704;WS=75607686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	75612881	rs2250140	T	C	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=7;PP=471;SC=TGTTTAGGCCTCTTCCTGAGC;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=75612889;WS=75612871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	75620757	rs2664282	T	C	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=710;SC=TTGTGATGATTTGCTGAAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=75620765;WS=75620747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	75632760	rs2675671	C	T	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.90;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	75672607	rs61567551	C	CA	321.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=2.114;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQ=60.39;MQRankSum=0.559;NF=5;NR=4;PP=127;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=9;WE=75672615;WS=75672597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr10	75673101	rs2227564	T	C	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=32;PP=840;SC=GGCCTAAAGCTGCTTGTCCAA;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=75673109;WS=75673091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	75673731	rs2227566	C	T	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	75674740	rs2227571	C	T	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=26;PP=750;SC=ATGAGCCCAGCGTGATCAAGG;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=75674748;WS=75674730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	75842152	rs2270548	G	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=10;PP=666;SC=TCTGTCTTACGTTCTATCATG;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=75842160;WS=75842142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	75843100	rs1908339	T	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=8;PP=376;SC=AACAATGTAGTTATTGAATAT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=75843108;WS=75843090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	75863750	rs2270552	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=0.401;SC=GAAATTGGAGCGGGACTGGTT;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=75863758;WS=75863740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	75867193	rs2279648	G	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=-1.206;SC=GTGTTTTAGAGCCTCCATCAC;SOR=1.274;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=8;WE=75867201;WS=75867183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr10	75871735	rs2131956	C	G	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=527;ReadPosRankSum=-0.861;SC=ATGCTGCTGGCTTCCCTGTCC;SOR=0.658;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=37;WE=75871757;WS=75871725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,77:0.71:108
chr10	75874166	rs142879319	CGTGTGTGT	C	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=2.289;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr10	75874178	.	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=2.866;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr10	75885817	rs1908331	G	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=303;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TTTTAAACAAGGTGCCAAACC;SOR=0.296;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=22;WE=75885825;WS=75885807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr10	75889760	rs35456205	GA	G	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.885;QD=11.89;ReadPosRankSum=-1.703;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr10	75896601	rs10762576	A	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=1.017;SC=ATGGAAGGCAAAAAGAAAGGC;SOR=0.722;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=8;WE=75896609;WS=75896591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr10	75936611	rs10824095	C	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=418;ReadPosRankSum=0.981;SC=CGCCGTGGCGCTGGGCAGGAG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=29;WE=75936619;WS=75936601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,58:0.72:81
chr10	76158177	rs2126763	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=1.544;SC=TCTATTGAAACATATGCTAAG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=76158185;WS=76158167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr10	76429870	rs10740443	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr10	76790935	rs60760167	T	TA	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.273;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.337;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr10	76871256	.	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.53;ReadPosRankSum=2.200;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	77161112	rs11542744	T	G	572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.210;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CGCCTCCGCCTCCGCCGCCGC;SOR=0.313;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=14;WE=77161120;WS=77161102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr10	77191441	rs55922628	C	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	77312171	.	G	GT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,29:0.21:141
chr10	77312183	rs56910833	TC	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,26:0.18:145
chr10	77312184	rs1367290	C	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,109:0.75:145
chr10	77807027	rs1898071	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GCTGGTCAGCTTGGAAAAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=8;WE=77807035;WS=77807017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr10	77807092	rs1898070	A	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.671;SC=CCATGGTGGGAAAAGGGAAAA;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=8;WE=77807100;WS=77807082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr10	77818594	rs7924288	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-1.497;SC=CATGGCAGTGCTTACACCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=77818602;WS=77818584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	78649399	rs2288840	C	T	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=44;PP=1301;SC=AGCAGGGAAACGGGTCTTTTC;SOR=0.978;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=76;WE=78649407;WS=78649389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	78729669	rs2288837	A	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=5;PP=223;SC=GGGTGAGGAGAGGGCGAGGGG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=78729677;WS=78729659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	78771663	.	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=126;ReadPosRankSum=-0.444;SC=AAAAGGGAAGGAAAAGGAATT;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=78771671;WS=78771653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr10	78778734	rs16934182	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
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chr10	78833070	rs2274416	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.703;SC=TGTTTAACATTTCTTCTGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=12;WE=78833078;WS=78833060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
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chr10	78944590	rs1131824	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=437;ReadPosRankSum=2.230;SC=CCCGCAAGCCGAAGTAGAGAA;SOR=0.648;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=36;WE=78944598;WS=78944580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,66:0.66:100
chr10	78977190	rs16934368	A	C	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=859;ReadPosRankSum=0.730;SC=CACATGGCCAACTTCTCCCAA;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=56;WE=78977198;WS=78977180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,93:0.66:141
chr10	78977326	.	G	A	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=0.037;SC=GCTGCCGAATGAAAACATGGA;SOR=0.899;Source=Platypus;TCF=19;TR=32;WE=78977334;WS=78977316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,58:0.72:81
chr10	78977362	rs143642187	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=-0.971;SC=CACAGACAGAACAAAGTGGAA;SOR=0.525;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=15;WE=78977370;WS=78977352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr10	79397263	.	A	AGAG	967.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=1.186;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr10	79397495	.	T	TGCTGCC	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.80;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr10	79616605	rs1248696	T	C	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=343;SC=ATTCACTTGCTGGTCAGTGAG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=79616613;WS=79616595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	79744817	rs117990962	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=-0.535;SC=ACCCAGAGTTTAAGACACAGT;SOR=0.614;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=6;WE=79744825;WS=79744807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr10	79779150	rs1863898	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=271;SC=ATCCTGGGCAGCCTGCTGCCT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=79779158;WS=79779140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	79793688	rs3740253	C	T	5537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=74;PP=2230;SC=CCCGTGCAGTCATCTGCCGCG;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=51;TCR=74;TR=125;WE=79793696;WS=79793678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr10	79797690	rs147388032	CCT	C	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr10	80288406	rs1865706	T	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=10;PP=532;SC=TGAATATTTGTGTTGTTTCCA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=80288414;WS=80288396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	80310465	rs2670191	T	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=15;PP=466;SC=TGGGTGTTGTTGGAACCTACT;SOR=0.800;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=27;WE=80310473;WS=80310455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	80310527	.	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=305;ReadPosRankSum=-0.911;SC=GAGTCCAGATGAAGAGAGGGC;SOR=0.770;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=18;WE=80310535;WS=80310517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr10	80310636	rs7090749	G	A	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	80762019	.	AAAGG	A	32.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=10.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	80762027	.	GAAAGAAA	G	32.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=10.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	80763382	rs10762828	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=437;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GTGATGTCTGCGGCACTGAGC;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=27;WE=80763390;WS=80763372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr10	80763534	rs10762829	A	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=13;PP=361;SC=AAATTGGCCTAGCTTCCTAAC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=80763542;WS=80763524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	80961519	rs2802371	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=425;SC=GGGCATCTGGTGGGTTCTGGC;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=80961527;WS=80961509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	81037229	rs1250539	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=23;PP=563;SC=TTACATCTTCGTGGGTGAGCC;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=81037237;WS=81037219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	81045207	rs1250569	T	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=384;SC=CCCCATTTCATAGATGAGGTT;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=81045215;WS=81045197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	81045280	rs1250568	T	C	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=18;PP=971;SC=TCTCTCACTTTCTGGGCCCCA;SOR=1.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=81045288;WS=81045270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	81053475	rs1250560	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=29;PP=790;SC=GACATGGGCCGTGGGTACGGC;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=81053483;WS=81053465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	81053560	rs1250559	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=258;SC=GTGCTCCTGGGTTTGAGACCT;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=81053568;WS=81053550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	81056204	rs201195307	C	T	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,120:0.60:199
chr10	81058027	rs1250552	A	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=12;PP=1289;SC=GAGAGAGAAGAGTTTCCCTGG;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=59;WE=81058035;WS=81058017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	81060474	rs1250549	T	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=17;PP=938;SC=CTGAGCACCCTCGTTCCCCAC;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=81060482;WS=81060464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	81060829	rs1782648	G	A	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=178;SC=GCCCACAGCCGCCAAAGATAC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=81060837;WS=81060819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	81065201	rs1250558	G	A	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=13;PP=739;SC=CAGCAGGGGTGGGACCCCACT;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=81065209;WS=81065191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	81065774	rs1250557	G	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=390;SC=AAGGTCACCTGGGTGTCTGTC;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=81065782;WS=81065764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	81067480	rs1972346	C	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=13;PP=325;SC=ACTGAGGCTACGTCGTGCCCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=81067488;WS=81067470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	81108956	rs2233718	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GTCGGGGCTCAGAGACCCCTG;SOR=0.375;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=7;WE=81108964;WS=81108946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr10	81204896	.	A	ACGGTGGGG	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=272;ReadPosRankSum=2.655;SC=ACGGCCCGCCACGGTGGGGCG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=81204904;WS=81204886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	81266411	rs1010929	T	C	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1648;ReadPosRankSum=0.495;SC=AGACCTACAGTTGCAGAAGGT;SOR=0.655;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=96;WE=81266419;WS=81266401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,130:0.57:228
chr10	81267249	rs11516648	G	A	2889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-2.589;NF=42;NR=46;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GACTGACAGCGGCAGGTAGAT;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=88;WE=81267257;WS=81267239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,137:0.60:227
chr10	81267401	rs11510994	A	G	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=2.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-2.613;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,138:0.63:220
chr10	81267463	rs11516649	T	G	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.638;NF=39;NR=52;PP=1412;ReadPosRankSum=0.766;SC=AGCTGCAGGTTGATGAGGTCT;SOR=0.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=91;WE=81267471;WS=81267453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,110:0.65:168
chr10	81267591	rs1250778	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=416;ReadPosRankSum=0.093;SC=GGGGACTCTCCAGTGCAAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=27;WE=81267599;WS=81267581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr10	81270173	.	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.78;MQRankSum=0.665;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	81270253	rs373503554	A	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.08;MQRankSum=-2.083;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr10	81270255	.	C	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.09;MQRankSum=-1.765;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.983;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
chr10	81270319	rs369628215	T	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.09;MQRankSum=-3.100;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr10	81272735	.	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.186;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.99;MQRankSum=-5.085;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.290;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr10	81272881	rs199829110	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.23;MQRankSum=-1.981;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	81284783	.	C	G	95	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=45.9;NF=9;NR=0;PP=95;QD=14.4190236164;SC=GACAGTTTTCCGCAGCTCCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=9;WE=81284791;WS=81284773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr10	81284847	rs61860492	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.78;MQRankSum=0.051;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.325;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr10	81284852	rs61860493	C	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQRankSum=-0.122;QD=11.16;ReadPosRankSum=1.720;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr10	81286328	.	T	C	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.020;NF=25;NR=33;PP=975;ReadPosRankSum=0.945;SC=AGCTCCTTGGTCAGCTGGTCC;SOR=0.482;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=58;WE=81286336;WS=81286318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,82:0.73:113
chr10	81286427	rs1250961	G	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQRankSum=-4.010;QD=25.83;ReadPosRankSum=-1.838;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr10	81286437	rs1250960	T	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQRankSum=-4.779;QD=25.28;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr10	81317045	rs1965708	G	T	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.347;NF=49;NR=27;PP=1144;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TCCACACACTGCTCTTTTCCC;SOR=0.950;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=76;WE=81317053;WS=81317035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,122:0.67:183
chr10	81317292	rs1965707	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.71;MQRankSum=0.528;QD=12.64;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr10	81317652	rs17886197	T	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=85;SC=TGTCTCCTCTTGGCCATTCAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=81317660;WS=81317642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	81318545	rs2217231	A	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=198;ReadPosRankSum=-0.081;SC=GCCCTTGGGGAACCTGCAGGG;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=17;WE=81318553;WS=81318535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr10	81318621	rs17884396	C	T	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=654;ReadPosRankSum=-2.098;SC=TTCCACTGCCCACCTGCCCCG;SOR=1.027;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=45;WE=81318629;WS=81318611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,69:0.69:100
chr10	81318820	rs17880349	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.700;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr10	81318930	rs1250943	C	G	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=112;SC=GAACCCACCACCCCTGCAGAC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=81318938;WS=81318925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr10	81319458	rs17883613	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQRankSum=-4.316;QD=11.23;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
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chr10	81371049	rs4253511	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=376;ReadPosRankSum=-1.627;SC=AGGCTGCGGGCCCCGTTCATC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=26;WE=81371057;WS=81371039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr10	81371637	rs1059047	T	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.376;NF=24;NR=24;PP=633;ReadPosRankSum=0.983;SC=TCTGGTGCTGTGTGCGAAGTG;SOR=0.741;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=48;WE=81371645;WS=81371627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr10	81371698	rs72659390	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.76;MQRankSum=-0.919;QD=16.86;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr10	81372231	rs4253514	CG	C	1173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=842;ReadPosRankSum=-0.117;SC=ATGGGCACAGCGACCCTGAAG;SOR=0.228;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=22;WE=81372239;WS=81372221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr10	81373182	rs4253524	G	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.439;SC=GAATGGCCCAGAGGAGACAGA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=81373190;WS=81373172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr10	81374651	rs1250991	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=483;ReadPosRankSum=1.384;SC=GGCATTCACACCACCCCCCAC;SOR=0.873;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=34;WE=81374659;WS=81374641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr10	81682333	.	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQRankSum=-2.495;QD=0.94;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr10	81901722	rs745182	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=1.221;SC=GGCCGTCCTCCGCTTGCTCCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=81901730;WS=81901720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	81904638	rs2819874	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.365;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=0.072;SC=CTCACTGGGGGCCTCTGCTTT;SOR=0.184;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=14;WE=81904646;WS=81904628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr10	81915790	rs2789687	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=426;SC=GGGAATTTTCTCCCACTGCAG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=81915798;WS=81915780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	81917708	rs1079242	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CAACCTGCACATGGAAGTTAC;SOR=0.760;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=81917716;WS=81917698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	81921918	rs2245168	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CTGAACTAGATGGCCTCTAAA;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=14;WE=81921926;WS=81921908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr10	81923205	rs2236558	T	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=-0.784;SC=CCTTCCCCATTTATTTTCCCT;SOR=0.687;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=10;WE=81923213;WS=81923195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr10	81923961	rs2236557	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=1.328;SC=CAGCACTCGGGAAGAAGGGTG;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=11;WE=81923969;WS=81923951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr10	81925785	rs2573348	C	T	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.31;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr10	81925792	.	ACG	A	110.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=565;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GTGCGCACACACGCGCGCACA;SOR=0.641;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=20;WE=81925815;WS=81925775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
chr10	81925795	rs9421228	C	T	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.47;ReadPosRankSum=0.693;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr10	81925796	rs138741116	GCGCACACACACA	G	1381.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=2971;ReadPosRankSum=1.338;SC=GCACACACGCGCGCACACACA;SOR=1.198;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=17;WE=81925815;WS=81925775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr10	81926702	rs1049550	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=336;ReadPosRankSum=0.089;SC=TTGTTGGAGCGACTCCCCAGG;SOR=0.698;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=22;WE=81926710;WS=81926692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr10	81932790	rs2236556	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr10	81993489	rs11202256	C	T	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.781;NF=26;NR=20;PP=581;ReadPosRankSum=0.458;SC=GACCAAGGAGCTGCAGCAGCA;SOR=0.624;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=46;WE=81993497;WS=81993479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,64:0.75:85
chr10	81994988	.	G	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQRankSum=-3.658;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=1.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,17:0.24:71
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chr10	81995058	rs2678622	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=3.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.38;MQRankSum=0.507;QD=2.30;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,35:0.20:171
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chr10	82012748	rs12217395	G	A	4327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;ReadPosRankSum=-0.844;SC=ACACCCTGCAGCTGTAGGTCT;SOR=0.667;Source=Platypus;TCF=124;WE=82012756;WS=82012738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,202:0.68:299
chr10	82012954	rs12773664	A	G	5994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GACCTCATCCATCTTTTATAG;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=174;TCF=69;TCR=105;TR=111;WE=82012975;WS=82012944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,167:0.64:261
chr10	82012967	rs12411782	G	T	5467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TTTTATAGCTGCCTTCCTCTA;SOR=0.931;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=159;TCF=64;TCR=95;TR=97;WE=82012975;WS=82012944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,138:0.62:223
chr10	82013119	rs12411806	G	A	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1450;ReadPosRankSum=0.890;SC=GAATCTCCTCGGTTACTTCAA;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=81;TCR=45;TR=88;WE=82013127;WS=82013109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,114:0.67:169
chr10	82034842	rs10887711	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=439;ReadPosRankSum=0.215;SC=CAGCATATGCAGCTGAGCGGT;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=15;WE=82034862;WS=82034832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr10	82034854	rs10788546	T	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=430;ReadPosRankSum=0.167;SC=CTGAGCGGTCTACCTTGGTGT;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=16;WE=82034862;WS=82034832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr10	82040052	rs1143694	A	G	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=1.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=386;ReadPosRankSum=1.286;SC=TCTCGTCGGTAGCATAGCCGA;SOR=0.481;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=24;WE=82040060;WS=82040042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr10	82040346	rs2282367	A	G	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=1094;ReadPosRankSum=1.298;SC=GTGCTAGGACAAGAATCCACC;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=75;WE=82040354;WS=82040336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,111:0.58:191
chr10	82049251	rs145126070	T	TTTCTTC	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=401;ReadPosRankSum=0.151;SC=TGAGTTTTTTTTTCTTCTTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=6;WE=82049259;WS=82049241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr10	82095968	rs1340383	T	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	82111460	rs11202652	T	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TGTATATGTGTATACAAGAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=82111468;WS=82111450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr10	82112488	rs1572819	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GACACCTCCCATTGGGGGTGT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=82112496;WS=82112478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr10	82126633	.	G	A	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=453;ReadPosRankSum=-0.454;SC=AATGCCACAAGAAATAAATTA;SOR=0.879;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=30;WE=82126641;WS=82126623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,54:0.67:81
chr10	82126808	rs1047952	C	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	82182296	rs1870142	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=410;ReadPosRankSum=-0.434;SC=TTCAGAGAAAGGGATCCTGGC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=29;WE=82182304;WS=82182286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr10	82182328	rs1870143	G	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=1.342;SC=ATTGTTTTCCGGCCAGAACCA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=26;WE=82182336;WS=82182318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr10	82182405	rs5786455	C	CT	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=0.254;SC=CTAGGTATTTCTTTGATTTGT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=82182413;WS=82182395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr10	82191643	rs6585994	A	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=371;ReadPosRankSum=-1.615;SC=GTCCTTTGCTATTCAAGCAAA;SOR=0.585;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=30;WE=82191651;WS=82191633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr10	82269238	rs10785897	C	T	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	82331347	rs59617064	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=282;SC=GGGCCAGCGCATGGGGCCCCT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=82331355;WS=82331337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	82369219	rs17107368	T	A	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=21;PP=1126;SC=TCTCCAGAGATGTCATCGTCC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=55;WE=82369227;WS=82369209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	83926623	.	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.852;SC=ATTACTGAAAGGTATTTTTTT;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=3;WE=83926631;WS=83926613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr10	84624965	.	G	A	215.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=-0.895;SC=AGGCTTTGGGGGAAATACTCA;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=84624973;WS=84624955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
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chr10	84711147	rs4933861	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CTCCTACCAGCTCAGAAGTAC;SOR=1.445;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=8;WE=84711155;WS=84711137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
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chr10	85965819	rs10788335	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.374;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr10	85992511	rs3814209	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=358;ReadPosRankSum=-1.874;SC=TGGAAGTCGGTGGCTCAGTGA;SOR=0.654;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=31;WE=85992519;WS=85992501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,45:0.39:116
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chr10	85994119	.	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=-0.458;SC=ACATGCCCAGGGGTTGTCCTG;SOR=0.435;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=19;WE=85994127;WS=85994109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr10	85994142	rs3829858	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
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chr10	86004873	rs2279227	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
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chr10	87373272	.	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,24:0.23:103
chr10	87489227	.	C	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,12:0.18:65
chr10	87966146	.	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=588;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AGAACATGACGAACTTCTGCC;SOR=0.581;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=40;WE=87966154;WS=87966136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,63:0.64:99
chr10	88024443	rs2607863	T	C	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=16;PP=1084;SC=CCATGTCCCATGCAGGAGCCG;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=88024451;WS=88024433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	88024553	rs10887569	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=2.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,63:0.29:218
chr10	88126056	rs11202000	T	G	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=25;PP=735;SC=CGGCCCGGCCTCCAGCCGCGC;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=88126064;WS=88126046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	88203068	rs7094132	T	C	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=28;PP=775;SC=GAAGTAGTGCTGTGTAGGAGG;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=88203076;WS=88203058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
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chr10	88213604	rs6586011	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=338;ReadPosRankSum=-0.767;SC=AAGGAAATAAAATATAGACTA;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=24;WE=88213612;WS=88213594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
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chr10	88233628	rs3758520	C	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
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chr10	88277457	rs10887621	C	T	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=808;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GTGTCTTCAACGACCACATGA;SOR=0.642;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=54;WE=88277465;WS=88277447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,95:0.66:144
chr10	88281344	rs2289738	C	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr10	88281344	.	CCA	GCG	315	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=14;NR=10;PP=315;QD=15.3528281193;SC=CCGGCCGGGCCCAGGCCTAGC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=24;WE=88281354;WS=88281334;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr10	88281346	rs4934218	A	G	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.72;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	88414569	rs2675703	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=40.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr10	88414570	rs11202106	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=36.758;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=786;ReadPosRankSum=0.818;SC=CAAGAGTCCCGCCCAGCCCAA;SOR=4.477;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=17;WE=88414578;WS=88414559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr10	88417724	rs10788521	C	T	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	88419290	rs2254548	C	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.046;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=97;ReadPosRankSum=0.740;SC=GCGGCCCCTGCCCCACCACTC;SOR=0.305;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=12;WE=88419298;WS=88419280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr10	88421997	rs2675698	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=0.217;SC=ATCAGATGTGCGGCCCCTGCA;SOR=0.293;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=12;WE=88422005;WS=88421987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr10	88422116	rs1079610	C	T	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=26;PP=1059;SC=TCCACGCTGACCAGCCACACC;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=88422124;WS=88422106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	88422151	rs3740337	C	A	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=2.434;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,71:0.69:103
chr10	88425555	rs2803554	C	A	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=502;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CCAGCCCCCCCACGTCTCCCT;SOR=0.786;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=41;WE=88425563;WS=88425545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,67:0.35:192
chr10	88426350	rs17425484	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=259;ReadPosRankSum=-0.047;SC=CCACCTCAAACTGCAAGGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=14;WE=88426358;WS=88426340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr10	88426456	.	C	T	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=1.704;SC=ACCAGCTGCTCTCTGACTGGC;SOR=0.359;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=29;WE=88426464;WS=88426446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,76:0.65:117
chr10	88428303	rs2803556	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr10	88428335	rs2803558	T	C	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=17;PP=1021;SC=CAGGCAAGGCTGGGGGTCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=56;WE=88428343;WS=88428325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	88439005	rs4468255	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=514;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TGGCCGTAGCGAATGAAAAAC;SOR=2.022;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=30;WE=88439013;WS=88438995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr10	88440018	rs45598635	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GGATGAGGCCGTGGGATCAGC;SOR=1.051;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=6;WE=88440026;WS=88440008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr10	88445385	rs3740345	G	C	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=32;PP=1627;SC=ACTGCCCCTGGTGGAGCCTCT;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=79;WE=88445393;WS=88445375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	88458996	rs201580455	TTC	T	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=333;ReadPosRankSum=1.189;SC=CTGTCTCTGTTTCTCTCTCTC;SOR=0.741;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=11;WE=88459009;WS=88458986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr10	88702350	rs4934281	G	C	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=26;PP=796;SC=TGGAGGCCGTGAAGGGAGGCG;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=88702358;WS=88702340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	88702390	rs10887673	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=19;PP=556;SC=CCCCGGCCTCGGCCTCGCAGC;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=88702398;WS=88702380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	88705306	rs3750822	T	G	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=26;PP=1053;SC=TGGCCCACCCTCCCCTACTCA;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=88705314;WS=88705296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	88717140	rs4244973	T	A	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	88719569	rs760112	G	A	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=193;SC=TGCAGACCATGAGGCTAAACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=88719577;WS=88719559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	88719789	rs760113	C	G	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=24;PP=923;SC=AGGCCAACGCCGTGAGCGAGG;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=88719797;WS=88719779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	88722398	rs9864	A	T	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=22;PP=580;SC=CAGGAGGGTGAGGCATCCAAA;SOR=1.033;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=88722406;WS=88722388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr10	88935590	rs11202370	C	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	88939962	rs7081609	T	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=26;PP=827;SC=TATATACTGGTTGTGCAAAAT;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=88939970;WS=88939952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	88975783	rs28533204	C	T	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.353;NF=41;NR=37;PP=1105;ReadPosRankSum=1.178;SC=CGCGGTCAGGCTGAGGCTAGC;SOR=0.501;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=122;TCF=68;TCR=54;TR=78;WE=88975791;WS=88975773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,121:0.65:187
chr10	89419638	.	C	CGCT	647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GTCCGGCAGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.853;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=6;WE=89419646;WS=89419628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr10	89419873	rs2255682	C	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-0.395;SC=GAGGGGGCGTCGGGAGGAGGA;SOR=0.336;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=9;WE=89419881;WS=89419863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr10	89420561	.	GAAAAAAAAAAAAAA	G	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.86;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	89420587	rs9421661	A	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=24;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=424;ReadPosRankSum=0.393;SC=AAAAAAAAAAAAAAACCGGGA;SOR=2.550;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=89420595;WS=89420554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	89420789	rs2762528	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=250;ReadPosRankSum=-0.025;SC=TCTCTAGTAGATAGACGTGCA;SOR=1.136;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=21;WE=89420797;WS=89420779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr10	89463460	rs7923151	G	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=-2.075;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr10	89463480	rs7923162	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.705;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr10	89469083	rs72025574	CATAT	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=1.103;SC=ATGTCATGTTCATATATATAT;SOR=0.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=89469094;WS=89469073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	89472721	rs148721342	CT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr10	89475640	rs3214322	GA	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
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chr10	89475717	rs2302407	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	89720633	.	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr10	90034667	.	T	TA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr10	90034899	rs45585838	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=203;ReadPosRankSum=-0.279;SC=ATATATAGACCTGGAATGGGG;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=19;WE=90034907;WS=90034889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr10	90034982	rs112956101	AT	A	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr10	90074145	rs11202711	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr10	90122512	rs3740279	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.313;SC=AGGCATCAAACTTAAAAATAC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=10;WE=90122520;WS=90122502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr10	90350888	rs10694823	G	GGTTT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	90354589	rs11202781	A	G	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=262;SC=AAGGTTGTGCATATACTTCTT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=90354597;WS=90354579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	90356598	rs1409136	A	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=146;SC=TAAAAAATTCATTGGTTCAAA;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=8;WE=90356606;WS=90356588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	90362307	.	CTT	C	107.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=17.96;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr10	90425327	rs814624	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,34:0.23:151
chr10	90429652	rs814628	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=262;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TGTAAAGAAAACTGGACAGAA;SOR=0.715;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=24;WE=90429660;WS=90429642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,39:0.29:136
chr10	90438207	rs1228187	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.455;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,38:0.26:148
chr10	90484243	rs376036	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr10	90484420	rs56390975	C	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=174;ReadPosRankSum=-1.625;SC=GTCATTTATTCAGAAAAAAAT;SOR=0.472;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=9;WE=90484430;WS=90484410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr10	90484422	rs11358016	GA	G	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=188;ReadPosRankSum=-1.535;SC=CATTTATTCAGAAAAAAATGC;SOR=0.576;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=4;WE=90484430;WS=90484410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr10	90486793	rs407433	T	G	31.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.674;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr10	90490828	.	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=311;ReadPosRankSum=1.286;SC=GTTTGGCTTTCCTTCTGGCAG;SOR=0.594;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=25;WE=90490836;WS=90490818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr10	90490921	rs412227	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=2.139;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr10	90492298	rs114340709	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=328;ReadPosRankSum=1.477;SC=CTTTCCAGGCGAGTAGTTAAG;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=23;WE=90492306;WS=90492288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr10	90497588	rs444764	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=51;ReadPosRankSum=-1.929;SC=GTTGCACAGAAGTGATGAAAG;SOR=0.809;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=8;WE=90497596;WS=90497578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr10	90499608	rs403572	A	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CGAGACTCCAACTCAAAAATA;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=90499616;WS=90499601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	90499894	rs443886	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.991;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr10	90499928	rs419014	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.668;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr10	90503075	rs390152	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=178;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TGCACTTCCATCAGGTACAAA;SOR=0.960;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=16;WE=90503083;WS=90503065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr10	90512306	rs1214464	G	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr10	90522182	rs843782	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.874;SC=ATTGGATTAGTCTTTAAATAG;SOR=0.132;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=90522190;WS=90522172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr10	90524237	rs430517	T	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=254;ReadPosRankSum=1.722;SC=AGAATTATGCTAATGGAAGCC;SOR=0.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=23;WE=90524245;WS=90524227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,36:0.37:97
chr10	90524412	rs398126	A	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=-1.125;SC=GAGGCAATTTAAAAAAAATAA;SOR=0.608;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=16;WE=90524420;WS=90524402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr10	90530660	rs10788611	C	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=0.776;SC=ATAGCTTCTACCAAAATCTGC;SOR=2.048;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=9;WE=90530668;WS=90530650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	90534698	rs303471	G	A	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=72;SC=GTTGAGCCCCGTTTGTCATAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=90534706;WS=90534688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	90534759	rs11202849	G	A	189.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5727;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CCCTATTTTCGTCCTAGCATA;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=90534767;WS=90534749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr10	90537942	rs11202851	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=0.068;SC=TCTGGGGCCTCGATGCCCCTC;SOR=0.830;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=20;WE=90537950;WS=90537932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr10	90565659	rs139608926	CA	C	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=281;ReadPosRankSum=0.587;SC=ATACAGACTTCAAAACAGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=9;WE=90565667;WS=90565649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr10	90568182	rs3899739	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=350;ReadPosRankSum=-1.208;SC=GGTGTGGGTCACCCCATGTCA;SOR=0.940;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=22;WE=90568190;WS=90568172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr10	90574222	rs303524	C	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=8;PP=566;SC=AACCTGGTGTCGGGGGGAGCT;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=90574230;WS=90574212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	90580144	rs10788615	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-2.026;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr10	90585819	rs7893917	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=0.395;SC=TAACTTCGACGCCAGCATCAA;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=18;WE=90585827;WS=90585809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr10	90588154	rs1977537	A	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.44;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	90588161	rs1029025	C	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.45;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	90661472	.	C	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr10	90673187	rs17850686	G	A	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,95:0.61:157
chr10	90767395	rs2031611	G	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TCCCTCTATAGTTCCCACCCT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=90767403;WS=90767385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	90770439	rs2296600	C	G	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=976;ReadPosRankSum=-1.808;SC=CTCTTGATTACTAGAAAGTCC;SOR=0.633;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=67;WE=90770447;WS=90770429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,98:0.72:137
chr10	90771829	rs2234978	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-0.918;SC=AATCTCCAACTTTAAATCCTG;SOR=0.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=13;WE=90771837;WS=90771819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr10	90773303	rs1571019	A	G	83.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=1.282;SC=TTTATAATGAATACTCATAGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=90773311;WS=90773293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr10	91005713	rs3740044	G	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr10	91007360	rs1051338	T	G	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=699;ReadPosRankSum=-0.195;SC=GAATGCAGGGTCCAGAGAACC;SOR=0.659;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=41;WE=91007368;WS=91007350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,85:0.73:116
chr10	91007470	rs2250781	C	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=27;PP=669;SC=ATTCTGGTAACTTAATGCTCC;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=91007478;WS=91007460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	91065949	rs17468739	A	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.922;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=231;ReadPosRankSum=1.877;SC=AAAGCTGAAGAGTTAATCCAG;SOR=0.765;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=26;WE=91065957;WS=91065939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
chr10	91066075	rs2070845	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,27:0.22:120
chr10	91066446	rs41284134	G	C	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=583;ReadPosRankSum=1.257;SC=GAAAGCCCCAGGTGTAACAGA;SOR=0.783;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=49;WE=91066468;WS=91066436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr10	91066460	rs954439	T	A	3580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=39;PP=1599;SC=TAACAGATGTTCTTCGCAGTG;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=91066468;WS=91066436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	91066769	rs1727	C	A	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=35;PP=1277;SC=AGTATGAAGACGCAGAGTATT;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=91066777;WS=91066759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	91092189	rs12255504	C	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=0.739;SC=CTCACAGATTCTGTTTCAGTT;SOR=1.207;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=6;WE=91092197;WS=91092179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr10	91099466	rs140549288	G	C	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=932;ReadPosRankSum=0.231;SC=CAATAAGGAAGTCCCTGATGC;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=60;WE=91099474;WS=91099456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,87:0.60:144
chr10	91099630	rs3780878	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=211;ReadPosRankSum=0.297;SC=AGAATGTATCTGAAAATCTGC;SOR=0.809;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=23;WE=91099638;WS=91099620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr10	91099657	rs17119665	A	G	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=727;ReadPosRankSum=1.474;SC=AAAATGCACCAAATTATTGGT;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=40;WE=91099665;WS=91099647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,69:0.66:105
chr10	91099943	rs10749607	C	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	91137826	rs304504	T	C	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	91143529	rs304494	T	A	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=32;PP=1480;SC=CGAAGTGTGGTGGAAAGAATT;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=76;WE=91143537;WS=91143519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	91152321	rs74945792	C	CTTA	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=1.214;SC=ACACCCACAGCTTACACCATT;SOR=1.492;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=91152329;WS=91152311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr10	91152593	rs303218	G	A	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=97;SC=CTCGATTTGAGTATCTGCTTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=91152601;WS=91152583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	91162497	rs303211	A	G	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	91162677	rs303210	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.371;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=1.394;SC=TAAATCCAGACAATGGATATA;SOR=0.639;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=14;WE=91162685;WS=91162667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr10	91172556	rs79242890	AG	A	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=1.197;SC=ACCAGAAGGAAGAAACTCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=91172564;WS=91172546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	91172663	rs304439	C	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=8;PP=198;SC=CTTGAAGTCACCAAGACCAAA;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=91172671;WS=91172653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	91174674	rs304434	C	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr10	91178000	rs304448	C	T	4787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=63;PP=2293;SC=CCAACATGTACGCTGAAGGAG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=122;WE=91178008;WS=91177990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	91352966	rs2296616	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=262;ReadPosRankSum=0.182;SC=CATTCAACGCGCACATCCGAG;SOR=0.702;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=21;WE=91352974;WS=91352956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr10	91371445	rs7896079	C	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=270;ReadPosRankSum=-0.104;SC=AAGACAAACCCGACCTACCAT;SOR=0.973;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=19;WE=91371453;WS=91371435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr10	91371844	rs3802655	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=-0.234;SC=GAATGCTATGCGTGCAAAGAA;SOR=0.333;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=13;WE=91371852;WS=91371834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr10	91373511	rs7079690	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=0.719;SC=CTGGTCATCCTCATTTGTTGA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=91373519;WS=91373509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	91373624	rs7091626	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
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chr10	91487649	rs12572012	A	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=0.495;SC=GAGACATCTAATAAGGTAATG;SOR=0.572;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=12;WE=91487657;WS=91487639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr10	91488979	rs3758388	A	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=78;ReadPosRankSum=-1.712;SC=CTAAAGTCTCATATGGAAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=6;WE=91488987;WS=91488969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr10	91498127	rs1886996	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-1.149;SC=GAAAGTTGAATGTAGTCATTC;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=11;WE=91498135;WS=91498117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr10	91510982	rs1326201	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=23;SC=AAAGTTTCTGTCTATATGGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=91510990;WS=91510977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	91522605	rs3740038	G	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=580;ReadPosRankSum=-1.736;SC=AAATACTTAAGTGATGAGTAA;SOR=0.634;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=32;WE=91522613;WS=91522595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr10	91522689	rs17127001	G	A	281.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=187;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CCTGTTCATAGGCACTGCTGT;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=91522697;WS=91522679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr10	92503476	rs55802807	C	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=263;ReadPosRankSum=0.674;SC=CAAAGCAAATCCATAAGTAAA;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=15;WE=92503484;WS=92503466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr10	92631778	rs11544145	G	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=475;ReadPosRankSum=1.802;SC=CTGCGAGCGGGTTCTGACCTG;SOR=0.855;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=39;WE=92631786;WS=92631768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,57:0.36:160
chr10	92635211	rs149175620	T	TA	81.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=83;SC=GCTTTCTTTTTAAAAAAAATG;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=92635219;WS=92635201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	92636073	.	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=1.981;SC=TTAAAGAATCCCTTGGCAACT;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=92636081;WS=92636063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	92638707	rs75192201	C	CAGT	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	92645687	rs4144422	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=1.531;SC=CTGTATTTGAATCTTAGAAAC;SOR=0.056;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=9;WE=92645695;WS=92645677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	92655338	rs59891149	A	AT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=0.212;SC=TATTTGTTGCATTTTTTTCTA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=92655346;WS=92655328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	92655559	rs10881848	T	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	92655566	.	T	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	92655568	.	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.23;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	92655569	rs150762208	T	TCA	187.87	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=0;PP=123;SC=TTTCTATTAATTTGCTATAAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=92655577;WS=92655549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	92662860	rs4568910	A	G	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=85;SC=CAAATTAGATATGAGAAGGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=92662868;WS=92662850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	92663108	rs7089472	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=1.691;SC=TTTTTTGCGACGTCCCACCTT;SOR=1.445;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=92663116;WS=92663098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr10	92672564	rs3939	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr10	92675649	rs3839929	GA	G	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=213;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGGAAAATTGGAAAACGCTGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=92675657;WS=92675639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr10	92676187	rs112074175	ATG	A	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.21;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	92678740	.	AATAAATAAATATATATATATATAT	A,AATATAT	3578.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.57;QD=40.21;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,61,28:0.69,0.31:89
chr10	92678765	rs56177217	A	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=-1.380;QD=9.64;ReadPosRankSum=-2.629;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
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chr10	92912588	rs12266933	G	A	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=45;PP=1671;SC=AATCATCCACGTAGCCTTTAT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=94;WE=92912596;WS=92912578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
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chr10	93596653	.	TTC	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,10:0.14:69
chr10	93600297	rs111962010	ATGTTG	A	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.346;NF=3;NR=6;PP=395;ReadPosRankSum=-0.062;SC=AGTATCATGTATGTTGTGTTT;SOR=0.950;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=9;WE=93600309;WS=93600287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr10	93605405	rs1770466	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=1.802;SC=CATTTCCAGAATAAGTTTGAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=93605413;WS=93605395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr10	93608035	rs1538831	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-1.417;SC=TGATAGTACTGGCACAAATTG;SOR=2.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=8;WE=93608043;WS=93608025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr10	93608339	.	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=271;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GAACTGTCTTCAGTAGTTAGT;SOR=0.436;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=27;WE=93608347;WS=93608329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr10	93611176	rs112177544	A	ATATG	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TAATTTAAAAATATGAGAGAA;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=93611184;WS=93611166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr10	93617306	rs1340420	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=-0.496;SC=CCTCCCCACCAACTCTACCAC;SOR=1.143;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=16;WE=93617314;WS=93617296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,30:0.35:86
chr10	93702405	rs3814640	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=1.503;SC=GTTCATTAGTCACACGTAAAC;SOR=1.473;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=12;WE=93702413;WS=93702395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr10	93702443	rs3814639	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=1.354;SC=TAAATTAACTGAAGTTTGCAG;SOR=1.230;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=93702451;WS=93702433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr10	93713405	rs12571564	T	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=0.114;SC=ATACTGAAATTTATAGACTTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=93713413;WS=93713395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
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chr10	93716899	rs7894570	G	C	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=90;SC=ACTAGACCTAGAAATAAAATT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=93716907;WS=93716889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr10	93740429	rs2792022	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=136;ReadPosRankSum=0.467;SC=TTGAAAAGTCTGGAGATCTGC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=10;WE=93740437;WS=93740419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr10	93754163	rs10882014	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TAAGGTCATGGCATTTAATTT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=93754171;WS=93754157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	93767797	rs1711842	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=0.321;SC=TCTTTTTTCTGTGTGTTTGTT;SOR=1.112;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=93767805;WS=93767787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr10	93768096	rs11186794	G	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	93771192	rs2676802	T	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	93776240	rs11400019	C	CT	73.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	93778520	rs140447601	CT	C	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-2.025;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr10	93784488	rs141297800	A	AGTTTTTTT	220.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=36.81;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr10	93784489	.	G	GTTTTTTTGT	672	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=14;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=26;MQ=59.23;NF=6;NR=0;PP=672;QD=112.666666667;SC=CGCTTATGTAGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=93784497;WS=93784479;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr10	93784504	rs75241022	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.09;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	93786557	rs61876492	A	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.768;SC=ATGAAAATATACTCCCCCAGA;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=12;WE=93786565;WS=93786547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr10	93788516	rs10622641	A	ATT	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr10	93812334	rs1711841	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=793;SC=ACTGGATGGTGGTTGAGAGCA;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=93812342;WS=93812324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	93841227	rs2676811	A	G	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=24.99;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	94238929	rs35864975	T	TA	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.6254;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=188;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CCATAAAGATTAAAAAAAAAA;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=13;WE=94238937;WS=94238919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr10	94266330	rs34053974	CT	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.507;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr10	94268316	rs33917554	G	GA	74.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.385;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	94366347	rs11393423	A	AT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr10	94369023	.	CAGAGAGAGAGAG	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=265;SC=TTTGAGAAGTCAGAGAGAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=94369042;WS=94369013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr10	94369308	.	A	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-1.186;SC=ATTTTCTTTTAAGAAGAATTA;SOR=0.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=8;WE=94369316;WS=94369298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr10	94392513	rs113828479	A	ATAATT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	94397047	.	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=-0.974;SC=TTCAAGACTTCATTGACAGTG;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=14;WE=94397055;WS=94397037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr10	94407865	rs34357393	CA	C	153.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.577;NF=5;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=0.826;SC=GACTTGTCTCCAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=94407873;WS=94407855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr10	94409800	rs6583833	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=522;SC=CTTGATGTGGCTGACTTCATG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=94409808;WS=94409790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	94507612	rs2488066	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=3.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,48:0.27:179
chr10	94511683	rs2096177	G	T	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=40;PP=1757;SC=ATATTTGTATGAAGGCTGCAG;SOR=0.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=101;WE=94511691;WS=94511673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr10	94594416	rs11408607	A	AT	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr10	94594565	rs2490741	G	A	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=46;PP=1367;SC=CGAACTGCCTGTTGAAGCTAC;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=81;WE=94594573;WS=94594555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	94695555	rs1326330	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=251;ReadPosRankSum=-0.877;SC=TTTTGTTTGTGTGTTTCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=17;WE=94695563;WS=94695545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr10	94695617	rs1326331	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=361;ReadPosRankSum=0.293;SC=AAGAATCTTACTGTAATATTT;SOR=0.596;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=25;WE=94695625;WS=94695607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr10	94816807	rs60582805	G	GA	943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=837;SC=AGTATATTCTGAAACTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=94816815;WS=94816797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	94822686	rs55843714	C	T	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=33;PP=1055;SC=TGGCCCGGACCTTCGAGCAGC;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=62;WE=94822694;WS=94822676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	94822895	rs12263200	G	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=13;PP=468;SC=GGTGGGAGGCGTTGTGGCGGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=94822903;WS=94822885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	94826081	.	TCCTGCCG	T	370.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=410;SC=GCCTCCTGCCTCCTGCCGCCT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=94826095;WS=94826071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	94836467	.	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=323;ReadPosRankSum=-1.109;SC=AGTTAAAATTCTCTTCTTTCT;SOR=0.467;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=20;WE=94836475;WS=94836457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr10	95070037	rs2761286	A	G	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=30;PP=903;SC=GTCAAGAAAAAATACTGTTCC;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=95070045;WS=95070027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	95070080	rs2797581	C	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=371;SC=CTTTAACCTACGACAGCTTCC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=95070088;WS=95070070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	95070526	rs787661	G	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=180;SC=ATTGCCTTCAGTTTTCCTCAA;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=95070534;WS=95070516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	95072906	rs787666	T	C	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=29;PP=1145;SC=TCATGTCCAATCTGCATTTCT;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=95072914;WS=95072896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	95073046	rs787667	A	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=26;PP=651;SC=GAACGTTCTTATCAGGAGAGA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=95073054;WS=95073036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	95076630	.	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr10	95083204	rs148815470	ATTTC	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=127;SC=AGATGAAACTATTTCTTTCTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=95083215;WS=95083194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr10	95098144	rs10786089	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=10;PP=594;SC=CCTTCCTTTATGTTATAAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=95098152;WS=95098134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	95099849	rs2761329	G	A	616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=8;PP=395;SC=AAAAAGAAAAGAAAAATTCTG;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=22;WE=95099857;WS=95099839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	95101480	rs1408031	C	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=TAATAATAAACTTGCAATGGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=95101488;WS=95101474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr10	95109737	rs2298158	G	A	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=20;PP=558;SC=CTATGAAAACGATTTAAAGAG;SOR=1.280;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=30;WE=95109745;WS=95109727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	95116283	.	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=216;ReadPosRankSum=0.070;SC=GAGCACCCAGGATGTGTGGCT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=13;WE=95116291;WS=95116273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	95123618	rs10882221	G	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=396;SC=AAGATGGAGCGGAGGAGAGGT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=95123626;WS=95123612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	95123907	.	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=425;ReadPosRankSum=-0.015;SC=CAACACTCAGGAAGCATCTAC;SOR=0.929;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=26;WE=95123915;WS=95123897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr10	95123961	.	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TACCCCTGTTGGTTCTGACTC;SOR=0.053;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=7;WE=95123969;WS=95123951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr10	95132905	rs787647	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=505;SC=GGAGAGGGACCGAAGACCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=95132913;WS=95132895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	95139526	rs10882229	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=258;SC=TCACTGTACTAAGCACTTTCT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=95139534;WS=95139516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	95162113	rs2272177	G	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=0.292;SC=GCCTAAAATAGAGAAGGAGTA;SOR=0.818;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=12;WE=95162121;WS=95162103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr10	95162181	rs147003119	A	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.825;SC=CTGCCATAAGATAAGCTGCAT;SOR=0.105;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=95162189;WS=95162171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	95162496	rs701875	A	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=1.554;SC=AATATTTTTTAAAAAATTCCT;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=95162504;WS=95162486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr10	95162525	rs3841653	TC	T	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=194;ReadPosRankSum=0.970;SC=AATTCTTTGATCCCCCCCAAA;SOR=0.948;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=9;WE=95162533;WS=95162515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr10	95164040	rs788088	A	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=11;PP=284;SC=GGAATCTGATACTATAATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=95164048;WS=95164030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	95216623	rs701882	A	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=8;PP=258;SC=CAAAGTTGAAAAAACAATGAA;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=17;WE=95216631;WS=95216613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	95237861	rs2096181	C	T	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	95237899	rs58873758	ATAT	A	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	95237963	rs3938769	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=274;SC=ACTGTTTGGAAGAATCATCAA;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=95237971;WS=95237953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	95238050	rs6583893	C	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	95241999	rs947597	A	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=24;PP=719;SC=AGTGGAGACTAGGGCGCTGGA;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=95242007;WS=95241989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	95262981	rs7080916	A	G	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	95263113	.	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=-0.221;SC=TGCTGAACTTGAAAGCAAAAC;SOR=0.889;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=18;WE=95263121;WS=95263103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr10	95266683	rs947599	A	G	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=26;PP=927;SC=ATTATGGTGAATGTAATGAGG;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=95266691;WS=95266673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	95276673	rs4919224	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=6;PP=313;SC=GAGTTGTGCCGTAATGTTGTT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=95276681;WS=95276663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr10	95278841	rs2280606	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=433;SC=AAAAGTCTTTCTTCTTCAATA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=95278849;WS=95278819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	95279506	rs2293277	A	T	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	95279627	.	C	T	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=50;QD=21.1928031368;SC=CAAATCAGTTCCGAACTTAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=95279635;WS=95279617;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	95279653	rs7068719	A	G	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=80;SC=ACAGCTTAACACACAGCTAGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=95279661;WS=95279643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	95287643	.	G	GA	66	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.9996;HP=18;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=60.77;NF=4;NR=2;PP=66;QD=12.5;SC=CTCAAAAAAAGAAAAAAAAAA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=95287651;WS=95287633;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr10	95326408	.	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=306;ReadPosRankSum=0.787;SC=CCCTCTTTCCCCGCCTTGGCA;SOR=0.941;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=20;WE=95326416;WS=95326398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr10	95347381	rs41290218	C	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=1.544;SC=TCTTTATAGCCGAGTTTCTCA;SOR=0.663;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=24;WE=95347389;WS=95347371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr10	95347475	rs17108973	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-1.885;SC=GAAAATGAACCTATGCAAATA;SOR=1.051;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=9;WE=95347483;WS=95347465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr10	95353817	rs12265684	C	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-2.283;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr10	95360027	rs36014035	A	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	95360109	rs57477607	C	G	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=-1.642;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,106:0.74:144
chr10	95360380	rs61461737	A	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.964;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=476;ReadPosRankSum=-0.147;SC=GCCCTTGGGGAACCCTGGAGC;SOR=0.218;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=30;WE=95360388;WS=95360370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr10	95360396	rs116736522	G	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.612;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=477;ReadPosRankSum=0.305;SC=GGAGCGCAAAGGGCGCAGCTG;SOR=0.342;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=35;WE=95360404;WS=95360386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr10	95360411	rs57029781	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=599;ReadPosRankSum=1.150;SC=CAGCTGCCCCGGCGGCCACTG;SOR=0.521;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=37;WE=95360419;WS=95360401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr10	95360650	rs56401591	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.359;NF=21;NR=18;PP=527;ReadPosRankSum=0.138;SC=CCTGGGCCGCCTGGGCCCCCT;SOR=0.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=39;WE=95360658;WS=95360640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,46:0.35:133
chr10	95360846	.	C	CGG	1429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.923;NF=0;NR=23;PP=1107;ReadPosRankSum=0.454;SC=AGCCGACCCCCGCCGCCGTAT;SOR=0.440;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=23;WE=95360854;WS=95360836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr10	95360863	.	T	TCACCC	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=29.56;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr10	95372734	rs1131978	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=511;ReadPosRankSum=0.204;SC=ACAGGGCCCTGCAGAGGCTGG;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=36;WE=95372742;WS=95372724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr10	95372764	rs12781149	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=623;ReadPosRankSum=-0.846;SC=TCCAGGCTGACCGCTGCAGCA;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=46;WE=95372772;WS=95372754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,62:0.58:106
chr10	95380790	rs1223306	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr10	95381773	rs701865	T	A	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=612;ReadPosRankSum=-0.735;SC=CACGGTTAGATCATATCTGAA;SOR=0.673;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=44;WE=95381781;WS=95381763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,92:0.67:137
chr10	95385341	.	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-1.170;SC=GGAATTCTACGATGAATGGCC;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=12;WE=95385349;WS=95385331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr10	95388914	rs2857300	A	G	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=613;ReadPosRankSum=-1.061;SC=AGCCGTGTAGAAAATCCTCAC;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=42;WE=95388922;WS=95388904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr10	95389041	rs714550	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=-1.694;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,79:0.71:111
chr10	95389083	rs714549	A	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=581;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TCTGGGTCAGACCTCACCTCT;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=34;WE=95389091;WS=95389073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr10	95389124	rs714551	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=316;ReadPosRankSum=0.300;SC=GGATGCTCTCGCCTCTCCTCC;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=19;WE=95389132;WS=95389114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr10	95394455	rs1856563	T	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=2;PP=500;SC=TCCTGTGAATTTATGATTATT;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=95394463;WS=95394445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	95395245	rs11187564	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=-2.145;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr10	95395247	rs616522	A	G	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.19;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	95400054	rs2275227	C	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=-0.389;SC=AAAAGATGGACTCAGTTTGAA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=5;WE=95400062;WS=95400044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	95400510	rs12780304	T	C	126.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.16;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr10	95400694	rs45522236	G	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=246;ReadPosRankSum=0.589;SC=GATTAAAGAAGTACTACACAG;SOR=0.560;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=18;WE=95400702;WS=95400684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
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chr10	95418792	.	CTT	C	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=0.372;SC=GTATTTCTCTCTTGTTTTTTG;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=95418801;WS=95418782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr10	95421683	rs2422324	G	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=1.021;SC=CTTTTTAAAAGTTAAGAGCAT;SOR=0.495;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=8;WE=95421691;WS=95421678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr10	95422245	rs10882298	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	95432968	rs1572773	T	C	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=15;PP=1355;SC=AAAAATCTGTTTTTGGGCAGT;SOR=1.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=62;WE=95432976;WS=95432958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	95433124	rs1326214	A	G	4524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	95443644	rs11187585	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr10	95443688	rs8181435	C	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=-1.287;SC=GACAATGCCACATTTTCTACA;SOR=0.885;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=10;WE=95443696;WS=95443678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr10	95444931	rs767701	T	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr10	95445126	.	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.911;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr10	95445127	.	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.108;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr10	95454449	rs11187593	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5987;FS=5.999;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.988;NF=14;NR=3;PP=267;ReadPosRankSum=0.079;SC=CCAGCCTGGGCGACAGAGTGA;SOR=2.531;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=17;WE=95454457;WS=95454439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr10	95454681	rs2275438	G	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=401;ReadPosRankSum=0.718;SC=TACGAACTTTGTATGTCTTTG;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=24;WE=95454689;WS=95454671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr10	95457992	rs11187596	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.991;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TCAAATTAACATAATCAAATC;SOR=1.688;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=18;WE=95458000;WS=95457982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr10	95458141	rs11187597	A	G	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=508;ReadPosRankSum=0.005;SC=GCAGTAAGTCATCTTCAACTG;SOR=0.790;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=33;WE=95458149;WS=95458131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
chr10	95459698	rs2275441	G	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=0.319;SC=CATGTAAACAGAATTCAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=95459706;WS=95459688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	95459817	rs726817	C	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=16;PP=823;SC=TTCTCCACAGCGTTCATCATC;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=95459825;WS=95459807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	95549836	rs368174638	C	CTT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	95549960	.	A	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=0.934;SC=TGAACAATTAATTAATTTGCA;SOR=0.458;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=95549968;WS=95549950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr10	95552653	rs1111820	T	C	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=55;PP=1466;SC=CGAAGGATTTTGATTGCATCA;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=99;WE=95552661;WS=95552643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	95658258	rs11187724	C	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.91;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	95718474	rs829225	A	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=14;PP=1033;SC=TATTTAGGCTATAATGATTAC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=95718482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	95718600	rs11815169	T	C	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.902;NF=42;NR=32;PP=1062;ReadPosRankSum=-2.388;SC=TCCTTCTTGCTGTCCTTGGTG;SOR=0.617;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=74;WE=95718608;WS=95718590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,95:0.65:146
chr10	95720221	.	C	T	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.694;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,65:0.41:158
chr10	95720490	rs12570608	C	T	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.048;NF=48;NR=35;PP=2962;ReadPosRankSum=2.186;SC=AGAGGCTTCTCTCGCTCTTTC;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=83;WE=95720509;WS=95720480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,110:0.64:171
chr10	95720501	rs12571819	T	C	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.041;NF=45;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=2.576;SC=TCGCTCTTTCTGGGAAGCCCG;SOR=0.601;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=83;WE=95720509;WS=95720480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,115:0.65:178
chr10	95721241	.	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=1.149;SC=CAACGGCCCGGAGGAGGCCGA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=13;WE=95721249;WS=95721231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
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chr10	95791763	rs17109674	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=401;ReadPosRankSum=1.277;SC=GCAAAAAGGAGCGATCCACTT;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=35;WE=95791771;WS=95791753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,42:0.36:118
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chr10	96039597	rs2274224	G	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr10	96039708	rs2274225	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CAGGAAAATTCTTGGATGATT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=96039716;WS=96039698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr10	96044734	rs3736901	C	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=0.402;SC=TAAGATTAGGCAATATCATCT;SOR=0.193;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=96044742;WS=96044724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr10	96058298	rs3765524	C	T	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=980;ReadPosRankSum=1.540;SC=CAGAAACTGACCCAGCACACC;SOR=0.522;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=63;WE=96058306;WS=96058288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,105:0.59:177
chr10	96058433	rs17516758	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=564;ReadPosRankSum=1.416;SC=GATGGTAAGGGGCCTGCATGC;SOR=0.946;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=33;WE=96058441;WS=96058423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr10	96064168	rs3818432	C	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=72;ReadPosRankSum=1.536;SC=TTTGAACTTTCAATTTATAAG;SOR=0.586;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=7;WE=96064176;WS=96064158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr10	96066341	rs2274223	A	G	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=793;ReadPosRankSum=0.127;SC=TTTCTGTTCCACGTTCACTTC;SOR=0.478;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=48;WE=96066349;WS=96066331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,85:0.71:119
chr10	96068480	rs11187850	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=406;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GTTTCACTCAACATATTTATG;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=22;WE=96068488;WS=96068470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr10	96076495	rs942676	C	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,16:0.22:74
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chr10	96084372	rs3831084	A	AT	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.473;NF=1;NR=4;PP=141;ReadPosRankSum=-0.277;SC=TCTGATACCCATAATTACACT;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=96084380;WS=96084362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr10	96084585	rs139126232	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=264;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TTCTGAAATAGTGTCATGTGA;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=21;WE=96084593;WS=96084575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr10	96087728	rs3203713	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=229;ReadPosRankSum=0.489;SC=ATTACAGGTGAAGATCTTTAA;SOR=0.415;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=16;WE=96087736;WS=96087718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr10	96098373	rs17517578	C	T	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=396;ReadPosRankSum=1.765;SC=ACCCGCAGAGCATGCAGTTCC;SOR=0.587;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=31;WE=96098381;WS=96098363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,64:0.61:105
chr10	96104086	rs17439123	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.535;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr10	96106025	rs11187894	C	T	32.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr10	96108988	rs372355244	TA	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr10	96109325	rs7085378	C	A	61.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5434;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AAATGTATGCCGACATTGCCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=96109333;WS=96109315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	96112233	rs7092226	T	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=1.780;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	96114640	rs71482303	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=0.733;SC=TGTATGCTTATAGGTAACAAG;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=8;WE=96114648;WS=96114630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr10	96116419	rs12771562	GA	AG	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=0.581;SC=GAAATGCTAGGAGGTGATTAC;SOR=0.458;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=10;WE=96116428;WS=96116409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr10	96122543	rs7100430	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=445;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CTATCACCCGAAGGGGCCCTA;SOR=0.913;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=30;WE=96122551;WS=96122533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr10	96122746	rs117245428	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=429;ReadPosRankSum=-1.337;SC=CGCCGGAAGTGAGGGCGGGAC;SOR=0.512;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=25;WE=96122754;WS=96122736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr10	96162516	.	CGGAGGAGGCTGACGAGGA	C	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.791;NF=2;NR=5;PP=2388;ReadPosRankSum=1.067;SC=GTGGAGCCGCCGGAGGAGGCT;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=96162541;WS=96162506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	96163039	rs2477534	C	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.227;SC=GGGACAGCCCCGCCAGCAGCT;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=96163047;WS=96163029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr10	96201615	rs10882455	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr10	96201820	rs12246393	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=0.800;QD=15.86;ReadPosRankSum=1.666;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr10	96201839	rs10584329	CT	C	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.996;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr10	96271298	rs2860761	A	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=4;PP=151;SC=AACTTAGAGAAAATTATTTGT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=96271306;WS=96271288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	96271330	.	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr10	96292988	rs12260063	T	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.984;SC=CTGCTGATTTTACATTTTATG;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=96292996;WS=96292978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	96343623	rs962234	T	C	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=1;PP=51;SC=TCCCATTGTCTTGTTCTACTA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=96343631;WS=96343613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	96353422	rs11346357	AT	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr10	96447836	.	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=9.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr10	96447836	.	CC	TT	156	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=156;QD=52.3669687156;SC=GCTCTCTTGTCCTTGTTTGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=4;WE=96447845;WS=96447826;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr10	96447837	.	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr10	96447920	rs117111102	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr10	96448129	rs1926706	A	G	381.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=0.826;SC=TATGGGGTACATGTAATATTT;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=17;WE=96448137;WS=96448119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr10	96466824	rs7904929	C	T	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=78;SC=TATGTACTTACCATGTGTATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=96466832;WS=96466814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	96480263	.	CC	AT	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.69;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr10	96495102	.	G	A	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=4.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,93:0.70:132
chr10	96495232	rs2860840	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=137;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TGCTCCTGTGCTGTCACCTGC;SOR=0.877;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=12;WE=96495240;WS=96495222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr10	96522620	.	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=51;ReadPosRankSum=-0.271;SC=GTCAGCAAATCCTTAACCAAT;SOR=1.670;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=6;WE=96522628;WS=96522610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr10	96698690	rs9332104	T	C	97.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TAGAGGTACATGTTACAAGAG;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=96698698;WS=96698680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr10	96709038	.	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=1.501;SC=TGAAAATGGAGAAGGTAAAAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=96709046;WS=96709028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr10	96741143	.	C	T	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=922;ReadPosRankSum=1.945;SC=TTTGTTTCTCCTACACTGCAA;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=63;WE=96741151;WS=96741133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,107:0.62:173
chr10	96749327	rs186217659	T	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=0.267;SC=GATTTGAAAGTGAGAAACTGT;SOR=0.593;Source=Platypus;TCF=12;TR=12;WE=96749335;WS=96749317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr10	96802598	rs2275620	A	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=533;ReadPosRankSum=-0.486;SC=AACCAGCACTATGGAAATTTC;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=30;WE=96802606;WS=96802588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr10	96818279	.	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=1.383;SC=CTAAAAGAGAAAAGAATATTA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=96818287;WS=96818269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	96827178	rs2275622	T	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=381;ReadPosRankSum=-2.145;SC=CTGCAACACTTGGCAGCCATG;SOR=1.002;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=28;WE=96827186;WS=96827168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr10	96828323	rs2071426	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=208;ReadPosRankSum=1.909;SC=AGAGAACTTATTGGATGAAAT;SOR=0.646;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=14;WE=96828331;WS=96828313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
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chr10	96954360	rs11188225	T	A	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=854;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TGACTCCAGGTGCCTAGTCCA;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=51;WE=96954368;WS=96954350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,84:0.70:120
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chr10	96970229	.	T	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.222;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
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chr10	96970487	.	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=219;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GGTACAACAGGAGCTCCCAAA;SOR=1.372;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=18;WE=96970495;WS=96970477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr10	96972889	rs17524438	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TCCATATCTTGACCCAGAACA;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=12;WE=96972897;WS=96972879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr10	96974552	rs595420	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=-1.562;SC=TTCTAACAGACCTGTTATTGG;SOR=0.892;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=96974560;WS=96974542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	96974803	rs594448	A	G	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=492;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CACACTGTCAAAGCACTAAGC;SOR=0.795;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=30;WE=96974811;WS=96974793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,70:0.69:101
chr10	96979504	rs11188228	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	96979775	rs11188229	C	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TAAGTGAGCTCTTACAGTTGT;SOR=0.602;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=15;WE=96979783;WS=96979765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr10	96985198	rs489807	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr10	96997589	rs1049961	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-0.410;SC=AACCAAAGTAAGCAGAGAACT;SOR=0.465;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=5;WE=96997597;WS=96997579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr10	96997670	rs1049921	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr10	96997820	rs1049814	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=1.288;SC=CAGTGCACACATAACACTCAG;SOR=0.735;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=9;WE=96997828;WS=96997810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr10	96998519	rs2860998	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=0.616;SC=CAGAACCACTTATAAATATAT;SOR=0.462;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=22;WE=96998527;WS=96998509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,21:0.26:82
chr10	96998591	rs2901833	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=0.351;SC=AAGTAACTTAGCCTCTCTGGT;SOR=0.330;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=9;WE=96998599;WS=96998581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr10	96998625	rs12778613	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=0.345;SC=TTCTATAAAATAGGAGATTAA;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=96998633;WS=96998615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	96998648	rs2860999	G	A	49.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCTGGCCAAAGAAAAGCCCAA;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=96998656;WS=96998638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	97023541	rs4918908	C	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr10	97023552	rs4917682	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=214;SC=ACCTGCCTGGGCAGCCCTGGT;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=97023560;WS=97023531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	97023630	rs2296961	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=180;ReadPosRankSum=1.761;SC=CGGTCTGCTGTTCGCCTCCAC;SOR=0.916;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=13;WE=97023638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr10	97023895	rs2296962	C	T	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=101;SC=GCAGGCTGAGCGCCAGGGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=97023903;WS=97023885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	97050555	rs45546031	C	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,62:0.38:164
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chr10	97106165	rs726176	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.284;SC=GCACTTACTTTAGTGTCTGAG;SOR=0.622;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=6;WE=97106173;WS=97106155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
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chr10	97166103	rs2274488	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.248;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr10	97192452	rs732101	A	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
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chr10	97369939	rs10882640	C	T	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=26;PP=1077;SC=TCTTCCCAACCAGAGTCTTTC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=97369947;WS=97369929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	97370989	rs2296691	T	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=0.135;SC=AGACACTGTATGCGGGAAGCA;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=7;WE=97370997;WS=97370979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr10	97371317	rs11188399	A	G	302.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	97371317	.	AACAACTGAAC	GACAACTGAAC,GACAACTGAAG	86	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3,2;NR=6,2;PP=86,5;QD=13.4190236164;SC=CTGTAGCCTCAACAACTGAAC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9,4;WE=97371335;WS=97371307;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:9
chr10	97371327	rs11188400	C	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr10	97385014	rs57670810	T	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=500;ReadPosRankSum=-1.770;SC=ATTTCTTTTATAAAAATCCTT;SOR=1.034;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=33;WE=97385022;WS=97385004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr10	97388162	rs2275272	G	A	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.66;ReadPosRankSum=1.894;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,79:0.71:111
chr10	97392969	rs3750701	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr10	97392993	rs3750700	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=1.452;SC=CTGGCAATCCTTTTTCCAAAC;SOR=0.323;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=10;WE=97393001;WS=97392983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr10	97397227	rs2275273	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr10	97412921	rs9787589	T	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=381;SC=CTCCAGCCTGTGTGACAAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=97412929;WS=97412911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	97440159	rs11595248	G	A	411.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.204;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr10	97440394	rs12784530	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-0.911;SC=AGCATCTGCTTGAATTGCCTG;SOR=1.112;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=12;WE=97440402;WS=97440384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr10	97442995	rs17461546	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.948;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-1.190;SC=TAACAGAAAAAAAAAGGAGGC;SOR=0.212;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=12;WE=97443003;WS=97442980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,18:0.26:68
chr10	97602091	rs3181131	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=1.229;SC=TCTTCTACATTTTTTCCTAGG;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=97602099;WS=97602081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr10	97604406	rs3176886	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=0.930;SC=AATATCTCACAGCATCCATGG;SOR=0.521;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=11;WE=97604414;WS=97604396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr10	97605057	rs7074403	C	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CCAATAGATACTATGAAAAGC;SOR=1.002;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=5;WE=97605065;WS=97605047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr10	97607165	rs3181122	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=246;ReadPosRankSum=-2.257;SC=TATCCAAAGCGTTCACACATG;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=19;WE=97607173;WS=97607155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr10	97681714	rs11594853	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr10	97684234	rs34963139	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-0.998;SC=CAAAAGAGCCGAAATTCAGTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=97684242;WS=97684224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
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chr10	97748040	rs7900838	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
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chr10	97772253	rs3748224	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=1.329;SC=GAGAACAATACAGTACAATTC;SOR=0.343;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=97772261;WS=97772243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr10	97772358	rs17383738	A	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr10	97772496	rs10748652	T	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TGTAAGTTATTATTATTTTTA;SOR=1.457;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=16;WE=97772504;WS=97772486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr10	97778853	.	C	T	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=29;QD=31.8856062736;SC=TATAAGCCACCACACTCCACT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=2;WE=97778861;WS=97778849;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr10	97779219	rs1414921	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATGGGGCCGGGGCAATCTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=97779227;WS=97779209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr10	97917556	rs41291602	G	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr10	97920099	rs67530050	T	TC	3776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=25;PP=1511;SC=TTGTGAAATGTCTAGGAGAAA;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=97920107;WS=97920089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	97920278	rs41291608	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=306;ReadPosRankSum=-0.550;SC=AAACAACTTATGATGATTTTT;SOR=0.498;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=21;WE=97920286;WS=97920268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr10	97964154	rs10748665	C	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=338;SC=CCTTTTAACACGTAACTGCAA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=97964162;WS=97964144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	97975167	.	GTATA	G	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.67;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	97987378	rs34233512	G	A	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=23;PP=763;SC=CTGCCTGGCCGTCAGGACCAT;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=97987386;WS=97987368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	97990583	rs727852	A	G	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=23;PP=671;SC=CTTCGTCAGCAGGGCTCTCTG;SOR=0.899;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=39;WE=97990591;WS=97990573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	98006857	rs2168732	A	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=100;SC=CTGACTTTTTAAAAAAAGTCT;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=98006865;WS=98006847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	98007247	rs117567726	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	98007933	rs9663433	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-2.183;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr10	98007943	rs9664029	T	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr10	98064455	.	C	T	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=18;MQ=59.71;NF=1;NR=4;PP=34;QD=13.7542425094;SC=AAAATGAGCTCAGGTAGGACA;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=5;WE=98064463;WS=98064445;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr10	98078127	rs7081385	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=5;PP=492;SC=TCACCCACATCGTAGCAGAGA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=98078135;WS=98078117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	98078239	rs6584066	A	G	3431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=39;PP=1660;SC=CGAATGCATAAGAGCAGGGAA;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=85;WE=98078247;WS=98078229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	98082517	rs7097016	T	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=314;SC=TATTGAAAATTGTTTTTCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=98082525;WS=98082507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	98084231	rs2181320	A	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=13;PP=328;SC=TGCAACTCCAATCTGGGAGAG;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=98084239;WS=98084221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	98088387	rs10882773	A	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	98095794	rs10736102	T	C	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=582;SC=CCCCCGAGCTTTTTTCATGGA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=29;WE=98095802;WS=98095784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	98105618	rs56148171	A	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=288;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GCAGCTTGGCATCTTTCCTCT;SOR=0.906;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=15;WE=98105626;WS=98105608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr10	98116076	rs2861575	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.489;SC=ACAATGCATTCATTAAGTTTT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=5;WE=98116084;WS=98116066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr10	98127809	rs41291624	A	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=242;ReadPosRankSum=1.637;SC=CAAAACAAAAAAAATTCTCAG;SOR=1.112;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=15;WE=98127817;WS=98127799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
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chr10	98282160	rs17391197	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=1.821;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
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chr10	98311190	rs10882816	G	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr10	98312891	rs10736113	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=0.053;SC=TGAGGACAACCGGATGTTAAT;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=7;WE=98312899;WS=98312881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr10	98319236	rs10128106	G	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.792;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	98319367	rs3818389	A	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr10	98319503	rs3818390	A	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.619;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	98321928	rs7094142	A	T	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=11;PP=235;SC=TACAAGGTAAAACCACTTAAT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=98321936;WS=98321918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	98321973	.	GTTTTTT	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr10	98336341	rs61858555	C	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5048;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=0.563;SC=AATATGAAACCCTTGTCTACA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=98336349;WS=98336331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	98346411	rs11188836	A	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=6;PP=216;SC=GCCGCCGGGCACTCCAGGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=98346419;WS=98346401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	98380363	rs7910630	A	G	161.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=2;PP=47;SC=ACTGGGGACCACTCACCAGAA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=98380371;WS=98380353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	98383329	rs4917745	G	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=494;SC=TACTGAAAAAGTATCAAAATC;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=98383337;WS=98383319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	98386433	rs1469847	C	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=385;SC=GCTCCAAAGACCCAGTTGGAC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=98386441;WS=98386423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	98386558	rs4344416	G	A	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=41;PP=1661;SC=CTGCTGGCCAGGTCCACAGAA;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=92;WE=98386574;WS=98386548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	98392872	.	A	C	24	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=24;QD=29.3856062736;SC=TTCCAGGGTCACCATGAGAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=98392880;WS=98392862;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	98408714	rs912483	A	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=362;SC=GGCAACAGAAAGCACTCAGCC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=98408722;WS=98408704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	98410901	rs3748232	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=299;SC=GAAGGGACCCAGAAGAGTTAC;SOR=2.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=98410909;WS=98410891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	98412329	.	C	CA	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=12;HapScore=3;MGOF=31;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=49;QD=13.75;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=4;WE=98412337;WS=98412319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,4:0.22:18
chr10	98416630	.	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-0.279;SC=TCTGCTGCTTCGAGTAGGAAA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=3;WE=98416638;WS=98416620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr10	98469507	rs3748229	C	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.137;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=678;ReadPosRankSum=-0.325;SC=GGCAGCAAGGCGGGCTTGTGG;SOR=0.383;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=44;WE=98469515;WS=98469497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr10	98469723	rs138344015	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr10	98742032	.	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=671;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TGAGCAGCTCCCCTAGGTCAG;SOR=0.748;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=26;WE=98742051;WS=98742022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,24:0.31:78
chr10	98742043	rs112594620	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=671;ReadPosRankSum=-2.322;SC=CCTAGGTCAGAGGAAACGACA;SOR=1.136;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=23;WE=98742051;WS=98742022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr10	98742750	rs3829856	A	C	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=490;ReadPosRankSum=-1.688;SC=TTGTCTTGAAATCAAAGTTCC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=35;WE=98742758;WS=98742740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
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chr10	98790674	rs41284248	G	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.7539;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=1.277;SC=TGCAGAGAGGGGACAGGCCGT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=98790682;WS=98790664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr10	98791265	rs72819888	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.501;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr10	98806512	rs17112342	G	C	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=24;PP=814;ReadPosRankSum=-1.859;SC=CGCCCTCGAAGGCCCCATCTT;SOR=0.870;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=61;WE=98806520;WS=98806502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,104:0.65:161
chr10	98806677	rs34511307	A	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=803;ReadPosRankSum=-0.064;SC=AGCTGCCCCCACCCTGGCATT;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=44;WE=98806685;WS=98806667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,53:0.73:73
chr10	98807635	rs2279507	G	A	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GCCCGGGGCCGGCTCCCAGCA;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=68;WE=98807643;WS=98807625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,99:0.69:143
chr10	98808818	.	G	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=556;ReadPosRankSum=0.495;SC=TGGTGCGCAGGAAGTCTGCCA;SOR=0.549;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=41;WE=98808826;WS=98808808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,75:0.65:115
chr10	98808866	rs2805588	C	G	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=32;PP=1004;SC=AAGGGTTCTGCGCCAGGTGCC;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=98808874;WS=98808856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	98816786	.	T	C	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=28;QD=20.9237375157;SC=CTCTACCTCCTTCTCTAGCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=98816794;WS=98816776;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr10	98817687	rs7914872	A	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=-1.678;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,68:0.64:106
chr10	98819317	rs2817676	A	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=498;ReadPosRankSum=-1.341;SC=GAGAGGGGGCATCTGAATCCC;SOR=0.631;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=17;WE=98819334;WS=98819307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,41:0.37:111
chr10	98819326	.	C	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=1430;ReadPosRankSum=0.844;SC=CATCTGAATCCCTCAACAGCC;SOR=0.840;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=44;WE=98819334;WS=98819307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,71:0.63:113
chr10	98825940	rs1106375	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=24;PP=685;SC=AGGTGGGCTGGAGGGCACTGA;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=98825948;WS=98825930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	98923361	rs2636772	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=17;PP=414;SC=CACAGGCCTATGCCTGGCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=98923369;WS=98923351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	98979111	rs10714841	AT	A	111.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=18.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	98988759	rs1468069	A	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CTGGTGAATGAACTCAAGGGC;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=98988767;WS=98988753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	98989454	rs2297987	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.471;QD=2.63;ReadPosRankSum=-2.404;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr10	98995076	rs946981	A	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=4.213;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr10	99003613	rs793528	A	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=262;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=82;SC=GACAAGCCTGATTTCTCAGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=99003621;WS=99003603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	99006083	rs13439	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=-1.256;SC=ACTCCCGAATGTAAGCAGGAG;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=25;WE=99006091;WS=99006073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr10	99019144	rs3740522	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=0.357;SC=CTTTACTCTTCCCGTCAACAC;SOR=0.886;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=15;WE=99019152;WS=99019134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr10	99019177	rs2253301	A	G	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	99023181	.	G	A	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=753;ReadPosRankSum=0.082;SC=ACTCACCAGCGATTTTGAGGT;SOR=0.636;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=49;WE=99023189;WS=99023171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,77:0.70:110
chr10	99024572	rs793524	A	G	889.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=568;ReadPosRankSum=-0.599;SC=TAAAATTTCAAGTAGTCTTAC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=33;WE=99024580;WS=99024562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,38:0.88:43
chr10	99025611	rs10882884	T	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CAAACACATCTCCTACCCTTT;SOR=0.086;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=10;WE=99025619;WS=99025601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr10	99030554	rs793519	C	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TCTGAGCACTCATCTGCAAGA;SOR=2.833;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=15;WE=99030562;WS=99030544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr10	99079500	.	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.191;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	99079501	.	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.289;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	99094436	rs1890966	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-2.675;SC=CGCGGAAGCCGGAGCCCGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=11;WE=99094444;WS=99094426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr10	99117120	rs10882905	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-1.456;SC=GCTTCCACACGGCTCATGTCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=3;WE=99117128;WS=99117110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr10	99118929	rs66531566	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=-2.169;SC=CTTCCTCGAGGAGGGACTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=17;WE=99118937;WS=99118919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr10	99125949	rs2275580	C	T	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=50;PP=1473;SC=ACCTTGAAGCCGTGGTCCTTC;SOR=0.971;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=84;WE=99125957;WS=99125939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	99160965	rs2275091	A	G	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=50;PP=1777;SC=AGACACCAGAAGGCAACTTTC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=97;WE=99160973;WS=99160955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	99185690	.	TCCGCCCTCCGCCCTCCGCCCT	GCCGCCCGCCGCCCGCCGCCCG,GCCGCCCTCCGCCCTCCGCCCT	196	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=3;MGOF=33;MMLQ=23;MQ=60.64;NF=0,0;NR=3,7;PP=196,189;QD=89.8226249541;SC=CCCGCCGCCCTCCGCCCTCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3,7;WE=99185719;WS=99185680;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.43:7
chr10	99198507	rs11316935	AT	A	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.395;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr10	99205451	.	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GCAGCCTAAGGGAAAAACAGA;SOR=0.223;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=5;WE=99205459;WS=99205441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	99205686	rs2297666	A	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=352;ReadPosRankSum=-0.882;SC=CCTATCCAGGACTCTGTACGG;SOR=0.667;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=29;WE=99205694;WS=99205676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,46:0.34:135
chr10	99215953	rs3818909	G	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.768;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=0.650;SC=ATTTGAACCAGAAAGGCTTGA;SOR=0.090;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=20;WE=99215961;WS=99215943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr10	99219885	rs2152092	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=453;ReadPosRankSum=1.765;SC=TCCGCACTTCGGCATGGCCAG;SOR=0.780;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=34;WE=99219893;WS=99219875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr10	99220707	rs3740526	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GGGCCCAGAGCCCAGGCCAGC;SOR=0.766;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=14;WE=99220715;WS=99220697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr10	99225738	rs2236575	T	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=529;ReadPosRankSum=1.468;SC=AGACAAAGGTTTACTGTGTGA;SOR=0.721;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=43;WE=99225746;WS=99225728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,63:0.42:149
chr10	99226370	rs29001315	A	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr10	99229489	rs11592973	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=249;ReadPosRankSum=0.331;SC=TTCTGCCAAGGAAACCGCTGC;SOR=1.075;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=15;WE=99229497;WS=99229479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr10	99240048	rs7897727	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	99240758	rs2275586	G	C	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	99258223	rs3750558	T	G	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,78:0.61:128
chr10	99337473	rs10786357	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	99337572	rs7094973	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=335;SC=CCGAGGAGACGCACGCCAGAA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=99337580;WS=99337562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	99342060	.	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=217;ReadPosRankSum=0.464;SC=GTTCCTGATTCCTCCCACCCA;SOR=0.848;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=22;WE=99342068;WS=99342050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,31:0.22:138
chr10	99359987	rs2297643	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=436;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TGGGTCTTCCGGGAGAGATCG;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=21;WE=99359995;WS=99359977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr10	99371147	rs1124116	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=0.542;SC=TAGAGTTGGCAGTTACTTTCC;SOR=1.501;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=15;WE=99371155;WS=99371137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr10	99371344	rs12261752	C	A	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=605;ReadPosRankSum=-1.919;SC=CCTGCCGCGCCCCCTTGCAGG;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=42;WE=99371352;WS=99371334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,75:0.65:115
chr10	99376843	rs4919121	A	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=8;PP=560;SC=ACTACTTATTACTCATCTGTG;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=99376851;WS=99376833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	99416402	.	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=2.902;SC=GATGGATGATCACTGTTACAT;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=99416410;WS=99416394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	99498234	rs3818876	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=-0.927;SC=ATGGTTACAGGATGCAGACAT;SOR=0.116;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=99498242;WS=99498224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	99503021	rs72835978	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=1.311;SC=GCTCTTGTTGCCCTGGAGTTA;SOR=0.086;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=99503029;WS=99503011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr10	99504630	rs10882993	G	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=607;SC=CTGCAGAGAGGTCGCCTGTCT;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=99504638;WS=99504620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	99504725	rs10882994	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=379;SC=AGCAGCCATGACACTAAGTGC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=99504733;WS=99504715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	99507869	rs11189352	T	C	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=17;PP=1359;SC=TAGCCAGGCCTGTTTCTCCCA;SOR=1.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=70;WE=99507877;WS=99507859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	99509170	.	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=289;ReadPosRankSum=0.755;SC=GGGTGTGCTCCAAACCCGTCT;SOR=1.230;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=18;WE=99509178;WS=99509160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr10	99509457	rs946778	T	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=293;SC=CTTCCACAAGTGCAACACCAC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=99509465;WS=99509447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	99509969	rs3750615	T	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=4;PP=355;SC=GTTAGGAGGGTGACTCTTTCC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=99509977;WS=99509959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	99510068	rs3750614	G	T	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=22;PP=970;SC=CTCCTACCTTGTTCTCCATTC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=99510076;WS=99510058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	99510284	rs3829137	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.917;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr10	99512472	rs1538723	T	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=157;SC=CGTCTGTCAATGTCACCATTT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=99512480;WS=99512462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	99514645	rs7922907	A	G	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=375;SC=TTACAGATGAATAACCTGAGG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=99514653;WS=99514635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	99516955	rs10882995	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=9;PP=370;SC=ATTTAGAAGCGCCAGGAGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=99516963;WS=99516945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	99517355	rs3750612	A	G	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=44;PP=1936;SC=AACTCCAGGTACCTGAGGGTG;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=99;WE=99517363;WS=99517345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	99518810	rs1981238	C	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=1;PP=371;SC=GGCATCATCACCCCCAGGATC;SOR=4.047;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=99518818;WS=99518802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	99518874	rs10882996	G	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=3;PP=470;SC=AGCTGGGCAGGGAGGGTGTGG;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=27;WE=99518882;WS=99518864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	99518901	rs12412543	G	C	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=20;PP=1059;SC=TGGGGGGTCTGTGTGGGGCAT;SOR=1.828;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=56;WE=99518909;WS=99518891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	99519097	rs1981237	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=660;SC=CGTCCTTGGGACCAGCAGTAG;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=99519105;WS=99519087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	99531571	rs11815012	C	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	99625471	.	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=415;ReadPosRankSum=1.271;SC=GCCGAGAGTCCCTGTAGGGAG;SOR=0.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=26;WE=99625479;WS=99625461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr10	99642731	rs588061	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=1.101;SC=AGCCCCCTCCCTTGTAAGACC;SOR=0.693;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=12;WE=99642739;WS=99642721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr10	99655606	rs2297938	G	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=227;ReadPosRankSum=0.116;SC=AGAGCACACAGGGCTGGGATC;SOR=0.399;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=17;WE=99655614;WS=99655596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr10	99682981	rs894375	T	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=464;ReadPosRankSum=-0.307;SC=CTGGCTCTCATGTGGCTTCTC;SOR=0.583;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=33;WE=99682989;WS=99682971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr10	99696003	rs35027739	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.749;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr10	99969568	rs11189513	A	G	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=614;ReadPosRankSum=0.384;SC=GAAACTTCTCACACAGAGGGA;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=44;WE=99969576;WS=99969558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr10	99970960	.	T	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=474;ReadPosRankSum=-0.761;SC=AGGCAGTGATTTCCAAAGTAT;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=33;WE=99970968;WS=99970950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr10	99991408	rs1952061	A	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=20;PP=546;SC=CAAGAATTTCATACTGAAGAC;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=99991416;WS=99991398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	100003785	rs1359508	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr10	100011077	rs11189523	T	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=286;ReadPosRankSum=1.216;SC=ATGTTCCCATTTTACAGATAG;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=18;WE=100011085;WS=100011067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr10	100011970	rs3750598	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.143;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr10	100012011	rs10748722	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=8;PP=417;SC=TCCAGGTGCCCTGGGCTGCTG;SOR=1.075;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=22;WE=100012019;WS=100012001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	100013244	rs3750599	A	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=1.228;SC=GGAAGGGCCAAACTGCTCCCT;SOR=0.330;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=100013252;WS=100013234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr10	100017453	rs1983864	T	G	4498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=60;PP=2012;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GACAGCAGCATCATTCTCATG;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=87;TCR=86;TR=122;WE=100017461;WS=100017443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,208:0.64:325
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chr10	100022917	rs112780536	A	ATG	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.52;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr10	100183774	rs10883093	A	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=136;SC=GGACCACCCCACTCTTGTACC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=100183782;WS=100183764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	100189138	rs1061135	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=-1.352;SC=GGTCTTAACAATCCTTGAGTT;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=100189146;WS=100189128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	100190264	rs2296431	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr10	100190920	rs1801287	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,29:0.21:140
chr10	100193679	rs1886728	G	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.88;MQRankSum=-1.816;NF=23;NR=20;PP=624;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GGTCTTAAAGGTGGACGCCCC;SOR=0.737;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=43;WE=100193687;WS=100193669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,81:0.38:215
chr10	100219314	rs10883099	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=298;ReadPosRankSum=2.245;SC=ACTGGTAGCCGTGAGTGTGAG;SOR=0.655;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=24;WE=100219322;WS=100219304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr10	100219374	rs10883100	T	A	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.080;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=294;ReadPosRankSum=0.662;SC=CTTGACCACATAAAAGCCCAT;SOR=0.601;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=22;WE=100219382;WS=100219364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr10	100219519	rs11189618	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=112;ReadPosRankSum=1.848;SC=AAAACAGTATGGGACTCATTA;SOR=1.367;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=100219527;WS=100219509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr10	100242345	rs1932800	C	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=0.179;SC=CCCCCTCCCTCAGCTCCTGCT;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=5;WE=100242353;WS=100242335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr10	100250019	rs59184373	GACACACACAC	G	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.73;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	100991971	.	TACAC	T	543.87	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.62;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr10	100991972	rs12572567	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,3:0.14:21
chr10	100991975	rs12570300	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,3:0.14:21
chr10	100991976	.	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.34;ReadPosRankSum=-2.113;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr10	100991979	.	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.13;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr10	100991980	.	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=2.778;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr10	100991983	.	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=2.563;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr10	101090428	rs2862600	T	G	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=37;PP=1508;SC=GCACCAAAGTTGTGGAGGAGG;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=101090436;WS=101090418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	101120787	rs3763792	C	T	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=16;PP=437;SC=GGGTGGGACCCAGGCACCAAT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=101120795;WS=101120777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	101137063	rs3829211	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=19;PP=549;SC=CCATTCCTAGGAGGGATGTGT;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=101137071;WS=101137053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	101150256	rs3793931	A	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=233;SC=GGGAGGAGCCATGGACTCCTC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=101150264;WS=101150246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	101163194	rs2275952	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr10	101293035	rs41290504	C	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-2.502;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,33:0.26:128
chr10	101295274	.	GGGC	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.734;NF=3;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=0.134;SC=CGTACCCGGCGGGCGGCGGCG;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=3;WE=101295284;WS=101295264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr10	101372411	rs880568	T	C	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=19;PP=588;SC=GACCAACTCATTGAGGTCCCC;SOR=1.559;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=101372419;WS=101372401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	101373729	rs17494319	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr10	101439252	rs3740079	G	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=431;SC=TTTGTTGTCAGTCTCTTTTAA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=101439260;WS=101439242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	101445591	rs3740078	A	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr10	101451259	rs11190245	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.650;SC=TCAACCTCTGTCCTTCCTGCA;SOR=0.976;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=6;WE=101451267;WS=101451249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr10	101462193	rs10748790	C	T	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=4;PP=95;SC=TGTGGGAATACGGAGTGGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=101462201;WS=101462183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	101473218	rs2231687	A	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=649;SC=TTAAAAGTAAAGTTGAATAAG;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=101473226;WS=101473208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	101474499	rs11190255	T	C	134.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AAGAAGGCAATAGGAAAGGCA;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=101474507;WS=101474489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	101480604	rs3832650	C	CAG	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=347;SC=GAACAGGAAACAGGGTGAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=101480612;WS=101480594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	101487340	.	T	C	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=773;ReadPosRankSum=-0.256;SC=GGAAAGAAATTTTGGGGTGTA;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=48;WE=101487348;WS=101487330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,81:0.69:117
chr10	101489216	rs145861614	CAAA	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.690;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;MQRankSum=0.555;QD=23.05;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr10	101492241	rs2231675	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-1.335;SC=CGTAGTCAGTGGTGATTTCTT;SOR=0.593;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=101492249;WS=101492231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr10	101514219	rs17112219	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=-0.405;SC=GTAAGCAGTCGTTACTATTCC;SOR=0.402;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=13;WE=101514227;WS=101514209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr10	101515316	rs3184991	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GTCTATAAAATGAAGCGGCAG;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=101515324;WS=101515306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr10	101544447	rs927344	A	T	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=33;PP=1515;SC=CCCTTGGGCTACCTATGGCTC;SOR=1.008;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=83;WE=101544455;WS=101544437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	101551902	rs2756108	C	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=3;PP=131;SC=CTGCATACCGCTTTTCCTATC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=101551910;WS=101551892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	101553259	rs2804400	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	101559184	.	TG	T	503.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=356;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CCCTCCTTTTTGCCACTGTGT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=6;WE=101559194;WS=101559174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr10	101559186	.	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=352;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CTCCTTTTTGCCACTGTGTAT;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=101559194;WS=101559174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr10	101571528	rs3740074	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=-0.421;SC=AGCAAAGGTTCTCAGCCCCTT;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=13;WE=101571536;WS=101571518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr10	101576960	rs3740073	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CACAGTTATTTAAATTTAAGC;SOR=1.981;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=101576968;WS=101576950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	101591600	.	G	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=594;ReadPosRankSum=-0.388;SC=ATGTCTGATGGCTATGACATC;SOR=0.842;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=33;WE=101591608;WS=101591590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr10	101591944	rs4148396	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-0.551;SC=ATCTTTCTGATAGGGAGGAAT;SOR=0.132;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=101591952;WS=101591934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr10	101639682	rs61757225	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GTCCTGGTACGGAGTAGCCAA;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=23;WE=101639690;WS=101639672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,40:0.34:117
chr10	101639796	rs2255901	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr10	101643675	.	G	GT	156	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=4;NR=2;PP=156;QD=30.3333333333;SC=GATACTTTTTGCTTTTTTTTC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=101643684;WS=101643665;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr10	101643676	rs78615379	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.161;HP=8;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=147;ReadPosRankSum=1.354;SC=ATACTTTTTGCTTTTTTTTCC;SOR=0.110;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=7;WE=101643684;WS=101643665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	101654696	rs3758394	T	C	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=32;PP=866;SC=GTGATGTTGATGCTCACCCGG;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=101654704;WS=101654686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	101658585	rs3740057	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=1.994;SC=GTTTCACATTTTTCTCAGAAC;SOR=0.444;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=18;WE=101658593;WS=101658575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr10	101689378	rs7077718	G	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=250;ReadPosRankSum=0.976;SC=GGGTTTTCTTGCTGTTTTGCA;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=16;WE=101689386;WS=101689368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr10	101690050	rs10786578	C	T	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=575;ReadPosRankSum=0.721;SC=AGTCAGTCAACTGTTCAGCTT;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=50;WE=101690066;WS=101690040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,75:0.35:217
chr10	101690415	rs11190326	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=252;ReadPosRankSum=0.439;SC=AGCACTGTAAGGTTCCTTTTC;SOR=0.835;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=27;WE=101690423;WS=101690405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,32:0.25:127
chr10	101715899	rs2862923	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=-0.999;SC=GAAGAAGGTCGGGGTACTGTT;SOR=1.061;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=6;WE=101715907;WS=101715889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr10	101731631	rs11593499	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=1.150;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.180;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr10	101808362	.	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.7346;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=105;ReadPosRankSum=-0.914;SC=AGGCTTAGGCGGCAGGATTGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=101808370;WS=101808352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr10	101825160	rs3829161	C	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr10	101841153	rs10883439	A	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=509;SC=AGCTGTTCAGAACTTACAGGG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=101841161;WS=101841143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	101912064	rs2862954	T	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=922;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TTAGAAGCAATGGCCTGGTAC;SOR=0.731;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=29;WE=101912073;WS=101912054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr10	101912065	.	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=403;ReadPosRankSum=1.064;SC=TAGAAGCAATGGCCTGGTACT;SOR=0.619;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=13;WE=101912073;WS=101912054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr10	101912194	rs1408579	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TCACCTATTGCTCTCCTGAGT;SOR=2.303;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=101912202;WS=101912184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	101980459	rs986266	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=468;SC=AATATACTTTAAAGTAACAGA;SOR=2.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=101980467;WS=101980449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	102035124	rs140852755	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=2.423;SC=TTCCTTTTGAGGAATTTTCAC;SOR=0.116;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=102035132;WS=102035114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	102046488	rs12251791	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=2.367;SC=CACCCGGCCGGCCCTGCAGTC;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=25;WE=102046496;WS=102046478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr10	102056970	rs2278841	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.786;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr10	102056970	.	AGG	GGT	92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=2;NR=4;PP=92;QD=24.2446458104;SC=ACCAGCCTATAGGGGGAGGGG;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=6;WE=102056980;WS=102056960;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr10	102056972	rs2278840	G	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr10	102057005	rs2278839	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;ReadPosRankSum=0.663;SC=TGGAGCCTTCGCTGGGACGGC;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=102057013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr10	102088906	rs3829159	C	T	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	102107251	rs1054411	C	G	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=556;ReadPosRankSum=-0.218;SC=TCCCGGCATCCGAGAGCCAAG;SOR=0.822;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=38;WE=102107259;WS=102107241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,76:0.74:103
chr10	102116208	rs111712956	ATCCCC	A	1939.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.052;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.043;NF=19;NR=10;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.140;SC=AAGACAGCCCATCCCCTCCCA;SOR=1.430;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=29;WE=102116220;WS=102116198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr10	102116311	rs2234970	A	C	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.900;NF=28;NR=30;PP=796;ReadPosRankSum=1.810;SC=TGGCTTGCTGATGATGTGCTT;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=58;WE=102116319;WS=102116301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,86:0.59:146
chr10	102256948	rs189680650	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=646;ReadPosRankSum=2.276;SC=TCCACCAGCCGCTCCACACTC;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=45;WE=102256956;WS=102256938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,74:0.67:111
chr10	102259706	rs2273696	T	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=288;SC=AACCTAGAAATAATTAATGTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=102259714;WS=102259696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	102261999	.	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr10	102265969	.	GG	AA	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=765;ReadPosRankSum=-3.449;SC=CTAATATGAGGGAACACACCA;SOR=0.680;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=29;WE=102265978;WS=102265959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,61:0.38:161
chr10	102289488	rs181643313	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=594;ReadPosRankSum=-2.849;SC=TCAGGTACCCCCTTCCCACAC;SOR=0.849;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=33;WE=102289496;WS=102289478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr10	102295836	rs2295778	C	G	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-2.210;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,68:0.62:109
chr10	102506070	rs4472867	G	C	4999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=63;PP=1705;SC=CGTGAGTACCGGCGCCCGGCT;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=113;WE=102506078;WS=102506060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr10	102539429	rs7901210	C	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=270;SC=TGCCTGCCCGCTTGAGGTCCA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=102539437;WS=102539419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	102568983	rs1800898	A	C	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	102584597	rs11190717	G	A	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=57;PP=2220;SC=AGGCTGGGGTGGGGGGAGACA;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=104;WE=102584605;WS=102584587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	102673063	rs3802725	G	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=473;ReadPosRankSum=-1.527;SC=GGTATGAGGGGAGGGCTGCAG;SOR=1.470;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=25;WE=102673071;WS=102673053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr10	102684380	rs10883563	C	A	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=38;PP=1537;SC=GGGAAAATTTCTGGGGGACCT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=78;WE=102684388;WS=102684370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	102689217	rs2273654	T	C	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=818;ReadPosRankSum=-0.256;SC=TTTCATAATGTATTTTACCTT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=47;WE=102689225;WS=102689207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr10	102689504	rs10786614	G	A	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=76;SC=CTTAAAAAATGGTTTTCTTTG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=102689512;WS=102689494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	102690667	rs192813963	G	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=-0.095;SC=AGATGTGTTGGTGGTGATAGT;SOR=1.584;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=7;WE=102690675;WS=102690657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr10	102707526	rs12780429	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.501;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	102739841	rs34389611	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=352;ReadPosRankSum=2.310;SC=GGCAGGTGGTGGAGTCCCGAG;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=28;WE=102739849;WS=102739831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,45:0.40:113
chr10	102744331	rs11591349	A	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=405;ReadPosRankSum=0.469;SC=ACCAGACAAGACCTCTGCCAG;SOR=0.379;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=30;WE=102744339;WS=102744321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr10	102744376	rs11190780	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=281;ReadPosRankSum=2.205;SC=CATGCACACATGGAAGAATGT;SOR=1.457;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=24;WE=102744384;WS=102744366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr10	102746231	rs7184	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.490;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.991;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	102748909	.	C	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=559;ReadPosRankSum=0.235;SC=ACCTTCGGTCCTGGGAAGCCG;SOR=0.779;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=46;WE=102748917;WS=102748899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,64:0.32:199
chr10	102762256	rs752974	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=447;ReadPosRankSum=-1.510;SC=GCTTACAGGTCGCCTGCGAGG;SOR=1.148;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=27;WE=102762264;WS=102762246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr10	102765510	rs144275516	CAG	C	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=265;ReadPosRankSum=0.422;SC=CAGGGTCACACAGGGAGAAAC;SOR=1.300;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=102765519;WS=102765500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr10	102770082	rs807023	T	G	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=38;PP=1279;SC=GCCACTGGGGTTCTTCATGGC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=102770090;WS=102770072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	102770278	rs111287837	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=-0.910;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr10	102770293	rs200896335	T	TGCTGCG	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.220;NF=0;NR=7;PP=393;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TGACCCCGGCTGCTGCGGCTG;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=102770301;WS=102770283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr10	102770327	rs807022	A	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=345;SC=GGCTGCGGCTACGGCTCTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=102770335;WS=102770317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	102770514	rs34616847	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr10	102770597	rs34693310	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=1.169;SC=CTTCCTCTTCCGGGAAGCCGT;SOR=0.941;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=102770605;WS=102770587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	102775221	.	A	ATG	91	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=91;QD=23.5;SC=GAGCTGGCAGATGTGTGTGTG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=102775229;WS=102775217;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	102777404	rs138863546	A	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=233;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TTAGCTGAGCATGGTGATGCA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=13;WE=102777412;WS=102777394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr10	102777461	rs10786615	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=256;SC=GAGGATCGCTTGAGCGTGGGA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=102777469;WS=102777451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	102777768	rs11190793	C	G	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=9;PP=473;SC=GCTGGTAAGACGCGGTGTGGG;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=102777776;WS=102777758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	102780312	rs7075685	G	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=229;ReadPosRankSum=0.704;SC=TCTTCAGAGAGCCGGGCCCCA;SOR=0.412;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=17;WE=102780320;WS=102780302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr10	102780498	.	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr10	102780638	rs1998249	A	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	102783678	rs6584410	T	C	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=819;ReadPosRankSum=0.192;SC=CTGGGGGTTCTGCTTACCTGC;SOR=0.548;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=62;WE=102783686;WS=102783668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,112:0.72:156
chr10	102792295	rs807014	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr10	102798346	rs807049	T	C	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.434;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=386;ReadPosRankSum=-1.266;SC=TGAAATGGGGTGACAGTGAGG;SOR=0.390;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=32;WE=102798354;WS=102798336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr10	102824349	rs807037	G	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=3.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=569;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CGCTGCCTTGGCCGCAATGCC;SOR=1.424;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=35;WE=102824357;WS=102824339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr10	102849535	.	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=2.151;SC=GTGCTCTGCCCTCAAGTAACC;SOR=0.622;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=13;WE=102849543;WS=102849525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr10	102894150	.	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=529;ReadPosRankSum=-1.800;SC=AAGCGGGGCGGGCCGGCCGCC;SOR=0.430;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=34;WE=102894158;WS=102894140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,60:0.71:84
chr10	102997581	rs678741	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=242;SC=GCCTGTGTTGGGACCTAAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=102997589;WS=102997571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	103221870	rs5787432	CAGG	C	1852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=14;PP=737;SC=AAACAAAAGACAGGAGGAAAC;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=103221880;WS=103221860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	103281634	rs6584429	C	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.161;SC=CCAGGTATGTCTACAAGTGTT;SOR=0.124;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=10;WE=103281642;WS=103281624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr10	103550604	rs1124714	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr10	103560186	rs2305194	A	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=1.762;SC=AAAAGCACAAAAATAGTTTTG;SOR=0.392;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=103560194;WS=103560176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr10	103565960	rs3740422	G	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TTTTCTCTTTGTTTGTTTGTT;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=31;WE=103565968;WS=103565950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr10	103567665	rs372242564	GA	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr10	103587552	rs2305189	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr10	103588734	rs1562364	A	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=19;PP=1028;SC=CCTTCCGCCCACACCTCAAGC;SOR=1.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=103588742;WS=103588724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	103590112	rs72844664	G	A	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,68:0.62:109
chr10	103599325	rs874885	A	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=479;SC=CCTCCTGCTCAGTAAGGAGGC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=103599333;WS=103599315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	103603162	rs12413444	G	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=246;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GGCAGAGTGTGGGTGCGGGCC;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=22;WE=103603170;WS=103603152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr10	103609704	rs7918620	G	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.625;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr10	103766315	.	T	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GAAGGCGGTGTGGTCCCAAGT;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=13;WE=103766323;WS=103766305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr10	103772767	rs150492750	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=1.054;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr10	103799758	rs11191190	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.005;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr10	103825747	rs3737243	G	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=451;ReadPosRankSum=-0.700;SC=AGCCCAGCGGGGAAGCTAGCA;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=25;WE=103825755;WS=103825737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr10	103902823	.	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=237;ReadPosRankSum=0.774;SC=TCGGACCTGTCCAGTCTGCTG;SOR=0.783;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=15;WE=103902831;WS=103902813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr10	103904763	rs11357964	TC	T	683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.754;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr10	103912209	rs116928523	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-2.217;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,64:0.35:185
chr10	103920995	rs11392804	C	CT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	103991381	rs2281983	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=7;PP=570;SC=TCCACACGGCGATCTCCTCGC;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=103991389;WS=103991371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	104120731	.	C	CA	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr10	104127171	rs2273555	G	A	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	104128954	rs7902882	T	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=10;PP=554;SC=GTCTGTTCTCTTCCTCTTTTC;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=104128962;WS=104128944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	104130397	.	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=206;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TCCTGAAAGGCCTAGGGGACC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=13;WE=104130405;WS=104130387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr10	104136469	rs2180707	T	C	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=47;PP=1572;SC=TGTCCTTCATTGTGCGTGATG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=104136477;WS=104136459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	104139317	rs369641842	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,33:0.24:136
chr10	104156911	rs12772374	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAGGGGAAAGATGTAGGTTGG;SOR=2.258;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=104156919;WS=104156909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	104157727	rs4919632	C	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=251;SC=AATCCATATCCCACTCCATAG;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=104157735;WS=104157717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr10	104160434	rs4919634	A	G	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=15;PP=439;SC=TACACCTGGCAGTCCGAGCCC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=104160442;WS=104160424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr10	104163489	rs7068416	G	A	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	104176130	.	G	A	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,68:0.66:103
chr10	104176396	.	G	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=915;ReadPosRankSum=1.392;SC=GGCCTGGGAGGAGAAACCCCA;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=52;WE=104176404;WS=104176386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr10	104176533	.	G	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=888;ReadPosRankSum=0.383;SC=CTGCCCAGTGGGTGAAGAGGG;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=48;WE=104176541;WS=104176523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,62:0.65:95
chr10	104176737	.	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.699;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr10	104184189	rs12778231	T	C	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1502;ReadPosRankSum=0.566;SC=TTGCCAAGGCTCTGGGGAGCA;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=77;WE=104184197;WS=104184179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,97:0.66:148
chr10	104196465	rs2224374	T	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	104210735	rs2281878	C	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr10	104214048	rs1571003	A	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.020;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,40:0.33:121
chr10	104214080	rs148334455	CT	C	820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;MQRankSum=0.395;QD=17.46;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr10	104215075	rs151146512	CTCTT	C	1329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.620;NF=6;NR=7;PP=558;ReadPosRankSum=-1.075;SC=AATCTGATCTCTCTTTCTTTT;SOR=0.856;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=13;WE=104215086;WS=104215065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr10	104229057	rs35597970	C	CA	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=7.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=267;ReadPosRankSum=1.260;SC=CCCACCCAGTCAGAGGCCTGG;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=104229065;WS=104229047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	104229785	rs41306870	C	T	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=755;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TCAATGACCCCCTCTTCGGTT;SOR=0.788;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=48;WE=104229793;WS=104229771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,89:0.64:138
chr10	104230437	rs3740416	C	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=0.467;SC=GCGCCGGGCTCTCCTCAAGGG;SOR=1.432;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=10;WE=104230445;WS=104230427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr10	104230930	rs68007409	TTCGGTGCTGGG	T	943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=2935;ReadPosRankSum=-0.044;SC=TAAGTCTGATTTCGGTGCTGG;SOR=0.407;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=14;WE=104230948;WS=104230920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr10	104231054	rs11191295	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=353;ReadPosRankSum=-1.393;SC=AGCTGCTTGTAGGCAGTGAGG;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=21;WE=104231062;WS=104231044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr10	104231234	rs913028	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=9;PP=166;SC=GCTGGGAACTTGGCCACGCAT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=104231242;WS=104231224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	104231651	rs7081110	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=354;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TTCCCTCCCTATGTGATCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=13;WE=104231670;WS=104231641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	104231662	rs7081467	G	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=355;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TGTGATCTTAGGCAGGTCTCA;SOR=1.473;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=15;WE=104231670;WS=104231641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr10	104232716	rs3740415	G	A	3032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1431;ReadPosRankSum=0.466;SC=GGGTGAGTGTGGACCTTGGGT;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=89;WE=104232724;WS=104232706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,140:0.65:216
chr10	104232809	rs3740414	T	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=567;ReadPosRankSum=1.607;SC=GGTCTCCATTTCCCGACCCAG;SOR=0.848;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=29;WE=104232817;WS=104232799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr10	104241983	rs12763720	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=261;ReadPosRankSum=0.041;SC=CCAAGGTCCCTTTGGGAGTGG;SOR=1.127;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=15;WE=104241991;WS=104241973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr10	104264107	rs2274351	C	T	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=61;PP=1422;ReadPosRankSum=0.874;SC=CTCTGGGCCGCGGGGAGACGG;SOR=0.817;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=44;TCR=81;TR=93;WE=104264115;WS=104264097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,119:0.72:165
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chr10	104268860	rs185072800	C	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=224;ReadPosRankSum=1.501;SC=CAAAGTAGAGCGCCTTAGCTT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=104268868;WS=104268850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr10	104378750	rs10786698	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GTTCAAGCACGTTTTCCTGGG;SOR=0.336;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=9;WE=104378758;WS=104378740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr10	104378978	rs149768712	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=0.361;SC=CCCTGAATGCCCTTCGGACCC;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=12;WE=104378986;WS=104378968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr10	104386934	rs17114803	T	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,28:0.30:93
chr10	104387019	rs12414407	T	C	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=23;PP=787;SC=GTTTGACTTTTCCTGACAACA;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=104387027;WS=104387009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	104389932	rs4917980	T	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=30;PP=921;SC=GGCCCTGCAGTGGCCAGCAGG;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=104389940;WS=104389922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	104414221	rs3850699	A	G	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=64;SC=ATAAATATGCATGGGAAGCTA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=104414229;WS=104414211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	104415093	rs34032774	CT	C	1007.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=744;ReadPosRankSum=-1.171;SC=CAGGACCAGGCTGGTGGCACC;SOR=0.904;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=19;WE=104415101;WS=104415083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr10	104415720	rs4274160	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=117;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=1;PP=376;SC=TGGCCACCCCTACCCCTGCCA;SOR=3.160;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=104415728;WS=104415719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	104415810	rs3217079	GCTCTCCCTGGA	G	2978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.227;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=2.527;NF=19;NR=19;PP=2974;ReadPosRankSum=1.858;SC=CTCTCCCCGGGCTCTCCCTGG;SOR=1.113;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=38;WE=104415828;WS=104415800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,77:0.57:135
chr10	104436641	rs8354	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.479;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,59:0.44:134
chr10	104445545	rs3832710	AG	A	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-2.256;SC=TCATGTTGCCAGGTGGCCAAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=104445553;WS=104445535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	104449586	rs71019603	C	CA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	104459079	rs59504153	TAA	T	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=655;SC=TCCATGTTTCTAACACATGGC;SOR=1.981;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=15;WE=104459088;WS=104459069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	104465374	rs12761195	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=0.751;SC=TTTTTCATTCTAATGCCACTT;SOR=0.141;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=104465382;WS=104465364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr10	104473813	rs2248684	C	A	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=527;SC=GCCTCGGACCCGCTGCAAGCC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=104473821;WS=104473803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	104474107	rs2248679	G	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=29;PP=839;SC=CTGCGGCGCCGCCCCCGACGT;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=49;WE=104474115;WS=104474097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	104486304	rs2244647	G	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=417;SC=ACAGTGGGACGTGCTCAGGTC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=104486312;WS=104486294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	104486974	rs2244524	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-1.827;SC=GGTCAGGGAGCCATACTATGA;SOR=1.112;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=10;WE=104486982;WS=104486964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr10	104487072	rs2244518	G	T	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=46;SC=TTTAACCCTCGCAACAACCCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=104487080;WS=104487062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	104489011	rs2244254	G	C	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=18;PP=979;SC=CTTTCTCCCTGAAGCCCGTGG;SOR=1.194;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=53;WE=104489019;WS=104489001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	104492707	rs2778037	G	C	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=27;PP=947;SC=CCCAGAGTGCGTCCAGCCACA;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=104492715;WS=104492697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	104493444	rs11191381	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=0.343;SC=TGTTGGAGAACGTGTACTCCT;SOR=1.181;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=23;WE=104493452;WS=104493434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr10	104536360	rs4147157	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=1.068;SC=CAGAGCCACCGTGTTCTTAAC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=104536368;WS=104536350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	104536365	rs2254563	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	104572276	rs284861	A	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr10	104590436	.	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.89;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr10	104590446	.	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.89;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr10	104591152	rs10883783	T	A	211.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TCCGTATAGTTGGAGCCAAGA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=104591160;WS=104591148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr10	104591393	rs17115100	G	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr10	104592249	rs4919686	A	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=213;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GCTAGATGTCACTGGGAGGGC;SOR=1.027;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=13;WE=104592257;WS=104592239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr10	104592981	.	T	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=303;ReadPosRankSum=-0.192;SC=TTGGGTGAGGTTGGGAGACAT;SOR=1.002;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=17;WE=104592989;WS=104592971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr10	104594507	rs1004467	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=0.238;SC=GTCAGGGTCTACTAGAACCTG;SOR=0.340;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=6;WE=104594515;WS=104594497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr10	104595248	rs4919687	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=0.179;SC=GGAGAAGGCAGGTACCTGGCA;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=13;WE=104595256;WS=104595238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr10	104596924	rs6163	C	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=5;PP=265;SC=CCATACGAACCGAATAGATGG;SOR=1.352;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=104596932;WS=104596914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	104596981	rs6162	G	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=10;PP=572;SC=GCATATGGCCGTGTCTGGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=104596989;WS=104596971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	104597152	rs743572	A	G	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=618;SC=GATAGACAGCAGTGGAGTAGA;SOR=1.364;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=104597160;WS=104597142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	104629254	.	TCCTGAGTCGCAGGCCGAGGAGACAGTGAGTGCGCGC	T	304.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.07;QD=33.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	104629465	rs3740400	T	G	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=30;PP=1355;SC=TGTCCTCCCCTCACCCCTCGG;SOR=0.797;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=67;WE=104629473;WS=104629455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	104629793	rs3832685	G	GCTC	1431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=1450;SC=TGCAGTCACAGCTCTTCTCCC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=104629801;WS=104629783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	104634351	.	C	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=381;ReadPosRankSum=2.201;SC=TCTTTTAGATCAAACTGTGTT;SOR=0.813;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=27;WE=104634359;WS=104634341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr10	104634474	rs3740394	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CTGATGGGTTAAGTCTTGTTT;SOR=1.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=5;WE=104634482;WS=104634464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr10	104636655	rs3740393	G	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=-0.535;SC=TCTTTGTTATGTGGGGTCAAT;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=10;WE=104636663;WS=104636645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr10	104636855	rs3740392	T	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=325;ReadPosRankSum=-1.696;SC=AACTCCTTTCTGCTAATAGCC;SOR=0.821;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=28;WE=104636863;WS=104636845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr10	104638480	rs3740390	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=0.206;SC=GTGAAGTGCTCAGAAAGATAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=104638488;WS=104638470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr10	104638716	.	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.29;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr10	104638723	rs11191439	T	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.19;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr10	104660256	rs10748835	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=47;SC=TCTCTGTTCTGTGTAAGTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=104660264;WS=104660246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	104814125	.	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=1.756;SC=CACCGGGAACGAAAGCAAGAT;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=31;WE=104814133;WS=104814115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,50:0.32:154
chr10	104814162	rs2275271	T	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=43;PP=1232;SC=AGACAGACAGTGAGATGAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=84;WE=104814170;WS=104814152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	104835919	rs943037	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=313;ReadPosRankSum=-1.296;SC=GGATTGACGCCGTCACACCAA;SOR=0.684;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=29;WE=104835927;WS=104835909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,48:0.37:129
chr10	104836047	rs943036	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=208;ReadPosRankSum=0.431;SC=GTGAGTGCAGTGTGGCTGGAC;SOR=1.022;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=15;WE=104836055;WS=104836037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr10	104836853	rs35647154	C	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=392;ReadPosRankSum=-2.243;SC=GGTTGCCAGACGAGACAGCCA;SOR=0.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=27;WE=104836861;WS=104836843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr10	104849468	rs3740387	G	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=23.74;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr10	104850835	rs11191551	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=0.898;SC=TCTGTCACTCAGGCTGGAGTG;SOR=1.300;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=104850843;WS=104850825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr10	104851285	rs10883830	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=1.171;SC=TGATTCCTGAGTAAGTTTTTG;SOR=1.270;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=7;WE=104851293;WS=104851275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr10	104851301	rs17094683	G	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.707;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
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chr10	104854004	rs144721775	T	TA	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr10	104855656	rs1926030	T	C	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=27;PP=887;SC=AATGCATTCATTGTTATTAAA;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=104855678;WS=104855646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	104855670	rs1926029	G	A	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=2.388;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,56:0.71:79
chr10	104860395	rs2863727	T	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=8;PP=352;SC=AAATCTTGCCTGGCCTGGGAA;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=104860403;WS=104860385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	105108455	rs4917387	T	C	80.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ACAATTGTAATTTATATATTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=105108463;WS=105108445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	105110740	rs113359610	A	AGGAGGC	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.92;MQRankSum=0.663;NF=0;NR=4;PP=209;ReadPosRankSum=0.106;SC=GCGGGGAGACAGGAGGCGGAG;SOR=0.484;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=4;WE=105110748;WS=105110730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr10	105128134	rs10883859	T	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.335;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=608;ReadPosRankSum=0.784;SC=AGTGGCGGGCTCCGGAGCCCC;SOR=0.080;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=36;WE=105128142;WS=105128124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr10	105133368	.	C	CAT	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.083;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.550;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr10	105139624	.	C	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=514;ReadPosRankSum=-0.925;SC=AATTTTGACTCTCTTTTTCTT;SOR=0.487;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=38;WE=105139632;WS=105139614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr10	105144986	rs7069667	A	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=249;SC=ATAGTCAAATATATATAAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=105144994;WS=105144976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	105154089	rs7911488	A	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=286;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TCGATTGGCAACACAGACGAG;SOR=0.758;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=25;WE=105154097;WS=105154079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,32:0.27:119
chr10	105160383	.	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	105165615	rs7919031	G	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=9;PP=435;SC=TGTGGCTTAAGGTTTAATGTG;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=105165623;WS=105165605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	105173800	.	T	A	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=763;ReadPosRankSum=-0.059;SC=AGTGTAGAATTATTGACTACA;SOR=0.552;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=44;WE=105173808;WS=105173790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,65:0.68:96
chr10	105179214	rs3740382	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=0.202;SC=CAGTTCTGTCCTTCTCTGTGG;SOR=0.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=105179222;WS=105179204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr10	105191755	rs80307802	C	CAA	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=108;ReadPosRankSum=0.711;SC=AGGAGAGAAACGGCCTTGGAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=105191763;WS=105191745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	105194086	rs2986014	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.602;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr10	105201565	rs2281861	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=284;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TTTCTTTAGCGCCTCTGTGTT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=8;WE=105201585;WS=105201555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr10	105201577	rs2281860	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=284;ReadPosRankSum=1.001;SC=CTCTGTGTTCCTCCAGGAGAA;SOR=1.258;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=8;WE=105201585;WS=105201555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr10	105205176	rs144121362	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=-2.375;SC=TTGGCCCCCAAGAGAATGAAG;SOR=0.601;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=22;WE=105205184;WS=105205166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr10	105205302	rs7831	A	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GTGCTAGAGGACTAGTGGCAG;SOR=0.520;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=16;WE=105205310;WS=105205292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr10	105206874	rs6580	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=152;ReadPosRankSum=2.493;SC=TGGGACCAAGTAGTGCCATTT;SOR=0.399;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=12;WE=105206882;WS=105206864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr10	105215016	rs2986016	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=1.389;SC=AGCTGGCCACACCTCACACTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=10;WE=105215024;WS=105215006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr10	105218252	rs2986017	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,42:0.24:178
chr10	105218359	rs2986018	T	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=2.026;SC=CGCTGTAGGCTGCATTGTAGC;SOR=0.729;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=36;WE=105218367;WS=105218349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,55:0.40:137
chr10	105233110	rs2986035	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=190;ReadPosRankSum=1.643;SC=AGGAGGCGGTCCACCTGCTCC;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=16;WE=105233118;WS=105233100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr10	105254090	rs2986041	G	T	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=18;PP=861;SC=GCACCTCAGCGCCTGCCCGGC;SOR=1.162;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=49;WE=105254098;WS=105254080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	105330947	rs12253987	T	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=1.509;SC=CTCTGGACTCTGCCCCTCAGC;SOR=1.698;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=8;WE=105330955;WS=105330937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr10	105344756	rs2236209	T	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=531;ReadPosRankSum=1.196;SC=CCGACCTGCCTTTCAGCCCTG;SOR=0.565;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=30;WE=105344764;WS=105344746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,62:0.62:100
chr10	105349161	rs2236210	G	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.592;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=665;ReadPosRankSum=1.247;SC=TCTTGGCCCTGTGGCTGGGCT;SOR=1.519;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=41;WE=105349169;WS=105349151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,46:0.61:76
chr10	105361672	rs201542822	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=258;ReadPosRankSum=0.172;SC=GGTTCCTCTCCAGAACCTCCA;SOR=0.633;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=20;WE=105361680;WS=105361662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,39:0.36:109
chr10	105361816	rs4918031	T	G	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=27;PP=1063;SC=GGGACACGGGTATGCTGTTGC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=105361824;WS=105361806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	105361884	rs74661743	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=0.415;SC=TCGGCCAGGCGGCCCTTGGCC;SOR=1.121;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=13;WE=105361892;WS=105361874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr10	105362104	rs11191741	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=390;ReadPosRankSum=-0.148;SC=AGGTCTTGCCGAAGCCCCCGG;SOR=1.282;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=29;WE=105362112;WS=105362094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,37:0.28:134
chr10	105362209	rs4917396	T	C	5706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=52;PP=2965;SC=GGCTGTCTGATTTGCCTTCGT;SOR=1.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=98;TCR=52;TR=149;WE=105362217;WS=105362199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr10	105365386	rs7088714	A	G	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=176;SC=AGTTTAGGCCATGGCACTGGC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=105365394;WS=105365376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	105365517	rs117387787	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,23:0.24:96
chr10	105428453	rs10533306	CAG	C	7788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=67;PP=2982;SC=AGAGGAGAACCAGAGAGAGAG;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=12;TCR=71;TR=78;WE=105428462;WS=105428443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr10	105561300	.	T	TACACACACAC	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=347;SC=TATGTCTAAATACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=105561308;WS=105561290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	105614884	rs4918064	A	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=7;PP=908;SC=TGGGAGGGGCAAGGGGCCATC;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=105614892;WS=105614874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	105615074	rs10883928	C	T	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,90:0.32:284
chr10	105615105	rs10883929	G	C	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=68;PP=1777;SC=TCCAGCTGCCGGGGTCCCGGG;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=111;WE=105615113;WS=105615095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	105657316	rs10786775	G	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=8;PP=608;SC=TTGGTCGGAGGAGGCACTGTG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=105657324;WS=105657306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	105657363	rs11191853	C	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=330;ReadPosRankSum=0.974;SC=GCAAAGACTCCACCATTTCCA;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=27;WE=105657371;WS=105657353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr10	105658588	rs2902639	G	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=-0.500;SC=AGCTGCTTCAGTTTTCTGCCG;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=105658596;WS=105658578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr10	105659826	rs2487999	T	C	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	105727656	rs67597452	AAG	A	1417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=18;PP=804;SC=TGTACAAGGTAAGAGGGGGAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=105727665;WS=105727646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	105768158	rs805664	A	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=16;PP=442;SC=CTTTTTTTTTAAAAAAATTGT;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=105768166;WS=105768148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	105781532	rs10883961	C	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=21;PP=752;SC=TGTGTGTACTCGTCCGTCTAC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=105781540;WS=105781522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	105792205	rs813943	A	C	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=21;PP=767;SC=GCCCCATTTCAACACCAGCTT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=105792213;WS=105792195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	105793173	rs1747675	T	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=384;SC=AGCAGGGATCTCCCAGTACCC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=105793181;WS=105793163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	105796399	rs2274098	G	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=743;SC=CCCTGGAGAGGAGAGGATGCA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=105796407;WS=105796389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	105796449	rs2476957	A	G	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=426;SC=CGCAGCCATGATCCAGCCACA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=105796457;WS=105796439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	105796738	rs805714	A	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=CAAGGTTTGCATGACGAGTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=105796746;WS=105796728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	105796819	rs2476958	A	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=189;SC=GCACAGCCAGAATGTCTTCAG;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=105796827;WS=105796809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	105797378	rs2282437	G	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=470;SC=GGTGCAGGGCGTGGGGAAGGG;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=105797386;WS=105797368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	105797693	rs61382109	TA	T	339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=361;SC=GTCCTTCCCCTAAATTACAGA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=105797701;WS=105797683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	105797989	rs200030951	TACACACACACACACACACAC	T	253.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=0.493;QD=25.39;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	105798872	rs2274100	T	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=36;PP=845;SC=CTGGAACACCTGGATCACCTG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=105798880;WS=105798862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	105799216	rs2296219	G	T	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=281;SC=TGTCACCTTTGGGTCCCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=105799224;WS=105799206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	105799548	.	ACACACG	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr10	105799552	rs67083195	ACG	A	299.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=9;PP=609;ReadPosRankSum=0.893;SC=ACACACACACACGCACACGCA;SOR=1.022;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=19;WS=105799538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	105799599	rs11191905	C	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=8;PP=586;SC=TCAACCATTCCTAGAGAAACA;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=105799607;WS=105799589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	105801056	.	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=188;ReadPosRankSum=1.673;SC=AAGCTCGGCTCTCACCTGGTG;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=17;WE=105801064;WS=105801046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr10	105801253	rs4918079	G	A	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=32;PP=1047;SC=CTGGTGGCCCGCGTGGGCCGG;SOR=0.883;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=58;WE=105801261;WS=105801243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	105803080	rs2147269	A	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=281;SC=GTGAAGTAGGATAACTGATCT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=105803088;WS=105803070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	105805310	rs805719	G	A	56.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=18.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,3:1.00:3
chr10	105805329	.	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=2.369;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr10	105805436	rs805720	G	A	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=11;PP=452;SC=TGGCCAGAGAGAGGCCTCCTC;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=28;WE=105805444;WS=105805426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	105805497	rs813944	C	T	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	105806310	rs805721	C	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	105810400	rs805722	T	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=7;PP=400;SC=GGTGGTCCCATTGGTCCTTTG;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=105810408;WS=105810390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	105810433	.	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GAAATGGACACCTTGGTGTAA;SOR=1.835;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=8;WE=105810441;WS=105810423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr10	105810879	rs805723	C	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=600;SC=AACACATTGTCGAGTCTTGGC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=105810887;WS=105810869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	105814826	rs805691	C	A	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=19;PP=567;SC=CCATACTCTGCCTTGTATTTT;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=105814834;WS=105814816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	105814937	rs805692	C	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=8;PP=465;SC=CATTGCTGGGCTTCTCTTAGA;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=105814945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	105815241	.	A	C	333	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=118;MMLQ=22;MQ=59.62;NF=3;NR=12;PP=333;QD=24.5180808365;SC=CACACACACAATAAGGGGATC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=105815249;WS=105815231;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	105816685	rs805696	T	C	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=39;SC=GCAGTGGGGCTGGCCTGCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=105816693;WS=105816675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	105816916	rs805698	C	T	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=29;PP=930;SC=CCACTGCTGCCGTAGCTGTGG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=105816924;WS=105816906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	105817043	rs805699	C	T	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=13;PP=344;SC=TGGGGGCTTTCAAGTTCCTGT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=105817051;WS=105817033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	105819956	rs805701	G	A	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=17;PP=668;SC=TCTCCTTCTTGGCAGGTGTGT;SOR=0.790;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=38;WE=105819964;WS=105819946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	105821136	rs805704	A	T	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=11;PP=323;SC=ACCAGCCTGAACCCTGGCAGC;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=105821144;WS=105821126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	105821294	rs805705	A	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=9;PP=238;SC=GAGAAGCCTGATCAGCCCTGG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=105821302;WS=105821284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	105821820	.	G	A	54.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=1.150;SC=TGATGCTGTTGACAGGACAGC;SOR=2.788;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=105821828;WS=105821810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	105821836	rs805706	C	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=106;SC=ACAGCCTTCCCTGTGTGCTTG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=105821844;WS=105821826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	105824333	rs805708	G	A	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=14;PP=552;SC=ATCCAGGATCGTTGCATCGTA;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=105824341;WS=105824323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	105837000	rs2274106	A	G	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=115;SC=GCTGCCCAATAGCTGTGTGTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=105837008;WS=105836990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr10	105945985	rs479879	A	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=1.171;SC=TGTAAATAAAATGATATGGCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=4;WE=105945993;WS=105945975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
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chr10	105967413	rs17824653	A	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr10	105991884	rs789577	T	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=10;PP=398;SC=AGGAGGGGACTTGGGGCAGGA;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=105991892;WS=105991874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	106037894	rs157077	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.127;SC=ATTTAAAAAGTCACTCACACT;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=106037902;WS=106037884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	106075525	.	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.619;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=708;ReadPosRankSum=1.567;SC=TCAGGAAGAGGATCATGCAGA;SOR=0.332;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=48;WE=106075533;WS=106075515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,88:0.70:126
chr10	106116433	.	A	AT	68	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=68;QD=19.25;SC=TTTTTCTGAGATTTTTTTTTT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=106116441;WS=106116423;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	106142008	rs78709826	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-1.227;SC=CATATTCCACCGGCCAACCAA;SOR=0.527;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=12;WE=106142016;WS=106141998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr10	106152111	rs11192036	T	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=0.677;SC=AGCTGTGAGATCAGACAGAAA;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=7;WE=106152119;WS=106152101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr10	106159305	rs10509772	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=1.276;SC=AACAGACACGGGTATTTAATT;SOR=1.300;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=5;WE=106159313;WS=106159295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr10	106166570	rs10786792	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
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chr10	106207451	rs12766595	A	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=1.162;SC=TCTGCTCTCCACTAGGAAAAG;SOR=0.866;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=8;WE=106207459;WS=106207441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr10	106581721	.	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=0.950;SC=AACCTTGAATGAAACTTCAAG;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=21;WE=106581729;WS=106581711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr10	106581954	.	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=1.013;SC=GGCCTTAATTCCCAAGCACAC;SOR=0.223;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=106581962;WS=106581944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	106582029	rs1490182	C	T	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=76;SC=GAAGGACTGCCGTGTCCCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=106582037;WS=106582019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	106602362	rs10884052	G	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CAGTTACAGGGATGCATTAAA;SOR=0.399;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=106602370;WS=106602352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	106602496	rs5787553	C	CT	2029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=20;PP=1055;SC=AGTAAGCTTCCTTTTTTCCCT;SOR=0.934;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=33;WE=106602504;WS=106602486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	106675585	rs6584635	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=244;ReadPosRankSum=1.154;SC=TCTCTTTTACCTGCAGGTCGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=18;WE=106675593;WS=106675575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr10	106865381	rs17118359	G	A	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=74;SC=GTGGAGTTGAGACACTGTCCC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=106865389;WS=106865371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	106907440	rs791125	C	T	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=19;PP=776;SC=GGAACCAGAACGACACGTACA;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=106907448;WS=106907430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	106907586	rs791126	C	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=21;PP=657;SC=TCCCTTGGGTCTGTCTCTCTT;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=106907594;WS=106907576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr10	106938008	.	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGATTTTTCCCAGGGAACCC;SOR=0.784;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=12;WE=106938016;WS=106937998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr10	106959744	.	C	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,25:0.25:101
chr10	106961109	rs2306652	G	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=1.068;SC=GAAGCATGACGCAGAGATAGG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=106961117;WS=106961099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	106970848	rs3214966	AG	A	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=605;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CGGTTATTTTAGCGTTTGTAC;SOR=1.218;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=16;WE=106970856;WS=106970838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr10	106974122	.	T	TG,TGACACA	1516.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=1246;ReadPosRankSum=0.363;SC=ATTCCCTTTATAACACACACA;SOR=0.653;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=27;WE=106974134;WS=106974112;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.42:130
chr10	106974123	.	A	ACACAC	1914.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chr10	106982898	.	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,40:0.32:125
chr10	107016778	.	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=0.703;SC=GCAAGAATGTGATTTTTAATT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=107016786;WS=107016768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	108371571	rs137930414	A	AGTTT	845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.645;NF=3;NR=5;PP=288;ReadPosRankSum=-0.510;SC=CTGCTGGGTTAGTTTGTTTGT;SOR=0.813;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=8;WE=108371579;WS=108371561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr10	108371624	.	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=313;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TTCAAGGACAGAGAGAAAAGG;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=25;WE=108371632;WS=108371614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr10	108380213	rs4917481	G	A	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=432;ReadPosRankSum=-1.301;SC=ACCACCACACGTAAGTGAGGG;SOR=0.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=38;WE=108380221;WS=108380203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,70:0.39:181
chr10	108388923	rs1885351	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=481;ReadPosRankSum=-1.850;SC=ACACAATATTTAAGATAGGTC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=28;WE=108388931;WS=108388913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr10	108389249	rs1322004	T	C	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=127;SC=TCAGGCATGATGGCAGCCCTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=108389257;WS=108389239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	108437181	rs41291862	T	C	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=980;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GGAAAACACATACATGGACAC;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=61;WE=108437189;WS=108437171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,141:0.72:195
chr10	108439103	rs821929	A	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.474;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr10	108447836	rs821935	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr10	108466412	rs2756231	C	T	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=38;PP=967;SC=AAAAACAAGACTGTAAGAAGC;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=108466420;WS=108466402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	108469161	rs2756232	C	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr10	108536529	rs12247152	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=1.937;SC=ATTAGCTAATTTTTGACAAGG;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=108536537;WS=108536519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr10	108923704	rs2993097	A	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,81:0.36:227
chr10	111440605	rs7898586	A	G	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=36;NR=23;PP=1214;SC=TTCATTACAGAAAGAGATTAG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=111440613;WS=111440595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	111440719	rs7915504	T	A	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=40;PP=1505;SC=TCTAGTCACTTGTAAACAATG;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=111440727;WS=111440709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	111625108	rs483072	T	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=228;SC=TATTCACCACTACATCTTTAA;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=111625116;WS=111625098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	111630731	rs612155	G	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=20;PP=642;SC=ATTATGTGTGGCTCCAGAACG;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=31;WE=111630739;WS=111630721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	111633025	rs642938	A	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=189;SC=TTACTACCCCACATGTAATTT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=111633033;WS=111633015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	111640493	rs145792665	C	CAGAG	784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=664;ReadPosRankSum=-0.701;SC=GGCTGAGGCTCAGAGAGATTC;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=12;WE=111640501;WS=111640483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr10	111646147	rs623980	A	G	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=37;PP=1114;SC=CCCAGAAAGCAGTAGGAACCC;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=111646155;WS=111646137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	111647738	rs472049	C	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=3;PP=190;SC=GAGGACGAGGCTGGAGACAAT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=111647746;WS=111647728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	111652610	rs3737153	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.149;SC=CTTGGGGAGCAGGGAAAGACT;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=8;WE=111652618;WS=111652600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr10	111667664	rs944969	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=-0.197;SC=AAGTGCCTTCTACGTTCTGCC;SOR=0.495;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=111667672;WS=111667654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr10	111667702	rs686155	T	C	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=53;SC=TTCAAATTGATCACTCCACCA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=111667710;WS=111667692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	111683280	rs145751207	CGGCG	C	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=9;PP=485;SC=GCGCGAGAGCCGGCGGGCGGG;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=111683291;WS=111683270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	111706856	rs12569906	A	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.253;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=516;ReadPosRankSum=-2.162;SC=TGTATTTCCTAAAGCATTCCT;SOR=0.271;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=31;WE=111706864;WS=111706846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr10	111711658	rs12257668	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	111886089	rs3731566	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr10	112044553	rs5787843	G	GTTC	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr10	112044842	rs16448	TAAAAC	T	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=303;ReadPosRankSum=-2.526;SC=GTCTCCTCTTTAAAACAAAAC;SOR=0.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=112044854;WS=112044832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr10	112054908	rs7074311	C	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	112266822	rs1889566	GC	AT	8138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=50;PP=2947;SC=CGAGGCCTGCGCGACCCACCT;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=98;WE=112266831;WS=112266812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	112327678	rs55750861	C	CA	1337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=38.22;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	112328838	rs4917577	C	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=229;SC=CTGTCCATTTCTATATTGGCT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=112328846;WS=112328828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	112337693	rs11195194	T	A	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TTCTTTTTTTTAAAAAAACTG;SOR=0.495;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=5;WE=112337701;WS=112337683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr10	112341636	rs2275570	A	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-1.192;SC=ATATTACATAAAAATCTTATT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=112341644;WS=112341626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr10	112343591	rs11195199	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=0.399;SC=TTTTTACTTTGTTTACAGAAA;SOR=1.426;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=112343599;WS=112343581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr10	112343923	rs11195200	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=1.564;SC=TCATCCCATTTGCTTCTATTT;SOR=0.839;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=8;WE=112343931;WS=112343913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr10	112349204	rs2419572	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=140;ReadPosRankSum=0.254;SC=TTAAGACAATAAACACGTTTA;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=12;WE=112349212;WS=112349194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr10	112349879	rs3737294	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-0.651;SC=ATTATCTTCTAAATATGAAAT;SOR=0.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=11;WE=112349887;WS=112349869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr10	112356331	rs7075340	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=322;SC=TTTGTGCATAGTGATAGATAT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=112356339;WS=112356321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	112360105	rs3737292	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.135;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr10	112360315	rs35608195	GT	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr10	112360936	rs11195213	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.589;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	112361870	rs2419565	A	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.26;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	112362019	rs2039874	G	T	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=73;SC=TTTTAAAGCTGTTTTCCTCAT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=112362027;WS=112362009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	112541456	.	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.844;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,41:0.25:165
chr10	112543217	rs6585012	G	A	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=9;PP=233;SC=AGGCTCATGCGTAGGCTCAAC;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=112543225;WS=112543207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	112544344	rs7073950	C	T	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=4;PP=192;SC=TGCATTGGGCCTGCTGTCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=112544352;WS=112544334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	112544655	rs7077757	C	T	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=39;PP=1100;SC=ACTGTGAGTACGGAAACATTT;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=112544663;WS=112544645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	112559755	rs34408350	C	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=675;ReadPosRankSum=1.394;SC=CTGACCTAAACGCTGGTGGAA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=53;WE=112559763;WS=112559745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,70:0.65:108
chr10	112570243	rs11195338	T	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	112572458	rs1417635	G	C	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=73;PP=2030;SC=AAAGCCAAGTGGGACAAGTAT;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=128;WE=112572466;WS=112572448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr10	112579663	rs11195343	C	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=235;SC=ATCTATAAAACGAAGATGCTG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=112579671;WS=112579657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	112583189	rs202034773	CTTTTTTTTTTTTT	C	1240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;QD=38.77;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	112590810	rs7070640	G	C	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	112595719	rs942077	G	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=586;SC=GCCACGCTTCGAAAGGAAAAA;SOR=1.414;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=112595727;WS=112595709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	112641053	rs7081726	A	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	112650529	.	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AAATTAAGTTCGGTCTTACAG;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=112650537;WS=112650519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	112655926	.	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-1.501;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	112667273	rs34559519	G	GA	108.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.123;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr10	112764594	rs1980869	T	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=291;SC=ATTGCTTTAATTGGTACTTCC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=112764602;WS=112764584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	112839055	.	G	A	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=577;ReadPosRankSum=0.623;SC=TACTGCAACAGCTCGTTGAAC;SOR=0.572;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=47;WE=112839063;WS=112839045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,80:0.43:184
chr10	113913193	rs17129557	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=547;SC=AGGAGATCACTTCGGGACAGG;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=27;WE=113913201;WS=113913183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	113913222	rs2297991	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=11;PP=553;SC=GACCCTGCGATGGCACCTTCA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=113913230;WS=113913212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	113913469	rs3216019	TA	T	216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=19.70;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	113915574	.	C	CAA	40	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=0.9998;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=40;QD=22.0;SC=TTCTGAAATCCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=113915582;WS=113915564;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr10	113917085	rs2254537	T	A	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=45;PP=1627;SC=ACAAAGGTTCTGGAAGCTTCT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=86;WE=113917093;WS=113917075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	113918232	rs17129561	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=283;SC=GTACAAGGTAGCTGCCAAAGC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=113918240;WS=113918222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	113919598	rs3740148	C	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=202;SC=AACAGAAAAACACGGGGGGTT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=113919606;WS=113919588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	113921354	rs2250802	G	A	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=378;SC=CTGCCCCTGAGTATGTATCTG;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=113921362;WS=113921344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	113926193	.	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=2.714;SC=AATCCACTCGGACACAACCAT;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=36;WE=113926201;WS=113926183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,55:0.28:193
chr10	113932699	rs2792700	T	C	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=14;PP=872;SC=GAGGGGAAAATGGGGTAATAG;SOR=1.259;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=48;WE=113932707;WS=113932689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	113937941	rs2487294	G	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=46;SC=AAAATCTTAGGGAAGAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=113937949;WS=113937931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	113940329	rs2792751	T	C	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=49;PP=1208;SC=GATCTGAAGATGGTGGGTCTA;SOR=1.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=113940337;WS=113940319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	114046222	.	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TGCTTCCTCGGGATTCAGTCT;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=114046230;WS=114046212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	114053546	rs726009	C	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=369;ReadPosRankSum=0.034;SC=TGGAGGCATCCGAAATCGGTT;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=25;WE=114053554;WS=114053536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr10	114059330	rs11279253	TCTCTGTTTTC	T	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.871;QD=6.09;ReadPosRankSum=-2.425;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr10	114061979	rs10749114	G	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=325;SC=CTTTGGCCCCGGCAAAACTTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=114061987;WS=114061969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	114136349	rs2277208	G	C	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=86;SC=ACATCATGCTGTCTCCCTCCT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=114136357;WS=114136339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	114154752	rs146605626	G	A	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=918;ReadPosRankSum=1.687;SC=CGACCCCGGCGTTGATCTGCA;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=69;WE=114154760;WS=114154742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,114:0.63:180
chr10	114164391	.	G	A	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=6.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.50;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr10	114171385	rs3831106	T	TAC	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=0.284;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	114171599	rs876873	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=73;ReadPosRankSum=-1.271;SC=AAAATCTCCATTGGAATTGAA;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=7;WE=114171607;WS=114171589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	114181208	rs10885347	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=0.314;SC=CATGAGCCACCGCCCCCTCCA;SOR=0.678;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=7;WE=114181216;WS=114181198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr10	114181683	rs2255740	A	G	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=22;PP=775;SC=TTTCTCAGCTAATTCAGCACG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=114181691;WS=114181673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	114185353	.	TA	T	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.142;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	114185856	rs34341101	T	TG	697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=0;PP=816;SC=TACAGTTCCATGGTGTTGAAA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=114185864;WS=114185846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	114186624	rs2256368	G	A	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=20;PP=616;SC=ACAGGTGTGTGCTACCACTGA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=37;WE=114186632;WS=114186614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	114192285	rs2306158	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=347;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CGAACCTGTCGTCAGTGATCA;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=23;WE=114192293;WS=114192275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr10	114193060	rs11421522	G	GA	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=0.660;SC=GAAATAAAAAGAAAAAAATGA;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=114193068;WS=114193050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr10	114197982	rs3736059	A	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=73;SC=TTTCACTTTTAGGCACTTTTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=114197990;WS=114197972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	114200355	rs2306159	G	A	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=30;PP=1271;SC=AGGCAAACAAGGTGGTAGCAA;SOR=0.946;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=73;WE=114200363;WS=114200345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	114202219	rs11195961	C	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=259;SC=CCATGAGCTACGAGAGAATTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=114202227;WS=114202209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	114203292	.	G	A	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=1.367;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr10	114224502	rs3740143	C	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-0.928;SC=AATGCACAGTCTTTTGGGCTC;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=17;WE=114224510;WS=114224492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr10	114889837	rs34096467	TC	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CTATGCTTTTTCCCCCCCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=114889845;WS=114889827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	114910667	rs113579124	G	GT	744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.811;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr10	115312811	rs2240879	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CTGACATTTTTCCCCCCTAAA;SOR=0.883;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=11;WE=115312819;WS=115312801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr10	115327193	rs2286745	A	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=386;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GCTAAGGAGCACGCCCGGCAG;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=31;WE=115327201;WS=115327183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr10	115327399	rs2419837	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.842;SC=AACTGGTTCCAGGTTGTCACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=115327407;WS=115327389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	115334124	rs3740530	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CACTTACCCACGCTGAGAATC;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=34;WE=115334132;WS=115334114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr10	115335843	rs911709	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	115343125	.	C	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=0.866;SC=TTGGCAAGTTCCTCTTTCATG;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=19;WE=115343133;WS=115343115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr10	115349397	rs11196388	AG	A	743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=8;PP=551;SC=CTTGCAAGCCAGGGGTGGCTT;SOR=1.426;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=15;WE=115349405;WS=115349387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	115370113	rs11333099	TA	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.157;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr10	115373851	rs2419850	T	C	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=534;SC=CCAATACCCATGTCCAGAAGG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=115373859;WS=115373841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	115375528	rs11196397	C	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr10	115386088	rs3127087	C	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=323;ReadPosRankSum=0.059;SC=TTCCAGTGAACTTGATTTAGT;SOR=1.316;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=20;WE=115386096;WS=115386078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr10	115388944	rs2286740	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=1.002;SC=GTACAGCCACCGGGCCCACCT;SOR=0.165;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=8;WE=115388952;WS=115388934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr10	115389356	rs2286736	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr10	115389366	rs2286735	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=1.224;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr10	115393929	rs3189030	G	A	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=571;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GTCAGTCACCGAGCTGTACTT;SOR=0.773;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=36;WE=115393937;WS=115393919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr10	115400958	rs1539592	C	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=236;SC=TCTTACCTAGCCTTGGTTGTA;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=115400980;WS=115400948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	115400972	rs1539593	G	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=295;SC=GGTTGTATCCGCTAACATTTA;SOR=2.419;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=115400980;WS=115400948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	115401031	rs5788038	AT	A	1020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=346;SC=TAGAAGACAGATTTTTTTTTA;SOR=1.179;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=16;WE=115401039;WS=115401021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	115401081	rs3127105	T	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=20;PP=739;SC=CTTCATGCCCTGCCCCACTCC;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=115401089;WS=115401071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	115401264	rs3121465	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=21;PP=549;SC=CAACCAAAGCATTCCCTTCAC;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=115401272;WS=115401254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr10	115405615	rs3127106	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=11;PP=367;SC=GCTCTGAGCCTGTTTGAGAAC;SOR=1.005;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=115405623;WS=115405605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	115405664	rs3121478	C	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	115405703	rs35741231	G	GAA	737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;QD=24.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	115405791	rs3121479	A	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=9;PP=194;SC=CTTAATGTCAACATTTACTTA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=115405799;WS=115405781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	115406485	rs3121483	C	T	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=122;SC=GCTATGCTGGCTGTCCGTGTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=115406493;WS=115406479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	115410234	rs2185913	T	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=419;ReadPosRankSum=-2.004;SC=GGCTATCTGATAGGCGGGTGT;SOR=0.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=29;WE=115410242;WS=115410224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr10	115411614	rs2154028	A	G	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=23;PP=802;SC=AGGAGTATCCACCACCGTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=115411622;WS=115411604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	115412686	rs3121488	G	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=5;PP=345;SC=AAGCACCCAGGCACTCACTTG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=115412694;WS=115412676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	115414000	rs41310310	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr10	115417289	rs1891762	G	A	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=44;PP=1557;SC=TCATGTCCCAGTGAAAAACTG;SOR=0.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=91;WE=115417297;WS=115417279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	115422986	rs41302719	G	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-0.608;SC=GGATACAAGGGAACACTTTGG;SOR=0.593;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=6;WE=115422994;WS=115422976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	115423094	rs12770981	G	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr10	115423747	rs1109927	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=169;ReadPosRankSum=1.265;SC=TAAAATTCCTGTGGGCACCTC;SOR=1.317;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=14;WE=115423755;WS=115423737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr10	115439530	rs28411397	G	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.393;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	115439569	rs7921977	C	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=10;PP=352;SC=GAGCGCACTACCCCGAGCCAG;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=115439577;WS=115439559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	115451781	rs12358524	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.491;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr10	115480960	.	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=477;ReadPosRankSum=-1.232;SC=ATCTTTCCGGTTCCCTTTCAT;SOR=2.115;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=22;WE=115480968;WS=115480950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr10	115481018	rs3814231	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CTGCACCTACCTACTGTGGCA;SOR=1.445;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=13;WE=115481026;WS=115481008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr10	115489152	rs2227310	C	G	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=889;ReadPosRankSum=2.679;SC=ACGGAAAAGACCTGGAAATCA;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=54;WE=115489160;WS=115489142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,81:0.64:127
chr10	115489167	rs2227309	G	A	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=930;ReadPosRankSum=-0.087;SC=AAATCATGCAGATCCTCACCA;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=62;WE=115489175;WS=115489157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,93:0.65:142
chr10	115515120	rs3981351	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=223;ReadPosRankSum=1.058;SC=AATGCCCCACGGTTTCCTTCA;SOR=0.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=17;WE=115515128;WS=115515110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr10	115525175	rs4631835	T	C	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	115526177	rs10885500	A	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=514;ReadPosRankSum=-1.619;SC=TAGGCAAACAATTTACATTTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=31;WE=115526185;WS=115526167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr10	115528428	rs10885501	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.806;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr10	115533975	rs3750903	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=156;ReadPosRankSum=0.179;SC=ATCTATTCCTTTTATCTGCAG;SOR=0.929;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=12;WE=115533983;WS=115533965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr10	115534200	rs3750902	G	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=-0.742;SC=AACATTACCAGAGACCAGTTT;SOR=0.986;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=4;WE=115534208;WS=115534190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr10	115535426	rs7899829	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=0.513;SC=CCTGGACAATGTCATCTCAGA;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=4;WE=115535434;WS=115535416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr10	115537960	rs2900990	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr10	115540311	rs11196482	T	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=181;ReadPosRankSum=-1.904;SC=GAAGCAACAATCTTAAAGATA;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=14;WE=115540319;WS=115540301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr10	115540411	rs11196483	T	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=0.882;SC=CATTCCATGCTGCATCCTGTA;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=30;WE=115540419;WS=115540401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr10	115609218	.	G	A	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=597;ReadPosRankSum=-0.129;SC=CTTGGTAGAAGGATGTCTTGC;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=37;WE=115609226;WS=115609208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,55:0.67:82
chr10	115609915	rs3750898	C	G	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=37;PP=1327;SC=TGTGAATCATCCGGTTTTTCA;SOR=1.044;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=64;WE=115609923;WS=115609905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	115618246	rs2301180	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=11;PP=822;SC=AAATTTTATCTTTCTCTTTAA;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=115618254;WS=115618236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	115644040	rs7913176	G	A	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	115675025	rs7895609	G	A	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=32;PP=867;SC=TTCCCTACCTGTACAAGCAGC;SOR=1.164;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=115675033;WS=115675015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	115805056	rs1801253	G	C	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=524;ReadPosRankSum=1.111;SC=GGCCTTCCAGGGACTGCTCTG;SOR=0.583;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=149;TCF=62;TCR=87;TR=53;WE=115805064;WS=115805046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,87:0.39:225
chr10	115889872	rs606682	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=-1.133;SC=GCAGAGGGCTATGTCATTCAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=115889880;WS=115889862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr10	115896890	.	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=-1.350;SC=AAGAAAAAGAGAGAACTGATA;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=3;WE=115896898;WS=115896880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr10	115904185	rs71303586	A	AC	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.020;NF=5;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-1.202;SC=CGTCTCAAAAAAAAAACAAAA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=115904193;WS=115904175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	115910928	rs7095762	G	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr10	115917162	.	GC	G	87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.83;NF=3;NR=1;PP=87;QD=34.0077249675;SC=TGTTGCCCAGGCTGGTCTCAA;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=115917170;WS=115917152;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	115922492	rs12782946	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr10	115922774	rs1061159	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=165;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TTCTGAGCCTGTGTCTGTTTT;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=12;WE=115922782;WS=115922764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr10	115963126	rs11313522	CT	C	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr10	115963813	rs10885537	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-1.465;SC=AGCAGAGTACCATTATATTTC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=115963821;WS=115963803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	115973032	.	TG	T	160	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=160;QD=63.6666666667;SC=AAGTTTACCTTGGGGGAAATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=115973048;WS=115973022;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr10	115973040	.	A	G	156	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=156;QD=47.6928031368;SC=CTTGGGGGAAATTAGGAGCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=115973048;WS=115973022;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr10	115973154	.	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=-0.881;SC=TTTGTCTCATGAAAAAACTTG;SOR=0.997;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=12;WE=115973162;WS=115973144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr10	115980324	rs35826066	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=1.105;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr10	115985784	rs34291959	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.287;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr10	115986065	rs12265237	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-2.147;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr10	115991124	rs34511189	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr10	115991227	rs66725970	AT	A	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=0.382;SC=ATGATAGTTGATTTTTTTTCT;SOR=0.730;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=8;WE=115991235;WS=115991217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr10	116008331	rs71484935	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TTTCTAGTTATTGTGGTGAGG;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=116008339;WS=116008321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr10	116008497	rs9664945	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,37:0.26:142
chr10	116013312	rs74497758	C	A	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.531;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
chr10	116013316	.	G	A	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.330;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,36:0.31:116
chr10	116020974	rs71484937	C	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=315;ReadPosRankSum=0.604;SC=AGTTCAGTTCCACTCCTCATC;SOR=0.778;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=32;WE=116020982;WS=116020964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,47:0.38:123
chr10	116045796	rs79009215	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
chr10	116058933	rs1889450	G	A	135.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	116060194	rs3214266	A	AG	1971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=15;PP=1326;SC=CCTGCAGGGGAGGCCTGTACC;SOR=1.140;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=31;WE=116060202;WS=116060184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	116060387	rs2286396	T	C	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=39;PP=1572;SC=CCAGGTACACTCGGTCAGATT;SOR=0.838;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=85;WE=116060395;WS=116060377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	116068176	rs581327	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=9;PP=608;SC=TTCCCCTCCCAACCACATGAT;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=116068184;WS=116068166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	116073696	rs3813722	C	T	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=30;PP=1300;SC=CATTCATCGGCGTGATCTTCA;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=116073704;WS=116073686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	116075228	rs694883	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=196;SC=GAAACCTCTGAGGTCAGGGAC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=116075236;WS=116075218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	116075271	rs377755078	T	TCC	1121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=8;PP=682;SC=CCCTGCCCCTTCCCCAAGGAG;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=16;WE=116075279;WS=116075261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	116079505	rs10885547	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=303;ReadPosRankSum=-3.083;SC=AGACCCAGATGTGGCAACTCG;SOR=1.547;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=20;WE=116079513;WS=116079495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr10	116085784	rs74928179	C	CCCG	3128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=1349;ReadPosRankSum=1.615;SC=GAGATCTGGCCCAAGGTCAGG;SOR=0.881;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=29;WE=116085792;WS=116085774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,79:0.61:129
chr10	116091555	rs10787524	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CCTGAACTGATGCTTACCATC;SOR=0.645;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=20;WE=116091563;WS=116091545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr10	116091673	.	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GCAGCAAAAGGAAAAGGCTTC;SOR=0.105;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=116091681;WS=116091663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	116100320	rs4752395	T	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-2.399;SOR=0.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr10	116203906	rs72826956	A	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.331;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	116203974	rs10160093	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GTTTCTTTGTAGCAGATCCCA;SOR=2.030;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=116203982;WS=116203964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	116205267	rs6585279	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr10	116222749	rs7920878	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=2.058;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr10	116233824	rs11814528	C	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=346;SC=AAAAGAAACACTTATCACCTT;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=116233832;WS=116233814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	116251686	rs12784116	T	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=19;PP=476;SC=TGTCATGGATTCCAGAATCTT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=116251694;WS=116251676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	116251753	rs34507585	G	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=202;SC=AAAAATAATTGTCTAATTGAC;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=116251761;WS=116251743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	116373523	rs78694802	G	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=278;ReadPosRankSum=0.342;SC=ACACATTCTAGAACTACTCTC;SOR=0.301;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=17;WE=116373531;WS=116373513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr10	116527877	rs808293	C	A	85.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr10	116590452	rs113167197	T	C	79.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTCTTGGATTTGACTTATTTT;SOR=1.447;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=116590460;WS=116590442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr10	116593175	rs11196939	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr10	116596071	rs17095662	A	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr10	116602660	rs117288904	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=0.731;SC=AGTTATTGATGTGAATTTTAT;SOR=0.829;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=8;WE=116602668;WS=116602650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr10	116605103	rs2420069	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=-2.444;SC=CTTTGGACTTAGCAATTCTTC;SOR=0.743;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=12;WE=116605111;WS=116605093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr10	116606173	rs3834423	C	CT	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=199;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CTTTGAAATACGGTTTTAATG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=7;WE=116606181;WS=116606163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr10	116606364	.	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TTACAAAAACCCAATGAGCAC;SOR=1.140;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=116606372;WS=116606354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr10	116615045	rs3180654	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr10	116621154	rs34064819	C	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=1.140;SC=TGATCGGCTGCTATCTTGAAT;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=14;WE=116621162;WS=116621144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr10	116622339	rs41284358	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=0.046;SC=TAAATGTCCTATTTACATGTT;SOR=0.193;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=116622347;WS=116622329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr10	116659253	rs10885629	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr10	116697960	rs17092618	G	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=-1.729;SC=GCGCACTCTTGTTGCATCATC;SOR=1.017;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=17;WE=116697968;WS=116697950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr10	116719543	rs7099565	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=409;ReadPosRankSum=2.828;SC=TCTACGGGGAGGGTAACAGAA;SOR=0.656;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=25;WE=116719551;WS=116719533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr10	116730337	rs6585309	G	A	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=7;PP=240;SC=ATGTTAAAGTGAAGGTGAGAC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=116730345;WS=116730327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	116734069	rs6585312	G	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-2.440;SC=AATTTACTATGTCACTGTTAA;SOR=1.265;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=4;WE=116734077;WS=116734059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr10	116856543	rs1264777	T	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=139;SC=TCTTCTGTTTTCATTTGAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=116856551;WS=116856533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	116931101	rs3086141	C	CTT	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=618;SC=ATGTTTTTCTCTAATAAAATC;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=116931109;WS=116931091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	117075175	rs1953758	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=17;PP=467;SC=ATGCACCACAGTGAGATGGTT;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=117075183;WS=117075165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	117226880	rs17723399	T	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=1.501;SC=GACAGGATTATTTTGCTGTTA;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=117226888;WS=117226870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	117228794	rs10885721	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=2.437;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr10	117228946	rs12770375	C	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=46;SC=TTGACTAATACAAAAACATGC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=117228954;WS=117228936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	117278891	rs41310290	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr10	117278988	rs6421370	G	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=145;SC=TCCCACAGAGGAGAGGTAACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=117278996;WS=117278978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	117308880	rs1336109	A	G	159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=49;SC=ACTTATATATATATGTATTTG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=117308888;WS=117308870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	117309098	rs1336108	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=134;SC=CAAATATATGGATCTCTATTG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=117309106;WS=117309088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	117357169	rs11197326	G	A	318.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=1.248;SC=TGCAACCTCCGCATCCTGGGT;SOR=0.643;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=117357177;WS=117357159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr10	117486763	rs2254619	G	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=1.301;SC=TCCAGCAACTGCTTCGAGAAC;SOR=0.549;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=27;WE=117486771;WS=117486753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,37:0.30:122
chr10	117849353	rs2072276	T	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr10	117856145	rs2072275	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=0.916;SC=CTTCTCCCATCCTGCTTCTCT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=117856153;WS=117856135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr10	117856379	rs66851912	TGCACAC	T	277.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=418;ReadPosRankSum=0.071;SC=TGCCTTTTTCTGCACACGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=117856401;WS=117856369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	117856386	rs376047022	GCACACGCA	G	44.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=86;ReadPosRankSum=0.425;SC=TTCTGCACACGCACACGCACA;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=117856401;WS=117856369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr10	117884977	.	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TGCACGGGGTGATGTACGCCG;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=17;WE=117884985;WS=117884967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr10	117986207	rs7094346	G	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-0.032;SC=ATTTCTATTAGTACTACATTG;SOR=1.034;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=4;WE=117986215;WS=117986197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr10	117986398	.	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=0.750;SC=ATGTGCAGTTCACAAAAGGGT;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=10;WE=117986406;WS=117986388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr10	118030415	rs8192662	A	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.412;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,42:0.31:134
chr10	118031376	rs2532691	C	A	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	118031619	rs2577360	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.6265;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=0.480;SC=GGAGCTCAGCGTGCAGCGATC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=118031627;WS=118031609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	118084532	.	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=548;ReadPosRankSum=1.100;SC=AGATGAGCTTGGAGTCCCTGT;SOR=0.801;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=31;WE=118084540;WS=118084522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr10	118187399	rs10787669	T	G	95.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	118187405	rs10787670	T	C	95.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	118215150	rs34077637	C	CT	101.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	118231360	rs10736251	G	A	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	118231363	rs1897519	A	G	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	118231406	rs10749217	A	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=16;PP=512;SC=GCAGAGTGAGAAACTGACGCT;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=118231414;WS=118231396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	118313116	rs2915749	T	C	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=519;SC=TATGTAAATATACTTTATGAT;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=118313124;WS=118313106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	118313265	rs2915748	T	C	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=31;PP=943;SC=CACCTTCCAATGTGCATGTCA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=118313273;WS=118313255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	118351905	rs1867991	A	C	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=498;SC=CGAAAACATGAAGCACTTCTG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=118351913;WS=118351895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	118355695	rs2915765	A	T	3351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=30;PP=1327;ReadPosRankSum=0.472;SC=ACAGCAAAAAATGTCCTGAAA;SOR=0.819;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=147;TCF=91;TCR=56;TR=87;WE=118355703;WS=118355685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,157:0.64:246
chr10	118357490	rs2915764	C	T	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=39;PP=1373;SC=GCTGTGAGCACGCACAACTGT;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=118357498;WS=118357480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	118359548	rs3816355	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.135;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr10	118363642	rs3010501	T	C	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=14;PP=453;SC=ACCAGTACAGTATCTTCAGGT;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=118363650;WS=118363632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	118364818	rs2915754	G	T	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	118364842	rs2915753	A	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=200;SC=CTGGCATTGTATGGTAATTAG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=118364850;WS=118364832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	118368469	rs111591175	AAAACC	A	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.684;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr10	118380345	rs12415178	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TATGTGTTTACGATAAGTTAG;SOR=0.446;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=118380353;WS=118380335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	118380511	rs3010502	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=387;SC=GCCCCATGTGAGCAGGGGATT;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=118380519;WS=118380501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	118383463	rs56189579	A	AG	2280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=1150;SC=CTAGGAAAAGAGTCTGCTACG;SOR=0.826;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=25;WE=118383471;WS=118383453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	118387137	rs7092580	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=374;SC=TGCAAATAGGAAGCGGGGTCG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=118387160;WS=118387127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	118387282	rs11544712	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,14:0.19:72
chr10	118391063	rs10885995	C	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=0.838;SC=ACTGAGGATCCGAAAAATTAC;SOR=0.512;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=118391071;WS=118391053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	118394551	rs2286779	G	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-1.167;SC=TAGAACAGAAGAAAGAGATGT;SOR=0.974;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=8;WE=118394559;WS=118394541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr10	118396277	rs112820043	G	GT	140.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=5.707;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr10	118396278	rs11197776	G	T	311.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=5.252;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.330;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr10	118397884	rs4751995	A	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.80;ReadPosRankSum=1.772;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr10	118397894	rs4751996	A	G	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.45;ReadPosRankSum=1.264;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr10	118398046	rs7910135	C	A	279.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5565;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=1.579;SC=ATTATTCAAACTTGATTGAGT;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=10;WE=118398054;WS=118398036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr10	118401565	rs56012523	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=127;ReadPosRankSum=0.444;SC=AGTGATAGATCGCAATCATGT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=10;WE=118401573;WS=118401555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr10	118404620	rs2301179	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=-1.067;SC=AACGTGGTGCAGCTATTGCGG;SOR=0.670;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=25;WE=118404628;WS=118404610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr10	118404700	rs2301178	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=187;ReadPosRankSum=0.907;SC=TTCTGGGTTCGCATTTCAGAA;SOR=1.136;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=13;WE=118404708;WS=118404690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr10	118424216	rs10885999	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr10	118436068	rs2166634	G	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=283;ReadPosRankSum=0.512;SC=ACGATACCCAGGCTTATCTGC;SOR=0.972;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=23;WE=118436076;WS=118436058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr10	118451699	rs740595	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=9;PP=393;SC=AGGAAAGGGATGGCTCCTTGT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=118451707;WS=118451689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	118451810	rs733216	A	G	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=25;PP=1318;SC=ACCACCCTGGACATCTTGAGT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=65;WE=118451818;WS=118451800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	118452044	rs2240711	G	T	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=40;PP=1141;SC=GCCTCCTGTGGCTTCACTGAA;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=118452052;WS=118452034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	118452099	rs2240710	C	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=443;SC=GTTTCAGGGTCCCCCAAACTT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=118452107;WS=118452089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	118466662	rs144733258	GCGCACA	G	482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=40.23;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	118501765	rs3095121	A	C	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=3;PP=82;SC=GGTCCACCGGACCCCGGCCCC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=118501773;WS=118501755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	118620459	rs11197835	A	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=798;ReadPosRankSum=0.243;SC=ATATCGCTCTACTGAAGCACA;SOR=0.665;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=54;WE=118620467;WS=118620449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,78:0.69:113
chr10	118628036	rs1637571	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=3;PP=380;SC=GTGTGTGTGCGTGTATGTGTG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=118628044;WS=118628026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	118633548	rs1637574	A	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=13;PP=545;SC=TGAATTCATTATTTATCCCTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=118633556;WS=118633538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	118643670	rs2257791	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-3.720;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr10	118646129	rs2531685	G	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=26;PP=759;SC=AGAGAAAATAGTTGTCTCTGA;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=118646137;WS=118646119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	118661291	.	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=137;ReadPosRankSum=0.445;SC=CGTAACCTTGGAACTTGTGCA;SOR=0.945;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=12;WE=118661299;WS=118661281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr10	118667346	rs2531690	A	C	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=43;PP=1851;SC=TTGTCCACCAAGGCTAATAAT;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=115;WE=118667354;WS=118667336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	118708315	rs10595325	GAGA	G	797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=6;PP=520;SC=CACAATATAGGAGAAGATTTT;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=118708325;WS=118708305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	118897621	rs115988300	A	G	69.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=9.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	118960530	rs363306	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr10	118969346	rs363315	T	C	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1379;ReadPosRankSum=-1.942;SC=GTTTGAGAGATCTCATGCGCT;SOR=0.715;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=76;WE=118969354;WS=118969336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,97:0.68:143
chr10	119001151	rs2619094	A	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=286;SC=TGGGGGGTCCACGGCCGCCTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=119001159;WS=119001141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	119013080	rs2256299	T	G	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.76;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	119014023	rs2072362	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=312;SC=GTAAGGCCCCCGTGTAGGCAA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=119014031;WS=119014013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	119014931	rs363420	C	T	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=36;PP=1072;SC=TGCTGGCACGCGCTTGGGCCA;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=119014939;WS=119014921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	119014948	rs363343	C	A	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=37;PP=1056;SC=GCCACACCTGCTTTCTGAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=119014956;WS=119014938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	119026401	rs363266	T	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=349;SC=TTTCTGCCTTTGCTGTTACAA;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=119026409;WS=119026391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	119026566	rs363227	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=17;PP=649;SC=AGATGGCATTTGACAAGTGGG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=119026574;WS=119026556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	119027123	rs363228	C	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=101;SC=TCAAGACTTTCCGAGATGATT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=119027131;WS=119027113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	119027411	rs363271	G	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=218;SC=TCCGTGTAAAGACACCTGCTT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=119027419;WS=119027401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	119029744	rs363272	G	A	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=30;PP=1167;SC=ACCTCAATACGTAATGGATAA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=119029752;WS=119029734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	119042761	rs363293	C	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=18;PP=682;SC=CATTTGAAAGCTTAAATAGAC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=39;WE=119042769;WS=119042751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	119134615	rs115239541	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=0.049;SC=AAGCCCTCGCCCGCGCGGGCG;SOR=0.354;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=10;WE=119134623;WS=119134605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr10	119305411	.	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=1.300;SC=CATGAGCACGGAGCTCTGTGA;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=119305419;WS=119305401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr10	119307524	rs2240776	T	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=434;SC=AGGCACTTGATAGAAGGGTGC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=119307532;WS=119307514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	119768551	rs7923321	C	T	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=33;PP=1290;SC=ATGGTTCATACGGCACTCTGA;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=119768559;WS=119768541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	119793442	rs11198243	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=2.101;SC=GCTATTCCTCGTCAGGTGGGC;SOR=0.895;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=9;WE=119793450;WS=119793432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr10	119793629	rs2928118	C	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=127;SC=ACGCTACCACCGTACACAATT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=119793637;WS=119793619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	120070427	rs4751651	G	T	212.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
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chr10	120081948	rs853911	C	T	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	120095037	rs34302018	GA	G	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=0.150;SC=GCATTAGCACGACGAACAACC;SOR=0.474;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=3;WE=120095045;WS=120095027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr10	120353910	rs1613448	T	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=22;PP=919;SC=ACCACCACGATCACCACCAGC;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=120353918;WS=120353900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	120354109	rs8192521	G	T	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=579;ReadPosRankSum=-0.513;SC=GCTCCTGGGAGCCCCAGAACT;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=49;WE=120354117;WS=120354099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,57:0.41:138
chr10	120445794	rs752483	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr10	120460715	rs2274314	G	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=0.042;SC=TTCAGAAGATGTTAACATTGG;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=9;WE=120460723;WS=120460705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr10	120789515	.	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=5.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.133;SOR=1.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr10	120789605	.	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=186;ReadPosRankSum=-0.454;SC=GGCGCTGGGGCCGGCGCTGGG;SOR=0.907;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=17;WE=120789613;WS=120789595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr10	120803746	rs3740553	T	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=559;SC=TTTGTACTTATAACAATATGA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=120803754;WS=120803736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	120817450	rs10886375	A	G	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=12;PP=1113;SC=ATTTTTTAATAACTAAGATGC;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=120817458;WS=120817440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	120818609	rs6585524	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=193;SC=CTATAGGAAACATATCATAAA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=120818617;WS=120818599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	120820224	rs3740555	C	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=386;SC=GAGCACATAACATCACAAAAC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=120820232;WS=120820214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	120828969	rs7908387	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=3;PP=163;SC=TTTGCATCTCATCTTGTGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=120828977;WS=120828959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	120832872	rs1397616	T	C	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=AAACATCTACTTCAAAAGGAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=120832880;WS=120832862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	120864868	rs1511033	T	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=347;SC=AGCGCAATCATCGCTCTCTGC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=120864876;WS=120864858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	120883117	rs372448900	CT	C	758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.943;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,70:0.72:97
chr10	120896027	rs11198799	G	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=26;PP=925;SC=ACCTAGCACCGTTTTCAGAAG;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=120896035;WS=120896017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	120905940	.	C	CGTGT	424.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=0.425;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr10	120907173	rs150807690	T	TG	260.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=237;SC=TGTGTGTTTATGGGAAGGTTA;SOR=3.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=120907181;WS=120907163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	120907203	rs61874342	C	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=186;SC=CTTCTCCCCACCCTCCACCAG;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=120907211;WS=120907193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	120917269	rs2420494	A	T	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=10;PP=996;SC=AAAGTACTTAATTAGCAAATA;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=120917277;WS=120917259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	120919246	rs2181118	T	C	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=30;PP=978;SC=TCACCGTGGGTGCCATGAAAG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=120919254;WS=120919236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	120923780	.	C	CTTTT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=-0.566;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	120924874	rs933092	G	C	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=20;PP=657;SC=TGCGTCCCCTGCCGCGCCCTA;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=120924882;WS=120924864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	120933324	rs3758609	G	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=127;SC=CACAGTTCACGTCGTGAAATT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=120933332;WS=120933314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	120967376	rs2230347	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=354;ReadPosRankSum=0.774;SC=AGCGGCAGCACCCCAGGCGCT;SOR=0.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=28;WE=120967384;WS=120967366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr10	121093160	rs10886461	A	C	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=167;SC=CAGGGAGACTACTTAGGTGCT;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=121093168;WS=121093150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	121140511	rs4751714	A	G	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=14;PP=445;SC=CAAAGGAAAAAATAGATCTCA;SOR=0.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=24;WE=121140519;WS=121140501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	121140534	rs2275037	C	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=14;PP=327;SC=GGTTAGAAGACTGAGGAATAA;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=121140542;WS=121140524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	121190040	rs10787967	C	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.862;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=1.272;SC=GGTTGGCCCACGGGTCCCCCG;SOR=1.270;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=121190048;WS=121190030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr10	121196062	rs2275040	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=334;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GGTGAGGCTCCTCTGTTCCCT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=16;WE=121196070;WS=121196052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr10	121199189	rs2245364	T	C	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=35;PP=1761;SC=GATGCCAGTGTATCCTACCTG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=91;WE=121199197;WS=121199179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	121199310	rs1109490	T	C	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=723;ReadPosRankSum=-0.949;SC=GTAGCTGAGGTGAGCATTGCA;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=51;WE=121199318;WS=121199300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,60:0.74:81
chr10	121199365	rs1109489	T	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=559;ReadPosRankSum=1.433;SC=CAGAGAGGGCTGGGGAAGCTG;SOR=0.793;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=43;WE=121199373;WS=121199355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,46:0.87:53
chr10	121199437	rs915116	T	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=390;SC=AAGCTGTGAGTGTGAACAGAG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=121199445;WS=121199427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	121201626	rs2275044	T	C	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=23;PP=457;SC=CCTGTGTCAATGCACCTTGAG;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=121201634;WS=121201616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	121287019	rs3009921	G	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=371;SC=CAGCACTGCCGTCACCATCAC;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=121287027;WS=121287009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	121338401	rs4752334	T	A	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=30;PP=867;SC=AATAAGACTCTGTAAGATGAA;SOR=1.163;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=45;WE=121338409;WS=121338391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	121347839	rs146020828	TTTTC	T	626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.29;QD=39.17;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	121429633	rs2234962	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=4.035;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr10	121435955	rs196294	A	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=21;PP=966;SC=TTAAAAATATATTTTTGTGTC;SOR=1.143;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=54;WE=121435963;WS=121435945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	121436362	rs196295	A	G	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=33;PP=1187;SC=TGGAGAAGGTACAGGGGCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=121436370;WS=121436352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	121551581	rs2289306	A	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,50:0.37:135
chr10	121557940	rs35547475	CTT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=1.718;SC=TTTAGACAATCTTAGTTCATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=121557949;WS=121557930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	121618787	rs71924981	TAC	T	75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	121678110	rs112954131	T	TTTTG	1396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=888;ReadPosRankSum=0.306;SC=TTCTTGAAACTTTTGTTTGTT;SOR=1.347;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=22;WE=121678123;WS=121678100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr10	121678896	rs2475300	C	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=4;PP=175;SC=CGTAGATCAGCAGTCATTATA;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=11;WE=121678904;WS=121678886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	121679013	rs2475298	A	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=14;PP=687;SC=TGTTGAAAATAAAGAAGTCCT;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=121679021;WS=121679003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	121685448	rs6585564	A	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=272;SC=CCTAAGAAGTAGCTAATCATT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=121685456;WS=121685438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	121689030	rs113085369	G	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=236;SC=ACAGGCATGAGCCACCACGCC;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=121689038;WS=121689020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	121717956	rs34665773	GT	G	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=262;ReadPosRankSum=2.435;SC=GCAAGTGATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.739;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=18;WE=121717965;WS=121717946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr10	121718112	rs11199134	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=344;ReadPosRankSum=0.188;SC=GCAGAAGTCACGAGCAGGGTG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=25;WE=121718120;WS=121718102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr10	122216790	rs10886691	A	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=15;PP=1005;SC=GCACCAGCTGACGCCGCGGGA;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=122216798;WS=122216780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	122217010	.	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=143;ReadPosRankSum=-0.448;SC=GCCAAGTGCCCGCAACGTGTC;SOR=0.776;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=12;WE=122217018;WS=122217000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr10	122263050	.	C	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr10	122273276	rs5788426	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=2.789;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr10	122273324	.	CC	TT	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=-2.870;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr10	122334561	rs4751791	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=136;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GTGTGCAAGACGGCAGACGGA;SOR=0.840;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=11;WE=122334569;WS=122334551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr10	122358025	.	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=-0.081;SC=CAGAAGCTGGGAATCTTGAGT;SOR=0.464;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=15;WE=122358033;WS=122358015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr10	122665285	rs1652726	A	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	123239112	rs1047057	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=358;ReadPosRankSum=0.109;SC=TCCACAGCCAGTACGCACGGC;SOR=0.387;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=27;WE=123239120;WS=123239102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr10	123243197	rs2278202	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=2.547;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr10	123245177	.	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.507;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=6.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr10	123246732	rs148450955	TTTCTAAGGCCAGCTCCTGCACC	T	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	123247037	rs2981461	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.91;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr10	123247044	rs2981460	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.23;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	123277666	rs60468962	G	GTA	756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=576;ReadPosRankSum=0.796;SC=GTAGCGTCCAGTAGTACATTC;SOR=0.293;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=13;WE=123277674;WS=123277656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr10	123277742	rs2420942	C	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=225;SC=AAGGATCAACCATGCAACCAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=123277750;WS=123277732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	123279745	rs2981448	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=262;SC=AATAAATAAGCTGTGTTGTCC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=123279753;WS=123279735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	123298158	rs1047100	T	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr10	123310671	.	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GAGATGGAGGTTGCAGTGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=123310679;WS=123310665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	123503187	rs10886973	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CCGGCAGAGGTGAACAGGTCA;SOR=1.222;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=13;WE=123503195;WS=123503177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr10	123503431	.	CTT	C	122.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.593;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	123503498	rs11200123	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-1.894;SC=AGTGCAGTGGCGCTGTCTCAC;SOR=1.179;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=123503506;WS=123503488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr10	123549691	rs35350755	T	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=0.159;SC=TACCTGCTTCTGGGTCCTGGT;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=13;WE=123549699;WS=123549681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr10	123673202	rs112026227	A	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=4.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr10	123673206	rs11200251	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=6.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.009;SOR=1.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,14:0.21:67
chr10	123673339	rs10749435	T	C	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.495;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,68:0.42:162
chr10	123687456	rs79570924	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=0.678;SC=CCCCCGCCCAGAAAGCCATGG;SOR=0.636;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=12;WE=123687464;WS=123687446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr10	123721624	.	TAAAAA	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.718;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	123724701	.	AC	A	206	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=38;MMLQ=27;MQ=58.21;NF=4;NR=0;PP=206;QD=63.7577249675;SC=CTGGCTCCAGACCCGCACACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=123724713;WS=123724691;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,4:0.31:13
chr10	123724705	.	G	A	220	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=38;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=220;QD=50.9542425094;SC=CTCCAGACCCGCACACTTAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=123724713;WS=123724691;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,5:0.38:13
chr10	123724767	rs4752626	T	G	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=10;PP=708;SC=TTAACTTTAATGTGTTTTTTT;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=123724775;WS=123724757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	123730685	rs58195348	T	TA	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr10	123781339	rs2461221	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=0.303;SC=ATGTGACCGTAGAGATAAACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=123781347;WS=123781329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	123792487	rs5788528	A	AAAC	168.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.11;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	123792527	rs11361502	AC	A	262.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	123842065	rs2459103	A	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	123845322	rs7073433	T	C	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=32;PP=966;SC=AATGGAGTGCTGGGCCACTTC;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=123845330;WS=123845312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	123846678	.	G	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=501;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GAGCAGGCAGGAATTAGCTTC;SOR=0.540;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=32;WE=123846686;WS=123846668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr10	123847870	rs11442094	A	ATT	58.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	123903287	rs186618601	C	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GTCTCTGCCCCCTAGGTCTTG;SOR=0.556;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=7;WE=123903295;WS=123903277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr10	123976231	.	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,53:0.30:178
chr10	123986119	rs112928784	A	AT	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
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chr10	124008503	.	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-2.758;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr10	124008927	rs2273794	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	124008959	rs2273795	G	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=188;ReadPosRankSum=1.149;SC=GTGGCAGCTGGGGCCAGACCA;SOR=0.157;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=16;WE=124008967;WS=124008949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr10	124013485	.	C	T	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=650;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TCAGCAACTTCTTCCTTGTCT;SOR=0.926;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=42;WE=124013493;WS=124013475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,67:0.64:104
chr10	124034528	rs7096744	G	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=559;ReadPosRankSum=0.705;SC=TATGGAAAATGTCACCTTTAC;SOR=0.184;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=37;WE=124034536;WS=124034518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,52:0.76:68
chr10	124034703	rs7080859	T	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=504;ReadPosRankSum=-0.454;SC=GGGGCTGGGTTCTGCACCACC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=33;WE=124034711;WS=124034693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr10	124036141	rs6585808	T	C	189.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6699;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=1.645;SC=TGGAATACAGTGTCTTTGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=124036149;WS=124036131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr10	124036190	rs7086389	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=1.212;SC=TGTTCAAAAATTAACCAGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=15;WE=124036198;WS=124036180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr10	124036226	rs7086403	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=304;ReadPosRankSum=0.152;SC=GATTTCCTTCTTGCTATACAA;SOR=0.235;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=20;WE=124036234;WS=124036216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr10	124036494	rs7090214	T	C	43.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	124036543	rs7072288	C	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	124045630	rs116148135	C	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=345;ReadPosRankSum=0.859;SC=ATGTGATTCTCGAGTGCCTGG;SOR=0.778;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=28;WE=124045638;WS=124045620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,53:0.55:97
chr10	124066652	rs7082865	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=163;ReadPosRankSum=-0.266;SC=TACAAGCAGCGTGATTTTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=12;WE=124066660;WS=124066642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr10	124089036	rs2421013	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=507;ReadPosRankSum=0.645;SC=GACATAGGACGGAGCTTGAGG;SOR=0.748;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=37;WE=124089044;WS=124089026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,53:0.75:71
chr10	124091855	rs5788544	A	AG	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=359;ReadPosRankSum=1.572;SC=AAACCTGGTGAGGGGGGCAGG;SOR=0.990;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=12;WE=124091863;WS=124091845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr10	124091921	rs4627016	C	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.711;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr10	124094283	rs10788282	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=396;ReadPosRankSum=-1.198;SC=ATGATCTGCCCGCCTCAGCCT;SOR=0.502;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=27;WE=124094291;WS=124094273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr10	124095982	rs3817280	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
chr10	124096035	rs3817281	T	C	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.59;ReadPosRankSum=1.738;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,76:0.64:118
chr10	124096041	rs1129973	T	C	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.21;ReadPosRankSum=1.622;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,78:0.64:121
chr10	124096061	rs1048347	A	C	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=859;ReadPosRankSum=0.879;SC=GAGCACAACCACGTCAGCCTG;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=55;WE=124096069;WS=124096051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,84:0.67:125
chr10	124096209	rs3817284	C	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=431;ReadPosRankSum=-1.788;SC=CAAGTGTTCACGTTGTCTTTT;SOR=1.064;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=27;WE=124096217;WS=124096199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr10	124096306	rs3817285	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=137;ReadPosRankSum=1.303;SC=TGAAGATCCCTGGAAAATCTG;SOR=0.892;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=124096314;WS=124096296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr10	124097713	.	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=211;ReadPosRankSum=0.093;SC=GTTCATTATGGTCTTGTTCGA;SOR=0.359;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=19;WE=124097721;WS=124097703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr10	124152936	rs3838776	G	GA	481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=380;SC=ACAGGCTTTAGATTTGTCTTC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=124152944;WS=124152926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	124166018	rs41310276	T	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.418;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
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chr10	124183732	rs4405249	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.283;SC=AACCTCTTCGTGTAATACCAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=124183740;WS=124183722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
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chr10	124189113	rs72832716	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=227;ReadPosRankSum=-0.235;SC=GTGACTGACCGTGTCTGACTG;SOR=0.432;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=18;WE=124189121;WS=124189103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr10	124189197	rs1045216	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=346;ReadPosRankSum=-1.418;SC=CAACGCAGCCACCGCCACCTC;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=31;WE=124189205;WS=124189187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr10	124214251	rs10490923	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=281;ReadPosRankSum=1.559;SC=TACATGCTGCGCCTATACCCA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=19;WE=124214259;WS=124214241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr10	124214355	rs2736911	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=263;ReadPosRankSum=1.031;SC=TTCCACTCTGCGAGAGTCTGT;SOR=0.830;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=23;WE=124214363;WS=124214345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
chr10	124216384	rs72511653	C	CTA	931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=42.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr10	124216410	rs7088128	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.617;QD=16.86;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr10	124216420	.	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=-0.533;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr10	124266991	rs147948338	GTTGT	G	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr10	124271589	rs2672586	G	A	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.40;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	124271595	rs2272599	G	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	124273671	rs2293871	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	124325631	rs2981768	T	C	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=80;SC=CCTTGTCGAATGCAGGAATGC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=124325639;WS=124325621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	124331842	.	C	T	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.013;NF=23;NR=24;PP=697;ReadPosRankSum=0.244;SC=TCTCCGATTTCCTTGGAGTCA;SOR=0.578;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=47;WE=124331850;WS=124331832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr10	124331867	rs7084792	C	T	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=32;PP=1097;SC=TGGAGTCAACCGTAGCAGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=64;WE=124331875;WS=124331857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	124338476	rs1985796	G	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=139;SC=AAGATCATTAGGAATCATTAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=124338484;WS=124338466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	124436287	rs28700010	G	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=111;ReadPosRankSum=-1.507;SC=AGTGACTGTGGGGGCCACTAC;SOR=1.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=124436295;WS=124436277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr10	124436530	rs3019500	G	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.230;SC=ACAATTTGACGACATTTTCAC;SOR=1.781;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=124436538;WS=124436520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	124457387	.	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=239;ReadPosRankSum=0.567;SC=AGTCACCAGGGAATTCTGATA;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=17;WE=124457395;WS=124457377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,28:0.25:111
chr10	124457452	rs2947594	C	T	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=521;ReadPosRankSum=-1.872;SC=GGTTTCTTTGCGGGGAGGAAT;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=36;WE=124457460;WS=124457442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,69:0.72:96
chr10	124594153	rs11248321	A	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	124594632	rs41290632	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	124595874	rs11365591	GA	G	65.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.887;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr10	124610027	rs1891110	G	A	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=28;PP=880;SC=AGCGATGACAGGCATAATCAC;SOR=1.421;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=124610035;WS=124610017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	124644448	rs17653131	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=377;ReadPosRankSum=0.083;SC=CACGTTATTCCCCTCATCCAG;SOR=0.928;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=31;WE=124644456;WS=124644438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,44:0.31:143
chr10	124648150	rs10902838	A	G	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=38;PP=1560;SC=TCCAGAATTTATGTAGTCAAG;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=85;WE=124648158;WS=124648130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	124648285	rs10902839	G	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=22;PP=613;SC=TGGTAGGTGGGAGAATTAGAT;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=27;WE=124648293;WS=124648275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	124653996	rs12255784	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=396;SC=TCAGCCCAGCTGAAGGGGCAG;SOR=1.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=124654004;WS=124653986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	124654345	rs35248586	CT	C	262.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.560;QD=13.10;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr10	124697198	rs10794580	G	A	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.847;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,72:0.58:124
chr10	124708399	rs12243832	G	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr10	124740239	.	C	CGCGGGGCGGGGCGGG	51.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.37;QD=25.59;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	124742586	rs3736585	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=199;SC=ACTTATTCACGTATCAAAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=124742594;WS=124742576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	124742683	rs3736584	C	T	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=99;SC=GTATTGCAAACGGAGTTTTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=124742691;WS=124742673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	124742792	rs3736583	G	A	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=10;PP=558;SC=TTTCAGATTCGTTGGGCTTTT;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=29;WE=124742800;WS=124742782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	124742858	rs45498396	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-2.439;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr10	124742895	rs3736582	G	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=19;PP=415;SC=CCACCTGATGGGAAGAAAGCT;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=124742903;WS=124742885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	124746801	rs7096614	T	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	124749740	rs11190	A	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=-0.317;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr10	124768583	rs12263012	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	124768614	rs117921026	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.059;SC=CTGGCGTCCTGGGGGCCCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=4;WE=124768622;WS=124768604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	124787047	rs10794584	T	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=19;PP=621;SC=CTGCTGCTGCTATGTAAGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=124787055;WS=124787037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	124787118	rs10902863	G	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=261;SC=TGTAAGTCCAGTTAAACCTCT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=124787126;WS=124787108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	124806770	rs1131430	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=0.698;SC=TATTCCATATATTAAAGAAAG;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=9;WE=124806778;WS=124806760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr10	124810746	.	C	CT	58	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=10;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=58;QD=11.6666666667;SC=GTAATTCAGCCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=124810754;WS=124810736;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	124812487	rs2421166	A	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=457;SC=CACTAACAGTAAATCCATGTT;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=124812495;WS=124812477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	124915360	.	T	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	125425822	rs10902974	T	G	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=108;SC=CTGGGGCCGGTGGTCGCCGGG;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=125425830;WS=125425819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	125426412	rs12263344	A	G	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=29;PP=1064;SC=GCCGGCGGCCAGACGAGCGCC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=61;WE=125426420;WS=125426402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	125426565	rs4980313	G	C	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	125426627	rs3808964	G	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=23;PP=689;SC=GGGAACAGCCGCGCGGGATCT;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=125426635;WS=125426617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	125506302	rs7088479	T	C	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=10;PP=968;SC=TCGTCTCTTCTGCCCCCGCAG;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=125506310;WS=125506292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	125521533	rs10794566	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,39:0.32:121
chr10	125521590	rs10794567	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GGTCGTAGGGGTACGCCACCA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=20;WE=125521598;WS=125521580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,30:0.24:125
chr10	125521721	rs10751743	G	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=25;PP=733;SC=AAAATAAGCAGGAAGTCATTT;SOR=1.662;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=34;WE=125521729;WS=125521711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	125521751	rs10794568	C	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=481;SC=AGCTGTCAAACAGGGACATAG;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=125521759;WS=125521741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	125526689	rs1896392	G	A	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=160;SC=GTGAGAGTGTGAAGAATGCAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=125526697;WS=125526679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	125527964	rs1219727	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr10	125528007	rs1219726	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-1.787;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr10	125528048	rs1219725	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=0.695;SC=TTACCCCTTCGTAGGCCTTCT;SOR=0.634;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=7;WE=125528056;WS=125528038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr10	125530746	rs727416	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=-0.255;SC=GGATAATGCCCACTTTCCTTC;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=9;WE=125530754;WS=125530736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr10	125558507	rs55721423	A	T	323.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.8661;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=-0.654;SC=ATCAGACTGTAGTGGTAGGTT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=125558515;WS=125558497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr10	125622250	rs11299200	CA	C	3065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=38;PP=1804;SC=CTGGAAAGGACAAATGCTTGT;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=45;WE=125622271;WS=125622240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	125622263	rs28469012	A	T	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=615;ReadPosRankSum=1.275;SC=ATGCTTGTTAAAAACAACGAC;SOR=0.494;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=46;WE=125622271;WS=125622240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr10	125639990	.	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=0.990;SC=TAAAGGAAAGGAAATGTGTTA;SOR=0.330;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10;WE=125639998;WS=125639980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr10	125650793	rs28513406	A	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	125673513	rs61861939	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=250;ReadPosRankSum=-1.929;SC=ATTGCCAACCGCATTCCCTCC;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=21;WE=125673521;WS=125673503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr10	125780752	rs5788645	CG	C	1190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.02;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	125780759	rs4072194	G	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.33;ReadPosRankSum=0.868;SOR=2.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr10	125780958	rs9422312	C	T	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=31;PP=960;SC=ATATTTTTACCACCCATGAAC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=125780966;WS=125780948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	125798111	rs28375663	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr10	125801761	rs28698985	A	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=1.510;SC=GCCTGGAGCCAGAGCCAGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=125801769;WS=125801751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	125801809	rs28716482	C	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=0.868;SC=GTGACACAGACGCCTTACCGA;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=10;WE=125801817;WS=125801799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr10	126086730	rs2459217	G	A	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=18;PP=480;SC=ATCCCTTGCCGTATGTATGGG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=126086738;WS=126086720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	126089434	rs11461	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	126089656	rs2459215	T	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	126089703	rs2491158	G	A	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	126090430	rs17619406	A	G	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=50;PP=1661;SC=TCAATTCACCATGTCATTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=99;WE=126090438;WS=126090420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr10	126090465	rs17681531	T	A	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=55;PP=1536;SC=CTACTAAGCATCCTTTTCCCC;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=91;WE=126090473;WS=126090455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	126090562	rs2491159	T	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=438;SC=GCAATTCTCCTGCCTCAGCCT;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=126090570;WS=126090552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	126093991	rs9422807	T	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=6;PP=312;SC=AGCACTATGATGCTAGTGAAA;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=126093999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	126150338	rs2459213	C	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=22;SC=CCTGCCCCGCCCGCGGGACTA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=126150346;WS=126150328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	126150388	rs2491156	C	A	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=2;PP=51;SC=GCGCCGGCGCCGGCGTCGGTT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=126150396;WS=126150378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	126172863	rs6597801	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=18;PP=634;SC=CTGAAGGAGCAAGGCCTGCGA;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=126172871;WS=126172853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	126172956	.	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=-1.110;SC=CAGGGTGGGGGCTGTGCAGAG;SOR=2.712;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=126172964;WS=126172946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr10	126185618	rs3824810	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-2.378;SC=TCTGTCCCAAACTCTCTTCAG;SOR=0.510;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=16;WE=126185626;WS=126185608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr10	126185707	rs3824809	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=1.908;SC=GCCTTTTGGGCTTCCACAAAG;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=8;WE=126185715;WS=126185697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr10	126186771	rs17620824	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=179;ReadPosRankSum=0.963;SC=GGAATGGATTACAGGACTCAG;SOR=0.583;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=11;WE=126186779;WS=126186761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr10	126301951	rs138101243	CCTCCTCCACCCCTGCCT	C	725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.40;MQRankSum=2.980;QD=17.28;ReadPosRankSum=0.164;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr10	126395123	rs7897256	T	C	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=22;PP=1129;SC=TTTGCTAAGCTTAGGTGCTCA;SOR=1.109;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=60;WE=126395131;WS=126395113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	126471382	rs35267378	C	CA	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5949;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=46;SC=AACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=126471390;WS=126471372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	126480556	rs10901821	T	C	127.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=76;SC=CGACGCCCTCTGCTCTACCCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=126480564;WS=126480546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	126505062	rs11451694	T	TA	110.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	126517989	rs2303611	G	A	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=39;PP=1237;SC=AGGATGGAGTGATGAAAGACA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=68;WE=126517997;WS=126517979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	126629204	rs7074163	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=1.771;SC=CACTATAAATGGTGTATGGAC;SOR=1.445;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=126629212;WS=126629194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	126660781	rs3802700	A	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=6.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=1.673;SC=GAAAGCACATAACATAGCTAC;SOR=2.670;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=14;WE=126660789;WS=126660771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr10	126662451	rs3740534	C	T	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=121;SC=TTCACTGTTACAGAGTGAACA;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=126662459;WS=126662441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	126673560	.	G	GA	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.933;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr10	126686762	rs72828989	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=1.140;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr10	126686827	rs1982225	T	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=298;ReadPosRankSum=0.390;SC=CTCCTGAGACTCGGTTGTTGG;SOR=0.096;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=23;WE=126686835;WS=126686817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr10	126692066	rs750600	C	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=0.597;SC=GGATACCTGCCAGGAGGGAAG;SOR=0.986;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=6;WE=126692074;WS=126692056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr10	126692193	rs750599	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=1.068;SC=GAGGGCACCGCCTCCACCTGC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=126692201;WS=126692183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	126714714	rs2946994	G	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=256;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GCCACCTTCTGGTACGGTGAG;SOR=0.904;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=18;WE=126714722;WS=126714704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr10	126714966	rs3012075	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr10	126715075	rs3781413	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr10	126715154	rs3781412	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=-0.910;SC=TGCTGTCTGCAGAGGAGCCGC;SOR=0.542;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=126715167;WS=126715144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr10	126715159	.	A	AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=1120;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TCTGCAGAGGAGCCGCAGCGC;SOR=0.293;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=3;WE=126715167;WS=126715144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr10	126715436	rs3781411	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CCCCTCCGCCCGCAGAAAGGC;SOR=0.505;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=33;WE=126715444;WS=126715426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,34:0.34:99
chr10	126716346	rs2938006	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=368;ReadPosRankSum=3.609;SC=AAAATGACTGCGGATGAGGCA;SOR=0.297;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=30;WE=126716354;WS=126716336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr10	126721441	rs2839737	C	A	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=637;ReadPosRankSum=-0.562;SC=AAAGCCCAAACAGCCCCATTT;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=50;WE=126721449;WS=126721431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,79:0.72:109
chr10	127426430	rs3740181	A	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	127426588	rs3740180	C	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=18;PP=566;SC=TCACTTTTTTCGTAAAGTTTG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=127426596;WS=127426578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	127426835	rs3943225	G	T	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=10;PP=401;SC=AAGTTAGATAGATAGTGAATG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=127426843;WS=127426825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	127436048	rs2296833	C	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=11;PP=666;SC=TATTTTAATGCAGTATTGGTA;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=127436056;WS=127436038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	127436411	rs2296832	T	C	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=29;PP=1543;SC=ATTTTTTTCTTCCCCCTCAAA;SOR=1.089;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=82;WE=127436419;WS=127436401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	127441573	rs10751530	G	T	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=650;ReadPosRankSum=1.576;SC=TATGTGTGTGGGTATATATAC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=127441581;WS=127441563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr10	127445408	rs4962313	G	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=0.825;SC=TTGAGACAAGGTCTCACTCTG;SOR=0.442;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=15;WE=127445416;WS=127445398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr10	127460753	rs7922546	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=342;ReadPosRankSum=0.729;SC=AGTGTCCTCCGCTAGCTCAGG;SOR=1.204;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=21;WE=127460761;WS=127460743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr10	127460952	rs10901424	G	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CACACCATGGGTGCTGGGTGA;SOR=1.112;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=12;WE=127460960;WS=127460942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr10	127462525	rs10901425	A	G	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=47;PP=1486;SC=CTGGTCGGCCACGGACAGTTG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=84;WE=127462533;WS=127462515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	127462833	rs28381281	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=1.323;SC=ACCTGCGCACCGCCTCGGCCA;SOR=0.914;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=3;WE=127462841;WS=127462823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr10	127478064	rs35711389	C	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=0.283;SC=GACCTTGGCCCGTGGCCCATC;SOR=0.886;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=17;WE=127478072;WS=127478054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr10	127483573	rs3740179	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=1.570;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr10	127484617	rs2281955	C	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CCTTCACCCTCTGCTTCCCCA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=127484625;WS=127484607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	127484653	rs2281954	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=0.787;SC=TGCCAGAACCGCCCCCAAACG;SOR=0.555;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=9;WE=127484661;WS=127484643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr10	127491732	rs74366862	CT	C	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.861;NF=1;NR=12;PP=431;ReadPosRankSum=0.649;SC=AGCTCTGTTCCTTATGGACAA;SOR=1.179;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=13;WE=127491740;WS=127491722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr10	127500718	rs10901444	C	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=218;ReadPosRankSum=2.031;SC=CTGAGTTAAACTGTTTTTTAA;SOR=0.420;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=19;WE=127500726;WS=127500708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr10	127504660	rs2366044	A	G	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=7;PP=717;SC=ATAAAATAAGAAGACAGTAAA;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=127504668;WS=127504650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	127522572	rs3740206	T	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=3.361;SC=TGAAAATGATTTATCAAGATT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=127522580;WS=127522562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	127524612	rs4075326	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=186;ReadPosRankSum=-0.430;SC=TGCCGTAGATCAAATGGGTTT;SOR=0.409;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=13;WE=127524620;WS=127524602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr10	127529756	rs146907010	T	TTG	1809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.167;NF=12;NR=16;PP=1050;ReadPosRankSum=0.204;SC=CCCTCTCCTTTTGTGTGTGTG;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=28;WE=127529764;WS=127529746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,58:0.70:83
chr10	127530325	rs3208565	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=194;ReadPosRankSum=0.232;SC=TTACCATGGCTGCGATTGTTA;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=19;WE=127530333;WS=127530315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,32:0.27:118
chr10	127548587	rs1539315	C	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=237;SC=CTTATGCTAACTCATGCAAAA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=127548595;WS=127548577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	127555764	.	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=199;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TGTAGCAGGAAAAAATGAGAC;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=13;WE=127555772;WS=127555754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr10	127584978	rs5006357	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.404;NF=19;NR=4;PP=413;ReadPosRankSum=0.460;SC=GGGCTTCAGGAGCAGTGTCCT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=23;WE=127584991;WS=127584968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr10	127584983	rs77434588	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-1.173;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr10	127585015	rs79042596	G	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=2;HapScore=3;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.870;NF=18;NR=6;PP=325;ReadPosRankSum=0.790;SC=CGCTACCCTCGCTCAGTGTCC;SOR=0.991;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=24;WE=127585023;WS=127585005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr10	127585035	rs113524015	C	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQRankSum=-5.372;QD=12.66;ReadPosRankSum=1.631;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr10	127585040	rs5006358	G	A	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQRankSum=-6.082;QD=15.91;ReadPosRankSum=2.331;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr10	127585090	rs74635147	C	A	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=-10.597;QD=14.27;ReadPosRankSum=-2.184;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,64:0.41:157
chr10	127585097	rs78188902	T	C	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQRankSum=-11.136;QD=14.40;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,57:0.38:149
chr10	127585099	rs79920605	A	G	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQRankSum=-11.136;QD=14.17;ReadPosRankSum=-1.220;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,57:0.38:149
chr10	127585112	rs72832617	T	C	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQRankSum=-10.985;QD=12.53;ReadPosRankSum=1.596;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,49:0.36:137
chr10	127585120	rs80288044	G	C	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQRankSum=-10.812;QD=12.99;ReadPosRankSum=2.008;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,53:0.38:141
chr10	127585150	rs74162870	C	A	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.204;NF=30;NR=30;PP=869;ReadPosRankSum=1.314;SC=GCGACGCCGGCCCTGGCTGAG;SOR=0.682;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=60;WE=127585158;WS=127585140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr10	127585179	rs74162871	G	C	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQRankSum=-6.171;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,77:0.63:123
chr10	127585237	rs5013589	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-3.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=3.011;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr10	127585240	rs5013161	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-2.164;QD=2.05;ReadPosRankSum=2.010;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,9:0.12:72
chr10	127585260	rs4986789	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-2.718;QD=4.67;ReadPosRankSum=2.261;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,10:0.18:55
chr10	127585263	rs5013162	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-2.271;QD=4.25;ReadPosRankSum=2.224;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr10	127585273	rs5013163	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-2.110;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr10	127585288	rs5013590	C	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=0.348;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr10	127585307	rs74579856	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-1.133;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr10	127585360	rs78190003	C	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQRankSum=-2.248;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.454;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr10	127585363	rs74162872	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQRankSum=-1.960;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.875;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr10	127668317	rs11244744	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr10	127668431	rs11244745	A	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=0.913;SC=AGCAGGTCAAATACAACCTTA;SOR=0.699;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=21;WE=127668439;WS=127668421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,43:0.35:124
chr10	127668487	rs2176097	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=153;ReadPosRankSum=-1.442;SC=CAGTGGGGGTGGTATGATATT;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=16;WE=127668495;WS=127668477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr10	127668570	.	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=0.927;SC=TGTATCTCTTTAGCTTTTCAG;SOR=1.140;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=6;WE=127668578;WS=127668560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr10	127668610	rs2138275	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-1.354;SC=GAGGTATGCTCATATGTGTGC;SOR=0.744;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=5;WE=127668618;WS=127668600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr10	127677374	rs2280173	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr10	127684160	.	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-2.263;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr10	127685091	rs3736477	T	C	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	127693432	rs2138283	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=346;SC=TGTCAAATGCCGCTTCTTCCA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=22;WE=127693440;WS=127693422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	127697165	rs2292690	T	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=13;PP=414;SC=GTGGAATTAATGTCAGAGCTT;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=127697173;WS=127697155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	127706028	rs3781001	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=6.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TGTCAGATACCACTGCCCCTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=127706036;WS=127706018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	127708091	rs2176099	AG	GT	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=334;SC=ATAAGCTCACAGGGACTGCTT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=127708100;WS=127708088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	127708428	rs2138280	A	T	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=302;SC=AGGGTCACTTACCAGGAGCCA;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=127708436;WS=127708418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	127708503	rs2292694	G	C	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=85;SC=ATATCATCCTGTCACCATACA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=127708511;WS=127708493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	127724778	rs1044122	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.792;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=276;ReadPosRankSum=0.568;SC=GTGCACGTGGAGCCCGGTGGA;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=127724786;WS=127724768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr10	127727768	rs1278255	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=261;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CGCCCGCCTCAGCCTCCCAAA;SOR=0.873;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=19;WE=127727776;WS=127727758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr10	127727808	rs1278256	A	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=396;ReadPosRankSum=0.615;SC=GAGCCACCGCACCCAGCCTCT;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=30;WE=127727816;WS=127727798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr10	127738280	rs199857907	AT	A	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr10	127753359	rs56076315	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=1.494;SC=ATGCCGAGCTTGTGGCGGCCA;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=8;WE=127753367;WS=127753349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr10	127753388	rs2279091	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=-0.631;SC=GTCCCCAGAGCGTGACACACT;SOR=1.246;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=16;WE=127753396;WS=127753378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr10	127755544	rs1278280	T	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.832;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=300;ReadPosRankSum=-1.934;SC=AGCTTCTGCTTTTTATGAACC;SOR=3.202;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=16;WE=127755552;WS=127755534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr10	127786969	rs2290842	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr10	127829012	rs1551678	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	128191222	rs61863954	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr10	128191368	rs10510159	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=0.630;SC=CTTTGGAACATTGATAGCTGC;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=14;WE=128191376;WS=128191358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr10	128192985	rs11245007	C	T	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1225;ReadPosRankSum=0.900;SC=TAGATTGAATCTGGACACTGC;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=77;WE=128192993;WS=128192975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,96:0.70:137
chr10	128193368	rs11245008	C	T	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,79:0.75:106
chr10	128193754	rs10901623	A	C	95.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=1.282;SC=CACTGGGTTCATAACACTCAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=128193762;WS=128193744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr10	128335010	rs2842150	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=0.228;SC=GCTATCATCTCACGTTTGGGG;SOR=0.836;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=4;WE=128335018;WS=128335000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	128335064	.	AAG	A	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=60;QD=22.6666666667;SC=ATAAAAATAAAAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=3;WE=128335075;WS=128335054;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr10	128335225	rs2842149	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=0.506;SC=CAAACAGAAATATTTCCCAAT;SOR=0.307;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=10;WE=128335233;WS=128335215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	128806888	rs9418761	G	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=5;PP=134;SC=TGAGAAAACAGCTTTTGCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=128806896;WS=128806878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	128810642	rs9418773	C	T	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=25;PP=821;SC=GGGCAGGGTACGTATTTTCCT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=128810650;WS=128810632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	128810669	rs9418691	C	T	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=21;PP=695;SC=TTTCTATCAGCGTGTATTTGC;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=128810677;WS=128810659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	128822842	rs9418706	G	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.42;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	128830592	rs9418802	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=11;PP=360;SC=ACGGTGCGTTCGAGAGGAGAA;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=128830600;WS=128830582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	128836112	.	CTT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.263;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr10	128836214	rs7085407	G	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=195;SC=TAGTGACATAGGGATTGGGTG;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=128836222;WS=128836204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	128840842	rs880272	A	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=9;PP=517;SC=TGTGTGGGGGAAGTCCGGTGG;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=128840850;WS=128840832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	128850841	rs9418817	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=334;SC=TACTGATAGATGGAAACCAAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=128850849;WS=128850831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	128859743	rs4751523	C	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=291;SC=TGTGGAGGCACGCTGCCTTGG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=128859751;WS=128859733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	128923954	rs1186355	A	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	128925761	rs1153016	A	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=209;SC=ATTAATAAAAACCCCTGAGTT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=128925769;WS=128925751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	128926013	rs1060561	A	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=27;PP=779;SC=CCATGGGACGAGATTCTGAAC;SOR=1.217;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=42;WE=128926021;WS=128926003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	128952219	rs34225417	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.146;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,14:0.15:92
chr10	128952265	rs7068954	A	G	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=31;PP=1004;SC=CCTCAAATCAAATGCCTTCCC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=50;WE=128952273;WS=128952255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	128974220	rs11594560	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=364;ReadPosRankSum=1.545;SC=CTTCTCTTTCGCATCTGTTAG;SOR=0.611;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=36;WE=128974228;WS=128974210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,43:0.32:133
chr10	128974621	rs2489386	C	T	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=669;ReadPosRankSum=-0.943;SC=CACTCTCCGACGTTGTGAGTA;SOR=0.675;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=51;WE=128974629;WS=128974611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
chr10	128974713	rs2489385	C	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.52;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr10	128974716	rs2489384	A	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.05;ReadPosRankSum=0.946;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr10	128974748	.	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=119;ReadPosRankSum=0.190;SC=TAGCCACCACGACGACTGCCT;SOR=0.745;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=12;WE=128974756;WS=128974738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr10	129046407	rs3740013	T	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=401;ReadPosRankSum=-1.338;SC=CACATAACCATGTTTTAGGGC;SOR=0.583;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=36;WE=129046415;WS=129046397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr10	129179739	rs1998864	T	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=359;SC=TAACTTAAGGTTTTATGAAAT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=129179747;WS=129179729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	129183002	rs878563	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=208;SC=ACCATTCTGACGTCCCTGGGT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=129183023;WS=129182992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	129183015	rs878562	T	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=337;SC=CCCTGGGTGTTTCCGCCTCGG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=129183023;WS=129182992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	129208954	rs11017943	T	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr10	129209084	rs2296628	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr10	129213631	rs3736939	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=13;PP=312;SC=TACAGTTCCCATAACCACCCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=129213639;WS=129213621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	129217817	rs77994677	G	T	254.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=3.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=2.363;SC=AGTGAGCTTCGTGTGGATCTG;SOR=2.494;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=129217825;WS=129217807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr10	129237572	rs1926427	G	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=415;SC=CAGGGCTGACGGTGGGCTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=129237580;WS=129237562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	129242515	rs11371	G	A	5753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=64;PP=2135;ReadPosRankSum=-0.512;SC=TTACACCAAGGGCCAAGCTCA;SOR=0.456;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=53;TR=116;WE=129242523;WS=129242505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr10	129242555	rs2275053	G	A	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=54;PP=1529;SC=TAAGTGGAACGCTCCCCACAT;SOR=1.148;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=83;WE=129242563;WS=129242545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	129249662	rs2229603	G	A	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=23;PP=1224;SC=TCGCAAGCAGGCATCGGTGGA;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=58;WE=129249684;WS=129249652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
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chr10	129249701	rs2229606	C	G	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=34;PP=681;SC=ACGTCGCAAGCCTCTCTGGAA;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=70;WE=129249709;WS=129249683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	129249914	rs3824814	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=175;ReadPosRankSum=-0.268;SC=CGGGATGTGCTATCGTAGTTA;SOR=0.399;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=129249933;WS=129249904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr10	129249925	rs10765104	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=0.293;SC=ATCGTAGTTATCAGAGTTGGG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=129249933;WS=129249904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr10	129347785	rs990310	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.209;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
chr10	129534679	rs4751501	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=519;SC=AGCTTGGCGCTCTCCGCTCTG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=129534687;WS=129534669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	129534722	rs79103670	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.155;HP=6;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=-0.072;SC=AGAAACCTGGCGGGGCCCCGG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=8;WE=129534730;WS=129534712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chr10	129534739	rs4751502	C	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.909;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=642;ReadPosRankSum=-1.634;SC=CCGGACTCCCCGGCTTGGGAA;SOR=0.256;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=41;WE=129534747;WS=129534729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,68:0.86:79
chr10	129534864	rs4751503	A	C	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=56;PP=2053;SC=GGGTTGAGGGAGCGAGGACTC;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=124;WE=129534872;WS=129534854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr10	129536642	rs7085541	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.27;ReadPosRankSum=0.746;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr10	129536648	rs7085544	G	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.27;ReadPosRankSum=0.813;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr10	129682249	rs10765177	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=333;ReadPosRankSum=0.530;SC=TTGTTGGATGTCAGTTAGAGA;SOR=0.211;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=26;WE=129682257;WS=129682239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr10	129690975	.	CA	C	1480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.687;NF=2;NR=27;PP=913;ReadPosRankSum=0.152;SC=AAGAATAGAGCAAATTACAAT;SOR=0.884;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=74;TCF=7;TCR=67;TR=29;WE=129690983;WS=129690965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,59:0.36:163
chr10	129785814	rs11817943	A	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	129834420	.	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=1.658;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	129834422	rs10764738	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.83;ReadPosRankSum=1.410;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	129845547	rs4262642	A	C	468.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=144;ReadPosRankSum=1.509;SC=ACTTTACAAAATATAGTTTGG;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=12;WE=129845555;WS=129845537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr10	129845902	rs71474240	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=413;ReadPosRankSum=-0.695;SC=AGGCCTTAGCGCGGCTCAGCC;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=24;WE=129845910;WS=129845892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr10	129846010	rs7911904	G	A	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=642;ReadPosRankSum=-1.498;SC=GAAACCTAACGCATCCTGTGT;SOR=0.434;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=44;WE=129846018;WS=129846000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,84:0.73:115
chr10	129854369	rs4424589	T	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	129859061	rs28411949	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	129859065	rs11016046	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.75;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	129859769	rs9943332	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	129859992	rs4462251	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AAGCTTTTTATTAATTTCTCA;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=13;WE=129860000;WS=129859982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr10	129866449	rs7100666	C	G	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=2.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,114:0.67:170
chr10	129870293	rs11016049	G	C	98.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5434;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=1.383;SC=TTGGCTTTACGTAGTGATTTT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=129870301;WS=129870283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr10	129870622	rs34882498	TA	T	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=250;ReadPosRankSum=-0.567;SC=ATTACTTGCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.574;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=19;WE=129870630;WS=129870612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr10	129871690	rs2275803	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=412;ReadPosRankSum=-0.575;SC=GGGAATGGAAATCCCACACTA;SOR=1.071;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=23;WE=129871698;WS=129871680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr10	129871747	rs2275802	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=1.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=1.646;SC=TGAGGAGTGCCGCCCAGCCCG;SOR=1.469;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=21;WE=129871755;WS=129871737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr10	129871766	rs3216057	A	AG	660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.923;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=420;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CGGTCCCTCCAGGGCAGCCTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=129871774;WS=129871756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
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chr10	129897565	rs3781301	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
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chr10	129899578	rs8473	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=276;ReadPosRankSum=2.469;SC=TGCACAGATTTGCTCTCCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=18;WE=129899586;WS=129899568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr10	129899778	rs11106	G	C	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=864;ReadPosRankSum=-0.987;SC=TTTGTTCTCAGTGACTTTGTC;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=50;WE=129899786;WS=129899768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,74:0.69:108
chr10	129901393	rs11016071	T	C	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=398;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TGCTCTTGGCTGTCTCCTGCT;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=32;WE=129901401;WS=129901383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr10	129901722	rs10082432	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.42;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr10	129901726	rs10082533	C	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.53;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr10	129901825	rs10082391	T	C	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=713;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GATGCCTTTATCTTCACCTGC;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=40;WE=129901833;WS=129901815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,74:0.62:120
chr10	129901946	rs1050767	T	G	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=675;ReadPosRankSum=0.361;SC=TGCCTCTTTGTGCTTGCTGTG;SOR=0.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=46;WE=129901954;WS=129901936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr10	129902158	rs12777740	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=625;ReadPosRankSum=-0.027;SC=CTTCTTTGCACGTTGCTTCAA;SOR=0.502;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=44;WE=129902166;WS=129902148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr10	129902281	rs1063535	G	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=579;ReadPosRankSum=0.339;SC=TTCTTTCCTGGGACGTGTCTT;SOR=0.452;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=38;WE=129902289;WS=129902271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr10	129903016	rs7071768	T	C	3332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.976;NF=50;NR=45;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TTTCCTGAGGTTTCTCTTGGG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=95;WE=129903024;WS=129903006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,158:0.68:234
chr10	129904474	rs61738284	G	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.74;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr10	129904477	rs11591817	C	T	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.42;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr10	129904917	rs1894410	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=280;ReadPosRankSum=0.970;SC=TAGTTTTTTCGTTAGTCATTG;SOR=0.798;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=25;WE=129904925;WS=129904907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr10	129905429	rs7918199	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=854;ReadPosRankSum=0.556;SC=AGTTTCTGCACTGGAGTTCCC;SOR=0.939;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=54;WE=129905437;WS=129905419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,69:0.62:111
chr10	129906364	rs4750685	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=468;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GGGTATTTTAGTGGTTTTACC;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=25;WE=129906372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr10	129906468	rs4750936	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=443;ReadPosRankSum=0.951;SC=CCTTAGGAGTCTGTAGCTGTC;SOR=0.441;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=31;WE=129906476;WS=129906458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr10	129907544	rs2240	G	C	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.918;SC=TTTGTCTCCAGAGAAGTCATT;SOR=0.689;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=75;WE=129907552;WS=129907534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,106:0.71:149
chr10	129907741	rs2065718	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=51;ReadPosRankSum=0.237;SC=CATGTCAATCGAGTATTACAG;SOR=1.022;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=7;WE=129907749;WS=129907731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr10	129910475	rs997983	T	G	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=896;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CTTCGGCTGATAGACACTCTC;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=55;WE=129910483;WS=129910465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,96:0.68:142
chr10	129911856	rs11016076	C	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=1.148;SOR=0.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr10	129913960	rs7095325	A	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.951;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=777;ReadPosRankSum=1.966;SC=TAAAGCTTCCAAAAGGGAGAT;SOR=0.814;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=41;WE=129913968;WS=129913950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr10	129917560	rs2071498	T	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=285;ReadPosRankSum=0.065;SC=CTTCCTTCCATTCTGAAGACT;SOR=0.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=21;WE=129917568;WS=129917550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr10	129921195	rs1063536	A	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr10	131265665	rs16906255	T	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=595;ReadPosRankSum=2.053;SC=CCGTCGGGTGTGGGGCCGCCC;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=29;WE=131265673;WS=131265655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr10	131334789	rs10734087	T	C	228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=101;SC=CTCAAAACAGTGTGCTGCGAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=131334797;WS=131334779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	131506307	.	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr10	131641361	rs35210769	T	TG	882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=10;PP=576;SC=GGTTCTGGCATGGGGGGGAGG;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=19;WE=131641369;WS=131641351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	131665885	rs12572694	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=-0.453;SC=GGGGTGTTCCGTAGCCACCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=131665893;WS=131665875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	131755652	rs36101167	A	ATT	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr10	131755671	rs10829666	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=94;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TTTTTCTGACGTCTGACAATG;SOR=0.733;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=12;WE=131755679;WS=131755661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr10	131904286	rs61749960	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=184;ReadPosRankSum=0.901;SC=TTACTGCGGCGACCGCCAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=12;WE=131904294;WS=131904276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr10	131905056	rs149953039	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.152;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.954;NF=30;NR=15;PP=695;ReadPosRankSum=-0.744;SC=TTGAAGACTCCAAAGTACATG;SOR=1.164;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=45;WE=131905064;WS=131905046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr10	131906096	rs55975328	C	T	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=639;ReadPosRankSum=0.844;SC=CTGTCACTTCCGAGGGAACAG;SOR=0.807;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=45;WE=131906104;WS=131906086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,91:0.65:139
chr10	131934747	rs13991	G	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	131958210	rs1570795	G	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=2.308;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	131967693	rs17297984	T	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.969;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr10	132760953	rs11017616	G	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr10	133109602	rs148913526	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.907;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	133608210	rs4897741	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr10	133608237	rs4897783	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=176;ReadPosRankSum=0.229;SC=AGGCCCCTCCGCAGAGAGGCG;SOR=1.347;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=18;WE=133608245;WS=133608227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr10	133608291	rs4897742	TT	GG	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.048;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=706;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CTGGCTGGGCTTCTGCACAGT;SOR=1.048;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=22;WE=133608300;WS=133608281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr10	133608494	.	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=494;ReadPosRankSum=1.869;SC=CGGTGGCCACGACTTTGAGGA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=15;WE=133608503;WS=133608484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr10	133608495	rs4897744	A	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=325;ReadPosRankSum=-1.511;SC=GGTGGCCACGACTTTGAGGAC;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=12;WE=133608503;WS=133608484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr10	133761285	rs34473884	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=575;ReadPosRankSum=-1.342;SC=TTGCTGGAACGGTTCGGATAG;SOR=0.559;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=35;WE=133761293;WS=133761275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,64:0.59:109
chr10	133931083	rs367728228	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=94;ReadPosRankSum=-1.062;SC=AGGCTGGTACGTGGGCAGGCA;SOR=0.948;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=10;WE=133931091;WS=133931073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr10	133946747	rs117235382	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=186;ReadPosRankSum=2.158;SC=GCAGGGCTGCGCCCGTTTCTA;SOR=1.148;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=12;WE=133946755;WS=133946737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr10	133948439	rs11146206	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GAGGTAAAGGCGCGCGTCCCA;SOR=0.836;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=133948447;WS=133948429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr10	133948456	rs2637643	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.959;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr10	133948634	rs2814182	T	C	533.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.80;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr10	133948689	rs2637644	C	T	162.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=49;SC=GGGCTTCTGGCTCCTGGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=133948697;WS=133948679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	133950540	.	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=374;ReadPosRankSum=2.356;SC=GAGCTGGAATCATACGGAGAC;SOR=0.922;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=23;WE=133950548;WS=133950530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
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chr10	133954011	rs2818387	C	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
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chr10	133955427	rs11592585	A	G	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=465;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TCTCCAGGGCATGGCCAAGGA;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=40;WE=133955435;WS=133955417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,89:0.68:130
chr10	133955569	rs5789117	C	CCG	1876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=12;PP=816;SC=GTGACTTCCACCGCGCGTTCC;SOR=0.823;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=17;WE=133955577;WS=133955559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	133961494	rs2818384	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=317;ReadPosRankSum=0.016;SC=GGCTCAGACACGAGGTGCAGG;SOR=0.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=26;WE=133961502;WS=133961484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr10	133961564	rs2818383	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=241;ReadPosRankSum=0.029;SC=GGTAGCTGAGTGGATGGCCAG;SOR=0.525;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=21;WE=133961572;WS=133961554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr10	133961636	rs111344225	C	CTGAACA	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=0.253;SC=ACACAAAGCCCTGAACATGAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=133961644;WS=133961626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	133963042	rs112941338	GC	G	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.838;NF=0;NR=25;PP=771;ReadPosRankSum=-1.972;SC=TGCCCACTCCGCCCCCACCTC;SOR=0.434;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=25;WE=133963050;WS=133963032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr10	133963466	rs9419380	A	G	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr10	133967593	rs7906747	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=0.464;SC=CCCATGTGGGCCAGGTCGCAG;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=133967601;WS=133967583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr10	133976706	rs12776458	G	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.358;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr10	133981361	.	C	CCTCTCGG	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.29;MQRankSum=2.826;QD=36.99;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr10	133981368	rs45456394	G	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=67.55;MQRankSum=4.645;QD=26.25;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr10	133981368	.	G	GCCCTCGC	1016	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=21;MQ=64.84;NF=8;NR=8;PP=1016;QD=64.625;SC=TCACCCCTCGGCCCTCGCCCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=16;WE=133981376;WS=133981353;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr10	133981682	rs4880338	G	A	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=553;ReadPosRankSum=0.384;SC=TCTCCGGGACGGGCCTGGCCT;SOR=0.507;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=29;WE=133981690;WS=133981672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,52:0.66:79
chr10	134000498	rs71905561	TCCCCCCGCCCGC	T	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.861;NF=0;NR=27;PP=2972;ReadPosRankSum=-1.422;SC=GGCTCACGCGTCCCCCCGCCC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=27;WE=134000517;WS=134000488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr10	134010224	rs1552681	C	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-2.166;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	134013856	rs871883	G	T	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1178;ReadPosRankSum=1.610;SC=GCCTCGTGCTGCAGGGGTGGT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=75;WE=134013864;WS=134013846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,104:0.66:158
chr10	134013990	rs2247705	G	A	6906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=88;PP=2853;SC=CCACCACGGCGGACCACCTCA;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=156;WE=134013998;WS=134013980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr10	134014653	rs11592988	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=30;ReadPosRankSum=0.169;SC=CTCAGACACGTGGTTCTGGCC;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=134014661;WS=134014643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	134016115	rs2637629	G	A	254.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=178;ReadPosRankSum=0.603;SC=GGGCCCCAGCGTGGAGGCACT;SOR=1.802;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=11;WE=134016123;WS=134016105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr10	134016396	rs3736258	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=-0.460;SC=GGCCCAGAACGCACCCCTGGT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=34;WE=134016404;WS=134016386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr10	134017295	rs12313	A	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.455;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=532;ReadPosRankSum=-0.936;SC=TGCCCCGTGGACTGTATGACG;SOR=0.307;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=30;WE=134017303;WS=134017273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr10	134021740	rs923659	G	A	412.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=2.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=1.352;SC=GGCTCATGGGGTAGGCCATGG;SOR=0.141;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=15;WE=134021748;WS=134021730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr10	134021810	.	T	C	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5164;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=62;QD=24.1928031368;SC=ATGCTCCCGATACACTGGCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=134021818;WS=134021800;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,4:0.80:5
chr10	134036053	rs2814197	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	134036057	rs2637635	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	134036073	rs2814196	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=0.219;SC=GTCCCCACACGCCTTGCTCGG;SOR=2.655;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=9;WE=134036081;WS=134036063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
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chr10	134036596	rs1994688	G	C	75.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CACCAAGCCTGAGGTTCAGAA;SOR=1.447;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=134036604;WS=134036586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr10	134038715	rs902629	A	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=10;PP=519;SC=AGCCAAGCCCAGGGGCTGCAG;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=134038723;WS=134038705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	134039132	rs2130893	G	C	2717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;ReadPosRankSum=-0.151;SC=TGTGCAGAGAGGGGTCAGGTG;SOR=0.597;Source=Platypus;TC=102;TR=68;WE=134039140;WS=134039122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,130:0.65:201
chr10	134039242	rs2130894	C	T	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.88;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,74:0.73:102
chr10	134040290	rs2306982	C	A	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.194;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=631;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CCGTCTGCCACGCACACACCT;SOR=0.358;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=42;WE=134040298;WS=134040280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,86:0.75:115
chr10	134059573	rs186785778	G	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=-0.298;SC=CCTCATCCTAGAAGAGGGTCG;SOR=0.269;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=22;WE=134059581;WS=134059563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr10	134059616	rs3814609	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GCTCCTGTGCGAGGCAGGAGG;SOR=0.610;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=134059624;WS=134059606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr10	134062574	rs4880361	G	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=391;ReadPosRankSum=0.019;SC=CGGCGGCTCCGGCAGAGGCTC;SOR=0.664;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=25;WE=134062582;WS=134062564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr10	134137627	rs7914257	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=358;ReadPosRankSum=-1.181;SC=CCCACTCCAATCACAGCAGCT;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=134137646;WS=134137617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	134137638	rs11146329	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=1.451;SC=CACAGCAGCTGGGAAAATGGA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=4;WE=134137646;WS=134137617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	134143942	rs1052281	C	T	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-1.588;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,118:0.72:164
chr10	134143985	rs1132165	GC	TT	4468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.530;NF=27;NR=30;PP=1936;ReadPosRankSum=0.534;SC=TGTGCTTTCAGCTTCCTGATT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=57;WE=134143994;WS=134143975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,112:0.70:159
chr10	134145136	rs7086691	A	G	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=4.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.77;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,70:0.60:116
chr10	134145136	.	ACC	GCG	1476	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=25;NR=23;PP=1476;QD=31.8639140596;SC=GGCAGCGAGGACCGCTCCAAA;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=48;WE=134145146;WS=134145126;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr10	134145138	rs7080014	C	G	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.14;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,75:0.63:119
chr10	134145153	rs7100410	G	A	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,87:0.64:136
chr10	134145166	rs13882	T	C	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=2090;ReadPosRankSum=-0.225;SC=TCAGCAGCAATTCTTTTCTGC;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=68;WE=134145174;WS=134145143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,99:0.66:149
chr10	134145288	rs12778987	C	A	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.89;ReadPosRankSum=-2.938;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,82:0.68:121
chr10	134145293	rs12784130	G	T	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.12;ReadPosRankSum=-2.614;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,73:0.66:110
chr10	134145314	rs11146335	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=290;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TTGCCCGTCGACCACCACCCC;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=20;WE=134145322;WS=134145304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr10	134145336	rs12784321	G	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=334;ReadPosRankSum=1.130;SC=TCAAGGCCGCGGGCGCGGAAA;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=27;WE=134145344;WS=134145326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr10	134145398	rs199941683	A	AC	174.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=247;ReadPosRankSum=-1.465;SC=ACCCCCTGCCACCCCCGCGCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=134145406;WS=134145388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	134145420	rs56274613	AC	A	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=76;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GCGCACCACAACCCCCCCACC;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=134145428;WS=134145410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	134151034	rs2259594	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=451;ReadPosRankSum=0.989;SC=TTAGTTGGTTAACAAAACATT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=30;WE=134151042;WS=134151024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr10	134151288	rs2259600	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.549;SC=ACTCTTGATTAAATTTTTACC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=134151296;WS=134151278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	134161517	rs2474329	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=0.728;SC=GATGACCCTCCGTGACCTCCC;SOR=0.412;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=134161525;WS=134161507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr10	134161633	rs2474328	A	G	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=24;PP=929;SC=GCTTTCTCCCACCTGTGGAAA;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=134161641;WS=134161623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	134165291	rs2261222	C	G	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=28;PP=746;SC=CCGCACAGCCCGCCCAGTGCA;SOR=3.321;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=134165299;WS=134165281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	134166273	rs72479351	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=151;ReadPosRankSum=0.076;SC=TCCCTGTGGGACAGGCCGGTT;SOR=0.627;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=14;WE=134166281;WS=134166263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr10	134180353	rs45626936	C	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=926;ReadPosRankSum=3.830;SC=CTCCTAGAGCCGGAGATGGGA;SOR=0.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=64;WE=134180361;WS=134180343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,76:0.66:116
chr10	134188874	rs1054038	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.068;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-1.345;SC=CTGATTTCGCGCAGCCTGTTG;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=134188882;WS=134188864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	134210667	.	CCGGCGGCGG	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.894;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr10	134218017	.	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GGGCATGGCTCGCTGCCCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=11;WE=134218025;WS=134218007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr10	134218269	rs11146363	C	T	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=51;PP=1530;SC=CCCTCCTGCCCGCGGGGTTCA;SOR=1.708;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=83;WE=134218277;WS=134218259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	134218296	rs10747057	C	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=0.599;SC=CGAGACCACCCGCCCCGAGCC;SOR=0.484;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=24;WE=134218304;WS=134218286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr10	134237240	rs1881746	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.38;ReadPosRankSum=-1.919;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr10	134237249	rs150298334	C	CTGTG	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.12;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr10	134237276	rs1574449	T	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.847;QD=17.58;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr10	134237425	rs1574448	A	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=444;ReadPosRankSum=-1.380;SC=TGCCAGCTTCAGCCTGAAGAG;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=29;WE=134237433;WS=134237415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr10	134239228	rs12775406	T	C	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.024;NF=16;NR=36;PP=674;ReadPosRankSum=-0.153;SC=TGTACCCACGTGTGCGCGTGC;SOR=1.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=52;WE=134239236;WS=134239218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,73:0.79:92
chr10	134459388	rs1133400	A	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=10;PP=419;SC=CACACACACAAGCCGCACTTC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=134459396;WS=134459378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	134598628	rs2804003	A	G	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=30;PP=1087;SC=CGCCATCTCCACCGCGTGCCG;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=134598636;WS=134598618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	134622408	rs2767434	T	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=471;ReadPosRankSum=1.415;SC=AGAAGCCTCGTCTGTGGAGAA;SOR=0.335;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=29;WE=134622416;WS=134622398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,41:0.75:55
chr10	134622507	rs2767431	A	G	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	134623959	rs2254419	T	C	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=612;ReadPosRankSum=-0.143;SC=GGAGACGCACTGTTTCTCCAA;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=47;WE=134623967;WS=134623949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,87:0.73:119
chr10	134624504	rs2274429	C	T	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=949;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GGTAGGACCGCGCCAGGTCCA;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=65;WE=134624512;WS=134624494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,126:0.66:191
chr10	134627593	rs11146529	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=391;ReadPosRankSum=2.039;SC=GGGGGCAGTGGCTCCCCGCTG;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=24;WE=134627601;WS=134627583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr10	134627882	rs7070307	G	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9837;FS=2.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=1.171;SC=TGCCATGCCCGGGTGGGGTGA;SOR=2.200;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=19;WE=134627890;WS=134627872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr10	134646539	rs4880431	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TGCAGTGGCGCCATCTCAGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=134646547;WS=134646529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	134647453	rs3750583	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	134647771	rs3793690	G	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TCCCACTGAGGTGGGGCCGGG;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=134647779;WS=134647761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr10	134648048	rs3793688	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.426;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr10	134648184	.	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.118;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr10	134649120	rs182234267	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=1.052;SC=ACATCATTGCGCAGGCAGCGG;SOR=0.892;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=134649128;WS=134649110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr10	134650326	.	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=-1.641;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr10	134650440	rs3750580	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.597;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr10	134660951	rs2892211	A	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr10	134664588	.	C	T	431.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=185;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CCTGGCGCTCCCTCCACCGGG;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=14;WE=134664596;WS=134664578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
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chr10	134681093	rs4880454	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=117;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GAAACGCAAACGAAAACAGCC;SOR=1.296;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=12;WE=134681101;WS=134681083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr10	134682855	rs7908950	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
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chr10	134706077	rs7076681	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr10	134722022	rs7075277	A	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr10	134726228	.	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=290;ReadPosRankSum=2.857;SC=TTGGTCGCATGAATTTCCTGG;SOR=0.982;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=24;WE=134726236;WS=134726218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr10	134726335	rs12254100	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=-1.112;SC=CTGGGAGACATGCTTGTCAGA;SOR=0.346;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=18;WE=134726343;WS=134726325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr10	134726369	rs56300950	T	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=0.840;SC=CCCGCAGGCCTCGCCCCGATC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=134726377;WS=134726359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr10	134726621	rs4880467	G	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr10	134733689	.	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=128;ReadPosRankSum=-1.122;SC=GGTGGAGACTGAGGGCGGAAA;SOR=0.795;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=14;WE=134733697;WS=134733679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,27:0.30:89
chr10	134735672	rs7915371	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr10	134736026	rs4880286	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-1.600;SC=CGCGCTCAGGGGCCTGGTATA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=7;WE=134736034;WS=134736016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr10	134736052	rs4880287	G	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.325;SC=GTGCACAGACGCAGCCGGGTG;SOR=0.352;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=8;WE=134736060;WS=134736042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr10	134736076	rs4880288	T	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.563;SC=GCCATCTGGATCCTGTCCCGG;SOR=0.586;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=9;WE=134736084;WS=134736066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr10	134738232	rs4075501	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr10	134740393	rs4295969	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=-0.047;SC=CACCTGAGAGCGGCACGGGAG;SOR=1.802;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=13;WE=134740401;WS=134740383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr10	134740618	rs7071677	G	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.364;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=-0.484;SC=CCTTACAAAAGCTGGGGAGCA;SOR=0.327;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=26;WE=134740626;WS=134740608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr10	134741099	rs11146048	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=-1.184;SC=CCATGCCACTAAGGAAGCCAT;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=10;WE=134741107;WS=134741089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr10	134748331	rs12781609	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr10	134750604	rs10870211	C	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=9;PP=253;SC=TCAAACAATTCGGTAGAGGTT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=134750612;WS=134750594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	134755298	rs4880292	C	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=23;PP=748;SC=GCACCACGGGCCCGCTTTCAG;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=134755306;WS=134755288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	134756013	rs7898115	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.623;QD=4.17;ReadPosRankSum=-2.113;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr10	134884516	rs4271312	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CACAGATGGCGCACGGTGCAC;SOR=0.680;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=27;WE=134884524;WS=134884506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr10	134884546	rs4576736	A	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.613;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=370;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GGGGCCGGACACCACAGTCAC;SOR=0.866;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=24;WE=134884554;WS=134884536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr10	134884595	rs4271313	G	A	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr10	134884610	rs4486541	C	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=376;ReadPosRankSum=1.572;SC=ATGGACGTACCGGCCCATCGA;SOR=0.605;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=27;WE=134884618;WS=134884600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr10	134884755	rs11101751	C	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.981;NF=11;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GCCTCGCAGCCAGGGAGGAGA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=26;WE=134884763;WS=134884745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
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chr10	134902396	.	CGC	GGT	255	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=5;NR=2;PP=255;QD=44.066839266;SC=CTCACGCTTCCGCAACTTTGC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=134902406;WS=134902386;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	134902398	rs10776693	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.32;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr10	134910629	rs11101914	G	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=492;ReadPosRankSum=0.423;SC=GGGCAAGGGCGCCCCCTGTGC;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=32;WE=134910637;WS=134910619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr10	134915832	rs9419103	C	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=549;ReadPosRankSum=0.140;SC=CCTTGGTGGACACCTATCCAG;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=47;WE=134915840;WS=134915822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,66:0.55:119
chr10	134915993	rs7905581	G	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=-0.342;SC=AGAAGGGGAGGAAAGCTGAGC;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=13;WE=134916001;WS=134915983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr10	134916121	rs7918862	T	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=0.455;SC=ATTCTTGAAGTTGCAAGCCCG;SOR=1.659;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=134916129;WS=134916111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr10	134916150	.	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=0.439;SC=CTGCTGGGCTCTGGGGGGTGG;SOR=1.493;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=13;WE=134916158;WS=134916140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr10	134942166	rs2806452	A	G	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=785;ReadPosRankSum=0.166;SC=TGGCGGTGTCACAGGGCCACT;SOR=0.908;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=58;WE=134942174;WS=134942156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,80:0.67:120
chr10	134942319	rs2806453	C	T	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.482;SC=ACGCCCACCCCGCACTTGACG;SOR=0.567;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=74;WE=134942327;WS=134942309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,102:0.69:148
chr10	134943101	.	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=-0.621;SC=TGGGGGTACCGAAGTGACCCC;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=10;WE=134943109;WS=134943091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr10	134973995	rs71503783	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=-2.792;SC=ACCCGGCCGCGGCGGATCTTT;SOR=1.224;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=10;WE=134974003;WS=134973985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr10	134974187	rs56406605	A	T	119.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5027;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=0.719;SC=GGCGCCCTCCATGGCCGAGGG;SOR=0.515;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=134974195;WS=134974177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	134981690	rs2998152	T	C	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr10	134981837	rs2998151	T	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=700;ReadPosRankSum=1.875;SC=GTGGGGGTAATGTGCCACACC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=53;WE=134981845;WS=134981827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr10	134981942	rs3008303	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=1.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=2.158;SC=GGAGCGGAGCCGCTGCTGCCC;SOR=1.501;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=14;WE=134981950;WS=134981932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr10	134996869	rs11101618	G	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-2.629;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr10	134996950	rs11101619	A	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.21;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr10	134996954	rs11101620	G	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.22;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr10	134999602	rs3008393	G	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=351;ReadPosRankSum=-2.105;SC=AGTCTGAGACGAGCCGGGGCC;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=23;WE=134999610;WS=134999592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr10	134999702	.	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=196;ReadPosRankSum=0.901;SC=CCTCGTCCTGGATGCCGAGCG;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=16;WE=134999710;WS=134999692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr10	135009052	.	CC	GT	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.21;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr10	135009368	rs138172485	CTG	C	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=265;ReadPosRankSum=1.436;SC=GGTCCAAGGACTGTGGGCAGT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=135009377;WS=135009358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	135010635	rs41317288	G	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=1.075;SC=GCTTCCATCTGCCAGGTGGGC;SOR=1.027;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=21;WE=135010643;WS=135010625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr10	135010690	rs41303837	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=2.469;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr10	135012162	rs2998139	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=16;PP=492;SC=AAGCTCTCCCTGGAGGCCCAC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=135012170;WS=135012152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	135012429	rs3008390	T	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.712;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.177;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr10	135012429	.	TT	AC	255	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=59.92;NF=17;NR=7;PP=255;QD=12.8528281193;SC=CCACCTGGAGTTGCTTCCGGG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=24;WE=135012438;WS=135012419;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:49,24:0.33:73
chr10	135012430	rs3008389	T	C	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=24;PP=726;SC=CACCTGGAGTTGCTTCCGGGG;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=135012438;WS=135012419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	135012652	rs3008388	T	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=377;ReadPosRankSum=-0.538;SC=CCTGCGTGGATGCCTCGCCAC;SOR=0.832;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=32;WE=135012660;WS=135012642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,43:0.32:136
chr10	135015427	rs9418941	C	A	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=15;PP=752;SC=TTGGCACTGCCGGGTGGGGCA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=135015435;WS=135015417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	135015667	rs9419023	C	T	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.503;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,57:0.30:189
chr10	135016089	rs3008386	T	C	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=47;PP=2088;SC=GAACCTCTCCTACCACCGTCT;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=107;WE=135016097;WS=135016079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	135016175	rs3008385	T	G	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=60;PP=1898;SC=TCCTCCTTGCTCCTCTCCTGC;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=111;WE=135016183;WS=135016165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	135020315	rs3008375	T	C	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=28;PP=1082;SC=TCCGAGACCCTGGCTGCAGGC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=135020323;WS=135020305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	135020835	rs12028	C	G	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=768;ReadPosRankSum=0.774;SC=CGCTGGGGCTCATGGCCTACC;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=48;WE=135020843;WS=135020825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,61:0.65:94
chr10	135020924	rs11101637	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=-0.513;SC=GGGGGGGAACGTGCCCTCGCC;SOR=0.504;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=23;WE=135020932;WS=135020914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr10	135026507	rs11101643	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=405;ReadPosRankSum=0.711;SC=GGCCCTCAGCGGCTGCTTCCA;SOR=1.201;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=21;WE=135026515;WS=135026497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr10	135033618	.	TGAGGAGGGGCTCAGGCGGCCGCGCGCCCAGGA	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=0.904;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.832;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr10	135033637	.	C	G	215	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5021;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=59.28;NF=3;NR=8;PP=215;QD=22.7064738679;SC=GCTCAGGCGGCCGCGCGCCCA;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=11;WE=135033645;WS=135033627;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr10	135033669	.	G	C	108	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5001;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=23;MQ=58.66;NF=3;NR=4;PP=108;QD=20.3958875067;SC=GCTCAGGCGGGCGCGCGCCCA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=7;WE=135033677;WS=135033659;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,7:0.64:11
chr10	135038128	rs11101648	G	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=507;ReadPosRankSum=0.826;SC=CCCCTGCCCTGTGCAAACTAA;SOR=0.948;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=38;WE=135038136;WS=135038118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr10	135043802	rs7092433	C	A	55.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr10	135044357	rs150663748	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=1.880;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr10	135044625	.	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=527;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GCATCCCCGAGGACCGCGCGC;SOR=0.113;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=26;WE=135044633;WS=135044615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr10	135051562	rs2998143	A	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=14;PP=421;SC=TCCCTGGCCCAGGCCAGACAT;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=135051570;WS=135051552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	135053586	.	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=257;ReadPosRankSum=2.964;SC=GCTGCTGTGCCCTTGGGCACC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=16;WE=135053594;WS=135053576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr10	135061112	rs12355840	C	T	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=17;PP=614;SC=GAACGGCGGGCGGCTCTGAGG;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=135061120;WS=135061102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	135076523	rs2995300	C	A	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=595;SC=TAGATGCATTCCTGAGGTTAG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=135076531;WS=135076513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	135076596	rs2230576	T	C	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=24;PP=974;SC=GACCGTGGAATGCTGGAACGC;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=135076604;WS=135076586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	135076758	rs3008318	T	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=818;SC=GAAAAGATAATTGATGTTGAA;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=135076766;WS=135076748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	135076903	rs3121298	A	G	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	135077121	rs3216041	C	CGTCAGCCCCGTGGGGAGGCCGTGCCACT	416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=1794;SC=GCAGTGCCACCGTCAGCCCCG;SOR=4.174;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=135077129;WS=135077111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	135077311	rs2995301	C	G	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=36;PP=1397;SC=CCCCCAGGCACTCCCGGCTCT;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=135077319;WS=135077301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	135081684	rs2995309	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=8;PP=227;SC=CACCACACCCTGAGTCTCTCC;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=135081692;WS=135081674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	135081754	rs11101672	G	C	173.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	135082346	rs2275720	A	G	7220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr10	135082810	rs2995310	C	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=8;PP=378;SC=TCTGCCTATACCTGTGTGTCG;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=135082818;WS=135082800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	135082874	rs2995311	G	A	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=22;PP=840;SC=CCGGGCCCGCGGCTTCTGCCT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=47;WE=135082882;WS=135082864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	135082997	.	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,18:0.26:68
chr10	135083164	rs2275719	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=198;SC=CCACATGCGCCGACGGCGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=135083172;WS=135083154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	135083812	rs885023	C	A	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	135084232	rs5789159	C	CAGA	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=391;ReadPosRankSum=1.048;SC=AGGGCGGTCTCAGCTCACCTG;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=9;WE=135084240;WS=135084222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr10	135084322	rs3008321	A	G	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=18;PP=971;SC=GTGGGACCAGAAGCGGGTTAG;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=135084330;WS=135084312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	135084601	rs2995314	T	C	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=53;PP=1436;SC=CAGCTCACCATGGGGACAGGT;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=91;WE=135084609;WS=135084591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	135085321	rs1131720	C	T	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=28;PP=1125;SC=CAATGCTGCCCGCCATGATGC;SOR=0.758;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=48;WE=135085329;WS=135085311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	135085426	rs1131719	A	G	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=40;PP=1924;SC=GGGCCATGGTACAGGCCACGC;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=135085434;WS=135085416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	135085754	rs1131718	G	A	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=65;PP=2113;SC=CAAACCCCACGGTAGTCCCGG;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=108;WE=135085762;WS=135085744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	135086380	rs3008324	C	T	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=28;PP=1328;SC=ACTGGGGACACGAGACCCTCA;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=135086388;WS=135086370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	135086766	rs45451297	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=0.707;SC=ACCCCGGGCCGAGGCCTGAAG;SOR=1.911;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=5;WE=135086774;WS=135086756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr10	135087521	rs3008326	G	A	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=31;PP=1047;SC=TGTAGCCGGAGCCCAGCAGGT;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=58;WE=135087529;WS=135087511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	135089035	rs2275725	A	G	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=32;PP=956;SC=GGCAGACGCCACGGCAACACG;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=135089043;WS=135089025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	135089077	rs41283317	G	A	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=1.420;SC=GCCCAGGGCCGGCTGGGGGCA;SOR=0.698;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=23;WE=135089085;WS=135089067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,53:0.79:67
chr10	135090183	rs2995317	A	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=10;PP=593;SC=GCGGGGTGCGAGCAGGCCAGG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=135090191;WS=135090173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	135094925	rs11101677	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=1.619;SC=ACAGTGTCTGCGTGCTCAGCC;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=11;WE=135094933;WS=135094915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr10	135096784	rs2995325	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=27;PP=673;SC=CGGGCCCTGCATGCGCACGTG;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=135096792;WS=135096774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	135097224	rs56403249	T	G	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	135097227	.	CGCA	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	135097232	.	T	TCG	309.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	135097434	rs2995326	A	G	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=23;PP=729;SC=CCATCACTTCAAACATCATGT;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=135097442;WS=135097424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	135098672	rs3008334	G	A	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=1129;ReadPosRankSum=1.905;SC=CGTGCTTGCAGTAGAACATGT;SOR=0.364;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=62;WE=135098680;WS=135098662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr10	135098830	rs3008335	T	C	4684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=57;PP=2322;SC=CGTGAATCTCTCGGACACTGA;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=117;WE=135098838;WS=135098820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	135098845	rs2995327	C	T	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=57;PP=2257;SC=CACTGAAGGCCGGGGAGAGCC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=116;WE=135098853;WS=135098835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	135103311	rs141370078	C	CGCCCGCTGCGCCGCGGACGCCAAGTCCCT	768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=85.41;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	135105961	.	T	TC	899	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=23;MQ=61.69;NF=17;NR=17;PP=899;QD=27.0882352941;SC=TCCCTCCGTGTCCCCGTGTCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=135105999;WS=135105951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,34:1.00:34
chr10	135105962	.	CCCCGTGTCCCTCCGTGT	C	2975	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=22;MQ=61.35;NF=16;NR=17;PP=2975;QD=20;SC=CCCTCCGTGTCCCCGTGTCCC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=33;WE=135105999;WS=135105951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,33:0.89:37
chr10	135105983	.	C	T	712	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=26;MQ=61.11;NF=8;NR=4;PP=712;QD=62.2309343789;SC=TCCGTGTCCCCGTGTCCCGGG;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=12;WE=135105999;WS=135105951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:37,12:0.24:49
chr10	135105991	rs72864793	G	A	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=1.090;NF=23;NR=15;PP=2503;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CCCGTGTCCCGGGGAGCCCTA;SOR=1.036;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=38;WE=135105999;WS=135105951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr10	135141572	rs2298122	G	T	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=21;PP=595;SC=GGACCCAAGAGAGCCCTGAAC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=135141580;WS=135141562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	135160950	rs4838721	C	T	5143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=62;PP=1826;SC=CATCCCTGAGCCCCAATCCCC;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=101;WE=135160958;WS=135160940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr10	135164844	rs183041551	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,29:0.25:116
chr10	135165790	rs4369319	A	G	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=36;PP=1512;SC=ACCCTGGGCCATGTCCTGAGT;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=76;WE=135165798;WS=135165780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	135171364	rs1891372	T	C	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	135178087	rs10745294	A	C	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=14;PP=821;SC=TTAATGATAAAATTTAAAAGG;SOR=1.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=44;WE=135178095;WS=135178077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	135179458	rs6537598	G	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=8;PP=755;SC=CCTCTCCAGTGTCTTCCTGGC;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=135179466;WS=135179448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	135180430	rs2230261	A	G	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=22;PP=720;SC=TCCGGTCACCAGTGAGGACCA;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=43;WE=135180438;WS=135180420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	135184126	rs1049951	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=881;ReadPosRankSum=-0.750;SC=CTCCTCGAAGGTCTTCAGGGC;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=56;WE=135184134;WS=135184116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr10	135186806	rs10466126	A	G	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=370;SC=CGGGCCGCGGACGCAGGACAG;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=135186814;WS=135186796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	135194890	rs10745295	A	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=377;SC=GTGGGAACTCAGAGCACGTAT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=135194898;WS=135194880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	135197419	rs4240520	G	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=9;PP=412;SC=GGACTTCCGTGGAGGGCTTTA;SOR=1.143;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=24;WE=135197427;WS=135197409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	135202594	rs10776679	T	C	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=25;PP=609;SC=CCACACACGCTGGTTCCTGCC;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=135202602;WS=135202584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	135204799	rs6537600	C	T	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,63:0.64:99
chr10	135204950	rs1046175	C	G	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=444;ReadPosRankSum=-2.777;SC=AGCCCAGGCCCAGGCTCTAGC;SOR=0.518;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=34;WE=135204958;WS=135204940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,54:0.65:83
chr10	135205009	rs1046178	C	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GGCTGGGACCCTCATTTCTTC;SOR=0.117;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=28;WE=135205017;WS=135204999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr10	135207936	rs10160083	T	C	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=16;PP=481;SC=TCCCGGTCGTTCTGGGCTGGC;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=135207944;WS=135207926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	135209105	rs4838742	A	G	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=49;SC=TCCCTCAGATATAGTCTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=135209113;WS=135209095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	135211892	rs2252852	A	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=18;PP=1044;SC=TGACAGAGCCAAGACTCCAGT;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=135211900;WS=135211882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	135213263	rs2814206	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=51;ReadPosRankSum=1.575;SC=CCAGAGCACATCTTGTCTCGT;SOR=0.333;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=8;WE=135213271;WS=135213253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr10	135215756	rs145673810	CGGGGCT	C	1550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=12.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.221;QD=25.85;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr10	135232934	rs2243619	C	T	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=2;PP=71;SC=TGGCTGGCCGCGCGGTGTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=135232942;WS=135232924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	135233541	rs2255246	A	G	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=46;PP=1441;SC=TAACGTGAACATTATTCAGCC;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=135233549;WS=135233531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	135237060	rs2480253	A	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=4;PP=105;SC=CCCCGCGCGCACCCCCGCGGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=135237068;WS=135237050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	135237166	rs2492666	G	A	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.84;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	135237196	rs4838682	C	T	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	135267445	rs2253522	T	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=423;SC=CTGTGACCTCTGCCATTGCCC;SOR=2.226;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=135267453;WS=135267435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	135267738	rs2253529	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=17;PP=418;SC=TCCACATGGCTGGATCCCTGT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=135267746;WS=135267728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	135271789	rs2480245	C	T	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=24;PP=990;SC=TGAAGCCTTCCGCAGTCTGAG;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=135271797;WS=135271779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	135272947	rs2257044	CC	AG	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=0.980;SC=GGTCCTGGGTCCCTCCCGCTG;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=135272956;WS=135272937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr10	135273463	rs731947	C	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=6;PP=229;SC=ATGCCTGGGACCTGCGGGACG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=135273471;WS=135273453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	135278193	rs2492654	A	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=19;NR=10;PP=514;SC=CTGGGGCGCCATGTGCAGCAA;SOR=1.364;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=29;WE=135278201;WS=135278183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	135278492	.	C	T	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.277;SC=CCTGACAGGTCACTTACAGGG;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=66;WE=135278500;WS=135278482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,96:0.63:153
chr10	135278746	.	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=330;ReadPosRankSum=0.438;SC=ACCGCAGCCCCTTTTGCAGAG;SOR=0.757;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=28;WE=135278754;WS=135278736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,42:0.34:125
chr10	135279283	rs2243812	T	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=12;PP=635;SC=TTTTTGGGAATTCCCTTTTGT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=135279291;WS=135279273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	135279810	rs2243909	T	G	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=37;PP=1456;SC=CGTCCTGGGATCCCTTCTTGG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=135279818;WS=135279800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	135280765	rs2246634	C	T	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=17;PP=478;SC=GAAATGCCGCCAGCAGGACTG;SOR=0.900;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=29;WE=135280773;WS=135280755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	135340866	rs11445593	T	TC	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=435;SC=CACAGGATTGTCTCCCGGGCT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=135340874;WS=135340856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	135347397	rs915909	T	C	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=642;SC=ACCCTGAGATTGAAGGTAGGC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=135347405;WS=135347387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	135347533	rs943976	A	G	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=107;SC=TGAGATGGCTAGATGCACTGC;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=135347541;WS=135347523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	135350490	rs147973606	A	AGATGGGTGGAT	884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=4;PP=2983;SC=GTGATTGAATAGATGGGTGGA;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=135350498;WS=135350480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	135351137	rs2070676	G	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=197;SC=TCCTTCAACTGGAAATATACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=135351145;WS=135351127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	135351174	rs2070677	T	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=3;PP=348;SC=TATTCAAAACTACATTCTTCA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=135351182;WS=135351164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	135351362	rs2515641	T	C	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=34;PP=1382;SC=ATGGAAAGTTTAAGTACAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=135351370;WS=135351352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	135352153	rs2249694	A	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=234;SC=TAGGCAGAGAAGGGTGAGTCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=135352161;WS=135352149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	135352168	rs2249695	T	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=301;SC=GAGTCCTGCCTTGTGATGGCC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=135352176;WS=135352158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	135352509	rs2480257	T	A	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.76;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	135352514	rs2480256	A	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.73;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	135369054	rs3020514	A	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	135371466	rs2987792	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=10;PP=342;SC=TGTCAAGGTATTGGGTTTTGG;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=135371474;WS=135371456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	135381215	rs3020499	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	135381276	rs3020500	T	C	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	135381592	rs3020501	C	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=25;PP=1285;SC=CGAGCCCAGCCAGGCCTAGGG;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=135381600;WS=135381582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	135381623	rs3020502	T	C	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=41;PP=1512;SC=CCCAGGGCACTGAGGGCGCCA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=135381631;WS=135381613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	135381766	rs3020503	C	T	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	135381927	rs2987800	T	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=13;PP=374;SC=AGAGGAAGGCTGCCTCCTGTA;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=135381935;WS=135381917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	135438810	.	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.27;MQRankSum=-3.845;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=1.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,6:0.11:57
chr10	135438834	rs374581917	A	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=17.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.88;MQRankSum=-5.554;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.789;SOR=3.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,13:0.13:99
chr10	135438888	rs150376644	C	T	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.058;NF=46;NR=19;PP=843;ReadPosRankSum=-6.049;SC=GATAAACAGCCTCTGACATAG;SOR=0.827;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=182;TCF=119;TCR=63;TR=65;WE=135438896;WS=135438878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,115:0.38:301
chr10	135438929	rs201901202	T	G	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=1.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQRankSum=-12.188;QD=8.17;ReadPosRankSum=4.134;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,163:0.41:396
chr10	135438951	rs200483318	G	A	6460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQRankSum=-13.869;QD=16.44;ReadPosRankSum=4.205;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,173:0.44:393
chr10	135438955	rs201563622	C	T	6428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQRankSum=-13.920;QD=16.70;ReadPosRankSum=4.369;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,169:0.44:385
chr10	135438967	rs145018822	C	T	5829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=2.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQRankSum=-14.941;QD=16.51;ReadPosRankSum=3.947;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,158:0.45:353
chr10	135438977	rs79631365	G	A	5717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=2.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQRankSum=-16.262;QD=16.92;ReadPosRankSum=2.231;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,151:0.45:338
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chr10	135439159	rs200617135	G	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.49;MQRankSum=-3.828;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,7:0.16:45
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chr10	135439321	rs200063193	C	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.37;MQRankSum=-2.722;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr11	193096	rs2280539	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,39:0.28:141
chr11	193194	rs2686896	T	C	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.93;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	193698	rs2294083	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.21;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr11	193722	rs2294082	A	G	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=301;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GGATGGCCACAGGGGAGGACA;SOR=1.085;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=25;WE=193730;WS=193712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr11	193863	rs2294081	T	C	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.09;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	193863	.	TAT	CAG,CAT	554	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=11,33;NR=13,41;PP=248,554;QD=12.5611614526;SC=TCAAGTCCTGTATAGATGGCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=24,74;WE=193873;WS=193853;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.32:74
chr11	193865	rs2686894	T	G	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,64:0.47:137
chr11	193925	rs2294080	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=0.982;SC=TGAGGGCGGCGGGCACCCCAT;SOR=0.461;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=20;WE=193933;WS=193915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr11	194441	rs61997072	C	T	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=-2.353;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr11	194598	rs79601819	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.314;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=147;ReadPosRankSum=0.812;SC=GTCTCTGCCCCCACAGAGGGG;SOR=1.016;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=16;WE=194606;WS=194588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr11	194640	rs2979429	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.067;NF=4;NR=12;PP=291;ReadPosRankSum=0.625;SC=AACACACTCGGGGCCACAGCC;SOR=1.341;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=16;WE=194648;WS=194630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr11	197337	rs3802984	G	A	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=26;PP=1030;SC=GTACCTGGAGGCCCCATCGCC;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=60;WE=197345;WS=197327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	197557	rs7103852	A	G	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=24;PP=1521;SC=CATTGCGTCCACAGGCTTCAT;SOR=1.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=76;WE=197565;WS=197547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	199256	rs3741411	G	A	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	199891	rs75155656	C	A	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1014;ReadPosRankSum=1.006;SC=AGGGCAGAGACCTGCAGGTGG;SOR=0.542;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=151;TCF=100;TCR=51;TR=80;WE=199899;WS=199881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,98:0.52:187
chr11	200027	.	G	A	4256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=1804;ReadPosRankSum=-2.154;SC=TGGTTGATGTGGAATAACGCC;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=277;TCF=128;TCR=149;TR=117;WE=200035;WS=200017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,216:0.48:449
chr11	205889	rs72878029	T	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=871;ReadPosRankSum=0.347;SC=GCCCTCTGCCTTCCCTCTGAT;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=55;WE=205897;WS=205879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,86:0.55:157
chr11	207359	rs375304678	C	CGGCCACAGCCGCCTCAGACGT	1952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=2965;SC=GACACCGACGCGGCCACAGCC;SOR=1.900;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=9;WE=207367;WS=207349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	207400	rs71487219	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.891;NF=4;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=1.018;SC=GCGGGGAAAGAGCTTCCGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=13;WE=207408;WS=207390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr11	207462	rs11245998	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.904;NF=3;NR=6;PP=147;ReadPosRankSum=-0.706;SC=GCCCCTAGATAGCCCAGCCCC;SOR=0.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=9;WE=207470;WS=207452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr11	209002	rs2177173	A	G	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.34;QD=26.08;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	209894	rs3832797	ACCC	A	1274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.440;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.285;NF=1;NR=20;PP=646;ReadPosRankSum=-0.264;SC=CCTGAAGGGAACCCCCCACCC;SOR=1.483;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=21;WE=209904;WS=209884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr11	212408	rs72878032	C	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr11	214544	rs10081	C	T	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=823;ReadPosRankSum=-1.531;SC=TGGACTGCAACGGTCTTCTTG;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=44;TCR=84;TR=61;WE=214552;WS=214534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,86:0.50:173
chr11	218640	rs535716	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GTTAGCATCTGTTTCCTCATC;SOR=0.346;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=12;WE=218648;WS=218630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr11	219089	rs511744	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CTTTACAAGCTCCTCAGGATG;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=219097;WS=219079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr11	223796	rs72479380	A	G	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.829;NF=29;NR=52;PP=1304;ReadPosRankSum=1.605;SC=GGCCCATGAGATGACTCCTGT;SOR=0.733;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=136;TCF=46;TCR=90;TR=81;WE=223804;WS=223786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,111:0.55:203
chr11	223823	rs149395025	G	A	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-1.532;QD=26.04;ReadPosRankSum=1.936;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr11	223832	rs144507767	C	A	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-1.488;QD=27.51;ReadPosRankSum=2.147;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr11	223854	rs201048317	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=1.151;QD=3.69;ReadPosRankSum=-2.600;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr11	223858	.	A	AAACCTCCAGG	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=0.897;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.721;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,4:0.14:29
chr11	230368	rs536715	C	T	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=737;ReadPosRankSum=-0.485;SC=ACTGTCCTTTCGAGACAATGC;SOR=0.932;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=50;WE=230376;WS=230358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,82:0.44:187
chr11	235894	rs9795476	T	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	236343	rs7118852	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.32;NF=2;NR=17;PP=401;SC=CGCGCAGTCCAAGGAGTCCTC;SOR=2.376;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=236351;WS=236333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	236370	.	C	CCGGCGCCCCGCCCG	499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;QD=41.64;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	236871	rs2272563	T	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=111;SC=GAGAGTTTTGTCCGGAGCGCA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=236879;WS=236867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	237087	rs1045288	A	G	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=28;PP=1045;SC=CAGAGCCAGAACTCCGGGCCC;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=237095;WS=237077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	237209	rs56312618	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GCAGGCGGGCGGAGGAGCGGA;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=10;WE=237217;WS=237199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr11	243987	rs6598060	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=423;SC=TGGGGTCTTCGTTTTGCAGAA;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=243995;WS=243977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	244106	rs10902112	A	G	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	244108	rs7107362	A	G	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	244115	rs7128044	G	A	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	244129	rs7116130	C	T	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=694;SC=TGATGCTCGGCGGTGCTCAAA;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=38;WE=244149;WS=244096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	244141	rs7128029	G	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=20;PP=648;SC=GTGCTCAAAGGCTGGTGGCTT;SOR=1.007;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=35;WE=244149;WS=244096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	244167	rs1128320	C	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.97;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	244171	rs1128321	T	C	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	244197	rs1128322	T	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=106;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=364;SC=TCATTCTTCATGTAGTTAGAC;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=244205;WS=244187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	244414	rs2272565	C	T	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=134;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=26;PP=1531;SC=CTGATTGTTCCTTCTTTTCCA;SOR=1.109;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=75;WE=244422;WS=244404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	244490	rs3830667	ATACCTTTTAG	A	6076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=41;PP=2981;SC=CATGTGGGCAATACCTTTTAG;SOR=0.752;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=59;WE=244507;WS=244480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	244552	rs2272566	A	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.055;NF=20;NR=16;PP=326;ReadPosRankSum=-0.469;SC=CTCACTGTCCAGACCTTTAGA;SOR=0.595;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=36;WE=244560;WS=244542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,55:0.41:133
chr11	247200	rs3830001	G	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=5;PP=488;SC=CTAGGCAACAGAGTGAGACCC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=247208;WS=247193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	252350	.	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=201;ReadPosRankSum=1.866;SC=CCGGCAAGTCCCGTCCCACTC;SOR=0.807;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=14;WE=252358;WS=252340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr11	279798	rs4758626	G	A	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	280000	rs4758627	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=0.310;SC=GCCTGAGCAGGGCCGGGGAGG;SOR=1.652;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=14;WE=280008;WS=279990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr11	280221	rs6421985	A	C	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=34;PP=1289;SC=GGAGGAGGCGATGGGGCCCGC;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=280229;WS=280211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	280464	rs77447196	C	G	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=33;PP=993;SC=GCTGGAGAGGCCGGGCACGCG;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=280472;WS=280454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	280673	rs12807092	C	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=501;SC=GGCTGCTGAGCAAGGCGCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=280681;WS=280663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	280816	rs7482965	AT	TC	7510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=32;PP=2947;SC=TTCTACAAGTATTTCCGGGAT;SOR=1.262;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=95;WE=280825;WS=280806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	281692	rs148388963	G	C	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=569;ReadPosRankSum=-0.704;SC=CGCTTCTGCCGCATGGACGTG;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=37;WE=281700;WS=281682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr11	284093	rs9734280	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=0.389;SC=AGGCTCTGCGAGGTCCAGGGA;SOR=0.276;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=12;WE=284101;WS=284083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	284538	rs6598047	T	C	5346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=60;PP=1861;SC=GGCAGAGCCCTGCCCTGACCA;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=112;WE=284546;WS=284528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	284716	rs760059	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	290816	rs10902120	A	G	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.584;SC=TCCTGACAGCAGTGGGCGGCA;SOR=0.312;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=59;WE=290824;WS=290806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr11	292798	rs11602423	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=247;SC=AGGTGTCTCAATGCCAGGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=292806;WS=292788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	293001	rs35259273	A	AG	830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.693;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=540;ReadPosRankSum=0.571;SC=CTGAGGGGTGAGGCCATGGTG;SOR=0.160;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=16;WE=293009;WS=292991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr11	293188	rs12801980	T	C	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1087;ReadPosRankSum=-1.219;SC=ACGAGTACCATTCAGGGGTCA;SOR=0.636;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=74;WE=293196;WS=293178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,112:0.54:209
chr11	293785	rs12418165	C	T	2419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.126;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=43;PP=975;ReadPosRankSum=1.210;SC=TCTCTGCCCACGCAGTGGGCC;SOR=0.958;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=160;TCF=74;TCR=86;TR=75;WE=293793;WS=293775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,125:0.48:263
chr11	294512	rs149098966	A	ACCCCAGGCTGTCCCTCACCCCCAGACTGCCCTCTCAC	3649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.74;QD=58.87;SOR=1.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	299219	.	C	A	120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=21;MQ=59.66;NF=6;NR=2;PP=120;QD=19.3464015684;SC=AAGGACCCCCCACGGAGCTCC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=8;WE=299227;WS=299209;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,8:0.40:20
chr11	308065	rs9704108	T	C	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=3;PP=876;SC=GTTCTGCCCTTATCTGGCCCT;SOR=3.312;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=36;WE=308073;WS=308055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	308178	rs1058873	T	C	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,64:0.34:189
chr11	308178	.	TCA	CCG	1167	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=22;NR=16;PP=1167;QD=32.1175756543;SC=GGTAACCCGATCACCGCTGGT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=38;WE=308188;WS=308168;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:86,38:0.31:124
chr11	308180	rs10398	A	G	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,68:0.35:195
chr11	308290	rs1058900	T	C	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.784;NF=31;NR=28;PP=638;ReadPosRankSum=1.395;SC=ATGCTGGGGGTGCCCCACAAC;SOR=0.525;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=59;WE=308298;WS=308280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,88:0.43:205
chr11	308314	rs14408	T	C	2757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-5.876;NF=32;NR=26;PP=655;ReadPosRankSum=0.894;SC=GCTCCCCCGATGTCCACCGTG;SOR=0.541;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=58;WE=308322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,75:0.43:174
chr11	308363	rs1058935	G	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.144;NF=25;NR=26;PP=698;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CTGACCATGTGGTCTGGTCCC;SOR=0.490;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=51;WE=308371;WS=308353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,52:0.42:123
chr11	308426	rs1058964	G	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.197;NF=16;NR=24;PP=642;ReadPosRankSum=0.133;SC=TAGCATTCGCGTACTCCGTGA;SOR=0.687;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=40;WE=308434;WS=308416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr11	309127	rs1059091	A	G	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=35;PP=1242;ReadPosRankSum=1.137;SC=CATTCTGCTCATCATCATCCC;SOR=0.502;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=196;TCF=133;TCR=63;TR=95;WE=309135;WS=309117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,116:0.45:255
chr11	314207	rs9667990	C	G	9881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=141;PP=2965;SC=TGTGCTGGGGCCACCCCCCAG;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=120;TCR=141;TR=261;WE=314217;WS=314197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr11	320166	rs28655829	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.52;QD=28.83;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	320237	rs28688930	C	G	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.43;QD=25.73;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	320394	rs6421983	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.920;NF=15;NR=18;PP=378;ReadPosRankSum=-0.950;SC=CCAAGCCACACACACACACAG;SOR=0.470;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=33;WE=320402;WS=320384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr11	372157	rs34063493	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=406;ReadPosRankSum=1.545;SC=GTCCACGCTGCGCCATCCACA;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=26;WE=372165;WS=372147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr11	372700	rs35475866	G	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.129;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=394;ReadPosRankSum=-1.303;SC=TTCCTGGGGGGGCTGGGAGGC;SOR=0.545;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=25;WE=372708;WS=372690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr11	373408	rs376849299	AC	A	377.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.22;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	376558	.	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=412;ReadPosRankSum=0.519;SC=CCCGCCGACCCCTCCCCGCCC;SOR=0.787;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=23;WE=376566;WS=376548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr11	379598	rs1134699	A	G	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=413;ReadPosRankSum=3.519;SC=AAAGTCCCGAACCCGCTCCCG;SOR=0.493;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=22;WE=379606;WS=379588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr11	379679	.	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=365;ReadPosRankSum=0.156;SC=GCCAGGACGTGATGGTTCACT;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=22;WE=379687;WS=379669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr11	380774	rs35355019	A	AC	2601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.087;NF=12;NR=34;PP=1733;ReadPosRankSum=1.954;SC=TGCCGGGGGGACCTTGCAGGA;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=31;TCR=84;TR=46;WE=380782;WS=380764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,93:0.48:195
chr11	381560	.	C	T	213	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=51.48;NF=10;NR=1;PP=213;QD=22.5246556861;SC=CACCTCTCCGCCCCCGGCCCC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=11;WE=381568;WS=381550;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	396546	rs7105848	G	A	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=2;PP=48;SC=TGGTGGAGAGGAGGCAGGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=396554;WS=396536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	396701	rs11246147	C	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=443;ReadPosRankSum=-0.729;SC=AGCGATGGGCCCAGCCCGAGG;SOR=0.853;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=33;WE=396709;WS=396691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr11	396915	rs12419281	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=313;ReadPosRankSum=-2.564;SC=CAGCCCACAACGGGGGCAGCG;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=27;WE=396923;WS=396905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr11	397706	rs9795298	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=29;PP=841;SC=GGTGACCTCCTTCGTGGGCCC;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=397714;WS=397696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	397732	rs9795299	T	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=22;PP=597;SC=CCTCCCACTGTCCTCTGCTCA;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=397740;WS=397722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	400109	rs8858	A	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=11;PP=318;SC=CCTCGGAGGCAGAGATCTTCT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=400117;WS=400099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	400169	.	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=135;ReadPosRankSum=0.349;SC=AGCGGGGTGGGGATTGCAGGC;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=400177;WS=400159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr11	403030	.	CCCGACCCG	C	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.756;QD=15.86;ReadPosRankSum=2.259;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr11	403040	.	TCACCCC	T	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.870;QD=13.95;ReadPosRankSum=3.261;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr11	403046	.	C	T	159	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=58.7;NF=6;NR=4;PP=159;QD=19.3771212547;SC=CCGCTCACCCCGACCCCGCCG;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=10;WE=403054;WS=403036;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr11	403880	rs10794318	G	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=498;ReadPosRankSum=-0.575;SC=GGGGGAGGCAGGGGACCCCAG;SOR=0.588;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=38;WE=403888;WS=403870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr11	403939	rs7479832	A	G	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=32;PP=1340;SC=CCGGCCTCCCACAGCCACGAA;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=61;WE=403947;WS=403929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	403980	rs11748	G	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=658;ReadPosRankSum=-1.151;SC=AGAAGCTGCCGGGCAGCGTGG;SOR=0.375;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=40;WE=403988;WS=403970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,56:0.57:98
chr11	404317	rs1134578	C	T	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=812;ReadPosRankSum=-0.234;SC=ACCGTGACTTCCGGGCGGTAC;SOR=1.004;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=53;WE=404325;WS=404307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,94:0.49:191
chr11	404468	rs11246148	G	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=-3.962;SC=CACTGCAGGAGGGACAGCGGG;SOR=1.197;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=17;WE=404476;WS=404458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr11	406043	rs7947	G	A	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=44;PP=1729;SC=GCTCTCCAAAGACAGGCCCCC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=91;WE=406051;WS=406033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	406473	rs3087588	A	C	4843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	406483	rs3210908	T	C	4915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.89;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	406615	rs10902159	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AAGAGCACACCTGCGGCTGCC;SOR=0.293;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=406623;WS=406605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr11	407236	rs7395890	T	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.68;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	407364	.	C	CATGGG	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=401;SC=TGGGACGGAGCATGGGGCGGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=407372;WS=407354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	407708	rs6421977	A	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=11;PP=591;SC=CGCACAGAGCACCCGGGGGCT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=407716;WS=407698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	409385	rs6421976	C	G	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=925;SC=TGGATGGGCACAGCTGGGAGC;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=409393;WS=409375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	409720	rs6598024	T	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=32;PP=1329;SC=AAGGGCCCAGTGGGAGGGGTG;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=74;WE=409728;WS=409710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	409815	rs4074794	G	A	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.336;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=711;ReadPosRankSum=0.496;SC=CCAGCCTGAGGGGCAGGAGGT;SOR=0.427;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=47;WE=409823;WS=409805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,79:0.62:128
chr11	428385	rs10794323	A	G	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=16;PP=968;SC=AGGGCCACGCACCTGTTGATC;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=428393;WS=428375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	428489	rs10794324	T	C	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=50;PP=1600;SC=GTCATGATGATGATGGTCACA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=104;WE=428497;WS=428479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	429659	rs7111432	C	T	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=69;PP=1744;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GTGGCTGCGGCGGGGGCAAGG;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=237;TCF=104;TCR=133;TR=118;WE=429667;WS=429649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,154:0.49:314
chr11	430487	rs59688806	G	A	48.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	431577	.	T	A	114	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=123;MMLQ=17;MQ=57.53;NF=7;NR=0;PP=114;QD=21.2530303639;SC=GTGTGGGGGCTCCCGCGGGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=431585;WS=431573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr11	431622	.	C	T	345	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=60;MMLQ=15;MQ=59.01;NF=16;NR=5;PP=345;QD=18.0843434546;SC=GGGGCGTCCGCGGGTATCTGG;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=21;WE=431630;WS=431612;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
chr11	431834	rs55914928	A	G	4441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=51;PP=2136;SC=TCTCCAGGCCAGCCCACCCCT;SOR=0.726;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=116;WE=431842;WS=431824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	433387	rs7395065	A	G	5932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=60;PP=2289;SC=TCCAGGAGGAAAGTGCGGTAC;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=122;WE=433395;WS=433377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	433532	rs7395790	C	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=5;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=123;ReadPosRankSum=-1.075;SC=ACCCTCCCCCCTCTATTCCAC;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=10;WE=433540;WS=433522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr11	433995	rs7396776	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=391;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GGGCCAGGTGGGGCCCGGGAG;SOR=0.390;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=24;WE=434003;WS=433985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr11	441806	rs10794325	C	A	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	490196	rs139498822	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=-0.905;SC=GCCGCCTCTGCGGGAGGCGCC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=15;WE=490204;WS=490186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr11	499787	.	G	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=410;ReadPosRankSum=1.362;SC=CTGGGGGACAGGCAGCGGCCA;SOR=1.373;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=26;WE=499795;WS=499777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr11	549959	rs7942030	C	T	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=19;PP=1267;SC=GCTGTGGCCTCGCTGACCTGG;SOR=1.496;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=66;WE=549967;WS=549949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	550028	rs11246180	C	G	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.02;SOR=3.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	551405	rs7396875	G	A	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=64;PP=2025;SC=CATCTCATGCGCTTCTCCAGC;SOR=1.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=107;WE=551413;WS=551395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	551753	rs4963198	G	A	7409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=89;PP=2965;SC=CTGCTGGTCCGTGGGGGCCCC;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=128;TCR=89;TR=216;WE=551761;WS=551743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	552547	rs3740652	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=363;SC=GGCTGGAGCTTCTCCTCCTCT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=552555;WS=552537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	552756	rs12361381	T	C	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	552787	rs12361383	TG	CC	6281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=50;PP=2947;SC=CCAGATCAGATGTGTCAACCT;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=90;WE=552796;WS=552777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	552875	rs28575794	A	G	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=32;PP=873;SC=GCTCACGACCAAGGGAGGCCC;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=552883;WS=552865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	553866	rs12792519	G	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=236;SC=CCACTGCCTCGGGGCTGCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=553874;WS=553856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	554166	rs10902170	C	G	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=35;PP=1653;SC=GGTGGCCTCACGCCTGAGCCC;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=80;WE=554174;WS=554156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	554214	rs10902171	G	C	5065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=52;PP=2002;SC=GCCAGCACCAGATGCAGCAGC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=554222;WS=554204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	554299	rs10902172	C	G	5669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	555182	.	G	GGGAGGGGCGGGGAGGAGAGC	270.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.12;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	555210	.	A	C	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=8;MMLQ=21;NF=4;NR=0;SC=AGCGGAGGGGAGGGGACGAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TCF=15;TR=4;WS=555200;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr11	555223	rs55731724	AC	A	269.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=98;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=464;SC=GGACGAGGAGACAGAGGGGAG;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=555231;WS=555200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	556121	rs936467	G	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=11;PP=353;SC=CAGACCTGGAGGGGCGTGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=556129;WS=556111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	556457	rs28407128	T	C	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=1481;ReadPosRankSum=0.392;SC=CCAGCTCCAGTCCGGCGCCGG;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=556465;WS=556447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr11	556521	rs28406183	C	G	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=34;PP=1215;SC=TCCAGTGGTCCGGGTCTGTGC;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=66;WE=556529;WS=556511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	556857	rs7938269	G	C	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=25;PP=995;SC=TGCTGTAGCTGCCGGCCTGCA;SOR=0.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=48;WE=556865;WS=556847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	557342	rs936466	T	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=15;PP=645;SC=GCGTCTTCACTTGCCAAGGTG;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=557350;WS=557332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	557989	rs7129811	C	T	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=19;PP=994;SC=CCTCCATCTCCTGGAGCGTGC;SOR=1.148;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=54;WE=557997;WS=557979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	558884	rs2061586	C	T	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=30;PP=1071;SC=ACCACCGGTGCGGGGTGGGGC;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=62;WE=558892;WS=558874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	559016	rs3943356	C	T	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	560801	rs71462097	C	CG	251.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=133;SC=CCTGTAGTCTCGGGGGGGGCG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=560809;WS=560791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	568211	rs7395206	G	A	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=136;SC=GCGGGCGGAGGGATTGACCCC;SOR=2.093;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=568219;WS=568201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	582264	rs71022934	CT	C	180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.91;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	606656	rs936470	G	C	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	608139	.	C	T	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=1024;ReadPosRankSum=1.281;SC=GCCCGAACCCCCTCTCGGACC;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=69;TCR=68;TR=67;WE=608147;WS=608129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,104:0.46:225
chr11	610277	rs11246212	T	C	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=59;PP=1618;SC=GTCAGGCAGGTGTTCTCCGAG;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=98;WE=610285;WS=610267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	612822	rs34948036	C	CT	915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=1017;SC=GATCGGGCGTCTGTCAGTGAC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=612830;WS=612812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	614864	rs1061501	C	T	10821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=94;PP=2965;SC=CCGAGTTATCCCGCAGCATCA;SOR=0.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=129;TCR=95;TR=223;WE=614872;WS=614854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr11	616736	.	G	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=266;ReadPosRankSum=-1.299;SC=CTCCTGGTCTGGCTCCTGCTC;SOR=1.287;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=18;WE=616744;WS=616726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr11	616970	rs1610161	A	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=522;SC=GAGGTCTGAGATGAGCCGGGT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=616978;WS=616960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	617537	rs2740380	C	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=32;PP=1029;SC=ACCCGCCCTCCGGCCGCCGCT;SOR=0.742;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=62;WE=617545;WS=617527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	617967	rs2740379	C	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=27;PP=1632;SC=AGCTTTGCCACAGCAGCACTT;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=617975;WS=617957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	618172	rs6598008	A	G	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=78;PP=2153;SC=GGCATTTCCCATGCCAACCTG;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=43;TCR=78;TR=121;WE=618180;WS=618162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	618998	rs2740375	G	A	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=24;PP=882;SC=GCACCCGGGGGCCCCCCGGGT;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=619006;WS=618988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	619789	rs2246614	T	G	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1495;ReadPosRankSum=1.560;SC=CACGATACAGTCTCTGGGGGA;SOR=0.339;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=619797;WS=619779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr11	636496	rs936461	A	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=4;PP=454;SC=AGCCGAACCTACTGTCCGGTC;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=636504;WS=636486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	636689	rs747302	G	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.67;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	636690	rs936462	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.67;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	636701	rs3842250	CG	C	505.50	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=10.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.61;ReadPosRankSum=-2.070;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr11	636703	rs2396543	G	T	514.53	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=10.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.08;ReadPosRankSum=-1.903;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr11	639374	rs28540443	C	G	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.394;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=19;PP=1169;ReadPosRankSum=1.682;SC=AGAGTGGGGGCGGGTCACAAG;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=77;WE=639382;WS=639363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,70:0.95:74
chr11	640119	rs762502	C	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.73;QD=24.08;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	640341	.	A	AG	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr11	640742	rs372134586	TG	T	474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=356;SC=TGATGGGGAGTGGGGAAGAGG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=640750;WS=640732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	654091	rs7112962	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr11	674454	rs11246258	G	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr11	674458	rs6597997	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	674499	rs6597996	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=151;ReadPosRankSum=1.680;SC=GGGGTTACTCGGCACAGGTCG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=14;WE=674507;WS=674489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr11	678561	rs10902190	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr11	679915	rs28392994	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=0.114;SC=GGGGGCCTGGGCTGAAGGGCG;SOR=0.086;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=679923;WS=679905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	680866	rs7483337	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr11	686714	rs10794330	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TAAATCACTCGCCCAAGGCCA;SOR=0.084;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=686722;WS=686704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr11	688091	rs12277188	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=286;ReadPosRankSum=0.319;SC=GGTGAGAGGCCGGACACCGGG;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=20;WE=688099;WS=688081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr11	691636	rs11246268	G	A	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=-1.935;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,108:0.54:199
chr11	698807	rs4963166	C	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=425;ReadPosRankSum=1.261;SC=CAGTGTGGAGCGAGACCCGGG;SOR=0.476;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=36;WE=698815;WS=698797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
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chr11	702923	rs5789195	T	TC	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CCACCTTCCCTCCCCTTTGCT;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=702931;WS=702913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr11	704753	rs7941896	G	A	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=36;PP=920;SC=GGCCCGAGAGGCCAGCCTGGA;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=704761;WS=704743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	709680	rs11605783	T	C	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=33;PP=1023;SC=GGGGGACAGCTGCTCCTGCCC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=709688;WS=709670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	710558	rs7395822	G	A	5714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.53;SOR=1.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	710567	rs7396652	A	C	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.24;SOR=1.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	720197	rs3087546	C	T	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=62;PP=1860;SC=CGACCAGTCGCTGCGGCTGCT;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=720205;WS=720187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	720958	.	CCCGGCAGGGGAGGGGAGGAG	C	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.05;MQRankSum=-1.000;QD=21.52;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr11	721570	rs7635	C	T	9475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr11	723429	rs4078520	C	T	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=40;PP=1105;SC=CATATGGGTACGCTGCCACCA;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=723437;WS=723419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	725877	rs66512023	G	GC	340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=5;PP=281;SC=TGGGGTCGCAGCCCCCAGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=725885;WS=725867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	726178	rs28498399	G	C	6697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=56;PP=2597;SC=ACGGTGAGAGGTGCTGCTTCG;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=125;WE=726186;WS=726168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	752245	.	AT	A	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	763299	rs57332668	TCCCCGCCCTCACCTG	T	333.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.83;QD=37.08;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	770373	.	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=561;ReadPosRankSum=1.459;SC=AGTGCCGGTCGGCCTTGGGGC;SOR=0.918;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=37;WE=770381;WS=770363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr11	771034	rs7930569	A	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=35;PP=1348;SC=CGGCCGGGACAGTGGAGCTGG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=75;WE=771042;WS=771024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	772490	rs12224894	G	A	7481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=93;PP=2965;SC=AGCACAGGGCGGCGACACCGT;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=86;TCR=93;TR=177;WE=772498;WS=772480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	774982	rs7952095	C	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=8;PP=315;SC=CCTCCCAGGCCGCGGCGGCAG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=774990;WS=774972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	775275	rs7942564	A	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=9;PP=220;SC=TACACCCAAGAACGACTACTT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=775283;WS=775265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	794401	.	G	A	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1414;ReadPosRankSum=-1.574;SC=TCCCTGCCACGACTCGCGGGC;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=93;TCR=129;TR=105;WE=794409;WS=794391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,168:0.47:355
chr11	799670	rs28649421	G	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=596;SC=CTGGGGCCAGGTGCGGCCAGA;SOR=1.893;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=24;WE=799678;WS=799660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	800485	rs7121646	TC	AT	11264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=78;NR=84;PP=2729;SC=CAAGGAGGGCTCGGGGAGGAC;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=171;TCF=84;TCR=87;TR=162;WE=800494;WS=800475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	801631	rs55974235	T	TG	2953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=41;PP=1828;SC=GCCGCTGGGATGGGGGAGAGA;SOR=1.274;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=48;WE=801639;WS=801621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	801776	rs7479183	T	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=10;PP=502;SC=GGGGTGGAAGTTGCCAGGGAC;SOR=2.303;Source=Platypus;TCF=13;TR=23;WE=801784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	802115	rs7479101	A	G	8296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	802125	rs28498421	T	C	8049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	802379	rs10902221	T	C	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=17;PP=624;SC=TGAGCAGCCTTGAGGGGTCAC;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=802387;WS=802369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	802743	.	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.358;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=1.220;SC=GGCGCACAAAGGGGGCGTCTA;SOR=1.367;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=13;WE=802751;WS=802733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr11	802902	rs28360884	T	G	190.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=112;SC=CTGCGGGCAGTTGCTGGCTTA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=802910;WS=802892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	804212	rs7104785	C	A	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=41;PP=1521;SC=GCAGCAGCTGCAGAGGCTGCT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=81;WE=804220;WS=804202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	822622	rs7942159	A	G	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=52;PP=1423;SC=CTCTGCTCCGAGGACTGTGGC;SOR=2.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=822630;WS=822612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	824789	rs1138693	T	C	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=58;PP=2254;SC=CAGCACCAGCTGGCCGGGCCT;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=134;WE=824797;WS=824779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	824987	rs66460720	CTGCA	C	6188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.249;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.169;NF=6;NR=62;PP=2974;ReadPosRankSum=1.720;SC=CACTCACCAGCTGCATGCACT;SOR=1.122;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=7;TCR=64;TR=68;WE=824998;WS=824977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
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chr11	830670	rs4075289	G	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=-0.707;SC=GAGCTGCAGAGCCGCGAGCAG;SOR=0.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=22;WE=830678;WS=830660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr11	831122	rs7114218	C	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr11	836008	rs5030778	T	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=502;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CCTATCCGTCTCCCAGTCAGG;SOR=0.742;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=35;WE=836016;WS=835998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr11	836023	rs28475448	C	T	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=28;PP=1468;SC=GTCAGGGGCCCGGTGCTGTGG;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=77;WE=836031;WS=836013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	836227	rs28434354	A	G	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=43;PP=1740;SC=GGCAGATGCGATGACCTTTGT;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=51;WE=836235;WS=836217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	836539	rs56063221	TG	T	1506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=431;ReadPosRankSum=0.674;SC=TGTGCTCACCTGGGGGGGGGG;SOR=0.349;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=24;WE=836547;WS=836529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr11	836971	rs28620453	G	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=0.476;SC=ATGTGCCACTGGGCCCTGGAG;SOR=1.650;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=12;WE=836979;WS=836961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr11	837121	rs28655651	G	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=587;ReadPosRankSum=1.326;SC=ATGCCGAGGTGTGACCTCAGC;SOR=1.559;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=33;WE=837129;WS=837111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr11	837582	rs1130663	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=512;ReadPosRankSum=2.440;SC=CTCTTTGTGGGCAGCGAGACC;SOR=0.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=31;WE=837590;WS=837572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr11	837662	rs67261431	TG	T	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TACGAGGTGGTGGGGGGGCAC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=837670;WS=837652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr11	838110	rs5030780	C	T	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=1045;ReadPosRankSum=0.756;SC=CGTCTGCTTACGCCCACCCGG;SOR=0.533;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=74;WE=838118;WS=838100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,123:0.56:219
chr11	840319	rs3059	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=207;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GAATTCGGGGCAGGACGCTCA;SOR=0.577;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=18;WE=840327;WS=840309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr11	840477	rs4895	A	G	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=744;ReadPosRankSum=0.224;SC=CATCCAGCGCATCCCTGTGTC;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=64;WE=840485;WS=840467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,94:0.57:164
chr11	840578	rs34627090	AC	A	1024.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.266;NF=5;NR=18;PP=407;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TGCTGGCCTCACCCCCCCCGC;SOR=0.606;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=23;WE=840586;WS=840568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr11	840604	rs28677123	C	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.294;NF=10;NR=15;PP=409;ReadPosRankSum=0.022;SC=GCAAGGCGAACAGATTCACCC;SOR=0.460;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=25;WE=840612;WS=840594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr11	840639	rs28636471	T	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.319;NF=6;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=1.275;SC=GATCTAGCAGTATGATCCTGG;SOR=0.580;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=18;WE=840647;WS=840629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr11	842543	rs28372895	C	G	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.487;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr11	842627	rs9705236	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=7.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.83;ReadPosRankSum=1.121;SOR=3.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr11	842630	rs9704020	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.83;ReadPosRankSum=1.601;SOR=2.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr11	842653	rs35249369	C	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=283;SC=ACCGGCCCCGCCACCGCTGGC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=842661;WS=842643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	849090	rs28402197	C	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=15;PP=395;SC=GGTGGGTGCGCGCGACTGCCC;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=849098;WS=849080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	850170	rs28704105	T	G	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=28;PP=2065;SC=CGCCGGGGGCTCCTTCTTCGG;SOR=1.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=80;TCR=28;TR=108;WE=850178;WS=850160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	862652	rs28505621	T	C	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=28;PP=1275;SC=GGCTGCCAACTTGCTCATCAT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=862660;WS=862642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	864626	rs28377158	A	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=32;PP=838;SC=CCTCACGGGCAGCCAGGACAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=864634;WS=864616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	865447	rs28423070	G	A	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=2;PP=205;SC=GGGCCGGCGAGGGGGTCTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=865455;WS=865437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	865503	rs28581489	G	A	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=640;SC=GACCCCCCCCGCACCCCCAGA;SOR=1.262;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=33;WE=865511;WS=865493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	866044	rs28457111	A	G	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=14;PP=459;SC=CCACTTTGTTAGGACCTTCTG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=866052;WS=866034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	866183	rs28439203	T	C	176.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=92;SC=GGGCTCCCTCTTAGTGGACAG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=866191;WS=866173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	866498	rs28663055	T	C	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.88;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	866498	.	TG	CA,CG	567	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=31,52;NR=17,29;PP=567,374;QD=12.9264140596;SC=GGACAGGGACTGCTCTGGGCT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=48,81;WE=866507;WS=866488;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:84
chr11	866499	rs34165342	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=1.802;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,70:0.59:118
chr11	870095	rs113580509	G	A	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=721;ReadPosRankSum=1.321;SC=CCCCTCCCCCGGTCCCACGGC;SOR=0.665;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=61;WE=870103;WS=870085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,106:0.42:253
chr11	870446	rs6682	G	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=13;PP=567;SC=GTGCTCTGAGGCCTGGCTGTC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=870454;WS=870436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	870467	rs1127800	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=194;ReadPosRankSum=1.798;SC=CCACACCATCCGGGGCCTGTG;SOR=0.627;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=17;WE=870475;WS=870457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr11	884193	rs61869682	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=-1.162;SC=GTGCAGCCACCTCAGGCTGCT;SOR=1.182;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=28;WE=884201;WS=884183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr11	900894	rs28454252	T	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=9;PP=672;SC=ACCCCCGCAGTTTGAGCCATC;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=900902;WS=900884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	900929	rs10794339	C	G	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=19;PP=1023;SC=TGGCCTGCCGCACTTACCTAT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=900937;WS=900919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	903070	rs28380110	G	C	4593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=52;PP=1759;SC=GGTCCGTCACGACCAAACCCC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=95;WE=903078;WS=903060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	959274	.	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=2.432;SC=GCAGCCCCTTCCTGCCGGCTC;SOR=0.653;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=959282;WS=959264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	970029	rs7396107	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-0.838;SC=AGCGTCTGCACTGCACCTGCC;SOR=1.501;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=7;WE=970037;WS=970019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr11	970373	rs7394436	G	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.916;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=212;ReadPosRankSum=2.226;SC=ACTGAGGCCCGGTGCCCGTGT;SOR=2.093;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=17;WE=970381;WS=970363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr11	970405	rs7394427	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=195;ReadPosRankSum=0.402;SC=TTCCTTCTCTGCCCACAGCTG;SOR=0.420;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=13;WE=970413;WS=970395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr11	972270	rs7933889	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=452;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GTGCCGGGCTCGTGCCGGGCT;SOR=0.855;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=34;WE=972278;WS=972260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,63:0.43:145
chr11	977036	rs6597960	C	T	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=525;ReadPosRankSum=0.643;SC=GGGGGTGCTCCGTGCAGCTCT;SOR=0.416;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=38;WE=977044;WS=977026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr11	985547	rs10794358	C	T	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=573;ReadPosRankSum=-0.791;SC=ATGCCGTGCTCTTCGAGGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=43;WE=985555;WS=985537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,81:0.43:189
chr11	992691	rs10902263	G	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-1.257;SC=TCGAGGTATGGCCCGCAGGAT;SOR=0.658;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=8;WE=992699;WS=992681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr11	1003523	rs10902264	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=2.323;SC=CTGTGTCCGCGTCCCTGCGTC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=1003531;WS=1003520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	1003642	rs10902265	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=444;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TCCTCGTGCTGTGAGTTTTTT;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=32;WE=1003650;WS=1003632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,51:0.38:133
chr11	1007831	rs10902267	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=-0.420;SC=GCAGACAGTGTTTTGAGGATT;SOR=0.132;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=8;WE=1007839;WS=1007821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr11	1009416	rs7126709	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=107;ReadPosRankSum=1.933;SC=TCTGGAGGGACGGCCCCGGGG;SOR=0.751;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=12;WE=1009424;WS=1009406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr11	1009890	rs11246380	T	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr11	1010694	rs1128413	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=391;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TCTTCGTGGCCATCCTGCAGA;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=30;WE=1010702;WS=1010684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
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chr11	1016665	rs77438942	C	T	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-8.423;NF=64;NR=28;PP=1559;ReadPosRankSum=2.889;SC=GGTGGAGGAACGGTGCCTGTT;SOR=0.776;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=202;TCF=124;TCR=78;TR=92;WE=1016686;WS=1016620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,65:0.30:217
chr11	1016704	rs75826443	C	A	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=3.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-9.237;QD=10.44;ReadPosRankSum=-3.509;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,72:0.31:233
chr11	1016713	rs76406481	T	C	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=4.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQRankSum=-9.959;QD=11.28;ReadPosRankSum=-2.926;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,72:0.31:235
chr11	1016714	rs373360588	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-5.281;QD=0.64;ReadPosRankSum=-3.193;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,22:0.09:236
chr11	1016722	rs144616203	T	G	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=12.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-8.262;QD=5.77;ReadPosRankSum=-3.606;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,52:0.21:245
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chr11	1016776	rs33988517	C	T	3392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=80;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.837;NF=69;NR=65;PP=1750;ReadPosRankSum=0.936;SC=AAAGGTGGAACGTGAGTGGGA;SOR=0.665;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=381;TCF=218;TCR=163;TR=134;WE=1016784;WS=1016766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,128:0.35:367
chr11	1016834	rs34740154	G	A	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQRankSum=1.213;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:512,166:0.24:678
chr11	1016869	rs35469308	A	T	6890.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.205;HP=3;HapScore=1;MGOF=109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.749;NF=128;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.417;SC=GTGGAAGAGAAGGGACTGCTC;SOR=0.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=493;TCF=255;TCR=238;TR=248;WE=1016879;WS=1016859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,251:0.55:455
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chr11	1016871	.	G	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DP=520;ExcessHet=3.0103;FS=2.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=1.817;QD=2.31;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:457,60:0.12:517
chr11	1016892	rs78784632	G	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=0.178;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,52:0.13:405
chr11	1016894	rs34281988	G	A	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=1.329;QD=5.41;ReadPosRankSum=3.238;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,84:0.22:388
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chr11	1016910	rs113559934	G	A	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=1.627;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,73:0.23:323
chr11	1016916	.	A	G	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=1.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-7.453;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.605;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,55:0.20:277
chr11	1016928	rs34053383	C	G	6024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=4.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-6.025;QD=23.72;ReadPosRankSum=-2.283;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,150:0.59:254
chr11	1016928	.	CTGGCC	GTGGCC,GTGGCT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=114;MMLQ=22;MQ=53.92;NF=162,46;NR=214,82;PP=2962,2944;QD=20;SC=CCTGCTGCTGCTGGCCGAGGT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=451;TCF=200;TCR=251;TR=376,128;WE=1016942;WS=1016900;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.83:451
chr11	1016934	.	G	A	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-7.980;QD=10.94;ReadPosRankSum=2.922;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,78:0.30:256
chr11	1016957	rs200695483	T	G	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=4.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-9.449;QD=7.09;ReadPosRankSum=1.419;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,57:0.22:261
chr11	1016963	rs76273000	G	T	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=8.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-10.417;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.742;SOR=1.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,48:0.18:262
chr11	1016968	.	T	C	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.386;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=7.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-11.248;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.574;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,42:0.16:257
chr11	1016972	.	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=7.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-11.813;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.548;SOR=1.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,38:0.15:262
chr11	1016976	rs78728217	T	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=6.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-12.187;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.715;SOR=1.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,37:0.14:269
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chr11	1016978	.	T	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.410;ClippingRankSum=0.000;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=6.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-12.261;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.091;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,37:0.14:272
chr11	1016984	rs78839362	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=3.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-13.302;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,32:0.12:269
chr11	1016987	.	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-14.339;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.759;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,31:0.11:271
chr11	1017029	rs35621365	T	G	4865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=1;HapScore=1;MGOF=87;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.315;NF=83;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=2.902;SC=GATGGTGTGTTGAGGAAGTGT;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=325;TCF=146;TCR=179;TR=188;WE=1017053;WS=1017013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,165:0.53:311
chr11	1017069	rs80333708	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-2.048;QD=1.97;ReadPosRankSum=-2.785;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,52:0.19:272
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chr11	1017154	rs112965257	T	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=3.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-2.204;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,45:0.14:318
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chr11	1017183	rs34844844	G	T	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=3.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=1.063;QD=4.36;ReadPosRankSum=1.897;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,75:0.28:268
chr11	1017186	rs74579726	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=5.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-3.649;QD=1.01;ReadPosRankSum=-2.176;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,21:0.08:254
chr11	1017220	rs56238842	T	C	5116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.581;NF=55;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.295;SC=GCCATCTGTGTGTGGGTAGGG;SOR=0.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=77;TCR=101;TR=126;WE=1017248;WS=1017210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,131:0.64:204
chr11	1017231	rs35840539	A	G	5134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQRankSum=-6.913;QD=27.17;ReadPosRankSum=-3.118;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,123:0.65:189
chr11	1017239	rs56386804	C	T	4604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQRankSum=-7.098;QD=25.30;ReadPosRankSum=-1.671;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,114:0.63:182
chr11	1017240	rs62891761	G	A	4244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQRankSum=-5.274;QD=23.20;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,105:0.57:183
chr11	1017302	rs35330958	G	C	3774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQRankSum=-3.921;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,98:0.37:265
chr11	1017317	rs33943903	G	T	5152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.193;NF=54;NR=40;ReadPosRankSum=0.538;SC=GGTGTGATGGGGTTGGATAGG;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TCR=105;TR=94;WS=1017284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,131:0.42:315
chr11	1017325	rs55903826	A	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=1.762;QD=2.59;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,72:0.22:333
chr11	1017337	rs76686156	TC	CA	5781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.808;NF=53;NR=42;PP=2944;ReadPosRankSum=3.012;SC=GTAGTGGTGGTCTGGAAGGAT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=260;TCF=143;TCR=117;TR=95;WE=1017346;WS=1017284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,150:0.42:357
chr11	1017384	rs34095361	G	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=1.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-9.245;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,62:0.17:362
chr11	1017421	rs35549382	G	T	5379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.241;NF=71;NR=57;PP=1865;ReadPosRankSum=1.069;SC=AAGGGTGTGGGTAGCCTGCTG;SOR=0.726;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=338;TCF=181;TCR=157;TR=128;WE=1017429;WS=1017411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,167:0.39:433
chr11	1017440	rs78729877	C	T	6176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQRankSum=-6.844;QD=15.88;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,160:0.41:389
chr11	1017443	rs80266715	C	G	5680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.777;NF=85;NR=76;PP=2746;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TGGTGGCCGACGTGGTGTGGG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=340;TCF=178;TCR=162;TR=161;WE=1017451;WS=1017442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,152:0.42:359
chr11	1017458	.	A	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=12.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQRankSum=-0.577;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.601;SOR=1.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,47:0.13:360
chr11	1017461	rs77216712	G	T	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=9.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQRankSum=-2.150;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.075;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,76:0.21:367
chr11	1017464	rs112874139	T	C	3777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=4.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=-8.343;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,111:0.36:312
chr11	1017466	rs201054567	T	C	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQRankSum=-9.836;QD=8.12;ReadPosRankSum=3.421;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,77:0.24:322
chr11	1017470	rs75533660	G	T	4107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=3.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQRankSum=-10.018;QD=11.70;ReadPosRankSum=3.805;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,112:0.32:351
chr11	1017471	.	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-9.275;QD=2.91;ReadPosRankSum=3.682;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,47:0.13:350
chr11	1017474	.	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=9.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQRankSum=-2.439;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.689;SOR=1.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,36:0.10:356
chr11	1017483	rs79986665	T	G	3663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.125;HP=3;HapScore=1;MGOF=129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-12.252;NF=59;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=3.879;SC=TGTACTGGTGTGGTTGGGGGT;SOR=0.884;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=309;TCF=157;TCR=152;TR=113;WE=1017506;WS=1017473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,105:0.29:361
chr11	1017489	.	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.551;ClippingRankSum=0.000;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=3.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQRankSum=-2.815;QD=0.33;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,28:0.07:375
chr11	1017495	rs67507057	ATGC	A	1170.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=1.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQRankSum=-10.423;QD=3.19;ReadPosRankSum=5.631;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,51:0.14:367
chr11	1017498	rs76707565	C	G	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQRankSum=-3.398;QD=7.59;ReadPosRankSum=-2.163;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,79:0.25:315
chr11	1017514	rs79037833	A	G	5753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.495;HP=3;HapScore=2;MGOF=126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.616;NF=74;NR=76;PP=2647;ReadPosRankSum=1.358;SC=GTAGAAGTTGAGGTGACTTCA;SOR=0.863;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=285;TCF=143;TCR=142;TR=150;WE=1017530;WS=1017504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,155:0.44:350
chr11	1017529	rs200644196	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=3.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQRankSum=-0.830;QD=0.45;ReadPosRankSum=2.256;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,50:0.14:364
chr11	1017691	rs77359624	C	G	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=2.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-0.770;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,84:0.29:285
chr11	1017746	rs78848170	T	G	4783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-11.780;QD=10.97;ReadPosRankSum=4.008;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,152:0.35:436
chr11	1017756	.	A	G	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-14.878;QD=1.71;ReadPosRankSum=2.806;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,56:0.13:429
chr11	1017767	rs75637734	G	C	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=3.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=1.021;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,89:0.21:427
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chr11	1017783	rs36101709	A	G	6343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=2.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-9.962;QD=15.07;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,184:0.44:421
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chr11	1017981	rs61869010	T	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=5.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQRankSum=4.499;QD=9.22;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,33:0.30:110
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chr11	1018116	rs10902269	T	G	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.932;NF=16;NR=22;PP=483;ReadPosRankSum=0.839;SC=GGTGGCTGAGTTGGTGTGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=38;WE=1018124;WS=1018106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,73:0.49:148
chr11	1018138	rs71454075	T	C	2819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=5.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-4.029;QD=18.43;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,71:0.46:153
chr11	1018144	rs12807084	G	C	2786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-4.346;QD=16.99;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,73:0.45:164
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chr11	1018182	.	G	T	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-5.114;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,52:0.31:169
chr11	1018186	.	G	T	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-5.208;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,50:0.30:166
chr11	1018192	.	C	T	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-5.195;QD=10.35;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,49:0.30:162
chr11	1018196	.	A	T	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-5.528;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,44:0.28:157
chr11	1018215	.	G	GCA	1233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-6.703;QD=8.75;ReadPosRankSum=-2.971;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,38:0.27:141
chr11	1018218	.	T	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.923;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=21.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-7.740;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=2.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,25:0.19:130
chr11	1018220	.	T	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=417;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AGGAAGTGTGTGAATGTAGCG;SOR=0.668;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=34;WE=1018228;WS=1018210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr11	1018222	.	AAT	A	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.624;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=21.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-7.726;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=2.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,24:0.19:124
chr11	1018226	.	T	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.077;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=17.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-7.600;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=2.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,23:0.20:115
chr11	1018229	rs77630889	C	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=15.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-8.078;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,21:0.18:116
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chr11	1018237	rs79892432	GT	AG	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=18.269;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-8.756;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,20:0.17:118
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chr11	1018390	rs111785507	C	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=23.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQRankSum=-5.619;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.250;SOR=3.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,16:0.20:80
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chr11	1018473	rs112923701	A	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-5.603;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.555;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr11	1018483	rs78265558	C	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-7.174;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,19:0.21:89
chr11	1018496	rs67341709	G	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-7.332;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,17:0.17:98
chr11	1019375	rs9704308	C	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=456;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TGGCGGTCGACGCCGTGGCCC;SOR=0.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=33;WE=1019383;WS=1019365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,58:0.42:137
chr11	1027811	rs7481521	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=491;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GCCTGGTACACGCACCTCTGC;SOR=0.736;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=38;WE=1027819;WS=1027801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
chr11	1028046	.	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=-1.420;SC=AGCAGTGGGTCTCTGCACACA;SOR=0.915;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=15;WE=1028054;WS=1028036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr11	1033240	rs61869016	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=158;ReadPosRankSum=0.832;SC=GCCAAGCGCTTGGCCTCCCAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=11;WE=1033248;WS=1033230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr11	1079532	.	C	CT	306	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=1;HapScore=3;MGOF=44;MMLQ=27;MQ=46.58;NF=9;NR=0;PP=306;QD=37.6666666667;SC=GGGACACTCACCACGCCGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=1079545;WS=1079524;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr11	1079534	.	ACGCC	A	382	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=3;HapScore=3;MGOF=44;MMLQ=23;MQ=46.66;NF=8;NR=0;PP=382;QD=51.875;SC=GACACTCACCACGCCGGGCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=1079545;WS=1079524;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr11	1082605	rs41480348	G	A	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=1067;ReadPosRankSum=0.207;SC=AATATGACACGTGTAACTGTC;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=61;TCR=81;TR=74;WE=1082613;WS=1082595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,135:0.54:250
chr11	1082958	.	G	A	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.058;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=747;ReadPosRankSum=-0.977;SC=CCGAGTGTGGGAGTGGGTCCC;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=73;TCR=16;TR=44;WE=1082966;WS=1082948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr11	1093364	rs113138128	C	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2078;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQRankSum=2.922;QD=0.06;ReadPosRankSum=4.113;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1588,249:0.14:1837
chr11	1093430	rs199573018	C	A	5407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1447;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=6.845;QD=3.85;ReadPosRankSum=7.308;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1007,397:0.28:1404
chr11	1093512	rs34493663	C	A	5221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=983;ExcessHet=3.0103;FS=1.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-1.759;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:637,321:0.34:958
chr11	1093600	rs74193969	G	A	6002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1088;ExcessHet=3.0103;FS=1.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=7.918;QD=5.54;ReadPosRankSum=11.026;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:755,328:0.30:1083
chr11	1093710	rs7944723	C	G	19837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=240;PP=2965;ReadPosRankSum=0.572;SC=GCACAGCACCCATTGCTGAGT;SOR=0.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=475;TCF=234;TCR=241;TR=473;WE=1093718;WS=1093700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,774:1.00:775
chr11	1093945	rs7934606	T	C	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=70;PP=1198;ReadPosRankSum=1.696;SC=TAAGCAGAGCTGCTTGGTTCC;SOR=1.224;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=148;TCF=23;TCR=125;TR=80;WE=1093953;WS=1093935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,77:0.52:149
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chr11	1094690	rs10794291	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=537;ReadPosRankSum=-0.322;SC=GTACCACGACCGGGTCATCTT;SOR=0.727;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=31;WE=1094698;WS=1094680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,32:0.29:111
chr11	1094753	rs10794292	A	C	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,122:0.45:274
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chr11	1097784	rs72655341	G	A	4330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,217:0.47:461
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chr11	1100905	rs7396585	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=228;ReadPosRankSum=0.075;SC=GTTTCTCCCCGCTGACCACAG;SOR=0.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=18;WE=1100913;WS=1100895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr11	1101649	rs7480563	T	C	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	1101864	rs41447547	C	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-0.017;SC=CAGGTGGCCGCCCCGGGGCAG;SOR=0.507;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=15;WE=1101872;WS=1101854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
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chr11	1103477	rs11245956	C	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=474;ReadPosRankSum=-2.130;SC=CAGCTACCCCCGCCCACGGCA;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=30;WE=1103485;WS=1103467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr11	1103786	rs9988872	A	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=23;PP=1136;SC=GCCCTGCCCTAAGCCGCTGCC;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=1103794;WS=1103776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	1104197	.	C	T	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=983;ReadPosRankSum=-0.692;SC=AGGACACCGTCTGCGGGCTCC;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=62;WE=1104205;WS=1104187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,81:0.53:152
chr11	1158005	.	C	T	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=1074;ReadPosRankSum=0.377;SC=GACGTGAGCCCTCTCTCTGCC;SOR=0.615;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=195;TCF=89;TCR=106;TR=80;WE=1158013;WS=1157995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,109:0.39:282
chr11	1158073	rs28691231	T	C	7049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=92;PP=2653;SC=GCTCCCCCTGTGCAGACACCT;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=66;TCR=92;TR=158;WE=1158081;WS=1158063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	1158834	rs28433367	C	T	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=274;SC=GCCCCCGTCCCGGGCCCCTGG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=1158842;WS=1158824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	1159133	rs35917282	G	A	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=25;PP=916;SC=TGGGGGTTGCGACCCAGGCCG;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=1159141;WS=1159123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	1159150	rs28542750	A	T	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=18;PP=871;SC=GCCGGCAGGCACCCTCGTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=36;WE=1159158;WS=1159140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	1161315	rs28403537	T	C	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=1193;ReadPosRankSum=2.209;SC=CTGGATGGGGTGCAGACGGTG;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=1161323;WS=1161305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr11	1213204	.	CTTTCTG	GTTTCCA,GTTTCTG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=124;MMLQ=22;MQ=59.41;NF=139,466;NR=143,475;PP=2934,2962;QD=20;SC=CACAAGCCATCTTTCTGTATC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1528;TCF=748;TCR=780;TR=282,941;WE=1213218;WS=1213194;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.18:1528
chr11	1213245	rs67624660	T	A	64263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.713;NF=505;NR=538;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.068;SC=CAGTCACCAGTGACTGTCATC;SOR=0.830;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=1519;TCF=722;TCR=797;TR=1043;WE=1213325;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:690,1650:0.71:2340
chr11	1213256	rs370028072	C	T	6131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-0.534;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1774,467:0.21:2241
chr11	1213257	rs76779582	T	C	67057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2253;ExcessHet=3.0103;FS=1.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-0.913;QD=30.27;ReadPosRankSum=-3.340;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:652,1563:0.71:2215
chr11	1213259	rs75991767	T	G	65676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2232;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-0.905;QD=29.89;ReadPosRankSum=-3.832;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:639,1558:0.71:2197
chr11	1213264	rs72846341	G	A	64684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-0.891;QD=29.97;ReadPosRankSum=-4.671;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:614,1544:0.72:2158
chr11	1213272	rs78252457	A	C	52052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=1.780;QD=24.29;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:830,1313:0.61:2143
chr11	1213275	rs71251383	G	A	10410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.683;QD=4.89;ReadPosRankSum=1.428;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1728,402:0.19:2130
chr11	1213281	rs75618268	C	T	51158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2117;ExcessHet=3.0103;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=1.716;QD=24.42;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:848,1247:0.60:2095
chr11	1213284	rs200981907	C	T	10107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2097;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.676;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1690,385:0.19:2075
chr11	1213287	rs112774721	G	A	11611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.708;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.839;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1670,417:0.20:2087
chr11	1213293	rs77207494	C	T	30475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.116;NF=240;NR=310;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.675;SC=ACGTGGACTTCCCATCCCCTG;SOR=0.644;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=1416;TCF=660;TCR=756;TR=550;WE=1213325;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1291,803:0.38:2094
chr11	1213296	rs78466479	A	G	8839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2077;ExcessHet=3.0103;FS=0.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-2.302;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1735,327:0.16:2062
chr11	1213302	rs371630624	T	C	10284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2080;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-2.191;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1715,357:0.17:2072
chr11	1213311	rs80058880	C	T	11453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2062;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=2.773;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1661,394:0.19:2055
chr11	1213314	rs73395695	C	T	44430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2046;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=6;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=329;NR=364;PP=2962;ReadPosRankSum=0.939;SC=GACCCCACGGCGGGGACAAGG;SOR=0.733;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=1294;TCF=585;TCR=709;TR=693;WE=1213325;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:889,1150:0.56:2039
chr11	1213317	rs76191775	G	A	11930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2037;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=3.020;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1617,412:0.20:2029
chr11	1213405	rs67262263	G	A	20091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=254;PP=2962;ReadPosRankSum=1.257;SC=GTGCCGAGCCGAGAGCCACCC;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1010;TCF=443;TCR=567;TR=458;WE=1213448;WS=1213395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:808,673:0.45:1481
chr11	1213416	rs78511643	G	A	6403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:957,400:0.29:1357
chr11	1213424	rs61867531	A	G	42386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1284;ExcessHet=3.0103;FS=1.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.45;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,1030:0.81:1267
chr11	1213428	rs61867532	T	C	29143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1247;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.66;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:488,744:0.60:1232
chr11	1213440	rs61867533	T	C	38986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.121;HP=3;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=383;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.769;SC=AACACCTGGGTCAGGTGGTGC;SOR=0.891;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=838;TCF=356;TCR=482;TR=641;WE=1213448;WS=1213395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,926:0.79:1170
chr11	1213460	rs200307483	G	A	4436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1172;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:977,182:0.16:1159
chr11	1213461	rs61867534	T	G	16992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=2;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.535;SC=AGTGCAGCCGTGAAGAGGGCC;SOR=0.873;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=747;TCF=307;TCR=440;TR=304;WE=1213469;WS=1213450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:491,491:0.50:982
chr11	1213533	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=147;MMLQ=23;MQ=59.88;NF=50;NR=212;PP=2962;QD=20;SC=ACGAGGTGCGCGTGCTCTGCT;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=476;TCF=166;TCR=310;TR=262;WE=1213547;WS=1213523;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:214,262:0.55:476
chr11	1213566	.	G	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=149;MMLQ=23;MQ=59.65;NF=7;NR=111;PP=2962;QD=20;SC=GAGGCTGCCCGGTGACCTCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=352;TCF=132;TCR=220;TR=118;WE=1213574;WS=1213560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:234,118:0.34:352
chr11	1215271	rs71025716	GA	G	1331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=1275;SC=CTGTTGGGAGGAAAGCCCCAG;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=1215279;WS=1215261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	1215698	rs28452143	A	G	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.728;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=623;ReadPosRankSum=0.451;SC=CCCGTCGACCACGCCCTGCGT;SOR=1.369;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=51;WE=1215706;WS=1215688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,77:0.44:174
chr11	1216316	rs58550179	G	GC	10033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=67;PP=2965;SC=GAGATGTCCGGCTCTGGAACG;SOR=0.832;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=107;WE=1216324;WS=1216306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	1216333	rs60138698	TA	T	10108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=67;PP=2957;SC=AACGTGAGCATACCCTGACCA;SOR=0.875;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=39;TCR=71;TR=106;WE=1216341;WS=1216323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	1216440	rs28415193	G	C	12654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=7.053;SC=GGTCTACCACGGTCGGGCCCA;SOR=0.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=193;WE=1216448;WS=1216430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,320:0.94:339
chr11	1216491	rs1132434	G	C	12464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=103;PP=2965;SC=CCATCTGCCAGCTGATTCTGA;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=70;TCR=103;TR=173;WE=1216499;WS=1216481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr11	1217006	.	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=338;ReadPosRankSum=-0.822;SC=TGGGACTCGCCTCGCCTGGAG;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=19;WE=1217014;WS=1216996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr11	1217228	rs28592983	T	C	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=572;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CGGCACTCTGTGCGTCCCACG;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=55;WE=1217236;WS=1217218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,90:0.53:170
chr11	1218143	rs28515631	A	C	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=56;PP=1729;SC=AGGTGAGTGGAAGGCATGGCC;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=88;WE=1218151;WS=1218133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	1219626	rs56013970	C	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=551;ReadPosRankSum=0.496;SC=CTGCCAACTCCGGCCGGGGCC;SOR=0.628;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=48;WE=1219634;WS=1219616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,88:0.47:186
chr11	1220967	rs1132436	C	T	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=36;PP=2286;SC=TTCTGCCCGCCGCCCCCGCCC;SOR=1.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=86;TCR=36;TR=122;WE=1220975;WS=1220957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	1221592	rs28728088	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=189;SC=GCCCAGAGCTTGGCACGGCGC;SOR=3.442;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=1221600;WS=1221582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	1221817	rs1132440	G	C	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=29;PP=1286;SC=TGGGCCGGCGGTGCCCTGCGC;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=1221825;WS=1221807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr11	1248197	rs908224	G	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=8;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=4;PP=226;ReadPosRankSum=2.619;SC=AGGGCTGGGGGGGGGTTGGGT;SOR=1.714;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=11;WE=1248218;WS=1248187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr11	1260217	rs79638064	C	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=11.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-3.242;QD=3.86;ReadPosRankSum=-3.440;SOR=1.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,19:0.16:119
chr11	1260219	rs75935363	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=9.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-3.393;QD=4.00;ReadPosRankSum=-3.391;SOR=1.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,17:0.15:115
chr11	1260220	.	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.415;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=7.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-3.515;QD=3.35;ReadPosRankSum=-3.073;SOR=1.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,16:0.14:115
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chr11	1267503	.	G	A	4675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.283;NF=67;NR=90;PP=2474;ReadPosRankSum=-0.821;SC=CTCCGGGGACGACCTGGATCC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=393;TCF=168;TCR=225;TR=157;WE=1267511;WS=1267493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,226:0.43:525
chr11	1278654	.	C	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-1.063;SC=CCCCATCACTCTGGGCCACTC;SOR=0.735;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=11;WE=1278662;WS=1278644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr11	1304706	rs3838783	TG	T	966.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=455;SC=TGCCTGGGCATGGGGGCTGGG;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=13;WE=1304714;WS=1304696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	1309956	rs3750920	C	T	5401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=61;PP=2078;SC=TCAGGGACTCCGGGATGGTGA;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=119;WE=1309964;WS=1309946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	1411501	rs112066837	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr11	1462162	rs61002819	AG	A	1983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=23;PP=1071;SC=CCATATGGTGAGGCCCCACCC;SOR=1.569;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=25;WE=1462170;WS=1462152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	1462217	rs9651643	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=416;SC=CAGTGCGCTACCACAGATGCC;SOR=3.180;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=1462225;WS=1462207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	1464131	rs12293991	G	A	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=132;SC=CCAGCCGAGTGGGCAGACAGC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=1464139;WS=1464121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	1464903	rs56896587	CG	C	1270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=24;PP=704;SC=CAGAGCGTGGCGGGGGGGCGC;SOR=1.556;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=26;WE=1464911;WS=1464893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	1466452	rs145894616	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr11	1466720	rs3817589	G	A	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=41;PP=1467;SC=GGTGGGGCACGGGGCCTGAGG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=1466728;WS=1466710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	1471154	rs11028332	C	T	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=35;PP=962;SC=GGCAGCCTCGCGGACCCTGGG;SOR=1.877;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=51;WE=1471162;WS=1471144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	1471198	.	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=225;ReadPosRankSum=-1.283;SC=GCCCACGCTCCTGTGGCGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=15;WE=1471206;WS=1471188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr11	1472050	rs61869028	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=343;ReadPosRankSum=0.312;SC=GAGGCGCCAGAGTGGGGCTGG;SOR=0.730;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=22;WE=1472058;WS=1472040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr11	1472475	rs3838784	TG	T	2674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=26;PP=1323;SC=CCAGTGCCCCTGGGGGGGCTG;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=48;WE=1472483;WS=1472465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	1475628	rs66529968	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-2.343;SC=TGGAAGATTCCGCCGTTCCAA;SOR=0.307;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=6;WE=1475636;WS=1475618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr11	1475888	.	C	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CAACCCCACACGGCCCAGCCC;SOR=0.458;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=19;WE=1475896;WS=1475878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr11	1477768	rs67861777	C	T	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.258;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1004;ReadPosRankSum=0.741;SC=GGTGAGCTGGCGCCCCCAGGG;SOR=0.851;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=78;WE=1477776;WS=1477758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,121:0.49:246
chr11	1480573	.	TG	T	1291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.096;NF=2;NR=20;PP=1327;ReadPosRankSum=0.404;SC=CCGGCCTCCCTGTGTAGATGT;SOR=0.616;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=22;WE=1480584;WS=1480563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr11	1480576	.	G	A	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=1326;ReadPosRankSum=0.063;SC=GCCTCCCTGTGTAGATGTAGG;SOR=0.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=26;WE=1480584;WS=1480563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr11	1481610	rs28555282	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.16;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	1481690	.	CCTTTT	C	499.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.28;ReadPosRankSum=1.541;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,16:0.84:19
chr11	1481930	rs4963048	A	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	1490643	rs71025733	TG	T	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr11	1491096	rs9440	G	A	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1292;ReadPosRankSum=2.885;SC=GGGGCTGCACGGAGACCAGAG;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=180;TCF=94;TCR=86;TR=89;WE=1491104;WS=1491086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,142:0.53:270
chr11	1492445	rs4881724	A	G	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=16;PP=1329;SC=CCGGCACAGGAGCTTGGTCAC;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=62;WE=1492453;WS=1492435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	1501670	rs10742185	G	C	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=44;PP=1237;SC=TGCAGAACTCGGAGATGGTGC;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=81;WE=1501678;WS=1501660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	1502097	rs10767696	A	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=31;PP=1173;SC=TCTTGCCATTAGGCTTGGCTT;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=1502105;WS=1502087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	1502401	rs4881735	A	C	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=23;PP=850;SC=CCCCTCACCAAGTCCTCCAAC;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=1502409;WS=1502391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	1502638	rs11030226	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=40;ReadPosRankSum=0.056;SC=CATCAGGCGGCAGCCTGGCCT;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=5;WE=1502646;WS=1502614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr11	1507512	rs1881502	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CCTGGACAGCTTGCGTGTGGC;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=12;WE=1507520;WS=1507508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr11	1507731	rs1881503	A	G	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	1507795	rs1110206	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=360;ReadPosRankSum=-0.616;SC=ATGAGTGGGCGACGGGAAGGT;SOR=0.699;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=26;WE=1507803;WS=1507785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr11	1509143	rs1105871	T	C	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=398;ReadPosRankSum=-1.449;SC=CAGCAGAGGATGGCCCCAGGC;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=41;WE=1509151;WS=1509133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,65:0.37:174
chr11	1509238	rs2334554	T	C	7806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=90;PP=2794;SC=CCCTAAGCCATGCTCTGAGCA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=173;WE=1509246;WS=1509228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr11	1509421	rs2334553	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=330;ReadPosRankSum=-1.239;SC=CCAACAGCAGGGACACAGGTG;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=16;WE=1509429;WS=1509411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr11	1576005	rs59483236	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=-0.147;SC=AACAGACATATGGGAGGCAAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=1576013;WS=1575995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr11	1576137	rs11604635	C	T	76.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ACAGAGGGAACGGGAACAGGA;SOR=3.229;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=1576145;WS=1576127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	1576235	rs6578504	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	1576260	rs186111176	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=0.518;SC=GCCTCCCTGGCCCTGCTCCAG;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=5;WE=1576268;WS=1576250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr11	1576283	rs11603496	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-1.453;SC=CTCAGGACTGGGTCCTGCCCT;SOR=0.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=7;WE=1576291;WS=1576273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr11	1576863	rs12576976	A	G	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=5;PP=156;SC=CTCTCCTGCAATGGTGCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=1576871;WS=1576853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	1585277	rs3740620	C	T	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr11	1586730	.	C	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=316;ReadPosRankSum=0.884;SC=CGAGTTTGGACTGGAAGGCAG;SOR=1.095;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=22;WE=1586738;WS=1586720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr11	1606120	.	ACCACAGCCACCCTTGGATCCCCCACAAGAG	A	996.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=7.449;NF=0;NR=15;ReadPosRankSum=0.719;SC=CACAGCCGGAACCACAGCCAC;SOR=1.005;SbPval=1.0;Source=Platypus;TR=15;WE=1606157;WS=1606110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr11	1619172	.	ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG	A	1201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=7.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.23;MQRankSum=4.781;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr11	1619396	rs35925287	C	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=631;ReadPosRankSum=-1.906;SC=CCACAGCCCCCACAGCCAGAG;SOR=0.569;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=43;WE=1619404;WS=1619386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,76:0.64:119
chr11	1628844	rs1989592	A	G	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=41;PP=2589;SC=CACAGCTGCAATCATTCCTGG;SOR=1.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=88;TCR=41;TR=128;WE=1628852;WS=1628834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	1628965	rs57186801	G	A	5960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-5.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.494;NF=69;NR=59;PP=1681;ReadPosRankSum=-1.402;SC=GCTTGCAGCAGCTGGACTGGC;SOR=0.622;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=248;TCF=131;TCR=117;TR=128;WE=1628973;WS=1628955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,182:0.48:380
chr11	1628992	rs60210378	G	A	5751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=2.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=2.510;QD=17.54;ReadPosRankSum=6.845;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,162:0.49:328
chr11	1630342	rs10837527	T	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	1651169	rs71454095	T	C	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-3.135;QD=20.88;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,60:0.55:109
chr11	1651199	.	A	AGGCTGTGGCTCC	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-1.969;QD=5.06;ReadPosRankSum=-2.014;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,16:0.20:80
chr11	1651540	rs61867581	C	G	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-5.567;QD=16.73;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,62:0.44:142
chr11	1651550	rs61867582	C	T	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=5.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-5.663;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,72:0.42:171
chr11	1651613	.	TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC	T	2668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=5.950;NF=21;NR=25;PP=2912;ReadPosRankSum=0.270;SC=GCTGTAAGCCTTACTGCTGCC;SOR=0.896;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=126;TCF=47;TCR=79;TR=46;WE=1651650;WS=1651602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,89:0.34:264
chr11	1651830	rs4752770	G	T	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=64;PP=1455;ReadPosRankSum=0.618;SC=GAAGGGCCCGGCTGCCCAGCT;SOR=0.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=160;TCF=54;TCR=106;TR=99;WE=1651838;WS=1651820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,125:0.58:214
chr11	1651917	rs4752769	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=327;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CACCAGTGCTCCCGAAACTGA;SOR=0.512;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=18;WE=1651925;WS=1651907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr11	1776024	rs55725229	TC	T	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=6;PP=671;SC=CTTGCCCAGCTCCCACTACTC;SOR=1.802;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=17;WE=1776032;WS=1776014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	1776332	rs2292963	G	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=251;ReadPosRankSum=0.746;SC=GAGTAAGAGGGTGAATGTGGC;SOR=0.719;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=20;WE=1776340;WS=1776322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr11	1853107	rs616594	C	T	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=62;PP=1639;SC=TGGCCGGCCACAGGAAGTGGT;SOR=1.266;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=94;WE=1853129;WS=1853097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	1853121	rs867839	C	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=504;ReadPosRankSum=0.420;SC=AAGTGGTGGGCGTCAGGTGAG;SOR=0.564;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=40;WE=1853129;WS=1853097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr11	1855854	rs2063551	G	C	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	1857042	rs907605	G	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=304;SC=GTCATGCAAGGGCTGCCCGGG;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=1857050;WS=1857032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	1857112	rs907606	C	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=253;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CCAACTCACTCCAGGTGCAAC;SOR=0.687;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=19;WE=1857120;WS=1857102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr11	1857173	rs564271	T	C	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=25;PP=1012;SC=GCAATGGGGGTGCCTGCAGCT;SOR=0.953;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=1857181;WS=1857163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	1857243	rs907608	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr11	1857270	rs907609	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=440;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GAAAGGGTGACGGGGGAAGGG;SOR=0.778;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=35;WE=1857278;WS=1857260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr11	1857747	rs3741232	T	C	6320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	1857751	rs3741231	C	G	6369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	1857930	rs3741229	G	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=11;PP=705;SC=GGGGGTCTGAGCCCCAACTCG;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=1857938;WS=1857920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	1858520	.	C	T	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.540;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=834;ReadPosRankSum=0.568;SC=CGGGGCAGCCCCTGCAGCACT;SOR=0.835;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=58;WE=1858528;WS=1858510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,77:0.46:168
chr11	1858572	rs2292474	C	T	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=64;PP=2482;SC=CATTGCCCAGCGGCACCCCCT;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=128;WE=1858580;WS=1858562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	1861225	rs1877444	C	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.078;NF=13;NR=8;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GCCCCACCCACCCACCAAGAC;SOR=0.816;Source=Platypus;TCR=24;TR=21;WE=1861233;WS=1861215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr11	1861760	rs907610	T	C	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=25;PP=805;SC=CACCGCAGAGTGTGATGCTGC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=1861768;WS=1861750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	1862168	rs2271442	C	T	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-2.341;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,71:0.61:117
chr11	1874221	rs907612	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	1874292	rs907613	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=183;ReadPosRankSum=-2.511;SC=CTCAGAAGCCGCCCCAGAAAG;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=16;WE=1874300;WS=1874282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr11	1880596	rs7929314	C	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr11	1880811	rs571122	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=397;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TAGCCAATTCGTTCCAGATGA;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=29;WE=1880819;WS=1880801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr11	1887806	rs7938342	T	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=638;ReadPosRankSum=2.487;SC=GCACACCTCATCCCAGCCTCC;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=41;WE=1887814;WS=1887796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr11	1890810	rs501124	G	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=13;PP=431;SC=GGGAGGAGGGGTCTCTCCCAC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=1890818;WS=1890800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	1890990	rs592373	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.138;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr11	1891035	rs61278563	G	GA	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=35.84;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	1891319	rs61868778	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr11	1901201	.	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=0.017;SC=CTGACCTCGTGGACAGGGCTG;SOR=0.228;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=18;WE=1901209;WS=1901191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr11	1901467	rs2271439	A	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=396;SC=GAGCAGCCCCATAACGCGTGC;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=1901475;WS=1901457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	1902635	rs536462	G	T	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=577;SC=AGCCGCCCAGGCCTAAGCTCC;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=1902643;WS=1902625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	1902771	rs147746785	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr11	1910707	rs613638	T	C	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=26;PP=731;SC=TCTGTGGGGGTGGGCACCTCT;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=47;WE=1910715;WS=1910697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	1911115	rs11041692	T	C	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=44;PP=1177;SC=GCCTGGACTGTGGTGGGCAGT;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=1911123;WS=1911105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	1944050	rs370860604	CCT	C	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=3.329;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,38:0.17:229
chr11	1944202	rs965912	A	G	4312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=72;PP=2327;SC=AGCATGCGCTATCTTGCACAA;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=118;WE=1944210;WS=1944192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	1944636	rs2734500	A	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=8;PP=1066;SC=GCGCCTCCTCAGGGCCCGAGG;SOR=2.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=47;WE=1944644;WS=1944626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	1947789	rs6578952	G	A	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=39;PP=1921;SC=AACAAGAGGGGCCGCGTAACC;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=84;WE=1947808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	1947800	rs7937265	C	G	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=41;PP=1805;SC=CCGCGTAACCCTGCACAGCCT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=89;WE=1947808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	1948186	rs7125631	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=235;SC=AGGCCCTTCCTGGGCTGCCAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=1948194;WS=1948176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	1950302	rs629990	A	G	6779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=70;PP=2468;SC=CCGCAGCCGCACTGGCTTTTC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=71;TCR=71;TR=141;WE=1950310;WS=1950292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr11	1950906	rs2292473	T	G	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=14;PP=656;SC=TTGGGGGTACTCCCAGCTGAA;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=1950914;WS=1950896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	1950925	rs2292471	T	C	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=15;PP=654;SC=AAAAGGACGGTGGCCTTCAGT;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=1950933;WS=1950915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	1956212	rs513735	T	C	4204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=68;PP=2058;SC=AGAGCAGCCATCTCCCTGCGT;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=36;TCR=68;TR=104;WE=1956220;WS=1956202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
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chr11	1973205	rs217205	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.158;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=0.623;SC=CTGCCTGGCCTCACTAGTGCC;SOR=1.501;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=8;WE=1973213;WS=1973195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr11	1976988	rs177720	A	G	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=718;SC=TGATTTATCAACTGCCGCACG;SOR=1.195;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=1976996;WS=1976978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	1983508	rs117979807	C	T	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.369;NF=42;NR=36;PP=1074;ReadPosRankSum=1.653;SC=TCTCCAGCACCGCTCACAGCT;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=88;TCR=79;TR=78;WE=1983516;WS=1983498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,155:0.48:322
chr11	1993975	rs190063	C	A	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=24;PP=816;SC=TCAGGATGGACGTCTTCTACT;SOR=0.768;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=44;WE=1993983;WS=1993965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	2005794	rs71455916	C	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.236;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=571;ReadPosRankSum=-0.963;SC=CAAGGCCAGGCCCCCCTCGGG;SOR=2.780;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=29;WE=2005802;WS=2005784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr11	2016619	rs3741219	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=394;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CGGGCCCTGCACAGGCACTTG;SOR=0.883;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=32;WE=2016627;WS=2016609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr11	2016659	rs2839704	T	C	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.42;ReadPosRankSum=1.179;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr11	2016662	rs2839703	T	C	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.42;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr11	2016908	rs217727	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=-0.918;SC=TCAACCGTCCGCCGCAGGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=13;WE=2016916;WS=2016898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr11	2016924	rs10840159	A	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=338;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GGGGGTGGCCATGAAGATGGA;SOR=0.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=25;WE=2016932;WS=2016914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr11	2017017	rs2839702	A	C	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr11	2017110	rs2839701	C	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=531;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GCTCACCTTCCAGAGCCGATT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=39;WE=2017118;WS=2017100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr11	2017439	rs3024270	C	G	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.131;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=465;ReadPosRankSum=-0.933;SC=AGACAGAGGTCGGGGCAGTGA;SOR=0.485;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=31;WE=2017447;WS=2017429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr11	2018168	rs2067051	C	T	3804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=62;PP=1681;ReadPosRankSum=0.059;SC=CTCCTGGTGACGTCCTGCTGC;SOR=0.588;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=270;TCF=149;TCR=121;TR=131;WE=2018176;WS=2018158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,199:0.47:419
chr11	2018336	rs2075745	A	T	2602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=47;PP=1471;ReadPosRankSum=0.349;SC=GTCCCCTGCCATGTCCCTGTC;SOR=0.597;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=84;TCR=93;TR=91;WE=2018344;WS=2018326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,120:0.50:238
chr11	2018449	rs2075744	A	G	3706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,190:0.48:398
chr11	2018617	.	G	A	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.123;NF=30;NR=28;PP=994;ReadPosRankSum=0.847;SC=GCCTGGGGAGGGAAGGGACTC;SOR=0.678;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=58;WE=2018625;WS=2018607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,73:0.44:167
chr11	2018853	rs2839698	G	A	4804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=63;PP=2250;ReadPosRankSum=-0.653;SC=ATGCCTGGGCGCCTACTCCAC;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=329;TCF=192;TCR=137;TR=156;WE=2018861;WS=2018843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,242:0.51:475
chr11	2161858	rs3741212	A	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=1.631;SC=CTTTCCCCACAAATGAGATCT;SOR=0.810;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=18;WE=2161866;WS=2161848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr11	2167618	rs1003484	A	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=525;ReadPosRankSum=0.859;SC=CCTTGCGCTCACTCCCCTCGC;SOR=0.801;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=38;WE=2167626;WS=2167608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,58:0.44:132
chr11	2169110	rs3741211	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=74;ReadPosRankSum=0.616;SC=ATACACCCCAAGCCTGAGCCC;SOR=0.963;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=6;WE=2169118;WS=2169100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr11	2181021	.	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=-0.029;SC=TGGTTCAAGGGCTTTATTCCA;SOR=1.154;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=12;WE=2181029;WS=2181011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr11	2181060	rs3842753	T	G	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=772;ReadPosRankSum=1.469;SC=GCGGCGGGTGTGGGGCTGCCT;SOR=0.650;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=27;WE=2181081;WS=2181050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr11	2181073	rs3842752	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=707;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GGCTGCCTGCGGGCTGCGTCT;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=24;WE=2181081;WS=2181050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr11	2182004	rs5506	A	G	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1546;ReadPosRankSum=2.094;SC=AGCAATGGGCAGTTGGCTCAC;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=2182012;WS=2181994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr11	2182224	rs689	A	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GTGATCTGGGAGACAGGCAGG;SOR=1.292;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=13;WE=2182232;WS=2182214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr11	2186889	rs11564717	G	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=551;ReadPosRankSum=1.517;SC=AGCAAGGAGAGACTCTCACCA;SOR=0.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=42;WE=2186897;WS=2186879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chr11	2187071	rs6578990	T	C	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=48;PP=1878;SC=GTGACCAGGATACCACCCCCA;SOR=0.959;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=85;WE=2187079;WS=2187061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	2187398	rs4072823	T	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=20;PP=507;SC=GACACTTCCCTGGCGGCAGAG;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=2187406;WS=2187388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	2187439	rs4072824	C	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=1.447;SC=ATCCGCACCTCCACCGGGCCT;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=2187447;WS=2187429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr11	2187855	rs12419447	G	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.346;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr11	2188238	rs6357	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr11	2188566	rs7925924	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=260;SC=TTAGTCTCTCCTGTTGTGCCA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=2188574;WS=2188556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	2189185	rs4074905	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=305;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GGGGATGCACGGGTCAGGAGG;SOR=0.950;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=16;WE=2189193;WS=2189175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr11	2189983	.	C	T	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=59.61;NF=1;NR=4;PP=49;QD=16.7542425094;SC=GGAGGCACATCTGGCTGGCTG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=5;WE=2189991;WS=2189973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr11	2190951	rs6356	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=0.198;SC=AGGTTTAGCACGGCCTTCCCC;SOR=0.479;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=30;WE=2190959;WS=2190941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr11	2194175	rs10743149	T	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=12;PP=550;SC=GGCCAGAGCCTGCCTTGACAA;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=2194183;WS=2194165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	2194420	rs10770142	G	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=-1.021;SC=CACTGTGGCAGCCAGAGCTGG;SOR=1.721;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=2194428;WS=2194410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr11	2321042	.	ATGCACACACATCCACGTCTGCACACGCATCCACGCC	A	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=2.968;QD=7.98;ReadPosRankSum=-3.588;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr11	2321650	rs2651823	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	2322829	rs11022157	C	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=755;ReadPosRankSum=-0.821;SC=AAACCAACGACCTTCTCAAAA;SOR=0.873;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=49;WE=2322837;WS=2322819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr11	2323022	rs12276847	C	T	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=3.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,171:0.50:344
chr11	2323029	rs756924	T	C	11995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.28;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr11	2323220	rs734094	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=305;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCTTCTTCCGGGGCACCCAG;SOR=1.550;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=15;WE=2323228;WS=2323210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr11	2323528	rs2074021	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=276;SC=ACAGGGATTATCCCTCCCCTG;SOR=1.911;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=2323536;WS=2323518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	2324041	rs2074022	A	G	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=29;PP=1257;SC=CAGCAGTCCCATGCCCCACAC;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=2324049;WS=2324031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	2324692	rs1501467	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=275;ReadPosRankSum=-0.819;SC=AGGGCCAGAGCCTGCTGGGGC;SOR=0.759;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=20;WE=2324700;WS=2324682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr11	2324852	rs2651824	A	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=369;SC=GAGGTCAGGGATACTGCCTTA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=2324860;WS=2324842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	2325581	rs2074023	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.344;SC=GAGACCCCCACGTCAACCCCA;SOR=0.061;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=2325589;WS=2325571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	2329995	rs11554947	C	T	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=13;PP=756;SC=TGGCGTTCTGCGCACAGGTGC;SOR=0.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=2330003;WS=2329985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	2330077	rs2234297	C	G	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	2330400	rs2521273	G	A	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=10;PP=536;SC=CTTGGCCTTAGGGGTTGACTA;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=2330408;WS=2330390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	2330479	rs2521274	G	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=21;PP=930;SC=TGGGGCAGACGGTACCAGTGG;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=2330487;WS=2330469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	2330563	rs2521275	C	T	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	2334740	rs739546	G	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=1;PP=283;SC=TCCGCTTTGGGGAGATCCACC;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=2334748;WS=2334730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	2335611	.	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=492;ReadPosRankSum=1.877;SC=GGCCTGCAGGGAACCCCACCT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=33;WE=2335619;WS=2335601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr11	2336606	.	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=195;ReadPosRankSum=1.205;SC=TGCTGGGGAGGGACCAGCGGC;SOR=0.784;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=11;WE=2336614;WS=2336596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr11	2337012	rs11022252	G	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=459;SC=GAACCAGGAAGCTGGGACTGT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=2337020;WS=2337002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	2356471	rs9645649	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.46;MQRankSum=0.842;QD=13.46;ReadPosRankSum=1.834;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	2356603	rs2651795	T	C	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=22;PP=1301;SC=TCCAACTTGTTGAGACTTGGC;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=2356611;WS=2356593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	2356769	rs2651794	T	C	6687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=81;PP=2965;SC=TACACCTGGATTACCTTGCCA;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=111;TCR=81;TR=192;WE=2356777;WS=2356759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	2357108	rs2173888	C	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=602;SC=TGTTGGACATCCTCACCAACA;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=2357116;WS=2357098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	2400338	rs2651796	C	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=27;PP=849;SC=GGACCTCAGCCGTTGCTTAGT;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=2400346;WS=2400328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	2405766	.	GGGTGGGGCATCTCGGGA	G	415	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=415;QD=221.5;SC=ACGGCTTGTGGGGTGGGGCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=2405790;WS=2405756;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	2407084	rs71029143	G	GT	7654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=69;PP=2957;SC=TACAAGAAACGTGCTAGAACA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=81;WE=2407092;WS=2407074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	2424684	rs2234283	A	C	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=35;PP=1323;SC=TGGGGCAGCCACCATGGAGGC;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=68;WE=2424692;WS=2424674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	2426984	rs2301696	G	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=1.282;SC=AGGCTCCCGTGAGGCGTGTAG;SOR=0.180;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=2426992;WS=2426974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr11	2427291	rs800342	A	C	8326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=73;PP=2965;SC=GCTCTCTCAGACCCCCGAGGT;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=105;TCR=73;TR=178;WE=2427299;WS=2427281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr11	2427364	rs61873460	T	C	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=579;ReadPosRankSum=0.031;SC=GGCCACGCGGTGCTCTGCGTG;SOR=0.632;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=61;TCR=83;TR=58;WE=2427372;WS=2427354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,87:0.46:191
chr11	2428865	.	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.688;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr11	2432820	rs2651822	A	G	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=68;PP=2371;SC=CAGGCAGGGGATTGCTGTCCC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=126;WE=2432828;WS=2432810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	2432964	rs2074234	T	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=265;ReadPosRankSum=-0.955;SC=TGGCGAGGACTGTGCGGCCAG;SOR=0.758;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=25;WE=2432972;WS=2432954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr11	2435910	rs76270811	G	GC	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=352;ReadPosRankSum=1.740;SC=ATCCTCCCCCGCGCGCGGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=2435918;WS=2435900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr11	2435931	rs4929980	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=-0.424;SC=CGGCCCCAGCCGCCGGTCACT;SOR=1.501;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=17;WE=2435939;WS=2435921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr11	2435946	rs4929981	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.34;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr11	2435956	rs4929982	C	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.67;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr11	2439542	rs3986599	A	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CCCCGAGCCTACCAGGATCAG;SOR=0.960;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=23;WE=2439550;WS=2439532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr11	2439621	rs2074236	A	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=286;ReadPosRankSum=-0.310;SC=AGCGGACCCCAGATTAGCCCG;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=17;WE=2439629;WS=2439611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr11	2439651	rs886276	G	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=206;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GGATGCAGGTGTCAGGGGTGC;SOR=0.943;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=14;WE=2439659;WS=2439641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr11	2439672	rs147746598	T	TC	761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=444;ReadPosRankSum=0.581;SC=CCCCATCCCTTCAGCCCTGTC;SOR=1.508;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=14;WE=2439680;WS=2439662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr11	2439767	rs886277	T	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.244;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,53:0.40:133
chr11	2440041	rs4244810	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=142;ReadPosRankSum=0.094;SC=ACGCGCACTTTGTGGCAACAG;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=13;WE=2440049;WS=2440031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr11	2441686	rs35998237	T	TG	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=337;ReadPosRankSum=1.757;SC=CAGCTTGGGCTGGTCCCGCTG;SOR=0.495;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=12;WE=2441694;WS=2441676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr11	2542605	rs10400376	TA	GG	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.794;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=699;ReadPosRankSum=1.094;SC=CACTGTGTGTTATCCGGTGTC;SOR=0.339;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=21;WE=2542614;WS=2542595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr11	2549329	rs145292450	TGG	T	728.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.109;NF=0;NR=18;PP=485;ReadPosRankSum=-1.421;SC=CCCCATAAGGTGGGGGGCAGA;SOR=0.909;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=18;WE=2549338;WS=2549319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr11	2593352	.	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=535;ReadPosRankSum=-0.971;SC=GGGTGGCCCGGGTTAGGGGTG;SOR=0.622;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=37;WE=2593360;WS=2593342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr11	2683357	rs760419	A	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=350;ReadPosRankSum=-1.221;SC=AGGGGACTGGAGCTCAAGGAG;SOR=0.313;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=27;WE=2683365;WS=2683347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr11	2789856	rs163161	A	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=424;SC=CCACTCACAGATGAGGTGAAA;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=2789864;WS=2789850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	2789955	rs163160	A	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=636;ReadPosRankSum=0.015;SC=ATGGAGTTGAACACTCTCCTT;SOR=0.656;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=41;WE=2789963;WS=2789945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr11	2797320	rs163150	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=433;SC=GAGGGTGCCCAGGTCCTGCCC;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=2797328;WS=2797310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	2798305	rs81204	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=632;ReadPosRankSum=1.274;SC=CAGCCTGCAATGGACTCTCCC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=52;WE=2798313;WS=2798295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,74:0.43:172
chr11	2798448	rs163148	A	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=30;PP=790;SC=TCCAAAGTACATTTTACAAAG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=2798456;WS=2798438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	2868878	rs3852520	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=296;ReadPosRankSum=1.632;SC=GCATACAGCATGCACTTGCAG;SOR=0.680;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=23;WE=2868886;WS=2868868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr11	2869188	rs11601907	C	T	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,116:0.50:234
chr11	2905180	.	G	A	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=544;ReadPosRankSum=0.693;SC=AAGCCGGCGGGGACCCGGCGG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=40;WE=2905188;WS=2905170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,64:0.46:140
chr11	2906165	rs191294997	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	2906196	.	ACCGCGACCGGAG	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr11	2920666	rs365605	C	T	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=702;ReadPosRankSum=-1.349;SC=TGAGAAGCCACCTCTCCCAAA;SOR=1.233;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=47;WE=2920674;WS=2920656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,92:0.43:212
chr11	2920953	rs75027200	CA	C	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.052;NF=3;NR=26;PP=355;ReadPosRankSum=1.409;SC=CTGTTCATGACAAAAAAAAAG;SOR=0.943;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=29;WE=2920961;WS=2920943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr11	2924640	rs146413382	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=954;ReadPosRankSum=-2.070;SC=GCTCTAGGCCGGTCCTCGGTC;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=75;TCR=59;TR=72;WE=2924648;WS=2924630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,98:0.51:194
chr11	2924850	rs34816459	T	TC	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.649;NF=0;NR=18;PP=680;ReadPosRankSum=-1.602;SC=CAGTTGGGACTCATGCCACGC;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=18;WE=2924858;WS=2924840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr11	2929552	rs429886	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=2.534;SC=GCGGGCCGGTATTTGGCAGGT;SOR=0.944;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=22;WE=2929560;WS=2929542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr11	2929659	rs424663	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ACCCCACACCGGACCCCCCTG;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=2929667;WS=2929649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	2930594	rs67769451	CG	C	1007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=348;SC=CAGGTAGGGCCGGGGGGACTG;SOR=0.880;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=2930602;WS=2930584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	2930656	rs2286660	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=1.790;SC=CCGGGACACCTCCAGGGAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=5;WE=2930664;WS=2930646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	2931039	.	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=0.607;SC=CTCTTTTGCTCGTGGGGCGCG;SOR=0.732;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=5;WE=2931047;WS=2931029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	2939392	rs445679	G	A	4799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=82;PP=2516;SC=GCCAGGGCCCGGCCCTTCCTC;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=54;TCR=83;TR=136;WE=2939400;WS=2939382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	2940492	rs450244	T	C	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=445;ReadPosRankSum=-1.095;SC=GGCGCCAAGGTCGGGGTGTGG;SOR=0.762;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=28;WE=2940500;WS=2940482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr11	2943912	rs2411773	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	2943913	rs2411772	T	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	2943916	rs2411771	A	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	2943921	rs1618222	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	2967000	.	A	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=0.879;SC=GGTTACTGCAAATATACTTTT;SOR=0.877;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=11;WE=2967008;WS=2966990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	2970572	.	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr11	2979798	rs7940694	G	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=560;ReadPosRankSum=2.414;SC=ACAGCTGTCAGGAACACACAA;SOR=0.849;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=42;WE=2979806;WS=2979788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,68:0.50:137
chr11	3026692	rs4758458	T	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-2.480;SC=GTGAGAAGAGTCTGGGCTCTG;SOR=1.025;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=17;WE=3026700;WS=3026682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr11	3028039	.	C	T	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.572;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1178;ReadPosRankSum=0.501;SC=AGCCCAGCCCCGGGAGCTCTC;SOR=0.831;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=186;TCF=98;TCR=88;TR=88;WE=3028047;WS=3028029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,143:0.43:334
chr11	3028270	rs7950766	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=-1.405;SC=GTGCTGGGGAAGGAGGGGCCG;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=3028278;WS=3028260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr11	3061949	rs2285390	C	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=346;ReadPosRankSum=0.831;SC=TTACTTATGGCATTAAAATTT;SOR=0.752;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=22;WE=3061957;WS=3061939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr11	3062104	.	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=413;ReadPosRankSum=-1.970;SC=GAAGCTGCAGGGACACCCCGC;SOR=0.414;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=29;WE=3062112;WS=3062094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr11	3076018	rs7934892	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.97;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	3076257	rs7945933	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=0.875;SC=CCTTCAAGACCGCAAAGGAAA;SOR=0.789;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=14;WE=3076265;WS=3076247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr11	3109279	rs11553374	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.728;NF=3;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=1.263;SC=ACCTGGGCCCGCAGCGCCTTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=3109292;WS=3109269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr11	3109284	rs3217567	G	GC	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.83;MQRankSum=0.615;NF=3;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=0.836;SC=GGCCCGCAGCGCCTTGTGGCC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=3109292;WS=3109269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr11	3109403	rs2289999	A	G	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr11	3109408	rs2289998	C	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr11	3109426	rs10160757	T	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr11	3110976	rs895563	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=1.431;SC=TGACAACCCCAGCCGCGGCCT;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=7;WE=3110984;WS=3110966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr11	3111866	rs2277301	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=307;ReadPosRankSum=0.054;SC=CTCTCCGTGGCCTGGCTGTGG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=23;WE=3111875;WS=3111856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr11	3113596	rs113239327	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=-0.202;SC=AGGTGAGGAGCGAGGGGTGGT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=18;WE=3113604;WS=3113586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr11	3115354	rs9795009	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr11	3128774	rs3741353	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=438;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TGCTCCGCACTTCACATACGT;SOR=0.769;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=26;WE=3128782;WS=3128764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr11	3129076	.	G	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=0.443;SC=TGCGTCTGGCGAGGTCCCTGG;SOR=0.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=34;WE=3129084;WS=3129066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr11	3140627	rs11025457	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=0.497;SC=GGCCTGACTCCGAGCCGGGCT;SOR=1.136;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=5;WE=3140635;WS=3140617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr11	3141530	rs34752531	C	G	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.86;ReadPosRankSum=1.323;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,78:0.58:135
chr11	3141537	rs55862536	T	C	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.37;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,91:0.57:160
chr11	3143030	rs6578322	T	C	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=128;SC=TTCCTACCACTGGTGTCCTTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=3143038;WS=3143028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	3147589	rs11603057	C	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=470;ReadPosRankSum=3.431;SC=TTCCCCCGAACAGGCTGGAAT;SOR=0.765;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=32;WE=3147597;WS=3147579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr11	3150391	rs2277300	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	3150482	rs11025526	A	G	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	3187772	rs72848215	A	G	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=470;ReadPosRankSum=-0.645;SC=GATCACAGGAACCCACGGCTT;SOR=0.952;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=37;WE=3187780;WS=3187762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
chr11	3240107	rs61870496	A	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=363;ReadPosRankSum=-1.377;SC=GGTCCTCAGGAGTCTTTTGTG;SOR=0.994;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=32;WE=3240115;WS=3240097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr11	3242833	rs7929163	G	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=227;ReadPosRankSum=0.418;SC=TGATAAGAGAGTTTTTCCTTC;SOR=0.346;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=15;WE=3242841;WS=3242823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr11	3242933	rs10833491	C	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=574;ReadPosRankSum=-2.474;SC=TTTCTCTTCACGTTTCTCAAA;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=44;WE=3242941;WS=3242923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr11	3243346	rs11026004	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CTGGGTCCCTCCTGGCTGCCT;SOR=0.230;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=15;WE=3243354;WS=3243336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr11	3243367	rs12280457	G	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=0.000;SC=CACCATCAGGGGCGGGATGAG;SOR=0.207;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=11;WE=3243375;WS=3243357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr11	3243427	rs12275900	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TGATCCCTCGTACATCCTCGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=3243435;WS=3243417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr11	3249984	rs12295710	C	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=441;ReadPosRankSum=0.444;SC=TCCTGGGCGCCGTTGGCGGCC;SOR=0.764;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=37;WE=3249992;WS=3249974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,51:0.43:119
chr11	3361087	rs2073805	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr11	3381798	.	G	GA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=-1.027;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	3381843	rs2157763	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.219;NF=7;NR=2;ReadPosRankSum=2.056;SC=ACAGATGAATACACTTTATGA;SOR=1.828;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=9;WE=3381851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr11	3382069	rs6578335	C	G	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=27;PP=890;SC=CCCACTGCAGCCCCCGCTCCT;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=52;WE=3382077;WS=3382059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	3382215	rs6578336	T	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=104;SC=TTCTGCCCCCTGTGACACGGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=3382223;WS=3382205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	3383962	rs10734319	T	C	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=138;SC=CTAAAGTACATCTTTTCATTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=3383970;WS=3383952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	3390006	rs7943767	T	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=20;PP=645;SC=ATTAAACTCATGCATATCCAC;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=3390014;WS=3389996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	3390173	rs1989786	A	T	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=12;PP=311;SC=AATCAAGCCTAAAATGTAAAA;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=3390181;WS=3390163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	3390547	rs7925972	G	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=326;SC=AAACCAGGGTGGGGGGGCGTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=3390555;WS=3390537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	3392351	rs2269735	T	C	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	3392357	rs2269734	T	G	3737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.58;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	3392972	rs2269732	G	A	6381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=83;PP=2533;SC=TACTTGATTCGAGGTGAAATG;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=55;TCR=83;TR=138;WE=3392980;WS=3392962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	3394894	rs10833820	G	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=951;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CACCTGCATCGTGAGAATATG;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=63;WE=3394902;WS=3394884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
chr11	3394960	rs10833821	A	G	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=542;ReadPosRankSum=2.075;SC=CCATCAACAGAAAGACCAAGA;SOR=0.700;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=27;WE=3394968;WS=3394950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr11	3398760	rs7932709	G	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=11;PP=465;SC=CCTCTGACAGGGGCATGTGAT;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=3398768;WS=3398750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	3398795	rs7932797	G	A	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=19;PP=766;SC=TGTGTCTCCAGGGATTGAAAG;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=44;WE=3398803;WS=3398785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	3400334	rs7931660	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	3400422	rs6578342	C	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=7;PP=155;SC=GGAAGCCGTCCTCTCCTCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=3400430;WS=3400412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	3661140	rs4910876	T	C	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=58;PP=2400;SC=GGACAGAGTCTCCCAGCCTCT;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=119;WE=3661148;WS=3661130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	3661585	rs3062849	A	ATGG	9431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=79;PP=2957;SC=CAGGGGCAGGATGGGAACAGC;SOR=1.168;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=12;TCR=82;TR=91;WE=3661593;WS=3661575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	3663011	rs932097	G	A	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=1006;ReadPosRankSum=0.281;SC=CCCCCTTGGGGCTAGGAGATG;SOR=0.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=32;WE=3663029;WS=3663001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chr11	3663021	rs75902876	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,31:0.33:94
chr11	3663170	rs7111519	G	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=230;SC=TCGAGGGGCTGGAGGCAGATC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=3663178;WS=3663160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	3663201	rs7128137	A	G	99.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-0.792;SC=CTCCAGGCGCACGGGATCCCG;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=3663209;WS=3663191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr11	3688934	rs147957618	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=-0.936;SC=CCCAGCGCACGGCGCCATCGT;SOR=0.663;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=23;WE=3688942;WS=3688924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,38:0.38:101
chr11	3704775	rs35532049	CT	C	95.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=59;SC=AACTGCAGGTCTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=3704783;WS=3704765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	3714311	rs694102	T	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=128;SC=TCATGATATTTAATAAAATAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=3714319;WS=3714310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	3714489	rs1875	C	T	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=23;PP=879;SC=ACATGCTGAGCGCCCTAGAAA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=3714497;WS=3714479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	3733877	rs34135902	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=203;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GCAGTCTTCAACTTCTTTGTA;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=16;WE=3733885;WS=3733867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr11	3740588	rs612785	G	T	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=223;SC=TATGTTTACAGAAAAAAAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=3740596;WS=3740578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	3746465	rs276901	C	G	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=11;PP=308;SC=AACAAGAAACCAAAAGAAGAA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=3746473;WS=3746455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	3756581	rs144227838	A	AAT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	3789982	rs146552084	GAAAAAGAAAAA	G	477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=2396;SC=TACCTTTTAGGAAAAAGAAAA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=3790000;WS=3789972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	3795162	.	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TGAATAAATCGATCTTAGTAA;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=15;WE=3795170;WS=3795152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr11	3799985	rs188044	G	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=6;PP=284;SC=CTCTTCCCTTGTTTTTGCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=18;WE=3799993;WS=3799975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	3829419	rs2278845	G	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=79;ReadPosRankSum=-1.757;SC=TTTCAGAAGGGCGAGGCTGGA;SOR=0.527;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=7;WE=3829427;WS=3829409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr11	3832710	rs117306235	A	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=1.643;SC=TCTTCTTTAGATCTTGAATAT;SOR=1.355;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=20;WE=3832718;WS=3832700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr11	3838910	rs7946577	G	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=17;PP=712;SC=GTCAGAGTCAGAGATAATTCA;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=3838918;WS=3838900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	3838953	rs10835147	T	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=15;PP=470;SC=AGAATCACAGTCCTCCCTGAG;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=3838961;WS=3838943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	4045360	rs10835508	A	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=1.475;SC=AGTCACTAAAAAAGACTGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=12;WE=4045368;WS=4045350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr11	4104060	rs2898950	A	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TTTCTCATTTATTCCATTCTC;SOR=0.871;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=12;WE=4104068;WS=4104050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr11	4104087	rs10767828	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=259;ReadPosRankSum=-1.214;SC=CTGCTCTTTTTGAGCTGGGGG;SOR=1.144;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=19;WE=4104095;WS=4104077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr11	4104355	rs894455	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=0.943;SC=ATTTATCTCCTGCCTTGCTCT;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=15;WE=4104363;WS=4104345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr11	4104745	rs2289570	C	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=0.756;SC=GACCTCTTTGCGGGGATGAAG;SOR=0.820;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=22;WE=4104753;WS=4104735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr11	4109709	rs10835604	A	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=-1.161;SC=CAGCAGAGCCACTCATATCCA;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=4109717;WS=4109702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr11	4116335	rs12801088	A	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=339;SC=TGATGCCCAGACCGCCCGCCC;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=4116343;WS=4116325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	4123345	rs1348310	C	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=169;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TGGGTTCCTTCTTTCATGTGT;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=10;WE=4123353;WS=4123335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr11	4123494	.	T	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=0.349;SC=GTCCTGTGAGTTCTCACTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=4123502;WS=4123484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	4133317	rs56336381	C	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=370;ReadPosRankSum=0.262;SC=TAGGGAAATACGCCTTGACCT;SOR=1.059;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=26;WE=4133325;WS=4133307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr11	4153767	rs10835662	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=-0.085;SC=AACTTTGATAAAGACAGTCAT;SOR=0.634;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=16;WE=4153775;WS=4153757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr11	4159466	rs1042858	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=2.423;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr11	4159764	rs1042919	A	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.524;NF=0;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GTTAATGATGATAATGATTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=4159778;WS=4159754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	4159770	.	AT	A	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5006;HP=10;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=61.53;NF=0;NR=3;PP=64;QD=25.3333333333;SC=GATGATAATGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=4159778;WS=4159754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	4185463	rs979941	T	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=0.399;SC=TGCTCAGCACTAGGGCAGATG;SOR=0.275;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=15;WE=4185471;WS=4185453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr11	4185595	rs979942	T	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,53:0.42:127
chr11	4185766	rs7948314	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.718;SC=CATCTCCTTGGTTCTAGGTCT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=4185774;WS=4185756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	4389404	rs11310407	AG	A	2230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=29;PP=1320;SC=GTTCCCAAGAAGGGCGGTGAC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=32;WE=4389412;WS=4389394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr11	4409386	rs2554933	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.998;SC=GTCTTGAACGCGAACCTTTCA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=4409394;WS=4409379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	4409511	rs12805578	A	G	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=18;PP=1331;SC=TTGTAGAAGGAAACCCCTCCC;SOR=1.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=60;WE=4409519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	4410752	rs2855142	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=2.307;SC=GAGCAGCTGGCTTCTGGAGAG;SOR=0.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=4;WE=4410760;WS=4410742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	4411241	rs926101	C	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=571;ReadPosRankSum=-1.499;SC=CCTGGTACTCCTGTGCAGCCT;SOR=0.881;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=36;WE=4411249;WS=4411231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr11	4411819	rs5030768	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TCCTAAAATTTATATGGAATC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=4411827;WS=4411809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	4471469	rs61997232	A	C	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=826;ReadPosRankSum=-1.355;SC=AGACCAAGCAAATCCGTGAGA;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=50;WE=4471477;WS=4471459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,85:0.51:166
chr11	4496473	.	T	C	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.492;NF=61;NR=43;PP=1351;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TCACCAAGATTGGCATGGCTG;SOR=0.599;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=194;TCF=116;TCR=78;TR=104;WE=4496481;WS=4496463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,149:0.55:271
chr11	4510199	.	A	G	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=546;ReadPosRankSum=0.385;SC=CTGGTTTGGAACACCTGCATG;SOR=0.755;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=37;WE=4510207;WS=4510189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,67:0.48:140
chr11	4510285	rs96489	A	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,70:0.47:149
chr11	4562831	rs2657172	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=0.186;SC=GTCTAAGGCAAGACTCAGGAA;SOR=0.553;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=10;WE=4562839;WS=4562821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr11	4562969	rs144617165	A	AATTTT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=0.392;SC=ATGTTCTTTAAATTTTATTTT;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=4562977;WS=4562959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr11	4566711	rs2709182	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=450;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TTGGCCTGGACGCCTGCTTGG;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=35;WE=4566719;WS=4566701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr11	4566828	.	G	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=425;ReadPosRankSum=-1.301;SC=GTCATAGCATGGTGCTCACTT;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=32;WE=4566836;WS=4566818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr11	4593550	rs117631969	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=232;ReadPosRankSum=2.721;SC=GAAGCTATGACGAAATGAAAG;SOR=0.812;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=23;WE=4593558;WS=4593540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr11	4594739	rs919519	C	T	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	4608262	rs12793957	A	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.257;NF=39;NR=38;PP=1121;ReadPosRankSum=-1.208;SC=AGGAAACACCATCATCGTGAC;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=72;TCR=68;TR=77;WE=4608270;WS=4608252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,64:0.41:158
chr11	4608542	rs1847632	C	T	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.417;NF=42;NR=34;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.621;SC=AGAATTCTCACGCCTCAAGTG;SOR=0.769;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=170;TCF=91;TCR=79;TR=76;WE=4608550;WS=4608532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,106:0.45:237
chr11	4615390	rs2010722	C	T	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.01;QD=27.53;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	4615508	rs2010719	C	G	4924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=79;PP=2965;SC=TGGCCTCCTCCGTGGTACCCA;SOR=1.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=170;WE=4615516;WS=4615498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	4615905	rs146674516	T	C	2706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.218;NF=40;NR=53;PP=1507;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TATGGTGGGCTCTGATGTGGC;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=198;TCF=82;TCR=116;TR=93;WE=4615924;WS=4615895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,131:0.48:272
chr11	4621485	rs2231978	C	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=3;PP=206;SC=CCAAGCCTCTCTGGTTAGGGT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=4621493;WS=4621475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	4622013	.	G	A	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=645;ReadPosRankSum=1.538;SC=CCTCAGACACGATGAGACGGG;SOR=0.997;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=40;WE=4622021;WS=4622003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,64:0.47:136
chr11	4622159	rs2231972	T	C	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=25;PP=827;SC=GATGAAGGGGTGAGGCTGGAT;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=4622167;WS=4622149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	4623788	rs931811	T	C	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=160;SC=CTATTTTTCCTAGCTTCCTGT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=4623796;WS=4623778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	4661072	.	C	T	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.692;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,104:0.44:234
chr11	4661471	.	G	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.442;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=567;ReadPosRankSum=0.036;SC=TGTGCTGACAGGGTGTACTGT;SOR=1.075;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=40;WE=4661479;WS=4661461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr11	4673788	rs17224476	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=278;ReadPosRankSum=1.077;SC=AATGAATCCAGTGCTACATAC;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=19;WE=4673796;WS=4673778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr11	4674575	rs3817098	G	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=608;ReadPosRankSum=1.656;SC=GTGACTCTCCGCTGCCCGTCA;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=46;WE=4674583;WS=4674565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,64:0.46:140
chr11	4703165	rs1123991	C	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=715;ReadPosRankSum=-1.100;SC=AGCGGTGTACCACTGAGAGGC;SOR=0.723;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=51;WE=4703173;WS=4703155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,84:0.42:200
chr11	4711860	rs1847631	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=0.241;SC=TTCCAGCTTTAACTTTAAATG;SOR=1.981;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=4711868;WS=4711850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	4712079	rs1505192	A	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=420;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CAAAGGGGAGATCAGCAGGTA;SOR=0.803;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=33;WE=4712087;WS=4712069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr11	4713215	.	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr11	4729650	rs7122597	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=100;ReadPosRankSum=2.621;SC=CTTTTCATTCGGGGGGTTGCA;SOR=0.593;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=8;WE=4729658;WS=4729640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr11	4730985	rs4619142	C	T	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=66;PP=2771;SC=ACCCATGTATCATTTTCTCTC;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=150;WE=4730993;WS=4730975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	4731180	rs4432013	G	A	6361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=77;PP=2889;SC=CTTTATTGCCGTCTGTAACCC;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=67;TCR=77;TR=144;WE=4731188;WS=4731170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	4731468	rs4436535	G	A	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=52;PP=2288;SC=TGTTCTGATCGTCCGCTCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=107;WE=4731476;WS=4731458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	4731583	rs4471413	C	T	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=68;PP=2507;SC=AGTTTGTCACCAGTGCACAGA;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=139;WE=4731591;WS=4731573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	4790268	rs1030726	C	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.335;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=326;ReadPosRankSum=0.473;SC=TTTACACTGTCGATGATGGGG;SOR=0.569;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=24;WE=4790276;WS=4790258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr11	4790308	rs1030725	A	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=357;ReadPosRankSum=1.363;SC=GCAGGTATACATTAGCCATCA;SOR=0.851;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=27;WE=4790316;WS=4790298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr11	4790410	rs1030724	A	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=408;ReadPosRankSum=-1.796;SC=CTGCTCCCACATGGGAGACAC;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=29;WE=4790418;WS=4790400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr11	4790471	rs1030723	G	A	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=3.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.14;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,74:0.52:141
chr11	4790474	rs11033793	T	C	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=4.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.84;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,75:0.52:144
chr11	4790671	rs11033795	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=2.044;SC=AAAGTAGTGGCAATATTAGTA;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=32;WE=4790679;WS=4790661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,37:0.33:111
chr11	4790758	rs11033796	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=549;ReadPosRankSum=0.686;SC=ACCTCAGAGGGTCACAGATGG;SOR=1.011;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=34;WE=4790766;WS=4790748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,46:0.40:114
chr11	4790857	rs11033797	A	G	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=612;ReadPosRankSum=1.144;SC=CAATGCAGCTATATAGACTGA;SOR=0.674;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=45;WE=4790865;WS=4790847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr11	4790873	rs34672924	CG	C	1921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=1;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=1888;ReadPosRankSum=3.024;SC=ACTGATTTCACGTGCCTCAAA;SOR=0.910;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=29;WE=4790889;WS=4790863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,51:0.43:118
chr11	4790881	rs111736749	A	G	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=2;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=1897;ReadPosRankSum=2.700;SC=CACGTGCCTCAAACCAGAGGA;SOR=0.806;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=42;WE=4790889;WS=4790863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,53:0.43:123
chr11	4790948	rs11033800	C	A	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.84;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr11	4790951	rs11033801	A	G	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.69;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr11	4791178	rs10836609	C	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.65;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr11	4791181	rs10836610	T	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.17;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr11	4824851	.	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=702;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GGGATATAAAGAGCCAAGATG;SOR=0.986;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=45;WE=4824859;WS=4824841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr11	4824878	rs2053116	A	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=740;ReadPosRankSum=2.134;SC=ATATGGGAGGAACGTGTGCTA;SOR=0.951;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=47;WE=4824886;WS=4824868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,60:0.56:108
chr11	4824908	.	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=478;ReadPosRankSum=-1.118;SC=AGGCGGGCTTCACCTGAGGGC;SOR=0.546;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=36;WE=4824916;WS=4824898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,46:0.39:118
chr11	4825010	rs6578533	T	A	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.307;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=800;ReadPosRankSum=0.986;SC=AAGAGCCCATTCCCACGACTT;SOR=0.926;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=61;WE=4825018;WS=4825000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,91:0.51:179
chr11	4825225	rs7941731	A	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=549;ReadPosRankSum=1.049;SC=TGGGAAGCAGATAGCCACGTA;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=44;WE=4825233;WS=4825215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,57:0.43:133
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chr11	4827322	rs934485	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=203;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAAAGGCCTTATCTTTTCCTA;SOR=1.329;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=14;WE=4827330;WS=4827312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr11	4869906	rs7117260	A	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=-1.153;SC=GACCTGTGGGAGGCAGTAGGG;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=11;WE=4869914;WS=4869896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr11	4870269	rs12417164	A	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CTGCAGGGCAATGATCCAGAG;SOR=0.650;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=23;WE=4870277;WS=4870259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr11	4880992	rs7947547	C	G	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=500;ReadPosRankSum=1.082;SC=TAAATGCTCCCAAAATCTGTG;SOR=0.655;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=39;WE=4881000;WS=4880982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr11	4903500	rs78644275	G	A	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=957;ReadPosRankSum=-0.970;SC=GCCTTTGACCGCTTCGTGGCT;SOR=0.547;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=66;WE=4903508;WS=4903490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,82:0.52:158
chr11	4928866	rs7941509	C	T	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=49;PP=1924;SC=TGTTCAATGCCATGGGAATTT;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=107;WE=4928874;WS=4928856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	4936613	rs16907312	G	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=497;ReadPosRankSum=0.755;SC=AATTTCTCGTGCTCCAACCCA;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=38;WE=4936621;WS=4936603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,56:0.41:137
chr11	4936828	.	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=381;ReadPosRankSum=-2.297;SC=CCAGCCCAGGGATGCCACTCA;SOR=0.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=25;WE=4936836;WS=4936818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr11	4945233	rs35264256	C	T	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
chr11	4945236	rs35666095	T	C	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.85;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr11	4964649	rs2595992	G	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=276;ReadPosRankSum=1.830;SC=GTGTAGGTGAGCTCAAGGTAA;SOR=0.646;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=17;WE=4964657;WS=4964639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr11	4964753	rs2605301	A	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=566;ReadPosRankSum=-0.247;SC=ATTTTGTGCTAGATAATTCTT;SOR=0.514;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=40;WE=4964761;WS=4964743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,61:0.51:120
chr11	4964784	rs2605302	A	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=614;ReadPosRankSum=0.006;SC=GCTATCCTGTACATTAAAGAA;SOR=0.717;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=43;WE=4964792;WS=4964774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,63:0.48:132
chr11	4965239	rs2570581	G	A,T	1126.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=4,12;NR=3,12;PP=31,377;SC=CTGCCTATCCGCACACTGGGA;SOR=0.776;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=7,24;WE=4965247;WS=4965229;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.67:48
chr11	4965301	rs2605303	G	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=18;PP=728;SC=ACTACTGCTTGGTTGTACTAC;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=4965309;WS=4965291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	4967468	rs28698374	G	A	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.053;NF=49;NR=21;PP=1025;ReadPosRankSum=0.135;SC=AATTGGGTTCGTCAGTGGAGG;SOR=0.906;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=170;TCF=109;TCR=61;TR=70;WE=4967476;WS=4967458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,124:0.45:278
chr11	4967532	rs2595988	G	C	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.238;NF=68;NR=55;PP=1599;ReadPosRankSum=0.640;SC=GAGACATGCCGGGCAAAGCGG;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=122;TCR=100;TR=123;WE=4967540;WS=4967522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,140:0.48:294
chr11	4967651	rs76895759	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=7.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=54.919;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.089;NF=14;NR=35;PP=797;ReadPosRankSum=0.915;SC=TGCAATTCCCAGTACAGTCTT;SOR=5.032;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=170;TCF=70;TCR=100;TR=49;WE=4967659;WS=4967641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,30:0.13:223
chr11	4967770	.	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=26.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.71;MQRankSum=1.091;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.773;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr11	4967831	rs2595987	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=9.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQRankSum=-5.359;QD=0.46;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=2.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,12:0.11:109
chr11	4968198	rs3845246	C	A	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.67;MQRankSum=-2.572;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,59:0.51:116
chr11	4976086	rs2570572	C	T	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.905;NF=57;NR=35;PP=1225;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GTTTCATCAGCGGAGGTACAA;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=118;TCR=73;TR=92;WE=4976094;WS=4976076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,138:0.49:284
chr11	4976241	rs2570571	C	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-13.677;NF=32;NR=40;PP=1284;ReadPosRankSum=-3.873;SC=GCCTTAAGCTCCTCCTTTTTG;SOR=1.988;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=194;TCF=90;TCR=104;TR=72;WE=4976249;WS=4976231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,56:0.24:232
chr11	4976554	rs2595986	A	G	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.994;NF=41;NR=37;PP=1349;ReadPosRankSum=1.009;SC=ATCTCAGAGGATTGTGGATGG;SOR=1.435;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=81;TCR=71;TR=78;WE=4976562;WS=4976544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,63:0.36:174
chr11	4976788	rs35318834	C	A	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.032;NF=34;NR=38;PP=1001;ReadPosRankSum=0.348;SC=AGGGCTCTGTCTTGATGATAA;SOR=0.558;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=58;TCR=72;TR=72;WE=4976796;WS=4976778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,82:0.54:152
chr11	4976811	rs28482315	C	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.60;MQRankSum=0.707;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr11	4977026	rs10837027	C	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=574;SC=GTAAAATAGGCATATCTGTAA;SOR=2.242;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=4977034;WS=4977016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr11	5012592	rs61880629	C	T	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=532;ReadPosRankSum=0.622;SC=TAGCTTCTGTCGTCCACAGCC;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=39;WE=5012600;WS=5012582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr11	5013421	rs5789346	G	GT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.246;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr11	5013423	rs60905583	T	TG	854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=9;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=557;ReadPosRankSum=2.263;SC=TTACTGTTGTTTTTTTTTTCT;SOR=0.420;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=37;WE=5013431;WS=5013411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr11	5020117	rs10837108	C	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=1.874;SC=TTTTTGTCCTCATTCCATTAT;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=12;WE=5020125;WS=5020107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr11	5020189	rs11035064	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=380;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TTCCTCACTACTTGCTGAATT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=29;WE=5020197;WS=5020179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr11	5020416	rs2445290	A	G	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=33;PP=1712;SC=TTTCCATCTTAGCAGTGAATG;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=83;WE=5020424;WS=5020406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	5020509	rs11035066	C	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=934;ReadPosRankSum=1.622;SC=CAAGTGCTTGCTATGCTCAGC;SOR=0.518;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=61;WE=5020517;WS=5020499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,77:0.48:161
chr11	5020799	rs10768448	C	T	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=866;ReadPosRankSum=-1.793;SC=GATGCCAGGACCAACAGTATT;SOR=0.700;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=62;WE=5020807;WS=5020789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,106:0.52:205
chr11	5020832	rs10768450	C	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=749;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GTAGTCATTGCCACACTAGGT;SOR=0.518;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=56;WE=5020840;WS=5020822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr11	5067984	rs2500016	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=539;ReadPosRankSum=0.465;SC=GGCCCTTTCTACAACCTCTGT;SOR=0.389;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=36;WE=5067992;WS=5067974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr11	5068137	rs2500017	G	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=647;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TTATGTGGCCGTCTGTGCTCC;SOR=0.933;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=46;WE=5068145;WS=5068127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,63:0.50:125
chr11	5068177	rs2500018	A	T	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=765;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TTGACATCCCAAGTGTTGGTG;SOR=0.863;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=51;WE=5068185;WS=5068167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr11	5068661	rs2500019	A	G	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=639;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AGATTCGAGAACGAGTGCTCT;SOR=0.661;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=43;WE=5068669;WS=5068651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr11	5079946	rs2445332	C	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=26.10;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	5080068	rs2500052	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.139;NF=19;NR=10;PP=441;ReadPosRankSum=-1.316;SC=CGGCCAAAGCGATGAGTCATA;SOR=0.757;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=29;WE=5080076;WS=5080058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr11	5080337	rs61746343	T	C	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=768;ReadPosRankSum=-1.260;SC=GGGAATTACATGATTCCCACA;SOR=0.686;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=58;WE=5080345;WS=5080327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,77:0.57:134
chr11	5080509	.	GG	AA	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=1266;ReadPosRankSum=-0.341;SC=ATTGCCACAAGGACTGCTGAC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=38;WE=5080518;WS=5080499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,59:0.42:141
chr11	5080844	rs16909440	T	C	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.96;MQRankSum=-0.098;NF=33;NR=26;PP=756;ReadPosRankSum=-2.084;SC=CTGGGTGTCATTGGGAAGGAA;SOR=0.839;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=147;TCF=78;TCR=69;TR=59;WE=5080852;WS=5080834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,103:0.48:215
chr11	5141876	rs10837373	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.501;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=217;ReadPosRankSum=1.424;SC=GGAACAGAATGTTTTTACTAC;SOR=2.494;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=13;WE=5141884;WS=5141866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr11	5141902	rs10837374	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=7;PP=449;SC=CTCTAATGTGTTTGGTCTTTA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=5141910;WS=5141892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	5141980	rs4426129	A	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	5142134	rs11035760	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,64:0.55:117
chr11	5142270	rs10837375	T	G	4969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=73;PP=2875;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GTAAGTGTGGTATATTAACTT;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=145;WE=5142278;WS=5142260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr11	5142549	rs7947334	T	C	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1022;ReadPosRankSum=0.389;SC=CCAAAAAATATCAAGCATCTT;SOR=0.687;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=132;TCF=65;TCR=67;TR=67;WE=5142557;WS=5142539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,100:0.51:197
chr11	5172786	rs10768611	A	G	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.06;NF=79;NR=50;PP=2456;SC=ATATAAGGGGAGATGTGAGAC;SOR=1.101;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=129;WE=5172803;WS=5172776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	5172795	rs112098990	A	AC	2153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.042;NF=19;NR=24;PP=1535;ReadPosRankSum=0.396;SC=GAGATGTGAGACCCAAACCTA;SOR=0.746;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=43;WE=5172803;WS=5172776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,81:0.49:167
chr11	5199222	rs7924390	A	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=215;ReadPosRankSum=2.177;SC=TGAAACACTGAGTGAAGGATC;SOR=0.622;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=13;WE=5199230;WS=5199215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr11	5199340	rs113029548	A	AATGCCC	2097.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=1668;ReadPosRankSum=0.541;SC=CCAATCTGGCAATGTGCTCAC;SOR=0.527;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=29;WE=5199348;WS=5199330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr11	5199645	rs6578560	T	C	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=42;PP=1469;SC=GCCAGCACCTTAGGGGCTGCA;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=77;WE=5199653;WS=5199635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	5199660	rs6578561	T	C	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=42;PP=1012;SC=GCTGCAGCAGTGGCGAGCAGG;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=5199668;WS=5199650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	5199675	rs6578562	C	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=586;ReadPosRankSum=1.886;SC=AGCAGGAAGTCGGCTGAGGCC;SOR=0.954;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=42;WE=5199683;WS=5199665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr11	5199708	rs6578563	T	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.91;ReadPosRankSum=2.006;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr11	5199817	rs5789371	GC	G	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AGGTATGCAAGCCTTCCAGCC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=5199825;WS=5199807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	5221075	.	CA	C	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.421;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=754;ReadPosRankSum=1.756;SC=TAGATGTTGCCAATGAGAACG;SOR=1.059;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=13;WE=5221087;WS=5221065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr11	5221079	.	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=768;ReadPosRankSum=1.635;SC=TGTTGCCAATGAGAACGTGGG;SOR=1.159;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=15;WE=5221087;WS=5221065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr11	5221645	rs11512276	C	G	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=911;ReadPosRankSum=0.229;SC=CGAATGATCCCCCACAGGATC;SOR=0.655;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=84;TCR=82;TR=67;WE=5221653;WS=5221635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,122:0.44:275
chr11	5221825	rs11036212	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=463;ReadPosRankSum=-1.782;SC=GGGATGGAAAGCCAGGGGTAT;SOR=0.356;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=32;WE=5221833;WS=5221815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr11	5222021	rs74882018	T	TA	83.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.7339;FS=9.700;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=1.242;SC=CTTACTGACTTAAAAAAAACA;SOR=2.209;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=5222029;WS=5222011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	5247141	rs1609812	G	A	87.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TATATGCAGAGATATTGCTAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=5247149;WS=5247131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	5247726	rs7946748	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr11	5247791	rs10768683	C	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,69:0.53:131
chr11	5248243	rs713040	A	G	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=493;ReadPosRankSum=0.143;SC=CAGGAGTCAGATGCACCATGG;SOR=0.572;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=39;WE=5248251;WS=5248233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr11	5264453	.	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=442;ReadPosRankSum=0.843;SC=TCAGCACCTTCTTGCCATGTG;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=30;WE=5264461;WS=5264443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr11	5269582	rs371855998	AG	A	2772.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-1.251;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,75:0.41:182
chr11	5269584	rs1065686	T	A	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-1.182;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,75:0.42:180
chr11	5269586	rs371890964	A	AG	2831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-0.626;QD=15.39;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,75:0.41:184
chr11	5269799	rs28440105	A	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.70;MQRankSum=-0.174;QD=22.46;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr11	5269806	rs28379094	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQRankSum=-0.147;QD=25.21;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr11	5274717	rs2070972	A	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQRankSum=-0.605;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr11	5275802	rs141669845	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	5289896	rs3061750	A	AAAAC	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=6.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.570;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=1.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr11	5322737	rs10837771	A	G	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,88:0.49:178
chr11	5322931	.	G	A	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=886;ReadPosRankSum=-2.895;SC=CTAGCAGCAGGACACCCAGGA;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=63;WE=5322939;WS=5322921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,78:0.54:145
chr11	5323071	rs7118113	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=559;ReadPosRankSum=1.223;SC=CCAAAAAGGACGGAGAAGTAG;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=35;WE=5323079;WS=5323061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr11	5344552	rs7934105	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	5344561	rs7933257	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.60;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	5344592	rs11036814	A	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=0.216;SC=TCCGAGTTTAACTACTAAACC;SOR=0.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=8;WE=5344600;WS=5344582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	5344772	rs10742622	T	C	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=48;PP=1493;SC=AACCCATCACTGTAACATAGA;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=90;WE=5344780;WS=5344762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	5344847	rs10768793	A	G	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=47;PP=1746;SC=CTTCACCAGAAGCAATGCCTA;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=92;WE=5344855;WS=5344837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	5344902	rs7937237	C	G	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=34;PP=1560;SC=GATGATCAGACAGTCTAGGAA;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=69;WE=5344910;WS=5344892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	5345128	rs10837814	G	A	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=68;PP=2472;SC=GTATTGGTGAGAATGGAAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=132;WE=5345136;WS=5345118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	5345170	rs7952293	A	G	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1092;ReadPosRankSum=1.234;SC=GCAATGAAACAATCATATGCC;SOR=0.670;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=70;WE=5345178;WS=5345160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,92:0.53:175
chr11	5345486	rs4910750	G	A	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=27;PP=840;SC=GCCCTGGAAAGCCAGTCAGCA;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=5345494;WS=5345476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	5364276	rs4910551	G	A	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=45;SC=AAAATAGAGGGGCCTGATTGG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=86;WE=5364284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	5364430	.	C	T	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=835;ReadPosRankSum=-1.082;SC=ATGCCAGACTCGAGAAAGGAA;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=51;WE=5364438;WS=5364420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,90:0.58:154
chr11	5364450	rs11036912	A	G	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	5364647	.	G	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=353;ReadPosRankSum=-1.018;SC=TGCCAAAAAGGATGGATATAT;SOR=0.853;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=26;WE=5364655;WS=5364637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr11	5372690	rs4373970	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-1.352;SC=ACAACTGATTACTATTGCTTT;SOR=0.260;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=6;WE=5372698;WS=5372680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr11	5372718	rs4494330	G	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=-1.190;SC=GTAAATATTTGCCTCTTTGCA;SOR=0.610;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=10;WE=5372726;WS=5372708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	5372751	rs4910755	A	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=248;ReadPosRankSum=0.586;SC=GGGCTCAATAAGTCTGCTTCC;SOR=1.463;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=17;WE=5372759;WS=5372741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr11	5372856	rs4910756	A	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=641;ReadPosRankSum=-1.308;SC=CTTCTTGGCAATGGCACTCTT;SOR=0.697;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=49;WE=5372864;WS=5372846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,78:0.44:178
chr11	5373006	rs7483122	T	C	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=770;ReadPosRankSum=-1.491;SC=CACAGGGAGATTGGCCATGGA;SOR=0.557;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=57;WE=5373014;WS=5372996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr11	5373104	rs5006889	A	G	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.08;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr11	5373111	rs7479477	G	A	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.57;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,57:0.44:130
chr11	5373114	rs5006888	G	A	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.42;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr11	5373129	rs5006887	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=554;ReadPosRankSum=-1.160;SC=TTAAGATATACCTCTATCCTG;SOR=0.917;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=41;WE=5373137;WS=5373119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,61:0.47:130
chr11	5373170	rs5006886	C	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=482;ReadPosRankSum=1.360;SC=GATTGGTGTGCGGGTATTGAC;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=38;WE=5373178;WS=5373160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,68:0.45:151
chr11	5373242	rs5006885	T	G	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.32;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,78:0.43:181
chr11	5373251	rs5006884	C	T	3002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=-0.740;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,84:0.45:187
chr11	5373311	rs5006883	T	C	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=855;ReadPosRankSum=0.664;SC=TGACATCACCTTCAACCGTCT;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=55;WE=5373319;WS=5373301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,96:0.50:193
chr11	5373334	rs5006882	A	G	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=2.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.402;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,99:0.52:191
chr11	5373562	rs5024042	C	A	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1052;ReadPosRankSum=-1.554;SC=TCACAATGAGCTACATCCACT;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=76;WE=5373570;WS=5373552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,111:0.48:229
chr11	5373646	rs5024041	T	C	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=883;ReadPosRankSum=3.219;SC=GCATACTTCGTTTATTCTCTC;SOR=0.946;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=57;WE=5373654;WS=5373636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,73:0.45:161
chr11	5373713	rs12802177	A	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=5.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.106;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr11	5373724	rs5024040	A	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.378;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr11	5373728	rs5024039	C	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=0.129;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr11	5373738	rs5024038	A	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.720;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr11	5373807	rs5024037	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-2.656;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr11	5410934	rs1498467	T	G	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=87;PP=2965;SC=TTAACTCCCATAGTATCTACT;SOR=0.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=61;TCR=87;TR=148;WE=5410942;WS=5410924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	5411031	rs1498468	C	T	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=55;PP=1950;SC=CTTTGACCGCCTTGTGGCCAT;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=93;WE=5411039;WS=5411021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	5411239	rs1498469	T	C	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=40;PP=1458;SC=TGCACAGATATCACCTTCAAT;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=5411247;WS=5411229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	5411395	rs9783355	C	A	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.90;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	5411395	.	CTCT	ATCG,ATCT	519	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=13,34;NR=12,25;PP=386,519;QD=17.5787149945;SC=TGCACCGCTCCTCTCTGTGCT;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=25,59;WE=5411406;WS=5411385;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.42:59
chr11	5411398	rs2736531	T	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr11	5411519	.	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=428;ReadPosRankSum=0.804;SC=TTGTGCCTCCCATGCTTAACC;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=32;WE=5411527;WS=5411509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,52:0.46:114
chr11	5411579	rs10768906	GT	AC	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=30;PP=1778;SC=CCATTATCAAGTTCCTAGGTC;SOR=1.310;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=42;WE=5411588;WS=5411569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	5423775	rs7481498	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.15;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr11	5423779	rs2736527	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr11	5424050	rs1909262	G	A	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=994;ReadPosRankSum=-2.183;SC=GCCGAGGTTCGTGTCTCTGCA;SOR=0.585;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=66;WE=5424058;WS=5424040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,99:0.46:216
chr11	5424090	.	C	A	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=684;ReadPosRankSum=0.522;SC=TAGGCATATTCCTTTTTGGAA;SOR=0.413;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=119;TCF=52;TCR=67;TR=46;WE=5424098;WS=5424080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,67:0.40:167
chr11	5424366	.	C	T	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=-2.443;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,132:0.49:269
chr11	5424430	rs7929412	A	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,91:0.39:234
chr11	5424464	.	C	T	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=871;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GGGCTGGATTCGTTGCTGATT;SOR=0.812;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=65;WE=5424472;WS=5424454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,81:0.41:196
chr11	5424838	rs2736525	T	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.543;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=473;ReadPosRankSum=0.712;SC=TAATAACAGGTGGCCCTAGAT;SOR=0.132;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=26;WE=5424846;WS=5424828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr11	5443442	rs2736590	G	C	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1220;ReadPosRankSum=1.430;SC=TGTCCCAGGTGACTAACACCA;SOR=0.876;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=132;TCF=93;TCR=39;TR=67;WE=5443450;WS=5443432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,100:0.53:187
chr11	5443700	rs2736588	C	T	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=52;PP=1294;ReadPosRankSum=1.881;SC=TCTGGTTCAACGTTCGTAGAA;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=65;TCR=100;TR=85;WE=5443708;WS=5443690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,119:0.52:228
chr11	5443739	rs2736587	T	C	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TTGCTCAGTTTTTCTTCCTTC;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=70;WE=5443747;WS=5443729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,99:0.55:180
chr11	5443867	rs10838092	C	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=643;ReadPosRankSum=-1.372;SC=ATTGGTAGAACTGGGTTAGCC;SOR=0.588;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=47;WE=5443875;WS=5443857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,75:0.42:179
chr11	5443887	rs10838093	T	C	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=-2.834;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,81:0.42:193
chr11	5443893	rs10838094	G	A	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=-2.865;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,81:0.42:194
chr11	5443963	rs10838095	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=358;ReadPosRankSum=0.161;SC=CTTCTCTCTCGCTCCTATTGC;SOR=0.544;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=31;WE=5443971;WS=5443953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,52:0.34:154
chr11	5444061	rs2736586	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=523;ReadPosRankSum=-1.419;SC=CATTATTATCGTGGATCCTCT;SOR=0.478;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=37;WE=5444069;WS=5444051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,53:0.41:129
chr11	5444136	rs2647574	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=594;ReadPosRankSum=0.839;SC=CTGGGCTGAGCGACTCCGTGC;SOR=0.723;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=46;WE=5444144;WS=5444126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
chr11	5444353	rs2647573	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.749;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr11	5451875	rs1498474	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=355;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CTGACTCCTTGCAGTGATTCA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=26;WE=5451883;WS=5451865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
chr11	5452418	rs1566278	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=-0.473;SC=ACGGGGCAGGGTCAGGATGGC;SOR=0.148;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=5452426;WS=5452408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	5461991	rs1498486	C	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=505;ReadPosRankSum=-0.143;SC=ACATAAAAGGCCAGCACTGCA;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=40;WE=5461999;WS=5461981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,56:0.42:132
chr11	5462085	rs11037444	G	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=677;ReadPosRankSum=0.184;SC=GGATCAATGCGTAGGAAAGCA;SOR=0.702;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=52;WE=5462093;WS=5462075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr11	5462255	rs11037445	C	G	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=5;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=1292;ReadPosRankSum=-2.500;SC=CGTTTCACCACAAAAGGGAAA;SOR=0.439;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=37;WE=5462270;WS=5462245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr11	5462262	.	G	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=1476;ReadPosRankSum=3.128;SC=CCACAAAAGGGAAAGGGAAGA;SOR=1.019;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=35;WE=5462270;WS=5462245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr11	5474722	.	GG	AT	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=601;ReadPosRankSum=0.966;SC=TTTTGCTATGGGGTTGTTCAA;SOR=0.851;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=19;WE=5474731;WS=5474712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr11	5474838	rs2030094	G	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=457;ReadPosRankSum=0.181;SC=TGGCCCTTGGGGGAAATACAG;SOR=0.688;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=36;WE=5474846;WS=5474828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr11	5475431	rs35301588	T	TCA	4080.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.673;NF=12;NR=39;PP=2203;ReadPosRankSum=0.700;SC=CTCAAAGCTCTCAACACATGT;SOR=0.530;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=107;TCF=30;TCR=77;TR=51;WE=5475439;WS=5475421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,109:0.52:209
chr11	5475597	rs11037503	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=615;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TCATTTATAGCGCCAAGACAA;SOR=0.960;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=47;WE=5475605;WS=5475587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,68:0.36:189
chr11	5490077	rs2736569	A	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=1.255;SC=TAGTGTCTCCACAGGGCAGCC;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=5490085;WS=5490067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr11	5510284	rs417425	A	G	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=51;PP=1871;SC=TGGAGTCCTCAATTCTACTTG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=95;WE=5510292;WS=5510274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	5510341	rs404280	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=791;ReadPosRankSum=-1.205;SC=CATTAAGGTACACAACCATTC;SOR=0.645;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=57;WE=5510349;WS=5510331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,99:0.54:184
chr11	5510497	rs2467219	T	C	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=45;PP=1428;SC=ATATGGGCATTGCCCGACTGG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=5510505;WS=5510487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	5510540	rs146317894	G	GGGCT	1980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.312;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.158;NF=11;NR=13;PP=1202;ReadPosRankSum=0.372;SC=TATTGTCTATGGGCTAACTGT;SOR=0.869;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=24;WE=5510548;WS=5510530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,53:0.43:122
chr11	5510626	rs444878	T	C	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=48;PP=2093;SC=CAGTCTTTCATCTTCCATCTC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=108;WE=5510634;WS=5510616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	5510688	rs7101919	T	C	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.450;SC=ATTGGCATCATCCTGGTTTTC;SOR=0.711;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=72;WE=5510696;WS=5510678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,121:0.61:198
chr11	5510928	rs392296	G	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=22;PP=601;SC=AAAAAAAAGTGTAGGATGGCT;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=5510936;WS=5510907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	5511003	rs426886	G	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=344;SC=ATGGCAGGAAGCTCTGGAAGG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=5511011;WS=5510993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	5528918	rs2227271	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=498;ReadPosRankSum=0.035;SC=GCCCATGGACCGCAGTTGCTC;SOR=0.563;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=31;WE=5528926;WS=5528908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr11	5529139	rs2234456	T	C	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.619;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TACCCGTCCCTGCTAGGCAAG;SOR=0.461;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=56;WE=5529160;WS=5529129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,101:0.45:223
chr11	5529152	rs2234455	A	G	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.449;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=28;PP=2141;ReadPosRankSum=0.304;SC=TAGGCAAGGCATGAACCAGAG;SOR=0.963;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=69;WE=5529160;WS=5529129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,123:0.53:231
chr11	5529865	rs186434	G	A	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=30;PP=1032;SC=CTCCATGTGTGGAAGTCCAGG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=5529873;WS=5529855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	5536537	rs393044	A	C	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=30;PP=1188;SC=GCTGGTATCCAAGCTGGCTGC;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=5536545;WS=5536527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	5536848	rs2017433	G	A	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	5537037	.	G	A	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.142;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=752;ReadPosRankSum=-2.102;SC=AAGAAGGCGGGAAACTTCTGG;SOR=0.656;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=52;WE=5537045;WS=5537027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr11	5565943	.	G	A	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,74:0.54:136
chr11	5602275	rs1077126	A	G	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=959;ReadPosRankSum=-1.857;SC=CATGTACATCACTGCCCTGGA;SOR=0.787;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=153;TCF=90;TCR=63;TR=70;WE=5602283;WS=5602265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,97:0.47:207
chr11	5602438	rs2341432	T	A	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.575;SC=GGTTATAGCCTCATTTCCTTT;SOR=0.588;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=71;WE=5602446;WS=5602428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,93:0.52:178
chr11	5602605	rs2341433	G	A	3974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-1.535;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,109:0.45:240
chr11	5602615	rs2341434	A	G	3976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.50;ReadPosRankSum=-1.841;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,109:0.45:241
chr11	5602679	rs892336	T	C	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1344;ReadPosRankSum=1.652;SC=GCCAGATCAATATCATTGCAC;SOR=0.707;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=88;WE=5602687;WS=5602669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,154:0.52:295
chr11	5602790	rs2163946	A	G	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=964;ReadPosRankSum=0.555;SC=CCACAGGCCTAGACATCATGC;SOR=0.496;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=58;WE=5602798;WS=5602780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,85:0.46:184
chr11	5602928	rs10838375	G	C	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=824;ReadPosRankSum=-0.999;SC=ATGTCCCTGCGCTTTTTTCTG;SOR=1.042;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=53;WE=5602936;WS=5602918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr11	5602968	rs10769086	G	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=690;ReadPosRankSum=-0.759;SC=TGGGAGAAGCGTCCCATGCTA;SOR=0.915;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=46;WE=5602976;WS=5602958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,59:0.57:104
chr11	5603136	rs10838376	C	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=-1.767;SC=TTAGTCTCAACCCTTTTCTAT;SOR=1.262;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=12;WE=5603144;WS=5603126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr11	5603163	rs10838377	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=0.097;SC=CAATTGTCCCGTATTTAGCCC;SOR=1.002;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=5603171;WS=5603153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr11	5617987	rs12272467	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=1.123;SC=GAGCAGAGTCGTGCGTGGTTG;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=5;WE=5617995;WS=5617977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr11	5618298	rs146384026	A	ATTTTAT	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.86;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	5631441	.	CC	TT	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr11	5631479	rs3740999	A	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	5631622	rs7125403	G	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=14;PP=807;SC=AGAAGATGCGGTTTGTATTTA;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=42;WE=5631630;WS=5631612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	5653417	rs4287358	AT	GA	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	5653960	rs12098988	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.589;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr11	5655150	rs7941976	T	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=23;PP=973;SC=ATTCTGAAGGTTTTCTGAGAC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=5655158;WS=5655140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	5655233	rs3824951	G	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=18;PP=533;SC=GAGTCCTGAAGCCATTTGATT;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=5655241;WS=5655223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	5655697	rs150979036	A	AAT	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=289;ReadPosRankSum=-0.316;SC=AGATAATACAAATATATATAT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=5655705;WS=5655687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	5655722	rs3060967	TAC	T	178.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=-1.275;SC=ATAATATAAATACACACACAC;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=10;WE=5655731;WS=5655712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr11	5655758	.	CACATAT	C	168	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=36;MMLQ=23;MQ=59.41;NF=3;NR=5;PP=168;QD=21.375;SC=CACACACACACACATATATAT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=8;WE=5655771;WS=5655748;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	5662319	rs7108834	C	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=10;PP=542;SC=CATTTTTTTTCCTACTGTTCT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=5662327;WS=5662300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	5663920	rs66637086	CT	C	848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=725;SC=TCTGGTTTATCTTTTTAATTC;SOR=1.179;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=21;WE=5663928;WS=5663910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	5664356	rs59472811	T	TATATATA	299.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;MQRankSum=0.253;QD=29.97;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr11	5664418	.	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=-1.630;QD=12.32;ReadPosRankSum=-2.413;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr11	5664974	rs7109861	T	C	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=75;PP=1939;SC=CCCTTTGTCTTGACTTATCTC;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=134;WE=5664982;WS=5664964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	5686266	rs28381981	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=395;ReadPosRankSum=-2.157;SC=GAAGGAGTATGGAAGGAACTA;SOR=0.786;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=31;WE=5686274;WS=5686256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr11	5687320	rs35734937	T	TA	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr11	5689144	rs11821656	G	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=1.002;SC=AGTAGAAATAGCTTTCATCCC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=13;WE=5689152;WS=5689134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr11	5691191	rs4309185	C	T	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	5700340	rs3740995	T	C	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=24;PP=1047;SC=TGTCAGCTTCTAACTCTTCAG;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=5700348;WS=5700330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	5701001	rs10838525	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=278;ReadPosRankSum=0.400;SC=TTGGTACTCCCGGGCAACCTC;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=21;WE=5701009;WS=5700991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr11	5701074	rs11601507	C	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,70:0.60:116
chr11	5701409	rs3824949	G	C	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=620;ReadPosRankSum=-0.599;SC=AGAAGCCATAGTAGCTATTCC;SOR=1.300;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=35;WE=5701417;WS=5701399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,44:0.37:119
chr11	5717762	rs10838543	T	C	5009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=65;PP=2244;SC=GTGAGCACCATGGAAAAAAAC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=125;WE=5717770;WS=5717752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	5718517	rs7935564	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=575;SC=GATAAAGGAGGATCAAGAGGC;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=5718525;WS=5718507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	5719750	rs1063303	G	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=367;SC=CGGAGGTTGAGGGGATCGTCA;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=5719758;WS=5719740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	5719788	rs11038753	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=0.044;SC=AAGACTTGGGATGGAGCACCT;SOR=0.486;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=5;WE=5719796;WS=5719778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr11	5729580	rs2291845	T	C	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=18;PP=1265;SC=GAGGTTTTTTTAGGTTAGGAT;SOR=1.478;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=60;WE=5729588;WS=5729570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	5729946	rs35592896	CT	C	315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=17.54;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	5755605	rs1498552	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=285;SC=ATAGAGGATTAGAGGGCCTTT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=5755613;WS=5755595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	5758062	rs7397032	T	C	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=60;PP=2681;SC=CCTCCCTGAGTGCTTTGCTCA;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=139;WE=5758070;WS=5758052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	5758118	rs7396766	A	C	6013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=71;PP=2965;SC=CTGGTATCCTACTCTGCATGG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=157;WE=5758126;WS=5758108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	5758386	rs62621167	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=815;ReadPosRankSum=0.940;SC=TCTGGCATGGCTTGGAATGGG;SOR=0.381;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=50;WE=5758394;WS=5758376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr11	5775903	.	G	GTT	74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=13;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=7;NR=1;PP=74;QD=10.375;SC=ATTTTCTCTTGTTTTTTTTTT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=5775911;WS=5775893;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	5776063	.	C	T	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=627;ReadPosRankSum=1.149;SC=GGATTTCCTTCCCATTCTGCT;SOR=0.878;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=43;WE=5776071;WS=5776053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,50:0.37:134
chr11	5776287	rs7936512	C	T	5567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=70;PP=2647;SC=ATGTTCTTCACCCACACCTTC;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=144;WE=5776295;WS=5776277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	5776470	rs7394584	T	G	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=63;NR=61;PP=2702;SC=CTCACCAAGCTCCTGCCCTAC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=124;WE=5776492;WS=5776460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	5776484	rs4910844	A	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=571;ReadPosRankSum=-0.899;SC=GCCCTACTGCAGAGGCAATAT;SOR=0.826;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=44;WE=5776492;WS=5776460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,64:0.38:167
chr11	5776595	rs12363178	T	G	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=951;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CCTCCTGATTTGGGGCTTTGA;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=59;WE=5776603;WS=5776585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,73:0.47:154
chr11	5776623	rs7396938	A	T	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=52;PP=2163;ReadPosRankSum=0.969;SC=TGTATCACCAACTCCTATACC;SOR=0.285;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=111;WE=5776631;WS=5776613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr11	5777023	rs10742782	C	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=531;SC=TTTCTGGAAGCACTGTATTGA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=5777031;WS=5777013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	5777053	rs10742783	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=380;SC=GGAGTTTGTTAACTGGTGCAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=5777061;WS=5777043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	5799338	.	G	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=18;PP=754;SC=TTGGCAGAAAGGCAAACGCTT;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=40;WE=5799346;WS=5799328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	5809308	rs7934670	A	T	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=26;PP=1274;SC=ATGGCACAGAAGTGGGCAGTG;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=60;WE=5809316;WS=5809298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	5809477	rs10838637	A	G	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=40;PP=1585;SC=CATTACCACAAGATATCTTGG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=85;WE=5809485;WS=5809467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	5809673	rs10769224	C	T	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=54;PP=2048;SC=GATGGCCACACAGTGGTCCAG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=119;WE=5809681;WS=5809663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	5809746	rs10742787	C	T	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=65;PP=2309;SC=AACATCTGGGCGAGGCAGGCT;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=122;WE=5809754;WS=5809736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	5809806	rs142442713	GA	G	2203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.066;NF=11;NR=26;PP=1228;ReadPosRankSum=-1.090;SC=AGAGTGTTGGGAAGGGTGCTG;SOR=0.623;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=37;WE=5809814;WS=5809796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,76:0.49:155
chr11	5810080	rs10742788	T	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=17;PP=450;SC=ATAGCAGTTATAGCATTGCCT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=5810088;WS=5810070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	5810103	rs68146349	AAT	A	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=507;SC=GTGAGCAGGAAATAAAAAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=5810112;WS=5810093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	5817841	rs1453423	C	T	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=64;PP=2219;SC=GAAAAAAGGACCTACATTTGT;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=118;WE=5817849;WS=5817831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	5817896	rs1453422	G	A	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=52;PP=1647;SC=AGAAAGATGTGCCATTACATC;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=5817904;WS=5817886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	5841701	rs73394370	G	A	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=775;ReadPosRankSum=2.497;SC=GGGGAACTGTGGGCTCATCTG;SOR=0.567;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=60;WE=5841709;WS=5841691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,77:0.44:175
chr11	5841778	rs73394374	T	A	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=902;ReadPosRankSum=-1.035;SC=TCTCCTTCACTGATGTCACCT;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=61;WE=5841786;WS=5841768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,84:0.46:182
chr11	5841856	rs4758435	C	T	4998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=55;PP=2206;SC=TTGACTTTAACGCCTGCCTGG;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=125;WE=5841864;WS=5841846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	5841926	rs73394377	G	A	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=1166;ReadPosRankSum=0.844;SC=CATGCTCATGGCCCTGGACCG;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=98;TCR=86;TR=93;WE=5841934;WS=5841916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,137:0.47:292
chr11	5842081	rs73394378	G	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=810;ReadPosRankSum=-0.839;SC=CCTATTGCCGGGGGAACTTCA;SOR=0.685;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=54;WE=5842089;WS=5842071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,78:0.44:179
chr11	5842310	rs8181529	T	G	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=963;ReadPosRankSum=0.340;SC=TCACATGTGTTCCATTGTGAT;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=55;WE=5842318;WS=5842300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,74:0.44:168
chr11	5842329	rs74377989	T	G	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=2083;ReadPosRankSum=-0.070;SC=ATCACCTATGTTGCTGCTTTT;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=55;WE=5842350;WS=5842319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,86:0.44:196
chr11	5842342	.	C	T	3486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=6;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=2083;ReadPosRankSum=0.547;SC=CTGCTTTTTTCACTTTTTTCA;SOR=0.766;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=60;WE=5842350;WS=5842319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,102:0.43:238
chr11	5842384	rs62621415	C	G	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1063;ReadPosRankSum=0.054;SC=ATATCCCAAACCACATACACA;SOR=0.708;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=168;TCF=86;TCR=82;TR=72;WE=5842392;WS=5842374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,131:0.42:309
chr11	5842568	rs77097028	A	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GTGGTGAGAAAATAATGGAGA;SOR=1.230;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=13;WE=5842576;WS=5842558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr11	5863260	.	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=188;ReadPosRankSum=-0.140;SC=TTCTTGGTTCCTTTCTGAAAA;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=16;WE=5863268;WS=5863250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr11	5878836	rs111407817	T	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=560;ReadPosRankSum=-1.184;SC=GGGACTCCAATCCAAATGTGC;SOR=0.605;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=37;WE=5878844;WS=5878826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr11	5922500	rs17234326	T	C	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=1213;ReadPosRankSum=-1.135;SC=ACATTTCTCATCCTGAGATTG;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=89;WE=5922508;WS=5922490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,146:0.57:258
chr11	5922707	rs7106300	C	T	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=61;PP=2224;SC=GATGCCCGGCCTAAGGCACTC;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=118;WE=5922715;WS=5922697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	5923082	rs10500656	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=0.239;SC=CCCCTACAACGTCTCATGATT;SOR=0.976;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=8;WE=5923090;WS=5923072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr11	5923297	rs4601752	A	G	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=16;PP=461;SC=TTACATATCCAAAGCTGAAGT;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=5923305;WS=5923287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	5923378	rs77288710	G	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-1.407;SC=AAATTAACTAGGAGTCATAAG;SOR=1.371;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=5;WE=5923386;WS=5923368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr11	5923419	rs4559671	C	T	156.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.623;SC=TATGGCCTTACCTAAAATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=5923427;WS=5923409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	5968728	rs1840178	T	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=622;ReadPosRankSum=-0.581;SC=ACCCTCCTGATGACCATCTGG;SOR=0.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=59;WE=5968736;WS=5968718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,77:0.46:168
chr11	5969185	rs10769378	A	G	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=49;PP=1713;ReadPosRankSum=-2.786;SC=ACCTTTACCAATTTGCTGGAG;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=197;TCF=97;TCR=100;TR=101;WE=5969193;WS=5969175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,141:0.53:268
chr11	5989223	rs61730422	G	A	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=772;ReadPosRankSum=-1.111;SC=TATCTGAGTCGAGAAGAAAGT;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=54;WE=5989231;WS=5989213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,97:0.49:198
chr11	5989293	rs7113548	G	A	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1014;ReadPosRankSum=1.414;SC=CAGCCCTAGCGACAAATTGAT;SOR=0.791;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=71;WE=5989301;WS=5989283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,95:0.46:207
chr11	5989415	rs7114672	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=549;ReadPosRankSum=-0.031;SC=ATGATGAACACCTGAAGGAAG;SOR=0.775;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=35;WE=5989423;WS=5989405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr11	6007272	rs4237768	A	G	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.552;QD=9.54;ReadPosRankSum=1.930;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,83:0.52:160
chr11	6007613	rs4354673	T	G	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.453;NF=25;NR=25;PP=793;ReadPosRankSum=0.886;SC=GAAGATAAGTTTTCCCAACAA;SOR=0.537;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=50;WE=6007621;WS=6007603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,84:0.51:165
chr11	6007680	rs4436524	A	G	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.253;NF=35;NR=34;ReadPosRankSum=0.177;SC=ATTCCGATGCACCCTATGACC;SOR=0.571;Source=Platypus;TCF=70;TR=69;WE=6007688;WS=6007670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,97:0.48:201
chr11	6007743	rs4436525	A	G	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-4.033;NF=39;NR=40;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GCTACATAGCAATCCAGAGCC;SOR=0.547;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=138;TCF=72;TCR=66;TR=79;WE=6007751;WS=6007733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,100:0.55:181
chr11	6007966	.	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.076;NF=17;NR=21;PP=593;ReadPosRankSum=0.709;SC=TCCAGATGATGAAGAGAATGG;SOR=0.684;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=38;WE=6007974;WS=6007956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr11	6008138	.	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr11	6079001	rs4448669	G	A	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.880;NF=33;NR=26;PP=863;ReadPosRankSum=-0.521;SC=AGTAATCCCCGCACCAGCACC;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=59;WE=6079009;WS=6078991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,101:0.43:234
chr11	6129055	.	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=566;ReadPosRankSum=0.085;SC=CTCCAGATTTCCCAGTTCATC;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=41;WE=6129063;WS=6129045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
chr11	6129837	rs1462983	C	T	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=723;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TCCCCTTATTCCTGTGTTCCT;SOR=0.831;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=53;WE=6129845;WS=6129827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,93:0.46:201
chr11	6150495	.	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=639;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GCTTCCTATTCTTTGATTATT;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=42;WE=6150503;WS=6150485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr11	6150738	rs325637	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-1.049;SC=AGCTGAGAGCAGGCTTCCAGA;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=15;WE=6150746;WS=6150728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr11	6173346	rs11826453	G	T	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.244;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=730;ReadPosRankSum=1.545;SC=TCCCCAGATTGTCAGGGTCAT;SOR=1.084;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=48;WE=6173354;WS=6173336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,80:0.43:187
chr11	6173364	rs325695	T	A	5045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=62;PP=2303;SC=CATTTTTCCATTTACCATAGA;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=119;WE=6173372;WS=6173354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	6220376	rs325610	G	C	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=18;PP=1281;SC=GCCACTGTGAGACCCCCAAAA;SOR=1.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=6220384;WS=6220366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	6221169	rs10839531	A	G	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=45;PP=1794;SC=CGGGAGGCCCATGCCAAGGCC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=101;WE=6221177;WS=6221159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	6221214	rs11040799	T	A	4315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=45;PP=2005;SC=TGTGTCATTCTGGCCTTCTAC;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=105;WE=6221222;WS=6221204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	6221470	.	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.108;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=620;ReadPosRankSum=-1.613;SC=CAATCGGAGGGGAGTCTGGGG;SOR=1.900;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=31;WE=6221478;WS=6221460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr11	6231302	.	G	A	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=1037;ReadPosRankSum=-1.307;SC=CTGCACTCGGGAATACTCACC;SOR=0.883;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=65;WE=6231310;WS=6231292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,88:0.47:187
chr11	6231731	rs10769671	C	T	6491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=104;PP=2965;SC=CACATCAGCACCTGCTGATAC;SOR=1.064;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=174;TCF=69;TCR=105;TR=169;WE=6231739;WS=6231721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	6232653	rs9659	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=1.211;SC=AGTCCTTTTGCCACTGCCTCC;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=12;WE=6232661;WS=6232643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr11	6238960	rs3750943	C	A	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=73;PP=1944;ReadPosRankSum=1.313;SC=ACCCCCAGCCCGCCCCCTCCT;SOR=0.202;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=165;TCF=31;TCR=134;TR=92;WE=6238968;WS=6238950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,120:0.58:206
chr11	6239344	rs3750944	G	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=464;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GGGTACTGTCGTCACAGAAGA;SOR=1.112;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=31;WE=6239352;WS=6239334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr11	6239739	rs3833754	CT	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.493;NF=7;NR=0;PP=204;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CCTTCCTCCCCTTCACCCCAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=6239747;WS=6239729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	6240358	rs73392995	A	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr11	6243804	rs3750945	A	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=18;PP=595;SC=AAAGTTCCAGATAGGCGGTAC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=37;WE=6243812;WS=6243794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	6243843	rs3750946	C	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=21;PP=572;SC=CAGAGGTCTGCACAAAAAGAA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=6243851;WS=6243833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	6243963	rs3750947	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=-0.223;SC=TCTACCCACCGCCTCCTACGT;SOR=2.030;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=12;WE=6243971;WS=6243953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr11	6243982	rs325606	T	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=579;SC=GTTAGTCCTGTCACTGAGGTT;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=6243990;WS=6243972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	6260392	.	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=0.792;SC=CCTACAGGCAGAGAGGGTGTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=6260400;WS=6260390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	6281108	rs2929180	T	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=14;PP=721;SC=TGGAGCCGCGTTGGGAGCCCG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=6281116;WS=6281098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	6281400	rs11040819	T	C	5976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=87;PP=2696;SC=CACACTACCTTCTCAAACGTC;SOR=1.488;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=30;TCR=87;TR=117;WE=6281408;WS=6281390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	6290756	rs3901667	A	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AAAGGATTCAAGTTCACCATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=6290764;WS=6290746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	6290959	.	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=420;ReadPosRankSum=-0.967;SC=AGCGTTGGAGGAAATATGCTC;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=32;WE=6290967;WS=6290949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,43:0.38:114
chr11	6291120	rs1805002	G	A	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.266;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,109:0.54:202
chr11	6292837	rs10839535	CG	GA	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=40;PP=1250;SC=TCCAGACATACGAAACACAAA;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=53;WE=6292846;WS=6292826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	6340525	rs12570	A	T	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=30;PP=1118;SC=GCTGGGCTTCAGCGCTCCGGC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=6340533;WS=6340515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	6340706	rs1051992	A	G	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=59;PP=2401;SC=TTCGGCCTCCAGCTGCTCTGG;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=77;TCR=59;TR=136;WE=6340714;WS=6340696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	6341684	rs2682123	C	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=15;PP=473;SC=CACAGGCCCCCGCTCCAACGC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=6341692;WS=6341674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	6411935	rs1050228	T	C	3235.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=31;PP=1594;SC=ATGGGCCTGGTGCTGGCGCTG;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=84;WE=6411943;WS=6411925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	6416959	rs1800606	C	T	6439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=56;PP=2540;SC=GCAGTCACTCCCCAGCCTACC;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=136;WE=6416967;WS=6416949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	6453332	rs17242666	T	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=227;ReadPosRankSum=0.321;SC=AAATGAGTCATGAGAGGGAGA;SOR=1.981;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=16;WE=6453340;WS=6453322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr11	6459838	rs10500670	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=347;ReadPosRankSum=-2.447;SC=ACGATATCCTCCTGTGGCCCT;SOR=0.935;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=19;WE=6459846;WS=6459828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr11	6462087	rs35862450	G	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=559;ReadPosRankSum=-0.516;SC=TCAATCCTTCGCTTCTAGTCC;SOR=0.758;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=44;WE=6462095;WS=6462077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,61:0.46:132
chr11	6471722	rs17821052	T	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=473;ReadPosRankSum=0.773;SC=TAGAGAGGAGTCTTGTGGAAG;SOR=0.560;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=35;WE=6471737;WS=6471712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,48:0.48:100
chr11	6499215	rs2303493	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=469;ReadPosRankSum=0.654;SC=CTAATGCCCAAATTTCCACCC;SOR=0.472;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=26;WE=6499223;WS=6499205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr11	6500309	rs2253104	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=273;ReadPosRankSum=0.173;SC=ACGATCACGAAGAAAAGGGAA;SOR=0.997;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=18;WE=6500317;WS=6500299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr11	6503127	rs2303492	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=305;ReadPosRankSum=-2.365;SC=AGAGTTTAGCGGTAGACTGCT;SOR=0.991;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=21;WE=6503135;WS=6503117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr11	6519642	rs11604149	G	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=709;ReadPosRankSum=2.275;SC=GCTGAGCTCCGAACTCTGTTC;SOR=0.727;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=51;WE=6519650;WS=6519632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,75:0.50:150
chr11	6520015	rs11040899	G	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=562;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CATTGACACTGCCTGAGCTAC;SOR=0.915;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=32;WE=6520023;WS=6520005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr11	6520164	rs2555158	T	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=464;ReadPosRankSum=-1.104;SC=AATGCAGAGGTGGAGCCTGTT;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=32;WE=6520172;WS=6520154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr11	6524240	rs11040900	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TCTCCACGTGCGCACCCTTCT;SOR=0.250;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=6524248;WS=6524230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr11	6530278	rs10839568	C	T	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,113:0.50:226
chr11	6532519	rs4758423	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=366;ReadPosRankSum=1.114;SC=GCAGGAGCTACACTCTGTGTC;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=29;WE=6532527;WS=6532509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr11	6541580	rs2555143	T	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=2.284;SC=GCACAAGTACTAATGGCATGG;SOR=1.041;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=10;WE=6541588;WS=6541570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr11	6549634	.	GGT	G,GGTGT	132	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4,4;NR=2,2;PP=96,132;QD=16.5;SC=GCAGCGAATGGGTGTGTGTGT;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6,6;WE=6549643;WS=6549624;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.75:8
chr11	6549779	rs4633449	A	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=223;ReadPosRankSum=0.622;SC=GACTCAAAAGACGAATTTCTG;SOR=0.711;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=17;WE=6549787;WS=6549769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr11	6549995	rs7480644	A	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.25;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr11	6550004	rs2344828	A	G	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.07;ReadPosRankSum=2.567;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr11	6550309	rs2344829	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=2.107;SC=CACAAAAGGCGGGTTGCTGCT;SOR=0.180;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=6;WE=6550317;WS=6550299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr11	6554941	rs4282961	C	A	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=722;ReadPosRankSum=0.961;SC=GTACGTCGAGCTGGAGGAGCG;SOR=1.010;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=49;WE=6554949;WS=6554931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,69:0.51:134
chr11	6555365	rs7103810	A	G	7420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=83;PP=2965;SC=ACAGTCAGCGACCTCAGTGAA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=81;TCR=84;TR=163;WE=6555373;WS=6555355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr11	6560141	rs11040914	A	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=9;PP=331;SC=AACACCTTTCATCCCCAAGTT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=6560149;WS=6560131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr11	6567895	rs11270441	C	CTGCCCTACTGCA	3272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=2957;SC=ATTGAGGAGGCTGCCCTACTG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=20;WE=6567903;WS=6567885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	6578004	rs11600179	G	A	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.099;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=872;ReadPosRankSum=0.400;SC=AACTGCAGACGCTGCAGCCTA;SOR=1.012;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=59;WE=6578012;WS=6577994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,77:0.56:137
chr11	6578613	.	TGAG	T	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=5.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.779;SOR=1.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,15:0.13:118
chr11	6579106	rs11040920	C	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.177;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=569;ReadPosRankSum=0.207;SC=GTTGAGCCCCCACCTGGCCCG;SOR=0.765;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=42;WE=6579114;WS=6579096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,59:0.45:130
chr11	6579354	rs16915382	G	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=640;ReadPosRankSum=0.049;SC=CAGTGGCTCTGTTGGTACCCA;SOR=0.917;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=42;WE=6579362;WS=6579344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,61:0.47:130
chr11	6579539	rs10839583	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=0.152;SC=TGAGGCCAAGAACCCCATATG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=6579547;WS=6579529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr11	6580495	rs72901756	G	A	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=573;ReadPosRankSum=1.190;SC=TGGAACAGCAGCTGAAAGACT;SOR=0.479;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=40;WE=6580503;WS=6580485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,68:0.57:120
chr11	6585007	rs11040923	G	A	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=761;ReadPosRankSum=0.181;SC=AGGTATGGACGATGCAGCCCT;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=49;WE=6585015;WS=6584997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr11	6585502	rs7107072	T	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=11;PP=1127;SC=CCCTCTGCCATATCTCTGCCT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=6585510;WS=6585492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	6588228	rs10769699	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=427;ReadPosRankSum=0.720;SC=TGCCAGCTGCGTGCTCATTGT;SOR=1.044;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=32;WE=6588236;WS=6588218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,43:0.36:121
chr11	6591157	rs10839585	A	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.313;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr11	6621516	rs11040933	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=295;ReadPosRankSum=-0.220;SC=AAAAGACCCAGTGAGAACCAA;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=25;WE=6621524;WS=6621506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
chr11	6622282	.	A	G	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=37;PP=1320;ReadPosRankSum=0.649;SC=CTAGGGATGCAGGCCTGAGAG;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=95;WE=6622290;WS=6622272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,134:0.58:233
chr11	6622714	rs2288283	G	A	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=41;PP=1202;SC=ATCTTCTCTTGTTCTTTTGCC;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=6622722;WS=6622704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	6622857	rs11826421	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=-1.080;SC=ATGGGAAGGTGCACATGAGGC;SOR=0.824;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=12;WE=6622865;WS=6622847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr11	6624617	rs12420389	T	C	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=349;ReadPosRankSum=-1.491;SC=CTCCCATTGCTCCCGCGAGTC;SOR=0.627;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=26;WE=6624625;WS=6624607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
chr11	6629530	rs2048092	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=411;ReadPosRankSum=1.622;SC=AAGCATGTGTGCTCTTCCCCC;SOR=0.850;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=26;WE=6629538;WS=6629520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr11	6630028	rs11314683	TC	T	10790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=88;PP=2974;SC=GAGGTCCATCTCCCCCATCCC;SOR=0.888;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=57;TCR=94;TR=139;WE=6630036;WS=6630018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr11	6630410	rs11826498	T	C	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=1039;ReadPosRankSum=0.477;SC=CTTCTTGCCCTTCCCTCACTA;SOR=0.795;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=63;WE=6630418;WS=6630400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,107:0.47:227
chr11	6631016	rs2292195	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=435;ReadPosRankSum=3.149;SC=GGGGCATGGCCTTCCTACACA;SOR=0.586;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=28;WE=6631024;WS=6631006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr11	6632450	rs12451	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=338;ReadPosRankSum=2.715;SC=TGCCGGAGGCCGTGCCCTTCA;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=24;WE=6632458;WS=6632440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr11	6632857	rs1876300	A	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=368;ReadPosRankSum=1.224;SC=GAAAGTTTTGACAGCAGGCTA;SOR=0.487;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=24;WE=6632865;WS=6632847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr11	6635246	.	T	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=-2.083;SC=CAGAAATTGATGAGAGAGGAA;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=6635254;WS=6635236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr11	6636300	rs1800723	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=272;ReadPosRankSum=2.197;SC=TTAAAGTATCAGACATCTCTA;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=22;WE=6636308;WS=6636290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr11	6636900	rs1800745	G	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-1.080;SC=ACTAGACTCTGTGGGGAAGCA;SOR=0.211;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=6636908;WS=6636890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr11	6637739	.	ATT	A	381.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.775;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
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chr11	6647978	rs4442534	C	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=577;ReadPosRankSum=0.179;SC=AACCCCAGCCCATTTGGGAGT;SOR=0.625;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=48;WE=6647986;WS=6647968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,65:0.45:143
chr11	6648424	rs4758443	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=440;ReadPosRankSum=-2.323;SC=ATCGCGCACCGTGATGGTGAC;SOR=0.927;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=29;WE=6648432;WS=6648414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr11	6648937	rs11040937	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=0.469;SC=ATACATGTGTCGTGGGGATGG;SOR=1.140;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=13;WE=6648945;WS=6648927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
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chr11	6653232	rs2659870	C	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=-2.953;SC=TAAGGCTATGCGGTCTCAGGA;SOR=0.629;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=16;WE=6653240;WS=6653222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr11	6654613	rs11040938	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=-1.485;SC=TTTGGGTCTGACACCAAGTGG;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=12;WE=6654621;WS=6654603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr11	6655332	rs2659869	T	A	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,151:0.45:333
chr11	6655433	rs997263	G	A	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,81:0.46:176
chr11	6703892	rs1567135	T	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=184;ReadPosRankSum=0.141;SC=AGTACCCAAGTTTAATTCTGC;SOR=0.971;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=14;WE=6703900;WS=6703882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr11	6704568	rs374071954	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=263;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CGGAACTGGAAACTGGAAGGT;SOR=0.257;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=17;WE=6704576;WS=6704558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr11	6735869	rs7937911	A	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=589;ReadPosRankSum=0.361;SC=CTTCAAGCACATCTTGCTTTG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=42;WE=6735877;WS=6735859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr11	6736745	rs7130858	G	A	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=588;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GGTTAGTCCTGTTTCCATTGA;SOR=0.508;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=42;WE=6736753;WS=6736735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr11	6737138	rs3741274	T	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=433;ReadPosRankSum=0.871;SC=CACACTGTTGTTTCCACATGT;SOR=0.796;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=27;WE=6737146;WS=6737128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr11	6737258	rs3741273	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=569;ReadPosRankSum=-1.924;SC=TCTTATTCACCTTGATATGTT;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=31;WE=6737266;WS=6737248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr11	6737893	rs11040980	C	T	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.594;SC=GCCATGACTTCTTGGGTGTTC;SOR=0.845;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=60;WE=6737901;WS=6737883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,88:0.48:184
chr11	6737927	rs11040981	G	A	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=993;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TAAAGTTCTCGTTCATCAGGC;SOR=0.775;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=60;WE=6737935;WS=6737917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,89:0.47:189
chr11	6738291	rs11040983	C	T	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=757;ReadPosRankSum=-2.045;SC=AAAGAGGCAACTTGGAAAGAT;SOR=0.524;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=50;WE=6738299;WS=6738281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,76:0.51:148
chr11	6738728	rs17262495	T	C	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=809;ReadPosRankSum=0.806;SC=ATGTTAGAGGTACATATGCTG;SOR=0.486;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=47;WE=6738736;WS=6738718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,85:0.48:177
chr11	6738952	rs10769716	G	T	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=1329;ReadPosRankSum=2.093;SC=ATCAGGGAGTGACTATTAGGT;SOR=0.812;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=86;WE=6738960;WS=6738942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,108:0.48:226
chr11	6739551	rs11040984	T	C	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,94:0.53:178
chr11	6739809	rs11040985	C	T	5439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.00;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,141:0.52:272
chr11	6739814	rs7114441	C	T	5527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.74;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,146:0.52:280
chr11	6739841	rs79708590	G	A	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1021;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TCAAGAGGCAGTCTTTCCTGC;SOR=0.595;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=76;TCR=86;TR=80;WE=6739849;WS=6739831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,135:0.50:269
chr11	6740136	rs10839601	G	A	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=889;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CTGACAAGTGGAAAGTTTGGC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=56;WE=6740144;WS=6740126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,87:0.48:181
chr11	6740206	rs10839602	C	T	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=932;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TGAATATCCACTGGGTGAATG;SOR=0.669;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=63;WE=6740214;WS=6740196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,93:0.52:179
chr11	6740285	rs10839603	G	A	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=851;ReadPosRankSum=1.818;SC=TTTCATATGGGTCAAAAGCCT;SOR=0.868;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=59;WE=6740293;WS=6740275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,81:0.52:157
chr11	6740462	rs10839604	G	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=647;ReadPosRankSum=-0.517;SC=ACGTCTTATAGATGAGATGGA;SOR=0.682;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=47;WE=6740470;WS=6740452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,63:0.46:136
chr11	6789294	rs7924459	G	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.244;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.598;NF=12;NR=25;PP=531;ReadPosRankSum=-1.423;SC=CTCAAGGCCCGCATGACCTCC;SOR=1.337;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=37;WE=6789302;WS=6789284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr11	6790028	rs10839616	C	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.958;NF=17;NR=11;PP=322;ReadPosRankSum=0.409;SC=CATGTGGAGCCGGGCTTCTAT;SOR=0.788;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=28;WE=6790036;WS=6790018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
chr11	6790106	rs7102536	T	C	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=44;PP=1438;SC=AAATGTAGCATAGAGCAGTTC;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=6790114;WS=6790096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	6790227	.	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=100;ReadPosRankSum=1.894;SC=AATATATTATCAGTGGAAGCT;SOR=0.481;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=6790235;WS=6790217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr11	6816778	rs866347	A	G	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=805;ReadPosRankSum=-2.262;SC=TGTGGAGGGTAGAATGGTTCC;SOR=0.645;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=71;TCR=76;TR=60;WE=6816786;WS=6816768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,104:0.48:217
chr11	6816875	rs7122644	G	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=535;ReadPosRankSum=1.208;SC=CTGTAGTGGCGCAGGAGCAGG;SOR=0.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=38;WE=6816883;WS=6816865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr11	6867794	.	G	A	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=49;PP=1204;ReadPosRankSum=1.273;SC=TACAGCTTGAGAAATAGCGAG;SOR=0.590;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=55;TCR=89;TR=81;WE=6867802;WS=6867784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,113:0.54:209
chr11	6867894	rs7105094	T	C	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=733;ReadPosRankSum=-1.777;SC=CTAAATTCTATTGAATGACAA;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=39;WE=6867902;WS=6867884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr11	6890939	rs4758141	C	T	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.70;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,85:0.56:152
chr11	6890946	rs4758142	A	G	3518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.95;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,94:0.56:168
chr11	6891113	rs3930075	A	G	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.581;NF=41;NR=56;PP=1520;ReadPosRankSum=1.385;SC=CCCATGCTACACAGCCCCATG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=70;TCR=95;TR=97;WE=6891121;WS=6891103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,119:0.55:216
chr11	6891528	rs7117739	C	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.037;NF=25;NR=34;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.293;SC=ACACAGCACTCTTTGAGATCT;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=59;WE=6891536;WS=6891518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,66:0.49:135
chr11	6891605	rs10839631	A	G	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.354;NF=30;NR=25;PP=877;ReadPosRankSum=-1.088;SC=TCCTATACTCACATTGCTGCT;SOR=0.495;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=55;WE=6891613;WS=6891595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,64:0.47:137
chr11	6891704	rs10839632	T	C	3337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1610;ReadPosRankSum=-0.290;SC=CTTTTCTATATATCATTAAGC;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=108;TCR=96;TR=104;WE=6891712;WS=6891694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,164:0.53:309
chr11	6891758	rs7926083	A	C	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=54;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CCTGAGGGCAAGAAGCTGCTA;SOR=0.577;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=213;TCF=101;TCR=112;TR=105;WE=6891766;WS=6891748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,145:0.50:289
chr11	6898663	rs10839635	G	A	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1061;ReadPosRankSum=-1.859;SC=ACGTATTTCCGACCCCAATCC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=76;WE=6898671;WS=6898653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,107:0.54:200
chr11	6898758	rs7102808	A	C	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=660;ReadPosRankSum=0.496;SC=CTACAGCTCAAGGAATAAAGA;SOR=0.555;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=53;WE=6898766;WS=6898748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,75:0.44:170
chr11	6913127	rs2741804	A	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.379;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=516;ReadPosRankSum=1.583;SC=CACAACCCCCATAAGAAAAAT;SOR=0.970;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=40;WE=6913135;WS=6913117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr11	6913244	rs1965208	A	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=36;PP=1472;SC=TAGCCTCAGTATGAAGGTGGT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=74;WE=6913252;WS=6913234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	6913290	rs1965209	A	G	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=553;ReadPosRankSum=-0.968;SC=CTGGTCCATGATCCTGTTGCC;SOR=0.871;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=35;WE=6913298;WS=6913280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr11	6942476	rs10839658	C	A	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.100;NF=34;NR=37;PP=932;ReadPosRankSum=0.506;SC=TCTTAGAAATCTCTCCTTTGC;SOR=0.562;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=142;TCF=64;TCR=78;TR=71;WE=6942484;WS=6942466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,86:0.46:188
chr11	6942628	rs11605995	A	C	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=638;ReadPosRankSum=0.723;SC=CGCTGCTGGCAGTGATGTCCT;SOR=0.808;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=49;WE=6942636;WS=6942618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,73:0.48:152
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chr11	6943254	rs1388535	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=317;ReadPosRankSum=0.330;SC=AGAGCTATGGCAACATTCTTT;SOR=1.079;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=24;WE=6943262;WS=6943244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr11	6953858	rs11041108	A	G	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.127;NF=11;NR=22;PP=465;ReadPosRankSum=0.631;SC=CAGTAAAGATATGGTGACCCT;SOR=0.700;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=33;WE=6953866;WS=6953848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,64:0.55:116
chr11	6962971	rs10839663	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GAACTTGTGCCAAACATGGTT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=23;WE=6962979;WS=6962961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr11	6965012	rs2515947	C	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=4;PP=121;SC=AGACATTATTCGCTTTTGTTC;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=6965020;WS=6965002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	6976988	rs2239731	A	T	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=42;PP=1635;SC=CCGAAAGTGGACACCCTTCTT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=89;WE=6976996;WS=6976978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	6977048	.	G	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=447;ReadPosRankSum=-0.869;SC=AGAAAAAATGGGACATAAATT;SOR=0.781;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=37;WE=6977056;WS=6977038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,56:0.44:128
chr11	7022160	rs2857919	A	G	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=49;PP=2015;SC=CATGCTTTACAGATGGAGCAT;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=100;WE=7022168;WS=7022150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	7022531	rs1156525	A	T	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=45;PP=1679;SC=TAAGTTCCTGAGACTTTTGCT;SOR=0.806;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=86;WE=7022539;WS=7022521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	7022717	rs1156526	T	C	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=58;PP=1923;SC=GCCTTGCCAGTAGGAAAAATT;SOR=1.058;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=93;WE=7022725;WS=7022707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	7059960	rs12801277	A	C	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=17;PP=870;SC=ACACCCTGGAATGAAGTGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=7059968;WS=7059950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	7063755	rs7123944	C	T	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=21;PP=835;SC=AACACTTGTTCGATGTGGATG;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=7063763;WS=7063745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	7065289	rs6578821	C	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=349;SC=AGGGAGGAGGCGTTTAGCTGA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=7065297;WS=7065279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	7070866	rs1552727	G	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=5;PP=595;SC=GAGAGAAATGGTTTTGTAATA;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=7070874;WS=7070856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	7071031	rs1552726	G	A	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=51;PP=1964;SC=CATTGTGTGAGGCCTTGAAAC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=101;WE=7071039;WS=7071021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	7071123	.	T	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=560;ReadPosRankSum=0.316;SC=GGCTTTTGTCTATCCAAGTAG;SOR=0.651;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=33;WE=7071131;WS=7071113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr11	7079038	rs10839708	G	A	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=34;PP=1135;SC=GCTTTTGTGTGAGGCCTTAAG;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=61;WE=7079046;WS=7079028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	7079141	.	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-0.322;SC=GCTTAATTGTGATCTGATAGG;SOR=2.147;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=11;WE=7079149;WS=7079131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr11	7083538	.	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TGGAAGGATTCACTTTTCCTA;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=17;WE=7083546;WS=7083528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr11	7091772	rs10769763	C	A	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	7110363	rs4758158	G	A	5438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=53;PP=2183;SC=TGGTTGAAGCGGATCGCCCGG;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=112;WE=7110371;WS=7110353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	7110751	rs11041171	A	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=13;PP=360;SC=CGGCGGCTACACGGCGGATTT;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=7110759;WS=7110741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	7324475	rs4412741	T	C	7033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=90;PP=2965;SC=ACTTCCTAGATCCTCCCACGC;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=176;WE=7324483;WS=7324465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr11	7335424	rs2035639	C	G	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=38;PP=1328;SC=AGATTCTTAGCTAGCCCCTAA;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=80;WE=7335432;WS=7335414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	7439093	rs4757993	G	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.929;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=1.352;SC=AAGGAGTTCAGCATACCATAG;SOR=0.048;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=7439103;WS=7439083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr11	7439095	rs35452185	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.286;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=297;ReadPosRankSum=0.167;SC=GGAGTTCAGCATACCATAGTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=7439103;WS=7439083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr11	7439264	rs34058874	C	T	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=663;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AGAGGAACACCTTGAATCCTG;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=50;WE=7439272;WS=7439254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,71:0.51:138
chr11	7439418	rs12365591	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=2.295;SC=CTGGGAAGGCAGAGGGGGAGC;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=8;WE=7439426;WS=7439408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
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chr11	7441952	rs11041373	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=0.430;SC=ATATGAGTGCACCAGGATCTA;SOR=0.963;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=7441960;WS=7441942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr11	7487951	.	C	CA	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.899;QD=3.98;ReadPosRankSum=2.157;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr11	7509292	rs12223776	G	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=139;ReadPosRankSum=0.294;SC=TAAATGATAGGTATTTATATT;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=7509300;WS=7509282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr11	7509386	rs141351486	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=367;ReadPosRankSum=-1.528;SC=ACCCAAGCAACGAGGGCATAC;SOR=1.071;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=29;WE=7509394;WS=7509376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr11	7509566	rs12805648	A	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=640;ReadPosRankSum=1.873;SC=GAGTGCATCGAATCAGAGGAC;SOR=0.632;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=49;WE=7509574;WS=7509556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,60:0.54:112
chr11	7509682	rs12803770	G	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CCCTTCTAGGGACTATTATGC;SOR=0.838;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=33;WE=7509690;WS=7509672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr11	7530985	rs12803046	G	A	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=891;ReadPosRankSum=-1.095;SC=GGTAGGCCGAGCATTGGTTTA;SOR=0.545;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=57;WE=7530993;WS=7530975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,79:0.51:154
chr11	7570607	rs7122137	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.333;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr11	7570686	rs72849038	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=684;ReadPosRankSum=1.111;SC=AGAGGAGGAGGCCAGGCAGGC;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=45;WE=7570694;WS=7570676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr11	7570840	.	C	CTT	1069.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=-1.829;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,62:0.76:82
chr11	7570898	rs7125594	G	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=849;ReadPosRankSum=0.915;SC=ATTTTTCAGTGGTGTTATTGT;SOR=2.595;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=37;WE=7570906;WS=7570888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr11	7586670	rs72849614	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-1.745;SC=CCCAGCTCACCCCCAGCTTCT;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=7586678;WS=7586660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr11	7586738	rs6578874	G	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=11;PP=581;SC=ACCTTGCTCAGGGTGTCCACC;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=7586746;WS=7586728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	7598952	rs6578880	C	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=14;PP=330;SC=GTGTGTGTGCCTGTGTGTGGT;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=7598960;WS=7598942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	7619518	rs4758206	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=313;SC=CTTAATATTATATTTTTCCCA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=7619526;WS=7619508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	7642031	rs10769813	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=0.609;SC=AACAAGGGACGTGTTTAAAGA;SOR=0.922;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=15;WE=7642039;WS=7642021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr11	7642407	rs10839822	T	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=143;SC=GATGGTGCAGTAGACAGACTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=7642415;WS=7642397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	7649640	rs6578886	C	G	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=543;ReadPosRankSum=-2.228;SC=TGTTTGGTCCCTGCTGGTCTC;SOR=0.831;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=43;WE=7649648;WS=7649630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr11	7650607	rs6578887	A	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=467;ReadPosRankSum=-1.469;SC=TCCTTGTGCCAAGAACATAGC;SOR=0.856;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=32;WE=7650615;WS=7650597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
chr11	7652034	rs11823260	T	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.682;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr11	7652039	rs11823261	T	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.321;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	7652385	rs4130354	T	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TAAATTAATATAGTGCCCCTC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=7652393;WS=7652375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	7662732	rs4643071	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=423;ReadPosRankSum=1.451;SC=GTGGCTGGGACGACACTGCTG;SOR=0.465;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=31;WE=7662740;WS=7662722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr11	7663726	rs4402283	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=485;SC=CAAACCTGCATGGGTGAATCT;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=7663734;WS=7663716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	7670249	rs4237757	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CCTTGTAAAAAGCAGAGGAAT;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=18;WE=7670257;WS=7670239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr11	7670353	rs4758009	A	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=378;ReadPosRankSum=0.533;SC=GAATCCTGACACATCTGGGGT;SOR=0.769;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=30;WE=7670361;WS=7670343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr11	7670440	rs4758209	A	G	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=42;PP=1491;SC=TAGAGTTGACAGACGAATGCT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=7670448;WS=7670430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
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chr11	7673015	rs5864	G	A	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=44;PP=1124;ReadPosRankSum=-2.261;SC=CTGAACAGGAGAAGCGAGAGA;SOR=0.886;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=143;TCF=59;TCR=84;TR=72;WE=7673023;WS=7673005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,104:0.52:200
chr11	7673099	rs11041498	T	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.06;ReadPosRankSum=2.992;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr11	7673106	rs11041499	T	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.50;ReadPosRankSum=1.736;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr11	7686584	rs1128627	A	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.695;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,45:0.42:108
chr11	7686596	rs13172	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.740;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,46:0.40:114
chr11	7686602	rs16411	G	GTGTT	1634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.238;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,45:0.40:112
chr11	7686674	rs13854	T	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=-1.936;SC=CCGTCTGGATTAGTGGTGGCG;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=20;WE=7686682;WS=7686664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr11	7686810	rs55826178	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GCAAGCTGAGCGATGCCAGGT;SOR=1.773;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=6;WE=7686818;WS=7686800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr11	7686915	rs11041521	T	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=226;ReadPosRankSum=1.151;SC=GTACTACTGCTCCCTGCAAAA;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=14;WE=7686923;WS=7686905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr11	7686959	rs11041522	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=846;ReadPosRankSum=-0.500;SC=CTCTGCAGCAATCACCCCAGG;SOR=0.361;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=22;WE=7686978;WS=7686949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr11	7686970	rs55635523	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.425;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=846;ReadPosRankSum=0.035;SC=TCACCCCAGGTCCCAGGCTCA;SOR=0.379;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=27;WE=7686978;WS=7686949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr11	7687669	rs12796110	A	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=1.455;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr11	7687715	rs12801394	T	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr11	7687863	rs62620008	C	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr11	7687913	rs72851388	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=1.084;SC=CCAACTCCCACGGCAAACAAG;SOR=0.593;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=8;WE=7687921;WS=7687903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	7689633	rs10743030	A	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=4;PP=455;SC=GTTGTCCCTTAGAGGATCAAA;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=7689641;WS=7689623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	7690685	rs4631871	T	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=17;PP=590;SC=CTCTGAATTGTTGTACGCAAT;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=27;WE=7690693;WS=7690675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	7693853	rs144823333	G	GCACACA	728.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=502;ReadPosRankSum=1.873;SC=CGCTATTCCAGCACACACACA;SOR=0.683;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=14;WE=7693862;WS=7693843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr11	7710729	rs4505055	C	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr11	7710742	rs4365041	A	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr11	7710750	rs4277100	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr11	7710877	rs4503519	C	T	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,123:0.55:222
chr11	7712471	rs4509745	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=301;ReadPosRankSum=1.240;SC=GAACTGGGAACCAAAGAGTTG;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=24;WE=7712479;WS=7712461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr11	7716549	rs4287332	C	G	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=1013;SC=CAAGAAAAGACGTAGTGCATG;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=7716557;WS=7716539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	7716855	rs4528317	T	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=735;SC=CCAGCTGCATTATCTGTGGCA;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=7716863;WS=7716845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	7720159	rs60610878	C	CT	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GGCATAATGGCTGTAGGTGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=7720167;WS=7720149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	7720426	rs4367936	C	A	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=25.96;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	7720453	rs35619418	A	AGG	1027.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.891;NF=1;NR=16;PP=782;ReadPosRankSum=-0.019;SC=ATCTGTGGAAAGAAGGGAAGG;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=17;WE=7720461;WS=7720443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr11	7721743	rs12279973	C	A	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=399;SC=AGAGGTAGAGCCTGTTGGTTC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=7721751;WS=7721733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	7721870	rs10839849	G	A	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=28;PP=1159;SC=TGGATCCAGGGAAGCACTTTA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=7721878;WS=7721860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	7723171	rs5789540	GA	G	1630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=929;SC=ATGCACAATCGATTTTTAAAA;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=22;WE=7723179;WS=7723161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	7723683	rs4373911	G	A	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=43;PP=1698;SC=AGACAATTCAGTATGATCCTC;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=97;WE=7723691;WS=7723673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	7725092	rs3924747	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAATGTCACCCAGCCCCATTT;SOR=0.919;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=8;WE=7725100;WS=7725082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr11	7725173	rs3924748	G	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr11	7725454	rs11041539	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TGTCAAGAATCGTGGACTGTG;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=7725462;WS=7725444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr11	7727872	rs12289558	T	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=994;ReadPosRankSum=2.051;SC=AGCGAAAGAGTTGCAGATTTA;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=35;WE=7727894;WS=7727862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr11	7727886	rs7927138	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=743;ReadPosRankSum=1.556;SC=AGATTTACCTCGTTCAAAAAA;SOR=0.564;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=24;WE=7727894;WS=7727862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr11	7794545	rs1482784	C	A	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=57;PP=2367;SC=TGTAGGACAGCGATATCAATC;SOR=0.780;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=120;WE=7794553;WS=7794535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	7794650	rs371799	G	C	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	7794976	rs980145	T	A	5401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=91;PP=2965;SC=TGGGTGGAGTTCACCAGGGGT;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=167;WE=7794984;WS=7794966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	7795006	.	G	A	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GCCACATAGCGATCATAGGCC;SOR=0.562;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=153;TCF=71;TCR=82;TR=85;WE=7795014;WS=7794996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,99:0.54:184
chr11	7818042	.	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.264;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=534;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACAGCAATGAGAAAACCAGCT;SOR=0.514;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=34;WE=7818050;WS=7818032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr11	7847043	.	G	A	3545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=49;PP=1668;ReadPosRankSum=-0.165;SC=AGCAGCCAATGAATGTCCAAG;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=203;TCF=113;TCR=90;TR=114;WE=7847051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,172:0.55:315
chr11	7847208	rs1482791	T	C	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=85;PP=2940;SC=CAAACGTCACTACAGAACAGA;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=68;TCR=86;TR=152;WE=7847216;WS=7847198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	7847466	rs1482792	A	G	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	7847472	rs1482793	C	T	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	7847523	rs1482794	T	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=22;PP=585;SC=TCCCCATCTATATTGGGAATG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=7847531;WS=7847513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	7847612	.	A	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr11	7871011	rs4758022	A	G	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=62;PP=2434;SC=ATGGCACACTATTTTTCATGT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=126;WE=7871019;WS=7871001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	7949350	rs4758258	A	G	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=52;PP=1668;SC=GTAGATAAGCAGATTCAGCAG;SOR=0.790;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=98;WE=7949358;WS=7949340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	7949791	rs7933807	A	C	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1793;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TTTCATAAAAACTCCTTTATT;SOR=0.541;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=82;WE=7949799;WS=7949781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr11	7949860	rs7928451	G	A	5971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=66;PP=2845;SC=ATAAGCCATTGCTCCCAGAAG;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=153;WE=7949868;WS=7949850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	7960045	rs6578915	G	A	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=2;PP=655;SC=AAAAAATGCAGTCTGTTTTCA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=7960053;WS=7960035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	7960390	.	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.858;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr11	7961112	rs113638386	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=217;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CTGGTATATCGAGTATGAAGT;SOR=1.519;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=13;WE=7961120;WS=7961102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr11	7961146	rs9787855	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=7;PP=188;SC=CTGTGAGTTCAAGTCTGGAAT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=7961154;WS=7961136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	7981899	.	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.362;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=401;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GGTGCTGAATCCCTTCAGCTG;SOR=0.872;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=25;WE=7981907;WS=7981889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr11	8009420	rs12278319	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=12;PP=258;SC=ACCTTTTGCTGTGACTTATCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=8009428;WS=8009410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	8014479	rs4758267	C	T	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=27;PP=1850;SC=TGCTGATCCACGAGTACTACA;SOR=1.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=96;WE=8014487;WS=8014469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	8103104	rs11041733	G	T	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=564;ReadPosRankSum=0.532;SC=AGGTACGCGGGCGCCGGGCCG;SOR=0.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=46;WE=8103112;WS=8103094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,93:0.54:171
chr11	8111540	rs2272382	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=5;PP=369;SC=CAAGGTGGGCTGTGGACCCCC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=8111548;WS=8111532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	8115762	rs7396690	C	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=891;SC=CTACAGCCCTCCCCAGCAGGC;SOR=1.498;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=8115770;WS=8115752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	8117228	rs11041739	A	G	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=49;PP=1999;SC=CCCCATGGGGACCCAGTGATA;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=105;WE=8117236;WS=8117218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	8118103	rs2242501	A	G	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=682;SC=GATATGGCTAAGAGTGTGTGC;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=8118124;WS=8118093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	8118116	rs2242502	A	G	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=11;PP=712;SC=GTGTGTGCATAAGTTTGTGGG;SOR=1.270;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=34;WE=8118124;WS=8118093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	8118185	rs10160258	C	G	4729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=32;PP=1287;SC=TCAGGGGCAGCGTAGACTTCT;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=8118193;WS=8118175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	8118200	rs7931842	C	A	4951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=35;PP=1378;SC=ACTTCTCCTCCTTCATCCCTT;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=77;WE=8118208;WS=8118190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	8119063	rs7950355	A	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=15;PP=591;SC=CATATCTACCACTGACCTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=8119071;WS=8119053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	8122059	rs75594955	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=431;ReadPosRankSum=0.062;SC=GGAGACAAACGTCTTAGGCTT;SOR=0.565;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=30;WE=8122067;WS=8122049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,53:0.49:108
chr11	8122234	rs7394561	G	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=28;SC=GCTGATGTGTGTATGTGGAGG;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WS=8122224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	8122242	rs138755629	A	AG	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=6;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.273;NF=3;NR=14;PP=515;ReadPosRankSum=-1.209;SC=GTGTATGTGGAGGGGTACCAT;SOR=0.988;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=17;WE=8122253;WS=8122224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr11	8122932	rs73409635	C	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.389;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,58:0.59:99
chr11	8122943	rs2242504	C	T	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,72:0.59:123
chr11	8123177	rs149559720	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=229;ReadPosRankSum=-0.830;SC=AGGCCTCTTCGTGCCCTTTGG;SOR=0.468;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=20;WE=8123185;WS=8123167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr11	8132728	rs56271449	CA	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.614;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr11	8159892	rs10839976	G	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=0.034;SC=TCCCCTTTGAGAGCTGAGAAT;SOR=0.515;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=27;WE=8159900;WS=8159882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr11	8174966	rs10743052	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr11	8246181	rs1042359	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr11	8246326	rs34544683	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr11	8251921	rs3750952	G	C	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=457;ReadPosRankSum=1.454;SC=AGTCACAGCAGGCACACTTGA;SOR=0.844;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=41;WE=8251929;WS=8251911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,69:0.58:119
chr11	8284838	rs204931	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=18;PP=769;SC=GCGCCGCGGCAGGGGGCGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=8284846;WS=8284828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	8284860	rs204930	G	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=358;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GGTGAGGGGCGTCGAGACCCC;SOR=0.535;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=26;WE=8284868;WS=8284850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,51:0.59:87
chr11	8284981	rs176083	A	C	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	8284995	rs204929	T	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=26;PP=844;SC=GCGGCCGGTCTTCGGGCAGCT;SOR=0.887;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=8285003;WS=8284971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	8285124	rs2071458	A	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	8434972	rs3833784	CA	C	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.895;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=388;ReadPosRankSum=1.235;SC=GACAGATTTGCAAAAAAAATG;SOR=1.563;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=24;WE=8434980;WS=8434962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr11	8455572	.	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=41;ReadPosRankSum=0.674;SC=GAGATCGAGACCATCCTGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=8455580;WS=8455562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	8483335	rs1900273	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=0.235;SC=AAAATGCAGCGCCTAATAGAG;SOR=0.589;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=18;WE=8483343;WS=8483325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr11	8486310	rs1446464	C	A	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=786;ReadPosRankSum=0.962;SC=CCTTGTCTGTCGCTTCAATGA;SOR=0.673;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=50;WE=8486318;WS=8486300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr11	8496516	rs2289923	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=-0.456;SC=AGAAAACCAGGCCAAAAAGGA;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=14;WE=8496524;WS=8496506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
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chr11	8639331	rs62622852	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=427;ReadPosRankSum=-1.116;SC=CTACGGCTCCCAAATAAATGC;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=14;WE=8639339;WS=8639315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr11	8641501	rs7946508	C	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.36;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr11	8642218	rs7950166	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=1.761;SC=ACTGAGTCTCCGGCTTTGCCG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=16;WE=8642226;WS=8642208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr11	8644530	rs4929948	T	G	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.245;NF=24;NR=45;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GCCACACATCTGTCATACAGT;SOR=0.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=44;TCR=85;TR=69;WE=8644538;WS=8644520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,109:0.57:192
chr11	8644562	rs10533257	TCATA	T	1911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.901;NF=0;NR=29;PP=1359;ReadPosRankSum=-2.711;SC=CTATAGTCATTCATACATAGT;SOR=0.917;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=29;WE=8644573;WS=8644552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,52:0.54:97
chr11	8646237	rs12803166	G	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=0.626;SC=AGGAAGTTTGGATAGCATTTC;SOR=0.984;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=20;WE=8646245;WS=8646227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr11	8662090	rs11042022	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr11	8662516	rs11042023	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.194;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=334;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TGGGGAGCAGTGGGAGCAGCA;SOR=0.907;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=20;WE=8662524;WS=8662506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr11	8666009	.	G	A	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=947;ReadPosRankSum=0.779;SC=ACACCATAAAGGATAAATTAC;SOR=0.613;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=60;WE=8666017;WS=8665999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,105:0.49:215
chr11	8668229	.	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-1.368;SC=CTAGCAGACACCAAATACAAA;SOR=0.804;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=7;WE=8668237;WS=8668219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr11	8669437	rs10840100	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CAGGCACTACATCTGACGGCC;SOR=1.426;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=18;WE=8669445;WS=8669427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr11	8669694	rs35319120	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=243;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GCATGCCAACCAAGCGGGAAT;SOR=0.896;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=20;WE=8669702;WS=8669684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr11	8670172	rs7950801	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=16;PP=452;SC=GCTGCACAGCTCTCAGCCTTC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=8670180;WS=8670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	8671369	rs10840101	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=272;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AAGAGCTGCACAGCCAGCGAT;SOR=1.214;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=18;WE=8671377;WS=8671359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr11	8671547	rs10769938	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.462;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-2.206;SC=CCACCAGTTTGGAGTGTAACC;SOR=0.050;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=6;WE=8671555;WS=8671537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr11	8693405	rs11517718	G	A,T	2318.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=14,19;NR=21,15;PP=496,587;SC=CAGTCCTTACGGAGCAAATGC;SOR=0.802;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=35,34;WE=8693413;WS=8693395;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.51,0.49:95
chr11	8704965	rs2073684	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=520;SC=CTCTAGTATTCCAGTTCTAAG;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=8704973;WS=8704955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	8705528	rs61875926	C	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=403;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TCACACCGGCCCCACGTAGCT;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=34;WE=8705536;WS=8705518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr11	8717003	rs2270956	C	T	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	8719615	rs10840113	C	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=400;SC=TGAGCCCAGGCAGGTCGAGGC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=8719623;WS=8719605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	8721611	rs36089509	TG	T	885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=386;SC=GGAGCTGGCCTGGGGGGGGGC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=20;WE=8721619;WS=8721601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	8732300	rs71452481	GCACA	G	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=0.000;QD=22.32;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr11	8735662	rs931756	G	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	8736046	rs931757	C	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=601;SC=CTCCCTCCTACGTGGCCATTT;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=8736054;WS=8736036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	8751889	rs3794153	C	G	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	8788168	rs10743089	A	T	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=13;PP=368;SC=CTGGGTGAAGATCTGCACGAA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=8788176;WS=8788158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	8788225	rs10734637	A	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr11	8797684	.	CACGT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
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chr11	8938787	rs2016942	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=2;PP=351;SC=TTTACAATCCAAAAGTGAAAG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=8938795;WS=8938778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr11	8947283	rs3751066	G	C	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=39;PP=1595;SC=TGTGCTGTGGGCTCCAACTCT;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=8947291;WS=8947273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	8948680	rs3751065	A	T	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr11	8959545	rs4909951	C	A	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=23;PP=1096;SC=AAAAGGCAGCCGTGGCAGCTC;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=8959553;WS=8959535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	8970083	rs2653604	C	A	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=225;SC=CATAGACACACAACAGTGACC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=8970091;WS=8970073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr11	8977707	rs2568069	G	A	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=14;PP=750;SC=CAGACAGACAGACAGGTAGAT;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=8977715;WS=8977697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr11	9087533	rs2003906	A	G	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=598;ReadPosRankSum=-2.307;SC=TCGCTCTACAAGAGAAGCAAA;SOR=0.640;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=42;WE=9087541;WS=9087523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,63:0.41:155
chr11	9096068	.	G	A	2798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=42;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.602;SC=TGTCACTCAGGAAAAACCCCT;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=174;TCF=95;TCR=79;TR=90;WE=9096076;WS=9096058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,145:0.48:301
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chr11	9112013	rs111988048	AT	A	210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=30.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	9112020	rs7484187	T	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=-0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=1.068;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	9113008	rs142900716	GGCA	G	2082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=934;SC=CAGCAGTGGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=19;WE=9113018;WS=9112998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	9164437	rs74643810	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TCTCAGCCGAGCTGCCCTCCC;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=9164445;WS=9164427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr11	9167399	rs10732517	T	C	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=808;SC=TGAGGAGAATTAGGAATCTTT;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=9167407;WS=9167389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	9171775	rs7123970	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=212;ReadPosRankSum=0.894;SC=AGAATGTAAAAAGGAAGTGGA;SOR=0.791;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=15;WE=9171783;WS=9171765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr11	9172432	rs10769995	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=0.674;SC=GTAACACTTTAATTGATTGTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=9172440;WS=9172422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	9187634	.	C	CTT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	9192336	rs10550560	TAC	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.951;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=1.257;SC=TGGATGAGAATACACACACAC;SOR=0.974;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=8;WE=9192347;WS=9192326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr11	9198276	rs7394878	T	C	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=6;PP=1087;SC=GAGAAGGAAATGTATCTGCTA;SOR=2.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=50;WE=9198284;WS=9198266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	9199650	rs60693427	C	T	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=23;PP=917;SC=TCCAAGAGGCCTGAATGTACA;SOR=0.886;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=52;WE=9199658;WS=9199640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	9200585	rs140062756	A	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=495;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GAACTTTGAGATCCTTATTGC;SOR=0.741;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=44;WE=9200593;WS=9200575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,77:0.39:196
chr11	9228785	rs7396439	G	A	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=541;SC=ATGAAAAGATGTAAGAACATT;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=9228793;WS=9228775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	9304939	rs1136330	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GAGATGGTGATGACAGCAAAA;SOR=0.358;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=9304947;WS=9304929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	9307951	rs76581517	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr11	9309405	rs5014247	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=1.493;SC=TCTTACTCACATTGATTTATT;SOR=1.395;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=21;WE=9309413;WS=9309395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr11	9316937	rs4601780	G	A	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=8;PP=217;SC=TTTCTTCTCTGAAGAAATAAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=9316945;WS=9316927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	9321399	rs10743101	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GGGCACAGTGACTCACGCCTG;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=9321407;WS=9321389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	9321415	rs11042272	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=0.998;SC=GCCTGTAATCCCAGCACTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=6;WE=9321423;WS=9321405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	9336093	rs72850544	C	T	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=488;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AGAGCCACTTCCGGCGCGACC;SOR=0.506;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=33;WE=9336101;WS=9336083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr11	9336140	rs116886507	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GCGAGTACTGCAACCTCCTGC;SOR=0.316;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=7;WE=9336148;WS=9336130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr11	9406349	rs4606477	T	C	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	9450377	rs2290423	T	G	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=25;PP=1173;SC=TCTGTGTTTTTCATTCAGATC;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=9450385;WS=9450367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	9455374	rs4910052	T	C	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=161;SC=TTCAGCAAGATGGCTTTGATT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=9455382;WS=9455364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	9459912	rs149988366	G	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=428;SC=AGTGGCTCAGGCCTGTAATCC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=9459920;WS=9459902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	9493098	rs149381506	G	GT	271.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.19;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	9493100	rs7119680	G	T	280.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.20;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	9494461	.	CT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.890;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr11	9516186	rs12293264	T	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	9519375	rs71968808	C	CT	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr11	9519420	rs10840249	T	C	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=356;SC=CTCTGTCGCCTAGGCTGGAGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=9519428;WS=9519410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	9537904	rs10743108	G	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=752;SC=TACAGAAGGGGAACAGGTAAT;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=9537912;WS=9537894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	9549142	rs11607631	G	A	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=34;PP=1109;SC=AAGGAGAAACGCCAGGGTTGG;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=9549150;WS=9549132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	9595732	rs11042428	C	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	9603236	rs4370932	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=184;ReadPosRankSum=0.558;SC=GTAAGTATTGCAGATCTTCTG;SOR=0.892;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=13;WE=9603244;WS=9603226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr11	9607202	.	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-0.474;SC=AAACCGTCATCTGAGGGCATT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=9607210;WS=9607192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr11	9715628	rs360049	C	T	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=156;SC=GCATGTTGTACTCATGGTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=9715636;WS=9715620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	9715646	rs3763865	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=183;SC=GAAGGTGTCATGTGCTGGTTA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=9715654;WS=9715636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	9802228	rs360124	G	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CTTTACTTTTGTGGTCTCTAG;SOR=0.641;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=11;WE=9802236;WS=9802218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr11	9802952	rs3763862	A	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=-1.519;SC=TCTGTCATCCATCTGTAGTCA;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=9802960;WS=9802942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	9806914	rs71453928	T	TACTG	657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.974;NF=0;NR=11;PP=556;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ACACTTAAACTACTGACTGGA;SOR=1.300;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=11;WE=9806922;WS=9806904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr11	9812236	rs2645029	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.367;SC=AGTTCCTGTAGATTAAAAAAA;SOR=0.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=7;WE=9812244;WS=9812226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr11	9830595	rs11042500	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,47:0.36:131
chr11	9830732	rs10770066	A	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-1.158;SC=GACACTTTTGACTGGATGCAA;SOR=0.307;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=10;WE=9830740;WS=9830722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr11	9861009	rs7483882	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=432;ReadPosRankSum=0.358;SC=AAGAAAGGAAGGAAGACCTCT;SOR=0.616;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=29;WE=9861017;WS=9860999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr11	9875353	rs375686	G	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=473;SC=AGAAACATGAGCAAAGTGATG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=9875361;WS=9875343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	9879869	.	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=365;ReadPosRankSum=0.862;SC=TTGTCTCCCAAAATTGCTGAT;SOR=0.740;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=28;WE=9879877;WS=9879859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr11	9983737	rs2403226	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.232;SC=AAAATTCAAACGCATCCTATA;SOR=0.838;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=9;WE=9983745;WS=9983727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr11	9983810	.	A	AC	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=30;QD=36.5;SC=TATTATTAAGACAATTATAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=9983818;WS=9983800;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr11	10050157	rs10840344	T	A	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=2.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=2.400;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,151:0.50:300
chr11	10215598	rs4910097	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=0.346;SC=ACTCATTCTACTCTTACTTAT;SOR=1.002;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=11;WE=10215606;WS=10215588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr11	10472492	rs35417007	GC	G	1965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=935;SC=TGGCCTCAGTGCCCAGCAGCC;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=10472500;WS=10472482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	10518289	rs1466426	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=444;SC=AGGAAGTGACTGGGGCTGGTC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=10518297;WS=10518279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	10518521	rs2071016	C	T	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=30;PP=876;SC=GGGCTCATAGCGGCAGAGGCA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=10518529;WS=10518511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	10518585	rs2071017	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.933;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr11	10521764	rs3741041	T	C	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,66:0.45:148
chr11	10521850	rs3741039	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-0.858;SC=GTACATGCACGCATGCACACA;SOR=0.467;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=15;WE=10521858;WS=10521840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr11	10522983	rs1870951	G	T	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=6;PP=674;SC=AACTGGGGGGGGCCTTCCTGA;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=10522991;WS=10522973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	10526060	rs7943804	C	T	4379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	10553355	rs4910153	C	T	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=8;PP=438;SC=ATGAGGCCATCGAAAGTTAAG;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=10553363;WS=10553345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	10553672	rs4910154	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	10553675	rs4910155	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	10555589	rs1065052	A	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=0.264;SC=CTACTCTCCCAAGAAATTCTT;SOR=0.821;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=34;WE=10555597;WS=10555579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr11	10581217	rs17403795	G	A	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.07;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	10585387	rs17403977	G	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=327;SC=CCGTGGCTGTGATTGCTTCTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=10585395;WS=10585386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	10598229	rs1364738	A	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=358;ReadPosRankSum=2.082;SC=CTTGAGCAATAGTTCTCAAAC;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=23;WE=10598237;WS=10598219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr11	10601931	rs76857254	G	A	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=13;PP=845;SC=CAGGGATTTTGTGCATTTAAA;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=10601939;WS=10601921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	10603582	rs75642969	G	C	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=28;PP=1027;SC=AAAGGTGGAGGCCTAAAAACA;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=55;WE=10603590;WS=10603572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	10603710	rs75913114	T	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=370;SC=AAGGTCCTAGTCCATGAATTT;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=10603718;WS=10603700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	10631247	rs3741042	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=461;ReadPosRankSum=2.534;SC=CGGTACAGGGCCTTCTGTAAC;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=33;WE=10631255;WS=10631237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr11	10631440	.	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=2.262;SC=TCTTTGAAATCACAGTAGTAC;SOR=0.567;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=17;WE=10631448;WS=10631430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr11	10647505	rs75009793	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=561;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TGGCCCCCAGGAACCCACCTC;SOR=1.047;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=39;WE=10647513;WS=10647495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,59:0.46:127
chr11	10647702	rs2241489	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=516;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TGTCCCAGGAGAGCCCTCGCA;SOR=0.823;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=34;WE=10647710;WS=10647692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr11	10647995	rs35468145	G	A	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=618;ReadPosRankSum=1.066;SC=GGGTACTGGAGGGGATCGAAG;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=44;WE=10648003;WS=10647985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,62:0.58:107
chr11	10649161	rs1425152	C	A	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=852;ReadPosRankSum=-2.289;SC=CATACGTGTGCATGCACACAC;SOR=0.478;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=56;WE=10649169;WS=10649151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,90:0.54:167
chr11	10650329	rs2278125	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.170;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr11	10651342	rs78425564	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=-0.184;SC=CCTCATCCCAGGGACTCTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=16;WE=10651350;WS=10651332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr11	10655609	rs2162044	C	T	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=18;PP=554;SC=ACTCCTGCGGCAGGAGGACCC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=10655631;WS=10655599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	10655623	rs11042902	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=-0.474;SC=AGGACCCTGCCGGTTTAGAAC;SOR=0.458;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=20;WE=10655631;WS=10655599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr11	10655663	.	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=1.106;SC=TGGGCTGGTGGGACTTCCAGG;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=14;WE=10655671;WS=10655653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr11	10673739	rs4909945	T	C	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1436;ReadPosRankSum=1.883;SC=GCTGGGGAGATGCCAAAAGGA;SOR=0.228;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=93;WE=10673747;WS=10673729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr11	10709194	rs1035694	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=0.406;SC=CTTCACCAGACACAGATGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=10709202;WS=10709184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr11	10711817	rs7123827	A	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=178;ReadPosRankSum=0.329;SC=CTCACCTGTAATCCCAGCTAC;SOR=1.473;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=13;WE=10711825;WS=10711807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr11	10711918	.	TA	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr11	10715124	rs10770136	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=0.789;SC=GGCCAGCCTCTCTTCACTCTG;SOR=1.765;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=9;WE=10715132;WS=10715114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr11	10773049	rs2279697	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=-1.680;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr11	10773077	.	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr11	10786023	rs3830388	A	AAGTTG	576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=514;ReadPosRankSum=1.419;SC=ATACTGAATCAAGTTGCATGC;SOR=1.212;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=10;WE=10786031;WS=10786013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr11	10786142	rs3736326	C	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=383;ReadPosRankSum=0.661;SC=AAGCGGAACACGATGAGCATT;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=35;WE=10786150;WS=10786132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,55:0.49:113
chr11	10791983	rs2132517	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=500;ReadPosRankSum=-0.587;SC=TGCTGTCTAAGATCCTTTTCA;SOR=0.735;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=33;WE=10791991;WS=10791973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr11	10794054	rs117213008	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.857;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr11	10794281	rs11042957	C	A	127.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=0.366;SC=AAAAAAAAGTCCTCTGCCAGG;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=10794289;WS=10794271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr11	10795431	rs11386264	C	CA	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.919;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.201;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr11	10795462	rs117224527	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=7.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.902;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr11	10797276	rs72259410	CTTTCTT	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=-0.536;SC=ATATACTTTTCTTTCTTTTTC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=10797289;WS=10797266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr11	10820663	rs71034785	T	TA	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.189;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr11	10820977	rs200629956	CAG	C	1384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=842;ReadPosRankSum=0.021;SC=AGAAGCTGGACAGAAAGAGGT;SOR=0.829;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=21;WE=10820986;WS=10820967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr11	10821055	rs3736327	C	T	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=25;PP=770;SC=GCTTCTTTTCCAGTACATGAA;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=10821063;WS=10821045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	10822202	rs4910190	G	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=440;ReadPosRankSum=-1.870;SC=TTCCTGTGAAGAACACAAGTA;SOR=0.581;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=34;WE=10822210;WS=10822192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr11	10822350	rs7951708	C	T	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	10823079	rs10840492	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.418;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr11	10823576	.	C	CACACTCCTAAAATAGTTTCATGTTTTAATAGCAAATGAAATCACATATATTGCAGAATTTAACATTTGTTGCCTAA,CACACTCCTAAAATAGTTTCATGTTTTAATAGCAAATGAAATCACATATATTGCATAATTTAACATTTGTTGCCTAA	1241.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,0,0:0,0:0
chr11	10823815	rs7105210	C	T	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=31;PP=1047;SC=TTCAGCTTAACGCAACCATTG;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=10823823;WS=10823805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	10824540	rs10743150	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TACACACACAGAGTCTATGTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=10824548;WS=10824530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	10824731	rs2270620	C	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	10824763	.	G	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=566;ReadPosRankSum=1.423;SC=ATTACCTGCAGCAGGAAACGA;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=47;WE=10824771;WS=10824753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,75:0.54:139
chr11	10826341	rs2242360	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=0.319;SC=TCAAAAATACATACCTATCTA;SOR=0.495;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=10;WE=10826349;WS=10826331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr11	10827418	rs11042964	T	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=684;ReadPosRankSum=1.030;SC=TAATCCACACTTCCCATCTTT;SOR=0.838;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=43;WE=10827426;WS=10827408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr11	10828361	rs10743151	C	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=283;ReadPosRankSum=-1.238;SC=TACATGTTTACCACACCTGTT;SOR=0.687;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=26;WE=10828369;WS=10828351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr11	10828490	rs11373962	T	TA	816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=596;SC=TCAAAAAGAATAAGCATCTAT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=10828498;WS=10828480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	10830106	rs7127279	A	G	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=32;PP=983;SC=CTTTCCAGGTATCTGAAGCGC;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=10830114;WS=10830096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	10875055	rs1046297	T	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=483;ReadPosRankSum=0.998;SC=TTAGTAAAAATATCTGCAAGA;SOR=1.082;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=32;WE=10875063;WS=10875045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr11	11348828	rs745181	A	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=247;ReadPosRankSum=0.949;SC=GACAGATTTCATGTCCATAAT;SOR=1.528;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=17;WE=11348836;WS=11348818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr11	11354393	rs901554	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr11	11373508	rs7948121	T	C	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=8;PP=1331;SC=TGAGCGCCAGTGGCAGCTGGA;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=56;WE=11373516;WS=11373498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	11373587	rs7945066	A	G	5064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=56;PP=2516;SC=GGGGTGAAGGAGTTGGCACTG;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=134;WE=11373595;WS=11373577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	11373635	rs1056963	C	T	7440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=83;PP=2965;SC=TGCTGACGGGCGTACTGCCCC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=86;TCR=84;TR=169;WE=11373643;WS=11373625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	11373808	rs1056951	T	G	4824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.391;NF=61;NR=65;PP=2485;ReadPosRankSum=0.779;SC=TGATTTTCACTGTGGACAAAG;SOR=0.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=126;WE=11373816;WS=11373798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr11	11373925	rs4243927	A	C	7940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=91;PP=2965;SC=GTCCCCAGAAACTTGGCTATC;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=100;TCR=92;TR=191;WE=11373933;WS=11373915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr11	11373960	rs2071461	C	T	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.125;NF=45;NR=47;PP=1139;ReadPosRankSum=2.259;SC=ATAATTGTCACGTCCATGGAA;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=92;WE=11373968;WS=11373950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,148:0.47:314
chr11	11374016	rs2896586	T	A	5429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=78;PP=2754;SC=TACAACCCAATCTCCACATAT;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=158;WE=11374024;WS=11374006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	11374269	rs2071460	A	G	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=760;ReadPosRankSum=1.433;SC=GTAAAATCGAATATCATAGTC;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=69;TCR=68;TR=55;WE=11374291;WS=11374259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,78:0.44:178
chr11	11374283	rs2896585	T	G	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=71;PP=2962;SC=CATAGTCTGTTAACGTCTGGT;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=68;TCR=71;TR=139;WE=11374291;WS=11374259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	11398698	rs10444245	G	A	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=99;SC=AGGTCAAAGCGGAGAGACCCA;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=11398706;WS=11398688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	11470326	rs140121216	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=240;ReadPosRankSum=-1.632;SC=GCCGGTCCAGGGGCAGGCGGT;SOR=0.463;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=20;WE=11470334;WS=11470316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr11	11905993	rs10765894	C	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=10;PP=832;SC=TAATCTGAAACATTATGTTTT;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=11906001;WS=11905983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	11913585	rs11022079	G	T	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=24;PP=763;SC=GAAGGTTCTGGGGGTTCTACC;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=11913593;WS=11913575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	11989899	rs2291599	T	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=332;ReadPosRankSum=-1.768;SC=CCCAGGTGCCTGAGACCCTGG;SOR=1.003;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=28;WE=11989907;WS=11989889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr11	12183846	rs28625145	C	T	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,94:0.50:188
chr11	12225946	rs3763823	T	G	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=43;PP=1138;ReadPosRankSum=1.560;SC=ATGACCTTCGTGGCCTGGGAG;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=78;WE=12225954;WS=12225936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,106:0.53:200
chr11	12229655	rs2279390	T	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=366;ReadPosRankSum=0.688;SC=TCGTGAAGGTTCTAGAGCCTC;SOR=0.755;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=25;WE=12229663;WS=12229645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr11	12231277	rs12787479	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.449;SC=AGGGCAGACCATCCTGTCCCT;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=12231285;WS=12231267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	12241626	rs7101833	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=292;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTGGTTTTTATATGTCTTTT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=13;WE=12241634;WS=12241616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr11	12248515	rs2706643	T	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=480;ReadPosRankSum=-0.825;SC=CTCCTTGTTATAGCCATACTT;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=32;WE=12248523;WS=12248505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr11	12248766	rs2706644	A	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=115;ReadPosRankSum=-0.096;SC=CAGCCTGTTGAGGCTAGTAAG;SOR=0.392;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=12248774;WS=12248756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr11	12262410	rs2279613	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=196;ReadPosRankSum=1.302;SC=AGGGAGCCAGGGCTCAAGTTT;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=13;WE=12262418;WS=12262400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr11	12262476	rs2641936	C	A	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=20;PP=1121;SC=GCACTTGCAACCTTCGTCTCC;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=60;WE=12262484;WS=12262466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	12264140	rs880963	A	C	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=14;PP=644;SC=TGCCTCCCTCACCCACTTCTT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=34;WE=12264148;WS=12264130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	12281537	rs113124121	G	T	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.024;SC=CCTGCAAGCTGCTGGCCTCCA;SOR=0.577;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=84;WE=12281545;WS=12281527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,121:0.49:246
chr11	12313887	rs1874043	C	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=831;SC=AGGAAGCTAACCTACCTGTAC;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=12313895;WS=12313877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	12315186	rs10741578	G	A	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=787;ReadPosRankSum=-3.290;SC=GAGGCGAGCCGTAGCCCAAGG;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=158;TCF=84;TCR=74;TR=65;WE=12315194;WS=12315176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,120:0.47:257
chr11	12315407	rs10741579	G	C	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=61;PP=2147;SC=GCTGGACAGGGCAAGAGCTAT;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=105;WE=12315415;WS=12315397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	12315716	rs1493951	C	T	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	12315848	rs1493952	C	T	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=831;ReadPosRankSum=-2.458;SC=ACTCTGAAGGCGGGAAGAAGG;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=82;TCR=56;TR=60;WE=12315856;WS=12315838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,88:0.46:192
chr11	12315891	rs1493953	G	A	5277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=64;PP=2965;SC=AACTTTGCCCGCACAGGCCTG;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=152;WE=12315899;WS=12315881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	12315915	rs1493954	A	G	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.547;SC=TCGCTCATTCAGCCTTCGGAA;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=100;TCR=71;TR=70;WE=12315923;WS=12315905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,104:0.44:239
chr11	12316344	.	G	GCTC	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.109;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr11	12316389	rs3812754	A	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.936;NF=3;NR=14;PP=352;ReadPosRankSum=0.377;SC=TCCTCCTCCTACAGCGGGAGG;SOR=0.172;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=17;WE=12316397;WS=12316379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr11	12345459	rs903213	C	T	121.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=53;SC=AAGCCTATAACGATATTTTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=12345467;WS=12345449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	12379792	rs10741583	G	C	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	12474487	rs74370316	G	A	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr11	12474633	rs142579184	T	TG	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.687;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr11	12495575	rs2288290	C	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=333;ReadPosRankSum=-2.374;SC=ACTGACCCACCATGTGTCCAT;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=24;WE=12495583;WS=12495565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr11	12495607	rs2288291	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=694;SC=TCTGTGCAGGTACCCCACGAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=12495615;WS=12495597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	12495623	rs7109678	G	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=458;SC=ACGAGCCCCTGAGAGAAGGTA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=12495631;WS=12495613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	12517892	rs138094049	A	AGAGTGCATGCATGCAT	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=0;PP=1168;SC=TATTGTTGCAAGAGTGCATGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=12517900;WS=12517884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	12518237	rs12223547	G	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=379;SC=AGCTTGGCAGGCTTCAGGGGA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=12518245;WS=12518227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	12532912	rs12283539	A	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	12534707	rs2243707	G	A	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CAGAGTTCCCGGCACAGTCTA;SOR=0.858;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=80;WE=12534715;WS=12534697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,131:0.50:264
chr11	12534808	rs2403631	A	G	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=90;PP=2965;SC=GCCAGGGATCAGCTCTTGTGC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=90;TCR=93;TR=180;WE=12534816;WS=12534798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	12535209	rs2288293	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=471;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GCACCTGTGCCGAAGAAGGGA;SOR=0.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=10;TCR=68;TR=30;WE=12535217;WS=12535199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr11	12535415	rs11022380	A	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=232;SC=TCCTGGGCCCAGGGCTCTTGG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=12535423;WS=12535405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	12535485	rs56043920	CACAGGCTCCTGCACTA	C	949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=2962;ReadPosRankSum=1.145;SC=ACGGAGCAGCCACAGGCTCCT;SOR=0.607;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=12;WE=12535508;WS=12535475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr11	12886540	rs10500764	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=122;ReadPosRankSum=-1.156;SC=CTGGGATTCTCGTAACCTAGT;SOR=0.909;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=11;WE=12886548;WS=12886530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr11	12900359	rs11022528	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.55;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr11	12903443	rs2304733	C	T	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,108:0.59:182
chr11	12951623	rs2245140	A	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=280;ReadPosRankSum=0.484;SC=AAGATGATTCATGTTGAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=15;WE=12951631;WS=12951613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr11	12951926	rs2727360	A	G	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=30;PP=817;SC=GAGGCTTGACAGAAGTGAGGA;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=12951934;WS=12951916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	12952015	rs2727361	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=0.437;SC=GGTCAGTCAGCAGTTGAATTT;SOR=0.051;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=12952023;WS=12952005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	13032679	rs10603579	AGG	A	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	13032686	rs11399899	T	TC	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=931;SC=AACAGGGGGATTCTTTTTTCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=13032694;WS=13032669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	13377829	.	C	T	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,86:0.49:176
chr11	13398129	rs10741617	T	A	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=79;NR=63;PP=2452;SC=CCAAGTTGAATGGTGCACAGT;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=142;WE=13398137;WS=13398119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	13399791	rs10832030	A	G	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=47;SC=TGAACTGCAAATGGATCATGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=13399799;WS=13399781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	13514053	rs6256	G	T	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=898;ReadPosRankSum=0.742;SC=TCCTTTTTTCGGGGCCTCTGG;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=58;WE=13514061;WS=13514043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,65:0.71:92
chr11	13514263	rs6254	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=462;ReadPosRankSum=0.607;SC=CTCCCCACTTCGAAATGATAA;SOR=1.026;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=34;WE=13514271;WS=13514253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,42:0.38:110
chr11	13514417	rs694	C	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=232;SC=ACTAAAAGGACAAGCAAAATG;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=13514425;WS=13514407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	13716530	rs7130943	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=442;SC=CACTCAGAACAAAGAAAAAAG;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=13716538;WS=13716520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	13984720	rs10741631	A	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=466;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GCATTAGGAGAGCGGGACCCG;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=30;WE=13984728;WS=13984710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr11	14101493	rs5789820	G	GC	2850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=1146;SC=AGACTGCTGTGCTGCGGAACT;SOR=0.719;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=14101501;WS=14101483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	14246296	rs1025412	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=454;ReadPosRankSum=-0.559;SC=GTGAAAGACTGAGGGAGATAT;SOR=0.732;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=27;WE=14246304;WS=14246286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr11	14264916	rs2303973	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=393;ReadPosRankSum=0.285;SC=CCAAAGCCCAATGGCCAGCCT;SOR=0.922;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=32;WE=14264924;WS=14264906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr11	14279298	.	C	T	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=868;ReadPosRankSum=1.549;SC=TCCAACTGGTCCCCATGGTCC;SOR=0.534;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=131;TCF=77;TCR=54;TR=65;WE=14279306;WS=14279288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,114:0.50:228
chr11	14303282	rs2303972	T	A	6262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=73;PP=2592;SC=ATTCCAACAGTTATGTTTATG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=144;WE=14303290;WS=14303272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	14329984	rs2915408	C	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=284;SC=CTGGCTCTCACCTATAAATGA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=14329992;WS=14329974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	14386145	rs4517475	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=2.033;SC=CACACACACAACCCTGAGGAA;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=14386153;WS=14386135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	14480292	rs12576926	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr11	14486608	.	TACAC	T	144	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.00;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	14497269	rs2597194	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=315;ReadPosRankSum=-0.194;SC=ATTTGACTGTCTTACATACAA;SOR=1.258;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=19;WE=14497277;WS=14497259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr11	14501296	rs2575857	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=-1.119;QD=10.65;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr11	14504777	.	C	CACACACAG	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr11	14512060	rs2597189	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr11	14516003	rs10832279	TT	AA	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr11	14520566	rs3214792	T	TA	184.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=6.166;HP=12;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=-0.217;SC=CATTACAAATTAAAAAAAAAA;SOR=1.901;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=14520574;WS=14520556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr11	14532338	rs2597218	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=0.792;SC=CAGAATGTTGCATATATACTC;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=14532346;WS=14532328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	14539639	rs2575849	T	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.567;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	14540671	rs1823466	A	G	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=17;PP=875;SC=ATATGCTTGTATTTCCATTCA;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=14540679;WS=14540661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	14540942	rs2305305	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.483;SC=AAAAGTCTTCCTTTTCTTTAA;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=15;WE=14540950;WS=14540932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr11	14632570	rs1403247	A	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=399;ReadPosRankSum=1.061;SC=AGACCAACATACAACATAGGT;SOR=0.846;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=26;WE=14632578;WS=14632560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr11	14810762	rs4757268	A	G	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=537;ReadPosRankSum=-1.158;SC=ATGGCAAAAGACCTCACCAAG;SOR=0.629;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=40;WE=14810770;WS=14810752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr11	14825704	rs3740823	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=200;ReadPosRankSum=-1.094;SC=AATTTCATGTATTATAAGTTA;SOR=0.202;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=15;WE=14825712;WS=14825694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr11	14852490	rs1037378	G	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=73;SC=TTTTAATATAGTAGTATTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=14852498;WS=14852480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	14913575	rs12794714	G	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=13;PP=347;SC=GGGGAAGCTCGGATGAGGCTG;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=14913583;WS=14913565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	14991539	rs5239	T	C	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=19;PP=794;SC=TGCACATAGTTCTGCACCAGT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=14991547;WS=14991529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	15096419	rs1540139	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=20;PP=996;SC=CTCTGTGCCTCTGAAGTCACG;SOR=0.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=44;WE=15096427;WS=15096409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	15170644	rs1714354	T	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=26;PP=1028;SC=TCTTTTAGGATCTCGTTGTGC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=15170652;WS=15170634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	15197186	rs1792588	A	G	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=6;PP=780;SC=ACACTGCTAAACATATAATAG;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=15197194;WS=15197176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	15198772	rs1624731	G	T	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=100;SC=AGAAGGGGCTGGTATCTTCTC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=15198780;WS=15198762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	15199957	rs1714376	T	C	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=27;PP=829;SC=AGCACTTTGGTCAGCTGCTGG;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=15199965;WS=15199947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	15243059	rs17507577	G	A	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=561;ReadPosRankSum=0.542;SC=CATCCTGACCGACAACAGCCA;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=40;WE=15243067;WS=15243049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,78:0.49:160
chr11	15263331	.	A	G	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	15267727	rs1945624	A	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=24;PP=651;SC=AATGGAGGACAAAATCTTAGA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=15267735;WS=15267717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	16117460	rs3059081	TA	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=2.794;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr11	16133413	rs4617548	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr11	16205323	rs7926424	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=0.165;SC=GAAAACAGCCTTATTGGTGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=16205331;WS=16205313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	16339918	rs34820506	C	CT	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.947;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr11	16760244	rs1846936	T	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=547;SC=GCTTGGGCCCTTGGCGGATTG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=16760252;WS=16760234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	16837874	rs10832684	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=0.246;SC=CTCCCAGGGAAGCCGCCCCAT;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=16837882;WS=16837864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr11	16847627	.	C	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr11	16847938	rs371698539	G	A	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1534;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GCCTTGCTCCGGTCCCGCTTG;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=97;WE=16847946;WS=16847928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,155:0.55:284
chr11	16872653	rs35098462	G	A	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	16874067	rs418113	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=27;PP=734;SC=GACATTAGAACTTGGATTAAA;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=16874075;WS=16874057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	17035493	rs71047521	C	CA	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.027;NF=5;NR=8;PP=446;ReadPosRankSum=1.415;SC=AGGGACCCCCCCCCCGCGGCA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=13;WE=17035501;WS=17035483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr11	17035718	rs61881311	A	G	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=801;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CGGTGCGCGGATGCAGCCAGG;SOR=0.587;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=48;WE=17035726;WS=17035708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr11	17036012	rs113662255	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=507;ReadPosRankSum=0.595;SC=GCAGGGGCGGAGGCGGGGGCG;SOR=0.671;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=39;WE=17036020;WS=17036002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr11	17096059	rs11024148	A	G	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=955;ReadPosRankSum=-1.082;SC=GATTAATACTAGTCCCTCCAC;SOR=0.723;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=70;WE=17096067;WS=17096049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,105:0.51:204
chr11	17096150	rs7125607	T	A	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1081;ReadPosRankSum=-1.197;SC=GCACCAAACTTCTGAATACCT;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=77;TCR=66;TR=78;WE=17096158;WS=17096140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,95:0.52:184
chr11	17111197	rs66708666	AGT	A	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=221;ReadPosRankSum=0.253;SC=AAAATTAACAAGTGTGTGTGT;SOR=0.646;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=6;WE=17111206;WS=17111187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr11	17111272	rs10832733	A	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=221;ReadPosRankSum=0.657;SC=CCAAAGCTCAAACATTCACTA;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=14;WE=17111280;WS=17111262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr11	17113483	rs7113396	C	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=48;SC=CCACATTCATCGAGAAGTTAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=17113491;WS=17113473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	17124388	rs36120454	A	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=548;ReadPosRankSum=1.332;SC=CCTATAAAAAACATACACAAT;SOR=0.986;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=33;WE=17124396;WS=17124378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr11	17126670	rs2052188	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=361;ReadPosRankSum=1.769;SC=ACCTCTGTAACACATTTTTGA;SOR=1.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=18;WE=17126678;WS=17126660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr11	17126739	.	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=352;ReadPosRankSum=0.614;SC=TCTTCAGAGGGATTGTATTTC;SOR=1.313;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=23;WE=17126747;WS=17126729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr11	17143978	.	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.332;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=2.100;SC=AGCAATCGGGGCATATTTACA;SOR=2.303;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=17143986;WS=17143968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	17172133	rs2302511	T	C	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=681;ReadPosRankSum=3.867;SC=TGTTTCTTTGTGCTGTGACTG;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=71;WE=17172141;WS=17172123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,113:0.56:202
chr11	17191019	rs214936	A	G	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=650;ReadPosRankSum=-1.374;SC=TTTCTACATCAATATCTAATG;SOR=0.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=43;WE=17191027;WS=17191009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,69:0.63:110
chr11	17317518	.	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr11	17333377	rs12225041	T	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-1.046;SC=ATTTTCTAAGTTATTAAAATC;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=17333385;WS=17333367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr11	17333663	rs2521998	G	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=317;SC=CATGTAATGAGTGAGGTATGT;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=17333671;WS=17333653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	17339127	rs2634462	T	C	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=12;PP=822;SC=TAATGTCTTTTTAGTCTCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=46;WE=17339135;WS=17339117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	17351873	rs34471145	T	TA	684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=344;ReadPosRankSum=-1.034;SC=ATTATGGCATTAAAAAGATTT;SOR=0.498;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=17351881;WS=17351863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr11	17352477	rs3842269	TACA	T	1072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=566;ReadPosRankSum=1.493;SC=CAAAAAAAATTACAACAAGGA;SOR=0.760;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=15;WE=17352487;WS=17352457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr11	17415414	.	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.472;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CATCTGACCCCGATCCTAGTC;SOR=0.152;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=22;WE=17415422;WS=17415404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr11	17416620	.	C	T	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=800;ReadPosRankSum=2.162;SC=GCTTCAGACTCCAAACTTGGG;SOR=0.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=56;WE=17416628;WS=17416610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,84:0.60:140
chr11	17429922	rs2106865	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=237;ReadPosRankSum=-1.245;SC=TGCTTGGCCATCCCTGGATAT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=16;WE=17429930;WS=17429912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr11	17432208	.	G	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=2.668;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr11	17434292	.	CC	TT	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=1088;ReadPosRankSum=0.619;SC=CAGGTTGATGCCCTGTCACCA;SOR=0.680;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=36;WE=17434301;WS=17434282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr11	17435936	rs4148631	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=1.247;SC=TGGAGTGCAGGTAAGCACCTG;SOR=0.174;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=17435944;WS=17435926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr11	17435966	rs4148630	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr11	17436936	rs4148626	A	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=473;ReadPosRankSum=-0.837;SC=AGTGAACCATATCCTCCAGGA;SOR=0.648;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=34;WE=17436944;WS=17436926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,47:0.44:108
chr11	17448704	rs1799854	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=476;ReadPosRankSum=1.739;SC=CAGCTGGCCTGCAGGGAGGGA;SOR=0.643;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=37;WE=17448712;WS=17448694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr11	17464534	rs2073587	T	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CCTCCTGTCCTCACCGGGAGG;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=18;WE=17464542;WS=17464524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr11	17481948	rs886291	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=164;ReadPosRankSum=-1.210;SC=AGTGTGGCCATGGCTCACACA;SOR=1.352;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=15;WE=17481956;WS=17481938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr11	17484971	rs2301703	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr11	17491571	rs10400389	C	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=341;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CAATAGCTGGCACATAATGAG;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=27;WE=17491579;WS=17491561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr11	17491706	rs137873871	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=298;ReadPosRankSum=-0.013;SC=CCACGGAGGTGACAGCAGCCA;SOR=1.128;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=22;WE=17491714;WS=17491696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr11	17496516	rs1048099	A	G	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=966;ReadPosRankSum=-0.876;SC=GGTTGTGCCCAGGGAAATGAA;SOR=0.878;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=132;TCF=61;TCR=71;TR=72;WE=17496524;WS=17496506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,95:0.52:182
chr11	17496569	.	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.873;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=485;ReadPosRankSum=0.934;SC=CTCTGACTTCCCCATCCTGCA;SOR=0.347;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=39;WE=17496577;WS=17496559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,55:0.49:113
chr11	17515833	rs1055574	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=-1.198;SC=CTCAAGGCTGATCCGAGGCTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=7;WE=17515841;WS=17515823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr11	17515970	rs2072225	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=-1.120;SC=CTTTGTGGGTGCACACTCAGC;SOR=1.003;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=16;WE=17515978;WS=17515960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr11	17516038	rs2072227	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CAAGGCCCTGCCACCCTTTGG;SOR=0.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=5;WE=17516046;WS=17516028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	17517407	rs1859824	G	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.508;SC=ATTCTGCTGGGCACGGGGAGC;SOR=1.981;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=17517415;WS=17517397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	17519742	rs1064074	C	G	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=35;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.923;SC=GCAGGGCAGCCTCAGCCTCAG;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=107;TCR=76;TR=83;WE=17519750;WS=17519732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,125:0.46:272
chr11	17522810	rs2072234	T	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=371;ReadPosRankSum=2.093;SC=AGCCATGGGGTCACCGGCAGT;SOR=0.337;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=22;WE=17522818;WS=17522800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr11	17526254	rs11462418	G	GA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.044;QD=0.74;ReadPosRankSum=-2.230;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,21:0.20:103
chr11	17531449	rs2237965	G	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=11;PP=280;SC=TCACAATACAGCGAGCACTAT;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=17531457;WS=17531439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	17531831	rs733874	A	T	147.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr11	17532102	rs2237964	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr11	17533397	rs2190453	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=0.210;SC=CATGGAGAACGACCACATTGT;SOR=0.990;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=13;WE=17533405;WS=17533387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr11	17533635	rs2190454	G	A	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=51;PP=1678;SC=TATGACAAAGGTTAGAAATAG;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=91;WE=17533643;WS=17533625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	17537705	rs2237961	G	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=0.470;SC=ATTTAGTGTTGATAGGACAAG;SOR=2.461;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=9;WE=17537713;WS=17537695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
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chr11	17539212	rs10766408	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.549;SC=GCATACAGTGTTTTCAACCTT;SOR=0.160;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=17539220;WS=17539202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	17542439	rs2240487	T	C	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=15;PP=693;SC=GAAGGGGTACTGGGTGTACCT;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=17542447;WS=17542429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	17542553	rs11024318	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=4;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=381;ReadPosRankSum=-1.148;SC=TAAAATGAGACCCCCATGCCT;SOR=0.788;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=30;WE=17542561;WS=17542543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,42:0.43:98
chr11	17542583	rs2108332	C	T	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	17542586	rs2041031	T	C	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.35;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	17542649	rs2041032	T	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=21;PP=651;SC=ATGGTTCTAGTCATGATGAAT;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=17542657;WS=17542639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	17542872	rs2240488	G	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=191;ReadPosRankSum=1.903;SC=GCACAGACACGCGTGGAGCCG;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=16;WE=17542880;WS=17542862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr11	17544873	rs148317033	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=271;ReadPosRankSum=-0.406;SC=TCCAGGCAGAGAGCACAGAAG;SOR=0.442;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=24;WE=17544881;WS=17544863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr11	17545091	rs4757539	A	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=20;PP=579;SC=TCTGCAGGACAGGCTCCCCCA;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=17545099;WS=17545081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	17545141	rs41282938	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AGTGGCAGTACCTCAGCTCCT;SOR=0.264;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=13;WE=17545149;WS=17545131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr11	17546178	rs35539374	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=-1.029;SC=GAAGGCCCTTGACTGCCTACC;SOR=0.919;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=24;WE=17546186;WS=17546168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr11	17548015	rs6486378	C	T	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=704;ReadPosRankSum=-0.754;SC=AGCAGAATCACGGAGTGTCCA;SOR=0.696;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=72;TCR=66;TR=55;WE=17548023;WS=17548005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,97:0.47:208
chr11	17548401	rs5789990	CG	C	789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;ReadPosRankSum=1.064;SC=TAGCGAGAGACGTTTGAGGAA;SOR=0.783;Source=Platypus;TCF=13;TR=18;WE=17548409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr11	17548737	rs12795083	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=619;SC=CTCCCACCGTTATGGAGTACT;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=17548745;WS=17548727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	17553105	rs2041027	G	A	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=385;SC=GAGATGCCGGGAATGCCTGGA;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=17553113;WS=17553095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	17554914	rs2240489	G	C	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	17554915	rs200451256	C	CCA	1073.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.84;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr11	17554917	.	C	CCT	973.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=0.168;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr11	17554930	rs878546	T	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	17555498	rs11024319	C	A	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=30;PP=811;SC=GCAGGGGGAGCGTCAGGTTAC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=17555506;WS=17555488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	17574588	rs4757543	T	C	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=44;PP=1629;SC=CTGGATCCTGTGAAGCCTGAG;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=101;WE=17574596;WS=17574578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	17580050	rs7130051	A	C	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=632;ReadPosRankSum=2.875;SC=TGGCTTTGCCAGCCCCTAGCC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=44;WE=17580058;WS=17580040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr11	17580175	rs7130190	A	T	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=939;ReadPosRankSum=0.384;SC=AGCCAGTTGTACCAGTGATCT;SOR=0.799;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=67;WE=17580183;WS=17580165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,123:0.40:305
chr11	17580998	rs10832798	TC	CT	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.993;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.16;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr11	17582470	rs1990180	T	C	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=17;PP=918;SC=GGCACTCACTTAGTACCTTTG;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=17582478;WS=17582460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	17583423	rs4757545	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=-0.277;SC=AGAGAGACTGGGACTTAGGAC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=16;WE=17583431;WS=17583413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr11	17591961	rs10832802	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.327;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=286;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CCACGGAACCCGAAGAAGAGG;SOR=1.158;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=20;WE=17591969;WS=17591951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr11	17593709	rs7106548	T	C	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=660;ReadPosRankSum=0.194;SC=CCCGCTGGTCTCTGGCTCCCC;SOR=0.809;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=45;WE=17593717;WS=17593699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,67:0.55:122
chr11	17594513	rs1076312	A	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=444;ReadPosRankSum=-0.806;SC=ACATCCGTACAGCGTGTGCAC;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=27;WE=17594529;WS=17594503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr11	17596313	rs4757548	G	A	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.310;SC=GCGTGGCCCCGTGTGGACGTA;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=82;WE=17596321;WS=17596303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,116:0.61:190
chr11	17598187	rs4756901	G	A	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=-1.740;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,65:0.46:140
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chr11	17600033	rs2355466	G	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=1.379;SC=GAGCGTGTCAGCCCGTGGCCC;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=25;WE=17600041;WS=17600023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr11	17612972	rs720460	T	G	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=914;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TGCCCTGTGATCTGGTCTGGG;SOR=0.331;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=62;WE=17612980;WS=17612962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr11	17627613	rs7934079	G	C	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=40;PP=1167;SC=TGTGTCGGGCGCGGTGCTGGC;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=17627621;WS=17627603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	17631669	.	C	T	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=849;ReadPosRankSum=-0.772;SC=CTCCCGGTCGCCCCCTGCCCC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=58;WE=17631677;WS=17631659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,109:0.44:247
chr11	17631751	rs2041028	C	T	3653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=44;PP=1363;ReadPosRankSum=0.876;SC=ACGACACCCCCACAGCCCTCC;SOR=0.773;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=99;WE=17631759;WS=17631741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,182:0.50:367
chr11	17632306	rs1003490	C	T	4571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,236:0.48:487
chr11	17632651	rs7111528	C	T	2735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=41;PP=1143;ReadPosRankSum=0.212;SC=ACAGAGCTCACGCCTGCTACG;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=87;TCR=87;TR=82;WE=17632659;WS=17632641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,139:0.51:270
chr11	17633012	rs731783	T	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=488;ReadPosRankSum=0.785;SC=TATGTGACCCTTCCCTTCATC;SOR=0.933;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=29;WE=17633020;WS=17633002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr11	17634308	.	A	G	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=596;ReadPosRankSum=3.249;SC=AAAAGTGCCAACCTGGTGCCT;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=42;WE=17634316;WS=17634298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,61:0.52:118
chr11	17650787	.	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=1.403;SC=ACATCCAGATCCAGTGGCTCC;SOR=0.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=16;WE=17650795;WS=17650777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr11	17741613	.	T	G	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1359;ReadPosRankSum=-0.560;SC=CGCTGCCTACTGTGGGCCTGC;SOR=0.766;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=118;TCF=46;TCR=72;TR=71;WE=17741621;WS=17741603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,90:0.58:156
chr11	17742320	rs2526547	C	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=-1.035;SC=ATTACCCCCCCAACCAGGACA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=17742328;WS=17742319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	17742681	rs10832853	G	C	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	17868197	rs3831592	A	AT	1980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.046;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.167;NF=15;NR=14;PP=1063;ReadPosRankSum=-1.074;SC=AGGATTCAAAAATGGCTCCAT;SOR=0.974;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=29;WE=17868205;WS=17868187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,61:0.43:142
chr11	17940172	rs141971282	G	GAC	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	17940209	rs143834429	ACTCT	A	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr11	17948311	rs1468291	T	C	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=-0.126;SC=AAGACTATCTTGATGCAGAAT;SOR=0.530;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=31;WE=17948319;WS=17948301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr11	17948537	rs728639	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=1.038;SC=GCCTGTCACCATGTTCTTTGG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=17948545;WS=17948527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	17981047	rs211146	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=-1.160;SC=AATGCGGAGACGAAGGCATGC;SOR=0.375;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=14;WE=17981055;WS=17981037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr11	17981079	.	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=221;ReadPosRankSum=-0.625;SC=CTTGAACAGGGGAGAAATGAA;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=21;WE=17981087;WS=17981069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr11	18017517	rs211131	T	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr11	18022305	rs139990913	TCAC	T	1359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.776;NF=4;NR=14;PP=786;ReadPosRankSum=-0.127;SC=AAATACCATATCACAATACCA;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=18;WE=18022315;WS=18022295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr11	18023414	rs211134	C	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	18034592	rs3741202	GG	CT	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=230;ReadPosRankSum=-2.509;SC=CGGGAGGGACGGCACGGGGGC;SOR=0.438;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=5;WE=18034616;WS=18034582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr11	18034605	rs3741201	C	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-2.054;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr11	18034608	.	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-2.316;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr11	18044304	rs211101	C	T	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=23;PP=755;SC=GGGCTGATCTCTCCCTGAAGA;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=18044312;WS=18044294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	18047154	rs145855109	C	T	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=600;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TCCTCTGAAGCGCCAAGAGAA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=45;WE=18047162;WS=18047144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,79:0.46:171
chr11	18047255	rs1799913	G	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=385;ReadPosRankSum=0.215;SC=ATCTCTGAAAGAGAGGTACAA;SOR=0.730;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=30;WE=18047263;WS=18047245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr11	18054777	rs10832874	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=643;ReadPosRankSum=1.316;SC=TCCAGTCTGGACAGCAGAGCA;SOR=1.207;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=41;WE=18054785;WS=18054767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr11	18063977	rs623580	A	T	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=182;SC=CGTTGTCCTAAAGCGTGAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=18063985;WS=18063967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	18111872	.	C	CA	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.817;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr11	18158799	.	G	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=829;ReadPosRankSum=-0.538;SC=CCAATCAACGGACGTGAGGAG;SOR=0.986;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=157;TCF=73;TCR=84;TR=60;WE=18158807;WS=18158789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,103:0.40:257
chr11	18159169	rs2468839	A	G	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=54;PP=2457;SC=ACCTGTCATCAGTCATGTGTG;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=135;WE=18159177;WS=18159159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	18159254	rs4274188	A	G	10334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=107;PP=2965;SC=TAGTGGTGCTAATTCTGTTTG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=221;WE=18159262;WS=18159244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr11	18194793	rs11024530	G	A	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.675;NF=61;NR=48;PP=1539;ReadPosRankSum=0.154;SC=ACCAGACTAGGGTTTCTGAGC;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=121;TCR=91;TR=109;WE=18194801;WS=18194783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,152:0.47:321
chr11	18194944	rs11024531	T	A	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1374;ReadPosRankSum=-1.887;SC=GAAACGCGGTTGTGCTCTGGC;SOR=0.542;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=177;TCF=78;TCR=99;TR=86;WE=18194952;WS=18194934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,117:0.50:236
chr11	18195051	rs2445179	T	C	5968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=82;PP=2522;SC=ATTATACGTTTGCCATTACGC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=77;TCR=83;TR=159;WE=18195059;WS=18195041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	18195348	rs11024532	C	T	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=857;ReadPosRankSum=-2.236;SC=ATCCCAGTCGCGTGGCTGATT;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=70;TCR=80;TR=68;WE=18195356;WS=18195338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,105:0.44:237
chr11	18210480	rs2445150	T	C	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=13;PP=544;SC=CTGACGGCGGTGGCGGGGGGT;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=18210489;WS=18210470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	18210580	rs2124372	C	T	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=23;PP=1100;SC=GCTGAAGCCGCTGCCCGCGGA;SOR=1.117;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=59;WE=18210588;WS=18210570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	18210814	rs7936382	GC	AA	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.699;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=888;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CAAAGTAGGGGCCACGCTGGC;SOR=1.519;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=24;WE=18210823;WS=18210804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr11	18210849	rs6486412	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=-0.087;SC=AAAGAGGCCTCCGCTTCATCC;SOR=0.963;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=20;WE=18210857;WS=18210839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr11	18231188	rs56386150	T	TA	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.367;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.745;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr11	18231289	rs4757627	C	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.010;NF=22;NR=20;PP=558;ReadPosRankSum=1.101;SC=CTAACATCTTCGAAACAAGAT;SOR=0.660;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=42;WE=18231297;WS=18231279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr11	18231749	rs2468789	T	G	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=25;PP=635;SC=TTTATCGAGGTTTGGTGCCCA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=18231757;WS=18231739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	18253176	rs2460827	C	T	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=25;PP=909;SC=AAATAAATAGCAGTCTATTAA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=18253184;WS=18253166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	18253999	.	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=505;ReadPosRankSum=-1.299;SC=ATCATAGTTTCCCCGAGCATA;SOR=0.877;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=40;WE=18254007;WS=18253989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,65:0.40:163
chr11	18267027	rs2468844	C	T	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=57;PP=2061;SC=CTCCGCACCACGGCCTGTGAG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=125;WE=18267035;WS=18267017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	18267112	rs2445173	A	G	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.06;MQRankSum=-1.000;NF=19;NR=30;PP=770;ReadPosRankSum=1.480;SC=CCAGTGAGCAACAGCTCACCC;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=49;WE=18267120;WS=18267102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,88:0.51:174
chr11	18267135	rs56373142	C	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=60.08;MQRankSum=1.039;NF=15;NR=21;PP=449;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CCATTCTCCCCGTTCCAAGGG;SOR=0.563;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=36;WE=18267143;WS=18267125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,63:0.49:129
chr11	18267188	rs58546509	GA	G	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.26;MQRankSum=1.107;NF=1;NR=13;PP=431;ReadPosRankSum=-0.644;SC=AAGGAGGAGTGAAAACACTGA;SOR=0.576;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=14;WE=18267196;WS=18267178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr11	18267353	rs2445172	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQRankSum=-3.730;QD=17.24;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr11	18267356	rs2445171	A	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQRankSum=-4.020;QD=17.13;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr11	18267373	rs1671927	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.547;NF=30;NR=3;PP=625;ReadPosRankSum=4.768;SC=CTAACTTCTCCACAAGGAGCT;SOR=1.270;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=33;WE=18267381;WS=18267363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
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chr11	18267463	rs74872559	A	G	4146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=5.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQRankSum=-5.450;QD=19.02;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,109:0.50:218
chr11	18267471	rs1136766	A	G	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=5.140;NF=44;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=0.646;SC=TCACTTCTGCAGCCCAGGCAC;SOR=1.065;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=169;TCF=87;TCR=82;TR=95;WE=18267486;WS=18267453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,111:0.50:220
chr11	18267478	rs79620496	G	A	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=6.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.99;MQRankSum=-5.055;QD=18.92;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,109:0.50:219
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chr11	18267702	rs4757631	T	A	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.03;QD=23.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	18290636	rs145067473	A	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.315;NF=4;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CACAGGCTGAAAGCTTGAAGT;SOR=1.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=4;WE=18290644;WS=18290626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr11	18290737	rs145097411	T	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.07;MQRankSum=-2.268;QD=18.02;ReadPosRankSum=0.498;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr11	18290859	rs1136743	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.88;MQRankSum=-0.404;QD=37.59;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr11	18290874	rs1136747	T	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.77;QD=45.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	18290880	rs28720026	C	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.68;QD=43.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	18290902	rs34068567	TT	CC	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.09;QD=43.91;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	18290906	rs35474820	G	A	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.35;QD=43.87;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	18291321	rs12218	T	C	4435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.79;NF=53;NR=66;PP=1817;SC=ACTCGCTGGCTGATCAGGCTG;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=119;WE=18291329;WS=18291311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	18301605	rs11024601	T	C	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=558;SC=TTCTGTGCATTAAAAGACACA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=18301613;WS=18301595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	18303404	rs2271997	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=12;PP=600;SC=AGTGATGGGTCGGGACTAAAT;SOR=1.036;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=32;WE=18303412;WS=18303394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	18307045	rs77099432	T	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr11	18308088	.	C	CA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.008;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr11	18312953	rs4757638	G	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=340;SC=TTTTTAATACGAATTTCTATC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=18312961;WS=18312943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	18314359	rs76929453	G	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=360;ReadPosRankSum=-0.448;SC=TTCATACAAGGCCCATAAAAA;SOR=0.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=27;WE=18314367;WS=18314349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr11	18314579	rs10665418	C	CTT	1514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=684;SC=GGGATCAGAGCTTTTTTTGAG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=30;WE=18314587;WS=18314569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	18317458	rs2305564	T	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=2;PP=522;SC=TTCCTTTTTCTCATTTTCCAT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=18317466;WS=18317448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	18317699	rs2305565	C	T	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=34;PP=864;SC=AAAAAAGAAACAAAATCTAAT;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=18317707;WS=18317689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	18327684	rs1140047	G	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=549;SC=ATCGTTACCTGAGAGTAATCA;SOR=2.226;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=24;WE=18327692;WS=18327674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	18330385	rs35952141	G	GA	791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.29;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	18354877	rs4150561	T	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=384;SC=AAAAATCAACTATGTAGAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=18354885;WS=18354867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	18357180	rs4150579	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=5;PP=421;SC=AAGCATCAGTATTGGAATAGG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=18357188;WS=18357170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	18357270	rs4150581	A	G	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=18;PP=1147;SC=TGTGAGTGTCATCATCTAACT;SOR=1.253;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=18357278;WS=18357260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	18359983	rs111946613	ATGTT	A	568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=8;PP=989;SC=TATTATTATTATGTTTGTTTG;SOR=0.976;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=18359994;WS=18359973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	18379446	rs202243676	CA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr11	18379629	rs4150661	C	A	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=30;PP=946;SC=CTGCCTAAATCAGCTTTAAAA;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=18379637;WS=18379619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	18418428	rs371221146	A	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=409;ReadPosRankSum=-0.727;SC=ATAATCTTCTAAAGGAAGAAC;SOR=0.638;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=21;WE=18418436;WS=18418418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr11	18421237	rs4757652	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=0.566;SC=AAGCAATCCTCCTTCCACTTC;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=9;WE=18421245;WS=18421227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr11	18422113	rs5790035	C	CA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr11	18424451	rs5030621	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.320;NF=11;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=-0.201;SC=TTATTGGAAGCGGTTGCAATC;SOR=0.724;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=26;WE=18424459;WS=18424441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr11	18424487	rs4820	A	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.697;NF=12;NR=18;PP=405;ReadPosRankSum=-1.487;SC=TCCGTTACCTAATGGGGGAAA;SOR=0.819;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=30;WE=18424495;WS=18424477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr11	18424590	rs3758680	T	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=311;ReadPosRankSum=1.171;SC=TTTTTGTTTTTGAAAAGATTA;SOR=0.504;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=22;WE=18424598;WS=18424580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr11	18426354	rs139302031	C	CAAAAAAAAA	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr11	18426656	rs6486424	A	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr11	18426796	rs6486425	T	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=1.166;SC=GATTGTCATGTTTTTGCTGTT;SOR=0.844;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=15;WE=18426804;WS=18426786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr11	18428552	rs56345574	C	CA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr11	18428637	rs139850943	A	AT,ATTTT	1616.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,45,23:0.61,0.31:74
chr11	18434159	rs143848190	T	TC	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.336;NF=6;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTCTTTGGCTTCCCCCCATCC;SOR=1.270;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=8;WE=18434167;WS=18434151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr11	18434536	rs10766477	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=2.241;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr11	18456235	rs4757664	A	T	558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=387;SC=GAAAAAAAAAATTTTTTTAAG;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=18456243;WS=18456225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	18467821	rs2658565	T	C	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=30;PP=1239;SC=TGTGATGGATTTGGTAGGATC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=61;WE=18467829;WS=18467811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	18478058	.	C	T	97.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	18478112	rs3839960	C	CAG	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.730;NF=8;NR=1;PP=396;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TCCTTCCACACGGGCCCAGGA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=18478120;WS=18478102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr11	18487425	rs2658563	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=2.449;SC=TCATTACATGAGTATACTGTG;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=14;WE=18487433;WS=18487415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr11	18524208	rs2658552	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GGAAGTTAAGCTTGACATATG;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=18;WE=18524216;WS=18524198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr11	18531028	rs2292176	C	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=-1.065;SC=TATTTTTTTACAAAGGTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=18531036;WS=18531018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	18537800	rs7942548	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.524;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr11	18537801	rs7928872	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	18548574	rs1857908	T	C	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=49;PP=1138;SC=AGGGGCCTGGTGGGGTGGGTT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=78;WE=18548582;WS=18548564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	18557650	rs56104322	C	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr11	18586344	rs3832729	C	CAT	756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=620;ReadPosRankSum=1.509;SC=GGTTTTCCCACGACAAAATGA;SOR=0.676;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=15;WE=18586352;WS=18586334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr11	18591715	rs11445836	T	TA	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr11	18596966	rs35906676	G	GA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-2.257;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr11	18632984	rs10128711	T	C	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,98:0.49:199
chr11	18633971	rs11605097	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=363;ReadPosRankSum=0.973;SC=CATCATCATCGTCATCTTCCT;SOR=0.953;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=29;WE=18633979;WS=18633961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chr11	18720304	rs7946446	C	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=3;PP=267;SC=GACAGAACCCCGGCGCCGGGC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=18720312;WS=18720294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	18720635	rs117159257	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACTCGCGGCGCCCCTCCTCGC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=18720643;WS=18720625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	18722791	rs733460	A	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=229;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GGGCTGGGGGATAGAGGGTCC;SOR=0.612;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=17;WE=18722799;WS=18722781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr11	18728650	rs2289965	T	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=0.088;SC=TTCATGATGATGTAGTGAGCC;SOR=0.648;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=40;WE=18728658;WS=18728640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,62:0.40:156
chr11	18729819	rs78892734	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
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chr11	18732386	rs56412752	A	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=443;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CTGTGGGGGAAAGAGAGAGTG;SOR=0.476;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=32;WE=18732394;WS=18732376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,47:0.44:108
chr11	18732426	rs4237728	T	G	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	18733521	rs7128042	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGAGACAGCCAGAGAGATGT;SOR=0.197;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=18733529;WS=18733515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	18733579	rs10832972	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=232;ReadPosRankSum=-1.099;SC=GCTTAAGGTCTCCATGCTGAC;SOR=0.238;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=16;WE=18733587;WS=18733569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr11	18735321	rs10766493	A	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=-0.935;SC=CTGGCCTCCTACTCAGCCTGC;SOR=0.760;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=7;WE=18735329;WS=18735311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr11	18735396	rs10741752	G	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=357;ReadPosRankSum=1.144;SC=GCCCTGCCCTGACCCAGCACA;SOR=1.061;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=24;WE=18735404;WS=18735386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr11	18735753	rs7106673	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=759;ReadPosRankSum=-1.261;SC=CCCATGGGGCGGGGGAGAAGC;SOR=0.591;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=47;WE=18735761;WS=18735743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,74:0.54:138
chr11	18735947	rs7125943	T	C	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=39;PP=1469;ReadPosRankSum=-0.546;SC=ACAATCTGCATGCCTGGCAAG;SOR=0.510;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=190;TCF=122;TCR=68;TR=102;WE=18735955;WS=18735937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,138:0.53:259
chr11	18736247	rs4265581	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=440;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GGCTGGTAGCGATGGTCATGG;SOR=0.472;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=27;WE=18736255;WS=18736237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr11	18736942	rs3887900	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=376;ReadPosRankSum=1.298;SC=CAGGGTCAGGGGGATTGGTCA;SOR=0.362;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=25;WE=18736950;WS=18736932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr11	18737095	rs4424652	C	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,61:0.45:136
chr11	18738281	rs10766494	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=0.087;SC=TCACGGTCAACAGTGAGCTGG;SOR=0.606;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=14;WE=18738289;WS=18738271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr11	18738329	rs61886891	C	T	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=625;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GCAGAGAACTCGCCGCTGTCA;SOR=1.055;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=40;WE=18738337;WS=18738319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr11	18738575	rs61886892	A	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=697;ReadPosRankSum=0.704;SC=AGTGGTAGTCATTGGGCTGGT;SOR=0.458;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=43;WE=18738583;WS=18738565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr11	18738603	rs10766495	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=388;ReadPosRankSum=-1.789;SC=GAGGGGTGGAGTGGTGAAGAG;SOR=1.002;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=28;WE=18738611;WS=18738593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr11	18743180	rs10832975	C	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=868;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TGGGGTTTGGCGTTCCCCTGC;SOR=0.867;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=59;WE=18743188;WS=18743170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,94:0.49:193
chr11	18743396	rs66751057	T	TG	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.502;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=380;ReadPosRankSum=0.477;SC=GGACGGAGGGTGGGGGCACTC;SOR=1.919;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=10;WE=18743404;WS=18743386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr11	18750493	.	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,61:0.46:134
chr11	18751041	rs1550870	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=0.466;SC=GGATGTCCACCACACCCTCCT;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=15;WE=18751049;WS=18751031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr11	18754679	rs6483524	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=151;ReadPosRankSum=0.163;SC=CGGAGTGAACACCGCCGACCT;SOR=0.475;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=18754687;WS=18754669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr11	18763698	rs4757706	A	G	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=707;SC=GCTAAGCTATAAGGCCAGCTC;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=18763706;WS=18763688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	18764026	rs4757707	G	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=1.740;SC=GGTGGCTCTGGGGGTGTCCTC;SOR=0.916;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=19;WE=18764034;WS=18764016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr11	18764113	rs2278732	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=0.149;SC=TGTTCCTGGAGTGCCCATGGG;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=4;WE=18764121;WS=18764103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr11	18770822	rs921082	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=387;ReadPosRankSum=0.946;SC=GGGCTCCTCATGGACTCACCT;SOR=1.138;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=31;WE=18770830;WS=18770812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr11	18771041	rs2028897	G	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.81;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	18793360	rs4075664	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GCTGGTTTCATGGAAAAGGAA;SOR=1.765;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=13;WE=18793368;WS=18793352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr11	18885089	.	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=371;ReadPosRankSum=2.068;SC=AGGGCAGAGGCTCTTCCTCAT;SOR=0.807;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=29;WE=18885097;WS=18885079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr11	18955861	rs72890000	C	T	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.998;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,148:0.47:314
chr11	18956194	rs2014931	T	C	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=20;PP=1094;ReadPosRankSum=-1.557;SC=AGAGCACAACTGCGTTTCCTG;SOR=1.280;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=123;TCF=79;TCR=44;TR=69;WE=18956202;WS=18956184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,76:0.55:139
chr11	18978456	rs7106147	G	A	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=29;PP=1576;SC=GGGAAACGATGCACGTCAGCC;SOR=1.386;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=86;WE=18978464;WS=18978446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	18994005	rs7114481	T	C	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=34;PP=1239;SC=TGAGGCGGAATGTATAACGTG;SOR=0.736;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=73;WE=18994013;WS=18993995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	19167850	rs2271001	A	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=1.887;SC=GATCTTGTAAAGTAAGATGGG;SOR=0.768;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=34;WE=19167858;WS=19167840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr11	19186826	rs2042687	A	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-1.081;SC=GGGCCCATGCATCGTTATTAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=19186834;WS=19186816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	19188122	rs2242458	A	G	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	19191851	.	A	G	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=63;QD=16.2952020912;SC=GATCTGTGCCATACTTTCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=19191859;WS=19191841;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	19191943	.	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.083;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.262;HP=21;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=238;ReadPosRankSum=1.814;SC=TTTTTTTTTTTTGGTGAATTC;SOR=1.510;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=12;WE=19191951;WS=19191933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr11	19194141	rs7111850	T	C	218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=1;PP=210;SC=TTTTTCTTTGTCCCTTTTCAA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=19194149;WS=19194131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	19204410	.	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.213;SC=TTGATAGATTTATGCATAAGT;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=6;WE=19204418;WS=19204400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr11	19208042	rs45560438	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CTTTCTCATAGCGTTGTTGAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=19208050;WS=19208032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	19252427	rs793252	G	T	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=26;PP=709;SC=TGGCTCAGTTGGCTTTTGGGA;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=19252435;WS=19252417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	19256250	rs793269	C	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=10;PP=536;SC=AGACAGAGGACAAATGCCATG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=19256258;WS=19256240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	19263370	.	CT	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr11	19372616	rs10655705	G	GGA	2842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=1257;SC=TTATGGTGCTGATTGCTAAGT;SOR=1.214;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=19372624;WS=19372606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	19735987	rs2278132	A	G	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=548;ReadPosRankSum=-0.380;SC=AGAAAAGGGGATCGCGGGTGG;SOR=0.625;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=37;WE=19735995;WS=19735977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr11	19955500	rs1372989	A	G	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=61;PP=2643;SC=CAGGAATGAAAAGCATGCCCG;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=127;WE=19955508;WS=19955490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	19961457	rs11423145	C	CT	287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.548;NF=0;NR=13;PP=207;ReadPosRankSum=-0.717;SC=AACTTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=19961465;WS=19961447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr11	19970558	rs2585773	T	C	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=54;PP=1412;SC=TCAGCATGGATGCCCCCGGCT;SOR=1.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=76;WE=19970566;WS=19970548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	19970579	rs2707084	C	T	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=43;PP=1183;SC=ACATGAGCGACGGGGATGTTC;SOR=1.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=19970587;WS=19970569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	20005845	rs35295670	GC	G	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=123;ReadPosRankSum=1.966;SC=TCCCAGGGGGGCCCTGAGAAA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=5;WE=20005853;WS=20005835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr11	20005870	rs2568116	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-1.732;SC=GGTTATGATATTGGGAGAGTG;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=20005878;WS=20005860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	20057371	rs6483634	T	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=14;PP=770;SC=CACATCTGAGTCAAGAGAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=20057379;WS=20057361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	20065542	.	C	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.472;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=135;ReadPosRankSum=1.063;SC=TGCTGAGAAGCACTCACAGGT;SOR=0.426;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=15;WE=20065550;WS=20065532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr11	20065779	rs3802800	C	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=34;PP=1075;SC=AAGGACGAAGCCTTCAGCCCC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=20065787;WS=20065769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	20067064	rs7125647	C	T	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,115:0.47:246
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chr11	20089792	rs1442711	G	C	2706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,138:0.46:301
chr11	20089944	rs1442710	T	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=327;ReadPosRankSum=-0.429;SC=TGACAGCAAATGTAAGTACAG;SOR=0.500;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=32;WE=20089952;WS=20089934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr11	20089978	rs1442709	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=228;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GCATCGGGACAGGAAGCACCA;SOR=1.251;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=13;WE=20089986;WS=20089968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr11	20099112	rs4757028	A	T	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr11	20099399	rs6483641	G	T	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=189;SC=TTATGTGTTTGTTCATGCCTG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=20099407;WS=20099391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	20099449	rs12146551	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=565;SC=ACTTCATTCCCGCTCCTCCTG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=20099457;WS=20099439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	20099541	rs6483642	C	T	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=30;PP=1199;SC=TTCCCTAGGACTCAGAACTGA;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=72;WE=20099549;WS=20099531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	20099767	rs7121301	A	C	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.15;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	20101704	rs1867114	C	T	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=20;PP=837;SC=GCCACTCCAGCGTGGGCAGCA;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=20101712;WS=20101694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	20101744	rs1867115	C	A	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	20101924	rs1867116	T	G	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=155;SC=AAATCAATATTGTACTCAGCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=20101932;WS=20101914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	20104669	rs2028570	G	A	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=18;PP=663;SC=CAAAGTTACCGCACAATGGGT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=20104677;WS=20104659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	20112492	rs1837971	G	A	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=23;PP=866;SC=TGAAGCTGACGGATATCCGCT;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=39;WE=20112500;WS=20112482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	20117232	rs2289566	T	C	4729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=43;PP=1667;SC=CCAGACCACATCTCTTTCTTA;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=91;WE=20117240;WS=20117222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	20119298	rs2289564	G	T	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=15;PP=500;SC=AAAGGTAATTGAGCTTGTTGC;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=20119320;WS=20119288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	20119312	rs2289563	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=413;SC=TTGTTGCAGAAGTCGGAGCTT;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=20119320;WS=20119288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	20119407	rs2289562	G	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=105;SC=TGGGCTGCTTGTCTCCCTTCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=20119415;WS=20119397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	20122392	rs2245314	C	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=4;PP=610;SC=GGAGAGGAATCACCTCAGGTC;SOR=3.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=20122400;WS=20122382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	20124914	rs2243411	A	C	5389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	20127046	rs11025385	C	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=7;PP=402;SC=TCACCATCATCAGCTTGAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=20127054;WS=20127036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	20129075	rs4757890	G	A	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=209;SC=GTATACCTGCGTTCAGGCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=20129083;WS=20129072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	20129311	rs35891966	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=268;ReadPosRankSum=-0.153;SC=CCTGGAAGCCGTCAGAGAAGG;SOR=0.334;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=19;WE=20129319;WS=20129301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr11	20178551	rs10717537	CG	C	955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.11;SOR=3.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	20385228	rs3808991	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=3;PP=165;SC=GGAGTTCGTCTCCAGGTCCCG;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=20385236;WS=20385218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	20385606	rs10437608	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	20398034	rs10741834	T	C	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=15;PP=926;SC=TCCATCCTTCTAGGCCTCCCA;SOR=1.078;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=47;WE=20398042;WS=20398024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	20403825	rs7926967	A	T	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	20403904	rs10766664	G	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=145;SC=ACATTGGCTAGAGGTAGATTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=20403912;WS=20403894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	20404502	rs201853886	CT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr11	20404506	rs2403587	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr11	20404507	.	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr11	20404613	rs3824886	T	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=10;PP=802;SC=CTTGGGCCAGTGGGCATTCTG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=20404621;WS=20404603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	20404757	rs3781679	T	C	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=43;PP=1549;SC=CATGACCACATTGGAGAAATG;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=20404765;WS=20404747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	20411199	rs56308542	TAAAA	T	1170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=6;PP=313;SC=CCAGCAGAGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.893;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=17;WE=20411211;WS=20411189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	20411418	rs7937501	G	C	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.35;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	20411424	rs7937204	A	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	20419028	rs7934372	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=4;PP=712;SC=CATCACACTGTACTCCCTCCC;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=20419036;WS=20419018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	20419269	.	T	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=-0.316;SC=ATGCTAAAGGTTAGAAAAGAA;SOR=0.406;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=34;WE=20419277;WS=20419259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr11	20424326	rs10833319	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=457;SC=TTTCTTAGGAAAAAAATAAGC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=20424334;WS=20424316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	20429454	rs10741836	T	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=18;PP=867;SC=TTAATTACCCTAGGTAGTTTT;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=45;WE=20429462;WS=20429444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	20448531	rs12797994	G	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=96;SC=TATTTTTTAAGTAGCTACATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=20448539;WS=20448521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	20473655	rs1001669	T	G	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=3;PP=136;SC=TAAACTCTTTTTTTCCCCTTT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=20473663;WS=20473645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	20483748	rs3758803	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.23;MQRankSum=1.001;NF=6;NR=16;PP=404;ReadPosRankSum=0.776;SC=TTTATAATGGTATTGCTATTT;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=22;WE=20483756;WS=20483738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr11	20515555	rs6483697	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=424;SC=TAATTATTACGGAAGTACATT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=20515563;WS=20515545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	20529886	rs6483700	G	A	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=26;PP=1389;SC=GTTCACAAGAGTAAGAAAGAT;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=20529894;WS=20529876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	20623156	rs1443549	C	G	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=55;PP=1727;SC=GTGGTGCTGGCCACGGATGGA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=20623164;WS=20623146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	20639400	rs7925597	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.84;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr11	20648364	rs3740870	G	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.120;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr11	20648380	rs1805091	G	A	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=31;PP=933;SC=GAAACTCACGGATGCCACGGT;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=20648388;WS=20648370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	20648418	rs4923548	C	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=21;PP=562;SC=TATAACCAGCCCTGGGGGAGT;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=20648426;WS=20648408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	20649448	rs2276429	G	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=131;SC=ACATGATATGGCACTGGGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=20649456;WS=20649438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	20658082	.	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=0.225;SC=GAATGTTTCTCCCGAGAGATC;SOR=1.038;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=20658090;WS=20658072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	20673717	.	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.570;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=0.072;SC=ACTACTCTTTCGTGGGTATAG;SOR=0.010;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=20673725;WS=20673707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr11	20673867	rs2276433	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr11	20676253	rs2276432	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=0.166;SC=TTTGGCTTCTTTGCAGAGGCT;SOR=0.423;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=8;WE=20676261;WS=20676243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr11	20696028	.	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.601;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr11	20699394	rs1793003	C	G	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=15;PP=813;SC=TCCTTGTATTCCCTGCCACTC;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=20699402;WS=20699384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	20805335	rs2280363	C	T	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=50;PP=1892;SC=AGAAGCCATCCACTTCAGGAG;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=112;WE=20805343;WS=20805325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	20869360	.	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=245;ReadPosRankSum=1.477;SC=TGGAAAAGGGGAAAAAATATC;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=14;WE=20869368;WS=20869350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr11	20949115	rs2293241	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=20;PP=515;SC=TACCTAGCACCCACTAGCCAT;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=20949123;WS=20949105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	20949763	rs4363596	C	T	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=169;SC=TCATTCGGGCCGGAGAAAACA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=20949771;WS=20949753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	20959185	rs1880088	A	T	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.08;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	20959185	.	ATTC	TTTC,TTTT	109	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=11,7;NR=3,1;PP=20,109;QD=3.91222946766;SC=CCTCCACACAATTCCTTTCAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14,8;WE=20959196;WS=20959177;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.93:15
chr11	20959188	.	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-1.292;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr11	20959429	rs1880087	T	C	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=34;PP=1135;SC=TTATGGTCCCTATCACTTCTG;SOR=0.982;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=20959437;WS=20959419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	20959482	rs1880086	G	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=20;PP=550;SC=TGAGGTTCTTGAGTGGGGCAT;SOR=1.347;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=29;WE=20959490;WS=20959472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	20959533	rs1880085	G	A	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=357;SC=ACTCTCTGCGGTGGGTTGGAT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=20959541;WS=20959523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	21305927	rs4151053	T	C	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=48;PP=1504;SC=CAAGTCTTTGTGCATTGCTGA;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=94;WE=21305935;WS=21305917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	21306113	rs4151054	A	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=0.341;SC=CAATGCAGTGAGTATCCCAGC;SOR=0.481;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=11;WE=21306121;WS=21306103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr11	21581665	rs7119475	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=243;ReadPosRankSum=1.299;SC=AATGCTACTGCAAATGATGGT;SOR=1.165;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=16;WE=21581673;WS=21581655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr11	21581724	rs200697661	C	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr11	21596675	.	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GTTTTTTTAACCACAGATAAT;SOR=0.743;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=9;WE=21596683;WS=21596665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr11	22214877	rs139514865	A	AAGGAGGAGGGGAATGAGGAGGAGG	2652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=5;NR=7;PP=312;SC=GGAGGAGGAGAAGGAGGCCTG;SOR=1.547;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=12;WE=22214885;WS=22214867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	22214903	rs12792259	G	C	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=22;PP=964;SC=GGAAGAGCAGGCCCTTAGAAG;SOR=0.956;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=22214911;WS=22214893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	22233029	rs4922980	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=456;SC=TTAGGTGGGGGGAAAACACAT;SOR=3.500;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=22233037;WS=22233019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	22239661	.	T	TCTCACACACACACACACA	230.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.16;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	22242729	rs4312063	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=16;PP=412;SC=ACGTTGATGATGTAAAGAAAG;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=22242737;WS=22242719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	22271870	rs7481951	A	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr11	22281175	.	C	T	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=897;ReadPosRankSum=0.288;SC=AGGTCAAAAGCTTCCTTACTC;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=74;WE=22281183;WS=22281165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,111:0.43:256
chr11	22301359	.	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.455;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr11	22301410	rs67178076	CTT	C	93.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=15.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	22363396	rs1562447	T	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=745;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CATCTCCTGTTTGAGCCCCGT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=52;WE=22363404;WS=22363386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr11	22364744	rs2246710	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=470;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TGAGCCTTTGGTACTGACTCT;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=37;WE=22364752;WS=22364734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,54:0.50:107
chr11	22391534	rs2665677	G	A	177.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.70;ReadPosRankSum=1.221;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr11	22396204	.	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=1.004;SC=TTCCTTTGTCCATAAAGATGT;SOR=0.560;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=14;WE=22396212;WS=22396194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr11	22397739	rs2248436	A	C	186.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=3.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=0.469;SC=TCATATATATATTCTATATGT;SOR=2.584;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=22397747;WS=22397729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr11	22398830	rs1374718	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CATAATCAGGATATGGATTTT;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=22398838;WS=22398820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	22647366	rs3740615	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr11	22696451	rs922571	A	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=387;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TACGCAGTGGACCTGGCCTCT;SOR=0.893;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=33;WE=22696459;WS=22696441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr11	22747745	rs337448	A	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=170;SC=GGCATGAGGTAATTCCGAAGC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=22747753;WS=22747735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	22851409	rs2286810	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=-1.247;SC=ACCGCCCTCCACTGGCTCGGC;SOR=0.123;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=14;WE=22851417;WS=22851399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr11	22868937	rs2302423	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr11	22880918	rs3213707	T	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=0.535;SC=TTCTATTATGTTAGGGACCAC;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=22880926;WS=22880908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr11	22881002	rs3213706	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CATTACCTGCCGCTCAGTGAC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=9;WE=22881010;WS=22880992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr11	24750842	rs7128434	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=422;ReadPosRankSum=1.239;SC=GGTGAGATGAGAACTCATTTT;SOR=0.502;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=35;WE=24750850;WS=24750832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr11	24784862	rs2716532	A	T	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=1;PP=49;SC=GAGGTAAGATATATTTCATCT;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=24784870;WS=24784852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	24936173	.	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=0.628;SC=TTATTTTCTGGAATTTCTCAT;SOR=1.314;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=11;WE=24936181;WS=24936163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr11	24998335	.	A	G	165	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=10;PP=165;QD=16.6476010456;SC=TGCTGTGTATATAAGATAGTT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=12;WE=24998343;WS=24998325;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr11	25098938	rs7930185	G	C	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=807;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TGCAGAAACCGAGCCTATCCC;SOR=0.753;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=132;TCF=65;TCR=67;TR=59;WE=25098946;WS=25098928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,101:0.45:226
chr11	25099056	rs11028403	A	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=264;ReadPosRankSum=4.466;SC=TTATTTATTTATTTTTTTGAG;SOR=0.963;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=13;WE=25099064;WS=25099045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr11	25100071	rs12420723	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=276;ReadPosRankSum=-0.813;SC=TTTGATTCTTCGAATTGTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=23;WE=25100079;WS=25100061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr11	25100229	rs10500994	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=123;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TGTTAAAAACGTCCATTTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=12;WE=25100237;WS=25100219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr11	26463504	.	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=190;ReadPosRankSum=-1.211;SC=AAAGAAACTTCGTTAAAACCG;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=16;WE=26463512;WS=26463494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr11	26465500	rs4032918	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=-0.835;SC=GGTTTTTAACGTAATAGGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=10;WE=26465508;WS=26465490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr11	26481497	rs12277506	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr11	26481611	rs2047099	G	A	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=37;PP=1311;SC=TTAGAGATCAGATTTCAACAT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=26481619;WS=26481601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	26547348	rs430563	G	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	26547353	rs410617	T	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	26552679	rs9988806	T	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=4;PP=580;SC=AGTACTTAAGTGAATTGTAGT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=26552687;WS=26552669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	26552696	rs2131696	T	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	26552702	rs293937	T	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	26558841	rs386635	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=286;SC=GAAGTCATTTGGGTTATCTTA;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=26558849;WS=26558831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	26559172	rs396863	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=585;SC=CTGTGCACTGGCTCCTCTGCC;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=26559180;WS=26559162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	26563464	rs410036	A	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=9;PP=340;SC=AAAAAATAGAACCAAATGTAT;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=26563472;WS=26563454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	26563652	rs420143	T	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=14;PP=412;SC=AGCAAAGTATTCTGTTTTGTG;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=26563660;WS=26563642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	26568966	rs2663168	A	G	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	26569198	.	A	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=-1.105;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.105;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	26574740	rs395770	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=643;SC=AAGTGAATTCTTAGTCACAGT;SOR=2.066;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30;WE=26574748;WS=26574730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	26574782	rs59938249	TG	T	636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.469;HP=4;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=363;ReadPosRankSum=0.745;SC=TTTTTGTTTTTGTTTTTTCTC;SOR=0.359;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=25;WE=26574791;WS=26574767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr11	26581382	.	TACAC	T	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.12;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	26584625	rs444178	C	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.533;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=514;ReadPosRankSum=0.072;SC=TTAATTAAAACCACTGTGCCC;SOR=0.262;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=31;WE=26584633;WS=26584615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr11	26586801	rs15783	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,44:0.41:107
chr11	26587133	rs293980	T	C	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=606;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GCTCTGCTGATGAGTTACTGG;SOR=0.868;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=55;WE=26587141;WS=26587123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,87:0.49:177
chr11	26588804	rs293976	C	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.948;HP=8;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=363;ReadPosRankSum=-0.157;SC=ACTTTTTTTTCCTCAAGCAAT;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=26588812;WS=26588785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr11	26619872	rs7112022	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=0.606;SC=AGCAATATGATGTGATTTGGG;SOR=1.565;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=14;WE=26619880;WS=26619862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr11	26620101	rs10835009	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=-0.085;SC=ATTAGATTTTTCCCTTGATCT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=15;WE=26620109;WS=26620091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr11	26645894	rs1012552	A	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=153;SC=TTCTATTTAAAGTAAAATGTA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=26645902;WS=26645884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	26655624	rs7929611	T	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.62;MQRankSum=3.357;QD=22.40;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr11	26655641	rs71047869	A	AT	272.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.84;MQRankSum=4.407;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.689;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr11	26655642	rs79764198	A	T	916.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.82;MQRankSum=4.322;QD=20.83;ReadPosRankSum=2.386;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr11	26655658	rs7943086	G	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=6;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.547;NF=22;NR=10;PP=515;ReadPosRankSum=0.051;SC=AAATTAAAAAGACAAACTTGA;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=32;WE=26655666;WS=26655648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr11	26656370	rs7933233	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-1.981;SC=TCTTGACCCATTAGTTCACGC;SOR=0.495;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=9;WE=26656378;WS=26656360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr11	26656563	rs7946841	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,49:0.44:112
chr11	26656714	rs10835033	C	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=-1.707;SC=GTTCAGGGAACTTTATGGATA;SOR=0.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=26656722;WS=26656704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr11	26663284	rs10835039	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=331;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TTCAAAATGTTTTTTTAACTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=26663312;WS=26663283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	26663298	rs11603910	T	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.651;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr11	26663304	rs57264690	A	T	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	26663394	rs10835040	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=305;ReadPosRankSum=0.651;SC=ATTGTTAACCAGATGCTTGAA;SOR=0.624;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=25;WE=26663402;WS=26663384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr11	26677867	rs10835050	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=405;ReadPosRankSum=0.065;SC=CAAGAAAATTTGGGCCTCCAC;SOR=1.040;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=31;WE=26677875;WS=26677857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr11	26677947	rs10835051	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=309;ReadPosRankSum=-0.603;SC=GAGGCCCGCCCTGGAGTTCCA;SOR=0.745;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=23;WE=26677955;WS=26677937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr11	26692594	rs149763956	TTG	T	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=0.593;SC=TATGTGGAGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.593;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=4;WE=26692603;WS=26692584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr11	26694812	rs4278475	C	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=6;PP=899;SC=AACTCTGAAGCTGAAACTCAA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=26694820;WS=26694802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	26694842	rs4551716	C	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=17;PP=1297;SC=AGTTCTCACACTCACTGCTTT;SOR=1.931;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=67;WE=26694850;WS=26694832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	26694903	rs4347341	C	T	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=1038;ReadPosRankSum=0.141;SC=AACCAGGAATCCCTTTGAGTC;SOR=0.953;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=67;WE=26694911;WS=26694893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,93:0.50:185
chr11	26694979	rs4369354	A	G	5848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=85;PP=2552;SC=GCTGAACTCCACACCAGCATA;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=142;WE=26694987;WS=26694969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	26700099	rs12793773	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=964;ReadPosRankSum=0.758;SC=AATAATGAAGGGTGCCTTTGT;SOR=1.002;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=25;WE=26700120;WS=26700089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr11	26700112	rs12793784	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr11	26700335	rs373160427	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GGTAGGAGATCGAGTACCAGG;SOR=0.673;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=25;WE=26700343;WS=26700325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr11	26702482	rs10767569	T	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=2.002;SC=GGTACTTCCCTGAGTGAGTCT;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=26702490;WS=26702472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr11	26702664	rs10734383	C	T	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=560;SC=GGTCTGTTGACAGAGGCAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=33;WE=26702672;WS=26702654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	26705310	rs3924551	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TTACCTTCCAATTCACAAAAG;SOR=0.859;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=9;WE=26705318;WS=26705300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr11	26732923	rs4322349	A	G	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=450;ReadPosRankSum=-1.779;SC=AGAAACAAGAATCAGATTGGC;SOR=0.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=38;WE=26732931;WS=26732913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,73:0.57:128
chr11	26733085	rs12576268	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr11	26734209	rs10742156	C	T	6120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=82;PP=2619;SC=TGTAGATGACCGTGGCAGCAT;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=144;WE=26734217;WS=26734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	27077118	rs10767598	C	T	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=25;PP=890;SC=ACCTGGATTCCGCAAAAGCAC;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=27077126;WS=27077108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	27078611	rs71771762	T	TAAAAA	77.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	27078643	.	C	CATA	244	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6;NR=2;PP=244;QD=34.125;SC=TTAAGCAAAGCATAATTGGAT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=27078651;WS=27078633;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,8:0.42:19
chr11	27114658	.	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=267;ReadPosRankSum=0.267;SC=CTGAGGTTATCGTCTTATGTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=14;WE=27114666;WS=27114648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr11	27114788	rs3183973	C	T	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=926;ReadPosRankSum=-0.335;SC=ATGATGAACACGCATACAAGT;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=75;WE=27114796;WS=27114778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,116:0.49:237
chr11	27147270	rs1044273	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr11	27148975	.	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=0.063;SC=CGTATCTTAAGGCAGAGGGTG;SOR=0.843;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=16;WE=27148983;WS=27148965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr11	27379127	rs3741407	C	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=14;PP=406;SC=GTACAAGAACCTCTTTTGCTT;SOR=0.880;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=25;WE=27379135;WS=27379117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	27390089	rs2447997	T	C	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=42;PP=1696;SC=TGCAGTATAGTTTAGTGTAGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=85;WE=27390097;WS=27390079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	27393813	rs2448001	G	A	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	27395377	rs2448003	G	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	27401743	rs2472623	A	T	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=745;ReadPosRankSum=-0.554;SC=CATTGTCACTAAAAGACCCTG;SOR=0.484;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=38;WE=27401751;WS=27401733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr11	27401927	rs2448005	T	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	27401940	rs2472622	T	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=489;SC=TCATATTTTATGTTTTAAACA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=27401948;WS=27401917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	27402189	.	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=-1.301;SC=ATACTTACAGGGAATGAAGAT;SOR=0.766;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=5;WE=27402197;WS=27402179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr11	27406844	rs6484295	G	A	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=21;PP=964;SC=AGTCAGGGATGCTTGAGATCT;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=27406852;WS=27406834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	27412535	rs12273521	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=8;PP=577;SC=CTGTTTTTATCTCAGATGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=27412543;WS=27412525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	27412782	rs61648905	CTT	C	357.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;MQRankSum=0.530;QD=19.88;ReadPosRankSum=0.774;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr11	27413855	rs1871251	T	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=4;PP=381;SC=CTCTGGCCTCTCATACTACTC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=27413863;WS=27413845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	27523164	rs151336878	T	TGAAGTTAAAATTTCAGGC	688.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.151;NF=3;NR=8;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.884;SC=GAGTTCTCTGTGAAGTTAAAA;SOR=0.425;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=11;WE=27523172;WS=27523154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr11	27523186	rs10835188	G	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.12;MQRankSum=3.913;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr11	27679662	rs2353512	T	C	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=47;PP=1919;SC=TTTTGTCTGCTGCCGTTACCC;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=103;WE=27679670;WS=27679640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	27679916	rs6265	C	T	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=563;ReadPosRankSum=0.331;SC=TCTTCTATCACGTGTTCGAAA;SOR=0.694;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=66;TCR=68;TR=52;WE=27679924;WS=27679906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,88:0.42:211
chr11	27681596	rs11030102	C	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=339;ReadPosRankSum=0.377;SC=GAGGCATGGACTTACAAAAAG;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=26;WE=27681604;WS=27681586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr11	27681967	.	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-1.021;SC=CCGCTAACAACTAAATCTTTG;SOR=1.802;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=27681975;WS=27681957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	27722431	.	C	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=598;ReadPosRankSum=1.095;SC=GGTCTCGCTCCCCTAGCTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=32;WE=27722439;WS=27722421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr11	27910923	rs6484341	T	A	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.171;NF=75;NR=35;PP=2155;ReadPosRankSum=1.715;SC=CTTTTCTTCATCCTCTGGAAG;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=110;WE=27910931;WS=27910913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr11	28045260	rs33937991	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr11	28045430	rs34088899	AT	A	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.494;SC=TTAGTTAAGCATTTTTTTTAT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=28045438;WS=28045420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	28057957	rs10458896	T	C	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=400;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TTTGAGCTGATAGCCTGAAAA;SOR=0.707;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=29;WE=28057965;WS=28057947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr11	28104605	rs7937778	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=0.498;SC=CTGAATTAACCAGATTTTAAT;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=10;WE=28104613;WS=28104595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr11	28106058	rs997555	C	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=199;ReadPosRankSum=-0.272;SC=AAAGACCCTTCTAACCCTCAG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=10;WE=28106066;WS=28106048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr11	30033191	rs3802914	G	A	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=587;ReadPosRankSum=2.353;SC=CACCATGCCCGCCAGCACTCA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=45;WE=30033199;WS=30033181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,64:0.55:116
chr11	30033257	.	G	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr11	30253318	rs611246	A	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=-0.127;SC=AGGAAAAAAAACTTTTGAAGC;SOR=0.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=30253326;WS=30253308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr11	30253641	rs609896	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=-0.617;SC=AGCAAGGGTGTTGAAGGTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=12;WE=30253649;WS=30253631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr11	30255185	rs6169	C	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=0.776;SC=AACTGGTATACGAAACAGTGA;SOR=0.792;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=29;WE=30255193;WS=30255175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr11	30352473	rs35824273	C	CAG	979.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=415;ReadPosRankSum=-0.912;SC=CAAAATAAAACGGAAAATTTG;SOR=0.476;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=11;WE=30352481;WS=30352463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr11	30358033	.	CT	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr11	30435599	rs10767842	G	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=380;SC=CAAGAGAGAAGGTCCATATAA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=30435607;WS=30435590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	30438958	.	C	CTT	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	30601733	rs66528013	CT	C	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=185;ReadPosRankSum=2.215;SC=GAATGCTTTTCTTTTTTTTCT;SOR=0.995;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=13;WE=30601741;WS=30601723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr11	30902893	rs273613	T	C	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=33;PP=780;SC=GAATACGGAATGGCACAATAT;SOR=1.162;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=52;WE=30902901;WS=30902883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	30902986	.	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=1.243;SC=GTTAGACATTCGTATAGAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=14;WE=30902994;WS=30902976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr11	30922081	rs273560	C	T	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=637;SC=CATTGTTCAACGAATAATGAA;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=30922089;WS=30922071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	30930393	rs175398	T	G	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=153;SC=TCAACTTGTATGAACATAAAG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=30930401;WS=30930383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	30936971	.	G	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=1.611;SC=CTCAGATATAGTTCATCTTGT;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=30936979;WS=30936961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	30953283	rs145775177	AGT	A	802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=556;ReadPosRankSum=-0.205;SC=CAAACTAGAAAGTGTATTTAA;SOR=0.838;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=13;WE=30953292;WS=30953273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr11	30953608	rs163877	A	G	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=140;SC=CATTCATTCAACAAAAATGTA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=30953616;WS=30953598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	30965855	rs273605	A	T	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=31;PP=1004;SC=TTAGGAACCAAGTCTATCTCC;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=30965863;WS=30965845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	30974203	rs10767883	T	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=133;SC=GTACTTACTATACACTAGGCA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=30974211;WS=30974193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	31149106	.	C	T	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=465;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CCTGCTCAGCCTGTAATTGGG;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=37;WE=31149114;WS=31149096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,63:0.38:165
chr11	31159304	.	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=2.051;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr11	31159352	.	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr11	31326332	rs3847588	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr11	31326420	rs2616821	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=191;ReadPosRankSum=0.644;SC=TAGCACTAGATACCAAACTCT;SOR=0.991;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=12;WE=31326428;WS=31326410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr11	31327316	rs2616815	C	T	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	31327766	rs2761592	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=153;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GAAAACTTTGGAACACTAGTT;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=13;WE=31327774;WS=31327756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr11	31458730	rs7479413	T	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=253;SC=TCAGGTTTCATATATTTAGAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=31458738;WS=31458720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	31648529	rs2273943	G	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=106;SC=ATATAATACTGTTTTGACATT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=31648537;WS=31648519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	31653956	rs4922872	C	A	3658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=55;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GATCCAGGTACGAAATTTCCA;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=86;WE=31653964;WS=31653946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,147:0.98:150
chr11	31812582	rs2071754	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.772;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr11	31814879	rs3026384	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=536;ReadPosRankSum=-0.461;SC=ACTGTAGTGCGAAAAGCTCTC;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=39;WE=31814887;WS=31814869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr11	31815214	.	T	G	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=3.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr11	31815362	rs667773	G	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=393;ReadPosRankSum=-2.797;SC=TGGAAATCAGGTGGGACAGGT;SOR=1.283;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=27;WE=31815370;WS=31815352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr11	31838171	.	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.088;NF=7;NR=9;PP=206;ReadPosRankSum=-1.157;SC=CCCGCGGAGGAGAGGATCCCG;SOR=0.330;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=16;WE=31838179;WS=31838161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr11	31838252	rs5790869	C	CG	398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=268;SC=GAGCAGGGGGCGCCACCGCTC;SOR=1.445;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=31838260;WS=31838242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	32113057	rs223045	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=0.025;SC=CGCCTGGGCGAGAGCCACGCG;SOR=0.535;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=16;WE=32113065;WS=32113047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr11	32118665	.	CTTT	C	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,30:0.30:101
chr11	32118925	rs223073	A	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=25;PP=740;SC=GGGGGCCCAGATCACAAGCTT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=32118933;WS=32118915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	32122003	rs2281411	C	A	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=557;ReadPosRankSum=-0.283;SC=AGCATTCAGCCGTAAAAGCTG;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=41;WE=32122011;WS=32121993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,72:0.55:131
chr11	32122020	rs2073223	T	G	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,78:0.54:144
chr11	32122268	rs223065	C	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=0.200;SC=CAAGTCTATACGTCACTCCTG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=11;WE=32122276;WS=32122258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr11	32124685	rs223059	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,90:0.45:201
chr11	32124978	rs4876	T	C	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.778;NF=33;NR=27;PP=730;ReadPosRankSum=1.532;SC=ATTATGATCATGCACAGGCTG;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=60;WE=32124986;WS=32124968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr11	32125855	rs223058	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.525;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr11	32125961	rs11529889	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.344;NF=2;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.697;SC=ACATGTTTGTCGGAAGCCAAG;SOR=1.270;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=7;WE=32125969;WS=32125951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	32452001	rs72267419	GGAGA	G	380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=31.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	32610467	rs11031885	G	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=1.019;SC=GTTGTTAACGGTACCTGCCAC;SOR=0.495;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=10;WE=32610475;WS=32610457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr11	32615352	rs66536432	A	AT	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.430;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=431;ReadPosRankSum=0.767;SC=TCTTAAAAATATTTTAAATGA;SOR=1.664;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=14;WE=32615360;WS=32615342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr11	32657197	rs61889415	T	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr11	32657266	rs201854	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=137;ReadPosRankSum=0.218;SC=CTTCCTCAAATGTTTTTTGAT;SOR=0.848;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=16;WE=32657274;WS=32657256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr11	32657447	.	C	T	55.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=1.150;SC=GAAAATATTTCATTAACAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=32657455;WS=32657437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	32697291	rs7116464	A	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=185;SC=TGCAATATATATGTTATTTAA;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=32697299;WS=32697281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	32704946	rs1396995	C	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=128;SC=TATCCCCTTTCATATTACTGG;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=32704954;WS=32704936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	32722320	rs11031943	A	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	32724611	rs4756174	C	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.771;SC=ATTTTGTGTTCCTGGAATGCA;SOR=1.675;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=5;WE=32724619;WS=32724601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	32852167	rs61889489	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=217;ReadPosRankSum=0.273;SC=TCTAAGCATGCGGGAGAAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=17;WE=32852175;WS=32852157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr11	32949463	rs146740108	A	AT	352.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.516;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr11	32954344	rs1022586	G	A	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=58;PP=1956;SC=ATCTCAGACTGTAACTCCTGA;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=95;WE=32954352;WS=32954334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	32954757	.	A	T	3885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=55;PP=1708;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TCCAGTCATCATCTTTTGCAT;SOR=0.683;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=239;TCF=120;TCR=119;TR=115;WE=32954765;WS=32954747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,187:0.53:355
chr11	32956244	rs7940077	A	G	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=43;PP=1771;SC=AGTGGAGAGAATGCTACATCA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=92;WE=32956252;WS=32956234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	32956620	rs7481878	A	G	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=66;PP=2507;SC=AAAAACAACCAGAAGTCAAAA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=72;TCR=66;TR=138;WE=32956628;WS=32956610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	32975333	rs7395190	T	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=8;PP=708;SC=TTAAACTGTTTTGAGTTTTAC;SOR=2.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=34;WE=32975341;WS=32975323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	32990842	rs6416072	G	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TAGTTTGTCTGCTTAGTGTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=32990850;WS=32990832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	33014668	rs7941237	G	A	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=262;SC=TCACAGACTGGGTAGCTTATA;SOR=1.863;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=15;WE=33014676;WS=33014658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	33049341	rs34161108	G	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,78:0.43:180
chr11	33050066	.	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	33050100	rs3802790	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TGGTGAGCATATAGTAACTAT;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=8;WE=33050108;WS=33050090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	33053107	rs966191	C	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=364;ReadPosRankSum=-1.360;SC=ACTTATCTGACGTTCATAATG;SOR=0.332;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=29;WE=33053115;WS=33053097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr11	33054562	rs2273536	G	A	186.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CAAATTTCAGGTGTTTTTTGA;SOR=2.093;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=33054570;WS=33054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr11	33054596	rs2273537	G	A	122.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr11	33054754	rs2273539	C	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=0.751;SC=GATTTTTCTGCTTAAATATGA;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=33054762;WS=33054744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	33054794	rs2273540	T	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=110;ReadPosRankSum=-1.419;SC=AACTTTTTACTTTTAAACTTT;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=11;WE=33054802;WS=33054784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr11	33065394	rs1064005	C	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=460;ReadPosRankSum=0.385;SC=AGGAAGGCCTCGAAGATGCTG;SOR=0.740;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=37;WE=33065402;WS=33065384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,66:0.45:148
chr11	33065547	rs7926030	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=571;ReadPosRankSum=0.384;SC=GTTTTATGAGGCCTCCTTGTG;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=44;WE=33065555;WS=33065537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,48:0.48:100
chr11	33076191	rs2273544	T	C	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=1.449;SC=CAGCGAGAGGTGTCACCAACA;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=24;WE=33076199;WS=33076181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,44:0.38:116
chr11	33078251	rs4471389	A	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=1.244;SC=CGGCCTCCAAAAGTGCTGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=8;WE=33078259;WS=33078241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr11	33078643	rs2273546	T	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-1.994;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr11	33079445	rs2273548	G	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TTGATTAAACGTAGCTGTGTT;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=33079453;WS=33079435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr11	33079752	rs7395859	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	33080496	rs11032133	T	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=472;ReadPosRankSum=-1.128;SC=AAATCCTTTTTTCTTTCAGAG;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=33;WE=33080504;WS=33080486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr11	33106616	rs3758741	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=677;ReadPosRankSum=-1.203;SC=GAGTTTTCTGCAGAGGCGTTT;SOR=0.712;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=48;WE=33106624;WS=33106606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,77:0.54:142
chr11	33106908	rs3834432	C	CTTTATAG	1866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=21;PP=1433;SC=ACTGTGGATACTTTATTTCAT;SOR=1.455;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=21;WE=33106916;WS=33106898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	33113653	rs7950763	T	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=10;PP=891;SC=TAAAAATAATTTTAAACAGGT;SOR=2.038;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=39;WE=33113661;WS=33113643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	33113910	rs113144162	A	AT	1533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;QD=23.60;SOR=2.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	33118274	rs7103953	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	33118529	rs11363325	GC	G	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.071;NF=1;NR=6;PP=227;ReadPosRankSum=0.989;SC=ATATACCTATGCAAAAGAAAG;SOR=0.467;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=33118537;WS=33118519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr11	33124679	.	A	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=1.527;SC=GCATTCATATAATCTCTACTC;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=8;WE=33124687;WS=33124669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr11	33129997	rs11605353	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=0.125;SC=AGAATTAATACTATTTTTTTA;SOR=0.430;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=12;WE=33130005;WS=33129987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr11	33183017	rs3736213	A	G	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=44;PP=1239;SC=CGCCCACTCAAATATGAATTA;SOR=1.449;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=33183025;WS=33183007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	33360783	rs3847592	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=305;SC=AGATAATTGTAGTTCCCTCTC;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=33360791;WS=33360773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	33360886	rs5790925	AT	A	1467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=21;PP=1172;SC=TGAAATTTTGATTTTCTTAGG;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=33360894;WS=33360876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	33362723	rs266470	G	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	33370884	rs4756641	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=231;ReadPosRankSum=-1.427;SC=CTACTAAAAAGCCTACGATTT;SOR=0.169;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=18;WE=33370892;WS=33370874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr11	33374613	.	A	AT	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-1.449;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr11	33563598	rs2076624	C	T	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1055;ReadPosRankSum=0.355;SC=ACCAAGGAAGCGGACATAGCG;SOR=0.695;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=176;TCF=85;TCR=91;TR=76;WE=33563606;WS=33563588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,145:0.47:308
chr11	33564123	rs2076623	T	C	9050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=121;PP=2965;SC=ATTCAGCAGGTTCATCCACAC;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=135;TCR=123;TR=255;WE=33564131;WS=33564113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr11	33565593	rs2235944	C	T	3874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1564;ReadPosRankSum=-0.292;SC=CTCGACATTCCGTGTCTCATC;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=220;TCF=116;TCR=104;TR=105;WE=33565601;WS=33565583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,189:0.51:367
chr11	33569562	.	A	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=535;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CACTTTGGCAACTAGCTAATG;SOR=0.915;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=32;WE=33569570;WS=33569552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr11	33581153	rs2076627	T	C	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=1;PP=505;SC=CGGTTACTCTTGTCTGTTCCT;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=33581161;WS=33581149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	33581262	rs2281381	G	A	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1594;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TATTTGGCCTGTCTCCCTCCC;SOR=0.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=87;WE=33581270;WS=33581252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr11	33581306	rs2281380	G	A	4711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=49;PP=2153;SC=TTGTGAGCACGTCCAATGCCT;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=111;WE=33581314;WS=33581296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	33581537	rs3830851	GCCACATACTA	G	1026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=2940;SC=ATAGTGCCAGGCCACATACTA;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=16;WE=33581554;WS=33581527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	33589934	rs143098103	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GGAACTGACGGTCATAACCAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=33589942;WS=33589924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	33612783	.	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=178;ReadPosRankSum=0.066;SC=CTCTTTGCAGCCTGTGCAAGG;SOR=0.275;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=14;WE=33612791;WS=33612773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr11	33631423	rs2076622	G	A	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=21;PP=1074;SC=CCGAAAGAAAGAAGATGTATG;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=33631431;WS=33631413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	33640104	rs768474	A	C	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=38;PP=1169;SC=CTCTGTCTACAGAAGCCGGCA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=33640112;WS=33640094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	33667333	rs1033543	A	G	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=939;ReadPosRankSum=0.605;SC=AGACCTCCACACTGAGCTCCC;SOR=0.898;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=66;WE=33667341;WS=33667323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,109:0.49:224
chr11	33667596	rs1033542	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	33689652	rs61736869	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,99:0.44:224
chr11	33719821	rs831611	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-1.606;SC=CCACACAAAGTGGGCACTGTA;SOR=1.009;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=33719829;WS=33719811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr11	33721175	rs4755893	G	C	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=416;ReadPosRankSum=-2.082;SC=GACTTCAGACGTAAGACCAGA;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=25;WE=33721183;WS=33721165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr11	33721261	rs4755894	T	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CCCCCAGCATTGAGAAGTGGA;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=20;WE=33721269;WS=33721251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr11	33773161	rs7479064	G	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	33775982	rs2272065	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=20;ReadPosRankSum=0.653;SC=GGGGGAAAAAAGACTTTTTTC;SOR=0.559;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=4;WE=33775990;WS=33775972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr11	33777334	rs1402954	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=184;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TGGTAGAAAACTTCATTTTTG;SOR=1.449;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=14;WE=33777342;WS=33777324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr11	33778729	rs12224154	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=1.180;SC=CAGTGCAAAGTTCTCCTTAAA;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=19;WE=33778737;WS=33778719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr11	33796080	rs71480984	C	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=1.390;SC=CCCGCCCTGGCCCCGCCCCTG;SOR=1.751;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=33796088;WS=33796070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr11	33881016	rs3740617	T	C	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=35;PP=1246;SC=AGGCGGCGCATTTGAAACATT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=33881024;WS=33881006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	33886547	rs3824848	C	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=354;ReadPosRankSum=0.570;SC=TGGGTTAAGACGGGAAAGAGC;SOR=0.487;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=28;WE=33886555;WS=33886537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr11	34093349	rs10718447	AT	A	478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=294;SC=AAGATGTTATATTTTTTATTT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=10;WE=34093357;WS=34093339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	34107785	rs4755360	G	A	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=25;PP=889;SC=ATTTTAGTCAGACTCTGTAAC;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=34107793;WS=34107775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	34113717	rs2982592	C	T	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=44;PP=1353;SC=GTTTTAGTAGCAGACCATATG;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=65;WE=34113725;WS=34113707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	34135183	rs34445882	CA	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.536;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr11	34149199	rs2957512	T	C	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=257;SC=CTTGCAGATTTAGGGGCATGT;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=34149207;WS=34149189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	34152939	rs2957516	T	C	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=28;PP=1286;SC=GCGGACACTGTATGAGGTTTC;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=34152947;WS=34152929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	34154641	rs2957518	C	T	6398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=82;PP=2760;ReadPosRankSum=2.468;SC=TTCTGCCTCCCGTGCCCCCCA;SOR=0.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=83;TCR=83;TR=165;WE=34154649;WS=34154631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr11	34158411	rs2982615	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=32;PP=1212;SC=GGTAGCTGGTATCGGTGCTAG;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=34158419;WS=34158401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	34158431	rs2957521	T	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=26;PP=963;SC=GCCTGCTATTTGTGGCGTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=34158439;WS=34158421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	34163705	rs2982612	T	C	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=26;PP=1281;SC=TGCAGGTAGATGGAAGAGAAG;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=77;WE=34163713;WS=34163695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	34175792	rs147573517	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr11	34176214	rs2957525	A	G	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=14;PP=1248;SC=TGGGCACCCTAGCCCAGGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=58;WE=34176222;WS=34176204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	34188981	rs7120870	CA	TG	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=23;PP=1401;SC=GATGGTGAACCAGAGTTAACA;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=36;WE=34188990;WS=34188971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	34189564	rs4756111	A	G	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=70;PP=2427;SC=TGCACGTGCTAAACTGTTTGC;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=125;WE=34189572;WS=34189554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	34226041	rs2955944	A	G	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=36;PP=1670;SC=CCCAGCCCTGAGACCTCGCCG;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=90;WE=34226049;WS=34226031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	34460472	rs7943316	A	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=783;ReadPosRankSum=-1.358;SC=GTCGCCACGGACTCGGGGCAA;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=56;WE=34460480;WS=34460462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,69:0.51:134
chr11	34460541	rs1049982	T	C	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=2.577;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,107:0.48:221
chr11	34460704	rs10836235	C	T	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr11	34470679	rs769218	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=0.267;SC=ACCCGTGACAGTGTAAATGAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=34470687;WS=34470672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr11	34482908	rs769217	C	T	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=602;ReadPosRankSum=0.310;SC=ACCAGCGTGACGGCCCGATGT;SOR=0.957;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=43;WE=34482916;WS=34482898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,66:0.50:132
chr11	34492443	rs17881488	C	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=1.691;SC=AACCACAGTCCCTGGGGAGTG;SOR=0.665;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=8;WE=34492451;WS=34492433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr11	34492747	rs12803540	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=238;ReadPosRankSum=1.750;SC=AGATAAAGAATTCACTGGCAA;SOR=2.448;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=13;WE=34492755;WS=34492738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr11	34502345	rs2231828	T	C	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=838;ReadPosRankSum=-1.267;SC=ACTTTTCATATGTCATTCTGT;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=64;WE=34502353;WS=34502335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,100:0.51:196
chr11	34511541	rs2231825	C	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=689;ReadPosRankSum=1.716;SC=GGGTGGCTTGCGCTTGGTTAC;SOR=0.906;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=37;WE=34511549;WS=34511531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr11	34514941	rs737254	T	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=199;ReadPosRankSum=0.990;SC=TGCTGTGCAATTCACACGATG;SOR=1.300;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=12;WE=34514949;WS=34514931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr11	34532993	rs11606405	T	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=385;ReadPosRankSum=0.991;SC=GTCATCATTCTAGCTGCCTAG;SOR=0.605;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=31;WE=34533001;WS=34532983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr11	34643780	rs286920	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=1.000;SC=CTGATTTACCATGCTCCCAGG;SOR=0.569;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=5;WE=34643788;WS=34643770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr11	34644102	.	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GGAAGAATTTCATGGCTAGGA;SOR=0.818;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=9;WE=34644110;WS=34644092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr11	34678435	rs435537	C	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=14;PP=702;SC=CAATTAAACGCCTCTCATTTT;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=34678443;WS=34678425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	34680053	rs3818514	G	A	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=18;PP=843;SC=TAGATCATTAGTAACCTGCCT;SOR=1.048;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=50;WE=34680061;WS=34680043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	34680598	rs11032804	C	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=379;SC=ATGAGGGGAACAAGAAACTAC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=34680606;WS=34680588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	34904399	rs2288667	C	T	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=14;PP=496;SC=CAGTGTTTATCGAAACAGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=34904407;WS=34904389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	34904509	rs2288668	T	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=313;SC=ATTCTATTTTTCCCTCAACAT;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=34904517;WS=34904499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	34905145	rs2303957	T	C	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=103;SC=CAGTTAGACATGCTGTTTGTG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=34905153;WS=34905135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	34909827	rs35393135	GA	G	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=346;SC=TAAGAAAAAGGAAAAAAAAAT;SOR=2.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=10;WE=34909841;WS=34909817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	34909833	rs61752923	A	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=5;PP=329;SC=AAAGGAAAAAAAAATACCTAT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=34909841;WS=34909817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	34909926	rs1571133	T	G	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=25.28;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	34910077	rs1571134	G	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=340;SC=ATATGGTTATGGGCTTATTTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=34910085;WS=34910067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	34910433	rs1977421	A	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	34912151	rs142972338	C	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.781;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-0.029;SC=TGCTTTTGCACAAAGAAAAGT;SOR=0.595;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=12;WE=34912159;WS=34912141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr11	34912289	rs2915224	T	A	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=168;SC=CTGGTGGCATTGTAGAATATT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=34912297;WS=34912279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	34916484	rs1326940	A	G	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=751;SC=TGTTCTTTGGATATAACACAT;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=34916492;WS=34916474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	34916657	rs61734605	C	T	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=30;PP=813;SC=TGCTCCTTGTCCTTAAAAAGA;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=34916665;WS=34916647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	34916710	rs1326941	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=357;SC=TCAAGTAACTATTCCAGCTGG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=34916718;WS=34916700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	34916785	rs1326942	A	G	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=77;SC=AGTACAGTGAAGGAAAAAACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=34916793;WS=34916775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	34918273	rs34774694	G	GCAA	1909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.302;QD=42.44;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr11	34918375	rs2986429	A	G	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=25.35;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	34918540	rs144924691	CACA	C	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=641;SC=TGGAGAAAATCACAACAAGGA;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=34918550;WS=34918530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	34918570	rs72930433	G	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.77;NF=0;NR=10;PP=240;SC=TTACAGATCCGGTCACTGGGT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=34918578;WS=34918560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	34937901	rs2956112	A	G	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	34938074	rs112032820	C	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	34938115	rs2956110	C	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=249;SC=CCGCTAGCGTCTGGGGGCGTG;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=34938123;WS=34938105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	34938265	rs2956109	C	T	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=19;PP=839;SC=TGGGCTTCCCCGGCCGCCGAA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=34938273;WS=34938255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	34953088	rs34345153	G	GT	777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.387;QD=18.09;ReadPosRankSum=2.068;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr11	34963416	rs2986407	T	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=294;SC=GGCCCCCGGGTGGGCCTCTGC;SOR=1.055;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=34963424;WS=34963406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	34969112	rs11539202	A	G	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=19;PP=714;SC=AGCTGTGGTTACCTTAGATGC;SOR=0.744;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=43;WE=34969120;WS=34969102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	34978892	rs2243948	G	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=609;SC=GCAGTCATGGGGTTTTACTTC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=34978900;WS=34978882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	34982146	rs2732554	T	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.48;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	34982146	.	TTC	GTA	451	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6;NR=20;PP=451;QD=19.4026105716;SC=AAAGAGCTTATTCAGTCTTAA;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=34982156;WS=34982136;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr11	34982148	rs2767036	C	A	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.89;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	34988405	.	C	CT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-0.904;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr11	34991727	rs497582	T	C	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=52;PP=1866;SC=TTCGAAGAGTTATTGCCAAGA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=99;WE=34991735;WS=34991717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	34999484	rs733567	G	T	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=16;PP=356;SC=TAATATTATTGATCCAGGACC;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=34999492;WS=34999474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	34999745	rs10768108	C	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=15;PP=430;SC=TAGCAGACTTCAAATGATTTT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=34999753;WS=34999735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	35197989	rs148759925	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=1.081;SC=CCTCCCAAAGTGCTGGGATTG;SOR=1.002;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=6;WE=35197997;WS=35197982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	35198032	rs4756195	A	G	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=409;SC=GCCTTATTTGACTTTTTAAGG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=35198040;WS=35198022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	35198108	rs4756196	A	G	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=13;PP=815;SC=TAACATTTCTATTTCTTCCCA;SOR=1.358;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=40;WE=35198116;WS=35198098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	35201810	rs11033019	T	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=-2.217;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr11	35201842	rs1071695	C	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=492;ReadPosRankSum=1.200;SC=TAGAAGGGCACGTGGTGATTC;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=40;WE=35201850;WS=35201832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,72:0.50:143
chr11	35223158	rs11033025	T	C	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=9;PP=984;SC=AATGGAAGAATAGAATCATTA;SOR=1.942;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=44;WE=35223166;WS=35223148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	35226155	rs9666607	A	G	5630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=63;PP=2038;SC=CAAACACCCAAAGAAGACTCC;SOR=0.729;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=121;WE=35226163;WS=35226145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	35229673	rs1467558	T	C	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=54;PP=2506;SC=AGTCATAGTATAACGCTTCAG;SOR=0.913;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=78;TCR=54;TR=132;WE=35229681;WS=35229663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	35244044	rs7116739	G	C	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	35244058	rs7116432	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.20;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	35287000	rs35055326	G	GT,GTT	351.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.51;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,10,8:0.53,0.42:19
chr11	35302489	.	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=-0.618;SC=GAGGAGCATGGTGACCAGCCC;SOR=0.430;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=18;WE=35302497;WS=35302479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr11	35302668	rs2236273	A	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=147;SC=CCCCCACCCCATACTCTCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=35302676;WS=35302658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	35323200	rs2273689	A	G	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	35344345	rs7115450	A	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=18;PP=417;SC=AGAACCAGGAAGCAGAGATTT;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=35344353;WS=35344335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	35453796	rs11344760	GC	G	567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=4;PP=425;SC=CCCTGGCACAGCCCAAGTTCA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=35453804;WS=35453786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	35456061	rs61736408	T	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=328;ReadPosRankSum=2.275;SC=CTCTCTTACCTGTAGGCTCTG;SOR=0.479;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=25;WE=35456069;WS=35456051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr11	35456153	rs35216474	C	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=673;ReadPosRankSum=0.305;SC=TCATGGTGACCTTCCCCAGGT;SOR=0.605;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=54;WE=35456161;WS=35456143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,90:0.48:187
chr11	35456453	rs675227	G	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=0.366;SC=AAGGTGAACTGTATGGGCATG;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=13;WE=35456461;WS=35456443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr11	35640458	.	G	A	85.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	35756943	.	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=212;ReadPosRankSum=1.007;SC=ACAGTGATTTCTAATACTGTT;SOR=0.452;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=17;WE=35756951;WS=35756933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr11	36031593	rs262404	G	A	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=13;PP=817;SC=GGACTGAAGAGTATAACCTAC;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=36031601;WS=36031583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	36057626	rs262451	G	A	5248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=55;PP=2329;SC=TTGCTGTGCCGTCTGACCTGT;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=138;WE=36057634;WS=36057616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	36251046	rs4755444	G	A	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=38;PP=1035;SC=ACCTGTAAGGGTGTCTCAAGT;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=36251054;WS=36251036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	36293048	rs7107433	G	A	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=11;PP=670;SC=AAAAGCCCCAGAGAGATGGTC;SOR=1.201;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=36293056;WS=36293038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	36298555	rs2289986	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=212;SC=TTGGTTTCTGCCAAAATCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=36298563;WS=36298545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	36298878	rs2289985	G	C	61.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.842;SC=CCTAAGTGTTGTCAGTTTTCA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=36298886;WS=36298868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	36300211	rs12293902	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-1.278;SC=AGAAGCAGCAGGCAGGGGGCA;SOR=0.051;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=7;WE=36300219;WS=36300201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr11	36302410	rs368958974	GA	G	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.364;QD=3.81;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr11	36310677	rs12418067	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=0.338;SC=GGAGGTTGTACTGCGCCTTCA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=36310685;WS=36310674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr11	36311014	rs7939948	G	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TCACGTGGCTGTCGCTGTTGT;SOR=0.637;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=16;WE=36311022;WS=36311004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr11	36397655	.	A	AT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,18:0.20:91
chr11	36422792	rs330261	G	A	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=73;PP=2272;SC=ATTCCAAGCAGCTCGGCAGGC;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=120;WE=36422800;WS=36422782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	36453506	rs746761	T	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=264;ReadPosRankSum=-0.244;SC=TGTGACTCAGTCTTTGATGTC;SOR=1.078;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=24;WE=36453514;WS=36453496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr11	36458777	rs577054	C	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=504;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TCCTGTAGCACCACACCTCTG;SOR=0.318;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=35;WE=36458785;WS=36458767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr11	36459130	rs4756316	T	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=233;SC=AACTTGGAGATTGGGCGCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=36459138;WS=36459120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	36472800	rs3740958	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=2.414;SC=GTTATTTGCAACTGGAGGAGC;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=28;WE=36472808;WS=36472790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr11	36484208	rs514352	T	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=23;PP=750;SC=CCAACATCACTGACAACCCTG;SOR=0.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=36484216;WS=36484198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	36514290	rs2303439	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=6;PP=144;SC=ACATTGGCAGTTGAATAGGTG;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=36514298;WS=36514280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	36518824	rs3830511	T	TA	1364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=669;SC=ATCCTATAATTAAAAAAATAA;SOR=0.960;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=22;WE=36518832;WS=36518814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	36595600	rs3740955	A	G	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=53;PP=1865;SC=GCCCGTCAGCACAAGAGAAGA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=104;WE=36595608;WS=36595590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	36597313	rs2227973	A	G	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=938;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GAAGTGTATAAGAATCCCAAT;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=59;WE=36597321;WS=36597303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,83:0.46:181
chr11	36597734	rs1980131	A	G	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=634;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GGGCATGGGCAAGTGAGGGAA;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=44;WE=36597742;WS=36597724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,66:0.55:120
chr11	36612090	rs1818545	C	T	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	36631867	rs77576907	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=0.812;SC=GCTGCCTCTTGAGAAAGACTA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=36631875;WS=36631857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr11	36655049	rs144097691	C	CA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	36655089	rs3758874	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=7;PP=299;ReadPosRankSum=0.101;SC=CAGTTATTAGATCTGTAATTC;SOR=1.230;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=10;WE=36655108;WS=36655079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr11	36655100	.	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=-0.276;SC=TCTGTAATTCCTAATTCTAGA;SOR=0.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=36655108;WS=36655079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	36669778	rs1566245	C	T	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=31;PP=791;SC=AGAAATGCTGCATGCTTCTGT;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=36669786;WS=36669768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	40137297	.	C	T	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=837;ReadPosRankSum=1.356;SC=AAAGTCTTTTCAATTCCCCTA;SOR=0.754;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=59;WE=40137305;WS=40137287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,100:0.54:185
chr11	40137543	rs2953310	T	C	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=53;PP=1802;SC=TTTCCAAGTGTCTCAAGTGCT;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=95;WE=40137551;WS=40137533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	40137663	.	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr11	42209105	rs11416548	G	GA	831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5180;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.539;NF=22;NR=9;PP=448;ReadPosRankSum=1.187;SC=TACTGAAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.675;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=31;WE=42209113;WS=42209095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,47:0.81:58
chr11	42209292	rs901894	T	G	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GATAGCAAATTCTATTGTGTC;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=43;TCR=76;TR=67;WE=42209300;WS=42209282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,98:0.60:162
chr11	42259586	.	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=362;ReadPosRankSum=0.640;SC=TCAGTCCCTCGATTCACTAGA;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=24;WE=42259594;WS=42259576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr11	42262449	rs10837795	G	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=4;PP=570;SC=CTTTATGAAGGAAAAAAACCT;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=24;WE=42262457;WS=42262446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	43343150	.	TG	CT	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.404;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=248;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTCTAAGTATTGTGAAAAAAG;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=43343159;WS=43343140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	43357037	rs5743253	A	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=8;PP=196;SC=ATATGACTTAAAATGTAAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=43357045;WS=43357027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	43413158	rs67884453	TTGCG	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.524;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.707;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr11	43436374	.	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=380;ReadPosRankSum=-0.353;SC=AGCCAGAGTTCCTCTTCTGAT;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=26;WE=43436382;WS=43436364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr11	43472895	rs6485426	G	C	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=58;PP=1690;SC=CTAAGTGTCTGTAACCTCTTC;SOR=1.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=77;WE=43472903;WS=43472885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	43702615	rs4573668	G	C	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=175;SC=TAGTTCTGGGGTCTGCTCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=43702623;WS=43702605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	43775734	rs4643069	A	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=8;PP=222;SC=CAGTTATCCGATACTGACATA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=43775742;WS=43775724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	43776481	rs7115919	C	T	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=32;PP=1192;SC=AACTTCTACTCAATCAACCAG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=43776489;WS=43776471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	43861748	rs10734518	G	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	43905440	rs2271818	C	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	43911365	rs2434478	T	C	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	43940566	rs7926534	T	C	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=139;SC=AAACATTTATTACAACAAATG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=43940574;WS=43940556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	43940644	rs1048928	G	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.77;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	43946967	rs1973717	A	G	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=33;PP=980;SC=GATCGTCTCCACGCTGCACCA;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=43946975;WS=43946957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	43947990	rs12797684	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	43954812	rs2434476	T	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=15;PP=295;SC=TACTAGCTGGTGGATGTCCCT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=43954820;WS=43954802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	43964842	rs7077	G	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.11;ReadPosRankSum=1.688;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr11	44080210	rs2074051	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=19;PP=439;SC=AGGCTGGTTCTGCCTCATCTT;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=44080218;WS=44080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	44089161	rs178514	G	A	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=15;PP=691;SC=AGGCCTGTGCGTTTTGTCTTT;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=44089169;WS=44089151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	44089352	rs33952257	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=-1.231;SC=GATCTCCTCTGATACCTCCTA;SOR=1.128;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=19;WE=44089360;WS=44089342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr11	44096238	rs178521	G	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=21;PP=653;SC=GAATGTGAGTGGCCCCCTCCA;SOR=0.909;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=37;WE=44096246;WS=44096228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	44097226	rs178523	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=0.012;SC=AAGGGCTGCAATAGTATGCTT;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=16;WE=44097234;WS=44097216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr11	44098985	rs2074043	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=376;ReadPosRankSum=-1.318;SC=GAGTTTCCTGGGTCTGAATTT;SOR=0.843;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=26;WE=44098993;WS=44098975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr11	44099588	rs3134907	A	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=0.514;SC=GGTGATTGGGACAGACAGGTA;SOR=3.442;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=44099596;WS=44099578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr11	44100277	.	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=420;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CCCCAGAACCCTCTGGGTGAT;SOR=0.783;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=27;WE=44100285;WS=44100267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr11	44104701	rs79395013	C	CCT	4018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=1816;SC=GATCTTCTGGCCTCTTTCACC;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=44104709;WS=44104691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	44104885	rs3107274	T	G	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=342;ReadPosRankSum=0.808;SC=AGGTGCGGGCTGAGAGGGAGT;SOR=0.859;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=31;WE=44104893;WS=44104875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr11	44104981	rs3107275	C	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=639;ReadPosRankSum=1.579;SC=CAGTACCTGCCCAAGGGCACC;SOR=0.699;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=42;WE=44104989;WS=44104971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr11	44117898	rs11037860	T	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=554;SC=GGGCATGTTATGCCGGGGACT;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=44117906;WS=44117888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	44129086	rs11037864	A	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr11	44130969	.	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	44146257	rs10769018	A	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=14;PP=566;SC=ACTTACTGTCATAAGTTTAAT;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=44146265;WS=44146247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	44151457	rs7125352	T	C	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=12;PP=867;SC=GGGAAAGAGATAATACTTACC;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=44151465;WS=44151447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	44151480	rs11037881	G	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=495;ReadPosRankSum=-1.964;SC=AAGGGATGTGGGGCTGAAGGA;SOR=1.232;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=31;WE=44151488;WS=44151470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr11	44151577	rs11037882	T	A	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=856;ReadPosRankSum=1.825;SC=ATGTAAACTGTTTTGCTGTTG;SOR=0.638;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=62;WE=44151585;WS=44151567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,107:0.50:213
chr11	44255614	rs11037909	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr11	44286566	rs3802805	G	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=521;ReadPosRankSum=-0.570;SC=TCTGGCCCACGTGACTGCCAG;SOR=0.626;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=34;WE=44286574;WS=44286556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,65:0.52:126
chr11	44289289	rs10742699	A	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=36;PP=970;SC=CGTTTGGGAAACGGTGCGGCC;SOR=3.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=39;WE=44289297;WS=44289279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	44289312	rs10769024	C	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=1.563;SC=ACATAAATATCAACCTTGGTC;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=16;WE=44289320;WS=44289302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr11	44296828	rs11037927	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.400;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=308;ReadPosRankSum=-1.722;SC=TCAGGAGACCCCAACTGCAGC;SOR=0.254;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=18;WE=44296836;WS=44296818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr11	44297054	rs10769028	T	C	7137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=90;PP=2965;SC=TGTTGCTCTCTGAGTCGGCCT;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=100;TCR=90;TR=189;WE=44297062;WS=44297044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr11	44297253	rs11037929	A	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=40;PP=1107;SC=GTTGAACCAAACAAGAGAAGG;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=44297261;WS=44297243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	44297343	rs11037930	C	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=194;SC=ATGCGAGGTCCGGAGACTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=44297351;WS=44297333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	44331309	rs12421995	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=0.197;SC=GGCTGCGGCGGCGGCTGGGGC;SOR=0.207;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=11;WE=44331317;WS=44331299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr11	44331509	rs3824915	C	G	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=3.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,93:0.44:209
chr11	44608866	rs7930303	T	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=4;PP=484;SC=GGAAAGAGGCTACATGAGCCT;SOR=2.494;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=44608874;WS=44608856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	44609129	rs7118753	T	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=436;ReadPosRankSum=0.060;SC=CTGAGAGGAGTGGTGGGTTGG;SOR=0.942;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=28;WE=44609137;WS=44609119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr11	44609198	rs7102843	G	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=475;SC=GCCCTCAGGTGTTCAGTCTGA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=44609206;WS=44609188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	44626461	rs4755851	C	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=-1.764;SC=ACCTGGTTCCCTGTTGGGCAG;SOR=1.204;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=44626469;WS=44626451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	44636833	rs2303865	G	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,70:0.48:145
chr11	44639932	rs2303862	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=-1.341;SC=GGGGGGCTGCGGATCGGGGGC;SOR=1.385;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=44639940;WS=44639922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr11	44640268	rs1139971	A	G	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=27;PP=988;SC=TGTGGCCATCATCGAGGTCTG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=44640276;WS=44640258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	44640640	rs7107335	C	G	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,124:0.50:247
chr11	44925038	rs11038198	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GTTGGGTTCCAGCAAGAGAGG;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=20;WE=44925046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
chr11	44925359	rs11456363	C	CT	5174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=52;PP=1485;SC=GCTGGATTGCCTGGGTTCCAA;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=58;WE=44925367;WS=44925349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	44940873	rs11038214	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=565;ReadPosRankSum=-0.360;SC=AGTGAGTGACGCCCCAGAGAT;SOR=0.652;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=41;WE=44940881;WS=44940863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,77:0.47:164
chr11	44948052	rs835988	G	T	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=724;SC=CTGCCAAGTCGCTGTTTCTGG;SOR=4.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=44948060;WS=44948043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	44950784	rs835990	G	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=3.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	44952285	rs10838390	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=369;ReadPosRankSum=-1.398;SC=CAGTGGGAGACGGCAGTGCAA;SOR=1.759;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=21;WE=44952293;WS=44952275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr11	44959061	rs2279361	C	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.365;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=364;ReadPosRankSum=0.655;SC=TCTGCCCCACCGCCGCAGGCC;SOR=0.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=25;WE=44959069;WS=44959051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr11	44959083	rs12792390	C	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.745;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr11	44959206	rs2279362	C	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=1.191;SC=GTGAGGGCAGCTCTCAGCGCC;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=44959214;WS=44959196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr11	44959924	rs2306666	G	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=488;ReadPosRankSum=-0.893;SC=AGGGCTGAGGGGAGACACCGG;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=33;WE=44959932;WS=44959914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr11	45204071	rs1078930	A	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=301;SC=GGCTATTGTTAGCCCCATTTT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=45204079;WS=45204061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	45230443	rs12226640	T	C	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=40;PP=1474;SC=CACACCTGGCTGAGCGTAAGA;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=45230451;WS=45230433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	45230862	rs3781705	C	A	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=5.037;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;MQRankSum=0.185;QD=23.27;ReadPosRankSum=1.806;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr11	45234877	rs11038356	T	C	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=48;PP=1345;SC=TGTCCCGTGGTGGCAGGCCTT;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=88;WE=45234885;WS=45234867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	45235433	rs3781704	G	C	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=123;SC=GGGAAGAGGAGGCAGGGGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=45235441;WS=45235423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	45246216	.	C	T	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=1095;ReadPosRankSum=0.152;SC=CCGAGGCCTCCCTTGCATCTG;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=69;WE=45246224;WS=45246206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,101:0.63:160
chr11	45672261	rs3802762	A	G	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=27;PP=1029;SC=AGGAGGAGCCACTGCGCGTGG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=54;WE=45672269;WS=45672251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	45832935	rs1139266	G	A	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=52;SC=GTACACAGGCGGGGCCAGCAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=45832943;WS=45832925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	45834044	rs4756027	C	T	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=22;PP=1070;SC=GGCTGGGACGCCCAAGATCAA;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=45834052;WS=45834034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	45834198	rs7943306	T	C	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=55;PP=1779;SC=TTCATGAGGGTTCCGCCCCCA;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=94;WE=45834206;WS=45834188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	45868850	rs11394694	C	CG	2674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.302;SC=CGTGAGGGGGCGGGCCTGTTC;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=45;WE=45868861;WS=45868840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr11	45877529	rs2292913	A	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=30;PP=1153;SC=TGTGGACTCCACAGGTTCCTA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=67;WE=45877537;WS=45877519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	45877688	rs2292912	C	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=576;SC=CTGTCCCTGACGGTTTCCCCA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=45877696;WS=45877678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	45883914	rs4755343	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=293;SC=CTCAGCATTTTTGGGTTAAGC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=45883922;WS=45883904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	45891508	rs4755345	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=299;SC=CTTGCCTTCAATGGAAGGGTT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=45891516;WS=45891498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	45924572	.	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=108;ReadPosRankSum=-1.806;SC=ACTGTGCCTCCGTCTCCTCGC;SOR=0.665;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=10;WE=45924580;WS=45924562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr11	45926445	rs2271847	T	C	11881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=115;NR=137;PP=2965;SC=CCAAGACTTGTGATGAAGAGG;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=116;TCR=137;TR=252;WE=45926453;WS=45926435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr11	45935253	rs2271845	C	T	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=3;PP=555;SC=CCGGACAACACACAGTGCTTG;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=45935261;WS=45935243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	45935384	rs1132349	A	G	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=43;PP=1530;SC=AGAAGCGGTCATAGAAAGGAG;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=91;WE=45935392;WS=45935374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	45936035	rs3802758	G	A	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=53;PP=2172;SC=ACACAAGGGCGGCAGATGAGC;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=109;WE=45936043;WS=45936025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	45937267	rs10742772	C	T	13357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=136;PP=2965;SC=GCCAGCTGGACGAGGGCGATG;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=166;TCR=136;TR=301;WE=45937275;WS=45937257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr11	45937968	rs3215273	CTA	C	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=598;SC=CACCCACAGACTATGTGGAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=45937977;WS=45937958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	45944994	rs33927614	G	GC	2633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=22;PP=1802;SC=GAGAAGGGGGGCTGCTGCCGA;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=45945002;WS=45944984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	45949201	rs884668	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;ReadPosRankSum=-2.472;SC=ACGGGGCATGCGTGGGACCCC;SOR=0.876;Source=Platypus;TCF=40;WE=45949209;WS=45949191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr11	45949534	rs939105	C	T	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=58;PP=2965;SC=TGCCGGCATTCGAGACCCTGC;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=98;TCR=58;TR=156;WE=45949542;WS=45949524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	45949746	rs11038714	A	C	3780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=84;PP=1836;ReadPosRankSum=-0.226;SC=AGTGGCCCCGAGGCCACGCAC;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=310;TCF=132;TCR=178;TR=149;WE=45949754;WS=45949736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,196:0.46:428
chr11	45959669	rs10742773	C	T	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=6;PP=675;SC=GTGTCTTTGTCCTCCTCGGCC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=45959677;WS=45959659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	46105688	rs2932515	G	A	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=21;PP=1155;SC=CTTAACAACAGTGTGGGAGAA;SOR=1.167;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=62;WE=46105696;WS=46105678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr11	46342081	rs67946579	TG	T	2136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=30;PP=1565;SC=CCACGACAGGTGGGGTGTGTG;SOR=1.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=41;WE=46342089;WS=46342071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	46342259	rs79068197	A	AG	8613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=67;PP=2936;SC=TTCTCTCTCCAGGATCTGGGC;SOR=1.037;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=112;WE=46342269;WS=46342249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	46366937	.	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=-0.253;SC=AGTGCCGAAAGAGGAAGAGAG;SOR=0.859;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=46366945;WS=46366927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	46369267	rs114974750	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQRankSum=-0.842;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	46387868	rs1317826	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=254;ReadPosRankSum=-1.200;SC=GAGGGGCAGCAGCGGCCCAGC;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=25;WE=46387876;WS=46387858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr11	46389430	rs201907877	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=229;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GGGTGCAGGGGCTTTGTCCGG;SOR=0.758;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=20;WE=46389438;WS=46389420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr11	46391067	.	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=334;ReadPosRankSum=1.273;SC=GTAAGCCGTCCTTCCGTGAAT;SOR=2.428;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=18;WE=46391075;WS=46391057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr11	46392825	rs10838601	C	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=317;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TGCTGCTCCACGCCTGCCCTG;SOR=0.906;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=17;WE=46392833;WS=46392815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr11	46393757	rs3740976	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=351;ReadPosRankSum=0.341;SC=AGGGCTCGGGCGGGGGTTGGG;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=29;WE=46393765;WS=46393747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,57:0.46:123
chr11	46399873	.	A	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=1.317;SC=AGCCTTACACAAACACAGCCT;SOR=0.922;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=15;WE=46399881;WS=46399863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr11	46403649	rs20542	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=0.969;SC=TCCTCGCCCTGCTGGCGCTCA;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=13;WE=46403657;WS=46403639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr11	46404340	rs74916763	GCCCC	G,GC	664.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.90;ReadPosRankSum=0.172;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,7,13:0.30,0.57:23
chr11	46515855	.	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=1.143;SC=TTACACTTAGGAGAGGACCCC;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=9;WE=46515863;WS=46515845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr11	46534546	rs3802890	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.605;SC=AAGAGCTGCAAAACTCCCACA;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=46534554;WS=46534536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	46569434	rs58268270	CA	C	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.403;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr11	46670856	rs113203272	A	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=0.943;SC=AACAAAGCCAATAGGTCTTTG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=19;WE=46670864;WS=46670846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr11	46678478	rs367595606	TAC	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=0.480;SC=TACACGCACATACACACACAC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=46678487;WS=46678468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr11	46686260	rs10838610	G	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=324;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CCCCTATCACGTCAGGCCCCC;SOR=0.386;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=25;WE=46686268;WS=46686250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr11	46693729	.	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=-1.250;SC=TGCTGCCTCCCCTCTTCGGGA;SOR=0.527;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=6;WE=46693737;WS=46693719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr11	46694313	rs67065551	GTC	G	2527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=898;SC=TTGGTGTGGAGTCGCAGAAAG;SOR=0.800;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=46694322;WS=46694303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	46700719	.	G	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=660;ReadPosRankSum=-1.225;SC=GGTTAGGGCCGAAAACAACAG;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=49;WE=46700727;WS=46700709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,86:0.50:173
chr11	46701108	rs72912170	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.355;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr11	46702920	rs4268467	T	C	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	46703002	.	C	CT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr11	46722731	rs4752928	T	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=26;PP=840;SC=TCCTCAGTCTTCTCTCCTCCG;SOR=0.897;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=44;WE=46722739;WS=46722721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	46744925	rs2070852	G	C	7455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr11	46760466	rs3136515	G	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=182;SC=GGATTGGATGGGTAGGGTGAG;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=46760474;WS=46760456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	46760756	rs3136516	G	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=0.173;SC=TGCCTGGCAGGGGAATACTGA;SOR=0.703;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=15;WE=46760764;WS=46760746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr11	46774672	rs72895811	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr11	46776697	rs4237546	A	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=283;SC=AAACTTCTCCATAAGAATATT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=46776705;WS=46776687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	46784408	.	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=383;ReadPosRankSum=0.861;SC=AGGGAAATAGGGATAAGTAGG;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=23;WE=46784416;WS=46784398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr11	46802094	rs6485691	C	A	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=9;PP=270;SC=TACTCAATAACGTTTTATAAA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=46802102;WS=46802084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	46812227	rs7940578	T	C	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=111;SC=GTGTCTCATATTGTTGTCGAG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=46812235;WS=46812217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	46822686	rs10734549	C	A	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=10;PP=1072;SC=AAGCAAACAGCAAACTAGGCC;SOR=2.221;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=50;WE=46822694;WS=46822676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	46837625	rs59649961	AC	A	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	46837631	.	CCA	C	557	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=8;NR=4;PP=557;QD=48.5;SC=AACGACCCCCCCATTCCCCCC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=46837642;WS=46837621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	46837633	rs58152993	AT	A	800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.14;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	46837634	.	T	A	285	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=11;NR=4;PP=285;QD=21.3180808365;SC=GACCCCCCCATTCCCCCCAAC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=46837642;WS=46837621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	46840119	rs67178247	TG	T	844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=420;SC=ACTATTAATCTGGGGGGGGAG;SOR=2.226;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=46840127;WS=46840109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	46884447	rs72897626	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=0.248;SC=ATCCCCTCCCCTTGAGTGTGG;SOR=0.092;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=10;WE=46884455;WS=46884437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr11	46889713	rs2306026	T	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=174;SC=CATAAACATCTACATATGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=46889721;WS=46889703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	46890165	rs3816614	C	T	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=35;PP=1777;SC=GGAGCAGGGCCGGCTATCAGG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=92;WE=46890173;WS=46890155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	46890388	rs2290884	C	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=27;PP=841;SC=AGGAGAGATACAACCGCGAGG;SOR=1.262;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=40;WE=46890396;WS=46890378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	46893108	rs2306029	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr11	46897253	rs2306032	G	C	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=39;PP=1497;SC=AGGAGAGGGTGGGGGGTGGTG;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=81;WE=46897261;WS=46897243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	46897995	rs964551	G	T	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=8.734;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=0.723;SOR=1.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr11	46898771	rs6485702	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=411;SC=TCTACTCCAATGGCAATGGTG;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=46898779;WS=46898761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	46907827	rs2306027	C	T	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=34;PP=1042;SC=GAAGCCCTTCCCTGGAGAGGG;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=46907835;WS=46907817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	46911457	rs2306035	T	C	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=9;PP=411;SC=ACCTCAACCATGAGGCTACTT;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=46911465;WS=46911447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	46911704	rs2306036	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=15;PP=501;SC=TCAGTCTGGACGTGGTCTGCC;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=46911712;WS=46911694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	46914583	rs10838631	T	C	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=22;PP=1160;SC=ACAGCAACACTTTCCGGTGGG;SOR=1.275;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=63;WE=46914591;WS=46914573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	46914598	rs10769215	A	G	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1152;ReadPosRankSum=2.677;SC=GGTGGGCCCCATCCAGATTGG;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=46914606;WS=46914588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr11	46917501	rs118009068	G	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,67:0.45:148
chr11	46917983	rs898604	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=29;PP=849;SC=AGACAGATGAGACTCAAGGTG;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=46917991;WS=46917973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	46969616	rs2867207	T	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	47009041	.	G	GT	130.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=194;SC=GGTGCAGCTAGTTTGTCCAGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=47009049;WS=47009031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	47185680	rs11039114	G	A	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	47187067	rs7117346	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.292;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr11	47187071	.	GAA	G,GA	618.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.472;QD=19.34;ReadPosRankSum=-1.570;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,19,9:0.59,0.28:32
chr11	47188314	rs4752820	T	C	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	47188411	rs3740691	C	T	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=48;PP=1563;SC=TGAGCTCCGGCTCTCCACTTC;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=93;WE=47188419;WS=47188401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	47204175	rs2279438	A	T	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=34;PP=1158;SC=GGGCTGTCAGATGGGCTCCTC;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=47204183;WS=47204165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	47238522	rs326212	T	C	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=26;PP=687;SC=ACCCCAGCACTGTGGCTGTGG;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=47238530;WS=47238512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr11	47251199	rs830085	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr11	47259668	rs326222	T	C	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=821;ReadPosRankSum=-1.414;SC=TCTCCTCATGTTGACACTCTT;SOR=0.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=53;WE=47259676;WS=47259658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,84:0.43:194
chr11	47260272	rs2013867	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.767;NF=6;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=1.798;SC=TTTACCAAATTGTAGGTTTGC;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=47260280;WS=47260262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr11	47260319	rs901746	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.887;NF=5;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=1.106;SC=GGTAACAGAAAGTGTAAGTCA;SOR=0.791;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=11;WE=47260327;WS=47260309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr11	47267408	rs71949967	CGT	C	345.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.714;NF=2;NR=14;PP=211;ReadPosRankSum=0.425;SC=CAACACAAGTCGTGTGTGTGT;SOR=0.467;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=16;WE=47267421;WS=47267398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr11	47270255	rs2167079	C	T	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=609;ReadPosRankSum=-1.538;SC=ACTCCGGGCCCGGGTGGGCGG;SOR=0.837;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=44;WE=47270263;WS=47270245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,83:0.47:175
chr11	47280653	rs12221497	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=242;ReadPosRankSum=0.244;SC=TGATAAAAGGGAGGATCAGGT;SOR=2.535;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=15;WE=47280661;WS=47280643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr11	47298360	rs326214	G	A	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=840;ReadPosRankSum=0.415;SC=ACCCACTGGAGTATATGTTTC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=65;WE=47298368;WS=47298350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,107:0.55:196
chr11	47303401	rs142080041	C	CTTTTTTTTTTT	198.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	47303821	rs41301449	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=-1.582;SC=TATCTCTCCCCTTGATGTTGG;SOR=0.035;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=47303829;WS=47303811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr11	47304321	.	T	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=333;ReadPosRankSum=0.618;SC=CTTGCCTTTTTTTCCTTGCTG;SOR=0.425;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=19;WE=47304329;WS=47304311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr11	47304596	rs79732683	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=1.089;SC=CACAGAGAAGGCAAAGTCTCA;SOR=0.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=5;WE=47304604;WS=47304586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr11	47305660	rs12573962	G	C	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr11	47305669	rs3816725	T	G	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.818;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr11	47306628	rs3736101	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=437;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TCAGTGCGCCGGCGAATCTAT;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=33;WE=47306636;WS=47306618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr11	47307332	rs148495681	G	GTCATTA	142.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=233;SC=GGACAGATTAGTCATTATGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=47307340;WS=47307322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	47308135	.	C	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=427;ReadPosRankSum=-1.191;SC=GGAGATGTTTCGGGCTGTGGG;SOR=0.308;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=28;WE=47308143;WS=47308125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr11	47312045	rs3816724	C	G	246.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=223;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ATCAGCTCATCTTTCCTTGAA;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=47312053;WS=47312035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr11	47314241	.	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.912;SC=CAGCCCCACCCCAAATTTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=47314249;WS=47314231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr11	47330761	rs3217594	CTT	C	1290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.363;NF=12;NR=11;PP=790;ReadPosRankSum=-0.171;SC=GGATTTTACTCTTTATTTTTG;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=23;WE=47330770;WS=47330751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr11	47330991	rs41304347	A	G	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=392;ReadPosRankSum=-1.560;SC=CAGCAAACTCAGCCTCCTCCC;SOR=0.853;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=33;WE=47330999;WS=47330981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,66:0.49:135
chr11	47331116	rs1017594	T	C	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=32;PP=980;SC=AGATCGCTTGTTGGCCACACT;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=47331124;WS=47331106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	47345916	rs2290149	T	C	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;ReadPosRankSum=-0.500;SC=TGAGAGTGTCTTCCCTGTTTC;SOR=0.823;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=129;TCF=62;TCR=67;TR=63;WE=47345924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,116:0.51:229
chr11	47350287	rs2305280	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=509;ReadPosRankSum=-1.583;SC=GATGGGCCACGGTGCGCAGGG;SOR=1.116;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=31;WE=47350295;WS=47350277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr11	47350553	rs10838693	G	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=347;ReadPosRankSum=1.317;SC=TATGGAGATGGAGGAGTCTCA;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=23;WE=47350561;WS=47350543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,36:0.37:97
chr11	47353899	rs11039186	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=241;ReadPosRankSum=1.299;SC=TGTTTCTACTCGGGGGGTCCC;SOR=1.675;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=14;WE=47353907;WS=47353889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr11	47354787	rs1052373	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=363;ReadPosRankSum=1.701;SC=ACCCCCAGAGCTCCGTGTTGC;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=31;WE=47354795;WS=47354777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr11	47361084	rs2856653	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.737;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=380;ReadPosRankSum=0.555;SC=GTCTCTCCCATGGGGTAGCCA;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=22;WE=47361092;WS=47361074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr11	47362431	rs2697926	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=8;PP=520;SC=GGCAAAGCTGAAGCTGGGCCC;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=24;WE=47362439;WS=47362421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	47364762	rs896818	A	G	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=56;PP=1744;SC=AGTGCGCCCCATGATAATCCC;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=47364770;WS=47364752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	47365014	rs11570078	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=6.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr11	47365276	rs11570072	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=0.637;SC=CCCCCCTCCAATCCCCTCTGT;SOR=1.981;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=47365284;WS=47365266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	47369443	rs11570058	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=1.320;SC=CCAGGTCTCCGGTGCCCATGG;SOR=0.625;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=13;WE=47369451;WS=47369433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr11	47370041	rs3729989	T	C	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=498;ReadPosRankSum=0.546;SC=CAGCGGTAGCTGCCAGTGAAG;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=42;WE=47370049;WS=47370031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,66:0.50:133
chr11	47371484	rs11570050	AG	A	1160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.290;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.423;NF=5;NR=11;PP=467;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CTGCAAAGGCAGGGGCGACAG;SOR=0.207;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=16;WE=47371492;WS=47371474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr11	47380061	rs10734557	A	C	2834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=24;PP=1984;SC=ACACCCACTCACACAGCCACT;SOR=1.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=93;WE=47380069;WS=47380051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	47380087	rs61897389	G	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.384;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=15;PP=752;ReadPosRankSum=-0.405;SC=ACATGCACCTGCCCGTACCTG;SOR=0.954;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=57;WE=47380095;WS=47380077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,78:0.39:202
chr11	47380340	rs3740688	G	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.405;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.011;NF=14;NR=32;PP=759;ReadPosRankSum=1.643;SC=CTGGGTGGGGGCAGGGCACAG;SOR=1.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=46;WE=47380348;WS=47380330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr11	47380593	rs3740689	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=-0.362;SC=AGTCAGGAAGGGCCAGCTTAC;SOR=2.285;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=7;WE=47380601;WS=47380583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr11	47380688	rs35284836	GGAA	G	347.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=38.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	47422503	.	TCTGAAGGGCAGAAGGGAACTGTCCTTCAGCCAGAGCTGGCTGAAGGGCAGAAGGGAACTGTCCTTCAGCCAGAGCTGG	T	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=11.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=3.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr11	47431703	rs61897432	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=550;ReadPosRankSum=-1.321;SC=CCTCTTCCTCACTGCCCTTGC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=42;WE=47431711;WS=47431693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr11	47431728	rs2010519	A	G	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=29;PP=1494;SC=GAGCTCTTGGAAAGGGCTGGG;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=47431736;WS=47431718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	47432034	rs755554	G	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=742;SC=GTCACAGAGTGTCTGAGATGG;SOR=3.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=47432042;WS=47432024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	47434986	rs2293576	G	A	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=904;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CTGCCGCCGCGCTCAATGGAG;SOR=0.508;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=67;WE=47434994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,124:0.50:249
chr11	47436531	rs11039228	G	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=576;ReadPosRankSum=0.803;SC=TGTGGCTACCGCACTGCTGGT;SOR=0.298;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=29;WE=47436539;WS=47436521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr11	47440758	rs2293579	G	A	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=51;PP=1312;ReadPosRankSum=0.633;SC=ACTGGGGACAGGACAGATACC;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=80;WE=47440766;WS=47440748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,108:0.59:183
chr11	47446606	.	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=248;ReadPosRankSum=0.523;SC=TTTCCCTAGTGGCCCCACCCC;SOR=1.136;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=20;WE=47446614;WS=47446596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr11	47447346	rs10838709	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=432;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TTAGGAAGTACGAGAGGCGAC;SOR=0.924;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=33;WE=47447354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr11	47447955	rs7948705	C	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr11	47459469	rs45617144	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=312;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GGCCTCTGGCGTGCAGTGGAG;SOR=0.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=23;WE=47459477;WS=47459459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr11	47460098	rs10769267	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=235;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GATCTTGAACCCCGGGGCTCA;SOR=0.856;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=14;WE=47460106;WS=47460088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr11	47460306	rs7126210	A	G	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=800;ReadPosRankSum=1.379;SC=TGTGGGAGCAAGGTAGGGCCT;SOR=0.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=48;WE=47460314;WS=47460296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
chr11	47462837	rs10716680	AG	A	1539.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=45;PP=1294;SC=AGCACAGGGTAGGGGGGGCAG;SOR=3.486;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=47;WE=47462845;WS=47462827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	47463220	rs45603036	C	T	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=3.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,161:0.57:282
chr11	47463483	rs34729771	AG	A	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.585;NF=1;NR=4;PP=208;ReadPosRankSum=-0.527;SC=CCTGCGAGGGAGGCCAGTGGC;SOR=2.066;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=47463491;WS=47463473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr11	47469439	rs7111873	A	G	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=1023;ReadPosRankSum=-1.302;SC=TGTTGTGGGCATAGCGCAGGG;SOR=0.742;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=73;WE=47469447;WS=47469429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,125:0.55:229
chr11	47469717	rs45547231	G	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=583;ReadPosRankSum=0.259;SC=ACACAGCGACGGTGGGCAGGT;SOR=0.539;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=36;WE=47469725;WS=47469707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,62:0.64:97
chr11	47496827	rs7102372	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TCTGCCTTTCCGTTCTGGTAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=7;WE=47496835;WS=47496817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr11	47500400	rs12224672	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.198;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	47505997	.	G	A	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=978;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CTGTCCAAACGAAGAGAACAT;SOR=0.792;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=168;TCF=89;TCR=79;TR=76;WE=47506005;WS=47505987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,129:0.45:286
chr11	47587577	rs58926533	TC	T	1865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=36;PP=1301;SC=GGGGGCCCGCTCCCCCTCGCC;SOR=1.649;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=36;WE=47587585;WS=47587567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	47597058	.	CA	CAA,C	73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5007,0.4993;HP=15;HapScore=3;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=58.85;NF=6,6;NR=1,1;PP=73,23;QD=10.8571428571;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7,7;WE=47597066;WS=47597048;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.54:13
chr11	47600438	rs2280231	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=241;ReadPosRankSum=0.225;SC=GGAGCTAGGACCACGCTCACC;SOR=0.132;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=15;WE=47600446;WS=47600428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr11	47609867	rs4486587	G	A	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=59;PP=2234;SC=GGGCCGCTGGGCCCAGGTCTT;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=126;WE=47609875;WS=47609857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	47611281	.	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	47611316	rs10769279	C	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=210;SC=TTCGAGCCTCCGGCCCGGCCT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=47611324;WS=47611306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	47611940	rs142453721	C	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=-1.270;SC=CTAGCGCGTACTGCGGGGCGC;SOR=0.363;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=15;WE=47611948;WS=47611930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr11	47656321	.	A	ATTT	109.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.368;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	47660287	rs79167377	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=11.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-4.551;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,11:0.09:125
chr11	47660294	.	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=11.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-4.489;QD=0.89;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,12:0.09:133
chr11	47660295	.	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=11.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-4.581;QD=0.83;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=2.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,12:0.09:138
chr11	47684450	rs6485766	C	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=282;SC=TGTTCACCTGCGCAGAACGAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=47684458;WS=47684440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	47689343	rs10742817	C	T	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=24;PP=703;SC=GACACAAAGGCTAACTCGGTA;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=47689351;WS=47689333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	47701641	rs188934100	A	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=5.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.370;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr11	47736314	rs4752863	C	G	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=179;SC=TACAAAGCCACAAGAGGACAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=47736322;WS=47736304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	47765830	.	C	CT	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr11	47772401	rs11039366	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=175;SC=AAGGCTTCCACTCCTGTGCTC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=47772409;WS=47772391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	47774366	rs151189779	A	AAAAC	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=0.605;SC=ATTCCATCTCAAAACAAACAA;SOR=0.368;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=47774374;WS=47774358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	47776047	rs7928954	G	A	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=34;PP=1668;SC=AGTAGCTTCAGTAACTAAAAC;SOR=1.054;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=87;WE=47776055;WS=47776037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	47776283	rs7929014	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=585;SC=GCATCTAAAGCGGAAGTATAA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=47776291;WS=47776273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	47788663	rs67450550	CGGTGGT	C	567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.55;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	47801101	rs7114813	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=15;PP=448;SC=AATATTTTAGATAGGCTCAGG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=47801109;WS=47801091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	47802071	rs117770498	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr11	47802092	rs200363262	CTT	C	651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.17;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr11	47813436	rs10742821	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=282;SC=ACAATAACAACATTACTACTG;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=47813444;WS=47813426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	47814280	rs754434	A	G	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=11;PP=985;SC=GACCAAAACAAGTAGATTTAC;SOR=1.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=47814288;WS=47814270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	47826090	rs11039402	A	C	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=23;PP=979;SC=GAAATGTTCAAAGGAACTCAC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=47826098;WS=47826080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	47828558	rs77201654	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.569;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=316;ReadPosRankSum=0.617;SC=GCAAAAGACCACTTTAATGAA;SOR=0.343;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=27;WE=47828566;WS=47828548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr11	47834346	rs10838773	G	A	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=13;PP=635;SC=TATTCTGTACGCTCTGGAACA;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=47834354;WS=47834336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	47834592	rs7110289	G	A	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=31;PP=888;SC=CCCGAGCGATGTCCACATCTA;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=46;WE=47834600;WS=47834582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	47837333	rs17727140	T	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=398;ReadPosRankSum=0.014;SC=TTAAAGGCCATAGACTATGCA;SOR=0.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=27;WE=47837341;WS=47837323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr11	47837408	rs6485786	G	C	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=32;PP=1589;SC=ACAAGGTCAAGTGAAGAATTC;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=81;WE=47837416;WS=47837398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	47837638	rs7130715	G	A	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=29;PP=748;SC=AATGGAAAACGTTTCAGTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=47837646;WS=47837628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	47857253	rs3816605	T	C	4416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=53;PP=1962;SC=AGTCCCATGGTGGGGGAATAA;SOR=0.938;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=125;WE=47857261;WS=47857243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	47869200	rs71045524	TG	T	228.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.04;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr11	48118199	rs4752806	G	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=0.863;SC=CAGAGCTGTTGAGGCCCTTCC;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=5;WE=48118207;WS=48118189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr11	48118347	rs11382316	T	TA	777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=606;ReadPosRankSum=1.319;SC=CGAGAGCTGATAAGAACAGAG;SOR=0.626;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=18;WE=48118355;WS=48118337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr11	48142528	rs34681195	AT	A	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.283;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr11	48145247	rs2270992	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.742;SC=GCAATGGCACTGCCTCCTGCC;SOR=0.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=12;WE=48145255;WS=48145237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr11	48157869	rs2270994	T	C	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=449;ReadPosRankSum=1.718;SC=TAGGATGCCCTTCTAAGGAAC;SOR=0.732;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=30;WE=48157877;WS=48157859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,58:0.53:110
chr11	48166267	rs4752904	G	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=422;ReadPosRankSum=1.683;SC=ACACGTATGAGGATTTCAAAA;SOR=0.511;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=37;WE=48166275;WS=48166257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,49:0.36:135
chr11	48170870	rs4752908	T	G	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=16;PP=577;SC=TGGTGTCAGCTGTGAACTAAT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=48170878;WS=48170860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	48171793	rs10734565	T	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=499;SC=AGCTGGGATCTGAGGGGAGTT;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=33;WE=48171801;WS=48171783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	48184971	rs3830431	CCTTT	C	2987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.947;NF=16;NR=25;PP=2944;ReadPosRankSum=1.465;SC=TGTTAGGCAGCCTTTCTGTCT;SOR=0.645;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=41;WE=48184991;WS=48184961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr11	48184983	rs2270990	G	T	3091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=2962;ReadPosRankSum=2.322;SC=TTTCTGTCTGGATCTAAATCA;SOR=0.605;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=67;WE=48184991;WS=48184961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,82:0.52:159
chr11	48186110	.	ATT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=2.823;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	48188872	rs12809012	G	A	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=879;ReadPosRankSum=1.918;SC=AAAACCTTGCGCCCGTGACCA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=65;WE=48188880;WS=48188862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,102:0.43:236
chr11	48238421	rs10769329	T	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=15;PP=798;SC=AGGATCCAGCTGTGCAGAGTG;SOR=1.244;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=47;WE=48238429;WS=48238411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	48239071	rs12292056	C	A	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=1043;ReadPosRankSum=0.283;SC=GCCCTCTCCACCTGTGCTTCT;SOR=0.955;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=69;WE=48239079;WS=48239061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,82:0.51:160
chr11	48266582	rs7120549	A	C	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=28;PP=1576;SC=GTGAAGAAGTATTTTGTATCA;SOR=1.227;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=77;WE=48266590;WS=48266572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	48266629	.	G	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=720;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GCCTCTTGATGATGACCTCTT;SOR=0.772;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=56;WE=48266637;WS=48266619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,68:0.48:142
chr11	48267537	.	G	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=366;ReadPosRankSum=0.722;SC=AGAGGCTGTGGATTAGGACAT;SOR=1.169;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=27;WE=48267545;WS=48267527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr11	48267589	rs1503180	A	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=658;SC=TTGTATTGATACTTGGGTTTA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=48267597;WS=48267579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	48285301	rs713325	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=264;ReadPosRankSum=-0.226;SC=GAACAAACTCAAGAGGGAGCA;SOR=2.356;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=17;WE=48285309;WS=48285291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
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chr11	48285842	rs1503193	A	G	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TCTCCTCGTGAGGATAGCATG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=139;WE=48285864;WS=48285831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr11	48285856	rs10838850	C	T	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.749;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1175;ReadPosRankSum=0.717;SC=TAGCATGGGGCGGGGGCCTGC;SOR=0.603;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=76;WE=48285864;WS=48285831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,113:0.51:220
chr11	48285981	rs76884411	CCTT	C	3476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=1873;ReadPosRankSum=-1.136;SC=TGCGCAGACACCTTCTTCATT;SOR=0.644;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=105;TCF=28;TCR=77;TR=46;WE=48285991;WS=48285971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,92:0.44:208
chr11	48286231	rs10838851	T	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=781;ReadPosRankSum=-1.132;SC=CTGTATTTTATACAGTGGTCA;SOR=0.579;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=52;WE=48286239;WS=48286221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,78:0.52:150
chr11	48286256	rs10838852	C	T	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,71:0.54:131
chr11	48327885	.	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.575;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,79:0.44:179
chr11	48328644	rs753095	C	T	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=869;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TAAGGAACAACGATGTGAAAA;SOR=0.843;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=64;WE=48328652;WS=48328634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,105:0.41:254
chr11	48346450	rs79776366	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr11	48346458	rs77295176	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr11	48346487	rs33950768	TC	T	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr11	48346513	rs78206553	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.645;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr11	48346523	rs72911451	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.604;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr11	48346535	rs76964780	G	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.535;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr11	48346541	rs75498992	A	T	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.524;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,31:0.31:101
chr11	48346547	rs79042268	C	T	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.540;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,35:0.30:116
chr11	48346551	rs77470587	C	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.594;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,37:0.29:129
chr11	48346579	rs72911452	C	A	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.433;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,57:0.33:172
chr11	48346588	rs75900655	A	C	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=4.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.381;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,65:0.35:187
chr11	48346604	rs75647397	T	G	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=4;HapScore=1;MGOF=109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.05;MQRankSum=1.379;NF=36;NR=20;PP=1730;ReadPosRankSum=-0.667;SC=CACAGAATTTTTCATGCTGGG;SOR=0.777;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=56;WE=48346623;WS=48346594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,71:0.35:204
chr11	48346615	rs73463988	G	A	2717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.342;NF=39;NR=22;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TCATGCTGGGGCTCTCACAGA;SOR=0.798;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=166;TCF=101;TCR=65;TR=61;WE=48346623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,80:0.36:222
chr11	48346660	rs138704181	TTTGCTGATC	T	3101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.866;NF=11;NR=31;PP=2971;ReadPosRankSum=2.484;SC=TTGTGGTCTTTTTGCTGATCT;SOR=0.712;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=42;WE=48346689;WS=48346650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,86:0.37:234
chr11	48346681	rs78490540	G	A	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.238;NF=39;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=1.631;SC=ATGTGGTCACGGTTTGTGGCA;SOR=0.651;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=93;TCR=93;TR=76;WE=48346689;WS=48346650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,90:0.40:226
chr11	48346729	rs73463990	G	C	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.170;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,95:0.43:223
chr11	48346791	rs73463994	C	T	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.128;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,103:0.44:232
chr11	48346822	rs73463997	A	C	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TTGCTGACTCATTGTATGAGG;SOR=0.782;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=69;WE=48346830;WS=48346812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,125:0.44:283
chr11	48346843	rs73463998	C	T	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GGAGAACCATCTCTTATGAGT;SOR=0.682;Source=Platypus;TCF=98;WE=48346851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,121:0.43:284
chr11	48346916	rs77069283	G	C	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.11;ReadPosRankSum=-2.449;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,110:0.41:270
chr11	48346924	rs72911454	T	C	4284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=2.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=-2.902;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,113:0.41:277
chr11	48346932	rs80285195	G	A	3866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=4.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.01;ReadPosRankSum=-1.598;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,108:0.39:276
chr11	48346961	rs75493089	AA	TG	4315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=2642;ReadPosRankSum=0.709;SC=GCCCCTGCACAATACTACCAT;SOR=0.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=85;WE=48346970;WS=48346951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,115:0.40:288
chr11	48346996	rs12794960	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=1.928;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,55:0.18:301
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chr11	48347144	rs79124801	T	C	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=4.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=-1.793;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,71:0.32:223
chr11	48347267	rs73465910	T	C	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=3.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,100:0.39:255
chr11	48347306	rs73465911	G	T	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=717;ReadPosRankSum=1.643;SC=CTTCATTGTTGTTGCCTTGTT;SOR=0.978;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=174;TCF=78;TCR=96;TR=55;WE=48347314;WS=48347296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,86:0.33:262
chr11	48347342	rs76958755	G	A	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=3.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.690;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,70:0.30:234
chr11	48347346	rs74590631	A	T	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=3.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.787;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,70:0.31:228
chr11	48347358	rs76274696	C	T	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,62:0.31:203
chr11	48347363	rs77814753	C	T	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=3.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.267;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,62:0.31:198
chr11	48347392	rs79127479	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=321;ReadPosRankSum=-2.384;SC=CATTATTTTATGGTATTCTGA;SOR=0.997;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=34;WE=48347400;WS=48347382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,52:0.32:165
chr11	48347419	rs73465913	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,38:0.30:128
chr11	48347492	rs79775762	G	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr11	48347498	rs78309417	A	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr11	48347539	rs79172951	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.876;HP=6;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=1.317;SC=CTTTATTTTTGTAAGTGAAAC;SOR=0.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=4;WE=48347547;WS=48347529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	48347563	.	CT	C	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=51.96;NF=1;NR=2;PP=27;QD=16.0;SC=CCAAGCCTTACTTTTTTTGTA;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=3;WE=48347571;WS=48347553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr11	48349128	rs76530627	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr11	48349128	.	GTA	ATG	167	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=4;NR=2;PP=167;QD=36.7446458104;SC=TGTCTTTAAAGTAAAAGTAAA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=6;WE=48349138;WS=48349118;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,6:0.27:22
chr11	48349130	rs75661263	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr11	48349152	rs73465924	A	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=0.767;SC=ATTTTAGATTACAAGTATAAG;SOR=0.798;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=6;WE=48349160;WS=48349142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr11	48349171	rs73465926	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr11	48349209	rs73465927	A	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr11	48349230	rs74884553	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr11	48349235	rs10769662	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,20:0.21:97
chr11	48349252	rs76041098	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GCAAATGACAGAACTTCTTTC;SOR=0.706;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=15;WE=48349260;WS=48349242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,32:0.31:103
chr11	48349312	rs79572913	A	G	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=4.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr11	48349316	rs76607933	T	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,39:0.42:92
chr11	48349320	rs77184441	A	T	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=5.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr11	48349329	rs76765071	C	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.59;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
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chr11	48349391	rs76599777	TG	CA	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.050;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.113;QD=18.66;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr11	48349394	rs78755709	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.040;QD=18.05;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr11	48349407	rs72911467	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.050;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr11	48349425	rs79941850	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.081;NF=2;NR=8;PP=170;ReadPosRankSum=1.112;SC=TTTGATATTATCATGTCTACC;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=48349433;WS=48349415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr11	48366895	rs72473369	A	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=-0.911;SC=TTTGTGTCACAAGACTTATTT;SOR=0.818;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=16;WE=48366903;WS=48366885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr11	48366958	rs76319939	T	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=2179;ReadPosRankSum=-0.241;SC=ATTTTTCACTTCTTTATTTTT;SOR=0.467;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=40;WE=48366980;WS=48366948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,52:0.42:125
chr11	48366971	rs75689989	GG	CA	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.937;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,63:0.39:161
chr11	48367050	rs113897236	T	TAG	5091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=2123;ReadPosRankSum=0.556;SC=GGAAGGAGGTTAGGTCTTAGA;SOR=0.595;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=148;TCF=52;TCR=96;TR=52;WE=48367058;WS=48367040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,137:0.39:350
chr11	48367073	rs7941588	A	C	13734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=139;NR=114;PP=2965;SC=CAGGTATGAAAAAGGGACAAA;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=141;TCR=115;TR=253;WE=48367081;WS=48367063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr11	48367097	rs73453179	A	G	3298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.02;MQRankSum=1.216;NF=49;NR=42;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.485;SC=TAAGATGACAATGAAGATATG;SOR=0.698;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=271;TCF=143;TCR=128;TR=91;WE=48367105;WS=48367087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,178:0.41:439
chr11	48367133	rs79453749	C	A	5910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=1.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.222;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,160:0.40:397
chr11	48367136	rs78927905	C	T	5937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.220;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,158:0.40:391
chr11	48367155	rs75315666	T	A	5255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=4.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.260;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.477;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,136:0.39:350
chr11	48367159	rs75667244	C	T	5079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=2.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.290;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,128:0.38:339
chr11	48367163	rs74650698	A	G	4765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.274;QD=14.62;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,125:0.38:326
chr11	48367170	rs77876442	G	A	4852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.265;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,125:0.39:323
chr11	48367190	rs78661795	A	T	4372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.200;QD=15.56;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,116:0.41:281
chr11	48367195	rs79063955	C	T	4055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=1.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.228;QD=14.80;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,110:0.40:274
chr11	48367249	rs74815769	C	T	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,81:0.38:216
chr11	48367252	rs76287086	G	A	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=2.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,81:0.38:216
chr11	48367311	rs73453180	T	C	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=484;ReadPosRankSum=-2.001;SC=ATAAAGTGGTTGATGACATTG;SOR=0.972;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=51;WE=48367319;WS=48367301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,77:0.38:201
chr11	48367363	rs73453183	C	T	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,66:0.34:195
chr11	48367387	rs78788561	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=6.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,64:0.35:184
chr11	48367419	rs77576379	G	A	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=5.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.667;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,47:0.30:157
chr11	48367424	rs77976451	C	G	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=4.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,45:0.30:150
chr11	48367455	rs79175163	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=5.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.620;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.541;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,32:0.27:118
chr11	48367469	rs79686513	TG	CA	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=7.374;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.610;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.128;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,27:0.27:99
chr11	48367474	rs75116918	A	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.552;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,27:0.29:94
chr11	48367499	rs72896822	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-1.553;QD=11.38;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr11	48367511	rs72896823	T	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-1.618;QD=11.79;ReadPosRankSum=-1.707;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr11	48367528	.	G	GAAGAGCTGAGTCATGCAGCCATT	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-1.872;QD=7.68;ReadPosRankSum=-2.558;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr11	48373632	rs4882248	T	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.80;QD=26.37;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr11	48373770	rs73453191	T	A	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=7.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,50:0.44:114
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chr11	48387155	rs10839483	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,21:0.15:139
chr11	48387164	rs72473371	G	A	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=3.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,52:0.36:144
chr11	48387186	rs1994140	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=2.466;SC=TCAATAGGGAAGGTGATCATG;SOR=0.641;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=23;WE=48387194;WS=48387176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,27:0.22:123
chr11	48387201	rs77053100	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,27:0.25:109
chr11	48387206	rs76817095	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,26:0.24:109
chr11	48387210	rs78428763	CC	TG	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.861;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,25:0.23:110
chr11	48387237	rs72898877	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=96;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=312;ReadPosRankSum=-0.145;SC=AAGAATAGGACGACTACAGTG;SOR=0.750;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=31;WE=48387245;WS=48387227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,21:0.17:123
chr11	48387254	rs75441735	A	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.123;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,24:0.18:134
chr11	48387258	rs78030134	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,25:0.19:132
chr11	48387262	rs75430864	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=4.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.076;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,25:0.19:132
chr11	48387268	.	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,43:0.31:137
chr11	48387278	rs139139147	C	CACTGTCCTTCTGT	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.205;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,15:0.12:125
chr11	48387284	.	G	GATGTGAGTCTTTAGTA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.893;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,10:0.08:131
chr11	48387285	.	A	AGTCTTTAGTAG	249.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.112;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,15:0.11:133
chr11	48387291	.	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=2.308;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,54:0.41:132
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chr11	48387630	rs73460777	C	T	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=4;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=886;ReadPosRankSum=-2.161;SC=ATCTCAACTCCCCCAAAGAAA;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=91;TCR=115;TR=70;WE=48387638;WS=48387620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,87:0.29:302
chr11	48387647	rs75615667	A	G	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=894;ReadPosRankSum=-2.376;SC=GAAATGTTCTACAAAGAGCTG;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=81;TCR=114;TR=69;WE=48387655;WS=48387637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,85:0.29:290
chr11	48387668	rs10769651	C	G	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.790;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,55:0.21:268
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chr11	48387683	rs67755516	GT	G	2747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=4;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=2968;ReadPosRankSum=1.460;SC=GAAGGAAATAGTTTTCTTTTC;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=38;TCR=99;TR=42;WE=48387697;WS=48387658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,77:0.30:255
chr11	48387689	rs75371569	T	C	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=2962;ReadPosRankSum=1.416;SC=AATAGTTTTCTTTTCAGTGAG;SOR=0.750;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=188;TCF=90;TCR=98;TR=61;WE=48387697;WS=48387658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,83:0.32:256
chr11	48387705	rs34926479	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=6.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.796;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,37:0.15:243
chr11	48387737	rs73460780	G	C	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1124;ReadPosRankSum=1.084;SC=GGTAGAAGAGGAGCAGCCATC;SOR=0.691;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=186;TCF=95;TCR=91;TR=79;WE=48387745;WS=48387727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,106:0.43:245
chr11	48387757	rs74557904	A	C	2805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=3;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CTATGAAGGAAAAGAAAGACA;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=82;WE=48387765;WS=48387747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,106:0.45:233
chr11	48387780	rs76329018	C	T	3816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,103:0.43:239
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chr11	48387825	rs75650204	T	G	4590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,124:0.43:291
chr11	48387833	rs79515387	T	C	4852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=1.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,128:0.44:289
chr11	48387850	rs73460781	G	T	4155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TGGTGAGAAAGTAGATGAGTG;SOR=0.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=85;TCR=104;TR=81;WE=48387858;WS=48387815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,125:0.43:294
chr11	48387890	rs74623688	T	C	4046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,111:0.41:271
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chr11	48387900	rs74338058	G	A	4000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.57;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,106:0.41:257
chr11	48387917	rs66829866	AT	A	3201.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=35;PP=2954;ReadPosRankSum=0.385;SC=GCCAAGCAAGATGAATTCCGT;SOR=0.684;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=103;TCF=11;TCR=92;TR=37;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,87:0.40:218
chr11	48387919	rs114441034	G	A	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=2962;ReadPosRankSum=0.300;SC=CAAGCAAGATGAATTCCGTTA;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=54;TCR=90;TR=54;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,86:0.40:215
chr11	48387930	rs75939575	T	C	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=2508;ReadPosRankSum=0.116;SC=AATTCCGTTATGTTGTTCACT;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=48;TCR=89;TR=54;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,74:0.39:189
chr11	48387945	rs139770813	C	CCA	2249.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=2954;ReadPosRankSum=0.665;SC=TTCACTTGCTCGAAATCCAGT;SOR=0.667;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=86;TCF=9;TCR=77;TR=31;WE=48387991;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,61:0.37:164
chr11	48387946	rs114053360	G	T	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=2371;ReadPosRankSum=0.662;SC=TCACTTGCTCGAAATCCAGTT;SOR=0.716;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=40;WE=48387991;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,60:0.36:165
chr11	48387960	rs79688019	T	C	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=2644;ReadPosRankSum=0.332;SC=TCCAGTTTGGTATTTGGATAA;SOR=0.975;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=39;WE=48387991;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,51:0.36:142
chr11	48387978	rs78160589	T	A	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,44:0.40:111
chr11	48387983	rs75819836	T	C	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr11	48388047	rs75982328	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr11	48388047	.	TTA	CTG	375	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=7;PP=375;QD=38.9516249875;SC=TTGGTCAGGATTATTTTCTGT;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=11;WE=48388057;WS=48388037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,11:0.33:33
chr11	48388049	rs77697332	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr11	48388067	rs73460782	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TAACACTGATGGAATCCCTAA;SOR=0.148;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=10;WE=48388075;WS=48388057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr11	48388094	.	C	CTT	601	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=76;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=4;PP=601;QD=107.333333333;SC=AAACCCAAGACTAAGTTGAGC;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=48388123;WS=48388084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr11	48388487	rs78414756	C	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.966;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr11	48388524	rs76789954	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=1.132;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	48388524	.	CAA	TAG	282	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=75;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=7;NR=0;PP=282;QD=47.9239821232;SC=ATTTCAGAATCAACTGAACTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=48388534;WS=48388514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr11	48388526	rs77473022	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.303;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	48388542	rs77282201	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.721;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr11	48388544	rs74346885	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.721;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr11	48388553	rs80082776	C	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr11	48388563	rs77148147	CT	AG	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=-1.726;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr11	48388567	rs79767657	A	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=-2.563;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr11	48388571	rs79079495	C	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr11	48388583	rs77992774	A	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=1171;ReadPosRankSum=-1.679;SC=GTTAGATTTGAGAATTTATGC;SOR=0.972;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=23;WE=48388591;WS=48388532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr11	48388610	rs79108820	T	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,42:0.33:127
chr11	48388612	rs76366705	T	C	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.317;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,42:0.32:130
chr11	48388614	rs146852809	T	C	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=1.159;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,44:0.33:134
chr11	48388621	rs75849499	ACA	GTC	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=1.344;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,49:0.33:147
chr11	48388641	rs80267937	G	A	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,73:0.40:184
chr11	48388657	rs80000751	G	A	2945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,78:0.38:206
chr11	48388681	rs76712816	G	A	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,96:0.42:230
chr11	48388698	rs77483743	C	T	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,95:0.42:226
chr11	48388717	rs78132200	T	C	3002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.240;QD=14.58;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,82:0.40:206
chr11	48388782	rs76039310	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.146;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.898;NF=5;NR=21;PP=332;ReadPosRankSum=-0.570;SC=AAGGATGACTATGAAAAATTA;SOR=1.466;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=26;WE=48388790;WS=48388772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr11	48388833	rs73460789	A	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.201;NF=0;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=0.518;SC=GGTGAGGGAAAAAAAGCACCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=9;WE=48388841;WS=48388823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr11	48453787	rs4882063	G	A	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.31;MQRankSum=6.703;QD=20.71;ReadPosRankSum=5.552;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,131:0.91:144
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chr11	48510777	rs7103992	G	A	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=42;PP=2033;SC=GCTGCTGGTAGTGTCCTGGGT;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=101;WE=48510785;WS=48510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	48511147	.	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=417;ReadPosRankSum=-1.896;SC=ATTGACAAATCAGTGAGTGTG;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=28;WE=48511155;WS=48511137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr11	48511315	rs66756334	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.021;NF=11;NR=17;PP=343;ReadPosRankSum=-0.886;SC=GACTTTACAGCCTTTCTCCTT;SOR=0.839;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=28;WE=48511323;WS=48511305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr11	48997592	rs1813231	C	T	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=26.31;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	48997638	rs111992195	C	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-4.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=135;ReadPosRankSum=0.458;SC=CAAGAATTTACTTTGCCAAGA;SOR=0.184;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=48997646;WS=48997628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	49000423	rs1965370	C	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=5;PP=834;SC=TCAGTCCGTACCTGGAATAGC;SOR=2.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=49000431;WS=49000414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	49000522	rs1963629	C	T	4878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=25.68;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	49002343	rs9783302	T	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=474;SC=CAAGTGTTTTTTCCTTGTTTG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=49002351;WS=49002333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	49056627	rs144534447	CT	C,CTT	423.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=6.422;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-2.668;QD=6.14;ReadPosRankSum=2.204;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:15,25,29:0.36,0.42:69
chr11	49059362	rs2696914	C	A	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=68;PP=2083;SC=CTCCCCACTTCTGCTGCAATA;SOR=1.079;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=118;WE=49059370;WS=49059352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	49075314	.	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-0.473;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.349;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	49075605	rs2851535	G	A	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=35;PP=1440;SC=AATGCTTGCCGGAGGTGAATG;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=49075613;WS=49075595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	49076963	rs34650085	C	CAA	2585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;QD=25.60;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr11	49077012	rs2773242	C	T	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=40;PP=1151;SC=GCTAATCACACAGTCATATGA;SOR=0.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=73;WE=49077020;WS=49077002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	49077889	rs36015501	AT	A	2493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=32;PP=972;SC=CAGAAATAGCATTTTTTTTAG;SOR=0.729;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=43;WE=49077897;WS=49077879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	49079693	.	C	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-1.195;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr11	49080616	rs60452246	T	C	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=351;ReadPosRankSum=0.999;SC=TTCACGCAAATGCAGCAAATG;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=37;WE=49080624;WS=49080606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,65:0.45:146
chr11	49080677	rs34947092	T	TA	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.571;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr11	49080735	.	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.526;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=330;ReadPosRankSum=-0.943;SC=CGATGAAAAGGAAAAAAAGGC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=19;WE=49080743;WS=49080725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr11	49138552	rs11040259	C	A	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQRankSum=-1.436;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,65:0.61:106
chr11	49144969	rs199997495	G	GT	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-0.645;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.402;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr11	49170334	rs202694	T	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=0.222;SC=ATGTTTCTACTCAGAAAATAA;SOR=0.252;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=21;WE=49170342;WS=49170324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr11	49176057	rs2988340	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.872;NF=11;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=0.970;SC=ACAGAAAAAACAACAAAACAT;SOR=0.498;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=23;WE=49176065;WS=49176047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr11	49190824	.	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.554;NF=21;NR=27;PP=670;ReadPosRankSum=-1.925;SC=TAATAAAAAGGAAAACTATAA;SOR=0.896;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=48;WE=49190832;WS=49190814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,63:0.50:126
chr11	49192667	rs10839236	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=-0.415;SC=ATATTCACTTCTTATTTTTAT;SOR=0.593;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=11;WE=49192675;WS=49192657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr11	49192905	rs34828796	GA	G	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQRankSum=-0.211;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,40:0.87:46
chr11	49195090	rs202718	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=10.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-0.133;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.502;SOR=2.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr11	49196332	rs4929893	C	T	522.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5030;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=1.344;NF=12;NR=3;PP=229;ReadPosRankSum=0.423;SC=CGATTTTCTTCGTTTGTTTGT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=49196341;WS=49196328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr11	49196555	.	T	TA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr11	49196652	rs202715	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=0.863;SC=AAACTGAAAACTGATTAACAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=49196660;WS=49196642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	49208332	.	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=358;ReadPosRankSum=1.922;SC=CTGTTGAGATCGGGAATGACT;SOR=0.880;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=29;WE=49208340;WS=49208322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr11	49214499	rs4315497	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.694;SC=TTTGATTACTGTAATCAAACA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=49214507;WS=49214489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	49221781	.	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.153;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.740;NF=21;NR=2;PP=379;ReadPosRankSum=0.266;SC=GGGAATGTTTCTTTTATTTAT;SOR=1.644;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=23;WE=49221793;WS=49221771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr11	49229488	.	AAAAC	A	1782.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=2.697;QD=21.74;ReadPosRankSum=1.344;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr11	49329521	rs1164671	T	C	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.666;NF=35;NR=28;PP=864;ReadPosRankSum=-1.535;SC=ATTTTGGTCATAAGTCATCCC;SOR=0.724;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=63;WE=49329529;WS=49329511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,100:0.53:190
chr11	49329552	rs1164670	G	A	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=64;PP=2032;SC=TGGAAATCCGGATGGTCAAAG;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=120;WE=49329560;WS=49329542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	49372872	rs3915110	G	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.340;NF=18;NR=26;PP=627;ReadPosRankSum=2.832;SC=TGATGAGGCAGTGGGCATAGT;SOR=0.831;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=44;WE=49372880;WS=49372862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
chr11	49400965	rs3974576	T	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQRankSum=-3.908;QD=11.89;ReadPosRankSum=2.406;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr11	49401125	rs7102702	T	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-0.489;SC=ATCAGACAGCTGTGTTATGCC;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=49401133;WS=49401115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr11	49454956	rs59892235	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-0.502;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	49597799	rs7131345	C	T	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=46;PP=2181;SC=TGTCCTAAAACGGTCCTTCTG;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=120;WE=49597807;WS=49597789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	49598178	rs7101761	G	A	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.134;NF=35;NR=32;PP=948;ReadPosRankSum=-0.102;SC=AGGGCTTGGTGTGCTCTGTGG;SOR=0.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=81;TCR=71;TR=67;WE=49598186;WS=49598168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,95:0.46:208
chr11	49598207	rs3750925	T	C	3394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=3.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-6.136;QD=16.17;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,92:0.44:210
chr11	49598207	.	TCT	CCC	2274	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=57.3;NF=37;NR=31;PP=2274;QD=34.227468748;SC=TCCTCTTCCTTCTGCTCCAAG;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=151;TCF=75;TCR=76;TR=68;WE=49598217;WS=49598197;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:83,68:0.45:151
chr11	49598209	rs7939515	T	C	3394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=3.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-6.074;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,91:0.44:205
chr11	49637416	rs7125677	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.765;NF=1;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.589;SC=ATGCTAAAATACCCTTAATGA;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=49637424;WS=49637406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	49729299	rs67084465	AC	A	1687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.925;NF=6;NR=19;PP=757;ReadPosRankSum=0.876;SC=TCTCATCAACACCCCAACTGG;SOR=0.756;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=25;WE=49729307;WS=49729289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,64:0.46:138
chr11	49805668	rs34269909	T	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.083;NF=7;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=0.724;SC=ATACCAGGAATTTGGCAGCAC;SOR=0.878;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=22;WE=49805676;WS=49805658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr11	49813442	rs7943083	A	G	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=396;SC=GGACCCTGCGACCTTCCGCAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=49813450;WS=49813432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	49813497	.	CTT	C	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-0.365;QD=11.09;ReadPosRankSum=2.288;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr11	49813637	rs11530434	A	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=574;SC=CTTGTGAGAGACACAACGGTA;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=26;WE=49813645;WS=49813627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	49813659	.	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.03;MQRankSum=-0.050;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr11	49829193	rs35198519	AT	A	783.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.480;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,56:0.50:113
chr11	49974371	rs28662375	G	A	5982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=87;PP=2940;SC=CTATACCACCGTCATGAAGCA;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=164;WE=49974379;WS=49974361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr11	50003191	rs4598671	C	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.809;NF=18;NR=10;PP=414;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GTGTAGACCACGGGATTTAAC;SOR=0.909;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=28;WE=50003199;WS=50003181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,54:0.34:159
chr11	51412202	.	G	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=462;ReadPosRankSum=-0.605;SC=ATCTATAAATGACAGGCAGGC;SOR=0.896;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=30;WE=51412210;WS=51412192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr11	51459199	rs193202852	A	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.259;NF=23;NR=20;PP=732;ReadPosRankSum=1.307;SC=AGCAAAACACACACCCATTGT;SOR=0.683;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=43;WE=51459207;WS=51459189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr11	51459614	rs200660117	C	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.658;NF=3;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=-1.454;SC=TTGGCTCCATCTATTCTTTAC;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=13;WE=51459622;WS=51459604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr11	51459673	rs189944547	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-2.469;NF=3;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=0.206;SC=AAACAAGGGGGGAAAACTTTA;SOR=1.123;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=11;WE=51459681;WS=51459663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr11	51516000	rs11246607	C	T	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=58;PP=2083;SC=ACCTGTGTCTCCCACATCACG;SOR=1.152;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=97;WE=51516008;WS=51515990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	51516036	rs11246608	G	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=46;SC=TTTGTGCCCTGCATATTTGTG;SOR=1.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=69;WE=51516044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	51516144	rs11246609	A	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=33;PP=1542;SC=TATACCTTGAAGAATGCCCAG;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=69;WE=51516152;WS=51516134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	55035809	rs11407154	A	AT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.520;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,19:0.18:106
chr11	55111238	rs11229158	C	A	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=28;PP=882;SC=ACTGTTGTGCCTTGACACCTA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=55111246;WS=55111228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	55111584	rs10896659	A	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=285;SC=TGGTGTGAAAAGTTAAGTATA;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=55111592;WS=55111574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	55135435	rs1425193	C	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	55136150	rs199544134	C	T	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=746;ReadPosRankSum=-1.802;SC=AAACGAAAAGCTTTCTACACC;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=58;WE=55136158;WS=55136140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,86:0.43:199
chr11	55322211	rs9804659	A	G	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=57;PP=2083;SC=ATGTGACAAAAACCATCTCTT;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=45;TCR=57;TR=101;WE=55322219;WS=55322201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	55322738	rs370727655	C	T	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.938;SC=TCTGCTTTTTCCCTTGACAAA;SOR=0.868;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=84;WE=55322746;WS=55322728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,122:0.60:204
chr11	55339652	rs1459101	C	T	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=57;PP=1897;SC=TGGATTGACACAGGATCCTTT;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=111;WE=55339660;WS=55339642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	55339798	rs557667	C	T	7156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=98;NR=76;PP=2965;SC=TCTACTTATCCTTATCTGATA;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=98;TCR=77;TR=174;WE=55339806;WS=55339788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	55339829	rs557590	A	G	8567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=92;PP=2965;SC=TACTTCCATAACCCCTAGAAT;SOR=0.797;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=197;WE=55339837;WS=55339819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr11	55340379	rs559449	T	C	6099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=76;PP=2719;SC=TACACATGCCTTGCAACCGTA;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=60;TCR=77;TR=136;WE=55340387;WS=55340369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	55433040	rs11230600	T	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=37;PP=1239;SC=TACACGATCATCATGAGTCCA;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=55433048;WS=55433030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	55433566	.	G	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=610;ReadPosRankSum=0.208;SC=CTTTGGCTGGGAAATAACTGC;SOR=0.699;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=41;WE=55433574;WS=55433556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr11	55541098	rs297118	G	A	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=59;PP=2271;SC=ACAATCATGTGCTTTTTCCTT;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=122;WE=55541106;WS=55541088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	55563235	.	C	T	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=554;ReadPosRankSum=-1.471;SC=TTAGTCACCTCTCTTTTGTTG;SOR=0.823;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=40;WE=55563243;WS=55563225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,72:0.49:148
chr11	55563776	rs297054	T	G	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=72;PP=2965;SC=CCACCTGACTTCTATCACCAT;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=145;WE=55563784;WS=55563766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	55579489	.	C	T	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TGATCTACCTCCTGTCTTAAG;SOR=0.946;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=115;TCF=67;TCR=48;TR=47;WE=55579497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,69:0.46:151
chr11	55587117	rs297082	T	A	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=20;PP=1121;SC=TGCTGCTGACTGATAGAAATA;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=55587125;WS=55587107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	55587511	rs297081	A	G	4966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=51;PP=2097;SC=CTACACAGTTAACATGTCCCA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=105;WE=55587519;WS=55587501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	55587914	rs55832853	A	G	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=57;PP=1767;SC=AACTCCAGGCACACAGTCAAA;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=55587922;WS=55587904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	55606302	rs6591699	G	T	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	55606818	rs11231253	C	T	7515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=87;PP=2965;SC=CTTATCTCAGCCAGTTGCTTC;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=93;TCR=87;TR=180;WE=55606826;WS=55606808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	55656483	rs7483200	T	A	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=30;PP=946;SC=CACAGGTGAGTGCACACCAAG;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=51;WE=55656491;WS=55656473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	55656527	.	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.475;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=1.093;SC=CCACAAATATCAAGCAGGAAC;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=16;WE=55656535;WS=55656517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr11	55681494	rs2457239	G	A	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=42;PP=1884;SC=GTATCTGAGCGAGAGAGTAAT;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=99;WE=55681502;WS=55681484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	55682111	rs2940752	T	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=282;SC=AGAATGACAGTCTAGAACTTG;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=55682119;WS=55682101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	55735900	.	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=-1.360;SC=ATCCAGTGGAGATTGGGAATA;SOR=0.551;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=7;WE=55735908;WS=55735890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr11	55746891	rs7481466	G	A	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=31;PP=1383;SC=AATGGGGAAGGCAACTGTATA;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=76;WE=55746899;WS=55746881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	55761221	rs2449134	C	T	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.64;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	55761223	.	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr11	55761376	.	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=225;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TCAGGTGAGAGGCACACGTGG;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=16;WE=55761384;WS=55761366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr11	55761738	rs2128152	T	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=22;PP=1066;SC=GCCGCATACCTGTCATAGGCC;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=55761746;WS=55761728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	55798152	rs1482011	G	A	6018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=49;PP=2380;SC=CAAACTTCTTGGCATCCAGGA;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=121;WE=55798160;WS=55798142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	55860780	rs1842700	G	A	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=40;PP=1669;SC=CTGAGTTGATGTAAATGGCTG;SOR=0.837;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=95;WE=55860788;WS=55860770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	55861050	.	G	A	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=1117;ReadPosRankSum=0.333;SC=AATCCAATCGGAGATCCATCT;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=70;WE=55861058;WS=55861040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,96:0.54:179
chr11	55861464	.	C	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.561;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.567;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=636;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TCCTGAGGATCCAGTCAGCAG;SOR=0.201;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=43;WE=55861484;WS=55861454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,68:0.62:110
chr11	55872876	rs2512961	C	T	6545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=105;PP=2965;SC=CTCAATGGCCCATGATCGCTA;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=94;TCR=105;TR=199;WE=55872884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	55873024	rs2449148	A	G	10520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=115;PP=2965;SC=TTGCATTTCTACGACTCAAAC;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=115;TCR=119;TR=230;WE=55873032;WS=55873014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr11	55873368	rs1842696	G	A	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=52;PP=1851;SC=TGTGATTCCCGTGCTGAATCC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=101;WE=55873376;WS=55873358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	55873475	rs2170447	C	T	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=46;PP=1235;SC=AGCAGGAATGCTGAACATTTA;SOR=1.395;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=67;WE=55873483;WS=55873465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	55889790	rs2035408	G	T	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=18;PP=1339;SC=GTAGCTGGGAGTACAGGCGCC;SOR=1.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=55889798;WS=55889780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	55890257	rs1842691	C	T	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=81;PP=2965;SC=AGTTATTATGCCCAAAAGGCT;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=175;WE=55890265;WS=55890247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	55927528	.	C	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=573;ReadPosRankSum=-0.231;SC=AATAGTATTTCGATCCACAAC;SOR=0.845;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=43;WE=55927536;WS=55927518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,79:0.43:184
chr11	55944048	rs10896103	G	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=347;SC=CAAATTATGAGTCTATCTTTT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=55944056;WS=55944038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	55944671	.	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.816;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=-0.908;NF=13;NR=13;PP=457;ReadPosRankSum=-1.619;SC=TCTGACACCTCCATGAATGAG;SOR=0.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=26;WE=55944679;WS=55944661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr11	56000403	rs10791893	C	G	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=53;PP=1679;SC=CTAATGACCACTAAAATCAGT;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=97;WE=56000411;WS=56000393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	56000600	rs3919907	G	T	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=30;PP=1170;SC=ATGACAAAAAGAATGAACAAC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=67;WE=56000608;WS=56000590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	56015479	rs1531757	A	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=430;SC=ATGAGCAGACAACGAAGATTG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=56015487;WS=56015469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	56043604	rs12360890	A	G	9429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-1.018;NF=129;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.570;SC=CTATGTTGCTAGCATTTTACA;SOR=0.315;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=247;TCF=129;TCR=118;TR=244;WE=56043612;WS=56043594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,352:1.00:353
chr11	56043702	rs7125697	G	C	8110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=114;PP=2965;SC=TGCCTCCTCTGCTTGCTATTT;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=97;TCR=116;TR=210;WE=56043710;WS=56043692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr11	56057419	rs17150286	A	G	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=10;PP=599;SC=ATTTCTAATTACAATCTGGAT;SOR=1.552;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=31;WE=56057427;WS=56057409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	56058197	rs1842674	G	A	6270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=93;PP=2965;SC=CCATTGATGAGAGAAGAAAAC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=87;TCR=93;TR=180;WE=56058205;WS=56058187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	56058290	.	C	T	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.130;NF=38;NR=46;PP=1140;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TCAGTAAGTTCGCTAAGGTTT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=87;TCR=105;TR=84;WE=56058298;WS=56058280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,133:0.45:296
chr11	56086147	rs960193	T	G	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=45;PP=1883;SC=TCCTACGACCTCTATGTGGCC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=100;WE=56086155;WS=56086137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr11	56113575	rs10896271	A	G	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=33;PP=1847;SC=ATTTATTCTCATGGGGATTAC;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=102;WE=56113583;WS=56113565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
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chr11	56143539	rs75226392	T	C	4875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=10.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=1.585;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,133:0.31:423
chr11	56143543	rs76579014	TT	CC	5050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=11.701;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=1.178;SOR=1.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,140:0.33:428
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chr11	56143807	rs201727202	G	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=8.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.924;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.544;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,37:0.21:176
chr11	56143810	rs201982103	T	C	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=7.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.951;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.655;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,36:0.21:175
chr11	56143816	rs111512467	G	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=8.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.978;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.527;SOR=1.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,34:0.20:169
chr11	56143819	rs113312059	G	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=7.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.948;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.021;SOR=1.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,34:0.21:165
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chr11	56143858	rs78068762	G	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-2.009;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.732;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,29:0.20:148
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chr11	56143936	rs72925527	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,11:0.10:106
chr11	56143942	rs72925528	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-1.937;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,10:0.10:100
chr11	56184888	rs998544	G	A	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=44;PP=1716;SC=AAATACAGAAGCCATCTTGTC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=93;WE=56184896;WS=56184878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	56185345	rs6591324	A	G	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=41;PP=1624;SC=GCGACATAGCAATCGTAGGCC;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=87;WE=56185353;WS=56185335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	56216838	.	G	A	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.429;NF=33;NR=35;PP=1042;ReadPosRankSum=-1.713;SC=CTCAGCAGAAGGAAGGCAGAA;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=68;WE=56216846;WS=56216828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,82:0.53:154
chr11	56258335	rs117074178	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.647;NF=15;NR=11;PP=409;ReadPosRankSum=0.459;SC=ATTAATTTCATTGGGGCCACA;SOR=0.953;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=26;WE=56258343;WS=56258325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr11	56258807	.	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=557;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GTCAGTCCCAGGAGAATGAAC;SOR=0.500;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=41;WE=56258815;WS=56258797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,60:0.51:118
chr11	56310222	rs628524	C	T	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=37;PP=1329;SC=GTTGATGACACTGGATCTACA;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=74;WE=56310230;WS=56310212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	56310877	rs66945922	C	CTT	126	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=113;SC=CTACCATAAACTGGTTTTGGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=56310885;WS=56310867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	56344993	rs10792043	C	A	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=54;PP=2552;SC=CAAATGTCTACAAAGGAGAGG;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=76;TCR=54;TR=130;WE=56345001;WS=56344983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	56380134	rs4939078	C	G	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=46;PP=1858;SC=CAGCATTGGGCTCAAAAAAGT;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=99;WE=56380142;WS=56380124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	56380724	.	G	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.175;NF=29;NR=25;PP=805;ReadPosRankSum=0.570;SC=GTTCTGAGAGGAAATTGTGCA;SOR=0.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=54;WE=56380732;WS=56380714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,67:0.37:181
chr11	56431216	rs11228710	C	T	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=33;PP=1636;SC=GGGCATCACCCAGGACCCTCA;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=56431224;WS=56431206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	56431347	.	C	T	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1098;ReadPosRankSum=0.940;SC=TGTATTTTTTCCTCTGCAACC;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=80;TCR=70;TR=76;WE=56431355;WS=56431337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,113:0.47:243
chr11	56467757	.	CACG	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	56467763	.	A	AGAT	145.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	56467764	rs78916686	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	56467787	rs74218731	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=0.049;SC=ATCTTATGTAACATAATTCTA;SOR=1.112;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=8;WE=56467795;WS=56467777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr11	56467810	rs76085479	A	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.04;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr11	56467813	rs77180330	A	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.03;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr11	56467816	rs78119960	G	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.46;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=1.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr11	56467819	rs78036340	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.86;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=1.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr11	56467833	rs73474897	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.491;HP=3;HapScore=4;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=952;ReadPosRankSum=0.102;SC=GAGCTCATTTTCTTTCCCCAT;SOR=1.420;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=19;WE=56467841;WS=56467800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr11	56467881	rs73474900	T	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=502;ReadPosRankSum=1.946;SC=GGAGCAATCATACAGTGACTG;SOR=0.753;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=31;WE=56467889;WS=56467871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr11	56467926	rs1704284	A	G	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.845;NF=31;NR=17;PP=765;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CAGACCCAGGAATGCAGCTGG;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=48;WE=56467934;WS=56467916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,70:0.47:149
chr11	56467945	rs36184181	G	T	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-3.176;NF=31;NR=26;PP=771;ReadPosRankSum=-1.273;SC=GGGCCTCTTCGTGGTGTTCCT;SOR=0.576;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=57;WE=56467953;WS=56467935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,83:0.48:172
chr11	56468020	rs532637	TG	CA	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.246;NF=21;NR=25;PP=1637;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TAATGACTCCTGCCTCCACAC;SOR=0.905;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=46;WE=56468029;WS=56468010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,73:0.47:155
chr11	56468044	rs3975155	T	G	5995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.74;QD=45.08;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	56468047	rs2865519	AC	GT	5950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.65;QD=46.49;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	56468111	rs602224	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.010;NF=20;NR=21;PP=645;ReadPosRankSum=2.869;SC=ATCCTAGTGACCTGCATCTCT;SOR=0.670;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=41;WE=56468119;WS=56468101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr11	56468198	rs4990194	A	G	3678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=2.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.641;QD=16.13;ReadPosRankSum=1.028;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,97:0.43:228
chr11	56468200	rs4990195	C	T	3720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=3.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.641;QD=16.32;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,97:0.43:228
chr11	56468202	rs4990196	G	A	3852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=3.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.620;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,98:0.43:227
chr11	56468212	rs591369	G	A	4170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=2.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.532;QD=16.23;ReadPosRankSum=-1.227;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,118:0.46:257
chr11	56468259	rs503776	C	T	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.032;NF=49;NR=47;PP=1417;ReadPosRankSum=-1.256;SC=TGCTTTATGCCCAGGCCATGT;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=99;TCR=92;TR=96;WE=56468267;WS=56468249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,144:0.51:281
chr11	56468368	rs11228733	C	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1059;ReadPosRankSum=-0.565;SC=TAACTTCTGCCGTGAAAACAT;SOR=0.768;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=68;WE=56468376;WS=56468358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,97:0.40:241
chr11	56468403	rs11228734	G	A	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.378;HP=3;HapScore=3;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=2493;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TCTGTGATTTGCTTCCCTTGG;SOR=0.667;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=159;TCF=78;TCR=81;TR=66;WE=56468424;WS=56468393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,87:0.41:214
chr11	56468416	rs11228735	G	A	3633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.704;HP=1;HapScore=3;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=2493;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TCCCTTGGTGGAGCTGGCCTG;SOR=0.797;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=160;TCF=82;TCR=78;TR=69;WE=56468424;WS=56468393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,94:0.44:214
chr11	56468440	rs12421330	G	T	3749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=5.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.53;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,95:0.49:192
chr11	56468448	rs80194264	AA	GT	3603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=4.185;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.17;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,93:0.49:188
chr11	56468452	rs79970235	A	C	3643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.18;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,96:0.51:190
chr11	56468493	rs10792053	A	G	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1112;ReadPosRankSum=0.666;SC=TCTGCCCCGCAGTGCTCATCC;SOR=0.755;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=82;WE=56468501;WS=56468483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,125:0.57:221
chr11	56468554	rs12420076	A	C	6879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.57;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,175:0.55:319
chr11	56468560	rs10896516	TA	CG	7057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.13;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,179:0.54:334
chr11	56468637	rs76884192	C	T	7090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,194:0.50:390
chr11	56468646	rs78493274	C	T	6835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.76;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,181:0.47:385
chr11	56468694	rs79060400	C	T	4976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,136:0.44:308
chr11	56468699	rs79251113	T	A	4934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.29;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,129:0.43:303
chr11	56468704	rs79288825	T	C	4793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,127:0.43:295
chr11	56468720	rs66943455	T	C	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,115:0.43:268
chr11	56468817	rs74605930	G	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=8.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr11	56468819	rs78460796	CC	TT	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=8.106;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=1.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr11	56468828	rs530142	G	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=5.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=1.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr11	56468832	rs79579174	G	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr11	56468835	rs588308	G	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr11	56468870	.	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.005;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=11.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=2.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr11	56468871	.	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.094;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=9.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.306;SOR=2.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr11	56468872	.	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=9.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.290;SOR=2.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr11	56468877	.	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.467;SOR=2.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr11	56468881	.	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=6.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr11	56468883	.	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.560;SOR=2.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr11	56468893	rs79757227	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.594;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr11	56468897	.	G	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.683;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr11	56468909	rs79696743	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.055;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr11	56468909	.	TG	CA	975	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=82;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=975;QD=146.923982123;SC=GTTACAGACATGTACAATAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=56468918;WS=56468860;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,7:0.41:17
chr11	56468910	rs79587945	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr11	56508476	rs11228758	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=0.169;SC=TTCTACCTTTTATACTATGCT;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=9;WE=56508484;WS=56508466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr11	56508525	rs556056	A	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=13;PP=569;SC=AGTCTGAGGAATAAAGACATG;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=56508533;WS=56508515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	56508619	rs545772	G	A	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=21;PP=627;SC=GCTAAGTGATGACAAACTGCT;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=56508627;WS=56508609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	56508727	rs59062115	GA	G	420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=388;SC=TGTTTGTTATGATTTTGAGAT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=56508735;WS=56508717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	56510243	rs11228762	A	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=258;SC=ATGCAAATGAACACATTTATA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=56510251;WS=56510233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	56510267	.	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CAATAATCTGGAAAATTCAAT;SOR=0.273;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=7;WE=56510275;WS=56510257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr11	56510672	rs577576	T	C	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=75;PP=2836;SC=ACCCTGGTGTTTGTACAGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=74;TCR=76;TR=149;WE=56510680;WS=56510662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	56510857	.	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=489;ReadPosRankSum=0.584;SC=ATAAAGCAATGGGTTACAAAT;SOR=0.956;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=30;WE=56510865;WS=56510847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr11	56511025	rs61736061	T	C	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=937;ReadPosRankSum=0.324;SC=CACAGAGGTATACCAGAAATC;SOR=0.605;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=59;WE=56511033;WS=56511015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,79:0.56:142
chr11	56569784	.	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=315;ReadPosRankSum=0.297;SC=TAGAGTAGGCGAAAGGTGAAA;SOR=0.368;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=21;WE=56569792;WS=56569774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr11	57004344	rs948847	G	T	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=71;PP=2350;SC=CCAGACCGTTGCCCGTGGTGC;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=116;WE=57004352;WS=57004334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	57076524	rs151252290	C	T	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,132:0.42:311
chr11	57077464	rs10896602	T	C	3593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=1587;ReadPosRankSum=0.123;SC=TCCCCAAATCTTGGCCCTGCT;SOR=0.570;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=233;TCF=118;TCR=115;TR=107;WE=57077472;WS=57077454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,179:0.51:354
chr11	57080608	.	G	A	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=2.253;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,152:0.52:291
chr11	57081197	rs4939134	G	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=-0.348;SC=AGCTTCAGGAGTCTGGGCTTC;SOR=0.949;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=11;WE=57081205;WS=57081187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr11	57081475	rs4939135	C	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TGGGAGGAGGCAACTGGAACC;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=57081483;WS=57081465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr11	57094142	.	C	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=-0.830;SC=GCCCCTCACCCTGCCCAGCCC;SOR=1.123;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=13;WE=57094150;WS=57094132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr11	57094842	.	TA	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
chr11	57115779	.	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr11	57117385	rs2276042	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=512;ReadPosRankSum=-1.108;SC=GAGGACCTAGCCATTCTTCCG;SOR=0.699;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=31;WE=57117393;WS=57117375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr11	57118466	rs371754300	CA	C	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=1.507;QD=17.10;ReadPosRankSum=0.197;SOR=1.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr11	57118472	rs373030713	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.107;QD=17.10;ReadPosRankSum=0.073;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr11	57135663	rs55655702	A	AG	827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=746;SC=TCTGGGGGGCAGGGTCTGCTG;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=57135671;WS=57135653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	57137296	rs2276040	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=482;ReadPosRankSum=0.404;SC=GTCAAATGGGGTCACAAAAGA;SOR=0.804;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=35;WE=57137304;WS=57137286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,52:0.43:120
chr11	57137371	rs2276039	G	A	3175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1068;ReadPosRankSum=0.145;SC=ATGAGACTACGCTGAAAATCG;SOR=0.663;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=78;TCR=69;TR=78;WE=57137379;WS=57137361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,165:0.52:318
chr11	57137424	rs2276038	C	T	8047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=80;PP=2539;SC=CAGACCACAGCGGAGAAGCAG;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=70;TCR=80;TR=149;WE=57137432;WS=57137414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr11	57137538	rs67821929	A	AG	1453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=38;PP=1509;SC=TGCCTGAGCAAGGGGCATGGG;SOR=3.564;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=38;WE=57137546;WS=57137528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	57144152	rs1867126	G	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=237;SC=ACTCGGCCATGGCTCACTTTC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=57144160;WS=57144142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	57147016	rs540687	A	G	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=30;PP=1520;SC=GTAGCGGCAGATCTTGCACCT;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=57147024;WS=57147006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	57147353	rs544079	G	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=20;PP=563;SC=CTCCAGCAACGTCGCTCGAGC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=57147361;WS=57147343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	57148053	rs571651	G	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	57148175	rs669661	A	G	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=15;PP=482;SC=AGCAAGAGGCATTGCATATCT;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=57148183;WS=57148165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	57155001	rs536455	G	A	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=34;PP=1535;SC=CGACGCCAGTGGCCTCCTGTG;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=73;WE=57155009;WS=57154991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	57155288	rs630396	T	C	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=50;PP=1445;SC=CAGCCCAGTATGCAAAGTTCC;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=87;WE=57155296;WS=57155278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	57157405	rs490358	A	G	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=39;PP=1476;SC=GCCAGAAGTAAGGGGAGTTTC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=57157413;WS=57157395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	57184218	rs4938865	C	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=15;PP=370;SC=GAGGGAATAGCATGGTGAATC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=57184226;WS=57184208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	57243588	rs2258835	A	G	13295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=2.714;SC=TCTGCACCCTACCTCAGGCCC;SOR=0.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=199;TCR=132;TR=325;WE=57243596;WS=57243578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,510:1.00:512
chr11	57252862	rs11229042	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.389;SC=ATTGTTCCACCAGTATCTCAC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=57252870;WS=57252852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr11	57258617	rs2729384	T	C	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=23;PP=1058;SC=AAGCAACAAGTTGCTGGATGT;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=57258625;WS=57258607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	57265400	rs2581922	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=132;SC=ATACAATAGCCCCAGGAGACG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=57265408;WS=57265390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	57268170	rs2250673	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=5;PP=412;SC=CCCCAGCCCATTCATACTGCC;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=57268178;WS=57268160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	57311478	.	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=-0.974;SC=GTCTGGGTTCCCCCAGCACCT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=16;WE=57311486;WS=57311468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr11	57313469	rs12223229	C	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=395;ReadPosRankSum=0.615;SC=CCGGGGGCCCCGGGCACAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=29;WE=57313477;WS=57313459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr11	57313659	rs2649658	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=156;ReadPosRankSum=-2.021;SC=GGCCCTTCATGGCCTCCTGCC;SOR=0.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=12;WE=57313667;WS=57313649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr11	57320044	rs2234412	T	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=0.764;SC=TGGCTGCCCGTTCCCAATGTC;SOR=0.287;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=19;WE=57320052;WS=57320034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr11	57334508	rs4939152	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=445;ReadPosRankSum=1.372;SC=ACTCCAGGAGGCCTTCCAGGT;SOR=0.641;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=26;WE=57334516;WS=57334498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr11	57334678	rs61886733	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=1.953;SC=GTCATCTGTGTTCATAACCCA;SOR=1.085;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=11;WE=57334686;WS=57334668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr11	57346723	rs112429940	GCACCCTA	G	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.853;NF=0;NR=10;PP=543;ReadPosRankSum=0.068;SC=CATAACCAAAGCACCCTACAG;SOR=1.140;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=57346737;WS=57346713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr11	57365895	rs28362945	G	A	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=102;SC=AGGCTCCGGGGAATGAGGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=57365903;WS=57365885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	57367596	.	C	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=29.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=2.147;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr11	57367809	rs281875169	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=1.542;SC=ATGGCCTTTTCCCCATTCAGC;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=5;WE=57367817;WS=57367799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr11	57379170	rs2511988	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=9;PP=477;SC=GACTGTTAAGATGCATCTCTT;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=57379178;WS=57379160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	57424389	rs55969690	GA	G	425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=-2.077;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr11	57464253	rs150928534	G	A	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=702;ReadPosRankSum=-0.739;SC=ATTGGCCAAGGACAGCCCCCC;SOR=0.672;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=50;WE=57464261;WS=57464243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,87:0.50:175
chr11	57509429	rs635663	A	G	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=53;PP=1634;SC=CGGCAGCAGTAAGTGGGGACC;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=72;WE=57509437;WS=57509419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	57518392	rs56392705	T	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=211;SC=GTAATTGTCCTAGAAACAAAC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=57518400;WS=57518382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	57556673	rs7126553	T	A	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=32;PP=806;SC=TCTTACTTTTTAAGAAATATG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=57556681;WS=57556663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	57559209	.	C	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=615;ReadPosRankSum=-1.094;SC=AGGCTATGATCCTTTTTGGGA;SOR=0.598;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=48;WE=57559217;WS=57559199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr11	57563991	rs10896644	C	T	5682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=70;PP=2572;SC=TGGGACCAGACGGGTTGCCTG;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=152;WE=57563999;WS=57563981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	57571232	rs11229137	C	T	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=54;PP=1662;SC=AGCCACGCCACATTGAGTGGG;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=99;WE=57571240;WS=57571222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	57799108	rs34846253	AC	A	4767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=51;PP=2969;SC=TCGTCTGGACACTGCTGCACA;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=83;WE=57799116;WS=57799098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	57799281	rs142616437	C	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=867;ReadPosRankSum=0.393;SC=TCTGTTGTCACGCCCATGCTC;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=57;WE=57799289;WS=57799271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,76:0.43:175
chr11	57799371	rs1374570	G	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=42;PP=1255;SC=TTTTGGAAGGGACAGTGAGGA;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=57799379;WS=57799361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	57946903	.	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=355;ReadPosRankSum=0.026;SC=CATGTCTCAGGGACCACTGGT;SOR=0.348;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=27;WE=57946911;WS=57946893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr11	57957960	rs61902821	T	C	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=439;SC=AACCACTGGATGGATGGCTGA;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=57957968;WS=57957950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	57958046	.	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=434;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TTCCTCTCTTCCTCATATTTT;SOR=1.405;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=27;WE=57958054;WS=57958036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr11	57958127	.	C	T	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=924;ReadPosRankSum=1.181;SC=ATCGTCGGCTCCACACCCCGA;SOR=0.620;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=61;WE=57958135;WS=57958117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,112:0.52:217
chr11	57958497	rs34337292	T	C	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=79;PP=2536;SC=CTTCATTTTCTGTGACCTCCC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=147;WE=57958505;WS=57958487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	57982229	rs1966836	A	G	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=23;PP=1272;SC=GAAGACTTTTAGTTCCTTTCT;SOR=0.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=60;WE=57982237;WS=57982219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	57982442	.	C	T	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.518;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;ReadPosRankSum=-1.761;SC=GTATCTCTTCCTTGCCAATCT;SOR=0.531;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=57;WE=57982450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr11	57983013	.	G	A	4472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.088;NF=79;NR=68;PP=2095;ReadPosRankSum=-1.040;SC=CTGTTCTACGGAACCATTGTA;SOR=0.811;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=308;TCF=159;TCR=149;TR=147;WE=57983021;WS=57983003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,217:0.50:438
chr11	57983162	rs7103026	A	G	7147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=114;PP=2965;SC=TGCCCTGAGAAAGCTCATCAA;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=65;TCR=114;TR=178;WE=57983170;WS=57983152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr11	57995379	.	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=-1.185;SC=GCCCAGTGCCCCTAAGCCTTC;SOR=0.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=7;WE=57995387;WS=57995369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr11	57996084	rs61902844	G	A	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=26;PP=960;SC=CCCCCAAAATGTTGGAAAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=52;WE=57996092;WS=57996074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	57996312	rs4245219	C	G	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=29;PP=857;SC=ACTCAGTGGGCTCAGACTGGT;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=57996320;WS=57996302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	58169996	rs12279895	T	C	4599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=56;PP=2130;SC=GAATGCACTCTTCACTTCCTT;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=116;WE=58170004;WS=58169986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	58170025	rs12271646	C	G	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=59;PP=2044;SC=GACTATAGACCAGAGGGTTCA;SOR=0.704;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=117;WE=58170033;WS=58170015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	58170143	rs11229409	C	G	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=38;PP=1427;SC=ATAGAAGATGCCGACTGCAAT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=58170151;WS=58170133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	58170291	rs11229410	T	C	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=31;PP=1118;SC=ACAACATAAATAAGAACAAGC;SOR=0.904;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=55;WE=58170299;WS=58170281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	58170342	rs11229411	C	T	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=25;PP=884;SC=ACCATGACTGCTGGAATATCA;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=47;WE=58170350;WS=58170332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	58170374	rs12280114	T	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=21;PP=846;SC=ATGGACTTCATTGGACTTACA;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=45;WE=58170382;WS=58170364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	58170469	rs11229412	C	A	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=22;PP=1067;SC=GACGAGCACACACAGTTGTTG;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=50;WE=58170477;WS=58170459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	58170738	rs11229413	A	G	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=50;PP=1775;SC=CAGGAATCCCAGAATATCAAT;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=102;WE=58170746;WS=58170728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	58170927	rs12278966	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=405;SC=AATACAAAAAAGAACAGTGTG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=58170935;WS=58170917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	58207204	rs4938895	A	G	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=33;PP=1396;SC=ATGGCCAGGCAAGCACATACA;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=69;WE=58207212;WS=58207194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	58274697	.	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=234;ReadPosRankSum=-3.070;SC=GAGCACTTTTCACTTCTTTGT;SOR=0.872;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=20;WE=58274705;WS=58274687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr11	58275084	.	G	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=587;ReadPosRankSum=-0.615;SC=AACCACAGAAGGAGAGTCTGA;SOR=0.549;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=38;WE=58275092;WS=58275074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr11	58295748	rs35632700	TCA	T	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=16;PP=767;SC=CCTTTCAATCTCAGTGTCCTC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=58295757;WS=58295738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	58318619	rs1047979	C	G	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=33;PP=1401;SC=ATTCCTGCTCCAGACCCCCAA;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=79;WE=58318627;WS=58318609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	58352373	.	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr11	58379663	rs139680226	CGT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.253;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.687;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,16:0.20:80
chr11	58386049	rs11426880	A	AT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.106;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr11	58478026	rs675423	G	A	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=22;PP=930;SC=TTACTTGAGAGGTGTGAGTGG;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=58478047;WS=58478016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	58478039	rs675757	T	C	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	58478084	rs675815	T	C	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=32;PP=1207;SC=TTTGCCACCATTGGGAGATAA;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=58478092;WS=58478074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	58492073	rs58778620	GTT	G	419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=235;ReadPosRankSum=0.869;SC=TAATGACCAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=58492082;WS=58492062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr11	58602472	.	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CAAAATGTTTCCAAATAGTTG;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=58602480;WS=58602462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr11	58604472	.	A	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.563;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=186;ReadPosRankSum=0.155;SC=TTGGGAAGCAAAAGGTAAAAT;SOR=0.752;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=14;WE=58604480;WS=58604462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr11	58604806	rs76354468	T	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=449;ReadPosRankSum=0.517;SC=TTCCTCTAATTTGTCAGGAGC;SOR=0.754;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=14;WE=58604820;WS=58604796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr11	58604812	.	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=592;ReadPosRankSum=-1.276;SC=TAATTTGTCAGGAGCTTTGGT;SOR=0.901;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=13;WE=58604820;WS=58604796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr11	58605922	rs10896850	A	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=29;PP=956;SC=ATAAGACATGACATGAGAAAT;SOR=1.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=58605930;WS=58605912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	58674678	.	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr11	58674952	rs35731745	G	GT	615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=459;SC=GCTCTTTTTTGTTTGTTTTGT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=58674960;WS=58674942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	58715285	rs565355	C	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=290;ReadPosRankSum=-0.368;SC=AGATCCTCATCTCTGGGGATC;SOR=1.116;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=22;WE=58715293;WS=58715275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr11	58715513	rs11229707	T	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=1.500;SC=TCAGACACCATGGCTGCTTTT;SOR=0.195;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=15;WE=58715521;WS=58715503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr11	58722296	rs140293060	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=464;ReadPosRankSum=-2.200;SC=TGTTCTCCAAAGAGCCTCAAA;SOR=0.724;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=38;WE=58722304;WS=58722286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr11	58722813	.	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=426;ReadPosRankSum=0.743;SC=CCACCCAGATGATGAATTTGA;SOR=0.482;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=31;WE=58722821;WS=58722803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr11	58940278	rs12796683	G	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GCCAAGACACGGGTGAGCCAG;SOR=0.394;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=58940286;WS=58940268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr11	58962910	rs3841744	TA	T	757.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=679;ReadPosRankSum=1.723;SC=TGTTTGTAGGTAAAAAGTTAC;SOR=0.538;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=23;WE=58962918;WS=58962900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr11	59056153	rs1894123	C	T	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.93;QD=25.37;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	59132798	rs7941190	G	C	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=48;PP=1612;SC=TAAATCCCTTGATTTACAGTT;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=81;WE=59132806;WS=59132788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	59132882	rs10896964	A	G	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=27;PP=837;SC=ACAGATTCTGAGATTTCTGCC;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=59132890;WS=59132872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	59189405	rs9988824	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=603;SC=TTTAAAATTATGTAAATGTCT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=59189413;WS=59189395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	59190316	.	G	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=457;ReadPosRankSum=-2.793;SC=CCAACGTCAGGAGGTAGAGCC;SOR=0.581;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=38;WE=59190324;WS=59190306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr11	59210550	rs7947825	G	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=267;SC=CTCCCTCTCAGGCATTTTGTA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=59210558;WS=59210540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	59211188	rs6591536	G	A	4686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=63;PP=2084;SC=CTTCTTCTGCGACCTCCCACC;SOR=0.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=108;WE=59211196;WS=59211178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	59211265	rs7941591	T	C	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=52;PP=1391;SC=TGGTGGTCACTGTCGGAGGAA;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=88;WE=59211273;WS=59211255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	59224720	rs1453543	A	G	5293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	59245704	.	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.554;NF=22;NR=15;PP=459;ReadPosRankSum=-1.583;SC=CCTCCCCATGGATAAGGCCAT;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=37;WE=59245712;WS=59245694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,51:0.45:113
chr11	59368218	.	C	CA	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.730;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr11	59369401	rs7106463	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=486;SC=CTTATTCTGGAAACTTTTAAC;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=59369409;WS=59369391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	59419124	.	CA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=2.486;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr11	59420570	.	G	GT	209.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.850;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr11	59480951	rs499033	T	C	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=515;ReadPosRankSum=0.516;SC=CGCTATAAACTGGTCATAAGC;SOR=0.921;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=36;WE=59480959;WS=59480941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,58:0.44:133
chr11	59558111	.	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=185;ReadPosRankSum=0.760;SC=TTATTGTTTTCCCTTAACTGT;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=14;WE=59558119;WS=59558101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr11	59563010	.	C	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=470;ReadPosRankSum=-0.881;SC=TGCTGTGTCTCGCTCTTTCTC;SOR=0.440;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=39;WE=59563018;WS=59563000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr11	59626477	rs370252349	TA	T	814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.355;HP=13;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.692;NF=23;NR=14;PP=366;ReadPosRankSum=0.719;SC=AGCTCCATCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.210;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=37;WE=59626486;WS=59626467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr11	59631535	rs34528912	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=590;ReadPosRankSum=1.824;SC=AGGTTTTAGGCGGATGTAGTT;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=46;WE=59631543;WS=59631525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,64:0.45:142
chr11	59710559	.	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=-1.334;SC=TGTTCCCCTTCCTGTGTCCAT;SOR=1.079;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=22;WE=59710567;WS=59710549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr11	59710587	.	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=268;ReadPosRankSum=0.422;SC=CATTGCTCAATTCCCACCTAT;SOR=0.616;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=16;WE=59710595;WS=59710577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr11	59808155	.	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=1.353;SC=ATATACGGAGGATACATTTTC;SOR=0.180;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=11;WE=59808163;WS=59808145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr11	59814009	.	C	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=-0.291;SC=CTCATATTCACTTACTCACAT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=59814017;WS=59813999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	59860249	.	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr11	59860358	rs17860456	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr11	59940396	rs595718	A	G	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.40;SOR=1.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	59940400	rs2044979	C	T	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.03;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	59940403	rs2044978	A	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	59940407	rs592346	A	G	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	59942757	rs662196	C	T	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=137;SC=ATAAACCTGGCTTTCCCCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=59942765;WS=59942747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	59945835	rs187353039	T	C	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.193;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,68:0.54:127
chr11	59946302	rs598862	C	T	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.93;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	59946466	rs587634	T	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=255;SC=TGTAGTGTAATGTAGTAGCTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=59946474;WS=59946456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	59947252	rs583791	C	T	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=14;PP=919;SC=AAGCTATTGGCATCTTCCTCC;SOR=1.576;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=49;WE=59947260;WS=59947242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	59950657	.	C	T	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=7.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.535;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,98:0.51:191
chr11	59997223	rs11230202	A	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	59997296	rs11230203	G	A	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=18;PP=701;SC=GTATTATGAGGCTAGCGGGAC;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=43;WE=59997304;WS=59997286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	59997335	rs608659	T	C	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=28;PP=882;SC=TCTGATCAAATGTGAGTTTAC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=60;WE=59997343;WS=59997325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	60050125	rs10792260	A	G	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=27;PP=785;SC=CAGATGTCTCAATATAGGAAT;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=46;WE=60050133;WS=60050115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	60057715	rs4939331	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=1.673;SC=GATTATAAACAGTAATTTATG;SOR=0.122;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=11;WE=60057723;WS=60057705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr11	60060016	rs2044981	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	60070176	rs6591561	A	G	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,77:0.49:157
chr11	60073597	rs4644658	C	T	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=24;PP=996;SC=GGTGCTCCTCCTAAGTGTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=60073605;WS=60073587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	60073702	rs3018806	A	T	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=32;PP=993;SC=TTTGAAGATGACTGTATTAGT;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=60073710;WS=60073692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	60107470	rs2289612	C	A	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=46;PP=1300;SC=CTTAATCTTGCCTAGTGTATC;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=60107478;WS=60107460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	60152482	rs2233243	A	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=5;PP=557;SC=TATACTCTTTATACTTTACCG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=60152490;WS=60152472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	60152563	rs950803	T	A	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=18;PP=836;SC=TCTTGTAGACTGTCCAGATCC;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=60152571;WS=60152553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	60152584	rs950802	G	A	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	60157107	rs2233252	T	G	3879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=45;PP=1740;SC=TCATGTGAAATCTCTGTGTCT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=90;WE=60157115;WS=60157097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	60157166	rs2233253	C	T	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=44;PP=1247;SC=TTGGTCGGTCCGAATGCCTGG;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=60157174;WS=60157156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	60163958	rs6591579	G	A	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=482;SC=GCTCATCTCTGAGGGCTCCAT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=60163966;WS=60163948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	60164204	rs2241920	G	A	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=33;PP=789;SC=GTCCTCTCCAGTCAATAGGTC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=60164212;WS=60164194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	60164302	rs2241921	C	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=183;SC=GTTAATTCTACTTTTCCCCCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=60164310;WS=60164292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	60165352	rs3217518	ATT	A	10932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=67;PP=2950;SC=TGCTCTAATCATTGTGGGCTT;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=18;TCR=67;TR=84;WE=60165361;WS=60165342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	60172087	rs10750937	C	T	5801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=65;PP=2212;SC=CAAGTATCCACGGCCCCAAGA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=130;WE=60172095;WS=60172077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	60172273	rs10897057	A	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=398;SC=CATAGCTCCCAATCCTTCTTC;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=60172281;WS=60172263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	60173360	rs4938941	A	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=13;PP=702;SC=CATTATTTGCAGGGAATTTTG;SOR=1.107;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=40;WE=60173368;WS=60173350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	60173554	rs4939353	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=13;NR=38;PP=1036;SC=TTAGTAGGAAAAGCAGCATGC;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=60173562;WS=60173544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	60182970	rs7131283	A	T	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=20;PP=878;SC=CCCAGAAGAAAATGATCAATT;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=60182978;WS=60182960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	60184191	rs3825020	G	A	5490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=70;PP=2877;SC=ATCTAAAGATGGACAAGTTAA;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=75;TCR=70;TR=145;WE=60184199;WS=60184181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	60198328	rs708229	C	T	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=10;PP=817;SC=TCCTTTTCACCTTGTTAAAAC;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=60198336;WS=60198306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	60202747	rs894590	C	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	60202798	rs11377519	C	CA	294	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=1.265;SC=CAGAACATAGCAAAAAAAAAA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=60202806;WS=60202788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr11	60215066	.	C	A	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=33;QD=16.9428031368;SC=TCAGGAAAACCGTTACTGTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=60215074;WS=60215056;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,4:0.67:6
chr11	60264755	rs2298551	G	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=721;ReadPosRankSum=2.396;SC=CTGGATAAACGTATCACTTTT;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=49;WE=60264763;WS=60264745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,67:0.45:150
chr11	60264947	rs2298552	C	T	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=914;ReadPosRankSum=0.151;SC=CTCAGCCCTACGGCATCACAT;SOR=0.841;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=148;TCF=58;TCR=90;TR=64;WE=60264955;WS=60264937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,81:0.43:188
chr11	60265002	rs2298553	C	T	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=641;ReadPosRankSum=1.035;SC=AGGAAATATACAAATGATAAA;SOR=0.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=42;WE=60265010;WS=60264992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr11	60265164	rs2298554	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-1.082;SC=AGTTCTGAACGTTATTCTGAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=60265172;WS=60265154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr11	60268679	rs2186918	G	C	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=40;PP=1424;SC=TAGAACACCAGTCCTTCTTGG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=60268687;WS=60268669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	60268703	.	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=1.190;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr11	60268736	rs2298555	C	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CTATCTCCAGCCAATTCACAA;SOR=0.827;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=19;WE=60268744;WS=60268726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr11	60271136	.	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=0.511;SC=CTTCAGTGATCCTGTATATAA;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=14;WE=60271144;WS=60271126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr11	60271325	rs2298556	A	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TGCCTGCTCTATTTTCAGTCC;SOR=0.990;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=60271333;WS=60271315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr11	60274393	rs2298558	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=589;ReadPosRankSum=1.406;SC=TCCTACTATCGGCTTACCAGA;SOR=0.558;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=35;WE=60274401;WS=60274383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr11	60274640	rs2298559	T	C	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=828;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GGAGAAAAACTACTTGCAAAA;SOR=0.883;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=48;WE=60274648;WS=60274630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,67:0.55:122
chr11	60285575	rs10736706	A	G	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=8;PP=382;SC=CATCTTTCACATTTTCATGTG;SOR=1.038;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=60285583;WS=60285565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	60291413	rs6591595	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=106;SC=ACAAAGTATCCGACTCGATCT;SOR=0.892;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=60291421;WS=60291403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	60291504	rs150439352	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=0.473;SC=AAAATATAACGTCTAAACAAT;SOR=0.917;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=9;WE=60291512;WS=60291494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr11	60309947	rs4939400	A	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=329;SC=GTTGTATAATATTAAGAAACA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=60309955;WS=60309937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	60310083	rs11230378	A	T	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=24;PP=741;SC=GCTGTTGCTGATGCCTGGTGT;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=60310091;WS=60310073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	60504424	rs11363998	CT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.140;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr11	60531264	rs12363342	A	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=0;PP=126;SC=AAACAACGCCAGTGGCCTCTG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=60531272;WS=60531254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	60534901	rs4939450	G	C	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=12;PP=824;SC=CTTTCCCAGTGGCCAACAAGC;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=60534909;WS=60534891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	60543367	rs17628721	C	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=-0.224;SC=CACACTTTCCCCAGTGCTTTC;SOR=1.751;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=60543375;WS=60543357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr11	60558375	rs11602321	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=544;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CAGTAGGTCCAGGGCACTAGT;SOR=0.565;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=42;WE=60558383;WS=60558365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr11	60559805	rs931861	A	G	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=65;PP=2206;SC=GTGAGTGGGCACACTGAGATC;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=121;WE=60559813;WS=60559795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	60561613	rs751026	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=307;ReadPosRankSum=1.517;SC=CTGACTTCAGCGAAGGTGCTG;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=20;WE=60561621;WS=60561603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr11	60562975	rs4939457	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=40;ReadPosRankSum=2.193;SC=CACGTGATGCGTGCAGACACC;SOR=0.917;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=6;WE=60562983;WS=60562965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr11	60567230	rs11230483	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=453;ReadPosRankSum=-0.017;SC=TATTTAATCTCAATGTCATTT;SOR=0.844;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=38;WE=60567238;WS=60567220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr11	60567275	rs579967	G	A	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=45;PP=1736;SC=AGCTGCTGTTGCTATTAATAT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=100;WE=60567283;WS=60567265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	60609972	rs2074422	A	G	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=44;PP=1254;ReadPosRankSum=0.840;SC=AGGAGGCACCAAAGTGTTCTC;SOR=0.751;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=166;TCF=83;TCR=83;TR=82;WE=60609980;WS=60609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,116:0.45:256
chr11	60617646	rs495949	T	C	13978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=157;NR=167;PP=2965;SC=AGGCTGCAGCTGCACTAATGT;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=157;TCR=167;TR=324;WE=60617654;WS=60617636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,551:1.00:551
chr11	60620166	.	TGCG	T	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=36;QD=27.0;SC=GTGGAGGAGGTGCGGCGGCGG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=2;WE=60620176;WS=60620156;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chr11	60620585	rs2467642	A	G	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	60620590	rs2428461	C	G	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	60621196	.	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TGGCCGACATCGTGGGGCTCT;SOR=1.136;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=16;WE=60621204;WS=60621186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr11	60635091	rs550479	T	C	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=20;PP=711;SC=TACTGCTGGTTGCCACCCTGG;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=60635099;WS=60635081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	60637164	rs489172	C	T	17083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=152;PP=2965;SC=TCTGTCTCAACCCCACAAACC;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=353;TCF=201;TCR=152;TR=353;WE=60637172;WS=60637154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,626:1.00:626
chr11	60638470	rs566411	A	G	10499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=153;NR=94;PP=2965;SC=TCGTCCTCGTAGTGTCCCAAG;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=153;TCR=95;TR=247;WE=60638478;WS=60638460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr11	60640480	rs2072098	C	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=0.824;SC=CTGAGCCTGCCTTGGAAATGC;SOR=1.371;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=8;WE=60640488;WS=60640470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr11	60642325	rs2074418	G	A	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.322;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=21;PP=1184;ReadPosRankSum=0.903;SC=GGCCCAGCTCGGGGATTCCAT;SOR=1.004;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=126;TCF=82;TCR=44;TR=70;WE=60642333;WS=60642315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,99:0.54:185
chr11	60642551	.	G	A	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=1075;ReadPosRankSum=-1.689;SC=CCTGGCCTCTGGGCCACAGGG;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=72;WE=60642559;WS=60642541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,103:0.53:195
chr11	60658057	.	TAA	T	46.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	60666116	rs3763841	G	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=193;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GGAGGGAAGAGAGACCTGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=16;WE=60666124;WS=60666106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr11	60666341	rs3763840	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TACAGCAGCCGGAGGTCTCAT;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=10;WE=60666349;WS=60666331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr11	60670846	rs2240045	C	T	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.977;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,52:0.46:112
chr11	60673868	rs17155470	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=335;ReadPosRankSum=1.359;SC=GCCGTCACCGTGCTCCGAGGC;SOR=0.638;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=27;WE=60673876;WS=60673858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr11	60687572	rs4939478	G	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TTATTTGATTGCTGTCCTAGG;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=60687580;WS=60687562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr11	60689445	rs555835	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr11	60695301	rs575123	C	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=200;ReadPosRankSum=-0.481;SC=CACACCCTGCCGGCACTGCTC;SOR=0.560;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=12;WE=60695309;WS=60695291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr11	60696554	rs112814977	CAAACT	C	553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.226;NF=1;NR=12;PP=534;ReadPosRankSum=0.370;SC=ATGTGTCCACCAAACTAAACT;SOR=0.693;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=13;WE=60696566;WS=60696544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr11	60697905	rs4939480	T	C	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=395;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TGGCTTTGGCTCCTTGTCTTT;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=31;WE=60697913;WS=60697895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr11	60698054	rs2074416	G	A	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=673;ReadPosRankSum=-0.044;SC=CTGCCAAGCTGGACCGCTTCA;SOR=0.523;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=46;WE=60698062;WS=60698044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr11	60700991	rs512233	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TAGCCCGCCCACCTGCCCTCT;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=6;WE=60700999;WS=60700981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr11	60701136	rs9513	C	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr11	60701920	rs2469884	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr11	60701987	rs7715	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.134;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr11	60702346	rs555622	G	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.722;QD=16.52;ReadPosRankSum=2.355;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr11	60702346	.	GA	TT	185	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.6;NF=1;NR=5;PP=185;QD=39.7446458104;SC=GTGTGTGGGGGAGTTGTGCGG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=60702355;WS=60702336;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr11	60702347	rs555618	A	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.722;QD=16.52;ReadPosRankSum=2.072;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr11	60703260	rs525574	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-1.226;SC=CATGTGGCCTATCTCTGTGGG;SOR=0.273;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=60703268;WS=60703250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr11	60703882	rs61755079	G	A	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=724;ReadPosRankSum=1.426;SC=AGTCTTCTGCGTGGCCATCTT;SOR=0.847;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=58;WE=60703890;WS=60703872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,103:0.52:199
chr11	60704213	rs2469887	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=-0.673;SC=GTGACATTTGCGCCAGCCCCT;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=21;WE=60704221;WS=60704203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr11	60705454	rs2905692	A	G	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=51;PP=1497;SC=CCATGATGGCACCCTGCATGG;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=60705462;WS=60705444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	60707243	rs515587	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr11	60718792	rs150370599	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CCCAGGAATACCAGCGCGGCG;SOR=0.628;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=10;WE=60718800;WS=60718782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr11	60750048	rs2905506	T	C	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=19;PP=797;SC=CCCCACTCCATTTGGTGTGCT;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=60750056;WS=60750038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	60750240	rs3019541	G	A	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=104;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=636;SC=GGAGGAAAGCGAGGTGCGAAG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=60750248;WS=60750230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	60750298	rs72195127	GTCTGCAGGGAC	G	1039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=2957;SC=GAGAAGCCCAGTCTGCAGGGA;SOR=2.124;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=60750316;WS=60750288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	60774144	.	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.766;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr11	60776186	rs11230562	C	T	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=715;ReadPosRankSum=-1.148;SC=TTGCACTTCACGCCCGGCCGC;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=57;WE=60776194;WS=60776176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,75:0.46:162
chr11	60776209	rs11230563	C	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.149;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=782;ReadPosRankSum=0.172;SC=GCCTATCCACCGGGACCAGGT;SOR=0.515;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=55;WE=60776217;WS=60776199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,75:0.57:132
chr11	60776306	rs2074225	C	T	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=54;PP=1845;SC=GACGCGGGCGCGGTGTGCTCA;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=100;WE=60776314;WS=60776296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	60776333	rs72926536	C	T	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=4.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,98:0.56:175
chr11	60776333	.	CA	TG	519	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=18;NR=25;PP=519;QD=13.3132063921;SC=TGGGCGGAGTCACTGAAGCCC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=43;WE=60776342;WS=60776323;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr11	60776334	rs2905518	A	G	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.37;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	60776465	rs11230564	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=-0.600;SC=AGACAAACATAATTCAGGAGA;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=22;WE=60776473;WS=60776455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr11	60777073	rs12360861	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=1.406;SC=GACAGGGGGCGCTGACCGCTG;SOR=0.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=3;WE=60777081;WS=60777063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr11	60778513	rs74860834	T	C	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=749;ReadPosRankSum=0.574;SC=GTAACATGCATTGAGTGACTG;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=53;WE=60778521;WS=60778503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr11	60778650	rs150035626	C	CGTGT	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=655;ReadPosRankSum=0.542;SC=GAAGCTTGGACGTGTGTGTGT;SOR=0.914;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=20;WE=60778661;WS=60778640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr11	60781490	.	G	A	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,83:0.51:162
chr11	60783108	rs2074229	C	T	3795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=36;PP=1477;ReadPosRankSum=1.913;SC=TCACCTCTGCCGTTCATACTC;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=231;TCF=143;TCR=88;TR=104;WE=60783116;WS=60783098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,183:0.49:372
chr11	60783126	rs3019556	C	T	19775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr11	60783135	rs3019557	A	G	20506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr11	60784934	rs2074231	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=303;SC=CCTCCCCACCACCGCCTCTGC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=60784942;WS=60784924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	60785038	rs2074232	A	G	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=21;PP=1234;SC=TCAGGATGGGAAGGGGTGTGA;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=60785046;WS=60785028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	60785352	rs1050922	A	G	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=61;PP=1863;SC=GCACCTCTTCAGGGGAGGATT;SOR=0.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=101;WE=60785360;WS=60785342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	60785463	rs12417503	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=524;ReadPosRankSum=0.188;SC=TGGAGCTGGCCGGCACCCAGC;SOR=1.585;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=14;WE=60785472;WS=60785453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr11	60785464	rs2074233	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=430;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GGAGCTGGCCGGCACCCAGCC;SOR=0.229;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=11;WE=60785472;WS=60785453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr11	60886913	rs2241002	C	T	2378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=962;ReadPosRankSum=0.855;SC=GCCCAAGACCCAGGGGAGCCA;SOR=0.636;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=71;WE=60886921;WS=60886903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,121:0.52:231
chr11	60890563	rs4245224	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=454;ReadPosRankSum=-1.522;SC=AGGGGCTGCACTAGAGTCCTC;SOR=0.778;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=37;WE=60890571;WS=60890553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr11	60891310	rs7106643	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=751;ReadPosRankSum=1.530;SC=CCCCCACCCATACCTGCCCCC;SOR=0.962;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=32;WE=60891318;WS=60891300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr11	60892606	rs637186	A	G	6917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=79;PP=2639;SC=AGGAACTCCCACCTGTCAGCT;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=153;WE=60892614;WS=60892596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	60893235	rs2229177	C	T	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=914;ReadPosRankSum=2.397;SC=CTGGAAGGGGCTCTGCATCGC;SOR=0.797;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=61;WE=60893243;WS=60893225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,101:0.45:222
chr11	60899767	rs754382	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.435;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr11	60900699	.	G	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=487;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CCCGTCCAGGGAAGAGGGGTG;SOR=0.913;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=37;WE=60900707;WS=60900689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,53:0.43:123
chr11	60906450	rs508970	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=0.737;SC=GAGAGGCAGAAATCTCTGAGA;SOR=0.560;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=15;WE=60906458;WS=60906440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr11	61100308	rs2512810	G	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.56;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	61106525	rs2512809	C	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=181;SC=CACTCCACTCCTTCCACCTCC;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=61106533;WS=61106515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	61106892	rs2513329	G	C	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=36;PP=738;SC=TGTGCGGCACGGTGCTTATAC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=61106900;WS=61106882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	61108974	rs2260655	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=22;PP=668;SC=GAACGTGGTCGCCAAGGCCAT;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=61108982;WS=61108964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	61110169	rs4939514	A	C	7047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=103;PP=2965;SC=ACCCCTCCTAAACCTCTGGGG;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=87;TCR=103;TR=190;WE=61110177;WS=61110159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr11	61111831	rs145461522	CTT	C	589.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr11	61112802	rs2305465	C	T	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=31;PP=1545;SC=AGTTGTCTGTCCTGCTCCTGG;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=76;WE=61112810;WS=61112792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	61123965	rs76030461	A	G	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=13;PP=763;SC=GTCCAGCCTGAGCCCTATCCC;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=29;WE=61123973;WS=61123955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	61165280	rs3741265	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	61165731	rs11382548	C	CA	3348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=26;PP=1696;SC=TTTCTGCCATCGTATGGACAG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=61165749;WS=61165721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	61165741	rs10897158	G	C	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=27;PP=918;SC=CGTATGGACAGGATTTGAAGT;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=51;WE=61165749;WS=61165721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	61179285	rs3019198	G	A	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=18;PP=764;SC=ACTTGGCTTCGATGCCATGAA;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=61179293;WS=61179275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	61183243	.	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=461;ReadPosRankSum=1.852;SC=GAGGGTGGAGGGCCCGAATCT;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=34;WE=61183251;WS=61183233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr11	61183764	rs370932425	CAGG	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.011;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr11	61197460	rs34378918	GC	G	1034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=31;PP=719;SC=CCCAGGTCCCGCCCCCCCCGC;SOR=3.383;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=32;WE=61197468;WS=61197450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	61204361	rs896831	A	C	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	61205434	rs879647	G	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=6;PP=583;SC=ATTAGACACAGCCTTCTCAAC;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=61205442;WS=61205424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	61205676	rs5792226	C	CT	485.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.605;QD=12.15;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr11	61213416	.	C	T	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.567;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=888;ReadPosRankSum=1.143;SC=CTTGCAGAAGCTAAACCAGCC;SOR=0.762;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=69;WE=61213424;WS=61213406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,124:0.52:238
chr11	61253200	rs3019187	G	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=8;PP=468;SC=CACCTGCTGGGACACTGAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=61253208;WS=61253190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	61253973	rs2957858	A	G	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=18;PP=661;SC=TCCTGGTGCCAGTGGCTGCTT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=61253981;WS=61253963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	61254376	rs3019188	G	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=738;SC=GCTGCCTCAGGCTGGCCACCT;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=61254384;WS=61254373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	61257355	rs12787061	G	C	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.997;SC=CAGCCGGTCAGCTGCATGGAG;SOR=0.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=178;TCF=95;TCR=83;TR=177;WE=61257363;WS=61257345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr11	61257423	rs7117496	C	T	7565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=96;PP=2738;SC=GGGAAGGTGGCACCACCCCCA;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=76;TCR=97;TR=172;WE=61257431;WS=61257413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	61291556	.	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=-1.559;SC=CTGTCTCCCCCCATCTGGCAG;SOR=1.170;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=61291564;WS=61291546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	61291830	.	C	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=354;ReadPosRankSum=0.985;SC=CCCATGGGGCCTTACACTCCC;SOR=1.784;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=23;WE=61291838;WS=61291820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr11	61490245	rs17156254	G	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=595;ReadPosRankSum=-0.456;SC=AAAGCCCAGCGATAGGAAAGG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=35;WE=61490253;WS=61490235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr11	61490486	rs198426	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=570;ReadPosRankSum=0.174;SC=GCACAGGGGACGAGATCAGTT;SOR=0.518;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=39;WE=61490494;WS=61490476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr11	61491097	rs566009	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=555;SC=CTGTCTGGTGAGCAGAGGTCT;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=61491105;WS=61491087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	61496603	.	C	T	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.695;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.289;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=46;PP=973;ReadPosRankSum=0.173;SC=GCCCGGTCTCCCCCCGGCTCT;SOR=0.360;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=122;TCF=20;TCR=102;TR=52;WE=61496611;WS=61496593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr11	61502910	rs740004	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=1.486;SC=GCCTTTCTGGCGGCAGAGGCT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=61502918;WS=61502900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr11	61503654	.	G	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=192;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AATGGATGGGGCAGGGTTCCT;SOR=1.071;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=16;WE=61503662;WS=61503644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr11	61508074	rs11828739	C	T	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=2.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,123:0.51:243
chr11	61511133	rs3741251	G	A	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=766;ReadPosRankSum=3.033;SC=AGCGGCTGGCGGCGGAGCTGC;SOR=0.423;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=63;TCR=26;TR=46;WE=61511141;WS=61511123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr11	61523300	rs10709102	GA	G	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GGTGTGCAGGGAGCCTTGGAG;SOR=0.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=61523308;WS=61523290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr11	61524974	rs198460	G	A	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,74:0.49:152
chr11	61533797	rs4963418	A	T	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=20;PP=547;SC=CTGGCATGGGATGGGCTGGGT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=61533805;WS=61533787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	61539020	rs149803	C	G	3668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.951;SC=AATCCCCCCCCAGCACCCTCA;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=90;TCR=97;TR=92;WE=61539028;WS=61539002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,194:0.47:412
chr11	61543499	rs174528	T	C	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=702;ReadPosRankSum=-1.572;SC=AGCCCCATCCTGAGGTGCCAC;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=57;WE=61543507;WS=61543489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,92:0.53:175
chr11	61543961	rs174529	T	C	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=500;ReadPosRankSum=1.339;SC=AGGAAGACACTGCCCTGGGTG;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=50;WE=61543969;WS=61543951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,70:0.47:150
chr11	61546915	.	G	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=358;ReadPosRankSum=0.724;SC=CGGGGTGGGGGAAGGTGAGAC;SOR=1.016;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=28;WE=61546923;WS=61546905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr11	61547237	rs108499	C	T	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=757;ReadPosRankSum=1.554;SC=ACCGCTCCTCCGACCTCCAGC;SOR=0.531;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=66;TCR=53;TR=58;WE=61547245;WS=61547227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,78:0.43:182
chr11	61547254	.	C	T	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=829;ReadPosRankSum=0.203;SC=CAGCAGAGCCCACTGGGGACA;SOR=0.581;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=58;WE=61547262;WS=61547244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,89:0.43:208
chr11	61548559	rs509360	A	G	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=28;PP=2433;SC=GGAGGTTGCTATGTTCTGTCT;SOR=1.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=78;TCR=28;TR=106;WE=61548567;WS=61548549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	61548874	rs174532	G	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=718;ReadPosRankSum=-1.137;SC=ATACTCATTGGTGGGAGGGTC;SOR=1.407;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=37;WE=61548882;WS=61548864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr11	61549025	rs174533	G	A	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=841;ReadPosRankSum=0.469;SC=TTCTTAGCCTGTGCCTGGTTC;SOR=0.520;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=66;WE=61549033;WS=61549015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,91:0.48:190
chr11	61551356	rs174535	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=283;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TCCCTGTCAGTAGTGGCACCC;SOR=1.443;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=15;WE=61551364;WS=61551346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr11	61551927	rs174536	A	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr11	61557803	rs102275	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GAAATAAGGCTATAACCTGCC;SOR=0.078;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=61557811;WS=61557793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr11	61557826	rs102274	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=131;ReadPosRankSum=1.792;SC=TGGGCATCACTAGCCCTCCTC;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=11;WE=61557834;WS=61557816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	61560081	rs174538	G	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=729;ReadPosRankSum=-1.318;SC=GAACACGTCGGCAGGAGCAGG;SOR=0.532;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=46;WE=61560089;WS=61560071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,72:0.58:125
chr11	61560110	.	AA	TG	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=1244;ReadPosRankSum=1.682;SC=ACAACCGGAAAAGGAAGTGCC;SOR=0.891;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=37;WE=61560119;WS=61560100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr11	61569830	rs174546	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=346;ReadPosRankSum=-0.270;SC=TCCCCTCTGCCTTGGCTCCAG;SOR=0.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=23;WE=61569838;WS=61569820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr11	61570783	rs174547	T	C	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=935;ReadPosRankSum=0.709;SC=CACCTACGCATCCTTTTCAAT;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=64;WE=61570791;WS=61570773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,92:0.52:176
chr11	61571348	rs174548	C	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TCCAGACTCACTCATCTTCAG;SOR=0.458;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=15;WE=61571356;WS=61571338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr11	61571382	rs174549	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CAATCCTGCAGTATCTAGTGC;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=12;WE=61571390;WS=61571372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr11	61579463	rs174554	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr11	61580635	rs174556	C	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=487;ReadPosRankSum=0.877;SC=TGACTGTGATCCCATCTAGAC;SOR=0.585;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=36;WE=61580643;WS=61580625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,58:0.45:129
chr11	61582708	rs174561	T	C	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=505;ReadPosRankSum=0.122;SC=GCCGCGGCATTCCCGGCCCCA;SOR=0.618;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=36;WE=61582716;WS=61582698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,58:0.46:125
chr11	61593816	rs174568	C	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=732;ReadPosRankSum=0.356;SC=GGCCGGTCCACGCTTCTCAGC;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=50;WE=61593824;WS=61593806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,75:0.48:157
chr11	61605215	rs2072114	A	G	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=674;ReadPosRankSum=0.265;SC=GACAGAGTTCAGGTCTTAGCC;SOR=0.514;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=48;WE=61605223;WS=61605205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,69:0.44:156
chr11	61624885	rs526126	G	C	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=18;PP=683;SC=GCACAGGCAGGGTGGAATGGA;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=61624893;WS=61624875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	61641211	rs6591665	A	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=5;PP=248;SC=TGGAGGGGTGAGGGTATCGAT;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=61641219;WS=61641201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	61641396	rs75306442	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr11	61647427	rs174635	T	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=133;SC=CCGAGGGAGCTGCTCCTGGCC;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=61647435;WS=61647417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	61658629	rs693672	T	C	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	61658800	rs174465	C	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=421;SC=TGGGCAGCGGCGCCCCCGGCT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=61658808;WS=61658790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	61672265	rs174474	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=212;ReadPosRankSum=0.564;SC=CCACGTCCTCTCGGTACACCC;SOR=0.557;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=18;WE=61672273;WS=61672255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr11	61722745	.	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.857;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr11	61724514	rs195162	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.999;SC=GTGGGAAGGGCTGTGGTCCAC;SOR=0.512;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=61724522;WS=61724504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr11	61724787	rs741886	G	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=309;ReadPosRankSum=0.423;SC=GGTACCTGGAGAAGAGGTGGG;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=25;WE=61724795;WS=61724777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr11	61725599	rs113492158	A	ATCCTCCTCC	1202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.178;NF=10;NR=9;PP=2980;ReadPosRankSum=2.373;SC=TTGCTACCACATCCTCCTCCT;SOR=0.997;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=19;WE=61725607;WS=61725589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr11	61726871	rs195158	G	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=0.494;SC=CAGGAAGGGCGTCATGGGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=10;WE=61726879;WS=61726861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr11	61730036	rs149698	G	A	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.599;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=634;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CCCCACAGACGCCCCTCAGCC;SOR=0.379;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=54;WE=61730044;WS=61730026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,82:0.49:169
chr11	61730183	rs1800008	C	T	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=772;ReadPosRankSum=0.736;SC=TCTCAGAGAGCGATGGGGCCT;SOR=0.930;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=47;WE=61730191;WS=61730173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,63:0.61:103
chr11	61730234	rs1800009	T	C	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=898;ReadPosRankSum=0.044;SC=GGAGGAAAACTGTGGAGTTTA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=73;WE=61730242;WS=61730224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,108:0.57:189
chr11	61730553	rs17185413	T	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=734;ReadPosRankSum=0.768;SC=AGGGAAGTGTTCGGGACCTTT;SOR=0.947;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=43;WE=61730561;WS=61730543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,71:0.42:169
chr11	61731534	rs195155	G	T	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	61735553	rs11271453	T	TGCTGCAGATTGGGAA	2584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=7;PP=2974;SC=TGTGACACCTTGCTGCAGATT;SOR=0.729;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=16;WE=61735561;WS=61735543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	61735568	.	A	AGCTGCAGATTGGGAC	2897	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=9;NR=7;PP=2897;QD=20;SC=CAGATTGGGAAGCTGCAGATG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=16;WE=61735576;WS=61735558;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr11	61735609	.	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=92;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=481;ReadPosRankSum=1.150;SC=AGACGCGGTCCTTAGGTGGTC;SOR=1.405;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=34;WE=61735617;WS=61735599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr11	61736135	rs77709427	GT	TG	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=-1.831;SC=CAGGGTGGATGTGAATTTATG;SOR=0.375;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=61736144;WS=61736125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr11	61895541	rs1675130	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=-1.355;QD=13.05;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr11	61895741	rs1675131	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=401;ReadPosRankSum=-1.577;SC=GGCTTGAGGAAATCCAAGAGG;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=33;WE=61895749;WS=61895731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr11	61896215	rs1792946	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr11	61897197	rs1792944	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=-0.287;SC=CTTGGAGAGACTGGGTGCCAC;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=8;WE=61897205;WS=61897187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr11	61897359	rs1675133	C	T	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1073;ReadPosRankSum=-1.041;SC=ACGGCTCCGTCCTGCGGCGTG;SOR=0.571;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=166;TCF=100;TCR=66;TR=80;WE=61897367;WS=61897349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,116:0.45:255
chr11	61906299	rs1614060	A	G	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=34;PP=1241;ReadPosRankSum=-1.335;SC=GCTCTGCACTACGGCCATCCT;SOR=0.898;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=85;WE=61906307;WS=61906289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,122:0.57:215
chr11	61906374	rs1675126	T	C	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=48;PP=1212;ReadPosRankSum=-0.837;SC=CTGAGAACAATGGAAATAACT;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=96;WE=61906382;WS=61906364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,150:0.57:263
chr11	61907821	rs61893679	C	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=-0.250;SC=GCCTTGTGTCCTTGCTCAGGG;SOR=1.235;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=23;WE=61907829;WS=61907811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr11	61907909	rs1675124	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=0.828;SC=CCAAGGAGGCAGCTCCATGCT;SOR=1.432;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=10;WE=61907917;WS=61907899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr11	61908524	rs73499250	G	T	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=539;ReadPosRankSum=-0.668;SC=AAGGTGAGGGGCCTGTGCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=36;WE=61908532;WS=61908514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chr11	61908672	rs1675123	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=0.389;SC=TGTGGCCACCGGCTGTCTTGA;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=61908680;WS=61908662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	61914260	rs116873148	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=437;ReadPosRankSum=1.643;SC=GAGCAGGAGCGGCGCGAGCAG;SOR=0.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=31;WE=61914268;WS=61914250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr11	61914282	rs113981632	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.649;NF=5;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=0.268;SC=AGCGGCGCGAGCAGGAGCGGC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=11;WE=61914290;WS=61914272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr11	61957975	.	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=1.964;SC=GGCCTCATTTCATCAAATCCC;SOR=1.634;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=15;WE=61957983;WS=61957965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr11	61959725	rs3831484	GTC	G	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.136;NF=2;NR=5;PP=294;ReadPosRankSum=1.831;SC=GGTAATTTCTGTCTCTTTCAT;SOR=0.346;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=61959734;WS=61959715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr11	61960763	rs11441356	T	TC	687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=430;ReadPosRankSum=0.050;SC=CCTCTACCCTTCAATTGTCTT;SOR=0.928;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=13;WE=61960771;WS=61960753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr11	61960795	.	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=658;ReadPosRankSum=0.683;SC=TTCCATCGGCCACTTGGATGT;SOR=0.823;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=21;WE=61960817;WS=61960785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,33:0.38:87
chr11	61960809	rs7951859	C	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=658;ReadPosRankSum=1.424;SC=TGGATGTTAACCTGTTGTCTC;SOR=0.612;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=22;WE=61960817;WS=61960785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,34:0.33:103
chr11	61960827	rs2232941	T	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=246;ReadPosRankSum=-1.617;SC=CTCCAGGAGCTGCATGACCGA;SOR=0.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=27;WE=61960835;WS=61960817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,41:0.37:111
chr11	62009844	.	T	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=514;ReadPosRankSum=-1.239;SC=GGTGAGTACATCAGTCATGAG;SOR=0.525;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=39;WE=62009852;WS=62009834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,52:0.46:112
chr11	62010667	rs2232949	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TGTGAACATATAACCCAGGGG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=62010675;WS=62010657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	62037583	rs11603383	G	A	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=804;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GTGGAATTAAGATGCCTACCT;SOR=1.018;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=54;WE=62037591;WS=62037573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,70:0.57:123
chr11	62040694	rs59964144	T	TAC	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=276;ReadPosRankSum=1.083;SC=ATATTTTACATACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=62040702;WS=62040684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr11	62063899	rs35328961	C	CA	1072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=497;ReadPosRankSum=-2.117;SC=CACCTGAAATCAAAAAAAAGA;SOR=0.704;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=27;WE=62063907;WS=62063889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr11	62064841	rs4477443	T	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.95;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr11	62064844	rs4280004	G	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.07;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr11	62105391	rs2513749	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	62123717	rs2463837	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=206;ReadPosRankSum=-1.348;SC=CTGGCCGGGCGGGGGGCTGAC;SOR=0.853;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=17;WE=62123734;WS=62123707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr11	62124696	.	C	CTTTTGTTTTGTTTTG	166.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=2;PP=621;SC=ATCTACAGTTCTTTTGTTTTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=62124704;WS=62124686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	62158886	rs2958531	G	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=96;ReadPosRankSum=1.463;SC=GACCTTTGTCGGTACTTGAGC;SOR=0.154;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=62158894;WS=62158876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr11	62158924	rs2958532	C	T	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=8;PP=329;SC=TTTCATGTAGCGTCCGACTTC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=62158932;WS=62158914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	62186542	rs3741240	G	A	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1064;ReadPosRankSum=1.028;SC=AACCAGAGACGGGCCAGAGCA;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=80;TCR=70;TR=75;WE=62186550;WS=62186532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,146:0.54:269
chr11	62190448	rs11231085	C	G	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=522;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GTTGAAGTTTCTGTGGCTCGT;SOR=0.826;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=38;WE=62190456;WS=62190438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,65:0.45:146
chr11	62201458	rs4084164	A	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=650;SC=ACCAACTGAAAGAAGGTCCCC;SOR=1.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=30;WE=62201466;WS=62201448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	62292882	rs566144	G	T	9381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=137;NR=114;PP=2965;SC=ATGTCCACTTGGGGACCCCTG;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=137;TCR=114;TR=251;WE=62292890;WS=62292872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr11	62293948	rs486903	G	A	6652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=83;PP=2965;SC=AGCCAGGCATGCTGAACTTTG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=86;TCR=84;TR=168;WE=62293956;WS=62293938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	62328038	rs11231144	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=194;ReadPosRankSum=-1.401;SC=ATGGTCATTGTGCTGGCAGAT;SOR=0.482;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=17;WE=62328046;WS=62328028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr11	62334096	rs7124057	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=1.579;SC=TGCTCTCCACAATCAAAATTT;SOR=0.760;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=8;WE=62334104;WS=62334086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr11	62334908	rs1061093	G	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.007;NF=15;NR=19;PP=553;ReadPosRankSum=-1.607;SC=GTTTCACTTCGCCCAAGACAG;SOR=0.807;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=34;WE=62334916;WS=62334898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr11	62335180	rs71056528	A	ATT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	62346131	rs3888173	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=575;ReadPosRankSum=0.496;SC=CTCGATACACCCCAGGGACAC;SOR=0.756;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=38;WE=62346139;WS=62346121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr11	62359109	.	C	T	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.781;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1101;ReadPosRankSum=0.305;SC=CCTCCGGAAACCAAGCTCCTT;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=193;TCF=81;TCR=112;TR=81;WE=62359117;WS=62359099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,141:0.45:315
chr11	62365619	rs11231155	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CAGTCCTGGAATTGGGGAGAG;SOR=0.971;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=15;WE=62365627;WS=62365609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr11	62365665	rs2849031	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=1.263;SC=CATAGGCGGCGGGGAGGGAGG;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=13;WE=62365673;WS=62365655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr11	62369881	rs35156678	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr11	62369884	rs35880596	C	G	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr11	62370155	rs71490394	G	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=600;ReadPosRankSum=-1.548;SC=CGGCGCCTGGGCCGGAGGGAA;SOR=0.826;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=41;WE=62370163;WS=62370145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,62:0.47:132
chr11	62370490	rs71458425	C	CGAGGGCCG	4905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.703;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.869;NF=36;NR=28;PP=2970;ReadPosRankSum=2.567;SC=TTCCCGGTCCCGAGGGGCCTC;SOR=1.078;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=64;WE=62370498;WS=62370480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,118:0.43:277
chr11	62371773	rs2516633	A	C	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=848;SC=GATGGCAAATAAGAGAAGCTC;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=62371781;WS=62371763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	62372661	.	G	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=562;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TCCTGGGAGAGGGGAGAAGGT;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=43;WE=62372669;WS=62372651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,55:0.39:140
chr11	62375980	rs182523349	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TCCTAGGCAAGAATGGGGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=6;WE=62375988;WS=62375970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr11	62378660	rs12808829	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=-1.217;SC=ATTGGGTCCCGCTAGGCTCTT;SOR=1.044;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=26;WE=62378668;WS=62378650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr11	62378801	rs11553576	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=407;ReadPosRankSum=0.319;SC=GTGGCAGTCCTGGGGGGGCTG;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=32;WE=62378809;WS=62378791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr11	62380732	rs4387351	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=313;SC=CACCTCTGCATTCCCTTGGGC;SOR=2.636;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=62380740;WS=62380722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	62381106	rs1799959	G	C	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=17;PP=1086;SC=CTGGTCGTCGGCCTCGGGCTA;SOR=1.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=49;WE=62381114;WS=62381096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	62381808	rs1801144	G	C	3694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=3.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,188:0.44:426
chr11	62381825	rs150168119	G	A	4897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=70;PP=2138;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CTGCAAAACCGTCTTTCAGAC;SOR=0.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=258;TCF=132;TCR=126;TR=145;WE=62381833;WS=62381815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,240:0.57:423
chr11	62383714	.	T	TC	39.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr11	62383715	rs12794886	G	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	62384869	rs4963224	T	C	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=62;PP=1677;SC=ACCATTTGCCTGCTCCAGCCA;SOR=1.225;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=100;WE=62384877;WS=62384859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	62394881	rs7949030	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=-0.978;SC=ACAAGTCAGAAATGCTCCTCC;SOR=0.930;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=19;WE=62394889;WS=62394871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr11	62397177	rs948683	C	G	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=13;PP=952;SC=AGAGAAGAGACGGGTAGTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=62397185;WS=62397167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	62397884	.	C	T	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=859;ReadPosRankSum=0.375;SC=TCAGAGCCATCCCGGGTTTTA;SOR=0.600;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=58;WE=62397892;WS=62397874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,99:0.44:227
chr11	62400016	rs10897289	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr11	62401716	rs2957121	A	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.32;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	62401716	.	AAAG	GAAA,GAAG	124	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6,12;NR=2,2;PP=121,124;QD=21.8084843578;SC=ACCTCCCCCCAAAGGCTAGAG;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8,14;WE=62401727;WS=62401706;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:14
chr11	62401719	rs190478080	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	62402477	.	G	A	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=690;ReadPosRankSum=2.520;SC=GAAAGCCTGGGAAACATATCA;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=54;WE=62402485;WS=62402467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,90:0.47:193
chr11	62430659	rs597259	T	A	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=31;PP=1065;SC=GGAAGTATTATCCCAAATAAA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=66;WE=62430667;WS=62430649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	62432241	rs189565979	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=128;ReadPosRankSum=2.148;SC=TGAGCTGAGAGGTGAAGCTGC;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=62432249;WS=62432240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr11	62437647	rs489778	G	C	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=145;SC=GCTTTCAGGGGAGGGGAAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=62437655;WS=62437637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	62438819	rs693698	G	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=9;PP=357;SC=TGTTGAAAACGCGCGGGTGAC;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=19;WE=62438827;WS=62438809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	62439569	rs13941	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=309;SC=AGGCGGCGCCGGCGGGAGGTC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=62439577;WS=62439559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	62459994	rs2850597	A	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=23;PP=917;SC=TCCTGCCGCTAGCACTCTTAC;SOR=1.206;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=39;WE=62460002;WS=62459984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	62460066	rs2850596	T	C	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=20;PP=940;SC=CCTGGAGGCTTCTCAGGTAGA;SOR=0.970;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=47;WE=62460074;WS=62460056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	62488916	rs34425182	T	TG	677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.24;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr11	62489267	rs496032	C	T	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=36;PP=1935;SC=ATACTGTATCCGACAAATCCC;SOR=1.050;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=100;WE=62489275;WS=62489257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	62500444	.	C	CT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=1.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr11	62520741	.	C	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=597;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TTTCCTCCTCCTTCTTGGTAC;SOR=0.713;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=39;WE=62520749;WS=62520731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr11	62539412	rs78063688	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-1.229;SC=AAGGGGTGGGTCTCCAATCCA;SOR=0.330;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=6;WE=62539420;WS=62539405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr11	62541989	rs3017668	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=0.169;SC=AGTGGGGGCAATGCCTGGGTG;SOR=0.668;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=14;WE=62541997;WS=62541979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr11	62543180	rs11231210	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=-0.967;SC=AGGGTGTTGGATCACACTCCT;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=62543188;WS=62543178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	62545346	rs633742	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=-0.716;SC=CTGGACTTCCTTCAAACGTGG;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=6;WE=62545354;WS=62545336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr11	62546491	.	G	GT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.670;QD=0.92;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr11	62555242	rs2241908	A	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=9;PP=706;SC=GTCTTAAAGCACTAGGTGGAG;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=62555250;WS=62555232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	62559501	rs11231221	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-0.852;SC=CTTCCTGCCGCAGAGCCGCCT;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=62559509;WS=62559491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr11	62563353	rs539465	G	A	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=31;PP=1888;SC=CTACAAACTCGGGACTCTAAA;SOR=1.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=97;WE=62563361;WS=62563343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	62564009	rs4693	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=0.321;SC=GGAGCCCTTGTCGGTCTCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=15;WE=62564017;WS=62563999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr11	62565908	rs373725740	TA	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr11	62599603	.	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCAGCGACCCGAAAGACACG;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=19;WE=62599611;WS=62599593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr11	62638200	rs549706	T	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	62638310	.	GTAA	G	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=23;QD=18.0;SC=GAGATGATAGGTAATAATAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=2;WE=62638320;WS=62638300;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr11	62638327	.	AATT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr11	62652063	rs489381	A	G	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=38;PP=1128;SC=CTAGAGCCTCATAATATTCTC;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=66;WE=62652071;WS=62652053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	62677352	rs2067479	G	A	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=943;ReadPosRankSum=-1.239;SC=TGTTGACGTAGCACAGCCAGT;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=78;TCR=56;TR=70;WE=62677360;WS=62677342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,103:0.54:191
chr11	62744899	rs3017670	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TTAGAGTTCCAGCATGAATGC;SOR=1.473;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=62744907;WS=62744889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr11	62747145	rs3017671	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=27;PP=1002;SC=CTTCTGAGATATTGGGTTATG;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=62747153;WS=62747135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	62748899	.	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-0.674;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	62752150	.	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=350;ReadPosRankSum=-2.047;SC=TGCAGGAGGTCATTAAAGGCC;SOR=0.965;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=29;WE=62752158;WS=62752140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr11	62763666	.	G	A	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.884;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TCCCACTCCAGAGCCCCTTTT;SOR=0.390;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=126;TCF=40;TCR=86;TR=74;WE=62763674;WS=62763656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,101:0.61:166
chr11	62766431	rs2276299	A	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=473;ReadPosRankSum=1.038;SC=GAATGGACACAGTTAACTGCA;SOR=0.981;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=32;WE=62766439;WS=62766421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,54:0.47:115
chr11	62847352	rs11231338	G	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=484;ReadPosRankSum=-0.544;SC=AGATATAAAGGCATAATCTTG;SOR=0.906;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=38;WE=62847360;WS=62847342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,60:0.45:132
chr11	62847453	rs7945121	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=0.784;SC=TCCTGCTTTATGTTTCTTGAA;SOR=0.719;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=24;WE=62847461;WS=62847443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr11	62847562	rs7926818	G	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.967;SC=TGTGCCTGAGGACAAGCTGCC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=62847570;WS=62847552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	62848367	rs10897341	A	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=147;SC=TCCCCACTCAAGTGACAGCTA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=62848375;WS=62848357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	62848445	rs11231340	A	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=254;ReadPosRankSum=2.325;SC=TGGTTTCTGGAAGGAGGAGGA;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=19;WE=62848453;WS=62848435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr11	62848487	rs11231341	A	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=276;ReadPosRankSum=0.560;SC=GGAAGACTCCATAGGAAATCC;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=22;WE=62848495;WS=62848477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr11	62848568	rs11231342	C	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=0.708;SC=TCCTACCGGACACTGCATTGA;SOR=0.724;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=18;WE=62848576;WS=62848558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr11	62848664	rs11231343	A	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr11	62848995	rs6591733	G	C	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=10;PP=640;SC=TCAGAAATTTGTGTTTTGAAA;SOR=1.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=62849003;WS=62848985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	62850684	rs4963356	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=0.782;SC=GGGGTAACTACTTTCTTTCCT;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=62850692;WS=62850678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr11	62863518	rs7113279	A	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=664;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CGGAACAGGGAAAAAATGGAT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=47;WE=62863526;WS=62863508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,85:0.49:175
chr11	62871460	rs12283166	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=1.712;SC=ATCCACTTCTCCCAGTATATT;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=9;WE=62871468;WS=62871450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr11	62886319	rs948060	G	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr11	62886800	rs4963245	G	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=404;ReadPosRankSum=1.160;SC=ATGATCTTCCGTCCAACCCTA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=24;WE=62886808;WS=62886790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr11	62902172	rs1939782	A	C	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=14;PP=642;SC=GACCTCCCAGAAGTGACCCAG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=62902180;WS=62902162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	62910724	.	A	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.555;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr11	62910849	rs1939749	T	C	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=534;ReadPosRankSum=1.046;SC=GGGCCTCTTATCTCAGTCACG;SOR=1.176;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=32;WE=62910857;WS=62910839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,47:0.53:88
chr11	62911079	rs1939748	G	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=492;ReadPosRankSum=-1.304;SC=GTCAGACACAGTGTCATTGTC;SOR=0.977;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=38;WE=62911087;WS=62911069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr11	62931484	rs6591771	T	C	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=36;PP=969;SC=AGGATCATCATGAGGGAAGCC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=62931492;WS=62931474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	62932020	.	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=356;ReadPosRankSum=-0.540;SC=GGAATTAGTTCATTTTCTTGG;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=30;WE=62932028;WS=62932010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr11	62951064	rs1525072	C	A	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.53;ReadPosRankSum=1.624;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr11	62951221	rs11231397	C	G	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=73;PP=2308;SC=TGCAGCTTTTCTAAGTTCCTT;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=134;WE=62951229;WS=62951211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	62984697	rs7949840	T	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=560;SC=CAAGGCTAGATAGAGGATCAA;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=62984705;WS=62984687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	62984868	rs11231409	T	C	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=41;PP=1715;SC=AAAGCCAGGCTTCCCAGGGTT;SOR=0.962;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=96;WE=62984876;WS=62984858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	62985544	rs12417255	C	T	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=21;PP=564;SC=AAAAGATACACGCACTCACAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=62985552;WS=62985534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	62987638	rs11336277	CA	C	124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=121;SC=TTTGCAAAGACAAAAAAAATC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=62987646;WS=62987628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	62995875	rs7106186	G	A	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=602;SC=TAGATGAAAAGTGTTTCATGA;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=62995883;WS=62995865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	62996162	rs7126435	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=27;PP=579;SC=CTGCATTACCTGATATTCACT;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=35;WE=62996170;WS=62996152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	63058088	rs118040658	A	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=1.911;SC=AGGTGTTTAGAAGAAAATAAA;SOR=0.399;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=14;WE=63058096;WS=63058078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr11	63058966	.	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=-0.362;SC=ATGAGAAGTCAAAAGCTGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=17;WE=63058974;WS=63058956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr11	63129876	rs516763	T	G	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=24;PP=1415;SC=CTGCTCAATGTCTGCTCATCA;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=63129884;WS=63129866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	63149670	.	C	CA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,24:0.18:133
chr11	63175800	rs7109920	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=9.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.120;SOR=0.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr11	63176367	rs4088469	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=0.153;SC=TAAATAGCCCGGTTGCCCCTC;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=18;WE=63176375;WS=63176357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr11	63177242	rs78795943	A	AT	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=592;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CATTTTTGTGATTTTTTGTTG;SOR=0.492;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=23;WE=63177250;WS=63177232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr11	63258416	rs10897424	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	63274120	rs12272556	G	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.853;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=0.117;SC=CCCAGCACCTGCCCTGGGTTC;SOR=2.147;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=63274128;WS=63274110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr11	63278621	rs2239679	C	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=440;ReadPosRankSum=-2.162;SC=GGGGGCGCAGCCTGGGTGAGC;SOR=0.351;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=36;WE=63278629;WS=63278611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr11	63313644	rs584905	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.13;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	63357919	rs593759	C	T	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	63398495	rs148102000	TCAG	T	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=289;ReadPosRankSum=1.703;SC=CTCAGGCTCTTCAGCAGCACC;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=63398505;WS=63398485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	63400493	rs17656941	C	T	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=558;ReadPosRankSum=0.738;SC=GTATGTCCCACGTACCTCTTC;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=42;WE=63400501;WS=63400483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,69:0.55:125
chr11	63402869	rs3832716	T	TA	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=9;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAAAATGTGCTAAAAAAAAAT;SOR=1.007;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=14;WE=63402877;WS=63402859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr11	63410985	rs12274980	G	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.785;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=260;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TGAAGACCAAGAATTTACCAA;SOR=1.609;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=19;WE=63410993;WS=63410975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr11	63411839	.	A	AGATAC	129	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=57;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=129;QD=108.55137617;SC=AAGGGGGTAAAGTAGAAGGAT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=63411850;WS=63411829;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,2:0.67:3
chr11	63411840	rs148441781	G	GA	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	63411842	.	A	ACGTACT,ACT	53.70	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.25;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=168;SC=GGGGTAAAGTAGAAGGATTTA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=63411850;WS=63411829;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:2
chr11	63413962	rs147319344	AAAAT	A	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.43;ReadPosRankSum=1.691;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr11	63419880	rs61928195	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=221;ReadPosRankSum=-0.600;SC=ATAACCAAAACTGTATTTCCT;SOR=0.292;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=17;WE=63419888;WS=63419870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr11	63438836	rs2959880	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr11	63438972	rs74383103	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=169;ReadPosRankSum=1.739;SC=CGAGCGCAGCGCGGTCTGCGT;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=10;WE=63438980;WS=63438962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr11	63449125	rs11551944	C	A	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=473;ReadPosRankSum=-2.330;SC=GAGCCGTCGGCGGCCACTCAG;SOR=1.069;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=31;WE=63449133;WS=63449115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr11	63487386	rs542998	T	C	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=707;ReadPosRankSum=-1.981;SC=GTGAAAGTGGTTTTACCTGAT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=47;WE=63487394;WS=63487376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr11	63531175	rs2959886	C	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=528;ReadPosRankSum=0.040;SC=CGCCCCGCCACCGCGGCTGGT;SOR=0.971;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=36;WE=63531183;WS=63531165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,55:0.50:109
chr11	63585804	rs643634	C	A	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TAAAAGGAGCCGGCCCAGGGG;SOR=0.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=61;TCR=100;TR=79;WE=63585812;WS=63585794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,112:0.50:226
chr11	63657494	rs4980528	G	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=102;SC=TGAGACCCAGGGCCAAGCTGA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=63657502;WS=63657484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	63663130	.	CTTTTTTTTTTTTT	C	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=22.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.54;ReadPosRankSum=2.075;SOR=3.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr11	63666705	.	T	TTTTC	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.90;MQRankSum=2.431;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.990;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr11	63668557	rs224174	C	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=30;PP=856;SC=TGCTCCCCGCCCCATTCTCTG;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=63668565;WS=63668547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	63670387	rs1486936	C	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=792;SC=TCGCTCCCAGCAGTAAATGCA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=63670395;WS=63670377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	63673603	.	CTG	C	780.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.462;QD=24.40;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=2.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,29:0.91:32
chr11	63676313	rs56263226	G	GC	1270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=729;SC=GGGTGCCTCAGCCCCCCCGTG;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=25;WE=63676321;WS=63676303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	63679369	rs320108	T	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=90;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=94;SC=TCCAGAGGGGTTCCAATCAGG;SOR=1.802;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=63679377;WS=63679359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	63680297	rs320110	A	G	6797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=91;PP=2965;SC=CTCTGCCTCCAGAGAGAAACC;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=78;TCR=91;TR=169;WE=63680305;WS=63680287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr11	63681513	rs10897461	T	C	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=34;PP=1165;SC=CCGTGAGGCCTTCAGGGCTCA;SOR=0.997;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=55;WE=63681521;WS=63681503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	63681648	rs4980533	G	A	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=19;PP=1101;SC=GAGGCTGCCAGTGAAAGGAGA;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=63681656;WS=63681638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	63682312	rs4375445	G	C	11903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	63682315	rs34212439	C	G	11904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr11	63682318	rs11231638	G	C	11879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr11	63682869	rs3802941	A	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=17;PP=595;SC=AGACCCAGACAGGAAGGCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=63682877;WS=63682859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	63706474	rs873928	G	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TTGCAGGGCCGTCCGCTCTGC;SOR=1.863;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=8;WE=63706482;WS=63706464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr11	63706504	rs3903058	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=1.638;SC=TGTTGCAGCCACCGCCGTTGC;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=15;WE=63706512;WS=63706494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr11	63713239	rs3740636	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr11	63714596	rs116356906	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=0.532;SC=CGAAAAAACAGGGCTGGGTGC;SOR=1.333;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=12;WE=63714604;WS=63714586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr11	63720086	rs4980513	T	G	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=54;PP=1569;SC=CCTGGCGATGTTCCAGGCACT;SOR=1.396;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=80;WE=63720094;WS=63720076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	63755961	rs744864	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=1.309;SC=GTCTGTCTCTACTTTGGAAGC;SOR=1.472;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=4;WE=63755969;WS=63755951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	63764302	rs7939571	G	C	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=672;ReadPosRankSum=2.546;SC=AGCCCATGCTGGGCCCGCCTT;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=56;WE=63764310;WS=63764292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,80:0.45:177
chr11	63765135	rs35611728	A	AC	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.923;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=235;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CTGTCACATGACCCCCCCCCA;SOR=2.147;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=18;WE=63765143;WS=63765125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr11	63767096	rs74751881	C	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=716;ReadPosRankSum=2.092;SC=CCGCCCTCCCCCGCGGGCCGT;SOR=0.559;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=47;WE=63767104;WS=63767086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr11	63767186	rs709594	A	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr11	63768798	rs79355361	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=177;ReadPosRankSum=1.643;SC=GGAAAACGCCGCGTGCTGGCC;SOR=1.042;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=13;WE=63768806;WS=63768794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
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chr11	63883985	rs614397	T	C	3799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=55;PP=1433;ReadPosRankSum=-1.230;SC=TCCCTGATGATGCCACCACCC;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=262;TCF=139;TCR=123;TR=121;WE=63883993;WS=63883975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,205:0.44:463
chr11	63884027	rs614035	C	T	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=57;PP=1529;ReadPosRankSum=2.056;SC=TCAACAACGCCGGCATCCCCC;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=122;TCR=129;TR=111;WE=63884035;WS=63884017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,181:0.46:394
chr11	63884453	rs3751120	C	T	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=887;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CCAACCAGCGCATCGCCGACG;SOR=0.689;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=65;WE=63884461;WS=63884443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,121:0.51:238
chr11	63885632	rs4379854	A	G	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=73;PP=2834;SC=GCGCCAAAGAAGAGTACGTGG;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=82;TCR=73;TR=155;WE=63885640;WS=63885622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	63885704	rs677447	C	T	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=43;PP=934;ReadPosRankSum=0.437;SC=CCATTGGCTACGGCACCACGC;SOR=0.621;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=155;TCF=63;TCR=92;TR=75;WE=63885712;WS=63885694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,148:0.51:291
chr11	63953816	.	C	G	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=15;MQ=59.2;NF=0;NR=5;PP=45;QD=15.9542425094;SC=GGTAGGGGGGCGGGGCGGGCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=5;WE=63953824;WS=63953806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr11	63970226	rs145620093	ATGT	A	779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.901;NF=6;NR=5;PP=413;ReadPosRankSum=0.899;SC=GTCTTTCCTGATGTTGTCCCC;SOR=0.782;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=11;WE=63970236;WS=63970216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr11	63988045	rs3802932	G	A	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=594;ReadPosRankSum=-2.252;SC=GTGGGGGCCCGGGCAACCACC;SOR=0.706;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=46;WE=63988053;WS=63988035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,74:0.36:207
chr11	63991519	.	G	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chr11	63994692	rs1860368	T	C	8483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	63994696	rs2429456	T	C	8509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	63995302	rs2429455	C	G	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	63997329	rs633561	A	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	63997338	rs633557	T	C	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.40;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	63997566	rs10708923	GA	G	356.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.05;MQRankSum=1.095;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr11	63997882	rs11311686	AT	A	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.692;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr11	63999529	rs3741403	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=20;PP=503;SC=GCATCTCTGGCGGGTGCCACA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=63999537;WS=63999519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	64002238	rs7482791	T	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=109;SC=GCTCTGGCTGTCGCCGCCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=64002246;WS=64002228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	64004643	rs12294913	C	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.734;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr11	64004692	rs12366035	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=251;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TGAAGCCAGACAGGTGAGTCT;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=17;WE=64004700;WS=64004682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr11	64004723	rs56271783	G	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr11	64011441	rs654573	T	C	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=44;PP=1170;SC=CCCCTACAGGTGGTGCAACCC;SOR=0.914;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=74;WE=64011449;WS=64011431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	64012225	rs605187	G	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=8;PP=559;SC=GTCGGGGACCGTCACTTCTTC;SOR=2.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=64012233;WS=64012215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	64021821	rs2302263	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=498;ReadPosRankSum=0.233;SC=GATGGGAGGGCCCCAGGGGCC;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=41;WE=64021829;WS=64021811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr11	64022459	rs632439	A	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=24;PP=767;SC=GGCCAGACCCAGTGAACACAG;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=64022467;WS=64022449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	64023971	rs7943988	G	A	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=1133;ReadPosRankSum=0.434;SC=AGGCCCGGCTGCTCATCGAAA;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=75;TCR=70;TR=82;WE=64023979;WS=64023961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,131:0.59:222
chr11	64024056	rs588177	C	A	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=965;ReadPosRankSum=0.340;SC=CAGGTGGGACCCCAGCTGACC;SOR=0.525;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=64;WE=64024064;WS=64024046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,88:0.54:164
chr11	64026144	rs2244625	G	A	5341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=78;PP=1974;ReadPosRankSum=0.560;SC=TCAAGACCTCGCCCTACCCCG;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=227;TCF=105;TCR=122;TR=142;WE=64026152;WS=64026134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,266:0.60:446
chr11	64026219	rs2244621	C	T	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=816;ReadPosRankSum=-2.655;SC=CCCCATGGACCGGGGGACAGT;SOR=0.570;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=159;TCF=68;TCR=91;TR=64;WE=64026227;WS=64026209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,96:0.42:226
chr11	64026685	rs28395882	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=-2.301;SC=GCGAGAGCTCCGCGGCCACCG;SOR=0.564;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=25;WE=64026693;WS=64026675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr11	64030944	rs2510067	T	C	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=542;SC=GTCAGCCCTGTGGCTCAGCTC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=64030952;WS=64030934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	64031241	rs35169799	C	T	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=44;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.322;SC=ACCGAAGCCTCGGACTACATT;SOR=0.632;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=184;TCF=82;TCR=102;TR=82;WE=64031249;WS=64031231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,118:0.44:270
chr11	64033555	rs3815362	C	T	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=815;ReadPosRankSum=0.573;SC=TGGATAGACCCGTCGTCAGCC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=51;WE=64033563;WS=64033545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,75:0.56:135
chr11	64037427	.	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=1.025;SC=GCGCCTGGGGGAAAGCCCGGA;SOR=1.065;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=11;WE=64037435;WS=64037417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr11	64037726	rs139093260	C	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=522;ReadPosRankSum=-1.585;SC=TCCGATCCCACCAGGACTGGA;SOR=0.581;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=35;WE=64037734;WS=64037716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr11	64044284	rs72922077	C	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CCTGCCCACTCTTGCCATCCG;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=64044292;WS=64044277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	64052306	rs652611	T	G	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=112;PP=2965;SC=CTCGTCCGCATCCTTTTTCCT;SOR=3.169;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=31;TCR=113;TR=143;WE=64052314;WS=64052296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	64066859	rs2232417	G	A	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=6;PP=1341;SC=GGACTGGCACGGTGACAGCGC;SOR=3.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=53;TCR=6;TR=58;WE=64066867;WS=64066849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	64066999	rs953778	C	T	5681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,283:0.48:591
chr11	64068474	rs142295121	G	GC	1462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=518;ReadPosRankSum=0.190;SC=GTGTGGCCTCGCCAGGCCGTG;SOR=0.702;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=15;WE=64068482;WS=64068464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr11	64070940	rs11231746	T	C	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=497;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TAACCCTTTTTTCTCTTCTCC;SOR=0.606;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=32;WE=64070948;WS=64070930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr11	64082437	rs650008	C	T	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	64083318	.	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-3.993;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.788;SOR=0.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,4:0.11:36
chr11	64083320	rs201072913	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-4.390;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.892;SOR=0.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,5:0.14:36
chr11	64083328	rs79204587	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-4.106;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr11	64083331	rs80310817	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=7.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-4.031;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr11	64085074	rs550819	T	A	6718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=93;PP=2820;SC=GGGATGCTCCTCTCGATGCTA;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=63;TCR=94;TR=156;WE=64085082;WS=64085064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	64085148	rs28364831	A	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=278;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GTGGGAGCTGAGGTAGGTAGG;SOR=0.488;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=21;WE=64085156;WS=64085138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr11	64085785	rs7938623	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=20;PP=1195;SC=GCAAGACGGTACAGTGAAGGA;SOR=1.349;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=62;WE=64085793;WS=64085775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	64085938	rs7941847	T	C	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=50;PP=1792;SC=AGAGTATCGCTTTATTTCCTG;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=88;WE=64085946;WS=64085928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	64088435	rs566049	A	G	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=21;PP=703;SC=GGGGGCCCTTAGCCTCTTCAA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=64088443;WS=64088425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	64108028	.	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=86;ReadPosRankSum=0.658;SC=CAGGTCGGAGGGGCTCAGGGT;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=8;WE=64108036;WS=64108018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr11	64108539	rs66493355	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=528;ReadPosRankSum=0.409;SC=AGAGGAGCCCCTTCGGGAAGG;SOR=0.554;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=36;WE=64108547;WS=64108529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,60:0.53:114
chr11	64109315	.	GGTTGTGGTCTGAGGTCTTGGGCCATCAGTGATGTCACAACCAGATGGCCCAAGACCCCAGACCACAACCCCATGTCTGGT	G	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.623;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr11	64110348	rs11602301	T	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	64110954	rs61354326	TG	T	4130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=49;PP=2032;ReadPosRankSum=-0.226;SC=GTGGAGGGCTTGTCTGACCCT;SOR=0.835;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=129;TCF=23;TCR=106;TR=55;WE=64110962;WS=64110944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,127:0.46:277
chr11	64111310	.	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=142;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GAGGCTGGGCGGCTTCGGACC;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=10;WE=64111318;WS=64111300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr11	64111928	rs685870	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=245;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GCCTGAGGCCTGGGGGTTGAG;SOR=0.614;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=21;WE=64111936;WS=64111918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr11	64116843	rs1318165	A	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=323;SC=GAGTTGGGGGACCGGCTGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=64116851;WS=64116833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	64117284	rs4930155	G	A	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	64118422	rs614047	G	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=431;SC=CTGCCGCAGAGAGACAGAAGT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=64118430;WS=64118420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	64119494	.	T	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr11	64120435	rs489419	T	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=13;PP=540;SC=TGGGGTCCTGTCTGGCCTCCC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=64120443;WS=64120425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	64127881	rs564687	T	G	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=33;PP=1312;SC=CCCAACGGGGTTGGGGTGGCT;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=74;WE=64127889;WS=64127871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	64323466	.	C	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.418;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=693;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CGAGGCAGCTCTGTTCATGGC;SOR=0.505;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=43;WE=64323474;WS=64323456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,51:0.45:114
chr11	64326795	rs2277312	A	G	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=50;PP=1607;SC=AATGTCAGGCAAACACCCCAT;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=84;WE=64326803;WS=64326785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	64332862	rs71456318	A	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=435;SC=GGCAGGAGGCAGAGCTGGGAC;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=64332870;WS=64332852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	64336090	.	C	T	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=835;ReadPosRankSum=1.766;SC=ACTGACTAGCCCCTGGGTACC;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=58;WE=64336098;WS=64336080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,93:0.60:156
chr11	64359286	rs3825016	C	T	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=51;PP=1718;SC=AGAGGCCCCACCAGTGCCGCC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=89;WE=64359294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	64360274	rs11231825	T	C	7603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=105;PP=2965;SC=GTGACTCTCATGCTCTGAAGC;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=90;TCR=106;TR=195;WE=64360282;WS=64360264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	64361384	rs2021860	G	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=16;PP=425;SC=TAGAGGCCAGGGGTGCATGGG;SOR=2.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=64361392;WS=64361374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	64365943	rs1529909	T	C	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=1;PP=153;SC=GGCCAGGCACTGGGGGCCACA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=64365951;WS=64365933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	64367050	.	A	G	86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=136;MMLQ=23;MQ=44.6;NF=3;NR=1;PP=86;QD=30.1928031368;SC=AGAGCAGCACACCCCCACCCT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=64367058;WS=64367041;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	64367325	rs1630320	A	G	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=34;PP=988;SC=TGTTGCTGGCAGGGCTCTGCA;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=64367333;WS=64367315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	64387932	rs2277311	G	A	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.64;NF=14;NR=25;PP=758;SC=ACGGTGGCACGGGGGATGCCC;SOR=1.131;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=64387940;WS=64387922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	64418900	rs526338	G	A	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=51;PP=2135;SC=GATCGGCCACGATGGCACGCA;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=111;WE=64418908;WS=64418890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	64480308	rs2666560	C	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=53;PP=1447;SC=AGCCCTGGAGCGCTCGCACCC;SOR=5.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=55;WE=64480316;WS=64480298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	64480641	rs2518907	G	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=16;PP=649;SC=TGGCCAAGAGGCCGCGGAAGG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=64480649;WS=64480631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	64496587	rs559977	T	C	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=58;PP=1301;ReadPosRankSum=-0.443;SC=CGCAGGCTTGTGCCCCCCTAC;SOR=0.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=92;WE=64496595;WS=64496577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr11	64497161	rs534221	C	T	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	64497189	rs533515	A	C	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.54;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,178:0.99:180
chr11	64503179	rs553618	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=653;SC=GAGGCAGGGGAAGCCCAGAGC;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=64503187;WS=64503169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	64503496	rs556356	A	G	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=36;PP=984;SC=CCCTGCCCACAGCCACAGAGC;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=64503504;WS=64503486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	64503543	rs33956572	CT	C	1377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=1101;SC=CACAGCTCAGCTCAGAGCTCG;SOR=1.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=64503551;WS=64503533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	64507315	rs550930	T	C	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=35;PP=895;SC=AGCACCTTGCTGGCCTCTCCC;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=60;WE=64507323;WS=64507305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	64507680	rs547280	A	C	9735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr11	64507799	rs546323	G	C	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.06;NR=88;PP=2965;SC=CATCTCCCCCGACCCCGTCAT;SOR=1.491;Source=Platypus;TCR=89;WE=64507807;WS=64507789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	64510898	rs2904961	C	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=13;PP=496;SC=GGCGTCCTGCCCGCCTCGCCC;SOR=0.741;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=28;WE=64510906;WS=64510888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	64511050	rs2073797	G	C	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=31;PP=1356;SC=CGGGAAGCCTGAGCCTGGGAA;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=64511058;WS=64511040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	64520942	rs2959652	G	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	64522066	rs625172	A	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=391;SC=CCCAGTCTCCACTCCCTTATC;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=64522074;WS=64522056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	64525216	rs589691	C	T	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	64525464	rs490980	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=610;ReadPosRankSum=-0.847;SC=GGGTGGGGGCCGTGGGCCGGT;SOR=0.435;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=39;WE=64525472;WS=64525454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr11	64525644	rs489192	G	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=4;PP=491;SC=TTCGGACCTTGCCAGAGATGA;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=64525652;WS=64525634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	64535357	rs575375	T	C	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=54;PP=1636;SC=TGCCTGCGCCTCCTAGTGGCA;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=83;WE=64535365;WS=64535347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	64535849	rs561158	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=12;PP=323;SC=ATGGAAAGTTCTGAAGAATTC;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=64535857;WS=64535839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	64536866	rs484886	T	C	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=2044;ReadPosRankSum=-1.439;SC=AGGTTTCTGCTAGGAGGCTTC;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=94;WE=64536874;WS=64536856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr11	64537160	rs71583706	T	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=690;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CAATTTGGCATTGGTGGGAAA;SOR=0.362;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=45;WE=64537168;WS=64537150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr11	64545818	.	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=330;ReadPosRankSum=-2.044;SC=GGGCAGCCCGGGGGGGCCCAG;SOR=0.618;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=27;WE=64545826;WS=64545806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr11	64556954	.	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=93;ReadPosRankSum=0.641;SC=GCCCAAAAGGGCCTGCAGCTA;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=10;WE=64556962;WS=64556944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr11	64563934	rs483544	A	G	6125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=59;PP=2748;SC=GCCCCTGCGGACCCTGCCTCC;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=80;TCR=59;TR=139;WE=64563942;WS=64563924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	64572018	rs2959656	T	C	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=37;PP=1226;SC=GGTGATGCTGTGGGTGCTGGC;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=64572026;WS=64572008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	64572403	rs654440	C	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=18;PP=823;SC=CATCGGCACCCAAGGGGATGG;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=64572411;WS=64572393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	64572557	rs540012	A	G	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=32;PP=1060;SC=CCCAGCCCACATGCAGCACAG;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=63;WE=64572565;WS=64572547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	64591972	rs10792447	T	C	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=34;PP=1630;SC=ATTCAGGGGATAGGGGGAGGC;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=82;WE=64591980;WS=64591962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	64594490	rs646709	A	G	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=233;SC=AGCCTCACCAAAGTGGCTTGT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=64594498;WS=64594480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	64596916	rs10897529	C	T	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=14;PP=944;SC=TGCCTGGCCCCCCTGCCAAGC;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=64596924;WS=64596906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	64597506	rs3741395	T	C	5125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=68;PP=2797;SC=CAAGGTCAGCTGCTGCACGCG;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=81;TCR=68;TR=149;WE=64597514;WS=64597496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	64598944	rs684071	A	G	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=41;PP=1917;SC=CGCAGGCCTGAACTGCTTCCT;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=103;WE=64598952;WS=64598934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	64600002	rs494252	G	T	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=773;ReadPosRankSum=-2.047;SC=CACAGAACAGGTCAGAAATCT;SOR=0.689;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=59;WE=64600010;WS=64599992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,120:0.52:232
chr11	64600771	.	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=-0.912;SC=CTTGGTCGGGGATGGGAAGCT;SOR=0.793;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=8;WE=64600779;WS=64600761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr11	64602782	rs11605623	C	T	5646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	64603844	rs138577794	A	ACTCACCCAC	4875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=31;PP=2524;SC=GCCCAGGGCCACTCACCCACC;SOR=1.565;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=40;WE=64603852;WS=64603834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	64604178	rs2904960	T	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	64604195	.	T	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr11	64605689	rs541525	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=249;SC=CCCGAGGCCCAAGGCCCAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=64605697;WS=64605679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	64606765	rs676977	T	C	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=27;PP=878;SC=GACTGCTGGCTCCTCGCGATG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=39;WE=64606773;WS=64606755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	64606910	rs142726755	C	CCTGCTCCCA	2569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=2900;SC=GCTTGGCCCGCCTTGTATCCC;SOR=0.866;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=15;WE=64606918;WS=64606900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	64607024	rs78269641	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.924;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,61:0.46:134
chr11	64621856	rs3897618	A	G	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=47;PP=2239;SC=GCAGGTCGGCAGGCAGCTCGT;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=64621864;WS=64621846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	64622869	rs10897533	G	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=13;PP=627;SC=AGATCTCTCCGAGGTTGTTCA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=64622877;WS=64622859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	64645871	rs1211284	A	G	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=68;PP=2349;SC=GCAGCCCCTCAGCCACCGTCT;SOR=1.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=116;WE=64645879;WS=64645861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	64664774	rs658006	C	T	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=18;PP=867;SC=AGAGGAGAAACTGAGGCCCTG;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=64664782;WS=64664764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	64669417	rs682673	T	C	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=26;PP=1486;SC=AACTGGTCCATCCCTCCCACC;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=79;WE=64669425;WS=64669407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	64677293	rs656195	G	C	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=26;PP=875;SC=CCAGGGGTCCGGCTCAGGCCG;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=64677301;WS=64677283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	64678920	rs638583	T	C	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=3;PP=53;SC=AGACCAGGCCTTCTGCCCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=64678928;WS=64678910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	64680407	rs594820	G	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=161;SC=AGTAAATCCCGCACTTGACAT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=64680415;WS=64680397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	64680819	rs618006	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=342;SC=GCTGATGCACGTCCACCGGCG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=64680827;WS=64680809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	64695185	.	GA	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.042;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=7.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.655;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr11	64700767	rs675090	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=437;SC=GCAGGGAGGAGTCAGACCCCC;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=64700775;WS=64700757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	64702200	rs673995	C	T	6501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=77;NR=60;PP=2339;SC=CCCACCAGAACGTCAAGCCCT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=78;TCR=60;TR=137;WE=64702208;WS=64702190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	64702765	rs2307669	C	CTCTG	642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=480;SC=CCACCGTCCACTCAGCTCTTT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=64702773;WS=64702755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	64707978	rs586616	A	G	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=15;PP=555;SC=GCTGCTCTACATATCAGAGAA;SOR=0.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=36;WE=64707986;WS=64707968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	64713485	rs596321	T	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=5;PP=419;SC=ACCGGAATCCTGACTTGTAAC;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=64713493;WS=64713475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	64717801	rs71049671	C	CAA	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-0.822;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.959;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr11	64718050	rs138174447	TTTTC	T	863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.19;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	64721908	rs495330	G	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=226;SC=GTTTCCCAGAGCCCTGGAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=64721916;WS=64721898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	64726701	rs602404	A	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=10;PP=661;SC=GGTGAAGGTAAAGAAGAGGTG;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=64726709;WS=64726691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	64757504	rs574381	G	C	10270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=154;PP=2965;SC=TCCGCCTGCTGTCATCCCACC;SOR=1.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=102;TCR=157;TR=256;WE=64757512;WS=64757494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr11	64761779	rs626670	T	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=317;SC=AGCCACAGGATCCTTTTCTCA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=64761787;WS=64761769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	64789194	rs664226	T	C	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=6;PP=949;SC=TCCTCCCAGGTCCTGGAGCTG;SOR=3.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=41;WE=64789202;WS=64789184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	64794918	rs3832791	T	TG	780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=541;ReadPosRankSum=0.159;SC=AGCGCAGGCCTGGCGAGGCGG;SOR=0.301;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=15;WE=64794926;WS=64794908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr11	64799729	rs2276021	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=283;ReadPosRankSum=1.005;SC=TCTGGAAACTGTCAAGGGGCA;SOR=0.578;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=19;WE=64799737;WS=64799719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr11	64799789	rs532373	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=215;ReadPosRankSum=0.183;SC=TGTCCCTGGGCGAGGGGCTGC;SOR=0.752;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=13;WE=64799797;WS=64799779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr11	64799894	rs678614	A	C	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=841;ReadPosRankSum=-0.567;SC=AGTCTCATGTACCTCATAGGT;SOR=0.825;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=55;WE=64799902;WS=64799884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,93:0.53:177
chr11	64799998	rs534236	T	C	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,113:0.47:239
chr11	64802267	rs6591869	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=482;ReadPosRankSum=-1.539;SC=TGGGGCAGAAGCCCCTGTGGG;SOR=0.518;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=27;WE=64802275;WS=64802257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr11	64807294	rs653111	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TGGGACTCTCGCTCCTGCACT;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=20;WE=64807302;WS=64807284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr11	64808647	rs10160811	A	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=8;PP=497;SC=GCGGGCCCAGACAGGTTCAGC;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=64808655;WS=64808637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	64808681	rs34998502	AC	A	1052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=646;ReadPosRankSum=1.735;SC=GCCGCTCCCCACCCCCCGGCC;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=64808689;WS=64808671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr11	64809044	rs3741390	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=2.192;SC=CGACATCGCCCGCGCCGAGGT;SOR=0.937;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=16;WE=64809052;WS=64809034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr11	64809090	rs12271134	T	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=357;SC=CGAGCTGTGCTCCTGGACCTG;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=64809098;WS=64809080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	64809133	rs10792455	T	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=151;SC=CCGAGGCAGCTGTGGTGCTGG;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=64809141;WS=64809123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	64809167	rs10792456	A	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=185;SC=CACGCTGCTGACCGTAGTGGC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=64809175;WS=64809157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	64809441	rs3862374	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.161;SC=TCACCATTAGCCCCCTCCCAG;SOR=1.901;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=5;WE=64809449;WS=64809431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	64810771	rs11231929	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	64815109	.	C	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=452;ReadPosRankSum=-1.019;SC=CCTTCTGTCCCTGGGCTTACC;SOR=0.736;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=31;WE=64815117;WS=64815099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,54:0.49:111
chr11	64820654	rs477539	C	T	76.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCTCCGGGGGCGAAGGTCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=64820662;WS=64820644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	64833935	rs548150	G	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=199;ReadPosRankSum=2.245;SC=GCCTTCCGGGGGTTTGGGTCA;SOR=0.715;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=18;WE=64833943;WS=64833925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr11	64834432	rs573957	T	A	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=643;SC=CACCTCCTGCTTCAGCCACCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=64834440;WS=64834422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	64835332	rs200668989	C	CAGA	277.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=656;ReadPosRankSum=0.683;SC=CAGCAGGCCTCTCTGGGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=9;WE=64835341;WS=64835322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	64835333	.	T	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=646;ReadPosRankSum=0.452;SC=AGCAGGCCTCTCTGGGCCTCC;SOR=0.836;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=9;WE=64835341;WS=64835322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr11	64835463	rs149675910	ACT	A	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr11	64846718	rs111891963	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=394;ReadPosRankSum=-2.661;SC=GCTGGAGCATCTCACCCACAC;SOR=0.544;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=28;WE=64846726;WS=64846708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr11	64851305	rs947799	C	T	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=1034;ReadPosRankSum=0.546;SC=TTTAAGGGCGCCTCCTCCGGC;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=100;TCR=59;TR=78;WE=64851313;WS=64851295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,129:0.52:249
chr11	64851453	rs35819335	CT	C	10951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=104;PP=2951;SC=CCAGACATAACTTAGGCTCCG;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=12;TCR=105;TR=116;WE=64851461;WS=64851443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	64855986	rs2282498	A	G	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=756;ReadPosRankSum=1.061;SC=CGGTTGAAGAACATGGCTCCG;SOR=0.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=88;TCR=54;TR=56;WE=64855994;WS=64855976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,103:0.44:232
chr11	64856108	rs2282499	A	C	8238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=104;PP=2965;SC=GCACCCTCCCACTCCTGCCAC;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=195;TCF=91;TCR=104;TR=193;WE=64856116;WS=64856098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr11	64856500	rs525781	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=19;PP=548;SC=TCTTGCAGCCACATCTTGCCC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=64856508;WS=64856490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	64856540	rs77065755	C	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GACTTGAGAGCTGGAGCAAGC;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=4;WE=64856548;WS=64856530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr11	64863969	rs61505294	TG	T	358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.6183;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=171;SC=GCACGGGGAGTGGGGGGGTGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=64863977;WS=64863959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	64876740	rs72932837	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=180;ReadPosRankSum=1.972;SC=ACCTGGGCACCTTCTCTTGCA;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=13;WE=64876748;WS=64876730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr11	64877019	rs79069813	A	G	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.94;MQRankSum=1.185;NF=19;NR=26;PP=639;ReadPosRankSum=0.566;SC=GGGAATGCAGATGGCTGGACA;SOR=0.494;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=45;WE=64877027;WS=64877009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr11	64877197	rs61736623	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=1.651;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr11	64878661	rs625004	T	C	8242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=93;PP=2965;SC=TATCCCTCCCTTCTTATCTGG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=100;TCR=93;TR=193;WE=64878669;WS=64878651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr11	64880090	rs4930284	G	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=9;PP=338;SC=CGTCCCTGCCGGGGCTGGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=64880098;WS=64880080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	64880743	rs11539360	C	T	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=1013;ReadPosRankSum=0.296;SC=GGGATGTCAGCGGGGCTGCCT;SOR=0.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=72;WE=64880751;WS=64880733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,90:0.52:172
chr11	64882163	rs12270532	T	C	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=281;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GTGGAGACTATTGCCTTGTTC;SOR=0.910;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=22;WE=64882171;WS=64882153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr11	64882789	rs1129195	C	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=18;PP=776;SC=TCACCAGCTACTGGTTACTAC;SOR=0.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=64882797;WS=64882779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	64884052	rs1546532	G	A	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=59;PP=2443;SC=CGCAGTCTAGGGCCAGGGGTG;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=120;WE=64884060;WS=64884042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	64884168	.	C	G	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.012;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=925;ReadPosRankSum=-1.961;SC=TGTTTCCGGGCACGGCCCAGG;SOR=0.742;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=64;WE=64884176;WS=64884158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,115:0.52:220
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chr11	64898226	rs9971407	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=327;ReadPosRankSum=0.344;SC=GCGCTGGCAGCGATGCACGAA;SOR=0.970;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=22;WE=64898234;WS=64898216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr11	64898357	rs11369296	G	GC	7290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=61;PP=2885;SC=TGGGGCCTGTGCCTGCTGTGC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=98;WE=64898366;WS=64898347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	64948277	rs3953797	A	C	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1128;ReadPosRankSum=-1.660;SC=CATCCACAACATGCAAGACTG;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=73;WE=64948285;WS=64948267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,93:0.46:203
chr11	64948555	rs12422027	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=0.728;SC=TGGGGGAGAGAACAGGGATGT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=14;WE=64948563;WS=64948545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr11	64950660	.	G	A	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=911;ReadPosRankSum=-1.676;SC=ATCTGCCAGGGAGCACTGGGT;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=65;WE=64950668;WS=64950650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,125:0.48:258
chr11	64950890	rs17884377	T	TC	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.175;QD=8.76;ReadPosRankSum=2.312;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr11	64950970	rs17583	C	T	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.227;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.730;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,81:0.40:201
chr11	64972354	rs2271450	A	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TCACCGGTGGATCTCACTGAG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=16;WE=64972362;WS=64972344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr11	64977424	rs2271448	C	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=392;ReadPosRankSum=0.776;SC=CATGCAGGTGCGGGCCGGGCA;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=34;WE=64977432;WS=64977414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
chr11	64977644	rs625750	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=431;ReadPosRankSum=0.761;SC=AGGCCCTTGTCCCTGGGGTGC;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=24;WE=64977652;WS=64977634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr11	64977937	rs542380	A	G	5836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=84;PP=2764;SC=AGTGTCCCCAACTGCCTCCCA;SOR=1.111;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=131;WE=64977945;WS=64977927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	64981472	rs239258	G	C	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,152:0.50:305
chr11	64981522	rs11605576	C	A	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,174:0.53:327
chr11	64981587	rs11605632	G	A	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=56;PP=1510;ReadPosRankSum=3.129;SC=TGGGGCCCCTGAGCCCTGCCG;SOR=0.718;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=172;TCF=72;TCR=100;TR=99;WE=64981595;WS=64981577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,115:0.51:224
chr11	64981837	rs12420456	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CGAGACCTGGCGCAGTCCGTC;SOR=0.606;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=22;WE=64981845;WS=64981827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr11	64981853	rs239259	G	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=269;ReadPosRankSum=0.281;SC=CCGTCTACATGGCCGGGGTGC;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=20;WE=64981861;WS=64981843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr11	64990041	rs514076	G	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	64993195	rs10633296	C	CAGTA	2542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=1461;SC=CTTCTGGAAACAGCAAAAGCC;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=64993203;WS=64993185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	65000478	rs2904978	C	T	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=468;SC=CTTAGGAGACCGTGAAGGGGT;SOR=2.584;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=65000486;WS=65000468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	65000719	rs2904979	C	T	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=45;PP=1373;SC=ATCATCAACACCCCGGCCATG;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=68;WE=65000727;WS=65000709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	65003778	.	CC	AT	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.753;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.61;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	65003812	rs625427	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=7;PP=697;SC=GGCTCCACCCTTCTCCACTAC;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=65003820;WS=65003802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	65004301	rs2904982	G	T	7013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=80;PP=2804;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GGCCGTCTGCGTCCTGACCGA;SOR=0.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=161;WE=65004309;WS=65004291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,269:1.00:270
chr11	65004386	rs56657874	C	T	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=825;ReadPosRankSum=-0.702;SC=ACCAAGAGGCCGAAAGTTACA;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=54;WE=65004394;WS=65004376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,82:0.61:135
chr11	65118971	rs620888	T	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=256;SC=TGATATTTCATAATATTTGAA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=65118979;WS=65118961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	65143701	rs80042162	CT	C	726.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.400;NF=6;NR=10;PP=553;ReadPosRankSum=-0.940;SC=CACAGGCCCCCTGGCTTCCGG;SOR=0.495;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=16;WE=65143709;WS=65143691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr11	65144075	rs624307	T	C	8308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=108;PP=2965;SC=GACTTGATCATGTCTAAGGGC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=112;TCR=109;TR=219;WE=65144083;WS=65144065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr11	65147294	rs547221	G	A	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,75:0.40:187
chr11	65147862	rs573864	C	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=4;PP=487;SC=GGACAAGGGACTAAGACCCCA;SOR=1.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=65147870;WS=65147852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	65161129	rs2073800	C	T	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=850;ReadPosRankSum=1.400;SC=GTGCCCCAGACGATGACGTGG;SOR=0.837;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=64;WE=65161137;WS=65161119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,110:0.47:233
chr11	65161328	rs4930154	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.163;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=0.258;SC=TGAAGCCCCATTGGGGGATGG;SOR=0.148;Source=Platypus;TCR=22;TR=13;WE=65161336;WS=65161318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr11	65164114	rs7940559	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.951;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=-0.999;SC=CCCTCTGTCTGGTGCCTGGGT;SOR=0.132;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=65164122;WS=65164104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr11	65164357	rs12417665	C	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr11	65178620	rs2957274	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=5;PP=124;SC=GGAAGGAGCCGTCGCGCTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=65178628;WS=65178610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	65211979	rs12803915	G	A	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=690;ReadPosRankSum=-1.470;SC=AGCACTAGCAGGAGGGGCTCC;SOR=0.395;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=44;WE=65211987;WS=65211969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
chr11	65212122	rs3825071	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=349;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TGCTGTGGACCGTGGATCCTG;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=23;WE=65212130;WS=65212112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr11	65222952	rs1784858	T	C	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=801;ReadPosRankSum=-0.231;SC=AAGATAAGGTTGTGCTTCTGG;SOR=0.445;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=59;WE=65222960;WS=65222942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,86:0.54:158
chr11	65271779	rs36002528	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr11	65271832	rs3200401	C	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=747;ReadPosRankSum=0.507;SC=GACTTCAGGTCTGTCTGTTCT;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=49;WE=65271840;WS=65271822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr11	65273568	rs11367099	TA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr11	65292577	.	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TCGGGCGGCCGGAGGACCCGG;SOR=0.730;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=7;WE=65292585;WS=65292567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	65293302	rs113696189	C	T	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1485;ReadPosRankSum=-0.877;SC=GATTTGGTTTCCTCTTCCCCA;SOR=0.650;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=91;TCR=101;TR=92;WE=65293310;WS=65293292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,124:0.49:251
chr11	65293463	rs55662663	G	A	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=1124;ReadPosRankSum=-0.879;SC=CGAGAGTGGAGGCTGGTGGCC;SOR=0.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=163;TCF=70;TCR=93;TR=74;WE=65293471;WS=65293453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,122:0.51:241
chr11	65302893	rs947791	G	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=528;ReadPosRankSum=0.119;SC=GGTCCCTGTCGCAGGACCACA;SOR=0.524;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=36;WE=65302901;WS=65302883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr11	65307402	rs11227217	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=0.497;SC=AGGAACCGCCCGCCTCCGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=18;WE=65307410;WS=65307392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr11	65314814	rs66973976	CG	C	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr11	65314830	rs58621819	A	T	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=1.417;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr11	65320780	rs4244811	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=292;ReadPosRankSum=1.641;SC=ACTGGGGAGGGGCACAGCAGA;SOR=0.671;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=16;WE=65320788;WS=65320770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr11	65325325	.	C	CCAGCAG	823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=808;ReadPosRankSum=2.571;SC=CCGCCCAGGCCCAGCAGCAGC;SOR=2.922;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=21;WE=65325335;WS=65325315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr11	65337251	rs1346	A	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=806;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GGGCGGCTGGAAGCGCAATGC;SOR=0.761;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=58;WE=65337259;WS=65337241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,75:0.48:155
chr11	65337714	rs1784220	GA	TT	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=-1.248;SC=AGTTACCAAGGAGACGCTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=65337723;WS=65337704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	65338034	rs1151496	A	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=443;ReadPosRankSum=-0.089;SC=GAGGCAGCCCACTCCGGCAAG;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=35;WE=65338042;WS=65338024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,57:0.43:133
chr11	65347636	rs1194100	G	C	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=23;PP=1521;SC=CCAAGTCCCAGTGAGGCTGCG;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=65;WE=65347644;WS=65347626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	65348725	rs79021529	G	A	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1097;ReadPosRankSum=-1.389;SC=CAGCCCCTGTGAGTGCTCCTG;SOR=0.512;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=188;TCF=102;TCR=86;TR=75;WE=65348733;WS=65348715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,137:0.46:297
chr11	65349063	rs3741380	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=796;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CCTCGGCTCCGGAAAGGCTCT;SOR=0.796;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=53;WE=65349071;WS=65349053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,68:0.57:119
chr11	65349756	rs6591182	T	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=298;ReadPosRankSum=-0.052;SC=AGGCCCCAGGTGAGCAGCTGG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=20;WE=65349764;WS=65349746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr11	65349849	rs1194099	A	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=14;PP=547;SC=GGTTCAGGGGACCTGGAAACA;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=65349857;WS=65349839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	65352062	rs2298615	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=569;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GCCAGGCTCTCAGTGTCAGAT;SOR=0.900;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=36;WE=65352070;WS=65352052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr11	65357697	rs1151503	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=231;ReadPosRankSum=1.666;SC=GCATACATCTAGGGATCCCTT;SOR=0.352;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=13;WE=65357705;WS=65357687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr11	65359625	rs4261292	C	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=37;PP=1099;SC=CAGAGGGCTGCGTGTGGACCC;SOR=1.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=65359633;WS=65359615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	65363275	rs3814752	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=1.529;SC=GGGAACTGGCGGCTCCACCTC;SOR=1.388;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=19;WE=65363283;WS=65363265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr11	65366192	rs7946115	G	C	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=643;ReadPosRankSum=1.328;SC=GTTTCCCCATGTGCACAGTGA;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=37;WE=65366200;WS=65366182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,65:0.77:84
chr11	65366240	rs7932616	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=11.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.88;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr11	65366847	rs10791820	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=95;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TGAAGCAGGCCGGCTTCAGGC;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=9;WE=65366855;WS=65366837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr11	65367253	rs4326800	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=0.602;SC=CGGGCAGAGGCGGCACAGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=65367261;WS=65367243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr11	65373621	rs1151527	A	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=264;SC=CAGGCTTCAGAGATAAACTTT;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=65373629;WS=65373611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	65380916	rs2004649	G	A	8242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=109;PP=2965;SC=GGGGCGGGCCGCCACCCCGAG;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=97;TCR=109;TR=205;WE=65380924;WS=65380906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr11	65383896	rs7947140	G	C	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	65385009	rs199899945	A	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=621;ReadPosRankSum=-0.054;SC=GGGTTGGAGCATAGTGCTGTG;SOR=0.541;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=42;WE=65385017;WS=65384999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,60:0.45:133
chr11	65385606	rs1151489	A	G	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=40;PP=1976;SC=ACCCTGACCCAGCCTGACCGG;SOR=0.918;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=89;WE=65385614;WS=65385596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	65386185	.	C	T	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1060;ReadPosRankSum=0.974;SC=TCTTCTACTTCCTGCTACTCC;SOR=0.751;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=74;WE=65386193;WS=65386175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,106:0.49:217
chr11	65387378	rs61744384	T	A	6220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=83;PP=2645;SC=CTGAGGGTGCTGTGCACTATT;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=63;TCR=83;TR=145;WE=65387386;WS=65387368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	65389890	rs11227241	G	C	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=25;PP=886;SC=CTGGACCTTGGCTCCCCAGAC;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=65389898;WS=65389880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	65394322	rs10896024	A	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=12;PP=695;SC=GGACTTCCTCAGGGAAGGCAG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=65394330;WS=65394312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	65412467	rs2306364	G	A	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=31;PP=1324;SC=ACTGCCGGGCGGGCCAGGGCT;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=65412475;WS=65412457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	65414825	.	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=1.251;SC=CTCCCGGCAGCCCCGCCCACT;SOR=1.110;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=14;WE=65414833;WS=65414815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr11	65415028	rs4930157	T	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=871;ReadPosRankSum=0.729;SC=GCGGCCAGACTCTGCCCAGCC;SOR=0.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=65415036;WS=65415018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr11	65416936	rs149695564	C	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=933;ReadPosRankSum=0.239;SC=AGCCAGAACTCGCTGTCACCA;SOR=0.636;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=63;WE=65416944;WS=65416926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,82:0.52:159
chr11	65417434	rs746429	G	A	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=63;PP=2965;SC=TGTCGGAGGCGGGCAGTGGGA;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=142;WE=65417442;WS=65417424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	65423082	rs1144792	G	A	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=9;PP=489;SC=ATGGGGCCCAGGAGTCTTCAT;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=65423090;WS=65423072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	65429269	.	G	A	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=808;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GGTGACCAGGGAGATGCGCAC;SOR=0.684;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=54;WE=65429277;WS=65429259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,86:0.47:183
chr11	65480090	rs2236682	G	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	65480768	rs4244812	A	G	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=15;PP=930;SC=CCCCTTCCCCATCCCACTGCC;SOR=1.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=54;WE=65480776;WS=65480758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	65480791	rs551115	A	G	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=24;PP=1467;SC=CCCCGCCCCAAAGGAAGACCC;SOR=1.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=74;WE=65480799;WS=65480781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	65481166	rs1151500	T	C	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	65481465	rs487264	T	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=390;SC=GGCAGAACATTGTTCAAATGA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=65481473;WS=65481455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	65484569	rs563427	A	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=565;SC=CTCTAGGGGAACCAGCCAGAA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=65484577;WS=65484559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	65554680	rs10896044	C	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=2;PP=468;SC=GGTGGAACCGCCGCGCGCCGT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=65554688;WS=65554678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	65601560	rs17854357	G	C	6173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=96;NR=71;PP=2965;SC=CGGAGGTTGGGAAGGAGGGCA;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=96;TCR=72;TR=167;WE=65601568;WS=65601550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	65617113	rs11327250	AG	A	3954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=38;PP=2391;SC=GGCCTCCCCCAGGGGGTGGTA;SOR=0.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=66;WE=65617121;WS=65617103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	65618287	rs201323743	C	T	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=470;ReadPosRankSum=-0.256;SC=TTGTGAAGTCCGCGGATGAAG;SOR=0.740;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=37;WE=65618295;WS=65618277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,63:0.47:135
chr11	65623739	rs11227332	A	G	7072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=73;PP=2419;SC=CGTATACGTCAAGAAAAGGAT;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=134;WE=65623747;WS=65623729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	65630098	rs3216088	T	TG	1161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.824;QD=18.44;ReadPosRankSum=1.495;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr11	65636053	rs601314	T	C	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=38;PP=993;SC=GGCTCGTTGATGCAGCGGTAC;SOR=1.153;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=59;WE=65636061;WS=65636043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	65637984	rs630394	C	G	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=19;PP=1258;SC=GCCGGGACTACAGAAGCTGCT;SOR=1.340;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=65637992;WS=65637974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	65647796	.	C	CT	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-2.225;QD=2.21;ReadPosRankSum=-1.624;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,43:0.29:148
chr11	65647837	.	GG	AT	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.505;NF=9;NR=35;PP=1745;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TTGTTGACCAGGCTGGAGTGC;SOR=0.948;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=44;WE=65647846;WS=65647827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr11	65649774	rs604630	A	G	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=42;PP=1560;SC=GAAGGTGGCCAGCGCCATCTC;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=87;WE=65649782;WS=65649764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	65653242	rs568617	C	T	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=339;SC=CTCTCTGCCTCAAGTCACTGT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=65653250;WS=65653232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	65654844	.	G	A	68.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CTGAACCCAGGAGGCGGAGGT;SOR=1.447;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=65654852;WS=65654834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	65655393	rs641018	G	C	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=56;PP=1934;SC=CACCATCCCAGAGGGTGAGCA;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=91;WE=65655401;WS=65655383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	65661656	rs507062	T	C	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=37;PP=1035;SC=TCGCCCCTCATGGTGGCCCAG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=65661664;WS=65661646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	65664346	rs637571	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=226;ReadPosRankSum=1.691;SC=CTGGCCGGGGTTGTGGGGGGC;SOR=1.301;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=15;WE=65664354;WS=65664336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr11	65667796	rs1058068	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-0.896;SC=CGGGTTCCCCGAAGTCTCGGA;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=10;WE=65667804;WS=65667786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr11	65684929	rs9667389	C	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=524;SC=ATTTGGCCCCCCTAGGTCAGT;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=65684937;WS=65684919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	65685225	rs7947504	T	C	5248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=67;PP=2018;SC=CACCTGAAGCTGGCCTTCAAC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=69;TCR=68;TR=136;WE=65685233;WS=65685215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	65713207	rs9795469	T	C	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=49;PP=1683;SC=CCCGTCGGTGTGACCAGGGCA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=101;WE=65713215;WS=65713197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	65714281	rs117754316	C	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GAGGGAGCACCCGGGTGAGGT;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=10;WE=65714289;WS=65714271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr11	65727301	rs491973	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CCACAGGTCAATGGGGGTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=13;WE=65727309;WS=65727291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr11	65732651	rs550435	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr11	65732800	rs552130	T	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=697;ReadPosRankSum=0.119;SC=GCATCACTTTTTCCCCTCTTC;SOR=0.624;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=47;WE=65732808;WS=65732790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr11	65733289	rs556643	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=290;ReadPosRankSum=-1.983;SC=GACACTGGTGGCCTTGCTACC;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=26;WE=65733297;WS=65733279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
chr11	65733393	rs688862	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=672;ReadPosRankSum=-0.187;SC=AGGGCCTCACCGTGGAGCATG;SOR=0.551;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=46;WE=65733401;WS=65733383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,61:0.44:139
chr11	65734539	rs1151505	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=-0.132;SC=ACTTAACCTCCCTGTGCCCCA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=65734547;WS=65734529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr11	65735174	rs660118	G	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.333;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr11	65743946	.	C	T	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,116:0.58:200
chr11	65744275	rs543952	T	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=370;SC=CGTTTGGGGGTGCTCAAGCTG;SOR=1.022;Source=Platypus;TCR=14;TR=23;WE=65744283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	65744421	rs542332	C	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=360;ReadPosRankSum=0.345;SC=CAGGTGGTGACCAGTGGGTGG;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=28;WE=65744429;WS=65744411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr11	65744597	rs7952056	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=168;ReadPosRankSum=-1.368;SC=GCAGCCATGACTTGGGTGGGC;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=18;WE=65744605;WS=65744587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr11	65746653	rs679581	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr11	65767153	rs507672	A	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	65767215	rs506873	G	T	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=414;SC=CCATAGGAAGGGGTTCTATCT;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=26;WE=65767223;WS=65767205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	65771050	rs147010511	TCACTGAG	T	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.242;NF=4;NR=1;PP=349;ReadPosRankSum=0.534;SC=CTCTTATCTCTCACTGAGCAC;SOR=2.093;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=5;WE=65771064;WS=65771040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr11	65780702	rs9667817	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=11;PP=506;SC=GGCCTGGAGCAGCCTGGCAGG;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=27;WE=65780710;WS=65780692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	65787666	rs3829937	G	A	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=862;ReadPosRankSum=1.390;SC=GGATCCGGGCGGCCCTCTGGG;SOR=0.565;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=61;WE=65787674;WS=65787656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,75:0.51:146
chr11	65788072	rs3814747	C	T	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=20;PP=693;SC=ATGTAAATTACGAGGATGGGA;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=65788080;WS=65788062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	65790527	rs2845570	G	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=416;ReadPosRankSum=-2.000;SC=CGCTGGAGCCGGCCGGCTGAA;SOR=1.675;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=28;WE=65790535;WS=65790517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr11	65803156	.	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.106;NF=22;NR=7;PP=501;ReadPosRankSum=0.664;SC=AAAGTTCTGGGATTACAGGCG;SOR=1.348;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=29;WE=65803164;WS=65803146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr11	65803383	rs10791840	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=482;ReadPosRankSum=0.172;SC=GATCCTCAGATTTCTGTAGCC;SOR=0.993;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=29;WE=65803391;WS=65803373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr11	65810045	rs4565902	T	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.123;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr11	65810209	rs61895584	C	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=354;ReadPosRankSum=0.234;SC=TGGGCTGCCACGGCTGCAGCT;SOR=0.701;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=28;WE=65810217;WS=65810199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr11	65810239	rs78578425	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=0.355;SC=GGATCTGCGCGGCAGGCCGCA;SOR=1.162;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=13;WE=65810247;WS=65810229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr11	65810749	rs7937692	T	C	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=50;PP=1856;SC=AGGCGTTGGGTACGCGCCGGA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=93;WE=65810757;WS=65810739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	65811208	rs4930170	G	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=132;ReadPosRankSum=1.012;SC=CTTGACCCCTGCCCTTACCCA;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=13;WE=65811216;WS=65811198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr11	65825443	rs72411009	CA	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.752;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr11	65829637	rs11227395	A	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.566;SC=AAAAACAAATAATGGTTTTTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=65829645;WS=65829627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr11	65868310	rs475817	T	A	6886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=82;PP=2965;SC=GAACACCTGTTATGGCCTTTC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=154;WE=65868318;WS=65868300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	65983522	rs548858	A	G	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=435;SC=GGTCTTGTGCATTCCTTGGCT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=65983530;WS=65983519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	65985000	rs557082	A	C	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=40;PP=1625;SC=TAGGGACCAAACCCCTGAGAG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=65985008;WS=65984990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	65985168	rs512421	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=414;ReadPosRankSum=-1.071;SC=TTGTCCTCAGGTATCCACCTC;SOR=1.415;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=27;WE=65985176;WS=65985158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr11	65988345	.	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=0.259;SC=GCTGTCCCCTCTATTACCAGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=65988353;WS=65988335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr11	65997898	rs561948	A	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	66001418	rs2236651	C	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=706;ReadPosRankSum=1.860;SC=TCGGTAAAGACGGGAGGCACC;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=53;TCR=71;TR=57;WE=66001426;WS=66001408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,85:0.43:196
chr11	66002681	rs2236652	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=136;ReadPosRankSum=-0.117;SC=AGAGTCTGACGGGTCTCAGGA;SOR=0.467;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=13;WE=66002689;WS=66002671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr11	66006323	rs476551	G	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=313;ReadPosRankSum=0.889;SC=AGCAGGTGAGGCTGGGGCTCC;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=24;WE=66006331;WS=66006313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr11	66010633	rs524268	T	C	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=31;PP=1138;SC=CTGTCACCCCTAGTGTCCATC;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=66010641;WS=66010623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	66029130	rs572827	G	C	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=140;SC=TTCACTGGGTGCCAGAGCCCA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=66029138;WS=66029120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	66031450	rs525698	T	C	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=58;PP=1790;SC=CTGGGCAGGCTGGGGGTCTGG;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=66031458;WS=66031440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	66033430	rs2276036	C	T	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=509;ReadPosRankSum=0.436;SC=GGGTGCCGGGCCTCGGTCTGA;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=42;WE=66033438;WS=66033420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr11	66036293	rs150627444	A	AC,ACC	2236.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.166;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=22.82;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=1.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,49,38:0.50,0.39:98
chr11	66040053	rs555826	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=557;SC=TTGTCTGCTTACAGGAACTAA;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=66040061;WS=66040043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	66043253	rs55931871	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=279;ReadPosRankSum=0.449;SC=GCAAAATAACTTTGGCCCCTG;SOR=1.426;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=15;WE=66043261;WS=66043243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr11	66043742	rs3831389	CCTT	C	1024.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.273;NF=2;NR=13;PP=548;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GGAGGGGGCACCTTCTCCAGA;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=15;WE=66043752;WS=66043732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr11	66050948	rs3016315	C	T	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=25;PP=727;SC=CCTTTTGCCCCTGAGGACTGA;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=66050956;WS=66050938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	66050999	rs199647150	G	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=186;ReadPosRankSum=0.714;SC=CTGGGTGGCTGTGTGTGTGCA;SOR=0.937;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=14;WE=66051007;WS=66050989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr11	66052832	rs2282568	C	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=0.748;SC=GCCACCTCCCCCTGGCCCACA;SOR=0.990;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=12;WE=66052840;WS=66052822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr11	66054823	rs510398	C	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=8;PP=862;SC=GGGAGGGATACAGTCCAAATC;SOR=2.352;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=43;WE=66054831;WS=66054813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	66056457	rs7945723	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=0.338;SC=GATAAGCCATGGCCGCGACGC;SOR=1.643;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=17;WE=66056465;WS=66056447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr11	66059782	rs6591210	T	C	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=23;SC=GCCCCCGGCGTCCCCTCATCC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=66059790;WS=66059772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	66063126	rs35383623	AC	A	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr11	66099987	rs1784029	C	T	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1349;ReadPosRankSum=2.290;SC=CAGGCCACTCCGCCCGGCGGT;SOR=0.563;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=203;TCF=82;TCR=121;TR=102;WE=66099995;WS=66099977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,149:0.47:315
chr11	66100152	rs1784030	T	C	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=34;PP=1287;SC=CAATCGAGGCTTCTGGGGGCA;SOR=0.848;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=61;WE=66100160;WS=66100142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	66100170	rs141977246	G	C	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=416;ReadPosRankSum=-0.325;SC=GCACGGCCAGGGTCTTGGAGG;SOR=0.838;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=36;WE=66100178;WS=66100160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr11	66101974	rs3016317	C	T	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.47;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	66101974	.	CGGAG	TGGAA,TGGAG	451	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=22,40;NR=17,33;PP=441,451;QD=12.678663458;SC=TATGGAGAGACGGAGCCTCAC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=39,73;WE=66101986;WS=66101964;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.53:74
chr11	66101978	rs10896110	G	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,60:0.49:122
chr11	66102807	rs10444359	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.316;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=188;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TTCGGGCGGTGTGCTGCGAGC;SOR=0.689;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=16;WE=66102815;WS=66102797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr11	66103046	rs3016763	C	T	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=34;PP=1227;SC=AGGAGCAGGGCCCGTGGACAC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=66103054;WS=66103036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	66104057	rs3016316	T	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=34;PP=927;SC=GGGTCAGGGGTCCCCTCCATG;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=66104065;WS=66104047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	66104993	rs3116068	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=418;ReadPosRankSum=0.863;SC=GCCCTGAGGCCGGACAGCCTG;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=32;WE=66105001;WS=66104983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr11	66105194	rs1052566	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=170;ReadPosRankSum=0.349;SC=AGGAGTCCAGGCCAGTGCCAG;SOR=0.180;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=13;WE=66105202;WS=66105184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr11	66105817	rs2276106	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.701;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=2.194;SC=CCCTGCCCCACCCCCCACCTC;SOR=0.681;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=10;WE=66105825;WS=66105807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr11	66107527	rs1785633	C	A	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,103:0.46:224
chr11	66107674	rs1784035	A	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=50;PP=1375;SC=GCAGTTTGTCATCCCACCATT;SOR=1.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=66107682;WS=66107664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	66108660	rs947978	C	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=641;ReadPosRankSum=1.159;SC=GAAGAGGGTACAGAACCACCC;SOR=0.477;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=41;WE=66108668;WS=66108650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr11	66108894	rs2236679	G	C	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=54;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CAGCAAGCCCGGTGTTAGGCG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=229;TCF=116;TCR=113;TR=110;WE=66108902;WS=66108884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,165:0.47:352
chr11	66109527	rs112182142	C	CTGTGTG	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=314;ReadPosRankSum=-0.601;SC=TGTAGGGGCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.982;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=12;WE=66109536;WS=66109517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr11	66109779	rs1784037	AT	GA	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=1540;SC=AGGCAGCAGGATGCTGAACAC;SOR=2.964;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=30;WE=66109788;WS=66109769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	66130736	rs1039593	A	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=175;SC=TTTCTTCCCCACAGCACTCCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=66130744;WS=66130726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	66131149	rs1039594	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=-0.488;SC=CCCTTCTTTCCGGGCCTCAGT;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=19;WE=66131157;WS=66131139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr11	66131906	rs7125100	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=610;SC=CTGTGGTAGAAGCTGAAGTCA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=66131914;WS=66131896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	66133311	rs4930358	T	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=535;SC=TACCAGGCCATTTGGACTACC;SOR=2.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=66133319;WS=66133301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	66133336	rs2279861	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.896;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=-1.439;SC=AATCACCTCCATGCTCTTTCA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=9;WE=66133344;WS=66133326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr11	66134085	rs8187658	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=0.393;SC=CCAGGTTTCCCGACAGCCAGG;SOR=0.721;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=7;WE=66134093;WS=66134075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr11	66135179	rs2279862	C	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=631;ReadPosRankSum=0.068;SC=CTCTCAGGGCCTCAGGCTCAG;SOR=0.972;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=43;WE=66135187;WS=66135169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,50:0.44:114
chr11	66135898	rs2292123	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=26;PP=949;SC=CCATATCACCTGCTTACCTCC;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=66135906;WS=66135888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	66136242	.	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=0.575;SC=CTGGACAAGGTTGCGCAGGTG;SOR=1.085;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=8;WE=66136250;WS=66136232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	66138894	rs7946434	G	C	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	66192808	.	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GGTAGATTTAGGCAAATCAAT;SOR=0.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=14;WE=66192816;WS=66192798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr11	66205599	.	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr11	66258916	rs75546553	G	A	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=14;PP=666;SC=CAGAGCGGGTGTGGAGGTGGG;SOR=0.836;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=34;WE=66258924;WS=66258906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	66262806	rs10791878	T	C	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=16;PP=753;SC=AGTGGCCACCTTAAGCCCGAC;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=66262814;WS=66262796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	66278059	rs1791688	C	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=7;PP=442;SC=TTGTACTCGCCCTTCCCTGTG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=66278067;WS=66278049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	66318803	rs187286120	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=2.012;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,70:0.43:161
chr11	66321927	.	CA	C	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr11	66358126	rs486584	C	T	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	66406070	rs670900	A	C	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=41;PP=1203;SC=AGAGGATCTGAGGGAACGCCG;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=84;WE=66406078;WS=66406060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	66456387	rs2276138	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=50;SC=ACAGTGGCCATGGCAACCTCA;SOR=0.908;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=80;WE=66456395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	66458696	rs12804382	C	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=9;PP=759;SC=GAACTCTCCCCGGCATTTCCC;SOR=2.133;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=66458704;WS=66458686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	66469032	rs532439	T	C	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	66472274	rs4930388	T	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=25;PP=1086;SC=GGCACCCGGCTCTGCACCTCG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=66472282;WS=66472264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	66481264	rs615536	C	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=287;SC=TGTGAGATCTCGAAGAGGAAG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=66481272;WS=66481254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	66483265	rs12805133	A	G	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=54;PP=2362;SC=ACACTTTTCTAAGGCCCCCCC;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=123;WE=66483273;WS=66483255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	66512290	.	G	GGGC,GGGCGGC	1732.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.892;HP=4;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.464;NF=5;NR=13;PP=519;ReadPosRankSum=1.237;SC=GCTGAGGAGGGGGCGGCGGCG;SOR=0.626;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=18;WE=66512303;WS=66512280;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.54,0.38:52
chr11	66812338	rs11227668	A	G	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=670;SC=ATGCAGATGGATAGGGGGTGG;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=28;WE=66812346;WS=66812328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	66833265	rs12803688	G	A	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=22;PP=1686;SC=AAACAACTACGCTCCACTGAC;SOR=1.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=85;WE=66833273;WS=66833255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	66833327	rs12287978	G	A	7355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=86;PP=2960;SC=GTGCCTCTCCGAAGCCTCCTC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=89;TCR=87;TR=175;WE=66833335;WS=66833317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	66834232	rs149901958	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=510;ReadPosRankSum=0.155;SC=TGACCGCCTGCGGCCCCTGTT;SOR=0.813;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=40;WE=66834240;WS=66834222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,59:0.39:153
chr11	66834252	rs2282502	C	T	5405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=55;PP=1882;SC=TCTACCCTGACGCCAGCGTCC;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=112;WE=66834260;WS=66834242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	66837965	rs4930409	T	C	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=47;PP=1292;SC=GACTGACCTGTGCAAGGACAA;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=84;WE=66837973;WS=66837955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	66995603	rs3741189	T	C	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	67017445	rs34463980	C	CA	1317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=13;PP=1226;SC=CCCTCTCCAACGTGACCTTTC;SOR=1.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=67017453;WS=67017435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	67017891	.	C	T	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.131;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=40;PP=1278;ReadPosRankSum=1.942;SC=ATCCGGGGATCGTACCTCACT;SOR=0.603;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=181;TCF=85;TCR=96;TR=82;WE=67017899;WS=67017881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,138:0.46:303
chr11	67034128	rs182084609	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=1.479;SC=CAGGAGCGGCGGCGGCGGCGG;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=67034136;WS=67034118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	67034266	rs2228418	C	A	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	67050292	rs2071007	G	A	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=77;PP=2464;SC=TGACGATGGTGGGTGCAGGTC;SOR=1.114;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=121;WE=67050300;WS=67050282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	67052466	rs10896164	G	A	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=54;PP=2399;SC=TAAGGAGCCCGTGCGGGGGTC;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=125;WE=67052474;WS=67052456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	67057092	rs368498130	GC	G	221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.68;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	67057104	rs11227758	C	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	67068859	rs2298815	T	C	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=77;PP=2665;SC=GCTCTGCTGTTGCCGCATCAG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=151;WE=67068867;WS=67068849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	67071584	rs4244822	C	G	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	67075680	.	C	T	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=544;ReadPosRankSum=0.004;SC=TGGGGCTCCCCCTCCAGCAGT;SOR=0.973;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=37;WE=67075688;WS=67075670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,51:0.53:97
chr11	67076810	rs3737460	T	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=21;PP=1509;SC=CAGGTCCGATTGCCAGTGGGC;SOR=1.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=67076818;WS=67076800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	67141148	.	AT	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-2.577;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr11	67177278	rs7122299	G	A	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=57;PP=1689;SC=GGCTGATGCCGGCCCGGCAAA;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=82;WE=67177286;WS=67177268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	67192332	.	CCA	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr11	67195877	.	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CAGGCTAAGCGATTTTCCGGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=67195885;WS=67195867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr11	67203608	rs61731772	C	T	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=758;ReadPosRankSum=2.832;SC=CCCCACAGCGCGGCACCTAGG;SOR=1.002;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=45;WE=67203616;WS=67203598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr11	67207354	.	G	GC	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=365;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AACCCTCACCGCCCCCCCCAC;SOR=2.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=20;WE=67207362;WS=67207344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr11	67224961	.	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.401;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=260;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CCTGGGGGTGGGGGTGCCTGG;SOR=1.171;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=18;WE=67224969;WS=67224951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr11	67257273	rs611697	G	T	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=25;PP=677;SC=CATGATCTCTGCGAGGGCAGG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=67257281;WS=67257263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	67257823	rs641081	C	A	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=50;PP=1734;SC=CCAGCTGGACCAGCAGATCAC;SOR=0.816;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=95;WE=67257831;WS=67257813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	67258391	rs4930199	A	G	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=23;PP=791;SC=CGAGAGCTGCAGGCCCTGGAG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=67258399;WS=67258381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	67262264	.	T	TGAGTGGGCGA	2979	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=23;MQ=60.59;NF=14;NR=6;PP=2979;QD=20;SC=GCCTCTCTGGTGAGTGGGCGA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=20;WE=67262272;WS=67262240;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,20:0.80:25
chr11	67262282	rs202207490	C	CGA	2025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.14;QD=43.10;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	67262289	.	G	A	572	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=91;MMLQ=21;MQ=60.66;NF=30;NR=13;PP=572;QD=14.1109584313;SC=GGGCGAGTGGGCGAGGGGGCG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=43;WE=67262297;WS=67262279;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,43:0.98:44
chr11	67262289	.	G	GCGAGTGGA	2390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.91;QD=40.52;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	67263767	rs618633	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=410;SC=CGCAGGGGTCAGCCGCGTGGA;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=67263775;WS=67263757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	67265164	rs369588837	G	C	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=320;ReadPosRankSum=-1.046;SC=GATGGAACAGGAGACAGAAAC;SOR=0.745;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=21;WE=67265172;WS=67265154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr11	67288594	rs2276118	C	T	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=51;PP=1980;SC=GTAGCCGTCCCGGTCTCGGTC;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=110;WE=67288602;WS=67288584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	67351531	rs1079719	G	A	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	67351540	rs1871041	A	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	67351774	rs2370143	C	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=463;SC=CCTTCCTGTTCCCCGCCTCTC;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=67351782;WS=67351764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	67352256	rs762803	C	A	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=68;PP=1873;SC=GAGTCTTGAACCTCCAAGTCC;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=108;WE=67352264;WS=67352246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	67352689	rs1695	A	G	2686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=930;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CTGCAAATACATCTCCCTCAT;SOR=0.593;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=76;WE=67352697;WS=67352679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,144:0.49:292
chr11	67353844	rs1871042	C	T	6676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=75;PP=2965;SC=GAGTCCCTGGCCCCCCTGCCC;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=161;WE=67353852;WS=67353834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	67353970	rs4891	T	C	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=76;PP=1937;SC=GGCGCCTCAGTGCCCGGCCCA;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=120;WE=67353978;WS=67353960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	67371767	.	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.863;NF=4;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-0.191;SC=AATCTGATCTCTCTTGCTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=67371775;WS=67371757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	67372477	rs12421329	G	T	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=34;PP=920;SC=TGCTCCAGTGGGTGGGGACCA;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=67372485;WS=67372467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	67372593	rs12793832	A	C	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=198;SC=AACAGGGCTCATCATTCCTGA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=67372601;WS=67372583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	67374581	rs1871043	T	C	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=33;PP=780;SC=CACGGGTGTTTGGGGCCGGGT;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=67374589;WS=67374571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	67375162	rs1382089	T	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=119;SC=AGGGCCAAGCTGCCACACTCG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=67375170;WS=67375152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	67375184	rs7948073	T	G	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=115;SC=CTTGTGGGGCTGTGTGGTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=67375192;WS=67375174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	67379818	.	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GACTCTGTTTCACATGGTCCC;SOR=0.340;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=18;WE=67379826;WS=67379808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr11	67397251	rs17851655	G	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=15;PP=578;SC=GCAGCGCCGGGACCCCACGCA;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=67397259;WS=67397241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	67399735	rs2514021	T	C	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=42;PP=1802;SC=CCCTTTGCCTTCCGCCCACTG;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=67399743;WS=67399725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	67399914	rs11227869	G	T	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=1137;ReadPosRankSum=-1.155;SC=GGGGGGAGGGGATCAAGGGGA;SOR=0.381;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=56;WE=67399922;WS=67399904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr11	67400235	rs10896189	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=236;SC=CCCTGGCACCTGGGCCTCTTG;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=67400243;WS=67400225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	67400622	rs61894500	G	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=881;SC=GGAGTACAGCGGACTCCCTGA;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=67400630;WS=67400612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	67402744	rs59223436	G	A	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=33;PP=1094;SC=GCTGTGGAGAGAGGACGGAAG;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=67402752;WS=67402734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	67406829	rs1993839	T	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=14;PP=617;SC=CCCACCCTCTTGTGAAGGACC;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=67406837;WS=67406819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	67407146	rs2447591	T	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=12;PP=320;SC=GTGGTCTTCCTACTCGAGCTG;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=67407154;WS=67407136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	67412203	rs143278298	C	CCA	557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.23;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr11	67414235	.	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.391;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr11	67414492	rs948445	C	T	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=19;PP=548;SC=CAGGGGCTCCCGGGGCACAGG;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=67414500;WS=67414482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	67430589	rs78402723	A	G	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=14;PP=814;SC=GGCTGGGGGAACCTGCGGTCT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=67430597;WS=67430579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	67430762	rs1551886	T	C	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=36;PP=1294;SC=GGGTGGGTAGTGGATCTCCTT;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=83;WE=67430770;WS=67430752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	67431038	rs1979375	G	A	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	67431110	rs1979376	G	A	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=24;PP=974;SC=CTTCCCTAGGGGTGGAAATGG;SOR=0.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=52;WE=67431118;WS=67431100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	67432804	rs2447571	T	C	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=60;PP=2439;SC=GCCACGCGGCTGCAGCCCAGC;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=132;WE=67432812;WS=67432794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	67432854	rs6591270	T	C	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=59;PP=1946;SC=GTTGATGATGTGGCCCAGGTT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=114;WE=67432862;WS=67432844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	67433708	rs5792424	C	CG	2921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=29;PP=2057;SC=GGGGCGGGCTCGGGGCCAGCC;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=52;WE=67433716;WS=67433698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	67433758	rs1551887	G	A	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=45;PP=1711;SC=TGGGGACGTCGGGCACTGCTG;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=94;WE=67433766;WS=67433748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	67433869	rs1551888	C	T	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.04;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	67434416	rs4646823	C	A	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=49;PP=1588;SC=TCCAGGCCTGCAGGTTCTTGA;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=87;WE=67434424;WS=67434406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	67564068	rs77439896	C	A	338.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.474;NF=12;NR=4;PP=230;ReadPosRankSum=0.684;SC=CCTAGCTTTTCCCCGGCCCCC;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=16;WE=67564076;WS=67564058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr11	67564104	rs10896235	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.520;NF=7;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=-2.476;SC=ACTGGAGTCCCGCAGGGACAG;SOR=1.055;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=10;WE=67564112;WS=67564094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr11	67564135	rs77521350	G	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.504;NF=15;NR=6;PP=273;ReadPosRankSum=-3.449;SC=ATGCAGGCCCGGGTGGGCGTG;SOR=0.852;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=21;WE=67564143;WS=67564125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr11	67564181	rs79260939	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.048;NF=16;NR=11;PP=318;ReadPosRankSum=2.819;SC=CAGCTGGCACGTCTCTGGGTT;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=27;WE=67564189;WS=67564171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr11	67564197	rs72657419	T	C	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=31;PP=968;SC=GGGTTGCAGATGGTAAGGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=67;WE=67564205;WS=67564187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	67564238	rs77785393	C	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=3.155;QD=22.75;ReadPosRankSum=1.082;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr11	67564241	rs80309804	C	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=3.314;QD=23.40;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr11	67564293	rs117919932	T	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.443;NF=1;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=1.686;SC=GCTTCTGGGCTATACAGCACG;SOR=1.911;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=8;WE=67564301;WS=67564283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr11	67765163	rs5792426	A	AG	3037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=20;PP=1581;SC=ATGGCCAGGAAGCCACTGCCA;SOR=0.987;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=67765171;WS=67765153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	67770384	rs3751085	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.539;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr11	67782947	rs2286170	G	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.820;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr11	67786064	rs11433668	A	AC	1505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.25;NF=4;NR=14;PP=857;SC=GCCCTCAGGAACTCCGGGCCT;SOR=1.127;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=18;WE=67786072;WS=67786054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	67786398	rs4244839	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr11	67786764	rs1636207	A	G	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=34;PP=995;SC=GGAACAGGCAAGGCTCAAGGG;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=67786772;WS=67786754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	67789138	rs2286168	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=388;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CCCCCGACTACGTCCTATGCA;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=25;WE=67789146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr11	67789293	rs58160034	G	GC	7565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=63;PP=2967;SC=CTGGGCTGCGGCGTGTGGCCA;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=81;WE=67789301;WS=67789283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	67790243	rs3764818	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=114;ReadPosRankSum=-0.957;SC=GGGGTGCGGCCGGGCTGGGCA;SOR=0.756;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=11;WE=67790251;WS=67790233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr11	67790278	rs3764817	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=277;ReadPosRankSum=0.419;SC=CAGTGGGCAGCACAAGTGGTG;SOR=0.882;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=19;WE=67790286;WS=67790268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr11	67790340	rs3764816	A	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-2.159;SC=GGGATGGTGGACCTCTTGGCT;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=67790348;WS=67790330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr11	67793448	rs2286164	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=344;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GGCTCAAGGCAGCCTCACGCA;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=26;WE=67793456;WS=67793438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr11	67793509	rs2286163	C	T	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=545;ReadPosRankSum=-1.077;SC=AGACCAGCAGCGGGGGCTTCT;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=41;WE=67793517;WS=67793499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,66:0.55:121
chr11	67795299	rs308341	G	A	3886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.167;NF=47;NR=59;PP=1585;ReadPosRankSum=0.602;SC=TGCGCAGCCCGGGGATGGAGA;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=197;TCF=90;TCR=107;TR=106;WE=67795307;WS=67795289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,194:0.54:358
chr11	67795353	rs3751082	G	A	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.212;NF=34;NR=39;PP=997;ReadPosRankSum=0.484;SC=CGCGCCGCCTGAGGATGCTGC;SOR=0.531;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=149;TCF=64;TCR=85;TR=73;WE=67795361;WS=67795343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,113:0.53:212
chr11	67795378	rs11436139	G	GC	5698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=73;PP=2390;SC=GGCCATGGAGGCCAAGGCTGC;SOR=0.905;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=17;TCR=74;TR=89;WE=67795387;WS=67795368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	67798363	.	T	C	99	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=2;PP=99;QD=22.2952020912;SC=GGGAGCCGGCTCTCAGGGCGC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=6;WE=67798371;WS=67798353;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,6:0.27:22
chr11	67798567	rs1122731	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=0.054;SC=CCCTTGGCATGTACGGGCTCC;SOR=1.002;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=67798575;WS=67798557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr11	67799731	rs3133266	C	G	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	67799926	rs2075626	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=1.211;SC=TGTTTCCACTTTTAAAATGAT;SOR=0.813;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=67799934;WS=67799916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr11	67800494	rs3115545	T	G	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=27;PP=2005;SC=GTCCTGGGCATGAGGGGACAG;SOR=1.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=95;WE=67800502;WS=67800484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	67801282	rs3133267	C	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=644;SC=GCAGCCGCCGCCGCTACTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=67801290;WS=67801272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	67801517	rs3115546	G	T	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=55;PP=1777;SC=GACAGACCCGGTGCTGTGCCA;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=94;WE=67801525;WS=67801507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	67803215	rs2075627	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr11	67804074	rs1051806	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=1.122;SC=CCCACCGGCCCGCAGCCCCTG;SOR=0.917;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=14;WE=67804082;WS=67804064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr11	67804156	rs3133269	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GGGCCGTTCCCGGCCTGCCTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=67804164;WS=67804146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	67808938	rs7116924	T	C	178.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CTGCCCCCCCTCCGCCATAGG;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=9;WE=67808946;WS=67808928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr11	67810341	rs3808974	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.602;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=1.967;SC=GTCAGCTCCCACCCAGGCAGG;SOR=1.445;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=10;WE=67810349;WS=67810331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr11	67811262	rs10896289	C	A	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1090;ReadPosRankSum=1.247;SC=GCCCCTCACGCAGCGCATCCT;SOR=0.737;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=131;TCF=67;TCR=64;TR=68;WE=67811270;WS=67811252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,114:0.47:245
chr11	67814979	rs2471829	G	C	4844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=34;PP=2158;SC=TCATGTTCCTGTTCGCCCTGG;SOR=1.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=99;WE=67814987;WS=67814969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	67815086	rs12418239	G	A	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=944;ReadPosRankSum=-2.717;SC=GGGCCAGGCAGCCCCTCACCA;SOR=0.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=116;TCR=81;TR=74;WE=67815094;WS=67815076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,127:0.43:298
chr11	67837771	rs3819255	A	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=5;PP=228;SC=CTATTAAAAAATTTTCAAAAA;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=67837779;WS=67837761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	67957518	rs2512606	A	T	4670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=66;PP=2020;SC=CACCACCATGATCTTGGATTC;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=106;WE=67957526;WS=67957508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	68029074	rs61887762	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=-0.713;SC=AGGAAAGGACGAGGAAGGGGC;SOR=0.481;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=7;WE=68029082;WS=68029064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	68030015	rs901827	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=174;ReadPosRankSum=0.776;SC=CTGGAGGCTGCAGTCGTGGGA;SOR=0.586;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=13;WE=68030023;WS=68030005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr11	68031049	.	G	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=148;ReadPosRankSum=0.281;SC=ACCTGGGAGGGCTGCGGTTCC;SOR=0.355;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=12;WE=68031057;WS=68031039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr11	68080214	.	CGCT	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=1.041;SC=CCGCCGTGGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.665;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=2;WE=68080224;WS=68080204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr11	68115764	rs643981	C	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=35;PP=1058;SC=GTGTCACCATCTCTCTCTCGA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=42;WE=68115772;WS=68115754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	68131167	rs10791978	A	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=8;PP=782;SC=GCAATGACTGACGGGGGACCC;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=68131175;WS=68131157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	68133035	rs314776	T	C	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=22;PP=1189;SC=CCTGGTTTTCTCAGTCCACAC;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=68133043;WS=68133025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	68154188	rs4988319	G	A	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=45;PP=1333;SC=GGGGTAAGACGGGCGGGGGCT;SOR=1.015;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=75;WE=68154196;WS=68154178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	68170825	rs687482	A	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.21;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	68170825	.	AAAGTTGCG	GAAGTTGCG,GAAGTTGCT	252	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=22,7;NR=3,0;PP=252,131;QD=11.4708485019;SC=AGGTGCAGGTAAAGTTGCGGC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25,7;WE=68170841;WS=68170823;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:25
chr11	68170833	rs686921	G	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr11	68171013	rs545382	T	C	4909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=61;PP=2053;SC=CGCACATTTTTGGGTTCACGC;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=119;WE=68171021;WS=68171003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	68173861	rs471966	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=185;ReadPosRankSum=0.145;SC=GGACCTGACCCGGGGGTGAGT;SOR=1.833;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=12;WE=68173869;WS=68173851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr11	68174189	rs4988321	G	A	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,111:0.52:215
chr11	68177510	rs2306862	C	T	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=633;ReadPosRankSum=1.620;SC=CTGGGACCAACAGAATCGAAG;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=47;WE=68177518;WS=68177500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,89:0.52:172
chr11	68179166	rs689179	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=224;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CTCGCCGCACATACCCTGTGG;SOR=1.164;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=19;WE=68179174;WS=68179156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr11	68181621	rs41478448	A	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=459;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CACAAGCTGCATGATGCTACC;SOR=1.206;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=27;WE=68181629;WS=68181611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr11	68192518	rs554734	T	G	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,73:0.57:128
chr11	68192690	rs556442	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=729;ReadPosRankSum=-0.299;SC=CCCTGGTGGTGGACAACACAC;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=48;WE=68192698;WS=68192680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,63:0.60:105
chr11	68201295	rs3736228	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.180;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=166;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TCAGACGAGGCGGACTGTGAC;SOR=1.329;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=14;WE=68201303;WS=68201285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr11	68204490	.	GA	TG	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=1979;ReadPosRankSum=0.453;SC=CTGGCACGGGGAAGGGGCGTC;SOR=0.656;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=58;WE=68204499;WS=68204480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr11	68305494	rs60212556	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.062;NF=6;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=-1.164;SC=ATGACAGGCTCGGTGGAGCGC;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=16;WE=68305502;WS=68305484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr11	68305521	rs11403965	G	GT	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.077;NF=0;NR=8;PP=276;ReadPosRankSum=0.463;SC=CATTCTAGCAGTAAGTCCAGG;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8;WE=68305529;WS=68305511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr11	68312645	rs10896340	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	68315798	rs10736668	C	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=482;SC=TCTGGGGAGCCGGTAACAGGG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=68315806;WS=68315788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	68326236	rs12271290	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=0.103;SC=GCTGTAATAGCGTACCTTTGA;SOR=1.078;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=15;WE=68326244;WS=68326226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr11	68331715	rs10501398	C	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=248;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TGGTCGATAACCTTGAATGAT;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=21;WE=68331723;WS=68331705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr11	68341722	rs3740631	T	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr11	68343593	rs3740629	C	T	140.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=2.287;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	68358106	rs5792446	CTTTTA	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr11	68377602	rs7104877	A	C	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=451;ReadPosRankSum=-3.617;SC=CTCAAGTCTTAGGCCGCTGAC;SOR=0.921;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=40;WE=68377610;WS=68377592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,59:0.43:137
chr11	68382193	rs12941	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.99;MQRankSum=1.040;NF=19;NR=9;PP=402;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TTGCACGCCTCCTCAGGAACC;SOR=0.437;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=28;WE=68382201;WS=68382183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr11	68456410	rs3136540	T	C	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,95:0.59:161
chr11	68458470	rs1042577	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=206;ReadPosRankSum=2.432;SC=CTCCTGGGCATGTTTGTCTGT;SOR=1.286;Source=Platypus;TCF=17;TR=20;WE=68458478;WS=68458460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr11	68458592	.	A	AT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.705;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	68476011	rs4930597	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=0.218;SC=ACAGTGCACCATTTCTACCTA;SOR=0.191;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=12;WE=68476019;WS=68476001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr11	68530318	rs7112615	C	A	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=19;PP=651;SC=GGCAAGGAGACGTGGACTTCA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=68530326;WS=68530308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	68548260	rs3019576	C	A	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=47;PP=1497;SC=AAAGAGGCAACAATGAGGAGA;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=68548268;WS=68548250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	68549340	rs2228502	A	G	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=52;PP=1820;SC=CTAACGTCACAAAGAACGCTG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=101;WE=68549348;WS=68549330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	68562293	.	C	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=333;ReadPosRankSum=2.569;SC=CCTCCCGGTCCAGTTTGCGCC;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=26;WE=68562301;WS=68562283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr11	68562438	.	A	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.252;SC=AATTTAAATAATCACAGCACA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=10;WE=68562446;WS=68562428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr11	68566647	.	GAAA	G	1393.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.78;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	68566648	.	A	AC	723	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=4;PP=723;QD=47.125;SC=CTTCATACGGAAAAATTTCAT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=16;WE=68566659;WS=68566638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr11	68566649	.	AAA	GCT	1292	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=16;NR=4;PP=1292;QD=67.7733937431;SC=TTCATACGGAAAAATTTCATC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=20;WE=68566659;WS=68566638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,20:0.74:27
chr11	68566651	.	A	ACGCT	1393.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.78;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	68566839	rs3019603	G	A	2357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=53;PP=1039;ReadPosRankSum=1.304;SC=ATTATTGGGGGAAAAAAAAAT;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=83;WE=68566847;WS=68566824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr11	68658686	rs61887147	C	A	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=317;ReadPosRankSum=-1.320;SC=ACATGCTGCTCCAGTTAAACT;SOR=0.933;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=27;WE=68658694;WS=68658676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,59:0.48:122
chr11	68668208	rs668576	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.555;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=475;ReadPosRankSum=0.154;SC=CCACAGAAACACCTAGGTGAG;SOR=1.375;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=32;WE=68668216;WS=68668198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr11	68671104	rs629426	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=-1.568;SC=ACAAGGCACCAGGTCGGACCC;SOR=0.440;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=18;WE=68671112;WS=68671094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr11	68671280	rs111612765	G	GCCGCCGCCATCTTC	2432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.299;NF=5;NR=17;PP=2897;ReadPosRankSum=0.740;SC=TGCTGCCATGGCCGCAGCCTC;SOR=0.627;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=22;WE=68671288;WS=68671270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,64:0.37:171
chr11	68671477	rs1249463	T	C	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=31;PP=1007;SC=TGCTGGAGCTTGAGAGAGACG;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=68671485;WS=68671467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	68678962	rs560096	T	C	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	68700701	rs645436	G	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=0.169;SC=CTCCTCACTTGCTGTGGTTCA;SOR=0.859;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=68700709;WS=68700691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr11	68703009	rs598255	C	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=283;SC=TCATGGTGCACCTTCTGTCCT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=68703017;WS=68702999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	68703959	rs622082	A	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=722;ReadPosRankSum=0.818;SC=GGGACCTGCTACGTCCACCAG;SOR=0.879;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=47;WE=68703967;WS=68703949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,69:0.48:145
chr11	68704264	rs546382	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=689;ReadPosRankSum=-1.719;SC=ACGACAGTTCCGGGGAAGGGA;SOR=0.952;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=50;WE=68704272;WS=68704254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,76:0.46:166
chr11	68705504	rs513615	G	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=-0.466;SC=ACTCCTGGCCGCAAGCAGTCC;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=11;WE=68705512;WS=68705494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr11	68705674	rs17612126	C	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
chr11	68705876	rs4378405	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GGTGGGTTCCGTCTCCAGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=68705884;WS=68705866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	68747485	rs1939734	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=73;ReadPosRankSum=1.096;SC=ACCTGTGGGCGGCTCTCAAGC;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=9;WE=68747493;WS=68747475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr11	68748003	rs34847539	T	C	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=49;PP=1542;SC=GGAGACAGAGTGTCCACAGCA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=91;WE=68748011;WS=68747993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	68773810	rs371172006	AGG	A	151.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.94;QD=30.37;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	68816370	rs4930642	A	G	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=389;SC=GCGTCAGCAAAAACGCCAGGG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=68816378;WS=68816360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	68822739	rs1470892	T	C	11183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=104;NR=139;PP=2965;SC=ACCGCGCTGCTCCCTGGGAGC;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=105;TCR=139;TR=243;WE=68822747;WS=68822729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr11	68822831	rs72917389	C	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=609;ReadPosRankSum=0.174;SC=GTGAGGCGGGCGCCAGGCCCT;SOR=1.052;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=34;WE=68822839;WS=68822821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr11	68825037	rs3750973	A	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	68830226	rs10792015	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.219;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=314;ReadPosRankSum=2.577;SC=CTCCACTTTGGGCTCAGTGAC;SOR=0.303;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=20;WE=68830234;WS=68830216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr11	68831293	rs11228472	C	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=-2.227;SC=GTCACCGAGCCCTGCAGGCAG;SOR=1.546;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=15;WE=68831301;WS=68831283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr11	68831364	rs72928978	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=1.922;SC=CTCCCCCAGCGTCGGGCTGCT;SOR=0.772;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=13;WE=68831372;WS=68831354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr11	68834968	rs6591368	T	C	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=22;PP=983;SC=CTTCTGCTCTTAGCAGGATGA;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=68834976;WS=68834958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	68835182	rs10750840	T	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=1.139;SC=AGGCCTTTTTTTCGATAAGTG;SOR=1.721;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=68835190;WS=68835172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr11	68838028	rs3829236	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=283;ReadPosRankSum=-1.345;SC=ACCGATACACCCTGCTGCCTC;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=18;WE=68838036;WS=68838018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr11	68839334	rs10896415	G	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=550;ReadPosRankSum=-1.048;SC=GGGAAGGGTCGGGGGTTCTGA;SOR=0.659;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=40;WE=68839342;WS=68839324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,62:0.54:114
chr11	68839949	rs896969	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=201;ReadPosRankSum=0.950;SC=GCAGGATGCTCGTTACAGGGG;SOR=0.352;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=17;WE=68839957;WS=68839939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr11	68840014	rs3750963	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr11	68840397	rs1466221	T	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=218;ReadPosRankSum=-1.042;SC=TGCGTTCCTATGGCAGTGTTC;SOR=0.882;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=20;WE=68840405;WS=68840387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr11	68840412	rs1466220	C	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=234;ReadPosRankSum=0.286;SC=GTGTTCTGCTCTCAGCTGAGG;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=19;WE=68840420;WS=68840402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr11	68840617	rs3750966	T	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GGGAATGGAGTTCTCTTTGGC;SOR=0.393;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=16;WE=68840625;WS=68840607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr11	68845867	rs7945151	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr11	68846098	rs4930649	A	G	7521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=93;PP=2965;SC=CAGAGCTGGCACGGAAGTGCC;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=104;TCR=93;TR=197;WE=68846106;WS=68846088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	68846399	rs35264875	A	T	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=901;ReadPosRankSum=0.470;SC=CCTGTTGGAGATGCTGCTCAA;SOR=0.639;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=65;WE=68846407;WS=68846389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,120:0.49:246
chr11	68846519	rs7124310	A	C	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=31;PP=909;SC=GCCGGCCTCTACTGGGCGGGT;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=68846527;WS=68846509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	68847138	rs12804893	T	C	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	68849073	rs3829240	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=-2.125;SC=GACTGTGCCCGTCACCCTGGG;SOR=0.200;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=19;WE=68849081;WS=68849063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr11	68850773	rs1542334	G	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.125;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr11	68851414	rs2376558	T	C	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=23;PP=661;SC=TGTCCTCAGCTGATGGCCGTG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=68851422;WS=68851404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	68851466	rs896973	G	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=-2.714;SC=ACATGCGTGCGTTTGGCGGGA;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=17;WE=68851474;WS=68851456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr11	68851547	rs72928652	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=-1.606;SC=GGAGGCTGGCGGAAGGCAGTG;SOR=1.153;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=10;WE=68851555;WS=68851537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr11	68853504	rs2290421	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=0.295;SC=GTGGCTGGGACGGGGACTCGG;SOR=0.627;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=20;WE=68853512;WS=68853494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr11	68854012	rs35337391	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=201;ReadPosRankSum=0.835;SC=TCTATTTTGTATTGTGGTGGC;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=15;WE=68854020;WS=68854002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr11	68854486	.	G	GGT	947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=753;ReadPosRankSum=-2.802;SC=CCCCTCAGCGGGTGCCCTGTG;SOR=0.711;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=19;WE=68854494;WS=68854476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr11	68855197	rs1123665	T	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=-1.616;SC=ACATCCATCCTGAGGCTCATC;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=68855205;WS=68855187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	68855233	rs1551305	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-2.006;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr11	68855363	rs3829241	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=1.271;SC=GAGGAGCCCGGGGAGGATGAG;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=10;WE=68855371;WS=68855353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr11	69063136	rs7117236	C	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=743;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GCTCCAAAGCCGGCAGATCCC;SOR=0.768;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=44;WE=69063144;WS=69063126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
chr11	69063393	rs7103126	T	C	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=648;ReadPosRankSum=0.056;SC=TCTGCAAGGGTGGTGGGCGTT;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=58;WE=69063401;WS=69063383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,79:0.41:193
chr11	69063510	rs11539762	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=660;ReadPosRankSum=-0.246;SC=ATGTGGGCGCGAATGGATGTG;SOR=0.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=41;WE=69063518;WS=69063500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr11	69063728	rs11228610	G	C	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=667;ReadPosRankSum=1.853;SC=GGCCCTGGGGGGGTGGCGCAT;SOR=0.548;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=50;WE=69063736;WS=69063718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr11	69063767	rs12274095	C	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=530;ReadPosRankSum=0.039;SC=CCAGGTGGGGCCCACTATGCA;SOR=0.800;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=38;WE=69063775;WS=69063757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr11	69462910	rs9344	G	A	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=47;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.791;SC=AGTGTGACCCGGTAAGTGAGG;SOR=0.678;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=66;TCR=91;TR=83;WE=69462918;WS=69462900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,124:0.54:229
chr11	69466115	rs7177	C	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=-1.030;SC=CAGGTGCTCCCCTGACAGTCC;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=69466123;WS=69466105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr11	69482185	.	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=308;ReadPosRankSum=-1.131;SC=CCCTCCCAATGAACAACTGCC;SOR=0.825;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=27;WE=69482193;WS=69482175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr11	69588729	rs2073464	G	A	6182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=59;PP=2714;SC=GAGAAGCCACGAGCCTGCTAG;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=140;WE=69588737;WS=69588719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	69589556	rs11600280	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=355;ReadPosRankSum=1.706;SC=GGCCGTCGGGGAGCGCCTGGA;SOR=0.396;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=28;WE=69589564;WS=69589546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr11	69589959	rs9666584	A	G	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=3;PP=49;SC=GACCTCGGGCAGGAGTGCGCA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=69589967;WS=69589949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	69625511	rs7932320	T	C	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=349;ReadPosRankSum=0.622;SC=GGGGAGACTGTGGCAGCGTCA;SOR=0.433;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=32;WE=69625519;WS=69625501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr11	69630973	rs3926882	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.555;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr11	69630978	rs7483837	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.008;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr11	69924226	rs2509134	C	T	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=193;SC=CCCCCTTTCACACCCGGTATG;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=69924234;WS=69924216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	69924352	rs11233117	C	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr11	69931876	rs2509128	C	G	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=11;PP=298;SC=CCCTCCCCCTCTCCCCCACTG;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=69931884;WS=69931866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	69933717	rs2509133	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr11	69934150	.	A	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=590;ReadPosRankSum=0.441;SC=TACGAGGGCAACCTCCTGGAG;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=34;WE=69934158;WS=69934140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr11	69949135	rs55698329	GCC	G	1339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=506;SC=GAGATGCACCGCCCCCCCTCA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=17;WE=69949144;WS=69949125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	69949327	rs2509147	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr11	69949444	rs12293326	C	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	69951994	rs61034641	G	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr11	69954412	rs2509182	A	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=29;PP=1351;SC=CTGCTCGTGGAAGGTGCCTTA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=69954420;WS=69954402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	69957917	rs9666157	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-1.126;SC=TGACTCCCCAAATCCCGCCGG;SOR=1.278;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=14;WE=69957925;WS=69957907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr11	69957940	rs2515251	C	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=18;PP=558;SC=CACACCCCCCCGGGAGCTGCA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=69957948;WS=69957930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	69962432	rs9666084	A	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=209;ReadPosRankSum=1.639;SC=TCTGTGTGAAATGTTGCCCCA;SOR=0.302;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=19;WE=69962440;WS=69962422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr11	69962642	rs2515245	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=1.476;SC=TGGCTCTGTCAGAGCCTGGAG;SOR=1.352;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=12;WE=69962650;WS=69962632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr11	69970412	rs2509160	G	A	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,112:0.55:202
chr11	69970637	rs2515258	A	G	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=21;PP=591;SC=GTTTGAACTCAAAGAGCTTGT;SOR=2.517;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=69970645;WS=69970627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	69999252	rs3781663	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr11	70001976	rs10751195	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=241;ReadPosRankSum=0.490;SC=GCCGCCTCCCACTTCACCGCA;SOR=0.602;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=19;WE=70001984;WS=70001966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr11	70002987	rs3781658	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=157;ReadPosRankSum=0.939;SC=ATGCACCCACGCTGACACACA;SOR=1.899;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=13;WE=70002995;WS=70002977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr11	70007311	rs2276066	A	G	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=934;ReadPosRankSum=1.138;SC=TCATCTACAGAATCTCCATGG;SOR=0.900;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=117;TCF=81;TCR=36;TR=56;WE=70007319;WS=70007301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,92:0.49:188
chr11	70007392	rs2276067	A	G	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,160:0.47:339
chr11	70007484	rs2276068	C	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=830;ReadPosRankSum=-2.227;SC=TGCCCATGTTCCAGGTACTGT;SOR=0.589;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=50;WE=70007492;WS=70007474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr11	70007865	rs2155461	A	C	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=34;PP=1021;SC=GCCTTTCCCCAACCTCGCTTC;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=70007873;WS=70007855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	70009720	rs11235460	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CTTTTTTTGTGAGACTGAATA;SOR=0.256;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=10;WE=70009728;WS=70009710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr11	70013186	rs3781654	G	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=304;ReadPosRankSum=1.827;SC=CAAGGAGGCAGAGGTTGCAGT;SOR=0.167;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=20;WE=70013194;WS=70013176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr11	70016247	rs35843284	T	TG	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=396;ReadPosRankSum=-1.177;SC=AGGGGAAGTTTGGGCTCTGGA;SOR=1.341;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=13;WE=70016255;WS=70016237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr11	70016922	rs7127005	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=290;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GCTCGGCACACGGGGTGGTGG;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=21;WE=70016930;WS=70016912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr11	70016944	rs3842255	AT	A	1384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.362;NF=21;NR=7;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.873;SC=GTCCCCCCTTATGGGCTGTGG;SOR=0.953;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=28;WE=70016952;WS=70016934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr11	70031909	rs7937532	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=0.100;SC=GGTTCAGAGACTCCTCCAGAG;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=11;WE=70031917;WS=70031899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr11	70049523	rs1131677	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=277;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CAGAGGGCGCACGGAGGGCCG;SOR=1.445;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=22;WE=70049531;WS=70049513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr11	70189916	rs17160805	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=471;ReadPosRankSum=-0.004;SC=AGTTGACCTGCTATCGCCCAG;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=35;WE=70189924;WS=70189906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr11	70200594	rs7943389	C	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=42;PP=1126;SC=CAGAGCGCACCTGTCTTTTCG;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=70200602;WS=70200584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	70208350	rs10751231	G	A	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=38;PP=1945;SC=TACTTTGTAGGCTGTACCTCA;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=98;WE=70208358;WS=70208340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	70265970	.	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.824;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=282;ReadPosRankSum=1.651;SC=AAGGTGTCTTCCGTTTTATCT;SOR=0.502;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=30;WE=70265978;WS=70265960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr11	70268465	rs138111340	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=124;ReadPosRankSum=0.938;SC=ACACACCTGGGGTGGTCCCGC;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=9;WE=70268473;WS=70268455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr11	70268675	rs79048833	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=0.177;SC=CGCACAGGAAGCAGATGAGAA;SOR=0.550;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=19;WE=70268683;WS=70268665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr11	70281845	rs77162934	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=0.881;SC=CAGCCCGCAGGATCAGGTGAC;SOR=0.600;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=17;WE=70281853;WS=70281835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr11	70331952	.	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=304;ReadPosRankSum=0.327;SC=CGGCGTCAAAGCTTTCAGGGG;SOR=0.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=23;WE=70331960;WS=70331942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr11	70332921	.	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=300;ReadPosRankSum=-1.049;SC=CCTCGGCGCCACCCACGAAAT;SOR=0.983;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=27;WE=70332929;WS=70332911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,37:0.28:130
chr11	70348852	.	C	CG	376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=8;PP=353;SC=CCCCACCCCCCCCCCCCAGTA;SOR=1.445;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=13;WE=70348860;WS=70348836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	70349061	rs7110158	A	G	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=22;PP=670;SC=AGAGGATGGCATCAGTGAGAG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=70349069;WS=70349051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	70507605	rs72465113	TACAC	T	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=49.64;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	70653296	.	CAG	C	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,21:0.13:167
chr11	70672399	rs3019835	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=445;SC=GTTATATTCCGGACCAACTCA;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=70672407;WS=70672397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	70757296	.	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=511;ReadPosRankSum=-1.754;SC=CTTAAGCACAGAGTTGGATGA;SOR=0.705;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=35;WE=70757304;WS=70757286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr11	70757705	rs4246962	C	T	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=37;PP=1128;SC=ATTAATTATCCGTTTTCCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=57;WE=70757713;WS=70757695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	70761002	.	TA	T	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr11	70766554	rs4077321	C	T	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=8;PP=227;SC=AAAGGAGAGGCGGAGGGTGGA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=70766562;WS=70766544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	70766664	rs4495913	A	G	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=48;SC=AAGTCATTAAAAATCAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=70766672;WS=70766654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	70790852	rs12802375	G	C	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=745;ReadPosRankSum=0.493;SC=GCTTTGTCTTGGATGATCTCT;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=63;WE=70790860;WS=70790842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,105:0.45:231
chr11	70794314	.	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=-1.412;SC=TGCCAGCTCCGTACCATTCCA;SOR=0.928;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=16;WE=70794322;WS=70794304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr11	70858313	.	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=1.876;SC=CCGACCCCACGGAGTAGTCGG;SOR=0.711;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=12;WE=70858321;WS=70858303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr11	71146577	rs909217	G	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=28;PP=1145;SC=GCAGGTGGCCGCCGCCACAGG;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=71146585;WS=71146567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	71146691	rs760241	A	G	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=33;PP=1332;SC=GCCTCTGCCCATCGGCGGATG;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=71146699;WS=71146681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	71146952	rs1792268	G	A	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=30;PP=1232;SC=TGTGGGCTCGGGGGCCCAGCG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=71146960;WS=71146942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	71149069	rs949176	A	G	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=41;PP=1128;SC=CACTCCACGCAGATGCAGCAG;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=71149077;WS=71149059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	71150217	rs2852853	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=325;SC=CCAGCACTGGCCCAGGGTCCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=71150225;WS=71150207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	71152461	rs949177	A	G	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=36;PP=989;SC=CTTGCAGGCCATTGATCTGAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=71152469;WS=71152451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	71153459	rs11603330	C	A	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=56;PP=1866;SC=AAGGGGGACGCATAGCAGGAA;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=71153467;WS=71153449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	71155153	rs1790334	A	G	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=61;PP=2042;SC=CCACAGGGCCAGTCAGGGCGC;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=116;WE=71155161;WS=71155143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	71155171	rs1044482	C	T	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=64;PP=2063;SC=CGCAGCTGTACTGGTCACAAG;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=116;WE=71155179;WS=71155161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	71164471	rs12789751	G	A	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=540;SC=GTGGCGCACGGGCACCGTGGC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=71164479;WS=71164461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	71164544	rs12791871	A	C	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=203;SC=GGCCCTGGGCATGGGATCAGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=71164552;WS=71164534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	71166060	rs2276359	T	TG	2242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=15;PP=1060;SC=GTTTGTTTTTTTTTTTATCCT;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=71166068;WS=71166050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	71166337	rs1790373	A	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=409;SC=CGCCACACCCACTGTTGGGCC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=71166345;WS=71166327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	71169547	rs2276360	G	C	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=39;PP=1287;SC=AGCGGCCCTTGTGGAGTCTCC;SOR=0.907;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=67;WE=71169555;WS=71169537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	71169648	rs2276361	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=471;SC=GCTCAAGGGCATGACCCACCC;SOR=2.147;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=24;WE=71169656;WS=71169638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	71174452	rs2276362	A	G	5303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=62;PP=2458;ReadPosRankSum=2.361;SC=GGGCAGACACACATGTACCTC;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=83;TCR=62;TR=145;WE=71174460;WS=71174442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,213:0.99:215
chr11	71174589	rs1629304	T	C	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=49;PP=1140;SC=GGCTCTCAGCTGAGGGCTGCC;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=70;WE=71174597;WS=71174579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	71183474	rs2282621	C	T	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.07;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	71183477	rs2282620	C	T	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	71183568	.	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=-2.344;SC=GGTGTGGAGCCCGTTTTTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=13;WE=71183576;WS=71183558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr11	71183645	rs2282619	T	C	126.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=35;SC=ATCCAGGTAATGGAAGGCACC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=71183653;WS=71183635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	71184190	rs7935125	C	A	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=8;PP=985;SC=AGGGCACCCACCTCTTCGGAA;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=71184198;WS=71184180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	71184678	rs7950441	A	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=21;PP=894;SC=GCAGCCACCAAGTGCTGCGCA;SOR=1.031;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=52;WE=71184686;WS=71184668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	71185479	rs2276354	T	C	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.658;SC=AGAAGGGTTGTGACGGGGACC;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=79;WE=71185487;WS=71185469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr11	71185518	rs2186778	T	C	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=48;PP=1524;SC=GTGCCATGATTGCCATGAACG;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=101;WE=71185526;WS=71185508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	71188502	rs3794065	G	A	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=51;PP=1437;SC=CCCCTGTTACGGCGGTAGGAG;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=74;WE=71188510;WS=71188492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	71189436	rs2276353	T	C	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	71192529	rs368250598	AT	A	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr11	71192602	rs3814731	T	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	71192851	rs3814734	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=14;PP=661;SC=GGAAAGTGCTAACACCCACGT;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=71192859;WS=71192841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	71260064	.	C	T	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=48;PP=1472;ReadPosRankSum=0.407;SC=CTCCTCGGGTCGTGGGTCATC;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=121;TCR=98;TR=106;WE=71260072;WS=71260054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,160:0.52:309
chr11	71279936	rs72475645	A	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=13.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-10.802;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.508;SOR=1.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,68:0.25:267
chr11	71279995	rs200834593	C	T	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=13.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQRankSum=-5.488;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.061;SOR=1.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,48:0.23:211
chr11	71280000	.	T	G	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=9.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-4.904;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=1.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,45:0.23:192
chr11	71290670	rs2015464	C	G	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.08;QD=27.32;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	71290740	rs4081429	A	C	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=24;PP=871;SC=ATGAGAGCCAATATGACTGTG;SOR=0.747;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=46;WE=71290748;WS=71290730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	71290790	.	A	ACAGCAGCTGGACTGGGAGCAGCAGGACCTG	1426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=1412;SC=AAATAGGGACACAGCAGCTGG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=10;WE=71290798;WS=71290780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	71498562	rs12786239	G	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQRankSum=-2.572;QD=13.40;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	71498567	rs12788471	A	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQRankSum=-2.572;QD=13.40;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	71498591	rs12270466	C	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQRankSum=-2.572;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	71498601	rs12283300	G	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-2.697;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	71498648	.	A	G	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MMLQ=23;MQ=58.61;NF=3;NR=0;PP=23;QD=19.2570708491;SC=GCTTCCTGGCAGCGCGCGCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=71498656;WS=71498638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	71576817	rs57369261	G	GT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,21:0.21:98
chr11	71630021	.	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CCGAGCCAAGGTCTCCTTGGA;SOR=0.781;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=16;WE=71630029;WS=71630011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr11	71668362	rs3216157	CT	C	2730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=32;PP=1421;SC=GTTAACCCAGCTTAATTGAGT;SOR=1.164;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=71668370;WS=71668352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	71701523	rs2276384	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=9;PP=433;SC=TAGTTTGCCCGCACTTGCTCT;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=71701531;WS=71701513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	71707465	rs1055452	T	C	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=103;SC=CTCAAAGGGGTGCTTGGGCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=71707473;WS=71707455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	71712175	rs1892919	G	A	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=20;PP=1222;SC=GAGCTGGCAGGGAGGGCACAG;SOR=1.571;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=62;WE=71712183;WS=71712165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	71714526	rs949324	G	C	5892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.04;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	71714526	.	GGT	CGG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=60;NR=35;PP=2947;QD=20;SC=GACCAGGTGAGGTCAGCATCG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=95;WE=71714536;WS=71714516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,95:0.97:98
chr11	71714528	rs949323	T	G	5892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	71715215	rs2845857	C	G	9279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	71715218	rs2852365	T	C	9255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.29;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	71719619	rs2155145	G	T	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=7;PP=526;SC=CCCGTTTTTCGTTATTCTTCT;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=71719627;WS=71719609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	71727422	rs1057992	A	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=459;SC=CACACCAACCAGCAGCACACA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=71727430;WS=71727412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	71728543	rs34393610	G	GA	1011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=1.018;QD=16.86;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,52:0.87:60
chr11	71728908	rs11278712	AGTCAAC	A	677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=565;SC=CATCACCCAGAGTCAACGCTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=71728921;WS=71728898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	71729656	rs949325	A	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=393;SC=AAGGGAGGAGACGGCATAGGG;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=71729664;WS=71729646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	71730715	rs2298456	T	A	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=103;SC=TAAGAAGGTGTAAAGATTTGC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=71730723;WS=71730705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	71733519	rs10128658	C	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=12;PP=401;SC=CTTCTCAGTGCCCCCATTCTG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=71733527;WS=71733509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	71734211	rs2298457	T	C	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=20;PP=642;SC=GACAACAACGTAGAAAACAGG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=71734219;WS=71734201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	71740378	rs35948003	A	AAC	3759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=30;PP=2086;SC=CGTTAGAAGCAACATGGTTTG;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=44;WE=71740386;WS=71740368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	71740521	rs1939247	A	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=462;SC=AGCCACCTGAAATGCAACCAT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=71740529;WS=71740511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	71797422	rs597513	T	A	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=52;PP=1765;SC=CAGCAAGCACTCAACAAATGT;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=97;WE=71797430;WS=71797412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
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chr11	71849741	rs652197	C	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	71850284	.	C	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.906;NF=13;NR=22;PP=682;ReadPosRankSum=2.782;SC=GAATTCGGGTCTGAGGGTGGT;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=35;WE=71850292;WS=71850274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr11	71883540	rs633738	G	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=26;PP=1025;SC=TGGCTTTGGTGACTGCTGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=71883548;WS=71883530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	71929526	rs651646	T	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.751;SC=CACCGTAGGGTTGGGGAGACT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=71929534;WS=71929516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr11	71932120	rs2508202	G	C	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=119;PP=2965;SC=GTCTCCCCCCGACCCACCCCA;SOR=4.472;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=3;TCR=119;TR=122;WE=71932128;WS=71932110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	71948615	.	C	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=1053;ReadPosRankSum=1.020;SC=CCAGCACTTTCCTGGGGGAAG;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=117;TCF=42;TCR=75;TR=64;WE=71948623;WS=71948605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,68:0.53:129
chr11	71949064	rs11235472	C	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=-0.448;SC=TCAGCTCCCCCTGACATGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=71949072;WS=71949054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	72281818	rs380126	A	G	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=33;PP=1604;SC=GAATCCCAACACTCATCCTGC;SOR=1.212;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=90;WE=72281826;WS=72281808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	72281884	rs433640	C	T	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=55;PP=2824;SC=AGCAGGGATTCGCTGTATGGG;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=86;TCR=55;TR=141;WE=72281892;WS=72281874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	72282039	rs409512	T	C	11052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr11	72288650	rs3842266	TG	T	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=6;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=493;ReadPosRankSum=-0.329;SC=TGCGGGTGCATGGGGGGCAGA;SOR=0.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=72288672;WS=72288640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr11	72288664	rs1980090	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=483;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GGGCAGAGGGCGAGAGGCCAG;SOR=0.509;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=15;WE=72288672;WS=72288640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr11	72289176	rs379276	C	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=7;PP=827;SC=ATCAGTTGGACCTGGGCCAGG;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=72289184;WS=72289166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	72289291	rs1135029	T	C	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=734;ReadPosRankSum=0.377;SC=AGATGGGCATTGCAATGTGCT;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=53;WE=72289299;WS=72289281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,81:0.60:134
chr11	72289466	.	C	T	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=744;ReadPosRankSum=-1.747;SC=CCTCCCTGTCCCAGGCCAGGA;SOR=0.672;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=51;WE=72289474;WS=72289456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,73:0.49:149
chr11	72290138	rs3825011	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=305;ReadPosRankSum=2.368;SC=CAACCCAGAGCGGTCCAGGGA;SOR=0.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=18;WE=72290146;WS=72290128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr11	72290199	rs11605051	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=429;ReadPosRankSum=-1.053;SC=TCTGCCTGGGGGGGGCCGTGC;SOR=0.590;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=28;WE=72290207;WS=72290189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr11	72290757	rs10898855	C	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	72291477	rs56350365	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.854;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr11	72291883	rs644698	C	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=397;SC=ATGAGACTCCCAGACACCCCA;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=72291891;WS=72291873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	72291927	rs577536	T	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=9;PP=511;SC=GGCAGGGTCTTACCGAGGCCA;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=72291935;WS=72291917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	72292167	rs3781939	G	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	72292176	rs7108477	C	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	72292185	rs3781938	C	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.31;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr11	72292353	rs57803658	G	GA	2735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=24;PP=875;SC=CTGTCCCAGGGAGGGGACCCC;SOR=1.068;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=41;WE=72292362;WS=72292343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	72292860	rs376724	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=144;ReadPosRankSum=-1.328;SC=CCGGGGGCAACGGATGTGACA;SOR=0.916;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=12;WE=72292868;WS=72292850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr11	72293039	rs379638	G	A	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=16;PP=508;SC=GTATCAAGACGGGGCCCTTGC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=27;WE=72293047;WS=72293029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	72293079	rs414178	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=327;SC=CCACACTCAAAATCTGGAGTC;SOR=0.927;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=72293087;WS=72293069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	72293602	rs4944557	A	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=9;PP=250;SC=TATACTCATCATCGGAGACCT;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=72293610;WS=72293592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	72294714	rs408269	C	T	138.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=56;SC=AGTAAAGACCCCACCCCCACT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=72294722;WS=72294704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr11	72295502	rs366711	T	C	7554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=105;PP=2965;SC=TCCGGGACGCTGGAGGCGGTG;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=91;TCR=105;TR=196;WE=72295519;WS=72295492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr11	72295906	rs452228	A	G	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=61;PP=2381;SC=CTCCCTCCACACCCTCTCACC;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=129;WE=72295914;WS=72295896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr11	72296039	rs907850	G	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=454;ReadPosRankSum=-1.229;SC=CCCTCTGATCGCCCTCACGTC;SOR=0.675;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=34;WE=72296047;WS=72296029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr11	72296700	rs424234	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=35;PP=942;SC=TATCCAACCTCCTGCCTCCAA;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=72296708;WS=72296690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	72301082	.	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CACCCCACTCCCCACCTGCTC;SOR=0.730;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=72301090;WS=72301072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr11	72302191	rs429075	C	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=342;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GGCCCAGAGACGTTTAGTGAC;SOR=0.976;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=17;WE=72302199;WS=72302181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr11	72307501	.	ATC	A	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.623;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr11	72307522	rs149480349	T	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=9.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=2.896;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr11	72307524	rs186092662	T	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=2.624;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr11	72307526	.	T	A	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=2.170;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr11	72307528	rs57087192	T	A	1178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=16.15;ReadPosRankSum=2.448;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr11	72308511	rs142826924	TCCCTGC	T	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.902;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=462;ReadPosRankSum=0.152;SC=CCACAGTCCCTCCCTGCCCCT;SOR=2.252;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=72308524;WS=72308501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr11	72309540	rs4943939	C	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,76:0.60:126
chr11	72316344	rs10898857	G	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=755;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GTACACAGGGGTCTGTGGGGC;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=58;WE=72316352;WS=72316334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,79:0.59:134
chr11	72326210	rs572421	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=25;PP=658;SC=GGGTGTCCCCATCCACAGGAG;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=72326218;WS=72326200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	72326270	rs149019652	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=0.556;SC=CAACCAGCTCCGCCCCGGCCT;SOR=0.673;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=6;WE=72326278;WS=72326260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr11	72354028	rs907853	C	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=325;ReadPosRankSum=-0.005;SC=GACACGTGCGCACAGACACCG;SOR=0.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=25;WE=72354036;WS=72354018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr11	72361883	rs341038	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=744;ReadPosRankSum=0.762;SC=GTGCCTCAGGTTAGAGTCAGT;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=13;WE=72361907;WS=72361873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr11	72361893	rs72349218	TCCCTGAC	T	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=757;ReadPosRankSum=1.666;SC=TTAGAGTCAGTCCCTGACCCC;SOR=1.302;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=20;WE=72361907;WS=72361873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr11	72361920	rs72326199	TAC	T	240.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.124;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr11	72363759	rs12146545	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GAGGTCATTCGTCCAAAGTCA;SOR=0.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=35;WE=72363767;WS=72363749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr11	72366929	rs907858	C	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=2.417;SC=ACCCTCGGGCCCCCCAGAGTG;SOR=0.668;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=22;WE=72366937;WS=72366919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr11	72368986	rs3781916	T	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr11	72385267	rs200790693	G	A	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.798;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=853;ReadPosRankSum=0.805;SC=CTCATCGTCCGCCTCCCCAGC;SOR=0.349;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=53;WE=72385275;WS=72385257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr11	72396800	rs12802369	A	G	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=712;ReadPosRankSum=-0.171;SC=AAGCTGCTGCAGCTGCTGCAG;SOR=0.679;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=50;WE=72396808;WS=72396790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,68:0.56:122
chr11	72396990	rs12805218	G	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=500;ReadPosRankSum=1.305;SC=GAGGGCAATCGGGGAGGGCAA;SOR=0.732;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=36;WE=72396998;WS=72396980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,47:0.40:117
chr11	72399607	rs2306609	G	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=428;ReadPosRankSum=1.632;SC=GGAGAAGAGGGCACTTTAGTC;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=30;WE=72399615;WS=72399597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
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chr11	72404958	rs12276972	A	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
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chr11	72411082	rs7110501	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=359;ReadPosRankSum=-0.177;SC=CAGAAGCATCTATCACTCTGT;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=26;WE=72411090;WS=72411072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr11	72411099	rs10898866	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=346;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CTGTACTCTGCCTCCTGCTAC;SOR=0.665;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=27;WE=72411107;WS=72411089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr11	72412675	rs11235574	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=0.850;SC=GCTAAAGCAGAGTCTGGGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=72412683;WS=72412665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr11	72414189	rs3765105	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr11	72528973	rs891655	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=230;SC=ACGGGTACTCCTGTGTTTGCT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=72528981;WS=72528963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	72532569	rs1864651	G	T	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	72532621	rs1864652	T	G	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	72532708	rs11235603	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=11;PP=254;SC=CCTGTCCGCCCCCAGATGGCC;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=72532716;WS=72532698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	72533711	rs4944806	A	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=14;PP=656;SC=ATGTGGTCGGAGCCCACGAGA;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=72533719;WS=72533701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	72536272	rs2303969	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=782;SC=CACAGGCACCGGTAAGAGGGC;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=72536280;WS=72536262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	72537072	rs3765638	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=244;ReadPosRankSum=0.721;SC=GCCCAGGCCCGCAGAACAGAC;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=15;WE=72537080;WS=72537062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr11	72538141	rs3862793	T	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	72540225	rs891657	G	T	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.345;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=492;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GAGCTAACTTGACAGATGAGG;SOR=0.525;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=32;WE=72540233;WS=72540215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr11	72598704	rs7129851	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=29;PP=783;SC=ATAATTCAAAGGGCTTTAGTG;SOR=3.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=72598712;WS=72598694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	72788823	rs6592510	C	T	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=22;PP=685;SC=ATTATAAGGACACACAGGAAA;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=72788831;WS=72788813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	72794602	rs200056109	G	GA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr11	72945341	rs2511241	C	T	5269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=52;PP=2458;SC=GTGTGCGTGCCTGGGCTGTGT;SOR=0.977;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=127;WE=72945349;WS=72945331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	72946020	rs1783596	C	T	11114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr11	72946140	rs3741156	G	C	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=53;PP=1428;ReadPosRankSum=0.194;SC=CTGGGCAGAGGCTCGTACGCT;SOR=0.682;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=224;TCF=106;TCR=118;TR=104;WE=72946148;WS=72946130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,165:0.50:331
chr11	73020375	rs139105330	G	GCTC	1331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.167;NF=5;NR=11;PP=669;ReadPosRankSum=0.299;SC=CGGGCCTCCTGCTCCTCCTCC;SOR=0.620;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=16;WE=73020383;WS=73020365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr11	73020846	rs3741151	G	T	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1329;ReadPosRankSum=0.477;SC=GCAGGCTCCCGCGGTAGCAGC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=88;WE=73020854;WS=73020836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,152:0.59:258
chr11	73021084	rs3741149	C	T	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=725;ReadPosRankSum=1.053;SC=ATCCAGATATCGCCTCAGAGA;SOR=0.925;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=45;WE=73021092;WS=73021074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,65:0.44:147
chr11	73066771	rs112840535	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=314;ReadPosRankSum=-0.733;SC=AGCTCCCAGCGTGGGTACCAT;SOR=0.628;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=17;WE=73066779;WS=73066761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr11	73072965	rs10553377	CCACA	C	684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=599;ReadPosRankSum=-0.427;SC=TATAGGGCATCCACACACACA;SOR=1.172;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=15;WE=73072976;WS=73072955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr11	73073580	rs76764824	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=498;ReadPosRankSum=1.910;SC=CCGCGACGCTCGCGGAGCCGG;SOR=0.600;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=34;WE=73073588;WS=73073570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr11	73073846	rs75912489	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=361;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AGGAGGGGGAGAGGAGGGACC;SOR=1.045;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=25;WE=73073854;WS=73073836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr11	73074983	.	G	A	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=1050;ReadPosRankSum=0.632;SC=TCCTCTGTGTGGAGGCTGGAA;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=64;WE=73074991;WS=73074973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,86:0.53:162
chr11	73078612	.	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=397;ReadPosRankSum=0.929;SC=CTGACAGATCCTCCCCTCTGC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=25;WE=73078620;WS=73078602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr11	73100232	rs11826896	C	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	73100320	rs11826909	C	G	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=14;PP=430;SC=GGGGAACCCCCTGCTGGGCAG;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=73100328;WS=73100310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	73102343	.	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=0.775;SC=GCCCAGCAGCCTCTGCAGTGT;SOR=0.293;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=12;WE=73102351;WS=73102333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr11	73104842	rs142455990	T	TC	1858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.148;NF=3;NR=26;PP=950;ReadPosRankSum=-2.051;SC=GAGTGCGGCTTCCCCCTCTTC;SOR=0.749;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=29;WE=73104850;WS=73104832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,72:0.61:118
chr11	73104942	rs369054462	G	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.126;NF=10;NR=19;PP=434;ReadPosRankSum=-1.021;SC=GTCCTGGTGCGCTTGATCACA;SOR=0.830;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=29;WE=73104950;WS=73104932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr11	73106088	rs28641751	C	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=13;PP=576;SC=CTCTGTGCCCCGGGATCCCCG;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=37;WE=73106096;WS=73106078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	73106237	rs11544311	A	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=297;ReadPosRankSum=-0.119;SC=CTGACTCCCCACAGCCTGGCC;SOR=0.981;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=23;WE=73106245;WS=73106227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr11	73106294	rs17851510	A	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=307;ReadPosRankSum=1.457;SC=GAAGCCGTACAAAGTGGCTGA;SOR=0.598;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=21;WE=73106302;WS=73106284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr11	73106408	rs7112924	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=372;ReadPosRankSum=-1.006;SC=GGAAGTGCAGCGGGCCCTAGG;SOR=0.764;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=27;WE=73106416;WS=73106398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr11	73106690	rs7101831	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=197;SC=TGGGAGCGTCTGCCCCAGTGA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=73106698;WS=73106680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	73120653	rs10793060	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=1.637;SC=CGACCGTGGTATGGTGGATGA;SOR=0.610;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=10;WE=73120661;WS=73120643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr11	73141627	rs11823913	C	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	73141708	rs146458450	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=0.467;SC=CACTCCATTCGCCACTGCTGT;SOR=0.269;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=73141716;WS=73141698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	73362766	rs670811	C	T	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=31;PP=1449;SC=CTATTCCTGTCCCTGCTTTAC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=73362774;WS=73362756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	73364368	rs6592527	C	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=4;PP=397;SC=TCCAGCTGCTCCTCACAACAG;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=73364376;WS=73364358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	73364629	rs7942217	T	A	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	73364673	rs7952228	G	A	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	73366697	rs2008734	G	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=544;SC=GTTACCATGAGCTGAGGAGAA;SOR=3.014;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=24;WE=73366705;WS=73366687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	73390772	rs71469461	GAA	G	4129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=1461;SC=AGAGCTGTGGGAAAGAGAGAA;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=35;WE=73390781;WS=73390762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	73429958	.	T	TA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr11	73441612	.	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr11	73441772	rs2037709	A	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=22;PP=728;SC=ACTTGTAACAAAAAATAGACA;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=73441780;WS=73441762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	73574422	rs17244671	A	C	42.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	73584369	rs35586999	C	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=477;ReadPosRankSum=0.498;SC=TCCTCCTCATCGTCTTTCTTC;SOR=0.817;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=33;WE=73584377;WS=73584359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr11	73600167	rs1670560	G	A	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=895;ReadPosRankSum=1.283;SC=TTTTTCCCAGGTGTTTTGGCA;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=67;WE=73600175;WS=73600157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,105:0.58:180
chr11	73610110	rs1670558	A	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.905;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr11	73610372	.	G	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=374;ReadPosRankSum=0.365;SC=AAGGAAGAATGGCCCATTCTA;SOR=1.244;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=26;WE=73610380;WS=73610362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
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chr11	73625569	rs78664341	C	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=168;ReadPosRankSum=0.898;SC=TCCTATATGACCTTTGAACTC;SOR=0.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=14;WE=73625577;WS=73625559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr11	73638306	rs935985	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,53:0.41:130
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chr11	73670645	rs653263	T	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=409;ReadPosRankSum=3.129;SC=ACGTCTTCCATGGCAAACCTG;SOR=0.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=35;WE=73670653;WS=73670635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr11	73677161	.	C	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=553;ReadPosRankSum=-1.269;SC=CAGACCTCCCCACACCTGATA;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=41;WE=73677169;WS=73677151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr11	73677356	rs79865934	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=0.656;SC=GGAAGACTGAGGAGGAAAGGA;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=15;WE=73677364;WS=73677346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr11	73679219	rs2306817	G	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=535;ReadPosRankSum=0.837;SC=TAAGCTTCTCGGGCTTCTAAT;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=14;WE=73679240;WS=73679209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr11	73679232	rs2306818	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=535;ReadPosRankSum=1.238;SC=CTTCTAATCCATCTGGGCTAT;SOR=0.518;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=16;WE=73679240;WS=73679209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr11	73680195	rs79398991	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=173;ReadPosRankSum=1.482;SC=GTGCCCAACTCACAGTCTGGC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=10;WE=73680203;WS=73680186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr11	73681090	rs2306819	C	T	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1243;ReadPosRankSum=-1.039;SC=TCATCTTCTTCGACATCCAGT;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=80;TCR=70;TR=89;WE=73681098;WS=73681080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,168:0.57:296
chr11	73681187	.	G	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1033;ReadPosRankSum=0.433;SC=AGGGGTGAGAGGAGGCTAGCC;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=73;WE=73681195;WS=73681177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,105:0.58:181
chr11	73686480	rs760206	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=0.290;SC=CTCCCACCCACAATAGACATG;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=8;WE=73686488;WS=73686470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	73688898	.	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=-0.243;SC=AGAAAAAAGGGCCAAGGGGCC;SOR=0.759;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=17;WE=73688906;WS=73688888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr11	73689336	.	T	A	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1142;ReadPosRankSum=-0.437;SC=GGAAAGGTGATGAGATCTGCG;SOR=0.795;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=78;WE=73689344;WS=73689326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,143:0.55:262
chr11	73714879	.	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=-1.999;SC=CACCCCTTGTAGAAGGCTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=8;WE=73714887;WS=73714869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr11	73739282	.	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=1.381;SC=ACACTTCTGTGGAAGAGATGA;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=10;WE=73739290;WS=73739272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr11	73747959	.	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=545;ReadPosRankSum=-0.240;SC=CCTGGGCATGGGGTTTTTTAA;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=37;WE=73747967;WS=73747949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr11	73796608	rs1095424	T	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=10;PP=853;SC=AGGGCTATACTATTCACAATG;SOR=1.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=44;WE=73796616;WS=73796598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	73796850	.	G	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=559;ReadPosRankSum=0.592;SC=CCTGGGGCAGGAAGGAGAGAT;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=40;WE=73796858;WS=73796840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr11	73882090	rs78315449	T	TG	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=221;ReadPosRankSum=-0.746;SC=CGGGGTTGGCTGGGGGGCGCC;SOR=0.648;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=9;WE=73882098;WS=73882080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr11	73990342	rs112525190	A	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.267;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-0.185;SC=CCACCTCTGGAGGTCCCTGAA;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=73990350;WS=73990332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr11	73998512	rs79750170	A	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=0.159;SC=TAAAAGCACAAAATTTGAGTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=73998520;WS=73998502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr11	74047683	rs1044782	A	G	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=980;ReadPosRankSum=1.418;SC=GTGTCATGACATATTGGTGTA;SOR=0.864;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=81;WE=74047691;WS=74047673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,129:0.48:270
chr11	74047743	rs36014178	T	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.162;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=821;ReadPosRankSum=0.438;SC=CTGAAGAAAATTCTCTATCAG;SOR=0.914;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=63;WE=74047751;WS=74047733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,96:0.47:203
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chr11	74053547	rs592644	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr11	74204269	rs10736798	T	G	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1679;ReadPosRankSum=-0.456;SC=ACCGCCCTGCTCCGCGGCGCT;SOR=0.315;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=83;WE=74204277;WS=74204259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr11	74204591	rs60455691	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.931;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CACGGGCCCCGCGGGCTCGCA;SOR=0.460;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=13;WE=74204599;WS=74204581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr11	74204642	.	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=0.763;SC=CGGGGCCTCAATGCCTGGCTC;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=14;WE=74204650;WS=74204632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr11	74204727	rs4944895	A	G	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=16;PP=606;SC=AGGCGCACCAACCGAACGGCG;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=74204735;WS=74204717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	74207823	rs72985951	G	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.000;NF=20;NR=9;PP=362;ReadPosRankSum=0.141;SC=TCAAAACACAGGTGCACAACA;SOR=0.371;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=29;WE=74207831;WS=74207813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr11	74207856	rs643738	G	A	4927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=34.22;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	74207868	rs111326594	A	AC	1490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.177;NF=6;NR=17;PP=464;ReadPosRankSum=3.382;SC=GGGAAAAAAGACCCCCCCAGC;SOR=0.608;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=23;WE=74207876;WS=74207846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,65:0.42:153
chr11	74208878	rs79509943	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr11	74303841	rs2298572	T	C	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=43;PP=1256;SC=GCCTTGACCCTCTGTCTGCTT;SOR=1.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=65;WE=74303849;WS=74303831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	74322417	rs41560822	CAT	C	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=0.078;SC=TAAATTATAACATATGTTTTA;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=74322426;WS=74322407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr11	74340196	rs2298792	A	G	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=35;PP=1794;SC=AAAACCCATAAGAGCATGTGA;SOR=1.027;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=87;WE=74340204;WS=74340186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	74345550	rs3824999	T	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=255;SC=GACATGTCAATTTAGAGAACC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=74345558;WS=74345540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	74347434	rs4944920	G	C	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=34;PP=963;SC=TGTGAATCATGCCCAAGTGGT;SOR=2.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=44;WE=74347442;WS=74347424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	74407676	rs3819242	C	T	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=9;PP=176;SC=TGTGTCTGCACGTGCACAACA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=74407684;WS=74407666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	74408384	rs10751240	C	T	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=16;PP=812;SC=AGGCAAAAACCTACAGTCGGT;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=74408392;WS=74408374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	74408619	rs3741124	C	G	8973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=1.913;SC=AATCCTAGCTCTGGTCATTAG;SOR=0.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=112;TCR=106;TR=217;WE=74408641;WS=74408609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,351:1.00:352
chr11	74408633	rs3741123	A	G	8602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=108;PP=2965;SC=TCATTAGAACATGTATACGTC;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=101;TCR=108;TR=208;WE=74408641;WS=74408609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr11	74408740	rs3741122	C	T	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=69;PP=1884;SC=CTGTCACCTGCACCATCCTGC;SOR=1.373;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=102;WE=74408748;WS=74408730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	74419357	rs1944937	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTTTGCAGGCCTGGCAGCAGG;SOR=0.531;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=7;WE=74419365;WS=74419347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr11	74419378	rs7948433	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr11	74429987	rs12417156	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=1.071;SC=GGCCACTCAGGCAAAAGAGAA;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=11;WE=74429995;WS=74429977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr11	74431277	rs4944943	T	C	104.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr11	74555056	rs3814726	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
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chr11	74559481	rs4944961	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=282;ReadPosRankSum=-1.445;SC=GAGGCTGCTTCGGCACCTTTG;SOR=0.524;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=19;WE=74559489;WS=74559471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
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chr11	74618265	rs61736355	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=261;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TGTCTCCAGCGCTGGGAACCT;SOR=0.457;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=24;WE=74618273;WS=74618255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr11	74645032	rs140602440	G	GTTCA	677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.053;QD=17.84;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr11	74660504	rs1282689	A	C	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=1061;ReadPosRankSum=0.071;SC=GCGGCGAGCCAACCTTCCCAT;SOR=0.913;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=66;WE=74660512;WS=74660494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,88:0.51:171
chr11	74660631	rs1282690	G	A	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1230;ReadPosRankSum=-1.358;SC=ACCTGGACCCGGTCCTCTTTA;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=77;TCR=84;TR=83;WE=74660639;WS=74660621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,120:0.46:259
chr11	74674608	.	GTTTGTTTA	G	135.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=0.674;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	74674612	rs71848982	GTTTA	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=-0.524;QD=3.17;ReadPosRankSum=2.823;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	74676794	rs514534	G	C	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	74700896	rs681566	A	G	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=18;PP=1585;SC=AGAAAGCGGGAAGGACTTGAT;SOR=1.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=74;WE=74700904;WS=74700886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	74705696	rs544115	T	C	12345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=148;NR=147;PP=2965;SC=AGAAGCGTTCTACGAGGAGAG;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=148;TCR=148;TR=295;WE=74705704;WS=74705686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr11	74800333	.	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=545;ReadPosRankSum=0.184;SC=TGGTCTGTGGGTTCATGAGGA;SOR=0.720;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=42;WE=74800341;WS=74800323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,58:0.46:125
chr11	74862356	rs2851069	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=331;ReadPosRankSum=0.047;SC=GAAGATTTGCTTCCTCTCCCC;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=23;WE=74862364;WS=74862346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr11	74862391	rs1944612	A	G	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=30;PP=1182;SC=TCCTGAGATTAAATTAGGGGC;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=74862399;WS=74862381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	74877004	rs3740839	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=151;ReadPosRankSum=0.518;SC=GGTAAGAGCAGCAGGGGCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=15;WE=74877012;WS=74876994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr11	74880856	rs7125268	C	A	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=656;ReadPosRankSum=0.554;SC=TAACTGACTGCCACTCTCATA;SOR=0.585;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=44;WE=74880864;WS=74880846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr11	74904362	rs1621378	T	C	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=54;PP=2355;SC=GGCATGGCCATCTTCCTGCCC;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=119;WE=74904370;WS=74904352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	74907444	.	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=174;ReadPosRankSum=-0.395;SC=TGAAAATCCTCTGTGTGGAGC;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=11;WE=74907452;WS=74907443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr11	74988021	rs34053901	G	GTCCCC	1311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=994;SC=TCTCACAGGCGTCCCCGGGTT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=17;WE=74988029;WS=74988011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	74995350	rs647630	C	T	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=28;PP=1041;SC=GAGTAAGCGGCCTCTCCCAAC;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=74995358;WS=74995340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	75023093	rs546812	A	G	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=31;PP=979;ReadPosRankSum=-0.203;SC=CCCCTCCTCTAAGTGCTGATC;SOR=0.770;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=71;WE=75023101;WS=75023083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,114:0.46:250
chr11	75023291	rs71467873	G	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=91;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CTGAGAACAGGCCTGCCCCTG;SOR=1.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=8;WE=75023299;WS=75023281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr11	75110680	rs7131286	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=0.448;SC=GAGGGCTTCTCGGGGTGCCAC;SOR=0.591;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14;WE=75110688;WS=75110670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr11	75141630	rs11236430	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=438;ReadPosRankSum=-1.106;SC=CGCACGGCGCTTCGCAGCCCG;SOR=0.774;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=29;WE=75141638;WS=75141620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr11	75141762	rs3018101	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TTATTTCCTCTCTTGACCATT;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=75141770;WS=75141752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr11	75147925	.	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=473;ReadPosRankSum=1.046;SC=TTTGCATGTGGGGGTGCAGAA;SOR=0.948;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=29;WE=75147933;WS=75147915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr11	75150449	.	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=2.504;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr11	75150486	.	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=-0.163;SC=GACAGAGAGAGAACATCAGTC;SOR=0.412;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=5;WE=75150494;WS=75150476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	75152243	rs571353	C	T	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=35;PP=1275;SC=TGGGACAGGGCGTGGGAGTTG;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=77;WE=75152251;WS=75152233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	75154067	rs532454	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=-0.151;SC=GTGGAGGTCGCGAAAGCTCTG;SOR=0.307;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=26;WE=75154075;WS=75154057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr11	75160183	rs61897374	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=0.308;SC=GATAAGGGGCCGTGAGTGCTG;SOR=0.851;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=13;WE=75160191;WS=75160173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr11	75160213	rs473462	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=0.703;SC=CCCTGGGCAGGTTGGGGTGCA;SOR=0.999;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=16;WE=75160221;WS=75160203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr11	75160302	.	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5047;FS=7.782;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=1.242;SC=GGGAAGATGAACCCCGCCTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=75160310;WS=75160292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	75160575	rs518611	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=487;ReadPosRankSum=-0.891;SC=TCCGCTCTGCGCGGGCGAACT;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=36;WE=75160583;WS=75160565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr11	75166510	rs56010007	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr11	75167704	rs1793410	T	C	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=44;PP=1936;SC=ATTCTAACGGTGATCCAGGGG;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=113;WE=75167712;WS=75167694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	75188569	rs1790149	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=217;ReadPosRankSum=0.054;SC=CTGTCCAGAGCGAGTCAGCAG;SOR=0.679;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=23;WE=75188577;WS=75188559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr11	75277628	rs584961	A	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=728;SC=CCTCGTCGCTAGGGCTCGTGT;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=30;WE=75277636;WS=75277618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	75277757	rs650241	C	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=326;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TCAGCAACTCCACGGCGCGCA;SOR=0.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=25;WE=75277765;WS=75277747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr11	75277992	rs651581	C	T	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=775;ReadPosRankSum=0.653;SC=CGGCGCCCTGCTAGTCAACGC;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=49;TCR=74;TR=60;WE=75278000;WS=75277982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,84:0.47:178
chr11	75278040	rs35462148	G	GTCC	1355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.063;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=882;ReadPosRankSum=0.099;SC=GCGTTCAGGGGTCCTCCTCCT;SOR=1.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=20;WE=75278048;WS=75278030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr11	75279846	rs649257	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=352;ReadPosRankSum=-0.238;SC=GGTCCTATACCGTGGGTGTCA;SOR=0.892;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=21;WE=75279854;WS=75279836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr11	75282882	rs585821	G	A	3639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=39;PP=1483;ReadPosRankSum=-1.223;SC=AGGCCGACTTGTCACGCATGT;SOR=0.832;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=208;TCF=123;TCR=85;TR=104;WE=75282890;WS=75282872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,177:0.54:328
chr11	75298797	rs1231128	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=176;ReadPosRankSum=0.868;SC=TGGGACCTTCATCCTTGACAG;SOR=0.990;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=14;WE=75298805;WS=75298787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr11	75378674	rs12225010	A	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.188;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr11	75431027	.	C	T	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.626;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,80:0.46:175
chr11	75501852	rs2510635	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=285;SC=ACCCACCCACAGGGAAGCAAG;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=75501860;WS=75501842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	75902571	rs2508779	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=9;PP=558;SC=GTGCAACACCAGTGACCCTTT;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=75902579;WS=75902561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	75905800	rs1533767	G	A	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=186;SC=AGGAGCAGCCGGGCAGGTCGC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=75905808;WS=75905790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	75917189	rs1717626	G	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=5;PP=802;SC=TCGCAAGCCTGCGGGAGGCAG;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=75917197;WS=75917179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	75917334	rs1879633	T	C	6798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.026;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=72;PP=2212;ReadPosRankSum=0.609;SC=CCCCAGTCCCTGGCCTGTGCG;SOR=0.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=141;WE=75917342;WS=75917324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,270:1.00:271
chr11	76075714	.	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.674;SC=AGGAACTGGGGCCCAAAGAGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=76075722;WS=76075704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	76157922	.	C	CT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.33;ReadPosRankSum=-1.838;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,17:0.17:98
chr11	76183924	rs4245443	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CACAGTTGCTATATGGAATTT;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=10;WE=76183932;WS=76183914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr11	76207633	rs10899226	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=317;SC=TTTTTCATCAGTGTTTTACAG;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=76207641;WS=76207623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	76207709	rs72930511	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr11	76227182	rs2508740	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=477;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TTCCCTTTCTGTAGGCACACA;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=34;WE=76227190;WS=76227172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,58:0.59:98
chr11	76237725	rs11363199	CA	C	869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.929;NF=1;NR=18;PP=646;ReadPosRankSum=-2.028;SC=TAAATATTTTCAATTCTTATA;SOR=0.644;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=19;WE=76237733;WS=76237715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr11	76257202	rs150867470	C	T	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=1472;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GAGTCCTGTTCGAGTCCATCC;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=48;WE=76257223;WS=76257192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr11	76257215	rs3753051	T	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr11	76370792	rs4304809	A	G	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=40;PP=1293;SC=CACAGTCCTCAGGACGCACGT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=76370800;WS=76370782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	76372052	rs3740779	A	G	3879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=46;PP=1874;SC=GGCGGGGCAGACCCTCGAAGG;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=96;WE=76372060;WS=76372042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	76372376	.	G	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=447;ReadPosRankSum=1.824;SC=CTGGCTGGAGGAAGCTGATCT;SOR=0.591;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=33;WE=76372384;WS=76372366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr11	76372418	rs3740778	T	C	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=38;PP=1140;SC=GACGAAGTGCTGTGTAGAAGC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=71;WE=76372426;WS=76372408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	76393990	rs2155850	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=343;ReadPosRankSum=1.073;SC=AGGCACTTCATCCTCCAAGCC;SOR=0.536;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=27;WE=76393998;WS=76393980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr11	76400134	rs10899252	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=0.051;SC=GGGGTAGGTGCGGAGACGCCA;SOR=0.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=20;WE=76400142;WS=76400124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr11	76400343	rs10793181	C	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.337;SC=TCTGGGTAGACAGGGAGGCCC;SOR=1.473;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=10;WE=76400351;WS=76400333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr11	76402532	rs76049815	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr11	76405062	rs12417222	C	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=476;ReadPosRankSum=-0.701;SC=ACTTTTCCCACAAAGACCACA;SOR=0.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=31;WE=76405070;WS=76405052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr11	76405872	rs10736809	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	76406268	rs117137776	T	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=1.519;SC=GGCAGGAGAATGGCGTGGTCA;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=5;WE=76406276;WS=76406265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr11	76406341	rs10751260	G	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=15;PP=849;SC=TTCCTGAAAAGTAGGGTACGC;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=76406349;WS=76406331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	76415184	rs11236878	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.823;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr11	76418596	rs12364253	C	T	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=1093;ReadPosRankSum=0.123;SC=GGAGCCTCGTCCCAGCACTTC;SOR=0.676;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=72;WE=76418604;WS=76418586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,108:0.45:239
chr11	76418737	rs2120898	A	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=600;ReadPosRankSum=-0.427;SC=GTCCTGGGAAAGGTCATGAAA;SOR=0.878;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=39;WE=76418745;WS=76418727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr11	76419633	rs10128693	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=-0.555;SC=TGCTGGAGAGCCAGGGGGAGC;SOR=1.700;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=14;WE=76419641;WS=76419623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr11	76427731	rs10751261	T	C	6169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=64;PP=2965;SC=GATGCCAACGTCCCCTCCCAG;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=149;WE=76427739;WS=76427721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	76429160	rs10899266	T	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	76430529	rs7122287	C	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=366;SC=GTCTGCACGACGAGCATGCCT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=76430537;WS=76430519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	76430684	rs35033550	A	C	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr11	76430804	.	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=282;ReadPosRankSum=0.811;SC=CATAGGGCAGGAAGACTAATC;SOR=0.546;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=24;WE=76430812;WS=76430794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr11	76506572	rs1149620	T	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=668;SC=CTTCCAACAGTGTCTAGACTG;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=76506580;WS=76506562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	76507692	rs1149621	T	A	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=543;ReadPosRankSum=-0.368;SC=ACACCCGGGATTCTGCTGCCA;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=76507700;WS=76507682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr11	76579433	rs11236990	C	G	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr11	76579433	.	C	CTG	84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=53;MMLQ=27;MQ=59.47;NF=1;NR=6;PP=84;QD=13.2857142857;SC=CTCTCTCTCTCTCTGTGTGTG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=76579443;WS=76579423;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr11	76579435	rs10793202	C	G	181.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=197;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=9;WE=76579443;WS=76579423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr11	76637785	rs4457775	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=-1.261;SC=TTCTAAAAGCGGTTTTCAATT;SOR=0.807;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=13;WE=76637793;WS=76637775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
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chr11	76701606	rs3740767	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.577;SC=TAAAAGAGCCGATATTCCATC;SOR=0.269;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=9;WE=76701614;WS=76701596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr11	76705180	rs56841188	CT	C	197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=61;SC=ATTAAACTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=76705188;WS=76705170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	76731381	.	C	A	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=755;ReadPosRankSum=0.085;SC=ATGAATCATTCCACCAAGAAA;SOR=0.793;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=57;WE=76731391;WS=76731371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,103:0.51:201
chr11	76751166	rs73493606	G	A	2747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1211;ReadPosRankSum=0.735;SC=GTGGGCCTTCGCGGACACCTT;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=90;TCR=83;TR=90;WE=76751174;WS=76751156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,137:0.51:271
chr11	76751541	rs11292198	CT	C	9686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=85;PP=2951;SC=GGGCATGTGTCTTGGAGCGCG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=33;TCR=85;TR=118;WE=76751549;WS=76751531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr11	76751584	rs11292199	CT	C	11061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=93;PP=2951;SC=CGAGGGCATCCTGGCCCTTCG;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=24;TCR=93;TR=117;WE=76751593;WS=76751574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	76751603	rs11292200	CT	C	10337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=89;PP=2951;SC=CGGCGTGCAGCTTGCCTGGCG;SOR=0.853;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=18;TCR=90;TR=107;WE=76751611;WS=76751593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	76799004	rs7121748	T	C	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	76804632	.	CTGTGTCTGTCA	C	1603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=2969;ReadPosRankSum=1.245;SC=CACAGCAAGTCTGTGTCTGTC;SOR=0.565;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=27;WE=76804650;WS=76804622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,46:0.32:143
chr11	76814471	rs2233551	G	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=9;PP=262;SC=CATTATTCTCGCTGCTCAGCC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=76814479;WS=76814461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	76823909	.	G	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.527;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=463;ReadPosRankSum=-2.362;SC=TGGGCTCCTCGTGGTATTCCG;SOR=1.397;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=27;WE=76823917;WS=76823899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr11	76827223	rs11606456	G	C	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=25;PP=1032;SC=TTCTGGTGGGGCTGCCTCTTA;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=76827231;WS=76827213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	76827360	rs11604536	A	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=31;PP=975;SC=GTGAGTGTGTATGTGCCCTGG;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=76827368;WS=76827350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	76832011	rs2276031	C	T	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=66;PP=1788;SC=CACACTGGGCCAACCAGGAAC;SOR=1.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=96;WE=76832019;WS=76832001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	76832812	rs3819077	C	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=17;PP=1159;SC=AGGAAGCCCACAGGGCTTGGA;SOR=1.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=76832820;WS=76832802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	76833200	rs2276030	A	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=197;SC=TCTCAGAGGCACTGCAGGCCT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=76833208;WS=76833190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	76833763	rs59430193	G	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=14;PP=421;SC=GTACAGGTGAGCCCCCTGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=76833771;WS=76833753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	76833819	rs61670884	G	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=329;SC=CCCCACTCAGGGGGACAAGCC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=76833827;WS=76833809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	76834616	rs875874	G	A	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=23;PP=1283;SC=CAGGGCCCCCGATCCTCAGCC;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=76834624;WS=76834606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	76834712	rs875875	A	G	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=67;PP=2454;ReadPosRankSum=2.391;SC=CGCCCCTCCCATGATCCTCTG;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=145;WE=76834720;WS=76834702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr11	76853783	rs1052030	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.880;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=179;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GACCTGAGATTGGGGCAGGAG;SOR=0.317;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=17;WE=76853791;WS=76853773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr11	76854001	rs3740760	C	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-2.178;SC=TCTCAGATGCCCCCTTCCATG;SOR=0.708;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=13;WE=76854009;WS=76853991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
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chr11	76868372	rs762667	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=374;ReadPosRankSum=0.419;SC=TGCTGGAGGGTATGAGTGAGG;SOR=0.435;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=24;WE=76868380;WS=76868362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr11	76870634	rs4944145	T	C	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=711;ReadPosRankSum=-2.072;SC=TTTAAGCTCATTGGGGGCTGG;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=48;WE=76870642;WS=76870624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,69:0.40:171
chr11	76874149	rs111580784	C	CAT	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.230;NF=0;NR=10;PP=270;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TGTGATTATTCATATATATAT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=10;WE=76874158;WS=76874139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	76876976	rs11374303	G	GT	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=303;ReadPosRankSum=1.181;SC=AGGCCTCAGGGCCCCCGTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=76876984;WS=76876970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr11	76885779	rs2276283	G	A	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	76890242	rs10793239	T	C	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=39;PP=878;SC=GCCATGGCAGTGGGACTGGCC;SOR=3.398;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=76890250;WS=76890232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	76891308	rs3831388	T	TCTGCCAAATTATTTGG	1624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=2957;SC=ACTTGTCCTATCAAAGTCATG;SOR=1.802;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=10;WE=76891316;WS=76891298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	76891585	rs1109163	G	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=27;PP=682;SC=TCCCCTCCCCGAGGCTGGCTT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=76891593;WS=76891575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	76891661	rs1109162	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=158;SC=AGACCCACTCAGCCAGCATTG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=76891669;WS=76891651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	76892943	rs7117606	A	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=5;PP=248;SC=CGATCCTCCCACCTGAGCTTC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=76892951;WS=76892933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	76893280	rs57741157	A	AG	1152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=15;PP=709;SC=TGGTGGCCGTAGTGATGAGGG;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=16;WE=76893288;WS=76893270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	76893401	rs2276287	G	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=262;SC=TCCCCAAACCGCCAGGTCATT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=76893409;WS=76893392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	76893731	rs112227803	G	GA	514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.83;NF=0;NR=19;PP=726;SC=CTCCTCTGCAGAAAAAGGATC;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=19;WE=76893739;WS=76893721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	76894235	rs948972	G	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=20;PP=429;SC=TGGCAGCCCAGGGGTGGCTGC;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=76894243;WS=76894225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	76895770	rs143953991	GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT	G	3329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=26;PP=2925;SC=GGTCAGTGCCGGGAGGCGGGG;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=76895799;WS=76895760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	76901273	rs2276286	C	T	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=10;PP=295;SC=CTCGAGTGCCCCAGAAACATT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=76901281;WS=76901263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	76901623	rs55637648	T	TGCTGGGGCCTGGAGC	1553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=2957;SC=CCCAGTGAGGTACTGGGGCCT;SOR=3.056;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=17;WE=76901631;WS=76901613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	76901648	rs7947922	C	G	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=98;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=10;PP=886;SC=TGCTGGGGCACCTCCAACCCC;SOR=2.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=47;WE=76901656;WS=76901638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	76901927	rs2276285	C	T	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=62;PP=1866;SC=TATGGCCGCCCGGAAGCACCT;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=98;WE=76901935;WS=76901917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	76904945	rs10899359	A	G	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=175;SC=AACGGTGGTAATGGTGATGGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=76904953;WS=76904935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	76905604	rs1109977	G	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=38;PP=1183;SC=GAGAAGGGATGTGGACCTGAA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=76905612;WS=76905594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	76905725	rs948958	C	T	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=158;SC=ACTCATTCTCCTTCCATCTGT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=76905733;WS=76905715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	76910766	rs7927472	C	T	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=32;PP=1202;SC=TCACCTCCAGCAATGCTGAGG;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=76910774;WS=76910756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	76912636	rs2276288	A	T	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=43;PP=1233;SC=CCCCACCGACAGTGTGTACGT;SOR=0.965;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=74;WE=76912644;WS=76912626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	76916424	rs11237121	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=1;PP=334;SC=TGAGGGGTACATGGCCCCCTC;SOR=3.816;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=19;WE=76916432;WS=76916414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	76917220	rs2276293	A	G	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=76;PP=2754;SC=TTTTCCACAAAGTCTACTTCC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=150;WE=76917228;WS=76917210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr11	76918322	rs2276291	T	C	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=16;PP=602;SC=CAGTGCTCACTGCCCCTCCCA;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=76918330;WS=76918312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	76918497	rs2276290	G	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=23;PP=692;SC=TGGGGCCATAGGAACTTACGG;SOR=1.140;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=33;WE=76918505;WS=76918487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	76919468	rs1320703	A	T	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	76919478	rs948962	C	A	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	76919619	rs948961	G	A	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	76919629	rs948960	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	76919865	rs1320702	T	A	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=47;PP=1367;SC=ACCTCTGCACTCTAGTTGCCT;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=80;WE=76919873;WS=76919855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	76920003	rs11237122	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=267;SC=CCCCAAGGGATGGCCCAACCC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=76920011;WS=76919993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	76922143	.	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=219;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GGTGGGAAAGGAGCCCACTTC;SOR=0.843;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=16;WE=76922151;WS=76922133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr11	76922946	rs11237123	G	A	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=36;PP=1387;SC=TCATCTTCAAGTGGCCCACCT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=76922954;WS=76922936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	76923017	rs3819170	G	A	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=36;PP=1534;SC=GAGGAGGAGGGGAACAGGGCA;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=76;WE=76923025;WS=76923007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	76923352	rs12418037	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=394;SC=CAGACCCTGGAAAGAGTGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=76923360;WS=76923342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	76924130	rs2276289	A	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=15;PP=379;SC=TGCCTGAACCACAGACACGGT;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=76924138;WS=76924120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	76924818	.	G	A	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.608;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=598;ReadPosRankSum=0.668;SC=TCCTCTGAGGGCCTGAGGCCT;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=48;WE=76924826;WS=76924808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,72:0.56:128
chr11	76925040	rs883224	G	A	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=50;PP=1388;SC=GGCGCATCCTGCTGGGCCTAG;SOR=1.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=75;WE=76925048;WS=76925030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	76925075	rs948959	G	T	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=41;PP=1109;SC=TGCCTGCAGCGTAGCCAGCCT;SOR=2.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=76925083;WS=76925065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	76928025	rs12363944	A	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	76928149	rs2282576	A	G	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=30;PP=1201;SC=CCAGGCTTCAAAGGTGTGACA;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=76928157;WS=76928139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	76954898	rs7104577	A	G	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=30;PP=1419;SC=AAAAATCTCTAAGGAGAAACA;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=76954906;WS=76954888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	76979465	rs1618188	A	C	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	76979889	rs1621624	T	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=372;SC=TCCAGGGGCTTCCATGGTTCT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=76979908;WS=76979881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	76979900	rs1613357	C	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=402;SC=CCATGGTTCTCTTTTCTTCTC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=76979908;WS=76979881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	76980047	.	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=445;ReadPosRankSum=0.111;SC=GAGAATAAATCCCCAGTGGCA;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=30;WE=76980055;WS=76980037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr11	76980743	rs1620915	T	C	865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	77051820	rs51500	C	T	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=51;PP=1667;SC=TGCAGGAATACAGATAAAGGG;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=92;WE=77051828;WS=77051810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	77060169	.	CA	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	77066824	.	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GGTGAAATGGGAGATGTAGCC;SOR=0.734;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=23;WE=77066832;WS=77066814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,50:0.41:122
chr11	77090211	rs562939	T	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=7;PP=477;SC=CATCCCAGACTAATAGGCATG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=26;WE=77090219;WS=77090201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	77335982	rs2013296	C	A	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=10;PP=929;SC=AAACAAAAAACCCACTTTAAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=77335990;WS=77335972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	77378584	.	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=110;ReadPosRankSum=0.913;SC=AACCATAAACGAATTTAATTC;SOR=0.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=11;WE=77378592;WS=77378574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr11	77389020	rs12286317	T	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=466;ReadPosRankSum=-1.652;SC=GTACTAATCATGATACATAAC;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=32;WE=77389028;WS=77389010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr11	77389238	rs10567840	CTT	C	630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.02;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,31:0.89:35
chr11	77409832	rs10899399	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=41;ReadPosRankSum=-2.018;SC=AATATTCAGCCAATATACCAA;SOR=0.175;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=7;WE=77409840;WS=77409822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr11	77412851	rs7950873	A	G	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=765;ReadPosRankSum=0.174;SC=CTGTCCTTAGAGGGGCTATAG;SOR=0.676;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=52;WE=77412859;WS=77412841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,84:0.50:167
chr11	77531810	rs10751277	T	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=49;SC=GGGGAAGTTGTGGTGCCGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=77531818;WS=77531800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr11	77595717	rs658398	C	T	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=575;ReadPosRankSum=0.911;SC=GTTGAAACTGCGGAAGGCATG;SOR=0.739;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=46;WE=77595725;WS=77595707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,82:0.58:141
chr11	77605501	rs1793336	T	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=310;SC=TAGCATATTATACTATAAAAA;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=77605509;WS=77605491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr11	77629132	rs60400274	A	AT	1895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=15;PP=991;SC=GCACAGTTAGATCTGAATTGT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=21;WE=77629140;WS=77629122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	77635882	rs7119720	A	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQRankSum=1.636;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr11	77639466	rs11607043	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=17.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQRankSum=-1.728;QD=2.30;ReadPosRankSum=-5.312;SOR=2.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,24:0.19:129
chr11	77652420	rs112337042	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-0.216;SC=AGTAAAGATGCTATGGGTTCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=77652428;WS=77652410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr11	77671217	rs72939500	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=179;ReadPosRankSum=0.941;SC=CATAACCTCCATTCTCTTCCT;SOR=1.292;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=13;WE=77671225;WS=77671213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr11	77671281	rs12796422	A	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=231;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CGCTGCCACTATTAACTAGCG;SOR=0.663;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=18;WE=77671289;WS=77671271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr11	77671544	rs2305317	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GCTAACATGGTTCCTTTTAGC;SOR=0.874;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=12;WE=77671552;WS=77671534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr11	77672189	rs11370501	T	TA	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.548;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,39:0.87:45
chr11	77674421	rs200349657	C	A	47.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	77692775	rs17825404	G	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.842;NF=0;NR=6;PP=208;ReadPosRankSum=1.170;SC=CTTCTGGAGAGACAGCTTTCT;SOR=3.556;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=77692800;WS=77692765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr11	77692785	rs201089096	TTTTATTTA	T	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.892;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.812;NF=0;NR=5;PP=1087;ReadPosRankSum=2.227;SC=GACAGCTTTCTTTTATTTATT;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=77692800;WS=77692765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	77698524	rs7938133	C	T	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=10;PP=487;SC=TTATTGGTAACAGATCTTTAA;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=77698532;WS=77698514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	77698651	rs6592756	T	C	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=35;PP=1100;SC=GTAGCTCACGTCTGTAATCCC;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=62;WE=77698659;WS=77698641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	77698694	rs11606909	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=333;ReadPosRankSum=-1.390;SC=GGAGGGTTGCTTGAGCTCAGG;SOR=0.984;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=24;WE=77698702;WS=77698684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr11	77702033	rs2276441	T	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=96;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=73;SC=TACCTAGCACTTGGAAGACAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=77702041;WS=77702023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	77705734	rs3832725	C	CG	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.649;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr11	77734209	rs11237362	T	C	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=39;PP=1412;SC=CACTTACCGTTGGCCGCCTGG;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=81;WE=77734217;WS=77734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	77775466	rs545869	C	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=342;SC=GTGCAACCCACTGGGAGAGGA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=77775474;WS=77775456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	77790653	rs534418	T	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.16;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	77790653	.	TAG	CAC	786	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=14;NR=3;PP=786;QD=49.3804632272;SC=TCCGCCGGATTAGGTTATCAA;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=17;WE=77790663;WS=77790643;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr11	77790655	rs8875	G	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	77790863	rs499799	C	G	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=27;PP=740;SC=ACCACTACCCCGGCCTAAGCG;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=77790871;WS=77790853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	77811990	rs1263505	T	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=16;PP=854;SC=GCTTGGCACATATCTAAGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=77811998;WS=77811980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	77815196	rs660061	C	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	77823557	rs624350	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=289;SC=TGCTCCCCCTGTTCATCCTGA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=77823565;WS=77823547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	77824907	.	GA	G	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.431;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr11	77825320	rs665278	T	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=38;PP=1325;SC=GCCTGGTTTATTTGCAGTGAA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=80;WE=77825328;WS=77825310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	77832076	rs518624	T	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=8;PP=388;SC=ACATCAGAATTAGTAAGGGAA;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=77832084;WS=77832066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	77884782	rs230661	C	T	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=17;PP=1097;SC=CATGAGCTTCCTGGGACTCCC;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=77884790;WS=77884772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	77921527	rs2512526	G	C	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=95;PP=2965;SC=CCGCCCTGCCGCTTCTCTGGG;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=77;TCR=97;TR=171;WE=77921535;WS=77921517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr11	78154810	.	G	GA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.840;QD=1.11;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr11	78204073	rs66546995	CACAGAT	C	2457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=16;PP=1732;SC=ATTTTAATGTCACAGATACCT;SOR=1.528;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=29;WE=78204086;WS=78204063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	78204299	rs56279811	T	TA	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=569;SC=TTTAAGTATTTAAATATTCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=78204307;WS=78204289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	78204380	rs4474465	C	T	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=2;PP=45;SC=TTTGCTGCTACATATTTCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=78204388;WS=78204370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	78277277	rs10751296	A	G	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=29;PP=776;SC=ATTGTCGCAGATACTCCAGAG;SOR=1.079;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=48;WE=78277285;WS=78277267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	78279790	rs10501429	T	G	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=458;ReadPosRankSum=1.087;SC=ACTCCCAAAATTTAATTCTCT;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=78279798;WS=78279780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr11	78372536	rs2277277	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr11	78380199	rs61745709	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=381;ReadPosRankSum=0.233;SC=CTATGATGATCTGAAAGTTGG;SOR=0.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=26;WE=78380207;WS=78380189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr11	78380812	.	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=367;ReadPosRankSum=0.919;SC=ATACTCATAGGAGTAGCGAGT;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=23;WE=78380820;WS=78380802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr11	78381065	.	G	A	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=640;ReadPosRankSum=3.463;SC=TCATCATAGCGATAGAGATCA;SOR=0.798;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=47;WE=78381073;WS=78381055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,78:0.44:176
chr11	78399121	rs1792148	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=216;ReadPosRankSum=0.533;SC=TGTAGAAGGCGCCTGAGGCAG;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=19;WE=78399129;WS=78399111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr11	78433599	rs482605	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	78437352	rs597327	T	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=228;ReadPosRankSum=0.966;SC=GCCCCTGGCTTATCTTTTGTA;SOR=0.617;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=16;WE=78437360;WS=78437342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr11	78440286	.	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr11	78443235	rs1790557	C	T	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=102;SC=TTTTGCATAACAGGCTGATGG;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=78443243;WS=78443225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	78443586	rs17826919	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr11	78489793	rs1573527	C	A	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	78489798	rs1573528	C	A	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.00;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	78602525	rs10736817	C	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=-1.574;SC=GGTCAGTGTGCAAGCCACATG;SOR=0.883;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=9;WE=78602533;WS=78602515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr11	78614268	.	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=-1.442;SC=TCCGGGCCCCGGGTGCCCACC;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=78614276;WS=78614258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr11	78776192	rs7130258	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=9;PP=246;SC=CATGCCTTTGTTCAAGTGATT;SOR=2.670;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=78776200;WS=78776182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	82560312	rs10792653	T	G	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=1057;ReadPosRankSum=2.134;SC=TCAACAGATGTCTTTACAGAT;SOR=0.564;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=57;WE=82560320;WS=82560302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr11	82560858	rs10736757	A	G	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=141;SC=TGTACATTATACTTTAACAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=82560866;WS=82560848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	82561156	rs57878596	A	AAT	62.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	82561661	rs10792655	T	C	107.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=65;SC=AAATAGAATTTCTAGGCAATT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=82561669;WS=82561651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	82570996	rs145632491	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=0.807;SC=TTGAGCACTGGAATTTCATGA;SOR=0.497;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=7;WE=82571004;WS=82570986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr11	82595975	rs6592087	T	A	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.407;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=1174;ReadPosRankSum=1.573;SC=TTTGAAAGGTTTTACTAGCAC;SOR=0.543;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=67;WE=82595983;WS=82595965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr11	82641001	rs2127363	C	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	82641156	rs117847476	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	82641156	.	CA	TG	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=2;NR=4;PP=25;QD=13.0779791437;SC=AGTAAAATTTCAAAGTTCATT;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=6;WE=82641165;WS=82641146;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr11	82641157	rs2170009	A	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.35;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	82643760	rs7947780	G	T	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=45;PP=1592;SC=ACCACAGCAGGTTATCTGTGA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=82643768;WS=82643750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	82644736	.	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=491;ReadPosRankSum=-0.758;SC=AACAAGAATTCATGGGATAAA;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=35;WE=82644744;WS=82644726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr11	82644904	rs7130899	G	A	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=46;PP=1842;SC=TGTATCTGGTGTTTCACAACC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=102;WE=82644912;WS=82644894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	82703440	.	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=533;ReadPosRankSum=0.524;SC=CTATTTTAAGGAGTCAGGGCT;SOR=0.706;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=37;WE=82703448;WS=82703430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr11	82704967	rs3793986	CA	AT	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=363;SC=TGGCTGAGTGCATTGTTTCCA;SOR=3.442;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=82704976;WS=82704957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	82708447	.	C	CG	711.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.204;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=769;ReadPosRankSum=1.451;SC=GCCTTCTCTCCGGGGGAACAG;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=22;WE=82708455;WS=82708437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr11	82752734	rs34023989	TA	T	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr11	82874970	rs10898088	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=292;ReadPosRankSum=0.384;SC=GAATTCTTCTGCAGAACTTAC;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=16;WE=82874978;WS=82874960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr11	82921538	rs553484	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=25;PP=725;SC=GTTATCTCTTCCTGACTTTTT;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=82921546;WS=82921528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	82952108	rs625102	T	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=442;SC=TTGGAGGAACTAGAACTAATA;SOR=2.636;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=82952116;WS=82952098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	82959338	rs71463157	TACAC	T	372.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=37.27;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	82967023	rs565276	A	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=598;SC=TCTTTCATTAAAAAAATTGAT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=82967031;WS=82967013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	82968164	rs628223	G	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=185;SC=ACTTGCTTACGGACCCTTAGC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=82968172;WS=82968154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	82968418	rs657824	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	82973004	rs8789	C	T	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=29;PP=744;SC=AAGTAAACACCGAAGCTGTGA;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=82973012;WS=82972994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	82973045	rs645954	C	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=490;SC=GGTCTTGTATCTGTAATTATT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=82973053;WS=82973035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	82985161	rs34416960	GA	G	166.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=203;SC=AATTGATAAGGAAAAAAATCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=82985169;WS=82985151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,9:0.75:12
chr11	82985959	rs573871	C	T	180.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=98;SC=GAAAGAGATTCAAGGAAGAAA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=82985967;WS=82985949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	82996986	rs494791	A	C	6245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=77;PP=2879;SC=CTTGGGAGAGAAAGAGCCGCC;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=155;WE=82996994;WS=82996976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	83170773	.	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=1.056;SC=TAAATGCAACAAAAACATAAA;SOR=0.770;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=12;WE=83170781;WS=83170763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr11	83180169	rs11464149	C	CA,CAA	813.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.896;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,31,20:0.49,0.32:63
chr11	83183676	rs2888834	T	C	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	83197194	rs35251277	TC	T	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=571;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CCCCAAATTTTCCTAGTTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=83197214;WS=83197184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr11	83197206	rs144203408	A	ATGAT	841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=751;ReadPosRankSum=1.455;SC=CTAGTTAAAAATGATAGTCCT;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=14;WE=83197214;WS=83197184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr11	83197307	rs141813606	GA	G	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.719;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	83197394	rs61265208	C	CA	82.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	83362897	.	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=461;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TCAGAGCTACGAAGGTCACAT;SOR=0.641;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=35;WE=83362905;WS=83362887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,60:0.42:143
chr11	83585289	rs144508115	G	GGGAAGGAAGGAAGGAGAGAGGGAA	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.812;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.432;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	83810113	rs3750917	T	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=16;PP=424;SC=AAAGCAGATATTAAATGATGT;SOR=1.055;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=83810121;WS=83810103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	83878075	rs1869472	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	84822798	rs601375	T	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr11	84996405	.	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=449;ReadPosRankSum=-2.194;SC=AAAATTCTTGGATATCTGTAA;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=26;WE=84996413;WS=84996395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr11	85339542	rs575050	G	T	55.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TTGACTGAGTGGGGGCGGGCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=85339550;WS=85339537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	85374467	.	GA	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.550;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,25:0.24:106
chr11	85418591	rs3069561	AACAG	A	1213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=820;ReadPosRankSum=-0.007;SC=AGGAGAATTGAACAGACAAAG;SOR=1.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=18;WE=85418602;WS=85418581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr11	85419193	rs290197	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.749;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr11	85435001	.	T	TA	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=34;QD=12.75;SC=TAATCCCAATTAAAAAAAATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=85435009;WS=85434991;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr11	85435730	rs550404	C	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=569;ReadPosRankSum=0.654;SC=CAGTTATTAACGGAGCCTCGG;SOR=0.745;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=38;WE=85435738;WS=85435720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,59:0.47:125
chr11	85436352	rs641393	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,90:0.57:158
chr11	85436394	rs556669	T	C	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.849;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=807;ReadPosRankSum=1.284;SC=AAGATGAGCATCCTGGGGAAA;SOR=1.430;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=45;WE=85436402;WS=85436384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr11	85436500	rs580459	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=391;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TCTGCAGCCATCTGAATCAAA;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=24;WE=85436508;WS=85436490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr11	85436699	rs598346	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=689;ReadPosRankSum=1.508;SC=CAGTGATAACAGGCGCCAACT;SOR=0.723;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=54;WE=85436707;WS=85436689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,66:0.50:133
chr11	85436868	rs597480	G	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=736;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CTCAGTATCAGCAAAATCTGT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=51;WE=85436876;WS=85436858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,71:0.52:137
chr11	85437896	rs491867	A	G	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.550;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=666;ReadPosRankSum=0.058;SC=TGGATGATACACCCTGTGACT;SOR=0.819;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=50;WE=85437904;WS=85437886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,80:0.43:186
chr11	85447611	rs680498	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=194;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TTTGTTGTGATGAGTGACCTT;SOR=0.460;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=19;WE=85447619;WS=85447601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr11	85456703	rs647912	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=310;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GTGCTGCATCTTCTTCTGGCT;SOR=0.352;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=19;WE=85456711;WS=85456693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr11	85576113	rs11389838	C	CT	737.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.059;SC=GAATTTTTCACTTTCGTATGT;SOR=1.157;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=18;WE=85576135;WS=85576103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr11	85576127	rs36093844	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr11	85584151	rs142446208	G	GT	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=1.437;SC=CCCTAAATGTGTTTTCATAAT;SOR=1.179;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=85584159;WS=85584141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	85593529	rs17817308	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=186;ReadPosRankSum=0.042;SC=TTGATCAAACGTGAATTACTG;SOR=0.456;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=20;WE=85593537;WS=85593519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr11	85597163	rs17744699	C	T	127.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.332;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AATATCAGATCTTAACTTCTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=85597171;WS=85597153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	85609806	rs10501601	A	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=-2.011;SC=ACAGTGTAAAACAGCAAAAGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=85609814;WS=85609800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	85610109	rs725459	G	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=2.222;SC=ATTTTTTTAAGTGGAAATGAC;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=18;WE=85610117;WS=85610099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr11	85671702	rs618679	A	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	85692181	rs76719109	A	C	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	85692342	rs2508688	A	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=22;PP=499;SC=ATACTTATATAGAACAGAGTA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=85692350;WS=85692332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	85714288	rs7951988	T	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=486;SC=TATGATTAAATCCATTTTATA;SOR=1.542;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=85714296;WS=85714278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr11	85718663	rs10751133	A	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr11	85725937	rs592297	C	T	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=6;PP=521;SC=GTGCATCCATCTGATTCTGAA;SOR=1.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=85725945;WS=85725927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	85737129	rs545213	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AACTACTCTGTACTCCGTCTC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=85737137;WS=85737128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	85737502	rs541674	A	G	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	85966177	rs7950735	G	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=4;PP=101;SC=ATTTAAGATAGGATTGCGATT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=85966185;WS=85966167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	85968623	rs974144	C	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=438;ReadPosRankSum=1.139;SC=AAATCTTCTCCTGTCAGTAAG;SOR=0.791;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=30;WE=85968631;WS=85968613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr11	85975481	rs35685239	A	ATATT	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=66;ReadPosRankSum=0.674;SC=AGTAAAGACTATATTTATTTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=85975489;WS=85975471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	85977117	rs10898460	G	A	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=47;SC=TTTTGGTTTTGCATACAGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=85977125;WS=85977107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	85979636	rs72285136	CGTGT	CGT,C,CGTGTGTGTGTGTGT	351.73	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=2,2;NR=9,9;PP=126,546;SC=GTACTTCCATCGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=11,11;WE=85979647;WS=85979626;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:6
chr11	85981327	.	C	T	177.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-0.084;SC=ATTTACCATTCGTATATCCTT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=85981335;WS=85981317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	86017658	.	A	T	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=46;QD=20.1928031368;SC=ATTGTTTTTTAAAAAAGACAA;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=4;WE=86017666;WS=86017648;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	86037696	rs12295985	T	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.452;SC=AAGATTAGACTGGAGCATGAA;SOR=1.002;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=10;WE=86037704;WS=86037686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr11	86037733	rs11419370	G	GC	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=153;ReadPosRankSum=-0.564;SC=GATTTGGATGGGATGGAAGTG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=86037741;WS=86037723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr11	86098622	.	A	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
chr11	86098680	rs292109	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr11	86111700	rs12272824	A	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=291;ReadPosRankSum=-0.547;SC=ACTCGTTTTCATTCATTCTTT;SOR=1.863;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=17;WE=86111708;WS=86111690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr11	86119396	rs4412777	G	A	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=285;SC=TTTTATTGGCGCAGGGTCTCA;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=86119404;WS=86119386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	86120280	rs57270595	C	CT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.503;QD=2.21;ReadPosRankSum=1.197;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr11	86123467	rs3741006	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=367;ReadPosRankSum=1.511;SC=TCAGTCCTGCGCTTAATGCTC;SOR=0.408;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=30;WE=86123475;WS=86123457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr11	86133784	rs1056194	C	T	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=42;PP=1301;SC=CTTCGTTTCCCGGGGAAAGTT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=69;WE=86133792;WS=86133774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	86153911	rs7548	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=1.575;SC=TGAGTGGTGGGTAGAGTCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=10;WE=86153919;WS=86153901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr11	86157998	rs4944580	T	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=188;SC=CTTTCTGAAATTCAGTTTGCT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=86158006;WS=86157988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	86161147	rs4944581	A	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=15;PP=611;SC=CCCCCACCTCAATGACTCCCA;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=86161155;WS=86161137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	86161388	rs1042780	C	G	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=859;ReadPosRankSum=-0.240;SC=AAAGCTTGTTCTTGGTGATTC;SOR=0.775;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=63;WE=86161396;WS=86161378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,100:0.54:186
chr11	86175193	rs11234662	A	G	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=289;ReadPosRankSum=-1.472;SC=AAGTTGGCCAACCTTTAGCAA;SOR=0.712;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=25;WE=86175201;WS=86175183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,44:0.38:115
chr11	86175300	rs605251	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=-0.119;SC=ATTTGTTAAAGCATCATCAAG;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=15;WE=86175308;WS=86175290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr11	86198596	.	A	G	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=26;MQ=59.04;NF=1;NR=3;PP=20;QD=13.6928031368;SC=GAGAGGGGGGAGTAAGAAGGT;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=4;WE=86198604;WS=86198586;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr11	86208897	rs609848	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr11	86267678	rs4943943	G	A	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=422;ReadPosRankSum=-1.163;SC=ACTTCTCCACGTCCGAAGTCA;SOR=0.753;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=35;WE=86267686;WS=86267668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,78:0.42:185
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chr11	86868258	.	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.589;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr11	86868361	rs59532014	GT	G	396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=15.26;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
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chr11	86889612	rs4944673	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr11	86889621	rs4944674	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr11	87013273	.	C	CT	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr11	87013438	rs2276102	G	A	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=687;ReadPosRankSum=-0.227;SC=GGAAAAACCCGGAAGAATGAA;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=48;WE=87013446;WS=87013428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,86:0.49:177
chr11	87029056	rs76934804	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=-0.821;SC=AATGTGACATCGTTTGAGCTC;SOR=0.184;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=9;WE=87029064;WS=87029046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	87032215	rs7112344	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=5;PP=629;SC=TATATTAATATTTGTTTACTG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=87032223;WS=87032205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	87846757	rs9144	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=-1.481;SC=AGAGAATATACTGAAATCTGG;SOR=1.270;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=12;WE=87846765;WS=87846747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr11	87847018	rs3740925	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTCTCTCTCACTGAAAAAACA;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=16;WE=87847026;WS=87847008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr11	87908346	rs302647	C	G	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=12;PP=1073;SC=TCCCCCCGCGCTCACCTGCGA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=87908354;WS=87908336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	87908448	rs302646	A	G	5902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=59;PP=2405;SC=GGTAGTGCGAAGAGAAGTTCT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=131;WE=87908456;WS=87908438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	88033661	rs217116	A	G	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=10;PP=714;SC=AAATAGTTCCAAACAAATTAA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=88033669;WS=88033651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	88045583	rs217086	A	G	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=28;PP=1153;SC=AAGGTGTGCTATGTTGACATA;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=65;WE=88045591;WS=88045573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	88045815	rs5793312	C	CT	187.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=171;SC=AAATGTGCCCCTTTCAAAACA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=88045823;WS=88045805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	88059683	rs217060	G	A	148.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	88061405	rs580743	A	C	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=53;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.799;SC=CATTATGTTGAGATTAAGCAT;SOR=1.330;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=77;WE=88061413;WS=88061395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr11	88068052	rs217076	G	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=377;SC=ATCAGAAGAGGTTTCAGATAT;SOR=1.931;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=88068060;WS=88068042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	88068329	rs217077	T	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=235;SC=AATTTCAATTTTAATTGTGCT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=88068337;WS=88068319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	88242024	rs2941563	T	G	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=70;NR=41;PP=1821;SC=GCTGCGCGCCTCCCGTGACTT;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=111;WE=88242032;WS=88242014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	88338165	rs3816649	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=12;PP=358;SC=TAGCTTTGAGGTACAAATCTA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=88338173;WS=88338155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	88645129	rs626218	T	A	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.25;QD=25.62;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	88781082	.	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.970;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=560;ReadPosRankSum=0.624;SC=GCATGGTGGGGAAAATTCAGG;SOR=1.133;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=35;WE=88781090;WS=88781072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr11	88925242	rs10765196	G	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=114;ReadPosRankSum=-1.826;SC=CAGCACATAGGTAAAGCCTCC;SOR=0.765;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=10;WE=88925250;WS=88925232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr11	88925328	rs10765197	A	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=1.502;SC=CTAAATATTTATCCTACAAAT;SOR=0.760;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=10;WE=88925336;WS=88925318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr11	89017961	rs1126809	G	A	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=573;ReadPosRankSum=-2.344;SC=CAGTGGCTCCGAAGGCACCGT;SOR=0.883;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=35;WE=89017969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr11	89070705	rs3737449	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQRankSum=0.621;QD=10.37;ReadPosRankSum=3.096;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
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chr11	89088168	rs75735530	G	A	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.981;NF=29;NR=35;PP=857;ReadPosRankSum=0.968;SC=GCAGAATTTCGGAGTCTTGAC;SOR=0.751;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=64;WE=89088176;WS=89088158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,79:0.53:149
chr11	89133449	rs317139	C	T	7393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=93;PP=2965;SC=AGGGATGACTCATGACCGAAA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=88;TCR=94;TR=181;WE=89133457;WS=89133439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr11	89221958	rs597046	G	C	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	89223616	rs490934	C	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	89223931	rs2304500	G	A	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=15;PP=809;SC=CTGAGACTAAGCATTTGGGTT;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=89223939;WS=89223921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	89224101	rs3816123	G	T	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	89224131	rs34495256	T	TCTC	4001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=18;PP=2319;SC=TTCCTCCACATCTCTCCCATC;SOR=1.230;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=40;WE=89224139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	89224229	rs35177439	G	GT	2806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=41;PP=2605;SC=ATAAAGTTTTGTAAGTTGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=59;WE=89224237;WS=89224219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	89224326	rs10830279	G	A	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=25.33;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	89224453	rs2289125	A	C	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=28;PP=801;SC=TGCCCGCCGGACCGAGAAGGA;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=89224461;WS=89224443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	89403414	rs10734120	C	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.51;NF=14;NR=0;PP=367;SC=ACGCCTTTTCCCCTGTTAATC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=89403422;WS=89403404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	89403728	rs10765231	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQRankSum=0.142;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.037;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	89404941	rs11325465	CT	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=8.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr11	89413867	rs7128813	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=169;ReadPosRankSum=1.080;SC=ATATAATTTAGGAAAACCCAA;SOR=0.430;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=15;WE=89413875;WS=89413857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr11	89420638	.	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.161;NF=11;NR=16;PP=304;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CCACTAAATTCAGTGTGGGAT;SOR=0.825;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=27;WE=89420646;WS=89420628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr11	89422984	rs36099201	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.084;NF=3;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CAAAGAAAAATCATTCTCACA;SOR=0.892;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=89422992;WS=89422974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	89423098	.	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.046;NF=2;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=1.198;SC=GACATTTGGTGATTTAGAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=89423106;WS=89423088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	89423137	rs7952304	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.431;NF=2;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GCCTTTCCTCATGGGCTGTTC;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=89423145;WS=89423127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	89444754	rs7111680	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.347;NF=6;NR=16;PP=321;ReadPosRankSum=0.038;SC=AGTTAACCATGTGTCCCCTGA;SOR=0.883;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=22;WE=89444762;WS=89444744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr11	89486832	rs116846755	T	C	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQRankSum=-12.117;QD=8.99;ReadPosRankSum=4.467;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,76:0.46:166
chr11	89486872	rs74954807	T	C	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.475;NF=16;NR=30;PP=644;ReadPosRankSum=-2.286;SC=TTGGCTTTTGTTCATCTTTTT;SOR=0.768;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=46;WE=89486880;WS=89486862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,58:0.45:129
chr11	89486948	rs140920385	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQRankSum=-3.586;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.045;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr11	89531801	.	CA	C	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQRankSum=-5.301;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chr11	89534068	.	A	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr11	89606350	.	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.757;NF=11;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CCACCGACAACGATGTTAGTA;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=16;WE=89606358;WS=89606340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr11	89606415	.	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.013;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.95;MQRankSum=-1.979;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,27:0.21:131
chr11	89608153	rs117000701	G	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.71;MQRankSum=-3.522;QD=2.35;ReadPosRankSum=2.008;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,40:0.22:185
chr11	89771826	rs199877554	A	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQRankSum=0.609;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr11	89771844	.	CTT	C	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.83;MQRankSum=0.589;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.345;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	89774197	rs200350663	CT	C	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.00;MQRankSum=-5.415;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr11	89774236	rs74584169	C	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.714;NF=19;NR=19;PP=592;ReadPosRankSum=2.186;SC=TACTCTGCATCATGAAGAAGC;SOR=0.864;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=38;WE=89774244;WS=89774226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,54:0.47:114
chr11	89774397	rs150273819	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.915;NF=20;NR=14;PP=491;ReadPosRankSum=1.235;SC=GGGAGGTCCATGTAGGGGACT;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=34;WE=89774405;WS=89774387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
chr11	89774448	rs77759231	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.048;NF=34;NR=25;PP=858;ReadPosRankSum=1.189;SC=TGTATCGGAAGGAGAAGAATC;SOR=0.869;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=59;WE=89774456;WS=89774438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,57:0.35:161
chr11	89774540	rs75119043	C	A	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.728;NF=30;NR=37;PP=845;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CTCTTTACCACCTCCCCACTT;SOR=0.517;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=67;WE=89774548;WS=89774530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr11	89885581	.	CA	AC	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=584;ReadPosRankSum=-2.308;SC=CCTGGAACTGCAGCCCAGAGA;SOR=0.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=20;WE=89885590;WS=89885571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr11	89909096	.	A	ATG	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.180;NF=3;NR=5;PP=286;ReadPosRankSum=-0.658;SC=TTACTTGTTTATGTGTGTGTG;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=8;WE=89909104;WS=89909086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr11	89935586	rs1045861	G	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	89936093	rs3758757	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr11	89938615	rs36109540	AAG	A	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=0.697;SC=CTATTTTTGGAAGAGTTACTT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=89938624;WS=89938609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr11	89939448	rs1943381	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.012;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=193;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTCTAAAAAGGAAACAAAGA;SOR=0.255;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=12;WE=89939456;WS=89939438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr11	89939569	rs723715	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=1.395;SC=AGAAAATTCATAAATCCATCC;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=9;WE=89939577;WS=89939559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr11	89943548	rs3832739	T	TCAGA	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=237;ReadPosRankSum=-1.165;SC=ATGATGCTACTCAGAGTCTCT;SOR=0.588;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=89943556;WS=89943538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr11	89946502	rs199835809	CAAA	C	467.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.825;QD=16.13;ReadPosRankSum=1.363;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr11	89951367	rs34787918	GA	G	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.675;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.294;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr11	89951510	rs10830446	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGCACAAAGTGTACTATATTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=89951518;WS=89951500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	91536418	rs4130617	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=323;ReadPosRankSum=-0.893;SC=GGAAAGGTATGAGCCATTATG;SOR=1.542;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=24;WE=91536426;WS=91536408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr11	91545212	rs4753345	C	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=474;SC=CACAGCAAGACTATTTAACTG;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=28;WE=91545220;WS=91545202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	92497990	rs3847524	C	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=167;SC=CAGATCCAAACTCTACAACAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=92497998;WS=92497987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	92525958	.	G	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=523;ReadPosRankSum=0.076;SC=TTTCCTTATCGAAGAAACTTG;SOR=0.756;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=34;WE=92525966;WS=92525948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr11	92531356	rs7949157	A	G	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=67;PP=2490;SC=ATCACCACTCAGAAGGCCCTG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=136;WE=92531364;WS=92531346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	92532290	.	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=477;ReadPosRankSum=-0.025;SC=TCATTCAGACGACTGGAGTCC;SOR=0.830;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=31;WE=92532298;WS=92532280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr11	92532677	rs12362722	T	C	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	92534442	rs3847531	A	G	6357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=69;PP=2965;SC=CAAAGGGGGCATATTCGTCAT;SOR=0.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=161;WE=92534450;WS=92534432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	92539384	rs4753415	A	G	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=109;SC=TAATATATTGAAATATGTTTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=92539392;WS=92539378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	92564767	rs6483189	T	G	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=8;PP=1067;SC=GCCCACTCATTTTCCTGTGTC;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=92564775;WS=92564757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	92568149	rs75651194	A	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=0.584;SC=CACTGTCAACATCAACCTCAC;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=23;WE=92568157;WS=92568139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr11	92570799	.	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.723;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.134;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=127;ReadPosRankSum=-3.628;SC=CGCTACACCTCTTTACTGTCA;SOR=0.164;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=12;WE=92570807;WS=92570789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr11	92573911	rs10765565	G	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=310;ReadPosRankSum=0.255;SC=TCTGGAATACGTGTTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=20;WE=92573919;WS=92573901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr11	92590448	rs4753069	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GCAGTGTGTCAGTTATGAAGC;SOR=0.631;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=13;WE=92590456;WS=92590438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
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chr11	92592536	rs35216054	GT	G	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.176;NF=0;NR=9;PP=236;ReadPosRankSum=-2.298;SC=TCATGTTAGTGTTTTGGCTCT;SOR=0.538;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=9;WE=92592544;WS=92592526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr11	92599851	rs3847553	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=537;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CAGGGTGTAGGGAACATATTC;SOR=0.867;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=37;WE=92599859;WS=92599841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,56:0.46:121
chr11	92615756	rs77951320	C	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr11	92616534	.	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr11	92620160	rs12421052	A	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr11	92623608	rs7118363	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	92623748	rs188175143	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=285;ReadPosRankSum=-0.066;SC=ATGGAGGGTCTGCACACCAGG;SOR=0.928;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=19;WE=92623756;WS=92623738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr11	92718127	rs1447350	G	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=29;PP=967;SC=ATTTGGGGAAGCCTGTCTTCC;SOR=0.995;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=92718135;WS=92718117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	92718163	rs1447351	A	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=19;PP=540;SC=AAGTCTGGTCAGAGGTGCCAC;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=92718171;WS=92718153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	92914765	rs61920515	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr11	92915017	rs17631593	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=-0.520;SC=ATAAAACCACCTCTTGAAATA;SOR=0.233;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=22;WE=92915025;WS=92915007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr11	93085537	rs10831029	T	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=475;ReadPosRankSum=1.947;SC=ACCAGCTCCCTGGAGAATGCT;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=38;WE=93085545;WS=93085527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,75:0.47:159
chr11	93118413	rs140986877	AG	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.191;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr11	93118415	rs61919179	G	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=-1.317;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr11	93118515	rs3020057	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.165;SOR=1.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr11	93122128	rs72972364	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	93122296	.	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr11	93122326	rs12283758	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=1.173;SC=CTTCCAGGTAGATGTGAACTC;SOR=0.479;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=8;WE=93122334;WS=93122316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr11	93122355	rs75547341	TA	T	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-1.856;SC=CAAAGGGAGTTAAAAAAAAAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=93122363;WS=93122345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	93129483	rs12288277	G	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr11	93129484	rs12282288	A	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.380;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr11	93141580	rs2259633	C	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=1.597;SC=AAAAGTGGAACAAAATGAAGA;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=22;WE=93141588;WS=93141570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr11	93148371	rs12290433	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=269;ReadPosRankSum=-2.048;SC=CATAGTAGTTCGTTTGTTTTT;SOR=1.519;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=17;WE=93148379;WS=93148361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr11	93212161	rs2605594	A	G	6042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=63;PP=2696;ReadPosRankSum=-1.531;SC=TGGGGTCCGCAGCCGGCTGCG;SOR=0.971;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=96;TCR=64;TR=157;WE=93212169;WS=93212151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,242:0.99:244
chr11	93212254	rs2658797	C	T	8647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=121;PP=2965;SC=GCGTGGGCAGCACCACTGTAG;SOR=0.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=87;TCR=122;TR=208;WE=93212262;WS=93212244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr11	93400052	rs7123801	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	93402096	rs1944101	C	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=150;SC=AACAAAAAACCTGGTAAAGTA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=93402104;WS=93402086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	93403067	rs1954994	G	A	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=194;SC=TTGTACAGGAGTATATCTGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=93403075;WS=93403057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	93408831	rs10831088	G	A	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=26;PP=895;SC=GACACAAAACGGGTGATTGAC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=51;WE=93408839;WS=93408821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	93408922	rs17650557	C	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TATGGTGTTCCCAGATTTCAA;SOR=0.239;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=10;WE=93408930;WS=93408912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr11	93408958	rs35646565	C	CA	181.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=253;SC=TAATAATAATCAAAACCTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=93408966;WS=93408948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	93412774	rs1944100	A	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=25;PP=682;SC=ATAGCATTGCAGGACTGATTA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=93412782;WS=93412764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	93425159	rs4753495	C	A	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=33;PP=1017;SC=CCTCAAGAAGCAGCAGCCAGG;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=93425167;WS=93425149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	93430885	rs189027454	G	A	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=998;ReadPosRankSum=-0.678;SC=CAGGATAAGCGTTTGAGTCTT;SOR=0.835;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=74;WE=93430893;WS=93430875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,121:0.52:232
chr11	93454831	rs71064775	G	GGT,GGTGT	386.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.35;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,9,7:0.47,0.37:19
chr11	93462607	rs7131178	A	T	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=12;PP=614;SC=TAGGTGAGTGAGTTTCTGCCT;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=93462615;WS=93462597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	93463145	.	AT	A	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr11	93463332	rs7101779	A	G	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=18;PP=547;SC=TAACTGAGGGAGAAGGACTTA;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=31;WE=93463340;WS=93463322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	93463666	rs7119918	C	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=7;PP=289;SC=GGCAACAATCCTGGATTATTA;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=93463674;WS=93463656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	93463726	rs34898352	T	TAG	873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=425;SC=AGGAGTGCTATGGCTTCCTAT;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=93463734;WS=93463716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	93466866	rs2155248	G	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=29;PP=738;SC=AGGGGTTCGAGGCTACAGTGA;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=93466874;WS=93466856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	93474570	rs11280945	T	TGCGTGA	18690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=112;PP=2965;SC=ACTGGCCTGGTGTCCTAGAGC;SOR=0.921;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=172;TCF=59;TCR=113;TR=164;WE=93474578;WS=93474560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr11	93474678	rs630648	G	C	8823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=134;PP=2965;SC=TATTTCCGTGGCCCAAGTAAT;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=73;TCR=137;TR=206;WE=93474686;WS=93474668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr11	93474791	rs623510	G	T	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=43;PP=1090;SC=GCGCAGGGAGGACTGACTAAC;SOR=4.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=48;WE=93474799;WS=93474781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	93474827	rs631116	T	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=424;SC=GCTCGCGTATTCTGAGGAGGC;SOR=3.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=93474835;WS=93474817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	93480459	.	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.023;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=241;ReadPosRankSum=-0.509;SC=ATGTTCATTTCCAGAACAGAA;SOR=0.429;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=22;WE=93480467;WS=93480449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr11	93483346	rs681321	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TGTATCTTGTGATTATGTCTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=93483354;WS=93483336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	93487008	rs623993	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=7;PP=403;SC=CTGTTGATCAGTTGGCAAGGA;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=93487016;WS=93486998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	93490682	rs604414	T	A	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=24;PP=600;SC=GTGTGTGCACTTACTTAAGAT;SOR=1.426;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=32;WE=93490690;WS=93490672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	93494878	rs72097212	AAG	A	1384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TATTTAGAAAAAGAAATAATT;SOR=0.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=25;WE=93494887;WS=93494868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr11	93517874	rs7116967	C	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=652;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GGACCGAGGGCGACGCGCAGG;SOR=0.429;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=20;WE=93517894;WS=93517864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr11	93517886	rs2848477	G	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=652;ReadPosRankSum=-0.782;SC=ACGCGCAGGAGTGGCCGGGCG;SOR=0.604;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=18;WE=93517894;WS=93517864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr11	93521405	rs676586	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=1.586;SC=GGCTTTGTGCCTGTTGTTCCA;SOR=0.489;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=16;WE=93521413;WS=93521395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr11	93527219	rs657177	T	C	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	93527282	rs5793656	GA	G	996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=30;PP=935;SC=ATATAGGTAGGAAAAAATAGA;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=31;WE=93527290;WS=93527272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	93529655	rs34057693	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=439;ReadPosRankSum=-0.514;SC=AGCAATGTCCGGAGGACCACC;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=34;WE=93529663;WS=93529645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr11	93529749	.	CC	TT	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=685;ReadPosRankSum=-1.001;SC=GTGAGTATGTCCAGGGCAGTG;SOR=0.680;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=24;WE=93529758;WS=93529739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr11	93534929	.	T	TGA	93.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr11	93534930	.	TTC	GAC,GAT	139	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12,3;NR=2,1;PP=139,5;QD=13.7477053473;SC=TCATAAAATTTTCGAATCATT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14,4;WE=93534940;WS=93534920;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.88:16
chr11	93534930	.	TTC	GTC,T	676.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.81;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,7:0.59,0.41:17
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chr11	93534990	rs655699	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=151;ReadPosRankSum=-1.322;SC=TTAACTTCTTGTATTTAAAAG;SOR=0.305;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=14;WE=93534998;WS=93534980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
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chr11	93583790	rs10831106	T	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=1.622;SC=CAGATGCAGATGAGCTGGTTG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=93583798;WS=93583780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	93754508	rs2511403	G	A	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=528;SC=TGTGCAGGCTGCCTGCCTGCT;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=93754516;WS=93754498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	93797619	rs1945783	A	G	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr11	93803771	rs1878800	T	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=309;ReadPosRankSum=0.841;SC=AGGCTTTCTCTGTGATCTAAT;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=93803779;WS=93803761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr11	93806416	rs1914725	T	C	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=47;PP=1948;SC=CTCTTCTGCTTTACTTCTTTC;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=86;WE=93806424;WS=93806406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	93806705	rs2949862	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-1.418;SC=CCATTACCTGCCCTGAGAGCT;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=11;WE=93806713;WS=93806695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr11	93844034	rs7925817	G	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr11	93862493	rs1138800	A	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=477;ReadPosRankSum=-1.287;SC=CCATCGCTCAACTGGCCACGG;SOR=0.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=33;WE=93862501;WS=93862483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr11	93886838	rs7928030	G	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-2.740;SC=TTGCTTTATAGATAAGGAAAC;SOR=2.049;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=6;WE=93886846;WS=93886828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr11	93913036	rs12793348	A	G	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=857;ReadPosRankSum=1.463;SC=TGCCGTGGGCATCTTCCAGTT;SOR=0.716;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=64;WE=93913044;WS=93913026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,93:0.53:177
chr11	93913458	rs3020015	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TACGGGAGTCTACCGAGAGCC;SOR=0.313;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=93913466;WS=93913448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr11	93914129	rs12800562	A	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=347;ReadPosRankSum=-0.760;SC=CTGGTTTGCAATAAATGGTTC;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=29;WE=93914137;WS=93914119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr11	94179125	rs1014666	T	C	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=736;SC=CATACAACACTAAAAAATGAA;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=94179133;WS=94179115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	94194303	rs529126	G	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.751;SC=CCAAACTTTAGCAACTGCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=5;WE=94194311;WS=94194293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	94197568	rs640627	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=0.736;SC=ATTTATCCTACTGAGAAACTA;SOR=1.781;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=11;WE=94197576;WS=94197558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr11	94203868	rs610611	A	T	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=44;PP=1311;SC=GTGATGTGCAAACGAAAGCTT;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=94203876;WS=94203858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	94212048	rs535801	C	T	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	94212154	rs680695	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=314;SC=AAAAACATAGATGAGGATAGT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=94212162;WS=94212144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	94223855	rs608452	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	94225807	rs496797	C	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=153;SC=ATTCCAAATACCCTTTTTGAT;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=94225815;WS=94225797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	94225920	rs497763	C	T	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	94229665	rs540199	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=GAGAAAAACAAGAGTTTAGAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=94229673;WS=94229658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	94231637	.	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=0.503;SC=AGGAGGACAAGTATCTATCAC;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=15;WE=94231645;WS=94231627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr11	94265043	.	C	CT	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=10;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.948;NF=1;NR=12;PP=176;ReadPosRankSum=-1.980;SC=TATTTTTTCACTTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=13;WE=94265051;WS=94265033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr11	94278713	rs2230274	C	T	3600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=59;PP=1688;ReadPosRankSum=3.078;SC=GGCCTCGTACCTGCTTTTCCT;SOR=0.644;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=209;TCF=101;TCR=108;TR=118;WE=94278721;WS=94278703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,182:0.48:377
chr11	94301881	rs61065511	T	C	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=218;ReadPosRankSum=-0.419;SC=ACAAAACTTTTTTTTGCCATT;SOR=0.765;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=18;WE=94301889;WS=94301871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr11	94308208	.	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
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chr11	94320179	rs16920648	T	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CGGTATAACATTGACAATATT;SOR=2.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=94320199;WS=94320169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr11	94320237	rs7110167	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=306;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GGCCTGGGTTTGCCATTTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=22;WE=94320245;WS=94320227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr11	94326627	rs11020851	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=1.941;SC=ATGTAAGGATGCTCACCTGGC;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=94326635;WS=94326617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr11	94328339	rs515115	A	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-0.586;SC=TTAAAATGACATACGTGGTTT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=94328347;WS=94328330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr11	94335077	rs624184	C	T	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=668;ReadPosRankSum=0.604;SC=AATATGTTGCCGAGAGCTTTC;SOR=0.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=53;WE=94335085;WS=94335067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,83:0.52:159
chr11	94337220	rs593690	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TGATGTTCAGCTGGTAAGTAC;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=8;WE=94337228;WS=94337210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr11	94340838	rs561774	A	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=-2.350;SC=TCTATTAGTAATTAATAAATT;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=16;WE=94340846;WS=94340828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr11	94354019	rs504010	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=377;ReadPosRankSum=-1.893;SC=TCTTAATTATTATCAATACTT;SOR=0.416;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=25;WE=94354027;WS=94354009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr11	94474044	rs11300560	GT	G	1802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=14;PP=1476;SC=GCTGGTGCTTGTGCGGGTTCG;SOR=1.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=94474052;WS=94474034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	94501610	rs17608451	G	A	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=46;PP=1866;SC=ATTGTCCGGCGCCACTTCCCC;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=107;WE=94501618;WS=94501600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	94501849	rs2915239	G	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=17;PP=473;SC=TGGGGGCCCGGGGCTGAGATC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=94501857;WS=94501839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	94699391	rs58215154	TACACACACAC	T,TACACACACACAC	484.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.24;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,11,8:0.55,0.40:20
chr11	94699507	rs34805065	A	AT	1653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=811;SC=GGCCAGTGAGATAAGGAGAGG;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=94699515;WS=94699497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	94704037	rs3737505	C	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.680;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr11	94704092	rs4753645	T	A	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	94704094	rs4753646	G	A	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=1.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	94704689	rs3831469	A	AAC	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.310;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr11	94730403	.	C	CA	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=51;QD=21.0;SC=ATCTCATTTGCAAAAAAAAAA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=94730411;WS=94730398;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	94731759	rs3740853	G	A	3071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1445;ReadPosRankSum=-1.121;SC=CTCCCACGCCGATCTGCAGTT;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=99;TCR=95;TR=102;WE=94731767;WS=94731749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,151:0.53:287
chr11	94732068	.	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=0.067;SC=CTCCAGCATCCTGTCAAGGCT;SOR=0.917;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=19;WE=94732076;WS=94732058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr11	94758710	rs12364644	T	C	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.467;NF=35;NR=15;PP=752;ReadPosRankSum=-0.362;SC=CAGCTGCTTCTTGTGTGCAGC;SOR=0.961;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=50;WE=94758718;WS=94758700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr11	94759059	rs10752685	A	G	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.73;QD=26.62;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	94782539	rs620838	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=6;PP=1082;SC=TCAGGCATTTGGAGGACACCG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=94782547;WS=94782529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	94800902	rs5793709	G	GC	14333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=124;PP=2973;SC=TCGCGCTACAGCGCTCTCCCT;SOR=0.763;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=59;TCR=128;TR=182;WE=94800910;WS=94800892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr11	94823448	rs3016947	A	T	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=754;SC=GCCGCTGGACATGCCCCCAGT;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=94823456;WS=94823438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	94861491	rs599281	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=0.724;SC=CTAGTGCTGCCTCTGTGCTGT;SOR=0.602;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=4;WE=94861499;WS=94861485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr11	94906283	rs72283010	A	AAAC	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.502;QD=18.98;ReadPosRankSum=0.353;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	94908658	rs11021065	G	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,49:0.44:112
chr11	94915241	rs10831316	T	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=173;SC=TCCAAGACTTTCTAGTCAAAA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=94915249;WS=94915231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr11	95512060	rs1150360	A	G	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=815;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TCTTCTTTCAATTGACTTATA;SOR=0.572;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=62;WE=95512068;WS=95512050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,96:0.63:153
chr11	95519195	rs3748252	A	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=264;ReadPosRankSum=-1.590;SC=GAATAGATCCAGTCTCAGTAG;SOR=0.963;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=14;WE=95519203;WS=95519185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr11	95519506	rs3748253	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=177;ReadPosRankSum=0.073;SC=TATACCCAGTGTTGTAGACAT;SOR=0.324;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=15;WE=95519514;WS=95519496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr11	95520695	rs1313288	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr11	95521648	rs1727165	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=2.473;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr11	95521953	rs3748256	A	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=368;ReadPosRankSum=0.921;SC=TATATTACAGACAAATTAAGA;SOR=0.714;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=29;WE=95521961;WS=95521943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr11	95522655	rs199525330	TCTC	T	2076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.749;NF=3;NR=24;PP=1088;ReadPosRankSum=1.131;SC=TGCTCCTCAGTCTCCTCCTCC;SOR=0.506;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=27;WE=95522665;WS=95522645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr11	95524067	rs12272061	G	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=337;ReadPosRankSum=0.132;SC=CATTCACTGTGGCTGTGTCGA;SOR=2.252;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=19;WE=95524075;WS=95524057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr11	95528663	rs5793747	C	CT	703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;QD=19.55;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	95528714	rs522536	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=198;ReadPosRankSum=0.641;SC=CAATGTTGACCAGAATTGATG;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=15;WE=95528722;WS=95528704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr11	95551136	rs666398	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=217;ReadPosRankSum=-0.857;SC=AATTATTTTACATCACTGGAT;SOR=1.005;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=15;WE=95551144;WS=95551126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr11	95555841	rs56284050	G	GTGCCTTTACCAGTGTGTGGATCA	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.325;QD=13.89;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr11	95561265	rs34100857	TA	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=0.189;SC=TTGACTTTATTAAATCTTACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=95561273;WS=95561255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	95562327	rs534488	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr11	95564259	rs644799	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=141;ReadPosRankSum=0.067;SC=TGATGAAGAAAGAAACAGCAG;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=14;WE=95564267;WS=95564249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr11	95569183	rs499637	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=0.470;SC=TCTACTATACGATTGTTAACT;SOR=0.481;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=12;WE=95569191;WS=95569173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr11	95569253	rs627568	A	C	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.428;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,51:0.45:113
chr11	95580926	rs566204	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=-0.279;SC=ACAACCAGTGGGTTTCCTCAA;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=30;WE=95580934;WS=95580916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr11	95598629	rs687559	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=461;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TAAGATGCTGAGAAGACTGCA;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=30;WE=95598637;WS=95598619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr11	95657111	rs3824874	T	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=309;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GCTCGAGCTCTTCTCCATCGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=25;WE=95657119;WS=95657101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr11	95825374	rs10557243	TTGCTGCTGC	T	1383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.523;NF=5;NR=46;PP=2994;ReadPosRankSum=2.668;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.662;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=107;TCF=13;TCR=94;TR=51;WE=95825393;WS=95825346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,73:0.42:175
chr11	96092376	rs10765801	C	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=224;SC=TATCTGACAACGAATATATAT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=96092384;WS=96092366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	96116444	rs10831519	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=-1.446;SC=AAGAGAATTCTGTTTTACTAA;SOR=0.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=12;WE=96116452;WS=96116434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr11	96123734	rs3842515	T	TG	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=0.618;SC=TTAAGACTGTTGAAGTGAGCC;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=96123742;WS=96123724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr11	96125435	rs10545425	CTT	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=1.036;SC=GTGACAAACTCTTTGCAATAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=96125444;WS=96125425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	99427091	rs2047166	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=1.056;SC=ATCCTCAGGTATTAATTTAAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=99427099;WS=99427081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	99428929	rs11375374	C	CT	1168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.92;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	99690286	rs10790978	T	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.879;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=570;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GTATTCAAAATCTCTTCCTGG;SOR=1.323;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=34;WE=99690294;WS=99690276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr11	99690398	.	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=1.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,61:0.23:266
chr11	99690428	rs7125822	T	G	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=699;ReadPosRankSum=-1.098;SC=CCCAGCTGGCTAGGGGCAGCT;SOR=0.866;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=50;WE=99690436;WS=99690418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,101:0.41:247
chr11	99690461	rs10893933	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=12.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-6.017;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,46:0.27:172
chr11	99941322	rs2059014	C	T	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=14;PP=360;SC=ACCTGTTCTGCTGTAATTTTA;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=99941330;WS=99941312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	100168289	rs1944178	C	T	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=32;PP=1686;SC=TCTGACTTATCTCAGGATTTT;SOR=1.290;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=93;WE=100168297;WS=100168279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	100168320	rs75986029	T	TC	6136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=46;PP=2695;SC=GGTTGGGAGTTTTTTTCTCCT;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=82;WE=100168328;WS=100168310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	100169829	rs1944180	A	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=3;PP=578;SC=TTAATTAAGAATTTGGAGAAA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=100169837;WS=100169819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	100641200	rs7944598	A	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=40;ReadPosRankSum=0.942;SC=AAGTTCTATTACTAATATTTA;SOR=0.951;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=7;WE=100641208;WS=100641190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr11	100730087	rs661237	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	100730213	rs646392	G	A	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=14;PP=482;SC=ACATTGGATAGAGTAGCCATT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=100730221;WS=100730203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	100804088	rs626529	A	G	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=21;PP=591;SC=CTAGTGGAAAATACAACCCAC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=100804096;WS=100804078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	100807130	rs581921	T	C	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=69;PP=2193;SC=GTGACTTGGTTAGTAGTATTT;SOR=1.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=102;WE=100807138;WS=100807120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	100811574	rs35159175	CAT	C	814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=205;SC=ATTAAGAACTCATATTCTAGT;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=100811583;WS=100811564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	100811690	rs661973	G	T	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	100812338	rs151209547	A	AAC	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	100812340	.	GAC	CAG	63	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=75;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=63;QD=38.8226249541;SC=CTGATTCTAAGACACTCTACC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=100812361;WS=100812330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr11	100812342	rs370937549	CACTCTACCCTAT	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.29;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	100812344	.	CTCTACCCTAT	C	844	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=75;MMLQ=23;MQ=61.53;NF=1;NR=1;PP=844;QD=439.5;SC=TTCTAAGACACTCTACCCTAT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=100812361;WS=100812330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	100814409	rs619066	G	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=564;SC=ACATTTTAATGTGGCAACTTG;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=100814417;WS=100814399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	100814570	rs543146	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TTGACAAACGATTCTGCTTTG;SOR=0.446;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=100814578;WS=100814560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr11	100814609	rs618155	G	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=105;SC=GGTTTGAGCTGTTCTTTTCAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=100814617;WS=100814599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	100819305	rs633967	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	100819392	rs504081	A	G	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	100819430	rs482050	A	G	76.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=5;PP=86;SC=AGTCTCACTCATGGCCCATAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=100819438;WS=100819420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	100820555	rs11820715	C	G	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=641;ReadPosRankSum=-0.831;SC=TCAAGACACTCTTTTCATCTA;SOR=0.603;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=46;WE=100820563;WS=100820545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,86:0.51:170
chr11	100820663	rs17647207	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=350;ReadPosRankSum=-2.730;SC=TACTCTGCCTGCCATTATAAG;SOR=0.706;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=28;WE=100820671;WS=100820653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr11	100820725	rs694556	A	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=24;PP=558;SC=TTTTATCATGAAGTTATTTTT;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=100820733;WS=100820715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	100827326	rs151243237	AAATAT	A	6495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=48;PP=2965;SC=GGGTGCTGAGAAATATAATCT;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=100827338;WS=100827316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	100830440	rs7950832	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=244;ReadPosRankSum=-1.139;SC=GAGGGTGAAGTTCCCTCCTCT;SOR=0.865;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=17;WE=100830448;WS=100830430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr11	100830579	rs6590829	G	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=528;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TGAGTTCAGCGTAAACACCTA;SOR=0.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=38;WE=100830587;WS=100830569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,53:0.46:116
chr11	100830693	rs563460	T	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=17;PP=382;SC=GTTGCCTGATTGGTACAGCAT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=100830701;WS=100830683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	100833059	rs540866	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=160;ReadPosRankSum=1.235;SC=ACAGTCACCTAATTCTTAAAG;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=12;WE=100833067;WS=100833049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr11	100847050	rs569270	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=248;ReadPosRankSum=2.978;SC=GTGTTGCTTCAGTCACTAGCC;SOR=1.473;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=18;WE=100847058;WS=100847040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr11	100847069	rs569336	G	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=324;ReadPosRankSum=-1.065;SC=CCCAGGAGACGTTTCCCCACC;SOR=0.713;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=26;WE=100847077;WS=100847059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr11	100847749	rs575734	A	G	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.126;NF=15;NR=18;PP=446;ReadPosRankSum=0.668;SC=GGATACAGAGAGGAGTTGAGT;SOR=0.438;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=33;WE=100847757;WS=100847739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr11	100847829	rs3216738	CA	C	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.128;NF=2;NR=10;PP=419;ReadPosRankSum=-2.763;SC=AGAGTGGGTACAGTCCACTTC;SOR=0.859;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=12;WE=100847837;WS=100847819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr11	100849673	rs10791440	A	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=220;ReadPosRankSum=-0.612;SC=AGCAGAACTGAATGTGATTGA;SOR=0.299;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=13;WE=100849681;WS=100849665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr11	100856632	rs629813	T	C	474.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=-1.474;SC=GAAATTATAATGTAATGCTGC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=100856640;WS=100856622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr11	100856955	rs551632	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.674;SC=ATGATAGTTCCCTGGGCAGCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=100856963;WS=100856945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	100859439	rs524811	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=-1.011;SC=TATTTATTTTGCCAGTGTACC;SOR=0.880;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=21;WE=100859447;WS=100859429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,33:0.38:87
chr11	100863096	rs515552	A	G	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=1026;ReadPosRankSum=0.125;SC=CAGGTCACGAAAAAGAACACA;SOR=0.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=154;TCF=85;TCR=69;TR=65;WE=100863104;WS=100863086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,103:0.44:233
chr11	100863354	rs471933	C	A	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,119:0.47:254
chr11	100909809	rs484389	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr11	100909991	rs500760	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=523;ReadPosRankSum=0.694;SC=ACAGATGAAGTTGTTTGACAA;SOR=0.557;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=33;WE=100909999;WS=100909981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,65:0.57:114
chr11	100921665	rs645213	C	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=1.681;SC=ACCACTAGAACAATATAAATA;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=9;WE=100921673;WS=100921655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr11	100922202	rs1042839	G	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=386;ReadPosRankSum=-0.859;SC=GCCCACTGACGTGTTTGTAGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=27;WE=100922210;WS=100922192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr11	100922404	rs578029	A	T	108.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	100933412	rs1042838	C	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=619;ReadPosRankSum=0.748;SC=GGAACGCCCACTGGCTGTGGG;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=41;WE=100933420;WS=100933402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr11	100933598	rs11571221	G	GAATGA	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=62.13;NF=0;NR=4;PP=157;SC=AGCATCAATCGAATGAAATAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=100933606;WS=100933588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	100998771	rs3740753	C	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=570;ReadPosRankSum=-2.120;SC=ACAGGGTGAACTCCGCGGCGG;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=37;WE=100998779;WS=100998761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr11	100999838	rs11437764	A	AG	554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=660;SC=CCCCGTCTCCAGGAGGAGGGA;SOR=1.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=100999846;WS=100999828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	101344054	.	A	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	101359583	.	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.480;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=2.830;SC=GTGATTCCCTGAAATTTTCAC;SOR=1.981;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=101359591;WS=101359573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	101359612	.	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=1.233;SC=TAAGATTTTTCCCCACTTAAA;SOR=0.141;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=5;WE=101359620;WS=101359602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr11	101362567	.	CTTTTT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr11	101771248	rs3858418	G	A	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=43;PP=1353;SC=ATCACAGTCCGTCCACCTCCT;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=101771256;WS=101771238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	101771381	rs3858419	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=-0.268;SC=AAAAGAGACGGTACTGCCACT;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=101771389;WS=101771371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr11	101773527	.	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-0.389;SC=ATAGAGAATTGATAGTGCTAT;SOR=0.859;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=101773535;WS=101773517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	101775663	rs1661409	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=116;ReadPosRankSum=-0.325;SC=ACACATTTAAGTAAATTTATA;SOR=0.503;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=14;WE=101775671;WS=101775653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr11	101778710	rs1661410	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr11	101818728	rs11225080	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=354;ReadPosRankSum=2.265;SC=AGATAAAGTGATTCTGTACTG;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=24;WE=101818736;WS=101818718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr11	101826949	rs930469	T	C	4513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=79;PP=1891;ReadPosRankSum=-0.215;SC=AGCATTCTACTGCAGCCACTC;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=155;TCR=161;TR=158;WE=101826957;WS=101826939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,232:0.48:485
chr11	101828931	.	C	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,6:0.16:38
chr11	101832478	rs7926728	G	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=368;SC=CCAGAAATTTGGTGATGAAGT;SOR=1.445;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=19;WE=101832486;WS=101832468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	101833644	rs7109233	C	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=323;ReadPosRankSum=0.617;SC=TTCCAAAGACCATTAAAAAAC;SOR=0.734;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=23;WE=101833652;WS=101833634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr11	101848990	rs3740931	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=158;ReadPosRankSum=-1.005;SC=TTTTCTTGATATTTGAAAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=10;WE=101848998;WS=101848980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr11	101857758	.	G	A	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=30;QD=12.9542425094;SC=AATGATCTCAGTGAAAGACTA;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=101857766;WS=101857748;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,5:0.45:11
chr11	101863706	rs1274901	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr11	101868415	rs1783742	C	T	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=602;ReadPosRankSum=0.535;SC=CATGTACTTCCCTAGGACTAG;SOR=0.867;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=47;WE=101868423;WS=101868405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,85:0.50:169
chr11	101918327	rs12804542	A	G	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=39;PP=1371;SC=GAACCGAGGCACAGGGAGAGA;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=72;WE=101918335;WS=101918317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	101918686	rs7934495	A	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr11	101982041	rs34558896	T	TGGA	570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.443;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=620;ReadPosRankSum=1.181;SC=CGAGGCGAAGTGGAACTGGAG;SOR=0.050;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=16;WE=101982049;WS=101982031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr11	102080325	rs35731181	GA	G	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr11	102098354	rs3858420	G	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-1.503;SC=ACTTAACAGTGGGATATGTTA;SOR=0.400;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=13;WE=102098362;WS=102098344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr11	102199589	rs35083591	TTA	T	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=-1.207;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	102207024	rs7124969	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=0.842;SC=TAATTTATGACTACTGAAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=102207032;WS=102207014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	102207485	.	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TCTTTTTCTCCCTTAGTGCAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=102207493;WS=102207475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr11	102207851	rs1055088	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=-0.285;SC=CCAAAACATCGTCTAAACTTT;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=9;WE=102207859;WS=102207841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	102269738	rs75055689	G	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	102269743	rs12269847	G	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	102272277	rs12275185	G	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr11	102272839	rs11547915	C	A	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=674;ReadPosRankSum=0.230;SC=ATGGTGGTGACCGTTGTATTA;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=42;WE=102272847;WS=102272829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,63:0.54:117
chr11	102323160	rs2436036	C	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=424;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CAGACACACGCGGAACTTTCT;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=31;WE=102323168;WS=102323150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr11	102323377	rs10895296	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=201;ReadPosRankSum=1.350;SC=AGGATGCGGCAGCCTCGTGGG;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=20;WE=102323385;WS=102323367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr11	102398067	rs17880918	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=0.238;SC=CCAACTGCTGCTATAAAAAGT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=102398075;WS=102398057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr11	102449650	rs7934921	T	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr11	102465226	rs1711437	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	102465502	rs144425539	CAA	C	53.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.712;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	102477515	rs3781787	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GGACATGTGATCATGATCATG;SOR=0.269;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=102477523;WS=102477505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
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chr11	102495998	rs2245803	T	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-2.411;SC=AGTGGAAAACTTCAAAGCCAT;SOR=0.627;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=11;WE=102496006;WS=102495988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr11	102562700	rs2509010	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GTCTTAATGTCGTATTCAAAT;SOR=0.785;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=16;WE=102562708;WS=102562690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr11	102562828	rs1940481	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.241;SC=GAAAAAAATAACATTATGGAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=102562836;WS=102562818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	102563616	.	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=329;ReadPosRankSum=-0.547;SC=TGTCTTTTTTCACAGTCAACA;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=23;WE=102563624;WS=102563606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr11	102563739	rs1276289	C	T	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=681;ReadPosRankSum=1.243;SC=TCTGCGGGAACCCTTTGTCCA;SOR=0.783;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=46;WE=102563747;WS=102563729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr11	102567207	rs1276286	T	A	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.790;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,84:0.56:150
chr11	102567626	rs1940480	C	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=341;ReadPosRankSum=-2.179;SC=ATGGCTGCATCTGAGATTAGA;SOR=0.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=23;WE=102567634;WS=102567616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr11	102573396	rs2701994	C	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=174;ReadPosRankSum=-1.416;SC=GGGAACTTTACAGTTAAAAAG;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=102573404;WS=102573386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr11	102576358	rs2846707	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GCCAGTTGCATATTTTCTTCA;SOR=1.143;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=19;WE=102576366;WS=102576348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr11	102576375	rs1939015	G	A	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=285;ReadPosRankSum=-1.464;SC=TTCATTTTCCGTCATCCGGAC;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=23;WE=102576383;WS=102576365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr11	102584023	rs1939018	T	A	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.734;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,93:0.45:206
chr11	102584466	rs3832755	G	GT	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=9;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=1.563;SC=CATTTATTAGGTTTTTTTTTC;SOR=1.057;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=19;WE=102584474;WS=102584456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr11	102584607	rs2509013	T	C	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=502;ReadPosRankSum=0.571;SC=AACAAAATGTTATCCGATTTA;SOR=1.007;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=29;WE=102584615;WS=102584597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr11	102585493	rs373572151	TTATATATATATA	T	55.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	102587010	.	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr11	102592049	rs113713628	TTG	TTGTGTG,T	467.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.136;NF=4;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=0.937;SC=GTTACCTTTATTGTGTGTGTG;SOR=0.527;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=6;WE=102592058;WS=102592039;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.40:35
chr11	102593042	rs948218	T	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=0.129;SC=CTCACACTCTTCAAAGGCAGG;SOR=0.197;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=102593061;WS=102593032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	102593053	rs1940474	G	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr11	102593248	rs1940475	T	C	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CGAGGCTTTTTCATCATGTCC;SOR=0.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=66;WE=102593256;WS=102593238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,124:0.57:219
chr11	102594376	rs6590983	A	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=206;ReadPosRankSum=-1.706;SC=CCATTCTATTAATTACTAATC;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=13;WE=102594384;WS=102594366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr11	102594427	rs6590984	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=1.025;SC=CAAAAATTAATCCAGTCACAC;SOR=2.391;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=18;WE=102594435;WS=102594417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr11	102595492	rs3765620	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=-2.311;SC=TACCTGAACAGTTTTTGTATT;SOR=0.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=24;WE=102595500;WS=102595482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr11	102595666	rs2155052	C	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=0.280;SC=AGCACCCTGACGTTCACAGCA;SOR=0.668;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=20;WE=102595674;WS=102595656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr11	102622758	rs72975593	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=509;ReadPosRankSum=0.218;SC=TGATTTCCCAAGTTTTCTGAG;SOR=0.537;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=34;WE=102622766;WS=102622748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr11	102623115	rs531335	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=344;SC=TTCTCAAGCTACACAGGTGTG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=102623123;WS=102623105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	102641452	rs470171	G	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=562;ReadPosRankSum=0.567;SC=AACCATTTTGGCTCATAATAC;SOR=0.555;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=41;WE=102641460;WS=102641442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr11	102642716	rs17860997	A	AT	2260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=16;PP=1696;SC=AGATTCCTGCATGACAATGAA;SOR=1.536;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=37;WE=102642724;WS=102642706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	102642899	rs17860995	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=383;ReadPosRankSum=0.331;SC=TCCCATTACACACAATAGTAT;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=27;WE=102642907;WS=102642889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr11	102647310	rs470154	T	G	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=12;PP=551;SC=TCATTGTAGATCTGCAATGCC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=102647318;WS=102647300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	102649543	rs470277	T	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=327;SC=CTGTTCCAATTAAACAACAGT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=102649551;WS=102649533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	102650246	rs17860949	G	A	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=674;ReadPosRankSum=-1.724;SC=TGTATGTAAGGTGGGTTTTCC;SOR=0.652;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=49;WE=102650254;WS=102650236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,87:0.52:167
chr11	102661099	rs470215	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=179;SC=GAAAACACCTTCTTTGGACTC;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=102661107;WS=102661089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	102661595	rs470747	A	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=35;PP=998;SC=CACTCTGAAAATCATTACAGA;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=102661603;WS=102661585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	102663476	rs17884110	A	AG	3981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=1795;SC=GAATCTGATTAGAAAAAAAGC;SOR=1.071;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=41;WE=102663490;WS=102663466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	102663482	rs1144391	A	T	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=33;PP=1018;SC=GATTAGAAAAAAAGCAAGAAA;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=102663490;WS=102663466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	102666043	rs491152	A	G	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=28;PP=1070;SC=TAAAATACCTAGAGTTAGTTT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=102666051;WS=102666033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	102666316	rs470558	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=35;PP=882;SC=GTTCATGAGCTGCAACACGAT;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=102666324;WS=102666306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	102668603	rs5794198	CA	C	244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=95;SC=CTGTTTCTAGCAAAAAAAAAA;SOR=1.911;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=9;WE=102668611;WS=102668593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	102668702	rs470358	T	C	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	102736581	.	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-2.712;SC=CAATTTTTTTCACAAAGTTAG;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=13;WE=102736589;WS=102736571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr11	102738793	rs5794199	G	GT	4812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=45;PP=2104;SC=TGAGGAACAAGTGGTGCCTAA;SOR=1.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=49;WE=102738803;WS=102738783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	102738795	rs5003690	G	T	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=46;PP=1306;SC=AGGAACAAGTGGTGCCTAAGA;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=66;WE=102738803;WS=102738783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	102816255	.	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	102824826	rs478927	T	C	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=133;SC=AACTTCATACTAGTGTGTTCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=102824834;WS=102824816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	102825091	rs640198	T	G	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=1099;ReadPosRankSum=2.090;SC=AGTGTTGAATTCTTTAAAAAG;SOR=0.298;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=58;WE=102825099;WS=102825081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr11	102826014	.	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=591;ReadPosRankSum=-1.564;SC=CCATTTAAGAGTTCGAGGGAA;SOR=0.987;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=41;WE=102826022;WS=102826004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,61:0.46:132
chr11	102933055	rs201814356	T	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,55:0.37:150
chr11	102954119	rs11225545	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.998;SC=AAATCGTCATGCTAAAGGTAC;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=13;WE=102954127;WS=102954109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr11	102960146	rs200511043	G	GT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=10;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=49;ReadPosRankSum=0.657;SC=TTAAACAAAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=102960154;WS=102960136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr11	102985018	rs2245404	A	G	54.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGTCTCATTAATACATTAGTA;SOR=2.788;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=102985026;WS=102985008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	102988504	rs12146610	A	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=565;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CTAACAGGTCAGGTGTGGCAG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=44;WE=102988512;WS=102988494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,62:0.41:152
chr11	102993426	.	C	T	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=35;QD=23.2570708491;SC=GTGAATCTTCCGTTTCACTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=102993434;WS=102993418;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	103004929	rs2450918	C	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-0.635;SC=ATTGATATGTCTTGTATAGAT;SOR=0.859;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=103004937;WS=103004919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr11	103013954	rs2514006	G	T	97.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	103026040	rs5794210	CT	C	462.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.208;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;MQRankSum=0.590;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.160;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr11	103029373	rs688094	G	A	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=99;SC=AATTGTTAAAGTAGATGTGAA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=103029381;WS=103029363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	103029516	rs688906	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=1.771;SC=AGATGTCAGAAATCATTAAAT;SOR=1.506;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=5;WE=103029524;WS=103029506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr11	103033914	rs657936	A	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=0.231;SC=ATAGGCATGGAACGTGGAAAG;SOR=0.454;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=36;WE=103033922;WS=103033904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr11	103036743	rs72989738	C	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr11	103046866	rs72989749	T	C	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=80;SC=CTAGTGCATTTAATGATTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=103046874;WS=103046858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	103047007	rs585692	C	A	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=12;PP=660;SC=GGCTTAATACCATGTCAAAGT;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=103047015;WS=103046997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	103050028	rs632672	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TTTCATATTAAGTAAAATAAG;SOR=1.483;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=13;WE=103050036;WS=103050018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	103052558	rs11225584	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=124;ReadPosRankSum=-2.681;SC=ATAGAAATAATCTTGAAAATT;SOR=0.569;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=7;WE=103052566;WS=103052548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr11	103060309	rs617059	A	G	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=68;SC=AGAGCAGCACAGTTTCAAAAC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=103060317;WS=103060302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	103062371	rs146014868	T	TTGTGTG	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.251;QD=13.23;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr11	103074349	rs631712	C	T	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=2;PP=148;SC=GAAAAAGCATCATTTATTAAA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=103074357;WS=103074339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	103074639	rs613978	C	A	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=101;SC=AAAGTAACACCTAACTAGTGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=103074647;WS=103074629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	103082590	rs589623	G	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=8;PP=334;SC=ACACCAAGCCGATACATGACC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=19;WE=103082598;WS=103082580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	103086381	rs679691	G	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=235;SC=CTTTTCTATAGGGCTTTATTT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=103086389;WS=103086371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	103086399	rs78873690	G	GTA	698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=729;SC=TTTACTGTGTGTGTAAAATTC;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=103086407;WS=103086389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	103091237	rs636510	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=255;SC=TAAGAGAGAGAACATTAGTAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=103091245;WS=103091227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	103091546	rs670464	G	A	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=485;SC=ATATTATTTCGGCAATGAATG;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=103091554;WS=103091536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	103092968	.	C	T	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=21;QD=27.8856062736;SC=TCATTGCCAACTGTTTAGATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=103092976;WS=103092958;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	103104930	rs1784259	C	A	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=34;PP=1006;SC=TACCTTTAAACTGCAGGAAAT;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=103104938;WS=103104920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	103112236	.	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	103112358	rs58174873	CT	C	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=172;ReadPosRankSum=1.106;SC=CTATTGAATGCTAGCATAAAA;SOR=0.283;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=103112366;WS=103112348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr11	103114624	rs146123206	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=-1.545;SC=CTGGGTCCTACTGTATGGGAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=103114632;WS=103114614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr11	103123999	rs648387	G	T	823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	103153896	rs72973684	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=2.893;SC=CTCCTTATTCGTAATCAGTGT;SOR=1.549;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=10;WE=103153904;WS=103153886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr11	103157086	.	C	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=1.327;SC=TCCATCTATCCTTGCAAAGAA;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=34;WE=103157094;WS=103157076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr11	103173782	rs11225673	A	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr11	103173793	rs4754906	A	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=202;ReadPosRankSum=-1.228;SC=TACTGCTTTTATTTTTAATTT;SOR=0.892;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=8;WE=103173801;WS=103173772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr11	103174000	rs11225674	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr11	103174035	rs12362743	T	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GTTCCCACACTTGATGATATT;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=19;WE=103174043;WS=103174025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr11	103175289	rs11392425	G	GT	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.086;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=450;ReadPosRankSum=0.731;SC=TAGCAGATCTGTTTTTAAATT;SOR=1.358;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=15;WE=103175297;WS=103175279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr11	103175465	rs10690307	T	TGTG	1137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.951;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=737;ReadPosRankSum=-0.559;SC=TTCAGATAAATGTACAAATAA;SOR=1.300;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=15;WE=103175473;WS=103175455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
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chr11	103178339	rs7118015	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr11	103187169	rs72975657	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGGAGTTATATATTTTTAAGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=103187177;WS=103187159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	103187205	rs7103282	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr11	103229027	rs2566913	T	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=664;ReadPosRankSum=1.195;SC=CCAAATTTGATAGAGAAATCT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=46;WE=103229035;WS=103229017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,59:0.47:126
chr11	103229110	rs2671333	G	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=718;ReadPosRankSum=0.571;SC=ATATTCTTCTGATTCTTTTGC;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=53;WE=103229118;WS=103229100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,77:0.44:177
chr11	103229173	rs2514408	A	C	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr11	103229188	rs2512128	G	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
chr11	103229238	rs2512129	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=209;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CTTCATACCAGTGCACATCAA;SOR=1.007;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=15;WE=103229246;WS=103229228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr11	103270607	rs10895417	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=369;ReadPosRankSum=3.207;SC=AAAGGTAAGCGAGTACTAACT;SOR=0.452;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=24;WE=103270615;WS=103270597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr11	103306594	rs501413	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=-0.567;SC=AATTTTTCTCCATCACACTAG;SOR=0.743;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=11;WE=103306602;WS=103306584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr11	103325908	rs11225812	C	T	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=507;SC=ATTTCCCCCCCTCTAGAACTG;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=103325916;WS=103325898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	103327166	rs7121138	G	T	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=423;SC=ATCTCAAAGTGACCTATCTTT;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=103327174;WS=103327156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	103344942	.	T	C	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	103814458	.	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr11	103871109	rs3824936	T	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.697;SC=AAACATTAAGTCTAAATGCAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=103871117;WS=103871099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	103907956	rs7102675	G	A	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1046;ReadPosRankSum=0.138;SC=GAAGGTGGCCGGCCTGCAAGG;SOR=0.655;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=75;WE=103907964;WS=103907946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,112:0.48:235
chr11	103908735	rs1052313	G	A	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=39;PP=1319;SC=GACGAAAAGAGCATTAAAGCA;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=103908743;WS=103908725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	104757836	rs5794352	T	TA	254.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=200;SC=CAAGATGAATTAGAGCTTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=104757844;WS=104757826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	104758035	rs484438	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=7;PP=261;SC=AACATTATCTGCAAATAAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=104758057;WS=104758025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	104758049	.	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=1.204;SC=ATAAAAGGCATCAAAATATTG;SOR=0.877;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=6;WE=104758057;WS=104758025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr11	104761013	rs635846	T	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=232;SC=GAAATGCTCTTTTCGGTGATA;SOR=2.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=104761021;WS=104761003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	104761100	rs513131	T	C	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=20;PP=1020;SC=AAATCACTTATGTGGTGTGGA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=104761108;WS=104761090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	104761206	rs647039	C	T	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=43;PP=1324;SC=GTATCTGCACCGGCTTTTCCA;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=75;WE=104761214;WS=104761196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	104761271	rs693506	A	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=28;PP=832;SC=CATTATGTCTAATTAAAGAAG;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=104761279;WS=104761261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	104762228	rs544216	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=298;SC=AGCCAGCACTGAGGAATCAGA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=104762236;WS=104762218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	104763117	rs497116	G	A	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=24;PP=1123;SC=AGTAGATCTCGCATCCCCAAA;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=64;WE=104763125;WS=104763107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	104763716	rs617983	A	G	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=62;PP=2020;SC=ATTTCCAGAAAAGCTGAAAGA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=104;WE=104763724;WS=104763706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	104768000	rs693001	G	A	5875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=73;PP=2554;SC=TTTGCCTGCAGTTTGAGCTGT;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=142;WE=104768008;WS=104767990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	104768098	rs555367	T	C	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=57;PP=1785;SC=CTGTATTTAATACATTATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=104768106;WS=104768088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	104768909	rs650940	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=216;ReadPosRankSum=-0.655;SC=AGAACAGAAATCCAGGTGTTT;SOR=1.371;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=12;WE=104768917;WS=104768899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr11	104819327	rs9507	T	C	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=32;PP=1258;SC=CATCTTCCTCTAGGTTCTCAG;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=104819335;WS=104819317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	104819542	rs5794358	G	GAAAC	780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.24;QD=41.09;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	104819544	rs33955446	G	GACAC	780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=48.80;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	104819546	rs5004914	G	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.43;QD=46.05;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	104820163	rs649739	A	C	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=8;PP=1010;SC=AATGTACTTTATTTACACTGG;SOR=2.494;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=45;WE=104820171;WS=104820153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	104839222	rs658560	A	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=433;ReadPosRankSum=1.171;SC=CTACTCCCAAACTCCTAGTCA;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=28;WE=104839230;WS=104839212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr11	104866461	rs540819	A	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=189;ReadPosRankSum=0.311;SC=AACTCTCAATACTTACATTTT;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=15;WE=104866469;WS=104866451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr11	104869708	rs523104	G	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=315;ReadPosRankSum=1.681;SC=GAAGAGATGAGTGCCAAGGAT;SOR=0.859;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=23;WE=104869716;WS=104869698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr11	104871344	rs139861347	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TTCACATAGCGCTTACTCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=104871352;WS=104871334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr11	104872981	rs544211	C	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=26;PP=697;SC=CTTTTCAACCCCCATATGCCT;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=104872989;WS=104872971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	104877717	rs2282658	C	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=3;PP=669;SC=AGAAATGAAACTGTAGGTAGA;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=104877725;WS=104877707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	104877803	rs2282657	A	G	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	104877927	rs507879	T	C	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=69;PP=2325;SC=TCAATTTTGGTATCATAATAT;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=125;WE=104877935;WS=104877917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	104896375	rs2509648	G	T	60.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	104971210	rs1792771	C	T	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=21;PP=1862;SC=AGGCCCTAGGCGAACTTGAGT;SOR=1.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=92;WE=104971218;WS=104971200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	104971233	rs34491690	C	T	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=31;PP=2326;SC=GAGTCACTGACCCTTACCTGC;SOR=1.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=86;TCR=31;TR=117;WE=104971241;WS=104971223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	104972190	rs1792773	C	T	6844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=25.07;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr11	105481597	.	CTT	C	142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.40;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	105782501	.	A	AATAT	64.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	105836923	rs632549	G	A	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=364;SC=TACGTATGCAGTTACTGTCAA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=105836931;WS=105836913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	105842916	rs559190	C	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=465;SC=GGATGGTCTTCCCAGGAAACT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=105842924;WS=105842906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	105844923	rs509512	C	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=61;ReadPosRankSum=0.406;SC=ACTTGTAAATCATTTCAGGTT;SOR=0.382;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=8;WE=105844931;WS=105844913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	106407855	rs10599029	AAT	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	106408031	rs11279851	TCAAATG	T	3356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.117;NF=13;NR=24;PP=1956;ReadPosRankSum=-2.002;SC=CACGGAGAACTCAAATGTGTC;SOR=0.848;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=37;WE=106408044;WS=106408021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,89:0.45:198
chr11	106408071	rs1791468	C	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.172;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.803;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,67:0.43:157
chr11	106408212	rs2852371	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TGGTAAACGTATCTAGAACTG;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=106408220;WS=106408202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	106558409	.	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-2.138;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr11	106579472	.	TTAA	T	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.77;NF=0;NR=2;PP=28;QD=21.0;SC=GCACTGCTAATTAATAATAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=106579482;WS=106579462;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,2:0.18:11
chr11	106647137	rs139329770	A	ACTCAAACT	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=242;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TGCACTTACTACTCAAACTAG;SOR=1.949;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=4;WE=106647145;WS=106647127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr11	106647158	.	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.053;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr11	106681158	.	G	A	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,58:0.41:140
chr11	106695514	.	AT	A	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQRankSum=-6.004;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr11	106697172	rs61678754	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.296;NF=6;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=1.323;SC=CTTCTCCATATGATGAAAGAT;SOR=0.862;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=10;WE=106697180;WS=106697162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr11	106807443	rs11331245	AT	A	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=5.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.619;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr11	106849520	rs10890630	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr11	106888608	rs3107973	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=339;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TCGGGGCCGGGGCGGCGGCAG;SOR=0.486;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=24;WE=106888616;WS=106888598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr11	107197536	rs630782	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=1.377;SC=GCTGCTGTGACTCTCTCTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=107197544;WS=107197526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	107197606	rs630693	G	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr11	107197640	rs3758911	T	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=499;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TACACCTCAATAGTTTTTACT;SOR=0.709;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=33;WE=107197648;WS=107197630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr11	107197869	rs12363600	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=0.997;SC=GCTATAAAATATAACAAGTTC;SOR=2.147;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=11;WE=107197877;WS=107197859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr11	107205426	rs10789620	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr11	107216388	rs474364	C	T	316.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=35.20;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr11	107216404	rs72990438	C	T	284.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TCTATACACACACATATATAG;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=107216412;WS=107216394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr11	107224225	rs4576794	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=212;ReadPosRankSum=0.149;SC=GAGAATGTAAGCAAAGGATAA;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=17;WE=107224233;WS=107224215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr11	107286893	rs11439588	T	TG	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=347;ReadPosRankSum=0.638;SC=CCGGTGGTAGTTTACACAAGG;SOR=0.105;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=11;WE=107286901;WS=107286883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr11	107299631	rs659040	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,61:0.44:139
chr11	107304237	rs549909	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=234;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CAGAAAATTACTTCAGTAGTA;SOR=0.770;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=17;WE=107304245;WS=107304227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr11	107304541	rs2432867	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=-0.277;SC=ATATGTATTGCTTCTATGACT;SOR=0.676;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=7;WE=107304549;WS=107304531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr11	107325376	rs11343583	AT	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.901;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	107326340	rs618078	C	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=478;ReadPosRankSum=-0.824;SC=AACTTGAATACGTGCAAAAAA;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=37;WE=107326352;WS=107326330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr11	107381533	rs655009	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GCTAAAACAGGGTCCAAAATC;SOR=1.157;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=12;WE=107381541;WS=107381523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr11	107381765	rs654093	G	A	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=1.604;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,86:0.63:137
chr11	107396158	rs12574614	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=309;ReadPosRankSum=-0.661;SC=GATAAGAGTATATACTTACTA;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=22;WE=107396166;WS=107396148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr11	107402995	rs589788	A	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=361;ReadPosRankSum=1.957;SC=TCTCATAAAGAAAAAGAATCC;SOR=1.127;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=25;WE=107403003;WS=107402985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr11	107403202	rs5794554	TAG	T	1131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.895;NF=0;NR=13;PP=511;ReadPosRankSum=-2.336;SC=GAATGATTAATAGAGTTTGGC;SOR=0.838;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=13;WE=107403211;WS=107403192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr11	107420530	rs645056	A	G	6047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=71;PP=2360;SC=CGGAATGTGTATCAATATGAG;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=140;WE=107420538;WS=107420520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	107420687	.	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.690;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.214;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=0.578;SC=TGGTTAAAAGGAAACATTTAG;SOR=0.072;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=14;WE=107420695;WS=107420677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr11	107431637	rs662349	C	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.219;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	107462878	rs542650	A	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=-0.866;SC=CTCAGTGTTTATGCTCAACCT;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=107462886;WS=107462868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr11	107462895	rs4085361	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=0.623;SC=ACCTCTAAGCGGCGAGTTCGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=107462903;WS=107462885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr11	107462977	rs5794560	G	GT	212.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=275;SC=TAATGAATATGTTGTCAGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=107462985;WS=107462967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	107488959	.	G	T	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=475;ReadPosRankSum=1.172;SC=CCCTGGCTGAGCCCTCTGCAG;SOR=0.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=40;WE=107488967;WS=107488949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,59:0.45:130
chr11	107521617	.	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	107643289	rs60511673	T	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=279;ReadPosRankSum=-0.326;SC=AACCATGTTGTCCAGGCTGGT;SOR=0.223;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=22;WE=107643297;WS=107643279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr11	107646894	rs34492014	C	CA	450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;QD=37.56;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	107646918	rs484427	G	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=5;PP=529;SC=ATTTAGTCAGGTGTGATGATG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=107646926;WS=107646908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	107650473	rs650686	G	A	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=273;SC=GCGCCTGGCCGGGACCCCAGT;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=16;WE=107650481;WS=107650463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	107650505	rs519422	C	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=256;SC=TTTTTTCTAACCGACATAGTC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=107650513;WS=107650495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	107663631	rs148577551	TTTTCTTTC	T	1145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=17;PP=2992;SC=AATCTTTTTATTTTCTTTCTT;SOR=1.863;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=20;WE=107663646;WS=107663621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	107673628	rs556153	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=1.291;SC=GCCAAGAAGATGAGAAGGTTT;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=107673636;WS=107673618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr11	107675566	rs495836	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=2.037;SC=GCATTTTAGTCACTATACTTC;SOR=0.502;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=21;WE=107675574;WS=107675556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr11	107677399	rs34066069	C	CA	1765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.489;SC=AAAACATAAACAAATTTGCTG;SOR=0.505;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=38;WE=107677407;WS=107677389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,80:0.45:178
chr11	107686741	.	TACAC	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.949;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr11	107904646	rs10890800	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr11	107917087	rs7117111	A	G	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=357;ReadPosRankSum=-0.642;SC=TTATTAAGCAAGCACAGGCAG;SOR=0.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=23;WE=107917095;WS=107917077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr11	107925729	rs7125285	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=-1.969;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr11	107948858	rs10890807	T	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr11	107992264	.	T	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=273;ReadPosRankSum=-1.514;SC=GCCGGGCCGCTAGGGGTGCGG;SOR=0.980;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=24;WE=107992272;WS=107992254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr11	107992312	rs3741054	C	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=310;ReadPosRankSum=2.863;SC=CCTGTGGAGCCGATACTCAGC;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=29;WE=107992320;WS=107992302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr11	108004927	rs201199156	CT	C	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=2.276;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr11	108009660	rs35188041	C	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=1.300;SC=AGAGCATGTCCAATGTTCCAT;SOR=0.894;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=31;WE=108009668;WS=108009650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,58:0.43:135
chr11	108012510	rs34420529	A	AAAGT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=1;PP=32;SC=GGATTTTGAAAAATTCTAGAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=0;TCR=1;TR=1;WE=108012518;WS=108012500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	108013006	rs55854804	T	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=1.025;SC=GTCTTGCAGTTAGCTGTGTAC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=108013014;WS=108013003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr11	108043988	rs2070661	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=-1.222;SC=CTCTTGTGAACTTCACTAGAA;SOR=0.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=16;WE=108043996;WS=108043978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr11	108056062	.	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.145;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.650;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr11	108059000	rs3781869	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr11	108061212	.	G	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.429;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=386;ReadPosRankSum=-0.935;SC=CAAACCTTGGGGAACTTTGCA;SOR=0.474;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=24;WE=108061220;WS=108061202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr11	108061379	rs659584	C	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=262;SC=ATTTTTTGGGCAAGCAACTGT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=108061387;WS=108061369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	108064935	rs11212546	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr11	108068954	rs683312	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr11	108093208	rs228589	A	T	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,68:0.58:118
chr11	108100105	rs11390378	G	GTT	39.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.7810;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-1.645;SC=TGTCGCGTGAGTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=108100113;WS=108100095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	108129657	rs672655	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=-0.872;SC=ACTGTCTGCCAAGAATAATTG;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=6;WE=108129665;WS=108129647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr11	108137775	rs642496	T	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=191;ReadPosRankSum=-2.058;SC=CACCTGGCTCTGCCTCCCAAA;SOR=0.627;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=12;WE=108137783;WS=108137765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr11	108141955	rs373881770	CT	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=9.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.231;SOR=1.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr11	108143182	rs664677	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=0.150;SC=AAGTAACTTACAATAACCTTT;SOR=0.765;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=108143190;WS=108143172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	108150207	rs1799757	CT	C	881.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=466;ReadPosRankSum=-1.116;SC=TGTTTGCTTGCTTGTTTTAAG;SOR=0.602;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=14;WE=108150215;WS=108150197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr11	108151707	rs3218681	T	TA	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr11	108175462	rs1801516	G	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=550;ReadPosRankSum=2.182;SC=TTTACTCCAAGATACAAATGA;SOR=0.579;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=40;WE=108175470;WS=108175452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr11	108183167	rs659243	A	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=206;SC=GGAAGCCAGAATACAACTATT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=108183175;WS=108183157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	108196712	rs3212322	CATT	C	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=367;ReadPosRankSum=0.454;SC=TTGCTGCTTTCATTATTATTA;SOR=0.098;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=108196722;WS=108196702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	108224697	rs179108	G	A	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=14;PP=385;SC=AATCCCAGCTGCTCAAGAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=108224705;WS=108224687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	108225483	rs664982	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=-1.832;SC=GATAAAGATACGTTGACAACA;SOR=1.048;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=8;WE=108225491;WS=108225473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr11	108225661	rs664143	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TGTGTATCTCATCAGGAAGTC;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=13;WE=108225669;WS=108225651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr11	108256837	rs113995	A	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=GTAACTCTCAAGACTTTCTCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=108256845;WS=108256827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	108276091	rs9667658	C	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=215;ReadPosRankSum=-3.117;SC=AGCAATACCTCATTTCAAATT;SOR=1.565;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=12;WE=108276099;WS=108276081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr11	108352160	rs3901850	C	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=16;PP=399;SC=TTTAATATGGCAAGCATAATC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=108352168;WS=108352150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	108353018	rs3765632	C	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TACAACAGTTCTTTGGTTTTC;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=108353026;WS=108353008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	108380335	rs1943382	T	C	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	108381247	rs2640779	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=599;ReadPosRankSum=1.767;SC=ACATGCTTTCCGTTCTCACTC;SOR=0.676;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=38;WE=108381255;WS=108381237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr11	108381644	rs79942405	T	C	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.676;SC=GCAGACTCTCTAAGTTTGGTT;SOR=0.662;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=84;TCR=83;TR=78;WE=108381652;WS=108381634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,115:0.50:232
chr11	108381827	.	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=581;ReadPosRankSum=1.709;SC=CTACAGCTGTGGATGTGTGAT;SOR=0.802;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=40;WE=108381835;WS=108381817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
chr11	108384207	rs2846412	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=495;ReadPosRankSum=0.669;SC=TGAATTGCTGCTGGTCACAGT;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=31;WE=108384215;WS=108384197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr11	108399086	.	C	T	97.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=76;SC=GAAACTGTTTCCTATGATTAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=108399094;WS=108399076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	108464209	rs2640738	T	C	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=20;PP=845;SC=AGGATCTTCCTGGCCTCTTCG;SOR=1.031;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=51;WE=108464217;WS=108464199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	108535792	rs2306118	C	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=1;PP=103;SC=GCATGCGCCTCTGTGCGTTTG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=108535800;WS=108535782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	108722851	rs10890899	C	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.10;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	108788581	.	C	T	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=1;PP=51;SC=CTGCAGTTTCCCTTATTATTA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=108788589;WS=108788571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	109294819	.	C	T	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.460;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=1181;ReadPosRankSum=0.804;SC=CTCTTCGTCCCCTGGCCTCCC;SOR=0.576;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=63;WE=109294827;WS=109294809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr11	109964079	rs7116552	C	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=8;PP=180;SC=GGGAGGGCCGCGGTGGCCGCT;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=109964097;WS=109964069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	109964089	rs11395531	T	TG	355.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=274;SC=CGGTGGCCGCTTCTCCGCGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=109964097;WS=109964069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	110023628	rs665013	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	110150486	rs61003001	TA	T	31.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	110452999	rs2008772	C	A	215.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	110453009	rs4079590	G	A	215.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	110453250	rs4142632	C	G	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=141;SC=TTAACAAAAACCACATCTACC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=110453258;WS=110453240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	110561790	.	G	A	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=134;SC=TAAAGGAGAGGAAAAAACAGT;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=110561798;WS=110561780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	111151978	rs7121531	A	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=105;SC=TTGAATTCTTATTCTCAGTTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=111151986;WS=111151968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	111156836	rs3087967	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=13;PP=275;SC=TTCCAAAGATTGTTTTAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=111156844;WS=111156826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	111230529	rs4938496	A	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=460;SC=TCCCAGTGGCATGCCCATGCG;SOR=1.445;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=30;WE=111230537;WS=111230519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	111325051	rs145020303	T	C	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=20;PP=643;SC=TCTCTGTCAGTGACAGCCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=111325059;WS=111325041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	111326284	rs7925584	T	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=198;SC=TCAGCAGCAGTTGAAAGCACA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=111326292;WS=111326280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	111327213	rs11213913	G	A	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=19;PP=829;SC=GCCCAGGGCTGAGCAGGCAAT;SOR=1.199;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=50;WE=111327221;WS=111327203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	111368047	rs489078	G	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	111383789	rs11606481	C	T	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=9;PP=289;SC=CCGGCTCGGGCAGCCCGCAGC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=111383797;WS=111383779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	111420364	rs634679	A	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=360;SC=TGGATGAGCCATCCTGCGGCA;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=111420372;WS=111420354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	111635566	rs1805076	C	T	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=12;PP=409;SC=TCCCACTAGGCCAGTGAAATT;SOR=0.843;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=111635574;WS=111635556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	111637117	rs139691367	T	TCCCGCCCCGCGCCCAGGC	1032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=2973;SC=GGTCACCGCCTCCCGCCCCGC;SOR=4.091;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=12;WE=111637125;WS=111637107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	111659476	rs2554996	C	A	79.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	111675869	rs145740917	A	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=6;PP=315;SC=AGGTCAAAAGAGTGGAGCACT;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=111675877;WS=111675859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	111680418	.	T	C	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=22;PP=774;SC=TTCTTCTTTATTGGATGAATA;SOR=0.760;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=42;WE=111680426;WS=111680408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	111742145	rs10708475	CG	C	2160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=15;PP=1074;SC=GCAGCCGGGGCGCGTATCCCC;SOR=1.159;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=25;WE=111742153;WS=111742135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	111848361	rs11364849	AG	A	674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=442;SC=TAGCTTTGCTAGGCTGGCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=111848369;WS=111848351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	111853106	rs11455434	G	GC	2320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=1036;SC=CGGCCAGGGAGCCTGGAACCT;SOR=1.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=111853114;WS=111853096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	111889654	rs476581	C	T	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=47;SC=TGTTTTTTCACTGTGGCTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=111889662;WS=111889644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	111916001	rs11335731	AG	A	661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=310;SC=GGGCATCTTTAGGTTGTTTAG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=111916009;WS=111915991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	111956989	rs14396	C	A	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	111957143	rs487201	T	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=384;SC=ATCTTCCCTGTTTTACACCTT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=111957151;WS=111957133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	111963860	rs592626	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=123;SC=GCACGATCTCAGCTTACTGCA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=111963868;WS=111963850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	112041128	rs149903853	TTTTGTCCTG	T	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=2966;SC=GTTTTCTTTATTTTGTCCTGT;SOR=1.230;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=112041144;WS=112041118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	112064431	rs7105056	T	C	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;SC=GTGATAGTGATGATTATTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=112064439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	112064730	.	T	TA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.618;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr11	112065434	rs10891338	T	C	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=19;PP=547;SC=CATTATGACCTGGATGGAACA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=112065442;WS=112065424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	112065483	rs7123686	A	C	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=20;PP=463;SC=CATATGGTAAAGTTGCAATAA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=112065491;WS=112065473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	112071570	rs7948124	AA	TT	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=602;SC=TTGATTTTTTAAAAATCTTCC;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=112071579;WS=112071560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	112072930	rs4935984	G	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=475;SC=ATTAGAATTTGTCAAGAGTCA;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=112072938;WS=112072920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	112086862	.	C	T	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=3;PP=236;SC=CAGCCAAATTCATGCTTGGAG;SOR=2.670;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=112086870;WS=112086852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	112087101	rs2676377	T	A	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=317;SC=TAGCACTGAGTCATCTGATAA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=112087109;WS=112087091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	112088499	rs2217401	A	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=8;PP=390;SC=AAGCAATTTTATCCTAGTTTT;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=112088507;WS=112088489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	112123095	rs2564872	A	G	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=12;PP=592;SC=TTCAGAGTAGAAAGTATAGGC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=112123103;WS=112123085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	112130987	rs2518361	G	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=229;SC=CTCATTCTTTGTCTTCCTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=112130995;WS=112130977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	112832307	rs11381910	G	GA	1896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=32;PP=1749;SC=ACCGCGGCAAGACATCCCTCC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=112832315;WS=112832297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	112832339	rs11284059	GC	G	1785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=31;PP=1382;SC=TTACAATGCTGCCAAACTAAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=112832366;WS=112832329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	112832353	rs7105734	T	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.33;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	112832358	rs6589347	T	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	112832391	.	AT	A	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr11	112952272	rs5794840	C	CT	422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=18.38;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	112983892	rs72995965	A	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	112983898	rs17114864	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	112984037	rs1245087	G	A	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=103;SC=CAAATTAGATGATCAGTAAGT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=112984045;WS=112984027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	113067854	rs973461	T	C	227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=140;SC=TGGGGGAAACTGCCCCCATGA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=113067862;WS=113067852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	113073066	.	T	TTTTTGTTTTG	1124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=48.90;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	113076982	rs1975259	G	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=140;SC=ACTTCCTCTTGGGTCTGTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=113076990;WS=113076972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	113085244	rs686050	C	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	113103278	.	G	A	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=261;SC=CCTCTCCCATGAGCCCCTCTG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=113103286;WS=113103275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	113103996	rs584427	T	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	113143557	rs2156485	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=562;SC=ATGCCCCCACCCCCATGGTCC;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=113143565;WS=113143547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	113186776	rs2236709	G	A	85.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	113186879	rs7130072	C	T	144.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=76;SC=AATCACTTGGCTCTTAGTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=113186887;WS=113186869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	113194168	rs723077	A	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=307;SC=ACAAACTGCTATGAAGGTTTC;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=113194176;WS=113194158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	113200189	.	C	T	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	113238838	.	C	CTAT	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=407;SC=TTGAAAATGGCTATGATAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=113238846;WS=113238828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	113266679	rs34863235	C	T	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	113266702	rs11214598	T	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=14;PP=766;SC=CATGCCCTGTTGGGATCCTCA;SOR=1.288;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=113266710;WS=113266692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	113266821	rs7118900	G	A	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=36;PP=1094;SC=TATCCGAGTGGCGGCAGGCAT;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=60;WE=113266829;WS=113266811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	113270015	rs4938016	G	C	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=34;PP=1147;SC=TGGGGATGACGGCACTGCGCG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=113270023;WS=113270005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	113270374	rs2734848	C	T	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=38;PP=1162;SC=AGAGCGGCTACGGCCCACTGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=66;WE=113270382;WS=113270364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	113270828	rs1800497	G	A	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=26;PP=786;SC=AGTGCTGGTCGAGGCAGGCGC;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=113270836;WS=113270818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	113271065	rs2734847	T	G	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=57.31;NF=1;NR=3;PP=52;SC=GATCACCTGATATCAAGAGTT;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=113271073;WS=113271055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	113281397	rs6276	C	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=518;SC=TGAGGCTGGCCGGCCTGGGCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=113281405;WS=113281387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	113283477	rs6275	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	113285299	rs2511521	G	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	113295056	.	G	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=5;PP=450;SC=CCCTGCTGGAGAAAGTGCTGG;SOR=1.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=113295064;WS=113295046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	113618470	rs2459977	T	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=341;SC=AAAGAATCATTTACATATATT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=113618478;WS=113618460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	113618968	rs2513584	G	C	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=6;PP=568;SC=TGTGCTGTCTGGGCTCTTTAC;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=113618976;WS=113618958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	113631431	rs5794880	GA	G	409.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=1.098;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr11	113670052	rs2459971	T	A	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=17;PP=841;SC=TGGGTCGAATTGTTGGAGGCT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=113670060;WS=113670042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	113675542	rs45595543	T	C	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=986;ReadPosRankSum=-0.879;SC=GAGGAGTCCATCTAGCCCAAC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=113675550;WS=113675532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr11	113678924	rs2513582	G	T	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=20;SC=GTTGGTTAAAGGCAGCAGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=113678932;WS=113678914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	113679119	rs2465647	C	T	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=18;PP=528;SC=CATGCTCAGACGACAAGCAGC;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=113679127;WS=113679109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	113680018	rs2513581	G	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=320;SC=CACAAGGAACGAAAACATCCT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=113680026;WS=113680008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	113698002	rs17802314	C	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=14;PP=542;SC=TGTGAATTTTCTCTGGCTGCC;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=113698010;WS=113697992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	113700029	.	G	A	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	113712278	rs2513577	G	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=8;PP=408;SC=TAAAAGAAATGTCATTCAGGT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=113712286;WS=113712268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	113775551	rs145648579	GAGA	G	1022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=435;SC=CTGGCAAACGGAGAAGGAGGA;SOR=1.519;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=113775561;WS=113775541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	113802601	rs1176746	A	G	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=34;PP=1085;SC=TAAGTGTGCCAGTGTGTATTT;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=113802609;WS=113802591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	113813897	.	G	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=14;PP=458;SC=CGGAGTGTAGGGAGCACCCCT;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=113813905;WS=113813887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	113846006	rs1062613	T	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=13;PP=715;SC=GTGGGCCTCGTCCTGAGCACT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=113846014;WS=113845996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	113848184	rs4020460	G	GCT	1549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=11;PP=961;SC=TGGGCCACCTGCTCCGACCTT;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=22;WE=113848192;WS=113848174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	113848273	rs1985242	A	T	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=28;PP=1034;SC=TTTCCTGTCAATGAATGCATA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=113848281;WS=113848263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	113856681	rs10160548	G	T	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=88;SC=TCATCACAGGGTCCAGCAGGC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=113856689;WS=113856671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	113857792	.	C	T	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=33;PP=1021;SC=GGGAAGAGTCCATACAGAGGG;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=113857800;WS=113857782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	114057944	rs682155	A	G	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=167;SC=GGCCCAGCAGAAGTTTACAAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=114057952;WS=114057934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	114118103	.	G	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=524;SC=GAAGGCCAGGGAGGGGCCTGA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=114118111;WS=114118093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	114167476	rs3819100	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=GTGAGTCATATAGATGGAGTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=114167484;WS=114167466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	114393285	.	G	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=257;SC=TCATGAAAAAGAATGTCCTAT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=114393293;WS=114393275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	114421646	rs79339030	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=90;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=-1.014;SC=TGGGAAATGAAGAAATAGAGG;SOR=0.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=114421654;WS=114421642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	114421674	rs75026329	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr11	114421683	rs79413019	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=-2.011;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr11	114421698	rs75909356	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.28;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
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chr11	114421769	rs76481835	C	G	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr11	114421773	rs74572030	A	G	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.51;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr11	114421789	rs113431368	A	AC	2024.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=1706;ReadPosRankSum=0.094;SC=GTGAGGGCTTACTGTGTGATC;SOR=0.778;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=27;WE=114421807;WS=114421779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,53:0.55:97
chr11	114421799	rs79701489	C	T	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=1714;ReadPosRankSum=0.533;SC=ACTGTGTGATCTGCATCAAAG;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=39;WE=114421807;WS=114421779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr11	114421817	rs73568242	G	T	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=3;HapScore=2;MGOF=110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=683;ReadPosRankSum=0.176;SC=AAGGTGATTTGCTCCTACCTT;SOR=0.589;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=45;WE=114421825;WS=114421807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,67:0.56:120
chr11	114421857	rs78453693	T	C	3417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.34;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,87:0.57:153
chr11	114421861	rs76118887	G	A	3398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.21;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,89:0.58:153
chr11	114421895	rs78257939	G	A	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=6;HapScore=3;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=2755;ReadPosRankSum=-1.723;SC=GATCAGCAGCGTTTTTTGAAG;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=60;WE=114421920;WS=114421885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,95:0.62:154
chr11	114421909	rs79082937	T	C	3623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.16;ReadPosRankSum=-1.851;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,93:0.62:150
chr11	114421912	rs78658939	A	G	3618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.45;ReadPosRankSum=-1.957;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,93:0.63:148
chr11	114421927	rs78842965	G	A	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=82;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=817;ReadPosRankSum=0.539;SC=AGGACATGACGAATGTCCTAG;SOR=0.557;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=57;WE=114421935;WS=114421917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,88:0.59:148
chr11	114421962	rs75409523	G	A	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.92;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,65:0.60:109
chr11	114421967	rs79109814	A	G	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.09;ReadPosRankSum=1.855;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr11	114422003	rs73568250	A	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr11	114422016	rs76270589	T	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.26;ReadPosRankSum=-2.171;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr11	114422025	rs75158214	C	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.27;ReadPosRankSum=-2.622;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr11	114422029	rs78778953	T	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.73;ReadPosRankSum=-1.757;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr11	114422036	rs77481744	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.14;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr11	114422052	rs10790022	G	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=0.330;SC=GTGAGTCACTGTCTTCTTTCC;SOR=1.473;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=11;WE=114422060;WS=114422042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr11	114422068	rs76698432	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.55;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	114422068	.	CTA	TTC	367	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=126;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=8;PP=367;QD=46.7186527625;SC=TTTCCCTCTGCTAACTAACAA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=114422078;WS=114422058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	114422070	rs75429280	A	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.55;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	114465526	rs78608548	A	T	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=110;SC=GCACAAAAACATACAACAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=114465534;WS=114465516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	114550320	rs17550338	C	T	190.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=67;SC=CCAAAGTGTACGGAGCCATGT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=114550342;WS=114550310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	114550334	rs1612325	A	G	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	114569054	rs1712838	A	G	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=35;PP=1316;SC=ACCACTTGGGACACAGGAAGC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=114569062;WS=114569044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	114576626	rs1356428	A	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=129;SC=GAAACAAAAAATATAAATGAC;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=114576634;WS=114576616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	115049180	rs17304149	C	T	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=46;SC=TCCTAATCAGCGGCTGCTAAG;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=115049188;WS=115049170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	115061533	rs4936322	T	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=15;PP=482;SC=GCAAACCAAATGGCCATTTTG;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=115061541;WS=115061523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	115102224	rs11607928	A	G	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=21;PP=525;SC=CAAATTAAACATATGTGCTTT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=115102232;WS=115102214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	116628401	rs2075295	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=198;SC=GAAATCCTTCTTTGCATATAG;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=116628409;WS=116628391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	116629734	rs35268246	TA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.933;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr11	116631707	rs3825041	T	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=52;SC=TCTGATGTCCTCTAGGTGAAG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=116631715;WS=116631697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	116633825	rs918144	C	T	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=22;PP=826;SC=GAGAAGGATCCGGGGTGTCAT;SOR=0.854;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=47;WE=116633833;WS=116633815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	116640772	rs34855544	C	CA	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.898;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr11	116661826	rs2072560	T	C	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=27;PP=1383;SC=ACTGCTAGCCTCCATCATCTC;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=116661834;WS=116661816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	116662579	rs651821	C	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=11;PP=382;SC=CTTGCCATTACCTGCTCTGAG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=20;WE=116662587;WS=116662569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	116692334	rs5104	C	T	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=43;PP=1531;SC=GGCCTGCGTGCTGACCTGGGT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=116692342;WS=116692324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	116692694	rs5100	G	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=384;SC=ACACGTGCTAGGACAGGTGAG;SOR=2.531;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=116692702;WS=116692684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	116693353	rs2239013	C	T	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=26;PP=1018;SC=CCGTCACCACCGCACACTGTA;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=116693361;WS=116693343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	116693464	rs5092	C	T	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=36;PP=1037;SC=CCCACATCACCGTGGCCACCT;SOR=1.031;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=116693472;WS=116693454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	116701535	rs4520	T	C	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=18;PP=672;SC=TCATGCAGGGTTACATGAAGC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=116701543;WS=116701525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	116703640	rs5128	G	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=356;SC=TCCATCCTGCGAGCTCCTTGG;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=116703648;WS=116703630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	116707684	rs2070665	A	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=15;PP=695;SC=TCTGCCCCCTACCCCTGCCCT;SOR=1.005;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=35;WE=116707692;WS=116707674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	116731852	rs78087637	C	G	31.29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	116732512	rs2075292	G	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=8;PP=291;SC=AAGGGTACCAGGCTATCGAGA;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=116732520;WS=116732502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	116747282	rs17120119	C	G	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=195;SC=GCATACCTGGCATGGCCATAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=116747290;WS=116747272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	116824620	rs2289890	G	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	116824884	rs511676	T	G	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=692;SC=TACAGGAAGATAAACTAATGA;SOR=1.445;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=35;WE=116824892;WS=116824874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	117006383	rs76445007	A	G	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.34;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	117008345	rs3216785	G	GT	1049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=1069;SC=CGTCAAGCTGGTAGATGGAGC;SOR=2.694;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=25;WE=117008353;WS=117008335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	117008429	.	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.79;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	117014992	.	G	A	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=20;SC=AGTGGCAGGGGAACCGGAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=117015000;WS=117014982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	117015238	rs12419227	C	A	56.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	117030581	rs1871757	T	A	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	117030633	rs200545029	T	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=268;SC=AATTTTTTTTTTTCTTCTTCA;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=117030641;WS=117030623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	117034619	rs7122944	G	T	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=28;PP=840;SC=GTATGTAGTCGTTGGTGGGTA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=117034627;WS=117034609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	117042377	rs4936367	G	A	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=10;PP=373;SC=CTCAGAGATAGTGAGACTAGA;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=117042385;WS=117042367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	117052069	rs35248926	GTCTCT	G	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=594;SC=AGGGCTCATAGTCTCTGGAGC;SOR=1.101;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=117052081;WS=117052059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	117052107	rs144646355	G	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=9;PP=383;SC=AGAGGCTTGAGAGGCATTTCC;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=117052115;WS=117052097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	117052532	rs61729990	C	A	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	117053433	rs2046150	C	A	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=32;PP=937;SC=TCCCGCCCCTCTGCAGTGTCC;SOR=1.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=48;WE=117053441;WS=117053423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	117054370	rs34033077	C	CT	304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=208;SC=AAAAAAAAATCTTGTGAGGAT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=117054378;WS=117054360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	117054709	rs2046149	C	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	117058062	rs2306472	C	T	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	117059347	rs90192	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=6;PP=571;SC=ATAATTGTTACAATTGCCTCA;SOR=2.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=117059355;WS=117059337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	117059794	rs7933134	G	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=440;SC=TCGGCCCTGTGTGAGGGAGGC;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=117059802;WS=117059784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	117062489	rs3213459	T	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=1;PP=535;SC=ATGGCCGTGGTGGGGCACCAG;SOR=3.180;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=21;WE=117062497;WS=117062479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	117063709	rs2301174	C	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=16;PP=618;SC=TAAGAGAGATCTTGGCCTCTC;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=117063717;WS=117063699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	117064776	rs11605883	C	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=344;SC=AATCCCAGCACTTTGGGAAGC;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=117064784;WS=117064766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	117074109	rs12970	G	A	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	117074299	rs2269397	T	C	66.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=3;PP=45;SC=GGGGTGTGCTTGCCCGCACAC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=117074307;WS=117074289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	117076708	rs35186251	T	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	117076875	rs139944026	G	A	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.100;NF=23;NR=17;PP=494;ReadPosRankSum=-0.347;SC=TTTCCACTTCGTCTGGATCCT;SOR=0.452;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=40;WE=117076883;WS=117076865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,59:0.66:89
chr11	117077034	rs28590104	A	G	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=36;PP=999;SC=TGTAGTAAACAGTCCAGAAGA;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=117077042;WS=117077024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	117089722	rs2239009	G	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=ATTCAGCTCCGACCCTTGGTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=117089730;WS=117089712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	117090545	rs3882895	T	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=23;PP=716;SC=TGTGCACCTATAGTCCCGGCT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=117090566;WS=117090535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	117090558	rs74830	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=18;PP=529;SC=TCCCGGCTACCTGGGAGGCCC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=117090566;WS=117090535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	117095361	rs236919	C	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=264;SC=GCAGTTCTCCCGGGACTGTAT;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=117095369;WS=117095351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	117096652	rs2277287	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=8;PP=515;SC=CTCACCTGCAGCTGTAGATGT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=117096660;WS=117096642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	117096857	rs11419279	C	CTT	227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.70;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	117099215	.	G	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.49;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	117100594	rs500389	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=258;SC=GAAAAAGGATATGGAAGAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=117100602;WS=117100584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	117160347	rs539765	A	G	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=13;PP=528;SC=CGGAGGCAGCACCACTGACAC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=117160355;WS=117160337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	117232745	.	C	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=11;PP=331;SC=GTCTGTAGTTCCTGTGGGGCC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=117232753;WS=117232735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	117233308	.	C	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=133;SC=ATATTTTTTCCTTTTGAAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=117233316;WS=117233298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	117241760	rs2305826	T	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	117251143	rs2305828	A	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	117251521	rs2061293	G	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	117252489	rs897836	T	C	266.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=146;ReadPosRankSum=1.023;SC=AAGAAGAGCCTCCCCAGGGCC;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=9;WE=117252497;WS=117252478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr11	117258198	rs501776	T	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=291;SC=GACACCCTCTTAGCCTGGGGA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=117258206;WS=117258188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	117266312	rs2305830	C	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=4;PP=157;SC=AAGGAGCACACCCACCTGTTG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=117266320;WS=117266302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	117266754	rs693147	A	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	117267884	rs573455	A	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=25;PP=711;SC=TTCCTTGTGCAGCAGACACGC;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=117267892;WS=117267874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	117282800	rs522885	G	T	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=58;PP=1900;SC=CTCTCTTCTCGTCAACACCCA;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=95;WE=117282808;WS=117282790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	117299015	rs2925768	T	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=14;PP=641;SC=CGCGGCGCGGTCCAGGCGTGG;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=117299023;WS=117299005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	117299039	rs3741283	G	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	117306291	rs661789	G	T	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=153;SC=TGTGAGCCAGGGAAGGGGGGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=117306299;WS=117306281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	117308183	rs73592180	A	G	297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=308;SC=GCAGGACTGGACTGGGCTGGG;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=117308191;WS=117308173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	117308795	rs2253440	G	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=765;SC=ACTGTAGCACGAAGCCTGCGG;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=117308803;WS=117308785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	117332352	rs588048	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=358;SC=CCAGTCAGTCATGGATGTGAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=117332360;WS=117332342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	117395497	rs55642294	C	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=262;SC=ACTGGGGCTGCAGAAGGGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=117395505;WS=117395487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	117580356	rs605500	C	T	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=2;PP=73;SC=GAGAGGGTTACAGAACCATAA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=117580364;WS=117580346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	117580509	rs655086	A	G	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=141;SC=GCGGCTGTGAAAAAGAATGGA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=117580517;WS=117580499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	117580585	rs604245	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	117693255	rs529623	T	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=18;PP=569;SC=GCTGTCTCTCTCCGCAGCCTG;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=117693263;WS=117693245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	117698762	rs7117314	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=9;PP=286;SC=AGGAGTGCAGGAGAGCAGGGA;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=117698770;WS=117698752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	117709028	rs516655	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=11;PP=368;SC=AAAACACTTCGGCTGCCTCTG;SOR=0.829;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=24;WE=117709036;WS=117709018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	117711232	rs496164	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=192;SC=TGTGGGATGCATGGGACAGAG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=117711240;WS=117711222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	117712887	rs473057	G	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=50;SC=AGAGGTGCACGGTAGGGCGGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=117712895;WS=117712877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	117772848	rs491822	C	T	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	117773110	rs494457	G	C	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=55;SC=CAAGGAGGGAGAGCAAAGGGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=117773118;WS=117773100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	117774291	rs2845712	A	C	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=21;PP=866;SC=TCTGCCTACAACCTGGGTGCT;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=117774299;WS=117774281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	117776526	rs3802872	A	G	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=168;SC=AAGGAGCACAACCACTCTGGG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=117776534;WS=117776516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	117781435	rs2155194	A	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=8;PP=381;SC=AACACTGGAGAGAGATATACC;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=117781443;WS=117781425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	117784497	.	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.78;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	117789312	rs201746372	CGGGCTGGAGATGCCT	C	1282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.80;QD=41.38;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	117790658	rs10790220	C	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=9;PP=231;SC=ATGGGGCCCCCTGGCCCTGCA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=15;WE=117790666;WS=117790648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	117790674	rs12418028	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=232;SC=CTGCAGGGCCAGGAACACCTT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=117790682;WS=117790664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	117864063	rs3135932	A	G	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=711;SC=CACATATGAAAGCATCTTCAG;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=117864071;WS=117864053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	117979744	rs10892216	C	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=396;SC=TTGGGCTTGTCGGTCAATGCC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=117979752;WS=117979734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	117979814	rs10892217	C	T	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=106;SC=TTTCCAAGCCCCAGTTTCCCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=117979822;WS=117979804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	117982495	rs1941635	T	G	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=24;PP=1259;SC=GTGGTGGGTGTGGAGGAGGCC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=117982503;WS=117982485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	117988082	rs642215	T	C	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=25;PP=1060;SC=GCATCGTTAGTTGGGGCTATG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=117988090;WS=117988072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	117988223	rs643014	G	A	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=20;PP=731;SC=TCTACCTGGGGGGTGCCAATC;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=117988231;WS=117988213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	117988539	rs671111	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=2;PP=77;SC=AGAAAAGGAAGACTCACGTTA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=117988547;WS=117988529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	118016068	rs1793137	C	T	64.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=50;SC=CAGTGCCAACCTCGGGAGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=118016076;WS=118016058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	118037813	rs8192613	G	T	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=48;PP=1304;SC=TGGAAAGGAAGCAGAGCCACT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=65;WE=118037821;WS=118037803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	118067426	rs648947	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=326;SC=CACCTGGCTCAGCTGAGGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=118067434;WS=118067416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	118067621	rs951657	A	G	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	118068949	rs1617182	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=383;SC=GCCAGGGCTACCCGGCTCACC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=118068957;WS=118068939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	118071097	rs1626649	T	C	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	118074117	rs1793173	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=142;SC=AGGTCCCTCAATGCTCCCCAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=118074125;WS=118074107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	118074337	rs1793174	A	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=24;PP=799;SC=GGAGTACTCCACAGACATCCT;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=118074345;WS=118074327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	118081345	rs17121881	A	T	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=22;PP=846;SC=ATTGCATAAGATGTCCCCCAT;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=118081353;WS=118081335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	118081468	rs17121882	C	T	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=597;SC=AAAAGAGGTGCCAGACCGAGG;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=118081476;WS=118081458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	118083664	rs1715429	A	G	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=27;PP=1017;SC=TTGCTCTTAAATCTCCCACTG;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=118083672;WS=118083654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	118083810	.	C	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=440;SC=GCACAGCTTTCCTCCTGCATT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=118083818;WS=118083800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	118107805	rs1793140	A	G	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=9;PP=317;SC=GAATATTATGATGCACATCTG;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=118107813;WS=118107795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	118108003	rs1793141	G	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=18;PP=526;SC=TGAGAGAAAAGGTTAACTTGG;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=118108011;WS=118107993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	118110977	rs2853006	T	C	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=23;PP=859;SC=CTATAGTAAGTTTGTCAGTGA;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=118110985;WS=118110967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	118134597	rs4936426	C	T	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=86;SC=GTGCCTGAATCACTGGCAGCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=118134605;WS=118134587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	118134785	rs1624780	T	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=15;PP=616;SC=AGGAGGAAACTCTGAGAGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=118134793;WS=118134775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	118175540	rs2231441	A	G	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=55;SC=AGCATTGGGAACAATGGCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=118175548;WS=118175530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	118178007	rs1126924	C	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	118179197	rs1599810	A	G	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=46;SC=GTTTTCAAATATGGAATGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=118179205;WS=118179187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	118182801	rs1945764	G	A	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	118183733	rs28423005	C	T	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=154;SC=TGGTACCACACGGCATCAGTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=118183741;WS=118183723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	118185140	rs2298821	T	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=10;PP=386;SC=GGGAATGAAATGTTTCCCCTC;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=118185148;WS=118185130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	118210424	rs67065773	TAC	T	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr11	118211797	rs7129048	T	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=367;SC=CCTGCTCCATTGACAACCAAG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=118211805;WS=118211787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	118215075	rs150376137	AGGCT	A	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=140;SC=GCTGCTGCACAGGCTGGCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=118215086;WS=118215065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	118221474	rs1561966	G	A	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=7;PP=187;SC=TGTACCCAATGGAAGAGACTG;SOR=1.402;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=118221482;WS=118221464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	118223131	.	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=14;PP=531;SC=CCTCAAGGATCGAGAAGATGA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=118223139;WS=118223121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	118243235	.	C	T	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=19;PP=665;SC=ACCAAAGTTCCAGAGAACCTG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=118243243;WS=118243225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	118245971	.	C	CTGTGTGTG	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=658;SC=CTTCTCAAAACTGTGTGTGTG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=118245979;WS=118245961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	118246021	rs112243842	T	G	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=128;SC=CCTTATCCTTTTTCACAGAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=118246029;WS=118246011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	118255278	rs6589663	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=3;PP=570;SC=AAAGCAAATGGCTACACATAA;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=118255286;WS=118255268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	118255662	.	TA	T	359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	118301616	rs11288713	AT	A	193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.14;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	118307171	.	C	T	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=19;PP=772;SC=CCCTCCGCCTCCCCGCCCCCC;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=33;WE=118307179;WS=118307161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	118354750	rs9332796	T	A	75.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=114;SC=CAGTCTCTTTTAAAAAAAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=118354758;WS=118354749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	118355642	rs9332801	A	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=14;PP=687;SC=CTGTTCCTATAACACCCAGGG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=118355650;WS=118355632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	118362414	rs562780	T	C	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=165;SC=TTCCTCTCTCTCATTCTTCAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=118362422;WS=118362404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	118365168	rs2276045	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=73;SC=TAATTACCCTGTGAATACAAT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=118365176;WS=118365158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	118365263	rs9332819	C	T	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=30;SC=TTGAGAGGAACTTGGTGAGGT;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=118365271;WS=118365253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	118368665	rs7107305	A	G	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	118368822	rs7123835	T	G	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	118369265	.	T	TA	184.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr11	118373018	rs147292591	AAT	A	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr11	118373861	rs2071702	C	T	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=48;PP=1563;SC=CCATTATCAACGAACATATGG;SOR=0.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=82;WE=118373869;WS=118373851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	118380007	rs201876561	T	TA	206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=163;SC=TTTCTACATTTAAAAAAAAAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=118380015;WS=118379997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	118402962	rs45558732	G	T	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=19;PP=770;SC=GGGTGGCAGGGGGGCCTGGCA;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=118402970;WS=118402952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	118405343	rs512849	G	A	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	118455464	.	C	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=340;SC=GTCTTTTAATCGTTCCTGATT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=118455472;WS=118455454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	118500744	rs10578316	GT	G	61.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.349;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr11	118500963	rs680465	G	A	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=160;SC=GCCTGCGGGAGAAGGCAACAA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=118500971;WS=118500953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	118505676	rs58507527	GT	G	561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=311;SC=GAGGCACCTGGTAGGCCCGCC;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=118505684;WS=118505666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	118514601	.	TTCC	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.262;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,6:0.12:49
chr11	118518964	rs11314049	GC	G	44.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=60;SC=CCCCAAAACAGCACCCACCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=118518972;WS=118518954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	118529017	rs6589669	T	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=171;SC=GCAGGAGGCTTAGCAGGAGGC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=118529025;WS=118529007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	118529044	rs11448549	C	CG	722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=310;SC=GAAGGGTGGCCCCAGGCAGTG;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=118529052;WS=118529034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	118529069	rs6589670	G	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	118529078	rs6589671	G	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	118622744	rs6589689	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=25.64;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	118754649	rs10892307	C	G	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=23;PP=847;SC=GCCGGCACAGCCATGAACTAC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=118754657;WS=118754639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	118757191	rs1790192	G	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.17;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	118757201	rs3176908	C	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.09;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	118769442	rs7104819	A	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=16;PP=591;SC=ACATCTGTCCAGGGTGGCACA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=118769450;WS=118769432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	118770321	rs11217083	A	G	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=75;SC=GCCAGAGGTCAAAGTCTTCAC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=118770329;WS=118770311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	118770823	.	G	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=10;PP=253;SC=GGAAGTGAATGGTAGGCTGGG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=118770831;WS=118770813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	118781601	rs11376918	C	CA	3620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=40;PP=1845;SC=GACAGGGAGACAAGACACGCA;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=43;WE=118781609;WS=118781591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	118781638	rs11376919	C	CG	2619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=31;PP=1572;SC=AGAGGCGCGCCGAGGCCAGGG;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=118781646;WS=118781628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	118781655	rs11376920	C	CG	2429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=27;PP=1488;SC=AGGGAAGCGCCGCCGGAGCGG;SOR=1.066;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=32;WE=118781663;WS=118781645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	118828942	rs623500	A	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=211;SC=TCCCGCAAGTAAGGAGGTCTG;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=118828950;WS=118828932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	118842745	rs36158515	A	AG	730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.77;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	118842780	.	A	AG	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=18;PP=688;SC=CCCGGGGCAGACGGCTCCCCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=118842788;WS=118842770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	118849682	.	C	T	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=34;PP=1063;SC=GATTATGAGCCCAACCTCTGG;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=118849690;WS=118849672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	118868842	rs58467585	A	AG	193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=146;SC=CCGAGGGGTCAGGGTCAGAGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=118868850;WS=118868832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	118889114	rs10892321	A	G	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=36;PP=1043;SC=TCCGGGGCAAAAGGCGGAGCC;SOR=1.483;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=50;WE=118889122;WS=118889104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	118898435	rs56966114	AC	A	3389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=37;PP=2057;SC=AGACAACCACACCACAGTGCC;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=50;WE=118898443;WS=118898425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	118915755	rs13929	G	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=6;PP=346;SC=AAAGGAGCTGGATGGGGAATG;SOR=1.358;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=118915765;WS=118915745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	118915757	rs11363127	TG	T	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	118919206	rs568922	T	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=13;PP=530;SC=CAAATATGAATGCTTCCAAGC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=118919214;WS=118919196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	118920112	rs670192	A	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=502;SC=CCTTGGGAGCACCAGTCAAGA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=118920120;WS=118920102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	118920453	rs673768	T	C	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	118926720	rs470679	A	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=8;PP=340;SC=CCCAAGCTCAATTCCCATCAT;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=118926728;WS=118926710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	118927013	rs57740718	T	TC	928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=632;ReadPosRankSum=-0.448;SC=AGCCTACTTCTCCCTTCTCCC;SOR=0.859;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=24;WE=118927023;WS=118927003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr11	118938882	rs670526	C	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=105;SC=GGAAGTCCATCTCCTAACTTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=118938890;WS=118938872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	118939939	rs5795166	T	TC	1099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=491;SC=CTTGCCACGTTCCTACAGCTT;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=118939947;WS=118939929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	118940957	rs1784302	C	G	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=28;PP=1081;SC=TCACAGATGGCAGTGTTACAT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=118940965;WS=118940947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	118942638	rs1614264	A	C	345.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=4;PP=107;SC=ATGCCTGGATACTGCCAATCT;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=118942646;WS=118942628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	118944675	rs3825061	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=236;SC=AGTCTGGAGGCACTTTGGGAT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=118944683;WS=118944665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	118949083	rs1177563	G	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=235;SC=AAGACAGTTCGTGCCGTCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=118949091;WS=118949073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	118949331	rs1177562	C	T	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=11;PP=502;SC=GTCGCTTCTGCGACGTCTTTG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=118949339;WS=118949321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	118949799	rs1168568	G	A	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=62;PP=2260;SC=AGTGCCACACGTGGTTGATTG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=66;TCR=62;TR=128;WE=118949807;WS=118949789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	118952173	rs15818	A	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=23;PP=784;SC=CTGCAGCTCAAGTGCTCCAAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=118952181;WS=118952163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	118952371	rs4614	A	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=249;SC=GTGGAGGACCAAGAGAACAGA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=118952379;WS=118952361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	118958869	rs1006195	G	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	118959331	rs17075	G	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	118959732	rs549893	C	T	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=124;SC=CGTAGCACAGCGCTAGGCTCA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=118959740;WS=118959722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	118970875	rs10892330	T	C	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=100;SC=ATAATTACTATGCATATTGCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=118970883;WS=118970865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	118973112	rs3825060	AA	GC	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=17;PP=1101;SC=TCCCGGAAACAAAGCTACGAT;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=33;WE=118973121;WS=118973102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	118973133	rs10790282	G	A	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=19;PP=544;SC=TTGGAAGGATGGTGTAAATTC;SOR=0.849;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=33;WE=118973141;WS=118973123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	118981025	rs617948	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	118983681	rs682795	C	T	219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.98;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	118984287	rs4938630	A	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=238;SC=CTCTGAAGCAACTCCCAGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=118984295;WS=118984277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	118986630	rs608444	G	A	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=262;SC=GAGGAAGCCTGGCTTCTGGGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=118986638;WS=118986629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	118986659	rs608793	C	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=367;SC=TGATCCTGTCCACATCCTCTT;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=118986667;WS=118986649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	118997869	rs547345	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=13;PP=328;SC=GGGAGGAGCTCAAGGAAAGGT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=118997877;WS=118997859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	119005088	rs512703	C	T	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	119028813	rs626776	C	G	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=115;SC=CTTAATGGTACAAGATTCTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=119028821;WS=119028809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	119031841	rs11383101	G	GC	853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=358;SC=CTGTACCCCAGCCCTGCAGCA;SOR=0.922;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=119031849;WS=119031831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	119064394	rs11217175	C	T	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	119065484	rs60630529	A	AC	3284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=32;PP=1730;SC=CTCACTGCCCACCCTCTCTCA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=61;WE=119065494;WS=119065469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	119181170	rs2249466	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=16;PP=502;SC=GAGACGGGGGTAGCGTGCTGG;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=119181178;WS=119181160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	119181674	rs2510146	G	C	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=66;PP=2281;SC=ACCATCGTTGGCCCAGCCAGT;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=116;WE=119181682;WS=119181664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	119185133	rs6589731	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=171;SC=CCCAAAGCACCGAGATTACAG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=119185141;WS=119185123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	119185347	rs6589732	G	A	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=49;PP=1959;SC=CCATCTCAGCGGCTGCGCACC;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=106;WE=119185355;WS=119185337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	119185748	rs35929108	G	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=18;PP=609;SC=TCTCCTTGTGGACCTAATGGG;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=119185756;WS=119185738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	119205735	rs12797083	T	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=168;SC=TCATTTTCCTTCCAAATTAAT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=119205743;WS=119205725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	119205830	rs12795576	A	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=514;SC=CCATAGCCCTATCATGGAGGC;SOR=1.238;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=119205838;WS=119205820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	119206375	rs2511841	G	A	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=39;PP=1497;SC=GGAGGATGACGGACGTAGTGG;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=77;WE=119206383;WS=119206365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	119207928	rs6649	C	T	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=23;PP=784;SC=TCACTAGGGTCCAAATACAGA;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=119207936;WS=119207918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	119214771	rs948413	A	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=445;SC=GGCTGGGGGGATGGGGTGGTG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=119214779;WS=119214761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	119215165	rs10790289	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=475;SC=ATAGGGCTGGCGGTGATTACA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=119215173;WS=119215155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	119215253	rs2509388	G	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	119215256	rs10892350	C	T	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	119216231	rs2510143	A	G	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=14;PP=518;SC=GCTGTATTGCATGGTCTGTGG;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=119216239;WS=119216221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	119217254	rs883247	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=6;PP=189;SC=TTTCTGGAGTCCCTGTGACAG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=119217262;WS=119217244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	119227844	rs11217253	G	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=280;SC=TGGAGGAGTGGGGGGAGAGTG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=119227852;WS=119227834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	119229374	rs7937208	T	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=646;SC=TGTTGAACACTAGGCAGAAAC;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=119229382;WS=119229364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	119229758	rs45533837	T	C	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=24;PP=840;SC=GTTCTCAGGGTTGGACTTAGG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=119229766;WS=119229748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	119229964	rs2241646	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=17;PP=488;SC=AGCGCGGTGCGTATCTCTGGA;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=119229972;WS=119229954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	119243670	rs33929148	C	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=21;PP=878;SC=CTTGCGCGTCCGGGCCAGCAT;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=119243678;WS=119243660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	119244095	rs587985	C	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=613;SC=CATAGGAGGACGGGGTGTAGG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=119244103;WS=119244085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	119252151	rs565296	C	T	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	119252199	rs670906	T	G	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=53;PP=1889;SC=CTTCTTGGAGTATGGACGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=107;WE=119252207;WS=119252189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	119290034	rs1054735	G	C	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	119291480	rs3138091	G	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=10;PP=425;SC=CCCTCTCTTTGTCACCTGCGC;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=119291488;WS=119291470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	119291688	rs3751026	A	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=18;PP=500;SC=CACACTTACCACCAGGGCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=119291696;WS=119291678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	119509064	.	C	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=2;PP=51;SC=CCATGCACCCCCATTCTGGCA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=119509072;WS=119509054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	119509625	rs1022080	C	T	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=135;SC=AGAGCAGGCCCGGGAGCTCTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=119509633;WS=119509615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	119510644	rs7940667	A	C	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=24;PP=927;SC=GAGCACAGCAACTAGGATGAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=119510652;WS=119510634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	119535677	rs137909701	C	CCCT	1791.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.373;QD=36.57;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,45:0.92:49
chr11	119584506	rs4245205	T	C	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=53;SC=GGGCAGCTCCTATCTCTCCTG;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=119584514;WS=119584496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	119879255	rs609066	A	G	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=50;SC=TGCTGCAGAGATCCTGTGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=119879263;WS=119879245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	119879425	rs648374	T	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=373;SC=TTCTCCGAGATTGCGAGTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=119879433;WS=119879415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	119987576	rs488222	C	T	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=52;SC=GAGAAGGGACCGGCACACCCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=119987584;WS=119987566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	119989123	rs10466596	G	T	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	119992839	.	A	AGTGTGT	644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;QD=37.93;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	119993897	rs66674912	CCT	C	6700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=44;PP=2967;SC=GTTTCCCCAACCTCTCAGAGA;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=66;WE=119993906;WS=119993887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	119996406	.	C	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=445;SC=TACCGTTCTCCATGTGGTTCC;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=119996414;WS=119996396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	119997956	.	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=133;SC=TGGATAAGTGGATAGGTGGAT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=119997964;WS=119997946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	119999191	rs569044	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=270;SC=TCCTTTTGCAATGACAGCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=119999199;WS=119999181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	119999238	.	G	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=305;SC=AGAAGTCAGGGGGAGGAGATG;SOR=2.030;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=119999246;WS=119999228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	120007889	rs470645	G	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=10;PP=762;SC=GAGGGGTGGGGTGAGAGAGGA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=120007897;WS=120007879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	120040442	rs2444240	T	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=5;PP=278;SC=GGCAAAGGCTTGCGGGATGCG;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=120040450;WS=120040432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	120097498	rs873059	T	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=14;PP=710;SC=TGAAGCCAGGTAGGAGTGACT;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=120097506;WS=120097488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	120099658	rs2508489	A	G	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.71;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	120099679	rs2508490	G	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=16;PP=594;SC=TGCGTCTGCCGCTATGGCCTG;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=120099687;WS=120099669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	120107411	rs882856	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=13;PP=506;SC=GCTAAAGGAGGAAGGGGTAAA;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=120107419;WS=120107401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	120117174	.	G	A	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	120186190	rs17245511	G	A	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=75;SC=TAAAAAATGGGATATTAGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=120186198;WS=120186180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	120187971	rs2282537	G	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	120188964	rs61898345	A	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=3;PP=135;SC=TATTACTCCTACCTGCAAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=120188972;WS=120188954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	120278359	rs6589812	T	C	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=78;SC=TTCCTGGTTTTTCTTGTAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=120278367;WS=120278349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	120278688	rs7937612	T	C	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=85;SC=TTGCATTTAGTAGGAATGCAA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=120278696;WS=120278678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	120292477	rs76693355	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=311;SC=TAAATGCAAATGAATCACATT;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=120292485;WS=120292467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	120292570	rs532006	T	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=212;SC=AGGTAAGGAATAGGCTATTAT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=120292578;WS=120292560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	120312746	rs723937	G	A	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=207;SC=CTACTCAATGGTGACCTAGCA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=120312754;WS=120312736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	120318842	.	C	T	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=46;SC=TGATTTATTTCAATAATTCCA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=120318850;WS=120318832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	120319064	rs2305008	A	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=22;PP=705;SC=CAAGGTAAGAATGAAATAATG;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=120319072;WS=120319054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	120319814	.	C	T	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=47;SC=TACTTCAACTCTAGCAAAGTA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=120319822;WS=120319804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	120330149	rs2305010	G	C	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	120340060	rs2305013	A	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=15;PP=465;SC=ATCTTAAATTATGTAAATCAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=120340068;WS=120340050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	120347886	rs111312404	T	TTGTTG	699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=247;SC=GATATTTCTTTTTTCTTTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=120347894;WS=120347876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	120355028	rs141469382	T	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=199;SC=GTTAATATTTTTGAAATTTGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=120355036;WS=120355018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	120382409	rs7952113	T	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	120732508	rs3824978	C	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=308;SC=TGTTAACTCCCAGAAAAACTG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=120732516;WS=120732498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	120744676	.	C	T	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	120776001	rs2156634	G	A	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=12;PP=461;SC=TGCTGCAGGAGAACCCATATT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=120776009;WS=120775991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	120823528	rs10750178	A	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=530;SC=TTGACTGAATATGTGCGGTGA;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=120823536;WS=120823518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	120827609	rs644057	A	G	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=38;PP=1065;SC=TCATGCAGCAAGGCTCCACCA;SOR=1.248;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=120827617;WS=120827599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	120831878	rs607142	C	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=359;SC=CTCCGCATCTCATTATCTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=120831886;WS=120831868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	120852961	rs499804	C	A	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TATGATCGATCGTGTTGGCAG;SOR=0.351;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=56;WE=120852969;WS=120852951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr11	120857051	rs11218092	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=368;SC=GCCGCCAGCCGGAACTTGTAC;SOR=2.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=17;WE=120857059;WS=120857041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	120989335	rs612969	A	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=27;PP=856;SC=TGAACACCGCAGAGGTTCAGC;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=120989343;WS=120989325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	120996292	rs536069	A	G	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=40;PP=1462;SC=TGTACCACGCAGACTGGAAGT;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=83;WE=120996300;WS=120996282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	121000212	rs643744	T	G	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=2;PP=198;SC=GTTGGTATCTTTGTGGGTTCC;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=121000220;WS=121000202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	121000774	rs520805	T	C	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.79;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	121000784	rs586473	T	C	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	121028666	rs33981325	C	T	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=22;PP=1285;SC=CGCTGCGCAACGGGGTGCGCG;SOR=1.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=67;WE=121028674;WS=121028656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	121032978	rs526433	G	A	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	121037529	rs2186747	C	G	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	121178302	rs1061332	A	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=AAAAAATAATATCCATACAGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=121178310;WS=121178292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	121360884	rs560573	T	A	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=30;PP=852;SC=TAGCTCCTTCTTGGTGGACAA;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=121360892;WS=121360874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	121393212	rs630813	C	G	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=289;SC=CAGCTGCACTCCCCTCACACA;SOR=1.230;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=15;WE=121393220;WS=121393202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	121403229	rs636588	T	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	121403345	rs631232	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=19;PP=552;SC=TATCTCTCTATAGCACTATGT;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=121403353;WS=121403335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	121424529	.	C	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=191;SC=TCACTTGGTCCACACCACATG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=121424537;WS=121424519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	121437819	rs1699107	C	G	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=21;PP=559;SC=CTGTGTCAAACAAGGTACTTC;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=121437827;WS=121437809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	121440752	.	G	A	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=102;SC=ATATCTGGCTGAATTTCCCCC;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=121440760;WS=121440742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	121445084	rs1792126	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	121447807	rs1790212	A	G	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=325;SC=ACCCATTTGCAGCACACTGAC;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19;WE=121447815;WS=121447797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	121456962	rs1699102	C	T	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	121457123	.	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=6;PP=162;SC=CCTTTCATTTCCTCAGTACCT;SOR=1.244;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=121457131;WS=121457113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	121460664	rs1625828	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=4;PP=215;SC=CTGGAACTTGGGTCTGGAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=121460672;WS=121460654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	121475798	rs1784929	T	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.93;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	121475807	.	C	T	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.29;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	121483401	rs1010159	C	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	121483651	rs1010158	G	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=6;PP=139;SC=GGTATTCTCTGGAAGCTGTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=121483659;WS=121483641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	121489416	rs1784933	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=133;SC=CTTAAATTGGGGATTTCAAGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=121489424;WS=121489406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	121491782	rs1792120	G	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=8;PP=571;SC=GTTGTATGCAGTTGCAGTCAA;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=121491790;WS=121491772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	121493072	rs11454566	T	TA	147.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.6257;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-0.126;SC=ATAGATAGTGTAAAAAAAAAG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=121493080;WS=121493062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr11	122165766	rs532540	G	A	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=494;SC=ATGACAGTATGGACAGCCTCA;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=122165774;WS=122165756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	122172113	rs558962	T	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	122172318	rs615683	C	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.27;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	122172321	rs693194	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.44;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	122650172	rs4935813	C	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=3;PP=304;SC=CTCCCCTTGTCTCTGAGTGAA;SOR=1.739;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=122650180;WS=122650162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	122738261	rs2272094	A	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=12;PP=398;SC=ATATGGAAGAAAGGTCAGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=20;WE=122738269;WS=122738251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	122775227	rs3107630	T	C	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=166;SC=TGTCTAGATATCGCTTCCTTT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=122775235;WS=122775217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	122928934	.	GAAAA	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,4:0.14:29
chr11	122929190	.	G	A	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=29;NR=28;PP=1084;SC=TTGCTCAAACGGCCTAGGAAA;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=122929198;WS=122929180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	122955277	.	A	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=19;PP=602;SC=TTAACCTTACAGGTGTACCGG;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=122955285;WS=122955267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	123065683	rs2302605	C	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=19;PP=507;SC=CCCCGCTCAGCTGCTGCTTGG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=123065691;WS=123065673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	123154879	.	TCC	T	518.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.51;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	123154882	.	TTCCTTCCTTC	T	518.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.51;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	123396674	rs35709687	G	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=4;PP=224;SC=GGGAAGAAGGGGCAGTGGCAG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=123396682;WS=123396664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	123431391	.	CGTGTGT	C	400.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;MQRankSum=3.883;QD=28.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr11	123454978	rs58457879	T	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.21;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	123464637	rs1148101	G	C	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=131;SC=ACACCGAGGCGCCGTTCCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=123464645;WS=123464627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	123466870	rs376510429	G	A	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=22;PP=580;SC=CGCTAAGGGCGATGCAGATTC;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=123466878;WS=123466860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	123484117	.	G	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=5;PP=252;SC=GAGTTGCATTGGAGGGCTGAA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=123484125;WS=123484107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	123596789	.	G	A	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=20;PP=916;SC=TAGGGCACGTGAATGGTTTCT;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=123596797;WS=123596779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	123598941	rs2282644	T	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=13;PP=541;SC=GGGAAAAGCATACGGCCACAT;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=123598949;WS=123598931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	123676231	rs4936845	G	T	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=20;PP=831;SC=GGTCACCACTGTGATGAGGAC;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=123676239;WS=123676221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	123753937	rs1939927	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=377;SC=ATTGCAGTGCATTCTGGTAAT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=123753945;WS=123753927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	123754073	rs4587739	A	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=267;SC=GGGAAAAGAGATTCCAGGGAG;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=123754081;WS=123754063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	123754844	rs10893099	T	C	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=16;PP=589;SC=GATCCTATAATTAGAGAAGTG;SOR=0.892;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=34;WE=123754852;WS=123754834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	123755281	.	A	G	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=12;PP=452;SC=CCCAGGATTAAGTTAAGGAGG;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=123755289;WS=123755271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	123777049	rs10750249	G	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=4;PP=182;SC=TTTTCATAGAGAGAAAACACT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=123777057;WS=123777039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	123777302	rs17127947	T	G	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=870;ReadPosRankSum=1.940;SC=AATCGTCAACTTCATACCCCC;SOR=0.295;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=49;WE=123777310;WS=123777292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr11	123777412	rs17127950	A	G	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=25;PP=834;SC=AGATAGATCCATCTCCTATTC;SOR=0.836;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=48;WE=123777420;WS=123777402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	123777497	rs10750250	G	A	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=868;ReadPosRankSum=1.740;SC=GCCATGGCCTGCGATCGCTAC;SOR=0.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=50;WE=123777505;WS=123777487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr11	123777536	rs7926767	G	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=23;PP=974;SC=CTGCTCTACAGGGTCATCATG;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=49;WE=123777544;WS=123777526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	123777861	rs61748875	T	C	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=39;PP=1376;SC=TTAGCACCTGTAGCTCCCACC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=123777869;WS=123777851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	123777986	rs7942047	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=20;PP=516;SC=ACTGTGATTCTCATGTTGAAT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=123777994;WS=123777976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	123778031	rs7927385	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=255;SC=AATGAAGTAAGAAATGCTCTG;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=123778039;WS=123778021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	123814182	.	G	A	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=35;PP=1350;SC=GCCAGGTAACGATCCAGAGAC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=123814190;WS=123814172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	123886307	rs79057843	CA	TG	11641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=60;PP=2947;SC=CTCGTGACAGCATTCATCCTC;SOR=0.788;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=137;WE=123886316;WS=123886297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	123886681	rs1893766	A	G	4686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=79;PP=2681;SC=GTACACCAGCATGATGAGTGG;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=153;WE=123886689;WS=123886671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	123886865	rs4084209	T	A	6294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=70;SC=TCAGCCAACGTGATGGTCATC;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=79;TCR=70;TR=147;WE=123886873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr11	123886984	rs4936880	A	G	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=47;NR=56;PP=2078;SC=TGGGAGGCGCAGAGCCTTTCA;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=123886992;WS=123886974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	123887164	rs4936881	A	C	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.064;NF=31;NR=45;PP=1592;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CAAGGAGGTGAAGAAAGCTGT;SOR=0.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=76;WE=123887172;WS=123887154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr11	123887184	rs4936882	T	G	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=43;PP=1461;SC=TGTTGAAACTTAGAGACAAAG;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=123887192;WS=123887174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	123887257	rs150059707	A	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=744;SC=TAAAAATAGTAATCTAATTTA;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=123887265;WS=123887247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	123887314	rs517598	T	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=341;SC=AGTGTTAAACTTTATTCCAAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=123887322;WS=123887304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	123894119	rs12366219	A	G	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.52;QD=26.58;SOR=3.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	123894136	rs28499345	A	G	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=17;PP=1687;SC=GTGGGAGCAGATGTGCCCTCC;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=123894144;WS=123894126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	123909627	rs11219420	T	C	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.34;QD=45.57;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	123909637	rs4936889	G	T	4999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.19;QD=42.01;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	123909695	rs3894197	G	C	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=50;PP=1704;SC=TGTCAGTAGGGTGGCGTTGGA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=86;WE=123909703;WS=123909685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	124015994	rs1056615	C	T	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	124016366	rs2282505	C	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	124016740	rs9326269	A	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=193;SC=GTTCTTGTGTATTATAACTCT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=124016748;WS=124016730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	124029037	rs4936895	G	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=269;SC=CATAGCCAAAGCACTCATCAG;SOR=1.931;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=124029045;WS=124029027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	124029075	rs4935866	G	A	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	124029541	rs4936896	A	G	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=33;PP=1197;SC=GCCACAGAGCATGTATCATCC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=124029549;WS=124029531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	124056377	rs2512228	T	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=23;PP=869;SC=CGATACACAGTCATCATGAAC;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=124056385;WS=124056367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	124056566	rs7937809	G	A	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	124056732	rs2512227	T	G	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=16;PP=613;SC=TCTGTGCCTATGGGCCCATCA;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=124056740;WS=124056722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	124056787	rs2512226	G	A	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	124120302	rs2512239	A	G	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=82;SC=TACTCAAAGGAGATACCTAAA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=124120310;WS=124120292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	124121199	rs4268525	G	C	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=25.31;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	124134686	rs7931968	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=TGCTAAATTGGGATAAATTAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=124134694;WS=124134676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	124134743	rs2466637	G	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=187;SC=ATAAACAAGGGATCACTTTCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=124134751;WS=124134733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	124135009	rs2512168	G	A	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=27;PP=1024;SC=CCTATGTACTGTTTCCTCAGC;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=55;WE=124135017;WS=124134999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	124135438	rs2512167	G	A	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=6;PP=292;SC=ATCTTTAGTGGAATTAACATC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=124135446;WS=124135428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	124135481	rs2466701	C	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=379;SC=TCAGCTCTTACATCTTCATCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=124135489;WS=124135471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	124179656	rs4936917	G	T	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=0;PP=154;SC=TACAACAGAAGAACATGAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=124179664;WS=124179646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	124179835	rs4936918	C	T	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=16;PP=548;SC=TGGTGTAGAACACAGAGGACA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=124179843;WS=124179825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	124180082	rs4936919	A	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=14;PP=681;SC=AAGCTCATTGAGGTGTGTGTT;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=124180090;WS=124180072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	124180282	rs7107539	A	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=23;PP=1074;SC=GCAGTGGGCTACAGATGGCAA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=124180290;WS=124180272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	124180458	rs138189651	C	T	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=29;PP=1054;SC=CAGAAATCGACGAAGGACAAG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=124180466;WS=124180448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	124266884	.	G	A	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.12;QD=25.55;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	124266912	rs28398895	A	G	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=43;PP=1471;SC=TCAACATGTAACATTCAGAGA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=124266920;WS=124266902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	124267177	rs61910862	T	C	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=39;PP=999;SC=GAGGGGTTGCTGGAACTCTGG;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=124267197;WS=124267167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	124267189	rs507335	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.18;QD=24.49;SOR=1.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	124293767	rs2188707	G	A	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=154;SC=AAATTCCTCCGCCTATAAATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=124293775;WS=124293757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	124294703	rs10750270	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=263;SC=GAGCTGGAGCTCTGGCTGTTC;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=124294711;WS=124294693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	124310577	.	G	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=20;PP=790;SC=GGGGAGACATGGTGACCATGT;SOR=0.784;Source=Platypus;TCF=25;TR=45;WE=124310585;WS=124310567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	124439883	rs1942660	G	A	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=82;SC=GGAGGAGGGCGGGGAGGATGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=124439891;WS=124439873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	124440617	rs12792184	C	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=25;PP=956;SC=GTCTTCTTTTCGGCTGGATTC;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=124440625;WS=124440607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	124543739	.	C	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	124561665	.	C	T	203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	124610011	rs11399333	C	CG	514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=320;SC=TTAGAGGGCCCGGGGGAGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=124610019;WS=124610001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	124618339	.	G	A	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=17;PP=1000;SC=TCTCTTTCTGGAACCTGACCA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=124618347;WS=124618329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	124619770	.	A	ACAAAAAAAAAAC	253.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=23;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=566;SC=GAACTGCAAAAAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=124619789;WS=124619760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	124619781	rs5795428	A	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	124620587	rs61910625	C	T	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=187;SC=GTATGTGGCTCGTGGATCCCC;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=124620595;WS=124620577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	124621241	rs2075712	C	A	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=388;SC=CCAAACTCCCCCTCCCGACCC;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=124621249;WS=124621231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	124621515	.	C	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=258;SC=AACCCAAATTCCAGTGATCTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=124621523;WS=124621505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	124623492	rs12541	T	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=714;SC=GAGGTGACCCTTATAGGAAGG;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=124623500;WS=124623482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	124623898	rs79106790	G	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=529;SC=AAGTGGGTGGGGGAAGGAGGA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=124623906;WS=124623888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	124624083	rs2076991	G	A	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=31;PP=1570;SC=GAGAGCCCCCGCTGCAGCAGA;SOR=1.028;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=81;WE=124624091;WS=124624073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	124670069	rs183501631	G	A	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.37;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	124739988	rs4936957	T	C	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=27;PP=1232;SC=ATTTTGACATTATGGGAACAG;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=124739996;WS=124739978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	124740410	rs3923890	A	T	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	124740691	rs7925879	A	G	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=6;PP=156;SC=ATGGTTGGCAAGAGACTGAGG;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=124740699;WS=124740681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	124742446	.	G	A	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=376;SC=GAGATAAAAGGAGGTACGTGC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=124742454;WS=124742436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	124747333	rs10790713	A	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=289;SC=ACTGTCCTGAAACTCCCGAAT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=124747341;WS=124747323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	124747837	rs7933204	G	A	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=45;PP=1584;SC=CTGCAGAAGCGGGAATCTCCC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=85;WE=124747845;WS=124747827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	124749584	rs3802905	C	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=16;PP=591;SC=CAATCTTGGGCTGTTCATTGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=124749592;WS=124749574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	124750232	rs4366494	C	T	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=76;SC=AGAGCTGAGCCTGTGGTCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=124750240;WS=124750226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	124761724	.	G	A	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=757;SC=GAGGGGGTGAGGCCAGGAGAA;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=124761732;WS=124761714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	124766591	rs4078483	C	G	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=28;PP=1075;SC=GAAGGTGACACGGAGCAGGGC;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=124766599;WS=124766581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	124767290	rs11219832	C	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=411;SC=AAGGTTGCCTCCCAAAGAACA;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=124767298;WS=124767280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	124789755	rs3802904	T	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=328;SC=GAGGAGGGAATGGAATACACA;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=124789763;WS=124789745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	124790922	rs10893303	C	A	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=75;SC=CCAGCGCCCCCCCGGGACCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=124790930;WS=124790912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	124792173	rs10893304	C	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=9;PP=369;SC=GTGCCAAAACCGTTGGGGACT;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=124792181;WS=124792163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	124793682	rs10790715	T	C	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=17;PP=691;SC=TTCTCCACCATGCAGCTGTAC;SOR=0.934;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=124793690;WS=124793672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	124793716	rs10790716	G	A	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=17;PP=778;SC=CCATGAGCACGCGGGTGATGG;SOR=1.011;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=42;WE=124793724;WS=124793706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	124856563	rs146292043	CTG	C	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=30.53;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	124856951	rs4608089	C	T	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=4;PP=100;SC=TTTGATATTTCGATTATTTTG;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=124856959;WS=124856941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	124910335	rs4491235	G	A	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=160;SC=CTCACAGAGTGCTTGTCATAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=124910343;WS=124910325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	124946809	rs61912692	C	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=21;PP=542;SC=CCATGGCCACCGAGGTTGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=35;WE=124946817;WS=124946799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	124949044	rs33932952	C	T	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=19;PP=576;SC=TCCGTTACTACCTCTCAGCTG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=124949052;WS=124949034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	124949665	rs55889403	A	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.94;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	124949690	rs56367722	T	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.99;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	124951415	.	C	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=160;SC=GGGCTGGACCCGGAGAGGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=124951423;WS=124951405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	124951467	rs4396301	C	G	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=21;SC=CTGACCTCACCGACCCAGTGC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=124951475;WS=124951457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	124954282	rs948270	A	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=27;PP=718;SC=CCTCTGGCCTATGTGCACGTC;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=124954290;WS=124954272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	124954652	rs4936976	G	C	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=939;ReadPosRankSum=-0.575;SC=GATGGTTGTTGCAGACCTCAG;SOR=0.962;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=48;WE=124954660;WS=124954642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr11	124955032	rs948268	T	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=22;PP=686;SC=TCTCTGCTGATCTGGTGAGTG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=124955040;WS=124955022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	124955274	rs3824925	C	T	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	124955977	rs3808995	C	T	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=26;PP=960;SC=ATCAGCCCAGCGCTCAGTTTC;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=124955985;WS=124955967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	124957803	rs7929462	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=155;SC=GCTGGGATTACAGGTGTGAGC;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=124957811;WS=124957793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	124958122	rs3802808	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=226;SC=ACAAGCAGGGAAGGCAAACCC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=124958130;WS=124958112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	124967487	rs1043821	T	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=12;PP=453;SC=AGGTTTTCGTTTTCCTGAAGA;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=124967495;WS=124967477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	124967678	rs3737350	A	G	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=14;PP=386;SC=TACCAGTTAGACACCCTGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=124967686;WS=124967668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	124972208	rs14065	A	G	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=21;PP=786;SC=GCTCCAGTGCAACACACTCCC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=124972216;WS=124972198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	124972377	rs2155663	C	T	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=207;SC=AACCCAAAGCCTTTCTCTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=124972385;WS=124972367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	124972518	rs2155664	A	G	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	124972522	rs2155665	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	124972691	rs2155666	T	C	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.40;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	125255715	rs3740892	A	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=26;PP=708;SC=ATTTACCAACAAAAGGTTTTG;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=38;WE=125255723;WS=125255705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	125298871	rs595849	A	G	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	125442621	rs7101969	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=325;SC=TACTCAAGAAATAGGTATTGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=125442629;WS=125442611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	125443429	rs1284351	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=10;PP=305;SC=TGCTTGAGTCTGGGAGTATGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=125443437;WS=125443419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	125443473	rs1284352	A	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	125452221	rs71045107	C	CT	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr11	125452300	rs55912941	A	AC	1931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=845;SC=TGAAGCAAAGACCCTGGCAAA;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=125452321;WS=125452290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	125452313	rs4627097	A	G	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=16;PP=480;SC=CTGGCAAAGCATAGTAAGTAT;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=125452321;WS=125452290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	125462162	rs573173	A	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=11;PP=614;SC=GCAGTTACCAAGGCACAGTAA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=125462170;WS=125462152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	125467144	rs513209	C	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=18;PP=458;SC=GAAAAAAAAACCCTTAAATTC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=125467152;WS=125467134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	125478209	rs6590153	C	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=133;SC=CAGCTTTTTTCCTTTTTTCTT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=125478217;WS=125478199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	125479363	rs2241502	G	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=14;PP=407;SC=GTTTCTACTCGCTGCTGGATC;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=125479371;WS=125479353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	125479496	rs2241501	C	T	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	125489788	rs525186	A	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=187;SC=TCTACTCTCAACAAATTGCAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=125489796;WS=125489778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	125490765	rs71690379	A	AT	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr11	125497466	rs491528	G	T	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	125514274	rs541725	T	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=6;PP=318;SC=TCACATGTATTCTTTTTTGGT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=125514282;WS=125514264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	125525195	rs506504	A	G	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=19;PP=733;SC=CAGCCAGAAGATTTGGCTTCC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=125525203;WS=125525185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	125616483	rs498803	G	T	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=11;PP=434;SC=TTGAGTGGATGTTCATAGAAG;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=125616491;WS=125616473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	125616502	rs2553829	T	A	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=13;PP=452;SC=AGCTTTGAGATGGGGTTTGGA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=125616510;WS=125616492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	125617376	rs5795459	CT	C	661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=9;PP=423;SC=ATTCCTCCACCTTTCTTTCCC;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=125617384;WS=125617366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	125617582	.	C	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=4;PP=213;SC=TCTTTCCCCTCTCTCTGGCCA;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=125617590;WS=125617572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	125617610	rs2114084	A	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=7;PP=215;SC=GAAATTGTTCAGTGTAGGATG;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=125617618;WS=125617600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	125618731	rs7939499	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	125647712	rs522690	T	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=7;PP=261;SC=AAAAGAACACTACTGTTTCTC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=125647720;WS=125647702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	125648216	rs517463	C	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	125648234	.	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=46;SC=CTAGCCTGATGATTTTGCCGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=125648242;WS=125648224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	125648503	rs494361	G	A	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=33;PP=1361;SC=CCATGTTACAGTCTCACATAC;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=75;WE=125648511;WS=125648493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	125659423	rs495869	A	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=19;PP=547;SC=AGGGTCAGGGAAGGTGTTGTA;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=125659431;WS=125659413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	125707761	rs11220236	A	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=432;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TCCACCCTGCAGTTATGGGTC;SOR=1.089;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=29;WE=125707769;WS=125707751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr11	125708198	rs10160391	C	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=339;SC=TCTTCATTTTCAGGAGACAAA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=125708206;WS=125708188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	125763565	rs200819915	TTC	T	40.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr11	125763746	rs3088241	C	G	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=27;PP=980;SC=AATTAGTATTCTCTTCCTCTA;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=125763754;WS=125763736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	125766044	rs549990	C	A	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=34;PP=1107;SC=CCAGCTCCTGCTGAATTTTCT;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=125766052;WS=125766034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	125766173	rs622756	A	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	125766204	rs600761	G	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	125766207	rs471980	C	T	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	125769354	rs667782	T	C	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=27;PP=789;SC=TACCCACATCTGTGCAGGGCA;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=51;WE=125769362;WS=125769344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	125776259	rs681416	G	C	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	125778074	rs5795465	AT	A	274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=122;SC=TAAGTGTTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=125778082;WS=125778064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	125780194	rs2272104	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=212;SC=ATTTTTATTGCAGTTGAAATT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=125780202;WS=125780184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	125788678	rs683155	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=19;PP=473;SC=CTAATGTTTGTGCCCGAGGTG;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=125788686;WS=125788668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	125830970	rs684535	A	T	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=15;PP=592;SC=TACAATGTTGATCTCTGTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=125830978;WS=125830960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	125831407	rs78986535	T	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=230;SC=ATTGACAGCCTGAGATGAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=125831415;WS=125831397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	125853977	.	G	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=16;PP=461;SC=GAAGCTCCAGGAACACGTTTC;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=125853985;WS=125853967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	125859783	rs1939985	T	C	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=83;SC=GCAATAAAAATGTACTTAATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=125859791;WS=125859773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	125867053	rs11220309	G	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=216;SC=TAAATATATGGATCTAAAGTT;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=125867061;WS=125867043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	125873639	rs512761	G	T	78.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	126075768	rs534804	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	126079333	rs1783955	G	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=8;PP=501;SC=TCTATTAATGGGAGTTTCTGT;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=126079341;WS=126079323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	126080611	rs149928866	CTTAT	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=80;SC=GGAGGACTGTCTTATTTATTT;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=126080622;WS=126080610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	126080757	rs608367	T	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	126081336	rs587891	T	C	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=18;PP=635;SC=CTGGTCCCTTTGGACTCACCG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=126081344;WS=126081326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	126134698	rs638766	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=235;SC=ACATCTGTTATCCAAAAGCAG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=126134706;WS=126134688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	126139100	rs1786702	T	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=506;SC=CTCAGAGGGGTTATGATTCGG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=126139108;WS=126139090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	126139313	rs1786703	T	A	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	126147697	rs667627	G	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=14;PP=344;SC=CCTCCCCAGTGTCCTCTCCTC;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=126147705;WS=126147687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	126161490	rs614700	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=198;SC=CGAAGCTCTCTGCTCCTCAGC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=126161498;WS=126161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	126162862	rs7932766	C	T	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=45;PP=1505;SC=GCAGAGCTGCCTACCCACCTG;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=126162870;WS=126162852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	126163124	rs609634	C	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=8;PP=403;SC=AGTAACTTGGCCAAGTTACTC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=126163132;WS=126163114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	126163612	rs8177376	T	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=7;PP=219;SC=CCCCGGAAATTGGAGTGAAGC;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=126163620;WS=126163602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	126163691	rs611953	A	G	94.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	126164349	rs625413	T	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=6;PP=377;SC=CAGGGTTCAATGCCTTCACCT;SOR=1.536;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=22;WE=126164357;WS=126164339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	126176578	rs637462	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=16;PP=483;SC=CTGAGCTCCAGTTGCAGTTCT;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=126176586;WS=126176568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	126201238	rs651983	G	T	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	126201290	rs651922	A	G	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	126201403	rs616360	T	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=17;PP=590;SC=ACTACAGGAATATTACTTTAC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=126201411;WS=126201393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	126201458	rs651034	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=11;PP=278;SC=GACTGGCTGCATGTCTCAGAC;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=126201466;WS=126201448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	126213341	rs240537	G	T	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=36;PP=1267;SC=CCACGTGGAAGCTCAGAGAAA;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=126213349;WS=126213331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	126275960	rs10893506	T	C	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=17;PP=475;SC=TTTGTGAAGCTGACCGGACAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=126275968;WS=126275950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	126277216	rs2230278	C	T	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=36;PP=1040;SC=CATCTGCTTACGAGCTGCCCT;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=126277224;WS=126277206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	126277570	rs11220480	A	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	126278075	rs2230279	C	T	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=33;PP=1095;SC=TCAACAAGTACGATGTGGTCA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=66;WE=126278083;WS=126278065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	126279365	rs1316361	A	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=440;SC=AGGAGGGATGATCCTATGGGC;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=126279373;WS=126279355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	126283785	rs2236653	C	T	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=10;PP=568;SC=TTGGGAGGGGCAGGGAGACTT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=126283793;WS=126283775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	126294817	rs948052	G	A	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=34;PP=1069;SC=CACGCTGCTTGCCCGCAGGAC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=126294825;WS=126294807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	126299225	rs368620051	T	C	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=16;PP=611;SC=GATTTAGTTCTTACCTTTGAG;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=30;WE=126299233;WS=126299215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	126301481	rs3802817	T	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=342;SC=TATCCCCCCATGATCTCACCC;SOR=2.531;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=126301489;WS=126301471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	126305038	.	C	CG	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=6;PP=437;SC=ACCCTCAGGACGGGGGAGGGC;SOR=2.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=126305046;WS=126305028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	126305061	rs3212315	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=8;PP=362;SC=AGACACTAGCGGCCAGCACAG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=126305069;WS=126305051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	126305279	rs4937132	C	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=16;PP=467;SC=GCTGCTTGAGCGGGGCTGGGT;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=126305287;WS=126305269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	126310082	rs878830	A	T	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=195;SC=TGCCCTTAGGATGCGGAATTT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=126310090;WS=126310072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	126310156	rs3740918	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=7;PP=452;SC=AGCACTGCCTGTTCTGAGAAA;SOR=1.418;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=126310164;WS=126310146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	126315024	rs3802819	T	C	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=25;PP=804;SC=CAGGCTCAGATGCCAAGAGCA;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=126315032;WS=126315014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	126316610	rs1574534	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	126396674	rs674537	G	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=148;SC=CAGGGCTGGCGCAGGAGACTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=126396682;WS=126396664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	126526181	rs523249	A	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=7;PP=154;SC=CATAACCTCCATGATTCAGTT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=126526189;WS=126526171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	126873721	rs11377295	G	GC	1623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=29;PP=1335;SC=TGAGCCCCTGGCCCGCCCCCC;SOR=1.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=32;WE=126873729;WS=126873711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	128333503	rs2230004	T	C	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=21;PP=1100;SC=GAAACTGCCATAGCTGGATTG;SOR=0.982;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=128333511;WS=128333493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	128556284	rs12418034	C	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=18;PP=940;SC=AGGGAGGAGACCCAATGGTGT;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=128556292;WS=128556274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	128634760	rs74400777	C	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	128638216	rs35044982	TG	T	2589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=47;PP=1211;SC=CCCCACTCTCTGGGGGGGCAG;SOR=1.450;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=48;WE=128638224;WS=128638205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	128652012	rs639336	G	T	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=41;PP=1220;SC=ACCAGCTTGCGTGTTCCACTC;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=128652020;WS=128652002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	128676980	rs614613	C	T	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=216;SC=GGAGAGTGGGCGAAGGAATGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=128676988;WS=128676970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	128679211	rs630797	G	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=20;PP=690;SC=TAACATGCACGTCTTTCCTTG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=128679219;WS=128679201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	128782012	rs7102584	C	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=30;PP=839;SC=TGAGATCAACCAGAAGAGCCC;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=128782020;WS=128782002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	128804789	rs2155548	C	A	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=2;PP=95;SC=GTCATGTAGACTATGGCTCAG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=128804797;WS=128804779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	128846547	rs665619	C	A	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	128855753	.	G	GTGTATATA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=26;MQ=58.78;NF=1;NR=1;PP=143;QD=73.0;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=128855761;WS=128855743;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	128857882	rs57177179	TAAG	T	1403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=783;SC=TTTAATTAGTTAAGAAGGAGT;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=17;WE=128857892;WS=128857872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	128868090	rs669678	G	A	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=134;SC=AGAAAGCTTAGTACATGCATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=128868098;WS=128868089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	128868239	rs670440	T	C	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=26;PP=1114;SC=TTAGAAGGTGTTCCCCCAGGT;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=128868247;WS=128868229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	128932128	rs35714464	A	AG	2220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=18;PP=801;SC=TGAATCATAAAAAAACTTTCC;SOR=1.107;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=30;WE=128932136;WS=128932118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	128934033	rs61104154	T	TA	95.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	128993935	rs34358416	C	CT	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=624;SC=AAACTGATTACTTTCAGGTAC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=16;WE=128993943;WS=128993925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	129061849	rs2511810	G	T	200.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CTGCTCCCTTGAGCTCCAAAC;SOR=4.398;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=129061857;WS=129061839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr11	129306994	.	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=26;PP=813;SC=CCCTGGGAACGGGAGACTTGC;SOR=1.292;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=41;WE=129307002;WS=129306984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	129755483	.	G	A	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=21;PP=752;SC=GGGCCACTCCGCCGGGCCATC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=129755491;WS=129755473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	129755669	rs1783914	G	A	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	129873028	rs12805829	C	T	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	129939747	.	CC	TT	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	129940806	rs112826009	A	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=237;SC=GCGAAGCGGCAGGGCCGGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=13;WE=129940814;WS=129940796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	129996662	rs111301435	G	A	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=17;PP=723;SC=ATGATAATGAGCATGCTCGCT;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=40;WE=129996670;WS=129996652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	129998900	rs651935	T	C	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=6;PP=215;SC=AGGCTTCCTCTGGGTGCCACA;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=129998908;WS=129998890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	130060612	rs858704	A	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=525;SC=GGGGGCGGGTAGGGCTGTGGG;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=130060620;WS=130060602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	130064223	rs610005	A	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=27;PP=836;SC=CCCTCGGGCCACAGAGAAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=130064231;WS=130064213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	130064647	rs597661	G	A	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=45;PP=1279;SC=GAGCTATGGGGCGTGTGAACG;SOR=0.949;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=76;WE=130064655;WS=130064637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	130064705	rs597576	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=27;PP=596;SC=CTCCCTGTGCAGATGTGTGTG;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=130064713;WS=130064695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	130064747	rs58417767	ATGTGTGTGTG	ATG,A	464.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=9,9;PP=61,372;SC=ATATGTGTGCATGTGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10,10;WE=130064764;WS=130064737;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:12
chr11	130066335	rs476106	C	T	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=16;PP=945;SC=TGGAGATCAACGGGGAGAAGT;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=50;WE=130066343;WS=130066325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	130066372	rs858713	G	A	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	130066452	rs11368852	G	GC	2034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.838;HP=11;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=49;PP=1748;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTGTGCCCCGCCCCCCCTCC;SOR=2.546;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=54;WE=130066460;WS=130066442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,84:0.97:87
chr11	130068554	rs11221995	C	T	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	130069704	rs2276117	C	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	130069790	rs613501	T	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=11;PP=508;SC=TGTCCCCTTGTGGTTTGATGT;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=130069798;WS=130069780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	130078267	rs143332822	G	C	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=20;PP=1020;SC=GCACAGACCCGAGTGACCGCG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=130078275;WS=130078257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	130109936	rs11449622	A	AT	98.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=12.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	130270855	rs59317921	T	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.30;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	130271647	rs747249	A	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	130271678	rs747250	T	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	130278924	rs2291344	T	G	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=138;SC=AGCACTTTTCTTCTTTCTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=130278932;WS=130278914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	130281488	rs2131535	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	130284344	rs7106106	T	C	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	130286766	rs2291347	G	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=17;PP=906;SC=TAGGATCTACGCAACCTTGGA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=130286774;WS=130286756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	130297948	rs7927048	C	G	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.74;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	130297957	rs7942034	T	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.74;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	130298117	rs10548872	GGCA	G	1071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5745;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=1;NR=12;PP=667;SC=GCGGGCCAGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=130298130;WS=130298107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	130332263	rs73044871	C	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=19;PP=1056;SC=TGTGCCCCCTCGGAGCCGGGC;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=130332271;WS=130332253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	130332313	rs61300224	C	A	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	130332338	rs11604959	A	G	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=27;PP=1537;SC=ATTCTGGGCTAGCCAAACCTC;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=75;WE=130332346;WS=130332328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	130339312	rs731446	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=6;PP=216;SC=GATCCTGCAATCTGGAGCCCT;SOR=0.874;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=130339320;WS=130339302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	130716157	rs7943757	C	T	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=17;PP=469;SC=GATTCTATTGCATAATCTCCA;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=130716165;WS=130716147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	130731518	rs202084321	CCTT	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	130748131	rs3190331	A	G	282.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=233;SC=AAACGTGCATACAACTGGGAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=130748139;WS=130748130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	130749715	rs2282528	A	G	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=25;PP=661;SC=TAGGTATTTCAGGCCTACCTC;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=130749723;WS=130749705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	130750642	rs2298566	A	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=10;PP=363;SC=CTGAAGAAGCAGGAGGTACTG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=130750650;WS=130750632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	130763772	rs3794143	C	T	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=15;PP=464;SC=ACCAATTTACCCAACTCCCTC;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=130763780;WS=130763762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	130773076	rs3751039	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	130773223	rs79138684	C	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=153;SC=TTCCACTGTTCTGTTAGTAGC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=130773231;WS=130773213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	130775688	rs3198419	C	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=405;SC=TACTACTCATCTCTGTGCCCC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=130775696;WS=130775678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	130775782	rs1865298	C	T	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	130776524	rs4414223	T	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=241;SC=TCTTACCACATTGCCTTCCTG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=130776532;WS=130776514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	130776613	rs4373936	A	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=16;PP=614;SC=ACCTCAGCCTAGACCTGGTAC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=130776621;WS=130776603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	130776646	rs4586174	T	A	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=20;PP=588;SC=CAGAAACAGGTTGTAATTTAT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=130776654;WS=130776636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	130776690	rs6590536	C	T	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=18;PP=522;SC=CTGGCAAGTACTGATAATAAA;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=130776709;WS=130776680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	130776701	rs6590537	A	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=18;PP=463;SC=TGATAATAAAACACAACAAGA;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=130776709;WS=130776680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	130780015	rs1781	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	130780225	rs681982	C	A	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	130780270	rs1237478	C	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	130784754	rs3751037	C	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=15;PP=719;SC=GGACCTCGAACATTTGGCTGT;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=130784762;WS=130784744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	130784971	rs3751036	C	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=17;PP=845;SC=GCAGAGATGTCGGCACTGAGG;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=130784979;WS=130784961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	131530083	rs2472253	G	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=6;PP=189;SC=GTAGGACTCGGGTGGGCCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=131530091;WS=131530073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	131531000	rs2739287	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=292;SC=GTCTTCCCCCTAGATTCGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=131531008;WS=131530990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	131531015	rs2658857	T	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=184;SC=TCGGTGGAGATTCCTTTCCTC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=131531023;WS=131531005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	131781634	rs11222836	G	A	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=37;PP=1064;SC=GGCGTGCCTGGGTTGGCGGAG;SOR=2.221;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=47;WE=131781642;WS=131781624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	132081873	rs3824870	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=311;SC=ACTAAGAAATGTTTCAGGAGG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=132081881;WS=132081863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	132177633	rs2305271	A	C	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=628;ReadPosRankSum=0.489;SC=GGGCATCACCAGGGAGCAGTC;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=132177641;WS=132177623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr11	132306153	rs1940024	T	C	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=28;PP=940;SC=AAGACATTGCTATCAATTCAT;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=132306161;WS=132306143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	132306403	rs2298479	G	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=191;SC=TTTTTTTCTCGTTGTAAAAAT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=132306411;WS=132306393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	132306500	.	G	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=13;PP=587;SC=TCCCATGTGGGGATAGACCAT;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=132306508;WS=132306490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	132306682	.	AAC	A	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=56;QD=33.0;SC=ATCTGTGGGAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=2;WE=132306691;WS=132306672;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr11	133714321	rs144832184	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=7;PP=269;SC=CTCACCCTTGCCCAGAATCAT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=133714329;WS=133714311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	133714646	rs143082910	A	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=17;PP=415;SC=CACACCACATATTCACACACA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=133714654;WS=133714636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	133714672	rs2282604	A	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.48;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	133715153	rs2298738	G	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=30;PP=917;SC=CCCAGCCCCCGCAACTGTTAC;SOR=4.615;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=133715161;WS=133715143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	133715197	rs189065592	G	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=24;PP=784;SC=ATGAAGTGCAGCAGGGTCCCA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=133715205;WS=133715187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	133715287	.	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=12;PP=497;SC=GGTAGGAAGGGAAGCCCTACA;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=133715295;WS=133715277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	133791320	.	G	A	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=135;SC=AGCCGGGAGGGGATGAGGTGG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=133791328;WS=133791310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	133800773	rs12796441	C	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	133800775	rs11223628	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	133814191	rs595986	A	G	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	133815951	rs12291005	C	G	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=22;PP=846;SC=GTGCCCAGACCTTACCTGCAT;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=55;WE=133815959;WS=133815941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	134014033	rs12797399	G	T	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	134018850	.	A	AAC	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-2.438;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	134023114	rs117812491	A	C	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=24;PP=1102;SC=GAGTCAAACAAACACATTCAG;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=134023122;WS=134023104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	134023379	rs117599215	C	A	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=126;SC=GGCCCTCAGACCTCCACTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=134023387;WS=134023369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	134030033	rs12785656	C	T	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	134054705	.	T	TACACAC,TACACACAC	546.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=3,3;NR=8,8;PP=208,211;SC=CAGGTATATATACACACACAC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11,11;WE=134054713;WS=134054695;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.43,0.57:14
chr11	134073019	rs2305379	A	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	134105030	rs1259022	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=6;PP=194;SC=CCACTTTGAGAATCTTCACAG;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=134105038;WS=134105020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	134109924	rs35378544	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	134119820	rs12799304	C	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=105;SC=CGAGCCTGTCCCGGGAGAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=134119828;WS=134119810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	134120325	rs60169309	A	G	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=622;SC=TTCCCCTAAAATGAGAGGGGC;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=35;WE=134120333;WS=134120315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	134123736	rs71486997	G	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=393;SC=TCACCCCCCCGGCCTGGCTCC;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=134123744;WS=134123726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	134128313	rs11223738	G	T	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=7;PP=582;SC=TTACTCCACTGCCCTGCCCTT;SOR=1.094;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=134128321;WS=134128303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	134128866	rs12801902	TC	CA	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=453;SC=ACTGACTTTCTCACCTTCTCT;SOR=1.911;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=134128875;WS=134128856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	134132680	rs71486998	G	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=427;SC=TCTGGCAGGGGCCTGGAGTCC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=134132688;WS=134132670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	134132704	rs71486999	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=332;SC=GCCGCAGCTTCGTCCCTTTCG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=134132712;WS=134132694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	134132748	.	C	T	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=11;PP=413;SC=CTGCCCTTTTCCTCTGGAGAT;SOR=0.984;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=134132756;WS=134132738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	134151975	rs472287	G	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=4;PP=194;SC=CGTCCAGGCCGCTACATCTGC;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=134151983;WS=134151965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	134177275	rs2510356	C	T	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=96;SC=ATAGAAATTACATGGTTCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=134177283;WS=134177265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	134180695	rs526507	G	C	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=188;SC=GAACCCTGGGGTTAAAATCTG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=134180703;WS=134180685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	134182135	rs751719	TG	CA	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=2;PP=451;SC=ATTTCCCATTTGAAGAACCCT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=134182144;WS=134182125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	134182375	rs2509062	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=181;SC=CGCTCATGACGTGGCACAGGT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=134182383;WS=134182365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	134182856	rs1144216	A	G	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=128;SC=TGAGACAGTCAGCCTCCCTTC;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=134182864;WS=134182846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	134183965	.	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=158;SC=AGTGATCGGGGAACTCAGAGA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=134183973;WS=134183955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	134188542	rs481252	T	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	134188851	rs5795879	A	AT	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr11	134201864	rs3098651	T	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=134;SC=AGGCGACCAGTGCGCGGCTCC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=134201872;WS=134201854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	134202036	rs7124693	C	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=14;PP=438;SC=TCCTGGTGCTCCGCAGGTGAG;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=134202044;WS=134202026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	134212880	.	C	T	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=129;SC=GAGCCTGGTTCCTAAGCAGGG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=134212888;WS=134212870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	134226278	rs3802928	C	T	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=20;PP=818;SC=ACATGCCCTACGTCAAGAAGG;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=134226286;WS=134226268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	134234081	rs11601964	G	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=287;SC=GACTGTGGCTGACTTCTAACT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=134234089;WS=134234071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	134234186	rs60460137	G	A	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=16;PP=634;SC=CTTTGAGACAGTGCTTTGTCT;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=37;WE=134234194;WS=134234176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	134238733	.	T	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=344;SC=TGGCTGGGACTTGCTATGGAG;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=134238741;WS=134238723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	134239888	rs80082975	G	A	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=28;PP=795;SC=GTTGATCTGCGTGCAAGAATA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=134239896;WS=134239878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	134244123	rs3741097	C	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=21;PP=719;SC=TCAGCTCCACCCCTTGTGACA;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=134244131;WS=134244113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	134253641	.	G	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	235022	rs12822449	C	T	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=28;PP=1126;SC=GGCGCTGTGCCCCCACGCCCC;SOR=0.856;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=63;WE=235030;WS=235012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	235126	rs112633842	G	GC	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr12	235128	rs11608642	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr12	235142	rs11609616	AG	GC	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.555;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr12	247900	rs7313003	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=-2.065;SC=GGGCGCCGGAGAGCGCGGGCC;SOR=0.811;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=26;WE=247908;WS=247890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr12	248202	rs56204927	C	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=11;PP=739;SC=GCAGAGGCTGCGGCTAGTGGG;SOR=1.562;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=248210;WS=248192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	250130	rs12321262	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=465;SC=ATCCTCTGCGTGAGGACATTC;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=250138;WS=250120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	266924	rs74769399	G	A	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=49;PP=994;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TCTGTGCACCGTGCATTCTGT;SOR=0.957;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=121;TCF=22;TCR=99;TR=57;WE=266932;WS=266914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,68:0.49:140
chr12	271022	rs12579600	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GGTCTCTTCTGTCTGGCTCCA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=271030;WS=271016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	271259	.	C	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=327;ReadPosRankSum=-1.342;SC=ACCTATCTCCCGTCTCCTTTC;SOR=0.850;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=30;WE=271267;WS=271249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr12	271373	rs4980805	A	G	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=296;SC=ACTGTGTGCCAGACACTGCAT;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=271394;WS=271363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	271386	rs11307485	CT	C	365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.57;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	272600	rs74408224	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=7;PP=556;SC=AAATGGGCGCGTGGGTGGGGA;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=272608;WS=272590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	274517	.	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=244;ReadPosRankSum=0.985;SC=TTTGTGTGATCGTGCATCCCC;SOR=0.412;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=16;WE=274525;WS=274507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	274572	rs11061700	G	C	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=22;PP=929;SC=TGTTCATCAGGGCATGCCTGT;SOR=1.032;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=56;WE=274580;WS=274562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	275161	rs114336251	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GGCCCCACTTCGGACCCTCCC;SOR=1.329;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=10;WE=275169;WS=275151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	278127	rs112278203	T	C	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=464;ReadPosRankSum=-2.200;SC=GCCTCGCCTCTGTGTGGTTGA;SOR=0.997;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=38;WE=278135;WS=278117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,58:0.44:132
chr12	280511	rs76461415	C	T	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=530;ReadPosRankSum=1.173;SC=ACTGTTCCAGCGCCTAATTAA;SOR=0.894;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=41;WE=280519;WS=280501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,68:0.43:159
chr12	280569	rs16932134	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=128;ReadPosRankSum=0.585;SC=CCTCCGAGGCCGAGCTCCCAG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=10;WE=280577;WS=280559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr12	284058	rs216230	T	C	10253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=108;PP=2965;SC=CCCTGGGCGGTCCCGGCTCTC;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=228;TCF=119;TCR=109;TR=227;WE=284066;WS=284048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr12	300166	rs80064579	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=0.761;SC=AGAGGCTGTCCGCTGAGAATG;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=300174;WS=300156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	300500	rs10128942	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	301843	rs646569	A	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=15;PP=417;SC=AGCCATGGGTAAGATAGGGGG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=301851;WS=301833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	305254	rs533572	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	309753	rs7967868	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=0.881;SC=CAGAGGGTCCCCCTCAAGTGT;SOR=1.073;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=15;WE=309761;WS=309743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr12	310113	rs4980863	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=1.069;SC=CCCGTAGACCAAACTACTACC;SOR=0.148;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=310121;WS=310103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	310901	rs216248	T	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=503;ReadPosRankSum=0.749;SC=TTCCTCTTCATATGTGGCAAA;SOR=0.637;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=35;WE=310909;WS=310891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr12	311949	rs216250	A	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=160;ReadPosRankSum=0.834;SC=GCAGCTCAGAAGTGAAGGAGC;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=13;WE=311957;WS=311939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr12	312200	rs216251	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=0.820;SC=CCATTCATAGCATATTTTTCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=312208;WS=312190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	333698	.	G	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=561;ReadPosRankSum=-1.051;SC=AGGAGCAGAGGAACACGGGCC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=34;WE=333706;WS=333688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr12	347068	rs2289957	T	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=1.447;SC=CGGCCCACAGTGGGTGGGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=347076;WS=347058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	351711	rs525797	T	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=523;SC=GGGGATATAGTGACAAGCCCA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=351719;WS=351701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	405043	rs77854644	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=1.358;SC=ATTGAGACTAGCCCCCCATCC;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=13;WE=405051;WS=405033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr12	406292	rs2229351	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr12	416046	rs35042439	C	CT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr12	416919	.	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=0.390;SC=AGAGGGCAAAGGAATTTTACT;SOR=0.929;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=17;WE=416927;WS=416909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,31:0.33:94
chr12	418916	rs4980877	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=216;ReadPosRankSum=-2.991;SC=GCTAATATCTCTACAGAGTTT;SOR=0.622;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=18;WE=418924;WS=418906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr12	427575	rs11062385	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-0.852;SC=GGTTTCATCCATCATGGCCTC;SOR=0.519;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=28;WE=427583;WS=427565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr12	431586	rs74894801	T	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=229;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GGTTTACCTGTGTTTCTGCTT;SOR=0.902;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=22;WE=431594;WS=431576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr12	432654	rs3213750	T	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-1.501;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	432666	rs3213751	G	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	442620	rs4980885	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,59:0.39:151
chr12	464254	rs3759371	T	C	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=632;ReadPosRankSum=-2.217;SC=CCATGATATATCAGGATAGAA;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=45;WE=464262;WS=464244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr12	495217	rs10774152	G	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TTAAAGGGGGGTTTTGCCACA;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=5;WE=495225;WS=495207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr12	496439	rs7965303	A	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=0.679;SC=AATCTGCCAAAACTAAAATTA;SOR=0.446;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=496447;WS=496429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	496533	rs10848877	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	498267	.	CGGG	C,CG	2221.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=32.20;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,43,26:0.62,0.38:69
chr12	520947	rs4980895	A	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TGTTGCCGTCAGTGGTCCCAC;SOR=1.176;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=14;WE=520955;WS=520937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
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chr12	619660	.	AGGGAAACG	A	250	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=27;MQ=56.42;NF=1;NR=5;PP=250;QD=51.2961019054;SC=CTGGGCTGGGAGGGAAACGGG;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=6;WE=619675;WS=619650;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,6:0.30:20
chr12	619664	.	A	AGGG	51.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chr12	619665	.	A	AGTTGGCTGGGCTGGG	90.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chr12	619667	.	C	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=9.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr12	619668	.	G	GGAGTTGGCTGGGCTGGGA	133.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=7.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr12	619808	rs7306988	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	645557	rs34868457	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=0.265;SC=TACTAGGGACCTTCTACCGTA;SOR=0.358;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=8;WE=645565;WS=645547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr12	652470	rs34907895	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.22;MQRankSum=1.038;NF=3;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=1.021;SC=CCCAGCCTCCCGGAGCTGAGG;SOR=1.314;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=13;WE=652478;WS=652460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr12	653957	rs1008586	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=362;ReadPosRankSum=2.148;SC=CCCTCCTGTCATAGTCCCCTC;SOR=0.192;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=28;WE=653965;WS=653947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr12	653984	rs1008587	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=476;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TTCCCGCCAATCCTGGCGGGA;SOR=0.330;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=36;WE=653992;WS=653974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr12	661458	rs10588224	TACAC	T,TAC	642.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=29.22;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,10:0.55,0.45:22
chr12	662448	rs758790	T	C	4182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=37;PP=1698;SC=CCAGGATGCTTGAGGGAAGAC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=92;WE=662456;WS=662438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	667910	rs12368256	A	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=-1.656;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr12	667915	rs61916654	C	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=-1.324;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr12	668350	rs2072385	A	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.32;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	668350	.	AC	CT	161	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=161;QD=42.8935749724;SC=GCCTCCCTCAACCCCAGCCTC;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=5;WE=668359;WS=668340;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	668351	rs7965155	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.05;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	719663	rs2535404	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=1.750;SC=GCCTTCTGCCCCCGTGGGTCC;SOR=0.599;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=16;WE=719671;WS=719653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr12	719681	rs2535405	G	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=19;PP=545;SC=TCCCCACAGCGGCCAGCCCAG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=719689;WS=719671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	752327	rs6489690	C	A	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.257;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1656;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GTCCCCCTGCCGCTGCCCAAG;SOR=0.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=91;WE=752335;WS=752317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr12	752998	rs9669247	G	A,T	1523.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=9,7;NR=23,15;PP=594,293;SC=CCAGCTCATCGCTCAGGTCTT;SOR=1.903;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=32,22;WE=753006;WS=752988;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.59,0.41:59
chr12	772656	rs34737022	A	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=1.067;SC=GGCGGGACAGACCTGCCATTC;SOR=0.848;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=14;WE=772664;WS=772646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr12	772673	rs4980959	C	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=226;ReadPosRankSum=-0.839;SC=ATTCATCCCTCTGATGTGGGA;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=18;WE=772681;WS=772663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr12	862641	rs3088353	T	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=239;SC=CGGCCGCGGTTCCCTGCAGAC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=862649;WS=862631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	862989	rs3168640	T	C	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=55;PP=1830;SC=GCGTCATCTGTGACTCCAATG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=106;WE=862997;WS=862979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	863505	rs72647375	A	ACTT	1453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.013;NF=2;NR=17;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.032;SC=AGCCCCACCTACTTTATTTGA;SOR=0.739;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=19;WE=863525;WS=863495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr12	863517	rs3858703	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.16;MQRankSum=-0.970;NF=6;NR=11;PP=714;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TTTATTTGACGGTCCTTTGGA;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=17;WE=863525;WS=863495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr12	936468	rs2158502	C	G	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=24;PP=727;SC=CTGGCTTTCTCACATTCCTTT;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=39;WE=936476;WS=936458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	939302	rs10774466	A	G	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=41;PP=1270;SC=AAAATGCTGCACAGATCTACC;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=939310;WS=939292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	966208	rs2240284	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=13.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TCCTGCAGGCGAGTCAGAAAA;SOR=4.534;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=966216;WS=966198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	970058	.	T	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	970093	rs11286613	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	974137	rs11441896	C	CA	154.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=0;PP=128;SC=TAGCTCTCCTCAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=974145;WS=974127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	974308	rs141823469	T	TC	2804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.402;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.892;NF=18;NR=28;PP=1684;ReadPosRankSum=0.488;SC=CGGTTTGTGTTCCCATCTTTC;SOR=0.437;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=46;WE=974316;WS=974298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,103:0.56:183
chr12	974404	rs7300829	T	C	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.648;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1142;ReadPosRankSum=-0.166;SC=CCTTCCCTCCTCCGGACTGCC;SOR=0.873;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=68;WE=974412;WS=974394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,124:0.43:287
chr12	987482	rs1012729	G	A	3431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=40;PP=1405;SC=CAGTGAGTCAGCCTCAAGCTC;SOR=0.723;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=80;WE=987490;WS=987472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	987533	rs5795952	C	CT	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.786;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr12	990912	rs956868	A	C	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=29;PP=1345;SC=AGTAGCACAGACCCAAGCTAC;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=990920;WS=990902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	993451	rs72650727	G	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=375;ReadPosRankSum=0.113;SC=AAATTCTACAGTGCCTCTGCT;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=24;WE=993459;WS=993441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr12	993930	rs7300444	C	T	8274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=113;PP=2965;SC=AAGGACCCAACACAGCACCTC;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=115;TCR=115;TR=228;WE=993938;WS=993920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr12	994487	rs7955371	G	C	4392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=50;PP=2304;SC=TCACAGCTGTGCATTCAGCTT;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=110;WE=994495;WS=994477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	995291	rs11450919	G	GT	698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5755;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=19;PP=243;SC=AATATGATCAGTTTTTTTTCT;SOR=1.302;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=20;WE=995299;WS=995281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	1017197	rs4766334	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=14;PP=611;SC=ACATGAATTACGAGGTAAGTC;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=1017205;WS=1017187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	1022679	rs6413436	A	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CTGACAGCTAATGATTTCTGG;SOR=1.453;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=18;WE=1022687;WS=1022669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr12	1035947	rs6489763	C	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=8;PP=338;SC=TGTGTAACTACGTTAACTATG;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=1035955;WS=1035937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	1040219	rs11571409	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=11;PP=712;SC=AGGCCCCTTCGGATGAGAATG;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=34;WE=1040227;WS=1040209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	1041981	rs201398506	A	C	493.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	1041983	rs199628282	A	G	493.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.15;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	1041986	rs200633668	C	G	493.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.15;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	1041991	.	TAG	CGC	493.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.15;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	1041996	rs113084521	A	C	489.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.82;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	1042261	rs56170870	GA	G	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.850;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr12	1137217	rs35037408	A	G	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=657;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TGGAGGTGGCAGTGGGAAAAC;SOR=0.826;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=51;WE=1137225;WS=1137207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,78:0.54:144
chr12	1221221	rs74679668	T	TAG	311.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=218;SC=CCTGTGAACTTAGAAACTACC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=1221229;WS=1221211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	1221409	.	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr12	1290949	rs35973834	CA	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.615;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.339;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	1292399	rs111929784	CTA	C	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=528;ReadPosRankSum=0.306;SC=ATTTAAACCTCTATTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=15;WE=1292408;WS=1292389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr12	1313732	rs7977526	T	C	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	1372114	rs2286031	A	G	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=142;SC=AGAACATTTAATAAGCAAACA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=1372122;WS=1372104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	1517324	.	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=824;ReadPosRankSum=-1.919;SC=GACGCAAAATCGAATGAAGCT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=58;WE=1517332;WS=1517314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,81:0.49:164
chr12	1553797	rs12319376	A	G	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=450;ReadPosRankSum=-2.258;SC=ACACCTGACAACCCTCTGCCA;SOR=0.677;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=34;WE=1553805;WS=1553787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,71:0.46:155
chr12	1589821	rs7315267	T	C	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=179;SC=TTAATTTGTATTCTTTCGGAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=1589829;WS=1589811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	1589868	rs111377772	T	TGAA	1529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=1148;SC=GGGCCTGCCTTGAGGAGGTGA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=1589876;WS=1589858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	1589914	rs7315390	T	C	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=25.52;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	1590013	rs11613546	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.171;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,54:0.43:126
chr12	1590069	rs11609462	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=842;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CTCATGGTAAGGAAATGCAGA;SOR=1.019;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=28;WE=1590088;WS=1590059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
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chr12	1675801	.	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GCCTCTGCCCGAGCAGTGACA;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=11;WE=1675809;WS=1675791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr12	1702912	rs35466364	C	T	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=936;ReadPosRankSum=1.856;SC=CGTGGCCCAGCCCGTTGTCGG;SOR=0.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=67;WE=1702920;WS=1702902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,98:0.53:185
chr12	1703322	.	A	AGCC	1064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.327;NF=1;NR=18;PP=951;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GCTTCTCCCCAGCCGCCGCCG;SOR=1.259;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=19;WE=1703330;WS=1703312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr12	1748766	rs6489313	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=127;ReadPosRankSum=-2.528;SC=CGTGGCGTGCGGGTCCGTCGG;SOR=0.628;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=12;WE=1748774;WS=1748756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr12	1748834	rs2270036	T	C	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=14;PP=812;SC=CTTACCGCCCTGGCCTCATTC;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=1748842;WS=1748824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	1863728	rs11061971	A	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=0.444;SC=ATGTGGAGGAAGTGGCAGAGG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=1863736;WS=1863718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	1889823	rs767870	G	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=23;PP=585;SC=TGTAAAGTCCGTATTTTGGCC;SOR=1.118;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=1889831;WS=1889813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	1889920	rs10848575	TT	AA	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	1904726	rs3078853	G	GAC	435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=279;SC=CCCTGTGGAGGACACGGGCGG;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=1904734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	1905091	rs3815325	G	A	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	1919543	rs2286377	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=462;ReadPosRankSum=-1.343;SC=ATGCCAGGGCCCTCACCCACC;SOR=0.749;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=31;WE=1919551;WS=1919533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
chr12	1949939	rs33972365	C	T	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=397;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CCACGGTCACCGCCACAGCTG;SOR=0.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=32;WE=1949947;WS=1949929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,69:0.46:149
chr12	1950011	rs58188909	A	AC	6241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=48;PP=2662;SC=CAACCCAGTCATGGGGAAGAG;SOR=0.813;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=58;WE=1950019;WS=1950001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	1955664	rs7137553	G	T	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.63;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	1955668	rs7138458	C	A	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	1955890	rs7137876	T	C	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=53;PP=1396;SC=GGTCACCACATGGCTGTGGCA;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=95;WE=1955898;WS=1955880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	1967947	rs2286369	C	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=227;SC=CCTCATGCCCCCTTCTTTACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=1967955;WS=1967937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	1969262	rs10848582	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=605;ReadPosRankSum=1.537;SC=GAGTTGCTGGTATTCATGTTC;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=44;WE=1969270;WS=1969252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,73:0.45:162
chr12	1969434	.	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.319;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=449;ReadPosRankSum=0.080;SC=GCCCCCACCTCGCCCCCAGGG;SOR=0.154;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=14;WE=1969443;WS=1969424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr12	1969435	rs2370057	G	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.319;HP=6;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=795;ReadPosRankSum=0.064;SC=CCCCCACCTCGCCCCCAGGGC;SOR=1.949;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=20;WE=1969443;WS=1969424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr12	1983744	rs737102	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TCCTAGGCCATGCCCTGGCTG;SOR=0.452;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=18;WE=1983752;WS=1983734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr12	1983782	rs758160	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr12	1983871	.	C	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr12	1988167	rs7966806	T	C	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=488;ReadPosRankSum=0.029;SC=GGGCCACATCTGAGCCCACCA;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=45;WE=1988175;WS=1988157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,72:0.51:141
chr12	1988196	.	G	A	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr12	1988912	rs73032440	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=333;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GTCTAAAGATGGCACTGAAGC;SOR=0.782;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=22;WE=1988920;WS=1988902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr12	1989018	rs60945277	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.939;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr12	1991971	rs55779143	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=484;ReadPosRankSum=2.189;SC=GTAACTTCTTACTCCCTGGGG;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=30;WE=1991979;WS=1991961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr12	1993337	rs2429184	T	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=622;SC=TGCTCAGCACTTCCAGGGCTG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=1993345;WS=1993327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	1993595	.	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=491;ReadPosRankSum=0.907;SC=TCTCAGTCTTCGGGTTCTCCA;SOR=0.596;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=37;WE=1993603;WS=1993585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr12	1994363	rs60708075	G	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=157;ReadPosRankSum=-1.020;SC=TTCAGGGCCTGTGTCTCCATG;SOR=0.283;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=1994371;WS=1994353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	1995042	rs10774003	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=199;SC=ATAAGCAAAAAGGGCCACAGA;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=1995050;WS=1995032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	1995118	rs61386831	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.457;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr12	1995403	rs10735005	T	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=22;PP=603;SC=ATGATATTAATGAAGTCATTC;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=1995411;WS=1995393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	2016550	rs112521420	A	ATTGTC	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=545;SC=CAGTGCCCCTATTATTTCCAG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=2016558;WS=2016540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	2016938	rs113797488	AGCCTGGTGAGTAT	A	3408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=18;PP=923;SC=CTGGTGGGCCAGCCTGGTGAG;SOR=1.040;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=33;WE=2016958;WS=2016936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	2019322	rs8181786	G	A	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=223;SC=ACAGACAAAAGGCACACACAT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=2019330;WS=2019312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	2022148	rs117076618	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=410;ReadPosRankSum=0.701;SC=TGCGTCATGGGGCTGGGGAGA;SOR=0.752;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=22;WE=2022156;WS=2022138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr12	2022411	rs1558142	T	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=23;PP=500;SC=TTCCGGCACATGGAGCCTGGT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=2022419;WS=2022401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	2024092	rs73038195	T	C	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=765;ReadPosRankSum=-1.370;SC=TGTCAGCCCATAGCTTCACTC;SOR=0.834;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=49;WE=2024100;WS=2024082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,91:0.55:165
chr12	2024316	rs758157	A	G	9291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=98;NR=114;PP=2965;SC=ATGCATATGCATACACACACG;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=98;TCR=115;TR=212;WE=2024324;WS=2024306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr12	2039690	rs2429172	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=251;ReadPosRankSum=0.653;SC=CAGAGAGCTCACTCTGCCTGG;SOR=1.508;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=15;WE=2039698;WS=2039680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr12	2055266	rs7222	T	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=201;SC=ACATACTTTTTTTTTAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=2055274;WS=2055256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	2058245	rs2240612	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=418;SC=ATGACGTGCTTGCTTACCTGA;SOR=1.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=2058253;WS=2058235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	2062323	rs149912567	T	TTGC	5380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5058;FS=2.370;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.136;NF=16;NR=41;PP=2857;ReadPosRankSum=2.366;SC=GAAGCTTCTCTTGCTGCTGCT;SOR=0.605;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=57;WE=2062331;WS=2062313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,135:0.91:149
chr12	2077897	rs2470425	G	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	2107036	rs2302098	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=291;SC=TGAAGAAGAGTGACACAACGG;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=2107044;WS=2107026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	2113348	rs7298333	A	C	11264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.089;SC=CCAGGGCGTCAACGTCTCCTC;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=105;TCR=123;TR=227;WE=2113365;WS=2113338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,432:1.00:433
chr12	2224228	rs2299661	C	G	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=57;SC=GGCCCTCTTCCCTCAGCATCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=2224236;WS=2224223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	2558186	rs1544514	G	A	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=40;PP=1438;SC=CGGTGGAAGCGTTTTTAAAAG;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=2558194;WS=2558176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	2558298	rs1544515	G	A	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	2558298	.	GTT	ATC	2738	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=23;NR=46;PP=2738;QD=20;SC=ATCACTGTCTGTTTCTTTCCC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=69;WE=2558308;WS=2558288;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr12	2558300	rs1544516	T	C	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	2595473	.	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=2.004;SC=TGCCCTCTATCGCTCCCAGCA;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=10;WE=2595481;WS=2595463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr12	2613521	rs1008832	A	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=11;PP=687;SC=GTCCCCTCCCAATCTGCTCAC;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=2613529;WS=2613511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	2659044	rs34277236	TG	T	3606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.128;NF=26;NR=24;PP=1898;ReadPosRankSum=0.931;SC=TGCAAACTACTGCTCTTCTGT;SOR=0.852;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=50;WE=2659052;WS=2659034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,110:0.44:248
chr12	2659082	rs11062272	G	T	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=1.066;NF=49;NR=40;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.699;SC=CTCAATGCCTGGCTCTGCTTC;SOR=0.748;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=201;TCF=106;TCR=95;TR=89;WE=2659090;WS=2659072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,161:0.47:342
chr12	2659622	rs12304811	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr12	2659848	rs10848675	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=13;PP=366;SC=CATTTCTGAATTGCTCCACCT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=2659856;WS=2659838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr12	2690702	rs11832738	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=426;ReadPosRankSum=0.557;SC=AATGAGGCACGATGGGGAGGA;SOR=1.017;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=29;WE=2690710;WS=2690692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr12	2692186	.	T	G	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=62;QD=19.3542425094;SC=GGCACGCCCCTCAGGTCCGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=5;WE=2692194;WS=2692176;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,5:0.29:17
chr12	2694638	rs215976	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=237;ReadPosRankSum=2.005;SC=TCACGGCTGACGGAGAGTCTC;SOR=0.706;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=15;WE=2694646;WS=2694628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr12	2705356	rs215981	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.343;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=343;ReadPosRankSum=0.026;SC=AAGCAAATAAAAGAGCATGTA;SOR=0.193;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=20;WE=2705364;WS=2705346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr12	2706720	rs215983	G	C	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=52;PP=1508;SC=TCTGCTCTGTGTGGCTGGATC;SOR=1.462;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=78;WE=2706728;WS=2706710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	2716319	.	C	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.777;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=553;ReadPosRankSum=-1.494;SC=AGCAAGGCCCCACGAGCCCTG;SOR=0.382;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=42;WE=2716327;WS=2716309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,53:0.46:115
chr12	2720988	rs216007	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=1.248;SC=GCGAGGGCCTTCGAGAAGGCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=2720996;WS=2720986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	2721137	rs216008	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr12	2721242	.	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=224;ReadPosRankSum=0.948;SC=GGGGAGGTGGGGTGCAGGTAT;SOR=0.622;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=18;WE=2721250;WS=2721232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr12	2743650	rs59658684	A	AT	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.164;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr12	2750893	rs2239124	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr12	2757666	.	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.592;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=243;ReadPosRankSum=-1.866;SC=CAATGCTCTCCCTCTATGGTA;SOR=0.472;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=18;WE=2757674;WS=2757656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr12	2757756	rs2239127	T	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-1.894;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr12	2757769	rs2239128	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr12	2757782	rs2239129	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=1.395;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr12	2760708	rs216045	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=634;ReadPosRankSum=0.253;SC=CCTGCCTTCCGCCACTGCCAC;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=46;WE=2760716;WS=2760698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr12	2760898	rs56180838	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=746;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GGGAGGGCATCCGGACGCTGC;SOR=0.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=46;WE=2760906;WS=2760888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,64:0.52:123
chr12	2760965	rs34428885	GA	G	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=706;ReadPosRankSum=0.530;SC=GCGGCCCGGGGAATCGCAGGG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=12;WE=2760978;WS=2760955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr12	2760970	rs1990322	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=999;ReadPosRankSum=-0.398;SC=CCGGGGAATCGCAGGGCTGCC;SOR=0.416;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=18;WE=2760978;WS=2760955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr12	2773855	rs7315556	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	2773870	rs45555233	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GATGAACATCAAGTTCATTTT;SOR=1.371;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=2773878;WS=2773860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	2774668	rs2302728	C	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.723;SC=CATCAGTAGGCCCCAGCTGGC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=2774676;WS=2774658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	2783476	rs7136355	T	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=382;SC=AGGAATGGCATTGGACGGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=2783484;WS=2783466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	2788879	rs1051375	G	A	9588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=143;PP=2965;SC=ACCCCAGCACGGTCAGCACTG;SOR=0.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=104;TCR=145;TR=246;WE=2788887;WS=2788869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr12	2791130	rs10848683	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	2791130	.	CGA	TGG	517	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8;NR=3;PP=517;QD=51.8607158966;SC=AGGCACGTTCCGATGTGTGAG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=2791140;WS=2791120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	2791132	rs10774053	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	2791205	rs10774054	A	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=10;PP=638;SC=CTGCTCAGGAAAGCAAACCCC;SOR=1.314;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=2791213;WS=2791195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	2795255	rs2270373	C	T	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=15;PP=754;SC=CTCCTGGCACCCCACCAGGGT;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=2795263;WS=2795245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	2851180	rs55952811	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.34;MQRankSum=-2.167;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.583;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr12	2851185	rs12319038	A	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=10;PP=550;SC=AGCTGCCCCTATGGGTGGCCA;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=2851193;WS=2851156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	2851259	rs12319097	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-5.925;NF=16;NR=13;PP=410;ReadPosRankSum=0.683;SC=CCAGGATGACAAAAATCGGCA;SOR=0.830;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=29;WE=2851267;WS=2851249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr12	2851357	rs10774059	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQRankSum=-3.665;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr12	2851365	rs4765989	T	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.59;QD=35.69;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	2876636	rs4313632	A	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	2907087	rs41456246	G	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=544;ReadPosRankSum=1.025;SC=CCTTATCTCAGCCCAATGCCT;SOR=0.722;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=40;WE=2907095;WS=2907077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,59:0.46:129
chr12	2909145	rs3021522	C	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=446;ReadPosRankSum=1.228;SC=AAGTCAAGTTCCACCCTGTAC;SOR=0.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=35;WE=2909153;WS=2909135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
chr12	2921762	.	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.872;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=211;ReadPosRankSum=-1.752;SC=AAGCCCGGAAGACCCGCCTCC;SOR=0.519;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=13;WE=2921770;WS=2921752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	2926543	rs2286604	A	G	223.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=0.752;SC=TCCAGGGACCACCTAGGGTGA;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=2926551;WS=2926533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr12	2936526	rs36095731	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TCCCGGCCTGCTCCTTTTGTT;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=14;WE=2936534;WS=2936516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr12	2936630	rs12814675	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=-1.712;SC=CCCAGTTCTCTTGATTTTTCA;SOR=0.744;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=6;WE=2936638;WS=2936620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	2937013	rs4765998	G	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=249;SC=GCTGCAGGGAGTGAAAGTCTC;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=2937021;WS=2937007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	2944024	rs35645225	G	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=427;ReadPosRankSum=-1.049;SC=GAGTGGGCCAGGGGCTGCTCG;SOR=0.509;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=42;WE=2944032;WS=2944014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,76:0.59:129
chr12	2966098	rs7309114	G	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=418;ReadPosRankSum=-0.305;SC=AAAGGTAGGCGGCAGAGATGG;SOR=0.601;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=34;WE=2966106;WS=2966088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,58:0.50:117
chr12	2968169	rs3742076	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr12	2968458	rs2215292	T	C	5394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=59;PP=2543;SC=GATGCTGTTTTCTCCGAGACC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=133;WE=2968466;WS=2968448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	2973615	rs2072360	T	C	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=-0.933;SC=ACTGGATAGGTACCAGGTATG;SOR=0.784;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=30;WE=2973623;WS=2973605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr12	2994726	.	CATTTTTTTTTTT	C	881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.49;ReadPosRankSum=-1.630;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr12	2996174	rs2907610	A	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=21;PP=661;SC=AATCAAGAACAAGACCACTGG;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=2996182;WS=2996164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	2996211	rs2907609	A	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=20;PP=536;SC=GTTTAAAGATAAATAAGTTAT;SOR=1.094;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=2996219;WS=2996201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	2997058	.	CT	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr12	2997397	rs2907608	G	A	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=55;PP=2237;SC=CAGAGTCATCGTCTGTGAAGG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=116;WE=2997405;WS=2997387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr12	3017219	rs10848733	A	G	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=34;PP=1184;SC=GTGCCTCCCAAGTGATGAAGA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=3017227;WS=3017209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	3018675	rs11305670	AT	A	656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,41:0.89:46
chr12	3018802	rs35490316	G	C	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.11;NF=23;NR=31;PP=1059;SC=CCGTGATGCTGATGGTCTTGG;SOR=0.982;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=54;WE=3018810;WS=3018792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	3031358	rs2302283	T	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=11;PP=637;SC=TGATCACATATGCCAAATCTA;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=35;WE=3031366;WS=3031348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	3039319	rs10848747	A	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=4;PP=442;SC=AGAATAGTTAAGAATGTTTTA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=3039327;WS=3039309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	3040029	rs10848749	C	T	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=672;SC=GATACTTACTCTTCATTACTC;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=32;WE=3040037;WS=3040019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	3046802	rs33973716	A	G	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=20;PP=878;SC=TCCAGGAAACAAACGTACTTG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=3046810;WS=3046792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	3046964	rs35398310	A	AC	137.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr12	3047466	rs2074987	G	A	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=31;PP=871;SC=GCCTCCAGGAGGGGTTGGGTG;SOR=2.352;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=39;WE=3047474;WS=3047456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	3049698	rs998814	T	C	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=38;PP=1616;SC=CTTCCCAGAATGTATCCAAAC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=92;WE=3049706;WS=3049688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	3049938	rs1047341	C	T	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=41;PP=1407;SC=TGTCCCCCACCGACAAGTCCC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=3049946;WS=3049928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	3120078	rs2286647	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=-1.141;SC=AGAGTGAGGGCAGGGCTCCTC;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=12;WE=3120086;WS=3120068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr12	3121144	rs61917974	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CACTGCACTTTTGAAATACTG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=11;WE=3121152;WS=3121134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr12	3121159	rs3782837	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=164;ReadPosRankSum=-0.678;SC=ATACTGCCGGTTTCTGGATTA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=12;WE=3121167;WS=3121149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr12	3127652	rs2159411	A	G	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=1.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	3128261	.	C	T	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=617;ReadPosRankSum=1.740;SC=CTGACACCTCCCCTCCTCTCT;SOR=0.560;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=45;WE=3128269;WS=3128251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,93:0.54:172
chr12	3130089	.	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=7.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=1.209;SOR=2.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr12	3130938	rs4759380	A	G	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=5;PP=563;SC=CGTGGTGGGCACGCAGAGCCA;SOR=2.712;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=3130946;WS=3130928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	3131206	rs3741952	T	C	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=47;PP=1490;SC=TAACCCCTTCTTTCCTGCCAC;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=66;WE=3131214;WS=3131196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	3131238	rs4759379	A	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=33;PP=947;SC=TGGTAGTGAGAACGGGGCGAG;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=3131246;WS=3131228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	3149483	rs7294804	A	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=46;PP=1412;SC=CAGCCATGGCATGCCCCTTCT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=68;WE=3149491;WS=3149473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	3310439	rs740776	C	T	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	3310482	rs740775	C	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=25;PP=792;SC=CTTACCATAGCGTGAATACCC;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=3310490;WS=3310472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	3387521	rs651196	C	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=306;ReadPosRankSum=-1.292;SC=GGGACCTGCACTGTTCCCAGG;SOR=2.187;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=17;WE=3387529;WS=3387513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr12	3387555	rs651243	C	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=403;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GTGAGAGCAGCGCCAGGCTAA;SOR=1.333;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=26;WE=3387563;WS=3387545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr12	3387865	rs663134	C	A	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=459;ReadPosRankSum=2.211;SC=GGAATATTAGCCACCTGGGTG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=27;WE=3387873;WS=3387855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr12	3390804	rs605613	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GAGGTAAGAGCGAGGACGAGG;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=5;WE=3390812;WS=3390794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr12	3391032	rs564247	T	G	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=463;ReadPosRankSum=-2.142;SC=GGCCTCAGCCTCAGAGGGAAG;SOR=0.675;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=39;WE=3391040;WS=3391022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr12	3392351	rs632887	A	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=686;ReadPosRankSum=1.555;SC=GCTTTGTGTCACCTGCCTGCG;SOR=0.475;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=44;WE=3392359;WS=3392341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,61:0.43:143
chr12	3409277	rs7306401	C	T	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=47;PP=1293;SC=CTGCAGGTGCCGGAGAAGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=74;WE=3409285;WS=3409267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	3490820	rs10848860	T	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=161;SC=TTGTTTCAATTAAACTTTTAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=3490828;WS=3490810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	3600967	rs757609	T	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=435;SC=CTTTCCCCAGTTTCATCCCGC;SOR=1.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=3600975;WS=3600957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	3677776	rs144225287	AG	A	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GAATCAGAATAGGGCTGAAAC;SOR=0.307;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=4;WE=3677784;WS=3677766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr12	3678003	.	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CTTTGCCAGGGACAAGTGGCT;SOR=0.527;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=8;WE=3678011;WS=3677993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr12	3678745	rs3741936	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=1.169;SC=GTCCCCTCTTGCTTCTCCGGT;SOR=0.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=10;WE=3678753;WS=3678735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr12	3686114	.	G	A	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=595;ReadPosRankSum=-0.675;SC=GGACATCGTGGATCCAAAGCA;SOR=0.626;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=47;WE=3686122;WS=3686104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,79:0.44:178
chr12	3701464	rs34000611	G	A	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=49;PP=2687;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TCACTGTCCGGAGGGGGGAGG;SOR=0.825;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=54;TCR=92;TR=75;WE=3701482;WS=3701454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,120:0.52:229
chr12	3701474	.	G	A	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=2385;ReadPosRankSum=0.780;SC=GAGGGGGGAGGAAATCTACGG;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=52;TCR=86;TR=63;WE=3701482;WS=3701454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,95:0.48:199
chr12	3702219	rs4765741	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=-0.856;SC=CTGTGGCTTCATACCCAGACG;SOR=1.802;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=11;WE=3702227;WS=3702209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
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chr12	3736940	rs17836183	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=105;ReadPosRankSum=1.433;SC=AATCAGGAAACAATGCTTCCA;SOR=0.922;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=11;WE=3736948;WS=3736930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr12	3749874	rs7138453	T	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,41:0.38:109
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chr12	3751046	rs7297853	T	C	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=591;ReadPosRankSum=1.584;SC=GCCTATTTGCTCCGATGTTTG;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=44;WE=3751054;WS=3751036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,71:0.55:129
chr12	3753975	rs7975304	T	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=-1.678;SC=AGGATAGTTTTTGTGTACAGA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=5;WE=3753983;WS=3753965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	3757548	rs887304	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=362;ReadPosRankSum=1.550;SC=AGTGGCTACTTGGTGGTCCAA;SOR=1.802;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=19;WE=3757556;WS=3757538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr12	3782456	rs55825408	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr12	3782480	rs56040859	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=0.698;SC=ACACAGGGCCTGGTCCCCACT;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=3782488;WS=3782470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	3782647	rs36030417	A	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=1.181;SC=TCTTCTCCTCATGGGCTTCTT;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=16;WE=3782655;WS=3782637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr12	3782701	rs17697920	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=102;ReadPosRankSum=0.030;SC=CAAAGTTGGACAGTAAATGAG;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=13;WE=3782709;WS=3782691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr12	3782779	rs61907258	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.876;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	3787956	rs242019	A	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=450;SC=GCGGGCCTTTACCTGCACTGC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=3787964;WS=3787946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	3788145	rs242018	C	T	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=559;ReadPosRankSum=0.715;SC=TCCTCATCTTCGCCCATGTCG;SOR=0.646;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=46;WE=3788153;WS=3788135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,73:0.45:162
chr12	3788188	rs3803135	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=456;ReadPosRankSum=0.761;SC=ACAGATACACCTTCTCTTCAT;SOR=0.703;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=36;WE=3788196;WS=3788178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,62:0.36:173
chr12	3788222	rs242017	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=330;ReadPosRankSum=0.304;SC=CTGTTCACCTGCATCTTCCTG;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=30;WE=3788230;WS=3788212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,58:0.36:162
chr12	3789452	rs17836273	C	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=595;ReadPosRankSum=0.374;SC=TTGCCATCAGCATCCAGGGCA;SOR=0.849;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=42;WE=3789460;WS=3789442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,67:0.58:115
chr12	3789562	rs61537702	GG	CA	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=238;ReadPosRankSum=-1.126;SC=ACTCACTGGTGGGGGAGGTGA;SOR=0.610;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=3789571;WS=3789552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr12	3789607	rs17780600	T	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-1.550;SC=AGAAAGTGTCTAGAGTTCGGC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=3789615;WS=3789597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	3806147	rs9788233	T	C	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=857;ReadPosRankSum=1.353;SC=GAGACTACCCTCCCGTCAGGG;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=51;WE=3806155;WS=3806137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr12	3924170	.	G	A	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr12	3948718	rs3809251	G	A	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=45;PP=1535;SC=GCGATTATAGGAGGATCATTT;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=3948726;WS=3948708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	3982657	rs4766179	A	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=35;PP=945;SC=ACGCTTATCCATACGCGCGCG;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=3982665;WS=3982647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	4385262	.	C	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=774;ReadPosRankSum=-0.409;SC=ACTCCGAAGTCCCATCTGCAA;SOR=0.904;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=54;WE=4385270;WS=4385252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,79:0.43:184
chr12	4388084	rs3217805	C	G	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=825;ReadPosRankSum=-1.433;SC=TGTGTGCCACCGGTAAGATGA;SOR=0.539;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=58;WE=4388092;WS=4388074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,77:0.53:145
chr12	4430547	rs10774222	C	T	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=40;PP=1058;SC=AAAACGGGTCCACCACCCTCT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=63;WE=4430569;WS=4430537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	4430561	rs11063080	C	G	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=34;PP=892;SC=ACCCTCTCCCCTCCCTGCTCG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=4430569;WS=4430537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	4446116	rs7296163	T	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=4;PP=389;SC=AAAATTTAGATAAATGCAGCT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=4446124;WS=4446106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	4461485	rs7133330	G	A	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=15;PP=1035;SC=TGAAAGAAGCGGATCAAAAAG;SOR=1.244;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=47;WE=4461493;WS=4461475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	4537421	rs4766248	A	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	4537431	rs11615557	C	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	4553332	rs2241280	A	G	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=49;PP=1740;SC=TGTTCATGGCAACGAAGAGGG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=95;WE=4553340;WS=4553322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	4553383	rs2241279	A	G	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=43;PP=1352;SC=CTCGCTCCACAGTGGAAATTT;SOR=1.028;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=73;WE=4553391;WS=4553373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	4554413	rs11611403	C	T	5514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=98;NR=45;PP=2905;SC=CCTCGTGGGTCCCGCTGATCC;SOR=1.428;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=98;TCR=45;TR=143;WE=4554421;WS=4554403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr12	4554548	rs7358740	G	C	16315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=189;NR=175;PP=2965;SC=CAGCTAGCCCGGCGCGAGACC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=190;TCR=175;TR=364;WE=4554556;WS=4554538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,630:1.00:630
chr12	4554630	rs11613495	A	G	9680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.467;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=1.239;SC=AGGCGAGGGCACCACCATGCC;SOR=0.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=118;TCR=160;TR=276;WE=4554638;WS=4554620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,370:1.00:371
chr12	4645161	.	T	TA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,15:0.22:68
chr12	4645400	rs10849086	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=531;SC=CAAAAAAGCAGTAGGTTATAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=4645408;WS=4645390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	4655670	rs2907492	C	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=169;SC=ACAGAGGAAACAGGTAAAATG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=4655678;WS=4655660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	4657203	rs7314915	A	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	4667910	rs7308641	A	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=280;SC=CTTGATAGACACTGGAAAGCA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=4667918;WS=4667900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	4671611	rs7306848	CG	GA	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=917;SC=CTGTGGTGCGCGGACAAGAAA;SOR=1.911;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=21;WE=4671620;WS=4671601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	4672096	rs7295624	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=331;SC=TTTAAAGGCTATTCTGTGACA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=4672104;WS=4672086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	4672394	rs7299185	T	G	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=24;PP=685;SC=CACTCTACCTTATTGTTTCTG;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=4672402;WS=4672384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	4682626	rs61909600	A	C	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	4689963	.	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
chr12	4697987	rs2041295	A	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.05;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	4697991	rs2041294	AT	GG	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	4698278	.	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=0.038;SC=GCCAATTTATCATAAAATGTA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=4698286;WS=4698268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr12	4699426	.	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=0.153;SC=AGGGAGGCTGGAAGAAATGAC;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=9;WE=4699434;WS=4699416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr12	4700221	rs2302248	G	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=694;SC=GGAGAGGTAGGTAAAGAGCCT;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=4700229;WS=4700211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	4705317	rs3741925	C	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=12;PP=660;SC=TTCCACAGGTCCTGCATGATC;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=4705325;WS=4705307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	4708150	rs3741926	T	A	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=420;SC=CAGCCTTATATGTTTTTTTAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=4708158;WS=4708140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	4708414	.	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.25;MQRankSum=-0.455;QD=4.46;ReadPosRankSum=1.344;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr12	4708441	rs67444003	T	G	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.03;QD=20.29;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	4714008	rs2286576	T	G	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=10;PP=641;SC=AACTGAGAAGTTGTCCTGGGG;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=4714016;WS=4713998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	4719501	rs187141770	C	G	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=698;ReadPosRankSum=0.195;SC=AAATGCTGTACTTTGACACAC;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=44;WE=4719509;WS=4719491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,78:0.51:152
chr12	4725134	rs7301885	G	A	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=33;PP=1004;SC=TGCCAAGGCTGGAGCAGAGAG;SOR=1.528;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=49;WE=4725142;WS=4725124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	4735737	rs2072358	A	G	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=21;PP=1089;SC=CTACCCATTGAAGGACGGCTT;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=4735753;WS=4735727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	4735986	.	C	T	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=572;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CATCTCCCAGCTCTGCCAACG;SOR=0.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=39;WE=4735994;WS=4735976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,63:0.48:132
chr12	4736034	.	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=554;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CACACAGCTTCATCACTGAGT;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=43;WE=4736042;WS=4736024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,64:0.50:127
chr12	4736295	.	C	T	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=601;ReadPosRankSum=-0.365;SC=AGAAAACACTCCTTAGGTCCT;SOR=0.672;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=50;WE=4736303;WS=4736285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,79:0.48:166
chr12	4736495	rs1990312	C	T	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=21;PP=911;SC=ATCAGGTCCTCGGCCCAGGAG;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=4736503;WS=4736485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	4736631	rs11063265	A	G	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=39;PP=1569;SC=TGGGAGCTTCAAATGCTGCAT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=4736639;WS=4736621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	4736677	rs11063266	G	C	4593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=47;PP=2168;SC=TTTCTGCTGAGTTTTATGCCA;SOR=0.944;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=112;WE=4736698;WS=4736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	4736690	rs10774251	A	G	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=50;PP=2404;SC=TTATGCCACAAGGTAAGCCCC;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=123;WE=4736698;WS=4736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	4737318	rs7960207	A	G	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	4737459	rs2072356	C	T	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=49;PP=1607;SC=GTGATGATCCCGAGACTCTGT;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=86;WE=4737467;WS=4737449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	4737715	rs2072355	C	T	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=52;PP=1967;SC=TACTGAACTCCCGTTGCCAAG;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=99;WE=4737723;WS=4737705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	4758188	rs714621	G	C	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=16;PP=814;SC=CGAAACCGTCGTTTCTTGGTT;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=4758196;WS=4758178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	4763780	rs3217056	GCA	G	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=543;SC=GACATGAAGAGCACACTCATG;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=4763789;WS=4763770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	4768354	rs7972657	A	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=331;SC=GTAAGTAACAAATTGATCTGG;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=4768362;WS=4768344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	4768437	rs7958182	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=163;SC=TTATCACAGACATATGTAGAA;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=4768445;WS=4768427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	4771682	rs2267549	G	A	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=14;PP=679;SC=AAACAGGTTTGTTTGGTTATT;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=4771690;WS=4771672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	4777474	rs68144469	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=1.282;SC=ACTAATGACTGCCTTTTGTAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=4777482;WS=4777465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr12	4829813	.	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.538;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr12	4830000	rs10849133	T	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=153;ReadPosRankSum=0.536;SC=GAATAAACGCTACGGGGCAGT;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=11;WE=4830008;WS=4829990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr12	4835882	rs2286578	T	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=349;ReadPosRankSum=0.878;SC=GCGAGGATCTTTCTGAGGCCC;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=28;WE=4835890;WS=4835872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,46:0.36:127
chr12	4853806	rs34776842	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr12	4853915	rs12312983	T	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=70;ReadPosRankSum=1.442;SC=AGAGGAGATATTGTGCATGTA;SOR=0.497;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=9;WE=4853923;WS=4853905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr12	4870363	rs2191157	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=444;ReadPosRankSum=0.789;SC=AGGAGGTGGCGGTTATGTAAT;SOR=1.127;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=28;WE=4870371;WS=4870353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr12	4873163	rs1468556	G	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=335;ReadPosRankSum=1.187;SC=TCAGGGACCCGTTCCAGGCAA;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=27;WE=4873171;WS=4873153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,47:0.41:116
chr12	4877689	rs73038876	C	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr12	4881636	.	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-2.407;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr12	4881766	rs2286581	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.04;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	4881775	rs2286582	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.67;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	4919981	.	C	T	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=1.618;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,119:0.49:241
chr12	4959874	rs10774275	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=335;ReadPosRankSum=-0.007;SC=ACTAACTACATGTCCTTTTGT;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=33;WE=4959882;WS=4959864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr12	4959904	rs34855288	G	GA	822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.270;NF=11;NR=16;PP=798;ReadPosRankSum=0.115;SC=TCCCTGGCAGGAAAAATGCTG;SOR=0.539;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=27;WE=4959912;WS=4959894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr12	4959987	rs10774276	C	T	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.209;QD=13.78;ReadPosRankSum=1.183;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,51:0.39:132
chr12	4959993	rs3168377	C	A	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.226;QD=13.87;ReadPosRankSum=2.029;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,49:0.38:128
chr12	4960023	rs14054	C	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.022;NF=11;NR=17;PP=322;ReadPosRankSum=1.254;SC=AGGCATCTGGCCTGACACCGC;SOR=0.954;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=28;WE=4960031;WS=4960013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr12	4960089	rs700480	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=-0.421;SC=ACCAGACCCGTTGTCCCTAAA;SOR=1.981;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=14;WE=4960097;WS=4960079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr12	4960117	rs12336	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=91;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CCCAGAATGTTGGGGTGAAGC;SOR=0.972;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=9;WE=4960125;WS=4960107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr12	5021228	rs1048500	T	C	6887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=87;PP=2965;SC=AAACGCTGTGTATCATCTGGT;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=91;TCR=89;TR=177;WE=5021236;WS=5021218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr12	5021348	rs2227910	G	C	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=65;PP=2448;SC=ATTTCATCACGCTGGGCACCG;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=114;WE=5021356;WS=5021338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	5021984	rs4766309	T	A	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=63;PP=2428;SC=ATTGCACCACTGCTAACCAAA;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=133;WE=5021992;WS=5021974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr12	5022041	rs4766310	G	A	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=48;NR=57;PP=1975;SC=AAAAAACAAAGGCAAGCAAAC;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=105;WE=5022049;WS=5022031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	5153694	rs45504599	C	T	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=968;ReadPosRankSum=-0.909;SC=TCAACATCTCCGGGCTGCGCT;SOR=0.694;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=66;WE=5153702;WS=5153684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,110:0.41:267
chr12	5154234	.	C	T	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=1471;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TGGCCCCGCCCTCTGGCCCTA;SOR=0.834;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=160;TCF=89;TCR=71;TR=84;WE=5154242;WS=5154224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,111:0.53:210
chr12	5154462	rs2359641	T	C	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=74;PP=2315;SC=AGCCAGGGGGTGGAGGAGGCG;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=132;WE=5154470;WS=5154452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	5541605	rs71583809	A	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=0.764;SC=GGGGCCCCAGATCCGCATCCC;SOR=0.211;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=5541613;WS=5541595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr12	5674754	rs2277398	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=0.851;SC=CCAGACGGGCGGACAGAATAA;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=17;WE=5674762;WS=5674744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr12	5721962	rs3741837	A	G	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=16;PP=1036;SC=TTAGAACAAAAGGGAGCTCTG;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=5721970;WS=5721952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	5722225	.	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=-1.583;SC=CTGTCCTCTTCGAAAGCACTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=14;WE=5722233;WS=5722215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr12	5756783	rs2277400	C	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=-2.244;SC=TGTGGCTTCCCCTTTACCAGC;SOR=0.610;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=6;WE=5756803;WS=5756773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr12	5756795	rs444834	T	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=554;ReadPosRankSum=1.802;SC=TTTACCAGCCTCTCATTATTT;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=24;WE=5756803;WS=5756773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr12	5756824	rs367978	C	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=13;PP=601;SC=GAATATAATACCCACAGTAGT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=5756832;WS=5756814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	5757029	rs367206	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=0.091;SC=TTAATTTGCTCTCATTTGCAT;SOR=0.355;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=11;WE=5757037;WS=5757019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr12	5841733	rs1860961	A	C	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=623;ReadPosRankSum=1.196;SC=TGGACAGCAGACTGGTTGCTC;SOR=0.866;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=42;WE=5841741;WS=5841723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,57:0.59:97
chr12	5841841	rs2277401	G	C	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.547;SC=AAGGAAGAATGACCTTGGCCT;SOR=0.486;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=69;WE=5841849;WS=5841831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,119:0.52:229
chr12	5848324	.	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=722;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GGTCAACCATGGCCCAAGTCC;SOR=0.784;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=48;WE=5848332;WS=5848314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
chr12	5915366	.	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=-1.984;SC=GCTTTTTTTTCATTCCCATTT;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=14;WE=5915374;WS=5915356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr12	5916350	rs2277403	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=97;ReadPosRankSum=-1.536;SC=GGTCAGTCAAGGTATTTTAAT;SOR=0.177;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=9;WE=5916358;WS=5916340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr12	5948795	.	G	A	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.603;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,95:0.52:183
chr12	5961048	rs7485945	G	A	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=23;PP=1113;SC=CACTTTTCCTGTGTCTCTAGG;SOR=1.138;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=5961056;WS=5961038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	5961209	rs117491953	A	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=283;ReadPosRankSum=0.183;SC=ACACATTCAGATAAACCAGAG;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=19;WE=5961217;WS=5961199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr12	6032129	rs12817045	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.85;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	6032138	rs12817050	A	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.37;QD=41.65;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	6054277	rs6416321	G	A	4966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=60;PP=2382;SC=AATCCCGAAGGGTGGGAGTTC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=124;WE=6054285;WS=6054267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	6054395	rs6489680	A	G	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=52;PP=1486;SC=ATGTGGACGCAGACCCCGCCG;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=6054403;WS=6054385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	6055132	rs6489682	T	G	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=17;PP=1183;SC=AGGAGTGCCATCTCCCCGGGA;SOR=1.644;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=57;WE=6055140;WS=6055122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	6078616	rs2270239	T	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=335;ReadPosRankSum=-1.118;SC=CAGGGTCCCATTGGGAATGTG;SOR=0.251;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=26;WE=6078624;WS=6078606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr12	6085513	rs216855	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=428;SC=AGCCGCTCTAAGTGCTGAGAA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=6085521;WS=6085503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	6090825	rs216866	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.803;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	6091000	rs216867	A	G	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=32;PP=1221;SC=CATTGGTGGCAGTTGAGGCCA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=68;WE=6091008;WS=6090990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	6091164	rs216868	G	A	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=22;PP=540;SC=CAGGCTGAGGGTAGGACAAGG;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=6091172;WS=6091154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	6092567	.	G	GGATAGATAGATAGATAGATA	138.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.56;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	6092629	rs10535241	TGATA	T	33.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	6094845	rs177702	G	A	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=29;PP=976;SC=AGGGCAAAGCGAGGTTCAGAA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=6094853;WS=6094835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	6102902	rs216900	C	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=22;SC=TAACTGGAATCCCAGGTCATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=6102910;WS=6102892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	6103823	rs71579337	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.621;SC=TGAGGAATCCTAGGTTTTTAG;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=5;WE=6103831;WS=6103813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr12	6105387	rs216902	G	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=352;SC=CTGTGCACACGCCTGGACAGA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=6105395;WS=6105377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	6121078	rs216305	C	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=609;SC=CAAGGAGGCCCCCTGTACATG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=6121086;WS=6121068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	6127891	rs1800385	C	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.524;NF=8;NR=7;PP=230;ReadPosRankSum=-0.144;SC=ATCTCTCGCACCCGCTGCAGG;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=15;WE=6127899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr12	6127919	rs1800384	T	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.049;NF=9;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=1.000;SC=CTTTGGACTGTGCCTCGCTGA;SOR=1.659;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=10;WE=6127927;WS=6127909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr12	6127943	rs216310	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.616;NF=15;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=-1.805;SC=GGTACTCCACAGTCACCATGT;SOR=1.440;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=18;WE=6127951;WS=6127933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr12	6128443	rs216311	T	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.774;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.150;NF=21;NR=20;PP=538;ReadPosRankSum=-2.017;SC=AGGAGCAGGGTGATGCGGGAG;SOR=0.308;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=41;WE=6128451;WS=6128433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr12	6128779	.	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.879;NF=12;NR=19;PP=415;ReadPosRankSum=-0.751;SC=CAGTAGAAATCGTGCAACGGC;SOR=0.928;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=31;WE=6128787;WS=6128769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr12	6128984	rs216312	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.998;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	6132671	rs117731790	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=2.000;SC=CTTGGCCATCCAGTCCCTACT;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=6132679;WS=6132667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	6143984	rs216321	T	C	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=664;ReadPosRankSum=1.725;SC=CTTCCGGTCCTGACAGACACT;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=55;WE=6143992;WS=6143974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,88:0.53:167
chr12	6144164	rs499648	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr12	6144169	rs669667	T	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.05;ReadPosRankSum=1.597;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr12	6145529	rs216325	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=232;ReadPosRankSum=0.730;SC=CTGGGTCCCCGGCGCAGCCCC;SOR=1.313;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=18;WE=6145537;WS=6145519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr12	6153659	rs216293	G	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr12	6153750	rs216294	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GGGGACCAGCAGCTGCCTGAG;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=6153758;WS=6153740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr12	6161963	rs10622633	G	GAGA	825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.675;SOR=1.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr12	6167196	rs1800379	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=1.057;SC=TCTTCCCGGCATAGACGGGGG;SOR=0.645;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=34;WE=6167204;WS=6167186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr12	6167365	.	AG	A	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=18;MQ=61.19;NF=0;NR=3;PP=45;QD=22.0;SC=AGGCTGCAAAAGGGGGGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=6167373;WS=6167355;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr12	6172348	rs2239159	C	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=-1.283;SC=GACTTAGGGGCAGATGGGGTG;SOR=1.358;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=13;WE=6172356;WS=6172338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr12	6173365	.	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=495;ReadPosRankSum=2.218;SC=GGTGCTAAGGGATGGGCTGTG;SOR=0.981;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=30;WE=6173373;WS=6173355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr12	6173433	rs1800377	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=714;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GGGAGCTGGACGTCCTGGCCA;SOR=0.692;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=50;WE=6173441;WS=6173423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,73:0.53:139
chr12	6174414	rs1800376	T	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.81;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr12	6174423	rs1800375	T	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.89;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr12	6180582	rs2239156	A	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=0.489;SC=TTTAGAGCTCATGGTAGTTAT;SOR=0.439;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=15;WE=6180590;WS=6180572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr12	6181635	rs55907031	G	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr12	6204615	rs7980045	T	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=602;ReadPosRankSum=1.692;SC=CCCAGGCCAGTCCACACCCAC;SOR=0.470;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=35;WE=6204623;WS=6204605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,56:0.44:126
chr12	6204902	rs5796209	CA	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr12	6230288	rs6489694	A	G	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=6;PP=850;SC=CACCAGGGCTAAGCTCAGCCA;SOR=2.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=6230296;WS=6230278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	6232426	rs2286608	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.370;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CTGGTGTGGCGACTATCAGGG;SOR=1.439;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=9;WE=6232434;WS=6232416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr12	6344600	rs2072372	C	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.844;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr12	6345199	rs3181300	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=2.525;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr12	6352292	rs9668222	T	A	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=14;PP=1025;SC=TACTTTGAGTTACAGACGTAT;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=6352300;WS=6352282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	6421495	rs740842	G	A	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=26;PP=770;SC=TCAGAGCACTGCTGGCAGACT;SOR=1.162;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=42;WE=6421503;WS=6421485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	6422272	rs10849440	T	C	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=32;PP=1478;SC=TGGCTGTGGCTTCAGCCTTTC;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=77;WE=6422280;WS=6422262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	6424577	rs1003563	A	G	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=14;PP=780;SC=CCTACACATCAGAGCACTGGT;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=6424585;WS=6424567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	6426475	.	C	T	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=890;ReadPosRankSum=0.788;SC=CCAGTTTGGCCAGCGGTTCCA;SOR=1.095;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=64;WE=6426483;WS=6426465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,101:0.43:237
chr12	6427052	rs1468603	C	T	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	6428116	rs4764497	T	G	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=71;PP=2432;SC=GGGACGGAGATCAAATAAAGG;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=118;WE=6428124;WS=6428106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	6428621	rs12828469	A	T	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.39;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	6428646	.	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr12	6435474	rs141921783	AAAT	A	523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=561;SC=CAGTCTCAAAAAATAATAATA;SOR=3.767;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=6435484;WS=6435464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	6435571	rs10849441	A	G	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	6435575	rs10849442	C	T	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.00;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	6435753	rs2302350	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=468;SC=AGGCTCACACGGACTACAAGG;SOR=2.636;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=6435761;WS=6435743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	6437171	rs3067490	T	TGG	1099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=6;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.404;NF=19;NR=5;PP=865;ReadPosRankSum=0.106;SC=TGTATGGTGGTGGGGTGTAGT;SOR=1.187;Source=Platypus;TR=24;WE=6437179;WS=6437161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr12	6439255	rs10849443	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=22;PP=957;SC=AGGTGGCGCAACATTAGTGCG;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=6439263;WS=6439245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	6440009	rs1800693	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=14;PP=518;SC=ACCAGGTCACTTCTCCTCACC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=6440017;WS=6439999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	6442346	rs1800692	A	G	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=34;PP=1644;SC=GCTAAAGGAGAAGCGCCTGCA;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=80;WE=6442354;WS=6442336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	6450945	rs767455	T	C	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=23;PP=779;SC=GTCTCACCAGTGGCAGCAGCA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=53;WE=6450953;WS=6450935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	6457062	rs2228576	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=-0.285;SC=AGAGGACAGGTGGAGGAACTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=6457070;WS=6457052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	6458084	rs3764875	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-0.555;SC=CAAAGATTCCCTTCTTGTGGC;SOR=1.106;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=9;WE=6458092;WS=6458074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
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chr12	6483463	rs3741914	T	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=2;PP=625;SC=GCCTGCCCAGTGAGCACCTCA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=6483471;WS=6483453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	6484709	rs10849447	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.331;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
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chr12	6495275	rs2364480	C	A	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=881;ReadPosRankSum=1.013;SC=CCTGCAAGGCCGGGCACTTCC;SOR=0.728;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=64;WE=6495283;WS=6495265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,87:0.42:205
chr12	6495635	rs5796232	C	CGG	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.912;QD=17.99;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=1.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr12	6551874	rs3136549	G	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GCCCAGCCAGGCATGGTGGCT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=14;WE=6551882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr12	6554429	rs2534719	G	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=454;ReadPosRankSum=-0.939;SC=GGCCAGGTGAGTGGCGAAAGA;SOR=1.151;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=28;WE=6554437;WS=6554419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr12	6554628	rs25680	G	A	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=1083;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GCATAGAAAGGCTGCTCAGTG;SOR=0.796;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=72;WE=6554636;WS=6554618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,128:0.51:250
chr12	6560473	rs2532502	A	G	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=49;PP=1461;SC=GAGCCTTGTCATTACAGCTGC;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=6560481;WS=6560463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	6560573	rs1059501	G	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.523;NF=4;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=0.691;SC=GCACCTGCGGGAGCTGCACTA;SOR=0.375;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=16;WE=6560581;WS=6560563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr12	6561603	rs151118790	CAG	C	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.921;NF=1;NR=4;PP=124;ReadPosRankSum=0.951;SC=CTAAGCCCAACAGGGGAAAGG;SOR=0.368;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=6561612;WS=6561593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	6562285	rs2041384	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=-1.937;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr12	6562293	rs2041385	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=-2.535;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr12	6562753	rs2532501	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=193;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CATGGCCAACATGCAGGTCTC;SOR=1.007;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=18;WE=6562761;WS=6562743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr12	6562810	rs2532500	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=416;ReadPosRankSum=0.709;SC=TCCCAGGGTCACCAAGAATGA;SOR=0.414;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=11;WE=6562844;WS=6562800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr12	6562823	rs2041387	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=416;ReadPosRankSum=0.710;SC=AAGAATGAGGCGCTCTGGCAC;SOR=0.405;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=10;WE=6562844;WS=6562800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr12	6562836	rs2041388	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=2.150;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr12	6565750	rs10774432	A	G	922.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=324;ReadPosRankSum=-1.261;SC=GGCTGGTCTCAAACTCCCAAC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=25;WE=6565758;WS=6565740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,44:0.88:50
chr12	6567541	.	T	TA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr12	6567787	rs2243750	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=467;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCATGTGTAATCTTATTCCTC;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=30;WE=6567795;WS=6567777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr12	6569983	rs2243977	C	T	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=965;ReadPosRankSum=0.448;SC=ATGATTCCTGCGCACGATGAT;SOR=0.945;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=66;WE=6569991;WS=6569973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,100:0.56:178
chr12	6570163	rs2534710	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=633;ReadPosRankSum=0.293;SC=TCTAACCACCCCCCCGCCCAG;SOR=0.546;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=42;WE=6570171;WS=6570153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr12	6572048	rs1045452	A	G	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=399;ReadPosRankSum=0.036;SC=CAAGGGCGAAAGGAAAGGAAG;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=30;WE=6572056;WS=6572038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,55:0.54:102
chr12	6572191	rs12964	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=0.696;SC=CTCCGCTCTGTTCCCAGCCTG;SOR=0.368;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=9;WE=6572199;WS=6572181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr12	6573061	rs2534714	A	G	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=6;PP=748;SC=CAGATTAGAAATAACTACAAA;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=6573069;WS=6573051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	6573146	rs2534715	T	C	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=31;PP=2277;SC=AGGACCCTCTTCAGGCCTGGT;SOR=1.701;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=107;WE=6573154;WS=6573136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	6573716	rs2534716	T	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=162;SC=AACAAGAGGGTGAATTACACC;SOR=1.101;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=6573724;WS=6573706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	6573749	rs2534717	C	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=153;SC=ATTCAGGTCTCTCCATTGTTA;SOR=1.051;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=6573757;WS=6573739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	6574301	rs1017101	G	T	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=961;ReadPosRankSum=-0.769;SC=CAGTATGTCTGTAGCTTTTCA;SOR=0.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=53;WE=6574309;WS=6574291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr12	6575044	rs2072375	G	T	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=23;PP=1049;SC=TCTTTAGCTTGGCAGCACTGC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=6575052;WS=6575034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	6575191	rs2534718	A	T	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=35;PP=1246;SC=GAAACAAAGCAGCTAAGCTTC;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=69;WE=6575199;WS=6575181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	6579565	rs2534720	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=747;SC=CCGGTCCGGAAGCGGCGCGCG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=6579573;WS=6579555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	6579757	rs2532489	T	C	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=46;PP=1143;SC=AGACACCCGGTGAGGGACGCT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=6579765;WS=6579747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	6624008	.	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TTGCAGCATTCCTGACAGAAC;SOR=0.871;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=13;WE=6624016;WS=6623998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr12	6635596	.	C	T	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.213;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=792;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TAAACAACTTCTCCCTCCTCC;SOR=0.870;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=64;WE=6635604;WS=6635586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,111:0.47:235
chr12	6637364	.	C	T	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=658;ReadPosRankSum=-1.153;SC=CTCCCAGCTTCGTCTTCTGTT;SOR=0.813;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=46;WE=6637372;WS=6637354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,83:0.49:168
chr12	6659036	.	G	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=815;ReadPosRankSum=0.198;SC=CTTTCTCCTGGATCTTGGTGT;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=52;WE=6659044;WS=6659026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,90:0.42:213
chr12	6672587	rs200105333	C	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=448;ReadPosRankSum=0.748;SC=AGAACGAGACCGCCCTTCCTC;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=32;WE=6672595;WS=6672577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,64:0.45:142
chr12	6705281	.	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=0.291;SC=ATCAAGTAGTGGACGTGGCCC;SOR=0.806;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=39;WE=6705289;WS=6705271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,49:0.43:114
chr12	6707587	.	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=1.317;SC=CTTCAGAGCTGGACACTGAGA;SOR=0.478;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=15;WE=6707595;WS=6707577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr12	6711206	.	GCTT	G	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.739;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,9:0.12:75
chr12	6747578	rs1882553	G	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr12	6748035	rs12826388	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr12	6749093	rs2365087	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=1;PP=453;SC=GAGGCAGGAGATTCAGTGAGG;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=6749101;WS=6749087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	6756240	rs3803130	A	G	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=179;SC=CGAGACCAGGACAGACAGACC;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=6756248;WS=6756230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	6762026	rs4764506	T	C	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=12;PP=584;SC=GTGCCAAACTTCCCACCAGAT;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=6762034;WS=6762016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	6764831	rs4764616	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=1;PP=462;SC=TCAGGGAACTGTGTCCAGGGT;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=6764839;WS=6764825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	6772392	.	G	A	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=743;ReadPosRankSum=0.771;SC=CTTAAAAGGAGAACTTCCGCC;SOR=0.786;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=42;WE=6772400;WS=6772382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr12	6777069	.	TTGCTGC	T,TTGC	5260.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=12,12;NR=47,47;PP=2674,281;SC=GTGGTGGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.708;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=59,59;WE=6777085;WS=6777059;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.20,0.80:137
chr12	6786435	.	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=2.985;SC=CCTAAAATGGGAACAACATTG;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=8;WE=6786443;WS=6786425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr12	6787622	rs7964510	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-1.253;SC=TTACCAAACCCGGACCTAGGA;SOR=0.324;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=10;WE=6787630;WS=6787612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr12	6804902	rs10849498	A	G	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=21;PP=643;SC=CCCCAGCCTCACCCAGTCACT;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=6804910;WS=6804892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	6806430	.	C	T	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,108:0.44:247
chr12	6807190	.	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=308;ReadPosRankSum=0.338;SC=CTCCAGGCTCCCTCTGCTGGG;SOR=0.428;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=22;WE=6807198;WS=6807180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr12	6833524	rs117969454	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr12	6835068	rs7487866	A	G	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=1.158;NF=12;NR=25;PP=1175;ReadPosRankSum=1.900;SC=ATGAAAAAGAAGCACTTGGCT;SOR=0.752;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=37;WE=6835089;WS=6835058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr12	6835081	rs2365100	G	A	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.94;MQRankSum=1.306;NF=8;NR=20;PP=1175;ReadPosRankSum=0.239;SC=ACTTGGCTGGGTGCGGTGGCT;SOR=0.680;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=28;WE=6835089;WS=6835058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr12	6836852	rs7138427	A	G	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=759;ReadPosRankSum=2.512;SC=GAATTGGATGACGTATGGAGC;SOR=0.849;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=54;WE=6836860;WS=6836842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,97:0.43:224
chr12	6836913	rs2178691	G	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=373;ReadPosRankSum=1.531;SC=CCTGAAGGTGGAAATGAGCCC;SOR=0.822;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=35;WE=6836921;WS=6836903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chr12	6839453	rs871365	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=-0.318;SC=AAAATGCAGGGATTATGGGGG;SOR=0.426;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=11;WE=6839461;WS=6839443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	6840209	rs3168600	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=380;ReadPosRankSum=0.853;SC=GAATTGAAAGGACTGTCGTTT;SOR=0.990;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=30;WE=6840217;WS=6840199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr12	6840371	rs11227	G	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=0.871;SC=TAGGGAGGAGGCAAATGTAGG;SOR=0.621;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=27;WE=6840379;WS=6840361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
chr12	6858126	rs2302371	G	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=-0.991;SC=GCCGCCACTCGTCATCAAACG;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=18;WE=6858134;WS=6858116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr12	6858971	rs7970575	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	6859191	rs7969956	G	A	4495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=58;PP=1953;ReadPosRankSum=-0.292;SC=GAGGCAGAACGTGGCACACTC;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=243;TCF=141;TCR=102;TR=141;WE=6859199;WS=6859181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,221:0.58:383
chr12	6859308	rs2302370	T	C	4508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,212:0.55:384
chr12	6859797	rs2302368	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=-1.793;SC=AGCATACTGTTTCCCTCTTGC;SOR=0.741;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=10;WE=6859805;WS=6859787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr12	6860030	rs59347851	C	T	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=752;ReadPosRankSum=1.933;SC=TGCACATTTCCTTTCTCTTCT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=50;WE=6860038;WS=6860020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,105:0.52:200
chr12	6860792	.	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=270;ReadPosRankSum=1.166;SC=AGGACACAGGGAGATAAAGAC;SOR=0.459;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=21;WE=6860800;WS=6860782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr12	6861043	rs2302367	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=319;ReadPosRankSum=1.683;SC=CTTTCCTAACTAACCTCCAAC;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=23;WE=6861051;WS=6861033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr12	6861383	rs11303348	AC	A	2554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.738;NF=7;NR=29;PP=1140;ReadPosRankSum=1.219;SC=AGCAATGGGAACCCCGATGTC;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=36;WE=6861391;WS=6861373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,94:0.50:187
chr12	6879202	rs4764622	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=503;ReadPosRankSum=1.001;SC=TGGCAAAGTCTGGGCTCAAAG;SOR=0.910;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=36;WE=6879210;WS=6879192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr12	6879279	rs4764621	A	G	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=618;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GGGCTCTGCCAGAGCTTCCTG;SOR=0.902;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=48;WE=6879287;WS=6879269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr12	6883670	rs2365094	G	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=504;ReadPosRankSum=-0.391;SC=AAAGCCAGGTGCCTGTTTCCA;SOR=1.402;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=26;WE=6883678;WS=6883660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr12	6883700	rs2365095	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=199;ReadPosRankSum=-0.163;SC=GGCTTGGCAGCCCTGCTGTGT;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=18;WE=6883708;WS=6883690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr12	6887020	rs870849	T	C	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,76:0.44:172
chr12	6909380	rs3216776	TG	T	4124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=1667;SC=GGGGTCTCAATGCAGATGACG;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=38;WE=6909396;WS=6909370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	6909388	rs2365568	A	G	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=30;PP=1143;SC=AATGCAGATGACGTGGGAGGA;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=6909396;WS=6909370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	6909442	rs2255301	T	C	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=26;PP=1039;SC=AGCGGCGACATTGAGACCTGA;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=6909450;WS=6909432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	6923742	.	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	6924718	rs3782736	C	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-1.465;SC=AACCATGTGACCTTGGGTGAG;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=6924726;WS=6924708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	6925149	rs10744715	C	T	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=928;ReadPosRankSum=-0.527;SC=CTGCTGCCTCCACATGCCAAC;SOR=0.611;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=161;TCF=104;TCR=57;TR=74;WE=6925157;WS=6925139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,133:0.45:294
chr12	6926363	rs1055141	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=347;ReadPosRankSum=0.469;SC=TGATGCTGAGTTTGAAACTGG;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=24;WE=6926371;WS=6926353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr12	6927470	rs12226953	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.856;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr12	6928135	.	TA	GA,GG	251	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=20;MMLQ=0;MQ=58.07;NF=10,3;NR=5,1;PP=251,37;QD=19.0514141698;SC=GGGAGGGAGTTAGAGAGGAGG;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=15,4;WE=6928144;WS=6928125;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:34
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chr12	6935631	rs2071081	A	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=222;ReadPosRankSum=-2.304;SC=AGGGCACCATAGAGCTGGGTG;SOR=0.537;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=15;WE=6935639;WS=6935621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr12	6938023	rs57050687	C	CG	521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=442;SC=GGGCGCGGCGCGCTTCGCGTG;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=6938031;WS=6938013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	6939850	rs10744716	A	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=352;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TGTGGGGGAAACAGCCACACG;SOR=0.782;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=24;WE=6939858;WS=6939840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr12	6940254	rs7305463	A	G	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.149;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=872;ReadPosRankSum=1.392;SC=GCCAGTGGGAAGGGGGCTCTT;SOR=1.110;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=46;WE=6940262;WS=6940244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr12	6942672	rs4963513	A	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=180;ReadPosRankSum=0.833;SC=AACAGAAGAAACTTAATGAGA;SOR=0.616;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=13;WE=6942680;WS=6942662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr12	6942823	rs4963512	A	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=567;ReadPosRankSum=-1.836;SC=GATATGCCCCATGGTGGGAGG;SOR=0.639;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=47;WE=6942831;WS=6942813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,70:0.50:140
chr12	6946247	rs1129646	G	T	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1325;ReadPosRankSum=-2.044;SC=TTAAGGCTGCGCAGGTGAGCA;SOR=0.890;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=91;WE=6946255;WS=6946237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,119:0.58:204
chr12	6946545	rs4963510	C	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=277;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CCACCCTCCCCTTGCCTTCCT;SOR=0.779;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=19;WE=6946553;WS=6946535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr12	6948468	rs1129649	T	C	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=462;ReadPosRankSum=-1.386;SC=CAGGAGTGGATAGAAGCCAAA;SOR=0.901;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=35;WE=6948476;WS=6948458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,54:0.41:131
chr12	6950361	rs189513536	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.412;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr12	6961546	.	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=654;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GCTACCGCCTCCCTGCGATGC;SOR=0.749;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=43;WE=6961554;WS=6961536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,60:0.43:138
chr12	7026893	rs376463507	A	AG	392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=420;SC=GCAATAAGCCAGCCTGCGGCT;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=7026901;WS=7026883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	7044647	rs367827860	A	AG	1137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=2;PP=1249;SC=TATGCAAGAGAGCCCCAAATC;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=27;WE=7044655;WS=7044637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	7045891	.	ACAG	A	1403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.380;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,54:0.24:229
chr12	7046745	rs12426246	G	C	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=53;PP=1697;SC=AGGTGGGGCGGAGGTGGGCCT;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=89;WE=7046753;WS=7046735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	7053362	rs915997	A	G	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=44;PP=1321;SC=GTCAAGGCATAGGCTGCTGGC;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=7053370;WS=7053352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	7053908	rs744167	C	T	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=40;PP=1245;SC=AGCGGTTGTCCCCTTTCTCGC;SOR=0.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=67;WE=7053916;WS=7053898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	7054859	rs2019743	G	A	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=578;SC=TTCATGCTTAGACTACCACCC;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=7054867;WS=7054849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	7065281	rs10744724	C	T	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=35;PP=1391;SC=CAGACCATCTCGCCTCCTCTC;SOR=0.797;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=82;WE=7065289;WS=7065271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	7065406	rs7963446	G	A	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=43;PP=1650;SC=GGGCCACGTGGGAGGAGAGGC;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=86;WE=7065414;WS=7065396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	7065576	rs2110071	G	A	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=42;PP=1634;SC=CCACGCTTGCGTCCAGAACCA;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=90;WE=7065584;WS=7065566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	7065635	rs2110072	T	C	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=41;PP=1626;SC=CCAGCCAGGGTTGTCTGGAGG;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=7065643;WS=7065625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	7069424	.	G	GC	101.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=14.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.568;SOR=3.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,14:0.18:77
chr12	7069425	rs28579154	G	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr12	7069620	rs759052	T	C	6065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=85;PP=2011;SC=TGACTGCCACTGCCCGGCATC;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=133;WE=7069628;WS=7069610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr12	7069654	rs759053	G	A	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=50;PP=1550;SC=TGCCCAGCCCGATCCTCACTT;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=87;WE=7069662;WS=7069644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	7079215	rs7301709	T	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=16;PP=760;SC=CTGGAGGTTCTCGCAGCACCC;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=7079223;WS=7079205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	7080210	rs60117710	A	AG	2738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=1109;SC=CGGAGGCCGTAGTTTATTGTG;SOR=0.859;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=24;WE=7080220;WS=7080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	7080212	rs17857448	T	C	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=16;PP=717;SC=GAGGCCGTAGTTTATTGTGGT;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=32;WE=7080220;WS=7080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	7090659	rs60570787	A	AG	1675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=10;PP=952;SC=AATGAGGGAGAGCTCCGCTCT;SOR=1.203;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=7090667;WS=7090649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	7092802	.	G	GA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.678;QD=2.22;ReadPosRankSum=-2.583;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	7175096	rs150772912	AAG	A	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TCTACTGGAGAAGAGAGAGAG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=2;WE=7175105;WS=7175086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr12	7175178	.	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	7187784	.	G	GT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.052;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,19:0.18:104
chr12	7242299	rs1801046	G	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=960;ReadPosRankSum=1.085;SC=CTCCTCCCCTGATTTGCTCCG;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=48;TCR=84;TR=68;WE=7242307;WS=7242289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,99:0.53:188
chr12	7242699	.	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.370;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=154;ReadPosRankSum=0.425;SC=CATGATGGTCCCATTCTCCTC;SOR=0.906;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=12;WE=7242707;WS=7242689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr12	7242950	rs4332595	A	G	98.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	7244956	rs12422724	A	T	5164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.42;ReadPosRankSum=1.998;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,135:0.51:266
chr12	7244962	rs12426834	T	G	5086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.70;ReadPosRankSum=2.845;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,134:0.49:272
chr12	7246581	rs56876910	T	TTG	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TAGCAGCAGTTTGTGTGTGTG;SOR=1.140;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=7246590;WS=7246571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	7249598	rs3742089	T	C	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=439;ReadPosRankSum=-1.482;SC=TTGGGGTAGATGGTGTGGGCA;SOR=0.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=38;WE=7249606;WS=7249588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr12	7254609	.	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=298;ReadPosRankSum=1.215;SC=CAAACTCCCTCTGACCAGGGG;SOR=0.651;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=24;WE=7254617;WS=7254599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr12	7254787	rs1075425	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=75;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CCCATCTAGACGGGCCGTGCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=7254795;WS=7254777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	7261607	rs375807151	TG	T	37.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	7274573	rs2290240	A	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.363;SC=CTCCACTCACATCTTGGTCCC;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=14;WE=7274581;WS=7274563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr12	7277236	rs2290237	T	A	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=708;ReadPosRankSum=1.716;SC=AGATACAGCATCTCTCCCTCC;SOR=0.658;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=50;WE=7277244;WS=7277226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,68:0.55:124
chr12	7281317	rs10963	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=212;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TGCAGGTAGTCCTCCATGTTC;SOR=0.540;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=19;WE=7281325;WS=7281307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr12	7284301	rs2167285	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=204;SC=TGCCCTTCCACCGCTCTCTCT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=7284309;WS=7284291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	7284340	rs113297706	C	CGCCTCCTA	402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=0.882;SC=ACCTCAGCCTCGCCTCCTAGC;SOR=0.148;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=3;WE=7284348;WS=7284330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	7284484	rs10772466	A	C	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=16;PP=660;SC=GGTTGGAGGAAAGAATGGAAA;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=7284492;WS=7284474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	7287886	rs6488452	A	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=371;ReadPosRankSum=1.781;SC=AGGCTGGCTGACGTGTCTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=28;WE=7287894;WS=7287876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,42:0.34:124
chr12	7287914	rs2278822	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,59:0.37:158
chr12	7288734	rs2278823	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=0.850;SC=ATGGCAAGAGGAGCATGGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=13;WE=7288742;WS=7288724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	7290391	.	T	TGTGTGTGTGAGA	259	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=58.85;NF=4;NR=2;PP=259;QD=43.6666666667;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=6;WE=7290399;WS=7290381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	7293796	rs2305341	C	G	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.288;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=12;PP=1329;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TCTCTGAAGACGAATTACCTG;SOR=1.291;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=111;TCF=86;TCR=25;TR=65;WE=7293804;WS=7293786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,76:0.58:132
chr12	7294657	rs63110460	GT	G,GTT	551.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.438;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:18,45,29:0.49,0.32:92
chr12	7309199	rs7296261	G	A	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1024;ReadPosRankSum=0.521;SC=GGCCTGGCTCGGGTGTGGGGC;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=68;WE=7309219;WS=7309189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,92:0.50:183
chr12	7309471	rs1868799	C	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=1.770;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr12	7309471	.	CGG	AGC	713	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=15;PP=713;QD=45.0863455801;SC=CCAGACGTCCCGGAGCCCCAA;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=17;WE=7309481;WS=7309461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:30,17:0.36:47
chr12	7309473	rs1868800	G	C	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=2.109;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr12	7310306	rs117949904	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=2.288;SC=CCTGGGGAAGCGGGGTTCTGT;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=14;WE=7310314;WS=7310296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr12	7342880	.	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GTGTGCCTTCCTCAGATACGG;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=7342888;WS=7342870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	7351780	rs73050080	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr12	7351805	.	CT	C	55.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-0.282;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	7351843	rs1839623	T	C	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=126;SC=GGGTGTTTCTTGCAGAGGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=7351851;WS=7351833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	7354252	.	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=48;ReadPosRankSum=0.245;SC=GGAGTTCCCTCACAGGAACTG;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=7;WE=7354260;WS=7354242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	7355898	rs4883087	C	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	7360143	rs3825405	C	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	7361516	rs117808726	G	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr12	7362204	.	G	T	858	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5017;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=32;NR=16;PP=858;QD=18.5994002614;SC=CAGAGTTTGAGCTGAGTCGGT;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=48;WE=7362212;WS=7362194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,48:0.74:65
chr12	7362204	rs141721291	G	GCTGAGTCGGTGGAGTAATGTGCAGAGTTTGAT	1518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=60.75;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	7463241	rs7968241	A	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.96;MQRankSum=-2.113;NF=8;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=1.298;SC=AGGTGGCCCCAGCGGTGGAGT;SOR=1.099;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=12;WE=7463249;WS=7463231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr12	7463398	rs10843387	T	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=1.614;SC=ATTATAGCTATATCTTGGAAT;SOR=1.314;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=11;WE=7463406;WS=7463388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr12	7463491	rs7962994	C	G	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=8;PP=161;SC=GCTGGGTGCGCTGGCTCACAC;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=7463499;WS=7463481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	7469916	.	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=-0.934;SC=TGAACTCCCCCAAAGCTGCGA;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=25;WE=7469924;WS=7469906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr12	7470534	rs7968312	A	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTTAAGATATAGGGGCAAAGT;SOR=1.445;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=7470542;WS=7470524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	7475961	.	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=306;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGAACGTTTTCCTTTTCTGCT;SOR=0.468;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=18;WE=7475969;WS=7475951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr12	7476237	rs34189415	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=1.538;SC=GCTATGTAATCTTGGGCAAGC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=18;WE=7476245;WS=7476227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr12	7477298	rs10743732	G	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=216;SC=ATTAATTCTCGTTATGAAGCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=7477306;WS=7477288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	7481085	rs11051240	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	7521563	rs148414953	TGA	T	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=-1.311;SC=GCGACTGTCCTGAGAGAGAGA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=3;WE=7521574;WS=7521553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr12	7525795	rs10845007	C	T	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=178;SC=TAAATCAGCACTTATTGTCAT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=7525803;WS=7525785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	7525865	rs11053518	G	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=9;PP=688;SC=TTTATGGTAAGTTATATTTCA;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=7525873;WS=7525855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	7526232	rs368402880	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=238;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TCAAGGCTGTGAATTCTACAG;SOR=0.212;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=15;WE=7526240;WS=7526222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr12	7527018	.	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=396;ReadPosRankSum=-1.575;SC=AGAGGAGGGTGAAAAGGTAGC;SOR=0.887;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=29;WE=7527026;WS=7527008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr12	7551022	rs6488268	A	T	8524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.527;SC=AACACATGCAAAGGCTTTCCA;SOR=0.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=109;TCR=110;TR=217;WE=7551030;WS=7551012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,327:1.00:328
chr12	7551050	rs6488269	A	C	9429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.047;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=1.148;SC=ATTGTTTACAAACAACAGCTG;SOR=0.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=111;TCR=115;TR=225;WE=7551058;WS=7551040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,358:1.00:359
chr12	7584994	.	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=359;ReadPosRankSum=-1.713;SC=TCTTCTACATGATGTCTTGGG;SOR=0.943;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=26;WE=7585002;WS=7584984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr12	7585902	.	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=12.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.287;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	7585971	rs10845159	A	G	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=24;PP=1230;SC=GACTCTTACCATAACAGTTCA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=7585979;WS=7585961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	7592035	rs10772330	G	T	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=17;PP=736;SC=TCCAGGTCTGGTTTGGACTTG;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=7592043;WS=7592025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	7592139	rs10772331	G	A	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=22;PP=1021;SC=CTTCTTTGGGGAAGTATCTTC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=7592147;WS=7592129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	7593604	.	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=178;ReadPosRankSum=-0.233;SC=AATTTGGACACCTTTATTTAC;SOR=1.445;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=12;WE=7593612;WS=7593594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr12	7596855	rs7954905	T	C	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=39;PP=1185;SC=GTTCATAGTTTTCCAAAGGGG;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=7596863;WS=7596845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	7637706	.	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=186;ReadPosRankSum=1.056;SC=ACATGTGATCCAGGTCTCCTC;SOR=0.801;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=18;WE=7637714;WS=7637696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr12	7638020	rs10743939	G	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=23;PP=685;SC=ATTCTGCAGCGAAACATAGAA;SOR=1.390;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=7638028;WS=7638010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	7640515	.	C	T	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=775;ReadPosRankSum=-1.571;SC=AAAGTGAGCTCCCCCCAGGAT;SOR=0.786;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=52;WE=7640523;WS=7640505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,88:0.46:192
chr12	7649354	.	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr12	7649484	rs4883263	T	C	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=36;PP=1593;SC=CATTGCCAGATAGCAGGTTCA;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=79;WE=7649492;WS=7649474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	7649653	rs4883264	T	C	5298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	7655137	rs3210140	A	G	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=63;PP=2322;SC=AAGGGACTCAAGTTGACAAAA;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=124;WE=7655145;WS=7655127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	7655204	.	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.882;HP=6;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=822;ReadPosRankSum=0.851;SC=TTCCCAAAAAGAGACTTTGGA;SOR=0.459;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=47;WE=7655212;WS=7655194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,58:0.50:117
chr12	7655278	rs11836971	T	A	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=40;PP=1537;SC=AAACTCTTCATTCTAAATTGC;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=7655286;WS=7655268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	7803562	rs10431308	C	A	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=7;PP=441;SC=TCAGGAAAGACCTTTGAAGAA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=7803570;WS=7803552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	7805236	rs2302515	C	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=46;PP=1674;SC=TGGAGCAGCTCATGGATGGGT;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=88;WE=7805244;WS=7805226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	7805467	rs2080127	C	T	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=41;PP=1269;SC=TGTCATGCCACATTTAGAGAG;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=7805475;WS=7805457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	7805511	rs5796282	T	TA	2233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.38;NF=4;NR=33;PP=1354;SC=CCCTCTTCTTTTTTTATTTTA;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=37;WE=7805519;WS=7805501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	7807138	rs10845624	G	A	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=14;PP=800;SC=ACCATGCACAGCTCTTAAATA;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=7807146;WS=7807128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	7818348	rs71038713	GACACACACACACACAC	G,GACACACACACACAC	748.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.94;MQRankSum=3.744;QD=20.24;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,20,15:0.54,0.41:37
chr12	7818525	.	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=-1.278;SC=GATTGTTCCTGGACTTTGTTG;SOR=1.028;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=21;WE=7818533;WS=7818515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr12	7842932	rs12819884	C	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=373;ReadPosRankSum=0.900;SC=AAATTCACCCCTGAGTCTCTA;SOR=0.525;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=25;WE=7842940;WS=7842922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr12	7843373	rs3815479	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.228;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	7847940	rs6488591	C	T	32.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	7867847	rs2024320	G	C	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.644;NF=22;NR=15;PP=534;ReadPosRankSum=0.994;SC=CGCTAGTAGCGAATCTGTTTC;SOR=0.575;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=37;WE=7867855;WS=7867837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr12	7868777	rs34619457	A	ATT	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.155;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=-1.512;SC=CAATAAACATATTTTTTTCCC;SOR=1.118;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=7868785;WS=7868767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr12	7868865	rs34547953	C	CTTT	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=2.343;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr12	7894056	rs73056605	G	A	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=560;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GTCAGGCTTGGATGATACTGT;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=46;WE=7894064;WS=7894046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,81:0.47:171
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chr12	7894188	rs73056607	C	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.751;HP=3;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.373;NF=2;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=1.594;SC=TTGTACTATACAATCTTATGC;SOR=0.027;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=7894200;WS=7894178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	7894192	rs12823478	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.447;HP=3;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.953;NF=0;NR=11;PP=592;ReadPosRankSum=-0.247;SC=ACTATACAATCTTATGCTGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=11;WE=7894200;WS=7894178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr12	7898824	rs7134479	A	G	937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.31;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	7899014	.	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=402;ReadPosRankSum=1.058;SC=CACCAGAGTCCTTTCTCTGTC;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=28;WE=7899022;WS=7899004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr12	7917856	.	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=281;ReadPosRankSum=1.548;SC=CCCTACCAAGGACTAATTGGT;SOR=0.696;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=22;WE=7917864;WS=7917846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr12	7917936	rs12818448	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.239;NF=11;NR=23;PP=480;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GGAGGCCGAGGCGGGCAGATC;SOR=1.183;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=34;WE=7917944;WS=7917926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr12	7942472	rs12826131	AG	GA	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=28;PP=1031;SC=ATTACTATAAAGAAGTGTTAT;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=50;WE=7942481;WS=7942459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	7942514	rs12816791	C	A	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=653;SC=CCCCTTTTTCCATTATAACTT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=7942522;WS=7942504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	7942556	rs12821889	G	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=467;SC=TATGTCCCAGGTCTCAGGAGT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=7942564;WS=7942546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	7945640	rs2889551	G	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.45;QD=26.99;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	7945670	rs4354764	G	A	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.93;QD=29.92;SOR=5.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	7945757	rs4438116	C	T	7329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=74;PP=2965;SC=AATACCTCAGCCTCCAGCAGA;SOR=1.016;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=112;TCR=74;TR=185;WE=7945765;WS=7945747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr12	7945829	rs4242903	G	C	8094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=120;PP=2965;SC=TTTGTCCTTGGAATAAGGTGA;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=89;TCR=120;TR=209;WE=7945837;WS=7945819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr12	7945871	rs11831829	C	T	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=95;PP=2739;SC=ATGGCTAAGACCTCTGTGGAT;SOR=1.321;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=53;TCR=95;TR=146;WE=7945879;WS=7945861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	7945916	rs34261320	G	A	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=59;PP=1567;SC=TCCGTACATCGCCTCTTGCAA;SOR=3.393;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=68;WE=7945935;WS=7945906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	7945927	rs58791167	A	G	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=51;PP=1305;SC=CCTCTTGCAAATAATTTATGA;SOR=4.654;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=54;WE=7945935;WS=7945906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	7947017	rs1860931	T	C	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=11;PP=1115;SC=CTCTGTATTATGAATATTTTA;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=57;WE=7947025;WS=7947009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	7947258	.	C	T	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.113;NF=37;NR=51;PP=1197;ReadPosRankSum=1.767;SC=TTCTGTTAATCCCTCCTTCTC;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=86;TCR=123;TR=88;WE=7947266;WS=7947248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,139:0.46:305
chr12	7947304	rs4012939	T	C	5120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=88;PP=2813;SC=ACCCCAGCCTTTACTCTTCCT;SOR=1.475;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=43;TCR=90;TR=131;WE=7947312;WS=7947294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	7970345	rs3040791	T	TAG	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.96;MQRankSum=2.482;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr12	7970347	.	T	TAGATAGATAGATAG,TATAGATAGATAGATAG	1219.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=64.81;QD=46.91;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,13:0.50,0.50:26
chr12	7970721	rs10845990	T	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=527;SC=AAGCTCCTCCTGTCCTGACGT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=7970729;WS=7970711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	7972293	rs376775106	G	A	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	7980035	rs10846003	T	C	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.04;QD=25.58;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	7980268	.	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.79;MQRankSum=-2.218;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.841;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr12	7980306	rs56049529	T	TA	1308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=24;PP=1364;SC=GAGGAAAGGATAAAGAGAATG;SOR=0.780;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=33;WE=7980314;WS=7980296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	7980367	.	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.679;NF=9;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=0.266;SC=AGGGCCGCACGAGGTGAGGTG;SOR=0.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=20;WE=7980375;WS=7980357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr12	7982753	rs71038781	CT	C	981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;MQRankSum=-0.139;QD=35.06;ReadPosRankSum=1.522;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr12	7984447	rs10772787	G	A	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=25;PP=695;SC=GCTCACGCCTGTAATCCCAGC;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=7984455;WS=7984437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	7985460	rs17728008	T	C	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=16;PP=548;SC=AAACTTGTAATTGATGACTGT;SOR=0.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=30;WE=7985468;WS=7985450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	8022415	rs150920625	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.479;NF=6;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TCAACATAACTCTGACAAACC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=6;WE=8022423;WS=8022405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
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chr12	8082585	rs375573140	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
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chr12	8090271	rs11056574	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=8;PP=262;SC=TGAGCCAAGACAGCGCCACTG;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=8090279;WS=8090261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	8090505	rs12321738	C	G	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=79;SC=AAAAGTGTTACATAAGTATCT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=8090513;WS=8090495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	8090839	rs7309332	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=501;ReadPosRankSum=0.129;SC=GGAGAAAGTGTATCTTCCTTT;SOR=1.721;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=26;WE=8090847;WS=8090829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr12	8195455	rs75681851	A	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.404;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.360;SC=AAGCATCTTTATTTTTTTCTC;SOR=3.352;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=8195463;WS=8195445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	8196445	rs2277414	T	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=35;PP=1278;SC=TTCAGTCCTTTCAGAGGCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=8196453;WS=8196435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	8203273	rs17801353	T	G	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	8203400	rs61922169	G	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=171;SC=GGAGACTAACGAAGACAGTGT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=8203408;WS=8203390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	8211611	.	T	A	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=801;ReadPosRankSum=0.964;SC=TGGTATGGAGTCCAGCAGACA;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=53;WE=8211619;WS=8211601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,72:0.59:123
chr12	8235172	rs66928724	GT	G	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=313;ReadPosRankSum=0.224;SC=TATTTCTGCCGTTTTTTTTTT;SOR=1.112;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=28;WE=8235181;WS=8235162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,37:0.82:45
chr12	8276432	rs7295783	C	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=437;SC=TAAGAAAGATCTGAAACAGAT;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=8276440;WS=8276422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	8278181	rs2024301	A	T	6392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=67;PP=2357;SC=ACTGCCCCTCACAAAAGTAAT;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=135;WE=8278189;WS=8278171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr12	8286762	rs7315526	G	C	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=44;PP=1224;SC=TTTCTCTTTCGGGCCTGCACG;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=68;WE=8286770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	8287048	rs11043498	C	T	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=28;PP=1178;SC=TGGGACTCCTCCGGGTTTTGC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=8287056;WS=8287038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	8287121	.	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.423;NF=17;NR=15;PP=465;ReadPosRankSum=-0.862;SC=CCGGGGAGGCCCCATCGGAGT;SOR=0.773;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=32;WE=8287129;WS=8287111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr12	8288098	rs10840746	T	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=148;SC=ATGTGCTCTCTCTTGGCTCTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=8288106;WS=8288094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	8288403	rs17728942	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=0.749;SC=CTAAGAAGGAGGTTTTTGTTA;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=8288411;WS=8288393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr12	8289226	rs4322490	G	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=394;SC=CGATGTCTTTGATTCTGCCCT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=8289234;WS=8289225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	8289300	rs4573763	T	C	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	8374770	rs9668474	G	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=236;SC=CCTCGTGCCTGTCTGGGGTGA;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=8374789;WS=8374760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	8374781	rs71265055	C	CACG	1865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=541;SC=TCTGGGGTGACGTACGTGGTC;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=8374789;WS=8374760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	8543143	rs4403873	T	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	8608583	rs4528410	A	G	72.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5027;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=0.524;SC=TTAGTCCTATAAGAGTGTGTA;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=8608591;WS=8608573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	8612336	rs10770736	G	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=206;ReadPosRankSum=0.288;SC=TTTTTTCTCAGGGAGAGATCA;SOR=0.748;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=23;WE=8612344;WS=8612326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,42:0.41:102
chr12	8612481	rs12300621	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	8617976	rs7302011	A	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	8617982	rs7315873	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	8666378	rs11045985	C	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=-1.634;SC=CTCTCCTTTCCATTTCAAAGA;SOR=1.061;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=8;WE=8666386;WS=8666368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr12	8667897	rs4304840	A	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.987;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr12	8670978	rs74059866	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-1.248;SC=ATAGCATAAGATGAGAATCTG;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=8670986;WS=8670968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	8687191	.	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=0.862;SC=TGGCCATGTTCTTGCTCTTCC;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=7;WE=8687199;WS=8687181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr12	8692327	rs148901915	GA	G	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=0.803;SC=GATTAATAGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.426;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=15;WE=8692335;WS=8692317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr12	8693240	rs5014225	C	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.57;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr12	8693245	.	A	AC	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	8693333	rs4620776	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.399;SC=TCTATGGAAGGAAAGGAAGAG;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=8;WE=8693341;WS=8693323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr12	8693419	rs145952293	T	TTCTC	422.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.19;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr12	8757065	.	T	G	87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=24;MQ=58.37;NF=0;NR=6;PP=87;QD=20.2952020912;SC=TGGGAAAGAGTTTTTTTGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=8757073;WS=8757055;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,6:0.33:18
chr12	8757481	rs2028373	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=2.319;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr12	8757522	rs5796316	C	CA	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr12	8759590	.	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=324;ReadPosRankSum=1.747;SC=AAAGAAACTTCCTCCGGTTCA;SOR=0.549;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=25;WE=8759598;WS=8759580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr12	8765447	rs1345004	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=16;PP=504;SC=TTCTCTGTCTTAGTCTGACAG;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=8765455;WS=8765437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	8800566	rs14541	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	8801247	.	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-1.854;SC=TGAGATACTTGAAAGTGCCTA;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=13;WE=8801255;WS=8801237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr12	8803090	.	T	C	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=551;ReadPosRankSum=3.187;SC=CATTCTGGGATCCCTTACCTG;SOR=0.705;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=41;WE=8803098;WS=8803080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
chr12	8850706	rs112263725	G	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=175;ReadPosRankSum=-1.129;SC=CTGGGCGAGTGTGCGAGGACG;SOR=1.009;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=12;WE=8850714;WS=8850696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	8926011	rs2969089	T	C	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=47;PP=2086;SC=GTGGCATTGATCTGCTGATGA;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=111;WE=8926019;WS=8926001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	8987135	.	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.819;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-0.184;SC=CATTTAGAAAGGAAGAAATGA;SOR=0.077;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=9;WE=8987143;WS=8987125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr12	8988403	rs4883188	A	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=188;SC=AGGTCAGGAGATCGAGACCAC;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=8988411;WS=8988393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	8988777	rs1894814	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=233;SC=CACTGTTTATACCCCTCTGCT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=8988785;WS=8988767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	8989916	rs11047510	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=243;SC=GCACTGGCCCAGATTGTCAGA;SOR=1.828;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=8989924;WS=8989906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	8990813	rs10743504	A	G	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=393;SC=GAGTTTTTCTATATTAGAAAC;SOR=3.056;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=8990821;WS=8990803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	8995694	rs7307991	A	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=517;ReadPosRankSum=-0.537;SC=TGGTTGGAGCACATGCTAAAA;SOR=0.580;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=40;WE=8995702;WS=8995684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr12	8995966	rs7136813	G	A	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=667;ReadPosRankSum=-1.929;SC=ATGTGAGACCGGGAAACGGGG;SOR=0.514;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=46;WE=8995974;WS=8995956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,84:0.51:166
chr12	9001555	.	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.895;SC=AGATGGTGGTGGGAATGGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=9001563;WS=9001545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	9004512	rs1860927	G	A	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=40;PP=1601;SC=CTTTCAAGCCGTTCTTTGTTG;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=9004520;WS=9004502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	9004667	rs4882965	G	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=535;ReadPosRankSum=0.536;SC=TCCCCCATAAGTTTGTCTCTA;SOR=0.828;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=26;WE=9004675;WS=9004657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr12	9004892	rs1860926	C	A	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.740;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=966;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GTGCTGATGACGCAAAAACCC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=9004900;WS=9004882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr12	9007225	rs6144605	GAGTTCTTCTGAGCTTC	G	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=1910;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GGTTGACGCAGAGTTCTTCTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=9007248;WS=9007215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr12	9007492	rs35075098	A	AT	100.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr12	9008318	rs1468711	G	C	139.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=0.792;SC=GAAAAAGAGCGTATTTTATAT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=9008326;WS=9008308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	9009820	rs1558526	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=216;ReadPosRankSum=-1.750;SC=CCCAGTGGCTGTGGCGAGCAG;SOR=0.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=18;WE=9009828;WS=9009810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr12	9009999	rs3079157	T	TAA	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.300;NF=0;NR=7;PP=273;ReadPosRankSum=1.725;SC=GACAGATTGATGATACAGGGA;SOR=1.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=9010007;WS=9009989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr12	9010671	rs11612600	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=-0.716;SC=ATGCCAACGTGGGAAATCTCC;SOR=0.313;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=19;WE=9010679;WS=9010661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr12	9013442	rs35198143	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CTGCTGCCTGCTGCCCTGACT;SOR=0.498;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=8;WE=9013450;WS=9013432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr12	9013755	rs1860967	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=341;ReadPosRankSum=-0.805;SC=TCAGGGTCTACGGTGTCTCAA;SOR=0.499;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=26;WE=9013763;WS=9013745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr12	9016573	rs10219561	A	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=11;PP=349;SC=GCCAAGCAACACAATGCATAT;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=9016581;WS=9016563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	9020489	rs7308811	A	G	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=32;PP=1133;SC=TACCGCCTACATGCCATCTGA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=9020497;WS=9020479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	9020912	rs1476910	A	G	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=52;PP=1835;SC=GATGTGAGCAACCGACTTCAC;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=97;WE=9020920;WS=9020902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	9021053	rs5796325	C	CGTGT,CGT	783.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.36;MQRankSum=0.485;NF=4,4;NR=12,12;PP=630,84;ReadPosRankSum=1.350;SC=TGTGTGTGTACGTGTGTGTGT;SOR=0.387;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=16,16;WE=9021061;WS=9021043;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.95:21
chr12	9021256	rs12816475	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=-1.229;SC=ATTTATCTAGCTGTGAGGGGA;SOR=1.061;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=12;WE=9021264;WS=9021246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr12	9021316	rs10664353	T	TAC	154.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=8.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=198;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATGGCGTGTATACACACACAC;SOR=3.897;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=9021324;WS=9021306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	9068472	rs10771204	G	T	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=394;SC=CAGAATTCAGGTTTGGGAAGA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=9068480;WS=9068462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	9068813	rs7304121	C	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=18;PP=418;SC=AAACTAAAGACTGGGGGGGGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=9068821;WS=9068803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	9070366	rs4883198	T	A	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=18;PP=676;SC=AAATGTCACTTTATGAACGAC;SOR=0.791;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=40;WE=9070374;WS=9070356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	9074259	rs1805741	C	T	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=64;PP=2965;SC=TGAGCTCTCCCAGTGCTACCA;SOR=1.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=114;TCR=65;TR=177;WE=9074267;WS=9074249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	9082855	rs1805778	A	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=0;PP=326;SC=AATCAGATACAGAGCCAGAGT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=9082863;WS=9082854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	9083336	rs1805777	A	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.92;QD=30.83;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	9085099	rs887783	G	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=672;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TTTTAATTTAGAATGATTATT;SOR=0.328;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=107;TCF=78;TCR=29;TR=50;WE=9085107;WS=9085089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,76:0.47:160
chr12	9086553	rs1805773	G	A	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.129;NF=29;NR=38;PP=888;ReadPosRankSum=1.498;SC=TTCCTGCCAAGGCATCTCCAG;SOR=0.787;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=67;WE=9086561;WS=9086543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,93:0.48:195
chr12	9086683	rs1805735	A	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=0.453;SC=AAAAGATAAAACTGGTTGAGT;SOR=0.829;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=16;WE=9086691;WS=9086673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr12	9087081	rs1805772	G	A	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.525;NF=32;NR=46;PP=1000;ReadPosRankSum=0.692;SC=CCCGGTGAGGGCAGGGCCATA;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=71;TCR=105;TR=78;WE=9087089;WS=9087071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,119:0.44:271
chr12	9087866	rs16917905	A	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=-1.064;SC=CATTTGGGGGAAGGAGACTCG;SOR=0.580;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=12;WE=9087874;WS=9087856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr12	9095226	rs1805731	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=0.053;SC=TGTCAGCTGTTTCCTAAGATA;SOR=1.270;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=16;WE=9095234;WS=9095216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr12	9095268	rs1805730	A	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=0.043;SC=GAGTAGTGATACTAAATGAAA;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=4;WE=9095276;WS=9095258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr12	9095905	rs113829875	T	TAC	1446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=1080;ReadPosRankSum=0.501;SC=CAGCATAATGTACACATACAA;SOR=0.691;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=23;WE=9095913;WS=9095895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr12	9097933	rs1805725	C	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=158;ReadPosRankSum=-0.075;SC=ACACTAGAAACGGCCAAGACA;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=9097941;WS=9097923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
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chr12	9099034	rs4140911	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=539;ReadPosRankSum=1.107;SC=GGGAGGGCAGGTAGGATCAGG;SOR=0.385;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=32;WE=9099042;WS=9099024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr12	9161407	rs61915986	A	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.48;ReadPosRankSum=1.732;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	9161411	rs7302472	C	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.98;ReadPosRankSum=1.025;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	9161648	rs3026251	T	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.267;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr12	9161766	.	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.863;SC=AGCAGATGGAGAGGAGAGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=11;WE=9161774;WS=9161756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	9243017	rs55761427	G	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=-1.273;SC=GCAGTGAGGCGCTTGTTCCTT;SOR=0.873;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=41;WE=9243025;WS=9243007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
chr12	9248233	rs226405	T	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=13;PP=449;SC=CAGTCTTCATTGTCCTGGTCA;SOR=0.869;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=33;WE=9248241;WS=9248223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	9248332	rs55933766	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=0.956;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	9252088	.	C	T	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=754;ReadPosRankSum=0.818;SC=TGTCTGACTTCACAGGGATTG;SOR=0.917;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=54;WE=9252096;WS=9252078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,75:0.51:146
chr12	9253894	rs226397	C	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=593;SC=GAGTCCCTGCCGGCAATAATT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=9253902;WS=9253884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	9258821	rs12427063	A	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=-1.589;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,72:0.51:140
chr12	9303440	rs3741851	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CTTTTTCACCAGTGTCTTTAG;SOR=0.840;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=16;WE=9303448;WS=9303430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr12	9305473	rs10771357	T	C	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=35;PP=1403;SC=CATCGCAAGTTTGGGGCACAG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=9305481;WS=9305463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	9307373	rs2377741	T	G	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=30;PP=859;SC=GGAGCCTGGGTTTGGTAAAGA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=9307381;WS=9307363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	9310565	rs4882981	C	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.83;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	9310575	rs200837969	GT	G	359.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.688;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr12	9310576	rs10771364	T	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	9310959	rs7298673	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=196;SC=CTCCCTTCACCCCTGGGGGAT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=9310967;WS=9310949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	9311265	rs3741850	A	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=256;SC=CACAGTGTGCACCCAAGAAAG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=9311273;WS=9311255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	9312951	rs57006764	G	A	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=650;ReadPosRankSum=-0.782;SC=GATCTCCTGCGTCAGCTGCTG;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=52;WE=9312959;WS=9312941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,90:0.55:164
chr12	9313518	rs7972015	T	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=304;ReadPosRankSum=0.984;SC=CTCAAAAAAATAAAAAAGAAT;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=23;WE=9313526;WS=9313500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr12	9315209	rs10771381	A	G	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=474;ReadPosRankSum=1.012;SC=CACAGGTCATAGAACTGAAAG;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=41;WE=9315217;WS=9315199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,78:0.50:157
chr12	9316773	rs3213831	T	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=570;ReadPosRankSum=1.591;SC=TTGTCTCTCATTTCCACAGAT;SOR=0.665;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=42;WE=9316781;WS=9316763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,64:0.50:129
chr12	9316907	rs1863839	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=-0.483;SC=TGGAACGACACGAACACATAG;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=9316915;WS=9316897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	9317784	rs2277413	A	G	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.579;NF=24;NR=30;PP=798;ReadPosRankSum=0.555;SC=GAGTGTGAAGACCTCTCCACG;SOR=0.535;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=54;WE=9317792;WS=9317774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr12	9317885	rs2277412	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.556;NF=10;NR=17;PP=431;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CAGCATCTTCGGACAGGCAGA;SOR=0.960;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=27;WE=9317893;WS=9317875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
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chr12	9345056	.	C	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=583;ReadPosRankSum=-2.060;SC=GCCTATTGACCACTTTTGTCC;SOR=0.668;SbPval=0.62;Source=Platypus;TCR=51;TR=44;WE=9345064;WS=9345046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,68:0.47:145
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chr12	9453743	rs28415351	C	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.59;QD=26.57;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	9453854	rs370590832	TC	T	2773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.773;NF=6;NR=38;PP=1527;ReadPosRankSum=2.767;SC=TGCGTGGGCCTCCCCTCCCCA;SOR=0.778;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=44;WE=9453872;WS=9453844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,94:0.74:127
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chr12	9456729	rs11050148	T	C	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.97;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr12	9459898	rs2911825	G	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.68;MQRankSum=-3.533;QD=27.29;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
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chr12	9462984	rs12317441	A	G	8761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=103;PP=2965;SC=CTGCAGCGGGATCTCCAACCA;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=97;TCR=103;TR=200;WE=9462992;WS=9462974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr12	9463010	rs4883234	C	G	6436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=99;PP=2943;SC=TGGAATTCACCTTCCAGAAAA;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=75;TCR=99;TR=174;WE=9463018;WS=9463000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
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chr12	9463105	rs11050177	A	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.51;QD=32.40;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	9463806	rs10771515	T	C	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=21;PP=683;SC=CTGTTTCTTCTCCTCCTACGA;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=9463814;WS=9463796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	9464060	rs12822747	G	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQRankSum=-4.107;QD=4.91;ReadPosRankSum=-2.841;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr12	9464109	rs12824979	A	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.027;NF=23;NR=6;PP=480;ReadPosRankSum=0.175;SC=CTGGCACCCTAAACCTGTCTC;SOR=0.734;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=29;WE=9464117;WS=9464099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr12	9464126	rs201695391	A	G	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.735;NF=31;NR=11;PP=1735;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TCTCTGGGAAATGTCCTCTGT;SOR=0.895;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=122;TCF=88;TCR=34;TR=42;WE=9464141;WS=9464116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,52:0.35:148
chr12	9464133	rs10843383	C	G	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=6.491;NF=60;NR=23;PP=2962;ReadPosRankSum=0.133;SC=GAAATGTCCTCTGTCTTTCTC;SOR=0.685;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=92;TCR=38;TR=83;WE=9464141;WS=9464116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,98:0.64:153
chr12	9464178	rs112191067	G	A	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-11.272;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.749;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,136:0.39:345
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chr12	9464271	.	C	CGTT	3257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=6.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-17.771;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.028;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,104:0.23:448
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chr12	9465495	rs147788242	A	AT	3027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=5.577;NF=6;NR=46;PP=2102;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CACCAGAAGGATTTTGCCAGC;SOR=0.910;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=52;WE=9465503;WS=9465485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,120:0.94:128
chr12	9465872	rs4012572	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr12	9549738	rs150790006	T	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.105;NF=6;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=0.915;SC=CTGTTCACGATGTCAGATGGT;SOR=0.838;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=8;WE=9549746;WS=9549728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr12	9555110	rs12821647	A	G	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.37;QD=26.65;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr12	9555185	rs72475431	A	G	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=22;PP=670;SC=CCTTAGAGAAAAGCCCCTCTT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=9555209;WS=9555175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	9555195	rs58903301	T	TC	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.40;MQRankSum=-1.244;QD=5.80;ReadPosRankSum=4.823;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr12	9570971	rs7487238	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	9571547	rs61916776	C	G	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=37;PP=1199;SC=CAGAGGCTGGCGCTCCGAGCA;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=9571555;WS=9571537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	9571598	.	C	A	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQRankSum=-4.602;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr12	9571598	.	CC	AA	290	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=24;MQ=53.02;NF=10;NR=17;PP=290;QD=12.7210324023;SC=TGGCGACCCCCCCTCACCTTC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=27;WE=9571607;WS=9571588;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:46,27:0.37:73
chr12	9571599	rs73242993	C	A	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=44;PP=718;SC=GGCGACCCCCCCTCACCTTCC;SOR=0.980;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=72;WE=9571607;WS=9571588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	9571670	rs77617533	T	C	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=24;PP=652;SC=CTTCTCCAGCTCCCATCTGTC;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=9571678;WS=9571660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	9572244	rs7305608	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=23;PP=646;SC=CAGCTGCTCCATTCTACCCCT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=9572252;WS=9572234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	9572788	rs145731114	C	CGCACCTGGAT	2812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=33;PP=2900;SC=GCATGACGCCCGCACCTGGAA;SOR=4.209;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=33;WE=9572796;WS=9572778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	9572819	rs10843740	C	T	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.66;QD=28.84;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	9572871	rs10843741	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=366;SC=ACAGAGGACATTTCCCAGAGA;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=9572879;WS=9572861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	9573130	rs7358608	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.12;MQRankSum=-1.864;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.868;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr12	9573224	rs7358609	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=5.148;QD=13.45;ReadPosRankSum=1.228;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr12	9573291	rs67766754	AAGGG	A	1897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.96;QD=44.13;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	9573306	.	GGA	CCC	1020	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=25;MQ=65.68;NF=19;NR=17;PP=1020;QD=30.0963298573;SC=AGGGAGGGAGGGAGCCCCCAT;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=36;WE=9573317;WS=9573296;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,36:0.88:41
chr12	9573308	.	AG	A	906	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=64.94;NF=2;NR=20;PP=906;QD=42.3636363636;SC=GGAGGGAGGGAGCCCCCATGG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=22;WE=9573317;WS=9573296;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr12	9573309	.	G	GCCC	1774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.06;QD=41.27;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	9573338	rs4763950	G	A	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=636;SC=TCAGCCACCCGCAAACCGCGT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=9573346;WS=9573328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	9574002	rs10771709	C	T	8094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.54;QD=25.94;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr12	9574042	rs7298124	C	A	8653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=14.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=10.132;NF=116;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=5.380;SC=GGAGACCCCGCTGCAGATGAC;SOR=0.366;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=241;TCF=121;TCR=120;TR=220;WE=9574050;WS=9574032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:29,368:0.93:397
chr12	9574119	rs4764050	A	G	7347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=108;PP=2965;SC=CCGAAAACTGAAGATGCAGGT;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=71;TCR=108;TR=179;WE=9574127;WS=9574109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr12	9574344	rs4237949	T	G	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=188;SC=GCAGTATGAGTTATTACCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=9574352;WS=9574334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	9574480	rs7132464	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.24;QD=25.99;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	9577027	rs3825308	C	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=3;PP=348;SC=TTCTGGCTTGCGGCCCCAGGA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=9577035;WS=9577017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr12	9577992	rs201150453	C	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.70;QD=31.35;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr12	9751035	rs3072716	C	CAT	1034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=4;PP=922;SC=AATGCACAGACATTAATATGG;SOR=2.124;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=9751043;WS=9751025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr12	9754221	rs3072720	A	AAAAC	3970.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.71;QD=43.63;SOR=1.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr12	9832822	rs2114872	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=127;SC=AAGAAGAACACGTTTGCTTCC;SOR=0.990;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=9832830;WS=9832812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	9832882	rs2114873	T	C	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=99;SC=CCATGTAGAATTGTGAGTCAG;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=9832890;WS=9832872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	9833524	rs3764022	C	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr12	9833628	rs3764021	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=0.070;SC=CTGCTTTAAGCGGTAAGTGAA;SOR=0.818;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=8;WE=9833636;WS=9833618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
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chr12	9846521	rs7968401	C	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.367;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr12	9885526	rs12304510	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=328;ReadPosRankSum=0.028;SC=TTCTCAAAGGCACCCTAAATC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=29;WE=9885534;WS=9885516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr12	9885707	rs71045297	A	ATAAGT	2676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=1390;ReadPosRankSum=0.412;SC=GAAACTTCTGATAAGTAAATT;SOR=0.670;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=20;TCR=60;TR=27;WE=9885715;WS=9885697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,68:0.44:153
chr12	9906067	rs1051065	T	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=2;PP=169;SC=TAAGTGAACATGTTTCCTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=9906075;WS=9906057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	9980242	.	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=-2.628;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr12	9980242	.	CA	TG	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5;NR=5;PP=73;QD=12.6467874862;SC=AATTTAATTTCATTTTTTCAA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=10;WE=9980251;WS=9980232;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr12	9980243	rs2232543	A	G	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.32;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	9985915	rs2232548	G	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr12	9994445	rs33911869	GTGT	G	1427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=620;SC=ACCAAGGGAAGTGTTGTTATT;SOR=1.352;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=14;WE=9994455;WS=9994435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	10015082	rs253147	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=74;SC=AAAATAAAATGAAGGATGTAA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=10015090;WS=10015072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	10015177	rs253146	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=5;PP=109;SC=TCATACCTGAAAAATAAAAAT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=10015185;WS=10015167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	10041364	rs1797517	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=215;ReadPosRankSum=-2.916;SC=GAATGTAAACGTCAGCAGTCT;SOR=0.869;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=19;WE=10041372;WS=10041354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr12	10046052	rs576601	C	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=251;ReadPosRankSum=1.332;SC=CAGTTTAAAACCTGGACATTT;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=22;WE=10046060;WS=10046042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr12	10051433	rs1407899	A	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	10124336	rs2984956	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=144;SC=ATAGAAGTGGTTATAGACTTG;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=10124344;WS=10124326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	10124373	rs2961542	C	T	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	10131684	rs607567	T	G	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=51;PP=1540;SC=CCCCTGTTTTTGTCAAGAGGA;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=10131692;WS=10131674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	10131939	rs536947	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=284;ReadPosRankSum=-1.261;SC=GTGGAGTTCACGTAACTTTGA;SOR=0.658;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=19;WE=10131947;WS=10131929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr12	10136672	rs2961544	G	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=240;SC=AAAGAAAACTGAAAAAGTATA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=10136680;WS=10136662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	10137557	rs479499	A	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=245;SC=CACTTATAAAAAAAGAATGAT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=10137565;WS=10137547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	10137645	rs588272	T	G	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=177;SC=CAAATACATTTAAGGAGTGTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=10137653;WS=10137635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	10146014	rs11447004	A	AC	1094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=12;PP=761;SC=ACAAAAAAAAAAACGATTCTC;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=21;WE=10146022;WS=10146004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	10146236	rs617956	C	T	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=735;ReadPosRankSum=0.465;SC=GGTCAGGACTCAGATGAACTG;SOR=0.886;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=51;WE=10146244;WS=10146226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,75:0.55:136
chr12	10146470	rs542700	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	10147850	rs521040	T	C	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=350;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GTACTCCTATTGTAAACATAA;SOR=0.760;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=32;WE=10147858;WS=10147840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,51:0.47:109
chr12	10149406	rs581949	T	C	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=572;SC=AGGTTTCTCTTCCTTGCCTCC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=10149414;WS=10149396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	10149657	rs582968	T	C	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	10149851	rs583903	C	T	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=27;PP=812;SC=TTCATTCTCACCTTGTAGGTA;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=10149859;WS=10149841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	10151642	rs612593	T	C	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=30;PP=1436;SC=TTACCGGAGATGAGAGCTGGT;SOR=1.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=10151650;WS=10151632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	10151762	rs11379994	T	TC	2466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.584;NF=1;NR=33;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.688;SC=AGTTTCCAACTTTACAATTTC;SOR=0.607;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=81;TCF=5;TCR=76;TR=34;WE=10151770;WS=10151752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,81:0.45:181
chr12	10163375	rs1359082	C	A	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,42:0.38:110
chr12	10163379	rs1359083	C	T	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,45:0.39:115
chr12	10165469	rs476474	A	G	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=19;PP=662;SC=GGCTGGTGACATTGGGGATGA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=10165477;WS=10165459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	10165593	rs620449	T	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=-1.721;SC=CGTCTGATACTTTTCTGCTGT;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=14;WE=10165601;WS=10165583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr12	10167277	rs637790	G	C	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=52;PP=1760;SC=GATCTCCAGTGTACTGAAGAG;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=97;WE=10167285;WS=10167267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	10168425	.	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.030;SC=ATAAAAAGAGGAGTACAACAT;SOR=0.250;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=10168433;WS=10168415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr12	10206925	rs7315231	A	G	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=32;PP=964;SC=GATTATTAACAGCATCCATTT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=53;WE=10206933;WS=10206915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	10215582	rs10772230	G	A	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=346;SC=GTGAGGCAAGGGGCTTTTTGG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=10215590;WS=10215572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	10217326	rs10622534	C	CTT	2678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=15;PP=1297;SC=ATTTTTGTCTCATAGGATTTT;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=10217334;WS=10217316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	10241541	rs11376074	A	AT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=114;SC=TTGGCAACTGATTTTTTTTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=10241561;WS=10241531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10241553	rs5008763	C	A	304.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.10;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	10241593	rs1352477	A	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=2;PP=325;SC=GTTGCCATTTAAAAAAAGATA;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=10241601;WS=10241583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	10241829	rs2277416	G	T	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=42;PP=1206;SC=GCTCTGCAGGGAACAGAAGAG;SOR=1.218;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=66;WE=10241837;WS=10241819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	10245158	rs11347002	GA	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=146;SC=AAGTAGTAATGAAATGAAATG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=10245166;WS=10245148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10245237	rs11444183	G	GT	74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=96;SC=AGGAGTTGTTGTTTTCTGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=10245245;WS=10245227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	10251256	rs10706436	GA	G	239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.12;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	10251287	rs6488257	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=330;SC=TGTCACAGGGCGAGTAATTGG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=10251295;WS=10251277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	10251385	rs3816845	T	C	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=14;PP=727;SC=GTGGTCTATTTGGACTCCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=10251393;WS=10251375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	10251445	rs2306894	C	G	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=32;PP=1166;SC=TGTGGCAGAGCCTTGAGAATG;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=66;WE=10251453;WS=10251435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	10271055	rs7959451	T	C	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	10275684	rs11053608	T	G	125.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=38;SC=CTTTCTCCTCTTGTCCTAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=10275692;WS=10275681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10312648	rs13306593	C	A	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.65;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr12	10312691	rs17174597	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=19;PP=617;SC=TTCAGAAACTTAGCTTTTGAA;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=10312699;WS=10312681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	10312878	rs2634156	C	T	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=15;PP=673;SC=AGGCAGTGACCTCACTAGCAG;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=10312886;WS=10312868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	10312914	rs3816844	G	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=24;PP=840;SC=GGAAACTGACGAGAGAGGCAT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=10312922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	10313075	rs3736235	T	C	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=22;PP=588;SC=TGGGGAGTAATGTTTCTGAGT;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=41;WE=10313083;WS=10313065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	10313134	rs3736234	G	A	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=15;PP=462;SC=AGTTAGTGTTGGATCCACAAA;SOR=2.093;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=10313142;WS=10313124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	10313358	rs3736232	C	G	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=18;PP=1147;SC=CAATACTCCACCCCAACAAAT;SOR=1.375;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=10313366;WS=10313348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	10373324	rs7301041	T	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=8;PP=193;SC=ATTAGATACCTCTTGTTTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=10373332;WS=10373314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	10460543	rs2302489	A	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.773;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=1.028;SC=TTCATTCTCTATTTTTGCTAA;SOR=1.531;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=13;WE=10460551;WS=10460533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr12	10461883	rs10734825	A	G	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=311;SC=CTCCGTTATCAAATGAAAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=10461891;WS=10461873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	10462052	rs10772256	T	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=27;PP=824;SC=TTCGTTGATGTCTACGTTGGG;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=42;WE=10462060;WS=10462042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	10462431	rs7980604	G	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=46;SC=ATTTTACATTGCTCAATCTAA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=10462439;WS=10462421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10464017	rs17206564	T	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.637;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=344;ReadPosRankSum=-0.335;SC=TTGAAAAAAATGTCTAGTCTC;SOR=0.364;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=19;WE=10464025;WS=10464007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr12	10467533	rs2537752	T	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AATTGTCATGTATGTGAAACA;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=10467541;WS=10467523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	10511662	rs10743886	C	T	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=18;PP=545;SC=AATTCCAGAGCAGGGAGAAAA;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=10511670;WS=10511652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	10525644	rs1351113	A	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=30;PP=1164;SC=CTTTAGTCTCAGTTGGCAGTG;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=69;WE=10525652;WS=10525634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	10525740	rs1049172	C	T	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=45;PP=1447;SC=TGCAGATGTACGTATTTGGAG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=10525748;WS=10525730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	10532111	rs2255353	T	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=214;SC=TATTAAAAGTTTGTATTGTTA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=10532119;WS=10532101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	10532326	rs2255336	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=8;PP=349;SC=CTCCATATTGTTACCATAATA;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=10532334;WS=10532316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	10532434	rs2617151	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	10541306	.	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=330;ReadPosRankSum=0.045;SC=ATGCTTGTATGAAATTCTTGG;SOR=0.652;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=24;WE=10541314;WS=10541296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr12	10560824	rs2617169	T	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=2;PP=150;SC=TTATGGCTCATTGTTATAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=10560832;WS=10560814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	10560957	rs2617170	T	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=13;PP=480;SC=CAGGGAAAAATTGTTCTGCTC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=10560965;WS=10560947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	10562025	rs1841957	C	T	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=39;PP=1694;SC=CTTGATGATCCGAAGAAGCAT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=88;WE=10562033;WS=10562015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	10562089	rs1841958	A	C	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.233;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=55;PP=1970;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TGAAATGGAGATTTTATTGCC;SOR=0.406;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=102;WE=10562097;WS=10562079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr12	10570965	rs2682495	C	G	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=3.208;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;MQRankSum=-0.155;QD=25.54;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr12	10571042	rs2741882	A	G	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=45;PP=1643;SC=TACCAATGTAATAACAACTGT;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=10571050;WS=10571032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	10571091	rs2682494	T	G	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=38;PP=1019;SC=ATGGCCACAATGACGTGCTAA;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=10571099;WS=10571081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	10571106	rs2682493	G	C	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=33;PP=1009;SC=TGCTAATAAAGATATGAATTA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=47;WE=10571114;WS=10571096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	10571158	rs10743890	C	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=28;PP=909;SC=AAAATTAGTTCACATATTTGC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=10571166;WS=10571148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	10571177	rs4394921	A	G	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=28;PP=1064;SC=GCAACAGTATAAACATATATG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=10571185;WS=10571167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	10571504	rs4579992	C	T	363.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.99;QD=40.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	10571514	rs4275705	C	G	363.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.04;QD=45.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	10571536	rs33947579	A	AT	167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.80;QD=23.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	10571622	rs4093355	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	10572839	rs2253365	A	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=452;SC=ATATTAGAATATTAGATCCCA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=10572847;WS=10572829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	10572982	rs2741881	A	G	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.409;NF=76;NR=50;PP=2329;ReadPosRankSum=1.391;SC=CATATATTTTATCAATCCCTT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=126;WE=10572990;WS=10572972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr12	10573094	rs2682491	C	G	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=9.222;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.48;MQRankSum=2.142;QD=41.91;ReadPosRankSum=2.871;SOR=1.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr12	10573094	.	CA	GG	2580	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=21;MQ=44.19;NF=29;NR=44;PP=2580;QD=20;SC=CCTTTGCTGCCACTTTGGGTC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=73;WE=10573103;WS=10573084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,73:0.88:83
chr12	10573095	rs2682490	A	G	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=9.657;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.36;MQRankSum=2.111;QD=42.98;ReadPosRankSum=2.865;SOR=1.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr12	10573145	rs2682489	C	T	543.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=16.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.34;MQRankSum=0.528;QD=21.75;ReadPosRankSum=-2.190;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr12	10573211	rs10734829	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.90;MQRankSum=-0.662;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	10583611	rs3003	C	T	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=259;SC=ATTTTTGTATCAGAGCAAATA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=10583619;WS=10583601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	10583696	rs2981593	C	T	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=15;PP=1007;SC=TGATGCACTGCAAACGCAAAT;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=10583704;WS=10583686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	10586946	rs113946028	C	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQRankSum=-3.858;QD=12.08;ReadPosRankSum=-3.609;SOR=1.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr12	10586956	rs72475445	C	G	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQRankSum=-3.701;QD=11.18;ReadPosRankSum=-2.683;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,41:0.36:113
chr12	10586961	rs1356930	T	C	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.382;NF=42;NR=24;PP=2962;ReadPosRankSum=2.414;SC=TCTTTCTTTATAAATATTTAT;SOR=0.643;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=66;WE=10586969;WS=10586936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,74:0.63:118
chr12	10586978	rs144149096	A	AT	1282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.722;NF=21;NR=15;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TTATGGCTGAATTTATGGCTT;SOR=0.822;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=36;WE=10586986;WS=10586968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,62:0.39:158
chr12	10587111	rs61917677	A	G	5752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=92;PP=2945;SC=ATTCGGGGAAAAATTGTTCTG;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=61;TCR=92;TR=152;WE=10587119;WS=10587101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr12	10587158	rs35801775	A	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.583;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.749;NF=9;NR=27;PP=517;ReadPosRankSum=-2.120;SC=AATGATTTTTATAAAAACTGA;SOR=0.227;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=36;WE=10587166;WS=10587148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr12	10587631	rs144960284	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.660;NF=4;NR=9;PP=150;ReadPosRankSum=1.604;SC=AATTGTTCTGCTCCAGGACTG;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=13;WE=10587639;WS=10587621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr12	10588081	.	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.198;NF=9;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=-0.795;SC=ACTAGAGAATTACATACTAGA;SOR=0.266;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=22;WE=10588089;WS=10588071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr12	10588530	rs75545535	C	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.171;NF=14;NR=15;PP=280;ReadPosRankSum=0.820;SC=CCTTTGCTGCCGCTTTGGGTC;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=29;WE=10588538;WS=10588520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,52:0.34:153
chr12	10588581	rs28403159	T	C	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=6.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=32.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.543;NF=6;NR=29;PP=700;ReadPosRankSum=-2.524;SC=TCTTTGTTTATTCATCTCTGC;SOR=3.135;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=35;WE=10588589;WS=10588571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr12	10588647	rs28730284	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.108;NF=2;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=-0.639;SC=GAAGCTATAAATGGTGTATAT;SOR=0.128;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=11;WE=10588655;WS=10588637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr12	10594848	rs78547237	C	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.71;QD=26.68;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	10599427	rs4763533	C	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=271;SC=GAGTAGTCCCCCTTCATCCAC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=10599435;WS=10599417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	10602077	rs2734440	C	T	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=11;PP=317;SC=TAAACCTATACGTATGCAACA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=10602085;WS=10602067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	10603186	.	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=435;ReadPosRankSum=0.824;SC=AATCTGCAGGGAGAGAAATGG;SOR=0.488;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=30;WE=10603194;WS=10603176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr12	10603670	rs2253849	T	C	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=24;PP=1023;SC=TAAAATGGAGTTTTTATTGCC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=54;WE=10603678;WS=10603660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	10658942	rs7135490	C	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=398;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CTATGCTGAACGGTGCAGCAG;SOR=0.576;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=25;WE=10658950;WS=10658932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr12	10659438	rs10772299	T	C	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=56;PP=2362;SC=CATGTGTAAATCAATCTTTTC;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=110;WE=10659446;WS=10659428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	10659964	rs10772300	C	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=22;PP=606;SC=CTGGAAGTTGCAATTTCTCTT;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=25;WE=10659972;WS=10659954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	10675250	rs7980396	G	C	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=35;PP=1315;SC=ATGGGGCCCAGTTCTTACCAA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=10675258;WS=10675240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	10746385	rs2244387	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=381;SC=CTCACTCTGGGCTCCAGCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=10746393;WS=10746375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	10748314	rs2168749	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=108;ReadPosRankSum=-1.280;SC=ACTTTAAAAACGATCTCATTT;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=11;WE=10748322;WS=10748304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr12	10748403	rs2682484	A	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=195;ReadPosRankSum=-2.471;SC=GAGAACGTCAAATTTTAAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=15;WE=10748411;WS=10748393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr12	10759032	rs10772333	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr12	10760328	rs3947920	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=2.863;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	10760335	rs2125090	T	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.05;ReadPosRankSum=2.612;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr12	10760380	rs2125089	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=-0.399;SC=ATCTTGGCTAGCAAACTGACT;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=10760388;WS=10760370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr12	10762069	rs7311796	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=-0.651;SC=AGGGATGCAAGTAAGAATTTT;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=15;WE=10762077;WS=10762059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr12	10763419	rs72054859	CTAGACATG	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=284;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AAGATCATTGCTAGACATGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=10763448;WS=10763409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	10763440	.	G	T	127	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=127;QD=80.8856062736;SC=GACAATAAATGTTTGCTGGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=2;WE=10763448;WS=10763409;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
chr12	10766244	rs10772335	A	C	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=493;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TTCCTCCTGCAGTGCAGCCCT;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=45;WE=10766252;WS=10766234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr12	10775195	rs1078437	T	C	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CACGCTTGCATATTTGCATAC;SOR=0.587;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=75;WE=10775203;WS=10775185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,122:0.50:245
chr12	10780205	rs2125088	G	A	3453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=47;PP=1549;ReadPosRankSum=-2.257;SC=ACAAGGAAACGTCACACCATC;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=226;TCF=132;TCR=94;TR=111;WE=10780213;WS=10780195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,172:0.50:344
chr12	10782115	rs3759259	T	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=0.532;SC=CAGAGAAAGCTGAGCAGGTCC;SOR=1.341;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=15;WE=10782123;WS=10782105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr12	10783729	rs2290717	A	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.796;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=212;ReadPosRankSum=1.933;SC=CACAGCTACCACTGCAAATCT;SOR=1.536;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=18;WE=10783737;WS=10783719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr12	10784021	rs2168746	G	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=1.876;SC=TTTGGCCAATGGGGAGTTGTC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=10784029;WS=10784011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	10786757	rs5796407	T	TGAA	3319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=1594;SC=GAGAAGAGAATGAAGAAGCCT;SOR=1.319;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=30;WE=10786765;WS=10786747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	10786797	rs2252664	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=0.193;SC=TTCCCCTACCCGCCAGCTCTC;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=16;WE=10786805;WS=10786787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr12	10870900	rs11309033	AC	A	206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=2;PP=218;SC=TCCACAGGCCACCCACCTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=10870908;WS=10870890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	10871667	rs33016	A	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=9;PP=469;SC=GCAAATATACACACACACATA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=10871675;WS=10871657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	10958658	rs2537817	T	C	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=127;SC=TTTCATATCATGCAGGCAATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=10958666;WS=10958648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	10978402	rs597468	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=15;PP=370;SC=GTCATTCTTCGTTTTATAATC;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=10978410;WS=10978392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	10978921	rs61912242	G	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=305;ReadPosRankSum=-1.224;SC=ATTACCTGCTGCAGAATGAGG;SOR=0.563;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=19;WE=10978929;WS=10978911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr12	10998556	rs71434160	C	CA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr12	10999708	rs1047699	T	C	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=35;PP=981;SC=TCTGTCCCTCTGGAAGAATGA;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=10999716;WS=10999698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	11000934	rs2227296	A	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	11034980	rs61914782	G	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.47;QD=30.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	11035107	rs2946841	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.10;MQRankSum=-0.524;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	11083356	rs116998526	A	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=51;PP=2172;SC=TGGGAACCAGAATGATGGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=102;WE=11083364;WS=11083346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	11083515	rs200488155	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.87;MQRankSum=1.741;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	11083677	rs10772391	T	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.20;QD=26.94;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	11091432	rs3741843	C	T	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=21;PP=1272;SC=CCTTTTTAACCCTCCACTTTA;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=11091440;WS=11091422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	11091693	rs7138535	T	A	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=68;PP=2099;SC=AGATCTTTCTTCCCTTGACCC;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=44;TCR=68;TR=112;WE=11091701;WS=11091683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	11126111	rs4763232	C	T	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=150;SC=CACACAATAACAATACCCTCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=11126119;WS=11126101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	11126428	rs7314608	T	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=197;SC=AGAGTCTTTATAGGTGAAGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=11126436;WS=11126418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	11150240	rs7135018	T	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=31;PP=1075;SC=ATTATTACTTTTAAATTAGAT;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=11150248;WS=11150230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	11150551	rs4388985	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=9;PP=252;SC=AAGACTTTAAGTTAAATATGC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=11150559;WS=11150541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	11150579	rs1463237	C	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	11174181	rs79561087	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-4.668;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr12	11174186	rs79057393	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-4.750;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
chr12	11174202	.	G	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=7;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.742;NF=11;NR=2;PP=763;ReadPosRankSum=-1.085;SC=CCATCAGTTTGTTTTCTGCTA;SOR=1.114;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=13;WE=11174231;WS=11174192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr12	11174213	rs114463974	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-3.511;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.917;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,18:0.20:91
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chr12	11174327	rs72475481	C	T	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=5.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-4.471;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,118:0.34:348
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chr12	11174466	rs199592952	GA	AC	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=12.775;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-7.094;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.374;SOR=2.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr12	11174476	rs200081075	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=30.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-7.926;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.417;SOR=5.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,12:0.15:79
chr12	11174478	.	C	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=27.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-8.174;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.458;SOR=4.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,11:0.14:76
chr12	11174492	rs200715232	C	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=29.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-8.344;QD=1.73;ReadPosRankSum=-1.403;SOR=4.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,10:0.14:71
chr12	11174753	rs1868769	G	A	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=43;PP=1681;SC=TTACAAATCAGAAATACCAAG;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=88;WE=11174761;WS=11174743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	11175087	rs12313469	G	A	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=46;PP=1962;SC=CATTTACTAGGGCTATGAAGC;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=94;WE=11175095;WS=11175077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	11182998	rs200315131	CA	TC	6362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-16.371;NF=62;NR=48;PP=2944;ReadPosRankSum=5.026;SC=ATGCCCCTCTCATGAATCTAT;SOR=0.522;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=301;TCF=176;TCR=125;TR=110;WE=11183007;WS=11182988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,178:0.35:506
chr12	11183035	rs78820764	C	T	5380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.751;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-17.302;NF=48;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=2.446;SC=CTCCTTTCACCCAGTACCTCA;SOR=0.752;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=334;TCF=181;TCR=153;TR=107;WE=11183074;WS=11183025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,163:0.32:517
chr12	11183046	rs201730548	C	T	4901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=8.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-17.538;QD=9.37;ReadPosRankSum=2.645;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,145:0.28:523
chr12	11183052	rs199894662	G	A	4691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=8.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-16.173;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.890;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,138:0.27:512
chr12	11183066	rs138895028	A	T	3930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=10.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQRankSum=-12.620;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,118:0.23:509
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chr12	11183255	rs10845293	G	A	5839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=90;PP=2965;SC=AGTTTGCAAAGCTTTTATGTG;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=73;TCR=90;TR=163;WE=11183263;WS=11183245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr12	11183451	rs10743938	A	T	6371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=92;PP=2965;SC=TTCCAAGTCAAGTTTCCTTCA;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=86;TCR=92;TR=178;WE=11183459;WS=11183441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr12	11183475	rs372544509	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=37.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-14.019;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.286;SOR=4.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,15:0.08:198
chr12	11183484	.	CT	GA	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.481;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=37.692;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-13.547;QD=0.40;ReadPosRankSum=1.213;SOR=4.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,15:0.08:185
chr12	11183496	rs199736450	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=38.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-12.741;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.854;SOR=4.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,17:0.10:164
chr12	11183506	rs115707514	T	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=45.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-12.210;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.424;SOR=4.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,19:0.13:151
chr12	11183512	rs12370363	A	G	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=52.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=11.614;NF=46;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.411;SC=AAAGTTGACAAGCCAAAAATA;SOR=0.485;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=105;WE=11183532;WS=11183465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,132:0.86:153
chr12	11183524	rs75159539	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=33.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-10.078;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.636;SOR=2.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,30:0.20:150
chr12	11183541	rs78152338	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.691;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.680;NF=31;NR=13;PP=529;ReadPosRankSum=-2.799;SC=CCCAACAGCATCACCAGAATG;SOR=1.754;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=44;WE=11183549;WS=11183531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,50:0.30:168
chr12	11183576	rs72475488	T	C	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.574;NF=39;NR=22;PP=834;ReadPosRankSum=0.807;SC=CCTCTTTAAGTGAAGAAAAAT;SOR=1.394;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=61;WE=11183584;WS=11183566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,72:0.42:172
chr12	11183642	rs73049067	A	G	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.166;NF=42;NR=42;PP=1335;ReadPosRankSum=2.013;SC=GCTAGTAGCAAGCCAGTTGCT;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=105;TCR=101;TR=84;WE=11183650;WS=11183632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,129:0.42:305
chr12	11183676	rs73049072	C	T	2419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.055;NF=33;NR=43;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.513;SC=ACTGCCCAGACATTATAAGCA;SOR=0.826;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=209;TCF=99;TCR=110;TR=76;WE=11183684;WS=11183666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,126:0.40:318
chr12	11183697	rs73049074	C	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.252;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.859;NF=22;NR=36;PP=847;ReadPosRankSum=0.426;SC=GTAGTTCTTACTTCTACACTA;SOR=0.938;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=192;TCF=88;TCR=104;TR=58;WE=11183705;WS=11183687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,95:0.34:276
chr12	11183722	rs78562467	A	C	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=6.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-5.989;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,73:0.34:216
chr12	11183752	rs72475489	T	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=16.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-6.772;QD=5.10;ReadPosRankSum=-1.668;SOR=1.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,41:0.28:147
chr12	11183793	.	G	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.331;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=28.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-8.688;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=4.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,13:0.14:93
chr12	11183797	.	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=25.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-9.150;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.051;SOR=4.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,12:0.13:94
chr12	11183832	rs10845295	G	A	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=44;PP=2394;SC=CTCTTGACCCGCTCAATGGAA;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=11183845;WS=11183817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	11199734	rs2597984	T	C	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=37;PP=895;SC=TTTAAAAAGCTGGCGCCTTCT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=11199742;WS=11199724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	11201689	rs2597986	C	T	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=558;SC=AGTAAACCAACTCTGGACACC;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=11201697;WS=11201679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	11201846	rs199838132	A	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-8.696;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,18:0.16:112
chr12	11201850	.	TATC	T	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-8.649;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.391;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,15:0.14:108
chr12	11201865	.	AAT	A	304.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-7.791;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,14:0.15:91
chr12	11201868	.	G	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-7.650;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,14:0.16:88
chr12	11201872	.	AG	A	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-7.157;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,13:0.16:80
chr12	11201889	rs72475501	C	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-6.427;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr12	11201962	rs2597987	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=309;SC=TTTAAATGTGTAGTAACATTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=11201970;WS=11201952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	11214066	.	T	C	3471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=0.000;DP=538;ExcessHet=3.0103;FS=0.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQRankSum=-22.048;QD=6.48;ReadPosRankSum=2.354;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:423,113:0.21:536
chr12	11214074	rs200528237	T	C	3518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-22.008;QD=6.59;ReadPosRankSum=3.617;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:420,114:0.21:534
chr12	11214080	.	G	A	3688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.974;ClippingRankSum=0.000;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=0.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQRankSum=-22.196;QD=6.91;ReadPosRankSum=3.749;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,117:0.22:534
chr12	11214082	.	T	C	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.281;ClippingRankSum=0.000;DP=539;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-22.285;QD=6.94;ReadPosRankSum=3.140;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,119:0.22:538
chr12	11214091	.	G	C	3712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.823;ClippingRankSum=0.000;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQRankSum=-22.394;QD=6.84;ReadPosRankSum=3.769;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:423,120:0.22:543
chr12	11214101	.	C	G	3707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.167;ClippingRankSum=0.000;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQRankSum=-21.967;QD=7.19;ReadPosRankSum=2.699;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:398,118:0.23:516
chr12	11214133	rs76020872	C	T	2626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-19.717;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.483;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,90:0.21:420
chr12	11214137	rs76147157	C	T	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-19.288;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.901;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,84:0.21:403
chr12	11214145	rs2708381	C	T	6727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=18.564;NF=85;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=3.550;SC=CTCAAAACTCCAAACTGACAT;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=106;TCR=142;TR=196;WE=11214175;WS=11214123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,297:0.79:375
chr12	11214153	.	C	T	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=6.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-17.573;QD=5.80;ReadPosRankSum=-3.052;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,58:0.18:327
chr12	11214156	.	G	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=5.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-17.727;QD=4.91;ReadPosRankSum=-3.129;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,55:0.17:319
chr12	11214161	.	TG	CA	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=5.344;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=-17.301;QD=4.78;ReadPosRankSum=-4.023;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,53:0.17:304
chr12	11214167	.	G	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-16.403;QD=4.92;ReadPosRankSum=-4.657;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,45:0.16:273
chr12	11214182	rs377226761	A	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-14.997;QD=2.72;ReadPosRankSum=-4.089;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,25:0.11:227
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chr12	11214212	rs2708380	A	T	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=12.669;NF=55;NR=76;PP=2902;ReadPosRankSum=0.395;SC=ACAGTTTGCAAAGCTTTTATG;SOR=0.962;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=61;TCR=80;TR=131;WE=11214222;WS=11214202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,157:0.98:161
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chr12	11214472	rs200936852	A	G	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=20.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-13.728;QD=5.07;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,62:0.24:263
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chr12	11243960	rs111846092	A	T	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.74;QD=27.69;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr12	11244067	.	A	ATT	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.08;QD=42.13;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr12	11244102	rs199943442	G	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.16;QD=45.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	11244117	rs201758916	A	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.00;QD=43.59;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	11244126	rs113410031	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.00;QD=43.59;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	11244149	rs73064964	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.03;QD=45.93;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	11244169	rs201144595	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.86;QD=42.98;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	11244190	rs202034865	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=180;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=11;PP=282;SC=GAGATCCTTTACCATGGAGCT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=11244198;WS=11244180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	11244356	rs200257456	A	T	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.74;QD=22.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	11244369	.	GC	AT	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.91;QD=49.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr12	11244390	rs73064966	T	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.04;QD=23.61;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	11244432	rs111982292	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.78;QD=43.82;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr12	11244814	rs377076131	T	C	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.18;QD=44.14;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	11244846	.	A	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.47;QD=44.06;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	11244849	.	T	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.47;QD=44.06;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	11244855	.	T	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.47;QD=44.06;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	11244871	.	G	A	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.14;QD=43.06;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	11244878	rs369719862	A	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.14;QD=43.06;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	11285754	rs2600357	G	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=2;PP=567;SC=CTATATATATGTACTTTTCTA;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=24;WE=11285762;WS=11285744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	11285802	rs2600356	G	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=11;PP=1164;SC=AGGTATACATGTGGAAATTAT;SOR=2.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=56;WE=11285810;WS=11285792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	11286088	rs2599404	A	C	10515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=127;PP=2965;SC=CCAGCCTCCCAAAATTACAAA;SOR=0.817;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=240;TCF=109;TCR=131;TR=236;WE=11286096;WS=11286078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr12	11286249	rs77777159	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-11.691;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,43:0.14:309
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chr12	11286280	.	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=7.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-12.736;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.373;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,32:0.10:322
chr12	11286282	.	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;ClippingRankSum=0.000;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=7.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-12.757;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.953;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,32:0.10:323
chr12	11286289	.	A	T	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=5.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-13.201;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,32:0.10:326
chr12	11286702	rs113026132	G	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=21.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-12.489;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.343;SOR=2.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,29:0.18:159
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chr12	11286745	.	AA	GG	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.862;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.68;MQRankSum=-10.240;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,59:0.29:206
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chr12	11286790	rs2600355	A	C	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.17;MQRankSum=8.135;QD=15.42;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,131:0.69:189
chr12	11286797	.	A	G	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQRankSum=-7.601;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,52:0.28:189
chr12	11286807	rs113282241	T	C	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=6.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.26;MQRankSum=-6.936;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.141;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,48:0.27:179
chr12	11286820	rs111958076	A	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=9.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.86;MQRankSum=-6.351;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.007;SOR=1.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,45:0.26:171
chr12	11338514	rs5796429	GA	G	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	11338539	rs1650016	C	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=220;SC=AAACAGTGGACGTGATCCCCA;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=11338547;WS=11338529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	11338555	rs1669409	A	T	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	11338559	rs1669410	C	T	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.31;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	11338589	rs1817104	G	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=497;SC=AAAGCTTCTGGAAAGTCTGTC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=11338597;WS=11338579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	11338613	rs1650017	CA	GG	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=11;PP=626;SC=AAAGGTAAAGCATTTGGTGTT;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=29;WE=11338622;WS=11338603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	11338669	rs1669412	C	T	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=19;PP=865;SC=AGCTGTCTGTCGCAGCTTGCT;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=11338677;WS=11338659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	11338750	rs1451772	T	C	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=26;PP=1016;SC=AAACTTTATGTACTTGTTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=11338758;WS=11338740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	11338781	rs1669413	C	A	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.080;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.19;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr12	11338983	rs1650019	T	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=17;PP=558;SC=TAAAACTGGTTAAGCTGAGAA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=11338991;WS=11338973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	11339553	rs34736072	C	CA	1917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.567;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=40;PP=1415;ReadPosRankSum=2.002;SC=TCTCCAGAGACAAAAAATCCA;SOR=1.204;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=43;WE=11339561;WS=11339543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,79:0.96:82
chr12	11418954	rs1896551	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=344;SC=TCATCTTCTTATTCACTTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=11418962;WS=11418944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	11421093	rs61463237	T	TGGG	2485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=25;PP=945;SC=CTGGAGGAGGTGGACACACGG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=28;WE=11421101;WS=11421083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	11421522	rs59152757	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr12	11461292	rs1052808	C	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=213;ReadPosRankSum=1.525;SC=TTGCCTCCTGCTGGGGGTGGG;SOR=1.105;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=16;WE=11461300;WS=11461282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr12	11461470	rs1052807	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-0.981;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr12	11461836	rs6488386	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.085;NF=6;NR=12;PP=302;ReadPosRankSum=-1.406;SC=GTGGGGGACATACGGCATTCA;SOR=0.757;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=18;WE=11461844;WS=11461826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr12	11462275	rs1834857	A	G	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=504;ReadPosRankSum=3.856;SC=AAGGGAGTCAAAACAGATTGA;SOR=0.504;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=34;WE=11462283;WS=11462265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr12	11506211	rs76504934	A	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=0.468;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr12	11506749	.	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-6.859;NF=10;NR=20;PP=408;ReadPosRankSum=-2.358;SC=GTCCTTGTGGTTTTCCTGGAG;SOR=1.112;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=30;WE=11506757;WS=11506738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,45:0.36:126
chr12	11506774	rs202083397	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=3.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.679;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.074;NF=3;NR=14;PP=501;ReadPosRankSum=-3.449;SC=TCGGGGACTTCGGGACTTGTC;SOR=3.119;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=17;WE=11506793;WS=11506764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,15:0.18:82
chr12	11506785	rs201935302	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=16.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQRankSum=-5.273;QD=2.51;ReadPosRankSum=-3.599;SOR=2.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,11:0.13:86
chr12	11506893	rs10845341	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-3.352;QD=9.95;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr12	11546781	rs71443675	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=6.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQRankSum=1.403;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.220;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr12	11803220	rs2856305	A	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	11904983	rs2724600	A	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=239;SC=AGAAGAGAAAACATGGCTTTA;SOR=2.670;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=11904991;WS=11904973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	12230938	rs1641721	C	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=2.080;SC=GGAAATTGAACAAAATCAGTT;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=12;WE=12230946;WS=12230928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr12	12240199	rs879732	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=524;ReadPosRankSum=-1.388;SC=AAATTGTTTACTCCTGGCCAC;SOR=0.728;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=40;WE=12240207;WS=12240189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,55:0.50:109
chr12	12251711	rs2448031	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr12	12251715	.	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr12	12251761	rs1797646	C	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=275;ReadPosRankSum=0.967;SC=AACCCTCCCCCAAACTAACAT;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=18;WE=12251769;WS=12251751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr12	12251804	rs3741793	G	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=257;ReadPosRankSum=-2.295;SC=GCCTGGGATAGAGCAGAGTTA;SOR=0.910;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=19;WE=12251812;WS=12251794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr12	12252078	.	T	G	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=22;QD=18.9237375157;SC=TCAGGAGAGGTCTCGTTCGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=3;WE=12252086;WS=12252068;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,3:0.19:16
chr12	12265118	rs55833207	CA	C	348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.51;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	12278468	rs2302684	A	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-0.291;SC=ACAGTGAAGTAGTCTGATTTT;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=12278476;WS=12278458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	12291479	rs2075241	G	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=399;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CTTGGAAAAGGAGAAAATTCA;SOR=2.262;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=22;WE=12291487;WS=12291469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr12	12301898	rs2302685	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=413;SC=TTTACCACAACGGCTCGAGGT;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=12301906;WS=12301888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	12397668	rs10219768	T	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.898;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	12397668	.	TTA	ATT	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=76;QD=43.1559582874;SC=TCAAATCGGTTTAAGTGAGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=3;WE=12397678;WS=12397658;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr12	12397670	rs10219748	A	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=1.531;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	12483275	rs1861676	G	A	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	12483318	rs3741801	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=261;ReadPosRankSum=-1.953;SC=AGCTGCCTTTCGAGTCCGTAG;SOR=0.719;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=23;WE=12483326;WS=12483308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr12	12483713	rs4763282	A	G	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=34;PP=1502;SC=AGTTTCTCCAAGTGATCTGAG;SOR=0.982;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=81;WE=12483721;WS=12483703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	12483764	rs17375215	C	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=582;ReadPosRankSum=0.501;SC=CATGAGATATCGGTGGGCTTT;SOR=0.630;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=40;WE=12483772;WS=12483754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,61:0.56:109
chr12	12483927	rs4763818	G	A	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=28;PP=749;SC=GAAGGCTTATGTAACTCCATG;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=12483935;WS=12483917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	12496011	rs3741799	G	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr12	12509979	.	GG	AA	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr12	12618427	rs3751261	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=296;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CCCGGCCCTGCGGAGAGGACT;SOR=0.720;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=22;WE=12618435;WS=12618417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr12	12618715	rs967648	T	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=20;PP=421;SC=CTGTAGCTGCTGCCCGGCCTG;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=12618723;WS=12618705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	12790737	rs10845599	G	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=642;SC=CACTTTGGGAGGCCGAGGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=12790745;WS=12790727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	12814818	rs4763862	C	T	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=28;PP=877;SC=GCATCAAAGACCCACGATGCC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=12814826;WS=12814808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	12966967	rs7978823	A	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=504;ReadPosRankSum=0.199;SC=TTTAAATCAAATACAATGGTT;SOR=0.887;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=30;WE=12966975;WS=12966957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr12	12967127	rs1051374	C	T	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=696;ReadPosRankSum=-0.794;SC=CCACCAAGATCCAGATTGAAG;SOR=0.578;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=46;WE=12967135;WS=12967117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,103:0.54:190
chr12	12967264	rs3741826	C	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=1.182;SC=GATATGGTCACTAAAGGTACA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=12967272;WS=12967254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	12977400	rs1010878	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=0.736;SC=GTTTGTTCTCGTGTTTGTCTA;SOR=0.264;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=10;WE=12977408;WS=12977390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr12	13028653	rs10845659	A	G	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=29;PP=972;SC=TACCCCCTCCAGGCCCCCAGC;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=13028661;WS=13028643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	13028696	rs11055120	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.031;HP=6;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GAGGTATGCCGCCCCACAAGA;SOR=1.075;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=26;WE=13028704;WS=13028686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr12	13093670	rs74528839	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=367;ReadPosRankSum=0.254;SC=CTACCCAGGACGGTCTGCTGG;SOR=0.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=30;WE=13093678;WS=13093660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr12	13136615	rs759601	C	G	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=1012;ReadPosRankSum=1.323;SC=TGTGTGAGAACTCCGTGTTAA;SOR=0.735;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=32;WE=13136631;WS=13136605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
chr12	13136623	rs735689	T	C	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=5;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=1572;ReadPosRankSum=0.110;SC=AACTCCGTGTTAAAAATTCCA;SOR=0.720;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=46;WE=13136631;WS=13136605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,70:0.49:142
chr12	13136729	rs2052329	G	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.835;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr12	13142174	rs850918	C	G	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=346;SC=CAAAGCTGGTCCCCGAGACCA;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=13142182;WS=13142164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	13153126	.	C	CGGCGGCAGGGCGGCAG	947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-0.789;QD=19.34;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr12	13153169	.	T	C	228	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=62;MMLQ=23;MQ=59.81;NF=3;NR=11;PP=228;QD=18.7693723248;SC=GGCGGCAGGGTGGCAGGGCGG;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=14;WE=13153177;WS=13153159;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:37,14:0.27:51
chr12	13153388	rs147879664	G	GGCAGCAGTGCAGCAGT,GGCAGCAGTCCAGCAGTGCAGCAGT	840.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=375;SC=CGGGCAGCAGGGCAGCAGTGC;SOR=2.303;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=5;WE=13153405;WS=13153378;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.72,0.28:18
chr12	13153773	rs1291364	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=229;SC=TCTTGGTAGCTGTCCCTCTAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=13153781;WS=13153763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	13154077	rs67498669	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	13154105	rs9919709	A	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5086;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=72;ReadPosRankSum=-1.799;SC=GCGCGGGTGCAGCGGGCTGTG;SOR=0.754;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=7;WE=13154113;WS=13154095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	13154123	rs61912779	G	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.175;SC=GTGGAGCCGCGGGCCGAGCCC;SOR=1.919;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=13154131;WS=13154113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	13154582	rs59113920	CG	C	1019.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.047;NF=16;NR=6;PP=662;ReadPosRankSum=0.401;SC=ATCTGCTGAGCGGGGGCCCCC;SOR=1.023;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=22;WE=13154590;WS=13154572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr12	13154790	rs1291363	G	C	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,107:0.57:188
chr12	13154911	rs1291362	A	G	3226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1421;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CGTCTTCTCCATGAATGTCAT;SOR=0.723;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=103;WE=13154919;WS=13154901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,159:0.59:271
chr12	13155166	rs1291361	G	T	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=721;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CTCCACCGCAGTGGCATCCTA;SOR=0.849;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=48;WE=13155174;WS=13155156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr12	13208552	rs4763924	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr12	13211212	rs6488582	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=5;PP=376;SC=TTTGTTTTATGTACAGTGTCC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=13211220;WS=13211202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	13211495	rs76117339	GT	G	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TAAGAGACGTGTTTTTTTCAA;SOR=1.041;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=5;WE=13211503;WS=13211485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr12	13214537	rs3741818	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=205;ReadPosRankSum=-1.476;SC=CTAATCTTGTATGCCTTTCGG;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=15;WE=13214545;WS=13214527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr12	13214791	rs3741817	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=281;ReadPosRankSum=-0.093;SC=TGACTCTCACGTGGTGGAGTA;SOR=0.898;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=20;WE=13214799;WS=13214781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr12	13215613	rs117688503	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.11;ReadPosRankSum=1.981;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	13215616	rs11055220	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.11;ReadPosRankSum=0.712;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	13215685	rs2200498	C	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=9;PP=498;SC=TGTTCAGCCCCTTGCGTCTTT;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=13215693;WS=13215675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	13221427	.	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.266;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=466;ReadPosRankSum=0.677;SC=GATCCACTTTCCCATGTTTAA;SOR=1.071;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=27;WE=13221435;WS=13221417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr12	13221606	rs1386005	T	C	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=56;PP=1986;SC=AGACATTAGATTTCCTTCTGC;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=13221614;WS=13221596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	13224027	rs3825270	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.749;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr12	13248445	rs2291396	C	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=334;ReadPosRankSum=0.393;SC=GACAACAGATCGATGAGGCAG;SOR=0.743;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=27;WE=13248453;WS=13248435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr12	13256353	rs10772620	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=347;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AGCAGTAAAGATATGTGTATG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=24;WE=13256361;WS=13256343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr12	13294280	rs7978768	C	A	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=16;PP=964;SC=CCTCTGGTGCCTGACCATAAC;SOR=1.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=13294288;WS=13294270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	13366599	rs2277395	C	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=628;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TTGTTCTCCTCGTCCTGTGTC;SOR=0.575;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=37;WE=13366607;WS=13366589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr12	13369196	rs8885	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=0.745;SC=TTCTCCTCATCCATTTCTTTT;SOR=0.113;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=10;WE=13369204;WS=13369186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	13526328	rs17821405	G	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GTCTACGAGCGCTCTGACTCT;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=22;WE=13526336;WS=13526318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr12	13529068	rs4763975	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AATGAAATCTAAAACTCAGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=13529076;WS=13529063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	13529227	rs11055389	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=227;ReadPosRankSum=-1.764;SC=TCGTTTCAGAGGTAAGTAAAT;SOR=0.906;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=17;WE=13529235;WS=13529217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr12	13529401	rs7957232	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-0.605;SC=ATAGATATAATACAATGAATA;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=13529409;WS=13529391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	13715975	rs1805247	A	G	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=506;ReadPosRankSum=-0.667;SC=ATTTGCTGCCATGGAGCAAGC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=38;WE=13715983;WS=13715965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,55:0.42:131
chr12	13716638	rs1806191	G	A	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=862;ReadPosRankSum=-0.947;SC=CGTGCTTGATGTGAGACCTGT;SOR=0.672;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=57;WE=13716646;WS=13716628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,85:0.50:169
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chr12	13768298	rs1805486	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=213;ReadPosRankSum=-0.683;SC=TTTGTATAGTGGGAACAATAC;SOR=0.169;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=12;WE=13768306;WS=13768288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr12	13768354	rs1468845	C	T	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=23;PP=1614;SC=AAAGTGAGCACGTTTTAAACT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=81;WE=13768362;WS=13768344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	13768588	.	C	T	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=861;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GGCTCCTCGTCTGTTTTATTC;SOR=0.532;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=64;WE=13768596;WS=13768578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,104:0.54:194
chr12	13769664	rs1805199	T	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=24;PP=611;SC=CAGTATTGTCTGAACAATCCC;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=13769672;WS=13769654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	14018777	rs7301328	G	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TGCCCAGGATGGGGGTGAGAG;SOR=0.610;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=9;WE=14018785;WS=14018767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr12	14019128	rs34315573	C	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr12	14019157	rs12818068	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=2.581;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,51:0.46:110
chr12	14577273	.	G	A	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.184;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=1074;ReadPosRankSum=-1.005;SC=TCTGGATGCCGGAGATCCAGC;SOR=0.996;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=65;WE=14577281;WS=14577263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,89:0.47:188
chr12	14587301	rs3213764	A	G	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=6;PP=258;SC=AAGGACAACAAACCTGAGGAA;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=14587309;WS=14587291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	14590981	rs10734876	T	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=109;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAAAA;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=14590989;WS=14590971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	14599904	.	C	CTT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	14628705	rs7298275	A	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=293;SC=CAGCCATTTAAGGGTCCAGAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=14628713;WS=14628695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	14628773	rs7313259	C	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	14634392	rs140044044	C	CAGTT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=267;SC=ATGCATATGTCAGCTAGATTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=14634400;WS=14634382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	14659926	rs75778757	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=577;ReadPosRankSum=3.368;SC=TTGGTCACGCCGGAAAATTTT;SOR=0.881;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=36;WE=14659934;WS=14659916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,58:0.45:129
chr12	14664250	rs2287541	A	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=457;ReadPosRankSum=0.466;SC=AATTTGCTCCACAATGTACAG;SOR=0.564;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=39;WE=14664258;WS=14664240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,56:0.42:132
chr12	14664595	rs10846013	A	G	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=57;PP=1485;SC=GTCTGCAGCAATATCAATCCA;SOR=1.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=77;WE=14664603;WS=14664585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	14688644	rs7957558	C	T	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=30;PP=1492;SC=TTATCTATGACGTTGAAGTCC;SOR=1.135;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=85;WE=14688652;WS=14688634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	14689451	rs1345531	T	C	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=17;PP=922;SC=GGGCGCTATATAGAAAAAGTC;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=14689459;WS=14689441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	14694993	rs1862014	G	C	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=2;PP=77;SC=CATGCCATTAGCAAAAAGTGC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=14695001;WS=14694983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	14720366	rs10846023	C	T	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=139;SC=AGGGCTGGAGCGAGACCGCCG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=14720374;WS=14720358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	14720554	rs147342083	GGCA	G	3780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=15;PP=1225;SC=TAACAACAGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=25;WE=14720564;WS=14720544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	14720583	rs7954623	T	C	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=17;PP=639;SC=GCAGAAGCGGTGGCGGCTGTG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=14720591;WS=14720573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	14769465	.	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr12	14769468	rs1558795	G	A	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=244;SC=GAGTACAGAAGAGGATTAGCA;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=14769476;WS=14769458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	14772182	.	C	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=574;ReadPosRankSum=-1.556;SC=CTGTGTTGACCGTATCTCCAA;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=39;WE=14772190;WS=14772172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr12	14774849	rs7302418	T	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=5;PP=594;SC=ACTAGAGCGGTCAAGAGTAGT;SOR=2.115;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=14774857;WS=14774839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	14775214	rs2287538	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GTAGTAGTGATTGTCTACCAA;SOR=0.111;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=9;WE=14775222;WS=14775204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	14781503	rs4764105	A	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	14781678	rs3217210	G	GA	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.855;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr12	14794062	rs10772800	G	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=13;PP=479;SC=CTTTCCGCAGGATGATCTCCT;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=14794070;WS=14794052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	14804994	rs7313027	G	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=631;SC=TTAGGAGACAGTGTTGTGGTG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=14805002;WS=14804984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	14822855	rs7314345	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=368;SC=ACACAATGACGCTTGATTTCC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=14822863;WS=14822845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	14827463	rs3217157	AATC	A	2928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.304;NF=11;NR=19;PP=1291;ReadPosRankSum=-1.867;SC=TTAGCTGTGGAATCATCTATT;SOR=0.443;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=30;WE=14827473;WS=14827453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,77:0.55:141
chr12	14827764	rs180804958	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=202;ReadPosRankSum=-0.746;SC=TAGAACAAAAGGTTGTTGGGA;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=11;WE=14827772;WS=14827754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	14829893	rs1420635	A	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	14834421	rs56944147	GA	G	7483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=73;PP=2969;SC=CCTGGAATAGGAAAAAGAGAA;SOR=1.030;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=13;TCR=79;TR=84;WE=14834435;WS=14834411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	14834427	rs58911033	G	T	7541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=74;PP=2310;SC=ATAGGAAAAAGAGAAACTAAA;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=125;WE=14834435;WS=14834411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	14835951	.	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=314;ReadPosRankSum=0.028;SC=GCAAGTGCTAGTGAAATATTA;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=21;WE=14835959;WS=14835941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr12	14923522	rs12818627	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=0.637;SC=GTTCTCCCCGTGCCCGCCAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=14923530;WS=14923512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	14947675	rs34868934	TA	T	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=150;ReadPosRankSum=0.839;SC=GGAGGTCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.947;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=15;WE=14947683;WS=14947665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr12	14954063	rs3834754	G	GA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=191;ReadPosRankSum=0.595;SC=AATCAAATTTGAAAAATAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=14954071;WS=14954053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	14982352	rs3088190	G	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.167;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr12	14993439	rs11276	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr12	14993608	rs3088189	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=-1.222;SC=GGGATGTGGAGAGGAATTGGC;SOR=0.815;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=10;WE=14993616;WS=14993598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr12	14993854	rs1861698	A	G	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=453;ReadPosRankSum=-1.752;SC=TGTTCAATGTATAAAACAAAA;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=36;WE=14993862;WS=14993844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,66:0.57:116
chr12	15034996	rs2430735	T	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=491;SC=TATGTATTTCTGTAATGCTGC;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=15035004;WS=15034986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	15035081	rs4236	T	C	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=616;ReadPosRankSum=0.179;SC=TCTCATTTGGTCCCTCGGCGC;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=41;WE=15035089;WS=15035071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr12	15038788	rs1800801	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr12	15067511	rs10846081	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr12	15073831	rs2445382	G	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=262;ReadPosRankSum=-1.049;SC=CCGACTCAGGGTCTGAAGGGA;SOR=0.954;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=18;WE=15073839;WS=15073821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr12	15081708	.	A	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=358;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GGGAAAAAACAAAACAAAACA;SOR=0.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=32;WE=15081716;WS=15081698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,52:0.46:113
chr12	15081897	rs2445371	A	C	4850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.90;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	15081897	.	AG	CA,CG	602	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=20,39;NR=28,51;PP=602,515;QD=13.6555807263;SC=CCAGCTGGCAAGTCTCCTTCA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=48,90;WE=15081906;WS=15081887;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.53:91
chr12	15081898	rs11056243	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,69:0.51:136
chr12	15082004	rs11056244	T	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=0.731;SC=GCTTCCTGACTATTTTTCTAG;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=16;WE=15082012;WS=15081994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr12	15090837	rs3748297	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=-1.445;SC=TGGTTCCCTTAAGGTAGAACA;SOR=0.892;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=7;WE=15090845;WS=15090827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr12	15091221	rs11432737	A	AT	3191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=23;PP=2260;SC=GGCAAAATGCACTTATCCAGG;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=50;WE=15091229;WS=15091211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	15095707	rs10772822	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=0.658;SC=AGGAAAAACATACACTGCAAA;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=13;WE=15095715;WS=15095697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr12	15097691	.	G	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=589;ReadPosRankSum=-1.600;SC=GGACAGTGTGGAAATGTGGGT;SOR=0.747;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=42;WE=15097699;WS=15097681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,64:0.46:139
chr12	15102681	rs28683560	G	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=153;ReadPosRankSum=1.549;SC=CAGAGACCAAGTTTTCTTTGT;SOR=0.498;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=12;WE=15102689;WS=15102671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr12	15103605	rs2430711	A	G	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=31;PP=836;SC=GCTCATCATCATCATCCTCCT;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=15103613;WS=15103595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	15131995	rs2233623	C	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=243;SC=GAGTTTCTCACATACAAACAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=15132003;WS=15131985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	15262179	rs1055151	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.685;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr12	15273932	rs2247574	C	T	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	15273957	rs2247568	A	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=17;PP=1025;SC=GGGGCCATAAATTTTTATTGA;SOR=1.218;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=52;WE=15273965;WS=15273947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	15652330	rs4764197	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=323;SC=AAGTGTGTGATGTTTAGAAGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=15652338;WS=15652320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	15652636	rs3838355	AAT	A	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=265;SC=AAAGAAAGAAAATATATATGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=15652645;WS=15652626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	15656832	rs4764199	T	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=294;SC=CTTTTTTATATATGATTTAGA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=15656840;WS=15656822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	15661441	rs888163	A	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=173;SC=TTTTTAAACCAGAATCTTTTA;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=15661449;WS=15661431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	15677749	.	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=356;ReadPosRankSum=0.137;SC=CCCTTGTAGCCCCAGTGGCTC;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=28;WE=15677757;WS=15677739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr12	15677992	rs960666	A	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=0.640;SC=GACACGTCAAATGTTTGCATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=15678000;WS=15677982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	15679120	rs6488782	C	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=312;ReadPosRankSum=1.443;SC=TGCCTCCAGGCGACATCTATA;SOR=1.128;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=22;WE=15679128;WS=15679110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr12	15679208	rs7134888	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=0.092;SC=TAAGAAGAGTGCACAGAGATG;SOR=0.735;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=6;WE=15679216;WS=15679198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr12	15731724	rs5796639	T	TG	2233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=16;PP=1771;SC=AATAAACCAGTTGAACAATAA;SOR=2.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=15731732;WS=15731714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	15731744	rs1024843	C	T	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=30;PP=1385;SC=ATCCAATTCACACCACGTATG;SOR=1.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=79;WE=15731752;WS=15731734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	15742313	rs34222753	GA	G	267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;QD=14.09;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr12	15748020	rs1558787	C	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=636;SC=TCCACGAGTGCTCAGTCTTAG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=15748028;WS=15748010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	15776223	.	TA	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr12	15777439	.	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=1.526;SC=CCCAGTAGGACCTACAGTCTA;SOR=0.250;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=15777447;WS=15777429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	15777486	rs4623959	T	C	77.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=35;SC=TATCCTCGCCTGGTATAAATG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=15777494;WS=15777476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	15803992	rs4237955	T	C	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=699;ReadPosRankSum=1.386;SC=AATGTATCCATGCTCACAGTT;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=43;WE=15804000;WS=15803982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr12	15818880	rs4363660	T	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=181;SC=CTATAACATATCAATTAACTC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=15818888;WS=15818870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	15822229	rs4237957	A	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=440;SC=AAATCTAGTAACTAATATGCA;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=15822237;WS=15822219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	15822244	rs4237958	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=10;PP=602;SC=TATGCAGATATATTATCAAAA;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=15822252;WS=15822234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	16036261	rs10734889	C	G	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=6;PP=137;SC=TATTCCCAGCCAATTACAGAT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=16036269;WS=16036251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	16050808	rs10772879	T	A	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=127;SC=ACTTAAATTTTTTTTCAGTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=16050816;WS=16050798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	16055926	rs71042275	G	GT	511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.72;NF=2;NR=5;PP=286;SC=TCAATCATATGTGCAGTTAGT;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=16055934;WS=16055916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	16185463	rs57961487	CTT	C	1124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=8;PP=614;SC=AGTTTTTCCTCTTTTTGTTTT;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=16;WE=16185472;WS=16185453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	16369828	rs1671511	A	T	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	16392545	rs11056836	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=2;PP=404;SC=ATAGCTAGTTCGGATCTTAGC;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=16392553;WS=16392535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	16397677	rs1527014	G	A	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=19;PP=672;SC=GCAGTATTGCGGGTGGCATGT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=16397685;WS=16397667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	16397746	rs1852451	C	T	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=21;PP=663;SC=TGCAAGTAATCGGAGATATTA;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=16397754;WS=16397736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	16425423	rs1671483	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=-1.344;SC=CAACTACTACCCAAATGGAAT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=16425431;WS=16425413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	16425656	rs1799516	A	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=1.534;SC=TGTTAACTGCATGGTAAGTGC;SOR=0.861;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=19;WE=16425664;WS=16425646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr12	16430284	rs1671487	G	A	4660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	16510395	rs2075239	T	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	16713487	rs3214385	A	AT	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.786;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr12	16713545	rs2302690	T	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=662;SC=AGAGATGATGTTAATATACTC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=16713553;WS=16713535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	16743165	rs2058798	A	G	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	16752027	.	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCTTTATGTGGAAATGAGGCT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=16752035;WS=16752017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	17142546	rs7955087	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.329;NF=4;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=0.095;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCAGGCG;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=9;WE=17142554;WS=17142536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	18234422	rs11043839	C	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr12	18234461	rs11043840	T	A	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr12	18237688	rs6486881	C	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=0.456;SC=GACCCACTTCCGCTGGAAGAT;SOR=0.765;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=18;WE=18237696;WS=18237678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr12	18435398	rs35277916	GCCC	G	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=616;ReadPosRankSum=0.184;SC=TCCTGGGGAAGCCCCATAGGA;SOR=0.620;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=18;WE=18435408;WS=18435388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
chr12	18435452	rs11044004	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=280;ReadPosRankSum=0.529;SC=ATTTTAGCTCCATCATTCACA;SOR=0.340;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=21;WE=18435460;WS=18435442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr12	18447058	rs149326014	T	A	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=45;SC=TAGTCTTATATAATTAAATCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=18447066;WS=18447048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	18496400	rs61320852	A	AAC	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr12	18499777	rs10770357	C	G	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=56;PP=1734;SC=ACAGGTGAGTCGTGGTGAGTT;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=91;WE=18499785;WS=18499767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	18641326	rs7137852	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=5;PP=344;SC=TCCGGCTGGATGTGGTTTAAA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=18641334;WS=18641316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	18641487	.	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr12	18691342	.	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-1.480;SC=GTTCCCCAAGGAGCTATTCGG;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=18691350;WS=18691332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	18715841	.	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=495;ReadPosRankSum=0.522;SC=GTTTAAAGTCCGTCATCTTGA;SOR=0.610;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=29;WE=18715849;WS=18715831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr12	18801017	rs501379	T	C	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=181;SC=TTTTCACTTCTGGGCCTCTGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=18801025;WS=18800993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	18847959	.	A	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr12	18848131	rs1487070	T	C	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=114;SC=TATGAGCAAGTATCATTAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=18848139;WS=18848121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	18848150	.	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=46;SC=CCTAATAATTCATGATTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=18848158;WS=18848140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	18849071	rs3825081	G	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	18854540	.	ATCCTCCTCCTCC	A,ATCC	1588.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.72;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,18,22:0.45,0.55:40
chr12	18872325	rs10841078	G	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	18889149	rs12300257	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GTGGATGTCATCTTACCTTAA;SOR=0.848;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=12;WE=18889157;WS=18889139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr12	18889170	.	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr12	18889517	rs144525318	A	AAATTTGAG	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.84;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr12	18889547	rs10841080	C	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=4.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.196;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=277;ReadPosRankSum=0.503;SC=TTACTTAGAACATACATTAAA;SOR=2.224;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=18;WE=18889555;WS=18889537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr12	18889565	rs12306752	A	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=299;ReadPosRankSum=1.923;SC=AAAACATTATAACAATCTATT;SOR=1.003;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=23;WE=18889573;WS=18889555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr12	18890472	rs5796766	GT	G	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=489;SC=ACACACAGTGGTTTTTTTTGC;SOR=1.402;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=21;WE=18890480;WS=18890462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	18891079	rs1075421	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CCTGCTTTCATGGATAGACAT;SOR=1.473;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=12;WE=18891087;WS=18891069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr12	18891812	.	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=637;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CCTTCATATTGAAATATCCAA;SOR=0.603;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=46;WE=18891820;WS=18891802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
chr12	19282670	rs28512290	C	T	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=10;PP=784;SC=CTCGCTCGTTCCCTCCTCCCT;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=19282678;WS=19282660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	19283135	rs61913270	C	A	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=800;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CCCGGCTCCCCGCAACCTGCC;SOR=1.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=36;WE=19283143;WS=19283125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr12	19406863	rs6486942	C	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=14;PP=584;SC=TTTCTTTTTTCCTTTTTTCAG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=19406871;WS=19406853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	19418874	rs7316780	C	T	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=49;SC=AAAAAAGCTACCTTATAGTGA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=19418882;WS=19418864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	19428009	rs2279537	T	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=334;SC=AATATTGGTTTAAATTGTGTT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=19428017;WS=19427999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	19496414	.	A	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=131;ReadPosRankSum=-0.372;SC=ACAGTATTACAGTCATGTGTC;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=14;WE=19496422;WS=19496404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr12	19512563	rs11044515	G	A	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=29;PP=770;SC=AAAATAAAGTGTGTTTCTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=19512571;WS=19512553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	19522484	rs113006194	A	AAAAG	216.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=43.36;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	19592600	rs143333997	GGGA	G	1182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=40.78;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	19626311	.	AT	A	1817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=43.28;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	19626315	.	ATTT	A	1862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=43.32;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	19626322	rs11044583	T	A	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=44.92;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	19626326	rs12370241	T	A	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=46.58;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	19646943	rs66556640	CTGGTGTATTTCA	C	593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=2957;SC=CTGAGAAAATCTGGTGTATTT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=19646962;WS=19646933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	19873411	rs4301848	G	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=4;PP=207;SC=AATTCTCGCAGGTTGTGGGAG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=19873419;WS=19873401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	19873497	rs4369485	A	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	20522114	rs138187101	A	AGCGT	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.12;ReadPosRankSum=1.218;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr12	20522124	rs144106925	CGTGT	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=2.259;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr12	20522252	rs12305038	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=216;ReadPosRankSum=1.088;SC=ACGAGTCAGGGACAAGCCCGT;SOR=0.577;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=16;WE=20522260;WS=20522242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr12	20709733	rs4762972	G	A	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=39;PP=1175;SC=AATAAAATGTGGAGCGAGGAA;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=20709741;WS=20709723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	20724988	rs7966459	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=-2.674;SC=ATTCATGAAAGCATGTTTTTA;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=14;WE=20725005;WS=20724978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr12	20766559	rs10743380	C	T	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=79;PP=2315;SC=TGAATCCCGTCACTTCGCTCA;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=119;WE=20766567;WS=20766549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	20766685	rs7308381	G	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=648;SC=TTTTTTAATTGTCTTCTAGGT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=29;WE=20766693;WS=20766675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	20769026	rs68125264	TTAGA	T	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=3;PP=409;SC=CACTCAAATTTTAGATAGATA;SOR=1.270;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=20769037;WS=20769019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	20774464	rs10743381	A	G	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=33;PP=863;SC=TGGTTTGTCTATTCTAATAAC;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=20774472;WS=20774454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	20774539	rs10734705	A	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=284;SC=CTTATGTGATAATACAGATTC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=20774547;WS=20774529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	20782872	.	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=328;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CCTCTTTCATCGCCCTGCTCC;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=24;WE=20782880;WS=20782862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr12	20783099	rs7304499	AC	CT	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=394;ReadPosRankSum=-0.446;SC=AATAATAAAAACGATGATAGT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=20783108;WS=20783089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	20786787	rs4265636	T	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=20;PP=619;SC=AAAACAGTGATCTACATTTCT;SOR=1.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=20786795;WS=20786777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	20786807	rs3858661	T	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=140;ReadPosRankSum=0.435;SC=TGATATTTTGTGGGGCGCTGG;SOR=0.656;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=9;WE=20786815;WS=20786797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr12	20786822	rs10841580	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=-1.304;SC=CGCTGGGAGACGGGGTCTCAT;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=9;WE=20786830;WS=20786812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr12	20786841	rs10743382	T	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=312;SC=ATGATGTTGGTCAGGTCGGTC;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=20786849;WS=20786831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	20786880	rs10841581	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.11;MQRankSum=1.111;NF=1;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=1.542;SC=GTGATCCTCCCGCCTCAGCCT;SOR=1.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=20786888;WS=20786870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	20801855	rs9284155	C	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.67;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	20801861	rs71039963	C	CT	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.68;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	20803323	rs9804769	A	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=22;SC=TTTCTCTTCTATTCAACTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=20803331;WS=20803313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	20803549	rs10743384	T	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=204;ReadPosRankSum=-1.181;SC=CTGACCACTGTTTAATACAGC;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=15;WE=20803557;WS=20803539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr12	20870033	.	C	CT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=5.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr12	20893052	rs2037154	C	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=294;ReadPosRankSum=0.248;SC=ACATTTTTAACATAACTGTCT;SOR=0.584;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=21;WE=20893060;WS=20893042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr12	20893231	.	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=633;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TTCTGTATTTCCTTGTAATTT;SOR=0.831;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=46;WE=20893239;WS=20893221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr12	20968828	rs10734710	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=7;PP=161;SC=AGGCCACTAACTGTCAAAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=20968836;WS=20968818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	21011480	rs4149117	T	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	21011581	rs4149118	G	A	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=10;PP=346;SC=TTTTATACTTGTAAGTGGGCA;SOR=0.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=21011589;WS=21011571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	21013948	rs3764009	C	T	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=105;SC=GTTGCTCTTACAGTTATAGGT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=21013956;WS=21013938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	21014139	rs3764008	C	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=235;SC=TATAAAGTTTCTGATATTCTT;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=21014147;WS=21014129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	21014163	rs3764007	T	A	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.07;NF=2;NR=7;PP=165;SC=CAAAATTGATTTAAGAACAAA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=21014171;WS=21014153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	21015610	rs1036261	A	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=18;PP=691;SC=AGTGTATTGTATAATATTACT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=21015618;WS=21015600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	21015760	rs7311358	G	A	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=22;PP=623;SC=TTGCTAAAATGTACGTGGATA;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=21015768;WS=21015750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	21031020	rs2417938	A	G	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=182;SC=TCCATCTTGTAATATCATCGT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=21031028;WS=21031010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	21032242	rs4149142	T	G	107.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	21036411	rs2053098	A	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.42;QD=25.47;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	21051489	rs4149153	C	T	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=6;PP=129;SC=ATGTTAAATACTAAAGACTGA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=21051497;WS=21051479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	21054369	rs3764006	G	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=6;PP=195;SC=GAGCACAAGGGGCTTGTAGGA;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=21054377;WS=21054359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	21054412	rs376331163	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=2.079;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	21054918	rs2082518	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=378;SC=TTACCTCTTATAGAAGCATTA;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=21054926;WS=21054908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	21065235	rs142241896	TTTTATTTATTTATTTA	T	789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;QD=46.45;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	21065365	rs10841706	C	A	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=13;PP=386;SC=TGGGTTCAAACAATTCTCGTG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=21065373;WS=21065355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	21065429	.	ATT	A	141.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,7:0.54:13
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chr12	21176247	rs1546307	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=386;ReadPosRankSum=-3.432;SC=ACGAGGTACCATGATAGTGCT;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=29;WE=21176255;WS=21176237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr12	21201663	rs11045689	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	21201691	.	G	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.06;ReadPosRankSum=1.145;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr12	21220349	rs1910163	A	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=219;SC=GAAATTTAACATGTAAATATT;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=21220357;WS=21220339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	21243129	.	C	T	266.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=1.529;SC=TTGTGGTGTTCTGAGTCTTTT;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=9;WE=21243137;WS=21243119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr12	21317791	rs4149032	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.608;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=182;ReadPosRankSum=0.129;SC=CATAACATTACAAACTTATGG;SOR=1.732;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=12;WE=21317799;WS=21317781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr12	21317810	rs4149033	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.290;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=0.299;SC=GGCAATTATAAAACTCAATAC;SOR=1.737;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=12;WE=21317818;WS=21317800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr12	21317922	rs4149034	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr12	21327652	rs34728625	T	TA	344.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,23:0.85:27
chr12	21329738	rs2306283	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=0.532;SC=AACTAATATCAATTCATCAGA;SOR=1.124;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=9;WE=21329746;WS=21329728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr12	21349822	.	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=0.151;SC=CATTATTTCCCTGAACCTATT;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=7;WE=21349830;WS=21349812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr12	21349985	.	T	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=-2.702;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr12	21428352	.	C	T	229.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-0.472;SC=CTTCAGATTTCATACACCTGA;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=21428360;WS=21428342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr12	21472265	rs372952519	T	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=365;ReadPosRankSum=0.278;SC=GTAGCAAATATACTTAAGTTC;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=27;WE=21472273;WS=21472255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr12	21487684	.	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=106;ReadPosRankSum=1.589;SC=TAACTACAAAATTGTAAAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=9;WE=21487692;WS=21487674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	21590621	rs2058464	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=5;PP=440;SC=CAGAGTCCCGTTGCTCCGCCG;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=21590629;WS=21590611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	21590788	rs2110165	C	A	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	21593404	rs4762702	G	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=173;SC=TGTATAACTTGTTAATATTAA;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=21593412;WS=21593394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	21602792	rs71537701	CTTTTTTTTTTTT	C	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=2168;SC=AATTTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=21602811;WS=21602782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	21605157	rs3759229	A	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=25;SC=AAATTAAACAATTGCTTTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=21605165;WS=21605147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	21608891	rs2302500	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	21609127	rs4367993	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=205;SC=CAACGAACTGTTAGGTCACTT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=21609135;WS=21609117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	21609222	rs4388943	G	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	21609684	rs55861860	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.714;NF=7;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GTAGCGTGCGAAGCTGTTTTA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=7;WE=21609692;WS=21609674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	21609733	rs7964140	A	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=11;PP=701;SC=TCAAAAGTCAATTCTCTCAAA;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=21609741;WS=21609723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	21609761	rs34335650	C	CAACT	2150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.22;NF=8;NR=15;PP=1239;SC=ACTGCTTTACCAAGTATATGT;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=23;WE=21609769;WS=21609751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	21609907	rs7964568	G	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=27;PP=693;SC=TCATGAGATTGCAGCAATGTA;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=21609915;WS=21609897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	21609936	rs68030467	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=0.402;SC=TTCAGGATTCATTTCTAATTA;SOR=0.399;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=16;WE=21609944;WS=21609926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr12	21614141	rs151311552	CAATTT	C	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=264;SC=AAAAGGAAAACAATTTAATCC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=21614153;WS=21614131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	21614256	rs7297084	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	21615664	rs3782660	T	C	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	21615917	rs34595378	C	CAG	1304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=901;SC=GAAGCTAGCACAGTTGTTATA;SOR=2.376;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=18;WE=21615925;WS=21615907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	21615935	rs10841819	A	T	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.34;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr12	21621737	rs61926324	A	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=309;SC=GACACCAGAAAAATCACAAGT;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=21621745;WS=21621727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	21623284	.	C	CA	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQRankSum=-4.522;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr12	21624308	rs56736899	TA	T	654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=3;PP=480;SC=TTGCAATTTTTAAAAAAAAAC;SOR=3.193;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=25;WE=21624316;WS=21624298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	21626324	rs917852	A	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	21626330	rs917853	C	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.18;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	21627672	rs35159698	C	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=222;SC=TGGATCTGCACTTTGGTGTTC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=21627680;WS=21627662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	21628320	rs10841831	C	T	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=7;PP=570;SC=AAAGATAAAACATACAGACTT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=21628328;WS=21628310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	21628336	rs10841832	G	A	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=7;PP=716;SC=GACTTATTAAGCATTTATCAT;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=21628344;WS=21628326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	21628791	rs3752648	T	C	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GTTAGATAGATATGGCATATT;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=44;WE=21628799;WS=21628781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr12	21628812	rs10160843	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=802;SC=CCTGGAAGATGGTTTTCAACA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=21628820;WS=21628802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	21629987	rs917854	T	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=277;SC=TGGCTGTCTATGTACAACTTT;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=20;WE=21630001;WS=21629977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	21629993	rs5796903	A	AC	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=454;SC=TCTATGTACAACTTTCAGGAT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=21630001;WS=21629977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	21639385	rs369525826	TA	T	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr12	21639528	rs10712738	GA	G	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr12	21639591	rs7964104	G	C	114.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	21652641	rs12423412	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.307;SC=TCCTAAGCACGGAAAATGTTA;SOR=0.204;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=21652649;WS=21652631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	21654831	rs1060126	G	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=445;ReadPosRankSum=0.137;SC=CCGAGGTGCTGTCGCCGCTGT;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=39;WE=21654839;WS=21654821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,66:0.40:165
chr12	21657590	rs67392337	AT	A	3282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=38;PP=1451;ReadPosRankSum=1.395;SC=AAGTTACTGAATTACCTCTAG;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=7;TCR=79;TR=42;WE=21657598;WS=21657580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,107:0.55:194
chr12	21657618	rs11046089	T	A	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=786;ReadPosRankSum=-0.575;SC=GTTGCACATATGAACCATAGG;SOR=0.499;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=49;WE=21657626;WS=21657608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,71:0.58:122
chr12	21659766	.	G	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=1.300;SC=TTACAGGGATGTTAATGTGAC;SOR=1.375;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=9;WE=21659774;WS=21659756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	21659973	rs16923862	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=293;ReadPosRankSum=1.026;SC=GAATGAATTATTATCTGCTAT;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=19;WE=21659981;WS=21659963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr12	21661508	rs11046091	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.494;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	21665207	rs61926342	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=-1.422;SC=AATATTAAGAACCTTTTTTTT;SOR=0.555;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=11;WE=21665215;WS=21665197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr12	21679652	rs10564739	CTT	C	721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.764;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=410;ReadPosRankSum=2.904;SC=CAAGTGGACTCTTTGTGAATT;SOR=0.223;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=12;WE=21679661;WS=21679642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr12	21680609	rs7966780	C	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=236;SC=AGGTTTAAGCCCGGGTTGTCC;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=21680617;WS=21680599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	21681819	rs2306178	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TCCTTTGTTGAGGGGTCAAAA;SOR=0.155;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=21681827;WS=21681809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr12	21689882	rs10431213	T	A	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=386;SC=GCAGCACATGTAGAATTCAGT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=21689890;WS=21689872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	21692166	rs36023861	CA	C	240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=3;PP=65;SC=ATATAGCTTTCAAAAAAAAAT;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=21692174;WS=21692156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	21699491	rs3765089	C	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr12	21711009	rs7967170	C	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=234;SC=AAACTGAACCCATTTTCCTTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=21711017;WS=21710999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	21711111	rs7977474	G	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=21;PP=841;SC=TTTAAAGTTCGCCACATGAAC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=21711119;WS=21711101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	21711385	rs7977846	G	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=230;SC=TGATGACTAAGTCTTGTGTGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=21711393;WS=21711375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	21712114	.	A	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=2.609;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr12	21712545	rs1871136	A	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=315;SC=GAATAGTGAAACCTTAAGTGA;SOR=1.214;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=21712553;WS=21712535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	21712574	rs1871137	C	T	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=8;PP=366;SC=GAAAGCATTTCAAGCACCTAC;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=21712582;WS=21712564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	21712728	rs111250042	GACATTCTTTGAAATT	G	989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=10;PP=2954;SC=TTGTTTTGTTGACATTCTTTG;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=21712750;WS=21712718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	21713308	rs4639981	T	A	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=33;PP=1672;SC=CATTCACAGGTTGTGAGATTA;SOR=1.052;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=93;WE=21713316;WS=21713298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	21713402	rs2306180	T	C	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=60;PP=1821;SC=AAAAACACCATCACTGTGATG;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=109;WE=21713410;WS=21713392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	21715801	rs1473421	A	G	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=29;PP=1638;SC=CTTCCCACAGAAGAAAGTTCT;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=83;WE=21715809;WS=21715791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	21716055	rs1473422	A	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=19;PP=638;SC=TTAATGTACAAAGGGGGCTGG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=21716063;WS=21716045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	21716098	rs1473423	T	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=19;PP=764;SC=CAATTCTGTTTTCTCTCTACC;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=21716106;WS=21716088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	21727315	rs7963756	C	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=21;PP=514;SC=CTTGATTGTGCTCATGGTCCA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=21727323;WS=21727305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	21733121	rs2126887	T	G	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=128;SC=TGTCTCAAATTCAATCCATTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=21733129;WS=21733120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	21791272	rs1650289	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=171;SC=TAAAATCAAGTTCCCTTTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=21791280;WS=21791262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	21791410	rs71053332	TA	T	348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.530;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr12	21791455	rs1427830	A	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=22.98;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	21794865	rs1626023	A	T	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	21796814	rs4762862	G	A	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=11;PP=973;SC=AATAACAACAGAAACACCAAA;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=21796822;WS=21796804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	21797029	rs1650294	A	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=34;PP=875;SC=TAGAATTGGCAGTCACAGAAT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=45;WE=21797037;WS=21797019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	21799803	rs67155709	T	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=491;ReadPosRankSum=-1.050;SC=AAAAAAATATTAGATCACTTT;SOR=0.521;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=29;WE=21799811;WS=21799793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr12	21799999	rs1540405	G	C	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=72;PP=2476;SC=TCTAGGATGCGTCAGCTCACA;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=59;TCR=72;TR=131;WE=21800007;WS=21799989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	21807432	rs1677078	T	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=6;PP=571;SC=AAACTGTGTATACATGCTGAA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=21807440;WS=21807422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	21807640	rs1650315	G	A	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=29;PP=739;SC=AACATTACACGTATATCTGCA;SOR=1.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=44;WE=21807648;WS=21807630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	21807687	rs7953579	C	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=22;PP=551;SC=TAAAATGTTACTGTTGCAATT;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=21807695;WS=21807677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	21958998	.	C	CA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,23:0.20:115
chr12	21995555	rs1643235	C	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=283;SC=TCTTCACTCACTTCCCATAGT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=21995563;WS=21995545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	22005167	rs61926078	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=445;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CTAAGGAAAGCGGATATTCCC;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=34;WE=22005175;WS=22005157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,51:0.43:120
chr12	22005510	rs704183	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=19;PP=488;SC=CCTCTCGAAAATAGTAATACA;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=22005518;WS=22005500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	22005569	.	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TTAAAAAAAGGATAAAGAAAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=22005577;WS=22005559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	22012703	.	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=0.069;SC=ATCTTAGATTGATAGTAACTT;SOR=1.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=14;WE=22012711;WS=22012693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	22014161	rs2418018	C	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	22014163	rs2418019	C	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	22014165	rs2418020	C	A	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.25;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	22016004	rs4148670	GA	G	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.144;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr12	22017422	rs697250	A	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=12;PP=372;SC=CTGCAAGTATAGCAAACAATG;SOR=0.869;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=22017430;WS=22017412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	22017486	rs697251	C	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=13;PP=340;SC=CGTCAGGTAACAGATACAATA;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=22017494;WS=22017476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	22035873	rs1356368	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=471;ReadPosRankSum=-1.559;SC=TTACTGAACACTTACTCACAT;SOR=0.461;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=18;WE=22035891;WS=22035863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr12	22035883	rs1283802	T	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=956;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CTTACTCACATTGCTACCTAA;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=24;WE=22035891;WS=22035863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr12	22047151	rs704216	G	T	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=22;PP=632;SC=TGGAAAAAGTGTCACACATGC;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=22047159;WS=22047141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	22047174	rs704217	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=0.319;SC=ACATTCAGTCCTAGAAACCTA;SOR=1.445;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=12;WE=22047182;WS=22047164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr12	22063115	rs10770865	A	G	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=47;PP=2459;SC=CCCATAGATTAGGACACAGGA;SOR=1.087;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=127;WE=22063123;WS=22063105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	22063251	rs35857705	CA	C	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.838;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.976;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr12	22063337	rs4148656	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.671;HP=7;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=234;ReadPosRankSum=0.723;SC=CAAACATTTAATTTTTTTGAG;SOR=0.054;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=16;WE=22063345;WS=22063327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr12	22063737	rs4762719	G	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=12;PP=673;SC=AGGAAACAAAGAGTATTCACA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=22063757;WS=22063727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	22063749	rs4762720	T	C	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=15;PP=920;SC=GTATTCACAGTCTTTACATAC;SOR=1.284;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=47;WE=22063757;WS=22063727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	22063971	rs4148654	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-1.489;SC=GACCAGGTGTACAGTTTGCAT;SOR=0.420;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=10;WE=22063979;WS=22063961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr12	22065699	rs3835048	G	GA	286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=22.06;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	22068849	rs3759236	G	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr12	22078245	rs2900493	G	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=0.628;SC=ATATTTTAGAGAGCCTCTGAT;SOR=0.269;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=11;WE=22078253;WS=22078235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr12	22078571	rs2176394	T	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAATACAACTTCTGCAAGCCA;SOR=1.371;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=22078579;WS=22078561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr12	22078838	rs2277405	T	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=131;ReadPosRankSum=2.161;SC=AAAACAAATATCTCTTTAAGG;SOR=0.773;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=22078846;WS=22078828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	22086976	rs6487252	A	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=471;SC=GAAACCTTAAAACTTTCTAGA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=22086984;WS=22086966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	22089348	rs4586220	G	A	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=100;SC=TTGCTTGTTCGTTTCTCACAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=22089356;WS=22089342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	22354921	rs704219	A	G	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=29;PP=877;SC=TGTGGTTATAAATTTTCATGT;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=56;WE=22354929;WS=22354911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	22439322	rs3819878	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.447;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=319;ReadPosRankSum=1.228;SC=TTCTAAGGCTTAAAAATTCTC;SOR=0.351;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=24;WE=22439330;WS=22439312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr12	22439467	rs3819879	T	G	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr12	22440315	rs2072542	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.630;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GAGATGTGCCACCTTACCTCA;SOR=1.863;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=20;WE=22440323;WS=22440305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr12	22478425	rs4762904	A	G	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.452;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=536;ReadPosRankSum=0.019;SC=AGGGATAAAAATCGATTCCTT;SOR=1.131;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=36;WE=22478433;WS=22478415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr12	22478698	rs4762905	C	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=0.987;SC=ACAATAATAACTAATAATAAA;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=22478706;WS=22478688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	22489150	rs3809202	A	G	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.29;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr12	22602796	rs2063573	A	G	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=60;PP=1857;SC=AAACCACTGCATCACCACTTA;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=105;WE=22602804;WS=22602786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	22606738	rs12424580	G	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=617;SC=GGGCTCTAAAGAGCAATTCTC;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=22606746;WS=22606728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	22612291	rs148077355	CA	C	68.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.502;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	22622512	.	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=205;ReadPosRankSum=-1.067;SC=TTATGAATATGAAGAAACATA;SOR=0.340;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=22622520;WS=22622502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr12	22676633	rs377557729	TA	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	22697100	.	C	T	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,96:0.42:229
chr12	22796994	rs11429701	A	AT	2459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=33;PP=1538;SC=TTTGAAAAATAGGGCATTTAA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=22797002;WS=22796984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	23686237	rs148266789	GTC	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr12	23689301	rs4636755	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=223;SC=CAAAATGTCTTTTTGCAACTG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=23689309;WS=23689292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	23696116	rs7485662	C	T	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=33;PP=1499;SC=TTATTCCATACGTCACTTAGT;SOR=1.198;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=88;WE=23696124;WS=23696106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	23757245	rs1479452	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=-1.949;SC=TGCTGGCATACAATAGACATT;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=23757253;WS=23757235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	23915547	rs71059921	G	GA	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.050;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	23998888	rs7980561	T	C	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=559;ReadPosRankSum=0.197;SC=GGACACAGCATCAACTTTGTT;SOR=0.543;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=44;WE=23998896;WS=23998878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr12	25031449	rs6487436	A	G	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=28;PP=1325;SC=CCCAAAATAAAGAGTCAGTTT;SOR=0.970;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=72;WE=25031457;WS=25031439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	25047480	rs61127951	GA	G	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=115;ReadPosRankSum=0.226;SC=ATACAGAGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=11;WE=25047488;WS=25047470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr12	25147300	rs699030	G	C	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=15;PP=551;SC=TTTCTGAAGAGACTGCATTTG;SOR=0.780;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=31;WE=25147308;WS=25147290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	25148755	rs864161	C	G	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=46;PP=1791;SC=AGTATATCCCCAACAGGAATC;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=99;WE=25148763;WS=25148745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	25240988	rs75911568	G	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr12	25242595	rs7969931	C	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=7;PP=195;SC=ATCGGTTAACCTTAGACAAAG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=25242603;WS=25242585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	25242776	rs10743538	C	T	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.89;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	25243115	rs1908946	G	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=298;ReadPosRankSum=0.323;SC=ATCACTAACTGTTTAAAACTA;SOR=0.802;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=17;WE=25243123;WS=25243105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr12	25249743	rs10842464	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-1.108;SC=ACCGAAATAATTGAGATTAGA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=5;WE=25249751;WS=25249733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr12	25249785	rs10771166	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=2.569;SC=TAGTCAGTGTTAGAATCACTC;SOR=1.085;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=8;WE=25249793;WS=25249775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr12	25254975	rs7303889	A	C	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=47;PP=1667;SC=TGTTATGAAGAATGAAATGAA;SOR=1.384;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=68;WE=25254983;WS=25254965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	25255034	rs10842467	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.955;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=279;ReadPosRankSum=0.477;SC=GTCTTAATATCTTCTGAATTT;SOR=0.477;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=18;WE=25255042;WS=25255024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr12	25257166	rs12828225	T	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=1.252;SC=AAGTAGGAGATCTGTGAATGT;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=6;WE=25257174;WS=25257159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	25257182	rs34133737	GA	G	460.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=1;PP=539;SC=AATGTGCCAAGAAAAAAATAA;SOR=4.712;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=20;WE=25257190;WS=25257172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	25261735	rs859146	G	T	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	25261825	.	T	A	145	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5005;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=8;PP=145;QD=22.4714015684;SC=TGGTAGCAGATTATTATTTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=25261833;WS=25261815;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,8:0.80:10
chr12	25263332	.	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=-0.468;SC=AATGGCTTTCCTTTCTCTGAG;SOR=0.735;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=8;WE=25263340;WS=25263322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr12	25272027	rs2291365	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=286;ReadPosRankSum=0.914;SC=GTTTCAACTTAAGGGTTTTTA;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=18;WE=25272035;WS=25272017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr12	25274593	rs2220195	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=396;SC=GTGTTTAATAAGGTTAAAGCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=25274601;WS=25274583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	25276351	rs3830289	TGCTCTACC	T	1246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=2939;ReadPosRankSum=0.895;SC=AACTGATACTTGCTCTACCAT;SOR=0.831;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=17;WE=25276366;WS=25276341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr12	25297713	rs7971062	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.983;SC=TTTAATTTTGCTCCAATTTTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=25297721;WS=25297703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr12	25311489	rs10842496	G	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr12	25343516	rs10842501	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=115;ReadPosRankSum=0.764;SC=AGTGATTATACAACTATCTAT;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=11;WE=25343524;WS=25343506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	25343707	rs10842502	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TGTAACTTTCCTTGCAAATCT;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=25343715;WS=25343697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	25362217	rs9266	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-2.427;SC=CTTTACATTCATCAGGGATGA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=11;WE=25362225;WS=25362207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr12	25362777	rs1137282	A	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	25368462	rs4362222	C	T	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=33;PP=1380;SC=GTCGGATCTCCCTCACCAATG;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=75;WE=25368470;WS=25368452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	25380071	rs11836509	T	A	52.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	25388290	rs7133635	G	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=207;SC=CATCAAAGACGGTTGTAGACT;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=25388298;WS=25388280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	25671759	rs1479500	T	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=9;PP=597;SC=GTTGACCGAGTCCTGGGCTGT;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=25671767;WS=25671749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	25678995	rs199719770	T	TA	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.403;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr12	25679932	rs1705419	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=21;SC=CTTCAGATAGGAGTGTCTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=25679940;WS=25679922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	25699523	rs278990	A	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=365;SC=GTAACCAGGAAAGAAGTAAAT;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=25699531;WS=25699513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	25702544	rs17422350	A	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TGAATAAAAGAAGCATGGGCT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=25702552;WS=25702534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr12	26221613	rs80259561	CTT	C	1721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=851;ReadPosRankSum=1.918;SC=AGGTGGCTCTCTTTGTTTCCT;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=22;WE=26221622;WS=26221603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr12	26231843	rs7133685	G	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	26231898	rs4963952	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=0.712;SC=TCATGATTATGTATACAAAAA;SOR=0.743;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=12;WE=26231906;WS=26231888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr12	26405724	rs16930378	T	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr12	26492555	rs34679762	A	AT	562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=351;SC=CAAAAAAGGGATTTTTTTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=26492563;WS=26492545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	26553032	rs12817771	C	G	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=557;ReadPosRankSum=-0.185;SC=AGATGTGCTCCTTGAAAAAAT;SOR=0.983;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=45;WE=26553040;WS=26553022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,72:0.58:125
chr12	26568132	rs75530413	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=-2.239;SC=AAGGAATAAAAGAAAACATTT;SOR=0.141;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=26568140;WS=26568128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	26568456	rs66797056	TAAGAAAAGA	T	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.430;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.377;NF=1;NR=13;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.381;SC=AAAACACTAATAAGAAAAGAA;SOR=2.324;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=14;WE=26568472;WS=26568446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr12	26580814	rs1818135	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=-1.667;SC=AAACTAATTCTGTAACAGTAC;SOR=0.430;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=26580822;WS=26580804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	26581306	rs4963995	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=183;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TCATATGAGGGTGATTTGCTA;SOR=0.666;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=15;WE=26581314;WS=26581296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr12	26592288	rs2270960	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=332;ReadPosRankSum=0.303;SC=TTAGCCTTTCGGACACCTCAG;SOR=0.826;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=20;WE=26592296;WS=26592278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr12	26596618	rs2220406	C	T	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=32;PP=982;SC=TTTAGGTCTTCTTTTCCCCTT;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=26596626;WS=26596608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	26639346	rs36049222	T	TA	182.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=-1.243;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
chr12	26709497	.	T	TTGTG	94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9998;HP=10;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=25;MQ=51.82;NF=1;NR=2;PP=94;QD=34.3333333333;SC=CTATTTTTTTTTTTGTGTGTG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=26709505;WS=26709487;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr12	26732987	rs2230376	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=4;PP=178;SC=TGTCTGAAAAGGGAGAATTAA;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=26732995;WS=26732977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	26733062	rs2230375	T	C	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.90;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	26749831	rs2230377	G	A	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=12;PP=667;SC=GGATGCAGTCGTCATGGGTCA;SOR=1.078;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=26749839;WS=26749821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	26752897	rs12832680	C	T	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=3;PP=122;SC=ACTAGAAATACTAGAAGCCAC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=26752905;WS=26752887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	26755546	rs3736185	C	T	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=21;PP=783;SC=TTGTATCTGCCGACCTCCTTT;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=38;WE=26755554;WS=26755536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	26784850	rs2230372	G	A	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	26808678	.	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.427;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr12	26811045	rs12313993	T	C	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=28;PP=683;SC=CACACAGATCTGACAAATAAT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=26811053;WS=26811035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	26816496	rs1375656	T	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=11;PP=618;SC=TTGCCCAACATAAAATATTTC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=35;WE=26816504;WS=26816486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	26819095	.	A	ATAGATAGATAGATAGAT	601	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.9998;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.9;NF=0;NR=2;PP=601;QD=304.5;SC=AGATAGATAGATTTTTTTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=2;WE=26819103;WS=26819085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,2:0.20:10
chr12	26834804	rs111626763	T	TACTC	3506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=21;PP=2802;SC=TTTAAAGAGTTACCTCCTTTC;SOR=1.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=50;WE=26834812;WS=26834794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	26848410	rs1982385	A	C	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=166;SC=TTACCTGTGAACCATAGGCTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=26848418;WS=26848400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	26848663	rs3830260	A	AT	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=482;SC=AATTCAATTAATATTCTATCC;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=26848671;WS=26848653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	26874124	.	G	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=12;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=-2.554;SC=GATGTCAAAAGAAAAAAAAGT;SOR=0.207;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=8;WE=26874146;WS=26874114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	26985537	rs11048706	G	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=334;ReadPosRankSum=-1.633;SC=GCGCGGCAGCGGGAGGACCGG;SOR=0.869;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=22;WE=26985545;WS=26985527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr12	26985807	rs11048708	T	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=403;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GCGGATCGGATCGCGGGACTA;SOR=1.002;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=24;WE=26985815;WS=26985797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr12	27059149	rs1488053	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=0.502;SC=TAATAAAAAACTGCTGATTAT;SOR=0.976;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=27059157;WS=27059139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr12	27059224	rs1488052	G	A	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=14;PP=626;SC=TTGACAATAAGTAACACAAAC;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=27059232;WS=27059214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	27064232	rs3210635	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=454;ReadPosRankSum=-2.265;SC=CTTTTCCACGCTCTAAGATTC;SOR=0.648;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=33;WE=27064240;WS=27064222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr12	27066350	rs3736227	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=346;ReadPosRankSum=-1.821;SC=TGTGATATAACAAAAGGCACC;SOR=0.998;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=29;WE=27066358;WS=27066340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr12	27075705	rs7137176	A	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TTAATTATTCATTTGCTTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=27075713;WS=27075695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	27081566	rs2029309	C	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=333;SC=GCTGTCTCTACTATTCTGAAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=27081574;WS=27081558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	27081873	rs2029310	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=-1.874;SC=GTTGACAAGAGTATGTGCAAT;SOR=1.411;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=11;WE=27081881;WS=27081863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr12	27087703	rs708158	T	C	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=175;SC=ATGTGTAGTATATGCCAGGTG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=27087711;WS=27087693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	27128594	rs5797208	G	GT	1239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.120;NF=2;NR=19;PP=767;ReadPosRankSum=0.532;SC=ATGTTCAGCTGTGGAAGAGTG;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=6;TCR=54;TR=21;WE=27128602;WS=27128584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,44:0.41:108
chr12	27143579	rs12299714	C	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=309;SC=AAAAATAACACATGATTAGTG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=27143587;WS=27143569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	27143632	rs35719635	C	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=181;SC=ATCCCACCTACGTGTAATATT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=27143640;WS=27143622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	27152666	rs7314394	T	C	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	27175494	rs3963548	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=142;SC=TTTTGGCGTCTGTTTGCTGCG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=27175502;WS=27175484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	27175640	rs1872191	A	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=15;PP=529;SC=GCAAAACTTGAAAGTGGGGAG;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=27175648;WS=27175630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	27234505	rs34457591	A	T	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=13;PP=295;SC=AAAATAGCCCAAGTGTCAATG;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=27234513;WS=27234495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr12	27461984	rs6487599	T	C	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=196;SC=TTAAGGGAAGTTACTTTTCTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=27461992;WS=27461974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	27468313	rs2346053	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.471;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	27470682	rs2242185	C	T	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=141;SC=TTATTAGCAACGTGATTGTAA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=27470690;WS=27470672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	27470866	rs6487601	G	A	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	27486168	rs62758860	GA	G	44.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=41;SC=TCTCGGGCCGGAGCATCGCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=27486176;WS=27486158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	27522058	.	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GAAAACATTAAGTAAAAGTAA;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=18;WE=27522066;WS=27522048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr12	27529219	rs4964059	A	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	27533367	rs4964060	A	G	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=43;PP=1237;SC=CCACACTTCGATAAGTGAAAT;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=27533375;WS=27533357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	27553794	rs2927028	C	T	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=129;SC=GCTAGTTTTTCTTTTTCTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=27553802;WS=27553784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	27569025	rs1256955	G	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=161;SC=TTTAAGTGGCGTTGTGGAATA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=27569033;WS=27569015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	27623433	rs35052632	G	GT	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=596;SC=TGAACAGCCAGTTGAAAGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=27623441;WS=27623423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	27623490	rs776199	A	G	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=10;PP=972;SC=TCTGGTGTCAATGAAGAGGAT;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=27623498;WS=27623480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	27625823	rs386428	A	T	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=50;PP=1436;SC=ACACTGAAAAATGGGTAAGAG;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=81;WE=27625831;WS=27625813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	27625879	rs381905	G	A	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	27625887	rs401739	T	C	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	27627805	rs411816	G	A	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=41;PP=1216;SC=ACCCTCAAGCGTCTACATCTC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=27627813;WS=27627795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	27628453	.	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr12	27647420	rs149908760	T	TTTATTA,TTTATTATTA	339.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,4:0.56,0.44:9
chr12	27788021	rs2075378	G	A	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	27799154	rs2303397	C	T	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=35;PP=1207;SC=GTGGCAAATTCAGATTGCTTG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=27799162;WS=27799144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	27800503	rs7959186	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=175;ReadPosRankSum=-0.137;SC=AATAGGAATGTGAGGGACCAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=27800511;WS=27800500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	27800576	rs34792131	C	CT	1062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=14;PP=726;SC=AGGATCATTCCTTTTTTTGTT;SOR=1.455;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=25;WE=27800584;WS=27800566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	27800746	rs2194816	G	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=30;PP=876;SC=CAGAGAGAAGGTGAATGCCAC;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=27800754;WS=27800736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	27803097	rs367885450	CCT	C	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.231;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,13:0.13:100
chr12	27807906	rs7979973	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=261;SC=TTGAATTTAAGCACCACTGAT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=27807914;WS=27807896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	27811649	rs10771354	G	T	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=111;SC=TTAGATTTCCGTTATTTTAGG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=27811657;WS=27811639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	27811880	rs142181591	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr12	27813754	rs7132997	A	G	221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.18;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	27813903	rs7133222	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	27813961	rs7133231	A	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	27813973	rs7133328	C	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.44;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	27813981	rs7133545	G	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.39;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	27814085	rs6487629	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=CCTGCCCCCACGAATTCAGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=27814093;WS=27814075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	27817408	rs34613698	CT	C	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.066;NF=4;NR=11;PP=444;ReadPosRankSum=0.643;SC=AGTTTTTCTACTTTGGTTGAC;SOR=0.563;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=15;WE=27817416;WS=27817398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr12	27817525	rs7135567	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-0.624;SC=TAGGCAACTGTACTCTGCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=27817533;WS=27817515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr12	27820302	rs2033024	C	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	27826780	rs2052673	T	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	27832308	rs10743607	G	A	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=130;SC=CTCTTTGTAAGTCACTGATTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=27832316;WS=27832298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	27845924	rs3764010	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=45;ReadPosRankSum=1.395;SC=TTTGTTGTTCCAACTTCTGCT;SOR=0.752;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=6;WE=27845932;WS=27845914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr12	27849796	rs929949	A	G	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=37;PP=1507;SC=TTGGGGATCCAACAAGCAAAT;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=27849804;WS=27849773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	27863693	rs17552080	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=450;ReadPosRankSum=1.158;SC=CGGTGCCAGCCCAGGGAGCCT;SOR=3.287;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=20;WE=27863701;WS=27863689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr12	27944858	rs2288232	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=0.605;SC=CCAGGTAGGTGGTCTGCCCAT;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=27944866;WS=27944848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	28122893	rs6246	A	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=597;ReadPosRankSum=0.116;SC=TTTGCGAACCAGGCCCTTTCG;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=43;WE=28122901;WS=28122883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,61:0.51:120
chr12	28336969	rs71438734	T	TAAATGCAAAAAGAAATGAA	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=0.812;QD=32.41;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	28412372	rs11049488	G	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,76:0.50:151
chr12	28412398	.	G	GTT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,12:0.16:75
chr12	28412415	rs11049489	T	C	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr12	28457618	rs6487674	A	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=20;PP=510;SC=ACTTCACTGAAGTTGCTGATG;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=28457626;WS=28457608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	28544464	rs3741760	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=0.216;SC=GAGAAAAAATGTGCTTATGTA;SOR=0.818;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=28544472;WS=28544454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	28605426	rs10771427	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	28636830	rs1511551	G	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-0.483;SC=CTAACAGATCGCAAAAGATTC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=28636838;WS=28636820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	28637115	.	G	A	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=32;QD=22.2570708491;SC=ATCTCCTGAAGAGTTTTAATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=28637123;WS=28637105;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr12	28724216	rs6487691	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=1.643;SC=TACTACTGTATATCCTTCTTG;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=21;WE=28724224;WS=28724206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr12	28726042	rs6487692	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=2.425;SC=TAAAAAAAGGCTTTAGCACCG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=28726050;WS=28726032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	29423460	rs2216854	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GCAAAGTGCTGATGGAGAAGC;SOR=0.510;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=17;WE=29423468;WS=29423450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr12	29423583	rs2194519	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.842;SC=TATGCCTTATAGGAAAGCGTG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=29423591;WS=29423573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	29444284	rs7972032	G	A	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=13;PP=550;SC=TACTGAGCCAGGGTCTCTGAG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=29444292;WS=29444274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	29446477	rs10679359	T	TA	1336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=33;PP=488;SC=ATAGTTTCTGTAAAAAAAAAG;SOR=1.528;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=34;WE=29446485;WS=29446467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	29462224	rs6487807	C	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=19;PP=603;SC=TAACAAAATTCTTAGTGCTGG;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=41;WE=29462232;WS=29462214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	29485449	rs10743656	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=5;PP=442;SC=AAGGTCACTCGTCTATGTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=29485457;WS=29485439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	29486745	rs1052583	T	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=28;PP=873;SC=TAGCCATCGCTTTTTATCTGG;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=29486753;WS=29486735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	29496224	rs3782511	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr12	29509450	rs1035606	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=0.190;SC=ACATTCAATACAGTTACCATT;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=9;WE=29509458;WS=29509440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	29509513	rs1035607	A	C	43.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	29520017	rs12831751	A	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=-1.357;SC=TATGTAGAATAATTTCCGATA;SOR=1.127;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=11;WE=29520025;WS=29520007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	29521193	rs12831730	A	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TCATGGCAACAGTAATATCTA;SOR=0.793;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=22;WE=29521201;WS=29521183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr12	29524365	rs3214493	TA	T	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=493;ReadPosRankSum=-0.633;SC=AATTCATTGATAAATTCTTCC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=16;WE=29524373;WS=29524355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr12	29586810	.	C	CA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.635;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	29593768	rs66808023	GA	G	490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=488;SC=TTAGCAATTGGATTTTTTACC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=29593776;WS=29593758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	29604392	rs1347570	C	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=17;PP=597;SC=ATACTGCTTGCTGAAACTCTG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=29604400;WS=29604382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	29607931	rs2060570	T	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=750;SC=TAGTGGGCACTAAAGCAGCCA;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=29607939;WS=29607921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	29608449	rs1369904	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=454;SC=TTTAATTCCTTAAAGATTTGT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=29608457;WS=29608439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	29617418	.	T	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=459;ReadPosRankSum=0.726;SC=CATTAATGTTTATGCAACAAA;SOR=0.472;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=33;WE=29617426;WS=29617408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr12	29628016	rs2043623	G	A	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=16;PP=482;SC=TGGTAAATCTGGCCTTGAAGC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=29628024;WS=29628006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	29630081	rs7975356	G	A	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=47;PP=2188;SC=ATGACACCTTGTGTTACTGGG;SOR=0.974;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=118;WE=29630089;WS=29630071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	29639186	rs3847680	T	C	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=39;PP=1506;SC=CACATACCCTTTCCTCTCTGG;SOR=0.726;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=78;WE=29639194;WS=29639176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	29642542	rs967182	C	T	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=10;PP=471;SC=GGCTGGTTTACACTTTTGTAC;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=29642550;WS=29642532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	29642573	rs967181	A	C	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.543;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=632;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TCCATTCCCCAATCAGGGAAG;SOR=0.669;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=33;WE=29642581;WS=29642563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr12	29644190	.	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=201;ReadPosRankSum=-0.521;SC=ATTTGGAAAAGTGAAATCTCT;SOR=0.784;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=15;WE=29644198;WS=29644180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr12	29648275	rs10843438	G	A	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=16;PP=911;SC=ATATATTCACGGCTGTTGTAT;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=29648283;WS=29648265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	29650361	rs10771544	A	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=1.595;SC=AATGCAAAAAATTTCAAAAAG;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=29650369;WS=29650351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr12	29650702	rs822879	C	T	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	29670589	.	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=0.219;SC=GGAAGACGGTCCATGGTTTGA;SOR=1.387;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=14;WE=29670597;WS=29670579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr12	29709693	.	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.484;SC=TTCAGCTCCAGAGAGAGGCAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=29709701;WS=29709683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	29721945	rs2254945	C	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=356;SC=GTGAGAGCTGCCCCTCACAGC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=29721953;WS=29721935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	29814005	rs10843470	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	29819161	rs11395199	C	CT	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.163;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.394;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr12	29921074	rs302316	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=0.466;SC=CACAAGGAACACAGACGGAAT;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=29921082;WS=29921064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	29936613	rs184221	T	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.36;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	29936626	rs654825	C	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr12	30805323	.	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=0.303;SC=ACATTAGTATCTTCCCATGCA;SOR=0.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=19;WE=30805331;WS=30805313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr12	30815157	rs2118780	A	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=211;ReadPosRankSum=0.528;SC=AATGTTGTTAAGCAGCACATG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=12;WE=30815165;WS=30815147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	30948848	rs256653	G	C	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=449;ReadPosRankSum=-2.121;SC=TCCTTCCCCTGCCCCCATTCC;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=36;WE=30948856;WS=30948838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr12	30949133	.	C	T	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=65;PP=1442;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GCACAGACTTCCTGCCTTCCC;SOR=1.128;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=153;TCF=51;TCR=102;TR=91;WE=30949141;WS=30949123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,118:0.50:235
chr12	30949206	rs256654	A	G	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=55;PP=1446;SC=CATCCTCTCGATGGCCGCGCC;SOR=2.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=72;WE=30949214;WS=30949196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	31116745	rs11051187	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=229;ReadPosRankSum=2.473;SC=TGCTCTAACCCGGTGGTCTCC;SOR=0.512;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=18;WE=31116753;WS=31116735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr12	31117041	rs111666688	AGTGGGAGGGGCTGAGGCT	A	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=2372;ReadPosRankSum=0.744;SC=CCAGCCCTGGAGTGGGAGGGG;SOR=0.947;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=7;WE=31117066;WS=31117031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr12	31131712	rs35097	T	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=23;PP=650;SC=TCCCCCTACATATCTGCATCC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=31131720;WS=31131702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	31132479	rs35096	A	C	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=18;PP=1117;SC=GCTGATGGGGACTTCGCTCCT;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=31132487;WS=31132469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	31135478	rs35089	T	C	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=22;PP=515;SC=TCAAGTGCTGTGGAAGCAACA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=31135486;WS=31135468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	31135579	rs2075333	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=13;PP=408;SC=ACAGTGGTGGTGCGCTGCGGC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=31135587;WS=31135569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	31135905	rs888473	A	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=150;SC=TCCTCTGGCCAGTCCTCAGCC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=31135913;WS=31135895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	31237026	rs28559720	A	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.158;NF=20;NR=25;PP=640;ReadPosRankSum=1.597;SC=AAGTGGGAGTACTGGAGGAAA;SOR=0.513;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=45;WE=31237034;WS=31237016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr12	31237372	rs3930906	A	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=181;ReadPosRankSum=0.461;SC=AGGTCCCGGGAGGGGATGCGG;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=16;WE=31237380;WS=31237362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr12	31237700	rs3881296	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-1.762;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr12	31238075	rs4931428	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.152;NF=2;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=-0.405;SC=GACAGAGGCGGTAGCACTACC;SOR=0.437;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=6;WE=31238083;WS=31238065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	31240862	rs7308754	A	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.251;NF=12;NR=8;PP=234;ReadPosRankSum=-1.426;SC=GTTCTCTCTCACACACACAGA;SOR=0.629;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=20;WE=31240870;WS=31240852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr12	31240925	rs7308773	A	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.230;NF=18;NR=14;PP=365;ReadPosRankSum=1.452;SC=AAGGTAACACAAGTGTCCTCA;SOR=0.787;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=32;WE=31240933;WS=31240915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,65:0.42:155
chr12	31240960	rs7309189	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.817;NF=15;NR=18;PP=368;ReadPosRankSum=1.654;SC=GGGGGTATAGGCTGGGCTGTG;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=33;WE=31240968;WS=31240950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,73:0.44:167
chr12	31242271	rs2005896	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.218;NF=14;NR=12;PP=358;ReadPosRankSum=0.921;SC=GCAGGTCCACGTGTGTTGGTA;SOR=0.629;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=26;WE=31242279;WS=31242261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr12	31242314	rs2005897	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.755;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,53:0.39:135
chr12	31242399	rs3881298	T	C	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-11.248;NF=33;NR=36;PP=737;ReadPosRankSum=0.821;SC=ACGACCGCTGTGTGGACATGC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=75;TCR=79;TR=69;WE=31242407;WS=31242389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,94:0.39:241
chr12	31242440	rs2075318	A	G	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.405;NF=30;NR=33;PP=687;ReadPosRankSum=2.639;SC=CACTGGGACCATGGTGTAGCC;SOR=0.662;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=139;TCF=63;TCR=76;TR=63;WE=31242448;WS=31242430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,82:0.40:206
chr12	31244619	rs61917221	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.63;MQRankSum=-4.849;QD=1.84;ReadPosRankSum=-2.136;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr12	31244846	rs1808348	C	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=357;ReadPosRankSum=0.068;SC=CCTGCTGTGACGTAAAGGGAC;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=30;WE=31244854;WS=31244836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr12	31244924	rs1808349	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=137;ReadPosRankSum=1.756;SC=GAGGGTGCACGAGTCAAGGCG;SOR=0.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=9;WE=31244932;WS=31244914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr12	31245741	rs2075321	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-3.764;NF=10;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CTTAGCCCTCAGCTGCTTGCT;SOR=1.445;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=15;WE=31245749;WS=31245731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr12	31245916	rs61273537	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.439;NF=7;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=1.151;SC=TGGTTCCCACCTCTGGCCCGG;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=19;WE=31245924;WS=31245906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr12	31246371	rs10843882	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=0.872;SC=AAGGGTCGGCCGGGTGCGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=17;WE=31246379;WS=31246361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr12	31246438	rs7970074	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	31247682	rs61917225	T	C	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=4.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQRankSum=-1.312;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,96:0.33:289
chr12	31247819	.	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=6.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-13.295;QD=1.55;ReadPosRankSum=-6.901;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,32:0.15:216
chr12	31249861	rs2075322	C	G	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.972;NF=35;NR=45;PP=1111;ReadPosRankSum=2.573;SC=GATGCACATCCAAGGCTTCCT;SOR=0.615;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=67;TCR=93;TR=80;WE=31249869;WS=31249851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,110:0.46:239
chr12	31250669	rs7971579	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=8.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQRankSum=-1.592;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.503;SOR=0.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr12	31250768	rs2909388	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=4.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.205;NF=20;NR=7;PP=392;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GCTGGGACGACAGAAGTGTCT;SOR=2.030;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=27;WE=31250776;WS=31250758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,23:0.18:125
chr12	31253995	rs1046456	C	T	3704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.607;NF=55;NR=65;PP=1434;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TCCTGCCCCTCGTCATCTGCA;SOR=0.771;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=227;TCF=111;TCR=116;TR=120;WE=31254003;WS=31253985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,196:0.53:372
chr12	31254701	rs7966366	G	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.464;NF=11;NR=7;PP=200;ReadPosRankSum=-0.291;SC=AGGTGAAGACGCGGTTTGTGG;SOR=0.456;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=18;WE=31254709;WS=31254691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr12	31254752	rs7966272	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=0.667;QD=10.09;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr12	31255263	rs10771803	G	A	5423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-8.824;NF=64;NR=42;PP=1543;ReadPosRankSum=0.584;SC=CGTCATGCTGGGCTTGGGTCT;SOR=0.905;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=236;TCF=136;TCR=100;TR=106;WE=31255271;WS=31255253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,147:0.42:349
chr12	31255280	rs61918673	G	A	5756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.089;NF=64;NR=56;PP=1604;ReadPosRankSum=1.473;SC=GTCTGAGATCGTGTGGGGGTG;SOR=0.805;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=253;TCF=132;TCR=121;TR=120;WE=31255288;WS=31255270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,167:0.43:389
chr12	31255772	rs58740356	A	AG	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=306;ReadPosRankSum=-0.680;SC=ACAGTCGGAGAGGCTGAGGGA;SOR=0.425;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=31255780;WS=31255762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr12	31256075	rs3825318	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TGCCCCCTCCGGAAGCTTGGA;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=7;WE=31256083;WS=31256065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	31256546	rs1046457	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.058;NF=16;NR=25;PP=641;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TTTTGCCAGCGTAGTGCTCCT;SOR=0.947;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=41;WE=31256554;WS=31256536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
chr12	31256905	rs1046458	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.476;NF=1;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-1.066;SC=GAGTCCAGAGTGCTGCCAGGA;SOR=1.445;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=31256913;WS=31256895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	31256995	rs11545332	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.491;NF=3;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=1.435;SC=TCCTTGGGGCGTTCCAGGGCA;SOR=0.551;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=5;WE=31257003;WS=31256985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	31264743	rs4930953	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.974;NF=2;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TGCTTCTCCACCTGGGATTTA;SOR=0.988;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=7;WE=31264751;WS=31264733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr12	31264770	rs1053552	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-0.776;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.711;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	31265925	rs2302850	C	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-5.200;QD=3.66;ReadPosRankSum=2.247;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr12	31265983	rs1053534	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.381;NF=11;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=-1.653;SC=GCTCTGCTCAGCAGAAAAAGT;SOR=1.083;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=17;WE=31265991;WS=31265973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr12	31266042	rs2302853	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQRankSum=-3.674;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr12	31267744	rs7968684	A	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.684;NF=11;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=0.699;SC=TGTCTTTGTGATGAAAGATTA;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=26;WE=31267752;WS=31267734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr12	31269189	rs25559	C	CATCAT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQRankSum=-3.804;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr12	31270076	rs58035829	A	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-8.155;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,10:0.15:68
chr12	31270080	rs59046327	G	GAAA	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.849;NF=3;NR=6;PP=623;ReadPosRankSum=1.190;SC=CGTTAAACTGGATCTCACTGG;SOR=1.296;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=9;WE=31270088;WS=31270066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,9:0.14:63
chr12	31270149	rs7316147	G	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-3.456;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chr12	31270150	rs7315923	C	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-3.456;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chr12	31270171	rs7301557	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-2.347;QD=2.31;ReadPosRankSum=2.533;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,4:0.14:28
chr12	31282765	rs2536839	A	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.62;QD=25.85;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	31282784	rs35666624	A	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=369;SC=ATTCTCTCCAATGTCTTAAAA;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=31282792;WS=31282774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	31283446	rs140298932	T	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.135;NF=17;NR=14;PP=417;ReadPosRankSum=0.482;SC=TCTCACCATATGCTTCCTTTC;SOR=0.649;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=31;WE=31283454;WS=31283436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,59:0.56:105
chr12	31285101	rs2933405	A	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=3;PP=395;SC=TCTCTATTCTATTATTTTAAG;SOR=2.494;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=31285109;WS=31285091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	31285169	rs2287449	A	T	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=23;PP=1031;SC=ACAAAATTTGATCAACTTACC;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=31285177;WS=31285159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	31286189	rs3844571	T	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.72;QD=26.81;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr12	31297871	rs12309295	G	C	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=34;PP=1329;SC=TCAGATTTCAGTAGAAGGACG;SOR=0.848;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=72;WE=31297879;WS=31297861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	31300754	rs116358569	T	C	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=25;PP=1021;SC=GACTGATGCATGATTTCTAAG;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=31300762;WS=31300744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	31300891	rs56144986	C	A	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=1.187;NF=55;NR=44;PP=1951;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GAGTAATGCACAGTAACAACC;SOR=0.269;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=99;WE=31300899;WS=31300881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr12	31301888	rs11051274	T	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.869;NF=14;NR=23;PP=536;ReadPosRankSum=1.187;SC=AGGTACATTATTGGGATCCGA;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=37;WE=31301896;WS=31301878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr12	31307173	rs4931449	A	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.389;NF=9;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=0.960;SC=TGAAAATAGTATTGTTAAGCT;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=12;WE=31307181;WS=31307163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	31310983	rs7971718	G	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.410;NF=21;NR=23;PP=545;ReadPosRankSum=-0.270;SC=TGCATTGACCGTAACTTCAAA;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=44;WE=31310991;WS=31310973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr12	31311973	rs61733843	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.008;NF=12;NR=23;PP=488;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TGAAAAATCCGATTGTTTTGA;SOR=1.180;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=35;WE=31311981;WS=31311963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr12	31359083	rs61917095	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.896;NF=15;NR=18;PP=394;ReadPosRankSum=-0.855;SC=AATGGGAACCCGTCATTCCCT;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=33;WE=31359091;WS=31359073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,51:0.46:112
chr12	31359159	rs3065666	C	CAATGGTAA	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.31;MQRankSum=1.242;NF=0;NR=8;PP=528;ReadPosRankSum=0.621;SC=TCATACCAACCAATGGTAAGC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=8;WE=31359167;WS=31359149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr12	31359210	rs2164498	A	G	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=195;SC=CTCTTTGTGTAAAGACCCACA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=31359218;WS=31359200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	31450157	rs12228083	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=0.210;SC=ATTTTTATTTTAGTATCTTCA;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=4;WE=31450165;WS=31450147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	31539122	rs3741877	A	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=310;ReadPosRankSum=-1.308;SC=TTTGCTTTTCAGCCACAACTG;SOR=0.734;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=24;WE=31539130;WS=31539112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr12	31539303	rs708200	G	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=1.351;SC=ACAACTTTTGGTCTTTCAAAA;SOR=1.051;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=31539311;WS=31539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr12	31542191	rs10843937	A	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=309;ReadPosRankSum=-0.155;SC=ATGATCTGGTATAACCTTTTC;SOR=0.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=19;WE=31542199;WS=31542181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr12	31545103	rs708218	T	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=128;SC=AATATATATATCCTTATCACT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=31545111;WS=31545093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	31545381	rs792874	A	G	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=27;PP=954;SC=CTATGTCTAAAAAAAACACTA;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=31545389;WS=31545371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	31545682	rs7975761	A	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=552;ReadPosRankSum=0.433;SC=AATAAACCAAAGTACTATGGG;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=43;WE=31545690;WS=31545672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,67:0.49:138
chr12	31551308	.	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=-1.269;SC=TGGTAGGACAGAAAACAAGTT;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=21;WE=31551316;WS=31551298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr12	31551350	rs1798769	C	T	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=25;PP=768;SC=GACAGGGTTCCCGCTCAGCCC;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=31551358;WS=31551340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	31562359	rs111670680	GA	G	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	31568221	rs793159	C	T	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=21;PP=1347;SC=CAGCCATAATCATTTGAGCAA;SOR=1.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=70;WE=31568229;WS=31568211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	31577378	rs34764768	A	AT	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=-1.318;SC=AAAAGAGCCTATTTTTTTTTA;SOR=0.435;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=11;WE=31577386;WS=31577368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr12	31600400	rs7976644	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=-1.011;SC=TTTGTTGTACGTAAGGCCAGC;SOR=2.066;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=31600408;WS=31600390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	31613335	rs11051438	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=2.401;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr12	31632449	rs3741878	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=1.044;SC=TCTAATAATATACCCCATGGA;SOR=0.303;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=6;WE=31632457;WS=31632439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
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chr12	31648723	rs4931506	G	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=479;ReadPosRankSum=-0.271;SC=AAGAGTAAATGAGGGGAAAAA;SOR=1.424;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=37;WE=31648736;WS=31648713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,49:0.45:110
chr12	31648728	rs143241018	GA	G	2500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=35;PP=1373;SC=TAAATGAGGGGAAAAAAAACA;SOR=0.927;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=55;WE=31648736;WS=31648713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	31648826	rs4930979	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.971;QD=11.87;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,64:0.59:108
chr12	31693975	rs34225458	T	TA	1095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=162;ReadPosRankSum=-1.835;SC=TCTTACCATATAAAAAAAAAA;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=16;WE=31693983;WS=31693965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr12	31814741	rs7959989	G	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-0.435;SC=CTCTTCCTCAGAATTCTCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=5;WE=31814749;WS=31814731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	31819216	rs142479602	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TAAATATGTACACATGCTCAG;SOR=0.602;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=13;WE=31819224;WS=31819206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr12	31850220	rs2388926	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=219;ReadPosRankSum=-0.496;SC=ATTGGTTATCCGCTAGGTTTT;SOR=0.990;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=12;WE=31850228;WS=31850210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	31908050	rs6488005	A	C	9371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=116;PP=2965;SC=CCAAGCCCATAGATAGATCAG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=119;TCR=116;TR=235;WE=31908058;WS=31908040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr12	32134240	rs2388982	C	T	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=48;PP=1470;ReadPosRankSum=0.175;SC=TTACCCAAAACGTATGGTTGA;SOR=0.583;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=194;TCF=107;TCR=87;TR=103;WE=32134248;WS=32134230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,149:0.53:281
chr12	32134638	rs2166807	T	C	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=59;PP=2581;SC=AGTCAGCTTCTAAATTCTGTA;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=68;TCR=59;TR=127;WE=32134646;WS=32134628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	32134815	rs16919122	G	A	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=585;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CCTCAGAGTCGAGAAATGCTG;SOR=0.597;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=48;WE=32134823;WS=32134805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,84:0.41:206
chr12	32134926	rs3207618	G	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=507;ReadPosRankSum=-0.288;SC=AATACCAACAGCAAACAGCCT;SOR=0.968;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=36;WE=32134934;WS=32134916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr12	32134943	rs10771894	A	G	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=578;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GCCTTTTAACAGTCCCATTAG;SOR=0.486;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=37;WE=32134951;WS=32134933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,61:0.54:114
chr12	32135441	rs3759301	T	C	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=48;PP=2153;SC=AATGCCAGACTCATCTCATGA;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=104;WE=32135449;WS=32135431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	32137944	rs144576708	C	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr12	32138924	rs7302975	T	C	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=21;PP=701;SC=GTGTCTACAATATTGTAAAGA;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=40;WE=32138932;WS=32138914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	32138974	rs35804480	CT	C	1184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=817;SC=CTCATGCTGTCTTGGGCTGCT;SOR=1.542;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=32138982;WS=32138964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	32261435	rs1144715	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	32446835	rs261877	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-0.699;SC=CCCATGAGGTGTTTTTATTAT;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=32446843;WS=32446825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	32446901	rs261878	T	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=185;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAGAGTTATATATTGACTGTT;SOR=1.776;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=13;WE=32446909;WS=32446891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr12	32459070	rs41521147	T	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=-0.957;SC=AGAACTTTGTTTAGGGCCGCT;SOR=0.194;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=15;WE=32459078;WS=32459060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr12	32481093	rs3748275	G	C	8055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=91;PP=2965;SC=GGCGGGGTGTGTCATCCCCGG;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=122;TCR=93;TR=213;WE=32481101;WS=32481083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr12	32481577	rs3748276	A	G	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=3;PP=48;SC=GAGTATCGTCAAGATGAGAGT;SOR=2.303;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=32481585;WS=32481567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	32487644	rs10844188	T	A	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=48;PP=1490;SC=GTAGGTGGGGTAAAGGCTTTA;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=78;WE=32487652;WS=32487634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	32490348	rs2388988	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=210;SC=TCTAAATTTCGGTCAAATTTA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=32490356;WS=32490338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	32490369	rs2388987	G	A	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.42;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	32490375	rs4604975	C	G	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.95;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	32490764	rs2270786	G	A	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=25;PP=815;SC=TGCATGCAGCGATCTTCATAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=40;WE=32490772;WS=32490754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	32490849	rs7309590	GC	AG	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.09;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	32491626	rs1471909	G	A	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=93;SC=TTAAATGCCAGTATAAATAAT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=32491634;WS=32491616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	32520416	rs11351681	GA	G	70.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTGTATTTAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=32520424;WS=32520412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr12	32530257	rs7298381	G	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=0;PP=246;SC=AGGGAAGAGTGCATATATCAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=32530265;WS=32530256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	32530385	rs7298319	C	G	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=42;PP=2075;SC=TTCTCAAAATCTATGCAAAAA;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=111;WE=32530393;WS=32530375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	32552769	rs2651369	C	G	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=20;PP=1065;SC=GGGTGGCGATCCGGCGGAAGT;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=32552777;WS=32552759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	32755259	rs12823621	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr12	32778830	rs79100182	G	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.979;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-1.209;SC=AATTTATTTTGGTGCCAATTA;SOR=1.946;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=32778838;WS=32778820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr12	32854210	rs373760863	CA	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	32854602	rs9737752	G	A	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=173;SC=CTGTAGCATAGTTAGAAGTCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=32854610;WS=32854592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	32890678	rs59000311	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.620;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	32890685	rs2177704	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=237;SC=TTATTTTCATCTTTCATGTTA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=32890693;WS=32890668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	32897647	.	C	CA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=2.959;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,16:0.19:83
chr12	32945495	rs7956824	C	T	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;ReadPosRankSum=-0.807;SC=AGTTTTTTAGCGATTTCTTCC;SOR=0.860;Source=Platypus;TCF=78;WE=32945503;WS=32945485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,167:0.49:339
chr12	32945721	rs6488091	G	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=0.578;SC=TTCTGGATGCGGCCTGTGGGT;SOR=1.508;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=32945729;WS=32945711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr12	32945769	rs6488092	G	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=1.892;SC=CTGCTACTCCGCAGCAGCCAT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=32945777;WS=32945759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	32949029	rs149968852	A	AG	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GACGGGCAGAACTGAAGGACT;SOR=0.243;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=32949037;WS=32949019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	32949253	rs201732222	C	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.612;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr12	32955642	rs12299276	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.282;NF=2;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=0.061;SC=ATTCAGGCTGGAGTGCAGTGG;SOR=0.697;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=3;WE=32955655;WS=32955632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	32955647	rs7975824	C	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.036;NF=2;NR=3;PP=194;ReadPosRankSum=1.322;SC=GGCTGGAGTGCAGTGGTGTGA;SOR=0.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=32955655;WS=32955632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	32974218	rs7967264	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CACTGTTTCATCTCTGAATTG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=32974226;WS=32974208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	32974245	rs10772008	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	32975703	.	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.438;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TTGCCTGGGGGAAATGCAATG;SOR=0.307;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=32975711;WS=32975693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr12	33535510	rs74075211	T	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-1.579;SC=AAAGCATAAATAAAACTGCAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=33535518;WS=33535500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	33576990	rs7980799	A	C	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=507;ReadPosRankSum=0.702;SC=TGATTGATATAAAAGTTCTAG;SOR=0.708;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=29;WE=33576998;WS=33576980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr12	33578997	rs141090671	TCA	T	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr12	34175405	.	C	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	34178718	.	A	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.835;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=766;ReadPosRankSum=-0.622;SC=TAGTTTTTAAATAAATTTCTT;SOR=1.244;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=16;WE=34178740;WS=34178708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr12	34178732	rs149880150	TA	T	752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.244;NF=7;NR=7;PP=752;ReadPosRankSum=-0.687;SC=ATTTCTTCATTAGGTAAGCAG;SOR=0.936;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=14;WE=34178740;WS=34178708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr12	38710583	rs7296576	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr12	38711020	.	T	C	26	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=26;QD=20.2570708491;SC=TGTTCCTGTCTCTGAGATCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=3;WE=38711028;WS=38711010;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr12	38712142	rs6582584	C	G	10141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-1.440;NF=119;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.775;SC=TGGATCTTTGCATGGTCTGAA;SOR=0.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=242;WE=38712150;WS=38712132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,396:1.00:397
chr12	38714242	rs4882285	G	A	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.406;NF=52;NR=54;PP=1746;ReadPosRankSum=1.061;SC=ACAAAAGAAGGAAGACAGACT;SOR=0.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=96;TCR=103;TR=106;WE=38714250;WS=38714232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,138:0.55:252
chr12	38715000	rs35518352	A	G	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.843;NF=10;NR=32;PP=713;ReadPosRankSum=-0.612;SC=AGGACATTCAAAGGTTTATGT;SOR=0.794;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=42;WE=38715008;WS=38714990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,55:0.45:122
chr12	38717678	rs6582607	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.473;NF=20;NR=8;PP=370;ReadPosRankSum=1.749;SC=AAGTAACTTTTTGTCTGATAA;SOR=1.018;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=28;WE=38717686;WS=38717668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr12	39064381	rs7316392	T	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TCTGAGTATCTACCAGATTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=39064389;WS=39064378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	39064727	rs35326581	T	C	63.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=0.319;SC=AGAAAGCATGTTGATCCCTTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=39064735;WS=39064717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	39087609	rs3759139	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=1.210;SC=AAGGATTCATGTAGTGGAGGG;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=35;WE=39087617;WS=39087599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr12	39087687	rs826877	A	C	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=31;PP=965;SC=AGGGTAAATAAATTTAACAAA;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=39087695;WS=39087677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	39096664	rs7960616	T	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=0.076;SC=CAGGGGATAATCAAAACACTC;SOR=1.244;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=12;WE=39096672;WS=39096654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr12	39117384	rs844115	C	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GTTAAAGTTACAATTTGCCCC;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=39117392;WS=39117375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr12	39124173	rs5797589	G	GA	643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=409;SC=AAAATTAAAGGAAAAAAGTAC;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=39124181;WS=39124163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	39154492	rs12300353	G	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=1.320;SC=GAGAAAATATGCTCATTTTAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=39154500;WS=39154482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr12	39268405	.	GTA	G	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=24;QD=39.0;SC=ACATAATTGTGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=1;WE=39268414;WS=39268395;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,1:0.25:4
chr12	39716390	.	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	40001547	.	G	GT	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=9.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.967;QD=4.87;ReadPosRankSum=-2.329;SOR=2.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	40020047	.	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	40037727	rs10735878	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=11;PP=308;SC=CTGGTAAGTCATTCCAATTGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=40037735;WS=40037717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	40077028	rs10047563	A	G	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=117;SC=ATACACACACATCTATATATT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=40077036;WS=40077018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	40085906	rs73270414	A	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-1.856;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	40345185	rs11446411	G	GA	484.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr12	40499347	rs7305377	G	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=500;ReadPosRankSum=0.747;SC=CGCCCAGCGCGGAGAAGACGG;SOR=0.720;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=34;WE=40499355;WS=40499337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr12	40499639	rs7305766	G	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr12	40619082	rs2256408	G	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=27;PP=811;SC=TACTCCGAGCGCGGTAATCAC;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=40619090;WS=40619072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	40619301	rs2723273	G	A	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=553;SC=CTAAAAAGGAGAGGGGGTGCT;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=40619309;WS=40619291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	40619542	rs2256286	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=16;PP=411;SC=GGTTATTCCCAAAATTTGGCT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=40619550;WS=40619532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	40625977	.	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.230;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	40626230	rs1352879	T	C	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=42;PP=1217;SC=GAGTATTTATTTGTACACATG;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=40626238;WS=40626220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	40626285	rs1352878	C	T	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=559;SC=AAGGCTACTCCTGTGGAATTC;SOR=1.666;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=40626293;WS=40626275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	40631791	rs10878245	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=8;PP=415;SC=CTTGCTGATATTGGATGAAGA;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=40631799;WS=40631781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	40645257	rs7955902	C	A	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=23;PP=626;SC=TTTTTTCTCCCCTAATCCAGG;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=40645265;WS=40645247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	40645330	.	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TGAGAAGATTGGAGATGAAGA;SOR=0.582;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=6;WE=40645338;WS=40645320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr12	40657537	rs10784461	A	G	141.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=93;SC=CAGTCTGTTCAACTCAAATGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=40657545;WS=40657527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	40657771	rs10784462	C	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=14;PP=352;SC=GAACTAGGGGCGCTTTTTCAG;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=40657779;WS=40657761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	40681142	rs138343113	C	CT	1531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=847;SC=TGGTGTATCTCTTATTTTCAG;SOR=1.270;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=21;WE=40681150;WS=40681132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	40702846	rs7305344	A	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.60;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	40703087	rs10650388	C	CGT	445.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=419;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTCTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=40703095;WS=40703077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr12	40708922	rs1427266	C	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=346;SC=TCTTCACCTGCAAAATGAGGA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=40708930;WS=40708912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	40709185	rs721713	A	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=44;PP=1328;SC=GCATTTTAGAATTTGGGTTTA;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=40709193;WS=40709175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	40713759	rs1896252	T	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=140;SC=AAAATAAATTTTAGTGATTAT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=40713767;WS=40713749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	40713834	rs1427263	C	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=141;SC=ACCCTAAGGGCATTATTTCGC;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=40713842;WS=40713824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	40713873	rs11176013	A	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=6;PP=139;SC=TTCTTTCAAAAAAAAGGAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=40713881;WS=40713863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	40713901	rs11564148	T	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=127;SC=GAACTACATGTCACAGTATTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=40713909;WS=40713891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	40714785	rs10878368	A	T	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=20;PP=1109;SC=TTGCTCAACAAGGTTGGGTGT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=40714793;WS=40714775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	40715013	rs7307276	T	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=581;SC=TGAAGACTTATTAGATTTTTA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=40715021;WS=40715003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	40716015	rs7137665	C	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=23;PP=899;SC=TTTTCAATTGCAACACTAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=53;WE=40716023;WS=40716005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	40716037	.	T	TA	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr12	40716260	rs10878371	T	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=42;PP=939;SC=TTAATGATGGTGAAGAACATC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=40716268;WS=40716250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	40742254	rs10878405	G	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	40742363	rs11176143	G	A	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-0.974;SC=TTGCATATATGCATATATATA;SOR=1.061;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=6;WE=40742371;WS=40742353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	40753044	rs111612315	C	CT	140.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.6958;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-0.349;SC=AGTGTGTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=40753052;WS=40753034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr12	40753303	rs3789330	A	G	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=103;SC=TTTTTTCCTTATAATCATTAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=40753311;WS=40753293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	40757114	.	A	ACATG	134	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=134;QD=88.5;SC=TAGTGTTTTTACATTAAGAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=40757122;WS=40757104;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	40757186	rs11317573	AT	A	300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=206;SC=ATGACTTTCTATTTTTTTTTC;SOR=2.584;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=40757194;WS=40757176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	40758652	rs3761863	T	C	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=13;PP=611;SC=AGGGAGGTAATGGTAAAAGAA;SOR=1.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=40758660;WS=40758642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	40761007	rs3789328	A	G	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=127;SC=TTGGTAGTTTATAGTGTAAAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=40761015;WS=40760997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	40761358	rs4768238	A	G	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=142;SC=ATCTAAGTCAACTAAAAATAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=40761366;WS=40761348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	40787385	rs7968721	C	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=90;SC=TCTGTAGATCCAACATTTTTC;SOR=1.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=40787393;WS=40787375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	40793993	rs1820544	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=245;SC=AAAATATAATCTCTCTTATTA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=40794001;WS=40793983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	40799969	rs10784595	C	T	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	40799975	rs10784596	G	C	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	40802150	rs1019709	G	A	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=39;PP=1238;SC=GGATGCTGGAGGTTCAAAGTC;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=40802158;WS=40802140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	40805948	rs10878538	G	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=-0.925;SC=AGAACGCTGGGATGCTGGGAA;SOR=0.773;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=13;WE=40805956;WS=40805938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr12	40808832	rs994798	A	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=18;PP=948;SC=AGTGACAATTATTTTATATTC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=40808840;WS=40808822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	40812123	rs10878551	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TGCTACTTCTCTTTGGATACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=40812131;WS=40812113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	40820208	rs11176575	G	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=9;PP=759;SC=TTATTTTGTAGCACTGTAACA;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=40820216;WS=40820198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	40821176	rs7955308	G	A	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=59;PP=2647;SC=ATTTCTCCAGGAACACAAAGA;SOR=1.065;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=142;WE=40821184;WS=40821166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	40821867	rs7958987	G	A	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=37;PP=1307;SC=GCCAGGAGAAGTCCGAGAAGG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=40821875;WS=40821857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	40822012	rs7960062	C	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=295;SC=AAATAAAAAGCAATCTCACTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=40822020;WS=40822002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	40825487	rs2114567	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr12	40827479	rs2162470	T	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	40830599	rs66908734	CGTGTGTGTGT	CGT,C	1824.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=26,26;PP=948,178;SC=TCGCTATAGTCGTGTGTGTGT;SOR=1.347;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=27,27;WE=40830616;WS=40830589;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:45
chr12	40832126	rs10878584	C	T	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=44;PP=1349;SC=GTTACATAAACGACGAGGTCA;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=40832134;WS=40832116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	40832161	rs11176635	T	C	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=34;PP=1113;SC=CTCATCCATATTGATGACAAT;SOR=0.979;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=40832169;WS=40832151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	40834376	rs10878592	C	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=8;PP=364;SC=TTATTTCCAGCGTCTGTCGGG;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=40834384;WS=40834366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	40834955	rs10784618	C	A	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=42;PP=1263;SC=ACTGTCCATGCTCTTTTGGTG;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=40834963;WS=40834945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	40835596	rs4768263	T	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=7;PP=625;SC=ATTATTTTGTTCTTCTTTACA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=40835604;WS=40835586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	40835734	rs7966110	C	G	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=42;PP=1246;SC=TCTGCCACATCTATGGGGAAG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=40835742;WS=40835724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	40838146	rs10784620	A	T	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=44;PP=1712;SC=GCAGTGACTTACACAGGGTTT;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=90;WE=40838154;WS=40838136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	40838216	rs10784621	T	C	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=42;PP=1251;SC=TACCATGATGTGTGCATTGAA;SOR=1.036;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=69;WE=40838224;WS=40838206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	40839467	rs7972395	A	G	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=48;PP=1280;SC=CTTTAAGAATATGCATAAAGT;SOR=1.305;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=74;WE=40839475;WS=40839457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	40839521	rs1346307	T	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=764;SC=TTGTTTCTCCTAATTTCGTGT;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=40839529;WS=40839511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	40840325	rs10878597	T	C	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=29;PP=1118;SC=TGCTCCTTACTTGGATGAGAA;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=40840333;WS=40840315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	40841781	rs1820547	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=171;SC=CACTGCACCTAGCCACAACAC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=40841789;WS=40841779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	40841938	rs11176682	G	T	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	40842167	rs6581750	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	40844667	rs10784623	A	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=55;SC=CGGACCATCCAAACAGTTTCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=40844675;WS=40844657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	40852398	rs1035811	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	40857126	rs144249723	TAAGTA	T	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=270;SC=ATAACGAGATTAAGTAAAGAA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=40857138;WS=40857116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	40857214	rs10878623	T	C	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	40857943	rs2933353	A	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=8;PP=478;SC=GTATCTGGAGAAACCCCTGCA;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=40857951;WS=40857933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	40858122	rs12228358	G	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=17;PP=538;SC=GCTGAGGAAAGTTGGAGGGAT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=40858130;WS=40858112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	40858454	rs1492332	G	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=5;PP=100;SC=GTAGTAATCGGCCATGCAGAT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=40858462;WS=40858444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	40859036	rs2131202	C	T	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	40859551	rs2131203	T	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=127;SC=CATTGTAACCTTTTATGTAGA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=40859559;WS=40859541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	40868767	rs1444222	A	G	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.44;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	40868767	.	ACAAAGG	GCAAAGA,GCAAAGG	504	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=10,28;NR=13,25;PP=387,504;QD=19.1507771679;SC=AAGTGTCAGAACAAAGGGAAA;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=23,53;WE=40868781;WS=40868757;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.43:53
chr12	40868773	rs150756683	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr12	40894745	rs111256342	A	ACTGAGAATAC	3041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=17;PP=2957;SC=TGTCCTCCTGACAGGAAGATT;SOR=1.127;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=27;WE=40894753;WS=40894735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	40894964	rs719228	G	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=22;PP=612;SC=GCTACGACTGGGGTGGCTCCT;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=40894972;WS=40894954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	40895026	rs719227	C	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=370;SC=TGCAGGTTGGCAGGGAAGTCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=40895034;WS=40895016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	40910076	.	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=0.419;SC=TCATAGCAAAGGCATATGATT;SOR=1.009;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=40910084;WS=40910066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	40911882	rs7300780	G	A	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=53;PP=1645;SC=GAGTGGCACTGCTGGAACTGA;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=93;WE=40911890;WS=40911872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	40918972	.	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=635;ReadPosRankSum=0.701;SC=TAATAATATTCGGGGCAGGAA;SOR=0.723;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=44;WE=40918980;WS=40918962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,65:0.45:145
chr12	40920110	rs2933351	T	C	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=37;PP=1310;SC=CGGGGCCACCTGAGCAGGATT;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=40920118;WS=40920100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	40924191	rs12813020	T	A	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=13;PP=460;SC=GCCTGGGTGATCCTACCATAC;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=40924199;WS=40924181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	40924277	.	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=223;ReadPosRankSum=-0.614;SC=AACTTCTGTAGGAGAAAATGG;SOR=0.519;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=13;WE=40924285;WS=40924267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr12	40925812	.	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=439;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TGCTCCATTTCCCTTTTTTGG;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=28;WE=40925820;WS=40925802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr12	40925908	rs7139187	A	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=28;PP=962;SC=AAGGGAATGCATCTTATTTAA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=40925916;WS=40925898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	40930709	rs7971316	G	C	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=41;PP=1554;SC=CTTCCCTACTGTATTTGTTCC;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=87;WE=40930717;WS=40930699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	40931655	rs76684015	G	A	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=49;PP=1430;SC=TCCTCTGCCAGCAGCCACAAC;SOR=1.081;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=40931663;WS=40931645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	40932661	rs11177108	G	A	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	40935231	rs11177133	C	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=5;PP=337;SC=GAGAAACCCACTAGCAACACA;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=40935239;WS=40935221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	40935632	rs11177134	T	C	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	40938751	rs7304329	A	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=809;SC=ATCTCCTCTGAAAATCTTTGT;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=40938759;WS=40938741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	40938944	rs7133943	C	T	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=25;PP=828;SC=TTTACCAGTACTCAGAGAATA;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=40938952;WS=40938934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	40938975	rs7133098	G	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=698;SC=TAATATGAGAGCTTAGCCTTT;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=32;WE=40938983;WS=40938965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	40939066	rs139186904	CA	C	633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=743;SC=TCTGAGTTAACAAAAAACATA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=23;WE=40939074;WS=40939056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	40940487	rs12231675	T	G	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=46;PP=1349;SC=TGCGTGTGTGTGTGTGCATGC;SOR=1.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=79;WE=40940495;WS=40940477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	40942311	rs11177162	C	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=612;SC=TTGCCTCATTCTATTATAGAA;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=40942319;WS=40942301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	40942463	.	GTT	G,GT	1564.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.486;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.81;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,56,20:0.71,0.25:79
chr12	40942491	rs145855541	A	ACT	2586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=1273;SC=TTGGGGGCTAACTGCAGCAAT;SOR=1.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=40942499;WS=40942481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	40943329	rs1463738	G	A	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=4;PP=824;SC=TTTGGAATTCGGATATTATAA;SOR=2.655;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=40943337;WS=40943319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	40943970	rs1492316	G	A	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=38;PP=1134;SC=GGTGGGCACTGGCAATCAAAT;SOR=1.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=51;WE=40943978;WS=40943960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	40944697	rs11177169	T	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=426;SC=ATTTTCTCCATACACTAGTCT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=40944705;WS=40944687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	40950883	rs7487017	A	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	40951596	rs3751167	A	G	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	40951605	rs3751168	G	A	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.05;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	40951756	rs3829294	G	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=7;SC=AATGAATGTGGCTGGAAAGTG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=40951764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	40951845	rs3751169	G	A	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=25;PP=1028;SC=TTGTAGATGTGTTAATAATTC;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=57;WE=40951853;WS=40951835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	40951950	rs3751172	G	A	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	40952934	rs1352938	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=12;PP=660;SC=TGCAGCACTGACCCAGAAAGT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=40952942;WS=40952924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	40954482	rs3751175	G	A	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr12	40961265	rs11177260	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=345;SC=CTTTTTTACTACTAACCTAAT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=40961273;WS=40961255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	40964206	rs7979493	A	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=413;SC=CAGTTTGAGCACTGATGTCAA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=40964214;WS=40964196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	41330774	rs74587413	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-0.729;SC=GGTAGTCCTGGGATAAATTTA;SOR=1.108;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=20;WE=41330782;WS=41330764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr12	41455473	.	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=0.542;SC=GCTTGATATTCTCAAATATAT;SOR=0.395;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=16;WE=41455481;WS=41455463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr12	41582590	rs10879830	G	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.62;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	41582603	rs10879831	G	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=6;PP=144;SC=CCGCAGCCGCGGGGGCTGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=41582611;WS=41582580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	41588124	rs3847980	A	G	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	41946453	rs285585	T	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=6;PP=509;SC=GTGTTGTTCTTTCAGGAGGTC;SOR=1.675;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=27;WE=41946461;WS=41946443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	41946539	rs285584	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=1.415;SC=AGAAGACACCGGCATTTATGT;SOR=1.151;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=15;WE=41946547;WS=41946529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr12	41949370	rs285580	T	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=3;PP=465;SC=AGAGAAATATTATGTATACTG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=41949378;WS=41949360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	41957568	rs157971	C	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=187;SC=ATCATTATCACGGTTATCTCT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=41957576;WS=41957558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	42481803	rs824722	G	A	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=74;SC=AGGTACATATGTAAGTTCAAT;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=42481811;WS=42481793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	42499538	rs61942483	TT	AC	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=1015;SC=TCAATTTAGTTTTTAATAAAA;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=42499547;WS=42499533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	42499763	rs80202058	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=2.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-3.258;QD=0.58;ReadPosRankSum=2.229;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,18:0.09:211
chr12	42499787	rs78536352	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-2.848;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,18:0.11:168
chr12	42499802	rs78540738	C	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-2.916;QD=1.96;ReadPosRankSum=-2.051;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,14:0.10:135
chr12	42499809	rs75194020	T	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=7.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-3.362;QD=0.63;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,10:0.08:125
chr12	42503467	rs7312933	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	42503505	rs824695	T	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	42513127	rs7977365	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=272;SC=AGGATCACTTGAAACCAAGAG;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=42513135;WS=42513117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	42554505	rs1059360	A	G	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	42599696	rs12370778	T	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=6;PP=181;SC=TGTGATTTAGTTCTAATTATT;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=42599704;WS=42599686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	42606135	rs10880269	C	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=263;SC=TCATCATATTCATTTTAATGT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=42606143;WS=42606125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	42629550	rs7960176	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=4;PP=266;SC=TACAAGAGCTTAGATGTACTG;SOR=1.302;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=42629558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	42778922	rs1669906	G	A	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=28;PP=798;SC=ACCACAGTTAGCAGTAGACCT;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=46;WE=42778930;WS=42778912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	42835328	rs60616542	TA	T	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.275;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr12	42839836	rs1669885	A	C	5421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=25.22;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	42853058	rs68074167	GT	G	363.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=-1.059;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,23:0.85:27
chr12	42853520	rs1043652	A	G	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=98;SC=AGCACTTTAAACTATTTTCAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=42853528;WS=42853510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	42858718	.	C	T	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=633;ReadPosRankSum=0.178;SC=ATCCAATTTTCGAGAAAGGGT;SOR=0.780;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=47;WE=42858726;WS=42858708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,71:0.47:152
chr12	42862750	rs2708062	T	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=9;PP=230;SC=TGCTACCTCTTTTAGTGATTA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=42862758;WS=42862740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	42866205	rs141743294	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=2.426;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr12	43747967	.	C	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=403;ReadPosRankSum=-0.988;SC=TTGAATATTCCAGAGAATATC;SOR=0.586;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=29;WE=43747975;WS=43747957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
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chr12	43827506	rs199984116	AACAC	A	232.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;MQRankSum=0.157;QD=29.12;ReadPosRankSum=0.887;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
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chr12	43945603	rs275602	A	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=545;ReadPosRankSum=-0.717;SC=GCCCCCACTTAGCCGCTGAAG;SOR=0.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=30;WE=43945611;WS=43945593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr12	44130123	rs113047505	GA	G	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=535;ReadPosRankSum=1.369;SC=CAGGGCTTTTGAAAAATTCAT;SOR=0.972;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=18;WE=44130131;WS=44130116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr12	44132250	rs10880558	T	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	44139805	rs11182246	A	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.864;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	44148259	rs1057190	T	C	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,75:0.50:150
chr12	44164689	rs1461567	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GATTAATGTCGTCATGGCAGG;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=6;WE=44164697;WS=44164679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr12	44171602	rs4251500	A	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=328;ReadPosRankSum=-0.834;SC=CTGGAATATTAATATTCATTT;SOR=1.236;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=22;WE=44171610;WS=44171592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr12	44177354	rs4251529	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=0.674;SC=GAAGTCCGGGGCTCAAGTTAT;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=44177362;WS=44177349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	44177492	.	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=-0.907;SC=AACTGGACTTCCAGCTGTGGA;SOR=0.774;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=7;WE=44177500;WS=44177482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr12	44180295	rs4251545	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=0.158;SC=TTCAGTTGAAGCTATGTACTC;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=4;WE=44180303;WS=44180285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr12	44191625	rs12829856	G	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=12;PP=464;SC=CCACACCCACGTCAGTCTGTA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=44191633;WS=44191615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	44192424	rs35482343	T	TA	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=1.053;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr12	44196350	rs34291769	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	44199961	rs71435960	C	CCTCCCGGCT	1844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=2985;SC=GTCCTGCAGCCCTCCCGGCTC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=44199969;WS=44199951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	44338153	rs6582491	T	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	44338173	rs72327763	GGTGA	G	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.95;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr12	44915874	.	C	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,69:0.48:145
chr12	44926334	rs2270479	T	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=245;ReadPosRankSum=0.160;SC=AGAGAAGTTCTTAAATTCTAG;SOR=0.834;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=18;WE=44926342;WS=44926324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr12	45004796	rs2305449	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=0.600;SC=GTTATATTTCCAAAGCTATAT;SOR=1.329;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=11;WE=45004804;WS=45004786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr12	45004824	rs2305448	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=327;SC=TACACCTTCAGTCTTGGTTAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=45004832;WS=45004814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	45059237	rs2290353	T	G	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=539;ReadPosRankSum=-1.310;SC=GACATAAAAATATTTTATTTC;SOR=0.813;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=36;WE=45059245;WS=45059227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr12	45108397	rs74497791	A	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr12	45108480	rs17574839	T	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=455;ReadPosRankSum=0.808;SC=TAGACTGTATTTCTTTCTCCT;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=31;WE=45108488;WS=45108470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr12	45170006	rs4768572	T	C	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=25;PP=725;SC=ACTCCGCAGGTATCTTTTTTT;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=45170014;WS=45169996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	45269284	rs7295923	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=404;ReadPosRankSum=-1.664;SC=CCGCCGAGAGCCTTACCTGAG;SOR=0.490;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=24;WE=45269292;WS=45269274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr12	45269439	rs11373833	G	GA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.315;QD=4.04;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	45269703	rs2272517	A	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr12	45270272	rs4415832	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=-2.446;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	45278055	rs56181373	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr12	45307633	rs374144	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.489;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	45410075	rs1224442	A	G	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=734;ReadPosRankSum=0.892;SC=CCATTCAGACAGCCCCAGTAA;SOR=0.747;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=51;WE=45410083;WS=45410065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,94:0.47:200
chr12	45417666	rs2731038	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=0.172;SC=AGAGGCAGCATGCTCTCTTCT;SOR=0.752;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=18;WE=45417674;WS=45417656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr12	45444238	rs11182810	T	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=-1.531;SC=CCGCCGGCGCTCCCAGATCCC;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=45444246;WS=45444228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr12	45444264	rs11182811	G	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=1.638;SC=CACCCGGCCTGGGGGCGCGGG;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=7;WE=45444272;WS=45444254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr12	45621906	.	GTT	G	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.733;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr12	45664213	rs10748415	G	A	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	45695735	rs4140756	C	A	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=19;PP=1099;SC=TTTAAAAGTACAGAACTACGT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=45695743;WS=45695725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	45771901	rs36059278	GT	G	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr12	45772034	rs12230667	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.867;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr12	45772313	rs11183009	G	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TAGCCCAGGAGTCTTGGTTTC;SOR=0.951;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=11;WE=45772321;WS=45772303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr12	45795512	rs11183014	C	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=177;ReadPosRankSum=-0.881;SC=AGTGTGAGTTCAGTTTTTAAT;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=13;WE=45795520;WS=45795502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr12	45797393	rs148280109	TACATAGCC	T	1858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.347;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.373;NF=1;NR=21;PP=2789;ReadPosRankSum=-0.193;SC=ATCATTTGCCTACATAGCCAC;SOR=1.187;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=22;WE=45797408;WS=45797383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,52:0.35:148
chr12	45810546	rs367544410	C	T	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=365;ReadPosRankSum=-1.840;SC=TGTTGGCTCTCGTGAACAATA;SOR=0.772;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=30;WE=45810554;WS=45810536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,66:0.48:138
chr12	45815030	.	T	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=465;ReadPosRankSum=-2.109;SC=ACCCGTACTCTGACCTGGGTA;SOR=0.655;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=30;WE=45815038;WS=45815020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr12	45816037	rs12819619	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	46287170	rs138252675	TTC	T	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,12:0.12:102
chr12	46317004	rs1062905	T	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=0.224;SC=TAGTGATGCATTAGAAATAAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=46317012;WS=46316994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	46321514	rs7315731	A	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=354;ReadPosRankSum=-0.190;SC=AATATTATTGAAATCTTCATT;SOR=1.115;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=28;WE=46321522;WS=46321504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr12	46322449	rs10880868	C	T	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=787;ReadPosRankSum=-0.002;SC=GGGCATCACACCCAGAATTGT;SOR=0.651;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=59;WE=46322457;WS=46322439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,90:0.49:182
chr12	46367903	rs10880879	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr12	46367939	rs11183268	G	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=156;ReadPosRankSum=-0.214;SC=ACAGCATTATGTCTAAAAACT;SOR=0.941;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=6;WE=46367952;WS=46367929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr12	46367944	rs11183269	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=735;ReadPosRankSum=0.152;SC=ATTATGTCTAAAAACTGTACA;SOR=0.536;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=23;WE=46367952;WS=46367929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr12	46385848	rs12828693	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=485;ReadPosRankSum=-1.307;SC=TTCTCGCAGACTACGTTGCGG;SOR=0.748;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=34;WE=46385856;WS=46385838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,57:0.43:132
chr12	46598352	.	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=1.161;SC=CAAGGAAAATCCACTAGTATA;SOR=0.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=13;WE=46598360;WS=46598342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr12	46601150	.	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=0.538;SC=TACTCTAGCAGGATTTGTGGC;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=10;WE=46601158;WS=46601140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	46601195	rs188849674	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=0.984;SC=GCTTTACTTTCCCTGTGCCAT;SOR=1.532;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=7;WE=46601203;WS=46601185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr12	46623157	.	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=0.326;SC=AAGTAAAATTCAAGAAAATCC;SOR=0.283;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=46623165;WS=46623147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr12	46623278	.	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=0.967;SC=TATGCTACTTGAATTAAAAAG;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=46623286;WS=46623268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	46633328	rs7959095	G	T	146.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=37;SC=GTTTCACCATGTTGGTCAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=46633336;WS=46633318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr12	46759017	rs7968173	T	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=375;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AAATATCCTCTGAAAAATATA;SOR=0.644;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=23;WE=46759025;WS=46759007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
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chr12	46761127	rs10880959	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=1.323;SC=GAGAATTCTGGTGAGAGAAGG;SOR=0.950;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=11;WE=46761135;WS=46761117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr12	46764254	rs74385174	A	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=776;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TTACCATAGTAACTGCCCTGC;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=47;WE=46764262;WS=46764244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,61:0.48:126
chr12	47159123	rs4768756	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=7;PP=308;SC=ATACTTTTACAGAGAACCACT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=17;WE=47159131;WS=47159113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	47159196	rs2430921	A	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.458;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr12	47162889	rs2465582	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GTGGCTCCCAATGTCAGTTAG;SOR=0.082;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=47162897;WS=47162887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	47162938	rs2216433	T	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=514;SC=CCAGAGCCTCTCAGGGATAAA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=47162946;WS=47162928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	47163306	rs180403	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.669;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	47168898	rs180414	G	A	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=31;PP=1140;SC=CCATGAGAAGGGGGATGTCTA;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=62;WE=47168906;WS=47168888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	47170621	rs12316767	C	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=201;ReadPosRankSum=1.825;SC=AAAATCATACCTACCCAGGTC;SOR=1.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=47170629;WS=47170611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr12	47170887	rs180419	C	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=0.900;SC=CTATATTGCTCATCATGAAGA;SOR=2.712;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=11;WE=47170895;WS=47170877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	47173662	rs180426	A	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=228;ReadPosRankSum=-1.496;SC=GTGAGAGACAAGGATATTAGA;SOR=0.665;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=25;WE=47173670;WS=47173652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,52:0.43:121
chr12	47173830	rs2287471	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TGGAAAATGTGACAGCTTAAT;SOR=1.445;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=16;WE=47173838;WS=47173820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr12	47178307	rs180430	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.900;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr12	47471283	.	C	T	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=587;ReadPosRankSum=-0.998;SC=CAGATTTCCCCCTCGTGGACT;SOR=0.543;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=44;WE=47471291;WS=47471273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,85:0.38:221
chr12	47581629	rs832733	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr12	47581717	.	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TGTCCTTTATCCTACCAGCTC;SOR=0.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=11;WE=47581725;WS=47581707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr12	47629200	.	GG	TA	6245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=65;PP=2944;ReadPosRankSum=1.018;SC=CCCCCGACCTGGTCATCATGA;SOR=0.865;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=259;TCF=111;TCR=148;TR=109;WE=47629209;WS=47629190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,169:0.44:383
chr12	47630069	.	C	T	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=50;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.081;SC=CCCCGTGGCCCCTATACGCCC;SOR=0.819;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=83;WE=47630077;WS=47630059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,125:0.62:200
chr12	47758032	rs215383	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=254;ReadPosRankSum=0.034;SC=CAGACTGCAGATGACCAGGGT;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=14;WE=47758040;WS=47758022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr12	47761212	rs58616	G	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.096;NF=28;NR=16;PP=541;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TTCAAGGTTAGTACCCTGATA;SOR=1.033;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=44;WE=47761220;WS=47761202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,75:0.46:163
chr12	47761313	rs11419253	A	AT	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=5.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr12	48061548	rs147037126	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=-2.110;SC=CAATGTAAAAGTCATGCAGAA;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=7;WE=48061556;WS=48061538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
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chr12	48091522	rs140915397	AACAGGG	A	1492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=1106;ReadPosRankSum=0.646;SC=AAAGACGGAAAACAGGGGTCA;SOR=0.979;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=21;WE=48091535;WS=48091512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr12	48104746	rs1235152	G	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=250;SC=CCCACTTCACGCTGCCTCTCC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=48104754;WS=48104736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	48110325	rs1235153	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr12	48131728	rs2072117	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CACATGGCAAGTGCCTAGGAT;SOR=0.802;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=20;WE=48131736;WS=48131718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr12	48132451	rs2072116	T	C	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=32;PP=1367;SC=TAGTAGTGAATGCCTGCTCTC;SOR=1.159;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=86;WE=48132459;WS=48132441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	48134214	rs10875687	G	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=359;ReadPosRankSum=-0.188;SC=TCAGGGTAAGGGAAGCAGCCA;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=33;WE=48134222;WS=48134204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr12	48134300	rs12828238	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=325;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GAAGGCAGAGGCTCCAGGGGA;SOR=0.940;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=20;WE=48134308;WS=48134290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr12	48134360	rs10875688	G	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=332;ReadPosRankSum=-0.673;SC=AAGCAAAGAGGGGGGCTTAGG;SOR=0.547;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=24;WE=48134368;WS=48134350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr12	48134381	rs35703007	CG	C	2714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=25;PP=1319;SC=AAAAGGTAGCCGGGGGGACTC;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=42;WE=48134389;WS=48134371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	48134634	rs11168219	C	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=669;ReadPosRankSum=1.914;SC=GAGAGGTCAGCGAGTGCTGAG;SOR=0.853;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=45;WE=48134642;WS=48134624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr12	48134695	rs2074533	T	C	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=41;PP=1935;SC=CTGCCTCCCATACCTGGTGGA;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=48134703;WS=48134685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	48140798	rs73304403	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.347;SC=GAGGTAAGCACGACCAGGTAA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=48140806;WS=48140788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	48140827	rs73304406	A	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=0.349;SC=TAAAGAGGGGAGAACACGGTC;SOR=0.105;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=48140835;WS=48140817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	48141472	rs58809255	C	T	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.37;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr12	48141475	rs60915129	T	C	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.12;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr12	48142151	rs734706	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-0.257;SC=ATTCGGTGACGTCAGATGCAG;SOR=1.002;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=48142159;WS=48142141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr12	48142418	rs757281	C	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-2.257;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr12	48143095	rs149061709	G	GCTCTGGT	2458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.234;NF=13;NR=17;PP=1852;ReadPosRankSum=-2.065;SC=CAGGCCCTCTGCTCTGGTCCC;SOR=0.849;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=30;WE=48143103;WS=48143085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,67:0.40:167
chr12	48143360	rs757280	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-2.692;SC=CTGCCGCCCCTGCCGCCCCCA;SOR=1.545;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=8;WE=48143368;WS=48143350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr12	48144243	rs757279	A	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=-1.236;SC=CACACTGTGAACTGTGGGCCC;SOR=0.527;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=6;WE=48144251;WS=48144233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr12	48144925	rs2016123	T	C	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	48145368	rs2072115	A	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=493;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GGAACTATGCATTAGAAAGGC;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=39;WE=48145376;WS=48145358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,60:0.45:133
chr12	48151822	rs11168230	C	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=0.910;SC=TCCTCCACAGCCAGGCCCACC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=27;WE=48151830;WS=48151812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr12	48152432	rs78616585	G	A	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=41;PP=968;ReadPosRankSum=0.890;SC=GGGATCCGGAGGGTGCCAGTG;SOR=1.279;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=100;TCF=26;TCR=74;TR=52;WE=48152440;WS=48152422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,54:0.47:115
chr12	48165910	rs7300569	C	A	1080.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.206;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=454;ReadPosRankSum=0.664;SC=AGCACACACACAAAAAAAACT;SOR=0.896;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=34;WE=48165918;WS=48165900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,57:0.41:140
chr12	48172902	.	C	T	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=585;ReadPosRankSum=0.994;SC=GCTTCTTCTTCGTGGGCGTCC;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=41;WE=48172910;WS=48172892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr12	48174275	rs59205218	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr12	48174641	rs7964310	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-1.252;SC=TGAGCCACCGTGCCCGGCCTG;SOR=0.531;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=12;WE=48174649;WS=48174631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr12	48177906	rs7306788	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=416;ReadPosRankSum=0.960;SC=CCAGTGCGGTCACTGCCTCCA;SOR=0.704;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=27;WE=48177914;WS=48177896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr12	48178127	rs3192737	A	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=29;PP=891;SC=TCCTCCACTTAGGGTCGGCTC;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=48178135;WS=48178117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	48178465	rs3815138	T	C	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=30;PP=1155;SC=GAACACAACATGGGAGAACTG;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=69;WE=48178473;WS=48178455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	48178513	rs7972177	A	G	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=43;PP=1439;SC=TGCCCAGGCCAGGAGAATGCT;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=84;WE=48178521;WS=48178503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	48178604	rs11168236	T	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=249;ReadPosRankSum=0.671;SC=GAATCAGCCATGTCTTTACCA;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=26;WE=48178612;WS=48178594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr12	48179347	rs1006476	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TAGCCACAAGCACACTCTACC;SOR=1.315;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=17;WE=48179355;WS=48179337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr12	48181778	rs6580637	T	C	5342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=63;PP=2487;SC=AGAGTAAGTGTCAGGAGGAGG;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=135;WE=48181786;WS=48181768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	48185165	rs73107969	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.687;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,54:0.43:126
chr12	48185167	rs11832133	G	C	4198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.86;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	48186563	rs2544026	T	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=135;ReadPosRankSum=-0.375;SC=ATGAAATACATTAATGAAATA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=48186571;WS=48186553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	48238837	rs7975232	C	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=19.731;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=681;ReadPosRankSum=-1.145;SC=TCAGCTGGGCCCCTCACTGCT;SOR=1.052;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=37;WE=48238845;WS=48238827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,49:0.91:54
chr12	48251533	rs11168266	C	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.65;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	48251542	rs11168267	G	A	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.10;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	48259126	rs12717991	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=293;ReadPosRankSum=-1.335;SC=GGGCACCAAACGATTCCTACT;SOR=0.556;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=20;WE=48259134;WS=48259116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr12	48272895	rs2228570	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=304;ReadPosRankSum=1.385;SC=CATTGCCTCCATCCCTGTAAG;SOR=1.115;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=21;WE=48272903;WS=48272885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr12	48358279	rs11609253	C	A	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=21;PP=551;SC=GCCCAGACAACTTTTCTTCTA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=48358287;WS=48358269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	48359984	rs2286025	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=-2.142;SC=ACTAACGTCTCCCTTATTCCA;SOR=1.493;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=18;WE=48359992;WS=48359974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr12	48360620	rs2286024	A	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	48360947	.	T	TA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.310;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,27:0.20:133
chr12	48367829	rs1635560	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr12	48367976	rs2070739	C	T	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,78:0.49:160
chr12	48371204	.	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=500;ReadPosRankSum=-0.993;SC=GTCTCACCACGATCACCCTGT;SOR=0.738;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=33;WE=48371212;WS=48371194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr12	48371595	rs1793949	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=732;ReadPosRankSum=1.370;SC=TCCTCCTTCCGGAAGCAGCCC;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=50;WE=48371603;WS=48371585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr12	48373718	rs11443755	A	AC	836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=503;SC=ATCCCAGAACACCCCCGCCAT;SOR=1.697;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=14;WE=48373726;WS=48373708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	48374513	rs1635554	A	G	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=707;SC=CCAGAAGAGCAGGAGACTCTG;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=48374521;WS=48374503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	48374826	rs2276458	T	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=0.296;SC=CAAGAGCCCCTTGGGCCCTGC;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=48374834;WS=48374816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	48375437	rs41263865	C	CT	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.003;NF=3;NR=3;PP=151;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CTCTTCACTCCTACGGCCTTG;SOR=0.412;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=6;WE=48375445;WS=48375427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr12	48375723	rs41263857	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=213;ReadPosRankSum=-0.491;SC=AGAGCTCCCACTTACCCTCTG;SOR=0.960;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=15;WE=48375731;WS=48375713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr12	48376213	rs12811832	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=398;ReadPosRankSum=0.309;SC=ATAAGGGAACGGAAGCGATCA;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=28;WE=48376221;WS=48376203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
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chr12	48376969	rs11168338	C	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=1046;ReadPosRankSum=0.595;SC=ATATCACAGACCCCTGAACAA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=63;WE=48376977;WS=48376959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,84:0.45:186
chr12	48377814	.	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CTCCCACCCCCACCCCTCCCA;SOR=0.919;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=8;WE=48377822;WS=48377804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr12	48377970	rs1635550	A	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=295;ReadPosRankSum=2.129;SC=TTTTCTTCCCACTTGCAGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=22;WE=48377978;WS=48377960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr12	48386553	rs1635534	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-0.861;SC=TTAAGGGATAACAATACTCCC;SOR=0.994;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=11;WE=48386561;WS=48386543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr12	48386577	rs1793915	G	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=-1.747;SC=GCCTCACAGGGTTGTTTCGAG;SOR=0.711;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=15;WE=48386585;WS=48386567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr12	48387052	rs1793912	A	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=0.015;SC=AGTGTGATAAAATGGGTATCT;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=48387060;WS=48387042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	48389023	rs10875716	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=211;ReadPosRankSum=1.585;SC=CATTTGTCTACTCGTGTATAC;SOR=0.919;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=19;WE=48389031;WS=48389013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr12	48389643	rs1034762	A	C	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=839;ReadPosRankSum=1.224;SC=GGCAAAAAGAATTGCAGATAC;SOR=0.997;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=51;WE=48389651;WS=48389633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,69:0.62:112
chr12	48392433	rs1793958	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=401;ReadPosRankSum=1.388;SC=GGTGACCCAGACTTTGTTATT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=24;WE=48392441;WS=48392423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr12	48398002	rs3803184	G	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=3.234;SC=AGGCAGGCAGGGGCGGGGGAA;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=31;WE=48398010;WS=48397992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr12	48398080	rs3803183	T	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=316;ReadPosRankSum=-1.818;SC=AGCACCAGCGTCTGGGGAGCC;SOR=0.608;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=24;WE=48398088;WS=48398070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr12	48413789	rs113940474	A	ATATTGT	2198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.599;SC=AATTTGACAGATAAATTCCCT;SOR=0.942;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=24;WE=48413797;WS=48413779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr12	48413944	rs7299135	C	T	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr12	48413950	rs28459711	A	C	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.72;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr12	48413979	rs7299364	G	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr12	48414058	rs7299271	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=0.445;SC=TGGGAACTGTCGGTTCATATG;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=11;WE=48414066;WS=48414048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	48441692	rs1018973	C	G	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,84:0.52:161
chr12	48457385	rs3742074	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GAGATGATTCCAATGCAGGTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=48457393;WS=48457378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	48459488	rs17122612	C	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=373;ReadPosRankSum=-0.881;SC=GGAACGTGACCAAATGTAGAC;SOR=0.469;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=29;WE=48459496;WS=48459478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr12	48460563	rs77759793	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.695;SC=CCAAAATGCTGGAATTACAGG;SOR=0.777;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=7;WE=48460571;WS=48460553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	48465425	rs72644844	A	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.769;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	48468652	rs4258439	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=0.476;SC=GCATGTAAACAGAATCCTAGC;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=16;WE=48468660;WS=48468642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr12	48499101	rs139395863	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=-0.573;SC=ACAGAAATCACCAAGCTCAAG;SOR=0.420;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=48499109;WS=48499091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr12	48499131	rs2408955	G	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=181;ReadPosRankSum=-1.171;SC=ACGAGGCATAGATCCAGAGAT;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=17;WE=48499139;WS=48499121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr12	48499898	rs140895856	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=-0.007;SC=GAACCGCCTTCACAGCACCGG;SOR=0.756;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=15;WE=48499906;WS=48499888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr12	48501161	rs11609399	A	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.681;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr12	48501411	rs10492080	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.566;SC=TGTATTTTCCAGGTAAGATTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=48501419;WS=48501401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	48512285	rs4760682	C	A	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	48537624	rs4075913	A	G	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=561;ReadPosRankSum=0.308;SC=TTGTTCCTAAATGAAGAAGAA;SOR=0.715;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=46;WE=48537632;WS=48537614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,75:0.51:147
chr12	48539482	rs8716	T	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=349;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CCGGGGAAGCTGCCGTCTAAA;SOR=1.002;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=20;WE=48539490;WS=48539472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr12	48547128	rs11168428	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=-1.949;SC=CAAGGACTCTCCTGTCAATAC;SOR=0.784;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=7;WE=48547136;WS=48547118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr12	48577906	.	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=296;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CTGCCACTCAATGGAGGACGG;SOR=0.486;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=18;WE=48577914;WS=48577896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr12	48578325	rs10783231	A	C	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	48578631	rs7486941	G	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=154;ReadPosRankSum=0.504;SC=ACTCCCTCGAGGAAGGATTTG;SOR=1.765;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=12;WE=48578639;WS=48578621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	48596241	rs11168459	A	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=287;ReadPosRankSum=-1.175;SC=ATGATGGTGTACAGGAGGGAG;SOR=0.452;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=22;WE=48596249;WS=48596231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr12	48597053	rs17122812	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=0.364;SC=AAATTCCGTCACTATGCTGCC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=14;WE=48597061;WS=48597043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr12	48723324	rs2732441	C	G	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,100:0.53:188
chr12	48723543	.	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=-1.656;SC=CTCCCGGAGGCGCCGCCAGCC;SOR=0.793;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=19;WE=48723551;WS=48723533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr12	48723595	rs1471997	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.946;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr12	48736985	rs2732481	T	G	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TGGGGCACGCTGCCGTTTCCT;SOR=0.859;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=70;WE=48736993;WS=48736975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,89:0.49:181
chr12	48737245	rs2732484	A	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=335;ReadPosRankSum=-2.247;SC=CAAGGTGGGAACCCCATACAA;SOR=0.985;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=21;WE=48737253;WS=48737235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr12	48738236	rs2634676	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	48738555	rs34591795	GA	G	495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=226;SC=CTATATTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=1.051;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12;WE=48738563;WS=48738545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	48740855	.	A	G	54	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=54;QD=29.5904041824;SC=CCTTTCTTGTAGGTCCATTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=48740863;WS=48740845;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	48741219	rs901962	A	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=327;SC=AAGGGTCACAACTTCTGTATC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=48741227;WS=48741209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	48880381	rs2731091	A	G	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=475;ReadPosRankSum=0.089;SC=TCCAAGAAACATCTTGTCTTC;SOR=0.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=38;WE=48880389;WS=48880371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,62:0.45:138
chr12	48880550	rs2731092	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=380;ReadPosRankSum=-0.667;SC=TGGCATGAGGTGGGAGGTGGG;SOR=0.458;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=31;WE=48880558;WS=48880540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr12	48882737	.	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=505;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TATACAAAAGGAGGTGAGATT;SOR=0.552;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=39;WE=48882745;WS=48882727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr12	48882759	rs142410491	CT	C	2597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.373;NF=25;NR=18;PP=1618;ReadPosRankSum=1.882;SC=GATTTTGATTCTCTGAATTCC;SOR=1.100;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=43;WE=48882767;WS=48882749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,78:0.52:150
chr12	48883012	rs2705127	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr12	48883020	rs2731096	G	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.14;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr12	48884535	rs2731102	G	C	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,96:0.57:167
chr12	48884756	rs2731103	C	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr12	48888763	rs2705132	A	G	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=566;SC=CTTCCGCCAGATGCTTTACCC;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=48888771;WS=48888753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	48919556	rs2731073	A	G	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=539;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GCTGCTGCTCATGATCAGGGC;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=44;WE=48919564;WS=48919546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,83:0.47:176
chr12	48919793	rs2705143	T	C	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=402;ReadPosRankSum=-0.759;SC=TGCTGCCATCTGCCGCCCACT;SOR=0.644;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=37;WE=48919801;WS=48919783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr12	48953571	rs11168638	C	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=0.726;SC=AGCTTTACTGCCAATGCCTCA;SOR=0.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=10;WE=48953579;WS=48953561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
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chr12	48953932	rs17237198	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=439;ReadPosRankSum=-1.061;SC=TTCTAAGGGGGAGACAATATC;SOR=0.902;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=30;WE=48953940;WS=48953922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr12	48954030	rs61995742	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr12	48954040	rs1807757	A	G	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,38:0.39:97
chr12	48954175	rs17834022	C	T	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=760;ReadPosRankSum=0.655;SC=CTTCTGCGGCCCTAATGTCAT;SOR=0.963;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=52;WE=48954183;WS=48954165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,83:0.45:186
chr12	48954225	rs7312017	G	C	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1284;ReadPosRankSum=0.712;SC=TGCTCTTATTGACCTGTTCTG;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=83;TCR=68;TR=81;WE=48954233;WS=48954215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,114:0.50:226
chr12	49048738	rs3741628	G	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
chr12	49048985	rs6580690	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=-0.957;SC=TTTTACAAGAGCGTCCAACAA;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=14;WE=49048993;WS=49048975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr12	49054491	rs3741629	G	C	32.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	49073358	rs3741630	A	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	49075811	rs2277365	T	G	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=50;PP=1160;ReadPosRankSum=0.870;SC=CATTTTGTCCTACGGCTCCAG;SOR=0.907;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=42;TCR=98;TR=70;WE=49075819;WS=49075801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,83:0.50:167
chr12	49076036	rs10783277	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=-1.810;SC=CCAGCGGCTCTCAGATCGGCC;SOR=1.038;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=49076044;WS=49076026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr12	49086963	rs3741632	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=444;ReadPosRankSum=0.875;SC=CAAATGCAGTGGGCTGAGTGG;SOR=0.640;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=29;WE=49086971;WS=49086953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr12	49095046	.	T	TCAC	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=25;MQ=58.68;NF=1;NR=2;PP=45;QD=29.3333333333;SC=TCTCCCTCTGTCACCCAGGCT;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=49095054;WS=49095036;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr12	49110248	rs1110432	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=0.063;SC=CCGGACGCCAGAGCATGGCGG;SOR=0.330;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=17;WE=49110256;WS=49110238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr12	49169317	.	G	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=463;ReadPosRankSum=0.394;SC=GACAGCACCTGAGGGAGGGAG;SOR=0.385;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=35;WE=49169325;WS=49169307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr12	49169613	.	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=0.210;SC=GACCCGAGATGAAATCTTCTC;SOR=0.105;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=49169621;WS=49169603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	49176645	.	G	A	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,123:0.48:258
chr12	49176860	rs55770045	G	A	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1165;ReadPosRankSum=0.108;SC=ACCAGACGGCGCCAGCAGGAT;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=86;WE=49176868;WS=49176850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,159:0.45:352
chr12	49177113	rs2453486	T	G	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=55;PP=1847;SC=AGAAGCCACCTGCCCGAGTGC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=49177121;WS=49177103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	49218171	rs2070615	A	G	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=27;PP=972;SC=GAGTTGGGCCATGAGTCAGTA;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=56;WE=49218179;WS=49218161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	49218465	.	CC	TT	4475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.54;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,117:0.51:229
chr12	49218687	.	T	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=0.925;SC=CCAGGGACCTTTCCCCCTTCA;SOR=1.162;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=19;WE=49218695;WS=49218677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr12	49218810	rs11379348	G	GT	936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=13;PP=889;SC=TGGGGACAGTGTTCTAGGCAG;SOR=0.756;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=21;WE=49218818;WS=49218800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	49219569	rs2453469	A	G	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=56;PP=1618;SC=AGTCCCCACCACCTGCTTCTG;SOR=1.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=81;WE=49219577;WS=49219559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	49221622	rs1045340	G	A	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=878;ReadPosRankSum=1.131;SC=AGGACTCAGAGCACAACCACA;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=71;WE=49221630;WS=49221612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,125:0.39:322
chr12	49226361	rs373617316	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=-0.013;SC=GACTGTCTACGAAAACAGGAG;SOR=0.934;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=21;WE=49226369;WS=49226351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr12	49228077	rs2453473	G	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=520;ReadPosRankSum=2.156;SC=CAGACAGCAGGCTGGCTGCTA;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=31;WE=49228085;WS=49228067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr12	49230035	rs1057908	T	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=256;ReadPosRankSum=0.478;SC=CCTGACGCTGTATAGGTGTTG;SOR=0.698;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=17;WE=49230043;WS=49230025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr12	49237652	rs2446993	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=1.842;SC=TTCATAAGAAGCTGAGCAAAC;SOR=0.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=16;WE=49237660;WS=49237642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr12	49238024	rs2446994	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AAATATTAACGGCAATGACAG;SOR=0.111;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=12;WE=49238032;WS=49238014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr12	49259194	rs2453489	T	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=7;PP=400;SC=ATCTGATGGGTCCTCTGGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=49259202;WS=49259184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	49298059	rs3809147	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=1.180;SC=TTTCTTCTAAGCTCTGTAACG;SOR=0.180;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=49298067;WS=49298036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	49308284	rs10747556	A	G	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=428;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CTGCAGAGGCACCGGCTCAGT;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=35;WE=49308292;WS=49308274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr12	49310724	rs10875891	GA	AG	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=514;ReadPosRankSum=-1.582;SC=GTATCCCTCAGAGCAGGGACA;SOR=0.726;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=15;WE=49310733;WS=49310714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr12	49310787	rs79716342	C	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=274;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GAAAGAGATTCACTATCTGCA;SOR=1.075;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=22;WE=49310795;WS=49310777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr12	49312432	rs10783294	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CTCAGTTGGTCAAGTAGATTT;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=49312440;WS=49312431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	49312540	rs78877829	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.656;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr12	49312593	rs10875893	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr12	49314862	rs10875894	C	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=264;ReadPosRankSum=-1.672;SC=AGGAGCTCACCAAGGTAAAGC;SOR=0.631;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=18;WE=49314870;WS=49314852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr12	49314994	rs4760600	A	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=448;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TGGAAAAGGTACAACAAAGTG;SOR=0.459;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=26;WE=49315002;WS=49314984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr12	49315300	rs138566110	A	AT	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.740;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	49319036	rs12829682	A	C	9159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.47;ReadPosRankSum=1.626;SOR=0.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,345:1.00:346
chr12	49319270	rs2272312	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=176;ReadPosRankSum=-1.307;SC=TGGCGGCAGCCAGGACAGCGT;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=12;WE=49319278;WS=49319260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr12	49325142	rs11168794	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=0.563;SC=AGTAGGAGAAGGTGGTAGTAG;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=49325150;WS=49325132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	49332092	rs1054376	G	A	140.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5209;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=0.508;SC=GGGGCAGTCCGGCTTGACTAA;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=49332100;WS=49332082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	49332366	rs4760666	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=-2.079;SC=CTTGTGGGGACAGGGAAAGGA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=21;WE=49332374;WS=49332356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr12	49333896	rs5798094	G	GA	1090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.997;HP=8;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=407;ReadPosRankSum=0.329;SC=GAACCCTTTGGAAAAAAAACA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=30;WE=49333904;WS=49333886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,73:0.47:155
chr12	49334044	rs708242	G	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=29;PP=799;SC=TAATCGTTAAGCTAGCAGCCT;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=49334052;WS=49334034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	49334762	rs12122	G	C	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	49334982	rs10747557	G	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-1.176;SC=CTAGACAAAGGAAATGTAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=8;WE=49334990;WS=49334972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	49359989	rs1051886	G	A	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=55;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.658;SC=GGAGCACGTTGTGCCCACGGC;SOR=0.962;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=91;WE=49359997;WS=49359979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,108:0.47:232
chr12	49361879	.	G	T	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=699;ReadPosRankSum=-1.387;SC=GGGGGCCAGGGCTGGGGCTTG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=47;WE=49361887;WS=49361869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,79:0.50:159
chr12	49362779	rs833834	T	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=12;PP=577;SC=GGAGAGAGGTTGGGGAGTGAT;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=49362787;WS=49362769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	49374806	.	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.776;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.042;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=283;ReadPosRankSum=-2.245;SC=CGCCTCCCTTCCCCTGGGCTC;SOR=0.152;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=22;WE=49374814;WS=49374798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr12	49390400	.	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=1.198;SC=ATATTTCAAGGATGAGAACAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=49390408;WS=49390392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	49390677	rs10783299	T	C	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1053;ReadPosRankSum=0.261;SC=GTTTCCAACCTCGGGCAGGGT;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=68;WE=49390685;WS=49390667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,93:0.49:188
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chr12	49416046	rs34546217	TC	T	1402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=794;ReadPosRankSum=-0.724;SC=AATCCCTCCTTCCTCGTCATC;SOR=0.632;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=23;WE=49416054;WS=49416036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
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chr12	49425978	rs3741622	T	C	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=596;ReadPosRankSum=0.365;SC=TGGGAGGTTGTGGCCCTGTAT;SOR=0.539;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=55;WE=49425986;WS=49425968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,79:0.45:175
chr12	49427652	rs3782357	C	T	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=731;ReadPosRankSum=0.474;SC=CAGCTGAGTGCTGTTGCTGTT;SOR=0.996;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=50;WE=49427674;WS=49427642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,70:0.48:147
chr12	49434074	rs10747559	C	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.196;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr12	49435646	rs376733417	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=1.726;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr12	49436124	.	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.619;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	49436724	rs12580349	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=231;ReadPosRankSum=0.530;SC=CCACAGGTCTACAAATGATCA;SOR=1.071;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=15;WE=49436732;WS=49436714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr12	49438419	.	C	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=473;ReadPosRankSum=1.588;SC=TTAGACGAGACAGCAGTGCTT;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=29;WE=49438427;WS=49438409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr12	49438734	.	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=2.217;SC=CCTTCGAAGCGAAAGTACTGG;SOR=0.865;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=22;WE=49438742;WS=49438724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr12	49439659	rs833818	C	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=367;SC=AGATGATGTCCGACGTCTGGT;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=17;WE=49439667;WS=49439649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	49442356	rs5798089	C	CA	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.562;NF=7;NR=6;PP=456;ReadPosRankSum=1.482;SC=TGGGTATCCCCAAAGTAGGTC;SOR=0.487;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=13;WE=49442364;WS=49442346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr12	49442484	rs369601017	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.381;NF=11;NR=23;PP=513;ReadPosRankSum=0.427;SC=AGAGAACCACGGTATTCTGCA;SOR=1.205;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=34;WE=49442492;WS=49442474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr12	49444545	rs2241726	G	A	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=270;ReadPosRankSum=0.955;SC=CAGCTGTGATGATGGGTGAGA;SOR=0.428;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=24;WE=49444553;WS=49444535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr12	49445028	rs75226229	G	A	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,96:0.53:180
chr12	49445369	.	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=703;ReadPosRankSum=1.350;SC=CAGGTGGTGGGGATGTGGGGG;SOR=0.933;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=51;WE=49445377;WS=49445359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr12	49445501	rs200939188	G	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=13.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=1.284;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
chr12	49445921	.	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=503;ReadPosRankSum=1.576;SC=GCGACTCCTCCAGTGGAGAAA;SOR=0.813;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=36;WE=49445929;WS=49445911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr12	49446450	.	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=0.580;SC=ACAGAGCATCGGGCTCGTCAG;SOR=0.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=28;WE=49446458;WS=49446440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr12	49460882	.	CTT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	49463352	rs71080168	CT	C	1850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=4.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=1.994;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,50:0.39:129
chr12	49463353	.	TC	CT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=29;NR=8;PP=2944;QD=20;SC=CACCACCAACTCTTCCAATCC;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=108;TCF=74;TCR=34;TR=37;WE=49463381;WS=49463343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:71,37:0.34:108
chr12	49463356	.	TCCAA	T	1817.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=8.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=2.968;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,52:0.34:152
chr12	49463361	rs200055056	TCCTCCACTCTTCC	T	1752.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=12.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=3.272;SOR=1.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,52:0.29:182
chr12	49498171	.	T	C	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=605;ReadPosRankSum=1.610;SC=TTAAAATCTCTTCAGCTGAAC;SOR=0.696;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=44;WE=49498179;WS=49498161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr12	49667103	rs9668136	A	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=16;PP=477;SC=ATAAAATTGAAGTTTCCATTT;SOR=1.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=49667111;WS=49667093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	49688884	rs368441833	CT	C	1145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.082;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.607;NF=14;NR=9;PP=736;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CGTGCCCCCCCTGAGACCGCA;SOR=0.307;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=23;WE=49688892;WS=49688874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr12	49690337	rs2070760	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr12	49691250	rs73112143	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr12	49691567	rs2236746	T	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=539;ReadPosRankSum=-1.618;SC=CCTCGGGCTCTTGCTCTGGCT;SOR=0.888;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=36;WE=49691575;WS=49691557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr12	49717533	rs8285	A	C	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.540;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1006;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CCAAGATCCAAGGGTAAGAGG;SOR=0.778;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=243;TCF=118;TCR=125;TR=102;WE=49717541;WS=49717523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,149:0.48:312
chr12	49720932	rs34098910	A	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=144;ReadPosRankSum=-0.947;SC=GTTGCAGAACACTGTGCCAAA;SOR=0.746;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=7;WE=49720940;WS=49720922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr12	49723963	rs4243545	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=0.569;SC=TGAGACAGGAAGTAGAGGGGC;SOR=0.664;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=12;WE=49723971;WS=49723953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr12	49724153	rs143183472	T	A	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TCCAGAGGAGTGCGGGGAACC;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=68;WE=49724161;WS=49724143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,100:0.53:188
chr12	49863325	.	TAAA	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	49883371	rs2272478	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=-1.589;SC=TCCTGACTTAATTTTAAAAAT;SOR=0.247;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=22;WE=49883379;WS=49883361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr12	49934565	rs7132792	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr12	49950251	rs113209368	C	G	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=960;ReadPosRankSum=0.200;SC=AGCCCCTCCCCTGGACCAGGT;SOR=0.454;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=65;WE=49950259;WS=49950241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,96:0.52:184
chr12	49951229	.	G	A	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=485;ReadPosRankSum=1.595;SC=CCCACAGGGAGGGTCCGTGCC;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=37;WE=49951237;WS=49951219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr12	49951528	rs144397719	C	T	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,102:0.52:195
chr12	49953307	.	G	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,59:0.47:126
chr12	50017182	.	C	CG	39	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=7;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=39;QD=30.0;SC=TTCTCCGTGCCGGGGGGGCGG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=50017190;WS=50017172;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	50037612	.	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=426;ReadPosRankSum=-0.517;SC=CTATCCACAGGAACTGAGGAG;SOR=0.873;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=33;WE=50037620;WS=50037602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,42:0.34:123
chr12	50040811	rs3841320	A	AG	1772.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.156;NF=5;NR=26;PP=1083;ReadPosRankSum=-1.664;SC=AAGAATGTGGAGGGGAAGGAA;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=31;WE=50040819;WS=50040801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,68:0.61:112
chr12	50047701	.	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=337;ReadPosRankSum=1.929;SC=GGAGCAGGCAGATCATCAGGG;SOR=0.379;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=20;WE=50047709;WS=50047691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr12	50059998	.	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=269;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TTCCTGTAAGGGAAACATGCA;SOR=0.507;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=15;WE=50060006;WS=50059988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr12	50149620	.	C	CT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	50151977	rs2720305	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=501;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AGAATTGATCGTAATACTGTG;SOR=0.933;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=32;WE=50151985;WS=50151967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr12	50152601	.	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr12	50155400	rs6580721	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.556;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=279;ReadPosRankSum=0.127;SC=TCGTGGGGGTAGGGGTGGGGT;SOR=3.841;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=16;WE=50155408;WS=50155390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr12	50174299	rs61402274	A	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,60:0.45:132
chr12	50174307	rs111500583	CA	C	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=2.286;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,49:0.35:140
chr12	50188391	rs12314502	C	A	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=8;PP=669;SC=GTCACTGACCCCCCCACCAGC;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=50188403;WS=50188381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	50188395	rs60633549	CA	C	1336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=9;PP=1131;SC=CTGACCCCCCCACCAGCTGCT;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=50188403;WS=50188381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	50188434	rs2603105	T	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=23;PP=937;SC=TTTTGACCTCTGGGAAGCCCC;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=50188442;WS=50188424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	50188793	.	G	A	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=1028;ReadPosRankSum=1.299;SC=CTTCCCTCCGGAGCGGGGAGC;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=62;WE=50188801;WS=50188783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,89:0.56:158
chr12	50189807	rs2720298	C	A	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=33;PP=1303;SC=CATAGGGGTACGATTCTGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=65;WE=50189815;WS=50189797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	50189834	rs2603104	T	G	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=28;PP=1126;SC=GACTGGGGGGTACTCCAGGGC;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=60;WE=50189842;WS=50189824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	50192009	rs1075366	T	C	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=23;PP=1802;SC=ATCTGCTTTTTTTGGCATTCG;SOR=1.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=83;WE=50192017;WS=50191999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	50197880	rs7953534	G	A	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=27;PP=827;SC=CAGGGAATGAGGAGGAAGTGA;SOR=1.071;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=45;WE=50197888;WS=50197870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	50271372	rs1248263	G	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=3.145;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	50283465	rs643971	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	50284583	rs113855392	A	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=773;ReadPosRankSum=0.382;SC=TGTTGCAGGGAGGGGGTCTCT;SOR=0.772;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=10;TCR=66;TR=42;WE=50284591;WS=50284573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr12	50290728	.	A	G	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=21;QD=13.9428031368;SC=CTACGGGCTCAGATTAGGTCA;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=50290736;WS=50290718;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	50291735	rs297937	G	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=180;ReadPosRankSum=0.521;SC=CCCCACTGAGGCTCCCAGTCC;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=15;WE=50291743;WS=50291725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr12	50297670	rs706795	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	50304588	rs487165	A	T	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=30;PP=1493;SC=AGGCATCGGCATTCTGAGTCG;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=75;WE=50304596;WS=50304578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	50304949	rs450798	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=530;SC=TTTCCCCAGGGTCTCACGGGT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=50304957;WS=50304939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	50305007	rs394119	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=148;SC=TCCGTTTCTCCACCAGATGGA;SOR=1.473;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=50305015;WS=50304997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	50348078	rs426496	T	C	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=44;PP=2211;SC=TAGGCTTCTCTGTGGCCCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=118;WE=50348086;WS=50348068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	50348674	rs402813	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=256;SC=TCAGTTTCCACGTCTGTGAAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=50348682;WS=50348664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	50349090	rs410837	A	G	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=164;SC=CGGGGAGGAGAGGTGCGGCCG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=50349098;WS=50349080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	50349123	rs371777	C	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=278;SC=CCGGGGCCTGCGGGCTCCGCG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=50349131;WS=50349113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	50349143	rs403201	C	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=384;SC=GTGCCGGTGCCGGCGCGGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=50349151;WS=50349133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	50349411	rs457487	C	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=167;SC=GCGGCCTCTACGGCCCCGACG;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=50349419;WS=50349401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	50349765	rs467323	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=9;PP=208;SC=TTGGGGGTTCCGGGAATGATG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=50349773;WS=50349755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	50356174	rs139560378	TGGG	T	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=41.13;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	50358073	rs296753	C	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=39;PP=1068;SC=GGGTGGGCCACGGAGTGGTGG;SOR=1.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=50358081;WS=50358063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	50368013	rs296748	C	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=32;PP=1051;SC=TGTCACCCCCCTCCAGCTGAG;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=50368021;WS=50368003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	50386015	rs296737	C	T	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	50391055	.	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	50393372	rs378943	G	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=498;SC=TTTTACACAGGCCAGTTTAGT;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=50393380;WS=50393362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	50395166	.	TTC	T	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=73;QD=41.0;SC=AAACAATGTGTTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=50395175;WS=50395156;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr12	50452708	rs653576	C	G	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=36;PP=1337;SC=TCCTGGGCTCCCTGGCTGTGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=50452716;WS=50452698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	50467644	rs706792	G	T	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=29;PP=1607;SC=GGTGCTGTGGGCGGTGGCCTT;SOR=1.116;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=75;WE=50467652;WS=50467634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	50467769	rs706793	G	A	6182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	50473660	rs404751	A	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=9;PP=603;SC=CACTCAACTGAGACCTCTCAC;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=50473668;WS=50473650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	50480150	.	AGAGG	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=19.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,4:0.12:34
chr12	50482211	rs646782	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=23;PP=801;SC=TGAGTTTTTTTCCATTGTTGT;SOR=1.259;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=36;WE=50482219;WS=50482201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	50484013	rs73121544	G	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-1.936;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr12	50498139	rs836178	T	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=191;SC=AGATGAGAAGTGGGGCTCCCT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=50498147;WS=50498129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	50503082	rs836179	A	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=279;SC=AGAAACTCACAGCCATCCTTC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=50503090;WS=50503072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	50503269	rs836180	C	T	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	50599984	rs1362984	T	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GAATTTTTTTTAAATTACAAA;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=10;WE=50599992;WS=50599974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr12	50627994	rs74548567	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=1.266;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr12	50744094	rs7296277	G	A	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=11;PP=443;SC=AAAACTAGACGTAAATAATTA;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=50744102;WS=50744084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	50744119	rs7296291	G	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=14;PP=558;SC=TACCTGGCATGCTGGATCAGC;SOR=0.883;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=50744127;WS=50744109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	50744171	rs7312252	T	C	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=18;PP=640;SC=CCAACTGAACTGTGTCCATAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=50744179;WS=50744161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	50744753	rs10506292	T	C	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=41;PP=1442;SC=TTGCCAATCTTTTCTTAGCAA;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=78;WE=50744761;WS=50744743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	50746348	rs7304951	A	G	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=42;PP=1771;SC=TGAGGGGTGAAAGGGATCCCC;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=90;WE=50746356;WS=50746338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	50746917	rs10876023	A	G	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=52;PP=1959;SC=GGCCTGCTGAAGGGTTAGAGT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=106;WE=50746925;WS=50746907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	50747005	rs10876024	T	C	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;QD=26.31;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	50749221	rs4435082	G	C	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	50749227	rs4625558	T	G	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	50749554	rs74090114	G	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=363;ReadPosRankSum=-1.318;SC=AGAAGGTCCAGGTAACACTTT;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=25;WE=50749562;WS=50749544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr12	50750040	rs7964439	C	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=11;PP=348;SC=TACTGAAGAACAAAACATAAA;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=50750048;WS=50750030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	50754563	rs12303082	T	G	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=18;PP=905;SC=TGTTTCTTCTTTTCGTCGAGG;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=50754571;WS=50754553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	50824275	rs77680811	C	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=-1.378;SC=TTTCTACCATCAGGAGAAAGC;SOR=1.270;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=8;WE=50824283;WS=50824265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr12	50856259	rs5798139	C	CA	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.627;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr12	50868097	rs58888905	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=AGGAGTGTTAGGGTCACTGCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=50868105;WS=50868087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	50898784	.	T	TGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGC	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.376;QD=14.97;ReadPosRankSum=1.158;SOR=1.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr12	51019633	rs34609458	TC	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	51034721	rs2731436	C	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=511;SC=TAATACTTGTCTTTTTTTTCC;SOR=2.066;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=51034729;WS=51034709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	51053873	.	CT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr12	51074442	.	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.961;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=-1.570;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr12	51076844	rs2731447	C	T	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=182;SC=ATAAATATTACATACTTAGAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=51076852;WS=51076834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	51076887	.	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TGTTTTTATTCCTCTGTTAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=7;WE=51076895;WS=51076877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	51089572	rs2684890	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=285;ReadPosRankSum=0.246;SC=TTATTGTGGTGTATTACATAT;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=21;WE=51089580;WS=51089562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr12	51089616	rs2684891	T	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=521;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AACTTCATCCTTTTTGAATTT;SOR=0.539;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=39;WE=51089624;WS=51089606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,56:0.45:124
chr12	51112586	rs3803181	T	C	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=641;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TAGAAGAGAATGATTTGGTGA;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=52;WE=51112594;WS=51112576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,76:0.55:138
chr12	51125017	rs3825401	T	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=0.854;SC=CAAGACTGATTCTTAGAGCTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=51125025;WS=51125010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr12	51128141	rs58301497	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=-0.243;SC=ATAAGATTTACATTTATAAGA;SOR=0.917;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=17;WE=51128149;WS=51128131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr12	51130869	rs141436517	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=0.098;SC=CCAAAGGGCCGGTTGGAGACT;SOR=0.464;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=27;WE=51130877;WS=51130859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr12	51135167	rs1975351	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.85;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr12	51203226	rs4986837	GT	G	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.696;NF=10;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=0.312;SC=TAGAGTTCTGGTTTTTTTTAC;SOR=0.527;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=13;WE=51203234;WS=51203216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr12	51207704	rs829112	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TACCTGTTTTAGTAAATAGTG;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=51207712;WS=51207694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	51236931	rs829121	G	A	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=32;PP=870;SC=GGCGCATGCAGAGGGCAGTAC;SOR=1.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=51236939;WS=51236921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	51319346	rs2359005	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr12	51348041	rs17125126	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CTAATACATGGTAAGCCCCCA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=51348049;WS=51348031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	51354625	rs67646958	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	51354692	rs141832341	G	GT	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.72;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr12	51354694	rs79907213	C	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.46;ReadPosRankSum=0.722;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr12	51354696	rs79534240	C	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.12;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr12	51354803	rs12306808	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=420;ReadPosRankSum=0.408;SC=AGCTAAAGTACAGAAGAGATC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=36;WE=51354811;WS=51354793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr12	51382232	rs161044	T	C	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=29;PP=1046;SC=AAAGACAAAATATGGTCATCA;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=51382240;WS=51382222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	51386527	rs224567	A	G	891.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.28;ReadPosRankSum=-1.324;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,24:0.92:26
chr12	51386548	rs224568	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.92;ReadPosRankSum=3.312;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr12	51386839	rs224569	C	G	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=99;SC=TGCTGTGCTGCGCACTGTGCC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=51386847;WS=51386829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	51386868	rs224570	T	C	37.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	51390794	rs17216044	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=222;ReadPosRankSum=0.666;SC=TTTACAGGAACGTGAAACGGG;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=14;WE=51390802;WS=51390784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr12	51393116	rs224454	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=427;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CTCCCATTCCCGCTCTCCTTA;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=32;WE=51393124;WS=51393106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,53:0.42:125
chr12	51399050	rs224589	T	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=8;PP=533;SC=GATGTGAGAGTGTATTATGTG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=51399058;WS=51399040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	51399997	rs224590	A	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.44;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	51400084	rs140582579	AAAAC	A	413.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=5;PP=292;SC=CTCCGTCTCAAAAACAAACAA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=51400095;WS=51400074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	51402905	rs445520	T	G	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=11.839;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.10;ReadPosRankSum=1.454;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,127:0.98:130
chr12	51404467	rs427020	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr12	51404679	rs370462	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=-0.906;SC=AATTAGGTAACCTTGAAAATA;SOR=0.675;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=12;WE=51404687;WS=51404669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr12	51442944	rs12379	G	A	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-1.968;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,93:0.55:170
chr12	51447452	.	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.046;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=-1.141;SC=AAATTTGGTCCTTTTTCTGGG;SOR=0.177;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=9;WE=51447460;WS=51447442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr12	51453366	rs3190077	A	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=1.402;SC=CATGGCACACATGTGGGAACT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=51453374;WS=51453356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr12	51457854	rs11542510	G	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=366;ReadPosRankSum=0.537;SC=GCCTTCTTCCGTACCAGGCTC;SOR=0.887;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=22;WE=51457862;WS=51457844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr12	51461422	rs75224123	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr12	51461425	rs4768956	C	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.85;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	51461793	rs2029146	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr12	51467596	rs11169696	A	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.260;NF=10;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=-0.246;SC=ATCCCAGAACACTTAGGCACC;SOR=2.476;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=11;WE=51467604;WS=51467586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr12	51493425	.	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=429;ReadPosRankSum=2.117;SC=CTAGTGTGTCCAGAACAACCT;SOR=0.463;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=27;WE=51493433;WS=51493415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr12	51493573	.	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=631;ReadPosRankSum=0.872;SC=CTAAGGGGAGGAAAAAGGCTA;SOR=1.029;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=39;WE=51493581;WS=51493561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr12	51497585	rs80329082	T	C	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=934;ReadPosRankSum=0.182;SC=ACCAAATAGATTTGTCTGTTA;SOR=0.612;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=68;WE=51497593;WS=51497575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,100:0.59:169
chr12	51502791	rs7134695	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=0;PP=314;SC=AGACTTTTTGCGTGTGTGTGA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=51502799;WS=51502781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	51504799	rs7978782	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=34;PP=1023;SC=TTGAACAATTTTGAGGGCCAC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=51504807;WS=51504789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	51504894	rs11308041	GT	G	128.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.754;QD=7.14;ReadPosRankSum=-2.861;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	51510080	rs75931407	T	C	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=918;ReadPosRankSum=-0.862;SC=TCCTAGGCAATAGATTCTCTT;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=68;WE=51510088;WS=51510070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,96:0.55:174
chr12	51511244	rs10876138	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	51512637	rs3839987	CT	C	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.904;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=298;ReadPosRankSum=1.155;SC=AACTGCAATGCTTTGGAAAGC;SOR=2.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=10;WE=51512645;WS=51512627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	51519106	rs17122760	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=0.614;SC=CAACATCCACATTATATAAGG;SOR=1.085;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=19;WE=51519114;WS=51519096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr12	51585335	rs10783419	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=0.647;SC=GTGGCACCAGGCAGCTGAGCA;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=51585343;WS=51585325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	51585599	rs10735831	T	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.95;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr12	51585601	rs10747606	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.97;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr12	51589806	.	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=380;ReadPosRankSum=1.220;SC=GCCACAGGTGGAGGCAGGGGG;SOR=0.433;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=21;WE=51589814;WS=51589796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr12	51632507	rs7979728	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=-1.899;SC=GCGGGACCGCGCGGACCCTCC;SOR=0.376;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=13;WE=51632515;WS=51632497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr12	51636259	rs1049467	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AAGGCCACCTCTGTGCCGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=12;WE=51636267;WS=51636249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	51663215	rs2114876	T	C	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	51681846	rs4611251	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=329;SC=TTTTAATGTACAAAAAAATAG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=51681854;WS=51681836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	51681903	rs7954976	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=17;PP=596;SC=TCCGAGGAGTTAGCTGAGATA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=51681911;WS=51681893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	51685831	rs3210837	T	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=35;PP=1273;SC=ACTTGGCCCTTTCAGTGGTAG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=51685839;WS=51685821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	51686204	rs7306505	T	C	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=30;PP=678;SC=TTACGATGCATGTAATAAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=49;WE=51686212;WS=51686194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	51686285	rs7135343	A	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=232;SC=GTGAAATGAAAAAAGGCCAAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=51686293;WS=51686275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	51691149	rs3782469	A	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=25;PP=704;SC=TCAGGAGATCAAGACCATCCT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=51691157;WS=51691139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	51707801	.	C	CTTAT	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.605;NF=0;NR=6;PP=260;ReadPosRankSum=-1.349;SC=AAGGGCTGTACTTATTTATTT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=51707809;WS=51707791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	51722311	rs7138439	C	T	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=21;PP=956;SC=GCAAGTCCTACTGCAGATCTA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=51722319;WS=51722301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	51735022	rs934089	A	T	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=24;PP=941;SC=AATGTAGGCAACTTACTCTTG;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=51735030;WS=51735012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	51740388	rs907354	C	A	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=38;PP=1293;SC=AGGGTTGCGACTGGACCATAT;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=51740396;WS=51740378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	51748326	rs2288369	G	A	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=22;PP=674;SC=ACCTCTTAACGGTGCTACCAG;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=51748334;WS=51748316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	51748395	rs7971653	G	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=459;SC=GGCACAAAGAGGACACTTCCC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=51748403;WS=51748385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	51752085	rs5798170	GT	G	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=2.149;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr12	51752897	rs907347	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=626;SC=AAACCTCTCCGAGAACCATTT;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=51752905;WS=51752887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	51796889	rs376258966	ATTAGGTAATAGGTATAAACTGCTCAGAACAGTGCTCAGAACATAATAAATGC	A	1230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=2;PP=2900;SC=TGAAATTTAGATTAGGTAATA;SOR=2.468;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=51796948;WS=51796879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	51846090	rs1995691	G	A	424.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=0.919;SC=GGGTAGGCAAGTGTGTACCCT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=51846098;WS=51846080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr12	51851058	.	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=0.702;SC=TGCCCTTTACCCCACTCCACC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=51851066;WS=51851048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	51851126	rs4512904	G	A	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=19;PP=1043;SC=GTGAGTGCCTGCTTTCCAGAC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=58;WE=51851134;WS=51851116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	51852511	rs6580835	C	T	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=27;PP=803;SC=TTGCTGGAATCTGGGTAAGGT;SOR=1.146;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=42;WE=51852519;WS=51852501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	51855984	rs2271149	G	A	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=176;SC=TCAGATCCCCGTGACAGAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=51855992;WS=51855974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	51863643	rs4491281	T	C	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=23;PP=445;SC=CCAGGTCCACTGTGGGGGAAA;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=29;WE=51863651;WS=51863633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	51864979	rs2292217	T	C	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=20;PP=1078;SC=TTCCAGTGCTTGTTTAGATGA;SOR=1.460;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=66;WE=51864987;WS=51864969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	51869098	rs868884	G	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=24;PP=648;SC=GGAGAACTCCGGATGTCCTGA;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=51869106;WS=51869088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	51874054	rs4761970	C	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	51879826	rs10783445	G	T	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=328;SC=ACCTTGTCATGTAGAAAAGCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=51879834;WS=51879816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	51888998	rs2102376	G	T	128.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=113;SC=TAAGTGTACAGTTGAGTGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=51889006;WS=51888988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	51890721	rs10783448	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=9;PP=512;SC=TTTAAGTCCAGGAAGGAAATT;SOR=1.460;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=28;WE=51890729;WS=51890711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	51898014	rs3896351	A	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=353;SC=AGAGCTAAATATTCAGCCTCC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=51898022;WS=51898004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	51898108	rs3858636	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=215;SC=CAGGTTATGGGAATCACAAGA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=51898116;WS=51898098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	51901390	rs7305599	A	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=309;SC=GTGCATTGGAAGGCATCCAGC;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=51901398;WS=51901380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	52080965	rs4761829	C	T	5092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=50;PP=2068;SC=TTTTACGGGACCCATGGAACT;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=116;WE=52080973;WS=52080955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	52099153	rs2291265	C	T	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=22;PP=1232;SC=GTTTTCAGCCCGGTTCATTTG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=66;WE=52099161;WS=52099143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	52100288	rs201018451	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=214;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GGCTCCCCTCGGAGCTCTTCT;SOR=0.299;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=16;WE=52100296;WS=52100278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr12	52100566	rs10783474	G	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=288;SC=ATGTGTATATGTATATTATAC;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=52100574;WS=52100556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	52139669	.	C	CT	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr12	52156255	rs303767	A	C	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	52159438	rs56879517	G	GT	590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.90;ReadPosRankSum=-1.160;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr12	52159449	rs201193105	C	T	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=2.849;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr12	52163789	rs303808	G	A	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=13;PP=331;SC=GATGAGGAGCGGATGGGCTGG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=52163797;WS=52163779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	52173781	rs76315468	G	GTTC	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=221;SC=TGGAGCCACAGTTCTTGGGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=52173789;WS=52173771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	52184271	rs303815	T	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	52200028	rs303828	C	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=8;PP=482;SC=GGGTGTCTCCCATCTCAATAA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=52200036;WS=52200018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	52200742	rs60637	C	A	6114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TGCCCAAGCCCAATACCATTG;SOR=0.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=150;WE=52200750;WS=52200732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr12	52204246	rs172559	T	C	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=72;PP=1754;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TAAGTGGCAATGCTTTGCCAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=24;TCR=74;TR=95;WE=52204254;WS=52204236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr12	52215102	rs303819	T	G	5510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=65;PP=2427;ReadPosRankSum=-0.665;SC=CCTTTGGGAGTCTCCCCCGAC;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=131;WE=52215110;WS=52215092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr12	52225638	rs633370	T	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=355;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TATATATACATTTTTGAGACA;SOR=0.854;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=27;WE=52225646;WS=52225628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr12	52281920	rs697633	G	A	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=23;PP=1331;SC=TGGGGCCCCAGTCCCAGCTGC;SOR=1.361;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=75;WE=52281928;WS=52281910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	52282060	rs697634	C	T	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=7.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,114:0.54:212
chr12	52282191	rs140460423	G	C	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1153;ReadPosRankSum=-2.142;SC=CTTGCTTAGGGCTCCTGACCC;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=62;TCR=89;TR=79;WE=52282199;WS=52282181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,109:0.53:204
chr12	52282748	rs697635	G	A	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=29;PP=1130;SC=GGGTCTTCACGGGGTTTGGGG;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=56;WE=52282756;WS=52282738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	52282873	rs697636	A	T	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.65;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	52282873	.	ACCAC	TCCAC,TCCAT	479	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=27,10;NR=36,14;PP=479,220;QD=8.15509861186;SC=GTCGCATGCTACCACGGCTTC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=63,24;WE=52282885;WS=52282863;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:64
chr12	52282877	rs141998598	C	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.010;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
chr12	52283302	rs4762026	C	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=664;SC=GGCAGGTGTGCGGGGCCTGGA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=52283310;WS=52283292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	52284233	rs706832	T	C	5894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	52284274	rs7303111	G	A	10808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=134;NR=97;PP=2965;SC=GGCTTCGAATGTAACCCACAT;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=135;TCR=97;TR=231;WE=52284282;WS=52284264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr12	52284483	rs7303030	A	G	8533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=107;PP=2965;SC=GGCGGCCCCAAGTGGAGCAGC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=103;TCR=108;TR=210;WE=52284491;WS=52284473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr12	52284668	rs12368048	C	A	9289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.602;SC=ACTGCCACAACCAGCCTGGCC;SOR=0.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=115;TCR=124;TR=238;WE=52284676;WS=52284658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,345:1.00:346
chr12	52284988	.	C	T	3127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=67;PP=1511;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GAAGCCCAGTCCTTCAGGACA;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=241;TCF=104;TCR=137;TR=114;WE=52284996;WS=52284978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,161:0.48:336
chr12	52307145	rs2071218	C	T	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	52307308	rs2071219	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=13;PP=457;SC=GAGCTGACCTAGTGGAAGCTG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=52307316;WS=52307305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	52309144	.	C	T	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=982;ReadPosRankSum=0.032;SC=CTGAGGCTAGCTGTGTCCGCG;SOR=0.660;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=70;WE=52309152;WS=52309134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,98:0.57:173
chr12	52345497	rs10540557	TGCG	T	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=5;PP=278;SC=GCTGCTGGGCTGCGGCGGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=52345507;WS=52345487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	52369080	rs143851615	G	A	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=795;ReadPosRankSum=0.942;SC=GCTGCCTCCAGGCCAACTACA;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=50;WE=52369088;WS=52369070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,71:0.57:124
chr12	52369300	rs2242106	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=449;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TGAGTGCATGCCCTTGTTGGG;SOR=0.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=36;WE=52369308;WS=52369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr12	52369956	rs3214829	G	GA	43.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=61;SC=CATCTAGGCAGCAAGACTAGC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=52369964;WS=52369946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	52381026	rs2252518	C	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=-1.602;SC=CCCCGGTGCGCATAGCACGGG;SOR=0.846;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=9;WE=52381034;WS=52381016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr12	52404618	rs1298913	T	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.082;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=487;ReadPosRankSum=1.693;SC=CTATGGGACTTCTACACCTTT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=52404626;WS=52404608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr12	52408422	rs1283166	A	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=34;SC=GACCCTTTGCAGAGGCCACCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=52408430;WS=52408412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	52448157	rs2701124	G	A	4666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=54;PP=2098;ReadPosRankSum=-1.390;SC=CACCGAGTCCGGGACCCCGTG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=186;TCR=123;TR=138;WE=52448165;WS=52448147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,235:0.45:519
chr12	52470531	rs199948446	C	CA	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=597;ReadPosRankSum=-1.714;SC=GGTGGGAACTCAGAGGCCTTG;SOR=0.105;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=17;WE=52470539;WS=52470521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr12	52473649	rs77130816	C	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	52565322	rs3741737	G	T	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=6.817;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=24.50;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr12	52566047	rs3741736	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=373;ReadPosRankSum=1.006;SC=CCAGCTTGACGTTCATCAGCT;SOR=1.335;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=27;WE=52566055;WS=52566037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr12	52566650	rs73103470	A	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=0.819;SC=CCTCATAACTACTTTAGGAGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=52566658;WS=52566640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	52567562	.	G	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=619;ReadPosRankSum=0.201;SC=ACCGGGCACAGATGTGGGGGC;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=46;WE=52567570;WS=52567552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr12	52574519	.	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=364;ReadPosRankSum=-1.040;SC=TCAGAGCCTCGAAAAAGGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=22;WE=52574527;WS=52574509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr12	52574780	rs4762060	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=-1.229;SC=TCAGCTGGATATGGTGGGGGC;SOR=1.371;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=52574788;WS=52574770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr12	52600033	rs10747632	T	C	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=29;PP=885;SC=CGAGGGGACGTGAAGTAAGTG;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=44;WE=52600041;WS=52600023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	52602013	rs1902767	C	T	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=41;PP=1711;SC=TTGGCGCCTCCGTAATCTCCC;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=95;WE=52602021;WS=52602003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	52627007	rs7308751	C	T	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.898;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.590;NF=36;NR=26;PP=833;ReadPosRankSum=2.124;SC=GGATAAAAGGCGCGGAGTGTC;SOR=0.438;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=62;WE=52627015;WS=52626997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,95:0.61:156
chr12	52627215	rs7308888	A	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=646;ReadPosRankSum=2.156;SC=TCGGCGCCTCACGGCCGCGCG;SOR=0.564;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=45;WE=52627223;WS=52627205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,52:0.46:113
chr12	52631313	rs6580870	A	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
chr12	52631394	rs10637094	C	CAT	2492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=1262;ReadPosRankSum=0.582;SC=TGTCTGAAAACATGGGACAAA;SOR=0.638;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=28;WE=52631402;WS=52631384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,65:0.51:128
chr12	52631510	.	ATG	A	87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=59.52;NF=0;NR=9;PP=87;QD=10.0;SC=GGGTGCGTGTATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=9;WE=52631519;WS=52631500;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,9:0.39:23
chr12	52632573	rs7300317	A	G	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=478;ReadPosRankSum=-1.069;SC=AGGACCATGGAGCTGGGTGAC;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=34;WE=52632581;WS=52632563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr12	52632640	rs73105199	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=314;ReadPosRankSum=-2.668;SC=CCCCGCCTCTGTGTCAGTCCA;SOR=0.572;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=27;WE=52632648;WS=52632630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr12	52635360	rs999665	G	A	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,80:0.44:183
chr12	52635443	rs2243588	T	C	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.394;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,67:0.46:147
chr12	52635461	.	C	T	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=457;ReadPosRankSum=-0.681;SC=TGCCAGGGTCCTTGGTGGCAG;SOR=0.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=32;WE=52635469;WS=52635451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,57:0.51:112
chr12	52635560	rs999666	A	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-0.896;SC=TGTGGTGCTCAGCCCTGGAGA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=10;WE=52635568;WS=52635550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	52639302	rs2608009	G	C	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.327;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr12	52642093	.	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.140;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-1.205;SC=CCTGCTGGAGGGGCCAGGAGA;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=5;WE=52642101;WS=52642083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr12	52645754	rs1894035	T	C	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=2.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,125:0.52:240
chr12	52648297	rs9325150	T	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	52649887	rs2168762	T	C	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,100:0.45:224
chr12	52649954	rs2242139	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=325;ReadPosRankSum=-0.577;SC=AGGTTGCTCTTGCAGCACTCA;SOR=1.086;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=27;WE=52649962;WS=52649944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr12	52660812	rs2852474	G	A	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=788;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TCAAGGAGCTGACCCACATGA;SOR=0.940;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=60;WE=52660820;WS=52660802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,89:0.48:186
chr12	52660904	rs2857686	C	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=367;ReadPosRankSum=0.353;SC=GACTTATGGCCTAACCTTTGT;SOR=1.008;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=21;WE=52660912;WS=52660894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr12	52661075	rs748040	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=396;ReadPosRankSum=-0.560;SC=CTGGACATATCCAGGTAATGG;SOR=0.824;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=31;WE=52661083;WS=52661065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr12	52661192	rs1870222	A	G	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.72;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	52661192	.	AACCG	GACCA,GACCG	469	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=16,28;NR=19,34;PP=469,330;QD=14.9276535675;SC=CCTTAGCGATAACCGCTGCAA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=35,62;WE=52661217;WS=52661182;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.56:63
chr12	52661196	rs2077346	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,59:0.64:92
chr12	52661209	rs1870223	T	C	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=30;PP=1213;SC=GCAAGCTGGTTGAGCTGGAGG;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=52661217;WS=52661182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	52661302	rs1870224	C	A	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=500;SC=CTTCTTGCCACCTTCTAGATG;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=52661310;WS=52661292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	52679937	rs3660	C	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=0.999;SC=TTTCAAAGTGCAGGAGAAGTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=52679945;WS=52679927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	52680008	rs3657	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=0.648;SC=GCAGGAAAGATGCCTGGGGCC;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=14;WE=52680016;WS=52679998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr12	52680429	.	C	T	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=3.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.081;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr12	52681056	rs4761856	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.171;NF=8;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=-1.298;SC=CACTGAGGGCCGCCTCACCCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=17;WE=52681064;WS=52681046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr12	52681080	rs4761784	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.058;NF=6;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=0.018;SC=GCTCAGACTGGGCCACCGCGG;SOR=0.644;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=16;WE=52681088;WS=52681070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr12	52681416	rs7300801	T	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.032;NF=39;NR=17;PP=972;ReadPosRankSum=0.940;SC=CCGTCAGCCTTTGGATCATGC;SOR=1.171;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=56;WE=52681424;WS=52681406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,57:0.42:137
chr12	52681437	rs3187034	A	G	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.123;NF=38;NR=27;PP=872;ReadPosRankSum=-1.440;SC=GGTTCAGCTCATTGATCTCCT;SOR=0.706;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=65;WE=52681445;WS=52681427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,63:0.43:147
chr12	52681533	rs7300941	T	C	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.238;NF=37;NR=47;PP=1316;ReadPosRankSum=2.167;SC=GCTCATGAGGTTCAGGGTGGG;SOR=0.474;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=147;TCF=62;TCR=85;TR=84;WE=52681541;WS=52681523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,109:0.52:208
chr12	52681714	rs6580872	T	C	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=35;PP=1883;SC=TTAATAGATATCTCACATCCC;SOR=1.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=87;WE=52681722;WS=52681704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	52681733	rs7954186	A	C	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.489;NF=33;NR=31;PP=1054;ReadPosRankSum=1.281;SC=CCTCCCACTGACACGTCTAGC;SOR=0.682;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=64;WE=52681741;WS=52681723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,75:0.52:144
chr12	52681925	rs6580873	A	C	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=46;PP=1088;SC=CTGGAGAATGAGGATCTCCTG;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=63;WE=52681933;WS=52681915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	52681968	rs6580874	T	C	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.47;QD=32.51;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	52682141	rs12812669	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.179;NF=11;NR=5;PP=267;ReadPosRankSum=-0.014;SC=CCCTGAGCCCGCACCTCCTCA;SOR=0.205;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=16;WE=52682149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr12	52685096	rs2071588	C	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.755;NF=8;NR=2;PP=138;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CGAAAGCCTCCGCACACGCTG;SOR=1.483;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=10;WE=52685104;WS=52685086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr12	52685195	.	C	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.402;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=1.108;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr12	52695630	rs1894033	C	T	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=364;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GAACGCCTGACGCCCCGACCA;SOR=0.810;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=30;WE=52695638;WS=52695620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr12	52695754	rs74651927	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.222;NF=22;NR=25;PP=544;ReadPosRankSum=-0.724;SC=TCTCGGCCTGCGGGCCCCGGC;SOR=0.545;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=47;WE=52695762;WS=52695744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,68:0.43:157
chr12	52695787	rs112261068	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.038;NF=14;NR=23;PP=492;ReadPosRankSum=0.576;SC=GCATCACCGCCGCCCCCTACC;SOR=0.666;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=37;WE=52695795;WS=52695777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr12	52699379	.	C	T	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1012;ReadPosRankSum=0.554;SC=CCTGCAAAATCATCTGTCATG;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=72;WE=52699387;WS=52699369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,93:0.55:169
chr12	52699605	rs143375568	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=1.255;SC=GTCAGAGAGACCGAGGGTCTA;SOR=0.487;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=30;WE=52699613;WS=52699595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr12	52699714	rs12815182	T	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=184;ReadPosRankSum=-1.600;SC=TCTCTGTGAGTCCCAGGTGAT;SOR=0.883;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=12;WE=52699722;WS=52699704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	52700100	rs11612715	C	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=0.462;SC=CCCAGCCCTGCCAGGGTTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=14;WE=52700108;WS=52700090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr12	52708420	rs2857671	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=0.249;SC=GCCACTTAATGCCTCCCCTGG;SOR=0.375;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=9;WE=52708428;WS=52708410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr12	52708565	rs2857670	A	G	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.138;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=457;ReadPosRankSum=-1.580;SC=ACACGCAGAGATCCCCGCACA;SOR=0.928;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=33;WE=52708573;WS=52708555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,73:0.52:140
chr12	52708730	rs113407094	A	AGGTGT	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TCTATTCTGAAGGAGGGAACC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=52708738;WS=52708720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	52708978	rs3825221	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=1.021;SC=GACCAACCTATCCTCTTTACT;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=52708986;WS=52708968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	52709032	rs3741721	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=6.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr12	52709880	rs2852468	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-2.880;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
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chr12	52710721	rs2852464	G	C	4698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.284;QD=21.55;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,123:0.56:218
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chr12	52710913	rs2852462	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=328;ReadPosRankSum=2.727;SC=TCTCATGTTTAGAGAAACAAA;SOR=0.770;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=20;WE=52710921;WS=52710903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr12	52711450	rs2248619	T	C	195.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CCCACCATGGTTGAGAGCCCC;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=52711458;WS=52711440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr12	52711549	rs2857667	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=163;ReadPosRankSum=0.693;SC=GGAGGTAGGCGCAGTCCACAT;SOR=0.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=8;WE=52711557;WS=52711539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	52711624	rs2857666	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.867;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=276;ReadPosRankSum=0.749;SC=ACCTGGCTGCCATGTGGCAGG;SOR=1.368;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=16;WE=52711632;WS=52711614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr12	52711776	rs2852459	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=1.432;SC=AGGGAGAACAGGACCTTGTCT;SOR=1.098;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=19;WE=52711784;WS=52711766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr12	52713088	rs2857663	G	A	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=515;ReadPosRankSum=0.484;SC=CAGCACTCGCGGTTTTGGTAG;SOR=0.668;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=36;WE=52713096;WS=52713078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr12	52713199	rs11290512	CA	C	766.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=534;ReadPosRankSum=0.335;SC=CATCAGAGGACAAAGAGGGGT;SOR=0.782;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=16;WE=52713207;WS=52713189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr12	52755097	rs1791627	A	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CACTCAGCTCAGCTTTCTCTA;SOR=0.818;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=52755105;WS=52755087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	52774235	rs951773	A	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=521;ReadPosRankSum=2.010;SC=TGGTACTCGCACAGCTGCCGC;SOR=0.572;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=38;WE=52774243;WS=52774225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,54:0.48:112
chr12	52774885	.	C	T	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=695;ReadPosRankSum=1.318;SC=CGTGCTCAATCTCTGCCTTAA;SOR=0.794;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=49;WE=52774893;WS=52774875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,72:0.55:130
chr12	52776679	rs1732297	A	G	192.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CACTGTCTTGATGTGAGTAGT;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=52776687;WS=52776675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	52777417	.	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=1.007;SC=TGGTTCCTCTCAGCCTGGAGC;SOR=0.525;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=9;WE=52777425;WS=52777407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr12	52778772	rs1732303	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=0.070;SC=AGCACTCTAGCGCATTTTGGC;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=52778780;WS=52778762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr12	52788928	rs2658658	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=657;ReadPosRankSum=0.039;SC=GAGGACAGGCGTGCTGACCCC;SOR=0.710;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=43;WE=52788936;WS=52788918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,66:0.59:111
chr12	52789509	rs1732264	T	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CCCCCAAGACTCCAGAGCCAG;SOR=0.458;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=10;WE=52789517;WS=52789499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr12	52789597	rs1732265	A	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.80;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr12	52789605	rs1732266	T	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr12	52789691	rs34479712	A	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.050;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=475;ReadPosRankSum=2.451;SC=TTTTCAATGAATGTGGGTAGG;SOR=0.772;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=12;WE=52789701;WS=52789681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr12	52789693	rs11304728	GT	G	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.292;NF=2;NR=6;PP=480;ReadPosRankSum=1.973;SC=TTCAATGAATGTGGGTAGGGG;SOR=0.633;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=52789701;WS=52789681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr12	52790899	rs1791635	T	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=441;ReadPosRankSum=-2.258;SC=AGTTCAGGTGTTCTCTGGTTC;SOR=0.300;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=33;WE=52790907;WS=52790889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr12	52790940	rs2249384	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr12	52794445	.	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=293;ReadPosRankSum=-0.076;SC=CTGGCTGGGCCACCTCCCAGG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=30;WE=52794453;WS=52794435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,39:0.36:107
chr12	52824547	rs117676079	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=685;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TTAAATCTTCGTGGTTAACTA;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=45;WE=52824555;WS=52824537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr12	52841404	rs148975045	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.109;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=270;ReadPosRankSum=1.016;SC=TGGACGAGCATGGGAAGCCTC;SOR=0.963;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=30;WE=52841412;WS=52841394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr12	52865022	.	T	A	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.091;NF=66;NR=53;PP=1760;ReadPosRankSum=1.472;SC=GTTGCGGTTGTTGTCCATGGA;SOR=0.803;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=247;TCF=132;TCR=115;TR=119;WE=52865030;WS=52865012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,146:0.47:309
chr12	52866060	rs11608915	C	T	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=39;PP=1366;SC=CTCTAGGAACCGCACCTGGAA;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=52866068;WS=52866050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	52882410	rs144849815	T	TGAA	2661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=45;PP=2284;SC=TATTTCCTAGTGAAGGGGCCA;SOR=2.722;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=46;WE=52882418;WS=52882400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	52883681	rs377673941	G	A	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=35;PP=1283;ReadPosRankSum=0.868;SC=GCTGCCTGACGACCTGACAAG;SOR=0.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=191;TCF=116;TCR=75;TR=92;WE=52883689;WS=52883671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,134:0.42:316
chr12	52885314	.	G	A	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=821;ReadPosRankSum=0.788;SC=ACTTGTTCTTGAAGTCCTCCA;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=55;WE=52885322;WS=52885304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,99:0.46:214
chr12	52938364	rs2292507	T	C	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.749;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,65:0.57:115
chr12	52938497	rs10783518	A	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=-0.639;SC=GAAGCCATAGACACTGCCGCC;SOR=0.822;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=18;WE=52938511;WS=52938487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr12	52938535	rs10783519	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TGGCTGCAGGAGGAGCCGAAG;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=11;WE=52938543;WS=52938525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr12	52939407	rs10580903	AGAG	A	912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.480;NF=2;NR=10;PP=462;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AAATAAAATAAGAGGAGAAGA;SOR=0.952;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=12;WE=52939417;WS=52939397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr12	52939994	rs11170171	T	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=274;ReadPosRankSum=1.210;SC=CTCTTCTGGATTGAGATGTGT;SOR=0.525;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=17;WE=52940002;WS=52939984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr12	52941529	rs4761929	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=-0.124;SC=CTCACTGGCCTTCTCTCTTCT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=52941537;WS=52941520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	52941601	.	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=-1.058;SC=ACTCATGCTCCCCTGCACTTG;SOR=1.042;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=11;WE=52941609;WS=52941591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr12	52941784	rs3839975	CAG	C	2410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.524;NF=10;NR=15;PP=1034;ReadPosRankSum=0.144;SC=CCCCAAAGCACAGAGTCATGA;SOR=0.801;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=25;WE=52941793;WS=52941774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,64:0.57:112
chr12	52941894	rs3803083	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.462;NF=20;NR=12;PP=507;ReadPosRankSum=-2.250;SC=ATCTGCTGCCCGCTGGCATCA;SOR=0.870;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=32;WE=52941902;WS=52941884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr12	52942235	rs12308719	G	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=-0.701;SC=CCAGGGCTGTGTGCTTTGCGG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=19;WE=52942243;WS=52942225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr12	52942998	rs635206	C	T	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=74;SC=TTGAGGGGGGCTAACAGAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=52943006;WS=52942988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	52943144	rs4761930	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=1.888;SC=ATACCTGTGGGAATGGCGAGG;SOR=0.767;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=8;WE=52943152;WS=52943134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr12	52944060	rs10747643	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TGCTGAACCCTTGCAGTAATA;SOR=0.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=13;WE=52944068;WS=52944050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr12	52960904	.	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=380;ReadPosRankSum=-0.928;SC=AAGGTCAACACCCGCAGAGCT;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=27;WE=52960912;WS=52960894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr12	52964706	rs56182525	A	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=1163;ReadPosRankSum=-1.264;SC=CCCTGGCCCAATAGGCTGCTA;SOR=0.519;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=36;WE=52964726;WS=52964696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr12	52964718	rs597048	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=1406;ReadPosRankSum=0.965;SC=AGGCTGCTAGGATCCACGGGG;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=41;WE=52964726;WS=52964696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,51:0.56:91
chr12	52964934	rs669865	T	G	52.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.65;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	52965173	rs670741	T	G	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=14;PP=730;SC=GGAACTTGATTTCTTTGTCCA;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=52965181;WS=52965163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	52965722	rs673363	T	C	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	52965761	rs673449	C	T	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=29;PP=955;SC=TCTCTGCTGTCGTGCGCCGGT;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=52965769;WS=52965751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	52965782	rs673476	T	C	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.66;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	52966137	rs685720	T	A	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=8;PP=864;SC=CTGACCCTGGTGCATACTCCC;SOR=2.030;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=39;WE=52966145;WS=52966127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	52966512	rs687127	C	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CCCCTGGACACACACCATTGA;SOR=0.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=21;WE=52966520;WS=52966502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr12	52967436	rs11836189	G	A	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=912;ReadPosRankSum=1.192;SC=CAAAGCCAGCGCCAGCCCCTC;SOR=0.577;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=147;TCF=62;TCR=85;TR=68;WE=52967444;WS=52967426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,134:0.53:255
chr12	52981650	.	G	A	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1079;ReadPosRankSum=0.401;SC=GGGGCAAACAGATCCAGCACT;SOR=0.507;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=141;TCF=53;TCR=88;TR=76;WE=52981658;WS=52981640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,125:0.54:231
chr12	52986132	rs617820	T	A	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=16;PP=647;SC=GCCAGAAACCTCTTGTTAAAG;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=52986140;WS=52986122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	52986927	rs618502	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TCCAGCTCCTTTGTGCCTGTG;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=52986935;WS=52986917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	52994896	rs56207115	A	G	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=394;ReadPosRankSum=-2.072;SC=CTCGGGGTCCATCTCCACGTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=34;WE=52994904;WS=52994886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,61:0.50:122
chr12	52995020	rs57242225	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=368;ReadPosRankSum=-0.209;SC=CCCACGAAGCCGCCCAGGCGG;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=30;WE=52995028;WS=52995010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr12	53002956	rs591636	T	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=9;PP=552;SC=CTCAGGGGGCTGGGCGGTGGA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=53002964;WS=53002946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	53010024	rs61736101	C	T	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.397;NF=27;NR=22;PP=617;ReadPosRankSum=-1.027;SC=CCCCAGACAGCGTCTCCAGCT;SOR=0.792;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=49;WE=53010032;WS=53010014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,76:0.45:170
chr12	53011955	rs61736102	G	A	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=742;ReadPosRankSum=0.074;SC=CCAGCTCCACGTTCAGGGGTG;SOR=0.665;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=105;TCR=70;TR=62;WE=53011963;WS=53011945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,104:0.39:267
chr12	53043636	rs632952	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=254;ReadPosRankSum=1.453;SC=TGGCTGCTTAGACACAATGGG;SOR=1.385;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=22;WE=53043644;WS=53043626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr12	53043663	rs150989489	A	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=6.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=1.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
chr12	53045615	.	A	ACCTCCAAAGCCGCTGCCG	2897	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;NF=12;NR=24;PP=2897;QD=20;SC=AGCCGCTGCCACCTCCAAAGC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=36;WE=53045634;WS=53045605;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:70,36:0.34:106
chr12	53045623	.	A	AGCC	1519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.83;MQRankSum=10.607;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.157;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,85:0.40:211
chr12	53045626	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;NF=35;NR=31;PP=2962;QD=20;SC=CCTCCAAAGCTGCTGCCGCCT;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=66;WE=53045634;WS=53045605;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:85,66:0.44:151
chr12	53045626	.	T	TGCCGCCTCCAAAGCC	3321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.74;MQRankSum=10.777;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,89:0.40:221
chr12	53070174	rs17678945	C	A	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=660;ReadPosRankSum=-1.419;SC=TCTTCCTTGGCCTGCTGCAGG;SOR=0.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=52;WE=53070182;WS=53070164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,81:0.46:178
chr12	53070259	.	G	A	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=570;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CATCACTGATGGACTGCTGCA;SOR=0.888;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=34;WE=53070267;WS=53070249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr12	53071338	rs626480	A	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=18;PP=783;SC=AAGCAGTCAGAAAATAAAAGA;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=53071346;WS=53071328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	53085089	rs636127	T	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=358;ReadPosRankSum=1.533;SC=CCTCCACTCCTGCCTCGTGCC;SOR=0.425;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=29;WE=53085097;WS=53085079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr12	53085269	.	GG	AA	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.487;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=451;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GACCGGGCAAGGCCCCCACCT;SOR=0.465;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=16;WE=53085278;WS=53085259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr12	53088484	rs10783528	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=406;ReadPosRankSum=0.754;SC=CGCACTGCATCGATGATGCTG;SOR=0.854;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=37;WE=53088492;WS=53088474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr12	53089460	rs5798218	GACCC	G	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=568;SC=TCCCTAGTGGGACCCTAGTGT;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=53089471;WS=53089450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	53090068	rs588706	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr12	53090266	.	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=175;ReadPosRankSum=-0.451;SC=ACCTTGGCTCCCTGAGGTCCC;SOR=0.514;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=17;WE=53090274;WS=53090256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr12	53091730	rs12426129	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.905;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=214;ReadPosRankSum=1.248;SC=CAGAGCAGCTCCCCCATAAGT;SOR=1.078;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=11;WE=53091738;WS=53091720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr12	53091928	.	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=636;ReadPosRankSum=1.083;SC=GAAGGTAAATCACCTCCTTCA;SOR=0.845;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=52;WE=53091936;WS=53091918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,74:0.39:191
chr12	53096913	rs1625862	G	A	8767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.175;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.038;NF=108;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=1.821;SC=CACCAGCCCCGGTGCTGCCAA;SOR=0.353;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=227;TCF=112;TCR=115;TR=222;WE=53096921;WS=53096903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,348:1.00:349
chr12	53097263	rs73094689	C	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-5.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=609;ReadPosRankSum=-0.006;SC=AAGAGCCTGGCAGGAAGGAGG;SOR=0.072;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=38;WE=53097271;WS=53097253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr12	53162638	rs2280479	G	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=550;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TGTGGCTCACGGAGATGCTAC;SOR=0.412;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=33;WE=53162646;WS=53162628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr12	53162749	rs140093642	G	A	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1013;ReadPosRankSum=-2.560;SC=AGCCACTGCCGCTGCCGCCAC;SOR=0.858;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=76;WE=53162757;WS=53162739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,135:0.56:241
chr12	53162773	rs1464423	A	G	7101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.326;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.880;SC=CTCCATAGCCACTGCTGCTGC;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=176;TCF=97;TCR=79;TR=173;WE=53162782;WS=53162762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,223:0.96:232
chr12	53164848	rs7313832	G	A	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.030;NF=34;NR=21;PP=773;ReadPosRankSum=-1.289;SC=CCAGCTTGACGTTCATCAGCT;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=55;WE=53164856;WS=53164838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,82:0.49:167
chr12	53165940	rs6580904	C	T	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.661;SC=TCATACTGGGCGCGGACCTCG;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=82;TCR=90;TR=79;WE=53165948;WS=53165930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,107:0.43:246
chr12	53166138	.	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=559;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TGGGGCTAGAGGTGGATCAGT;SOR=1.351;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=33;WE=53166146;WS=53166128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr12	53166192	rs6580905	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=0.788;SC=CAGCCTAAAGGATGTTAGACA;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=15;WE=53166200;WS=53166182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr12	53166603	rs61730600	T	C	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=210;ReadPosRankSum=-1.773;SC=TGACTTCATCTGTCAGGCTGT;SOR=0.690;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=24;WE=53166611;WS=53166593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr12	53167313	rs7399317	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=241;SC=ACTCTCTCCATGGGGGCAGCT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=53167321;WS=53167303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	53171001	rs11170272	G	A	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=871;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TGCTGCTGCCGGAGACCACAG;SOR=1.369;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=111;TCF=40;TCR=71;TR=51;WE=53171009;WS=53170991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,77:0.44:177
chr12	53184683	rs17119107	G	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=441;ReadPosRankSum=-0.843;SC=GAGAAAGTGGGCCCCGTCACA;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=37;WE=53184691;WS=53184673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr12	53186088	rs3887954	G	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=201;ReadPosRankSum=1.160;SC=TACTGTGCACGAACTTCAGCA;SOR=0.683;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=18;WE=53186096;WS=53186078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr12	53186122	rs4432093	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,39:0.39:99
chr12	53186718	rs117079374	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=1.057;SC=TCCACTTGAACGGGCAATTTG;SOR=1.565;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=8;WE=53186726;WS=53186708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	53187150	rs4919750	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=486;ReadPosRankSum=1.642;SC=TCTTTACTATCTCCCTGTTAG;SOR=0.536;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=36;WE=53187158;WS=53187140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr12	53202380	rs2307028	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=294;ReadPosRankSum=1.152;SC=CTGACTTCTATTGGGCTTGAG;SOR=1.115;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=16;WE=53202388;WS=53202370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	53204614	rs2307027	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=0.571;SC=GGGGTGGGCACGGGGAGAAAA;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=15;WE=53204622;WS=53204604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr12	53205531	.	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr12	53207583	rs11267392	C	CCACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCTCCGAAGCCGCCGG	1485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=6.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,33:0.19:178
chr12	53216184	rs4415849	A	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=16;PP=484;SC=CAGAAAGGCCAGGAGAGCAGT;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=28;WE=53216192;WS=53216174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	53216989	rs17688627	G	A	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,94:0.52:180
chr12	53217056	rs10876353	G	A	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=44;PP=1260;SC=AGCACCCTCCGGGGTCATCCC;SOR=2.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=53217064;WS=53217046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	53217701	rs10876354	C	A	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=14;PP=673;SC=CCTCCCCCTGCAGCCTCTGGA;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=53217709;WS=53217691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	53227803	rs2638497	A	G	4935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=46;PP=1989;SC=AGCCCGCCCCAACAAGGCCCC;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=103;WE=53227811;WS=53227793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	53241626	rs11170287	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=530;ReadPosRankSum=2.022;SC=CTCCTGGCTGACAGACCCAAA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=38;WE=53241634;WS=53241616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr12	53242440	rs2013335	A	G	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=56;PP=1851;SC=TGGGGTCAGCAGATTCTGGTT;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=110;WE=53242448;WS=53242430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	53293781	rs141700285	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.916;NF=10;NR=6;PP=181;ReadPosRankSum=1.247;SC=CCATGTCCAGGGAGCGGCTGT;SOR=0.922;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=16;WE=53293789;WS=53293771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr12	53294381	rs8608	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=338;SC=CCTCTTCATATAGCTGCCTGA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=53294389;WS=53294371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr12	53295917	rs2035875	A	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=18;PP=551;SC=AGTCTGGAGGAAAGCAAGCAG;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=53295925;WS=53295907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	53298769	rs1065306	A	G	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=39;PP=1224;SC=TGGACATGGTAGAGGCAGGAG;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=68;WE=53298777;WS=53298759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	53298835	rs2070910	T	G	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=30;PP=906;SC=AGAAGCTGCTTCTTGGTGAGG;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=53298843;WS=53298825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	53343461	rs17120866	A	AC	2625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.06;MQRankSum=0.990;NF=13;NR=28;PP=1469;ReadPosRankSum=1.019;SC=TTCCATAACCACCCAACCCCT;SOR=0.827;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=41;WE=53343469;WS=53343451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,97:0.51:190
chr12	53343493	rs1492241	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=649;ReadPosRankSum=0.149;SC=AGGGGGTTGGGCATACCTGGA;SOR=0.799;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=48;WE=53343501;WS=53343483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,68:0.45:152
chr12	53400440	rs61927957	T	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	53416119	rs7975725	T	C	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=35;PP=1131;SC=CCACCTGGGGTTGAATTGGAG;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=53416127;WS=53416109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	53416251	rs10506315	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=7;PP=356;SC=AGATAACTTACGGTTTTTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=53416259;WS=53416241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	53419019	.	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=357;ReadPosRankSum=-1.575;SC=AGGAAGAAATGGCTCTTGAAA;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=28;WE=53419027;WS=53419009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr12	53421746	rs59856997	CT	C	1601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.302;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.12;MQRankSum=0.229;NF=8;NR=28;PP=655;ReadPosRankSum=0.135;SC=GTAACTTTGCCTTTTTTTTTT;SOR=0.477;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=36;WE=53421754;WS=53421736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr12	53432088	rs7968918	T	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=384;SC=TGTTTCTTGGTTGTTTTCTCC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=53432096;WS=53432078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	53433089	rs1548204	C	A	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=23;PP=1152;SC=GTGGTCCAGGCGACGGAGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=53433097;WS=53433079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	53433486	rs8916	C	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=35;PP=905;SC=ATCCAGCTTCCGTAAGTGTTG;SOR=3.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=53433494;WS=53433476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	53433709	rs1356993	C	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=422;SC=GTTCTCATCCCTTCTGCAAGG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=53433717;WS=53433703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	53433788	rs1356994	A	G	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=23;PP=965;SC=CTCCTCTCCAATGGACAATGC;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=53433796;WS=53433778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	53442956	rs12369033	G	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TGTGTTGGGAGGGGGGACCTC;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=20;WE=53442964;WS=53442946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr12	53448320	rs11170386	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=-2.599;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr12	53449735	rs2364153	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=-0.096;SC=TGAGAGTCCTTTGCTGTCAGC;SOR=0.235;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=18;WE=53449743;WS=53449725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr12	53451952	rs2280446	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;ReadPosRankSum=1.430;SC=TGTAACGGCACAGTCACCAAT;SOR=0.950;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=26;WE=53451960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr12	53452263	rs66607805	CCAGGTGGCAGG	C	6396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=58;PP=2989;SC=GGGCTGGAGTCCAGGTGGCAG;SOR=0.840;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=90;TCF=12;TCR=78;TR=69;WE=53452281;WS=53452253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	53454208	rs75248314	C	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr12	53457220	rs74088913	C	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.24;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr12	53457739	rs56297944	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr12	53468419	rs2277329	T	G	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=875;ReadPosRankSum=0.063;SC=ATCCCACCACTATTTCCCACT;SOR=0.536;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=160;TCF=94;TCR=66;TR=72;WE=53468427;WS=53468409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,124:0.51:244
chr12	53470825	.	T	TA	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.518;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr12	53471929	rs7302636	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.147;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr12	53473245	rs28372672	TG	T	1527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.535;NF=3;NR=22;PP=970;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CAACGGCCTCTGACGACGGGC;SOR=0.784;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=25;WE=53473253;WS=53473235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr12	53473268	.	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=0.214;SC=CTGCAGGAGCCAATCGGAAGG;SOR=0.445;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=22;WE=53473276;WS=53473258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr12	53498073	.	CT	C	86.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.523;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr12	53512099	rs822681	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.807;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,54:0.48:113
chr12	53512770	rs711315	G	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TGGTGGAGAGGGGACATTTCT;SOR=0.497;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=10;WE=53512778;WS=53512760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr12	53513148	rs822683	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=0.468;SC=TCTGAGTCTCTCCTCACATCT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=18;WE=53513156;WS=53513138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr12	53515032	rs2272297	G	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=525;ReadPosRankSum=-1.133;SC=GGGAGGAGCCGGAACCCAGAT;SOR=0.471;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=37;WE=53515040;WS=53515022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
chr12	53573499	rs11401485	G	GT	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr12	53574490	rs3108403	G	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=442;ReadPosRankSum=-1.248;SC=GGGGAAACGGGCCGGGGTTGG;SOR=0.563;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=38;WE=53574498;WS=53574480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr12	53581376	rs3101059	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr12	53586255	rs11539433	G	A	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.315;SC=ACATTGGTATGGGCACAAGCT;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=69;WE=53586263;WS=53586245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,108:0.55:198
chr12	53593931	rs3825084	T	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr12	53647373	rs10876422	T	C	5109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=52;PP=2392;SC=CGTGCTGCTGTTGGGCACCAT;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=115;WE=53647381;WS=53647363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	53662624	rs6580942	C	A	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=21;PP=823;SC=TTGCTGCCCGCCTTGAAGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=53662632;WS=53662614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	53662735	rs4758965	C	T	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=39;PP=1636;SC=CTCTGAGTAACCCTATTTCTA;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=93;WE=53662743;WS=53662725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	53664148	rs4758963	G	A	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	53664308	rs146243389	GTTTGGGGTTGCTCCACTGCCCTCAAACAGC	G	1675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=4;PP=2973;SC=GGCTCATAGGGTTTGGGGTTG;SOR=1.329;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=6;WE=53664345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	53666713	rs4759086	A	G	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=3;PP=50;SC=GAAGGGCCTCACCAGCACCCT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=53666721;WS=53666703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	53670545	rs1318648	C	A	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=83;PP=2965;SC=TGGAGCTGAGCCCCGAGGAGA;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=88;TCR=83;TR=171;WE=53670553;WS=53670535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr12	53670711	rs113972522	C	G	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.682;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,84:0.45:185
chr12	53671347	.	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=247;ReadPosRankSum=0.047;SC=CCAGGAAGATCGTTTCCTATA;SOR=0.811;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=20;WE=53671355;WS=53671337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr12	53671549	rs2272313	A	G	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=12;PP=625;SC=GAGGAAGGGAAGTTCTCTCCA;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=53671557;WS=53671539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	53677072	rs1609473	T	G	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=37;PP=1423;SC=AGGGCCCTCTTGGAATGGACA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=75;WE=53677080;WS=53677062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	53677089	rs4454760	G	A	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=38;PP=1347;SC=GACAGGCTATGTGAGAGGGCT;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=53677097;WS=53677079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	53681883	rs1110719	A	T	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=16;PP=619;SC=CTGAGCCTAAAGACGGATGCC;SOR=0.866;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=34;WE=53681891;WS=53681873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	53682267	rs3080422	CAA	C	3417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=28;PP=1304;SC=GAAGGAAGAACAAAGAGAATG;SOR=0.855;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=47;WE=53682276;WS=53682255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	53682326	rs1110720	G	A	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=31;PP=1160;SC=CCCCAGGTGGGAAGACTCCAG;SOR=0.768;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=66;WE=53682334;WS=53682316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	53682893	.	C	T	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=733;ReadPosRankSum=0.801;SC=CCCTGGACTCCATCTGTGACT;SOR=0.929;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=50;WE=53682901;WS=53682883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,72:0.49:147
chr12	53686703	rs1056685	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=716;SC=CTGGCTGTGCGTGGAAACCTG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=36;WE=53686711;WS=53686693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	53689190	rs1870240	C	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=396;SC=TGAACTCACACAACAGTCTCT;SOR=3.056;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=18;WE=53689198;WS=53689180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	53690188	rs59765323	CT	C	226.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;MQRankSum=0.548;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr12	53691962	rs2694861	C	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=19;PP=507;SC=CACCTCTTGACCCTATCTCCA;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=53691970;WS=53691952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	53692920	rs34165644	C	CA	165.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr12	53692955	rs1020745	G	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	53693277	rs56249432	TG	T	427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.52;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	53693532	rs1534284	AA	GC	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=21;PP=1387;SC=ATGGGACACCAATTCCTGCGC;SOR=1.839;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=75;WE=53693541;WS=53693522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	53700429	.	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=-0.695;SC=GCCCAGCCTACCTTAAACCTT;SOR=1.059;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=14;WE=53700437;WS=53700419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr12	53700848	rs1534282	C	T	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=61;PP=2023;SC=AGCGGCTTCACTGGCGGTCAC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=105;WE=53700868;WS=53700838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	53700860	rs711316	A	G	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=58;PP=1892;SC=GGCGGTCACCACACCCGAGAG;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=92;WE=53700868;WS=53700838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	53702371	rs4759287	T	C	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=55;PP=1773;SC=ACTGGTCCCCTGCCAGCTCAC;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=53702379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	53703021	rs1546808	G	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=35;PP=968;SC=CACCTCCTCGGAACCAGGGAA;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=53703029;WS=53703011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	53708011	rs7953255	G	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=24;PP=1098;SC=CCTTTCAGACGTCCTCACCAC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=53708019;WS=53708001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	53709708	rs7960963	G	T	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=297;SC=GCACTCTACGGGCTGTCCTTT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=53709716;WS=53709698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	53714290	rs4759232	T	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=6;PP=328;SC=TAAAGGGGTGTTGACTCATTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=53714298;WS=53714280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	53714496	rs4759231	A	G	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=25;PP=893;SC=AAAAGTGAGGAGTGTGACGGT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=53714517;WS=53714486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	53714509	rs7298879	T	G	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=25;PP=825;SC=GTGACGGTGATTCAGTCTCTT;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=53714517;WS=53714486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	53714993	rs4759020	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=213;SC=GCCCTTCTAGCCTCCTGCCGG;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=53715001;WS=53714989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	53722098	rs7138938	A	G	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=47;PP=1881;SC=CTGGTTCTCCATGGGTGCGCT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=104;WE=53722106;WS=53722088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	53722128	rs7139272	G	A	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=52;PP=2056;SC=TCAGGTGGTCGCTTCGGGTAA;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=112;WE=53722136;WS=53722118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	53839770	.	TCTTTCCC	T	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.205;QD=13.80;ReadPosRankSum=1.349;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr12	53848674	rs182430108	T	G	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=413;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GCTTGGGAAATGGGGTCATAG;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=31;WE=53848682;WS=53848664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,63:0.46:136
chr12	53853785	.	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=-1.006;SC=TCAAGCAATCCACCCACCTCA;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=13;WE=53853793;WS=53853775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr12	53877562	rs784565	C	T	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=11;PP=427;SC=AGGGCCATAACAGATCTCAGT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=53877570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	53877929	.	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.374;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=329;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CTCAGCCCTCTAAGAGCCAAT;SOR=0.895;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=18;WE=53877937;WS=53877919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr12	53926262	rs7307804	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=1.568;SC=TTTCAGAAAGGCCAACATTGC;SOR=0.917;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=12;WE=53926270;WS=53926252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr12	53926329	.	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.447;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr12	53946595	.	C	G	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=24;QD=14.6928031368;SC=GGTGCTAGAACGCAGGGAGAA;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=53946603;WS=53946585;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	53994651	rs10876467	C	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=342;ReadPosRankSum=-1.545;SC=ACGTAAAATACTGGCTTTAAA;SOR=0.596;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=21;WE=53994659;WS=53994641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr12	54067544	rs2857000	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=3;PP=201;SC=GGCAGAGGCTACGGTGAGCCA;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=10;WE=54067552;WS=54067534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	54070062	rs4020138	C	CTG	753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.135;NF=2;NR=11;PP=497;ReadPosRankSum=0.916;SC=GGAGCGCCGACTGCAGAAATG;SOR=0.484;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=13;WE=54070070;WS=54070052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr12	54108228	rs2277368	G	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=310;ReadPosRankSum=0.794;SC=GAGATCATCCGCTGTCCTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=18;WE=54108236;WS=54108218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr12	54109733	rs3741658	A	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=245;ReadPosRankSum=-1.835;SC=CTGCTGCTGCACTGGCCAACT;SOR=0.813;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=24;WE=54109741;WS=54109723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,51:0.40:128
chr12	54339052	rs4759058	C	A	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=44;PP=1379;SC=CACCCACCCGCTGCTTGCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=68;WE=54339060;WS=54339042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	54348554	rs72049639	CGGGAT	C	43.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.967;NF=4;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=0.967;SC=AGTTAGAGTGCGGGATGGGAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=54348579;WS=54348550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	54348571	rs199806153	G	GA	85.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.967;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.967;SC=GGATGGTGGGGGGGGGGGATC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=54348579;WS=54348550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	54348578	rs55661050	G	A	122.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=-1.282;QD=24.56;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	54349365	rs10876524	C	T	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=371;SC=CAAACCCGACCTCTTACCAGG;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=54349373;WS=54349355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	54367061	rs4759315	T	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=20;PP=1266;SC=ACTTCTGCTCTCCGTCGCGCA;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=54367069;WS=54367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr12	54394497	rs2241820	C	T	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	54403315	.	G	A	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=873;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TAGCTGCCACGGAGACGCCTC;SOR=0.599;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=58;WE=54403323;WS=54403305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,100:0.46:217
chr12	54405190	.	C	T	73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=10;HapScore=4;MGOF=21;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=73;QD=35.9237375157;SC=CCCCCCCCCCCTTAGCAACTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=54405198;WS=54405169;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,3:0.43:7
chr12	54496006	rs12308675	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=154;ReadPosRankSum=0.666;SC=AGCCTTGTTTTCTCTAGATCA;SOR=0.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=10;WE=54496014;WS=54496004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr12	54496161	.	C	T	3474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-3.887;QD=16.63;ReadPosRankSum=2.870;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,94:0.45:209
chr12	54496166	rs3195797	G	T	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-3.960;QD=16.47;ReadPosRankSum=3.092;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,92:0.44:208
chr12	54496219	rs1133773	A	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.036;NF=13;NR=27;PP=550;ReadPosRankSum=1.063;SC=TGTTCATGGTACTGAAGAACA;SOR=0.904;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=40;WE=54496227;WS=54496209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,54:0.42:128
chr12	54575458	rs971	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=1.074;SC=CAGCTAAAGGTAACTGTTCTA;SOR=0.368;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=9;WE=54575466;WS=54575448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr12	54575800	rs2233921	C	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=1.803;SC=TTGCTCCAGTCCAGGAGATGT;SOR=1.371;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=5;WE=54575808;WS=54575790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr12	54677980	rs7967622	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=1.707;SC=TTTTATTATCCCAAATATGAA;SOR=1.072;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=11;WE=54677988;WS=54677970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr12	54687232	rs10506328	A	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=1.075;SC=TCTCTCAGGAACAAGCTGGAT;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=10;WE=54687240;WS=54687222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr12	54736963	.	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=379;ReadPosRankSum=-1.370;SC=TTTCCTACTTCCTTATCTCAA;SOR=1.483;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=22;WE=54736971;WS=54736953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr12	54764618	rs2706248	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=475;SC=TGGGGAAAACTCTGAAGAAGG;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=54764626;WS=54764613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	54764962	rs2244933	G	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=-0.637;SC=ACATTCCCAGGTACAATATGA;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=12;WE=54764970;WS=54764952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr12	54765005	rs3830651	TCTAA	T	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=336;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GTGGGTTCTTTCTAACTAAGC;SOR=0.418;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=54765016;WS=54764995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr12	54767613	rs2706258	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	54767812	rs2887875	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=231;ReadPosRankSum=0.248;SC=GGGGAGCTGGGTCTCCAGGTT;SOR=0.790;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=16;WE=54767820;WS=54767802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr12	54767981	rs3832831	C	CAG	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=1.092;SC=GATCTCCCCACAGAGCTCCCT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=54767989;WS=54767971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	54772755	rs2706256	C	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=4;PP=135;SC=GCAGAGGGAGCGGTAGCCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=54772763;WS=54772745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	54796757	rs7306692	C	T	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=733;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TTACCGTCAGCCCTACTTACC;SOR=0.515;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=55;WE=54796765;WS=54796747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,72:0.51:141
chr12	54799450	rs1249378	A	G	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=33;PP=1186;SC=CCACTCACCCATCCCCATTGA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=54799458;WS=54799440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	54802090	rs10876558	C	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	54805753	rs1922254	G	T	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.52;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr12	54805765	rs1249181	C	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=867;ReadPosRankSum=0.154;SC=GGGGGAAAAGCGAGGCAGTTG;SOR=0.574;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=30;WE=54805773;WS=54805743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
chr12	54858984	.	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=336;ReadPosRankSum=-2.830;SC=TAGGTAAAACGATAATAGGCC;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=26;WE=54858992;WS=54858974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr12	54893032	.	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=8.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr12	54905815	rs2458409	C	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=695;ReadPosRankSum=1.389;SC=AGGGCTCCCTCTACATCACCC;SOR=0.351;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=48;WE=54905823;WS=54905805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr12	54910234	rs60294924	C	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr12	54910837	rs1691630	G	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=40;PP=1319;SC=GTGTAGCTACGTGGCACTCAC;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=54910845;WS=54910827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	54911768	rs1795838	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=377;ReadPosRankSum=-1.041;SC=AGGATGATCCCTAGTGATTTT;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=23;WE=54911776;WS=54911758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr12	54920492	.	C	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=362;ReadPosRankSum=-0.918;SC=CACTGGATTCCTGTGGGGAAC;SOR=0.522;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=26;WE=54920500;WS=54920482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr12	54920566	rs12369172	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr12	54920591	rs12367426	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	54925406	rs200487858	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=172;ReadPosRankSum=0.493;SC=AAGGAGCTGTGGAATCACATT;SOR=0.645;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=11;WE=54925414;WS=54925396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr12	54925750	rs10747697	A	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	54925871	rs59947538	CTT	C	515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr12	54932788	rs4758966	T	C	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.966;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=552;ReadPosRankSum=1.414;SC=GGTGTGAGAATAGGGAATGGA;SOR=0.645;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=36;WE=54932796;WS=54932778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr12	54955647	rs1552957	G	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	54968758	.	CAA	C	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr12	54969998	rs1249949	A	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=23;PP=734;SC=GGGGAGGCAGACTGCTTCAAG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=54970006;WS=54969988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	54970454	rs1249950	T	C	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=37;PP=1342;SC=TTCAGGAGAATAAGCAGAAAT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=54970462;WS=54970444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	54971347	rs1249951	C	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=513;SC=AAAGGAGGTACCTTCTCAGAA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=54971355;WS=54971337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	54975837	rs1249958	T	C	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=22;PP=1017;SC=CTCCTGGGTTTCTGTGCTCTC;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=54975845;WS=54975827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	54976905	.	C	T	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=48;QD=20.6928031368;SC=TCAAAAAGATCCTAGAGATGG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=54976913;WS=54976895;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	54977925	rs2292490	T	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	54978225	rs1976821	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-0.437;SC=AAAAATGCCATGTTAATGCAG;SOR=0.704;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=16;WE=54978233;WS=54978215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr12	55002014	rs1795819	C	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=330;SC=TTGGATGTGGCGTCTCCCACA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=55002022;WS=55002004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	55002053	rs1795818	C	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=12;PP=558;SC=GCACCCTCATCATTAGGGCCT;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=55002073;WS=55002043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	55002065	rs1716356	G	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=12;PP=564;SC=TTAGGGCCTCGTGACATCATT;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=55002073;WS=55002043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	55003931	rs939463	G	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=103;SC=CAGAATTCCCGGGATCATATG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=55003939;WS=55003921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	55003982	.	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=43;ReadPosRankSum=-1.564;SC=TCCCAGGTGTGAACTTTTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=5;WE=55003990;WS=55003972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	55004150	rs937308	C	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=13;PP=453;SC=AGAGAGGTGGCGGCTAGGCTG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=55004158;WS=55004140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	55038408	rs11338265	AT	A	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	55041079	rs903768	T	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=26;PP=695;SC=AATCTCTGCTTCACAAGGGGC;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=55041087;WS=55041069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	55248357	rs1048371	G	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CTGATCTTCAGGTCACCACCA;SOR=0.712;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=9;WE=55248365;WS=55248347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr12	55248739	rs10783684	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr12	55250515	.	G	A	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=1297;ReadPosRankSum=-2.065;SC=TGTTCCAGAAGGAGTCAGTCT;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=79;TCR=39;TR=80;WE=55250523;WS=55250505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,90:0.66:137
chr12	55250549	rs10783685	T	G	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=907;ReadPosRankSum=-2.914;SC=TCCTTCTAATTTCAGCTGGTC;SOR=0.825;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=171;TCF=111;TCR=60;TR=57;WE=55250557;WS=55250539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,86:0.38:224
chr12	55250612	rs1349910	A	G	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1252;ReadPosRankSum=-1.364;SC=CAACCACTGCAACCACTGCTG;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=142;TCR=131;TR=99;WE=55250620;WS=55250602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,177:0.38:462
chr12	55250714	rs10876639	G	A	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=44;PP=982;ReadPosRankSum=-1.992;SC=TCCTTTATGTGGCTCCTTGAT;SOR=0.870;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=167;TCF=61;TCR=106;TR=68;WE=55250722;WS=55250704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,96:0.42:226
chr12	55252202	rs1948139	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=-2.245;SC=GGCTATGGGGCGGTTGTCCAT;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=4;WE=55252210;WS=55252192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	55354876	rs5798332	TA	T	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr12	55367178	rs3741673	C	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=853;ReadPosRankSum=2.412;SC=TCCATCTTCCCGTCTCTGAGT;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=60;WE=55367186;WS=55367168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,86:0.53:163
chr12	55368245	rs4758993	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=214;ReadPosRankSum=-2.151;SC=GCAGGGCGGCGGCAGCCTCCT;SOR=0.711;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=17;WE=55368253;WS=55368235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr12	55368368	rs4758994	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-1.257;SC=AGACTTCAGGGCCTCCCGTAA;SOR=0.346;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=13;WE=55368376;WS=55368358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr12	55368441	rs4759131	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr12	55368521	rs12810984	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=0.475;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	55523586	rs58036029	AT	A	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=345;ReadPosRankSum=1.288;SC=TCATTTGTATATTTTGCCCTG;SOR=0.531;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=12;WE=55523594;WS=55523576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr12	55523685	rs12303066	C	T	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.087;NF=33;NR=19;PP=797;ReadPosRankSum=0.140;SC=CTTCAGGGTACGCCCAGAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=52;WE=55523693;WS=55523675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,77:0.46:166
chr12	55523860	rs7305779	A	C	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=1150;ReadPosRankSum=0.010;SC=TCTGTTATTGAACCCAAGGCT;SOR=0.829;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=67;WE=55523868;WS=55523850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,97:0.48:204
chr12	55524172	rs7306491	G	A	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=818;ReadPosRankSum=0.730;SC=TGTGATTCTCGCCCACTTCAG;SOR=0.930;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=59;WE=55524180;WS=55524162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,80:0.44:182
chr12	55524314	rs7137261	T	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=429;ReadPosRankSum=1.072;SC=TAAAGATACATTCTACTGAGG;SOR=1.040;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=31;WE=55524322;WS=55524304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr12	55615599	.	C	T	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,90:0.50:181
chr12	55641031	rs7302063	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=0.426;SC=TTCCTCTTCTGTTCTAATTTT;SOR=0.065;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=55641039;WS=55641021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr12	55641075	rs7301705	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=469;ReadPosRankSum=0.910;SC=ATCAACTATGAGAAACCATAC;SOR=0.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=29;WE=55641083;WS=55641065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr12	55641255	rs4522268	C	T	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=1.225;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,147:0.51:289
chr12	55641295	rs4388990	A	G	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=44;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.742;SC=ACAACTGTCTACATTCCCAAA;SOR=0.661;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=82;WE=55641303;WS=55641285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,118:0.47:249
chr12	55641328	rs6581025	G	A	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1003;ReadPosRankSum=-2.766;SC=ATGGCAACAGGTGATAAGACC;SOR=0.899;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=149;TCF=65;TCR=84;TR=72;WE=55641336;WS=55641318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,101:0.47:213
chr12	55688267	rs7308594	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=578;ReadPosRankSum=-1.033;SC=TACAGCTACCGTATGTCATGG;SOR=0.807;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=38;WE=55688275;WS=55688257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr12	55758832	rs7962135	T	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=344;SC=GGTGTCATAGTTTTCTGGTTT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=55758840;WS=55758822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	55759878	rs10876751	A	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=418;SC=AAGCTGAATGAAAAACTCTCT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=55759886;WS=55759868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	55794264	rs7967395	A	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=283;SC=ACGTATTGACATTCACTCTTC;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=55794272;WS=55794254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	55794384	.	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=-0.483;SC=TACAAGTTGTGATATTCTTCT;SOR=0.624;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=15;WE=55794392;WS=55794374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr12	55794804	.	G	A	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1701;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GCCTCCAACTGGATTTTTGTG;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=102;WE=55794812;WS=55794794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,140:0.55:255
chr12	55794976	rs7971073	A	G	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=67;PP=2061;SC=CATCCTTAAAACAATTCTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=25;TCR=67;TR=92;WE=55794984;WS=55794966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	55805098	.	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-3.332;NF=14;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTACCTCTCCCATTGGGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=28;WE=55805106;WS=55805088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr12	55805647	rs12825123	A	G	7476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=88;PP=2965;SC=ATTCCTCTGCAATCTCTTGGC;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=107;TCR=88;TR=195;WE=55805655;WS=55805637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr12	55806084	rs181421880	G	A	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.049;NF=35;NR=33;PP=1027;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TTAGAGCCACGAAACTGCTCT;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=68;WE=55806092;WS=55806074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,96:0.52:186
chr12	55806134	rs12833263	T	C	4729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=69;PP=2717;SC=CTTCAGGAGATTCGCCTTCTT;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=140;WE=55806142;WS=55806124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	55806437	rs114890660	T	C	5884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=82;PP=2965;SC=TAGTTCACTGTTTGGAGTATT;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=160;WE=55806445;WS=55806427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	55807293	rs3887805	A	G	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=17;PP=1632;SC=TGGGACTGCCAGTGCTGGAAC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=84;WE=55807301;WS=55807283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	55807588	rs12826694	C	T	3673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.631;NF=75;NR=81;PP=2239;ReadPosRankSum=1.592;SC=AGGGCTGCACCACTCCTGTAC;SOR=0.777;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=309;TCF=166;TCR=143;TR=156;WE=55807596;WS=55807578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,184:0.53:345
chr12	55808469	rs7132076	C	G	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=19;PP=749;SC=TGCACTGCTTCTCGTTCATAT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=55808477;WS=55808459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	55820713	.	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=366;ReadPosRankSum=1.231;SC=TCTGAGAATCCCCTCAGCACA;SOR=0.747;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=22;WE=55820721;WS=55820703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr12	55820958	rs57387180	CA	C	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.849;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	55944926	rs7313959	G	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=5;PP=873;SC=TGTTCATTAAGATAAGCTTTA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=55944934;WS=55944916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	55945119	rs7313899	A	G	13024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=181;NR=146;PP=2965;SC=CATGCTAAGTATCCTAGGAAA;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=327;TCF=181;TCR=146;TR=327;WE=55945127;WS=55945109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr12	55968231	.	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=501;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CTGAGTTTATCCTTCTGGGTC;SOR=1.214;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=30;WE=55968239;WS=55968221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,44:0.35:124
chr12	55968510	.	C	T	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=770;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TTGCCATGTTCCTTGGGGCTA;SOR=0.677;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=54;WE=55968518;WS=55968500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,95:0.48:199
chr12	56031611	rs11171631	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=-0.933;SC=AGCGCCCCTCACCCTGAAGGG;SOR=0.572;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=31;WE=56031619;WS=56031601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr12	56075599	rs199581976	C	T	3233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=38;PP=1295;ReadPosRankSum=-1.300;SC=GCCCCTGCACCTCATGGCTCT;SOR=0.869;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=200;TCF=113;TCR=87;TR=93;WE=56075607;WS=56075589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,167:0.48:349
chr12	56079084	rs3852533	C	G	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=38;PP=1118;SC=TATAAGGACACCAGGCCAGAC;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=56079092;WS=56079074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	56080148	rs3782239	T	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=22;PP=650;SC=GATGGAAAGATTGAGGAAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=56080156;WS=56080138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	56080164	rs7306191	T	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=435;SC=AAGGACAGGATCCCCTATCTC;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=56080172;WS=56080154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	56082506	rs35887029	CA	C	103.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.457;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr12	56082785	rs3782240	C	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=10;PP=241;SC=TCAGCTCAACCCTGCTGAGAC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=56082793;WS=56082775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	56086993	rs144983062	C	T	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=412;ReadPosRankSum=-2.028;SC=CCCTCCAGCTCAACCTGCATT;SOR=0.579;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=32;WE=56087001;WS=56086983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr12	56088206	rs7953669	T	C	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=58;PP=2354;SC=CACCTCACCCTTCCGGCCCCG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=56088214;WS=56088196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	56088773	rs2293410	C	T	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	56089357	rs1800974	C	T	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=9;PP=448;SC=GAAGCGGGCGCGGACCAGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=56089365;WS=56089347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	56089554	rs2293411	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=235;SC=CTGCTGCTTATTAGCCATGTG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=56089562;WS=56089544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	56090038	rs7974721	C	T	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=197;SC=CAGCTCCTCCCCCTGGGCTAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=56090046;WS=56090028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	56091617	rs2293412	A	G	9749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=154;NR=105;PP=2965;SC=CTAGAGAACCAGCTGTCAGCC;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=154;TCR=105;TR=259;WE=56091625;WS=56091607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr12	56093817	rs11171660	T	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=17;PP=600;SC=ACATCCAGAGTAGGGGCCACA;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=56093825;WS=56093807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	56095367	rs11356595	CT	C	305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr12	56096816	rs2293413	T	C	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=67;PP=1965;SC=TCCCCCACTCTGTTCATGCAG;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=120;WE=56096824;WS=56096806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	56105977	rs12578814	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=-1.850;SC=CAGCTTGACCGCTCCGGTCTT;SOR=0.444;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=20;WE=56105985;WS=56105967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr12	56151291	rs7068	T	C	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=34;PP=1312;SC=ATCAGGAACTTTTCATCAGGC;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=64;WE=56151299;WS=56151281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	56154228	.	GTAAA	G	470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.182;NF=1;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=-0.906;SC=ACTTAAATAAGTAAATAAATA;SOR=0.164;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=56154239;WS=56154218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr12	56220974	rs67133580	CA	C	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.477;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr12	56222426	.	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	56236043	rs2291268	G	A	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	56236318	rs7310325	T	C	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=129;SC=AGGAGGGACCTGATATGGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=56236326;WS=56236308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	56236531	rs7294345	A	G	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=19;PP=695;SC=GACTTACCACAGGCGCCACCT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=56236539;WS=56236521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	56295544	rs147424544	GAAGT	G	652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=472;ReadPosRankSum=2.558;SC=GCAGGAGGTGGAAGTAAGCCA;SOR=0.654;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=12;WE=56295555;WS=56295534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr12	56295734	rs7302270	A	G	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=35;PP=1358;SC=GCTCTTTGCTAGGCTGGCTGA;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=56295742;WS=56295724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	56297108	.	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=110;ReadPosRankSum=0.233;SC=GTAGGCATAAGGATATTCTAT;SOR=0.757;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=11;WE=56297116;WS=56297098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr12	56297625	rs1701698	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=299;ReadPosRankSum=-0.543;SC=ATGACAATAGCGGATGTTGTA;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=20;WE=56297633;WS=56297615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr12	56298115	rs61956424	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	56298120	rs61956425	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	56330572	rs7297871	G	A	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=930;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GCAAGGTCTCGGCTCTCTACC;SOR=0.679;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=56;WE=56330580;WS=56330562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,95:0.59:161
chr12	56335107	rs1136082	A	G	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=655;ReadPosRankSum=1.334;SC=AGCAGGGGCAAAGGTGAGGAG;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=44;WE=56335115;WS=56335097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr12	56348028	rs1052206	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=0.262;SC=GGAGGGGGCTGTTCTCACCAA;SOR=0.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=11;WE=56348036;WS=56348018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr12	56359770	.	A	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,85:0.57:149
chr12	56362878	.	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	56364321	rs2069408	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TTATCCCCCCAGTGCATTACC;SOR=0.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=14;WE=56364329;WS=56364311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr12	56374544	.	C	T	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=935;ReadPosRankSum=0.793;SC=GATTTCTCATCCGTGATGTCG;SOR=0.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=60;WE=56374552;WS=56374534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,83:0.45:184
chr12	56396195	.	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=298;ReadPosRankSum=0.350;SC=CCACTTTTCCCACCTATCCCT;SOR=1.485;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=17;WE=56396203;WS=56396185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr12	56398454	rs773115	G	C	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=28;PP=1047;SC=CTGTCCAGTCGGCCATCACAG;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=56398462;WS=56398444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	56417403	rs2658479	T	C	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=20;PP=718;SC=AGGATATGAATGGGAAATGGT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=56417411;WS=56417393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	56426577	rs1619653	A	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=630;SC=AGTATCTCCCACACTGAGGGA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=56426585;WS=56426567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	56428344	rs2452822	G	C	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=30;PP=1795;SC=CTGAGTTCCTGTTCTCCACAG;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=56428352;WS=56428334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	56435792	.	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=224;ReadPosRankSum=-0.969;SC=CCCTAGATTTCAGCAGAAATG;SOR=0.754;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=16;WE=56435800;WS=56435782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr12	56435929	rs1131017	C	G	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	56435946	.	C	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=2.697;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr12	56436472	rs705706	T	G	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=19;PP=535;SC=GGCTCTGTTCTTTGGAGCCTC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=56436480;WS=56436462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	56477694	rs2271194	A	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=25;PP=723;SC=CAGGTTAGTGAGCCCACCCTC;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=56477702;WS=56477684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	56478658	rs7971751	A	C	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.88;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	56482180	rs2292239	T	G	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=2;PP=143;SC=TTTGAATCTATAGGGCAGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=56482188;WS=56482178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr12	56500502	.	TA	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
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chr12	56548944	.	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=1.666;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,35:0.40:88
chr12	56551339	rs28365930	C	CAAA	2956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=505;ReadPosRankSum=0.908;SC=GGTGAGGGGACAAAAAAGCGG;SOR=0.379;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=34;WE=56551347;WS=56551329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr12	56556167	.	T	TA	974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,84:0.48:175
chr12	56564056	rs60041436	CTTTT	C	1738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=14;PP=674;SC=GTGTCTAACACTTTTCTTTTT;SOR=0.954;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=56564067;WS=56564046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	56575742	rs773644	T	G	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=24;PP=977;SC=GGGTAGACTGTTCCTGGCATT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=48;WE=56575750;WS=56575732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	56601237	rs703823	A	G	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=384;SC=CCACCCAAACACATAAGACAT;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=56601245;WS=56601227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	56604416	rs10532115	GAT	G	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=793;SC=GCCTGGATATGATATAACTCT;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=56604428;WS=56604406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	56604420	rs79677444	T	C	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=16;PP=440;SC=GGATATGATATAACTCTACAA;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=56604428;WS=56604406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	56607927	rs4759218	C	T	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=37;PP=1123;SC=ACACTCATTGCCAAGATCCAT;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=56607935;WS=56607917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	56625045	rs1274497	T	C	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	56629276	rs901073	A	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.283;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=592;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GGCTTGCCACAATCCATGCAA;SOR=1.872;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=56629284;WS=56629274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr12	56647911	rs808919	G	C	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=22;PP=809;SC=CGCCATTGGTGGAGACTGCAG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=45;WE=56647919;WS=56647901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	56649601	rs1274490	A	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	56650742	rs1274491	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=335;SC=ACCCTTAACCCCCACCTTTAA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=56650750;WS=56650732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	56717466	rs773665	C	T	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=308;SC=CGTCTTCAAACTGGGATTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=56717474;WS=56717456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	56717594	rs144721765	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=0.343;SC=CACTCACCGTGGGCTGGTACT;SOR=1.038;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=7;WE=56717602;WS=56717584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	56722060	rs1918496	T	G	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=33;PP=1098;SC=TCAATCTCTATTATGTGATTC;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=56722068;WS=56722050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	56726518	rs2643626	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=542;SC=CTGGCTATCTGCAAAGCAGCT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=56726526;WS=56726508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	56814256	rs10631263	G	GGAT	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	56814570	rs812279	T	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=18;PP=784;SC=AGGGCTCTTCTCCTAAAAGTG;SOR=0.927;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=43;WE=56814578;WS=56814560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	56815922	rs774047	C	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=623;SC=GTACAGCTCCCGAAGATGAGC;SOR=1.238;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=56815930;WS=56815912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	56816814	rs774048	C	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	56818922	rs774050	C	T	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.52;QD=25.91;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	56818982	rs12824030	G	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=16;PP=491;SC=GCTAAAGAGGGCTTTCCCCAT;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=21;WE=56818991;WS=56818972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	56818983	rs35382350	C	CT	979.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=618;SC=CTAAAGAGGGCTTTCCCCATC;SOR=2.124;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=56818991;WS=56818972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	56821998	rs774026	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	56822378	rs774027	T	A	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=25;PP=933;SC=TCTGGAGATATGTCCATCTCA;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=56822386;WS=56822368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	56822641	rs774028	G	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=169;SC=CTAGCTCACTGTATCTCCAGT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=56822649;WS=56822631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	56824093	.	T	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.554;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=155;ReadPosRankSum=0.997;SC=GGGATTAGAATTACTCCTAAA;SOR=2.321;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=12;WE=56824101;WS=56824083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr12	56825311	rs774033	C	T	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=31;PP=1236;SC=GCTGGCGCAACACCTCCAGTT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=64;WE=56825319;WS=56825301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	56825981	rs774039	A	G	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=195;SC=AGTAACTGAAATCAAGGAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=56825989;WS=56825974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	56826061	rs774040	G	A	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	56826715	rs796483	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr12	56827209	rs72478986	C	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=410;ReadPosRankSum=-0.263;SC=ACTCCAAAAGCCTTCTCACTG;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=33;WE=56827217;WS=56827199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr12	56827974	rs2638312	C	T	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	56845296	rs2643622	T	C	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	56845303	rs2088155	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	56862886	rs2657881	T	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	56865338	rs2657879	A	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=9;PP=607;SC=AGTTTCAGAGAGTGTGTAGGA;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=56865346;WS=56865328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	56866334	rs2638314	T	A	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=127;SC=TCTCCTTTTTTAAAAAAATTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=56866342;WS=56866324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	56866962	rs2657878	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=574;SC=CGTGAGCCACCGCACCTGGCC;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=56866970;WS=56866952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	56869577	rs5798384	C	CT	1901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=1754;SC=GCTTTCCTCTCTGAGGCCAGC;SOR=1.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=37;WE=56869585;WS=56869567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	56869949	rs34325581	C	CT	344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.15;ReadPosRankSum=0.773;SOR=2.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr12	56869971	rs79174190	TTTGTCACCC	T	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=2979;SC=ACAGTCTTGCTTTGTCACCCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=56869987;WS=56869961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	56915782	rs808929	G	A	150.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=21.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	56933651	rs2657902	G	A	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=27;PP=870;SC=CTGAGAGGCCGGATGCTTCAT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=56933659;WS=56933641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	56933722	rs2657903	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=380;SC=GCTTTTAACCGTGTGCTCCCT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=56933730;WS=56933712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	56982290	rs2470385	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=74;SC=ATACGAAGAACGTAGGAAGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=56982298;WS=56982280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	56999207	.	A	AT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	57009130	.	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.433;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr12	57009216	rs77625477	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GGTCCTTGAGGTTGCTGCCAG;SOR=0.639;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=23;WE=57009224;WS=57009206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr12	57032900	rs145015204	C	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=309;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CTGCCAAAATCTGCTGGAATC;SOR=0.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=23;WE=57032908;WS=57032890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr12	57039080	rs41291993	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=619;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CGCCACGATGCGCCCGGTGGC;SOR=0.695;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=53;WE=57039088;WS=57039070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,61:0.41:148
chr12	57065713	rs2958154	C	T	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	57106660	rs4788	A	T	7125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=87;NR=85;PP=2956;SC=TGACCAATTCAATGTCCTTAA;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=175;TCF=87;TCR=88;TR=172;WE=57106668;WS=57106650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr12	57106810	rs898609	G	A	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=36;PP=1148;SC=AATGCTATACGGCGAGAGTTA;SOR=2.608;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=45;WE=57106818;WS=57106800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	57108203	rs4902	A	G	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=25;PP=1765;SC=GTTCTTCATCAATTTCAGCTG;SOR=1.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=95;WE=57108211;WS=57108193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	57109792	rs2958149	A	G	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=30;PP=1158;SC=AATCAGAGGCAGCAGCTCATC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=67;WE=57109800;WS=57109782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	57109931	rs2926747	A	T	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=31;PP=967;SC=ACTGGTGGGGAGGGTGCTGCA;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=55;WE=57109939;WS=57109921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	57112637	rs11171951	G	A	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	57112733	.	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.956;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr12	57114100	rs2926743	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=35;PP=1187;SC=AGATAATGAAAAAGAGGTAGC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=57;WE=57114108;WS=57114090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	57114307	rs2958127	A	T	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=25;PP=927;SC=AATGGTCTTCACTGTAGGGTC;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=46;WE=57114315;WS=57114297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	57132186	rs56401813	AT	A	1719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=676;SC=AAAACCCTGTATTTAAAGTGA;SOR=0.732;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=57132194;WS=57132176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	57133140	rs1131514	T	G	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=19;PP=739;SC=TAGGCACAGATATGCGACCTG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=57133148;WS=57133130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	57137828	rs1026565	T	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=13;PP=498;SC=CTTAAAGTGCTTGGAGACTTT;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=57137836;WS=57137818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	57139722	rs11331084	CA	C	48.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chr12	57140506	rs2958130	G	A	4745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=36;PP=1881;SC=ATAGTTAATAGTAGTCAGAGG;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=100;WE=57140514;WS=57140496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	57146069	rs2277339	T	G	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,74:0.59:125
chr12	57176089	rs3816616	C	G	51.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	57317903	rs7314055	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=0.857;SC=TCCGAATTCCATCCAAGTTCC;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=57317911;WS=57317893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	57324297	.	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr12	57345780	rs11613668	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=204;ReadPosRankSum=1.724;SC=TAGCACACCCCAAATCCATGC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=15;WE=57345788;WS=57345770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	57423039	.	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=0.634;SC=GCCCACCGATGACATCTTAGG;SOR=0.620;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=26;WE=57423047;WS=57423029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr12	57431402	rs33962952	C	T	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=566;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GCTCAGCTCCCCCAGGACCTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=42;WE=57431410;WS=57431392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr12	57435052	rs17546153	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr12	57456740	.	TA	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.629;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	57457959	rs17546579	T	C	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.963;NF=20;NR=29;PP=596;ReadPosRankSum=-0.733;SC=ATGACGTAAATGGGACTTTTC;SOR=0.897;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=49;WE=57457967;WS=57457949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,82:0.53:156
chr12	57486278	rs1057290	G	A	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,59:0.50:119
chr12	57486647	rs324019	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=290;ReadPosRankSum=-1.461;SC=GTGCTCTGCCAGTCGAGTGGC;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=20;WE=57486655;WS=57486637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr12	57494880	rs71084730	CT	C	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	57543572	rs10876966	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=132;ReadPosRankSum=0.176;SC=AAACAAGGAGCATGAGGCCAC;SOR=1.038;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=12;WE=57543580;WS=57543562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr12	57548340	rs147797119	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=337;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GCACCAAGCTCGTCGACAGCA;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=26;WE=57548348;WS=57548330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,35:0.33:105
chr12	57569478	rs12814239	C	T	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1312;ReadPosRankSum=-1.438;SC=GCGAGAGCTGCCGCAGCCTGG;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=156;TCF=68;TCR=88;TR=87;WE=57569486;WS=57569468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,116:0.57:204
chr12	57573420	.	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=204;ReadPosRankSum=1.571;SC=TCTACTTGGTCCGAGTGGTCC;SOR=1.109;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=13;WE=57573428;WS=57573410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr12	57581028	rs6581127	C	G	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=37;PP=2124;SC=CCTGACAAATCGCTGCTCCTG;SOR=1.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=105;WE=57581036;WS=57581018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	57585144	rs1800139	C	T	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=31;PP=1069;SC=TCGGGCTGGCCGTGTATGGGG;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=57585152;WS=57585134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	57587839	rs1800187	C	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	57589784	rs7397167	A	C	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=73;PP=2757;SC=TGCACCAGCCAAGGTGGGCCC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=135;WE=57589792;WS=57589774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	57589865	rs1800189	C	T	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=63;PP=2069;SC=TCCGCCCCTCCGCAGAGCACA;SOR=0.920;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=109;WE=57589873;WS=57589855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	57590735	rs7308552	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=12;PP=507;SC=CCCTGCCACATGCCCAGCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=57590743;WS=57590725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	57590869	rs7308698	T	C	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=34;PP=1859;SC=GCATCAACACTCATGGCAGCT;SOR=1.065;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=94;WE=57590877;WS=57590859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	57592557	rs1800168	C	T	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=31;PP=815;SC=ACATAAAAAGCGGAGGATATG;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=57592565;WS=57592547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	57593101	rs1140648	G	A	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=86;PP=2795;SC=ACAAGACCACGGGCACCAACA;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=58;TCR=86;TR=144;WE=57593109;WS=57593091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	57593894	rs1800159	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=370;SC=CTCTGTCCTAATGTCCTCATG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=57593902;WS=57593884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	57602815	rs7956957	C	G	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=733;SC=CTTTCCACCCCGAGCCTGGGT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=57602823;WS=57602805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	57604802	rs1800164	A	G	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=20;PP=1023;SC=AGCCAGGCCCAAGCTGCTGGC;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=57604810;WS=57604792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	57605168	rs10783814	T	C	3782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=54;PP=1885;SC=TCCACCCAGCTGGGCCCCTGC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=108;WE=57605176;WS=57605158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	57606386	rs7304504	A	G	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=30;PP=860;SC=GCCCCCTGCCAGTGAAGTCCT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=57606394;WS=57606376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	57610616	.	GCCGCCGCTC	G	108	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=27.00;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	57614958	rs7134826	G	T	5435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	57618853	rs201872894	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=428;ReadPosRankSum=-0.934;SC=AGGGGCAGCCGGGGCGTTGCC;SOR=0.838;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=25;WE=57618861;WS=57618843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr12	57619209	rs7979061	C	G	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=44;PP=1954;SC=CGGCGGGGCCCGGGCTTGGGG;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=97;WE=57619217;WS=57619199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	57627582	.	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=754;ReadPosRankSum=0.215;SC=CAAGGGCCTGGATGGAGCTCG;SOR=0.770;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=43;WE=57627590;WS=57627572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,52:0.41:126
chr12	57627717	rs34095989	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=784;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GAGGGAAGGGGCTCCCATGCT;SOR=0.769;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=50;WE=57627725;WS=57627707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,59:0.43:136
chr12	57637593	rs3204635	G	A	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1100;ReadPosRankSum=-0.933;SC=GCGCCCGCACGCCTAAATTTC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=86;WE=57637601;WS=57637583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,127:0.47:272
chr12	57639190	rs7139342	C	T	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=6;PP=155;SC=GGTCTCCCTCCGTCACCCAGG;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=57639198;WS=57639180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	57642729	.	C	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=826;ReadPosRankSum=0.511;SC=CAACTCTAGCCACAGCCCATC;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=46;WE=57642737;WS=57642719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr12	57649840	rs4075325	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=-2.371;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr12	57666405	rs35275303	TG	T	49.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	57693060	rs4760126	G	A	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=14;PP=606;SC=CAGTAAGGCTGGCAGGTGCCA;SOR=0.899;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=34;WE=57693068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	57704005	rs57612216	GA	G	1328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.119;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;MQRankSum=0.354;QD=17.72;ReadPosRankSum=-1.889;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,72:0.96:75
chr12	57829129	rs560048	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=0.375;SC=CCAGGTGTCCCGACAACCCCC;SOR=0.250;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=57829137;WS=57829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	57843014	rs776037	C	T	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=723;SC=GTTGGTAGAACTGACAGTCAG;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=57843022;WS=57843004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	57845706	rs2280139	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=1.344;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr12	57848568	rs11172224	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-0.671;SC=CTCGTGGCACTGCCACCTGGG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=57848576;WS=57848558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	57849768	rs507562	C	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GCAGTCTCTACTTTTCTAGAG;SOR=0.404;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=13;WE=57849776;WS=57849758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr12	57857437	.	C	T	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.827;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,136:0.53:259
chr12	57865928	rs474058	A	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	57867336	.	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=259;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTGTGGCATTCCCCACTCCAC;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=18;WE=57867344;WS=57867326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr12	57868132	rs145106882	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr12	57869241	rs527226	T	C	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=22;PP=1161;SC=GCTCCCGGACTCTCCCTCCCC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=51;WE=57869249;WS=57869231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	57869500	rs524522	A	C	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=20;SC=CGGCCCAGGCAAGGGCTCTCC;SOR=0.737;Source=Platypus;TCF=23;TR=43;WE=57869508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	57870121	rs486699	A	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=550;ReadPosRankSum=-1.537;SC=GCCCGCACCCATCCTGCGCCT;SOR=0.924;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=32;WE=57870129;WS=57870111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr12	57870648	rs512490	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.139;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	57871555	rs3825080	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=1.615;SC=TCCCTCCCCCATTGTCTTCTC;SOR=0.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=9;WE=57871563;WS=57871545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
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chr12	57891804	rs537161	T	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=11;PP=738;SC=CCTGTGGGTTTGTGTGCAGAA;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=39;WE=57891812;WS=57891794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	57905349	rs747340	G	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	57905687	rs1284467	A	G	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=44;PP=1520;SC=ATTCAGCCTTAGTGTTGAAAC;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=83;WE=57905695;WS=57905677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	57911160	rs697221	G	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=635;ReadPosRankSum=-1.076;SC=ACAGTGTCCCGAAGGAGAAAG;SOR=0.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=44;WE=57911168;WS=57911150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,66:0.60:110
chr12	57918634	rs1148555	A	G	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=981;ReadPosRankSum=0.451;SC=GCCTGAGAGTACAGAGATAAG;SOR=0.829;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=59;WE=57918642;WS=57918624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,74:0.54:137
chr12	57919107	rs1148554	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=636;ReadPosRankSum=-1.086;SC=CACAGGCTGACCCTTCATTTT;SOR=1.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=38;WE=57919115;WS=57919097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr12	57920262	rs2127318	T	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=362;ReadPosRankSum=0.240;SC=CTTTGAGGGTTTTCTGGGTTG;SOR=1.127;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=22;WE=57920270;WS=57920252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr12	57921188	rs1284605	C	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=424;ReadPosRankSum=0.377;SC=ATAAGCATGGCCTATCTCACT;SOR=0.997;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=29;WE=57921196;WS=57921178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr12	57921866	rs117084250	C	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=405;ReadPosRankSum=1.844;SC=TTAGGGCTTTCTGAGTTATAG;SOR=0.646;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=34;WE=57921874;WS=57921856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,47:0.37:127
chr12	57922363	rs2620679	A	G	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=0.204;SC=GAGTGCTGGTAGTCTGGGCTC;SOR=0.884;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=27;WE=57922371;WS=57922353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr12	57926472	rs703837	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=814;ReadPosRankSum=1.797;SC=AGGGCTTCCAGAGTCCCAAGC;SOR=0.805;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=55;WE=57926480;WS=57926462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,90:0.53:171
chr12	57935096	.	G	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=411;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CATTGCATGCGAGATGGCAGA;SOR=0.298;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=27;WE=57935104;WS=57935086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr12	57940749	rs775325	C	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.60;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	57958313	rs775322	A	G	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=12;PP=369;SC=GTCCCAGTGGATGAGGGTGTG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=57958321;WS=57958303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	57960850	rs117149568	A	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr12	57963838	.	G	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=349;ReadPosRankSum=1.146;SC=GCTCTGTGAGGAGACCCCTGT;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=35;WE=57963846;WS=57963828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,59:0.50:119
chr12	57975570	rs775247	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=234;SC=CAGCTCTATCACTGAGGATGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=57975578;WS=57975560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	57979190	rs1678536	C	G	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=32;PP=989;SC=AGGCTTGACCCTGAGGGGTCT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=57979198;WS=57979180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	57985204	rs11537654	C	T	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=57;PP=2060;SC=TCCGGGCGGCCGACCCGCTGG;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=109;WE=57985212;WS=57985194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	57994743	rs775235	T	G	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=45;PP=1795;SC=CTCCTGCTCTTGTGGGCTCCT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=57994751;WS=57994733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	57995089	rs812873	T	C	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=21;PP=1037;SC=AGTATGATGCTAAGAAGAAAG;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=57995097;WS=57995079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	58000216	rs755289	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=0.388;SC=CCATTTTTCCGCCCTACCAGG;SOR=0.597;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=7;WE=58000224;WS=58000206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr12	58000378	rs703834	G	A	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=23;PP=712;SC=GGAGGGGCAAGTTGTTTCTAT;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=58000386;WS=58000368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	58003922	rs10437954	G	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=7;PP=312;SC=GCAACTCCCCGGACGCGCGCA;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=17;WE=58003930;WS=58003912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	58004563	rs7314872	C	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=0.900;SC=AAGTTCGCATCTAATTTGCAT;SOR=0.283;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=10;WE=58004571;WS=58004553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr12	58005682	rs60586224	G	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr12	58007678	rs7305391	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=0.079;SC=TACTCTGGGGGCAGGGCGGCT;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=14;WE=58007686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr12	58008952	rs703833	C	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=8;PP=632;SC=GGCAACTGGCCGAGGAGGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=58008960;WS=58008942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	58009202	rs2277322	T	C	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=38;PP=1274;SC=GCTGACCCCATGGTTGGTTGG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=58009210;WS=58009192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	58010163	rs1564374	A	G	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=23;PP=1041;SC=GGAAGAATTCAGCTTGGAGAT;SOR=1.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=60;WE=58010171;WS=58010153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	58010352	.	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=310;ReadPosRankSum=-1.564;SC=CCCCAAGTTCCCTCCCCATAT;SOR=0.416;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=15;WE=58010360;WS=58010342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr12	58017701	rs7314152	T	G	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=25;PP=1244;SC=CCCAAGGTAATGAGCAGAGGA;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=58017709;WS=58017691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	58018979	rs1871417	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.126;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=462;ReadPosRankSum=-1.672;SC=GGGCATGTTGCATGGTGACAC;SOR=0.473;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=36;WE=58018987;WS=58018969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr12	58019219	.	G	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=741;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GAGATGCTAGGATCCGCCTCC;SOR=0.902;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=50;WE=58019227;WS=58019209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,81:0.46:175
chr12	58019472	rs774895	T	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=25;PP=845;SC=GGGGAGCCTGTTAAGGGGCAG;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=58019480;WS=58019462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	58023593	rs715931	A	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=335;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GAGAAATGGGATCTCAGGAAA;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=17;WE=58023601;WS=58023583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr12	58024312	.	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=-1.388;SC=CTAGGAGAAAGGAGTGGGGGG;SOR=0.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=16;WE=58024320;WS=58024302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr12	58025807	.	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	58089413	rs3825078	A	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=541;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CTCCTTACTGAAAGTCTGGAG;SOR=0.458;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=39;WE=58089421;WS=58089403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,66:0.52:126
chr12	58090232	rs72303843	AGTCGG	A	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=1.282;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	58090243	.	GGGC	G	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=1.335;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	58112189	rs799265	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.274;SC=GGGAACTGGAAAACATCATCC;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=9;WE=58112197;WS=58112179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr12	58114865	.	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=621;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TGCTGCTGCCCCTGCTGGCAG;SOR=1.136;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=10;TCR=57;TR=34;WE=58114873;WS=58114855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr12	58124803	rs238523	C	T	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	58126234	rs17852479	C	A	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.845;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=881;ReadPosRankSum=-0.172;SC=GGGAGCTGGGCAGGGACTTGC;SOR=1.054;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=56;WE=58126242;WS=58126224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,67:0.44:152
chr12	58127766	rs238526	T	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=490;SC=GTAGCCTCCTTAGGGCCTCCC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=58127774;WS=58127756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	58127852	.	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=554;ReadPosRankSum=0.344;SC=CTCGTCCCTCCCCGCGAAGGG;SOR=0.827;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=34;WE=58127860;WS=58127842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr12	58135659	rs238530	T	C	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	58142854	rs2069506	C	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=296;ReadPosRankSum=0.760;SC=AAAACTACAGCCCATCTACCA;SOR=0.478;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=21;WE=58142862;WS=58142844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr12	58144665	rs2069502	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=443;ReadPosRankSum=1.619;SC=CACTCTCCTACTCCCAACCAG;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=37;WE=58144673;WS=58144655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr12	58145156	rs2270777	C	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.921;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=338;ReadPosRankSum=-0.513;SC=CTTTTCAATCCCCTTTAACCC;SOR=0.550;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=24;WE=58145164;WS=58145146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr12	58149446	rs1689582	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=333;SC=CCTTCGCTGGCTGCTCCACCC;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=58149454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	58150989	rs35101706	CCA	C	1709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=20;PP=973;SC=CCGCCAGTTACCACAGTCTCC;SOR=1.552;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=58150998;WS=58150979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	58157988	rs4646536	A	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=421;ReadPosRankSum=0.889;SC=AATGGAGACAACAAGATGAGG;SOR=0.411;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=22;WE=58157996;WS=58157978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr12	58163265	rs77194942	C	T	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=835;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TGGTGTGAGTCCCTAAATGCA;SOR=0.501;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=155;TCF=84;TCR=71;TR=59;WE=58163273;WS=58163255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,90:0.43:209
chr12	58163603	.	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;ReadPosRankSum=-1.659;SC=CATTGCTACGGAGACAGGCGA;SOR=0.789;Source=Platypus;TCF=29;TR=41;WE=58163611;WS=58163593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,51:0.40:128
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chr12	58196447	rs10783847	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=0.352;SC=AACACCTTCAGGATGTAGCTC;SOR=0.556;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=40;WE=58196455;WS=58196437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,61:0.40:151
chr12	58196528	rs10783848	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=314;ReadPosRankSum=0.231;SC=TAAGGCAGAAGCCTGAGAGTT;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=20;WE=58196536;WS=58196518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr12	58203264	rs12582311	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=233;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TTTGCAGTCCATGTACGTAAG;SOR=0.283;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=20;WE=58203272;WS=58203254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr12	58203354	rs3825079	C	T	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.168;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=527;ReadPosRankSum=-0.317;SC=ATTATTTGAACAGTATTGCAC;SOR=0.984;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=41;WE=58203362;WS=58203344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,53:0.40:134
chr12	58204283	rs2172521	T	C	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=25;PP=794;SC=ACTCCTATTTTAGCACGGCCC;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=58204291;WS=58204273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	58208164	rs1021469	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CAGCCACAGGGTTAACGTGGC;SOR=1.508;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=9;WE=58208172;WS=58208154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	58217927	rs78073833	C	T	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=631;ReadPosRankSum=0.846;SC=TCCTGTATAACCCTAGGGACC;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=47;WE=58217935;WS=58217917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,85:0.52:162
chr12	58218630	rs78914828	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CGATCTTGTGCTTGCTTCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=11;WE=58218638;WS=58218620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	58340733	rs375282937	C	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=313;ReadPosRankSum=0.135;SC=CTGTTTGCCACATACACACTG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=26;WE=58340741;WS=58340723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr12	59197223	rs1148531	A	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=6;PP=152;SC=CCTTGGTGCCAGATTTCCATG;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=59197231;WS=59197213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	59282702	rs17533647	T	C	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=51;PP=932;ReadPosRankSum=1.928;SC=GGCCTTGGAATGTCAGTCCAT;SOR=0.737;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=52;TCR=96;TR=80;WE=59282710;WS=59282692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,112:0.50:226
chr12	59307806	.	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr12	59307848	.	C	CA	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.695;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr12	60127590	rs2706309	A	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr12	60127612	rs2711672	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr12	60129896	rs2706306	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	60161941	rs35166468	G	GA	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.871;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr12	60173356	rs3763980	A	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=666;ReadPosRankSum=1.574;SC=AAGGCAGAAGACCAGAGAATC;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=51;WE=60173364;WS=60173346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,81:0.43:189
chr12	62104219	rs7399207	A	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1312;ReadPosRankSum=-0.937;SC=AGGAGAAAATATAGTCAACAT;SOR=0.305;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=62;WE=62104227;WS=62104209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr12	62114671	rs7485027	T	C	6491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.87;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	62114671	.	TCTCCATTC	CCTCCATTC,CCTCCATTT	897	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=61,33;NR=51,24;PP=719,897;QD=6.73010011203;SC=TCTTTCTACTTCTCCATTCGA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=112,57;WE=62114687;WS=62114661;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:114
chr12	62114679	.	C	T	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,106:0.54:196
chr12	62261143	.	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr12	62708442	rs10877825	G	A	41.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	62778108	rs58138194	GTT	G	41.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr12	62887938	rs11174512	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=1.452;SC=GCAATGTGCTCGGAGAAAATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=62887946;WS=62887928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	62928747	rs11364534	TA	T	1097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=23;PP=626;SC=CTGTGTCAGTTAAAAAAAACA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=28;WE=62928755;WS=62928737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr12	62965149	rs2270732	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=0.456;SC=TTAATGCTTATATTAAACTGT;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=11;WE=62965157;WS=62965139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr12	63113828	rs342170	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	63359011	rs699595	A	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=535;SC=TGAAAAAAAAAAATCAAACCT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=63359019;WS=63359001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	63359549	rs143590555	ACTGCTG	A	4000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=28;PP=2995;SC=TACTAAGGGTACTGCTGCTGC;SOR=1.071;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=54;WE=63359565;WS=63359539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	63359803	.	T	TAAAAAAA	1358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;QD=36.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	63543551	.	TTC	T	115.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.17;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	63543578	.	T	A	162	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MMLQ=21;MQ=59.6;NF=10;NR=2;PP=162;QD=16.3976010456;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=12;WE=63543586;WS=63543566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,12:0.52:23
chr12	63544209	rs1042615	A	G	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=69;PP=2489;SC=AGGCCGACGCAAACATGCCGA;SOR=0.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=128;WE=63544217;WS=63544199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	63954304	rs1054891	T	C	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.343;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.189;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,147:0.52:280
chr12	63974439	rs61935050	C	T	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQRankSum=-2.566;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,65:0.46:142
chr12	64011062	rs4105524	A	G	5750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=62;PP=2376;SC=AAAAAAACCAACTTTATGAAC;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=124;WE=64011070;WS=64011040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr12	64041195	rs55655430	C	CATAATA	254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.02;QD=50.95;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	64057447	rs35598493	CAGA	C	4268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=27;PP=2800;SC=TGCAGTTGACCAGAAGTTCAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=59;WE=64057457;WS=64057437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	64061745	rs11175110	C	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=7;PP=310;SC=TACTAGGCACCCACAAACCCT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=64061753;WS=64061735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	64078548	rs61935227	G	A	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.67;QD=43.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	64078557	rs61935228	C	T	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.80;QD=43.01;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	64078612	rs61935229	G	A	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=39;PP=1574;SC=TGGTATCGCGGCATGTGGAAT;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=84;WE=64078620;WS=64078602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	64118558	rs3864455	A	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.67;QD=26.00;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	64173807	rs61935924	G	A	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=2.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,195:0.52:374
chr12	64383670	rs3741607	T	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,64:0.59:109
chr12	64472803	rs789710	A	T	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=50;PP=1574;SC=CCACAGAATCAGTGAAGTCCA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=64472811;WS=64472793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	64485097	.	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.409;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr12	64485593	rs5798729	A	ACC	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=6;PP=815;SC=GAATTGTAAGACTATGATCTA;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=64485601;WS=64485583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	64521364	.	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=2.142;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr12	64587633	rs699638	C	A	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=9;PP=677;SC=TAACCTTTGGCTCCAGGTTTC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=64587641;WS=64587623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	64609562	rs2335390	C	T	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=22;PP=951;SC=AGAAGTCTGCCATCTCCATCC;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=64609570;WS=64609552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	64669018	.	AT	A	67	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=27;MQ=61.53;NF=2;NR=0;PP=67;QD=58.015449935;SC=ATAATATATAATAGTCATGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=64669026;WS=64669008;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	64669090	rs1002392	C	A	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=295;SC=GCTGAAAGACCAGAAGTATCT;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=64669098;WS=64669080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	64669270	rs10878132	C	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=8;PP=233;SC=GAGACAAGGTCTCATGCTGCC;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=64669278;WS=64669260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	64671412	rs10624687	C	CTA,CTATA	2222.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.50;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,50,22:0.64,0.28:78
chr12	64697635	rs10878142	T	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	64710319	rs7310610	C	G	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=642;ReadPosRankSum=0.462;SC=TGCTACTACACCACACCTGGC;SOR=0.589;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=44;WE=64710327;WS=64710309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,65:0.44:148
chr12	64710402	.	C	T	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
chr12	64712511	rs7955105	A	G	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=26;PP=1088;SC=ACTCATTTCCATTCCCATTGC;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=65;WE=64712519;WS=64712501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	64712546	rs113411861	A	AGTT	1221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.225;NF=7;NR=8;PP=613;ReadPosRankSum=0.417;SC=TCACTTATGGAGTTGTGATCT;SOR=1.059;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=15;WE=64712554;WS=64712536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr12	64724815	rs11392869	T	TA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.502;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.303;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr12	64746762	.	T	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TCAAAACGGTTGAAGAATAGA;SOR=0.473;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=12;WE=64746770;WS=64746752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr12	64821813	.	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=129;ReadPosRankSum=0.489;SC=ATTGTGATTTCCTTTTTCTGT;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=64821821;WS=64821803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	64832949	rs191476786	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=-1.310;SC=TAAAGTGTACATGTATTGTTC;SOR=0.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=13;WE=64832957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr12	64833249	rs10878172	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CACCATTTTGAAATTATGAGT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=64833257;WS=64833239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	64838752	rs71092967	TA	T	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	64838922	rs6581565	G	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=812;ReadPosRankSum=-1.375;SC=GTAGGTATTTGTGAAGCTCAC;SOR=0.994;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=56;WE=64838930;WS=64838912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
chr12	64858100	rs57810028	A	AT	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-3.576;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr12	64875787	rs7486100	T	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-2.108;SOR=0.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	65004520	rs77813527	A	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=623;ReadPosRankSum=0.089;SC=GCTCCGGCCAACAAGTGAGTG;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=41;WE=65004528;WS=65004510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
chr12	65004550	rs117122731	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=360;ReadPosRankSum=0.426;SC=GGGCGCTGCAGCCCGCGCCCC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=29;WE=65004558;WS=65004540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr12	65134536	rs1690277	C	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.174;SC=TGGATTACTACAGTAGATAAT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=65134544;WS=65134526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	65146532	rs1147096	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	65146676	rs1147095	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	65150485	rs2620733	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=427;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TGCTCTTGTCCTAGCTCTTCC;SOR=0.727;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=31;WE=65150493;WS=65150475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
chr12	65222347	rs1144426	C	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=1.202;SC=TTCTTTAGAGCCTCTGGAATG;SOR=0.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=15;WE=65222355;WS=65222337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr12	65232699	rs3741740	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TGTGCTCTAACGTGTAAAGCA;SOR=0.169;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=21;WE=65232707;WS=65232689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr12	65268933	.	C	T	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,97:0.46:213
chr12	65270436	rs7311657	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=-2.193;SC=CCAGCTCTAGACTGCAGACGC;SOR=0.141;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=16;WE=65270444;WS=65270426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr12	65449071	rs1026025	A	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=23;PP=558;SC=TTTCCTTGCAATTCTTTAGAA;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=65449079;WS=65449061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	65462429	.	ATG	A	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.112;NF=4;NR=5;PP=304;ReadPosRankSum=0.292;SC=CCAAAAAACCATGTGTGTGTG;SOR=0.382;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=9;WE=65462438;WS=65462419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr12	65462657	.	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=699;ReadPosRankSum=-0.112;SC=ATCCTGTTTTCCAAGACATGG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=50;WE=65462665;WS=65462647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,77:0.50:154
chr12	65477609	rs71096022	C	CTCTTTTCTTTTCTTTTCTTT	231.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.41;QD=46.36;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	65612499	rs11610822	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=73;SC=TAATTGTACTGTTAAAAGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=65612507;WS=65612489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	65634857	.	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-2.281;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr12	65639404	rs17177865	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=0.801;SC=GAATTTTTACCGAGTAGGAAT;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=7;WE=65639412;WS=65639394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr12	65639615	rs3217456	ATTTT	A	806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=427;SC=AACTAAGACTATTTTCTTTCT;SOR=1.292;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=65639626;WS=65639605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	65857171	.	C	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AAATTGTTATCTTAATAGATA;SOR=0.301;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=65857179;WS=65857161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	65881710	.	T	TA	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.690;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.038;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,28:0.23:121
chr12	66151911	.	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGACCATTCAGTGGTTGCTCC;SOR=0.846;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=8;WE=66151919;WS=66151901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr12	66517828	rs2464304	T	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=17;PP=497;SC=AACTATTAACTCCATGTATGA;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=66517836;WS=66517818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	66531694	rs1185629	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=359;SC=CTTTTTTCTCATTAAATTTTT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=66531702;WS=66531684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	66533329	rs11176056	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=0.977;SC=TTTCCAGGCCAGCGTGTAGGG;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=66533337;WS=66533319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	66546100	rs8793	A	G	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=0.658;SC=TCTGTTTAAAATCAACGCAAA;SOR=0.767;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=19;WE=66546108;WS=66546090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr12	66605228	rs1152888	A	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=7;PP=316;SC=TTCCTAAGGAATACTGCTTAA;SOR=1.220;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=66605236;WS=66605218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	66696255	rs3741605	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=739;SC=TCAGGTTTTATGTACGCTGGC;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=66696263;WS=66696245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	66696410	rs3741604	C	T	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	66698438	rs2118139	G	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=499;SC=TAAGTTTGATGAAACTTTGAG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=66698446;WS=66698428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	66698461	rs2118140	A	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=11;PP=657;SC=AACGGTTTCTAAATAATCTCC;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=37;WE=66698469;WS=66698451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	66698895	rs4430553	T	C	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	66698954	rs1971302	C	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=20;PP=505;SC=TTATCATCAACTTTCAGTGTA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=66698962;WS=66698944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	66716345	rs201265807	CAAAA	C	292.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.41;ReadPosRankSum=1.019;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr12	66717692	rs7969887	T	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=452;SC=GTCTGAGTAGTAGTTAATGTT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=66717700;WS=66717682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	66717716	rs7957877	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=496;SC=ACAAGTGAAACGGAGACTTTC;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=66717724;WS=66717706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	66786073	rs7970076	A	G	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=14;PP=558;SC=TCTGGGGGACAAAGTAAAGAC;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=66786081;WS=66786063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	66786091	rs13277	G	C	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	66786341	rs7970771	G	A	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=10;PP=557;SC=AATATACCAAGATACTCCGTG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=66786349;WS=66786331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	66786644	rs2270594	G	A	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=26;PP=731;SC=TCCCTGTATGGTACTGAATAT;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=66786652;WS=66786634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	66788095	.	C	T	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=463;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GTTTAAGCTCCACGGTGTAAA;SOR=0.867;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=33;WE=66788103;WS=66788085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr12	66814466	rs7397861	C	G	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.74;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr12	66814487	rs7397862	C	A	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=28;PP=1005;SC=ATCAGAAAATCCATTTTCCTT;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=66814495;WS=66814477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	66826527	rs143524823	GAAGT	G	416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=280;SC=TGTAGGAACTGAAGTAAGATG;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=66826538;WS=66826517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	66826555	rs6581694	A	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=6;PP=118;SC=TTAAAATCCTAGTAAATTAAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=66826563;WS=66826545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	66849062	rs11613371	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=6;PP=434;SC=GAGCTGTTAGCTGCTCAGCAT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=66849070;WS=66849052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	66849408	rs1038923	T	C	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=198;SC=GCCACACTTGTCAACCAGTAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=66849416;WS=66849398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	66849908	rs4913434	G	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.37;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	66849926	rs4913435	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=241;SC=GAAAAATATAATTGAAATAAA;SOR=0.922;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=66849934;WS=66849916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	66856667	rs4913301	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=222;SC=CACTGTGAGGGCCAGAGAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=66856675;WS=66856657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr12	66911771	rs11838180	G	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=408;ReadPosRankSum=0.853;SC=CAAAGAAAAGGAACAGAGCTT;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=30;WE=66911779;WS=66911761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr12	66923462	rs56366511	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TTGGGTTCAGTGTATACTGCT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=66923470;WS=66923452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	66932832	rs66522623	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=-0.996;SC=GTATCCCCTATGGATAAGGGG;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=11;WE=66932840;WS=66932822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr12	66933149	rs10219689	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.611;SC=TCCTAGGAGACGGTGGGCCCT;SOR=0.283;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=12;WE=66933157;WS=66933139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	67688958	rs78741300	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TGTTTATTTCCGTTACTCGTA;SOR=0.811;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=20;WE=67688966;WS=67688948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr12	67699536	rs17781675	G	A	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=45;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.936;SC=TTCTAGATGAGCTCCCACCTC;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=88;WE=67699544;WS=67699526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,121:0.47:257
chr12	67701103	rs812325	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=-0.271;SC=GTGTTATTTGGAGTGGTTTAA;SOR=0.616;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=17;WE=67701111;WS=67701093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr12	67703909	rs116416219	C	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=240;ReadPosRankSum=0.243;SC=TGTATATCCACACGTTCTTTT;SOR=0.844;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=17;WE=67703917;WS=67703899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr12	68045403	rs10878641	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=-0.746;SC=TGTAAACTTCGGTATGCTGTT;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=22;WE=68045411;WS=68045393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr12	68045455	rs7307918	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	68052178	rs3741644	G	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=394;ReadPosRankSum=0.480;SC=GAGAGTGGGGGAACGCGCTGA;SOR=1.046;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=24;WE=68052186;WS=68052168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr12	68549059	.	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr12	68552041	rs2234686	TA	T	470.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=2.492;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,32:0.86:37
chr12	68619604	rs11570915	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=533;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GGTTAGATGAGAGGATAACCT;SOR=0.731;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=41;WE=68619612;WS=68619594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,63:0.57:111
chr12	68646521	rs2227491	T	C	4767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.243;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.97;MQRankSum=13.893;NF=50;NR=62;PP=1760;ReadPosRankSum=1.735;SC=CACACGGCCCTGTTCGTCACA;SOR=0.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=112;WE=68646529;WS=68646511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr12	68688939	rs7958232	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=5;PP=528;SC=AAGTAGAAAACGTTAGGAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=68688947;WS=68688929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	68707576	rs4575357	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=418;SC=GCATTTCCTCGAGAAAATATG;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=68707584;WS=68707566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	68708761	rs2306393	C	T	7345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=61;PP=2729;SC=AGATTTCTCACGTACATCCAA;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=148;WE=68708769;WS=68708751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr12	68709892	rs17224810	C	T	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	68719216	rs2870812	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=6;PP=240;SC=CATCCATTAAGCTACCTGATT;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=68719224;WS=68719206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	68720627	rs962976	G	A	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=51;PP=1770;SC=TCTTTCTTGAGTAACATCCTT;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=91;WE=68720635;WS=68720617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	68721040	rs962977	A	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=405;SC=ATTAAAAATCAGGGGGTCACA;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=68721048;WS=68721030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	68724951	rs3741808	G	T	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=43;PP=1617;SC=TACAAGACTCGGACAAATAAG;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=93;WE=68724959;WS=68724941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	68725582	rs1480050	T	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=443;SC=TATTTCTTTATACGCTGTCTT;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=68725590;WS=68725572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	69021043	rs140347699	CATACA	C	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=341;ReadPosRankSum=1.057;SC=TAGAGCAACCCATACAATACA;SOR=0.511;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=7;WE=69021055;WS=69021033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr12	69021247	rs151199986	T	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=1.210;SC=AATGGTTTGGTAGCCAACCAC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=7;WE=69021255;WS=69021237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	69050235	rs141697489	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-4.769;NF=9;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-3.643;SC=ATGAGGTATGGTCAAATATAC;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=20;WE=69050243;WS=69050225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr12	69051101	rs150833069	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=205;ReadPosRankSum=1.691;SC=TCTGAAAAATAAATGGTTTAT;SOR=1.445;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=14;WE=69051109;WS=69051091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
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chr12	69114871	rs142881842	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CAATATTTCAAATTTGTTTAT;SOR=0.776;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=9;WE=69114879;WS=69114861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr12	69126422	.	T	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.933;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
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chr12	69127497	rs146300763	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GTTCATCTTACCTCTCTTGTG;SOR=0.242;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=15;WE=69127505;WS=69127487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr12	69202164	rs937283	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-1.648;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr12	69202326	rs2870820	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
chr12	69207162	rs1470383	G	A	146.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.35;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	69218083	.	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=0.938;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr12	69233634	rs710633	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=568;ReadPosRankSum=0.163;SC=CCCTAGTTGACCTGTCTATAA;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=44;WE=69233642;WS=69233624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,56:0.44:128
chr12	69250481	rs3741599	T	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,69:0.49:140
chr12	69260779	rs33925480	C	T	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=951;ReadPosRankSum=1.296;SC=ACAGCTCCAACGTAATTTCAA;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=66;WE=69260787;WS=69260769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,108:0.57:191
chr12	69279736	rs2701085	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=264;ReadPosRankSum=1.143;SC=GAACTCTGGTAAGACTAGGAA;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=18;WE=69279744;WS=69279726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr12	69633379	rs2305642	A	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=17;PP=803;SC=CGCGGCGGGCAGACCTGCAGG;SOR=1.150;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=51;WE=69633387;WS=69633369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	69645864	rs490872	A	G	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=3;PP=134;SC=TCTTTTTTTCAGGGGGAGACA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=69645872;WS=69645854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	69646914	rs2305641	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr12	69652336	rs5798930	G	GT	728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;MQRankSum=0.324;QD=18.69;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr12	69653146	rs2231700	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=615;SC=TGCTATACACTGTTGTGACTA;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=69653154;WS=69653136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	69653351	.	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=351;ReadPosRankSum=-1.512;SC=ATTAATATTTCTTATTTATGT;SOR=0.909;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=25;WE=69653359;WS=69653341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr12	69667075	rs1463335	T	A	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=12;PP=348;SC=AATTTCAGGTTGTGGCATTCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=21;WE=69667083;WS=69667065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	69753595	rs622656	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GAGGAGTTGACGGTTACTCAC;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=69753603;WS=69753588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	69753830	rs623853	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=1.764;SC=CCCCTCTTCCGGGGTGGCTCT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=17;WE=69753838;WS=69753820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr12	69753847	rs554591	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=194;ReadPosRankSum=1.160;SC=CTCTCCCGCCTCGGTTCCTCC;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=16;WE=69753855;WS=69753837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
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chr12	69759551	rs11286051	AT	A	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.045;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=3.034;SC=ATAATTTACTATTTTTTTTCT;SOR=0.320;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=15;WE=69759559;WS=69759541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
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chr12	69983474	rs376743936	A	G	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=250;ReadPosRankSum=0.374;SC=GAAGGTATGTATGAATGTCAG;SOR=0.882;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=20;WE=69983482;WS=69983464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr12	69987494	rs710773	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=-0.356;SC=TAGAATTTCAGCAGTTATTCT;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=69987502;WS=69987484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr12	69991627	rs710765	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGGTTCTTACAGAAATCTTA;SOR=0.643;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=14;WE=69991635;WS=69991617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr12	69991733	rs56100203	A	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=428;ReadPosRankSum=-0.049;SC=ATTTTATTGGAATTTTAATCT;SOR=0.332;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=28;WE=69991741;WS=69991723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr12	69992230	rs143109784	G	GT	1048.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.977;NF=2;NR=15;PP=598;ReadPosRankSum=1.966;SC=CTTTGTGGCCGTTGTTAAAAG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=17;WE=69992238;WS=69992220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr12	69992301	rs17225328	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=-1.984;SC=ATAACCGTATAAAAGACTCTT;SOR=0.836;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=8;WE=69992309;WS=69992291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr12	70004644	.	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=522;ReadPosRankSum=0.457;SC=ATGGCGAGCCCCAGAGGACAG;SOR=0.413;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=38;WE=70004652;WS=70004634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr12	70065126	rs5798946	CT	C	266.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.540;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr12	70070942	rs710718	A	G	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	70078387	rs11177791	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=365;ReadPosRankSum=1.880;SC=TGCCAGTTCTTTCTGAAAGAG;SOR=0.790;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=27;WE=70078395;WS=70078377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr12	70088085	rs3050191	AGT	A	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=532;ReadPosRankSum=1.065;SC=TCCCATGCAGAGTCATCGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=13;WE=70088094;WS=70088075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr12	70088132	rs1158868	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr12	70091356	rs710710	G	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=46;SC=CAATCAAAAGGTTCAGATTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=70091364;WS=70091346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	70091432	rs775429	T	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=3;PP=191;SC=AGTACCTGTATACCAAACTTA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=70091440;WS=70091422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	70190408	rs17120917	A	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr12	70195293	rs10879014	T	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=-0.599;SC=AGTGGAACTTTGGAGAAGAAT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=70195301;WS=70195283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	70206536	.	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr12	70219243	.	C	T	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	70219408	rs10506571	C	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=338;ReadPosRankSum=1.988;SC=CCTGTTTCACCTTTTCCGTAT;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=25;WE=70219416;WS=70219398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr12	70248997	rs11177906	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=177;ReadPosRankSum=-1.166;SC=TTTGTCAGTGTTTTTAGCCAT;SOR=1.201;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=11;WE=70249005;WS=70248987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr12	70272684	.	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=1.100;SC=CCCCTCACCCCCCCATGCCCA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=8;WE=70272692;WS=70272674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr12	70273303	rs1240286	C	G	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=41;PP=1168;SC=CTCTGGCAGGCACCTAGAGAG;SOR=4.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=45;WE=70273311;WS=70273293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	70274066	rs17813773	A	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=669;ReadPosRankSum=1.223;SC=CTGCCACTGCAGACCGAGTGA;SOR=0.802;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=43;WE=70274074;WS=70274056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr12	70274101	rs7310544	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=471;ReadPosRankSum=0.536;SC=GAACAAGGGCGATGCCATCAA;SOR=0.455;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=29;WE=70274109;WS=70274091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr12	70274160	rs1240287	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=424;SC=GAGCAGCCCTGCAAAAGTTTC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=70274168;WS=70274150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr12	70290921	rs10879039	C	T	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,69:0.54:127
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chr12	70297317	rs10784805	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=-0.852;SC=GGATTCTCTTATGAAAGACTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=70297325;WS=70297307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	70297484	.	C	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=782;ReadPosRankSum=-0.596;SC=AGGACAAGTTCCAGAATCTAT;SOR=0.548;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=53;WE=70297492;WS=70297474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,74:0.53:139
chr12	70304683	.	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=288;ReadPosRankSum=-2.633;SC=ACGGAGAGACCTTGGAGAACT;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=18;WE=70304691;WS=70304673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr12	70304716	.	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr12	70304860	rs989879	C	A	136.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=0.792;SC=GGTATCAACTCTCTTATAATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=70304868;WS=70304850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr12	70321450	rs1239822	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	70326498	rs77083992	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=-2.218;SC=CCTTTAAACTAGACACTGAAC;SOR=0.846;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=6;WE=70326506;WS=70326488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr12	70329959	.	C	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=653;ReadPosRankSum=-0.914;SC=TCCCAAATCTCCCTCCAAGGT;SOR=0.796;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=39;WE=70329967;WS=70329949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
chr12	70330087	rs813147	A	G	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=40;PP=1646;SC=CACAGGAGCCAGCTCTGCTGC;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=70330095;WS=70330077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	70346048	rs76314993	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.768;SC=AGGAGCAGGGACAAAGGCTGC;SOR=1.002;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=70346056;WS=70346038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	70352021	rs2307087	C	T	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=775;ReadPosRankSum=0.185;SC=CTTTTATTCACTATTTAGGGA;SOR=0.429;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=59;WE=70352029;WS=70352011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,90:0.49:185
chr12	70352111	rs74787767	T	G	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=722;ReadPosRankSum=0.231;SC=CCGGTAAGCTTGCTTTTTCTT;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=45;WE=70352119;WS=70352101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,66:0.54:123
chr12	70352249	.	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=0.115;SC=TTCAACTGATCCTTATTTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=9;WE=70352257;WS=70352239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr12	70672149	rs11611635	T	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=0.849;SC=AGCAAATTGGTTACACCTCAA;SOR=1.880;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=70672157;WS=70672139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	70724053	rs11615947	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=499;ReadPosRankSum=1.232;SC=TAGTATAATGGACTTCTTTTT;SOR=1.005;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=31;WE=70724061;WS=70724043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr12	70740194	rs3817487	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=0.875;SC=AATACATCCAGTTCCAGTAAT;SOR=1.061;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=10;WE=70740202;WS=70740184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	70794186	rs710651	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=0.531;SC=CTGTTATATCGTAGATTATGC;SOR=1.345;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=15;WE=70794194;WS=70794176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr12	70915347	rs369876	A	G	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	70915402	.	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=-2.338;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr12	70925864	rs17226367	C	G	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=525;ReadPosRankSum=0.517;SC=GTGCACTGCTCCATAAATGTC;SOR=0.912;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=38;WE=70925872;WS=70925854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,51:0.47:109
chr12	70928724	rs582954	A	G	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=21;PP=633;SC=GCCAGTAATGATCACACTTTA;SOR=0.909;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=36;WE=70928732;WS=70928714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	70929793	.	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.549;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr12	70930061	rs2278346	T	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=9;PP=257;SC=CAGAAAAAGATACTAACACAA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=70930069;WS=70930051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	70932015	.	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=493;ReadPosRankSum=2.383;SC=GCATCATCTGGAAGGAGAGAT;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=35;WE=70932023;WS=70932005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr12	70933687	rs919595	A	G	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=42;PP=1418;SC=CCATCTTTCAACAAATTATAC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=83;WE=70933695;WS=70933677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	70938176	rs4761221	G	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=5;PP=427;SC=CTTCTAGAGAGGTTGTACAAT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=70938184;WS=70938166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	70938193	.	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr12	70938279	rs10531402	AGAG	A	4012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=20;PP=1895;SC=TCTCCCCATTAGAGGCTCTTG;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=70938289;WS=70938269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	70970044	rs11837718	A	C	84.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr12	70988447	.	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=-0.095;SC=ATGGGACCAGGAAATCAGGAG;SOR=0.903;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=18;WE=70988455;WS=70988437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr12	70990132	.	C	CA	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;MQRankSum=1.260;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.081;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr12	70990134	rs371867288	C	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=1.260;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr12	71003360	rs2717431	T	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=510;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CTTTGACAGCTGGATAAGCTG;SOR=0.873;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=35;WE=71003368;WS=71003350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr12	71029431	rs2717417	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=1026;ReadPosRankSum=0.462;SC=TCAGGATTTGCTCTGAAAGGA;SOR=0.479;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=22;WE=71029448;WS=71029421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr12	71029439	.	GG	AA	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=3;HapScore=3;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=1770;ReadPosRankSum=0.210;SC=TGCTCTGAAAGGAATAGCTCA;SOR=0.936;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=37;WE=71029448;WS=71029421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,61:0.59:104
chr12	71029680	rs74101511	A	G	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=560;ReadPosRankSum=1.696;SC=GGCCGCGGGAAGAGTTGGAGA;SOR=0.603;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=41;WE=71029688;WS=71029670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr12	71031254	.	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GACTAGGAAGGAAATGTGCCT;SOR=0.830;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=13;WE=71031262;WS=71031244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr12	71066713	rs151168361	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.845;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr12	71078135	rs7958846	G	C	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=25;PP=686;SC=AAATAGCTGGGCTAGTACAAA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=71078143;WS=71078125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	71139664	rs3803036	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	71148135	rs143322105	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=-0.320;SC=AGAAAACTGGCGTTCTTATCA;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=15;WE=71148143;WS=71148125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr12	71148592	rs200305919	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.515;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	71509480	rs79915167	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	71509607	rs71931636	ACTCT	A	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=282;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CAGAGTGTACACTCTCTCTCT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=9;WE=71509620;WS=71509597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr12	71509652	rs34349223	T	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=236;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CAGCAAGAAGTAGTTCAACTG;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=16;WE=71509660;WS=71509642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr12	71509793	rs36021752	A	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=110;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TTTTGTTATGACAGTCCAAGC;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=13;WE=71509801;WS=71509783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr12	71509814	rs141855745	G	GTTCCCTGTATAATTTT	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=2746;ReadPosRankSum=1.250;SC=TAATATAGGAGTTCATTGTTT;SOR=0.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=4;WE=71509822;WS=71509804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	71519096	rs1051344	G	C	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=623;ReadPosRankSum=-0.028;SC=CTGACGATAGGTTGATGCATC;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=40;WE=71519104;WS=71519086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,85:0.52:164
chr12	71523134	rs1051334	A	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr12	71523199	rs143821581	TAA	T	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=12;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=-0.491;SC=ACAGGTCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.287;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=71523208;WS=71523189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr12	71526414	rs2270588	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=-1.139;SC=GTAGGGACTTTAATTGTGAAA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=71526422;WS=71526404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr12	71533534	rs3763978	C	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=314;ReadPosRankSum=1.952;SC=ACCGCAGCATCCCAGGAAGCC;SOR=0.631;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=21;WE=71533542;WS=71533524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr12	71834037	rs117324318	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=458;ReadPosRankSum=0.092;SC=GGCTCTCGGAGCTGCCTTCCA;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=37;WE=71834045;WS=71834027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
chr12	71947173	rs1148985	G	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=542;SC=ACATTTTAAGGGAGGAAAACC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=71947181;WS=71947163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	71955394	rs1280603	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TTTTTTATCCTCTAGAGAGTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=71955402;WS=71955384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	71960208	rs1797372	G	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	71960329	rs1797373	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=9;PP=430;SC=AATATTATAGGTTGAAGTGCT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=71960337;WS=71960319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	71960533	rs1797374	G	A	4995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=50;PP=2241;SC=TGCCATTAGAGCTTGATCAGT;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=123;WE=71960541;WS=71960523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	71960584	rs1726469	T	C	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=59;PP=2085;SC=GTGTGATGCCTGAATGAAAGA;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=133;WE=71960592;WS=71960574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	72013832	rs1298463	A	G	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=24;PP=1122;SC=ATGCAACAAGAGCTTCCAGCA;SOR=1.101;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=60;WE=72013840;WS=72013822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	72019989	rs55719302	T	TAC	1079.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5071;FS=1.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.446;NF=12;NR=13;PP=1072;ReadPosRankSum=1.406;SC=CAAATAATTATACACACACAC;SOR=1.270;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=25;WE=72019997;WS=72019968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,49:0.88:56
chr12	72020014	.	A	ACG	421	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.19;NF=13;NR=13;PP=421;QD=16.3076923077;SC=ACACACACACACACGTACGTT;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=26;WE=72020035;WS=72020004;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr12	72022556	rs1148996	C	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=134;SC=ACTGTATTGTCTAAAAACCCA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=72022564;WS=72022546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	72023336	.	T	TACACACAC	151	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=36;MMLQ=25;MQ=59.33;NF=2;NR=0;PP=151;QD=77.0;SC=AGAGATACAGTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=2;WE=72023344;WS=72023326;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
chr12	72026265	rs74812753	A	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.603;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=536;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TTGATACTGGAGAACTGTCCA;SOR=1.068;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=33;WE=72026273;WS=72026255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr12	72026872	rs1011331	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	72028607	rs34399921	TA	T	341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;QD=17.09;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	72030252	rs1149006	T	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=6;PP=812;SC=AAAAGTAGCATTAAATTTTTG;SOR=2.110;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=72030260;WS=72030242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	72067966	rs5799053	A	AT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.991;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	72091025	rs3741690	T	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=2.005;SC=TAAGGAGGAATCATTTGTTTG;SOR=0.443;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=9;WE=72091033;WS=72091015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr12	72094530	rs367801163	TA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	72233405	.	GG	AA	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GCACGCGTCAGGCGGCTTTTT;SOR=0.954;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=31;WE=72233414;WS=72233395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr12	72287159	rs10467177	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	72290600	rs3815869	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr12	72291662	.	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5158;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=-2.000;SC=CAGTGGAAATCCATCAGCCAG;SOR=0.815;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=13;WE=72291670;WS=72291652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr12	72307616	rs3759171	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=0.223;SC=GATATGTTCAAGGAATGAGTG;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=14;WE=72307624;WS=72307606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr12	72307722	rs3759172	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr12	72332715	rs11178998	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=-0.343;SC=CAGCGCTGCTACTGCCCCTCT;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=72332723;WS=72332705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	72332923	rs41265611	ATCT	A	2709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.704;NF=7;NR=20;PP=1148;ReadPosRankSum=1.398;SC=GGGTGTGACCATCTTCTCCTC;SOR=0.812;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=27;WE=72332933;WS=72332913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
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chr12	72425230	.	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=359;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TGTCTCTATTCCTTCCTTTTA;SOR=0.957;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=24;WE=72425238;WS=72425220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr12	72666485	rs74594364	A	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.99;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr12	72666499	rs79761722	A	G	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.90;ReadPosRankSum=1.752;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr12	72936199	.	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.020;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	72962303	.	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=0.249;SC=GTTTTTGTTTCGATATAGTTA;SOR=1.828;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=72962311;WS=72962293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	73012649	rs111312234	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr12	74932159	rs590352	G	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=28;PP=801;SC=ATCAGCAGCTGCAGCGCTCAC;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=74932167;WS=74932149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	75706720	rs60971359	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=42;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TAAAGACAACTTCACCATCCA;SOR=0.486;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=7;WE=75706728;WS=75706710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr12	75710004	rs10879900	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-1.166;SC=TCAACTGTTGCAATTATTTAT;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=9;WE=75710012;WS=75709994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr12	75719076	.	T	TA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.624;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	75760742	rs12366348	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=299;ReadPosRankSum=0.121;SC=CACCCAAGGGGCAGCTTGCAG;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=27;WE=75760750;WS=75760732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr12	75784773	rs7978856	C	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.69;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	75785100	rs11180483	C	T	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=60;PP=2097;SC=GGGGCGACGTCATTCCCCGAG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=109;WE=75785108;WS=75785090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	75785468	rs4393363	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=27;PP=700;SC=AATATCAAGGGTAAAGAAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=75785476;WS=75785458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	75796721	rs7135440	G	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=9;PP=771;SC=TGATAGTCTTGCCACCTACCA;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=75796729;WS=75796711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	75816612	rs1543946	C	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=7;PP=422;SC=AAATTAGTAACTATATTATTT;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=75816620;WS=75816602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	75816641	.	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=180;ReadPosRankSum=-2.082;SC=TGTAAAAATGGAAGCTTATTC;SOR=0.884;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=15;WE=75816649;WS=75816631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr12	75816814	rs144850646	G	GACA	1485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=626;SC=TAATGGATTGGACAAGAAAAA;SOR=1.209;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=75816822;WS=75816804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	75874913	rs2242435	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=296;SC=TAATACCTTCGTAATACTGAA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=75874921;WS=75874903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	75875576	rs1909979	C	T	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=28;PP=1278;SC=AGTTACATTTCAGATGAACCC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=72;WE=75875584;WS=75875566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	75900702	rs2704766	G	A	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=27;PP=747;SC=ACATGCTACAGAAGGAAAGAG;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=75900710;WS=75900692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	76357719	rs61925128	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=-1.770;SC=TTCCCTGTGCCAGGAACCAGT;SOR=0.776;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=9;WE=76357727;WS=76357709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr12	76424937	rs71716769	TTGC	T	4768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=60;PP=2982;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=1.428;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=82;TCF=13;TCR=69;TR=70;WE=76424947;WS=76424906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	76444510	rs4831914	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AAGACTCTTAGAGGCTGGGTG;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=16;WE=76444518;WS=76444500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr12	76447792	rs35076461	AT	A	311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=186;SC=CTAAATGATAATTTTTTTTTC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=76447800;WS=76447782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	76449900	rs1059143	T	C	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.90;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr12	76453966	rs4663	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr12	76461145	rs7972289	C	T	51.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	76461257	rs3214625	T	TA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr12	76780471	rs73137003	A	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr12	76786349	rs4761423	G	A	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=703;ReadPosRankSum=1.923;SC=CTCAGCGGCAGTATCTACTTA;SOR=0.472;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=50;WE=76786357;WS=76786339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,76:0.55:138
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chr12	76805983	rs12814818	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.951;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr12	76852809	rs34838249	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=135;ReadPosRankSum=-1.262;SC=TGTTTAGTTACACTTGAATGC;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=14;WE=76852817;WS=76852799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr12	77158419	rs1017784	T	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=85;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=1;PP=179;SC=GGGCCTGGTGTGGTTTTTGAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=77158427;WS=77158409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	77199250	rs140164197	AACTTG	A	769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=375;ReadPosRankSum=1.054;SC=TAATTATTAGAACTTGACTTT;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=77199262;WS=77199240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr12	77202798	rs10778920	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr12	77214681	rs1477748	G	A	33.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	77214788	rs2306142	G	A	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=4;PP=425;SC=TTAGATGACTGGAGGAGTAGT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=77214796;WS=77214778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	77216330	rs10618043	AT	A	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr12	77236968	rs1979743	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CTTTTGATTCGGAGGTGCCGT;SOR=1.911;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=77236976;WS=77236958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	77239420	rs143729859	AAAAT	A	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=653;ReadPosRankSum=0.174;SC=ATATTTTGAGAAAATAAATAG;SOR=1.802;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=12;WE=77239431;WS=77239410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr12	77244850	.	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	77254207	rs35557984	GA	G	872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=4.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.155;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,60:0.43:138
chr12	77256477	rs2047226	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=-1.286;SC=GAATCAAAAATAAGAAGTAAT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=77256485;WS=77256467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	77256681	rs2047227	T	G	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=806;ReadPosRankSum=3.147;SC=GCTGTGAAATTGAAGTAAATA;SOR=0.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=54;WE=77256689;WS=77256671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,82:0.52:158
chr12	77424135	rs10862960	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr12	77426776	rs753266	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=-0.890;SC=TTTAGTCAAAGTTAACACTAG;SOR=0.538;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=10;WE=77426784;WS=77426766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	77438607	rs2242383	T	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=474;ReadPosRankSum=-1.603;SC=AGCATCAAAGTATATGATTTT;SOR=0.330;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=30;WE=77438615;WS=77438597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr12	77449790	rs310791	A	G	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=41;PP=1258;SC=CTGTCAACAAACTTAACTGGA;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=77449798;WS=77449780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	78225374	rs10735309	A	G	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=29;PP=1126;SC=TTTGGAACTTACTGAAACAGA;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=78225382;WS=78225364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	78334053	rs1731740	G	C	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=749;ReadPosRankSum=0.316;SC=TATTGTCTCTGTTTTCCCTCA;SOR=0.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=48;WE=78334061;WS=78334043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,73:0.48:153
chr12	78391958	rs11107763	A	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=1.465;SC=GAAGATCTGCAACATTGTGCT;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=78391966;WS=78391948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	78510374	rs2694680	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=194;SC=GTTATTCTTATGTAGACCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=78510382;WS=78510364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	78511755	rs300442	T	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=392;SC=CCTTAATTCATACTTTATAAA;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=78511763;WS=78511745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	78513833	rs55670442	T	TATATA	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=220;ReadPosRankSum=0.914;SC=ATGTATAAGGTATATATATAT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=78513841;WS=78513823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	78530979	rs1852464	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=431;ReadPosRankSum=-0.546;SC=ATTTGTCTCAGTTTAACCTTC;SOR=0.771;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=36;WE=78530987;WS=78530969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr12	78531207	rs300462	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=1.111;SC=GGGAAACCATTGTGTCACTCA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=78531215;WS=78531197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	78540174	rs34144410	TA	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr12	78562687	rs1726431	A	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=26;PP=768;SC=AATATAATAGACATCTATTTT;SOR=1.508;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=78562695;WS=78562677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	78569059	rs2442134	G	A	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=13;PP=575;SC=TTCATGAGCCGATGTGATACT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=78569067;WS=78569049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	78570914	rs1020462	G	C	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=20;PP=1123;SC=TTCTGTCCTTGTTTCAGCTGA;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=78570922;WS=78570904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	78571186	rs1020461	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.432;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.605;SC=CTGTACCAATTATTTTCAGAT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=78571194;WS=78571176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	78571490	rs958836	T	C	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=658;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GATGCATGAATACTGCAAAGA;SOR=0.665;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=47;WE=78571498;WS=78571480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,93:0.56:167
chr12	78574927	rs75947805	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-0.238;SC=AAAATGTTACACTCTAATTCT;SOR=0.093;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=78574935;WS=78574917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	78582362	rs300513	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=3;PP=153;SC=TCTGTTTTGATTTTATTTTTT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=78582370;WS=78582352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	78582566	rs400289	A	G	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=18;PP=625;SC=AGGTAAAAGCAATAATGAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=78582574;WS=78582556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	78590946	rs300498	A	C	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=82;SC=GAGGACAAAGAGTGCTATTCC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=78590954;WS=78590936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	78590983	rs300497	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	79611374	rs2037743	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=378;ReadPosRankSum=-0.484;SC=TGCCAAGCAACGCCACAGAGC;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=32;WE=79611382;WS=79611364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr12	79611536	rs2400390	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GGAAAGAAAGTAGAACTCCGT;SOR=0.892;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=79611544;WS=79611526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	79679683	rs138582600	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr12	79685913	rs2272500	C	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=224;ReadPosRankSum=-0.789;SC=ATAACCAGGTCTGAAGTGGAG;SOR=2.372;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=14;WE=79685921;WS=79685903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr12	79747425	.	T	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=512;ReadPosRankSum=1.565;SC=TTATTGATTTTTTTCAAATGC;SOR=0.617;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=40;WE=79747433;WS=79747415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr12	79747487	rs1732664	T	C	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=33;PP=909;SC=ACTCCCCACTTCTTAATTGAT;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=79747495;WS=79747477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	80014907	rs2307223	A	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=20;PP=534;SC=CTTCATTCTGAATAGTGTTCT;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=80014915;WS=80014897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	80169497	rs5799439	TA	T	277.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.40;MQRankSum=0.903;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,19:0.83:23
chr12	80175764	rs2111687	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=133;SC=ACAGGTTCGTGAGTAAAGCAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=80175772;WS=80175754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	80216060	rs3849223	C	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=13;PP=388;SC=TATATAAAGACGTTGGATAAC;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=80216068;WS=80216050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	80602001	rs1244908	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr12	80604792	.	A	G	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=133;SC=AGCATGAAATATACTTTAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=80604800;WS=80604782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	80613570	.	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.652;QD=1.31;ReadPosRankSum=1.546;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr12	80615938	.	C	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.488;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,61:0.41:148
chr12	80626970	rs1451105	T	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=228;SC=GTCATAGCTTTGGGAAAATTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=80626978;WS=80626960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	80632596	.	T	TTG	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,7:0.14:51
chr12	80645734	rs11438265	A	AT	377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.514;NF=11;NR=5;PP=430;ReadPosRankSum=-0.459;SC=CAAGTATGCAATTTTTTTGCA;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=16;WE=80645742;WS=80645724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr12	80645799	rs2100258	A	T	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=25.29;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr12	80671834	rs11114382	C	T	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr12	80707236	rs11114396	T	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-2.374;SC=AATTAAGTAATCTTTCACCTC;SOR=0.223;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=9;WE=80707244;WS=80707226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr12	80712307	rs7963215	A	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	80712420	rs10778725	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	80722385	rs71094975	C	CT	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=-0.071;SC=AAATGTAGTCCTTTTTTTTTT;SOR=0.735;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=13;WE=80722393;WS=80722375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr12	80729948	.	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=5.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr12	80730561	rs11300714	CT	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.385;NF=2;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=-1.383;SC=AAAAGTATTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=5;WE=80730569;WS=80730551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr12	80733078	.	GTTTTT	G	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.89;ReadPosRankSum=1.986;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr12	80735737	rs61735664	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=0.402;SC=GGAATTTGCAATGAAGATCCG;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=10;WE=80735745;WS=80735727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr12	80735771	rs10778727	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.675;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr12	80746234	rs147703967	G	GAAT	1041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=13;PP=730;SC=ACTGTTAACTGAATATTTTTC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=80746242;WS=80746224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	80747209	rs7312569	C	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CTGTTTGAATCTAAGAGAAGA;SOR=0.852;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=26;WE=80747217;WS=80747199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,59:0.45:130
chr12	80747242	rs7297767	A	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=36;PP=1096;SC=AGTTGGAACTATTCTTCACAG;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=58;WE=80747250;WS=80747232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	80749392	rs6539501	A	T	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=101;SC=TCTGAGAAAAACAATAGACTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=80749400;WS=80749382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	80750659	rs11836060	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=503;ReadPosRankSum=-0.469;SC=ATTCAAGTTCGACAGGAAGAA;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=34;WE=80750667;WS=80750649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,67:0.57:118
chr12	80750741	rs5799468	G	GA	788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=699;SC=AAGGATCTAGGAAAAAAATCT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=23;WE=80750749;WS=80750731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	80750764	.	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.772;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=210;ReadPosRankSum=0.750;SC=TATTTGATGTGAATTTTATGA;SOR=0.121;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=16;WE=80750772;WS=80750754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr12	80752660	rs2034528	A	G	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=5;PP=115;SC=TGAAAACCTTATTATGCCAAC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=80752668;WS=80752650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	80760291	rs35874282	T	TTATATATA,TTATATATATA	583.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.67;QD=38.92;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,9:0.40,0.60:15
chr12	80760470	rs34113015	GT	G	292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=8;PP=263;SC=ATTAGTATCTGTTTTTTCACT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=80760478;WS=80760460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	80761411	rs11114416	G	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	80761430	rs1551118	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	80761465	rs2717482	G	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	80762163	rs57527553	T	TC,TCC	2565.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=5;NR=81;PP=1464;SC=TTGGAAAATGTCCCCCCCCAC;SOR=4.174;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=5;TCR=87;TR=86;WE=80762171;WS=80762153;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.24,0.76:79
chr12	80762246	rs10778730	G	A	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=54;PP=1669;SC=GTTACATTTTGAAGTATCTGA;SOR=4.174;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=63;WE=80762254;WS=80762236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	80764574	rs10862099	C	T	113.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5209;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TACATAATGGCGAATGTGTTA;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=80764582;WS=80764564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	80765683	rs5799469	TGAA	TAA,T	53.70	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=63;SC=TATTTTTCTATGAAGGCTTTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=80765695;WS=80765673;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:2
chr12	80765685	rs201680829	AAG	A	53.70	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	80765687	.	G	A	24	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.9999;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=24;QD=29.3856062736;SC=TTTCTATGAAGGCTTTGTGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=80765695;WS=80765673;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	80765741	rs1037336	C	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=111;SC=TTTTCTAGTACAAGAGAACAT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=80765749;WS=80765731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	80765800	rs1551122	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=-1.441;SC=TCTTTCTAGAATGAAGGGATT;SOR=0.645;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=80765808;WS=80765790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr12	80765945	rs10778734	G	A	128.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=49;SC=ATGATGCAAAGAGAGAAACAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=80765953;WS=80765935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	80771813	rs2717477	G	A	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=37;PP=1058;SC=TAGACTGTACGTGCCAGTGGA;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=80771821;WS=80771803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	80816492	rs4482093	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=-0.901;SC=TCTCTGGAATCGAGTTGATGG;SOR=0.954;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=11;WE=80816500;WS=80816482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr12	80818144	.	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr12	80818876	rs10746164	A	G	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=-0.880;SC=GGGACTGAAAAGAAGCCATCC;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=18;WE=80818884;WS=80818866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr12	80821391	rs61127339	C	CT	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=262;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TATTTCACTCCTTTTTTTTTG;SOR=0.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=22;WE=80821399;WS=80821381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr12	80821446	rs7294514	T	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=266;SC=TGTGCCACTTTGTTAATGTAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=80821454;WS=80821436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	80828679	rs4128303	C	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=1.644;SC=GCTTTTTAAACTTTGGAAAAT;SOR=0.330;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=8;WE=80828687;WS=80828669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	80828843	rs9669382	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=2.150;SC=GTTAAAGGCAAAGGTTACAGT;SOR=0.990;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=11;WE=80828851;WS=80828833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr12	80838012	rs10746166	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.80;QD=24.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	80840771	rs7311270	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr12	80842199	rs11513908	A	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ACATGTGCACAATGTGCAGGT;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=80842207;WS=80842189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	80848925	rs7979859	T	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr12	80849063	rs7980018	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.632;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=0.723;SC=AGAATTGTTTTTTGCAAATCT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=80849071;WS=80849053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	80849328	rs4482094	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=7;PP=233;SC=TTCAGTTGTAGCAGCTGAAAC;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=80849336;WS=80849318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	80852504	rs11114457	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr12	80852758	rs10862125	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GATATCTATACAATCAACAAA;SOR=0.751;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=17;WE=80852766;WS=80852748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr12	80853424	rs4439581	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=0.642;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr12	80853649	rs11837911	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-0.843;SC=GTTTCTTACAGCACATTAAAA;SOR=0.283;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=13;WE=80853657;WS=80853639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr12	80855597	rs4499068	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=19;PP=769;SC=TAATCCTAAATGGAGAAAAGT;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=51;WE=80855605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	80855803	rs7137294	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.079;NF=10;NR=18;PP=353;ReadPosRankSum=-0.625;SC=AGGTCAGTGCGTGCAGTGCGC;SOR=1.078;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=28;WE=80855811;WS=80855793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr12	80855818	rs7976388	A	C	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.94;MQRankSum=1.186;NF=13;NR=20;PP=377;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GTGCGCCGTGAGAGAGCCGAA;SOR=0.541;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=33;WE=80855826;WS=80855808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr12	80855835	rs11524045	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.169;NF=12;NR=20;PP=413;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CGAAGCAGGGCGAGGCATTGC;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=32;WE=80855843;WS=80855825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr12	80855856	rs4448754	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.135;NF=6;NR=18;PP=372;ReadPosRankSum=-1.291;SC=CTCACTTGGGGAGCACAAGGG;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=24;WE=80855864;WS=80855846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr12	80862469	rs56105723	A	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=0.563;SC=TTATGTATTTATTTTCTATAA;SOR=1.230;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=80862477;WS=80862459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	80878174	rs7311413	T	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=314;SC=ATATTTTTAATTTCCCCCTTT;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=80878189;WS=80878164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	80878181	rs56351124	C	CT	1128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=5;PP=595;SC=TAATTTCCCCCTTTTCTTTTC;SOR=1.445;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=16;WE=80878189;WS=80878164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	80889058	.	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-3.071;SC=TATCCCAATGGAAAAATAACT;SOR=0.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=4;WE=80889066;WS=80889048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr12	80889165	rs145970310	T	TTTG	585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=282;ReadPosRankSum=-0.901;SC=AAAACAATGTTTTGTTGTTGT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=80889173;WS=80889155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr12	80889829	rs10778752	T	A	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	80890325	rs56929349	T	TG	1959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=963;SC=GCTTTTGTTTTCTTTGTTTGT;SOR=0.952;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=80890333;WS=80890315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	80899901	rs11114486	C	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr12	80900335	rs7975096	G	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TTACCTATTTGATTTCTCTTT;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=80900356;WS=80900325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	80900348	rs7965277	T	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=-2.924;SC=TTCTCTTTAGTACTGAAGAAA;SOR=0.610;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=6;WE=80900356;WS=80900325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr12	80900397	rs12824064	C	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=0.992;SC=CTAGTACACTCAAAGGTGAAG;SOR=0.713;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=7;WE=80900405;WS=80900387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr12	80900495	rs7976085	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-0.554;SC=CTATAACATTCCAAGAAACAC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=12;WE=80900503;WS=80900485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr12	80904325	rs7963676	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.674;NF=1;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-1.049;SC=ACATTAGGAACCTGATTATTA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=80904333;WS=80904315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	80935300	rs11114502	A	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=182;ReadPosRankSum=0.631;SC=AGGGTAACTGATGATTTTTGT;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=13;WE=80935308;WS=80935290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr12	80935345	rs6539524	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=198;ReadPosRankSum=0.974;SC=ACCTGAAGGGTTTGTTGGAAA;SOR=0.682;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=14;WE=80935353;WS=80935335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr12	80936026	rs17713202	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=317;ReadPosRankSum=-0.828;SC=TACTTCTGATAATTACATAAT;SOR=0.490;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=22;WE=80936034;WS=80936016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr12	80936082	rs11114503	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=276;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TTTTTGCTGCCGCAAGAACTA;SOR=0.772;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=24;WE=80936090;WS=80936072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr12	81004543	rs79784645	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=24;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AGTGACTCTCTGCAACTGACA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=81004551;WS=81004533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	81009858	.	TTA	T	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5040;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=76;QD=42.5;SC=ATAATCAGTTTTATATATATA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=81009867;WS=81009848;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,2:1.00:2
chr12	81009921	rs73150758	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	81072572	.	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=1.676;SC=ATAAATTTCAGAATAACCATA;SOR=0.954;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=11;WE=81072580;WS=81072562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr12	81072874	.	CC	TT	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=373;ReadPosRankSum=-1.162;SC=CCTCATTCTTCCGAATTGAAA;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=12;WE=81072883;WS=81072864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr12	81112792	.	GG	AA	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.71;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr12	81226432	rs12297928	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.28;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	81226436	rs12311734	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.18;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	81329536	rs2682818	A	C	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1738;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CACAGGGTAAACCTGCTTGTC;SOR=0.738;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=99;WE=81329544;WS=81329526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr12	81503461	.	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr12	81533078	rs2107415	G	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=368;SC=TCTTGCTTATGGTAATATGCT;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=81533086;WS=81533068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	81552338	rs11835646	C	T	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=38;PP=1227;SC=GTGCTTGACTCCTCAGCATTT;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=74;WE=81552346;WS=81552328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	81568767	.	A	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.648;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr12	81624964	rs2293651	A	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=184;SC=ACTTTTCTATAATTCTTGCCT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=81624972;WS=81624954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	81647065	rs2895868	G	A	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=24;PP=1234;SC=TATTCTAAATGAATGCCTTTC;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=81647073;WS=81647055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	81647471	rs2400895	T	A	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=297;SC=AAGATATTTATTCCTGGGTTC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=81647479;WS=81647461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	81655861	rs2272501	G	C	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=38;PP=1279;SC=TTGGATGATTGAGTACAAGAT;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=81655869;WS=81655851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	81660780	.	C	T	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=372;ReadPosRankSum=-1.017;SC=ATTGTATTCTCTTTCAAGAAT;SOR=0.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=30;WE=81660788;WS=81660770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,86:0.56:153
chr12	81660963	rs35647579	C	CA	226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.61;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	81661039	rs12826016	G	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=209;SC=GAGGTCAAGAGGCTTTGGCCT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=81661047;WS=81661029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	81661915	rs12304688	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=0.056;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,16:0.84:19
chr12	81661945	rs6539566	A	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=20;PP=540;SC=TGAGACGGAGACTCGCTCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=81661953;WS=81661935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	81688958	rs1882188	C	G	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=138;SC=CCCTAGAGGACATAGATGCAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=81688966;WS=81688948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	81696399	rs1921053	G	A	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	81696487	rs1921052	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=27;PP=815;SC=TTTGAGAGAAGTAACAATTAT;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=81696495;WS=81696477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	81929376	.	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=-1.323;SC=AGGGAGGAAGGAAAAAAGTTC;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=6;WE=81929384;WS=81929366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	81991606	.	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=1.525;SC=GCACATTATTCATTCCATACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=81991614;WS=81991604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr12	82617279	rs7304928	G	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=246;SC=ATGAAAGCTTGTTTGAAGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=82617287;WS=82617269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	82751955	rs6539662	A	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=12;PP=1055;SC=TTATATCCTAAAACTTAGCAA;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=82751963;WS=82751945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	82752633	rs4882530	G	A	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.77;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	82783668	rs10778908	C	T	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=14;PP=488;SC=CAGAGCTGATCAGCAGTATTG;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=82783676;WS=82783658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	82792787	rs4296098	C	A	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=17;PP=821;SC=AAGGAAAGTGCAAAATAAAGT;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=82792795;WS=82792777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	82828426	rs10683876	T	TATAAG	1941.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=1294;SC=TTATAAATCTTATAAGACTCA;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=82828434;WS=82828416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	82832418	rs2717448	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=156;SC=ACAGTCACGTGTGGTTCCAAC;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=82832426;WS=82832408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	82850427	rs2731290	A	G	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	82850560	.	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	83324499	rs10746259	G	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=-1.903;SC=CTTTGTTTCGGGCCACATCAT;SOR=0.776;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=12;WE=83324507;WS=83324489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr12	83358930	rs2403023	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr12	83525962	rs7970515	T	C	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,64:0.63:101
chr12	85413488	.	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=-1.944;SC=ATGACAAAATCAATTTTGTCA;SOR=1.871;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=15;WE=85413496;WS=85413478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr12	85556553	.	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.847;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=343;ReadPosRankSum=1.054;SC=AATTTTGTTTCGTTTGCTTTC;SOR=0.993;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=27;WE=85556561;WS=85556543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr12	86198594	rs11831336	A	G	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=936;ReadPosRankSum=1.276;SC=ATACTCTTTGAGTAAAGGGAG;SOR=0.717;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=62;WE=86198602;WS=86198584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,81:0.54:149
chr12	86198935	rs7397266	C	T	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=989;ReadPosRankSum=-1.981;SC=TCTATTTCAGCAGAGAGCTTA;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=71;WE=86198943;WS=86198925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,94:0.50:189
chr12	86229843	rs1349061	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-0.618;SC=CCACAAAACACATACTTTCAC;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=5;WE=86229851;WS=86229833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr12	86272378	rs58553548	A	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TAATATGATTATAGTTACACT;SOR=1.802;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=9;WE=86272386;WS=86272368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	86373975	.	C	T	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.761;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=591;ReadPosRankSum=1.560;SC=GGGTAATACTCCTCTGGAGCA;SOR=0.744;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=43;WE=86373983;WS=86373965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,61:0.52:118
chr12	88177722	rs1796320	G	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=16;PP=1346;SC=TTGTTTCCACGGCAGTTTGCT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=62;WE=88177730;WS=88177712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	88177791	rs1675574	C	T	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=43;PP=2260;SC=TGCAGGAAGGCGCAGTGCGGC;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=116;WE=88177799;WS=88177781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	88178271	rs112316052	TGCC	T	3619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=30;PP=1844;SC=AGGCCGCTGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.815;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=39;WE=88178281;WS=88178261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	88178418	rs7136026	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=147;ReadPosRankSum=2.489;SC=TGCTGGGAGAGGACTGAGAGG;SOR=0.293;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=88178426;WS=88178408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	88379566	rs10858676	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=25;SC=CAAGCTGTCAAGAAATTCCAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=88379574;WS=88379565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	88381796	rs112823010	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=1.951;SC=TTAAAAAAAGCATTTCAGTTG;SOR=0.296;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=11;WE=88381804;WS=88381786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr12	88389467	rs55922307	G	GT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=1.626;SC=GTTTCCTTTTGTTTTTTCTTC;SOR=0.990;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=88389475;WS=88389457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr12	88440676	rs9262	G	C	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=675;ReadPosRankSum=0.466;SC=CAATGATCTCGTGTCCTGGTT;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=50;WE=88440684;WS=88440666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,81:0.52:156
chr12	88448328	rs17418744	T	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.611;SC=TATGTTCTATTCACCATTCAT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=88448336;WS=88448318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	88453608	rs2471512	C	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=243;SC=GGATCTACTTCCAGTTTTTCC;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=88453616;WS=88453598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	88454594	rs11405846	T	TA	261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.13;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	88470954	rs45477793	C	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=227;ReadPosRankSum=-1.270;SC=TTAACTTACTCTGTCACTACC;SOR=0.634;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=17;WE=88470962;WS=88470944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr12	88473049	rs2468245	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=31;PP=994;SC=TAAAGGAAAACTGACATTTTA;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=88473057;WS=88473039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	88478316	rs11356711	TA	T	374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=342;SC=AGCATTTGCTTAAAAAAACTA;SOR=2.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=13;WE=88478324;WS=88478306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	88483272	rs10717563	TA	T	2477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.190;NF=2;NR=70;PP=1609;ReadPosRankSum=1.362;SC=TGCCTGATATTAAAAAAAATA;SOR=0.807;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=82;TCF=4;TCR=78;TR=72;WE=88483280;WS=88483262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr12	88496838	rs2471532	C	G	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=110;SC=TTTTTCTGGTCAAGCACTAGC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=88496846;WS=88496828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	88505078	rs2468255	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=413;SC=AAACAACATTTGATCCTTCTG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=88505086;WS=88505068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	88505633	rs45465996	A	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=504;ReadPosRankSum=0.574;SC=TTGATTCTATAGCCTAGCAAA;SOR=0.506;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=35;WE=88505641;WS=88505623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr12	88522823	rs71082425	A	AC	1632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=596;SC=CTAAAAGACAAAGTTATTTCA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=88522831;WS=88522813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	88522936	rs79458642	C	CTTA	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=5;PP=295;SC=CGTATTCATACTTATATACAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=88522944;WS=88522926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	88525048	rs59949315	AT	A	59.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	88547277	rs2468230	T	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	88898900	.	A	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=0.384;SC=GTATAATAAAAAAAAGAAAAA;SOR=0.818;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=9;WE=88898908;WS=88898890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	88900746	rs41283110	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-1.892;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr12	89743223	rs704075	G	A	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=28;PP=960;SC=TGTCATAGGCGTCGTTCATCG;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=89743231;WS=89743213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	89745477	rs2279574	C	A	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=693;ReadPosRankSum=0.453;SC=AGCCCGAGCACCGACTCGCCG;SOR=0.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=52;WE=89745485;WS=89745467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,105:0.43:245
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chr12	89864432	rs10777167	T	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=100;SC=ATCACATAGCTCTAAGCTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=89864440;WS=89864422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	89866054	rs59139895	TAGAAAGAAGA	T	1671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.135;NF=8;NR=9;PP=2978;ReadPosRankSum=0.869;SC=GGTGAAAATCTAGAAAGAAGA;SOR=0.646;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=17;WE=89866071;WS=89866044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr12	89885923	rs6538189	C	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-1.426;SC=ATTTATAACTCATTTGATTTA;SOR=1.051;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=9;WE=89885931;WS=89885913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr12	89885942	rs6538190	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-1.352;SC=TAATTATAGTTAATACTTAAT;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=89885950;WS=89885932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	89916811	rs2230283	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=595;ReadPosRankSum=1.391;SC=TGCTCAGGTACCTCTGCACAT;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=40;WE=89916819;WS=89916801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr12	89917518	rs2230281	A	G	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=47;PP=1761;SC=GGGCTCCCCTATCTGCATATA;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=87;WE=89917526;WS=89917508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	89918677	rs11105310	C	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	89919630	rs67346689	ACC	A	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.843;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.722;NF=5;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=-1.692;SC=CCAGGGAGGGACCCCCCCCAC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=5;WE=89919639;WS=89919620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	90015579	rs35089871	C	CA	332.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-0.411;SC=CTACAGTGACCAAAAAAAAAA;SOR=0.656;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=90015587;WS=90015569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,20:0.87:23
chr12	90024538	rs184064157	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.904;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	90024549	.	A	AATATATAAATAT	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=39.54;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	91334194	rs4520662	T	C	221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=5;PP=99;SC=AGTAGACTCCTTGAATAGGAA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=91334202;WS=91334184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	91372042	rs66600255	GA	G	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.728;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.315;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	91449984	rs12320366	C	T	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.336;HP=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;ReadPosRankSum=1.444;SC=CTTCATAGACCTGCCTCACAC;SOR=0.957;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=54;WS=91449974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,86:0.46:188
chr12	91449990	rs2735333	C	T	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.511;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=2456;ReadPosRankSum=-0.433;SC=AGACCTGCCTCACACTTCTAG;SOR=0.511;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=76;WE=91449998;WS=91449974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,104:0.54:191
chr12	91498199	rs17018718	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=1.068;SC=GACCTCTTCCCATTTAGAAAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=91498207;WS=91498189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	91550784	rs60125162	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=9.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr12	91571181	.	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=0.168;SC=ATCATAGTATGGAATTTCTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=9;WE=91571189;WS=91571171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	92539344	rs709223	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCGGGGCGGCTGGGGCTCGGC;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=7;WE=92539352;WS=92539334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	92539378	rs1049979	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	92816525	rs73222027	G	C	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=174;SC=CATTTTCTTGGTTTGAATTCT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=92816533;WS=92816515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	92818482	rs12580153	C	T	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	92818786	rs1515565	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=15;PP=431;SC=TTTTGTCCAAAAATTTTAAAT;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=25;WE=92818794;WS=92818776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	92821674	rs61935211	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=280;SC=GGGCGACAGAACGAGACTCCG;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=92821682;WS=92821664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	92821860	rs11284604	CT	C	2879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=27;PP=1478;SC=TAATTAACCCCTGTTACTTAC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=92821868;WS=92821850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	93131203	rs2036553	A	C	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=570;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CTCCCGACCGATCAATTAGAC;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=38;WE=93131211;WS=93131193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
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chr12	93149638	.	CC	TT	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.56;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
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chr12	93196422	rs10745623	T	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.186;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=1.784;SC=TTCAGGATTTTTTTTTCTTCC;SOR=1.718;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=10;WE=93196430;WS=93196412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	93202726	rs61933720	G	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=1.151;SC=ATTTAAATCTGAAGGAAATTT;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=6;WE=93202734;WS=93202716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	93202801	rs7970286	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr12	93203036	rs111613660	C	CAA	66.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.7177;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=1.282;SC=GTGTGACATACAAAAAAAAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=93203044;WS=93203026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	93206878	rs3925797	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=16;PP=409;SC=ATCTGTAACAGCATTTACAAA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=93206886;WS=93206868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	93226666	rs7296923	T	C	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=221;SC=TTTTCTAATATTTTTAATTAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=93226674;WS=93226656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	93236402	rs7300619	C	T	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=4;PP=105;SC=ACTAAATTGTCTAAAAGATAA;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=93236410;WS=93236392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	93236419	rs7316894	T	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	93247634	.	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr12	93247775	rs3065021	G	GATA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=2.744;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr12	93258498	rs11106721	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=-1.073;SC=TAGTGGAGGAAGGATATGCTA;SOR=1.061;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=93258506;WS=93258488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr12	93258665	rs17194451	A	G	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=412;ReadPosRankSum=-1.168;SC=ACTCTCCTCCATGACCTGAGT;SOR=0.617;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=38;WE=93258673;WS=93258655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,96:0.42:231
chr12	93258808	rs61935280	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=185;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TATTTAATATTGTGAAATAAC;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=20;WE=93258816;WS=93258798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr12	93289284	rs56326442	GA	G	473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.424;QD=14.36;ReadPosRankSum=-1.716;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr12	93609340	rs7305552	A	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=222;SC=TTCCCAATTCAACAGTTGGGG;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=93609348;WS=93609330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	93771128	.	A	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.906;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr12	93771186	.	G	GA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=-1.211;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,26:0.17:157
chr12	93788674	rs11107010	G	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=1.345;SC=GCCAGGCCTGGAGTACAGTGG;SOR=0.737;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=19;WE=93788682;WS=93788664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr12	93862989	rs4761720	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	93863162	rs4761721	C	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	93863162	.	CTTTTAAAC	GTTTTAAAC,GTTTTAAAG	76	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=3;MGOF=15;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=2,0;NR=8,3;PP=76,19;QD=11.0771212547;SC=TGTTTAAAAACTTTTAAACTT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10,3;WE=93863178;WS=93863152;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:10
chr12	93863170	rs4761722	C	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	93864474	rs1552861	A	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=285;SC=TCCTACTTGTAAGTTAGAACA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=93864482;WS=93864464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	93873089	rs34328828	C	CA	118.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.84;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	93881574	rs139138639	C	CT	79.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.8338;FS=5.441;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=1.465;SC=CTATGTTGTACTTTTTTTTTC;SOR=2.225;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=93881582;WS=93881564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	93894823	rs6538425	G	C	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	93897779	rs35963955	C	CT	447.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,26:0.87:30
chr12	93898249	rs7971966	A	G	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	93965032	rs41475949	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CCGCCCCGAGGAGAGTTACCG;SOR=0.859;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=5;WE=93965040;WS=93965022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	93968353	rs148353066	C	CT	44.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr12	94253033	rs10859603	T	A	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=5;PP=535;SC=AATTGTTTTTTAAAAAGCTAT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=94253041;WS=94253023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	94287789	rs140370102	C	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.795;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,69:0.42:166
chr12	94543506	rs2230754	C	T	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,139:0.43:324
chr12	94562802	rs2361358	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=0;PP=381;SC=TAGTCTAAGAGAATATATGTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=16;WE=94562810;WS=94562792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	94562875	rs2361359	C	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=5.576;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.24;ReadPosRankSum=1.138;SOR=1.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr12	94563134	rs3214968	A	AT	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.861;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr12	94580286	rs3751189	T	C	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=561;SC=CTCGCATTTTTGAAAAAGTGT;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=94580294;WS=94580276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	94603249	rs2610671	G	A	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=303;SC=CACTGTACAAGGTCTGGCATT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=94603257;WS=94603239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	94603300	rs2305971	C	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=14;PP=723;SC=AACTAATGCACGTATGGGGTC;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=94603308;WS=94603290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	94613764	rs3833789	AT	A	853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=359;SC=AAAAATCATCATTTTTTCCCC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=94613772;WS=94613754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	94620264	rs62973962	A	AT	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr12	94620451	.	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CCCCTTCACAGCTTGCGACCC;SOR=0.478;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=24;WE=94620459;WS=94620441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr12	94621138	rs2291332	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TCCCTTTTGTGTCTTTGGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=94621146;WS=94621128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	94637557	rs864106	C	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=76;SC=AAAAGATTCCCAAAATTGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=94637565;WS=94637547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	94649103	rs865569	T	C	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=46;PP=1446;SC=TTCCGAAGGTTGAGTCTTGAA;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=91;WE=94649111;WS=94649093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	94671565	rs832507	A	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=15;PP=899;SC=CGATACTATCATCAAGCCTTT;SOR=1.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=51;WE=94671573;WS=94671555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	94671743	rs832506	G	C	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=49;PP=1295;SC=CTGAGCCCTAGGCAAATCAGA;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=85;WE=94671751;WS=94671733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	94671922	rs11341959	CA	C	4561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=50;PP=1570;ReadPosRankSum=1.299;SC=TCCTTAAAACCAAAAAAAACA;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=68;WE=94671930;WS=94671912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr12	94673509	rs10713724	GC	G	2463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=43;PP=1851;SC=CCCCCTCCCTGCCCCCACCAG;SOR=2.215;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=46;WE=94673517;WS=94673499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	95044161	rs1274523	A	C	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=385;SC=CGGCCGGGGTACGAGTAGGTC;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=95044169;WS=95044151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	95228007	rs2289031	T	G	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=460;SC=CGGCATCCTGTCTGGGTCCAA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=95228015;WS=95227997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	95390595	rs10654978	C	CAA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	95390810	rs7973115	G	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	95396669	rs6538588	A	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	95397552	rs835044	T	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=-0.264;SC=CAGAAGGTTCTCACGCGAACG;SOR=0.839;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=11;WE=95397560;WS=95397542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr12	95453762	rs71933409	TA	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.629;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	95475461	.	A	AT	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=2.027;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr12	95488339	rs55905327	GA	G	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr12	95498747	rs11331948	GA	G	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.274;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr12	95500635	rs61938198	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.375;NF=13;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=1.906;SC=GTACCACTGCACTCCAGCCTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=13;WE=95500643;WS=95500625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr12	95500700	rs10694512	A	AAACAAAACAAAAC	4974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.65;QD=52.92;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr12	95531442	rs11829776	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGCAATTCTTTGTTGTTCAG;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=13;WE=95531450;WS=95531432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr12	95602672	rs2306884	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=147;ReadPosRankSum=0.439;SC=GAGCTTCATACGGCTCTTCTA;SOR=1.271;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=16;WE=95602680;WS=95602662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr12	95604376	.	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.468;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=520;ReadPosRankSum=1.238;SC=AGCTGGATGGGGAAGGTGACA;SOR=0.877;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=35;WE=95604384;WS=95604366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,64:0.46:139
chr12	95611480	.	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr12	95611485	.	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr12	95637137	.	C	CA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.709;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr12	95639261	rs7979908	G	A	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	95651888	rs6538624	T	C	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=2;PP=122;SC=TATTATTTTTTGGCTGACTAA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=95651896;WS=95651878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	95694394	rs14121	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=1.454;SC=ACTTTTGGTGGTGAGGAGGAA;SOR=0.515;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=14;WE=95694402;WS=95694384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr12	95771236	rs2727663	T	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.03;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	95771236	.	TG	CA,CG	86	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2,5;NR=3,10;PP=28,86;QD=16.2935749724;SC=GACATGTGGATGGAAATTTGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=5,15;WE=95771245;WS=95771226;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.33:15
chr12	95771237	.	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr12	95774672	rs112647662	C	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GTCAGTGAGACCAAGAATCCA;SOR=0.824;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=8;WE=95774680;WS=95774662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr12	95869982	.	T	G	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=53;QD=14.6285354245;SC=TCTTTGTGGTTAGAAAAGCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=6;WE=95869990;WS=95869972;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,6:0.19:31
chr12	95878552	rs7978914	T	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-2.802;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr12	95878751	rs301036	T	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	95897997	rs2769469	T	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=277;SC=TTGTCGAGTGTTTTCTTTGGG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=95898005;WS=95897987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	95927762	rs3812813	T	C	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=55;PP=1148;ReadPosRankSum=-1.032;SC=TCTCCAGTTGTGTTATCATTC;SOR=0.712;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=72;TCR=92;TR=100;WE=95927770;WS=95927752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,124:0.52:238
chr12	95966944	rs4762567	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr12	96063947	rs3833792	TGTTA	T	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=684;SC=TTAAAAATGGTGTTAGTTATT;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=96063958;WS=96063937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	96077312	rs17851048	C	T	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=23;PP=916;SC=CACAGCTCCCCGCACAGTCAC;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=53;WE=96077320;WS=96077302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	96106914	.	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TGTTGTATTTCTAGAGACAAC;SOR=0.793;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=12;WE=96106922;WS=96106904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr12	96184102	rs11108265	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=210;ReadPosRankSum=1.202;SC=GGGAGGAGCCGGGAGCAGCCG;SOR=0.549;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=15;WE=96184110;WS=96184092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr12	96253003	rs66876037	A	AG	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-1.944;SC=CTCTGCTTTTAGGTTTCTGAG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=96253011;WS=96252993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	96260947	rs7960706	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	96263437	rs10735335	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	96263437	.	GAC	AAA	84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=84;QD=45.8226249541;SC=TGAGCCATGTGACTAGAAGAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=96263447;WS=96263427;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr12	96263439	rs10735336	C	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.96;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	96284650	rs6538681	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=173;ReadPosRankSum=0.982;SC=CTGAAAGGACAGCTGTCCTCC;SOR=0.799;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=16;WE=96284658;WS=96284640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr12	96310969	.	C	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=-0.209;SC=CCTACCACTCCTTTTAGGGTA;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=15;WE=96310977;WS=96310959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr12	96337183	rs7955450	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=1.068;SC=CGACATGGCAAGCGGCCACAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=96337191;WS=96337173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr12	96354455	rs2043608	G	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=344;ReadPosRankSum=0.043;SC=GCACATTCATGCTATGGGAAA;SOR=0.598;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=22;WE=96354463;WS=96354445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr12	96355949	rs3751266	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr12	96356060	rs3751265	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=485;ReadPosRankSum=0.956;SC=AACAAACAAAGCAATTTAATG;SOR=0.407;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=12;WE=96356068;WS=96356038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr12	96356280	rs5800239	A	AC	926.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=403;ReadPosRankSum=-0.521;SC=CTCACCCCAGACCAAGAGCTG;SOR=0.259;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=13;WE=96356288;WS=96356270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr12	96359301	rs4762657	T	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=150;ReadPosRankSum=0.464;SC=CAGGAGTCCTTGGATTATATA;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=11;WE=96359309;WS=96359291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr12	96359426	rs4762658	C	G	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=494;ReadPosRankSum=-2.181;SC=ACAAAAGCTCCCATTCTAGAG;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=40;WE=96359434;WS=96359416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,65:0.33:196
chr12	96360350	rs1025606	A	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=110;ReadPosRankSum=0.705;SC=TGAGGCCTAAATCCCTTTTCC;SOR=0.430;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=10;WE=96360358;WS=96360340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	96361514	.	G	GTT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	96371670	rs3764038	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr12	96371894	rs4762659	C	T	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=24;PP=740;SC=GTGCTCCTCACAGGATGAGCT;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=38;WE=96371902;WS=96371884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	96374554	rs6538693	G	A	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.03;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	96374563	rs6538694	T	C	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	96374614	rs7297245	C	T	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=27;PP=892;SC=CCTCCAGAAACTGTCTCTCCC;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=96374622;WS=96374604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	96374672	rs6538695	T	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=23;PP=662;SC=TTGAAGATAATGTTTGCTGGT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=96374691;WS=96374662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	96374683	rs6538696	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=0.447;SC=GTTTGCTGGTCACTTCAAGTA;SOR=0.738;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=11;WE=96374691;WS=96374662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr12	96374750	rs2270318	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.636;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-0.601;SC=TACAAATGTGGGGTGGAGGGA;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=5;WE=96374758;WS=96374740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	96379663	.	C	CT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-1.965;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr12	96379806	rs3213737	G	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=383;ReadPosRankSum=-0.474;SC=CACAAAACACGTAACCAAATA;SOR=0.831;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=28;WE=96379814;WS=96379796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr12	96384345	rs17676826	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-1.459;SC=AGTTCAAGAGTACTGCATTCT;SOR=0.551;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=96384353;WS=96384335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	96387621	rs2302629	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=-0.173;SC=AAACAACTAGAATAAAAAGAG;SOR=0.776;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=15;WE=96387629;WS=96387611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr12	96387829	rs17677007	A	G	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=590;ReadPosRankSum=1.487;SC=ACGGGCAACAAAAATGGCCAG;SOR=0.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=38;WE=96387837;WS=96387819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,74:0.51:145
chr12	96414952	.	A	G	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,81:0.47:173
chr12	96653501	rs4762144	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=527;ReadPosRankSum=0.546;SC=GTTTGCTTTACTTCCCAGACA;SOR=0.535;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=34;WE=96653509;WS=96653491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr12	96680623	rs147845838	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=0.584;SC=GTTGCCTCTCTGCAGAATTTT;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=96680631;WS=96680613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr12	96682998	.	C	T	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=487;ReadPosRankSum=0.569;SC=CATCAGGTGGCCGGTACCATA;SOR=0.739;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=39;WE=96683006;WS=96682988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,83:0.56:148
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chr12	96694162	rs10777781	G	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=4;PP=161;SC=AATGAAAAATGTAGTATTTAC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=96694170;WS=96694152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr12	96912598	rs11108564	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr12	96947918	.	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=0.664;SC=ATTTGATTTTCCCTTGTTTTA;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=96947926;WS=96947908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr12	96958227	rs3803090	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=-0.435;SC=ATTGTTATGACAGTCGTCTTC;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=14;WE=96958235;WS=96958217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr12	96974563	.	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=0.418;SC=TCTCTAATTTCCACCTGAATC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=96974571;WS=96974553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr12	96986190	rs2052293	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TAGATACTGAGAACAAATCAA;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=6;WE=96986198;WS=96986180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr12	96988037	rs815896	C	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=22;PP=946;SC=CACCTATGTTCAATCTGAGTA;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=52;WE=96988045;WS=96988027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	96992494	rs815890	C	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=15;PP=489;SC=ATACTGCGAGCTTTGAAAGTA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=96992502;WS=96992484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	97023937	rs9919717	A	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.728;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	97023991	rs1362949	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.765;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.060;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	97024506	.	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.285;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=-1.351;SC=GGGTACTAGGGATACACTGGT;SOR=0.169;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=7;WE=97024514;WS=97024496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr12	97051632	rs10710617	AT	A	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=1;PP=45;SC=GAAATTACACATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=97051640;WS=97051622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	97078749	rs7306382	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=493;ReadPosRankSum=1.534;SC=CTTCTGGAAGATAGATTTAAT;SOR=1.093;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=30;WE=97078757;WS=97078739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr12	97079040	rs79677423	CC	TG	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.08;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr12	97079043	rs7974634	G	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=483;SC=AAGGATCCCCGTACTAGCTAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=97079051;WS=97079030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	97085107	rs4762319	A	C	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.82;SOR=1.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	97098372	.	T	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	97098549	rs11108643	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.25;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	97102578	rs7968231	G	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=14;PP=611;SC=ACCAAACTTGGAAGGTAATTG;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=97102586;WS=97102568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	97114231	rs10860073	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr12	97133737	rs17326839	T	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-1.340;SC=ATTTTAGTGCTGCAATAGTAT;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=6;WE=97133745;WS=97133727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr12	97136218	rs7978894	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=6;PP=336;SC=ATTGTTTAGGTCACTGAAAAT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=97136226;WS=97136208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	97136239	rs1990828	G	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	97147503	rs1420649	G	C	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=20;PP=1166;SC=CTTCCCCACCGAACTGTTTTT;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=97147511;WS=97147493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	97151077	rs1019336	C	G	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=124;SC=AGCTCTCTTCCAGAACTTCCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=97151085;WS=97151067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	97158126	rs10860094	T	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=145;SC=AGGAGTTGGGTGTGATACCTC;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=97158134;WS=97158116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	97180353	.	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=0.566;SC=AGCGGAGGTGGGAATATGTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=97180361;WS=97180343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	97180430	rs11108696	C	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=8;PP=353;SC=TGAACCTAAACTAAGGTATTT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=97180438;WS=97180420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	97211399	rs369211137	CATGTT	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	97211407	.	C	CTAA	353.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	97211410	rs142077887	G	T	362.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	97211528	rs970620	A	G	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=9;PP=309;SC=TTCAAATAAAATACATATATA;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=97211536;WS=97211518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	97254620	rs1420653	G	A	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=17;PP=606;SC=TCTCACTGCCGTCTATATTCA;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=97254628;WS=97254610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	97303522	rs11108735	A	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=16;PP=902;SC=GTTTTAAACTATTTGTAGGCG;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=97303530;WS=97303512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	97311541	rs4762339	T	C	175.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=35;SC=AAAATCTTCATGAAAAAATGG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=97311549;WS=97311531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	97318592	.	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=40;ReadPosRankSum=0.555;SC=TATTACTTTTTCTTTATTGCG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=5;WE=97318600;WS=97318582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	97328714	rs1610921	TGCTTATAA	T	1840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.83;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	97331219	rs67367047	GT	G	956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=22.78;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	97337199	rs249579	G	A	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=0;PP=187;SC=ATTGCGGGGTGTATCTGAGAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=97337207;WS=97337196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	97338696	rs249585	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=479;SC=TTTAAAGTTTGTGGACACTTC;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=97338704;WS=97338686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	97339388	rs249589	G	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=255;SC=TTTCAAGTTTGCACATGCCAA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=97339396;WS=97339378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	97345955	rs2304697	A	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=302;SC=GAGTAAAAGGATGATGGGATT;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=97345963;WS=97345945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	97639049	rs1012314	T	C	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=39;PP=1690;SC=TAATGCAGTCTCTCCATTTGT;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=94;WE=97639057;WS=97639039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	97639144	rs1012315	A	G	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=62;PP=1988;SC=AAAAAAACTGATTATAGAAGC;SOR=0.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=111;WE=97639152;WS=97639134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	97957809	.	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=339;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GTTTCTTTATCCTTAGATTTG;SOR=1.004;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=25;WE=97957817;WS=97957799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr12	98332667	rs1349300	C	A	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=4;PP=557;SC=TTTTTTAAAACACAACTTATA;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=98332675;WS=98332657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	98332704	rs1349299	C	G	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=13;PP=730;SC=AACTCCTTTGCTCAATATTTA;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=98332712;WS=98332694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	98332904	rs3072891	TCA	T	1227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=869;SC=TTTCTTAGCCTCAGTTTTCTC;SOR=2.226;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=98332913;WS=98332894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	98389341	rs1477006	A	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=434;SC=CAAGACCCAAAGCAAAAGTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=98389349;WS=98389331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	98849074	rs117051519	T	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.929;NF=10;NR=9;PP=272;ReadPosRankSum=-0.031;SC=GGAGCCGCTGTGTGTGAGGAT;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=19;WE=98849082;WS=98849064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr12	98849314	rs12827746	A	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=644;ReadPosRankSum=0.372;SC=TCTGATATTAAGCCATGACAA;SOR=1.272;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=43;WE=98849322;WS=98849304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,67:0.52:128
chr12	98881064	rs34027469	TA	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=7.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	98887013	rs17028385	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=-1.573;SC=TCTTTCCCGCATTGCCACTTT;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=98887021;WS=98887009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	98897645	rs2289377	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=0.192;SC=GTGGCGCCCCGCCAGATTACA;SOR=0.392;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=98897653;WS=98897635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr12	98925650	rs3213901	G	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=2.165;SC=CAAATGTATGGAATTTTTTCA;SOR=0.458;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=8;WE=98925658;WS=98925640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	98931528	rs12825374	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=149;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GTGTAGCCTGTGATTACAGCA;SOR=0.299;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=16;WE=98931536;WS=98931518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
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chr12	98985056	rs934930	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=436;ReadPosRankSum=-0.166;SC=CCATGTCAACTTAGCTAGGCT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=22;WE=98985064;WS=98985046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr12	99020688	rs148210292	TGACA	T	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.842;NF=0;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=-2.260;SC=AGAATCAGACTGACAAAGATA;SOR=0.078;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=99020699;WS=99020678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	99116919	rs11109582	A	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CACCCCTCCAATGAGATAGGA;SOR=1.734;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=15;WE=99116927;WS=99116909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr12	99117397	rs199829267	GT	G	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr12	99129497	rs10860361	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=-0.847;SC=CATGTGCCTGGCATTGTGGTA;SOR=0.693;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=7;WE=99129505;WS=99129487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr12	99129541	rs7300187	G	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=253;SC=CAAAACAAAAGTCTTGCTCTA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=99129549;WS=99129531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	99166805	rs2287574	G	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr12	99175091	.	AAC	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.233;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr12	99175276	.	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=0.329;SC=ACTTCTTTTCCCTGACACTAA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=14;WE=99175284;WS=99175266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr12	99175840	rs7954506	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=144;ReadPosRankSum=1.488;SC=ACCAGCAGTCAGTTTACTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=15;WE=99175848;WS=99175830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr12	99447139	rs3794799	C	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=7.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	99478626	rs3803094	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=313;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GTACTAAATACAAATACTCCT;SOR=0.824;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=27;WE=99478634;WS=99478616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr12	99478889	rs7970088	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=220;SC=GAGAAAACCAGTGAGTGACCT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=99478897;WS=99478879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	99639930	rs923724	G	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=399;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TTTCATTCCAGTTGGAGCCGT;SOR=0.671;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=23;WE=99639952;WS=99639920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr12	99640159	rs77436242	G	C	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=1105;ReadPosRankSum=1.204;SC=TTTCTCATTGGAAGGATAGGC;SOR=0.562;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=64;WE=99640167;WS=99640149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,85:0.52:164
chr12	99640428	rs3751323	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=476;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CCAAAGGTTCTGAGTTATTTT;SOR=0.908;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=36;WE=99640436;WS=99640418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,43:0.40:108
chr12	99640557	rs1552759	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=284;ReadPosRankSum=0.530;SC=ACTCACAGGCTGGAGAGGATC;SOR=0.511;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=31;WE=99640565;WS=99640547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr12	100041852	rs11109967	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=-2.771;SC=CACGACTGCTGGCCCACCTGC;SOR=0.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=5;WE=100041860;WS=100041842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	100169519	rs10778023	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-2.307;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr12	100219207	rs7138513	A	G	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=22;PP=677;SC=CAGTGAAGCCAGATCTTGCCT;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=40;WE=100219215;WS=100219197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	100444984	rs7296162	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=324;ReadPosRankSum=-1.697;SC=ATTTGTAGTTGAGTTCTTTTT;SOR=0.361;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=29;WE=100444992;WS=100444974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr12	100451234	rs1388441	G	A	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=151;SC=GTTATGTTCAGTAACTTTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=100451242;WS=100451228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	100452931	.	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=2.625;SC=TTCCACTTTTCATCCCTTCAT;SOR=0.596;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=30;WE=100452939;WS=100452921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,41:0.41:99
chr12	100464068	rs145821926	A	AT	119.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.30;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	100478156	rs10530247	TCACACACACACACA	T,TCACA	801.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=42.20;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,9:0.53,0.47:19
chr12	100496478	rs11317094	CT	C	231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.692;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr12	100497556	rs61940480	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AACCTGAGTCCTATCAAAATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=100497564;WS=100497546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	100502062	rs11110244	C	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=4;PP=210;SC=TGTTTTTACACAATTATCTAA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=100502070;WS=100502052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	100522394	rs61940490	T	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=182;ReadPosRankSum=0.462;SC=TCCCTATTCCTGGTGAAAGCA;SOR=0.577;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=16;WE=100522402;WS=100522384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr12	100522605	rs111624198	G	GA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.869;SC=GTGCCCTTTGGAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=100522613;WS=100522595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	100550905	.	T	TCCACCCTCCACCCCC	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=18.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=3.985;SOR=3.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,19:0.16:116
chr12	100550947	rs61940500	A	T	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.357;HP=3;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.012;NF=20;NR=71;PP=1961;ReadPosRankSum=3.039;SC=CCCTACCTTCACCTCTCCCTT;SOR=1.028;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=145;TCF=36;TCR=109;TR=91;WE=100550955;WS=100550937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,144:0.67:215
chr12	100552712	rs112422056	C	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.919;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=613;ReadPosRankSum=1.120;SC=ACCCTCAGGGCCCTGCCCTGA;SOR=0.733;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=45;WE=100552720;WS=100552702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,77:0.51:151
chr12	100553312	.	G	A	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=1011;ReadPosRankSum=0.883;SC=CAGACTTAATGACAAAGGCTT;SOR=0.696;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=69;WE=100553320;WS=100553302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,122:0.48:256
chr12	100593037	.	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=1.796;SC=GGGGTCAGAGGGAAGGAGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=5;WE=100593045;WS=100593027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr12	100604221	rs7970382	T	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=226;SC=TTAAGGCCAGTCATTGTGACT;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=100604229;WS=100604211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	100613964	rs7973815	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=209;ReadPosRankSum=0.387;SC=ATGGAAGTCCACATGTAGAAA;SOR=0.788;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=18;WE=100613972;WS=100613954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr12	100660910	.	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CGCCTCTTCCGAACCGGCAGG;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=15;WE=100660918;WS=100660900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr12	100732327	rs10860580	C	T	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=17;PP=519;SC=GACAGACACACTGATGGATAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=100732335;WS=100732317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	100806551	.	T	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=618;ReadPosRankSum=-1.053;SC=TTTGCAGGTTTTGGCATGGAG;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=44;WE=100806559;WS=100806541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,65:0.50:129
chr12	100811895	.	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=349;ReadPosRankSum=-1.082;SC=TCTCTGGAATGGTCTGTCCCC;SOR=0.432;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=25;WE=100811903;WS=100811885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr12	100814008	rs75599713	T	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=171;SC=GCCTTTCTTGTAGCCCAGCTT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=100814016;WS=100813998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	100988773	rs35690	T	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTAGCAAAGATAAAATTATCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=100988781;WS=100988763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	101012490	rs7961640	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=1.408;SC=AATATAAACCGGTACTATTCT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=101012498;WS=101012480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	101017445	rs1469385	T	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=658;ReadPosRankSum=0.775;SC=GTTTGCCACATTAGAACAAAA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=41;WE=101017453;WS=101017435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr12	101018014	rs1045602	T	C	3205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=64;PP=1883;ReadPosRankSum=1.695;SC=TGAAACATAATCATATTTCTT;SOR=0.633;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=192;TCF=83;TCR=109;TR=115;WE=101018022;WS=101018004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,149:0.56:267
chr12	101127795	rs17030480	C	T	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=262;SC=TTTTCTGGATCGCCCTCTTGT;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=101127803;WS=101127785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	101133494	rs17478305	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=-0.012;SC=ATGATGCCTGCCTGTTTATTA;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=101133502;WS=101133484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	101133748	rs73145643	A	C	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.522;SC=AGATGCAGGCATCCCTGTGTA;SOR=0.608;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=179;TCF=98;TCR=81;TR=78;WE=101133756;WS=101133738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,144:0.48:297
chr12	101133912	rs4764751	G	A	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=46;PP=1272;ReadPosRankSum=1.799;SC=TTGGAGATTCGGGACTGGGTG;SOR=1.516;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=56;WE=101133920;WS=101133902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr12	101295472	.	A	G	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.283;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-2.163;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
chr12	101433990	rs665071	A	G	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=119;SC=TCTTCACAAGAGGAAACTCAT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=101433998;WS=101433980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	101473109	rs34514121	AC	A	1827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.979;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.928;NF=6;NR=21;PP=314;ReadPosRankSum=1.243;SC=GAACCACACGACCCCCCCCCA;SOR=0.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=27;WE=101473117;WS=101473099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,79:0.54:145
chr12	101473272	rs651784	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=-0.023;SC=TGATTAAGTGGAGAATTCCAC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=101473280;WS=101473262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	101510371	rs349661	T	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=-2.322;SC=ACAATTGCAGTGACGTCTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=101510379;WS=101510361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	101520624	rs374889482	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr12	101552075	rs2671444	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.877;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr12	101560328	rs164365	C	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=192;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CTGTGGTTGTCATCAAATTTG;SOR=1.027;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=17;WE=101560336;WS=101560318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr12	101561940	rs9634221	A	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.713;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr12	101581317	rs35400143	CAA	C	1811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=686;ReadPosRankSum=0.904;SC=AACAAACCAGCAAAAGACAAC;SOR=0.465;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=20;WE=101581326;WS=101581307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr12	101584210	rs1069475	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=291;ReadPosRankSum=-1.147;SC=CAACTGATGGTTATTAATGAT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=20;WE=101584218;WS=101584200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr12	101587518	rs1709189	C	T	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,102:0.42:241
chr12	101673869	.	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=-1.478;SC=TTCTTTTTTCCGTCCACGTGA;SOR=0.039;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=101673877;WS=101673859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	101683929	rs703715	C	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=6;PP=151;SC=CTGATAAAAACGCACTTTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=101683937;WS=101683919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	101723239	rs35512001	T	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
chr12	101750814	rs10082778	T	A	4209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=62;PP=2078;SC=CACTTCCTCCTATATGTTTTA;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=56;TCR=63;TR=118;WE=101750822;WS=101750804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	101759443	rs61183264	C	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TAGGTCTCTGCGTCTGATAAG;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=101759451;WS=101759433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	101761867	rs1457564	G	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=7.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr12	101777489	rs10860719	G	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.086;NF=8;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TGCACATGAGGATTTCTAACT;SOR=0.878;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=22;WE=101777497;WS=101777479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr12	101777610	rs67382207	TTA	T	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.887;QD=6.09;ReadPosRankSum=-2.369;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	101779964	rs4764794	T	C	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.97;NF=18;NR=29;PP=922;SC=GAAATTACAGTAGGTTGTCTG;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=47;WE=101779972;WS=101779954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	101796897	rs78515345	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=332;ReadPosRankSum=0.991;SC=TGTTGAATCACATTATTGGTT;SOR=0.625;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=30;WE=101796905;WS=101796887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr12	101796965	rs12370450	G	A	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=851;ReadPosRankSum=1.492;SC=ACATGTGCAGGTGTGTGCACA;SOR=0.688;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=61;WE=101796973;WS=101796955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,108:0.55:196
chr12	101799511	rs12230308	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.467;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	101870804	rs7979430	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=20;ReadPosRankSum=1.113;SC=TATCGATCATGTTAATAAGGA;SOR=0.582;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=101870812;WS=101870794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	101873596	rs10683589	C	CT	291.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.038;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.44;MQRankSum=-0.252;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.831;SOR=1.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
chr12	102008103	.	TGA	T	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=63;QD=22.6666666667;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=3;WE=102008112;WS=102008093;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,3:0.23:13
chr12	102020488	rs825073	A	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr12	102025927	.	C	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=0.861;SC=GTAAGAGAGCCTTCTTGCCTA;SOR=0.597;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=41;WE=102025935;WS=102025917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,73:0.59:124
chr12	102036305	rs2293468	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=391;ReadPosRankSum=-1.597;SC=GAATCACCGACCTGCGCGGCA;SOR=0.765;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=36;WE=102036313;WS=102036295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,62:0.38:164
chr12	102041757	rs17031746	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.018;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr12	102041967	rs3834936	C	CA	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=0.578;SC=GTTTAATAGACAAAAAAATTG;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=11;WE=102041975;WS=102041957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr12	102044912	rs825046	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=-1.215;SC=TCAAAACAAACATTGTAGTAG;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=102044920;WS=102044902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	102045163	rs3817552	C	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.541;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=-0.907;SC=AGGTGGTTCACAAGGGAAGGT;SOR=0.348;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=16;WE=102045171;WS=102045153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr12	102046394	rs1997205	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.308;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=362;ReadPosRankSum=0.440;SC=GTCTTTTCAGCTTGGGTCATA;SOR=0.359;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=25;WE=102046402;WS=102046384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr12	102046595	rs1997204	T	C	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=55;PP=1264;SC=TGCATAGTTGTGTTCTTTTTT;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=86;WE=102046603;WS=102046585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	102056107	rs79367589	A	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=-1.490;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr12	102057166	rs2254631	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=-2.605;SC=AGCTGTGTAGTAAATAGTTTA;SOR=1.270;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=7;WE=102057174;WS=102057156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr12	102057427	rs78876201	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.219;SC=TCTTGAGAACGCATCACCTTC;SOR=1.802;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=102057435;WS=102057417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	102060668	rs148269135	T	TACAC	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.89;MQRankSum=1.345;QD=20.47;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	102061793	rs147564199	GTTAATGCT	G	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=845;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TTGATATTTTGTTAATGCTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=102061808;WS=102061783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr12	102063901	rs58177042	C	CCA,CCACACACA	808.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.09;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,11,18:0.35,0.58:31
chr12	102064118	rs7139095	T	C	5929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=69;PP=2439;SC=AGATTCGCATTCCAAGACACC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=62;TCR=69;TR=131;WE=102064126;WS=102064108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	102069264	rs1263786	G	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=0.550;SC=TTCATCAGAGGTAAAGGAGAT;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=102069272;WS=102069254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr12	102074018	.	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=0.405;SC=GATGCACTTTCTTTTTAAGCC;SOR=0.330;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=102074026;WS=102074011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	102074442	rs2303631	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.968;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=-0.790;SC=TGGTGAGGGCAAGGGAAGCAG;SOR=0.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=102074450;WS=102074432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	102120364	rs222508	A	G	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=98;SC=TGAAGCCCCCATTGTATCATC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=102120372;WS=102120354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	102308263	rs66919603	C	CT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	102433811	rs4237982	T	C	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	102444064	rs7958593	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=-1.200;SC=CAAAGTGAGACCCTGTCTGAC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=9;WE=102444072;WS=102444054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr12	102455729	rs3751129	G	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=509;ReadPosRankSum=-0.888;SC=GAGGAAGCCCGTCCTCATCCA;SOR=0.685;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=36;WE=102455737;WS=102455719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,64:0.45:142
chr12	102468734	.	TA	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.015;SOR=1.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr12	102512024	.	CT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.165;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr12	102514184	rs4764863	A	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=5;PP=275;SC=GTGGGACCGAAGTATTATGGT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=102514192;WS=102514174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	102517804	rs2036771	G	A	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=691;ReadPosRankSum=-1.468;SC=TTTCTATGGCGGAGAACAACA;SOR=0.726;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=48;WE=102517812;WS=102517794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,71:0.42:169
chr12	102545563	rs55772007	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=0.782;SC=AGAAGCTGGCAGCTGTCATGC;SOR=1.206;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=15;WE=102545571;WS=102545553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr12	102547817	.	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	102548700	rs2102476	G	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=5.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr12	102559708	rs3794201	A	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TCTATCTTTAAAACTTTACAG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=102559716;WS=102559698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	102576307	rs35297380	C	CT	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.656;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr12	102589619	rs147960534	T	TTAAAAA	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=202;ReadPosRankSum=0.825;SC=TTATTTTACTTTAAAAATTTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=102589627;WS=102589609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	102589675	rs17438988	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	102589806	.	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr12	102872155	.	C	CTT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.140;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	103234479	rs798709	A	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=507;SC=AAGCCTCTGTATGTGTGTATG;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=103234487;WS=103234469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	103237468	rs772897	G	C	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	103237958	rs10860930	AA	CG	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=0;PP=681;SC=GCCATCATCAAATCATAGCTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=103237967;WS=103237957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	103248924	rs1126758	C	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=25;PP=1059;SC=TCTGCAGGAACTGAGAAACGT;SOR=0.927;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=58;WE=103248932;WS=103248914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	103298517	rs1522307	A	G	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=40;PP=1765;SC=TAAAGGTCTCATCCGTATTTT;SOR=1.034;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=108;WE=103298525;WS=103298507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	103306550	rs17842947	A	G	6222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	103310715	rs1522295	T	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=10;PP=534;SC=ACTTCCTGGATATTCTCATCA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=103310723;WS=103310705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	103310787	rs1522296	G	A	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=23;PP=952;SC=AGCAGTCTTCGGATCTCTTTC;SOR=0.775;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=52;WE=103310795;WS=103310777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	103352171	rs71438488	C	CGCA	580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.376;QD=10.96;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr12	103561786	rs3061447	C	CTA	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.684;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=671;ReadPosRankSum=-0.442;SC=TTAATTGTGTCTGTTAATATG;SOR=0.129;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=10;WE=103561807;WS=103561776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr12	103561799	rs1401988	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=708;ReadPosRankSum=-1.610;SC=TTAATATGTACATGCATCTCT;SOR=0.846;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=15;WE=103561807;WS=103561776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	103561973	rs145528404	ACCAATCCAT	A	2405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.632;NF=2;NR=17;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.766;SC=TTCTGCTTACACCAATCCATC;SOR=0.637;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=19;WE=103561989;WS=103561963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,65:0.43:150
chr12	103762095	.	TCA	T	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=78;ReadPosRankSum=0.328;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=103762104;WS=103762085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	103872172	rs10778257	T	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=14;PP=494;SC=AGAATTCTTCTTCCCTTTGTT;SOR=0.854;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=33;WE=103872180;WS=103872162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	103988385	rs17034187	A	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-0.202;SC=GAAGAATGTTAACATCCGTTT;SOR=1.274;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=11;WE=103988393;WS=103988375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr12	104015999	rs703612	T	C	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=35;PP=1038;SC=AAAAAAGAAATTTCAGCAGAA;SOR=1.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=104016007;WS=104015989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	104031073	.	G	A	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.220;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr12	104032074	rs1582876	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CTTCTATGCCATCCCAATTCT;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=104032082;WS=104032064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr12	104042736	rs697199	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=145;ReadPosRankSum=1.721;SC=GTCATGCAGGTGAGAGGGAAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=10;WE=104042744;WS=104042726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	104044241	rs12829198	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=243;ReadPosRankSum=0.920;SC=CTCATTTGGCGTTTTCTTTCT;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=18;WE=104044249;WS=104044231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr12	104048592	rs831425	C	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=441;SC=GCTAGGATCCCGAGCAGAGAG;SOR=3.014;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=104048600;WS=104048582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	104048976	.	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	104053955	rs11111705	A	G	277.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=1.321;SC=GGTGAACGTTAGCTATTTGGA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=10;WE=104053963;WS=104053946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	104054591	rs370742566	C	T	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=587;ReadPosRankSum=1.091;SC=CATCTTTGCTCGATAATGATT;SOR=0.968;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=42;WE=104054599;WS=104054581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr12	104056595	.	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=392;ReadPosRankSum=0.603;SC=GAATAGTACAGAATTAGAGAT;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=27;WE=104056603;WS=104056585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr12	104069582	.	C	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=0.125;SC=TGAGCGCTGGCTTCCTCCACA;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=11;WE=104069590;WS=104069572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr12	104086736	rs11440653	A	AT	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=259;ReadPosRankSum=-1.520;SC=CCTATACAGCATTTTTTTTTT;SOR=0.655;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=23;WE=104086744;WS=104086726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr12	104092996	rs697210	T	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr12	104105334	.	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.096;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=545;ReadPosRankSum=1.031;SC=AGTGTAAAGGGGATTTTTTCC;SOR=1.134;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=34;WE=104105342;WS=104105324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr12	104109490	rs11111726	C	T	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	104109497	rs10861078	T	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	104111687	rs703653	C	A	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=537;SC=CCCCACTTCTCGGGGATGCAG;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=104111695;WS=104111677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	104123911	rs10778281	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=1;PP=234;SC=TGTATATAAACAATAAGGCTA;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=104123919;WS=104123901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr12	104138918	rs2292687	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr12	104140517	rs2056128	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=335;SC=AAATAGCAGCATGGTGTGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=104140525;WS=104140507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	104144551	.	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr12	104147207	rs3751198	A	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=698;SC=TAAGATGGGGAAGACTTGAGC;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=104147215;WS=104147197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	104149022	rs11111748	G	A	5752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=48;PP=2191;ReadPosRankSum=2.554;SC=CATTAACCAAGTGATGCCACA;SOR=0.939;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=121;WE=104149030;WS=104149012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,225:0.99:227
chr12	104149251	rs7296626	C	T	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=62;PP=2394;SC=GAAAGGTAACCGCCCCAGCTA;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=123;WE=104149259;WS=104149241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	104149520	rs7313163	T	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=-1.611;SC=CTGCTTGGTTTGCCTCAGGCA;SOR=0.382;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=20;WE=104149528;WS=104149510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr12	104152856	rs3817303	G	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=215;ReadPosRankSum=0.055;SC=TCATTAAAAAGACAAAATATT;SOR=0.872;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=19;WE=104152864;WS=104152846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr12	104153004	rs2271637	C	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr12	104156011	.	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=0.311;SC=TGGGGAGTCAGAAGTTTTAAG;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=4;WE=104156019;WS=104156001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr12	104159667	rs11111755	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-0.112;SC=AGCCACCACTGGTTCAAGATG;SOR=0.582;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=104159675;WS=104159657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	104159716	rs10861094	C	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=0.759;SC=ATATTATTAGCCACCTTTTGT;SOR=0.148;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=104159724;WS=104159706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	104171941	rs141837728	CTT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr12	104171947	rs60237513	T	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.244;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr12	104174192	rs1866292	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr12	104179271	rs11111771	G	A	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.684;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=853;ReadPosRankSum=0.114;SC=CAAAGATCACGAAAAGTCAAC;SOR=0.459;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=62;WE=104179279;WS=104179261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,99:0.59:168
chr12	104179529	rs201632707	TAAAAAAAAAAAAA	T,TA	1017.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.25;QD=35.09;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,17,12:0.59,0.41:29
chr12	104181420	rs4964823	A	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TTTAAATATCAAAATATAAAG;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=104181428;WS=104181410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	104182458	rs2888792	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=290;ReadPosRankSum=1.522;SC=AATATATTGATTTAAACCTAA;SOR=1.101;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=20;WE=104182466;WS=104182448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr12	104186946	rs1866295	G	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=519;ReadPosRankSum=2.056;SC=ACTCACCTCCGCTTATCATTA;SOR=0.821;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=34;WE=104186954;WS=104186936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr12	104187092	rs1866296	G	A	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=44;PP=1378;ReadPosRankSum=1.294;SC=GAGATTAACTGTGTCTGTAAC;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=188;TCF=107;TCR=81;TR=99;WE=104187100;WS=104187082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,139:0.50:276
chr12	104187440	rs11111781	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.853;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=169;ReadPosRankSum=0.506;SC=CGGTGGAACACGGGTACATCT;SOR=2.147;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=11;WE=104187448;WS=104187430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	104190523	rs12425205	G	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=3;PP=457;SC=CATCTTTCTTGTAATGTTCAA;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=104190531;WS=104190513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	104190854	rs73192052	CA	TG	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=243;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GGGGCCCACGCAAGGGACAGA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=104190863;WS=104190844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	104237882	rs2576974	G	A	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=28;PP=1668;SC=TTTCAGCATTGTTTTGTGTCT;SOR=0.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=68;WE=104237904;WS=104237872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr12	104260287	rs10778292	T	C	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=589;ReadPosRankSum=0.388;SC=AGTTCTCCAATAGCATTCTGT;SOR=0.968;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=35;WE=104260295;WS=104260277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chr12	104309712	rs2583273	C	T	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=54;PP=1573;SC=CAGCCACCGACCCCCACTGCT;SOR=1.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=82;WE=104309720;WS=104309702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	104324148	rs2722187	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=8;PP=328;SC=CCCGCCCGCGGGAAGTGGGGG;SOR=1.127;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=19;WE=104324156;WS=104324138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	104325649	rs2722188	T	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-0.868;SC=TTATAGAAGATACTTTCAGTT;SOR=1.493;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=12;WE=104325657;WS=104325639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr12	104335750	rs58392270	TAA	T	2831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=31;PP=1347;SC=ATTTGTGGAGTAAAACCAGAT;SOR=1.503;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=31;WE=104335759;WS=104335740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	104335773	.	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=264;ReadPosRankSum=1.489;SC=TGGGTCTGGTCCATGATTCTT;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=18;WE=104335781;WS=104335763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr12	104359931	rs4135039	T	A	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=18;PP=460;SC=GTCTTTTAAATCCCGGCCGGA;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=104359939;WS=104359921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	104359982	rs4135040	C	A	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=250;SC=GTGGCCTGGTCGGCCTTTCCT;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=104359990;WS=104359972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	104373710	rs150152878	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQRankSum=-1.723;QD=3.61;ReadPosRankSum=2.758;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr12	104373728	rs151041931	G	GA	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-2.722;QD=10.06;ReadPosRankSum=2.438;SOR=1.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr12	104408794	rs17035120	C	T	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=766;ReadPosRankSum=-0.609;SC=TGCTCACCTGCGTCATTCTTG;SOR=0.637;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=59;WE=104408802;WS=104408784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,103:0.50:205
chr12	104492003	rs2629755	A	G	33.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	104520054	rs12426862	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=150;ReadPosRankSum=0.310;SC=GGTGTAAAGCTTCTTATTATT;SOR=0.813;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=10;WE=104520062;WS=104520044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr12	104618454	rs6539128	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.968;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=0.108;SC=GAGCCACCGCACCTATAGCTG;SOR=1.819;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=11;WE=104618462;WS=104618444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr12	104645363	rs7960443	G	A	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=37;PP=1408;SC=TCACCAGCACGGCCACTGCAG;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=82;WE=104645371;WS=104645353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	104645405	rs7975161	T	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	104684773	rs11111981	A	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=0.935;SC=TTCTTTAGAGATGGAGGTCTC;SOR=2.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=7;WE=104684781;WS=104684763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	104698582	rs11111987	A	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=571;ReadPosRankSum=-0.155;SC=ATGTTAACCAAATGGGTGAGG;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=39;WE=104698590;WS=104698572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,62:0.45:139
chr12	104703738	rs36017377	G	GTGC	6374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=55;PP=2968;ReadPosRankSum=1.378;SC=GGTAGCCACAGTGCTGTGCTT;SOR=0.695;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=155;TCF=38;TCR=117;TR=70;WE=104703746;WS=104703728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,167:0.46:366
chr12	104703836	rs7134193	A	G	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.042;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.084;NF=19;NR=46;PP=1073;ReadPosRankSum=-1.626;SC=TTCACCCCCTACATCTGATAG;SOR=1.036;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=145;TCF=52;TCR=93;TR=65;WE=104703844;WS=104703826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,92:0.46:198
chr12	104703957	rs35882028	T	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=44.03;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	104703957	.	TCT	AGA	1303	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5;NR=14;PP=1303;QD=71.9193618349;SC=GGAGTCTCACTCTGTGAGACT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=19;WE=104703980;WS=104703947;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr12	104703958	rs34794131	C	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=44.03;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	104703959	rs34873076	T	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=43.99;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	104703965	rs66665385	ACTCCCAGG	A	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=2965;SC=ACTCTGTGAGACTCCCAGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=104703980;WS=104703947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	104703991	rs10861190	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-1.963;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	104707151	rs5018287	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TCCCCTGGCAATAATCTAACT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=8;WE=104707159;WS=104707141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr12	104707180	rs6539137	A	T	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=11;PP=304;SC=AAGCCTAATTAAAAAAATCAA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=104707188;WS=104707170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	104709559	rs4964287	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,70:0.63:111
chr12	104714847	.	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=3.334;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,18:0.25:73
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chr12	104985289	rs1615960	A	G	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=161;SC=TAGGGGCATGATGGTGGCATC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=104985297;WS=104985279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	104985655	rs313323	C	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=271;SC=AAACTTGTCTCGGTTTTCTAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=104985663;WS=104985645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	104995800	rs5800627	A	AT	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.677;HP=12;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=277;ReadPosRankSum=0.727;SC=CAGCATGTGAATTTTTTTTTT;SOR=0.323;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=24;WE=104995808;WS=104995790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr12	105260159	rs149586274	TACACAC	T	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=435;ReadPosRankSum=-1.115;SC=CAGACAGACGTACACACACAC;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=9;WE=105260174;WS=105260149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr12	105260365	rs34984157	TA	T	273.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
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chr12	105371471	.	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=490;ReadPosRankSum=-1.670;SC=CGTGCTCCCGGATTTTGCTCT;SOR=0.601;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=28;WE=105371479;WS=105371461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr12	105431835	rs10861315	T	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.970;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=716;ReadPosRankSum=2.385;SC=GTGAGCCACCTCACCTGGCCC;SOR=0.403;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=52;WE=105431843;WS=105431825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr12	105432057	.	AACACACAC	A	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.82;MQRankSum=-1.282;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr12	105433523	rs4964317	T	A	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=504;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TAGGAGTGGATCCAGTGAAAC;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=41;WE=105433531;WS=105433513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,79:0.41:195
chr12	105433607	rs4964318	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=438;ReadPosRankSum=-1.543;SC=GGAATAAAACGGGAATTAAAA;SOR=0.649;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=33;WE=105433615;WS=105433597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,54:0.39:137
chr12	105433702	rs7315784	A	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=0.717;SC=AGGTCAGGAGATCGAGACCCG;SOR=0.349;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=16;WE=105433710;WS=105433692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr12	105434467	rs11112330	C	T	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=-2.047;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,78:0.55:142
chr12	105434533	rs10861316	C	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=608;ReadPosRankSum=2.434;SC=TAGCCCAGAACCCAGTTTTCC;SOR=0.875;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=44;WE=105434541;WS=105434523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,64:0.45:141
chr12	105440421	rs10861324	T	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=0.987;SC=ATAAATATATTTCACTTTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=8;WE=105440429;WS=105440411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	105443966	rs7485673	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.694;SC=CTTATAGAGATCATGGTCCAG;SOR=0.914;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=105443974;WS=105443956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	105445798	rs61938827	C	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=205;ReadPosRankSum=0.497;SC=CCAGCCTGGCCAACGTAGTGA;SOR=0.172;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=15;WE=105445806;WS=105445788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr12	105446092	rs140372840	AT	A	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=460;ReadPosRankSum=-0.606;SC=AGTATTACTGATTTTAAAAAA;SOR=0.719;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=14;WE=105446100;WS=105446082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr12	105446552	rs56188643	T	C	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=660;ReadPosRankSum=-1.322;SC=TAAAAATCCATGACCAGTGAT;SOR=0.796;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=48;WE=105446560;WS=105446542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,68:0.62:110
chr12	105446719	rs56118650	G	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=-1.101;SC=TCTGAGAGAAGTATATTAATA;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=35;WE=105446727;WS=105446709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr12	105455312	rs78680397	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=430;ReadPosRankSum=-2.136;SC=AAATAAAGTTCTGATCCCACT;SOR=1.168;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=23;WE=105455320;WS=105455302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
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chr12	105477951	rs11112362	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	105504764	rs1196839	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	105504787	rs1196838	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.43;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	105514480	rs1196837	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=0.636;SC=ACTCTTAAAGAGGCGTGTGTG;SOR=0.283;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=105514488;WS=105514470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr12	105514786	rs1196836	G	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=1.280;SC=TACTAATTCAGTAATCAGCCC;SOR=2.044;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=13;WE=105514794;WS=105514776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr12	105527385	rs1211276	G	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	105534025	rs1196808	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.955;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=297;ReadPosRankSum=-2.830;SC=AATTTTGCCTGAAATTTTTAA;SOR=1.274;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=20;WE=105534033;WS=105534015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr12	105536430	rs5800652	C	CTA	43.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	105538270	rs370837338	CT	C	119.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr12	105538417	rs148267591	AGTT	A	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.534;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr12	105540322	rs199922129	A	AT	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.285;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.280;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr12	105546172	rs1663564	G	A	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=36;PP=1381;SC=AAAACTTGGAGTAACACCTGA;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=77;WE=105546180;WS=105546162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	105568122	rs935241	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=229;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CTCTATGTTCGTTTGGATTTC;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=19;WE=105568130;WS=105568112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr12	105568176	rs935240	G	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,59:0.58:101
chr12	105582245	rs1196852	A	G	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=511;ReadPosRankSum=0.205;SC=AGCATTTTCCACTCAGGATCT;SOR=0.809;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=38;WE=105582253;WS=105582235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr12	105629865	rs1196785	C	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	105789562	rs1534253	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=0.089;SC=CTGACTTTGGCAAGCAGAATG;SOR=1.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=9;WE=105789570;WS=105789552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr12	106460745	.	GA	AC	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=816;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GGATCTGGAGGAAGTTTTCTG;SOR=0.590;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=24;WE=106460754;WS=106460735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr12	106460792	.	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=191;ReadPosRankSum=-1.050;SC=CGGGCAGGGCGATTCTCCTGC;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=14;WE=106460800;WS=106460782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr12	106461760	rs3741884	G	A	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=338;ReadPosRankSum=-1.576;SC=AAAAAGAATCGGGCATTATGT;SOR=0.490;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=25;WE=106461768;WS=106461750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr12	106464785	rs4964437	G	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-1.543;SC=ACCCCCAGCAGCCCCAGGAAC;SOR=1.508;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=106464793;WS=106464775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	106480450	rs2251027	A	G	223.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5418;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TAATAGGAAAAAAATCATGCA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=106480458;WS=106480444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr12	106480565	.	C	T	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=682;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TGCCGGGTCTCCCTCTCACTG;SOR=0.322;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=43;WE=106480573;WS=106480555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr12	106500158	rs35769739	GT	G	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.141;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr12	106500408	rs1427785	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=1.221;SC=TTGGCAGAACTGACAATAACC;SOR=0.250;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=106500416;WS=106500398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	106641489	rs368519473	GGGC	G	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.477;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.252;SOR=1.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	106647783	rs2704898	T	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=291;ReadPosRankSum=1.299;SC=AAATCAGACATCTCAGTCCGA;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=19;WE=106647791;WS=106647773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr12	106704974	rs4964460	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=325;ReadPosRankSum=-2.303;SC=GCAGAGCTTTGCAAGTGACTC;SOR=0.658;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=26;WE=106704982;WS=106704964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr12	106706009	.	GATTA	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=13;NR=4;PP=353;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATTAACCATTGATTAATCACT;SOR=2.093;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=17;WE=106706020;WS=106705999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	106708278	rs2253838	T	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.400;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr12	106708354	.	TGAGA	TGA,T	62.75	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=106708365;WS=106708344;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.67:6
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chr12	106717517	rs71843294	TA	T	127.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	106717522	.	T	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.35;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	106717525	rs72143923	TA	T	127.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	106723062	.	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=109;ReadPosRankSum=-0.067;SC=CAGTGGTTTTCGTCAAATAAA;SOR=0.504;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=9;WE=106723070;WS=106723052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr12	106730031	rs34332844	AG	A	1351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=1036;ReadPosRankSum=1.503;SC=TCTTGTATTAAGGCTCTGCAT;SOR=1.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=17;WE=106730042;WS=106730021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr12	106730034	rs10717199	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=1050;ReadPosRankSum=1.613;SC=TGTATTAAGGCTCTGCATGTG;SOR=1.399;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=21;WE=106730042;WS=106730021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr12	106820957	rs202125845	CT	C	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=15.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.786;SOR=2.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr12	106838340	rs10861607	T	C	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,94:0.67:141
chr12	106890059	rs721438	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=36;ReadPosRankSum=-0.070;SC=AGCTCTTCTGCCCCTTGCCAG;SOR=0.773;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=6;WE=106890067;WS=106890049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	106893863	rs7137638	G	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr12	106893930	rs7137444	A	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=1.351;SC=CGTTGTGTGGATTAAGTAGCA;SOR=0.601;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=17;WE=106893938;WS=106893920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr12	106903321	rs13561	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=251;ReadPosRankSum=3.430;SC=CCAAGTACAATGAATGAGGAT;SOR=0.983;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=25;WE=106903329;WS=106903311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr12	107002558	rs55993073	CT	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.609;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr12	107395106	rs8192440	A	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=357;ReadPosRankSum=-1.431;SC=CAGTTTCTCCACCTGGCCACA;SOR=0.671;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=29;WE=107395114;WS=107395096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,59:0.46:129
chr12	107398862	.	TA	T	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=1.402;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr12	107713511	rs961498	G	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr12	107713696	rs111260184	G	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=471;ReadPosRankSum=0.041;SC=AGTCCCGCCGGCAGCCGCCGC;SOR=0.583;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=33;WE=107713704;WS=107713686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,59:0.60:98
chr12	107713963	rs71442718	A	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=-1.795;SC=TGCTGTCCCAAGCCGCTGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=17;WE=107713971;WS=107713953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr12	107714310	rs11383016	T	TC	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=339;ReadPosRankSum=1.526;SC=TGCTCCCACTTCCCCACTCCC;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=10;WE=107714318;WS=107714300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr12	107714450	rs7358583	G	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=322;ReadPosRankSum=0.666;SC=AAGACTTGTCGGTGCCAAGTT;SOR=0.737;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=24;WE=107714458;WS=107714440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr12	107914123	rs7133143	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GAGTCCAGAGCGTTGGTTCCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=107914131;WS=107914113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	107914141	rs1861586	C	T	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=177;SC=CCTACATTGGCTTTCTTTGCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=107914149;WS=107914131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	107937768	rs1558781	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=348;ReadPosRankSum=-1.250;SC=CAAGCACCACGGCAATGGCAC;SOR=0.840;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=27;WE=107937776;WS=107937758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr12	107974798	.	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr12	108003911	rs4964599	T	C	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=16;PP=1209;SC=CGGAGTTTGCTCCTGTGCCCC;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=60;WE=108003919;WS=108003901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	108035805	rs9919699	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr12	108035903	rs9919712	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=250;ReadPosRankSum=-0.948;SC=CGACAAATGATGGCACCTGCA;SOR=0.834;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=22;WE=108035911;WS=108035893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr12	108042960	rs17039588	C	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr12	108045292	rs2241186	T	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=539;SC=TCTTTGTCCTTTTCCTCTAGT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=108045300;WS=108045282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	108045336	rs2241185	T	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=15;PP=1065;SC=GTCCCCTACCTGTGACACTGC;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=108045344;WS=108045326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	108045392	rs2241184	T	C	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=36;PP=1833;SC=TAGTTCCTTATTGTTACCTCC;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=93;WE=108045400;WS=108045382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	108051406	rs12303478	G	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=552;ReadPosRankSum=3.011;SC=TGAAGGGACCGGCCAGGATGT;SOR=1.295;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=29;WE=108051414;WS=108051396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr12	108086697	rs2287216	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=-0.233;SC=ACATCTTTTTTCTAATTATGC;SOR=0.990;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=11;WE=108086705;WS=108086687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr12	108090518	rs2287214	A	G	51.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	108127965	rs17306603	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=234;ReadPosRankSum=-1.424;SC=TTTTCATCCAAAATTGCTTGT;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=15;WE=108127973;WS=108127955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr12	108136172	rs2302734	A	G	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=504;ReadPosRankSum=1.076;SC=TTTGAAATGCATACTAAGTAC;SOR=0.860;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=37;WE=108136180;WS=108136162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr12	108140032	rs3803120	T	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.287;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=344;ReadPosRankSum=0.052;SC=AATAGTGTTTTACAGTTCCAA;SOR=0.364;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=24;WE=108140040;WS=108140022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr12	108147982	rs4964617	C	T	69.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGTTTTTACACATGGGCAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=108147990;WS=108147972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	108150758	rs1814335	C	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=0.367;SC=AAAGAGCACACACAACTAGTT;SOR=0.586;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=108150766;WS=108150748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	108154199	rs2302733	A	G	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=830;ReadPosRankSum=-0.378;SC=AATGGCACCAAAAACAACGGC;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=58;WE=108154207;WS=108154189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,94:0.44:212
chr12	108154275	.	T	A	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,113:0.45:249
chr12	108600237	rs1106752	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	108674973	.	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.779;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr12	108686008	rs1057401	C	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=724;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GCAGTTTGCACACGATGGTGA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=41;WE=108686016;WS=108685998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,68:0.52:131
chr12	108913377	.	GT	G	398	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=398;QD=71.0;SC=AAATGTTTTAGTTTTAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=108913385;WS=108913367;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,6:0.33:18
chr12	108913380	rs201412313	TTA	T	282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.56;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	108917520	rs34982944	G	GA	246.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=3.039;HP=11;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=134;ReadPosRankSum=1.690;SC=GTTAAAAGGTGAAAAAAAAAA;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=108917528;WS=108917510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr12	108918146	rs2303633	C	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=11;PP=552;SC=TCCTGGTCTCCGGCTTCTCTG;SOR=1.132;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=33;WE=108918154;WS=108918136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	108923950	rs1549096	A	G	3772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=44;PP=1510;SC=CTTTCTCATCATCCTCATCTG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=91;WE=108923958;WS=108923940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	108931779	rs2287550	C	A	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=27;PP=1505;SC=GACTTTGTCACCGCTCTCTGT;SOR=1.237;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=77;WE=108931787;WS=108931769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	108932053	rs2287551	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=19;PP=509;SC=ATTGCCAGCACGACCAAGTGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=108932061;WS=108932043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	108932916	rs7133076	C	T	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=22;PP=603;SC=GGAAGCACAACACATCTGCAA;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=108932924;WS=108932906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	108936428	rs11113982	T	C	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=72;SC=TTCCAATATATAAAAGTTCAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=108936436;WS=108936418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	108936516	rs888556	T	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	108936519	rs888557	C	T	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	108943028	rs2052423	G	A	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=22;PP=611;SC=TTAAAACACCGTCATCAAGTA;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=108943036;WS=108943018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	108954502	rs1160332	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=4;PP=575;SC=GTCACGAAAAGCGGGTTTGCA;SOR=2.115;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=108954510;WS=108954492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	108954823	rs1063936	C	T	8634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=90;NR=96;PP=2965;SC=ATAACACCTTCCTCCTTGTCC;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=91;TCR=96;TR=186;WE=108954831;WS=108954813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr12	108956417	rs10778647	TT	GG	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=12;PP=1420;SC=GGCTGGGGCTTTCCGTCTGAG;SOR=1.455;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=108956426;WS=108956407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	108956433	rs2287555	C	T	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=16;PP=735;SC=CTGAGGCGGGCGGCATCGGCT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=108956441;WS=108956423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	108956526	rs60547936	A	AG	3344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=27;PP=1480;SC=GGGACAAAAGAGGGACGCGCG;SOR=0.753;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=35;WE=108956534;WS=108956516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	108956610	rs2287556	C	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=507;SC=TGGGAGCTGTCCCCTCCCACG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=108956618;WS=108956600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	108960906	rs10861945	G	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=277;SC=TTTTTTATTGGCTGGCCCTCA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=108960914;WS=108960896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	108961293	rs888546	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=6;PP=308;SC=ATTTCTAAACCTCACAAATAT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=108961301;WS=108961283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	108961354	rs888547	T	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=11;PP=615;SC=ATGAGGAAGCTAAGGCTTGGG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=108961362;WS=108961344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	108961383	rs888548	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=14;PP=543;SC=CCCACATCACATGGCTAATAA;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=108961391;WS=108961373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	108985945	rs7975237	A	G	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	108985963	rs146247958	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr12	108986031	rs74504010	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=2.082;SC=AGCCCTCGGCCTCCCCACTAC;SOR=1.314;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=11;WE=108986039;WS=108986021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr12	108986112	rs10861953	G	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=111;ReadPosRankSum=0.165;SC=CAGACCCCAGGAGCAGCAACA;SOR=0.450;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=10;WE=108986120;WS=108986102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr12	108986290	.	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=1.408;SC=CTAGCAAGTCCCTTCCATTCC;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=108986298;WS=108986280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	109017650	rs63748999	GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT	G	3691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.101;NF=6;NR=29;PP=2968;ReadPosRankSum=1.261;SC=GGCTGCCAGTGGAGTGGTCTG;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=18;TCR=86;TR=35;WE=109017687;WS=109017640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,96:0.48:202
chr12	109018113	.	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=0.861;SC=TGGGCGGAGGGATGTCAAGAC;SOR=0.462;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=18;WE=109018121;WS=109018103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr12	109025432	rs8179115	T	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	109042411	.	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr12	109095137	rs3741782	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=0.575;SC=AGAATTATGCACCAAACTGAA;SOR=1.123;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=21;WE=109095145;WS=109095127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr12	109182049	rs3741778	T	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=376;ReadPosRankSum=2.133;SC=CAATCTCCTGTGTCCGCTGCT;SOR=0.743;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=37;WE=109182057;WS=109182039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,54:0.42:129
chr12	109183144	rs60314156	C	CT	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=207;ReadPosRankSum=-1.466;SC=AGGGGAGGCTCTCATTTCACT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=109183152;WS=109183134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	109194449	rs3217206	TC	T	59.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=71;SC=CCCGTTAGGATCCCCCCTCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=109194457;WS=109194439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	109205189	rs11114060	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=-2.319;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	109217007	rs34849596	G	GT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr12	109221013	rs10861970	C	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TGGCAGGAAACCAGTAATCAG;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=21;WE=109221021;WS=109221003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr12	109246399	rs182266049	T	A	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,60:0.38:158
chr12	109270506	rs7136681	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=465;ReadPosRankSum=0.837;SC=CTCATCTAGCACACAGACACC;SOR=0.957;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=38;WE=109270514;WS=109270496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr12	109338835	rs36131538	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=216;SC=AACCTCCTGCCGGAATCCACA;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=109338843;WS=109338825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	109339023	rs36191519	C	T	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=321;SC=AATTTGCAGCCGACATTCCTC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=109339031;WS=109339013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	109354632	rs36181716	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=8;PP=825;SC=TAACTCCTGATCCAGACCATG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=109354640;WS=109354622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	109371187	.	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=317;ReadPosRankSum=1.468;SC=GGTCAGCAATGCCACCTGCCA;SOR=0.641;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=25;WE=109371195;WS=109371177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr12	109371381	rs149284306	C	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=953;ReadPosRankSum=1.140;SC=CCCTCTCTACCCATTGCCAAG;SOR=0.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=51;WE=109371389;WS=109371371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr12	109371442	rs36182807	G	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=565;SC=TTAAAACCATGCATTACCATT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=109371450;WS=109371432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	109458561	.	C	CCT	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=36;PP=746;ReadPosRankSum=2.506;SC=AGAGATGTACCCCCCCCCACC;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=36;WE=109458569;WS=109458549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr12	109490426	rs140371213	C	CCGGCGG	1459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=883;SC=ATCCCTCGGTCCGGCGGCGGC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=109490434;WS=109490416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	109511144	rs7967182	T	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=8;PP=515;SC=TATTTTTTCTTAAGAGGTAGT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=109511152;WS=109511125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	109511256	rs7967322	T	C	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=29;PP=1104;SC=CACCTCACCCTACATCCAATC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=109511264;WS=109511246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	109530278	rs145676752	G	GCA,GCACA	2804.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16,16;NR=23,23;PP=543,876;ReadPosRankSum=0.862;SC=AGCCCTCAATGCACACACACA;SOR=0.727;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=39,39;WE=109530287;WS=109530268;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.41,0.47:100
chr12	109541435	rs144108564	CTTTT	C	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.17;MQRankSum=1.345;QD=17.22;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	109547568	.	CA	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.189;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr12	109547586	rs2878959	A	T	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=3.416;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr12	109577735	rs2878960	C	T	5869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=84;PP=2705;SC=ACTACTCCTCCGACGAGGACT;SOR=0.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=60;TCR=84;TR=144;WE=109577743;WS=109577725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr12	109605898	rs34285	C	T	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=829;SC=CCCTCGCCTCCTTCCCCTGTG;SOR=1.392;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=109605919;WS=109605888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	109609483	.	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=245;ReadPosRankSum=0.953;SC=ACATGTTTGTCCATTGTTACC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=18;WE=109609491;WS=109609473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr12	109617865	rs11065772	T	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=270;SC=TGATTGCTGATGTTAATCTGC;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=109617873;WS=109617855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	109629457	rs7135947	C	T	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=36;PP=1658;SC=CCATCCGAGGCGACTTTAGGA;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=91;WE=109629465;WS=109629447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	109635031	rs2268393	A	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=26;PP=749;SC=AAAACACAGCACTGGCCTGTG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=109635039;WS=109635021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	109635076	rs2268392	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=387;SC=GGTGCCTTTCTGGTAAATTCT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=109635084;WS=109635066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	109637188	rs7299171	G	C	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=28;PP=1312;SC=CTCCCTACCCGACTCCTCCTC;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=60;WE=109637196;WS=109637178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	109644447	rs12818490	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	109650546	rs2300454	T	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=203;ReadPosRankSum=2.822;SC=GGACCAGTGCTCGTTTGGGTA;SOR=0.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=15;WE=109650554;WS=109650536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr12	109658070	rs2300452	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=329;ReadPosRankSum=1.006;SC=TTATTCTTCTGACTTTCTTGG;SOR=0.614;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=25;WE=109658078;WS=109658060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr12	109660535	rs7968027	G	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=398;ReadPosRankSum=1.393;SC=CTGCCGGCCCGTGCCCGAGCC;SOR=1.545;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=24;WE=109660543;WS=109660525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr12	109670468	rs3742027	T	C	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1089;ReadPosRankSum=-0.097;SC=TGCCATCACCTTACAGGATGA;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=157;TCF=80;TCR=77;TR=74;WE=109670476;WS=109670458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,135:0.51:265
chr12	109675029	rs2241220	T	C	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=884;ReadPosRankSum=-2.015;SC=AGCTGGAACTTAACCGGATGC;SOR=0.882;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=61;WE=109675037;WS=109675019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,99:0.52:191
chr12	109683575	rs10744772	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=309;ReadPosRankSum=1.747;SC=GCGGAGCCTAACCCCTGGCTG;SOR=0.518;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=18;WE=109683583;WS=109683565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr12	109684039	rs144673785	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=456;ReadPosRankSum=-0.847;SC=CCGGAAGGACGGGATGTGATC;SOR=0.562;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=33;WE=109684047;WS=109684029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr12	109685330	rs4766587	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-0.770;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr12	109685344	.	G	GA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.125;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.765;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr12	109685545	rs2284689	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=205;ReadPosRankSum=2.483;SC=AATTTTGCTCATGGTTAATTT;SOR=1.165;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=16;WE=109685553;WS=109685535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr12	109691991	rs2075259	A	G	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=1140;ReadPosRankSum=-0.401;SC=ACCACAGACTAAGTCAGAGAC;SOR=0.816;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=81;WE=109691999;WS=109691981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,127:0.49:261
chr12	109694230	rs10849967	T	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=1.465;SC=TCAGCCAGCCTCCTCCTGAGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=109694238;WS=109694220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	109695891	rs11066004	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr12	109696838	rs2075260	G	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=667;ReadPosRankSum=0.409;SC=CGCCCAGGCCGTCAAGGACTT;SOR=0.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=57;WE=109696846;WS=109696828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,137:0.49:278
chr12	109697796	rs2075261	A	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CCGAGGTAAGAGTCTGATGAG;SOR=0.724;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=24;WE=109697804;WS=109697786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr12	109701959	rs35795929	CA	C	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr12	109723225	.	G	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=500;ReadPosRankSum=-0.804;SC=GCCCTTGCGGGAGGAGCCGCT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=37;WE=109723233;WS=109723215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr12	109723391	.	C	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=314;ReadPosRankSum=-1.161;SC=CTACTCAGGCCTATAGGGGCA;SOR=0.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=23;WE=109723399;WS=109723381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr12	109859032	rs5800861	G	GC	65.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-1.282;SC=TGTGTATGATGCCCCCTGGGC;SOR=0.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=109859040;WS=109859022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	109859064	.	TGAACAAGATGGAGCTCC	T	808	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=808;QD=425.5;SC=AGGTCATCAGTGAACAAGATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=109859088;WS=109859054;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	109870934	.	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=-2.184;SC=GGAGATTTGCGAGATTTATGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=17;WE=109870942;WS=109870924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr12	109874230	rs2075432	A	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=335;ReadPosRankSum=-1.559;SC=ACCCCTGGAGATCACAACCAC;SOR=0.541;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=29;WE=109874238;WS=109874220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr12	109874408	.	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=521;ReadPosRankSum=-0.628;SC=TTCTCATCTGCTTGGCACCTG;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=33;WE=109874416;WS=109874398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
chr12	109879548	.	C	T	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=453;ReadPosRankSum=-0.048;SC=ACTTGGCTTTCCAATTCTAAA;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=38;WE=109879556;WS=109879538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,62:0.37:168
chr12	109879632	rs190018557	G	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=1.091;SC=TGGGCGGATTGCCTGAGCTCA;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=9;WE=109879640;WS=109879622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr12	109881566	rs182056991	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=259;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CATAAACCCCGGGGTAGTGAT;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=15;WE=109881574;WS=109881556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr12	109883374	rs3825393	T	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=23;PP=845;SC=GACACTGGACTGGAAGAACAA;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=109883382;WS=109883364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	109885077	.	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr12	109907664	rs79210497	A	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=-1.111;SC=TTTGCTTCCAATGTGGACAAC;SOR=1.284;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=14;WE=109907672;WS=109907654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr12	109924385	rs201336062	CAAAAAAAA	C	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.83;ReadPosRankSum=1.192;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr12	109937534	rs7298565	G	A	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=17;PP=846;SC=TGCTACTGTCGGAAGTATGTG;SOR=1.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=109937542;WS=109937524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	109955708	rs10850308	A	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=227;ReadPosRankSum=0.511;SC=TGTTTGTGTCACTCCTTACTG;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=17;WE=109955716;WS=109955698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr12	109971481	rs12303137	C	G	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=62;PP=2022;SC=CAGCTGGACCCCTCAGAGCCA;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=114;WE=109971489;WS=109971471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	109994870	rs9593	A	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	109995097	rs888192	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=423;SC=TCTTGCACTTAATGGATGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=109995105;WS=109995087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	109999048	rs12309115	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=515;ReadPosRankSum=-1.493;SC=GCACACCCACCGGGCACGCTG;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=38;WE=109999056;WS=109999038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr12	109999523	rs7971853	G	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr12	110002819	rs10850380	A	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=231;SC=GAGGGAGAGTAACTAGCCCCA;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=110002827;WS=110002809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	110004960	rs874170	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	110006512	rs11836136	A	G	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=27;PP=1618;SC=AGAGCTTCACATTCATTACGT;SOR=1.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=91;WE=110006520;WS=110006502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	110009538	rs66580225	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=1.641;SC=AAACATCAGTATCTGGTGAGT;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=8;WE=110009546;WS=110009528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr12	110011229	rs10774774	GC	TT	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=20;PP=551;SC=CGAAGCACCCGCGCAGGCCAA;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=38;WE=110011238;WS=110011219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	110012467	rs3759387	G	T	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=102;SC=GTTGACTCCTGCATTGCCTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=110012475;WS=110012464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	110012510	rs66616264	C	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=2;PP=135;SC=CGGTAACTACCTTTTTTGTTA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=110012518;WS=110012500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	110012766	rs61940512	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=0.434;SC=CTAATTTTGTAAGAAGGTAAA;SOR=0.830;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=14;WE=110012774;WS=110012756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr12	110013879	rs7957619	G	A	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=782;ReadPosRankSum=-0.862;SC=GTGGACCTCAGCTTACCCAAC;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=58;WE=110013887;WS=110013869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,98:0.46:211
chr12	110014055	rs3752662	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=30;PP=793;SC=AGCTATTTCCCGGGTGTTTTC;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=110014063;WS=110014045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	110016947	rs7296044	T	A	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	110016952	rs10774779	T	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	110019233	rs34368092	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=484;ReadPosRankSum=0.347;SC=TAGTGTGGTCGGAGCTGCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=28;WE=110019241;WS=110019223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr12	110221631	rs10774894	G	C	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=521;ReadPosRankSum=-1.562;SC=GGTGGAGAGAGAGCGTGCGTA;SOR=1.037;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=35;WE=110221639;WS=110221621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr12	110231717	rs10850750	C	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=15.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.749;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr12	110236732	.	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr12	110240838	rs3825394	T	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=197;ReadPosRankSum=-0.235;SC=ATGAACTCCCTCATGTTGCCG;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=20;WE=110240846;WS=110240828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr12	110252569	rs56092423	C	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=0.975;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr12	110296095	rs4766488	G	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	110318261	rs71458309	G	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=2.437;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr12	110346571	.	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	110352463	rs371020723	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=0.210;SC=GGGAGGCACCGGGCCTGCCAG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=110352471;WS=110352453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	110353172	rs3809300	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=1.296;SC=CCTGTGGGCCTTGTCTTGGGG;SOR=1.204;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=8;WE=110353180;WS=110353162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr12	110403769	rs138178074	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=-1.005;SC=CGTTGGGAGGCCGAGGTGGGA;SOR=0.432;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=13;WE=110403777;WS=110403759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr12	110418635	rs7960775	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=4;PP=326;SC=ATTAAAAGCCATATGTATAGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=110418643;WS=110418625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	110463769	.	C	CT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.737;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr12	110495171	rs41436646	C	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=-0.444;SC=ATATCCCTTACCTCATGACTA;SOR=1.008;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=12;WE=110495179;WS=110495161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr12	110503770	rs11829777	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=0.693;SC=TTCTTCTCCTTCTATGGGGTC;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=18;WE=110503778;WS=110503760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr12	110573340	rs12300649	G	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AGACGTTCACGTTCCTTTTGC;SOR=1.981;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=110573348;WS=110573330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	110618235	rs16940805	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=170;ReadPosRankSum=-0.135;SC=AGTTCAAACGATATGTCAATA;SOR=0.430;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=14;WE=110618243;WS=110618225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr12	110646842	.	G	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	110780107	rs56243033	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr12	110826208	rs28569834	TC	GG	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=309;ReadPosRankSum=0.036;SC=ATCACTCTCTTCAGGGGAACT;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=110826217;WS=110826198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr12	110826463	rs28670753	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=269;ReadPosRankSum=0.978;SC=GCAAAATAAGCGTATATTGCA;SOR=1.495;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=19;WE=110826471;WS=110826453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr12	110841437	rs141147170	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=336;ReadPosRankSum=1.860;SC=ATTCATCCTGCTCTGCAAAGC;SOR=0.515;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=26;WE=110841445;WS=110841427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr12	110905869	rs7958683	G	A	12239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=148;NR=113;PP=2965;SC=AGGGTTCCCAGTACACACACC;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=262;TCF=148;TCR=114;TR=261;WE=110905877;WS=110905859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr12	110939421	rs6606687	T	C	6969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=71;PP=2965;SC=TGTTCTGCATTCGAGAGGCCA;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=97;TCR=71;TR=168;WE=110939429;WS=110939411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	110944299	rs61942603	G	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=0.896;SC=GGCCAAGTCTGTTCATTTATG;SOR=0.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=10;WE=110944307;WS=110944289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr12	110974890	rs10849900	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=41;PP=1051;SC=TGATGTCATCTGGCTTTCCAC;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=110974898;WS=110974880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	111057896	rs61942627	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=1.094;SC=GAAGCCATACCGTCCAAACAA;SOR=2.910;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=4;WE=111057904;WS=111057886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	111072440	.	A	AT	261	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=10;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=261;QD=55.0;SC=TCTCTTTTGTATTTTTTTTTC;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=5;WE=111072458;WS=111072430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr12	111072449	.	TC	T	263	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=8;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=263;QD=55.4;SC=TATTTTTTTTTCCTTGGGAAT;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=5;WE=111072458;WS=111072430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr12	111072450	.	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.529;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr12	111180453	.	C	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.400;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=795;ReadPosRankSum=1.442;SC=CGCCGCCCCCCTTACCTTCCA;SOR=0.547;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=47;WE=111180461;WS=111180443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
chr12	111290871	rs886132	G	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=16;PP=467;SC=ACAGATCTGTGCTCACCCATT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=111290879;WS=111290861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	111296332	rs4766432	T	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=23;SC=GTGCCTGGAGTGCTCCGTCAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=111296340;WS=111296325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	111311623	.	TTC	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,11:0.11:97
chr12	111317835	.	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=521;ReadPosRankSum=-0.508;SC=GCCTGTTGATGGAGAAGAAAA;SOR=0.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=33;WE=111317843;WS=111317825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr12	111342558	rs34300256	G	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=0.637;SC=TCCCCCCAGTGCTGGGGGCTG;SOR=0.853;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=17;WE=111342566;WS=111342548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr12	111342675	.	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=1.991;SC=GTCCAGGTGCCCGAGAGGGTC;SOR=0.205;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=111342683;WS=111342665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	111345411	rs67912779	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=2.536;SC=GGCCGAGGAGCGAGAAGTAAA;SOR=0.473;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=16;WE=111345419;WS=111345401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr12	111349074	rs72145780	TG	T	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=-0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.282;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	111350999	rs2233260	G	A	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TGTGTAGGGGGGACAGGGGGC;SOR=0.821;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=80;WE=111351007;WS=111350989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,112:0.54:209
chr12	111351029	rs3833910	TC	T	3376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.923;NF=16;NR=39;PP=1701;ReadPosRankSum=-2.082;SC=ACCCCCTTCCTCCCCCACAGA;SOR=0.673;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=113;TCF=28;TCR=85;TR=55;WE=111351037;WS=111351019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,128:0.54:235
chr12	111351963	rs377450331	GAC	G	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,16:0.11:141
chr12	111375170	rs1056618	A	G	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.20;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr12	111375170	.	AGC	GGT	392	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=8;PP=392;QD=31.8191339187;SC=TCCCCCGCCAAGCCTGCCAGA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=14;WE=111375180;WS=111375160;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr12	111375172	rs1056620	C	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr12	111701486	rs56249976	GA	G	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=10;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.169;NF=6;NR=10;PP=156;ReadPosRankSum=1.278;SC=TTTTCTTGTGGAAAAAAAAAA;SOR=0.537;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=16;WE=111701494;WS=111701476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr12	111701595	.	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.57;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr12	111701602	.	C	T	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.26;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr12	111749989	.	C	T	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=806;ReadPosRankSum=-2.047;SC=AGAAGGAGATCGAGTCGCAGA;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=63;WE=111749997;WS=111749979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,113:0.45:253
chr12	111758298	.	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=669;ReadPosRankSum=-0.597;SC=CCGCGGGGACGAGGCCCCTGT;SOR=0.895;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=45;WE=111758306;WS=111758288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,60:0.54:111
chr12	111785487	.	G	A	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=1155;ReadPosRankSum=0.757;SC=CAACCGTGAAGGAACTGGAGC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=58;WE=111785495;WS=111785477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,76:0.45:170
chr12	111786082	rs6490073	G	C	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=92;PP=2965;SC=CATTTACCGAGTAGAGCGGGC;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=63;TCR=93;TR=155;WE=111786090;WS=111786072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr12	111800258	rs3809272	G	A	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=629;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TGCACGTGACGTTCCCCTCAA;SOR=0.771;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=41;WE=111800266;WS=111800248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr12	111884608	rs3184504	T	C	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=700;ReadPosRankSum=0.377;SC=GGAGGTCCGGTGGTGCACACG;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=60;WE=111884616;WS=111884598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,89:0.49:180
chr12	111926224	.	T	TA	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.152;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr12	112036753	rs10560189	GGCT	G	4381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=25;PP=1627;SC=CGCGGGCGGCGGCTGCTGCTG;SOR=0.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=35;WE=112036763;WS=112036743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	112036797	rs4098854	C	T	3689.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.303;QD=30.49;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,112:0.93:121
chr12	112036929	rs695872	G	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=23;PP=609;SC=GCGGGGACGCGCGGGCGCCGA;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=112036937;WS=112036919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	112037000	rs695871	G	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=452;SC=GGGAGAAGGAGGACGACGAAG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=112037008;WS=112036990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	112093399	.	C	T	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,103:0.42:247
chr12	112194117	.	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.033;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=337;ReadPosRankSum=0.616;SC=GGCCGCCTCCCTCCACTCTGT;SOR=1.371;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=17;WE=112194125;WS=112194107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr12	112235720	.	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=-1.655;SC=GGCCTTTTTTGTGTTTTCTGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=112235728;WS=112235710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	112308870	.	CT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,20:0.17:120
chr12	112403565	.	T	TA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-1.881;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr12	112513672	.	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr12	112579878	.	G	GT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr12	112610714	rs11066188	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.344;SC=AGGGCACACCGGGATGACTGT;SOR=0.610;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=11;WE=112610722;WS=112610704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr12	112638688	rs35054697	CGT	C	683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=7.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.510;QD=18.48;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr12	112657406	.	A	AT	103.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.319;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	112673466	.	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=391;ReadPosRankSum=1.555;SC=CAGGGGCAGCGCCGCCCGGCA;SOR=0.754;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=32;WE=112673474;WS=112673456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
chr12	112685781	rs151176253	T	TAC	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.654;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr12	112696455	.	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=489;ReadPosRankSum=-1.394;SC=TTATCTGAATGGTATGACAGC;SOR=0.538;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=31;WE=112696463;WS=112696445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr12	112699333	.	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-0.057;SC=ATTTCCAAATGAAATAATGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=112699341;WS=112699323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	113269736	rs11829717	A	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=639;ReadPosRankSum=-0.005;SC=TACTTGGTGCATGTTGTACTT;SOR=1.147;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=41;WE=113269744;WS=113269726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr12	113313470	rs2891411	C	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=525;ReadPosRankSum=0.508;SC=TGTTTGTCTCCTCTCCCTGCT;SOR=0.543;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=46;WE=113313478;WS=113313460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,75:0.51:148
chr12	113319471	rs886476	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	113319600	rs2240194	C	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=456;ReadPosRankSum=0.150;SC=TGGATTCAAACGGCTTGGCTG;SOR=0.763;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=34;WE=113319608;WS=113319590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr12	113319778	rs10850088	G	A	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=573;ReadPosRankSum=3.346;SC=CATCCTGTGAGTAGCAAAGCC;SOR=0.619;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=45;WE=113319786;WS=113319768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,90:0.49:184
chr12	113325460	rs7979186	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=1.335;SC=AGGTACTTGGTCCAGTGATAA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=113325468;WS=113325450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	113325629	rs4141253	T	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=666;ReadPosRankSum=0.808;SC=AGGACAAATTTGGCCACAATG;SOR=0.582;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=55;WE=113325637;WS=113325619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,83:0.55:152
chr12	113328981	rs3741982	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.784;SC=ATGTGGGTCTGGAGTCTCAGG;SOR=1.721;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=113328989;WS=113328971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr12	113348870	rs1131454	G	A	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.911;SC=GTTGACTGGCGGCTATAAACC;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=79;WE=113348878;WS=113348860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr12	113357193	rs10774671	G	A	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=19;PP=936;SC=CACCCTTTCAGGCTGAAAGCA;SOR=1.164;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=113357201;WS=113357183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	113357209	rs1131476	G	A	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=25;PP=1116;SC=AAGCAACAGTGCAGACGATGA;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=113357217;WS=113357199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	113357237	rs1051042	G	C	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=36;PP=1311;SC=GATCCCAGGAGGTATCAGAAA;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=113357245;WS=113357227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	113357442	rs2660	G	A	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=25;PP=829;SC=GATCCAGAGAGGACAAAGCTC;SOR=1.092;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=38;WE=113357450;WS=113357432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	113369644	rs7968145	C	T	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=14;PP=563;SC=ACAGGCTCCTCAATATGAGAG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=113369652;WS=113369634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	113369715	rs11352835	TA	T	2625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=1090;SC=GAAGGAACTATACCAATAATT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=24;WE=113369723;WS=113369705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	113369759	rs7967461	G	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=485;SC=ACAGACAAGAGGAGCCTCATT;SOR=1.364;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=113369767;WS=113369749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	113376320	rs3815178	C	T	217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=109;SC=TCCCCTTGCACCTGCGCCGGG;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=113376339;WS=113376310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	113376331	rs1859331	C	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	113376388	rs1859330	G	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=192;SC=GTGGCCAGAAGGCTGCAGCCG;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=113376396;WS=113376378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	113376452	rs1859329	C	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=7;PP=279;SC=TGGCCGCTGCCCTGAGGGAGC;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=113376460;WS=113376442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	113376543	rs3038120	C	CCAAAGGG	2299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=1133;SC=CTTTATGTGTCCAAAGGGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=113376551;WS=113376533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	113385698	.	C	T	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.307;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=940;ReadPosRankSum=1.099;SC=AGGTCCGTTTCACTCCAGAGC;SOR=0.768;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=171;TCF=97;TCR=74;TR=84;WE=113385706;WS=113385688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,146:0.46:314
chr12	113385918	rs7961861	C	T	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=48;PP=1265;SC=AGTGAGGGGGCCCCAGGACCC;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=113385926;WS=113385908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	113385964	.	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.450;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=-0.193;SC=TCCAGTGTTTCCTGAGCATCT;SOR=0.200;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=16;WE=113385972;WS=113385954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr12	113386616	rs34647135	T	C	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=23;PP=1430;SC=ATTGGGTTGATGCAGAAACCA;SOR=1.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=75;WE=113386624;WS=113386606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	113386808	.	C	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=839;ReadPosRankSum=0.845;SC=GCTCCTGGCCCCACTGGGGCA;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=56;TCR=83;TR=62;WE=113386816;WS=113386798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,92:0.40:229
chr12	113386950	rs2285932	T	C	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	113387034	rs3214199	A	AG	889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=22;PP=723;SC=GTGGAGACACAGGGGGGACCC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=113387042;WS=113387024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	113398919	rs2072136	G	A	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=50;PP=2093;SC=AGGTCTACTCGAGGCTCCTCA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=118;WE=113398927;WS=113398909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	113400824	rs113210418	CA	C	547.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=339;SC=TCCCACTCCTCACTCTGCTTC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=113400834;WS=113400814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	113400826	rs61942232	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=195;SC=CCACTCCTCACTCTGCTTCCC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=113400834;WS=113400814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	113402297	rs11066461	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=1.280;SC=GACCCACTTCCGCCCTCGTAG;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=14;WE=113402305;WS=113402287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr12	113405181	rs1557866	A	C	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=5;PP=922;SC=CACTGGGACAACATGGGAGCC;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=39;WE=113405189;WS=113405171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	113405328	rs61732395	G	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,112:0.37:301
chr12	113405658	.	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=0.445;SC=AGTTTTGGGGTTGCTTTGCCA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=11;WE=113405666;WS=113405648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr12	113425154	rs1293767	C	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	113435293	rs1293756	C	A	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=27;PP=1131;SC=CTAGATCCCCCAATGAGCTGC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=113435301;WS=113435283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	113435450	rs1293755	A	T	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=42;PP=1348;SC=TCAGAACCGTACTGGAGCTGA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=113435458;WS=113435440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	113440921	rs2072137	T	C	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=693;ReadPosRankSum=0.110;SC=AGCACTGGCCTTTCTCATGTC;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=50;WE=113440929;WS=113440911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,77:0.53:146
chr12	113444418	rs929291	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	113444466	rs56014124	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CCATGAACATTAAGCCCTGTT;SOR=0.349;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=17;WE=113444474;WS=113444456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr12	113444492	.	T	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=0.800;SC=CAATCTCCCATGCTGAGGGCT;SOR=0.807;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=17;WE=113444500;WS=113444482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr12	113445768	rs1293746	G	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.567;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=481;ReadPosRankSum=1.838;SC=CCCTAGCCCCGTACTTTTCTT;SOR=0.866;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=32;WE=113445776;WS=113445758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,61:0.58:106
chr12	113447199	rs34600329	GC	G	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	113448288	rs15895	A	G	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=21;PP=884;SC=AGAAACTTCTAGAGATCATCT;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=113448296;WS=113448278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	113530845	rs3217697	C	CAG	2309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=12;PP=1243;SC=CTGCAGTTGGCAGAGAGGTAC;SOR=0.997;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=26;WE=113530853;WS=113530835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	113530899	rs1628639	A	G	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=26;PP=980;SC=GACAGAAGGCAAGCCAGGTCC;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=113530907;WS=113530889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	113531295	rs1625170	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.98;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	113531305	rs1674095	A	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.90;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	113532051	rs71086142	C	CT	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=433;ReadPosRankSum=-0.841;SC=AATAGAAATACTTACGTTTAA;SOR=0.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=13;WE=113532059;WS=113532041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr12	113533050	rs2243397	C	T	12591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=0.494;SC=GCCCCCACACCCCTCCAACTC;SOR=0.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=161;TCR=157;TR=309;WE=113533058;WS=113533040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,491:1.00:492
chr12	113533124	rs2243396	C	T	11950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=152;PP=2965;SC=CTGTCCCTCTCTGCAGGGCCC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=130;TCR=154;TR=280;WE=113533132;WS=113533114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr12	113539822	rs1674101	A	G	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=36;PP=1270;SC=CGGCTGAGGGAACACAGCTTC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=113539830;WS=113539812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	113541940	rs1613480	C	T	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=34;PP=1540;SC=GGACGCCCCCCGCTCCCCATC;SOR=1.218;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=80;WE=113541948;WS=113541930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	113544874	rs2468355	C	T	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=67;PP=2921;SC=GCTGAGAAGCCAGATGTGGCC;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=97;TCR=67;TR=164;WE=113544882;WS=113544864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr12	113545393	rs736285	A	G	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=15;PP=914;SC=GTGCCACTGCACTCCAGCCTG;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=113545401;WS=113545383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	113553408	rs1284878	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=5;PP=365;SC=CCATTGAGGGCGGTGATGTCG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=113553416;WS=113553398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	113553481	rs1284879	C	T	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	113566050	rs60280118	GAC	G	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.65;ReadPosRankSum=1.458;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	113605795	.	G	A	4298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=54;PP=1513;ReadPosRankSum=-0.288;SC=TTGCCCCCAGGAAAATGCTTT;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=193;TCF=95;TCR=98;TR=104;WE=113605803;WS=113605785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,211:0.54:389
chr12	113711063	.	C	T	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1530;ReadPosRankSum=0.410;SC=AGAACAGCATCGTCAGTCTGT;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=100;TCR=116;TR=112;WE=113711071;WS=113711053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,184:0.51:359
chr12	113716734	rs144760721	GGT	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=0.633;SC=GGTTCAGAGGGGTGTGTGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=3;WE=113716743;WS=113716724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chr12	113753203	rs3764034	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=-1.493;SC=AGACAGTTGAGGGGCCGTTTC;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=9;WE=113753211;WS=113753193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr12	113796566	rs7965471	A	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.558;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr12	113826333	.	C	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=2.303;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,59:0.49:120
chr12	113830657	rs3812826	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=138;ReadPosRankSum=-1.310;SC=AGGTGCTCAGCCAAACATACG;SOR=0.619;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=12;WE=113830665;WS=113830647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr12	113867033	.	C	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CATCGTGCTCCCCGAGAGCAC;SOR=0.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=11;WE=113867041;WS=113867023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr12	113873100	.	C	T	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=27;QD=20.5904041824;SC=GGTCCTCCCTCACTCTGCTTC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=113873108;WS=113873090;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	113901232	rs202131487	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=0.861;SC=GTTCCAGCGCTCCCAGCGGCG;SOR=0.884;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=20;WE=113901240;WS=113901222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr12	114261286	rs930004	T	G	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=3;PP=94;SC=AGAGGGAAGTTGGGGAGAGCG;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=114261294;WS=114261276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	114282678	rs2075386	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=19;PP=477;SC=GCCTGCCTGCGTCTCAGATGC;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=114282686;WS=114282668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	114296745	rs10744803	C	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	114356025	rs2279050	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=-0.230;SC=AATCAGGGTCGGACTTGGTAA;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=114356033;WS=114356015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	114356357	rs10774721	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=453;SC=GGGAGCCTGATTGTTCCCCGG;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=114356365;WS=114356347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	114358278	rs77735222	G	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.764;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr12	114362483	rs3782456	C	T	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=26;PP=1564;SC=GAACACTTTCCGAATTTCATG;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=79;WE=114362491;WS=114362473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	114362621	rs1458713	A	G	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=67;PP=2514;SC=AGGCAAGGGCACCTGTCAAAC;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=115;WE=114362640;WS=114362611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	114362632	rs3782458	A	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,68:0.40:168
chr12	114374887	rs2290787	T	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=2.075;SC=TGTGGGGCTGTGCTGGAGAAG;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=26;WE=114374895;WS=114374877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr12	114375067	rs7132790	C	T	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=67;SC=AGAATGGAGCCGGAAGGAGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=114375075;WS=114375057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	114377653	rs16943434	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=-2.130;SC=GGCGGTTTAGGGTGAGCTCCC;SOR=1.781;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=11;WE=114377661;WS=114377643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	114377835	rs2290788	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=0.117;SC=GATGGCAGTGATTCCGCCCTC;SOR=0.740;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=15;WE=114377843;WS=114377825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr12	114377877	rs2290789	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=0.017;SC=GCTGCCAAAATGGCCGAAGGT;SOR=0.657;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=14;WE=114377885;WS=114377867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr12	114377899	rs7299217	G	C	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=24;PP=646;SC=TCCTGCAGCTGGGCCGCCAGG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=114377907;WS=114377889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	114379991	rs2290791	T	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=508;ReadPosRankSum=-1.096;SC=ACATTTCTTCTTTTCTTTAGA;SOR=0.919;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=31;WE=114379999;WS=114379981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr12	114383559	rs898081	A	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=1;PP=143;SC=CAACAGCAGTACAACGAGCCT;SOR=1.445;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=114383567;WS=114383549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	114383651	rs12321179	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=244;ReadPosRankSum=1.837;SC=ACACTTGACTCTTGGTGGCGT;SOR=0.807;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=21;WE=114383659;WS=114383641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr12	114383748	rs58178208	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=1.295;SC=CAGAGGCAGAACAGGGAGATC;SOR=0.796;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=22;WE=114383756;WS=114383738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chr12	114384146	.	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=358;ReadPosRankSum=1.077;SC=GTGGTTTCAGGGGCACTGAGG;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=24;WE=114384154;WS=114384136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr12	114384364	rs2290793	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=225;ReadPosRankSum=0.651;SC=GCTTCTGCCACGAGTAAGCTG;SOR=1.863;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=17;WE=114384372;WS=114384354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr12	114385062	rs12304773	T	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.78;ReadPosRankSum=0.381;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr12	114385066	rs12296525	C	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.78;ReadPosRankSum=0.705;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr12	114385307	rs3741693	A	G	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=523;ReadPosRankSum=0.261;SC=GGTAGGCCGCAGCCACTTGGC;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=41;WE=114385315;WS=114385297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,49:0.46:107
chr12	114386572	rs7980086	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=0.154;SC=GAACCCAGGACGTCAGAGTGA;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=4;WE=114386580;WS=114386562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr12	114386639	rs7966348	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=-2.046;SC=CACCCCTACCATATTTGGAGA;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=15;WE=114386647;WS=114386629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr12	114386936	rs9668746	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=0.412;SC=CTGCCTTCCAAAAAACACAAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=4;WE=114386944;WS=114386926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr12	114387869	rs11066844	A	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=165;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GAGAGAGCACATGGCCAGGGC;SOR=0.644;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=15;WE=114387877;WS=114387859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr12	114387979	rs2290796	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=333;ReadPosRankSum=1.270;SC=GACAATGACAGAGGTAAAATC;SOR=0.650;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=26;WE=114387987;WS=114387969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,45:0.40:113
chr12	114388115	rs58859502	G	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-0.976;SC=CCCTCTCTCTGTCTCCCACCC;SOR=0.551;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=114388123;WS=114388105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	114388141	rs61085351	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	114393028	rs1037747	C	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=10;PP=297;SC=TGAGTGATCACAAAAACAAAC;SOR=0.850;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=114393036;WS=114393018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	114395549	rs11066852	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.412;SOR=0.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	114395651	rs10850256	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr12	114395930	rs148317966	GTCC	G	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=743;ReadPosRankSum=3.750;SC=ATGGTAGATGGTCCTCCTAGT;SOR=1.325;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=18;WE=114395940;WS=114395920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr12	114395959	rs73401073	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=247;ReadPosRankSum=3.093;SC=TGAGGCACCATGCCCACCGTG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=19;WE=114395967;WS=114395949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr12	114397347	rs12422364	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CCCATTCTCTGGAGGACCCCG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=114397355;WS=114397337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	114397596	rs139890079	TACCCTCTCCAGTCTCC	T	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.610;NF=5;NR=5;PP=1726;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TCCCAGCCTCTACCCTCTCCA;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=10;WE=114397619;WS=114397586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr12	114397634	rs117916372	A	G	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.81;MQRankSum=1.515;QD=19.35;ReadPosRankSum=-1.909;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr12	114398071	rs78337597	C	T	49.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TCGGGCATTTCAGACAACTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=114398079;WS=114398061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	114400007	rs117435297	A	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=538;ReadPosRankSum=1.362;SC=ACTTGACAGGAAGGTAAGGGT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=36;WE=114400015;WS=114399997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr12	114404085	rs3217700	C	CCAA	2003.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.824;NF=2;NR=34;PP=1652;ReadPosRankSum=1.490;SC=GCGTCTTCCACCAAGTTTCAC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=36;WE=114404093;WS=114404075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr12	114404143	rs2290798	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.184;NF=1;NR=19;PP=361;ReadPosRankSum=-0.710;SC=AACACAGTCACGTGGCTGAGA;SOR=2.004;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=20;WE=114404151;WS=114404133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr12	114793285	rs201961625	CCT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.667;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,9:0.13:71
chr12	114832510	rs2236017	C	A	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=746;SC=AAAGAGCAGACGGCCCCAGGC;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=114832518;WS=114832500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	115118997	rs515746	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=23;ReadPosRankSum=1.458;SC=TAAACCACCCGTAATCTTGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=5;WE=115119005;WS=115118987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr12	115801070	rs1920947	G	A	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=424;SC=TTTTGGGCAAGTTACACAGCC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=115801078;WS=115801060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	115802115	.	G	GT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.016;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,18:0.21:85
chr12	116412921	rs1992068	AT	TC	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=1033;SC=GTTAATGACAATAGCTGAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=25;WE=116412930;WS=116412911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	116425014	.	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GCTTCTTTTGGATGGCATCTT;SOR=0.638;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=10;WE=116425022;WS=116425004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr12	116457804	rs11611238	T	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=1.452;SC=AAATACATGCTAAACATTAGA;SOR=1.197;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=26;WE=116457812;WS=116457794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr12	116460253	.	A	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=140;ReadPosRankSum=0.355;SC=AGGAACACCCATACTTACCTT;SOR=0.818;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=11;WE=116460261;WS=116460243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr12	116714194	rs12422894	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-1.030;SC=ACAGTTTTTAAAAGACACAGG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=7;WE=116714202;WS=116714184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr12	116866112	rs202127912	CCA	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.637;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr12	116866113	rs370202370	CA	C	338.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=-1.220;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr12	117013730	rs7303998	G	C	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=31;PP=1629;SC=TCGCCGCCGCGGCCCAGATCC;SOR=1.397;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=96;WE=117013738;WS=117013720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	117160976	rs10507274	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=284;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CGGGATGGGCTGATTATGGTC;SOR=0.708;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=27;WE=117160984;WS=117160966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr12	117175608	rs73220422	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr12	117186316	rs1532395	A	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=284;SC=CCACCCCCAGAAATTCTATTC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=117186324;WS=117186306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	117217141	rs4767452	T	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=32;PP=740;SC=TCATCCTGGCTGTCAAGTCCA;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=117217149;WS=117217131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	117273939	.	T	C	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=1566;ReadPosRankSum=-0.694;SC=GAGGGCGTAGTTCCCAAGGGC;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=252;TCF=121;TCR=131;TR=109;WE=117273947;WS=117273929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,166:0.47:354
chr12	117286981	rs4767461	C	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	117289613	rs903775	G	C	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=16;PP=795;SC=AGAAAGAAAGGTCAGCTTTGG;SOR=1.032;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=41;WE=117289621;WS=117289603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	117290601	rs903772	T	C	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=34;PP=819;SC=TCAGCCTCCCTGTAGCCATCT;SOR=1.162;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=52;WE=117290609;WS=117290591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	117349014	rs11068230	C	G	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=107;SC=GCTGGCCCAGCGTCTCCTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=117349022;WS=117349004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	117383320	rs4076700	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=405;SC=CACATGTTACGAACCAACTGG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=117383328;WS=117383310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	117402755	rs6490101	T	C	98.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	117423264	rs7131746	G	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=21;PP=642;SC=TGGGTCTAATGTAAGCACGTA;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=117423272;WS=117423254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	117465857	rs4529958	T	C	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=26;PP=1429;SC=TCCGCGCCTATGAGTTTGCGG;SOR=1.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=82;WE=117465865;WS=117465847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	117486386	rs112942350	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=-0.234;SC=GCCCATGGAGGAGGGAGAGGA;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=20;WE=117486394;WS=117486376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr12	117657883	.	C	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=474;ReadPosRankSum=-0.603;SC=CACTCACCCTCATCCGGCTGA;SOR=0.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=28;WE=117657891;WS=117657873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr12	117658015	.	C	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=412;ReadPosRankSum=-1.496;SC=CCCCTTGCTCCTTCAGGGCTC;SOR=0.828;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=32;WE=117658023;WS=117658005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,51:0.45:114
chr12	117660467	rs816363	C	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.054;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	117681342	.	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.981;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-0.036;SC=ACCCATCCATCCATCTATCCA;SOR=1.643;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=117681361;WS=117681332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	117681353	rs34385734	A	ACCAT	171.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.7500;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=226;SC=CATCTATCCAACCATCCATCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=2;WE=117681361;WS=117681332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	117685228	.	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=483;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TCATCTTCAGGATCCTCTCCC;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=35;WE=117685236;WS=117685218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr12	117691727	rs2682822	T	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=1.440;SC=CAACTTACCCTTGTCCACCAC;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=117691735;WS=117691717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	117696164	rs1093329	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=261;ReadPosRankSum=0.567;SC=AGTTACCCTCGGGGGTGGCGG;SOR=0.844;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=19;WE=117696172;WS=117696154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr12	117698486	.	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=1.424;SC=TTGGGACTTTCGTGCAAGAAC;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=17;WE=117698494;WS=117698476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr12	117701714	rs2293054	A	G	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=50;PP=1556;SC=TCTTGAAGCCAATGGCTCGCC;SOR=1.063;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=88;WE=117701722;WS=117701704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	117701884	rs2293055	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=80;ReadPosRankSum=1.611;SC=CCTGACCCTCGGCCTCTGAAG;SOR=0.250;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=117701892;WS=117701874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	117705774	rs3741480	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TCTCTTGATCCTCTGCATCAA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=117705782;WS=117705764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr12	117706066	rs34287548	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr12	117710080	.	T	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.176;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=530;ReadPosRankSum=2.122;SC=AATTCTATTCTAACCCCTTCA;SOR=0.354;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=32;WE=117710088;WS=117710070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr12	117715724	rs3215291	AC	A	637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.744;NF=9;NR=8;PP=512;ReadPosRankSum=-1.405;SC=CACTGGGCAAACCCACTCACC;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=17;WE=117715732;WS=117715714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr12	117718473	rs11282297	G	GGGTAAAA	3862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=19;PP=2511;SC=AAAAGTCTGTGGTCTGGGGAC;SOR=1.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=35;WE=117718481;WS=117718463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	117718686	rs2293051	G	C	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=363;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGTGGAGAGAGGGGAACACCC;SOR=0.820;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=34;WE=117718694;WS=117718676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,58:0.53:110
chr12	117725787	.	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.654;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=7.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr12	117727950	.	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CAACCTGGAAGGGGGCGTACT;SOR=0.473;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=117727958;WS=117727940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
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chr12	117768105	rs111326073	G	GCACA,GCACACACA	1492.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9,9;NR=7,7;PP=84,697;ReadPosRankSum=-1.225;SC=ACACAAGCATGCACACACACA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=16,16;WE=117768113;WS=117768095;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.71,0.26:34
chr12	117905636	rs36058871	T	TA	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=2.147;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr12	117977570	.	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr12	118017201	rs4767569	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	118199286	rs617641	C	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=19;PP=716;SC=CCGTCTCTGTCGTGGGCCACT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=118199294;WS=118199276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	118405863	.	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.622;HP=20;HapScore=2;MGOF=84;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.671;NF=2;NR=3;PP=97;ReadPosRankSum=0.750;SC=TTTTTTTTTTCCCGTAGGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=5;WE=118405871;WS=118405853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr12	118455759	rs2393374	T	G	3077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1066;ReadPosRankSum=0.530;SC=TGGAAATCCTTTACCCATTGA;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=75;WE=118455767;WS=118455749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,156:0.52:300
chr12	118464688	rs5745870	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=226;ReadPosRankSum=0.283;SC=CCCTCTGTCTACACAGAGCAC;SOR=0.787;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=16;WE=118464696;WS=118464678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr12	118464872	rs5745871	A	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.597;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=144;ReadPosRankSum=-1.295;SC=AGGTGGCCCCAGGAGTTCAGG;SOR=1.306;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=14;WE=118464880;WS=118464862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr12	118467369	rs4766894	T	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=1.532;SC=TTCCTTTTTGTCTACCCTATA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=118467377;WS=118467359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	118467457	rs11331177	AG	A	1192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=551;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TCTAGTGAGCAGGCTGAGGCC;SOR=0.798;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=16;WE=118467465;WS=118467447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr12	118467553	rs4767654	A	G	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.857;QD=11.81;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,60:0.59:102
chr12	118473054	rs9788041	T	C	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=40;PP=981;SC=ACAAGCCTTCTGGAGAGAAGC;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=118473062;WS=118473044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	118506327	rs72125532	TTCCTCC	T	1764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQRankSum=2.485;QD=19.18;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr12	118508796	rs7135008	A	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=0.235;SC=GGAAGGGAACAAAACAGAAGT;SOR=0.647;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=24;WE=118508804;WS=118508786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr12	118509086	rs7135400	A	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=308;ReadPosRankSum=0.545;SC=GGTGGGAGCAAGGCAGGGGCC;SOR=1.292;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=15;WE=118509094;WS=118509076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr12	118509148	rs7308222	C	T	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.83;ReadPosRankSum=0.110;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr12	118509157	rs7296643	T	C	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.81;ReadPosRankSum=0.835;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr12	118509191	rs7307331	G	A	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=827;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GGGCTATAATGCAACAGAAGC;SOR=0.501;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=57;WE=118509199;WS=118509181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,75:0.52:144
chr12	118520170	rs7488309	G	A	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=33;PP=889;SC=CCCTGGCTGCGTAGAGGGTGC;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=118520178;WS=118520160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	118520240	rs6490164	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=350;SC=GCCGCCTGGGGATGACAGGGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=118520248;WS=118520230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	118589069	rs2249624	G	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=22;PP=592;SC=ACACACATAGGCACACACATG;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=118589077;WS=118589059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	118589092	rs140297022	GCGCACA	GCA,G	341.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1,1;NR=11,11;PP=412,46;SC=GTGCGCGCGCGCGCACACACA;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12,12;WE=118589105;WS=118589082;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:12
chr12	118599500	rs74622505	T	A	267.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=-0.844;SC=GTGCAGAAATTTGTGATTCTG;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=118599508;WS=118599490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr12	118650917	rs353886	C	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=209;SC=TAAAAAAATGCTTTGGAATAT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=118650925;WS=118650907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	118651677	.	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=-1.248;SC=CAGTTGATGCTTGTGAGGCAT;SOR=1.230;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=118651685;WS=118651667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
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chr12	118682751	rs428073	C	T	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr12	118827971	rs7304342	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=0.852;SC=GGAATACTCATCCCTAACTGC;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=9;WE=118827979;WS=118827961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr12	118828755	rs492939	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-1.440;SC=CAAAAGTCACGTGGGTCTGAT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=5;WE=118828763;WS=118828745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	118828801	rs61943397	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=182;ReadPosRankSum=2.198;SC=TCTCAGACACACTGTTACTGC;SOR=0.425;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=15;WE=118828809;WS=118828791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr12	118838638	rs7309484	C	T	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1055;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TGCTAGGGTACACATGGCCGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=77;WE=118838646;WS=118838628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,126:0.55:231
chr12	118839867	rs61943404	G	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=658;ReadPosRankSum=-3.137;SC=TTGGAAAAGGGTGTGAATACC;SOR=0.571;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=44;WE=118839875;WS=118839857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,70:0.54:129
chr12	118841410	rs7136676	C	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=398;ReadPosRankSum=2.947;SC=TTTCAGATCACGGCTGCTGCT;SOR=0.703;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=34;WE=118841418;WS=118841400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,61:0.52:117
chr12	118851925	rs7312555	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	119563064	rs7311828	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=223;ReadPosRankSum=0.954;SC=GAGATGGAGAACTTCGGGAGG;SOR=0.906;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=15;WE=119563072;WS=119563054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr12	119563084	rs7296134	C	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=309;ReadPosRankSum=0.113;SC=GGATGGTGACCAGTGCAAAGG;SOR=0.689;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=24;WE=119563092;WS=119563074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr12	119563288	rs34186549	A	AC	1836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.379;NF=3;NR=37;PP=1343;ReadPosRankSum=-1.589;SC=AGAGCAGGTAACCCCTTGCCC;SOR=0.691;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=7;TCR=77;TR=40;WE=119563296;WS=119563278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,72:0.52:139
chr12	119563372	rs58198276	C	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=0.349;SC=CTCCACACTTCCAGCACAGGG;SOR=0.452;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=18;WE=119563380;WS=119563362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr12	119568421	rs7298308	C	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=0.824;SC=GTTGGTCCTGCATACATCTCC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=10;WE=119568429;WS=119568411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr12	119568670	rs7298583	C	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=615;ReadPosRankSum=-1.009;SC=CCTCTGCCAGCCTTGGCCACG;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=51;WE=119568678;WS=119568660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr12	119568691	rs4298970	A	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=549;ReadPosRankSum=1.145;SC=ACACTTGGGGAATGTGGAGGC;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=38;WE=119568699;WS=119568681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,49:0.46:107
chr12	119588962	rs2723880	G	A	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1057;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CACTCGTCCCGATCCCCAAAT;SOR=0.756;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=66;TCR=62;TR=78;WE=119588970;WS=119588952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,106:0.53:199
chr12	119591176	rs34002484	A	AC	521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=1;PP=583;SC=ATTATTAACCACCGGTGGGGA;SOR=4.174;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=119591184;WS=119591166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	119591415	.	C	T	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=4.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=2.161;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,70:0.48:145
chr12	119592304	.	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=-1.030;SC=AGGATTGTGCGAGCTTATGGT;SOR=0.862;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=10;WE=119592312;WS=119592294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr12	119658497	.	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=3.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=0.669;SC=GTGTGATTAGGATTATTATTT;SOR=1.493;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=12;WE=119658505;WS=119658487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr12	119866533	rs1064319	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
chr12	119909850	.	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.595;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,50:0.38:131
chr12	119916900	rs2519540	A	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=432;ReadPosRankSum=1.280;SC=GTCCTTCAGCACATATGATGA;SOR=0.761;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=32;WE=119916908;WS=119916890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr12	119926529	.	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=344;ReadPosRankSum=0.343;SC=TGTTCTAACAGGATCCCACTG;SOR=0.747;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=26;WE=119926537;WS=119926519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr12	119937983	rs482802	A	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GGTAACCAACAACACGCGACT;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=15;WE=119937991;WS=119937973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr12	119938010	rs1727390	A	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=136;ReadPosRankSum=-1.316;SC=TTTGGCTCCTAGGTCCCAGCT;SOR=0.874;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=12;WE=119938018;WS=119938000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr12	119942987	.	G	A	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.914;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=60;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.770;SC=AGAGCAGCATGATCTCTGTGA;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=64;TCR=98;TR=99;WE=119942995;WS=119942977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,117:0.58:201
chr12	119958068	rs573590	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-1.965;SC=ACTGCAGGGATGCTCCTCCCC;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=119958076;WS=119958058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr12	119960612	rs708887	G	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=1.197;SC=AGAGTTCTGTGACTGGTGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=12;WE=119960620;WS=119960602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	120067561	rs2301653	T	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=-1.423;SC=GCTACAACGATGGAGACTACG;SOR=0.203;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=13;WE=120067569;WS=120067551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr12	120067727	rs2301654	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=441;ReadPosRankSum=-2.707;SC=CTTTCTCGAACGCCCGTTGGA;SOR=0.612;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=34;WE=120067735;WS=120067717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
chr12	120067864	rs2893805	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=312;ReadPosRankSum=-1.301;SC=CTTCTAGTGCGGGAGTGGGTG;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=18;WE=120067872;WS=120067854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr12	120078577	rs2301655	T	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	120126074	rs10669112	A	AAGG	2166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.874;NF=1;NR=17;PP=861;ReadPosRankSum=0.543;SC=GGAGTGAAATAAGGAGGAGTG;SOR=0.829;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=18;WE=120126082;WS=120126064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr12	120158203	rs7299963	C	T	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=14;PP=770;SC=TTCCTATGATCATATATCACA;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=120158211;WS=120158193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	120171995	rs278109	T	C	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=31;PP=1922;SC=TGTCCAGCATTCTCTGCAGCT;SOR=1.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=96;WE=120172003;WS=120171985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	120189879	rs904655	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	120189888	rs904654	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.89;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	120214018	.	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=-0.071;SC=GTCACCCAAAGGTGGACTATC;SOR=0.473;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=120214026;WS=120214008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	120220282	rs440299	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=292;SC=AGGTCCAAGCAAGCCGAGATG;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=120220290;WS=120220272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	120220589	rs385959	C	T	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TGGTTGCCGACTCCGGTTTCC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=120220597;WS=120220579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	120270528	rs4767849	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=12;PP=957;SC=GGACCAAGAATACTTTTTAGT;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=47;WE=120270536;WS=120270518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	120436658	rs77211221	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	120499446	rs11431036	A	AG	1758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.946;NF=18;NR=16;PP=1363;ReadPosRankSum=0.447;SC=GATAAATGAAAGCAGAAACCT;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=34;WE=120499454;WS=120499436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr12	120502726	rs2286040	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=0.248;SC=AGAGCCAGATAAAAGGAGCAC;SOR=0.941;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=6;WE=120502734;WS=120502716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr12	120527599	rs17841967	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=-1.853;SC=ACTAACCCTCTGCAGGCAACA;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=120527607;WS=120527592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	120534503	rs138216244	C	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=694;ReadPosRankSum=0.191;SC=GCACAGGCCCCGGAGAAGGGG;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=53;WE=120534511;WS=120534493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,59:0.49:120
chr12	120537042	rs7971249	C	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=397;ReadPosRankSum=1.369;SC=CGTCAGGACACTGACCCGGAA;SOR=0.788;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=22;WE=120537050;WS=120537032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr12	120567406	rs2240312	C	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=0.260;SC=ACACTGACCCCCCCTGCTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=120567414;WS=120567392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr12	120569046	rs371411042	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=363;ReadPosRankSum=-1.677;SC=TATATCTGCCGGCACAAAGTC;SOR=0.530;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=28;WE=120569054;WS=120569036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,43:0.38:112
chr12	120575549	rs3864938	A	C	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=71;PP=2763;ReadPosRankSum=0.794;SC=TCCAGCAGATACTCGATGATG;SOR=0.301;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=139;WE=120575557;WS=120575539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr12	120576265	rs2269940	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=355;ReadPosRankSum=0.299;SC=GCATCTCTGCTGTCTCAACCA;SOR=0.742;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=29;WE=120576273;WS=120576255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,48:0.45:107
chr12	120586193	rs2240317	A	C	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=613;ReadPosRankSum=-1.605;SC=TCACTGAGCAAAGGCCAGCAA;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=41;WE=120586201;WS=120586183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr12	120587225	rs2269942	CA	TC	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=515;ReadPosRankSum=-0.805;SC=GTTTGAGCCCCAAAGGTAAAG;SOR=0.475;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=12;WE=120587234;WS=120587215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr12	120588842	rs3932409	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr12	120588852	rs4503602	A	G	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.01;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	120589064	rs2286045	G	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=386;ReadPosRankSum=1.374;SC=CCAGGCCATAGGCGGCCCCTT;SOR=0.556;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=36;WE=120589072;WS=120589054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,58:0.51:114
chr12	120589160	rs2286046	A	G	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=23;PP=741;SC=TGGCTGGCACAAGGGGTGGCA;SOR=1.345;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=33;WE=120589168;WS=120589150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	120591143	rs12312562	A	G	2774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=39;PP=1076;ReadPosRankSum=-0.059;SC=GCACAGCATCATAGCTGGCAT;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=200;TCF=107;TCR=93;TR=90;WE=120591151;WS=120591133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,145:0.49:298
chr12	120591251	rs10735071	C	T	5828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=101;PP=2869;ReadPosRankSum=1.043;SC=GTCAACCCTACAGGCTGCATC;SOR=0.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=61;TCR=102;TR=162;WE=120591259;WS=120591241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr12	120597669	.	G	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=538;ReadPosRankSum=-0.764;SC=AGGCAGCCAAGGACAAGAAGG;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=33;WE=120597677;WS=120597659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr12	120602078	rs2286049	T	G	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=963;ReadPosRankSum=0.602;SC=AAACCCCACATCGTAAGCAGG;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=145;TCF=83;TCR=62;TR=66;WE=120602086;WS=120602056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,80:0.41:196
chr12	120602669	.	G	GT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=44;SC=ATTACAGCTTGTTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=120602677;WS=120602659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	120606163	rs6490286	T	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=761;SC=AGAGCTGATCTACTCCATCCT;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=120606171;WS=120606153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	120608031	rs2286050	A	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=362;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CAACCCCTTCAGTGATGGTGG;SOR=0.535;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=33;WE=120608039;WS=120608021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,58:0.42:137
chr12	120612929	.	C	CA	39.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.846;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	120613484	rs61945823	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=204;ReadPosRankSum=-1.235;SC=CCCTTCAGATCCCAGTTGAGG;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=18;WE=120613492;WS=120613474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr12	120614093	rs2269945	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr12	120622885	rs12306075	A	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CTTTGGGTAGACATTTGCTAA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=15;WE=120622893;WS=120622875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	120636205	rs3832873	A	AC	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr12	120636549	rs2074540	C	A	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-4.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=505;ReadPosRankSum=-1.453;SC=CACTCTGAACCAGATAATAGT;SOR=0.585;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=38;WE=120636557;WS=120636539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,75:0.66:114
chr12	120661977	rs4767884	T	C	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=512;SC=AATCGGGAGCTGCTGGGCTGC;SOR=2.133;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=32;WE=120661985;WS=120661967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	120720038	rs7960743	T	C	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=23;PP=1150;SC=CACTGCCGCCTGGCCCCTCCA;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=120720046;WS=120720028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	120791197	rs2285679	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TGGGGCAAGGGGGCAGTGTCA;SOR=0.757;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=16;WE=120791205;WS=120791187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr12	120800823	rs757123	A	G	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=598;ReadPosRankSum=-2.455;SC=CCCCAGCAGCAAGCGCCCCCA;SOR=0.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=42;WE=120800831;WS=120800813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,65:0.61:106
chr12	120882835	rs3858722	TAC	T	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=155;ReadPosRankSum=0.178;SC=AATATGACAGTACAAAAGTAA;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=120882844;WS=120882825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr12	120884328	rs2235217	C	T	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=656;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CCCCTCTGGGCGGGCGCCAGG;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=46;WE=120884336;WS=120884318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,65:0.42:156
chr12	120897652	rs28390349	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=356;ReadPosRankSum=1.421;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAAAC;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=26;WE=120897660;WS=120897642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr12	120934407	rs1563333	C	T	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=724;ReadPosRankSum=0.654;SC=GGGGTTCCTTCCCCCCGATCC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=49;WE=120934415;WS=120934397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,92:0.51:179
chr12	120941927	rs7136951	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=51;ReadPosRankSum=0.595;SC=AGAACATGCCCCTCACTTCTT;SOR=0.188;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=120941935;WS=120941917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
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chr12	120947788	rs4766968	G	C	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=705;ReadPosRankSum=1.063;SC=TTTCCTGAGAGTCATACAAGC;SOR=0.790;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=43;WE=120947796;WS=120947778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr12	120947948	rs500003	G	A	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=60;PP=1787;SC=AGTGAGTTCCGGGTCTCAGTG;SOR=1.117;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=96;WE=120947956;WS=120947938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	120959924	rs1167696	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=327;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CACCATCTTCCGCCTCGTGTT;SOR=0.380;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=22;WE=120959932;WS=120959914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr12	120966659	rs55848094	G	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.786;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr12	120966921	rs3742052	A	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.146;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=606;ReadPosRankSum=-0.507;SC=AGCTCCATAGAGCACAGCTCC;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=39;WE=120966929;WS=120966911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr12	120977381	rs1167723	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=194;ReadPosRankSum=0.119;SC=GAAATGAAGATGCCAAGTAAT;SOR=1.162;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=19;WE=120977389;WS=120977371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr12	120992401	rs3213565	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=192;ReadPosRankSum=-1.501;SC=TGCAGTGCCTCATGAACCAGG;SOR=0.801;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=12;WE=120992409;WS=120992391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr12	120994932	rs7956998	G	A	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=26.93;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	120995332	rs2292681	G	A	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=51;PP=1805;SC=TGCTACATATGAGTGTCCATG;SOR=0.706;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=102;WE=120995340;WS=120995322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	120998443	rs603574	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=-0.828;SC=CCCCAGAGAAAAGGCTGTATT;SOR=0.722;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=120998451;WS=120998433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr12	120998481	rs787949	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=8;PP=480;SC=CTACACCATCGTGAGCTTTGA;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=120998489;WS=120998471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	121004564	rs35194242	CAA	C	454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.95;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	121004590	rs546417	C	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=247;ReadPosRankSum=-1.066;SC=AAATTGAATTCTGTAAATGGG;SOR=0.769;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=17;WE=121004598;WS=121004580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr12	121008870	.	C	CT	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr12	121009198	rs651627	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=0.928;SC=CATTCTAATACGGCTGGACAA;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8;WE=121009206;WS=121009188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	121014987	.	G	GT	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.623;QD=2.37;ReadPosRankSum=2.054;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr12	121017171	rs7174	A	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=11;PP=895;SC=TCCTCCTCTAATAAGCAGCTT;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=121017179;WS=121017161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	121017243	rs509445	A	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=369;ReadPosRankSum=-0.621;SC=CAGGGATGAAAGATATCTTTG;SOR=0.726;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=31;WE=121017251;WS=121017233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr12	121017264	rs2301456	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.405;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr12	121017439	rs563920	A	G	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=32;PP=1308;SC=CTTGTGAAAGATCTCGACCTT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=121017447;WS=121017429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	121017474	rs3833953	GT	G	1019.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=817;ReadPosRankSum=0.449;SC=GTAGGGGGAAGTGTCTTGTTA;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=20;WE=121017482;WS=121017464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr12	121018862	rs10774559	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-1.131;SC=CGGCGCCTGCCCCCTCCACAT;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=121018870;WS=121018852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	121019323	rs591992	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=224;SC=CTGTCAGCTCTCTCAAGCCCC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=121019331;WS=121019313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	121093629	rs112935060	CGTGCGTGT	CGT,C	2130.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24,24;NR=34,34;PP=44,1646;ReadPosRankSum=2.747;SC=CCAGTGCGTGCGTGCGTGTGT;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=58,58;WE=121093646;WS=121093619;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.92:106
chr12	121094110	rs569499	T	C	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=147;SC=CCGCTGAACTTGGCTTCACAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=121094118;WS=121094100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	121097622	rs529584	G	A	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	121131891	rs2393749	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=250;ReadPosRankSum=1.606;SC=CTTTTGTCCTCAGCCTCAGAC;SOR=0.601;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=24;WE=121131899;WS=121131881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr12	121132100	rs7964786	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=2.093;SC=TGCTGCTTGACCAGTAGGACA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=121132108;WS=121132090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr12	121151062	rs3833788	CTCTCTTG	C	2317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.040;NF=17;NR=18;PP=2066;ReadPosRankSum=1.533;SC=GTTGGTTTCTCTCTCTTGTTT;SOR=0.745;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=35;WE=121151076;WS=121151052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr12	121157535	rs56179458	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr12	121157536	rs55730005	C	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr12	121157851	rs3752531	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=262;ReadPosRankSum=-0.567;SC=GCAAGAGTAGATAGGGGAGGT;SOR=0.395;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=23;WE=121157859;WS=121157841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr12	121163518	rs2239760	C	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	121174899	rs3914	T	C	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-1.746;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,77:0.59:130
chr12	121175984	rs555404	T	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=452;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CCTGAGCTTCTGAGGGAGGTG;SOR=0.637;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=39;WE=121175992;WS=121175974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,60:0.50:120
chr12	121176083	rs1799958	G	A	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=767;ReadPosRankSum=-0.576;SC=CTCCTTTCAGGGCATCAGTGC;SOR=0.841;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=50;WE=121176091;WS=121176073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,85:0.50:170
chr12	121176679	rs3915	C	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TGACCTGGCGCGCTGCCATGC;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=27;WE=121176687;WS=121176669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,59:0.50:119
chr12	121177272	rs3916	G	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GACTGCCCCAGGACTGCGGGA;SOR=0.317;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=121177280;WS=121177262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr12	121220375	rs2393717	G	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=126;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TGTAGTGATGGTTGTACAGCT;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=121220383;WS=121220371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr12	121221628	rs7137504	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.062;SC=AACTTCATTCCGCCAAACACT;SOR=0.804;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=4;WE=121221636;WS=121221618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr12	121222411	rs3213570	C	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=-0.396;SC=AAGAGAAAAACAGACAGATTA;SOR=0.924;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=14;WE=121222419;WS=121222401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr12	121248584	rs674021	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.932;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr12	121341762	rs7966446	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CGGCCGGGGTCCGGTGCTTGC;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=121341770;WS=121341752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr12	121341849	rs2686458	A	G	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=108;SC=CGGGCTCCGAAGCGGCCCCGC;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=121341857;WS=121341839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	121416373	.	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=1.111;SC=AACAGGCAGGGGCCCTGATTC;SOR=0.307;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=121416381;WS=121416366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	121416622	rs1169289	C	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=458;ReadPosRankSum=0.307;SC=CGGCCCTGCTCGAGTCAGGGC;SOR=0.631;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=32;WE=121416630;WS=121416612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr12	121426594	rs1169294	G	A	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=660;ReadPosRankSum=-0.628;SC=TATGGGGAGAGACAGCCCTTG;SOR=1.118;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=37;WE=121426602;WS=121426584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr12	121426901	rs12427353	G	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=-0.811;SC=ACTCATAGGTGGGGGCTGGAA;SOR=0.169;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=16;WE=121426909;WS=121426891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr12	121431300	rs1169301	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=384;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CAGTACCCCACTCACGGCTTT;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=23;WE=121431308;WS=121431290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr12	121432117	rs56348580	G	C	1843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=882;ReadPosRankSum=0.609;SC=CGTACAGCGGGCCCCCCCCAG;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=88;TCR=98;TR=72;WE=121432125;WS=121432106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,103:0.39:266
chr12	121432302	rs1169302	T	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=308;ReadPosRankSum=0.297;SC=CTCTTTGCACTTCAGTTTGGT;SOR=1.197;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=21;WE=121432310;WS=121432292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr12	121434630	rs55853809	C	CTCATTCAT	725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=385;SC=GCCACTGGGACTCATTCATTC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=121434638;WS=121434620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	121434833	rs2259852	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=1.598;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=1.232;SC=AGGGTAAGGGGGACTGATGTT;SOR=1.329;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=12;WE=121434841;WS=121434823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr12	121435342	rs2259820	C	T	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=710;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CCTGACCACCCTGCAGCCCGT;SOR=0.745;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=47;WE=121435350;WS=121435332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,74:0.56:131
chr12	121435427	rs2464196	G	A	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=1088;ReadPosRankSum=0.940;SC=GTGACCCAGAGCCCCTTCATG;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=85;TCR=68;TR=81;WE=121435435;WS=121435417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,110:0.53:209
chr12	121435475	rs2464195	G	A	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1266;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CACGGTGAGCGCCCTGTGCCC;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=88;TCR=83;TR=87;WE=121435483;WS=121435465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,132:0.54:245
chr12	121435587	rs2259816	G	T	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=781;ReadPosRankSum=-1.978;SC=GGACAAGTGTGTTTCCGTGAT;SOR=0.872;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=52;WE=121435595;WS=121435577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,81:0.51:159
chr12	121437114	rs55834942	G	A	4292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=68;PP=1883;ReadPosRankSum=0.970;SC=ACACCCACACGGGCCTGCTCC;SOR=0.617;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=292;TCF=153;TCR=139;TR=135;WE=121437122;WS=121437104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,224:0.46:485
chr12	121437221	rs1169304	T	C	8361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=131;PP=2965;SC=GGCCCTCCCTTGGCCTGTGAC;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=89;TCR=132;TR=220;WE=121437229;WS=121437211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr12	121437382	rs1169305	A	G	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=46;PP=1299;SC=GGACCCTGCCAGCATCCAGCA;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=121437390;WS=121437372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	121438844	rs735396	T	C	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=746;ReadPosRankSum=0.892;SC=GGTGGGTGGCTAGCAGCCTTG;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=50;WE=121438852;WS=121438834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,75:0.54:140
chr12	121439433	rs1169310	G	A	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=757;ReadPosRankSum=1.667;SC=GAGAGGCCCTGGATCAGCGTG;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=94;TCR=57;TR=64;WE=121439441;WS=121439423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,89:0.40:220
chr12	121439784	.	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=300;ReadPosRankSum=1.901;SC=TCGGGGCTGGGAAGTCGTCCT;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=22;WE=121439792;WS=121439774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr12	121442199	rs3751151	T	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=260;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CCTTCTCCACTGTTCCAGGGC;SOR=0.441;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=20;WE=121442207;WS=121442189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr12	121444023	rs369076214	AAAG	A	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.701;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr12	121450165	rs2264750	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=289;ReadPosRankSum=1.409;SC=TGACGTGGGCCAATGGGAGGA;SOR=1.123;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=20;WE=121450173;WS=121450155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr12	121450354	rs2264778	C	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=380;ReadPosRankSum=-0.266;SC=CAGATAGATGCACTTTTAAGA;SOR=0.512;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=25;WE=121450362;WS=121450344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr12	121450384	rs2254971	G	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=82;ReadPosRankSum=-0.933;SC=GGCCGGGCGCGGTGGCTCACG;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=9;WE=121450392;WS=121450374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	121454257	rs2258227	T	A	7464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.117;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=2.003;SC=AATCGCTCACTGTGCCACTGG;SOR=0.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=94;TCR=99;TR=189;WE=121454265;WS=121454247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,288:1.00:289
chr12	121454313	rs2258287	C	A	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1077;ReadPosRankSum=-2.843;SC=AGAACACCGCCGTTATCAAGC;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=74;WE=121454321;WS=121454303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,125:0.51:244
chr12	121454343	.	G	A	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=862;ReadPosRankSum=1.332;SC=GACGTCACGTGAGAGGAGAGG;SOR=0.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=41;TCR=78;TR=59;WE=121454351;WS=121454333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,93:0.54:172
chr12	121592689	rs17525809	T	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.234;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=409;ReadPosRankSum=0.046;SC=GAGGAGATCGTGGAGAATGGA;SOR=0.876;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=39;WE=121592697;WS=121592679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr12	121594056	rs208290	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGAGCCCACAGATATCTACTG;SOR=0.223;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=121594064;WS=121594046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	121600180	rs208293	C	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr12	121600253	rs208294	T	C	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=363;ReadPosRankSum=3.582;SC=GTGTGTAGTGTATGAAGGGAA;SOR=0.554;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=24;WE=121600261;WS=121600243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr12	121618278	rs112146943	CT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr12	121622304	rs3751143	A	C	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=55;PP=1871;SC=TGCCTGGAGGAGCTGTGCTGC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=106;WE=121622312;WS=121622294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	121622392	.	C	T	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=937;ReadPosRankSum=0.080;SC=TCCTGCAGTTCCTCCTGCTCT;SOR=0.694;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=62;WE=121622400;WS=121622382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,79:0.49:160
chr12	121622520	rs1653624	A	T	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=36;PP=1134;SC=GACTTTGCCAACCTGCCCAGC;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=121622528;WS=121622510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	121678298	rs143403727	G	A	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=35;PP=1234;SC=GCCAGCCAGCGGCCACGGTCG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=65;WE=121678306;WS=121678288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	121678327	.	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr12	121682475	.	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,69:0.49:141
chr12	121698396	rs111933695	C	CAGAA	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=126;ReadPosRankSum=0.842;SC=TCTGAACACTCAGGAGGTCGC;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=3;WE=121698404;WS=121698386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	121706533	rs1718120	T	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=-1.487;SC=CCAGGTCCTGTTTAAAGCAGG;SOR=0.376;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=23;WE=121706541;WS=121706523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr12	121712427	rs201370534	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=0.282;SC=CAGCTCCTACGGGCAGGGACA;SOR=1.565;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=5;WE=121712435;WS=121712417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	121712450	rs74450939	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	121757457	.	A	C	112.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=78;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AAACCATTTAACAATTATTTT;SOR=1.108;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=121757465;WS=121757447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	121758412	.	C	CT	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=1.575;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	121764799	rs4980993	A	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=15;PP=743;SC=GTCGAGCAGAACTGTCCAACA;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=121764807;WS=121764789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	121768248	rs2280067	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=-0.714;SC=TAATTAAAGTCATATGAAACT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=121768256;WS=121768238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	121773552	rs3751162	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-2.128;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	121775156	.	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=3.739;SC=AAGGAAGCTGGAGTGAGGGCC;SOR=0.451;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=23;WE=121775164;WS=121775146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr12	121779733	rs10400545	A	G	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,101:0.52:194
chr12	121785795	rs1169961	C	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=1.539;SC=TCACTCCAAACATGCAAATAA;SOR=0.374;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=9;WE=121785803;WS=121785785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr12	121789927	rs1799525	C	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.111;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=165;ReadPosRankSum=2.164;SC=AGCCAGCGGGCGCCTCTCACC;SOR=0.283;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=14;WE=121789935;WS=121789917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr12	122064773	rs141919534	CCCGCCA	C	5551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=44.41;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	122079119	.	C	T	3990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=39;PP=1477;ReadPosRankSum=0.611;SC=AATCTCAACTCGGTCAAGGAG;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=210;TCF=117;TCR=93;TR=100;WE=122079127;WS=122079109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,197:0.50:396
chr12	122079441	rs3825175	T	C	3094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1291;ReadPosRankSum=0.778;SC=GCCATAAGACTGACCGACAGT;SOR=0.762;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=213;TCF=97;TCR=116;TR=110;WE=122079449;WS=122079431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,163:0.48:341
chr12	122092375	.	C	T	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=2.008;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr12	122097043	rs63632160	GCACA	G	869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=0.000;QD=27.18;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr12	122186268	rs28651018	C	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=515;ReadPosRankSum=-1.409;SC=AGGCGGAGCTCGTTCAGCAGA;SOR=0.476;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=39;WE=122186276;WS=122186258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr12	122186317	rs28655666	G	A	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=766;ReadPosRankSum=1.760;SC=CGTCTTCTTCGACATGGAGGC;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=50;WE=122186325;WS=122186307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,71:0.55:128
chr12	122209333	rs12299238	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=411;ReadPosRankSum=-0.006;SC=GAGTTGGGGCGGGGAGGAATG;SOR=0.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=26;WE=122209341;WS=122209323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr12	122212752	rs7314742	G	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=238;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TCCTGGGGCCGGGGCAGCCTC;SOR=1.101;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=19;WE=122212760;WS=122212742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr12	122217507	rs61751318	C	T	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=813;ReadPosRankSum=1.579;SC=CACATTCTCCCGAAACTTGGC;SOR=0.745;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=153;TCF=79;TCR=74;TR=63;WE=122217515;WS=122217497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,128:0.42:307
chr12	122217856	rs59641582	G	GGT	1441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=514;SC=GGTTCCCCCAGGTGTCTCCCA;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=122217864;WS=122217846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	122218489	rs7136373	C	G	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=877;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CTCCACTTCTCGCTAGCTGTG;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=62;WE=122218497;WS=122218479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,73:0.48:151
chr12	122219146	.	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=161;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CTCCCTGTCTGGACTCTGACG;SOR=0.728;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=13;WE=122219154;WS=122219136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr12	122231368	rs2707067	C	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	122231573	rs2707066	C	T	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=172;SC=GGCGGCGCGCCGGGCACTAGC;SOR=1.270;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=122231581;WS=122231563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	122243595	rs67605254	ATT	A	49.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=16.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	122243905	rs1168666	C	T	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=56;PP=1963;SC=ACCTGGGCATCGCCAAGGTGG;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=104;WE=122243913;WS=122243895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	122248582	rs895952	C	G	10960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=111;PP=2965;SC=CAACACCCCTCCCAGACTCCG;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=229;TCF=117;TCR=112;TR=228;WE=122248590;WS=122248572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr12	122261456	rs3741593	G	A	5689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=58;PP=2965;SC=TGCCACCTGCGGGCTCGCCCG;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=138;WE=122261464;WS=122261446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	122261537	.	C	T	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1159;ReadPosRankSum=-1.836;SC=TGTATGACATCTGGAACGGTG;SOR=0.541;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=178;TCF=83;TCR=95;TR=86;WE=122261545;WS=122261527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,150:0.49:305
chr12	122281575	rs1795963	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=0.353;SC=TGCAGAGCTCATACTCCCCCC;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=122281583;WS=122281565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	122284715	rs2247291	T	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=13;PP=1131;SC=TTTGCAGAGATCGTCCCTGGC;SOR=2.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=56;WE=122284723;WS=122284705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	122287132	rs3832816	CT	C	231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=144;SC=AAGAGAGACTCTTTTTTTTGC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=122287140;WS=122287122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	122292717	rs200528285	C	G	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=618;ReadPosRankSum=1.672;SC=AAGATGGGATCGGGGAATTGG;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=41;WE=122292725;WS=122292707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,64:0.44:146
chr12	122295335	rs1154510	T	C	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=63;PP=1887;SC=TAGAATGACGTGGCCTGAATC;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=112;WE=122295343;WS=122295325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	122296784	rs3741591	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=1.451;SC=AGTGCTGGGCCGGAGTATTTA;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=122296792;WS=122296774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	122326812	rs2230681	T	C	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=21;PP=1001;SC=CAGGCCGGCGTCGTGACTGTC;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=122326820;WS=122326802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	122332616	rs34149356	C	T	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=428;ReadPosRankSum=-1.035;SC=CACCCATGAGCACCTTTTAAC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=34;WE=122332624;WS=122332606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,68:0.43:157
chr12	122348746	rs4069666	A	G	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=748;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TATTTTGCAAATATCACCCCT;SOR=0.723;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=58;WE=122348754;WS=122348736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,105:0.41:258
chr12	122348938	rs142734893	T	TTTTTG	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.05;ReadPosRankSum=0.964;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	122353796	rs14259	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=1.018;SC=CGCAGGGGGGAAAAACACCAG;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=16;WE=122353804;WS=122353786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr12	122359172	rs6486782	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=1.175;SC=AGCTGGTTATTATGGTCAAAA;SOR=0.235;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=12;WE=122359180;WS=122359162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr12	122359397	rs142042908	G	GGAGGAGGAGGAGAAA	2558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.09;QD=53.31;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	122361929	rs34885077	CT	C	369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	122369762	rs7313748	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=446;ReadPosRankSum=0.611;SC=TCATCTACAACGTGTTCAGGA;SOR=1.223;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=28;WE=122369770;WS=122369752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr12	122389248	rs1185260	A	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=479;SC=ATTTCCCAAGACAGCAAGTTC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=122389256;WS=122389238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	122391963	rs1154513	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=4;PP=592;SC=AAAATATCGTATTGATAAATG;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=122391971;WS=122391953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	122394921	rs11043271	A	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=-0.264;SC=ATTAGGTATTATATAGATGCT;SOR=0.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=10;WE=122394929;WS=122394911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	122396395	rs17852561	C	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=554;ReadPosRankSum=-1.846;SC=TGAGAAGGGGCTTGGAGTCCA;SOR=0.837;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=38;WE=122396403;WS=122396385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,53:0.45:118
chr12	122405912	rs1169081	G	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=495;ReadPosRankSum=3.114;SC=TCCTTTCTAGGTGGGACTTCA;SOR=0.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=45;WE=122405920;WS=122405902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,69:0.42:165
chr12	122409664	rs658957	T	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=6;PP=167;SC=ATCTTTGTGATATGGTTTGGC;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=122409672;WS=122409654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	122439369	rs1182927	T	C	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	122468698	.	A	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=1.913;SC=GTGAGTATGGAGGGCTGGTCC;SOR=0.560;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=24;WE=122468706;WS=122468688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr12	122481696	.	C	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=783;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CCATGGGGTTCCGGGCATTGA;SOR=0.493;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=51;WE=122481704;WS=122481686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,54:0.47:114
chr12	122481879	rs34821485	A	C	4052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.250;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=79;PP=1904;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CCAGAGCCCAACTCGGCTGTG;SOR=0.994;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=222;TCF=89;TCR=133;TR=124;WE=122481887;WS=122481869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,195:0.55:356
chr12	122492598	rs2280573	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TGTAGCCTTCAAAGACCACTG;SOR=0.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=15;WE=122492606;WS=122492588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr12	122497001	rs28629903	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr12	122516897	rs147186759	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=574;ReadPosRankSum=-0.435;SC=CCTCCGGCGCGGCCACCCCGG;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=34;WE=122516905;WS=122516887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr12	122611641	rs78324047	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=0.392;SC=CCCTGTGTGGCTCTGAAGAAA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=122611649;WS=122611631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr12	122612325	rs7488393	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr12	122612350	rs7486198	G	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=259;ReadPosRankSum=1.528;SC=GTCTGCCCTAGGGGAGGGGTG;SOR=0.507;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=25;WE=122612358;WS=122612340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr12	122612598	rs7484733	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=0.735;SC=GCTGGTCCTGTAGGAGAGGCT;SOR=0.507;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=17;WE=122612606;WS=122612588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr12	122612625	rs10847611	C	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=-1.297;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr12	122612635	rs6489238	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.93;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	122613540	rs6489244	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TGGGACGTACTTTCTGAGTGA;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=122613548;WS=122613530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	122613599	rs10847853	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=2.041;SC=AGGCCTGATTATAGTGCCGGA;SOR=1.112;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=10;WE=122613607;WS=122613589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr12	122614060	rs7487608	G	T	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=984;ReadPosRankSum=-1.962;SC=CTCCCTGAGAGTTCTGTATAT;SOR=0.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=67;WE=122614068;WS=122614050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,100:0.52:192
chr12	122614209	rs5801481	CT	C	2233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=37;PP=1324;ReadPosRankSum=1.545;SC=AGGACCCCCACTTTGACATGA;SOR=0.692;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=39;WE=122614217;WS=122614199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,79:0.54:145
chr12	122614387	rs7487292	T	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=1.134;SC=TCACTTCCACTGAGCACCCCT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=11;WE=122614395;WS=122614377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr12	122615515	rs4758654	C	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=459;ReadPosRankSum=1.235;SC=ACGGTTGCCTCCATCTCCCCC;SOR=0.489;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=28;WE=122615523;WS=122615505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr12	122616759	rs7955571	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr12	122616766	rs7955575	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr12	122617989	rs7978353	A	G	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=906;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CACATGGATGAGCAGGGCTGT;SOR=0.727;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=63;WE=122617997;WS=122617979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,106:0.46:229
chr12	122618752	rs370257177	G	GT	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr12	122619528	rs11287019	CT	C	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.923;NF=8;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GCCTCTCTATCTTTTTTTTAA;SOR=0.990;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=11;WE=122619536;WS=122619518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr12	122619757	.	C	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=380;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TGAACATCCTCCTTATCCTGG;SOR=0.688;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=38;WE=122619765;WS=122619747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,66:0.38:174
chr12	122622207	rs11307581	CT	C	2635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.748;NF=2;NR=44;PP=1638;ReadPosRankSum=0.705;SC=GGATCTGTGTCTTGTCTGGAA;SOR=0.840;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=91;TCF=8;TCR=83;TR=46;WE=122622215;WS=122622197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,90:0.50:180
chr12	122623000	rs4758686	T	C	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=1.945;SC=TGCAGAAGACTGTGGAGTACA;SOR=0.649;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=30;WE=122623008;WS=122622990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,53:0.41:129
chr12	122625212	rs7488857	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=-2.166;SC=TTTTGATCGCATGTTTGTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=4;WE=122625220;WS=122625202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	122626842	rs4758685	G	A	2917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GTTGGAAGGCGTCTTTCTTTC;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=94;TCR=97;TR=94;WE=122626850;WS=122626832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,147:0.53:276
chr12	122658383	rs6489173	A	G	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	122667631	rs77165791	T	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=455;ReadPosRankSum=1.680;SC=TGAGAGCGCCTGGAGAGGCCC;SOR=0.293;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=33;WE=122667639;WS=122667621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr12	122668965	rs10847623	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=1.179;SC=CTAAACTCTATCCCTAATCGT;SOR=0.412;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=122668973;WS=122668955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	122674032	rs10847725	C	T	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=24;PP=801;SC=TTCTCAGAGCCGAGATCAATT;SOR=1.453;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=51;WE=122674040;WS=122674022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	122674758	rs4758651	G	A	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1345;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GGACCCTCCGGCACCTGCGAC;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=97;TCR=103;TR=100;WE=122674766;WS=122674748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,157:0.50:315
chr12	122674780	rs11060094	C	A	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1422;ReadPosRankSum=-2.053;SC=CCTGGTGCTGCAGGGAAACCC;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=89;TCR=101;TR=96;WE=122674788;WS=122674770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,153:0.52:297
chr12	122675882	rs67032306	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr12	122676013	rs11060167	A	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=0.291;SC=CCCGGAACCCAGGCCCGAAGG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=16;WE=122676021;WS=122676003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr12	122684966	rs11060679	G	C	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=33;PP=1215;SC=CATGGGAGCCGCACTCCCTGG;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=122684974;WS=122684956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	122689109	.	C	CCCG	1308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=596;ReadPosRankSum=0.043;SC=TCGCTTCGACCCCGCCGCCGC;SOR=0.614;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=13;WE=122689117;WS=122689099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr12	122689161	rs12827843	C	G	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=1.255;SC=CTCCAGCTGCCGTTCATGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=27;WE=122689169;WS=122689151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,52:0.45:116
chr12	122689181	rs7136356	C	G	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TCCTCCCCAGCCTTCCGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=23;WE=122689189;WS=122689171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
chr12	122689244	rs12828049	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=180;ReadPosRankSum=-1.718;SC=CAGATTCTTTCACCGCCTCTG;SOR=0.912;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=18;WE=122689252;WS=122689234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr12	122691738	rs4758675	C	A	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=62;PP=2493;SC=GTGCCTGAGGCGGCTGGGGCT;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=118;WE=122691746;WS=122691728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	122701001	rs2271411	T	A	1108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,65:0.43:150
chr12	122703014	rs7963565	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=497;ReadPosRankSum=-0.713;SC=AATAGGCAAGCAAAAAACGTA;SOR=0.852;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=38;WE=122703022;WS=122703004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,54:0.47:115
chr12	122720310	rs2271408	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr12	122723317	rs72289319	TACACAC	T,TACACACAC	976.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.29;QD=25.04;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,27,9:0.69,0.23:39
chr12	122748099	rs36124217	A	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=570;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CTTTTGGATCAAACACAAGCT;SOR=0.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=39;WE=122748107;WS=122748089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,62:0.55:112
chr12	122748207	.	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=-1.358;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr12	122760929	rs112247423	C	CCACACACACACACACA	864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=2.146;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr12	122762604	rs2271409	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	122812503	rs1129167	G	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=514;SC=CTTTGGCTTTGTCGGCTTGCT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=122812511;WS=122812493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	122817507	rs7956480	A	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=474;SC=ACCTAAGGTCAGCACTCTTTT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=122817515;WS=122817497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	122825298	.	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTCAATACAAACCTTGCTACT;SOR=0.509;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=10;WE=122825306;WS=122825288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr12	122838956	rs4997380	A	G	602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	122962337	.	CA	C	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-1.055;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr12	122964708	rs10846978	T	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=157;SC=TCACATCACATGATAATTTAA;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=122964716;WS=122964698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	122965020	rs66714251	C	CTT	96.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr12	122966016	rs57144421	T	TA	172.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.640;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.878;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr12	122966373	rs4758692	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=234;SC=AATTAATGTATATTACCTAGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=122966381;WS=122966371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	122968149	rs11354559	GA	G	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.518;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.470;SC=TATTTAAGCAGAAAAAAAGAC;SOR=1.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=11;WE=122968157;WS=122968139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr12	122983460	rs7314638	A	G	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=441;SC=TAACAATGCAAATCATAAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=122983468;WS=122983450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	122991478	rs9988963	C	G	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=362;SC=GTCCTGTTAACAAACACTGAA;SOR=0.968;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=23;WE=122991486;WS=122991468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	122993011	rs10773230	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=369;SC=GAAGAGAATACAAAAATGGAT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=122993019;WS=122993001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	122995468	rs10709275	GA	G	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=473;SC=GGTGATGTGGGACCTGCAGTC;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=122995476;WS=122995458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	122999358	rs11322682	CA	C	269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=43;SC=ATTTAAGACTCAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=122999366;WS=122999348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	122999535	rs6489056	C	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=1;PP=324;SC=CACAAATATGCCACCATATTA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=122999543;WS=122999525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	123001737	rs57311174	G	A	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=434;SC=CTCTCTGAGGGTCCTATTAAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=123001745;WS=123001727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	123003317	rs11058562	T	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=495;SC=TTTTTGGGTGTTGCTGGGTCA;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=123003325;WS=123003307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	123030788	rs7968222	G	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr12	123031330	rs78620163	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.657;NF=3;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=-0.482;SC=TATCTTGTGTACTGTGCTTTT;SOR=2.279;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=15;WE=123031338;WS=123031320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr12	123057792	rs61751322	A	G	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=566;ReadPosRankSum=-0.054;SC=ATGAGAGAACATGACTTGCAA;SOR=0.662;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=42;WE=123057800;WS=123057782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr12	123061352	rs145299175	A	AT	42.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=0.842;SC=CATTATTTAAATTTTTTTGCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=123061360;WS=123061342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	123067587	rs7398861	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=-1.354;SC=GGCTGGGCACGGTAACTCATA;SOR=0.648;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=11;WE=123067595;WS=123067577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr12	123069590	rs111624734	CT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr12	123070218	rs36117464	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=524;ReadPosRankSum=-0.578;SC=CATATGAAGAGTGGTCTTACA;SOR=0.881;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=41;WE=123070226;WS=123070208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,64:0.44:147
chr12	123071366	rs202051366	T	TTTTA	227.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=32.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	123079020	rs10847242	T	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=1.169;SC=GATTATTTTATGAGGTCCATA;SOR=0.204;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=13;WE=123079028;WS=123079010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr12	123079035	rs4319547	A	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TCCATAGACCACTATTTTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=123079043;WS=123079025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr12	123087442	rs7307735	A	G	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=29;PP=1522;SC=AAGGTAATGGATTAAAACATT;SOR=1.081;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=123087450;WS=123087432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	123087819	.	T	TA	74.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr12	123102921	rs11837038	T	G	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.131;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,62:0.43:143
chr12	123103016	rs7301589	G	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,54:0.36:152
chr12	123103115	rs376934174	CA	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr12	123110654	rs3803005	T	C	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=52;SC=TATGTAGATTTGTATCACTTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=123110662;WS=123110644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	123110785	rs78276281	C	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr12	123186880	rs28682471	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=55.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.97;MQRankSum=-5.365;QD=1.97;ReadPosRankSum=-2.283;SOR=3.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,29:0.17:173
chr12	123200099	rs61955034	T	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=15;PP=927;SC=TTCCAGGAAATCTTAGGCCGA;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=46;WE=123200107;WS=123200089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	123200247	rs56308926	G	C	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.28;QD=26.07;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	123200334	rs116821988	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=48.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.64;MQRankSum=-7.652;QD=4.16;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,25:0.22:114
chr12	123200527	rs118091133	T	C	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.95;QD=29.31;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	123200693	rs17884481	A	G	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=34;PP=1513;SC=AGGGGCAGGAAGAACTCCAGG;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=80;WE=123200701;WS=123200683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	123200768	rs1798192	T	G	5078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=62;NR=57;PP=2146;SC=ACATTTGCAGTGCCATTCTGG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=123200776;WS=123200758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	123200937	rs1696352	T	G	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.337;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.261;NF=76;NR=62;PP=2882;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CCGTGAGGAATATGATGCTGC;SOR=0.477;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=138;WE=123200945;WS=123200927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr12	123201291	rs3825156	A	G	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.409;NF=29;NR=43;PP=951;ReadPosRankSum=1.978;SC=TCATGAGTGCAGCTAGTGAGT;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=64;TCR=96;TR=72;WE=123201299;WS=123201281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,91:0.42:219
chr12	123201445	rs56239404	TAA	T	128.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-2.200;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr12	123252100	.	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.455;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr12	123265952	rs1798563	A	G	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=31;PP=883;SC=ATTAGATTTGACCGGGCACGG;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=123265960;WS=123265942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	123276762	.	TTTTTTTGAGACAGGGTC	T	1145	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=18;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=1145;QD=164.0;SC=TTTTTTTTTTTTTTTTTGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=123276786;WS=123276739;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,7:0.78:9
chr12	123281967	rs10744394	G	A	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=41;PP=1184;SC=ATCCTTCTCTGTCACATAAGA;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=76;WE=123281975;WS=123281957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	123290951	rs34775544	GTT	G	920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.481;QD=15.87;ReadPosRankSum=-1.505;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr12	123297718	rs4759391	T	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=101;SC=AGCCTGGGCGTCAGAGCAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=123297726;WS=123297708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	123307754	rs7954285	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.60;QD=42.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	123307755	rs2604851	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.60;QD=42.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	123333065	rs2135014	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=607;ReadPosRankSum=1.394;SC=TCTGGTCCTACGCCATTGGGC;SOR=0.599;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=44;WE=123333073;WS=123333055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,67:0.44:153
chr12	123334929	.	G	T	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=26;MQ=53.16;NF=2;NR=6;PP=70;QD=13.0964015684;SC=GCCGCTGGGTGGGGGGGGCCC;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=123334937;WS=123334919;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	123335483	rs2271048	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=1.104;SOR=1.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr12	123335488	rs2271049	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.617;SOR=1.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr12	123335527	rs2271050	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=137;ReadPosRankSum=0.380;SC=CCGCGTCTCACGCCCAGGCGT;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=12;WE=123335535;WS=123335517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr12	123339344	rs2292136	A	G	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=458;ReadPosRankSum=0.092;SC=GCCCGGTCTCAGGTGATCTCT;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=13;WE=123339366;WS=123339334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr12	123339358	rs2292137	C	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=458;ReadPosRankSum=-0.352;SC=GATCTCTGATCTGTGAGTTTG;SOR=0.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=15;WE=123339366;WS=123339334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr12	123339712	rs2292138	A	G	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CCCTTTGAGGACCCCAGGCAC;SOR=0.661;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=69;WE=123339720;WS=123339702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,106:0.51:207
chr12	123340453	rs11418615	G	GC	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.216;NF=9;NR=5;PP=494;ReadPosRankSum=0.973;SC=AGCTGGAGGTGCGGGGTGGGG;SOR=0.260;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=14;WE=123340461;WS=123340443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr12	123341289	rs897386	A	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.48;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	123341297	rs897385	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.98;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	123341833	rs7138398	G	C	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=873;ReadPosRankSum=1.617;SC=CTGTCTCCGTGATCTGCCTGT;SOR=0.910;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=52;WE=123341841;WS=123341823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr12	123341863	rs2343109	G	C	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=500;ReadPosRankSum=1.822;SC=TTCATGTAAAGGGGATCATAC;SOR=1.070;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=38;WE=123341871;WS=123341853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr12	123342628	rs34131980	CCTCTT	C	902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.15;MQRankSum=1.330;NF=2;NR=7;PP=451;ReadPosRankSum=0.651;SC=TCTAACCTGTCCTCTTCACCC;SOR=0.662;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=9;WE=123342640;WS=123342618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr12	123343571	rs2343110	T	G	1475.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=3.112;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.940;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,77:0.44:174
chr12	123343572	rs5801491	G	GGC	2921.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=3.158;QD=17.09;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,78:0.46:171
chr12	123344910	rs937765	A	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=459;ReadPosRankSum=1.598;SC=CTTGAGGGCCACTTTCCACCT;SOR=0.872;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=35;WE=123344918;WS=123344900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr12	123345347	rs7306948	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=703;ReadPosRankSum=1.062;SC=CTTGCACGCCGACAGCAGCAC;SOR=0.643;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=21;WE=123345368;WS=123345337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr12	123345360	rs7298176	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=703;ReadPosRankSum=1.123;SC=AGCAGCACACTGGGCTCTGGG;SOR=0.680;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=21;WE=123345368;WS=123345337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr12	123345736	rs10847910	C	G	5109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.568;NF=39;NR=46;PP=1322;ReadPosRankSum=2.400;SC=AGATGGAGACCCAGGTAGGCG;SOR=0.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=85;WE=123345744;WS=123345726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,141:0.55:255
chr12	123345756	rs3215148	G	GC	4848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.736;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.494;NF=13;NR=39;PP=1803;ReadPosRankSum=1.644;SC=GCCCATGGCTGCCCCGTGACC;SOR=0.440;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=98;TCF=20;TCR=78;TR=52;WE=123345764;WS=123345746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,127:0.58:220
chr12	123352179	rs3825143	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=-0.251;SC=AACCTGGTTACAGGGACAGCC;SOR=0.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=12;WE=123352187;WS=123352169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr12	123409419	.	G	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=376;ReadPosRankSum=-1.363;SC=AAAAAAGTCAGCTTTAAAAGT;SOR=0.871;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=30;WE=123409427;WS=123409409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr12	123433137	rs10848106	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=517;SC=GCTGCCAGGGTGCACAGTCCC;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=123433145;WS=123433127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	123460297	rs148367749	TAGAG	T	2084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.542;NF=13;NR=13;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.378;SC=AACTGAGGCTTAGAGAGTGAA;SOR=1.286;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=26;WE=123460308;WS=123460287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,56:0.46:121
chr12	123460823	rs883563	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=372;ReadPosRankSum=0.488;SC=CTGCTGCCCCACTCCCTCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=25;WE=123460831;WS=123460813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr12	123460962	rs884956	T	C	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=624;ReadPosRankSum=0.574;SC=CATCTAGGGGTTCTCATCCCA;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=42;WE=123460970;WS=123460952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr12	123466111	rs55742290	C	T	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=679;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CCCTCCTGGCCTTCCAGCCTC;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=42;WE=123466119;WS=123466101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr12	123470586	rs12828755	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	123471094	rs12811109	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=511;ReadPosRankSum=0.307;SC=CATAGGCCGCGTGCACGCGCA;SOR=0.876;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=43;WE=123471102;WS=123471084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,70:0.49:142
chr12	123471402	rs2049506	T	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=663;SC=CGTCTCATGGTCACCCCTTCC;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=123471410;WS=123471392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	123473254	rs1463877	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=202;ReadPosRankSum=-0.807;SC=TCCTGGGAGGTCCCAGGCCCC;SOR=0.634;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=17;WE=123473262;WS=123473244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr12	123476586	rs7135296	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=0.499;SC=GGCAGGGGTCGGGCCAAGCCT;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=13;WE=123476594;WS=123476576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr12	123477311	rs937564	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr12	123477322	.	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr12	123485188	rs883263	A	G	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=801;ReadPosRankSum=0.898;SC=GCCTCTCCCCAGACAGTACCC;SOR=0.936;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=58;WE=123485196;WS=123485178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,81:0.53:154
chr12	123645803	rs1051431	G	A	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=773;ReadPosRankSum=0.418;SC=TACACTGTTCGTAGCTAACTG;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=57;WE=123645811;WS=123645793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,110:0.56:195
chr12	123647725	rs1727296	G	C	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=683;ReadPosRankSum=-1.129;SC=CCTTCTATATGTATCAGCATA;SOR=1.235;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=67;TCF=10;TCR=57;TR=35;WE=123647733;WS=123647715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr12	123651162	rs1716167	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=0.318;SC=CTAAGAAAACATAACATCCCT;SOR=1.508;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=15;WE=123651170;WS=123651152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr12	123665695	rs1727306	A	G	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-2.068;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr12	123682594	.	G	A	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=27;MQ=54.71;NF=3;NR=0;PP=43;QD=25.9237375157;SC=CCGCGCCACTGCACTCCAGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=3;WE=123682602;WS=123682593;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr12	123694724	rs2682434	C	T	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=528;ReadPosRankSum=-2.588;SC=TGTGCACAAACACACAGAATA;SOR=0.663;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=32;WE=123694732;WS=123694714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr12	123699200	rs77954523	GTTT	G	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=0.137;SC=TAGGCAAGTTGTTTTTTAAAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=123699210;WS=123699191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	123699520	rs1727322	A	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=302;ReadPosRankSum=1.335;SC=GCCAGGCGTGATAGCTCACGC;SOR=0.354;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=26;WE=123699528;WS=123699510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr12	123703103	rs2851451	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.176;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	123707527	rs34047404	GTA	G	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=673;ReadPosRankSum=1.086;SC=GTGTGTGTGTGTATATGTACG;SOR=0.558;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=25;WE=123707536;WS=123707517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr12	123707552	rs36043549	TA	T	792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=579;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TATATGTATATAAAAAAAGGA;SOR=0.718;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=29;WE=123707560;WS=123707542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr12	123710835	rs1626703	A	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	123715113	rs941306	C	T	83.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAAAAGCCACCAAAGCTAGCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=123715121;WS=123715103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	123746357	rs4759416	C	G	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1147;ReadPosRankSum=1.182;SC=ATGCCTGAAACAGAGGCAGAG;SOR=0.679;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=73;WE=123746365;WS=123746347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,130:0.54:242
chr12	123746510	rs4759417	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=487;ReadPosRankSum=0.159;SC=CCCTGAAGGACGCTAACAATC;SOR=0.650;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=30;WE=123746518;WS=123746500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr12	123794022	rs6488867	T	C	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=57;PP=1784;SC=CTTCACAACATTTTCTAAACT;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=89;WE=123794030;WS=123794012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	123794450	rs2277343	A	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.040;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr12	123799974	rs6488868	A	G	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=621;ReadPosRankSum=-1.922;SC=CCCTTCTATCACCATGTGTAA;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=47;WE=123799982;WS=123799964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,72:0.53:136
chr12	123801672	rs10846515	T	G	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=872;ReadPosRankSum=1.250;SC=GGCGTGAGCCTCTGTGCCCGG;SOR=0.669;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=59;WE=123801680;WS=123801662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,67:0.56:120
chr12	123806219	rs1060105	C	T	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.484;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=975;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GTCGTCAGAACTGCTACCAGT;SOR=0.552;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=68;WE=123806227;WS=123806209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,115:0.46:249
chr12	123810662	rs111400678	A	AC	1438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=31.28;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	123810873	rs61388686	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=739;ReadPosRankSum=1.132;SC=GCTCTCTGGCGATGACCCACT;SOR=1.052;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=52;WE=123810881;WS=123810863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,72:0.44:164
chr12	123812207	rs7959415	C	T	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=38;PP=1925;SC=GAATAACACACTTCTTAGATT;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=103;WE=123812215;WS=123812197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	123812611	rs10846517	A	G	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=6;PP=127;SC=TCACATTAGTATTAAGTAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=123812619;WS=123812601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	123812629	rs28419092	G	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.084;SC=AGAATCTCCAGTCTTTCAAGA;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=123812637;WS=123812619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	123813493	rs7301163	C	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=218;SC=TTTCTCTCTGCAACATTCATC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=123813501;WS=123813483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	123815146	rs369148541	TA	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.379;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	123815668	rs6488869	A	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=332;SC=CACCATGACGACCGGCTGATT;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=123815676;WS=123815658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	123816007	rs11282939	T	TATGTTG	2128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=37;PP=2550;SC=GGAGTAGGAATATGTTATGTT;SOR=3.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=38;WE=123816015;WS=123815997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	123821234	rs7486223	T	A	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=391;SC=GACAATGAGGTCCTACTCTGT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=123821242;WS=123821224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	123825339	rs7312145	A	G	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	123825389	rs7315453	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=171;SC=TCCAGCGAGGTTTAAGCATAT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=123825397;WS=123825379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	123825559	rs12322888	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	123832710	rs11325003	TA	T	3131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=42;PP=1799;SC=AGACAAAAAATAAAAGGACAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=47;WE=123832718;WS=123832700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	123832746	rs10846523	G	A	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=35;PP=919;SC=CAAGGACAAGGTTTGCATTTA;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=123832754;WS=123832736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	123875394	rs28660993	C	T	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=36;PP=999;SC=AGCCTCTGTCCTCTGCAAGAA;SOR=1.051;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=59;WE=123875402;WS=123875384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	123881176	rs28372579	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=-2.402;SC=TGCTGGGGTCACTGCAGGGCT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=123881184;WS=123881166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	123944407	.	A	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.515;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=90.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=1.585;SOR=5.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chr12	123960444	rs375190049	ATTTTTT	A,ATTTTTTT	86.27	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=20;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0,0;NR=4,4;PP=32,66;ReadPosRankSum=1.150;SC=TTCACTTAAAATTTTTTTTTT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4,4;WE=123960457;WS=123960434;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.60:5
chr12	123960474	rs28971833	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TTTTTGAGACAGAGTCTCACT;SOR=0.180;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=123960482;WS=123960464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	123969828	rs11522343	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-0.512;SC=AAAGGGCCACATAGACCATTA;SOR=0.527;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=9;WE=123969836;WS=123969818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr12	123983941	rs9697264	G	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=754;ReadPosRankSum=2.398;SC=GAGGGTGGACGCAGGTCAGGG;SOR=0.460;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=51;WE=123983949;WS=123983931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,78:0.61:128
chr12	123997933	.	G	C	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=499;ReadPosRankSum=1.595;SC=GGCTGCCTTGGCTCCCCGAGA;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=32;WE=123997941;WS=123997923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,44:0.46:96
chr12	124003047	rs60479214	CA	C	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr12	124008073	rs2292500	A	G	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=40;PP=1312;SC=CCTCTGAGAAATTGACATCCT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=124008081;WS=124008063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	124069111	rs71088937	GGGC	G	739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=490;ReadPosRankSum=0.399;SC=GAAGGCAGCGGGGCGGCGGCG;SOR=0.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=12;WE=124069121;WS=124069101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr12	124069213	rs786446	T	C	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TGCTGGTGCTTCTGGCCGCTC;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=61;WE=124069221;WS=124069203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr12	124086620	rs786427	G	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=207;SC=CTGGAGCTGCGGGAAGCGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=124086628;WS=124086610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	124086998	rs786428	C	G	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	124090453	rs786436	A	G	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TCCTTTAACCAGTGCTTTGCA;SOR=0.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=58;WE=124090461;WS=124090443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr12	124090605	rs4047521	ACT	A	3096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=28;PP=1540;SC=GGAAACCAAAACTCTCTGTTT;SOR=1.150;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=33;WE=124090614;WS=124090595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	124097824	rs3748268	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	124099925	rs3748269	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.743;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=200;ReadPosRankSum=1.235;SC=GGTCCCCAAATGCCCCATTCT;SOR=1.358;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=19;WE=124099933;WS=124099915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr12	124101347	rs6488883	G	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=2.566;SC=AGGCCTTGCCGTGCTCCATGT;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=11;WE=124101355;WS=124101337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	124104460	rs7302183	C	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GGTTTCACTACAACACTATTG;SOR=0.916;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=124104468;WS=124104453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	124104551	rs10773019	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr12	124110934	rs3704	G	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.134;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=270;ReadPosRankSum=-2.127;SC=AGCATGGGGTGGGGGAGGTGA;SOR=1.101;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=20;WE=124110942;WS=124110924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr12	124111414	.	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=300;ReadPosRankSum=-0.123;SC=TCATATACTGCGGCCTGCTGC;SOR=0.948;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=26;WE=124111422;WS=124111404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,43:0.38:112
chr12	124116833	rs7300147	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr12	124117089	rs10773020	T	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=-0.943;SC=AAGCAAACAATTTAAAAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=124117097;WS=124117079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	124124445	rs11572934	C	CGTGT	2127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.326;NF=4;NR=17;PP=998;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TGCGTGCGTGCGTGTATGTGT;SOR=0.751;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=21;WE=124124453;WS=124124435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,62:0.42:148
chr12	124130128	rs2292702	T	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=327;ReadPosRankSum=0.118;SC=TTGTGATTGCTTTTGCTCTTC;SOR=0.570;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=28;WE=124130136;WS=124130118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr12	124171640	rs3748271	A	G	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=567;ReadPosRankSum=-0.339;SC=TGGTGGGGCCATACTCTAGTA;SOR=0.659;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=41;WE=124171648;WS=124171630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr12	124172746	rs7302449	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr12	124172760	.	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr12	124174937	rs11057329	A	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-0.819;SC=AAAGCGGGTCAACTAGTCGGT;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=124174945;WS=124174927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	124177289	rs7137946	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=78;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TGTTACACTTTGACGTCATTT;SOR=0.818;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=10;WE=124177297;WS=124177279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	124179417	rs7966867	T	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=1.635;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr12	124207098	rs7301641	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=217;ReadPosRankSum=0.236;SC=TTCTCAAAACTATGGAAGATG;SOR=0.385;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=124207106;WS=124207088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr12	124209332	rs1139789	T	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=222;ReadPosRankSum=0.975;SC=TGAAACGCAATGTTGAGGTAC;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=23;WE=124209340;WS=124209322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr12	124209352	rs11837144	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=279;ReadPosRankSum=-1.810;SC=CTGAACAGCTCGTGAGGAAAT;SOR=1.325;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=22;WE=124209360;WS=124209342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr12	124210782	rs1399961	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=243;ReadPosRankSum=1.935;SC=CCTTAGAGAGTGATTCTTTGT;SOR=0.747;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=20;WE=124210790;WS=124210772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr12	124218359	rs10744159	T	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=209;ReadPosRankSum=0.223;SC=AAATAAGGAGTATTGACTGTA;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=14;WE=124218367;WS=124218349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr12	124220055	rs2271660	T	C	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=462;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GATGTGAGACTGTGTTCAACT;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=40;WE=124220063;WS=124220045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,75:0.50:149
chr12	124229429	rs7135542	T	C	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=305;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TTTGTTACAGTGACAGCGTCG;SOR=0.925;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=26;WE=124229437;WS=124229419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,65:0.48:135
chr12	124265687	rs11057353	T	C	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=792;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GGGAGTCACATCTGGAGAAGT;SOR=0.606;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=60;WE=124265695;WS=124265677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,94:0.62:152
chr12	124267638	rs11057354	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=-2.999;SC=CTGACTGATCACTTTTATTTT;SOR=1.101;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=13;WE=124267646;WS=124267628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr12	124267703	rs11057355	T	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=1.796;SC=GAGAGGTGTCTGACCTGGCAG;SOR=0.888;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=18;WE=124267711;WS=124267693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr12	124268458	rs7303002	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=227;ReadPosRankSum=0.154;SC=CCACCCTAATAATGAGAGTTC;SOR=0.307;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=14;WE=124268466;WS=124268448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr12	124274474	rs10846559	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr12	124274758	rs35056478	C	CT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.615;NF=0;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=2.670;SC=GATGCTTAGTCTTTTTTTTTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=124274766;WS=124274748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	124303445	.	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=273;ReadPosRankSum=-0.556;SC=AATTTCAATTCCAAATTGCTC;SOR=0.957;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=18;WE=124303453;WS=124303435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr12	124315343	rs7976816	T	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=15;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=61;ReadPosRankSum=-0.094;SC=AAAAAAAAAATTAGCTGAGCG;SOR=0.262;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=8;WE=124315351;WS=124315333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr12	124319864	rs4930730	T	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=138;ReadPosRankSum=-1.196;SC=GTTGATTTGGTTCTGTCTCAT;SOR=0.675;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=14;WE=124319872;WS=124319854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	124325977	rs4930729	T	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=1.382;SC=TCGGAAGATCTTGCGGGCTGA;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=25;WE=124325985;WS=124325967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr12	124330440	rs4930728	G	A	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=972;ReadPosRankSum=1.339;SC=GGGGTCACTGGCATTTCAAAA;SOR=0.734;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=67;WE=124330448;WS=124330430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,86:0.53:161
chr12	124343512	.	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TTTTTTGTGGGGAGGGGTGAT;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=124343520;WS=124343506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	124350360	rs7313897	G	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=0.480;SC=CAGTTAAAAAGCTCATGGAAG;SOR=0.160;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=124350368;WS=124350350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	124350444	rs7314963	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr12	124350704	rs10773043	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TGTTTGTAGTTGAAGGCGATG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=124350712;WS=124350694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	124352338	rs10846565	T	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=-0.797;SC=ACCAACATGTTGGGTCTTATG;SOR=1.402;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=7;WE=124352346;WS=124352328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr12	124360117	rs10846567	G	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=-0.303;SC=ACTTATCCATGTAGGCACAGC;SOR=0.662;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=14;WE=124360125;WS=124360107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr12	124362256	rs113178558	T	TG	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=15.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=2.553;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr12	124363724	rs72053758	GTGTC	G	220.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=36.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	124364131	rs1317312	G	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=344;ReadPosRankSum=0.969;SC=CAAGTTTCAGGCCGTGTACTG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=20;WE=124364139;WS=124364121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr12	124366150	rs34756279	CT	C	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr12	124371684	rs183446331	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=134;ReadPosRankSum=0.675;SC=GTGTCTGCATCGCAGGTGTTT;SOR=0.530;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=13;WE=124371692;WS=124371674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr12	124496864	rs80197353	T	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=356;ReadPosRankSum=-0.640;SC=GGAGAGAAGGTCTATAAATGT;SOR=0.978;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=26;WE=124496872;WS=124496854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr12	124780201	rs114786346	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=0.492;SC=GCGCTCTCTCTCCCAAACGGG;SOR=0.602;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=4;WE=124780209;WS=124780191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr12	124798811	rs78753849	G	A	3341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=37;PP=1327;ReadPosRankSum=0.340;SC=CGTACCCACCGTCACGGCCTA;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=209;TCF=135;TCR=74;TR=101;WE=124798819;WS=124798801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,162:0.53:307
chr12	124799387	rs904647	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr12	124809879	rs77571124	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=0.431;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	124809925	.	C	CCG	84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5434;HP=10;HapScore=2;MGOF=82;MMLQ=22;MQ=58.63;NF=2;NR=1;PP=84;QD=31.0;SC=CTGACACCGCCCCCCCCCCCG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=124809933;WS=124809915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	124810174	rs10846657	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=1.069;SC=CTGTGAGCCCGGCAGCCCCTG;SOR=0.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=9;WE=124810182;WS=124810164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	124810968	rs1006100	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=18;PP=384;SC=AAGACAGCACCGACGCTACGG;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=124810976;WS=124810958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	124815504	rs12367963	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=263;ReadPosRankSum=0.101;SC=CCTGCCCTACCAGTCCCGTGT;SOR=1.076;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=23;WE=124815512;WS=124815494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr12	124820013	rs1106317	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-1.856;SC=GGGCCTGGGTACTGGGTGGGG;SOR=0.637;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=10;WE=124820021;WS=124820003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr12	124821696	rs2229842	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=674;ReadPosRankSum=1.055;SC=ATGTGGCAGCCGGGCGAACGG;SOR=0.466;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=43;WE=124821704;WS=124821686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr12	124824721	rs143952466	C	CGCCGCTGCT	2491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=2979;SC=CCCCCACCCCCGCCGCTGCTG;SOR=0.859;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=18;WE=124824729;WS=124824711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	124825447	rs1702334	A	G	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	124829234	rs1263992	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=299;ReadPosRankSum=0.039;SC=CCTCATAGGTCAGGGGGCTCT;SOR=0.474;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=23;WE=124829242;WS=124829224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr12	124829255	rs1244085	A	G	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=451;ReadPosRankSum=0.410;SC=GCCGCGGCTTACCCAGCTCAG;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=29;WE=124829263;WS=124829245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr12	124831062	.	C	CG	96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=96;QD=62.0;SC=CCACAGCCACCGCCACCCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=2;WE=124831075;WS=124831061;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr12	124831067	rs2272370	C	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=285;ReadPosRankSum=0.728;SC=GCCACCGCCACCCCTCCTAGA;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=124831075;WS=124831061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr12	124832474	rs1244065	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=215;ReadPosRankSum=0.882;SC=AGGAGAGGGTGAGGCCATCAT;SOR=0.633;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=17;WE=124832482;WS=124832464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr12	124832492	rs1244064	C	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=20;PP=789;SC=CATTCCGTGGCTCCCTGAGCC;SOR=0.801;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=124832500;WS=124832482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	124832606	rs1244063	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CGCTACCTCCAGATGGAGCCT;SOR=0.482;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=17;WE=124832614;WS=124832596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr12	124835352	rs4765551	A	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=4.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=1.172;SC=AAATGCAGGCAAAGACGTGCT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=10;WE=124835360;WS=124835342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr12	124838591	rs4765555	C	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.436;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=-0.855;SC=ATGGGCTGGCCCCGTGCTGGT;SOR=0.150;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=18;WE=124838599;WS=124838581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr12	124838772	rs1244082	C	G	6950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.26;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr12	124838772	.	CGT	GGA,GGT	1279	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=26,71;NR=24,77;PP=645,1279;QD=13.9693574972;SC=GGGCTGAGGGCGTGTCTGTGG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=50,148;WE=124838782;WS=124838762;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.34:149
chr12	124838774	rs3817108	T	A	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.009;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,77:0.38:205
chr12	124838897	rs1244081	A	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=41;PP=1366;SC=TGAGGGAGACAGCTGTGAAGA;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=124838905;WS=124838887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	124839150	rs2271142	G	A	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=616;ReadPosRankSum=0.122;SC=TAAGAGGAGCGAGTCACGTGC;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=44;WE=124839158;WS=124839140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,71:0.53:134
chr12	124839165	rs2271141	G	A	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=610;ReadPosRankSum=1.495;SC=ACGTGCTGCCGGAGCAGGGTC;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=42;WE=124839173;WS=124839155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr12	124839540	rs2271139	C	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=-1.252;SC=CCCCCACAGTCCAGAGTGCCT;SOR=0.641;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=21;WE=124839548;WS=124839530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr12	124839867	rs870050	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=-0.271;SC=CTGAGTGGAGATGACCCAGGC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=15;WE=124839875;WS=124839857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr12	124839899	rs870051	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=218;ReadPosRankSum=1.634;SC=TGGCCCCCACTCAGACTTCAT;SOR=0.814;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=17;WE=124839907;WS=124839889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr12	124839945	rs870052	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr12	124841421	rs4765144	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-1.142;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	124848137	rs1794956	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	124856618	rs7961196	A	G	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1173;ReadPosRankSum=-1.348;SC=CACTGCAGGTAGCACTGGAGT;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=95;TCR=96;TR=80;WE=124856626;WS=124856608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,147:0.47:316
chr12	124856660	rs3741513	T	A	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.690;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1656;ReadPosRankSum=-0.122;SC=AGCTCTTGGCTGTGGTGGCCC;SOR=0.876;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=183;TCF=83;TCR=100;TR=106;WE=124856668;WS=124856650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,146:0.55:267
chr12	124857234	rs1702329	C	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=289;SC=CCTGACCCTCCGGATGAGGCC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=124857242;WS=124857224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	124859045	rs2695993	A	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=29;PP=903;SC=GAAGTGAGGCAGCACCAAGTA;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=124859053;WS=124859035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	124859135	rs11057606	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=0.616;SC=GCTGCTGCTCGCTCTCCTGCC;SOR=0.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=10;WE=124859143;WS=124859125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr12	124862769	rs3741515	G	T	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.672;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=675;ReadPosRankSum=0.879;SC=CCTCCAAGCCGCGCCAGCCCT;SOR=0.706;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=48;WE=124862777;WS=124862759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,79:0.50:159
chr12	124873411	.	TGAGG	T	72	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=15;MQ=57.44;NF=1;NR=0;PP=72;QD=80.0;SC=CGTCCCACGGTGAGGGAGGGA;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=1;WE=124873422;WS=124873401;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,1:0.14:7
chr12	124885249	rs2293514	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=459;ReadPosRankSum=1.391;SC=GATAGGATGGCTTCACCCGAG;SOR=0.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=34;WE=124885257;WS=124885239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,52:0.40:129
chr12	124885290	rs2293513	T	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=257;ReadPosRankSum=0.176;SC=TGGAGGAGACTGTTTCTTTAG;SOR=0.979;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=27;WE=124885298;WS=124885280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr12	124887058	rs35831183	G	GGCT	2123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.12;MQRankSum=1.368;QD=20.42;ReadPosRankSum=-1.766;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,94:0.90:104
chr12	124922325	rs1702322	C	T	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=180;SC=TTCCTCCTTTCCTGGCCGGCC;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=124922333;WS=124922323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	124934459	rs1147284	C	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=24;PP=709;SC=GCTGGCCACTCGCCACTACAG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=41;WE=124934467;WS=124934449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	124968349	rs747443	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=514;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CAACGTCACATAGGAGATTGC;SOR=0.412;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=21;WE=124968367;WS=124968339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr12	124968359	rs906303	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=824;ReadPosRankSum=-1.377;SC=TAGGAGATTGCGGCTCTGAGA;SOR=1.078;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=22;WE=124968367;WS=124968339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr12	124979789	rs872225	T	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=326;ReadPosRankSum=2.615;SC=GCTGTGTGGATCCCGACATGG;SOR=0.916;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=19;WE=124979797;WS=124979779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr12	125263204	rs701104	A	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=212;SC=CCCGCCCACCACAGCCCTGTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=125263212;WS=125263194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	125284748	rs5888	A	G	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=14;PP=502;SC=GAACCGGGTCAGCGTTGAGGA;SOR=0.831;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=32;WE=125284756;WS=125284738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	125296362	rs61932577	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr12	125324731	rs61308172	AT	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.840;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr12	125396165	rs55777033	T	TAAAAAA	313.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.22;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	125398039	rs1071862	G	C	6780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=75;PP=2944;SC=CACTGGGCTCGACCTCAAGGG;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=149;WE=125398047;WS=125398029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr12	125400206	rs6488957	A	G	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=82;SC=TAGAATCCCAACCTTATTTCA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=125400214;WS=125400196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	125432618	rs10846782	G	A	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=764;ReadPosRankSum=0.324;SC=CCCTGGCCCTGGTCAAACTCA;SOR=0.844;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=52;WE=125432626;WS=125432608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,112:0.47:238
chr12	125434434	rs4562928	C	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=5;PP=382;SC=ATGTTTTAAGCCTCCCTGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=125434442;WS=125434424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	125434580	rs4447263	C	T	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=38;PP=1914;SC=CAGACAGCTCCGGTATGAGGC;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=101;WE=125434588;WS=125434570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	125435388	rs10773125	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=0.311;SC=AGGGAAGAACCCATGCCCAGG;SOR=1.445;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=125435396;WS=125435378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	125436850	rs4375522	G	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=10;PP=590;SC=ACAGCTGAGAGGGAACAAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=125436858;WS=125436840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	125436897	rs4502074	A	G	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=18;PP=880;SC=CCTGCCCCTCACCAGGTGCCC;SOR=1.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=125436905;WS=125436887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	125437019	rs4429156	T	C	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=51;PP=1753;SC=CCCCCAGGCCTGCCGTCACGA;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=110;WE=125437027;WS=125437009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	125437142	rs6488959	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=375;ReadPosRankSum=1.806;SC=AGAGTGAGGTCGGTGGTGGCA;SOR=1.078;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=26;WE=125437150;WS=125437132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr12	125437160	rs74403469	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=401;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GCAAGGCCCGGAGCCAGCTCT;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=27;WE=125437168;WS=125437150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr12	125437236	rs6488960	A	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=18;PP=509;SC=GCTTGTCTCAACCCCTCCCCA;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=125437244;WS=125437226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	125438414	rs12367953	A	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=8;PP=496;SC=GCGTGCCGGCACGGGGCCGTA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=125438422;WS=125438404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	125438516	rs4516060	T	C	4557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	125438523	rs4258464	C	T	4743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	125438549	rs4606565	A	G	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=35;PP=1554;SC=GCGCCTGGGGAACGAAGAGGG;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=125438557;WS=125438539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	125441159	rs7973725	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.082;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr12	125441182	rs12298675	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-2.662;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr12	125441347	rs12300199	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=5;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=886;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CGTAGCGGGGTGCCACGGGGA;SOR=0.709;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=37;WE=125441367;WS=125441337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr12	125441359	rs10773127	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=886;ReadPosRankSum=0.163;SC=CCACGGGGAATGTGGCCATTG;SOR=0.671;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=36;WE=125441367;WS=125441337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,49:0.46:107
chr12	125441459	rs12304873	G	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;ReadPosRankSum=-1.980;SC=AGTGCTCTGAGAGGAGCTCTG;SOR=0.752;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=19;WE=125441467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr12	125444975	rs4765007	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=198;ReadPosRankSum=0.249;SC=ACAGCCTGGATGGAGAGAAAC;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=21;WE=125444983;WS=125444965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr12	125445096	rs4765008	C	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-0.979;SC=ACTGGATCTTCACCTGACAGC;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=125445104;WS=125445086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr12	125451767	rs60252902	G	A	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=788;ReadPosRankSum=0.965;SC=GATGCCACCTGTGGAAAGAAT;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=61;WE=125451775;WS=125451757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,95:0.46:206
chr12	125453232	rs10773130	A	G	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.04;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	125453232	.	ACAC	GCAA,GCAC	752	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=17,29;NR=26,49;PP=752,337;QD=18.7318110433;SC=AGTGGGGGGGACACGAGCTTC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=43,78;WE=125453243;WS=125453222;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.54:79
chr12	125453235	rs11057940	C	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=1.525;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr12	125453277	rs10846794	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=441;ReadPosRankSum=0.915;SC=CCATTATTCCGAATCAAGGTT;SOR=0.859;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=28;WE=125453285;WS=125453267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr12	125453540	rs10846795	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=618;ReadPosRankSum=-0.570;SC=CTCAGTGACCGTGGCCCCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=17;WE=125453550;WS=125453530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr12	125453542	rs11614657	G	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=473;ReadPosRankSum=0.189;SC=CAGTGACCGTGGCCCCAGGAC;SOR=0.586;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=11;WE=125453550;WS=125453530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr12	125456004	rs4542508	C	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.598;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr12	125456911	rs6488966	A	G	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=2;PP=362;SC=TAAGTAACTCACCCAAAGTCA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=125456919;WS=125456910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	125457203	rs7304979	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.953;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=2.217;SC=CTGTCGCCACGGGGCCACTAC;SOR=3.076;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=9;WE=125457211;WS=125457193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr12	125461976	rs33931896	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=236;ReadPosRankSum=-1.015;SC=ATGGGGTGCTCGGCCACAGCC;SOR=0.678;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=22;WE=125461984;WS=125461966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr12	125465020	rs116824800	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr12	125465023	rs4072887	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.38;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	125467158	rs11558556	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=1.102;SC=GCTTCTGTAGCATCTCTGCTC;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=19;WE=125467166;WS=125467148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr12	125467238	rs12424339	G	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=0.064;SC=AAGTGAGACTGTAATAAAATT;SOR=0.914;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=10;WE=125467246;WS=125467228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr12	125473671	.	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr12	125478381	.	C	CCTGCTG	1126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.895;QD=21.67;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr12	125497062	rs78509649	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr12	125509502	rs7303493	C	T	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=682;ReadPosRankSum=1.391;SC=CTGGCCCCTGCGTAACGAGCC;SOR=0.771;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=51;WE=125509510;WS=125509492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,88:0.46:190
chr12	125562809	rs7303092	G	A	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=32;PP=1026;SC=CACATCTTCCGGGGCTGGGGC;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=125562817;WS=125562799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	125562966	rs4765025	T	G	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=107;SC=GACATGGTCATGGCAGAGTAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=125562974;WS=125562956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	125587706	rs7138557	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=369;SC=CTGGATCTTCTACTTGGGGTC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=125587714;WS=125587696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	125591844	rs2297478	C	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=413;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TCTGCAGGGCCTCCTGTTGTC;SOR=0.927;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=27;WE=125591852;WS=125591834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr12	125619308	rs2291248	C	T	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=581;ReadPosRankSum=-1.505;SC=TCCAGAGCTGCGGTGTGGCCC;SOR=0.714;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=43;WE=125619316;WS=125619298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,66:0.42:156
chr12	125621419	rs41473449	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=489;ReadPosRankSum=1.712;SC=CGGTATGGCCATCTCCCGCCA;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=37;WE=125621427;WS=125621409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,57:0.43:133
chr12	125810958	rs551601	T	C	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=137;SC=GTTGAAAAAGTCACTTGCCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=125810966;WS=125810952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	125811056	rs550677	A	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.33;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	125833964	rs7971264	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=8;PP=531;SC=TCTCAGAACACGGTTTTATTC;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=125833972;WS=125833954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	125834095	rs1491893	C	A	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=47;PP=2425;SC=CAGAGGAGTCCTTTTTCCTTA;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=124;WE=125834103;WS=125834085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	125834395	rs3803155	T	C	7053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=103;PP=2965;SC=GGGATGACAGTGACCTTACGG;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=77;TCR=103;TR=180;WE=125834403;WS=125834385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr12	125900048	.	T	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr12	125900095	rs3809261	T	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=516;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CGGCAGCAGGTGTGAAGATAA;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=40;WE=125900103;WS=125900085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,76:0.59:128
chr12	126003934	rs964998	T	C	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.72;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	126003934	.	TTGCTGA	CTGCTGA,CTGCTGT	330	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.78;NF=29,17;NR=11,7;PP=230,330;QD=6.61928031368;SC=TCTTGACATTTTGCTGAGTCT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=40,24;WE=126003948;WS=126003924;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:41
chr12	126003940	rs4765259	A	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=2.653;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr12	126068417	rs6489006	T	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=8;PP=987;SC=TTTTGAACACTGCCATTCTCA;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=126068425;WS=126068407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	126138341	.	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=421;ReadPosRankSum=0.092;SC=AGACCAAGAGGAAGAGTGTTC;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=29;WE=126138349;WS=126138331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr12	126138953	rs142308513	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=0.922;SC=GCCTGCAGTTCGAGGAGAGGA;SOR=0.836;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=3;WE=126138961;WS=126138943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr12	126932623	rs147751564	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=141;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TAGTGGCTATCGGGGCAGACA;SOR=0.787;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=12;WE=126932631;WS=126932613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr12	127229327	rs10773323	T	A	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=6;PP=1187;SC=AAAGGAAGAATCAACACTTTC;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=51;WE=127229335;WS=127229317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	128108655	.	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.427;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr12	128108780	rs3803151	T	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=14;PP=520;SC=GTCGCCATCGTGGAGCTGGGA;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=128108788;WS=128108770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	128899673	rs11059681	A	G	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.39;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	128899673	.	ACGGCGCCGGG	GCGGCGCCGGA,GCGGCGCCGGG	473	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=10,26;NR=8,20;PP=156,473;QD=11.637104159;SC=TGGGATGACCACGGCGCCGGG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=18,46;WE=128899691;WS=128899663;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.39:46
chr12	128899683	.	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr12	129028354	rs77116255	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=0.515;SC=TGGCATCACCACCACTGGGCA;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=129028362;WS=129028344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr12	129028401	rs61938604	G	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=411;ReadPosRankSum=0.669;SC=AAGTGGAAAAGCAAAACAGAA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=28;WE=129028409;WS=129028391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr12	129153986	rs4272850	G	A	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=30;PP=921;SC=GAACACCGCCGTACTCACAGG;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=129153994;WS=129153976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	129154027	.	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=403;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TCAAGGTGGTCTCTGTGGAGG;SOR=0.969;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=27;WE=129154035;WS=129154017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr12	129181625	rs902058	A	G	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=188;SC=ATGGGCCAGCATATAGAGTGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=129181633;WS=129181615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	129181701	rs902059	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=10;PP=538;SC=AAGAAATATTACTGGTAAAGG;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=129181709;WS=129181691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	129181810	rs885546	A	G	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=22;PP=833;SC=CAGAGAAGACAATAACCGTGC;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=46;WE=129181818;WS=129181800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	129181834	rs902060	A	G	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=22;PP=774;SC=ATGACAAAGTATCGGTGACAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=129181842;WS=129181824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	129189591	rs4533104	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=291;SC=TCTAAGGGAAAAGGCATCCCC;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=129189599;WS=129189581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	129189941	rs12424159	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,35:0.25:140
chr12	129190021	rs11059841	A	G	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=48;PP=1855;SC=GCACAGGCCAAGATGGGCACC;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=129190029;WS=129190011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	129190474	rs3812792	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=1.158;SC=TGGGGGATGCGCCGCCGCCCC;SOR=0.651;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=30;WE=129190482;WS=129190464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,48:0.35:138
chr12	129190913	rs7980709	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5603;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=-1.810;SC=GGCAGAAGGCGTTGTCAGTGG;SOR=1.739;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=14;WE=129190921;WS=129190903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr12	129278864	rs1059312	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=417;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CAGCCAGAAGAAAAAAGTAAT;SOR=0.425;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=27;WE=129278872;WS=129278854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr12	129293346	rs11059924	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CAGCAAAGGCCGAGCACATGA;SOR=0.512;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=10;WE=129293354;WS=129293336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr12	129298468	rs10688448	C	CAATA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr12	129298564	rs73149855	G	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=289;ReadPosRankSum=-0.482;SC=ATGAGTCATAGTTGGCCAGTG;SOR=0.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=19;WE=129298572;WS=129298554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr12	129298727	.	A	AGACCTGAGCGCCGTATGATG	783.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=0.235;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,28:0.25:112
chr12	129298775	.	C	CCACCGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGAG	1328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-3.106;QD=8.20;ReadPosRankSum=-2.479;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,36:0.22:162
chr12	129298779	.	C	T	746	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=20;NF=24;NR=31;PP=746;QD=14.1958402281;SC=ACCTGACCGCCGTATGATGGA;SbPval=0.19;Source=Platypus;TCF=88;TR=55;WE=129298788;WS=129298769;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:108,55:0.34:163
chr12	129298779	.	C	CGTATGATGGACCTGACCGCT	1869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=3.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=4.966;QD=19.48;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr12	129298819	.	C	CGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGACCGCCATATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGACCGCT	1592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-6.145;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,22:0.13:175
chr12	129299675	rs2306683	C	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=2.289;SC=GGATGAAAACCATATACGGTC;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=129299683;WS=129299665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	129348666	rs715805	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=198;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GATGCCAGCTCGGCTGGGGCA;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=17;WE=129348674;WS=129348656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr12	129348899	rs715804	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr12	129360441	.	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	129360498	rs482401	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=-1.157;SC=GCGTTTTGAAGGATGCCTTTG;SOR=0.644;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=11;WE=129360506;WS=129360488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr12	129373100	rs12309809	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=68;ReadPosRankSum=-0.551;SC=GGGAACTTCAGTGTTTAAGAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=6;WE=129373108;WS=129373090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr12	129391663	.	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	129410789	rs12425716	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=109;ReadPosRankSum=-0.395;SC=ATAAGAGTAGGAGAAGCTGGC;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=11;WE=129410797;WS=129410779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr12	129431897	.	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=251;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GCTGGGGTACGATTGATTGGA;SOR=0.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=18;WE=129431905;WS=129431887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr12	129441980	rs67694451	G	A	105.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTTGTGAGGTGCCAGAGGTCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=129441988;WS=129441976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr12	129559557	rs10773594	C	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.524;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=469;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TATCCAAGGGCGTGACTGAGC;SOR=1.445;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=28;WE=129559565;WS=129559547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr12	130015535	rs71082733	G	GA	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.067;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr12	130521184	rs611963	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=78;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=0.497;SC=GCAGTGAGCCGAGGTCATGCC;SOR=1.112;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=4;WE=130521192;WS=130521174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr12	130521207	rs622000	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-0.761;SC=TGCACTCCAGCCTGGGCAACA;SOR=1.721;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=130521215;WS=130521197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr12	130521234	rs34472041	C	CAAA	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	130521306	rs600949	G	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr12	130647709	rs10848026	G	C	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1071;ReadPosRankSum=0.160;SC=TCGCGCCGCTGGTGGAGTACG;SOR=0.537;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=73;WE=130647717;WS=130647699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,104:0.68:154
chr12	130883554	rs79117967	CT	C	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.744;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr12	130884347	rs756186	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr12	130897150	rs12315966	G	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=0.621;SC=GGTCGAATAGGGGTTTGCGCT;SOR=0.275;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=8;WE=130897158;WS=130897140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr12	130898781	.	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=425;ReadPosRankSum=-2.253;SC=GGGCCGGGAGCTCTTCGGCAC;SOR=0.560;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=28;WE=130898789;WS=130898771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr12	130916685	rs7966010	T	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=347;SC=GGGTTTGTAATCTGAGCAGAT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=130916693;WS=130916675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	130919306	.	G	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=328;ReadPosRankSum=-2.075;SC=AGCCTTTCAGGAAGTCGTCCA;SOR=1.071;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=21;WE=130919314;WS=130919296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr12	130922870	rs2292665	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=4.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.980;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,13:0.13:99
chr12	130922880	.	A	ACC	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=16.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,17:0.18:94
chr12	130922884	rs201205931	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=12.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,18:0.18:99
chr12	130935710	rs2398519	C	G	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=21;PP=1269;SC=GCACAGGCAGCCCCGGCAGCC;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=130935718;WS=130935700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	130941150	rs2277361	G	C	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	130941338	rs1356081	G	A	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=34;PP=902;SC=GTGTGCACATGTGCACTGTGT;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=130941346;WS=130941328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	131276448	rs4759786	G	T	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=31;PP=942;SC=ATGGTTGCTAGGACAATGTTG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=131276456;WS=131276438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	131280714	rs10848205	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr12	131280752	rs34749116	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=426;ReadPosRankSum=-0.914;SC=AAAATAAAACGACCTGGCCAG;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=24;WE=131280760;WS=131280742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr12	131285663	rs1881060	T	C	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=13;PP=796;SC=ACATGACTGATATCTCTCTTG;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=38;WE=131285671;WS=131285653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	131296880	rs7961690	G	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=74;ReadPosRankSum=2.221;SC=TGCCTGGGATGGGCTTCAGAA;SOR=0.371;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=7;WE=131296888;WS=131296870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr12	131296908	rs9668291	C	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.047;SOR=1.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr12	131306314	rs17564	C	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=0.961;SC=TTTATCAATACTGTTTCTAAT;SOR=1.127;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=9;WE=131306322;WS=131306304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr12	131323708	rs10848214	T	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	131358552	rs7136324	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	131358701	rs59236418	A	AT	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.722;NF=0;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GCCTATCTGGATTTTTTAAGA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=131358709;WS=131358691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr12	131359298	rs7958223	C	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=0.219;SC=ATTAAAACTTCCTGAGTTATT;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=15;WE=131359306;WS=131359288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr12	131359314	rs191038625	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	131360360	rs73461299	G	T	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=558;ReadPosRankSum=-1.160;SC=CAGATTGTTCGGTTTGGCTTG;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=38;WE=131360368;WS=131360350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,60:0.66:91
chr12	131438971	rs56090874	G	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.29;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr12	131439239	rs10848261	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TGAGCACCGCTCTCCCCCTGC;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=131439247;WS=131439229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	131453378	rs7309920	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=360;SC=GGCTGGGGGATGTGAGGTCCG;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=131453386;WS=131453368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	131453461	rs80224014	G	T	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	131456038	.	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=-1.654;SC=AGGCATTTACCTGAAAGAGGA;SOR=0.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=11;WE=131456046;WS=131456028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr12	131466562	rs4759534	T	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=317;SC=TGGAGCTGTATACGCGGGACA;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=131466570;WS=131466552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	131471608	rs1547577	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=10;PP=614;SC=ATTCCCACAGTACTCAGAATG;SOR=1.347;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=131471616;WS=131471598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	131476665	rs55788836	CAAA	C	607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;QD=28.94;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	131485014	rs4759821	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=177;SC=TGGTCGGTCATGGTGGCTCAT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=131485033;WS=131485004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	131485025	rs4759822	A	G	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=5;PP=137;SC=GGTGGCTCATACCTATAATCC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=131485033;WS=131485004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	131488568	.	C	CT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	131488858	rs12311722	T	C	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.08;NF=30;NR=53;PP=1286;SC=GTGGCTGCGCTGGACTCCCTT;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=83;WE=131488866;WS=131488848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	131490413	rs7978321	A	G	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=10;PP=866;SC=GAGGGTTCTTAGGAGTGAGGG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=41;WE=131490421;WS=131490403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	131498946	rs1212936	C	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=25;PP=665;SC=CTGAGGAATGCTGGGTTGTCT;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=131498954;WS=131498936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	131498995	rs1195923	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=369;SC=CCTTGGTGCCGGCCCGAACTG;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=131499003;WS=131498985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	131555329	rs10744491	C	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=12;PP=457;SC=GCTGATTGGACTGTGGAGTAC;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=131555337;WS=131555319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	131603031	rs7295131	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=0.044;SC=TTTGGCAGGCGTTCCATGGAA;SOR=0.826;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=14;WE=131603039;WS=131603021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr12	131605351	.	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.795;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=518;ReadPosRankSum=-1.824;SC=CTGGCAGGTGGAACGAGGTTG;SOR=0.665;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=31;WE=131605359;WS=131605341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr12	131605443	rs11610576	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=122;ReadPosRankSum=-2.099;SC=TAGCCCCTGCCCTGTTTGTCA;SOR=1.213;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=14;WE=131605451;WS=131605433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr12	131620588	rs868158	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=195;ReadPosRankSum=1.190;SC=CCAGGTTGACAGCCAAGGCAG;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=18;WE=131620596;WS=131620578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr12	131620738	rs2280683	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=60;ReadPosRankSum=0.683;SC=GCGGGGAGGCAGGGCCGCCAG;SOR=1.154;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=8;WE=131620746;WS=131620728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr12	131622735	rs7302341	T	C	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=712;ReadPosRankSum=0.057;SC=CGAGCAGCTCTGCCCGCACCT;SOR=0.740;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=56;WE=131622743;WS=131622725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,97:0.63:153
chr12	131622753	rs144740398	G	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,48:0.36:135
chr12	131623850	rs35160436	A	AC	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=-1.772;SC=CTCAGAACACACCCCCCCAAA;SOR=0.632;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=11;WE=131623858;WS=131623840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr12	131687263	rs61937058	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr12	131687287	rs7486559	G	C	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=21;PP=1144;SC=CCTCCTCCCCGCGACGTGACG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=131687295;WS=131687277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	131692116	rs11061381	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.900;NF=17;NR=4;PP=331;ReadPosRankSum=1.784;SC=CTGGGAGGGGTGGCCCATGGC;SOR=1.358;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=21;WE=131692124;WS=131692106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr12	131954010	rs201016738	C	T	196.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.42;MQRankSum=-1.012;QD=16.41;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	132209932	rs138640311	ATG	A	1200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.294;NF=7;NR=10;PP=641;ReadPosRankSum=0.158;SC=TGACGTGAATATGTGTGTTTT;SOR=0.539;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=17;WE=132209941;WS=132209922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,40:0.38:105
chr12	132237848	rs1982528	T	C	6383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=84;PP=2797;SC=ACCACACCACTACCGCCCCCA;SOR=0.924;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=152;WE=132237856;WS=132237838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr12	132240010	rs34541796	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=2.781;SC=GAAAGAAGGGGGCGATAGCAT;SOR=0.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=17;WE=132240018;WS=132240000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr12	132241229	rs7136191	A	G	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	132269830	rs66665803	G	GA	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr12	132271113	rs7136643	T	C	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=13;PP=456;SC=CTGGGGCCAGTAGGAAGCGGA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=132271121;WS=132271103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	132313021	.	G	A	55.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=0.253;QD=11.17;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	132313098	.	G	GGCTGCCGCT	397.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=780;SC=GGACTCTCGCGGCTGCCGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=132313106;WS=132313088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	132323082	rs7971187	A	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	132323089	rs7965611	C	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	132323250	rs4964883	C	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=-1.375;SC=CAGGCTCCAGCCCCCACCAAG;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=132323258;WS=132323240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr12	132323294	rs4964884	T	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	132325239	rs6598163	G	A	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=752;ReadPosRankSum=0.457;SC=GGCGGGCAGCGCCGCCGACAT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=96;TCR=89;TR=64;WE=132325247;WS=132325229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,117:0.37:315
chr12	132326051	rs4964929	C	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=394;SC=CCCTCTGGCGCAGCCGGCATC;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=132326059;WS=132326041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	132326298	rs35466884	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=0.651;SC=GACCCGCTGCGCTACGGGCTC;SOR=0.608;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=20;WE=132326306;WS=132326288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr12	132329553	rs61942397	A	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.05;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr12	132329579	rs148088270	TCAGGTCAGGGGCTCTGCCGCAGGATGCCCTGTCCCGCGCTGCC	T	1283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.309;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=2968;ReadPosRankSum=0.694;SC=CCCATGCCGCTCAGGTCAGGG;SOR=1.402;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=9;WE=132329629;WS=132329569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr12	132329807	rs11611232	T	C	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.937;SC=GTGCAGACCGTCTCTGCAGCC;SOR=0.566;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=69;WE=132329815;WS=132329797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,113:0.60:189
chr12	132391983	.	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=2.338;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,47:0.77:61
chr12	132395052	rs7295593	G	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=255;SC=AGCAGGCTTGGGATGGGGATG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=132395060;WS=132395043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	132396343	rs11615995	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=329;SC=GAGCGGAGCACAGGAAGAAAG;SOR=2.093;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=19;WE=132396351;WS=132396333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	132396603	rs11616018	C	T	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=32;PP=833;SC=GTGACACAGACGACTTCGTCA;SOR=0.924;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=132396611;WS=132396593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	132398255	rs68126752	AC	A	101.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr12	132398256	rs4964880	C	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr12	132401566	rs11546871	C	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=25.03;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	132401642	rs7959651	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQRankSum=3.908;QD=21.17;ReadPosRankSum=1.035;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr12	132401663	rs7959661	T	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQRankSum=2.655;QD=18.86;ReadPosRankSum=-2.655;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	132403161	rs11609348	A	G	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=26;PP=1064;SC=CGACCCCATTACTGCGAACCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=132403169;WS=132403151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	132404212	rs7299195	A	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=18;PP=497;SC=GTGACAGGGTAACAGGGAGGC;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=132404220;WS=132404202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	132406275	rs7311029	A	C	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=19;PP=1219;SC=CTGCTTAGGGAAGGTCAGCAG;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=132406283;WS=132406265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	132426506	rs149378338	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=7.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=480;ReadPosRankSum=1.851;SC=ACCGCTCTCACGGCAGGTGGC;SOR=1.625;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=31;WE=132426514;WS=132426496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr12	132427909	rs7961398	A	G	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=132;SC=CTTTCCCTGCACAGGTTCCTG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=132427917;WS=132427899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr12	132476121	rs62737460	C	CT	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.537;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr12	132522187	.	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=5.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,29:0.27:106
chr12	132547093	.	ACAG	A	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=1.143;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,16:0.12:138
chr12	132552040	rs11246912	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=-1.480;SC=AGGTACCGGGGCTAGGGGATT;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=132552048;WS=132552030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	132626668	rs1133690	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=10;PP=808;SC=ACATACCTGCTGGGCCAGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=132626676;WS=132626658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	132627072	.	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=0.131;SC=GGAGGCCTGGGAACCGCTCCC;SOR=1.204;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=6;WE=132627080;WS=132627062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr12	132633321	rs202156229	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=451;ReadPosRankSum=-1.638;SC=CTGCCGGCCCCCGCCCAGCTG;SOR=0.352;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=13;WE=132633329;WS=132633311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr12	132633506	.	CT	AC	419	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MMLQ=23;MQ=51.39;NF=3;NR=8;PP=419;QD=42.9516249875;SC=CGCCTCACTCCTACCACACCC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=11;WE=132633515;WS=132633496;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,11:0.58:19
chr12	132635521	rs7397057	T	C	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=21;PP=781;SC=TCTGTCTGTCTGCAGGGGGGG;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=132635529;WS=132635511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	132635647	.	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=3.429;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr12	132635779	rs12818246	C	T	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=27;PP=1049;SC=GCTCCATCCGCTGCTCCTTCC;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=59;WE=132635787;WS=132635769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	132682481	rs12308155	T	G	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.39;ReadPosRankSum=2.808;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr12	132682484	rs12306514	A	G	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=2.068;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr12	132683632	rs4074045	A	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr12	132683690	rs4074046	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr12	132683862	rs6598205	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr12	132685566	rs7953158	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=0.431;SC=GCTACCTCTCCGTGTGCATGT;SOR=0.307;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=132685574;WS=132685562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	132685826	rs11246988	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr12	132685837	rs10794457	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr12	132685899	rs11246989	G	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=22;ReadPosRankSum=1.343;SC=GGGACCAAGTGCCCTCACAGG;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=4;WE=132685907;WS=132685889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr12	132685940	rs61329617	A	AGGCCCCATCC	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	132685953	rs59310537	T	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.545;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	132685958	rs35906641	A	ACC	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.189;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	132688137	rs7486927	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=426;ReadPosRankSum=0.351;SC=TGCGCTTGGCATAGTAGTCAA;SOR=0.751;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=37;WE=132688145;WS=132688127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,60:0.36:168
chr12	132688279	rs10902510	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=193;ReadPosRankSum=-1.331;SC=TCCCAACGGAAGCGGGCAGCC;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=16;WE=132688287;WS=132688269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr12	132824337	.	C	T	6042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=1.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.929;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,295:0.70:423
chr12	132838979	.	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=0.406;SC=GCTCCACCCAACCCCAACTCA;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=132838987;WS=132838969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr12	132839265	rs28431148	A	G	101.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5104;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GGGACCCCGGAAGCCATAGCT;SOR=1.981;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=132839273;WS=132839255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	132862976	rs28503969	G	A	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=774;ReadPosRankSum=1.024;SC=CCTGGCCCAGGCCTCCTGGCC;SOR=0.570;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=57;WE=132862984;WS=132862966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr12	132911861	rs28672358	G	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=1.671;SC=GTGTGTGCCTGTGTGTGTGCC;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=132911869;WS=132911851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
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chr12	132911948	rs28722154	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=-1.375;SC=TGTACATATATGTGCATGTGT;SOR=0.527;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=11;WE=132911956;WS=132911938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr12	133032033	.	T	C	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=443;ReadPosRankSum=0.184;SC=TGGATGTGTGTGCGTGTGGAC;SOR=0.458;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=34;WE=133032041;WS=133032023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr12	133067343	.	A	G	138.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=63;SC=CGCGCCCCGCACCGCGCGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=133067351;WS=133067333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	133067473	rs28435470	G	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=11;PP=280;SC=CGGCTTCGCAGGCGTTGAGGC;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=133067481;WS=133067463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	133104461	rs4883566	A	G	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=13;PP=813;SC=TGAGGGCTGCAGGGCAGCTGT;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=133104469;WS=133104451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	133146416	rs7312710	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr12	133146457	rs3751316	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr12	133153281	rs10870473	A	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr12	133158632	rs3751304	C	T	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=758;SC=TCATGCTCCCCGGCCTCTGCC;SOR=2.891;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=133158640;WS=133158622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	133158974	.	TTCCCCCTCCCCC	T	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.77;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr12	133158988	.	GTTCCCCTTCCCCGTTC	G	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.73;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr12	133159733	rs11550079	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr12	133159846	rs56171012	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=-2.368;SC=GGCGGGCGGCCTGCACCCCGC;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=9;WE=133159854;WS=133159836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr12	133160238	rs7966712	G	C	95.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	133160295	.	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	133179816	rs4883635	C	T	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1315;ReadPosRankSum=1.017;SC=ACAGACACTTCGCGCCACCAG;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=88;WE=133179824;WS=133179806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,121:0.69:176
chr12	133181399	rs11146963	T	C	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=44;PP=1647;SC=TCGTGTCTCCTGCATGGCTCC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=99;WE=133181407;WS=133181389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	133181425	rs11146964	A	G	4240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=50;PP=1902;SC=GCCCTGAAACACCACTCACCA;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=108;WE=133181433;WS=133181415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	133182818	rs12819734	G	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=461;ReadPosRankSum=-1.550;SC=TAGCAGCAGCGTCCACCCCGG;SOR=0.699;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=32;WE=133182826;WS=133182808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,58:0.73:79
chr12	133195367	rs7314492	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	133195417	.	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr12	133195579	rs200710959	CGCGGGGCGCGGGGT	C	1053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=40.53;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	133195625	rs11146976	G	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.38;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	133196596	rs7964634	T	C	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=46;PP=1250;SC=GCCTGAGGACTGGGCGCTGTG;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=64;WE=133196604;WS=133196586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	133196733	rs7955816	C	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	133196773	rs7964872	T	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.37;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	133197018	rs6560891	G	A	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=34;PP=1169;SC=CTCGCCTCCTGCCGCCTCCTC;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=63;WE=133197026;WS=133197008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	133198021	rs4883632	C	T	4185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=71;PP=1846;ReadPosRankSum=-0.008;SC=CCCCATCAGACGCCGTCAGAC;SOR=0.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=228;TCF=106;TCR=122;TR=129;WE=133198029;WS=133198011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,207:0.62:333
chr12	133201440	.	GAGGAGGCCA	G	2976	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=15;PP=2976;QD=20;SC=TCCACTCAGAGAGGAGGCCAA;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=19;WE=133201460;WS=133201430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:29,19:0.40:48
chr12	133201441	rs199947622	AGGAG	A	1518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=1.184;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,44:0.36:121
chr12	133201447	rs375041812	CCAAGG	C	1515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,44:0.37:120
chr12	133201452	.	G	C	1633	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=13;NR=15;PP=1633;QD=59.563257591;SC=GGAGGCCAAGGAGGCCAGGCT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=28;WE=133201460;WS=133201430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:46,28:0.38:74
chr12	133201947	rs4883544	T	C	5192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=58;PP=1988;SC=GGCCGAGCTGTGCAACTCCCT;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=119;WE=133201955;WS=133201937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	133202004	rs4883543	C	T	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=858;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TGCCTCCTTCCGCTAGAACGA;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=61;WE=133202012;WS=133201994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,100:0.62:161
chr12	133202215	rs5745075	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=482;ReadPosRankSum=1.498;SC=ACGGGCAGGCGGCATGCACGA;SOR=0.948;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=34;WE=133202223;WS=133202205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr12	133202428	rs5745073	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=0.185;SC=AGGATCTCAGGAGAGGAAGGG;SOR=1.349;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=17;WE=133202436;WS=133202418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr12	133208886	rs5745023	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=0.263;SC=CTCACACGCACGCTGGCACTC;SOR=1.802;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=133208894;WS=133208876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	133208979	rs5745022	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=7;PP=344;SC=GAAACATCTCTGAGAGCTCAG;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=21;WE=133208987;WS=133208969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	133210985	rs5745005	C	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=425;SC=TGAGACAACGCGGCTGTGTTT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=133210993;WS=133210975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	133212382	rs5744993	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.249;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr12	133212582	rs5744990	G	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr12	133212692	rs4883625	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=21;PP=424;SC=TGTATCTATCTGTACCCTCCA;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=133212700;WS=133212682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	133212737	rs4883624	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TTCATTCAGACCACATCATCC;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=133212745;WS=133212727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	133214517	rs5744975	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	133214522	rs5744974	G	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=120;SC=CCCAGGAGGAGAGCTGGCACC;SOR=3.500;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=133214530;WS=133214507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	133214768	rs5744970	A	G	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=47;PP=1390;SC=CGCCACAGTCATGGAGAGCCA;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=133214776;WS=133214758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	133218724	rs5744951	C	T	121.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5211;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCAGAAACACCAGCCAGGTCT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=133218732;WS=133218714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	133219831	rs5744944	T	C	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=376;ReadPosRankSum=1.232;SC=CAAAGACGGATGCCCTGCGCT;SOR=1.082;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=25;WE=133219839;WS=133219821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr12	133219989	rs5744941	A	T	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,71:0.38:189
chr12	133220230	rs5744939	T	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=168;ReadPosRankSum=0.890;SC=GGGATGTGGCTGTGCCCCTGC;SOR=0.926;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=13;WE=133220238;WS=133220220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr12	133220321	rs4883614	T	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=10;PP=544;SC=ACGAGTCCACTGTCGCTGCTG;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=133220329;WS=133220317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	133220652	rs5744932	A	AG	1398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=850;SC=TCGGAGTCCTAGACTTCTGGT;SOR=1.352;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=133220660;WS=133220642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	133220670	rs10870483	G	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=17;PP=396;SC=GGTGCCCCTAGCGACGGGGTA;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=23;WE=133220678;WS=133220660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	133225446	rs4883538	G	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=388;ReadPosRankSum=-0.163;SC=CTGGAGGCCAGGCTAGATCAT;SOR=0.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=27;WE=133225454;WS=133225436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr12	133225713	rs5744903	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=727;ReadPosRankSum=0.296;SC=AACCCACAGACGGGGCCACCT;SOR=0.804;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=19;WE=133225723;WS=133225703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr12	133225715	.	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=933;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CCCACAGACGGGGCCACCTTC;SOR=0.335;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=20;WE=133225723;WS=133225703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr12	133226159	rs4883613	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=4;PP=123;SC=ATGCCCGCCATGACTTTCTCA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=133226167;WS=133226149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	133226196	rs4883537	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=-1.376;SC=GGGTCAGGACGCATCTCGGGC;SOR=0.976;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=133226204;WS=133226186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	133233705	rs5744889	T	C	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=7;PP=529;SC=AGCCCAGCCTTGGGGCCCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=133233713;WS=133233695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	133234389	rs5744884	CAT	C	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=2.040;SC=CCAACTCAGACATATTCTGCT;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=7;WE=133234398;WS=133234379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	133234741	rs10649524	C	CGTGT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=184;ReadPosRankSum=0.431;SC=GTAACACGTGCGTATGTGTAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=133234749;WS=133234731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr12	133238076	rs5744844	T	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=446;ReadPosRankSum=0.923;SC=TCTCAATCCATGTCCTTTCTA;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=36;WE=133238084;WS=133238066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr12	133240782	rs4883592	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=206;ReadPosRankSum=0.392;SC=TTTCCTTTTCACCCAGTGTGT;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=12;WE=133240790;WS=133240772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr12	133241144	rs5744832	C	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	133242140	rs4883586	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-1.001;SC=TCAAATCTATAGAAAACCTAA;SOR=1.518;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=8;WE=133242148;WS=133242130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	133245149	rs5744798	A	G	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=682;ReadPosRankSum=-0.344;SC=GCTTCCCACCAAGTGGAGAAA;SOR=0.656;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=45;WE=133245157;WS=133245139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,88:0.63:139
chr12	133249139	rs5744780	T	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=340;ReadPosRankSum=3.468;SC=GGGCTTTATTTCAGCCCCTGC;SOR=0.340;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=25;WE=133249147;WS=133249129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr12	133250017	rs5744776	C	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=-1.216;SC=GGAGACACAGCCTGCTGGGTG;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=11;WE=133250025;WS=133250007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr12	133250118	rs4883555	C	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=555;ReadPosRankSum=-0.965;SC=CATCTGGATGCGTGCACACGG;SOR=0.798;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=36;WE=133250126;WS=133250108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr12	133252556	rs4883545	T	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=369;SC=AAGACGGTCATACCCTGAGAA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=133252564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	133252796	rs4077170	C	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=0.340;SC=TAGCCCTAGCCAAGTTCATTA;SOR=0.582;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=16;WE=133252804;WS=133252786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr12	133253995	rs5744751	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,40:0.27:148
chr12	133254083	rs5744750	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr12	133256650	.	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,32:0.20:157
chr12	133257887	rs5744733	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=168;ReadPosRankSum=1.189;SC=AAGGGAACCCCGTGCTTAATT;SOR=0.986;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=14;WE=133257895;WS=133257877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr12	133257929	rs370784976	CT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.956;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	133263743	rs111877885	A	C	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=1;PP=198;SC=GGCTGCGGGAACCGGGCCTCC;SOR=3.056;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=133263751;WS=133263733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	133263825	rs2075784	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-2.329;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	133264332	rs11538534	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=-0.488;SC=CGCCCAGTACCTGCTCTTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=133264340;WS=133264322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr12	133272380	rs10781627	G	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GGAAGCAGGGGTTAGGACCTG;SOR=0.184;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=133272388;WS=133272370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr12	133272441	.	A	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=313;ReadPosRankSum=-1.386;SC=GAGAACCACAATCTGGCTCAC;SOR=1.249;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=19;WE=133272449;WS=133272431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr12	133272470	rs74727297	G	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GGGGCCTCAGGTTCTTCTTCA;SOR=0.481;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=13;WE=133272478;WS=133272460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr12	133277983	rs7958567	T	C	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=9;PP=262;SC=CAGCCTCTGCTAACATTACTT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=133277991;WS=133277973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	133281462	rs10007	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=315;ReadPosRankSum=2.042;SC=AAAGGCAGTCGCTGCCTTCAG;SOR=0.377;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=13;WE=133281484;WS=133281452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr12	133281476	rs7979132	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=315;ReadPosRankSum=-0.513;SC=CCTTCAGGTGGTGCTGCCCCA;SOR=0.501;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=13;WE=133281484;WS=133281452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr12	133287459	rs7486453	C	T	40.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	133287721	rs7973452	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	133306908	.	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr12	133310659	rs372085055	TA	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.691;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.930;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr12	133318406	rs11147040	G	T	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,92:0.67:137
chr12	133349620	rs3741483	C	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	133349893	rs3741484	A	G	81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	133353168	.	C	T	266	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=56.57;NF=12;NR=0;PP=266;QD=25.0642677123;SC=GCCCCTCCAGCTCCTTCCTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=133353176;WS=133353166;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr12	133354470	rs900444	T	C	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=53;PP=1446;SC=AGGGGGTGAATGCACTCCCGG;SOR=1.149;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=82;WE=133354478;WS=133354443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	133354485	rs900445	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=697;ReadPosRankSum=-1.117;SC=TCCCGGCCCCGTGCATGTCCT;SOR=1.005;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=46;WE=133354493;WS=133354475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr12	133357412	rs2291260	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.09;ReadPosRankSum=0.269;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr12	133357645	rs35956026	CA	C	96.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=-2.100;SC=GAATCTGTGACAAAAACAGAA;SOR=0.105;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=133357653;WS=133357635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr12	133360530	rs11147073	T	C	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=7;PP=744;SC=TCTGTAACCATTCCACCAAAG;SOR=2.356;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=133360538;WS=133360520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	133363006	rs12823938	G	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=636;ReadPosRankSum=1.906;SC=CCTTGGCCGCGAGGGCCTCCT;SOR=0.767;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=40;WE=133363014;WS=133362996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,57:0.72:79
chr12	133363376	rs7976379	G	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=21;PP=779;SC=TGCAACGACTGTGGAAGGGAA;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=133363384;WS=133363366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	133365497	rs968522	A	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=822;SC=ACAGGCCCCGACCCAGACAGA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=13;WE=133365510;WS=133365487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	133365507	rs148112035	A	ACCCCGCCCCAGACACAGG	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.20;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	133372395	rs4758905	A	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.433;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,19:0.17:114
chr12	133372576	rs373890860	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.864;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=224;ReadPosRankSum=-2.029;SC=CCGCCTCCAAGATGATCTTCT;SOR=0.285;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=24;WE=133372584;WS=133372566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,37:0.31:120
chr12	133373375	rs2242292	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=54;ReadPosRankSum=1.836;SC=AGAAACCCACCGCCCTGGCAT;SOR=0.238;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=8;WE=133373383;WS=133373365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr12	133378610	rs75002364	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GGGGGAGTCCGCAGCTCCGCG;SOR=0.223;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=133378618;WS=133378600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr12	133383923	rs10781653	T	C	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=32;PP=1036;SC=CCTCATTTTCTTTCACACTCC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=133383931;WS=133383913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	133384864	rs3741486	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=2.149;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,31:0.23:132
chr12	133389998	rs7134809	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr12	133393086	rs113953669	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr12	133398395	rs11147096	A	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.363;NF=38;NR=5;PP=706;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AGCCGAGATCACGCCACTGCA;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=43;WE=133398403;WS=133398385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,39:0.85:46
chr12	133398439	rs66472368	CA	C	1062.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,71:0.74:96
chr12	133398451	rs7298097	A	C	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=2.164;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,109:0.83:131
chr12	133417982	rs375411000	T	TAA	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=360;ReadPosRankSum=-0.334;SC=ACTCAGAGGGTAAAGCTCCAC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=133417990;WS=133417972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr12	133418069	rs1045979	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr12	133423695	rs2306537	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=1.266;SC=TTCCATGTCAAACCTCTGGTT;SOR=0.790;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=10;WE=133423703;WS=133423685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr12	133423866	rs10747087	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=AGGGCTGCACGTTCACGGCCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=133423874;WS=133423856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	133428131	rs2306540	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,46:0.23:198
chr12	133428242	rs2306541	G	A	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.875;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=956;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CTCGCGCTCCGCTCTCCGGTC;SOR=1.053;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=56;WE=133428250;WS=133428232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,77:0.72:107
chr12	133433173	rs2062163	T	C	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	133435716	rs35011845	T	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,27:0.20:135
chr12	133438274	rs2306542	C	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=0.586;SC=CAGGAGAGAACCATGCCTGTA;SOR=0.560;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=15;WE=133438282;WS=133438264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr12	133439115	rs9943858	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	133447195	rs12821502	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=472;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GCAGTGAGCTGAGATCGCGCC;SOR=0.277;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=32;WE=133447203;WS=133447185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr12	133447242	rs12832244	T	C	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=642;ReadPosRankSum=2.339;SC=CGAGACTCCATCTCAAAACAC;SOR=0.488;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=41;WE=133447250;WS=133447232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,62:0.66:94
chr12	133448815	rs2291254	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=1.310;SC=TTCAGAGAGCGCCCTCACGTG;SOR=0.075;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=133448823;WS=133448805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr12	133682655	rs710945	A	G	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.18;QD=26.12;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	133683261	rs905226	T	C	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=48;PP=864;ReadPosRankSum=-0.163;SC=AGAAAAACTATGAATGTATGG;SOR=0.591;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=71;WE=133683269;WS=133683251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,97:0.70:138
chr12	133683280	rs905225	A	T	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=51;PP=1420;SC=GGAATTTTTTAAAAAGAAGTA;SOR=2.381;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=67;WE=133683288;WS=133683270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	133696743	rs144074942	G	GAAC	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=4;PP=425;SC=AGTATTTACAGAAAATGTTAT;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=9;WE=133696751;WS=133696733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	133696785	rs11147239	C	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=460;SC=AACCTTAAATCGTTCTTTTAG;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=133696793;WS=133696775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	133697130	rs2173970	CA	GG	3139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.74;ReadPosRankSum=-1.153;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,80:0.66:122
chr12	133697760	rs7953400	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-2.018;SC=GTATCACATTCATGACTTTCA;SOR=0.684;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=12;WE=133697768;WS=133697750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr12	133698537	rs11615248	G	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=302;ReadPosRankSum=0.566;SC=CAGTAGAGTAGAGAGATCAGG;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=17;WE=133698545;WS=133698527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr12	133721407	rs12310822	C	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.909;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr12	133721452	rs11613951	T	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=324;ReadPosRankSum=0.050;SC=CAAAAACAGGTATTTACAAAC;SOR=0.711;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=20;WE=133721460;WS=133721442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr12	133732512	rs11147259	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=2.389;SC=CACCTTATTCAGTTTGCAAGA;SOR=0.504;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=9;WE=133732520;WS=133732502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr12	133732624	rs3763151	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=0.172;SC=GAGAGAAACCCTATGAATGTA;SOR=1.085;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=8;WE=133732632;WS=133732614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr12	133767966	rs11147291	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=-0.524;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	133768273	rs10870589	G	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr12	133768553	rs61960670	A	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=568;ReadPosRankSum=-1.990;SC=AGAGCTGTGTATGGTGCAGGC;SOR=0.571;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=43;WE=133768561;WS=133768543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr12	133770096	rs61960671	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=0.701;SC=CCAAGATGACGCCTTGTTGCT;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=9;WE=133770104;WS=133770086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	133770306	rs7960924	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	133778684	rs7963812	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	133778796	rs7975069	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=-1.065;SC=CTGGGAAGTACGGCAAAAAGC;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=7;WE=133778804;WS=133778786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr12	133780851	rs62644541	G	C	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=891;ReadPosRankSum=-0.149;SC=ATGCACACAAGAGAGAAACCA;SOR=0.619;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=53;WE=133780859;WS=133780841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,67:0.57:118
chr12	133787329	rs138369699	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=1.335;SC=AAGGCAGCTCAGTCTTTACTG;SOR=0.704;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=14;WE=133787337;WS=133787319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr12	133795418	rs142613020	C	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=258;ReadPosRankSum=0.768;SC=GTTGACCAGGCAGACCATCCA;SOR=0.620;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=20;WE=133795426;WS=133795408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr12	133796033	rs36130280	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=330;SC=TGTGCTTTCTCCCTCATCAGG;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=133796041;WS=133796023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	133797649	rs147515371	T	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=334;SC=TGTAGGCTTGTGGGGACTGTT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=133797657;WS=133797639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	133797841	.	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr12	133803093	rs137878698	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CCATCAGGTATGAGCAGCCCT;SOR=0.129;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=13;WE=133803101;WS=133803083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr12	133803551	rs36146434	G	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=298;ReadPosRankSum=0.105;SC=CACAAACCCAGAGTCAACACG;SOR=0.892;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=16;WE=133803559;WS=133803541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr12	133808129	rs147259575	C	T	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=566;ReadPosRankSum=-0.140;SC=ACTTCTGCACCGGGGTGAGCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=37;WE=133808137;WS=133808119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr12	133810703	rs141475940	G	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=352;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CCTCCAGGAGGCGGCAAGCCG;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=23;WE=133810711;WS=133810693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr13	19600475	rs9511168	C	A	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=22;PP=961;SC=CTGGTCTTGTCGCATCTTCTC;SOR=0.992;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=54;WE=19600483;WS=19600465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	19601129	rs35887366	TA	T	1822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=40;PP=939;SC=TCAACACCTGTAAAAAAAATA;SOR=1.264;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=42;WE=19601137;WS=19601119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	19601182	rs2039524	C	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=773;SC=TATTTGGCTTCTAGTAAAAAT;SOR=3.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=36;WE=19601190;WS=19601172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	19606506	rs12865916	C	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=152;SC=AACTCAAAAACGAAAATTTTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=19606514;WS=19606496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	19747983	.	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.787;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr13	19752625	rs605109	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=29;PP=783;SC=TACAAAGTACATGCTGTTCAA;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=19752633;WS=19752615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	19756026	rs783595	C	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=141;SC=TTGGTCCGGACGTCCTGGGAG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=19756034;WS=19756016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	19775652	rs66950030	CA	C	208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=149;SC=TCAAGTTTTACAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=19775660;WS=19775642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	19775755	rs115152530	A	G	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=30;PP=1117;SC=TTTTTTCTGGATAGCCAGGAA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=70;WE=19775763;WS=19775745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	19775867	rs114445450	G	A	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.09;QD=41.38;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	19775875	rs138429293	T	C	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.36;QD=45.30;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	19778557	rs61946465	T	C	438.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.80;MQRankSum=2.930;QD=18.28;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr13	19778601	.	G	A	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=40.54;NF=7;NR=0;PP=62;QD=13.8244589353;SC=ATTCATACCCGTCATTGGAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=7;WE=19778609;WS=19778591;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,7:0.23:31
chr13	19778703	.	A	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.50;MQRankSum=-0.523;QD=24.82;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr13	19778705	.	C	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.26;MQRankSum=-0.655;QD=27.08;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr13	19778748	.	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQRankSum=-2.029;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr13	19782646	rs9512066	G	A	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=41;PP=1320;SC=TGCTCCACAGGGACCCATATC;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=75;WE=19782654;WS=19782636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	19801420	rs9551255	C	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.946;NF=27;NR=12;PP=619;ReadPosRankSum=0.870;SC=GTGTTCATGCCTAGCTGCTTC;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=39;WE=19801428;WS=19801410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr13	19933372	rs4771142	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.701;NF=13;NR=4;PP=217;ReadPosRankSum=-1.372;SC=AGTTCTGAGCGAGGGAGAAAT;SOR=1.101;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=17;WE=19933380;WS=19933362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr13	19941233	rs3002090	C	A	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=32;PP=904;SC=CCTAGTGATCCTACTGAATTA;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=53;WE=19941241;WS=19941223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	19943770	rs4112696	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.177;NF=14;NR=12;PP=308;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TGTCCACATCAAGGAGAATCA;SOR=0.811;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=26;WE=19943778;WS=19943760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr13	19949155	rs34247662	T	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.937;NF=6;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=0.600;SC=CAAATAAAAGTCATGTGCCCA;SOR=1.911;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=7;WE=19949163;WS=19949145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr13	19949218	rs35633897	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-4.970;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr13	19949227	rs34936230	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-4.894;QD=13.29;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr13	19949262	rs34280326	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.122;NF=8;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=1.030;SC=GAGGTAAGGCGAGAAGATGCA;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=16;WE=19949270;WS=19949252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr13	19949287	rs34088473	G	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.840;NF=6;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=0.680;SC=GCCCGCTCTCGGCTTTCAAAG;SOR=0.556;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=15;WE=19949295;WS=19949277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr13	19961851	rs79520815	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.349;NF=4;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GATAACGTCTATTTGATTTAA;SOR=0.616;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=8;WE=19961859;WS=19961841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr13	19962045	rs9554181	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.835;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=230;ReadPosRankSum=0.580;SC=TCGTGCTTTCGTTTGTTCATG;SOR=1.244;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=8;WE=19962063;WS=19962035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr13	19962055	rs9512903	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=600;ReadPosRankSum=2.081;SC=GTTTGTTCATGAAGATGAAGG;SOR=0.582;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=20;WE=19962063;WS=19962035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr13	20000630	rs2497218	T	C	5578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=62;PP=2077;SC=TTAATTAATATTTTGTCTGTT;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=107;WE=20000638;WS=20000620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr13	20000702	rs4408395	G	C	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=32;PP=949;SC=CCTAGATAACGATAACAAAAG;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=20000710;WS=20000692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	20004762	rs7139692	T	C	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=40;PP=862;SC=CTTAACATCATGGATTAAAAA;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=20004770;WS=20004752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	20004798	rs2497068	C	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=27;PP=706;SC=AAGCTAACAACGTATCAATAG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=20004806;WS=20004788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	20038584	rs7339103	A	G	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=32;PP=1223;SC=TTTGTCAGATAAAGACCCTTA;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=70;WE=20038592;WS=20038574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr13	20039289	rs2497079	A	T	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=13;PP=1167;SC=TATATTCTCAAGAATAAAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=20039297;WS=20039279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	20041323	rs2497251	G	T	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=99;SC=AATGCTAAAAGTAATGAAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=20041331;WS=20041313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	20041563	rs2492391	C	T	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=243;SC=CCACAAACTACTGACTCATCC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=20041571;WS=20041553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	20066994	rs78472618	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.09;MQRankSum=-6.628;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,27:0.23:115
chr13	20067011	rs76437836	A	C	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.16;MQRankSum=-7.060;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,34:0.25:135
chr13	20067081	rs76668072	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.24;MQRankSum=-5.855;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,41:0.35:117
chr13	20067140	rs76824079	T	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQRankSum=-3.613;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.584;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr13	20067145	rs112509877	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-3.583;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.324;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr13	20067148	rs77396540	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-4.109;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.973;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
chr13	20237066	rs186509645	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=-1.876;SC=GCCCGCAACCACTTGTGATAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=20237074;WS=20237056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr13	20240743	rs9508812	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=617;SC=GACTGTGCCATAGTTAAGTCA;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=20240751;WS=20240733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	20244960	rs3052670	CT	C	125.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=8.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.288;SOR=1.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr13	20247171	rs4769866	A	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.85;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	20247226	rs10706287	CG	C	1085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.76;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	20247238	rs10531847	GTT	G	1115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.85;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	20251791	rs2290810	T	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	20277413	rs75085951	T	C	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=4.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.34;MQRankSum=-3.901;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,140:0.37:378
chr13	20325625	rs2340650	C	G	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=46;PP=1336;SC=AACATTAAAACATACAGAAAT;SOR=1.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=64;WE=20325633;WS=20325615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	20356941	rs9508887	T	A	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=19;PP=526;SC=CCTAGATTTATAGACAGTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=31;WE=20356949;WS=20356931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	20398669	rs9508907	T	C	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=21;PP=784;SC=ATATAATCTGTGTTCTGCAGC;SOR=0.717;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=48;WE=20398677;WS=20398659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	20398742	rs9508908	C	T	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=26;PP=915;SC=CTATTGTTGACGTGCATTTCA;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=20398750;WS=20398732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	20605603	rs9509009	T	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.19;MQRankSum=1.037;NF=8;NR=18;PP=413;ReadPosRankSum=-0.021;SC=ATGTGTGTTATCTAATGCTAA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=26;WE=20605611;WS=20605593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr13	20608354	rs11272380	T	TTTTCTTGAGGTG	525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=2967;SC=TTCTTAAGCTTGTCGTCATAT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=20608362;WS=20608344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	20656138	rs11344087	CT	C	347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr13	20657188	rs9509028	T	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=0.106;SC=GTAACAGATTTCTATTTTTAT;SOR=0.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=19;WE=20657196;WS=20657178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr13	20716533	rs968566	G	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	20762956	rs3751385	A	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=15;PP=1175;SC=GGGAAATGCTAGCGACTGAGC;SOR=1.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=56;WE=20762964;WS=20762946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	20797639	.	A	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=329;ReadPosRankSum=1.348;SC=TTATCCCTAAACAGACAAAAG;SOR=1.075;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=25;WE=20797647;WS=20797629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr13	20978504	rs4638418	C	T	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=5;PP=134;SC=GCAATAAACCCTCAATGAACA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=20978512;WS=20978494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	20978664	rs3737036	T	C	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=95;SC=AGATCAAGGGTAAAGATTCCA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=20978672;WS=20978654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	21005941	rs4578496	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=1.648;SC=AGTGGGCCACATAGGTTATTA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=21005949;WS=21005931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr13	21005987	rs4614565	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr13	21006475	rs7983215	T	C	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=45;PP=1302;SC=AAGGAGATGATCCTGGGTTTG;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=21006483;WS=21006465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	21063524	rs14236	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=238;ReadPosRankSum=-1.192;SC=TGTGCATGGCACCCTCTACTG;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=20;WE=21063532;WS=21063514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr13	21148408	rs4326897	G	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-0.412;SC=ATAGTGAGCCGTGATTGTGCT;SOR=0.330;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=21148416;WS=21148398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr13	21148427	.	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=1.536;SC=CTACTGCATTCCAGCCTGGGC;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=21148435;WS=21148417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr13	21156999	rs9509289	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=365;SC=CAATAGATGAGTTATAGAGGC;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=21157007;WS=21156989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	21157257	rs35700311	GA	G	957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=677;SC=TAGTGTTAAAGATTATAACCA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=21157265;WS=21157247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	21170193	rs149283826	G	GTAAAA	84.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=114;SC=GACCTTGTCTGTAAAATAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=21170201;WS=21170183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	21205014	.	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=260;ReadPosRankSum=0.067;SC=TTCTTGTAATCTGTTTTCTTG;SOR=0.518;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=21;WE=21205022;WS=21205004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr13	21205124	rs35290473	TG	T	5058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=45;PP=2219;SC=CATATTACAGTGGTAGTAACC;SOR=0.794;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=53;WE=21205132;WS=21205114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr13	21205140	rs1329519	A	T	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr13	21205192	rs9509307	G	A	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=34;PP=903;SC=AAAAAGGACAGTAGAGTGAAA;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=49;WE=21205200;WS=21205182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	21237416	rs111647114	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=97;ReadPosRankSum=-2.296;SC=TGGCAGCGTGAGGACAGGACA;SOR=0.304;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=10;WE=21237424;WS=21237406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr13	21358061	rs17318617	A	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=19;PP=559;SC=TATTCAGCCTATTGAAGAGAT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=21358069;WS=21358051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	21361513	rs4146442	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=9;PP=566;SC=ATGGTTTCCTTGCCCCCGAAA;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=21361521;WS=21361503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	21374515	.	G	GA	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr13	21416945	rs2762995	G	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=5;PP=740;SC=TATGTTTTATGAAAGCTGCAG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=21416953;WS=21416935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	21429776	rs17320607	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	21442945	rs9509410	G	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=154;SC=CTTTTGGGGGGCAAGAGGAAC;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=21442953;WS=21442935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	21476997	rs7326480	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=17;PP=453;SC=CGCTGTCGACACCGGCGTCGC;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=19;WE=21477005;WS=21476987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	21555544	rs870846	CT	GA	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.67;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	21555554	rs870848	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.19;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	21562482	rs10658032	C	CGGGGCG	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.282;QD=29.53;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr13	21562832	rs2770928	C	T	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=20;PP=754;SC=GAGGTGCTGCCCAATTCATAC;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=21562840;WS=21562822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	21562948	rs558614	G	A	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=21;PP=763;SC=CTGGTGGGCCGCGGGACCGGC;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=21562956;WS=21562938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	21620085	rs7317471	T	C	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=58;PP=2268;SC=TGGATGGCTGTTTTAACCCCT;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=103;WE=21620093;WS=21620075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr13	21620222	rs112886172	T	TA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.810;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.586;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr13	21714920	rs2281914	G	A	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=854;ReadPosRankSum=0.646;SC=GGTGTTTTTGGTCTCGGGGAG;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=61;WE=21714928;WS=21714910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,85:0.57:150
chr13	21720956	rs4620	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=0.398;SC=TGGATGCAACCTTGAAAGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=21720964;WS=21720946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	21721220	rs3742222	G	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=260;ReadPosRankSum=0.105;SC=AATTTTGGAAGTGTGTTATAA;SOR=0.190;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=13;WE=21721228;WS=21721210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr13	21729064	rs9552370	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=218;SC=AACACTAATAATCCTTAAAGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=21729072;WS=21729054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	21729952	rs11446085	T	TA	615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.24;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr13	21732094	rs4770121	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	21736133	rs4561294	C	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=181;SC=CTTTATGGTACAGAAGTCCCA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=21736141;WS=21736123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	21746453	rs2026600	T	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=8;PP=362;SC=CTAAAACAAATGCTATAAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=21746461;WS=21746443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	21751005	rs9550717	G	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=15;PP=825;SC=CTCCAGGTCCGGCCGCGCCAG;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=21751013;WS=21750995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	21949267	rs3759473	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr13	21950934	rs9580093	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr13	21952907	.	CA	C	117.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr13	22033122	rs57438463	G	C	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=18;PP=1021;ReadPosRankSum=-1.736;SC=GGCGGGTGTGGGGCGCAGAGG;SOR=0.502;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=82;TCR=29;TR=66;WE=22033130;WS=22033112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,76:0.60:127
chr13	22033162	rs9509740	C	G	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,117:0.44:263
chr13	22083998	rs3814795	A	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TTTAGTTCTCAGAGATAAATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=22084006;WS=22083988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	22088677	rs73156604	T	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	22096843	rs1200028	T	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=170;SC=TTAGAATATATAGAGACATTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=22096851;WS=22096833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	22113669	rs34005684	C	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=434;SC=GATCTCCTGACCTCGTGATCC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=22113677;WS=22113667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	22178258	rs9509812	C	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=214;SC=AGGCCGCCACCCGCGCGCAGC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=22178266;WS=22178248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	22178308	rs2761924	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=73;SC=GCGCAGCTAGGCGGCGCTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=22178316;WS=22178298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	22275394	rs9509841	A	G	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr13	22275583	rs9509842	G	A	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=68;PP=2176;SC=GACAAAGACAGTTTCTTCACT;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=123;WE=22275591;WS=22275573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr13	22275624	.	G	A	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=826;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CACTATAAAGGTTTCACGCGG;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=32;TCR=68;TR=56;WE=22275632;WS=22275614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,81:0.57:142
chr13	23250955	.	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.451;NF=4;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-2.598;SC=AGCAACGGGCGACAGATTGCT;SOR=0.958;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=15;WE=23250963;WS=23250945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr13	23251016	rs35856253	CT	C	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=317;SC=AATCCCAGCACTTTTGGGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=23251024;WS=23251006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	23253313	rs9506904	T	C	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=28;PP=1526;SC=GTGAGAAGACTATGCACGGTA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=23253321;WS=23253303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	23253471	rs372295624	G	A	5957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr13	23777974	.	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=334;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TCATCATCCTCGTTGTGAATT;SOR=0.852;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=28;WE=23777982;WS=23777964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr13	23808732	.	CT	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr13	23808782	rs1800350	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr13	23824783	rs1800351	T	G	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=17;PP=1161;SC=CATCTCTGCTTCTACAATCAA;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=23824791;WS=23824773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	23853581	.	G	A	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=953;ReadPosRankSum=-0.481;SC=AGATGAGAAGGAAGTTGTGGT;SOR=0.534;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=72;TCR=63;TR=67;WE=23853589;WS=23853571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,114:0.56:204
chr13	23894744	rs1536725	T	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.75;ReadPosRankSum=-2.683;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr13	23894746	rs1536726	T	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.05;ReadPosRankSum=-2.683;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr13	23894748	rs1536727	T	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.09;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr13	23894750	rs1536728	T	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.94;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr13	23894752	rs1536729	T	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.94;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr13	23898454	rs9510700	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=223;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GGATTTGCTGCTGACCAGGGT;SOR=0.302;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=20;WE=23898462;WS=23898444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr13	23898509	rs1800353	T	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=2.893;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr13	23898664	rs1800354	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CAGGAGCACAACCACATCTGC;SOR=0.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=23898672;WS=23898654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr13	23907677	rs2737701	C	T	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=23;PP=1149;SC=ATGATGATGACTGTGTCCATT;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=23907685;WS=23907667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr13	23908034	rs2737700	A	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,86:0.51:169
chr13	23932645	.	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr13	23985391	rs17078720	T	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=252;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TCACTTCTCCTGGGATATTTG;SOR=0.962;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=25;WE=23985399;WS=23985381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr13	24234369	rs3751366	G	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=-2.277;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr13	24234375	rs3751365	A	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-2.708;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr13	24234517	rs3751364	A	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=470;ReadPosRankSum=-1.879;SC=CTCTGCGGTCACAGGACATTC;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=35;WE=24234525;WS=24234507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,55:0.50:111
chr13	24242801	rs7329483	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=5;PP=699;SC=CCCCATCAAAAACTTTAAGTT;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=24242809;WS=24242791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	24243200	rs3751363	T	C	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.51;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	24243200	.	TGCTG	CGCTA,CGCTG	299	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=59.71;NF=7,11;NR=13,27;PP=299,271;QD=17.6233937431;SC=AGGAGAGTGGTGCTGTCATCC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=20,38;WE=24243212;WS=24243190;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.53:38
chr13	24243204	rs3751362	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr13	24321711	rs12866705	T	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GCTGAGAGACTGAACAAGTGT;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=24;WE=24321719;WS=24321701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr13	24410278	rs7982516	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=599;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TACTAACAGAGGGTGAGTTCT;SOR=0.869;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=43;WE=24410286;WS=24410268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr13	24411772	rs7333040	T	C	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=18;PP=807;SC=TCCATCATGCTAGGAGTTAGC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=24411780;WS=24411762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	24415443	rs2274344	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=0.388;SC=GGTAAATGCCTGCAACTGCAG;SOR=0.409;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=10;WE=24415451;WS=24415433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr13	24436230	rs1886972	C	T	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	24449166	rs10595689	AACAC	A	402.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.27;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	24465743	rs3864971	A	G	7666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=140;NR=121;PP=2965;SC=GGTTGAATTCATTATACAGGA;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=140;TCR=122;TR=261;WE=24465751;WS=24465733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr13	24797786	rs9511156	G	A	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=55;PP=1738;ReadPosRankSum=2.658;SC=ATTCTCGTGAGGGACCCTGAA;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=244;TCF=127;TCR=117;TR=115;WE=24797794;WS=24797776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,177:0.45:391
chr13	24797913	rs1220546	C	T	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=68;PP=1721;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CGGCCCATGACGCACGGGTAC;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=199;TCF=81;TCR=118;TR=116;WE=24797921;WS=24797903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,152:0.54:283
chr13	24798120	rs1220547	T	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=746;ReadPosRankSum=0.039;SC=GCCTGAGACTTCAGGCACACA;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=46;WE=24798128;WS=24798110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,51:0.46:110
chr13	24860240	rs9507300	A	G	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=111;SC=TGCCACCAGCATATCCAAGTG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=24860248;WS=24860235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	24868752	rs34017703	TA	T	1786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=1127;SC=AAACAGTGGCTAATGACGTAA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=24868760;WS=24868742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	24869025	rs7993660	A	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=578;SC=AAAGCACCCCACATGATCCCA;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=24869033;WS=24869015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	24869048	rs9553233	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=18;PP=493;SC=CCACTCGCCCTTCCCGCACCT;SOR=3.098;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=24869070;WS=24869038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	24869062	rs9553234	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=241;SC=CGCACCTTTGATCTGGTGCAG;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=24869070;WS=24869038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	24871939	.	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=1.408;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr13	24877020	.	C	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=922;ReadPosRankSum=1.558;SC=ATAAAAACTTCCTTTTAGGGA;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=56;WE=24877028;WS=24877010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,69:0.54:128
chr13	24892841	rs9580939	G	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.573;NF=36;NR=17;PP=859;ReadPosRankSum=2.909;SC=CAGAGTGCCCGTCAGGGCGGG;SOR=1.074;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=53;WE=24892849;WS=24892831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,59:0.54:109
chr13	24895559	rs3751357	A	G	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.33;QD=27.84;SOR=1.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr13	24895684	rs2862239	A	G	9934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=115;PP=2965;SC=TTTTCTCCAGAAATGTTCAGG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=141;TCR=115;TR=256;WE=24895692;WS=24895674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr13	25000617	rs7571	C	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=184;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GAAATAGAAGCGTCATCCATT;SOR=0.325;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=17;WE=25000625;WS=25000607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr13	25005720	rs7996670	C	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=1.155;SC=AACATATTTTCACTACTTGGG;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=25005728;WS=25005710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr13	25008588	rs1372085	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=685;SC=CCAGTGTTGTATGCACACTAT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=25008596;WS=25008578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	25008630	rs1822135	A	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=16;PP=837;SC=CAGAAAGCACAGGATACTGTC;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=25008638;WS=25008620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	25008903	rs9318536	G	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.34;QD=24.23;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	25009099	rs9511259	A	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=6;PP=320;SC=CAATAGGGTGAAGAAGGTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=25009107;WS=25009089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	25009297	rs1050112	G	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=-2.316;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr13	25009485	rs1050110	C	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-2.653;SC=TACACCTAAGCCATCCTCTTC;SOR=0.919;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=8;WE=25009493;WS=25009475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr13	25015967	rs61614647	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.656;NF=9;NR=6;PP=164;ReadPosRankSum=-0.218;SC=TCAACTTATTCGGTAATCAGC;SOR=0.754;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=15;WE=25015975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr13	25016008	rs59195808	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.656;NF=10;NR=6;PP=151;ReadPosRankSum=0.431;SC=CTTCTTGGGGCTCCCCCTGCC;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=16;WE=25016016;WS=25015998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr13	25016092	rs55888616	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.506;NF=4;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CAGGAAAAGGCGACTCATTCT;SOR=1.025;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=13;WE=25016100;WS=25016082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr13	25016142	rs56259964	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQRankSum=-5.700;QD=4.20;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr13	25016163	rs56092924	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.582;NF=1;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TAAATGATGACTACACATTCT;SOR=1.096;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=6;WE=25016171;WS=25016153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr13	25016230	rs9511267	C	T	150.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.200;NF=1;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=1.915;SC=GAGCTTGTGCCGTGGGCCACA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=25016238;WS=25016220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr13	25016585	rs3816226	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=328;ReadPosRankSum=0.320;SC=GCTGGGACTCGTGGGGCCTGC;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=25016606;WS=25016575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr13	25016598	rs3816225	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=328;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GGGCCTGCTGACCTGTCTGCA;SOR=0.804;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=10;WE=25016606;WS=25016575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr13	25016620	rs3816224	C	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=455;ReadPosRankSum=-0.212;SC=CCCACACTTCCCAGGCCCAGG;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=15;WE=25016640;WS=25016610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr13	25016632	rs3816223	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=508;ReadPosRankSum=-1.647;SC=AGGCCCAGGGTGTGGATGTCG;SOR=0.960;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=21;WE=25016640;WS=25016610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr13	25016677	rs3816222	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr13	25016687	rs4770683	C	T	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.28;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	25016870	rs3816221	C	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=1.556;SC=ATTTCTATTTCGCTATGTCAG;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=25016878;WS=25016860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr13	25020757	rs9511273	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=217;SC=GAGCATTATATATGGAAATAT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=25020765;WS=25020747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	25020782	rs9318553	C	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=290;SC=TCATAACTTTCAAACAATGGG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=25020790;WS=25020772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	25020863	rs9318554	G	A	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=15;PP=439;SC=ACCATTGTACGAAATTCTTTC;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=25020871;WS=25020853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	25020910	rs9507346	G	A	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=324;SC=CTGAAATGGGGAAAAAAATAA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=25020918;WS=25020900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	25021144	rs78060735	GTCT	G	2273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=1091;SC=CAAACTCTGCGTCTTCTTACC;SOR=1.314;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=22;WE=25021162;WS=25021134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	25021154	rs61947037	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.717;NF=12;NR=5;PP=247;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GTCTTCTTACCTGTGTGCAGT;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=17;WE=25021162;WS=25021134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr13	25021200	rs9318558	A	C	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.53;QD=25.42;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	25021211	rs7333856	C	T	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=2.488;NF=27;NR=24;PP=745;ReadPosRankSum=0.017;SC=GAAACAAGGACGGCACCTGGG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=51;WE=25021219;WS=25021190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr13	25021245	rs7334587	A	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=2.283;NF=25;NR=21;PP=638;ReadPosRankSum=-1.135;SC=GGCCTCGGGCACATCTGGATT;SOR=0.411;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=46;WE=25021253;WS=25021235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,58:0.95:61
chr13	25027744	rs4770684	A	G	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=50;PP=1925;SC=CTCTGCTGCCATGGTATTGCT;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=109;WE=25027752;WS=25027734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr13	25029083	rs3818938	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=0.869;SC=GGTACCCACAGTTGTCAGCTC;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=25029091;WS=25029073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr13	25029146	rs185979946	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-1.079;SC=AGGGCCAAAGCGCACTCACCT;SOR=0.478;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=9;WE=25029154;WS=25029136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr13	25029218	rs2275660	C	T	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=20;PP=854;SC=GCATGCAAGGCGATTTGCTTG;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=25029226;WS=25029208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	25029367	rs73460728	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.201;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=1.235;SC=GGAGAAAGAAGGTGCTGGACT;SOR=0.204;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=12;WE=25029375;WS=25029357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr13	25059001	.	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=0.983;SC=CTCTGCAATCAGGGTGAAGCC;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=15;WE=25059009;WS=25058991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr13	25059023	rs4769362	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=0.209;SC=TGGTTGTTTCCGGAAACACAA;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=13;WE=25059031;WS=25059013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr13	25068650	.	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-1.377;SC=ATTTGTAATAGAGAAAACATT;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=25068658;WS=25068640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr13	25073407	.	T	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.45;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr13	25255052	rs61948065	A	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=225;SC=CGGCCTGGGCACCGCTTCTCT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=25255060;WS=25255042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	25272870	rs2289901	C	T	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=51;PP=1775;SC=CTGAGCGCATCCTAGAGAAAT;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=106;WE=25272878;WS=25272860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr13	25274837	.	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-1.635;SC=TATTTTTTTTCGTTTCCTATT;SOR=0.515;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=5;WE=25274845;WS=25274826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr13	25283657	rs2289910	G	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=465;ReadPosRankSum=0.359;SC=CCCATCACACGAGGGCCTGCC;SOR=0.765;Source=Platypus;TCF=16;TR=28;WE=25283665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr13	25355965	rs5802305	GT	G	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr13	25356019	.	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=117;ReadPosRankSum=-0.832;SC=ATAGAGGAAAGAGAAAGAGTT;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=12;WE=25356027;WS=25356009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr13	25356053	rs9707144	T	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.28;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	25363477	rs11616245	A	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr13	25363776	rs6490979	C	T	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=130;SC=TGATTTTTGTCTAGAGAACAT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=25363784;WS=25363766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	25367282	rs1451568	A	C	3729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=42;PP=1562;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TAGAAAAGAAAAAGGTTGACA;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=140;TCR=91;TR=107;WE=25367290;WS=25367272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,190:0.49:386
chr13	25367301	rs1158061	C	T	4515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.935;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,221:0.50:441
chr13	25370255	rs1446294	A	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=4;PP=132;SC=TATTAATGTGACTTAAACATT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=25370263;WS=25370245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	25376420	rs1026014	C	T	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	25398320	.	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr13	25399752	rs2121253	A	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=6;PP=511;SC=CCCTTTATTTACTAGATAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=25399760;WS=25399742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	25400338	rs12869348	A	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=159;SC=AGTTTTCTCGATATATTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=25400346;WS=25400328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	25404743	rs4769382	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	25417795	rs34260997	TATC	T	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=3;PP=326;SC=GTCATATAAGTATCATCACAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=25417805;WS=25417785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	25417859	.	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=228;ReadPosRankSum=2.740;SC=CAGTTCTTTTCATTAACTTTT;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=18;WE=25417867;WS=25417849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr13	25419176	rs6490984	A	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=395;SC=ATCTAAAGACAATGGGAAGAC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=25419184;WS=25419166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	25442631	rs113369387	A	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.77;MQRankSum=3.479;QD=26.80;ReadPosRankSum=1.603;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr13	25442921	rs2275938	A	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=31;PP=836;SC=TAAACACTATAAGTGACTCTT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=25442929;WS=25442911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	25448120	rs8001764	G	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=57.76;NF=3;NR=1;PP=46;SC=GGTTGATTCCGTATCTTGGCT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=25448128;WS=25448110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	25457207	rs9318911	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=443;SC=TTTTAGAATCTAATCTTTTCC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=25457215;WS=25457197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	25458232	rs34991318	AGTT	A	2170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=1440;SC=CTGTTTAAAAAGTTGTTACAG;SOR=1.270;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=31;WE=25458242;WS=25458222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	25458267	rs3831371	G	GAATT	1935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=19;PP=1647;SC=AGGAAGGGAAGAATTTAATGA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=25458275;WS=25458257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	25458650	rs1530876	G	A	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=32;PP=879;SC=CCTGACGAAAGTATGGCTAAT;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=25458658;WS=25458640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	25460428	rs9511502	A	G	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=25;PP=1101;SC=AAAGTGTAACAGAGCTGGATG;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=63;WE=25460436;WS=25460418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	25466774	rs9318917	T	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=571;SC=CCCGCCTCCCTGCCTACCGCA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=25466782;WS=25466764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	25466955	rs3742165	T	C	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr13	25486287	rs2290276	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	25670814	rs200575875	GG	AA	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=9.162;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr13	25670868	rs200859889	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-7.670;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,12:0.08:148
chr13	25670873	rs77142265	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-7.726;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.801;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,12:0.08:148
chr13	25670877	rs112107735	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-7.863;QD=0.32;ReadPosRankSum=1.198;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,12:0.08:153
chr13	25670907	rs76264750	C	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=3.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-10.973;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,20:0.11:180
chr13	25670919	rs76861216	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=8.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-11.637;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=1.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,19:0.11:176
chr13	25670953	rs74040928	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=5.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-11.398;QD=2.13;ReadPosRankSum=1.067;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,22:0.11:193
chr13	25670955	rs79397892	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=4.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-11.624;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,23:0.12:197
chr13	25670978	.	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=4.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-11.607;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.479;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,21:0.11:190
chr13	25670981	rs77476965	G	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=4.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-11.638;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.333;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,21:0.11:191
chr13	25670984	rs11619791	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-11.204;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,23:0.12:196
chr13	25670988	rs74564616	T	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-10.660;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,22:0.11:196
chr13	25671008	rs76447065	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-9.555;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,31:0.15:201
chr13	25671015	rs75314628	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-8.556;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,30:0.15:196
chr13	25671027	rs78826513	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-8.120;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,34:0.17:204
chr13	25671062	rs78534836	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-6.249;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.874;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,41:0.17:239
chr13	25671080	rs76241879	A	G	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-6.417;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,42:0.18:232
chr13	25671089	rs75281454	G	T	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-6.658;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,42:0.18:232
chr13	25671097	rs140090397	A	AT	1050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-5.663;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.377;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,40:0.17:233
chr13	25671122	rs79072440	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-7.001;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,32:0.13:251
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chr13	25671149	rs368285293	ACGG	A	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-8.833;QD=1.71;ReadPosRankSum=-2.542;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,30:0.11:283
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chr13	25671369	rs76804900	G	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=10.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQRankSum=-2.899;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,35:0.19:184
chr13	25671398	rs77306665	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=16.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQRankSum=-3.779;QD=0.19;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=1.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,23:0.13:182
chr13	25671742	rs140135080	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-14.847;QD=0.91;ReadPosRankSum=1.395;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,28:0.09:303
chr13	25671755	rs116223079	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-14.857;QD=0.84;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,27:0.09:307
chr13	25671759	rs115121649	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-14.982;QD=0.78;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,27:0.09:312
chr13	25802491	rs4770813	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=272;SC=CTTGGTCCCCATCCTCAGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=25802499;WS=25802481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	25825889	rs4312169	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=133;SC=TTCGATCAAATTGATGGTACA;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=25825897;WS=25825879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	25831888	rs7995033	T	C	4887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=56;PP=2291;SC=GCCAAGAAGATTGCAGCATCC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=118;WE=25831896;WS=25831878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr13	25848404	rs4387458	A	C	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=139;SC=CTTACATGCAACATTCTCAAT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=25848412;WS=25848394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	25876011	rs11556093	G	A	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-4.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=953;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CGGAACGGGAGCGTCTAGGTA;SOR=0.728;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=173;TCF=90;TCR=83;TR=78;WE=25876019;WS=25876001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,114:0.46:248
chr13	25886932	rs4341628	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=13;PP=1094;SC=TGAACTTTTAAGGATCCTTAT;SOR=1.893;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=50;WE=25886940;WS=25886922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	25893363	rs59567333	GTTTATA	G	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=252;SC=ATGCTTAACAGTTTATATTTA;SOR=2.494;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=25893376;WS=25893353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	25901781	rs7997070	A	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=286;SC=GAAAACTACTATAATCCATAA;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=25901789;WS=25901771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	26104547	rs9581376	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr13	26107591	rs45451496	A	C	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.89;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr13	26107595	rs7319869	CT	TG	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.33;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr13	26107606	rs7319993	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.97;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr13	26108557	rs4257084	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.558;SC=TATTTCTCTAGGGTTCTTCTT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=26108565;WS=26108547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr13	26125651	rs34018109	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GGTAAGTGTCGGGGTGGGTTG;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=13;WE=26125659;WS=26125641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr13	26125731	rs9581389	T	C	233.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5108;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=-0.078;SC=GTGTCCCTGCTGTCCTTCTGT;SOR=0.892;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=26125739;WS=26125721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr13	26127821	rs9740054	G	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=156;ReadPosRankSum=1.721;SC=TTGAACTCACGGTTCCTGACA;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=11;WE=26127829;WS=26127811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr13	26128128	rs7331675	CA	AG	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=718;ReadPosRankSum=3.279;SC=TTTAATTGAGCACTCAAAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=18;WE=26128137;WS=26128118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr13	26133009	rs12862551	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.380;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr13	26137989	rs12871941	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=-1.635;SC=TGAATCCCTATAGGACTTTAG;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=12;WE=26137997;WS=26137979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr13	26144896	rs17729346	C	T	2291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=899;ReadPosRankSum=-0.918;SC=TCCCGCCTCACGTTTGCAGCC;SOR=0.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=68;WE=26144904;WS=26144886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,120:0.47:256
chr13	26148727	rs12854617	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=141;ReadPosRankSum=-0.354;SC=AAGTGCCTGCACTCCCCAACT;SOR=0.250;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=12;WE=26148735;WS=26148717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr13	26148841	rs371416859	AAG	A	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,10:0.11:90
chr13	26148966	rs6491066	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=-2.251;SC=AACAAACATTCGGAATCCTTA;SOR=0.539;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=22;WE=26148974;WS=26148956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr13	26155953	rs7335339	G	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr13	26163638	.	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=126;ReadPosRankSum=-0.069;SC=ACTTACTTTTCCTACTCCTCA;SOR=0.357;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=10;WE=26163646;WS=26163628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr13	26273385	rs6491088	G	C	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr13	26273538	rs2296003	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=15;PP=428;SC=GTATCCCGTGCTTATACAAAA;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=26273546;WS=26273528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	26402089	rs17585718	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=0.680;SC=TTTCTGTGATATCGGGAATCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=26402097;WS=26402079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr13	26436641	rs2249800	C	T	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=21;PP=581;SC=CTTACAGCCACGATGAGCTTC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=30;WE=26436649;WS=26436631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	26442279	.	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr13	26501227	rs1185907	C	T	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=14;PP=856;SC=TTCATTCATTCACCTTCTTCC;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=26501235;WS=26501217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr13	26535625	rs9511998	G	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=232;SC=TTGTTTTTGTGTTGTGAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=26535633;WS=26535615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	26586775	rs2274135	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=1.803;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr13	26624935	rs111516934	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GGCGTCGCCGCCGTCGAAGCG;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=14;WE=26624943;WS=26624925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr13	26788114	rs301047	A	G	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=33;PP=1283;SC=AGTCACTAATACAAACACTAC;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=26788122;WS=26788104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	26959593	rs7327769	T	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr13	26974562	rs998692	G	A	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=17;PP=1041;SC=AAGCAATACCGTCATGTTTGT;SOR=1.395;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=26974570;WS=26974552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	27216330	.	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=0.806;SC=AATTTTCAAGGGAATTAAAAT;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=11;WE=27216338;WS=27216320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr13	27216669	.	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TTCTGTATTTCCCAGTATGAA;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=27216677;WS=27216659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	27239161	rs977351	A	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=333;ReadPosRankSum=2.584;SC=ATTTTATTCTACAGGCAAACA;SOR=0.502;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=24;WE=27239169;WS=27239151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr13	27250823	rs3764108	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr13	27256686	.	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=536;ReadPosRankSum=-0.142;SC=TCTAAGAGCTCCCAGGACGTG;SOR=1.419;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=30;WE=27256694;WS=27256676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr13	27256728	rs9507763	C	G	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=853;ReadPosRankSum=0.519;SC=GACTATGTGCCTCATATCTCT;SOR=0.584;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=118;TCF=81;TCR=37;TR=68;WE=27256736;WS=27256718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,95:0.55:172
chr13	27643597	rs9512534	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr13	27649419	.	G	A	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.145;NF=21;NR=44;PP=1040;ReadPosRankSum=0.171;SC=AGTTCTAAAGGAAAAACTACC;SOR=0.545;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=119;TCF=36;TCR=83;TR=65;WE=27649427;WS=27649409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,102:0.56:182
chr13	27828529	.	A	ATTTTT	142.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.70;QD=35.52;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	27829310	rs3094293	G	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=25;PP=1236;SC=AGAATACTTTGCAGTTACTTA;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=27829318;WS=27829300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	27845284	rs9507866	C	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.045;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=278;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GGAGAGAGGGCGCCTCGGCCG;SOR=2.973;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=15;WE=27845292;WS=27845274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr13	27845548	rs9512592	C	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.857;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=643;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TCACTCCCCCCAGTTTGTCCG;SOR=1.371;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=42;WE=27845556;WS=27845532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
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chr13	27997985	rs33932496	GC	G	2244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.390;NF=3;NR=33;PP=2195;ReadPosRankSum=-0.778;SC=TCTCAAAAGTGCTTCTCAGGT;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=36;WE=27998007;WS=27997975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr13	27997999	rs3759433	G	A	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.723;NF=15;NR=28;PP=2138;ReadPosRankSum=-0.538;SC=CTCAGGTTTTGATATGCACTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=43;WE=27998007;WS=27997975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr13	28003997	rs9581848	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GTTTATATAACTTCTTACAGT;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=3;WE=28004005;WS=28003987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr13	28009031	rs7323	G	C	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,61:0.46:134
chr13	28009851	rs7669	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CATTTCCATGGTCTTTGTTCA;SOR=0.591;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=14;WE=28009859;WS=28009841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr13	28009920	rs1218825	G	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	28011158	rs74811644	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.972;NF=6;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=1.522;SC=AAAATGCTGGGATTACAGGCG;SOR=0.425;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=12;WE=28011166;WS=28011148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr13	28127633	.	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=0.287;SC=TCACCTGCAAATCTTGTTGTT;SOR=0.741;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=11;WE=28127641;WS=28127623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr13	28133956	rs373436911	TA	T	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr13	28136989	rs11838661	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=316;ReadPosRankSum=-1.993;SC=TGTTTATGTGACATTTCCACA;SOR=0.578;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=23;WE=28136997;WS=28136979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr13	28143229	rs8002697	A	G	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=782;ReadPosRankSum=1.376;SC=CTCCATGTGGAAAGAGACGCT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=58;WE=28143237;WS=28143219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,88:0.54:162
chr13	28197436	rs7097	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-1.910;SC=TATTCTCTTCCTGATGGTGCA;SOR=0.947;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=6;WE=28197444;WS=28197426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr13	28367061	rs1231058	A	G	5374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=54;PP=2385;SC=CGCTGCCTCTACTCAAGGCTT;SOR=0.817;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=119;WE=28367069;WS=28367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr13	28519354	rs2504220	A	C	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.97;NF=45;NR=22;PP=1316;SC=ACATTGCCAGAGTCTTGGCGA;SOR=1.389;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=67;WE=28519362;WS=28519344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	28537242	rs1805108	A	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=11;PP=607;SC=CCGCTGCAGAACCCGGTGGGT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=28537250;WS=28537232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	28537317	rs1805107	G	A	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=20;PP=1383;SC=ACAGAGCCAGGCACTGAGGCT;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=28537325;WS=28537307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr13	28537537	rs2504212	T	G	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=29;PP=893;SC=AAAAGCACATTGTGGTGAAGA;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=28537545;WS=28537527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	28539185	rs2481953	T	A	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.05;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	28539185	.	TG	AA,AG	314	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=7,16;NR=11,24;PP=172,314;QD=12.5259930479;SC=GGCTGAGAACTGCAAGGCAGC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=18,40;WE=28539194;WS=28539175;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:41
chr13	28539186	rs3742110	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr13	28541583	rs2481967	T	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=42;PP=1206;SC=AATTGGGGCATCAAGGAGCGA;SOR=2.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=49;WE=28541591;WS=28541573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	28552425	rs9579139	G	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr13	28552614	rs4463949	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=255;SC=AGACACCGGCGGGAGCGCGTC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=28552622;WS=28552604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	28562605	rs3897926	T	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr13	28589267	rs4073630	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=1.976;SC=CTGATTTCAACCAAATTACAG;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=10;WE=28589275;WS=28589257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr13	28589662	rs4497507	C	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	28597447	rs35829721	ATC	A	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=360;ReadPosRankSum=0.719;SC=ATCTTTTCAAATCTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=8;WE=28597456;WS=28597437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr13	28602226	rs60462219	AAG	A	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.92;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	28607916	rs2491222	T	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=586;SC=CCTTGAAACATGGCAAACAGT;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=23;WE=28607924;WS=28607912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	28607989	rs2491223	T	G	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=20;PP=1348;ReadPosRankSum=0.419;SC=CCCATTTTTGTGCATCTTTGT;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=64;WE=28607997;WS=28607979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr13	28609825	rs2491227	A	G	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=65;PP=1820;SC=AAAAAAAAATAGCAAAGAATT;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=96;WE=28609833;WS=28609803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr13	28609846	rs2491228	A	T	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=55;PP=1489;SC=TAGACAGGTGAGCTGTCATCA;SOR=2.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=28609854;WS=28609836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	28609991	rs2491229	T	C	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	28609997	rs2491230	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.08;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	28610117	.	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=270;ReadPosRankSum=-2.077;SC=AGATGGTAATGGGTATCCATC;SOR=0.989;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=19;WE=28610125;WS=28610107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
chr13	28610183	rs2491231	A	G	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=24;PP=671;SC=AGGTTTCCCTATAGAAAAGAA;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=28610191;WS=28610173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	28622356	rs2153000	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=290;ReadPosRankSum=2.409;SC=TCTCAAGGGCGACAAGCAAGG;SOR=0.289;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=24;WE=28622364;WS=28622346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr13	28623699	rs9507985	G	T	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=613;ReadPosRankSum=-1.788;SC=AACAGAGTTTGCATTTAATGT;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=38;WE=28623707;WS=28623689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr13	28623759	rs9513004	C	T	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=561;ReadPosRankSum=2.072;SC=AGAATACAAACTTGTCCTATT;SOR=0.626;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=35;WE=28623767;WS=28623749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr13	28623938	rs67491524	G	GA	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=74;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TCCCAAGTGAGAAAAAAAAAG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=7;WE=28623946;WS=28623928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr13	28624294	rs1933437	G	A	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=899;ReadPosRankSum=-1.456;SC=CCTTATGTCCGTCCCAAATAA;SOR=0.782;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=66;WE=28624302;WS=28624284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,103:0.53:193
chr13	28636084	rs7338903	G	A	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=16;PP=478;SC=TCCCTGGGGCGTCGACCAGCA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=28;WE=28636092;WS=28636074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	28644510	rs2387350	C	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=105;SC=AGATGTGAGGCCATAATATAC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=28644518;WS=28644500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	28644724	.	CC	TT	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=326;ReadPosRankSum=-0.655;SC=TTGTAATAGTCCCAAATATCA;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=11;WE=28644733;WS=28644714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr13	28647489	rs199898517	GAA	G,GA	575.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.447;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,23,19:0.47,0.39:49
chr13	28674843	.	TG	GT	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=644;ReadPosRankSum=-1.058;SC=GCGGAGAGGTTGGGCAGAGCC;SOR=0.468;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=21;WE=28674852;WS=28674833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr13	28835527	rs5802469	T	TC	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=328;SC=TATACTTATTTTGTTTCATAG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=28835535;WS=28835517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	28855606	rs34659740	AAG	A	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.792;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=184;ReadPosRankSum=0.565;SC=TATTTGGAAAAAGAGAAAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=28855615;WS=28855596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr13	28880765	.	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=0.076;SC=CCAGCATCTCCCCTCGTACCC;SOR=0.193;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=10;WE=28880773;WS=28880755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr13	28882948	rs9579177	G	A	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=20;PP=694;SC=GGTCTATCGGGGTGCACTAGG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=41;WE=28882956;WS=28882938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	28883061	rs7993418	G	A	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=14;PP=489;SC=AAGCATTTACGTATCTAATGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=28883069;WS=28883051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	28885672	rs4771238	C	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	28886113	rs7328692	A	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=315;SC=TTTTGATGTAAATAAATTTAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=28886121;WS=28886103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	28893484	rs2296188	T	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=0.847;SC=AAAGGCTGTCTAACCAAAGGA;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=28893492;WS=28893474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr13	28919554	.	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=1.423;SC=ATGTAAAAAGGAGCATAGAAC;SOR=0.169;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=10;WE=28919562;WS=28919544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr13	28964325	rs7983774	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=-1.245;SC=AGAATTGTTCGTGCACAAATT;SOR=0.327;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=16;WE=28964333;WS=28964315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr13	28970890	.	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=-0.473;SC=ACAAATAACTCTAAAAGAGAA;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=28970898;WS=28970880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr13	28970917	rs7990486	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=396;SC=GAAATAACTCCTTACGAGATC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=28970925;WS=28970907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	28980150	rs5802481	A	AG	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=345;SC=TTTATGTGTGATCTTCTTTTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=28980158;WS=28980140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	29236489	rs1340815	C	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=616;SC=GACACAGCTGCCTGGGTGTGT;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=31;WE=29236497;WS=29236479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	29238576	rs3737528	T	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	29275102	rs947027	T	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=6;PP=223;SC=CTCTATAAAATAAAGCATTAC;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=29275110;WS=29275092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	29275129	rs705423	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr13	29599723	.	A	T	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=709;ReadPosRankSum=0.151;SC=TCCCAAGTAAACTGGAAGCAC;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=50;WE=29599731;WS=29599713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,75:0.55:136
chr13	29674840	rs1536720	T	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=12;PP=690;SC=TTCGAATTCATAATCTGTAGA;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=29674848;WS=29674830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	29674855	rs1536719	A	G	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=17;PP=677;SC=TGTAGAATTCATTATCTCATT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=29674863;WS=29674845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	29898768	rs928661	A	C	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1450;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AAAGATGCTCAGAAAGATCAA;SOR=0.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=95;WE=29898776;WS=29898758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr13	29898881	rs928660	A	G	6147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr13	29898889	rs928659	G	C	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.73;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr13	29933429	.	G	A	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,85:0.53:159
chr13	30014305	.	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=215;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CTAGATGAATGAAGTATCTCA;SOR=0.340;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=15;WE=30014313;WS=30014295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr13	30014373	rs7337496	C	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=209;SC=TTCACGTCTCCGTTGTTATAA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=30014381;WS=30014363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	30071310	rs2258198	G	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=0.210;SC=GATCACAGCTGCCCAGGCTGT;SOR=0.697;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=3;WE=30071318;WS=30071300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr13	30075114	rs882953	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=288;ReadPosRankSum=-2.764;SC=TAAAGCATTGCGAACTGATGT;SOR=0.502;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=25;WE=30075122;WS=30075104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr13	30077088	rs2482096	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=245;ReadPosRankSum=2.342;SC=GTTCAGTGTCCACTAGCATGA;SOR=0.587;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=19;WE=30077096;WS=30077078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr13	30090404	rs2989592	T	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=36;PP=1053;SC=AGGAGGTGGCTTCAATCCATG;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=30090412;WS=30090394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	30091516	rs2490267	T	C	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=62;PP=1918;SC=GCATCCACTGTTCTCCCCTAA;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=99;WE=30091524;WS=30091506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr13	30091714	rs2482089	G	A	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=23;PP=924;SC=TCTTACCTATGAGGCTGGTTG;SOR=0.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=30091722;WS=30091704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	30091819	rs2482090	G	C	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=36;PP=1092;SC=CTGGTAAAAAGCCCAGCTGGG;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=30091827;WS=30091809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	30098215	rs2776957	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=0.549;SC=CAAGCATTGGCTTGTTTGCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=30098234;WS=30098205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr13	30098226	rs2776958	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=310;SC=TTGTTTGCCCAGGGTGCAGGA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=30098234;WS=30098205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	30107067	rs2277451	G	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=851;ReadPosRankSum=-1.470;SC=CGATGGGTCTGCCTATCAGCT;SOR=0.854;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=56;WE=30107075;WS=30107057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,84:0.47:177
chr13	30346188	rs2234416	A	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=305;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TAACATTTAAAACAAGCGAAT;SOR=0.749;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=21;WE=30346196;WS=30346178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr13	30351248	rs35681461	T	TA	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.753;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=552;ReadPosRankSum=0.292;SC=AGGTAGGGCATAAGAATCAAC;SOR=1.277;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=18;WE=30351256;WS=30351238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr13	30524703	rs55708888	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=1.155;SC=TAAAAGATTACGTGATTTTGT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=13;WE=30524711;WS=30524693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr13	30804797	rs73163470	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr13	30805627	rs202087	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=22;PP=622;SC=TTCAAAAGACAAATTAAATGA;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=30805635;WS=30805617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	30814787	rs3803272	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=-0.335;SC=TTTTTTTTTACTTATGAAATT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=16;WE=30814795;WS=30814766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr13	30815010	rs9550538	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=1.081;SC=TCAGATTAATGAATAACAAGA;SOR=2.642;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=11;WE=30815018;WS=30815000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
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chr13	31035853	rs202182303	GATC	G	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.389;NF=2;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=0.760;SC=AAAAATACAAGATCATTATAA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=31035863;WS=31035843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr13	31036642	rs3742305	C	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=408;ReadPosRankSum=0.993;SC=GCGTACTTGTCATCATTTTAC;SOR=0.658;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=29;WE=31036650;WS=31036632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr13	31036681	rs1929606	A	G	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=32;PP=1043;SC=TTACCTTTTCATATTTTTCCT;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=31036689;WS=31036671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	31037903	rs2249825	G	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=2.433;SC=TACTTAGTAAGGGAATGAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=31037911;WS=31037893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr13	31195409	.	G	GT	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr13	31287691	.	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=-1.441;SC=CGGACTCCAGGGAGGGGCAGC;SOR=2.187;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=8;WE=31287699;WS=31287688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr13	31287979	rs147763360	G	GTA	4021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.559;NF=1;NR=46;PP=2274;ReadPosRankSum=-0.420;SC=ATCAGTGCTGGTGTGTGTGTG;SOR=0.477;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=47;WE=31287987;WS=31287969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr13	31318020	rs4360791	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=2.184;SC=ACCAAACACAGTGTTCAGTAG;SOR=2.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=8;WE=31318028;WS=31318010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr13	31318308	rs3803277	C	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=259;ReadPosRankSum=-1.069;SC=TGAGTCCTAACCCTGATGTTG;SOR=0.160;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=21;WE=31318316;WS=31318298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr13	31330284	rs12721458	G	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-2.057;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr13	31480827	rs9531945	A	G	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=14;PP=518;SC=CGTGGTGGCCAGGCCCGGGGA;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=31480835;WS=31480817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	31531009	rs12857479	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=453;ReadPosRankSum=0.301;SC=TGCTTTGATAGGACATTTTCC;SOR=0.518;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=31;WE=31531017;WS=31530999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr13	31531195	rs6560988	T	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	31543095	rs2274869	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=155;ReadPosRankSum=-0.386;SC=AAAGTGACTACGACAAAACCT;SOR=0.642;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=16;WE=31543103;WS=31543085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,42:0.35:119
chr13	31722620	rs35594388	TA	T	655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=-2.222;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,45:0.88:51
chr13	31725260	rs11556147	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=26;PP=796;SC=ATTCTGCACAAAAATGTTCCA;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=31725268;WS=31725250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	31725617	rs2146895	C	T	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=0;PP=165;SC=CAACCGTTTCCTGTTAACATC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=31725625;WS=31725607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	31725732	rs4941772	A	C	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=1155;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CTGAGTTCCAATGTATGACTT;SOR=0.374;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=66;WE=31725740;WS=31725722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr13	31728657	rs4943165	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	31728666	rs2274018	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	31729729	rs1047086	A	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=19;PP=573;SC=TGAAGGGGTCATTGAATGCTC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=31729737;WS=31729719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	31789169	rs35344913	CT	C	266.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr13	31796969	rs2147515	G	C	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=17;PP=836;SC=TCCAAGCTCCGTTTTTCAAAT;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=31796977;WS=31796959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	31821088	rs66466340	C	CT	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.870;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.081;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr13	31821240	rs9564692	C	T	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=37;PP=1150;SC=TACCGCAGTACGTTTGTTTAA;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=31821248;WS=31821230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	31821992	rs4943266	T	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=4;PP=265;SC=TTTTGGTCAGTTTTTCTGTAA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=31822000;WS=31821982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	31835011	rs73172886	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=-0.952;SC=CTGAAACCAATAGTACCACCT;SOR=2.336;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=31835019;WS=31835001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr13	31835375	rs4943289	G	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=167;SC=AGATGCTTGAGGGTTTCTGCT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=31835383;WS=31835365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	31843598	rs1924817	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=17;PP=448;SC=AGTTATGTAGATGAAGACAGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=31843606;WS=31843588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	31848535	rs912600	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=353;SC=ATATGGTTCAGCCTACTCTCT;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=31848543;WS=31848525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	31850714	rs1028751	G	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=3;PP=135;SC=AAAACTTTATGCCGGAAATAT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=31850722;WS=31850704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	31850989	rs4065552	G	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=128;SC=ATTCTTGAGTGTAAATTCAGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=31850997;WS=31850979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	31891561	rs1041074	T	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=457;SC=TTTATTTATTTTATAAGTCAC;SOR=3.816;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=31891569;WS=31891551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	31891743	rs34638481	G	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr13	31891746	rs1041073	G	A	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.27;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	31903834	rs1060709	G	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=387;SC=CCTAGCCTGCGCAGGGAATGA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=31903842;WS=31903824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	32332292	rs9548977	C	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr13	32332556	rs61946567	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=322;ReadPosRankSum=1.856;SC=GTGCTCCCCTCGGCTCCCCAT;SOR=0.830;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=26;WE=32332564;WS=32332546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr13	32335840	rs9532478	A	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=729;ReadPosRankSum=0.847;SC=TAAGTGACACATCTCAATCAC;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=51;WE=32335848;WS=32335830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,70:0.60:116
chr13	32335880	rs9532479	G	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=-1.961;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,59:0.40:146
chr13	32339382	rs12870532	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr13	32340193	rs35564049	T	TA	386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9967;FS=4.337;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=1.744;SC=CATATTTATTTAAAAAAAATC;SOR=1.308;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=32340201;WS=32340183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr13	32348859	rs9549049	T	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=9;PP=396;SC=ATTGTAGGTATAATTTTAAGC;SOR=0.746;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=22;WE=32348867;WS=32348849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	32348987	rs17076647	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr13	32360547	rs7325513	A	G	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=37;PP=1642;SC=CGATAACGGAACTATCACCTC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=82;WE=32360555;WS=32360537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr13	32360583	rs9549106	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=509;ReadPosRankSum=1.900;SC=TGAAGCTTCTACAAAAGCTGT;SOR=0.710;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=38;WE=32360591;WS=32360573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr13	32360691	rs140904878	T	TA,TAAA	1084.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.11;ReadPosRankSum=-0.808;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,21,22:0.47,0.49:45
chr13	32371361	rs17076657	A	G	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=366;ReadPosRankSum=0.680;SC=GGCTTTTCTCATCATTGTGTT;SOR=0.750;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=31;WE=32371369;WS=32371351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,65:0.53:122
chr13	32606069	rs424118	A	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=58.76;NF=4;NR=2;PP=110;SC=TGGAGACAGAAAATCTCAACT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=32606077;WS=32606059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	32606087	rs433551	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.65;QD=39.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	32660137	rs423932	T	G	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=40;PP=1247;SC=AATACTTGAGTCCTACCCAGG;SOR=0.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=67;WE=32660145;WS=32660127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	32676114	rs364995	A	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=491;ReadPosRankSum=-0.762;SC=AGCCATTGACAAAATCTCTGC;SOR=0.532;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=41;WE=32676122;WS=32676104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr13	32698544	rs629265	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=0.524;SC=TACTTTTAGATAATATTTATT;SOR=1.981;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=7;WE=32698552;WS=32698534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr13	32705785	rs17591851	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	32708993	rs9590780	T	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=278;ReadPosRankSum=0.080;SC=ATTCTATGTGTACATTTCAAC;SOR=0.826;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=20;WE=32709001;WS=32708983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr13	32721615	rs2285330	C	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CAACTAGAAGCTATTCAAAGC;SOR=1.091;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=9;WE=32721623;WS=32721605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr13	32723800	rs61946721	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CCACCTGTTCGCTTGGTGCAT;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=32723808;WS=32723790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr13	32735541	.	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=-1.290;SC=AATTATTTTTCCCATATTCAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=32735549;WS=32735531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr13	32758722	rs41300588	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr13	32758834	rs798971	A	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=413;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GACAGGTAGGATCAGAATTCT;SOR=0.714;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=30;WE=32758842;WS=32758824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
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chr13	32792814	rs10717683	CA	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
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chr13	32799236	rs12429612	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=0.227;SC=AGTAATCCGTAGAGATTTCCT;SOR=0.914;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=10;WE=32799244;WS=32799226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr13	32799288	rs1029398	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=0.463;SC=GGAATATTCTATCTCCACCAT;SOR=1.371;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=32799296;WS=32799278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr13	32811607	rs2806639	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=559;ReadPosRankSum=0.789;SC=AACCACCAGCGGCAACACCGC;SOR=0.598;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=41;WE=32811615;WS=32811597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,66:0.59:112
chr13	32813818	rs45467296	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=0.877;SC=TGGGCTATTTTATTCCTAATT;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=11;WE=32813826;WS=32813808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr13	32814024	.	C	CT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr13	32823882	rs2806630	G	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=645;SC=TTGAGTCCATGTGGCTGGGTC;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=32823890;WS=32823872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	32834538	rs5802640	C	CTATCT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=-1.401;SC=TCCTTTATTCCTAACAGAAAG;SOR=0.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=2;WE=32834546;WS=32834528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr13	32849316	rs71436473	C	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=444;SC=GAGATCGAGACCATCCTGGCT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=32849324;WS=32849306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	32849345	rs183269	A	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	32852585	rs11617081	C	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=15;PP=928;SC=CTATGTCTTTCCCTCTCTTTC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=32852593;WS=32852575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	32866221	rs6561216	A	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=140;SC=CCAGGTTCAAACGATTCTCCT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=32866229;WS=32866211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	32877888	rs9526061	A	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-0.049;SC=ATTGTTACACAATCTACAAAA;SOR=0.160;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=32877896;WS=32877878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr13	32882912	rs34528008	G	GT	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.026;SC=AGAGAAATATGTTTTTTTTTA;SOR=0.665;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=13;WE=32882920;WS=32882902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr13	32883052	rs206103	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TCTACCCTTGGGGTTTCAAGG;SOR=0.631;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=13;WE=32883060;WS=32883042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr13	32884653	rs206110	G	T	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=532;SC=CACCTGGCACGGGGGATGCCA;SOR=4.091;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=22;WE=32884661;WS=32884643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	32884771	rs206111	T	C	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=567;ReadPosRankSum=-0.142;SC=ACTCTTTTTATTTACCTTGTT;SOR=0.620;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=43;WE=32884779;WS=32884761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr13	32885654	rs445909	T	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=486;ReadPosRankSum=-0.500;SC=CTGCGGCCGGTGGCGGGCGAA;SOR=0.650;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=42;WE=32885662;WS=32885644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,61:0.48:128
chr13	32890572	rs1799943	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=6.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr13	32903685	rs2126042	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr13	32905265	rs206073	G	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=212;SC=CCGTGATCTCGGTTTACCGCA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=32905273;WS=32905255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	32910328	rs2320236	T	C	198.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.08;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr13	32911888	rs1801406	A	G	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=779;ReadPosRankSum=-0.127;SC=AGTTTAGAAAACCAAGCTACA;SOR=0.592;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=49;WE=32911896;WS=32911878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,64:0.47:135
chr13	32913055	rs206075	A	G	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=38;PP=1576;SC=AACCTACTCTATTGGGTTTTC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=32913063;WS=32913045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr13	32915005	rs206076	G	C	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=11;PP=535;SC=GAACCAAAGTGTCACTTGTTG;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=32915013;WS=32914995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	32915410	rs138193280	CAATT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=0.842;SC=GGTATGCTAACAATTAAGAGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=32915421;WS=32915400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	32920844	rs206080	T	C	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	32929232	rs1799955	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=314;ReadPosRankSum=-0.757;SC=AAACTAAATCACATTTTCACA;SOR=0.715;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=24;WE=32929240;WS=32929222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr13	32929387	rs169547	T	C	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=23;PP=736;SC=AATCAAGCAGTAGCTGTAACT;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=32929395;WS=32929377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	32936646	rs9534262	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=476;SC=AATATTCTACTTTTATTTGTT;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=32936654;WS=32936636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	32951111	rs3764791	A	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.25;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr13	32953388	rs4942486	T	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=217;SC=TAAAGCCATCTAGTTACAATA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=32953396;WS=32953378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	33052148	rs41292169	C	T	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=954;ReadPosRankSum=2.207;SC=TGTTCATCATCTTGTACCAGA;SOR=0.661;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=65;WE=33052156;WS=33052138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,112:0.51:220
chr13	33052294	rs380627	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=1.742;SC=TCAATCTCAACGAAGAACTTG;SOR=1.101;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=18;WE=33052302;WS=33052284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr13	33101731	rs391612	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=262;ReadPosRankSum=0.881;SC=AGAAATAAACTATCAGAAATA;SOR=1.514;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=17;WE=33101739;WS=33101721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr13	33226282	.	GT	G,GTT	83	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.4032,0.5967;HP=16;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=25;MQ=61.64;NF=1,1;NR=7,7;PP=5,83;QD=1.0;SC=TAAACTTAATGTTTTTTTTTT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8,8;WE=33226290;WS=33226272;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.62:13
chr13	33232334	rs7335546	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=76;SC=TTTTCATTTAGCGTTCATAAT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=33232342;WS=33232324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	33232435	rs2301393	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=-1.573;SC=AGAGCCCACAATTCAATAGGT;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=33232443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr13	33253136	rs11355777	GA	G	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr13	33268573	rs561056	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=55;SC=GGATTCCTTGTTTAGAAAACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=33268581;WS=33268563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	33309563	rs17516382	C	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=0.030;SC=ATAATACTTCCATTTGACTGC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=33309571;WS=33309553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr13	33315186	rs2320469	C	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	33315189	rs2320470	G	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	33320054	rs4942867	A	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=276;ReadPosRankSum=-0.033;SC=AATTAGATGTACAGAAGATTT;SOR=0.321;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=15;WE=33320062;WS=33320044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr13	33332208	rs376698450	CT	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-1.806;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr13	33332648	rs3752474	G	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr13	33333876	rs7988089	A	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-0.840;SC=CTTATTTTAGAGTGATTATTG;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=8;WE=33333884;WS=33333866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr13	33344241	rs112309957	AT	A	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.898;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.499;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr13	33349341	rs3492	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-2.005;SC=GACCCCATACATTTGTGGTCA;SOR=0.836;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=33349349;WS=33349331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr13	33590851	rs2772364	T	C	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=47;PP=2090;SC=CCATCTGGGATACGTTCACCC;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=105;WE=33590859;WS=33590841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr13	33627829	rs570875	T	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=10;PP=739;SC=TATAATCTGATTTGGGGATTC;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=33627837;WS=33627819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	33635835	rs649964	T	C	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	33637913	rs34137141	C	CA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr13	33679816	.	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=-0.301;SC=AGATGTCCAAAGCCTTTGCTG;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=26;WE=33679824;WS=33679806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,40:0.39:102
chr13	33679940	rs9568847	T	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=20;PP=407;SC=TGGGCCCCGATGACCAGTGAA;SOR=1.923;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=33679948;WS=33679930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	33701347	rs2764617	C	T	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=235;SC=GTAGGGTCCACTGCATCGAGG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=33701355;WS=33701337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	33703656	rs495680	T	C	6668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=73;PP=2937;SC=GGGAGTGAAATTCATGCATAC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=148;WE=33703664;WS=33703646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr13	33713038	rs2858805	C	G	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=22;PP=685;SC=GGGAGGGTAGCGGTGTTGTCA;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=33713046;WS=33713028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	33739629	rs797232	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=-0.288;SC=AGACCTTCAAGGTCTGTAAAA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=5;WE=33739637;WS=33739619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr13	33741559	rs797229	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=272;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GCAAAAAGGCCGAGGGAAAAA;SOR=1.356;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=16;WE=33741567;WS=33741549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr13	34013847	rs876133	G	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-1.630;SC=CTTTGGGTCTGTTATCAGAGA;SOR=0.678;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=7;WE=34013855;WS=34013837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr13	34098232	rs1329344	A	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-2.164;SC=AACACTAGTTAATGCTAATGT;SOR=1.201;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=7;WE=34098240;WS=34098222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr13	35252882	rs9572094	T	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=572;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GATGAGAAATTTACCTCTCCC;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=41;WE=35252890;WS=35252872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,61:0.42:144
chr13	35615031	.	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=316;ReadPosRankSum=1.049;SC=TCGATAACCTCCCATGTTAAC;SOR=0.969;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=22;WE=35615039;WS=35615021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr13	35618991	rs7996448	A	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=5;PP=316;SC=AGAGAGAGATAACAATGATAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=35618999;WS=35618981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	35619588	rs73491592	C	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TTTTAGGTCACCTTTAGTAAG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=16;WE=35619596;WS=35619578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr13	35622640	rs17051829	C	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=323;ReadPosRankSum=-1.518;SC=CATATTTGACCTTAGCTACTA;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=26;WE=35622648;WS=35622630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr13	35630082	rs74051228	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=1.029;SC=ATGAATGTTACAATTGCATTT;SOR=0.105;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=35630090;WS=35630072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr13	35730195	rs41292193	A	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=0.652;SC=TTACAAATCTACAAGTTTTTT;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=9;WE=35730203;WS=35730185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr13	35735976	rs17051895	A	G	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=315;ReadPosRankSum=1.394;SC=AGGAACAGCGACGCCAGTTTA;SOR=0.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=24;WE=35735984;WS=35735966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr13	35739382	rs74048925	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr13	35747681	rs41292197	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=342;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CCATGGAAGCAGTAAACCTCA;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=31;WE=35747689;WS=35747671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr13	35758287	rs17051909	C	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=366;ReadPosRankSum=-1.837;SC=TCATGATATACTTGTTTATAA;SOR=0.598;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=24;WE=35758295;WS=35758277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr13	35806549	rs9565113	T	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.21;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	35926497	rs9565205	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr13	36049080	rs9565317	T	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.24;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	36124615	.	T	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,38:0.37:104
chr13	36141009	rs9544667	G	A	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.90;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	36141011	rs35877639	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.64;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr13	36167429	rs12865768	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=553;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GCTGTGTTTAGAGTGGTCAAA;SOR=1.041;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=38;WE=36167437;WS=36167419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr13	36220292	rs3818424	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.111;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=240;ReadPosRankSum=0.923;SC=TTTTCTGGACTTTTTTTCATG;SOR=0.309;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=16;WE=36220300;WS=36220282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr13	36224051	rs200267946	TACTGGG	T	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=254;SC=TAAAAAAGTGTACTGGGACTG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=36224064;WS=36224041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	36225929	rs7991019	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr13	36229984	.	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.457;SC=GAGGTGTAAGGATTTTAAAAT;SOR=1.230;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=36229992;WS=36229974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr13	36241478	rs200583539	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=274;ReadPosRankSum=1.947;SC=GTCGTCCCCAACTGACCCTGG;SOR=0.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=14;WE=36241486;WS=36241468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr13	36244990	rs3794387	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=374;ReadPosRankSum=1.129;SC=AATAGCAACCACAGAAATGAT;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=25;WE=36244998;WS=36244980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr13	36379727	rs9531059	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=348;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TGAGACACTGCGCCTGGCCCA;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=25;WE=36379735;WS=36379717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr13	36383264	rs9545424	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=1.542;SC=GAGTTAGGAGGGTCAGGCTCG;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=17;WE=36383272;WS=36383254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr13	36385031	rs2322807	G	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.295;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=393;ReadPosRankSum=0.018;SC=CTGTGTACAGGGGGCCGTCTA;SOR=1.002;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=28;WE=36385039;WS=36385021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr13	36385199	rs3764060	T	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=104;ReadPosRankSum=-1.065;SC=AAATTTAATGTATAGGAGGTA;SOR=0.204;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=36385207;WS=36385189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	36397031	rs3751346	C	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=97;ReadPosRankSum=-0.112;SC=AGAACAGAAGCTGAAGCAGCA;SOR=0.416;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=10;WE=36397039;WS=36397021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr13	36401909	rs9574699	T	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=712;ReadPosRankSum=1.885;SC=AAGGAAAAGTTATCTTCATCA;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=48;WE=36401917;WS=36401899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,68:0.57:120
chr13	36402426	rs2296645	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr13	36428595	rs1926466	C	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=618;SC=TGCACCAAGGCTGAGACAGGT;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=36428603;WS=36428585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	36521433	rs1936004	T	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr13	36521460	rs1936003	A	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=444;ReadPosRankSum=0.843;SC=AGCTGCCTCAAATTTCCCCTG;SOR=0.716;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=33;WE=36521468;WS=36521450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr13	36745029	rs1328641	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=778;SC=CCTCACATTACAAATCTGTAC;SOR=3.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=36745037;WS=36745019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	36747798	rs1410633	C	G	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=78;SC=AGGTCCCCCTCTAAGTGGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=36747806;WS=36747788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	36788529	rs3762116	C	T	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=1.471;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,55:0.64:86
chr13	36801256	rs9546784	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr13	36801415	rs9546785	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=458;ReadPosRankSum=0.879;SC=GCTTTTTGTCCGAGGCATGTC;SOR=0.780;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=37;WE=36801423;WS=36801405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr13	36801579	rs9546786	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.91;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr13	36801587	rs9546787	T	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.68;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr13	36801612	rs138475016	T	TACACAC	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.84;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr13	36805289	rs67328439	GA	G	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=200;ReadPosRankSum=3.041;SC=ATTATAAATGGAAAAAAAAAG;SOR=0.306;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=14;WE=36805297;WS=36805279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr13	36805625	rs4397984	C	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5132;FS=8.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=2.572;SC=TCATCTCCACCGCTACAGAGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=36805633;WS=36805615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr13	36814682	rs9546834	A	G	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=546;ReadPosRankSum=1.936;SC=TCAGAAGGATACGCCCCTAAC;SOR=0.647;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=35;WE=36814690;WS=36814672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,71:0.49:144
chr13	36818037	rs9546862	A	G	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.341;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=337;ReadPosRankSum=1.422;SC=GTAATATTCAATGGAAAACCA;SOR=0.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=25;WE=36818045;WS=36818027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,75:0.60:125
chr13	36818057	rs55981518	C	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=4.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=3.540;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,49:0.38:129
chr13	36818080	rs9546863	C	T	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TCTGGTGACACACATATGTGT;SOR=0.750;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=24;WE=36818088;WS=36818070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr13	36822711	rs9315402	G	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr13	36822849	rs9315403	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-0.911;SC=GTGTTTATCCCCTTGGTTCAT;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=8;WE=36822857;WS=36822839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr13	36822884	rs9315404	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=2.044;SC=ATAAGAGAGACAGTCAATTCT;SOR=0.512;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=7;WE=36822892;WS=36822874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr13	36822908	rs9315405	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.718;SC=TTAACTCTCCCATAACCAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=36822916;WS=36822898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr13	36827833	rs9546886	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=147;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AGAAACTTAACTCCAAAATCT;SOR=0.160;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=12;WE=36827841;WS=36827823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr13	36827896	rs9546887	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr13	36828092	rs138966884	G	GTTTTGTAAGCA	1326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.134;NF=1;NR=13;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GTAGGAAATAGTTTTGTGTTA;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=14;WE=36828100;WS=36828082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr13	36828237	rs9546897	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=1.524;SC=TTCAAGAGTCTTCTTTTCTTC;SOR=0.399;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=8;WE=36828245;WS=36828227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
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chr13	36829258	rs751518	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr13	36829301	rs751519	A	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr13	36855173	rs9566036	A	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=41;ReadPosRankSum=-1.000;SC=AGCTCTTTGAAGGGGAGTAGA;SOR=0.446;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=36855181;WS=36855163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr13	36855375	rs9575792	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=1.919;SC=TGCACCACCCCTGGACTGCAA;SOR=0.960;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=12;WE=36855383;WS=36855365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr13	36855405	rs1925845	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-2.381;SC=TTTCTGTCACATGAGGAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=10;WE=36855413;WS=36855395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr13	36857639	rs1998800	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=3.065;SC=GAATAGAAGATAGTCTATCTA;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=6;WE=36857647;WS=36857629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr13	36869843	rs9566063	G	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=-0.198;SC=GGAATTTAATGCACCATAGAT;SOR=0.458;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=10;WE=36869851;WS=36869833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr13	36871764	rs2281865	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=210;ReadPosRankSum=2.051;SC=CGCGCCGCCCGCCGACTCACT;SOR=0.458;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=15;WE=36871772;WS=36871754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr13	36886469	rs2274293	T	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=656;ReadPosRankSum=-1.772;SC=GAACACTACTTGCTGCTACAA;SOR=0.535;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=53;WE=36886477;WS=36886459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,88:0.53:167
chr13	36939688	rs3736919	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=0;PP=294;SC=CTATAAACCGCCTATTGATAC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=36939696;WS=36939678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	36939758	rs3736920	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=784;SC=TGAAATATTTATCCAACTTTA;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=36939766;WS=36939748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	36940028	rs1041140	G	A	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=42;PP=1155;SC=TACAGAGCCAGTCACCAAATC;SOR=1.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=65;WE=36940036;WS=36940018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	36940123	rs1041139	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=13;PP=241;SC=CCTGGATTCCTGCAGTAGCTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=36940131;WS=36940113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	36942533	rs1056850	G	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=518;SC=AATAAAATACGCTCCAAAATT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=36942541;WS=36942523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	37007040	rs4245378	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	37007501	rs9576049	G	T	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	37014366	rs2282411	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=604;ReadPosRankSum=2.699;SC=GCCAAGGAGCGTAAAAATCAA;SOR=0.760;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=35;WE=37014374;WS=37014356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr13	37269675	rs9603083	C	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=0.191;SC=TCTCTGATTTCTTTTCTGTTC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=37269683;WS=37269665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr13	37401917	rs11285105	GT	G	1107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=743;SC=CATCTACATGGTTTTTTATCT;SOR=1.329;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=24;WE=37401925;WS=37401907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	37439964	rs3748305	C	A	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=396;SC=ATGATTCCACCAGGAAACTTA;SOR=1.148;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=37439972;WS=37439954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	37446711	rs9576126	G	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr13	37453293	rs10658358	C	CCTCT	941.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	37524255	rs3818380	A	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=400;SC=AAAACGTATCAGTTTAAAGTC;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=37524263;WS=37524245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	37526560	rs6563506	G	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	37563791	rs2243710	C	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=169;SC=CTTGCTTTGGCTCAAACACTG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=37563799;WS=37563781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	37569200	rs2323165	A	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.52;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	37581051	rs9576154	T	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=12;PP=659;SC=AAGTCTAAGCTAATAGCATGT;SOR=1.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=36;WE=37581059;WS=37581041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	37582122	.	TA	T	40.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr13	37584838	rs7317750	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=15;PP=456;SC=AAAGTTTGAAGGCTACCAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=37584846;WS=37584828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	37598113	rs4943441	A	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=9;PP=624;SC=AAGCTGTCTTAAGAAACACTA;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=37598121;WS=37598103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	37618442	rs34587536	CA	C	208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.98;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	37621528	rs1199983	A	G	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	37625601	rs1543738	T	C	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=4;PP=312;SC=AACACAAATTTGAACATACTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=37625609;WS=37625591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	37625770	rs5802853	A	AG	852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=647;SC=GGCTATTAAGAGAAAAAAAAA;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=37625778;WS=37625760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	37679268	rs9576175	G	T	2291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,123:0.47:259
chr13	37804353	rs1408229	A	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-2.496;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr13	38154959	rs9576307	G	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=28;PP=598;SC=CTGAGGCCACGGGAACAGCTT;SOR=4.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=38154967;WS=38154949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	38156706	rs2274082	T	G	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=183;SC=ACATTGAAGTTTCTCCCGGTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=38156714;WS=38156696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	38161230	rs186000107	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr13	38164445	rs1006416	G	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=5;PP=373;SC=AAGTTAATAAGTCAGTTAAAA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=38164453;WS=38164435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	38166357	rs9603229	T	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	38211105	rs73184536	T	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr13	38237872	rs2985171	A	G	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=27;PP=804;SC=CTGTACTGGAAAAAACAGAGA;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=38237880;WS=38237862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	38266000	rs7329237	G	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=282;SC=CTTTGGGGGTGAGGTTCTTGG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=38266008;WS=38265990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	38320594	rs35278654	TA	T	299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5287;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=168;SC=AGGAGGCACCTAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=38320603;WS=38320584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	38924083	rs2231330	A	T	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=29;PP=1565;SC=ACCGACTGCCATAATTCCTGG;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=83;WE=38924091;WS=38924073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr13	38924263	rs2231332	T	C	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=68;PP=2314;SC=TGATCCGAGCTTTTCCAACAA;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=119;WE=38924271;WS=38924253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr13	38930893	rs2481880	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=179;SC=TCAAAAAATACGAGAAACACT;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=38930901;WS=38930883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	38931144	rs9548318	T	C	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=4;PP=167;SC=CCACATTTCATTGATTTAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=38931152;WS=38931134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	38931650	rs34489703	G	GTT	878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.46;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr13	38932174	rs71720939	TTG	T	127.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	38932208	rs9576514	A	T	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	38932545	rs11381230	G	GT	254.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=2.319;SC=TATTTAGCAAGTTTTTTTTTT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=38932553;WS=38932535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr13	38932648	rs2485786	C	T	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=2;PP=49;SC=AAAATTGTTTCTTGTAGGCTT;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=38932656;WS=38932638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	38932681	rs2485785	G	T	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	39262057	rs1868464	G	A	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=64;PP=2176;SC=TCGTGGAAGAGCTGCTGGGGA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=117;WE=39262065;WS=39262047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr13	39263714	rs2496423	T	C	13861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=144;NR=121;PP=2965;SC=AGTGACTCAGTCCCCCACAGA;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=144;TCR=121;TR=265;WE=39263722;WS=39263704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr13	39263731	rs41292755	C	T	5600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=65;PP=1969;ReadPosRankSum=0.884;SC=CAGACACAGACGAAAATCACC;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=270;TCF=139;TCR=131;TR=140;WE=39263739;WS=39263721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,281:0.52:540
chr13	39264690	rs2496425	T	C	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=486;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CCAGAAATCTTTGTAGGTGAA;SOR=0.637;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=32;WE=39264698;WS=39264680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,63:0.46:136
chr13	39338612	rs2442370	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=171;SC=TTATTTCTGTTTTAAAATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=39338620;WS=39338602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	39420832	.	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=186;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AGTGAGGTCTCGGAAAACAGA;SOR=0.503;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=19;WE=39420840;WS=39420822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr13	39424181	.	A	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GCAGTGCCTAAGATGCAATTC;SOR=0.631;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=16;WE=39424189;WS=39424171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr13	39430182	rs34182165	TAA	T	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.728;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr13	39430314	rs9548509	C	T	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=32;PP=1078;SC=ATCGAAGTTACCTTTGACGGG;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=39430322;WS=39430304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	39430443	rs9548510	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.440;SC=TTTGTCAGAGGAAATGCATAA;SOR=0.846;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=8;WE=39430451;WS=39430433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr13	39431945	rs9603455	T	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=255;ReadPosRankSum=0.331;SC=TGAGTATTGTTCTGTGTGGTA;SOR=0.461;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=18;WE=39431953;WS=39431935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr13	39433606	rs9532292	A	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=461;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AGATGGTCACACTGGACTCCA;SOR=0.661;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=30;WE=39433614;WS=39433596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr13	39438383	rs9566369	C	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=177;ReadPosRankSum=-2.863;SC=ACTTGAAAGACTGTTAACAAT;SOR=0.622;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=15;WE=39438391;WS=39438373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr13	39452235	rs1540131	T	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=487;SC=TACCTTATCATATAACAGAAA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=39452243;WS=39452225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	39452934	rs9532296	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=749;ReadPosRankSum=0.353;SC=GTGGCATTATCTACAGCAATC;SOR=0.491;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=52;WE=39452942;WS=39452924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,58:0.44:131
chr13	39546530	rs8000175	C	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=516;SC=CAGGTCTCTGCGGGTACTCAG;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=39546538;WS=39546520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	39550716	.	G	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=554;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CGTCCCAGACGGAATACAACA;SOR=0.607;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=41;WE=39550724;WS=39550706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,62:0.59:105
chr13	39608346	rs199807081	A	AC	1730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,106:0.52:203
chr13	39613641	rs41286947	A	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=0.488;SC=TTCTTCGCCAAGATACAGATT;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=39613649;WS=39613631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr13	39618302	rs9603498	T	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=-0.093;SC=AGTGTTACACTTGATTCAGCT;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=26;WE=39618310;WS=39618292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,51:0.38:135
chr13	39618366	.	TTG	T	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.564;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr13	39622075	rs9532318	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=23;PP=550;SC=GTTTCTTTCCTGGGAATATTT;SOR=2.115;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=30;WE=39622083;WS=39622065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	39918263	rs142512913	T	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=312;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TCTTATTGCTTCCAGTGTGTG;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=23;WE=39918271;WS=39918253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr13	40229757	.	C	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr13	40233404	rs7330515	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr13	40238162	rs4636783	C	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=158;ReadPosRankSum=-1.033;SC=TTATTGACAGCATACCTAGAA;SOR=1.244;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=12;WE=40238170;WS=40238152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr13	40238387	rs4566029	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr13	40239139	rs7991151	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr13	40254281	rs35468663	TCAAA	T	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=139;ReadPosRankSum=0.366;SC=ATTTTAGTAATCAAACATTTT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=40254292;WS=40254271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr13	40256252	rs74842409	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=0.922;SC=ATGCAACAGACATAATAAACA;SOR=0.458;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=40256260;WS=40256242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr13	40256483	rs4346098	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=0.637;SC=TATCAAAAGCGTATATAATAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=40256491;WS=40256473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr13	40263979	rs9548882	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=0.453;SC=ATTTTGTTTTTACATATGCTA;SOR=0.569;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=4;WE=40263987;WS=40263969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr13	40268930	rs9548886	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.214;SC=AGCACAGTATAAGATTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=9;WE=40268938;WS=40268920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr13	40293288	rs5803008	AT	A	1008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=11;PP=506;SC=TAACTTTTACATTTTTTTTTA;SOR=1.814;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=26;WE=40293296;WS=40293278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	40293601	rs199617496	CTCTT	C	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=1.828;QD=12.15;ReadPosRankSum=-1.706;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr13	40297684	rs7985075	C	T	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=39;PP=1039;SC=TAGCTGTGTTCTCCTGGGAAA;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=40297692;WS=40297674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	40298620	rs58666375	CT	C	144.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.864;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,14:0.82:17
chr13	40298805	rs9532421	C	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=128;SC=TATCTCTTGACATGCTGTATT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=40298813;WS=40298795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	40301763	rs9548899	T	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TGGAAAAAAATTTATTTTCAA;SOR=1.140;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=5;WE=40301771;WS=40301753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
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chr13	41382807	rs60754171	T	C	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=22;PP=562;SC=TGGTGGCTCATGCCTGTGATC;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=41382815;WS=41382797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	41515286	rs1056820	T	A	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=832;ReadPosRankSum=0.396;SC=TTTAGAACTGTAGTGGCTCCT;SOR=0.871;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=58;WE=41515294;WS=41515276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,86:0.44:197
chr13	41517985	rs3764056	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=0.278;SC=TACCCTTTCCATCTTTGTTTT;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=14;WE=41517993;WS=41517975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr13	41523876	rs9525435	T	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=561;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CTATGTAGAATAAAAGTGATA;SOR=0.656;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=42;WE=41523884;WS=41523866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,67:0.42:159
chr13	41525586	rs3736953	A	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=442;ReadPosRankSum=1.131;SC=CAACACATTTAAAGAGAAAAT;SOR=1.538;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=26;WE=41525594;WS=41525576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr13	41533052	rs7799	T	C	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1307;ReadPosRankSum=-0.105;SC=AATCATGTCATTGGGCTCTTC;SOR=0.883;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=170;TCF=96;TCR=74;TR=87;WE=41533060;WS=41533042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,137:0.50:276
chr13	41639425	rs78988439	TAA	T	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr13	41675123	.	T	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=-0.369;SC=ATTACCCTCCTTTTGCAGATA;SOR=0.699;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=12;WE=41675131;WS=41675113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr13	41675248	.	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=255;ReadPosRankSum=1.772;SC=AAGCATTATTCCATCATTTTG;SOR=0.704;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=17;WE=41675256;WS=41675238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr13	41705495	rs584594	A	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=35;PP=1355;SC=CAGACAGCTAAAGTGGTGACA;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=41705503;WS=41705485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr13	41706800	rs9566703	A	G	219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=4;PP=65;SC=ACCCCGCAGAACCGCCTCCCG;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=41706808;WS=41706790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	41767338	rs2039134	A	G	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-1.630;QD=14.14;ReadPosRankSum=2.443;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr13	41767341	rs2039135	A	G	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-1.624;QD=14.37;ReadPosRankSum=2.123;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr13	41791440	rs2274903	T	A	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=17;PP=451;SC=ATTTATTTAATTTCTTTGCAG;SOR=1.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=41791448;WS=41791430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	41797601	rs2026469	A	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=239;SC=TTTCTAAAAGACATATATACA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=41797609;WS=41797591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	41807950	rs3751344	T	C	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=11;PP=814;SC=CAGACACTCATATAGGACTAT;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=41807958;WS=41807940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	41807985	.	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=274;ReadPosRankSum=1.219;SC=TGAGTAAGATGGAAAAAGGGT;SOR=0.542;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=22;WE=41807993;WS=41807975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr13	41834578	rs66465270	GT	G	236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=0;PP=178;SC=TAAGTGTGTGGTTTTTTTTTT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=41834586;WS=41834568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	41834744	rs2297555	C	T	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=49;PP=1917;SC=TTCGGTTTTCCTCATTCACAG;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=109;WE=41834752;WS=41834734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr13	41835076	rs3215932	T	TA	550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=367;SC=ACACAGTCTTTAAAAAAAAAT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=18;WE=41835097;WS=41835066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	41835089	rs1332940	T	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=471;SC=AAAAAAATCATCTCTAAAGAT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=41835097;WS=41835066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	41837220	rs3818721	C	T	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=202;SC=ATTTCAAGCACGTTAGAGAAA;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=41837228;WS=41837212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	41893105	rs2065498	T	G	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	41902939	rs3812896	T	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=5;PP=115;SC=ATGCAGAAAATTGGTGTTATT;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=41902947;WS=41902929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	41948051	rs9525478	G	C	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=18;PP=509;SC=ACAAATTTAAGTTATGTTCAA;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=41948059;WS=41948041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	41949804	rs6560982	G	T	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=40;PP=1085;SC=CTTTTCCAGGGTGCATTTTAA;SOR=3.398;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=41949812;WS=41949794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	42042873	rs150442518	ACT	A	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.890;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,28:0.14:200
chr13	42043086	rs2324791	C	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=429;SC=TCATCCTAAGCCTTCTATAGG;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=42043094;WS=42043076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	42044508	rs396963	A	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	42185696	rs3814782	T	C	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=497;ReadPosRankSum=0.305;SC=GGTCTAAATGTGATGGGAGCA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=43;WE=42185704;WS=42185686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,69:0.48:143
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chr13	42275473	rs7322461	A	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=4;PP=256;SC=ATTTTAATCCATCTTTTAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=42275481;WS=42275463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	42277379	.	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=1.224;SC=TATCTCCAGGGAAGATACAGC;SOR=1.075;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=8;WE=42277387;WS=42277369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr13	42306139	rs9315861	T	A	255.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5317;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=154;ReadPosRankSum=-1.205;SC=TCCATGAGAGTTCCATCCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=12;WE=42306147;WS=42306129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr13	42335222	rs9566844	T	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=272;ReadPosRankSum=-0.287;SC=AAACAAATGATTAAATGAGAT;SOR=0.865;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=18;WE=42335230;WS=42335212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr13	42352285	rs12864636	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr13	42361743	rs112297676	T	TACAC	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.97;ReadPosRankSum=2.369;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr13	42407738	rs35383891	A	G	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=970;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GGTAGCTTACATGGCTTTATA;SOR=0.801;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=69;WE=42407746;WS=42407728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,117:0.56:208
chr13	42407759	rs9315868	C	T	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=587;ReadPosRankSum=0.808;SC=GAGTCACCTCCGTCTGAACTT;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=47;WE=42407767;WS=42407749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,69:0.44:157
chr13	42442546	rs3742262	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=-0.866;SC=ATGGTTTTCCATCATCTTCTC;SOR=1.118;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=18;WE=42442554;WS=42442536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr13	42465490	rs7332372	C	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=10;PP=739;SC=CCATGTCTTACACAATAAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=42465498;WS=42465480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	42465713	rs9562362	C	T	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=674;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TGTGGCTGCACGAACTGCACA;SOR=0.813;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=43;WE=42465721;WS=42465703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,65:0.42:155
chr13	42481712	rs2003064	C	T	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=25;PP=818;SC=TAGAGTGTGACAGAACTTGCC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=42481720;WS=42481702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	42486383	rs35273694	TTA	T	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=203;ReadPosRankSum=-0.187;SC=GTGGACATATTTATATATATA;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=42486392;WS=42486373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr13	42524368	.	GCAAA	G	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=70;QD=44.0;SC=AAATGTGTTAGCAAACAAACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=42524379;WS=42524358;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chr13	42701717	rs605371	A	G	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	42701739	rs670676	A	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=31;PP=911;SC=GTTTCAAGCAATTGAGGCTAT;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=42701747;WS=42701729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	42701803	rs957255	G	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=447;SC=GAAGCGCACTGTAGCATTATG;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=42701811;WS=42701793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	42703682	rs3742261	T	C	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	42733380	.	C	CTTTTTTTTT	1561	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=20;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=16;MQ=54.99;NF=3;NR=1;PP=1561;QD=391.0;SC=AGCAGTTGCTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=42733388;WS=42733370;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,4:0.36:11
chr13	42748118	.	TG	CG	721	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=5,10;NR=5,7;PP=44,721;QD=7.87712125472;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTTTAT;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=10,17;WE=42748126;WS=42748108;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr13	42748118	.	TG	TGCG	721	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=5,10;NR=5,7;PP=44,721;QD=7.87712125472;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTTTAT;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=10,17;WE=42748126;WS=42748108;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr13	42748118	rs74243127	T	C,TGC	1713.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=48.96;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,29:0.17,0.83:35
chr13	42748136	rs9590674	T	C	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=15;PP=868;SC=TATGAGATGCTAACAGTTAGT;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=42748144;WS=42748126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	42748331	.	G	GA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.827;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr13	42761399	rs17598471	A	G	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=562;SC=TTAAATCGAGAGAAAAATTAC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=42761407;WS=42761389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	42763533	rs55656510	A	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=411;SC=CAGATTGGACACACTTTTTAA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=42763541;WS=42763523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	42764439	rs1170119	T	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=465;SC=TCTGGAATTTTGTTTGGCATA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=42764447;WS=42764429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	42764564	rs7324235	C	G	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=36;PP=1219;SC=CAGTTCACCCCTGTGAACCAG;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=74;WE=42764572;WS=42764554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	42773629	rs4942097	A	G	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	42780148	.	CTT	C	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=2.157;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr13	42780398	rs9594704	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=321;SC=ATATTTTGCATTGGGTAAGTG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=42780406;WS=42780388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	42783012	rs168329	G	A	31.29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	42788887	.	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.850;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=0.987;SC=GCAGTAAAATCGTGGACAACT;SOR=0.264;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=11;WE=42788895;WS=42788877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr13	42794004	rs347382	G	A	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=38;PP=1052;SC=CATGGAGGTCGTGAAAATGTT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=42794012;WS=42793994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	42882762	rs238314	A	G	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=339;SC=ACACTTTTGCATATAATTGTG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=42882770;WS=42882752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	43155168	rs2277438	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AGACTCTTGCGAGTATGAATT;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=43155176;WS=43155158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr13	43155443	rs2277439	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=0.924;SC=AGTCCACATCGAGGCTGATAA;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=14;WE=43155451;WS=43155433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr13	43358309	.	C	CT	138.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,12:0.80:15
chr13	43360772	rs57301416	T	TA	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=12;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=-0.335;SC=TGTTGCACATTAAAAAAAAAA;SOR=0.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=11;WE=43360780;WS=43360762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr13	43462422	rs1044856	A	T	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr13	43474371	rs4942174	C	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=13;PP=1117;SC=TATCGTAATGCTTTCCTAAAA;SOR=1.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=43474379;WS=43474361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	43491871	rs17621929	C	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=546;SC=ACTCAACCTCCGTACTGAGCA;SOR=2.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=43491879;WS=43491861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	43491940	rs12864209	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=204;SC=TGTCTGAAAACGTCCCTTGGA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=43491948;WS=43491930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	43537240	rs1054813	A	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	43537246	rs9562444	C	T	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.65;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	43544964	rs9567077	G	T	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=96;SC=TCTGTTCTCTGGGACCTCACA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=43544972;WS=43544954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	43566373	rs3825511	A	C	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=775;SC=AGCGAGTCTCAAGATGGGATT;SOR=2.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=43566381;WS=43566363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	43597706	rs17553284	C	T	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=6;PP=682;SC=CTAGTTTGTCCCTACGGCCGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=43597714;WS=43597696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	43597865	rs12015	A	G	6417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=63;PP=2719;SC=CGACCAGCAGAGACTGGTGAG;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=145;WE=43597873;WS=43597855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr13	43597932	rs2281777	C	G	7035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=82;PP=2846;SC=CTTCAGCCCCCTCTACCGCCT;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=79;TCR=82;TR=161;WE=43597940;WS=43597922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr13	43597977	rs2281778	C	G	7833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.52;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr13	43597980	rs2281779	G	A	7704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr13	43597995	rs2281780	G	T	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=69;PP=2085;SC=GTGCCCTAGCGCTCACTTGTT;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=43;TCR=70;TR=112;WE=43598003;WS=43597985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr13	43660044	rs141024500	C	CATT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=316;SC=AGATTAAAGTCATATATGATA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=43660052;WS=43660034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	43681406	.	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr13	43681427	rs1047775	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr13	43788036	rs703206	T	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=10;PP=738;SC=GGTTGCGTGCTGGACCAACCC;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=43788044;WS=43788026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	43788158	rs703207	G	A	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=495;ReadPosRankSum=-0.557;SC=AAGGCACACAGCTTCCATCTT;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=43;WE=43788174;WS=43788148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,74:0.41:181
chr13	43839494	rs4306408	G	A	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=56;PP=1929;SC=TTCAACCAACGTCAAGCAAGA;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=116;WE=43839502;WS=43839484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr13	43843812	rs730210	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.738;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=-1.140;SC=GAAGATGTTTACAAGTCTTGA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=12;WE=43843820;WS=43843802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr13	43872419	rs4451860	C	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=2;PP=151;SC=GCTGCCTTTCCATTTTCATTT;SOR=1.765;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=43872427;WS=43872409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	43872449	.	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=1.986;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr13	43872451	rs141332734	C	A,CA	439.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.86;MQRankSum=0.709;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,9,12:0.36,0.48:25
chr13	43895193	rs75164782	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.486;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr13	43896791	.	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=-0.002;SC=GGTTCTGAGGGGTGTGGGGTA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=43896799;WS=43896781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr13	43918574	.	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=0.084;SC=GTAAAAATGGGAAATTATTGA;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=43918582;WS=43918564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr13	43918819	.	CC	TT	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=671;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TTGCAGAGCGCCGATTCACTT;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=23;WE=43918828;WS=43918809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr13	43930337	rs2281713	A	G	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	43935405	rs1535580	C	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=9;PP=522;SC=TTCTCATAGGCGTTACTTACT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=43935413;WS=43935395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	43986771	rs2296041	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	43986938	.	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=1.101;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr13	44433700	rs1562216	G	A	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=132;SC=AAGGTAATAGGACAGCTATGG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=44433708;WS=44433690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	44734696	rs4942287	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=425;ReadPosRankSum=0.284;SC=AAGTGGTTCTATTAAAATAGC;SOR=0.775;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=28;WE=44734704;WS=44734686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr13	44948295	rs201663302	T	TG	1433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;QD=40.96;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	44948302	rs199705926	GA	G	1422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=43.11;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	44964723	rs2281848	C	T	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=24;PP=594;SC=AGGTGACCTGCAGCCTCCTTT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=44964731;WS=44964713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	44969907	rs1467624	G	A	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=39;PP=1626;SC=GATTTGACTCGTAATTCTAAC;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=94;WE=44969915;WS=44969897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr13	45010283	rs1555781	T	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=23;PP=581;SC=TATCTTAAGCTTCCAAGATAA;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=45010291;WS=45010273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	45010616	rs7997320	G	A	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=20;PP=954;SC=TAAATTTAAAGAAACTATCTT;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=45010624;WS=45010606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	45090478	rs1336163	A	C	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=39;PP=1171;SC=ATTCTGAAGAACCTGCTTTTT;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=45090486;WS=45090468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr13	45090580	rs1336164	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=365;SC=GGGACTTCGGCATAAAGGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=45090588;WS=45090570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	45517440	.	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr13	45556056	rs148833607	T	TCATGTTTAACATAAAACATAAAA	338.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=84.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	45563464	rs1140993	G	C	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=37;PP=1794;SC=AGAACATCCAGCTGTCCCGCG;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=97;WE=45563472;WS=45563454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr13	45589547	.	G	GT	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=3;PP=39;QD=10.2;SC=TCTATGCTGTGTTTTTTTTTT;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=5;WE=45589555;WS=45589537;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr13	45589571	.	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr13	45912634	rs9595305	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=0.814;SC=CCCTAAGAATTTTTTACATAT;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=12;WE=45912642;WS=45912624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr13	45914957	rs2234216	T	C	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=606;ReadPosRankSum=-0.736;SC=ACCGTGCGCCTGGCGCCGCCA;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=50;WE=45914965;WS=45914947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,75:0.50:151
chr13	45973231	.	G	GA	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=16.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr13	45973271	rs75119407	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=209;ReadPosRankSum=-1.269;SC=GCTACAACCACCATCAAAGGC;SOR=0.596;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=16;WE=45973279;WS=45973261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr13	45980223	rs35419409	A	AT	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr13	45982934	rs6561227	G	A	106.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=0.674;SC=TGAAAAATCTGTCATGCTATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=45982942;WS=45982928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr13	45985705	rs4941527	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=82;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TATTTGGAGAGTGCTATCACC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=45985713;WS=45985695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr13	46039407	rs11619408	G	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=-0.428;SC=CGGGCGCCCCGGCAGGACCCC;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=10;WE=46039415;WS=46039397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr13	46056692	.	C	T	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	46060459	.	ACGGGAGACGGGAGAC	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=22;NR=3;PP=620;ReadPosRankSum=1.383;SC=GAGACGGGAGACGGGAGACGG;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=25;WE=46060481;WS=46060449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr13	46060467	.	CG	C	335	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=25;MMLQ=23;MQ=64.48;NF=22;NR=3;PP=335;QD=13.8;SC=AGACGGGAGACGGGAGACGGG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=46060481;WS=46060449;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,25:1.00:25
chr13	46060473	.	AC	A	434	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=25;MMLQ=25;MQ=64.11;NF=22;NR=3;PP=434;QD=17.76;SC=GAGACGGGAGACGGGAGAGGG;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=25;WE=46060481;WS=46060449;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr13	46064970	rs186310204	A	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGAATATGTGATACAATTAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=46064978;WS=46064960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr13	46065235	rs58083561	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.481;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr13	46066163	rs3014948	T	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CCAACCATTTTCCGTTCTTCA;SOR=0.892;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=8;WE=46066171;WS=46066153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr13	46066192	rs7139877	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=466;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TTTTAAGAGTGTGTATGTGTT;SOR=0.361;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=32;WE=46066200;WS=46066182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr13	46077301	rs3014959	G	A	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=46;SC=ATATATATATGTACTTTGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=46077309;WS=46077291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	46077381	rs3014960	G	A	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.11;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	46085699	rs2985969	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=276;SC=ATGTTTCCAGGGATGACTGCA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=46085707;WS=46085689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	46085746	rs56260231	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=79;ReadPosRankSum=-0.697;SC=AAAGGTTGCATGGGAATAGGA;SOR=0.346;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=8;WE=46085754;WS=46085736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr13	46085864	rs2985970	A	G	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=19;PP=813;SC=GTTTTGTCAAATGCCACAGGC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=46085872;WS=46085854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	46093284	rs3818456	C	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=237;ReadPosRankSum=0.974;SC=CCTTAGATTTCCTTTTGAATT;SOR=0.927;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=17;WE=46093292;WS=46093274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr13	46098994	rs3014966	T	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=-1.510;SC=CATTGTGTTTTAATAGGTTTA;SOR=0.175;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=46099002;WS=46098984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr13	46099243	rs2985984	A	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=313;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GTTTGCATTTATATAGTCCTT;SOR=0.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=24;WE=46099251;WS=46099233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr13	46103935	rs2274285	A	G	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=506;ReadPosRankSum=1.334;SC=GCAAAGGTCAATGACCTTGCG;SOR=0.937;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=31;WE=46103943;WS=46103911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr13	46104130	rs2274286	G	C	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=25;PP=686;SC=TTTTCCTTTTGCTGTAGACAT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=46104138;WS=46104120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	46105021	rs66498730	AT	A	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=287;ReadPosRankSum=1.880;SC=AATTTAAAAAATATTACCTTC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=46105029;WS=46105011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr13	46108643	rs3014901	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=10;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=-0.831;SC=TTTTTTTTTTTCCATTCTAAT;SOR=0.065;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=46108651;WS=46108622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr13	46108679	rs9652191	A	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=469;ReadPosRankSum=-0.562;SC=TTCAACTTTTATTTTAGATTC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=15;WE=46108699;WS=46108669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr13	46108691	rs9595339	A	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.83;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr13	46108853	rs3014902	TG	CA	4857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=40;PP=2575;SC=CTTCTGCTGTTGGTTTCTAAA;SOR=0.956;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=67;WE=46108862;WS=46108843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	46124290	rs2860345	T	A	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=627;ReadPosRankSum=-1.211;SC=GTCAAACCCCTTACCCCATAA;SOR=0.577;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=49;WE=46124298;WS=46124280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,80:0.41:194
chr13	46137807	rs79845240	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=139;ReadPosRankSum=0.540;SC=GGAGAGGCGGTGGGATGCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=14;WE=46137815;WS=46137797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr13	46148855	rs747652	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=-0.250;SC=GGATATATGAAGCAAAAAGAA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=46148863;WS=46148845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr13	46148943	rs140782618	TG	T	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=6.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr13	46161406	.	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=1.441;SC=CTTCCAGACAGGGGCCAGGTC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=46161414;WS=46161396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr13	46164726	.	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=0.830;SC=AAGGGCTGCTGAAACATTGTC;SOR=1.127;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=12;WE=46164734;WS=46164716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr13	46170609	rs3014939	C	T	2933.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=5.519;NF=63;NR=45;PP=1501;ReadPosRankSum=0.791;SC=GCCTTTTCCTCTTCTAGATAT;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=127;TCR=90;TR=108;WE=46170617;WS=46170599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,153:0.47:323
chr13	46170719	rs142875900	CCCAGATACTCTTCCTCCT	C	3808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=8.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.85;MQRankSum=8.324;QD=15.94;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,106:0.44:239
chr13	46276503	rs872556	G	C	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=721;ReadPosRankSum=-0.432;SC=CATGAGCCCTGAAAAACACCA;SOR=0.576;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=72;TCR=65;TR=55;WE=46276511;WS=46276493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,97:0.45:214
chr13	46276766	rs17068928	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=241;ReadPosRankSum=-1.097;SC=TCTACACGTTCTTTCAGACTC;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=15;WE=46276774;WS=46276756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr13	46277016	rs755428	A	G	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=854;ReadPosRankSum=0.661;SC=GAAGGATGTAACCTATCAGTG;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=51;WE=46277024;WS=46277006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,88:0.54:162
chr13	46287153	rs9316154	A	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=4;PP=666;SC=TGACAAGGATAGGCCACATTT;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=46287161;WS=46287148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	46288145	rs7317245	A	G	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=817;ReadPosRankSum=-0.336;SC=CGCCCTGCGGAAGATGGTCAG;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=43;WE=46288153;WS=46288135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,59:0.56:106
chr13	46358320	rs10578981	CAACA	C	369.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.08;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	46541673	rs9534264	T	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=335;ReadPosRankSum=1.910;SC=ATTTATTTGTTTCTTCAAATC;SOR=0.517;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=22;WE=46541681;WS=46541663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr13	46550061	rs11428563	G	GT	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=294;SC=TTTTATCTGTGATAGGGTCAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=46550069;WS=46550051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	46562935	rs1134071	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,42:0.34:124
chr13	46616462	rs3783200	A	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=-1.045;SC=AACAACAAAAATCTGTATTTA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=17;WE=46616470;WS=46616452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr13	46619026	rs962694	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=163;ReadPosRankSum=0.430;SC=CAGATTTTTATACTAGATAAA;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=13;WE=46619034;WS=46619016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr13	46619316	rs3736944	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=0.162;SC=GATATATTACTCCCCAAATAA;SOR=1.863;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=8;WE=46619324;WS=46619306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr13	46627677	rs1049669	T	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=5;PP=785;SC=TAAAAATAATTTGATACAATG;SOR=2.409;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=46627685;WS=46627667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	46629944	rs1926447	A	G	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=19;PP=643;SC=ATTTTTACTAATTTTCTCAAT;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=39;WE=46629952;WS=46629934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	46629995	rs1926446	C	A	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	46641324	rs151045790	TA	T	678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=489;SC=CAATAAAAGTTAAAAAAAATT;SOR=3.056;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=46641332;WS=46641314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	46641466	rs9316179	A	G	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=44;PP=1569;SC=AGTCATAACCATCCACATTAA;SOR=0.792;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=93;WE=46641474;WS=46641456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr13	46641481	rs7337140	T	C	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=50;PP=1569;SC=CATTAACCACTGGCATAACAT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=97;WE=46641489;WS=46641471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr13	46648094	rs3742264	C	T	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=28;PP=805;SC=TTTTTGGCTGCTTGTTCTTTT;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=46648102;WS=46648084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	46656669	rs2296642	A	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=21;PP=535;SC=GATCTTCCACATCTGCCAGCA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=46656677;WS=46656659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	46708291	rs4941543	T	C	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr13	46728771	rs4258501	T	C	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=412;SC=GTCTCCCTTCTTTGCTGCTCA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=46728779;WS=46728761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	46808567	.	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.532;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=-0.182;SC=GATTAGTTTCCATGGTATTGA;SOR=0.582;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=13;WE=46808575;WS=46808557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr13	46836201	rs2764598	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr13	46919092	rs259738	A	T	178.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=173;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AAGGAAAAGGATGTTGTTTTG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=46919103;WS=46919082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr13	46919095	rs10682466	T	TTG	194.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GAAAAGGATGTTGTTTTGCAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=46919103;WS=46919082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr13	46919762	rs259735	T	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=281;ReadPosRankSum=0.789;SC=AAAGAGGAATTCAGAAACCCA;SOR=0.811;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=18;WE=46919770;WS=46919752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr13	46919786	rs11617125	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=0.098;SC=ACACAGAGGACAGGGAAGAAT;SOR=0.370;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=17;WE=46919794;WS=46919776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr13	46928784	rs259697	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=332;ReadPosRankSum=-0.298;SC=ATCACTTTCCGATGAAACCTC;SOR=1.112;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=21;WE=46928792;WS=46928774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr13	46930372	rs9526171	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=-1.235;SC=CTGGTCCTGGTGTCCTCGGTC;SOR=1.501;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=14;WE=46930380;WS=46930362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr13	46930536	rs181977	C	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,70:0.53:132
chr13	46933461	.	A	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr13	46937058	.	CATATATATATATATAGATATATATATATATATATAT	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	46937193	rs259699	T	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=361;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TTAGTGTGTGTATGCGGATGG;SOR=0.421;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=26;WE=46937201;WS=46937183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr13	46942081	rs2476664	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=158;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TTCCACTGGGAGTCTTGGAAT;SOR=0.593;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=10;WE=46942089;WS=46942071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr13	46946157	rs1408184	C	T	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=583;ReadPosRankSum=2.281;SC=GCCAAAATCCCAGGGCTTGTG;SOR=0.590;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=42;WE=46946165;WS=46946147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr13	47127813	rs45540131	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CCCCCGGGCACGACCTCTCGG;SOR=1.179;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=8;WE=47127821;WS=47127803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr13	47256065	rs45439193	C	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TGAAGAGGGTCGATCTTTGTG;SOR=0.136;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=47256073;WS=47256055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr13	47256071	.	TTG	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr13	47260054	rs842381	T	C	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	47261970	rs842375	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=211;ReadPosRankSum=1.376;SC=ATATGATTGCTATTAATTTCT;SOR=0.922;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=15;WE=47261978;WS=47261960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr13	47273458	rs706621	G	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=326;ReadPosRankSum=-1.345;SC=AACCCTGTGTGTTTTGTCCAC;SOR=1.211;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=18;WE=47273466;WS=47273448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr13	47279375	rs11483731	C	CT	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.307;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr13	47279454	rs842387	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=374;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GGCTGCTGGTAGATTCACCAG;SOR=0.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=27;WE=47279462;WS=47279444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,41:0.41:101
chr13	47279680	rs3832915	A	AT	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=0.023;SC=GATTCTGTAGATTTTTTTACC;SOR=0.330;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=7;WE=47279688;WS=47279670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr13	47289958	rs9526223	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=41;ReadPosRankSum=-0.363;SC=GAAAAGTGCACGTGGATTGTT;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=6;WE=47289966;WS=47289948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr13	47297352	rs7319836	G	A	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=15;PP=742;SC=CCTTTGTATTGTAGTGTTTCT;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=40;WE=47297360;WS=47297342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	47302934	rs3742273	T	A	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=644;SC=TTACTCACAGTTACCTCAGTG;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=47302942;WS=47302924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	47308109	rs2298086	A	G	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=16;PP=507;SC=TTTTGGAAGCATGCCGAAAAT;SOR=0.780;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=30;WE=47308117;WS=47308099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	47308201	rs117493342	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=-1.842;SC=GAGTTTGAACCATTGAATCGA;SOR=0.743;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=6;WE=47308209;WS=47308191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr13	47315984	rs3742274	T	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=15;PP=418;SC=GTCCGCATAATGTCTGCACGT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=47315992;WS=47315974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	47354101	rs9778	C	T	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=28;PP=1045;SC=TCCCAAATATCCACTAAAGGC;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=63;WE=47354109;WS=47354091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr13	47355524	rs2275680	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=354;SC=CAACACTAGAAAAGTTTAGTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=47355532;WS=47355514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	47365388	rs997167	G	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=262;SC=GTAAAATGAGGTACTATAATA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=47365396;WS=47365378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	47365450	rs3831339	G	GT	925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=547;SC=ACAGAATGAGGTATCTAAAAT;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=47365458;WS=47365440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	47470824	rs6312	C	T	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=24;PP=1144;SC=TCTTCAGGGTCCACACATGAG;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=47470832;WS=47470814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	48547467	rs7320366	A	T	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=4;PP=264;SC=GCTTCAGGAGACTCAGCAGCA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=48547475;WS=48547457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	48547663	rs7326861	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TTCTTGAGAATTTATCCTCAC;SOR=1.115;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=9;WE=48547671;WS=48547653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr13	48563008	rs6561424	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=46;SC=CTTAAAAAATGTGACTTACGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=48563016;WS=48562998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	48563246	rs6561425	A	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=9;PP=282;SC=GTCCAAAAATAAGGCATTCTC;SOR=1.473;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=13;WE=48563254;WS=48563236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	48571213	rs8001509	C	T	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=42;PP=1329;SC=GTCACTCTTGCTAACTACTTG;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=48571221;WS=48571203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr13	48575204	rs45602539	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.056;NF=20;NR=13;PP=407;ReadPosRankSum=1.501;SC=TGCAGGGCACCCAGAAAAATG;SOR=0.408;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=33;WE=48575215;WS=48575194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr13	48575207	rs11316376	GA	G	3839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=24;PP=1875;SC=AGGGCACCCAGAAAAATGTCA;SOR=1.350;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=50;WE=48575215;WS=48575194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	48575292	rs9567972	C	T	6252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=58;PP=2411;SC=ACCCTCGAGACGACAGCGGAC;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=137;WE=48575300;WS=48575282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr13	48611918	rs61746486	A	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr13	48653957	rs138539860	AAC	A	1076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=629;ReadPosRankSum=2.353;SC=TCTGTTTGAAAACACTCTTCG;SOR=0.840;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=18;WE=48653966;WS=48653947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr13	48660380	rs41287449	T	C	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=85;SC=TTAAACAACATCCTTTTTAAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=48660388;WS=48660370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	48671081	rs1571256	A	G	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr13	48830601	rs3818455	A	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=211;ReadPosRankSum=1.453;SC=AATATTTGCTAATTTATTATA;SOR=0.377;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=16;WE=48830609;WS=48830591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr13	48878271	rs2854351	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=262;SC=TCGGCGGGGATCCGTCCTCGC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=48878279;WS=48878261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	48878292	rs2252544	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr13	48916895	rs520342	C	T	239.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=0.844;SC=TAAAAGGAAACGAATTCTGGA;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=11;WE=48916903;WS=48916885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr13	48919358	rs198617	T	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=293;SC=TTTTATTAGGTTTACACTCTG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=48919366;WS=48919348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	48921884	rs198616	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=141;SC=AAAAGAAGATAAATAAAGCAT;SOR=0.793;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=10;WE=48921892;WS=48921874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	48934140	.	A	AT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr13	48942524	.	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=-1.621;SC=TGGGTCATCTATTTTCTATCC;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=48942532;WS=48942514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr13	48947469	rs185587	G	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=270;SC=CTTGGGAGATGGAAAACATTT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=48947477;WS=48947459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	48955659	.	C	CAA	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=25;QD=34.0;SC=TGTTTCTTAACATCTACCTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=48955667;WS=48955649;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,2:0.18:11
chr13	48955676	rs2804086	T	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=193;SC=CTCAAGAACATATAGGGAATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=48955684;WS=48955666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	49033747	rs198580	G	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=2;PP=878;SC=TAATTAGAGCGATTTCATGAT;SOR=4.073;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=49033755;WS=49033737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	49034022	.	A	ATTTCT,AT	2235.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.35;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=73;PP=2853;SC=TTGTTAACTGATTCTTTCTTT;SOR=2.932;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=1;TCR=77;TR=74;WE=49034030;WS=49034012;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:71
chr13	49051012	rs3020646	C	T	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=62;PP=1875;SC=TTCCAGTAGCCGAGATGGTCA;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=108;WE=49051020;WS=49051002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr13	49051481	rs3092904	T	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr13	49077088	rs9332043	C	CA	2703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.07;MQRankSum=0.897;NF=2;NR=30;PP=1261;ReadPosRankSum=-2.188;SC=GCACAGTGACCGGGGCAGAAA;SOR=0.689;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=6;TCR=61;TR=32;WE=49077096;WS=49077078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,82:0.56:146
chr13	49077172	.	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=2.009;SC=TCAGGAAAAGGAAAAAACAAA;SOR=0.914;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=11;WE=49077180;WS=49077162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr13	49089223	rs9316388	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=152;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TCATGTTTTATGGTATCCAAA;SOR=2.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=49089231;WS=49089213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr13	49089620	rs3215827	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.175;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-0.263;SC=AATTTCCATGCTTTTTTTTTT;SOR=3.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=5;WE=49089628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr13	49107241	rs7997110	T	C	7690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=125;PP=2965;SC=GGCGCCGCGATGAGTTGGCGC;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=80;TCR=125;TR=204;WE=49107249;WS=49107231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr13	49281264	.	G	A	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=831;ReadPosRankSum=1.466;SC=GGCTCCAATTGGATATTTGGA;SOR=0.995;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=55;WE=49281272;WS=49281254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,81:0.52:155
chr13	49684341	rs3834947	C	CT	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=138;ReadPosRankSum=-1.595;SC=GGAACGTTTGCTTTTTTTTCC;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=11;WE=49684349;WS=49684331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr13	49752915	rs1407826	A	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	49775997	rs45604939	A	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=417;ReadPosRankSum=2.812;SC=TAATGAGTCAACATCCTATAA;SOR=0.570;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=34;WE=49776005;WS=49775987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
chr13	49794650	rs9568169	C	A	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=62;PP=2614;SC=ACGTGGTGACCGTGATGCTGA;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=142;WE=49794658;WS=49794640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr13	49794777	rs202101950	C	T	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=827;ReadPosRankSum=-0.595;SC=CTGGCGCTCGCGGCCCTGGGT;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=68;WE=49794785;WS=49794767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,103:0.45:227
chr13	49840024	rs6561512	A	G	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=28;PP=1433;SC=GGATTACTGGAAGCAGCTAAG;SOR=1.093;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=76;WE=49840032;WS=49840014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr13	49852430	rs2274149	T	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=7;PP=845;SC=AAAAATACATTGCAAAGTGTC;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=37;WE=49852438;WS=49852420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	49865748	rs6561514	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	49866869	rs3751418	G	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=-1.208;SC=GAAACATTCAGAAAATTATTC;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=10;WE=49866877;WS=49866859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr13	49885216	rs912547	A	G	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=38;PP=1054;SC=CCTCACCCACACTACTCGCGT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=49885224;WS=49885206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	49918175	rs35214871	G	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr13	49951027	rs111664849	G	GTAGATAGATAGATAGATAGA	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=1599;ReadPosRankSum=1.211;SC=AAGTTGAATAGTAGATAGATA;SOR=0.235;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=3;WE=49951035;WS=49951017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr13	49951142	rs8002829	T	C	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=432;ReadPosRankSum=0.286;SC=TCAGTGTCACTAGCAGGCCAC;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=28;WE=49951150;WS=49951132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr13	49951193	rs8002858	T	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.657;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=358;ReadPosRankSum=0.939;SC=CTGCTTCTGTTGGGGGTTCTT;SOR=0.686;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=33;WE=49951201;WS=49951183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr13	49951310	rs8002153	G	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=1.828;SC=GAATAAAAATGTTTAGGCCAT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=12;WE=49951318;WS=49951300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr13	50007393	rs7998660	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=94;ReadPosRankSum=2.182;SC=GTATGTTGAGCATAGTCTACA;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=9;WE=50007401;WS=50007383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr13	50008112	rs3764091	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=523;ReadPosRankSum=-1.887;SC=CTTTTAGTTCGCACCTTTACT;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=35;WE=50008120;WS=50008102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr13	50008301	rs3764090	A	G	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=739;ReadPosRankSum=0.766;SC=TACGTTCTGAACAGCAACTTA;SOR=0.867;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=56;WE=50008309;WS=50008291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,87:0.48:181
chr13	50020546	rs192170277	C	T	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=554;ReadPosRankSum=-0.955;SC=AATGTTCCCTCACTCCTCTCC;SOR=0.778;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=45;WE=50020554;WS=50020536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,87:0.47:187
chr13	50035151	rs721457	G	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.846;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr13	50035208	rs2077848	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=166;ReadPosRankSum=-0.848;SC=AGGTAATGGTGATGCTGTTTT;SOR=0.807;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=13;WE=50035216;WS=50035198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr13	50038080	rs12429813	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr13	50050620	rs7998427	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=0.102;SC=AGAACAACAGAAAATAAGGAA;SOR=0.252;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=14;WE=50050628;WS=50050610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr13	50054308	rs4142285	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=281;ReadPosRankSum=-2.000;SC=CTCTTGACTTGACTTGCTGCT;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=25;WE=50054316;WS=50054298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
chr13	50054346	rs7996852	G	T	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.165;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,63:0.41:153
chr13	50057097	rs2057413	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-2.878;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr13	50057633	rs11619265	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-2.007;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr13	50070244	rs370049093	GGGGC	G	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr13	50080847	rs2031532	A	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=530;ReadPosRankSum=0.321;SC=ATAATGTCCTATACTTTGCAC;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=40;WE=50080855;WS=50080837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr13	50087142	rs2247119	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=1.263;SC=TTCTGACATGTAGCTTTCAAT;SOR=1.085;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=8;WE=50087150;WS=50087132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr13	50092127	rs66480424	TACTC	T	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=267;ReadPosRankSum=-0.240;SC=AACAGGTACTTACTCAGTAAA;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=50092138;WS=50092117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr13	50095127	rs3765526	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
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chr13	50108252	rs7317982	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=249;ReadPosRankSum=0.121;SC=CCAGCAGCCTTGCGCTTCAGT;SOR=0.793;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=25;WE=50108260;WS=50108242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr13	50115669	rs1536195	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=2;PP=386;SC=CACAATACTACTTTTAAAGAT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=50115677;WS=50115659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	50121211	rs1570883	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=245;SC=ATCTGAAGATGTGTACAGAAG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=50121219;WS=50121201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	50121311	rs3039280	C	CAA	847.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.19;ReadPosRankSum=1.345;SOR=1.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,37:0.88:42
chr13	50121511	rs1570884	A	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=28;PP=709;SC=TTAACCTTCAATATCAATTGC;SOR=1.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=50121519;WS=50121501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	50123622	rs3751384	G	C	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=21;PP=1384;SC=ACGAGACGGCGGGAGTGGCAA;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=50123630;WS=50123612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	50126382	rs2274278	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=12;PP=431;SC=TTGTTTCCCAGGCCCAGCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=24;WE=50126390;WS=50126372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	50129615	rs2274284	A	G	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	50134358	rs12146924	T	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=23;PP=547;SC=TAAGTAACCATGGACAGAGTA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=50134366;WS=50134348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	50141345	rs4942848	G	A	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	50205025	rs3803185	T	C	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=70;PP=2116;SC=CCAGGACCACTGCTGGGAGCT;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=122;WE=50205033;WS=50205015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr13	50242696	rs7999786	C	T	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.19;QD=22.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	50244041	rs9535292	T	C	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=46;PP=1078;SC=AGGATGGCACTGTAGACACAT;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=72;WE=50244049;WS=50244031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	50260744	.	T	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=452;ReadPosRankSum=0.740;SC=AGGATAGATATTTTAAAAGAT;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=31;WE=50260752;WS=50260734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr13	50260905	rs6561552	T	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=862;SC=CAACTCAATTTACATTTTTCA;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=50260913;WS=50260895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	50275515	rs7446	C	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=442;ReadPosRankSum=-1.190;SC=TCAGATCACACTGCACCTCTT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=36;WE=50275523;WS=50275505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr13	50276649	.	T	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=141;ReadPosRankSum=1.224;SC=AATAACTGGTTAATTGATAAG;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=10;WE=50276657;WS=50276639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr13	50276679	rs12877931	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=146;ReadPosRankSum=-0.835;SC=ATCAAAACCACACTCATTTTA;SOR=0.652;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=12;WE=50276687;WS=50276669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr13	50295961	rs9535309	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr13	50296026	rs9535310	T	C	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=16;PP=819;SC=GTCCCCTGTATATGAATTCCT;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=50296034;WS=50296016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	50296115	rs1127021	C	T	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=29;PP=1010;SC=CCATAGGCGGCGGGGGATCCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=58;WE=50296123;WS=50296105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	50299648	rs3215711	AC	A	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.428;NF=1;NR=12;PP=448;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CTGTAAAAAAACAATAACACA;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=13;WE=50299656;WS=50299638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr13	50299677	rs2273817	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=338;ReadPosRankSum=0.369;SC=GACACATAACTACCACTTAAA;SOR=1.255;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=17;WE=50299685;WS=50299667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr13	50306823	rs11342957	GA	G	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-2.559;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr13	50464697	rs34893433	T	TG	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=-1.087;SC=CCTGGGTTACTGCGGCCACCG;SOR=0.551;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=50464705;WS=50464687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr13	50466416	.	C	T	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,72:0.42:171
chr13	50466911	rs34448316	G	A	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.227;NF=39;NR=18;PP=930;ReadPosRankSum=0.729;SC=CATGTTTGGAGCTTCTCCAGA;SOR=1.341;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=57;WE=50466919;WS=50466901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,72:0.53:135
chr13	50467124	rs7316930	T	C	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=107;PP=2470;SC=TCCAGAACCATGGCAAGAAAC;SOR=1.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=48;TCR=109;TR=154;WE=50467132;WS=50467114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr13	50656582	rs2066575	T	A	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,79:0.56:142
chr13	51397440	rs9563002	C	A	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=34;PP=1217;SC=ACTCCCGATGCCTTTAACACT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=51397448;WS=51397430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr13	51522081	.	AT	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.380;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr13	51590541	.	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TTTTCATTTTCCATATATAGA;SOR=0.954;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=13;WE=51590549;WS=51590531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr13	51594741	rs1328361	T	G	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=22;PP=1004;SC=GTGGTGTCGTTGGGGGCGATG;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=50;WE=51594749;WS=51594731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	51603768	rs9568497	T	C	4660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=50;PP=2241;SC=ATCCGAGTAGTAATGGAGAAA;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=123;WE=51603776;WS=51603758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr13	51796468	rs7320388	T	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=49;SC=CCGGGCGCGGTCGGGAGAGGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=51796476;WS=51796458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	51796524	rs7323665	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr13	51825884	.	C	T	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=915;ReadPosRankSum=0.621;SC=AGCAGCCGCCCTGGCGCCACC;SOR=0.950;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=55;WE=51825892;WS=51825874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr13	51855515	.	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.654;SC=CCCGTAGCACATTTGCCTACC;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=51855523;WS=51855505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr13	51929359	rs6145055	T	TTCCACAGAGCCTTCAGTGGTAAACAA	543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=2897;ReadPosRankSum=-1.018;SC=GGATTCTCATTTCAGAGTCAA;SOR=1.714;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=51929367;WS=51929349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr13	51936272	rs2408363	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.623;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=1.290;SC=AGTTAATGTAGATTTTTTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=51936281;WS=51936262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr13	51956122	rs9526753	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=1.031;SC=CAGGCGTGAGTCACTGCGCCC;SOR=0.653;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=51956130;WS=51956112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr13	51969696	rs3825524	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=-1.249;SC=ATTACACTTACGTTAGAACTG;SOR=0.461;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=21;WE=51969704;WS=51969686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr13	52126571	.	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr13	52249393	.	A	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr13	52277693	rs9535738	G	T	40.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr13	52293532	rs912097	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=305;SC=TAACTGTTGTTCTCTTTGATT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=52293540;WS=52293522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	52313195	rs1885854	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=315;ReadPosRankSum=1.909;SC=GTGGGGTGACCGCTCTCTGTT;SOR=0.517;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=25;WE=52313203;WS=52313185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr13	52333955	rs147876825	TTTAACCCAAATCA	T	1244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.985;NF=0;NR=17;PP=2964;ReadPosRankSum=0.104;SC=AAACGGTTGTTTTAACCCAAA;SOR=1.005;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=17;WE=52333975;WS=52333945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr13	52342206	rs1058142	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=1.462;SC=GCCTCGCTGTGAGGCACAACG;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=10;WE=52342214;WS=52342196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr13	52345552	.	CATT	C	1101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=522;ReadPosRankSum=1.706;SC=CTTCATGCATCATTATTTCCA;SOR=1.296;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=14;WE=52345562;WS=52345542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr13	52345637	rs2296028	G	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=-1.678;SC=CCTGTCTGACGTGGAAATGAC;SOR=1.302;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=13;WE=52345645;WS=52345627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr13	52351037	rs2296026	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=4;PP=254;SC=TCTTGGCATGCCTCCACTTCC;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=52351045;WS=52351027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	52373814	rs9535761	G	C	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=23;PP=814;SC=CTAGAAAGAGGAGACCCACAG;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=52373822;WS=52373804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	52391341	rs975504	C	T	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=31;PP=860;SC=GGGGTGTTGGCAGGGAGAGAG;SOR=1.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=42;WE=52391349;WS=52391331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	52425587	rs36141261	A	AT	1430.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,80:0.85:94
chr13	52425658	rs71842329	CTT	C	90.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.952;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,5:0.56:9
chr13	52482399	rs35577493	CAG	C	2387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=1;PP=2075;SC=CATTTGAAGGCAGACTCAACC;SOR=5.747;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=37;WE=52482408;WS=52482389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	52511362	rs9535795	C	G	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=24;PP=1240;SC=ACCTGGGAGACAGAAGCCTTT;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=52511370;WS=52511352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr13	52511606	rs2282057	G	A	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NR=62;SC=CTGCAGCCACGCTCACTCTGA;SOR=0.740;Source=Platypus;TCR=62;WE=52511614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr13	52513377	.	C	T	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=524;ReadPosRankSum=-2.618;SC=TGGGGCACCCCGCACCAAGAT;SOR=0.899;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=130;TCF=58;TCR=72;TR=49;WE=52513385;WS=52513367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,88:0.44:202
chr13	52513424	rs9526808	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr13	52515354	rs1801249	A	G	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=20;PP=687;SC=GGTCTGGGGGACTGCATCTAT;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=52515362;WS=52515344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	52520471	rs1801247	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TGCCGTTCTGCGCGGCCACCC;SOR=0.680;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=14;WE=52520479;WS=52520461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr13	52520704	rs2296246	C	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=-0.972;SC=CAGGGGGGCACTGGACACAAC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=52520712;WS=52520694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr13	52523808	rs732774	C	T	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=29;PP=1596;SC=AGGAAAGTATCTCTGAACAAC;SOR=1.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=52523816;WS=52523798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr13	52524488	rs1061472	T	C	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=33;PP=1130;SC=AGGGACCACCTTGACGATATC;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=52524496;WS=52524478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	52524560	rs9526811	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.923;SC=ACTTATCACTCACATGGCCAC;SOR=0.741;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=12;WE=52524568;WS=52524550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr13	52536114	rs9535809	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.395;SC=TATGCATTGGCAGAAAGCACT;SOR=0.818;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=10;WE=52536122;WS=52536104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr13	52542796	rs2147363	T	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=288;SC=GGCCTCTAGGTTGACACAGTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=52542804;WS=52542786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	52544805	rs1801244	C	G	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=792;ReadPosRankSum=2.977;SC=ACTTCCTGCACAGATGTAGGT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=53;WE=52544813;WS=52544795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,65:0.42:154
chr13	52544978	rs3742288	T	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=0.158;SC=GAGGGTTCATTGTCCCGGCTC;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=52544986;WS=52544968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr13	52548140	rs1801243	A	C	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=31;PP=1204;SC=CTAATTACAGAGGGATTATAA;SOR=0.849;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=72;WE=52548148;WS=52548130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	52585548	rs2277448	G	T	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=41;PP=1172;SC=GAGGAGAGCGGGGTGTTAAAG;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=52585556;WS=52585538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	52585591	rs148013251	T	TCGGCG	1905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=33;PP=1870;SC=TGTGAGGGCATCGGCGCGGCT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=33;WE=52585599;WS=52585581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	52602919	rs3825528	A	C	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	52603194	rs3742289	G	T	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=46;PP=1752;SC=GAAAAGCTGGGCCTTGCAGAT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=96;WE=52603202;WS=52603184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	52603775	rs3742291	C	T	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=57;PP=1955;SC=AACTGTGGCACTGGAAGAAAT;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=100;WE=52603783;WS=52603765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	52603896	rs17402034	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=451;ReadPosRankSum=1.778;SC=CTGGAGGCTCGCCAAGCTATG;SOR=0.880;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=31;WE=52603904;WS=52603886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr13	52639698	.	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=452;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GCTCCTCCATCCCACTGCCTC;SOR=0.867;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=29;WE=52639706;WS=52639688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr13	52645995	rs117288113	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=234;ReadPosRankSum=-2.058;SC=ACAGTGGAGCCGAGGCAGATG;SOR=0.586;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=14;WE=52646003;WS=52645985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr13	52657287	rs9563091	A	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=487;SC=TCTCATAGAAAAAAAAAAAAA;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=52657295;WS=52657277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	52657689	rs12585654	T	G	525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	52657689	.	TT	GT	106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5004,0.4996;HP=12;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1,1;NR=12,3;PP=106,22;QD=10.8285548113;SC=TTTTTTTTTTTTGAGATGGAG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=13,4;WE=52657697;WS=52657679;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr13	52657689	.	TT	TGT	106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5004,0.4996;HP=12;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1,1;NR=12,3;PP=106,22;QD=10.8285548113;SC=TTTTTTTTTTTTGAGATGGAG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=13,4;WE=52657697;WS=52657679;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr13	52663491	rs9535861	A	G	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=25;PP=850;SC=AAACTTGAACAAATCTTAGGC;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=49;WE=52663499;WS=52663481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	52676175	.	G	A	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1189;ReadPosRankSum=-1.185;SC=ACGTGTCAAGGACCTGCAACC;SOR=0.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=95;TCR=91;TR=91;WE=52676183;WS=52676165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,146:0.54:270
chr13	52684801	rs71665641	TAC	T	1217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=20;PP=907;SC=ATAGAAATTATACACACACAC;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=20;WE=52684810;WS=52684791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	52684817	rs9535865	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr13	52701490	rs3076657	A	ACTT	3196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=20;PP=2130;SC=AGAAATTTGAACTTAACTTTA;SOR=1.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=42;WE=52701498;WS=52701480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	52701637	rs1886544	T	G	4594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=62;PP=2040;SC=ATGGGCTGAGTTTCCTGGAAT;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=112;WE=52701645;WS=52701627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr13	52701782	rs1886543	T	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=16;PP=488;SC=AATAACTTTCTTTGTGGCCAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=52701790;WS=52701772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	52707240	rs3368	C	G	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=30;PP=1398;SC=CTGAGTGAAGCCTCTCCTCAG;SOR=0.862;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=73;WE=52707248;WS=52707230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr13	52707751	rs3831081	T	TCACACA	1192.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=599;ReadPosRankSum=0.554;SC=CTAATTTAAATCACACACACA;SOR=1.402;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=14;WE=52707759;WS=52707741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,33:0.92:36
chr13	52709742	rs2408611	G	A	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=152;SC=ACAATGTGACGTACTTAGTGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=52709750;WS=52709740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	52709938	rs2296351	A	C	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,84:0.56:149
chr13	52710044	rs2296350	T	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=19;PP=615;SC=AAAAAAGATTTTTCAGCATGT;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=52710066;WS=52710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	52710058	rs2296349	T	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=485;SC=AGCATGTACTTTCCAGATCAT;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=52710066;WS=52710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	52717950	rs3783242	C	T	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=135;SC=GGAGTATCTCCGATAATCATT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=52717958;WS=52717940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	52718050	rs3837575	C	CT	783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=11;PP=519;SC=AAAATTCTTACTTTTTTTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=52718058;WS=52718040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	52951694	.	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQRankSum=0.841;QD=6.70;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr13	52952640	.	G	A	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=1014;ReadPosRankSum=-0.868;SC=GTGTCCCCTGGACTCCCCGTG;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=70;WE=52952648;WS=52952630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,112:0.46:244
chr13	52952928	rs113543720	CA	C	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr13	52960390	.	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=356;ReadPosRankSum=0.327;SC=GCACCCAAATGAAACAGCAAA;SOR=0.608;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=25;WE=52960398;WS=52960380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr13	52971893	rs3803264	G	A	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=601;ReadPosRankSum=-1.633;SC=CATCCACTACGATGTTGGGCT;SOR=0.753;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=39;WE=52971901;WS=52971883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,67:0.45:148
chr13	52989863	rs1056335	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=218;ReadPosRankSum=1.204;SC=TGTGAAGTTCCAATAAATTCT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=11;WE=52989871;WS=52989853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr13	53009048	rs11148252	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.694;QD=14.75;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr13	53010353	.	AAC	A,AACACACACACAC	322.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=23.05;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,4:0.71,0.29:14
chr13	53029770	rs72440971	CGCGGTGGCGGTGGCGGTG	C	1335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.378;NF=1;NR=21;PP=2987;ReadPosRankSum=1.670;SC=AGGTGAAGGCCGCGGTGGCGG;SOR=1.316;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=77;TCF=7;TCR=70;TR=22;WE=53029795;WS=53029760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,39:0.35:111
chr13	53035523	rs202229967	A	G	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=1379;ReadPosRankSum=2.388;SC=GTCTAAGATTAATTCATTTAG;SOR=0.754;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=84;WE=53035531;WS=53035513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,104:0.62:167
chr13	53035783	rs7337054	T	C	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=53;PP=2011;SC=TCAGTAGAACTTCTGCCAATG;SOR=0.720;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=103;WE=53035791;WS=53035773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr13	53035925	rs7335867	A	G	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=59;PP=2023;SC=ATCTGAAGTTATAGCCAGGCC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=116;WE=53035933;WS=53035915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr13	53036398	rs3803262	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=0.159;SC=TATGCCATTAAAGTAAGATTA;SOR=0.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=53036406;WS=53036388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr13	53240884	rs9316580	G	C	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=140;SC=ATTATTTTGTGTAGGTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=53240892;WS=53240874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	53254082	rs4539485	T	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=157;SC=TGTTGATTAATTACTTCTGCC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=53254090;WS=53254072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	53254296	rs7986540	A	G	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=79;SC=CCTTTGTAAGAATATAAACTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=53254304;WS=53254286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	53419765	rs5030686	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr13	53420344	rs5030685	A	G	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=554;ReadPosRankSum=2.892;SC=CCATTGCAGCACCGACCCGGA;SOR=0.783;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=42;WE=53420352;WS=53420334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,65:0.45:144
chr13	53420886	rs5030684	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr13	53421473	rs9596693	T	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=487;ReadPosRankSum=0.333;SC=AAGGGTGAGGTTGCCGGCGCG;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=31;WE=53421481;WS=53421463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr13	53608479	rs2298230	G	A	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=24;PP=908;SC=GTTATTATTTGCAGTTGTTTT;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=53608487;WS=53608469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	53608632	rs2298231	C	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=18;PP=449;SC=AAGAACTTTCCAAAGTAAGCA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=53608640;WS=53608622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	53608757	rs2298232	T	C	140.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=4;PP=60;SC=TATTCTATGGTGATTTTAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=53608765;WS=53608747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	55748673	rs1572687	T	C	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	58298862	.	A	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=594;ReadPosRankSum=1.149;SC=TTACCGCACAAATCTCTTTGT;SOR=0.745;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=45;WE=58298870;WS=58298852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,51:0.43:120
chr13	59103355	rs4886083	A	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=523;ReadPosRankSum=-1.959;SC=GAATGAAGAAAGAATGAAGAT;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=37;WE=59103363;WS=59103345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,58:0.59:99
chr13	60385060	rs10665848	A	ATTAC	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=339;SC=ATTGCTTGCTAAAAAAATTTT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=60385068;WS=60385050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	60582651	rs339540	C	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5952;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=0.751;SC=CATTTAAAAACAGATTTTATA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=60582659;WS=60582641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr13	60590299	rs2762134	C	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.85;ReadPosRankSum=-1.931;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr13	60590307	rs12429010	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.22;ReadPosRankSum=-2.390;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr13	60617060	rs2800294	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-1.611;SC=ACTATAATTAACACTATTTGG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=60617068;WS=60617050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	61013615	rs9528136	G	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	61102575	rs148917045	GATA	G	1806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=5;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.108;NF=17;NR=23;PP=2887;ReadPosRankSum=1.429;SC=TGGAGTAAAAGATAATAATCA;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=40;WE=61102597;WS=61102565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,92:0.45:203
chr13	61102589	rs61968686	G	C	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.102;NF=37;NR=24;PP=2881;ReadPosRankSum=1.039;SC=ATAATCATCTGAGACATCCTC;SOR=0.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=128;TCF=76;TCR=52;TR=61;WE=61102597;WS=61102565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,98:0.46:215
chr13	61986918	rs3812872	C	A	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=57;PP=2237;SC=TCAGATAAACCACACCATCTA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=61986926;WS=61986908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr13	61988107	rs4281600	T	G	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=53;PP=1480;SC=ATGCTGGAGTTGGGGGAGGGA;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=61988115;WS=61988097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr13	61988153	rs3812873	C	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=370;ReadPosRankSum=-0.445;SC=AATAGGGGTCCGAGAGAGAAA;SOR=0.425;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=26;WE=61988161;WS=61988143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr13	63745832	rs298898	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=1.126;SC=AAATGGGATAGGATAATGATC;SOR=1.244;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=12;WE=63745840;WS=63745822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr13	66540575	rs3843944	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=221;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGGGTTTACCACTGAAGCAT;SOR=0.425;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=15;WE=66540583;WS=66540565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr13	66878901	.	G	A	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=670;ReadPosRankSum=-2.015;SC=GGCCTTCATTGGAGCCATACT;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=43;WE=66878909;WS=66878891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,74:0.59:125
chr13	67800935	rs9571740	G	A	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GGGTCCCATTGTCCCTGGCAG;SOR=0.895;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=70;WE=67800943;WS=67800925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,78:0.49:159
chr13	67802339	rs8000556	A	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=484;ReadPosRankSum=-1.718;SC=TGCTGCTGGAAACTTTCACCA;SOR=0.501;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=37;WE=67802347;WS=67802329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr13	70370853	rs17727950	A	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=550;ReadPosRankSum=-0.840;SC=AGTAATATCAATAAAGTAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=32;WE=70370861;WS=70370843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr13	70535347	rs41283976	A	T	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.688;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr13	70535355	rs9592668	T	A	433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.83;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	70549636	rs71693665	CTTAAAAAAAT	C	824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.461;NF=7;NR=6;PP=2056;ReadPosRankSum=-0.171;SC=CAACAAAAAACTTAAAAAAAT;SOR=0.877;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=13;WE=70549653;WS=70549626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr13	70549942	.	CCA	C	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=21;MQ=58.09;NF=0;NR=2;PP=70;QD=37.0;SC=AGCCTATAAACCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=70549951;WS=70549932;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,2:0.18:11
chr13	70681873	rs3751428	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr13	72038653	rs915052	C	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=154;SC=ATTTCATTAGCTCTTAAATAA;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=72038661;WS=72038643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	72053343	.	C	T	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=728;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TCAAGTGTTTCCCTTAGTTCT;SOR=0.813;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=50;WE=72053351;WS=72053333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,84:0.61:138
chr13	72063305	.	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr13	72131044	.	T	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr13	72131047	rs117766462	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr13	72440658	.	TGCCGCC	T	1121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=645;ReadPosRankSum=0.218;SC=CCGCCTCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.760;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=72440671;WS=72440648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr13	72441025	rs45452597	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=48;ReadPosRankSum=0.152;SC=CAACAACTCCGGGAGAGAACG;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=4;WE=72441033;WS=72441015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr13	73284411	rs7931	A	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr13	73301480	rs9652239	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=-0.456;SC=ACGCAGCGGCGGAGACAACTC;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=73301488;WS=73301470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr13	73301655	rs1465897	A	C	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=30;PP=1178;SC=GCGCAACGGAAACTCACCGTC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=73301663;WS=73301645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	73301728	rs1465896	T	C	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=33;PP=843;SC=CCAGCACCGCTGCTACTCGCC;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=73301736;WS=73301718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	73302157	rs11350390	CT	C	5770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=60;PP=2965;SC=TAGGTACGCTCTTTGTGGTCC;SOR=0.740;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=80;WE=73302165;WS=73302147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr13	73302261	rs2277417	G	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=519;ReadPosRankSum=0.201;SC=CAGTCAGGGAGTAGGTGTGGA;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=43;WE=73302269;WS=73302251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,67:0.47:144
chr13	73302481	rs4885034	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=636;SC=AGGTCTTGGCGAAAGGAGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=73302489;WS=73302471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	73309347	rs9543106	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=36;PP=914;SC=ATAGCACTTGCATACTGTTGT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=73309355;WS=73309337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	73329358	rs10887	G	A	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=627;ReadPosRankSum=-1.089;SC=TCCATAGAATGCCTCTGTCAG;SOR=0.650;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=49;WE=73329366;WS=73329348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,97:0.50:195
chr13	73343039	rs2196979	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr13	73349359	rs7332388	G	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=423;ReadPosRankSum=0.503;SC=CATTCGTTCTGTCTCTTCTTC;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=32;WE=73349367;WS=73349349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr13	73369642	rs1372000	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.845;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr13	73636910	rs113148226	A	AGTGT	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.235;NF=1;NR=15;PP=521;ReadPosRankSum=0.952;SC=CAATAGATGTAGTGTGTGTGT;SOR=0.443;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=16;WE=73636919;WS=73636900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr13	73638121	rs67730943	C	CT	313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=20.92;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	73638125	rs4885061	G	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	73650108	rs148760123	C	CA	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr13	73650112	rs9573097	C	A	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	74289799	rs6562780	A	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=21;PP=551;SC=TGCTACCACTATCTTGGGCAG;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=74289807;WS=74289789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	74339104	rs3764134	G	T	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,78:0.49:158
chr13	74518030	rs10219943	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=0.260;SC=GGGAAACCGTAGAAGTGCTCT;SOR=1.473;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=11;WE=74518038;WS=74518020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr13	74518210	rs9573330	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.017;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr13	74569006	rs1886514	G	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.476;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr13	74988714	rs1931954	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.092;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr13	74988961	rs61965144	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=245;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CAAGTATCCCGTGACAATCTG;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=18;WE=74988969;WS=74988951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
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chr13	75884290	rs2297203	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=22;ReadPosRankSum=0.436;SC=CAATCCATCTGCAGAGAAGAA;SOR=0.746;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=5;WE=75884298;WS=75884280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr13	75901749	rs2297206	G	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=-1.457;SC=AATCTTCTTAGTTAAAATAAT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=75901757;WS=75901739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr13	75902027	.	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=-0.138;SC=AACTATAAAAGGTAGTTCCAG;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=23;WE=75902035;WS=75902017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr13	75936519	rs7983969	C	G	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=50;PP=2042;SC=CGCGCTGCTCCCCTTGGATCT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=103;WE=75936527;WS=75936509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr13	76055820	rs7327548	G	C	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,80:0.46:174
chr13	76100639	rs1050235	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	76102137	.	GCACACACA	G	589	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5011;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=589;QD=148.0;SC=CATGCCCTCAGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=76102152;WS=76102127;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr13	76111702	rs9543964	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=0.267;SC=TCGCGGACACAGGACTAGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=20;WE=76111710;WS=76111692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr13	76124151	rs8192738	C	T	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=644;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CGCTCGGGACCTCGGAGTCTT;SOR=0.483;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=45;WE=76124159;WS=76124141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,81:0.55:146
chr13	76135028	rs4884008	T	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr13	76140814	rs56945758	CT	C	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=9;PP=282;SC=ACACTGTTGACTTTTTTTTTT;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=76140822;WS=76140804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	76164073	rs35701234	GTCC	G	694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=237;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TAATTATGTAGTCCTCCTCGC;SOR=0.834;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=6;WE=76164083;WS=76164063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr13	76169219	rs2274046	T	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=0.532;SC=TTATTGTGTTTACTTAAATTA;SOR=0.264;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=76169227;WS=76169209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr13	76169234	rs7330411	G	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=240;SC=AAATTAACTGGTTGCCTATAA;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=76169242;WS=76169224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	76180042	rs2274048	T	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=0.045;SC=TTTCATTAACTTGATGATTAA;SOR=0.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=11;WE=76180050;WS=76180032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr13	76210742	rs2224797	A	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=1.631;SC=CGCGGGGACAACCCCTCCCCT;SOR=0.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=8;WE=76210750;WS=76210732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr13	76335109	rs17706535	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=-2.647;SC=AACAGATTGGATTGAAAGAAG;SOR=0.571;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=17;WE=76335117;WS=76335099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr13	76378459	rs625033	T	C	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=45;PP=2082;SC=AATTTACATTTAAGATGCAGG;SOR=0.822;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=100;WE=76378467;WS=76378449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr13	76381692	.	C	T	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=772;ReadPosRankSum=0.754;SC=CAAAATTGATCCCACTTCTGG;SOR=0.864;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=46;WE=76381700;WS=76381682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,79:0.46:170
chr13	76383353	rs9530469	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=0.218;SC=AAAATCTGTGCGTGTTGTTTG;SOR=0.740;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=29;WE=76383361;WS=76383343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr13	76409436	rs2273997	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=458;ReadPosRankSum=0.876;SC=CTTCAAATCTATCTGTAACAA;SOR=0.421;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=30;WE=76409444;WS=76409426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr13	76410725	rs2273996	A	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=163;SC=TAAAAGGTTAACACGCAGATC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=76410733;WS=76410715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	76412589	.	TAAAAA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.100;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr13	76414771	.	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=-0.101;SC=AGTACATTTTCCATAAAACAA;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=9;WE=76414779;WS=76414761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr13	76415379	rs3736858	C	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.069;SC=TTCTCTTTACCTTGTTGGTGA;SOR=0.360;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=76415387;WS=76415369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr13	76417101	rs920701	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=12;PP=295;SC=TGGCTTCAGACAATATTCCAG;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=76417109;WS=76417091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	76419421	rs3832886	AT	A	572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=427;SC=AAAGGAGGTTATTTAATGAGA;SOR=1.863;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=76419429;WS=76419411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	76423248	rs7986131	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=468;SC=ATTGGGAACATGACCTCTTCA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=76423256;WS=76423238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	76429311	rs9573671	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr13	76429619	rs4885354	C	A	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=129;SC=TGTATTCGTCCATCTGTGCTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=76429627;WS=76429609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	76445155	rs9544057	G	C	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=27;PP=1093;SC=TTAAAAACGGGCAGTTTTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=54;WE=76445163;WS=76445145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	76445189	rs9600566	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=-1.521;SC=TTCTTTTTAGATGATTATCCC;SOR=0.446;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=21;WE=76445197;WS=76445179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr13	76445316	rs9600567	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=-1.784;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr13	76445382	.	ATC	A	61	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=61;QD=23.3333333333;SC=CGATTTGGGTATCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=3;WE=76445391;WS=76445372;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr13	76457148	rs7987971	A	G	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=538;SC=GGTATTCAATAATGCTGGTTC;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=76457156;WS=76457138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	76457183	rs9530477	T	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	77166468	.	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=-0.160;SC=AGTGGTGCTGGAATTTTCCAG;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=16;WE=77166476;WS=77166458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr13	77522725	rs67524409	GACTT	G	3392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.183;NF=12;NR=38;PP=2786;ReadPosRankSum=-2.053;SC=CATTTTATGTGACTTACTTAA;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=50;WE=77522736;WS=77522715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,134:0.99:136
chr13	77522925	rs588702	T	C	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=144;SC=GGGAATGAATTATGACAAGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=77522933;WS=77522915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	77527707	rs9530614	A	G	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=23;PP=1312;SC=TATTCACACTATCACTGGTTG;SOR=1.029;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=65;WE=77527715;WS=77527697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr13	77565972	rs654196	A	G	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=15;PP=744;SC=GGACAGGTCAATTCATAAAAG;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=77565980;WS=77565962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	77569901	rs605153	G	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=674;SC=GGATATGACAGTAGCAGCATG;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=77569909;WS=77569891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	77574518	rs58575113	TA	T	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=1.273;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr13	77589725	rs599115	A	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=39;PP=1106;SC=ACTGAAAAGCAAAAAAAATAA;SOR=1.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=51;WE=77589733;WS=77589715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	77633871	.	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CTATCCTTGGGAAATCAGCCT;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=77633879;WS=77633861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr13	77635460	.	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=423;ReadPosRankSum=-1.695;SC=AAAGAACAGGGAAAAATATGC;SOR=0.556;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=26;WE=77635468;WS=77635450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr13	77725106	rs9574006	C	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=-0.130;SC=ATTATAGAAACCAAATACCAT;SOR=0.586;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=26;WE=77725114;WS=77725096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr13	77732333	rs3861128	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr13	77738664	rs2274547	A	G	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=749;ReadPosRankSum=0.200;SC=TCTTTTTCCAATTGGATGACT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=58;WE=77738672;WS=77738654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,81:0.49:165
chr13	77739291	rs9318468	A	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=1.365;SC=CCACTGCACCAGGCCCCAATT;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=10;WE=77739299;WS=77739281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr13	77751892	rs4885445	C	T	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=689;ReadPosRankSum=0.051;SC=CATCATCAACCAACACCTCTA;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=51;WE=77751900;WS=77751882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,72:0.48:150
chr13	77780665	rs17693337	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr13	77792099	rs374242789	TA	T	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.513;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr13	77799768	rs146123250	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-1.277;SC=GTTTATTATGGAAGAACAAGA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=77799776;WS=77799758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr13	77818100	rs35429706	C	CA	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=4.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.924;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.191;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
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chr13	78146435	.	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=0.858;SC=GCAATCTCATGAACTCTCAGC;SOR=0.283;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=78146443;WS=78146425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr13	78177082	rs7490669	T	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	78178451	rs6563011	C	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=604;SC=TAGTGCTATACTTTAACATCA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=78178459;WS=78178441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	78183087	rs9593240	A	C	97.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=71;SC=TTATCTCAAAACTCAGTAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=78183095;WS=78183079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	78183167	rs912293	G	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	78191824	rs4142585	G	T	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=315;SC=TAATGTACTTGGGTCAGAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=78191832;WS=78191814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	78192207	rs9574090	T	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=19;PP=484;SC=TAAATGACCTTGACTATCTTG;SOR=1.151;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=31;WE=78192215;WS=78192197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	78216873	rs1053985	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=179;ReadPosRankSum=0.246;SC=TGGAAAATCTACAAGCGGGTG;SOR=0.783;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=14;WE=78216881;WS=78216863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr13	78272267	rs201380414	T	TGG	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=371;SC=CGCCCCCCGCTGGCCTGCAGC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=78272284;WS=78272257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	78272276	rs71102772	G	GC	878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=457;SC=CTGGCCTGCAGCCTTTGGGTC;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=78272284;WS=78272257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	78475313	rs5351	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=223;ReadPosRankSum=-0.301;SC=AGAAACTGAATAGCCACCAAT;SOR=1.048;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=16;WE=78475321;WS=78475303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr13	78477674	rs5348	A	G	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=22;PP=656;SC=TGATTCCCACAGAGGCTTTCT;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=78477682;WS=78477664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	79189672	rs185185938	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=-1.479;SC=CAACTTTTCTATTTCTCTCAG;SOR=0.850;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=11;WE=79189680;WS=79189662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr13	79219015	.	G	A	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TCTTTGCAAGGATTTTCAGGA;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=40;WE=79219023;WS=79219005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,81:0.40:205
chr13	79233059	.	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=225;ReadPosRankSum=1.061;SC=CAAGAACGCGGGTTAGCGTTT;SOR=0.134;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=15;WE=79233067;WS=79233049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr13	79894736	rs3187338	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=160;ReadPosRankSum=2.329;SC=CTAGCATATGCAGATCAATGA;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=15;WE=79894744;WS=79894726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr13	79894877	rs71696319	CA	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr13	79911413	.	A	C	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=1021;ReadPosRankSum=-1.829;SC=CCCCGACCAGATGAAAGAATC;SOR=0.473;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=67;WE=79911421;WS=79911403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,108:0.55:195
chr13	79915389	rs7981067	G	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=1.106;SC=AATATTTTAGGTGACAGTAAT;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=11;WE=79915397;WS=79915379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr13	79916792	rs374223990	T	TA	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=366;SC=ACAATGAAATTAAATACCTGA;SOR=1.051;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=79916800;WS=79916782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	79916956	.	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=1.074;SC=CTCCAGTTTTGAAATTAACAT;SOR=0.169;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=4;WE=79916964;WS=79916946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr13	79916973	rs3742118	A	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=0.652;SC=ACATCTGCCAAATTTTTAAAA;SOR=0.829;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=79916981;WS=79916963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr13	79916994	rs3742119	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr13	79918323	rs2274555	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr13	79927157	rs11341470	CA	C	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-1.711;SC=AAATGGAAACCAAAAGGTAGG;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=3;WE=79927165;WS=79927147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr13	79928477	rs9574411	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=-1.408;SC=TCATATTTCTATGTAAAATAT;SOR=2.066;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=79928485;WS=79928467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr13	79929183	rs9530900	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.499;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.773;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr13	79929326	rs9530901	G	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=342;ReadPosRankSum=0.269;SC=TAAGAAATGCGCGTACTTTTA;SOR=0.864;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=29;WE=79929334;WS=79929316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
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chr13	79939921	rs11279869	TAAGAGA	T	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=414;ReadPosRankSum=-0.834;SC=TTAATATTGATAAGAGAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=79939934;WS=79939911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr13	79940150	rs3831152	CTG	C	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=207;ReadPosRankSum=-1.410;SC=TCATCTAAAACTGTGTTACAT;SOR=0.892;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=6;WE=79940159;WS=79940140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr13	79940811	rs7327603	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.780;SOR=1.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
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chr13	79946071	rs369797909	TA	T	384.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.815;QD=10.39;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=0.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr13	79946104	rs9545093	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.853;NF=3;NR=10;PP=169;ReadPosRankSum=0.270;SC=AAGTTTAGTAATTATTCCACT;SOR=0.165;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=13;WE=79946112;WS=79946094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr13	79946163	rs7325232	G	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=227;SC=TGCCTGTAATGCCAGCACTTT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=79946171;WS=79946153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	79953161	rs181456205	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=-0.377;SC=AAAAAGCACCCGGGTCACAGA;SOR=0.283;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=79953169;WS=79953151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr13	80910786	rs4728	C	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.58;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	80910792	rs700397	T	G	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.20;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	84455005	.	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GCAGTCCCAAGGGTTATCCTC;SOR=0.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=18;WE=84455013;WS=84454995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr13	86369120	rs3825413	C	T	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=44;PP=1409;SC=TCTGGGTTAGCAAATCAAGAT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=86369128;WS=86369110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	88270840	rs4036976	CTGT	C	1922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	88270860	rs956960	A	G	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	92346066	.	G	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=464;ReadPosRankSum=-0.676;SC=ACGTGCTGCTGAACTTTCACT;SOR=0.743;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=36;WE=92346074;WS=92346056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,80:0.42:192
chr13	92408505	rs3783054	T	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=1.040;SC=TGGCCTTTATTGTGGATGTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=92408513;WS=92408495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr13	92560425	rs1854735	G	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=11;PP=253;SC=CTAAAATATTGTAACACACTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=92560433;WS=92560415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	93142312	rs2149060	T	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TTGTGCATTTTAAAAAATTTA;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=93142320;WS=93142302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr13	93142362	rs722178	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=8;PP=410;SC=CATTGTTTCCCGAAAACTCCA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=93142370;WS=93142352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	93518668	.	G	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TAAGTGTGGTGATGTTACTTC;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=32;WE=93518676;WS=93518658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
chr13	94482351	rs141200631	T	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=2.226;SC=GGTAAGTGGGTGCCTTGGGCT;SOR=0.616;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=13;WE=94482359;WS=94482341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr13	94938785	rs1409174	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.524;NF=1;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TACAGGTGCAATAACCTAAAA;SOR=0.743;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=94938793;WS=94938775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr13	94938808	rs56210803	GAT	G	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.385;NF=0;NR=4;PP=136;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GAAGTAACTAGATATGTCGGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=94938817;WS=94938798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr13	95034582	rs117212022	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=0.404;SC=CACAGGTTCTATAACCCTCGC;SOR=0.616;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=9;WE=95034590;WS=95034572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr13	95034749	rs1535692	G	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=425;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GGACGAGAGCGTGACAGCGGG;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=16;WE=95034771;WS=95034739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr13	95034763	rs2274020	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=346;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CAGCGGGCACGTCCAACGAGG;SOR=0.702;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=11;WE=95034771;WS=95034739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
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chr13	95096505	rs7339198	G	A	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=2;PP=211;SC=CAAGTATTCCGAAATCTGAAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=95096513;WS=95096495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr13	95364046	rs1060474	C	G	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=37;PP=2140;SC=CCTTCTTGAGCAGCGTCTTGG;SOR=1.267;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=108;WE=95364054;WS=95364036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	95364337	rs2253604	T	G	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=54;PP=1637;SC=GCCCGCCGCCTCCCGGGCCCT;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=91;WE=95364345;WS=95364327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr13	95673791	rs3742106	A	C	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,71:0.48:148
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chr13	95705453	rs11568643	T	C	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=818;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GTGCCCAAAATAGTCACGGTC;SOR=0.552;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=56;WE=95705461;WS=95705443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,89:0.50:179
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chr13	95715147	rs201160973	AAAAAG	A	72.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=-0.559;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
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chr13	95725359	rs2274401	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=0.833;SC=TTACCAAAGATGTAAAAATAA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=95725367;WS=95725349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	95726541	rs1189466	A	G	7836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=85;PP=2965;SC=GACGGACGGCAAACCAGCGGG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=84;TCR=85;TR=169;WE=95726549;WS=95726531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr13	95727780	rs1678339	T	C	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=35;PP=1064;SC=GAGAAGATGATAAGTGGGAAA;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=95727788;WS=95727770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	95735604	rs1189437	G	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=24;PP=676;SC=AAAAATACTTGCATGAGTTGT;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=95735612;WS=95735594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	95735660	rs199608560	G	GGGACT	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=371;ReadPosRankSum=0.668;SC=TGTAGTACCAGGGACTGCTTT;SOR=0.180;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=95735668;WS=95735650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr13	95829870	rs1751005	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=1.102;SC=GACACCAGAGTAGGATGAGCT;SOR=0.412;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=9;WE=95829878;WS=95829860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr13	95839203	rs4148487	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=-0.387;SC=AAGAATAAGCCACTGCAATGC;SOR=0.566;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=95839211;WS=95839193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr13	95839296	rs1557069	T	C	135.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAATTGGAAATAACATAATGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=95839304;WS=95839286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr13	95847020	rs2274403	A	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=364;ReadPosRankSum=-1.100;SC=GTAACACCTCAAAATTCTCTA;SOR=1.129;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=28;WE=95847028;WS=95847010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr13	95858686	rs3818493	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	95858704	rs3818494	G	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=9;PP=402;SC=TCATTACACTGGAACATAGTG;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=95858712;WS=95858694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	95858978	rs2274405	T	C	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr13	95858996	rs2274406	T	C	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=26;PP=800;SC=AATTCATCCCTCTGAGGCAGG;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=49;WE=95859004;WS=95858986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	95859974	rs2274408	T	C	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=60;SC=TGTGAAAACATAGTAAAACTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=95859982;WS=95859964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	95860288	rs2274410	C	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=22;PP=588;SC=AGCGCTTTTGCTTCCGACAAC;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=95860296;WS=95860278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	95861804	rs899494	A	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=27;PP=796;SC=CAGTCACTGCAATCGCCTGCA;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=95861812;WS=95861794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	95861981	rs1678403	C	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	95862860	rs3046400	AGAGT	A	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=666;ReadPosRankSum=0.579;SC=CAGTGTGAACAGAGTGAGCCC;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=10;WE=95862881;WS=95862850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr13	95862873	rs4148472	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=1018;ReadPosRankSum=1.780;SC=GTGAGCCCCTGCCTCCAGAAA;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=20;WE=95862881;WS=95862850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr13	95862896	rs899496	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=15;PP=834;SC=ATAAAAGGGGAAAGAGGGGTG;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=95862904;WS=95862886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	95863143	rs899497	A	G	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=651;SC=GACCAGATCTAAGCACAAGCA;SOR=2.362;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=95863151;WS=95863133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	95899354	rs4148437	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=2.284;SC=CAGAACCTACAATGAGGAAAA;SOR=0.658;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=14;WE=95899362;WS=95899344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr13	95900071	rs9556466	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=434;ReadPosRankSum=0.537;SC=TAGACTCCTACCTCCATGGGT;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=33;WE=95900079;WS=95900061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr13	95900172	rs145006616	G	GCACACACACA,GCACACACACACACACA	424.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=6,6;PP=264,234;SC=GTTAACATGTGCACACACACA;SOR=1.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7,7;WE=95900180;WS=95900162;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.40,0.60:10
chr13	95921533	rs371614004	C	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=532;ReadPosRankSum=1.145;SC=AATACAGAGCCTACAACCTGT;SOR=0.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=15;WE=95921544;WS=95921523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr13	95921534	rs3047283	TACA	T	1033.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=524;ReadPosRankSum=1.040;SC=ATACAGAGCCTACAACCTGTC;SOR=0.768;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=9;WE=95921544;WS=95921523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,30:0.35:86
chr13	95921684	.	A	AAT	138	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	95921690	rs1970476	T	A	148.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	95921692	rs1970475	T	A	147.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	95953405	rs61974974	G	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	96230231	.	A	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
chr13	96230279	rs1325774	T	G	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=38;PP=1160;SC=AAGAGCTCGCTGGCAAGCTGC;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=96230287;WS=96230269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	96234650	.	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.982;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=-1.276;SC=TCCATAATTTCATATTGTCAT;SOR=1.668;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=9;WE=96234658;WS=96234640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr13	96239805	rs11070136	G	A	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=36;PP=1506;SC=GCGGGCTTGGGAGAATCATCA;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=81;WE=96239813;WS=96239795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	96242787	.	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CATTTCAATCCATCCTTACAG;SOR=0.593;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=96242795;WS=96242777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr13	96258410	rs7319952	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=18;PP=513;SC=ACTAGTCAAGATACATACAGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=96258418;WS=96258400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	96270202	rs17268561	A	T	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=16;PP=791;SC=GAGCATCTGGAGGAACGAGGG;SOR=1.013;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=45;WE=96270210;WS=96270192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	96274644	.	G	A	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=966;ReadPosRankSum=-2.381;SC=TGGGGATATGGAGAACGGTCT;SOR=0.700;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=66;WE=96274652;WS=96274634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,110:0.51:214
chr13	96282324	rs147346095	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr13	96285555	.	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=675;ReadPosRankSum=1.325;SC=GGTTCATAAAGGCCTTGTCAC;SOR=0.600;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=46;WE=96285563;WS=96285545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,66:0.45:146
chr13	96329527	rs144235556	C	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=626;ReadPosRankSum=0.699;SC=CCCCCGGCTCCGTGACCAGCC;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=43;WE=96329535;WS=96329517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,80:0.56:143
chr13	96506664	rs11070154	A	G	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=48;PP=1473;SC=CACAAAATGGAGTATACCCAT;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=85;WE=96506672;WS=96506654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr13	96529376	rs10601193	TCTGC	T	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=483;SC=GGCCTTGTGATCTGCCTGCCT;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=96529387;WS=96529366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	96540141	rs9525075	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	96540141	.	TTT	CTC	444	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=6;NR=4;PP=444;QD=49.7467874862;SC=TTCACTCAGATTTACCTTTCT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=96540151;WS=96540131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	96540143	rs9525076	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	96601679	rs35405829	C	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=236;SC=ATGTAATATACAAATCATCAT;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=96601687;WS=96601669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	96638636	rs816142	A	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=11;PP=383;SC=AATTTAATGGAATCATAAACT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=96638644;WS=96638626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	96641695	rs555120	T	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=8;PP=338;SC=AATTGAAAAGTACTTAAAAGT;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=96641703;WS=96641685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	96643888	rs7318577	A	G	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	96684051	rs3825423	C	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	97079300	.	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TGAGCCTCAGGAATTTTTAAA;SOR=0.412;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=97079308;WS=97079290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr13	97639414	rs9284174	C	T	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=631;ReadPosRankSum=-0.837;SC=CAGTCAAAATCAGGTTGTACC;SOR=0.708;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=44;WE=97639422;WS=97639404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,63:0.45:141
chr13	97639868	.	G	A	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=746;ReadPosRankSum=0.282;SC=TGCATTGCCTGGAAATCCCAC;SOR=0.924;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=51;WE=97639876;WS=97639858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,77:0.43:178
chr13	97640047	rs117699649	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=292;ReadPosRankSum=0.082;SC=GAAAACAAGAGAGTTCAGTTT;SOR=0.578;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=25;WE=97640055;WS=97640037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr13	97986448	rs16952071	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=1.109;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.588;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr13	97995324	.	C	T	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=510;ReadPosRankSum=0.252;SC=TAGCTTTGCTCCTTACCTAGC;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=39;WE=97995332;WS=97995314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,60:0.40:149
chr13	98017211	rs3825422	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=186;ReadPosRankSum=-1.629;SC=ATACTGGCTTAAAATAAGTCA;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=11;WE=98017219;WS=98017201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr13	98087096	rs3803251	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr13	98629334	rs9517155	G	C	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=0.245;SC=GGGCGGGCCCGGGGCCCCAAC;SOR=0.646;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=46;WE=98629342;WS=98629324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,76:0.47:163
chr13	98632349	rs555647	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=0.425;SC=GCCACAACTGATAACATTCAC;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=98632357;WS=98632339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr13	98634572	rs11620106	T	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=0.269;SC=AGGAACTTGATAAGTAACCCT;SOR=0.048;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=98634580;WS=98634564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr13	98637917	rs11366582	CT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr13	98637931	rs60936969	T	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr13	98640318	rs592246	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GTTCAAATATCGGGGGACGTT;SOR=1.093;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=98640326;WS=98640308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr13	98640386	rs588144	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr13	98645580	rs56411106	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=0.999;SC=AGAATATAATGAATATCCTTT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=8;WE=98645588;WS=98645570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr13	98650024	rs651241	G	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=248;ReadPosRankSum=-0.586;SC=TGTGTCACATGTTATAAGTAG;SOR=1.236;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=15;WE=98650032;WS=98650014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr13	98654675	rs61970445	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=-1.966;SC=AGAATGACATGTTTATAGTGT;SOR=1.058;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=10;WE=98654683;WS=98654665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr13	98658358	rs633161	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=369;ReadPosRankSum=-2.815;SC=TTTCCTTTGAGGTAATAATTT;SOR=1.201;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=25;WE=98658366;WS=98658348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr13	98666549	rs6491395	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=92;ReadPosRankSum=-1.792;SC=AAAAAAAATTTGAGACAGGGT;SOR=2.012;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=9;WE=98666557;WS=98666539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr13	98670641	rs528546	G	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=363;ReadPosRankSum=-1.465;SC=TTGCCTGTATGAGGAATATCA;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=19;WE=98670649;WS=98670636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr13	98674292	.	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.101;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GGAAGCCCTGCGGTAGCTAGC;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=98674300;WS=98674282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr13	98829176	rs628778	T	C	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=52;PP=1513;SC=CCATGTCCTCTGGCCCCACAG;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=97;WE=98829184;WS=98829166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr13	98865393	rs140623347	TG	T	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=0.719;SC=CCTGCCCACCTGGGTGGGGTT;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=98865401;WS=98865383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr13	98896776	rs7318267	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=265;ReadPosRankSum=1.419;SC=CTCAAAGCCACCGGCTCCTCC;SOR=1.234;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=17;WE=98896784;WS=98896766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr13	99017533	rs587377	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=49;SC=AATGGAACAGGCGGCCTCATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=99017541;WS=99017526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	99036838	rs600644	C	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=6;PP=726;SC=GGCATCCCGTCTCTGAGATCT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=99036846;WS=99036828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	99037154	rs599255	C	T	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=30;PP=916;SC=CTGCCTCCAACCTACATGGGT;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=99037162;WS=99037144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	99037870	rs585678	T	C	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=26;PP=1290;SC=AATTAATAGATACAGGGAATT;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=69;WE=99037878;WS=99037860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	99038087	rs584800	C	T	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=22;PP=540;SC=CTTGAGAACACGGCCTGGTTC;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=99038095;WS=99038077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	99042390	rs2256823	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=62;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GTCGCCACTTTGTGCCTCTGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=7;WE=99042398;WS=99042380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr13	99061556	rs5806061	C	CT	2175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.207;NF=16;NR=21;PP=502;ReadPosRankSum=-0.221;SC=AAAAAAATTACTTTTTTTTTC;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=37;WE=99061564;WS=99061546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr13	99076686	rs9584843	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=0.856;SC=CAACGATAACATTCCATGACC;SOR=1.552;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=99076694;WS=99076676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr13	99076965	rs7984394	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=208;SC=CGGGGCTGCCATGGGCATAGG;SOR=1.101;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=99076973;WS=99076955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	99076998	rs74111050	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr13	99088006	rs1792	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=308;ReadPosRankSum=1.052;SC=GAGCAGAAAGGAGGCATCGGA;SOR=0.606;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=22;WE=99088014;WS=99087996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr13	99088113	rs1998535	C	T	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.563;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr13	99090040	rs35861926	T	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.977;NF=6;NR=5;PP=138;ReadPosRankSum=-1.372;SC=TTTCCCTTATTAGGACTCCAC;SOR=0.616;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=11;WE=99090048;WS=99090030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr13	99090166	rs59023150	TG	T	1102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=665;SC=CCCTGATTCTTGGCACTCATC;SOR=1.214;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=99090174;WS=99090156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	99093094	rs2146998	T	C	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=29;PP=857;SC=AGTGGAGGTATGCAGGGGCAG;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=99093102;WS=99093084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	99098318	rs2274053	C	T	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=25;PP=957;SC=GGCAGGTGCCCGCTGTGCTTC;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=99098326;WS=99098308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	99098470	rs2274054	C	T	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=18;PP=475;SC=GTAAGTGTCTCGCACAGGGCA;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=99098478;WS=99098460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	99098882	rs2281766	A	C	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=59;PP=2649;SC=GCAGAAGCTGACCCCGAAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=86;TCR=60;TR=145;WE=99098890;WS=99098872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr13	99100474	rs9517310	C	T	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=13;PP=880;SC=GACTAACTGGCGTTCCCGTGT;SOR=1.545;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=99100482;WS=99100464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	99105395	rs8481	G	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	99109319	rs2031237	C	A	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=104;SC=TGCAAGATAACAGGAACAGAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=99109327;WS=99109309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	99112468	rs112280830	T	TGCCTGAC	3277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=13;PP=2969;SC=CGCAAGGTGGTGCTGACAGCC;SOR=2.105;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=41;WE=99112476;WS=99112458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	99112680	rs4771305	C	T	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr13	99112754	rs4772083	TT	GC	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=1462;SC=TGGCAATAATTTAATAAACCT;SOR=3.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=99112763;WS=99112744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	99115838	rs56325686	TA	T	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=5.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.075;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr13	99115927	rs2296149	A	G	4616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.157;NF=57;NR=46;PP=1737;ReadPosRankSum=0.666;SC=TGCTTGGGTCACTCAGGGGCC;SOR=0.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=103;WE=99115935;WS=99115917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr13	99127252	rs9513430	C	G	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1415;ReadPosRankSum=-0.902;SC=AAAGCCAAGGCGGCCCTGGGC;SOR=0.349;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=72;WE=99127260;WS=99127242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr13	99228960	rs140705294	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=1.468;SC=GCTTCCGCCCCGGTCGCGCAT;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=16;WE=99228968;WS=99228950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr13	99337112	rs144553892	T	C	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=3.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,100:0.49:203
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chr13	99361959	rs2297319	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=543;ReadPosRankSum=-0.787;SC=TCTCAAAGACGACTCTGATCC;SOR=0.862;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=33;WE=99361967;WS=99361949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr13	99363919	rs6145194	GGTTTT	G	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.674;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	99364594	rs373928723	TA	T	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TTCTTTCAATTAAAAAAATGC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=99364602;WS=99364584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr13	99374020	.	T	C	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=467;ReadPosRankSum=-3.812;SC=GGATGTGTAGTTCATTCACGT;SOR=0.952;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=33;WE=99374028;WS=99374010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr13	99404743	rs4646208	T	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=142;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GTCGCCCCGCTTCCCGCCGCC;SOR=0.211;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=13;WE=99404751;WS=99404733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr13	99404761	rs4646207	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.61;ReadPosRankSum=1.543;SOR=0.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr13	99447005	rs812808	T	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=15;PP=463;SC=GGGCAGATCTTGAGGACAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=99447013;WS=99446995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	99448441	rs9554522	T	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	99448608	rs9554523	C	A	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=33;PP=874;SC=TTCCACTGTGCCAGACTGAAG;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=99448616;WS=99448598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	99448623	rs9554524	A	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=30;PP=791;SC=CTGAAGGACGATAATGGAGGG;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=99448631;WS=99448613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	99449579	rs1289314	T	C	4729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr13	99449755	rs1289315	G	A	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=31;PP=805;SC=TAGACAAAGAGCAAAGATTTT;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=99449763;WS=99449745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	99457552	rs7990741	T	A	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=402;ReadPosRankSum=-0.743;SC=ACATTTTATTTGTAAATATAA;SOR=0.394;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=21;WE=99457560;WS=99457542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr13	99459891	rs9557078	A	C	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=22;PP=1189;SC=CATTGCTATGAAACTTATCCA;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=99459899;WS=99459881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	99461532	rs371432796	GTTTTT	G	3407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=44.26;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	99462593	rs2282134	C	T	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=225;SC=TTATGGGGAACGTGACATGGC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=99462601;WS=99462583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	99476695	.	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TTCCATCATGGAGGCCTCCTC;SOR=0.748;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=10;WE=99476703;WS=99476685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr13	99479250	.	A	G	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=701;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TTAGATCTCAATGCACCAGCT;SOR=0.916;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=43;WE=99479258;WS=99479240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr13	99482030	rs9517459	G	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=368;ReadPosRankSum=1.068;SC=ACACAAACATGAGCAAATCAA;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=22;WE=99482038;WS=99482020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr13	99482135	rs9517460	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.075;SC=TGCTTTGAGCAGGGGTCGCTC;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=99482143;WS=99482125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr13	99483856	rs2296986	C	T	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=38;PP=1485;SC=CCTTCAATTCCGGGGGAAGAA;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=82;WE=99483864;WS=99483846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr13	99497760	rs2183093	G	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=15;PP=382;SC=GAATGTGGACGCTTGATCAAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=99497768;WS=99497750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	99498955	rs140542137	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=-0.928;SC=GGAGCCAACCGTCCCCCTCAC;SOR=0.160;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=99498963;WS=99498945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr13	99508121	.	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=326;ReadPosRankSum=1.128;SC=TTGATTATAAGAAACATTTGT;SOR=1.044;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=23;WE=99508129;WS=99508111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr13	99520099	.	TA	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.707;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,23:0.22:106
chr13	99534048	rs6491461	G	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=12;PP=393;SC=TTTCTTAAATGTAATGTTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=99534056;WS=99534038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	99537431	rs2026024	G	A	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=22;PP=640;SC=AAAACCGTCTGATTTTTAAGA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=99537439;WS=99537421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	99538711	rs6491465	C	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=612;SC=CTTGAATTTTCCTTTACCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=99538719;WS=99538701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	99607581	rs9513518	T	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr13	99607911	rs8002389	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=-1.410;SC=CTACAATTAGAGTATGCTAGT;SOR=0.489;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=11;WE=99607919;WS=99607901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr13	99629961	.	C	CTTGA	74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=74;QD=50.0;SC=AGGCAACAGGCGTCAACCCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=2;WE=99629969;WS=99629957;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr13	99630263	rs9513522	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr13	99667961	rs7330438	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=-1.469;SC=TACCATCTTCGTGACAAGCAG;SOR=1.362;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=18;WE=99667969;WS=99667951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr13	99667982	rs4772168	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=150;ReadPosRankSum=0.135;SC=TCACCGGTACTGGAACAGAAG;SOR=1.545;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=15;WE=99667990;WS=99667972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr13	99738372	rs61970775	G	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=0.939;SC=CAGCAGGGTCGGCCGCTCTGC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=7;WE=99738380;WS=99738362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr13	99853225	rs7332516	C	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=550;ReadPosRankSum=-0.392;SC=CCTGGCTGCCCCCTACACGCC;SOR=0.606;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=45;WE=99853233;WS=99853215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,62:0.42:148
chr13	99853443	rs7338947	T	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=24;PP=748;SC=CCCCAGGTGCTCTGCCCAGGA;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=99853451;WS=99853433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	99890849	.	G	GT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.184;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr13	99970429	rs56695114	CT	C	913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=26;PP=526;SC=TCTCACCATTCTTTTTTTTTG;SOR=1.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=27;WE=99970437;WS=99970419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	99992487	rs1927725	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=242;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CCGTGTGCAGTGTCTGGAGGC;SOR=0.420;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=12;WE=99992495;WS=99992477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr13	100181915	rs4772217	A	G	96.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TGCTTTGACTATATAAATTAC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=100181923;WS=100181905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr13	100199224	rs3751373	C	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr13	100204662	rs80305980	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TACCATAAAAGTGTGTAAAGA;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=100204670;WS=100204652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr13	100515161	rs10648017	A	AGACTT	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTCAGGTCAAAGACTTAAATA;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=100515169;WS=100515151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr13	100518400	rs2390354	T	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=0.674;SC=CCAGGGAGGTTTAGATATCTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=100518408;WS=100518396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	100518580	rs3783185	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=272;ReadPosRankSum=1.342;SC=TCTCCAAGCCATAGATCTGGT;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=23;WE=100518588;WS=100518570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr13	100523386	rs3742254	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-1.401;SC=GAAACAAATATGTTGTGTGAA;SOR=0.582;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=100523394;WS=100523376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr13	100537221	rs912283	T	C	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=47;PP=1839;SC=ACTTGTGTCCTTCTATTCAGG;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=100537240;WS=100537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr13	100537232	rs912284	T	C	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=47;PP=1944;SC=TCTATTCAGGTAGGTCGGTAT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=100537240;WS=100537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr13	100537376	rs912285	G	A	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=733;SC=GAGGCCTGGCGCCTCCCCACA;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=100537384;WS=100537366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	100622667	rs71114653	TGGC	T	1284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=1.190;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr13	100633995	.	C	A	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=50;QD=42.3856062736;SC=CGCCCGCCCCCGCCGCAGCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=100634003;WS=100633985;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr13	100637102	rs9585308	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=400;SC=CCCCCTCAGGTCCTTCTCCCT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=100637110;WS=100637098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	100638090	.	G	GTT	274	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr13	100638392	rs13542	G	A	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=49;PP=1324;SC=CCCGCCTTCCGCCCCTTCCCT;SOR=2.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=64;WE=100638400;WS=100638382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	100921056	rs4306370	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=13;PP=372;SC=CCTAAGAAACATTTATAAAGC;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=21;WE=100921064;WS=100921046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	100921082	rs138661480	TTTCATTCATTCA	T	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;MQRankSum=0.849;QD=19.62;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr13	100945533	rs9300598	G	A	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr13	100957946	.	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CTTTAATGTGGGGAAAAGGTA;SOR=0.677;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=7;WE=100957954;WS=100957936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr13	101020695	rs9518061	A	G	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=12;PP=499;SC=ATATAAAATTATTAACTCTTT;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=101020703;WS=101020685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	101182211	rs3059677	CGGTGG	C	728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=387;SC=CGATGGGCTCCGGTGGGGTGG;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=101182223;WS=101182201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	101264908	rs145949805	TACACAC	T	505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.90;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	101288992	rs3803256	C	T	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=37;PP=1127;SC=TTACGGCCTGCCAGTCAAAAG;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=101289000;WS=101288982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	101308836	.	AC	A	62	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.9996;HP=5;HapScore=2;MGOF=263;MMLQ=27;MQ=52.72;NF=1;NR=4;PP=62;QD=22.206179974;SC=TCACTCTGCCACCCAGGCTGG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=101308844;WS=101308826;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	101316313	rs1298168	C	T	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=458;SC=GCCACGCTGGCCTTCTCTGCA;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=101316321;WS=101316303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	101321067	rs2791680	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=12;PP=324;SC=AAAACAACACTGTATAAATAT;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=101321075;WS=101321057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	101712026	rs35627368	C	CT	34.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	101712104	.	T	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=1.004;SC=ACCCATTTTATTTATTTTTAT;SOR=1.140;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=101712112;WS=101712094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr13	101712378	rs189418468	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr13	101712426	rs2274085	G	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=0.095;SC=CCTGCATGACGGGTGACCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=101712434;WS=101712416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr13	101720300	rs1289556	T	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=465;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TGTTCCATATTATTTGAAAGT;SOR=0.718;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=32;WE=101720308;WS=101720290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr13	101721029	rs11616341	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=-1.253;SC=TAAAAAGTATTCAACTAACAT;SOR=0.534;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=101721037;WS=101721019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr13	101726116	rs181656013	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.524;SC=CAAAACAAGTGGAGGTTGTAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=101726124;WS=101726106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr13	101727043	.	CAG	C,CAGAG	357.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=42;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.858;SC=AGCGGGGAGACAGAGAGAGAG;SOR=0.283;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=2;TCR=76;TR=43;WE=101727054;WS=101727033;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.25:76
chr13	101727071	rs112963196	CAG	C	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.790;QD=17.94;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr13	101735026	rs12430032	T	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=140;ReadPosRankSum=-1.262;SC=ACCGCTTAAGTAGGAAATATC;SOR=1.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=11;WE=101735034;WS=101735016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr13	101735211	rs17677552	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=773;ReadPosRankSum=1.950;SC=CCAAAGGTACGGTCACCGGGT;SOR=0.721;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=53;WE=101735219;WS=101735201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr13	101736075	rs686141	A	G	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=17;PP=733;SC=GGCGAGGCGGAAGATGAAGAG;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=101736083;WS=101736065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	101747878	rs609246	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=0.765;SC=AAGCCTTATACTGACAAACAC;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=101747900;WS=101747868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr13	101747892	rs8000023	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=1.012;SC=CAAACACACCATTCTTCAGAA;SOR=0.293;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=101747900;WS=101747868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr13	101753023	rs113145864	C	CTG	1612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=8;PP=949;SC=CCTTGACCTCCAGTTTCAAGT;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=101753033;WS=101753013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	101753025	rs57703343	GT	G	1612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=8;PP=716;SC=TTGACCTCCAGTTTCAAGTAA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=18;WE=101753033;WS=101753013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	101755480	rs9300647	G	T	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=11;PP=853;SC=TGCATTAGAGGTGGACTACTG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=43;WE=101755488;WS=101755470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	101755813	rs7331375	C	A	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=201;SC=TTGTACGTGCCATCTGTTAAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=101755821;WS=101755803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	101833450	rs896560	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CACTACTTATCGAAGATTGTG;SOR=0.706;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=8;WE=101833458;WS=101833440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr13	101881777	rs3916906	G	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=583;ReadPosRankSum=1.775;SC=CCAGTTCTTCGACAAAGCAGA;SOR=0.634;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=45;WE=101881785;WS=101881767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr13	101882016	rs145537012	ATTATT	A	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.418;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr13	101944752	rs570252	C	T	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=14;PP=352;SC=TGAGTCACAGCTGACTTTTGA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=101944760;WS=101944742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr13	102235764	.	TAA	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.484;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	102344867	rs981073	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=-0.930;SC=TAGTGTGCTCACCTCCTTGAA;SOR=0.116;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=102344875;WS=102344857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr13	102366825	rs2281991	A	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=474;ReadPosRankSum=3.380;SC=GTTCTGCTGAAGAGTGGTATA;SOR=0.994;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=34;WE=102366833;WS=102366815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,55:0.47:117
chr13	102368056	rs1436266	G	T	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=37;PP=991;SC=CATTAGAACAGATAAATGCGA;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=102368064;WS=102368046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	102619987	rs7993843	G	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.546;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr13	102620137	rs11069471	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=-0.222;SC=TTAACCTCTATTGAATCCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=6;WE=102620145;WS=102620127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr13	102698415	rs7337292	A	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=387;ReadPosRankSum=-0.553;SC=GTCAAGATCTATTCTAACTCC;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=27;WE=102698423;WS=102698405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr13	102698459	rs667685	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=327;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GATGCCTTTTGTTCTTGCCTG;SOR=0.575;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=24;WE=102698467;WS=102698449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr13	103271206	rs4576935	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=459;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GGTAAACTTCGTGTATTTTAT;SOR=1.493;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=32;WE=103271214;WS=103271196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr13	103275386	rs2230854	T	C	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=567;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TTGTGACCAGTGGAGGTATCC;SOR=0.810;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=54;WE=103275394;WS=103275376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,63:0.53:118
chr13	103279589	rs16960258	C	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=0.991;SC=TTTATAAGTGCTCCTAGTTTA;SOR=2.115;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=103279597;WS=103279579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr13	103280420	rs77254603	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GGACTTTCATCCTCTTGAAGT;SOR=0.904;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=103280428;WS=103280410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr13	103282279	rs660832	A	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=0.144;SC=AGTAAAATGTATGGTACATAG;SOR=0.519;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=103282287;WS=103282269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr13	103282299	rs660811	C	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=2.615;SC=GTAGACTTTCCTTGTTTCCTT;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=10;WE=103282307;WS=103282289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr13	103286280	rs2274461	T	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=0.426;SC=CTAAGCAAACTTCAATGGCTT;SOR=0.489;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=21;WE=103286288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr13	103286474	rs58545410	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=234;ReadPosRankSum=-0.353;SC=ATTGTCCTTACATTATTGCAG;SOR=0.770;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=20;WE=103286482;WS=103286464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chr13	103289338	rs2274463	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=1.383;SC=CCAACCAAACCAAGTCGCTAA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=103289346;WS=103289328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr13	103290535	rs613926	G	C	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=2.499;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,55:0.45:122
chr13	103290574	rs614290	G	A	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=537;ReadPosRankSum=0.052;SC=GACACTTACCGATTCTTTTTT;SOR=0.631;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=44;WE=103290582;WS=103290564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,76:0.45:168
chr13	103292580	rs41281652	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TGTGGTCTTATAATAAATATA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=10;WE=103292588;WS=103292570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr13	103292810	rs634293	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=311;ReadPosRankSum=-1.714;SC=TTTATCTGTAGCATGTATTTC;SOR=0.749;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=22;WE=103292818;WS=103292800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr13	103292875	rs16960293	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=160;ReadPosRankSum=1.258;SC=AGTTCAAAACGTTTTTAAGAT;SOR=1.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=103292883;WS=103292865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr13	103295485	rs3831118	A	AT	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=390;ReadPosRankSum=1.173;SC=CATGGGAATTATCCCTAAGTG;SOR=0.446;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=11;WE=103295493;WS=103295475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr13	103295551	rs144831383	CTTCT	C	1668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=882;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TAAAGCTTTGCTTCTTTCTTT;SOR=0.335;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=21;WE=103295562;WS=103295541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr13	103296819	rs35462812	C	CAT	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.332;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AGTTTGAAAACAGAATTGCTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=103296827;WS=103296809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr13	103297435	rs10713633	CT	C	946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=37;PP=522;ReadPosRankSum=0.113;SC=AAAAAAGGGCCTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=38;WE=103297444;WS=103297425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,56:0.92:61
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chr13	103301537	rs664660	G	T	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=13;PP=387;SC=ACTGCCCATCGTATACACTGT;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=24;WE=103301545;WS=103301527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr13	103307218	rs673424	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.869;SC=TCAGATTTTGCGCTTACCTTG;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=103307226;WS=103307208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	103307322	rs677248	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=15;PP=652;SC=AGCCCAAGCAATAGACCTGTT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=103307330;WS=103307312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	103307360	rs677179	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=0.779;SC=TGTTTCACGTGAGGCCTTTGT;SOR=0.803;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=21;WE=103307368;WS=103307350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr13	103307483	rs672129	G	A	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=13;PP=452;SC=ATGAGTCAGTGTGGAGATAGG;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=103307491;WS=103307473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	103315948	rs9585959	G	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=209;SC=AAGACAAATAGTCTTTTTAAA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=103315956;WS=103315938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	103316113	rs7334625	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TGTTCATTCTGATATATCTTA;SOR=1.172;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=7;WE=103316121;WS=103316103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr13	103328579	rs665479	G	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=1.710;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	103328619	rs584710	C	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=0.857;SC=ATTTTATAAACAAGCTTTATC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=103328627;WS=103328609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	103339365	rs660207	A	G	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=747;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TGGAAATTCAATTCCTCGGCA;SOR=0.866;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=53;WE=103339373;WS=103339355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,101:0.58:173
chr13	103339380	.	C	T	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=723;ReadPosRankSum=1.863;SC=TCGGCATGTTCCTCCAAGTAT;SOR=0.864;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=53;WE=103339388;WS=103339370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,101:0.55:182
chr13	103346803	.	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr13	103384824	rs9300756	G	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=19;PP=864;SC=TGATCTTTACGTTTGGGAGAA;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=103384832;WS=103384814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	103385015	rs6491707	A	G	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=53;PP=2272;SC=CTTTAGAGATAGAAGATGCGG;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=114;WE=103385023;WS=103385005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr13	103385154	.	C	T	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr13	103385299	rs7335290	A	C	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=29;PP=1281;SC=ACTTCGGAAGAAATTCCAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=103385307;WS=103385289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	103385798	rs7983175	T	C	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=32;PP=1335;SC=TCCTTTTGAATTTGCAGGGGT;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=103385806;WS=103385788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	103386116	rs7982465	C	G	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=62;PP=2233;SC=TTCTTCTGACCTGACTCGTGA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=126;WE=103386124;WS=103386106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr13	103386283	rs7982670	A	G	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=45;PP=1548;SC=TTGAGGGTACATGGAGAGTTC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=103386291;WS=103386273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	103387196	rs146513369	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=2.714;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,76:0.47:162
chr13	103388220	rs9300758	A	G	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=19;PP=722;SC=AATGAAGCAGATTTCCTCGGA;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=103388228;WS=103388210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	103389164	rs141944476	T	G	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=774;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GGCCATGTATTTTGTTCTGTT;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=51;WE=103389172;WS=103389154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,78:0.41:191
chr13	103389305	.	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=647;ReadPosRankSum=0.863;SC=GCCTGCTGTTCGTTTGTCTAA;SOR=0.610;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=41;WE=103389313;WS=103389295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,65:0.41:159
chr13	103390286	.	C	T	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=901;ReadPosRankSum=-1.214;SC=ATCCATTTTCCCTTGCTCTAT;SOR=0.506;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=142;TCF=81;TCR=61;TR=61;WE=103390294;WS=103390276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,104:0.48:216
chr13	103391634	rs7322112	C	T	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=33;PP=1073;SC=AGGCCCATTACATCTTTCACA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=103391642;WS=103391624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	103392824	.	C	T	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=838;ReadPosRankSum=1.129;SC=CTTTTGAGGGCAAGATATATG;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=59;WE=103392832;WS=103392814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,77:0.50:153
chr13	103394003	rs1449707	G	A	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=58;PP=2318;SC=CTCCTGGCAAGTCTTCTGTTG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=120;WE=103394011;WS=103393993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr13	103394613	rs9585986	T	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=52;PP=1527;SC=TGGGAAACTGTTATTCTTTTT;SOR=1.222;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=81;WE=103394621;WS=103394603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	103394716	rs9585987	T	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=19;PP=641;SC=GAGAAATAGATGTGTAGGGAT;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=103394724;WS=103394706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	103395819	rs1375720	C	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=34;PP=1166;SC=GTAAACTGCCCACTGATTTTA;SOR=1.117;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=103395827;WS=103395809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	103396716	rs6491708	C	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	103397583	rs9582626	C	G	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=51;PP=2046;SC=TTTAACAATGCCTCCTGTTTC;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=92;WE=103397591;WS=103397573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr13	103400083	rs1026158	G	A	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=86;PP=2965;SC=GTCTATCTGTGCTTTGCTTCA;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=167;WE=103400091;WS=103400073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr13	103400729	rs12583104	G	A	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=24;PP=1317;SC=TTTGCTTCCTGGGGAAATGAG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=68;WE=103400737;WS=103400719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	103402522	rs9300760	C	T	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=40;PP=1526;SC=GGCTTAGACACGTTTCCTCTA;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=84;WE=103402530;WS=103402512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr13	103402772	rs9284197	T	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=201;SC=CAAATGAATATTAGAATATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=103402780;WS=103402762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	103410782	rs1375719	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	103410914	rs12855785	A	T	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=11;PP=517;SC=CTTTTGGGGCAACTGTCTTCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=103410922;WS=103410904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	103422350	rs118055120	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr13	103445609	rs11441956	G	GT	573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=444;SC=CCCTGATAGTGTATAATTTGT;SOR=1.739;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=103445617;WS=103445599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	103449033	rs199885678	TAAAA	T	47.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=0;PP=48;SC=CTTCTTTCAGTAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=103449044;WS=103449023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	103468958	rs7320687	G	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=235;SC=ATATATGTTGGCAATAACGTA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=103468966;WS=103468948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	103474031	rs2148449	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=11;PP=642;SC=AACATTGAGACAGGCTGTATT;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=103474039;WS=103474021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	103484060	rs2181676	G	A	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=30;PP=905;SC=AAGCATTGACGTGTTTTAGAA;SOR=1.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=46;WE=103484068;WS=103484050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	103491223	rs7337774	C	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=241;SC=TAAGGACACACGGCTGTCTTT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=103491231;WS=103491213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	103491876	rs4771435	A	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=11;PP=1149;SC=AATTAGTACAATTAATTTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=53;WE=103491884;WS=103491866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	103506509	rs1535729	A	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=282;SC=AGCCCCGCCAAGGTTCCTTCC;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=103506517;WS=103506499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	103511428	rs3918332	G	A	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=25;PP=651;SC=GCTAGCAAATGTGTCTCCTGA;SOR=1.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=103511436;WS=103511418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	103514091	rs7982448	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	103518769	rs6491716	T	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=444;SC=TACCACCTTCTTCAGACCCCT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=103518777;WS=103518759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	103518844	rs3759500	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=266;SC=CTGGTGATGCCGTTCCCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=103518852;WS=103518834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	103519251	rs4150336	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGAGTTTGTCCTAGGAAGTTT;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=103519259;WS=103519241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr13	103527849	rs9514066	G	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=53;PP=1406;SC=TAAGGCAAAAGGAAAAACCCA;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=91;WE=103527857;WS=103527839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr13	103527930	rs9514067	G	C	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=34;PP=1244;SC=AGATTCTAAAGGAAAGAATAC;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=69;WE=103527938;WS=103527920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	103528337	rs873601	G	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=110;SC=ATTAACTGGTGGCACGGTCTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=103528345;WS=103528327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	103698363	rs2301157	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=274;ReadPosRankSum=-0.553;SC=ATGAATTCCAATGAAATTCCA;SOR=0.631;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=15;WE=103698371;WS=103698353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr13	103698630	rs279940	C	T	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=50;PP=1375;SC=AATACACAGACAGTTAAGTAA;SOR=2.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=65;WE=103698638;WS=103698620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr13	103703481	rs279938	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	103703579	rs8000956	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=313;ReadPosRankSum=-1.331;SC=AGATTAAAATTCCCAATGTGA;SOR=1.287;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=17;WE=103703587;WS=103703569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr13	103705044	rs188096	A	C	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=58;PP=2262;ReadPosRankSum=-0.776;SC=ACAACGAGAGAAACCAGAGAT;SOR=0.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=123;WE=103705052;WS=103705034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,229:0.99:231
chr13	103705091	.	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=490;ReadPosRankSum=1.875;SC=GTGATCAGCAGAACAGGTGAC;SOR=0.573;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=42;WE=103705099;WS=103705081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,86:0.45:193
chr13	103718308	rs55971546	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=672;ReadPosRankSum=1.739;SC=AGCACCACTACGGCCTGGAGC;SOR=0.975;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=44;WE=103718316;WS=103718298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr13	106118612	rs45476401	C	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=328;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TTCACAATGCCGATGATTTAG;SOR=0.765;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=26;WE=106118620;WS=106118602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr13	106125088	rs72549480	G	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=0.752;SC=AAATGCTAATGTTGGAACTTA;SOR=2.080;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=8;WE=106125096;WS=106125078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr13	107145463	rs7995379	G	C	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=43;PP=2023;SC=GCCCGTAGTCGCCGCTGACCT;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=101;WE=107145471;WS=107145453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr13	107862841	rs3751448	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=-0.459;SC=CAAGGTTATATCAGTGAAAGG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=9;WE=107862849;WS=107862831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr13	108183631	rs912446	A	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=415;SC=CCTCATGAATAGCTTGGGCCA;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=108183639;WS=108183621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	108861913	rs1805386	A	G	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=865;ReadPosRankSum=-1.985;SC=TTTTATACATATCACTGGGTA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=67;TCR=74;TR=67;WE=108861921;WS=108861903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,91:0.43:211
chr13	108863591	rs1805388	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.627;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr13	108955464	rs1224145	C	G	102.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr13	108959080	rs11381410	A	AT	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr13	109282302	rs9284241	T	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=1.023;SC=ATTAAGGCAGTTCTCCTGGTA;SOR=0.416;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=15;WE=109282310;WS=109282292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr13	109311651	rs9587650	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=-0.578;SC=ATCATATTATATACATATATA;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=109311659;WS=109311641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr13	109458889	rs9514920	A	G	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=143;SC=ATAAAATTGCATGTATGTTCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=109458897;WS=109458880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	109459020	rs9301323	G	A	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=17;PP=644;SC=ATGTCTCTTCGCTGCAGTTAC;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=109459028;WS=109459010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	109472601	rs2146327	G	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=615;SC=CCGGCTGTTAGTTGGACAGCA;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=109472609;WS=109472591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	109472849	rs9521065	A	G	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=29;PP=879;SC=CACAGCTACAAAGTGAGAGCT;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=109472857;WS=109472839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	109472886	rs7994148	A	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=-2.260;SC=CTGTGTAACAACCAGCCCAGT;SOR=0.793;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=9;WE=109472894;WS=109472876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr13	109472933	rs9514924	T	C	172.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9767;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TACGATGATATAGGCGATGTG;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=109472941;WS=109472923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr13	109496601	rs7989143	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=1.074;SC=ATAAAACCACCGTCATAGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=12;WE=109496609;WS=109496591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr13	109496813	rs16973313	T	C	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=494;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GAAAACCCCATGATGAGCGGT;SOR=0.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=43;WE=109496821;WS=109496803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,81:0.49:167
chr13	109496928	rs7989802	C	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=534;ReadPosRankSum=-0.862;SC=AAAACAAATGCGCACTAATTT;SOR=0.836;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=37;WE=109496936;WS=109496918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr13	109508011	rs423376	A	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=318;ReadPosRankSum=0.450;SC=AGCTTCTGGTAGTGGTGATAG;SOR=0.511;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=24;WE=109508019;WS=109508001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr13	109550561	rs7322768	A	G	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=40;PP=1176;SC=CGCTATGGACACACTGTGTAT;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=109550569;WS=109550551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	109680857	.	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr13	109704916	.	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr13	109707827	rs9521141	T	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=362;ReadPosRankSum=-3.706;SC=AGCTGCCAGATACTTTTGATA;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=28;WE=109707835;WS=109707817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr13	109717928	rs1431267	A	G	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	109753331	rs56414043	C	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-0.854;SC=CTGGCAAAAACAAATTCCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=109753339;WS=109753321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr13	109777503	rs157024	A	G	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,77:0.57:135
chr13	109779906	rs3815983	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=561;ReadPosRankSum=-0.535;SC=AAGGTCAGCCCTGGGGAGGGA;SOR=0.772;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=35;WE=109779914;WS=109779896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr13	109793474	rs28705148	T	C	6640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=53;PP=2557;SC=CGCCCAAGGTTCACCCAAAGC;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=132;WE=109793482;WS=109793464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr13	109793720	rs7986595	A	C	5440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=71;PP=1984;SC=TCAGGGAAGCAGAAGGTAAGC;SOR=0.884;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=127;WE=109793728;WS=109793710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr13	109832084	rs1033870	G	A	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=50;PP=1461;SC=TGGACTGGAGGGCTCAGCTGT;SOR=2.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=64;WE=109832092;WS=109832074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	109858890	rs11430851	A	AT	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=307;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AGGTGTTGCTATCACACTTCA;SOR=0.657;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=10;WE=109858898;WS=109858880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr13	110408608	rs1865434	C	T	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=26;PP=1054;SC=TTTAATGATACTCTCTGACAT;SOR=1.003;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=62;WE=110408616;WS=110408598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	110435231	rs1805097	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=219;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TGAGGCGGCGCCCGGGCCCTG;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=18;WE=110435239;WS=110435221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr13	110435302	rs9583424	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CCGGCGGCGGTGGCGGCGGCT;SOR=0.790;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=6;WE=110435310;WS=110435292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr13	110435728	rs75172981	C	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GGGACAGGCGCGTGGGCCTCA;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=7;WE=110435736;WS=110435718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr13	110435953	rs4773092	A	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=28;PP=990;SC=TGTCCCCGCCACAGGTGTAGG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=110435961;WS=110435943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	110436232	rs3742210	G	A	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=37;PP=1445;SC=AGCCGCCCCCGCTCGCCGGGA;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=79;WE=110436240;WS=110436222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	110807474	rs615742	T	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=244;ReadPosRankSum=1.049;SC=GGCCAGGCTTTGAGGCATGCT;SOR=0.376;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=16;WE=110807482;WS=110807464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr13	110807496	rs616089	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=1.432;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr13	110813709	rs1133219	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=2.479;SC=GGCAGCTGCCGGCCGTGCCTA;SOR=0.874;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=14;WE=110813717;WS=110813699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr13	110818598	rs3742207	T	G	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=549;ReadPosRankSum=1.256;SC=CCGGGACGCCTTGATCGCCTT;SOR=0.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=42;WE=110818606;WS=110818588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr13	110819457	rs652572	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.72;ReadPosRankSum=-1.937;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr13	110819460	rs1778817	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=7.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.17;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr13	110819586	rs589985	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=494;ReadPosRankSum=-2.415;SC=CCCTAGACACGCAAAGAGGAG;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=40;WE=110819594;WS=110819576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,72:0.58:125
chr13	110821834	rs1838557	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr13	110821844	.	A	AACACAC	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.88;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr13	110821872	.	C	CACACAT	263	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=60.31;NF=9;NR=2;PP=263;QD=24.1818181818;SC=CACACACACACATATATATAC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=11;WE=110821880;WS=110821862;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,11:0.69:16
chr13	110821940	.	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.807;NF=15;NR=7;PP=337;ReadPosRankSum=-1.263;SC=AGAAAAGACTCCTTTAAAAAT;SOR=1.083;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=22;WE=110821948;WS=110821930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr13	110824974	rs2289799	C	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=0.535;SC=GGCCAACAGGCATGGGGCTTC;SOR=0.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=5;WE=110824982;WS=110824964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr13	110825264	rs17517598	G	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=0.841;SC=GTAATAAAATGATATTCCTAC;SOR=0.180;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=14;WE=110825272;WS=110825254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr13	110827574	rs874203	T	A	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.80;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr13	110827580	rs874204	C	T	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.03;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr13	110828891	rs1975514	T	C	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=578;ReadPosRankSum=-1.702;SC=GTCTGACAGGTTGACATCTAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=46;WE=110828899;WS=110828881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,69:0.44:158
chr13	110828922	rs1562173	G	A	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=644;ReadPosRankSum=0.712;SC=GGGGAACACAGGCCTCATCCT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=48;WE=110828930;WS=110828912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,70:0.43:161
chr13	110829250	.	C	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=435;ReadPosRankSum=0.273;SC=CCTTGGTCTCCTTTCTGGCCC;SOR=0.630;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=33;WE=110829258;WS=110829240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr13	110831451	rs503053	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-2.078;SC=AGGAGACCCATGCACACGAAT;SOR=0.813;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=110831459;WS=110831441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr13	110833564	rs16975491	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.008;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GGGACGTTCACAACCTGCATT;SOR=2.303;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=7;WE=110833572;WS=110833554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr13	110833702	rs16975492	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr13	110838703	rs2305080	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=0.592;SC=TACAACTTCATGCTGCATCAC;SOR=0.197;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=110838711;WS=110838693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr13	110839428	rs9521638	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=-1.473;SC=CTCATTTCTCAATGCTTTGCA;SOR=0.412;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=11;WE=110839436;WS=110839418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr13	110839550	rs536174	T	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=15;PP=598;SC=GCTCTCCCTGTCATGCCGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=110839558;WS=110839540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	110843985	rs1373744	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	110844188	rs7330851	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.675;SC=ACAGAAAGACGGCACTTCGGC;SOR=0.963;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=110844196;WS=110844178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr13	110844649	.	G	A	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=2.538;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr13	110845314	rs685884	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=311;ReadPosRankSum=0.619;SC=AGAAGTCTCCGCAGTGCACTG;SOR=0.637;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=22;WE=110845322;WS=110845304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr13	110847227	rs505050	G	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr13	110850770	rs683309	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=2;PP=401;SC=GGCACCCTGGTGTCTGCTTGC;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=110850778;WS=110850760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	110850842	rs995224	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.746;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=327;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CAGGGGGCCCAGGGGAACCAG;SOR=1.503;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=25;WE=110850850;WS=110850832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr13	110851036	rs995223	T	C	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=984;ReadPosRankSum=0.499;SC=AACTACAGCATAAACTCATTC;SOR=0.946;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=65;WE=110851044;WS=110851026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,115:0.60:193
chr13	110856085	rs648263	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr13	110857823	rs482757	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=397;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CTTGTAAAAACCACAGAGAAA;SOR=1.005;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=29;WE=110857831;WS=110857813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,42:0.34:124
chr13	110857895	rs677877	A	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.371;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=386;ReadPosRankSum=0.734;SC=CCTGTAGAATAAAGATGTAAA;SOR=0.318;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=32;WE=110857903;WS=110857885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
chr13	110859069	rs9588116	G	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr13	110859316	rs372683715	GA	G	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.333;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr13	110859622	rs12867220	A	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=241;ReadPosRankSum=-1.575;SC=TGAACAGTCTATAAATCTGTT;SOR=0.352;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=15;WE=110859630;WS=110859612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr13	110859690	rs598819	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=20;PP=1202;SC=TTTTCTCTTTATCTTTTGGAA;SOR=1.349;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=110859698;WS=110859680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	110859743	rs598893	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=715;ReadPosRankSum=1.029;SC=ATGAAGCCCACTCATACCTTT;SOR=0.974;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=46;WE=110859751;WS=110859733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
chr13	110861096	rs35092560	CTA	C	1583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.549;NF=14;NR=10;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.790;SC=AGAAGAGTAACTATACTTGTA;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=24;WE=110861105;WS=110861086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr13	110861342	rs12869358	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=0.665;SC=TTTCAGGCAATAGCTTTGTCC;SOR=1.302;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=11;WE=110861350;WS=110861332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr13	110861620	rs35638294	T	TAAAG	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.876;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr13	110861647	rs35906431	T	TAC	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=7;HapScore=4;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-1.798;SC=AACTTTTTTTTAGAGACTGAA;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=2;WE=110861659;WS=110861637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr13	110861651	rs61963269	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=-2.004;SC=TTTTTTTAGAGACTGAAAGAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=2;WE=110861659;WS=110861637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr13	110861670	rs7332120	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr13	110861671	rs7333204	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr13	110861785	rs645114	C	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr13	110861971	rs7332235	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=1.120;SC=ATACCAATCCATCTCCCCTGC;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=110861979;WS=110861961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr13	110862268	rs2166207	A	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TTTATTTTCAAACCTCAATAT;SOR=0.638;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=15;WE=110862276;WS=110862258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr13	110862303	rs9521649	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=1.818;SC=TGATTGCCTCGGAGAGACAGC;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=16;WE=110862311;WS=110862293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr13	110866065	rs3737328	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AAAAGGTGCCCGGCTCTGGAA;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=110866073;WS=110866055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr13	110866103	rs375192293	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=283;ReadPosRankSum=-1.776;SC=ATGGAATCATCGATTGTGAGT;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=19;WE=110866111;WS=110866093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr13	110866265	rs9521650	G	A	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=38;PP=1008;ReadPosRankSum=1.987;SC=TCCCACAGCCGTGCTTACCTT;SOR=0.718;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=84;WE=110866273;WS=110866255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,154:0.55:282
chr13	110895092	rs41275104	A	G	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=49;PP=1711;SC=CTGGAAGGAAAAGAAAACTTC;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=91;WE=110895100;WS=110895082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr13	110895150	rs41275106	A	G	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=575;ReadPosRankSum=1.885;SC=GCAAATGGAGATGGTTCTGGC;SOR=0.790;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=41;WE=110895158;WS=110895140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr13	110959464	rs113651836	C	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=46;SC=ACTTCCAGCGCTACGCACCGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=110959472;WS=110959454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	111077197	rs4238272	G	A	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=32;PP=1235;SC=CCGGAGTAACGGGACCCAAGG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=111077205;WS=111077187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	111077400	rs58151684	AT	A	999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=26;PP=1007;SC=TAGGCAATACATTTTGTGACT;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=27;WE=111077408;WS=111077390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	111077450	rs7326522	G	A	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=470;SC=TTTTGTTTATGACATAAAACA;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=111077458;WS=111077440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	111082157	rs3929758	C	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=268;SC=CAGTCATCCACATTACCATAG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=111082165;WS=111082147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	111090500	.	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	111091995	rs7991229	T	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTGTTGCTATTCTTCAAAATC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=111092003;WS=111091985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr13	111098017	rs4771680	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TAAAAAGACATTTTTGAGACC;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=111098025;WS=111098007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr13	111098110	rs7489705	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-1.358;SC=ATAATAATGCCATTGCAGTCC;SOR=0.420;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=6;WE=111098118;WS=111098100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr13	111098226	rs4103	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.735;SC=CCCGGGGACCCAAGGTGAGCC;SOR=0.792;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=10;WE=111098234;WS=111098216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr13	111098338	rs7988186	A	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=160;SC=CCTAAAAAGTACAAGATCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=111098346;WS=111098328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	111099057	rs45612833	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=0.815;SC=GACGGTCCACGCTCGGGTTTC;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=11;WE=111099065;WS=111099047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr13	111099122	rs7326449	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=239;ReadPosRankSum=-1.307;SC=CTCACATCCTGTTTTTCTCTT;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=15;WE=111099130;WS=111099112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr13	111099338	rs35275552	T	TA	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.559;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
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chr13	111101952	rs75082326	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=1.034;SC=TATGTAGTCAATGAAAAAGTG;SOR=0.437;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=8;WE=111101960;WS=111101942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr13	111102042	rs76425569	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=197;ReadPosRankSum=-0.458;SC=GAGGTGACCCGGGATTCCCAG;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=14;WE=111102050;WS=111102032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr13	111102126	rs74941798	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=0.198;SC=GCCTCTCCATCGGAGATGGAG;SOR=0.379;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=14;WE=111102134;WS=111102116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr13	111102183	rs34734302	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=2.409;SC=AAGCACCTGCACTCAGGTCCT;SOR=0.317;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=11;WE=111102191;WS=111102173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr13	111109157	rs28502737	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-0.504;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr13	111109618	.	G	C	430	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=15;MQ=56.67;NF=18;NR=14;PP=430;QD=14.5241003921;SC=CCGTGGGGCTGATGCCCTGCG;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=32;WE=111109626;WS=111109608;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:47,32:0.41:79
chr13	111109859	rs9515218	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=402;ReadPosRankSum=-1.447;SC=GGTGAAATCCATCCCCCACTC;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=33;WE=111109867;WS=111109849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr13	111109882	rs9555703	A	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;ReadPosRankSum=1.587;SC=GTGTTTGGACATGAAAATGAG;SOR=0.572;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=35;WE=111109890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr13	111109960	rs9515219	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=331;ReadPosRankSum=-0.040;SC=ATGGAGCCAGTGGTGCTGTCT;SOR=0.617;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=35;WE=111109968;WS=111109950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr13	111110303	rs7319009	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=0.032;SC=CCTGACCCTTTCCAGTCACCT;SOR=1.927;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=9;WE=111110311;WS=111110293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr13	111110418	rs7325055	G	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=460;ReadPosRankSum=-2.662;SC=AGAACATGGGGAGCACTTCCT;SOR=0.809;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=32;WE=111110426;WS=111110408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,73:0.54:136
chr13	111111023	rs9521781	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=8.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.463;SOR=0.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr13	111111043	rs9521782	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.477;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr13	111111173	rs7990214	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,73:0.44:165
chr13	111111235	rs7990383	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr13	111114751	rs7992330	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-0.196;SC=CACAAACTGCGGCAGCTCCGT;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=14;WE=111114759;WS=111114741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr13	111115467	rs9521786	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=443;ReadPosRankSum=1.250;SC=TCACAGCTCTGGAGGCTGAAA;SOR=0.722;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=15;WE=111115488;WS=111115457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr13	111115480	rs9515223	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=443;ReadPosRankSum=0.527;SC=GGCTGAAAGCCGACATCAAGG;SOR=1.058;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=13;WE=111115488;WS=111115457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr13	111117745	rs3803236	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=0.571;SC=ACTGAATTTTCACACAGGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=111117753;WS=111117735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr13	111118221	rs1983932	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=-1.117;SC=TCCCTGCCCATTTCAAAGCCT;SOR=0.180;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=111118229;WS=111118211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr13	111118546	rs1927350	T	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=243;ReadPosRankSum=-0.746;SC=TGGCACAACATAGTGGCCTGG;SOR=0.407;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=16;WE=111118554;WS=111118536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr13	111118574	rs1927351	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr13	111118580	rs1927352	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.34;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	111118615	rs1927353	A	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=2.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=2.139;SC=ATTTAACCAAACCCCTCTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=111118623;WS=111118605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr13	111119296	rs3803232	A	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=309;ReadPosRankSum=-0.859;SC=CGGTTTGCACAGCTCGTGCTT;SOR=0.818;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=25;WE=111119304;WS=111119286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr13	111120684	rs34167123	AT	A	1743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.857;NF=7;NR=22;PP=993;ReadPosRankSum=1.561;SC=CCATCCATGGATTTCAACACC;SOR=0.755;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=29;WE=111120692;WS=111120674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,60:0.59:102
chr13	111121444	rs9559813	C	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr13	111121483	rs9559814	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr13	111121717	rs9515229	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr13	111130226	rs9559818	G	A	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=5;PP=554;SC=GTGTTTTCCTGATTCTCTAGA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=111130234;WS=111130216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	111130519	rs2281974	C	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=24;PP=664;SC=AAGGTAAGACCCCAGCCCTCC;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=111130527;WS=111130509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	111132820	rs1475438	G	A	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=19;PP=526;SC=TCTGCTGGGCGCCTCTGTGGG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=111132828;WS=111132810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	111137167	rs1983930	T	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=575;SC=CGTGCAGCCCTATGGCTCAGG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=111137175;WS=111137157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	111137891	rs11619327	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=22;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=11;PP=416;SC=AAAAAAAAAAAAAGATTCACA;SOR=0.990;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=23;WE=111137899;WS=111137881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	111153934	rs378601	G	A	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=3;PP=126;SC=TCCACCACAGGTGATGGTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=111153942;WS=111153924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	111154058	rs439831	T	A	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.68;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	111154061	rs409858	T	C	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.68;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	111154159	rs388222	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=-1.592;SC=ATCTGTGCTTCGACATCTCTA;SOR=0.743;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=6;WE=111154168;WS=111154149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr13	111154160	rs2281968	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr13	111155363	rs406174	G	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=8;PP=1057;SC=CCATGCCACAGACTTGCCAGA;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=111155371;WS=111155353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	111155428	rs401316	C	T	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=37;PP=1731;SC=GGCCTTGGGGCCCTGTTTAAA;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=101;WE=111155436;WS=111155418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr13	111155773	rs438758	T	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=45;PP=1055;SC=CTGGACCCACTGGGGCGGTGG;SOR=1.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=111155781;WS=111155763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	111156217	.	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.613;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=359;ReadPosRankSum=1.011;SC=TGTGGGAGCCCCCGGGATTGC;SOR=0.961;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=21;WE=111156225;WS=111156207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr13	111156411	rs414881	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=269;ReadPosRankSum=-0.805;SC=CTGGCATTGCGTCCTCTTGTG;SOR=0.680;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=16;WE=111156419;WS=111156401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr13	111156499	rs4771683	C	T	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=26;PP=1033;SC=TTGCAGGTTTCCGTGGGGCTC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=111156507;WS=111156489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	111156773	rs4771684	A	G	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=232;SC=CTACACTCCTATGCCCAGCAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=111156781;WS=111156763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	111158874	rs445348	A	G	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=37;PP=1237;SC=CCATGTGCCCAGTGGGCATGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=75;WE=111158882;WS=111158864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr13	111160304	rs391859	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=397;ReadPosRankSum=1.025;SC=CCTGCCTGGCGCGGTTCAGCA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=28;WE=111160312;WS=111160294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr13	111164614	rs422733	T	C	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=18;PP=590;SC=CAAAAATTGGTTTTATTTTTT;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=111164637;WS=111164604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	111164628	rs3074455	TAA	T	1125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.80;QD=41.69;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	111176393	rs419244	A	G	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=46;PP=1653;SC=CCACGATGGCAAAGAGGCAGT;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=111176401;WS=111176383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr13	111176519	rs375814	G	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=801;SC=AGTACATGGAGCCCAGGCCGT;SOR=1.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=111176527;WS=111176509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	111267706	rs371554585	A	AC	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CACAAACCAGACCCTGAACCA;SOR=1.501;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=5;WE=111267714;WS=111267702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr13	111268196	rs330551	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr13	111276428	rs57813755	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=0.703;SC=CTTTTAGGTGTTGGGTTTGTG;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=111276436;WS=111276418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr13	111277710	rs141397891	TGATG	T	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=578;ReadPosRankSum=0.085;SC=GAAAGCGTCCTGATGGATTTT;SOR=1.015;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=14;WE=111277721;WS=111277700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr13	111277810	rs330561	C	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=10;PP=252;SC=ACAGAGACGGCGGGGTGGAGA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=111277818;WS=111277800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	111289915	rs59764598	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=163;ReadPosRankSum=0.689;SC=TGTAACACAGAATACTAAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=12;WE=111289923;WS=111289905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr13	111290880	rs330563	G	A	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=795;ReadPosRankSum=0.301;SC=ACCTGAGCCCGCGCAGACCAG;SOR=0.765;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=51;WE=111290888;WS=111290870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,97:0.48:201
chr13	111290967	rs41275128	T	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=450;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GCTGAAGGCGTACGGTGCTTG;SOR=0.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=28;WE=111290975;WS=111290957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr13	111291044	rs330564	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=347;ReadPosRankSum=0.694;SC=TATTGCAGCTTTTGGTTAAAC;SOR=0.884;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=21;WE=111291052;WS=111291034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr13	111293542	rs10220163	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr13	111293551	rs330569	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr13	111293585	rs10709696	TG	T	111	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=142;SC=GCTCTTCTGTTGGCTGTGTTG;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=111293593;WS=111293575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	111293847	rs330570	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=349;ReadPosRankSum=0.251;SC=GCATGGGTGCGTCTTGTCGTG;SOR=0.598;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=23;WE=111293855;WS=111293837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr13	111294920	rs11414164	G	GC	5380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.161;NF=26;NR=55;PP=2969;ReadPosRankSum=1.006;SC=GATTGTGGATGCCCCCTCCCC;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=81;WE=111294928;WS=111294910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr13	111298392	rs436462	A	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=432;ReadPosRankSum=-0.564;SC=GTGTGTCAAAATCATCTGCCA;SOR=0.883;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=32;WE=111298400;WS=111298382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr13	111315249	rs7989346	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=272;ReadPosRankSum=1.263;SC=AGACAGGCCAGAAGACAAAGG;SOR=0.278;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=21;WE=111315257;WS=111315239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr13	111315299	rs4622384	T	C	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=37;PP=1157;SC=TCCGTGGGTGTGCCTGTTTTC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=111315307;WS=111315289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	111315405	rs7993933	G	A	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=41;PP=1224;SC=AGCCTATTAAGGGCAAACAGC;SOR=1.119;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=65;WE=111315413;WS=111315395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	111315489	rs2296659	A	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=552;SC=CAGCAGATGCACCAAGAGGGA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=111315497;WS=111315479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	111315506	rs376834	A	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=323;SC=GGGAGACAACAATTATAAAAG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=111315514;WS=111315496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	111315595	rs2296657	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=0.420;SC=GACTGCGGAAACCTGCGGGAG;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=4;WE=111315603;WS=111315589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr13	111319754	rs4628819	T	C	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr13	111319884	rs9521884	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=0.893;SC=TTCTAACCTCGTCTATTTATT;SOR=1.828;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=24;WE=111319892;WS=111319874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr13	111329610	.	AGA	GGG	216	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=58.18;NF=1;NR=5;PP=216;QD=44.911312477;SC=CCCCCACCACAGAGACCCAGT;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=6;WE=111329620;WS=111329600;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr13	111335319	rs61971611	C	T	139.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.54;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr13	111340042	rs78646508	A	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=7.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr13	111340342	rs2304767	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=0.099;SC=AAAGACTGGCGAGGGAAGCGG;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=16;WE=111340350;WS=111340332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr13	111350205	rs34523940	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.665;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=388;ReadPosRankSum=0.314;SC=CAGCCCCATGCGGTGGGAGAC;SOR=0.330;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=26;WE=111350213;WS=111350195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr13	111358000	rs9521906	T	G	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=43;PP=1920;SC=GATCATATAATTTTTAAAGTA;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=96;WE=111358008;WS=111357990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr13	111368164	rs7338333	T	G	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.54;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	111368164	.	TGCCCCTCTC	GGCCCCTCTC,GGCCCCTGTT	854	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=16,8;NR=23,8;PP=854,547;QD=22.7890054499;SC=GTGTCGCCCCTGCCCCTCTCC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39,16;WE=111368181;WS=111368154;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:39
chr13	111368171	.	C	G	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.306;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.93;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr13	111368173	.	C	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.284;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.55;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr13	111545198	rs10664568	A	AGT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=138;SC=CCTTTTGTTAAGTCCCATCTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=111545206;WS=111545189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	111562803	rs35930208	T	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=230;SC=GGAAAGGGCCTACTATCCTCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=111562811;WS=111562800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	111566989	rs59070384	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=15;PP=488;SC=GGCACGCCCCACGTCCCCCGC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=111566997;WS=111566979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	111567039	rs56924528	G	C	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=25;PP=636;SC=TGGACAGCCGGGGAAAATGGC;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=111567047;WS=111567029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	111806245	rs61966721	A	G	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,149:0.50:297
chr13	111933098	rs2296353	C	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.237;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=2.470;SC=AGCAAGTGATCAGTTGCTTTA;SOR=2.303;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=111933106;WS=111933088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr13	111953903	rs3742181	T	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=664;ReadPosRankSum=1.170;SC=CATCTTTAAATCTTTTTTTTC;SOR=0.814;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=43;WE=111953911;WS=111953893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr13	111955465	rs1555751	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr13	111973050	rs11841171	G	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=522;SC=TGTTTTCCACGTGGAGTGGGA;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=111973058;WS=111973047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	111973098	rs12855715	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=8;PP=809;SC=CCGCCTGGGATGTGAGGCGCA;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=111973106;WS=111973088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	111973342	rs57892141	T	TG	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	111973353	rs56975726	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	111991463	rs9522188	G	C	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=0;PP=21;SC=GTGCACTCACGCAGGGAAACC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=111991471;WS=111991453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	112297403	rs8000950	C	T	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	113032915	rs7324712	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=191;SC=CAGACTTCACATGTGGTACCT;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=113032923;WS=113032905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	113032962	rs9550063	G	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=267;SC=CGAAGGTCTCGAGGTTCCCAA;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=113032970;WS=113032952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	113052388	rs2296895	A	G	7140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.124;NF=101;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AGGAGATTTTAGATCTGAATA;SOR=0.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=102;TCR=77;TR=176;WE=113052396;WS=113052378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr13	113052562	rs2296894	T	C	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.969;NF=14;NR=60;PP=1728;ReadPosRankSum=-0.753;SC=AGACCAGCTATTTCTGGGGCA;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=74;WE=113052570;WS=113052552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr13	113053470	rs10816	T	A	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=21;PP=807;SC=GGCATTGAGGTCAAAATTTCC;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=113053478;WS=113053460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	113053488	.	G	A	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr13	113055295	rs3742225	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=323;SC=ATCTCAACTTAGCATGTTTAA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=113055303;WS=113055285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	113153114	rs9549532	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=615;SC=GGGCAGGAGATTTGTAATTCT;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=113153122;WS=113153104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	113201852	rs142738218	ATGGGAAAGTCGCGCG	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.242;NF=3;NR=0;PP=248;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AAAGACGTGCATGGGAAAGTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=113201874;WS=113201842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr13	113333684	rs7338610	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=3.101;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr13	113439425	rs36001240	C	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=315;ReadPosRankSum=1.123;SC=AGGCAGCTGCCTAACACCGCT;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=23;WE=113439433;WS=113439415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr13	113465109	rs9577843	G	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=202;ReadPosRankSum=-1.413;SC=TTTTACCCAGGTGCAGTGGCT;SOR=0.616;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=17;WE=113465117;WS=113465099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr13	113473598	rs34166778	CAT	C	1854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=969;ReadPosRankSum=1.190;SC=GGTGAGCTCACATGTCTTGTG;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=24;WE=113473607;WS=113473588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr13	113479820	rs368865	A	G	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=29;PP=859;SC=GCTGAAATACATGTGGCAGAG;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=113479828;WS=113479810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	113496566	rs946006	C	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=452;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TGTGATTAAACTCCTCATTTT;SOR=0.993;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=30;WE=113496574;WS=113496556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr13	113508537	rs11424633	A	AT	593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=509;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CCTTATTTGGATTCCTGGGTC;SOR=0.829;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=15;WE=113508545;WS=113508527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr13	113508839	rs9549573	G	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=403;ReadPosRankSum=-0.829;SC=GAGACAACCTGTCCGGGTAGG;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=27;WE=113508847;WS=113508829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr13	113512004	rs7325522	C	G	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=1;PP=79;SC=TCGTAAATTACCTCTAAGTAG;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=113512012;WS=113511994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	113512246	.	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=-1.291;SC=TGAGCTTCGTCCTTGCTGCTG;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=24;WE=113512254;WS=113512236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr13	113512331	rs9549575	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.242;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=-0.138;SC=TCAGGACACCCCCGTCACCAC;SOR=1.802;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=113512339;WS=113512321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr13	113525952	rs1765767	A	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=235;SC=GTGTTGGCACACAAGAAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=113525960;WS=113525942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr13	113527967	rs1320525	G	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=700;ReadPosRankSum=-0.383;SC=TTGTCTTTTCGCTTCTCTGGG;SOR=0.463;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=53;WE=113527975;WS=113527957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr13	113530199	rs11616795	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.701;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr13	113534907	rs9577174	T	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=378;ReadPosRankSum=0.888;SC=AGAGCAGCGATGGGCCCCTCC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=29;WE=113534915;WS=113534897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr13	113536132	rs1290177	T	C	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=543;ReadPosRankSum=-0.669;SC=CTCAGCAGAATGGGTGCGCAC;SOR=0.725;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=41;WE=113536140;WS=113536122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,69:0.44:158
chr13	113536467	rs36048052	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=277;ReadPosRankSum=1.038;SC=TTGCCCTCGAGCATGGCACCC;SOR=1.258;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=19;WE=113536475;WS=113536457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr13	113563351	rs2993328	A	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=589;SC=GCTTATGTTTATCCATGCTGC;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=113563359;WS=113563341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	113563380	.	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr13	113639869	rs3011543	A	G	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	113639872	rs3011542	A	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.81;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	113656216	rs7986677	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=20;PP=551;SC=CTGACTCGCACTGGGCAGCAT;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=113656224;WS=113656206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	113717022	rs7982214	G	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.598;NF=13;NR=17;PP=380;ReadPosRankSum=1.974;SC=CCGTGTGCTGGACTCAGCCAT;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=30;WE=113717030;WS=113717012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,32:0.34:95
chr13	113720537	.	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,63:0.53:119
chr13	113720619	rs184605123	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=477;ReadPosRankSum=-1.006;SC=TCCTGGCCAGGGCCAGCACAG;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=30;WE=113720627;WS=113720609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr13	113735390	rs494129	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=571;SC=GCGTCCAGCCTGTGGGCTTTG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=113735398;WS=113735380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	113738175	rs491455	G	A	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=499;SC=GCGTGGCTGCGGCGTCTCCAA;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=113738183;WS=113738165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	113739518	rs546818	G	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=562;SC=ACCGTGGCCCGGCCTCCCCAG;SOR=3.611;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=24;WE=113739526;WS=113739508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	113740706	rs1745949	A	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=743;SC=GTCCCTAGATAAGCCCACTCC;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=113740714;WS=113740696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	113741590	rs9604022	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr13	113741851	rs514181	C	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=18;PP=722;SC=TCTGAGGTGGCCACGCTGACA;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=37;WE=113741859;WS=113741841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	113742805	rs7986589	C	G	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=52;PP=2127;SC=CACAGTCCCCCCATGCGCAAG;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=114;WE=113742813;WS=113742795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr13	113743768	.	T	C	534	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=58.97;NF=20;NR=6;PP=534;QD=21.8758158672;SC=TCTCATCCAGTCCGTCCGGGT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=113743776;WS=113743758;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	113744139	rs4907483	G	A	5161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=56;PP=2241;SC=TTCCTGCAGTGTGAAGAAGCT;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=123;WE=113744147;WS=113744129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr13	113745611	rs4907485	T	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=1.766;SC=GGGGATGCTCTCGTGGGTCTT;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=19;WE=113745619;WS=113745601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr13	113760034	rs561241	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AGCTGGGGTGTTCAGAGGACG;SOR=0.493;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=14;WE=113760042;WS=113760024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr13	113760228	rs6039	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=0.736;SC=AGGTGCGTCCGGGGAGGTTTT;SOR=0.735;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=11;WE=113760236;WS=113760218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr13	113769917	rs569557	G	A	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=29;PP=1298;SC=CACCCCGGGGGCTGGCTCTCG;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=75;WE=113769925;WS=113769907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	113770068	rs6042	C	T	7024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=90;PP=2965;SC=GTCGGTGCCACGAGGGGTACT;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=104;TCR=90;TR=193;WE=113770076;WS=113770058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr13	113771870	rs376480781	C	T	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=838;ReadPosRankSum=1.526;SC=CCCACTGTTTCGACAAAATCA;SOR=0.921;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=57;WE=113771878;WS=113771860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,73:0.50:147
chr13	113772707	rs6041	G	A	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=63;NR=38;PP=1932;SC=AAGGGCCTGAGGGGGGCTTCT;SOR=1.104;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=101;WE=113772715;WS=113772697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr13	113773159	rs6046	G	A	4733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=61;PP=2242;SC=ACCCACTACCGGGGCACGTGG;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=122;WE=113773167;WS=113773149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr13	113776947	rs563964	T	C	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=540;SC=GATGAGGTTCTGCGGGGCCTC;SOR=4.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=22;WE=113776955;WS=113776941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	113783711	rs146988946	G	GGGAGCCTGGGTGAAGA	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr13	113783721	.	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr13	113783990	rs3211736	C	T	114.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr13	113792754	rs2251102	T	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	113792893	rs2026160	C	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr13	113793849	rs3211770	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.568;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=-0.344;SC=GTGGGCGGGGGAAGAAGTGAA;SOR=1.893;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=20;WE=113793857;WS=113793839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr13	113801737	rs5960	C	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	113801843	rs2031184	A	G	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=17;PP=638;SC=GGCCGTGGTGAGGGGCACCGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=113801851;WS=113801833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	113812962	rs2273971	G	A	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=479;SC=CTGTCCCAGCGCTCCGGGTGG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=113812974;WS=113812952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	113818708	rs3024731	A	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=460;SC=ACACACCAGAACTCTTGTGTG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=113818716;WS=113818698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	113818817	rs150762485	T	TC	2188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=28.06;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	113818900	rs564081	A	G	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	113833499	rs486407	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=370;SC=GTGTTCTAAAGGAGTAAAAAA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=113833507;WS=113833489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	113852425	rs546686	C	T	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=12;PP=959;SC=GCTTCAAGCACAAGATAATGC;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=113852433;WS=113852415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	113854600	rs3751412	T	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=460;SC=TGAAATTACATAAATCATAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=113854608;WS=113854590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	113854715	rs3751413	C	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=356;ReadPosRankSum=0.133;SC=TCTGCAGACACCTGTGTGCAC;SOR=0.656;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=28;WE=113854723;WS=113854705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr13	113862801	rs9549692	G	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	113882221	.	C	CAA	62.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr13	113888201	rs2146408	T	C	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	113889474	rs2287250	C	T	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=56;PP=2083;SC=GTACCGTTTGCTCGCTGAGCG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=117;WE=113889482;WS=113889464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr13	113891075	rs2287253	G	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.71;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	113891359	rs2287254	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr13	113899004	rs3932499	C	A	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.34;NF=4;NR=8;PP=243;SC=AAATACAAAACATTAGCCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=113899012;WS=113898994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	113899584	.	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=275;ReadPosRankSum=2.498;SC=AGCGGCTTTTTAAAAAGTATC;SOR=0.818;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=14;WE=113899592;WS=113899574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr13	113899611	.	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGTGGTGGCTCATGCCTGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=10;WE=113899619;WS=113899601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr13	113900197	rs2302756	G	A	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=189;SC=AAAATTACACGGTTTATTTTG;SOR=1.292;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=113900205;WS=113900187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	113917767	rs4907602	T	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=7;PP=624;SC=TTTAATGCCATTGTAATTAGG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=113917775;WS=113917757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	113951722	rs7983578	C	T	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=2;PP=21;SC=GCCCCCGCTCCCCGCACCGTA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=113951730;WS=113951712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	113965002	rs71706094	AT	A	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr13	113965176	rs9577503	C	A	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=34;PP=1129;SC=CAGCTTCAGCCGGGGAGGTAG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=113965184;WS=113965166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	113978969	rs912010	G	A	1509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=22;PP=701;SC=TGGCAGGCAGGCAGACAGGCC;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=113978977;WS=113978959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	113979880	rs55866528	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=404;ReadPosRankSum=1.427;SC=ACTGGTGCCCGTCCTGTGCAC;SOR=0.631;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=25;WE=113979888;WS=113979870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
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chr13	114078685	rs41315960	C	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.101;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=582;ReadPosRankSum=0.421;SC=AGCCGTGGGTCGGGGCGTGTG;SOR=0.376;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=41;WE=114078693;WS=114078675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr13	114157846	rs9805588	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=1.207;SC=GAGAATTTGGGGTGTTTTTTA;SOR=0.385;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=14;WE=114157854;WS=114157836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr13	114158078	rs9805651	G	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-1.082;SC=AAAATATCAGGTTTGAAAGCG;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=114158086;WS=114158068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr13	114174798	rs11415817	C	CA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr13	114201576	rs12876871	T	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=274;ReadPosRankSum=1.836;SC=TGGGGGAGGCTGTCCTGCGGT;SOR=0.869;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=23;WE=114201584;WS=114201566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr13	114309226	rs11164142	G	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=450;ReadPosRankSum=1.062;SC=TCATCACCACGTAGAAGGCCA;SOR=0.626;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=41;WE=114309234;WS=114309216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,69:0.38:184
chr13	114312332	rs147887053	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=223;ReadPosRankSum=0.488;SC=CCAGCCGGCCCGCCCCCCGCA;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=13;WE=114312340;WS=114312322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr13	114312354	rs9285616	T	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=9;PP=494;SC=GTACCCCACCTGGACAGGGTG;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=114312362;WS=114312344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	114312605	rs58459344	G	GA	100.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GGCCAGGGCCGTTTATCAGCG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=2;WE=114312614;WS=114312595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr13	114312606	rs58758822	T	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=0.142;SC=GCCAGGGCCGTTTATCAGCGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=2;WE=114312614;WS=114312595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr13	114322271	.	C	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=438;ReadPosRankSum=0.683;SC=AGGACTGGTTCCTGGACTTCA;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=28;WE=114322279;WS=114322261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr13	114322289	rs9796035	A	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=390;ReadPosRankSum=2.526;SC=TCAGGGTCCTAGGGAAAGGGG;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=28;WE=114322297;WS=114322279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr13	114323997	rs9796234	T	C	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,72:0.50:144
chr13	114453605	.	C	CTGTGTGCACG	1124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.830;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=7.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.446;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.464;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr13	114462517	rs58074269	CTCTCTG	C	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.396;NF=1;NR=4;PP=231;ReadPosRankSum=1.017;SC=CCCTGTCTCTCTCTCTGTCTC;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=114462530;WS=114462507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr13	114469434	rs68023809	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=365;ReadPosRankSum=-2.170;SC=CCAAGGCAGAGGGGAATTGGG;SOR=0.606;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=24;WE=114469442;WS=114469424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr13	114471900	rs9604527	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=-0.868;SC=GCCTGCCCAACGCCAGCAGAC;SOR=0.743;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=11;WE=114471908;WS=114471890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr13	114498362	rs28653123	T	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=458;SC=CTCCTCTCAGTAAGTCTCATT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=114498370;WS=114498352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	114502416	rs7400029	T	C	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=19;PP=448;SC=CTGAGATTCATGTGGGTTTTG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=114502424;WS=114502406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	114503875	rs66696122	GCCTGCGGGAGGTGAGGGGCACCGGGGACCCCCATATCTACACCTGCGGGAGGTGAGGGGCGCTGGGGACCCCCGTATCTACA	G	1392.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=-4.520;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr13	114503915	rs9577890	C	T	894.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.403;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,26:0.30:87
chr13	114503916	rs9577889	A	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,26:0.30:87
chr13	114503942	.	G	A	253	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=67;MMLQ=25;MQ=56.47;NF=6;NR=4;PP=253;QD=28.7771212547;SC=GGGCGCTGGGGACCCCCGTAT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=10;WE=114503965;WS=114503932;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,10:0.36:28
chr13	114503989	.	TA	CG	187	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=67;MMLQ=23;MQ=57.56;NF=0;NR=6;PP=187;QD=40.0779791437;SC=TGGGGACCCCTATATCTACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=6;WE=114503998;WS=114503979;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,6:0.35:17
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chr13	114550829	rs8191973	G	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=0.639;SC=ATAAAATAAAGAGAGAAACTT;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=114550837;WS=114550819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr13	114566482	rs185115964	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=349;ReadPosRankSum=-0.023;SC=AGCGCTGCCTCTCGGGAGCGG;SOR=0.538;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=23;WE=114566490;WS=114566472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr13	114620051	rs11259844	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CAAAATGAGACGTCTAGCGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=114620059;WS=114620041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr13	114622597	rs9604529	A	G	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=961;ReadPosRankSum=0.276;SC=GCACCTGGAAACTCCAAAGAG;SOR=0.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=42;TCR=76;TR=64;WE=114622605;WS=114622587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,78:0.51:152
chr13	114623880	rs7399982	G	A	9179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=116;PP=2965;SC=CGTGTATTCAGTGCTGCTTCA;SOR=0.762;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=229;TCF=108;TCR=121;TR=224;WE=114623888;WS=114623870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr13	114748709	rs11147333	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CAAAGGCTGCGGCTTTGCATG;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=8;WE=114748717;WS=114748699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr13	114751359	rs10781677	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=0.905;SC=CCCCACCCACAGTACACATCC;SOR=1.981;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=13;WE=114751367;WS=114751349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr13	114761979	rs61967993	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.869;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr13	114772933	.	T	TCC	871	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=69;MMLQ=23;MQ=55.02;NF=20;NR=6;PP=871;QD=34.8076923077;SC=CTTACCCTTCTCCCCTCCTGC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=26;WE=114772941;WS=114772923;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,26:0.87:30
chr13	114773126	rs9562086	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=406;ReadPosRankSum=-2.403;SC=AGCCACACATCTGACGTGCAC;SOR=1.128;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=26;WE=114773134;WS=114773116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr13	114773188	rs61971856	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TTGTAATACCAGTGGAGACAG;SOR=1.158;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=11;WE=114773196;WS=114773178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr13	114774813	rs6560943	C	T	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=10;PP=665;SC=AAGAGAACTCCGTCTCCTGAG;SOR=1.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=34;WE=114774821;WS=114774803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	114774952	rs41291211	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr13	114774991	rs41291213	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CCTCGGCTCACGGCCCAAATC;SOR=1.010;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=21;WE=114774999;WS=114774981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr13	114778561	rs28714290	C	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=1.021;SC=ATGCCCCAACCCAGGCCGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=114778569;WS=114778551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr13	114778593	rs7322518	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.993;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr13	114778859	rs146849472	C	CTCTCCCTCTCTCTG	1018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=10;PP=1903;SC=GTGTCTGTCTCTCTCCCTCTC;SOR=1.802;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=11;WE=114778888;WS=114778849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	114780648	rs2274719	A	C	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=33;PP=1061;SC=GCGCTATGGCAGTTTCTCAGC;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=71;WE=114780656;WS=114780638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr13	114780764	rs2274717	A	G	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=45;PP=1505;SC=CCCCAGACTCAGTGATGGCGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=114780772;WS=114780754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr13	114781868	rs2274716	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=-0.660;SC=AAAATGCCACGACAGCTCCCC;SOR=2.093;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=114781876;WS=114781858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr13	114783444	rs7986543	A	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=269;SC=GTGAAAGAAAACCTGAATCAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=114783452;WS=114783434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	114783504	rs9525319	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=0.453;SC=CCCAGGACACGTGGTTCTCGG;SOR=0.818;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=7;WE=114783512;WS=114783494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr13	114784122	rs3818624	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr13	114784464	rs41291223	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=1.343;SC=CTCAGGGAAGCCCAGCTGCCT;SOR=0.180;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=7;WE=114784472;WS=114784454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr13	114787031	rs2274713	T	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=21;PP=580;SC=GGGCAGCCCGTGTGGAGCAAA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=114787039;WS=114787021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	114787091	rs9525206	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.160;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.783;SC=AGCCTGCAGCGCCTCCCAGAG;SOR=0.042;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=114787099;WS=114787081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	114789571	rs61973867	G	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=1.678;SC=ATTGCAAGGTGAGCCCTAACA;SOR=0.622;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=114789579;WS=114789561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr13	114792842	rs3829340	C	T	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=37;PP=1753;SC=TTCCACTTAACGTTGACCCAT;SOR=1.074;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=101;WE=114792850;WS=114792832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr13	114793486	rs41315962	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=-0.550;SC=CAGGCAGGAGGCCTGAGTTCA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=12;WE=114793494;WS=114793476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr13	114795094	.	T	C	119	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=4;HapScore=4;MGOF=64;MMLQ=21;MQ=57.25;NF=5;NR=1;PP=119;QD=25.6285354245;SC=ACCTCTAAAATGGCGTCATCC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=114795115;WS=114795084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr13	114795107	.	GT	G	238	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=64;MMLQ=17;MQ=60.77;NF=6;NR=1;PP=238;QD=38.7142857143;SC=CGTCATCCTGGTGGGCCAGGA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=114795115;WS=114795084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	114806741	rs9525346	C	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=165;ReadPosRankSum=-1.048;SC=TTGGGAGGCCCAGGGGGGAGG;SOR=0.283;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=17;WE=114806749;WS=114806731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr13	114817659	rs9525355	G	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=505;ReadPosRankSum=1.436;SC=GCGCCAGTTAGAACACAGGCC;SOR=0.870;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=36;WE=114817667;WS=114817649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr13	114817751	rs9525356	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=0.364;SC=CTGTGTGGCACGCATGAGACA;SOR=2.891;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=114817759;WS=114817741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr13	115010071	.	C	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GGTTTTGATTCTTTTAAATAA;SOR=0.892;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=3;WE=115010079;WS=115010061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr13	115010254	rs3211416	C	T	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=17;PP=996;SC=TGAAGTGTTACAACCCACAGC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=115010262;WS=115010244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	115015966	.	CA	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.428;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr13	115047700	rs9590410	A	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,84:0.48:176
chr13	115064542	rs2701318	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=339;ReadPosRankSum=-1.981;SC=TTTGTCAGTATGAGTATGCCT;SOR=1.106;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=31;WE=115064550;WS=115064532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr13	115070211	.	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=2.891;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr14	19685269	rs376856717	C	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.01;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	20201972	rs4391979	A	C	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=1311;ReadPosRankSum=1.602;SC=ATGAGAATCAACAGAATTAGG;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=61;WE=20201980;WS=20201962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr14	20202040	rs8011997	T	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=20;PP=1385;SC=TACTTGCTTATTCATAATGCA;SOR=1.512;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=62;WE=20202048;WS=20202030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	20202411	.	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.843;SC=AGCCCATGAGGATAAAGTAGC;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=7;WE=20202419;WS=20202401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr14	20216298	rs12896533	T	C	5831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=74;PP=2920;SC=GAACAAGGTCTTCTCTACCTG;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=149;WE=20216306;WS=20216288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr14	20248828	rs2635535	C	T	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.371;NF=48;NR=42;PP=1234;ReadPosRankSum=0.667;SC=TTCTTGCTCACAGTGATGGCC;SOR=0.754;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=238;TCF=119;TCR=119;TR=90;WE=20248836;WS=20248818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,123:0.32:388
chr14	20249176	rs2815960	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.169;NF=28;NR=27;PP=663;ReadPosRankSum=1.242;SC=TCAGGCTCAGGTGAGAATACC;SOR=0.672;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=55;WE=20249184;WS=20249166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,84:0.31:270
chr14	20249284	.	C	T	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.437;NF=39;NR=58;PP=1389;ReadPosRankSum=0.407;SC=GACTCATTTTCCCTAGATAAA;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=160;TCF=66;TCR=94;TR=97;WE=20249292;WS=20249274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,145:0.58:248
chr14	20249456	rs2815959	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=1.230;SC=GTCCTCCTGAGGATCATTGTC;SOR=1.127;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=9;WE=20249464;WS=20249446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr14	20265265	rs12100572	T	A	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=822;ReadPosRankSum=0.718;SC=GGACCTGCTATCTTCATCTAC;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=54;WE=20265273;WS=20265262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,72:0.64:113
chr14	20265369	rs2489769	C	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.683;NF=9;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TTATACCCTTCGAAACCAGGA;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=25;WE=20265377;WS=20265359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr14	20295510	rs7145672	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.421;NF=8;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=0.902;SC=TGAAGTACTGCATGTGCCAAA;SOR=2.564;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=20295518;WS=20295500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr14	20295763	rs11621854	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.175;NF=9;NR=12;PP=217;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TAAAGTCAGACCCTGGGCTCA;SOR=0.672;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=21;WE=20295771;WS=20295753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr14	20295778	rs11621883	CC	AG	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.263;NF=6;NR=14;PP=697;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GGCTCACAGCCCCCCTCTATT;SOR=0.994;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=20;WE=20295787;WS=20295768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr14	20295834	rs2801164	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.932;NF=8;NR=10;PP=286;ReadPosRankSum=0.407;SC=TACTCCTTCATTGTGGCTCCC;SOR=0.669;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=18;WE=20295842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr14	20296004	rs2318279	C	T	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-6.384;QD=11.17;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,46:0.32:143
chr14	20296010	rs17114261	G	C	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-6.396;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.940;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,45:0.32:140
chr14	20344373	rs142226597	CTT	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.570;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr14	20344654	rs370258306	C	T	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=56;PP=1714;ReadPosRankSum=0.044;SC=TTGCTTCTTTCGCCACCCCAA;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=152;TCF=73;TCR=79;TR=113;WE=20344662;WS=20344644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,163:0.72:226
chr14	20345346	rs12883767	A	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=169;ReadPosRankSum=0.549;SC=AGGTTTCTAAATTTTAATAAG;SOR=0.564;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=14;WE=20345354;WS=20345336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr14	20388750	rs186836256	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=407;ReadPosRankSum=-0.959;SC=TCAGAACAAGTTTGCAGCTTG;SOR=0.623;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=25;WE=20388758;WS=20388740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr14	20404091	rs12885778	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=586;ReadPosRankSum=0.081;SC=TTTATTGAGCGCAAGACTATC;SOR=0.688;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=51;WE=20404099;WS=20404081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,77:0.35:222
chr14	20404614	rs34608158	C	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.927;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,24:0.20:120
chr14	20404735	rs34394400	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,29:0.23:127
chr14	20444490	rs11158071	C	T	6409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=75;PP=2762;SC=TCACTGTGGTCACTTTATTCT;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=159;WE=20444498;WS=20444480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr14	20444814	.	G	A	163.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=0.887;SC=TTGGCCTGTGGGAAAGCTCAG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=20444822;WS=20444804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr14	20470399	rs7493807	G	A	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=43;PP=2193;SC=TTGAAGCAGGGCTATTTGTAC;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=108;WE=20470407;WS=20470389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr14	20470841	.	C	T	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1105;ReadPosRankSum=1.196;SC=TGGGCCAAATCAGGTGGAAAA;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=74;WE=20470860;WS=20470831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,116:0.67:174
chr14	20482471	rs12590785	C	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=16;PP=721;SC=CTGCTTTCATCTCCTCATTTC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=20482479;WS=20482461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	20483227	.	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=0.665;SC=AAATGAGAAGGTTACCCAGCA;SOR=0.560;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=20;WE=20483235;WS=20483217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr14	20501962	rs2775261	G	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=22;SC=AAACAAGAGAGTGTCTCTTCA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=20501970;WS=20501952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	20502120	rs17277032	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=435;SC=TTTTATCTACCGAGTATCTGC;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=20502128;WS=20502110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	20502894	.	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,19:0.22:85
chr14	20528359	rs1959630	G	T	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=50;PP=2164;SC=TGACATGTAGGTCAACCCTTC;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=120;WE=20528367;WS=20528349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	20642034	rs7143334	A	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-1.673;SC=AATCATCACTACCTTATTGTG;SOR=0.955;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=14;WE=20642042;WS=20642024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr14	20665790	rs4981822	T	A	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-1.636;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,105:0.66:160
chr14	20665840	rs4981088	G	A	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=749;ReadPosRankSum=0.400;SC=CACCTCCACAGTCCCCAGCAT;SOR=0.601;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=54;WE=20665848;WS=20665830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,103:0.62:167
chr14	20665887	rs4981823	G	C	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=51;PP=2154;SC=AGATCATCTCGTTCTCTGGCT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=103;WE=20665895;WS=20665877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	20666146	.	G	A	3636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.680;NF=54;NR=53;PP=1710;ReadPosRankSum=1.651;SC=CTTCCTATGTGACCCAGCTCC;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=107;WE=20666154;WS=20666136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,162:0.69:235
chr14	20666175	rs55781225	C	CA	5062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.150;NF=25;NR=69;PP=2975;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CTCTCACTTGCAAAAAAGGCC;SOR=0.239;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=103;TCF=26;TCR=77;TR=94;WE=20666183;WS=20666165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,202:1.00:203
chr14	20666207	.	C	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.920;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=3.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.142;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.092;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,60:0.31:196
chr14	20666307	.	G	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.233;NF=12;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=-1.335;SC=CAGCAGCTGGGAGAAGAAAGG;SOR=0.442;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=26;WE=20666315;WS=20666297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,34:0.29:117
chr14	20666402	.	A	C	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=551;ReadPosRankSum=-1.995;SC=CCACCATCTAAGAATGAAGCT;SOR=0.772;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=40;WE=20666410;WS=20666392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,71:0.68:104
chr14	20666556	rs2318886	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=1.294;SC=AAGGTCCTTGCGTAATTAATC;SOR=1.739;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=11;WE=20666564;WS=20666546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr14	20666623	.	T	C	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5003;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=62;QD=24.1928031368;SC=CGCGGTGGCTTACGCCTGTAA;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=20666631;WS=20666613;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr14	20691888	rs10140652	C	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=1.018;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr14	20691962	rs9323693	C	G	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.459;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=714;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TGAGTTTGTCCTCCTGGGTTT;SOR=0.487;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=55;WE=20691970;WS=20691952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,81:0.66:123
chr14	20692188	rs12891553	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=596;ReadPosRankSum=-1.080;SC=CTCTCTGAGATTAAAACCATC;SOR=0.599;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=40;WE=20692196;WS=20692178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,76:0.46:167
chr14	20692291	rs34693535	C	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,67:0.44:151
chr14	20692453	rs17211285	G	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=222;ReadPosRankSum=-1.654;SC=TTGACCACTTGGTGTGTGACC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=23;WE=20692461;WS=20692443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr14	20692574	rs17277221	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=-1.323;SC=CTTGGGATCTTACACTCTGGT;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=20;WE=20692582;WS=20692564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,34:0.31:111
chr14	20692595	rs61993884	G	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=198;ReadPosRankSum=-1.477;SC=CATCAGAGCTGTGCTTTGTAT;SOR=0.700;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=19;WE=20692603;WS=20692585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,33:0.30:111
chr14	20692643	rs17277228	T	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=1.418;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,31:0.28:110
chr14	20692999	rs11851950	T	G	30.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr14	20697589	rs61993889	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=256;ReadPosRankSum=0.412;SC=TCTACTGTGACGCAGTTTGTG;SOR=0.867;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=21;WE=20697597;WS=20697579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,27:0.27:100
chr14	20698068	rs4981844	G	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=710;ReadPosRankSum=-0.926;SC=ACCTTTCTGTGGTCCCAACAT;SOR=0.766;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=47;WE=20698076;WS=20698058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,78:0.60:131
chr14	20698239	rs1953558	T	C	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=900;ReadPosRankSum=-1.533;SC=AACTGTGCTTTAGGTTCCTTC;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=50;WE=20698247;WS=20698229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,68:0.54:127
chr14	20698298	rs1953559	T	G	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CACACTTGGTTGTTGTGTCTC;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=69;WE=20698306;WS=20698288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,92:0.54:169
chr14	20698504	rs1953560	G	A	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=47;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CAGAGATCATGAATAGGGTTT;SOR=0.586;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=70;WE=20698512;WS=20698494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,94:0.70:135
chr14	20711852	rs17277270	C	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr14	20757804	rs3737220	C	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=293;ReadPosRankSum=-0.775;SC=ACTGTGGTCGCGATGCCACTG;SOR=0.580;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=18;WE=20757812;WS=20757794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr14	20760066	rs1953549	T	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.97;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	20763446	rs1953551	T	C	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	20764585	rs1953552	A	C	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=40;PP=1018;SC=GATTGCTAGAAGCTTTTCTGT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=20764593;WS=20764575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	20767618	rs2318864	G	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=17;PP=583;SC=CTGCAAATAGGAAGGGCACAT;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=20767626;WS=20767608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	20767706	rs945459	C	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	20769870	rs3825766	G	A	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	20770036	rs3742945	T	C	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=16;PP=585;SC=CATCTCCTTCTGCACATCCTG;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=20770044;WS=20770026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	20784117	rs12889262	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=12;PP=372;SC=TTACTTTTATACAGAAGAGAG;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=20784125;WS=20784107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	20824181	rs3093930	T	C	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=49;PP=1141;SC=ATGAAAGTTATGAGTTCAAAG;SOR=1.241;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=20824189;WS=20824171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	20845374	.	T	TA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=2.538;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr14	20847202	rs938887	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=613;ReadPosRankSum=-0.005;SC=GAAAGAGTGTATCATCGGAGA;SOR=0.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=36;WE=20847210;WS=20847192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr14	20851840	rs2297614	A	G	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.236;SC=AGTGGGAGAGAAAAAAAAAGC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=66;WE=20851848;WS=20851830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,83:0.74:112
chr14	20852029	rs1760904	A	G	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=1144;ReadPosRankSum=-2.503;SC=AAGACTAATGATGCCACCTTG;SOR=0.681;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=70;WE=20852037;WS=20852019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,103:0.73:141
chr14	20852817	rs1760903	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,65:0.58:112
chr14	20854734	rs945011	A	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=9;PP=351;SC=CCCGCTCCCCATGCATGTCTC;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=20854742;WS=20854724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	20857306	rs201527652	T	TA	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr14	20859013	rs872072	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=430;ReadPosRankSum=-1.162;SC=ACTGTGTATTGTCTGTGCCTT;SOR=0.690;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=36;WE=20859021;WS=20859003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,45:0.37:123
chr14	20863677	rs2228036	C	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=10;PP=324;SC=TCATTGCCATCCGAAGCTGCT;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=20863685;WS=20863667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	20869819	rs2297612	A	T	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=13;PP=344;SC=GCAGATTGTAAGACCATCCGA;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=20869827;WS=20869809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	20871645	rs8009925	C	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=-0.752;SC=AAAAAGGGAACTGGCTGTCCT;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=22;WE=20871653;WS=20871635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr14	20872740	rs2275009	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=346;ReadPosRankSum=2.697;SC=ATGAAGTGAAGGCCCAAGCTC;SOR=0.802;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=25;WE=20872748;WS=20872730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr14	20872881	rs1760898	G	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=314;ReadPosRankSum=1.987;SC=TGGCCAAGATGTTATTGGCCA;SOR=0.523;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=22;WE=20872889;WS=20872871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr14	20876253	rs1760897	A	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=655;ReadPosRankSum=-1.011;SC=TTTAGACTAGAGAGGGTGGCC;SOR=1.083;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=40;WE=20876261;WS=20876243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,67:0.62:108
chr14	20896857	rs7140768	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=0.733;SC=ATTTCCTCAACGGAGATCATA;SOR=2.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=20896865;WS=20896852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr14	20897064	rs7145318	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=358;ReadPosRankSum=1.272;SC=TGCTGCACAGCGGGCAGTGTC;SOR=0.802;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=32;WE=20897072;WS=20897054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,45:0.36:126
chr14	20897882	rs17111534	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.053;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,54:0.37:147
chr14	20898098	.	C	T	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=1.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,76:0.31:248
chr14	20903349	rs1713408	T	C	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=52;PP=1677;SC=ACATCTTCCCTGGCATTTCCA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=20903357;WS=20903339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr14	20903906	rs8017603	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=135;ReadPosRankSum=-1.847;SC=AAGGCAGTCCCTCTGGACGGG;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=10;WE=20903914;WS=20903896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr14	20925154	rs1130409	T	G	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=45;PP=1479;SC=CTATAGGCGATGAGGAGCATG;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=20925162;WS=20925144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	20928359	rs35567022	C	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=1.096;SC=ACCAGTAGGGCCGAGGGCATG;SOR=0.374;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=5;WE=20928367;WS=20928349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr14	20978531	rs2319198	G	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	21024605	rs8014474	G	A	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=10;PP=572;SC=CTCAGAGAACGCTCTGCTAGG;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=21024627;WS=21024595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	21024619	rs1243647	A	G	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=13;PP=722;SC=TGCTAGGGCGATATGACAAAG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=21024627;WS=21024595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	21024786	rs12590446	A	G	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=38;PP=1365;SC=TGGTATTTCAAATGCTTCTGT;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=71;WE=21024794;WS=21024776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	21052259	rs1429539	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.642;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,44:0.38:116
chr14	21109141	rs17277522	C	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=750;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GGCCTTCTGACGGCCTGAAGC;SOR=0.638;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=47;WE=21109149;WS=21109131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,64:0.67:96
chr14	21109170	rs11628297	T	A	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=32;PP=1386;SC=TGCTCAGGACTGCCAGCACAA;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=73;WE=21109178;WS=21109160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	21109278	rs11627438	A	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=329;ReadPosRankSum=1.474;SC=TGTTGGTGCAAGCCAGGCGGA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=32;WE=21109286;WS=21109268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,40:0.36:110
chr14	21109671	rs11627574	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=2.347;SC=AGAAGTACATAGGGGTCTGTA;SOR=0.888;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=22;WE=21109679;WS=21109661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,30:0.27:111
chr14	21109726	rs11622794	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=1.095;SC=CACATTGCCTGTCAGATTCAG;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=17;WE=21109734;WS=21109716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr14	21109859	rs11156622	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=0.737;SC=ATTGTCTTTTTCACCTGTCCA;SOR=0.289;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=5;WE=21109867;WS=21109849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr14	21109886	.	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=0.461;SC=AAAACATGATCCTGGTAAGAG;SOR=1.112;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=21109894;WS=21109876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr14	21215600	rs17211691	A	G	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=53;SC=TCTAATATGGAACCAAATAGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=21215608;WS=21215590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	21215692	rs10136680	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	21215728	rs10135976	G	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=11;PP=577;SC=GCAGGTGGACGTGGTGACTGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=21215736;WS=21215718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	21238318	rs3827905	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=7;PP=342;SC=AGATGGCATCGTCTCTAAAGA;SOR=1.151;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=21238326;WS=21238308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	21238798	rs3827907	T	C	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=203;SC=ATTCAGTGCTTTCTAAGTAGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=21238806;WS=21238788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	21250366	rs7156801	T	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=13;PP=239;SC=ATTGCATCCATGTTTTCTTTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=21250374;WS=21250356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	21359850	.	T	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=292;ReadPosRankSum=-1.177;SC=GGAAACATGGTTCCAAAACTG;SOR=0.256;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=20;WE=21359858;WS=21359840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr14	21360216	rs2073342	C	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=213;ReadPosRankSum=1.072;SC=TCAAACTGCACGTATGCAGAC;SOR=1.038;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=19;WE=21360224;WS=21360206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,35:0.33:106
chr14	21360344	rs2233860	G	C	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.259;NF=37;NR=32;PP=1039;ReadPosRankSum=0.632;SC=TGTATCAGCAGTCCTCATCAT;SOR=0.695;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=69;WE=21360352;WS=21360334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,130:0.67:193
chr14	21387994	rs10459477	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=459;ReadPosRankSum=1.503;SC=TGGAAAAACCAAAATACTTTT;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=34;WE=21388002;WS=21387984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,52:0.37:140
chr14	21388266	rs3748340	G	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.687;NF=28;NR=26;PP=716;ReadPosRankSum=-0.122;SC=AGTTCACCTGGATACCATCAT;SOR=0.679;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=54;WE=21388274;WS=21388256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,80:0.36:223
chr14	21388302	rs3748341	G	A	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.320;NF=32;NR=29;PP=660;ReadPosRankSum=-0.411;SC=AGCACTCCTCGTCATCACTCA;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=86;TCR=79;TR=61;WE=21388310;WS=21388292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,99:0.36:278
chr14	21458131	rs2741733	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=263;SC=ACAGGCACCTGTATTTCCGTT;SOR=1.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=21458139;WS=21458121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	21458320	rs147038155	CCCCG	C	1393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.860;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.671;NF=12;NR=10;PP=863;ReadPosRankSum=-0.083;SC=TCCTGGCAGCCCCCGCCCTAG;SOR=1.302;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=22;WE=21458331;WS=21458310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,43:0.27:161
chr14	21460160	rs2741737	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=1.853;SC=TTGTCGTCTCCCTTGAGCTTT;SOR=0.399;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=9;WE=21460168;WS=21460150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr14	21460902	rs2741738	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=0.943;SC=AAAGAGGATCTCCGCTGGACA;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=12;WE=21460910;WS=21460892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr14	21461502	rs2783779	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.676;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	21463430	rs2741739	G	T	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=30;PP=1062;SC=CACCCATATGGCACCAATTAC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=21463438;WS=21463420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	21463474	rs2783801	G	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=695;SC=AGACTGTCATGTATTGACAAG;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=21463482;WS=21463464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	21464221	.	T	C	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=640;ReadPosRankSum=-1.478;SC=TCCTATCCAGTTCCTACCTAA;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=40;WE=21464229;WS=21464211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,63:0.65:97
chr14	21467913	rs2234632	T	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr14	21468156	rs2149666	T	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=-0.408;SC=TGACAGCTCTTGTGTGGGATG;SOR=0.904;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=4;WE=21468164;WS=21468146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr14	21469151	rs2234636	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr14	21486054	rs1243444	T	C	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=739;ReadPosRankSum=-2.400;SC=ATTGGGCAGATAGCGGTGAGT;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=47;WE=21486062;WS=21486044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,65:0.60:108
chr14	21486137	rs1243445	G	C	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=51;PP=1879;SC=CTCTTGTCCCGATACTCACTG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=98;WE=21486145;WS=21486127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	21486442	rs1243446	A	G	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=850;ReadPosRankSum=1.330;SC=ACACACATAAATGAGCCATGC;SOR=0.697;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=61;WE=21486450;WS=21486432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,77:0.62:124
chr14	21488046	rs1243448	G	C	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=23;PP=737;SC=TGCTGCTCCCGTCGACTCTTC;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=21488054;WS=21488036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	21490125	rs1243449	A	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=7;PP=358;SC=CTCCCAGAATAACCACTGCCC;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=21490133;WS=21490115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	21490347	.	G	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=549;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TTTATCTAAAGAGAACCCACA;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=39;WE=21490355;WS=21490337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr14	21491151	rs1958029	A	G	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=627;ReadPosRankSum=-0.509;SC=AGAGGCAAGTAAAGACAGACC;SOR=0.707;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=176;TCF=84;TCR=92;TR=55;WE=21491159;WS=21491141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,95:0.33:288
chr14	21500395	rs1243462	A	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	21500411	rs3818613	C	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=489;ReadPosRankSum=1.146;SC=GTGGGTTCTCCACCACACACC;SOR=0.352;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=33;WE=21500419;WS=21500401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,48:0.77:62
chr14	21500426	rs1754340	G	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=511;ReadPosRankSum=1.453;SC=CACACCCTTCGCTCTGCTTAG;SOR=0.435;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=36;WE=21500434;WS=21500416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,57:0.76:75
chr14	21500455	rs3818615	T	A	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=640;ReadPosRankSum=0.573;SC=CTACCAGCCATCAGTTAGCAT;SOR=0.507;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=46;WE=21500463;WS=21500445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,73:0.74:99
chr14	21500541	rs35274235	T	TA	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=274;ReadPosRankSum=1.218;SC=GATGTGGAGGTAAAAGTATCT;SOR=0.691;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=10;WE=21500549;WS=21500531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr14	21500597	rs3818616	C	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=24;PP=738;SC=TCCACCCCCACCCCTCAAAAG;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=21500605;WS=21500587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	21501049	rs1952525	G	T	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	21501310	.	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=1.097;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	21502345	rs8007176	A	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=218;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TCAATGCTTAAGGTATAGAAG;SOR=0.518;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=20;WE=21502353;WS=21502335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr14	21503743	rs1243463	G	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=601;SC=CCTTTGCTGGGCAGCAGAAAA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=21503751;WS=21503733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	21504447	rs1243464	A	G	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1019;ReadPosRankSum=0.979;SC=AAAAAGTGTGATCCCTTCTTT;SOR=0.443;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=67;WE=21504455;WS=21504437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,82:0.67:123
chr14	21511458	rs1263872	G	C	8753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr14	21511497	rs1243469	C	T	6817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=118;PP=2965;SC=CTCAGGGAAGCATCCGAACTG;SOR=0.994;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=80;TCR=120;TR=197;WE=21511505;WS=21511487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr14	21526044	rs12435011	T	C	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=8;PP=856;SC=CTGTCTCCCTTAAGAGAGATG;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=21526052;WS=21526034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	21526079	rs12437266	C	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=18;PP=1277;SC=AGGATGCTGCCCCCTGCTGCT;SOR=1.581;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=62;WE=21526087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	21542753	rs1243472	G	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=599;SC=GACACCGGGCGTGGATGCACC;SOR=1.105;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=30;WE=21542761;WS=21542743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	21555063	rs7342537	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr14	21555066	.	GAA	G	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr14	21570273	rs745696	T	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,53:0.33:160
chr14	21570614	rs4982408	A	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TGGGTTTCATAGTGGTGGTGG;SOR=0.685;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=12;WE=21570622;WS=21570604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr14	21623010	rs8007993	T	C	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=11;PP=533;SC=TTCACAGGGGTGGGCATGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=21623018;WS=21623000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	21623290	rs7145814	T	C	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=43;PP=1366;SC=AAGAGGCAGATGGCAGTGAGG;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=73;WE=21623298;WS=21623280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	21623648	rs7161544	G	A	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=20;PP=733;SC=AGAGCAGGGGGTTACAAATAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=21623656;WS=21623638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	21623836	rs4982419	G	A	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=32;PP=1190;SC=AAGAAGGAGAGGCTCTTCAGG;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=21623844;WS=21623826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr14	21679599	rs200983943	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQRankSum=-6.515;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,10:0.09:114
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chr14	21681213	rs61745722	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.619;NF=7;NR=3;PP=124;ReadPosRankSum=-1.752;SC=GCTGACGTTTCGAGGGCACTA;SOR=1.075;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=10;WE=21681221;WS=21681203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr14	21762989	rs10525124	ATTTTTTTTTT	A	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.13;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	21770730	rs6571751	A	G	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=30;PP=1057;SC=AGTAGCCAGTAAACCCAGTGA;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=57;WE=21770738;WS=21770720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	21778717	rs72160728	AAAT	A	965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=41.99;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	21778792	rs1957414	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=10;PP=379;SC=TGAGTCTCTGTTTCTTAGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=21778800;WS=21778782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	21780724	.	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr14	21796784	rs3748361	G	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=0.439;SC=AAATACACCAGAGGTAAGACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=21796792;WS=21796774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	21821821	rs3736824	A	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=220;ReadPosRankSum=-0.326;SC=AAATGACATTAGATTAGGAAG;SOR=0.678;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=14;WE=21821829;WS=21821811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr14	21825924	rs3762156	T	C	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=69;SC=TGTGAGCCATTATGCCTGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=21825932;WS=21825914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	21826718	rs3762157	T	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.40;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	21828520	rs927412	T	A	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=11;PP=475;SC=AGAAGCTGAGTGAAATGAAGT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=21828528;WS=21828510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	21829129	rs3762158	C	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=9;PP=466;SC=GTTTTACAATCCCCTAAGCAA;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=22;WE=21829137;WS=21829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	21829404	rs1543494	T	C	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	21829470	.	C	CTTTT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	21830635	rs1983768	C	T	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=73;SC=TTTTTAATAACGAAGTATCCT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=21830643;WS=21830625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	21831052	rs10138699	T	C	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=18;PP=792;SC=CCCGAATATGTGGTTCCTTAG;SOR=1.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=46;WE=21831060;WS=21831042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	21831112	rs10146717	G	A	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	21831692	rs10139379	T	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=104;SC=GAAGACACATTATTTAAAAGA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=21831700;WS=21831682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	21833147	rs2295866	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=7;PP=307;SC=AATGTGGAGAGGTGTGAGACA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=21833155;WS=21833137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	21834815	.	C	CTTTT	110	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=11;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=110;QD=29.75;SC=AGTCCACTCACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=21834823;WS=21834805;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	21836400	rs8008670	T	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	21838160	rs2181125	A	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=414;SC=TTATTTAGCAAACTATCACTG;SOR=2.948;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=21838168;WS=21838150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	21838781	rs4982445	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=155;SC=CTACTTTTTACTTTTAAAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=21838789;WS=21838771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	21859079	rs35057134	GA	G	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=421;ReadPosRankSum=0.445;SC=TGTGGGAATAGAGTGGTAATG;SOR=0.573;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=12;WE=21859087;WS=21859069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr14	21859536	rs3762159	T	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=691;SC=GAAACGATGATACAGTATGTC;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=21859544;WS=21859526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	21860360	rs1998332	G	A	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=38;PP=1268;SC=CCAAGTTAGGGTAAAACTCCC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=21860368;WS=21860350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	21861211	rs7152833	C	A	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=43;SC=CCCGGATATACTGTTACACTG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=21861219;WS=21861201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	21864124	rs10134108	C	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=129;SC=AGGATGAAGACCTAGCCACAC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=21864132;WS=21864114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	21869705	rs113076568	C	CT	165.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.640;QD=12.73;ReadPosRankSum=-1.680;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr14	21871653	rs8022395	C	T	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=24;PP=896;SC=CTAGGCAGCGCACCATCTGAG;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=21871661;WS=21871643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	21871769	.	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-2.611;SC=TGAAAGTCATGAGGTATAATA;SOR=0.724;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=18;WE=21871777;WS=21871759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
chr14	21874068	rs7155123	G	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=572;SC=AAACATGAAGGACTTCTGGGG;SOR=2.376;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=21874076;WS=21874058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	21883665	rs34695967	A	AAAAT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr14	21899631	rs10467770	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=0.363;SC=GAATTCCCCACATCACCACCT;SOR=0.602;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=14;WE=21899639;WS=21899621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr14	21930596	rs10143000	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,18:0.24:76
chr14	21950836	rs6571850	T	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=0.188;SC=AATATTTGCTTCAGTTTTAGT;SOR=0.346;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=14;WE=21950844;WS=21950826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr14	21955930	rs1061031	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-2.531;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr14	21960408	rs3737050	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	21960816	rs1060722	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.625;NF=2;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=1.456;SC=ACTCCACCCTTTCATCCTATG;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=4;WE=21960824;WS=21960806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr14	21960969	rs7617	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,32:0.21:153
chr14	21967717	.	C	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,25:0.20:123
chr14	21967736	.	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.176;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;ReadPosRankSum=-1.278;SC=TTCATCTACCCGTTCATACCT;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=22;WE=21967744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,27:0.23:119
chr14	21967916	rs1139130	A	G	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1413;ReadPosRankSum=-0.573;SC=ACCCCCAGAGATTTAGACATT;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=97;WE=21967924;WS=21967906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,153:0.60:257
chr14	21968619	rs1263790	A	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=219;ReadPosRankSum=-0.507;SC=CCATACCTACATAACTGAATT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=17;WE=21968627;WS=21968609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr14	21970091	rs1263792	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=421;ReadPosRankSum=-0.055;SC=ATAGATCAAACTGGCTCTTAG;SOR=0.502;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=27;WE=21970099;WS=21970081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr14	21990256	.	C	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=513;ReadPosRankSum=1.266;SC=GAGGCACCTTCCCAGCCACAG;SOR=0.939;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=33;WE=21990264;WS=21990246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr14	21992355	.	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.403;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr14	21993498	rs1263811	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=144;ReadPosRankSum=0.437;SC=AAATGCCCTGGAGACTCCTCT;SOR=0.556;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=14;WE=21993506;WS=21993488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr14	22037905	rs8009501	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr14	22038210	rs17792766	G	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=613;ReadPosRankSum=1.606;SC=TGGCCTGAATGATCTGTATGT;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=44;WE=22038218;WS=22038200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,62:0.64:97
chr14	22038659	rs17792778	T	C	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=666;ReadPosRankSum=1.369;SC=GAGGAGATGCTCATATCAATG;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=40;WE=22038667;WS=22038649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,61:0.58:105
chr14	22038915	rs4982462	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=338;ReadPosRankSum=0.192;SC=CAAAACAAGAATTAACATAGA;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=30;WE=22038923;WS=22038905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr14	22070146	rs10134340	C	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.865;NF=18;NR=20;PP=506;ReadPosRankSum=-0.978;SC=AAAACACAGCCGCTGCCCCAT;SOR=0.678;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=38;WE=22070154;WS=22070136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,64:0.59:108
chr14	22070509	rs11157069	G	A	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.228;NF=33;NR=31;PP=964;ReadPosRankSum=-0.832;SC=GCATGGAGCCGGCGACCCAAG;SOR=0.594;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=64;WE=22070517;WS=22070499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,89:0.61:147
chr14	22070595	rs35103338	AC	A	2414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.641;NF=7;NR=30;PP=1369;ReadPosRankSum=1.911;SC=ATTGCCAGGTACCTGTCATAG;SOR=0.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=37;WE=22070603;WS=22070585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,74:0.70:106
chr14	22070707	rs12432738	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.015;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr14	22090208	rs8016939	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TCCTGAATATACATTTTCCTA;SOR=0.593;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=7;WE=22090216;WS=22090198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr14	22090594	rs1063365	C	G	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=367;ReadPosRankSum=-2.117;SC=TCTTACAATGCTCTGGATGGT;SOR=0.682;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=28;WE=22090602;WS=22090584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr14	22111267	.	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr14	22111375	.	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr14	22133416	rs12717305	A	G	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=50;PP=2189;SC=TAACGCTTTCAGGGAACATTC;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=123;WE=22133424;WS=22133406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr14	22133648	rs2874103	G	A	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=69;PP=2266;SC=GCTGATCATTGTGGCGTATGA;SOR=0.905;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=119;WE=22133656;WS=22133638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr14	22133997	rs970382	A	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=24;PP=866;SC=GAAGGGCGCCAGAAAGCCCTG;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=22134005;WS=22133987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	22134018	rs61732411	C	T	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=18;PP=709;SC=TCTACCTGCTCGGCCCACTTC;SOR=0.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=33;WE=22134026;WS=22134008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	22167296	rs6572018	G	C	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.32;QD=26.49;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	22237127	rs760008	C	T	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	22265916	.	C	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=461;ReadPosRankSum=0.270;SC=TCAGCTTCTCCTCAAGTACTT;SOR=0.423;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=33;WE=22265924;WS=22265906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr14	22279809	rs2856411	A	C	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=21;PP=1139;SC=GGGTACAGCTAAGATCACGTC;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=55;WE=22279817;WS=22279799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	22293510	rs2178782	T	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=12;PP=661;SC=TTTGCATTCGTCCCGCCTGCA;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=22293518;WS=22293500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	22293554	rs35339724	G	GC	2671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=23;PP=801;SC=ACATAGCGAAGCTGGTCTCTG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=32;WE=22293562;WS=22293544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	22293774	rs376236364	A	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.955;SC=TCAAGGGAATATTTTCTTAGG;SOR=0.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=22293782;WS=22293764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr14	22321071	.	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=471;ReadPosRankSum=0.113;SC=CACTCTGGTTCAAGGCATTAA;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=30;WE=22321079;WS=22321061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr14	22337119	rs909075	G	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=12;PP=461;SC=GGGTAACAGAGTATATTAGTG;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=22337127;WS=22337109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	22337181	rs909076	C	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=9;PP=483;SC=GGTTTCCTCTCGTTACTATGA;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=22;WE=22337189;WS=22337171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	22337393	rs876093	G	A	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=29;PP=1401;SC=ACTTGGAAAAGGACCTCAGCT;SOR=0.776;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=63;WE=22337401;WS=22337383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	22356081	rs12885687	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	22356225	rs17197550	G	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr14	22356551	rs10483261	T	C	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=414;ReadPosRankSum=0.642;SC=TTGATAATGTTCATATACTCC;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=31;WE=22356559;WS=22356541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
chr14	22362971	rs2075481	A	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=388;ReadPosRankSum=1.230;SC=CTGTCTCTGAAGGAGCCCTGG;SOR=0.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=29;WE=22362979;WS=22362961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,50:0.30:165
chr14	22363080	rs12895616	T	A	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQRankSum=1.275;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.392;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,80:0.35:231
chr14	22363084	rs12890675	C	G	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQRankSum=1.632;QD=11.85;ReadPosRankSum=1.632;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,80:0.34:232
chr14	22363111	rs34603138	G	A	3390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.333;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.918;NF=55;NR=56;PP=1699;ReadPosRankSum=1.379;SC=GGCATCAACGGTTTTGAGGCT;SOR=0.538;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=111;WE=22363119;WS=22363101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,156:0.66:237
chr14	22392639	rs17197613	A	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.396;SOR=1.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr14	22466418	.	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=526;ReadPosRankSum=-1.948;SC=CACAGTGTTCCCCAGGAACCT;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=34;WE=22466426;WS=22466408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr14	22466561	rs79646675	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=0.417;SC=CTTTCAAATTCGTGATTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=6;WE=22466569;WS=22466551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr14	22470693	rs5807105	T	TA	2565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=20;PP=1448;SC=TATGATGTGATAGGACAGAAA;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=22470701;WS=22470683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	22470908	.	AT	A	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.510;HP=4;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=307;ReadPosRankSum=0.678;SC=AAAATCTCACATTTTCTTTTT;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=22470922;WS=22470898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	22470914	rs199859103	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.510;HP=8;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=306;ReadPosRankSum=0.677;SC=TCACATTTTCTTTTTTTTTAT;SOR=2.215;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=22470922;WS=22470898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	22509188	rs4982545	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=362;SC=GTAGCAGTCTTAACTGCAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=22509196;WS=22509178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	22520684	rs2072611	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.40;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	22520692	rs2072612	G	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr14	22521012	rs2072613	C	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=391;ReadPosRankSum=-0.523;SC=GTCTATTGCTCTTTTTCTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=25;WE=22521020;WS=22521002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr14	22521051	rs2072614	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=363;ReadPosRankSum=1.046;SC=AGGAGGTGACGCAGATTCCTG;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=27;WE=22521059;WS=22521041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr14	22533887	rs3811312	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=224;ReadPosRankSum=-1.051;SC=AAGAGGTGTCCTTTCTGACTG;SOR=0.743;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=16;WE=22533895;WS=22533877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr14	22534497	rs3811306	T	G	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=526;ReadPosRankSum=0.738;SC=GAGGCTGAATTTAAGAAGAAT;SOR=0.553;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=37;WE=22534505;WS=22534487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr14	22539108	rs2272547	C	T	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.61;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	22539116	rs2272548	G	A	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.76;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	22564744	.	G	A	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=39;PP=1435;ReadPosRankSum=-1.474;SC=GCAAAGAGATGATTTTCCTTA;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=89;WE=22564752;WS=22564734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,120:0.70:172
chr14	22565073	rs12897143	G	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=588;SC=GGATCAGATGGTTTAATTCCA;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=28;WE=22565081;WS=22565063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	22573582	rs2075498	A	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr14	22580570	rs1040301	C	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGGATAAAGCTTGAGGGAGA;SOR=0.991;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=7;WE=22580578;WS=22580560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr14	22580762	rs11628824	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=400;ReadPosRankSum=1.238;SC=AAGAAGGAGAGGACTTCACCA;SOR=0.797;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=35;WE=22580770;WS=22580752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,55:0.37:148
chr14	22591303	.	G	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=1.732;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr14	22600863	rs3811291	G	A	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	22616547	rs2293730	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=126;ReadPosRankSum=-1.019;SC=ACATCACTGCAGCCCAGCCTG;SOR=0.906;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=14;WE=22616555;WS=22616537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr14	22631217	rs2075492	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=230;ReadPosRankSum=0.666;SC=AGGCAGGAGACAAGACAATCT;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=26;WE=22631225;WS=22631207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr14	22631678	rs2075493	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=0.613;SC=GATTCACTGTCTTCTTAAACA;SOR=1.195;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=16;WE=22631686;WS=22631668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr14	22636784	rs11157435	A	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=2.107;SC=AGGGTCATGAAAAAATATCTG;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=23;WE=22636792;WS=22636774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr14	22636874	rs11157436	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=1.717;SC=CCTACTTCTGCGGCACAGAGA;SOR=0.994;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=15;WE=22636882;WS=22636864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr14	22636954	rs11157437	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=-3.108;SC=TCCCCTAGCACAGATGCCCAC;SOR=1.501;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=8;WE=22636962;WS=22636944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr14	22670458	rs2075494	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=1.404;SC=GGCCTGGAACCTCAATGTGCA;SOR=0.510;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=14;WE=22670466;WS=22670448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr14	22670975	rs2242542	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr14	22671095	.	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr14	22690209	rs2272551	A	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=17;PP=653;SC=ACAAGCAGGAACCTGGGGAAG;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=22690217;WS=22690199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	22694777	rs2242544	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=357;ReadPosRankSum=3.106;SC=AGAACACTAAAAGGGTAAAGT;SOR=0.549;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=24;WE=22694785;WS=22694767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr14	22694926	rs2075496	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=450;ReadPosRankSum=1.130;SC=AGGGAGACACCGTAACTCTCA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=29;WE=22694934;WS=22694916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr14	22695084	rs4982579	C	T	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=31;PP=1054;SC=AAAGAACTTTCCAGCATCCTG;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=22695092;WS=22695074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	22695128	rs12889091	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=334;ReadPosRankSum=-0.788;SC=AGACTCGGCCATCTACCTCTG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=25;WE=22695136;WS=22695118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr14	22733655	rs7145658	G	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.795;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr14	22733655	.	GCT	CCC	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=67;QD=40.1559582874;SC=TGAGCACTCTGCTGCTGCTCC;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=3;WE=22733665;WS=22733645;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,3:0.17:18
chr14	22733657	rs7152255	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr14	22733694	rs7147116	C	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.339;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr14	22739862	rs2075500	A	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr14	22740245	rs2075501	A	G	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=774;ReadPosRankSum=-0.712;SC=ACCAGTGAGAATAATTATTAT;SOR=0.451;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=52;WE=22740253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr14	22740270	rs2075502	G	A	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.253;NF=25;NR=27;PP=778;ReadPosRankSum=0.347;SC=TCTGGTACAAGCAGCCTCCCA;SOR=0.442;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=52;WE=22740278;WS=22740260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,62:0.66:94
chr14	22934914	rs112833517	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=1.237;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr14	22947814	rs227858	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=7;PP=471;SC=CTCCCAGCCCGTGATGGAAGG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=22947822;WS=22947804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	22948471	rs227859	T	C	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=41;PP=1343;SC=CAAGGGGAGTTTGGGCAACTG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=22948479;WS=22948461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	22952088	rs227861	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=-1.410;SC=GGGAAGGGGGGATTCAAACAC;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=18;WE=22952096;WS=22952078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,31:0.28:110
chr14	22958350	rs3833810	ATGCCTGCC	ATGCC,A	1142.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15,15;NR=1,1;PP=29,839;SC=GGGAAAGGAGATGCCTGCCTG;SOR=3.767;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=16,16;WE=22958365;WS=22958340;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:28
chr14	22959592	rs3751467	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=1.736;SC=GATTCTGGGGATCATAGTAGA;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=12;WE=22959600;WS=22959582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr14	22961854	rs17255862	A	G	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.723;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,57:0.55:103
chr14	22963632	rs11372266	G	GC	282.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=237;SC=TCTGGCCAGAGCCAGCTGCCC;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=22963640;WS=22963622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	22964840	rs137998884	T	TG	1245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=8;PP=887;SC=CCTGCCATGCTGGAGGTGGCT;SOR=2.012;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=22;WE=22964848;WS=22964830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	22965118	rs11334443	TC	T	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=203;SC=GTTGATGAATTCCTGGCAATC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=22965126;WS=22965108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	22965144	rs11334442	AC	A	119	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=131;SC=GATTAGGTCAACGAAGAAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=22965152;WS=22965134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	22968797	rs61272337	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=305;ReadPosRankSum=1.251;SC=TGAGGGACAAGGGAAGGTAGG;SOR=0.625;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=28;WE=22968805;WS=22968787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,44:0.31:144
chr14	22968814	.	G	A	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=886;ReadPosRankSum=-1.379;SC=TAGGACAAGGGAAATACCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=54;WE=22968822;WS=22968804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,92:0.67:137
chr14	22971265	rs17118924	C	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
chr14	22971360	rs72677510	G	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr14	22971386	rs78418054	T	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=-0.950;SC=TTATGGCTAGTGTTTTCTTCC;SOR=1.432;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=8;WE=22971394;WS=22971376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr14	22972608	rs117814883	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	22972615	rs117015486	C	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	22972617	rs74590432	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr14	22972622	rs226990	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=395;SC=CAGCCCGATTAAAAGTTTTCA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=22972630;WS=22972598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	22972742	rs2170810	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.584;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,49:0.36:135
chr14	22972783	rs5807141	AC	A	4160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=36;PP=1799;SC=GGACAACTTTACCAAGTAAAA;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=22972791;WS=22972773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	22972815	rs2170811	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=113;ReadPosRankSum=0.165;SC=TGGATGTTTCCAAGTGAAGTG;SOR=1.110;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=14;WE=22972823;WS=22972805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,19:0.20:94
chr14	22972844	rs5020726	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.543;SOR=1.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,11:0.16:70
chr14	22973923	rs4343183	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=1.977;SC=GAGGTCAAGGTTACAGTGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=22973931;WS=22973921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr14	22973960	rs4343184	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=0.347;SC=CACTCCAGCCTGGACAACAAA;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=22973968;WS=22973950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr14	22974041	rs4343185	T	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.761;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr14	22974068	rs78140189	T	C	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.823;NF=27;NR=14;PP=652;ReadPosRankSum=-0.103;SC=AGTAGGAAAGTGTTTTTGTAC;SOR=1.143;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=41;WE=22974076;WS=22974058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,62:0.61:102
chr14	22974150	rs11324184	TC	T	3540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=36;PP=1672;SC=TCACCGTTATTCCCCTGTAAG;SOR=0.731;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=44;WE=22974158;WS=22974140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	22975476	rs3751470	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TCAGGAAGGAAGGGCTGACAC;SOR=1.473;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=22975484;WS=22975466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr14	22975700	rs969914	T	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=292;ReadPosRankSum=-0.971;SC=AAGTATATCTTTTCTCATTTC;SOR=0.801;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=20;WE=22975708;WS=22975690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr14	22975728	rs3794450	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.501;NF=3;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=0.083;SC=TGTTATGTCCGTAAATCATAT;SOR=1.436;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=11;WE=22975736;WS=22975718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr14	22975755	rs3794451	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.551;NF=2;NR=6;PP=379;ReadPosRankSum=0.346;SC=GTTCTTCTTATGCACACACAC;SOR=1.112;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=8;WE=22975765;WS=22975745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr14	22975756	rs112338851	G	GCACACACACA	211.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.477;NF=1;NR=7;PP=564;ReadPosRankSum=-0.654;SC=TTCTTCTTATGCACACACACA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=8;WE=22975765;WS=22975745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr14	22976559	rs1872160	A	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-2.002;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr14	22976790	rs170543	C	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	22978335	rs226997	C	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=349;SC=TGAATTATGGCGGTGCTACAA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=22978343;WS=22978325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	22978451	rs11443893	G	GC	1250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=803;SC=GGAAGCGACAGCACCCTTAGG;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=22978459;WS=22978441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	22978516	rs226998	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=5.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CTTATCTGCCGTGATATAGCA;SOR=1.844;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=12;WE=22978524;WS=22978506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr14	22978577	rs226999	A	G	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=117;SC=TCAGGGGAGGAGAAACATGCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=22978585;WS=22978567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	22979847	rs5807144	G	GA	136.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=1.630;SOR=2.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr14	22982069	rs11444527	A	AG	318.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=332;SC=TCTCCCCTCCAGGCTGGAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=22982077;WS=22982059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	22984499	rs227027	C	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	22984500	rs144430862	G	GGTT	401.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=330;SC=CCTATTGTCCGGTTGTTACAG;SOR=1.270;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=22984508;WS=22984489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	22985463	rs227029	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=17;PP=448;SC=CTTTAAAATGGGATATGAGTG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=22985471;WS=22985453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	22985487	rs11453171	A	AC	556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=560;SC=GTATGCACACAGCATGCCCAC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=22985495;WS=22985477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	22988022	rs227009	C	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=216;SC=GAGGTGTGGACGGGAAGAAAC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=22988030;WS=22988012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	22988748	rs227010	G	A	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=106;SC=CTTGCCGCCCGGGAGGTGCAG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=22988756;WS=22988738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	22989292	rs3811199	A	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=274;SC=GCCATGATTCATGCTGTGGTG;SOR=2.448;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=22989300;WS=22989282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	22990844	rs11624650	C	T	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=247;SC=ATTGTAAAGACGAAGGAGGGT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=22990852;WS=22990834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	22990930	rs11380759	A	AT	2266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=9;PP=1275;SC=GGCCTAATTCAAAAGGAAGCA;SOR=1.692;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=22990938;WS=22990920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	22993278	rs5807151	A	AG	315.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=156;SC=AGGTTTGTGTAGGCGACCTCG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=22993286;WS=22993268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	22994810	rs33919257	T	TC	33.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=24;SC=AGGACCCCAGTCCTAGGTAGA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=22994818;WS=22994800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	22998590	rs5807161	AG	A	2090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=816;SC=CCAACCAGGCAGGGAACTGCT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=22998598;WS=22998580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	22998619	rs5807162	AC	A	1608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=709;SC=TGGGAAGGGAACCCACCTTAT;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=22998627;WS=22998609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	22999179	rs11412657	T	TC	2216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=9;PP=1158;SC=AAAGGGGGAATCCAGCCAGAG;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=22999187;WS=22999169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	22999202	rs11412658	A	AG	2627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=13;PP=1556;SC=CCCATGAGGGAGATAGCTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=34;WE=22999210;WS=22999192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	23000185	rs227004	C	T	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	23002265	rs11289756	GC	G	784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=794;SC=GGGTCCAATGGCCCTCTTTGG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=23002273;WS=23002255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	23005041	rs5807163	A	AG	3959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=34;PP=2307;SC=TGGCAATCCTAGCTATGGCCC;SOR=0.872;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=50;WE=23005049;WS=23005031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	23006663	rs11396434	G	GC	924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=664;SC=AATGGCCACAGCACCCCCATC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=23006682;WS=23006653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	23006674	rs1154157	G	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=432;SC=CACCCCCATCGCTACCCTGTG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=23006682;WS=23006653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	23009291	rs1263637	G	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=165;SC=ACACAGAAAGGCCCTACTCTG;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=12;WE=23009299;WS=23009281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	23011096	rs1263639	T	A	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=11;PP=556;SC=CCAGCCAGGCTTGCCCTGCCC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=23011104;WS=23011086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	23012926	rs11627600	T	C	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=431;SC=GATTATCCTGTTCTCCTGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=18;WE=23012934;WS=23012916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	23013878	rs56031439	C	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=304;SC=GCTATGGTGCCGCAGACCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=23013886;WS=23013868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	23014062	rs1263641	G	C	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=19;PP=605;SC=CCCATGCCCAGAGTTTCCTGA;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=23014070;WS=23014052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	23014106	rs7153643	C	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=18;PP=498;SC=CCCAGAGTGACTGTCACTAAT;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=23014114;WS=23014096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	23018665	rs1263653	C	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr14	23019657	rs1263658	C	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=1.265;SC=CGGGTCTCTGCGTGCATCCTA;SOR=1.643;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=6;WE=23019665;WS=23019647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr14	23020489	rs371247	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=0.136;SC=CACCATCACATCCCTAACAGT;SOR=0.323;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=8;WE=23020497;WS=23020479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr14	23020688	rs11462449	G	GC	5073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=46;PP=2957;SC=CCCCGGCAATGCACCAACTGG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=66;WE=23020696;WS=23020664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	23020820	rs5807168	G	GC	4929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=44;PP=2411;SC=GGCTGCTGCAGCTCCGCTGGC;SOR=0.961;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=54;WE=23020833;WS=23020810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	23020825	rs3699	G	C	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=43;PP=1489;SC=CTGCAGCTCCGCTGGCTGTGC;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=76;WE=23020833;WS=23020810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	23020919	rs3700	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,20:0.20:100
chr14	23020921	rs3701	G	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,22:0.21:103
chr14	23020970	rs3702	G	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr14	23021039	rs9125	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-2.728;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr14	23025932	rs12888861	A	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	23026369	rs33982989	C	CG	136.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=200;SC=GGCTGGAGTCCGGATCCACCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=23026377;WS=23026359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	23027743	rs4982639	G	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.608;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr14	23044002	rs7621	G	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=2.840;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr14	23058084	rs1051101	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.906;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr14	23072479	.	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=323;ReadPosRankSum=-1.529;SC=CACTGCACACCTTCGATCTGC;SOR=0.979;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=25;WE=23072487;WS=23072469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr14	23074899	rs1242924	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=-0.880;SC=AGAGCGCTGTCGGGAGGTGGT;SOR=0.481;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=9;WE=23074907;WS=23074889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr14	23079730	rs1242933	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=-0.987;SC=CAGGAATAAAAGGCCATCCCA;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=23079738;WS=23079720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr14	23102626	rs11846290	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.169;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr14	23102784	rs1753429	A	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=23;PP=842;SC=TCCTCTTTTCAAAAACTCCTC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=46;WE=23102792;WS=23102774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	23102882	rs1681596	C	A	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=23;PP=868;SC=GGAGTCACCACACTGCTCAGA;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=42;WE=23102904;WS=23102872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	23102896	rs1681597	A	G	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=20;PP=824;SC=GCTCAGAACCAAAGGGATCTT;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=41;WE=23102904;WS=23102872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	23102969	rs1753430	G	A	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=18;PP=733;SC=ATGCCACTAGGAATGATGACT;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=23102977;WS=23102959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	23103040	rs3829405	C	T	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.989;SC=AGAAGGAATGCGCACTATGGT;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=31;WE=23103052;WS=23103030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
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chr14	23235808	rs1957374	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,43:0.33:132
chr14	23236524	rs8572	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CTATTCCCAGCAGCCCCGTGC;SOR=0.574;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=24;WE=23236532;WS=23236514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,38:0.33:115
chr14	23239512	rs2075846	A	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=273;ReadPosRankSum=0.388;SC=TTCCTTCCTTATTTCATCCAG;SOR=0.986;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=25;WE=23239520;WS=23239502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,39:0.30:131
chr14	23239880	rs1957502	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GTGAACTGGGGTTGGAGGGTA;SOR=1.112;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=7;WE=23239888;WS=23239870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	23242828	rs1061040	T	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=19;PP=698;SC=TTTAGTTAGATTTGGGATCCC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=23242836;WS=23242818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	23244454	rs374608281	GGTGTACCATTC	G	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.86;ReadPosRankSum=1.068;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	23244455	.	G	C	307	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=307;QD=85.4428031368;SC=TAGAGCAGAGGTGTACCATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=23244479;WS=23244448;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,4:0.67:6
chr14	23244456	.	TGTACCATTCCTTAGAG	T	1715	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=1715;QD=291.666666667;SC=AGAGCAGAGGTGTACCATTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=23244479;WS=23244448;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,6:0.75:8
chr14	23244467	rs368022959	TTAGAG	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	23244929	rs3751485	A	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=1.732;SC=ACAAGAAGAAAGAGGTTGTGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=2;WE=23244946;WS=23244919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr14	23244938	rs45467196	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-1.308;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	23245301	rs3850290	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=149;ReadPosRankSum=0.538;SC=CTAAATGAACTCCTTTCAAGG;SOR=0.882;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=13;WE=23245309;WS=23245291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr14	23286343	rs10130537	T	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.64;QD=42.83;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	23286350	rs111507412	T	TATTTTTTA	626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.28;QD=44.77;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	23286528	rs150800938	TTTTTA	T	1484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=847;SC=TATTTCGGTATTTTTATTTTA;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=17;WE=23286540;WS=23286518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	23291924	rs11625306	C	T	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=51;PP=1476;SC=ACAACTGCCTCCGGCCCCGAG;SOR=6.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=56;WE=23291932;WS=23291914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	23299045	.	CC	TT	142	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=142;QD=48.8669687156;SC=ATGGCGACTTCCTGCTTCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=23299054;WS=23299035;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	23299135	rs1135641	G	T	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=10;PP=543;SC=GCTGCTTTAGGGACTGTTCTC;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=23299143;WS=23299125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	23299286	rs4982685	T	C	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=31;PP=1441;SC=CACTGCAGCGTAGCCGCTTGG;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=72;WE=23299294;WS=23299276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	23300095	rs9646148	T	G	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=17;PP=909;SC=TAGTAGCAAATCCAGGACTAG;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=23300103;WS=23300085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	23302585	rs12050397	T	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=16;PP=531;SC=GGTGATGCAGTCCATCTCTAA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=23302593;WS=23302575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	23306048	rs1042703	C	T	4920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=3.054;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr14	23311042	rs17879412	CT	C	817.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=9;PP=632;SC=CACAGCAAGTCTTACCCAACA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=23311052;WS=23311037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	23311044	rs57542488	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=375;SC=CAGCAAGTCTTACCCAACACT;SOR=0.793;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=14;WE=23311052;WS=23311037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr14	23312594	rs1042704	G	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=697;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TGTGCTGCCCGATGATGACCG;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=52;WE=23312602;WS=23312584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,78:0.66:119
chr14	23312869	rs2236305	G	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=-1.336;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
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chr14	23312923	rs2236307	T	C	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=710;ReadPosRankSum=1.102;SC=CCCCAGGGGGTGAGTCAGGGT;SOR=0.822;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=55;WE=23312931;WS=23312913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,66:0.39:170
chr14	23314675	rs911912	C	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=12;PP=325;SC=TGGAAAACAACGGCGATGATA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=23314683;WS=23314665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	23315331	rs743257	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=-1.248;SC=GGGTGGGCTGTTCCCATCGTC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=23315339;WS=23315321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	23341666	rs8011536	G	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=48;PP=1026;ReadPosRankSum=0.063;SC=CCTGCCGCCAGCCCCAGCACT;SOR=0.641;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=89;TCF=7;TCR=82;TR=51;WE=23341674;WS=23341656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,58:0.59:98
chr14	23341951	rs34294471	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=259;ReadPosRankSum=0.808;SC=CTCTAGGAGGCGCTCTGGCCC;SOR=0.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=22;WE=23341959;WS=23341941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr14	23342735	rs144635209	CT	C	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr14	23354066	rs8014119	G	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=468;ReadPosRankSum=1.296;SC=TCATCCTCTGGCTCGTCTGAC;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=33;WE=23354074;WS=23354056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,46:0.36:128
chr14	23355200	rs8021159	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=304;ReadPosRankSum=0.812;SC=TCTCCTATGCCTCCAGCCCTA;SOR=1.426;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=17;WE=23355208;WS=23355190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr14	23371255	rs61680322	G	GGGC	4236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.664;NF=5;NR=67;PP=2941;ReadPosRankSum=2.192;SC=GCAGCAGCCTGGGCGGCGGCG;SOR=0.796;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=138;TCF=25;TCR=113;TR=72;WE=23371275;WS=23371245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,109:0.60:182
chr14	23373986	rs1043209	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=352;ReadPosRankSum=1.175;SC=GTATGCAGCAGGTTAATCACG;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=20;WE=23373994;WS=23373976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr14	23374435	rs2295680	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=738;ReadPosRankSum=-1.557;SC=TCCGATCTGAGATGATACGTA;SOR=0.548;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=49;WE=23374443;WS=23374425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,71:0.65:109
chr14	23374862	rs2295682	C	T	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=884;ReadPosRankSum=0.067;SC=TGTGTCCATACCTATAACTAA;SOR=1.124;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=59;WE=23374870;WS=23374852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,81:0.65:125
chr14	23391533	rs144411999	C	CACAA	816.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.727;NF=8;NR=8;PP=864;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TCTCTAATCACACAAAGATCT;SOR=0.416;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=16;WE=23391541;WS=23391523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr14	23391913	rs8007089	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=346;ReadPosRankSum=-0.064;SC=AAGAAGCCCGTACCCCTCTAG;SOR=0.148;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=20;WE=23391921;WS=23391903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr14	23394007	rs1956880	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.017;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=267;ReadPosRankSum=0.054;SC=GCTTTCTGAGTTTTAGTAAGA;SOR=0.796;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=14;WE=23394015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr14	23394069	rs1956881	A	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=186;ReadPosRankSum=2.181;SC=TTCCTCCTCTAAGTGCACTCC;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=11;WE=23394077;WS=23394059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	23396680	rs12589539	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	23415990	rs5807196	CTTTT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=2.020;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,3:0.15:20
chr14	23416252	rs2008951	C	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=0.739;SC=CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGG;SOR=1.389;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=17;WE=23416260;WS=23416242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr14	23420732	.	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=2.336;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=178;ReadPosRankSum=1.054;SC=TAAACCATTTCATTTATTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=10;WE=23420740;WS=23420722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr14	23424186	rs2016392	A	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.383;NF=12;NR=6;PP=204;ReadPosRankSum=1.361;SC=CACCCACCTCAGCCTCCCAAA;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=18;WE=23424194;WS=23424176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr14	23426182	rs2273626	C	A	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=760;ReadPosRankSum=-2.433;SC=TCGGCTGGGGCGGGCTGGCCA;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=51;WE=23426190;WS=23426172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,73:0.65:113
chr14	23450448	.	C	T	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=833;ReadPosRankSum=-0.934;SC=CCTTCCCGTCCCTAACCACTT;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=46;WE=23450456;WS=23450438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,81:0.66:122
chr14	23459156	rs11624528	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr14	23465138	.	A	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-0.666;SC=AAAAATTTATAGAAACTGAGC;SOR=1.188;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=6;WE=23465146;WS=23465128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr14	23467664	rs3829409	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr14	23504238	rs4144360	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=135;SC=CAAAAAGAAGGGCCAGATGCG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=23504246;WS=23504228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	23511357	rs4981456	G	C	130.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=0.366;SC=CAGCTTCTCTGTAGCGTCCCT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=23511365;WS=23511347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	23511920	rs146768465	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=279;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AGCTCTTCTACGTCTATAGCG;SOR=0.920;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=26;WE=23511928;WS=23511910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,41:0.32:127
chr14	23512466	rs72684308	T	G	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	23518592	rs11626296	C	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=72;ReadPosRankSum=1.304;SC=ATAGAGCCAGCCCATAGGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=23518600;WS=23518582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	23518791	rs2295689	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr14	23518918	rs11623976	T	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=407;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CAACTTCATCTCTGTCCAGGG;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=31;WE=23518926;WS=23518908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr14	23523244	rs11625828	C	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=1.046;SC=TCTCTAAGCTCCAACAGAGAG;SOR=0.324;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=17;WE=23523252;WS=23523234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr14	23524137	rs11418548	T	TG	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr14	23530908	rs56402910	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5104;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.105;SC=GATGGCCGGGCGCGGTGGCTC;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=15;WE=23530916;WS=23530898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr14	23532865	rs57315948	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=215;ReadPosRankSum=0.602;SC=GTTCCCCGGTAAGAGTAGCAG;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=14;WE=23532873;WS=23532855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr14	23540241	.	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=509;ReadPosRankSum=0.205;SC=AAACCAAAACGAAAGACGGAA;SOR=0.386;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=36;WE=23540249;WS=23540231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,51:0.71:72
chr14	23548783	rs148403158	A	AGAACGT	1537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.376;NF=3;NR=11;PP=788;ReadPosRankSum=-0.669;SC=ATGCTGAACGAGAACGTGAAC;SOR=0.984;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=14;WE=23548791;WS=23548773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr14	23549319	rs1885097	A	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=332;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GTATGCTGAGATACTAATAGC;SOR=0.636;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=27;WE=23549327;WS=23549309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr14	23549379	rs941719	C	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=15;PP=563;SC=ATGAGGACAGCGGGGGCTGGG;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=31;WE=23549387;WS=23549369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	23549785	rs3811182	T	C	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=1037;ReadPosRankSum=-1.290;SC=TTACTCTAGGTATCTCTTCCC;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=66;WE=23549793;WS=23549775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,102:0.68:151
chr14	23550126	rs4982727	T	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=0.346;SC=CAATGATATATACTTTCAGCA;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=18;WE=23550134;WS=23550116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr14	23550887	rs717984	C	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr14	23559973	rs8020434	T	C	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	23571671	rs4444236	A	T	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=56;PP=1742;SC=CCTTGTCACTAGTTGCCTTGT;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=23571679;WS=23571661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	23572776	rs148655160	T	TAAAAC,TAAAACAAAAC	746.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=4,4;NR=2,2;PP=201,66;SC=AAAAGCAAAATAAAACAAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6,6;WE=23572784;WS=23572766;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.67:18
chr14	23574095	.	GGCA	G	178	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=59.68;NF=2;NR=3;PP=178;QD=36.8;SC=GACTAGTGGCGGCAGCAGCAG;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=5;WE=23574105;WS=23574085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr14	23574112	rs57331962	CA	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.063;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr14	23574114	rs55686792	GCA	G	139.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.945;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr14	23596320	rs761874	A	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=1;PP=333;SC=ATGTGTTGGCAGGACCAAGGC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=23596328;WS=23596312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	23596621	rs2180395	G	A	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=995;ReadPosRankSum=0.264;SC=AAGTGGCCCCGGCCCTTCCTG;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=67;WE=23596629;WS=23596611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,95:0.63:150
chr14	23598849	rs7157207	T	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=7.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=-1.626;SOR=0.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr14	23598952	rs7157021	A	G	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=41;PP=1300;SC=TGAAGCCCACATAGTTGATGA;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=23598960;WS=23598942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	23600542	.	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=-1.265;SC=GATCCTCTAAGATCCAGTGAG;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=8;WE=23600550;WS=23600532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr14	23600662	rs12436035	G	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr14	23607246	rs1015089	C	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=325;ReadPosRankSum=2.521;SC=GGGAGAGGAACCAAGGAGATA;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=21;WE=23607254;WS=23607236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr14	23607271	rs1569951	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=2.298;SC=AAGGAGAGGTCACCACTCCCC;SOR=0.577;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=7;WE=23607279;WS=23607261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr14	23609916	rs10151002	A	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	23612489	rs2273394	C	G	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=5;PP=127;SC=ACAAGCAGAACTGCTCCCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=23612497;WS=23612479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	23624583	rs8011016	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=302;SC=CCCCTCCTCCCTTCCTGGCTC;SOR=1.893;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=23624591;WS=23624573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	23727902	rs35193725	CTT	C	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.42;ReadPosRankSum=2.102;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr14	23727919	rs8015556	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=18;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=2.160;SC=TTTTTTTTTTTTTCTAAGAAG;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=6;WE=23727927;WS=23727909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr14	23729750	rs2064483	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr14	23732091	rs11625337	AT	GC	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.999;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-2.254;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,51:0.31:162
chr14	23732300	rs34260336	G	GT	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.260;NF=0;NR=11;PP=113;ReadPosRankSum=-0.890;SC=TAAAGCTAGGGTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=11;WE=23732308;WS=23732290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	23734027	.	G	GT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=10.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	23744800	rs148005528	ACAT	A	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=140;ReadPosRankSum=2.394;SC=TTGTATGATCACATCATCATC;SOR=0.559;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=4;WE=23744810;WS=23744790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr14	23745533	rs10131813	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=7.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr14	23777099	rs2231301	G	A	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=641;ReadPosRankSum=-3.615;SC=CAGCTGACCCGCTGCACCAAG;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=45;WE=23777107;WS=23777089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr14	23777374	rs910332	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=17;PP=452;SC=CTGGAGACGCAGCTGGCTGAC;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=23777382;WS=23777364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	23779981	.	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=0.221;SC=CTCAGGAGTCCTTGGGGAGAT;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=23779989;WS=23779980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	23789096	rs10640563	C	CTT	1500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=1204;SC=TAATGAGTCACTTGATTTTTT;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=25;WE=23789104;WS=23789086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	23792019	rs8020117	T	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	23816998	rs12896494	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=309;ReadPosRankSum=0.719;SC=CGCAGCCTTCTACAGTGCTGA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=22;WE=23817006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr14	23818658	.	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-0.514;SC=AAGGGCTTCTGGTCACCCAGA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=23818666;WS=23818648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr14	23846298	rs11465526	G	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=160;ReadPosRankSum=-0.104;SC=AAGGCCCCCAGCGCCTGCCTT;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=14;WE=23846306;WS=23846288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr14	23848311	rs723840	C	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-4.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=561;ReadPosRankSum=-1.039;SC=CCTCCCGGGACGGAGCTGCCA;SOR=0.367;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=43;WE=23848319;WS=23848301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,74:0.72:103
chr14	23851874	rs178636	A	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=365;ReadPosRankSum=1.184;SC=AGGCACCCATACCTCATGCAT;SOR=1.186;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=17;WE=23851882;WS=23851864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr14	23853589	.	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr14	23854272	rs178637	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=254;ReadPosRankSum=-1.170;SC=GAGAGAAAAATGATCAAATAT;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=26;WE=23854280;WS=23854262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr14	23854324	rs178638	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.496;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr14	23854341	rs377113270	A	AT	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.41;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr14	23854352	rs178639	A	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.05;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr14	23855569	rs178640	A	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.155;NF=11;NR=12;PP=363;ReadPosRankSum=-2.365;SC=GGGCCTCGGCAGCCATGCGGT;SOR=0.653;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=23;WE=23855577;WS=23855559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr14	23856896	rs178642	A	G	7675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
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chr14	23892645	.	AACACAC	A,AAC	1116.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;QD=31.91;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,20,15:0.57,0.43:35
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chr14	23902543	.	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=-0.852;SC=AAGAGAGAAGGAACCAGGATC;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=23902551;WS=23902533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	23902650	.	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATCCTCAGGTCTGCATGGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=23902658;WS=23902640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	23924704	rs2331984	G	A	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=69;SC=GCGAGATCACGCCACTGCACT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=23924712;WS=23924694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	23924767	rs60519724	AT	A	87.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	23924818	rs8005802	C	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.20;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	23924830	rs10131038	A	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.20;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	23938813	rs8015781	A	G	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=16;PP=958;SC=GGAAGTGAGAAAGCCCTTATT;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=23938821;WS=23938803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	23939304	.	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr14	23940081	rs1028587	A	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr14	23940089	rs3215682	AC	A	1949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=13;PP=1082;SC=TAATCTAATCACTTGTTTTAT;SOR=1.414;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=23940097;WS=23940071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	23944505	rs2236260	G	A	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.78;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	23944514	rs2236261	C	A	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	23945366	rs2295706	A	G	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=30;PP=1228;SC=ATTATGGTATAAACTTTGGCT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=23945374;WS=23945356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	23947374	rs1956950	G	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=100;SC=AATTGATTTTGCTTATGAATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=23947382;WS=23947364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	23991105	rs223122	G	A	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=156;SC=AGCTCCCACCGAACACCCCTT;SOR=1.244;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=23991113;WS=23991095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	23994050	.	C	T	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=948;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TCTTCCTCCTCCTCTTCAAGG;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=58;WE=23994058;WS=23994039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,90:0.67:134
chr14	23999306	rs3742488	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=247;ReadPosRankSum=-1.349;SC=AGGAGGACTGGGGGGAAGGGA;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=13;WE=23999314;WS=23999296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr14	24000990	.	C	CT	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=2.392;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr14	24033027	rs12897422	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=-0.914;SC=TCGCACATTGGAGCTATTTAC;SOR=0.540;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=18;WE=24033035;WS=24033017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr14	24044737	.	ACCAAGAATG	A	594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.116;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,23:0.19:124
chr14	24108894	.	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=-1.137;SC=AGGTCATTTTCCTTTAGGAGC;SOR=0.379;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=11;WE=24108902;WS=24108884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr14	24113838	.	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=98;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GTGACTGAATCCTTAGGTCAG;SOR=0.223;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=8;WE=24113846;WS=24113828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr14	24114042	.	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.134;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr14	24422991	rs146535891	C	G	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=597;ReadPosRankSum=-2.458;SC=ACTTGCTGGTCTGATCCATGC;SOR=0.887;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=50;WE=24422999;WS=24422981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,78:0.58:135
chr14	24429093	rs11158474	A	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQRankSum=-3.304;QD=2.10;ReadPosRankSum=-2.353;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
chr14	24435738	.	C	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=15.92;ReadPosRankSum=1.385;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	24436381	rs33966071	GA	G	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-2.091;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,32:0.28:115
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chr14	24519959	rs6573541	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.265;NF=16;NR=8;PP=359;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CCTGAAAAGTTATCTGATAAT;SOR=0.914;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=24;WE=24519967;WS=24519949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr14	24522821	rs9972282	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=182;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CTCTCTTATCCCATTTGACCC;SOR=0.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=17;WE=24522829;WS=24522811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr14	24523594	rs11158525	G	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=0.207;SC=CTGACGCTTCGTCTCCCCCAG;SOR=0.668;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=25;WE=24523602;WS=24523584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr14	24525634	rs4982851	C	A	7036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=66;PP=2597;SC=TGTCCCCATCCCAATGCAGAC;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=146;WE=24525642;WS=24525624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr14	24525782	rs4982852	A	G	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=60;PP=2495;SC=TGCCACCTGCACCCACTGCCC;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=129;WE=24525790;WS=24525772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	24526206	rs45484702	T	C	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=744;ReadPosRankSum=1.661;SC=GCAAGAATCCTGGGCTCCTCG;SOR=0.788;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=50;WE=24526214;WS=24526196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,89:0.77:115
chr14	24526287	rs7161473	G	C	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=52;PP=2064;SC=TAAGCTTCAGGAGCTGGGAGG;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=24526295;WS=24526277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	24526478	rs12879859	A	G	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=847;ReadPosRankSum=0.188;SC=ATGGGAAGCCAGTCTGAGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=57;WE=24526486;WS=24526468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,82:0.70:117
chr14	24526593	rs12431698	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=314;SC=GTATAAAGCAATGTCCATAGT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=24526601;WS=24526583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	24529820	rs1951636	C	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.160;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-0.165;SC=CTTGACACCCCTGCCACTGTG;SOR=0.031;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=24529828;WS=24529810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	24529890	rs1951635	A	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=18;PP=913;SC=CCCTGAGACTATGCCCCCTGG;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=24529898;WS=24529880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	24531988	.	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.633;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=167;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CAGGATCTGTCCTCCCGGGGC;SOR=0.268;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=13;WE=24531996;WS=24531978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr14	24533321	rs58091590	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-0.534;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	24533539	rs10146906	C	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=-0.744;SC=CCGAAGGGTCCTGGAGGAAAG;SOR=0.928;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=14;WE=24533547;WS=24533529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr14	24534781	rs12590548	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.541;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=141;ReadPosRankSum=0.075;SC=CACAGCCTGGGGAGCCCCCTT;SOR=0.056;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=13;WE=24534789;WS=24534771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr14	24542458	rs3742497	T	A	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	24543702	.	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=0.991;SC=CCTTGCAGCTCTCACCAACCT;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=8;WE=24543710;WS=24543692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr14	24543808	rs2070343	G	C	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=578;ReadPosRankSum=0.339;SC=GTGATCAGCTGGTCTGGAGAA;SOR=1.051;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=45;WE=24543816;WS=24543798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr14	24543873	rs2025256	G	A	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=45;PP=1584;SC=AAAGTAAGAAGACACAGACAG;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=95;WE=24543881;WS=24543863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	24545366	rs2070342	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.050;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=489;ReadPosRankSum=-0.812;SC=AGGTGGCCATTGACTTCACCG;SOR=1.371;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=13;WE=24545383;WS=24545356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr14	24545375	rs2070341	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.585;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TTGACTTCACCGCCTCCAATG;SOR=0.202;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=29;WE=24545383;WS=24545356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr14	24563212	rs4982856	T	C	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
chr14	24563339	rs4982857	A	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	24567304	rs2759409	C	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=247;ReadPosRankSum=0.052;SC=GGTGGGGAAACATAAGGCCAA;SOR=1.387;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=24567312;WS=24567294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
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chr14	24587515	rs2277480	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=232;ReadPosRankSum=-0.581;SC=AGACTCCACAGGTACACTGAG;SOR=0.768;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=16;WE=24587523;WS=24587505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr14	24587545	rs2277481	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TCTAATCTAGAAAAGTTACAA;SOR=0.606;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=17;WE=24587553;WS=24587535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr14	24587639	rs3825584	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.068;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=279;ReadPosRankSum=-0.999;SC=GGCCGTTTCCGTAAATTCAAG;SOR=1.755;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=24;WE=24587647;WS=24587629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr14	24587667	rs17101367	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=192;ReadPosRankSum=-0.085;SC=AGGCCCGCGACGTAGGCTGGA;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=20;WE=24587675;WS=24587657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr14	24587795	rs2277482	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=1.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr14	24588635	.	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=0.359;SC=CTAACTCTTCCCCCACTTCCT;SOR=2.165;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=24588643;WS=24588625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr14	24600390	rs927494	T	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=126;ReadPosRankSum=0.670;SC=GACCTCTGATTTCCCTGTGGA;SOR=0.138;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=11;WE=24600398;WS=24600380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr14	24601575	.	C	T	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=760;ReadPosRankSum=0.785;SC=GCCGGCCGGGCCTTCCTGCTC;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=47;WE=24601583;WS=24601565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr14	24613139	rs141394974	C	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=397;ReadPosRankSum=1.039;SC=CTCCACACCTCCTCGTCCCAC;SOR=0.660;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=32;WE=24613147;WS=24613129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr14	24614361	rs7146672	T	G	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=34;PP=1152;SC=TCCACACTTATGGACTGTGAG;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=65;WE=24614369;WS=24614351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	24615435	rs4575	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=0.776;SC=AAAGATTCTGTCTGAAGACCT;SOR=0.749;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=14;WE=24615443;WS=24615425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr14	24617238	rs2273913	C	T	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=763;ReadPosRankSum=0.464;SC=TGGAGAAATACGGCCGCAACC;SOR=0.569;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=218;TCF=101;TCR=117;TR=68;WE=24617246;WS=24617228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,108:0.30:366
chr14	24617435	.	C	T	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=697;ReadPosRankSum=-1.992;SC=CAGGAAACCTCCTGGGTGGTG;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=45;WE=24617443;WS=24617425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,80:0.66:122
chr14	24621258	.	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=0.648;SC=TTGGACCCCCATCCTACCCCA;SOR=0.627;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=24;WE=24621266;WS=24621248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr14	24624741	rs2295979	C	G	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=52;PP=1903;SC=CTGCCCAGGGCAGCTACTGTG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=81;WE=24624749;WS=24624731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	24625031	rs4982862	C	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=245;SC=TTACAGACTACTCAGAAAGAC;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=24625039;WS=24625021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	24635589	rs111232493	C	CT	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	24641956	rs34075659	C	T	3132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1141;ReadPosRankSum=0.022;SC=GTTGGTGAAGCGCGAATACCT;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=81;WE=24641964;WS=24641946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,150:0.65:232
chr14	24644813	.	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=0.163;SC=CCTGAAGTTCCTACAGAGCCC;SOR=1.565;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=19;WE=24644821;WS=24644803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr14	24646406	rs10690822	G	GGAA	2087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=1102;SC=TGATCGCAGAGGAAGAAGCTA;SOR=1.426;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=22;WE=24646414;WS=24646396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	24647522	rs3736840	G	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=0.109;SC=TCAGGTGGGTGGGGGGAGGAT;SOR=0.623;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=22;WE=24647530;WS=24647512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr14	24647814	rs1885711	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=613;SC=CTACACAGCCTATGGTGCAGC;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=24647822;WS=24647804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	24647957	rs1885710	C	T	5503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.08;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr14	24649835	rs2273911	T	C	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=16;PP=622;SC=TGCCCCAGGCTCTCTGAGCCC;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=24649843;WS=24649825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	24650047	rs7145633	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=265;SC=GAGTGGCAGAATCTCTTATCA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=24650055;WS=24650037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	24652107	rs34130297	A	AG	3194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=1736;ReadPosRankSum=0.067;SC=TCATGGGGGTAGGGGGTGGAC;SOR=0.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=46;WE=24652115;WS=24652097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr14	24653523	rs11550452	G	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=8;PP=307;SC=CGCAAGTCAGGGTCGTCTACC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=24653531;WS=24653513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	24653954	rs7146310	G	A	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=15;PP=868;SC=CAGCAGCGAGGCCTGGGCAGC;SOR=1.355;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=24653962;WS=24653944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	24654489	rs2025258	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=33;PP=1029;SC=GCAGTGGCATTACCTCCCTTG;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=24654497;WS=24654479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	24656251	rs2295978	C	T	5279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=65;PP=2094;SC=GACACTTCTGCACTCTCCTTC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=66;TCR=66;TR=131;WE=24656259;WS=24656241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	24657407	rs6573607	T	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=13;PP=648;SC=CCGAGAGAAGTGGGTAGGTAC;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=24657415;WS=24657397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	24659408	rs67843857	ACT	A	435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=399;SC=TAAGTGAGACACTCTCATATC;SOR=1.802;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=7;WE=24659417;WS=24659398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	24662177	rs10583	C	T	8823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=97;PP=2965;SC=GTCACTCCGACGCTCCACTGA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=197;WE=24662185;WS=24662167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr14	24686480	rs149980708	TTTG	T	465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=5;PP=265;SC=TTAGGAGTTTTTTGTTGTTGT;SOR=0.976;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=24686490;WS=24686470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	24701598	rs71426837	AC	A	375.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.544;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr14	24701604	.	C	T	384.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr14	24701705	rs17794752	G	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=635;SC=AGCAACAGCAGAGATGACGAC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=24701713;WS=24701695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	24710819	rs5807249	CA	C	463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,32:0.84:38
chr14	24718379	rs41294726	TCTCCGGGAGCCCTGGACTCCCC	T	949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=2134;SC=ACTGACTCCCTCTCCGGGAGC;SOR=3.352;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=16;WE=24718408;WS=24718370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	24718515	rs2229463	G	A	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=39;PP=1906;SC=CTCCTGGCACGGGGCTAAGCT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=101;WE=24718523;WS=24718505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	24728294	rs1126432	G	T	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=12;PP=940;SC=TGGTGGTCACGCCAGCAAAGA;SOR=1.942;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=48;WE=24728302;WS=24728284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	24734711	.	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr14	24735624	rs2877612	A	G	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=48;NR=48;PP=1742;SC=AGGCACCCAGAAGGAAGGATA;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=96;WE=24735632;WS=24735614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	24736027	rs14193	G	A	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=22;PP=687;SC=GGGTTCGGAGGCGATTGTGTG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=24736035;WS=24736017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	24736961	rs729421	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=10;PP=410;SC=TCCAGATACGTTGCCCGCATG;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=24736969;WS=24736951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	24737203	rs941502	A	T	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=11;PP=446;SC=TTCTCTTGGAACCTCCTCTGC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=24737211;WS=24737193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	24738379	rs59227799	T	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=46;PP=1524;SC=TCTGTGGGGTTCCAGGAGGCA;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=24738387;WS=24738369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	24739363	rs58050348	A	AG	1004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.365;NF=6;NR=19;PP=545;ReadPosRankSum=-1.574;SC=CCAGAAGGGAAGGGGGGGGTC;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=24739377;WS=24739353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,40:0.93:43
chr14	24740272	rs78807053	G	A	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=34;PP=992;SC=CACTGGGGGTGAGGGCGCGGG;SOR=1.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=24740280;WS=24740262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	24760808	rs1131941	C	T	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=16;PP=514;SC=CTGTGGTTTCCGCAGATGAGA;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=24760816;WS=24760798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	24769663	rs11158632	T	G	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=27;PP=969;SC=AGGCCCTAGCTTTGTCCACGA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=57;WE=24769671;WS=24769653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	24769849	rs113258190	A	AGAG	2019.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.445;NF=5;NR=22;PP=1210;ReadPosRankSum=-1.003;SC=GGAGTGCTGCAGAGGAGGAGG;SOR=0.853;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=27;WE=24769859;WS=24769839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,52:0.93:56
chr14	24771080	rs4374085	T	C	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=80;SC=TTTGTGTCCATAGTGCCCTGT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=24771088;WS=24771070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	24771101	rs4366641	C	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=51;SC=ATCTTGTTGCCTAAAGTTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=24771109;WS=24771091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	24771137	rs4247000	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=5;PP=246;SC=CTGGATTTTGGGAAAGCCGCT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=24771145;WS=24771127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	24771256	rs4247001	T	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=19;PP=819;SC=TTTGCGCTCATCTCTGCAATG;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=24771264;WS=24771246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	24771285	rs4280164	G	A	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=21;PP=927;SC=GGCTACCTGAGTACTCGCGGT;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=24771293;WS=24771275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	24772922	rs4982895	C	T	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=24;PP=1042;SC=TCATCATATTCTGTCTTCTCC;SOR=0.972;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=24772930;WS=24772912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	24773387	rs2144494	T	C	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=64;PP=2026;SC=TTCTGTCCCTTGCCCAAAGTC;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=127;WE=24773395;WS=24773377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr14	24776769	rs11158635	G	T	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=14;PP=484;SC=GGGGCTTGGTGAGTGTAAAGG;SOR=1.007;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=30;WE=24776777;WS=24776759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	24793600	rs1884366	G	A	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=39;PP=1224;SC=CTGGGGGCCTGAAGGGAGACA;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=24793608;WS=24793590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	24793647	rs6573722	T	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=28;PP=653;SC=AGGCTCCCTGTGTGCTATGAA;SOR=1.341;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=24793655;WS=24793637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	24795231	rs67156008	CCA	C	1662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=800;ReadPosRankSum=-0.437;SC=CATCCCTTCTCCACCATATGA;SOR=0.687;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=21;WE=24795245;WS=24795221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
chr14	24795237	rs55970272	T	C	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.42;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	24795258	rs11622863	C	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,69:0.39:178
chr14	24795495	rs17256902	G	A	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.707;NF=11;NR=38;PP=840;ReadPosRankSum=1.104;SC=AGACTTTGAGGCCTCCTCACC;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=49;WE=24795503;WS=24795485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr14	24795585	rs78289669	GT	G	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=414;ReadPosRankSum=-1.412;SC=GGCATGGTGGGTGTTTTCCCT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=24795593;WS=24795575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	24798503	rs11626704	C	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=0.220;SC=CTCCACCCCCCACTAGGACCC;SOR=0.976;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=8;WE=24798511;WS=24798493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr14	24799024	rs1109152	G	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=123;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TGGTAGGCCTGGTTGGCCTTC;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=12;WE=24799032;WS=24799014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr14	24799287	rs1109153	A	T	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.111;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.693;SC=GAGACACCCCAGATTCTCACA;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=57;WE=24799295;WS=24799277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr14	24799578	rs12436417	C	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.59;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	24799578	.	CAGCGAGCG	GAGCGAGCA,GAGCGAGCG	201	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6,11;NR=9,20;PP=201,124;QD=16.9645249908;SC=GAAAAGTGGGCAGCGAGCGGG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=15,31;WE=24799594;WS=24799568;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.48:31
chr14	24799586	rs74896270	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr14	24801635	rs1950502	A	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=255;SC=TTGCACCTTGACTTGGAGTCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=24801643;WS=24801625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	24802263	rs8003158	A	G	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=15;PP=414;SC=AGGAAAAGCCAGCAGCCCAGC;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=24802271;WS=24802253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	24803956	rs1124644	A	C	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=115;SC=TCACCCGCTCAAAGCCGCTAC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=24803964;WS=24803946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	24806852	rs28620990	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=422;ReadPosRankSum=0.516;SC=GGTAGCCACGCTGTGCCATCC;SOR=0.793;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=25;WE=24806860;WS=24806842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr14	24806902	rs34106261	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=577;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GGCACTCACCGTGGAGACAGC;SOR=0.563;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=38;WE=24806910;WS=24806892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr14	24807221	rs56337365	G	A	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=521;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ACACTGCTTCGTACACGAGTG;SOR=0.869;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=39;WE=24807229;WS=24807211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,72:0.58:124
chr14	24807302	rs45537534	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=-1.047;SC=AGGGAATTATCTGCTTCATCA;SOR=0.998;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=12;WE=24807310;WS=24807292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr14	24808388	rs3181247	A	G	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.955;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1227;ReadPosRankSum=0.160;SC=AGCCCCGACAAGGAGCCGTTC;SOR=0.518;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=78;WE=24808396;WS=24808378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,107:0.66:161
chr14	24808924	rs3212253	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=796;ReadPosRankSum=-0.244;SC=CCACCGTCCCCGGACTCAAAG;SOR=0.864;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=21;WE=24808944;WS=24808914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr14	24808936	rs3212252	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=796;ReadPosRankSum=-0.456;SC=GACTCAAAGACGTTCTCTGAG;SOR=1.086;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=22;WE=24808944;WS=24808914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr14	24808961	rs11844732	T	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=441;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TCTGTGGGGCTCTCTGGGTGT;SOR=0.971;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=28;WE=24808969;WS=24808951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr14	24809185	rs3212251	T	C	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.08;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr14	24809191	rs3212250	T	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.85;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr14	24835017	rs11362560	CG	C	271.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=6;PP=147;SC=GAACCAAGGACGGGGGGGCTG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=24835025;WS=24835007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	24836815	rs28365903	C	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=0.687;SC=GGCGCTGATTCGGCAGCGCAA;SOR=0.425;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=10;WE=24836823;WS=24836805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr14	24836954	rs138364808	GGGA	G	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr14	24838621	rs1955915	C	T	6467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=65;PP=2931;SC=GAAGGACTTGCGGCCTGGCCA;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=101;TCR=65;TR=166;WE=24838629;WS=24838611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr14	24839165	rs2228233	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,49:0.33:150
chr14	24845543	rs2228232	T	C	4349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,200:0.61:326
chr14	24845841	rs7149586	T	C	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CTCCTCTTTCTCCCTGGGGCT;SOR=0.586;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=66;WE=24845849;WS=24845831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,89:0.72:123
chr14	24846757	rs2243891	A	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=13;PP=1180;SC=CTAGATTAAGACCTGCCTGGA;SOR=1.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=24846765;WS=24846747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	24846961	rs10362	G	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=1.228;SC=CCTCAGCCCTGCCCCCTTTCC;SOR=0.434;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=18;WE=24846969;WS=24846951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr14	24878386	.	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=325;ReadPosRankSum=1.071;SC=TATTGGTGGTCCCTGGGAGCT;SOR=0.671;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=24;WE=24878394;WS=24878376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr14	24882312	rs2273634	G	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TCGGTAAGATGGTCCCCAGAG;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=12;WE=24882320;WS=24882302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr14	24882373	rs3818251	G	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=18;PP=649;SC=GGCATGGGAGGGATTAGGGCT;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=24882381;WS=24882363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	24882440	rs4982909	G	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=8;PP=667;SC=GGGTCTCAGCGCCATGGAGAA;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=24882448;WS=24882430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	24882805	rs10146609	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=17;PP=500;SC=TTAATACATATATGAAAGCAC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=24882813;WS=24882795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	24883887	rs8017377	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=319;ReadPosRankSum=-1.545;SC=GAGTGATGACGCTGACTCTGG;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=24;WE=24883895;WS=24883877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr14	24887462	rs3814811	T	C	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	24898558	rs2273632	C	T	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=15;PP=592;SC=AGCTTCAGGGCAGCCCTGCTG;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=37;WE=24898566;WS=24898548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	24898693	rs2273631	C	T	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.28;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	24898696	rs2273630	T	C	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	24898751	rs2273629	G	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=466;SC=GCATCTTTCCGTTTGTTGGAA;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=24898759;WS=24898741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	24898780	rs5025771	C	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=271;SC=TACTCCACCACGGGTACCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=24898788;WS=24898770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	24900209	rs1956905	C	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=465;SC=AGAGCAGGGCCGAGGAGAGCA;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=24900217;WS=24900199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	24901249	rs3742520	A	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=12;PP=403;SC=GAGGGAGGGAAACAGGGTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=25;WE=24901257;WS=24901239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	24901276	rs7151995	G	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=14;PP=465;SC=GAGATGGATTGGGGGTGGAAG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=28;WE=24901284;WS=24901266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	24901824	rs4537942	C	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=368;ReadPosRankSum=0.006;SC=GGTGTGAGTACCTGGTGGGGC;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=29;WE=24901832;WS=24901814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,53:0.42:126
chr14	24901844	rs2255591	A	G	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=42;PP=1536;SC=CTAAGGGCCTAGGAGAGGGAG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=81;WE=24901852;WS=24901834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	24905533	rs2277488	G	A	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=34;PP=1588;SC=TACTGGTCTCGGTTGTCTGGG;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=84;WE=24905541;WS=24905523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	24905548	rs2277489	G	A	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=38;PP=1720;SC=TCTGGGAGGTGGGCAAGGGCC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=88;WE=24905556;WS=24905538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	24909281	rs1043839	C	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=10;PP=621;SC=GCCCTTGCCACGACCTACTTA;SOR=1.298;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=24909289;WS=24909271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	24909362	rs1043831	T	C	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	24909475	rs3211056	C	G	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=35;PP=1461;SC=GGGCAGCACCCAAGGTCTGGG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=77;WE=24909483;WS=24909465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	24909731	rs2273628	C	T	4416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr14	24910210	rs712487	C	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=24;PP=699;SC=TCCCCTTGGCCTCACCTTCTC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=24910218;WS=24910200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	24910317	rs10668100	C	CTT	1158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=537;SC=TGGAGGAACTCTGGTTGCAGG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=24910325;WS=24910307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	24910846	rs11628143	C	T	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=121;SC=GTTCCCCTGGCGAATATAAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=24910854;WS=24910836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	24910876	rs11158703	G	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=200;SC=TTTGGGGGGCGTACCTACACC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=24910884;WS=24910866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	24910973	rs11625819	TT	GA	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=13;PP=948;SC=CGGCTGCCGATTACCTCTTTT;SOR=0.739;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=24;WE=24910982;WS=24910963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	24911116	rs11158704	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=14;PP=440;SC=CCCTGAATTTCGGCTTAAGAG;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=24911124;WS=24911106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	24911169	rs11158705	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=12;PP=418;SC=CATTCATTTCCTGGGCATCCT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=24911177;WS=24911159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	24911764	rs1956903	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=14;PP=892;SC=CTGACACCAGGCTTCTCCCCA;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=24911772;WS=24911754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	24911852	rs12897925	C	G	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=28;PP=1706;SC=GCTAGGAGGCCAAGGCCAGGT;SOR=1.510;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=93;WE=24911860;WS=24911842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	24912151	rs12435196	A	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=110;ReadPosRankSum=1.924;SC=TGGGTGTTTCAATAGCAAGCG;SOR=2.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=10;WE=24912159;WS=24912141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr14	24970942	rs4600392	A	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	24971008	rs4519248	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr14	24974731	.	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=112;ReadPosRankSum=-0.693;SC=ATTAATTTGCCTGCAGGATCT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=9;WE=24974739;WS=24974721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr14	24975435	rs5249	G	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=27;PP=762;SC=AGTTGAATTGGGATGGGAAGG;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=24975443;WS=24975425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	24975509	rs1885108	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=345;SC=AATGAAGGACTGTCAGTCCTC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=24975517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	24977261	.	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr14	25042952	.	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=-0.625;SC=AACCCCTGACGACTTTCCATA;SOR=0.580;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=22;WE=25042960;WS=25042942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr14	25043068	rs1885597	T	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=2.000;SC=TGCTCCTGCTTCCCTGAGCTC;SOR=1.981;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=5;WE=25043076;WS=25043058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	25044712	rs1957523	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=154;ReadPosRankSum=0.537;SC=AAGATGGGGACGGCAGGAGAG;SOR=0.922;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=13;WE=25044720;WS=25044702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr14	25045589	rs12878578	A	G	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=50;SC=CTGCTCAGGAAGTTTGCCCAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=25045597;WS=25045579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	25078914	rs1957526	A	C	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	25102160	rs8192917	C	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=20;PP=887;SC=GAAGTCGTCTCGTATCAGGAA;SOR=0.898;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=48;WE=25102168;WS=25102150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	25287095	rs854398	T	C	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=123;SC=ATGAATGAGATGACAAGACAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=25287103;WS=25287085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	25287224	rs8007336	C	T	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.559;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=903;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TGGGAATATTCTTCTCATTGC;SOR=1.355;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=45;WE=25287232;WS=25287214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr14	25288227	rs749594	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=8;PP=547;SC=AGAAGCCTGCTCCTCTCTTGG;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=25288235;WS=25288217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	25288513	rs872978	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=347;ReadPosRankSum=1.410;SC=GCAGAAAGGCCGCTCGTCTAG;SOR=0.639;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=25;WE=25288521;WS=25288503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr14	25288648	rs872979	T	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=0.316;SC=ATCACTGACATGCCAGTCATT;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=10;WE=25288656;WS=25288638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr14	25288687	rs2282034	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TATCTGTGGAGGCTCAAAAGG;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=25288695;WS=25288677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	26917133	.	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=400;ReadPosRankSum=2.207;SC=GTAAAGGAGGGGTTAAAACAA;SOR=0.346;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=26;WE=26917141;WS=26917123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,38:0.83:46
chr14	26939474	rs1245213	T	A	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=48;SC=CAAAGCTAAATTAATCAGGAC;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=26939482;WS=26939464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	26941471	rs192734675	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=272;ReadPosRankSum=-1.277;SC=TTTTCTCCAGTTTGCAGGCAA;SOR=1.325;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=18;WE=26941479;WS=26941461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr14	28734048	.	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,46:0.28:163
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chr14	29261307	rs56363493	A	AC	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.13;MQRankSum=6.179;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.697;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
chr14	29261309	rs56025822	A	AAAC,AAC	4759.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=19;NR=45;PP=2726;SC=AGCACTAAAAAAAACAAACAA;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=64;WE=29261328;WS=29261294;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.64,0.36:119
chr14	30047580	rs2273815	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr14	30066976	rs3783299	A	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=262;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TGTTGATGAAAGGATTTGCAG;SOR=0.660;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=18;WE=30066984;WS=30066966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr14	30068194	rs2273813	T	G	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=669;ReadPosRankSum=0.222;SC=TAGCAATGCTTCCAACTGGCT;SOR=0.668;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=43;WE=30068202;WS=30068184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,69:0.71:97
chr14	30098349	rs1191601	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-1.746;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr14	30102025	rs1209180	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=96;ReadPosRankSum=-1.542;SC=TACATTCCCATGAAAAAGCAA;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=11;WE=30102033;WS=30102015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr14	30103441	rs1191599	T	C	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=108;SC=TTTCCTAACTTCGTTGCTTGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=30103449;WS=30103431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	30125660	rs6571317	A	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=640;ReadPosRankSum=0.033;SC=AATTTCTAGCACCAGGTAGCA;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=44;WE=30125668;WS=30125650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,68:0.69:98
chr14	30194899	rs11626603	T	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=354;ReadPosRankSum=0.619;SC=ACAAATACCATGAGAGTGTAA;SOR=0.463;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=28;WE=30194907;WS=30194889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr14	30396699	.	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	31050215	rs58049	A	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=7;PP=211;SC=ATTGACTGCAAGTAATAAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=31050223;WS=31050205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	31059969	rs7154847	G	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=468;ReadPosRankSum=-1.210;SC=GATGTTAAACGTGAGATATTA;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=36;WE=31059977;WS=31059959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr14	31074771	.	T	TA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr14	31091758	rs229143	T	A	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=30;PP=811;SC=TGGGGAGAAGTTGCCATTAGC;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=31091766;WS=31091748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	31099738	rs229150	A	G	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=15;PP=535;SC=CTATCTGTGAAGGAGCTAAGA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=31099746;WS=31099728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	31107564	rs229162	T	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=13;PP=262;SC=AACAACAGAATTGTTTAGGCT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=31107572;WS=31107554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	31108977	rs2273521	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TTTCTTTTGTTTCTAGGTTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=31108985;WS=31108967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	31113310	rs11851205	G	C	855.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.9879;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=556;ReadPosRankSum=-1.045;SC=AGGGTGTTTTGTTTTCTGTTT;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=35;WE=31113318;WS=31113300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,38:0.90:42
chr14	31171727	rs73254548	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	31175237	.	G	GTT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=77;ReadPosRankSum=0.135;SC=AGTTCTCCTGGTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=31175245;WS=31175227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	31188558	.	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr14	31191668	rs5807596	G	GT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	31191772	rs17097130	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=128;ReadPosRankSum=2.719;SC=AAAGGTACATTTTATTTAGCC;SOR=0.446;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=11;WE=31191780;WS=31191762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	31348876	rs7140538	G	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.834;SC=TAAAGACAGGGTCTCACTCTG;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=31348884;WS=31348866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr14	31349825	.	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=2.074;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,29:0.32:91
chr14	31354296	rs28362773	T	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr14	31355527	rs17097458	C	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-2.543;SC=AGGTAAGGTCCTTGTTCTTTA;SOR=0.936;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=9;WE=31355535;WS=31355517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr14	31359024	rs13122	A	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=7.549;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=0.245;SC=ACTGAAAGAAAAAGTACAAGG;SOR=2.447;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=31359032;WS=31359014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
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chr14	31483761	rs179724	G	T	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=100;SC=TTTTACGTCTGTTTATAAAGT;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=31483769;WS=31483751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	31535603	rs6571386	G	C	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=32;PP=1096;SC=TTTGTTATTAGTGAGTCTCAG;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=31535620;WS=31535593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	31538984	rs7155228	C	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=1.620;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr14	31549745	rs11621299	T	G	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=363;ReadPosRankSum=0.514;SC=CAGTGTCTTTTTTCTAACCCT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=27;WE=31549753;WS=31549735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr14	31582380	rs1315794	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=6;PP=339;SC=AGTAAACTGAAGCTGTTCATC;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=31582388;WS=31582370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	31582526	rs2273483	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.662;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,34:0.33:102
chr14	31583512	rs61976859	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr14	31597685	rs7157007	C	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=195;SC=TATTCCTGAACTGCTAAATTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=31597693;WS=31597675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	31647241	rs2274201	G	A	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=357;ReadPosRankSum=0.379;SC=CACACTGTTCGGCTAAGTCTC;SOR=0.519;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=24;WE=31647249;WS=31647231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr14	31647448	rs34666986	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
chr14	31793053	rs57656564	GAT	G	660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=33.04;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	31795361	rs3736917	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=221;ReadPosRankSum=1.198;SC=ATAATGTCCAATACTTACCAG;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=13;WE=31795369;WS=31795351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr14	31806943	rs4595710	T	C	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=749;SC=GGACACAATTTATAAATACAT;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=31806951;WS=31806933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	31809486	rs8012940	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=206;SC=TTTGCTTATACTGGTATCAAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=31809494;WS=31809476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	31809568	rs11408327	G	GA	1411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=11;PP=948;SC=AGATGCAGAGGAAACAAACAT;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=24;WE=31809576;WS=31809558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	31819047	rs3736918	C	T	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=17;PP=611;SC=TCATCTACCACTTGGGCTAAT;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=36;WE=31819055;WS=31819037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	31819913	rs7158257	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=18;PP=534;SC=AGCTGTTCCAATATAAGAAGC;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=32;WE=31819921;WS=31819903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	31819966	rs10602248	TTTTG	T	323.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=345;SC=GTAGGTAAGTTTTTGTTTGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=31819977;WS=31819956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	31828027	.	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-0.526;SC=AGCTAAAAGGGAAAAAAAGTA;SOR=0.573;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=10;WE=31828035;WS=31828017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr14	31828076	rs942907	A	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=17;PP=700;SC=ATTGAATCTAATCAAGAGTAA;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=34;WE=31828084;WS=31828066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	31841162	rs5025288	T	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=22;PP=438;SC=TAATCAACCATGAAAGGCACA;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=31841170;WS=31841152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	31849524	rs4981841	T	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	31858025	rs3887865	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=11;PP=514;SC=AAGAGTTAGACTGAGATACTG;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=31858033;WS=31858015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	31858187	rs61754288	C	T	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,71:0.65:109
chr14	31858209	rs7157977	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=646;ReadPosRankSum=-0.080;SC=TGACGTGAGGCTGCTATGACA;SOR=0.501;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=47;WE=31858217;WS=31858199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr14	31863225	rs17097870	G	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AAAAATTACAGAAGAGACTTT;SOR=0.680;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=16;WE=31863233;WS=31863215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr14	31864300	rs7142126	T	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=336;SC=GAGATAGTCCTAGCTGACTAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=31864308;WS=31864290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	31864485	rs7141532	G	C	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=42;PP=1599;SC=CTGTGACAAGGTGCAGCGGCA;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=31864493;WS=31864475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	31922408	rs34278949	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=149;ReadPosRankSum=-1.354;SC=GCCTCCCAACGTGTTGGGATT;SOR=0.835;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=15;WE=31922416;WS=31922398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr14	32032129	rs10143899	C	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=106;SC=GCTCATTTTTCCCCATTTTTA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=32032137;WS=32032119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	32032214	rs10144137	G	A	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	32034147	rs3759779	A	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-1.054;SC=ATTACATGAAAATATTAAAAG;SOR=0.527;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=32034155;WS=32034137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	32295772	rs17379143	T	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=0.113;SC=AGCAACATAATGCTGGAAGTA;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=5;WE=32295780;WS=32295762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr14	32296018	rs1540425	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=222;SC=TTAGTCCTGTACAGAAGTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=32296026;WS=32296008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	32315901	rs8006872	A	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=385;SC=GGAGTCTCACACCTGTAATCC;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=32315909;WS=32315891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	32319233	rs10132352	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.43;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr14	32319241	rs8009753	T	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=9.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.61;ReadPosRankSum=-1.203;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr14	32319488	rs8009002	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	32414145	rs1278926	C	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=211;SC=CTGCTGGGACCGACTGCAGCT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=32414153;WS=32414135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	32414386	rs1278927	C	A	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=356;SC=TTAATAGGGTCAAAGGAGGGT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=32414394;WS=32414376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	32414463	rs1278928	T	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=110;SC=TGGGCAGGCATCCATTATGTG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=32414471;WS=32414453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	32438484	rs1952966	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=407;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GAAGCAATACGAAAAGGATAG;SOR=0.660;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=29;WE=32438492;WS=32438474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr14	32476068	rs2378955	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=0.015;SC=CAAGAAAGACGATGACCTTTC;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=11;WE=32476076;WS=32476058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr14	32559924	rs17386818	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.503;NF=11;NR=9;PP=221;ReadPosRankSum=-0.988;SC=TACCATCAGTATAGTTGGACT;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=20;WE=32559932;WS=32559914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr14	32562666	.	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=326;ReadPosRankSum=-0.765;SC=AACTGAGGTCTTTACTCTGTT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=20;WE=32562674;WS=32562656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr14	32563640	rs8004384	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=9;PP=331;SC=GCTTGTTGTTACTTTTTTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=32563648;WS=32563630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	32623804	rs145969946	G	GT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-0.052;SC=ATTTCTAAATGTTTTTTCCTT;SOR=0.507;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=4;WE=32623812;WS=32623794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr14	33004975	rs35436895	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=1.711;SC=CTAGGCAGACGGACATTCTGC;SOR=0.458;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=20;WE=33004983;WS=33004965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,28:0.25:111
chr14	33014327	rs11844955	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=236;ReadPosRankSum=0.110;SC=GCAATAGGGACCAATACATTT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=15;WE=33014335;WS=33014317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr14	33014869	rs3742926	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=480;ReadPosRankSum=-1.300;SC=ACAAATGCTGCTCAACCCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=30;WE=33014877;WS=33014859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr14	33015014	rs7150894	G	A	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=54;PP=1858;SC=ACTCTCCCACGCAGCCTACAT;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=104;WE=33015036;WS=33015004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr14	33015082	rs17099240	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=304;ReadPosRankSum=0.496;SC=CTGAAAGGCAATGGTGGAAAG;SOR=0.761;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=27;WE=33015090;WS=33015072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,41:0.34:120
chr14	33015397	rs45477296	G	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=300;ReadPosRankSum=0.451;SC=ACACCTAAACGGGGGACTGGT;SOR=0.752;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=22;WE=33015405;WS=33015387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,37:0.32:115
chr14	33046388	rs1950703	A	G	3759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=41;PP=1724;SC=AAACTACAGAAAATTGGACTC;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=89;WE=33046396;WS=33046378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	33046471	rs768787	T	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=40;PP=1192;SC=GTGTTGTTCTTGCTGTCAATA;SOR=1.320;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=33046479;WS=33046461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	33068608	rs17506750	C	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr14	33147414	rs1950697	C	G	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=199;SC=AAAAGGAGCACTATAATGATG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=33147422;WS=33147404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	33165084	rs3742927	A	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	33165182	rs3742929	C	T	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=4;PP=227;SC=CTACATTTTGCGCCTTATCTT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=33165190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	33242863	rs2273163	T	C	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=24;PP=934;SC=ACTCATAGATTGGTTTCTCTC;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=33242871;WS=33242853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	33525317	rs35719018	G	GA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=3.186;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr14	34081586	.	C	T	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=46;PP=1515;ReadPosRankSum=1.495;SC=GCCCTGAAACCTGTTGTCTTT;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=97;WE=34081594;WS=34081576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,158:0.72:220
chr14	34149916	rs2297118	T	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=22;PP=623;SC=CAAGGGGCTCTTGTGGCTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=34149924;WS=34149906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	34149997	rs2297117	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=188;SC=GCAAAATGCATGAGGCAGTAC;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=34150005;WS=34149987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	34243477	rs8019077	T	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=6;PP=319;SC=GCATTTCTCATAAGAAATGCT;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=34243485;WS=34243467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	34263034	rs36025922	TAAA	T,TA	926.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=30.89;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,21,9:0.70,0.30:30
chr14	34395148	rs3832940	GA	G	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,16:0.23:69
chr14	34396100	rs10137361	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr14	34993863	.	A	ATGTGTGTGTGTGTG	695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;QD=57.98;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	35050586	rs4403967	G	T	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=81;SC=TCTTGATCTCGTGACCTCGTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=35050594;WS=35050576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	35062166	rs12435717	T	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=57;SC=ACTACTGCTCTATATTAAGAC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=35062174;WS=35062156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	35062312	rs12432539	C	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=8;PP=245;SC=GGTTATGATACTCCAAAAGAA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=35062320;WS=35062302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	35075022	rs7151774	G	T	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=943;ReadPosRankSum=-0.578;SC=AAGCTAAGGGGATCCAGAATG;SOR=0.303;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=55;WE=35075030;WS=35075012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr14	35099099	rs11847568	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=11;PP=456;SC=GAGCGAAAGGAAGGCAGAACT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=35099107;WS=35099089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	35182348	.	G	GA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr14	35182406	rs35219728	GATA	G	1767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.75;QD=43.12;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	35183548	rs10149653	C	A	167.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TCCCCGCCCCCCAAAATCCAA;SOR=0.223;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=35183556;WS=35183538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr14	35222626	rs3832925	A	ATTGT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr14	35227880	rs61981201	G	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=130;ReadPosRankSum=0.975;SC=ATAATATACAGGAATACATTT;SOR=0.389;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=14;WE=35227888;WS=35227870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr14	35230980	rs45620534	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=-1.659;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr14	35231108	rs1044140	A	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=379;ReadPosRankSum=1.457;SC=TTTCTGGTGTATTATTAGCAC;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=31;WE=35231116;WS=35231098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,48:0.33:144
chr14	35240664	rs41309244	C	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=1.716;SC=TAAAGGCCAACTCAAAATTAC;SOR=0.569;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=7;WE=35240672;WS=35240654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr14	35243006	rs2275146	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=1.434;SC=AGTTCAATATGCATATAAAAT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=35243014;WS=35242996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	35249324	rs17527243	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=0.927;SC=AGAGGAGCTGAATTAATAAAG;SOR=0.343;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=9;WE=35249332;WS=35249314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr14	35331288	rs17592803	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=0.564;SC=CAGTTTCTTCGACAAAATATC;SOR=0.957;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=17;WE=35331296;WS=35331278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,29:0.29:99
chr14	35476673	rs28456062	G	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=155;SC=ATATAAAAATGTAAAGCCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=35476681;WS=35476663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	35477785	rs1712351	G	A	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=70;SC=TATATGTATAGTTTGTTATAT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=35477793;WS=35477775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	35497266	rs17510813	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=0.122;SC=CCTACGCTGACTCAAAATCTT;SOR=0.501;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=9;WE=35497282;WS=35497256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr14	35515606	rs4007475	TGG	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=151;SC=AGGCGGGCGCTGGGCGGGTGA;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=35515615;WS=35515596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	35515957	rs45530731	C	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,28:0.21:132
chr14	35546373	rs3211139	T	C	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=6.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,51:0.37:137
chr14	35546498	rs8011242	T	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=306;ReadPosRankSum=-1.195;SC=AAATAGGATGTTTCCAAACTG;SOR=1.258;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=22;WE=35546506;WS=35546488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr14	35565873	rs80012713	C	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr14	35576458	rs10132769	A	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=-0.972;SC=ACTACAGTTTACATTTTAGTG;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=16;WE=35576466;WS=35576448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr14	35579228	.	AGTTT	A	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=40;QD=36.5;SC=CTAAAATGAGAGTTTGTTGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=35579239;WS=35579218;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr14	35591174	rs1056879	T	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=2.601;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,68:0.26:264
chr14	35593477	rs71435858	A	AT	114.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr14	35596092	rs10147080	C	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.674;SC=AGGATAATTACAAGTTTGTAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=35596100;WS=35596082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	35596604	rs57818081	CATT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-1.872;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr14	35649758	rs199746032	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr14	35649759	.	T	TGTGTGTGTGTGTGTGTG	34.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr14	35735967	rs11156878	A	G	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=626;ReadPosRankSum=0.141;SC=GCCAAACGGAATCTGCGACTG;SOR=0.826;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=43;WE=35735975;WS=35735957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,62:0.61:102
chr14	35736130	rs377497877	T	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr14	35742641	rs200480288	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=-0.728;SC=AATTCAACAGCGTATTCTCAG;SOR=0.399;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=8;WE=35742649;WS=35742631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr14	35747817	rs61988272	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=1.431;SC=ATTCCATCCATGCGGCTCTGC;SOR=0.719;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=9;WE=35747825;WS=35747807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr14	35781904	rs17597267	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=0.803;SC=AATGGGAATTTACCTGTTACC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=7;WE=35781912;WS=35781894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr14	35781938	rs80315070	G	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr14	35782300	rs17597281	C	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TTTTTTTATGCTATATAGAAC;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=8;WE=35782308;WS=35782290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr14	35783706	rs77796720	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=-1.270;SC=AGGTGGAGGCGTGTGAGTCCA;SOR=1.079;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=24;WE=35783714;WS=35783696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,32:0.29:111
chr14	35871407	rs1022714	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=1.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr14	35872792	rs2233415	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr14	35873770	rs1957106	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=0.514;SC=CGTGGCGGTCGTCCAGTAGCC;SOR=0.707;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=41;WE=35873778;WS=35873760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,68:0.30:228
chr14	36004075	rs1958260	A	G	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=23;PP=1101;SC=GCACCCACGGACTGCGCGTCT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=36004083;WS=36004065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	36096255	rs34349314	G	GA	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-1.448;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr14	36121087	rs35892589	CA	C	222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=5;PP=86;SC=GATCTGTAAGCAAAAAAAAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=36121095;WS=36121077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	36218039	.	CA	C	32.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-2.369;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	36231816	rs11847872	G	A	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=4;PP=158;SC=AGACAATTCAGAGATCTTTAG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=36231824;WS=36231806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	36240374	.	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-2.323;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr14	36334030	rs12890607	G	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	36768276	rs4900833	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=6;PP=219;SC=ATGACAAGGATGAGAGGAGTT;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=36768284;WS=36768266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	36781037	rs7154340	C	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=289;SC=CATCTAACCACAAGTATGAAG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=36781045;WS=36781027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	36789729	rs3168891	T	G	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=13;PP=574;SC=AGAGGTTGGGTCTGCATCTTC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=36789737;WS=36789719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	36789775	rs2899849	A	T	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=17;PP=546;SC=CGGGCGATTAAGCTCCGTGGC;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=36789783;WS=36789765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	36789795	rs11558802	G	A	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.19;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	36840650	rs3742592	A	T	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.51;QD=25.76;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	36840695	rs3742593	A	G	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.847;NF=22;NR=33;PP=845;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TCCCGGGACGATTCAGGGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=55;WE=36840703;WS=36840685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,88:0.62:142
chr14	36942909	rs7159699	A	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=0.708;SC=TTTTTTCAAGATGGTGTGCTC;SOR=0.518;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=11;WE=36942917;WS=36942899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr14	36944188	rs1012914	G	A	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=23;PP=643;SC=CTATTTCTGCGTAACAAATTA;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=36944196;WS=36944178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	36988928	rs149047715	A	AAG	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=256;ReadPosRankSum=0.969;SC=TTAGGTCTCAAAGAGAGAGAG;SOR=1.047;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=12;WE=36988937;WS=36988918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr14	37131993	rs12883298	G	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=1.912;SC=GTAGTTAGTAGGGGACGGGTG;SOR=1.508;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=5;WE=37132001;WS=37131983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr14	37132020	rs17104895	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.028;SC=CCCAGTCCCCGGATGCGTAGG;SOR=1.300;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=7;WE=37132028;WS=37132010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr14	37132048	rs12882923	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=235;ReadPosRankSum=-1.577;SC=AGTGGCAGGCAGCTGTCCCAA;SOR=0.976;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=10;WE=37132069;WS=37132038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr14	37132061	rs12883049	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=235;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TGTCCCAAGCAGCGGGTGCGC;SOR=0.839;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=8;WE=37132069;WS=37132038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr14	37135605	rs7143727	G	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr14	37149943	rs146639486	G	GT	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.239;NF=4;NR=17;PP=498;ReadPosRankSum=-4.140;SC=GAAAAGAGCTGTTTTTTATTG;SOR=0.778;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=21;WE=37149951;WS=37149933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,39:0.29:135
chr14	37153163	rs1884217	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-3.342;SC=TGAGATAGGGACCCAGCATTT;SOR=0.656;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=8;WE=37153171;WS=37153153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr14	37153185	.	T	A	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=23;QD=14.4428031368;SC=AAAAAATAAATTATTTGGAAT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=4;WE=37153193;WS=37153175;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,4:0.22:18
chr14	37153862	rs17105034	C	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GGAGGGCTTACTGGTTCTCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=37153870;WS=37153854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	37194681	rs201263151	AAAATAAATAAAT	A	233.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.96;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	37203642	rs5807904	TA	T	993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.589;NF=6;NR=8;PP=461;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTAATGTCTTAAGAGTTTGT;SOR=0.252;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=14;WE=37203650;WS=37203632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr14	37203697	rs10135196	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.651;NF=15;NR=14;PP=420;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TGGTGCGAACGCATGCAATGC;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=29;WE=37203705;WS=37203687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr14	37344229	rs5807914	A	AG	2151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=1252;SC=GATAAAGAAAATCCAATAAAC;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=37344237;WS=37344219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	37344275	rs712384	C	T	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=19;PP=551;SC=TCCTTGATCCCGTCGATTTCT;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=32;WE=37344283;WS=37344265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	37344347	rs2021404	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=2.458;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr14	37838604	rs35277854	C	CA	303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=1;PP=163;SC=ATTCTTGTTGCAAAAAAAAAA;SOR=2.448;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=37838612;WS=37838594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	38064058	.	G	A	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=1078;ReadPosRankSum=-1.056;SC=CCCCCGGCACGGGCTCCAGCG;SOR=0.244;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=60;WE=38064066;WS=38064048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,75:0.82:92
chr14	38149258	.	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5015;FS=9.700;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=0.887;SC=CTCTATTTTTCATTTACTACA;SOR=3.596;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=38149266;WS=38149248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	38149341	.	C	T	497.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=275;ReadPosRankSum=-0.906;SC=ACTTTGTTTCCTTTTCTCATT;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=16;WE=38149349;WS=38149331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr14	38149607	.	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr14	38151930	.	A	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=2.007;SC=CAATAAAAAAAAAGCATTCTT;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=38151938;WS=38151920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	38152274	rs1547102	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	38194123	.	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-2.462;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr14	38205027	rs1570399	T	C	30.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr14	38206818	rs4901157	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=161;ReadPosRankSum=0.524;SC=TAGCTTATCAGATAGTATCTG;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=12;WE=38206826;WS=38206808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr14	38207008	rs11439106	A	AT	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=11;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=251;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TAATCACCTTATTTTTTTTTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=38207026;WS=38206998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	38207018	rs17107021	A	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=9;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=200;ReadPosRankSum=-0.291;SC=ATTTTTTTTTAAAAGCATCTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=38207026;WS=38206998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	38218991	.	AT	A	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.82;ReadPosRankSum=-1.399;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr14	38222291	rs4901176	G	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=288;SC=TGTACCTCCCGCTGTCCCTAT;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=38222299;WS=38222281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	38256944	rs12586423	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr14	38260089	rs7153624	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=154;SC=TGTAAAAAATCGAAAACCTGA;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=38260097;WS=38260079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	38264358	rs969446	C	T	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=203;SC=TTAAGAAAAACATGTATGTTA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=38264366;WS=38264348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	38265344	rs1951639	T	A	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	38266074	rs9805910	C	T	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,77:0.68:113
chr14	38275499	.	C	T	170.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TACTGTAATTCGTTAACATTT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=38275507;WS=38275489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr14	38277999	rs4901284	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=-0.350;SC=AATAGTTATACAGCATTTTAT;SOR=0.668;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=11;WE=38278007;WS=38277989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr14	38295646	rs10483494	T	C	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=191;SC=CTTTTTAAAGTGACTTATGGA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=38295654;WS=38295636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	38310606	rs10151474	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=TTTCTGTATAGTAAGTTGCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=38310614;WS=38310596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	38679763	.	C	CGCTCTGAGCCCGGGCCACGCAGGG	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.775;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.95;MQRankSum=3.375;QD=26.78;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr14	38723737	.	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.112;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr14	39502539	rs11418467	G	GA	496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=383;SC=ACTCCTAGAGGAAAAAAGATA;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=39502547;WS=39502529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	39502626	.	A	AAATAGAAC	286	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=286;QD=62.4;SC=AAATCATTTGAAATGCCTATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=39502634;WS=39502616;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	39510173	rs62001129	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAAAATAATCTTTAGAAACTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=39510181;WS=39510163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	39511952	rs3837584	CT	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=-0.228;SC=AGTAAAAAGACTTTACATGCA;SOR=0.892;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=5;WE=39511960;WS=39511942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr14	39514231	rs1884384	T	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=221;SC=GCGAATACATTAATAGGTTGA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=39514239;WS=39514221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	39514274	rs77051476	T	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=181;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TTCTTATATTTAGTAACTATA;SOR=0.804;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=15;WE=39514282;WS=39514264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr14	39516714	.	C	CA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.859;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr14	39517691	rs4902344	T	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	39524614	rs11301994	AT	A	36.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	39543508	rs12164875	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=2.200;SC=ATGTGTTGCCTTGAAGTAGTG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=39543516;WS=39543498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr14	39543814	rs147995893	T	TAAG	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=61.19;MQRankSum=0.282;NF=0;NR=7;PP=240;ReadPosRankSum=1.085;SC=CAAAATGATCTAAGGACTAAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=39543822;WS=39543804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr14	39554893	.	TACACACACACAC	T	781	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=59.4;NF=3;NR=2;PP=781;QD=156.8;SC=TAATTATATATACACACACAC;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=5;WE=39554912;WS=39554883;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	39556185	rs8018720	G	C	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=30;PP=919;SC=GCTTGAGTAAGTGGTACTTTA;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=39556193;WS=39556175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	39583481	rs2277458	A	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	39587197	.	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=164;ReadPosRankSum=1.219;SC=TGAACTTGATCTCTAGCTTTC;SOR=0.430;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=12;WE=39587205;WS=39587187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
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chr14	39591083	.	A	T	124.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	39602849	.	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr14	39605542	rs9322993	T	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=164;SC=TTTAACCAGTTTCTTATTGAT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=39605550;WS=39605532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	39620788	rs8003485	A	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	39620936	rs8003807	C	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=10;PP=339;SC=GTAAGAAAGGCGAATTCAACT;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=39620944;WS=39620926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	39623533	rs12147991	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CCAAAGTCAATGTACCTAGCA;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=10;WE=39623541;WS=39623523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	39627695	rs9322994	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.739;SC=AATGCCAGAACAGCACTGAAC;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=39627703;WS=39627685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr14	39627729	.	AT	A	46.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr14	39627747	rs761804	A	G	55.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr14	39644498	rs1061583	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr14	39645863	rs2252040	G	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	39645921	rs3215670	G	GC	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=18.95;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	39647153	rs5808025	TTTAAG	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=0.699;SC=GCATCATATATTTAAGTTATC;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=39647165;WS=39647143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr14	39648629	rs11558739	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=-0.991;SC=GTCCAGCTACCCAAAAACTAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=5;WE=39648637;WS=39648619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr14	39650234	rs2180792	A	T	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=17;PP=761;SC=AGAATGTAAAACCCTTTCTCC;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=39650242;WS=39650224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	39651193	rs532	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CTTTTTGGAAAATACAGACTG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=39651201;WS=39651183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	39703324	rs7141840	A	G	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=37;PP=1534;SC=TTAGCATGGCAAAATTTGGCG;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=39703332;WS=39703314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr14	39703498	rs7143646	T	C	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=398;ReadPosRankSum=0.332;SC=TAAAATCTTATTGTGGTCACG;SOR=0.583;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=26;WE=39703506;WS=39703488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr14	39703548	rs76790306	G	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AGAAATATTTGGATTATGAAG;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=9;WE=39703556;WS=39703538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr14	39721990	rs200876456	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GAGAATTCACGAAGAAGTATA;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=9;WE=39721998;WS=39721980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr14	39736680	rs7140561	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=9;PP=378;SC=GAGCCCGGGGTTACCCCTCAA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=39736688;WS=39736670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	39748480	rs7158558	G	A	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	39763006	rs956109	T	C	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=TTATGAAATATTAAAGTTATG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=39763014;WS=39762996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	39764338	.	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=250;ReadPosRankSum=-1.144;SC=GCTTTTCCTTGAGAGCATGAG;SOR=0.651;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=21;WE=39764346;WS=39764328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr14	39773639	rs2274398	G	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=129;SC=TACATCTCTTGGCAGAGAATG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=39773647;WS=39773629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	39777676	rs1950952	G	C	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=79;SC=TCTTCAGACTGAACAAGCATC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=39777684;WS=39777666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	39784010	.	A	ATGTG,ATGTGTGTG	1353.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.44;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=120;SC=GCAGGTATATATATATGTGTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=39784022;WS=39783994;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:31
chr14	39784012	rs12436164	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	39784012	.	ATA	GTG	730	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MMLQ=22;MQ=58.15;NF=4;NR=13;PP=730;QD=46.0863455801;SC=AGGTATATATATATGTGTGTG;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=17;WE=39784022;WS=39783994;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,17:0.53:32
chr14	39784014	rs2415539	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	39784042	rs2415540	A	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.05;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	39784044	rs112379214	A	G	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.10;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	39784965	rs10150863	G	T	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=148;SC=CAAATTGTATGTTTTTTTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=39784973;WS=39784953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	39796048	rs36031495	GT	G	908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.310;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=586;ReadPosRankSum=1.580;SC=AGATTTGTATGTTTTTTTTTC;SOR=0.511;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=39796056;WS=39796038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr14	39818028	rs1140952	A	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=710;ReadPosRankSum=0.238;SC=TCTTGCTCCAATCAGAGGTCC;SOR=0.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=39;WE=39818036;WS=39818018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr14	39818222	rs7156249	G	T	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=375;SC=TCAATATGTGGTTTATTAATC;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=39818230;WS=39818212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	39856043	rs10146207	G	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=17;PP=728;SC=TCAGCAACTCGTCTCTCTTCT;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=39856051;WS=39856033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	42355771	rs721222	C	T	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=129;SC=AATTAAATCACTGGATGCTAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=42355779;WS=42355761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	42360633	rs6572117	T	C	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=30;PP=1432;SC=TCATGCAGTCTCAGTTTTTGG;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=65;WE=42360641;WS=42360623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	42997963	rs9323070	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5240;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=1.187;SC=CACTTTTCCTATGCATTATTT;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=15;WE=42997971;WS=42997953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr14	42998026	rs10148466	T	C	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=81;SC=AACTGCTCATTGTTTTCTTAC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=42998034;WS=42998016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	44589434	rs11620704	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.822;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr14	44973745	.	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.799;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr14	44975511	rs45478391	G	A	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=26;PP=968;SC=TAAAAGTACCGGGGGACCTTT;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=44975519;WS=44975501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	45430216	rs11157424	A	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	45432870	rs3825629	G	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=300;ReadPosRankSum=-0.194;SC=TGGCACACTTGAAGTCCTGCA;SOR=0.858;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=25;WE=45432878;WS=45432860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr14	45433155	rs3742591	C	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=395;ReadPosRankSum=0.688;SC=CTTGCCCAAACTGTCCTTTGA;SOR=0.664;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=28;WE=45433163;WS=45433145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr14	45473220	rs111878142	A	AG	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=231;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TAACTGTTAAACTGTGTATAC;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=7;WE=45473228;WS=45473210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr14	45475139	rs73352233	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.446;SC=TGTATTTTAAGCACTTGTGAC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=5;WE=45475147;WS=45475129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	45501384	rs73348095	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=0.102;SC=AATTTTTTTTAAAAAGGTTCT;SOR=0.412;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=45501392;WS=45501374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	45515838	rs74907291	A	G	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=2.538;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,44:0.29:154
chr14	45535985	rs12100842	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr14	45565498	.	AT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.049;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr14	45570935	rs61155826	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr14	45587752	.	T	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQRankSum=-2.100;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr14	45587753	.	G	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQRankSum=-2.100;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr14	45605818	rs2033385	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CAAGCTACAACATGTGCATCT;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=5;WE=45605826;WS=45605808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr14	45606287	rs10138997	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.463;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr14	45633522	rs78455731	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=0.617;SC=CAGTTCTCTTACATTTGCATG;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=6;WE=45633530;WS=45633512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	45636507	rs17115860	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TGGAAAGGCTGTACGAGATTA;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=45636515;WS=45636497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	45644589	rs1367580	G	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=0.431;SC=TATAGATTCTGTAGATAATGA;SOR=0.525;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=6;WE=45644597;WS=45644579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr14	45650684	.	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr14	45650813	rs8020533	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.614;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr14	45654410	rs34252356	TCTTA	T	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=1.117;SC=TTCTAATTTGTCTTACTTAGC;SOR=1.038;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=2;WE=45654421;WS=45654400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,3:0.15:20
chr14	45664721	rs58790242	C	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-1.264;SC=CCCATGCCCTCTGCCTCTGCA;SOR=0.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=14;WE=45664729;WS=45664711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
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chr14	45696037	rs34101857	T	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr14	47310983	rs11844549	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=5;PP=253;SC=TTATCCCCAGTGCTTAAAAAA;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=47310991;WS=47310973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	47314873	rs149291885	AT	A	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.858;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.54;MQRankSum=0.959;NF=10;NR=1;PP=386;ReadPosRankSum=1.228;SC=CCAACTAAAAATAACTCCGTT;SOR=3.312;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=47314881;WS=47314863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr14	47315127	rs1388567	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.895;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=325;ReadPosRankSum=2.240;SC=TTGCAGATCAGTTTCTCTTGA;SOR=0.243;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=23;WE=47315135;WS=47315117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr14	47341055	rs1491910	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=0.215;SC=AGTTTAACTTCTCAAAAGCTT;SOR=1.317;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=8;WE=47341063;WS=47341045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr14	47341131	rs2933208	C	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	47528470	rs8009302	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr14	47528551	rs10144183	T	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=-0.811;SC=TTGGAAGAAGTCAATATATTT;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=17;WE=47528559;WS=47528541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr14	47530841	rs7147260	A	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.744;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr14	47530845	rs7147741	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr14	47687187	rs8011854	A	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr14	47770841	rs2275504	C	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=1.220;SC=AAAAGCAATTCTTATTAGACT;SOR=0.460;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=16;WE=47770849;WS=47770831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr14	50032993	rs10149195	G	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-0.765;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	50044392	rs2883438	T	C	715.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=275;ReadPosRankSum=0.898;SC=ACCCTGTTGTTAATACCTCTG;SOR=0.492;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=16;WE=50044400;WS=50044382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr14	50052845	.	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=2.275;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr14	50065359	rs2281837	C	G	3921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=59;PP=1624;ReadPosRankSum=-0.962;SC=GACGTGCGCCCGCAACGCGTA;SOR=0.637;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=110;WE=50065367;WS=50065349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,185:0.66:279
chr14	50065717	rs2281836	G	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=468;ReadPosRankSum=-0.440;SC=CCAGCTTGACGTGGTTGTGGC;SOR=0.260;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=26;WE=50065725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr14	50065892	.	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.108;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr14	50068299	rs11625804	C	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.411;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr14	50069282	rs2354444	A	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-0.917;SC=TGAAGTACAGAGGCATAGTCA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=50069290;WS=50069272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	50070384	rs7146398	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=2.000;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	50074014	rs2354445	G	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=191;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GTAAATCATTGTATCACATTC;SOR=0.126;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=13;WE=50074022;WS=50074004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr14	50074352	.	A	AT	2057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=1298;ReadPosRankSum=1.604;SC=TGATATGCGTATGCTTTGCTT;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=31;WE=50074360;WS=50074342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,64:0.65:99
chr14	50074508	.	C	T	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TTCTACACTCCAGAAGTCACT;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=77;WE=50074516;WS=50074498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,119:0.70:169
chr14	50080871	rs6572592	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	50087753	rs7519	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5082;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=0.195;SC=GCGGCGCCGATGCTCGAGCTG;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=12;WE=50087761;WS=50087743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr14	50092471	rs9989177	T	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=-1.019;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr14	50100386	rs2985687	T	C	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=841;ReadPosRankSum=-1.669;SC=ACTCCTCGCGTGTTTCCACAC;SOR=0.534;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=60;WE=50100394;WS=50100376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,96:0.64:150
chr14	50100463	rs202079418	A	T	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.502;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,69:0.32:213
chr14	50100683	rs2985686	C	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=310;ReadPosRankSum=-1.251;SC=CTCCGTCCTCCGCGCGACTCC;SOR=0.453;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=22;WE=50100691;WS=50100673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr14	50101370	rs2985685	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=519;ReadPosRankSum=-1.626;SC=CCAGGGCCGTGGCGTCCAGCA;SOR=0.484;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=31;WE=50101378;WS=50101360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr14	50101682	rs2985684	C	G	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=778;ReadPosRankSum=-1.351;SC=CCACCCCGCGCTCACGCTCTA;SOR=0.619;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=53;WE=50101690;WS=50101672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,96:0.59:162
chr14	50175792	rs11157703	T	C	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	50195679	rs4301946	A	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=14;PP=412;SC=CCGCGCATACATGTGCAGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=50195687;WS=50195669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	50199337	rs60013005	A	AT	101.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=114;SC=GTGAGGGCAGATTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=50199345;WS=50199327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50199375	rs10146753	A	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=162;SC=AAAACCTTTTATTTTGATTAA;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=50199383;WS=50199365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	50206702	rs4898631	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=47;SC=AAGTTCAATCGTGTCTCTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=50206710;WS=50206692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	50235297	rs199618172	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=0.430;SC=GCCACGTAGCCGTCAGCGACG;SOR=0.353;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=12;WE=50235305;WS=50235287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr14	50241205	rs66520673	TAGA	T	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=0.454;SC=AGGATATAAGTAGAAGAAGAA;SOR=0.344;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=4;WE=50241215;WS=50241195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr14	50241258	rs4499141	A	C	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=753;SC=ACTTACATACATTTAATTTAT;SOR=1.421;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=50241266;WS=50241248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	50244835	rs4900949	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=325;SC=CTAAGATAAACTGCTTGTATC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=50244843;WS=50244825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	50245374	rs6572613	C	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	50247290	rs4900952	G	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=3;PP=366;SC=TAATTGCAGGGGGGGGAAAAA;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=50247298;WS=50247280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	50251369	rs10143621	A	G	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=8;PP=239;SC=TCCTTTTTACATTCAGAAGAT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=50251377;WS=50251359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	50251888	rs8009346	C	T	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=29;PP=998;SC=ACTAAATAGACGTTACAAAAC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=50251896;WS=50251878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	50280688	rs3126195	T	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	50298153	rs11365862	AT	A	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=14;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-0.325;SC=ACAGAATTTTATTTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=50298161;WS=50298143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	50298962	rs3100906	T	A	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=29;PP=852;SC=GCTTCCAAGCTTGGTTTTATT;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=50298970;WS=50298952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	50300310	rs3100904	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=276;SC=AAGTGCTTACAAAATAATGTT;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=50300318;WS=50300300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	50319327	rs3126160	T	C	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=45;PP=2008;SC=TAAGGAAACATATCAAGCTGG;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=106;WE=50319335;WS=50319317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	50319499	rs3100887	G	T	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=1117;ReadPosRankSum=1.849;SC=ACTACCGCAAGTTCCTCTACT;SOR=0.532;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=60;WE=50319507;WS=50319489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr14	50477643	rs4900978	G	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=7;PP=342;SC=CACATGCCATGTCACTTACTT;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=50477651;WS=50477633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	50550749	rs201397848	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=329;ReadPosRankSum=0.271;SC=GGGGCAGGACCCATCCTGGGC;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=23;WE=50550757;WS=50550739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr14	50555664	rs2883738	G	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=216;SC=CCCAAATTCCGATGTTGAAAT;SOR=1.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=50555672;WS=50555654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	50583131	rs201366727	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=602;ReadPosRankSum=-1.419;SC=AGAAAGGACAATGGCAGCGTC;SOR=0.717;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=41;WE=50583139;WS=50583121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr14	50585574	rs10658395	C	CA	85.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9966;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-1.465;SC=ATATTTCCCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=50585582;WS=50585564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr14	50596862	rs3759597	T	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=23;SC=AAAAATTAACTCAGAACCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=50596870;WS=50596852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	50605267	rs35961944	A	AT	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr14	50611845	rs2064667	C	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=160;SC=ATGCTAATTTCATCATCCCCG;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=50611853;WS=50611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	50616878	rs2229869	G	A	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	50619927	rs11628935	A	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=12;PP=358;SC=TTAGTGAAACATAAGTGTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=50619935;WS=50619917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr14	50647250	rs199667374	TTA	T	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr14	50670965	rs1075537	G	C	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	50671133	rs12888783	A	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=12;PP=320;SC=TGAACCTTTAAAAAAAAGTTA;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=50671141;WS=50671123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	50704331	rs4901000	C	T	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=25;PP=1025;SC=AAGCTACAAGCGCTACCAGTC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=50704339;WS=50704321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	50732042	rs12432673	G	A	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=27;PP=917;SC=CATAGGTCAGGACTGTATTTA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=50732050;WS=50732032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	50745123	rs10658363	A	ATTACTT	155.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=32;SC=TTCTCTCAGAATTACATTAGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=50745131;WS=50745113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	50750577	rs12433038	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=7;PP=698;SC=AGAAAAGACAAGGATGGCTTA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=50750585;WS=50750567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	50760030	rs12894758	C	T	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=31;PP=874;SC=CACCTTGACCCCTAACTTATA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=50760038;WS=50760020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	50769717	rs2297995	G	A	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	50769868	rs1962578	G	A	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=156;SC=GCGGCCGGTCGCAGTGGCTCA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=50769876;WS=50769858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	50778816	rs2275591	A	C	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=34;PP=1154;SC=ACCGGCGAAAAGCCCGCGGGC;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=79;WE=50778824;WS=50778806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	50786004	rs12433794	A	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=15;PP=442;SC=GGCTGTAGTGAAAAAGGGATG;SOR=0.804;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=26;WE=50786012;WS=50785994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	50788213	rs2275592	C	T	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=31;PP=1210;SC=CAAATGATGCCGTTTGGAAAA;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=50788221;WS=50788203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	50789078	rs11357954	GT	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.29;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50789101	rs10685266	A	AATAC	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=369;SC=GGATCTCACTAATTTATCTTC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=50789109;WS=50789091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	50789578	rs8017316	G	C	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=146;SC=TCCTGTGTTTGATATTTATTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=50789586;WS=50789568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	50792273	rs8003113	A	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=226;SC=AGTAAATTGAATTTATTTTTA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=50792281;WS=50792263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	50798743	rs4901016	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=540;SC=CATGCAGGCTGGAAACCCTGG;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=50798751;WS=50798733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	50799126	rs7161563	G	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=34;PP=1109;SC=GTCAGCCTTTGAGTAGGGTCC;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=50799134;WS=50799116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	50799338	rs7141289	T	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	50801102	rs7141402	G	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=8;PP=438;SC=ACTGACCTCAGGTGATCTGCC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=50801110;WS=50801092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	50802727	rs7148089	A	C	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	50802840	rs7148292	A	G	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=44;PP=1436;SC=GATGAGGCCAACTGGTTGCCT;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=50802848;WS=50802830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	50808802	rs7142237	G	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=6;PP=236;SC=GTTGTATCAAGAACTTTTTCA;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=50808810;WS=50808792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	50809895	.	G	C	219	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=26;MQ=59.41;NF=0;NR=9;PP=219;QD=28.1968013941;SC=TTTTTTTTGAGTTGGGTCAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=50809903;WS=50809885;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr14	50824839	rs11157737	G	A	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=23;PP=721;SC=TCTTCTTCCAGTGCACACAAA;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=50824847;WS=50824829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	50824954	rs11157738	T	C	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	50825033	rs11570816	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=364;SC=CCGGATTGCTTCCAGTGAAAT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=50825041;WS=50825023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	50828838	rs10137638	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.47;QD=23.52;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	50844367	rs59930863	G	GA	1410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=12;PP=829;SC=GGGGTGGGAGGAGCCCAGGGA;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=50844375;WS=50844357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	50844856	rs1890978	A	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=240;SC=TAGGAAAAGCAACTCAGTTCC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=50844864;WS=50844846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	50845231	rs7151046	C	A	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=105;SC=AGGACACCTGCAGACAGTTCT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=50845239;WS=50845221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	50857189	rs2015870	C	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.390;NF=9;NR=17;PP=373;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TACAATTATTCTATTGTATTA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=26;WE=50857197;WS=50857179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr14	50863716	rs10136595	C	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=129;SC=CCCGGCCGCCCTCCCGGCTGC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=50863724;WS=50863708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	50877491	rs1265878	C	A	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=137;SC=AGATGAGATGCGATCTCTCAT;SOR=2.584;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=50877499;WS=50877481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	50923249	rs12881869	C	T	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=689;ReadPosRankSum=-0.921;SC=ATTTCTGAAGCTGTCCGTTCA;SOR=0.762;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=44;WE=50923257;WS=50923239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,74:0.65:113
chr14	50929508	rs11624731	C	A	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=40;PP=1241;SC=TGCTAAAAGACAACAAAATGA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=50929516;WS=50929498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	50942047	rs12717408	C	T	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=134;SC=AAAAAATTTACTGGCACTTTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=50942055;WS=50942037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50943034	.	TAA	T	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	50949196	rs11364906	TA	T	121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=121;SC=ACAGTCTACTTAAAAAAAATG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=50949204;WS=50949186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	50952178	.	G	A	99.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	50971446	rs7146431	C	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	51054598	rs35014209	A	G	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=568;ReadPosRankSum=-2.288;SC=AGGAGGAGCCAGTGAAAAAGG;SOR=0.602;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=40;WE=51054609;WS=51054588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,70:0.80:87
chr14	51057727	rs1060197	G	A	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	51058234	rs2934684	G	T	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.837;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=719;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TATCAATAATGTACTCTTCTT;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=51058242;WS=51058224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr14	51060452	rs2291672	A	G	82.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	51062236	.	TTCTC	T,TTC	934.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.33;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,6,25:0.18,0.76:33
chr14	51062357	rs3759588	G	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=452;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TCAGGTGAGCGAGTGTTAAAT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=39;WE=51062365;WS=51062347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,76:0.72:106
chr14	51062455	rs10131107	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.504;SC=ATTTCATTGAGAAACCATTTT;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=51062463;WS=51062445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr14	51096610	rs3080579	G	GTTCTT	336.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	51096644	rs138369461	G	GAAT	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=-1.742;SC=AAGCAAAGTTGATTATAATGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=51096652;WS=51096634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr14	51096684	rs202061961	TTTTTC	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.295;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=-1.988;SC=ATACTTTTCTTTTTTCTTTTT;SOR=1.190;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=6;WE=51096696;WS=51096674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr14	51097536	rs2934692	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=240;SC=GCAAATTTCAGCTTTGTAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=51097544;WS=51097526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	51107452	rs871643	T	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=8;PP=553;SC=CAAATTTGTGTTGTAAATGTA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=51107460;WS=51107442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	51107737	rs4075253	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TACACCACCTGAAAGGTAATG;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=51107745;WS=51107727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	51134038	rs45479904	C	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.974;NF=14;NR=2;PP=269;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GCTCTCTGCTCTGCTGTGTAA;SOR=1.883;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=16;WE=51134046;WS=51134028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr14	51192659	rs1983764	G	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr14	51196091	.	G	A	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=46;SC=GGCCTCAAGCGATCCTCCCGT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=51196099;WS=51196090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	51196142	rs2984274	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.84;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	51204996	rs11376	C	T	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=39;PP=1361;SC=TGGATTCCAACTGACGGACCT;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=51205004;WS=51204986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	51206021	rs3015485	A	G	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	51208236	rs76858548	T	TGTA	1442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=8;PP=783;SC=ATAACCAAGTTGTCCTAAGAT;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=20;WE=51208244;WS=51208226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	51223106	rs2295846	G	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=1.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TGCTCTCTTCGTGAAGACTAC;SOR=1.270;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=51223114;WS=51223096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr14	51223789	rs2073347	C	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=579;ReadPosRankSum=-0.048;SC=AACATTCAGCCCCTCATTTTC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=35;WE=51223797;WS=51223779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,65:0.52:126
chr14	51224374	rs12882191	T	G	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=874;ReadPosRankSum=0.692;SC=CTGTAAAAACTGCTCTGTTTG;SOR=0.765;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=61;WE=51224382;WS=51224364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,85:0.64:133
chr14	51224658	rs2073348	T	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=544;ReadPosRankSum=0.591;SC=TCTGAAGCATTGAGAGAGGAG;SOR=0.874;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=38;WE=51224666;WS=51224648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,46:0.61:76
chr14	51225132	rs2073349	G	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=369;ReadPosRankSum=0.120;SC=GCAGCTCCTGGGCTTCCGCAC;SOR=0.686;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=25;WE=51225140;WS=51225122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr14	51226439	rs12892462	C	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-0.934;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.719;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	51230431	rs150650334	CTT	C	335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;MQRankSum=0.761;QD=18.65;ReadPosRankSum=0.596;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,15:0.83:18
chr14	51237701	rs17793018	A	G	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=32;PP=1091;SC=CCACCTGATCAACTCGTTCCC;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=51237709;WS=51237691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	51239067	rs8020503	C	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=27;PP=952;SC=GCCAGGTGTCCAGTATTCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=51239075;WS=51239057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	51239181	rs61755581	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CACTCTCATCGAAAGACTGGA;SOR=0.936;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=4;WE=51239189;WS=51239171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr14	51245666	rs7143959	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=335;SC=AGTGTATCCATCTAGATGAGT;SOR=1.828;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=51245674;WS=51245656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	51289874	rs1547077	G	T	619.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.715;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.71;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,31:0.89:35
chr14	51290141	rs9672090	A	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=22;PP=556;SC=GTGATCGTCCATACGGCAGAT;SOR=1.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=51290149;WS=51290131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	51297448	rs201889202	G	GC	120.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	51338875	rs11850408	A	C	203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	51344584	rs10672040	C	CAAA	610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=35.93;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	51347023	rs12889998	T	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	51347107	rs2185300	G	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=3;PP=297;SC=GGAGACTTTCGGCCTTTGGAA;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=51347115;WS=51347097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	51348281	.	C	CT	52.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=8.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	51353493	rs7158183	T	C	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=111;SC=TTTGAACATATAGACACCAAA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=51353501;WS=51353483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	51355517	rs10144606	C	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	51382358	rs1890701	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=291;SC=GTTAGCTCTATGGAGGTGCCA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=51382366;WS=51382348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	51446216	rs2275462	T	G	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=495;ReadPosRankSum=2.092;SC=TTTTTCTATTTAAGTCGAGGA;SOR=0.954;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=33;WE=51446224;WS=51446206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr14	51475794	rs2297889	A	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr14	51491956	rs11848681	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr14	51492135	rs11268748	C	CCACACAGGTGTTTT	1383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=2900;SC=ACCAACAAGGCCAGCGAGACT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=51492143;WS=51492125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	51710508	rs35110538	T	TA	309.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=354;SC=TTAAATTTTTTATCCCAAGAT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=51710516;WS=51710498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	51710551	rs10131881	A	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=7;PP=409;SC=AACTTTTTTTAAAAAAAAATC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=51710559;WS=51710541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	51712092	rs4606635	T	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=8;PP=461;SC=TATTTGAAGATTCTAAATTAT;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=51712100;WS=51712082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	51716161	rs59489282	GT	G	398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.61;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr14	51716188	rs7161242	T	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=11;PP=404;SC=GATTTTAGACTTGCCATAACT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=51716196;WS=51716178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	51716467	rs7160810	G	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=235;SC=GACCACAGCCGTACCCATACC;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=51716475;WS=51716457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	52167918	rs55923021	T	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.063;SC=TGATTTTTTTTAAAAAATGTT;SOR=1.112;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=52167926;WS=52167908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr14	52182081	rs731715	T	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=373;ReadPosRankSum=0.749;SC=GCTTGCCTTCTGCCCGGAAGC;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=35;WE=52182089;WS=52182071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,64:0.34:190
chr14	52294397	rs6572795	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=319;SC=ATTACACGCAGTGGAAAAGCA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=52294405;WS=52294387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	52308314	rs10498437	G	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=19;PP=704;SC=GAAGTCCACAGTAATATTTCA;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=52308322;WS=52308304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	52308447	rs17124603	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=268;SC=ATTGTGAAATAGACATGACTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=52308455;WS=52308437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	52465460	rs1151570	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=3;PP=46;SC=ATGTTTTTATGATGTGCTTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=52465468;WS=52465450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	52468641	rs1151573	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-1.050;SC=TGGTATGGCCGTGATTTTAAA;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=9;WE=52468649;WS=52468631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	52471017	rs34688526	G	GAAAT	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=288;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TACTTGGGAGGAAATAAATGG;SOR=0.760;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=52471025;WS=52471007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr14	52471263	rs113869191	C	CT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=0.366;SC=TTCTCACCTACTTAGTACAGT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=52471271;WS=52471253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	52472620	rs72261409	AAGTC	A	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=0.282;SC=CTAGATAAAGAAGTCAGTCAG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=52472631;WS=52472610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr14	52477835	rs1151579	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=0.623;SC=GCCCTCCAACGGTCGGGTGGG;SOR=0.260;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=6;WE=52477843;WS=52477825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr14	52477867	rs10146989	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.040;SC=GCAGGGGAAAGCAAAGCCCAA;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=52477875;WS=52477857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	52478315	rs1051069	A	G	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=1.332;SC=GTTCCAGACCAGCACGGCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=29;WE=52478323;WS=52478305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr14	52485697	rs59811471	G	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr14	52486123	rs17124896	C	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=1.576;SC=TTTTGGAGCCCGAGATTCTTA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=52486131;WS=52486113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	52495354	rs74049344	T	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=0.694;SC=AGCCTCTGAATAGCAGAAGTC;SOR=0.754;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=52495362;WS=52495344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr14	52495375	rs7144352	C	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=9;PP=521;SC=AAAACACTGACAGATTAAAGA;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=52495383;WS=52495365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	52496387	rs2273430	C	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=24;PP=698;SC=GCAAGGATTCCCCGGAGTGGG;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=52496395;WS=52496377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	52496407	rs2273431	C	T	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=22;PP=666;SC=GGTCTGAATCCTCTGCATGAG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=52496415;WS=52496397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	52505360	rs753051	A	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=267;SC=TACCTAGCACATAACACAGCA;SOR=2.636;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=52505368;WS=52505350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	52505375	rs753050	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=412;SC=ACAGCATGGCACTAGGTAACC;SOR=2.448;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=52505383;WS=52505365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	52505771	rs2029978	TT	AG	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=771;SC=TTTTCTGCAGTTTTTTTCATC;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=52505780;WS=52505761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	52505811	rs2029976	C	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=284;SC=CCTTGGGAACCTCCTGAGTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=52505819;WS=52505801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	52507334	rs74049361	C	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.534;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-1.445;SC=GGGCATAATCCCCATTTTACA;SOR=0.435;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=7;WE=52507342;WS=52507324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr14	52507429	rs3742536	A	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=8;PP=357;SC=AAATTTGCTGAGACGTAAGGC;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=52507437;WS=52507419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	52508842	rs61747585	C	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=-0.209;SC=TGAAGCCGTTCTCAGAGCCAG;SOR=0.871;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=14;WE=52508850;WS=52508832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr14	52509101	rs1982963	G	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=45;PP=1361;SC=AGGCTTGGACGTCATCCTGGC;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=52509109;WS=52509091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	52509131	rs2273433	G	A	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.275;NF=14;NR=25;PP=590;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GTGTACCCAGGTATAATTATT;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=39;WE=52509139;WS=52509121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr14	52509483	rs56834750	TG	CA	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	52509501	rs3818186	T	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=520;ReadPosRankSum=0.386;SC=GTCAATTACCTTCAGGCAGAC;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=32;WE=52509509;WS=52509491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,47:0.77:61
chr14	52520146	rs8019428	T	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GGAAATTTACTCTATCTCTTG;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=52520154;WS=52520136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	52520368	rs2101919	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=0.822;SC=TGTAGTGTGACCTGAAGCAGG;SOR=0.637;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=22;WE=52520376;WS=52520358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,29:0.23:125
chr14	52520853	rs904059	A	G	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=33;SC=CATTCACATCATAGTAATCCA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=52520861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	52534985	rs75651404	C	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-1.732;SC=AAGCCTCTCTCTCCTTCCCCA;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=52535005;WS=52534975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	52534997	rs7151874	T	C	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=152;SC=CCTTCCCCACTGGCCAGGGAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=52535005;WS=52534975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	52535387	rs984051	A	C	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=13;PP=723;SC=GGGCTCCAGGAGTGGGGTCTG;SOR=1.755;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=44;WE=52535395;WS=52535377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	52535415	rs984050	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr14	52535648	rs3920038	G	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CATTAGCAACGGCAGCAGCAG;SOR=1.485;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=17;WE=52535656;WS=52535638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr14	52536512	rs1497082	T	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	52781195	rs1254598	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.353;SC=GGAACGCTCCGGCTCTCAGAC;SOR=1.552;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=4;WE=52781203;WS=52781185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr14	52794046	rs372997180	C	T	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=964;ReadPosRankSum=0.580;SC=TCTTTGCCATCCTTAGGCCTC;SOR=0.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=64;WE=52794054;WS=52794036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,92:0.65:141
chr14	52794234	rs708502	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=15;PP=411;SC=AAATTGTTCCTTGGAGAAATG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=52794242;WS=52794224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	52906081	rs2249922	T	G	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=47;PP=1436;SC=AAATATGCCCTCAAGATTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=52906089;WS=52906071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	52906179	rs2249925	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=24;PP=635;SC=AATAGTAATTCGTAGAACATT;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=52906187;WS=52906169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	52907353	rs1952254	C	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	52937255	rs7155490	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-1.927;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr14	52981552	rs11387534	G	GA	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr14	53010374	.	G	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=-1.547;SC=TATTCAACAAGAGTTTGTTGA;SOR=0.719;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=15;WE=53010382;WS=53010364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr14	53019944	rs147785041	A	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	53019944	.	AGC	GGC,GGT	30	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=7,4;NR=1,1;PP=30,8;QD=8.0964015684;SC=CGGCGGGGGCAGCGGAGGCGG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8,5;WE=53019954;WS=53019934;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:8
chr14	53019946	rs112566626	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	53063621	rs4901287	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGTCTTCTGCGTCAACCTTGC;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=53063629;WS=53063611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	53100760	rs11157925	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=-1.248;SC=AAGGTGATTTAGTGGTAATAT;SOR=0.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=53100768;WS=53100750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr14	53119712	.	CA	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	53120048	rs141108666	GAATTA	G	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=370;ReadPosRankSum=2.783;SC=GAAGGAAGAAGAATTAAATAT;SOR=0.743;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=53120060;WS=53120038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	53124807	rs3783453	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=1.687;SC=GAGAAAAAAACCATCATTGAA;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=8;WE=53124815;WS=53124797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr14	53133036	rs12885338	T	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=288;SC=TGATTTTGTTTATAAAGAGAA;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=53133044;WS=53133026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	53144949	.	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	53150695	rs11621485	G	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=141;ReadPosRankSum=0.566;SC=TCCTCACATGGTTGTTAGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=10;WE=53150703;WS=53150685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr14	53173862	.	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=2.778;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr14	53173874	.	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr14	53173875	.	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr14	53197042	rs2277493	G	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	53325090	rs6572868	C	T	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=17;PP=1304;SC=AAACAGTATTCCTATTCACAC;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=53325098;WS=53325080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	53326454	rs3818453	C	A	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.231;NF=21;NR=35;PP=1009;ReadPosRankSum=1.752;SC=AAGAAAAGAACGGTTAAAAAC;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=56;WE=53326462;WS=53326444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr14	53345266	rs2357946	G	C	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	53345378	rs2357947	G	A	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=40;PP=1210;SC=TGGCCTGCTCGTAAAGCTGAT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=53345386;WS=53345368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	53386172	rs5808695	A	ATAAT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=262;SC=TTTAACAGCAATAATTAACTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=53386180;WS=53386162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	53415359	rs17125973	A	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=197;SC=CATTTAAATTAACATCATTTC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=53415367;WS=53415349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	53513478	rs10599915	AAG	A	3608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=25;PP=2265;SC=CATGTCCTTCAAGAGAGTTCA;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=48;WE=53513487;WS=53513468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	53522324	rs5808701	T	TA	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=4;PP=594;SC=CCCCCAAACTTATGTCTAGGA;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=53522332;WS=53522314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	53525392	rs915436	C	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=20;PP=539;SC=GAAGTGTTATCTTTCAACAAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=53525400;WS=53525382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	53525427	rs12882412	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=234;SC=TAATATATGGCAAAATACAAA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=53525435;WS=53525417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	53529669	rs4898778	A	T	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	53539471	rs875663	A	G	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=212;SC=AGTCTCTGTTACAGGAAAGTA;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=53539479;WS=53539461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	53619463	rs2358188	G	A	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=629;SC=GCTGCGGCGGGTGCAGCGACA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=53619471;WS=53619453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	53619480	rs140904345	T	TGCCGCC	1431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=1361;SC=GACAAGGAGCTGCCGCCGCCG;SOR=1.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=21;WE=53619488;WS=53619470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	53619544	rs2358189	G	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=418;SC=CGGCGGAGCTGAAGTCATAGT;SOR=1.075;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=20;WE=53619552;WS=53619534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	54415291	rs12898159	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	54417522	rs17563	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=1.792;SC=AGAGGAGATCACCTCGTTCTC;SOR=1.021;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=15;WE=54417530;WS=54417512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr14	54418986	rs2761880	T	C	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.01;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	54863577	rs2235961	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr14	54869027	rs35529322	C	CGT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=-0.453;SC=CATGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.859;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=11;WE=54869036;WS=54869017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr14	54875514	rs2179896	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.904;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr14	54896575	.	G	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=481;ReadPosRankSum=-0.744;SC=ATAAAGGGCAGAGCACACCAC;SOR=0.412;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=30;WE=54896583;WS=54896565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr14	54896852	rs78534712	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=148;ReadPosRankSum=1.018;SC=ATTTGCTGGTGTGCACCATGC;SOR=1.085;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=12;WE=54896860;WS=54896842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr14	54907863	rs28734951	C	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=1.340;SC=GCATCCCCGACGCGCAAAGCC;SOR=0.622;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=14;WE=54907871;WS=54907853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr14	54947621	.	G	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=145;ReadPosRankSum=-1.440;SC=AAAGCACAGAGGATATGAAAC;SOR=0.653;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=9;WE=54947629;WS=54947611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr14	54955677	rs3737314	A	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,47:0.30:156
chr14	55154053	rs11626473	C	T	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=14;PP=480;SC=CTTGGCATCTCGGGGAGGACC;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=55154061;WS=55154043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	55168673	rs1022754	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=296;SC=AAATATAGCCAGACTATGTAG;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=55168681;WS=55168663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	55203703	rs10133272	G	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.027;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=160;ReadPosRankSum=0.327;SC=CAGGATAAAGGGGGGGGAATA;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=16;WE=55203711;WS=55203693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr14	55218161	rs2295820	A	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=-1.197;SC=CTTGTTATTTAATTACAGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=10;WE=55218169;WS=55218151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr14	55218435	rs2295822	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=341;SC=TGCTTCTTTGAAAGCTGATGC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=55218443;WS=55218425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	55221345	rs911612	G	A	150.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	55221543	rs11627203	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=314;ReadPosRankSum=1.008;SC=TGCAGAGCTCTTTTGTTCAGT;SOR=0.649;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=20;WE=55221551;WS=55221533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr14	55227274	.	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr14	55241531	.	CAA	C	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.30;ReadPosRankSum=1.530;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr14	55255673	rs11431	C	T	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=41;PP=1041;ReadPosRankSum=-2.390;SC=AAGCTGAAGACGAGAGTGACC;SOR=0.780;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=69;WE=55255681;WS=55255663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,113:0.61:185
chr14	55309625	.	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr14	55448409	rs61741224	G	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,45:0.33:135
chr14	55493350	rs1187878	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=355;ReadPosRankSum=-1.466;SC=GAGTCATTTTTAGCTGACTGC;SOR=0.506;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=21;WE=55493358;WS=55493340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr14	55493408	rs1201378	T	C	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=779;ReadPosRankSum=-0.588;SC=ACCTAAAACGTTGTTTCTCAA;SOR=1.008;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=48;WE=55493416;WS=55493398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,79:0.66:120
chr14	55604935	rs4644	C	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,43:0.36:119
chr14	55605036	rs4652	A	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=470;ReadPosRankSum=0.822;SC=GCCAAGTGCCACCGGAGCCTA;SOR=0.924;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=35;WE=55605044;WS=55605026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,51:0.33:154
chr14	55609234	rs2075601	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=0.693;SC=TAGAAAATTACATGTTCTTTA;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=8;WE=55609242;WS=55609224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr14	55612006	rs71659941	TA	T	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr14	55617578	rs35448900	CA	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TGAAAAACAACAAAAAAAAAC;SOR=0.527;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=55617586;WS=55617568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	55647575	rs11351178	CA	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=23;ReadPosRankSum=-1.338;SC=CATGGTAGTGCAATGCCTGTA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=4;WE=55647583;WS=55647565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr14	55647840	rs11622636	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr14	55817708	rs10144418	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.347;SC=ATGGAGTCTATGCTGGGAGGC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=7;WE=55817716;WS=55817698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr14	55818517	rs1045002	T	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,60:0.29:206
chr14	55818706	rs3742569	T	C	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=181;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CCATTTGTACTGCCAGCCTCT;SOR=0.605;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=21;WE=55818714;WS=55818696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr14	55836773	rs10136596	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.802;SC=CCCCAAGTCTATGCAGCACTC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=5;WE=55836781;WS=55836763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr14	55847466	rs946059	A	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr14	55864130	rs8003279	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-1.204;SC=AGTCGGCTTAACCTTTCCTTC;SOR=0.732;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=8;WE=55864138;WS=55864120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr14	55902542	rs7149317	G	A	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	55902698	.	T	TAAA	75.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	55907025	rs8020152	T	A	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=19;PP=759;SC=ATGGTCGCTATGAGTTTTAAG;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=37;WE=55907033;WS=55907015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	55907172	rs8019270	C	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	56078699	.	C	CG	96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=15;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=96;QD=16.8333333333;SC=CTGACAGGTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=56078707;WS=56078689;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,6:0.67:9
chr14	56086190	rs7154548	T	C	83.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	56096647	rs10129537	T	A	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=78;SC=AAATAACAAGTTTTTAAATTT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=56096655;WS=56096637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	56096731	rs2274075	A	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=2.336;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr14	56099828	rs74720318	G	T	116.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=0.674;SC=ATATTTATTTGAGAAGAATGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=56099836;WS=56099818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr14	56104108	rs12433724	T	A	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.85;ReadPosRankSum=1.420;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr14	56105908	rs80214241	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=111;ReadPosRankSum=0.561;SC=CTTAGACCTCCGCTTCAGTTC;SOR=1.244;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=10;WE=56105916;WS=56105898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr14	56106784	rs9323289	G	C	104.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTACTTTGATGCACATAATCA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=56106792;WS=56106774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	56107051	rs2296181	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr14	56107274	rs10135508	A	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	56107274	.	ATC	CTT	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=65;QD=59.2339374311;SC=ATAATGGTTTATCATCTTTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=2;WE=56107284;WS=56107264;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr14	56107276	rs10135600	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.18;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	56107715	rs148308703	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=193;ReadPosRankSum=1.444;SC=ACATCTAGTCGTTCATACATT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=12;WE=56107723;WS=56107705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr14	56108033	rs2341890	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=168;SC=CTCTGAAACAGTGTTTCTGTA;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=56108041;WS=56108023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	56117204	.	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=0.754;SC=CATTTAATTTCGTGTGTTTTT;SOR=0.929;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=12;WE=56117212;WS=56117194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr14	56119454	rs17684959	C	T	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	56125366	rs74053651	C	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CTTTCACTTACGTGGCAAAAA;SOR=0.807;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=11;WE=56125374;WS=56125356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr14	56126456	rs7160678	C	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=7;PP=249;SC=TTTATAAAGTCGTAACTATTT;SOR=0.826;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=56126464;WS=56126446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	56128383	rs74598274	A	C	200.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.481;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr14	56130916	rs150023808	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.353;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	56133887	.	GT	G	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr14	56133942	rs7150285	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=0.216;SC=TTTGATTTGGCTCATCTTCTG;SOR=0.635;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=17;WE=56133950;WS=56133932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr14	56139313	rs3215766	GT	G	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=296;ReadPosRankSum=-1.633;SC=ATCCTTGGTGGTTTTACTTGG;SOR=0.634;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=10;WE=56139321;WS=56139303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr14	56142480	rs3736877	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr14	56146228	rs12587735	T	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=0.175;SC=TTGTTTGGTTTTACATTTCTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=56146236;WS=56146218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	56146357	rs11546	G	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=785;ReadPosRankSum=0.022;SC=TGCTTCAGGCGGTAAACCAAC;SOR=0.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=54;WE=56146365;WS=56146347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,89:0.72:124
chr14	56147276	rs114967216	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr14	56167983	rs11450830	A	AT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.425;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	56746380	.	A	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=2.525;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr14	56958173	rs1889382	C	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=66;ReadPosRankSum=0.319;SC=CCCTCAGGCCCATGTCTGTTC;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=7;WE=56958181;WS=56958163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr14	56958247	rs12893562	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=-1.015;SC=GAGAAATACTCCAAATGAATT;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=17;WE=56958255;WS=56958237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr14	56958328	rs12894026	G	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=373;ReadPosRankSum=0.325;SC=CAGTTTCAGCGCCACATCGGG;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=26;WE=56958336;WS=56958318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,48:0.74:65
chr14	57046606	rs10150734	T	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=-1.085;SC=GCTGGCCGTGTCCTTCTCCCT;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=57046614;WS=57046596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	57070501	rs10782433	A	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=521;SC=TTTTTGTTGGAAAAGAAGATT;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=29;WE=57070509;WS=57070491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	57072338	rs3737170	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=98;ReadPosRankSum=1.135;SC=GTAACCAGCACACAATAATAC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=7;WE=57072346;WS=57072328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr14	57084208	rs3068785	T	TTTAA	97.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr14	57088506	rs12589117	C	T	178.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AAATGGTGGACGGGTACAGTT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=57088514;WS=57088496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr14	57099859	rs1041316	G	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=381;SC=CTTACAAAAAGTATCTATAAC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=57099867;WS=57099849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	57101682	rs913742	A	G	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,63:0.38:166
chr14	57113851	rs74244839	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=0.094;SC=TTTACTGGAGGCTGCTTGAAT;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=57113859;WS=57113841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	57114285	.	C	CA	80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=80;QD=36.0;SC=GTTTTTCCTTCAAGAAAAGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=57114293;WS=57114275;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr14	57116759	rs7156095	T	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=1.369;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr14	57196766	rs10151357	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=0.986;SC=TTTTTTTCCACTGGGGAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=57196774;WS=57196756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr14	57271127	rs2277499	G	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=266;SC=GTTTCCGCGGGTTCTCCGACG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=57271135;WS=57271117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	57699565	.	A	G	86.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	57714605	rs181621985	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	57755564	rs35759976	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=-3.357;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr14	57863502	.	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=178;ReadPosRankSum=1.080;SC=TAGGTGCCATCGTTTGCAAGT;SOR=0.770;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=14;WE=57863510;WS=57863492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr14	57866623	rs2152360	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.49;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	57876265	rs11620639	G	A	3605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=39;PP=1157;SC=ACTATCATCCGCACAGAATCG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=57876273;WS=57876255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	57938124	rs1152531	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-1.176;SC=CTGTCCTGGTCCTCACCAGTG;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=11;WE=57938132;WS=57938114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr14	57938260	rs1152530	T	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=206;SC=CCAGGGACAGTAGTTATTCAC;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=57938268;WS=57938250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	57945689	rs1152525	G	A	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=15;PP=745;SC=TTTGGCCCACGGCACAGCGAT;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=57945697;WS=57945679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	57948380	rs1152522	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=1.341;SC=TAGTACCTGCTATGAAAGACA;SOR=0.947;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=10;WE=57948388;WS=57948370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr14	57957654	rs1203339	T	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr14	57957664	rs1203338	T	A	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	58031221	.	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	58038536	rs45451394	A	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=165;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CAATGATTACATCGTACTTTC;SOR=0.226;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=17;WE=58038544;WS=58038526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr14	58038625	.	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=324;ReadPosRankSum=1.153;SC=ATATAATGCAGATGTAGAGGC;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=26;WE=58038633;WS=58038615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,45:0.31:143
chr14	58038850	rs45500698	T	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-0.326;SC=TAATTACCTTTTGTACATCAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=58038858;WS=58038840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	58056038	.	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=216;ReadPosRankSum=0.413;SC=ACCAAGTCATGAAAAATGGGC;SOR=0.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=16;WE=58056046;WS=58056028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr14	58056257	rs1190313	G	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.827;NF=2;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=-1.557;SC=GAATACAAATGTGAGGAAAGC;SOR=1.136;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=13;WE=58056265;WS=58056247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr14	58471699	rs727203	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=409;ReadPosRankSum=0.201;SC=GTGTGCTTTATTAAGTAAATT;SOR=0.717;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=22;WE=58471707;WS=58471689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr14	58478873	rs3837616	GA	G	225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=119;SC=TTCTCACTAGGAAAAAAATAA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=58478881;WS=58478863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr14	58563694	rs2273442	G	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=11;PP=295;SC=TCATCTTCTTGTCCCTCTAGG;SOR=2.049;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=15;WE=58563702;WS=58563684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	58600100	rs199576244	AT	A	31.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr14	58600107	.	T	A	76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=3;PP=76;QD=18.4618687579;SC=CCTATTTTTTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=58600115;WS=58600097;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
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chr14	58605072	rs61741193	C	G	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TCACCTGAGTCTCTTCATTGT;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=71;WE=58605092;WS=58605062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,121:0.64:188
chr14	58666812	rs112877891	C	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr14	58674823	rs34557633	CA	C	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.008;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	58678057	rs17832891	G	A	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,113:0.65:174
chr14	58690427	rs111531986	T	TA	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr14	58730626	rs2348071	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=0.108;SC=CACCAACACTAATGATAGCTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=58730634;WS=58730616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	58737766	rs8005100	A	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr14	58758279	rs149972156	TAC	T	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.08;MQRankSum=-0.478;NF=3;NR=17;PP=241;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GATACACAGATACACACACAC;SOR=0.770;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=20;WE=58758288;WS=58758269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,26:0.19:134
chr14	58758331	rs11461912	G	GT	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.534;NF=2;NR=17;PP=415;ReadPosRankSum=1.763;SC=TTACCTAAGAGTAACTAAGTA;SOR=0.617;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=19;WE=58758339;WS=58758321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,34:0.30:112
chr14	58766617	rs1957038	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=343;ReadPosRankSum=-0.027;SC=TCGCGCCCTGAACACTGCCAA;SOR=0.681;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=29;WE=58766625;WS=58766607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
chr14	58770389	rs10145481	C	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr14	58838668	rs1051860	A	G	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=43;PP=1373;SC=CCTCATCATCATCTCCCCCAC;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=88;WE=58838676;WS=58838658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	58838701	rs1051861	C	T	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=43;PP=1285;SC=CTGTAGAATGCAGGTGATAAA;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=58838709;WS=58838691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr14	58869510	rs7153357	T	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=7;PP=153;SC=TTGTGAGTTATGACAGCTTAT;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=58869518;WS=58869500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	58875135	.	C	CA	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=2.078;QD=2.92;ReadPosRankSum=2.312;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr14	58907044	.	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=0.114;SC=CTCCCTCTTTCCTGTCCTGTC;SOR=1.107;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=12;WE=58907052;WS=58907034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr14	58907825	rs71107948	AT	A	31.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=1;PP=75;SC=AATATATACAATTTTTTTTCA;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=58907833;WS=58907815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	58917225	rs1748970	C	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=315;SC=AAAGTATAGGCAAGAGTAATA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=58917233;WS=58917215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	58917454	rs1748971	G	A	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=29;PP=736;SC=TGGAAGTGTCGTGTCACAGAG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=58917462;WS=58917444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	58920052	rs187748315	A	C	104.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.210;SC=ATGATACTATATCTCTTCTAT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=58920060;WS=58920042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	58920240	rs1748975	A	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=10;PP=291;SC=GAGTTTTGTTAAGATTTTTCA;SOR=1.101;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=58920248;WS=58920230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	58923395	rs1743721	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=9;PP=542;SC=ATCTTCTGTAGCGTTGAAACT;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=58923403;WS=58923385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	58932772	rs1743716	A	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=20;PP=573;SC=AATATGTGGGATGGATTTTAT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=58932780;WS=58932762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	58934371	rs1632390	G	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=260;SC=TGAGAATATAGCCATTAAGAT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=58934379;WS=58934361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	58937416	rs1748986	T	C	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=30;PP=988;SC=GAAGCATCTCTTCCTCCTGTG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=57;WE=58937424;WS=58937406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	58953617	rs1743702	T	C	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=145;SC=TACTTAACCCTGCCATCAATT;SOR=2.093;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=58953625;WS=58953607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	58953746	rs1617510	C	G	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=19;PP=942;SC=CACCCCACTGCCTACCCCACA;SOR=0.908;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=47;WE=58953754;WS=58953736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	58954588	rs5808973	T	TA	656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.618;NF=9;NR=7;PP=204;ReadPosRankSum=0.243;SC=TCTGTCCTTTTAAAAAAAAAC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=16;WE=58954596;WS=58954578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chr14	59003623	rs61974556	A	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr14	59105188	rs2003021	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.301;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr14	59112475	rs863091	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GCGTTTGTGTCAGAGCCCCGG;SOR=0.753;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=23;WE=59112483;WS=59112465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,32:0.24:131
chr14	59113430	rs698025	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=217;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GGCCCGGCGCGGTCGCCGGGA;SOR=0.905;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=17;WE=59113438;WS=59113420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr14	59113508	.	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=277;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CGTGGCTAGCGACTCCGAGTA;SOR=0.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=24;WE=59113516;WS=59113498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr14	59730422	rs67718668	AAGG	A	835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.800;NF=1;NR=12;PP=511;ReadPosRankSum=0.216;SC=GGAGCCAGAGAAGGAGAAGAG;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=13;WE=59730432;WS=59730412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr14	59730453	rs1253006	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=0.191;SC=GAATGAGTTGGTTTGGTTTGA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=59730461;WS=59730443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr14	59789586	rs8021976	A	G	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=27;PP=1131;SC=GCACTTAAGCATGGTGCATTT;SOR=1.090;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=70;WE=59789594;WS=59789576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	59789727	rs8022614	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=237;ReadPosRankSum=0.938;SC=GCTGTATAAAGGCGTTAATGA;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=24;WE=59789735;WS=59789717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,40:0.31:130
chr14	59797115	rs941883	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=0.140;SC=CCTAATAAAGATCCTCATAAT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=59797123;WS=59797105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr14	59797235	rs941884	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=0.666;SC=ATGAGCTACAACAGAAACTGG;SOR=0.408;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=14;WE=59797243;WS=59797225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr14	59798473	rs2146012	C	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-0.605;SC=AAATAACCATCCCTGTTCTTT;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=4;WE=59798481;WS=59798463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr14	59814502	rs941886	C	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=182;SC=AACTTAATGACCTTATTCTCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=59814510;WS=59814492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	59941108	.	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr14	59950623	rs201988078	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=-1.487;SC=AGCCCGCAGGGGCAGTGGATA;SOR=0.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=9;WE=59950631;WS=59950613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr14	59978366	rs10635523	A	ATG	2555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=12;PP=1227;SC=TTCCACCCTGATGCGTGCATG;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=24;WE=59978374;WS=59978356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	60004844	rs4261431	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=12;PP=470;SC=TGCCACAAATCCACTGATCTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=60004852;WS=60004834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	60031996	rs1980580	G	A	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=19;PP=563;SC=GCTTCTCCCTGGGAGGAAAGA;SOR=1.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=60032004;WS=60031986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	60032046	rs1980579	A	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=16;PP=458;SC=TAAGAAAGGAATAGTCTGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=60032054;WS=60032036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	60034840	rs982862	G	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=440;SC=TCTCCTACAAGCCATCTTCAC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=60034848;WS=60034830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	60043422	rs4898996	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=12;PP=347;SC=GGGAGGGGCCAGTGGAGACGG;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=60043430;WS=60043412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	60063472	rs6573275	A	G	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=21;PP=752;SC=TTTACTCAGCATGCCTCTTAG;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=60063480;WS=60063462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	60071972	rs1950787	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=5;PP=248;SC=CTTCTGACTCTAGAATATAAT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=60071980;WS=60071962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	60072023	rs1950786	G	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=491;SC=GCAGTTTACAGTATTACACCT;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=60072031;WS=60072013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	60076866	.	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.545;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr14	60193597	.	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GCACCCAGAGGGAGGACACTA;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=60193605;WS=60193587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr14	60433367	rs144928182	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TCAGAACATACGGTATTACAG;SOR=0.654;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=7;WE=60433375;WS=60433357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr14	60444652	rs219328	A	T	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=141;SC=GAGTTTGTTAATTATTAAACT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=60444660;WS=60444642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	60451770	rs219341	G	A	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=153;SC=ACTTCAGTTTGATGTAGAATG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=60451778;WS=60451760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	60451816	rs219342	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=6;PP=203;SC=ATTTTATTTTGCTTCAGAGTC;SOR=0.793;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=60451824;WS=60451806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	60468661	rs219369	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=6;PP=472;SC=CCTTTTTTCACTGTATTTTTT;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=60468669;WS=60468651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	60483598	rs219388	C	T	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=45;SC=ATACAACTTACCTAAATATAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=60483606;WS=60483588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	60485240	rs219392	G	A	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	60494594	.	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=237;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TGACTTATCTCTTTTTAGGTA;SOR=0.974;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=15;WE=60494602;WS=60494584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr14	60498579	rs17834334	C	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=-1.242;SC=AATACTGTCACTCAAGCTCAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=60498587;WS=60498569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	60498876	rs219409	C	T	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=131;SC=TAGTTTTATGCTTCTGTATGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=60498884;WS=60498866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	60519920	rs95425	C	T	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=32;PP=857;SC=CAAAGAAAAACTCGGTAATAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=60519928;WS=60519910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	60530107	rs61994053	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.054;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr14	60530160	rs201841893	TA	T	59.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.566;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.019;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	60574539	rs12465	A	G	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=44;PP=1800;SC=GAACACTTTTATACCAGTTAG;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=90;WE=60574547;WS=60574529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	60581673	rs35459418	CT	C	965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.168;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;MQRankSum=0.295;QD=18.94;ReadPosRankSum=0.775;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr14	60581863	rs219314	G	A	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=42;PP=1696;SC=CCAGTGGTCCGGAAAAACATT;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=81;WE=60581871;WS=60581853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	60581935	rs150687	C	T	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=43;PP=1561;SC=TAGAAACTAGCTTGCTTCATC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=84;WE=60581943;WS=60581925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	60582053	rs150688	G	A	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=28;PP=928;SC=AATTCAAAGCGTATATATCAT;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=60582061;WS=60582043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	60712697	.	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr14	60864406	rs111689247	TA	T	44	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.00;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	60864583	rs1254293	G	T	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	60900113	rs1254316	C	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=22;PP=588;SC=CCCCTCATTCCGAAAACACTT;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=60900121;WS=60900103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	60903757	rs1254319	G	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=9;PP=188;SC=GGCTTCTCAAGTAAGTTTCCT;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=60903765;WS=60903747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	60921673	rs1262175	T	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=111;SC=ACTCAAAGTTTCACAGCAGAA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=60921681;WS=60921663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	60923783	rs11625921	C	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=6;PP=167;SC=TCATTTTCTACTGACTTCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=60923791;WS=60923773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	60928201	rs1956549	G	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=9;PP=395;SC=AGAGATTAAAGCATTTTCTTA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=60928209;WS=60928191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	60932569	rs10529202	AACACACACACACACACACACAC	A	683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	60932752	rs12586711	G	A	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=236;SC=TGACTGCTTCGCAGAACTTTC;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=60932760;WS=60932742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	60933539	rs1126103	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=53;SC=GTATTGTTTTTACTTACACCA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=60933547;WS=60933529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	60944959	rs11845369	A	G	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=95;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=140;SC=ACATTCTTACACACCATGTCC;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=60944967;WS=60944949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	60951556	.	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-0.185;SC=ATGCCATAAGGAATTAAAAGA;SOR=0.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=60951564;WS=60951546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	60975956	rs1956558	T	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=16;PP=933;SC=GTCGGGGTCGTCCGCTCCCGG;SOR=1.249;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=60975964;WS=60975946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	60978071	rs1061108	C	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=32;PP=886;SC=TCCAGCGCCACAGAAGCCAGG;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=60978079;WS=60978061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	61118783	rs4899014	C	T	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=584;SC=CCTCGGAGGCCGTGACTGGGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=61118791;WS=61118773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	61124940	rs10143202	A	G	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=34;PP=1130;SC=ATTCATGGACATATTTAAAGG;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=61124948;WS=61124930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	61180657	rs3742636	T	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=22;PP=971;SC=GGCCAGTGGATGCAGGCCACT;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=61180665;WS=61180647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	61184733	.	AT	A	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.4999;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=25;QD=16.5;SC=CCGCCTAAAAATAATAATAAT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=2;WE=61184741;WS=61184723;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr14	61445967	rs7142228	A	G	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=27;PP=1381;SC=TGTTTGAAAGACAGCTGATGA;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=71;WE=61445975;WS=61445957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	61448510	rs2296924	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=234;SC=GGGAGGGAAAATAATAAACAT;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=61448518;WS=61448500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	61449167	rs2296923	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=11;PP=343;SC=GGAATTTCTTTACGAAATTTT;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=61449175;WS=61449157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	61449328	rs976272	T	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=7;PP=253;SC=AGCTTATGTTTTGGCTAATAC;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=61449336;WS=61449318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	61451329	rs2182985	G	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=287;SC=ACATAATTCTGCTACTCAGAG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=61451337;WS=61451319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	61451589	rs2149303	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=214;SC=ACATATAGAACTGGATGTCTC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=61451597;WS=61451579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	61453739	rs33922839	C	CT	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=10;PP=1016;SC=ATCTGTTTCTCTTCTTTTTTC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=23;WE=61453747;WS=61453729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	61453942	rs12891495	C	T	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=287;SC=GAGTATAATACGTAACTAACT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=61453950;WS=61453932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	61497147	rs1465146	A	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=77;SC=TAGGAACACTATTTATTCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=61497155;WS=61497137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	61497285	rs1465145	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=57;SC=TGTATTAATTTGATAAATATG;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=61497293;WS=61497275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	61509924	rs2296921	T	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=113;SC=TAGAGAAAGGTTTCCAGGTAA;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=61509932;WS=61509914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	61747644	rs3196765	A	G	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=31;PP=1306;SC=CCGAGCAGTTACCGGTGCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=61747652;WS=61747634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	61789318	rs1886466	C	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=5;PP=130;SC=TCTTCGTCCACGTGGCCGCGG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=61789326;WS=61789308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	61857969	rs2230499	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=262;ReadPosRankSum=-0.488;SC=AGGGGAAAGTATTTGTGGTAA;SOR=0.814;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=18;WE=61857977;WS=61857959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr14	61915751	rs2296273	G	A	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=7;PP=716;SC=AAGGATGGGCGCACCAGCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=61915759;WS=61915741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	61952429	rs1536016	T	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=37;PP=1223;SC=CCTCTCCTGGTATGATCCATC;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=61;WE=61952437;WS=61952419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	61995673	rs2463117	C	T	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=140;SC=GAAGCTCATGCGGCCGCATGT;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=61995681;WS=61995663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	61995691	.	C	CGTGTGTGTGT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	61997226	rs1088680	C	T	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=548;SC=AGGCAGAGAACGAAGATGACC;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=61997234;WS=61997216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	61997393	rs1088679	T	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=21;PP=606;SC=TTTTCAGTACTTCCCACCAGT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=61997401;WS=61997383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	62037297	rs798792	C	A	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=188;SC=TCCTGAACAGCATCCAGTTTG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=62037305;WS=62037287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	62117634	.	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=345;ReadPosRankSum=1.472;SC=TTTATTAGATGATTTACAATG;SOR=0.760;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=25;WE=62117642;WS=62117624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr14	62204748	rs372062450	TA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	62205175	rs10138153	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.52;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	62207575	rs11549467	G	A	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=47;PP=1792;ReadPosRankSum=1.268;SC=AAGCAGTTCCGCAAGCCCTGA;SOR=0.895;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=164;TCF=95;TCR=69;TR=117;WE=62207583;WS=62207565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,165:0.72:228
chr14	62208005	rs4902080	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=319;SC=AACTTTCTGATATATATGCCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=62208013;WS=62207995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	62211578	rs60361955	CGTGTGT	CGT,C	164.87	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=66;SC=TGTGCTATTTCGTGTGTGTGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=62211591;WS=62211568;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
chr14	62212675	rs4902082	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=211;SC=GGCGCGGTGGCTCACACCTGT;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=62212683;WS=62212665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	62213848	rs2057482	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=702;SC=TGGTGGCTCATTACCTAAAGC;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=62213856;WS=62213838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	62213929	rs5809121	A	AT	261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=376;SC=GGTTAGTTCAATTTTGATCCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=62213937;WS=62213919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	62233806	rs1254677	A	G	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=6;PP=212;SC=CAAGTACCATATTTTTATAAT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=62233814;WS=62233796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	62245546	.	C	T	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=106;SC=ACTTTTTTTTCCTTCTTATTT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=62245554;WS=62245536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	62462766	rs8019076	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=236;ReadPosRankSum=-1.475;SC=TCTCAGGATGTTCAGAACTTC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=16;WE=62462774;WS=62462756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr14	62462932	rs17099369	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=1.236;SC=TTCAGGAAACGTACTTTGAAG;SOR=0.428;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=21;WE=62462940;WS=62462922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr14	62463303	rs61743836	G	A	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.57;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr14	62463311	rs62639692	A	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.52;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr14	62546001	rs1892051	C	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TGCATGCTCACAGGAAAGGAT;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=8;WE=62546009;WS=62545991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	62546077	.	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=1.388;SC=AATCTTAAAAGAAAAGGATAT;SOR=0.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=7;WE=62546085;WS=62546067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr14	62546256	rs2353777	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TAAGGAAATACGAACCCAGAG;SOR=0.330;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=16;WE=62546264;WS=62546246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr14	62550877	rs2353778	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr14	62567094	.	C	CT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr14	63174616	rs7161127	T	C	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	63175105	rs36004050	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=-0.799;SC=TGCTGAGGGTCACCTCATTCT;SOR=0.838;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=6;WE=63175113;WS=63175095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr14	63179333	rs12435381	C	T	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=522;ReadPosRankSum=-1.746;SC=TCCTGGACTCCGTGAAAACTC;SOR=0.524;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=41;WE=63179341;WS=63179315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,80:0.76:105
chr14	63269091	.	C	T	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=560;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TTCCAAGGATCCTGACACCAC;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=38;WE=63269099;WS=63269081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,63:0.63:100
chr14	63269317	rs12588427	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=0.640;SC=AGGTGAGAGATGAATAAGTGA;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=19;WE=63269325;WS=63269307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr14	63447822	.	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=453;ReadPosRankSum=-1.674;SC=TGTTTTGAAGGAAACATTATA;SOR=1.137;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=34;WE=63447830;WS=63447812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,47:0.33:143
chr14	63468095	.	C	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	63473357	.	C	T	31.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr14	63511768	.	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.17;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr14	63511866	.	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.233;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr14	63779645	.	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.912;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr14	63779846	rs5809192	G	GA	1940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=34;PP=1407;SC=CCCATAGATAGAAACAGAGAA;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=34;WE=63779854;WS=63779836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	63784378	rs34096978	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr14	63784407	rs11382440	A	AG	3984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=30;PP=2056;SC=GGTGATCCGAAGCCCCTGCAG;SOR=0.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=46;WE=63784415;WS=63784397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	63881729	.	TTA	T	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=158;ReadPosRankSum=0.409;SC=TAACTTATGTTTATATATATA;SOR=0.446;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=6;WE=63881740;WS=63881719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	64066302	.	CT	TG	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=7.644;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-7.258;QD=2.26;ReadPosRankSum=-1.703;SOR=2.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,10:0.12:80
chr14	64066326	.	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=11.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-6.093;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.557;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
chr14	64066328	.	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=11.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-6.130;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.204;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,20:0.21:97
chr14	64066340	.	A	G	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.527;NF=13;NR=10;PP=1345;ReadPosRankSum=-1.655;SC=TGAAGAGCTGAACAGGTTTTT;SOR=0.786;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=23;WE=64066387;WS=64066316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,33:0.26:127
chr14	64066352	.	T	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.825;NF=13;NR=10;PP=1348;ReadPosRankSum=0.809;SC=CAGGTTTTTCTCTGGCTACTC;SOR=0.735;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=23;WE=64066387;WS=64066316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,33:0.24:138
chr14	64066363	.	G	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-6.485;QD=6.58;ReadPosRankSum=2.838;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,34:0.22:156
chr14	64066367	.	A	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.814;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-6.535;QD=6.44;ReadPosRankSum=3.286;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,34:0.22:158
chr14	64066373	.	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-6.560;QD=6.36;ReadPosRankSum=3.984;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,34:0.21:159
chr14	64066379	rs117229690	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-6.535;QD=6.45;ReadPosRankSum=4.427;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,34:0.22:158
chr14	64066394	.	AC	GT	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-6.561;QD=7.15;ReadPosRankSum=2.878;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,37:0.23:161
chr14	64066398	.	G	C	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-6.561;QD=7.10;ReadPosRankSum=2.747;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,37:0.23:161
chr14	64066402	.	A	G	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-6.421;QD=6.99;ReadPosRankSum=2.821;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,36:0.22:163
chr14	64066424	rs200323309	T	C	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-5.568;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,34:0.23:145
chr14	64066431	rs75569502	C	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-4.916;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,32:0.23:138
chr14	64066451	.	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-4.903;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.539;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,21:0.18:119
chr14	64066453	rs74383752	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-4.854;QD=4.78;ReadPosRankSum=-2.052;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,21:0.18:117
chr14	64066471	rs200681506	GT	AG	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=15.999;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-5.604;QD=2.29;ReadPosRankSum=-2.620;SOR=3.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,12:0.12:104
chr14	64375985	rs2275018	G	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=16;PP=500;SC=ACAGAAACTGGGGAAACCTTA;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=64375993;WS=64375975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	64421392	rs1255874	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=359;SC=GGGGTGTTACGTTCTTTTTAA;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=64421400;WS=64421382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	64423187	rs2792201	C	A	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=16;PP=611;SC=CAACTCTCTTCAGCTGATGTG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=64423195;WS=64423177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	64428154	rs1255884	A	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=547;SC=CCTGTGAACCAAATGGCAGAG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=64428162;WS=64428144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	64457441	rs1273193	G	A	40.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr14	64457638	rs1255908	T	G	740.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=397;ReadPosRankSum=-1.515;SC=CGTGTTAATTTGAGAATTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=23;WE=64457646;WS=64457628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr14	64460536	rs60596461	A	AT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	64462007	rs1255912	A	C	157.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TAGGATGAAAACTGTTCTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=64462015;WS=64461997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr14	64462071	rs1255913	G	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=77;SC=CTTCACACTCGCAGCAGAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=64462079;WS=64462061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	64464236	rs8009321	C	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.431;SC=TGGAGAATTTCCACTTACACA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=64464244;WS=64464226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	64468918	rs12147217	G	A	89.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=-0.253;SC=AGCCATGACAGTTTTTTTTTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=64468926;WS=64468908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr14	64470159	rs4027385	ACT	A	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=400;ReadPosRankSum=0.342;SC=ATTCCATCCCACTCTATTCAG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=64470168;WS=64470149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr14	64491695	rs4902264	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=0.177;SC=TGGAAAGGAATGGAAGAACCA;SOR=0.923;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=18;WE=64491703;WS=64491685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,31:0.28:111
chr14	64494278	rs10151127	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=1.455;SC=GCTCATAGAACTAAAGAAGAA;SOR=0.804;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=4;WE=64494286;WS=64494268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr14	64496749	rs4027402	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=94;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GATCAAATAGCGGTTGAGGAA;SOR=0.813;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=12;WE=64496757;WS=64496739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr14	64497930	rs4027404	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr14	64498037	rs4027405	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,26:0.26:99
chr14	64501192	rs9783605	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	64501374	rs80181522	C	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=-0.814;SC=TTCAGGCAGACCTAGAAACAA;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=19;WE=64501382;WS=64501364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr14	64519035	rs1890908	A	G	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=43;PP=1346;SC=CTATGAGGGCAGTGATTTAAA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=64519043;WS=64519025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	64519455	rs3829767	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr14	64520020	rs11847087	A	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=1.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=377;ReadPosRankSum=0.674;SC=GCAGAAGAAAATGATAAGTTA;SOR=0.694;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=24;WE=64520028;WS=64520010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr14	64522550	rs10676670	T	TAATAA	307.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=38.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	64522674	rs8010911	G	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=254;ReadPosRankSum=-1.534;SC=TGTCTTGAATGATGCTTATGA;SOR=0.743;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=16;WE=64522682;WS=64522664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr14	64522843	rs8010699	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-0.144;SC=ACAGTAGCACACATCCAGGAC;SOR=0.939;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=16;WE=64522851;WS=64522833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr14	64523043	rs35787394	TA	T	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=205;ReadPosRankSum=-0.064;SC=AAGATATAATTAAACTATATT;SOR=0.264;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=64523051;WS=64523033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr14	64523094	rs7153376	G	A	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=71;SC=TTTTTTCTCTGTCATTAACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=64523102;WS=64523084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	64532414	rs8017952	T	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=0.322;SC=TAACATGTTATTTAAATTGTT;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=20;WE=64532422;WS=64532404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr14	64537657	rs1255964	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=293;SC=TATTAAGGACGTGTGCTTGAC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=64537665;WS=64537647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	64542872	rs1255960	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=194;SC=ATGACTATCAGGAGGAAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=64542880;WS=64542862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	64548132	rs17101624	C	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.9842;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=365;ReadPosRankSum=-0.335;SC=AGGCATCTGACTAAGTTTGGT;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=25;WE=64548140;WS=64548122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr14	64551688	rs1255953	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=2.128;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr14	64551790	.	A	AT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr14	64554266	rs72720309	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=-1.972;SC=TTTCATTATCGAACTAGAAAT;SOR=0.273;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=64554274;WS=64554256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	64554517	rs17101637	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=74;ReadPosRankSum=-2.334;SC=GTAATCAAGTAACAGCTTTAC;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=8;WE=64554525;WS=64554507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr14	64557567	rs10137916	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=244;ReadPosRankSum=0.392;SC=GTAACATGCTCCTCTTATATA;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=18;WE=64557575;WS=64557557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr14	64557734	rs10137972	A	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=391;ReadPosRankSum=1.119;SC=ACTATTGGAAAATGTGACTCA;SOR=0.448;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=25;WE=64557742;WS=64557724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr14	64564527	rs8007972	C	T	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=197;SC=GGAGCTATACCGTACCAGAGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=64564535;WS=64564517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	64565675	.	A	C	71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=71;QD=21.1542425094;SC=TGATTGAAGTAGTTCTCTTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=64565683;WS=64565665;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	64591968	rs9323446	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=741;ReadPosRankSum=0.780;SC=ATTGTAATAACATAAACAAAG;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=54;WE=64591976;WS=64591958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,72:0.53:135
chr14	64598936	rs45472593	G	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.508;SC=GTTTTTAAGAGTTTTCACAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=64598944;WS=64598926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	64604592	rs17766354	C	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=306;ReadPosRankSum=0.797;SC=TGTGAGCTGTCCTGAATTAGA;SOR=0.541;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=22;WE=64604600;WS=64604582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,51:0.76:67
chr14	64612858	rs10151658	C	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=189;ReadPosRankSum=0.734;SC=GAACAACTGGCTGGAAGCACA;SOR=0.673;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=15;WE=64612866;WS=64612848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr14	64634067	rs17101704	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=551;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TGAACCGGCAATGGATTCGGG;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=35;WE=64634075;WS=64634057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr14	64655161	rs1255986	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=-0.638;SC=AGGTTGAGTGCGGAGAGCTAC;SOR=0.105;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=9;WE=64655169;WS=64655151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	64657684	rs1255988	C	A	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.01;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr14	64678889	rs75672086	T	C	107.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CAAGTGCAAATTTCACACGAT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=64678897;WS=64678879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr14	64686207	rs915057	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-1.704;SC=AGCAGATCCCATGTATTCGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=64686215;WS=64686197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr14	64691644	rs35455974	AT	A	236.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=1.634;SC=TTAAGGGAGGATTTTTTTTTT;SOR=0.412;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=64691652;WS=64691634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr14	64694195	rs928554	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=453;ReadPosRankSum=-0.075;SC=CAGAGGGAAACTGAAGTGAAA;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=29;WE=64694203;WS=64694185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr14	64699816	rs4986938	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr14	64882380	rs1950902	A	G	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=38;PP=1547;SC=AATGCTGGGAAACTTGCTAGA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=64882388;WS=64882370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	64891753	rs61290360	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.250;SC=AGAAGTAAAGATGTGAATTTA;SOR=1.095;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=10;WE=64891761;WS=64891743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr14	64898459	rs60806768	A	G	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=1.486;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,53:0.33:160
chr14	64898463	rs59770063	G	A	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,53:0.35:150
chr14	64898692	rs60063929	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	64905976	rs45618332	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr14	64907994	rs11629354	A	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.32;ReadPosRankSum=2.000;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr14	64908845	rs2236225	G	A	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=995;ReadPosRankSum=1.022;SC=ATTGCAGACCGGATCGCACTC;SOR=0.843;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=62;WE=64908853;WS=64908835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,97:0.68:142
chr14	64911627	rs1256143	T	C	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=290;SC=AGGGAAGATGTACCTCACAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=64911635;WS=64911617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	64926433	rs75480958	GTGCT	G	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=125;SC=AAACATTTCAGTGCTTGCTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=64926444;WS=64926423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	64935720	rs1256149	C	T	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=50;PP=1952;SC=AGCAATAGCACAACTTCTGGA;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=103;WE=64935728;WS=64935710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	64947181	rs8003790	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr14	64988114	rs10624421	C	CAA	589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=598;SC=ATTGTAATAGCAGTCATGCAA;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=64988122;WS=64988104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	65007547	rs17101919	G	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,29:0.24:123
chr14	65008251	rs1063391	C	T	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=914;ReadPosRankSum=1.555;SC=CGGCCGGCGACACCCACCTGG;SOR=0.716;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=64;WE=65008259;WS=65008241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,94:0.60:157
chr14	65009220	rs11551976	C	T	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,114:0.64:179
chr14	65009534	rs35270454	C	CT	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=2.365;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr14	65016702	rs7156953	T	G	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	65016876	rs112052589	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.769;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr14	65019712	.	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr14	65028728	rs2038271	C	G	141.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.28;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	65031534	rs6573560	C	T	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	65031572	rs4902293	A	G	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=606;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TAACTTCCCAATCATGCCAGA;SOR=0.843;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=43;WE=65031580;WS=65031562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,81:0.63:128
chr14	65032226	rs8007313	C	T	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=30;PP=1161;SC=CATACATACACATATCCATAC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=61;WE=65032234;WS=65032216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	65032278	rs17824827	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=0.549;SC=ATACATAAACGTATCTTGTGT;SOR=1.110;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=17;WE=65032286;WS=65032268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr14	65054816	rs55791907	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,34:0.31:111
chr14	65054858	rs723594	T	C	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=2.656;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,50:0.32:158
chr14	65067958	.	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.127;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.928;NF=12;NR=5;PP=203;ReadPosRankSum=-0.252;SC=TGACTGTCCCCATTAGTTTTG;SOR=1.131;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=17;WE=65067966;WS=65067948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
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chr14	65068336	rs369006858	G	A	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-0.699;QD=20.06;ReadPosRankSum=0.426;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr14	65068341	rs377267839	TTCTC	T	1656.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-0.180;QD=17.81;ReadPosRankSum=1.863;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr14	65068346	.	G	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-0.520;QD=17.42;ReadPosRankSum=2.278;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr14	65195794	rs229644	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=112;ReadPosRankSum=-0.587;SC=ACATAGAAAATATCTACGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=11;WE=65195802;WS=65195784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr14	65197126	rs229626	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr14	65197143	rs229625	C	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CAGGGAAAGTCCTGGGTGCTC;SOR=0.193;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=10;WE=65197151;WS=65197133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr14	65197767	rs229624	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,50:0.34:145
chr14	65203499	rs229653	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TGGTGGCGCTGTGAGCTTGGG;SOR=0.922;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=10;WE=65203507;WS=65203489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr14	65208026	rs229650	T	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=285;ReadPosRankSum=0.059;SC=TGCCACCCTCTGTGCTGGACC;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=30;WE=65208034;WS=65208016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,47:0.34:139
chr14	65209802	rs41309246	G	A	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.934;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=41;PP=1348;ReadPosRankSum=2.514;SC=TCACCACAGCGTTTCTTCTTC;SOR=0.409;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=87;WE=65209810;WS=65209792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,155:0.68:228
chr14	65209867	rs229649	C	T	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=673;ReadPosRankSum=1.167;SC=GCCCTCCGCCCGGAGCCCCCT;SOR=0.612;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=163;TCF=76;TCR=87;TR=58;WE=65209875;WS=65209857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,99:0.35:281
chr14	65210479	.	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr14	65219095	rs71444676	CAGAG	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr14	65230317	rs94789	C	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=464;SC=TTTATAAGAGCGCGGAGACTC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=65230325;WS=65230307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	65230358	rs94788	C	T	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=747;SC=TCTCAAATCACGCAGGAAGTT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=65230366;WS=65230348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	65234008	rs11622977	G	A	8068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=98;PP=2965;SC=CTGGACACACGGCCACCACTC;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=198;TCF=96;TCR=102;TR=194;WE=65234016;WS=65233998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr14	65234100	rs11623010	G	A	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=76;PP=2095;SC=AGGGGTCAGAGCAGCCACAGA;SOR=1.557;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=32;TCR=77;TR=108;WE=65234108;WS=65234090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr14	65234148	rs11623016	G	A	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=38;PP=1042;SC=CTCTGGATGCGGCCCTGCACC;SOR=2.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=46;WE=65234156;WS=65234138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	65234585	rs56181906	G	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=552;SC=GCACTGCCAGGGGGAACAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=65234593;WS=65234575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	65236278	rs229598	A	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=501;SC=GAGACGGAGGAGCTCGCCTCC;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=65236286;WS=65236268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	65236453	rs7142689	G	A	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=30;PP=1085;SC=ATCCCTGGGGGACAGGAGGAC;SOR=0.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=65236461;WS=65236443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	65236547	rs229597	G	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=507;SC=CTGTGGGAGTGTGACCGTGCT;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=65236555;WS=65236537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	65239772	rs747858	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=0.196;SC=CTGCAGCTCCGGGAGCTGCGC;SOR=0.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=11;WE=65239780;WS=65239762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr14	65241228	rs229592	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=294;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TCAGCATCACAATGGCGCCCT;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=29;WE=65241236;WS=65241218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,39:0.24:163
chr14	65241867	rs4899145	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=6.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.093;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,40:0.34:118
chr14	65241906	rs4902310	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=3.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.125;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,53:0.34:158
chr14	65241933	rs4902311	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=6.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,52:0.32:161
chr14	65242125	rs4902312	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=0.422;SC=GCAGTGTCTGCGGCCAGAAGG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=15;WE=65242133;WS=65242115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr14	65242164	rs4902313	T	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr14	65246623	rs1626923	T	C	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.927;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,59:0.29:205
chr14	65249066	rs17180350	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=470;ReadPosRankSum=2.061;SC=GTCGTCTGACCGCAGCTGGTC;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=39;WE=65249074;WS=65249056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,58:0.30:194
chr14	65250939	rs229634	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-0.435;SC=CAGAGCACCCACCCGCCGCCC;SOR=0.363;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=11;WE=65250947;WS=65250929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr14	65253169	.	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=4.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.348;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,30:0.28:109
chr14	65253232	rs77806	T	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=-1.325;SC=CCCAGGGCATTCCAGCCAGTA;SOR=0.694;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=21;WE=65253240;WS=65253222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr14	65258644	rs11622171	C	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=-1.439;SC=AGTGGCACCCCCAGTCTCCAG;SOR=0.406;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=14;WE=65258652;WS=65258634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr14	65260227	rs229591	T	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=315;ReadPosRankSum=2.312;SC=ACACCTCCTTTATGCGGGCCT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=30;WE=65260235;WS=65260217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,43:0.24:179
chr14	65263300	rs229587	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=278;ReadPosRankSum=1.113;SC=CTGGTTTTCACTGAGCCAGGT;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=20;WE=65263308;WS=65263290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr14	65263347	rs229586	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=297;ReadPosRankSum=1.106;SC=AGCGCCGGGCCAGTTGCTCTA;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=22;WE=65263355;WS=65263337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr14	65267469	rs230703	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr14	65267575	.	CC	TT	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr14	65268167	rs230704	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-2.794;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr14	65269174	rs45607231	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.200;NF=1;NR=4;PP=25;ReadPosRankSum=0.489;SC=TATAAATGGCGCTTGGGTTGG;SOR=0.260;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=65269182;WS=65269164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr14	65270391	rs11623956	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.152;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=218;ReadPosRankSum=0.615;SC=CTACAATGTCGTGGGAGCCCA;SOR=1.101;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=17;WE=65270399;WS=65270381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr14	65271634	rs1353857	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=0.569;SC=CAGCAGCCCCGGGGCCCACAG;SOR=1.292;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=11;WE=65271642;WS=65271624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr14	65271650	rs229581	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=0.478;SC=CACAGAAGGGACTTTACCAGC;SOR=0.741;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=13;WE=65271658;WS=65271640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr14	65289978	rs179338	A	G	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=7;PP=174;SC=GCAGAACGCCATGTCATCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=65289986;WS=65289968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	65381022	rs72726294	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=258;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CACCCTTTGCCCACGCACGGT;SOR=1.302;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=20;WE=65381030;WS=65381012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr14	65392722	rs72726300	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr14	65407000	rs2071566	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=0.467;SC=CCTACCGACCCACCTACCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=16;WE=65407008;WS=65406990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,24:0.31:78
chr14	65407039	.	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr14	65409204	rs1800669	A	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=0.342;SC=TTGGTGCATTACAAGGAGGGA;SOR=0.804;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=9;WE=65409212;WS=65409194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr14	65410001	rs17880939	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr14	65415366	rs1886506	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.284;NF=3;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=-1.116;SC=GAGCGGGCGCCTGGTCACCAG;SOR=1.292;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=14;WE=65415374;WS=65415356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr14	65415472	rs141876654	TGAAA	T	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.733;NF=1;NR=5;PP=177;ReadPosRankSum=-0.972;SC=AGGACATTTCTGAAAGAGAGT;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=65415483;WS=65415462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr14	65418475	rs17752452	G	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=48;ReadPosRankSum=-1.757;SC=GAAAAACTGGGGAGCTAAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=7;WE=65418483;WS=65418465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr14	65419293	rs45454295	A	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.773;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,41:0.41:99
chr14	65470831	rs12587546	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=1.183;SC=TGCAGAACCCATCTTACAGTA;SOR=0.990;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=12;WE=65470839;WS=65470821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr14	65472874	.	CT	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr14	65544367	rs762810	C	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=34;ReadPosRankSum=-0.048;SC=AGCACCTGAGCCCCAAGAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=6;WE=65544375;WS=65544357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr14	65550816	rs7159443	T	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.649;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr14	65733748	.	CTTCTTTCTTTCT	C	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.45;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr14	65801811	rs12881755	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=1.202;SC=AATGTAGGTAAGAAAGGTGCT;SOR=1.163;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=5;WE=65801819;WS=65801801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr14	65878807	rs1953416	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,42:0.32:130
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chr14	66028505	rs3825639	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.614;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr14	66096182	.	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,47:0.77:61
chr14	66136163	rs35949016	C	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=469;ReadPosRankSum=-1.829;SC=GAGACATGCACAGACAGATCT;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=30;WE=66136171;WS=66136153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr14	66200177	rs3742597	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TTGTGTGTCTATGTGTTGTTA;SOR=0.668;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=66200185;WS=66200167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr14	66424605	rs7141711	C	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=469;ReadPosRankSum=0.062;SC=GTGAGCTTTTCAAATGAGAAT;SOR=0.728;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=36;WE=66424613;WS=66424595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,67:0.64:104
chr14	66424770	rs12880953	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=2.128;SC=GAGGTTCCTCTCCTCTCTGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=66424778;WS=66424760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	66479652	rs10130914	G	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.138;NF=3;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=-1.201;SC=TCTGGGCGTCGGCGTCGGTAA;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=12;WE=66479660;WS=66479642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr14	67555878	rs12323748	A	G	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=629;SC=TTTTTTTTCAAATTTTTGGCT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=67555886;WS=67555868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	67647458	.	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr14	67807242	.	T	TA	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=227;ReadPosRankSum=-0.455;SC=ATGACTAGAATAAAAAAAAAA;SOR=0.686;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=23;WE=67807250;WS=67807232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr14	67819567	rs10718799	CA	C	181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr14	67912792	rs3742855	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=0.748;SC=GAATATACAAACTCTCCCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=14;WE=67912800;WS=67912782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr14	68022410	rs3742868	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=214;SC=CTGACACTCTCGAGCCACTTG;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=68022418;WS=68022400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	68028538	rs11628043	A	G	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=2;PP=53;SC=AGTGAGCCAAAATTGCTCCAC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=68028546;WS=68028537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	68029386	rs1885043	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
chr14	68035879	rs3825725	A	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=309;ReadPosRankSum=0.073;SC=TGCTGTGGCCACATCGGGCAT;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=21;WE=68035887;WS=68035869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr14	68036853	rs2273593	G	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=1.150;SC=CCAGGGAGCTGAGCCCAGCAC;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=3;WE=68036861;WS=68036843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr14	68038697	rs2236234	C	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=394;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TGAACATGGGCGTCCCCACTT;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=21;WE=68038705;WS=68038687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr14	68038729	rs2236233	A	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=11;PP=522;SC=GTGACCCCCCAGCAGCTCCAC;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=68038737;WS=68038719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	68038779	rs2236232	T	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=124;ReadPosRankSum=-1.320;SC=GGTGGTCAAGTCTCAGCAGCT;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=11;WE=68038787;WS=68038769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr14	68039027	rs2236231	A	G	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=1.676;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,63:0.63:100
chr14	68040389	rs11625701	T	C	479.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=242;ReadPosRankSum=0.640;SC=TCACCCATCATAACACAGCCA;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=16;WE=68040397;WS=68040379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr14	68042255	rs4902490	A	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
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chr14	68044005	rs4902492	C	T	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	68045753	rs7152499	T	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.734;QD=14.02;ReadPosRankSum=-1.808;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr14	68045840	rs10635755	C	CTTCT	2080.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.088;NF=5;NR=14;PP=908;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TCCCCTCTTCCGTCTTTTTAG;SOR=0.608;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=19;WE=68045848;WS=68045830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr14	68045935	rs6573781	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.747;NF=5;NR=11;PP=174;ReadPosRankSum=-0.216;SC=CCAGGCCATCGCGCATGGAAG;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=16;WE=68045943;WS=68045925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr14	68053259	rs10144151	T	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTCCTTGTTGTGGGGAAGACC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=68053267;WS=68053249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	68053802	rs734028	T	C	3807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	68053977	rs6573783	A	C	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=46;PP=1598;SC=CGATTCCCCAACACCACTAGT;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=84;WE=68053985;WS=68053967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	68056966	.	ATT	A	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr14	68066949	rs11547225	G	A	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=527;ReadPosRankSum=-1.826;SC=CCCGCACCGCGCGGCGCTGCA;SOR=0.955;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=39;WE=68066957;WS=68066939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,83:0.66:126
chr14	68066979	rs7154825	C	T	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=24;PP=737;SC=CCGGCCCTGGCCGTCTCGCCC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=68066987;WS=68066969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	68113293	rs742869	G	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=597;SC=ACCCACGGACGCACATGATAA;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=68113301;WS=68113283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	68113485	.	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TGAAGTTTAGGGCCTGTCCTA;SOR=1.149;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=21;WE=68113493;WS=68113475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr14	68115001	rs3742879	A	G	302.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=-0.607;SC=ATCATTGCAGAGTTTGTTTTT;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=68115009;WS=68114991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr14	68191109	rs11331653	GT	G	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr14	68191368	rs61991867	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=516;SC=TCCCACTGGGGCCTCTGTCCA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=28;WE=68191376;WS=68191358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	68192653	rs7156725	G	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=406;SC=CTATCAAAATGTTACCCCAAC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=68192661;WS=68192643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	68196636	rs718212	C	T	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=214;SC=GGTGAAATCTCTTTCCCATTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=68196644;WS=68196626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	68234539	rs3742883	T	C	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=49;PP=1580;SC=AGGGCTTTCATTCTTGGAGCT;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=87;WE=68234547;WS=68234529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	68236522	rs2295111	G	A	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=210;SC=TTTATACATGGTATTAACTAC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=68236530;WS=68236512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	68238751	rs140117984	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=0.842;SC=CAGTGGAGACCGATGCTGCTT;SOR=0.105;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=68238759;WS=68238741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	68241648	rs141953477	CAAA	C	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr14	68242898	rs12886915	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-2.260;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	68246855	rs2295106	T	A	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr14	68246876	rs2295107	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.204;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr14	68248281	rs2235962	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.071;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr14	68249499	rs2235967	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=359;ReadPosRankSum=-2.777;SC=CTGCTCACCACATGCCACAGC;SOR=0.729;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=26;WE=68249507;WS=68249489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,57:0.62:92
chr14	68257485	rs7143196	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=340;ReadPosRankSum=-2.162;SC=TGAACGTGAACAGCACCTGTC;SOR=0.745;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=30;WE=68257493;WS=68257475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,55:0.67:82
chr14	68264867	rs12891164	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=-1.911;SC=GCTTCTCAGGAGGGCTGCGGC;SOR=0.812;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=17;WE=68264875;WS=68264857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,32:0.29:111
chr14	68265484	rs7160083	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TGAGGTTACAGTGAGAAGAAT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=68265492;WS=68265474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr14	68274020	rs181572	C	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr14	68276123	.	CTCTT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr14	68280848	rs181563	A	C	227.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TTTGTCATCCAAGACAGATTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=68280856;WS=68280838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr14	68290372	rs17783124	T	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=359;ReadPosRankSum=1.324;SC=TTTTTATTGATAAGTTTTATG;SOR=0.346;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=22;WE=68290380;WS=68290362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr14	68290426	rs28604984	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=0.237;SC=ACTTGAAATATGAAAATGTAG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=12;WE=68290434;WS=68290416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr14	68290464	rs28623567	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAATGATGGTGCTTTTCCATA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=68290472;WS=68290454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	68301767	rs34564590	G	GA	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr14	68331437	rs961700	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=239;ReadPosRankSum=0.611;SC=TTCTCAACTAGAAGTTTCTCA;SOR=1.051;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=16;WE=68331445;WS=68331427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr14	68331675	rs1474939	A	T	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr14	68773296	rs3837659	AC	A	3495.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=1288;SC=ATATCTTTTGACCAATTTGCA;SOR=0.824;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=28;WE=68773306;WS=68773286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	68773298	rs60593979	C	G	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=21;PP=823;SC=ATCTTTTGACCAATTTGCATT;SOR=0.824;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=38;WE=68773306;WS=68773286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	68773353	rs2180770	G	A	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=23;PP=684;SC=TGATCCTCTGGCCTAATAAAC;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=68773361;WS=68773343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	68773469	rs3784104	A	G	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=148;SC=ATGAACTTGCATGGCCGAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=68773477;WS=68773459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	68935789	rs2525505	T	C	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=18;PP=609;SC=GCTCAGGATATACATCTGTCC;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=68935797;WS=68935779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	68963746	rs765899	C	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=160;SC=CCCATAACTTCAATAAACAAC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=68963754;WS=68963736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	69012355	rs2525529	C	G	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=24;PP=891;SC=AGAACGGGGACAGGGCATGCC;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=43;WE=69012363;WS=69012345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	69077688	rs17834971	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.481;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.629;NF=2;NR=3;PP=122;ReadPosRankSum=0.716;SC=AAAGTTTGTTGCATTTAAATC;SOR=0.595;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=5;WE=69077707;WS=69077678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr14	69077699	rs56104115	T	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=1;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.544;NF=4;NR=3;PP=122;ReadPosRankSum=1.328;SC=CATTTAAATCTGATCTTATTC;SOR=0.339;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=7;WE=69077707;WS=69077678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr14	69117298	rs79769103	G	A	159.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CCAGAACCTGGGGATGAGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=69117306;WS=69117290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr14	69117387	rs8021657	A	G	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=10;PP=351;SC=CAAAACAACTAGTTTCTCAGA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=24;WE=69117395;WS=69117377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	69117450	rs74506607	T	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr14	69117512	rs8023214	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=14;PP=400;SC=TTGGCACATTTGCATATCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=69117520;WS=69117502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	69259461	rs2295751	G	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.876;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	69262441	rs3742887	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=288;ReadPosRankSum=1.019;SC=CCCGCCGACCAAGGGTTTGTT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=19;WE=69262449;WS=69262431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr14	69263074	rs6573857	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	69328441	rs393673	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=542;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AGGGTCTCTCAGTTGTCTGGG;SOR=0.916;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=41;WE=69328449;WS=69328431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr14	69328594	rs412638	G	A	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=746;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TATGCCAACAGTAGCAATTAC;SOR=0.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=46;WE=69328602;WS=69328584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,66:0.65:102
chr14	69328613	rs440689	C	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=617;ReadPosRankSum=-1.903;SC=ACAAAAATGACGTCATGATCA;SOR=0.847;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=44;WE=69328621;WS=69328603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr14	69329116	rs424806	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=130;ReadPosRankSum=1.509;SC=CAAAAATAGGTTCTCTTATTG;SOR=0.374;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=10;WE=69329124;WS=69329106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr14	69329149	rs1742501	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=0.916;SC=CAAAGGATCCCGAAGGCCTTC;SOR=0.148;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=16;WE=69329157;WS=69329139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr14	69341906	rs41285480	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TGTACATACCGCATACACAAC;SOR=0.719;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=9;WE=69341914;WS=69341896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr14	69347632	rs36039812	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=0.927;SC=TGACGATGCTCTTCTCATACT;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=23;WE=69347640;WS=69347622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,39:0.29:136
chr14	69347755	rs41285482	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=62;ReadPosRankSum=-1.189;SC=ACTCTGCTCCCATAGGGTGGG;SOR=0.936;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=7;WE=69347763;WS=69347745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr14	69349528	rs56060157	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=381;ReadPosRankSum=-1.978;SC=ATCAATTAAAATGGACAAAAA;SOR=0.436;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=25;WE=69349536;WS=69349518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr14	69349822	rs184265425	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=1.587;SC=GGAGCGCTAGAAGTGAGTGGA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=69349830;WS=69349812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	69376199	rs1983701	A	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=-0.449;SC=CCTCCTAGACACCAGAGAGAT;SOR=0.742;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=24;WE=69376207;WS=69376189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr14	69376623	rs3742891	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=0.440;SC=GGGAGCTCCCGGGGGAGGCAG;SOR=1.058;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=69376631;WS=69376613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr14	69376658	rs743128	A	C	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=343;SC=AGCCCCTCAGACCCCAGCACT;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=69376666;WS=69376648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	69376775	rs872810	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=166;ReadPosRankSum=-1.703;SC=GGGAAGGGGATGGGCAGCGAG;SOR=0.551;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=16;WE=69376783;WS=69376765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr14	69376810	rs3742893	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=0.460;SC=TCGGTGGAGGGAGGGATGCCG;SOR=1.112;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=14;WE=69376818;WS=69376800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr14	69376847	rs872809	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-0.257;SC=ACTGTGACCCTTTGATGCCAA;SOR=0.399;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=69376855;WS=69376837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr14	69378698	rs2180458	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=1.521;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr14	69378863	rs2070280	A	G	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=794;ReadPosRankSum=0.332;SC=GGAACAAAGCAGAAACCCACC;SOR=0.518;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=60;WE=69378871;WS=69378853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,109:0.61:180
chr14	69379053	rs4243631	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=0.666;SC=GCCCCACGCTAGGAATCAAAA;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=21;WE=69379061;WS=69379043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr14	69392264	rs4899272	T	G	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=46;PP=1799;SC=CTGGGCCAGGTTCCGCCTCAC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=97;WE=69392278;WS=69392254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	69445646	rs4902685	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=335;SC=TGGGGGCTGCAGCGGGCGGGG;SOR=1.508;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=69445654;WS=69445636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	69445858	rs145260230	A	AGGGCT	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr14	69521345	rs61741172	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=315;ReadPosRankSum=-1.321;SC=CTGCCTCCCCGGTCACCAAGG;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=18;WE=69521353;WS=69521335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr14	69557602	rs45469294	G	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=176;ReadPosRankSum=-1.294;SC=GATTTGTTGTGCTTGAGAATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=69557610;WS=69557598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	69676591	rs118014825	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GGACCTTGGACAGTCAAGTAG;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=8;WE=69676599;WS=69676581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	69695792	rs3742899	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr14	69703158	rs3211166	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=0.621;SC=TGGTGAAGCTACGGTTTGAAC;SOR=0.598;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=12;WE=69703166;WS=69703148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr14	69704553	rs8007859	G	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
chr14	69791213	rs12896878	G	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=1.150;SC=AGGACCCCAGGATGGGTGGCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=69791221;WS=69791212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr14	69791308	rs2045194	T	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=-1.906;SC=CTTCTCTGCCTGGCAGAAGTA;SOR=0.317;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=10;WE=69791316;WS=69791298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr14	69792496	rs34996930	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=159;ReadPosRankSum=1.139;SC=ACAGGCACTCCTCAGTCTGGC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=69792504;WS=69792487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr14	69792559	rs35024400	C	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=218;ReadPosRankSum=0.908;SC=CATACCTCTTCCCAATCCCCA;SOR=1.981;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=13;WE=69792567;WS=69792549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	69795199	rs12879377	G	A	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=24;PP=823;SC=TGGGGCGGACGTGGCTGCAGC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=48;WE=69795207;WS=69795189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	69799892	rs1275677	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=14;PP=418;SC=ATAAGGTCAGAGCTGCGGTGG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=69799900;WS=69799882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	69805411	.	C	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=701;ReadPosRankSum=-0.440;SC=GTCTGGAGATCGTCCCCTGCA;SOR=0.435;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=49;WE=69805419;WS=69805401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,79:0.69:115
chr14	69861687	rs3837663	TA	T	518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=206;SC=CATAGTATGATAAAAAAAAAT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=69861695;WS=69861677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	69928356	.	G	GT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr14	69988954	rs10146531	T	G	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=32;PP=1279;SC=GATCTCAGGGTTCCTTTGCTG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=69;WE=69988962;WS=69988944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	69992873	rs8004574	A	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=429;SC=GACACCATTGACTTTGGGGTC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=69992881;WS=69992863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	69994473	rs1885400	C	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=14;PP=753;SC=AGTCGGAACCCCACCCTTCCT;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=40;WE=69994481;WS=69994463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	69995073	.	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr14	70037611	rs7494244	A	T	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	70238235	.	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=0.002;SC=CACAAAAATTCCCAAACCATA;SOR=1.179;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=70238243;WS=70238225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	70346350	rs146095118	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=188;ReadPosRankSum=0.300;SC=GCCCCGCGGAGCCCGCGAACC;SOR=0.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=16;WE=70346358;WS=70346340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr14	70346689	rs56307916	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=260;SC=ACCACTCTCCCTTTCTTGACC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=70346697;WS=70346679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	70418881	rs3742909	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,52:0.26:200
chr14	70480126	.	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr14	70490264	rs2281663	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr14	70496919	rs59217337	CT	C	320.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.115;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr14	70522484	rs1000521	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.177;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr14	70522684	rs10142899	A	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.524;SC=ACGCAAAAAGAAGCCTTTGGA;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=70522692;WS=70522674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	70530706	rs150956	C	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=192;SC=AGTCAGCCAGCAGACAAAAAC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=70530714;WS=70530696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	70634087	rs2114024	A	G	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=36;PP=1429;SC=GGTAGAAGGCACGGCTCTTCT;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=70634095;WS=70634077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	70634275	.	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=228;ReadPosRankSum=-0.394;SC=ATCATTTTCCCATCCATCTCA;SOR=0.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=14;WE=70634283;WS=70634265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr14	70697066	.	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.533;NF=13;NR=6;PP=211;ReadPosRankSum=-1.821;SC=CACTTCCTCAGAAATTGTGAT;SOR=0.925;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=19;WE=70697074;WS=70697056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr14	70697154	rs41350744	G	A	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQRankSum=-6.653;QD=14.61;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,82:0.68:120
chr14	70712880	rs2296918	A	C	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.923;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-11.600;NF=63;NR=54;PP=2045;ReadPosRankSum=1.591;SC=TAGCAGTAGGAACTGTCACTA;SOR=0.913;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=184;TCF=101;TCR=83;TR=117;WE=70712888;WS=70712870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,132:0.56:237
chr14	70713156	rs11629177	G	A	5021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.827;NF=73;NR=73;PP=2202;ReadPosRankSum=-0.774;SC=TTCCCACAGCGCTTTAGCATA;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=209;TCF=101;TCR=108;TR=146;WE=70713164;WS=70713146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,231:0.70:330
chr14	70713283	.	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-6.480;NF=25;NR=29;PP=575;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TAAAAGTATTCATGATGCAAC;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=88;TCR=102;TR=54;WE=70713291;WS=70713273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,67:0.25:273
chr14	70713720	rs34309925	AATC	A	1275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.417;NF=6;NR=16;PP=906;ReadPosRankSum=0.834;SC=TAAATGAAGAAATCATGGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=22;WE=70713730;WS=70713710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,36:0.35:102
chr14	70713742	.	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=-8.194;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,45:0.38:120
chr14	70713961	rs199806705	GT	AC	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.027;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.017;NF=10;NR=14;PP=722;ReadPosRankSum=0.266;SC=GAGTGAGGCCGTTTATTTTTA;SOR=1.042;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=24;WE=70713970;WS=70713951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr14	70713981	rs12586570	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.210;NF=10;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=-0.115;SC=AATACTCCTCAAAAGCCCCCA;SOR=1.034;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=25;WE=70713989;WS=70713971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr14	70714162	rs4899340	A	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQRankSum=-3.324;QD=25.04;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr14	70714172	rs4899341	T	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.96;MQRankSum=-2.913;QD=23.72;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr14	70714259	rs7144638	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.821;NF=7;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=0.562;SC=CACCACTTCCAGGGAAGTGAA;SOR=0.437;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=13;WE=70714267;WS=70714249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr14	70793004	rs4749	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	70795756	rs7157430	G	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	70795769	rs56128802	T	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=53;SC=TTTCAAATGATTATAGTTTAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=70795780;WS=70795759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	70795772	rs10648369	T	TAC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=1;PP=69;SC=CAAATGATTATAGTTTATCAA;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=70795780;WS=70795759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	70924462	rs3751523	A	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=9;PP=424;SC=AGAAGCTCTTAGTTTCTAGAC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=70924470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	70924501	rs8010994	C	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.96;QD=43.99;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	70924507	rs3751524	A	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.50;QD=42.64;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	70925257	rs12436346	A	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.15;QD=31.87;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	70925418	.	GGGAAATCTTTATGCTAAAGCGCTGTGGGAATGGTGTGGTT	G	4264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=5.591;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.351;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.332;NF=16;NR=25;PP=2966;ReadPosRankSum=1.745;SC=CCAAGATTGGGGGAAATCTTT;SOR=1.071;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=41;WE=70925465;WS=70925408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,112:0.47:239
chr14	70936840	rs111562158	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-10.982;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,40:0.25:158
chr14	70937494	rs8015742	T	G	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=49;PP=1595;SC=AGCCTCCAGGTGTTTGATTTC;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=83;WE=70937502;WS=70937484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	70991342	.	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr14	71067156	.	G	GA	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.781;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr14	71067380	.	C	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=665;SC=TACAGGTTCTCTTTCCGGCGC;SOR=1.159;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=71067388;WS=71067370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	71108942	rs7154268	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=300;ReadPosRankSum=-1.317;SC=TGTGCGTCCCGGGCGGCGGCG;SOR=0.616;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=23;WE=71108950;WS=71108932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr14	71109153	rs4902834	C	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=522;ReadPosRankSum=1.454;SC=GGACTCGCGCCCGGCCTCCCC;SOR=0.620;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=36;WE=71109161;WS=71109143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr14	71109276	rs3742852	G	C	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr14	71109352	rs3742851	G	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CTCCTGCTGTGACTGTGTTGC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=19;WE=71109360;WS=71109342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr14	71197755	rs1476610	T	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.28;NF=1;NR=11;PP=273;SC=TGACCTAGAATGCCATGATCC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=71197763;WS=71197745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	71199452	rs3829955	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TGACCAGGGGGTTGTGGGTAC;SOR=0.579;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=13;WE=71199460;WS=71199442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,24:0.27:88
chr14	71202650	rs4141095	C	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	71202835	rs67403253	ACAC	A	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=1.689;SC=GGCTGGATTCACACCACATCG;SOR=0.619;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=71202845;WS=71202825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr14	71208996	rs4899368	A	G	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=427;SC=TCAGTCCCGGACTCCCTCAAA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=71209004;WS=71208990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	71209025	rs4902843	C	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=1.905;SC=CACACGAGTTCTTTGCCCTGC;SOR=1.460;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=14;WE=71209033;WS=71209015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr14	71215729	rs10129495	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-0.175;SC=AGTCTGAATAGAACATGTGAA;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=71215737;WS=71215719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	71216863	rs10630067	C	CAT	1972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=1101;SC=TGCAATAGCTCGAGTCTTTTC;SOR=1.154;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=21;WE=71216871;WS=71216853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	71227913	rs3814872	A	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	71228000	rs11621281	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-1.061;SC=TCTCCTGTGGGCTCCAGCATT;SOR=0.475;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=71228008;WS=71227990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr14	71374562	rs113468911	G	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr14	71374702	rs2526882	G	A	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=1.650;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,60:0.72:83
chr14	71444788	rs3814871	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=583;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GCCGGCATAGGGACTATGTTT;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=40;WE=71444796;WS=71444778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
chr14	71485692	rs1859914	A	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=340;SC=CTTATACTTAAGATATACTTA;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=71485700;WS=71485682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	71492831	.	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.040;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
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chr14	71500626	rs11461235	G	GT	136.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=1;PP=52;SC=TGTATTTTCTGTTTTTTTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=71500634;WS=71500616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	71502946	rs150455852	A	AGT	753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.327;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.25;MQRankSum=1.001;NF=1;NR=13;PP=610;ReadPosRankSum=-0.650;SC=CCCAGGCTGGAGTGCAGTGTT;SOR=1.776;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=14;WE=71502954;WS=71502936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr14	71522344	rs2286312	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	71540242	rs71305844	G	GCT	1256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=1143;ReadPosRankSum=0.370;SC=CCTTTGTAAAGCTCTCTCTCT;SOR=0.995;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=25;WE=71540250;WS=71540232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr14	71555821	rs1468469	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=-0.976;SC=ACACTCCCAGGTGATTCTGAT;SOR=1.755;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=8;WE=71555829;WS=71555811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr14	71568683	rs34093157	T	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	72040525	rs6574016	G	A	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=290;SC=TGGTATTCCAGTACTTTTTCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=72040533;WS=72040515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	72054798	.	G	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=711;ReadPosRankSum=0.918;SC=TCAACCCCCGGAGTCCCAAAA;SOR=1.061;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=47;WE=72054806;WS=72054788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,55:0.68:81
chr14	72055468	rs1859643	A	C	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=37;PP=1445;SC=CTGGAGACTCATCTATTTTTC;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=72055476;WS=72055458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	72117156	rs8017465	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	72204878	rs57209428	TAA	T	63.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	72431580	.	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=-2.752;SC=CAAACATGATCGTTTACTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=72431588;WS=72431570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr14	72431626	.	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=-2.176;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr14	72457218	rs1476745	C	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=420;ReadPosRankSum=-0.574;SC=CTGCTCACAGCTGCACAGGGA;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=29;WE=72457226;WS=72457208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr14	72921063	.	GG	AT	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=194;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTGTAACTATGGAAGTGTACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=72921072;WS=72921054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	72925171	rs2238186	G	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=-1.926;SC=AAAACCTAGGGATATCTGAGG;SOR=1.276;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=13;WE=72925179;WS=72925161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr14	72932330	.	G	GTGGA	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-0.923;QD=18.61;ReadPosRankSum=2.700;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr14	72939495	rs10131300	C	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=477;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TAGCCCCTAGCAACAGGAGCA;SOR=0.642;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=29;WE=72939503;WS=72939485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr14	72944928	.	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr14	72944943	rs2239277	T	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5100;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=357;ReadPosRankSum=2.726;SC=AATTTTAGTTTGGTCTTAACA;SOR=0.616;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=22;WE=72944951;WS=72944933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr14	72985346	.	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=0.762;SC=TAGTTAAAATTTCAGATTTGG;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=18;WE=72985354;WS=72985336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr14	73007198	rs113373446	GA	G	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=6.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.506;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr14	73181428	rs4903049	T	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=14;PP=339;SC=TGTTCACAACTCCAAGAGGTG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=73181436;WS=73181418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	73198506	rs6574094	T	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=25;PP=948;SC=CCAGCAGGTGTGGGAATACCT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=57;WE=73198514;WS=73198496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	73238696	.	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.730;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=0.219;SC=TCCCTGGAAAGACTGAAGACC;SOR=0.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=20;WE=73238704;WS=73238686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr14	73240486	rs8015749	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=62;SC=GTTAACCTATATTATAGCATA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=73240494;WS=73240476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	73346556	.	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr14	73358945	rs11158986	A	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	73360819	rs5809598	T	TTGTC	6201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=49;PP=2965;SC=TAACAGAATATTGTCTCAGAG;SOR=1.038;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=55;WE=73360827;WS=73360809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	73360949	rs2215901	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=406;SC=AGTTATTAGGAGAGCTGTCAA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=73360957;WS=73360939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	73404795	rs2302587	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=1.682;SC=GTGCCGCTCTGGGGAGCCACT;SOR=0.542;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=11;WE=73404803;WS=73404785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr14	73408355	rs3742832	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=433;SC=TTTAGTGCCTGTTTCCTTCAT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=73408377;WS=73408348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	73408369	rs3832967	A	AT	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=407;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTTCATTACATCCTATGGAA;SOR=1.688;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=11;WE=73408377;WS=73408348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr14	73409613	rs2333012	G	A	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=649;ReadPosRankSum=0.876;SC=AGAGATGGGCGTCAGCGGGGC;SOR=0.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=38;WE=73409621;WS=73409603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr14	73412635	rs17856582	A	C	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=598;ReadPosRankSum=0.114;SC=AACGATGTTAAAGTTGGAGGC;SOR=0.631;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=40;WE=73412643;WS=73412625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,63:0.43:145
chr14	73412739	rs2246976	C	T	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=875;ReadPosRankSum=0.196;SC=CCGGAAGGTACGTTGCCCATC;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=61;WE=73412747;WS=73412729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,86:0.54:159
chr14	73413965	rs2243443	G	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=0.084;SC=CTGGGTATCTGTGGGCTTCAT;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=7;WE=73413973;WS=73413955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	73418732	rs3214336	GT	G	77.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=98;SC=AGAAGCATGTGTTTTTTTTAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=73418740;WS=73418722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	73421186	rs17856583	C	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=492;ReadPosRankSum=-1.107;SC=GCAGTTTGCTCTCATGGTTGG;SOR=0.786;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=36;WE=73421194;WS=73421176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,51:0.38:136
chr14	73422350	rs2806034	T	G	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=452;ReadPosRankSum=-1.341;SC=CAGTGACCTCTGTGCGGATCC;SOR=0.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=32;WE=73422358;WS=73422340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,80:0.72:111
chr14	73436430	.	G	T	3546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=1.338;QD=14.84;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,165:0.69:239
chr14	73440864	rs12931	C	T	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=537;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GAGCAATGAGCGTTCCACCTT;SOR=0.683;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=50;WE=73440872;WS=73440854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,86:0.40:214
chr14	73442470	.	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.316;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=343;ReadPosRankSum=0.200;SC=TCTGAGAAGGGAGTGAAAGGA;SOR=0.318;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=28;WE=73442478;WS=73442460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr14	73459917	rs2333016	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=1.594;SC=CTAGTAGCTGCTCCAAAGCAC;SOR=0.538;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=9;WE=73459925;WS=73459907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr14	73465003	rs997667	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=-0.717;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	73490859	rs45476195	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,35:0.31:112
chr14	73491307	rs3742828	C	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=-0.254;SC=GAAGACTGCACGAAACTTCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=7;WE=73491315;WS=73491297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr14	73563904	rs67768323	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr14	73563909	rs202024700	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	73664853	rs165932	G	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.389;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr14	73673178	rs17125721	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=110;ReadPosRankSum=0.731;SC=TATAATGCAGAAAGTAGGTAA;SOR=0.358;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=10;WE=73673186;WS=73673168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr14	73675527	.	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr14	73712711	rs1003647	G	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=0.736;SC=CCCTGGGCTCGGGCGGGGCGG;SOR=0.473;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=73712719;WS=73712701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	73716633	rs2293793	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=1.148;SC=AAGCCTTGGGTCTTGGGGAGG;SOR=0.782;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=5;WE=73716641;WS=73716623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr14	73717720	rs741842	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,57:0.30:193
chr14	73718879	rs2242610	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=154;ReadPosRankSum=0.206;SC=AGGGGAGGGCATGGGCCCTGT;SOR=1.061;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=12;WE=73718887;WS=73718869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
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chr14	73719278	rs1005013	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=1.709;SC=GGGGTGAGTGCAGGATGGCGC;SOR=1.981;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=11;WE=73719286;WS=73719274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
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chr14	73728957	rs177387	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TGCTTTATAAGTGGGGAAGGG;SOR=0.627;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=7;WE=73728965;WS=73728947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr14	73730290	rs177385	C	A	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=26;PP=1129;SC=GAACACACTGCTTAGGGTGGT;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=73730298;WS=73730280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	73732302	rs177383	C	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GAGCTGCTAGCGCATGGTCAT;SOR=0.484;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=14;WE=73732310;WS=73732292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr14	73957682	rs10144461	C	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=0.175;SC=TTTAGCTTCGCCCCCGGCCGG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=73957690;WS=73957672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	73957772	rs10144469	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=252;ReadPosRankSum=-0.502;SC=GGGCGGCCGAAGCGCCGGCGC;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=21;WE=73957780;WS=73957762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr14	73957981	rs150704374	G	GC	1791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=23;PP=1158;SC=GGCGGTGGCGGCGTCCCGGAC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=73957989;WS=73957971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	73958375	rs758109	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=193;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CAGATCACTTTTACCGGCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=18;WE=73958383;WS=73958365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr14	73961841	rs1019056	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=201;ReadPosRankSum=0.622;SC=TTTCATCCTCTAAGGCTTGCT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=15;WE=73961849;WS=73961831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr14	73963383	rs8014577	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr14	73989080	.	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.438;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,46:0.26:178
chr14	73989859	rs1074501	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=1.323;SC=CTGGTCATACCGCGTCCCAGC;SOR=0.323;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=6;WE=73989867;WS=73989849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr14	74004639	.	CTG	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,23:0.16:148
chr14	74036613	rs61987137	G	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-2.484;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,39:0.32:121
chr14	74060508	rs35724886	C	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=364;ReadPosRankSum=1.131;SC=GCCACGTTGGCTCTAGCTTAT;SOR=0.748;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=6;WE=74060524;WS=74060498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr14	74060511	.	T	TTCAA	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr14	74060513	rs375801976	GCTTA	G	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=523;ReadPosRankSum=0.175;SC=GTTGGCTCTAGCTTATTATAA;SOR=0.666;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=4;WE=74060524;WS=74060498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr14	74061968	rs2010070	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.854;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.478;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,29:0.26:112
chr14	74128945	rs45508195	A	G	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=44;SC=TTTTAAAGACATTTAAAAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=74128953;WS=74128935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	74156316	rs62004949	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=-0.300;SC=AGAAAAAATACCTCTGATCTT;SOR=1.532;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=13;WE=74156324;WS=74156306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr14	74162452	rs11625036	G	C	163.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=1.534;SC=GGATGGTCTTGAACTCCTGAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=74162460;WS=74162449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr14	74192165	rs10136165	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=0.617;SC=CGCCCATGGTTTCTGCAGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=74192173;WS=74192155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	74192994	rs2336074	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=-1.466;SC=CAGAAAACAGACCTCAGGTCC;SOR=0.275;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=74193002;WS=74192984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr14	74193427	rs887508	A	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr14	74196844	rs6574140	T	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=382;ReadPosRankSum=1.101;SC=AAAAGCCCTTTTTATCATCTC;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=26;WE=74196852;WS=74196834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr14	74203690	rs8007548	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=1.908;SC=TAGAAGGGGCGCCTCTCATAC;SOR=1.552;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=9;WE=74203698;WS=74203680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr14	74204003	.	GG	AA	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=617;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CTGCCATCCTGGACAAGATGG;SOR=0.677;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=20;WE=74204012;WS=74203993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,42:0.35:119
chr14	74206481	rs758774	T	C	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CAGGCCCATATACCACAGAGT;SOR=0.497;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=67;WE=74206489;WS=74206471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,98:0.69:143
chr14	74206855	rs17182544	C	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=-0.547;SC=ACAGTGAGGTCGGACACTGGG;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=74206863;WS=74206845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr14	74340797	rs11159042	A	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=1.585;SC=TCGTTGATGGAGGAGGTATTG;SOR=0.647;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=24;WE=74340805;WS=74340787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr14	74345790	.	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.290;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=1.962;SC=CTTCAAATTTCCCCCCTAGAT;SOR=0.276;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=13;WE=74345798;WS=74345780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr14	74349227	rs8005140	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr14	74358703	rs140665239	CCT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=0.431;SC=CTTAATGCCCCCTCTCTCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=4;WE=74358712;WS=74358693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr14	74371511	.	T	TA	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=385;ReadPosRankSum=1.212;SC=TTTTTGGACTTACTGTTTGCC;SOR=0.418;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=12;WE=74371519;WS=74371501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr14	74375956	rs2302136	A	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr14	74388908	rs1127392	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=108;ReadPosRankSum=-1.168;SC=GAGTTGATGATGGTAAGACTT;SOR=1.093;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=14;WE=74388916;WS=74388898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr14	74399212	rs6574155	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.642;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr14	74399291	rs2336547	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=213;SC=CTTGCTATCAGTCATCCTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=74399299;WS=74399281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	74404454	rs113885060	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=376;ReadPosRankSum=2.884;SC=CTAATCCAGAATACCCTTCAT;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=27;WE=74404462;WS=74404444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr14	74404756	rs28927675	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,29:0.25:117
chr14	74409032	rs740506	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	74413129	rs7146634	C	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr14	74413420	rs7148485	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	74416600	rs11621743	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=159;ReadPosRankSum=-1.251;SC=GCCCCTGCTGTCTGTCTCCAA;SOR=1.009;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=14;WE=74416608;WS=74416590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr14	74422329	rs2302118	G	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=1.783;SC=TTCACATTCAGTCCGAGGAAG;SOR=0.896;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=16;WE=74422337;WS=74422319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr14	74424938	rs3180946	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=187;ReadPosRankSum=0.817;SC=CTTGGGTTCATATTACCCTAG;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=18;WE=74424946;WS=74424928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
chr14	74425056	rs3764859	C	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=0.552;SC=CTCTGGTTTTCGATTTAAGCT;SOR=0.399;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=8;WE=74425064;WS=74425046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr14	74425815	.	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.399;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=291;ReadPosRankSum=-2.205;SC=GGGACTTTATTCATAGGCACT;SOR=1.141;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=19;WE=74425823;WS=74425805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr14	74426284	.	GT	G	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr14	74428286	rs7141392	A	G	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=25;PP=935;SC=AAGGATTCAGATACTATGGGG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=74428294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	74428445	rs8500	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=1.890;SC=TTCAGGTTCCGTGAGCCACCT;SOR=0.516;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=23;WE=74428453;WS=74428435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,32:0.29:112
chr14	74433859	rs3742813	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.470;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=-1.297;SC=TTTGCAGGCTTCCCACTACTC;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=9;WE=74433867;WS=74433849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr14	74439495	rs11623794	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TAATCACCCCGACAAAGCACC;SOR=0.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=9;WE=74439503;WS=74439485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr14	74441537	rs2074933	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,14:0.19:75
chr14	74441684	rs2074932	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=1.139;SC=CCAAATCCCAGGTAACTGTAA;SOR=1.085;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=10;WE=74441692;WS=74441674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr14	74449664	rs12431489	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=-0.138;SC=AAAAACTCATAAAGTATTCAT;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=6;WE=74449672;WS=74449654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
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chr14	74496123	.	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
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chr14	74514674	rs3784038	A	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=1.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=590;ReadPosRankSum=0.407;SC=AAAGAGAATGATTATCTTCAG;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=38;WE=74514682;WS=74514664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,49:0.80:61
chr14	74527203	rs8017248	G	A	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=235;SC=GAAACTTTGCGGGGGTTAATA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=74527211;WS=74527193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	74537885	rs2072293	T	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr14	74538706	rs4646861	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=279;ReadPosRankSum=-0.913;SC=AATAGAAATTAATGCAAGAAT;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=22;WE=74538714;WS=74538696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr14	74539324	.	AC	A	586	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=7;PP=586;QD=74.375;SC=GCTGAAAAAAACAAACAAACA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=8;WE=74539333;WS=74539307;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:30,8:0.21:38
chr14	74539325	rs2302126	C	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=2.567;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr14	74550908	rs2074939	A	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=-0.393;SC=TGGGCATGGGACAGGGCCGCA;SOR=2.001;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=10;WE=74550916;WS=74550898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr14	74550974	.	C	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=248;ReadPosRankSum=-1.111;SC=GTGGTCCCGCCCGAGGATGGC;SOR=0.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=19;WE=74550982;WS=74550964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr14	74567736	rs2300193	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr14	74665543	rs10145171	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=0.272;SC=AAATCAATCTGCATTTTTAAA;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=7;WE=74665551;WS=74665533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr14	74726515	rs11383441	G	GC	724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=487;SC=TTGGGGTCCTGCCCTGCGGTG;SOR=1.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=74726523;WS=74726505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	74753278	rs929449	T	C	6930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=75;PP=2658;SC=CCCTGGCCGCTGGCAGAGGAG;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=79;TCR=76;TR=153;WE=74753286;WS=74753268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr14	74759006	rs3742801	C	T	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=34;PP=1531;SC=AAGCCCCACTCGCTCTCGCCC;SOR=0.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=86;WE=74759014;WS=74758996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	74759301	rs4148078	G	T	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=32;PP=1251;SC=ACAGGTCGATGAGCTGGGTGA;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=72;WE=74759309;WS=74759291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	74759477	rs4148077	C	T	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=49;PP=1995;SC=CTAAGCTCTGCGGGACTCAGG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=108;WE=74759485;WS=74759467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr14	74766352	rs2301345	A	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=12;PP=454;SC=CTGGGGATCAAGCCAACCTGG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=74766360;WS=74766342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	74767128	rs7158118	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=196;SC=AACAGACCACGGATACAAAGG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=74767136;WS=74767118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	74769730	rs72559441	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=222;ReadPosRankSum=-0.832;SC=AGAGAGGAAGGTGCGGGAGAC;SOR=0.543;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=21;WE=74769738;WS=74769720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,24:0.25:97
chr14	74874540	rs11621669	A	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=13;PP=634;SC=CCTGGGCCCCAGGTGCTCTTA;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=74874548;WS=74874530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	74874707	rs2884545	A	G	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=34;PP=1072;SC=AAAACAGTGGAGTTTGGTGAC;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=74874715;WS=74874697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	74876181	rs12590672	T	G	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=30;PP=1022;SC=CTGTGAAGCTTGTCTCACAGC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=74876189;WS=74876171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	74876501	rs4026651	G	C	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=169;SC=GCAGTCCTCAGAGCCTGTCAG;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=74876509;WS=74876491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	74959863	.	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=265;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TTCCACAGAGGGCGCGGGAAC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=16;WE=74959871;WS=74959853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
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chr14	74970448	rs5809669	G	GC	263.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=194;SC=AGCCTGGAAGGCCCTCCTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=74970456;WS=74970438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr14	74973581	rs60130392	T	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.277;SOR=1.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr14	74973583	rs8020768	C	T,CGCGCAT	404.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.069;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,14,8:0.52,0.30:27
chr14	74976986	rs7160756	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=2.206;SC=GGCAGGCTCCAAGCATCTCAG;SOR=0.895;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=5;WE=74976994;WS=74976976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr14	74983491	rs147745131	GT	G	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.026;NF=5;NR=4;PP=488;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GGGTGGTGGGGTGGCAGGGCG;SOR=1.032;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=9;WE=74983503;WS=74983481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr14	74983495	rs63395061	C	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.061;NF=9;NR=3;PP=479;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GGTGGGGTGGCAGGGCGCTTC;SOR=1.148;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=12;WE=74983503;WS=74983481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr14	74983841	rs2302114	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=0.180;SC=TAGCTCAGGCCCCTGATAAAC;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=74983849;WS=74983831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	74989433	rs699371	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=2.427;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr14	74991855	rs862031	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CCAGCACATCAGTGGAGGGGG;SOR=1.027;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=14;WE=74991863;WS=74991845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
chr14	74991959	rs862030	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr14	74992800	rs699374	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr14	74992861	rs699375	A	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr14	74993836	.	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.15;ReadPosRankSum=1.101;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr14	74994193	.	C	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr14	74999108	rs862025	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.969;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CCACCCCCACCCCATCCCTGC;SOR=0.359;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=13;WE=74999116;WS=74999098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr14	75002607	rs3742794	G	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.333;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr14	75016482	rs2196861	T	C	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=13;PP=660;SC=GCCTCTGACATCCTGGAGGGG;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=75016490;WS=75016472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	75017650	rs934999	G	C	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=10;PP=861;SC=AAATGGGAGAGTCTGCAGACA;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=75017658;WS=75017640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	75019157	rs11622992	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=259;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GCTCTGTGGCTGGTGACCACC;SOR=0.965;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=26;WE=75019165;WS=75019147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,38:0.30:126
chr14	75137664	rs2302832	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=272;ReadPosRankSum=-0.381;SC=ACTCTCCACATTCCCTCTATT;SOR=1.159;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=13;WE=75137672;WS=75137654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr14	75152461	rs45559240	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=-1.006;SC=GCCAAACAACTCTCTCTAGTC;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=19;WE=75152469;WS=75152451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr14	75282873	rs5809679	AT	A	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.673;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr14	75321714	rs61978928	T	C	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=0;PP=52;SC=AGTACCTGTTTTGATAGAGGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=75321722;WS=75321704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	75359670	rs2230237	G	A	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr14	75360096	.	G	A	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=586;ReadPosRankSum=0.599;SC=GCTGAGCCAGGAGCTGGCAAA;SOR=0.524;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=39;WE=75360104;WS=75360086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr14	75361177	rs2070599	C	G	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=60;PP=1662;SC=ACTTGCCCCACTCCTTATCTA;SOR=1.032;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=97;WE=75361185;WS=75361167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	75366447	rs731952	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=2;PP=184;SC=AGATACTATACTTGGGATGGG;SOR=1.981;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=75366455;WS=75366437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	75367740	rs1799900	G	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=292;SC=GGGTTGGCTTGATATTTCAAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=75367748;WS=75367730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	75367807	rs20578	C	T	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=9;PP=746;SC=ATATGGATGGCGGTACCTTCA;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=75367815;WS=75367797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	75373110	rs201391843	GGT	G	198.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;MQRankSum=-0.000;QD=22.08;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr14	75373626	rs78810423	C	CTGAT	2624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=7;PP=1572;SC=CCAAAGCCCGCTGATAGAGGG;SOR=2.262;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=26;WE=75373634;WS=75373616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	75378296	rs3081755	GTGTGTA	G	631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=3;PP=496;SC=ATGTGTGTTTGTGTGTATGTG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=75378309;WS=75378286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	75378331	rs759057	T	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=10;PP=431;SC=TGTGTGTGTGTGCATGCATGT;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=75378339;WS=75378321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	75386530	rs60425478	T	TGG	229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;NF=5;NR=2;PP=96;SC=GGCCTTTGGGTGGGGGGGGTC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=75386538;WS=75386520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	75412908	rs8005277	A	G	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=23;PP=1063;SC=GGGACCCCGCACACTCACAGG;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=62;WE=75412916;WS=75412898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	75415194	rs2159907	G	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=19;PP=787;SC=CTACCCACCCGACCCCGGAGA;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=75415202;WS=75415184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	75416000	rs2268614	C	T	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=17;PP=776;SC=ATCTTCTTCCCTCTCCAGGTA;SOR=0.920;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=42;WE=75416008;WS=75415990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	75470446	rs175041	C	A	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	75485406	rs175052	G	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=243;SC=GAAACTTCCAGTGCAGATTTT;SOR=2.985;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=75485414;WS=75485396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	75485489	rs175053	A	G	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	75489632	rs175057	C	T	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	75497130	rs175070	C	A	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=773;SC=CCTGGCACACCGCAGGTAAAT;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=75497138;WS=75497120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	75505016	rs175075	A	G	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=27;PP=1149;SC=CAGCTGGTTAATCATTCAGGC;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=75505024;WS=75505006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	75506549	.	CATATATATATATATATAT	C,CAT	818.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=7,7;NR=2,2;PP=541,104;SC=AGAGTTAGGCCATATATATAT;SOR=3.816;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=9,9;WE=75506574;WS=75506539;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.25,0.75:24
chr14	75508248	rs76398851	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=-1.132;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr14	75513828	rs175080	G	A	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=41;PP=1583;SC=TCTCAAACTAGGCATCTGTTG;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=78;WE=75513836;WS=75513818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	75513883	rs175081	T	C	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=40;PP=1580;SC=TTCTCTGAGTTAAGGATGTGG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=74;WE=75513891;WS=75513873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	75535927	rs175499	G	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=22;PP=519;SC=GGCCCGCCCAGCGCAGCCGAG;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=75535935;WS=75535917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	75551254	rs175487	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=498;SC=GGGGGCTCTACAGGCTCAGGA;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=75551262;WS=75551244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	75551442	rs175486	A	C	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=35;PP=1243;SC=CTAGTCACAGAAGTAGTTCAG;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=62;WE=75551450;WS=75551432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	75553655	rs175485	T	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=521;SC=TTCAGTACTTTGTGTTTTGTT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=75553663;WS=75553645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	75572559	rs119077	T	C	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	75580152	rs175464	G	A	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=17;PP=436;SC=GGAAATGGGCGACATCGGATC;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=75580160;WS=75580142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	75587351	rs175454	T	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.68;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr14	75590846	rs175449	A	T	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=35;PP=1144;SC=CCAGAATAACAATCTCATTCA;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=72;WE=75590854;WS=75590836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	75601782	rs175444	G	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=22;PP=665;SC=GGCAGGGGAGGTGGGTAAAGG;SOR=1.225;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=75601790;WS=75601772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	75705656	rs72719908	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=234;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TGGGCTTCCCGTCACTGGCAG;SOR=1.508;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=15;WE=75705664;WS=75705646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr14	75705863	rs55641408	C	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
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chr14	75745551	rs2239615	T	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=439;SC=GCAGCGAGCATCTGAGAAGCC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=26;WE=75745559;WS=75745541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr14	75747407	rs3216792	AG	A	2384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=1358;SC=TTAAAACTTAAGGGGAAAGTT;SOR=0.807;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=36;WE=75747415;WS=75747397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr14	75758885	rs3742769	A	G	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NR=26;ReadPosRankSum=-0.920;SC=AAGTTTGAGCATCCCTTGCTC;SOR=0.760;Source=Platypus;TCR=35;WE=75758893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,67:0.66:101
chr14	75759060	rs3742768	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
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chr14	75904660	rs3625	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=409;ReadPosRankSum=-0.231;SC=TTCGGTGACCACAGGCTCCCT;SOR=1.040;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=29;WE=75904668;WS=75904650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr14	75989286	rs175722	G	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CACCCATTCTGCCAAAGCCCC;SOR=0.622;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=12;WE=75989294;WS=75989276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr14	76045220	rs11845734	T	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-0.472;SC=AATAGGCAAGTGTCCTTTCAA;SOR=1.520;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=10;WE=76045228;WS=76045210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr14	76045362	rs2287015	T	C	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=40;PP=1040;ReadPosRankSum=0.477;SC=GACACCCCTGTGCCGGAGTCC;SOR=0.578;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=283;TCF=178;TCR=105;TR=98;WE=76045370;WS=76045352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,157:0.35:454
chr14	76045858	rs2287016	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=-0.678;SC=CGGTCACCGTGGTGGGCCAGC;SOR=0.432;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=29;WE=76045866;WS=76045848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,41:0.34:119
chr14	76045963	rs2287017	C	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=1.779;SC=CAGCCTGCTCCGTGGCTGTCT;SOR=0.945;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=21;WE=76045971;WS=76045953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chr14	76072028	rs4903337	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-1.690;SC=TCCGGAGCCTTAGGAGGGAGG;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=9;WE=76072036;WS=76072018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr14	76091053	.	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=0.983;SC=CATCGCCCGGCTCTTCAAAAA;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=27;WE=76091061;WS=76091043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr14	76129287	rs2302592	C	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=235;SC=AGGTTGAGCACTGTTTAGGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=76129295;WS=76129277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	76156609	rs2303345	C	T	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=54;PP=2007;SC=GGATTCAAGGCTTTTCACATC;SOR=0.799;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=117;WE=76156617;WS=76156599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr14	76173860	rs1005224	T	A	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=164;SC=TCATGTGGAGTGTAGGAATGT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=76173868;WS=76173859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	76175565	rs1981898	C	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=9;PP=233;SC=TAAAAGAAGGCTACCTATTTA;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=76175573;WS=76175555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	76175594	rs1981899	G	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=216;SC=TGCTTTGACAGATATTATTGT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=76175602;WS=76175584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	76175666	rs8007792	C	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=104;SC=GTTTTTTTCACATGTATCCTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=76175674;WS=76175656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	76186214	rs17783174	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=347;ReadPosRankSum=0.226;SC=TTCTTTGGATAACTTTATCAT;SOR=0.675;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=32;WE=76186222;WS=76186204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,39:0.27:145
chr14	76198818	rs5809726	CT	C	531.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.900;HP=12;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.634;NF=2;NR=21;PP=278;ReadPosRankSum=0.504;SC=ACTTAAAGCACTTTTTTTTTT;SOR=0.399;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=23;WE=76198828;WS=76198808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,35:0.88:40
chr14	76201482	rs2288141	G	T	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	76203747	rs967889	A	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=152;SC=GTGTGAAAGAAAATAAATGTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=76203755;WS=76203738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	76224153	rs2113577	T	A	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	76232398	rs2359870	T	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=536;SC=TGATTCTTCGTATTTAGTGAT;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=76232406;WS=76232388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	76238254	rs57636956	AT	A	297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr14	76242089	rs1035614	A	T	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=184;SC=CTCTGGCATCACCATCCCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=76242097;WS=76242079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	76287061	rs12206	T	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	76352929	rs1882827	C	T	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=252;SC=AGCTAAATCTCATTTGTCAGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=76352937;WS=76352922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	76432136	rs3917187	T	C	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=41;PP=1182;SC=TCTGCTCCTATAGGGACTCAT;SOR=2.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=76432144;WS=76432126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	76488551	rs2058941	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=272;SC=CTGAGGTCGCACCACTGCACT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=76488559;WS=76488541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	76548783	rs137916626	GGACCTT	G	938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=629;SC=CATCTATAGTGGACCTTGATG;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12;WE=76548796;WS=76548773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	76549377	rs7161722	G	A	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=127;SC=CCCAGCATGTGGGAAGCATAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=76549385;WS=76549367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	76549752	rs8536	G	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=673;SC=AGCTACAGTTGAGGGAAAAGG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=31;WE=76549760;WS=76549742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	76619167	rs3813547	A	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=-2.178;SC=CTGAGTTTTTAAAGCAGTAAT;SOR=0.818;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=14;WE=76619175;WS=76619157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr14	76638466	rs3783997	A	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=276;ReadPosRankSum=-1.378;SC=CACATTAACTATCTGAATTTT;SOR=0.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=21;WE=76638474;WS=76638456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr14	76643198	rs7144326	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACCTGTGGCAGTGATTTTCTT;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=76643206;WS=76643188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	76644623	rs2121069	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=317;ReadPosRankSum=-0.641;SC=AGAATCCTGCGTTGAGAAGTA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=22;WE=76644631;WS=76644613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr14	76662370	rs17104243	T	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=428;ReadPosRankSum=-3.992;SC=AGGCACTAAATTATGTGTTTT;SOR=0.674;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=12;WE=76662384;WS=76662360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr14	76662376	rs145653552	G	GT	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=430;ReadPosRankSum=-1.673;SC=TAAATTATGTGTTTTGTATAC;SOR=0.680;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=7;WE=76662384;WS=76662360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr14	76662446	rs1900127	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=0.963;SC=CATGGGAAAACTGAGACTACA;SOR=0.430;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=76662454;WS=76662436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr14	76777055	rs117331657	T	G	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=197;SC=TTTTTTTTTGTCAGCTGCCTG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=76777063;WS=76777045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	76905777	rs35544003	C	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,27:0.26:104
chr14	76906157	rs12432875	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=70;ReadPosRankSum=0.381;SC=CCTGCGGGTCTGGCAGAAGCC;SOR=0.458;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=10;WE=76906165;WS=76906147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr14	76948262	rs11480158	C	CT	1068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=8;PP=763;SC=GAGCAAGGCCCTGAAGGACCC;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=76948270;WS=76948252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	76948862	rs10134248	T	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=369;SC=CCAACTTTGCTTCCTGACCCA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=76948870;WS=76948852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	76957887	rs2361293	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=222;SC=CGCTGCCCTATGACGACAAGC;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=76957895;WS=76957877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	76964926	rs10139705	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=0.463;SC=GTCCCAGAGGCGGGGGTTTCT;SOR=0.990;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=15;WE=76964934;WS=76964916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr14	77229539	rs2270324	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=13;PP=375;SC=GGCCAAGAGTGAAGCCACACT;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=77229547;WS=77229529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	77236147	rs7142166	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=294;ReadPosRankSum=-1.428;SC=AAGAGTCTTCGAATGAGTGGG;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=15;WE=77236155;WS=77236137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr14	77236380	rs3815550	C	T	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=935;ReadPosRankSum=-1.253;SC=TGCAGCGCTACATCAGAGAGC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=68;WE=77236388;WS=77236370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,98:0.66:148
chr14	77239567	rs2075772	A	G	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr14	77242101	rs72737517	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=294;ReadPosRankSum=1.033;SC=CGCCAGGCGTATGGAGATGAG;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=14;WE=77242109;WS=77242097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr14	77244484	.	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr14	77279064	rs8008004	A	G	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	77292992	rs926120	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=350;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GGGAAGCAGTCGAGAGGTGGC;SOR=0.808;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=28;WE=77293000;WS=77292982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr14	77294906	rs75720627	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr14	77302449	rs3742752	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-0.034;SC=CCTAGCCTGCATCTCCACGCC;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=9;WE=77302457;WS=77302439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
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chr14	77319773	rs372697027	GGTGTGT	G	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=59.27;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
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chr14	77336428	rs11625243	G	A	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=21;PP=717;SC=CCATGAGGCTGTACGGGTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=77336436;WS=77336418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	77492891	rs879027	G	A	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=620;ReadPosRankSum=-1.322;SC=GCTTCAATTCGTAGTCCATGC;SOR=0.884;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=52;WE=77492899;WS=77492881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,103:0.38:272
chr14	77493647	rs61991619	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.391;NF=10;NR=5;PP=214;ReadPosRankSum=0.669;SC=GTTCCACCGCAGCGGCGGCGG;SOR=1.346;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=15;WE=77493657;WS=77493637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr14	77493761	rs200317113	TTGCTGCTGC	TTGC,T	569.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.146;NF=7,7;NR=18,18;PP=1018,31;ReadPosRankSum=1.757;SC=TGAGCTGTTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=25,25;WE=77493777;WS=77493751;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.53:32
chr14	77493788	rs28692724	C	T	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.91;MQRankSum=0.242;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr14	77493791	rs377151545	CTGT	C	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5239;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.303;NF=9;NR=18;PP=878;ReadPosRankSum=0.355;SC=GCTGCTGCTGCTGTTGCTGCT;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=27;WE=77493802;WS=77493778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr14	77493875	.	T	C	188	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=16;MQ=59.3;NF=6;NR=6;PP=188;QD=18.5642677123;SC=CCGCCGCCGCTTCCTTAGCCG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=12;WE=77493883;WS=77493865;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,12:0.41:29
chr14	77600344	rs7141511	G	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=69;ReadPosRankSum=1.810;SC=CCAGGCCACCGGCATAACTGC;SOR=0.746;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=9;WE=77600352;WS=77600334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr14	77686012	rs117744819	C	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=1.645;SC=GCCCGAGCTGCAGCAGGTGTC;SOR=0.317;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=77686020;WS=77686002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr14	77686303	rs2287377	A	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=420;SC=GCAGCTGAGAACTTTTCTCTC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=77686311;WS=77686293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	77697967	rs375566	A	G	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=33;NR=24;PP=1050;SC=GGGACGACGCACGCATCTACA;SOR=0.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=57;WE=77697975;WS=77697957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	77704974	rs8010477	G	C	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=31;PP=1691;SC=CCAAAAGACTGAGGTGTCTGG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=83;WE=77704982;WS=77704964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	77708804	rs61731611	C	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=26;PP=798;SC=ACCCCAAAGACATTATTTGGT;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=77708812;WS=77708794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	77709120	rs2287380	A	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=591;SC=GTTGCATGCAAGTCTGGGCCC;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=77709128;WS=77709110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	77732899	.	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=-2.086;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr14	77737088	rs4903565	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=310;ReadPosRankSum=0.398;SC=CCAGCGCCCCGGCAGCGGCCA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=23;WE=77737096;WS=77737078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr14	77745193	rs3209079	A	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=293;ReadPosRankSum=-0.159;SC=CGCCTCCTCGAAGCAGGACCT;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=21;WE=77745201;WS=77745183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr14	77746112	rs11625197	T	C	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=268;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TCCCCAGGGGTGCAGGTGCCC;SOR=0.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=27;WE=77746120;WS=77746102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr14	77750057	rs2216089	T	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=-1.131;SC=AATGGATCTGTAGCATGGCAT;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=4;WE=77750065;WS=77750047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr14	77751200	.	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=228;ReadPosRankSum=0.279;SC=AAGTTGAAGGGATAGCACAGT;SOR=0.321;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=19;WE=77751208;WS=77751190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr14	77751925	rs2270419	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.218;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,42:0.27:155
chr14	77755221	rs2287387	T	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr14	77786863	rs2270420	C	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=0.983;SC=ACCAGCCGACCGCCTCGAAGC;SOR=0.905;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=15;WE=77786871;WS=77786853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
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chr14	77794283	rs1046428	T	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,58:0.40:145
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chr14	77809939	rs3815628	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GCTTGACTTCCTTTCACAAGT;SOR=1.646;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=5;WE=77809947;WS=77809929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr14	77843353	rs10141317	G	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=1.609;SC=GCGGGCTGTGGGGCTCCAGGA;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=4;WE=77843371;WS=77843343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr14	77843363	rs10141114	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr14	77843384	rs3742737	G	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr14	77843814	rs11844594	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=11;PP=428;SC=GATGGAGAGCTGGAGCCTGAG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=77843822;WS=77843804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	77843971	rs45540040	C	T	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=566;ReadPosRankSum=0.713;SC=GGGAGCCAGACAGTGCTAAGA;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=46;WE=77843979;WS=77843961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,70:0.71:99
chr14	77844265	rs45527334	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=494;ReadPosRankSum=1.009;SC=CGGAAACCATGTCTGAGGTTT;SOR=0.573;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=33;WE=77844273;WS=77844255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr14	77844592	rs10133824	T	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=265;ReadPosRankSum=-1.521;SC=AGGAGGCAGGTCTAGAGCCTC;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=18;WE=77844600;WS=77844582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr14	77844869	rs4903576	A	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=37;PP=1481;SC=GTCAAATGAGAAAAAAAATCC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=76;WE=77844877;WS=77844859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	77845121	rs2193595	A	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	77846573	.	G	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-0.689;SC=CTGGATGACAGAGTGAGACCC;SOR=1.038;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=11;WE=77846581;WS=77846563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr14	77872979	.	G	C	120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=120;QD=51.5904041824;SC=CACACACACAGAGAGAGAGAG;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=3;WE=77872987;WS=77872955;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,3:0.33:9
chr14	77880524	rs10592368	CTT	C	727.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=7.499;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.11;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr14	77880536	.	T	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.355;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr14	77889040	rs8017215	T	C	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=13;PP=711;SC=AGCAGTGAGATTCTTGTCCAT;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=77889048;WS=77889030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	77900490	rs67370165	T	G	839.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5085;FS=1.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=443;ReadPosRankSum=0.727;SC=ACTCATTCCTTTCCACCTTTA;SOR=0.359;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=26;WE=77900498;WS=77900480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,35:0.88:40
chr14	77902387	.	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=145;ReadPosRankSum=1.119;SC=CTCAGTTCACCTTTAGAGCGT;SOR=0.582;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=14;WE=77902395;WS=77902377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr14	77902418	rs2063997	A	G	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=478;SC=AAGACATCGCATGAATGGCGT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=77902426;WS=77902408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	77919587	rs2364158	T	C	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=30;PP=1788;SC=GTAGAGCCTTTATCAGTGATA;SOR=1.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=91;WE=77919595;WS=77919577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	77928525	rs1061638	A	G	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=382;ReadPosRankSum=-0.952;SC=CAGGAGTACAATACAAAGGAC;SOR=0.759;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=28;WE=77928533;WS=77928515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr14	77935659	rs11539461	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TGGGGCTTGCGACTCACAGGA;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=77935667;WS=77935649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	77944513	.	G	A	3795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,180:0.69:262
chr14	77948566	rs8010861	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=201;ReadPosRankSum=0.398;SC=GGCTTCCTCAATGGTCTTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=12;WE=77948574;WS=77948556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr14	77950739	.	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.428;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr14	77951279	.	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=-2.492;SC=GAGAGAGAAGGAAGGTAAGGT;SOR=0.459;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=12;WE=77951287;WS=77951269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr14	77951364	rs7156032	G	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=340;SC=GGGTCTGACCGGGTCATAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=77951372;WS=77951354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr14	78018614	rs2178876	C	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=337;SC=TTGCATTCACCGGCAATGTCA;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=78018622;WS=78018604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	78023519	rs2272587	C	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=-1.817;SC=ACAGTTATACCGCATCTTCCT;SOR=0.765;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=9;WE=78023527;WS=78023509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr14	78028803	rs2364602	A	G	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	78036899	rs11344772	AG	A	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.713;NF=0;NR=18;PP=605;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CCTGAATTTAAGAATTACTCA;SOR=0.266;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=18;WE=78036907;WS=78036889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr14	78036935	rs4903606	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.316;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.193;NF=3;NR=9;PP=120;ReadPosRankSum=-1.252;SC=AAATCATAGTATATGTGTTGT;SOR=0.105;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=12;WE=78036943;WS=78036925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr14	78141858	rs3783981	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=25;SC=ACTATAATTTATTAAAATTCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=78141866;WS=78141852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	78170896	rs8021036	C	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=714;SC=AACCTCCAAACACATTTCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=78170904;WS=78170886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	78174473	rs11159286	A	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=12;PP=382;SC=CTCAGCAGCGAGAGGTGCTGC;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=23;WE=78174481;WS=78174463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	78217698	rs61745425	A	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr14	78374327	rs6574411	G	A	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=33;PP=891;SC=TGCCCAGGAAGTGCCTGTGTG;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=49;WE=78374335;WS=78374317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	78390677	rs17753382	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.420;NF=5;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=0.109;SC=CCACCACAACCGCTCCGGCCC;SOR=0.307;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=78390685;WS=78390667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	78390750	rs117945444	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.600;NF=13;NR=4;PP=267;ReadPosRankSum=-1.160;SC=GAGGTCCCTCGGATAGATGTG;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=17;WE=78390758;WS=78390740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr14	78392008	rs11850022	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr14	78397786	.	C	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=621;ReadPosRankSum=2.383;SC=TGGTCACAGCCTGCCAGACCC;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=37;WE=78397794;WS=78397776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr14	78710044	rs11626446	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=633;ReadPosRankSum=-0.147;SC=GGACCCTGTGGTGAGCGTCCC;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=40;WE=78710052;WS=78710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr14	78744823	rs10134857	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=261;SC=GGGTGAAGGTGGAACTAAGTG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=78744831;WS=78744813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	78748411	.	G	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=370;ReadPosRankSum=1.612;SC=CCTGTCCAAGGAGTGCAAACT;SOR=0.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=30;WE=78748419;WS=78748401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr14	78764134	.	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,39:0.25:158
chr14	78993070	.	CC	TT	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr14	79181046	rs1465481	A	T	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=27;PP=1479;SC=TAGGTTTCTTACATTTGGTTA;SOR=1.198;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=78;WE=79181054;WS=79181036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	79276733	rs4133797	C	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	79454344	.	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr14	79454519	rs154325	G	C	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=609;ReadPosRankSum=1.734;SC=GGAACTTTGTGAAGATGTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=79454527;WS=79454509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr14	80328058	.	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.841;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,52:0.33:158
chr14	80993330	rs34838656	G	GA	320.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.546;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.891;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr14	80993774	rs11159467	A	T	205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	81025522	rs1530771	C	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.488;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=330;ReadPosRankSum=-0.482;SC=ATGTAGTTTTCGAAATGATTT;SOR=0.242;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=24;WE=81025530;WS=81025512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr14	81259078	rs4523859	G	A	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=5;PP=746;SC=ATTGAAAACCGTTCCTTAGGA;SOR=2.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=35;WE=81259086;WS=81259068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	81297385	rs7156572	G	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=453;SC=TGCTCACACTGGAGTTCATAA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=81297393;WS=81297375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	81307218	rs7142753	T	G	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=127;SC=TGGATATGAGTTACACAAAAT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=81307226;WS=81307208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	81372454	rs200558373	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TGAATGAAGCGTTATTCTTCT;SOR=0.657;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=5;WE=81372462;WS=81372444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr14	81574687	rs3837640	T	TTCTC	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.001;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr14	81574845	.	T	TTTTTTCTTTTTAC	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.595;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,6:0.12:49
chr14	81574959	rs3783942	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,24:0.24:100
chr14	81575005	rs3783941	C	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=0.095;SC=GAAGGCCCCACGCTCCAGTAT;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=10;WE=81575013;WS=81574995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr14	81610583	rs1991517	G	C	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=40;PP=1395;SC=TTACCCACGAGATGAGGCAGG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=81610591;WS=81610573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	81667852	rs8019633	A	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	81676282	rs12895990	T	C	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-1.933;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,83:0.64:129
chr14	81676360	rs201118427	C	CT	171.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr14	81676361	.	A	AC	171.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr14	81676362	rs199721074	G	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr14	81676370	rs368782223	CTTTATCATACAGAATGGTCCCACAAGAAATA	CGAATGGTCCCACAAGAAATA,C	170.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=1;PP=470;ReadPosRankSum=0.372;SC=CAGGACAATTCTTTATCATAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=1;WE=81676408;WS=81676350;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.30:20
chr14	81676382	rs372189020	GAATGGTCCCACAAGAAATAT	G	176.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr14	81686938	rs145594822	A	AT	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.285;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr14	81712844	rs12891586	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=190;ReadPosRankSum=-2.719;SC=GCGCACTCCACTGAGTTCTGT;SOR=0.533;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=14;WE=81712852;WS=81712834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr14	81737076	rs2241621	A	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr14	81744736	rs3813535	A	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=22;PP=910;SC=CTCCAAGGTGAAGCCTCAGTT;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=81744744;WS=81744726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	81745152	rs12887344	G	A	131.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=52;SC=CTGAAGTATAGGAATGAGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=81745160;WS=81745142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	81954136	.	T	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=431;ReadPosRankSum=0.322;SC=CATAATGCCATCTAGTAGAAA;SOR=0.324;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=30;WE=81954144;WS=81954126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr14	83159052	rs71418905	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=0.067;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr14	85995608	rs12590399	T	G	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	85995614	rs12587861	G	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	86088056	rs10141266	T	C	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=24;PP=829;SC=AGGGCGTAACTGTACTCTACC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=49;WE=86088064;WS=86088046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	86088947	.	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=553;ReadPosRankSum=-1.262;SC=GTCCCACCACGACCCCCGGCC;SOR=0.618;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=43;WE=86088955;WS=86088937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,69:0.39:177
chr14	87386566	rs61981246	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TAAATGCTCAATAATGCAATT;SOR=1.385;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=5;WE=87386574;WS=87386556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr14	88400353	rs412915	C	T	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=25;PP=747;SC=CCTGGAAAAACGTTCACAGAG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=45;WE=88400361;WS=88400343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	88400449	rs413750	TG	CA	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=438;SC=TATCTATTACTGCAGAAATAG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=88400458;WS=88400439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	88401213	rs421262	T	C	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=34;PP=843;SC=ATGCCAGAGGTGAAATGACCC;SOR=1.065;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=88401221;WS=88401203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	88406404	rs417276	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=153;SC=GTGGGGTTCTTGAGTGGCATC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=88406412;WS=88406394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	88407734	rs448805	G	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	88407875	rs421466	T	A	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=23;PP=757;SC=TCTCTATGTATACATCACACT;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=45;WE=88407896;WS=88407865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	88407888	rs398607	A	G	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=23;PP=725;SC=ATCACACTTTATAGTCAGATT;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=40;WE=88407896;WS=88407865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	88411803	rs444902	T	C	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=138;SC=GTTCTTGAAATAGGAGGACCA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=88411811;WS=88411793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	88411837	rs366615	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=181;SC=ACTTCAAAATGTACCTGACAA;SOR=1.051;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=88411845;WS=88411827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	88411947	rs367327	T	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=8;PP=193;SC=CGGCAGCCCATGTAATGGGTC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=88411955;WS=88411937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	88414211	rs398076	G	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=12;PP=394;SC=AACTGCCATCGCTGTCAAGGA;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=24;WE=88414219;WS=88414201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	88414283	rs398343	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=273;SC=CATGTGGACAGAATAGCTTTA;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=88414291;WS=88414273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	88416390	rs440426	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=164;SC=CTATTTATCAAGAGAAACACC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=88416398;WS=88416380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	88416441	rs451073	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=49;SC=TAGGAAAACACTGTTCAAGCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=88416449;WS=88416431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	88417095	rs11300320	GA	G	552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.436;NF=1;NR=10;PP=158;ReadPosRankSum=-1.401;SC=TTATGACTCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=88417103;WS=88417085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr14	88417161	rs431748	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=12;PP=275;SC=AAAAGTTCAACAGTTAATGCC;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=88417169;WS=88417151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	88417244	rs443019	C	T	101.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=46;SC=GACTTTTTTACAATATAATAT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=88417252;WS=88417234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	88651826	rs144490234	A	AAC	1163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.503;NF=3;NR=12;PP=601;ReadPosRankSum=0.581;SC=GAATATTAAAAACACACACAC;SOR=0.368;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=15;WE=88651835;WS=88651816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
chr14	88651962	rs17762463	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.273;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.11;MQRankSum=0.602;NF=32;NR=21;PP=757;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TCCAACTCAGCGTGCTGCTGG;SOR=1.001;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=53;WE=88651970;WS=88651952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,69:0.75:92
chr14	88658764	rs12898054	G	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=-2.721;SC=TCTAGGAAGAGCAAAGGAGAA;SOR=0.829;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=22;WE=88658772;WS=88658754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr14	88693676	rs3825678	C	T	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	88693683	rs3825677	A	G	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.79;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	88693720	.	C	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr14	88693725	rs2277524	G	C	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.15;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	88729912	.	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.75;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr14	88729912	.	GG	AA	507	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=11;PP=507;QD=46.7056562385;SC=AGTCAGGGTGGGGGACAAAGA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=88729921;WS=88729902;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,12:0.71:17
chr14	88729913	.	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.75;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr14	88729931	rs761971	G	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=241;SC=GAAGAAGAGAGTTTGTTTATA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=88729939;WS=88729921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	88737193	rs1298237	T	C	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=33;PP=1046;SC=ACATGGACCCTTGCTAACAAT;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=88737201;WS=88737183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	88792816	rs3742690	T	G	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=339;SC=AAGATGCCGCTCCAAGCGGTT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=88792824;WS=88792806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	88792884	rs3742689	T	C	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=133;SC=GGGTTAAGTCTGGTGGAAAGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=88792892;WS=88792874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	88852031	rs709886	A	G	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=130;SC=ACGGCCTGGCAACGGTTTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=88852039;WS=88852021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	88852166	rs4904448	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=228;ReadPosRankSum=-0.211;SC=ACTAAGCATGGATGGCAGCCG;SOR=0.671;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=16;WE=88852174;WS=88852156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr14	88852279	rs5810413	TG	T	267.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=122;SC=GGCCGCCCCTTGGGGCGCTTC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=88852287;WS=88852269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	88895669	rs386579	T	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	88934651	rs366476	G	A	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=135;SC=GTGTTCCCCTGGGGAGACAGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=88934659;WS=88934641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	88967336	rs816069	C	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=296;SC=AGTAACTATTCAGGAAGACAA;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=88967344;WS=88967326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	88983673	rs4904452	C	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=25;PP=622;SC=TTCAGTCGCACTAATCCCTGA;SOR=2.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=88983681;WS=88983663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	89016855	rs2896079	G	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=0.313;SC=ATCCTCTCCGGATGGGACGAA;SOR=2.891;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=89016863;WS=89016845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr14	89034617	rs150726246	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=1.121;SC=CAGTTTGTGAGTGATGAGAGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=89034625;WS=89034607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	89037482	rs10682918	C	CAT	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5048;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=61.26;MQRankSum=1.037;NF=4;NR=5;PP=297;ReadPosRankSum=-0.158;SC=AGATTCATAACTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=89037490;WS=89037472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr14	89042180	rs1469602	T	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=122;ReadPosRankSum=1.083;SC=CTTAACTCTTTTAGACCTTCT;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=8;WE=89042188;WS=89042170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr14	89063167	rs2297124	A	G	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=63;PP=2291;SC=GTAATGTTTCAAGTTGTACTG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=128;WE=89063175;WS=89063157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr14	89073752	rs142778779	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=286;ReadPosRankSum=1.706;SC=AGTACCATCCCCCCATCTCAC;SOR=0.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=18;WE=89073760;WS=89073742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr14	89077043	rs4899956	G	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.933;NF=9;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=0.192;SC=AGCTACTCGGGAGACTGAGGC;SOR=0.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=11;WE=89077051;WS=89077037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr14	89082289	rs12885870	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=48;ReadPosRankSum=0.266;SC=TTCAGGTTACATGTGTAATAT;SOR=0.905;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=5;WE=89082297;WS=89082279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr14	89087278	rs35953031	T	TA	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.519;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr14	89087801	rs941668	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=1.562;SC=AAATTTTTCTATGACTACAGG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=89087809;WS=89087791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr14	89088388	rs2983488	G	C	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=79;PP=2395;SC=CCTCCCCCTTGTCCGCCTCCA;SOR=4.373;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=96;TCF=17;TCR=79;TR=91;WE=89088396;WS=89088378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	89089149	rs11382327	C	CT	332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=268;SC=TAAGCAGAATCTTTTTTTTTT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=89089157;WS=89089139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	89091202	rs149369776	G	GGAA	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.753;NF=3;NR=4;PP=263;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CATATGAGGAGGAAGGTCGGA;SOR=0.307;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=7;WE=89091210;WS=89091192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr14	89094243	rs1144916	G	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=377;SC=ATATTCATCTGTGAAACATGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=89094251;WS=89094233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	89105287	rs1152383	T	A	239.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr14	89129304	rs17260373	G	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,28:0.29:98
chr14	89307320	rs17700296	T	C	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=494;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TTGATCAGACTGTATGAGAGT;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=34;WE=89307328;WS=89307310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr14	89591829	rs17777553	G	T	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=27;PP=715;SC=CAAGGAATAAGTATTGAGTAT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=89591837;WS=89591819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	89628940	.	G	A	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=683;ReadPosRankSum=0.263;SC=GTGTCGCTGGGGACCTTCCTG;SOR=0.513;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=43;WE=89628948;WS=89628930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,60:0.59:101
chr14	89647259	rs140257053	G	GGCAGAGAACATGCATGGA	1107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=2973;SC=AGAGACAGAGGGCAGAGACAG;SOR=1.893;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=89647267;WS=89647249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	89647297	rs34338248	T	TAC	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.47;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	89747162	rs11845021	A	G	376.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=-1.324;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr14	89747473	rs7147341	T	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=32;PP=745;SC=TGACACCCTTTGAAAATGCAT;SOR=1.392;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=89747481;WS=89747463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	89750819	rs11627932	A	G	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.866;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,60:0.69:87
chr14	89867978	rs12147030	T	C	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr14	90095445	rs100016	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=2.147;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr14	90097939	rs139214677	GC	G	484.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=336;ReadPosRankSum=0.690;SC=CATCTGGGGAGCTTTTTTTTA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=90097949;WS=90097929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr14	90097941	rs201292636	T	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=344;ReadPosRankSum=0.764;SC=TCTGGGGAGCTTTTTTTTAAT;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=10;WE=90097949;WS=90097929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr14	90263500	rs9026	T	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.990;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=575;ReadPosRankSum=-1.297;SC=ATCACAAGTCTGTAGCATGAC;SOR=2.857;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=27;WE=90263508;WS=90263490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr14	90263525	rs1555616	C	A	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=8;PP=791;SC=TTAGTAGAGTCGAGTCTGCTG;SOR=2.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=39;WE=90263533;WS=90263515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	90303065	rs8021113	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.02;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr14	90303113	rs8019848	A	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=0.330;SC=CTGTAATCCCAGCACTTTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=90303121;WS=90303103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	90303383	rs8020323	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	90303435	rs12437204	T	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.15;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr14	90303445	rs12437206	T	C	388.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.34;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr14	90432635	.	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=206;ReadPosRankSum=-1.244;SC=GGATCTCAGTCCTGTTCAAAG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=14;WE=90432643;WS=90432625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr14	90451303	rs1296406	A	G	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=3;PP=91;SC=TCTTGTAGGCATTCCATCATT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=90451311;WS=90451293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	90456188	rs2401863	G	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=387;SC=CTACTATTGCGTAGAAATTTG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=90456196;WS=90456178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	90499290	.	T	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	90528967	rs12878088	C	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=12;PP=356;SC=CTCATCCTTTCATTCATCCAT;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=90528975;WS=90528957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	90650623	.	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.304;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=369;ReadPosRankSum=0.867;SC=CTCCGGAGACGAGGGGCCCTG;SOR=1.354;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=36;WE=90650631;WS=90650613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,44:0.31:141
chr14	90722824	rs2277516	G	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=-2.308;SC=AGCACAACTTGGTCAGCGCAG;SOR=0.569;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=90722832;WS=90722814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	90723000	rs2277515	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=2.505;SC=GGGTCTCAGCAGCCTGAGGCG;SOR=0.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=13;WE=90723008;WS=90722990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr14	90723059	rs2277514	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=3.306;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr14	90723109	rs6575119	T	G	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=49;SC=ACCGCGCTCATGTCCACCGCG;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=90723117;WS=90723099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	90723152	rs3825662	A	G	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	90726676	rs11844225	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=437;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CTCTAGCTTTGTGATTCATTT;SOR=1.125;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=27;WE=90726684;WS=90726666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr14	90729931	rs8022531	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-1.139;SC=GGCTGCTTTGTAAATCTAGCG;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=8;WE=90729939;WS=90729921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	90729984	rs8015510	C	T	117.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5343;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=86;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CTGCTTTTTTCCCTTGGCATT;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=90729992;WS=90729974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr14	90730071	rs4811	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.327;NF=5;NR=3;PP=78;ReadPosRankSum=0.676;SC=TGGAAGAGATCATTGATGACA;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=8;WE=90730079;WS=90730061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	90730265	rs2282030	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-1.190;SC=TTCCTGTCCCGTGGAAGTAGA;SOR=0.622;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=14;WE=90730273;WS=90730255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr14	90731687	rs34260220	GA	G	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.068;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr14	90734826	rs11624246	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=0.047;SC=CTTGAGAATGAGCAATCTCAG;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=16;WE=90734834;WS=90734816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr14	90736055	.	CAG	C	61	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9998;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=61;QD=48.0;SC=AGGGTTAAAACAGAGCATGAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=90736064;WS=90736045;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	90740274	rs6575121	T	C	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.05;MQRankSum=0.717;NF=41;NR=43;PP=1427;ReadPosRankSum=-2.014;SC=TGTGATTGCATTGGACCCATG;SOR=0.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=84;WE=90740282;WS=90740264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,138:0.67:207
chr14	90740324	rs34512486	ATCT	A	1580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=874;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AAAGTTTACAATCTTCTTAAT;SOR=0.963;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=79;TCF=12;TCR=67;TR=24;WE=90740334;WS=90740314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,46:0.31:149
chr14	90740588	rs10140761	G	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=303;ReadPosRankSum=0.127;SC=TCCGTGTGGGGTGTATGTGCA;SOR=0.645;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=20;WE=90740596;WS=90740578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr14	90744672	rs10184	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr14	90745422	rs3737035	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=1.077;SC=CCAAGGGCAATTCTGAAGTGC;SOR=0.902;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=19;WE=90745430;WS=90745412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr14	90752845	rs113463686	CA	C	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.956;NF=0;NR=8;PP=247;ReadPosRankSum=1.026;SC=ACCTGCAAGGCAAAGGCTCAC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=90752853;WS=90752835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr14	90752908	rs7160304	G	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-1.803;SC=AGAGATGCCTGAGTGATGATA;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=90752916;WS=90752898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	90767607	rs3825661	C	T	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=19;PP=762;SC=GCAGATCTTTCACGCTGTCGG;SOR=0.936;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=49;WE=90767615;WS=90767597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	90767746	rs3742669	C	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=25;PP=798;SC=GGGGAAGAAGCCTGGTTGATA;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=90767767;WS=90767736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	90767759	rs3742668	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr14	90767856	rs3742667	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.154;HP=1;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CTGTGATACATGTCTTGATTT;SOR=1.447;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=7;WE=90767868;WS=90767846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	90767860	rs3742666	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=187;ReadPosRankSum=0.674;SC=GATACATGTCTTGATTTAAAG;SOR=1.472;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=4;WE=90767868;WS=90767846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	90768183	rs8020828	C	T	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=1075;ReadPosRankSum=-1.324;SC=CTGAACATTCCAGTTCATCTT;SOR=0.692;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=71;WE=90768191;WS=90768173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,100:0.68:147
chr14	90769539	rs2149647	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
chr14	90769635	rs2282033	T	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TTGTGTCACCTGATATGTTTG;SOR=0.957;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=21;WE=90769643;WS=90769625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr14	90770210	rs4904670	C	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	90784612	rs74080912	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.792;SC=AGCTGAACAGAATCCATGAAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=90784620;WS=90784602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	90863489	rs12886342	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=646;ReadPosRankSum=1.029;SC=CAGCAGCAGCGGCATCGGAGG;SOR=0.402;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=38;WE=90863497;WS=90863479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,58:0.75:77
chr14	90865462	rs2300498	C	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TTACTGCCTCCAACGAAGTGT;SOR=0.307;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=16;WE=90865470;WS=90865452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr14	90866346	rs2268433	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AACTGGAAAACCTATGTTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=90866354;WS=90866336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	90870118	rs3729787	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr14	91007618	rs1294572	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GGCCTCAGTGTGGCAGATTCA;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=91007626;WS=91007608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	91110582	rs3830889	TACATAC	T	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=-1.398;SC=AAAAAGGTTTTACATACACAC;SOR=0.132;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=91110595;WS=91110572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	91113471	rs2277512	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	91113537	rs1286422	A	G	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=26;SC=CATGTAAACCATTTCCCTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=91113545;WS=91113527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	91119267	rs377130668	G	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=-0.215;SC=CAATTAGTCAGTGGCATGGGG;SOR=0.698;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=16;WE=91119275;WS=91119257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr14	91119386	rs188635508	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr14	91123575	rs3742660	T	C	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	91142779	rs1077697	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=172;ReadPosRankSum=-0.547;SC=TAGAGGGGGGCCCAGGACCAG;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=14;WE=91142787;WS=91142769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr14	91156151	rs942738	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=352;SC=ATCACATTGTGCTAAGCACTA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=91156159;WS=91156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	91161862	rs10146731	C	T	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=26;PP=893;SC=GGTTTTGAGTCGTTCTTGTTT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=91161870;WS=91161852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	91162063	rs12893100	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=0.096;SC=CATGCCTAGCCATCTTTGGTT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=91162071;WS=91162053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr14	91165572	rs1749699	G	A	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	91165606	rs1742100	G	A	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=41;PP=1333;SC=ATGGGAAGAAGGCCAGAGCTC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=72;WE=91165614;WS=91165596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	91247024	rs8011601	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=-0.449;SC=AGGCAGCTCCGAAGAGGCGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=91247032;WS=91247023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	91252545	rs17794971	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=221;ReadPosRankSum=0.432;SC=CCAGGGCGGCGGTCAGATGCT;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=15;WE=91252553;WS=91252535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr14	91341680	.	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=-2.205;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr14	91360733	rs77438853	G	GT	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,24:0.26:93
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chr14	91409615	rs111743702	A	AT	34.93	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr14	91467567	rs1286147	A	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CTCCTGGGGGATTCTTGTGTA;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=9;WE=91467575;WS=91467557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr14	91592748	rs57615276	C	CTTCTT	1876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=10;PP=1459;SC=ATGTCTGTGCCTTCTTATAAT;SOR=1.730;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=24;WE=91592756;WS=91592738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	91639611	.	A	AT	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr14	91642234	rs2295528	A	G	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=867;ReadPosRankSum=-0.202;SC=TTCTAATTGGATGCTCCCTGC;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=55;WE=91642242;WS=91642224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,81:0.60:136
chr14	91739081	rs941920	A	G	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=17;PP=759;SC=GGCCCGGCCGAGGTGGGGAGC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=91739089;WS=91739071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	91751788	rs11341843	TC	T	4565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1708;SC=ATCCTGAGGCTCCCCCTAAAA;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=47;WE=91751796;WS=91751778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	91751986	rs76612086	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=5;PP=212;SC=GAGGGTACACAATACAGACAC;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=91751994;WS=91751976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	91763637	rs3742656	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr14	91769968	.	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=2.035;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,14:0.18:77
chr14	91773568	rs1970912	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=1.562;SC=ACTCCTTCTTTAGCTACAGGT;SOR=0.277;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=14;WE=91773576;WS=91773558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr14	91776434	rs2277507	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	91787494	.	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=-2.321;SC=TCTCCTTCTCCAGCTCCCCGC;SOR=0.534;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=8;WE=91787502;WS=91787484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr14	91792443	.	CC	TT	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=859;ReadPosRankSum=1.806;SC=GATAAAGGCACCTGGGTCATT;SOR=1.059;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=28;WE=91792452;WS=91792433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr14	91874956	rs2295882	T	C	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=37;PP=1645;SC=ACAGTGACGATACTGATGGAC;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=88;WE=91874964;WS=91874946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	91883129	rs45437097	G	A	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=29;PP=861;SC=CTAAATCCATGTACATAGTCA;SOR=0.961;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=91883137;WS=91883119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	91883267	rs1285844	A	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=265;SC=CAGAGACTGGACGGGTCAGTG;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=91883275;WS=91883257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	91928933	rs4904784	T	C	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=107;SC=AACATTTATGTTGACCCTTAC;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=91928941;WS=91928923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	91942342	rs10145724	T	A	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=345;SC=TTTTCCTGTATTTATAAAAAT;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=91942350;WS=91942332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	91942407	rs10145809	T	G	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=95;SC=TGAAAAAACTTCAATGTAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=91942415;WS=91942397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	91948643	rs6575195	G	A	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=232;SC=ACCTATAATGGTCATTTTCAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=91948651;WS=91948633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	91957227	rs35564814	T	TA	84.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	91957236	rs10131200	T	A	94.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.99;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	92041047	.	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=26;ReadPosRankSum=0.674;SC=GTTGAGAGGGGAGTTTAGTCA;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=5;WE=92041055;WS=92041037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr14	92053362	rs61991980	C	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=764;SC=GTCCTGGCACCCATGATGCAC;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=92053370;WS=92053352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	92102759	rs17127484	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr14	92105637	.	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.097;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr14	92126443	rs55665101	ATC	A	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.31;MQRankSum=0.792;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.009;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	92126456	rs200431786	TCTCTCA	T	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.31;MQRankSum=-1.528;QD=3.99;ReadPosRankSum=1.492;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr14	92140428	rs1285655	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr14	92174343	rs4605095	C	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=293;SC=ATTGTGAGTGCCTCAAGGGTC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=92174351;WS=92174333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	92189548	rs35078318	G	GA	136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	92264068	rs74650297	A	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.63;MQRankSum=3.252;QD=22.10;ReadPosRankSum=0.843;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr14	92264079	rs201894129	AT	A	108.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.42;MQRankSum=5.264;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
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chr14	92280252	.	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=1.204;SC=CATTATCTGTCTTTCTAAGAC;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=92280260;WS=92280242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	92336775	rs929608	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=-0.031;SC=GCCTGCATGGTGGCCCTGCAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=92336783;WS=92336765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr14	92343764	rs2430341	C	T	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.80;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	92343764	.	CGTTCCTAGG	TGTTCCTAGA,TGTTCCTAGG	411	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=12;MQ=60.0;NF=7,22;NR=3,14;PP=64,411;QD=11.7467874862;SC=GCATACAGCACGTTCCTAGGA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=10,36;WE=92343781;WS=92343754;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.28:36
chr14	92343773	.	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr14	92344354	.	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=0.536;SC=GCCACTCCAGCCTGGGCGGCA;SOR=0.387;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=9;WE=92344362;WS=92344344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr14	92347680	rs2430347	A	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=1.362;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr14	92353648	.	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=1.077;SC=GTGGCACACTCGTTCACATCT;SOR=0.754;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=22;WE=92353656;WS=92353638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr14	92357573	.	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=492;ReadPosRankSum=-0.456;SC=ACCTTGGCAAGACCTTCCATC;SOR=0.632;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=34;WE=92357581;WS=92357563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr14	92403660	rs2474028	T	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=226;SC=ACACCTAGGGTGGTCCCAACT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=92403668;WS=92403650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	92461703	.	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-1.343;SC=TACCTTGTTGGAAATGCTCTA;SOR=0.627;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=6;WE=92461711;WS=92461693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr14	92461963	rs34736578	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=8.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr14	92465749	rs35007347	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-3.795;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr14	92499348	rs11621328	T	G	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=34;SC=AATAGCAAACTGCAGTAACAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=92499356;WS=92499338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	92537354	.	C	CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG	2530.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.61;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=3,3;NR=16,16;PP=295,171;SC=GATAGGTCCCCCTGCTGCTGC;SOR=0.741;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=19,19;WE=92537362;WS=92537344;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.67:45
chr14	92560288	rs10606586	GTTT	G	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr14	92560311	rs2402108	A	G	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=10;PP=224;SC=TTTTTGTGACAGAGTCTTGCT;SOR=1.981;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=92560319;WS=92560301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	92572927	rs3814834	G	A	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=681;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CGGCCCCCACGCCGAACCACC;SOR=0.680;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=174;TCF=71;TCR=103;TR=55;WE=92572935;WS=92572917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,88:0.37:240
chr14	92583993	.	G	GA	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=22;MQ=59.73;NF=1;NR=2;PP=22;QD=12.0;SC=ATAGCTAAAAGAAAAAAAAAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=3;WE=92584001;WS=92583983;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,3:0.30:10
chr14	92792030	rs77385755	G	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=0.449;SC=CTAGATCCAGGAAACAGGCCA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=8;WE=92792038;WS=92792026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr14	92792255	rs941646	G	A	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=45;PP=1322;SC=TGCCAGACACGTGGAGAAATA;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=92792263;WS=92792245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	92792432	rs941645	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=205;SC=GTTTATGGACTTGAGTGGGAA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=92792440;WS=92792422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	92905730	.	C	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=354;ReadPosRankSum=1.307;SC=CTTCTTTGTTCCGTCTCTAGA;SOR=0.513;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=24;WE=92905738;WS=92905720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr14	92905817	rs4900122	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.106;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=0.288;SC=ATAAATGCCAAGCCAAGAAGG;SOR=0.227;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=14;WE=92905825;WS=92905807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr14	92909073	rs941650	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=2.132;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr14	92915625	rs72053272	TAC	T	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=-0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	92920371	rs7144273	C	T	2689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=22;PP=851;SC=AGTTTGGACCCAGGACCCGAC;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=92920379;WS=92920361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	92922667	rs56007403	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=1.541;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr14	92922681	rs7156906	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.861;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr14	92922713	rs7158400	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=9;PP=552;SC=CTTTATCACATGCCTTGGTGT;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=92922721;WS=92922703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr14	92958612	rs7150406	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=1.575;SC=CAAAACAGATGCCTCATGCAT;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=19;WE=92958620;WS=92958602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr14	92959216	rs11623883	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.981;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr14	92960025	rs4904942	T	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=252;SC=ACACTGGCGTTCTCCTCTCCC;SOR=1.358;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=92960033;WS=92960015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	92981606	rs55930890	C	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=1.600;SC=TGGGGAAGAGCCCCCCAACCC;SOR=0.626;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=13;WE=92981614;WS=92981596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr14	93042775	.	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr14	93118038	rs3829947	A	G	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=36;PP=1474;SC=CCCACAGCCCATGACGCAAAC;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=93118046;WS=93118028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	93125415	rs2295991	G	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=12;PP=1049;SC=GGGGCCAGGGGATGGGGATGG;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=93125423;WS=93125405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	93142898	.	T	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr14	93154276	.	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=0.937;SC=CGCAGGACTTCATCTGCGTGT;SOR=0.525;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=9;WE=93154284;WS=93154266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr14	93154537	rs71698059	TGGC	T	1918.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=777;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TGGACGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=19;WE=93154550;WS=93154527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr14	93170741	rs2250672	T	C	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=33;PP=962;SC=TGGTGAACCGTGTCAACTCTG;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=93170749;WS=93170731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	93170901	rs2402189	A	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=13;SC=AGAAGTGAAAATGCCCACTTG;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=93170909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	93170993	rs9791	C	T	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=43;PP=1720;SC=ACCTGTGAAGCGGATACGGCT;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=100;WE=93171001;WS=93170983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	93178191	rs1951708	A	G	6482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=73;PP=2207;SC=CCACGTCCGAATCTTCCATCC;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=55;TCR=74;TR=127;WE=93178199;WS=93178181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr14	93182466	rs1242119	G	A	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	93199080	rs2236264	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,35:0.28:125
chr14	93199203	rs1613441	T	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr14	93276654	rs1040835	T	C	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	93276806	rs1040833	C	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	93286207	rs142097537	TGA	T	1652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=805;ReadPosRankSum=0.606;SC=TGATGACTTCTGAGACTCTGT;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=21;WE=93286216;WS=93286197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr14	93286230	rs17128596	A	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5198;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=367;ReadPosRankSum=-0.403;SC=TCTAGCGGTCATATGAGCAGA;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=28;WE=93286238;WS=93286220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,44:0.83:53
chr14	93286291	rs10716250	AC	A	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr14	93286301	.	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr14	93290723	rs3818256	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=460;SC=TATTCACTTAATTATATACTC;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=93290731;WS=93290713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	93290856	rs2273646	T	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.886;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,40:0.34:116
chr14	93290859	rs2273645	C	T	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr14	93303604	rs4904994	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr14	93303848	.	T	TTTG	979.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.063;SC=AACTAGTTTTTTTTTTTGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=26;WE=93303863;WS=93303838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr14	93303850	rs113573267	T	TG	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=472;ReadPosRankSum=0.330;SC=CTAGTTTTTTTTTTTGTTTGT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=26;WE=93303863;WS=93303838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr14	93303854	rs74598769	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr14	93303855	rs34061602	G	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr14	93389403	rs7159323	A	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	93389435	rs9658638	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=-2.299;SC=AAGGGGGCGGCACCGCTGACG;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=6;WE=93389443;WS=93389425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr14	93392834	rs7146118	C	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=537;SC=GGATCATGGACTCCCAAAGAC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=93392842;WS=93392824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	93398144	rs11851859	A	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=23;PP=724;SC=CTTCATAACAACCCTGAAAGG;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=93398152;WS=93398134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	93398670	rs2236132	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=0.975;SC=GGGAAAATGGTGGTCCCCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=5;WE=93398678;WS=93398660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr14	93401178	rs941581	A	G	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=35;PP=1006;SC=CGGCCATTGAAGCAGAGCTGG;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=93401186;WS=93401168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	93401316	rs7610	T	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=208;SC=ATGGCCCGGATGCTGCTTCCG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=93401324;WS=93401306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	93404674	rs6575304	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=1.803;SC=TCAGCAGTTGTGGCCAGTGGC;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=93404682;WS=93404664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	93407062	rs1043542	A	G	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=25;PP=904;SC=CACTAGAGACAAGGGGGTGGA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=93407070;WS=93407052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	93407248	rs11446	A	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=239;SC=TGGGGGGCCCAGAGGACGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=93407256;WS=93407238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	93532651	.	A	ATGTGTG	742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.471;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr14	93532665	.	A	G	1581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.28;ReadPosRankSum=-2.482;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr14	93673580	rs2255370	A	G	205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	93681725	rs1263395	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=346;SC=ACTGGGCTCTGTGGTTATAAA;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=93681733;WS=93681715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	93712644	rs55659625	TA	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr14	93953904	rs61992611	G	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=43.29;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	93953907	rs33942732	A	AT	812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=40.64;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	93962691	rs8006093	G	A	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	93990259	.	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=255;ReadPosRankSum=-0.464;SC=AGTAAAATATCTGTTTTTACT;SOR=0.395;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=19;WE=93990267;WS=93990249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr14	93994870	rs17094893	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	93994954	rs28420706	G	A	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=21;PP=698;SC=AACCACCCCCGTTGTATCTCT;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=37;WE=93994962;WS=93994944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	93998806	rs942068	C	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=7;PP=755;SC=ACAGAGTGAGCCACTGTCTCA;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=93998814;WS=93998796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	94007075	rs1951716	C	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=10;PP=323;SC=GGCAGCTGGGCCTCTCCTCTT;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=94007083;WS=94007065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	94008753	rs12893237	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	94088070	.	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=0.882;SC=TACGCTCTTTCAAACAAAAAT;SOR=0.702;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=18;WE=94088078;WS=94088060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,36:0.29:123
chr14	94088369	rs28670114	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=0.030;SC=GACTCGCCGGTAAAGCCTGCT;SOR=1.051;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=16;WE=94088377;WS=94088359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr14	94088491	.	C	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=598;ReadPosRankSum=1.565;SC=TGAGCCTCTTCCCCCTCTCAG;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=40;WE=94088499;WS=94088481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr14	94088587	rs4905081	G	A	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=663;ReadPosRankSum=-1.208;SC=TTCTCCCTCCGTCCCCAGCCA;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=44;WE=94088595;WS=94088577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,61:0.73:84
chr14	94097264	.	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=357;ReadPosRankSum=-0.824;SC=AGTAAGATTTCCTCTGCTGAT;SOR=0.726;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=29;WE=94097272;WS=94097254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,49:0.32:154
chr14	94097287	rs2148563	G	A	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=52;PP=1383;SC=TTTCATCTATGCATTTATTTT;SOR=1.104;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=83;WE=94097295;WS=94097277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	94103602	rs4905082	G	A	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=32;PP=1067;SC=ACGTGCCAACGTGCCTAAACC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=63;WE=94103610;WS=94103592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	94107774	.	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.289;SC=CAAAGCGGGTGGATTGCTTGA;SOR=1.981;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=5;WE=94107782;WS=94107764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	94109829	rs943318	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=20;SC=AAAAACAGCCGTGTGTGTAGT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=94109837;WS=94109819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	94113033	.	C	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=358;ReadPosRankSum=-2.999;SC=TTTCTTTTCTCCTCTGTGCAT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=22;WE=94113041;WS=94113023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
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chr14	94160521	rs943323	C	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=415;SC=TCTGGTTTGACGTTTCAGAGG;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=94160529;WS=94160511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	94160611	rs960888	G	A	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=18;PP=781;SC=GGTCTTCTGCGGCTGCAAACT;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=94160619;WS=94160601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	94187832	rs1887197	C	T	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr14	94192352	.	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=512;ReadPosRankSum=0.199;SC=TGGCATGGTTCCTAGAAACCA;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=31;WE=94192360;WS=94192342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr14	94203747	rs117131979	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=51;ReadPosRankSum=1.910;SC=CTGAGTGTCACCTGGATGAGC;SOR=0.631;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=8;WE=94203755;WS=94203737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr14	94245649	rs4905087	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr14	94391699	rs10141024	G	A	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=670;SC=GGAGAAAAGGGCGAGCACAGC;SOR=1.002;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=38;WE=94391707;WS=94391689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	94400906	rs12370	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=5.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=0.241;SC=CTGCAGCCTCGTCTGTCACCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=94400914;WS=94400900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	94403973	rs56003871	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-1.030;SC=AACAGTCGCACTCCCTGAGGC;SOR=0.209;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=12;WE=94403981;WS=94403963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr14	94404217	rs34365480	G	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=422;ReadPosRankSum=0.367;SC=AACATGCCGGGACCAAGAAGT;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=30;WE=94404225;WS=94404207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr14	94405871	rs10873442	G	C	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=32;PP=901;SC=CGCGCTCGGGGGCCAGCGGCG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=58;WE=94405879;WS=94405861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	94406096	rs7155320	A	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=126;SC=CCAGCAGGAGAGCTCGGGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=94406104;WS=94406086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	94410275	rs35894364	CA	C	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.717;NF=4;NR=3;PP=197;ReadPosRankSum=1.530;SC=TAAAATACAGCAAAAGTGTTA;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=94410283;WS=94410265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr14	94410447	rs10134105	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=240;SC=CTTAGACACCTTGAAGCCTCA;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=94410455;WS=94410437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	94414452	rs12888439	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=135;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CACCTACTACGTGCTGAACAT;SOR=0.646;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=10;WE=94414460;WS=94414442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr14	94417421	rs7147919	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=0.030;SC=TGCCGTAGGCGTTCTTGGATT;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=38;WE=94417429;WS=94417411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,45:0.33:138
chr14	94417541	rs4277287	A	G	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=669;SC=TGGTGTCTGCATTGTGCTGCA;SOR=1.659;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=94417549;WS=94417531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	94417586	rs4483793	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.227;SC=TCTTGCGCTCGCAGGCTGTGC;SOR=0.093;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=7;WE=94417594;WS=94417576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	94419665	rs68087715	G	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=350;ReadPosRankSum=0.824;SC=GGATTCTTCCGCAGGAAAGCT;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=21;WE=94419673;WS=94419655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr14	94419888	rs4243701	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=308;SC=CATGTAGGAGAAAGATACTCA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=94419896;WS=94419878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	94420822	.	CC	TT	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=0.741;SC=ATCAAGGGGTCCGCAGGCCTG;SOR=0.708;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=6;WE=94420831;WS=94420812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr14	94421488	rs7161588	C	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=543;ReadPosRankSum=1.501;SC=ACCACGATGTCTATGCCTCTC;SOR=0.988;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=38;WE=94421496;WS=94421478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr14	94464432	rs733166	A	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=551;ReadPosRankSum=1.158;SC=ATCCTGCCTGACTCACGGGTC;SOR=0.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=38;WE=94464440;WS=94464422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,57:0.64:89
chr14	94466081	rs4905137	C	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.773;SC=ACTGCGACACCGTGTGTGGCC;SOR=1.759;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=94466089;WS=94466071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
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chr14	94554550	rs998518	T	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
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chr14	94582130	rs3833507	T	TGGCCATGGC	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
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chr14	94700138	rs4905172	C	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=10;PP=289;SC=TTATTACATTCGTTTAAAATG;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=94700146;WS=94700128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	94701097	rs73344804	C	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-1.531;SC=ATAACAAGTACCTCCTCTATG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=94701105;WS=94701087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr14	94722764	rs6575403	C	A	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=48;SC=TAGTTATTAACTTCACTCAAG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=94722772;WS=94722754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	94722781	rs35019245	T	C	81.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	94732107	rs3827899	T	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	94733431	.	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr14	94754804	rs2232708	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=393;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TTGCCTGCACCGTACATCATG;SOR=0.785;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=25;WE=94754812;WS=94754794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr14	94756669	rs2232698	G	A	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=853;ReadPosRankSum=-0.971;SC=GAGATCTTTCGCAGCAGGCTG;SOR=0.623;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=60;WE=94756677;WS=94756659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,82:0.69:118
chr14	94756794	rs941590	T	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=31;PP=1226;SC=CTCTTCCTCCTTGGGAGCCTG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=94756802;WS=94756784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	94759018	.	A	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=459;ReadPosRankSum=0.526;SC=CTGGACATATATCGCCTAAGG;SOR=1.513;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=28;WE=94759026;WS=94759008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr14	94759082	rs55675764	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=0.325;SC=AGGCCAGGAGCTCAGGGGGTG;SOR=0.467;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=94759090;WS=94759072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	94772504	rs1042394	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=263;ReadPosRankSum=0.434;SC=GCACATCTCCGAGGTCATAGA;SOR=0.375;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=19;WE=94772512;WS=94772494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,49:0.78:63
chr14	94776105	.	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=-0.402;SC=ACCTGTTAATCGTGTCCCGGC;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=20;WE=94776113;WS=94776095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr14	94776219	rs2228542	C	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=441;ReadPosRankSum=0.072;SC=AGGGGAGCTCCGAGTCATGAA;SOR=0.643;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=33;WE=94776227;WS=94776209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,64:0.61:105
chr14	94776387	rs2281520	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=0.500;SC=AGAGGAAAACACAGTTCCAGG;SOR=1.190;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=6;WE=94776409;WS=94776377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	94776401	rs11160168	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=194;ReadPosRankSum=0.068;SC=TTCCAGGTGATCTCACGGGCC;SOR=0.636;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=8;WE=94776409;WS=94776377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	94832898	rs41301763	C	T	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,98:0.62:158
chr14	94833033	rs1956172	T	C	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.954;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,79:0.72:109
chr14	94833092	rs72706253	C	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=413;ReadPosRankSum=-1.124;SC=ATGATGACTCCCAGTGACCAG;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=28;WE=94833100;WS=94833082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,41:0.75:55
chr14	94844843	rs1303	T	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr14	94847415	rs6647	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
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chr14	94909630	rs3818257	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=425;SC=CTCTGTCTGTCGGCAGCCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=94909638;WS=94909620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	94912799	rs12888805	G	A	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=13;PP=481;SC=TCTGGAGGACGGTGCAAGCCA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=94912807;WS=94912789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	94912896	rs1885137	T	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=12;PP=434;SC=AAAGAAACTTTCCTGCTTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=94912904;WS=94912886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	94914455	rs10129672	A	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=337;SC=TAATTCTGTCAGAGCAAGCCT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=94914463;WS=94914445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	94929450	.	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-1.320;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr14	94929541	rs2224418	G	A	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=23;PP=698;SC=AGTAAGAGGGGCCATCCTTCG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=94929549;WS=94929531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	94930956	rs12891900	T	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=313;SC=CAGGCCTCTGTTTCCTTATCA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=94930964;WS=94930946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	94930980	rs11628686	A	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=275;SC=AAATAAGAGCATGTGATTAAT;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=94930988;WS=94930970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	94931016	rs8020984	T	G	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.523;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=471;ReadPosRankSum=1.342;SC=AGCTTGGACTTTTTTGCAAAT;SOR=1.367;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=25;WE=94931024;WS=94931006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr14	94931105	rs11628722	A	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=27;PP=1034;SC=TTTGTCAAAGACATTTTGGAT;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=94931113;WS=94931095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	94933709	rs6575433	C	T	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=17;PP=514;SC=GAAAGGGCTTCTCCCACTTGG;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=94933717;WS=94933699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	94935901	rs12879019	G	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=612;ReadPosRankSum=0.570;SC=TGGAGAATCTGGGTCTTGGTG;SOR=0.891;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=48;WE=94935909;WS=94935891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,59:0.60:98
chr14	94942391	rs10146263	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=388;ReadPosRankSum=2.971;SC=ATTTGACACTGAAGACCATGC;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=26;WE=94942399;WS=94942381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr14	94942663	rs11850199	C	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=137;ReadPosRankSum=0.149;SC=GCTAGACATGCAAATGATATA;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=16;WE=94942671;WS=94942653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr14	94956134	rs3736803	G	A	150.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.77;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr14	94964789	rs12433651	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=0.289;SC=AGAAAAAAAGAACATGATAAC;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=14;WE=94964797;WS=94964779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr14	95028020	rs910352	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.382;SOR=1.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,10:0.16:61
chr14	95029852	rs5508	G	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=585;ReadPosRankSum=3.347;SC=TCCTCCTGCTGGTTGGACTAC;SOR=0.936;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=30;WE=95029860;WS=95029842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr14	95033671	rs3827893	A	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=34;SC=TAGAGAGTGAACACCAAATTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=95033679;WS=95033661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	95034342	rs2070777	T	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=363;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GAGCCGAAGCTGTTTGTGGGG;SOR=0.569;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=21;WE=95034350;WS=95034332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr14	95056610	.	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=0.473;SC=GACTGAGTGAGAAAACGCTGA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=14;WE=95056618;WS=95056600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr14	95081003	.	C	T	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=1324;ReadPosRankSum=-1.837;SC=ATGTCATCTTCTCCCCACTGA;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=76;WE=95081011;WS=95080993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,140:0.67:208
chr14	95081744	rs2896288	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=118;ReadPosRankSum=1.706;SC=TCCAGGGCGCGTAGGAGCTAG;SOR=0.603;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=11;WE=95081752;WS=95081734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr14	95085465	rs8004988	C	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=163;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TCCACTGCTGCGGAAGCAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=11;WE=95085473;WS=95085455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr14	95088626	rs9323910	G	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=1.407;SC=GTGGGAGGCAGGTAGGTACTG;SOR=1.230;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=6;WE=95088634;WS=95088616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr14	95107973	rs4905226	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=541;ReadPosRankSum=0.184;SC=GGGGTTCACCCTCACCGTGGT;SOR=0.628;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=34;WE=95107981;WS=95107963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr14	95566105	rs58202892	AC	A	112.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	95566107	rs368080354	AC	A	112.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	95566108	rs1778057	C	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.335;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr14	95690355	rs41286556	A	G	144.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=112;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TCCCCCTGGAAGTGATACCCA;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=95690363;WS=95690345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	95875342	rs3742345	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=86;ReadPosRankSum=1.306;SC=CGGACTTCCCCGCAGGAGTGG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=95875350;WS=95875332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	95876097	rs3742344	C	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=0.286;SC=GAAACGACAGCTGGTTTTAAG;SOR=0.818;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=7;WE=95876105;WS=95876087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr14	95884323	rs12434757	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=8;PP=231;SC=CACACAGCACGCCCTCCGGAA;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=95884331;WS=95884313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	95898487	rs1187747	G	A	1250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.16;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	95906023	rs17828632	G	A	5862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=62;PP=2802;SC=CCTGCACCACGGCAGCACCCT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=147;WE=95906031;WS=95906013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr14	95906441	rs910791	A	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=525;SC=AGCCCAGGGCATCCTGAGTGC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=95906449;WS=95906431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	95910969	rs36019358	CAG	C	3605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.12;NF=11;NR=19;PP=1386;SC=GCAGGCTCTGCAGAGACACAG;SOR=0.791;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=30;WE=95910978;WS=95910959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	95912302	.	T	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=256;ReadPosRankSum=-1.501;SC=CTGTCCCTCATGGAACCTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=17;WE=95912310;WS=95912292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr14	95918466	rs7144636	A	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=48.96;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	95918473	rs7144641	A	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=40.18;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	95918548	rs11362194	AC	A	4133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=29;PP=2125;SC=GTTCCAGCACACCCTGAGTCC;SOR=0.986;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=53;WE=95918556;WS=95918538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	95918625	rs4905318	T	C	4148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.06;NF=48;NR=53;PP=1555;SC=TATCAGAGAGTGGCTTCAGGT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=101;WE=95918633;WS=95918615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	95918741	rs4905319	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.58;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	95918745	rs4905320	C	T	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.44;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	95918759	rs4905321	C	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=22;PP=564;SC=AGGTGAGGCTCCTCAACAGGA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=95918767;WS=95918731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	95921741	rs4905324	C	T	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=630;SC=GTGCCACCAGCTCGTCCTCGG;SOR=1.054;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=95921749;WS=95921731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	95923421	.	CAAA	C	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;QD=19.46;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr14	95923470	rs146162422	ACTGTC	A	3234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=20;PP=2292;SC=ACCCTCTGTGACTGTCCCTAG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=95923482;WS=95923458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	95923670	rs2024863	A	C	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=46;PP=1401;SC=GCAGATCTACACGCTTCTGTG;SOR=1.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=95923678;WS=95923660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	95999676	.	T	TA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr14	96000090	rs45528633	G	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=154;SC=TGAGTGCTGGGTAGGAAGTCA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=96000098;WS=96000080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	96009307	rs716315	C	T	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=14;PP=1008;SC=CATTTTGTTACAGTCATCATC;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=96009315;WS=96009297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	96103099	rs4905366	A	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=7;PP=267;SC=TCACCTCACCATCTGCTCAGG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=96103107;WS=96103089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	96103269	rs11160283	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=317;SC=TCTACTACACGCCCAGCCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=96103277;WS=96103259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	96131432	rs1743491	A	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=12;PP=380;SC=TGGAGGTGATATGCTTGAGAT;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=96131440;WS=96131422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	96152728	rs11160284	T	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=9;PP=351;SC=ACGCCGGAGCTGCTCCATTTA;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=96152736;WS=96152718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	96157187	rs1064017	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=291;ReadPosRankSum=-2.229;SC=GCTCTACCCCGGGAGGAAGTA;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=26;WE=96157195;WS=96157177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,42:0.36:117
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chr14	96556828	rs2369421	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GGCCAGACGCCGCTGTAGCCA;SOR=2.395;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=11;WE=96556836;WS=96556818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr14	96556846	rs61985272	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=298;ReadPosRankSum=0.950;SC=CCAGGCCTGTCTTAAGAGGAC;SOR=0.534;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=23;WE=96556854;WS=96556836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr14	96556914	rs2093722	T	C	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr14	96671139	rs1799722	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=331;ReadPosRankSum=-1.009;SC=GATGACATCACTACCCAGCCC;SOR=0.444;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=25;WE=96671147;WS=96671129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr14	96671207	rs71103505	GGGTGGGGAC	G	1719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=2986;SC=CTCCGAGGAGGGGTGGGGACG;SOR=0.850;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=17;WE=96671223;WS=96671197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	96707457	rs5224	A	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=374;ReadPosRankSum=2.871;SC=AGATCCAGACAGAGAGGAGGG;SOR=0.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=32;WE=96707465;WS=96707447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,55:0.34:163
chr14	96730142	rs2071084	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAGTGCTGCCAACATTTATCA;SOR=0.997;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=18;WE=96730150;WS=96730132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,26:0.32:81
chr14	96742603	rs12893091	G	A	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=36;PP=1064;SC=AGCTGAAATGGAGGCGTGAGG;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=96742611;WS=96742593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	96757361	rs10454690	T	A	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=101;SC=TTAAAACAAATTCTACAAATT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=96757369;WS=96757351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	96758160	rs2275022	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	96761557	rs1770547	A	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=19;PP=544;SC=TTCTTAGCAAACATTTAAATC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=96761565;WS=96761547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	96768514	rs3215949	G	GA	396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=157;SC=TTAAAAATAAGAAAAAAAAAG;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=96768522;WS=96768504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	96770952	rs36013915	C	CA	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.850;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr14	96771959	rs2289622	A	G	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=14;PP=646;SC=GGGAGGGACTATTCCAAAATC;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=96771967;WS=96771949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	96777408	rs3759602	T	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=4;PP=271;SC=AATGTAAACATGTCACGACAT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=96777416;WS=96777398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	96777468	rs3759601	G	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=15;PP=815;SC=GACCTTCTTTGAAAGGCTCCA;SOR=1.079;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=43;WE=96777476;WS=96777458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	96779895	.	A	G	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=23;QD=28.8856062736;SC=GAAAATCATAACGGTAAAAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=96779903;WS=96779885;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	96781912	rs9323945	T	C	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=18;PP=484;SC=ATCACTCCATTCACTATGCCT;SOR=0.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=96781920;WS=96781902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	96797724	rs1822372	G	A	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=13;PP=861;SC=TAAGGTGATCGTGTGAGCAAG;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=43;WE=96797732;WS=96797714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	96813703	rs4905483	A	T	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=388;SC=CAGGTTCATTATGAATCACAA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=96813711;WS=96813693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	96829290	rs12434329	G	A	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=24;PP=847;SC=TCTTCTTGATGGACTCCGAAA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=96829298;WS=96829280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	96852071	rs1545280	T	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=12;PP=351;SC=AATGTTGATATAAAGCTTAAA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=96852079;WS=96852061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	96864309	rs8019939	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=0.720;SC=CCTTGGTGGCACCCAGCAAGC;SOR=0.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=96864317;WS=96864299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr14	96871104	rs2275554	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GCCATCTCTCGAGAAGACCTT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=12;WE=96871112;WS=96871094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr14	96871337	rs8009774	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr14	96871337	.	CC	TT	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=35;QD=44.2339374311;SC=AGTATGAAATCCATGATAATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=2;WE=96871346;WS=96871327;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr14	96871338	rs8009775	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr14	96875377	.	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-0.937;SC=GTGTATTCTCCCACTCCTGAA;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=9;WE=96875385;WS=96875367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr14	96909025	rs12431832	A	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,60:0.61:98
chr14	96916232	rs11424079	G	GT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	96922752	rs2369679	C	G	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=34;PP=1052;SC=AATTGGCCAACTACTACAAAC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=96922760;WS=96922742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	97010662	.	C	T	145.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTGATGCATACCATAGTGATA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=97010670;WS=97010652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	97022168	.	AT	A	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr14	97299853	rs2145635	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr14	97321689	rs2230532	C	T	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=939;ReadPosRankSum=-1.260;SC=CACACAATGGCGTGGGTATGT;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=66;WE=97321697;WS=97321679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,126:0.66:191
chr14	98217929	rs12893126	T	C	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=76;SC=TGAGGGGGACTGAGAGGAACG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=98217937;WS=98217919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	98435696	rs2124843	T	C	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	98444253	rs8015127	C	A	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.99;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	98444253	.	CATTTC	AATTTC,AATTTT	132	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=9,7;NR=6,3;PP=41,132;QD=5.05141416981;SC=CTGTAGGGACCATTTCCCACC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15,10;WE=98444266;WS=98444243;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.94:16
chr14	98444258	.	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=1.985;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr14	98444369	rs8016584	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=9;PP=292;SC=ACCAAGCTGGTTTCCTCTCCG;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=98444377;WS=98444359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	99182526	rs139827156	TGGATGCATC	T	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=2938;ReadPosRankSum=1.129;SC=CCAGTACGACTGGATGCATCG;SOR=0.613;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=11;WE=99182542;WS=99182516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr14	99182626	rs4905757	T	C	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=715;ReadPosRankSum=-2.427;SC=CGCCCATCAGTGAGCCAACTT;SOR=0.432;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=62;WE=99182634;WS=99182616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,86:0.75:114
chr14	99183429	.	C	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=751;ReadPosRankSum=-0.806;SC=CAATCCCCCTCCAGGTGAGTG;SOR=1.460;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=47;WE=99183437;WS=99183419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,62:0.70:89
chr14	99392468	rs200318	C	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=2;PP=170;SC=TGCATCACCTCTGTGTTGGCG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=99392476;WS=99392458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	99641543	.	GCTC	G	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr14	99642360	rs1152783	C	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=293;ReadPosRankSum=-0.919;SC=CCACGGCCTCCGGCCCGAGCG;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=20;WE=99642368;WS=99642350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr14	99642647	rs2487507	T	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-0.436;SC=GGGATCCCAGTGCCCTGCCTG;SOR=0.507;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=15;WE=99642655;WS=99642637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr14	99697665	rs142239059	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=146;ReadPosRankSum=0.372;SC=GCCCCCCACCGCGGCGTCGTC;SOR=0.586;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=12;WE=99697673;WS=99697655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr14	99724165	.	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=521;ReadPosRankSum=0.026;SC=GCCTCCACATGGTCAGCCTCT;SOR=1.088;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=29;WE=99724173;WS=99724155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr14	99961830	rs2069492	T	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=327;SC=TTGTTTCCCTTTTAGGTGACA;SOR=2.200;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=99961838;WS=99961820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	99981858	rs11621993	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=375;SC=GCTAACTATCGGGCCTGAGCA;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=99981866;WS=99981848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	99988724	rs2400681	A	G	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=5;PP=80;SC=CCGCTTATCCATCCCCCGAGC;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=99988732;WS=99988714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	100002473	rs12882209	A	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=27;PP=810;SC=AGCAGACTCCATCCCCATTGC;SOR=0.949;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=47;WE=100002481;WS=100002463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	100046271	rs34139518	T	TC	1482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=713;ReadPosRankSum=1.564;SC=TCTGGCTCAGTCCAAGACTTT;SOR=0.549;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=24;WE=100046279;WS=100046261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,58:0.33:175
chr14	100069742	rs8007401	G	A	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=270;SC=GCCCGCTCAGGCTGGCCTGGC;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=100069750;WS=100069732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	100111565	rs12893887	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	100123487	rs36033161	T	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=21;PP=720;SC=ACAAGTATGTTCAGCTTTTGA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=100123495;WS=100123477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	100125731	rs11621678	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=1.828;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=152;ReadPosRankSum=0.247;SC=CTCAGGGCGACCCCGAGCCGC;SOR=1.061;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=12;WE=100125739;WS=100125721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr14	100141689	rs7158073	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=8;PP=475;SC=GAGGTGTTCGTGGGCGGACGC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=100141697;WS=100141679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	100165905	.	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=-0.447;SC=AGGCCTGGGTGGGAGGCCAGG;SOR=0.784;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=14;WE=100165913;WS=100165895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr14	100166300	rs943881	T	C	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.488;HP=1;HapScore=1;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=52;PP=1954;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CATCAAGCAGTCGCTCCCCAC;SOR=0.311;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=97;TCF=29;TCR=68;TR=69;WE=100166308;WS=100166290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,109:0.75:145
chr14	100166489	rs943880	G	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=-0.176;SC=AGGCAGTAGGGGCTGCCGAAG;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=10;WE=100166497;WS=100166479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr14	100172899	rs2273839	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TCTGCACAGTATCCTCTCTGT;SOR=1.508;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=100172907;WS=100172889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	100174092	rs34955990	A	AT	288.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=7.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=1.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr14	100174178	rs36018216	G	A	98.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-1.383;SC=ATTGCCTAAAGTAAAGGCTTA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=100174186;WS=100174168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	100184589	rs7151522	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.403;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr14	100187550	.	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=2.301;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr14	100189423	rs12896665	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=219;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CCGATTTTGTATCTGCTGCCA;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=16;WE=100189431;WS=100189413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr14	100192685	rs141174869	G	GGGGCTGCT	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.385;NF=0;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=-1.687;SC=CCCCTGCTCTGGGGCTGCTGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=100192693;WS=100192675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	100341316	.	G	A	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=871;ReadPosRankSum=0.483;SC=TGAATAGATCGACACCAAGGT;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=68;WE=100341324;WS=100341306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,102:0.57:180
chr14	100341430	rs1191121	A	G	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=537;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CCTACCATTCATCAAGTCATC;SOR=0.425;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=37;WE=100341438;WS=100341420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr14	100344698	rs1191118	T	C	118.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TGATCTCCGTTGCTAGGCCTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=100344706;WS=100344688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	100357643	rs1191100	C	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,55:0.69:80
chr14	100360855	rs1191098	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TTAGAATGACAGAAGGGTAAA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=100360863;WS=100360845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr14	100380948	rs2250718	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=165;ReadPosRankSum=-1.293;SC=TGCCTCAAAATCTCAGTTCTT;SOR=0.721;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=9;WE=100380956;WS=100380938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr14	100384032	rs75719251	TTGTG	T	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.756;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr14	100387242	rs34263849	A	AT	593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.456;NF=2;NR=22;PP=474;ReadPosRankSum=0.772;SC=TCACTACTTTATTTTTTTAAT;SOR=0.827;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=8;TCR=70;TR=24;WE=100387250;WS=100387232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,42:0.33:129
chr14	100404351	rs2295787	T	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=1033;SC=TCTTGTCAGATTGCTCGGCTG;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=100404359;WS=100404341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	100406193	rs4900449	T	A	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=11;PP=616;SC=CAGAGCAGGTTCCCAAGTGAG;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=100406201;WS=100406183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	100438325	.	C	CCCG	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr14	100438373	.	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.718;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	100576137	rs61984547	G	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.65;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,46:0.84:55
chr14	100576147	rs61984548	T	A	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.39;ReadPosRankSum=-1.728;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,43:0.90:48
chr14	100596074	rs2273759	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr14	100607595	rs56051501	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=267;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TGAGCATGCCCTGTGCCCTTC;SOR=0.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=25;WE=100607603;WS=100607585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr14	100613084	.	G	A	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
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chr14	100616131	rs79059845	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.042;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=400;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GTGGCCGAGGGGTGAGAAGGT;SOR=1.688;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=19;WE=100616139;WS=100616121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr14	100625902	rs7157599	C	T	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=32;PP=986;SC=CTCGAAGTCGCTGCGGCTCGC;SOR=0.846;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=55;WE=100625910;WS=100625892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	100728742	.	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=-1.142;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr14	100741182	rs115934889	G	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-1.683;SC=GTTTCTGCTTGTGATAATTTA;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=100741190;WS=100741172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr14	100758502	rs11557208	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=218;ReadPosRankSum=0.698;SC=TTCAGCCCACGTCTGATAGAC;SOR=0.955;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=14;WE=100758510;WS=100758492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr14	100772612	rs201377398	CCT	C	1785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.682;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=588;ReadPosRankSum=1.664;SC=TCGTCCTCCCCCTGAGGCCCC;SOR=0.324;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=14;WE=100772621;WS=100772602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr14	100772672	rs11557209	G	C	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=110;SC=TGCCGGGGCTGGGCCTGGCCG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=100772680;WS=100772662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	100789777	.	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=0.096;SC=GGAGCCATCGGAGGTAACAGA;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=16;WE=100789785;WS=100789767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr14	100792220	rs7155877	C	T	8661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=92;PP=2965;SC=CACCTGTCCACGGCCAGGAGA;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=108;TCR=92;TR=200;WE=100792228;WS=100792210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr14	100792482	rs1951519	C	A	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=64;PP=2012;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CTGAAGCCCACTTCTCCTGCA;SOR=0.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=107;WE=100792490;WS=100792472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr14	100795139	rs35007880	G	T	5110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=53;PP=2294;SC=CAGCAGCGGCGGCTTTCGGCC;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=120;WE=100795147;WS=100795129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr14	100795907	.	C	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=1.603;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr14	100801423	rs2234532	T	C	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=11;PP=212;SC=ATGTCCTGAGTGGCTCCTTCC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=100801431;WS=100801413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	100803364	rs2234530	A	G	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=21;PP=1340;SC=TGGGTGGCAGAAGGCGGCTGT;SOR=1.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=100803372;WS=100803354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	100803655	rs2234528	C	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=655;ReadPosRankSum=-1.143;SC=ATTCTGGACCCGGGAAAGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=100803663;WS=100803645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr14	100808493	rs5810992	G	GA	1230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=12;PP=583;SC=AGGAAAAAAAGAAAAAAAATT;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=24;WE=100808501;WS=100808483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	100808510	rs1373	T	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=25.07;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	100808845	rs9453	G	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=205;SC=GTGGAGTGCAGCAGGGCTGGT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=100808853;WS=100808835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	100813077	rs941923	T	C	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=18;PP=940;SC=GCAGTGGGCCTCTTACCAATG;SOR=1.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=50;WE=100813085;WS=100813067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	100820980	rs1009812	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=387;SC=TTTGGAAATGGAAAATATAGA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=100820988;WS=100820970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	100826773	rs2234524	C	G	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	100831835	rs1998902	C	T	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	100832282	rs2146105	C	G	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=7;PP=360;SC=AGTGACCTTGCGCACTTACAG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=100832290;WS=100832272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	100832391	rs724391	T	C	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=16;PP=470;SC=GCCAAGGGAGTGTCACAGTTT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=100832399;WS=100832381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	100847497	.	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=0.645;SC=TATCGCCTTCCATTGGCTCAG;SOR=0.697;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=23;WE=100847505;WS=100847487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr14	100847523	rs2181170	T	C	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=36;PP=1324;SC=GAGAAGCGATTGGGGATCTTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=100847531;WS=100847513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	100847707	rs2273800	A	G	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=32;PP=966;SC=TCATCTTTCCATGCTCAAAGT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=100847715;WS=100847697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	100847930	rs3742387	A	G	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=33;PP=1000;SC=TTATTCAGCCATATTTGAATA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=66;WE=100847938;WS=100847920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	100934602	rs4905966	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=0.447;SC=TATACGCTTGCGTGGCAGAGG;SOR=1.247;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=10;WE=100934610;WS=100934592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr14	100996312	rs13065	T	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,35:0.26:136
chr14	101005215	rs12893951	T	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=313;ReadPosRankSum=0.595;SC=GCAGTGAGCCTGCGTAGCTGG;SOR=0.919;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=29;WE=101005223;WS=101005205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,33:0.31:107
chr14	101005236	rs12892571	A	G	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=287;ReadPosRankSum=-1.533;SC=GGAAGGCCTCATGCTGGAAGC;SOR=0.902;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=27;WE=101005244;WS=101005226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr14	101007072	rs6575788	C	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=486;SC=CCCTCTCTGGCCTCCACACTC;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=101007080;WS=101007062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	101010364	rs4073550	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=61;ReadPosRankSum=0.661;SC=CAACCCAGTCGCTCGATTGCA;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=101010372;WS=101010354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr14	101036052	rs7141087	T	C	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=-0.547;SC=AATCCAAGTGTTCCTCCATCC;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=19;WE=101036060;WS=101036042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,36:0.28:128
chr14	101036074	rs10140554	C	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,33:0.25:133
chr14	101138230	rs8011237	A	C	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=32;PP=1277;SC=CTCTCCTAGAACTTTCTGTCG;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=70;WE=101138238;WS=101138220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	101198417	rs6575799	A	G	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=37;PP=1371;SC=TGCCAACAACAGGACCTGCGT;SOR=0.882;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=84;WE=101198425;WS=101198407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	101301012	rs10132552	T	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=551;SC=CAGCCCCGTGTCTCCTCAGGG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=101301020;WS=101301002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	101301261	rs11160606	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr14	101301268	.	C	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr14	101302800	rs12889884	C	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=231;SC=GGAGAGCTGCCTGGAGTGGAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=101302808;WS=101302790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	101311870	.	C	T	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=464;ReadPosRankSum=0.381;SC=AGCTCGAAATCGTAAGTGGCT;SOR=0.745;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=33;WE=101311878;WS=101311860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr14	101335604	rs12886011	A	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-1.206;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr14	101340805	rs41286558	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=123;ReadPosRankSum=-1.529;SC=CTTGCACTGCGCTTCCGGGAG;SOR=0.804;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=9;WE=101340813;WS=101340795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr14	101347037	rs34696219	AG	A	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=500;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TGCTGGAGACAGGGAGGCGTC;SOR=0.504;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=15;WE=101347045;WS=101347027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr14	101348584	rs11623267	C	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=212;ReadPosRankSum=-1.099;SC=TCTTGCTCCTCGACTCCCCAG;SOR=0.782;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=17;WE=101348592;WS=101348574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr14	101349017	rs6575805	A	G	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=29;PP=1155;SC=GGGAGAGCGCAAACGGCTGGT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=101349025;WS=101349007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	101349454	rs41286560	G	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=2.079;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,41:0.35:116
chr14	101349764	rs34163305	C	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=603;ReadPosRankSum=2.770;SC=GCTGTGGGTACGGCTTCTCGT;SOR=0.717;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=41;WE=101349772;WS=101349754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr14	101350298	rs3825569	T	C	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=26;PP=1242;SC=ACTCAAACACTTCGGACATGG;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=101350306;WS=101350288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	101350337	.	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr14	101350670	rs35401447	C	CTCT	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.758;NF=3;NR=10;PP=576;ReadPosRankSum=-1.403;SC=TCTGGTTTTGCTCTTGAGGAG;SOR=0.480;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=13;WE=101350678;WS=101350660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr14	101350795	.	C	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=348;ReadPosRankSum=-1.444;SC=AGTGGATCCCCCCTTGCCTGG;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=25;WE=101350803;WS=101350785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr14	101391354	rs34857222	G	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5073;FS=6.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=0.231;SC=ACAAAGAAATGTGTAAGTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=15;WE=101391362;WS=101391344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr14	101393774	.	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=1.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr14	101396148	rs35436326	G	A	107.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CAAGGATCTTGTTCTTAGTTT;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=101396156;WS=101396138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr14	101403072	rs1956732	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr14	101403075	rs1956731	C	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr14	101406011	rs1951026	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=234;ReadPosRankSum=-1.461;SC=ATGAGTCTAGGACCTTGTTCA;SOR=0.385;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=8;WE=101406030;WS=101406001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr14	101406022	rs1951025	T	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=198;ReadPosRankSum=-0.063;SC=ACCTTGTTCATGGGCCTTTTG;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=101406030;WS=101406001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	101409747	.	G	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.44;ReadPosRankSum=1.861;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,54:0.79:68
chr14	101409763	rs35829821	A	G	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.50;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,59:0.76:78
chr14	101418136	.	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	101418192	rs10713875	TG	T	663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=279;SC=GGCCCAAGCTTGGGACCAATG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=101418200;WS=101418182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	101420572	rs8015089	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=1;PP=21;SC=TATCAAAGTGGCAGATTATAT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=101420580;WS=101420564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	101423634	rs12887775	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TATTTAAGAATATATAAGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=9;WE=101423642;WS=101423624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr14	101429287	rs34448411	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	101429459	rs72700530	G	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=264;ReadPosRankSum=0.656;SC=CTGAGACTCTGAGGTTAGTAC;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=21;WE=101429467;WS=101429449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr14	101429568	rs16791	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-0.900;SC=TAGTTCATGAGTTTTGATTGT;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=11;WE=101429576;WS=101429558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr14	101429659	rs17172	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=33;SC=ATTATGAAATGTGAGGTGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=101429667;WS=101429649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	101431057	.	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=198;ReadPosRankSum=1.226;SC=ATTAGTGAACGAATTAACTAA;SOR=1.270;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=14;WE=101431065;WS=101431047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr14	101431194	rs4547276	A	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.713;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=352;ReadPosRankSum=0.193;SC=GTCTGTTAGAAAAGATACATG;SOR=0.409;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=26;WE=101431202;WS=101431184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr14	101431216	rs34144313	C	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=301;ReadPosRankSum=0.164;SC=CCCATTCTCTCTGTTTCAAAT;SOR=0.393;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=24;WE=101431224;WS=101431206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr14	101432440	rs111435301	C	CAGA	2610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.18;MQRankSum=1.151;NF=4;NR=18;PP=1036;ReadPosRankSum=-1.083;SC=AGGTCCATCACAGAAGTAGAG;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=22;WE=101432448;WS=101432430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
chr14	101433552	rs2145502	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-0.209;SC=GTTCACTTCACTGTATTATTA;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=101433560;WS=101433542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr14	101434689	.	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.004;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=1.812;SC=ATAAGGAGGTGAAGCATTGTT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=101434697;WS=101434679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	101435167	rs34991312	A	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=2.074;SC=ATATATAACGAATATTGGTGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=101435175;WS=101435157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	101435371	rs12432302	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=382;ReadPosRankSum=3.250;SC=AGAAAAGAAAACCAGTTCTTT;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=24;WE=101435379;WS=101435361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr14	101435515	rs35820579	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=0.967;SC=CAAGAAGTAATATTAATATGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=101435523;WS=101435505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	101436435	rs61991083	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=-1.711;SC=AATAAATGAATGTATAAATGA;SOR=0.091;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=11;WE=101436443;WS=101436425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr14	101439870	rs1956727	G	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=286;ReadPosRankSum=1.144;SC=GACTGATGTGGATTTCTTATT;SOR=0.861;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=21;WE=101439878;WS=101439860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr14	101439889	rs79479072	A	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=190;ReadPosRankSum=0.070;SC=TTAATAAATTAATCAGTGGAT;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=16;WE=101439897;WS=101439879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
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chr14	101441089	.	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=155;ReadPosRankSum=1.163;SC=TCAATAATATGATCATTTAAT;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=15;WE=101441097;WS=101441079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr14	101442218	rs12893444	A	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=617;ReadPosRankSum=-1.690;SC=TACATGTCTGAAATTCTGAGG;SOR=0.687;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=41;WE=101442226;WS=101442208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,65:0.62:105
chr14	101442793	rs12895798	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=339;ReadPosRankSum=0.740;SC=TAGAAATGAATTGAGGAAAAG;SOR=1.075;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=20;WE=101442801;WS=101442783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr14	101447373	rs34158896	T	C	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=449;ReadPosRankSum=0.802;SC=GGCGTATGAGTCATCTACAGT;SOR=0.588;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=32;WE=101447381;WS=101447363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,61:0.70:87
chr14	101447517	rs10131435	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-1.034;SC=ATACATTTTCATTCTATTTTT;SOR=0.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=101447525;WS=101447507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr14	101451254	rs141703656	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.9974;FS=1.421;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=378;ReadPosRankSum=-1.107;SC=AAATATAGAACATAATTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=27;WE=101451262;WS=101451244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr14	101453344	rs3742401	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=475;ReadPosRankSum=-0.625;SC=TAAATTTAAAGACAACATAGA;SOR=0.275;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=35;WE=101453352;WS=101453334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr14	101454403	rs35097045	G	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=1.358;SC=AAAGCTCTTGGATTTTTAAAA;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=7;WE=101454411;WS=101454393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	101459660	rs12880424	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=1.521;SC=TAATAGAAATCTAATCTATTC;SOR=1.569;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=13;WE=101459668;WS=101459650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr14	101489858	rs12892719	C	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=9;PP=270;SC=ATGTGTTTTTCTGCATGATGC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=101489866;WS=101489848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	101490057	.	A	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.708;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr14	101491310	.	A	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=2.425;SC=AGTGAGAGGAAAGAGACACCG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=4;WE=101491318;WS=101491300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr14	101491987	.	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=-2.650;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr14	101492224	rs7141987	T	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=425;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GCGCTCAGTGTGACCCAGCGG;SOR=1.051;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=23;WE=101492232;WS=101492214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr14	101492548	rs12586258	C	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=24;PP=606;SC=ATCTGCGAGGCGTTTGCGACA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=101492556;WS=101492538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	101495787	rs4906031	G	A	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=208;SC=GTGAAGGCTTGAAGAGCTTTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=101495795;WS=101495786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	101496123	rs143863696	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-2.270;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr14	101496145	rs9324030	A	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=224;SC=CGAGGCTGACAGCGTGCCATG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=101496153;WS=101496135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	101496574	rs12435041	C	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.03;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	101496579	rs12435042	C	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	101498483	rs8018238	C	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	101507542	.	T	G	254.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TCAGGGGCTATGGAAGGAATA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=101507550;WS=101507538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr14	101507727	rs12894467	C	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=18;PP=582;SC=TAATCCTTCACGCATTTGCTT;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=101507735;WS=101507717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	101512972	rs11160618	C	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	101512972	.	CCA	TCG	902	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8;NR=11;PP=902;QD=50.2877828875;SC=CGTGCTGTGCCCATTGTCTCA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=101512982;WS=101512962;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	101512974	rs10140057	A	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	101514371	rs10132916	T	C	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=15;PP=490;SC=GAGGGGACATTGGTGCCTGCC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=29;WE=101514379;WS=101514361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	101514950	rs10144193	A	T	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=3;PP=187;SC=GCATATGAATAGTTGGCTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=101514958;WS=101514940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	101518760	rs1951032	G	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=289;SC=TGGTGAAGACGTGGGCCGTCA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=101518768;WS=101518750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	101518910	rs4906032	A	G	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=16;PP=558;SC=CCTTCAGGCAAGGGGTCTTGG;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=101518918;WS=101518900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	101520527	rs28752084	A	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=169;SC=GGACACCCGTAAGCTGCCTCA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=101520535;WS=101520517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	101522556	rs56103835	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=193;SC=TGCCACCTCATGGTACTCGGA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=101522564;WS=101522546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	102028742	.	G	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=739;ReadPosRankSum=0.189;SC=GGCCCCGGAGGGTGTAAACAT;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=49;WE=102028750;WS=102028732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,71:0.44:160
chr14	102302490	.	G	GT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr14	102452820	.	T	C	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=730;ReadPosRankSum=1.941;SC=GTCCGGAACCTCAAATGGCTT;SOR=0.840;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=50;WE=102452828;WS=102452810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,81:0.63:129
chr14	102496326	.	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.920;SC=TTTCAGTCTCCAATGAGAGAG;SOR=0.765;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=5;WE=102496334;WS=102496316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr14	102507065	rs17541540	G	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GGGTTTTGCTGCTTAAAGGGA;SOR=0.716;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=11;WE=102507073;WS=102507055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr14	102548224	rs2298877	T	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=632;SC=GGTAATACTCTTGGTTTCTAT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=29;WE=102548232;WS=102548214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	102548384	rs6575895	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=574;SC=ACTGAAAGTTCACCATTTTCT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=102548392;WS=102548374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	102549262	rs10782495	A	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=3;PP=393;SC=AGCCACACACAACATAGTTTT;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=102549270;WS=102549252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	102550569	rs3742429	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=189;SC=ATTTAGTAGAGATGGGGTTTC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=102550577;WS=102550559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	102550803	rs4947	G	A	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=11;PP=583;SC=ACAATTTGATGTTGTTCTTTT;SOR=0.929;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=28;WE=102550811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	102551795	rs35308930	T	TTAA	1806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=734;SC=AAAAATTGACTTAATACATTC;SOR=0.741;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=102551803;WS=102551785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	102552773	rs8004640	A	G	14442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.44;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr14	102552773	.	AAT	GAG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=91;NR=119;PP=2947;QD=20;SC=GGCAACACGAAATTCCATCGC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=214;TCF=91;TCR=123;TR=210;WE=102552783;WS=102552763;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,210:0.98:214
chr14	102552775	rs3736807	T	G	14442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr14	102568296	rs10873531	G	A	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=15;PP=458;SC=CCAGTGACGCGGTGACAGGGA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=102568304;WS=102568286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	102568367	rs8005905	T	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=14;PP=424;SC=CCAGACACCATCAGATGCCAG;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=25;WE=102568375;WS=102568357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	102803147	rs139601027	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr14	102894593	rs1309353	G	A	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	102918686	rs1190554	T	C	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=39;PP=1688;SC=GCAGGCGGCTTGGTGCAGACA;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=101;WE=102918694;WS=102918676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	102964359	rs146599191	C	CGCCCAAGCTCCCAGCTCCATCTGT	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=2092;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CCCAGACCTGCGCCCAAGCTC;SOR=0.915;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=4;WE=102964367;WS=102964349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr14	102964654	rs2403058	A	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=173;SC=CAGGGGCTTCAGAGTGACTCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=102964662;WS=102964644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	102965047	rs3742437	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=5;PP=633;SC=GGATGTGCTCGGTGATGGCTT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=102965055;WS=102965037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	102965435	rs3783381	A	G	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.92;ReadPosRankSum=-1.193;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,287:0.99:291
chr14	102965435	.	ACA	GCT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=20;MQ=59.96;NF=76;NR=78;PP=2947;QD=20;SC=CCTGGAGAGCACACTTCAGCT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=154;WE=102965445;WS=102965425;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,154:0.96:161
chr14	102965437	rs3783382	A	T	12814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr14	103005813	.	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr14	103059220	rs1057881	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	103173756	rs149418829	C	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=1.985;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr14	103174693	rs146293678	A	G	61.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=1;PP=40;SC=TGCCTTAGCCACCCAAAGTGC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=103174701;WS=103174683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	103174729	rs189345737	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=47;SC=GAGCCGCTGCGCCCGGCCTTA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=103174737;WS=103174719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr14	103177420	rs3783383	G	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=-0.962;SC=AAACATTCATGTTGCTTGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=17;WE=103177428;WS=103177410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr14	103192774	.	CTT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr14	103338265	.	C	T	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=976;ReadPosRankSum=0.944;SC=TCTTCAAGTCCAAAATGTACA;SOR=0.481;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=62;WE=103338273;WS=103338255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,112:0.70:161
chr14	103338324	rs2295402	T	A	4711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=54;PP=2020;SC=GGGTTTTTTTTAATCATTTTG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=112;WE=103338332;WS=103338314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr14	103341865	rs10668366	G	GT	89.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr14	103342049	rs1131877	T	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=25;PP=604;SC=GAGCAGTTAATGCTGGGACAT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=103342057;WS=103342039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	103357603	rs2273393	G	T	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	103370119	rs10132977	C	T	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=21;PP=618;SC=CTGGTCGGGGCGCCCCAGACC;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=38;WE=103370127;WS=103370109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	103370163	rs9671376	C	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=22;PP=589;SC=GCAGTCCCACCGCGCTCTGCC;SOR=1.009;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=37;WE=103370171;WS=103370153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	103388999	rs2295828	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=258;SC=CAAAGTCTCCTGGTGGGGTGC;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=16;WE=103389007;WS=103388989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	103390383	rs1190226	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=12;PP=293;SC=CTTCAGGGACTGCTGTGCCTT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=103390391;WS=103390373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	103406368	rs2269317	C	T	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	103413941	rs8007924	T	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=52;SC=AGGCTGGAGGTTGAGACCCTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=103413949;WS=103413931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	103416096	rs12590961	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	103434530	rs2093414	T	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	103440282	rs1018550	G	T	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=39;PP=1785;SC=TTCCATCATCGGCATGAACGT;SOR=1.110;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=103;WE=103440290;WS=103440272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	103566785	rs2297067	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=278;ReadPosRankSum=0.979;SC=GGGCCTGTTCCGGCGAAGCTC;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=25;WE=103566793;WS=103566775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,50:0.38:133
chr14	103566835	rs2297066	C	G	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=312;ReadPosRankSum=-1.356;SC=CCCTGAATGACGGCCCAGCTA;SOR=0.717;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=28;WE=103566843;WS=103566825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr14	103567020	rs61418148	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=208;ReadPosRankSum=0.644;SC=TCAGCTGAGGTTTCCGGAAAG;SOR=0.838;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=12;WE=103567028;WS=103567010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr14	103568614	rs10131298	T	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=182;ReadPosRankSum=0.749;SC=GTGTGCCTGCTTTACGACGGG;SOR=1.354;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=16;WE=103568622;WS=103568604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr14	103568729	rs10142200	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=253;ReadPosRankSum=1.447;SC=CGGAGGAGGAAGCCCACCCTT;SOR=1.367;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=21;WE=103568737;WS=103568719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr14	103568981	rs77071436	A	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=97;ReadPosRankSum=1.145;SC=CCGGCTTCCCAGCGTGGGAGG;SOR=1.171;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=10;WE=103568989;WS=103568971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr14	103570130	.	C	CGTGT	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=2.069;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr14	103570132	rs151184170	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=2.419;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr14	103570134	rs147121761	C	T	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr14	103570136	.	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr14	103574714	rs10144543	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr14	103574756	.	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=236;ReadPosRankSum=0.323;SC=CATGGTTGGACCAAGCCATCC;SOR=0.811;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=25;WE=103574764;WS=103574746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,33:0.27:124
chr14	103576415	rs729184	A	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=928;ReadPosRankSum=1.045;SC=CTGGGCCGCCAGCGGAACCAG;SOR=0.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=57;WE=103576423;WS=103576405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr14	103576803	rs11355422	CG	C	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.706;SC=GCCTATCGGGCGGGGGGGGGC;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=9;WE=103576811;WS=103576793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr14	103593950	rs1132339	C	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-0.342;SC=GCTCTGGGTGCAGAACCTCTA;SOR=0.782;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=25;WE=103593958;WS=103593940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,38:0.31:123
chr14	103595997	rs2234130	G	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr14	103596488	rs2234131	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=323;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CAGGGCACACGTACCGCCCGT;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=19;WE=103596496;WS=103596478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr14	103596512	.	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.100;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr14	103596609	rs2234133	T	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=0.175;SC=TGCCCCCTTGTCCAGGCGAGC;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=24;WE=103596617;WS=103596599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
chr14	103597565	rs749206	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr14	103599938	rs2234143	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=0.391;SC=AGATAGGCCGCTGGTGCCTCT;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=13;WE=103599946;WS=103599928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr14	103602278	rs710100	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.838;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr14	103852725	rs3825566	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr14	103915212	.	CTTGTG	C	174	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=174;QD=57.0071123336;SC=TGTTTAATAACTTGTGTTGGG;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=4;WE=103915234;WS=103915202;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr14	103915215	rs56683493	GTGTT	G	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.971;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr14	103915225	rs58490269	GA	G	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.813;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr14	103915226	.	A	G	193	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=193;QD=45.5542425094;SC=TGTTGGGGGGATTATGTGTTT;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=5;WE=103915234;WS=103915202;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,5:0.26:19
chr14	103918182	rs2273702	G	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=12;PP=455;SC=TTCATAGTTAGAGTTTATATG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=103918190;WS=103918172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	103923414	rs2273700	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	103923475	rs2273699	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=0.761;SC=TCTCTCACCTATAGGTGAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=6;WE=103923483;WS=103923465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	103928657	rs4906326	T	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=7;PP=419;SC=TGAGTATTCATTATGTGTGAA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=103928665;WS=103928647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	103932888	rs1951393	C	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=496;SC=AAGCACAAGTCATATGAACAG;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=103932896;WS=103932878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	103933341	rs11320440	CA	C	392.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.11;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr14	103933348	rs201971883	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr14	103934488	rs10137161	T	C	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=35;PP=1304;SC=AGAAGTGTTTTTTCAAGCCAA;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=103934496;WS=103934478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	103946636	rs8014010	A	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=394;SC=TAAAAGACTGACATTCCTATT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=103946644;WS=103946626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	103958459	rs117771822	G	T	183.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ACTGCTACCTGGATGCTTTTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=103958467;WS=103958449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr14	103964807	rs202211193	A	AT	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=2.774;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr14	103986255	rs1803283	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-1.433;SC=CCAGCCGCTGCTCCATCTCGA;SOR=0.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=18;WE=103986263;WS=103986245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr14	103987482	.	CCCT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr14	103988180	rs1136165	G	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TCTCGATGGCGCGGCGCTCCC;SOR=0.732;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=9;WE=103988188;WS=103988170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr14	103995489	rs2765038	C	G	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	103996205	rs2296487	T	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	103996396	rs2765037	G	A	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=13;PP=652;SC=CAATGGTGGCGGTGCGTGTGC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=103996404;WS=103996386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	103996733	rs2756138	C	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=0.567;SC=CCTACAGACACATGTGGCTCC;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=12;WE=103996741;WS=103996723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr14	103996767	.	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	104028196	rs34050832	C	CA	1037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.203;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.53;ReadPosRankSum=-1.943;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,52:0.93:56
chr14	104028270	rs7148456	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=1.202;SC=GAGTCCACAATGGCCTAATGC;SOR=0.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=23;WE=104028278;WS=104028260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,30:0.28:106
chr14	104029449	rs2274267	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=1.062;SC=GCAGGGATACGGCGCCCAGCG;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=7;WE=104029457;WS=104029439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr14	104040414	rs4906337	C	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=1.083;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	104135966	rs12896171	A	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=18;PP=523;SC=CATTCTTTTAATATTTTATTT;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=104135974;WS=104135956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	104136469	rs11333716	CT	C	1157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=8;PP=679;SC=TAAATGTACTCTTATTTGGTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=104136477;WS=104136459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	104136633	rs12590968	G	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	104139570	rs11160757	G	T	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=27;PP=823;SC=GAGTGCTTTCGTCCCAAGTCC;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=104139578;WS=104139560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	104143928	rs4906357	A	C	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=41;PP=1293;SC=TTTTACATGAATTTTATTGAA;SOR=1.166;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=65;WE=104143936;WS=104143918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	104151400	rs35011804	C	T	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=860;SC=GGGGCGCAGGCCCTGCCGTCT;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=104151408;WS=104151390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	104165927	rs1799796	T	C	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=47;PP=1076;SC=TGGGGACAGCTGTCATTGTCT;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=75;WE=104165935;WS=104165917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	104167075	rs861537	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=16;PP=405;SC=GTGAGTCCCACGGCCTGCAGC;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=104167083;WS=104167065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	104167545	rs709399	G	A	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=27;PP=793;SC=CAGTGACCCCGACCTGGCCCC;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=104167553;WS=104167535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	104177190	rs139961690	A	AAC	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.946;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr14	104178186	rs3212038	A	G	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=42;SC=GCCACTCTGCATCCCCTGTCG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=104178194;WS=104178176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	104193099	rs2295151	C	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=15;PP=678;SC=GACCAAGCTGCGTTTTAACGC;SOR=0.865;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=34;WE=104193107;WS=104193089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	104194196	rs1535100	C	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=39;PP=1285;SC=AGTGCGCCCTCGTGTCCCTCA;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=104194204;WS=104194186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	104195610	rs2295148	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=241;SC=ATCAGGCAGCTGCCCTGAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=104195618;WS=104195600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	104199356	rs2295146	C	T	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	104199580	rs8548	A	C	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=173;SC=GTGTATTGTCAATACTTAATT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=104199588;WS=104199570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	104202304	rs2295145	G	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=1;PP=319;SC=AGAGACACGGGCAGCTAGTTT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=104202312;WS=104202294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	104203938	rs8004408	G	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=4;PP=527;SC=CAAACAGAAAGCTGTGCTGAA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=104203946;WS=104203928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	104205123	rs17292804	G	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=663;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TGATCCCTTCGTCGTTGGGCT;SOR=0.864;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=55;WE=104205131;WS=104205113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,76:0.35:215
chr14	104212949	rs2295141	T	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=278;SC=AGTCCTAAGCTTAGTGCAAGA;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=104212957;WS=104212939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	104216293	rs2295140	C	T	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=45;PP=1356;SC=AAAATACAACCTTTATGATTT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=104216301;WS=104216283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	104251006	rs4900594	C	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=154;SC=GGGATACCAACTTTCCCTCTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=104251014;WS=104250996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	104251276	rs3742369	T	C	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	104378941	.	G	A	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=971;ReadPosRankSum=0.787;SC=CATCTAACACGGCTTGCTGAA;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=64;WE=104378949;WS=104378931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,125:0.57:221
chr14	104380925	rs112997158	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=1.403;SC=ACTGCTTGAGCCCAGGAGTTC;SOR=0.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=104380933;WS=104380915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr14	104381502	rs1053419	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=449;ReadPosRankSum=0.231;SC=GGGATCCATATGTTTTTAATA;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=40;WE=104381510;WS=104381492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,59:0.56:105
chr14	104394835	rs9324065	T	C	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=9;PP=423;SC=TGCCGACGCCTGGGCCTTGAG;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=104394843;WS=104394825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	104394850	rs9324066	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=303;ReadPosRankSum=-0.905;SC=CTTGAGGATGCTGCGGAAGCT;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=22;WE=104394858;WS=104394840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr14	104429302	rs140667603	A	AGT,AGTGT	276.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=1,1;NR=1,1;PP=39,43;SC=TTTGTATTTGAGTGTGTGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=2,2;WE=104429310;WS=104429292;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:9
chr14	104429453	rs6576013	A	G	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	104436931	rs11851097	C	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=444;ReadPosRankSum=-0.039;SC=TCCGCAAACTCTTAAGAACAA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=32;WE=104436939;WS=104436921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr14	104441925	rs10147923	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TTATAGTGAGCGTACTCTTGT;SOR=2.093;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=11;WE=104441933;WS=104441915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr14	104452405	rs10143030	C	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr14	104452640	rs10143389	G	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=403;ReadPosRankSum=2.174;SC=TTGATGACTTGGATATGAAGG;SOR=0.864;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=24;WE=104452648;WS=104452630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr14	104462245	.	C	T	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=623;ReadPosRankSum=-1.432;SC=CTTCCCATCTCCTCCCGTTTT;SOR=0.961;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=37;WE=104462253;WS=104462235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,69:0.57:120
chr14	104465037	rs10133836	T	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	104470686	rs28391043	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=439;ReadPosRankSum=0.426;SC=ATTCACTTTGGTCATTGTCAA;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=104470717;WS=104470676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr14	104470698	rs151098927	GTTTATTTATTTA	G,GTTTATTTA	216.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=0,0;NR=4,4;PP=1080,215;SC=CATTGTCAAAGTTTATTTATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4,4;WE=104470717;WS=104470676;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:4
chr14	104471857	rs12147828	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=2.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=0.154;SC=CTCACTTTCCCGCTAACTCTG;SOR=1.765;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=104471865;WS=104471847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	104473253	rs4900607	A	G	109.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr14	104475034	rs4906401	A	G	222.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=1.210;SC=TATTTCCCCTATGTATACTTT;SOR=0.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=104475042;WS=104475024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr14	104481016	rs7150795	G	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=171;SC=CTGCTCTGATGACATATGTAC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=104481024;WS=104481006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	104481083	rs11160779	T	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.793;NF=16;NR=10;PP=465;ReadPosRankSum=-0.876;SC=ATATGAAGAATTGAAGACTAG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=26;WE=104481091;WS=104481073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr14	104481200	rs59025288	A	AT	1070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.408;NF=3;NR=23;PP=494;ReadPosRankSum=2.321;SC=TTTCCTGGATATTTTTTTTCC;SOR=0.843;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=26;WE=104481208;WS=104481190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,63:0.52:120
chr14	104484646	rs12589669	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=0.960;SC=TATGGGCTGCTGCAATTGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=5;WE=104484654;WS=104484636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr14	104491086	rs72042212	TACACACACACAC	T	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=495;SC=ACAGGAAGTTTACACACACAC;SOR=2.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=104491107;WS=104491076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	104492201	.	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;ReadPosRankSum=-1.295;SC=AATTGTAGGTGGAAATTAAAA;SOR=0.346;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=15;WE=104492209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr14	104497543	rs10135507	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,66:0.69:96
chr14	104498472	rs4906405	G	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=185;SC=CTGCTTTTCTGTTTATAGATC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=104498480;WS=104498462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	104498530	.	ATCTTT	A	161	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=26;MQ=61.53;NF=2;NR=2;PP=161;QD=43.0;SC=GGAATGTGTTATCTTTTCTTT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=104498542;WS=104498520;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr14	104500427	rs10150865	A	G	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	104500530	rs10151066	C	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	104501373	rs368732282	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr14	104501445	.	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=191;ReadPosRankSum=1.811;SC=ACCTGGGCGGGAAAAAACGGG;SOR=0.615;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=14;WE=104501453;WS=104501435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr14	104501551	rs3830999	AT	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=0.079;SC=TTATTGATTTATTTATGCTTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=104501559;WS=104501541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	104506599	.	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=462;ReadPosRankSum=0.894;SC=CAGCTACAGGGGCTTCCATAC;SOR=0.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=30;WE=104506607;WS=104506589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr14	104518299	rs117790310	C	T	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=974;ReadPosRankSum=1.279;SC=CTGACTGGTCCGCTTGTCTAC;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=66;WE=104518307;WS=104518289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,90:0.75:120
chr14	104518352	rs142470189	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,29:0.24:121
chr14	104518453	rs7150461	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CACACCCCTCAGGAAGCTGTG;SOR=0.223;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=6;WE=104518461;WS=104518443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr14	104559623	rs941952	T	C	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=14;PP=618;SC=CATCCTGACCTACGTCCTTGC;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=104559631;WS=104559613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	104561998	rs1770983	T	C	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=41;NR=55;PP=1822;SC=GCCCAGGTAATCCCAGGGGCC;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=96;WE=104562006;WS=104561988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	104563874	rs7156718	C	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=13;PP=598;SC=TCAGCTACTCCGTGGCCTCTC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=104563882;WS=104563864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	104569801	rs8012482	C	G	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=139;SC=GCTCTGAAAACAAGGGAGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=104569809;WS=104569791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	104570904	rs1744299	T	C	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=27;PP=716;SC=CCACCCCTCATGGGCTGGGGG;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=104570912;WS=104570894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	104571826	rs1744300	A	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=501;SC=GCAGCTGGGGACTGTGCACCC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=104571834;WS=104571816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	104573690	rs1744301	A	G	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	104575466	rs1771012	C	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=252;SC=GGCCGGTCCCCGTCCCTGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=104575474;WS=104575456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	104577861	.	G	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=-2.810;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr14	104641612	rs4906422	T	C	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=799;ReadPosRankSum=0.483;SC=CCTCCAAGGGTCCCCGAGACG;SOR=0.703;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=188;TCF=86;TCR=102;TR=61;WE=104641620;WS=104641602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,99:0.31:321
chr14	104642341	rs2487304	A	G	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=326;ReadPosRankSum=0.196;SC=GGTCCCGGCCAGTCAGCATCA;SOR=0.749;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=36;WE=104642349;WS=104642331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,75:0.35:215
chr14	104642422	rs3742947	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,47:0.27:172
chr14	104643409	rs2487303	A	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=212;ReadPosRankSum=-0.462;SC=AGGTAGAAGCAGCACACCGTC;SOR=0.620;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=22;WE=104643417;WS=104643399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr14	104644147	rs11621644	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr14	104645755	rs35751202	G	GC	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	104710505	rs7142555	T	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=202;SC=CATCTCTCAATAGTACTGCTG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=104710513;WS=104710495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	104710651	rs7141507	C	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=15;PP=697;SC=CGGCTGGCTCCTGGCCTCGAC;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=104710659;WS=104710641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	104940930	rs28453989	C	T	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=29;PP=1091;SC=CCTCACTCTCCCCTTAGAGCG;SOR=0.730;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=61;WE=104940938;WS=104940920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	104940967	rs28699424	G	A	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=31;PP=969;SC=AATTAAGCTGGGGGCAAATGG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=104940975;WS=104940957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	104941016	rs28715110	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GAGGATGGGGGACTGCCCGGG;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=10;WE=104941024;WS=104941006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr14	105052640	rs35246301	A	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	105054260	rs9788527	A	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.347;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=466;ReadPosRankSum=1.550;SC=GGTGGAGTCAAGCAGAGGGAG;SOR=0.198;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=25;WE=105054268;WS=105054250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr14	105054307	.	GG	AA	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=218;ReadPosRankSum=0.065;SC=GCTCTGGCAGGGCCCAGGACA;SOR=0.515;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=7;WE=105054316;WS=105054297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr14	105054709	rs9788432	T	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr14	105054934	rs12880814	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr14	105055118	rs111285011	TGACGGGCAG	T	1183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=2987;SC=CCTGCGGCTCTGACGGGCAGG;SOR=0.922;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=10;WE=105055134;WS=105055108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	105070791	rs3803313	G	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=0.518;SC=GTCCCTTGCAGAGGAAGAAGA;SOR=0.784;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=105070799;WS=105070781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr14	105150273	rs7153053	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=274;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GGTTGGGGTGCGGGTGGGTCT;SOR=0.784;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=20;WE=105150281;WS=105150263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr14	105167807	rs4983530	C	T	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=13;PP=541;SC=GCGCGGACCCCGAGCTGTGCA;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=105167815;WS=105167797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	105172315	rs79559717	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=1.058;SC=AGGCTGCCCCGCCTGCGTGTT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=6;WE=105172323;WS=105172305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr14	105173862	.	ACCCCACCCCCAC	A	853.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=2985;ReadPosRankSum=0.469;SC=GCAGGCGTCCACCCCACCCCC;SOR=1.545;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=18;WE=105173881;WS=105173852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr14	105177351	rs3840006	CA	C	2483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.750;NF=11;NR=26;PP=1434;ReadPosRankSum=0.812;SC=CTACGTAAGTCAGGGGCAGCT;SOR=0.671;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=37;WE=105177359;WS=105177341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,73:0.65:112
chr14	105179043	rs4497619	G	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5078;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=236;ReadPosRankSum=1.116;SC=CCTGCTCCTTGTCAGAGACCA;SOR=0.437;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=17;WE=105179051;WS=105179033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr14	105179081	rs10144190	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5213;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=218;ReadPosRankSum=-0.539;SC=CCCTGTGGCCGTCACCCTCCC;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=15;WE=105179089;WS=105179071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr14	105179194	rs10133301	T	C	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=361;ReadPosRankSum=-1.255;SC=GGGCACTGGATGAGCTGTTTG;SOR=0.994;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=31;WE=105179202;WS=105179184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr14	105180484	rs9672043	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=335;ReadPosRankSum=-1.337;SC=GAGGCTGCACCTGGGCTGGCT;SOR=1.155;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=21;WE=105180492;WS=105180474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr14	105180565	rs4983535	T	C	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=705;ReadPosRankSum=-0.069;SC=CTGCAGGAGATCCCGTGGGCA;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=48;WE=105180573;WS=105180555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,82:0.65:126
chr14	105180706	rs1128840	A	C	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.073;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=28;PP=1206;ReadPosRankSum=2.807;SC=AGGGTGGTCCACGGCCCCTGG;SOR=0.857;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=70;WE=105180714;WS=105180696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,96:0.62:155
chr14	105196365	rs33958252	T	C	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=592;ReadPosRankSum=-1.092;SC=GAGTCTCCAGTTACTGAGTGG;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=38;WE=105196373;WS=105196355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,63:0.64:99
chr14	105201596	rs7149183	T	C	232.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=-0.649;SC=AGCCTCCACCTGCCCCACCAG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=105201604;WS=105201586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr14	105205547	.	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CTGTCAGCCTCCTCCCTGCAT;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=105205555;WS=105205537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr14	105207134	rs3803307	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=502;ReadPosRankSum=1.509;SC=GAGGACCAGCATGGACCATGA;SOR=0.289;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=35;WE=105207142;WS=105207124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr14	105207642	rs45463395	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5065;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GACCCAGCTGCGGAGAGCCGT;SOR=1.179;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=105207650;WS=105207632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr14	105208037	rs4983539	A	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=0.364;SC=CGGCCACTCCACCAGGACAGG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=105208045;WS=105208027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	105208057	rs4983384	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GCCAGGCTGGCGACCCCACGG;SOR=0.307;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=8;WE=105208065;WS=105208047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr14	105211426	rs7155192	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.207;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	105213343	rs6644	A	G	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=624;ReadPosRankSum=-2.012;SC=TGTTTTAGTCACAGACTGAGC;SOR=0.819;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=44;WE=105213351;WS=105213333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,70:0.72:97
chr14	105219467	rs3809453	A	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=-0.711;SC=ATGGGCGCGCAGCTGTGACGT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=105219475;WS=105219457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	105219976	rs12889167	T	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=391;ReadPosRankSum=0.694;SC=CCTGGTGCTTTCTCAGGACTG;SOR=1.136;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=23;WE=105219984;WS=105219966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr14	105220210	rs7151424	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=392;ReadPosRankSum=-0.102;SC=GCCACAGGTGGTCGGGGCAGG;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=27;WE=105220218;WS=105220200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr14	105222037	rs1132975	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=319;ReadPosRankSum=1.160;SC=AAGGCTGTGCCGTCGTTCACC;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=18;WE=105222045;WS=105222027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr14	105223194	rs34992074	C	CAT	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.861;NF=1;NR=9;PP=412;ReadPosRankSum=0.569;SC=AGAACACACACGTGTGGCCCC;SOR=0.317;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=10;WE=105223202;WS=105223184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr14	105223525	rs12590163	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=298;ReadPosRankSum=-1.541;SC=GGAGTGTTTGTGTAGTCTCCC;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=14;WE=105223533;WS=105223515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr14	105225776	rs150511651	T	A	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=819;ReadPosRankSum=2.322;SC=TGCAGTGACATGTACGAGAAA;SOR=0.492;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=54;WE=105225784;WS=105225766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,96:0.65:148
chr14	105233095	rs2498804	C	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=299;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TCTAAGTGCTCAAGTCACTTT;SOR=0.490;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=21;WE=105233103;WS=105233085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr14	105238591	rs55839843	CCTGAG	C	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.104;NF=9;NR=2;PP=879;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GCAGCAGGCTCCTGAGGTGAG;SOR=1.885;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=11;WE=105238612;WS=105238581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr14	105238604	rs2498800	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.396;HP=4;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=898;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GAGGTGAGGGCGAGTGTGTGG;SOR=2.129;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=15;WE=105238612;WS=105238581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr14	105238636	rs17846832	G	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=414;ReadPosRankSum=-2.306;SC=AGCGTGCCACGTGCATGCGTG;SOR=1.173;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=27;WE=105238644;WS=105238626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr14	105239192	rs2494732	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=0.678;SC=GTGTAGCCTGTAGCTGGGATG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=105239200;WS=105239182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr14	105242228	rs2498797	T	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=576;ReadPosRankSum=0.489;SC=CAAGCGTGGTTCCACAGCTGT;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=33;WE=105242236;WS=105242218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr14	105242831	rs3001371	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=0.103;SC=CCAAACCCCACAGGCAGGACT;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=105242839;WS=105242827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr14	105242966	rs2494735	T	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=397;ReadPosRankSum=0.180;SC=GCTGCCCAAGTGCCTGGCCTG;SOR=0.767;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=31;WE=105242974;WS=105242956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
chr14	105246325	rs2494737	T	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	105246692	rs12588965	T	A	272.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=0.405;SC=GTACGGGAGCTGTTTCTTAGG;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=105246700;WS=105246682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr14	105258892	rs2494748	CA	TG	10506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=56;PP=2947;SC=CTACTACCCCCATCTCTCCCT;SOR=1.150;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=149;WE=105258901;WS=105258882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr14	105267579	rs12878684	A	G	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=34;PP=1649;SC=GCCGCCTGAGACAGCAGCGCG;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=87;WE=105267587;WS=105267569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	105268228	rs4983387	G	A	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=27;PP=1040;SC=CTCACTGTCCGAACAGGAGGA;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=105268236;WS=105268218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	105309252	rs12895703	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr14	105309256	rs12894371	A	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr14	105309608	rs12878750	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr14	105344157	.	G	A	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=34;MMLQ=17;MQ=58.53;NF=3;NR=2;PP=36;QD=14.1542425094;SC=ACCACCCTGCGGCCCTGCCCA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=5;WE=105344170;WS=105344147;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,5:0.19:27
chr14	105344188	rs370824172	TCCCC	T	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	105344293	rs61995995	C	T	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=327;ReadPosRankSum=0.207;SC=TCATCCGCTTCGGCTACGATA;SOR=0.579;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=25;WE=105344301;WS=105344283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,54:0.29:184
chr14	105344318	rs2304758	G	A	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=369;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GCCCCTGAGCGTCCCTCCTCC;SOR=0.574;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=29;WE=105344326;WS=105344308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,54:0.30:178
chr14	105344347	rs2304757	C	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=371;ReadPosRankSum=0.969;SC=TTCTCAGTCCCCAGGACCACA;SOR=0.573;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=29;WE=105344355;WS=105344337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr14	105344419	rs34009344	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=0.781;SC=ACAGAGCACCAAGGATGACCC;SOR=0.389;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=15;WE=105344427;WS=105344409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr14	105344761	rs41317300	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,40:0.32:124
chr14	105344872	rs61995998	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=106;ReadPosRankSum=-1.248;SC=GGCTCAGCCACGAGGGCTCAG;SOR=0.715;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=12;WE=105344880;WS=105344862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr14	105349220	rs2028415	T	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr14	105349388	rs2028414	A	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,30:0.28:106
chr14	105349877	rs10145119	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.840;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr14	105349886	rs10145122	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.435;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	105349891	rs10145270	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	105349897	rs10145031	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.417;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	105350178	rs45449696	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=-2.731;SC=GCCACAAGCACGAGGACGGCA;SOR=0.577;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=11;WE=105350186;WS=105350168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr14	105350355	rs2841236	A	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=477;ReadPosRankSum=0.949;SC=ACGAGGACACACCCCGAAAGA;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=44;WE=105350363;WS=105350345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,70:0.26:267
chr14	105350799	rs9788593	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,26:0.28:93
chr14	105350868	rs9788594	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.231;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,21:0.22:95
chr14	105351637	rs2582549	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=-0.985;SC=GGGGGTGGCCAGTGTCAGTGG;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=12;WE=105351645;WS=105351627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr14	105351673	rs894038	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr14	105352255	rs2251389	T	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr14	105354293	rs2582548	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GGGCCCGCTCAGGCAGTGCCC;SOR=0.830;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=16;WE=105354301;WS=105354283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,19:0.24:80
chr14	105356137	rs2919629	G	C	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=451;ReadPosRankSum=-0.585;SC=GTGCCAGTGCGTTTTCTTGAG;SOR=0.797;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=32;WE=105356145;WS=105356127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr14	105356240	.	CAAATGGATGGAT	C	129	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=129;QD=39.0;SC=GATGGATGGACAAATGGATGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=105356259;WS=105356230;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	105356242	.	AATGG	A	511	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=32;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=511;QD=129.0;SC=TGGATGGACAAATGGATGGAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=105356259;WS=105356230;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,4:0.40:10
chr14	105359306	rs3742939	G	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr14	105359827	rs2247712	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.822;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,20:0.25:81
chr14	105360746	rs2841244	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=9.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=2.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr14	105360947	rs61996017	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=449;ReadPosRankSum=0.280;SC=CCAAGCCTGGGGCAGCAAGGG;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=31;WE=105360955;WS=105360937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr14	105363157	rs7152667	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=1.137;SC=CCCTGCACATAGGACAGACCA;SOR=0.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=105363165;WS=105363147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	105363202	rs10147348	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr14	105393556	rs2841280	G	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=421;ReadPosRankSum=0.563;SC=GTGGGACAGAGAGGCTGGCAC;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=25;WE=105393564;WS=105393546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr14	105393707	rs879448	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-1.175;SC=AGGGAAGCCTCCCTGGGCTGC;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=6;WE=105393715;WS=105393697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr14	105398787	rs2582533	G	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=21;ReadPosRankSum=1.830;SC=CACCTCAGGAGGGAGGGGCTG;SOR=0.627;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=105398795;WS=105398777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr14	105404384	rs1048257	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr14	105405599	rs3742935	G	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CTGGGGGCAGGGAAGGAGAAC;SOR=0.947;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=21;WE=105405607;WS=105405589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,24:0.25:95
chr14	105405942	rs28454709	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=334;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CAGCAGTGGAGAGGTGCAGCT;SOR=0.699;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=28;WE=105405950;WS=105405932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr14	105406238	rs2819419	A	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,51:0.32:158
chr14	105406372	rs61421370	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=536;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TGGGACATCCCCGAGCCCACA;SOR=0.502;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=39;WE=105406380;WS=105406362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,51:0.45:113
chr14	105407031	rs11623422	A	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=1.094;SC=CTGGGCCCTGAGACACACAGG;SOR=0.407;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=23;WE=105407039;WS=105407021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr14	105407208	rs11851053	T	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=-0.928;SC=TAGGAAAAGATACCTGACCAA;SOR=0.866;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=15;WE=105407216;WS=105407198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr14	105407282	.	C	T	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=592;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GTTGGAACTCCCTCTGGAGGC;SOR=0.720;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=38;WE=105407290;WS=105407272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,63:0.73:86
chr14	105407798	rs4465542	T	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,48:0.36:135
chr14	105408182	rs9672139	T	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=426;ReadPosRankSum=0.573;SC=ACCTCGGGCATGTGGCCTTCT;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=33;WE=105408190;WS=105408172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr14	105408315	rs28600075	T	C	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;ReadPosRankSum=0.066;SC=CCTCCATCTTTGGCGCAGACA;SOR=0.887;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=43;WE=105408323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,70:0.35:201
chr14	105408811	rs2819421	A	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-6.527;NF=32;NR=33;PP=829;ReadPosRankSum=1.827;SC=CTCCACCTTCAGCGCAGACAC;SOR=0.544;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=65;WE=105408819;WS=105408801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,73:0.39:187
chr14	105408955	rs2819422	A	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-0.558;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.648;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,67:0.28:237
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chr14	105410183	rs10438246	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=410;ReadPosRankSum=1.224;SC=AGGAGTTTCATGTCCACCTGG;SOR=0.830;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=34;WE=105410191;WS=105410173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr14	105410411	rs11160825	C	T	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=647;ReadPosRankSum=-2.719;SC=ACATCCTTGTCGGCCAGGGAC;SOR=0.654;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=58;WE=105410419;WS=105410401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,79:0.38:210
chr14	105410775	rs2819424	A	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-2.195;QD=4.26;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,63:0.29:215
chr14	105410827	rs28380382	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,73:0.29:254
chr14	105411153	rs34499888	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=360;ReadPosRankSum=-0.102;SC=CCTCGGGCACGGGGCCCTCCA;SOR=0.805;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=26;WE=105411161;WS=105411143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr14	105411700	rs4264326	A	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,44:0.29:150
chr14	105411781	rs10438247	G	A	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=610;ReadPosRankSum=-1.073;SC=CTCCGCCTTCGGCGCAGACAC;SOR=0.810;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=48;WE=105411789;WS=105411771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,82:0.36:230
chr14	105412541	rs12433837	CA	TG	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=12.507;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-7.574;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=2.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,25:0.25:102
chr14	105412554	rs12436986	T	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-9.323;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=1.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,17:0.19:89
chr14	105412561	rs3000771	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQRankSum=-8.446;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,13:0.18:73
chr14	105413204	rs2582514	G	T	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-5.012;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,37:0.25:148
chr14	105413223	rs55797226	A	G	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.385;NF=16;NR=12;PP=324;ReadPosRankSum=-0.974;SC=TGGTCTTAAGATCCCCTTGCA;SOR=0.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=28;WE=105413231;WS=105413213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,49:0.30:162
chr14	105413790	rs11848564	G	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=511;ReadPosRankSum=0.085;SC=ACGCCTCGATGGACTCGCCTG;SOR=0.901;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=40;WE=105413798;WS=105413780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,76:0.32:238
chr14	105414238	rs60754080	C	A	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.643;NF=18;NR=11;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GGAGAGGCTCCCGTCGGCCTC;SOR=0.907;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=29;WE=105414260;WS=105414228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,44:0.26:170
chr14	105414252	rs60106058	C	T	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.715;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.440;NF=24;NR=15;PP=1020;ReadPosRankSum=0.348;SC=CGGCCTCCACCTTCGGCGCAG;SOR=1.009;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=39;WE=105414260;WS=105414228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,55:0.28:195
chr14	105414280	rs2819429	T	G	6056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=63;PP=2563;SC=CACCGAGGCCTCGATGGACTT;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=146;WE=105414288;WS=105414270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	105414629	rs72702027	G	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=482;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GGGCCCTCTGGGAGTTTCACA;SOR=1.082;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=32;WE=105414637;WS=105414619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,36:0.27:132
chr14	105414790	rs2582513	A	G	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GGACTTGCCAAGGGCAGACAC;SOR=0.713;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=87;TCR=88;TR=68;WE=105414798;WS=105414780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,97:0.40:242
chr14	105414810	rs10145032	C	G	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.117;NF=36;NR=34;PP=999;ReadPosRankSum=1.057;SC=CCCCAAACGACAGCATCTTGA;SOR=0.709;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=185;TCF=92;TCR=93;TR=70;WE=105414818;WS=105414800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,96:0.38:252
chr14	105415200	rs10145566	G	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,23:0.18:128
chr14	105415352	rs12890949	G	C	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=56;PP=1855;SC=TTGGTAGTCAGGTCCTTGTTG;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=117;WE=105415360;WS=105415342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	105415745	rs117379881	C	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-3.369;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,28:0.21:133
chr14	105415748	rs118171013	G	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-3.401;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,28:0.21:135
chr14	105416010	rs2582511	T	C	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=7.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr14	105416220	rs2819435	T	A	5451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=56;PP=2194;SC=GGAGGCTCACTTCGGCCTCCA;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=121;WE=105416228;WS=105416210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	105417222	rs2013274	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=11.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-8.266;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=1.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,29:0.14:205
chr14	105417225	rs2894635	C	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=6.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-8.797;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,26:0.13:201
chr14	105417228	rs2248960	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=5.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-8.466;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,25:0.12:207
chr14	105417894	rs2819440	C	G	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=50;PP=1796;SC=CCGGGGCCTGCATGTCCACCT;SOR=0.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=94;WE=105417902;WS=105417884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	105418149	rs147978925	A	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=20.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQRankSum=-9.610;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.290;SOR=3.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,16:0.17:94
chr14	105418155	rs141600524	G	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=25.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQRankSum=-9.955;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=3.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,20:0.20:101
chr14	105418166	rs78116894	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=16.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQRankSum=-10.610;QD=6.27;ReadPosRankSum=-1.125;SOR=2.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,28:0.24:116
chr14	105418194	rs78447535	A	G	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.783;NF=32;NR=14;PP=642;ReadPosRankSum=-2.084;SC=TGGAGGGGAGACTCACGTCGG;SOR=0.970;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=46;WE=105418202;WS=105418184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,71:0.41:175
chr14	105420927	rs879210	A	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=367;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GTGCGTCCCTAGGTTCGTAGG;SOR=0.591;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=30;WE=105420935;WS=105420917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,52:0.36:143
chr14	105421050	rs879209	T	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=-2.075;SC=TCCCCACCCTTGGTTTGGAGA;SOR=0.734;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=21;WE=105421058;WS=105421040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,36:0.36:99
chr14	105421236	rs66540327	CAGCCAGCAGGGTAGTGA	C	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.193;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=2318;ReadPosRankSum=-0.250;SC=CTCCCAGGCTCAGCCAGCAGG;SOR=1.108;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=105421260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	105452035	rs10150682	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	105457771	rs2247140	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-3.080;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr14	105457923	rs61745867	T	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=1.955;SC=CAGGAGAACTTCTTTCTTGTT;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=24;WE=105457931;WS=105457913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr14	105461067	rs894039	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr14	105478102	rs3803294	G	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=486;ReadPosRankSum=-1.364;SC=AGCGGCACAGGTTGGGCTCCA;SOR=0.799;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=39;WE=105478110;WS=105478092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,66:0.34:195
chr14	105523663	rs7147439	G	A	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=325;SC=ATCAGATTGAGTCACAAGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=105523671;WS=105523653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	105609335	rs10149229	A	G	6550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=98;NR=65;PP=2965;SC=CCGGCCGCTCAATGGGGTTGC;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=98;TCR=65;TR=163;WE=105609343;WS=105609325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr14	105611282	rs2272591	A	G	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=1977;ReadPosRankSum=0.213;SC=CCACCTCCACAGCACTGGCCC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=110;WE=105611290;WS=105611272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr14	105614032	rs2242636	C	G	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=563;SC=GCAGAAGGGACTGGGGGGCGA;SOR=2.093;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=25;WE=105614040;WS=105614022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	105615026	rs2242634	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=6;PP=343;SC=TCAGGGTGATAAGGGGCCCAC;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=105615034;WS=105615016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	105617042	rs1057744	C	T	5548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=63;PP=2473;SC=CTGGCACACTCGTCTCGTTCC;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=135;WE=105617050;WS=105617032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr14	105617550	rs3830678	C	CGCAGCCCCA	4173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=36;PP=1233;SC=CAGCAGCCCCCGCAGCCCCAG;SOR=1.053;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=51;WE=105617558;WS=105617540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	105618423	.	A	C	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=544;ReadPosRankSum=1.517;SC=TGCTCAGGGGAAAAGCCGGCC;SOR=0.697;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=35;WE=105618431;WS=105618413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,58:0.44:132
chr14	105618670	rs2238287	T	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=30;PP=726;SC=TGAGCTGTGGTGCCTGAAAGG;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=105618678;WS=105618660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	105622013	rs375191395	C	T	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=66;PP=1739;ReadPosRankSum=0.718;SC=GCCGCAAGGCCTGTGCCCGGG;SOR=0.691;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=279;TCF=133;TCR=146;TR=125;WE=105622021;WS=105622003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,174:0.44:400
chr14	105622056	rs2816679	A	G	8054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=136;PP=2965;SC=CCCTCCACGCAGCCCAGCGGC;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=104;TCR=136;TR=240;WE=105622064;WS=105622046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr14	105643619	rs10139596	G	A	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	105643652	rs10139450	A	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	105644151	rs1882848	T	C	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=639;SC=CACAGACCCATTGCACCCACT;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=105644159;WS=105644141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	105647562	rs67388067	GGCGGGGGCCGCGAGCTCT	G	281.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=1352;SC=CGCCCGGACAGGCGGGGGCCG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=105647587;WS=105647552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	105676048	rs3087836	G	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=25;PP=770;SC=TGTCCACGGGGAACTCCCAGC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=105676056;WS=105676038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	105686570	rs8005486	T	C	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=64;PP=1876;SC=GGCTAAGGGCTTTCTAGAACC;SOR=2.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=80;WE=105686578;WS=105686560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	105692697	rs12883636	G	C	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=31;PP=916;SC=CTGGGGTGCCGCGTGGGCCCC;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=105692705;WS=105692687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	105834447	.	C	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=520;ReadPosRankSum=-0.789;SC=AGCTTCTCCTCCGAGCAGGAG;SOR=0.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=40;WE=105834455;WS=105834437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,88:0.44:202
chr14	105858073	.	C	T	4658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.436;ClippingRankSum=0.000;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=59.99;MQRankSum=-0.857;NF=84;NR=51;PP=1964;ReadPosRankSum=1.064;SC=CCCTCCTCCCCGTCGGTGAGC;SOR=0.820;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=270;TCF=164;TCR=106;TR=135;WE=105858081;WS=105858063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,244:0.57:425
chr14	105905126	rs4983620	C	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	105911639	rs6576102	G	A	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=9;PP=851;SC=CCCGAGGGGTGGTGTGGTTAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=105911647;WS=105911629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	105916420	rs4983409	C	T	6787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr14	105924538	rs7492915	G	A	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=7;PP=765;SC=CCCCGCACCCGGGGAGGAGAG;SOR=2.511;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=40;WE=105924546;WS=105924528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	105924786	rs4074001	G	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.459;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=983;ReadPosRankSum=-0.585;SC=GGTGGGTGTTGGGGACGTGAC;SOR=1.284;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=51;WE=105924794;WS=105924776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr14	105929443	rs7143366	C	T	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=26;PP=1412;SC=GCCTTCTGGCCGCAGCCCTGC;SOR=1.450;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=78;WE=105929451;WS=105929433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	105930923	rs11845995	G	A	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=49;PP=2161;SC=GGGGACACCCGCCCTGCCTGC;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=106;WE=105930931;WS=105930913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr14	105931585	rs4983339	A	G	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=10;PP=257;SC=ACCCAAGCTCATGCACTGGTG;SOR=0.968;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=105931593;WS=105931575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	105935721	rs10150545	A	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=26;PP=1161;SC=CCATTGTCCCAAGGTGGCTGA;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=105935729;WS=105935711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	105935824	rs13707	G	A	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=51;PP=1689;SC=CCACGGACAGGCCAGGCACAT;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=93;WE=105935832;WS=105935814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr14	105936064	rs10150915	A	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=205;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=6;PP=675;SC=GGTCCGTGTAACTCACTGGGG;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=105936072;WS=105936054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	105936100	rs144496498	A	ACCTTGGCTGGTGGCC	2949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=7;PP=2900;SC=CAGGCACAGCACCTCCCAGCG;SOR=2.480;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=29;WE=105936108;WS=105936090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	105945891	rs11849001	C	T	11321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr14	105953474	rs7160858	G	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=127;SC=CGAGGGGCGGGGTCTCCAAGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=105953482;WS=105953464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	105953595	rs7140395	T	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=12;PP=519;SC=CCCGGAGCCGTCATGCCCAAG;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=105953603;WS=105953585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	105958089	.	C	T	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.327;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=849;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CCCGCCTACTCCTGTAAAGCC;SOR=1.376;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=41;WE=105958097;WS=105958079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,63:0.65:97
chr14	105960319	rs61641418	A	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	105962234	rs7494350	T	C	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=32;PP=1203;SC=GAGCGGGAGCTGCCCAAAACC;SOR=0.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=73;WE=105962242;WS=105962224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	105962369	rs7494717	A	G	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=42;PP=1389;SC=ACTGGGCAGCACCCTTGGATC;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=105962377;WS=105962359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	105963944	rs4983426	CT	TC	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=14;PP=1551;SC=TCTGGGGAGGCTCACTGCTGC;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=105963953;WS=105963934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	106054428	rs9972103	C	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.46;QD=31.21;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	106054456	rs61984162	A	G	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=10;PP=775;SC=TCCTGGCTGGAATTCGTGTAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=106054464;WS=106054446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	106066454	rs4983454	T	C	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=39;PP=1151;SC=GTGAGGGGCTTGCTGCCTCAT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=77;WE=106066462;WS=106066444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	106067107	.	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.036;NF=15;NR=17;PP=403;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GGCTGGGCCGGCTTAGGTAGG;SOR=0.812;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=32;WE=106067115;WS=106067097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,43:0.38:112
chr14	106067618	rs12884681	G	A	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=27;PP=1584;SC=TCTTGCCCCCGCGTCCTGGCC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=106067626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	106068108	.	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=1.676;SC=AGGCCAGCGCCCATCAGGCCT;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=106068116;WS=106068098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	106110330	rs8014709	T	C	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=35;PP=1423;SC=CCAGCTGGGGTCTGTCCCTGG;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=106110338;WS=106110320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	106173790	rs17349690	A	G	3561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.845;NF=64;NR=62;PP=1751;ReadPosRankSum=2.648;SC=GAACCAGCACATCCTTGGGGC;SOR=0.191;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=183;TCF=80;TCR=103;TR=126;WE=106173798;WS=106173780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,167:0.73:229
chr14	106173808	rs371291470	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=34.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQRankSum=-7.385;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=3.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,36:0.18:201
chr14	106173971	rs10220590	T	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=6.173;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.44;MQRankSum=1.341;QD=26.82;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=2.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr14	106188045	rs11624491	C	T	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=7;PP=455;SC=TTCCTGGGGTCGTTGCAACAG;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=106188053;WS=106188035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	106188230	rs1134590	C	T	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.63;QD=27.01;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	106188309	rs11624581	C	T	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.55;QD=31.09;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	106188309	.	CGGGCGTCCGG	TGGGCGTCCGA,TGGGCGTCCGG	446	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;NF=3,17;NR=11,36;PP=192,446;QD=17.533419633;SC=CGTGCTGTGCCGGGCGTCCGG;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=14,53;WE=106188327;WS=106188299;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.26:53
chr14	106188319	.	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.89;MQRankSum=0.664;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.702;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr14	106208082	rs11621259	G	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.49;QD=44.99;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	106208086	rs1045853	A	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.47;QD=41.41;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	106208838	.	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=1.134;SC=GGTCCTCCCGGATATGGCTCT;SOR=0.287;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=14;WE=106208846;WS=106208828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr14	106209337	.	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=2.091;QD=5.05;ReadPosRankSum=2.517;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr14	106209340	rs11552998	T	C	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.35;QD=30.61;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	106232269	.	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=0.113;QD=10.43;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr14	106236128	rs12890621	T	A	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=11;PP=521;SC=CGTGCTGTTGTACTGCTCCTC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=106236136;WS=106236122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	106236451	rs12895160	T	G	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.96;QD=43.81;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	106236458	rs11628528	C	T	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.75;QD=43.65;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	106237105	rs2753552	A	G	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	106237642	rs2983777	T	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=6;PP=176;SC=TCACCGGTTCTGGGAAGTAGT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=106237650;WS=106237632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	106237811	rs11621054	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=1.984;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	106303325	rs3764172	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=334;ReadPosRankSum=1.178;SC=AGAAGACTGGATTCTGTGGCG;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=24;WE=106303333;WS=106303315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr14	106303699	rs10139433	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=0.449;SC=CCCTGGACCAGCTCTGGCATG;SOR=2.461;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=10;WE=106303707;WS=106303689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr14	106303846	rs1005582	C	T	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=45;PP=1792;SC=GTGGACAGGGCGGTCCACAGG;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=100;WE=106303854;WS=106303836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	106303948	rs1005581	A	G	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	106304899	rs762807	G	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr14	106306841	rs709589	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=609;ReadPosRankSum=-1.276;SC=GTGGTGCTCCCGGGCTGTGGA;SOR=0.980;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=40;WE=106306849;WS=106306831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr14	106307054	rs2753491	C	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=168;SC=AGGCTGTCAGCCTCTGGCCAC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=106307062;WS=106307044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	106307418	rs2753492	G	A	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.101;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=77;PP=2760;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GGACCTTCCCGGCCACCTCCC;SOR=0.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=160;WE=106307426;WS=106307408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr14	106310962	rs3751509	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr14	106311030	rs12589570	GT	AC	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-0.970;SC=GGTCCGTTCAGTGTCCCTCTC;SOR=0.559;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=5;WE=106311039;WS=106311020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr14	106311374	rs2856940	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=4;PP=119;SC=GAAGAAGGGAAGGGCCGCAGC;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=106311382;WS=106311364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	106318116	.	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-1.474;SC=GAGCCCACCTCGTGGCCTGCA;SOR=0.523;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=7;WE=106318124;WS=106318106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr14	106318248	rs1059713	A	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=343;ReadPosRankSum=-0.555;SC=ACCCGGAGGCAGCGCCCCTTT;SOR=0.733;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=29;WE=106318256;WS=106318238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,51:0.33:154
chr14	106318342	rs2256593	T	C	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=593;ReadPosRankSum=0.114;SC=ATGCTTTCCCTGTGGTCGGGA;SOR=0.700;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=46;WE=106318350;WS=106318332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,84:0.63:133
chr14	106318440	rs2256589	T	C	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.54;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	106318450	rs2753504	G	A	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	106321350	rs372312749	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.261;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=0.412;SC=CTGGAGTCAAGAGAAGGGAGT;SOR=0.360;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=21;WE=106321358;WS=106321340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr14	106321590	rs12365	C	A	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=19;PP=1044;SC=CTCACCGGGGCCACACATGGA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=106321598;WS=106321580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	106321913	rs1136534	G	A	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=833;ReadPosRankSum=-1.116;SC=GAGGCAGCTCGGCAATCACTG;SOR=0.530;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=50;WE=106321921;WS=106321903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,80:0.62:129
chr14	106322388	rs2753506	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CCTGCCTGTCGGGGCTGAGTG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=106322396;WS=106322378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	106329286	.	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=145;ReadPosRankSum=1.901;SC=CCCCAGTGCCCGTCCCCTCCT;SOR=0.437;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=12;WE=106329294;WS=106329276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr14	106329435	rs1950943	T	G	5969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=25;PP=1292;SC=GTGGTCCCTTTGCCCCAGACG;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=63;WE=106329443;WS=106329425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	106329449	.	ATG	A	6402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	106329451	.	GTA	ACC	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=33;NR=27;PP=2937;QD=20;SC=AGACGTCCATGTAGTAGTAGT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=60;WE=106329461;WS=106329441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,60:0.90:67
chr14	106329453	.	A	ACC	5871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.49;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr14	106329919	rs3752943	G	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=2.609;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,80:0.41:193
chr14	106330320	rs2857385	A	C	10463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=139;NR=114;PP=2965;SC=GCCCCCCAGGATGCTCCGGGG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=139;TCR=114;TR=253;WE=106330328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr14	106330370	rs2857384	G	A	12676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.01;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr14	106346740	rs2244932	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=179;ReadPosRankSum=0.217;SC=CCCGGCCCCCATCCTCACCAT;SOR=0.882;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=16;WE=106346748;WS=106346730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr14	106346795	rs2244930	G	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=315;ReadPosRankSum=-0.015;SC=GGTCATGAGGGCTGGGAAGGT;SOR=0.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=27;WE=106346803;WS=106346785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr14	106346990	rs2244917	G	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.967;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr14	106347371	rs112800624	T	A	3261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=46;PP=1620;ReadPosRankSum=0.536;SC=TGGGATGGGGTTTCTGTCCTG;SOR=0.901;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=111;WE=106347379;WS=106347361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,154:0.57:270
chr14	106347420	rs72481504	T	C	4770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.96;MQRankSum=1.752;NF=77;NR=67;PP=1923;ReadPosRankSum=0.421;SC=TACCCGACTGTGACACAGACA;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=232;TCF=121;TCR=111;TR=144;WE=106347428;WS=106347410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,227:0.60:376
chr14	106347467	rs2516984	A	C	9837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=26.30;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr14	106350569	rs2516978	C	T	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=11;PP=1132;SC=GTGCAGGGCACCAGCCCATCG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=55;WE=106350577;WS=106350559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	106350623	rs2753523	G	C	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=41;PP=1965;SC=GGTCTGGGCAGAAACCCTCGG;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=103;WE=106350631;WS=106350613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr14	106350696	rs2857368	A	G	7338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=72;PP=2672;SC=CTGCGAGTCCAGTCAGTTTTT;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=153;WE=106350704;WS=106350686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr14	106354353	rs2516972	C	T	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=19;PP=1291;SC=AGCCCCTCAGCCCCAGGAGTG;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=106354361;WS=106354347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	106356974	rs2753529	G	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=24;PP=859;SC=TGGGTTCAGGGCGGCTGCTCC;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=106356982;WS=106356964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	106357749	rs2254707	C	T	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=80;PP=2032;SC=AGAGGCCAGCCACCTCACAAC;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=18;TCR=80;TR=98;WE=106357757;WS=106357739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	106359259	rs2857366	A	G	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=4;PP=160;SC=TCCCACTGAGAGAACCCTCCC;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=106359267;WS=106359249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	106359327	rs3021114	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=1.265;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.265;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr14	106359328	rs2983757	C	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=1.265;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.268;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr14	106361418	rs2753533	T	C	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=41;PP=1709;SC=CGATCAAAATTGTAACATGGC;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=102;WE=106361426;WS=106361408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	106361561	rs61993631	GC	AT	4764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=44.53;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	106361564	rs61993633	A	T	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=46.48;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	106366450	rs375723119	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr14	106367159	.	G	A	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=79;PP=2031;ReadPosRankSum=0.239;SC=GCCTCTGTCTGGTGTCTGGAA;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=210;TCF=79;TCR=131;TR=124;WE=106367167;WS=106367149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,184:0.58:317
chr14	106369335	rs2857353	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=632;ReadPosRankSum=0.606;SC=GGCTGAGATGGCCCAGGTGTC;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=48;WE=106369343;WS=106369325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr14	106369534	rs2516960	A	G	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,95:0.48:196
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chr14	106375555	rs2516957	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=0.961;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr14	106375638	rs2857347	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=1.416;SC=GTGGGGACACTGTGGGGCTCC;SOR=0.643;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=19;WE=106375646;WS=106375628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
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chr14	106376354	rs2516955	A	G	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=772;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TGGGCTCAGCACAACTTGGTC;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=66;WE=106376362;WS=106376344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,104:0.36:286
chr14	106377944	rs2516952	C	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=2.185;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr14	106380073	rs2856850	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr14	106380174	rs2157630	C	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	106382687	rs2857339	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-2.814;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,55:0.39:142
chr14	106385332	rs2250700	G	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=-0.211;SC=GGCCAGGAGAGAGTTTTGGAC;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=10;WE=106385340;WS=106385322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr14	106388588	rs2516944	A	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=0.712;SC=GACAACCCCAAATTCAGACCT;SOR=0.646;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=8;WE=106388596;WS=106388578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr14	106436780	rs67875134	A	G	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=884;ReadPosRankSum=-2.111;SC=TCCATCTTGCATATAAACGTT;SOR=0.856;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=59;WE=106436788;WS=106436770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,104:0.63:164
chr14	106437080	rs72715495	C	T	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1122;ReadPosRankSum=-1.977;SC=AAAAACACACCGGCCTGAATG;SOR=0.725;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=156;TCF=63;TCR=93;TR=79;WE=106437088;WS=106437070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,137:0.58:238
chr14	106452628	rs7144717	T	G	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-3.508;NF=48;NR=17;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CCTCCTCCCTTGGGTTTCTGA;SOR=0.889;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=81;TCR=30;TR=65;WE=106452636;WS=106452618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,82:0.57:143
chr14	106452766	rs112806369	T	A	6862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.309;NF=86;NR=90;PP=2773;ReadPosRankSum=-0.736;SC=ATGGTGACCCTGCCCTGAAAC;SOR=0.612;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=320;TCF=165;TCR=155;TR=176;WE=106452774;WS=106452756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,316:0.61:520
chr14	106471268	rs1143505	A	G	17787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.76;QD=45.26;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr14	106471273	rs77346190	C	T	17875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.70;QD=43.71;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr14	106471353	rs34069216	C	T	17698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=200;NR=197;PP=2965;SC=CCCTGGAACTCCTGTGAATAT;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=400;TCF=202;TCR=198;TR=397;WE=106471361;WS=106471343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,678:1.00:678
chr14	106471388	rs34874585	C	A	18484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=195;NR=221;PP=2965;SC=GCCAGCGTTGCTCCATCCCAT;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=429;TCF=208;TCR=221;TR=416;WE=106471396;WS=106471378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,668:1.00:668
chr14	106471410	rs200773107	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FS=2.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-7.652;QD=1.42;ReadPosRankSum=-7.306;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:592,66:0.10:658
chr14	106471417	rs201932522	G	A	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-12.608;QD=1.95;ReadPosRankSum=-5.384;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:560,71:0.11:631
chr14	106471426	rs199743220	G	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FS=1.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-13.652;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:531,73:0.12:604
chr14	106471437	rs114502996	G	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FS=0.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-14.794;QD=0.35;ReadPosRankSum=3.594;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:496,79:0.14:575
chr14	106471509	rs113475512	C	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=7.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQRankSum=-3.167;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,48:0.16:299
chr14	106471515	rs200143794	C	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=5.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQRankSum=-3.057;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,45:0.16:280
chr14	106471522	rs111605692	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQRankSum=-2.980;QD=3.95;ReadPosRankSum=-3.320;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,42:0.16:267
chr14	106471528	rs35966079	C	A	8494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQRankSum=2.873;QD=33.71;ReadPosRankSum=4.869;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,213:0.85:252
chr14	106471534	rs36065697	A	C,G	9258.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.82;QD=40.43;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,32,197:0.14,0.86:229
chr14	106471547	rs1143496	A	G	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=90;SC=CTGGGAGTGGACACCTGTAGA;SOR=1.387;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=38;TCR=93;TR=128;WE=106471555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr14	106471580	rs56320742	GC	TT	5876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=52;PP=1656;SC=GTGGATGGAAGCCCCCTTGAC;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=89;WE=106471603;WS=106471570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	106471595	rs34652473	T	C	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=57;PP=1996;SC=CTTGACTGGCTTCGATCCCTT;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=106471603;WS=106471570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
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chr14	106471713	.	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.369;NF=9;NR=18;PP=338;ReadPosRankSum=0.659;SC=GGCTTCTGAGGAGGGATGTGG;SOR=1.056;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=27;WE=106471721;WS=106471703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,35:0.32:110
chr14	106478137	rs147818197	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQRankSum=0.039;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
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chr14	106478354	rs188216744	T	C	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.55;QD=23.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	106478401	rs78225485	G	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.31;QD=26.95;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	106494269	rs12895651	T	C	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=48;PP=2086;SC=TTATCATCATTCCAATAAATG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=101;WE=106494277;WS=106494259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	106518418	rs113047412	A	G	6106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=5.625;NF=153;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.611;SC=AGTAATACACAGCCGTGTCCT;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=240;TCF=158;TCR=82;TR=227;WE=106518426;WS=106518408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,271:0.91:297
chr14	106518848	rs2073679	T	C	13912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=147;NR=194;PP=2965;SC=TCAGCCCCAATTCCATGGTGA;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=147;TCR=194;TR=341;WE=106518856;WS=106518838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr14	106578952	rs11160922	A	T	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=12;PP=1062;SC=TGATTCATTCAACAATCCCTG;SOR=1.958;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=50;WE=106578960;WS=106578942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	106586259	rs11625174	T	G	7869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=85;PP=2965;SC=GGATAGTATGTGTCACCAGCA;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=186;WE=106586267;WS=106586249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr14	106641761	rs72695948	A	G	6325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-0.247;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,310:0.60:521
chr14	106667810	rs112170273	C	A	17384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=241;NR=224;PP=2965;SC=AGAGGCTGCACAGGAGAGTCT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=465;TCF=241;TCR=224;TR=465;WE=106667818;WS=106667800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,648:1.00:648
chr14	106667902	rs58794564	A	AC	17934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.386;NF=62;NR=247;PP=2936;ReadPosRankSum=0.769;SC=ACACAGAGACACCTGGTCAGA;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=322;TCF=67;TCR=255;TR=309;WE=106667912;WS=106667891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,668:1.00:670
chr14	106691657	rs34019594	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=7.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQRankSum=-6.106;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,46:0.28:164
chr14	106691778	rs4470054	T	A	4088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FS=4.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-18.861;QD=5.55;ReadPosRankSum=3.578;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:594,143:0.19:737
chr14	106691792	rs4426251	A	T	3872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FS=5.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-21.629;QD=5.06;ReadPosRankSum=-2.954;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:627,139:0.18:766
chr14	106691794	rs4426252	A	G	3863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FS=5.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-21.544;QD=5.06;ReadPosRankSum=-4.070;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:625,138:0.18:763
chr14	106691818	rs4042977	G	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FS=12.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-22.789;QD=2.53;ReadPosRankSum=-7.624;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:671,79:0.11:750
chr14	106691823	rs2338029	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FS=15.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-24.425;QD=0.89;ReadPosRankSum=-6.637;SOR=2.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:674,58:0.08:732
chr14	106725482	rs56069819	A	C	10095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;PP=2965;SC=CCAGACTCCAACAGCTGCACC;SOR=1.175;Source=Platypus;TCF=118;WE=106725490;WS=106725472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr14	106725690	.	G	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=529;ReadPosRankSum=-0.261;SC=ATCACCAAATGAAAACACCTG;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=31;WE=106725698;WS=106725680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr14	106733520	rs2338199	C	A	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=44;PP=1364;SC=CCCTGGAACTCAGGATTCTCT;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=106733528;WS=106733510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	106758201	rs2073677	G	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.568;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=195;ReadPosRankSum=1.794;SC=TACTCTATGGGGTGCACTCAG;SOR=1.457;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=15;WE=106758209;WS=106758191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr14	106780634	rs34629512	G	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.752;NF=37;NR=24;PP=828;ReadPosRankSum=0.900;SC=GTTGTAGTAGGTGCTCCCACT;SOR=0.916;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=145;TCF=79;TCR=66;TR=61;WE=106780642;WS=106780624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,78:0.43:182
chr14	106780705	rs201585788	CC	GT	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-13.360;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,31:0.13:235
chr14	106780710	rs200579255	T	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-12.330;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,31:0.14:227
chr14	106780713	rs201371944	T	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=2.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-12.216;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.307;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,31:0.14:223
chr14	106780757	.	G	GTC	2190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=5.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-0.726;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.278;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,59:0.43:138
chr14	106780759	rs61994196	G	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-7.397;QD=0.76;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,21:0.15:141
chr14	106780760	.	TCC	T	2234.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=7.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQRankSum=-0.568;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.122;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,58:0.43:135
chr14	106780817	rs8009554	A	C	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.701;NF=22;NR=32;PP=875;ReadPosRankSum=-0.363;SC=GGACAGGACCACTGTGAACAG;SOR=0.697;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=54;WE=106780825;WS=106780807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr14	106791006	rs10148365	C	T	8046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.141;NF=151;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=1.232;SC=CACTGTGTCTCTCGCACAGTA;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=452;TCF=293;TCR=159;TR=235;WE=106791014;WS=106790996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,337:0.54:622
chr14	106791119	rs4502119	A	G	11389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.706;NF=216;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.416;SC=CGGAGTCTGCATAGTATTTAT;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=870;TCF=455;TCR=415;TR=412;WE=106791127;WS=106791109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:695,592:0.46:1287
chr14	106791164	rs138007967	C	T	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1164;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-2.094;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:920,239:0.21:1159
chr14	106791200	rs8017285	GC	AG	17873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=959;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.073;NF=180;NR=171;PP=2944;ReadPosRankSum=0.027;SC=CCCAGTGCATGCCATAGCTAC;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=773;TCF=381;TCR=392;TR=351;WE=106791209;WS=106791190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:493,465:0.49:958
chr14	106791479	rs376796064	C	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	106805236	rs61740539	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.291;NF=20;NR=6;PP=300;ReadPosRankSum=1.077;SC=CGGCCGTGTCCGCGGCAGTCA;SOR=1.426;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=26;WE=106805250;WS=106805226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,32:0.29:112
chr14	106805242	rs61740532	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=17.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQRankSum=-4.352;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.668;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,15:0.13:114
chr14	106805278	rs61739320	A	G	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=10.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-5.369;QD=16.50;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,69:0.47:147
chr14	106805303	rs145562667	C	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=3.229;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.726;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,65:0.42:153
chr14	106805380	rs201158628	G	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-7.362;QD=2.02;ReadPosRankSum=3.419;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:407,51:0.11:458
chr14	106805381	rs77489245	T	G	6333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=4;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.074;NF=61;NR=63;PP=1656;ReadPosRankSum=2.047;SC=CTTCCCTGGGTGCTGGCGGAT;SOR=0.700;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=286;TCF=146;TCR=140;TR=124;WE=106805416;WS=106805370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,175:0.38:459
chr14	106805386	rs199616126	G	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-6.332;QD=1.97;ReadPosRankSum=4.373;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:415,52:0.11:467
chr14	106805395	rs61995641	G	A	3990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-0.942;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.106;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,121:0.26:472
chr14	106805402	rs117757529	T	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-6.802;QD=2.54;ReadPosRankSum=2.961;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,61:0.13:461
chr14	106805408	rs61995642	C	T	3693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-0.466;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:341,114:0.25:455
chr14	106805440	rs6576153	A	G	12495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=142;PP=2962;SC=CAGAGACAGTACAGGTGAGGG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=109;TCR=143;TR=251;WE=106805448;WS=106805429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr14	106805481	rs111274188	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=4.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQRankSum=-4.497;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,37:0.16:234
chr14	106805485	rs113376532	C	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=2.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-4.188;QD=4.16;ReadPosRankSum=-1.629;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,36:0.16:223
chr14	106805502	rs200772933	C	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=4.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQRankSum=-6.797;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.259;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,22:0.12:181
chr14	106805508	rs4462488	G	A	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.908;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.911;NF=35;NR=91;PP=2202;ReadPosRankSum=0.297;SC=TGCACCTGGGGCAGGACCCCT;SOR=1.553;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=36;TCR=91;TR=126;WE=106805516;WS=106805492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr14	106805533	rs144243881	A	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=5.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQRankSum=-6.193;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,15:0.11:141
chr14	106845193	rs10129987	C	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.65;QD=33.26;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	106845209	rs10129994	C	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=3;PP=837;SC=ATGTGCACCTCCTCTGGGGTT;SOR=4.112;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=35;WE=106845217;WS=106845199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	106858770	.	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=313;ReadPosRankSum=0.096;SC=TTATAAGTTTCCTGAGGCGTC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=18;WE=106858778;WS=106858760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr14	106858786	rs12588563	C	A	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=578;SC=GCGTCCCAAGCCATGCAGAAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=106858794;WS=106858776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	106859131	rs61997353	G	C	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.67;QD=25.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	106859191	rs61997354	G	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.33;QD=29.15;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	106859351	rs1008525	G	C	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.30;QD=25.98;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	106877300	rs17112731	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=9;PP=495;SC=CAGGAAAGTTCTTAGTAATTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=106877308;WS=106877290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	106877390	rs11847522	C	G	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.38;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	106877445	rs60581578	C	T	6589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=38;PP=1213;SC=AGGAGGGAGACGACTGAGAAG;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=69;WE=106877455;WS=106877435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	106877447	rs57593057	A	ATGATCT	6760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=38;PP=2957;SC=GAGGGAGACGACTGAGAAGAT;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=106877455;WS=106877435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	106877519	rs11847538	A	G	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=113;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=33;PP=1059;SC=TGAGCTCCGCACGCCCCCTGC;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=106877527;WS=106877509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	106877535	rs73367258	C	G	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=109;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=714;SC=CCTGCTGGCCCTGAGCTGCAC;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=106877543;WS=106877525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	106877551	rs8020298	A	C	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.47;QD=45.26;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	106877553	rs376141717	C	G	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.45;QD=45.66;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	106877555	rs369946732	C	T	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.17;QD=44.95;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	106877583	rs34443934	T	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.456;NF=17;NR=13;PP=551;ReadPosRankSum=2.138;SC=AGGGAGGTTTTTGTCTGGGCT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=30;WE=106877591;WS=106877573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,42:0.88:48
chr14	106877618	rs11847658	G	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5177;FS=4.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.914;NF=23;NR=8;PP=695;ReadPosRankSum=-2.240;SC=CTCACTGTGTGTCTCGCACAG;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=106877626;WS=106877608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr14	106877637	rs11847603	A	G	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=8;PP=880;SC=AGTAATACACAGCCGTGTCTG;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=106877645;WS=106877627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	106877700	rs11847691	G	T	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=32;PP=1547;SC=ACGTGTCTACGGATATGGTGA;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=82;WE=106877708;WS=106877690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	106877753	rs35281264	A	G	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=54;PP=2041;SC=CTCCCACTATAATAGATACTC;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=110;WE=106877761;WS=106877743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr14	106877796	rs34195693	G	C	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=98;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=60;PP=2052;SC=CTGGGGGCTGGCGGATCCAGC;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=101;WE=106877804;WS=106877786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr14	106877816	.	AACT	A	2973	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MMLQ=25;MQ=48.07;NF=6;NR=47;PP=2973;QD=20;SC=CCCCAGTAGTAACTACTACTG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=53;WE=106877857;WS=106877806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,53:0.85:62
chr14	106877818	rs367947132	CTA	C	7040.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.99;QD=43.19;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	106877821	rs371574132	CT	C	7040.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.80;QD=43.19;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	106877822	.	T	C	1715	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MMLQ=23;MQ=46.65;NF=26;NR=47;PP=1715;QD=23.969468665;SC=TAGTAACTACTACTGCTGATG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=73;WE=106877857;WS=106877806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,73:0.88:83
chr14	106877836	rs143740707	C	T	5665.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.01;QD=44.26;SOR=1.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	106877836	.	CC	TA	2555	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=25;MQ=44.61;NR=45;QD=20;SC=GCTGATGGAGCCACCAGAGAC;Source=Platypus;TCR=47;WE=106877857;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,70:0.96:73
chr14	106877837	rs145759866	C	A	5665.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.44;QD=44.97;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	106877849	rs113422537	T	C	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.083;NR=44;PP=976;ReadPosRankSum=-0.225;SC=CCAGAGACAGTGCAGGTGAGG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TCR=45;WE=106877857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr14	106877912	rs74093494	G	C	439.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.889;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.34;MQRankSum=-2.086;QD=23.13;ReadPosRankSum=1.842;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr14	106877945	rs117765373	A	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.68;QD=42.83;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	106877947	rs73367262	A	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.68;QD=42.83;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	106877969	rs149317298	AG	A	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.63;QD=41.27;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	106877972	rs373364180	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.63;QD=42.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	106877983	rs116371596	C	T	272.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.62;QD=38.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	106877986	rs138877885	T	C	272.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.55;QD=45.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	106877992	rs149478092	C	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.28;QD=50.68;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	106877997	rs146167539	T	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.28;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	106877998	rs200498092	A	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.28;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	106878001	rs139240393	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.28;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	106878020	rs113892460	C	T	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.15;QD=22.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	106878038	rs113208890	G	A	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=166;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=79;SC=GCAGGAGGAAGAACCACAGGT;SOR=0.892;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=106878046;WS=106878028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	106878056	rs4774113	T	G	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=23.07;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	106878067	rs4774114	T	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=40.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	106878071	rs4774115	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=40.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	106878131	rs34777410	G	T	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	106878169	rs35934377	G	T	350.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.98;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	106878179	rs34552883	G	C	345.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	106922048	rs140769652	A	AT	1173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=4;PP=1061;SC=TGGAAATTGCATATTTAGGCT;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=106922056;WS=106922042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	106922090	rs115402676	T	C	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	106922091	rs116801123	G	A	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.60;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	106922093	rs113887627	T	C	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.66;SOR=1.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	106922099	rs150390470	C	CA	3208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=17;PP=1845;SC=TTGATTGAGCCAGCTCCTTGG;SOR=1.810;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=41;WE=106922107;WS=106922080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	106922223	.	C	T	4245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,199:0.68:293
chr14	106922368	rs6576168	C	T	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=52;PP=1551;SC=AGTAAAAACACAGGACTCATA;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=77;WE=106922376;WS=106922358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	106922411	rs8016915	A	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=27;PP=872;SC=TTTATTACAGAAAAATGATAC;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=106922419;WS=106922401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	106922435	rs8018413	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=23;PP=654;SC=TTAAAATAAGTAAAGACAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=106922443;WS=106922425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	106926107	rs7401587	T	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=12;PP=1048;SC=GTGTCTTGAGTGGCCTCTGCA;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=106926115;WS=106926097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	106926145	rs7401516	C	G	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=22;PP=1658;SC=CTTCCTGCAGCGAGGTTTTTG;SOR=1.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=78;WE=106926153;WS=106926135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	106926167	rs7401540	G	A	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.63;QD=45.43;SOR=1.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	106926176	rs7401517	C	T	6249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=33;PP=2533;SC=CGCTGACTTCCCCTCACTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=85;TCR=35;TR=118;WE=106926184;WS=106926170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	106926223	rs2467912	T	C	7931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=67;PP=2965;SC=GTGTCCTCAGTTCTCAGACTG;SOR=1.253;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=202;TCF=135;TCR=67;TR=200;WE=106926231;WS=106926213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr14	106926287	rs2467911	G	A	16107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.97;NF=226;NR=151;PP=2965;SC=TGGTGAATCGGCCCTTCACAG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=379;TCF=226;TCR=153;TR=377;WE=106926295;WS=106926277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr14	106926388	rs2467910	T	C	20350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=234;NR=230;PP=2965;SC=CAGTGCATGGTATAATCATCA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=467;TCF=236;TCR=231;TR=464;WE=106926396;WS=106926378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,768:1.00:768
chr14	106926481	rs111739001	C	T	7300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.238;NF=94;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=1.022;SC=ACCAGCTGCACTTCACACTGG;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=377;TCF=174;TCR=203;TR=208;WE=106926489;WS=106926471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,344:0.59:588
chr14	106937467	.	G	GC	543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=597;SC=ACTTTGAGAGGCAAGGTGGGT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=106937475;WS=106937457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	106940351	rs142032068	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=14.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-16.077;QD=1.03;ReadPosRankSum=-4.434;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,39:0.14:278
chr14	106940470	.	C	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQRankSum=-3.771;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,94:0.26:364
chr14	106963326	rs12884037	G	A	6308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=80;PP=2578;SC=CTTACCTGTGGCTGCTGCCAC;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=67;TCR=80;TR=147;WE=106963334;WS=106963316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr14	106967404	.	C	T	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1403;ReadPosRankSum=0.803;SC=TGGAAAAAATCCCTTCCTCAG;SOR=0.684;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=165;TCF=70;TCR=95;TR=92;WE=106967412;WS=106967394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,146:0.53:275
chr14	107013129	rs2073674	A	C	4260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.745;NF=69;NR=59;PP=1725;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GCCTGGCGGAACCAGCTCATA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=354;TCF=188;TCR=166;TR=128;WE=107013137;WS=107013119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:352,231:0.40:583
chr14	107034659	.	A	G	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-4.208;QD=15.57;ReadPosRankSum=2.047;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr14	107034665	.	TCA	T	1531.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-3.965;QD=15.32;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr14	107034668	.	T	TCC	1450.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.495;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-3.570;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,39:0.40:97
chr14	107034679	rs370585113	C	T	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-3.252;QD=16.57;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr14	107034679	.	CGG	TGC	1139	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=76;MMLQ=27;MQ=59.79;NF=20;NR=11;PP=1139;QD=38.4667056407;SC=TCTGCACCTGCGGTGTGGAGG;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=31;WE=107034689;WS=107034669;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr14	107034681	.	G	C	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-3.323;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,47:0.44:108
chr14	107034705	rs200210193	G	A	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-2.012;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.008;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr14	107034705	.	GGG	AGT	1162	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MMLQ=26;MQ=59.89;NF=22;NR=12;PP=1162;QD=35.749055143;SC=AGACGGGCTCGGGGCTGGTTT;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=34;WE=107034715;WS=107034695;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:57,34:0.37:91
chr14	107034707	rs201053767	G	T	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-2.022;QD=15.75;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,51:0.43:120
chr14	107034789	rs72686840	G	A	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GCAGGTAGGCGGTGCTGATGG;SOR=0.679;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=183;TCF=125;TCR=58;TR=67;WE=107034797;WS=107034779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,79:0.33:243
chr14	107034807	rs72686841	G	A	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=4.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=1;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=24;PP=1189;ReadPosRankSum=0.723;SC=TGGACTTGTCGGCTGAGATGG;SOR=0.879;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=205;TCF=128;TCR=77;TR=78;WE=107034815;WS=107034797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,93:0.32:288
chr14	107034822	rs199503234	C	G	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=1070;ReadPosRankSum=0.907;SC=AGATGGTGACCTGGCCTTGGA;SOR=0.777;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=231;TCF=142;TCR=89;TR=84;WE=107034830;WS=107034812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,114:0.33:345
chr14	107034846	rs199610746	TC	GT	5511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.339;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,149:0.36:418
chr14	107034854	rs201350766	C	A	5636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.372;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,154:0.35:446
chr14	107034863	rs199809351	C	T	6073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=2.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.347;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,167:0.35:472
chr14	107034869	rs200774123	AG	CA	6044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=3.498;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.416;QD=12.67;ReadPosRankSum=1.630;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,158:0.33:477
chr14	107034873	rs199524561	G	C,A	8520.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.598;NF=66;NR=50;PP=1930;ReadPosRankSum=0.235;SC=CAGGATAGATGATCCCCATCC;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=188;TCR=141;TR=116;WE=107034882;WS=107034836;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.40:488
chr14	107034874	rs200764115	A	C	5859.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=3.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.408;QD=11.93;ReadPosRankSum=1.723;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,164:0.33:491
chr14	107034897	.	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=0.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.377;QD=0.07;ReadPosRankSum=-1.436;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,70:0.12:577
chr14	107034920	rs72686843	C	T	5240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.218;NF=90;NR=78;PP=2467;ReadPosRankSum=2.125;SC=CGCACCCAGCCGATCCAGTAG;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=410;TCF=218;TCR=192;TR=168;WE=107034928;WS=107034910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,255:0.40:635
chr14	107034967	rs72686844	T	C	6420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.017;NF=108;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.151;SC=ACAGGAGATCTTCAGAGACTC;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=477;TCF=251;TCR=226;TR=207;WE=107034989;WS=107034957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:439,324:0.42:763
chr14	107034981	rs2731202	G	C	4836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=4;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.797;SC=GAGACTCCCCGGGCTTTTTCA;SOR=0.854;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=485;TCF=252;TCR=233;TR=183;WE=107034989;WS=107034957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:514,282:0.35:796
chr14	107035002	rs200171934	A	G	10468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=103;PP=2581;ReadPosRankSum=1.552;SC=CCTCTGCTCCAGACTGCACCA;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=476;TCF=235;TCR=241;TR=205;WE=107035010;WS=107034992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:478,331:0.41:809
chr14	107035020	rs75660488	C	T	10711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=111;PP=2732;ReadPosRankSum=-1.150;SC=CCAGCTGCACCTCGGCACAGA;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=471;TCF=229;TCR=242;TR=209;WE=107035028;WS=107035010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:452,328:0.42:780
chr14	107035038	rs201745085	GG	AT	10988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,286:0.40:722
chr14	107035042	rs200794686	G	A	10584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:430,281:0.40:711
chr14	107035064	rs113207564	G	A	9687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,252:0.40:628
chr14	107035066	.	C	T	9420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DP=625;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,249:0.40:623
chr14	107035068	.	C	G	9306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.629;ClippingRankSum=0.000;DP=614;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,242:0.40:612
chr14	107035105	rs183432559	G	A	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=1;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.018;NF=35;NR=67;PP=1281;ReadPosRankSum=1.286;SC=TCAAGCCCTCGGCAGGACTGA;SOR=0.878;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=347;TCF=131;TCR=216;TR=102;WE=107035113;WS=107035095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,139:0.27:508
chr14	107035163	rs201950873	GA	CC	4102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-7.175;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,113:0.36:311
chr14	107035168	.	T	A	3918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-7.345;QD=13.33;ReadPosRankSum=1.146;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,104:0.35:294
chr14	107035182	.	T	G	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.776;NF=17;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GGACAGAAAATGAAGCCCTGA;SOR=0.878;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=182;TCF=58;TCR=124;TR=63;WE=107035190;WS=107035153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,86:0.33:260
chr14	107035206	.	CA	TG	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=16.531;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-8.373;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.944;SOR=1.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,49:0.27:181
chr14	107035212	.	G	A	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.810;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=14.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-8.481;QD=9.04;ReadPosRankSum=-2.768;SOR=1.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,44:0.27:164
chr14	107035266	rs72686848	C	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.149;NF=8;NR=16;PP=401;ReadPosRankSum=1.472;SC=CCCCCACTTGCATTTGCATAG;SOR=0.512;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=24;WE=107035274;WS=107035256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr14	107048690	rs201933735	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=14.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQRankSum=-4.672;QD=2.92;ReadPosRankSum=-4.146;SOR=1.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,51:0.21:245
chr14	107048767	rs200617568	G	T	4269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.519;NF=109;NR=63;PP=1818;ReadPosRankSum=-0.102;SC=ATGGTGAATCGGCCCTTCACG;SOR=0.836;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=571;TCF=333;TCR=238;TR=172;WE=107048775;WS=107048757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:571,268:0.32:839
chr14	107048885	rs200064890	C	T	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=2.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.00;MQRankSum=-3.711;QD=5.60;ReadPosRankSum=-2.843;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,125:0.32:390
chr14	107048929	rs35608607	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=13.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.77;MQRankSum=-0.376;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=2.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,21:0.18:114
chr14	107048939	rs199574916	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=19.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.15;MQRankSum=0.329;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.894;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,12:0.15:80
chr14	107048944	rs35850880	A	T	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=15.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.13;MQRankSum=-0.048;QD=23.96;ReadPosRankSum=2.135;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,65:0.88:74
chr14	107078567	rs2516904	T	C	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=1628;ReadPosRankSum=-1.156;SC=ACCCACTGCATAGCAGAGCTA;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=125;TCR=136;TR=110;WE=107078575;WS=107078557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,147:0.39:377
chr14	107078790	rs1858692	C	T	7569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=105;PP=2965;SC=AAGAAGAGGACCCTCCAAATC;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=82;TCR=105;TR=187;WE=107078798;WS=107078780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr14	107082871	rs144729059	A	ATGC	1742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=663;SC=AAATCAAGAGATGAGAAGCTT;SOR=1.179;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=107082905;WS=107082861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	107082879	rs59681319	C	CG	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.45;QD=45.22;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	107082881	rs59072447	T	TA,TTAG	1537.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=484;SC=ATGAGAAGCTTGATATATATT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=107082905;WS=107082861;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:34
chr14	107082882	rs61261254	G	GA	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.29;QD=45.23;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr14	107082897	rs2337902	T	A	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=15;PP=516;SC=ATATTTAATCTGTAAGCTATA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=107082905;WS=107082861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr14	107113858	rs111853090	A	G	14381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-6.377;QD=16.61;ReadPosRankSum=3.093;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:484,382:0.44:866
chr14	107113968	rs113324720	C	A	4913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=4.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-1.171;QD=8.37;ReadPosRankSum=3.941;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,247:0.42:587
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chr14	107114055	rs199709247	C	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FS=11.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-17.010;QD=1.45;ReadPosRankSum=-2.699;SOR=1.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:690,86:0.11:776
chr14	107114193	rs2073670	A	G	4512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=3.809;NF=59;NR=91;PP=1940;ReadPosRankSum=0.827;SC=CCCAAACTCCATCATGACTCT;SOR=0.692;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=266;TCF=99;TCR=167;TR=150;WE=107114201;WS=107114183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,232:0.54:429
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chr14	107131072	rs111633690	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQRankSum=-5.793;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,32:0.14:224
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chr14	107131128	rs10143945	G	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=8.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQRankSum=-5.028;QD=1.66;ReadPosRankSum=-3.452;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,54:0.18:297
chr14	107131290	rs149638514	T	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=48.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.09;MQRankSum=-3.456;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.648;SOR=3.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr14	107131300	rs34376395	T	C	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=41.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.83;MQRankSum=-2.378;QD=18.33;ReadPosRankSum=1.558;SOR=3.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
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chr14	107170055	rs8009570	G	A	10629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.01;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,280:0.61:462
chr14	107170062	rs55891010	A	G	10523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.39;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,270:0.60:450
chr14	107170077	rs11845244	C	T	5305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.94;MQRankSum=-1.687;NF=82;NR=83;PP=2426;ReadPosRankSum=1.065;SC=GGGATGATCCCTCCCATCCAC;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=134;TCR=131;TR=165;WE=107170085;WS=107170067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,257:0.59:439
chr14	107170219	rs2187989	C	G	2845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.925;NF=32;NR=45;PP=1535;ReadPosRankSum=0.315;SC=GCACCAGCTGCACCTGGGACT;SOR=0.428;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=135;TCF=50;TCR=85;TR=77;WE=107170227;WS=107170209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,124:0.62:199
chr14	107170398	rs4448834	C	T	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=44;PP=1284;SC=GGGGCTTCTTCAGAGGAGGAA;SOR=1.322;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=107170418;WS=107170388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	107170410	rs10220412	G	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=556;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GAGGAGGAATGTGGTTGTTAT;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=35;WE=107170418;WS=107170388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr14	107178795	rs10144331	A	G	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=82;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=19;PP=1262;SC=TTGTACAGGAAGCGCCCTGGG;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=107178803;WS=107178785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	107178832	rs10144402	A	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=32;PP=1625;SC=TCCGTGCACAATAATACGTGG;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=84;WE=107178840;WS=107178822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	107178965	rs2073669	A	C	3032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.823;NF=57;NR=46;PP=1454;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CCAATCAATGAGTGCAAGCCA;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=92;TCR=76;TR=103;WE=107178973;WS=107178955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,146:0.59:247
chr14	107179268	rs10144801	A	G	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=997;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TCCATGGTGGAGAGCAGGATT;SOR=0.506;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=72;WE=107179276;WS=107179258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,108:0.66:163
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chr14	107211211	rs2073668	G	A	5807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.655;NF=103;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.990;SC=AGCCTCCCCCGGACTCCACCA;SOR=0.680;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=348;TCF=183;TCR=165;TR=199;WE=107211219;WS=107211201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,276:0.55:500
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chr14	107259070	.	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-5.494;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.851;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
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chr14	107259115	rs200167747	AACAC	A	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-7.325;QD=0.46;ReadPosRankSum=-2.075;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,6:0.09:67
chr14	107259748	.	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.436;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=7.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-10.362;QD=0.43;ReadPosRankSum=-2.056;SOR=1.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,14:0.09:156
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chr14	107259865	rs76113443	A	C	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQRankSum=-3.641;QD=14.55;ReadPosRankSum=1.803;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
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chr14	107259908	rs72692491	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=82;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.642;NF=1;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=0.750;SC=AGAGTCTACAAGGTTTATAAC;SOR=0.172;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=11;WE=107259916;WS=107259898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
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chr14	107282813	rs199801132	CA	AG	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=32.448;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-14.450;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=2.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,34:0.14:235
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chr14	107282846	rs200859769	G	A	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=10.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-10.401;QD=10.07;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,71:0.29:244
chr14	107282852	rs201336503	T	C	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=8.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-10.262;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,79:0.31:257
chr14	107282859	rs201095197	G	A	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=8.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-9.292;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.056;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,80:0.32:250
chr14	107282872	rs61741319	T	A	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.934;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.142;NF=40;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=1.256;SC=GAGGTGTCCATGGAGAAGACA;SOR=1.260;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=96;TCR=79;TR=73;WE=107282880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,85:0.36:239
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chr14	107282926	rs149038822	A	T	6453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=5.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-11.064;QD=16.63;ReadPosRankSum=3.943;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,179:0.46:388
chr14	107282935	rs201762529	A	T	6372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=5.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQRankSum=-11.290;QD=15.97;ReadPosRankSum=3.912;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,178:0.45:399
chr14	107282973	rs200848671	G	C	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=3.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-11.784;QD=4.70;ReadPosRankSum=-3.437;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,138:0.33:414
chr14	107282988	.	C	G	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=11.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-12.084;QD=7.59;ReadPosRankSum=-6.404;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,107:0.28:381
chr14	107282994	.	G	C	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.408;ClippingRankSum=0.000;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=26.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-12.781;QD=7.71;ReadPosRankSum=-5.776;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,77:0.23:342
chr14	107282996	.	G	A	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.184;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=30.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-13.439;QD=6.97;ReadPosRankSum=-5.103;SOR=2.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,68:0.20:333
chr14	107283002	.	AC	GG	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.120;ClippingRankSum=0.000;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=38.887;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-14.967;QD=4.86;ReadPosRankSum=-4.223;SOR=2.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,53:0.16:323
chr14	107283008	rs113134619	A	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=30.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-15.864;QD=3.82;ReadPosRankSum=-4.780;SOR=2.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,43:0.14:302
chr15	20170449	rs60178801	C	A	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=411;SC=GTGTTCACCTCAGGTGATTTG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=20170457;WS=20170439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	20279438	rs55830676	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.264;NF=6;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TGCCCTGGCGCCCGTGCAGCG;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=11;WE=20279446;WS=20279428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr15	20279469	.	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.307;NF=7;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=-1.715;SC=CCAGCCATCCAGGCCCTGCGT;SOR=0.951;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=12;WE=20279477;WS=20279459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr15	20433755	rs4114043	G	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=426;SC=GTGAGTTTACGCTATGAGAAA;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=20433763;WS=20433745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	20446043	rs1823751	T	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,66:0.28:232
chr15	20447987	.	A	G	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=18;MQ=44.94;NF=7;NR=2;PP=66;QD=11.1968013941;SC=ATATATTTCTACTGTTCATAA;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=9;WE=20447995;WS=20447977;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr15	20448056	rs8024950	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.874;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.173;NF=15;NR=6;PP=317;ReadPosRankSum=-2.548;SC=CACCATACTCACCAAAGTGAA;SOR=1.661;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=21;WE=20448064;WS=20448046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,8:0.15:53
chr15	20448077	rs3963874	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.476;NF=22;NR=11;PP=544;ReadPosRankSum=-4.377;SC=GAGCTGTCCCTTTAGGTCATT;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=33;WE=20448085;WS=20448067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr15	20448164	rs55697731	T	C	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQRankSum=-3.743;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,50:0.24:208
chr15	20448277	.	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.978;NF=7;NR=21;PP=426;ReadPosRankSum=0.284;SC=CGCCTGTAATCCCAGCACTTT;SOR=1.151;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=28;WE=20448285;WS=20448267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr15	20450242	rs2444187	G	C	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.640;NF=59;NR=60;PP=1565;ReadPosRankSum=1.347;SC=GTTCCTGTGCGGCACACAGCA;SOR=0.554;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=201;TCF=104;TCR=97;TR=119;WE=20450250;WS=20450232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,188:0.65:291
chr15	20453992	rs4931912	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQRankSum=-1.099;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr15	20454025	rs4931913	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.469;NF=4;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=1.709;SC=GTCCAGATCCATGCCTGGCTT;SOR=1.209;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=9;WE=20454033;WS=20454015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr15	20454042	rs7168242	A	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.947;NF=3;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.655;SC=GCTTCACTGCAAAGAGAACCA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=7;WE=20454050;WS=20454032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr15	20454162	rs4931914	C	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=56.94;MQRankSum=-2.498;NF=3;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=-0.460;SC=ATTTGGGATCCTCGCTCTCCT;SOR=0.523;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=5;WE=20454170;WS=20454152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr15	20456517	rs12593833	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=1.177;SC=ATCCTCTGCCTTCAGCCTGTG;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=20456525;WS=20456507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr15	20456640	rs8041606	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.696;NF=10;NR=7;PP=219;ReadPosRankSum=0.406;SC=CCTGGTGGTCAATGAGGAGGA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=17;WE=20456648;WS=20456630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr15	20456665	rs8026258	T	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQRankSum=-5.613;QD=18.46;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr15	20456673	rs8033709	C	G	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQRankSum=-5.058;QD=20.91;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr15	20456677	rs8037872	G	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQRankSum=-4.928;QD=21.21;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr15	20456682	rs58201907	G	C	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=-5.143;QD=20.09;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr15	20456740	rs2954579	A	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-3.994;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr15	20456787	rs60265308	C	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.761;NF=9;NR=12;PP=273;ReadPosRankSum=0.842;SC=CCTCTCCCACCTGAAATAGAA;SOR=0.880;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=21;WE=20456795;WS=20456777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr15	20457155	rs11856094	A	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQRankSum=-5.436;QD=18.66;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr15	20457155	.	ACC	CCT	1151	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=52.73;NF=21;NR=10;PP=1151;QD=38.8538024149;SC=GCCAGCATTTACCGCCCACTC;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=31;WE=20457165;WS=20457154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr15	20457157	rs11854770	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQRankSum=-5.469;QD=19.28;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr15	20457291	rs6599891	T	C	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.687;NF=49;NR=45;PP=1482;ReadPosRankSum=-1.173;SC=TGGGCTTGTGTAAGCATCATT;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=80;TCR=76;TR=94;WE=20457299;WS=20457281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,128:0.55:233
chr15	20457319	rs8038741	C	A	3067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.717;NF=48;NR=47;PP=1502;ReadPosRankSum=-1.812;SC=GCACGCTGAGCATGGCAGGGC;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=95;WE=20457327;WS=20457309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,145:0.58:252
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chr15	20462690	rs6422224	T	G	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.414;NF=31;NR=38;PP=926;ReadPosRankSum=-1.368;SC=CAGAACCCCATTGAGGGAGTC;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=69;WE=20462698;WS=20462680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,98:0.62:158
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chr15	20462793	rs77195941	ATTT	A	914.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.85;MQRankSum=1.393;QD=24.07;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr15	20462828	rs8039793	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=-0.698;SC=ACAGAGTCTCACTCTGTCGCC;SOR=0.129;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=14;WE=20462836;WS=20462818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr15	20464736	rs112424577	C	CA	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.215;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr15	20464811	rs4983664	C	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.050;NF=18;NR=22;PP=637;ReadPosRankSum=-0.166;SC=CAATTACTAACCCCTCATAAT;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=40;WE=20464819;WS=20464801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr15	20465014	rs62009640	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.443;NF=5;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=2.004;SC=CACCCATGCCTGGCACATTTT;SOR=0.260;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=10;WE=20465022;WS=20465004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr15	20465103	rs6599901	A	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.748;NF=4;NR=9;PP=227;ReadPosRankSum=0.564;SC=GTGATCCACCAACCTCGGCCT;SOR=1.181;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=13;WE=20465111;WS=20465093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr15	20465167	rs10794632	A	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-2.793;QD=18.80;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr15	20465178	.	AT	A	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=2.064;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr15	20465182	rs10794633	T	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-2.073;QD=20.68;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr15	20465246	rs8038116	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-1.290;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr15	20466352	rs4983837	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=491;ReadPosRankSum=2.710;SC=GCATTATAGGTGTGAAAACCA;SOR=0.653;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=30;WE=20466360;WS=20466342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr15	20466516	rs4983836	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.020;NF=8;NR=21;PP=355;ReadPosRankSum=-2.370;SC=AAATCTGATCCAAGCTGAGTG;SOR=1.602;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=29;WE=20466524;WS=20466506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr15	20466546	rs4931936	C	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-5.521;NF=5;NR=18;PP=366;ReadPosRankSum=0.630;SC=TGCCTATAGTCCCAGCTACTC;SOR=3.240;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=23;WE=20466554;WS=20466536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr15	20466604	rs4983834	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.838;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TTCAAGACTAACCTGGGCAAC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=20466612;WS=20466594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr15	20467100	rs4983661	A	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.038;NF=33;NR=25;PP=780;ReadPosRankSum=0.154;SC=CACGTGAAGCACCAGCGCAGA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=58;WE=20467108;WS=20467090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,75:0.65:116
chr15	20467242	rs59808209	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.014;NF=16;NR=26;PP=546;ReadPosRankSum=0.838;SC=GCTGGGCGTCCGACAAGCCTG;SOR=1.056;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=42;WE=20467250;WS=20467232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr15	20468050	rs4983831	A	G	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.784;NF=37;NR=23;PP=1076;ReadPosRankSum=1.979;SC=ACTTGGAAAAACTACCCTCCC;SOR=0.779;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=60;WE=20468058;WS=20468040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,72:0.69:104
chr15	20476942	rs4983659	C	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-1.638;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,104:0.27:385
chr15	20477005	rs4248783	G	C	4251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=904;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=1.755;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:637,266:0.29:903
chr15	20477090	rs4931940	TG	CA	8216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:488,233:0.32:721
chr15	20481817	rs61468854	CA	C	524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.191;NF=10;NR=3;PP=401;ReadPosRankSum=-0.928;SC=CACTCAACCCCAAACCTGATG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=13;WE=20481825;WS=20481810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr15	20481882	rs11248739	G	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.067;NF=11;NR=5;PP=223;ReadPosRankSum=-1.124;SC=AACCCTATCTGCCCTGTTTGT;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=16;WE=20481890;WS=20481872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr15	20482021	rs28602347	C	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.630;NF=26;NR=21;PP=679;ReadPosRankSum=-1.189;SC=CTGAGATGTTCAGCCCCTCCA;SOR=0.805;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=47;WE=20482029;WS=20482011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,67:0.40:167
chr15	20482083	rs28576026	G	A	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.570;NF=41;NR=42;PP=1229;ReadPosRankSum=1.338;SC=AGCTCCAGCCGCACTTGTTCC;SOR=0.618;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=83;WE=20482091;WS=20482073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,117:0.75:157
chr15	20482115	rs28702675	A	G	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1272;ReadPosRankSum=1.083;SC=GTTCGCGGCCACTCTGTTCAA;SOR=0.702;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=73;WE=20482123;WS=20482105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,97:0.76:127
chr15	20482142	rs60748331	A	C	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=766;ReadPosRankSum=0.769;SC=GAGGGAGAGAAGTGCCCTCAG;SOR=0.577;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=54;WE=20482150;WS=20482132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,64:0.78:82
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chr15	20874863	rs62000628	T	C	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,101:0.39:256
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chr15	20875094	rs12148785	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=66;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TTATTAAGAGGTTAAAAATAA;SOR=0.593;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=8;WE=20875102;WS=20875084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr15	20876515	rs6422240	A	G	4028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-1.215;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,193:0.65:298
chr15	22318824	rs35131467	AC	A	672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=561;SC=TAATAAAGTTACATTTGATAA;SOR=3.500;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=22318832;WS=22318815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	22318963	rs1429506	A	T	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=49;PP=1890;SC=TATCACAGAAAAGAACAAGGT;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=112;WE=22318971;WS=22318953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	22319166	rs1429505	G	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=607;ReadPosRankSum=-1.033;SC=AAAGAGAAAGGTGCCAATTAT;SOR=0.644;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=44;WE=22319174;WS=22319156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,72:0.38:189
chr15	22319204	.	G	A	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=732;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TGGAGTAAATGAGCTGGGTGA;SOR=0.761;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=49;WE=22319212;WS=22319194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,82:0.42:194
chr15	22319295	rs4779264	T	C	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=45;PP=1903;SC=TGGGCCACAGTAGGATAGCTG;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=83;WE=22319303;WS=22319285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	22332583	.	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-0.934;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr15	22332751	rs930109	T	C	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=52;PP=2462;SC=TGAGATGTTTTTGCTGACAGT;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=130;WE=22332759;WS=22332741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr15	22332859	rs62004745	G	T	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.646;NF=36;NR=44;PP=1178;ReadPosRankSum=-1.163;SC=TTGCCTGCTGGTGTGGGGGTT;SOR=0.741;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=157;TCF=76;TCR=81;TR=80;WE=22332867;WS=22332849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,113:0.48:233
chr15	22344871	rs28571003	A	G	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQRankSum=0.329;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,85:0.45:189
chr15	22344879	rs1366870	C	G	5688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.74;QD=34.06;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr15	22344951	rs1366871	T	C	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.40;QD=30.14;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	22345097	rs12440831	C	T	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=6.217;NF=34;NR=29;PP=1011;ReadPosRankSum=0.526;SC=CATCACTGTCCTGGTTGGGGG;SOR=0.499;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=63;WE=22345105;WS=22345087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,85:0.74:115
chr15	22345134	rs13380116	C	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-5.071;NF=22;NR=19;PP=432;ReadPosRankSum=0.565;SC=TGTTCAGACCCTCCTGACCTT;SOR=0.960;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=41;WE=22345142;WS=22345124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,34:0.30:114
chr15	22345306	rs12438744	A	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.647;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr15	22368862	rs1835183	G	A	13876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=164;NR=174;PP=2965;SC=TCTTTTGATGGATGCATTGCA;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=339;TCF=165;TCR=174;TR=338;WE=22368870;WS=22368852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr15	22368905	rs1835182	G	A	14660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=174;NR=163;PP=2965;SC=CTGGGGCTTCGGAGATGTTCT;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=179;TCR=164;TR=337;WE=22368913;WS=22368895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr15	22369248	rs491208	T	C	8632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=125;PP=2965;SC=TCTGGCCTTGTTCAAGAAACT;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=140;TCR=125;TR=265;WE=22369256;WS=22369238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr15	22369426	rs4087943	G	A	3207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.157;NF=36;NR=55;PP=1266;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TTCCCTTTACGTAATCCCATT;SOR=0.541;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=189;TCF=72;TCR=117;TR=91;WE=22369434;WS=22369416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,157:0.54:290
chr15	22382655	rs535034	A	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.809;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.848;NF=11;NR=18;PP=472;ReadPosRankSum=0.053;SC=CCCTCTATTTATTTCTGGGCA;SOR=1.255;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=29;WE=22382663;WS=22382645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr15	22382728	rs2808136	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.52;MQRankSum=1.148;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr15	22382739	rs2671839	A	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.31;QD=31.45;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	22382821	rs12438969	G	C	3562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-0.012;QD=18.09;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,93:0.47:197
chr15	22382828	rs62006709	C	A	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-0.308;QD=17.01;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,100:0.47:215
chr15	22383064	rs12441468	C	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-1.622;QD=11.73;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,67:0.57:117
chr15	22383064	.	CTA	ATG	683	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=56.57;NF=25;NR=22;PP=683;QD=15.6695292524;SC=GGTGGAGCTTCTAATGGTCTT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=47;WE=22383074;WS=22383054;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,47:0.65:72
chr15	22383066	rs559754	A	G	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.22;QD=36.63;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
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chr15	22414307	.	G	A	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.109;NF=27;NR=45;PP=1072;ReadPosRankSum=0.633;SC=TTCCTTTGTTGAATCCTGTCA;SOR=0.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=59;TCR=100;TR=72;WE=22414315;WS=22414297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,110:0.48:231
chr15	22414393	rs200221521	C	CAAA	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
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chr15	22440863	.	G	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=311;ReadPosRankSum=0.977;SC=GCACTGGCTGGAAAGAGGGCC;SOR=0.784;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=21;WE=22440871;WS=22440853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr15	22448406	rs113961158	G	A	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=45;PP=1720;ReadPosRankSum=0.519;SC=ATACGTGGCCGTGTCCTCAGA;SOR=0.827;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=235;TCF=142;TCR=93;TR=117;WE=22448414;WS=22448396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,161:0.47:342
chr15	22466002	rs4779314	C	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=590;ReadPosRankSum=0.105;SC=GCCAGTACAGCTGCTTCCTCC;SOR=1.189;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=92;TCF=72;TCR=20;TR=37;WE=22466010;WS=22465992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,47:0.39:121
chr15	22466126	rs1985064	A	C	12269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GCTGTGCTCGAAGATGTGTCC;SOR=0.420;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=158;TCR=131;TR=289;WE=22466134;WS=22466116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,464:1.00:465
chr15	22466392	rs199822529	GC	TT	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-12.637;QD=4.40;ReadPosRankSum=2.624;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,31:0.17:183
chr15	22466410	rs201172486	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-13.114;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,29:0.16:182
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chr15	22466508	rs200705243	C	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=4.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-11.036;QD=2.78;ReadPosRankSum=3.011;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,22:0.13:163
chr15	22466512	rs184389995	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=4.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-11.036;QD=2.85;ReadPosRankSum=2.922;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,22:0.13:163
chr15	22483137	rs4779321	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=475;ReadPosRankSum=-1.473;SC=CTGAGAGTGCGCACCTGTGGG;SOR=1.193;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=31;WE=22483145;WS=22483127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
chr15	22489807	.	A	G	211	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=58.33;NF=3;NR=0;PP=211;QD=81.9237375157;SC=TTAGTGTCAGAAGAAGGGTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=3;WE=22489834;WS=22489797;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr15	22489820	.	A	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-3.328;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.497;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,1:0.07:14
chr15	22489821	.	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-1.922;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr15	22489826	.	A	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-1.922;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr15	22489842	rs368258155	G	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.326;QD=10.78;ReadPosRankSum=-1.994;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr15	22489900	rs113115466	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.081;NF=7;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=1.144;SC=CTAAATACTGTTTTCTTCAGG;SOR=0.585;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=12;WE=22489908;WS=22489890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
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chr15	22489988	rs72687801	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-2.210;SC=CAGGGCTGTGGCCCTGGTGAC;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=12;WE=22489996;WS=22489978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr15	22490018	rs10152312	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=3;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=1.748;SC=AGGGATTGTTCTGCATTTAGT;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=9;WE=22490027;WS=22490008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr15	22490019	rs112521162	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr15	22490035	rs72687802	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TAGTGCCTGTAAGAAGGTTTC;SOR=0.459;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=22490043;WS=22490025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr15	22513188	rs28635903	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr15	22513271	rs28599926	C	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	22513290	rs140186176	TC	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	22513314	rs111428232	G	A	48.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr15	22840982	.	G	GT	59	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=1;PP=58;SC=TAGTTTTGAGGTTTTTTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=22840990;WS=22840972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	22869804	rs2251602	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=299;SC=CACAGAAGGCAGTCACTGTGG;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=22869812;WS=22869794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	22926229	rs2289824	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=20;PP=636;SC=TTTTCTTAGTGTAAAAACAAT;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=22926237;WS=22926219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	22926307	rs7403459	A	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=24;PP=782;SC=TCAAGGGTGCACCTGCCCTGT;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=22926315;WS=22926297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	22929906	rs2305093	A	G	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=16;PP=458;SC=GTGAGCACCCACCTCGCGCAC;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=22929914;WS=22929896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	22940866	rs45464395	C	T	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=30;PP=943;SC=CGACCTGGAGCTGCACAGGCA;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=22940874;WS=22940856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	22945314	rs8029108	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=3;PP=30;SC=TTAAGTACATCTCATTTATGT;SOR=2.303;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=22945322;WS=22945304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	22958104	rs4134803	A	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=240;SC=GCAGGCACCCAGCACACAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=22958112;WS=22958094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	22958151	rs55859252	C	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=9;PP=327;SC=TTTTTGCTTGCGGGAGATAAC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=22958159;WS=22958141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	22960700	rs2289817	A	G	303.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=152;ReadPosRankSum=-0.858;SC=TGAGAGGTGGAAAATGGAGTT;SOR=0.223;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=22960708;WS=22960690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr15	22960868	rs2289818	G	C	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	22962184	rs7359217	T	A	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=1;PP=63;SC=ACGAAACATTTTGTTTTTCAC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=22962192;WS=22962174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	22993275	.	ATT	A	29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9992;HP=13;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=29;QD=11.3333333333;SC=GCTGTGCATCATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=22993284;WS=22993265;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	22999940	rs11307802	TG	T	149.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=161;SC=AACAGCCACCTGGCTGCCCGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=22999948;WS=22999931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	23000272	rs999842	A	G	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=20;PP=579;SC=CGCACCATCTATGGACCTTTT;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=23000280;WS=23000262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	23021113	rs7170784	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=133;SC=CACTCACGAGGAATGAAGATG;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=23021121;WS=23021103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	23049369	rs12592629	G	A	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=12;PP=330;SC=ACAGTCACCCGGAGCCACCGC;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=23049377;WS=23049359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	23052632	rs11263683	T	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=10;PP=335;SC=CAGCCTGAGTTGTCACACTCT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=23052640;WS=23052622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	23059394	rs1991922	C	T	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=33;PP=1052;SC=CTTCAATACACCCATCATGGA;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=62;WE=23059402;WS=23059384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	23131745	rs7181884	G	A	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.95;QD=22.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	23138992	rs202076313	G	A	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.84;QD=27.14;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	23182537	rs189988840	C	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.18;QD=23.22;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	23200698	rs58552405	A	T	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.23;QD=24.09;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	23300033	rs1058831	T	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=20;PP=481;SC=CGGGAACGGGTGACTGCTTGC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=23300041;WS=23300023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	23685517	rs372380699	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=3.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=1.587;QD=4.45;ReadPosRankSum=4.422;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,71:0.33:218
chr15	23685541	rs375981990	CT	C	9572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.23;QD=39.39;SOR=1.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr15	23685583	rs368496365	T	C	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-3.426;QD=6.86;ReadPosRankSum=-3.268;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,56:0.24:229
chr15	23685604	.	TC	T	1490.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-2.823;QD=7.42;ReadPosRankSum=-6.436;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,47:0.23:201
chr15	23685606	.	TCTTCCTGCTCCCACATCTTCTCCTCCTGCTCCCGCATCTTC	T	1326.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-3.086;QD=6.23;ReadPosRankSum=-6.412;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,46:0.22:213
chr15	23685639	rs374969803	C	T	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.214;NF=36;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=5.258;SC=CTCCTGCTCCCGCATCTTCTC;SOR=0.601;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=128;TCF=45;TCR=83;TR=107;WE=23685655;WS=23685595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,113:0.70:161
chr15	23685895	rs111853398	C	T	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-5.750;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,123:0.41:297
chr15	23685922	.	C	CCCGCATCTTCTCCTCCTGCTT	5371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.911;NF=0;NR=34;PP=2897;ReadPosRankSum=0.341;SC=TGCTCCTGATCCCGCATCTTC;SOR=0.692;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=124;TCF=28;TCR=96;TR=34;WE=23685930;WS=23685912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,123:0.46:269
chr15	23686598	rs35708006	T	C	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=36;PP=1328;SC=TCCCGCAGCTTCTTCTGCTCC;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=68;WE=23686606;WS=23686588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	23686673	rs59122400	G	A	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=30;PP=1176;SC=TCCTGTCTCCGCATCTTCTCC;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=67;WE=23686681;WS=23686663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	23686914	rs57504140	T	A	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.66;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr15	23687812	rs2344891	T	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.45;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	23687818	rs72495057	CT	C	812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.80;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	23688944	rs4778531	A	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=21;PP=710;SC=TTCTTGTGCCATGTGGACACA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=23688952;WS=23688934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	23689510	rs12902150	C	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.53;QD=24.71;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	23807353	.	T	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=293;SC=GATAATGCTTTTAGGCAATTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=23807361;WS=23807343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	23892400	rs183812337	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.56;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	25219512	rs705	T	C	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	25232026	rs3832976	CGT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr15	25307562	rs7402542	A	G	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=44;PP=1777;SC=CGTTCTCATCAGAACTGAGGT;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=104;WE=25307570;WS=25307552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr15	25310440	rs6576402	A	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=13;PP=340;SC=TACACAGGTCAGAGAGTCATA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=25310448;WS=25310430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	25319287	.	G	GT	428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr15	25321029	rs4906699	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=8;PP=424;SC=TATTGGTTTTCCAAAGGCACC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=25321037;WS=25321019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	25324141	rs4344720	C	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=474;SC=TCCCTTCATACGGTATGTGTT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=25324149;WS=25324131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	25328655	.	C	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=8;PP=397;SC=CCTTTGGAGGCTGTTGTATCC;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=25328663;WS=25328645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	25328715	rs3803326	T	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=12;PP=757;SC=TCCTCATTTTTGGGCATGAAT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=25328723;WS=25328705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	25330550	rs3803328	T	A	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=12;PP=676;SC=GATGACTTCCTTATATACATT;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=25330558;WS=25330540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	25336983	.	G	A	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=9;PP=409;SC=TGAACAAAATGAGTGAAAACT;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=25336991;WS=25336973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	25342814	rs202200546	C	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=348;SC=GTGCCTGGATCGATGATGACT;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=25342822;WS=25342804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	25346726	.	C	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	25415693	rs2739837	T	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	25415694	rs1883008	G	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	25415759	rs2714734	G	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=260;SC=GCCAGCCCCCGGTGCGCTGAA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=25415767;WS=25415749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	25415809	rs2739838	C	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=6;PP=445;SC=CTGCACTGAGCTGTGGTGAGC;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=25415817;WS=25415799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	25418080	.	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=269;SC=GTCACGTTCTCCCTTTGTGTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=25418088;WS=25418070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	25420201	.	C	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=29;PP=817;SC=GCTGAGGTCCCTGGCTGAGCT;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=25420209;WS=25420191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	25440052	.	G	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr15	25448489	.	G	A	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=26;PP=765;SC=AGGATGCTGGGATCCTGAGGT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=25448497;WS=25448479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	25652101	rs8032479	C	G	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=141;SC=AATTACATAACAACTAAAAAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=25652109;WS=25652092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	25937004	rs2066705	C	T	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=36;PP=1020;SC=AATCAATGTGCTAGATTTTCT;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=25937012;WS=25936994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	25953068	rs2291355	G	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=216;SC=CCCCTCCAGGGCCGTCCCTGC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=25953076;WS=25953058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	25961964	rs10873607	A	G	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=25;PP=797;SC=CAGACAGCTCAGGCGAGAGGT;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=25961972;WS=25961954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	25963599	rs8024374	A	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=9;PP=213;SC=TGGGCGGAGCAGAAAGAAACC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=25963607;WS=25963589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	25967085	rs1564828	T	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	25981190	rs7173593	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=215;SC=GCAGGCAGACACACGATACTC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=25981198;WS=25981180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	25981367	rs7177724	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=6;PP=151;SC=TTTTCTGTCTCGCATCCGCGG;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=25981375;WS=25981357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	26026139	rs8038726	A	G	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=80;SC=TAATGCCTGCAAGGCCCTGGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=26026147;WS=26026129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	26866738	rs45542840	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=215;SC=GGTGTATTTCCTCCACGACCA;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=26866746;WS=26866728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	26887814	rs754186	A	G	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	26887879	rs754185	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=21;PP=656;SC=TGTGAGTTATTTGCGAGAAAG;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=26887887;WS=26887869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	27018187	.	TGCC	T	282.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=86;SC=CTCCTGCTGCTGCCGCCGCCG;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=27018197;WS=27018177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	27019040	rs4906901	C	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=298;SC=TTCATTTATACAATTGGACCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=27019048;WS=27019030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	27184435	rs12910925	C	T	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=41;PP=1489;SC=GAGGTCTCCTCGTGCCTCCCA;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=84;WE=27184443;WS=27184425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	27184482	rs34560927	C	T	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=38;PP=1265;SC=ACTGGGGCATCGCCAATGAAA;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=27184490;WS=27184472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	27184517	rs17647384	G	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=38;PP=1199;SC=AAGAACAGGCGACACCTCTCT;SOR=1.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=27184525;WS=27184507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	27188353	rs140684	C	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	27188361	.	G	A	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.79;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	27188459	rs140685	C	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=27;PP=1068;SC=GGTTCATAGCCGTGTGCTATG;SOR=0.815;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=60;WE=27188467;WS=27188449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	27222015	rs140670	T	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=3;PP=202;SC=ATTTTCGGGTTTTCACGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=27222023;WS=27222005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	27516740	rs76888516	GAGTC	G	2213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=16;PP=1003;SC=ATGCAACCTAGAGTCAGTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=27516751;WS=27516730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	27573855	.	G	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=521;SC=CCTGGGTGACGGAACGGCCCT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=27573863;WS=27573845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	28195534	rs11632387	C	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=154;SC=AGGCCTGAGGCGTAATTAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=28195542;WS=28195524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	28196821	rs7173419	T	C	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=12;PP=678;SC=TCTCTGGCCTTCCACCAGCCC;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=28196829;WS=28196811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	28200408	rs7170989	T	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=16;PP=387;SC=TCACGCTGCGTGGTGAGATCG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=28200416;WS=28200398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	28211758	rs4778218	A	G	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	28211921	rs1800411	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	28228644	rs12910433	G	A	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=17;PP=633;SC=CACAAATGGAGGAAAATGAAA;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=28228652;WS=28228634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	28230097	rs1900758	C	T	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=196;SC=TGGGCTCAACCGCCCCCACCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=28230105;WS=28230091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	28231793	rs10852218	T	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=17;PP=565;SC=AGATCATCTATGGGGAAAAGA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=39;WE=28231801;WS=28231783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	28235773	rs1800404	C	T	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=25;PP=691;SC=CCAGCATGGCCGCCAGAGTTC;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=28235781;WS=28235763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	28356859	rs1129038	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=6;PP=233;SC=CAGCAGCGAGCGCTCTGCTGC;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=28356867;WS=28356849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	28357230	rs4778245	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=291;SC=CGGCTGCAGTTTACTTTACTG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=28357238;WS=28357220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	28359744	rs7495441	G	A	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=260;SC=CAACAGAGACGGATGACCACC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=28359752;WS=28359734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	28360081	rs7497014	T	C	166.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=80;SC=TGCAAGTGCATGGCACACACC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=28360089;WS=28360071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	28360888	rs5811542	C	CT	330.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=341;SC=CTAAAAGCCTCTAACTCTTCA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=28360896;WS=28360878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	28361764	rs4778247	C	T	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=262;SC=AACTCAAGAGCAGGCACAGGC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=28361772;WS=28361757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	28362459	rs7495875	G	A	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=17;PP=652;SC=AGACCCTGCCGTCTGGGGCGC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=28362467;WS=28362449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	28375872	rs6416603	A	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=8;PP=225;SC=TTAGTGCAACATAAAATCATA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=28375880;WS=28375862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	28377196	rs10627923	C	CCT	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=643;SC=CCTGGGGGCCCGACTGCGGTG;SOR=1.426;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=14;WE=28377204;WS=28377186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	28377772	rs8025035	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=330;SC=ATGCAGCCTCCGGCCTCTGCA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=28377780;WS=28377762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	28377998	rs141212514	T	C	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	28378122	rs4778141	T	G	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=123;SC=AACTCAAAAGTTCACCACTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=28378130;WS=28378112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	28386626	rs11636232	C	T	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=17;PP=750;SC=CTCCGATTAACTGCACGGGTC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=28386634;WS=28386616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	28414665	rs7494786	T	C	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=74;SC=TAAGAATATGTGATAAGGCCT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=28414673;WS=28414655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	28441817	rs2525936	G	T	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=193;SC=GTAGTTATTTGTTTTTTACAA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=28441825;WS=28441807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	28473275	.	T	TA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.26;MQRankSum=-0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr15	28502279	rs11631797	A	G	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=1083;ReadPosRankSum=0.369;SC=AGTCCGCGGAACCATCCATCC;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=50;WE=28502287;WS=28502269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr15	28517258	.	C	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.50;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	28517261	rs374453464	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.15;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	28517282	.	TG	GC	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQRankSum=-1.282;QD=27.35;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr15	28517287	.	T	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQRankSum=-0.967;QD=29.29;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr15	28517291	.	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQRankSum=-1.465;QD=25.11;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr15	28517295	.	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQRankSum=-2.057;QD=18.86;ReadPosRankSum=2.260;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr15	28517303	.	T	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQRankSum=-2.057;QD=18.53;ReadPosRankSum=2.260;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr15	28517305	.	T	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQRankSum=-2.260;QD=19.68;ReadPosRankSum=2.515;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr15	28517310	rs199951842	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQRankSum=-2.000;QD=17.89;ReadPosRankSum=1.316;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr15	28517436	rs75181529	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=293;ReadPosRankSum=0.730;SC=AGGGCAAAAGTGGGGCGCTGG;SOR=0.665;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=24;WE=28517444;WS=28517426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr15	28517539	rs80340439	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-2.179;QD=6.79;ReadPosRankSum=-3.099;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr15	28517546	rs79819039	G	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-2.569;QD=6.99;ReadPosRankSum=-3.419;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr15	28632736	.	C	T	99.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.83;MQRankSum=-0.674;QD=16.65;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr15	29346242	rs117098828	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=11;PP=328;SC=GCTGCCCTGCGGCCAGAGAGC;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=29346250;WS=29346232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	29385149	rs4779760	A	G	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=204;SC=TGCAGATGGCAATGGTTGGGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=29385157;WS=29385139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	29385204	rs4779761	A	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=376;SC=TCCTTGTGCTATGGCCAGGCA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=29385212;WS=29385194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	29386593	rs8037972	G	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=17;PP=471;SC=GTGGGGGCTGGGGGGTTCCCC;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=29386601;WS=29386583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	29399148	rs2306935	G	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	29415560	rs3751562	G	A	5450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=67;PP=2050;SC=GGTCCAGAACGTCAGCGCCGA;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=125;WE=29415568;WS=29415550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr15	29415698	rs3751563	A	G	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=18;PP=578;SC=AAACCCTGGCATCCGCATAGG;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=29415706;WS=29415688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	29417099	rs12438521	G	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=18;PP=525;SC=GACACCCACCGAGCGGCAGAT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=29417107;WS=29417089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	29418520	rs2256273	C	T	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.89;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	29418573	rs2672680	AT	GC	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=299;SC=CTGGAGACACATGGCCAGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=29418582;WS=29418563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	29418745	rs968476	G	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=7;PP=209;SC=GGGGACGCTGGCGTGGGACAG;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=29418753;WS=29418735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	29428556	rs8023368	C	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=226;SC=TTGTCTGGGGCCCCAGGCCTC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=29428564;WS=29428546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	29444130	rs59230279	GC	G	436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=455;SC=CCCAGAATGAGCCGAGGTCGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=29444138;WS=29444120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	29544523	rs11071669	A	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=16;PP=851;SC=CTCTTGTACAAAATCAAATCC;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=29544531;WS=29544513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	29544656	rs4583203	T	C	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=42;PP=965;SC=TTACACACACTGCAGAAAGCA;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=29544664;WS=29544646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	29862654	rs111717681	C	G	76.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	30008856	rs7166878	C	A	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=4;PP=247;SC=TCTGAGAATGCGCTGGCTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=30008864;WS=30008846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	30008889	rs2229518	G	A	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=352;SC=GATGGCTGGCGGCAATGTGTG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=30008897;WS=30008879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	30011427	rs11073215	C	T	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	30018553	rs4073316	A	T	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=15;PP=620;SC=TTTACTGAACAAGTCAAAAAA;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=30018561;WS=30018543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	30064495	rs1383315	C	T	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=212;SC=AATTTCTCTTCAGATCAATGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=30064503;WS=30064485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	30069920	rs34542662	AT	A	146.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.37;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	30070198	rs1904812	A	C	130.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	30337377	rs10775120	G	C	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=32;PP=1208;SC=GTCGACCCCAGTCCGGACCCC;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=30337385;WS=30337367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	30700159	rs62016504	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=13;PP=376;SC=TGCTCTACCCAACGCATATCC;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=30700176;WS=30700149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	30700168	.	C	CTTG	1191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=767;SC=CAACGCATATCCTGCTTCTCT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=30700176;WS=30700149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	30700263	rs2564642	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	30700278	rs62016505	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	31119861	rs3829484	G	A	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=107;SC=ACCAGGTGTGGGGCTGTTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=31119869;WS=31119851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	31129037	rs11070624	G	A	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.42;QD=25.74;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	31197564	rs4779794	G	A	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=22;PP=831;SC=ATGGTAAGAGGAAGTAAAATA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=31197572;WS=31197554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	31203093	rs3794594	C	T	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=103;SC=AGATTGTATACTTGATTGAAC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=31203101;WS=31203083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	31217593	rs55635408	T	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=277;SC=TGTGTTTTCTTTTAGACTCGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=31217601;WS=31217583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	31218164	rs2959037	T	C	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=21;PP=469;SC=GGCTTTCTCTTGTGGCACCCA;SOR=2.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=31218172;WS=31218154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	31220709	rs61136501	T	TTGTG	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.61;ReadPosRankSum=1.097;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr15	31229420	rs2955795	T	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=13;PP=312;SC=AAGTCTGCCATGTGGTTGCAG;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=31229428;WS=31229410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	31233220	rs2955792	C	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=154;SC=CAATTAGAGACGACAGAAAGT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=31233228;WS=31233210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	31235357	rs2293319	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=CTCATCATTACACAGGTTAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=31235365;WS=31235347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	31244083	rs2955790	T	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.455;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.64;ReadPosRankSum=1.239;SOR=1.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr15	31244263	rs2955789	C	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=22;PP=543;SC=AAAGGAAAAGCAGTGTTAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=31244271;WS=31244253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	31245880	rs1404467	C	T	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=47;SC=TTATTTTATACGATCCCTATC;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=31245888;WS=31245870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	31251333	rs11340006	GA	G	234.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.548;NF=2;NR=7;PP=159;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GGCTGGAGGGGAAAAAAAAAA;SOR=1.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=31251341;WS=31251323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr15	31251366	rs2949573	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=8;PP=236;SC=TGTGCTAAAAGCAGGAATAGT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=31251374;WS=31251356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	31267147	rs1133642	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=86;SC=TGACAATTTGCTCAATACATG;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=31267155;WS=31267137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	31330280	rs2288242	A	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	31339151	rs11636121	A	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=306;SC=GGGGAGCTGGAGAATGCCGTG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=31339159;WS=31339141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	31341461	rs10851487	G	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	31341516	rs2288241	C	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=8;PP=297;SC=ACAATATGCACCAGTGACAAA;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=18;WE=31341524;WS=31341506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	31342744	rs1035705	C	T	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	31357138	rs919001	A	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=244;SC=GCAAGGATTGATATTTTCAAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=31357146;WS=31357128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	31359457	rs3784599	T	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=362;SC=TCATGAAATTTAGGGACACTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=31359465;WS=31359447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	31362352	rs2241493	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=249;SC=CACCTGTTTGCTTTCCTCTTC;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=31362360;WS=31362342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	31368915	rs2241497	C	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	31369123	rs4779816	A	G	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=26;PP=838;SC=AGAGTCTTTCATGCTAGGAAT;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=31369131;WS=31369113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	31369223	rs4779817	C	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=21;PP=624;SC=TGGACCAATACATTCCCAAGC;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=31369231;WS=31369213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	31369258	rs4779818	C	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=17;PP=463;SC=ATTCTTATACCTTTATAAAAC;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=27;WE=31369266;WS=31369248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	31373727	rs4779504	T	C	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=278;SC=TGCCCTCCCTTTGTTCCAGTC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=31373735;WS=31373717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	31521505	rs3835087	CGG	C	123	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	31746320	rs12102124	T	C	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=80;SC=CGCTTGGAGGTGGGGACCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=31746328;WS=31746310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	31776210	rs199744400	TGGC	T	1016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=398;SC=CGCTTGGCCGTGGCGGCGGCG;SOR=1.802;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=9;WE=31776220;WS=31776200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	31862448	rs1459198	C	T	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=22;PP=578;SC=GCATGAATAACGGTCTCATCA;SOR=1.378;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=31862456;WS=31862438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	32393486	rs201765366	C	CT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr15	32393660	rs151204095	A	AAG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=79;SC=TTAGGAAAAAAAACCAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=32393671;WS=32393650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	32393663	rs28650375	C	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=24;SC=GGAAAAAAAACCAAAAAAACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=32393671;WS=32393650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	32925226	rs77143444	T	G	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=25;PP=993;SC=GTTCACTCTCTCCTGTACTCA;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=32925234;WS=32925216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	32926076	rs11632524	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=48;SC=TTTCGTATTTCAAGTATTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=32926084;WS=32926066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	32971958	.	C	T	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	32984196	rs6494593	A	G	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=65;SC=AGTCTGTAGCAATTCTAGCAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=32984204;WS=32984186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	33068867	.	T	C	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=107;SC=AAGCTATGTTTTGTACCTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=33068875;WS=33068857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	33091281	rs1258806	C	A	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=175;SC=AAGCTGGGGGCTCATAGTTAC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=33091289;WS=33091271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	33191023	rs173224	A	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=11;PP=435;SC=TCCACGTAATACCATTTCTTA;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=33191031;WS=33191013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	33200804	rs10713398	CA	C	55.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.282;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.282;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr15	33200826	.	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=21;PP=601;SC=AAAAAAAAAGGGAAGTGAGAC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=33200834;WS=33200816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	33261232	rs2930131	G	A	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=116;SC=TTGGAGGTGCGGGAGACAAAG;SOR=3.442;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=9;WE=33261240;WS=33261222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	33357262	rs2306277	A	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=12;PP=399;SC=CTGCTCAGTCAGGCTGTGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=33357270;WS=33357252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	33359370	rs11072170	C	T	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=26;PP=998;SC=GTCTTGGGACCCTTCTTCTCC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=33359378;WS=33359360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	33359574	rs11858145	C	A	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=15;PP=628;SC=AGATAAAACACCACTAGGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=33359582;WS=33359564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	33380985	rs2291066	A	C	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=24;PP=1157;SC=CACAATCACCAAGATTTCTAC;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=59;WE=33380993;WS=33380975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	33381000	rs2291065	A	T	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.36;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	33446258	rs28377066	G	A	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=30;PP=1290;SC=GCTCCAGCCCGCTCGGCGGCC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=69;WE=33446266;WS=33446248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	33446311	rs28507600	G	C	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=31;PP=952;SC=CTGCAGTCAGGGGGCAGCACT;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=63;WE=33446319;WS=33446301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	33757840	rs2596163	G	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=127;SC=GAAATGATGCGATCTCAGGTT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=33757848;WS=33757830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	33765761	rs2245508	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=399;SC=TGTCCGCCCTACACCTTCTTC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=33765769;WS=33765751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	33765803	rs2278470	A	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=234;SC=CATTTAGGGGAGATACTGCTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=33765811;WS=33765793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	33795710	rs2572204	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=354;SC=ACCTTTTTGCATTCCTATTCA;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=33795718;WS=33795700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	33822969	rs12900227	T	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=24;PP=676;SC=GCAGGAACAATTGGAACATAA;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=33822977;WS=33822959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	33840414	rs1435100	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=13;PP=345;SC=AGGTAATGGAAGGCCTGGGAA;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=33840422;WS=33840404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	33842222	rs1865496	C	G	229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=148;SC=AGCAAGCCAGCAGCCTGGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=33842230;WS=33842212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	33855345	rs2304379	G	A	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=139;SC=ATTTTGTGATGGATTGTACAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=33855353;WS=33855335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	33872177	rs674155	C	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=11;PP=427;SC=TGGTTTTTAGCGGAAACAATC;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=33872185;WS=33872167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	33873657	rs668570	C	T	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=16;PP=652;SC=GCATAAGGGACTGTGCTTTCT;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=33873665;WS=33873647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	33893769	rs2437135	C	T	1421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	33893828	rs3829479	C	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=15;PP=460;SC=AAAGAGGGCTCATCTGAACTC;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=33893836;WS=33893818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	33922273	rs11632118	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=13;PP=342;SC=TGAAGTTTTACAAACAATGAA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=33922281;WS=33922263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	33923260	rs74005911	C	T	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=45;SC=AAGCCTAAGGCATTTACTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=33923268;WS=33923250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	33925364	rs2291732	G	A	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=32;PP=830;SC=GATCATCCACGTGCCGTTTTG;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=33925372;WS=33925354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	33927764	rs1495280	C	T	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=74;SC=TGAAGGTCTACGTTCTCTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=33927772;WS=33927754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	33954652	rs4780144	C	T	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=33;PP=1231;SC=CAGGAATATCCGCCTCTTCCC;SOR=0.867;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=74;WE=33954660;WS=33954642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	33955262	rs66533161	GTGAC	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=240;SC=GCTTGGCATAGTGACTGACCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=33955273;WS=33955252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	33962559	rs11072596	G	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	33990250	rs1111611	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=271;SC=GCAGGAGCACGAGGTGACTTG;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=33990258;WS=33990240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	33993143	rs11629683	G	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=10;PP=673;SC=GTCTTCCTCTGTCCTTTTCTT;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=33993151;WS=33993133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	34016274	rs6495228	G	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=246;SC=AGCAGCACGGGGGACGATGAA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=34016282;WS=34016264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	34021276	rs7498093	T	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=341;SC=ATTGTGAAATTAGTAATGTTG;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=34021284;WS=34021266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	34030865	rs4780171	T	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=161;SC=ACAGCCGTCATCTGTTTAGCA;SOR=2.049;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=34030873;WS=34030855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	34060740	rs2278317	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=6;PP=504;SC=TAGTGCATCTCCCTAGAATGC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=34060748;WS=34060730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	34064043	rs1429754	T	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=116;SC=TCTGCCCAGATGACACTGCCA;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=34064051;WS=34064033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	34103050	rs113191024	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=424;SC=ATCTCCGGAATATTTTTTCTT;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=34103058;WS=34103040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	34111876	rs150186949	AAAATAAATAAATAAATAAAT	AAAAT,A	1709.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5,5;NR=10,10;PP=27,911;SC=CTCTGTCTCAAAAATAAATAA;SOR=1.387;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=15,15;WE=34111903;WS=34111866;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:39
chr15	34113010	rs2288613	C	T	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=33;PP=930;SC=AAAAAACATTCGAAGTAAGTT;SOR=0.954;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=53;WE=34113018;WS=34113000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	34113592	rs2288615	T	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=763;ReadPosRankSum=1.735;SC=AGTTTCTGGATGGGCTTATGT;SOR=0.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=44;WE=34113600;WS=34113582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr15	34117944	.	TTTTC	T	118	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=22;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=26;MQ=58.12;NF=0;NR=4;PP=118;QD=30.25;SC=TTTTTTTTTTTTTTCCCCATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=34117962;WS=34117934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr15	34117947	rs200179292	TC	T	133.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.78;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr15	34117954	rs72715190	A	G	172.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=141;SC=TTTTCCCCATACAGAGTTTCG;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=34117962;WS=34117934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	34118994	rs4041449	C	CAG	1973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=936;SC=ACACAGCACTCGGGCAAAACT;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=34119002;WS=34118984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	34129357	rs7182398	C	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=16;PP=522;SC=CCTGGTCTGACGGACGAAGCC;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=34129365;WS=34129347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	34135826	rs2303868	G	A	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=449;SC=TACTAAGTATGCTATGTGTAG;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=34135834;WS=34135816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	34136971	rs7181900	T	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=157;SC=ACTATTTGTATAGCACATGCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=34136979;WS=34136961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	34137292	rs12899715	C	G	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=101;SC=TGGATCTAATCTCACTCCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=34137300;WS=34137282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	34140735	rs2278314	A	G	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=76;SC=TTTGATTTCTAGGACTTTTCT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=34140743;WS=34140725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	34146783	rs2303308	G	A	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=25;PP=943;SC=ACGTGCTGGGGGAACACTTAT;SOR=1.371;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=40;WE=34146791;WS=34146773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	34146886	rs713201	T	C	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=19;PP=702;SC=TCAGTGTGTCTCCCAAAATAA;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=36;WE=34146894;WS=34146876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	34146922	rs713203	C	T	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=19;PP=938;SC=AATGAGCACACTATGAGGCAA;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=34146930;WS=34146912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	34151668	rs7180084	G	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=382;SC=TTCCCCTCTCGTGGCTTAGGG;SOR=2.066;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=34151676;WS=34151658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	34152777	rs2303310	T	A	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=25;PP=880;SC=TTGCTTTGTCTTTGTATTTAA;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=34152785;WS=34152767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	34156284	rs11072759	C	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=356;SC=TTAATCCATGCGAATGAACTT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=34156292;WS=34156274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	34156312	rs11072760	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=8;PP=252;SC=GACCAGAGTATCTAATACTAT;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=34156320;WS=34156302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	34157541	rs200704038	T	TA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=-0.621;SC=ATGCCTCCCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=34157549;WS=34157531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr15	34330855	.	A	AGGCGCC	179.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=1;PP=112;SC=CGTCCCGCGCAGGCGCCGGCG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=34330863;WS=34330845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	34331113	.	CCCGCCGCCGCCT	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=3;PP=1189;SC=CGCCTCCGTCCCCGCCGCCGC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=34331132;WS=34331103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	34354772	rs112271785	A	G	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	34435255	rs74482733	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=8;PP=153;SC=AATTAATTGATGGTTTAATTT;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=34435263;WS=34435245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	34437854	rs146687820	TA	T	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=60;SC=GGAGAGAAATTAAAAAAAAAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=34437871;WS=34437844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	34437863	rs4780222	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=51;SC=TTAAAAAAAAATCAAATAACT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=34437871;WS=34437844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	34439170	rs16958836	A	T	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=32;PP=852;SC=CTTTTAAAAAATTGTTACCTT;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=34439178;WS=34439160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	34441102	rs6495551	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=46;SC=CAGTTGACCACAGTAAACAAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=34441110;WS=34441092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	34517929	rs17236763	T	C	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=17;PP=527;SC=TAGGTGGAGTTAACGTAGATA;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=34517937;WS=34517919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	34520863	rs17236784	A	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	34521253	rs7167503	A	T	144.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	34522108	rs71702457	ACT	A	376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=315;SC=GAACCAAAAGACTCTTTTCTC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=34522117;WS=34522098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	34528475	rs17817800	G	A	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=151;SC=TTTTGAAGCAGTAATGGGTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=34528483;WS=34528465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	34529488	rs35994446	G	GT	47.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr15	34529776	rs17817806	A	G	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=25;PP=741;SC=TACACATGTGAAAAATTAGAG;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=34529784;WS=34529766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	34532726	rs60604568	C	T	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=228;SC=AAAAAGTGTCCTTTCAAAGGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=34532734;WS=34532716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr15	34542730	rs61549125	T	C	260.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr15	34542872	rs17236798	C	G	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=11;PP=448;SC=TAGTACCAATCGGAATAGACT;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=34542880;WS=34542862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	34543298	rs11382535	G	GA	608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.90;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
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chr15	34544468	rs2290940	C	T	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	34551082	rs7164902	G	A	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	34610964	rs347867	G	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=55;SC=CCTTGCTGTCGTTTCAGACTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=34610972;WS=34610954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	34628570	rs347836	C	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=439;SC=GGATAAAGAACCCAGTAATGA;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=34628578;WS=34628560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	34634324	rs422388	C	G	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=25;PP=884;SC=TCCAGGAACACAGAATGTATG;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=47;WE=34634332;WS=34634314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	34635029	rs2615357	G	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=3;PP=477;SC=ATTACAGGCGGGAGCCACTGC;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=34635037;WS=34635019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	34635863	rs73376010	G	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=11;PP=404;SC=AAGATTTAAAGTTAGGTCCCT;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=34635871;WS=34635853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	34640054	rs150911418	AAAAAAT	A	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.21;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	34640218	rs374230	C	T	5506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=48;PP=2369;SC=AGTGCCGCCCCGTCTCCATCC;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=121;WE=34640226;WS=34640208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr15	34640378	rs430083	T	C	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=83;PP=2333;SC=TGACAGGGGATGGGGGCCCTT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=65;TCR=83;TR=148;WE=34640386;WS=34640368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr15	34640959	rs371061	G	A	97.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=AGTTTAGGCTGTTTAGGACTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=34640967;WS=34640949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	34643103	rs347796	A	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=6;PP=200;SC=CCGCAGAGAGACTTGTGTGGG;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=34643111;WS=34643093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	34647812	rs78073896	C	T	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	34651587	rs4984236	C	T	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=75;SC=AACTAAAACACCTTGTGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=34651595;WS=34651577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	34654339	.	TTC	T	677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,36:0.25:142
chr15	34655092	rs2339434	T	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=185;SC=GCTCCTTCCCTGGCTCCCACA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=12;WE=34655100;WS=34655082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	34657106	rs13380053	C	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=180;SC=TGCCAACAGTCCCTCCCCACT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=34657114;WS=34657096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	34673722	rs76522922	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.538;NF=11;NR=11;PP=282;ReadPosRankSum=1.141;SC=AGCTGCACGACTGGCTGTGCA;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=22;WE=34673730;WS=34673712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr15	35045057	rs3743123	G	A	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=25;PP=942;SC=TGTAGAAGCGGGAGATGCCTT;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=35045065;WS=35045047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	35045312	rs651724	T	A	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=45;PP=1576;SC=CTAGGAAGACTGTAGAGTAGC;SOR=0.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=82;WE=35045320;WS=35045302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	35082932	.	C	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=178;SC=ACCTCTATTTCATCATTTATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=35082940;WS=35082922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	35149008	rs8035240	C	T	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=19;PP=666;SC=TGGTCTCTTCCGGGGCAGATG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=35149016;WS=35148998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	35168056	rs2290321	C	T	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=159;SC=ATCAGCACACCCAAACTGTAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=35168064;WS=35168046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	35185808	rs71929696	GCA	G	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr15	35185812	rs6495722	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.687;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr15	35185814	rs370012565	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.234;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr15	35189944	rs117298567	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr15	35230934	rs10701045	A	ATAGT	338.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=49;SC=AAAAAAGAAGATACCAGAAAG;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=35230942;WS=35230924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	35252767	rs11636350	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=252;SC=AACCCTATGGGATTTGATACC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=35252775;WS=35252757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	35256624	rs9920529	C	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=15;PP=407;SC=TATCTGAAGGCACTACACAGG;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=35256632;WS=35256614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	35261649	rs7164169	A	G	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=51;PP=2129;SC=CCTCCTCCGGACTCCTAAATC;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=118;WE=35261670;WS=35261639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr15	35261952	rs7164070	C	T	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=182;SC=ATATCCTCAGCCTTCAGAGTC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=35261960;WS=35261942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	35664298	rs3759846	C	G	51.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	35664406	rs141638132	TA	T	155.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.30;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	35674184	rs80019930	T	G	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=110;SC=TGCTCTCTTATCTGGTACTAA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=35674192;WS=35674174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	35703269	rs16960864	G	C	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=42;SC=TATTCCCCTTGGGTAACTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=35703277;WS=35703259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	35834547	rs1020307	T	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	36218920	rs5811877	AT	A	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	36218923	rs71808099	AATT	A	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	36218930	rs1532477	T	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	36218934	rs1532476	T	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	36937405	rs11073191	G	T	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	36937606	.	A	C	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=25;QD=29.8856062736;SC=TGTTTTAAGTATTTTATTCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=36937614;WS=36937596;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	36946153	rs10220771	G	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	36946303	rs3784678	C	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=26;PP=689;SC=GTCTAGGTACCTGAATGGAGT;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=36946311;WS=36946293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	36946441	rs10220785	C	T	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=3;PP=49;SC=ACAATTATAACTACCTTTGGA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=36946449;WS=36946431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	36949952	rs6495863	T	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=421;SC=AATTGACTTATTCTTCAGTGT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=36949960;WS=36949942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	36984409	rs3743338	T	C	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=28;PP=970;SC=AGGTGCGCAATTGACGAGCTT;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=36984417;WS=36984399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	36989329	rs35110312	TA	T	167.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=111;SC=CTGTCTCTATTAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=36989337;WS=36989319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	36989469	rs2381887	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=15;PP=645;SC=TGGTATTAGCGTTTTCCTGCT;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=36989477;WS=36989459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	37026565	rs1037439	A	G	163.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=23;SC=TTCCAGAGGTACTTTATTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=37026573;WS=37026555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	37026600	rs3045912	AT	A	158.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=15.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	37110637	rs1194621	T	C	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=79;SC=ACCACTGCCGTCGGCTCCGGC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=37110645;WS=37110627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	37168502	rs10518914	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	37187197	.	A	AT	43	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=43;QD=34.0;SC=TCAAAGAGGAATTTTTTCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=37187205;WS=37187187;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr15	37242440	rs11293336	GA	G	301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=153;ReadPosRankSum=1.717;SC=ATTTGTTTTAGAAAAAAAAAA;SOR=0.317;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=12;WE=37242449;WS=37242430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr15	37391752	.	C	CT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr15	38229034	.	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.52;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	38230565	rs59125264	TG	T	72.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=35;SC=CTTGAACCACTGGAGTGCTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=38230573;WS=38230555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	38233223	rs1021796	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=79;SC=TTAATTCCTCTATCAGGAGAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=38233231;WS=38233213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	38233869	rs2937991	T	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=486;SC=TTTGATTTCCTAGGTAATGAA;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=38233877;WS=38233859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	38258772	rs2959336	A	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=13;PP=647;SC=AGGCTACAGCAAGAAACCTCA;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=38258780;WS=38258762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	38590722	rs8040553	T	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=111;SC=TAAAAAAAATTAACTTCTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=38590730;WS=38590712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	38617115	rs1879937	C	G	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	38632148	rs7181472	A	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=457;SC=GTAGAAATTGAATGATGTCAT;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=38632156;WS=38632138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	38811399	.	C	T	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	38988760	rs7171233	T	A	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=104;SC=TAGGCCGGGGTACCTCAGCCG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=38988768;WS=38988750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	38988815	rs7165988	C	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	38990803	rs12595568	T	G	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=168;SC=GTGTGGTGTGTAAGATGTTGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=38990811;WS=38990793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	39876062	rs3830465	C	CAT	728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=728;SC=CGTATACACACGTGCGCATAC;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=39876070;WS=39876052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	39876412	rs7170682	C	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=22;PP=625;SC=GCACCCAGCCCGTTAGCATGA;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=39876420;WS=39876402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	39879517	rs2664141	C	T	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	39879717	rs2229364	G	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=472;SC=AGTGTGACAAGAGATGTAAGC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=39879725;WS=39879707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	39880358	rs2228261	C	T	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=21;PP=717;SC=CCCAGATGAACGGGAAACCCT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=39;WE=39880366;WS=39880348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	39880822	rs2292305	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.47;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	39887848	rs3743125	G	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=6;PP=214;SC=TGCTTCAGTTGGGAAGGTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=39887856;WS=39887838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	39910052	rs16969386	C	G	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=27;PP=990;SC=TCTCCCAATGCCAAGAGTCTT;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=39910060;WS=39910042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	39910404	rs12908846	G	A	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=161;SC=TCATCCAGAAGACACTTTAAC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=39910412;WS=39910394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	39910431	rs10152640	A	G	126.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	40018750	.	GCA	G	215	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=215;QD=61.5;SC=AACAGCTTTAGCACACATTAA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=40018764;WS=40018740;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	40018751	.	CACACA	C	457.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	40018756	.	A	ATGT	457.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	40212050	rs80137374	G	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=5;PP=157;SC=CCCGCGGGAGGCTTACCGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=40212058;WS=40212040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	40226294	rs508281	A	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=0;PP=25;SC=CCAGCGTGGAACACCGCCCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=40226302;WS=40226284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	40226495	rs566792	T	C	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr15	40231625	rs524240	A	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=210;SC=AGAACTTTTGATCTAAAATGA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=40231633;WS=40231615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	40254155	rs510949	A	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=454;SC=AGTTAATCACAAAGGAATGGG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=40254163;WS=40254145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	40259504	rs522933	G	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	40259519	rs33911018	C	CT	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.120;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr15	40259848	rs2291627	A	C	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=17;PP=614;SC=CACCGTCAAGATTACGGACTA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=40259856;WS=40259838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	40265799	rs2307105	A	G	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=22;PP=931;SC=TCAGATTCTGAAGGACAAGAT;SOR=0.867;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=53;WE=40265807;WS=40265789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	40269079	rs77645462	G	T	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=31;PP=941;SC=TGCCTCTGATGCGCCCCCTAG;SOR=1.257;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=40269087;WS=40269069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	40269126	rs112695691	T	TTTCC	975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.84;QD=40.66;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	40270214	rs7174071	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=4;PP=130;SC=GTATTTAAAAATGTCCATGTT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=40270222;WS=40270204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	40282625	rs4144472	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=17;PP=473;SC=GACTCAGATGTCTTGATAATC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=40282633;WS=40282615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	40284523	rs7178419	C	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=410;SC=AGGTTTTATTCTACGGCAGAT;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=40284531;WS=40284513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	40284802	rs11070241	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	40284960	.	C	T	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=516;ReadPosRankSum=-0.948;SC=CTCTGTTTTCCTCCACACAGG;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=40284968;WS=40284950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr15	40285120	rs11633992	A	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=152;SC=AGCATTTGGGATTTAGTCCCG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=40285128;WS=40285110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	40291140	rs2412457	C	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=74;SC=CTTAAAATGTCATTAGACTTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=40291148;WS=40291130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	40311212	rs17848496	G	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=236;SC=CTGACAGAGTGCTCACTCTTT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=40311220;WS=40311202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	40322460	rs2307101	C	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	40397936	rs539846	G	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=180;SC=TTTGGGGAGGGAAAGTCCCCT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=40397944;WS=40397926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	40453307	rs2277559	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=3;PP=157;SC=GGAGTCGTGTACGTGCCTTGG;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=40453315;WS=40453297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	40457129	rs3214012	A	C	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=110;SC=AATAATAATTATGTGTCAGTC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=40457137;WS=40457124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	40457431	rs17668261	A	C	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=409;SC=ACCTGTCGTCATTCATCCTAA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=40457439;WS=40457421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	40462780	rs1801389	G	A	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=15;PP=481;SC=AAGGTGGGAAGGAGAGTAATA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=40462788;WS=40462770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	40477831	rs1801376	G	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=8;PP=269;SC=GAGACTGCACGACAGCCAGTT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=40477839;WS=40477821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	40494952	rs2412482	A	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=355;SC=TTTATTCAAAACCACAAAAGC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=40494960;WS=40494942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	40556685	rs7162809	A	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=17;PP=698;SC=ATTTTATAAAAACACACCCCC;SOR=0.752;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=33;WE=40556693;WS=40556675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	40556713	rs12902461	T	C	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=19;PP=745;SC=GCCTGCTCCATAGGGGACTTG;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=40556721;WS=40556703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	40558744	rs748556	G	A	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=23;PP=656;SC=AGTGGGTGTAGGGACACAGGC;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=40558752;WS=40558734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	40565055	rs2253603	G	A	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=26;PP=962;SC=TCAGGCCCCCGCCTGCCCCCA;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=40565063;WS=40565045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	40573675	rs12440450	G	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.32;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	40573716	rs4924446	A	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=138;SC=ACCGAGACAGACAGAGCGTTG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=40573724;WS=40573706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	40581754	.	T	C	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=59;SC=AGACAGCTCATGTGAGGCACC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=40581762;WS=40581744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	40582159	rs71403571	A	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.675;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr15	40582161	.	A	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=0.000;QD=21.58;ReadPosRankSum=0.306;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr15	40582163	rs62021885	A	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.58;QD=43.55;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	40582165	rs62021886	A	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.68;QD=43.55;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	40582167	rs62021887	A	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.68;QD=43.55;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	40582169	rs8036867	A	T	1115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.73;QD=42.91;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	40583093	rs2412506	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=3;PP=313;SC=CAGAGGGAGTACGGGGGGCGG;SOR=2.670;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=11;WE=40583101;WS=40583083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	40583458	rs936209	A	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=650;SC=CACCGCCACGAGCCTTACCTC;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=40583466;WS=40583448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	40583560	rs62021888	G	T	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=19;PP=664;SC=GCCGCGCCCCGCTGCAGCAGC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=40583568;WS=40583550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	40583876	rs9972418	T	G	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=43;PP=1465;SC=GGCTGGGCTGTCAGGTGCTCT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=40583884;WS=40583866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	40590265	rs2305648	C	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=10;PP=467;SC=CATATAACTGCATGGCCGCCA;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=40590273;WS=40590255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	40593939	rs2305647	C	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=21;PP=546;SC=GTAGGGGATACAGACAAACCT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=40593947;WS=40593929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	40595414	rs1869902	G	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=8;PP=389;SC=CTTCCCACCCGCACAGGGACC;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=40595422;WS=40595404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	40595565	rs2305645	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=578;SC=CTCCTGGGGGCAGGGTGCGGA;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=40595573;WS=40595555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	40703609	rs4924466	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=243;SC=CATTATCAGGATAATGGAGCA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=40703617;WS=40703599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	40716408	rs28429209	C	A	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=31;PP=962;SC=CAGTGGCTCCCAGCACCTGTA;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=40716416;WS=40716398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr15	40820805	rs7164166	A	G	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	40824710	rs8029208	T	C	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=79;SC=TTCACAGCTGTTCACCATGAG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=40824718;WS=40824700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	40849680	rs8029384	C	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=23;SC=ATGAGGACATCCACACTCCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=40849688;WS=40849670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	40855210	rs10152546	T	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr15	40862064	rs1058734	C	T	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	40898643	rs7177192	G	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=166;SC=GGGAATGAAAGAGTTCAGGTA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=40898651;WS=40898633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	40903684	rs12911738	A	G	74.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=52;SC=AGAAACAGAAACAGGAGAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=40903692;WS=40903674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	40907698	rs11427985	T	TG	37.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	40913840	rs2412541	G	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=16;PP=553;SC=CAGTAATTATGCTAAAATGTA;SOR=1.022;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=27;WE=40913848;WS=40913830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	40915190	rs8040502	A	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=14;PP=554;SC=ATATACATGTAGGCAGGATGA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=40915198;WS=40915180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	40916237	rs17747633	A	G	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=37;PP=1319;SC=GGTCATAGGGAAAGTTGTAGA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=40916245;WS=40916227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	40937727	rs6492959	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=207;SC=TAGACAATTACATGGAATTAA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=40937735;WS=40937717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	40939448	rs8041095	G	A	62.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=41;SC=CAAGCCGGGCGGATCACCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=40939456;WS=40939438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	40998305	rs45592734	T	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=122;SC=TTATATATATTTTTTTGCCAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=40998313;WS=40998295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	41101296	.	C	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=19;PP=611;SC=AGGGGGATCTCCCGCTTCATG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=41101304;WS=41101286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	41146880	rs8028552	T	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=25;PP=714;SC=ATTTCCCCAGTGACAAAGGTG;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=41146888;WS=41146870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	41148911	.	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=227;SC=GATTGGGGGTGGGTGTCAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=41148919;WS=41148901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	41193274	rs9806730	T	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=16;PP=313;SC=GCTTTAGATGTGGAAGGGCTT;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=41193282;WS=41193264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	41193316	rs9806683	C	T	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=7;PP=163;SC=GCTGGCTTCCCTTGCAGAGAG;SOR=1.863;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=41193324;WS=41193306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	41223640	.	C	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=77;SC=CATTGGCCAGCCGTCACTGGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=41223648;WS=41223637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	41224280	rs3212279	G	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=9;PP=382;SC=GCCCAGGAGAGCTAGGGGATC;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=23;WE=41224288;WS=41224270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	41245676	rs11557249	G	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=7;PP=449;SC=CTCAGCTGGAGCTACCGAGCG;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=41245684;WS=41245666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	41246237	rs3033592	A	ATC	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	41276158	rs11855248	G	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=154;SC=GACCCCCTGTGCTCACCGCCC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=41276166;WS=41276148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	41297711	.	T	TAAA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr15	41313064	rs3214068	C	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=241;SC=CTTGCCAAAGCGAGGAACACA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=41313072;WS=41313054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	41315591	rs72527311	A	AAT	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=616;SC=TTTAAAAAGTAAGTCTAGACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=41315599;WS=41315581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	41339481	rs11070320	C	T	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=100;SC=TTATTCTTAACAAAAGAAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=41339489;WS=41339471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	41346092	rs2899010	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=3;PP=190;SC=TTGGTGCCTATTGAGGCTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=41346100;WS=41346082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	41347658	rs2306083	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=GTATTAGTGTGTAAGTGCCTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=41347666;WS=41347648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	41350764	.	TGTGC	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=2.515;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr15	41350774	.	T	C	182.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.23;ReadPosRankSum=2.287;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,8:0.80:10
chr15	41371772	.	C	CAAA	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.4995;HP=16;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=57.15;NF=2;NR=0;PP=24;QD=13.5;SC=GCATCTCTACCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=2;WE=41371780;WS=41371762;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr15	41373029	.	T	C	45	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=45;QD=26.5904041824;SC=CCAGCCTGGGTGGCTGAGACT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=41373037;WS=41373020;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	41476101	rs521088	T	C	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	41476465	rs690733	G	A	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=15;PP=465;SC=AATCCTCACTGGTTTCCCCTT;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=41476473;WS=41476455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	41483631	rs11371504	T	TA	1299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=3;PP=1009;SC=GGACATCCTTTACACCCACCT;SOR=3.180;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=41483644;WS=41483621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	41483636	rs2412609	C	T	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=3;PP=711;SC=TCCTTTACACCCACCTGAATT;SOR=3.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=28;WE=41483644;WS=41483621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	41487934	rs28382348	G	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=399;SC=TACAGGAGCTGTATATACTGG;SOR=1.681;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=20;WE=41487942;WS=41487924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	41508184	.	C	T	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	41509288	rs7173086	T	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=528;SC=AAATTATTCCTTCTTACCTAA;SOR=2.226;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=25;WE=41509296;WS=41509278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	41570909	rs11630656	T	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=10;PP=513;SC=TTAATCTTAGTAAAGAGTCCC;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=41570917;WS=41570899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	41605632	rs8032838	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=100;SC=TCTAAAGAAAGTATGTGTCAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=41605640;WS=41605622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	41605653	rs8032846	G	C	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=3;PP=49;SC=AAAAAGCCTGGCTTCTTAATG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=41605661;WS=41605643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	41624397	rs28492932	G	C	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=23;PP=1116;SC=ACACCCTCTCGGGCTAGCCTC;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=41624405;WS=41624387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	41634587	rs7178634	AC	GA	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=5;PP=395;SC=CTTGCAGGCAACCAAGTTGTT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=41634596;WS=41634577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	41663896	rs13379756	A	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.44;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	41672384	rs7168431	A	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=9;PP=218;SC=CTGAAGATTAATAATTTTTTA;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=41672392;WS=41672374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	41689166	rs3204853	C	A	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	41689232	rs1899	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=7;PP=229;SC=ATAAGTACCACGCAGCAATTT;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=41689240;WS=41689222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	41750096	rs11313160	TC	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=116;SC=CTCGTCGTTGTCCCCCCCCCG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=41750107;WS=41750086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	41750099	.	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=54;SC=GTCGTTGTCCCCCCCCCGCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=41750107;WS=41750086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	41766966	rs167581	G	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=153;SC=GGGGGCTGCTGTTCTCTCTGT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=41766974;WS=41766956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	41772693	rs316607	G	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=226;SC=CAGGGCCACAGTCAGGAGGCT;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=41772701;WS=41772683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	41794454	rs1757457	C	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=356;SC=CGCTGTCTTTCCCGATCCCCC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=41794462;WS=41794444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	41795900	rs316617	T	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=343;SC=AGATGAAGGATGCTCATAATG;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=41795908;WS=41795890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	41796498	rs316618	T	A	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=25;PP=1309;SC=CCCTCCCTCCTGACCCACAAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=41796506;WS=41796488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	41796901	rs170296	G	T	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=46;PP=1545;SC=CACATGAGGTGGCTGGAAAGG;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=90;WE=41796909;WS=41796891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	41799079	rs316622	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=250;SC=TGAGCCACCACGCCCAGCTGA;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=41799087;WS=41799069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	41799711	rs4924549	C	T	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=30;PP=1306;SC=TCCCAGCTCACTGGAGAGGAG;SOR=0.956;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=73;WE=41799719;WS=41799701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	41803580	.	G	A	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=21;PP=816;SC=GCAGCCACACGGGGAGCACGC;SOR=0.719;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=40;WE=41803588;WS=41803570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	41803601	.	C	T	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=16;PP=730;SC=CCGCCTCTCCCCGCGGCCCGC;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=41803609;WS=41803591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	41803914	rs2254078	A	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=8;PP=236;SC=AGCCCAGCGCAGGGATAGGGG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=41803922;WS=41803904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	41805115	rs2253936	G	A	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=19;PP=669;SC=TCGAGCCCCTGGCTGGGCCAG;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=41805123;WS=41805105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	41814172	rs2289740	G	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=5;PP=221;SC=CTGAAGGGCAGAGGTCCAGGG;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=41814180;WS=41814162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	41815516	rs8027526	G	C	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=32;PP=1019;SC=GACAGGCGCTGCATGTCCTGG;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=41815524;WS=41815506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	41819322	rs2297380	C	T	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=20;PP=802;SC=AAGACAAGGCCCAGCTAGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=40;WE=41819330;WS=41819312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	41819367	rs11630901	T	C	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=23;PP=925;SC=TTTCTCACCCTTGTGGCTGAT;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=41819375;WS=41819357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	41819998	rs11070334	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=CCATGCCCAGGAACAGGAATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=41820006;WS=41819988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	41827243	rs7181115	A	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=193;SC=ATAGACCCAAACTTTCCTCAG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=41827251;WS=41827233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	41829230	rs721772	A	G	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=29;PP=1028;SC=TTCTTCACCAACTGCACTGCT;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=56;WE=41829238;WS=41829220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	41857216	rs11639399	G	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=365;SC=CTGAGTCCCCGTCCACAGCAC;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=41857224;WS=41857209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	41860411	rs7171675	G	A	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=45;SC=CTCTTTGGCTGCAGCCCCAGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=41860419;WS=41860409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	41860490	rs12148316	T	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=360;SC=GAAGAAGTGATCCCCGAGGCC;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=41860498;WS=41860480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	41863181	rs8024626	G	A	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=10;PP=481;SC=TGGGAGGAAGGTTGGCAGGGA;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=41863189;WS=41863171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	41991315	rs2178004	A	T	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	42026764	rs1918314	C	T	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	42041712	rs2695163	G	A	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=30;PP=1200;SC=TTCAGATGAAGAGAGAATCTC;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=58;WE=42041720;WS=42041702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	42046568	rs2695164	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=84;SC=AGGGGAACAAACATTTGAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=42046576;WS=42046558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	42059521	rs2605570	A	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=212;SC=GAGGGGAAATAGATCTCACCT;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=42059529;WS=42059511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	42103822	rs1197672	C	T	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=21;PP=714;SC=TCTGTCCTGGCGGCGTAGTCT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=42103830;WS=42103812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	42105918	rs1201689	C	G	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=35;PP=1044;SC=CCTGCACTTCCTTAGCACCTT;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=42105926;WS=42105908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	42109223	rs1197689	T	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=472;SC=TCACTGCTGTTAAGTTTGCAG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=42109231;WS=42109213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	42114414	rs2303517	C	T	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=17;PP=548;SC=CTCCCCTCCCCACACCCAGAC;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=30;WE=42114422;WS=42114404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	42115019	rs34055060	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=359;SC=TTTCCCCAGCCCTATCTGGCT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=42115027;WS=42115014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	42115426	rs1197688	A	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=657;SC=ACAGGGTGAGAAGCCTGATGG;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=42115434;WS=42115416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	42120437	rs13380315	C	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=181;SC=GGGAGGGGCCCTGGGATGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=42120445;WS=42120427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	42132896	rs1122884	C	T	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=36;PP=1375;SC=CCCACATCCTCGCCAGCCACT;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=42132904;WS=42132886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	42133885	rs1648837	TG	CA	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=18;PP=1425;SC=CTCGGGGGACTGTGGTGGGGG;SOR=0.850;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=32;WE=42133894;WS=42133875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	42134301	rs1648835	A	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=348;SC=CCCTCCCATAACTCTATGGCT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=42134309;WS=42134291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	42134371	rs1648834	G	C	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	42134523	rs1648833	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=447;SC=GGGGCTGGGACCCAGGCCACA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=42134531;WS=42134513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	42134652	rs1672464	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.46;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42134839	rs1672465	T	C	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	42134930	rs1648832	G	T	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=62;SC=TTGCGCTCGAGGGGGCACGAA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=42134938;WS=42134920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	42135988	rs1672466	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=12;PP=356;SC=TGCAGCTGGACGGAGACCTGC;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=22;WE=42135996;WS=42135978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	42137282	rs1648829	G	A	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=21;PP=922;SC=CGGGGGCTGCGGCCTGGGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=42137290;WS=42137272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	42137576	rs1648828	C	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	42137581	rs1648827	A	C	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.07;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	42137821	rs41277692	G	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=8;PP=368;SC=AGGCTGAGGCGTGGACTCCTC;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=42137829;WS=42137811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	42138321	rs1197670	A	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=14;PP=899;SC=GGGGGTTCACACCTCTTCCCC;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=42138329;WS=42138311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	42138456	rs1197669	G	A	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	42139038	rs890508	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=22;PP=682;SC=TTCCAGGTTGGGAAGGGTGGG;SOR=1.206;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=35;WE=42139046;WS=42139028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	42139390	rs3214531	GT	G	201.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=147;SC=GGTGTGGAGAGTTTTTTTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=42139398;WS=42139380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	42143145	rs58422701	C	CCA	7370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=46;PP=1927;SC=AGCCTGGCACCCACAGTCACA;SOR=0.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=65;WE=42143153;WS=42143135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr15	42143533	rs1197665	T	G	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=33;PP=928;SC=GCCCTGCAAGTTCCCGCGGCA;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=42143541;WS=42143523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	42143696	.	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=105;SC=TCCCAATGGGGAAAGGGAAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=42143704;WS=42143686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	42144332	rs1197662	T	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	42144967	.	TG	T	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.652;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.659;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.062;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr15	42146189	rs62002122	C	T	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	42147206	rs1648826	T	C	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=13;PP=394;SC=CAGGGTCACTTGAGATGGTAT;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=42147214;WS=42147196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	42147639	rs2305655	A	C	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=18;PP=667;SC=GTGGGAAGAGAGCGACAGTCT;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=42147647;WS=42147629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	42147663	rs1672467	G	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=16;PP=588;SC=CTGCAGCCCTGCCTTTCCAGG;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=42147671;WS=42147653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	42149472	rs1456235	T	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=369;SC=TTCCACATCTTGGGCAAGGCA;SOR=1.255;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=20;WE=42149480;WS=42149462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	42149506	rs12442525	G	C	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=504;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ACAAAGGCCTGGGCCTGGCCC;SOR=0.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=33;WE=42149514;WS=42149496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr15	42154867	.	G	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=350;SC=GACTGCGGGGGAAGCCGGGGT;SOR=1.220;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=42154875;WS=42154857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	42155812	rs2278966	G	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=3;PP=147;SC=GGCCAGTGAGGGGGGAGACGC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=42155820;WS=42155802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	42156321	rs1197657	T	C	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=173;SC=CCCCGGAGCATGAGGAACTGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=42156329;WS=42156311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	42159623	rs8032462	T	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.21;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	42166500	rs12593397	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	42170499	rs1201690	T	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.43;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	42170506	rs747780	C	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.41;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	42171537	rs1197683	A	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	42171877	rs1197685	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=120;SC=AGTCAGGCCCAGGCTGGGCAC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=42171885;WS=42171867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	42175104	rs1197691	G	C	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=110;SC=GAGAAAACTGGCAGGCCAACA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=42175112;WS=42175103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	42175507	rs1197692	T	C	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=24;PP=1080;SC=GTCCCCCACCTTGCTGTGTTT;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=42175515;WS=42175497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	42178155	rs1210795	T	C	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=28;PP=935;SC=GGCTGCCTTGTGCTGGAAGCG;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=42178163;WS=42178145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	42185439	rs1672459	C	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=360;SC=AGCTGGGGGCCTGGTATGGGT;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=19;WE=42185447;WS=42185429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	42187661	rs1704380	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=646;SC=TCCTTTCCCATTCTCCATCAT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=42187669;WS=42187651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	42235173	rs11631075	G	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=5;PP=434;SC=CCTGGAGGACGGATAGAATAA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=42235181;WS=42235163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	42287578	rs1668586	G	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=526;SC=CTGATAGACCGGTGATGTAGC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=42287586;WS=42287568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	42289522	rs1704357	C	T	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=178;SC=GACACAGCTTCAGGGTCCATT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=42289530;WS=42289512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	42292532	rs1668557	T	C	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=167;SC=ACTACCCACCTGCAACTTGGT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=42292540;WS=42292522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	42297092	rs2598464	G	A	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=7;PP=511;SC=GAAGCTACTTGATGGCCAGGA;SOR=1.345;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=42297100;WS=42297082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	42298133	rs1704366	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=85;SC=GGAATCAGCAACAGCTATGAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=42298141;WS=42298123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	42302590	rs1668568	A	G	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=208;SC=AGATAAAGAAATATTCCTGGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=42302598;WS=42302580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	42305769	rs75965569	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	42305770	rs76383211	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	42305773	rs62004282	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	42305852	rs10625152	A	AGAG	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=660;SC=TCCGGTAAGCAGAGAAGGAGA;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=42305860;WS=42305842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	42305998	rs1668565	T	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.16;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42306015	rs1668564	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=7;PP=143;SC=CCATTGCCCCGGGGGAGACTT;SOR=0.941;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=11;WE=42306023;WS=42306005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	42311454	rs2724935	T	G	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	42362821	rs2459692	C	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=160;SC=TTCGGGACCCCGGCGGTGTGG;SOR=2.147;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=42362829;WS=42362811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	42363769	rs1668589	A	G	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	42363815	.	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	42364652	rs1668587	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	42373432	rs600415	C	T	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=46;SC=GGGAAGGGACCGCATAGTTGG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=42373440;WS=42373422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	42377744	rs605253	C	G	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=15;PP=524;SC=AATCAGAGAGCATGAGCAAGT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=42377752;WS=42377734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	42379803	.	G	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=14;PP=779;SC=GCTCCCGACAGAGCGCACAGG;SOR=1.067;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=42379811;WS=42379793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	42386474	.	C	T	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	42433802	rs2280248	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=14;PP=529;SC=CTGGCTTCTCAGTGCCCTCAG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=29;WE=42433810;WS=42433792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	42434505	rs654527	C	A	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=79;SC=GGCTGGCTCCCTGCGGGCCCT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=42434513;WS=42434495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	42434837	rs1356410	T	C	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=27;PP=835;SC=GCCTCCTCCATGTCCTCAGGG;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=42434845;WS=42434827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	42436599	rs636535	T	C	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=70;SC=GAGCCAGAGGTGCAGGCAGGA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=42436607;WS=42436589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	42437711	rs621560	T	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=390;SC=ATTCTTCTTGTCTCTGCCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=42437719;WS=42437701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	42439376	rs4923929	G	A	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	42503953	.	G	GA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.715;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr15	42519136	rs1678988	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=156;SC=GTACAACATTTATACACATTA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=42519144;WS=42519126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	42520760	rs1678987	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=264;SC=TTAAAAACCACAGATCCTTCT;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=42520768;WS=42520750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	42520829	rs1712417	T	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	42523341	rs56119841	T	TC	1757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=1046;SC=GAAACCCATCTCAAGGGGAGA;SOR=0.900;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=23;WE=42523349;WS=42523331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	42524065	rs1630294	T	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=11;PP=565;SC=CAGGCGTCAATTGCTGAGAGG;SOR=1.036;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=42524073;WS=42524055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	42524165	rs1712420	C	T	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=402;SC=GTTAAAGTTGCTAGAAGTCTA;SOR=1.040;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=42524173;WS=42524155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	42528676	rs1679012	C	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=25;PP=696;SC=AGGCCAGATGCCAATACTAGA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=42528684;WS=42528666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	42529892	.	C	CTTT	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.605;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr15	42531768	rs11070363	C	T	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=3;PP=118;SC=CTGAATTGCACAGGAACAATT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=42531776;WS=42531758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	42553218	rs5812215	AT	A	64.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr15	42560312	rs2412681	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=231;SC=ATATCCTATTCATTTCGTACC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=42560320;WS=42560302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	42564369	rs4244587	CA	TG	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	42564902	rs7181758	A	C	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=76;SC=CTATTTCTTCAATTTTAACCA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=42564910;WS=42564893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	42568547	rs8043515	C	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=127;SC=TTTATTTAGTCTTGAAGATGA;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=42568555;WS=42568537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	42568630	rs8023678	G	A	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=3;PP=41;SC=AAATATAGTAGCTAGATCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=42568638;WS=42568620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	42570201	rs12916523	A	G	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=21.34;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	42570433	rs8024390	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=TCAAGAAAGACAAGATGTCAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=42570441;WS=42570423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	42570718	rs8024732	A	G	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=27;PP=1116;SC=TCCACCTATCAGGCATTATTG;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=73;WE=42570726;WS=42570708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	42575963	rs2412689	A	G	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=35;PP=1452;SC=CTCAGCAGATAAGGCACAACT;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=42575984;WS=42575953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	42579822	rs11070371	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.46;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42579948	rs8037627	T	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=22;PP=721;SC=TTAAAATTAATGAAGAGACTC;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=48;WE=42579956;WS=42579938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	42580106	rs8036596	A	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	42584909	rs4923939	C	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=23;PP=1031;SC=CAGCTTGTTTCTCTCTTCCTG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=42584917;WS=42584899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	42603083	rs2412694	C	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	42606094	rs7173358	A	G	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=168;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=54;SC=AGGCTGCAGTAAGCACTGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=42606102;WS=42606084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	42606153	rs141877658	A	AAACAACAACAAC	424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=70.79;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	42606161	rs11637731	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=39.43;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	42619508	rs1659215	C	T	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	42622968	rs71108160	CTT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.842;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr15	42694944	rs2241827	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	42701688	rs3115883	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=185;SC=CTTTGGACTTTGGTGGAGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=42701696;WS=42701678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	42703406	rs3115884	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=226;SC=ACTGGGCACATGGTCCTCTGA;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=42703414;WS=42703396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	42704105	rs3098423	C	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=18;PP=430;SC=ATCAGTCATGCTCCTCCTCCA;SOR=1.000;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=42704113;WS=42704095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	42730743	.	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	42758159	rs2244773	T	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=127;SC=ACATTTGCTTTTGACGGATTA;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=42758167;WS=42758149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	42764519	rs7177521	G	C	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=27;PP=821;SC=CAACGTCACAGCTGCAATGAG;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=42764527;WS=42764509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	42805000	rs4573906	G	A	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=21;SC=CTCCTGCCTCGGCCTCCCAAA;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=42805008;WS=42804990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	42820451	rs9302112	C	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=202;SC=ACTCCTGACTCTTATATAGAA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=42820459;WS=42820441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	42851464	rs11070374	C	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=3;PP=127;SC=GCTGGGATTACAGGAGTGAGC;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=42851472;WS=42851454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	42855940	.	C	T	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=6;PP=254;SC=TTTTCTTTCTCTTTCAGATAT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=42855948;WS=42855930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	42930891	rs1197550	A	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=183;SC=TTTCTACTTAACTCTAGTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=42930899;WS=42930881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	42976440	rs79365604	G	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=37;PP=1280;SC=CAAGGACAGGGTGCCTCCGCA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=42976448;WS=42976430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	43025399	rs74586882	C	T	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=56;PP=1744;SC=CGCATAAGAACGCCTGATCAG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=43025407;WS=43025389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	43025476	rs34650750	C	CT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr15	43075531	rs9920092	C	T	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	43170690	rs10650948	T	TAC	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=451;ReadPosRankSum=-1.643;SC=CCGATATGTATACACACACAC;SOR=2.245;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=10;WE=43170698;WS=43170680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr15	43170898	.	C	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=433;ReadPosRankSum=-0.890;SC=ACAACAACAACAAAAAATAGT;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=19;WE=43170906;WS=43170888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr15	43244699	rs2277532	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=15;PP=372;SC=AACAAAACAAATAAGTACCAT;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=43244707;WS=43244689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	43250212	rs78948790	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=9;PP=213;SC=TCTCCTTACCTGAAATGAGAA;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=43250220;WS=43250202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	43256121	rs2054389	T	C	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=71;SC=CAATATTTTATCCCCATAGTA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=43256129;WS=43256111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	43322113	rs3736054	C	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=4;PP=144;SC=TCTTGAGGTACATAGAGATAA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=43322121;WS=43322103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	43324942	rs6493077	C	T	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.91;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	43328663	rs3784265	C	T	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	43330175	rs7166596	A	T	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=29;PP=722;SC=TTCTCACGTGAAAAATGGAAG;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=43330183;WS=43330165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	43352041	rs4924704	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=9;PP=244;SC=TGAAGGGAACGAACCAAAAAA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=43352049;WS=43352031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	43398108	rs68062403	A	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=14;PP=588;SC=GACCGGGGGGAGGACAAAAGA;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=28;WE=43398116;WS=43398098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	43441128	rs137857930	T	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=17;PP=826;SC=TTTTTTTATTTTGCTGTTACC;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=43441136;WS=43441118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	43478113	rs540587	G	C	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	43478511	rs530118	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=14;PP=421;SC=ACCTTTTGCACGCACGCCAGG;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=43478519;WS=43478501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	43481299	rs6493079	A	G	56.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=1.645;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr15	43483537	rs495286	T	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=186;SC=ATAATAGGCCTCGCCTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=43483545;WS=43483527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	43489419	.	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	43502405	.	C	T	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=465;SC=TAGGAACTGTCCCCACACCCT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=43502413;WS=43502395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	43527236	rs579178	A	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=207;SC=CAAGTACCAAATCCCAGGGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=43527244;WS=43527226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	43532918	.	G	A	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=0;PP=157;SC=GGGTGGGTGGGGGAGGGTGAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=43532926;WS=43532908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	43545210	.	A	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=414;SC=GCCTTGGAAGACCCATGGGCC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=43545218;WS=43545200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	43568999	rs530683	C	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=4;PP=283;SC=GGTCCTGTGACGCCATGGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=43569007;WS=43568989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	43635340	.	C	T	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=130;SC=CTGTTTTGATCATGGGTGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=43635348;WS=43635330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	43701946	rs56813954	TA	T	188.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr15	43784000	rs555252	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=708;SC=ACCAACAAACCTTAATACAAA;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=43784008;WS=43783990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	43814013	.	C	T	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=34;PP=1304;SC=AGGAGCAGTCCCAGGGCTCTA;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=66;WE=43814021;WS=43814003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	43903198	.	TTG	T	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=7.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=-1.718;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr15	43927623	rs375933133	CA	C	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.634;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr15	43941125	rs2470122	G	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=12;PP=314;SC=CCCGCCCGCCGGACGAAGGCG;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=43941133;WS=43941115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	43989597	rs17728253	A	G	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=31;PP=914;SC=GGTCTTTGTGATCATCACTCT;SOR=1.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=46;WE=43989605;WS=43989587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	43992494	.	C	T	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.56;QD=23.20;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	44002670	.	TTG	T	259	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=19;MQ=52.34;NF=1;NR=11;PP=259;QD=21.8333333333;SC=TGAGAATTGGTTGTGTGTGTG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=12;WE=44002681;WS=44002660;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:29,12:0.29:41
chr15	44028569	rs56181031	G	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.42;QD=29.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	44038899	rs2411284	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	44053617	rs8040336	C	T	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	44061802	rs1053492	C	T	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=22;PP=988;SC=GGTGTGGTCACTGTAAGAACC;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=44061810;WS=44061792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	44062874	rs7181912	A	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	44068160	rs3844075	C	G	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=18;PP=916;SC=AGGGTGGAGACCTCTTAAGCA;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=44068168;WS=44068150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	44084705	rs4644832	G	A	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=63;PP=2121;SC=CGCGCTCTGTGGCCACCCTCA;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=107;WE=44084713;WS=44084695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	44090854	rs654276	T	C	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=139;SC=TGAGAGGGGGTTGGGACAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=44090862;WS=44090844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	44091351	rs656473	A	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=11;PP=318;SC=AGTGTGTGTGAGAGAAATGGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=44091359;WS=44091341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	44120559	rs678084	T	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=24;PP=731;SC=TACCACACCATCCCTGGTAAG;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=44120567;WS=44120549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	44165558	rs141704011	T	TAAAC	454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=281;SC=AACAAAAAACTAAACAGTCCC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=44165566;WS=44165548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	44181042	.	C	T	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=23;PP=706;SC=AAAGTCTTTCCTTCAAATTTC;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=44181050;WS=44181032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	44751367	.	T	A	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=12;PP=366;SC=TTGTCTTCAATTAAAAAATTT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=44751375;WS=44751357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	44778936	rs2453275	T	A	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=290;SC=GGATTTTTTTTAAAAAAATGC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=44778944;WS=44778926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	44794330	rs144086133	C	CTT	218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=31.25;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	44903285	rs12909507	C	A	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	44943757	rs3759871	A	G	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=25;PP=1089;SC=GCCAAGGGAAAAACACTGCAT;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=53;WE=44943765;WS=44943747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr15	44951174	rs7165146	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=276;SC=AACTAACCACACTTCCTATAT;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=44951182;WS=44951164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	44966389	rs8026845	T	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	45028801	.	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=222;SC=GAGCCCATTCCTTGAAAACTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=45028809;WS=45028791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	45028919	rs11388295	C	CT	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=1.269;QD=10.80;ReadPosRankSum=-1.121;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr15	45047134	rs2470911	G	A	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=42;PP=1685;SC=CGATCCAGGCGACTATGTTGA;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=45047142;WS=45047124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr15	45047573	rs3100139	C	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=100;SC=CATTTCTTCACGGTGGGTGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=45047581;WS=45047563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	45048757	rs3759881	T	A	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	45059390	rs6493127	C	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=281;SC=GTTTACCCCCCTTTCTCCCAT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=45059398;WS=45059380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	45060014	rs3100143	A	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=297;SC=TTAAAGAGGTATTGAAATATT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=45060022;WS=45060004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	45119169	.	G	A	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.22;NF=5;NR=4;PP=129;SC=ATTCAAAAGAGAAAGTTCTGC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=45119177;WS=45119159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	45250755	rs373082	CA	TG	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	45353230	rs2854446	C	T	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=23;PP=1539;SC=TGCTCCCACCCTCGGACATGG;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=45353238;WS=45353220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	45357410	rs2854437	T	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=284;SC=GCATATATAATACTATTGTTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=45357418;WS=45357400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	45361011	rs28662287	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=274;SC=TTCTTTTCTTCCTAATGAGTC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=45361019;WS=45361001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	45387550	rs199138	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=677;SC=TGGAGCCAGGAGCTTTCTCTC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=45387558;WS=45387540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	45388382	rs2554451	C	T	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=67;SC=TCTGAGCAAGCGGGGCTCCTG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=45388390;WS=45388372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	45391437	.	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.84;MQRankSum=-1.655;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr15	45391566	rs269869	A	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=11;PP=397;SC=AGGAGAAACCATCCCCAGAAC;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=45391574;WS=45391556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	45392075	rs269868	G	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=16;PP=546;SC=CGAGGGTGGCGAGGCAAAGCC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=45392083;WS=45392065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	45392141	.	G	A	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=8;PP=487;SC=CCAAGGTCCCGAGCCCTGGGC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=45392149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	45398965	rs269862	G	T	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=323;SC=CAAATAGCCAGCCCCTCAGGC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=45398973;WS=45398955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	45399467	rs190599	A	G	6833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=71;PP=2965;SC=GACAGCACCAAGTGATTCCCC;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=163;WE=45399475;WS=45399457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
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chr15	45404979	rs182090	T	G	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	45405463	rs269856	G	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr15	45408691	rs2576091	C	G	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr15	45408710	rs2554459	A	G	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=17;PP=754;SC=GCCTCACCCCACAGGGACCCC;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=45408718;WS=45408681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	45408933	rs2576092	T	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	45408941	.	G	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	45409271	rs955152	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=299;SC=CACAGCGGGTCCCCCCACTCC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=45409279;WS=45409261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	45424286	rs1706810	C	G	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=140;SC=TCTGGGCTCCCCCAAGGACAG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=45424294;WS=45424276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	45428712	rs72724253	C	T	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=7;PP=294;SC=GTCCTCTCTTCTCCTATTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=45428720;WS=45428702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	45433646	rs1648283	T	G	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=26;PP=722;SC=GTGGTGGGTCTGGAGCCTCGT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=45433654;WS=45433636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	45439910	rs938129	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=15;PP=379;SC=TCTGTTGGAGATGGGGAAGCC;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=45439918;WS=45439900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	45444518	rs1706804	A	G	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=33;PP=1341;SC=CGGGCATCACAGACACCACCC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=79;WE=45444526;WS=45444508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	45445499	rs1648304	G	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=2;PP=214;SC=CTCTGGCCAGGGTCCTCGATC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=45445507;WS=45445489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	45445691	.	AATGTGTGTGTGTGT	AGTGTGTGTGTGT,A	1709.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.44;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5455;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=22;PP=396;SC=AGTAAGTGCGAATGTGTGTGT;SOR=1.007;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=23;WE=45445716;WS=45445681;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:49
chr15	45445730	.	GTGTGTGTGTGTGTGTA	G	62.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.48;MQRankSum=2.493;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr15	45445734	.	GTGTGTGTGTGTA	G	272.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.48;MQRankSum=-2.239;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr15	45445746	.	A	G	149	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=158;MMLQ=27;MQ=60.57;NF=4;NR=14;PP=149;QD=10.2095118082;SC=GTGTGTGTGTATAATGGGGAG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=45445754;WS=45445736;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	45446084	rs11306605	CA	C	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=9.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.727;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr15	45446156	rs2458236	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=17;PP=645;SC=CAGGTCTGAGCTCCCCCAGAA;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=35;WE=45446164;WS=45446146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	45454720	rs1706811	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.12;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	45467540	rs1632144	C	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=9;PP=348;SC=TCACCTTCCGCGGTGGCCCCA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=45467548;WS=45467530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	45544319	rs2899376	T	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	45545378	rs17215668	GC	G	272.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=169;SC=TTCAGGCTTGGCCCTGAATTT;SOR=2.093;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=45545386;WS=45545368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	45545478	rs11854484	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=12;PP=553;SC=ACAGTGAACCCGGGGCTGGAG;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=45545486;WS=45545468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	45554267	rs1060896	C	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=17;PP=508;SC=CACACGCCAGCTTGTTCAAGA;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=45554275;WS=45554257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	45556829	rs11631021	A	G	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=81;SC=ACTCACATTGAAATAATATTC;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=45556837;WS=45556819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	45557456	rs11632419	C	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=424;SC=AGATCAGCGCCCCTGTATACC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=20;WE=45557476;WS=45557446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	45557468	rs2271438	A	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=423;SC=CTGTATACCAATTTGACCCTA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=45557476;WS=45557446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	45561868	rs2413769	C	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=77;SC=ACTACAAAGCCAGCAGAACAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=45561876;WS=45561858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	45777344	rs1153829	T	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=15;PP=561;SC=AGGCAGGAGTTCCCAAAATAC;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=45777352;WS=45777334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	45779810	rs2453531	G	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=9;PP=285;SC=TACAGATGGGGTCAGCAATCT;SOR=0.811;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=45779818;WS=45779800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	45962041	rs11638918	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=373;SC=CTTAGACCACATGGAACCACA;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=45962049;WS=45962031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	45968535	rs12914266	A	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=8;PP=203;SC=AGCTGTCAGCATGAAGCGTTG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=45968543;WS=45968525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	45974536	rs62008308	G	A	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=41;SC=TGGAGAGGGCGTGGACTGGTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=45974544;WS=45974532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	45974593	rs62008309	A	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	45981117	rs2304897	C	T	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=73;SC=GTACAAAAAGCTAGAATATAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=45981125;WS=45981107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	45981317	rs10643	G	A	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=21;PP=752;SC=AAGCAGAGCCGCTAGAAACCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=43;WE=45981325;WS=45981307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	47873549	rs4775699	C	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=10;PP=339;SC=GGCAGAACTACATATAAACAA;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=47873557;WS=47873539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	47873605	rs4774498	T	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.84;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	48053229	rs501916	C	A	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=22;PP=1044;SC=AAGTAATACCCAACAAGGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=48053237;WS=48053219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	48053334	rs599111	G	T	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=39;PP=1310;SC=AAACTGCTTTGGTTTTGCTTG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=79;WE=48053342;WS=48053324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	48055119	rs3743276	T	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=185;SC=TTGAATGTAATTGTGCAACAT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=48055127;WS=48055112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	48056735	rs565627	A	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=399;SC=CTCCTTCCTCACTTGACCTCT;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=48056743;WS=48056725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	48056958	rs3743281	C	T	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=35;PP=1310;SC=CACCCATTGCCGATGAGCCCT;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=48056966;WS=48056948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	48058214	rs531596	C	T	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=31;PP=1236;SC=AAAGTAAGCTCGTGTTTCTTT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=67;WE=48058222;WS=48058204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr15	48058259	rs616871	T	A	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=29;PP=973;SC=GAAACCTTTGTTGATGAGAAA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=48058267;WS=48058249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	48058484	rs528882	G	T	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=137;SC=CTTTTTTTTTGTTGTTATGGG;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=48058492;WS=48058474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	48058652	rs472081	G	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=73;SC=GTTTTTAACAGAAATAGTCAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=48058660;WS=48058642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	48058684	rs145748369	GTTGT	G	135.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.736;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=366;ReadPosRankSum=2.305;SC=ATGTTAAAATGTTGTTTTTTT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=48058695;WS=48058674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr15	48058929	rs603569	G	A	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=31;PP=894;SC=ACATTTGCACGTCGACATTAT;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=56;WE=48058937;WS=48058919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	48063076	rs568215	T	C	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=18;PP=844;SC=CTGCTCTTCCTACTCCTGAGT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=48063084;WS=48063066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	48443699	rs2470103	T	C	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=38;PP=1295;SC=TCCAAAGCCTTGATTTATTCC;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=86;WE=48443707;WS=48443689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	48450517	rs3736482	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=201;SC=AACTCTCTGATATTTTAATTA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=48450525;WS=48450507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	48460786	rs11070626	T	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	48460927	rs8023906	C	T	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	48538979	rs35669481	A	AAAC	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=170;SC=TGTCTCAAACAAACAACAACA;SOR=1.981;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=48538987;WS=48538969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	48539043	rs8028035	G	A	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=6;PP=344;SC=GTTGAAAGCCGTTTGCTTATG;SOR=1.244;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=48539051;WS=48539033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	48539587	rs6493311	T	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	48547976	rs2291340	T	C	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=17;PP=768;SC=AAGGTCAGTGTTTTTTATGCC;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=48547984;WS=48547966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	48561834	rs1484551	A	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=12;PP=434;SC=GATTGCCCACATTTTTATGTC;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=48561842;WS=48561824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	48580573	rs12442530	A	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	48580713	rs1552311	T	C	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=177;SC=GAAAAAATTGTGTAAGTAGTT;SOR=1.136;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=48580721;WS=48580703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	48584083	rs2291342	A	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=195;SC=TTAACAAGAGACATTGATTAC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=48584091;WS=48584073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	48591267	rs35405890	C	T	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=11;PP=375;SC=GAGCCAGTCACACCTGGAGTA;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=48591275;WS=48591257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	48593700	rs60810487	G	GC	56.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.64;QD=18.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	48623500	rs12592155	C	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	48623524	rs12592157	C	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=249;SC=CCAACGGCGCCGTCTTCCTGG;SOR=1.911;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=13;WE=48623532;WS=48623514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	48713996	rs1820488	G	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=220;SC=GGCCAACAACGCTTCACATAC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=48714004;WS=48713986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	48720526	rs363832	G	C	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=2;PP=254;SC=GGAAAGTGCGGTGCCAACTGT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=48720534;WS=48720516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	48729404	rs1991330	G	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=284;SC=CTAAATGAAGGGACAAAAAAG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=48729412;WS=48729394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	48729648	rs2042746	T	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=140;SC=TCTCCACAAGTATTTTGAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=48729656;WS=48729638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	48736684	rs2303502	A	T	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=11;PP=702;SC=TCATTCTGCTAAGTCCAGTGG;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=48736692;WS=48736674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	48744642	.	C	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=5;PP=259;SC=GTTCATCAATCTAAATCTTAA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=48744650;WS=48744632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	48749040	.	C	CGTGTGT	36.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=18.35;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	48758132	rs55694948	A	C	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=222;SC=AGAAATACTCACATATCCAAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=48758140;WS=48758122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	48797146	rs17361868	C	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=343;SC=CAGTAGAGAGCGTTTGTTACC;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=48797154;WS=48797136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	48807637	rs4775765	C	T	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	48826427	rs373084568	GA	G	164.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr15	48903126	rs1018148	A	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=401;SC=GGTCCCTCACAAACTTTGCTA;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=48903134;WS=48903116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	49048410	.	T	C	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=18;PP=975;SC=TTCTGTCTCCTTCTGAAGAAG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=49048418;WS=49048400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	49073296	rs72739866	T	C	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=141;SC=TGTTAACATATGAAAATAATA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=49073304;WS=49073286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	49150021	.	G	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=21;PP=685;SC=GGCTGCAAGAGGACATACAAA;SOR=1.292;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=31;WE=49150029;WS=49150011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	49170604	.	C	T	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=11;PP=565;SC=GCCTTGCTAACGGGCCCAACG;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=49170612;WS=49170594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	49285001	rs34895054	G	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=20;PP=639;SC=TTACCAATTGGGGGTGTGTCA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=42;WE=49285009;WS=49284991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	49325289	rs11638215	A	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=33;PP=958;SC=GCTGTTGTAAAAGCTGTTGCT;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=49325297;WS=49325279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	49420816	rs17394420	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	49421868	rs507054	T	G	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	49429410	rs17473148	A	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	49487225	rs11635814	T	C	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=102;SC=TGATGTTGTATCATCTTATCC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=49487233;WS=49487215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	49620200	rs1055254	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	49917341	rs3210227	G	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	49923026	rs1976551	C	G	268.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TACAGCCGCTCCCCATCACTC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=49923034;WS=49923016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr15	49927093	rs28671247	A	G	133.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	50152583	rs4774549	G	T	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=301;SC=CAAAAGCATAGCCAGACCTTC;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=50152591;WS=50152573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	50168791	.	C	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=19;PP=651;SC=TCCCTATCTTCAGAAATAGCA;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=34;WE=50168799;WS=50168781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	50226313	rs2452524	G	T	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=23;PP=641;SC=TCCATCAGATGGTGGTCAAAG;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=37;WE=50226321;WS=50226303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	50339775	.	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=159;SC=GGTTATCTAGGAAATTTCAAC;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=50339783;WS=50339765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	50366116	rs11412296	T	TA	523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=420;SC=CCCATGACAATAAGCATACCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=50366124;WS=50366106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr15	50489677	rs1863511	A	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=9;PP=388;SC=TTGTTTTGATATTTTTCTTAT;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=50489685;WS=50489667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	50521265	rs5812509	T	TA	3011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=32;PP=1698;SC=GATCTGTACCTAACCCATAGA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=40;WE=50521273;WS=50521255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	50545551	.	C	T	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=76;SC=CGAAGGCTCTCCTACTGTCGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=50545559;WS=50545541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr15	50731270	.	C	T	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	50773755	rs3131561	G	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	50782335	rs2289108	G	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=125;SC=GAAGTTTATCGCCATTTTATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=50782343;WS=50782325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	50888619	rs675011	A	T	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=2;PP=37;SC=ACAACTTAAAAATAGTAATTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=50888627;WS=50888609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	50899312	rs72740441	C	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	50941108	rs2063011	C	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	51204364	rs1147129	G	A	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	51204394	rs3214932	C	CT	2776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=1226;SC=GAAATCTAGTCACTGTGGACT;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=27;WE=51204402;WS=51204384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	51207818	rs2663553	G	C	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=6;PP=138;SC=CCTTGAAGTTGCATCTATTAT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=51207826;WS=51207808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	51350655	rs76241791	AT	A	261.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=1.568;SC=GGTAAAAAAAATATATATAAA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=51350663;WS=51350644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr15	51507396	.	G	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=11;PP=414;SC=AATATGCACTGGTTCACATTC;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=51507404;WS=51507386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	51507874	rs17601241	G	A	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=28;PP=1008;SC=TGTGGCATGGGAATTACAGTT;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=51507882;WS=51507864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	51519945	rs28892005	A	AAAG	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=571;SC=CATAGACAAAAAAGATTGTAG;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=51519953;WS=51519935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	51520004	.	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=24.98;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	51529349	rs10550124	GAAACA	G	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=88;SC=AAAGTGATTTGAAACAAAACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=51529361;WS=51529339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	51534423	.	G	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	51534547	rs727479	C	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=139;SC=GGGGGCATGGCGGAAACAAAG;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=51534555;WS=51534537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	51634255	rs2446421	T	G	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.701;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=880;ReadPosRankSum=-0.492;SC=GTAGGCGGGGTCTCTGTTCCC;SOR=0.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=47;WE=51634263;WS=51634245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr15	51676232	rs2168623	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	51689624	rs1147142	A	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=3;PP=99;SC=TCCCCCTTCTACCTCTTGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=51689632;WS=51689614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	51689772	rs17648128	G	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	51743718	rs16964357	T	C	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=46;SC=ATTCTAAATATTTCTCCATTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=51743726;WS=51743708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	51749726	rs930920	A	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	51750652	rs11630842	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	51750846	rs7165887	G	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=255;SC=AGGCAGAATCGATGATTTAAG;SOR=1.721;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=51750854;WS=51750836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	51751091	rs111734926	TAGCAGC	T	774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=413;SC=GAAGAAAATGTAGCAGCAGCA;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=51751104;WS=51751081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	51758314	.	T	C	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=44;SC=TTAAAATTAATAACATTGATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=51758322;WS=51758304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	51758345	rs10706765	CA	C	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=64;SC=AAAGAAAAGCCAAAAAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=51758353;WS=51758335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr15	51770456	rs11291027	AT	A	331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=106;SC=ATTTTGGGTGATTTTTTTTTA;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=51770464;WS=51770446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	51783820	rs10851500	T	C	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=14;PP=827;SC=TCACCCACCATCCTATGCCCA;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=51783828;WS=51783810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	51783981	rs12101858	G	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=564;SC=CTGCGTAACTGTATCAAATAA;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=51783989;WS=51783971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	51791559	rs12102203	A	G	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=31;PP=1367;SC=TCTGCATTAGAACTATCAGCT;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=76;WE=51791567;WS=51791549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	51795172	rs12592889	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=388;SC=AAGAATCTACGTTCTTCTGTC;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=51795180;WS=51795162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	51868373	rs2414105	A	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	51914662	rs2278990	G	A	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	51914716	rs2278989	T	C	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=22;PP=711;SC=GGTTGACAGCTCCGGTGAGGA;SOR=0.950;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=51914724;WS=51914706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	51914778	rs6493514	T	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=372;SC=GCGCGGGAGGTGCGACAAGCT;SOR=1.096;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=51914786;WS=51914768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	51974910	rs2054166	A	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	51981596	rs11437327	G	GT	534.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.45;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	51981597	.	G	GTGT	513.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=28.54;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr15	52017345	rs2414116	A	G	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=150;SC=GAGACACAGAATTACATATAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=52017353;WS=52017335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	52043327	rs12903500	C	T	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=20;PP=1021;SC=TTGGGCTCTCCAGCCCCTCAC;SOR=1.270;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=60;WE=52043335;WS=52043317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	52060657	rs61348403	C	CT	505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr15	52098777	.	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=314;SC=TTCACTTCTCCACTTCAGACG;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=52098785;WS=52098767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	52155314	rs2570251	T	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=130;SC=CTTCCACCCTTTCCTCCACTT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=52155322;WS=52155304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	52185937	rs2959307	G	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=186;SC=ACTCCGGCCTGGGCGAAAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=52185945;WS=52185927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	52185961	rs11370809	C	CA	129.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.235;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr15	52186158	rs2959285	A	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=126;SC=TGTGCTAATCAGAGTGGTTTT;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=52186166;WS=52186148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	52192262	rs113447185	A	AGTTAT	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=304;SC=ACATTAAGGCAGTTAATTAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=52192270;WS=52192256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	52239380	rs2414122	C	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=ATTTCAGTGACGTGTGTAGAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=52239388;WS=52239377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	52246665	rs2959293	G	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	52252799	rs2258248	C	T	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	52257874	rs2241503	A	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=85;SC=AGATGGGAATAAAGACTAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=52257882;WS=52257864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	52404862	rs2231292	A	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=370;SC=GGCCAGCAACAGCTCGGTGCG;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=52404870;WS=52404852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	52415086	rs142280018	T	TACAC	480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.88;QD=40.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	52421000	rs2414135	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=24;PP=636;SC=AATAAATGATAATTATTACTG;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=52421008;WS=52420990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	52486335	rs59434591	G	A	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=152;SC=GCAAAACACAGCTATCTCTAG;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=52486343;WS=52486325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	52487523	rs3751604	T	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=324;SC=ATCAACATCTTATACCATAGT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=52487531;WS=52487513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	52505563	rs3751608	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=9;PP=302;SC=TCTCCTACCCCATTCTGGCTG;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=52505571;WS=52505553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	52515678	rs4405492	G	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=314;SC=TGAATTTGACGCCACTGACAA;SOR=1.292;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=52515686;WS=52515668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	52517714	rs3825801	C	T	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=42;PP=1286;SC=ATCTCTTTTTCGAACTCAGAG;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=52517722;WS=52517704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	52531877	rs17650541	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=437;SC=TCCAGAACAAACTACAGCCAT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=52531885;WS=52531867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	52531941	rs11635028	A	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=20;PP=773;SC=TGATCTTCCAACTTTTTCTGC;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=43;WE=52531949;WS=52531931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	52539673	rs10163109	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=360;SC=CAACTGTGGTCCGGAAATGCT;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=52539681;WS=52539663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	52540783	rs35030676	T	TCA	113.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr15	52548759	.	A	AACACACAC	1007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.000;QD=50.39;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,16:0.80:20
chr15	52548786	rs56035783	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;MQRankSum=0.408;QD=24.71;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr15	52553007	rs4497629	C	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=519;SC=AAAAACCATGCGGCTCTCAAC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=52553015;WS=52552997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	52556429	rs4776032	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=12;PP=344;SC=TGATCTGCACATTGCCCAGAT;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=52556437;WS=52556419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	52564191	rs3751629	T	C	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=105;SC=AGGCCCTTCCTCTCAGCTGAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=52564199;WS=52564181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	52571270	.	G	GTT	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TGCATCTCCAGTTTTTTTTTT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=52571278;WS=52571260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr15	52587740	rs149336329	G	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=5;PP=149;SC=CCGGGCGCCAGGTCGAGTCAG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=52587748;WS=52587730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	52615712	rs2290334	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=355;SC=ATTGAACAGATACCAAAAGAC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=52615720;WS=52615702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	52628489	rs8035295	T	C	59.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	52640990	rs11386962	T	TA	133.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr15	52643564	rs1058219	G	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=388;SC=ATGAGGACACGGTAGGCAGGT;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=52643572;WS=52643554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	52667450	rs3816449	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=311;SC=AGATGTGAAATTTGGTTAATG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=52667458;WS=52667440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	52667552	rs2414145	G	A	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	52675261	rs4774621	T	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=16;PP=783;SC=TATGTACTTTTTCACTGGGTG;SOR=1.201;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=44;WE=52675269;WS=52675251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	52681573	rs1724623	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=455;SC=ATATTCATGGAAAAAAGGAAG;SOR=1.101;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=24;WE=52681581;WS=52681563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	52684004	rs1669872	C	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=74;SC=GAAAGCATAACCCCTACTTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=52684012;WS=52683994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	52689526	rs2924130	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=16;PP=528;SC=CGCGGGCATTTGTGGCCTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=52689534;WS=52689516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	52689631	rs1724577	T	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	52892477	rs35694811	CT	C	261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=102;SC=AGCCACAATACTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=52892485;WS=52892467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	52901283	rs61731670	TT	CC	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=10;PP=776;SC=ATTGAGGAAGTTGATAAACTA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=52901292;WS=52901273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	53072734	rs79402245	C	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=132;SC=ATCACTTTAACTGCATCTTAA;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=53072742;WS=53072724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	53081221	rs2075613	C	A	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	53230492	.	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=166;SC=TCCACAAGGAGATATGAATGG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=53230500;WS=53230482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	53907948	rs17730281	G	A	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=19;PP=725;SC=AAAATATTGAGGTGCTTAATG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=53907956;WS=53907938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	53994493	rs6416452	A	G	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=19;PP=503;SC=GACCATGTGGATAGAGTAATG;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=53994501;WS=53994483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	53998314	rs690235	G	T	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	54007678	.	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TTAAGGTATTGAACTGAATAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=54007686;WS=54007668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	54008795	rs690337	T	C	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=22;PP=676;SC=AGGAAGTGAGTGTACTTACAC;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=54008803;WS=54008785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	54008845	rs690346	T	C	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=23;PP=692;SC=GCCTTCTCCATGCACTGTCCA;SOR=0.738;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=45;WE=54008853;WS=54008835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	54306925	rs12437941	G	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.00;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	54435446	rs1897069	G	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=52;SC=GCTTACCTTAGCTATACTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=54435454;WS=54435436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	54624313	rs11856987	T	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=193;SC=GTATAGGGTATGTACAAATTT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=54624321;WS=54624303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	54685463	rs489526	G	A	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=104;SC=ATATACTGACGACAATAATAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=54685471;WS=54685453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	54914716	rs2681964	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=AAAAACTGCACAATTATTTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=54914724;WS=54914706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	54915975	rs2414332	A	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=681;SC=CTAAAATGTGATATTTCCTTT;SOR=1.390;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=38;WE=54915990;WS=54915965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	54918911	rs11856235	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=224;SC=ATATCCTATTTGCCAACATAA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=54918919;WS=54918903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	54918943	rs11852743	G	A	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=324;SC=AATGTATACAGTTTTCAGCAG;SOR=2.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=54918951;WS=54918933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	54919047	rs1520411	A	G	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=22;PP=1192;SC=AGGAAAATCGACCAGGGGCTT;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=54919055;WS=54919037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	55526886	rs72742261	C	T	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=3;PP=100;SC=CAGATCCCAACCTTTGTCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=55526894;WS=55526876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	55710369	rs6493785	T	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=11;PP=588;SC=ATTAAATTTTTTTTTTTTCAG;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=55710377;WS=55710359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	55759193	rs600753	T	C	94.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr15	55840995	rs2617227	A	G	365.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=232;SC=ATGAATGATTAAAAGTACAAT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=55841003;WS=55840985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	55841032	rs12917202	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=254;SC=AAAACTTATGACCAAGTTCAA;SOR=1.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=55841040;WS=55841022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	55880931	rs189288408	C	G	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	55881107	rs1992237	C	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.60;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	55881111	rs1992236	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	55929338	rs77282637	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	55929650	rs139160305	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	55933199	rs1550326	G	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	55974742	.	T	TTTTATTTA	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	56130286	rs11071227	A	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=8;PP=253;SC=AATAAAATACATACTAATAAA;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=56130294;WS=56130276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	56132616	rs11858692	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=41;SC=AATTATACTTCGTCTATACTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=56132624;WS=56132606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	56133959	rs9788664	C	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=0;PP=127;SC=TTAGTAGAGACGGGGTTTCAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=56133967;WS=56133949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	56139153	rs2288346	T	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	56144888	rs201121993	AATATATATAT	A	295.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.86;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr15	56152598	rs4774228	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=265;SC=ATCTAAGAGCATCTTACTGAG;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=56152606;WS=56152588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	56152729	rs2303579	T	C	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=15;PP=692;SC=GAAGGCCTGGTTGCTATACAT;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=56152737;WS=56152719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	56152872	rs2303580	C	T	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=27;PP=978;SC=GGAAGACTCTCGGTTGTCAAC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=56152880;WS=56152862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	56258802	.	A	AT	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=70.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=25.5;SC=CTAAGACACAATTTTTTAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=56258810;WS=56258792;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	56285721	rs77914199	G	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=265;SC=CGTCCTCCAGGAGCCCGAACA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=56285729;WS=56285711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	56297909	rs3959682	C	T	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.42;QD=23.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	56386577	rs7170589	T	G	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=26;PP=925;SC=CGACCAAAATTAGTGTCATGA;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=56386585;WS=56386567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	56387931	rs11071247	C	T	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=37;PP=1497;SC=CCTGGGTCTCCTGCAATGTAG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=72;WE=56387939;WS=56387921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	56535174	rs2460649	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=305;SC=ACCTCCAGAGATCCTACAAAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=56535182;WS=56535164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	56657581	rs2682033	A	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	56719797	rs795785	G	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.84;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	56720715	rs1554410	T	G	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=4;PP=81;SC=TGGTTTGAATTATTTTTATTC;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=56720723;WS=56720705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	56721264	rs795787	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=5;PP=128;SC=GTGGTAACATGCAAAAAATCT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=56721272;WS=56721254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	56721406	rs808730	C	T	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=6;PP=180;SC=GAGAAAAATACTTTGTGGGTT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=56721414;WS=56721396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	56923536	rs3803457	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=196;SC=TGGTGAATTGATTTGTTTGAT;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=56923544;WS=56923532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	56923714	rs8043381	G	A	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=18;PP=912;SC=TTTCTTTTTCGTCTTCCAGGT;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=56923722;WS=56923704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	56946980	rs12911381	T	G	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=27;PP=1113;SC=GAGTCAGTCTTGGCTCCACAA;SOR=0.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=63;WE=56946988;WS=56946970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	56981703	rs1871861	T	A	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	57210297	rs3803455	G	A	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=3;PP=210;SC=CGGAACGGCCGAGGAGGATGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=57210305;WS=57210287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	57210562	rs213150	C	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=15;PP=485;SC=ACGGTACCTGCCACCCCGCTC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=57210570;WS=57210552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	57210627	rs2165461	G	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=10;PP=323;SC=GCTTCTCGAGGTGCCTGCGAG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=57210635;WS=57210617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	57364814	rs2951904	G	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=102;SC=AAGGACACACGAATTTTGAAA;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=57364822;WS=57364804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	57484613	rs12914481	G	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=335;SC=TTAAGACAGCGTCTCACTCTG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=57484621;WS=57484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	57523542	rs1037958	A	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=32;PP=822;SC=GAGAATACCTATATTCAGGCC;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=57523550;WS=57523532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	57524756	rs2248620	G	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=553;SC=GGCTTACCGCGTTTACCATGC;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=57524764;WS=57524746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	57524857	rs2290938	T	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=15;PP=618;SC=GTCCATTTTATGTGAATATTA;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=57524865;WS=57524847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	57555523	rs7182038	C	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=20;PP=522;SC=CATAGGTAAACATACTTGAGA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=57555531;WS=57555513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	57730123	.	C	T	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=52;SC=TTTCAGTCTTCATTTAAACAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=57730131;WS=57730113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	57731335	rs1280395	A	C	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	57731728	rs1280396	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=710;SC=GAACCGGGCAACAGCAACTTC;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=57731736;WS=57731718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	57732743	rs1280398	T	C	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	57732774	rs17820299	C	T	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	57743933	rs1280406	A	G	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=100;SC=TAATCACTGAATAAATTCCTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=57743941;WS=57743923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	57744357	.	G	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.34;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	57753867	rs1511951	C	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=11;PP=371;SC=CTTCGTGTTTCCTCTCTCTAG;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=57753875;WS=57753857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	57836823	rs8029295	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=284;SC=ACTGCAGTGCGGAGGCCCCAG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=57836831;WS=57836813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	57884181	rs1690328	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.39;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	57884219	rs2453089	A	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=7;PP=227;SC=CCCGCTACCGACCGCCGCTGC;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=57884227;WS=57884209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	57896366	rs2172611	A	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=74;SC=GTGTTCCCCAATGGAAGTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=57896374;WS=57896356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	57896658	rs2453091	C	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=178;SC=GGTGTCTGCACCTCTGTTGAG;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=57896666;WS=57896648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	57910164	rs937254	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=4;PP=258;SC=CAGTGGGCCCGTTATTACAAC;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=57910172;WS=57910154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	57910444	rs935548	A	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=32;PP=874;SC=CATGCAAGAGAATGGAGTTGG;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=57910452;WS=57910434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	57914094	rs2934439	G	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=AAGAATAATCGTATTCATATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=57914102;WS=57914084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	57917821	rs2470360	C	T	76.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=58;SC=GCCCTTCTCTCTGGATCATGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=57917829;WS=57917811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	57918069	rs2069133	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=557;SC=CAGCCTTGGCATCAGATTCCA;SOR=0.909;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=57918077;WS=57918059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	57918090	rs2958059	A	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=15;PP=512;SC=TTGGCCTGCAAGTACTCATCT;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=57918098;WS=57918080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	57924586	rs2733593	T	A	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=272;SC=TGCCAATTCCTCTGGGCCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=57924594;WS=57924576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	57967219	rs1991252	T	C	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=28;PP=749;SC=AGGCCAAGACTGAAGTGGAAA;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=57967227;WS=57967209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	57967285	rs5812908	AT	A	992.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.928;HP=11;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.16;MQRankSum=0.347;NF=3;NR=22;PP=335;ReadPosRankSum=-0.939;SC=GAATTTCCTGATTTTTTTTTT;SOR=1.244;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=25;WE=57967294;WS=57967275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,57:0.93:61
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chr15	57976583	rs2554032	A	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=9;PP=583;SC=CCTGACCTGCATTTTCTCATT;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=57976591;WS=57976573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr15	58465171	rs2292712	G	A	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=128;SC=GTAGTTCTCTGCCTAGAAGAC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=58465179;WS=58465161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	58465483	rs2292713	C	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr15	58476092	rs3832977	G	GA	1010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=9;PP=635;SC=ACAAGTGAGTGAAAAACTAGA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=17;WE=58476100;WS=58476082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	58476281	rs1867380	A	G	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=20;PP=559;SC=AGTCTTTAAGACAGAACAATC;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=58476289;WS=58476271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	58834741	rs690	G	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	58837910	rs2414592	T	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=6;PP=269;SC=TCCTTGCTCCTGCGTAACCCT;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=58837918;WS=58837900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	58838038	rs6084	C	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	58840450	rs1007543	A	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=266;SC=CTCCTGTGGGATGAGAACCAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=58840458;WS=58840440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	58853079	rs3829462	C	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=8;PP=493;SC=ATTACCAGTTCAAGATCCAGT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=58853087;WS=58853069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	58853109	rs3829461	A	G	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	58853212	rs71964604	GAC	G	2032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=20;PP=1031;SC=CTAGGGTGATGACACACTTAT;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=58853226;WS=58853202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	58853218	rs55913623	C	T	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	58853307	rs4774305	C	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	58853363	rs1869129	C	T	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=134;SC=AAAGACATTACCGTGACACAG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=58853371;WS=58853353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	58857230	rs4775080	G	C	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=134;SC=ACCCTCTTCCGTCACCCCCTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=58857238;WS=58857220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	58857255	rs4775081	A	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=251;SC=TCACTGCCAGATGCCGGCCTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=58857263;WS=58857245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	58857378	rs17269397	A	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=16;PP=536;SC=CTGCCAACAGATCTCCCAACA;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=33;WE=58857386;WS=58857368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	58891949	rs35772938	GA	G	287.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9987;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=115;ReadPosRankSum=1.121;SC=TTTTTCCACTGAAAAAAAAAA;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=58891957;WS=58891939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr15	58904237	rs8039791	C	T	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=468;SC=ACTAGTTATTCCCTATATACT;SOR=1.432;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=58904245;WS=58904227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	58932932	rs7165402	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=366;SC=AACTCCCCTTTGTTTCAAGTA;SOR=2.636;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=58932940;WS=58932922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	58935986	rs2303532	T	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=107;SC=ACTACTTAATTCATAAAGATA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=58935994;WS=58935976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	58938436	rs12912286	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=9;PP=228;SC=TGACAATTAGTATGCTTCAAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=58938444;WS=58938426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	59185929	rs4238332	T	C	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=47;SC=ACAAAGCTTATATCTGGATTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=59185937;WS=59185919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	59225615	.	G	A	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=21;PP=821;SC=GCTTGAGTCGGGAGATGAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=42;WE=59225623;WS=59225605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	59347929	rs1446239	C	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=4;PP=160;SC=GCCAGGGTTCCAGTTCTCATG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=59347937;WS=59347919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	59358845	rs62002543	A	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=292;SC=CATTATTTACAGAGATTTGAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=59358853;WS=59358835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	59358862	rs62002544	G	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=443;SC=TGAAATTACCGAACATTTCTT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=59358870;WS=59358852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	59368167	rs7178935	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=18;PP=693;SC=CATTGCCAGTGGACCTGAGCA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=59368175;WS=59368157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	59368510	rs4775115	T	G	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=100;SC=GTTCTTAAATTTTTAGTATTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=59368518;WS=59368500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	59376531	rs12915899	T	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=142;SC=TTGTGATTGATTGCTTTGCAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=59376539;WS=59376521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	59381769	rs2289895	A	T	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=155;SC=TGAGCAGTTGAATTGAAAACA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=59381777;WS=59381759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	59406581	rs8039514	T	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=279;SC=TTTAAGCCAGTTGGCTCTGCA;SOR=1.931;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=59406589;WS=59406571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	59409178	rs28383543	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=327;SC=TCTCATCCCAGAAACCTTGAC;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=59409186;WS=59409168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	59494673	rs2306787	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=8;PP=214;SC=GCCTGCCTTTCTAGAGGATGG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=59494681;WS=59494663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	59499179	rs3809530	G	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	59499228	rs3809529	C	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=14;PP=505;SC=GCCCTGTGTCCGCGTCAAGCA;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=59499236;WS=59499218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	59499274	rs3809528	C	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=17;PP=494;SC=GGCTCTTCACCCCCGTGAGCA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=59499282;WS=59499264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	59500116	rs3825937	T	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=12;PP=572;SC=TCCACCATAATTAAGGGCCTC;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=59500124;WS=59500106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	59510189	rs2230155	G	A	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=22;PP=1130;SC=GGATGGATTCGGATTTGCCTC;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=59510197;WS=59510179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	59515446	rs2306780	C	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=21;PP=526;SC=TTAAAAGCACCTTAGGAAGAA;SOR=1.839;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=29;WE=59515454;WS=59515436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	59524056	rs7165587	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=325;SC=TACGCCAAACTTTCTCTAAGG;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=59524064;WS=59524046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	59548475	rs4508371	C	T	5713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr15	59664607	rs7175010	C	A	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	59752053	rs3803445	G	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	59784334	rs4291860	C	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	59784726	rs16941446	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=55;SC=GCTTTGGCCATAAAATCCAGT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=59784734;WS=59784716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	59799278	rs4278683	T	C	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=76;SC=GGAATTCATTTGAACCTCTGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=59799286;WS=59799268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	59911892	rs3743119	G	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=265;SC=TGCTATTAGAGTGTGGGTAAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=59911900;WS=59911882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	59931556	rs8033208	G	C	95.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=2;PP=25;SC=GAGATACAAAGATGCTTAGCT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=59931564;WS=59931546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	59960261	rs6151568	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.23;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	59963488	rs1135148	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=195;SC=TCTGCTACTAATAGCTCCAAA;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=59963496;WS=59963478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	59964798	rs4774342	C	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=262;SC=AATTAGCTCACAATTCTGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=59964806;WS=59964788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	59964987	rs6151535	G	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=21;PP=553;SC=TTACTCTTAGGCATTTTTAGA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=59964995;WS=59964977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	59970298	rs2307272	C	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=17;PP=425;SC=TGTCAAAATACAAAGTTTTTG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=59970306;WS=59970288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	59974566	rs2307275	C	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	59974777	rs6151483	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=13;PP=323;SC=GAAAAGGCGTAATAATCTTAT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=59974785;WS=59974767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	59981242	rs2306358	C	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=4;PP=212;SC=CCCCGGACGTCGTGGGCACGC;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=59981250;WS=59981232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	59981515	rs3087328	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=17;PP=493;SC=TGACCCGGACACAGTGAGAAG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=59981523;WS=59981505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	59981590	rs754641	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	59981719	rs754642	C	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=22;SC=TGTGGGCGGACCCGTCGCGTC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=59981727;WS=59981709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	60298165	rs72739945	C	T	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=37;PP=1006;SC=CGCCCCCTCTCGTTCTCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=54;WE=60298173;WS=60298155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	60643302	rs3743269	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=5;PP=302;SC=GTCCCCTTCCTCCATCCATGA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=60643310;WS=60643292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr15	60678328	rs11858864	C	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	60678350	rs7182242	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	60685141	.	TAAA	T	122.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.431;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr15	60689927	rs12904756	G	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	60690089	rs12904657	A	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=26;PP=770;SC=CAGCGTCTCCACACCCCGCTA;SOR=1.011;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=60690097;WS=60690079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	60720488	rs59228235	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=198;SC=TACAACTTTATCCTTCCTATG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=60720496;WS=60720478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	60724118	rs12437617	C	G	157.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=2;PP=49;SC=AGCAAAATGCCTAAAAAATAC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=60724126;WS=60724108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	60724317	rs60675189	T	TA	84.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	60734697	rs1063100	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.55;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	60740915	rs1901993	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=ATCAATAGATCGAAAAAATGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=60740923;WS=60740905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	60742063	rs1869484	G	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=11;PP=319;SC=AATTGGTAAAGTATTAGTAAA;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=60742071;WS=60742053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	60771289	rs3743267	A	G	6272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=76;PP=2537;SC=GCGCGCCCAAAAAAGACCATA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=56;TCR=77;TR=132;WE=60771297;WS=60771279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	60771438	rs11389291	G	GC	625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=594;SC=GCAGCGAAGTGCGAGACTGGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=60771446;WS=60771428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	60789798	rs11071539	G	T	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=23;PP=728;SC=AGGCTCTTAAGGTAGACACCT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=60789806;WS=60789788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	60797607	rs7171309	T	C	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=10;PP=639;SC=CCTGATGACATTCATTCTTTA;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=60797615;WS=60797597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	60824108	rs10851682	T	C	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=549;SC=CTTATAAAAGTGTTCCCTGAT;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=60824116;WS=60824098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	62146969	rs2241491	T	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=242;SC=CATAGTTATATTTGGGAGAGC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=62146977;WS=62146959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	62147207	rs2241492	T	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=262;SC=AAGAAAAAAATTCCTAACTTT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=62147215;WS=62147197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	62148730	rs3833021	TA	T	163.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=104;SC=AAACTGGCACTAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=62148738;WS=62148720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	62160758	rs7163441	C	A	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=125;SC=ATACTTAAAGCAGTTCAAGAA;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=62160766;WS=62160748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	62167017	rs6494299	G	A	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	62167897	rs12708469	G	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=233;SC=CCATTTTTCTGTACCTATCCT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=62167905;WS=62167887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	62172985	rs3809517	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	62175019	rs12912348	T	C	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=154;SC=ATTGATCAAATTGAAAAAATC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=62175027;WS=62175009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	62199342	rs28413840	T	A	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=362;SC=AAAGCTACTTTTTCTGGAAAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=62199350;WS=62199337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	62201333	rs35201581	GA	G	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=223;ReadPosRankSum=0.095;SC=TTCTATTGTAGAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=16;WE=62201341;WS=62201323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chr15	62202290	rs34965045	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=206;SC=CAAACCTGCACGTTCTGCACA;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=62202298;WS=62202280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	62202482	rs10851704	C	T	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=32;PP=1052;SC=GCCTGACAAACTTTCTGGCCA;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=61;WE=62202490;WS=62202472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	62210274	rs11071639	G	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=244;SC=GAAGTTATTTGCCAGAATATA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=62210282;WS=62210264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	62223273	rs9788670	C	T	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=561;SC=GTATTGCAAACTCAGAGCTGA;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=62223281;WS=62223263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	62232796	rs7172838	C	T	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=197;SC=CTATGATCAACGAGAAAAGCC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=62232804;WS=62232786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	62255165	.	A	G	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=82;SC=CAATGTTTCAACTCCCAATGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=62255173;WS=62255155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	62265019	rs3833020	A	AT	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=103;SC=AAACTGCATGAAACACTCAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=62265027;WS=62265009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	62265507	rs11071645	G	A	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=1;PP=47;SC=AAGAGACTCAGAGTCACACTA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=62265515;WS=62265497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	62284101	rs8032433	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.54;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	62327127	rs2414758	T	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=8;PP=337;SC=TGTGATGTTATTGAATGGTTA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=62327135;WS=62327117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	62352374	rs11639147	A	G	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=114;SC=GGGGAGTCTCAGGCGGCGCAG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=62352382;WS=62352364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	62456358	rs8040712	A	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=167;SC=GCGCCTCCGAACAGGCTCTCC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=62456366;WS=62456348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	62535864	rs11635709	T	C	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=50;PP=2019;SC=TCCGGTGGGTTTCCCCACACA;SOR=2.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=81;WE=62535872;WS=62535854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	62539151	rs7402021	T	C	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=476;SC=CATCCACCTCTCTGGCATTCT;SOR=2.546;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=24;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	62539153	rs59880159	T	TGG	1496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=906;SC=TCCACCTCTCTGGCATTCTAA;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	62539162	rs2955803	A	C	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=9;PP=836;SC=CTGGCATTCTAAGCCATCCCC;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	62539185	rs2945418	T	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=17;PP=999;SC=AGCCCTCTGATGCCAGTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=62539193;WS=62539175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	62539252	.	C	T	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.63;QD=25.81;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr15	62932586	rs6494334	C	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=4;PP=96;SC=AAGAGGGGGACGGTGGCCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=62932594;WS=62932576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	62936830	rs11852582	C	T	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=19;PP=451;SC=CTCTCCTGTGCACCTTGCGGA;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=62936838;WS=62936820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	62948337	.	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=27;PP=696;SC=CAGGAAGCTCCTGGCTGTATC;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=62948345;WS=62948327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	62967342	rs1878785	A	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=401;SC=CACCACATACAGTAACTACCT;SOR=1.151;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=62967350;WS=62967332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	62967395	rs1878784	C	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=15;PP=580;SC=TAACTGGTCCCGACCACTGTC;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=28;WE=62967403;WS=62967385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	62967554	rs1878783	T	C	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.91;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	62985267	rs2009523	G	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=6;PP=170;SC=GGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=62985275;WS=62985257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	62989775	rs8034474	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=316;SC=GTGCCTCTTTTAGTTGGCCTT;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=62989783;WS=62989765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	62994428	rs12594220	G	C	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=107;SC=CAATCACTCAGGTTCTGATGG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=62994436;WS=62994418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	62994784	rs67465793	C	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=2;PP=146;SC=GTTTGTGAGACACTGGATGTT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=62994792;WS=62994774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	62994928	rs12908653	G	A	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	63014548	rs10775181	A	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=352;SC=TCATCTCTCTATAGCCTGGAA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=63014556;WS=63014538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	63030398	rs12900862	T	C	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=18;PP=556;SC=TGCTTCTCTCTCTCCACGAAT;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=63030406;WS=63030388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	63031708	.	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	63044379	rs7171264	A	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=4;PP=513;SC=AATCCAAATAAAGGAGAAAAT;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=63044387;WS=63044369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	63044637	rs7176359	A	G	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=510;SC=GTAAGGGGCTAGTCCCGATGC;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=63044645;WS=63044627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	63047778	rs8033767	C	T	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=17;PP=679;SC=CAGCCTTGTGCAATGCCTGCC;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=63047786;WS=63047768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	63054439	rs2030040	C	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=6;PP=214;SC=GTCTTCGACCCTGACTTTGAT;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=63054447;WS=63054429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	63055658	rs10152548	T	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=GAGGTGACTGTGTCAGGGAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=63055666;WS=63055648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	63075920	rs202118499	CTGTGTG	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	63112520	.	C	T	72	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=72;QD=26.6928031368;SC=ACCCCCCACCCCCATCCAGAT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=63112528;WS=63112510;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	63340647	rs4374117	A	G	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=144;SC=GGGCGCCGCCATCGCACAGAG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=63340655;WS=63340637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	63349096	rs4775613	G	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=12;PP=434;SC=CTTCCTATCTGAAATCAGCAT;SOR=0.829;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=29;WE=63349104;WS=63349086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	63351687	rs4775614	A	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=231;SC=AAGCCTCACAAGCCACAGCAG;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=63351695;WS=63351677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	63351840	rs1071646	C	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=14;PP=466;SC=TGAAAGAGGCCAAGCACATTG;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=63351848;WS=63351830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	63353760	rs4774472	C	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=269;SC=TCCTGGAAAACCTAAACATTT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=63353768;WS=63353750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	63363401	rs201620283	C	CATTTTGTTTT	1145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=1116;SC=CACATTCTTTCGTTTTGTTTT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=63363409;WS=63363391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	63413997	rs8182083	C	T	179.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=7;PP=156;SC=CCGCCCCCTGCCCTTCCCTCC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=63414005;WS=63413987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	63414083	rs34317102	A	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=202;SC=GTACCGGCTCATGTCAGCAGT;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=63414091;WS=63414073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	63414723	rs189796619	TGG	CTC	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=897;SC=GGGGCCCAGGTGGAGGGGGCG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=63414733;WS=63414713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	63419699	rs34536322	A	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=11;PP=429;SC=AAAAGAAGGCAAAAGTAATGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=63419707;WS=63419689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	63433766	rs2729835	G	A	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=908;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GTTGTGGAAAGGAAACAAACG;SOR=0.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=49;WE=63433774;WS=63433756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr15	63434110	rs8468	C	T	167.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	63449543	rs7170846	A	C	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=19;PP=890;SC=TCCGTCCCATATGACTCTCGG;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=63449551;WS=63449533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	63449680	rs2292038	C	G	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=34;PP=1107;SC=GATCTGCGCTCGGCATCAACT;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=63449688;WS=63449670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	63515946	rs11632192	A	G	128.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=91;SC=GTTAAGTGACACATGACTGTA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=63515954;WS=63515936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	63516266	rs17828874	G	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=424;SC=TCAAAACAAGGAAATGCTTAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=63516274;WS=63516256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	63554824	rs72363505	GTA	G	148.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=2;PP=87;SC=ATATATATGTGTATATATATA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=63554833;WS=63554814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	63569902	rs117618017	C	T	4186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=47;PP=1701;SC=ACCATCGCCACCGAGCCGTTG;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=99;WE=63569910;WS=63569892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr15	63637528	rs34511446	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=234;SC=GGAGTGGCTGCGCCCCTTGTG;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=63637536;WS=63637518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	63668010	rs200331670	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr15	63673669	rs2291879	A	G	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=169;SC=TCCCGACCCAACCTCAGCAAA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=63673677;WS=63673659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	63848805	rs3751043	C	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	63915786	rs11630290	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=46;SC=GTATCACTAACAGCATCACTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=63915794;WS=63915783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	63922752	rs10851731	T	A	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=38;PP=1224;SC=CCACATCTTCTATGATTACTC;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=70;WE=63922760;WS=63922742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	63932513	rs2228517	G	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=19;PP=656;SC=CAGGGTCAGGGAGACAGTTCT;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=63932521;WS=63932503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	63935149	rs10519223	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	63937209	rs2229749	C	G	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=31;PP=1158;SC=TTGATTCCTGCTCCCACCATC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=63937217;WS=63937199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	63953153	rs2272209	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=7;PP=319;SC=AAAATAAAGAAGCTCTCAAAA;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=63953161;WS=63953143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	63954029	rs2228511	C	T	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=9;PP=745;SC=ACAGGTAGTACGGATTTCCAC;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=63954037;WS=63954019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	63966513	rs111577041	CA	C	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.329;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.805;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr15	63970456	rs2228510	T	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=19;PP=467;SC=AGGATACGGATGAGCTGAATA;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=63970464;WS=63970446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	63982018	rs11636604	T	C	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=52;SC=ATACCAGTGTTCAACAGCTAC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=63982026;WS=63982008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	63984772	rs11630720	T	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=24;PP=550;SC=GCAGCTACAGTGAAGAGACAA;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=63984780;WS=63984762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	63988357	rs2255243	C	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=332;SC=CTCTCCCTTGCCTCCTGTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=63988365;WS=63988347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	63988400	rs74814914	G	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=428;SC=CACCCTGCTAGGAACTGCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=63988408;WS=63988390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	63998914	rs34366173	CTT	C	175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=151;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=2;PP=36;SC=TTACTATGCTCTTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=63998923;WS=63998904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	63999112	rs72750987	G	C	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=81;SC=TATTAGAATAGAAATTCATGT;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=63999120;WS=63999102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	64008362	rs17187253	T	C	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=46;SC=TGTCAGCTAATACAAATTGAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=64008370;WS=64008352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	64017798	rs11632718	A	G	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=CCGTACTGCAATAAGATACTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=64017806;WS=64017788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	64020073	rs9920746	C	T	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	64039050	rs8034675	T	C	168.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=81;SC=GTTGAATATATTGTATAGCTA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=64039058;WS=64039040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	64039879	rs11631436	G	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=10;PP=507;SC=ACACACGCGCGCGCACACACA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=23;WE=64039887;WS=64039863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	64048990	rs2271241	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=283;SC=TCTGTGAGTATCAAAGTATAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=64048998;WS=64048980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	64050300	rs12912999	G	A	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=240;SC=AAAATACTCAGTATTATTTAA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=64050308;WS=64050290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	64056437	rs3764186	T	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=655;SC=GGGAGAGACATATGCATTAAA;SOR=2.115;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=64056445;WS=64056427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	64215375	rs4776669	G	C	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=32;PP=1056;SC=ATCCCAGGTCGACCCGAGCCA;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=64215383;WS=64215365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	64283625	rs7168753	T	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=195;SC=CCTCGTTTCATGAGCCTGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=64283633;WS=64283615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	64365340	rs4622459	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.24;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	64367775	rs332234	T	C	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=4;PP=84;SC=AAAACATTAATGCATTCTAAG;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=64367783;WS=64367765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	64385851	rs332259	T	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=3;PP=575;SC=TACCATAAACTTCTAGCGCTT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=64385859;WS=64385841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	64410484	rs2290117	G	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=7;PP=183;SC=TTTAGATATTGAGGACTGTGT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=64410492;WS=64410474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	64418221	rs2290119	C	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=245;SC=GGATGACTTTCAAGATACCAT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=64418229;WS=64418211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	64418397	rs1130603	G	A	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=17;PP=487;SC=TTGTCCCTCCGCCCCCGGAGA;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=64418405;WS=64418387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	64418483	rs2290121	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=7;PP=177;SC=AAAATTCACTCACTGTTCAGT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=64418491;WS=64418473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	64423878	.	C	A	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=6;PP=374;SC=GTCTTTTCCTCCTTCCAGAGC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=64423886;WS=64423868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	64428657	rs2290122	G	A	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=20;PP=696;SC=TGCTTGTTTTGGGAGTACTCT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=64428665;WS=64428647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	64445681	rs34975001	GC	G	960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=7;PP=534;SC=GGGTGGAGGGGCTTTTTTTTG;SOR=1.302;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=64445689;WS=64445671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	64448365	rs2253557	C	T	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=205;SC=AAGGTGGAAGCAGGAGGGCAT;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=64448373;WS=64448355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	64675313	rs11635527	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	64679594	rs112815338	A	T	1028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	64687573	.	A	AT	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.525;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr15	64693149	rs11380356	G	GT	317	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.336;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr15	64706259	rs2046356	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=16;PP=781;SC=ACCAATTGTTGCATCCTTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=64706267;WS=64706249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	64737103	rs7167394	G	C	60.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	64737225	rs7167612	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=5;PP=133;SC=TCAGTCAAGAGTCTGATTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=64737233;WS=64737215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	64742670	rs7172012	T	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=96;SC=CTCAGAGCTTTGAGTTCCTGC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=64742678;WS=64742660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	64915106	rs525878	C	T	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=30;PP=1095;SC=TCTCATCTCCCTGTGAGCAGA;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=59;WE=64915114;WS=64915096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	64962630	rs11633399	A	C	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	64983837	.	A	AT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr15	65040928	rs12911708	C	T	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=150;SC=CACGTTAAATCGGCCTGTCAT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=65040936;WS=65040918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	65041622	rs6494493	C	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	65054562	rs57945504	T	TG	1453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=9;PP=689;SC=TGGGGATGGGTGCTGGAGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=65054579;WS=65054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	65054571	rs71133474	A	AG	1645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=818;SC=GTGCTGGAGCAGGCCCAGCCA;SOR=1.067;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=65054579;WS=65054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	65113338	.	G	A	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=29;PP=984;SC=GACCCCCAAGGAGAGCAGAGC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=65113346;WS=65113328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	65113493	rs1872592	G	A	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=36;PP=1735;SC=GGAGAGGAGCGTGGGGTGCTT;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=94;WE=65113501;WS=65113483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr15	65116328	rs12899195	A	G	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=2;PP=137;SC=CGCGCAGAGGAAAGCAGCGCG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=65116336;WS=65116318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	65140715	rs35048171	C	G	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=14;PP=791;SC=GGACACATCCCTTGTGTGACC;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=65140723;WS=65140705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	65204285	rs11071820	G	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	65208227	rs1471834	G	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=394;SC=AGGGAGGCTCGGGCTCTGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=65208235;WS=65208217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	65209718	rs34503100	G	GTGTC	1446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=731;SC=CTGTGTGTACGTGTCTGTCTG;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=65209726;WS=65209708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	65209818	rs2056496	A	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=9;PP=217;SC=GCAGACATTCAGGTGCAGAGT;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=65209826;WS=65209808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	65209880	rs2056497	A	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=52;SC=ATTCTGTTTTACTCCTGTACA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=65209888;WS=65209870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	65234869	rs3057944	C	CTT	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr15	65235776	rs34988193	A	G	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=18;PP=607;SC=CCTGAGAGATAAGGTACCTCT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=65235784;WS=65235766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	65235861	rs35136467	TC	T	599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.32;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	65236875	rs2414865	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	65242260	rs67821096	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=244;SC=GCAGCAGGGCCCTCCAAGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=65242268;WS=65242250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	65261761	rs146210029	T	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=18;PP=590;SC=TTACATTAAATCCACAGACAA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=65261769;WS=65261751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	65298672	rs4776660	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.06;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	65308981	rs12912782	T	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=396;SC=CAACTTTTCTTTATGTTCAAA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=65308989;WS=65308971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	65312614	rs60772880	C	CA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr15	65344035	rs2946676	G	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=284;SC=TCACTTAGGGGTCATTGCTGT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=65344043;WS=65344025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	65347405	rs2232762	G	A	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=9;PP=289;SC=CATGCCGCGCGGTGAGCGGGG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=65347413;WS=65347395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	65357491	rs2232753	G	A	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=181;SC=CCCACGGGGTGGGTCCCAGGA;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=65357499;WS=65357481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	65369395	rs2919358	C	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=15;PP=641;SC=CTGCTGCAGGCCGTGGAGTGC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=65369403;WS=65369385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	65369531	rs2946642	G	T	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=23;PP=715;SC=ACAGTGCCGCGCTCTTCATCT;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=65369539;WS=65369521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	65369951	rs2919359	A	G	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=27;PP=1108;SC=TCGGCGGCGAATTCCAGAGGA;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=65369959;WS=65369941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	65370353	rs2919360	T	C	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=59;PP=1601;SC=TGGTGCGCGGTGACACCGTCT;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=65370361;WS=65370343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	65449169	rs2946670	C	T	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=37;PP=1372;SC=GAACAAAATACTCAACTGCTT;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=82;WE=65449177;WS=65449159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	65477364	.	AC	A	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=19.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr15	65489128	rs938952	C	T	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=18;PP=676;SC=ACCACTCCACCCTGGCGCTGG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=65489136;WS=65489118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	65489688	rs2679117	T	C	8187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=88;PP=2965;SC=CCCCACTGTCTGCCGATGAGT;SOR=0.812;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=194;TCF=106;TCR=88;TR=192;WE=65489696;WS=65489678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr15	65490901	rs2679118	T	C	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=25;PP=1391;SC=GTGATGGGCTTTTTCCGACGA;SOR=1.036;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=67;WE=65490909;WS=65490891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	65495864	.	T	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=85;SC=GTGTGACAGGTTCTACAGAGC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=65495872;WS=65495854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	65621138	rs11853777	G	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=8;PP=378;SC=GGATAGAAATGCTGGGGAGCC;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=65621146;WS=65621128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	65621441	rs12907128	C	A	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=26;PP=835;SC=AGTGGCAGCACGGAGAGCTGG;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=65621449;WS=65621431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	65621857	rs509652	T	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=17;PP=944;SC=CATTTAGGGCTAGAATGCCAG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=65621865;WS=65621847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	65623124	rs3058049	C	CTCTA	1091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=769;SC=CCAGTGGAAGCTCTATCTTTC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=65623132;WS=65623114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	65624228	rs686739	G	C	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=44;PP=1986;SC=TCCAGGCCCCGCTTTCCCTGC;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=104;WE=65624236;WS=65624218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	65667724	rs666623	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=351;SC=ATGCCAGTTCAGCAGAGTGGC;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=65667732;WS=65667714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	65744267	rs377663509	TA	T	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=1.209;QD=6.51;ReadPosRankSum=1.626;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr15	65782451	rs60062953	A	AT	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.57;NF=9;NR=6;PP=620;SC=AAGATTTAGAACTGTGCACTT;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=65782459;WS=65782441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	65792839	rs11071846	G	A	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=4;PP=462;SC=CTTTGTTGGTGGGTAAACTGA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=65792847;WS=65792829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	65804213	rs352478	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=46;SC=ACATATTTAACATAGGCAGAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=65804221;WS=65804203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	65804537	rs352477	A	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=3;PP=73;SC=GTCACTGATTAATTTATTCAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=65804545;WS=65804527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	65822777	rs452306	C	T	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=1;PP=164;SC=AGGCCCGCTGCTGGCGCCGCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=65822785;WS=65822769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	65822823	rs422390	C	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=5;PP=267;SC=GCGCGGCCCGCGAGCGTGGGG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=65822831;WS=65822813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	65856459	rs11637917	C	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=337;SC=TCCTTTCTTACAGTTATTTTC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=65856467;WS=65856449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	66044604	rs8033741	A	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=0;PP=317;SC=TCTGTAATTAAACTATGCTGT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=66044612;WS=66044594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	66257236	rs36088570	C	CA	73.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=30;SC=CGCCCATTCCCAGCTCATACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=66257244;WS=66257226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	66257408	rs333550	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=5;PP=193;SC=GCAGTCACAGTGCTGTGAGCA;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=66257416;WS=66257398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	66274690	rs551474	T	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=8;PP=262;SC=GGGTGCCAGGTGCGCAGAGCT;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=66274698;WS=66274680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	66386853	rs7168565	G	A	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=17;PP=628;SC=ATGGGGAGAGGGAGGAAGAAC;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=66386861;WS=66386843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	66411441	rs16949528	C	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	66601254	rs8025589	G	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=235;SC=AGATCCCTTTGGTAACACAGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=66601262;WS=66601244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	66604032	rs28616181	C	T	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=110;SC=ACCTTCTGACCGTGTTTCTCT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=66604040;WS=66604022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	66612818	rs750295	A	C	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=86;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=167;SC=CTTGGAACCCAGTATTGTTTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=66612826;WS=66612808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	66618342	rs3803412	A	G	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=29;PP=975;SC=AAAGACTTGGATGAGAAGAGC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=66618350;WS=66618332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	66629666	rs28537939	C	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	66644521	rs9806123	C	G	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=12;PP=591;SC=TGGAGGTACACGAACAGGTGC;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=66644529;WS=66644511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	66645341	rs28614039	A	G	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=7;PP=189;SC=AATAGTCTCCACTATATAGAC;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=66645349;WS=66645331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr15	66727597	rs16949924	G	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.74;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	66727689	rs368099654	A	ATT	111.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.37;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	66735551	rs6494573	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=4;PP=159;SC=CAGCCACAGCCGAAAGTTATC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=66735559;WS=66735541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	66745890	rs7169326	G	A	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=11;PP=410;SC=CAGTGAGTAGGTGATTCCTGG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=66745898;WS=66745880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	66792761	rs28706938	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	66793480	rs11071895	C	T	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	66793677	rs12101954	G	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=11;PP=430;SC=GACTTGCAGAGTATACCTAGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=66793685;WS=66793667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	66795937	rs28673176	C	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	66795980	rs8043062	A	G	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	66796911	rs139436991	GC	G	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=182;SC=TTCCACTACTGCTTCCCGGCG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=66796919;WS=66796904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	66806308	rs4238406	C	T	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=11;PP=367;SC=TAATGTTGCTCGATACCTGTT;SOR=0.770;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=24;WE=66806316;WS=66806298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	66816183	rs6494579	C	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	66821174	rs6494580	G	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=555;SC=TTCTCTGAAGGTTGCTTCTTT;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=66821182;WS=66821164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	66824526	rs4488397	A	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=146;SC=CTTCTCTTTTACTTGTTGGGT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=66824534;WS=66824516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	66874670	rs8041988	C	T	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	66956824	rs7178388	A	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=5;PP=102;SC=TATTTGTTTTATTATTATTGT;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=66956832;WS=66956814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	66976149	rs2414910	G	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	67224274	rs4776331	A	G	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	67234251	rs266383	A	G	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=30;PP=1066;SC=TTCACCCAGAACAGTTTCTCC;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=67234259;WS=67234241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	67234340	rs7183187	G	A	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=23;PP=561;SC=CTTTTCCTCAGCAAGGTCTCT;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34;WE=67234348;WS=67234330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	67358478	rs1061427	G	A	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	67391394	rs5813427	GT	G	991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=413;SC=CCTTTCTGTGGTTGCCGCCCT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=67391402;WS=67391384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	67391497	rs1866319	C	A	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=101;SC=CTCTTGTTCACAGTCACAGGG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=67391505;WS=67391487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	67430223	rs1866318	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=383;SC=TTGGATTTCTTCTGTCTGGGT;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=67430231;WS=67430213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	67435075	rs745103	G	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=156;SC=ACTGTGCTAAGTAACAGTGGA;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=67435083;WS=67435065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	67457335	rs1065080	A	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=375;SC=ACCACGAGCTACGGGCCATGG;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=67457343;WS=67457325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	67571773	.	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=15;PP=522;SC=ATTTATTTTCCCTCAGGAATC;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=32;WE=67571781;WS=67571763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	67596815	rs10438290	T	G	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=233;ReadPosRankSum=1.258;SC=GTTGTTTTAATGAGCTCTTAT;SOR=0.595;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=15;WE=67596823;WS=67596805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr15	67692502	rs7495023	T	C	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=27;PP=954;SC=AAATACAGCGTTGGCTCTTTA;SOR=0.766;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=49;WE=67692510;WS=67692492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	67768151	rs3985641	G	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=278;SC=TGGCTATGATGTTGAGGTATG;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=67768159;WS=67768141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	67782440	rs10574862	AGGAAAT	A	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=629;SC=CAATAAGCTAAGGAAATAGAC;SOR=0.826;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=67782453;WS=67782430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	67951150	rs12438118	G	T	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=44;PP=1516;SC=ACGCTTATGTGCTCCAACCTG;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=82;WE=67951158;WS=67951140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	67951228	rs5813451	GA	G	1264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=34;PP=686;SC=AACTTCTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=1.692;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=35;WE=67951236;WS=67951218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	67984705	rs4343227	G	A	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=643;SC=ATTTCGGATTGAGCAGATGAT;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=67984713;WS=67984695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	67985931	rs8034680	T	C	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	68041070	rs8037011	A	G	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=GCTCTGAGCTATGTTACGTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=68041078;WS=68041060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	68116010	rs28399056	C	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=216;SC=TGAGTACCCACGTCCGGTAGC;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=68116018;WS=68116000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	68116400	rs28675295	C	A	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.717;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=51;PP=1534;ReadPosRankSum=0.900;SC=TCGGCTCGGGCGCTGTCTTCA;SOR=1.447;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=77;WE=68116408;WS=68116390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr15	68117300	rs7170185	T	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=392;SC=AGCTAAGAAGTGGATCCCAAC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=68117308;WS=68117290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	68118194	rs4776984	A	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=22;PP=575;SC=CCCAACTCGGAGCGCCCTGCT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=68118202;WS=68118184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	68121428	rs28539889	T	A	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=144;SC=CTCCGTCGGCTTTCCCTCTTG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=68121436;WS=68121418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	68121483	rs7183168	A	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=6;PP=338;SC=GCAGGGCGCCACCCTAATCGC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=68121491;WS=68121473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	68122509	rs28587941	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=14;PP=740;SC=TCTCTTGAAATTCGGTTTGTT;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=68122517;WS=68122499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	68122704	.	C	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=355;SC=CGCCCAGGTTCCCAGAGGCTT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=68122712;WS=68122694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	68346549	rs11855475	T	C	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=358;SC=GGGCGGAGGCTAGAGGCGGGC;SOR=4.407;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=18;WE=68346557;WS=68346539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	68445912	rs11633620	T	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=5;PP=171;SC=TGTTTTCTACTTCTTTTTTTT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=68445920;WS=68445902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	68468695	rs12438361	T	C	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=280;SC=GGTTTTCTACTCTCTGGCTCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=68468703;WS=68468685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	68583175	rs6494729	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=44;PP=1434;SC=TGGCTGTCAATTCCAATACTC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=68583183;WS=68583165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	68603625	rs898591	C	T	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=252;SC=AGGCCATCACCACCTCGTCCG;SOR=1.519;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=68603633;WS=68603615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	68605067	rs4776394	A	C	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=88;SC=GGGGGTGCTCAGATCCCGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=68605075;WS=68605057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	68605169	rs4777035	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	68609833	rs1516871	T	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=174;SC=TATGAAAGCCTGGACCACAGC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=68609841;WS=68609823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	68612385	rs35808090	C	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	68618961	rs2271722	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=7;PP=200;SC=CTATAGGAGCTTGGGCTCTGC;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=68618969;WS=68618951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	68624175	rs7167822	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=211;SC=TTGCTCCATCCGCTTCCCCAG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=68624183;WS=68624165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	68624396	rs7168069	A	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	68624641	rs6494733	A	C	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=24;PP=1216;SC=GGTTGGGGGCACCTGAGAAGC;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=68624649;WS=68624631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	68628143	rs2306023	C	T	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=39;PP=1281;SC=CCACGTACACCCGCCCCTGCC;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=68628151;WS=68628133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	68631740	rs2125998	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=290;SC=GAATATACACAGCAGGCCCCT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=68631748;WS=68631732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	68641362	rs61119953	AG	A	398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=259;SC=CTCTCTTTCGAGGGGGGGCTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=68641370;WS=68641352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	68656864	rs2306013	A	G	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	68656960	rs2306012	A	G	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=307;SC=CAGGATGGACATGAGGGTGTG;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=68656968;WS=68656950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	68724262	rs2305078	G	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=190;SC=CTGGGAGGAGGGTCGCGTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=68724270;WS=68724252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	68871526	.	TCCGCCGCCGCCCCGGGCCG	T	189.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=574;SC=CGGACCCCCTTCCGCCGCCGC;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=68871552;WS=68871516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	68987315	rs11072043	A	C	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=163;SC=TGTGGCCCAGACTGACTTGGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=68987323;WS=68987305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	68987341	rs7359311	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=0;PP=261;SC=AGGGCCCAAAAACAAAAATAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=68987349;WS=68987331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	69003871	rs3736272	G	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=7;PP=372;SC=CCATGCATCTGCCCTCGCAGG;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=69003879;WS=69003861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	69007656	rs1542746	T	G	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=54;PP=1669;SC=CCTAGGTAAGTGGCCCCGAGG;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=69007664;WS=69007646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr15	69011119	rs33913544	C	T	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=532;SC=AGGGCCTGATCGAGCCCATCT;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=69011127;WS=69011109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	69011389	rs1491640	A	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	69011394	rs1491639	C	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.06;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	69112946	rs4777089	C	A	214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.52;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	69112971	rs35802209	G	GCA	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=363;ReadPosRankSum=1.131;SC=CCCCCAGCGCGCACACACACA;SOR=0.481;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=8;WE=69112979;WS=69112961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr15	69238445	rs3743093	G	A	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=36;PP=1371;SC=ACTGGCATTGGGATCTCTACA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=69238453;WS=69238435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	69320460	.	C	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=350;SC=GTGCACCCCCCCACCACCACC;SOR=1.151;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=69320468;WS=69320450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	69325581	rs311893	C	T	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=28;PP=982;SC=CCAAGGGCTGCGGCCAGTGCC;SOR=0.901;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=64;WE=69325589;WS=69325571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	69327825	rs311889	C	T	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.02;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	69328226	rs12907196	C	T	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=15;PP=547;SC=GCTGCTCCTCCTCATGTTCAT;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=33;WE=69328234;WS=69328216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	69329623	rs34924807	GA	AG	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=339;SC=GGAGCAGCTGGATACCCTGTC;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=69329632;WS=69329613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	69347593	rs311905	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=183;SC=AAGCCCCAGGGTAAGGTAGTG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=69347601;WS=69347583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	69349087	rs311906	T	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=217;SC=TCTGCTTCATTGCATTAGTAT;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=69349095;WS=69349077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	69553728	rs8023271	C	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=22;PP=581;SC=CCCTGATAGTCCCTTAAAATT;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=69553736;WS=69553718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	69561518	rs3865014	G	A	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=16;PP=580;SC=TGAGTCCCCAGTCTTCAAAGA;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=69561526;WS=69561508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	69676892	.	A	G	81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=26;MMLQ=23;MQ=56.57;NF=5;NR=1;PP=81;QD=19.2952020912;SC=CGTGTTCATCATGGAGGGTGA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=69676912;WS=69676882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	69676904	.	C	T	190	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=4;HapScore=4;MGOF=26;MMLQ=26;MQ=57.97;NF=7;NR=2;PP=190;QD=24.9745791719;SC=GGAGGGTGAGCGGGCCCTCCG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=69676912;WS=69676882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	69676944	.	T	C	408	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=58.96;NF=15;NR=3;PP=408;QD=24.5984006971;SC=GCGGGTCCTCTGTGTTCATGG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=69676952;WS=69676934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	69683945	rs2242464	C	G	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	69684376	rs7183388	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	69684389	rs11634798	A	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=5;PP=176;SC=GAGCCAAGAAAAAAAAGAAAT;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=69684397;WS=69684366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	69684477	rs58280155	T	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	69684481	rs112633523	AT	A	292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=4;PP=92;SC=GTTTTATTTTATTTTTTTTTG;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=69684489;WS=69684467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	69684507	rs11634850	A	G	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=77;SC=AGTAGAGACAAGGTTTCGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=69684515;WS=69684497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	69709686	rs3759825	G	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	69715488	rs7180624	C	T	125.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=2;PP=49;SC=TTGAACTTTTCTTTTTTTAGA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=69715496;WS=69715478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	69728530	rs11852675	A	C	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	69728949	rs3825858	A	G	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.19;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	69732483	rs4776448	G	A	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=24;PP=692;SC=AGTTAGGTTCGATATTTTGAA;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=69732491;WS=69732473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	69732736	rs937724	C	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	69740350	rs13613	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=419;SC=CTTGTATAGTATATGTTTTGC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=69740358;WS=69740340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	69747675	rs1463911	A	T	114.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=46;SC=GAGATTTTTTAAAAAATAGTA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=69747683;WS=69747665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	69754221	rs8041861	T	C	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	70347362	rs4777227	C	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=352;SC=CAGCTGGAGGCGGCGCAGCAG;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=70347370;WS=70347352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	70347816	rs11440222	A	AG	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=239;SC=CGAGGTAGACATGATTAACAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=70347824;WS=70347806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	70348468	rs3817045	G	A	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=72;SC=ACAGTTTCCTGGGGTTGCAAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=70348476;WS=70348458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	70348523	rs2270871	G	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=220;SC=TCCAAAGGGAGGTGCACCAGG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=70348531;WS=70348513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr15	70358260	rs117133850	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=6;PP=306;SC=GGTCTTAGGACGACAGCACTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=70358268;WS=70358252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	70368432	rs2291986	T	C	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	70388449	rs71149952	AG	A	1215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=10;PP=976;SC=GGAGCCGCGCAGGGGACCCAC;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=70388457;WS=70388439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	70958937	rs2241530	G	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=3;PP=76;SC=ATTTTTGCACGCAAGTTGCTA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=70958945;WS=70958927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	70960068	rs934005	G	A	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=32;PP=1079;SC=CAATTGGGGCGTATTTTACCT;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=62;WE=70960076;WS=70960058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	70991925	rs4776525	G	C	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=71;PP=1881;SC=CAAGGATTGAGGTCACTTTTT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=60;TCR=71;TR=131;WE=70991933;WS=70991915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr15	71125093	rs3825970	G	A	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=23;PP=644;SC=CCACGATGGCGCACTCCTGGG;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=71125101;WS=71125083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	71125204	rs1549317	A	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=416;SC=CAAAAGTCCCAAAAAGCTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=71125212;WS=71125194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	71175296	rs1528828	A	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=17;PP=403;SC=ACCTTATAGGATTTTATCTTT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=71175304;WS=71175286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	71186811	rs1881568	C	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=0;PP=445;SC=AAGATTATTTCCCCATAATGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=71186819;WS=71186801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	71193188	rs3830648	A	AAT	159.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=65;SC=AAATTCTCCAAATATAAGATG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=71193196;WS=71193178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	71507764	rs12324441	G	C	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=25;PP=892;SC=TGTCTGTGCCGCTCCCCGTCC;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=71507772;WS=71507754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	71535458	rs12440013	G	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=28;PP=617;SC=AACCCATACCGGGCCTGGAAA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=71535466;WS=71535448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	72023422	rs2277540	C	T	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=24;PP=960;SC=GGTGTGCATACGTGCCAAGTG;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=72023430;WS=72023412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	72037610	rs2291994	G	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=229;SC=GCCTATTACCGGGTCACTTCA;SOR=0.997;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=72037618;WS=72037600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	72050163	rs2625533	C	G	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=285;SC=AGCATTCCATCCTCCTTTCCA;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=72050171;WS=72050153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	72073003	rs2291275	C	T	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=21;PP=611;SC=AGCCTGTCCCCGCCCCCAGGG;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=72073011;WS=72072993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	72105928	rs11351249	AC	A	2903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=27;PP=1449;SC=TTGGCGGTGGACCCCCACGGA;SOR=0.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=40;WE=72105936;WS=72105918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	72191073	rs2415128	T	C	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=36;PP=1219;SC=CCTCCAAGGATCTGGGTCTCT;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=72191081;WS=72191063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	72191266	rs2415129	C	T	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=20;PP=629;SC=ATCCTCCCATCCTGAAGGGTC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=72191274;WS=72191256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	72252189	rs5813671	T	TA	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr15	72300031	rs3759820	A	C	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=71;SC=TCTTTTGGAAATGCTATTTAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=72300039;WS=72300026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	72302894	rs2957742	G	C	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=110;SC=ATGTATAAATGCAAATTAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=72302902;WS=72302884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	72431883	rs7175792	G	C	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=0;PP=127;SC=GCATTTTACAGTCAGGTATTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=72431891;WS=72431873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	72432583	rs930871	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	72454729	rs897731	C	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=15;PP=439;SC=CTGAAGAAAGCGGCAATACGG;SOR=0.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=72454737;WS=72454719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	72457551	rs2959944	A	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=178;SC=GGCAGGTTTAAGAGATGCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=72457559;WS=72457541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	72462165	rs11072348	A	C	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=434;SC=GTGTGTATCTATGACTGGGAA;SOR=1.302;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=23;WE=72462173;WS=72462155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	72462831	rs7182776	T	C	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=145;SC=GGAGCCGTCTTATACCAGGAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=72462839;WS=72462821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	72543656	rs2959904	T	C	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	72545857	rs3803388	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=156;SC=TGTAAGACAATGGCCATAACG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=72545865;WS=72545847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	72545876	rs1426166	T	C	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=4;SC=CGTTATCTCCTTGGAGAGGTG;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=72545884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	72546765	rs2912227	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=319;SC=TGGGCAGGCAAAGGAGAGGGG;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=72546773;WS=72546755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	72549633	.	G	A	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	72554167	.	G	A	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	72556799	rs11072352	G	A	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=4;PP=379;SC=TTTTGGAAGGGGGCATTCCAT;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=72556807;WS=72556789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	72557955	rs1426170	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	72637613	.	AT	A	43.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr15	72637708	rs2912218	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=381;SC=TTGTTAATTATTGTCTTCCTC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=72637716;WS=72637698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	72637795	rs4777502	T	C	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=18;PP=772;SC=ACCTCAGCAATTCACAGCGGA;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=72637803;WS=72637785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	72637960	rs2288259	C	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=287;SC=CATCCACAGGCTGCTACCTCT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=72637968;WS=72637950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	72638712	rs2303448	C	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=20;PP=604;SC=TGGGGTAACTCCAGGGTCCCT;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=72638720;WS=72638702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	72638892	rs1800431	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=6;PP=207;SC=GGTTCCACTATGTAGAAATCC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=72638900;WS=72638882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	72640193	rs2303449	G	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=370;SC=GCCTGGCCAGGGGCCTATTCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=72640201;WS=72640183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	72640226	rs2303450	T	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=220;SC=GTCTTTCCCCTGGGCTGAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=72640234;WS=72640216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	72640563	rs74949863	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	72645352	rs12440768	C	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=5;PP=188;SC=TTGGTCTGTCCGTTGCTCCAT;SOR=1.051;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=14;WE=72645360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	72668305	rs1800428	G	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=24;PP=607;SC=AAAGCCTGGAGCTTGTCATGG;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=72668313;WS=72668295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	72690857	rs200172705	GT	G	156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.522;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=61.53;MQRankSum=0.282;NF=3;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.967;SC=AAATTGTGGGGTTTTTTTTTT;SOR=0.916;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=9;WE=72690865;WS=72690847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr15	72864578	rs34776818	ATT	A	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.72;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr15	72872994	rs76844811	G	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=322;SC=ACTTCATTATGGTTTTAATTT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=72873002;WS=72872984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	72875521	.	G	GT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr15	72879653	rs139334001	A	ATTG	616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=343;SC=TCTTAACTATATTGTACTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=7;WE=72879661;WS=72879643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	72968748	.	G	GT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr15	72978531	rs11637927	C	A	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=105;SC=TCTGGGAAACCGCCGACTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=72978539;WS=72978521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	72987588	rs4777527	G	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=455;SC=GCAGTTTCATGGTATGTGTAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=72987596;WS=72987578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	73002035	rs8033604	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=6;PP=285;SC=AAAATATGCTGCCTAGCTCCA;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=73002043;WS=73002025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	73021855	rs6495015	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=214;SC=CCTCCCAAAGTGCTGGGATTA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=73021863;WS=73021845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	73023937	rs12914333	T	C	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=28;PP=852;SC=TGGCACCCTTTGATTGGAAGA;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=73023945;WS=73023927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	73024181	rs9806635	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=TAGAGATCCTGTAGGAATCTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=73024189;WS=73024171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	73027478	rs2277598	T	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=8;PP=324;SC=CTGGAAGATATAGAAAATGCC;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=73027486;WS=73027468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	73028375	rs12324395	G	A	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=7;PP=145;SC=ATCAAGCCCAGATCATCCAAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=73028383;WS=73028365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	73044575	rs9460	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=154;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=73;SC=ACCTGATACAGTTTAATCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=73044583;WS=73044565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	73067234	rs11634630	T	C	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=18;PP=644;SC=GGAACTCTGATGCAACCTGGG;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=73067242;WS=73067224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr15	73528937	rs747873	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=263;SC=TCTGTACCAATTTTTAGTCCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=73528945;WS=73528927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	73541264	.	C	T	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=204;SC=TATTCTAAAACCACTTCAATC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=73541272;WS=73541254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr15	73545732	rs2623989	T	C	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	73551250	rs2251205	A	G	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=404;SC=CTGGAACACAATAGATACTAG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=73551258;WS=73551240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	73564881	rs1131854	C	T	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=30;PP=825;SC=AGCCTCCCTCCGAAGCCAATG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=73564889;WS=73564871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	73566942	rs497539	G	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	73595089	rs3833036	T	TA	2506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=1438;SC=TCTTGGAACTTACCCTTGAAA;SOR=0.949;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=73595097;WS=73595079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	73614834	rs529004	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=6;PP=150;SC=ATAGATTGGATGGCAGTTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=73614842;WS=73614824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	73615878	rs117819825	C	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=7;PP=234;SC=AGGATGAAGACGGTGTGTCCA;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=73615886;WS=73615868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	73616635	rs481579	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=271;SC=ATGCACAGCCTGCCCAGGCCA;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=73616643;WS=73616625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	73735748	.	G	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=133;SC=GAGGCTCCGCGAATACACTGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=73735756;WS=73735738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	74032234	rs11857595	C	T	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=214;SC=ATGTGCCCACCGCCCCCGGCC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=74032242;WS=74032224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	74033033	rs11858458	A	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=385;SC=GGGTCCCTGCATCAGCCAGGT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=74033041;WS=74033023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	74043523	rs7497362	A	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=25;PP=696;SC=CTGGGCACACACTGCGTCTGC;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=31;WE=74043531;WS=74043513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	74173638	rs7170291	C	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=616;SC=TCAGGCTGTGCGCTTTGATAC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=74173646;WS=74173628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	74176453	rs66619071	GA	G	1149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=746;SC=ATCAGAAGGGGAAAAGCCACC;SOR=0.843;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=19;WE=74176461;WS=74176443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	74178599	rs140135602	TG	T	392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=8;PP=259;SC=TCCCTAATCATGGGGGGGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=10;WE=74178607;WS=74178589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	74178972	.	G	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=9;PP=294;SC=TCCAGCTAGGGATCATCAGGC;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=74178980;WS=74178962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	74179031	rs72745338	C	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	74181255	rs7170803	A	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=7;PP=246;SC=AGCAGGCTGTACTACTTGAGA;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=74181263;WS=74181245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	74181538	rs13638	A	G	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	74234171	rs8042181	A	G	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.52;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	74244278	rs8818	C	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=8;PP=216;SC=CCCACAGGCACGGAGGGGCAT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=74244286;WS=74244268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	74326004	.	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=462;SC=AGTCCTTTCTCCCAAACACTA;SOR=3.912;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=74326012;WS=74325994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	74336633	rs5742915	T	C	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=25;PP=939;SC=GCCTGAAGCCTTCTTCAGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=74336641;WS=74336623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	74467856	rs1052622	G	A	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=46;PP=1501;SC=TCAAGGGTACGCCGCTGAGCC;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=74467864;WS=74467846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	74472716	rs351242	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=474;SC=TCCCCTGCAGGCAGCACATGG;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=74472724;WS=74472706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr15	74477239	rs351237	G	A	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=338;SC=CCTCCCTCCAGGCCCAGGGCC;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=74477247;WS=74477229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr15	74572242	rs351165	T	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=188;SC=CAAATATCTGTGTATGCCTTG;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=74572250;WS=74572232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	74572917	rs351164	A	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=240;SC=GAAAGCAGGCAGCGGGAGACA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=74572925;WS=74572907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	74611182	rs751528	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	74611189	rs751527	T	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	74635368	rs6161	C	T	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	74703929	rs741761	T	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=363;SC=TGCAGCGGCCTTGGTCCCAGC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=74703937;WS=74703919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	74709566	rs2075590	T	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=318;SC=CTTTCCTGCATGGCCCCAGCG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=74709574;WS=74709565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	74710485	rs2072649	G	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=313;SC=AAGCACAGAGGACCACGTCTC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=74710493;WS=74710475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	74710593	rs28362912	C	T	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=15;PP=734;SC=CCCTCCATACCCCCTCCCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=74710601;WS=74710583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	74742468	rs2289188	A	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=282;SC=CCTCAGCCATAACAGGAGTTC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=74742476;WS=74742458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	74749015	rs7166701	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=10;PP=296;SC=GATCAGATCTAAAAAAAGAAC;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=74749023;WS=74749005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	74836313	.	GCAA	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-2.575;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.537;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,6:0.09:65
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chr15	74865409	rs10459601	G	A	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=96;SC=AGTATATCTGGTATAAGACTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=74865417;WS=74865399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	74865440	rs10459648	C	T	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=74;SC=GAATTTTTCACTGTGTGTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=74865448;WS=74865430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	74883851	rs4886601	T	G	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=37;PP=1121;SC=ACTGGGGTTTTGGGGCAAGAG;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=74883859;WS=74883841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	74888196	rs74781061	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=265;SC=CTCATCTCACAGAGCCCACGT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=74888204;WS=74888186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	74889853	rs145671041	TAC	T	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=0.930;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr15	74908132	rs8040674	G	A	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	74914649	rs56298217	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=12;PP=475;SC=TCTAGTGCGCGTGGTGCCTTA;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=74914657;WS=74914639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	74919593	rs11629749	C	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=15;PP=619;SC=GGTGTGAGGACCTCTGGCAGT;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=74919601;WS=74919583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	75041917	rs762551	C	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=46;SC=CTCTGTGGGCCCAGGACGCAT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=75041925;WS=75041912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	75044238	rs2472304	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=452;SC=GAAGCCTTGAGACCCAGGTTG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=75044246;WS=75044228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	75047426	rs2470890	C	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=14;PP=407;SC=TCTCCATCAACTGAAGAAGAC;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=75047434;WS=75047416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	75120299	.	C	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=305;SC=TCAGAGACCCCTTCTGTCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=75120307;WS=75120289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	75142761	rs2305668	T	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=7;PP=361;SC=TATTCTGCTCTAAGACTCAGA;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=75142769;WS=75142751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	75146371	rs77456595	C	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=159;SC=CCTGGGGGGTCGGCTGGGTTG;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=75146379;WS=75146361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	75310075	rs12593566	C	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=236;SC=GAACTAACCCCTTCTGACCTC;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=75310083;WS=75310065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	75311036	rs2289583	C	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	75336729	rs2304899	A	G	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=43;PP=1405;SC=TCTGCCAGATATGGAAGAGCC;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=75336737;WS=75336719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	75498548	rs1466663	A	G	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=48;PP=1725;SC=GCCCCATGGCAGGTACTCCTA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=104;WE=75498556;WS=75498538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	75499602	rs12591506	C	A	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	75499619	rs11072531	T	C	3830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=58;PP=1632;SC=TGCCACAGCCTGGTGCCTTCC;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=75499627;WS=75499609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	75499861	rs11072532	G	A	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	75501302	.	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=77;SC=AGGATGAGCTCTAGGTACCCC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=75501310;WS=75501292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	75503147	rs3743211	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=20;PP=678;SC=GTGGCCAGAGGTGAGCCAGAG;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=40;WE=75503155;WS=75503137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	75521833	rs6495165	G	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=10;PP=686;SC=TCCCCCTGGGGAGGTGAAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=31;WE=75521841;WS=75521813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	75640129	rs146498035	G	A	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	75641714	rs5745909	G	A	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=13;PP=382;SC=GAACATAGTCGCGGGCTCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=75641722;WS=75641704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	75643759	rs7182283	G	T	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=205;SC=TGGAACCACAGGAGTGCATCA;SOR=1.044;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=75643767;WS=75643749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	75650836	rs1128933	G	A	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=30;PP=1064;SC=GGCAGCCAACGTCCAGCACAA;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=75650844;WS=75650826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	75650972	rs3809549	G	A	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=91;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=27;PP=1074;SC=ATGGGACAGGGGTGGACATAC;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=75650980;WS=75650962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	75651022	rs149997575	C	CCCACATGCTGCCCAGCCCATA	3475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=15;PP=2966;SC=CTCCACCATCCCCACATGCTG;SOR=0.914;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=22;WE=75651030;WS=75651012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	75653378	rs7174408	T	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=269;SC=AGCCAAGGCCTGGCCTGACCT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=75653386;WS=75653368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	75655658	.	A	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=11;PP=452;SC=ATTTCCCGTAAAACTCAGACA;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=75655666;WS=75655648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	75656147	.	C	CA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr15	75664570	rs4886696	AA	TT	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.72;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	75722635	.	G	A	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=14;PP=492;SC=TGCTGGTGAGGAAAAGCCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=75722643;WS=75722625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	75772239	.	G	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=286;SC=CATGAAACTGGCATTGATGTA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=75772247;WS=75772229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	75798201	.	G	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=12;PP=338;SC=TGATCTCATCGAAGGGATCTG;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=75798209;WS=75798191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	75909933	.	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr15	75967814	rs1127646	A	G	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=102;SC=AGACAGCACCAGGCATGGAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=75967822;WS=75967804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	75970070	rs8023621	C	T	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=15;PP=612;SC=GTGGCTGGGGCGCTGGGGACA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=75970078;WS=75970060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	75977920	rs62027240	A	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	75979782	rs8030131	G	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=8;PP=225;SC=CCATGGTGTCGCGGGGGCTGA;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=75979790;WS=75979772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	75980112	rs4414463	A	G	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=27;PP=1084;SC=AGCCACGGTCAGCCCCTGAGT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=62;WE=75980120;WS=75980102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	75981507	rs12900539	A	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=15;PP=482;SC=CCTGTGCAGGACCACCGCGGT;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=75981515;WS=75981497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	75982428	rs7182906	CC	TT	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=11;PP=447;SC=CTGCATCCAGCCCCCCGAGAA;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=27;WE=75982437;WS=75982418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	76030993	rs12904654	A	G	298.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=111;SC=CGCCCACCCTAAGGCCCCGCC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=76031001;WS=76030983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	76031008	rs7181595	C	T	249.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=105;SC=CCCGCCCCAGCCCAGTGCCAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=76031016;WS=76030998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr15	76067987	rs34243492	A	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=28;PP=861;SC=GAAGAAACTCAACAGAGTAAA;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=76067995;WS=76067977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr15	76075943	rs11852472	C	A	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	76078875	rs199679145	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=14;PP=437;SC=TTCAGGTGAAGCTGCTGGAGC;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=76078883;WS=76078865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	76175828	rs1868020	G	A	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=81;SC=TTTTTTATAGGGACGAGATCT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=76175836;WS=76175818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	76182949	rs335713	C	T	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=73;SC=TTTAAAATAGCGTCTACTTTC;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=76182957;WS=76182939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	76183191	rs62028936	T	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr15	76191802	rs335689	G	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=8;PP=228;SC=ATGGCTAAATGTGTTGACTGT;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=76191810;WS=76191792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	76191852	rs335688	T	C	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=9;PP=347;SC=AAAATCTTTCTAACATGCAGA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=76191860;WS=76191842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	76191966	rs335687	T	C	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	76197071	rs3073843	A	ATCT	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=307;SC=TTAAAGGAACATCTCGTTCCG;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=76197079;WS=76197061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	76222140	.	G	T	56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=56;QD=22.6928031368;SC=TGGAGTGCAAGTCAGTAACAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=76222148;WS=76222135;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	76248427	rs10711025	GT	G	162.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr15	76251344	rs11638364	C	T	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=148;SC=TTTTTAGAGACAGGGTCTTGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=76251352;WS=76251334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	76251452	rs12913434	A	G	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	76496232	rs937732	G	A	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=46;PP=1568;SC=AGTGCCTCCCGCAGCTCAGTC;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=86;WE=76496240;WS=76496222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	76496340	rs937733	C	T	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=22;PP=809;SC=CCTTCTCCCCCGCCGCTGCCA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=76496348;WS=76496330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	76510073	.	G	A	45	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=45;QD=26.5904041824;SC=CTTGTGCAAAGTATCAATTAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=76510081;WS=76510063;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	76603610	rs3215142	CA	C	1458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=581;SC=CTGAGGGGGCCAGTGATCTTT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=76603618;WS=76603600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	76603928	rs62027052	C	T	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=6;PP=142;SC=AGGGGCTAGACTGGGAAGTGG;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=76603936;WS=76603918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	76630303	rs4636879	T	C	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=34;PP=795;SC=AGCGGGACTATGTCAGGTGAG;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=76630311;WS=76630293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	76632907	rs7180257	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=25;PP=727;SC=GACGGTGAGCAGCCGCTGGGC;SOR=1.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=76632915;WS=76632897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	76633356	rs117096992	C	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=11;PP=480;SC=ATCGAGTGTGCGCCTCCCCGC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=76633364;WS=76633346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	76673716	rs3765115	T	C	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=471;SC=CAATACTTGGTACCTGAAAAG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=76673724;WS=76673706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	76726465	rs1607017	G	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=12;PP=409;SC=CCTTGTGAGGGTTTGTTTTTC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=76726473;WS=76726455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	76763514	rs11072597	C	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=213;SC=ATTTCTCAAACCTTAACTGCT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=76763522;WS=76763504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	77064389	rs66496622	TGAA	T	82.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=2;PP=51;SC=CTATTAACTATGAAGAAGAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=77064399;WS=77064379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	77085740	rs3102707	C	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	77087785	rs11852395	T	C	123.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	77148253	rs11637494	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=9;PP=239;SC=CAGCAATCCCATTACTGGGTA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=77148261;WS=77148243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	77176158	rs3812908	T	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=76;SC=CTTACCATCATTCTTTAAATT;SOR=0.892;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=77176166;WS=77176148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	77176200	rs3812909	A	T	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	77197745	rs907594	C	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=282;SC=GGCTTCCCGGCGCACCACGTG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=77197753;WS=77197735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	77231158	rs4886841	C	T	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=22;PP=641;SC=TAACTTTGGGCAAGTTATTAA;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=77231166;WS=77231148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	77241568	rs1711018	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=344;SC=CTTTAATCTCTGAGCCTGTCT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=77241576;WS=77241558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	77288018	rs2254441	G	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=125;SC=TCTCCATGCAGGTGATGGGAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=77288026;WS=77288008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	77308387	rs7173067	G	A	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=19;PP=635;SC=ATAAGGACAGGAGAAGGGTTC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=77308395;WS=77308377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	77310345	rs12900395	C	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=243;SC=AAAGCCAGGTCTGGAGTCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=77310353;WS=77310335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	77310636	rs3812911	G	C	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=13;PP=471;SC=GAAGCAGGTGGCTTCCGCTCG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=77310644;WS=77310626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	77322805	.	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=8;PP=315;SC=TGGAGGAGCTCGTGTCAGGGC;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=77322813;WS=77322795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	77323009	rs2469237	T	C	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=13;PP=321;SC=GGGGCCCAAGTGAGGCAGTTG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=77323017;WS=77322999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	77324880	rs4078354	A	G	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=13;PP=416;SC=GGTTGTGGGGAGTTGGGTCCC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=77324888;WS=77324870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	77328108	rs11373069	G	GA	429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=279;SC=AGTGTCCCCAGAAGGGGAGGG;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=77328116;WS=77328098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	77344793	rs11737	T	A	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=749;SC=GCTTCTTCACTACTAGAGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=77344801;WS=77344783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	77363451	rs11072641	T	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=149;SC=CCCCAGCAAGTGCCTCGCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=77363459;WS=77363441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	77406396	rs3743479	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=131;SC=TAGAGGTTTGCCTTTCTTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=77406404;WS=77406386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	77450964	rs12909704	C	T	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=17;PP=584;SC=AGTGCAGCCCCTGCCATCTTG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=77450972;WS=77450954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	77764110	.	C	T	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=3;PP=77;SC=TTCTCTTATTCTTTTATATTT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=77764118;WS=77764100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	77764227	.	AT	A	27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=13;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=27;QD=16.0;SC=ATGCTATTGGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=77764235;WS=77764217;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	78189075	rs4569232	G	A	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.99;QD=44.10;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	78189084	rs4243062	T	C	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.03;QD=44.24;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	78189370	rs4441238	A	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=11;PP=319;SC=ATGCCTATGGACATTATGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=78189378;WS=78189360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	78196212	rs7178928	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=21;SC=CAGGGCCAGGAAGGAAGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=78196220;WS=78196202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	78207759	.	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=272;SC=CACCGGCAGCCCCCAGTTCCT;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=78207767;WS=78207754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	78211345	rs12592294	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=389;SC=CTCCTGTAGCATCTTCTGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=78211353;WS=78211335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	78232240	rs12907147	G	C	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=19;PP=628;SC=GTGGGTCCAGGGTGGCCCTGG;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=78232248;WS=78232230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	78234093	rs112736682	C	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=12;PP=468;SC=TTGGCAGTTCCGGAGAGCATG;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=78234101;WS=78234083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	78235104	rs60257193	T	G	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=41;PP=1426;SC=AGGGAGGGAGTCAGGTAATCA;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=75;WE=78235112;WS=78235094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr15	78268603	rs28360704	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=56.48;NF=5;NR=8;PP=187;SC=CTCACCAGCCCGTGGATGCCA;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=78268611;WS=78268593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	78268738	rs28397171	T	C	173.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=4;PP=56;SC=GGGTCAACCATGGACCGACTG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=78268746;WS=78268728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	78269731	rs11852862	G	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.77;QD=39.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	78269737	rs11852790	A	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.31;QD=44.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	78269738	rs11852821	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.31;QD=44.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	78269747	rs11852867	G	A	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.62;QD=41.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	78269760	rs71402931	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.45;QD=40.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	78269762	rs78023616	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.45;QD=40.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	78269763	rs75184028	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.45;QD=40.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	78269793	rs67603081	CT	C	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.47;QD=35.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	78269798	rs142983118	G	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.47;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	78269801	rs140951103	G	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.47;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	78269802	rs143146370	T	TG	143	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.47;QD=35.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	78272330	rs56081051	C	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.88;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	78276660	rs12916320	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=8;PP=313;SC=AAGGGGGTGTATGAGAACCAG;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=78276668;WS=78276650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	78337225	rs4886995	G	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=359;SC=TTCATATGCTGCTTTCTAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=78337233;WS=78337215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	78369972	rs7176425	G	C	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=110;SC=GCCCTCCTCCGCCCGGGCTCC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=78369980;WS=78369962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	78403004	rs1992469	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=377;SC=TCACCTGGGAACTTGCTCGAA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=78403012;WS=78402994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	78441769	rs11555541	T	C	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=94;SC=CGTGGATCTCTAAGGTGAGCG;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=78441777;WS=78441759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	78447646	.	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=8;PP=223;SC=TTTATTTTTTCCTTTTAGAAG;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=78447654;WS=78447636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	78457242	rs12904700	A	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=5;PP=217;SC=ACTTCCTTTTAGTGGAGAATG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=78457250;WS=78457232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	78457537	rs11394499	C	CT	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;QD=19.65;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	78458485	rs3816253	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=257;SC=CTTTTCCCGATGTGTAGGTTC;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=78458493;WS=78458475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	78458797	rs2304825	C	T	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=155;SC=CCAGATTGAACAGGGTATGTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=78458805;WS=78458787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	78463890	rs11638547	G	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	78466127	rs2304824	T	C	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=16;PP=558;SC=CAGAACTCCATAGCTTGTTCA;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=78466135;WS=78466117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	78466597	rs11631653	C	T	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=244;SC=GCAGGCAGCACGGACTTGAGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=78466605;WS=78466592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	78473309	rs12915634	G	A	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=39;PP=1207;SC=AGGCCTGTTGGGTCAGGGGCA;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=78473317;WS=78473299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	78474517	rs6495277	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=11;PP=303;SC=ATCCCAGCAGTGTCCACAAGC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=78474525;WS=78474507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	78474776	rs66983917	AC	A	1370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.80;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	78486025	.	C	T	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=26;PP=769;SC=CCACCCCCTTCCCCCACCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=36;WE=78486033;WS=78486012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	78501420	rs139633551	C	CCTGT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=1;PP=208;SC=TCCAGGGAGCCCTGTCTGTCA;SOR=1.981;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=78501441;WS=78501410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	78501433	rs3902931	T	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=189;SC=GTCTGTCAGTTAGGGTGGGGC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=78501441;WS=78501410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	78504780	rs10706612	GA	G	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=287;SC=CCAGCAGAATGAAAAAAACCC;SOR=0.765;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=78504788;WS=78504770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	78526556	rs10162606	C	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=157;SC=ATGACCAGTTCTTCCATCTTA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=78526564;WS=78526546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	78556589	rs12898295	C	G	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	78557005	rs28484827	A	G	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=138;SC=GTGACGCGCGAGCGGGCGGCG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=78557013;WS=78556995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	78557086	rs66489434	GC	G	2032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.89;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	78558509	rs2037347	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=302;SC=CATTCATTGTGGTCCGCTTCT;SOR=1.220;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=18;WE=78558517;WS=78558499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	78563103	rs3169166	A	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	78572359	rs9806426	C	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=11;PP=690;SC=CTGCCTTCCTCCTTCCTAATT;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=78572367;WS=78572349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	78581892	rs1879153	C	T	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=131;SC=AATGGCATTTCAATGAAAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=78581900;WS=78581882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	78587910	rs1040262	A	G	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=14;PP=472;SC=TTTAGGAGCCAGGCAAGAATG;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=78587918;WS=78587900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	78632830	rs1127472	C	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=10;PP=464;SC=ACGAGCTGCTCAAGGCACTGG;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=78632838;WS=78632820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	78633595	rs2139440	T	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	78758677	rs2958720	G	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=6;PP=253;SC=GCTCTCTCCAGTTAAAGTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=78758685;WS=78758667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	78758853	rs2938672	A	C	77.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	78777312	rs9788758	G	A	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr15	78834689	rs2292117	A	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;SC=AGCAATTATCATCACCAGGTT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=78834697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	78836631	rs67437837	CTGA	C	1657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=21;PP=1117;SC=AATAGCATAACTGATGATACA;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=78836641;WS=78836621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	78841220	rs8053	T	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr15	78857986	rs55781567	C	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr15	78880481	rs647041	T	C	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=TGAGAACCACTACACAAGGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=78880489;WS=78880474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	78882925	rs16969968	G	A	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=35;PP=1088;SC=AGCTGCGCTCGATTCTATTCG;SOR=1.095;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=78882933;WS=78882915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	78894339	rs1051730	G	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	78909452	rs3743075	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr15	78909539	rs3743073	G	T	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	78911181	rs8040868	T	C	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=12;PP=410;SC=ACACGTTGGCTACAGGCCGGA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=78911189;WS=78911171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	78911261	rs2869547	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=184;SC=CTGGCCACTGTGGGAAGCAGC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=78911269;WS=78911251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	78913067	rs66793222	ACAG	A	1852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5167;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=585;SC=GGCAGCAGAGACAGCAGCAGC;SOR=0.843;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=13;WE=78913080;WS=78913057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	78917399	rs1948	A	G	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=18;PP=857;SC=GGGCCTCATCAGCCACAACCC;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=46;WE=78917407;WS=78917389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	79044330	rs11632672	A	G	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=114;SC=CCCATGTTCCAGAACACACAC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=79044338;WS=79044320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	79045521	rs12917502	T	C	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.97;QD=27.67;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	79054900	rs7495616	C	G	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=20;PP=682;SC=ACCACAGGGGCCTGAGCACTG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=79054940;WS=79054890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	79054911	rs11852980	A	G	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.57;QD=39.08;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	79054919	rs11853054	G	A	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.54;QD=46.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	79054932	rs11072801	G	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=16;PP=495;SC=GGAGGAATGAGTGTCTCCAGG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=79054940;WS=79054890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	79056526	rs3830240	TC	T	411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=203;SC=GGGAAAGGCATCCAGGCCCAC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=79056534;WS=79056516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	79057093	rs6495267	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=8;PP=336;SC=TCCCATCCCCGCCAGGCCTCC;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=79057101;WS=79057083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	79058572	rs1809421	T	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=19;PP=555;SC=GGGGTGCTCCTCGGCCCTTGG;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=79058580;WS=79058562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	79058923	rs1809422	G	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=7;PP=184;SC=TGGCAGGCACGGGGCTACCCG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=79058931;WS=79058913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	79058951	rs28699256	T	C	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=7;PP=152;SC=CGCAGCAGGATGGCTGTGTGG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=79058959;WS=79058941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	79063474	rs1809409	A	T	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=3;PP=189;SC=AAGCCCCTGCAGGTGGGGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=79063482;WS=79063464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	79064080	rs11635931	G	A	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=18;PP=717;SC=CCGGGTCCTCGCTCCGCAGTG;SOR=0.897;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=79064088;WS=79064070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	79064143	rs11635870	C	G	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=25;PP=778;SC=CGCGTGCGCCCGCTGGGATCA;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=79064151;WS=79064133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	79065380	rs7177201	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=2;PP=688;SC=GAAGGGGCCATCAGGTGAAGA;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=30;WE=79065388;WS=79065372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	79065562	rs8036224	A	G	4603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.99;QD=26.31;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr15	79069121	rs11854507	A	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=24;PP=711;SC=TGCCGTCCACAGCTGCATCCA;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=79069129;WS=79069111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	79083376	rs2277546	C	A	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=471;SC=CAGGCCAAGGCGGCCTTCACT;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=79083384;WS=79083366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	79083591	rs2277545	T	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=31;PP=1017;SC=GGGGGTCAGGTTGTCACGAGG;SOR=1.162;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=79083599;WS=79083581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	79089007	rs3743057	T	C	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=79;PP=2707;SC=CATCAGCTACTACCAGGGTCT;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=56;TCR=79;TR=134;WE=79089015;WS=79088997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr15	79089111	rs3825807	A	G	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=30;PP=936;SC=TCCCGTCGAGACTCCAGCTCT;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=79089119;WS=79089101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	79092481	rs3971703	G	C	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=3;PP=135;SC=GAGCCAATCTGCACATCCCAC;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=79092489;WS=79092471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	79092750	rs7173267	G	C	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=33;PP=1510;SC=GCTCGTAGAAGGCGGGCGCGT;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=89;WE=79092758;WS=79092740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	79217690	rs2044226	G	C	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=47;PP=1890;SC=AGTAGATGCCGGTTCTATACA;SOR=0.861;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=116;WE=79217698;WS=79217680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr15	79231518	rs11638844	A	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=24.06;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	79231523	rs35398112	G	GA	1275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.836;HP=15;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.346;NF=5;NR=20;PP=273;ReadPosRankSum=-0.357;SC=TCTGTAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=25;WE=79231531;WS=79231508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,67:0.91:74
chr15	79231616	rs10400902	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=16;PP=434;SC=CGAAAACTGGACTAAATTTAA;SOR=1.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=79231624;WS=79231606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	79237180	rs1036937	C	A	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=37;PP=1451;SC=GTTCTCCCAGCGTCCACTCTA;SOR=0.737;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=78;WE=79237188;WS=79237170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr15	79237247	rs1036938	C	G	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=45;PP=1649;SC=GGAGTTCACGCACAGTTCGGC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=79237255;WS=79237237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	79237324	rs1036939	C	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.50;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr15	79237401	.	G	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=7;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=41;ReadPosRankSum=1.064;SC=GAGCGCGGGGGGGGAGCGGCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=79237412;WS=79237391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr15	79237403	rs67943698	GGA	G	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=513;SC=GCGCGGGGGGGGAGCGGCACG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=79237412;WS=79237391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	79254480	rs4778732	T	A	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=634;ReadPosRankSum=-0.601;SC=TGGGCTGGGCTCAGCTTCAGG;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=36;WE=79254488;WS=79254470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr15	79264097	rs4238514	G	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=235;SC=AGCTGGGCTCGAGAGAATTCT;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=79264105;WS=79264091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	79265866	rs3743195	G	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=422;ReadPosRankSum=0.087;SC=AGAGGCAAAGGGACTTGCAGT;SOR=0.776;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=25;WE=79265874;WS=79265856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr15	79273098	rs2278650	C	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=495;ReadPosRankSum=0.787;SC=TCCCCGAGGCCCGGGGATCAG;SOR=0.489;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=29;WE=79273106;WS=79273088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr15	79277150	rs3840034	A	AC	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=490;ReadPosRankSum=-1.885;SC=ATTACAGTCCAGGTCTCACTG;SOR=0.341;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=14;WE=79277158;WS=79277140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr15	79277247	rs4778750	A	C	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=48;PP=2376;SC=TCAGCCCAGTACTTTGCCCAC;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=123;WE=79277255;WS=79277237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr15	79277298	rs3803544	T	C	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=908;ReadPosRankSum=-1.003;SC=CTTCCTGCCCTAGCCCCAATC;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=63;WE=79277306;WS=79277288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,80:0.47:170
chr15	79277511	rs2230518	A	G	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=683;ReadPosRankSum=-1.007;SC=TGATGTCCTCATTGCGGATGA;SOR=0.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=56;WE=79277519;WS=79277501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,80:0.52:153
chr15	79277608	rs4778751	G	A	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=29;PP=820;SC=ATGATAAATGGTCACTATTTG;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=79277616;WS=79277598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	79287939	rs7174528	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.092;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr15	79288011	rs6495359	A	C	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	79288182	rs34428440	G	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr15	79288184	rs74786906	TG	CA	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.319;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr15	79290349	rs34906037	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=220;ReadPosRankSum=0.797;SC=CTTCACCTCCCGGGCCTCTGA;SOR=0.671;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=14;WE=79290357;WS=79290339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr15	79290366	rs35819709	C	CA	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=428;ReadPosRankSum=-0.075;SC=CTGACCAGCCCACATGGAGGC;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=11;WE=79290374;WS=79290356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr15	79290600	rs4778771	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=339;ReadPosRankSum=0.357;SC=TTGAGCTGCTCTGCAGTGGTC;SOR=0.570;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=30;WE=79290608;WS=79290590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr15	79291262	rs12914556	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=433;ReadPosRankSum=0.026;SC=TCTGGCTGAGCTGGGGTGAGT;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=31;WE=79291270;WS=79291252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr15	79294162	rs145647446	CTTAATT	C	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.91;ReadPosRankSum=1.634;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr15	79296172	rs1562008	G	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=316;ReadPosRankSum=0.478;SC=AAGGGTCTTCGGGCTTCTCAG;SOR=0.630;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=24;WE=79296180;WS=79296162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr15	79317579	.	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=212;ReadPosRankSum=0.343;SC=CACCTGGGCCCATAGACCCTC;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=19;WE=79317587;WS=79317569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr15	79324419	rs2304991	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=8;PP=788;SC=CATCCCCCACACCTGCCTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=39;WE=79324427;WS=79324409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	79327444	.	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.615;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=215;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GGACTTCTCTGGGGGCCGCAG;SOR=0.219;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=15;WE=79327452;WS=79327434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr15	79327686	rs736554	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=436;SC=GAAAACTGCACCGGCAGGATG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=79327694;WS=79327676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	79502096	rs12903401	G	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr15	79585625	.	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=395;ReadPosRankSum=-0.964;SC=ACTGTAGCCAATATGATGGAT;SOR=0.589;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=30;WE=79585633;WS=79585615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr15	79586361	rs8038778	T	C	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.488;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=875;ReadPosRankSum=0.717;SC=CCCGTTTGCCTCAACTGAAGA;SOR=1.035;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=57;WE=79586369;WS=79586351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,74:0.43:174
chr15	79586869	.	CT	TA	5057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=2819;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TCACTTGTCTCTTTTCCATGG;SOR=0.788;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=82;WE=79586878;WS=79586859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,130:0.57:227
chr15	79587112	.	C	T	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=849;ReadPosRankSum=-0.510;SC=ATCTATGGTTCCTGTTGCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=59;WE=79587120;WS=79587102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,90:0.50:180
chr15	79606137	rs3825933	G	A	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=16;PP=815;SC=ACTGCTATGTGGAGGACCCCC;SOR=0.910;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=43;WE=79606145;WS=79606127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	79606408	rs3784544	C	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=370;SC=CTTCATTGGCCTCTGTCTAGG;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=79606416;WS=79606398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	79614206	rs906440	T	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=581;SC=GCACAGACTCTTAGTTAGCAT;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=79614214;WS=79614196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	79614224	rs8037898	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=0.576;SC=CATTCAGTGGATATCACCTAG;SOR=0.418;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=7;WE=79614232;WS=79614214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr15	79614418	rs906439	A	G	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=84;PP=2794;SC=GGGCCCGAGCAGAAGACCTTA;SOR=0.865;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=66;TCR=88;TR=149;WE=79614426;WS=79614408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr15	79750127	rs2902954	A	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=599;ReadPosRankSum=-0.248;SC=ACAGCACAGGATCCTTGTCTC;SOR=0.623;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=41;WE=79750135;WS=79750117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chr15	79750307	rs1004724	T	C	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=39;PP=1373;SC=TTGGCGAAATTGAACGGAAGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=79750315;WS=79750297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	80189103	rs75958782	G	T	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=685;ReadPosRankSum=-0.129;SC=CGGGGGGTGGGGGGGCGCCTA;SOR=0.745;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=48;WE=80189111;WS=80189093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
chr15	80189369	.	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=1.260;SC=CCTCGGCGCCCTGGGCGCCCT;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=80189377;WS=80189359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr15	80215300	rs2733102	T	C	15302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=1.876;SC=ACAAGCCCTGTACTTGCAAGC;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=366;TCF=170;TCR=196;TR=365;WE=80215308;WS=80215290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,576:1.00:578
chr15	80259955	rs146807490	TGTAA	T	1724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=1209;ReadPosRankSum=0.175;SC=TTGATAAAGCTGTAAGTGCCT;SOR=0.697;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=17;WE=80259972;WS=80259945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,46:0.39:117
chr15	80259964	rs16971619	C	T	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,48:0.40:121
chr15	80260014	rs8026803	T	C	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,55:0.40:137
chr15	80263217	rs3826007	C	T	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GTTAATGATGCCGTCTTCAAA;SOR=0.658;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=68;TCR=75;TR=72;WE=80263225;WS=80263207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,127:0.55:231
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chr15	80263406	rs1138357	C	T	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=580;ReadPosRankSum=0.756;SC=CTGTAGGACGCACTGCAGATA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=37;WE=80263414;WS=80263396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr15	80365745	rs2866367	T	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=168;SC=AATTGTAGTGTATTTCAGTAC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=80365753;WS=80365735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	80367831	rs2469600	G	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=257;SC=AGAGTGGAAAGTAGTTTTCTA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=80367839;WS=80367821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	80405098	rs12594035	C	G	5961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=65;PP=2369;SC=CCTCATGTCTCTTTATTACCC;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=131;WE=80405106;WS=80405088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr15	80414173	rs1522636	C	G	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=573;SC=GTAAGATGTACTCTCTGAATT;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=80414181;WS=80414163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	80445292	rs112474268	G	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=516;ReadPosRankSum=0.000;SC=GACAGGCCGTGGGGGCGGGCA;SOR=1.261;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=29;WE=80445300;WS=80445282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr15	80445512	rs71699670	A	AG	2595.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.996;NF=9;NR=82;PP=2969;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GGGCGCGGGGAGGGAGTGGAG;SOR=0.545;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=127;TCF=10;TCR=117;TR=91;WE=80445525;WS=80445502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,120:0.51:237
chr15	80445513	rs376322780	GGGAGT	G	1416.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=4.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.605;QD=8.33;ReadPosRankSum=5.750;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,47:0.28:170
chr15	80450328	rs1370276	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=379;SC=CTTCAATAGATAGGCTTTCTG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=80450336;WS=80450318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	80450389	rs1370275	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr15	80452013	rs35880073	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr15	80452075	rs1370274	T	C	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=35;PP=1420;SC=ACGTGATCTTTTTTCTCCCTG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=75;WE=80452083;WS=80452065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	80452172	rs33929922	G	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=1.083;SC=AGAACTTGCTGTCTGTGAGCC;SOR=0.525;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=21;WE=80452180;WS=80452162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,41:0.41:101
chr15	80452268	rs1370273	G	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=337;SC=AGCAGGGGAGGTGAAGGCTGT;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=80452276;WS=80452258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	80452886	rs733679	T	G	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=497;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TCTGCATCTGTGTGGAGGGTC;SOR=0.720;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=35;WE=80452894;WS=80452876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
chr15	80452943	rs2014531	G	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=0.541;SC=GCTGTTACCCGCTCCTCATCA;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=19;WE=80452951;WS=80452933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr15	80454745	rs2114716	T	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=451;ReadPosRankSum=-0.703;SC=AGCATATTTGTCTCAGGAGCT;SOR=0.477;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=35;WE=80454753;WS=80454735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr15	80460524	rs1545119	A	G	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	80460576	.	G	GTT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr15	80464669	rs7180031	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=-1.303;SC=GAAGCTGAAGATCTGGTGCAG;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=5;WE=80464677;WS=80464659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr15	80465248	rs58363292	GA	G	811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.059;NF=15;NR=4;PP=683;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GATCTTTGTGGAGATGGCAGT;SOR=1.565;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=19;WE=80465256;WS=80465238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr15	80470040	rs2162550	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=-1.369;SC=GGGTCAGCCTGTGGGCCTGGA;SOR=1.493;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=12;WE=80470048;WS=80470030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr15	80472431	rs2043691	C	A	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=384;ReadPosRankSum=-0.802;SC=CTAAGCCTGCCGCTGCTCATT;SOR=0.585;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=29;WE=80472439;WS=80472421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr15	80478587	rs369845634	GCACC	G	1386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=923;ReadPosRankSum=2.929;SC=AAGGGCTCAAGCACCCCTTTC;SOR=0.973;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=11;WE=80478607;WS=80478577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr15	80478593	.	C	CTTTG	1389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=3.124;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr15	80478599	rs200464452	AC	A	1311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=917;ReadPosRankSum=2.190;SC=ACCCCTTTCAACCCTGTGACT;SOR=1.002;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=12;WE=80478607;WS=80478577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr15	80478645	rs1049194	T	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=-2.878;SC=TGGTCCGCCATTCAGTGACAA;SOR=0.978;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=20;WE=80478653;WS=80478635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr15	80672260	rs36104834	C	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=212;ReadPosRankSum=-1.529;SC=ACTCAAAAAGCTTAATCACAT;SOR=0.323;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=16;WE=80672268;WS=80672250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr15	80672310	rs35187631	A	C	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=552;ReadPosRankSum=-1.181;SC=CATAAACTTCATTCTCTCCCC;SOR=0.419;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=33;WE=80672318;WS=80672300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,56:0.50:111
chr15	80672506	rs35375628	T	C	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=729;ReadPosRankSum=-1.704;SC=CTGGAATCAGTAAGAGAGAGA;SOR=0.523;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=47;WE=80672514;WS=80672496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,84:0.54:156
chr15	80736682	rs79968897	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr15	80736696	rs72238944	GGT	G	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr15	80743112	.	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=150;ReadPosRankSum=1.382;SC=GGATGCAGGTCCCTGGGCTCT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=80743120;WS=80743102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr15	80806183	rs11072922	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=-0.892;SC=ATCTACTTGATGGCAGCACCA;SOR=0.583;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=13;WE=80806191;WS=80806173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr15	80844936	rs183154743	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=409;ReadPosRankSum=2.169;SC=ATCTCCATCTCGTCTCTGTCA;SOR=0.686;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=22;WE=80844944;WS=80844926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr15	80845136	rs3924894	CT	TC	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.690;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,76:0.47:160
chr15	80845205	.	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr15	80883836	rs76700021	G	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=-1.381;SC=CCCTCCAGCCGCAGTGGTTCT;SOR=0.307;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=80883844;WS=80883826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr15	80884171	rs3935130	C	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.193;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr15	80886191	rs8033706	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=1.668;SC=GGCGCATCATTGCTCCACTCT;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=80886199;WS=80886181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr15	80889699	rs60225999	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.179;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=-1.511;SC=CAGAATAGAAGTGTCCTTTAT;SOR=0.200;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=12;WE=80889707;WS=80889689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr15	80987812	rs62007944	T	C	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	81179926	rs2271159	G	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr15	81193314	.	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.08;MQRankSum=-0.929;NF=20;NR=20;PP=531;ReadPosRankSum=-1.528;SC=TTTCTGATGGGAAACAGATGG;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=40;WE=81193322;WS=81193304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,59:0.47:125
chr15	81212608	rs1553647	G	A	7091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=103;PP=2965;SC=ACTCCTACCCGGGGTACATCC;SOR=0.911;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=77;TCR=106;TR=180;WE=81212616;WS=81212598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr15	81217848	rs2271163	C	T	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=710;SC=GGTTTCTGTTCAGTCAATGCC;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=81217856;WS=81217838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	81221492	rs35092028	C	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=25;PP=769;SC=TGGACCATAGCGGAAGGACCC;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=81221500;WS=81221482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	81234741	rs1553646	C	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=21;PP=557;SC=CTGTGTCCTGCGGCTGCTGGC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=81234749;WS=81234731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	81244380	rs117474068	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=0.420;SC=TCATATGGCTGGCCATGTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=81244388;WS=81244370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr15	81282144	rs11855057	C	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=383;SC=TTCGCTGCGCCGCGCAGCGCC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=81282152;WS=81282134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	81410106	rs1533055	G	A	8960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=105;PP=2965;SC=CTTCCTCCTCGCTGACTTCAT;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=105;TCR=105;TR=210;WE=81410114;WS=81410096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr15	81410202	rs2280440	C	T	6679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=98;PP=2965;SC=TCTCCTAGTCCTTCTCATCTT;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=67;TCR=99;TR=165;WE=81410210;WS=81410192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr15	81410488	rs2250029	G	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=8;PP=324;SC=TTTTTCTGCAGACATATTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=81410496;WS=81410478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	81426539	rs2683255	G	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=0;PP=314;SC=CAGGGCGAGGGTGCGCGCTGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=81426547;WS=81426529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	81436201	.	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.360;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr15	81565295	.	G	GTTA	235.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.41;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr15	81565652	rs67847307	T	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=213;SC=TCTTGAGTTGTCAGGATACGG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=81565660;WS=81565642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	81582406	rs11632576	G	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=495;SC=AGCTCAGACAGTATAATAGTG;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=81582414;WS=81582396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	81582868	rs8031107	G	A	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=34;PP=1159;SC=AGAGGCATCAGTGGAGTCTGG;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=81582876;WS=81582858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	81584373	rs11635336	G	T	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=40;PP=1081;SC=AGCAGGCAGGGTAGACAGAGG;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=81584381;WS=81584363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	81584389	rs4072680	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=30;PP=752;SC=AGAGGGAGGACGGAGCTGAGG;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=81584397;WS=81584379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	81587757	rs17875496	T	A	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,71:0.52:137
chr15	81589448	rs17875502	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=1.556;SC=CTTCCAAAAGGAAGGGTCTTT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=81589456;WS=81589438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr15	81600995	rs4238526	A	G	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=24;PP=868;SC=ATGAAATCTTACAGCTGGGTG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=42;WE=81601003;WS=81600985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	81624768	rs4417518	C	T	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=16;PP=865;SC=GCCTAGACATCTGAACAAATC;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=81624776;WS=81624758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	81624934	rs183716924	G	A	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=984;ReadPosRankSum=1.509;SC=CTGCCGACACGGAGTCAGATT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=75;WE=81624942;WS=81624924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,106:0.51:209
chr15	81625139	.	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=719;ReadPosRankSum=-2.480;SC=GGACCTCTCCCCAATATAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=46;WE=81625147;WS=81625129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr15	81625336	rs77430896	G	A	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=755;ReadPosRankSum=0.307;SC=CATCTATCTTGAAATGTCTTT;SOR=0.629;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=54;WE=81625344;WS=81625326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,92:0.48:190
chr15	81625385	rs11636318	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=560;ReadPosRankSum=-1.914;SC=GTAAGAGTCACATTCATTAAT;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=46;WE=81625393;WS=81625375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,65:0.44:147
chr15	81631681	rs4489964	C	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=5;PP=686;SC=TCAATATGATCTAATTCCCTT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=81631689;WS=81631671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	81631863	rs74792181	G	A	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=669;ReadPosRankSum=2.476;SC=TAAATCAGATGTCATGTGTTA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=54;WE=81631871;WS=81631853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,92:0.47:194
chr15	81636267	rs7161991	C	T	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=25.51;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr15	81637284	rs4278705	G	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=594;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTCTTCAGGGGCTGTCCTGG;SOR=0.683;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=37;WE=81637292;WS=81637274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr15	81642095	rs78529642	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr15	81642100	.	CT	C	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr15	81649001	rs7167034	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=540;SC=CTAGCACCCATGGAGCCTTTG;SOR=1.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=81649009;WS=81648991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	81650539	.	G	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=415;ReadPosRankSum=1.431;SC=ATCCCCACTAGGAAATACGCC;SOR=0.715;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=28;WE=81650547;WS=81650529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr15	81651624	rs55904609	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=329;ReadPosRankSum=0.868;SC=CATCCCCACAATGATAACCAG;SOR=0.775;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=21;WE=81651632;WS=81651614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr15	81651651	rs12903128	G	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=195;ReadPosRankSum=-1.393;SC=CATTTTATGCGACTGCTGTAA;SOR=0.802;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=15;WE=81651659;WS=81651641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr15	81654757	rs5814058	T	TG	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=438;ReadPosRankSum=0.589;SC=CCTTTAATTATGATTATGGCT;SOR=1.911;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=11;WE=81654765;WS=81654747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr15	81666529	rs11634486	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=-1.500;SC=TGCTCTGCCCGCTAGTTCTCA;SOR=0.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=81666537;WS=81666519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr15	82335444	rs11073028	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.67;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	82387776	rs1532750	T	C	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr15	82387862	rs3087595	G	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=-1.249;SC=ATGCCATCGAGGAACTGAAAA;SOR=0.668;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=29;WE=82387870;WS=82387852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr15	82387951	rs1969090	G	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=23;PP=612;SC=GTCCAATGAAGCACTGACATT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=82387959;WS=82387941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	82431219	rs2457497	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=144;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TCATGGATCAATCATATGGCT;SOR=0.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=13;WE=82431227;WS=82431209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr15	82444437	rs905450	A	G	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GAGTATTTTCACCCTCATTCA;SOR=0.631;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=50;WE=82444445;WS=82444427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,82:0.42:193
chr15	82444638	.	G	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=694;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CTTTCATTTGGTGTATGACTG;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=45;WE=82444646;WS=82444628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
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chr15	82512429	rs2292189	C	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.104;NF=12;NR=5;PP=171;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CTCTTGGCTCCTCTCCTTTTG;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=17;WE=82512437;WS=82512419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
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chr15	82523358	rs11073036	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-1.585;SC=AACGATTATTGATTTCTGTGA;SOR=1.038;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=10;WE=82523366;WS=82523348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr15	82523405	rs12324875	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr15	82530630	rs1972460	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=361;ReadPosRankSum=-0.546;SC=AGATTTAATCAGATGCAAACA;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=28;WE=82530638;WS=82530620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr15	82544927	rs3902959	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=430;ReadPosRankSum=-1.269;SC=GAATAAAATACGTGGAATATA;SOR=1.593;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=25;WE=82544935;WS=82544917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr15	82545214	rs4344697	A	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.691;NF=4;NR=18;PP=348;ReadPosRankSum=0.870;SC=ACTTATATTTAATTTGTTATT;SOR=0.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=22;WE=82545222;WS=82545204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr15	82555242	rs11631813	A	G	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,128:0.47:274
chr15	82558034	rs3858954	G	C	124.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.921;NF=4;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GAGTCTTAAAGCCAAGCAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=6;WE=82558042;WS=82558024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr15	82563991	rs16973457	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=0.251;SC=CGCCATGTGCCAGAAGAATAT;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=17;WE=82563999;WS=82563981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr15	82574879	rs11630197	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.377;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TTTTCAACCATGGGAAATCCC;SOR=0.252;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=15;WE=82574887;WS=82574869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr15	83215251	rs1267657	T	C	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,71:0.54:132
chr15	83224696	rs1145171	C	T	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	83240293	rs783544	A	C	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=568;ReadPosRankSum=-0.384;SC=CTGTTTTGGAAAGGAGCACAG;SOR=0.764;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=38;WE=83240301;WS=83240283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr15	83241984	rs11336258	AT	A	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=1.270;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr15	83297138	rs10400906	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=542;ReadPosRankSum=1.308;SC=AGAAGACAATCTGATAGAGAT;SOR=0.815;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=37;WE=83297146;WS=83297128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,55:0.38:143
chr15	83328542	rs11635442	C	G	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=574;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TGGGGCTCCTCCTTCAAACCA;SOR=0.540;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=45;WE=83328550;WS=83328532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,76:0.46:166
chr15	83331155	rs2278355	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr15	83334128	.	AACACACACACACACACACACACACAC	A	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.88;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr15	83334419	rs7494860	T	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=216;ReadPosRankSum=-0.470;SC=TGATTCTGGTTGGGACTTCCC;SOR=1.219;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=19;WE=83334427;WS=83334409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr15	83348591	.	C	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CCACCGAAGCCCCAGGCCTGC;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=24;WE=83348599;WS=83348581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr15	83357171	.	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=0.886;SC=TGAGGGTTGAGGGGTTCTCCA;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=13;WE=83357179;WS=83357161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr15	83357590	.	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=568;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TCACCTTGGGGAGAGCACGTT;SOR=0.869;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=43;WE=83357598;WS=83357580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,65:0.42:156
chr15	83378339	.	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr15	83395340	rs11633991	T	C	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.001;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=742;ReadPosRankSum=1.057;SC=TCACACTTCATGATGGAGGTC;SOR=0.368;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=57;WE=83395348;WS=83395330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,84:0.54:155
chr15	83428192	rs1108134	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=300;ReadPosRankSum=0.226;SC=TGCACAAATTCGTGAAGCTGA;SOR=0.462;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=21;WE=83428200;WS=83428182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr15	83455423	rs62011702	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=0.073;SC=TGTAGAAGGCGTTTTAGATTT;SOR=1.080;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=11;WE=83455431;WS=83455413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr15	83481880	rs35270670	A	G	175.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GGAAAAGCCAACACCATGGTA;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=83481888;WS=83481870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
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chr15	83523368	rs1256426	C	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=321;ReadPosRankSum=-0.968;SC=CAGCTGGCCTCGGGGCTCACT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=22;WE=83523376;WS=83523358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
chr15	83528056	rs55861392	G	GT	39	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=58;SC=ACAAGTTTTTGTTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=83528064;WS=83528046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	83673822	.	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.362;SOR=1.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
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chr15	83680329	rs17361375	G	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=379;ReadPosRankSum=-1.574;SC=GTTGCCCGAAGGTGCCTCAGC;SOR=0.489;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=30;WE=83680337;WS=83680319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr15	83680426	rs12906626	C	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-0.820;SC=AGCGGCCCCACCGCCCGGCGC;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=83680434;WS=83680416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr15	83735449	rs66531444	AGCCCG	A	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=257;SC=GGGATCTCCCAGCCCGGCCCG;SOR=1.802;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=83735461;WS=83735439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	83735926	rs8040457	C	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=0.791;SC=CGGTTGCCCACGTTATGGACA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=83735934;WS=83735916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr15	83781474	rs1075619	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=0.639;SC=AGGGAATGCATTCAATAGTCA;SOR=0.741;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=16;WE=83781482;WS=83781464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr15	83793622	rs17507693	A	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=509;ReadPosRankSum=0.214;SC=TTTTTCCATCAGACTTCTTAG;SOR=1.493;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=26;WE=83793630;WS=83793612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr15	83808103	rs8043224	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.304;SC=TATCCACACCTAGATAGTACA;SOR=0.368;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=83808111;WS=83808093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr15	83832698	rs12440562	T	G	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.822;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,48:0.45:107
chr15	83838062	rs75386403	A	AAAG	1036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQRankSum=0.225;QD=22.54;ReadPosRankSum=1.363;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr15	83838099	rs11259967	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.368;NF=4;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=-1.952;SC=CCCGGGAGGCGGAGCTTGCAG;SOR=0.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=83838107;WS=83838089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr15	83937081	rs11854520	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=-0.357;SC=TTCGGCAGCACTTATTGAGCA;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=23;WE=83937089;WS=83937071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr15	83953236	rs113285762	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.054;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr15	84234009	.	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=1.127;SC=CTCTAATAACCCATGTTTACT;SOR=0.963;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=18;WE=84234017;WS=84233999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr15	84257295	rs7182322	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TGTAAAAATCGTCCCTTTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=9;WE=84257303;WS=84257285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr15	84257351	rs7182482	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=376;ReadPosRankSum=0.821;SC=AAGGCAGAGAGGATGTGTGTT;SOR=1.597;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=23;WE=84257359;WS=84257341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr15	84324441	rs2730080	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=239;ReadPosRankSum=1.518;SC=TGCCATGGGGGCCAGAGCTGG;SOR=0.555;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=22;WE=84324449;WS=84324431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,39:0.36:108
chr15	84373319	rs3079595	C	CAG	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.313;NF=1;NR=9;PP=399;ReadPosRankSum=-0.895;SC=GGTCAGGAAACTGTCTCTAAA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=10;WE=84373327;WS=84373309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr15	84373370	rs890309	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.100;SC=TGCAATACAAGTACAACAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=84373378;WS=84373360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr15	84473531	rs7179507	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr15	84488529	rs4583200	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=3.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TCTCACTGGGTGATGTGCATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=84488537;WS=84488519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr15	84488636	rs4483821	A	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr15	84507075	rs12901128	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=306;ReadPosRankSum=0.020;SC=TTGGAAGTAGCTTTTGTACCA;SOR=0.487;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=21;WE=84507083;WS=84507065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr15	84539619	rs4144691	C	G	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=42;PP=1245;SC=CGGCGTCTTTCTCGTAGAAAA;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=79;WE=84539627;WS=84539609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr15	84554018	rs8028931	G	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=28;PP=840;SC=AGATAAATTAGACATTTACAT;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=84554026;WS=84554008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	84566444	rs7162129	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr15	84568504	rs6603004	A	G	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.874;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,65:0.42:156
chr15	84581904	rs4842923	T	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=374;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TGCAGGTCCGTGAGGTGAAGT;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=35;WE=84581912;WS=84581894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
chr15	84582124	rs4842838	G	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=705;ReadPosRankSum=0.685;SC=AGCAACATGCGTGGGAGGTAT;SOR=0.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=46;WE=84582132;WS=84582114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,54:0.51:106
chr15	84611367	rs34047645	G	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=0.464;SC=GGGCTCTTGGGGGCCCTGCTC;SOR=0.537;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=12;WE=84611375;WS=84611357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr15	84611630	rs12901723	G	A	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=690;ReadPosRankSum=-1.497;SC=CAAGCCTGCCGCCTCACCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=45;WE=84611638;WS=84611620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,73:0.58:126
chr15	84639350	rs2277849	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=325;ReadPosRankSum=0.796;SC=TCTACCAGGGCTCCCTCTTGT;SOR=0.483;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=28;WE=84639358;WS=84639340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr15	84651006	.	C	CT	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr15	84651185	rs8031704	C	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=774;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TTAAGTGCCCCGTGCGACGAT;SOR=0.896;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=47;WE=84651193;WS=84651175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,66:0.57:116
chr15	84651290	rs7176737	T	C	5590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=61;PP=2381;SC=TAAAAATCCATGGTCTTGCTG;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=81;TCR=61;TR=142;WE=84651298;WS=84651280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr15	84657643	rs11629550	T	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=2.004;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr15	84706461	rs950169	C	T	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr15	84722521	rs1818950	A	G	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.710;NF=29;NR=21;PP=610;ReadPosRankSum=0.400;SC=GAGTTGTGAAATCCTCAAAGC;SOR=0.726;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=50;WE=84722529;WS=84722511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,87:0.48:181
chr15	84740748	rs35648189	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr15	84753177	rs12437525	A	G	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=5;PP=107;SC=AATTGCTGGCAAGAAAAACAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=84753185;WS=84753167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	84758840	rs1567086	A	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=7;PP=559;SC=AGACCCCGTCACTACAAAAAT;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=84758848;WS=84758830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	84782417	rs11638297	A	C	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=46;PP=1056;ReadPosRankSum=1.020;SC=AGGATCACAAACTTTTGACTC;SOR=0.888;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=31;TCR=70;TR=65;WE=84782425;WS=84782407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,96:0.62:155
chr15	84784919	rs62026533	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQRankSum=-1.836;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr15	84784964	rs11637158	C	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.41;QD=24.37;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	84950110	rs62029582	G	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQRankSum=0.060;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr15	84950209	rs10152249	T	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=19;PP=787;SC=ATGGCAAATTTTGACCATTGC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=33;WE=84950217;WS=84950199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	85149771	rs2271433	G	T	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=33;PP=1079;SC=TGTAGCTGTCGTTGCTTCCCT;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=85149779;WS=85149761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	85159397	rs10083683	C	G	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=282;SC=GAACCTGGGACGCAGAGGTTG;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=85159405;WS=85159387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	85163998	rs2044502	G	C	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=37;PP=1910;SC=CAGGGACACAGCCCAGGTGAG;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=85164006;WS=85163988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	85164809	.	G	A	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.808;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.234;SC=GCTCCAGTCTGATTGCACACC;SOR=0.775;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=76;WE=85164817;WS=85164799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,110:0.50:222
chr15	85175102	rs2121452	G	A	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=30;PP=1471;SC=TTTAGAGTGCGGTTGCAAAGC;SOR=1.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=79;WE=85175110;WS=85175092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr15	85186637	rs510875	G	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=228;SC=AGTCCTACATGAGCACCCTTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=85186645;WS=85186629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	85187103	rs11630487	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=0.584;SC=CCATCTCAGCCTCCCAAAATG;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=85187111;WS=85187093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
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chr15	85189464	rs2271431	T	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=753;ReadPosRankSum=-0.090;SC=CCTGCAGACTTCGGAGCCTCG;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=53;WE=85189472;WS=85189454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,65:0.43:152
chr15	85191274	rs7169629	C	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=531;ReadPosRankSum=0.584;SC=GCTTGGGACTCCACTTCCCAT;SOR=0.580;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=32;WE=85191282;WS=85191264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
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chr15	85200520	rs1051168	G	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr15	85200754	rs2292462	G	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=-1.235;SC=TGGTGGCAAAGCCTGCTCCCT;SOR=0.093;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=85200762;WS=85200744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr15	85201419	rs12904605	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TCGGGCGCGCTTCCCGGCCGC;SOR=0.148;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=11;WE=85201427;WS=85201409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr15	85224185	rs17533454	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=-2.483;SC=TTCTAGTGTCGAAATAATTAT;SOR=0.474;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=19;WE=85224193;WS=85224175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr15	85235757	rs12900890	C	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=307;SC=CTCCAACAAACTCTAAAATTC;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=85235765;WS=85235747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	85259053	rs6496355	C	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=7;PP=699;SC=GCCCCGCCCCCGGTAGGCCCT;SOR=2.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=85259061;WS=85259043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	85327279	.	C	T	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=39;PP=1454;ReadPosRankSum=1.654;SC=GCCAGTGACTCGTCATCTCCC;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=109;TCR=72;TR=96;WE=85327287;WS=85327269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,148:0.52:287
chr15	85333953	rs2241645	A	G	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=55;PP=2242;SC=AGGTATGCCAAATGCTGCTGC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=124;WE=85333961;WS=85333943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr15	85360101	rs11857356	T	C	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=16;PP=1165;SC=GGCTTGTCTATGTGCTGGGCC;SOR=1.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=85360109;WS=85360091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	85370597	rs891286	C	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=222;SC=CGGGGTGCTGCAGCTCTGGCC;SOR=2.049;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=85370605;WS=85370587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	85382193	rs1896864	C	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=270;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GTAACCCAGTCTCCTGCTTCT;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=23;WE=85382201;WS=85382183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr15	85383145	rs3803403	C	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=604;ReadPosRankSum=1.401;SC=GAGGTCGACACTCTGCGCAAG;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=32;WE=85383153;WS=85383135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr15	85383640	rs3803405	G	A	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=774;ReadPosRankSum=0.257;SC=GCTGCACGGGGGCCTGGGTCC;SOR=0.498;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=45;WE=85383648;WS=85383630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr15	85383839	rs3803406	G	A	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=896;ReadPosRankSum=0.595;SC=GGGCGCCTGGGGAGAGTCCCA;SOR=0.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=54;WE=85383847;WS=85383829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,66:0.50:133
chr15	85401259	rs306197	C	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=12;PP=716;SC=GAGGTTTCCCCTGAGGGGCCT;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=85401267;WS=85401249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	85401419	rs167379	T	C	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=34;PP=1290;SC=CTCTGACAGGTCTCCCGGCAG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=85401427;WS=85401409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	85402735	.	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-1.469;SC=AATAACCAGGGGAGGTCCTTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=85402743;WS=85402725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr15	85406670	.	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=248;ReadPosRankSum=0.641;SC=CCCCAGGGCTGGAATCCTCCT;SOR=1.402;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=16;WE=85406678;WS=85406660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr15	85407564	rs2289138	A	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=251;SC=GCTGAGAATTACATTCTTGGA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=85407572;WS=85407554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	85438397	rs8187753	A	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=378;SC=GGGAGGGCCCATGAGCTGAGG;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=85438405;WS=85438387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	85447431	rs2290272	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=368;ReadPosRankSum=0.902;SC=CTGCGTGTTCGTCGCTCTCCT;SOR=0.727;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=29;WE=85447439;WS=85447421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,51:0.35:146
chr15	85448684	rs2290270	G	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=225;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TCTGGGCAGGGCAATGCCCCC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=12;WE=85448692;WS=85448674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr15	85448875	rs8187758	C	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=1.766;SC=GCTGGGCGAGCAGATCCGGGT;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=31;WE=85448883;WS=85448865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,60:0.54:111
chr15	85448906	rs2290269	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=2.762;SC=GGTCTGGCTGCCCAGAGCATC;SOR=0.742;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=23;WE=85448914;WS=85448896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr15	85448992	rs67047009	G	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GAAGGCTTGGGACCTGGAGGG;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=85449000;WS=85448982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr15	85451852	rs4980349	T	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=414;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GGGGACTACGTCCCTGGGCCA;SOR=0.381;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=29;WE=85451860;WS=85451842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr15	85452095	rs2305365	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr15	85461898	rs1562885	G	C	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=38;PP=1221;SC=GGTTCACACTGTCCCAGAATG;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=85461906;WS=85461888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	85461971	rs1562884	G	A	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=18;PP=386;SC=CCCTTCCAGAGTCCCCTGTTC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=85461979;WS=85461961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	85487960	rs11479919	GC	G	8973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.24;NF=35;NR=78;PP=2966;SC=CGGGGGCCCTGCCCCACCCAC;SOR=0.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=113;WE=85487968;WS=85487950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr15	85487991	.	C	T	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.517;NF=42;NR=46;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CTACAGGGATCCTCTACATGC;SOR=0.675;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=186;TCF=91;TCR=95;TR=88;WE=85487999;WS=85487981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,132:0.46:284
chr15	85504892	.	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=1.091;SC=TCTTGATGGTCGTAAGACACT;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=5;WE=85504900;WS=85504882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr15	85619248	rs11631548	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=3.339;SC=GTCAGGCATGCCCCTTTGTAG;SOR=0.998;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=20;WE=85619256;WS=85619238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr15	85633845	rs17540307	A	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=257;ReadPosRankSum=1.462;SC=GGATTAAGTGACTTGCTGAGG;SOR=0.425;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=18;WE=85633853;WS=85633835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr15	85656568	rs2304422	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=352;ReadPosRankSum=-1.616;SC=AGGTGCCCAGAGTTGTGCATG;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=26;WE=85656576;WS=85656558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr15	85659150	rs71466073	C	CAA	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=6.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.716;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr15	85664280	rs142004997	CTCTT	C	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.623;NF=0;NR=8;PP=306;ReadPosRankSum=1.375;SC=GTTGATCCCTCTCTTTCTTTT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=85664291;WS=85664270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr15	86029097	rs11856869	C	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=20;PP=529;SC=AACCATATGTCCATGAATATA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=86029105;WS=86029087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	86063681	rs11634589	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-0.493;QD=17.58;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr15	86064909	rs1483581	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-0.136;SC=GTGTAGACAGTATAAAAAAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=86064917;WS=86064899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr15	86087212	rs7162720	C	T	5569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr15	86087309	rs2291049	T	C	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	86087440	.	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.518;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-1.252;SC=TATCTCTTATATTTTACTATT;SOR=2.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=6;WE=86087448;WS=86087430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr15	86098507	rs7180143	G	T	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	86098647	rs7164821	T	C	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	86122654	rs2061821	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=2.189;SC=GACTTGGTCATGGAGCCAGGC;SOR=0.516;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=18;WE=86122662;WS=86122644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr15	86122779	rs2061822	T	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=262;ReadPosRankSum=1.089;SC=TGCCACTGTTTGGAAGAATGT;SOR=0.556;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=20;WE=86122787;WS=86122769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr15	86122916	rs2061823	T	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=428;ReadPosRankSum=-0.390;SC=GTGCCCCTGCTGCCAGTTCCC;SOR=0.493;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=37;WE=86122924;WS=86122906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr15	86123019	rs2061824	C	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=454;ReadPosRankSum=0.521;SC=TTCACGAAGTCGTGAGGAGAG;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=36;WE=86123027;WS=86123009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,59:0.45:132
chr15	86123170	rs745191	G	T	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=958;ReadPosRankSum=0.597;SC=GCCCTTCTTGGGCTGGAAGAA;SOR=1.181;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=65;WE=86123178;WS=86123160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,79:0.48:165
chr15	86123833	rs4075256	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=168;ReadPosRankSum=1.713;SC=GACAGGGCAGTAGGCCTGTCC;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=11;WE=86123841;WS=86123823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr15	86123924	rs4075255	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=388;ReadPosRankSum=-1.252;SC=ATGAGGGTCCCGCCCCTCCAG;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=22;WE=86123932;WS=86123914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr15	86123988	rs4075254	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=371;ReadPosRankSum=1.755;SC=CCTGCAAAGTGTGGGTAAGGC;SOR=0.985;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=28;WE=86123996;WS=86123978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr15	86124419	rs4843073	C	T	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=550;ReadPosRankSum=1.184;SC=ACAACAGCTCCGCTCTGTTGC;SOR=0.840;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=35;WE=86124427;WS=86124409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr15	86124483	rs4843074	C	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=606;ReadPosRankSum=0.452;SC=CTGCAGTCAGCCTTCTCCTCT;SOR=0.754;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=36;WE=86124491;WS=86124473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,66:0.52:126
chr15	86124555	rs4843075	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=560;ReadPosRankSum=0.059;SC=GGTGAGTGGAGATGTGACGGT;SOR=0.875;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=39;WE=86124563;WS=86124545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,60:0.44:135
chr15	86124946	rs7162168	T	C	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=686;ReadPosRankSum=-0.791;SC=AGGGAAGTCATGCGAGCCCCG;SOR=0.800;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=54;WE=86124954;WS=86124936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,80:0.49:162
chr15	86124968	rs11633087	G	A	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=807;ReadPosRankSum=0.687;SC=CTTCAGGCAGGGAAAGGAGCA;SOR=0.820;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=50;WE=86124976;WS=86124958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,82:0.49:167
chr15	86125031	rs7178065	G	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=626;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TGCCTAAGGGGGCAGACTTGA;SOR=0.891;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=44;WE=86125039;WS=86125021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,77:0.48:159
chr15	86129201	rs931082	T	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.900;SC=ATAAATGTGTTTATGTTGCTG;SOR=0.446;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=86129209;WS=86129191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr15	86163336	.	A	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=531;ReadPosRankSum=1.375;SC=TATGAACGGCACAAGAGGCGC;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=42;WE=86163344;WS=86163326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr15	86189223	rs138506038	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.668;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr15	86199049	rs17635450	C	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=314;ReadPosRankSum=0.268;SC=TTTAGTGTCTCAGTGTCTGCT;SOR=1.445;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=17;WE=86199057;WS=86199039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr15	86212866	rs12904047	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=0.937;SC=TTATTTTACTATGTGGGTCTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=86212874;WS=86212856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr15	86213172	rs338523	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr15	86225263	rs117130987	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=281;ReadPosRankSum=-1.607;SC=AGAAGGAGGAGGTACCATGTG;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=18;WE=86225271;WS=86225253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr15	86227952	rs2306225	A	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=355;ReadPosRankSum=0.013;SC=AAAAAAATCAATCTTCTTGTT;SOR=0.286;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=22;WE=86227960;WS=86227942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr15	86228113	.	C	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr15	86253768	rs8037947	T	A	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=14;PP=976;SC=TCAGGGCTTGTCAGAGGTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=86253776;WS=86253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	86253911	rs8038249	T	G	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,71:0.43:166
chr15	86260700	rs3765096	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=408;ReadPosRankSum=0.524;SC=TTACCTAGAACATAAGTCTTA;SOR=0.427;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=35;WE=86260708;WS=86260690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,48:0.39:123
chr15	86262256	rs74025667	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=1.541;SC=CTTTGAGGGCGAATGCTTATA;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=86262264;WS=86262246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr15	86278174	rs2241267	C	T	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=77;SC=ACTTGTTTTCCCCTCATTGAA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=86278182;WS=86278164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	86278309	rs2241268	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr15	86284817	rs13511	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=441;ReadPosRankSum=0.445;SC=AGCAGAAATATAGAGCCTGTT;SOR=0.524;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=26;WE=86284825;WS=86284807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr15	86287724	rs11629690	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=2.428;SC=CAGAAACCCCGGTGCGCAGAA;SOR=0.467;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=11;WE=86287732;WS=86287714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr15	86311695	rs1978391	G	A	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1355;ReadPosRankSum=0.946;SC=TGGTTCCTCCGAAAACAAAGA;SOR=0.552;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=192;TCF=76;TCR=116;TR=92;WE=86311703;WS=86311685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,133:0.47:283
chr15	86312681	rs11073537	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=641;ReadPosRankSum=1.107;SC=CCTGCCTCCAGCAGTGACTCA;SOR=0.885;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=49;WE=86312689;WS=86312671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,78:0.42:184
chr15	86313048	rs2614657	T	C	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=35;PP=1006;SC=ACATGGTGCGTCAGCTTGTGG;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=86313056;WS=86313038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	86697481	.	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=248;ReadPosRankSum=2.747;SC=TGAATTAGCTCTTTTGATTCA;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=13;WE=86697489;WS=86697471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr15	86697596	rs7161846	G	C	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr15	86702077	rs138607491	TA	T	652.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.715;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.029;NF=15;NR=1;PP=923;ReadPosRankSum=-1.337;SC=AGTTGCCCCTTAAAGATTTAA;SOR=1.911;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=16;WE=86702085;WS=86702066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr15	86800209	rs1353578	C	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=21;PP=616;SC=TCCCGGTCCCCGGGTGCATCA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=86800217;WS=86800199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	86806029	rs1566088	C	T	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=41;PP=1398;SC=TGGAAACAGACGTGAACAAGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=83;WE=86806037;WS=86806019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr15	86807542	rs10520617	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=318;ReadPosRankSum=2.663;SC=CTCAGTATGCCAATCACCACC;SOR=0.929;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=28;WE=86807550;WS=86807532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr15	86807761	rs10520618	A	G	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=982;ReadPosRankSum=-0.454;SC=ATTCTTCTGAAAGTGAAATCC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=59;WE=86807769;WS=86807751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,76:0.48:157
chr15	86807843	rs11857527	T	C	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=699;ReadPosRankSum=-2.257;SC=GATGAGTGCCTCCTTTTCTAA;SOR=0.717;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=48;WE=86807851;WS=86807833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr15	86807884	rs11856833	A	C	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=664;ReadPosRankSum=0.050;SC=TTGTCAAAGTAATAGATAAGC;SOR=0.544;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=47;WE=86807892;WS=86807874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr15	86808051	.	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr15	86809807	rs8041327	C	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=4;PP=189;SC=TGATGAAAATCCAGGTTAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=86809815;WS=86809797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	86814654	rs11852354	T	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=203;SC=ATATTTATGATTGCATTTAGG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=86814662;WS=86814644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	86814866	rs11858435	A	G	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=34;PP=1190;SC=AGCCCACCCTATATTCTGTGA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=86814874;WS=86814856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	86940622	rs4362360	T	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=1.495;SC=AGGTGATCACTGCTCGAGTTC;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=21;WE=86940630;WS=86940612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,54:0.56:96
chr15	86940673	rs1367647	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=-2.501;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr15	87065910	.	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr15	87066183	.	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=461;ReadPosRankSum=0.440;SC=GAGTCACTTCCTTCTGCCTCC;SOR=0.838;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=33;WE=87066191;WS=87066173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr15	87089112	.	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=0.640;SC=AACAGCATCCGAGAAAGTTGA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=87089120;WS=87089102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr15	87089380	.	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=0.045;SC=CCGCTGTGGGGAATGACATCA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=20;WE=87089388;WS=87089370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr15	87097468	rs9788743	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=162;ReadPosRankSum=0.190;SC=TTAGGGTTAATAAATGATTTA;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=11;WE=87097476;WS=87097458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr15	87099471	.	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=360;ReadPosRankSum=-0.680;SC=AGAGGCTGTTGGAGAGGACAA;SOR=0.803;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=25;WE=87099479;WS=87099461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr15	87099537	rs752270	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-2.534;SC=AGCATTTATCTTGTGAAATTT;SOR=0.682;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=13;WE=87099545;WS=87099527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr15	87217488	rs11853730	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.510;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr15	87217613	rs8028043	A	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=563;SC=CTCCTGGCTCAAGCTGCAACT;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=87217621;WS=87217603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	87531281	rs1006030	A	C	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	88423463	rs1560975	C	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=12;PP=654;SC=TCTTATGAGCCCTCCCCCAAT;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=88423471;WS=88423453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	88576185	rs2229910	G	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=266;ReadPosRankSum=-2.194;SC=TGTCGGGCCCGGCATCCAGTG;SOR=0.864;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=25;WE=88576193;WS=88576175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr15	88669382	rs3825882	G	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=244;ReadPosRankSum=0.149;SC=ATCAGTACCAGTTAGACCCCA;SOR=0.354;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=20;WE=88669390;WS=88669372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr15	88670279	.	T	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=201;ReadPosRankSum=-0.183;SC=AATTCATTACTTTTTTTTTTC;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=17;WE=88670287;WS=88670268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr15	88679785	rs1863480	G	A	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	88690736	.	CCTTCTT	C,CCTTCTTCTT	1002.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.81;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,20,7:0.71,0.25:28
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chr15	89169614	rs3743476	A	G	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=30;PP=1109;SC=TGCCTCCAGAACCAGGGTCCT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=89169622;WS=89169604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	89169858	rs8027765	A	G	6059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=69;PP=2304;SC=CTACCATGGCAATGTCCTCTA;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=135;WE=89169866;WS=89169848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr15	89172352	rs3826040	C	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=616;SC=GCTGCCTCCCCCCACAGGGAT;SOR=2.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=89172360;WS=89172342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	89172558	rs3743475	G	C	6370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr15	89173136	rs3826039	A	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=177;SC=TATGGTGTACAGTTGAGGTTC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=89173144;WS=89173126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	89173657	rs3826038	A	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=177;SC=CCAGAGGAGTAGGGGTCATCT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=89173665;WS=89173647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	89182596	rs3200942	A	G	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=11;PP=1246;SC=TCCCCAAGGAACATGGCTGGG;SOR=2.833;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=56;WE=89182604;WS=89182586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	89182702	rs35008759	T	C	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=814;ReadPosRankSum=0.337;SC=ACGTCCACGGTGCTGTGCTGT;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=150;TCF=78;TCR=72;TR=69;WE=89182710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,118:0.45:260
chr15	89193584	rs8041679	G	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=0.039;SC=GGCTGGGGCAGTCACAGCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=13;WE=89193592;WS=89193574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr15	89195526	rs1137166	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.070;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=529;ReadPosRankSum=-1.769;SC=AGCGCCTCCTACACAAGAGCA;SOR=0.422;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=38;WE=89195534;WS=89195516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr15	89379363	.	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-1.559;SC=CATCATATGTCACATGACTCT;SOR=0.160;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=89379371;WS=89379353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr15	89385151	rs2293087	T	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=472;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AAGGCCACCTTCCCCTCCCCA;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=31;WE=89385159;WS=89385141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr15	89386543	rs11324188	AG	A	1789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.86;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	89390434	rs12911138	G	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=4;PP=181;SC=GCTGCACACCGTGGGTCCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=89390442;WS=89390424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	89391160	rs2272023	C	A	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=17;PP=703;SC=TTGTGAGCCCCCGGACCCCAT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=40;WE=89391168;WS=89391150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	89392745	rs1568116	T	C	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=26;PP=1793;SC=CTCACAATGCTACGCTGGCCA;SOR=1.466;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=85;WE=89392753;WS=89392735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	89398105	rs2351491	C	T	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=24;PP=1900;SC=CTTGGCCTCCCACTGGCGCAG;SOR=1.574;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=67;TCR=24;TR=89;WE=89398113;WS=89398095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	89398330	rs3743399	G	A	9948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=147;PP=2965;SC=CATCAGCCTCGGAAGAGCCGT;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=265;TCF=118;TCR=147;TR=264;WE=89398338;WS=89398320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr15	89398605	rs938608	G	T	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=44;PP=1442;SC=GAGTGGCCCAGCACTCCTACG;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=89398613;WS=89398595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	89398631	rs938609	T	A	4775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=40;PP=1143;SC=TGAACTGCCCTCTGGAGCTGA;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=89398639;WS=89398621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	89400339	rs2882676	A	C	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=16;PP=793;SC=GATGTCAGTGAACTTCCTTCA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=89400347;WS=89400329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	89401109	rs4932439	A	G	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=37;PP=1434;SC=ACAACCAGGTATTAGTGGAGA;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=89401117;WS=89401099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr15	89401615	rs3825994	T	G	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=47;PP=1392;SC=GTTTCCCCACTGTCTCTCTTG;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=79;WE=89401623;WS=89401605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	89401869	.	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr15	89402051	rs1042630	A	G	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=22;PP=1062;SC=AGCTGGGGACATTAGTGGAGC;SOR=1.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=89402059;WS=89402041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	89402239	rs1042631	T	C	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=55;PP=1977;SC=AAGCTAACCTTGAGAGATCCT;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=123;WE=89402247;WS=89402229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	89402596	rs698621	T	G	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=79;PP=2637;SC=CAACAGATGCTTCCATCCCAG;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=151;WE=89402604;WS=89402586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr15	89414749	rs35446117	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=-1.017;SC=TCGTCACCCCCGAGGAGCAGG;SOR=1.085;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=9;WE=89414757;WS=89414739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
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chr15	89758552	rs4932483	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=427;SC=CAGAGACCTGACCTCCTGCCA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=89758560;WS=89758542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr15	89877065	rs3087378	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=218;ReadPosRankSum=-0.690;SC=CTGGCTGGAAGACGTGGAGAG;SOR=0.903;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=17;WE=89877073;WS=89877055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
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chr15	90118767	rs56144360	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=13.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.626;SOR=2.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr15	90119304	.	T	C	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=801;ReadPosRankSum=-0.822;SC=CTGTCCGCACTCGCAGAGGGA;SOR=0.780;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=55;WE=90119312;WS=90119294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,73:0.45:162
chr15	90119614	rs11855211	G	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CAAATAAATAGGAACAGTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=90119622;WS=90119604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	90126121	rs10775247	C	T	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,93:0.50:185
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chr15	90128834	rs11639246	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=0.753;SC=TAGTTTTCACGTTAATAATAA;SOR=0.460;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=17;WE=90128842;WS=90128824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr15	90128910	rs893723	T	C	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=620;ReadPosRankSum=1.061;SC=GACAATAATATTCTCAACTAA;SOR=0.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=40;WE=90128918;WS=90128900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr15	90128966	rs11629584	C	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=645;ReadPosRankSum=-1.656;SC=TGGTGAAGGCCGGCCCCCCAT;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=46;WE=90128974;WS=90128956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,78:0.49:160
chr15	90129188	rs1540504	T	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=837;SC=GCTCCTAAACTAGTAACTAAC;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=90129196;WS=90129178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	90129227	rs1540503	A	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=22;PP=648;SC=CAGTCTTTTCAAGCATCGGGA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=90129235;WS=90129217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	90135172	rs35892197	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=0.557;SC=CTTTGTATGTCCTTTGGAGGG;SOR=0.527;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=6;WE=90135180;WS=90135162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr15	90135196	rs8041127	A	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=4;PP=641;SC=CAGTCAGTCCAGGGGAGGAGC;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=33;WE=90135204;WS=90135186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	90135432	rs34494298	A	G	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=47;PP=1290;SC=TATCTCTTGAATATTGATTAT;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=90135440;WS=90135422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	90138670	rs8042146	C	T	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=17;PP=767;SC=ATACCATGTGCCGTTCCTTAA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=90138678;WS=90138660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	90144851	rs4932233	T	C	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=25;PP=897;SC=TCAAAACCTATGTATGGTGTT;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=49;WE=90144859;WS=90144841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	90144894	rs4932234	T	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=18;PP=891;SC=AGGACTACTTTTTAGGCTGGG;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=43;WE=90144902;WS=90144884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	90144944	rs4244876	G	A	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=24;PP=1080;SC=TAACTGTTCCGTATTCGATCA;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=90144952;WS=90144934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	90159575	rs56036125	T	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=580;ReadPosRankSum=1.688;SC=CCCTTGGCCTTACTGCTGCTT;SOR=0.742;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=37;WE=90159583;WS=90159565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,57:0.59:97
chr15	90161355	rs2289486	G	A	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=36;PP=1426;SC=GTGGTATGGAGTAATCCTTGT;SOR=0.873;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=83;WE=90161363;WS=90161345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	90168108	rs894157	C	T	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=38;PP=1545;SC=GATGCCTTCCCGTGACGTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=90168116;WS=90168098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	90168693	rs1866928	T	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=650;ReadPosRankSum=1.296;SC=ACTGCTTGAGTCAGAGGGCAA;SOR=0.740;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=46;WE=90168701;WS=90168683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr15	90169331	rs55653159	A	G	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=935;ReadPosRankSum=-2.196;SC=TTCCTGTGACAGACTGTCTGA;SOR=0.791;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=61;WE=90169339;WS=90169321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,84:0.68:124
chr15	90170237	rs3743372	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr15	90172133	rs12914042	C	G	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=388;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AATAAAGGCTCGAGGGAGAGT;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=27;WE=90172141;WS=90172123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr15	90172419	rs143394914	GGGGTGGGGGCTGTGGGCTGGGT	G	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.563;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=2221;ReadPosRankSum=1.454;SC=CAGGGCTGTGGGGGTGGGGGC;SOR=1.989;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=90172448;WS=90172409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr15	90172600	rs74251725	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.639;NF=9;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=-0.958;SC=GGGCCGGGCTGCTCACCTCGA;SOR=0.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=90172608;WS=90172590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr15	90172834	rs72750748	T	G	3201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=51;PP=1213;ReadPosRankSum=1.935;SC=GGCTCAGCCCTCATCATGACC;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=86;TCR=98;TR=95;WE=90172842;WS=90172824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,168:0.49:343
chr15	90173734	rs35820949	C	CAG	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.049;NF=0;NR=8;PP=275;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CCTGCAGAGACGGGCACGCGT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=90173742;WS=90173724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr15	90174789	rs9672286	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=216;ReadPosRankSum=-0.936;SC=GCTTGAGCAGCGAGTCCTTCT;SOR=1.708;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=15;WE=90174797;WS=90174779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr15	90174824	rs12900805	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=277;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TCGATCTCCCCGCGGATCTGC;SOR=0.775;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=21;WE=90174832;WS=90174814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr15	90174955	rs9672296	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-2.151;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr15	90176073	rs3803530	C	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.047;NF=15;NR=5;PP=366;ReadPosRankSum=0.190;SC=CAGGCGCTTGCTCTCCAGCCC;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=20;WE=90176081;WS=90176063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr15	90176239	.	T	TAGGGAGGGAGGGAGGG	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.476;SOR=0.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr15	90176432	rs3803531	T	G	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=23;PP=698;SC=TCCTCTGGAATGCCGCGATCT;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=90176440;WS=90176422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	90177157	rs894156	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.906;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=869;ReadPosRankSum=0.977;SC=ACGGGGCTACCGCGAGCCTGC;SOR=0.336;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=28;WE=90177167;WS=90177147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,53:0.44:121
chr15	90177159	rs11633151	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.559;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=1463;ReadPosRankSum=0.163;SC=GGGGCTACCGCGAGCCTGCCA;SOR=1.395;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=47;WE=90177167;WS=90177147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,63:0.54:116
chr15	90188514	rs894159	A	G	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=31;PP=1403;SC=GCTGGCCCAGAACCGTGGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=90188522;WS=90188504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	90190048	rs1110060	A	G	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=13;PP=569;SC=ACCCAGCCTCACCCTCTTCTC;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=90190056;WS=90190038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	90191827	rs8037349	T	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=13;PP=617;SC=CCGCTCGCCGTCTCTTCGGGT;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=90191835;WS=90191817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	90192905	rs4932240	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=7;PP=606;SC=AGGTAAGCACTCCACTCCAAA;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=90192913;WS=90192895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	90195712	rs11634571	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=251;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CTAGGAAATCGACTCTTCCTC;SOR=0.761;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=15;WE=90195720;WS=90195702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr15	90195765	rs11630003	AA	GG	4880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=18;PP=2426;SC=GCAAGAGGACAAGGCAGAAAT;SOR=1.350;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=62;WE=90195774;WS=90195755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	90195967	rs8179066	C	G	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=43;PP=1523;SC=CCTCCTGCCCCGCATCCTCGG;SOR=0.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=78;WE=90195975;WS=90195957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr15	90208310	rs1052700	A	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=0.157;SC=CTGGGAGCCTAGATCATCAGA;SOR=0.047;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=90208318;WS=90208300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr15	90211047	rs894162	A	T	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=39;PP=1046;SC=GGCAGCAGATAGCTGGCTCAA;SOR=3.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=90211055;WS=90211037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	90213134	rs2304794	T	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=11;PP=484;SC=CAGTGGCTGGTTGAGCCACCT;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=90213142;WS=90213124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	90213229	rs6496589	G	C	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=17;PP=1067;SC=TCCTTGTCTGGAGGGAGGAGG;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=90213237;WS=90213219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	90214948	rs1077903	C	A	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=677;SC=TGCCCTCTTTCGCCCTTGTCT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=90214956;WS=90214938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	90226947	rs7169981	C	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=453;ReadPosRankSum=0.306;SC=GATCCCTGACCAGGCTCAGCA;SOR=0.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=29;WE=90226955;WS=90226937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr15	90233969	rs8029037	G	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CGCTGAGGGGGAGGGGCTGAG;SOR=0.061;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=90233977;WS=90233959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr15	90245253	rs4316730	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=1.063;SC=TCCAGCCCACCGTCTACCCTC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=90245261;WS=90245243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr15	90246336	rs16974175	A	G	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=751;ReadPosRankSum=1.644;SC=CCACAGATTTAGGGAATGAAA;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=56;WE=90246344;WS=90246326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,85:0.51:166
chr15	90248819	rs17238056	A	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	90248917	.	G	A	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=23;QD=19.2570708491;SC=TTTTTAATATGGAAGCAATGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=3;WE=90248925;WS=90248907;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr15	90255099	rs8036614	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=-1.414;SC=TGTCCAATTCTTGTACAAAAA;SOR=0.264;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=90255107;WS=90255089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr15	90258144	rs17238390	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=0.972;SC=AGAAGACAGGCCATTTCTCAG;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=90258152;WS=90258134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr15	90260090	.	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.853;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr15	90260145	rs7163367	T	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.949;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=273;ReadPosRankSum=0.883;SC=TTCTCAGAACTCCCTTGGTCC;SOR=0.433;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=22;WE=90260153;WS=90260135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr15	90270567	rs3743117	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=0.840;SC=CAGGTGAGCCTCCTAATCCCG;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=90270575;WS=90270557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr15	90273040	rs16943559	C	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=-1.021;SC=AAGCTCAGGACTTGCAGACAT;SOR=0.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=7;WE=90273048;WS=90273030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr15	90273070	rs12148067	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.030;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr15	90274639	rs5814401	T	TG	2332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=1280;ReadPosRankSum=0.235;SC=GTGCAGAGTCTGGGGGAACCG;SOR=0.719;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=32;WE=90274647;WS=90274629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr15	90276122	.	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=1.193;SC=CTCATTGCTTGATTTTGCCTT;SOR=0.169;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=90276130;WS=90276113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr15	90293701	rs2305442	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	90293776	rs2305441	A	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=7;PP=258;SC=CCTGCCCTTCAGGGCACGCCG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=90293784;WS=90293766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	90293794	rs2305440	G	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=170;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CCGCCTCGGCGAACAGCGCAG;SOR=0.936;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=11;WE=90293802;WS=90293784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr15	90294306	rs6496598	C	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=0.389;SC=GCGGGGCTCGCCACGGGGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=8;WE=90294314;WS=90294296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr15	90308110	rs34936212	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	90308166	rs72754547	A	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr15	90308181	rs11417736	T	TA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr15	90308194	rs72754548	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr15	90308231	rs62023459	A	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-1.407;SC=GGATTACGCCAGTAATCCTAG;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=12;WE=90308239;WS=90308221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr15	90308253	rs62024160	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.809;SC=ACTTTGGGAGGCCGAGGCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=11;WE=90308261;WS=90308243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr15	90308305	rs62024161	T	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=4;PP=82;SC=CTGGCTAACATGGTGAAACCT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=90308313;WS=90308295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	90320134	rs199821487	AGGGCAGGGGCAG	A	1428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=2985;SC=GGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC;SOR=2.432;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=28;WE=90320153;WS=90320124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	90328551	rs10584	G	C	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=24;PP=985;SC=CACCTTGCATGGGGGCCGGGT;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=90328559;WS=90328541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr15	90333616	rs8192299	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CAGGGCCACGTGGGAGAAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=90333624;WS=90333606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr15	90335534	rs25652	G	A	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=4.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,103:0.58:178
chr15	90335788	rs25651	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
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chr15	90340725	rs3934	A	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.19;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr15	90346861	rs2305443	C	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=743;ReadPosRankSum=-3.066;SC=CCGTGCCCCACGAGGAGCGGG;SOR=0.651;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=54;WE=90346869;WS=90346851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,82:0.49:166
chr15	90349558	rs25653	C	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=624;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CAGCGTCACCCGGTAGGAATC;SOR=0.858;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=39;WE=90349566;WS=90349548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,66:0.54:123
chr15	90393808	rs4932252	G	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.800;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr15	90455940	rs1256836	G	C	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=445;SC=AGCCGGGGCAGGGGAGGCCGA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=90455948;WS=90455930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	90610807	rs74038806	C	A	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=1233;ReadPosRankSum=0.555;SC=CCAGTGGCGGCTGCGACGCCC;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=106;TCR=78;TR=84;WE=90610815;WS=90610797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,141:0.50:283
chr15	90622936	rs117711777	G	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=640;ReadPosRankSum=-1.174;SC=AGAGCTCGACGGCCAGCAGGA;SOR=0.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=46;WE=90622944;WS=90622926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,70:0.54:129
chr15	90623052	rs2970357	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr15	90627429	rs115830969	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=1.793;SC=GCTCACCCTCTGCCGCGCTCA;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=6;WE=90627437;WS=90627419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr15	90627616	rs60147683	T	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=394;ReadPosRankSum=-0.095;SC=ACATCAGGGGTGGCTCCAGGC;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=36;WE=90627624;WS=90627606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,54:0.48:113
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chr15	90628777	rs9972549	T	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CTGTTCCAGGTCTCTTCACCC;SOR=0.399;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=90628785;WS=90628767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
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chr15	90634941	rs10852126	A	G	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=40;PP=1152;SC=CTCTCCTCCCAGCCAGGCCCG;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=90634949;WS=90634931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	90634994	rs34936041	GC	G	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.306;NF=1;NR=6;PP=170;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GGCTCCAGCTGCCCGGTGTCC;SOR=0.527;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=90635002;WS=90634984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr15	90765094	rs8027952	G	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=0.564;SC=TTCCCATCCCGCCAAGGAGTA;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=8;WE=90765102;WS=90765084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr15	90766754	rs908048	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr15	90768156	rs1040083	A	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=13;PP=659;SC=CCTGCCTGCCACCCCGAGGTG;SOR=1.234;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=90768164;WS=90768146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	90768320	rs11073918	C	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=271;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CCGCATGCTGCTGCTGCAGCC;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=23;WE=90768328;WS=90768310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,45:0.42:108
chr15	90771060	rs2271553	C	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.842;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=681;ReadPosRankSum=1.064;SC=AGGGGCATAGCCCAGAGGGAG;SOR=1.138;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=39;WE=90771068;WS=90771050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr15	90771750	rs3751655	T	G	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=1100;ReadPosRankSum=1.813;SC=CCCCCCGGGGTCCCGAGTCTT;SOR=0.920;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=67;WE=90771758;WS=90771740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,96:0.50:192
chr15	90772200	rs1044246	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr15	90772831	rs7024	C	T	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=750;ReadPosRankSum=-1.934;SC=GGTTTTTATACATTTTTTAAT;SOR=0.555;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=51;WE=90772839;WS=90772821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,73:0.58:125
chr15	90773782	rs2073706	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=2.074;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr15	90774259	rs1044813	G	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.886;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=513;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CAGGATCTGGGAAAGGGAGAG;SOR=1.051;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=29;WE=90774267;WS=90774249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr15	90774447	rs34604050	TAGAG	T	3807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.141;NF=15;NR=31;PP=2226;ReadPosRankSum=-0.081;SC=CATCAAAGTCTAGAGAGCAGA;SOR=0.758;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=114;TCF=30;TCR=84;TR=46;WE=90774458;WS=90774437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,104:0.40:261
chr15	90775397	rs2073703	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=0.454;SC=GAGTTAGGGGGTCTAGCAGGG;SOR=0.307;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=90775405;WS=90775387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr15	90775700	rs4628940	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=454;ReadPosRankSum=-0.141;SC=ATCAGGCAACGGTAAGCAAAA;SOR=0.900;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=29;WE=90775708;WS=90775690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr15	90784045	.	C	CA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-2.314;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr15	90784207	rs7166441	A	G	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=42;PP=1349;SC=GGACTGGGGCAGGCAAACCAT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=84;WE=90784215;WS=90784197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	90784250	rs7171194	T	C	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=563;ReadPosRankSum=1.176;SC=AAGGATCTCATGGCAGAAGGG;SOR=0.873;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=46;WE=90784258;WS=90784240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr15	90794102	rs4932171	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=-2.945;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr15	90794188	rs4932309	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr15	90794757	rs4357917	T	G	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=679;ReadPosRankSum=-0.502;SC=CTCCCACTCTTCCTGATTTAT;SOR=0.550;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=49;WE=90794765;WS=90794747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,79:0.51:156
chr15	90794845	rs2882858	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=435;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CCAGCCCGTCGCTCACACTGT;SOR=0.612;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=32;WE=90794853;WS=90794835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr15	90796558	rs12912620	G	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=531;ReadPosRankSum=1.749;SC=GACAGACTGCGCTGTCTCACT;SOR=0.535;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=41;WE=90796566;WS=90796548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,75:0.51:146
chr15	90796704	rs12914094	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=393;ReadPosRankSum=0.498;SC=GTGGCTGTCCCCTTGTGCAGA;SOR=0.867;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=28;WE=90796712;WS=90796694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr15	90798953	rs2063739	C	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=535;ReadPosRankSum=1.576;SC=ATGCCACTTACTCTGGGGGCT;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=35;WE=90798961;WS=90798943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr15	90799282	rs1996179	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=159;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CTCCAGGAAGAGCATGGACTA;SOR=0.576;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=11;WE=90799290;WS=90799272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
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chr15	90801584	rs2048707	G	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=-0.242;SC=GTACACTCAGGTGGTGGAACA;SOR=1.414;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=12;WE=90801592;WS=90801574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr15	90802227	rs67188155	G	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=273;ReadPosRankSum=1.322;SC=TCCTTTAGATGAAGAATGTGG;SOR=0.297;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=23;WE=90802235;WS=90802217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr15	90805084	rs12592600	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=159;ReadPosRankSum=0.765;SC=ATGTGGGGCTAGCCAAAGATG;SOR=0.321;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=11;WE=90805092;WS=90805077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr15	90809633	rs9635390	G	A	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=33;PP=1118;SC=CAGATACGGTGAGACTCAGGA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=90809641;WS=90809623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	90818400	rs4533265	A	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=-1.716;SC=CTGCCGCTGGATCCTGACCCT;SOR=1.022;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=13;WE=90818408;WS=90818390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr15	90892293	rs2589973	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=385;ReadPosRankSum=1.056;SC=GTACTTCCTCCTGTCCAGATC;SOR=0.532;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=26;WE=90892301;WS=90892283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr15	90902336	rs11630434	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQRankSum=1.019;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr15	90903311	rs2589957	A	G	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=30;PP=1373;SC=AATCAGGACAATTCTGAAACA;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=74;WE=90903319;WS=90903301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	90903502	rs11854320	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=506;ReadPosRankSum=-1.143;SC=GGATGGATATGTAGGAGAGAA;SOR=0.744;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=29;WE=90903510;WS=90903492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr15	90931457	rs2589941	C	T	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=2.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	90933898	.	T	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.636;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=0.380;SC=CACTCATTAGTTATCCTGACT;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=6;WE=90933906;WS=90933888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr15	90969335	rs2256388	G	T	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=17;PP=805;SC=TCTCTCCTTTGGTGCAGGTGG;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=90969343;WS=90969325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	90982482	rs7177137	A	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TCTATTTTATACTTCATGCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=90982490;WS=90982472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr15	90982756	rs6496675	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=1.321;SC=GAAAAAAATACGAATAACTTG;SOR=0.339;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=9;WE=90982764;WS=90982746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr15	90993016	rs78896416	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.236;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr15	91009192	rs2074583	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=302;ReadPosRankSum=0.733;SC=ACATGTACCCTGATTTCATGA;SOR=0.363;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=23;WE=91009200;WS=91009182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr15	91009381	rs2074584	G	A	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=700;ReadPosRankSum=0.945;SC=AAGGTGCTCCGTACAGCTTGA;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=48;WE=91009389;WS=91009371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
chr15	91009484	rs2074585	G	A	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=41;PP=1541;SC=TCTGGTAACAGTTCTTTCCCG;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=84;WE=91009492;WS=91009474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	91010776	rs1505936	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=0.999;SC=GGGATGAACCTCCAAATTTTG;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=11;WE=91010784;WS=91010766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr15	91016188	.	CC	TT	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr15	91017232	rs1145325	G	A	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=65;PP=2377;SC=GGCCATTAGGGGCAATTTTGC;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=110;WE=91017240;WS=91017222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	91017274	rs10657378	T	TTTC	1619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.721;NF=5;NR=22;PP=944;ReadPosRankSum=-0.386;SC=AACAGAGAAATTTCTTCTTTT;SOR=0.638;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=27;WE=91017282;WS=91017264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,45:0.41:110
chr15	91026477	rs8040585	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.30;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr15	91030640	rs3833031	GTGC	G	1665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.317;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=948;ReadPosRankSum=1.833;SC=GGTACTGTTTGTGCTGCTGCT;SOR=1.648;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=22;WE=91030650;WS=91030630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
chr15	91034559	rs6496679	C	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TTTTTCCCATCCGTAGGAAGC;SOR=0.596;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=11;WE=91034567;WS=91034549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr15	91043192	rs138128890	A	ATGTTT	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=-0.200;SC=AACTGTCAAAATGTTTTGTTT;SOR=0.998;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=4;WE=91043200;WS=91043182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr15	91141810	rs7180867	A	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=15;PP=428;SC=AGATCCTAACATGAGTGTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=91141818;WS=91141800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr15	91294897	rs7183841	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr15	91312417	rs149754073	C	A	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=712;ReadPosRankSum=-0.869;SC=TGAGAGGAAGCTCTTGGCACG;SOR=0.649;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=53;WE=91312425;WS=91312407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,96:0.53:182
chr15	91312823	rs3815003	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=245;ReadPosRankSum=-1.939;SC=AGGTGTAAGTTGTTGCACGTC;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=21;WE=91312831;WS=91312813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr15	91337479	rs2227933	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=249;ReadPosRankSum=1.011;SC=AAAATATAACGGAATGCAGGA;SOR=0.656;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=18;WE=91337487;WS=91337469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr15	91341599	rs17273842	T	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=-0.221;SC=TTTGAGTTACTTCAATTGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=91341607;WS=91341589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr15	91346923	rs2227934	C	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=1.853;SC=GAAATAAAGCCCAAACTGTAC;SOR=0.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=11;WE=91346931;WS=91346913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr15	91354505	rs1063147	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=153;ReadPosRankSum=-0.813;SC=CTGAGGAGCTCGACGAGGAAA;SOR=1.379;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=14;WE=91354513;WS=91354495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr15	91358271	rs10685387	G	GGAA	2190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=12;PP=1641;SC=CAGGTTGAGAGGAAGGTCATT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=32;WE=91358279;WS=91358261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	91419432	rs11372849	T	TC	2023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=15;PP=1312;SC=GTCCCCCGCCTCCCGGGGACT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=32;WE=91419440;WS=91419422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	91420053	.	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=221;ReadPosRankSum=-0.068;SC=GGGGGCAAAGGGATTCTTCAA;SOR=0.573;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=14;WE=91420061;WS=91420043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr15	91420940	rs2071410	C	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.542;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr15	91420973	rs1573643	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=2.121;SC=GGCTGTTCCATGGAGGGTTCC;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=14;WE=91420981;WS=91420963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr15	91421010	rs72755373	G	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=1.113;SC=GAAAGAGCTGGACCCCTGTGG;SOR=1.002;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=9;WE=91421018;WS=91421000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr15	91421283	rs1573644	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=2.656;SC=GGTGCAGGGCTGGGTGTGCTC;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=11;WE=91421291;WS=91421273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr15	91422543	rs8039305	T	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=10;PP=971;SC=AGCTGGGACCTGGGGTTCTTG;SOR=2.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=47;WE=91422551;WS=91422533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	91423543	rs6224	G	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=521;SC=CAGCGCCGCCGCCTCTCACAG;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=91423551;WS=91423533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	91424574	rs6226	G	C	9577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=86;PP=2965;SC=GCCCTCCAGGGTTCGCCCCCC;SOR=0.936;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=130;TCR=87;TR=216;WE=91424582;WS=91424564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr15	91425232	rs6227	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	91428521	rs11330240	CT	C	1584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.530;NF=11;NR=13;PP=801;ReadPosRankSum=-1.621;SC=TGGGTGCTGGCTGTATCTGCC;SOR=0.684;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=24;WE=91428529;WS=91428511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
chr15	91428955	rs1894400	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=0.355;SC=AACCTTGATGCAGCTTCCTCT;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=91428963;WS=91428945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr15	91430406	rs72755383	C	G	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=940;ReadPosRankSum=-2.547;SC=CCCTTGCCCCCCTTCTGGCAG;SOR=0.757;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=166;TCF=82;TCR=84;TR=69;WE=91430414;WS=91430396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,128:0.44:288
chr15	91430436	rs2071383	T	C	7201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=92;PP=2965;SC=GTGACAAGGCTAAGGACAAGT;SOR=0.858;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=166;WE=91430444;WS=91430426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
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chr15	91435422	rs12909124	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
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chr15	91454793	rs200959123	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=575;ReadPosRankSum=0.412;SC=GAGGTGTGGGCTTGTCAGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=12;WE=91454801;WS=91454769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr15	91482935	rs12440774	G	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=1.323;SC=GCCGTGATTTGTTCCATGCTT;SOR=0.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=13;WE=91482943;WS=91482925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr15	91483531	rs17593423	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=1.238;SC=CTTCCTTTGACGCAGGCTTCT;SOR=0.631;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=11;WE=91483539;WS=91483521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr15	91491206	rs10635983	C	CCT	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.306;NF=1;NR=5;PP=371;ReadPosRankSum=0.056;SC=GGGCCTCCTCCGTCCTGCTCT;SOR=0.673;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=91491224;WS=91491196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr15	91491216	rs2304940	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=365;ReadPosRankSum=-1.243;SC=CGTCCTGCTCTCTGGCTCAGG;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=7;WE=91491224;WS=91491196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr15	91491760	rs2304941	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=-1.804;SC=GGGAGTTTCCCGAATTCATCC;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=8;WE=91491768;WS=91491750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr15	91492877	rs749938	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=242;ReadPosRankSum=0.293;SC=CCGCCTTCTCCCCACAGGGTC;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=20;WE=91492885;WS=91492867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr15	91493059	rs17636026	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
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chr15	91500296	rs10852140	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.655;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=344;ReadPosRankSum=0.965;SC=GCTCCCCCCATCCCCGCCGCC;SOR=0.240;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=17;WE=91500304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr15	91500554	rs146488462	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=0.243;SC=ACGATCCGGCCGGTGAGGCCC;SOR=0.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=18;WE=91500562;WS=91500544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr15	91503049	rs6496741	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr15	91503752	rs1867220	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=230;ReadPosRankSum=0.279;SC=GGAGGCACTCTGCTCCACTCG;SOR=0.169;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=18;WE=91503760;WS=91503742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr15	91504181	rs3743451	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=218;ReadPosRankSum=1.969;SC=GCTGTGGGCTGTGCCAAGCTG;SOR=0.857;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=17;WE=91504189;WS=91504171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr15	91512982	.	T	TA	60	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;FR=0.9999;HP=10;HapScore=2;MGOF=103;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=60;QD=14.4;SC=ACTTTTTAGTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=91512990;WS=91512972;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,5:0.50:10
chr15	91513832	rs139256619	GGGA	G	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.081;NF=0;NR=11;PP=439;ReadPosRankSum=0.198;SC=AAATGACTATGGGAGGAGGCA;SOR=1.348;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=11;WE=91513842;WS=91513822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr15	91517479	rs17636091	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.680;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr15	91517780	rs12898311	G	C	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=1.970;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,111:0.54:206
chr15	91519846	rs72759311	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr15	91523742	rs35250469	CT	C	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.577;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr15	91524841	rs7172758	G	T	5288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=67;PP=2659;SC=GTGGTCTAATGCTTCCATACA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=135;WE=91524849;WS=91524831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr15	91542337	rs3743449	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=197;ReadPosRankSum=0.774;SC=TAGGCCCCAACGGCAACCCAT;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=12;WE=91542345;WS=91542327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr15	91543281	rs35582587	CTG	C	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=194;ReadPosRankSum=-0.198;SC=AGCAGCCAGACTGTCACATTT;SOR=0.512;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=91543290;WS=91543271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr15	91543761	rs11073964	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=418;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TAAGCACCACCGAAGACGTAA;SOR=0.606;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=30;WE=91543769;WS=91543751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr15	91544539	.	C	CA	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.300;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr15	91544831	rs12439887	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=255;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TTCCCTGGAACTAATCAAGAT;SOR=0.165;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=12;WE=91544853;WS=91544821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr15	91544845	rs11073965	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=7.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.31;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
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chr15	91549511	rs59910084	TGGGGCCCACAGCCTGGTATAAGCAG	T	615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CTCTCAGAGCTGGGGCCCACA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=7;WE=91549543;WS=91549501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr15	91549822	rs3826032	G	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=298;ReadPosRankSum=1.188;SC=CCCCACGTGGGAGGTGCCAAG;SOR=0.895;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=17;WE=91549830;WS=91549812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr15	91550953	rs3743447	C	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=290;ReadPosRankSum=-0.168;SC=CCCACAGAGACCAATCTGTAG;SOR=0.765;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=18;WE=91550961;WS=91550943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr15	91560078	rs873130	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.246;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr15	91769832	.	C	T	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.941;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,126:0.52:242
chr15	91795758	rs16945457	A	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=1.776;SC=ATGGTGAGTCATGGCTCCAAA;SOR=2.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=91795766;WS=91795748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr15	91810997	rs56175742	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=1.882;SC=GTGGCAAGTAGCAGAAAACCA;SOR=0.674;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=91811005;WS=91810987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr15	91811749	rs3743444	G	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=515;ReadPosRankSum=0.008;SC=AAATGAAGGTGTTTTTTGGTG;SOR=0.722;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=41;WE=91811757;WS=91811739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,68:0.39:174
chr15	91811892	rs62026603	A	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.676;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=0.057;SC=GGGGACTGTTATTGGGAGGGA;SOR=0.260;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=15;WE=91811900;WS=91811882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr15	91825027	rs1117388	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr15	91825123	rs1117387	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TTGAATAGAAAGTAACAGGAG;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=91825131;WS=91825113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr15	92397106	rs368016879	AGCG	A	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.205;NF=2;NR=7;PP=290;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GGAAAGCGGCAGCGGCGGCGG;SOR=1.106;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=9;WE=92397116;WS=92397096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr15	92397615	rs56403444	T	TC	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.292;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr15	92397670	rs7173207	C	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.491;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr15	92459187	rs4077721	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=251;ReadPosRankSum=-2.438;SC=GGCATCTTCTTGGATTGGCTC;SOR=1.112;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=16;WE=92459195;WS=92459177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr15	92647645	rs1517618	G	C	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=86;PP=2871;SC=CGCACTCAGAGCCCGCCATGG;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=63;TCR=86;TR=149;WE=92647653;WS=92647635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr15	92647834	rs917355	A	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.30;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	92663630	rs6496893	A	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=11;PP=920;SC=AGGAGCAGGGAGCTATAAGAT;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=92663638;WS=92663620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	92671745	rs80232704	G	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=425;ReadPosRankSum=2.139;SC=AGGGGATGGGGCAGGGGATTC;SOR=1.501;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=25;WE=92671753;WS=92671735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr15	92715168	rs11074043	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.807;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=286;ReadPosRankSum=-0.017;SC=CACTTAGCGCGCTCCTCCCTG;SOR=0.152;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=19;WE=92715176;WS=92715158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr15	92937268	rs3743365	G	T	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=1.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	92937276	rs3743364	C	T	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.66;SOR=1.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	92977670	rs2242113	T	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=437;ReadPosRankSum=0.628;SC=GCAAATTGCTTCTCTTCGTCA;SOR=0.342;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=31;WE=92977678;WS=92977660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr15	93015427	rs1455773	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=361;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CTTGCACCCGGCTGACCCCCA;SOR=0.619;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=26;WE=93015435;WS=93015417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr15	93016128	rs13380006	C	T	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=516;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CACTGCACTGCTGTTTCTGTG;SOR=0.919;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=35;WE=93016136;WS=93016118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr15	93043545	rs7178722	T	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=281;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GGCTCCATGCTAATGACCTCG;SOR=0.751;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=23;WE=93043553;WS=93043535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr15	93198671	rs501381	A	G	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.82;NF=25;NR=30;PP=936;SC=AGGCGTCGCCACTGCTGTTGG;SOR=0.881;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=93198691;WS=93198661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	93198678	rs68056278	TTGGAGC	T	3258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=25;PP=1540;SC=GCCACTGCTGTTGGAGCTGGA;SOR=0.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=27;WE=93198691;WS=93198661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	93198784	rs2438194	A	G	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=197;SC=GGTTCGGGCCACGGCGCGGAG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=93198792;WS=93198774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	93306121	.	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=343;ReadPosRankSum=0.199;SC=ATGTGGCTCTGGAAAGCATGG;SOR=0.789;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=25;WE=93306129;WS=93306111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr15	93306602	rs11634113	TG	CA	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.76;QD=42.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	93447631	rs1439619	T	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.746;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=256;ReadPosRankSum=0.764;SC=ACGGCTCCCCTGGGGGGCGGG;SOR=0.127;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=21;WE=93447639;WS=93447621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr15	93481036	rs35710180	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.757;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=0.158;SC=TTCTTTCTTCGCAGACTGGCT;SOR=0.160;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=93481044;WS=93481026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr15	93487854	rs1320819	G	C	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.14;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	93496874	rs1371390	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=568;SC=TTAAAGCCTTCAGTAGATCAT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=93496882;WS=93496864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	93510603	rs4777755	A	G	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=14;PP=565;SC=AGGGGAGAGAAAATGGCTACC;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=30;WE=93510611;WS=93510593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	93515798	.	G	GA	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.25;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	93515801	.	G	GTCTTAATTTTTACTTGCATGCCTTTAGGCTACCATATGAAAGTGGT	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	93521604	rs11074121	A	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=31;PP=922;SC=GAATTGGTCAAAAGAAGCAGG;SOR=1.148;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=46;WE=93521612;WS=93521594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	93521651	rs11074122	T	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	93522312	rs2272461	G	A	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	93543956	rs12591124	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=395;SC=TCTGAAATGTGTTTGGTTTAC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=93543964;WS=93543946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	93552330	rs12915582	C	T	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=16;PP=948;SC=ACAAGACTTACTTTCTGCAGA;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=93552338;WS=93552320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	93555541	rs117430127	A	G	307.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=1.921;SC=TTCTAATTCTATAATTCACCA;SOR=0.914;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=93555549;WS=93555531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr15	93563661	rs964034	G	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=319;SC=GTTTTGTTTTGTGGGTCATAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=93563669;WS=93563651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	93567526	rs28558199	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=615;ReadPosRankSum=-0.431;SC=ATGAGGAAGAGCCAAGTGGGT;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=10;WE=93567536;WS=93567516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr15	93567527	rs12905032	CC	TT	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=704;ReadPosRankSum=0.826;SC=TGAGGAAGAGCCAAGTGGGTA;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=12;WE=93567536;WS=93567516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr15	93567864	rs12906163	A	C	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=558;ReadPosRankSum=-1.764;SC=CCTGGATCATAGGTCTCCTTT;SOR=0.513;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=136;TCF=52;TCR=84;TR=54;WE=93567872;WS=93567854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,82:0.42:194
chr15	93588336	rs4238485	A	C	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=30;PP=1621;SC=CCCGAGTCCTATCATACAGGT;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=83;WE=93588344;WS=93588326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	93595855	rs1997382	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=78;ReadPosRankSum=0.343;SC=GAGCCACCCATGCCACACACA;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=93595863;WS=93595845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr15	93609460	rs11074135	A	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.186;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr15	93609617	rs4778090	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=14.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=1.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr15	93616283	rs112633977	A	AAGG	2035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.902;NF=1;NR=15;PP=650;ReadPosRankSum=-2.793;SC=TTCAGAAAAAAAGAAGAAAAT;SOR=0.721;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=16;WE=93616291;WS=93616273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,60:0.57:106
chr15	93616933	rs55816698	C	G	4238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=76;PP=1946;ReadPosRankSum=0.858;SC=CTCTGCATCTCAGCTACTAAC;SOR=0.900;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=255;TCF=111;TCR=144;TR=123;WE=93616941;WS=93616923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,202:0.50:405
chr15	93616975	rs4598860	A	G	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=59;PP=1364;ReadPosRankSum=0.909;SC=TCGTGGCCCCAGGCCACCCAT;SOR=0.734;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=188;TCF=74;TCR=114;TR=92;WE=93616983;WS=93616965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,156:0.53:292
chr15	93632050	rs74029243	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr15	93632123	rs8038770	T	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	93844616	rs12914371	T	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=50;SC=GACTTCTTAGTGGTAGCACCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=93844624;WS=93844614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	93844762	rs12909691	C	T	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=16;PP=779;SC=TTCGTCCAACCTTTTGGATTG;SOR=1.197;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=45;WE=93844770;WS=93844752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	93844836	rs34239935	G	A	5965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	93844843	rs12914719	T	A	5986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.07;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr15	93844947	rs41446745	G	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
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chr15	94410252	rs189877307	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=0.522;SC=GTTGCAGGAGGACATCTTTCC;SOR=0.641;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=21;WE=94410260;WS=94410242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr15	94410296	rs12908831	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	94841991	rs370876212	GTC	G	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr15	94857347	rs294553	T	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=72;SC=GGATGACACCTCTGCATCCAC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=94857355;WS=94857337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	94857890	rs294552	G	A	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=162;SC=CTTAGCCACAGGATCGATTAA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=94857898;WS=94857880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	94858686	rs1655455	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr15	94858889	rs12101974	T	G	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.140;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1062;ReadPosRankSum=-1.266;SC=TCTGTTATGGTGGGTGTAGCC;SOR=0.454;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=143;TCF=59;TCR=84;TR=76;WE=94858897;WS=94858879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,140:0.56:250
chr15	94858980	rs8024196	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=421;ReadPosRankSum=1.267;SC=GATAGACAGTGGCTCAAATCT;SOR=0.396;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=26;WE=94858988;WS=94858970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr15	94882509	rs4984382	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=-1.169;SC=GTTTTCTTTTCCTTTTAAAGG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=94882517;WS=94882499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr15	94882733	rs10686457	G	GACGT	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=0.452;SC=TGTCCTCTTAGACGTGAACTT;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=3;WE=94882741;WS=94882723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr15	94883438	.	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr15	94883599	rs10152496	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=2.622;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGACAAAAATAACATATCTG;SOR=1.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=94883607;WS=94883589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr15	94884108	rs8025851	G	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=346;ReadPosRankSum=0.121;SC=GAGTGATCGTGTTAAATTTGA;SOR=0.843;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=26;WE=94884116;WS=94884098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr15	94913190	rs35497644	A	AT	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr15	94942274	.	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=0.631;SC=CTTAGAGATGGACCTTATATA;SOR=0.699;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=9;WE=94942282;WS=94942264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr15	94942343	.	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr15	94942497	rs2289009	T	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=227;SC=ATAGAGTATGTATACTGGTAA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=94942505;WS=94942487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	94945324	rs6497203	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=13;PP=334;SC=ATATTACAGCGTAGGTGATTA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=94945332;WS=94945314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	94945704	rs7180682	A	G	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=40;PP=1838;SC=ACACATTGCAATTTCATTCAG;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=100;WE=94945712;WS=94945694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	94945719	rs7178698	G	T	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=45;PP=2108;SC=ATTCAGCACCGCAAAGAGGAA;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=112;WE=94945727;WS=94945709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	94983323	.	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=-0.882;SC=AATTGAATCTCCTTACATCAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=94983331;WS=94983313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr15	94983603	.	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr15	94983629	rs12437444	G	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=300;ReadPosRankSum=-1.988;SC=TTCGTTTGAGGTGTAAGGAGC;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=19;WE=94983637;WS=94983619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr15	97327243	.	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=233;ReadPosRankSum=0.285;SC=CAAATGGCATGAAGAGATCCC;SOR=1.096;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=18;WE=97327251;WS=97327233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr15	97327393	rs3812907	C	T	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=583;ReadPosRankSum=0.140;SC=AACCTCGTCGCGACATTTCTC;SOR=0.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=42;WE=97327401;WS=97327383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,75:0.47:159
chr15	97940925	rs7166971	G	C	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	98301845	rs2048115	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	98302002	rs143322276	TAAC	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=167;SC=GAACAATTTTTAACAATAGTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=98302012;WS=98301992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	98462701	rs58934940	AG	CC	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=1.510;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	98504100	rs4965046	G	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=205;SC=GGATGGGCGGGGAGGCTGGGT;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=98504108;WS=98504090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	98504326	rs12101554	A	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=308;SC=CTCGGCCAGCACCGCGGCCCT;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=98504334;WS=98504316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	98508944	.	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=240;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TGCAGTATGTCCATTCAAGTT;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=16;WE=98508952;WS=98508934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr15	98513086	rs201375946	CT	C	109.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr15	98995052	rs56374714	G	GT	2969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=28;PP=1810;SC=CACAAGGGGGGTTACCTTGGT;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=44;WE=98995060;WS=98995042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	98995081	rs12101356	A	G	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=32;PP=1317;SC=GGAGACATCGAGCAGCTAACC;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=72;WE=98995089;WS=98995071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	99023968	rs4528551	T	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr15	99192754	.	CTTTTTTTTT	C	1288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=1.100;QD=28.02;ReadPosRankSum=1.644;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,39:0.85:46
chr15	99250752	.	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=-2.925;SC=AAAATTATTTCCTTCTAACTG;SOR=0.567;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=10;WE=99250760;WS=99250742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr15	99251356	rs7174918	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=1.077;SC=ATGCTGACTGCTGCTTTCTCT;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=16;WE=99251364;WS=99251346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr15	99434816	rs2229764	C	A	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1358;ReadPosRankSum=0.520;SC=TCCACGACGGCGAGTGCATGC;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=87;TCR=90;TR=85;WE=99434824;WS=99434806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,127:0.48:265
chr15	99456253	rs2272037	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=152;ReadPosRankSum=0.652;SC=GAACTTTCTCTGAACTTAATT;SOR=0.671;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=16;WE=99456261;WS=99456243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr15	99456553	rs951715	G	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=-0.855;SC=ACACTTCTTCGCAAGCTCACT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=99456561;WS=99456543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr15	99465285	rs2684806	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TTCTATTCCACGGTTAAGATT;SOR=1.863;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=99465293;WS=99465275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr15	99467942	rs3841650	GGT	G	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=261;ReadPosRankSum=0.155;SC=GAAGAAACGTGGTAAAACTGA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=8;WE=99467951;WS=99467932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr15	99472734	rs4486868	T	C	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.728;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=533;ReadPosRankSum=2.263;SC=AGAAATGAAATGAGCAAATTG;SOR=1.041;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=39;WE=99472742;WS=99472724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr15	99477911	rs2715449	T	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=528;SC=AAAGTTGACATCAAGCCATGC;SOR=1.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=99477919;WS=99477901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	99478225	rs2229765	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.333;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=-1.301;SC=GCATGCGTGAGAGGATTGAGT;SOR=1.480;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=13;WE=99478233;WS=99478215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr15	99478493	rs10400894	T	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=4;PP=185;SC=AACACAGGCATCAGCAAGGGC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=99478513;WS=99478483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	99478505	rs34389972	A	AC	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=4;PP=426;SC=AGCAAGGGCCACCTGACCCTC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=99478513;WS=99478483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	99478713	rs2293117	T	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
chr15	99492045	rs2684789	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CTGGTCCTGCGCCTCCCTTGC;SOR=0.481;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=13;WE=99492053;WS=99492035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr15	99492061	rs17847195	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=-0.225;SC=CTTGCCAGGCGTGGCTAAGAG;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=12;WE=99492069;WS=99492051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr15	99500256	rs2593053	G	A	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=31;PP=1402;SC=GCGCCCTCCCGGTTTGGACCC;SOR=1.037;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=76;WE=99500264;WS=99500246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	99511793	rs1521484	C	G	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=31;PP=1225;SC=TCCAGCATTTCCTGGATGATG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=65;WE=99511812;WS=99511783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	99511804	rs5814919	A	AC	3893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=33;PP=2019;SC=CTGGATGATGACTCTCAAGGC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=99511812;WS=99511783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	99514423	rs199745395	TGGGGGGG	T	337.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;MQRankSum=0.707;QD=30.65;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr15	99544429	rs2593051	G	A	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=30;PP=1563;ReadPosRankSum=3.603;SC=GAGAGTCCGCGGCTTCATTCT;SOR=1.330;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=85;WE=99544437;WS=99544419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,93:0.95:98
chr15	99645813	rs1044356	G	A	78.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	99645862	rs11014	A	C	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	99646107	rs60530833	A	AG	623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=244;SC=CGCAGGAGGCAAGGCGCTGCG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=99646115;WS=99646097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr15	99667524	rs260090	G	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=217;ReadPosRankSum=-2.842;SC=CTACCTTATTGAGGCCAAGAG;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=15;WE=99667532;WS=99667514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr15	99667686	rs4965446	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr15	99669628	rs3743242	A	T	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,75:0.59:127
chr15	99670161	rs3134586	C	T	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=498;ReadPosRankSum=-0.541;SC=AGAAGGCTTCCGAGGAGAGAA;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=36;WE=99670169;WS=99670151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,69:0.56:124
chr15	99670265	rs3743244	C	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=1744;ReadPosRankSum=1.470;SC=AAGGACTCACCGAAGGAGAAG;SOR=0.588;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=54;WE=99670286;WS=99670255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,67:0.44:151
chr15	99670278	rs3134587	C	T	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=1501;ReadPosRankSum=-0.446;SC=AGGAGAAGAGCGTGCGAGAGA;SOR=0.832;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=53;WE=99670286;WS=99670255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,90:0.57:158
chr15	99670518	rs1670227	T	C	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=743;ReadPosRankSum=-0.569;SC=AGCAGTTCACTCAGTCTCCAG;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=56;WE=99670526;WS=99670508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,79:0.41:193
chr15	99670847	rs3743247	C	T	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=269;ReadPosRankSum=1.709;SC=GGGGAGAAGCCGGAGGAGTTT;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=18;WE=99670855;WS=99670837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr15	99670989	rs3743248	T	C	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=74;NR=59;PP=2302;SC=CCAAGCAGCCTCAGGAGAACA;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=133;WE=99670997;WS=99670979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	99671760	rs260087	T	C	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.91;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	99671760	.	TAGGCG	CAGGCC,CAGGCG	451	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=10,23;NR=13,26;PP=451,362;QD=21.9333858636;SC=GCATTCGCTTTAGGCGTTGGG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=23,49;WE=99671773;WS=99671750;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.47:49
chr15	99671765	rs5030698	G	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr15	99672599	rs7167599	G	C	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=516;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ACTGTGCACGGAGAGGGCTCA;SOR=0.593;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=34;WE=99672607;WS=99672589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr15	99672722	rs2292288	A	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=387;ReadPosRankSum=1.033;SC=GATAGTGCAGAGGACACATCA;SOR=0.600;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=31;WE=99672730;WS=99672712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr15	99678145	rs260089	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.738;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr15	99679489	rs34077294	GAGAT	G	838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=430;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GAAAGGGAATGAGATAGAGAA;SOR=0.428;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=10;WE=99679500;WS=99679479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr15	99679655	rs181987	C	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=769;ReadPosRankSum=0.637;SC=TCGCTGAGAGCAGGAAACTAA;SOR=1.296;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=49;WE=99679663;WS=99679645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,69:0.50:139
chr15	99679830	rs260118	A	G	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=797;ReadPosRankSum=-0.014;SC=ACTCTCTGTGACTATCTGTAT;SOR=0.970;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=51;WE=99679838;WS=99679820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr15	99715352	rs2602016	A	G	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=44;PP=1573;SC=TCAGGATGATAAGATGTGCCT;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=86;WE=99715360;WS=99715342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	99759225	.	T	C	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=433;ReadPosRankSum=-1.861;SC=TGGCTTTTTCTGCATGTTGTT;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=41;WE=99759233;WS=99759215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr15	99762052	rs76007555	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=-0.254;SC=GCACAAGCTCATGGACGGCCT;SOR=0.950;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=17;WE=99762060;WS=99762042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr15	99768642	rs3759903	G	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=1.174;SC=TCAAACTGCTGAGATTAGGAA;SOR=1.552;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=99768650;WS=99768632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr15	99798934	rs7162949	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=602;SC=CCTGTGGCTTGTATTCACTTT;SOR=1.118;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=33;WE=99798942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	99799380	rs80214911	A	G	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.000;NF=40;NR=27;PP=832;ReadPosRankSum=2.936;SC=TCCAGCTGACATTACTAGCCT;SOR=0.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=84;TCR=57;TR=67;WE=99799388;WS=99799370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,109:0.50:220
chr15	99799750	rs1976589	T	C	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=56;PP=2197;SC=ACAGAATCTCTGTGTGCTTTG;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=127;WE=99799758;WS=99799740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	99799860	rs78782813	C	T	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=912;ReadPosRankSum=1.130;SC=CCATGCGAGTCGGAAGAAAAC;SOR=0.699;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=147;TCF=83;TCR=64;TR=68;WE=99799868;WS=99799850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,92:0.45:206
chr15	99816860	rs12914665	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=1.072;SC=GACAAGAATGAAAATAATTCT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=10;WE=99816868;WS=99816850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
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chr15	99901749	rs3817147	C	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=15;PP=500;SC=TTATTTTTCTCTCTCATTTAG;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=99901757;WS=99901739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr15	100243672	rs3730281	G	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=251;ReadPosRankSum=-0.822;SC=TCTAACCAATGTTCCCTTTGT;SOR=1.008;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=18;WE=100243680;WS=100243662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr15	100246834	rs325409	T	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=1.181;SC=GAAAATGACATTCATATGAAA;SOR=0.086;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=100246842;WS=100246824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr15	100246936	rs325408	T	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,54:0.45:121
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chr15	100251015	rs325403	C	G	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=52;PP=1505;SC=CCTACACACTCTCTTTTCCTA;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=78;WE=100251023;WS=100251005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	100252709	rs3138597	CCAGCAG	C,CCAG	5739.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.426;NF=14,14;NR=66,66;PP=2023,2061;ReadPosRankSum=0.889;SC=CATCGGGCTTCCAGCAGCAGC;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=18;TCR=86;TR=80,80;WE=100252725;WS=100252699;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.47,0.52:151
chr15	100252805	rs325400	G	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.684;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.031;NF=7;NR=27;PP=549;ReadPosRankSum=-1.599;SC=AGGAAATGGGGCGCTCCCCTG;SOR=1.414;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=34;WE=100252813;WS=100252795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,49:0.35:140
chr15	100256618	rs325380	A	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=316;ReadPosRankSum=-1.578;SC=CAAATGGTGAAGACAATGCTA;SOR=0.443;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=30;WE=100256626;WS=100256608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr15	100256857	rs201866708	A	ACG	1855.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.899;NF=5;NR=36;PP=1451;ReadPosRankSum=-0.781;SC=AACCGTCCCAACGCCCCCACT;SOR=0.651;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=98;TCF=15;TCR=83;TR=41;WE=100256865;WS=100256847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,93:0.46:203
chr15	100269309	rs6598263	T	G	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=12;PP=969;SC=AAGCTGGGCCTAGTCTTTAAA;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=100269317;WS=100269299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	100269635	rs72760587	G	C	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=1224;ReadPosRankSum=0.263;SC=CTGATGGGAGGTGTCCATGCA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=71;WE=100269643;WS=100269625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,99:0.58:172
chr15	100269680	rs2061007	G	C	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=1036;ReadPosRankSum=0.508;SC=TGACTGCACTGCACGCTCAAT;SOR=0.583;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=59;TCR=72;TR=66;WE=100269688;WS=100269670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,92:0.45:204
chr15	100269737	rs8041078	G	A	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=2;HapScore=3;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=1424;ReadPosRankSum=-0.246;SC=GCCGGCCTGGGCACCGGTGCC;SOR=0.750;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=49;WE=100269757;WS=100269727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,87:0.52:168
chr15	100269749	rs8041089	G	A	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.979;HP=4;HapScore=3;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=1424;ReadPosRankSum=-1.616;SC=ACCGGTGCCCGCGCCTGCTCT;SOR=0.865;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=45;WE=100269757;WS=100269727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,78:0.52:150
chr15	100269796	rs6598264	A	G	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=47;PP=1501;SC=CTGTGGTCTCAGAAGACGGGC;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=100269804;WS=100269786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	100271757	rs8033612	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=0.748;SC=AAGGTACTCCCACCTGCATTC;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=16;WE=100271765;WS=100271747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr15	100271821	rs8032484	G	A	206.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.230;SC=CTCTCCTGACGGCCTGGCAGG;SOR=2.093;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=100271829;WS=100271811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr15	100331100	rs936037	A	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=0.742;SC=CGGGGACAGCAGTTGCATGGA;SOR=0.317;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=16;WE=100331108;WS=100331090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr15	100331296	.	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=552;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GTAGGCAAGTGGAGGTGTTCA;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=36;WE=100331304;WS=100331286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr15	100331819	rs2958994	A	G	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.28;ReadPosRankSum=1.940;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr15	100331824	rs2004046	A	C	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.00;ReadPosRankSum=2.015;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr15	100331961	rs1809156	A	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.860;NF=15;NR=18;PP=448;ReadPosRankSum=-0.959;SC=CATCCCTTCCAGGAGCCAGTG;SOR=0.683;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=33;WE=100331969;WS=100331951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,46:0.41:111
chr15	100332523	rs2077186	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=736;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GCCAGGGCACGGCAGGGGGAG;SOR=0.725;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=45;WE=100332531;WS=100332513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,61:0.45:135
chr15	100332877	rs6598274	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.496;NF=20;NR=31;PP=576;ReadPosRankSum=-1.118;SC=CTGATGAGCCTGGTCCAGGAG;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=51;WE=100332885;WS=100332867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,63:0.41:153
chr15	100332919	rs2603217	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.735;NF=9;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TGGGTGCTGATAAGCATGGTG;SOR=1.395;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=27;WE=100332927;WS=100332909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr15	100514561	rs2581340	G	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=781;SC=GGGTGGGTGGGTTTCAGACCT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=100514569;WS=100514551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	100514614	rs2573652	T	C	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=14;PP=1356;SC=GTGTCACGAGTTCGGCGGTGG;SOR=1.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=100514622;WS=100514604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	100516472	rs11634977	G	A	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=421;SC=TGAGGTCAAGGGACTGGGATG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=100516480;WS=100516462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	100533218	rs7175995	C	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=584;SC=CCCTGCACTGCGGCACGGAGA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=100533226;WS=100533208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	100537494	rs12900132	C	T	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=14;PP=922;SC=GACCTGGGGGCGAGCGAGGGC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=100537502;WS=100537484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	100603776	rs6598297	T	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=456;ReadPosRankSum=-0.083;SC=AACACAGGCGTGAAACCAGCC;SOR=0.474;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=31;WE=100603784;WS=100603766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr15	100604019	rs77341156	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=0.277;SC=CACCAGAGGCCGTGCAGCATC;SOR=0.995;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=19;WE=100604027;WS=100604009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr15	100649468	.	G	GCTCCTCTAAACAC	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr15	100672237	rs12907333	T	G	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=40;PP=1413;SC=TTCCTCTGCCTGAAGCGGGCT;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=81;WE=100672245;WS=100672227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	100692845	rs28567966	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=1.910;SC=GGTGGCATTCATGCCAAACAG;SOR=0.510;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=26;WE=100692853;WS=100692835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr15	100693032	rs10664668	C	CTT	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.671;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr15	100695347	rs8024690	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr15	100794172	rs7172834	T	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=0;PP=290;SC=TAACTTCAAATCATTTCAGGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=100794180;WS=100794162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	100794363	rs4369638	C	T	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=429;ReadPosRankSum=-1.065;SC=ACGGTTCATCCTTGTGTACAC;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=32;WE=100794371;WS=100794353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chr15	100801698	rs4965613	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=337;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TCACAAACACGGCAGCATCCA;SOR=0.438;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=25;WE=100801706;WS=100801688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr15	100801965	rs6598316	G	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=0.880;SC=GATGACTCACGGCCCTCGAAG;SOR=0.101;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=9;WE=100801973;WS=100801955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr15	100802495	rs4965296	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr15	100802499	rs4965297	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr15	100871329	rs11639041	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=439;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CCCCCCGGAGGGGCAGGCAAG;SOR=1.010;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=26;WE=100871337;WS=100871319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr15	100889496	rs2289584	T	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=31;PP=1051;SC=GACAGCTCGATTCTGATGGGC;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=100889504;WS=100889486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	100890264	rs146174812	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=225;ReadPosRankSum=0.425;SC=TCCGCTTCACCGGGAACGGGA;SOR=1.148;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=20;WE=100890272;WS=100890254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr15	100942843	rs1023782	G	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.520;SC=ATGTGGGGTCGGTGTGGGGCC;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=100942851;WS=100942840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr15	100942962	rs2439928	T	C	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=585;SC=CTCTCAGCCCTGAGGCCGTTC;SOR=1.201;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=100942970;WS=100942952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	100996038	rs12595207	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-2.923;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr15	100996076	rs11323964	AT	A	1596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.15;MQRankSum=1.665;NF=6;NR=15;PP=729;ReadPosRankSum=0.545;SC=ATTAAGAGCAATAATATTTGG;SOR=0.473;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=21;WE=100996084;WS=100996066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,61:0.42:144
chr15	101009530	rs12909732	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr15	101019529	rs2654574	C	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=11;PP=352;SC=AGGGATGACACAGTAGTGAAC;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=101019537;WS=101019519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	101019819	rs2587763	G	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=133;SC=ATTGACCTTTGCCATATTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=101019827;WS=101019809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	101020438	.	G	T	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5479;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=85;SC=AACCTCAGAAGGCCTGACTTT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=101020446;WS=101020428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	101041896	rs1354332	T	C	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=16;PP=1191;SC=CAAATACACGTCTGATAATCA;SOR=1.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=57;WE=101041904;WS=101041886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	101109677	rs8451	C	A	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=875;ReadPosRankSum=1.431;SC=GAACCAGAGGCCTTGATGGAG;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=68;WE=101109685;WS=101109667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,105:0.52:203
chr15	101109794	rs12157	C	G	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=579;ReadPosRankSum=-0.242;SC=CTAAACACTGCTCTGTGGATT;SOR=0.743;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=40;WE=101109802;WS=101109784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,65:0.62:104
chr15	101109818	rs12460	G	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=509;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CGTCAGAATCGTCAGAGCTGT;SOR=0.911;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=32;WE=101109826;WS=101109808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr15	101109893	rs6598356	C	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=355;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TGGTGTGAGCCCCCTTGGACA;SOR=0.673;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=25;WE=101109901;WS=101109883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr15	101110265	rs2411836	T	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=222;ReadPosRankSum=0.998;SC=CATTTTCATGTGTGTGATGGT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=17;WE=101110273;WS=101110255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr15	101110302	rs2411837	C	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=0.583;SC=CTGAGTCAAGCTTTCAGTGGC;SOR=0.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=15;WE=101110310;WS=101110292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr15	101110356	rs2411838	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.43;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr15	101110372	rs3084804	AAC	A	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=205;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TACAAAAATAAACAGTTTTAC;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=101110381;WS=101110362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr15	101112342	rs1493652	T	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=234;SC=TATATATAAATTCATAGTGTC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=101112350;WS=101112332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	101113748	rs2062816	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=119;ReadPosRankSum=-1.680;SC=GGATAACATACAGCTTAAATT;SOR=1.741;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=11;WE=101113756;WS=101113738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr15	101113862	rs12719734	C	T	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=18;PP=975;SC=TTACCTTTCACTTCACTTGCT;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=101113870;WS=101113852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	101113950	rs12592868	A	G	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,79:0.50:159
chr15	101114418	rs8039437	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=-0.421;SC=AAATGGTGTCGAAATGAGTCA;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=11;WE=101114426;WS=101114408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr15	101115159	rs1532765	T	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.193;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr15	101115448	rs4965678	C	A	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=45;SC=ATATGTGGCACACCGAGAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=101115456;WS=101115438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	101120963	rs11247226	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=200;ReadPosRankSum=0.165;SC=AGATAAAAGATGTAATCATGG;SOR=0.917;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=20;WE=101120971;WS=101120953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr15	101152745	rs4965683	A	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=430;SC=TACTCAACATATTATTCTCTC;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=101152753;WS=101152735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	101425703	rs4646656	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.305;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	101432404	rs1886	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=253;ReadPosRankSum=0.880;SC=TGCCAGTGTGCGTTCCTTCCC;SOR=1.186;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=21;WE=101432412;WS=101432394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr15	101436307	rs4646669	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=131;ReadPosRankSum=-1.536;SC=ATTTGACACCCGTGAGCTTTT;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=9;WE=101436315;WS=101436297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr15	101436387	rs72633248	T	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=0.887;SC=TAACAACCAGTTAAAAAAAGT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=101436395;WS=101436377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr15	101440988	rs4646674	A	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=23;PP=680;SC=TGTGTGTGAAACCATGGTGCT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=101440996;WS=101440978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	101441055	rs4646675	T	C	217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=128;SC=TCCCTCTCCGTGAAAGGAATG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=101441063;WS=101441045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	101445900	rs3825924	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=2.319;SC=GAGGTACAAGGGGGCTGTGGC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=6;WE=101445908;WS=101445890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr15	101447588	rs4646684	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=28;PP=712;SC=TGTATATTATATACCAAGCCC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=101447596;WS=101447578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	101448571	rs4646686	T	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=437;ReadPosRankSum=-1.324;SC=AGCCAGGGGGTCTTCTCCAGA;SOR=1.222;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=30;WE=101448579;WS=101448561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
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chr15	101527052	rs1551467	A	G	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=988;ReadPosRankSum=1.312;SC=AGAAGCTTCCAAACTTTCAGA;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=64;WE=101527060;WS=101527042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,99:0.53:188
chr15	101527096	rs1551466	G	C	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=794;ReadPosRankSum=0.742;SC=TTTTTCCTACGACTCTGACCA;SOR=0.875;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=45;WE=101527104;WS=101527086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,62:0.55:113
chr15	101527411	rs2168376	CA	TG	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=1388;ReadPosRankSum=0.145;SC=AATACAGGGCCATCCTGACCC;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=37;WE=101527420;WS=101527401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr15	101527635	rs7176015	G	A	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=2.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.996;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,125:0.51:247
chr15	101529118	rs4357923	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GCTCTCAAATCACCTCTGTGA;SOR=0.236;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=13;WE=101529126;WS=101529108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr15	101550858	rs12595297	G	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr15	101550861	.	CTT	C,CT	1813.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,23,44:0.34,0.66:67
chr15	101554351	rs78893556	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=0.987;SC=GATATCATTTCGTGAGTTTGA;SOR=1.445;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=101554359;WS=101554341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr15	101555399	rs2034809	G	A	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=17;PP=1365;SC=TGCAGCGTGCGCCCCTGCCAG;SOR=2.173;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=68;WE=101555407;WS=101555389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	101561980	rs111650630	CGTGTGTGTGT	C,CGTGT	696.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=7,7;NR=1,1;PP=277,315;SC=CACGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=3.056;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=8,8;WE=101561997;WS=101561970;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.88:17
chr15	101562793	rs11247253	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=297;ReadPosRankSum=0.669;SC=CGGCTGGCTCGAGAGCCAAGG;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=20;WE=101562801;WS=101562783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr15	101567547	rs41319544	G	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr15	101591782	rs79068682	G	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=347;ReadPosRankSum=0.725;SC=GTTTCAGCCTGTCTCTTGGGT;SOR=0.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=8;WE=101591792;WS=101591772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr15	101591784	rs13329684	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=666;ReadPosRankSum=-0.556;SC=TTCAGCCTGTCTCTTGGGTAC;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=14;WE=101591792;WS=101591772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr15	101591834	rs13329662	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=919;ReadPosRankSum=1.492;SC=AAGGCCTCAGGGCCTGGGGTG;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=28;WE=101591865;WS=101591824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr15	101591846	rs76612760	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=701;ReadPosRankSum=-1.580;SC=CCTGGGGTGCAGAGTGCTGCT;SOR=0.906;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=23;WE=101591865;WS=101591824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr15	101591857	rs10710683	CG	C	2185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=19;PP=1496;SC=GAGTGCTGCTCGGGGGGCCCT;SOR=1.852;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=48;WE=101591865;WS=101591824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	101591923	rs4965778	A	G	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.123;NF=33;NR=21;PP=644;ReadPosRankSum=1.854;SC=TAGCCCTGACAGCCACAGAGA;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=54;WE=101591931;WS=101591913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
chr15	101595257	rs41372244	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=826;ReadPosRankSum=2.284;SC=TCTGTGACCTGAAGTCGGACA;SOR=0.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=54;WE=101595265;WS=101595247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,68:0.51:134
chr15	101597266	rs2924845	A	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=356;ReadPosRankSum=0.424;SC=GTACTTGGGGACACAGAGCCC;SOR=0.704;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=22;WE=101597274;WS=101597256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr15	101598400	rs145721827	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-0.449;SC=GGAGGCCGCCGTGGAATCTGG;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=101598408;WS=101598390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr15	101601564	rs72766872	A	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GGTGGGGGCCACATTCATAAA;SOR=1.426;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=101601572;WS=101601554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr15	101605437	rs117579101	C	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=152;ReadPosRankSum=1.072;SC=CCCTGAGGCGCACTGGTGGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=8;WE=101605445;WS=101605427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr15	101607513	rs2925201	T	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.33;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	101607513	.	TTGCAGT	CTGCAGC,CTGCAGT	387	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5,19;NR=19,38;PP=263,387;QD=13.1861614526;SC=GTCTACATGGTTGCAGTGATG;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=24,57;WE=101607527;WS=101607503;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.42:57
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chr15	101717888	rs62621399	C	T	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=935;ReadPosRankSum=1.713;SC=GCCACCCACTCGGACAAGATC;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=66;WE=101717896;WS=101717878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,105:0.53:198
chr15	101718097	rs28364839	C	G	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=501;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CTGTAGTAAACACGAGGTCGA;SOR=0.392;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=30;WE=101718105;WS=101718087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,50:0.37:136
chr15	101718239	rs62621400	C	G	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=1.164;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
chr15	101845636	.	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=378;ReadPosRankSum=-1.551;SC=TTCAAGGCCGGGCGCGGTGCC;SOR=0.789;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=26;WE=101845644;WS=101845626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr15	101862690	rs36022203	G	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=510;ReadPosRankSum=0.659;SC=CAGCGCCACCGCCCTGACATT;SOR=0.949;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=32;WE=101862698;WS=101862680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr15	101862970	rs1871975	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=21;PP=599;SC=CAGAGGCCGCTTGTACCTGGT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=101862978;WS=101862960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	101871941	rs34318939	G	GA	1189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=718;ReadPosRankSum=1.604;SC=CCAGGCAAGAGAGACACACAA;SOR=0.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=18;WE=101871949;WS=101871931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr15	101887767	rs2949	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	101887794	rs1030	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr15	101888081	rs875293	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GAGGAAGCGCCCGGGGTTGAC;SOR=0.765;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=8;WE=101888089;WS=101888071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr15	101929632	rs33912717	AT	A	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr15	101929825	rs6598460	G	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=0.939;SC=AACTCACTCTGTGGAGAAGGC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=11;WE=101929833;WS=101929815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr15	101970308	rs2643354	G	A	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	101970323	rs3825896	G	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=4.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr15	101970336	rs3825895	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=359;ReadPosRankSum=-0.944;SC=ATGGATTTTATGTTCCGTTGG;SOR=0.532;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=12;WE=101970344;WS=101970313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr15	101971388	rs2643356	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=343;SC=TCCTAATTCTTTCCAGCATAG;SOR=1.828;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=101971396;WS=101971380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	101984036	rs11855154	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=0.035;SC=TGTTTATAAACGTGAAGGTGG;SOR=0.892;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=101984044;WS=101984026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr15	102003442	rs12907397	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=228;ReadPosRankSum=-0.317;SC=ATGGGAGAGACGAGAGAGGCA;SOR=0.399;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=22;WE=102003450;WS=102003432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr15	102029519	rs186935141	C	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.324;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr15	102029597	rs1135910	C	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=-0.422;SC=AGTTGAGGTACCCGTGCGCCG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=14;WE=102029605;WS=102029587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr15	102029685	rs199543153	G	GGC	1103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=658;SC=GCGCGGCGGGGGCGGAGCAGG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=102029693;WS=102029675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	102173871	rs72761630	AG	GA	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=1885;ReadPosRankSum=0.374;SC=CACCTTTTTCAGGGTGATGTC;SOR=0.620;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=59;WE=102173880;WS=102173861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,84:0.52:160
chr15	102185368	.	T	TA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.884;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr15	102191869	rs672314	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=2.191;SC=ATAACTACATGTATTTACTAG;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=5;WE=102191877;WS=102191859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr15	102192418	rs3743188	C	T	3101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=42;PP=1536;ReadPosRankSum=-3.249;SC=CTCGCAGCTCCCGGGGCCCTG;SOR=0.914;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=233;TCF=136;TCR=97;TR=112;WE=102192426;WS=102192408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,154:0.48:322
chr15	102192548	rs2939587	A	C	8751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=127;PP=2965;SC=CCTCAGCGGGAGCACCCCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=94;TCR=127;TR=220;WE=102192556;WS=102192538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr15	102211678	.	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=0.724;SC=TTATCACATTCAATCACTCAC;SOR=0.538;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=6;WE=102211686;WS=102211668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr15	102224341	rs12901450	G	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=351;ReadPosRankSum=0.542;SC=TGGTCAAGCCGCTGAGAGTCC;SOR=0.516;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=36;WE=102224349;WS=102224331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,58:0.42:138
chr15	102226333	rs28640036	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=0.854;SC=AAAGTAACACTATGAGCAAAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=102226341;WS=102226323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr15	102251993	rs11247320	G	A	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=10;PP=633;SC=GTAAGGGCCAGCAGTATACAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=102252001;WS=102251983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	102264304	rs1143138	G	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=20;PP=1010;SC=CTGTGCGCCGGCCTCCTGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=102264312;WS=102264294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	102284495	.	T	C	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=23;MQ=56.21;NF=4;NR=0;PP=25;QD=14.9428031368;SC=GAACTGAATATGACCCAGGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=4;WE=102284503;WS=102284493;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,4:0.25:16
chr15	102284542	rs71154345	AG	A	1018.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.020;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.978;NF=20;NR=5;PP=884;ReadPosRankSum=1.679;SC=CAAATTGGGTAGGGTGAAGGG;SOR=1.643;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=25;WE=102284550;WS=102284532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr15	102284585	rs145709204	A	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.934;NF=20;NR=12;PP=348;ReadPosRankSum=0.027;SC=ACAGGGGAAAAACAGCTCACA;SOR=0.618;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=32;WE=102284593;WS=102284575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,52:0.38:136
chr15	102284675	rs182931332	A	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.532;NF=16;NR=22;PP=404;ReadPosRankSum=-1.077;SC=GAGCCCTTCCAGAACACAGCA;SOR=0.667;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=38;WE=102284683;WS=102284665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,61:0.37:167
chr15	102291955	rs397212	G	A	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=58;PP=1893;SC=GGGGGTAGGCGGCTCCTGTGG;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=90;WE=102291963;WS=102291945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	102312315	rs57638732	GA	G	6428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=84;PP=2951;SC=GCTTCACCTGGAAGGGAGGGG;SOR=1.504;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=130;WE=102312323;WS=102312305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr15	102358452	.	G	A	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=911;ReadPosRankSum=0.803;SC=CCAACTCACGGGAGATTCAGC;SOR=0.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=63;WE=102358460;WS=102358442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,89:0.52:170
chr15	102388991	rs34449200	C	T	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,93:0.51:181
chr16	97354	rs8466	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=0.797;SC=CAGGACACACAACTCATACTG;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=97362;WS=97350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr16	97610	rs798675	G	A	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=401;ReadPosRankSum=-2.574;SC=GCTACTCATGGCTGTCAAAAG;SOR=0.636;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=28;WE=97618;WS=97600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,59:0.40:146
chr16	97707	rs148403942	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=0.795;SC=CATGGTGAAACCCCATCTCTA;SOR=1.244;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=11;WE=97715;WS=97697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr16	103423	rs2541593	C	A	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=15;PP=859;SC=AGTCGGAGGACGCGGAAGGCC;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=103431;WS=103413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	103449	rs11376822	C	CG	2974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=24;PP=1798;SC=GAGTCGCCCGCGCCCAGCGCC;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=103457;WS=103439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	103517	rs183360	A	C	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=38;PP=1192;SC=GTGTTGCAGGAGAAGCGGTGG;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=74;WE=103525;WS=103507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	103923	rs2562145	C	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=236;ReadPosRankSum=-0.205;SC=AGACGGAGGCCGCGGGTGGGC;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=22;WE=103931;WS=103913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr16	105320	rs216596	A	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.30;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	105320	.	ATAACG	GTAACA,GTAACG	91	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=7,14;NR=1,2;PP=91,82;QD=18.0584843578;SC=TTGGGAAACCATAACGTACAG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8,16;WE=105333;WS=105310;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:16
chr16	105325	rs2858042	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.135;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr16	105444	rs2541594	C	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=318;ReadPosRankSum=-1.893;SC=CACTTCTGCCCTTGGTCTTTT;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=25;WE=105452;WS=105434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr16	106777	rs216597	G	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=641;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GCAGAGGGCAGCTGGAGGGGC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=24;WE=106785;WS=106767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr16	106952	rs11435836	G	GC	336.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=474;SC=GATGGCCACTGCACTTCCTGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=106960;WS=106942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	107162	rs10266	C	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=-1.459;SC=ACAGGACAACCCTCTTCATCA;SOR=0.927;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=20;WE=107170;WS=107152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr16	107275	rs1045001	T	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=313;SC=TGCCCAACAGTAACTGTCAGC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=107283;WS=107265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	108585	rs216598	T	C	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=37;PP=1168;SC=TGATGAACCCTGAGATGTGGG;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=108593;WS=108575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	108796	rs34941405	T	TG	1527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=835;SC=GCAGTGGGGCTGGCAGGCCCC;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=21;WE=108804;WS=108786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	109671	rs216599	A	G	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=59;PP=2198;SC=GAGAAGGCACACCCTAGGGCG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=122;WE=109679;WS=109661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	110165	rs216600	T	C	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=28;PP=1345;SC=TGGCATTCTCTCCCACATGAC;SOR=0.924;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=67;WE=110173;WS=110155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	110925	rs2562146	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	111247	rs79691782	C	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=583;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GCATGCAGGGCGAAAACTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=37;WE=111255;WS=111237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr16	112151	rs216602	A	G	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	112513	rs216604	T	C	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=15;PP=1319;SC=TCTCTGCCCCTCTTCCCTGCC;SOR=1.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=112521;WS=112503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	113883	rs10659183	G	GCC	5257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=54;PP=2967;SC=GGGGCAGCATGCTGCCCCCAG;SOR=0.978;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=67;WE=113894;WS=113873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	113886	rs11285099	GC	G	5227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=53;PP=2337;SC=GCAGCATGCTGCCCCCAGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=66;WE=113894;WS=113873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	113924	rs216605	A	G	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=539;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CCAGGGTCTGAGTGGGCAAGG;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=41;WE=113932;WS=113914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,59:0.47:125
chr16	113970	rs2157115	T	C	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.964;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,59:0.49:120
chr16	114535	rs2562147	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=0.321;SC=GAGAGCGGTCAGTATCCAGAA;SOR=1.627;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=15;WE=114543;WS=114525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr16	128179	rs2562162	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	136888	rs743725	T	C	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=19;PP=515;SC=GATGGGTGGGTGTGAGCCCAA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=136896;WS=136878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	138772	rs57321480	A	AG	3827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=29;PP=1843;SC=ATGCTCCGACAGCTGGCCAGC;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=138780;WS=138762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	142825	rs2541618	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=268;SC=GGCAGGTGGGTCAGGACAGTG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=142833;WS=142815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	148352	rs2541616	G	A	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=36;PP=1075;SC=ACCCTGCACCGGGTATGCACC;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=148360;WS=148342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	160668	rs808892	T	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=729;SC=GCCTCAGCCTTCCAAGTAGCT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=160676;WS=160658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	180523	.	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=216;ReadPosRankSum=0.329;SC=GCCTTTACCTGGAATCGCCGT;SOR=0.886;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=17;WE=180531;WS=180513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr16	203144	rs2947790	A	G	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.47;QD=21.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	216190	rs11431675	C	CG	2023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=25;PP=1347;SC=TGCGGATCCCCGGGCTCTGGG;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=33;WE=216198;WS=216180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	223706	rs2541640	A	G	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=70;PP=1980;SC=CTGAGTGGGCAGCAGCCTGTG;SOR=2.326;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=18;TCR=70;TR=88;WE=223714;WS=223696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	223735	rs2685121	A	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=44;PP=1180;SC=GGTTCTCTCTATCCCGGAATG;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=48;WE=223743;WS=223725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	240280	rs1211375	A	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	284556	rs7191945	G	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	284833	rs7202423	T	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=380;SC=AGCGGCGCGGTCGGGTGAGAG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=284841;WS=284823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	313788	.	C	T	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.608;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=945;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CGTTGTTCTTCCTTCGGAGGT;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=65;WE=313796;WS=313778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,94:0.58:163
chr16	320865	rs28489087	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=412;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GGATCCCATCGAGAGTGGCAG;SOR=0.501;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=28;WE=320873;WS=320855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr16	321626	rs117340695	C	T	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.272;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,76:0.48:159
chr16	323102	rs116973511	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.211;SOR=1.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr16	324030	rs112344350	T	TG	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=0.720;SC=GCGGGAAGGGTGGGGGGTCCC;SOR=0.484;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=6;WE=324038;WS=324020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr16	324052	rs2685126	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=150;ReadPosRankSum=-0.330;SC=CCTTCTCATAATCCACCAGGG;SOR=0.712;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=12;WE=324060;WS=324042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr16	325683	rs200964940	C	CG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=331;SC=GGGGAGACCCCGGAGACCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=325703;WS=325673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	325695	rs201791993	A	AG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=310;SC=GAGACCCCCAAGGGCCCCAGG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=325703;WS=325673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	325732	rs202190256	A	AG	403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=359;SC=GGCCTCGCAGACCTCCGCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=325740;WS=325722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	325771	rs111978133	GT	G	737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=7;PP=317;SC=GCGCCCCCGTGTCCCCATGCT;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=325779;WS=325761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	330661	.	C	CG	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	330678	rs368146102	G	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	330823	rs146218748	G	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=2.449;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr16	332558	rs61572786	CG	C	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-0.443;SC=GGGAACGGGGCGGGGGGGGGA;SOR=0.420;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=5;WE=332566;WS=332548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr16	335453	.	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.733;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=555;ReadPosRankSum=0.883;SC=GGGGGGCTGGGGGAAAGGGGC;SOR=0.362;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=31;WE=335461;WS=335443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr16	336660	rs11647490	G	A	7151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=80;PP=2965;SC=TGGATGCCACGGCCAACGAGC;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=157;WE=336668;WS=336650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr16	339672	rs412243	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr16	347184	rs214252	A	G	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=61;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.455;SC=TCCCCGACTCAGCCTTCTTGG;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=71;TCR=113;TR=99;WE=347192;WS=347174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,153:0.52:294
chr16	347257	rs117820439	G	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=583;ReadPosRankSum=-1.516;SC=AGTCGCCCTGGCCTCCGGTGG;SOR=1.648;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=32;WE=347265;WS=347247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr16	347696	rs185789621	C	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr16	348222	rs214250	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=575;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GGGGCCCTGACGATGGATCGC;SOR=0.588;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=44;WE=348230;WS=348212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,53:0.36:146
chr16	417552	.	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GGCAGCACACGAAACCAGGAT;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=10;WE=417560;WS=417542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	419092	rs3830160	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=2.962;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr16	419283	rs11434190	A	AG	883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=508;SC=AGGGGGGCCCAGGCAACTGCC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=419291;WS=419273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	447100	.	GTCCGGGGCGGCGGGGGGC	G	220.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=1;PP=354;SC=GGCCACGGGGGTCCGGGGCGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=0;TCR=1;TR=1;WE=447125;WS=447097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	447416	rs7190051	A	G	56.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	449162	rs7185254	T	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=8;PP=353;SC=CCTGTGGGGATGGGGTTGGGG;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=449170;WS=449152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	449178	rs2363759	T	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=459;SC=TGGGGGATCCTTCTCGGCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=449186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	449345	rs763151	G	C	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=42;PP=1763;SC=CACGTTTACTGTCTGCGGCTC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=92;WE=449353;WS=449335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	449554	rs2071914	G	C	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=724;ReadPosRankSum=-0.088;SC=CCCAGCAAAGGGAGGGGCCCT;SOR=0.738;Source=Platypus;TCF=51;TR=54;WE=449562;WS=449544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,87:0.51:170
chr16	449659	rs14293	G	A	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	449977	rs62030825	G	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	449979	rs62030826	AC	GT	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.63;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr16	450140	rs35963490	C	CAG	1532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=481;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CAGAGGGCAACGGGAGCAGCA;SOR=0.728;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=14;WE=450148;WS=450130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,43:0.33:131
chr16	450165	rs448063	T	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.330;NF=12;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=-3.989;SC=GTCCCTGGGATTCCTCAGGGT;SOR=0.643;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=24;WE=450173;WS=450155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
chr16	450309	rs5841	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=149;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCTGGGCAGACGGGGGCCAGC;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=16;WE=450317;WS=450299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr16	452179	.	C	CT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	456239	rs11391097	G	GC	2378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=22;PP=1740;SC=TGGGCCTTCAGCCTGGACTGG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=456247;WS=456229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	456291	rs11391098	G	GC	4507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=46;PP=1780;SC=CTGGGCAGATGCCCCGGGAGT;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=64;WE=456302;WS=456281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	456416	rs3743890	T	G	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=25.62;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	456483	rs3785290	T	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=41;PP=938;SC=CCAGAGGCTATGGGGATGTTG;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=456491;WS=456473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr16	476096	rs1883371	A	G	132.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=71;SC=CGGGGGCGGCACAACTGGCTC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=476104;WS=476086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	532248	rs9935319	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=198;SC=GTAGAGACAAATTTCACTTTG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=532256;WS=532238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	532279	rs12917958	C	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=351;SC=TGGTCTTGAGCTCCTGGGTTC;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=532287;WS=532269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	539088	rs3830847	T	TAA	3075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=38;PP=2048;SC=CGTGCATTGGTGAGAGAACTT;SOR=1.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=539101;WS=539078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	539093	rs74390230	G	C	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=33;PP=1002;SC=ATTGGTGAGAGAACTTGCTTT;SOR=1.574;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=539101;WS=539078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	570285	rs117506322	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=1.982;SC=CAGGTGGGCAGGCCTGGGCCT;SOR=1.431;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=13;WE=570293;WS=570275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr16	570454	rs11863276	T	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=218;ReadPosRankSum=-1.031;SC=TTGCTGTGCCTTCAGGACAAC;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=19;WE=570462;WS=570444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr16	570557	rs11537754	T	C	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=568;ReadPosRankSum=0.506;SC=CAGCCTTCTCTGAGTCCCTGG;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=43;WE=570565;WS=570547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,70:0.48:147
chr16	570623	rs2071978	G	A	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=793;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TGTCTGCACGGTGTGGCCTGG;SOR=0.634;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=57;WE=570631;WS=570613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,88:0.49:179
chr16	593122	.	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=0.787;SC=CACCGCACTCCAGCTTGGGCG;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=593130;WS=593112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	601632	rs3213574	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=319;ReadPosRankSum=-0.707;SC=GCAGTGAGGGTGTCTTCTGGA;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=31;WE=601640;WS=601622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr16	601914	rs12449064	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=0.219;SC=ATGGGCCCCCGGGGGCCGGGC;SOR=0.991;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=12;WE=601922;WS=601904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr16	602046	rs7196821	T	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=20;PP=506;SC=TCCCGCCACCTGCAGGTACTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=602054;WS=602036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	603471	rs11248937	A	G	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=53;PP=1536;SC=ACAGCCCCCCACTCACGCCAG;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=603479;WS=603461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	604554	rs7763	T	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=344;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CAATTGTCAGTCCCGTTCCTT;SOR=0.394;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=24;WE=604562;WS=604544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr16	622565	rs12917944	A	G	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.048;NF=31;NR=27;PP=812;ReadPosRankSum=0.747;SC=CCTCGTCCCTAAGGATGTGGT;SOR=0.577;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=68;TCR=54;TR=58;WE=622573;WS=622555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,109:0.52:210
chr16	624114	rs2071979	A	G	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=650;ReadPosRankSum=1.494;SC=CTGCGTCTCGACGGACAGCGG;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=43;WE=624122;WS=624104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,97:0.46:209
chr16	624713	rs4984669	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=2.906;SC=GACCCATTTGCCTGCTGTTGG;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=26;WE=624721;WS=624703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr16	626346	rs2071980	A	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=0.903;SC=CCACCGCCCCACAAAGCCAGT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=626354;WS=626336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	628302	rs3752568	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=-1.633;SC=GTGGGAGCCCATCACGAAAGA;SOR=0.569;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=628310;WS=628292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	628994	rs113780855	TGGGC	T	1169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=9.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr16	629006	rs59476302	C	T	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=12.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr16	629010	.	T	TGGGGCGGGGGCGGGGCGGGGC	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr16	630089	rs7191939	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=297;ReadPosRankSum=1.282;SC=CGCAAGGTCCCGACTGCAGCT;SOR=0.392;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=17;WE=630097;WS=630079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr16	630367	rs7192508	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=365;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TCTCCTGCTGCAGGCCACGTG;SOR=0.218;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=21;WE=630375;WS=630357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr16	630405	rs2071982	T	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=2.079;SC=CTCTGGGCAGTGAGTGCTGCG;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=13;WE=630413;WS=630395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	632051	rs2018789	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CCACCGTGCCTGGCTGCAGGA;SOR=0.089;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=6;WE=632059;WS=632041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
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chr16	632115	rs916415	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=1.018;SC=CGGAGGGGGCGGGGAGAGCTT;SOR=0.954;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=12;WE=632123;WS=632105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr16	632138	rs4262946	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=7.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.485;SOR=1.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr16	632180	rs4984897	G	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=330;ReadPosRankSum=-1.791;SC=GAAGGTACCTGCAGCCTCTGC;SOR=1.445;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=20;WE=632188;WS=632170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,32:0.26:125
chr16	632198	rs916416	T	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=5;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=347;ReadPosRankSum=-3.516;SC=TGCTCATGTGTGGGGCCAGCC;SOR=0.850;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=24;WE=632206;WS=632188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,41:0.31:134
chr16	632225	rs4006748	T	C	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.203;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=1816;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CGTCCCCTCGTCAGCCGCTTG;SOR=0.741;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=30;WE=632241;WS=632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,48:0.33:144
chr16	632230	rs67976359	CG	C	1735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.383;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=1864;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CCTCGTCAGCCGCTTGCTATC;SOR=0.860;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=21;WE=632241;WS=632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,48:0.34:141
chr16	632233	rs62030874	T	C	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.290;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=1732;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CGTCAGCCGCTTGCTATCCTT;SOR=0.848;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=30;WE=632241;WS=632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr16	633125	rs1045277	T	C	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=819;ReadPosRankSum=-0.342;SC=GCGCATGTCCTGTGCTTTGTG;SOR=0.538;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=68;WE=633133;WS=633115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,98:0.60:163
chr16	633353	rs710924	TG	CA	3821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=2702;ReadPosRankSum=1.344;SC=GCCCACCCTGTGTACCCAGGT;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=78;WE=633362;WS=633343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,100:0.48:208
chr16	633764	rs8642	G	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=520;ReadPosRankSum=0.311;SC=CAGGTCCTGCGGCCAAATCTG;SOR=0.399;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=32;WE=633772;WS=633754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,52:0.45:116
chr16	633843	rs8675	A	G	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.12;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr16	633851	rs8909	T	C	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.92;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr16	646421	rs4984672	A	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=0.827;SC=GTTGCATCACAGCTGAGTCCT;SOR=0.733;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=14;WE=646429;WS=646411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr16	668443	rs34011309	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=0.069;SC=AGGCTGGAGTACAGTGGCACA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=668451;WS=668433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr16	675087	rs3838962	AC	A	1376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=610;ReadPosRankSum=0.154;SC=GGCCGAGAGGACACTTAGCTT;SOR=0.570;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=17;WE=675095;WS=675077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr16	675215	rs2269556	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=218;ReadPosRankSum=0.255;SC=CATGGAAGGCGCCCACCCCCC;SOR=0.721;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=17;WE=675227;WS=675205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr16	677629	rs2269557	T	C	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=540;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CTAGCGGGGATGGGCGGGGCC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=50;WE=677637;WS=677619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,82:0.57:143
chr16	679814	rs12447874	T	C	5299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=63;PP=2703;SC=AAGCCCCTCCTTGGCAGCTCC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=131;WE=679822;WS=679804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	681280	rs4984905	G	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=2.635;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr16	682566	rs2269561	T	C	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=519;ReadPosRankSum=1.392;SC=CCCACCTAAGTGTCCCCCATC;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=41;WE=682583;WS=682556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr16	688557	rs34409359	A	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=277;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GAAGGACACGATGCCCGATGC;SOR=0.123;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=14;WE=688565;WS=688547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr16	699456	rs12934086	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGTCCCGAGGATCCCGGGTTC;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=699464;WS=699446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	700970	rs2076142	C	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=577;ReadPosRankSum=0.839;SC=CCTCCCTTGACCTGGAACAAC;SOR=1.171;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=45;WE=700978;WS=700960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,64:0.45:141
chr16	701296	rs2076143	G	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.16;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr16	701303	rs2076144	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.36;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr16	701656	rs11642546	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=339;ReadPosRankSum=0.844;SC=CTCCTGGGGCCGGGGCCACAG;SOR=1.088;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=24;WE=701664;WS=701646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr16	702677	rs2072879	C	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=0.509;SC=CGGTCCCGTCCCCCTGCAGTC;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=702685;WS=702667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
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chr16	705920	rs9930754	G	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr16	706010	rs35582942	C	CA	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=217;ReadPosRankSum=0.380;SC=CACAGGGTGCCACGGGGCCAA;SOR=1.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=706018;WS=706000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr16	706067	rs9932866	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-1.004;SC=GGCGGCCCGCGGGGCAGCCTC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=706075;WS=706057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	706388	.	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr16	706534	rs28485323	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr16	706668	rs34775748	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.253;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=607;ReadPosRankSum=1.078;SC=GGTTTGGGCCGCCTGGAGAGC;SOR=1.245;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=43;WE=706676;WS=706658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,55:0.61:90
chr16	707034	rs6600228	A	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=213;ReadPosRankSum=-1.792;SC=GGTCGAGGGAACCCATGGTAC;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=14;WE=707042;WS=707024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr16	707295	rs6600229	T	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=0.931;SC=GGCCCACACCTGGACACACAT;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=8;WE=707303;WS=707285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr16	707748	rs36022186	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=396;ReadPosRankSum=0.259;SC=GACCCCTGCCCCGTGTGGCCA;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=27;WE=707756;WS=707738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr16	708071	rs2071831	G	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=433;ReadPosRankSum=-0.144;SC=CAGGGCAGGTGCTGCCTGGGT;SOR=0.895;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=24;WE=708079;WS=708061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr16	708275	rs45613635	C	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=729;ReadPosRankSum=-1.931;SC=CTCTGGGCCACCTGCTGGTGT;SOR=0.453;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=57;WE=708283;WS=708265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,78:0.48:162
chr16	708419	rs7188691	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=229;ReadPosRankSum=-1.747;SC=GCCTGCAGCCTCTCCAGCTGG;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=18;WE=708427;WS=708409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr16	709001	rs4984906	C	A	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=996;ReadPosRankSum=-1.292;SC=TGTCCTGGCCCCTACTGAGAG;SOR=0.830;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=72;WE=709009;WS=708991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,109:0.44:247
chr16	709157	rs7194532	T	C	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GGGGTGCAGGTGCTGCGCTGA;SOR=0.768;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=191;TCF=95;TCR=96;TR=89;WE=709165;WS=709147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,124:0.47:266
chr16	711326	rs9932282	G	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=1.882;SC=CTCACGCCTGGCCTCTTGCCT;SOR=0.363;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=17;WE=711334;WS=711316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr16	711545	rs11284424	CG	C	1733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.060;HP=8;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.196;NF=11;NR=26;PP=596;ReadPosRankSum=0.981;SC=CCCTAGACCCCGGGGGGGGCT;SOR=0.457;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=37;WE=711553;WS=711535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,72:0.52:139
chr16	711572	rs8062682	C	T	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.080;QD=18.52;ReadPosRankSum=1.886;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,75:0.49:154
chr16	711582	rs8062685	C	G	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.077;QD=17.98;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,78:0.49:160
chr16	711712	rs3177415	C	T	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GGGACGCCGGCGAGCTCACCT;SOR=0.626;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=74;WE=711720;WS=711702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,117:0.52:226
chr16	711905	rs2301426	A	G	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=704;ReadPosRankSum=0.423;SC=GTCGAGAGCCAGTCCCAGAGG;SOR=0.775;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=52;WE=711913;WS=711895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,86:0.43:200
chr16	712127	rs10903018	A	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=14;PP=682;SC=CTGGGGCAGAAGCCTCATCTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=712135;WS=712117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	712154	rs11248943	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TGGCGTCCGGGCAGCCTTGTG;SOR=0.618;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=18;WE=712162;WS=712144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
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chr16	713204	rs9929652	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
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chr16	717828	rs3752490	G	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GGCATTTATTGCATTATTGCT;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=15;WE=717836;WS=717818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr16	718514	rs7204542	C	G	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=884;ReadPosRankSum=-0.142;SC=AGGAGATCACCATCCCCGCGG;SOR=0.882;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=58;WE=718522;WS=718504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,95:0.61:156
chr16	720041	rs3752489	C	T	249.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9954;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CCCTTCTGCTCTCCCCCAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=720049;WS=720031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr16	720986	rs1139897	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=786;ReadPosRankSum=0.205;SC=CGGGAGGACCGGCTGACCCTG;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=52;WE=720994;WS=720976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
chr16	721798	rs146789763	T	TCCCCTG	2042.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.533;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=41;PP=2460;ReadPosRankSum=-0.332;SC=GCATGGCGAGTCCCCTGCCCC;SOR=1.527;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=89;TCF=8;TCR=81;TR=42;WE=721806;WS=721788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr16	722331	rs3177338	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=561;ReadPosRankSum=1.603;SC=GGTAGGGGCCCGTGGAGTGGG;SOR=1.094;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=38;WE=722339;WS=722321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
chr16	722548	rs1128550	A	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;ReadPosRankSum=-0.052;SC=AGGTCAATGGACAGGAGAAGT;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=39;TR=26;WE=722556;WS=722538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,50:0.40:124
chr16	723647	rs1045716	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.057;SC=CCTGGGTGTGCCTCGCTGCTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=7;WE=723655;WS=723637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	724084	rs1045763	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=-1.192;SC=TAGCAGAGGACCGGAGGTTGG;SOR=0.184;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=15;WE=724092;WS=724074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr16	727033	.	C	T	4660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=89;PP=2091;ReadPosRankSum=-1.657;SC=CCTACCACCCCGAGTACATGA;SOR=0.788;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=313;TCF=128;TCR=185;TR=145;WE=727041;WS=727023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,240:0.45:530
chr16	727761	.	C	T	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.87;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
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chr16	731933	rs41292279	G	A	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.757;SC=CGTGGCGTGGGAGCATCCCCG;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=169;TCF=92;TCR=77;TR=74;WE=731941;WS=731923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,126:0.52:242
chr16	732287	rs3216838	GC	G	3942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.461;NF=16;NR=51;PP=2401;ReadPosRankSum=0.871;SC=TGCAGGTGAGGCCTGCGGCTG;SOR=0.596;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=140;TCF=44;TCR=96;TR=67;WE=732295;WS=732277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,128:0.49:263
chr16	735794	rs11640115	A	G	5600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=81;PP=2318;ReadPosRankSum=0.284;SC=CTGCCCGACAATGGGGCGGGC;SOR=0.718;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=355;TCF=186;TCR=169;TR=165;WE=735802;WS=735784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,276:0.48:575
chr16	735921	rs763053	T	C	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.871;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=61;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TGTCGCTCCGTGCATCTCCTT;SOR=1.216;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=219;TCF=74;TCR=145;TR=85;WE=735929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,122:0.39:312
chr16	737793	rs1018804	G	A	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.134;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=941;ReadPosRankSum=0.852;SC=CATGAGGTGCGCCCTCAGAAC;SOR=0.844;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=60;WE=737801;WS=737783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,76:0.57:133
chr16	740404	rs4984682	C	G	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=941;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AAGCCGCTGTCTTTCCCGTCC;SOR=0.757;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=64;WE=740412;WS=740394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,97:0.50:195
chr16	740466	rs4984913	A	G	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.071;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.767;SC=AGTGGGCACAAACTCTCGCCC;SOR=0.618;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=66;WE=740474;WS=740456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,103:0.50:204
chr16	746756	.	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.221;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=460;ReadPosRankSum=0.685;SC=CCTGTCCCCCCCGAGCCTGGT;SOR=2.124;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=26;WE=746764;WS=746746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
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chr16	746914	rs4984915	G	A	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=39;PP=1324;ReadPosRankSum=1.487;SC=AGCCTCTGGCGGCAAAACCCT;SOR=0.782;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=201;TCF=109;TCR=92;TR=89;WE=746922;WS=746904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,158:0.47:334
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chr16	773313	rs58842228	G	GC	654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=452;ReadPosRankSum=1.231;SC=CTCCTGTGGCGCCCCCCCCAG;SOR=0.786;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=28;WE=773321;WS=773303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr16	773341	rs4984920	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=729;ReadPosRankSum=-1.052;SC=AGCCATCCGTGTATAGGGACA;SOR=0.762;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=47;WE=773349;WS=773331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
chr16	774045	rs145548033	TGGGGCAGTGGGTGGGTGG	T	931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.793;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.650;NF=8;NR=8;PP=2972;ReadPosRankSum=0.733;SC=GGGGCCAGTGTGGGGCAGTGG;SOR=0.110;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=16;WE=774070;WS=774035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr16	774520	rs4984921	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=529;ReadPosRankSum=0.093;SC=CTGGAGGCGGCGGGCTGGGTC;SOR=0.759;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=42;WE=774528;WS=774510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,51:0.45:113
chr16	774692	rs2071950	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=394;ReadPosRankSum=-0.465;SC=ACTGCCTGCCAGGCGCAGTGT;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=29;WE=774700;WS=774682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr16	774937	.	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=560;ReadPosRankSum=-0.513;SC=AGTCGCTGCCCGGCTGCCCTG;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=40;WE=774945;WS=774927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr16	778024	rs1406814	T	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=-0.337;SC=CCACCCACCATCACTGGTGAG;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=12;WE=778032;WS=778014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr16	778158	rs1406815	C	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=1.655;SC=GGCTTCGTCCCGGGCTGGCGG;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=6;WE=778166;WS=778148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	778820	rs12448432	G	A	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,84:0.47:179
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chr16	781633	rs3829492	G	A	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=745;ReadPosRankSum=-1.776;SC=GCCGGAACACGTGCTCCAGGT;SOR=0.568;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=56;WE=781641;WS=781623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,92:0.51:182
chr16	782644	rs36119940	C	CT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-1.955;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr16	784920	rs9932304	A	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=492;ReadPosRankSum=-2.328;SC=GGACGCCCACACGAGCACACG;SOR=1.038;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=25;WE=784928;WS=784910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr16	787738	rs12597563	G	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=-0.062;SC=AGGAGGAAAGGACGAAGGCAC;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=9;WE=787746;WS=787728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr16	789618	rs10794640	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
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chr16	813775	rs9929183	A	C	80.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr16	813783	.	C	A	122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5731;HP=3;HapScore=2;MGOF=68;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=122;QD=22.3958875067;SC=CCAGCATCCCCTCCCCCTTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=813791;WS=813773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,7:1.00:7
chr16	815370	rs7197395	T	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.90;ReadPosRankSum=-1.267;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
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chr16	815628	rs1737340	A	G	7289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=94;PP=2965;SC=GTGAGACCCCAATCCCCAGCC;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=194;WE=815636;WS=815618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
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chr16	817339	rs3765325	G	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
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chr16	820328	rs3765328	A	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.632;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr16	820480	.	G	GCACCCC	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr16	820622	rs74636066	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.232;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr16	820888	rs12599339	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=0.156;SC=CTGCCGAAGGTCTCATGGGCC;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=9;WE=820896;WS=820878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr16	820944	rs12599363	T	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr16	824098	rs9927150	T	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=0.080;SC=CAAGAACTTGTCCAAACTACT;SOR=1.688;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=5;WE=824106;WS=824088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr16	825124	rs34636186	C	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr16	828844	rs1737342	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-0.079;SC=GCAGAAGGGCATGGGCCGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=828852;WS=828834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr16	833291	rs35339491	C	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr16	836992	rs2272896	G	C	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CCACCCCAACGCACGATGCCC;SOR=0.850;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=72;TCR=102;TR=88;WE=837000;WS=836982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,139:0.48:287
chr16	837310	rs531278	A	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=11;PP=507;SC=TGGGGTGGGAATCCTGAGTCC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=837318;WS=837300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	839262	rs569951	A	G	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=32;PP=1053;SC=TGAACTTCAGATCGGAGGAGA;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=839270;WS=839252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	839949	rs11425062	C	CT	3125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.057;NF=30;NR=29;PP=2311;ReadPosRankSum=0.144;SC=CTTGCTTCCCCTCCTGCTTTT;SOR=0.690;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=59;WE=839957;WS=839939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,103:0.48:216
chr16	839996	rs4984925	T	C	3557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.095;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,175:0.46:383
chr16	840014	rs4984926	A	C	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.058;NF=65;NR=63;PP=1912;ReadPosRankSum=-1.359;SC=CAGCTGACCCATCTGGATGGC;SOR=0.639;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=251;TCF=133;TCR=118;TR=128;WE=840022;WS=840004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,185:0.47:390
chr16	840378	rs3765263	A	G	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=699;ReadPosRankSum=-1.540;SC=GAGGCCCAGAAGCTTTCAGAC;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=50;WE=840386;WS=840368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,83:0.46:182
chr16	840409	rs3765264	T	C	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=712;ReadPosRankSum=2.079;SC=GGTGACTTGGTTGGCCCTTCC;SOR=0.539;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=48;WE=840417;WS=840399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,88:0.41:217
chr16	840769	rs3765266	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=0.180;SC=TGGGCCTCGGAGACGGAGTGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=840777;WS=840759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	841966	rs742319	C	T	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=672;ReadPosRankSum=-0.296;SC=ATGTGAGGTCCGTCTCTGGCT;SOR=0.713;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=49;WE=841974;WS=841956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,92:0.54:171
chr16	842450	rs2277897	C	T	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=761;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCGCCATCAACGTCCTCCTGA;SOR=0.629;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=63;WE=842458;WS=842440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,139:0.53:261
chr16	842686	rs4984929	C	T	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,86:0.61:141
chr16	842706	rs742320	G	A	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=815;ReadPosRankSum=-1.215;SC=TGGCCCTGCCGCCTCTCCTCA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=57;WE=842714;WS=842696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,90:0.63:142
chr16	842826	rs74908091	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=217;ReadPosRankSum=-2.269;SC=GTGGAGCCCCAGGAGCCGTGT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=19;WE=842834;WS=842816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr16	843084	rs3833825	C	CGGGTG	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=159;ReadPosRankSum=-1.200;SC=CGGCAGGCACCGGGTGGGGTG;SOR=1.112;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=3;WE=843092;WS=843074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	844267	.	C	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=375;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GTGCCCCTGCCCCTGCCGGTC;SOR=0.546;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=26;WE=844275;WS=844257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr16	845449	.	CCAAA	C	1094	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=45.34;NF=0;NR=9;PP=1094;QD=127.419895774;SC=GCCCGCCCCCCCAAACACACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=9;WE=845465;WS=845439;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr16	845455	.	ACA	GTG	1083	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=44.89;NF=0;NR=8;PP=1083;QD=143.308484358;SC=CCCCCCAAACACACTGCCCGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=8;WE=845465;WS=845439;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	845901	rs2982244	T	C	8856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=99;PP=2965;SC=GAGCACACATTTGTACAGCCT;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=102;TCR=100;TR=200;WE=845909;WS=845891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr16	846652	rs79562574	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=415;ReadPosRankSum=1.255;SC=TTGGAGTGCCCGGCGGCTCTC;SOR=1.939;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=22;WE=846660;WS=846642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr16	847597	rs2294450	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=268;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GGTGTTCTGGTCCCTCCTCCC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=14;WE=847605;WS=847587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr16	847743	rs2294451	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=182;ReadPosRankSum=0.844;SC=ACAGCAGTCCCGAGTGCAGGT;SOR=0.307;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=15;WE=847751;WS=847733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr16	849166	rs2272900	C	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=206;ReadPosRankSum=-2.258;SC=GTAGTCCCCACCCCCGCTGCT;SOR=1.106;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=16;WE=849174;WS=849156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr16	855342	rs614048	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=0.763;SC=AGTGCAGGGGATGGCCCTGCT;SOR=0.646;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=6;WE=855350;WS=855332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr16	905559	rs4984949	A	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=0.563;SC=AGGCGCCAGGAGGAATTGTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=905567;WS=905553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	929711	rs2076425	C	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=3.062;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr16	942989	rs11864203	G	C	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=18;PP=1419;SC=CTGCCCTCACGCTGCACGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=942997;WS=942979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	943107	rs4984705	A	G	6040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=70;PP=2367;SC=AGTCAGTCACAGGGGCTGGGG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=134;WE=943115;WS=943097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr16	943130	rs4984706	C	G	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=73;PP=2324;SC=GCGGCGGCCCCGACAGAAACA;SOR=0.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=54;TCR=73;TR=127;WE=943138;WS=943120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	943317	rs11404654	C	CT	2615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=31;PP=2011;SC=CAGTGGCTTCCTTTGCGCCTT;SOR=0.737;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=49;WE=943325;WS=943307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	943361	rs4984707	T	C	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=40;PP=1531;SC=CCACGCATCATCACGCTACAG;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=83;WE=943369;WS=943351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	943534	rs4984708	C	A	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=623;SC=CAAAGGGAGCCGAGGCGCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=943542;WS=943524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	961051	rs2277893	C	T	3695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.76;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,97:0.49:197
chr16	961054	rs2277892	C	T	3689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.27;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,98:0.49:202
chr16	984113	rs11248955	C	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=290;ReadPosRankSum=0.738;SC=CATCACTGCCCTCCGTGCATA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=17;WE=984121;WS=984103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr16	997352	rs12446579	A	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=301;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GGCTACGCAGAGGCAGGTGGT;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=22;WE=997360;WS=997342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr16	997473	rs12447306	T	C	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.23;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr16	997473	.	TGC	CGT	856	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=16;NR=16;PP=856;QD=28.4208710894;SC=TGTCCCTGGGTGCTGGCGGCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=32;WE=997483;WS=997463;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:43,32:0.43:75
chr16	997475	rs59925733	C	T	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr16	997496	rs12445470	C	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=411;ReadPosRankSum=-0.432;SC=CCAGCGTCCCCTCCAGCCCTG;SOR=0.483;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=34;WE=997504;WS=997486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr16	997520	rs12447329	T	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=946;ReadPosRankSum=1.404;SC=CTGCTCTCAGTACTCTTTGAA;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=30;WE=997542;WS=997510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr16	997534	rs12933840	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=946;ReadPosRankSum=0.466;SC=CTTTGAAGTGGAGCCACCATC;SOR=0.782;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=29;WE=997542;WS=997510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr16	997682	rs34656293	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=0.494;SC=GAAGGGATGGCGGTGCTGCCG;SOR=0.269;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=997690;WS=997672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	1004554	rs3751667	C	T	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=1024;ReadPosRankSum=1.070;SC=CTTCCCAGCTCGTCCTGTCCT;SOR=1.103;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=62;WE=1004562;WS=1004544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,67:0.57:118
chr16	1004694	rs3751666	A	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr16	1004743	rs3751665	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=198;ReadPosRankSum=0.968;SC=GCTCAGAATGCGGGGCGAGGC;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=19;WE=1004751;WS=1004733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	1021000	rs36202798	CCGGAGGCCCCGCCCATTCT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	1031282	rs145245546	CTGTG	C	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=10.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.40;MQRankSum=1.248;QD=22.34;ReadPosRankSum=-1.413;SOR=2.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	1031299	.	TGTGTGAGA	T	504	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MMLQ=23;MQ=59.97;NF=3;NR=9;PP=504;QD=42.4166666667;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGAGAGA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12;WE=1031314;WS=1031289;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,12:0.86:14
chr16	1031305	.	A	T	130	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=46;MMLQ=23;MQ=60.79;NF=2;NR=2;PP=130;QD=41.1928031368;SC=TGTGTGTGTGAGAGAGAGAGA;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=4;WE=1031314;WS=1031289;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr16	1031944	.	C	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-1.072;SC=GAGCGAGGCCCGCTCCCAGCC;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=1031952;WS=1031934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	1034834	rs237674	T	C	5852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=64;PP=2259;SC=ACTTCAGCAATGTGGACATCT;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=119;WE=1034842;WS=1034824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr16	1035077	rs11542179	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=747;ReadPosRankSum=0.915;SC=AGCAGCCGAGCCCCGGCCACT;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=50;WE=1035085;WS=1035067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,83:0.56:148
chr16	1035422	rs11542180	G	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.548;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=413;ReadPosRankSum=-0.171;SC=CAGGCGTCAGGGGGCAGCCTT;SOR=0.114;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=32;WE=1035430;WS=1035412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr16	1035456	rs11866418	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=294;ReadPosRankSum=-1.646;SC=GTGTGTGACCAGGGCGGGAGG;SOR=0.346;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=16;WE=1035464;WS=1035446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr16	1115377	rs11649498	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=140;ReadPosRankSum=1.454;SC=CACGCTGATCCGGGCTGAGAC;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=12;WE=1115385;WS=1115367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr16	1115842	rs143173222	CGGCA	C	1399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=586;ReadPosRankSum=-1.175;SC=GAGGCAGGAACGGCAGGCGGT;SOR=0.924;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=14;WE=1115853;WS=1115832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr16	1116220	rs34024516	T	TG	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.886;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr16	1116445	rs530518	A	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,74:0.45:163
chr16	1129872	rs169068	C	T	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=937;ReadPosRankSum=2.901;SC=GCCACGGAGCCGCGTCCAGAC;SOR=0.561;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=131;TCF=45;TCR=86;TR=69;WE=1129880;WS=1129862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,88:0.47:187
chr16	1129912	rs642249	A	G	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=697;ReadPosRankSum=-2.119;SC=AGGCCACGCCACCCGCGCACC;SOR=0.570;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=47;WE=1129920;WS=1129902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,55:0.50:109
chr16	1131175	rs197055	C	A	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=914;ReadPosRankSum=-2.013;SC=CTCTGGGGCACCTTGGCCTTG;SOR=0.600;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=59;TCR=98;TR=66;WE=1131183;WS=1131165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,97:0.43:226
chr16	1204116	rs112034409	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=0.476;SC=CTCCCTCGGCATGCGCCCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=14;WE=1204124;WS=1204106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr16	1244877	rs9936834	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr16	1245302	.	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AGTTCCTGGGGCTCAGGGCGG;SOR=2.303;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=7;WE=1245310;WS=1245292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr16	1252369	rs61734410	C	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=535;ReadPosRankSum=0.736;SC=GCCGGTGGACCGCCAGGCACC;SOR=0.928;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=38;WE=1252377;WS=1252359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,54:0.51:106
chr16	1254369	rs3751664	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=367;ReadPosRankSum=0.055;SC=CAAGCTGCGCCGCATCGTGGA;SOR=0.540;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=35;WE=1254377;WS=1254359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr16	1255030	.	A	G	155	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=58.12;NF=12;NR=0;PP=155;QD=15.8142677123;SC=GGTGGGAGCCACGGGTGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=1255038;WS=1255022;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,12:0.75:16
chr16	1255083	rs72775445	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=279;ReadPosRankSum=-2.033;SC=GCGGGTGCGGCCTCCTGAACT;SOR=0.641;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=20;WE=1255091;WS=1255073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr16	1256016	rs117673391	C	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=1.068;SC=CGCTGTGGCTCCCTGGCTGGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=1256024;WS=1256006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr16	1256839	rs115172853	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=12;NR=3;PP=214;ReadPosRankSum=1.465;SC=CCTTTTAAGCTAGAGAGCTCG;SOR=1.492;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=15;WE=1256847;WS=1256836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	1256902	rs118070675	C	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=1.856;SC=AGAGCCAGTCCTGCCCCTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=10;WE=1256910;WS=1256892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	1257731	rs12930875	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=463;ReadPosRankSum=-0.933;SC=CCCCACTCACGGGGCCCCTCA;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=40;WE=1257739;WS=1257721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,77:0.43:181
chr16	1258076	.	C	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,67:0.57:117
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chr16	1260636	rs28365124	G	A	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1341;ReadPosRankSum=0.093;SC=TCTTCGTGGCGGAGATGATGG;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=188;TCF=86;TCR=102;TR=91;WE=1260644;WS=1260626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,145:0.48:301
chr16	1261086	rs72552038	C	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=183;ReadPosRankSum=1.294;SC=CTCGGCCCCACCTTGGGACCT;SOR=0.741;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=12;WE=1261094;WS=1261081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr16	1261282	rs4984637	T	C	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=-2.324;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,133:0.55:244
chr16	1262310	rs111255867	C	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=206;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AGAGGGCCGTCGGGGAGCCCG;SOR=1.508;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=12;WE=1262318;WS=1262300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	1265720	rs3897150	C	T	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=631;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GCTGAAGCTGCGTCCCTGCTG;SOR=0.534;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=51;WE=1265728;WS=1265710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,73:0.59:123
chr16	1266803	rs11395347	C	CT	850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=816;SC=TTCCACTTGGCCGGGCCCGGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=1266811;WS=1266793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	1268013	rs57135930	G	C	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=677;ReadPosRankSum=-2.127;SC=GCGTGTCCACGGGGGACAACT;SOR=0.763;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=59;WE=1268021;WS=1268003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,98:0.46:214
chr16	1268376	rs58124832	G	A	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=815;ReadPosRankSum=-0.517;SC=AAGGAGGCACGGGAGGATGCG;SOR=0.618;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=51;WE=1268384;WS=1268366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,73:0.50:147
chr16	1269095	rs72552056	C	T	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=820;ReadPosRankSum=2.512;SC=GGGCACAGCCCGCTCCCCCAG;SOR=0.809;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=59;WE=1269103;WS=1269085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,89:0.61:145
chr16	1269145	rs3833845	TG	T	1887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=1076;ReadPosRankSum=-1.694;SC=GAGAAGCCGTTGGCCTGCAGC;SOR=0.776;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=30;WE=1269153;WS=1269135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr16	1269183	rs72552058	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=426;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GGGGGCTTGCAGGGATGCCTC;SOR=0.704;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=30;WE=1269191;WS=1269173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr16	1270349	rs4247094	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=358;ReadPosRankSum=-0.160;SC=ACAGCGTGGATGCTCAGGGCT;SOR=0.840;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=24;WE=1270357;WS=1270339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr16	1270891	.	A	G	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=981;ReadPosRankSum=-1.072;SC=CCCCCAGAGAAGAGGCGGGGG;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=66;WE=1270899;WS=1270881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,113:0.54:211
chr16	1271938	rs72775455	T	C	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=573;ReadPosRankSum=1.303;SC=CTGAGCCCCCTGATGCTGTGA;SOR=0.507;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=53;WE=1271946;WS=1271928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,95:0.50:190
chr16	1272211	.	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=366;ReadPosRankSum=0.613;SC=AGGCATCCCCGGGGCCCCGGG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=31;WE=1272219;WS=1272201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr16	1272275	rs143120059	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-2.097;SC=ATAGTCCCGGCGGCAGGTCTC;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=15;WE=1272283;WS=1272265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr16	1272404	.	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr16	1272750	rs113856625	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=319;ReadPosRankSum=-0.700;SC=GATCCGGCTGGAGAGGGTCAC;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=24;WE=1272758;WS=1272740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr16	1273627	.	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=658;ReadPosRankSum=-0.254;SC=GCCTGGTGGGGATCCCAAGAA;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=21;WE=1273646;WS=1273617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,39:0.38:102
chr16	1273638	rs909920	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=658;ReadPosRankSum=0.604;SC=ATCCCAAGAAACCCACTGCAC;SOR=0.755;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=22;WE=1273646;WS=1273617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,39:0.37:106
chr16	1274718	rs12443921	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=313;ReadPosRankSum=-0.919;SC=CCTCAGGGCGGCACTGGGGTG;SOR=1.358;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=21;WE=1274726;WS=1274708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr16	1274773	rs111259374	C	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GAGGCTGGGTCAACTGCTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=5;WE=1274781;WS=1274763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr16	1275135	rs9938123	T	C	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
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chr16	1279537	rs188458795	C	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQRankSum=-0.217;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.661;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
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chr16	1291182	rs112531166	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQRankSum=-1.762;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.514;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,5:0.12:42
chr16	1291188	rs17434400	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQRankSum=0.116;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.317;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
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chr16	1291608	rs201820654	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=16.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.74;MQRankSum=-3.371;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.772;SOR=2.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,21:0.20:104
chr16	1291623	.	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.286;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=16.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQRankSum=-3.036;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=2.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,27:0.22:121
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chr16	1291624	.	C	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.170;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=16.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.20;MQRankSum=-3.129;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=2.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,27:0.22:123
chr16	1291639	rs201223167	A	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.899;NF=26;NR=12;PP=473;ReadPosRankSum=-4.124;SC=CCCCTGCCTCAGAGACCTTCC;SOR=1.313;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=38;WE=1291647;WS=1291629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,52:0.33:158
chr16	1291717	rs202230226	T	TG	1433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=8.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQRankSum=-1.327;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,54:0.45:121
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chr16	1291850	rs200171211	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.229;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.13;MQRankSum=1.282;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	1291941	rs201280504	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.17;MQRankSum=0.674;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr16	1292257	rs17135220	G	T	8738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=2.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-1.647;QD=27.92;ReadPosRankSum=4.118;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,218:0.70:313
chr16	1292413	.	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.95;MQRankSum=0.666;QD=5.06;ReadPosRankSum=-2.277;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr16	1292425	rs67723611	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=6.576;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.771;NF=1;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=0.285;SC=GACCCTTCCCTATCCTGAGCC;SOR=2.746;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=15;WE=1292433;WS=1292403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	1306642	rs61739908	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-0.296;QD=12.32;ReadPosRankSum=-1.455;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
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chr16	1306817	rs3993983	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQRankSum=-2.576;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr16	1306873	rs113333718	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.042;NF=9;NR=6;PP=280;ReadPosRankSum=-1.247;SC=AGCTGCTGCCGGTCAGCAGGA;SOR=1.198;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=15;WE=1306881;WS=1306863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
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chr16	1306973	rs79313952	A	G	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-6.963;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.399;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr16	1306986	rs72775467	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-6.883;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,32:0.28:115
chr16	1308285	.	C	T	4627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=64;PP=1826;ReadPosRankSum=-1.891;SC=ATCCCTCATCCTGACCCCCGA;SOR=0.710;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=255;TCF=126;TCR=129;TR=130;WE=1308293;WS=1308275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,238:0.51:464
chr16	1308330	.	C	T	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=70;PP=1744;ReadPosRankSum=0.642;SC=CTGACCTTCCCAGGGTGACTC;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=249;TCF=112;TCR=137;TR=124;WE=1308338;WS=1308320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,188:0.49:386
chr16	1323781	rs1610294	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=349;ReadPosRankSum=-0.101;SC=ACCAGGGGGCTGCCTGAGTCA;SOR=0.975;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=34;WE=1323789;WS=1323771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr16	1358608	rs148430996	ATGAGGGAGGGAGGGAATTAG	A	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.832;NF=1;NR=2;PP=340;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GATCGAATGAATGAGGGAGGG;SOR=0.086;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=3;WE=1358635;WS=1358598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr16	1364140	rs9941160	T	C	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=818;ReadPosRankSum=1.455;SC=GCGGACAGGCTCCCTCGGCTG;SOR=0.601;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=65;WE=1364148;WS=1364130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,81:0.50:162
chr16	1364281	rs4984806	T	C	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=363;ReadPosRankSum=0.082;SC=GTGGTTGTTTTCTTTTCTCTC;SOR=0.519;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=27;WE=1364289;WS=1364271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr16	1370303	rs909916	T	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.34;ReadPosRankSum=-2.092;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr16	1370309	rs909917	C	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr16	1370597	rs4017786	G	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GGGAGTGGAGGACACAGGCTC;SOR=0.223;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=21;WE=1370605;WS=1370587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr16	1370614	rs8063770	C	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=-1.205;SC=GCTCACCCTACGGACAGCCAG;SOR=0.252;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=15;WE=1370622;WS=1370604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	1370630	rs8043720	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-1.674;SC=GCCAGGGTCCACGCCTCTGTG;SOR=0.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=1370638;WS=1370620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr16	1374656	rs761060	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=0.023;SC=TGGTCTGCCCAGCTGGCTCCG;SOR=0.859;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=7;WE=1374664;WS=1374646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr16	1374818	rs8063	A	G	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.893;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=604;ReadPosRankSum=0.444;SC=GGCATCGTCAAAAGGAAGGGA;SOR=0.789;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=40;WE=1374826;WS=1374808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,67:0.45:148
chr16	1388416	rs13338616	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=9;PP=511;SC=CCATCCAGGCTGTGGGTGAGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=1388424;WS=1388406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	1388888	rs7197416	C	T	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=31;PP=1606;SC=TGAGCTGACCCGGCTCTTTCT;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=86;WE=1388896;WS=1388878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	1389153	rs7202563	C	A	4687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=66;PP=1864;SC=TCACCCTGGGCCCCACACACA;SOR=1.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=106;WE=1389161;WS=1389143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	1389629	rs78268478	A	G	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1256;ReadPosRankSum=1.919;SC=ACCCCGACCCAGACCCTGACA;SOR=0.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=92;TCR=96;TR=90;WE=1389637;WS=1389619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,157:0.48:330
chr16	1389751	rs113792347	C	G	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=794;ReadPosRankSum=-3.980;SC=GGTGCACACACACACACGCAC;SOR=0.746;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=118;TCF=42;TCR=76;TR=52;WE=1389759;WS=1389734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,79:0.50:158
chr16	1391132	rs11866635	C	T	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=886;ReadPosRankSum=1.831;SC=GTCCACAGGCCCCCACGTATG;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=63;WE=1391140;WS=1391122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,146:0.47:313
chr16	1391871	rs2369699	C	G	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=35;PP=1675;SC=ACATCTGGTACAGGCCCCTGC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=86;WE=1391879;WS=1391861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	1392451	.	T	C	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=885;ReadPosRankSum=2.324;SC=CCATGTGGTCTCTCCAGGGTC;SOR=0.676;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=59;WE=1392464;WS=1392441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,105:0.47:224
chr16	1392877	rs742458	T	C	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=359;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GATGTGGGGCTGTCCCGCCTC;SOR=0.721;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=29;WE=1392885;WS=1392867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr16	1394507	rs1132356	A	C	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=506;ReadPosRankSum=-0.123;SC=ATCCTGAATGACAAGAGTCCC;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=31;WE=1394515;WS=1394497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
chr16	1394551	rs11248872	A	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=346;ReadPosRankSum=0.047;SC=GACCCTGGCCATGAGGGGTAC;SOR=0.407;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=33;WE=1394559;WS=1394541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,51:0.40:129
chr16	1396788	rs3215518	TGCAGGTGGGGCCAGCGGG	T	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=-1.904;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr16	1397518	rs34339539	G	GC	806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.417;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=597;ReadPosRankSum=-1.492;SC=GCACCCAGGGGCCCCTCCTGA;SOR=1.202;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=19;WE=1397529;WS=1397508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr16	1397698	rs8055112	G	A	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=829;ReadPosRankSum=1.165;SC=CCGCCTTTCCGCAGAGGACCC;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=50;WE=1397706;WS=1397688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,89:0.50:178
chr16	1398077	rs34766513	C	CCT	14732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=95;PP=2930;SC=GCGAGACTCCCGACTGGCCTC;SOR=0.736;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=147;TCF=47;TCR=100;TR=142;WE=1398085;WS=1398064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr16	1400693	rs2294605	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=162;ReadPosRankSum=1.224;SC=CTGAACTGTTCCCCTGTCCGT;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=13;WE=1400701;WS=1400683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr16	1401845	rs28541713	C	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=-0.772;SC=CACCCCACGGCCGCGCCCCTC;SOR=0.116;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=1401853;WS=1401835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	1401895	rs28654239	G	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr16	1407792	rs4984644	T	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=7;PP=170;SC=GGGATGACAGTCATGAGCCAC;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=1407800;WS=1407782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	1407809	rs4984820	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=154;SC=CCACCGCGCCTGGCCTCGACT;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=1407817;WS=1407799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	1417408	rs4984823	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=521;SC=CTGCAGACCCTCTTGCCTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=1417416;WS=1417398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	1417558	.	G	GCCCT	477	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=209;MMLQ=23;MQ=54.56;NF=0;NR=6;PP=477;QD=82.5;SC=GTCACCTGCGGCCCTCCCTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=1417566;WS=1417551;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	1419947	rs11248874	A	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=18;PP=665;SC=TTGCAGTCCAACCTGGGCGAC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=1419955;WS=1419937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	1433766	rs12918814	T	C	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=63;PP=1924;SC=CGGGTCCTGATGGTGCTGGGG;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=111;WE=1433774;WS=1433756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	1435173	.	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=0.711;SC=AACACAGAAGGAGGTCAGGGA;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=1435181;WS=1435172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	1442748	rs144573381	T	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=192;ReadPosRankSum=-1.096;SC=GTGGCAAGGATTTTTCTAGAC;SOR=0.709;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=15;WE=1442756;WS=1442738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr16	1447278	rs61738727	A	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=226;SC=CGTGCTTCACACTGGGGCAGG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=1447286;WS=1447268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	1451519	rs761068	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.395;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr16	1455900	rs8044833	C	T	6277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=61;PP=2924;SC=CCTCAGGAAGCTCTCACCTGA;SOR=1.074;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=100;TCR=62;TR=160;WE=1455908;WS=1455890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr16	1458381	rs1609562	G	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=226;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GGCCTTTCCCGAGCGGGGCGG;SOR=1.000;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=1458389;WS=1458371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr16	1458561	rs2179534	T	C	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=6;PP=175;SC=TGGGGAGCCATAGGATGAGGA;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=1458569;WS=1458551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	1464636	rs111437424	A	C	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.39;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	1476465	rs4984834	A	G	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=72;SC=AGTTAATCTCAGTCTCAAACA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=1476473;WS=1476455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	1484338	rs7192100	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=19;PP=851;SC=TCAGCCCCACAGGCCCTGGGT;SOR=1.160;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=50;WE=1484346;WS=1484328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	1484392	rs12598718	G	C	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=30;PP=1319;SC=GCTCTAATGAGTACAAAGCCA;SOR=0.929;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=70;WE=1484400;WS=1484382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	1484473	rs7192331	A	G	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=32;PP=1164;SC=GGGCTTCTCCAGGACCCCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=1484481;WS=1484463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	1492660	rs760993	T	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=13;PP=444;SC=AACAGAGGAATGGGAAACACA;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=1492668;WS=1492650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	1492860	rs113953823	C	T	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=582;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CCGGAGCCAGCCACGGGCGGT;SOR=0.802;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=38;WE=1492868;WS=1492850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,77:0.54:142
chr16	1493030	rs1883480	C	G	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=38;PP=1102;SC=GCAGCCTCGGCGGGCTGGGGG;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=1493038;WS=1493020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	1493098	rs760994	G	A	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=640;SC=TCTGAAGGCCGCCCAGGCACG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=1493106;WS=1493088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	1493130	rs760995	C	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=13;PP=571;SC=CCTTTTCTAGCTGGACCTGGA;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=1493138;WS=1493120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	1493759	rs12596752	C	T	2056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=20;PP=877;SC=GCGGCGGCGACGTGGTCCTCC;SOR=0.908;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=52;WE=1493767;WS=1493749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	1496928	rs17135335	G	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=534;ReadPosRankSum=1.372;SC=GTCCCCTGCCGGGAGCTGAGA;SOR=0.855;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=31;WE=1496936;WS=1496918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,49:0.51:96
chr16	1497137	rs12599176	C	T	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=36;PP=1079;SC=CAGAGGCAGGCGGGACCCTCA;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=1497145;WS=1497127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	1498197	rs2235578	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=10;PP=711;SC=GCGTCCACACAGCCCTCCATG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=1498205;WS=1498187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	1498520	rs12597739	A	G	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=30;PP=880;SC=TGCCCGTCACACGCCACCAAC;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=1498528;WS=1498510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	1498562	.	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=349;ReadPosRankSum=-1.373;SC=CTGGTGAGGTGTGAAGCCGCT;SOR=0.960;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=19;WE=1498570;WS=1498552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr16	1498997	rs369837981	G	A	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=882;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CGATCTTGGCGGTCATGAGCA;SOR=0.559;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=61;WE=1499005;WS=1498987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,100:0.56:178
chr16	1499377	rs742408	C	T	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	1500708	rs61073146	G	GC	800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.846;NF=0;NR=11;PP=351;ReadPosRankSum=-1.475;SC=CACGACTCCCGCCTCCGCAGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=11;WE=1500716;WS=1500698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr16	1503879	rs2235579	T	A	3868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=74;PP=1934;ReadPosRankSum=0.370;SC=CATTGAACACTGCTCCAAGCA;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=246;TCF=113;TCR=133;TR=135;WE=1503887;WS=1503869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,189:0.54:351
chr16	1504017	rs4786337	A	G	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.90;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	1504633	rs4265806	C	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=302;SC=ACTGGGTGTTCTGAGCAGGCC;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=1504641;WS=1504623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	1505599	rs7190701	C	T	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=23;PP=1328;SC=TGGGCAGGACCAAGGCCTGAC;SOR=1.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=71;WE=1505607;WS=1505589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	1507778	rs9922189	T	C	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=59;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GGGAGACGCATGGCCTCTGAT;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=221;TCF=106;TCR=115;TR=112;WE=1507786;WS=1507768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,206:0.50:411
chr16	1536323	rs2667671	A	G	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=740;ReadPosRankSum=0.242;SC=AGCAGCTGCAAGGGCAGCTCC;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=47;WE=1536331;WS=1536313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,73:0.52:140
chr16	1536380	rs2667672	G	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=687;ReadPosRankSum=0.210;SC=CCGGGCAGCAGGGAGTCTCGG;SOR=0.509;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=46;WE=1536388;WS=1536370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,76:0.44:172
chr16	1536499	rs2745097	G	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=778;ReadPosRankSum=0.739;SC=GGCTCGCAGGGCAGTGACGAA;SOR=0.496;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=53;WE=1536507;WS=1536489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,73:0.47:154
chr16	1536535	rs2745098	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=785;ReadPosRankSum=0.759;SC=GACCACGTTCCTGGTGGAGGC;SOR=0.326;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=50;WE=1536543;WS=1536525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,72:0.58:125
chr16	1537414	rs56294663	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GAGGCTCCCGCCTCCCTTGGA;SOR=0.444;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=13;WE=1537422;WS=1537404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr16	1537455	rs2667673	T	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.267;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=0.356;SC=GGGGGGCCCCTGTGCTCAGAG;SOR=0.661;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=15;WE=1537463;WS=1537445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr16	1537693	rs61734779	C	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=337;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TGTGTGCCTTCCTTTCCCGGG;SOR=0.464;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=22;WE=1537701;WS=1537683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr16	1538263	rs72779260	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=8.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.169;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr16	1538363	rs1040499	C	A	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=871;ReadPosRankSum=0.008;SC=CCCGACAGGCCCACAGCACTC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=81;TCR=47;TR=63;WE=1538371;WS=1538353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,101:0.52:193
chr16	1545448	rs2235624	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=158;ReadPosRankSum=0.107;SC=CAGCAGACGCAGCCCGGCTTC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=17;WE=1545456;WS=1545438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr16	1547220	rs2235630	C	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=94;SC=TCCCCTTGCCCGGTCCTGTCC;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=1547228;WS=1547210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	1549343	rs11344586	GC	G	6794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=71;PP=2051;SC=CGGTGAGGACGCCACGGAGGG;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=85;TCF=13;TCR=72;TR=82;WE=1549353;WS=1549333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr16	1557090	rs11248882	A	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=19;PP=612;SC=GGCCTGTGCTAACCATGGATC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=1557098;WS=1557080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	1557268	rs3736721	C	T	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=229;SC=GTGGGGACGGCGTCGGGACCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=1557276;WS=1557258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	1557794	rs12927760	A	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=153;SC=TGTGTGTGTGAGAGATGTGTC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=1557802;WS=1557784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	1559838	rs3180228	T	C	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=41;PP=1123;SC=CAGACGTGGCTGAGAAAGACC;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=80;WE=1559846;WS=1559828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	1568402	rs2076434	A	G	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=34;PP=1043;SC=AGCCCTGAACACCTACTGCTA;SOR=1.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=55;WE=1568410;WS=1568392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	1570857	rs932391	T	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=38;PP=857;SC=GGCCGGGAACTGAAGTGCGCC;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=53;WE=1570865;WS=1570847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	1573810	rs2745176	A	G	5888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=66;PP=2552;SC=CCAGGTCCCCACCGGTGGCCA;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=135;WE=1573818;WS=1573800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr16	1574863	rs2235640	G	A	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=42;PP=1440;SC=AGTGCAGCGCGGCGTCCATCT;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=1574871;WS=1574853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	1578434	rs149176109	G	GCA	2248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=21;PP=2441;SC=ACACACAGATGCACACACACA;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=49;WE=1578442;WS=1578424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	1584618	rs2076438	T	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=25;PP=606;SC=ACATGGGAGATGTTAGGCGCG;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=1584626;WS=1584608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	1591962	rs2076443	G	A	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=42;PP=1648;SC=TGGTGGCCACGGCCGCGCTCA;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=89;WE=1591970;WS=1591952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	1592087	rs2076444	T	C	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	1605051	rs9932984	A	G	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=36;PP=922;SC=GCGCTCCATCAACGCACACCT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=42;WE=1605059;WS=1605041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	1608082	rs2076436	A	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=16;PP=508;SC=ACACCATCTGAGGGATGTGGT;SOR=0.963;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=29;WE=1608090;WS=1608072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	1608177	rs2235641	A	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=12;PP=371;SC=TTCATATGTAAAGCTGAAGCC;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=1608185;WS=1608167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	1614097	rs8048410	A	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	1639860	rs112431294	A	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=21;PP=540;SC=AGCCATTTCTATCAACTTAAG;SOR=1.464;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=28;WE=1639868;WS=1639850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	1652614	rs2236269	T	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=663;SC=GAGAGGCAAATTCCCACAGTT;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=1652622;WS=1652604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	1656765	rs2859310	A	G	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	1657012	rs7192480	C	T	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	1657284	rs1894649	C	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=819;SC=ACTCAGGCCTCCTCAGCGCTG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=36;WE=1657292;WS=1657274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	1657350	rs743963	A	T	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=149;SC=TAAAACAAACAATATGACTGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=1657358;WS=1657340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	1660274	rs1057983	A	G	6189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=81;PP=2901;SC=TTGATGCAACACGACCCTCAG;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=162;WE=1660282;WS=1660264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr16	1664843	rs189020189	C	T	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	1664931	rs7201813	T	C	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=20;PP=655;SC=CCAGGAAGGATCCTCCGAGCG;SOR=0.855;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=35;WE=1664939;WS=1664921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	1716010	rs8058190	A	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=17;PP=829;SC=CCCTGCGGCCACATCCTGCTG;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=1716018;WS=1716000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	1730311	rs2235487	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=137;SC=GGTGTTTATTATCACCCTGAG;SOR=1.270;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=1730319;WS=1730301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	1813523	rs3751828	G	A	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=8;PP=1025;SC=TCCCAGCTGGGCACCCGGTGG;SOR=3.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=1813531;WS=1813515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	1814019	rs2974846	G	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=217;SC=TGAAGTGGCTGTGCCGCCAGA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=1814027;WS=1814009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	1814440	rs2294619	A	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	1814964	rs2294621	C	T	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=494;SC=GTGCTGCCACCGGGTAGCCTC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=1814972;WS=1814954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	1817754	rs2076427	A	G	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=37;PP=1511;SC=GCCACGCCAGATGGGGTGGTG;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=82;WE=1817780;WS=1817744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	1817768	rs2076428	T	G	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=40;PP=1655;SC=GGTGGTGGGGTGCTCAAGGCC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=82;WE=1817780;WS=1817744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	1817935	rs2076429	A	C	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=47;PP=1525;SC=TGGCCTGCACACCTGCAGGGG;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=1817943;WS=1817925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	1818152	rs2076430	CT	TC	7953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=47;PP=2947;SC=GCCTCTCCCACTCTCCACCTG;SOR=1.103;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=117;WE=1818161;WS=1818142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	1818503	rs2076431	G	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=43;PP=1690;SC=CCCTGAATGGGAGTGTGCTGG;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=82;WE=1818511;WS=1818493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	1818680	rs2072989	G	C	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=27;PP=1400;SC=GAGCCTGGCCGTCACTCTGCT;SOR=1.046;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=69;WE=1818688;WS=1818670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	1820992	rs11890	T	A	6246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=1.641;SC=GCCCCTGCCATACCTGTGCGG;SOR=0.289;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=77;TCR=92;TR=169;WE=1821000;WS=1820982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr16	1824999	rs372810039	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=421;ReadPosRankSum=1.450;SC=GCCATAGGCCGCAGCCTCCTG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=31;WE=1825007;WS=1824989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr16	1826377	rs2235636	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.98;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	1837900	rs344358	T	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	1869326	rs2076452	T	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=29;PP=643;SC=TCCTCAGCTCTGAGGGAAATG;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=1869334;WS=1869316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	1872267	.	G	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=2.205;SC=AAGTGAGCCAGGTCCCACACC;SOR=0.749;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=24;WE=1872275;WS=1872257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,50:0.40:125
chr16	1872479	rs238679	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=368;SC=GGCCGCTGACATGGCCCGTCC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=1872487;WS=1872469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	1876949	rs7188401	G	C	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=42;PP=1343;SC=AACTTGTTTTGTCCGCGAGCC;SOR=1.132;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=68;WE=1876957;WS=1876939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	1876992	rs28364708	A	AGCG	1444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=1357;ReadPosRankSum=0.971;SC=CGGGCCTGGGAGCGGCGGCGG;SOR=1.402;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=27;WE=1877000;WS=1876982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr16	1877175	rs28364709	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=8;PP=593;SC=GGTCCTCTCCGGGATGCCGTA;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=1877183;WS=1877165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	1877494	rs3743854	T	C	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=37;PP=1525;SC=TCCCCGAGGCTGCGGCCATGG;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=82;WE=1877502;WS=1877484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	1877558	rs3743853	G	A	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=48;PP=2124;SC=GGACGTGCAGGACGAGTGCAA;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=106;WE=1877566;WS=1877548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	1878031	rs1143032	GC	AT	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=598;SC=GCCTGTAATCGCAGCACTTTG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=1878040;WS=1878021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	1887665	rs59651420	A	G	77.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	1887887	rs141132983	AT	A	354.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=2.187;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TAAAAAAAAAATATGAGACAA;SOR=0.260;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=1887895;WS=1887876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,21:0.84:25
chr16	1887937	rs66509847	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=15;PP=400;SC=TTTTTGACAACAGTGTGAAAC;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=1887945;WS=1887927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	1888177	rs67309640	G	T	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	1889189	rs55829224	A	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=9;PP=903;SC=AAAACAACCTATATTTTTTTG;SOR=1.942;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=1889197;WS=1889179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	1891723	rs11647044	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	1891723	.	CA	TG	172	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=172;QD=56.3669687156;SC=ACCCCTGTTACATCAACAAAC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=1891732;WS=1891713;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	1891724	rs11642119	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	1894852	rs9806825	C	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	1894912	rs9806826	C	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=21;PP=639;SC=CCAGAACATTCGTTTCTTTAT;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=1894920;WS=1894902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	1894961	rs9806945	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=15;PP=414;SC=AGCTTCTGGTATATCTTAAAT;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=1894969;WS=1894951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	1895030	rs4598914	TC	AG	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=409;SC=ATTTAAATCATCCAAAATCAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=1895039;WS=1895020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	1961551	rs1657139	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=6;PP=531;SC=GCCAGGCGAGCGGGTGTCAAT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=1961559;WS=1961541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	1961674	rs337285	G	C	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=32;PP=1898;SC=CGCCGGACCAGGGCCTGGGGC;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=99;WE=1961682;WS=1961664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	1962046	rs1742399	CG	TA	7736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=54;PP=2947;SC=AGCGTCTGGGCGTAGTCGGAG;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=111;WE=1962055;WS=1962036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	1962132	rs8055325	G	A	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=58;PP=1834;SC=GCGGCGGGGGGCCTCTCGCGT;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=108;WE=1962140;WS=1962122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	1968338	rs199930198	T	TC	294.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=68;SC=GTCGCGCCGCTCCAGGCCCGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=1968346;WS=1968328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	1994743	rs2754179	G	A	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.34;ReadPosRankSum=-2.077;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
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chr16	1994931	rs61276345	C	CAAGAG	1824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=1376;ReadPosRankSum=1.622;SC=GCCTTAGTCACTCTGGCCAGA;SOR=0.859;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=24;WE=1994939;WS=1994921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
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chr16	2009870	rs338789	C	G	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.82;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
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chr16	2013660	rs146974237	TC	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=-1.740;SC=TCACCTGGCTTCCCCCCGATC;SOR=0.693;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=4;WE=2013668;WS=2013650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
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chr16	2013756	rs72764893	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=228;ReadPosRankSum=1.487;SC=TTGCCCTTTTTCTCTTGTTTG;SOR=1.220;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=18;WE=2013764;WS=2013746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr16	2014031	rs6366	C	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=342;SC=TCAGTTCTTTCGAAATGAATT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=2014039;WS=2014021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	2014283	rs2286466	A	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.04;QD=25.71;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr16	2014591	rs1141684	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.172;NF=8;NR=14;PP=323;ReadPosRankSum=-0.097;SC=CACCAGGGCCCCCGGGCCCCC;SOR=0.752;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=22;WE=2014599;WS=2014581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr16	2024131	rs3743851	T	C	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=764;ReadPosRankSum=0.027;SC=GGAAGGGCAGTGGGGCGGGCA;SOR=0.799;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=62;WE=2024139;WS=2024121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,87:0.45:194
chr16	2024355	rs3743850	G	T	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CACCGTGCTCGGCACACCACT;SOR=0.521;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=68;WE=2024363;WS=2024345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,99:0.54:183
chr16	2025206	rs8053843	A	C	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=780;ReadPosRankSum=0.346;SC=GTGACAAGATATGTATCATCT;SOR=0.720;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=54;WE=2025214;WS=2025196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,83:0.52:159
chr16	2025604	rs8052713	G	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr16	2025678	rs17602	C	A	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,97:0.45:217
chr16	2028402	rs8460	A	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=309;ReadPosRankSum=1.488;SC=TCTTGAGGCGAGAGGCCCCCG;SOR=0.579;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=28;WE=2028410;WS=2028392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr16	2030127	rs61729118	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-1.464;SC=TGGATGGAGAGGCGGCCCGCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=8;WE=2030135;WS=2030117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr16	2030863	rs138808107	ATGGGAGGCAGTCCAG	A	1093.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=2954;ReadPosRankSum=2.918;SC=GGAGTCACTGATGGGAGGCAG;SOR=0.668;Source=Platypus;TR=19;WE=2030885;WS=2030853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr16	2034137	rs56119017	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GCCTCCGGCTCCTGTGGCCGC;SOR=0.941;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=2034145;WS=2034127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr16	2035762	rs72766613	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=223;ReadPosRankSum=-1.114;SC=CCAGGTGTAGTTCACAGCAGT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=15;WE=2035770;WS=2035752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
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chr16	2048826	rs2240691	C	G	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=17;PP=898;SC=GGACTAGGTACGCCCGTGGGG;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=2048834;WS=2048816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	2049003	rs2286468	A	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.263;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
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chr16	2049728	rs11248905	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=288;ReadPosRankSum=-1.747;SC=GGACAGGTAGCGGGCGGGGGC;SOR=0.777;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=28;WE=2049736;WS=2049718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr16	2049849	rs12149722	T	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=205;ReadPosRankSum=0.144;SC=CCGTGGGGCGTGTGCTCAGAA;SOR=0.935;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=18;WE=2049857;WS=2049839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr16	2049882	rs141374045	G	GTCC	3615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=44.09;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	2050192	rs11556528	G	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=182;ReadPosRankSum=-1.054;SC=GCAGGAGGAGGAAGTGGAGGC;SOR=0.656;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=13;WE=2050200;WS=2050182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr16	2050346	rs3743846	A	G	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=651;ReadPosRankSum=-0.803;SC=GGCTGCCCGCACCCGCCCACC;SOR=0.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=52;WE=2050354;WS=2050336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,117:0.53:221
chr16	2050910	rs11413382	C	CA	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr16	2050917	rs142385527	C	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=34.23;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	2050941	rs8046471	A	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.583;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.446;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr16	2050951	rs8050923	TA	CG	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.141;QD=16.74;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr16	2051428	rs72766631	G	A	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr16	2052806	rs55662859	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=203;ReadPosRankSum=1.642;SC=GGCCAGTGGCGGAGCAGCAAG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=12;WE=2052814;WS=2052796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr16	2059621	rs11366527	GC	G	2457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=910;SC=GGTCGCAGCGGCCCCAGCGCC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=2059629;WS=2059611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	2059674	rs71384660	T	C	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.91;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	2059698	rs71384661	T	G	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.17;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	2059708	rs71384662	T	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.34;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	2059710	rs71384663	T	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	2059736	rs71148116	CG	C	821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.73;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	2059762	rs71148117	GC	G	489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=134;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=7;PP=231;SC=CCGGGATCCGGCCCCCCTCTC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=2059770;WS=2059752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	2059778	rs71148118	GT	G	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=80;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=407;SC=CTCTCGGCCGGTCGTGGCGCC;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=2059798;WS=2059768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	2059782	rs71384664	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	2059790	rs968417	A	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	2059939	rs968418	A	C	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=10;PP=1381;SC=CCGCTCTACCATGAGCCGACC;SOR=2.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=60;WE=2059947;WS=2059929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	2059955	rs62038790	A	G	3983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=20;PP=1820;SC=CGACCGCTCGAAGGTCCGCGC;SOR=1.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=78;WE=2059963;WS=2059945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	2059997	rs61742167	C	T	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=615;ReadPosRankSum=-1.685;SC=CTCCTCTGGGCCACGCGTGTC;SOR=0.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=42;WE=2060005;WS=2059987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr16	2070164	rs2286471	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=192;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CCGCGAGGCTCCTCTCCTGCT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=14;WE=2070172;WS=2070154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
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chr16	2070568	rs2286472	A	C	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=2.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,116:0.49:237
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chr16	2087452	.	T	TG	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=9;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.991;NF=10;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=0.104;SC=GAGCACACACTGGGGGGGGGT;SOR=1.056;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=15;WE=2087460;WS=2087442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr16	2087562	rs1132368	G	A	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.689;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.488;NF=33;NR=26;PP=791;ReadPosRankSum=1.437;SC=CTGCGTGCTCGTCCCGAAGTG;SOR=0.795;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=59;WE=2087570;WS=2087552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,108:0.48:226
chr16	2087658	rs12445258	A	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=581;ReadPosRankSum=-0.631;SC=GCCTTGGGGTAGGCGTCTGTG;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=41;WE=2087666;WS=2087648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,64:0.43:150
chr16	2088401	rs150212258	AC	A	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.898;NF=0;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=0.806;SC=AATACCAGAGACCCCCCCCCT;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=2088409;WS=2088391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr16	2120402	rs7187438	T	C	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=16;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GGGTGCTGTCTTAGGACTGCG;SOR=0.847;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=124;TCF=90;TCR=34;TR=66;WE=2120410;WS=2120392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
chr16	2121887	.	C	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=294;ReadPosRankSum=-0.553;SC=GGCTGGGGTCCGTGCCCTACT;SOR=0.861;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=24;WE=2121895;WS=2121877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr16	2133901	rs30259	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=0.060;SC=GTGCCTGCACCCTGGGAACTG;SOR=0.078;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=2133909;WS=2133891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr16	2138546	rs45517419	G	A	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1176;ReadPosRankSum=0.830;SC=GCCCACACCTGGCTATGAGGT;SOR=0.735;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=175;TCF=83;TCR=92;TR=86;WE=2138554;WS=2138536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,151:0.54:279
chr16	2144182	rs45478794	G	A	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=590;ReadPosRankSum=-1.777;SC=CAGCGCCAGCGTCTCTGTCTT;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=49;WE=2144190;WS=2144172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,83:0.45:184
chr16	2160494	rs79884128	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.163;NF=12;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=-1.057;SC=GGGGCACCACCGTGCGGCTTG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=26;WE=2160502;WS=2160484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr16	2173559	.	GC	G	921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.872;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.022;NF=8;NR=17;PP=495;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CCTCGCGCCAGCCCCCCCACC;SOR=0.045;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=25;WE=2173567;WS=2173549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr16	2203456	rs26931	T	C	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=44;PP=1848;SC=GAGGAAGCCGTCCAGTCCCTA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=83;WE=2203464;WS=2203446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	2213760	rs3217255	G	GT	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=480;ReadPosRankSum=0.910;SC=GGGGCTGGTGGTGGAAGGCTG;SOR=0.487;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=13;WE=2213768;WS=2213750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr16	2216073	rs8062006	G	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=448;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GCCTCACACCGCAGCCTGTGT;SOR=1.489;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=21;WE=2216081;WS=2216063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr16	2233565	rs889495	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr16	2237549	rs26835	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=1.111;SC=TTTCCAGGTACCCCAGCAGTC;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=2237557;WS=2237539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	2239402	rs27381	C	T	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=998;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CGCTGCCCCGCCCCCGCTCGG;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=67;TCR=78;TR=70;WE=2239410;WS=2239392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,110:0.54:202
chr16	2255804	rs3214648	TG	T	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=165;ReadPosRankSum=0.097;SC=GCTGCGGAGGTGGGGGGGGGA;SOR=0.399;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=13;WE=2255812;WS=2255794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr16	2256047	rs3217423	AC	A	996.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.366;NF=14;NR=10;PP=734;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CTGACCTTTGACCCCTGCCGT;SOR=0.543;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=24;WE=2256055;WS=2256037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr16	2256326	rs27699	C	T	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.04;MQRankSum=-0.939;NF=26;NR=38;PP=920;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GGCCTCAGGGCTACCTTCCCG;SOR=0.867;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=64;WE=2256334;WS=2256316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,114:0.47:241
chr16	2256461	rs26863	C	G	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.939;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,101:0.42:239
chr16	2257105	rs26862	C	G	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=497;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GCCTGCACCCCAACCAGGTGA;SOR=0.534;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=36;WE=2257113;WS=2257095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr16	2259766	rs26858	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=0.259;SC=CTGGCTTGGCAGGGCCGGGTA;SOR=0.260;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=2259774;WS=2259756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr16	2259865	rs25852	C	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=286;ReadPosRankSum=-0.519;SC=CCTGAAACCACAGCTCCAGCC;SOR=0.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=17;WE=2259873;WS=2259855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr16	2260567	rs26857	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.107;NF=19;NR=20;PP=488;ReadPosRankSum=0.132;SC=CCAGCCACAACCCCCACAGCG;SOR=0.614;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=39;WE=2260575;WS=2260557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,49:0.46:107
chr16	2260612	rs26856	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=565;ReadPosRankSum=-0.824;SC=AGGAGCAGGCTCACGGCTCTC;SOR=0.466;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=38;WE=2260620;WS=2260602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr16	2260935	rs26855	G	A	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=343;SC=CTGACCCTGCGCCTCCCCCTC;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=2260943;WS=2260925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	2282256	rs26839	G	A	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=24;PP=1076;SC=GGCAGCCCCCGCCAGCAGGGG;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=2282264;WS=2282240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	2285357	rs26840	C	T	5362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr16	2288224	rs27620	G	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=596;SC=CAAAGGGCCAGTGGTGACACC;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=2288232;WS=2288214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	2318170	rs143373048	TA	T	2602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=1149;ReadPosRankSum=-1.158;SC=AGCGATGACGTAAACGCCTGG;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=34;WE=2318178;WS=2318160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,90:0.51:177
chr16	2320803	rs8058021	G	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr16	2320829	rs8058038	G	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.15;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr16	2320838	rs8058046	G	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	2328790	rs150928	G	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=491;SC=TTCCTACGTGGAGCTACCTGG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=2328798;WS=2328780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	2330980	.	C	T	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=885;ReadPosRankSum=-1.203;SC=GGTGCCCCCTCCAGCCATGCC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=145;TCF=99;TCR=46;TR=60;WE=2330988;WS=2330970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,79:0.41:191
chr16	2331430	rs149532	A	G	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=52;PP=1667;SC=GGGAGTCCGGACTGGGGGCCA;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=2331438;WS=2331420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	2333414	.	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TCCTCCCCTTCCAGGTTCCCG;SOR=1.781;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=11;WE=2333422;WS=2333404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	2334554	rs1183064	A	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=246;SC=GTGAGGGGGCACCTCCCAGGG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=2334562;WS=2334544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	2337993	rs313909	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr16	2338363	rs313908	C	G	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=24;PP=783;SC=GACACCGGCACCGCTTGGGGC;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=2338371;WS=2338353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	2349371	rs170447	T	C	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=435;ReadPosRankSum=1.737;SC=GGGGGCCTGCTGGTGGCAGGG;SOR=0.108;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=31;WE=2349379;WS=2349361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr16	2369485	rs5815117	C	CA	76.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	2373786	rs323060	C	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=11;PP=288;SC=GCTGTCACAGCCGAGAACTCA;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=18;WE=2373794;WS=2373776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	2375961	rs46725	C	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=249;SC=CCTGCCCAGCCGCGTGGAGGC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=2375969;WS=2375951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	2480948	rs12923030	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=84;ReadPosRankSum=0.567;SC=AATTTGTGCAATGCCACTCCT;SOR=0.351;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=9;WE=2480956;WS=2480938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	2485618	.	ACACACACACACATATATATG	A	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	2485665	rs147350588	CACATATATATATATATAT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.86;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr16	2485896	rs12928789	A	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=0.954;SC=CCCCACCTGCATGTTGGCGCT;SOR=0.560;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=10;WE=2485904;WS=2485886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr16	2486998	rs12921396	A	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.775;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=1046;ReadPosRankSum=0.050;SC=GGAGGGCTCTACTCTCCTGAA;SOR=1.748;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=19;WE=2487020;WS=2486988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr16	2487012	rs34456414	C	CT	663.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=1048;ReadPosRankSum=0.192;SC=TCCTGAAACACAGCTGCTTTG;SOR=1.101;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=16;WE=2487020;WS=2486988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr16	2488156	rs191041595	T	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.061;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,59:0.42:140
chr16	2488211	rs12926008	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.966;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=1.852;SC=CAGAAGGGGGTGTCCAAGGCC;SOR=0.412;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=27;WE=2488219;WS=2488201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr16	2489533	rs28647184	T	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.434;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	2493868	.	CC	TT	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=331;ReadPosRankSum=1.349;SC=GGAAGGGAGCCCTTTCCACTT;SOR=0.616;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=12;WE=2493877;WS=2493858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
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chr16	2514270	rs62621760	G	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=245;ReadPosRankSum=-0.682;SC=ACAGAGGTCCGCAGCCTTGAG;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=17;WE=2514278;WS=2514260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr16	2569209	.	C	T	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=647;ReadPosRankSum=1.812;SC=ACCCCGCCTTCCTCCCACAGC;SOR=0.978;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=37;WE=2569217;WS=2569199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr16	2577844	.	C	T	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=668;ReadPosRankSum=0.066;SC=ACCTCCGCTCCTTCGAGGCCG;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=47;WE=2577852;WS=2577834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,74:0.51:145
chr16	2672547	.	G	A	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=100;SC=GTGTGTGTACGCCACGGAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=2672555;WS=2672545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	2747857	rs3094475	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=-0.914;SC=AGCGTGGATTCTTTGGTTTAG;SOR=1.041;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=7;WE=2747865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr16	2748063	rs3094474	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-1.764;SC=CCCCTTTACTCCCCCGACCGG;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=2748071;WS=2748053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr16	2749145	rs144938570	C	A	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=1142;ReadPosRankSum=1.086;SC=CTCACTGCTGCGTTTCCGTCC;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=143;TCF=78;TCR=65;TR=74;WE=2749153;WS=2749135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,127:0.54:236
chr16	2749195	rs3094473	A	G	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=1.215;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,138:0.52:264
chr16	2802684	rs2240146	T	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=125;SC=GTGGCGCAGTTGGAGCCCGTT;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=2802692;WS=2802674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	2808363	rs3094778	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=551;SC=CAGAGCGAGACTCTTATTTTT;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=2808371;WS=2808353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	2810623	rs2285879	T	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=289;SC=TTTTCCTGCATTTCTCTCCTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=2810631;WS=2810613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	2812890	rs2240141	A	G	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=42;PP=2081;SC=CATGCCCTAAACAAAAGTCAC;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=2812898;WS=2812880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	2812939	rs2240140	C	A	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=48;PP=1946;SC=ATCCTCCCAACCTAAAGCTAA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=102;WE=2812947;WS=2812929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	2814162	rs3094775	G	A	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=27;PP=1126;SC=CCCCGCCAAGGGAAAGAAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=2814170;WS=2814152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	2815237	rs3094773	A	C	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=39;PP=1721;SC=AGCCAAGACAAGAACCCCACT;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=94;WE=2815245;WS=2815227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	2818161	rs2301802	T	C	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=45;PP=1543;SC=GCTCCTCCTCTTCTTCATCAT;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=2818169;WS=2818151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	2818704	rs3094792	T	G	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=60;PP=2349;SC=GGAAGGAGACTACCCAGCTTC;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=133;WE=2818712;WS=2818694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr16	2821573	rs8017	C	T	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	2825594	rs3094774	A	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=10;PP=329;SC=GAGGCCCTACATGGGGCAAGT;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=2825602;WS=2825584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	2834711	rs45570838	G	A	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=22;PP=873;SC=CCCCTGGACGGTTGGGCAGGG;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=2834719;WS=2834701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	2834826	rs12931183	A	G	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=32;PP=1058;SC=GAGGAGCCTAAGTCCCAGCCC;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=57;WE=2834834;WS=2834816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	2835189	rs12599918	G	A	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=38;PP=1127;SC=GAAGAGGAGGGACCTCTGAGA;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=2835197;WS=2835179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	2836027	rs7195287	T	G	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=57;PP=1995;SC=CAGGTGTTGGTGGGGAGACAC;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=99;WE=2836035;WS=2836014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	2836271	rs11643898	C	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=19;PP=603;SC=CTTATTTAACCCTCCCCAGAG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=29;WE=2836279;WS=2836261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	2837592	rs34341809	T	G	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=47;PP=1378;SC=GGGCTTAAAGTGCCAGGAGAG;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=75;WE=2837611;WS=2837582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	2837603	rs11076829	C	T	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=37;PP=1082;SC=GCCAGGAGAGCGCGAGGCTCA;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=2837611;WS=2837582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	2848499	.	GGGCGCTGCTGCT	G	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.216;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=1758;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GGCGCGCGCGGGGCGCTGCTG;SOR=0.136;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=4;WE=2848518;WS=2848489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr16	2854507	rs61747737	T	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=0.145;SC=GATTCCATGTTTTGTGCTGGT;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=21;WE=2854515;WS=2854497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr16	2867450	rs71386691	G	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	2867999	rs369683479	G	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=0.497;SC=GGGGTGCGGGGACGGGCAGGA;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=8;WE=2868007;WS=2867989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	2871121	rs11076844	T	C	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=984;SC=GTGAGTGTCCTTGCCACCACT;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=2871129;WS=2871111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	2871555	rs10641	G	A	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=52;PP=1617;SC=CCTCCTGGCCGCTACTCTTTT;SOR=1.158;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=2871563;WS=2871545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	2880614	rs2190809	T	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=455;SC=CCTGGAGGGGTGGGGTCCCCT;SOR=0.906;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=24;WE=2880622;WS=2880604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	2880870	rs2240614	G	C	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=104;SC=CTCAGGGCAGGGGGTAAGCAC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=2880878;WS=2880860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	2882197	rs12373	G	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=228;SC=AGGCCATCTGGGTGGTGGTGG;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=2882205;WS=2882187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	2891211	.	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=375;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GGTGGATGAGGGAGCCCCCAC;SOR=0.882;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=27;WE=2891219;WS=2891201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,46:0.39:118
chr16	2891635	rs11860210	C	G	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=1024;ReadPosRankSum=0.443;SC=GGCACACAGGCTGGCAGGGGA;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=75;WE=2891643;WS=2891625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,99:0.54:184
chr16	2903047	rs1054912	G	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.162;SC=AGATCCAGATGTGGATCTGGC;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=7;WE=2903055;WS=2903037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr16	2903068	rs113609771	A	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=703;ReadPosRankSum=-0.240;SC=CGCCTTTCAGATCCGAGCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=17;WE=2903089;WS=2903058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr16	2903081	rs3743944	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=703;ReadPosRankSum=0.926;SC=CGAGCCCCGCGTCCCGCTGCG;SOR=0.807;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=22;WE=2903089;WS=2903058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr16	2903803	.	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=0.642;SC=GTGGGGACAGGACTGACGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=2903811;WS=2903793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr16	2903842	.	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr16	2903850	rs112285893	G	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr16	2906934	rs732532	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=1.623;SC=AGTGAGGAAGGCCCCCAACAC;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=19;WE=2906942;WS=2906924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr16	2949248	rs7281	T	C	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	2949269	.	C	CT	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.308;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	2972534	rs11865663	C	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr16	2973249	rs11642228	T	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GAGGCTGTTTTTGTTTATTTT;SOR=0.743;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=14;WE=2973257;WS=2973239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr16	2980272	rs3743949	A	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=327;ReadPosRankSum=0.223;SC=ACCAGCCCTGAGAGTCTGGGC;SOR=0.490;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=22;WE=2980280;WS=2980262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr16	2983138	rs2074363	C	T	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=401;ReadPosRankSum=0.091;SC=TAGGACAGGCCCGGCCCCTCG;SOR=0.560;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=33;WE=2983146;WS=2983128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,64:0.54:118
chr16	2983483	rs2074362	C	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=341;ReadPosRankSum=-0.507;SC=CCCTGACTCTCACCAGGCCTC;SOR=0.631;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=20;WE=2983491;WS=2983473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr16	2986233	rs9933986	G	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=1.591;SC=ATTTTCATCCGTGTGGAAGGG;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=9;WE=2986241;WS=2986223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	2986266	rs9921749	C	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=158;ReadPosRankSum=1.727;SC=CCCATGGTCACACCACCCCCT;SOR=0.922;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=2986274;WS=2986256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	2986289	rs9921808	C	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=265;ReadPosRankSum=-2.134;SC=CGTGGCCTGGCGTCCCCACCT;SOR=0.787;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=18;WE=2986297;WS=2986279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr16	2986323	rs9928222	T	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=389;ReadPosRankSum=0.457;SC=TTCTGTCTCGTGGTCCCCAGG;SOR=0.765;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=28;WE=2986331;WS=2986313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr16	2986840	rs2074358	G	C	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=607;ReadPosRankSum=1.253;SC=GGACGGACGAGTGACGCAGCA;SOR=0.871;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=40;WE=2986848;WS=2986830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,73:0.59:123
chr16	2987002	rs2074357	C	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.801;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=240;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TCCTGGGCTCCGGGGCCACCT;SOR=0.330;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=21;WE=2987010;WS=2986992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr16	2987074	rs140936158	G	GCTCTGAGAGCTGGTGTCCGCTGCTCCTCCCCTCCCATTTCTC	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=8.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.29;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=2.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr16	2998629	rs8050688	T	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr16	3016885	rs58462745	A	G	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=28;PP=1243;SC=GGTCCTCAGGATGCTGACTGC;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=61;WE=3016893;WS=3016875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	3017272	rs2285827	G	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr16	3021116	rs4786365	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=394;ReadPosRankSum=0.739;SC=CCCTTGAGGATGTGACTGAAA;SOR=0.459;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=31;WE=3021124;WS=3021106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr16	3024188	rs2074528	T	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=346;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AGGATGTGGGTGGGCGGACCC;SOR=0.533;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=24;WE=3024196;WS=3024178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr16	3065596	rs2257295	T	C	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=541;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TCCCGGATGATGGCATGCGCC;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=47;WE=3065604;WS=3065586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,67:0.45:150
chr16	3065924	rs2269911	G	A	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=1021;ReadPosRankSum=-0.440;SC=CGATGAAAGCGGTCACCTTCC;SOR=0.627;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=68;WE=3065932;WS=3065914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,112:0.56:199
chr16	3071420	rs2232798	T	A	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	3073240	rs10508	G	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=-1.656;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr16	3074336	rs116159486	A	C	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=565;ReadPosRankSum=0.431;SC=AGATGGAGCGAGCTGTGCCGC;SOR=0.570;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=48;WE=3074344;WS=3074326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr16	3074426	rs56708449	G	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=497;ReadPosRankSum=-2.503;SC=TGGCTGGGACGGGGCGGGCAG;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=42;WE=3074434;WS=3074416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,68:0.42:162
chr16	3075633	rs2526260	G	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=-0.926;SC=GGCAGGTTTTGGGGGAAGCAG;SOR=0.469;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=13;WE=3075641;WS=3075623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr16	3075701	rs2717664	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=510;ReadPosRankSum=0.590;SC=TCCAGTCTTTCCCTGCAGACA;SOR=1.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=33;WE=3075709;WS=3075691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,47:0.43:110
chr16	3075999	rs2245000	C	G	5542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=73;PP=2965;SC=GGTGGGTATACCTGTGGAGTC;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=164;WE=3076007;WS=3075989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	3077710	rs56382043	CT	C	440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr16	3078165	rs12448103	A	G	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=516;ReadPosRankSum=0.446;SC=GCCCAGGCGCAGCGAGAAGCG;SOR=0.625;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=42;WE=3078173;WS=3078155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr16	3078544	rs2079244	T	G	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=12;PP=745;SC=GGGACTTCTGTACCCGGGCGG;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=3078552;WS=3078534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	3078616	rs5815143	CATT	C	3681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=32;PP=2081;SC=GAGTGGGGATCATTATAACCC;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=3078626;WS=3078606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	3079685	rs2244494	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-1.977;SC=GACGCGCCGCTGCAGCCTCCG;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=10;WE=3079693;WS=3079675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr16	3085218	.	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=551;ReadPosRankSum=1.089;SC=TAGCTCACTTCCTCACGCTCC;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=19;WE=3085226;WS=3085208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr16	3085335	rs7204908	G	C	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=815;ReadPosRankSum=0.171;SC=TCCTTCTGCTGCAGCTGCAAG;SOR=0.717;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=54;WE=3085343;WS=3085325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,99:0.56:176
chr16	3085375	rs11077096	G	A	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=656;ReadPosRankSum=1.668;SC=CAGGCCCTGGGCCCCCTCCCA;SOR=0.594;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=43;WE=3085383;WS=3085365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,69:0.57:120
chr16	3086447	rs7206805	C	G	4212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.756;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1321;ReadPosRankSum=1.325;SC=CCTCCGGGGGCTCACCACCCA;SOR=0.709;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=178;TCF=91;TCR=87;TR=96;WE=3086455;WS=3086437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,206:0.56:370
chr16	3096863	rs2250306	G	T	103.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GGTCCCCGGGGCGGCCCCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=3096871;WS=3096853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr16	3097074	rs909408	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.864;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr16	3097295	rs879734	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=282;ReadPosRankSum=1.648;SC=AGGCAGGCATCCGGGGCTGGG;SOR=1.148;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=16;WE=3097303;WS=3097285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
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chr16	3106994	rs1064948	A	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=264;ReadPosRankSum=0.058;SC=CCTTTCCCCAAGCAGGGGCGG;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=17;WE=3107002;WS=3106984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr16	3117272	rs144171852	CTGTGTGTGTGTGTGTGTG	C,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	436.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=0;NR=4;PP=345;SC=CCATGTGTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=3117299;WS=3117262;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.69,0.31:13
chr16	3117354	rs1555001	T	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=203;ReadPosRankSum=1.361;SC=ACATGGAGACTGAGTGTCACC;SOR=0.405;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=17;WE=3117362;WS=3117344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr16	3117877	rs2239302	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=153;ReadPosRankSum=-1.247;SC=CCCTGGCTGGGCCCAGTTCGG;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=11;WE=3117885;WS=3117867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr16	3117937	rs2239303	G	A	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	3118865	rs12934561	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.067;NF=9;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=0.194;SC=GGGCTGTGGTTGGGAAACCAA;SOR=0.174;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=11;WE=3118873;WS=3118858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	3119020	rs371244098	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=10.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.91;MQRankSum=1.286;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.577;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr16	3119167	rs34184287	T	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQRankSum=-1.728;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.260;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr16	3119297	rs71818662	C	CG	2125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.019;HP=6;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-12.010;NF=3;NR=27;PP=1719;ReadPosRankSum=1.833;SC=CGGAGCCCCACGGGGGGACAA;SOR=1.280;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=101;TCF=16;TCR=85;TR=30;WE=3119312;WS=3119287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,62:0.31:199
chr16	3119304	rs2981599	A	G	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.674;HP=6;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.593;NF=16;NR=32;PP=1709;ReadPosRankSum=1.154;SC=CCACGGGGGGACAAGGAGGAG;SOR=1.237;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=135;TCF=55;TCR=80;TR=48;WE=3119312;WS=3119287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,64:0.31:204
chr16	3131566	rs2741927	G	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=10;PP=383;SC=CTGAGAGGCCGGGGTGTGGCC;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=3131574;WS=3131556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	3131663	rs4247354	A	G	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=29.64;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	3131895	rs117921794	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	3131937	rs191732434	A	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.51;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	3131940	rs58826170	C	CGG	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.51;QD=40.34;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	3141373	.	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=0.550;SC=GGCCGGTCACGGTGGCTCATG;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=3141381;WS=3141367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr16	3141713	rs12935803	G	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=284;ReadPosRankSum=-0.447;SC=AAAACTACAGGGTAGAGAAGT;SOR=0.850;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=24;WE=3141721;WS=3141703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr16	3142009	rs72772563	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=0.224;SC=GGCCCCTCCGCGACACCCAGT;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=3142017;WS=3142002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr16	3142463	rs3810807	A	G	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=67;NR=43;PP=2280;SC=GGGGAAAGTGAAGTTTCCAGA;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=110;WE=3142471;WS=3142453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	3161015	.	T	TA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-2.312;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr16	3165425	rs909410	A	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=289;ReadPosRankSum=3.015;SC=TTCAGGGGACACTCAGGAGTC;SOR=0.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=24;WE=3165433;WS=3165415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr16	3166618	rs4785928	C	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.999;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr16	3191356	rs2735537	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=-1.582;SC=TGAGCAGCTGGCTTGGCCGGA;SOR=1.368;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=9;WE=3191364;WS=3191346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr16	3197623	rs2735507	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=282;ReadPosRankSum=0.023;SC=GTCAAGTCCACGACCTTGAAC;SOR=0.242;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=21;WE=3197631;WS=3197613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr16	3199118	rs2238385	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=321;ReadPosRankSum=1.796;SC=ATTCTGATCACCTCCTATGAA;SOR=0.573;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=20;WE=3199126;WS=3199108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr16	3199713	rs2735514	C	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=627;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GGCGGGTGTGCGAGCAGGAGG;SOR=0.972;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=47;WE=3199721;WS=3199703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,65:0.56:116
chr16	3254418	rs61731432	C	G	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.504;SC=CCTGCACACCCCCATGTACTT;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=168;TCF=93;TCR=75;TR=86;WE=3254426;WS=3254408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,125:0.50:250
chr16	3254470	rs1834026	T	C	10265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=103;PP=2965;SC=TGCTTCTCCTTCACCACCGTC;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=124;TCR=106;TR=227;WE=3254478;WS=3254460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
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chr16	3254972	rs2075851	T	C	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=83;PP=2965;SC=CCACCTGTGGTTCTCACCTGG;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=62;TCR=83;TR=145;WE=3254980;WS=3254962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr16	3265854	rs61743522	G	A	4396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=62;PP=1782;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CAAGATGCTGGCCAATCACAT;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=121;TCR=118;TR=124;WE=3265862;WS=3265844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,221:0.51:432
chr16	3266071	rs2550401	A	G	8395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=88;PP=2965;SC=GCCAACTCGAATGCTCTGCTG;SOR=0.905;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=119;TCR=88;TR=207;WE=3266079;WS=3266061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr16	3266552	rs2741916	G	A	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=30;PP=841;SC=TTCAATAATGGTATAGGCTTA;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=3266560;WS=3266542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	3282605	rs2075852	T	C	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	3294154	rs3974658	GT	G	1547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.392;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.475;NF=8;NR=33;PP=565;ReadPosRankSum=0.251;SC=CAGGTGTTTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.484;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=41;WE=3294162;WS=3294144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,84:0.91:92
chr16	3296429	rs224204	G	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	3296616	rs224205	C	T	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=21;PP=681;SC=CTGGCCTCTACTTCTGGGCTC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=3296624;WS=3296606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	3297073	rs224206	A	G	5305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=57;PP=2105;SC=CAATCAGCGCATCGAGCAGGG;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=129;WE=3297081;WS=3297063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr16	3297175	rs224207	T	C	7812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.16;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	3297181	rs224208	C	T	7728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.67;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	3298642	rs224211	G	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=21;PP=621;SC=TCTTTCTGCAGTAGTCACCGG;SOR=0.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=35;WE=3298650;WS=3298632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	3298865	rs224212	T	C	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=22;PP=1181;SC=TCTTCCCACCTTCCTCCCAGG;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=3298873;WS=3298855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	3299688	.	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.291;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=728;ReadPosRankSum=-1.102;SC=ACTGCCTCGGGGAAGCTGCAG;SOR=0.758;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=49;WE=3299696;WS=3299678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,69:0.52:132
chr16	3299749	rs224213	G	A	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=47;PP=1441;SC=GGGCGTGGCAGCGGGGACTCG;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=88;WE=3299757;WS=3299739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	3301897	rs224218	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=-0.257;SC=GCGGCCCTAGAAGACACCCAG;SOR=0.593;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=3301905;WS=3301887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	3302051	rs74268718	TAA	T	91.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr16	3304573	rs224223	G	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=422;ReadPosRankSum=2.072;SC=GGCCCTCCGAGGCCTTCTCTC;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=29;WE=3304581;WS=3304563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr16	3304654	rs224224	T	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.535;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=672;ReadPosRankSum=1.316;SC=GGCTGGCAGCTCCGCCCCCGT;SOR=0.692;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=43;WE=3304662;WS=3304644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr16	3304762	rs224225	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=429;ReadPosRankSum=1.056;SC=CTGCGGAATCATCTGTGCCGT;SOR=1.097;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=33;WE=3304770;WS=3304752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,54:0.48:113
chr16	3306379	.	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=315;ReadPosRankSum=1.745;SC=GACCTGCAGGGTGAGCTGCAC;SOR=0.800;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=29;WE=3306387;WS=3306369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,39:0.33:119
chr16	3405875	rs1009429	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=0.792;SC=CCAACAGCTTTTTCTTGACTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=3405883;WS=3405865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	3405994	rs1228348	A	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=0.621;SC=TGGGCATATCAGACCATCCCC;SOR=1.232;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=29;WE=3406002;WS=3405984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr16	3406252	.	C	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=646;ReadPosRankSum=1.242;SC=TCTATGTCTTCCTTTGGCTGG;SOR=0.807;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=44;WE=3406260;WS=3406242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr16	3406387	rs1218763	C	G	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=58;PP=2528;SC=TGATTGCCTGCCTGGGTGGCT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=125;WE=3406395;WS=3406377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr16	3434027	rs17136367	G	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=261;ReadPosRankSum=-0.206;SC=CTCAATTCTTGAATGTTCTAA;SOR=0.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=16;WE=3434035;WS=3434017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr16	3438865	rs11643983	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr16	3440390	rs4786412	C	T	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr16	3440394	rs27237	A	G	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr16	3441697	rs7204842	A	C	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=3.977;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,47:0.64:73
chr16	3444157	rs12448573	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr16	3452193	rs37811	T	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=561;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCCAAGAGGCTCTCTCCCAGC;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=38;WE=3452201;WS=3452183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr16	3452453	rs377727247	C	CTT	492.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=11.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr16	3455079	rs37813	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=338;ReadPosRankSum=2.539;SC=GCTTGTACTTTAGATCCTCAA;SOR=0.260;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=16;WE=3455087;WS=3455069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr16	3490922	rs2270494	G	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.256;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr16	3498526	.	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr16	3533577	rs1137454	C	G	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=58;PP=1669;SC=TCAACGGCGGCCACCCTCCCT;SOR=1.382;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=82;WE=3533585;WS=3533567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	3534892	rs13740	G	A	8133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=104;PP=2965;SC=CCCACCCTTCGGCCGCCCGCA;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=103;TCR=104;TR=207;WE=3534900;WS=3534882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr16	3535116	rs4785936	T	C	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=50;PP=1340;SC=GCCACAAAAGTGGAAGGCCCT;SOR=0.970;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=88;WE=3535124;WS=3535106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	3535540	rs2240075	G	A	5168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	3545364	rs56205903	A	G	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=608;ReadPosRankSum=2.292;SC=ACTCCTCCCCACAGCCCGGCA;SOR=0.771;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=45;WE=3545372;WS=3545354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,70:0.57:122
chr16	3551236	rs78624374	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=0.921;SC=CGCCTGACCCGCGGCTGCAAC;SOR=0.307;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=3;WE=3551244;WS=3551226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr16	3598320	rs138700573	A	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=461;ReadPosRankSum=-1.074;SC=TCCCTGCAGGATGTGGCAGGA;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=38;WE=3598328;WS=3598310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr16	3602227	rs56070390	AG	A	2804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=1603;SC=TTCTGCTTCAAGGGCATCTGC;SOR=0.995;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=38;WE=3602235;WS=3602217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	3605750	rs61266511	C	CT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=1.804;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr16	3605924	rs146562000	A	AAAAT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.55;MQRankSum=-1.816;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.863;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr16	3605936	.	T	TAAAC	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=2.708;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr16	3607080	.	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=-1.348;SC=CCTTGAAATTCGTGATCCTCT;SOR=0.622;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=12;WE=3607088;WS=3607070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr16	3611610	rs8050566	C	T	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=445;ReadPosRankSum=0.060;SC=TCCGTGGCAGCGCCGCTGGCC;SOR=0.563;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=34;WE=3611618;WS=3611600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr16	3639139	rs3810812	A	G	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=845;ReadPosRankSum=-1.437;SC=TCGGCCTGCTATTCCCCAGGG;SOR=0.611;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=51;WE=3639147;WS=3639129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,78:0.54:144
chr16	3708282	rs35081909	AT	A	580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.964;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr16	3712853	rs34157278	A	G	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=956;ReadPosRankSum=0.456;SC=ACTGCGGCCAAGTGGTGGTCC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=63;WE=3712861;WS=3712843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,90:0.50:179
chr16	3724465	rs13926	G	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,32:0.35:92
chr16	3726160	rs8050400	A	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=38;PP=1282;SC=AGGCAGGCAAAGAAAGGAAAA;SOR=0.905;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=69;WE=3726168;WS=3726150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	3738887	rs2072379	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=2.348;SC=GAAACCAAAACAGATTCTGGT;SOR=1.314;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=11;WE=3738895;WS=3738877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr16	3738961	rs2072380	T	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=288;ReadPosRankSum=-0.461;SC=TTCTCACAGCTAATATATTAT;SOR=1.232;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=24;WE=3738969;WS=3738951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr16	3811556	rs886528	A	G	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=800;ReadPosRankSum=0.406;SC=ATTTCCATCAAAGCCCAGGAT;SOR=0.768;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=61;WE=3811564;WS=3811546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,101:0.45:225
chr16	3821047	rs149631043	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TGTGATGAAACATTTGAAAAA;SOR=0.564;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=16;WE=3821055;WS=3821037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr16	3830888	.	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GGCTAAGGAGGAAATAAAGAC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=3830896;WS=3830878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	3900277	.	A	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=3.300;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr16	4016676	rs2230742	A	G	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=64;PP=2300;SC=CTCCGCTGTCATGGTTCTTGG;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=121;WE=4016684;WS=4016666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr16	4027423	rs2072346	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=144;SC=CCAGGCCCTACGCAACCTCGG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=4027431;WS=4027413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	4027605	rs2240735	C	T	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=25;PP=766;SC=CGGCAATCAGCGCGGCCGAGC;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=4027613;WS=4027595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	4027688	rs2531990	T	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=16;PP=511;SC=ACCCCTGCTATACCCGGCCGC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=4027696;WS=4027678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	4027749	rs2601774	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=197;SC=ACTGAGTCTCACTCTGTCGCC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=4027757;WS=4027739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	4033522	rs3730129	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=369;SC=AAACAGGCAACACGTGCGGAG;SOR=1.508;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=4033530;WS=4033512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	4039141	rs2072341	A	G	3728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=71;PP=2336;SC=CCAGCACCATAACTGTGCCAA;SOR=1.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=40;TCR=71;TR=111;WE=4039149;WS=4039131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	4042449	rs2239307	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=289;SC=CCCCGACCTCCGCTGCGGGGC;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=4042457;WS=4042439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	4042470	rs2239308	T	C	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=169;SC=GCTGCTGCACTGGGCGTGGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=4042478;WS=4042460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	4043292	rs2239309	C	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=11;PP=431;SC=GTGCGGAGTGCTGTTACCCAA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=4043300;WS=4043282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	4057637	rs73490521	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=415;SC=TGCTCTCTGGAGAGGACTCAC;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=22;WE=4057645;WS=4057627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	4165432	rs2530898	T	C	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=193;SC=GCTGGTGGGGTGGGGAAGCCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=4165440;WS=4165422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	4242093	rs8051399	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=536;SC=AAACCAGGACCTCTCAGACAG;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=4242101;WS=4242083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	4245393	rs11076822	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=9;PP=396;SC=GAGATGAGGTTTCACTATGTT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=4245401;WS=4245391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	4245426	rs11076823	C	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=7;PP=522;SC=CTTGAACCTCCGGCCTCAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=4245434;WS=4245416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	4245693	rs10852643	A	G	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=36;PP=1241;SC=GTGAGAAGGAACGGGCGCTGT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=70;WE=4245701;WS=4245683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	4254479	rs4644864	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.900;NF=11;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=0.372;SC=GAGTCTGCCCGGGCCCTGGTG;SOR=0.558;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=17;WE=4254487;WS=4254469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr16	4254523	rs60137128	C	T	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=28.49;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	4254699	rs62039297	G	A	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=49;PP=1661;SC=TCTGGGCCCCGGCACAGCAGA;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=4254707;WS=4254689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	4254725	rs8054937	A	G	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=39;PP=1205;SC=GCTGGGCCTCAAGCAGGGGCT;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=4254733;WS=4254715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	4256755	rs58255304	TC	T	1880.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=916;ReadPosRankSum=2.761;SC=GGACTCTCCCTCCCCCTGATG;SOR=0.887;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=32;WE=4256763;WS=4256745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,77:0.40:192
chr16	4257131	rs9932378	C	G	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=803;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TCGGAGGCGCCCTCTGCTTCT;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=64;WE=4257139;WS=4257121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,73:0.41:177
chr16	4257281	rs9922726	A	C	5579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.38;ReadPosRankSum=-2.293;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,143:0.55:261
chr16	4257286	rs9924822	T	C	5655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,148:0.54:272
chr16	4257686	rs868302	A	G	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=821;ReadPosRankSum=0.018;SC=GGGAGCCCAAACCCAGTCTCC;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=68;TCR=94;TR=60;WE=4257694;WS=4257676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,96:0.35:276
chr16	4257729	rs9934893	C	T	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=751;ReadPosRankSum=-1.989;SC=AACTGGGCTCCGGCCACTCCT;SOR=0.993;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=55;WE=4257737;WS=4257719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,88:0.37:235
chr16	4258005	rs1104968	C	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr16	4258173	rs889807	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=275;ReadPosRankSum=1.279;SC=CAAGAGTCTATAATAACCTAG;SOR=0.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=16;WE=4258181;WS=4258163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr16	4292002	rs77545585	C	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=1.074;SC=CTGGGAGGGGCCCTACCTGCT;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=26;WE=4292010;WS=4291992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr16	4310468	rs251732	C	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=621;ReadPosRankSum=0.946;SC=GGGTCCGCAGCTGCTGCTGTT;SOR=0.523;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=40;WE=4310476;WS=4310458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,60:0.49:122
chr16	4386777	.	A	G	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1402;ReadPosRankSum=1.740;SC=CGCTATTCCAACTCCAGTGAC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=99;TCR=67;TR=86;WE=4386785;WS=4386767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,139:0.48:287
chr16	4386814	rs669561	T	C	9006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=84;PP=2965;SC=GCACCCACTATGTGGACAAGC;SOR=0.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=111;TCR=84;TR=195;WE=4386822;WS=4386804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
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chr16	4390873	rs73507245	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=-1.243;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
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chr16	4393376	rs2289303	A	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=0.463;SC=GCCGAGGGGCAAGGCTCCCGG;SOR=0.123;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=14;WE=4393384;WS=4393366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	4408267	rs12448148	A	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=534;ReadPosRankSum=1.162;SC=CCCCATGAACAATGGGTAGGG;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=34;WE=4408275;WS=4408257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr16	4410243	rs28597097	T	G	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=859;ReadPosRankSum=0.993;SC=ACAGGTGGCTTCTGAAGCCTG;SOR=0.906;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=121;TCF=88;TCR=33;TR=52;WE=4410260;WS=4410233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,73:0.43:170
chr16	4410374	rs58057409	T	C	4606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=65;PP=1954;ReadPosRankSum=-0.005;SC=CCTGTTGAGATACATCGCGTG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=138;TCR=134;TR=132;WE=4410382;WS=4410364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,231:0.51:456
chr16	4411506	rs2277853	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=0.304;SC=GCCCATCAGTACCAGGCAGAA;SOR=0.836;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=9;WE=4411514;WS=4411496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	4414353	.	AC	GT	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.801;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=378;ReadPosRankSum=0.536;SC=CGCAGGGGGCACCAGACAGGA;SOR=0.456;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=13;WE=4414362;WS=4414343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr16	4431202	rs758044	A	G	12635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=167;NR=171;PP=2965;SC=TGGACCTGACAGCCAACAGGC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=168;TCR=171;TR=338;WE=4431210;WS=4431192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr16	4432029	rs3810818	A	C	5640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr16	4445327	rs3747579	C	T	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=558;ReadPosRankSum=0.775;SC=GTCAAAGATCCGCAGCTGCTT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=49;WE=4445335;WS=4445317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,70:0.46:153
chr16	4455597	rs142375319	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr16	4455675	rs3747580	G	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=509;SC=CAGCAGCTACGAGGGTCCTTT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=4455683;WS=4455665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	4475868	rs2304631	A	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.40;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	4476089	rs1139652	T	C	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=34;PP=1244;SC=GTGTCAGCCTTACAGGTGAGG;SOR=0.732;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=68;WE=4476097;WS=4476079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	4484328	rs4785962	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=207;ReadPosRankSum=-1.158;SC=ATGTACTCACAGTTTTCTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=14;WE=4484336;WS=4484318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr16	4484396	rs1139653	A	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=521;ReadPosRankSum=0.364;SC=AACAAAACATAACCCTTTCAT;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=44;WE=4484404;WS=4484386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr16	4484613	rs4785964	A	G	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=37;PP=1106;SC=TGCCCATATGAATAGGTCTCA;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=4484621;WS=4484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	4494549	rs12446640	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=83;ReadPosRankSum=0.750;SC=GTTGGCCAGGATGGTCTCGAT;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=8;WE=4494557;WS=4494539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr16	4496973	rs2304633	T	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=-1.009;SC=TTCTTGGGGGTACAGCCAGAG;SOR=0.933;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=20;WE=4496981;WS=4496963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr16	4500544	rs2304634	C	T	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,62:0.41:151
chr16	4511752	rs7191458	T	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=547;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GTGCCCCCGATCCCCACAAGG;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=35;WE=4511760;WS=4511742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr16	4516092	rs3747584	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=542;SC=CCGCGGTCTGTTACACCAACG;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=4516100;WS=4516082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	4519548	rs62039231	A	G	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=671;ReadPosRankSum=-2.261;SC=GGAGTGCTCCACCACAGCAAG;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=40;WE=4519556;WS=4519538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr16	4519586	rs11862204	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=339;ReadPosRankSum=1.915;SC=TCTCAACGACGATTCTCATTC;SOR=0.601;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=22;WE=4519594;WS=4519576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr16	4524060	rs3761680	C	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=265;ReadPosRankSum=-0.602;SC=GGCGCCCTGGCTCTGCAAGGG;SOR=0.728;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=18;WE=4524068;WS=4524050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr16	4524155	rs17137053	C	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
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chr16	4559351	.	T	TA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr16	4562286	rs115616187	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=0.167;SC=CCCAGCAGGAGACCCCTCCCA;SOR=0.804;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=4562294;WS=4562276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	4562351	rs8129	T	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=644;SC=AAGCTCATTGTCAGCCCCCTG;SOR=1.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=30;WE=4562359;WS=4562341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	4562512	rs7665	A	G	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=45;PP=1717;SC=ACCACTGAGCACAGGGAGCAA;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=94;WE=4562520;WS=4562502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	4562725	rs2270367	G	A	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=907;ReadPosRankSum=-2.036;SC=GGCCTGCTGCGGAGGAGGCAG;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=61;WE=4562733;WS=4562715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,96:0.47:204
chr16	4564168	rs376393586	G	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr16	4606733	rs112579371	C	T	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=1223;ReadPosRankSum=0.331;SC=GCAATGTCTTCGACCACGTGG;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=77;TCR=66;TR=84;WE=4606741;WS=4606723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,126:0.49:256
chr16	4621725	rs35531180	GA	G	843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=491;ReadPosRankSum=0.653;SC=CTGGGGGTTGGAGCAATGAGG;SOR=0.487;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=14;WE=4621733;WS=4621715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr16	4624892	rs9922925	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr16	4625126	rs9673241	G	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=830;ReadPosRankSum=0.090;SC=ACTGAGAGTGGGAGGCGGGGC;SOR=1.144;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=50;WE=4625134;WS=4625116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
chr16	4625470	rs77379438	C	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=455;ReadPosRankSum=0.215;SC=GGGCCTGCACCTGGGACTGAA;SOR=0.802;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=35;WE=4625478;WS=4625460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
chr16	4636933	.	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	4641814	rs5815211	AG	A	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=98;ReadPosRankSum=0.783;SC=CCCTCCTGGTAGGGGTCCTGC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=4641822;WS=4641804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	4644389	rs139232890	CAGG	C	1146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=490;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CCTCGGTATCCAGGAGGATTG;SOR=1.253;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=14;WE=4644399;WS=4644379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr16	4644684	rs753481	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.597;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TCCCTAACCCGGGACCTGGGC;SOR=0.383;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=14;WE=4644692;WS=4644674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr16	4649300	rs7195763	C	G	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=47;PP=1558;ReadPosRankSum=-0.244;SC=AAGGCTCCATCTCCCCCGTCA;SOR=0.807;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=255;TCF=136;TCR=119;TR=111;WE=4649308;WS=4649290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,209:0.44:471
chr16	4649955	rs11076843	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	4649965	rs7403819	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.43;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	4660342	rs841184	C	T	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=40;PP=1313;SC=GCAGGACCCACGGAGCCGGGA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=67;WE=4660350;WS=4660332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	4664412	.	T	TGG	41.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	4664833	rs860889	T	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.830;SC=GCCTCCCTCCTCCGCCCGCGC;SOR=0.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=78;WE=4664841;WS=4664823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr16	4674954	rs3747587	C	G	5174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=51;PP=1986;SC=CCGGCAGCGCCGCGCACCATG;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=119;WE=4674962;WS=4674944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr16	4675116	rs1386092	G	T	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=44;PP=1191;SC=CGGGCGCGGGGGCGGGGACTC;SOR=1.338;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=4675124;WS=4675106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	4707432	rs3747590	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=-1.249;SC=GGGTGGGGCCAGCACAGTGGG;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=15;WE=4707440;WS=4707422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr16	4714639	rs1659479	T	C	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=1189;ReadPosRankSum=0.200;SC=TCCAGCTCATTTGTTGACCGA;SOR=0.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=90;TCR=62;TR=78;WE=4714647;WS=4714629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,116:0.53:217
chr16	4715012	rs3813746	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=286;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GCTGAGCCCTCGGTGCCGCAG;SOR=1.164;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=22;WE=4715020;WS=4715002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr16	4718388	rs34069734	A	G	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,82:0.56:147
chr16	4721468	rs715109	T	C	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=1023;ReadPosRankSum=0.299;SC=AAGGTGTGTATCTGGGTGAGG;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=67;WE=4721476;WS=4721458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,116:0.48:242
chr16	4721583	rs1160869	ACAT	A	1252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=750;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CCGCTAGACAACATCATTTTT;SOR=0.298;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=18;WE=4721593;WS=4721573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr16	4723451	rs2289314	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=306;ReadPosRankSum=0.542;SC=CAGGAGCCGTACTCTGGCCTT;SOR=0.606;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=22;WE=4723459;WS=4723441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr16	4730278	.	T	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.780;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=-0.032;SC=AAGCTCTCGGTCCGTGGGCGA;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=4730286;WS=4730268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	4736080	rs144808025	TTCTGGCTGCGC	T	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=2935;ReadPosRankSum=1.725;SC=CCGCGTTGAATTCTGGCTGCG;SOR=0.520;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=9;WE=4736098;WS=4736070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr16	4736316	rs841225	C	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=413;ReadPosRankSum=0.328;SC=TACGTGACCTCCCAGACGCGC;SOR=0.924;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=27;WE=4736324;WS=4736306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
chr16	4747136	rs841215	G	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=542;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GCCTCTCCCGGCCAGGCTCAG;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=31;WE=4747144;WS=4747126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr16	4748825	rs841214	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr16	4750841	rs144388313	G	A	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=471;ReadPosRankSum=1.334;SC=GAGCCTAACAGGCCATGGGGA;SOR=0.761;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=33;WE=4750849;WS=4750831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr16	4751045	rs863980	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=723;ReadPosRankSum=1.448;SC=TCAGTTGCAGCGCGGGGAGGC;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=52;WE=4751053;WS=4751035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr16	4751804	rs149783445	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr16	4752134	rs841210	A	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=360;ReadPosRankSum=-1.325;SC=TGCTCTCCACATCCCGCTCAT;SOR=0.908;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=32;WE=4752142;WS=4752124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr16	4786456	rs859314	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=1.344;SC=CACCCTGTGTACCCCACAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=9;WE=4786464;WS=4786446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr16	4787987	rs859310	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr16	4790273	rs859305	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=459;ReadPosRankSum=0.233;SC=GCTCTGGTGAGGTCAGCGCTC;SOR=0.667;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=36;WE=4790281;WS=4790263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,55:0.49:113
chr16	4794873	rs2075469	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=177;ReadPosRankSum=0.148;SC=ATCCTCAGACCGCATGGTGCC;SOR=0.646;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=18;WE=4794881;WS=4794863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr16	4796393	rs737700	A	G	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=942;ReadPosRankSum=-1.828;SC=TCAAGGAAGCAGGGCTCCCAG;SOR=0.538;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=64;WE=4796401;WS=4796383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,91:0.62:147
chr16	4796595	rs759988	T	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=433;ReadPosRankSum=-1.160;SC=TGGTGGATCCTGATGGGGAGG;SOR=0.519;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=39;WE=4796603;WS=4796585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr16	4796871	rs2341988	A	G	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=25;PP=998;SC=AGCCCCAACAAGAGTTGGAAC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=55;WE=4796879;WS=4796861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	4797109	rs12926158	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=0.136;SC=CACATTTACCGCCTGTGGTGA;SOR=0.799;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=5;WE=4797117;WS=4797099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr16	4797226	rs759989	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=282;ReadPosRankSum=1.706;SC=GCTGCCTGAATTGCATTCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=17;WE=4797234;WS=4797216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr16	4797457	rs17853375	C	T	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=639;ReadPosRankSum=1.665;SC=GCTCAGGCCCCTGAAGACACA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=47;WE=4797465;WS=4797447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,84:0.52:162
chr16	4799227	.	T	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=438;ReadPosRankSum=0.747;SC=TCTGCCCCCATACGCTGCCCT;SOR=0.486;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=35;WE=4799235;WS=4799217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr16	4801723	rs921863	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TGTATTGGGGGACCCTAAACC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=19;WE=4801731;WS=4801713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr16	4802370	rs3747601	C	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=-0.233;SC=AGTTTCAGGCCTGGTGATCAG;SOR=0.539;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=11;WE=4802378;WS=4802360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr16	4802386	rs3747602	G	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=159;ReadPosRankSum=0.390;SC=ATCAGGCTTTGGCACCGGGGC;SOR=0.651;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=12;WE=4802394;WS=4802376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr16	4812068	.	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=89;ReadPosRankSum=1.238;SC=TACTTAAATGGCCTCTGGAGA;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=8;WE=4812076;WS=4812058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	4812209	rs12599765	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=262;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TAACAAGGAAGTGTGACACAC;SOR=0.705;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=19;WE=4812217;WS=4812199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr16	4812816	rs2290561	G	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=644;ReadPosRankSum=0.264;SC=AAAAATCCCCGCAGGGCCCCA;SOR=0.907;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=51;WE=4812824;WS=4812806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,84:0.49:172
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chr16	4815608	rs4786549	A	G	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=64;PP=1913;SC=GCCCTTCCACAAGGACCACGG;SOR=0.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=108;WE=4815616;WS=4815598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
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chr16	4835794	rs3833435	G	GA	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=16;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.344;NF=3;NR=5;PP=390;ReadPosRankSum=0.317;SC=AAAAAAAAAAGAGAGAGAACC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=4835802;WS=4835782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr16	4836155	rs71402568	G	GT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=232;ReadPosRankSum=1.992;SC=GTTTTAGGCAGTTTTTCTCTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=4836163;WS=4836145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr16	4861103	rs369808419	TA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	4861709	rs2085329	G	C	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=35;PP=1524;SC=GGCCTGTCACGTGGGCCAGGG;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=4861717;WS=4861699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	4873743	.	CA	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.423;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	4933939	rs2037912	G	C	6284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.584;SC=TGCAGGTTTTGCCTCTCCAGC;SOR=0.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=84;TCR=82;TR=166;WE=4933947;WS=4933929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,243:1.00:244
chr16	4934549	rs1049208	G	A	12793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=102;PP=2965;SC=CGGCAAAGGCGCTCGCCTCGG;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=89;TCR=102;TR=191;WE=4934557;WS=4934539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr16	4934564	rs1049207	C	G	13392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=99;PP=2965;SC=CCTCGGCCCGCAGGCCTGGCT;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=93;TCR=99;TR=191;WE=4934572;WS=4934554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr16	4938160	rs2734742	T	G	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=10;PP=458;SC=TCACGTGGCTTCTCCTTCCAT;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=4938168;WS=4938150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	4938280	rs2075637	T	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=13;PP=551;SC=GACAGACATGTTCCTGTACCC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=28;WE=4938288;WS=4938270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	4938321	rs2075636	A	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=17;PP=498;SC=GCCCTGTGCCATGTGCTGGTT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=4938329;WS=4938311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	4939225	.	G	GTT	76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=56.72;NF=0;NR=3;PP=76;QD=32.3333333333;SC=GCAAAAGGCAGTTTTTTTGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=4939233;WS=4939215;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	4940387	rs11644917	G	A	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=24;PP=842;SC=ATGCCTCACCGAGCCCTCATT;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=4940403;WS=4940377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	4940809	rs2471844	A	G	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=68;PP=2051;SC=CCAGGTCCGGACAGTGCTCCT;SOR=1.146;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=111;WE=4940817;WS=4940799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	4940989	rs2471843	A	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	4940994	rs760118	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	4942099	rs1049205	C	T	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=38;PP=1244;SC=GTCCTCCACCCGGGTCCTCAG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=68;WE=4942107;WS=4942089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	4944518	rs1876363	C	G	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=51;PP=2005;SC=TCACAAAACACACGGCCGGAG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=98;WE=4944526;WS=4944508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	4945221	rs12709119	A	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=21;PP=1330;SC=TTACCCCAAAAACTTTGTAGT;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=64;WE=4945229;WS=4945211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	4947534	rs8051246	T	C	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=87;SC=ATCAGAAGCATGGGTGCTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=4947542;WS=4947524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	4948936	rs12443906	C	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=479;SC=GGGGTCTGCCCGAGCTCCAGG;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=4948944;WS=4948926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	4952598	rs2048098	C	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=21;PP=578;SC=GGCCCCCCACCCAGACCCCGG;SOR=2.012;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=4952606;WS=4952588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	4961003	rs8057613	A	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=25;PP=722;SC=GGTGGGGGCTATGTCCCCACC;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=4961011;WS=4960993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	5009433	rs7200245	G	A	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=41;PP=1435;SC=AGTTGGAGGGGCTTGAGATCA;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=5009441;WS=5009423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	5009605	rs61423624	C	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=1.120;SC=TCTTCCTTCTCCTTGTTGAAG;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=5009613;WS=5009595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr16	5037498	.	TG	T	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.516;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.423;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr16	5037753	rs2972260	G	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	5040971	rs2972263	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=2.027;SC=GCATGACCCCTGGCAAGACCC;SOR=0.223;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=13;WE=5040979;WS=5040961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	5041778	rs2972265	T	C	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=20;PP=1077;SC=CCTGTGGTGATCCTGTGACCC;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=5041786;WS=5041768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	5046202	rs2908676	T	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.68;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr16	5046208	rs2908675	C	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=1.382;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr16	5046787	rs2270260	G	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TGCCCCGGCTGGTTCTGTAAT;SOR=0.751;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=16;WE=5046795;WS=5046777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr16	5050554	rs2908674	C	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=291;ReadPosRankSum=-1.736;SC=TGGTGGGTTGCAGCCTGAGGA;SOR=0.352;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=17;WE=5050562;WS=5050544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr16	5050897	rs2286966	G	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=2.195;SC=GGTGTGAGGGGAGCACAAGGC;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=11;WE=5050905;WS=5050887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr16	5053331	rs2972280	C	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	5055864	rs55930593	CA	C	234.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr16	5057254	.	T	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=268;ReadPosRankSum=-1.012;SC=GGGGTTGCAATTATGAGTGGC;SOR=0.342;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=19;WE=5057262;WS=5057244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr16	5061085	rs2908669	A	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=292;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GGCAGGGCTGATGTGTTTCAG;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=18;WE=5061093;WS=5061075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr16	5075542	rs887854	G	A	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	5077395	rs71402581	TGGGAGGA	T	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=1.108;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr16	5077452	rs12927924	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=0.134;SC=AGCCTTTCTCGACAGGACAGG;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=12;WE=5077460;WS=5077442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr16	5077794	rs2937112	G	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=1.527;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,57:0.63:90
chr16	5078215	rs8060705	G	C	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=31.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.96;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,80:0.71:113
chr16	5078220	rs71390614	C	T	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=46.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-0.641;QD=28.11;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,78:0.70:112
chr16	5078841	rs1995278	T	C	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=46;PP=1581;SC=GGGGCAGACCTGGACTTCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=110;WE=5078849;WS=5078831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr16	5078857	rs12929283	C	T	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=825;ReadPosRankSum=0.903;SC=TCAGCCCTCACGAAGGCGGCT;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=63;WE=5078865;WS=5078847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,91:0.49:187
chr16	5083209	rs35962888	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GAACACGGAGGCACGGCTACA;SOR=0.527;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=5083217;WS=5083199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	5083483	rs2972272	T	C	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=32;PP=889;SC=AGCCGCCGGGTCCACCGGGCT;SOR=1.478;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=46;WE=5083491;WS=5083473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	5094570	rs8055684	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr16	5105365	rs741167	C	T	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=591;ReadPosRankSum=0.171;SC=GAAGTAAAGACGGGGGCCCTC;SOR=0.932;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=39;WE=5105373;WS=5105355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr16	5105440	rs741166	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=636;SC=CCACCTGCCTTCATCTGCCTG;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=5105448;WS=5105430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	5105939	.	CGTGTGT	C	320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;QD=80.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	5106050	rs77055786	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=195;ReadPosRankSum=-2.533;SC=AATGCTGGCCATACTGTTTTC;SOR=0.648;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=21;WE=5106058;WS=5106040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr16	5106184	rs741164	C	T	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=42;PP=1276;SC=CCTGTGTGCACCCCCTCTGGG;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=5106192;WS=5106174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	5108787	rs76289087	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=0.171;SC=AATCTGGCTGCCCTAGCCCAG;SOR=1.148;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=5108795;WS=5108777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr16	5108808	rs17137557	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=0.098;SC=GAAAGATGACGCTAGAGCTAT;SOR=0.148;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=5108816;WS=5108798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr16	5110271	rs2270834	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=676;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GCAAATAGGGCAAGTGCAGGG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=51;WE=5110279;WS=5110261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,66:0.43:153
chr16	5112642	rs143371301	GA	G	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.149;NF=2;NR=13;PP=147;ReadPosRankSum=0.684;SC=CTTGGAACAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.549;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=15;WE=5112650;WS=5112632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr16	5122072	rs112683515	G	GGTCT	3666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=21;PP=1559;SC=AGTGGCCAAGGGTCTGGGAGG;SOR=0.793;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=29;WE=5122080;WS=5122062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	5122191	rs34061670	C	CG	1121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=21;PP=860;SC=ATTAGACGAGCGGTTCTGCCC;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=5122199;WS=5122181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	5125365	rs4786590	C	T	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=33;PP=1646;SC=GGTTTCCTCCCCTTCAAGTCT;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=84;WE=5125373;WS=5125355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	5127335	rs11076869	T	A	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=13;PP=655;SC=CTCAGGGAGCTCAAACTCTCC;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=5127343;WS=5127325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	5517175	rs34212245	T	TTC	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	6533549	rs7187508	C	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.99;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr16	6704474	rs11640601	A	G	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	6704474	.	AAAGAAC	GAAGAAG,GAAGTAG	551	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=21,16;NR=16,8;PP=551,210;QD=16.3369695909;SC=ATGACTCGAGAAAGAACTATT;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=37,24;WE=6704488;WS=6704464;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.55:67
chr16	6704478	rs35760157	A	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr16	6704480	rs11645523	C	G	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	6704555	rs12921150	CT	AA	3623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.158;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=1485;ReadPosRankSum=-2.506;SC=GACCATAAGTCTGACTCCTGT;SOR=0.820;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=49;WE=6704564;WS=6704545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,95:0.49:192
chr16	6704749	rs2058527	T	G	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=38;PP=1020;SC=ATGATGGTTTTTAGGTGATTC;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=6704757;WS=6704739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	7101951	rs74186980	A	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=243;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TTAATTAATTATGGGTTTTCT;SOR=1.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=13;WE=7101959;WS=7101941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr16	7102036	rs35212568	CT	C	4527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=30;PP=2230;SC=GACTTTTCCCCTTCATTTTCT;SOR=1.064;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=55;WE=7102044;WS=7102026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	7568012	.	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=131;ReadPosRankSum=-1.809;SC=TGAGATTGGTCCATCTCAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=7568020;WS=7568002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr16	7645808	rs12935264	C	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-1.579;SC=ACTGGCCTTACTTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=7645816;WS=7645798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	7657432	rs4616299	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=236;ReadPosRankSum=-0.577;SC=AATAACCTGAAGCAAGTGAAT;SOR=0.869;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=18;WE=7657440;WS=7657422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr16	7680600	rs147023054	C	T	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,71:0.53:135
chr16	7703785	rs3217052	G	GCT	1383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=801;ReadPosRankSum=2.298;SC=GACAGCCTGTGCTCTCTCTCT;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=24;WE=7703794;WS=7703775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,54:0.45:120
chr16	7704032	rs2302216	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr16	7715108	rs8064206	T	C	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=38;PP=848;SC=TGGTTTGTCTTGCAGGACAGA;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=7715116;WS=7715098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	7721503	.	CTCTTT	C	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=462;ReadPosRankSum=0.894;SC=CTTATGCATTCTCTTTTATTT;SOR=0.984;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=11;WE=7721515;WS=7721493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr16	7721778	rs2286541	C	A	279.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GGTGGCTATCCCTGTATCTAT;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=7721786;WS=7721768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr16	7726691	rs2191134	A	G	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=83;SC=TTTGGGTAACAGCTGCTCTGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=7726699;WS=7726681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	7726757	rs2302213	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=-0.838;SC=CCTGAGTCACATTTCTCCTTG;SOR=0.534;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=7726765;WS=7726747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr16	7743418	.	CT	C,CTTT	566.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,12,27:0.30,0.68:40
chr16	7758948	rs2270127	G	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=329;ReadPosRankSum=0.620;SC=GCTTCTCACTGGAAGATGAGT;SOR=1.967;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=20;WE=7758956;WS=7758938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr16	7759164	rs7196923	T	C	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	7759206	rs62011897	G	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=299;ReadPosRankSum=-0.017;SC=ACCTCAGTACGGGTTGACGTC;SOR=0.977;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=23;WE=7759214;WS=7759196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr16	7759503	.	G	A	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.648;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr16	8619750	rs7198383	C	T	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	8620096	rs9922116	T	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=516;SC=GCCACGCTGCTCAGCGTCCAG;SOR=6.184;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=8620104;WS=8620086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	8722629	rs2270286	G	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=328;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CAAGACTCTTGGACAGATTCA;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=23;WE=8722637;WS=8722619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr16	8728953	rs1731044	C	T	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=15;PP=565;SC=AGGTCTTGTCCGCTTCCTGTG;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=8728961;WS=8728943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	8729124	rs2302607	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=208;ReadPosRankSum=1.617;SC=CACGGGGCTCGCTAGCATCAT;SOR=0.542;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=18;WE=8729132;WS=8729114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr16	8729254	rs3108687	C	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.45;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	8729275	rs1641040	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=6;PP=188;SC=ATGTTAGCTGTTGTTGATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=12;WE=8729283;WS=8729265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	8729323	rs1731043	A	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=190;SC=CTCTCCATTTATTCTCAGTGA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=8729331;WS=8729313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	8732733	rs1362345	C	G	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=145;SC=CGCACTGTCTCTCCCCATCAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=8732741;WS=8732723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	8732882	rs5815485	CA	C	2678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=25;PP=1341;SC=TCTCTCTAGGCAAAAAACATG;SOR=0.865;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=42;WE=8732890;WS=8732872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	8733071	rs1641048	A	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=537;SC=TGTTTAGCAGATAGGACAGAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=8733079;WS=8733061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	8734803	.	G	A	185	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=120;MMLQ=23;MQ=60.65;NF=6;NR=2;PP=185;QD=27.4714015684;SC=GGATGGATGGGTGGGTGGATG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=8734811;WS=8734793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	8734807	rs62030896	G	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.00;QD=40.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	8734811	rs62030897	A	C	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.00;QD=53.83;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	8734830	.	G	GCTGT,GCTGGCTGT	461.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.54;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=810;SC=TGGCTGGCTGGCTGGCTGGCT;SOR=3.442;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=12;WE=8734838;WS=8734820;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr16	8735120	rs8062990	T	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=25;PP=1056;SC=GCTCTGTGGTTTTGACAGAGC;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=8735128;WS=8735110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	8735200	rs8045911	G	A	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=32;PP=1265;SC=ATGAGCACCAGCTGTCATTCT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=8735220;WS=8735190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	8735212	rs1629322	T	C	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=34;PP=1199;SC=TGTCATTCTCTGAGCGCCTGC;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=70;WE=8735220;WS=8735190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	8735245	rs1641055	C	T	3345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=37;PP=1452;SC=ACCTCACGTTCATTTTCTTCT;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=80;WE=8735253;WS=8735235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	8735355	rs1641056	A	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=32;PP=850;SC=GTAGGGGCATAGACCCGAGTT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=8735363;WS=8735345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	8736028	rs1614616	T	C	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	8736150	rs1615559	A	C	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=33;PP=1503;SC=CCGGGAGTTCAGTTTTAGAAG;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=8736158;WS=8736140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	8736246	rs1731007	G	A	5185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=58;PP=2604;SC=CTCTCTGTGCGGATTGCTCTG;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=122;WE=8736254;WS=8736236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	8736499	rs1618219	C	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=27;PP=698;SC=GTGTCCTTGTCAGTGTCATTA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=8736507;WS=8736489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	8738350	rs11645418	C	T	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=21;PP=1094;SC=GCAAGGTGGGCAGAAACAGCA;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=8738358;WS=8738340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	8738398	rs1641065	A	G	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	8738427	rs1641066	T	C	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=50;PP=2089;SC=CAACTTCACATTGAGACACTT;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=107;WE=8738435;WS=8738417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	8738499	rs1731000	G	A	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=50;PP=1512;SC=GGAGCAGCTCGCAGATGGCAA;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=84;WE=8738507;WS=8738489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	8738579	rs1641067	A	G	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=719;SC=GCCTCCAGCAACTGGTAGGTC;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=8738587;WS=8738569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	8738622	rs9933132	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=501;SC=GGTTGCTTTACTGTGAAGCGG;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=8738630;WS=8738612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	8739954	rs1641070	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	8740015	rs1730994	A	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=12;PP=887;SC=TCGCCTCCACAAGGCGCGGCG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=8740023;WS=8740005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	8740418	rs1641072	T	C	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.781;SC=GCCATCATATTGCCGCTCGGC;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=71;WE=8740426;WS=8740408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr16	8740503	rs1730992	G	A	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=38;PP=1206;SC=TGAGAAGGAAGAGGCAGGAGC;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=8740511;WS=8740493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	8740653	rs1641073	C	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=14;PP=413;SC=AGTGATCTTCCTCAGAGGTGT;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=8740661;WS=8740643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	8832479	rs57866199	G	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.606;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
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chr16	8862506	rs1273406	C	A	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=153;SC=ATATACACCTCCTATGCACCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=8862514;WS=8862498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr16	8862723	.	G	A	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=671;ReadPosRankSum=0.482;SC=TCACAAGATCGACATCCCTTC;SOR=0.696;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=50;WE=8862731;WS=8862713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,93:0.47:196
chr16	8873456	rs1079348	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.603;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=0.249;SC=AGGTAAGGGGTCAGGAGTGGC;SOR=0.593;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=10;WE=8873464;WS=8873446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr16	8873493	rs1079349	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
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chr16	8895909	rs2304471	C	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=540;ReadPosRankSum=1.284;SC=ATTTTCTTGGCCTTTGCTTTT;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=38;WE=8895917;WS=8895899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,58:0.44:132
chr16	8896066	rs2304470	G	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=544;ReadPosRankSum=1.997;SC=TGTACCCGTTGACAGCCCTTC;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=36;WE=8896074;WS=8896056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr16	8896094	rs2304469	G	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=627;ReadPosRankSum=-0.419;SC=AGTCAGACCGGTCTTCATATT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=39;WE=8896102;WS=8896084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr16	8898473	.	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
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chr16	8905054	rs11074924	T	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr16	8907145	rs9924186	G	T	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=29;PP=746;SC=TCAGACCCCCGACGCCTCTGT;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=8907153;WS=8907135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	8948974	rs6898	T	C	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=14;PP=845;SC=GCCTCCTCCCTGCAAAGTCTC;SOR=1.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=8948982;WS=8948964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	8952113	rs62033507	C	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr16	8952248	rs988065	A	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=28;PP=1250;SC=CATCAGCTGGAGTAATGAAGC;SOR=0.927;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=67;WE=8952256;WS=8952238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	8953081	rs8097	C	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=2.518;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr16	8988386	rs28362503	CG	C	91.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5562;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=61.78;MQRankSum=0.210;NF=4;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=1.383;SC=CACCAGCCCCCGGGGGGGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=8988394;WS=8988376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr16	8988574	.	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=273;ReadPosRankSum=-0.304;SC=AAAAAGCCTAGGCCGCTACGC;SOR=0.511;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=21;WE=8988582;WS=8988564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr16	8989042	rs79003022	T	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=2.670;SC=GTTCTGTAAGTGCAAGTGATG;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=22;WE=8989050;WS=8989032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr16	8989403	rs1677473	A	G	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=23;PP=1033;SC=TAAAAACACAAATCAAGCTAC;SOR=1.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=8989411;WS=8989393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	8992342	rs2304465	G	A	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,146:0.51:286
chr16	8992828	rs2289109	G	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=206;ReadPosRankSum=0.943;SC=ATGTGGTCAAGATGTGAGTGG;SOR=0.560;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=16;WE=8992836;WS=8992818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr16	8992868	rs2437724	AC	CA	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=14;PP=2354;SC=CAAGAAATGGACTGTCAGGTG;SOR=1.897;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=57;WE=8992877;WS=8992858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	8994563	rs2447919	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.330;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr16	8995177	rs199579856	GAAA	G,GAA	426.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.447;QD=20.32;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,12:0.38,0.57:21
chr16	8995927	rs2304466	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=220;ReadPosRankSum=0.275;SC=CAGGCGTCTCGTGGGCACTTA;SOR=1.162;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=18;WE=8995935;WS=8995917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr16	8996377	rs2447918	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AATAAAAACACGCTCATATTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=8996385;WS=8996367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	9004564	rs2447916	C	A	7593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=67;PP=2965;SC=TAAAGAAGAACGCTACAACAG;SOR=1.139;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=119;TCR=67;TR=186;WE=9004572;WS=9004554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr16	9010213	rs7195624	T	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=0.608;SC=TAACTAGACATCTGCTGCCTT;SOR=0.078;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=9010221;WS=9010203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	9010260	rs138207509	ATTTTCTGAATTAGGTC	A	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.160;NF=6;NR=2;PP=2963;ReadPosRankSum=0.756;SC=AAAGATGGGCATTTTCTGAAT;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=8;WE=9010283;WS=9010250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	9010446	rs57510291	A	AC	1610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=876;SC=CTCCATTTAAAGCTCAACTTT;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=9010454;WS=9010436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	9010826	.	TA	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	9014350	rs1677470	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=497;SC=AGAACACACATTTTATTCCCA;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=9014358;WS=9014340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	9014385	rs7189170	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=1.340;SC=TTAGTGCCCTGTACTTAATAG;SOR=1.457;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=9014393;WS=9014375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr16	9014434	rs2447912	T	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=220;SC=TCCCAACTTTTTTGCTAATTT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=9014442;WS=9014424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	9015252	rs30761	A	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.74;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	9015252	.	ATTTCAT	TTTTCAC,TTTTCAT	165	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4,5;NR=9,18;PP=165,111;QD=16.8052211432;SC=CCCATTTATGATTTCATTGCT;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=13,23;WE=9015266;WS=9015242;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:23
chr16	9015258	rs9940652	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	9017061	rs139138924	T	TACAACGATGTGGGGGTTTGTAGTTGCATCATTTAA	2309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=2957;SC=AGTAATGAAATACTGTCTTAC;SOR=2.670;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=9;WE=9017069;WS=9017051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	9030444	rs1382390	C	G	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=31;PP=1003;SC=ACTCACCTTCCAGCCCAAGCC;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=60;WE=9030452;WS=9030434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	9056231	rs72769904	T	C	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,71:0.44:161
chr16	9186735	rs4630540	C	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	9210373	rs8045589	A	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr16	9857926	.	GG	TA	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=769;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TCCCCCTTGCGGAAGTTTTCA;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=26;WE=9857935;WS=9857916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr16	9858066	.	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.584;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=0.418;SC=GTCTCTAGGGGAGCTTGATTT;SOR=1.274;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=19;WE=9858074;WS=9858056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr16	9916206	.	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=-2.088;SC=TAGTTATTCCGAATGTTTCTC;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=22;WE=9916214;WS=9916196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,30:0.30:101
chr16	9927907	.	T	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=376;ReadPosRankSum=-0.892;SC=AAATTTTCATTAAAGGTAAAT;SOR=1.341;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=23;WE=9927915;WS=9927897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr16	10524656	rs56252625	GGAC	G	3231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=35;PP=2017;SC=GTCATAACTAGGACGACTGAA;SOR=1.209;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=40;WE=10524666;WS=10524646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	10527437	.	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.546;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr16	10532211	rs1532824	A	C	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=108;SC=AAGCAATCCTACCACCTCAGT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=10532219;WS=10532201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	10551208	.	T	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr16	10566146	rs4453490	G	T	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=134;SC=AAATGAAAAAGTTAAATGTAC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=10566154;WS=10566136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	10574829	rs12596111	A	T	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=71;PP=2193;SC=CAGGTACTGAATCAAAGTGCT;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=126;WE=10574837;WS=10574819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	10575824	rs1970817	C	A	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	10625605	rs111364972	GATGAATGAATGA	G,GATGA	671.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.51;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,7:0.59,0.41:17
chr16	10625887	rs7195563	C	T	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=714;ReadPosRankSum=-0.409;SC=GCATTCACCTCCCCATCTCCA;SOR=0.780;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=53;WE=10625895;WS=10625877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr16	10625915	.	A	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.152;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=1.792;SC=ATACCCCAGCATTTACGAGGC;SOR=0.934;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=37;WE=10625923;WS=10625905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,64:0.46:139
chr16	10625997	rs7194566	G	A	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=34;PP=1035;SC=CAGGGAGCGCGTTAGAAATGC;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=27;TR=61;WE=10626005;WS=10625987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	10626059	rs35914943	AG	A	790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr16	10626070	rs34039732	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=2.135;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr16	10626122	rs12928389	G	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=0.979;SC=GGTTAAGGATGACCATTCCTA;SOR=0.313;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=14;WE=10626130;WS=10626112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr16	10627085	rs4780939	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.718;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	10631945	rs1504883	G	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	10631985	rs1504884	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=13;PP=261;SC=GCCGGCACTGTGGGGTACACA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=10631993;WS=10631975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	10775822	rs10221070	G	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=297;ReadPosRankSum=-1.650;SC=GACACGCCAGGGATGGGGAGG;SOR=0.458;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=21;WE=10775830;WS=10775812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr16	10776063	rs10221071	G	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=-1.349;SC=CCACACAGCAGGTGTGTGTTG;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=10776071;WS=10776053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	10783088	.	TA	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-1.805;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr16	10788092	.	C	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=811;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CCTTCATCTTCAGTCAAGGGA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=20;WE=10788114;WS=10788082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr16	10788106	rs2251984	A	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=811;ReadPosRankSum=1.606;SC=CAAGGGAAGCAGAATGAGCGT;SOR=1.309;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=24;WE=10788114;WS=10788082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr16	10788129	rs2251985	G	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=453;ReadPosRankSum=0.989;SC=AGTATCCCCAGGACACAGCCA;SOR=1.035;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=32;WE=10788137;WS=10788119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr16	10788556	rs16957557	C	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=489;ReadPosRankSum=0.385;SC=TGGACGTTGGCTATCTTGTAG;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=35;WE=10788564;WS=10788546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr16	10840847	rs4780323	C	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr16	10855341	rs2233539	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=0.971;SC=GGTGAGGGCGCGTGGGGCTGC;SOR=0.252;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=18;WE=10855349;WS=10855331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr16	10855708	rs372446215	C	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=651;ReadPosRankSum=0.462;SC=CCCCTGGATCCGCTCATAGGT;SOR=0.657;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=41;WE=10855716;WS=10855698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr16	10855739	rs1084544	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=612;ReadPosRankSum=0.330;SC=AGTGTGGGGCGGCACCTCACT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=31;WE=10855747;WS=10855729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr16	10861914	rs2233541	T	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=344;ReadPosRankSum=0.261;SC=GAGTACTAAATGCAGATGCCT;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=29;WE=10861922;WS=10861904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr16	10862964	rs11716	A	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=431;ReadPosRankSum=0.804;SC=AGTTCCTGAAACGAGAGAATG;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=32;WE=10862972;WS=10862954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr16	10864350	rs9925173	T	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=97;ReadPosRankSum=0.350;SC=AGGACGGTTCTACCCATTTCA;SOR=1.210;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=9;WE=10864358;WS=10864340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr16	10868920	.	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=-1.825;SC=CACTCACTCGGAAAAACAGGT;SOR=0.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=12;WE=10868928;WS=10868910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr16	10989370	rs45456897	C	T	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=-2.446;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr16	10989374	rs11074937	C	T	4706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.36;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	10989770	rs45601738	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.151;SC=GCTGGAGGAACGGAGACTCCA;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=9;WE=10989778;WS=10989760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	10992460	rs6498120	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.159;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=295;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CCCAGCCCAAGGCCTGGCACA;SOR=1.132;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=20;WE=10992468;WS=10992450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr16	10992715	rs6498121	T	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	10995850	rs6498124	G	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.353;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=0.828;SC=TCCCAGGAAGGCCCCTCCAAG;SOR=0.284;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=12;WE=10995858;WS=10995840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr16	10995933	rs8046121	A	G	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=38;PP=1905;SC=TCTCCTAGTGAGACCAGTGAG;SOR=1.187;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=100;WE=10995941;WS=10995923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	10996332	rs6498125	C	G	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=0;PP=185;SC=CATGGAGCCCCTTCTCTGTGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=10996340;WS=10996330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	10996429	rs11640448	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=-2.341;SC=CTTTAGGGGGGTCAGACATTA;SOR=0.632;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=10;WE=10996437;WS=10996419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr16	10997924	.	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=-1.897;SC=GGTTGTGGGGGAATGGACAGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=13;WE=10997932;WS=10997914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	11001012	.	C	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=667;ReadPosRankSum=-1.831;SC=CCGCCTGGTCCAGAGCCTGAG;SOR=0.918;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=46;WE=11001020;WS=11001002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,67:0.47:143
chr16	11002133	rs4781018	C	G	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	11002904	rs2228238	G	A	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=41;PP=1848;SC=TGAGCGACACGGTGGCGCTGT;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=104;WE=11002912;WS=11002894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	11002927	rs7197779	A	G	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=53;PP=1994;SC=GAGTCCCTGCAGCAGCATGGG;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=123;WE=11002935;WS=11002917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	11004150	rs4781019	C	T	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	11009587	rs7500869	C	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=0.128;SC=GCCTCGAATTCCTGGCCTCAA;SOR=1.032;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=25;WE=11009595;WS=11009577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr16	11010150	rs6498130	G	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=201;ReadPosRankSum=-1.838;SC=GGCTGAGGAGGCCCTCACTGG;SOR=1.449;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=14;WE=11010158;WS=11010140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr16	11012169	rs12931898	A	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=646;ReadPosRankSum=0.290;SC=GTATCCTCCTATTTACCGAGA;SOR=0.831;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=42;WE=11012177;WS=11012159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr16	11015906	rs6498134	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=787;SC=ATAAATATTGATTCCTTCCCC;SOR=2.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=11015914;WS=11015896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	11016320	rs143260110	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=230;ReadPosRankSum=-2.431;SC=GCCAGCCTTCGGAGGTGTCCT;SOR=0.727;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=20;WE=11016328;WS=11016310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr16	11017058	rs4781024	G	A	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=2.335;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,89:0.42:211
chr16	11035655	.	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.525;NF=11;NR=16;PP=314;ReadPosRankSum=1.683;SC=AGCACGCCGAGGTCCACGAGC;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=27;WE=11035663;WS=11035645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr16	11062936	rs17229044	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	11114006	rs2286975	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.205;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr16	11136048	rs2302557	C	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=359;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GGATAGGCAGCAGTCTTGGGT;SOR=0.840;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=21;WE=11136056;WS=11136038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr16	11137740	rs35371708	GA	G	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.300;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.581;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr16	11154770	rs2286973	G	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,69:0.68:102
chr16	11214668	.	AAC	A	213	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=8;PP=213;QD=27.0;SC=GTTGGCTACAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=11214679;WS=11214658;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr16	11250413	rs7189563	C	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=435;ReadPosRankSum=0.373;SC=ACCCGCCTTCCTCCTGCTGCC;SOR=0.452;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=33;WE=11250421;WS=11250403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr16	11349403	rs27829	A	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=375;SC=AGAGACAAAGAGGTGAGCTGG;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=11349411;WS=11349393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	11350059	rs27831	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	11367143	rs438289	G	A	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=9;PP=940;SC=GTTGCGGGTCGGGAGGGTGTC;SOR=1.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=37;WE=11367162;WS=11367133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	11367154	rs429744	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=206;ReadPosRankSum=1.079;SC=GGAGGGTGTCCGCTTGGGCTC;SOR=0.553;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=14;WE=11367162;WS=11367133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr16	11367477	rs2301127	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GTCTCTCTGGGCAAGGAGGTG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=12;WE=11367485;WS=11367467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr16	11369855	rs2070923	G	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.07;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr16	11400271	.	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=159;ReadPosRankSum=0.406;SC=GCCCATTAATGGGTGAATGGA;SOR=1.030;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=14;WE=11400279;WS=11400261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr16	11439639	rs918737	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=192;ReadPosRankSum=0.997;SC=GCCCGGGCCTTACCGGGCGCC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=12;WE=11439647;WS=11439629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr16	11439733	rs918739	G	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=-0.381;SC=GGCGGGTCTGGCCCTCCTCCG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=10;WE=11439741;WS=11439723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr16	11444403	rs2032929	T	C	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=139;SC=GCCGAGATTGTGCCACTGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=11444411;WS=11444393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	11444430	rs2032930	T	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=4;PP=300;SC=CTGGGCGACATAGCAAGACTC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=11444438;WS=11444420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	11444454	rs57767216	GA	G	1316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=6;PP=196;SC=CTCAAAAGAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=15;WE=11444462;WS=11444444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	11444469	rs2032931	C	T	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=38.27;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	11444716	rs2032932	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr16	11540596	rs4359463	A	C	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=479;ReadPosRankSum=-0.797;SC=TGCCCCAGACACACTCACGTA;SOR=0.874;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=30;WE=11540604;WS=11540586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr16	11540712	rs4500747	T	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=24;PP=599;SC=GCCTATCAGCTGTGAAGGTCT;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=11540720;WS=11540702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	11540760	rs4502229	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GCAGGTGCAACGGGTGCCTGG;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=12;WE=11540768;WS=11540750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr16	11541685	rs4296278	A	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=11;PP=981;SC=AGGTCAGCAGAGATTCTCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=49;WE=11541693;WS=11541675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	11541896	rs4238608	G	A	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=51;PP=1528;SC=GCACCAATCCGCACAGCCGTG;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=85;WE=11541904;WS=11541886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	11542894	rs4467099	C	T	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.167;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=723;ReadPosRankSum=0.251;SC=TGCACTGCTGCGTTCCAGGCT;SOR=0.922;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=59;WE=11542902;WS=11542884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,93:0.49:189
chr16	11544741	rs6498192	G	A	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=27;PP=800;SC=GCAGGCAGCTGGAGGTCCCGA;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=11544749;WS=11544731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	11544759	rs6498193	A	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-1.736;SC=CGAGAGTCTCATCACAGCCGC;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=14;WE=11544767;WS=11544749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr16	11544824	rs6498194	G	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=10;PP=233;SC=TTTCTAGGACGTTGGTAATGT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=11544832;WS=11544814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	11550619	rs72777209	G	A	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=14;PP=844;SC=CCAACAAAAGGAAAAGGTGTT;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=11550627;WS=11550609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	11553883	rs35839588	C	G	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=42;PP=1304;SC=TGCAGGTGGCCCGAGTCCTCC;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=77;WE=11553891;WS=11553873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	11554301	rs72777212	C	G	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=67;PP=2540;SC=CTAGTGCTCTCTCCGGATGTC;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=76;TCR=67;TR=143;WE=11554309;WS=11554291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr16	11554737	rs8046254	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=458;SC=CAGCGTATCTCAGCTCACGGA;SOR=1.781;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=24;WE=11554745;WS=11554727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	11555016	rs6498202	C	G	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=29;PP=986;SC=GGTCAGCCCCCAGGGACCAGC;SOR=0.935;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=48;WE=11555024;WS=11555006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	11555861	rs4781101	G	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=17;PP=889;SC=CCTTGGATGGGATGTTGATAT;SOR=1.160;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=46;WE=11555869;WS=11555851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	11556121	rs4254342	A	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=24;PP=655;SC=GGAACCGCTCAGCCTCGCCAC;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=11556129;WS=11556111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	11690308	rs113749419	A	AGAGGAGGAG	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.41;ReadPosRankSum=-1.059;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr16	11690340	.	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr16	11769894	rs200151752	G	A	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=685;ReadPosRankSum=-0.567;SC=GCTGCCAGCCGAGGAAGCCCC;SOR=0.437;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=55;WE=11769902;WS=11769884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,98:0.59:165
chr16	11769948	rs1050068	C	T	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.308;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=753;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CCACCACGGGCGTGGTCACAG;SOR=0.553;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=58;WE=11769956;WS=11769938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,91:0.52:176
chr16	11769963	rs1050069	C	T	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=772;ReadPosRankSum=0.207;SC=TCACAGTCATCGTCATCCTCA;SOR=0.695;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=59;WE=11769971;WS=11769953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,85:0.46:185
chr16	11773662	rs3190321	C	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=370;ReadPosRankSum=0.405;SC=GTGATGGGGACGTCTTCGGGG;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=20;WE=11773670;WS=11773652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr16	11773743	rs7188511	G	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CCAACACAATGAGTCCAAAAG;SOR=1.508;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=11773751;WS=11773733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr16	11797365	rs147693005	TACAC	T	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr16	11815332	rs59025803	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr16	11821051	.	AT	A	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5040;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=37;QD=18.0;SC=TAATTAATCAATTTTTTTTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=11821059;WS=11821041;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr16	11828018	rs4780398	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr16	11836398	rs3743587	C	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=1.442;SC=AGAGCAGCTCCGGCCGCTGGC;SOR=1.629;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=9;WE=11836406;WS=11836388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr16	11850003	rs7198247	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,54:0.41:133
chr16	11857566	.	AATATATATATATATATATATATATATATATAT	A	105.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=1747;SC=AGATTTTTCAAATATATATAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=11857605;WS=11857556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	11859341	rs7199993	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=247;ReadPosRankSum=-0.681;SC=TTTGGAGAACACACCTCACAA;SOR=1.032;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=22;WE=11859349;WS=11859331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr16	11863086	rs2287198	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=427;ReadPosRankSum=0.416;SC=TCTTGCTCAAGGTTGACACCC;SOR=0.735;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=31;WE=11863094;WS=11863076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr16	11940390	rs8052900	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=443;SC=TGTTTAAGACTGTTCCACCTA;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=11940398;WS=11940380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	11940764	rs1019814	T	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=203;SC=AAGAAATACTTAGGCAACAAT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=11940772;WS=11940754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	11940829	rs1019813	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=2;PP=21;SC=TTAATGAACACTTGAGGGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=11940837;WS=11940819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	11945231	rs2075158	T	C	6834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=80;PP=2316;SC=ACCGCCACACTGCTTCCAAGC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=154;WE=11945239;WS=11945221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr16	11981487	rs3752426	G	A	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=25;PP=1199;SC=AACTCTTGTGGCCAGGGGCAT;SOR=1.094;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=65;WE=11981495;WS=11981477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	12009150	rs28653099	C	A	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=358;SC=CAGGGCCGCGCGCCCCCGGAC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=12009158;WS=12009140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	12009279	rs424518	A	G	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	12009304	rs11544193	C	A	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=39;PP=1504;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GCTGCCGGGCCCCGCAGGAAG;SOR=0.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=93;WE=12009312;WS=12009294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,148:0.99:149
chr16	12009530	.	CCCGCCGCCG	C	851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=1450;ReadPosRankSum=0.974;SC=CGCTGCTGCTCCCGCCGCCGC;SOR=0.648;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=23;WE=12009549;WS=12009520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr16	12009614	rs435108	G	A	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=18;PP=1296;SC=ACAGAGAGCGGGAAATGGAGG;SOR=1.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=53;WE=12009622;WS=12009604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	12009781	rs434762	G	A	8564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=90;PP=2965;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCTCAAC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=178;WE=12009789;WS=12009771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr16	12021332	rs256390	G	A	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=45;PP=1531;SC=TCTTGGGTTCGGGTGGTGATT;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=88;WE=12021340;WS=12021322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	12031390	rs677507	C	T	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=37;PP=1728;SC=AAAGTTAGTACACTCACCCAA;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=12031398;WS=12031380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr16	12031448	rs636664	T	C	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=55;PP=1800;SC=TTCTCGGAAATGCAATAATGA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=115;WE=12031456;WS=12031438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	12059038	rs11570139	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AGACAGCCCCCGTAAGAACCC;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=12059046;WS=12059028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr16	12060163	rs373496	A	G	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=48;PP=1421;SC=AGGAAGATAAACTCTGAACCA;SOR=1.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=75;WE=12060171;WS=12060153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	12070486	rs446289	T	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=3;PP=109;SC=GCGACTTGGATCTGCGCCGCG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=12070494;WS=12070484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	12136954	rs1703492	A	C	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=25.25;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	12142130	rs56363861	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.923;NF=17;NR=1;PP=334;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GATCAACGTGCCTCCTCTTCT;SOR=0.749;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=18;WE=12142138;WS=12142120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr16	12142172	rs3826097	T	G	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-1.516;QD=17.11;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr16	12142175	rs3826098	C	G	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-1.484;QD=17.33;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr16	12145683	rs373216147	CT	C	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr16	12162969	rs1641843	A	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=2.484;SC=ACGTTCTCCCAGATCCTGGAC;SOR=0.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=25;WE=12162977;WS=12162959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr16	12181510	rs11648468	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CGTCATTATGCGAGATGCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=12181518;WS=12181500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	12181702	rs11648228	G	T	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=827;ReadPosRankSum=1.909;SC=CCTGGTTGACGTGGCTGGGAA;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=55;WE=12181710;WS=12181692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,81:0.55:148
chr16	12183500	rs12596549	C	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=2.042;SC=GCTGGCATTGCGCTGCCAGAA;SOR=0.250;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=11;WE=12183508;WS=12183490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr16	12220483	.	C	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=311;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TTGTTTTCTTCCCTTAGGTGA;SOR=0.550;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=26;WE=12220491;WS=12220473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr16	12223637	rs62038898	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	12229416	rs74790544	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=-1.992;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr16	12296803	rs1701115	G	T	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=41;PP=2085;SC=CTGGTGGCGTGGGAGGTGACA;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=110;WE=12296811;WS=12296793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	12297234	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=21;MQ=57.64;NF=89;NR=61;PP=2962;QD=20;SC=GGAGGTGACAACTCTGAAGTT;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=402;TCF=206;TCR=196;TR=150;WE=12297255;WS=12297224;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:252,150:0.37:402
chr16	12297247	.	A	ATAGTGTGGCCCTGATGTCAGATGGACTGGTGGCATTGGAGGTGACGTCTCTGAAGTTGTGTAGTGAGGCCTTGCTGTCAGGTGGACTGGTGGCATTGGAGGTGACAGCTCTGAAGTTGTGTAGTGTGACCCTGGTGTCAGGTGGACTGGTGGCATTGGAGGTGACAGCTCTGAAGTTGTG	12520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=32.27;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:388,0:0:388
chr16	12297313	.	T	A	2016	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=49;MMLQ=18;MQ=56.71;NF=57;NR=100;PP=2016;QD=13.0622370226;SC=TTGTGTAGTGTGGCCTTGCTG;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=374;TCF=163;TCR=211;TR=157;WE=12297321;WS=12297303;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:217,157:0.42:374
chr16	12297353	.	GT	AG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=27;NF=29;NR=71;PP=2944;QD=20;SC=TGGAGGTGACGTCTCTGAAGT;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=315;TCF=126;TCR=189;TR=100;WE=12297362;WS=12297343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:215,100:0.32:315
chr16	12297562	rs1701113	G	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=494;SC=TTTGCTGTAAGACAACCATCC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=12297570;WS=12297552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	12371915	rs12448443	T	C	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=29;PP=844;SC=GGAGTCTGTGTGTCTTTGTTT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=12371923;WS=12371905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	12449855	rs7190509	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=298;SC=ATTGAGCTTATGGGTGGATTG;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=12449863;WS=12449845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	12449925	rs11075062	C	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=369;ReadPosRankSum=-1.037;SC=AGATGTTTTGCTGACAGGTGT;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=27;WE=12449933;WS=12449915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr16	12450163	rs4781211	C	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=-1.789;SC=CCCTGTGTGTCTGTCAAGCCT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=12450171;WS=12450153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr16	12662328	rs2288422	C	G	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=927;ReadPosRankSum=1.383;SC=CTTTTCATCCCCAGACTTAAC;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=66;WE=12662336;WS=12662318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,101:0.41:249
chr16	12662420	rs2288423	C	T	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1319;ReadPosRankSum=2.177;SC=CTTCCCGCTTCCCCAAACTGT;SOR=0.688;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=196;TCF=95;TCR=101;TR=86;WE=12662428;WS=12662410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,149:0.47:318
chr16	12662586	rs1075844	AC	CA	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=719;ReadPosRankSum=-1.616;SC=AACCACGTCCACCTGGTGATC;SOR=0.784;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=16;WE=12662595;WS=12662576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr16	12758966	rs1713480	T	C	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=61;PP=1992;SC=GAACACGACTTTGACACCTGC;SOR=0.721;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=108;WE=12758974;WS=12758956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	12759027	rs1713479	A	G	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=44;PP=1207;SC=TAGGTAACCTAGGGTCTCCAG;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=12759035;WS=12759017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	13002359	rs9938751	T	C	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=48;PP=1515;SC=CTGCTGTTTATGGAGGCACAG;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=97;WE=13002367;WS=13002349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	13307302	rs7195991	C	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-1.355;SC=CGTCTAAGTTCCAGTGTGTAG;SOR=0.312;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=14;WE=13307310;WS=13307292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr16	13329066	.	C	T	4208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.015;ClippingRankSum=0.000;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,209:0.55:378
chr16	14014278	rs1799798	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.055;SC=AGTGTTGAGGGCCTCCTGAGC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=14014286;WS=14014268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	14026007	rs254942	G	A	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	14031520	rs31869	G	A	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=73;SC=TCAAATATTTGTTATTTGAGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=14031528;WS=14031510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	14334526	rs45520934	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=458;ReadPosRankSum=-3.171;SC=GCATTCCATTCCAGTTTCTGT;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=28;WE=14334534;WS=14334516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr16	14530726	rs113631743	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=-0.514;SC=GGCCTGTGACGGCTGCAGACG;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=22;WE=14530734;WS=14530716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr16	14675943	rs72787692	C	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=261;ReadPosRankSum=0.854;SC=AAGCCCCACACTCGACAGTAA;SOR=1.013;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=18;WE=14675951;WS=14675933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr16	14678349	rs374880534	A	AC	1549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=45;PP=1239;ReadPosRankSum=0.478;SC=AGATTCACTGACCCCCCCAAA;SOR=0.467;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=90;TCF=11;TCR=79;TR=53;WE=14678364;WS=14678338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,96:0.58:166
chr16	14700254	rs4782156	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	14723633	.	GG	AA	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=3;HapScore=3;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=384;ReadPosRankSum=1.840;SC=GAGCCGGAAGGGGAAAAGTCC;SOR=0.399;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=14;WE=14723642;WS=14723623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr16	14738525	rs376559546	CT	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.044;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	14742400	rs11546303	T	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=392;ReadPosRankSum=0.600;SC=AATCAGCAGATGGGAGGGGGA;SOR=0.922;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=24;WE=14742408;WS=14742390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr16	14931268	.	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQRankSum=-9.594;QD=3.89;ReadPosRankSum=2.501;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,32:0.29:109
chr16	14951630	rs199610264	CT	C	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=9.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQRankSum=-0.846;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.128;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr16	14958425	.	C	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.686;NF=32;NR=14;PP=521;ReadPosRankSum=0.483;SC=TCTAACGTTCCATCCACGTTT;SOR=0.874;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=46;WE=14958433;WS=14958415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,81:0.48:168
chr16	14962298	rs200141813	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.048;NF=22;NR=6;PP=489;ReadPosRankSum=1.554;SC=AACTGCTCCAATGATTAATGG;SOR=0.706;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=28;WE=14962306;WS=14962288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr16	14969016	rs79100490	T	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=12.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQRankSum=-5.297;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,46:0.37:123
chr16	15068908	rs28418438	C	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr16	15069202	rs71232880	T	C	138.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.59;MQRankSum=-2.287;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr16	15082865	rs4985167	C	T	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.755;NF=22;NR=14;PP=533;ReadPosRankSum=1.313;SC=TGGTCTCGCTCCCTGTGGCTC;SOR=0.926;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=36;WE=15082873;WS=15082855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr16	15083131	rs4985166	A	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.039;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.646;NF=6;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-1.377;SC=CACCTGGGGGATAATGGGGCC;SOR=1.911;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=16;WE=15083139;WS=15083121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,15:0.16:95
chr16	15083569	.	C	CGCA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.09;MQRankSum=0.810;QD=5.14;ReadPosRankSum=-1.715;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr16	15083868	rs9928601	A	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	15084045	rs71374762	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	15090275	rs11279533	ATATTATATG	A	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.781;NF=1;NR=9;PP=2978;ReadPosRankSum=1.643;SC=CTTATATATGATATTATATGT;SOR=0.317;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=10;WE=15090291;WS=15090265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr16	15091589	rs11421981	C	CT	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQRankSum=-1.641;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.121;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr16	15091601	rs28545123	G	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQRankSum=-2.441;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr16	15098047	rs11549900	C	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-0.219;QD=5.44;ReadPosRankSum=2.498;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr16	15100202	rs71271216	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.379;NF=17;NR=5;PP=262;ReadPosRankSum=-1.168;SC=GTTGACTTATACAATCCTTAA;SOR=0.915;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=22;WE=15100210;WS=15100192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr16	15110077	rs4262938	C	T	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.26;MQRankSum=-2.616;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,76:0.38:198
chr16	15111218	rs4985162	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQRankSum=0.637;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,58:0.38:153
chr16	15116400	rs4985161	T	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-4.082;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.407;SOR=1.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr16	15116521	rs4985160	C	T	3004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.034;NF=43;NR=43;PP=1166;ReadPosRankSum=0.012;SC=TCATGTCCCACGTCCATCTAA;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=86;WE=15116529;WS=15116511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,155:0.57:271
chr16	15116625	rs1058637	G	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.562;NF=18;NR=37;PP=871;ReadPosRankSum=1.090;SC=TAGTATATAAGTTCATCTGTT;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=55;WE=15116633;WS=15116615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,63:0.55:114
chr16	15120411	rs62039476	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.12;MQRankSum=-3.649;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr16	15128416	rs35811052	A	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=0.814;SC=AGCAGGTAGGACGGCATAGCC;SOR=0.340;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=17;WE=15128424;WS=15128406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr16	15129459	rs4985155	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TCCCCTGTTGACTGTTACTTG;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=15;WE=15129467;WS=15129449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr16	15129940	rs3198697	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=316;ReadPosRankSum=0.432;SC=CAGTCAGTCACATTGAAGACT;SOR=0.841;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=23;WE=15129948;WS=15129930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr16	15129970	rs7200543	A	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=426;ReadPosRankSum=1.259;SC=TGGAGCGCCTATCCAGTGGGC;SOR=0.529;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=32;WE=15129978;WS=15129960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr16	15131962	rs1135999	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=829;ReadPosRankSum=1.412;SC=TTATTTCCAGAAAACAGTGTG;SOR=0.532;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=29;WE=15131982;WS=15131952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr16	15131974	rs1136001	G	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=748;ReadPosRankSum=1.718;SC=AACAGTGTGTGAGCTGGAGAT;SOR=0.472;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=28;WE=15131982;WS=15131952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr16	15132108	rs2740	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=0.568;SC=AGCCAACCTTACTGTCCCCTG;SOR=0.714;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=9;WE=15132116;WS=15132098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr16	15132211	rs111536178	A	AAAAGTTG	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr16	15133783	rs34345533	C	CT	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr16	15133889	rs14347	T	G	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=691;ReadPosRankSum=0.655;SC=CTTGAAAGGATGCTCTGTAAA;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=51;WE=15133897;WS=15133879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,79:0.41:191
chr16	15135071	rs7498279	G	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=413;SC=GGAGCTCCTCGATGCAGAAAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=15135079;WS=15135061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	15135269	rs9926473	T	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=253;SC=TCCTTCCTGGTAGACGAGGGG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=15135277;WS=15135264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	15155898	rs2966157	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=20;PP=597;SC=AAAGCCAGTGTAGTGGCACAC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=28;WE=15155906;WS=15155888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	15159022	.	CA	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=0.267;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,37:0.23:159
chr16	15168760	rs4985147	T	C	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=7;PP=110;SC=AAAAATTCAATGTCAAAGTGG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=15168768;WS=15168750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	15173746	rs2941253	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=277;SC=GAGTCACCACGCCTGGCCAAG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=15173754;WS=15173736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	15178688	rs8061051	C	A	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=7.143;NF=9;NR=33;PP=971;ReadPosRankSum=-1.164;SC=TTTGGGAGGCCGAGGTGGGTG;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=15178696;WS=15178678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr16	15187912	rs11075256	G	C	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=12;PP=722;SC=CACGCCATGAGCTTTGTCCCA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=15187920;WS=15187902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	15493046	rs153001	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	15596142	rs12448500	G	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=9;PP=463;SC=TAGCCAGGATGTGAAGCCTGT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=15596150;WS=15596132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	15626831	rs12918517	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=-1.743;SC=CATTCTACCTCTGCCATTTAT;SOR=0.832;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=7;WE=15626839;WS=15626821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	15626960	rs12919246	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr16	15680642	rs2071332	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr16	15695059	rs2071331	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.912;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=1.018;SC=ACATGTGCACACCGTCGCCAG;SOR=0.234;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=15;WE=15695067;WS=15695049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr16	15696480	rs71293163	A	AAGGAAAGAAGGAGGGAGGCAGAG	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr16	15705605	rs7185421	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=168;ReadPosRankSum=-1.153;SC=CAAAGCAAATAGTTTATTTAT;SOR=0.058;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=18;WE=15705613;WS=15705595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr16	15718591	rs2071333	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=-0.689;SC=CCTATTACATGTAACCACCCC;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=14;WE=15718599;WS=15718581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr16	15724113	rs3752422	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=264;ReadPosRankSum=0.011;SC=GCCTGGCAACCCCCTTATTAT;SOR=0.781;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=19;WE=15724121;WS=15724103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr16	15727459	rs5815838	AT	A	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr16	15758514	.	G	GT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr16	15771601	rs6498567	T	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TGTGCTACTGTGTCTAGCCTT;SOR=0.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=13;WE=15771609;WS=15771591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr16	15781054	rs8044738	A	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=-1.431;SC=CCCATTCTGCAGGTAAAGAGC;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=24;WE=15781062;WS=15781044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr16	15811023	rs1050163	C	T	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1070;ReadPosRankSum=0.107;SC=CCTGCTCCTCCAGCTGTGCAA;SOR=0.668;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=190;TCF=104;TCR=86;TR=86;WE=15811031;WS=15811013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,141:0.44:318
chr16	15811062	rs1050162	C	T	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=1259;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CGATGGTGGACTTGAACTTGG;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=96;TCR=93;TR=89;WE=15811070;WS=15811052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,143:0.48:301
chr16	15813211	rs11646134	G	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=237;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GAAAGGCCAAGCCCCACCAAG;SOR=0.836;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=16;WE=15813219;WS=15813201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr16	15813633	rs17284411	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CTGCTGCCCAGTTCAGCTTTG;SOR=0.250;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=8;WE=15813641;WS=15813623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	15813945	rs2075512	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=305;ReadPosRankSum=-1.829;SC=CTGCTGACTTCGGTGGCCTGA;SOR=1.075;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=18;WE=15813953;WS=15813935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr16	15818141	rs2075511	A	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=-0.563;SC=GTTTATCATAAGCGGCCGCCT;SOR=0.758;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=28;WE=15818149;WS=15818131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr16	15818310	rs11130	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GGGACCATGAGTGGCCCCTGT;SOR=0.720;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=15818318;WS=15818300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr16	15835316	.	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=489;ReadPosRankSum=0.369;SC=CTGTGACACCTTACCAGCATC;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=32;WE=15835324;WS=15835306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr16	15838940	rs2384934	G	C	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.155;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,68:0.43:158
chr16	15841453	.	C	T	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.862;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=427;ReadPosRankSum=0.072;SC=CACGACACATCGCCTGGAAGG;SOR=0.423;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=35;WE=15841461;WS=15841443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr16	15843899	rs6498570	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=398;ReadPosRankSum=0.866;SC=TGGGGTCCTCGGGGTAGGTGG;SOR=0.366;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=32;WE=15843907;WS=15843889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,37:0.38:97
chr16	15857605	.	C	T	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=28.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.39;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr16	15865472	rs4781689	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=0.584;SC=TGGCCTCCACGGTTTCCTGGA;SOR=0.384;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=15;WE=15865480;WS=15865462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr16	15869792	.	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=-1.325;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr16	15869801	rs2072619	T	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr16	15872791	.	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=463;ReadPosRankSum=0.025;SC=ATGGTACAGAGGATGGGAGGT;SOR=0.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=27;WE=15872799;WS=15872781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr16	15892465	.	TAA	T	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr16	15917197	rs1050111	G	A	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=633;ReadPosRankSum=1.242;SC=TGTACATGTCGACGATCTTCT;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=47;WE=15917205;WS=15917187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,84:0.52:160
chr16	15917321	rs2272552	T	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=296;ReadPosRankSum=-1.061;SC=GTAGACAGATTGCACAGAAGC;SOR=1.047;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=30;WE=15917329;WS=15917311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,41:0.33:124
chr16	15967236	rs8056910	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=-1.923;SC=ATATTAGATATAAGCAGAATT;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=14;WE=15967244;WS=15967226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr16	15973654	rs8045082	G	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=5;PP=335;SC=TTAAAAAAATGTCTTACATTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=15973662;WS=15973644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	15982258	rs3213476	A	G	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=42;PP=1705;ReadPosRankSum=1.057;SC=CGCACGGGCCAAGACAGCAGC;SOR=0.667;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=236;TCF=158;TCR=78;TR=121;WE=15982266;WS=15982248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,162:0.49:332
chr16	16108282	rs4148337	T	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=337;SC=CCAGCCTGGGTGACAAGAGTG;SOR=1.445;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=18;WE=16108290;WS=16108272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	16110244	rs185005	C	G	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	16110253	rs246215	T	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	16126758	rs924137	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	16126764	rs924138	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.48;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	16141981	.	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr16	16161976	rs35604	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=557;ReadPosRankSum=0.203;SC=ACTCTCACTCGGGGCACAGCA;SOR=0.842;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=45;WE=16161984;WS=16161966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,56:0.37:150
chr16	16162019	rs35605	T	C	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=672;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GCAGGTGGCCTTGTGCACATT;SOR=0.744;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=52;WE=16162027;WS=16162009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,85:0.41:208
chr16	16184232	rs2074087	C	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=220;ReadPosRankSum=-0.792;SC=CATGTGCACTCACGTGGCCGG;SOR=0.414;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=19;WE=16184240;WS=16184222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr16	16192565	rs2239995	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=0.461;SC=CACCCAGCACGTGTGGGATGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=7;WE=16192573;WS=16192555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr16	16200756	rs11075296	C	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=41;PP=1075;SC=TAAGTGATGACAGTGGCTGGA;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=16200764;WS=16200746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	16205141	rs4780592	A	G	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.807;QD=24.22;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr16	16205141	.	ACA	GCG	888	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=19;MQ=60.13;NF=19;NR=13;PP=888;QD=29.4208710894;SC=GCTGGGTGGCACAGTGCTGGT;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=32;WE=16205151;WS=16205131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr16	16205143	rs4780593	A	G	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.822;QD=24.18;ReadPosRankSum=1.532;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr16	16205161	rs4238623	G	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.943;QD=20.27;ReadPosRankSum=2.487;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr16	16205167	rs111263400	G	GTGGGGC	1807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=1487;ReadPosRankSum=2.605;SC=CCCCGACCTTGTGGGGCTGGG;SOR=0.593;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=17;WE=16205175;WS=16205151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr16	16205449	rs3851716	G	A	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=285;SC=GGTTGGTGCCGCTGTCTCCCA;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=16205457;WS=16205439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	16219596	rs113369901	G	GAAAAAAAA	2756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	16230290	rs212087	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=328;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CCATGTCAGCGTGACACAGGT;SOR=1.818;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=20;WE=16230298;WS=16230280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr16	16244129	rs212097	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GAGAGGCTCTTTGGACACCAG;SOR=0.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=12;WE=16244137;WS=16244119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr16	16251435	rs3896244	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=464;SC=CTGTGGAGGTGGCTGGTGCCC;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=16251443;WS=16251425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	16253283	rs56822940	GC	G	1793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.60;ReadPosRankSum=1.679;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr16	16253576	.	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=315;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GGGACAGTCTGAGGACCTGGG;SOR=2.876;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=17;WE=16253584;WS=16253566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr16	16255195	rs3851721	T	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=365;SC=ACACACCATGTTGGTTTGGAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=16255203;WS=16255189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	16267079	rs11866320	A	G	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=337;SC=TTTGGTGGGAAGACTTGGGCC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=16;WE=16267087;WS=16267069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	16271357	rs6416668	T	C	5952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=62;PP=2175;SC=AGAAGACACATGAGGGCCCCC;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=132;WE=16271365;WS=16271347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr16	16271409	rs9924755	G	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=1183;ReadPosRankSum=0.111;SC=TCTCTGCGATGGCCCCATTTG;SOR=0.779;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=134;TCF=57;TCR=77;TR=69;WE=16271417;WS=16271399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,124:0.53:236
chr16	16272508	rs2283508	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=2.083;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	16272670	rs7500834	T	C	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=24;PP=916;SC=CCTGGAGTAGTCCACCAGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=16272678;WS=16272660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	16278695	rs2239323	A	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CAGCCCAGCCAAACCCACCCT;SOR=0.350;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=21;WE=16278703;WS=16278685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr16	16278863	rs8058694	G	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr16	16278869	rs8058696	G	C	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr16	16278975	rs368726658	GC	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=0.640;SC=ACCATCCCCCGCCCCCCCCAG;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=6;WE=16278983;WS=16278965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr16	16280889	rs7192265	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.60;ReadPosRankSum=-1.790;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr16	16280895	rs7192961	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.66;ReadPosRankSum=-1.684;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	16280921	rs8056103	T	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=525;SC=CATTATGGGCTGGGGTGGCCC;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=16280929;WS=16280911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	16281007	rs12931472	A	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=599;ReadPosRankSum=0.837;SC=TGAGTCTACGACACCAGGGTC;SOR=0.825;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=40;WE=16281015;WS=16280997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr16	16281154	rs4369696	C	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=334;ReadPosRankSum=0.923;SC=TGTGTGGCAACAGCTTCCTGT;SOR=0.818;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=21;WE=16281162;WS=16281144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr16	16284272	rs7193932	C	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=445;SC=CAGTTGAGAACTCTTCCCTGC;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=16284280;WS=16284262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	16286614	rs6498618	G	C	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	16291816	rs58394656	G	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr16	16291858	rs12929920	G	C	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.388;HP=3;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=2392;ReadPosRankSum=0.472;SC=TTCAAATCCCGTCTTCCTCCT;SOR=0.484;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=136;TCF=84;TCR=52;TR=71;WE=16291879;WS=16291848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,81:0.55:146
chr16	16291871	rs9940089	G	C	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=2392;ReadPosRankSum=1.681;SC=TTCCTCCTCTGGCATACCTGC;SOR=0.514;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=75;WE=16291879;WS=16291848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,89:0.52:171
chr16	16291971	rs9940825	C	T	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=2140;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GCTGCACGTCCACGGACACCA;SOR=0.895;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=73;WE=16291991;WS=16291961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,122:0.45:269
chr16	16291983	rs9930886	A	G	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.856;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=2140;ReadPosRankSum=-0.920;SC=CGGACACCAGATTGACCACAT;SOR=0.934;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=71;WE=16291991;WS=16291961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,114:0.45:255
chr16	16297168	.	C	T	26	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=16;MQ=48.43;NF=4;NR=0;PP=26;QD=15.1928031368;SC=GAGCACCAGACGTATAGGCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=4;WE=16297176;WS=16297159;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr16	16302586	rs72657698	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.622;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.127;NF=8;NR=9;PP=235;ReadPosRankSum=0.117;SC=CCCACTTACCTCCGGGCTGCA;SOR=1.530;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=17;WE=16302594;WS=16302576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr16	16306145	.	G	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.08;MQRankSum=-0.995;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr16	16306169	.	AT	A	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.10;MQRankSum=0.128;QD=2.98;ReadPosRankSum=-2.308;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr16	16306192	rs116914614	G	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.006;NF=13;NR=17;PP=435;ReadPosRankSum=1.107;SC=TCGAGACAGGGTTTCGCTCTG;SOR=0.850;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=30;WE=16306200;WS=16306182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr16	16315407	rs201662659	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.499;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.319;NF=12;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TTCTACACCCCGATAGGAGGA;SOR=1.855;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=13;WE=16315415;WS=16315397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr16	16357011	rs111992615	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=23.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.90;MQRankSum=-6.447;QD=0.53;ReadPosRankSum=1.319;SOR=3.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,18:0.13:143
chr16	17190040	rs3889206	G	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=482;ReadPosRankSum=-0.653;SC=TTGAAAATCCGTCAGAATAAT;SOR=1.041;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=27;WE=17190048;WS=17190030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr16	17221423	rs4782034	C	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=105;SC=TCCAAGTCCTCTTCTCCTCCA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=17221431;WS=17221413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	17221755	rs3812961	T	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-1.633;SC=GGGCCCAAGGTGTGTAGGATC;SOR=0.048;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=17221763;WS=17221745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	17228368	rs12708815	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=441;ReadPosRankSum=-0.815;SC=GGGACGTCTCGGCCCGTCGAA;SOR=0.520;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=30;WE=17228376;WS=17228358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr16	17292074	rs28709752	G	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=306;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CTTACCTGATGGGGTAGTCGG;SOR=0.829;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=25;WE=17292082;WS=17292064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr16	17294295	rs11075341	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=7;PP=545;SC=GACGGACAGACCCCGAAGAAA;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=17294303;WS=17294285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	17432570	rs74013021	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=302;ReadPosRankSum=2.297;SC=GCTTCCAAAGTAGCTGGGACT;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=17;WE=17432578;WS=17432560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr16	17564658	rs117041807	G	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.618;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	18542951	rs200477993	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQRankSum=-5.028;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,36:0.19:188
chr16	18549711	.	C	CAA	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.18;MQRankSum=-2.310;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr16	18584353	rs377231709	GG	AA	4000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.709;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQRankSum=-11.258;QD=19.81;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,106:0.52:202
chr16	18603809	rs200315843	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.91;MQRankSum=-0.387;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr16	18806108	.	G	A	306.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5699;FS=3.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=0.096;SC=CAAAGTTCGGGAAATAATTTA;SOR=2.147;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=13;WE=18806116;WS=18806098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr16	18823192	rs2291662	A	G	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=901;ReadPosRankSum=0.177;SC=TTGCACCGCTATGAAGCAACA;SOR=0.767;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=64;WE=18823200;WS=18823182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,110:0.53:208
chr16	18823379	rs2606556	T	C	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=37;PP=1214;SC=CAAGATTTTTTTGGATCAGCT;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=18823387;WS=18823369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	18839333	.	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=261;ReadPosRankSum=-2.142;SC=GCCCTGGAAGGAAGATCTGGC;SOR=0.668;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=21;WE=18839341;WS=18839323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr16	18839362	rs12445870	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=344;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CCTGAACTGTTGCAATAGAAG;SOR=0.829;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=27;WE=18839370;WS=18839352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,39:0.35:111
chr16	18839496	rs12448649	G	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=298;ReadPosRankSum=0.504;SC=TGCCACTGTTGAGAGAAAAAG;SOR=0.562;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=22;WE=18839504;WS=18839486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr16	18849858	rs35168818	C	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=769;ReadPosRankSum=-0.804;SC=AATGTAAAGTCTACTTTTATA;SOR=0.528;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=43;WE=18849866;WS=18849848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,61:0.58:105
chr16	18858727	rs2650615	A	C	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=668;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TATACTTTGAAACAAAGTGGC;SOR=0.579;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=49;WE=18858735;WS=18858717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,82:0.60:136
chr16	18860472	rs12931729	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CTTAAAAACTTTGACCTCACT;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=18860480;WS=18860462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	18861335	rs2650613	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=271;ReadPosRankSum=-0.136;SC=GCTCACCAGCATGCTTCACGA;SOR=0.737;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=25;WE=18861343;WS=18861325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr16	18865324	rs59703706	ATAGGAGG	AAGGAGG,A	478.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.397;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=426;ReadPosRankSum=-0.094;SC=ATGCTCAAGCATAGGAGGCTC;SOR=0.061;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=18865340;WS=18865314;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.57:23
chr16	18865326	rs58740437	AGGAGGC	A	478.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=6.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.81;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr16	18865332	.	C	A	426	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=426;QD=76.7952020912;SC=GCATAGGAGGCTCCTACTGTC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=18865340;WS=18865314;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,6:0.43:14
chr16	18865935	rs17731755	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr16	18871087	.	GT	G	726.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.108;NF=1;NR=16;PP=519;ReadPosRankSum=0.076;SC=TTTGATTTATGTTTGGCATTA;SOR=0.425;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=17;WE=18871095;WS=18871077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr16	19041491	rs4381586	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=338;SC=ACTACTCTTCTGGTTCCCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=19041499;WS=19041481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	19046960	rs12933286	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	19056069	rs55792501	A	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	19068071	.	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr16	19079037	rs17357834	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.052;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr16	19079095	rs4531717	T	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=499;SC=CCTGCGCCGGTCTAGCGAGCT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=19079103;WS=19079085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	19080227	rs75015998	C	CTG	1287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=569;SC=AAAAAACAAACAAATTAAAAA;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=19080235;WS=19080203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	19083221	rs4782202	A	G	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=32;PP=1292;SC=TTACCTGATCATAACGAAGAA;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=79;WE=19083229;WS=19083211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	19089562	rs8051232	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=0.626;SC=GTACAGTTATCGTTGTACTTT;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=17;WE=19089570;WS=19089552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr16	19126470	rs116496443	C	T	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=499;ReadPosRankSum=0.182;SC=TTCGGGACTGCAAACCCTTTG;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=37;WE=19126478;WS=19126460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,61:0.42:146
chr16	19183957	rs113855661	C	CT	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.718;QD=1.38;ReadPosRankSum=-3.016;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,24:0.24:100
chr16	19184923	rs201520097	T	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=353;ReadPosRankSum=1.886;SC=GCTCTGAACTTCTCTGAAATC;SOR=0.900;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=22;WE=19184931;WS=19184913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr16	19195010	rs11641594	C	T	5977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=79;PP=2432;ReadPosRankSum=0.075;SC=TGTACTCCCTCGACTCCAACA;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=354;TCF=188;TCR=166;TR=168;WE=19195018;WS=19195000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,299:0.49:612
chr16	19222713	rs229018	T	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.668;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=407;ReadPosRankSum=1.248;SC=TGGATTTGTTTCTGGTGCTGT;SOR=0.462;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=26;WE=19222721;WS=19222703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr16	19222946	rs10716359	AT	A	97.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.207;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr16	19236181	rs2072076	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=246;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TTCCAAAACCCGATGAACTCC;SOR=0.260;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=20;WE=19236189;WS=19236171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr16	19278429	rs11379176	T	TAAA	281.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.30;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	19309818	.	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=139;ReadPosRankSum=-1.761;SC=GAGCTGAGAGTTGGAGGCTGC;SOR=0.105;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=11;WE=19309826;WS=19309808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr16	19310092	rs1548450	T	C	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=327;ReadPosRankSum=-0.956;SC=AGACCTGGGCTGAGGCCGACC;SOR=0.672;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=35;WE=19310100;WS=19310082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,72:0.41:176
chr16	19315621	rs16971804	C	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-1.262;SC=GTCACAGTTACAGCATGACCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=19315629;WS=19315611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	19333111	rs8049175	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	19333153	rs8047832	A	C	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	19333224	rs8048432	G	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.945;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=-0.141;SC=TGCCCAACTAGAACTAAAAGG;SOR=1.441;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=26;WE=19333232;WS=19333214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
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chr16	19455318	rs144130376	AATGGATGG	A,AATGG	88.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=538;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TACATGATTGAATGGATGGAT;SOR=0.188;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=2;WE=19455329;WS=19455308;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.22:18
chr16	19460842	rs6497373	A	G	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=578;ReadPosRankSum=-0.124;SC=AATCGGCAATATCTCCTTCCT;SOR=0.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=43;WE=19460850;WS=19460832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,80:0.51:157
chr16	19471665	rs6497375	T	C	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=778;ReadPosRankSum=-1.147;SC=AGGTATGGACTAAAGGCTTTT;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=50;WE=19471673;WS=19471655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,93:0.52:179
chr16	19474767	.	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=1.063;SC=GACTCAGGGGGAAGATGAACC;SOR=0.984;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=19;WE=19474775;WS=19474757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr16	19481234	rs4444328	T	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.970;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr16	19485435	rs78883216	C	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TTCTCTCCCCCATCCCCTGCA;SOR=0.343;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=7;WE=19485443;WS=19485425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	19498571	.	G	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=447;ReadPosRankSum=-0.009;SC=CCTCACAGATGATGACTTTCT;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=32;WE=19498579;WS=19498561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr16	19503598	rs1475962	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.581;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=385;ReadPosRankSum=-1.438;SC=CCTTTTTAAACGCTGTATAAA;SOR=0.625;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=32;WE=19503606;WS=19503588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr16	19503770	rs1967950	T	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.93;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr16	19503773	rs1967951	T	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.05;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	19505730	rs2245423	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=2.208;SC=GGACACGAGCTTGCCTCCATG;SOR=2.461;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=9;WE=19505738;WS=19505720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	19505751	rs2856608	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=1.325;SC=TAAAAAGCGCGTCAGAGAACT;SOR=1.802;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=19505759;WS=19505741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	19508573	rs2187659	A	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.13;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr16	19508583	rs2187660	C	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.94;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr16	19509333	rs2245086	C	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=567;ReadPosRankSum=0.371;SC=GGGGAGGAGACGAAAATGGAA;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=46;WE=19509341;WS=19509323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,74:0.51:146
chr16	19522394	rs12923369	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=1.134;SC=TTTTTCGACCATAGCAAAGTC;SOR=2.093;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=19522402;WS=19522384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr16	19543981	rs12927277	G	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=0.788;SC=TTACTGTTACGTTTGAGAAGC;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=19543989;WS=19543971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	19547747	rs226891	C	G	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=46;PP=1936;SC=GAGGTAGTATCAACAGAATTG;SOR=0.799;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=99;WE=19547755;WS=19547737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	19548116	rs7190666	G	A	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=836;ReadPosRankSum=-1.076;SC=GTCCTAAAATGCACCGAAGAC;SOR=0.657;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=147;TCF=70;TCR=77;TR=67;WE=19548124;WS=19548106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,108:0.46:233
chr16	19548152	rs179050	T	C	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=1142;ReadPosRankSum=0.064;SC=CAGCGTGTCATATACTTATAA;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=80;WE=19548160;WS=19548142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,111:0.54:207
chr16	19548290	rs7191012	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=755;ReadPosRankSum=-1.443;SC=CTGATTTAGCGGGAGTTTGTT;SOR=0.301;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=47;WE=19548298;WS=19548280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr16	19556258	rs3841493	CAT	C	1179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.845;NF=1;NR=11;PP=501;ReadPosRankSum=1.105;SC=AAGACATGGACATATTATATT;SOR=0.576;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=12;WE=19556267;WS=19556248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr16	19557844	rs112602419	G	GA	114.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9961;FS=2.817;HP=11;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=0.259;SC=GTTTTTTATAGAAAAAAAAAA;SOR=1.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=19557852;WS=19557834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr16	19576013	rs226880	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=214;ReadPosRankSum=1.341;SC=GAGCCACTGCGCCTGGCCAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=13;WE=19576021;WS=19576003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr16	19576382	rs35102175	AT	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.006;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
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chr16	19584332	rs371889	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=379;SC=CCTTGAGACAAATCTCTTTTA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=19584340;WS=19584322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr16	19589860	rs138973547	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=46;SC=CTGCTGATGGCGAAATTGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=19589868;WS=19589850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr16	19593163	rs7184710	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr16	19612829	rs16972232	A	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=0.992;SC=AACAAAAAAAATGTGGCTTAA;SOR=0.307;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=3;WE=19612837;WS=19612819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr16	19612877	rs3216771	T	TA	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.825;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CATCACAAGTTAAAGCCTGTC;SOR=0.074;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=4;WE=19612885;WS=19612867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	19619355	rs6497388	G	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=192;ReadPosRankSum=1.612;SC=GTTATCATCAGTTACTTCCTA;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=14;WE=19619363;WS=19619345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr16	19619602	rs11291600	CT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.398;QD=5.41;ReadPosRankSum=-2.209;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	19640099	rs138081043	TTTTA	T	1281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.199;QD=22.49;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr16	19653534	rs11647156	A	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=80;ReadPosRankSum=-0.138;SC=TCTGTCTCAAAAGTTTAAAAA;SOR=0.425;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=9;WE=19653542;WS=19653525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	19653700	rs11643482	T	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr16	19663269	rs875648	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=552;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GTTGCACTGCTAGCGTTAATG;SOR=0.607;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=33;WE=19663277;WS=19663259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,40:0.32:124
chr16	19680414	rs957675	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	19680546	rs957676	T	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=329;ReadPosRankSum=1.269;SC=TTAATATTGATGGGAAGATGC;SOR=0.739;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=29;WE=19680554;WS=19680536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,58:0.57:101
chr16	19693729	rs3815036	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.955;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=0.861;SC=GAGCCTCCCCCACCAAACCAT;SOR=0.324;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=19;WE=19693737;WS=19693719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	19710702	rs9935063	A	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=4;PP=528;SC=CAGCAAATACATGGCAGAGCT;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=19710710;WS=19710693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	19716505	rs739565	A	G	5486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=65;PP=2186;SC=CCAACACTGGAGATGATGGAG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=130;WE=19716513;WS=19716495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr16	19721731	rs720175	A	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=16;PP=506;SC=GGGCCTGGACATACTTGGTTC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=19721739;WS=19721721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	19721755	rs720174	C	T	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=17;PP=611;SC=TGCTCCACTCCTCATGCTGGA;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=36;WE=19721763;WS=19721745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	19721806	rs720173	C	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=16;PP=483;SC=GCCACCTCCTCGCAGAGCCCT;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=19721814;WS=19721796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	19729578	.	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=116;ReadPosRankSum=1.636;SC=GTTCCGGCTTCTTCCGGGTCG;SOR=0.180;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=19729586;WS=19729576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	19799962	rs4782283	T	A	227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=101;SC=CTGTTTTTTTTAAAAAAATCC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=19799970;WS=19799961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	19800133	rs6497404	G	A	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=21;PP=892;SC=ATTCTCATGGGCATATAACCA;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=19800141;WS=19800123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	19800213	rs7191155	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	19868687	rs2729	G	C	173.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=4;PP=114;SC=TCTGCCCATGGTTTACAGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=19868695;WS=19868677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	19883082	rs172907	A	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=14;PP=779;SC=GAAGAAGAGTATCTTTTGAGA;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=19883090;WS=19883072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	19884285	rs2240047	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=11;PP=260;SC=CAAGCGCACACGGCACCTTTG;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=19884293;WS=19884275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	20113695	.	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=322;ReadPosRankSum=1.710;SC=GGGCTCTTCTCTCCTTCCTCA;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=17;WE=20113703;WS=20113685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr16	20322425	rs11647569	T	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=4;PP=232;SC=CTAACCTAGCTTGGCCTTGAT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=20322447;WS=20322415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	20322439	rs11642182	A	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=227;SC=CCTTGATTCTATTAATACCAA;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=13;WE=20322447;WS=20322415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	20327181	rs60257337	C	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=-0.448;SC=TGAGGTGGTACAAGAGCCCTG;SOR=0.204;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=20327189;WS=20327177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr16	20331746	.	C	T	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=999;ReadPosRankSum=1.673;SC=CCACCTTCACCTTGATCTCCC;SOR=0.990;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=153;TCF=70;TCR=83;TR=72;WE=20331754;WS=20331736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,101:0.44:229
chr16	20334679	rs4411505	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GTGCCCCTAACTGGGGTAATT;SOR=0.795;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=11;WE=20334687;WS=20334669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr16	20334807	rs368914613	AC	A	447.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=311;ReadPosRankSum=0.106;SC=TTTTTGCTGTACCCCCCCCCC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=22;WE=20334826;WS=20334797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr16	20334932	rs4393582	G	A	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=442;SC=TTTATAAACTGGGAAATTTCA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=20334940;WS=20334922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	20335679	rs72776650	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=1.179;SC=AAGGACTCCAATGAGGACAAT;SOR=0.892;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=20335687;WS=20335669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	20339131	rs4643330	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=0.643;SC=TCTTCATAATTAATCAATGAA;SOR=0.877;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=15;WE=20339139;WS=20339121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr16	20359633	rs28544423	C	T	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,126:0.47:268
chr16	20359831	rs13335818	C	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=573;ReadPosRankSum=0.244;SC=CACAGGCCTTCACCTGGACGG;SOR=0.533;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=42;WE=20359839;WS=20359821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,69:0.52:133
chr16	20360101	rs7193058	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=514;ReadPosRankSum=1.040;SC=GGTGCGCCTGGCACGGATCCG;SOR=0.843;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=39;WE=20360109;WS=20360091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr16	20360993	rs71149135	G	GCCACATTC	1128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=1113;ReadPosRankSum=1.932;SC=TTTTAAAATAGCCACATTCAG;SOR=0.722;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=16;WE=20361001;WS=20360983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr16	20361087	rs111285796	T	TTCTGCCAGA	1686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.547;SC=ATTTTATGTTTTCTGCTTCCC;SOR=0.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=30;WE=20361095;WS=20361077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,47:0.38:123
chr16	20361213	rs34234553	T	TA	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=107;ReadPosRankSum=-0.457;SC=AAATAACCATTAAAAAAAAAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=11;WE=20361221;WS=20361203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr16	20361950	rs36060036	C	T	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.154;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,81:0.43:189
chr16	20376734	rs8052918	A	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr16	20376755	rs8054266	T	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=461;ReadPosRankSum=-0.553;SC=ACATCACAAATACGTCCTTTT;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=35;WE=20376763;WS=20376745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr16	20386115	rs4522429	T	C	4438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=39;PP=1956;SC=ACCAGAGACCTCTCACTAGCA;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=94;WE=20386123;WS=20386105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	20422874	rs144606521	A	G	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-4.820;QD=13.49;ReadPosRankSum=-2.222;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,38:0.38:101
chr16	20422879	rs148462851	A	C	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-4.900;QD=13.36;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr16	20482694	.	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=-1.963;SC=AACAACTTTTCTTCCCCCTTC;SOR=0.656;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=18;WE=20482702;WS=20482684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr16	20488803	rs1634306	T	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.91;MQRankSum=-1.838;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr16	20498079	rs2072080	T	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=46;PP=1332;SC=TTCCTATGATTATATGAGATT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=59;WE=20498087;WS=20498069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	20551855	rs28750179	A	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=211;SC=GTCAGCCACCATGTCCGGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=20551863;WS=20551845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	20552075	rs16970280	G	T	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=40;PP=1136;SC=GCGAGGCCAGGATCACAAATG;SOR=0.965;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=70;WE=20552083;WS=20552065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	20554296	.	C	T	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.364;NF=45;NR=24;PP=922;ReadPosRankSum=1.562;SC=CAGGGTGCTTCATCAGTGCAT;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=152;TCF=97;TCR=55;TR=69;WE=20554304;WS=20554286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,122:0.46:263
chr16	20554613	rs62035054	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.328;NF=20;NR=42;PP=841;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CAGAGTCATTGTGCCTGCAAA;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=136;TCF=46;TCR=90;TR=62;WE=20554621;WS=20554603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,85:0.53:160
chr16	20557665	.	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.676;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.919;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.009;NF=32;NR=19;PP=684;ReadPosRankSum=0.246;SC=ATAAATTACTGAAAATCAGTG;SOR=0.388;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=51;WE=20557673;WS=20557655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
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chr16	20570661	rs62035059	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.54;QD=27.93;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr16	20576267	rs12920996	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-2.317;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr16	20599347	rs117305368	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-5.032;NF=10;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GAGTTCCCGCATTAGTGCCTC;SOR=1.109;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=19;WE=20599355;WS=20599337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr16	20599486	rs11643396	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.328;NF=3;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CCTTGAATAAGTGCCTACATT;SOR=0.346;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=12;WE=20599494;WS=20599476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr16	20599530	rs11648828	T	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=7;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.379;NF=0;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=0.637;SC=ACTAGTTTTTTTTGGGCACAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=20599538;WS=20599520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	20602082	rs7498598	T	A	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-2.414;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,81:0.55:146
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chr16	20602287	rs28736286	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.763;NF=2;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CTAAAGTCCCAGCTGCCCAGA;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=20602295;WS=20602277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	20605328	rs11074464	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=11.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr16	20635418	rs3743690	C	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=548;ReadPosRankSum=0.567;SC=CCTCACTCACCTTCCTTGGGT;SOR=1.232;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=30;WE=20635426;WS=20635410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr16	20636814	rs2301672	G	A	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1260;ReadPosRankSum=1.196;SC=CCACCAAAGCGCTTTCAACCT;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=68;TCR=108;TR=89;WE=20636822;WS=20636804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,134:0.50:267
chr16	20638576	rs1692729	A	T	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=591;ReadPosRankSum=1.998;SC=CATCCATCTTACCTCTGTCCC;SOR=0.798;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=40;WE=20638584;WS=20638566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,72:0.51:140
chr16	20647921	rs62033279	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=-0.079;SC=GGAGAATGCACGGTGAGCTTC;SOR=0.273;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=20647929;WS=20647911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr16	20648554	.	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=491;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GCCTCCATATGAAACTGAAGG;SOR=1.115;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=31;WE=20648562;WS=20648544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr16	20648589	.	G	A	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,59:0.40:146
chr16	20672931	.	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=166;ReadPosRankSum=0.976;SC=ATGCAAGGCTCACTGAGTTTC;SOR=0.402;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=12;WE=20672939;WS=20672921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr16	20696612	.	G	A	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.151;SC=AGGTCTGTGTGAAGACGTTGG;SOR=0.774;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=65;WE=20696620;WS=20696602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,103:0.44:236
chr16	20749461	rs9788809	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	20753123	rs234271	T	C	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=41;PP=2251;SC=TCCTCGTCTATCGCCGGCGCG;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=104;WE=20753131;WS=20753113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	20792188	rs5715	T	C	5190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=82;PP=2965;SC=AGGTATACTTTCACAAAAGTG;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=65;TCR=83;TR=146;WE=20792196;WS=20792178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	20796508	rs8058758	T	C	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=38;PP=1068;SC=ACAGTCTCCTTATGATTATTT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=20796516;WS=20796498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	20807767	.	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=0.056;SC=GGAGATTCAGGAGCATGTTAA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=7;WE=20807775;WS=20807757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	20810067	rs3213646	T	C	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=32;PP=1123;SC=CTTTTGCATATAGATAGGTGA;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=49;WE=20810075;WS=20810057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	20810730	rs7198770	A	G	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=754;ReadPosRankSum=1.058;SC=TTTCCTTAGTACTAAAGAAAT;SOR=0.665;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=37;TCR=77;TR=49;WE=20810738;WS=20810720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,68:0.49:140
chr16	20811681	rs2301771	C	T	7129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=79;PP=2830;SC=TTAACAGCTGCTTTCTTTTAC;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=154;WE=20811689;WS=20811671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr16	20824666	rs77858146	CTTT	C	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-0.966;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr16	20824697	rs34169933	A	AG	1292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=43;PP=2097;SC=ACCTCTCCCAAGCTCCATCAT;SOR=2.432;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=45;WE=20824705;WS=20824687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	20855309	rs9929443	A	G	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=18;PP=566;SC=TGGCCATAGAATCCTTGGATG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=20855317;WS=20855299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	20860897	rs6654	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=267;SC=CAGCAGACAGCTTTATGGAAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=20860905;WS=20860887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	20873767	rs7187522	T	G	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;SC=CCTGCACCCCTCCTGCTATGT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;WE=20873775;WS=20873757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	20966359	.	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=509;ReadPosRankSum=-1.394;SC=CTTCTCTGATGGATAGCTGGT;SOR=0.667;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=34;WE=20966367;WS=20966349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr16	20986506	rs3115438	C	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=256;SC=GGTATAACCACGCTCATTCGG;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=20986514;WS=20986496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	20994315	.	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=-2.291;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	20999464	rs4783517	C	A	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=33;PP=949;SC=AGGATGCACACGAGGTGGCTT;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=20999472;WS=20999454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	21008573	.	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.447;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr16	21008690	rs3115446	T	C	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=44;PP=2051;SC=TTGTGTCTTTTTTGTCAAACC;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=100;WE=21008698;WS=21008680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr16	21030897	rs3095922	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=469;SC=GTTTAGAACATGTAATTCCAA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=21030905;WS=21030887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	21035826	rs330135	G	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=257;SC=GTTGCCTCCAGGGACTATGAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=21035834;WS=21035818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	21051209	rs330150	G	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=437;ReadPosRankSum=-0.423;SC=AGTAGAGGGAGATTTCTCCAA;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=33;WE=21051217;WS=21051199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr16	21053598	.	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.297;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	21069645	rs72780846	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TCAGACGCTACAAGGCTTGAC;SOR=0.105;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=21069653;WS=21069635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	21073727	rs4783378	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=1.192;SC=GGTGCTTAGTCCCAGTGCTTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=21073735;WS=21073720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr16	21078693	rs861424	T	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr16	21078727	.	C	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=325;ReadPosRankSum=-1.351;SC=CACCAGAATCCTGTTATCTTT;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=25;WE=21078735;WS=21078717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr16	21092974	rs144164471	G	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=471;ReadPosRankSum=1.347;SC=CGAATTTGCCGAATCCAAATT;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=33;WE=21092982;WS=21092964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr16	21115843	rs377254496	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=408;ReadPosRankSum=1.582;SC=GAGCAAGTTCCGGCTGTTGTC;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=37;WE=21115851;WS=21115833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr16	21136477	rs7191215	A	G	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=21;PP=801;SC=AAAGGTCCAAATGCAGGTCCC;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=21136485;WS=21136467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	21152073	rs7202719	CA	TG	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=859;ReadPosRankSum=0.014;SC=TTTGGTTCTCCAGAGAGGTGC;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=24;WE=21152082;WS=21152063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr16	21152481	rs8061542	G	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=1.242;SC=TTTTTTTTTTGATTAAAGTGA;SOR=0.269;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=21152489;WS=21152471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	21156829	rs6497538	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.172;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr16	21161526	.	A	G	106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=27;MQ=57.91;NF=7;NR=0;PP=106;QD=20.110173221;SC=AGCCTGGGCAACAAAGAGCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=7;WE=21161534;WS=21161516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr16	21161547	.	C	CAAA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=9.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-3.797;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=3.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr16	21161552	rs11074486	T	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-3.875;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr16	21161559	rs11074487	T	A	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-2.630;QD=5.53;ReadPosRankSum=-2.387;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr16	21185384	rs1046480	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr16	21190853	rs1063087	A	C	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=858;ReadPosRankSum=0.949;SC=AGTCTGCAGAATTCGAGGGGC;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=56;WE=21190861;WS=21190843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,65:0.47:139
chr16	21209981	rs62033379	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=78;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GAGACTTAGTCTTTTATTCTT;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=21209989;WS=21209971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr16	21210006	rs7189430	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=0.847;SC=TGTTTAGACTCACCACGGGTA;SOR=0.458;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=21210014;WS=21209996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	21210312	rs16971210	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.502;SC=CCTTTGCAGGCGAGGTTATGC;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=9;WE=21210320;WS=21210302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	21221324	rs13331814	T	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=271;ReadPosRankSum=0.393;SC=GGGAGTTGGATGCCGTTGCTG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=17;WE=21221332;WS=21221314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr16	21221518	.	G	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=472;ReadPosRankSum=-2.037;SC=CAGTGCCTAAGGAGCAAAGGA;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=37;WE=21221526;WS=21221508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
chr16	21222672	rs2075520	C	A	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.150;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr16	21261685	rs17707647	C	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=1.534;SC=AATCCATTCTCAATCGTCCAG;SOR=0.902;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=33;WE=21261693;WS=21261675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr16	21272591	rs14122	G	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=0.551;SC=ACTTGAACACGGTGGTCTTCT;SOR=0.665;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=13;WE=21272599;WS=21272581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr16	21272768	.	TA	T	80.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	21289023	rs2075628	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=0.207;SC=CCCTCTTCCAGCCCCCGCATC;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=21289031;WS=21289013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr16	21358648	.	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.237;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.342;NF=6;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=0.403;SC=TTGGGAAAGGGGGCTGCGGGG;SOR=1.394;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=18;WE=21358656;WS=21358638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr16	21388110	rs2686119	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQRankSum=-7.145;QD=5.26;ReadPosRankSum=2.174;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr16	21396859	rs368310563	CT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQRankSum=-4.993;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.854;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,24:0.27:89
chr16	21397273	rs369341030	CTG	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQRankSum=-1.497;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.366;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr16	21531111	rs7197243	T	C	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.042;NF=7;NR=13;PP=336;ReadPosRankSum=0.646;SC=ACCCAGGGACTACGACCTCCC;SOR=0.620;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=20;WE=21531119;WS=21531101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr16	21531494	rs42138	T	C	6175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=72;PP=2652;SC=ATGCCCGAGCTCATGATGGCG;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=142;WE=21531502;WS=21531484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr16	21531609	rs42139	C	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.209;NF=18;NR=34;PP=730;ReadPosRankSum=1.240;SC=TGGCGGCCATCATCTTCTCCC;SOR=0.604;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=52;WE=21531617;WS=21531599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,69:0.57:120
chr16	21531681	rs42140	C	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.025;NF=3;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=1.116;SC=GGCCCGCACCCGCCATGCTCT;SOR=1.260;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=12;WE=21531689;WS=21531671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr16	21558789	rs201233292	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=1.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-1.516;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,98:0.23:419
chr16	21608472	rs194548	G	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=378;SC=GCTGTCCCCAGTGGGCAATCT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=21608480;WS=21608462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	21652720	rs1055740	A	G	129.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	21658266	rs3091404	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.451;NF=20;NR=8;PP=396;ReadPosRankSum=1.638;SC=TGAGCCACCACGCCCAGCCAG;SOR=1.015;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=28;WE=21658274;WS=21658256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr16	21658473	.	C	T	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=744;ReadPosRankSum=-0.895;SC=CCAGTGTGGTCCCTCCTCCTG;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=47;WE=21658481;WS=21658463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,74:0.50:149
chr16	21689791	rs215894	T	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	21696083	rs201146251	ATTATTT	A	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.67;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr16	21696458	rs149825617	A	AT	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.327;NF=6;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=0.567;SC=TCTGCAGGGAATGAGGGGGCC;SOR=1.781;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=21696466;WS=21696456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	21730435	rs373956488	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=235;ReadPosRankSum=-0.161;SC=CAGTGCTAACGATCATTCTCT;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=17;WE=21730457;WS=21730425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr16	21730449	rs215901	C	T	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=12;PP=554;SC=ATTCTCTTCTCGCAGGCTCTG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=21730457;WS=21730425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	21821976	rs148768203	C	CA	114.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-0.319;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chr16	21972591	.	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=370;ReadPosRankSum=0.784;SC=AGTTTTTAATCACATTCACAA;SOR=0.272;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=25;WE=21972599;WS=21972581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr16	21985486	rs11648723	G	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=0.714;SC=AATGCTTCCAGGAAAGAGGAG;SOR=0.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=19;WE=21985494;WS=21985476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr16	21992122	rs2965803	T	C	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=111;SC=GTATTATTCTTATGTTTGGTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=21992130;WS=21992112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	22012146	rs143239876	AATG	A	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.722;QD=21.92;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr16	22019646	rs201044196	AG	A	638.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=19.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-2.687;QD=13.89;ReadPosRankSum=1.176;SOR=3.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr16	22019729	.	G	GAGCAC	487.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.801;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=11.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-2.813;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr16	22019730	.	T	TCACTGTGGGCCTCGTGCGACAGTGTCAAACAATCCATGGAC	487.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.270;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=11.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-2.813;QD=14.35;ReadPosRankSum=-1.700;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr16	22114608	.	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	22114691	.	T	TA	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr16	22126526	rs115544590	G	T	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	22128052	rs11649656	TT	GC	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=2285;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GACCTGGGATTTCCACTTCTC;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=58;WE=22128061;WS=22128042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr16	22128523	.	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,87:0.43:204
chr16	22137603	rs55732851	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=1.164;SC=AACAAGGACTGTTTCAACCTC;SOR=0.704;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=12;WE=22137611;WS=22137593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr16	22144318	rs1105929	C	T	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=704;ReadPosRankSum=-0.345;SC=ATGGACACCACACCCCCTGCC;SOR=0.873;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=53;WE=22144326;WS=22144308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,91:0.45:201
chr16	22144578	rs1105928	A	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=29;PP=810;SC=GTGATGGTTGAACAACAATGT;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=22144586;WS=22144568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	22149612	.	C	CTGTG	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=296;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GTCCCTCCTGCTGTGTGTGTG;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=22149621;WS=22149602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr16	22155629	rs9937453	A	G	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=35;PP=1821;SC=ATGGGTCCCAACTGCACTCAT;SOR=1.000;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=86;WE=22155637;WS=22155619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	22161136	rs1991020	T	C	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=26;PP=869;SC=TGCAGAGAGCTTTCAGTCATG;SOR=0.910;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=46;WE=22161144;WS=22161126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	22177875	.	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr16	22178256	rs6497575	G	A	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	22180965	.	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.101;SC=ACCTCCCCAGGGCCCTGCATG;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=22180973;WS=22180955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr16	22192784	rs55969568	G	A	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	22198157	rs146454107	T	TCCCTCCCTTCCTACCTCTCCCCAC	300.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=37.59;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	22255898	rs2303188	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=518;ReadPosRankSum=1.604;SC=ACGCTGTCCCCAAAGCCCCTG;SOR=0.949;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=31;WE=22255906;WS=22255888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr16	22261900	rs2303187	G	A	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=19;PP=691;SC=GGCATGTAAGGGGAGCACCTC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=22261908;WS=22261890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	22262514	rs2303186	C	A	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=48;PP=2056;SC=AGTGGAAGGGCGCCTCCAACT;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=22262522;WS=22262504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	22268526	rs11640501	A	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=314;ReadPosRankSum=-1.796;SC=GCCTGCACAGACCTCAGCCTG;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=22;WE=22268534;WS=22268516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr16	22269867	rs4783453	A	G	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=34;PP=1288;SC=GGGAGCCCCCAAGTAAGGACC;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=75;WE=22269875;WS=22269857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	22271671	rs35233038	TA	T	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr16	22277965	rs1559316	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=220;ReadPosRankSum=0.863;SC=GGTGCGGCTTTGGCCCGCCAG;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=15;WE=22277973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
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chr16	22319517	rs2347	T	G	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1032;ReadPosRankSum=0.371;SC=TCCGCACCTCTCAGCCAAGAT;SOR=0.633;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=77;WE=22319525;WS=22319507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,117:0.45:261
chr16	22336518	.	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=334;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GGTTACTCTTCTTTTCAGACT;SOR=0.711;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=28;WE=22336526;WS=22336508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr16	22339756	rs112693034	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=393;ReadPosRankSum=0.194;SC=CTGGGGCAGACAGGGAGGGAT;SOR=0.511;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=30;WE=22339764;WS=22339746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr16	22579730	rs372533285	ATG	A	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-0.471;QD=19.81;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	22826339	rs208951	A	G	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=1112;ReadPosRankSum=2.464;SC=TTATCCGAGTACACCCGGACG;SOR=0.489;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=66;WE=22826347;WS=22826329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,95:0.53:180
chr16	23079353	rs8047644	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.853;QD=12.20;ReadPosRankSum=2.398;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr16	23079501	rs35254998	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=465;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TTGGATTTGCGAGCGGACAGC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=30;WE=23079509;WS=23079491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr16	23098422	rs13339649	A	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=558;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CCTTTCTACTATTGGGTGGCA;SOR=0.905;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=31;WE=23098430;WS=23098412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr16	23099227	rs3812995	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CTTTTTTTCTCGATCTCTTAA;SOR=0.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=14;WE=23099235;WS=23099217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr16	23117706	rs17740615	C	T	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=2.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,103:0.52:199
chr16	23200761	rs5734	T	C	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=393;ReadPosRankSum=1.298;SC=AGTCCCTGTATGGCTTTCCAG;SOR=0.476;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=31;WE=23200769;WS=23200751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr16	23200848	rs5735	T	C	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=721;ReadPosRankSum=0.815;SC=CCCACCGGATTCCGCTGCTGA;SOR=0.720;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=46;WE=23200856;WS=23200838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,75:0.54:139
chr16	23200923	rs5737	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=487;ReadPosRankSum=0.593;SC=GGAAAGTCGGCGGTAGCATCA;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=38;WE=23200931;WS=23200913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,57:0.45:126
chr16	23203690	rs5739	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=1.511;SC=ATGACACCTCCGACTGTGCCA;SOR=0.754;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=22;WE=23203698;WS=23203680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr16	23221183	rs5740	A	G	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=844;ReadPosRankSum=-1.161;SC=ACAGATTGGCAGGGGCACCCA;SOR=0.806;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=66;WE=23221191;WS=23221173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,111:0.51:217
chr16	23221238	rs4281710	A	G	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=753;ReadPosRankSum=0.501;SC=GTTATATCTAAGCTGGGGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=51;WE=23221246;WS=23221228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,68:0.53:129
chr16	23226064	.	A	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=296;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GATATTCTACAAAGACCTGAA;SOR=0.805;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=24;WE=23226072;WS=23226054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
chr16	23315277	.	CC	TT	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=1385;ReadPosRankSum=-1.264;SC=GTACAACCCACCTATGTCATT;SOR=0.699;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=41;WE=23315286;WS=23315267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,59:0.48:122
chr16	23360199	rs238547	T	C	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,100:0.54:186
chr16	23364081	rs63982	A	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=343;ReadPosRankSum=-1.388;SC=TGCTTTACAGATATGCATTCC;SOR=0.592;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=22;WE=23364089;WS=23364071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr16	23391580	.	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=66;ReadPosRankSum=-1.066;SC=GCCCTATGAAGGAATTAGGAA;SOR=0.620;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=5;WE=23391588;WS=23391570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr16	23400194	rs250587	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=187;ReadPosRankSum=0.167;SC=CTGGTGAGTCGCGAAACAGCA;SOR=0.773;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=12;WE=23400202;WS=23400184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr16	23400494	rs250586	C	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=17;PP=430;SC=CTGAATACGACACAGAGAAGC;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=23400502;WS=23400484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	23456578	rs540719	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=283;ReadPosRankSum=1.194;SC=GTGGCTTGCTTCTGTCTTTAG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=23456586;WS=23456568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr16	23486197	rs11074559	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-1.255;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr16	23489711	rs1135045	C	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=1.100;SC=GCTGGCTGTGCTGAGAGGAGG;SOR=0.611;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=9;WE=23489719;WS=23489701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr16	23490353	rs4968008	T	G	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,71:0.45:159
chr16	23505521	rs140054201	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
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chr16	23521643	rs1071685	G	C	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
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chr16	23521780	rs2285521	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CCTCTTCAGCCGCTGTAGCGT;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=23521788;WS=23521770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	23532990	rs1060170	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=2.431;SC=CAAAGCATTAGGACGTATTTG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=23532998;WS=23532980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr16	23533008	rs11074565	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=1.320;SC=TTGTCCTTTTGTGACTGACAT;SOR=1.276;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=9;WE=23533016;WS=23532998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr16	23535680	rs1468138	A	C	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=648;ReadPosRankSum=0.454;SC=CACTGCCCGAAACATCCTCTC;SOR=0.535;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=42;WE=23535688;WS=23535670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr16	23536366	rs6497670	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.266;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	23536684	rs6497671	T	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=352;ReadPosRankSum=-0.930;SC=AAGCTCATACTAGATCTTTCT;SOR=0.830;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=21;WE=23536692;WS=23536674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr16	23540798	rs2072062	C	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=411;ReadPosRankSum=1.231;SC=GTGTGGAACCCTGAGCTCAGC;SOR=0.707;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=31;WE=23540806;WS=23540788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr16	23541223	rs2072061	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=0.769;SC=TGCAGTCTGCGGAAGAAATCA;SOR=1.218;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=19;WE=23541231;WS=23541213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr16	23546561	rs2073951	G	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr16	23555726	rs2369009	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-0.633;SC=AGATGCCTGACCCACAGAAAC;SOR=1.226;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=11;WE=23555734;WS=23555716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr16	23557718	rs7196534	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AGCTCAGAGATCTTGGGCAAG;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=18;WE=23557726;WS=23557708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr16	23557790	rs4968019	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr16	23563501	rs7187920	C	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr16	23573705	rs35228710	CAG	C	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.197;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr16	23581678	rs152457	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=0.198;SC=CCACGTGCAAAGTTTTGTTTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=23581686;WS=23581668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	23596842	rs60078693	A	ATTTT	556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=527;ReadPosRankSum=-0.351;SC=ACTATATTGAATTTATTATAC;SOR=1.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=12;WE=23596850;WS=23596832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr16	23606895	rs240744	G	T	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.74;ReadPosRankSum=1.565;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr16	23607504	rs466719	G	C	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=533;ReadPosRankSum=1.258;SC=CCGCGGAGCAGAGAGCGGTGC;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=38;WE=23607512;WS=23607494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr16	23625463	rs249936	A	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=412;SC=ACAAACCAGTATTCAGAAAAT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=23625471;WS=23625453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	23713763	rs140521756	A	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=198;ReadPosRankSum=-2.164;SC=GGTATCTAACAGCAGTGCTGG;SOR=0.557;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=23;WE=23713771;WS=23713753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,44:0.40:111
chr16	23717833	rs36047689	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TCTTGCAGGAGTGGGGGTTTC;SOR=0.515;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=17;WE=23717841;WS=23717823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr16	23721601	rs4967959	T	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-1.567;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr16	23722042	rs3899652	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=176;ReadPosRankSum=1.275;SC=CCCCATTTTATAGATGAGGAT;SOR=0.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=12;WE=23722050;WS=23722032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr16	23724753	rs3809682	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=424;ReadPosRankSum=-0.724;SC=TGGAGAACTTGCCACGTGCCG;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=31;WE=23724761;WS=23724743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr16	23768380	rs5816221	T	TG	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=2.346;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	23768710	rs109592	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=-0.192;SC=ACTTGGGAAACGTTCAACGGA;SOR=1.049;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=7;WE=23768718;WS=23768700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr16	23768802	rs80950	T	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=384;ReadPosRankSum=0.346;SC=GTTGGGAGCATGGAGAGCTGA;SOR=0.965;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=24;WE=23768810;WS=23768792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr16	23847575	rs75964872	C	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=458;ReadPosRankSum=1.764;SC=AGGCGCCCTCCGGCAGAAGAA;SOR=0.540;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=34;WE=23847583;WS=23847565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,69:0.46:149
chr16	24046989	.	G	T	402.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr16	24104328	rs880824	A	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=35;PP=1006;SC=TGCCACCTGAAATCAGGGAGT;SOR=2.448;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=44;WE=24104336;WS=24104318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	24105669	rs7196765	G	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=568;ReadPosRankSum=-0.797;SC=TCCATCAAACGCGGGGTCAAG;SOR=0.320;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=40;WE=24105677;WS=24105659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr16	24135112	rs1013316	T	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=238;SC=TACAAGATCGTCCTCAAACCC;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=24135120;WS=24135102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	24185815	rs72154122	CT	C	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr16	24357998	rs5816249	T	TG	1250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=686;SC=GGACCCAGGCTGGCCCCCAGA;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=18;WE=24358006;WS=24357988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	24372980	.	C	T	3316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=53;PP=1646;ReadPosRankSum=-1.395;SC=GAGACCTGTCCCCCATCAGCA;SOR=0.871;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=278;TCF=146;TCR=132;TR=120;WE=24372988;WS=24372970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,173:0.40:432
chr16	24557619	rs3214553	C	CT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	24564879	.	GTATA	G	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr16	24567320	rs7202501	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-0.252;SC=TTTCTTGGTTAATACTGCCTT;SOR=0.086;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=9;WE=24567328;WS=24567310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr16	24570757	rs3815906	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CATTATGTTATAGTAGAACAT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=24570765;WS=24570747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	24570844	rs45591839	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=224;ReadPosRankSum=0.619;SC=ATGCAATTGGGAAGAAAGAGA;SOR=0.919;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=15;WE=24570852;WS=24570834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr16	24572884	rs34473709	CTT	C	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=196;ReadPosRankSum=-0.450;SC=TTCGTAAACACTTTGAGTTCC;SOR=0.243;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=6;WE=24572893;WS=24572874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	24574691	rs66509757	CT	C	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr16	24578458	rs7195386	T	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.747;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=756;ReadPosRankSum=-1.436;SC=GAATTTATTTTTCCAGAAGTA;SOR=1.288;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=46;WE=24578466;WS=24578444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,55:0.35:156
chr16	24578526	.	C	T	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.223;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=35;PP=1297;ReadPosRankSum=0.456;SC=CCGTCACTACCAGCAACTCCA;SOR=1.025;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=223;TCF=134;TCR=89;TR=96;WE=24578534;WS=24578516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,136:0.38:359
chr16	24579397	rs7201851	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-1.501;SC=AGTGTAAATTTTATTGTGTAG;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=24579405;WS=24579387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	24583406	rs7593	A	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=5.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,72:0.47:153
chr16	24682117	rs72768619	C	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=622;ReadPosRankSum=-0.228;SC=CACAATTTCTCCCAGACAGCT;SOR=0.769;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=44;WE=24682125;WS=24682107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,51:0.59:87
chr16	24682396	rs75849092	G	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=669;ReadPosRankSum=-0.655;SC=AGCAGCTGCCGCACCGACAGC;SOR=0.665;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=41;WE=24682404;WS=24682386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr16	24741005	.	T	TCGGTGTCGGCGGCGG	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=169;ReadPosRankSum=-1.434;SC=GGCGGCGGTGTCGGCGGCGGC;SOR=0.540;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=24741013;WS=24740995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr16	24741686	rs7202252	T	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=361;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCGATTCGCCTTTTCTGGGTT;SOR=0.715;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=24;WE=24741694;WS=24741676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr16	24788422	rs71383714	AGCAGCCACAGCC	A	1977.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.265;NF=13;NR=23;PP=2971;ReadPosRankSum=0.576;SC=CAGCCACAGCAGCAGCCACAG;SOR=0.591;Source=Platypus;TR=36;WE=24788441;WS=24788412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr16	24788645	rs11639856	T	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=366;ReadPosRankSum=1.488;SC=AGCCACAAAATAACGGAGAGG;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=29;WE=24788653;WS=24788635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr16	24801737	rs6497759	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=408;ReadPosRankSum=0.162;SC=TGGAAATGGCGCAAATTCTGG;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=23;WE=24801745;WS=24801727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr16	24802325	rs3803716	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr16	24802331	rs72770409	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.423;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr16	24807165	rs1030211	G	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr16	24835168	rs2303083	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=401;ReadPosRankSum=0.475;SC=CCTCAGACGCGAGGGAAAGGA;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=30;WE=24835176;WS=24835158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr16	24838862	rs36113933	A	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=386;ReadPosRankSum=2.135;SC=TCAAATGTGCAGAGGGGTGTC;SOR=0.562;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=37;WE=24838870;WS=24838852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chr16	24886886	rs60449337	TG	T	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=388;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGGCTTGTGTGGGGGGGTCA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=8;WE=24886901;WS=24886876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	24886893	rs34534629	G	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.07;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	24888646	rs11074656	T	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=407;ReadPosRankSum=0.363;SC=CTGGCCATAGTTGGGCTACTG;SOR=0.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=27;WE=24888654;WS=24888636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr16	24902194	rs274081	T	C	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=36;PP=1238;SC=TTCTAGGTTTTGCCGCGGTTG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=77;WE=24902202;WS=24902184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	24917937	.	G	A	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=754;ReadPosRankSum=-0.020;SC=GGGGCTCTGGGGGCCTGACTG;SOR=0.984;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=47;WE=24917945;WS=24917927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr16	24918048	rs17772929	C	T	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=2.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,163:0.47:349
chr16	24918530	rs34774948	G	A	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=707;ReadPosRankSum=0.384;SC=GGGGCAGGGGGAAGAGAGAGC;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=49;WE=24918538;WS=24918520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,63:0.54:116
chr16	24919245	rs113206122	C	CAGGGA	1736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=6;PP=1153;SC=AGTAAATGTTCAGATGATGCT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=24919253;WS=24919235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	24919322	.	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.076;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=322;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TCCATCCTCTGGATCCCTGTG;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=20;WE=24919330;WS=24919312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr16	24921854	rs201159355	A	ATT	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.773;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr16	24950953	rs188795105	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=378;ReadPosRankSum=0.676;SC=ACACACCATGCGAGCAGACTA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=38;WE=24950961;WS=24950943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,56:0.35:160
chr16	25043277	rs11074669	G	A	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=1018;ReadPosRankSum=0.188;SC=CGACGAGGGCGTGGGCTGCAC;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=71;WE=25043285;WS=25043267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,117:0.53:220
chr16	25043569	rs7498149	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=2.295;SC=AACCAGGCGGACGGGGTCTTG;SOR=0.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=19;WE=25043577;WS=25043559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr16	25137289	rs7189229	G	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=340;SC=CTTCAGAACTGCCATCAGCAG;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=25137297;WS=25137279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	25137385	rs11861481	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQRankSum=-1.501;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,10:0.16:64
chr16	25137480	rs71391595	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-4.525;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr16	25139731	rs75698891	G	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=0.396;SC=TGGGAACTTGGCAGTGGACCT;SOR=0.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=12;WE=25139739;WS=25139721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr16	25151398	rs10681142	A	ACT	467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=557;SC=ATCCTTAAACACTATTGCTCT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=25151406;WS=25151388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	25163017	.	G	GGTGTGTGTGT	743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;QD=57.21;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	25172274	rs277899	G	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=-0.395;SC=TTGGAAGATAGGATTTTGGTT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=11;WE=25172282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr16	25172307	rs111379361	A	AT	171.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9784;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=109;ReadPosRankSum=-1.086;SC=CCTCTTACGTATTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=8;WE=25172315;WS=25172297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr16	25180610	rs6497812	G	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=12;PP=369;SC=CTTTGCAGATGTGATCATGGA;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=25180618;WS=25180600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	25239569	rs59534960	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.776;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr16	25255080	rs141745999	T	TAAAACTCCTTGGTTTTGCACC	1001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.91;ReadPosRankSum=1.272;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
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chr16	25258035	rs11649280	A	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.258;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,81:0.41:199
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chr16	25258655	rs61742723	A	G	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=767;ReadPosRankSum=-1.904;SC=CCTAGAGTCCATGGCTCCTTT;SOR=0.526;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=51;WE=25258663;WS=25258645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr16	25263278	rs2112811	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=323;ReadPosRankSum=0.436;SC=TCCCGGTAGAGGTCCCTTTGG;SOR=0.705;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=27;WE=25263286;WS=25263268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr16	25264440	rs11643089	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.206;SC=GAGATGAGTATGTATTGAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=11;WE=25264448;WS=25264430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	25268368	rs4787310	A	G	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=722;ReadPosRankSum=1.886;SC=ATGCCCACTCAGGGTCCTTTT;SOR=0.690;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=60;WE=25268376;WS=25268358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,83:0.42:198
chr16	25704145	rs2943336	A	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=399;SC=GGAGGCGCCCAGGACGCCTGG;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=25704153;WS=25704135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	27215267	rs877585	G	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=7;PP=274;SC=GCGCTTTAGCGGTTCTTGGCG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=27215275;WS=27215257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	27215380	rs908382	A	C	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=21;PP=692;SC=GCCGCAAGGCAGGCTGGAAAC;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=27215388;WS=27215370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	27222442	.	CT	C	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr16	27253059	rs28363677	G	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=308;SC=ACTTAGTGACGAACCGTCCTC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=27253067;WS=27253049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	27364158	rs3024610	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=200;SC=ATACACCTGCCGTGGTGTATC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=27364166;WS=27364148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	27367334	rs4787423	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	27367398	.	C	CTTTTTTCT	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=-2.638;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	27370932	rs138640688	AGTG	A	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=3;PP=81;SC=TCTGGAATCTAGTGGTGTTGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=27370942;WS=27370922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	27371158	rs3024660	C	T	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=17;PP=668;SC=GTGTAACAAACGACCCCGAAA;SOR=0.914;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=38;WE=27371166;WS=27371148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	27414378	rs6498021	T	G	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	27441283	rs179760	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=203;ReadPosRankSum=0.818;SC=TCCAAGAATCAGGGGCAAGTC;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=19;WE=27441291;WS=27441273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr16	27481617	.	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=281;ReadPosRankSum=2.296;SC=CTTTGAAAGAGAAACGATCAG;SOR=0.544;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=23;WE=27481625;WS=27481607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr16	27487686	rs79257651	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=278;ReadPosRankSum=0.327;SC=GAGCCCACAGCGGAGAAGGGC;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=21;WE=27487694;WS=27487676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr16	27494877	rs4787963	A	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=598;ReadPosRankSum=1.028;SC=TCTCCATGATATAAGGAGAGC;SOR=1.450;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=31;WE=27494885;WS=27494867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr16	27510117	rs11452553	C	CA	2249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=22;PP=1025;SC=CTTGGCTCCACAGTCGATTCC;SOR=1.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=27510125;WS=27510107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	27561584	rs4787969	G	A	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=32;PP=1106;SC=CCTAGGCCATGAACCCCTGGA;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=27561592;WS=27561574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	27629661	rs4787980	G	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=513;SC=CTCTCAGCCTGCTGCGCCGGT;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=27629669;WS=27629651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	27639884	.	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr16	27642249	rs233453	A	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=10;PP=675;SC=TGCCACAACCACGCTGTAGTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=27642257;WS=27642239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	27666204	rs233470	A	G	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=276;SC=TAATCCCAGCACTTTGGGAGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=27666212;WS=27666194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	27752314	rs5816442	T	TC	65.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=44;SC=GCCAGTTAGCTCCTGGACCTC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=27752322;WS=27752304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	27772901	rs4787984	G	A	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=42;PP=1244;SC=CGACTCCCGGGCCCTGGACAA;SOR=0.870;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=75;WE=27772909;WS=27772891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	27777831	rs8043555	A	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr16	27802805	rs1644600	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=267;ReadPosRankSum=-2.749;SC=GGAGACAAGGCGGTCAGTGCT;SOR=0.840;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=25;WE=27802813;WS=27802795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,54:0.42:129
chr16	27840117	.	G	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=567;ReadPosRankSum=1.469;SC=GACCTCTCCCGGAAGTACTTG;SOR=0.777;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=42;WE=27840125;WS=27840107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,79:0.43:184
chr16	27861762	rs9923711	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr16	27861779	rs9923632	A	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-2.696;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr16	27861785	rs9923715	C	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-2.771;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr16	27974418	rs2051742	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=319;SC=GCCACCAAGGTAGGAAAGATG;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=27974426;WS=27974408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	27974487	rs2051743	T	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=15;PP=419;SC=CTTTCTCCGATGCCGGGGCCA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=27974495;WS=27974477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	28113252	.	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=390;ReadPosRankSum=2.251;SC=GCTGGAGAAAGGACTGTCCGA;SOR=0.622;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=25;WE=28113260;WS=28113242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr16	28143489	rs9930464	C	T	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=104;SC=CACAGCTTTTCATCATAAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=28143497;WS=28143479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	28157351	rs28379290	T	C	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=128;SC=CATGGCTGTCTCTTAGGCCAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=28157359;WS=28157341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	28167914	rs10445001	C	A	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.49;ReadPosRankSum=2.226;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr16	28167928	rs72789669	T	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	28181306	rs28479048	A	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=28;PP=724;SC=CATTAAAGCTATGAAGCATCT;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=28181314;WS=28181296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	28506397	rs143822957	CCT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,4:0.15:27
chr16	28506872	rs149271	A	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=374;ReadPosRankSum=0.253;SC=TGAACAGAGAAGAGAGGCTGA;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=25;WE=28506880;WS=28506862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr16	28507397	rs148114931	TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC	T	662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.82;MQRankSum=2.970;QD=26.51;ReadPosRankSum=1.405;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr16	28507644	rs180743	C	G	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=431;ReadPosRankSum=-1.172;SC=CCCCAAACAGCCCCAGGTCCT;SOR=0.653;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=25;WE=28507652;WS=28507634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr16	28508048	rs180744	A	G	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=553;ReadPosRankSum=1.468;SC=CCAAAGGCCAAGGACCTGAGC;SOR=0.645;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=40;WE=28508056;WS=28508038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,66:0.56:118
chr16	28508069	rs151174	C	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=426;ReadPosRankSum=0.207;SC=TGATGGGGGGCGCCCAGACCC;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=33;WE=28508077;WS=28508059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr16	28508447	rs40831	A	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=0.507;SC=AGGGAGAGGCATCTGTCTCAG;SOR=0.774;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=22;WE=28508455;WS=28508437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,42:0.41:103
chr16	28508716	rs40832	T	C	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	28508892	rs34395441	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=273;ReadPosRankSum=1.071;SC=GGTAGAGGCCGAGGAATCTGC;SOR=0.760;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=18;WE=28508900;WS=28508882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr16	28509005	.	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr16	28509509	rs61738759	G	A	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=688;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GTCGGACTCCGGCCTGGGAGC;SOR=0.664;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=52;WE=28509517;WS=28509499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,74:0.53:139
chr16	28510393	rs40834	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=270;ReadPosRankSum=-0.346;SC=ACCTCTGGAGCTGCATCCAGG;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=20;WE=28510401;WS=28510383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr16	28511175	.	TCTC	T	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-3.761;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,12:0.12:97
chr16	28513403	rs181206	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=326;ReadPosRankSum=2.652;SC=CCCTCCCAGCAGGGCATGGAA;SOR=0.614;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=25;WE=28513411;WS=28513393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr16	28513530	rs181207	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=0.240;SC=CCTCCCTATCCGGGTCTCCTT;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=16;WE=28513538;WS=28513520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr16	28603393	rs27742	T	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=52;SC=GCCATCTTCTTCGCATAGTCC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=28603401;WS=28603383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	28617485	rs1801030	C	T	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.55;QD=25.03;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	28618238	rs7499134	A	G	7593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.98;NF=88;NR=67;PP=2882;SC=ACCACCCCTTAGCTCCACACT;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=155;WE=28618246;WS=28618228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr16	28618708	rs11648192	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=18;PP=440;SC=TGAGGACCCACCCTCTAGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=28618716;WS=28618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	28620800	rs3760091	C	G	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=35;PP=1069;SC=AGCAAAAGCACAGGCCTAGGC;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=62;WE=28620808;WS=28620790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	28621406	.	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-0.130;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	28631314	rs141320733	T	TTGTGTG	721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	28631360	rs28410083	A	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=262;SC=AGATACTGATAACATTTTCAA;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=28631368;WS=28631350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	28734477	rs202014506	G	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.039;NF=42;NR=12;PP=687;ReadPosRankSum=1.014;SC=TCCCATGTCTGTCGGCAGGGC;SOR=0.804;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=189;TCF=149;TCR=40;TR=54;WE=28734485;WS=28734467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,51:0.27:191
chr16	28838073	rs12448482	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=0.566;SC=CGTACTCTGGACTTCTTAAAC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=7;WE=28838081;WS=28838063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr16	28842257	.	C	CA	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.779;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	28842311	rs4344749	A	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=18;PP=612;SC=CAAAGGCACAACGGCCTCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=31;WE=28842319;WS=28842301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	28844087	.	CT	TA	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GTGTAGCCACCTTAGAGAAAG;SOR=0.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=8;WE=28844096;WS=28844077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	28903763	rs200957871	CTG	C	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	28903764	.	TGTAA	T	557	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=11;PP=557;QD=54.5454545455;SC=TGAGAAAGGCTGTAACCTTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=28903777;WS=28903754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	28903767	rs200961662	AAC	A	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	28906084	rs9931989	G	C	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=32;PP=1168;SC=GGTGGAAGGAGGGTATGACAG;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=28906092;WS=28906074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	28913787	rs7189927	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=26;SC=CCCATGCAGGTGCTGAGAGGG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=28913795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	28915433	rs2071342	A	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.67;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	28915527	rs10499	G	A	7343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr16	28922149	rs11646653	C	T	5867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=54;PP=2214;SC=CCTTCCACCACGTGCAACTGA;SOR=0.792;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=120;WE=28922157;WS=28922139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr16	28925913	.	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.254;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr16	28925978	rs3924376	T	C	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=55;PP=1779;SC=CAGCGCCCCCTGGCCGTGCCC;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=115;WE=28925986;WS=28925968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	28944396	rs2904880	C	G	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	28944700	rs35979293	G	T	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=47;PP=1561;ReadPosRankSum=-0.501;SC=ACGATCGCCCGGCCAGAGATA;SOR=0.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=28944708;WS=28944690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr16	28962755	rs12449272	G	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=7;PP=150;SC=CGGCGGAAGGGCCAAGGGCTT;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=28962763;WS=28962745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	28967324	.	C	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=559;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TCCTCTGTCCCCACCTTCACC;SOR=0.653;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=40;WE=28967332;WS=28967314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,66:0.45:147
chr16	28993049	rs6565300	A	C	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=34;SC=AATTCGGTCGATACTGTCCCC;SOR=1.039;Source=Platypus;TCF=34;WE=28993057;WS=28993039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	28993242	.	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,69:0.42:166
chr16	28993649	rs11301233	AC	A	6455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=57;PP=2891;SC=ACAGGGACAAACCCCCCATTC;SOR=1.018;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=91;WE=28993657;WS=28993639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	28995757	rs7140	C	A	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr16	29001460	rs9929088	A	C	5402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=46;PP=2039;SC=TACCTGCTGAACCCCGTCAGC;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=112;WE=29001468;WS=29001450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
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chr16	29127350	rs1540389	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.012;NF=13;NR=2;PP=288;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCTGAATAGATAGAGTTGAGA;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=29127358;WS=29127343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr16	29142059	rs1642020	G	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQRankSum=-2.798;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
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chr16	29142204	rs1642022	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.999;NF=2;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=1.065;SC=GGTGCTGGGCACCAAGTCCTC;SOR=0.476;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=29142212;WS=29142194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	29150636	rs34323521	A	AC	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-1.645;SC=ACCAAGGGTGACCCCCCACAG;SOR=0.859;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=2;WE=29150644;WS=29150626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr16	29150785	rs1646119	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr16	29332380	rs257878	T	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=26;PP=678;SC=GAGCTTCTCGTGGAGAATGCC;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=29332388;WS=29332370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	29375985	.	C	CT	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQRankSum=-6.183;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.582;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr16	29376400	.	CTG	C,CTGTG	813.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.052;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.00;MQRankSum=-1.652;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,27,19:0.47,0.33:57
chr16	29624247	rs28455095	C	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.66;QD=24.76;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	29624530	rs62037075	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.461;NF=3;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=-0.918;SC=CGATGTACTGCGATGAAGGCC;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=11;WE=29624538;WS=29624520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr16	29644794	rs11150561	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=37;PP=965;SC=TCACTCCACTATAAATACACC;SOR=2.400;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=48;WE=29644802;WS=29644784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	29645078	rs12597368	C	A	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.38;QD=26.78;SOR=2.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	29645104	rs35388990	CA	C	2006.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-0.573;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,149:0.81:183
chr16	29647700	rs200123374	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.58;QD=29.65;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	29675855	rs34710374	T	C	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=70;PP=1781;ReadPosRankSum=1.357;SC=GCGGTCATAGTCCTCGTGGCT;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=86;TCR=130;TR=117;WE=29675863;WS=29675845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,133:0.54:246
chr16	29705854	rs9936468	C	T	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=108;SC=CCGCAGTCCCCCCCCTGGGAC;SOR=1.329;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=29705862;WS=29705852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	29705974	rs140872647	C	CT	1465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.727;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.921;NF=5;NR=13;PP=630;ReadPosRankSum=3.570;SC=GCTGTTCTCTCTTCCCCCCAG;SOR=0.388;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=18;WE=29705982;WS=29705964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr16	29706444	rs2303255	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=199;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GGCGGGGCCGCCTCGCACCGC;SOR=0.525;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=16;WE=29706452;WS=29706434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr16	29708350	rs9932770	A	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=121;SC=GGCTGACTTCACTCTGAAGGT;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=29708358;WS=29708340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	29790669	rs235634	T	A	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.46;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	29790678	rs183527	T	G	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	29790767	rs235635	A	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=666;ReadPosRankSum=-0.604;SC=AACAGGGGTGATGCAGAGAAA;SOR=0.298;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=33;WE=29790775;WS=29790757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr16	29790864	rs235636	G	A	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=27;PP=865;SC=AGAGTATGGAGGTGGTGGTGG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=29790872;WS=29790854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	29791561	rs235637	T	G	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=40;PP=1883;SC=GAAGAAGCTGTTATTTGTGAC;SOR=0.996;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=29791569;WS=29791551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	29791721	rs235638	G	C	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=63;PP=1895;SC=GTTTACCCCAGTAGCTGCAGC;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=95;WE=29791729;WS=29791711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	29791818	rs35586094	TA	T	506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=328;SC=AATGGCTCAATAAAAAAAATA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=15;WE=29791826;WS=29791808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	29809634	.	TACACAC	T	103.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.65;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr16	29811319	rs235648	C	T	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=43;PP=1198;SC=AAGAGGAGATCGGGAGCCCTG;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=73;WE=29811327;WS=29811309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	29814234	rs2450399	G	A	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=42;PP=1267;SC=TGAAGACAGTGGAAGAGAAGG;SOR=1.015;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=69;WE=29814242;WS=29814224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	29817998	rs111993640	C	T	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=707;SC=CGCTGAGCCCCGGGGGCCCCG;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=29818006;WS=29817988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	29819817	rs138758146	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.428;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.083;NF=6;NR=10;PP=223;ReadPosRankSum=0.402;SC=CCTTTAATCTCTTGCTCCCCC;SOR=2.621;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=16;WE=29819825;WS=29819807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr16	29821744	rs2516825	G	A	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=58;PP=2427;SC=CTCCTCTTCTGTCAGACCTGA;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=129;WE=29821752;WS=29821734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	29822841	rs11150572	A	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=414;SC=CCCCAGCCGCATCCCTCCCCA;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=29822849;WS=29822831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	29823202	rs12923293	A	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=467;SC=CTGCTCGTAGAGACGCCTCCA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=29823210;WS=29823192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	29825126	rs11150573	T	C	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=60;PP=2284;SC=CAGCTCCCAGTTGGCAGGTCC;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=110;WE=29825134;WS=29825116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	29827794	rs367962544	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	29859430	rs11350750	CT	C	136.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr16	29872361	rs3815822	G	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=10;PP=499;SC=ACACCCTTCCGTCTAGGCTCA;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=29872369;WS=29872351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	29875574	.	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CTGGGTTCTGGGGGAAAGCGG;SOR=0.563;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=11;WE=29875582;WS=29875564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr16	29876656	.	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=0.214;SC=CTGCCCTGATCCTCAAATTCT;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=29876664;WS=29876646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr16	29900084	.	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GGCTCACTTTCCCATGCCACC;SOR=0.243;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=29900092;WS=29900074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	29906546	rs4787484	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=291;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CAGTATGGCCCCTGCCCTTCC;SOR=1.127;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=15;WE=29906554;WS=29906536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr16	29907298	rs34549819	G	GT	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.356;NF=1;NR=7;PP=240;ReadPosRankSum=-0.858;SC=TTTTTGTTTTGTTTGAGACAG;SOR=0.375;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=29907306;WS=29907288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr16	29908433	rs11649499	C	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=246;SC=CGTGGGGTCCCGATCAGATCC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=29908441;WS=29908423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	29912802	rs140411458	G	GGGT	2312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=1273;ReadPosRankSum=-0.106;SC=GGGCAGCTCAGGGTGGCCCAG;SOR=0.828;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=30;WE=29912810;WS=29912792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,59:0.47:125
chr16	29918034	rs1129700	T	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=8;PP=330;SC=GGGGTTGGGATGGGTGGAGAA;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=18;WE=29918042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	29923510	rs4548895	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=184;SC=AGCTCCGCCAGCCTCTCTGCC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=29923518;WS=29923500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	29934754	rs12596042	T	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=3.827;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr16	29937081	rs5816505	G	GA	797.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.56;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr16	29979247	.	C	CA	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr16	29982961	rs9932702	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	29989739	rs11860782	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=280;ReadPosRankSum=0.206;SC=ATCGTAGTCCAGTCTCTTAGG;SOR=0.762;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=23;WE=29989747;WS=29989729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,37:0.36:103
chr16	29993108	rs11642046	C	G	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.859;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=64;PP=1671;ReadPosRankSum=1.109;SC=TGGGCCCAGGCGTTAGGCCAT;SOR=1.225;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=192;TCF=83;TCR=109;TR=107;WE=29993116;WS=29993098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,107:0.48:221
chr16	29994736	rs3814884	T	A	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.885;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=35;PP=1673;ReadPosRankSum=-1.997;SC=AGTGCAGCACTCCTCTGAGTC;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=213;TCF=143;TCR=70;TR=102;WE=29994744;WS=29994726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,113:0.49:231
chr16	29994922	rs3814883	C	T	10845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:558,569:0.50:1127
chr16	29998200	rs4077410	A	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=27;PP=975;SC=AGGCTGGGACATGGAGCTTGT;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=29998208;WS=29998190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	29999225	rs11864149	G	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=555;ReadPosRankSum=1.520;SC=CCTGCCTCCCGCCAGCCACTG;SOR=0.842;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=36;WE=29999233;WS=29999215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
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chr16	30012922	rs11866084	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AGGCTGAAGGCGGGGGCCTGT;SOR=0.995;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=15;WE=30012930;WS=30012912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr16	30016022	rs12928610	C	T	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=13;PP=434;SC=GCTGCCGGGACCCCGAGGAGG;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=30016030;WS=30016012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	30017895	rs3814880	T	C	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=580;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CCTCCCTCCATGTCCCGTCCC;SOR=0.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=54;TCR=74;TR=55;WE=30017903;WS=30017885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,95:0.50:189
chr16	30018500	rs3935873	C	T	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=1227;ReadPosRankSum=0.220;SC=AGACCGGGACCTGGCGCTCGA;SOR=0.828;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=159;TCF=76;TCR=83;TR=77;WE=30018508;WS=30018490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,124:0.53:234
chr16	30018720	rs12921753	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=365;ReadPosRankSum=0.608;SC=CTAAACACTACGTCTCATCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=20;WE=30018728;WS=30018710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr16	30020965	.	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=-0.918;SC=CTGTGTGTCTCTCTCTCTTGC;SOR=0.399;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=27;WE=30020973;WS=30020955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr16	30021402	rs1140239	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr16	30037128	rs11544328	A	C	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	30080780	rs11860935	C	T	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1526;ReadPosRankSum=0.657;SC=CCTATCCTCTCCTCCACCCCA;SOR=0.531;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=225;TCF=120;TCR=105;TR=102;WE=30080788;WS=30080770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,162:0.49:329
chr16	30093779	rs2278557	C	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr16	30094180	rs11861842	C	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=412;ReadPosRankSum=-0.753;SC=TGGCAGTCCCCGGCTTCTGCA;SOR=0.579;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=31;WE=30094188;WS=30094170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr16	30096468	rs34627357	T	TG	401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.57;NF=1;NR=14;PP=341;SC=AGGCTGGGCGTGGGGGGGGCT;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=30096476;WS=30096458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	30098189	rs3833842	GTGA	G	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.655;NF=3;NR=6;PP=366;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AACAGTGGTGGTGATGATGAT;SOR=0.726;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=9;WE=30098199;WS=30098179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr16	30119525	rs8061772	C	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=4;PP=200;SC=GTGGTGGTCACGGCCTCACCT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=30119533;WS=30119515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	30133340	.	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=390;ReadPosRankSum=1.146;SC=GAGGGGACCGGAGAGAGGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=24;WE=30133348;WS=30133330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr16	30194328	rs79512505	G	C	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=238;ReadPosRankSum=0.069;SC=GTAGCCCCTGGCACGAAGTAG;SOR=0.883;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=20;WE=30194336;WS=30194318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr16	30198151	rs1132812	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=-1.466;SC=GGGAGATCCCAGATGGGGGCC;SOR=0.660;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=19;WE=30198159;WS=30198141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr16	30198850	rs117041067	C	G	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=770;ReadPosRankSum=0.510;SC=AAGCCGAGGGCCCCCAGGCTG;SOR=0.885;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=52;WE=30198858;WS=30198840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,73:0.45:164
chr16	30376691	rs4500754	G	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=904;ReadPosRankSum=-0.469;SC=CCATTCCCCCGCCAGGGCCCA;SOR=0.507;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=82;TCR=33;TR=53;WE=30376699;WS=30376681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr16	30386262	rs8046445	C	T	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=32;PP=1041;SC=GTAGCTGGTTCCCAGTCCAAC;SOR=1.164;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=30386270;WS=30386252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	30390314	rs12447833	T	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=13;PP=908;SC=TTGGAGGCTCTGATACTGTCC;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=30390322;WS=30390304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	30393660	rs4787643	G	A	6366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.04;MQRankSum=0.130;NF=57;NR=90;PP=2928;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GGTTGGGGAGGGCAGCAAAAC;SOR=0.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=57;TCR=91;TR=147;WE=30393668;WS=30393650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr16	30393771	rs4788409	G	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=22;PP=832;SC=GCTAGGAAGAGTCAGTGGGGT;SOR=1.151;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=37;WE=30393779;WS=30393761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	30407269	rs13333093	C	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=15;PP=585;SC=TGTGGCCGGCCGAGATCCTGG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=30407277;WS=30407259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	30408765	rs12921440	C	T	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=21;PP=748;SC=GTAGGAAATGCCTCTCTCAAA;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=30408773;WS=30408755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr16	30490854	rs11862597	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=-1.043;SC=ACCATGAAAGGAAATGTTAGT;SOR=1.027;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=13;WE=30490862;WS=30490844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr16	30492690	rs10871452	A	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.390;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
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chr16	30495412	rs2285459	T	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=389;ReadPosRankSum=-1.647;SC=ATTTCAGCTCTTCACTCTCCA;SOR=1.164;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=24;WE=30495420;WS=30495402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr16	30495657	rs7197010	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=104;ReadPosRankSum=-0.434;SC=AGGCCGGGCTTGGTGGCTCAC;SOR=0.269;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=30495665;WS=30495647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr16	30505512	rs1978079	CA	TG	15409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=79;PP=2947;SC=CCTAACTCCACACCCCACACA;SOR=0.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=180;WE=30505521;WS=30505502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr16	30515649	rs35427005	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=237;ReadPosRankSum=-0.828;SC=CAAGAAGAGCCGCCCATGGCC;SOR=0.880;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=19;WE=30515657;WS=30515639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr16	30518041	rs2230433	G	C	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=62;PP=2364;SC=CACAGATCCAGAGCCCTGCGT;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=123;WE=30518049;WS=30518031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr16	30518096	rs2230434	C	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=718;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GCCTGAGTAACTTGGAAGAAG;SOR=0.805;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=52;WE=30518104;WS=30518086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,83:0.48:172
chr16	30536672	rs3751847	A	G	7192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=111;PP=2965;SC=CGCAGATGCCACAGATGTTAG;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=75;TCR=111;TR=186;WE=30536680;WS=30536662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr16	30536918	rs10871453	C	G	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=-0.458;SC=GACTCTTTTCCTCGGGGTTCA;SOR=0.592;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=25;WE=30536926;WS=30536908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr16	30615520	.	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=520;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TATGACCTGGGGCTCCTCCTT;SOR=0.883;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=39;WE=30615528;WS=30615510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,47:0.53:88
chr16	30666042	rs147047966	C	T	2592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,132:0.51:257
chr16	30666367	rs3747481	C	T	7872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=116;PP=2965;SC=CGACCACGGCCGCGGCGGCAC;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=103;TCR=118;TR=218;WE=30666375;WS=30666357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr16	30666408	.	CC	TT	4989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=3;HapScore=3;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GGCCCGAGCCCCGCCACCCCC;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=191;TCF=97;TCR=94;TR=91;WE=30666417;WS=30666398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,132:0.51:259
chr16	30667133	.	C	T	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=649;ReadPosRankSum=2.895;SC=CCTTACCTGTCCCTTCAGGCC;SOR=0.633;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=41;WE=30667141;WS=30667123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr16	30671532	rs35629860	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=9;PP=286;SC=CCCTAGAGGGGTTGGGAGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=30671540;WS=30671522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	30671578	rs72793363	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.196;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=189;ReadPosRankSum=-2.081;SC=ACCTCCTCCTCCACAGAAGGA;SOR=1.292;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=15;WE=30671586;WS=30671568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr16	30672719	rs885107	T	C	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	30724070	rs4889500	G	T	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	30724221	rs4889501	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	30732406	rs1470129	C	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=20;PP=757;SC=GCTGGGGACACGGGTCTAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=30732414;WS=30732396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	30734963	rs4889502	C	A	7671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=67;PP=2965;SC=TGCCATCCTCCCTCCCTGGGC;SOR=1.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=136;TCR=67;TR=202;WE=30734971;WS=30734953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr16	30750991	.	C	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=-0.843;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	30760320	.	GGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGT	G	1219.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.11;QD=45.18;SOR=6.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	30762640	rs4889504	C	T	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=40;PP=1319;SC=GCAGACGACCCCCCACCTCCT;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=68;WE=30762648;WS=30762630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	30766247	rs9941201	G	A	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=23;PP=790;SC=TGGCAAATCAGTGCAACTTGG;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=30766255;WS=30766237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	30768492	rs71820772	GCTCTGGC	G	1301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=18;PP=1025;SC=GCTCCTCTGGGCTCTGGCCTC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=18;WE=30768506;WS=30768482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	30770267	rs7188077	C	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=12;PP=947;SC=GTCCTGATGTCATCCAAACCC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=30770275;WS=30770257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	30772004	rs35446957	GAA	G	2358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=23;PP=947;SC=TATAGTAAAAGAAAAAGAGTA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=25;WE=30772013;WS=30771994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	30772040	rs4889505	A	G	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=25.01;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	30772122	rs149984900	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.674;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.906;SC=TGTGTGACTATGCAAATCGTT;SOR=1.508;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=30772130;WS=30772112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	30773822	rs1550477	T	C	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=2;PP=745;SC=CTCCTCCCGTTTGACGCCCCT;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=28;WE=30773830;WS=30773812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	30779716	rs7195142	A	G	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=32;PP=1200;SC=CGGGAGCTTCAGGAACGGGAA;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=30779724;WS=30779706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	30780828	rs4889506	A	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=32;PP=930;SC=TGCAGAAGCTAGAGGAGAAGG;SOR=1.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=49;WE=30780836;WS=30780818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	30832463	rs6565205	A	C	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=27;PP=1701;SC=GACACCGTCCAGCAGGTGGGC;SOR=1.452;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=90;WE=30832483;WS=30832453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	30832475	rs6565206	T	C	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=31;PP=1766;SC=CAGGTGGGCATGCCGTGGTGT;SOR=1.335;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=94;WE=30832483;WS=30832453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	30832701	rs8045550	A	C	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=77;PP=2764;SC=TGGGCGGGGGAAGAGTGAAGG;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=129;WE=30832709;WS=30832691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	30833272	rs8046609	A	G	10750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=104;PP=2965;SC=AACCGACAGCAACATGGGAGC;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=132;TCR=104;TR=236;WE=30833280;WS=30833262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr16	30833321	rs8046001	C	T	9530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=115;NR=116;PP=2965;SC=GATACTCCTCCGGACTCTGGG;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=115;TCR=118;TR=231;WE=30833329;WS=30833311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr16	30833425	rs4889510	G	C	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=63;PP=1855;SC=CTCCCGTGTTGCAGGGGCTGC;SOR=3.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=10;TCR=63;TR=73;WE=30833433;WS=30833415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	30900123	.	T	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=400;ReadPosRankSum=-1.979;SC=AGCCTTCGACTGCCCAGATCC;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=35;WE=30900131;WS=30900113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr16	30936081	rs35675346	G	A	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=24;PP=1042;SC=CGGAAAGGGGGAATCTGGGGT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=59;WE=30936089;WS=30936071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	30964940	rs9926903	A	G	8075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=84;PP=2965;SC=CACCGTCCCAAGCTGAGCCAG;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=116;TCR=85;TR=200;WE=30964948;WS=30964930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr16	30965549	rs35717321	A	AT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.355;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr16	30995401	.	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CCCTGAGCTCCCAGCACCCCC;SOR=0.801;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=11;WE=30995409;WS=30995391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr16	31004169	rs17855121	T	C	8491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr16	31004812	rs12445568	T	C	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.902;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=811;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TGATCTAGGGTGACGAGGGAG;SOR=0.965;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=121;TCF=47;TCR=74;TR=69;WE=31004820;WS=31004802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,115:0.54:213
chr16	31004926	rs7194921	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=27;PP=654;SC=GCACATTATTCACCTGCTCTT;SOR=3.737;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=31004934;WS=31004916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	31012781	rs12920772	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=403;ReadPosRankSum=-0.080;SC=GAGGCTGGGCGGTGGGACTAG;SOR=0.478;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=16;WE=31012789;WS=31012771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr16	31012813	rs61239537	G	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-1.229;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.848;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr16	31044683	rs58726213	A	G	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=743;ReadPosRankSum=-1.348;SC=CGTACAAATGACGTATTCCTA;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=49;WE=31044691;WS=31044673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,84:0.50:168
chr16	31044897	rs12445650	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=383;ReadPosRankSum=-0.573;SC=TGCGGGAGCTGGAGCGGGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=20;WE=31044905;WS=31044887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr16	31049155	rs55979739	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=-0.164;SC=ATAAGAGCTCATGCTATTTGC;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=15;WE=31049163;WS=31049145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr16	31050023	rs732173	C	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.03;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	31050033	rs732172	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.46;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	31050768	.	A	AT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=6.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.317;SOR=0.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr16	31072909	rs8046978	G	A	3595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=68;PP=2148;ReadPosRankSum=0.643;SC=CGCCCCTGCTGCCGGGGCGGC;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=127;TCR=131;TR=135;WE=31072917;WS=31072899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,175:0.51:346
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chr16	31091209	rs3751855	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=237;ReadPosRankSum=-1.236;SC=GGCTGGAGACTGCCGAGAAGG;SOR=0.441;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=20;WE=31091217;WS=31091199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr16	31092075	rs7196726	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=263;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CATAGTGGAGGCTGGGTTCCT;SOR=0.570;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=21;WE=31092083;WS=31092065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr16	31095171	rs11865038	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=426;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CTCATCCTCACGGCTTTGGTC;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=30;WE=31095179;WS=31095161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr16	31095204	rs11864806	G	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=397;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CCCATTCCTCGAAGGAACAGG;SOR=1.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=15;WE=31095212;WS=31095194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr16	31095251	rs11864839	G	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=-2.381;SC=AGAATACTGAGGCTCAAAGCG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=10;WE=31095259;WS=31095241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr16	31096164	rs7199949	G	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr16	31097574	rs4889535	G	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=10;PP=440;SC=CTGATTGCAGGTCTTTCCCCC;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19;WE=31097582;WS=31097564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	31122229	rs1549296	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=365;SC=TTCTTTGTCACAGGGGCTGCC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=31122237;WS=31122219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	31122571	rs889555	C	T	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.146;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=641;ReadPosRankSum=-0.402;SC=GGCTTGGGGGCGGACAGGAAC;SOR=0.427;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=53;WE=31122579;WS=31122555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,75:0.54:139
chr16	31131614	rs4527034	A	G	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1521;ReadPosRankSum=-1.066;SC=GCGTGGGTGCAGGGAGTTGGC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=89;WE=31131622;WS=31131604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
chr16	31138445	rs72785553	G	A	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.414;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1058;ReadPosRankSum=1.358;SC=CAGGTCCCCCGTCTCCCCTTG;SOR=0.847;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=169;TCF=81;TCR=88;TR=76;WE=31138453;WS=31138435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,120:0.47:258
chr16	31141826	rs1549295	A	G	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=45;PP=1731;SC=CGGAGAAGCCACTGTCTGACC;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=86;WE=31141834;WS=31141816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	31141880	rs1549294	A	G	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=41;PP=1942;SC=GGGTGCTGCTAGAGATCCTGC;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=86;WE=31141888;WS=31141870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	31142271	rs17855606	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-1.126;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr16	31142381	rs2855479	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=856;SC=GGGCTTCCCTACCCCTCCCCA;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=32;WE=31142389;WS=31142371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	31143993	rs45619735	C	T	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=1034;ReadPosRankSum=1.707;SC=CACCCAGCGTCCCACCTCACC;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=63;WE=31144001;WS=31143983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,91:0.58:157
chr16	31151521	rs8047469	A	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.21;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	31152697	rs150305650	T	TAAAC,TAAACAAAC	1892.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=8,8;NR=11,11;PP=428,134;SC=TAATTTTTTTTAAACAAACAA;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=19,19;WE=31152705;WS=31152687;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.53,0.47:38
chr16	31152717	rs889547	T	C	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.49;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	31153105	rs1549300	A	G	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=58;PP=2124;SC=CAGGGCCCCAATCCCAGGCTA;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=31153113;WS=31153095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr16	31153780	rs889546	G	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=3;PP=230;SC=CGCGTTCCGCGGGCCCCGCCC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=31153788;WS=31153770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	31154146	rs1549299	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=349;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GCGAAGCCGCGCTCAGGTTCA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=33;WE=31154154;WS=31154136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr16	31154358	rs78924645	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=288;ReadPosRankSum=0.840;SC=TCCCGCACACGTGGCTGGAAA;SOR=0.954;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=18;WE=31154366;WS=31154348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr16	31191482	rs929867	A	G	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=49;PP=1917;SC=AGGCGTCGGTACTCAGCGGTG;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=92;WE=31191490;WS=31191472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	31202698	rs371057360	AT	A	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr16	31230463	rs7186832	C	T	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=765;ReadPosRankSum=0.185;SC=CATGCATGCGCAAGGAGAAGA;SOR=1.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=41;WE=31230471;WS=31230453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr16	31271545	rs11865830	G	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=318;SC=AGGAGAAAGGGTTCAAGAAGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=31271553;WS=31271535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	31273129	rs3764327	T	C	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=34;PP=1165;SC=GTGAGACCCTTAGATGGAGCC;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=31273137;WS=31273119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	31284618	rs201225943	T	TA	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr16	31289396	rs1143680	T	C	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=645;ReadPosRankSum=-1.636;SC=AACACTGGCATGTGGGAGTCC;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=57;WE=31289404;WS=31289386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,111:0.50:220
chr16	31289546	rs78837306	G	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=-2.037;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
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chr16	31336916	.	C	G	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=1023;ReadPosRankSum=1.089;SC=GCAGCATAAACCACCCCATCT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=65;TCR=85;TR=71;WE=31336924;WS=31336906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,84:0.40:208
chr16	31339635	rs377321047	ATG	A	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.957;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr16	31340368	rs55742763	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=0.674;SC=AAATGGGCACGCACTGTGTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=31340376;WS=31340361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	31342608	rs7188189	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=360;SC=TGCTCCCCGCTGCTCCCCCAC;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=31342616;WS=31342598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	31342788	rs111881239	C	CTTG	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=280;ReadPosRankSum=-1.221;SC=AGTCGCCCTCCTTGTAGTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=7;WE=31342796;WS=31342778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr16	31343181	rs142861575	C	CGTGTGTGCGA	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.863;NF=1;NR=9;PP=1577;ReadPosRankSum=1.344;SC=TGTGTATGTGCGTGTGTGCAA;SOR=0.382;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=10;WE=31343189;WS=31343171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr16	31367318	rs2230424	T	C	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=47;PP=868;ReadPosRankSum=0.269;SC=TGCCAACTCCTGGTGAGGCCC;SOR=0.878;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=75;WE=31367326;WS=31367308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,93:0.53:175
chr16	31368816	rs11574635	G	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	31371193	rs4264407	C	G	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=53;PP=1946;SC=GTGGGTGCTTCGATCCTGGTG;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=99;WE=31371201;WS=31371183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	31371674	rs2230428	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-0.904;SC=TAGGGATGCCGCCAAAATTCT;SOR=0.895;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=11;WE=31371682;WS=31371664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr16	31384422	rs148124533	AAAG	A	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.40;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr16	31384554	rs2070896	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=303;ReadPosRankSum=0.037;SC=TCTCCTTTCCTTCACCTGATA;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=15;WE=31384562;WS=31384544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr16	31392189	rs11150620	G	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=286;ReadPosRankSum=0.470;SC=GAGGATGGGAGTGCTCTGACA;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=17;WE=31392197;WS=31392179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr16	31404467	rs8050328	T	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	31404571	rs8050500	T	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=704;ReadPosRankSum=-1.301;SC=TGTGCCCCTCTTCCTGCTGTG;SOR=0.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=46;WE=31404579;WS=31404561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,66:0.44:150
chr16	31405463	rs112895789	A	G	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=2.906;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr16	31405734	.	CC	TT	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=201;ReadPosRankSum=0.301;SC=CGTGGGTTACCCCAGGGAGGT;SOR=0.132;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=31405743;WS=31405724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	31409000	.	C	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=326;ReadPosRankSum=-2.307;SC=GAGTGAGTGTCTTGGGCCACG;SOR=0.638;Source=Platypus;TCR=48;TR=27;WE=31409008;WS=31408990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr16	31422429	rs12444660	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=225;SC=CCCTCTGCTCTGTGGATGTGG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=31422437;WS=31422419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	31424363	.	C	T	4144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=60;PP=1589;ReadPosRankSum=-1.890;SC=GCCACGTTATCCTCCCAGAAG;SOR=0.754;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=237;TCF=116;TCR=121;TR=111;WE=31424371;WS=31424353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,206:0.49:423
chr16	31424727	rs78656641	T	G	71.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr16	31425617	.	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.226;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr16	31425819	.	C	T	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=649;ReadPosRankSum=1.250;SC=GGACCCAGGTCGTCTGACTTC;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=52;WE=31425827;WS=31425809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,84:0.46:184
chr16	31427678	rs8056122	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GATGCTTGTGCTGCTCTCTGG;SOR=0.275;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=8;WE=31427686;WS=31427668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	31428068	.	GCT	G	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=60;QD=34.5;SC=GATGATATGTGCTCTCTCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=31428077;WS=31428058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,2:0.18:11
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chr16	31447577	.	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=257;ReadPosRankSum=-1.548;SC=GGCTCCCACAGGGCCGGAGCC;SOR=0.484;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=20;WE=31447585;WS=31447567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr16	31448183	.	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=455;ReadPosRankSum=0.476;SC=GCAGGGCTTCGGAGATGACCG;SOR=1.019;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=27;WE=31448191;WS=31448173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr16	31470540	rs3813002	T	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=542;SC=TCGGAGGCCCTGGCCCACCTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=31470548;WS=31470534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	31471378	rs9926717	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=0.293;SC=CTTGCTCTCTAGACCCGGGCA;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=26;WE=31471386;WS=31471368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr16	31476458	rs11150624	C	T	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=543;ReadPosRankSum=0.911;SC=TGCAGCCCCGCGCCCAGGATC;SOR=0.553;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=41;WE=31476466;WS=31476448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr16	31483622	rs11646911	C	T	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1380;ReadPosRankSum=1.073;SC=TGTCTTCTTACTTCTGCTTTT;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=84;TCR=101;TR=97;WE=31483630;WS=31483612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,158:0.48:329
chr16	31488916	rs10596	C	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=669;ReadPosRankSum=-1.377;SC=TCGGCTCGCCCTCTCCCCCGG;SOR=1.002;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=45;WE=31488924;WS=31488906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr16	31503751	rs4536493	A	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=407;SC=TGTCTGCCCCAAGACCTTGGC;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=31503759;WS=31503741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	31519048	rs11861164	A	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=16;PP=870;SC=GCAGGGCTGAAAGCAGCAATA;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=31519056;WS=31519038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	31539386	rs8050390	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=351;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TTAAGGGGAGGAAGTGGGTTG;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=24;WE=31539394;WS=31539376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr16	31539927	rs75782426	A	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=403;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CAAGAGCTGAACACTCTGGCC;SOR=0.923;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=27;WE=31539935;WS=31539917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr16	31574972	.	T	G	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.916;NF=9;NR=12;PP=332;ReadPosRankSum=-1.192;SC=AGGAAGCATGTGAGTGAGAGA;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=21;WE=31574980;WS=31574962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr16	31575186	rs7192364	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=8.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr16	31580272	rs4889673	C	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=617;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GCCATGGCGCCTTCCATAGTA;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=41;WE=31580280;WS=31580262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
chr16	31580530	rs4889548	A	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr16	31613625	rs34368131	GT	G	2748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.745;NF=13;NR=30;PP=1621;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TGAAGAATAAGTAAAACATTT;SOR=0.720;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=43;WE=31613633;WS=31613615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,88:0.46:192
chr16	31724836	rs2884713	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=348;ReadPosRankSum=0.326;SC=GAGGTTAGCTTCGGGGTCTGG;SOR=0.578;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=22;WE=31724844;WS=31724826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr16	31734197	rs34186495	G	GA	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=9;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.203;NF=0;NR=15;PP=157;ReadPosRankSum=0.292;SC=CTGTTTCCAGGAAAAAAAAAT;SOR=1.037;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=15;WE=31734205;WS=31734187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr16	31770696	rs34487972	G	GA	739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=351;ReadPosRankSum=-0.922;SC=ATCCTATGGTGAAAAAAATCA;SOR=1.035;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=14;WE=31770704;WS=31770686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr16	31770723	rs12921028	T	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=305;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TAATCTCTGCTTGAGAAAAAG;SOR=0.795;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=23;WE=31770731;WS=31770713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr16	31926619	rs3850114	G	A	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	32893880	rs149083075	G	A	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=47;PP=1950;SC=GGGGACTGGCGGTCAGCAAGC;SOR=1.028;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=109;WE=32893888;WS=32893870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	32928899	.	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.07;MQRankSum=-1.068;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.674;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	33390274	.	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.592;NF=5;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=0.518;SC=AAAATAAATTCCCCCACTTTG;SOR=1.207;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=6;WE=33390282;WS=33390264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr16	33391415	rs357994	A	C	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-1.984;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.715;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr16	33392044	rs80350834	G	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=7.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-5.692;QD=1.03;ReadPosRankSum=1.718;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,23:0.17:134
chr16	33410561	rs2632816	T	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.152;NF=23;NR=6;PP=540;ReadPosRankSum=0.261;SC=CCACCTGCCTTGGCCTCCCAA;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=29;WE=33410569;WS=33410551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr16	33410740	.	G	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQRankSum=-0.194;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,79:0.23:344
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chr16	33424637	rs62033013	AA	GG	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.736;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-2.189;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr16	33424691	rs2632824	T	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.606;NF=28;NR=11;PP=553;ReadPosRankSum=-1.287;SC=GGCCAGACTTTGTAGTTTGTA;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=39;WE=33424699;WS=33424681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr16	33424787	rs2632823	C	T	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.154;NF=55;NR=39;PP=1480;ReadPosRankSum=0.413;SC=CGTGGGAATGCAGAAAACGTA;SOR=0.772;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=213;TCF=121;TCR=92;TR=94;WE=33424808;WS=33424777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,153:0.48:321
chr16	33424800	.	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=1.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=1.128;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,68:0.21:329
chr16	33424917	rs1906318	A	C	3179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.293;NF=59;NR=54;PP=1888;ReadPosRankSum=0.953;SC=TCAGCCAGCAACTTGTGCCTC;SOR=0.683;SbPval=0.42;Source=Platypus;TCF=105;TR=113;WE=33424925;WS=33424907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,150:0.50:303
chr16	33424950	rs2927971	C	T	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.807;NF=53;NR=54;PP=1653;ReadPosRankSum=0.115;SC=GCTGCACGGCCTCAGGTCAAG;SOR=0.681;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=95;TCR=102;TR=107;WE=33424958;WS=33424940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,121:0.47:257
chr16	33500793	.	C	T	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-1.392;QD=10.29;ReadPosRankSum=2.918;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr16	33530740	.	T	TA	36.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr16	33534128	rs4247491	G	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.853;NF=25;NR=14;PP=490;ReadPosRankSum=1.720;SC=GAACAGGACTGGACTCTGATT;SOR=0.499;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=39;WE=33534136;WS=33534118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr16	33534161	rs4247492	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.483;NF=24;NR=20;PP=623;ReadPosRankSum=0.282;SC=CTTTTAACCATATCTTCATTT;SOR=0.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=44;WE=33534169;WS=33534151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr16	33534194	rs112954068	C	CA	910.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.298;HP=3;HapScore=4;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.149;NF=7;NR=25;PP=2241;ReadPosRankSum=-4.313;SC=TTTTGGTCTTCAAACAAGGTT;SOR=1.283;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=32;WE=33534220;WS=33534184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr16	33534198	rs146867572	C	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQRankSum=-6.433;QD=2.30;ReadPosRankSum=-2.735;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,18:0.19:94
chr16	33534205	rs75274563	T	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQRankSum=-9.162;QD=14.38;ReadPosRankSum=-4.038;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,34:0.36:95
chr16	33534209	rs111304289	T	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQRankSum=-9.353;QD=13.43;ReadPosRankSum=-3.264;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,36:0.36:99
chr16	33534212	rs74015084	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQRankSum=-9.434;QD=13.17;ReadPosRankSum=-2.863;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr16	33534254	rs79370116	C	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=8;HapScore=2;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.573;NF=8;NR=24;PP=504;ReadPosRankSum=3.024;SC=ACAGTAAAAACAAAGTCAAGA;SOR=0.860;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=32;WE=33534262;WS=33534244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr16	33534278	rs10445205	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.281;NF=12;NR=26;PP=538;ReadPosRankSum=1.506;SC=GATGAAATGCATGTAATTAAG;SOR=0.440;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=38;WE=33534286;WS=33534268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr16	33534325	rs375310866	CT	C	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQRankSum=-5.611;QD=16.41;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr16	33534330	rs28594967	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQRankSum=-5.611;QD=16.62;ReadPosRankSum=-1.268;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr16	33534344	rs78083012	G	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQRankSum=-4.811;QD=16.02;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr16	33534352	rs78884180	G	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQRankSum=-4.516;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr16	33534354	rs74594913	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQRankSum=-4.516;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.625;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr16	33534369	rs74800708	C	CAA	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.724;NF=1;NR=6;PP=261;ReadPosRankSum=2.109;SC=GCAGATCATACGAGGTCAGGT;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=33534377;WS=33534359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr16	33539512	rs78972024	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-5.884;NF=26;NR=12;PP=525;ReadPosRankSum=0.009;SC=TAGACAACTGCTAAGTTTTAG;SOR=0.457;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=38;WE=33539520;WS=33539502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr16	33539541	rs80334711	A	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQRankSum=-7.477;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,34:0.34:101
chr16	33539588	rs79792636	T	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=5.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQRankSum=-9.731;QD=3.84;ReadPosRankSum=2.994;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,39:0.26:151
chr16	33539634	rs76750868	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.441;HP=1;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.768;NF=18;NR=33;PP=1203;ReadPosRankSum=-1.981;SC=TGTGCAACAGCATCCGGTCTG;SOR=1.682;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=51;WE=33539656;WS=33539624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,24:0.18:132
chr16	33539648	rs56161129	C	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=5.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.932;HP=2;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.903;NF=10;NR=31;PP=1552;ReadPosRankSum=0.292;SC=CGGTCTGTAGCGACTCCTACA;SOR=2.448;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=41;WE=33539656;WS=33539624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,16:0.13:122
chr16	33783482	.	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.55;MQRankSum=-1.386;QD=12.09;ReadPosRankSum=1.444;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	33816336	rs112280634	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.82;QD=27.73;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr16	33961323	.	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=7.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-2.260;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.528;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,9:0.16:57
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chr16	33961499	rs75192280	CA	TG	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.290;NF=44;NR=20;PP=2067;ReadPosRankSum=-1.060;SC=CCATGGGAAGCATCCCAAGTG;SOR=0.712;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=173;TCF=112;TCR=61;TR=64;WE=33961547;WS=33961489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,23:0.15:152
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chr16	33961563	rs112604583	C	G	3178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=5.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-13.151;QD=9.32;ReadPosRankSum=-6.554;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,92:0.27:341
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chr16	33961649	.	G	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.482;ClippingRankSum=0.000;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQRankSum=-4.637;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.785;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:381,45:0.11:426
chr16	33961658	rs78363140	A	G	5377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQRankSum=-13.210;QD=13.38;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,149:0.37:402
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chr16	33961659	rs72797456	G	A	7718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQRankSum=-15.151;QD=19.30;ReadPosRankSum=2.949;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,198:0.50:400
chr16	33961665	rs115157005	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=9.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQRankSum=-9.189;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.265;SOR=1.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,35:0.09:401
chr16	33961668	rs114130062	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=12.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=-9.181;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.572;SOR=1.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,36:0.09:397
chr16	33961671	.	C	A	3619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=3.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQRankSum=-7.724;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,105:0.27:389
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chr16	33961676	rs201135753	T	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=2.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQRankSum=-3.945;QD=2.47;ReadPosRankSum=3.572;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,48:0.12:384
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chr16	33961705	rs72797458	A	G	6251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQRankSum=-13.765;QD=20.77;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,155:0.51:301
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chr16	33961725	rs76585222	G	A	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.660;NF=20;NR=60;PP=789;ReadPosRankSum=-3.692;SC=GTGGGATCCCGTGGCCGTGTT;SOR=0.282;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=227;TCF=60;TCR=167;TR=80;WE=33961733;WS=33961679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,46:0.21:220
chr16	33961748	.	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=16.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQRankSum=-5.536;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,14:0.10:145
chr16	33961752	rs77324679	TT	CG	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.143;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.450;NF=16;NR=52;PP=2801;ReadPosRankSum=0.419;SC=GTGGCCCGGCTTTGCCTGAGG;SOR=1.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=32;TCR=107;TR=68;WE=33961761;WS=33961742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,56:0.43:131
chr16	33961759	.	G	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.907;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=11.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQRankSum=-5.671;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=3.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,12:0.10:124
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chr16	33961772	rs77705528	G	A	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQRankSum=-6.663;QD=13.05;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,38:0.35:109
chr16	33961779	rs74332681	C	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQRankSum=-6.047;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr16	33961794	rs78260690	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQRankSum=-5.907;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,22:0.20:108
chr16	33961810	rs78551646	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=12.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQRankSum=-5.468;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.141;SOR=3.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,10:0.11:93
chr16	33961902	.	C	A	296	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=135;MMLQ=25;MQ=54.57;NF=5;NR=16;PP=296;QD=15.7510101213;SC=TGGTGGCCCCCTCTGGGACCA;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=21;WE=33961910;WS=33961891;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:29,21:0.42:50
chr16	33961918	.	G	T	282	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=114;MMLQ=22;MQ=54.3;NF=5;NR=14;PP=282;QD=16.6721690814;SC=GACCAAACCCGGCTCCGCCTT;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=19;WE=33961926;WS=33961908;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr16	33962277	.	GT	CC	289	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=129;MMLQ=23;MQ=53.8;NF=8;NR=2;PP=289;QD=34.2467874862;SC=CGGTCTGCCTGTTCGCACGTG;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=10;WE=33962286;WS=33962267;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,10:0.40:25
chr16	33962298	.	T	G	149	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=159;MMLQ=23;MQ=53.14;NF=7;NR=5;PP=149;QD=15.3142677123;SC=GGCGCGAAGGTTCGGGAGTGG;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=12;WE=33962306;WS=33962288;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,12:0.48:25
chr16	33962375	.	C	T	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.91;QD=23.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	33962399	rs115506284	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQRankSum=-0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr16	33962400	rs74410326	C	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQRankSum=-1.282;QD=25.55;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,1:0.20:5
chr16	33962412	rs72797477	A	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQRankSum=-2.823;QD=21.18;ReadPosRankSum=-2.823;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr16	33962416	rs75367546	G	C	220.78	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQRankSum=-1.242;QD=27.60;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	33962417	.	G	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQRankSum=1.501;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr16	33962425	.	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQRankSum=-0.278;QD=11.88;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr16	33962456	rs75550881	G	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQRankSum=-3.067;QD=18.98;ReadPosRankSum=3.067;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	33962470	rs74988619	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.33;MQRankSum=-3.268;QD=17.15;ReadPosRankSum=2.670;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	33962479	rs74016524	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQRankSum=-2.823;QD=20.58;ReadPosRankSum=2.128;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr16	33965402	.	G	A	465	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=127;MMLQ=27;MQ=57.63;NF=18;NR=1;PP=465;QD=26.3037480288;SC=TGTTGGGAGCGCCCTTGCCAA;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=19;WE=33965416;WS=33965399;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,19:0.42:45
chr16	33965407	rs140145020	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-2.003;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.237;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr16	33965408	rs146483430	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-2.065;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.340;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr16	33965449	rs74187619	G	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-5.203;QD=3.08;ReadPosRankSum=2.261;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,12:0.14:83
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chr16	33965459	rs112675472	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-5.107;QD=2.02;ReadPosRankSum=3.121;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,12:0.12:100
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chr16	33965542	.	C	T	4771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=1.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-2.809;QD=16.34;ReadPosRankSum=3.894;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,129:0.44:292
chr16	33965560	rs75603223	T	A	6644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-4.562;QD=20.96;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,177:0.56:317
chr16	33965560	.	TTGCCTGTCTG	ATGCCTGTCTA,ATGCCTGTCTG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=136;MMLQ=23;MQ=54.76;NF=73,152;NR=64,125;PP=2944,2962;QD=20;SC=TCCCAGGGCTTTGCCTGTCTG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=356;TCF=195;TCR=161;TR=137,277;WE=33965603;WS=33965550;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.38:356
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chr16	33965589	rs62030476	G	A	5479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=1.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.744;QD=18.14;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,146:0.48:302
chr16	33965618	.	C	T	6171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-11.546;QD=14.39;ReadPosRankSum=-3.458;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,165:0.38:429
chr16	33965627	rs74218440	T	C	5476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=1.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-11.951;QD=15.78;ReadPosRankSum=-1.821;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,143:0.41:347
chr16	33965636	.	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=1.741;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.191;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,46:0.13:349
chr16	33965642	.	TGA	T	3576.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-8.037;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,99:0.31:322
chr16	33965644	rs72799208	A	G	5285.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.721;NF=62;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GGGTTCCCTGACGTGGCCTGC;SOR=0.673;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=228;TCF=79;TCR=149;TR=174;WE=33965680;WS=33965608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,143:0.46:308
chr16	33965646	.	G	GCA	3466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-8.305;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,93:0.38:248
chr16	33965655	rs113687113	C	A	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=6.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=4.079;QD=11.37;ReadPosRankSum=1.420;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,73:0.31:234
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chr16	33965666	.	G	A	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=6.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=3.103;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.017;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,66:0.28:232
chr16	33965669	.	C	G	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=4.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=3.015;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.320;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,64:0.28:229
chr16	33965672	.	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=1.052;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,28:0.13:221
chr16	33965681	.	G	GA	1736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.324;NF=3;NR=42;PP=2738;ReadPosRankSum=1.658;SC=CCCAAGTGCAGACCGGCGACG;SOR=1.115;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=138;TCF=12;TCR=126;TR=45;WE=33965698;WS=33965671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,50:0.28:178
chr16	33965684	.	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.573;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,25:0.15:169
chr16	33965687	rs78198861	C	T	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=3;HapScore=2;MGOF=186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.559;NF=15;NR=45;PP=1606;ReadPosRankSum=0.504;SC=TGCAGACCGGCGACGTCCGCC;SOR=0.554;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=148;TCF=35;TCR=113;TR=60;WE=33965698;WS=33965671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,50:0.31:160
chr16	33965688	.	G	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=0.255;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,24:0.15:159
chr16	33965690	rs74964080	C	T	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.642;NF=8;NR=34;PP=2626;ReadPosRankSum=0.824;SC=AGACCGGCGACGTCCGCCCTC;SOR=1.382;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=145;TCF=35;TCR=110;TR=42;WE=33965698;WS=33965671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,46:0.29:156
chr16	33965708	.	G	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.639;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr16	33965711	rs76711006	G	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.018;QD=30.53;ReadPosRankSum=0.766;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,61:0.71:86
chr16	33965727	.	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=13.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=3.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr16	33965729	.	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=5.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr16	33965731	.	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=13.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr16	33965735	.	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=10.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
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chr16	33965741	rs111610856	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=10.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.205;SOR=2.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
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chr16	34681938	rs237988	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=23;PP=761;SC=ATGAGTTCTTCCATGTTTAGA;SOR=1.280;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=38;WE=34681946;WS=34681928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	34682019	rs237989	G	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=14;PP=603;SC=AGTATGAGTGGTTTCATGGTT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=34682027;WS=34682009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	46508345	.	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=305;ReadPosRankSum=-0.434;SC=AACTTGGCTGGAAGCAGCTCC;SOR=0.875;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=21;WE=46508353;WS=46508335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr16	46564841	.	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=-1.732;SC=AGCTAATTAGGAAAAAGTAGG;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=46564849;WS=46564831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr16	46565019	rs1436436	T	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=314;SC=GTCGTACCTTTTTACAGGATT;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=19;WE=46565027;WS=46565009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	46584305	.	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=398;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTAGGTTTTTCCCTATTCCCA;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=29;WE=46584313;WS=46584295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr16	46602819	rs12934443	C	T	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=43;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.350;SC=AGCCAGAGCTCCTCCTCATGG;SOR=0.785;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=92;WE=46602827;WS=46602809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,129:0.54:241
chr16	46602903	.	C	T	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=885;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CCAAGCCACTCTGGTCAGCCA;SOR=1.178;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=149;TCF=57;TCR=92;TR=65;WE=46602911;WS=46602893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,97:0.48:203
chr16	46637746	rs4967259	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=253;SC=CTACTGCTGATGAAAGGCAGG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=46637754;WS=46637736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	46642456	rs8052092	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=117;SC=CACACAACATAGAGACCTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=46642464;WS=46642446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	46651417	rs34949348	TA	T	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=266;SC=ACATGGCAATTAGATGTGAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=46651425;WS=46651407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	46655088	rs144172091	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=325;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GAAGGCCCGCGACCCAGGCGC;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=18;WE=46655096;WS=46655078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr16	46655210	rs6598679	A	G	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=54;PP=1890;SC=CGCCCAGCCCATGCGCTCCGG;SOR=0.822;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=117;WE=46655218;WS=46655200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	46696284	rs168745	G	A	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=35;PP=1072;SC=TCAGAGGTTCGTGATTCTCTT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=46696292;WS=46696274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	46697098	rs2304492	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=1.736;SC=AAACATTTTAAGTTACCTTAA;SOR=1.356;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=13;WE=46697106;WS=46697088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr16	46705502	rs36310	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=2.378;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	46705576	rs4966616	C	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr16	46714529	rs700582	A	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=540;ReadPosRankSum=-1.343;SC=ACACTTTTATACATTCTACAA;SOR=0.700;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=27;WE=46714537;WS=46714519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr16	46715191	rs700581	G	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	46723598	rs33994299	T	C	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.949;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,66:0.52:126
chr16	46743675	rs4141491	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=389;ReadPosRankSum=1.734;SC=CTGAGTCAGTGGAACAGATTA;SOR=1.096;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=25;WE=46743683;WS=46743665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr16	46745627	rs140981649	C	T	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=162;ReadPosRankSum=0.488;SC=GCTTTCTCTCCAGCTGAAGCT;SOR=0.853;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=16;WE=46745635;WS=46745617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr16	46755213	rs194055	C	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=423;SC=ACATGAATGGCTCAGGGCAGC;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=46755221;WS=46755203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr16	46764533	.	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
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chr16	47347780	rs2058769	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=217;ReadPosRankSum=-1.272;SC=ACAAAATAAAGTGTTCTTGTA;SOR=1.136;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=19;WE=47347788;WS=47347770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr16	47399670	rs76973321	CT	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.967;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.466;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
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chr16	47630539	rs12445959	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=116;ReadPosRankSum=0.024;SC=ATTTGGGTGGTGTTTCATGGT;SOR=0.437;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=12;WE=47630547;WS=47630529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr16	47684686	rs150516784	TATTA	T	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=165;ReadPosRankSum=-0.609;SC=AGTATTAGATTATTAATTTAC;SOR=0.262;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=5;WE=47684697;WS=47684676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr16	48122582	rs7193955	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=510;ReadPosRankSum=-0.515;SC=ATCTCCCCACGGCTGGGCCAG;SOR=0.780;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=35;WE=48122590;WS=48122572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr16	48124999	.	T	C	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=439;ReadPosRankSum=-0.083;SC=AAAATTAACTTGTCCCTCCTC;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=39;WE=48125007;WS=48124989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,75:0.44:169
chr16	48145529	.	C	T	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=713;ReadPosRankSum=2.068;SC=CAGGGCTCTCCTTGAAGGCTT;SOR=0.790;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=54;WE=48145537;WS=48145519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,69:0.48:143
chr16	48145631	.	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=687;ReadPosRankSum=0.427;SC=TCCCAGGCACGAAATCCTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=54;WE=48145639;WS=48145621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,75:0.55:136
chr16	48155637	.	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=544;ReadPosRankSum=-0.005;SC=CTTTGGTGATCATACTTTTCT;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=42;WE=48155645;WS=48155627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
chr16	48204118	.	G	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr16	48210832	.	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=1.498;SC=AAGCTCAGCTCACCAGAGCCC;SOR=0.646;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=12;WE=48210840;WS=48210822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr16	48234427	.	G	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=523;ReadPosRankSum=0.111;SC=TGTCCAGACAGCAAGCACAGC;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=45;WE=48234435;WS=48234417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr16	48247523	rs11866529	T	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=-0.411;SC=CCATTCCCTGTCACCCGCATC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=13;WE=48247531;WS=48247513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr16	48248918	rs8047091	T	C	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
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chr16	48250221	rs28376623	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.91;ReadPosRankSum=-1.896;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	48250247	rs28626252	C	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr16	48256602	rs16945974	T	C	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=662;ReadPosRankSum=0.469;SC=TGGCTGTGCGTTGGTTGATGA;SOR=0.763;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=42;WE=48256610;WS=48256592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,66:0.55:121
chr16	48258381	rs73546424	T	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
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chr16	48258424	rs9933821	T	C	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
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chr16	48296540	.	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.674;SC=CAAAATAAACGTTTTATTATC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=48296548;WS=48296530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr16	48329918	rs5816590	TC	T	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.728;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.226;NF=3;NR=3;PP=112;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTTTTTGTTCTCCCCTAGGTG;SOR=0.158;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=6;WE=48329926;WS=48329908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr16	48390512	rs8053839	G	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=1.405;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr16	48585268	.	A	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr16	49412531	rs27813	A	G	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=690;ReadPosRankSum=1.143;SC=GGCCCCGGCCACCAGAATCCT;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=50;WE=49412539;WS=49412521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,75:0.60:126
chr16	49412598	.	T	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=292;ReadPosRankSum=0.928;SC=CTTAGAGCAGTAGCGTCCACG;SOR=0.416;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=20;WE=49412606;WS=49412588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr16	49430434	.	C	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr16	49559403	.	C	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=731;ReadPosRankSum=0.239;SC=TTGATGCCTTCCTCTGCAAGG;SOR=0.791;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=51;WE=49559411;WS=49559393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,67:0.52:128
chr16	49660026	rs16947716	A	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=500;ReadPosRankSum=1.442;SC=TGGAACCGCAAATTTAAAACC;SOR=0.669;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=27;WE=49660034;WS=49660016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr16	49672520	rs3803665	A	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=492;ReadPosRankSum=-1.177;SC=TGTGCCGGTCACGGCTCCTCT;SOR=1.027;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=36;WE=49672528;WS=49672510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr16	49764748	.	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=230;ReadPosRankSum=-0.582;SC=TGCTGACAGTGATCGCAGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=22;WE=49764756;WS=49764738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr16	50059279	rs9934704	C	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=155;SC=GGCCCGTCCCCCGTCTCCCCT;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=50059287;WS=50059269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	50059314	rs9924833	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	50059500	rs7194313	C	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=17;PP=794;SC=TTTCTTTTCACTGGCAGACAC;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=50059508;WS=50059490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	50067905	rs9302745	G	A	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=10;PP=473;SC=CTTGTGATCCGACCGCCTCGG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=50067913;WS=50067895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	50067992	.	C	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=2.597;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr16	50069312	rs2041918	C	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=16;PP=541;SC=AAAATTCTGTCTTTTCATTTT;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=50069320;WS=50069302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	50100253	rs4389139	T	A	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=59;PP=2366;SC=GCGCGCCTTCTGACCCTTTTC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=128;WE=50100261;WS=50100243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr16	50102618	rs60730387	G	GAAAT	2928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=10;PP=2021;SC=GCTAAAAATAGAAATGTGAGA;SOR=2.231;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=37;WE=50102626;WS=50102608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	50106594	rs2287197	T	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=10;PP=572;SC=TAAGTAGGTTTCCTACCAATG;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=50106602;WS=50106584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	50109478	rs12931497	G	A	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=16;PP=804;SC=TTTTTGCCTCGTAGCATATTG;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=50109486;WS=50109468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	50112971	rs66756058	GT	G	111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=121;SC=TAATACAGCTGTTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=50112979;WS=50112961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	50117828	.	CTT	C,CT	1223.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.875;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.384;QD=12.00;ReadPosRankSum=1.117;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:15,25,62:0.25,0.61:102
chr16	50118125	rs34805615	G	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.557;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=609;ReadPosRankSum=0.541;SC=CAGTGAGTGCGGGGGACAGCT;SOR=1.116;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=38;WE=50118133;WS=50118115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr16	50118245	rs877639	G	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=720;SC=GCATGGGAAAGGCTTAAGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=50118253;WS=50118235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	50120122	rs2287196	C	T	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=216;SC=CACTTCCTTTCCAGAATGAAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=50120130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	50251590	rs3887556	G	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	50251671	rs10530119	G	GTCTCTCTCTCTCTCTC,GTCTCTCTCTCTCTCTCTC	789.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.41;QD=43.87;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,10:0.44,0.56:18
chr16	50261735	rs4624170	C	T	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=31;PP=1384;SC=TTATAACTCACGTGACTTGTG;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=73;WE=50261743;WS=50261725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	50323211	rs13332825	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=166;ReadPosRankSum=0.555;SC=CCTCCCAAAGTGTTGGGATTA;SOR=0.524;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=17;WE=50323219;WS=50323201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr16	50326661	rs8051594	A	G	6656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=88;PP=2820;SC=TGCAGGATGCATCCCGGGACC;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=75;TCR=88;TR=163;WE=50326669;WS=50326651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr16	50327439	rs2302712	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=2.745;SC=TGTGATTAGCATATCCCGGGG;SOR=1.214;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=23;WE=50327447;WS=50327429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr16	50327456	rs2302713	C	T	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.50;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr16	50328421	rs2302716	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=202;SC=CTATGGAGGCTGAGGAAGGAC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=50328429;WS=50328411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	50328483	rs8061123	G	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=1.901;SC=AGACAGTCCTGCGTGCTCCTG;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=12;WE=50328491;WS=50328473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr16	50334840	rs3833062	AG	A	718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=5;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.171;NF=4;NR=15;PP=590;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CTGTGGATGGAGGGTTCTGCG;SOR=0.511;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=19;WE=50334848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr16	50335150	rs35262781	TG	T	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=1.095;SC=AGGCCGCAGCTGGGGGGGACC;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=14;WE=50335158;WS=50335140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr16	50342847	rs2302681	C	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=13;PP=506;SC=CCCCTTTGTACACTCAGGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=50342855;WS=50342837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	50343581	rs376079460	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=0.970;SC=GCCCGGCTCCGTGGCCTCATT;SOR=0.383;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=23;WE=50343589;WS=50343571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr16	50345710	.	GCCC	G	201.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr16	50345778	rs2302679	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	50346748	rs3214383	T	TCC	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=398;SC=TTGCCACTCTTCCTGTCCCCT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=50346756;WS=50346738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	50348409	rs9926131	A	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=578;SC=GCCATCTATTATGAAAGGTTT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=50348417;WS=50348399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	50359774	.	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=2.968;SC=GAACTGTAGGGCCCATAATTC;SOR=0.593;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=12;WE=50359782;WS=50359764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr16	50359901	rs8046783	G	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=123;SC=TACTTCATTGGCTGGTTTGCA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=50359909;WS=50359891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	50367633	rs56370009	T	TA	91.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	50368677	rs145896392	CCT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-4.905;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,7:0.11:62
chr16	50368863	rs143461189	GCATTTTTTTCCCCA	G	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=2718;ReadPosRankSum=1.637;SC=TTAAAGTAATGCATTTTTTTC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=50368884;WS=50368853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	50642201	rs933566	G	C	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=704;ReadPosRankSum=-1.270;SC=CTGTCTTCTTGTAGGAGCTCG;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=51;WE=50642209;WS=50642191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,75:0.48:157
chr16	50655770	.	TCTGGGGCCGTC	T	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=1719;ReadPosRankSum=0.792;SC=TTCTGCCACATCTGGGGCCGT;SOR=0.346;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=50655788;WS=50655760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr16	50664085	rs377754697	C	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=496;ReadPosRankSum=2.023;SC=TCTCCGCTTCCCTCCCATTCA;SOR=0.394;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=32;WE=50664093;WS=50664075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr16	50701957	rs79124041	G	A	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=854;ReadPosRankSum=-1.967;SC=CGGAGCCTACGGGTTGAAAGC;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=58;WE=50701965;WS=50701947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,78:0.51:153
chr16	50733859	rs2067085	C	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.486;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr16	50733969	rs2111235	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=0.303;SC=AACTTGGTCCATGGGATTTCC;SOR=1.329;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=50733977;WS=50733959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	50743919	rs34133110	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=342;ReadPosRankSum=1.585;SC=CCCAGGTTTTCAAACTCAGGT;SOR=0.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=32;WE=50743927;WS=50743909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr16	50745583	rs1861759	T	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=445;ReadPosRankSum=1.655;SC=TCCTGGTGCGTGCCAAAGGTG;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=31;WE=50745591;WS=50745573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr16	50759267	rs138198313	AC	A	311.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=321;ReadPosRankSum=1.973;SC=CCCACAACGTACTTTATCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=50759277;WS=50759257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
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chr16	51172960	.	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=562;ReadPosRankSum=0.530;SC=AAAGAGCTGGGATGGCAGATC;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=34;WE=51172968;WS=51172950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr16	51173559	rs1965024	G	A	5598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=0.185;SC=TCGACATCTCGAGGGGCAAAG;SOR=0.434;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=160;WE=51173567;WS=51173549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr16	51174309	.	G	A	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.042;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
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chr16	51177113	rs4399530	A	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.21;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	51177327	rs34204387	G	GAA,GAAA	1971.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.48;QD=27.39;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,54,18:0.75,0.25:72
chr16	52085593	rs1582317	A	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.786;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=353;ReadPosRankSum=-1.259;SC=TATGGGGAGAAAATTAATATC;SOR=0.164;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=25;WE=52085601;WS=52085583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr16	52107849	rs33338	C	A	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=27;PP=773;SC=TGAGGCTTGACTGCAAGGATT;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=52107857;WS=52107839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	52473771	.	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=0.409;SC=TGACACTGTTCCATGTTGAGA;SOR=0.761;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=22;WE=52473779;WS=52473761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr16	52484079	rs67375262	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr16	52580500	rs3095602	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=219;ReadPosRankSum=0.333;SC=GCGCGCCCAGGATGGGGAGGT;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=16;WE=52580508;WS=52580490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	52837310	rs4784258	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=0.524;SC=TGTTTTGTTTCGTTTTTTAAT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=52837330;WS=52837300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr16	52837322	rs4784259	A	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=226;SC=TTTTTTAATTATAGACCCCTA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=52837330;WS=52837300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	52992947	rs9933492	T	C	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	52993016	rs9931362	A	C	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=36;PP=1153;SC=TTTAGGCTCCATCCCCCTCCT;SOR=1.148;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=54;WE=52993024;WS=52993006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	53035331	rs74018575	A	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr16	53035373	.	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=163;ReadPosRankSum=-0.496;SC=AGTGAGAGTTCCCACCTACAG;SOR=0.730;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=14;WE=53035381;WS=53035363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr16	53035592	rs12149531	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-1.225;SC=GCACATTCCTAGCCCCCAGCC;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=11;WE=53035600;WS=53035582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	53076131	rs62049054	T	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=8.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.901;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr16	53191470	rs12597487	T	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=450;ReadPosRankSum=-0.987;SC=AGCTCTTTGCTTTTATTTTGG;SOR=0.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=36;WE=53191478;WS=53191460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,54:0.43:126
chr16	53272216	rs8049913	A	C	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=1;PP=185;ReadPosRankSum=0.119;SC=TAGAAAAAAAACCCAATGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=11;WE=53272224;WS=53272206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr16	53279123	rs138968213	TA	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CACACACACATAACATATATA;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=53279131;WS=53279113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr16	53288265	rs6499510	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=1.804;SC=AAGAATTCTTGTATGTGTTTA;SOR=1.473;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=53288273;WS=53288255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	53308315	rs57281432	A	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GCCTCCTGAGAGGCTCGCACT;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=8;WE=53308323;WS=53308305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr16	53319390	rs112281896	T	TAATGA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=153;SC=GATTAAAAAATAATGAAATCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=53319398;WS=53319380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	53319551	.	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.578;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr16	53321734	.	T	C	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5164;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=53;QD=21.9428031368;SC=TGCTGTGTCTTGGGCTCTTCT;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=53321742;WS=53321724;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,4:0.80:5
chr16	53325691	rs1894903	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-1.431;SC=TAAATTGCACGTACTTCTGTA;SOR=0.521;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=15;WE=53325699;WS=53325681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr16	53326860	rs2287078	G	A	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,126:0.46:275
chr16	53327041	rs7188463	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=0.197;SC=GGGTACAATTATCACGCTTTG;SOR=0.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=11;WE=53327049;WS=53327031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr16	53340080	rs3760010	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=147;ReadPosRankSum=1.709;SC=GAATAATTATGTAAAATCCTT;SOR=1.115;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=11;WE=53340088;WS=53340070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr16	53341748	rs6499548	T	G	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=555;ReadPosRankSum=0.379;SC=AATACAGCGATCCCAGTGTAC;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=39;WE=53341756;WS=53341738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,68:0.46:148
chr16	53342860	rs12596466	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.349;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=1.082;SC=ATTTATTTTTCCTTTGTTGGA;SOR=0.175;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=9;WE=53342868;WS=53342850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr16	53348207	rs8055218	T	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr16	53349000	rs12596829	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=0.028;SC=ATTTTTATGAGTTGTCAGATC;SOR=0.459;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=14;WE=53349008;WS=53348990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr16	53352329	rs16952168	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTTCATTATGTGGTGGTGTTT;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=53352337;WS=53352319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr16	53358439	rs3743771	A	G	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=747;ReadPosRankSum=0.814;SC=TTCTCCTTCCACATCCTCTAC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=67;TCR=42;TR=58;WE=53358447;WS=53358429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,95:0.53:180
chr16	53403611	.	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr16	53403611	.	CC	TT	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=33;QD=43.2339374311;SC=AACATATTTTCCCTTAACAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=53403620;WS=53403601;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr16	53403612	.	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr16	53404203	rs10775327	C	A	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=34;PP=855;SC=GGAACTTTTACCTGACTAAAA;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=53404211;WS=53404193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	53476804	rs17800577	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=2.153;SC=AGGAATACACGTTAGTCTGTG;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=21;WE=53476812;WS=53476794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr16	53481010	rs17800727	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.991;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr16	53487218	rs9941254	C	T	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=0;PP=84;SC=AAATTCTTAGCGTTGAAATAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=53487226;WS=53487214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	53487589	rs17192524	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=0.618;SC=TTAACATGACGACTTAAGGAT;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=19;WE=53487597;WS=53487579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr16	53493346	rs66521736	AT	A	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=-0.115;SC=ATTCTGTGTAATTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=7;WE=53493354;WS=53493336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr16	53496598	rs7204496	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr16	53499599	rs1072910	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=0.319;SC=GAGGGTGGCAATTAGGTTTAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=53499607;WS=53499589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr16	53503934	rs1131220	G	A	4274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=2.841;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,116:0.44:265
chr16	53503943	rs11540358	C	G	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.70;ReadPosRankSum=1.470;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,119:0.45:262
chr16	53504721	rs10748	T	C	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=710;ReadPosRankSum=-1.861;SC=TTCAGATGAATTGAGGAAAAA;SOR=0.979;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=46;WE=53504729;WS=53504711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,74:0.55:134
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chr16	53513055	rs8049033	T	C	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr16	53524308	rs3929	G	C	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=754;ReadPosRankSum=1.611;SC=TCCAGCTGATGAGTTACAGCC;SOR=0.488;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=40;WE=53524316;WS=53524298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr16	53526551	rs9931702	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=0.612;SC=CAAATGAAGACATTTTAGAAA;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=18;WE=53526559;WS=53526541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr16	53679513	.	A	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=149;ReadPosRankSum=-0.516;SC=TTACAATTTTATAGATTCAAA;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=53679521;WS=53679503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	53699003	rs4133017	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=-2.127;SC=TTTTAGTGGCGCAGAGACCAC;SOR=0.593;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=12;WE=53699011;WS=53698993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr16	53860481	rs3826169	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=24;PP=663;SC=AGATACACACGCATATACATG;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=53860489;WS=53860471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	53913930	rs11076004	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=307;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TTTTTGAGATGGAGTCTCGCT;SOR=0.569;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=16;WE=53913938;WS=53913920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr16	54018921	rs16952730	G	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=564;ReadPosRankSum=2.612;SC=CTTCCAAATAGGTGAAGTTTA;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=38;WE=54018929;WS=54018911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr16	54145655	.	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=265;ReadPosRankSum=0.605;SC=GGATTAATTTCCTATTTTTAC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=23;WE=54145663;WS=54145645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr16	54318102	rs8050831	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=8;PP=357;SC=TGCTCGGCGTCCTCTCCTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=54318110;WS=54318092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	54318528	rs1450355	A	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	54319571	rs1868692	A	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=28;PP=869;SC=AGGGAGCGCGAGTGAGCCCCA;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=54319579;WS=54319561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	54319994	rs1868691	G	C	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	54602769	rs112946517	G	GGGAGAA	1875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=49.36;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	54691273	rs4784409	C	A	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	54967096	rs13336114	C	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr16	54967136	.	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr16	55359126	rs31078	A	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr16	55359141	rs31079	T	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=295;ReadPosRankSum=-0.139;SC=CCTCTTGTGTTCTGGGGGAAG;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=18;WE=55359149;WS=55359131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr16	55360208	rs31081	G	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.562;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr16	55362673	.	AGAG	A	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.481;QD=2.87;ReadPosRankSum=2.388;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,13:0.14:91
chr16	55513623	rs243862	C	T	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,89:0.56:158
chr16	55515593	rs1030870	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=342;ReadPosRankSum=0.243;SC=GTGTTGTCCAGAGGCAATGCA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=22;WE=55515601;WS=55515583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr16	55515621	rs1030869	T	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=461;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CTTAAGAAGATAACTCTGGAC;SOR=0.616;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=31;WE=55515629;WS=55515611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr16	55515695	rs708269	A	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,44:0.38:115
chr16	55516708	rs857403	T	A	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.26;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	55516767	rs1030868	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GCTTTGGTCAGTACTGTGCCA;SOR=1.075;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=10;WE=55516775;WS=55516757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr16	55519535	rs1132896	G	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr16	55523705	rs243849	T	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=76;PP=1694;SC=ACTACGATGATGACCGCAAGT;SOR=2.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=23;TCR=76;TR=99;WE=55523713;WS=55523695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	55525913	rs243846	G	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	55527026	rs11640428	A	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-0.466;SC=AGTGGGGAGAACCTCTGGAGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=55527034;WS=55527016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	55527113	rs2287074	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=320;ReadPosRankSum=0.184;SC=CCACCCCCACGCTGGGCCCTG;SOR=0.502;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=26;WE=55527121;WS=55527103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr16	55527298	rs243843	G	A	521.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=1.371;SC=TGAAGACTCCGCCAAATGCTT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=55527306;WS=55527288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr16	55530762	rs171498	G	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	55530772	rs243838	T	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.04;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	55532458	rs2287076	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	55536622	rs243835	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=1.966;SC=CTGGGTGCTCCCATCCAGGCC;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=15;WE=55536630;WS=55536612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr16	55536687	rs243834	A	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=422;ReadPosRankSum=0.060;SC=CTGTTTCTTTACAGATACAAT;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=28;WE=55536695;WS=55536677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr16	55536727	rs14070	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=1.306;SC=ATCCTGGCTTCCCCAAGCTCA;SOR=0.655;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=15;WE=55536735;WS=55536717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr16	55536763	rs11541998	C	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=188;ReadPosRankSum=-3.285;SC=ATGCCATCCCCGATAACCTGG;SOR=0.916;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=19;WE=55536771;WS=55536753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr16	55539191	rs243832	C	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr16	55543073	rs17302903	G	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=12;PP=783;SC=GCTTCGGCCGGGTTCTACGCC;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=55543081;WS=55543063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	55562257	rs837549	G	A	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=408;SC=TTAATTAACAGAGCTAATTAC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=55562265;WS=55562253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	55562466	rs837550	G	A	4718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=65;PP=2035;SC=TACCTTCTATGGTATCTCGAA;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=102;WE=55562474;WS=55562456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	55562606	.	A	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.293;SC=TAAAAAGTTTAAAATAAACAT;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=55562614;WS=55562596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	55579899	rs2397722	G	A	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=98;SC=CAATCTATAAGTATTTTCCCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=55579907;WS=55579889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	55583149	rs2160277	T	A	316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=228;SC=CTTTTTTTTTTAAAAAAAATG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=55583157;WS=55583139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	55583448	rs9934904	A	T	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=127;SC=GTCAGAGTTGAGAATTTATCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=55583456;WS=55583438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	55600869	.	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.438;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=383;ReadPosRankSum=0.963;SC=AGCAGCATTTCACCAGTGTGG;SOR=1.273;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=25;WE=55600877;WS=55600859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr16	55728081	rs28613651	T	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=333;SC=TGACTCTTGTTGGGTGGCAGA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=55728089;WS=55728071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	55729124	rs2279805	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr16	55730124	rs5568	A	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=267;ReadPosRankSum=0.344;SC=GAGGTCCTTGATGTTTCTTAC;SOR=0.316;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=18;WE=55730132;WS=55730114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr16	55730203	.	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=-0.812;SC=ACATTCTGGGCTGTTGTGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=11;WE=55730211;WS=55730193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr16	55731835	rs5569	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr16	55731946	rs998424	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.508;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=348;ReadPosRankSum=2.175;SC=AGGTGAGTAGGGGCTGGGCTC;SOR=0.577;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=27;WE=55731954;WS=55731936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr16	55735912	rs2242447	C	T	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=42;PP=1476;SC=CCCTGCTGTGCACTGCCCAAG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=55735920;WS=55735902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	55739144	.	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=636;ReadPosRankSum=-0.577;SC=ACGAGACAAGGGAGAAGGAGA;SOR=1.033;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=42;WE=55739152;WS=55739134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,70:0.47:150
chr16	55804073	rs77033107	T	G	218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.61;QD=21.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	55806311	rs28538364	G	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=493;ReadPosRankSum=-2.961;SC=CGGGGAACTGGGGTCACCTGG;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=37;WE=55806319;WS=55806301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,57:0.51:112
chr16	55806409	rs28366434	T	C	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=50;PP=1655;SC=GGAGGGTCAGTGGGAGGAGAA;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=100;WE=55806417;WS=55806399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	55806532	rs143032941	C	CAATACCT	4596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=30;PP=2067;SC=CTTCTGATTACAGTCTCAGGA;SOR=1.279;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=34;WE=55806540;WS=55806522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	55806587	rs71149630	CA	C	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=341;ReadPosRankSum=0.536;SC=AGCTAAAGACCAAGCTCTCCT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=17;WE=55806595;WS=55806577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr16	55844609	rs2244613	G	T	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.15;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr16	55845084	.	T	TG	464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=11;PP=581;SC=ATGAATCAAATGGGCTTATAT;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=14;WE=55845092;WS=55845074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr16	55847051	rs3859093	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	55847066	.	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TGGCCATGCGCCATGGCTGCA;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=55847074;WS=55847056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr16	55850708	rs2302719	T	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=6;PP=275;SC=TACCCCTCTCTGGGCCTCAGA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=55850716;WS=55850698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	55854246	.	G	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr16	55854259	rs2307237	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr16	55854412	rs2307229	A	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQRankSum=1.855;QD=16.39;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr16	55854452	rs2307233	G	A	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQRankSum=2.545;QD=31.15;ReadPosRankSum=3.998;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr16	55854455	rs2307235	A	C	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQRankSum=2.255;QD=31.75;ReadPosRankSum=3.950;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,42:0.81:52
chr16	55854514	rs8192940	G	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=535;SC=TCCAGTAGTGGGCTGACCCTC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=55854522;WS=55854504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	55855150	rs3217164	TG	T	3458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=18;PP=1972;SC=GATGCTGGGCTGTGAGTAGGG;SOR=1.382;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=45;WE=55855158;WS=55855140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	55857396	rs150951789	A	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.517;NF=32;NR=6;PP=650;ReadPosRankSum=0.898;SC=CTGGCATGACAAGAGCTGGGT;SOR=0.380;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=62;TCR=12;TR=38;WE=55857404;WS=55857386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr16	55862571	rs79647997	A	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-4.010;QD=4.49;ReadPosRankSum=-2.803;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr16	55862583	rs77360769	G	T	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-3.479;QD=13.31;ReadPosRankSum=-3.502;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,44:0.38:117
chr16	55862590	rs79821028	G	T	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-3.384;QD=13.05;ReadPosRankSum=-2.925;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,49:0.38:128
chr16	55862605	rs3848300	G	A	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=39;PP=2066;SC=GGATCAGCCCGTCAGGGGACT;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=108;WE=55862613;WS=55862595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr16	55862647	rs62028646	A	G	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.987;NF=37;NR=19;PP=941;ReadPosRankSum=0.490;SC=ACTTTGAGGTAAACATCCCCA;SOR=0.880;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=150;TCF=88;TCR=62;TR=56;WE=55862655;WS=55862637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,107:0.42:254
chr16	55862691	rs62028647	G	A	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-4.419;NF=34;NR=28;PP=886;ReadPosRankSum=2.530;SC=AGGAGGGTACGAGGTGGCATT;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=166;TCF=88;TCR=78;TR=62;WE=55862699;WS=55862681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,108:0.39:277
chr16	55862717	rs76828834	T	C	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-5.127;QD=13.60;ReadPosRankSum=1.955;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,85:0.38:225
chr16	55862720	rs74019278	T	C	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-5.340;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.939;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,84:0.38:224
chr16	55862762	rs3826194	C	G	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.281;NF=35;NR=25;PP=1017;ReadPosRankSum=-1.445;SC=GTCCAAGAGGCGGCTTGGCAA;SOR=0.758;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=141;TCF=78;TCR=63;TR=60;WE=55862770;WS=55862752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,71:0.40:177
chr16	55862791	rs114632091	T	C	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-11.390;NF=31;NR=34;PP=643;ReadPosRankSum=-0.746;SC=CCCAGGAAAATGGCCACAGGC;SOR=0.672;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=65;WE=55862799;WS=55862781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,73:0.36:203
chr16	55862824	rs3826192	C	T	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-11.306;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,103:0.39:263
chr16	55862836	rs3826191	G	A	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=1.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-10.735;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,120:0.42:285
chr16	55862883	rs3826190	C	A	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-11.970;NF=31;NR=48;PP=873;ReadPosRankSum=3.634;SC=GGACGGATGCCCTGCTGGACA;SOR=0.900;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=210;TCF=97;TCR=113;TR=79;WE=55862891;WS=55862873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,146:0.39:373
chr16	55862901	rs3826189	T	G	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.552;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.747;NF=29;NR=47;PP=868;ReadPosRankSum=2.624;SC=ACATGGAGAATAAATCAGGAT;SOR=0.923;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=203;TCF=91;TCR=112;TR=76;WE=55862909;WS=55862891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,135:0.37:361
chr16	55862955	.	G	C	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=7.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-10.600;QD=7.07;ReadPosRankSum=-2.169;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,45:0.24:189
chr16	55862958	rs3826188	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=11.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-10.921;QD=7.26;ReadPosRankSum=-2.040;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,41:0.23:179
chr16	55862959	.	C	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=10.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-10.817;QD=7.17;ReadPosRankSum=-2.378;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,41:0.23:176
chr16	55862961	rs3826187	T	A	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=7.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-11.253;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.842;SOR=1.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,38:0.22:173
chr16	55866894	rs56278207	T	TA	5957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=42;PP=2410;SC=GTGCCCCGCATTTTGATTTCA;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=59;WE=55866902;WS=55866884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	55880590	rs201786331	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr16	55883618	rs2160276	T	C	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=27;PP=769;SC=TGACAAAAGCTGGCTTCGTGT;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=55883626;WS=55883608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	55883761	rs7186875	A	C	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=155;SC=CCACCTATCAAGTCTTGGATG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=55883769;WS=55883751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	55905636	rs3859108	A	G	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	55905676	rs72810507	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=419;ReadPosRankSum=1.252;SC=CTGGAGGCACCTTGGAGAAGG;SOR=0.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=27;WE=55905684;WS=55905666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr16	55907600	rs6416763	C	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=438;SC=AGGGGATTACCAAACCACTCG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=55907608;WS=55907591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	56226638	rs374523415	GCA	G	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.303;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	56227965	rs59779556	T	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr16	56228066	rs1190761	A	G	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=14;PP=564;SC=TCTTATTTTTATTCGAGAGCT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=56228074;WS=56228056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	56362725	rs2241952	T	C	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=61;PP=1448;SC=AGCGGGCGCATGGCCTGGAGC;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=103;WE=56362733;WS=56362715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	56368495	rs4784656	T	C	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=574;SC=CCCCACTCCCTATGGCCTGGA;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=56368503;WS=56368485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	56377748	rs1799917	A	G	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.170;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,95:0.48:199
chr16	56459348	.	TGCC	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr16	56533574	rs182489002	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=-1.225;SC=GAATTCTTTCATATCATATTT;SOR=0.593;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=10;WE=56533582;WS=56533564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	56535193	rs375331369	CA	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.574;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr16	56548501	rs4784677	C	T	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=34;PP=994;SC=CTGGTTAATGCTGAGAAGAGA;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=56548509;WS=56548491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	56599221	rs182221	C	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=667;SC=CTGGCCACCTCTGGGGCAGCT;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=56599229;WS=56599211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	56601720	rs666636	A	G	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.21;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	56601722	rs666647	T	C	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.44;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	56623191	rs7195310	C	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=250;SC=AGTGCGCGCACAGCGGCGGCG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=56623199;WS=56623181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	56624079	rs11644094	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=33;PP=796;SC=GAAGACTCCAATGGCAGCTGG;SOR=2.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=43;WE=56624087;WS=56624069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	56666886	rs1827208	C	T	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=167;SC=GGCAGTCCCGCTCCACATCAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=56666894;WS=56666876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	56667282	rs1827210	C	A	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=34;PP=1413;SC=GGCTCCTGCACGTGCAAAGAG;SOR=0.740;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=66;WE=56667290;WS=56667272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	56667614	rs2270836	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.940;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-1.362;SC=TGGGGCAGGGCGGTGCCCGGT;SOR=0.946;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=18;WE=56667622;WS=56667604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr16	56667854	rs2270837	A	G	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=49;PP=1356;SC=TTCTTTTTATATTAAATATGT;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=77;WE=56667862;WS=56667844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	56673227	rs11640851	C	A	4812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=30;PP=1476;SC=TGCAAATGCACCTCCTGCAAG;SOR=1.386;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=87;WE=56673235;WS=56673217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	56673249	rs11647171	T	C	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=42;PP=1600;SC=AGAGTGAGTGTGGGGCCATCT;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=104;WE=56673257;WS=56673239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	56673436	rs58069153	A	AAG	2045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=1512;SC=AACTGAGGCCAAGAGTGCACC;SOR=1.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=32;WE=56673444;WS=56673426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	56683626	rs7189840	G	A	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=16;PP=414;SC=CAAGAGAGCTGGTATGTGTGA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=56683634;WS=56683616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	56686002	rs2070838	G	C	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	56686005	rs4619400	T	A	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	56686030	rs964372	C	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=699;SC=TTTCCTCTTGCCCAAGCTCCT;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=56686038;WS=56686020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	56686470	rs12051311	C	T	7939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr16	56687031	rs35231457	AT	A	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr16	56702000	rs904770	T	C	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=46;PP=1387;SC=CCAGCGGCTGTTTTTATAGTC;SOR=1.158;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=70;WE=56702008;WS=56701990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	56703914	rs4784708	G	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=0.709;SC=CATATTTTGCGATCTGAGCTG;SOR=1.204;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=27;WE=56703922;WS=56703904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr16	56704792	.	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=283;ReadPosRankSum=1.860;SC=TGTGACTTCTCTCTCCCTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=17;WE=56704800;WS=56704782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr16	56709728	rs8046181	GA	CG	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=4.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	56718015	rs34700091	AT	A	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.688;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr16	56832302	rs9927884	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=180;ReadPosRankSum=-1.488;SC=ATAGTAGATACCATTATGGTT;SOR=1.127;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=16;WE=56832310;WS=56832292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr16	56852822	rs1561139	G	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=1.537;SC=ATCAAATAGGGTAATAGAATT;SOR=1.501;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=56852830;WS=56852812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr16	56855496	rs2118017	C	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=0.752;SC=TCGCAGAGCTCGATGATAAGG;SOR=0.486;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=8;WE=56855504;WS=56855486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr16	56864398	rs1561140	C	T	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=24;PP=920;SC=AGCAGTCAGCCTTTCCTTGTT;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=56864406;WS=56864388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	56864618	rs4461062	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-0.609;SC=TGAGGTGGCACGCCCAGGGGC;SOR=1.085;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=56864626;WS=56864608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	56866196	rs2241770	T	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr16	56868086	rs199745065	C	T	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=689;ReadPosRankSum=0.450;SC=GGCTGAACTTCGTGCGGCTCC;SOR=0.572;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=50;WE=56868094;WS=56868076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,90:0.51:177
chr16	56868700	rs1347591	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=64;ReadPosRankSum=1.895;SC=GGTGAGTTAAATGCATCCTTA;SOR=0.934;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=6;WE=56868708;WS=56868690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr16	56871469	rs145442551	TTTTATTGATTAC	T	1983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.931;QD=20.88;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,52:0.55:95
chr16	56872722	rs3764265	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=441;ReadPosRankSum=-0.790;SC=AGCAATCCTTCCGCCCCAGCC;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=24;WE=56872730;WS=56872712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr16	56872824	rs3764266	G	A	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,98:0.43:226
chr16	56873554	.	CC	TT	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=5;HapScore=2;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=1294;ReadPosRankSum=-0.758;SC=ATTCCTTTTTCCCCACTTCCA;SOR=0.816;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=44;WE=56873563;WS=56873544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,60:0.44:135
chr16	56873613	rs3214652	T	TA	2085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=1103;ReadPosRankSum=2.240;SC=GAATTCTAGTTACAGTAACTA;SOR=0.614;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=29;WE=56873621;WS=56873603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,69:0.50:139
chr16	56876467	.	CTT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr16	56876470	.	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr16	56876493	.	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr16	56900931	rs13306673	C	T	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=238;ReadPosRankSum=-1.855;SC=GATGCAGAGACGCCGTCCCTA;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=22;WE=56900939;WS=56900921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr16	56904587	rs1529927	C	G	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=34;PP=1360;SC=CGCATCATTGCCGTGGTCTCG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=56904595;WS=56904577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	56911930	.	C	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=14;PP=1919;SC=CTAATGTCCTCCGTCCCTCCC;SOR=4.294;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=40;WE=56911940;WS=56911920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	56911932	.	G	GTCCCTCCCTCCCTCTCTCCC	2916	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=56.36;NF=0;NR=6;PP=2916;QD=20;SC=AATGTCCTCCGTCCCTCCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=6;WE=56911940;WS=56911920;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,6:0.24:25
chr16	56926176	rs12443855	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=0.325;SC=TTCTTGTGACGGTGGTGCCTG;SOR=0.437;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=56926184;WS=56926166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr16	56926828	rs2278489	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=359;ReadPosRankSum=-1.542;SC=GATGCGCGGCTGCTGGCTCTG;SOR=1.009;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=25;WE=56926836;WS=56926818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr16	56933315	rs9922270	T	C	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=367;SC=GCATGAGAATTGCTTGAACCT;SOR=2.636;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=56933323;WS=56933305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	56994394	rs61631085	GT	G	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.529;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr16	56994894	rs4783961	G	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=371;ReadPosRankSum=-2.464;SC=GTGCAAACTCGGGACTAGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=29;WE=56994916;WS=56994884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
chr16	56995038	rs4783962	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=0.138;SC=CAGCACTTGGTCATCTGGTCA;SOR=0.892;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=56995046;WS=56995028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr16	56996277	.	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr16	57003723	rs891141	G	T	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=17;PP=940;SC=GTTTGCAGGGGTGGGGACCCC;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=57003731;WS=57003713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	57003977	rs891142	T	C	6241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	57003980	rs891143	T	C	6212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	57007451	rs289714	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=731;SC=GCTGCTAGGGGATCCAGATGG;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=57007459;WS=57007441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	57015463	rs7195984	G	A	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=21;PP=990;SC=CTATGAGACAGAAGCACTGGC;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=57015471;WS=57015453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	57015616	.	G	A	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=1.126;SC=GATAGACTGGGGGAAATAAGT;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=22;WE=57015624;WS=57015606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr16	57015673	.	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GGGCCCTAAAGGAAATCAGGC;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=57015681;WS=57015663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr16	57016092	rs5882	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=-2.339;SC=CTCCGAGTCCGTCCAGAGCTT;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=20;WE=57016100;WS=57016082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr16	57017474	rs289741	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.214;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=671;ReadPosRankSum=-1.330;SC=AGCCCAGCTCGCCCCTCTCTC;SOR=1.006;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=41;WE=57017482;WS=57017464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr16	57017662	rs1801706	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=603;ReadPosRankSum=-0.145;SC=CTCCTCCAGCGTGGTGGAAGT;SOR=0.970;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=39;WE=57017670;WS=57017652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr16	57017762	rs289742	C	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=377;SC=CCAAGAGCTGCGGAGTCCTTC;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=57017770;WS=57017752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	57056295	rs149634155	AGGAGGCTGT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.326;NF=0;NR=6;PP=1798;ReadPosRankSum=-0.781;SC=TCCAAGCTGGAGGAGGCTGTG;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=6;WE=57056311;WS=57056285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr16	57057545	rs62035545	T	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=292;ReadPosRankSum=0.540;SC=TGACCCAGCCTCTGCCTGCTG;SOR=0.369;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=19;WE=57057553;WS=57057535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr16	57057619	rs1684575	G	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,66:0.42:156
chr16	57057654	rs1672865	A	G	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,79:0.42:188
chr16	57057845	.	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=1.018;SC=GGACCTTGTCCCCTGCCAATA;SOR=1.214;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=7;WE=57057853;WS=57057835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr16	57060213	rs9938543	C	T	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1721;ReadPosRankSum=1.584;SC=GGGCACTTGCCCACCTCGTCC;SOR=0.589;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=222;TCF=117;TCR=105;TR=114;WE=57060221;WS=57060203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,162:0.51:315
chr16	57060340	rs34531240	T	C	3686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=1.136;SC=GCCTGCTGACTTCCTTCTGCG;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=110;TCR=110;TR=107;WE=57060361;WS=57060330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,183:0.49:373
chr16	57060353	rs28438857	T	C	3673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.376;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CTTCTGCGTCTGCACAGGCCC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=108;TCR=110;TR=109;WE=57060361;WS=57060330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,186:0.51:367
chr16	57062177	rs1684576	T	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,62:0.47:131
chr16	57068107	rs3995817	C	T	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=663;ReadPosRankSum=0.769;SC=TCCAGGTCCACGATGCGGAGG;SOR=0.955;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=51;WE=57068115;WS=57068097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,75:0.48:157
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chr16	57070164	rs116732890	GT	AC	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=0.118;SC=CCCCGTGTTCGTAATCAGCAG;SOR=0.859;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=57070173;WS=57070154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr16	57071113	rs1684579	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr16	57071113	.	TA	CG	337	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=16;NR=9;PP=337;QD=15.6187149945;SC=ACAGCCTCAGTAACAACGGGC;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=25;WE=57071122;WS=57071103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,25:0.49:51
chr16	57071114	rs1672867	A	G	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.43;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	57071209	rs9926871	T	C	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=3.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.065;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,90:0.47:190
chr16	57071226	rs142016487	TCC	T	3650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.026;QD=18.72;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,96:0.49:195
chr16	57071232	rs1684580	C	G	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.956;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,97:0.48:201
chr16	57071236	rs55857123	C	T	3669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.025;QD=18.26;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,99:0.49:201
chr16	57071335	rs1651670	G	A	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=48;PP=1355;SC=CGTTACAGCCGGCACCCCTCT;SOR=1.697;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=65;WE=57071343;WS=57071325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	57071375	rs1672866	T	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=26;PP=516;SC=AGGCTGCTCATGGTTTATACC;SOR=3.545;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=57071383;WS=57071365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	57073683	rs864750	G	C	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	57074451	rs289726	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=380;ReadPosRankSum=0.232;SC=CAAGGTCTGATTGACTCTAGG;SOR=0.323;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=27;WE=57074459;WS=57074441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr16	57075406	rs56171037	T	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=398;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GGCTGACACATTGTGGCCTCC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=26;WE=57075414;WS=57075396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr16	57076018	rs919377	G	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=171;ReadPosRankSum=-1.188;SC=GCTGGGGCAGGGGGGGAGCAT;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=17;WE=57076026;WS=57076008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr16	57076115	rs158482	T	G	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=110;SC=CAATGTAAGTTCTCGGTGAAG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=57076123;WS=57076105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	57077523	rs2399596	G	A	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=51;PP=1090;ReadPosRankSum=0.918;SC=TCAGGTGAGCGTGCCTCTCCG;SOR=0.817;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=141;TCF=51;TCR=90;TR=76;WE=57077531;WS=57077513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,112:0.54:209
chr16	57077581	rs2399595	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.048;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=1219;ReadPosRankSum=1.064;SC=TCTGCTCCCACGTGGGCCCCT;SOR=1.313;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=32;WE=57077595;WS=57077571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr16	57077587	rs150620735	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=964;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CCCACGTGGGCCCCTTGTCCA;SOR=0.551;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=28;WE=57077595;WS=57077571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr16	57088886	rs45533741	G	T	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=42;PP=2262;SC=TGCTGGCCCCGTGGGGGCATC;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=113;WE=57088894;WS=57088876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	57091950	rs7201038	C	A	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=1;PP=395;SC=ACCTCTGATCCCCGCCACTGC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=57091958;WS=57091940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	57091977	rs7206703	T	C	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=8;PP=624;SC=CCCCCTACAGTCTCTCAGCAA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=57091985;WS=57091967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	57096110	rs60812088	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.109;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr16	57099321	rs56269236	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=-0.379;SC=CCAGCTAGTTTTCCATGTCCC;SOR=0.430;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=13;WE=57099329;WS=57099311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr16	57101340	rs7190199	T	C	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=502;ReadPosRankSum=-1.068;SC=AGCCTTCTTGTCGGGCAGCTG;SOR=1.063;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=36;WE=57101348;WS=57101330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr16	57101373	rs7185320	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=303;ReadPosRankSum=0.653;SC=GCCAGGCTGCAGCAGCTCAGG;SOR=0.862;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=26;WE=57101381;WS=57101363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr16	57101414	rs78599704	G	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=426;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GTGGGGCCCTGAGTTCTCTGG;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=25;WE=57101422;WS=57101404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr16	57101552	rs72775180	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=315;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GCTCTTGGGTGGCCCCTTCTC;SOR=1.557;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=19;WE=57101560;WS=57101542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr16	57103579	rs289710	G	A	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=25;PP=1373;SC=TCCAAGCTCTGTGGTGGCTTA;SOR=1.279;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=57103587;WS=57103569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	57103854	rs289711	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=193;SC=GTGGAGGGATTGGGGACAAGT;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=57103862;WS=57103844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	57108465	rs7205801	G	C	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=635;ReadPosRankSum=1.582;SC=AGACTGGACAGTGCCCCACCC;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=39;WE=57108473;WS=57108455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr16	57111232	rs11864231	C	T	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=954;ReadPosRankSum=-1.569;SC=AGATTGGAGACGCTGGTGTCC;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=136;TCF=57;TCR=79;TR=73;WE=57111240;WS=57111222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,147:0.55:268
chr16	57111993	rs11432614	T	TG	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=8;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.228;NF=0;NR=12;PP=525;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TCGGGAGCAGTGGGGGGGTCC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=12;WE=57112012;WS=57111983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	57112001	rs75220858	T	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=7;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=511;ReadPosRankSum=0.401;SC=AGTGGGGGGGTCCAGGCCCCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=10;WE=57112012;WS=57111983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	57112865	rs8056429	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=273;ReadPosRankSum=-1.506;SC=GCCAGAGACTGTCTACGGGCT;SOR=0.826;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=16;WE=57112873;WS=57112855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr16	57113126	.	C	T	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=727;ReadPosRankSum=1.614;SC=TCTCCCCTACCCTGCAGCTTG;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=48;WE=57113134;WS=57113116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,71:0.52:136
chr16	57113229	rs42221	A	G	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=30;PP=1143;SC=CTGCCTGCCTAGGGGACCAGT;SOR=0.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=57113237;WS=57113219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	57114924	rs154045	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	57114982	rs154044	C	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=7;PP=299;SC=GCTCTCCTGCCGCTGACTTTG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=57114990;WS=57114972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	57115274	rs154043	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=549;SC=TCAGCCTTCCTGCTGCACCTG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=57115282;WS=57115264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	57116287	rs27195	A	G	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=38;PP=1677;SC=ACAGATGGCAAAGATGGGAGG;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=89;WE=57116295;WS=57116277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	57116514	rs27194	T	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=597;SC=ACTGGGATAATTGACTCAGGA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=57116522;WS=57116504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	57144920	rs8053682	TG	AC	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.570;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=686;ReadPosRankSum=-0.930;SC=GGATCCAGGATGTCTGATGGA;SOR=0.164;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=20;WE=57144929;WS=57144910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr16	57157206	rs2305696	C	T	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=16;PP=687;SC=TTAGATCAGGCCCATCAGCTT;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=36;WE=57157214;WS=57157196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	57159248	rs4784771	C	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=241;ReadPosRankSum=-0.449;SC=ATCGGGGAGACGGGCACTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=24;WE=57159256;WS=57159238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr16	57159402	rs4784772	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	57171233	rs2305693	C	G	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=80;PP=2279;SC=CCAGGAAACACGCACGTCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=31;TCR=80;TR=111;WE=57171241;WS=57171223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	57197745	rs62037356	G	T	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=20;PP=1118;SC=TATAAACTCTGGCCTGGTAAT;SOR=1.289;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=65;WE=57197753;WS=57197735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	57249981	rs11391063	A	AT	808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,76:0.51:149
chr16	57255363	rs7206038	T	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=456;SC=ATGGGAGCAGTGGCAGTTTGC;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=57255371;WS=57255353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	57261146	rs11643790	A	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=4;PP=472;SC=CATCATCCAGAAAGCTTAGAA;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=57261154;WS=57261136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	57264753	.	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=-1.274;SC=GTCAAAAATTCGAGTAGATGC;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=14;WE=57264761;WS=57264743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr16	57318135	rs11644185	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	57392733	rs4359426	A	C	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=52;PP=1946;SC=CAGAGCATGGATCGCCTACAG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=101;WE=57392741;WS=57392723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	57447876	.	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=0.106;SC=GCCCTGGTCACCCTCCTCCTG;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=22;WE=57447884;WS=57447866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr16	57481305	rs178602	T	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=391;SC=CTCCACGCCTTGCGCCTCTCG;SOR=1.942;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=57481313;WS=57481295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	57486613	rs686402	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=3;PP=105;SC=AATGTCTTCCCAGCATGTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=57486621;WS=57486603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	57494178	rs223868	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	57495026	rs223870	T	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=5;PP=203;SC=TGAGATGCTGTTCCTGGGAGC;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=57495034;WS=57495016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	57496494	rs178601	A	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=130;SC=GACGCTCGGCAGTTCTGGCCT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=57496502;WS=57496484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	57499841	rs223839	A	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=423;SC=GCTAAACTCCATGTCTGCTTC;SOR=1.151;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=25;WE=57499849;WS=57499831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	57499902	rs4937	T	C	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=11;PP=766;SC=ATTCCTCAGTTCTTCATGATG;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=35;WE=57499910;WS=57499892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	57503213	rs601194	C	T	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=66;PP=2386;SC=CCGGTCAGTGCGGGAGAGCAT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=134;WE=57503221;WS=57503203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr16	57503773	rs223874	G	A	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=47;PP=1272;SC=GCTTTAGACCGTTTTTCCAGA;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=58;WE=57503781;WS=57503763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	57507777	rs11458669	T	TC	714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.129;HP=12;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.433;NF=4;NR=21;PP=782;ReadPosRankSum=-1.069;SC=CGTTCCCCCCTCCCCCCGTAC;SOR=3.506;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=25;WE=57507785;WS=57507767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr16	57508960	rs477025	T	C	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=3.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	57509164	rs223877	A	G	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=16;PP=615;SC=ATGCAGCTCCAGAGCCCGGTA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=57509172;WS=57509154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	57509572	.	A	ATCTC	108.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr16	57509956	rs2074545	G	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=263;SC=GCCTGCCACAGGGGGCGGTGC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=57509964;WS=57509946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	57562804	rs12935069	G	A	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	57624762	rs72791653	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=405;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CTGGGAACACGCATGAGGAGC;SOR=1.064;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=25;WE=57624770;WS=57624752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr16	57625470	rs11646739	C	T	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=159;SC=TGATCATTCCCATAGCAACCA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=57625478;WS=57625460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	57687314	rs2305307	T	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=158;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CTGGGCAGGGTGGGACCTGGA;SOR=0.611;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=15;WE=57687322;WS=57687304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr16	57689230	rs34289485	GGT	G	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=297;ReadPosRankSum=-1.249;SC=GGAACGGATGGGTGTGTGTGT;SOR=0.250;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=7;WE=57689239;WS=57689220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr16	57689385	rs1801257	C	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=431;ReadPosRankSum=0.445;SC=AAGGCCGGAGCGGGGAGGCTG;SOR=0.468;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=30;WE=57689393;WS=57689374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr16	57689805	rs1801255	A	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=26;PP=790;SC=ATTCCAGCCAAGTCCTGGGTG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=57689813;WS=57689795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	57689883	rs1376041	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	57690606	rs11866912	C	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=352;ReadPosRankSum=2.107;SC=TTCATATATTCAGTCATTTAT;SOR=0.896;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=24;WE=57690614;WS=57690596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr16	57691265	rs2305309	C	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=487;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GGCCAGCTCTCTCCTGTCTCC;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=33;WE=57691273;WS=57691255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,58:0.57:102
chr16	57693247	rs60907901	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=419;ReadPosRankSum=-1.654;SC=AGTCTGGGAAGGCTTCCTGGA;SOR=1.659;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=24;WE=57693255;WS=57693237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr16	57697532	rs10852554	T	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=1.829;SC=AAGCAGAGATTCGGCCTCGTC;SOR=0.740;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=19;WE=57697540;WS=57697522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,34:0.34:100
chr16	57697568	rs10852555	C	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr16	57702473	rs7205731	T	C	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=240;SC=CTCAGCACCTTCTCTAGCCCT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=57702481;WS=57702463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	57708642	rs4784003	T	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.585;SC=ACACAAGTAATCCTAGCACTT;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=11;WE=57708650;WS=57708632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr16	57710093	rs12596635	C	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=106;ReadPosRankSum=-0.730;SC=ACCCTCCCCCCATCCCTGGCC;SOR=1.112;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=12;WE=57710101;WS=57710083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr16	57713096	.	G	C	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=470;ReadPosRankSum=1.295;SC=CAGGGCCCCCGGCTCGGCCTG;SOR=0.713;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=44;WE=57713104;WS=57713086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chr16	57713250	rs4238795	C	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=496;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GGCCTGGCAGCCACTGCAGGG;SOR=0.763;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=41;WE=57713258;WS=57713240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr16	57713536	rs4784006	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=414;ReadPosRankSum=0.218;SC=ACAGTCGCACGCTTCACACGC;SOR=0.866;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=26;WE=57713544;WS=57713526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr16	57722328	rs12444859	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=464;ReadPosRankSum=1.102;SC=CAGTCTCCTCCTCTACTGCAA;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=30;WE=57722336;WS=57722318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr16	57722462	.	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=0.735;SC=CCCTCAGTTTCCTTCTCTGTA;SOR=0.649;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=17;WE=57722470;WS=57722452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr16	57732012	rs55645458	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=138;ReadPosRankSum=1.566;SC=GACGCTCAGAGACCTGGAGAA;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=12;WE=57732020;WS=57732002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr16	57755789	.	ACCCT	A	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=52;QD=33.5;SC=CTTCAGCTGCACCCTCCCTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=2;WE=57755800;WS=57755779;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,2:0.15:13
chr16	57762367	.	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr16	57778488	rs2967152	A	G	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=30;PP=1013;SC=CTGCAGTTGTACTGCTTCCTC;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=49;WE=57778496;WS=57778478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	57778550	rs2967153	C	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=21;PP=571;SC=AGCACTAACCCGGCAGTGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=26;WE=57778558;WS=57778540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	57786517	rs2965797	C	T	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=43;PP=1272;SC=CCGTCAGGTACGCAGGCTGTG;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=57786525;WS=57786507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	57786711	rs2965798	C	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=13;PP=613;SC=TCAACCCAGACGGCTGCTGCC;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=57786719;WS=57786701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	57794888	rs2965799	A	T	4711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=57;PP=2099;SC=GGCACCCACCAGATCAGGCCT;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=108;WE=57794896;WS=57794878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	57795394	rs2967172	G	A	7899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=110;PP=2965;SC=GCCCACTGCCGTCTGGGCACA;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=81;TCR=110;TR=190;WE=57795402;WS=57795384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr16	57797913	rs11649013	C	T	7403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=141;NR=69;PP=2965;SC=AGGGCTAACACAGATAACTAC;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=141;TCR=70;TR=210;WE=57797921;WS=57797903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr16	57803911	rs3803590	A	G	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=46;PP=1486;SC=GGTGCGGGAGAGAGAGGGGCA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=57803919;WS=57803901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	57805048	rs2967166	A	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=245;SC=CTTATGGGCTAGCCCTGCCCC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=57805056;WS=57805038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	57805078	rs2965790	C	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=295;SC=GGGCCTTGGGCTGAGGCACAG;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=57805086;WS=57805068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	57805176	rs2967165	A	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=14;PP=878;SC=GGCGCCGACTAAGCCGCTCCT;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=57805184;WS=57805166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	57806030	rs2965789	A	G	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=0;PP=111;SC=AGGGTGGGATATGCGGGCTCA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=57806038;WS=57806021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	57918035	rs13338071	T	C	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=735;ReadPosRankSum=-0.376;SC=ACACACCTGCTGGAACTGCGC;SOR=0.684;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=65;WE=57918043;WS=57918025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,108:0.47:232
chr16	57921752	rs11076207	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=236;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GTTCCCAACCACATTACCTGT;SOR=0.760;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=17;WE=57921760;WS=57921742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr16	57931504	.	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=206;ReadPosRankSum=-2.066;SC=CGGTCACATTCAGATCTTCAT;SOR=0.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=14;WE=57931512;WS=57931494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr16	57937856	rs413562	G	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr16	57937895	rs437920	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TCTGGGGGAAGGGTTATGGGA;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=18;WE=57937903;WS=57937885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr16	57946973	rs434961	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=312;ReadPosRankSum=-0.132;SC=ACGGGCGCCGAGACTCAGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=22;WE=57946981;WS=57946963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr16	57949224	rs10459809	G	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=2.671;SC=AAGGGCAGGAGGCTGAGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=13;WE=57949232;WS=57949214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr16	57949251	rs483053	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=1.072;SC=TGAAATCCCAGTGGGACACCA;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=16;WE=57949259;WS=57949241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr16	57950178	rs440565	G	C	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,86:0.57:150
chr16	57950270	rs4784871	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=0.391;SC=GAGGAGGGATCTGTTCTGGTC;SOR=0.551;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=15;WE=57950278;WS=57950260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr16	57973989	rs2303779	G	A	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.265;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=653;ReadPosRankSum=0.015;SC=CCAAGAGGGGGCCTCGCAGGA;SOR=0.412;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=48;WE=57973997;WS=57973979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,65:0.46:140
chr16	57974240	rs2303778	G	A	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=1112;ReadPosRankSum=-1.391;SC=GACCCGGGGCGGGGTGGGGAG;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=29;TCR=74;TR=67;WE=57974248;WS=57974230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,93:0.66:140
chr16	57984483	rs152143	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=574;SC=TGGGATGTGCGGGAGAGTGGG;SOR=2.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=57984491;WS=57984473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr16	57992119	rs399634	T	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.196;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.489;NF=15;NR=3;PP=324;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CCTCCCCCGCTGACTGTGAAC;SOR=0.141;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=18;WE=57992127;WS=57992117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr16	57992229	rs147036428	G	GGGTCCCTTCTTCCTACTGTGCCTTCACACCCCAGGGACACA	2348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=25.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.089;QD=15.06;ReadPosRankSum=-3.562;SOR=2.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,35:0.22:156
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chr16	57996960	rs13336595	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=0.074;SC=CAGTACCCTGCGGCTGGGACT;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=18;WE=57996968;WS=57996950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr16	57998345	rs3859043	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=436;ReadPosRankSum=0.448;SC=GGGGAGAATGCGGGCCCCCCT;SOR=0.861;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=27;WE=57998353;WS=57998335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr16	58019065	rs35768173	TG	T	939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=464;SC=GGGCTTGTCCTGGGGGGGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=58019078;WS=58019055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	58019070	rs2304485	G	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=0.182;SC=TGTCCTGGGGGGGGGCGGATG;SOR=0.418;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=10;WE=58019078;WS=58019055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	58019253	rs2304486	G	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.167;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=390;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GGGGTTGAGGGGGGAGGAGAC;SOR=0.298;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=27;WE=58019261;WS=58019243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr16	58019396	rs9934227	G	A	8067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=60.03;NF=84;NR=69;PP=2651;SC=TACTGCCTCAGCCAGAACCCC;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=153;WE=58019404;WS=58019386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr16	58021395	rs2241771	A	C	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=86;PP=1952;ReadPosRankSum=1.804;SC=CTGGCCAGACAGAGGACTTAT;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=39;TCR=87;TR=125;WE=58021403;WS=58021385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr16	58030401	rs3743555	T	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=517;ReadPosRankSum=-0.292;SC=GTCAGGCTGGTAGGGGCCACA;SOR=0.319;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=30;WE=58030409;WS=58030391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr16	58030634	rs3743556	C	T	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1322;ReadPosRankSum=-1.892;SC=ACTTGTAGGGCTTCTCGCCTG;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=196;TCF=103;TCR=93;TR=92;WE=58030642;WS=58030624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,128:0.44:291
chr16	58030889	rs150708188	G	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=848;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GGCACTTGAAGGGCCGCTCGG;SOR=0.674;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=53;WE=58030897;WS=58030879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,86:0.49:177
chr16	58032026	rs56347618	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=391;ReadPosRankSum=0.857;SC=TGCCATAGACGGCACAGCCCA;SOR=0.495;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=25;WE=58032034;WS=58032016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr16	58035652	rs12599089	A	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr16	58036347	rs3743560	G	A	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=431;ReadPosRankSum=-0.697;SC=ATGCTAACAGGATAAATGTAC;SOR=0.792;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=33;WE=58036355;WS=58036337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr16	58051178	rs4784022	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr16	58053161	rs3743562	C	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=382;SC=TTATTAACAACACAGATCTTT;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=58053169;WS=58053151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	58072209	.	C	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=402;ReadPosRankSum=2.768;SC=CAGACCAGTTCGGGGTACGAG;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=31;WE=58072217;WS=58072199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,57:0.40:142
chr16	58076298	.	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=515;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GGTTAGAGGGTTGGGCACGCC;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=35;WE=58076306;WS=58076288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr16	58077055	.	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-2.316;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr16	58199398	.	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=-1.305;SC=TGGTCTCAAAGACAAAGAGTG;SOR=0.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=58199406;WS=58199388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr16	58296542	rs9923694	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	58296545	rs3815802	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	58313566	rs6499945	T	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.80;QD=39.03;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	58313578	rs71155257	CT	C	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.463;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;MQRankSum=0.472;QD=32.38;ReadPosRankSum=1.872;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr16	58318604	rs3815803	T	C	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=42;PP=1318;SC=CTCAGGACACTCATCGTCATG;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=76;WE=58318612;WS=58318594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	58318721	rs11313996	AT	A	196.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.292;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr16	58320211	rs4784916	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=11;PP=283;SC=AGCTCATATTTCCTGTGTTAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=58320219;WS=58320201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr16	58528736	.	T	TA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr16	58533932	rs982697	A	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=-0.191;SC=AGCAGCCAATATGGGAGCTGG;SOR=0.385;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=10;WE=58533940;WS=58533922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr16	58537897	rs2427787	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=0.271;SC=GGCCCTGTCAGCCCCACTCAC;SOR=0.404;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=12;WE=58537905;WS=58537887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr16	58538516	.	G	A	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=714;ReadPosRankSum=-0.294;SC=ATTGGCATCGGAGTGGGCGCC;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=51;WE=58538524;WS=58538506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,92:0.50:183
chr16	58538662	rs9928398	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=0.532;SC=TCCCTGCTCTCGCTTCTCCTC;SOR=0.978;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=17;WE=58538670;WS=58538652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr16	58540056	.	GTGTGTC	G	73.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.830;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr16	58540058	rs200871998	GTGTC	G	195.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr16	58540531	rs2271948	A	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=661;SC=AAGGGGGGGAACTTCTGCAGA;SOR=2.376;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=26;WE=58540539;WS=58540521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	58542901	rs867583	G	A	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=26;PP=1307;SC=CGACCACTACGACCTTCCTGA;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=58542909;WS=58542891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	58544640	rs12597973	C	G	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=27.44;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	58545426	rs42945	A	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=28;PP=1217;SC=GCACCCACTCAGAGAGCAGCG;SOR=1.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=58545434;WS=58545416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	58549932	rs4784046	T	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=15;PP=512;SC=CGGAGAGCTGTTGTTCGTGGT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=58549940;WS=58549922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	58550300	rs77328516	A	AAC	6341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=37;PP=2943;SC=CTGCTGCAAGAAGTTTCCCCG;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=62;WE=58550308;WS=58550290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	58552228	rs2280397	G	A	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=19;PP=768;SC=AGTTGACTTTGTAGACTGGGT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=58552236;WS=58552218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	58552921	rs3607	G	A	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=31;PP=896;SC=AGTTGTTGGAGCTGACAAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=58552929;WS=58552911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	58557209	rs71155275	G	GA	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=-1.455;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr16	58559414	rs12596205	C	T	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=127;SC=ATTTAACAAACACACAGATGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=58559422;WS=58559404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	58571185	rs2244453	C	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=585;SC=TACAGACATACGCATGTATAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=58571193;WS=58571175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	58573571	rs59302179	T	A	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=138;SC=ATTTATATTATGAAATCTTAA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=58573579;WS=58573561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	58573946	rs246195	C	T	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=104;SC=TAGAGGTCTACTAGTATGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=58573954;WS=58573936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	58575489	rs11540994	G	A	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	58577421	rs41260	C	T	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=31;PP=1379;SC=TAAGTGGTAACGCCCAGTGCC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=58577429;WS=58577411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	58580213	rs2241570	T	C	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=22;PP=1033;SC=CTTGACTAATTAGCACACTTA;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=58580221;WS=58580203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	58581721	rs1428092	C	T	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=189;SC=AGTAGAATTACTCTGTATATC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=58581729;WS=58581711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	58587737	rs11866002	C	T	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=30;PP=1067;SC=AAGCCAAATGCTGACAATACT;SOR=0.711;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=62;WE=58587745;WS=58587727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	58589112	rs1568399	G	A	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=16;PP=1071;SC=CCCTGTCTGCGGGGTCAGGGA;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=48;WE=58589120;WS=58589102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	58594340	rs71739184	AT	A	184.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr16	58608436	rs8054895	A	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=620;SC=CTTTCACTGAACCTCTTCTTC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=58608444;WS=58608426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	58612510	rs35176616	T	TA	223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=118;SC=TTCAGAGATGTAAAAAAAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=58612518;WS=58612502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	58614743	rs59119976	G	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=406;SC=CTAGGCTATTGTCAATCTTAA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=58614751;WS=58614733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	58622596	rs34716647	TC	T	1501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=11;PP=1037;SC=CCAGCTACAATCACTTCCGGA;SOR=1.236;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=58622604;WS=58622586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	58703878	.	C	CA	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.674;QD=2.21;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr16	58703966	rs9923128	A	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=46;PP=1571;SC=ACAAAGCCACATTCCAATCCA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=91;WE=58703974;WS=58703956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	58709824	rs34833577	TG	T	1971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.339;NF=22;NR=19;PP=747;ReadPosRankSum=-0.938;SC=TCCCAGGTCTTGGGGGGGGGG;SOR=1.426;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=41;WE=58709832;WS=58709814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr16	58712130	rs2280398	C	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	58713621	rs11641633	G	A	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	60393404	rs2407146	T	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=352;SC=ATCCCACCTGTCTGGAAAAGA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=60393412;WS=60393394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	61689529	.	G	A	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr16	61760853	.	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=1.474;SC=AAAAAAAATTCCCTCTCTGTT;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=11;WE=61760861;WS=61760843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr16	61823377	rs113978852	G	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,88:0.43:204
chr16	61854793	.	G	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=0.108;SC=GTTTCAACAAGATATTTTGAA;SOR=1.144;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=14;WE=61854801;WS=61854783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr16	61854905	.	G	A	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=652;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CATCTCCATCGATGATATCAT;SOR=0.583;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=47;WE=61854913;WS=61854895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,83:0.61:135
chr16	61858775	rs143234802	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=159;ReadPosRankSum=-1.482;SC=TAAGTTTAGTACCAAAATCAT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=61858783;WS=61858771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr16	61891040	.	G	A	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr16	64982033	rs2280394	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=281;ReadPosRankSum=0.920;SC=GGTAAGCATTCGTTAAGTCCA;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=19;WE=64982041;WS=64982023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr16	64984965	rs118105117	T	C	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=636;ReadPosRankSum=2.921;SC=GTCAAGACCATTGGAATCACA;SOR=0.722;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=41;WE=64984973;WS=64984955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,73:0.52:140
chr16	65005462	rs12597529	G	A	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=706;ReadPosRankSum=1.076;SC=CTCTGAATGCGTAGGAACCTT;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=49;WE=65005470;WS=65005452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,84:0.54:156
chr16	65016087	rs35213	A	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=344;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TCTTCTACTGAGATCTTGACG;SOR=0.616;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=31;WE=65016095;WS=65016077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr16	65016285	rs35212	C	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=1.402;SC=TTTATAGGGACGAGTGAATAT;SOR=1.148;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=17;WE=65016293;WS=65016275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr16	65022114	rs28216	C	T	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1391;ReadPosRankSum=-1.650;SC=TGATTTCAAACGATTCCATAC;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=99;TCR=107;TR=106;WE=65022122;WS=65022104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,144:0.51:283
chr16	65025658	rs35196	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=626;SC=GAAAGCCAAGTCCACCTACTT;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=65025666;WS=65025648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	65025849	rs35194	A	G	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=35;PP=1015;SC=CTGGACAGGTAAGCAGGCAAC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=65025857;WS=65025839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	65026855	.	G	A	2942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1350;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GTTGTCCTTCGAGGATACTGT;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=91;TCR=89;TR=97;WE=65026863;WS=65026845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,154:0.49:313
chr16	65155623	.	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=-1.744;SC=CAAATCTCTCCCTCCCTTTTG;SOR=2.027;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=11;WE=65155631;WS=65155613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	65319491	.	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GTCCTCCCTCCATTCTAACAT;SOR=1.577;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=12;WE=65319499;WS=65319481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr16	65830984	.	C	T	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-2.715;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,66:0.54:123
chr16	65839621	rs139083721	CTCT	C	2349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=30;PP=1394;SC=CTTCCTGCTGCTCTTCTTCTT;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=33;WE=65839631;WS=65839611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	66420885	rs1130844	C	T	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=40;PP=1444;SC=AGGACACTGGCGAAAACCTGG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81;WE=66420893;WS=66420875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	66424235	rs2304527	T	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=-1.407;SC=TATGTTAGAATAGCTGAAAGA;SOR=0.586;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=13;WE=66424243;WS=66424225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr16	66432303	rs113303884	GACCACCCC	G	1150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=1456;ReadPosRankSum=1.969;SC=CTAAACCTCAGACCACCCCAC;SOR=0.616;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=19;WE=66432318;WS=66432293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
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chr16	66432423	.	TC	CC,CT	710	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=43,22;NR=41,19;PP=710,526;QD=8.8663239589;SC=TTCAAATTCATCTTGAATACT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=84,41;WE=66432432;WS=66432413;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:86
chr16	66432424	rs3826229	C	T	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr16	66434571	rs6499082	G	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=508;SC=AGCAGCCCAGGGAGCACGCAG;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=66434579;WS=66434561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	66436460	rs113672170	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=1;PP=111;SC=GAGGGCGTGGGGGTGGGGTTG;SOR=3.767;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=66436468;WS=66436450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	66437131	rs1063438	A	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=23;PP=596;SC=GGCCAGTCAGACGCCAGGCAC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=66437139;WS=66437121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	66563148	.	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.266;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=-1.063;SC=GAAGCCACATCTGCCACCAGG;SOR=0.191;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=13;WE=66563156;WS=66563138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr16	66600531	.	A	G	3791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=62;PP=1650;ReadPosRankSum=0.139;SC=TTCTGTACCCAAGGCACAGCG;SOR=0.785;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=226;TCF=109;TCR=117;TR=113;WE=66600539;WS=66600521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,190:0.48:393
chr16	66600591	.	C	T	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=57;PP=1617;ReadPosRankSum=1.152;SC=AGTCTCAATTCGCAGTGCGCA;SOR=0.605;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=206;TCF=95;TCR=111;TR=109;WE=66600599;WS=66600581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,172:0.52:329
chr16	66601057	rs377761335	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr16	66646591	rs3743719	C	T	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,67:0.56:119
chr16	66757448	rs77040735	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.033;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr16	66757487	.	G	GT	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.270;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,35:0.33:106
chr16	66757728	rs77481802	GA	G	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr16	66762289	rs190009507	A	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GATGCCAAAAAATTTTAATTG;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=9;WE=66762297;WS=66762279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr16	66762891	rs374301749	T	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=294;ReadPosRankSum=0.618;SC=CCCTAGGGACTGGCATTTCAT;SOR=1.218;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=28;WE=66762899;WS=66762881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr16	66785604	.	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CGCCGCCCGCCGACCTTGCCG;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=38;WE=66785612;WS=66785594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr16	66811035	.	G	GA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.838;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr16	66887257	rs192545276	G	T	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-3.134;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,129:0.51:253
chr16	66946894	rs150509525	CGT	C	951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.498;NF=2;NR=35;PP=930;ReadPosRankSum=0.698;SC=AATTTGAGCTCGTGTGTGTGT;SOR=0.988;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=125;TCF=12;TCR=113;TR=37;WE=66946909;WS=66946884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,50:0.34:148
chr16	66997850	.	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=397;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TGAGACGACAGGCATGGCCAG;SOR=1.051;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=25;WE=66997858;WS=66997840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr16	67006371	rs147295166	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=366;ReadPosRankSum=0.116;SC=CTTTTGTGTTCGGAGGTCCCT;SOR=0.596;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=22;WE=67006379;WS=67006361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr16	67006654	.	G	C	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=930;ReadPosRankSum=0.049;SC=GACAGGGTGAGTGAGTGACAG;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=60;WE=67006662;WS=67006644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,100:0.52:191
chr16	67040320	.	G	A	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=367;ReadPosRankSum=0.393;SC=CTACCTGTATGAATTTGAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=31;WE=67040328;WS=67040310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,58:0.43:134
chr16	67180066	rs191162526	CT	GA	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=1345;ReadPosRankSum=1.177;SC=CAGACAGACACTCACAGCCAT;SOR=0.713;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=30;WE=67180075;WS=67180053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr16	67197776	rs5817616	C	CG	658.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.080;HP=8;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=518;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TGAGAGGGAACGGGGGGGGTG;SOR=0.138;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=23;WE=67197784;WS=67197766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr16	67203835	.	G	GT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.734;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr16	67214396	.	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr16	67221050	rs9924876	A	G	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=52;PP=1812;SC=GCCTGGAGATAGGTGGCCTGG;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=93;WE=67221058;WS=67221040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
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chr16	67223175	rs56377861	A	G	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=0.229;SC=TTATTTATTTATTTGTTTGTT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=18;WE=67223183;WS=67223165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr16	67229793	.	ACAG	A	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.669;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,24:0.12:193
chr16	67286352	.	C	CA	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5002;HP=13;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=38;QD=10.75;SC=GACTTCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=67286360;WS=67286342;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,4:0.40:10
chr16	67298401	.	ACCCCGCAAGACTGG	A	2806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.198;NF=6;NR=24;PP=2963;ReadPosRankSum=2.083;SC=GCAAGCCACGACCCCGCAAGA;SOR=0.797;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=14;TCR=63;TR=30;WE=67298422;WS=67298391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,76:0.42:183
chr16	67322004	.	T	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=459;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TGGCCCGCACTTTCCTTGGGA;SOR=1.599;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=27;WE=67322012;WS=67321994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr16	67324957	rs27860	T	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=393;SC=AGATGCAGAGTGGGGACTTCT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=67324965;WS=67324947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	67432238	.	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=-1.089;SC=CTGGTGGGGGGAGGAGAGGGC;SOR=0.732;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=16;WE=67432246;WS=67432228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr16	67491571	rs749242	T	C	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=969;ReadPosRankSum=-0.636;SC=AAGCCAGGAATGTGTGCACGT;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=90;WE=67491579;WS=67491561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,140:0.56:251
chr16	67660355	.	CA	C	31.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=7.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.085;SOR=2.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	67670472	.	G	GTA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr16	67671727	.	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	67683284	rs372229691	C	T	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1395;ReadPosRankSum=0.227;SC=CTTGTTCCCTCAGACCCTGTG;SOR=0.617;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=175;TCF=83;TCR=92;TR=92;WE=67683292;WS=67683274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,136:0.52:262
chr16	67683472	rs202168339	C	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=595;ReadPosRankSum=0.177;SC=CCATGGGGGACGCGGGCGCCA;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=39;WE=67683480;WS=67683462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr16	67805993	.	CAA	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=12.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.727;SOR=2.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr16	67860895	.	GG	AA	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.009;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=817;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TCACCCAGAAGGAGACAGTAG;SOR=1.078;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=24;WE=67860904;WS=67860885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr16	67915936	.	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=471;ReadPosRankSum=-0.523;SC=AACAGTTGTCCCAAGCACTGT;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=31;WE=67915944;WS=67915926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr16	67982149	rs192499030	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=280;ReadPosRankSum=-0.572;SC=AGAAACGGGGCGTGGCCCGGC;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=18;WE=67982157;WS=67982139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr16	68025801	rs255051	G	C	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=44;PP=1621;SC=GTAGAAGGTAGGTAAGATGGA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=99;WE=68025809;WS=68025791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	68057096	rs237831	T	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=286;ReadPosRankSum=1.855;SC=ACCGGCCGCGTTAGAGCCATG;SOR=0.697;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=16;WE=68057104;WS=68057086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr16	68087584	.	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GCTGCATGCCCTCCTGAGGCT;SOR=0.515;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=14;WE=68087592;WS=68087574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr16	68087613	.	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=0.435;SC=CCTGGGATTTCCCAACTCATG;SOR=0.825;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=14;WE=68087621;WS=68087603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr16	68094861	.	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=0.707;SC=GGGCCTTGGTCCCTTGGAAGT;SOR=0.593;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=68094869;WS=68094851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	68104946	.	C	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=341;ReadPosRankSum=-3.162;SC=CATGTGGAACCCATCTATCTT;SOR=0.869;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=25;WE=68104954;WS=68104936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr16	68112408	.	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=493;ReadPosRankSum=-2.475;SC=ACAAAAGTATCAGTCTACCTT;SOR=0.368;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=31;WE=68112416;WS=68112398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr16	68119536	.	TGCC	T	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.33;NF=1;NR=1;PP=37;QD=27.0;SC=CGCTTGCCGCTGCCGCCGCCG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=2;WE=68119546;WS=68119526;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr16	68155860	.	G	GT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr16	68225515	rs12598	G	A	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=72;PP=2012;ReadPosRankSum=-0.019;SC=CACAAAGTACGGGCCAGGGGG;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=104;TCR=134;TR=131;WE=68225523;WS=68225505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,165:0.52:318
chr16	68321859	rs2305811	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-0.480;SC=TTCACTGCTCGGCTGTTTCTA;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=68321867;WS=68321849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	68325665	rs10525504	G	GGT,GGTGT	490.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.000;QD=25.83;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,7:0.53,0.37:19
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chr16	68344945	rs3743741	G	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=486;SC=CCCGCCCCGCGTGCTGGCCGC;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=68344953;WS=68344935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	68345036	rs3743742	G	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=105;SC=AGGTGGGGTCGCTTTGGGGTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=68345044;WS=68345026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	68356187	rs7203220	A	C	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	68356419	rs4783618	A	G	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.80;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	68363181	rs1111571	G	A	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=16;PP=431;SC=TAGCATAGAAGTGGGACCTCT;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=68363189;WS=68363171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	68382447	rs2863975	T	C	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=254;SC=GTCCTCCACATGCAACCTTAC;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=68382455;WS=68382437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	68387373	rs1562479	C	T	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=26;PP=872;SC=CGGGTGTGGACGGGGCTGCTC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=68387381;WS=68387363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	68387496	rs1868159	A	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=22;PP=604;SC=TCTGCATAGTACCCCCGACCT;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=68387504;WS=68387486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	68389772	rs1131933	C	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=26;PP=753;SC=CCGAGGGCACCGTGGAGCTCA;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=68389780;WS=68389762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	68391189	rs7192234	C	G	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=64;PP=1878;SC=GGCTTTCTAGCGGGGAAGGCT;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=91;WE=68391197;WS=68391179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	68395094	rs2279539	G	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=22;PP=1053;SC=CAGAGGCCCCGCTGCTCCGGA;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=68395102;WS=68395084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	68397530	rs3826167	T	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	68397909	rs1465470	A	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	68397916	rs1465469	T	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	68398924	rs1868158	C	T	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=56;PP=1580;SC=CCCTACCTTGCGGGGCATGCA;SOR=1.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=68398932;WS=68398914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	68573945	rs1182968	C	T	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=24;PP=628;SC=GTGGTGCGATCTTGTGGGAGG;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=68573953;WS=68573935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	68591156	rs1728784	T	A	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=12;PP=524;SC=GGCTCAAGCGTTCTGCCGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=68591164;WS=68591146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	68591230	rs1728785	A	C	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=28;PP=1117;SC=GCATTTTATTATTAATACGGC;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=57;WE=68591238;WS=68591220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	68591350	rs1645929	A	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=16;PP=360;SC=GATCTCTAGGATACATAGCTA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=68591358;WS=68591340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	68592332	rs75130703	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=467;ReadPosRankSum=0.918;SC=GTTCTTTGTCCACTTGCACAA;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=32;WE=68592340;WS=68592322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,51:0.40:128
chr16	68598007	rs1177648	A	G	7831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=93;PP=2965;SC=CTCTCACTCAAGATGAAAGCA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=187;WE=68598015;WS=68597997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr16	68598744	.	A	AT	44.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=7.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	68679770	rs2236393	G	A	80.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TCAGTTCCCGGGGAGGCGCAG;SOR=1.447;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=3;WE=68679778;WS=68679760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr16	68710165	rs3118229	T	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=539;SC=AAGCCAAGTCTCCCTTCTGCA;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=68710173;WS=68710155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	68711999	rs1952048	A	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=240;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TGTCCCAGCTATTTGCACATC;SOR=0.660;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=24;WE=68712007;WS=68711989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr16	68712217	rs2296410	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=18;PP=802;SC=CATTGGTGGCTCCAGGGACCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=68712225;WS=68712207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	68713730	rs2296409	G	A	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=838;ReadPosRankSum=0.221;SC=TGACAGCCACGGATGAGGATG;SOR=0.778;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=55;WE=68713738;WS=68713720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,93:0.55:170
chr16	68713823	rs2296408	C	A	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,136:0.52:261
chr16	68716066	rs1886698	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	68716179	rs1886697	T	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=362;ReadPosRankSum=1.689;SC=TCTGCTCTGATAGTGCTGTGC;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=31;WE=68716187;WS=68716169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr16	68716333	.	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=312;ReadPosRankSum=-0.435;SC=ACGACGGGGACCATTTTACCA;SOR=0.855;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=18;WE=68716341;WS=68716323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
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chr16	68718750	rs2281850	A	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=584;ReadPosRankSum=0.392;SC=TGGGCTCAGTAAGCAGCACGT;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=38;WE=68718758;WS=68718740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,51:0.59:87
chr16	68719113	rs34494880	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr16	68719267	.	CC	TT	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.45;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr16	68721340	rs2296406	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=358;ReadPosRankSum=1.597;SC=AGAGCTGGGCGGTAAACAGGA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=22;WE=68721348;WS=68721330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr16	68721470	rs2296405	T	C	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=739;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TTGATGTCAATGACCATGGCC;SOR=0.597;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=69;WE=68721478;WS=68721460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,95:0.50:191
chr16	68721533	rs1126933	G	C	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=828;ReadPosRankSum=0.819;SC=CTGTGCGCCAGGTGCTGAACA;SOR=0.856;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=134;TCF=59;TCR=75;TR=75;WE=68721541;WS=68721523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,116:0.51:229
chr16	68725783	rs2274239	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=0.960;SC=GACCCTGGAAGGGAGGTTTCA;SOR=0.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=68725791;WS=68725773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr16	68729112	rs8060790	A	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=527;ReadPosRankSum=1.355;SC=GTCTTGGCCCACTGTGTGGTT;SOR=0.524;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=41;WE=68729120;WS=68729102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr16	68729785	rs17715450	C	A	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=1038;ReadPosRankSum=0.511;SC=GTACCGTCCTCGGCCAGCCAA;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=73;WE=68729793;WS=68729775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,130:0.45:288
chr16	68732049	rs3114409	A	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.337;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=348;ReadPosRankSum=-0.008;SC=AGCTGGCAAGAGGCAGGACCC;SOR=1.163;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=30;WE=68732057;WS=68732039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,48:0.32:151
chr16	68771372	rs3743674	C	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=3;HapScore=2;MGOF=121;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=209;ReadPosRankSum=0.867;SC=TGCAGGTACCCCGGATCCCCT;SOR=0.464;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=68771380;WS=68771362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr16	68771418	rs147838237	C	CGCCCCAGCCCCGT	1520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=5;PP=2967;SC=GCAAGCTCCGCGCCCCAGCCC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=68771426;WS=68771408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	68771547	rs3743675	G	C	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=21.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	68863752	rs33965115	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=2.231;SC=AAGCTCAGGAGGAGTTGTGTC;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=21;WE=68863760;WS=68863742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr16	69074298	.	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.660;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr16	69143577	rs2232228	A	G	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=501;ReadPosRankSum=0.816;SC=GCATTGCCGCATACCAGGAGG;SOR=0.811;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=38;WE=69143585;WS=69143567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr16	69154122	.	A	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=0.379;SC=CTGGAAAAGGAGATGGGTTCC;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=69154130;WS=69154119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr16	69166366	.	G	GC	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.144;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	69196825	rs11640113	A	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=7.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr16	69200931	rs12931566	A	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.965;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr16	69221510	rs10650	C	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,47:0.47:101
chr16	69317807	rs12325242	G	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CTGTATTTCAGAGACTATAAT;SOR=0.082;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=69317815;WS=69317797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	69317871	.	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=134;ReadPosRankSum=-1.539;SC=ATAAGTTTCTCTTATCAATGA;SOR=0.481;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=14;WE=69317879;WS=69317861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr16	69334880	rs34703750	C	CA	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.942;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr16	69350035	rs3817030	A	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=286;ReadPosRankSum=-0.614;SC=GAGTCACACGAGGGGTCCTCA;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=24;WE=69350043;WS=69350025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr16	69350069	rs12708896	C	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=398;ReadPosRankSum=-0.760;SC=CAGAGGGGAGCGGAGGAGAGG;SOR=0.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=24;WE=69350077;WS=69350059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr16	69354963	rs1127231	A	G	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=231;ReadPosRankSum=2.258;SC=GGTTTGAAAAACGAATTTATA;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=22;WE=69354971;WS=69354953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr16	69355218	rs75085377	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
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chr16	69357309	rs9931701	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=319;ReadPosRankSum=0.315;SC=CAGCGTGGCCTCCCAAAGTGC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=19;WE=69357317;WS=69357299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr16	69365123	rs9928658	G	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=-0.409;SC=GGCCGGGGAGGGGGGGGCGGA;SOR=0.948;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=11;WE=69365131;WS=69365113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr16	69372927	rs3759979	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=-0.928;SC=ACAGTACCTATCTCGAAGGCT;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=10;WE=69372935;WS=69372920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	69373414	rs11542583	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr16	69375658	rs8053850	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=120;ReadPosRankSum=0.286;SC=CAACACTCTGGCCTCTTCAGG;SOR=1.148;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=11;WE=69375666;WS=69375648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr16	69385426	rs72795299	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=196;ReadPosRankSum=1.684;SC=CCCCCAGTATGGCCAGTCACC;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=16;WE=69385434;WS=69385416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr16	69402252	rs35439397	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=4.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=-0.038;SC=GTGTTTTACCCAAGATCACAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=69402260;WS=69402242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	69404241	rs12325060	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.338;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	69481876	rs35119053	AT	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=155;ReadPosRankSum=-1.210;SC=GAGTAGAGGTATCTTTCTATG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=69481884;WS=69481866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	69599803	rs8048032	A	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=162;SC=GGGGGCCGCCACGGCTCTTCC;SOR=1.445;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=69599811;WS=69599793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	69704122	rs72523664	C	CTG	1206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=568;SC=TAATAAATCACTTTTTATTTC;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=69704130;WS=69704112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	69704204	rs3217435	CT	C	340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=119;SC=AAAATTTAAGCTTTTTTTATA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=69704212;WS=69704194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	69711311	rs3743673	A	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=373;SC=TATGAAGATGACTAGCCAACC;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=69711319;WS=69711301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	69745145	rs1800566	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=25;PP=725;SC=GTCAGTTGAGGTTCTAAGACT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=69745153;WS=69745135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	69752011	rs35572901	G	A	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,69:0.56:124
chr16	69752464	rs689452	C	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=331;SC=AAAGCACACACGGAAAACCCA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=69752472;WS=69752454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	69776377	rs1075935	T	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=901;ReadPosRankSum=1.177;SC=CCCGGCGATGTAGTCAGGGGC;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=62;WE=69776385;WS=69776367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,69:0.56:123
chr16	69783587	.	G	GT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AAGATATCCAGTTTTTTTTTT;SOR=0.963;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=7;WE=69783595;WS=69783577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	69873992	rs2291959	T	G	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=989;ReadPosRankSum=-0.561;SC=GGGTGCATTCTCTTTAGCCCA;SOR=0.252;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=63;WE=69874000;WS=69873982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr16	69876164	rs9940315	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=399;SC=AGTAGTTAAGAAAGCTAATAG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=69876172;WS=69876154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	69905668	rs1000640	G	C	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=525;ReadPosRankSum=1.341;SC=CCTTTTCACAGTGACTTATGT;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=36;WE=69905676;WS=69905658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,59:0.39:150
chr16	69942608	rs5817677	AG	A	4159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=44;PP=2156;SC=CCTTTCTAACAGGGGCCTATG;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=57;WE=69942616;WS=69942598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	69959223	rs2270838	G	A	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	69963355	rs1566452	G	A	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=24;PP=993;SC=TGGCAGAGAAGAGACAGGACA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=69963363;WS=69963345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	69963932	rs75392779	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=209;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GTCCCTCATGGGCTCTGCAGA;SOR=1.154;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=14;WE=69963940;WS=69963922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr16	69965024	rs2270840	A	T	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=36;PP=1324;SC=GAGAAATCGCATGAACCCCTG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=71;WE=69965032;WS=69965014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	69965281	rs8052727	T	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=752;SC=TCTAGGAAGCTAGTTTTCATT;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=69965289;WS=69965271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	69965592	rs2291961	A	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=24;PP=861;SC=CCAGGGCGTGAGTCTTGGTGA;SOR=1.067;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=40;WE=69965600;WS=69965582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	69967093	rs2102066	G	A	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=23;PP=590;SC=CCTCTGCGTCGACGGACTCCT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=69967101;WS=69967083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	69967732	rs8047818	G	A	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=176;SC=AGGTTAGCCCGGGTGCTTGTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=69967740;WS=69967722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	69967897	rs2270841	T	C	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=32;PP=1071;SC=TCCTGTCTCATGAGGTGCTCA;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=73;WE=69967905;WS=69967887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	69970000	rs2270842	T	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=37;PP=1323;SC=CTGAGCTCTTTTCCAGCCTCT;SOR=1.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=69970008;WS=69969990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	69970329	rs1983016	A	G	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=81;PP=2279;SC=TCCGGGTCACAGAGGAGAACA;SOR=1.302;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=119;WE=69970337;WS=69970319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr16	69973622	rs10712484	GC	G	3099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=16;PP=2633;SC=GGCCTGACTGGCAGCCCCTGA;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=60;WE=69973630;WS=69973612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	69973655	rs4985461	C	G	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=43;PP=2859;SC=GTGGTGCAAGCCCTGTGGCCC;SOR=1.568;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=96;TCR=43;TR=139;WE=69973663;WS=69973645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	69973825	rs3748389	G	A	6961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=96;PP=2965;SC=AGGAGACCGAGGGCTTTGGAC;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=49;TCR=96;TR=145;WE=69973833;WS=69973815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr16	69988373	rs2549097	T	C	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=27;PP=1161;SC=GCGGGCTTGGTGTCCTTTGTC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=69988391;WS=69988363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	69988472	rs75776403	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=7.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.31;MQRankSum=0.803;QD=11.05;ReadPosRankSum=-3.327;SOR=1.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr16	70016242	rs142504738	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.807;NF=23;NR=8;PP=473;ReadPosRankSum=-0.416;SC=TTGTGTCAAGGCACATCTTAC;SOR=1.038;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=31;WE=70016250;WS=70016232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr16	70154328	.	A	T	466	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=44.78;NF=26;NR=0;PP=466;QD=19.2604312518;SC=TGCACTGAGTAGAATGGCATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=26;WE=70154336;WS=70154318;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr16	70154480	rs200469748	A	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-4.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.613;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-15.488;NF=23;NR=49;PP=958;ReadPosRankSum=-2.736;SC=AAGAAACAGCACGTCAGCTGC;SOR=0.760;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=200;TCF=92;TCR=108;TR=72;WE=70154488;WS=70154470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,84:0.33:255
chr16	70161159	rs142629299	G	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.18;MQRankSum=-0.517;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr16	70161263	rs2549532	T	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=6.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=31.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.482;NF=42;NR=36;PP=1403;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CAAACTCTACTATCAGTTAGA;SOR=2.455;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=176;TCF=89;TCR=87;TR=78;WE=70161271;WS=70161253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,45:0.21:216
chr16	70163691	rs4985506	C	T	3772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-21.754;NF=114;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=2.238;SC=ACTTAACTAGCGTCCAGGGTA;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=421;TCF=219;TCR=202;TR=224;WE=70163699;WS=70163681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,203:0.37:552
chr16	70163825	rs4985403	G	C	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.481;NF=28;NR=73;PP=1796;ReadPosRankSum=0.777;SC=TTTAAACTGAGTTGCTATTTT;SOR=0.456;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=180;TCF=45;TCR=135;TR=101;WE=70163833;WS=70163815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,90:0.53:169
chr16	70164248	rs7206450	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.890;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.067;NF=22;NR=1;PP=338;ReadPosRankSum=0.729;SC=GTGTTTCTTCTGGGTGGAGAA;SOR=2.845;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=23;WE=70164256;WS=70164238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr16	70164334	rs10852462	A	G	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.116;NF=56;NR=26;PP=1118;ReadPosRankSum=-2.348;SC=AGGTGTTCAGATCTATGACCG;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=137;TCR=64;TR=82;WE=70164342;WS=70164324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,118:0.41:285
chr16	70165914	rs2113175	T	C	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.580;NF=15;NR=50;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.991;SC=TGAATGCCTGTGTTCATTGAA;SOR=0.479;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=108;TCF=29;TCR=79;TR=65;WE=70165922;WS=70165904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,64:0.60:106
chr16	70166086	.	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQRankSum=-1.202;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,60:0.13:450
chr16	70170004	.	C	A	570	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=5;HapScore=3;MGOF=19;MMLQ=22;MQ=41.4;NF=15;NR=2;PP=570;QD=35.5747772087;SC=AAGAGGTTTTCTGAAAGGGGA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=17;WE=70170024;WS=70169994;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:33,17:0.34:50
chr16	70170222	rs59034887	G	T	8641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.536;NF=156;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.639;SC=GTCTCCTGCAGTGCAGGGCTA;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=516;TCF=267;TCR=249;TR=299;WE=70170230;WS=70170212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,417:0.59:712
chr16	70172773	rs114934918	G	A	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.517;NF=83;NR=34;PP=1910;ReadPosRankSum=-1.586;SC=TCACACCTGAGCCCCAACACG;SOR=0.654;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=208;TCF=145;TCR=63;TR=117;WE=70172781;WS=70172763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,134:0.56:240
chr16	70172808	.	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQRankSum=-0.145;QD=0.27;ReadPosRankSum=1.346;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,35:0.13:260
chr16	70172890	rs142218067	C	T	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.24;MQRankSum=-2.598;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.438;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr16	70176076	rs2549125	G	T	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-12.182;NF=73;NR=27;PP=1605;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TAGTGGACATGGGCTACTCAG;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=138;TCR=53;TR=100;WE=70176084;WS=70176066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,106:0.52:204
chr16	70176321	rs113493832	CT	C	4387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-1.373;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,357:0.59:602
chr16	70176451	rs202169520	C	T	4398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=23.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.44;MQRankSum=-1.169;QD=11.92;ReadPosRankSum=-3.098;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,191:0.52:369
chr16	70176606	rs369712789	CAA	C	1099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=5.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.344;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-13.613;NF=11;NR=53;PP=1918;ReadPosRankSum=1.031;SC=ATTTGGGAACCAAAAAGTAAT;SOR=1.245;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=173;TCF=18;TCR=155;TR=64;WE=70176615;WS=70176596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,50:0.21:237
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chr16	70180088	rs200566106	A	T	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQRankSum=-3.958;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,92:0.45:206
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chr16	70182325	rs55843501	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=9.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=51.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.572;NF=43;NR=3;PP=950;ReadPosRankSum=-0.257;SC=CCTTGACAAGTAATGTGAGTG;SOR=4.441;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=137;TCF=98;TCR=39;TR=46;WE=70182333;WS=70182315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,38:0.25:151
chr16	70182375	rs62050977	T	C	4907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.393;NF=70;NR=36;PP=1634;ReadPosRankSum=-3.289;SC=AGGAGATGAGTGTGGGCTATG;SOR=1.279;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=214;TCF=125;TCR=89;TR=106;WE=70182383;WS=70182365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,126:0.42:297
chr16	70182390	rs62050978	T	G	5419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.924;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.405;NF=76;NR=45;PP=2073;ReadPosRankSum=-1.298;SC=GCTATGCAAATGGGATCCGGG;SOR=1.045;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=223;TCF=123;TCR=100;TR=121;WE=70182398;WS=70182380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,159:0.47:337
chr16	70182489	rs145754705	ACTTCCCTTCC	A	3541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.534;QD=26.43;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,90:0.67:134
chr16	70187164	rs2287979	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=8;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TCAAGGATGAGACATCCTGGG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=77;TCR=12;TR=60;WE=70187172;WS=70187154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,73:0.71:103
chr16	70187270	rs2287980	T	G	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,163:0.29:555
chr16	70187381	rs201013643	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:437,64:0.13:501
chr16	70190401	rs6499302	C	T	5463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=68;PP=2649;ReadPosRankSum=0.549;SC=TTGGTCGCGACGCCCTCCTGC;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=154;TCR=89;TR=184;WE=70190409;WS=70190391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,264:0.74:356
chr16	70191029	rs4985509	T	G	6920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.314;SC=TCACTCAGCTTCTCGTGGTGG;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=291;TCF=118;TCR=173;TR=207;WE=70191037;WS=70191019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,308:0.71:431
chr16	70191161	rs11647087	C	T	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=834;ReadPosRankSum=0.217;SC=TCTCAGGGCACGAGTCCCTCT;SOR=0.810;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=51;WE=70191169;WS=70191151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,63:0.75:84
chr16	70211218	rs149087931	G	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.82;MQRankSum=-1.192;QD=13.56;ReadPosRankSum=1.789;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr16	70211370	rs144090331	C	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.26;MQRankSum=-4.760;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,12:0.12:103
chr16	70211380	rs200721332	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQRankSum=-4.107;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,10:0.11:88
chr16	70211409	.	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.959;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.19;MQRankSum=-1.771;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.402;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr16	70219777	.	A	C	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.01;QD=26.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	70285901	rs4985407	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=211;SC=TGGGCTGTCGAGAGAGCGGCG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=70285909;WS=70285891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	70287177	rs4081753	A	G	5915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=67;PP=2407;SC=TGACCTGGGGAACTTGACACA;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=65;TCR=67;TR=131;WE=70287185;WS=70287167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr16	70292798	rs34846578	CAG	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=0.318;SC=TCTGATACAACAGAGTGAGAG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=4;WE=70292807;WS=70292794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr16	70303580	rs2070203	G	A	4008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=45;PP=1465;SC=TGGTCCGAGCGTGGTCAGCCA;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=70303588;WS=70303570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	70323651	.	GC	G	112.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	70348599	.	CTA	C	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.160;NF=4;NR=1;PP=172;ReadPosRankSum=0.832;SC=AAATATCTATCTATATATATA;SOR=2.428;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=5;WE=70348608;WS=70348589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	70363405	rs149381034	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.353;NF=4;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=-1.060;SC=ACTCCTCAGATTCCCCATCTG;SOR=0.653;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=13;WE=70363413;WS=70363395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	70384434	rs80229424	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr16	70384687	rs66588480	CTTAAAA	C	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=0.776;SC=CCTTTGACTTCTTAAAATTAA;SOR=0.223;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=70384700;WS=70384677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr16	70395387	rs1134074	C	T	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=530;ReadPosRankSum=0.747;SC=TACAAGAGAACGCATTACCCA;SOR=0.800;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=39;WE=70395395;WS=70395377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,68:0.43:160
chr16	70400857	rs8058224	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=361;SC=AGCGCCATGGAAAGAAGGGAA;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=70400865;WS=70400847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	70422231	rs4985526	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr16	70514828	rs7919	A	C	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=217;SC=CCCCCAAGCCAGACAGCCTCG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=70514836;WS=70514821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr16	70515600	rs6416698	T	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=415;ReadPosRankSum=-1.481;SC=GTCCTGGGGGTGGTGGCATGA;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=25;WE=70515608;WS=70515590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr16	70516109	rs12447090	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=366;ReadPosRankSum=0.480;SC=TGGTCACCATGGGCCTCATAA;SOR=0.412;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=29;WE=70516117;WS=70516099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr16	70530068	.	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=-2.352;SC=AGACACTGGAGGAAAAGTCTC;SOR=0.752;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=11;WE=70530076;WS=70530058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr16	70530359	rs2303793	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=0.485;SC=TGCATAGAGGAATTGACAGTG;SOR=0.737;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=15;WE=70530367;WS=70530349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr16	70531754	rs2303791	T	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.301;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=260;ReadPosRankSum=-1.040;SC=GCAGGACCAATAAATATGACA;SOR=0.206;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=18;WE=70531762;WS=70531744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr16	70546234	rs3762171	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=206;ReadPosRankSum=-1.884;SC=ACCTGGGGCAGATCACCTTCC;SOR=0.890;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=19;WE=70546242;WS=70546224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr16	70548297	rs3931036	G	A	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	70553382	rs7204583	G	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.098;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr16	70560361	rs8051506	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=-1.457;SC=CACCACGCCCGGTCACATATG;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=14;WE=70560369;WS=70560351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr16	70566260	.	C	CAAAAAAAAAAAA	1351	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=10;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=58.4;NF=5;NR=0;PP=1351;QD=272.6;SC=CCTGTCTCTCCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=70566268;WS=70566250;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,5:0.42:12
chr16	70566319	rs56313425	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=276;ReadPosRankSum=0.403;SC=TGGAGTCCTGATGTCCTTTCC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=17;WE=70566327;WS=70566309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr16	70569215	rs33910368	A	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=251;ReadPosRankSum=1.896;SC=TCACAGTTCCAGGAGGGTCAG;SOR=0.714;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=18;WE=70569223;WS=70569205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr16	70575852	rs11645437	A	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=0.678;SC=AAGCAGTTAGAGGTAGAAGTT;SOR=1.085;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=9;WE=70575860;WS=70575842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr16	70588281	rs79853361	A	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=558;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GAGAACTCTTAGTGTTTCATT;SOR=1.337;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=28;WE=70588289;WS=70588271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr16	70601254	rs7197262	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=222;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TGGGCAGAGAGGTGAGGCCTG;SOR=0.665;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=16;WE=70601262;WS=70601244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr16	70602221	rs12909	C	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=714;ReadPosRankSum=0.441;SC=TCCAGACTATCGGACATAGGG;SOR=0.749;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=49;WE=70602229;WS=70602211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,67:0.52:129
chr16	70603220	rs4985534	T	C	197.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.8116;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=0.385;SC=GTAGCGAGTTTCTTAGAGAGA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=70603228;WS=70603210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr16	70604236	.	G	GTTTT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=1.006;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	70690564	.	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr16	70693872	rs3214847	C	CT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=5.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.565;SOR=1.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,23:0.23:100
chr16	70708093	rs67662127	CAGTCTCAACAGCTATAGT	C	188.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.77;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	70712218	.	G	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=621;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TCAGCGCCCGGCGCACGGCCT;SOR=0.637;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=42;WE=70712226;WS=70712208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,77:0.51:150
chr16	70714811	.	C	CGG	305.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.12;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr16	70726795	rs2278983	C	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=16;PP=586;SC=CGCTGCTCTGCGGCAGGAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=70726803;WS=70726785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	70726940	rs2278984	G	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=331;ReadPosRankSum=-0.388;SC=AGCCCACACTGCCTGCCTCCG;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=22;WE=70726948;WS=70726930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
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chr16	70796535	rs2305690	C	T	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=26;PP=751;SC=CAGGGGTGCCCGTGAGTGCTC;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=70796543;WS=70796525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr16	70818759	rs2271047	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=374;SC=AGGCACAGACAGGGGAGGGAC;SOR=1.284;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=22;WE=70818767;WS=70818749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr16	70935224	rs75445533	A	T	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=299;SC=ATAGGTAAACACATGTCATGG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=70935232;WS=70935214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	70954915	rs1798531	G	T	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.72;QD=28.08;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	70972595	rs79004160	T	C	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=34;PP=1522;SC=GGCATCATATTCTTCCTCATC;SOR=1.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=80;WE=70972603;WS=70972585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	70972784	rs1615602	A	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=476;SC=CTCATCCCTGATTGCAGGGGT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=70972792;WS=70972774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	71025394	rs149427312	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.155;NF=14;NR=26;PP=546;ReadPosRankSum=-0.744;SC=TCTTCTCCCTCTACCACACCC;SOR=0.187;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=97;TCF=29;TCR=68;TR=40;WE=71025402;WS=71025384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr16	71026137	rs145870479	TA	T	868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=774;SC=GGACAGGGAATAGGGGGAGAC;SOR=1.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=71026145;WS=71026127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	71100838	rs74361942	T	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.261;NF=10;NR=19;PP=514;ReadPosRankSum=-0.698;SC=TCTGGAGCACTATGTTGAAAG;SOR=0.701;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=29;WE=71100846;WS=71100828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr16	71101433	rs139282877	G	GA	73.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.86;QD=24.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	71127893	.	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.64;MQRankSum=-1.896;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr16	71149668	.	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.18;MQRankSum=0.757;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	71209731	rs12933249	C	T	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=744;ReadPosRankSum=-1.579;SC=ACTTACTAGACGTGTGACCTT;SOR=0.563;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=58;WE=71209739;WS=71209721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,86:0.54:158
chr16	71212929	.	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=332;ReadPosRankSum=-0.236;SC=AATAATGCCTGATCCAGGTCA;SOR=0.722;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=21;WE=71212937;WS=71212919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr16	71319539	rs3826247	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=576;ReadPosRankSum=0.128;SC=TGATTTTCCCCGCTTTATTAG;SOR=0.706;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=41;WE=71319547;WS=71319529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,51:0.41:124
chr16	71319646	rs3096380	G	A	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=36;PP=1433;SC=AATGCATTAAGTTCAGTGTGG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=71319654;WS=71319636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	71319890	rs12599703	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr16	71408475	rs12444419	T	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=199;ReadPosRankSum=0.488;SC=ATGACTTAATTTGAAGGGAAC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=10;WE=71408483;WS=71408469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr16	71408527	rs8046337	A	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=397;ReadPosRankSum=-0.006;SC=TCAGAGCATCAGCACAACTTG;SOR=0.407;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=31;WE=71408535;WS=71408517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr16	71411446	rs12445308	G	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr16	71416431	rs12919213	T	C	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=180;SC=ATGAGATCACTGTCGAGATAC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=71416439;WS=71416421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	71418291	rs41280904	T	C	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,67:0.49:138
chr16	71418586	.	ACATG	A	356	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=54.01;NF=3;NR=0;PP=356;QD=127.333333333;SC=CACACATCACACATGCACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=3;WE=71418597;WS=71418563;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr16	71419595	rs4327058	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=-1.375;SC=CCCAGGGCACAGGAGAGGCTT;SOR=0.399;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=10;WE=71419603;WS=71419585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr16	71423834	.	CC	TT	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.789;NF=2;NR=5;PP=175;ReadPosRankSum=-0.823;SC=ATGCGTCTACCCAGACTCAGA;SOR=1.015;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=71423843;WS=71423824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr16	71465606	rs142040186	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=202;ReadPosRankSum=-1.319;SC=AGGGGAAAGAGCCTCACTGGC;SOR=1.127;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=15;WE=71465614;WS=71465596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr16	71466088	rs4620964	A	G	4177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=74;PP=1787;ReadPosRankSum=0.104;SC=TGATGTAGCCAGAGCCACACG;SOR=0.651;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=291;TCF=129;TCR=162;TR=137;WE=71466096;WS=71466078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,217:0.47:457
chr16	71483931	rs730470	G	A	40.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr16	71487952	rs11641967	G	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=642;ReadPosRankSum=1.213;SC=TACCCAGGGAGGCCACATTCC;SOR=0.960;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=47;WE=71487960;WS=71487942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,67:0.48:141
chr16	71509588	rs2288487	G	A	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=35;PP=1407;SC=TGCCGAAGTAGGGGTGAATTA;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=65;WE=71509596;WS=71509578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	71509634	rs2288488	G	C	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=32;PP=1095;SC=TACACTCATAGGGTTTCTCCC;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=71509642;WS=71509624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	71509685	rs2288489	C	G	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=34;PP=1437;SC=CGGAACTACTCGTGAAACTAT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=73;WE=71509693;WS=71509675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	71509796	rs8050871	C	G	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=47;PP=1861;SC=ACTCCTCACACTGATAGGGTC;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=101;WE=71509804;WS=71509786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	71509842	rs145725096	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,70:0.45:154
chr16	71602673	.	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=122;ReadPosRankSum=2.274;SC=AACTCCACATCGTTCTCAAAT;SOR=0.467;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=11;WE=71602681;WS=71602663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr16	71603912	rs172650	C	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.715;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=432;ReadPosRankSum=0.526;SC=TTAAAAATAGCCCCCTCATTG;SOR=1.299;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=29;WE=71603920;WS=71603902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr16	71607384	.	T	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CAGAAACAAGTAAAAAGGGAT;SOR=0.484;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=15;WE=71607392;WS=71607374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr16	71610276	rs74344827	G	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=483;ReadPosRankSum=-0.052;SC=AGAATTGAGGGGAGGTTGCCT;SOR=0.665;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=39;WE=71610284;WS=71610266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr16	71660115	rs4788820	G	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=6;PP=154;SC=CTCCCGGGCGGGGACACGGAA;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=12;WE=71660123;WS=71660105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	71660310	rs4788821	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=0.272;SC=CCGGGACCCGGAGAGAGACCA;SOR=0.784;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=9;WE=71660318;WS=71660300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr16	71660404	rs61753635	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=315;ReadPosRankSum=1.846;SC=GGCCCCCGCCGGGACACACAC;SOR=0.971;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=21;WE=71660412;WS=71660394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr16	71663545	.	T	TA	81.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,8:0.73:11
chr16	71668634	rs12932850	T	G	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=405;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CCCTGGGGGCTGTCCTGGCCA;SOR=0.529;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=30;WE=71668642;WS=71668624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
chr16	71668800	rs7206470	G	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=22;PP=585;SC=GAAGTTTCCAGTGCTGGAAAA;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=71668808;WS=71668790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	71674882	rs2303225	C	G	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=47;PP=1082;ReadPosRankSum=1.357;SC=GAGAACAGCCCGGAAGTTACA;SOR=0.528;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=177;TCF=71;TCR=106;TR=83;WE=71674890;WS=71674872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,138:0.49:279
chr16	71678663	rs3752681	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=269;ReadPosRankSum=-2.235;SC=CCTTAACTCATAGCTTTGCAG;SOR=0.540;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=20;WE=71678671;WS=71678653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr16	71678679	rs7204608	G	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	71682480	rs181074659	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-1.540;SC=CAACACCAGCCTGGCCAACAT;SOR=0.349;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=12;WE=71682488;WS=71682470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr16	71683718	rs61733127	A	G	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=821;ReadPosRankSum=1.586;SC=GCTCTGCGCTAATGTGCACAG;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=55;WE=71683726;WS=71683708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,80:0.54:149
chr16	71687002	.	CTT	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=-0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=10.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-2.336;SOR=2.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	71692443	rs2303224	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=409;ReadPosRankSum=2.066;SC=ATTTTTCCTTATAAGAATAAT;SOR=1.743;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=20;WE=71692451;WS=71692433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr16	71697752	rs1035545	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=-0.970;SC=CTGACAAATATAGAATTAATG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=71697760;WS=71697742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	71701248	rs1423983	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=426;SC=TAAGGGGGGAGCATACAAACA;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=71701256;WS=71701238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	71703436	rs2032918	T	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=17;PP=413;SC=TAGGTGCTCATTGAATGCTGC;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=71703444;WS=71703426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	71713176	.	CT	AC	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=186;ReadPosRankSum=-1.165;SC=GACTAGAATCCTAAGTAGTAC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=71713185;WS=71713166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr16	71713508	.	C	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-2.579;SC=CAAGGGACATCAACGGCCTTT;SOR=0.211;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=71713516;WS=71713498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	71715915	rs11439127	G	GA	104.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	71718366	rs7195059	C	T	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=16;PP=644;SC=CAGAACATCCCATTACTTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=71718374;WS=71718356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	71736702	rs10626314	G	GTATTTT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	71757939	rs7201649	C	G	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=50;SC=AAGCAGCTGCCGGCGCCGAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=71757947;WS=71757929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	71768500	rs2278031	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=1.616;SC=TGGCTACAAATGTGCTACTCA;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=27;WE=71768508;WS=71768490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr16	71772784	.	G	GA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.518;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.864;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr16	71772795	rs904764	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=11;PP=927;SC=AAAAAAAAAAGCCAGCCAATC;SOR=2.191;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=47;WE=71772803;WS=71772774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	71772863	.	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.084;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,63:0.47:135
chr16	71773284	rs3838874	C	CA	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=125;ReadPosRankSum=-0.085;SC=CCTTAGGCAGCATGACAAAGC;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=71773292;WS=71773274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr16	71779100	rs138355091	G	A	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=998;ReadPosRankSum=0.755;SC=AGCAGAAGATGGTTTGCTTGT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=70;WE=71779108;WS=71779090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,106:0.51:207
chr16	71779310	rs74980679	G	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=-0.338;SC=ACTCAGCTAAGAGACAAGCTG;SOR=0.495;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=7;WE=71779318;WS=71779303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr16	71780485	rs2270832	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr16	71780599	rs2270831	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=358;ReadPosRankSum=0.795;SC=AATTCGGCTATAGATAAAATG;SOR=1.071;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=22;WE=71780607;WS=71780589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr16	71783658	rs62056460	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.210;NF=17;NR=6;PP=347;ReadPosRankSum=0.467;SC=CCTCCCAAAGCGCTGGGATTA;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=23;WE=71783666;WS=71783648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr16	71784000	rs2270829	A	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CTAGAGTGTTAGAAATAAAGA;SOR=0.307;Source=Platypus;TCF=7;TR=7;WE=71784008;WS=71783990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	71784064	.	A	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.365;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=-0.335;SC=ACATACCAGAAAAATTGAGGG;SOR=1.593;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=11;WE=71784072;WS=71784054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr16	71790166	rs8053186	G	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=271;SC=CAGATGTGCTGACGTCCTTGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=71790174;WS=71790156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	71792208	rs7185997	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.468;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=174;ReadPosRankSum=0.832;SC=TTTATGCTTTTTGAGAGTGCT;SOR=0.136;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=14;WE=71792216;WS=71792198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr16	71792696	rs12919271	C	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=677;ReadPosRankSum=0.721;SC=CTGAGAAAGGCTCTCAGTTTG;SOR=0.851;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=53;WE=71792704;WS=71792686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,79:0.45:174
chr16	71799347	rs12149092	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=-0.383;SC=ACTTAAAGATATTAAATTCAT;SOR=0.656;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=5;WE=71799355;WS=71799337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr16	71800384	rs12930206	T	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr16	71801958	rs7192956	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=-1.176;SC=AGATCTAAAGTACAAAGTGAG;SOR=0.126;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=11;WE=71801966;WS=71801948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	71804956	rs9635524	C	G	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=22;PP=997;SC=ACAGCAGAAACGCGACTCCAC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=71804964;WS=71804946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	71805160	rs4788443	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=350;SC=TGCTGCCTATGAAAAAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=15;WE=71805168;WS=71805149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	71807232	rs113235758	C	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=-0.144;SC=AAAGTGCTAACCCCTGTACGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=71807240;WS=71807222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr16	71879868	rs4788563	A	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=376;SC=GGGCGGGACGAGCTTGACGCC;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=71879876;WS=71879858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr16	71917058	rs2288029	G	A	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=41;PP=1249;SC=CACAGACTTTGGCAAGAAAAA;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=71917071;WS=71917048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	71928693	rs71386939	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=8;PP=281;SC=CCCGCCCCGCCTCTCAAAGTG;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=18;WE=71928701;WS=71928683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	71928850	rs11075908	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=13;PP=405;SC=TACTGAATTATACCACACAGA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=71928858;WS=71928840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	71950640	.	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	71955426	rs56089063	C	CAT	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=636;SC=ACAAAAAAAACATTCTTTGCA;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=71955434;WS=71955416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	71958052	rs7197486	A	G	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=74;PP=2124;SC=CATGCGTCACATAACCCACAG;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=55;TCR=74;TR=129;WE=71958060;WS=71958042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr16	71963924	rs34029919	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	71967783	rs12445641	C	T	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=15;PP=947;SC=GACCACAGCACACGGAGAAGG;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=71967791;WS=71967773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	71967927	rs17358402	C	T	5110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=62;PP=2198;SC=GGGGCTATGACGCAGCAGGTT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=120;WE=71967935;WS=71967917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr16	71968091	rs12149307	A	C	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=26;PP=563;SC=CAGTTTCCCCAGCGCCCCTGC;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=71968099;WS=71968081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	71968147	rs12149325	G	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=335;SC=AATGCTTGTTGATGTGAGAAC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=71968155;WS=71968137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	71969497	rs11865456	C	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=369;SC=GTGTGATGAACGCAGCTGATG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=71969505;WS=71969487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	71971091	rs7191848	T	C	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=6;PP=718;SC=CCCGAGTAGCTGGGACCACAG;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=71971099;WS=71971081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	71981374	rs8050058	T	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=9;PP=516;SC=ATTAGGTAGTTGTTAGAACTA;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=71981382;WS=71981364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	71981414	rs149635567	C	CTTTG	3158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=14;PP=1202;SC=CCAAGATCCTCTTTGTTGTTC;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=22;WE=71981422;WS=71981404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	71981630	rs9934803	T	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=181;SC=TAATTTCACATTAATTTTTGC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=71981638;WS=71981620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	71981652	rs9934812	T	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=139;SC=CAATGATGGGTACCAGGAGAA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=71981660;WS=71981642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	71983929	rs35377660	A	T	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=28;PP=1236;SC=GAAGCACAAAAGTTGAGGGAA;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=71983937;WS=71983919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	71986764	rs11648353	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	71986946	rs7204708	A	G	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=16;PP=752;SC=TGACAGCAGTATGGATGCTGA;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=71986954;WS=71986936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	71987044	rs35601686	CAA	C	1856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=20;PP=874;SC=AAAATAATCGCAAAGTCATTC;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=71987053;WS=71987034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	71987960	rs34041171	A	AC	518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;QD=34.58;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	71988106	rs9921412	C	T	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=25;PP=960;SC=AGCCGTTGGACCCTTGTAAAC;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=71988114;WS=71988096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	72001861	.	G	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr16	72007399	rs9925415	C	T	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=26;PP=849;SC=GGATTCAGCACCCACGTGTAC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=72007407;WS=72007389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	72011040	rs3929023	A	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=10;PP=421;SC=TGAGCCTGACAGTTTGAGGCT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=72011048;WS=72011030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	72011181	rs1559401	G	T	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=28;PP=1147;SC=TCAGGTGGAAGTGAGTGCAGT;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=63;WE=72011201;WS=72011171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	72011193	rs1559400	A	C	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=27;PP=1006;SC=GAGTGCAGTTAGGCTGATACT;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=72011201;WS=72011171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	72011261	rs1559399	A	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=34;PP=1361;SC=CTCACTATCAAGGATTTCTCC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=70;WE=72011269;WS=72011251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	72012072	rs8053841	C	T	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=6;PP=906;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TAACATAATTCCCTTTAAGTT;SOR=2.581;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=39;WE=72012080;WS=72012062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr16	72012374	.	A	ATGTGTGTGTG	228.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	72013797	rs7185272	G	C	5048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=63;PP=2441;SC=CAGCGGTAAAGTTGATATGTT;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=121;WE=72013805;WS=72013787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr16	72018099	rs12443563	C	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=27;PP=709;SC=CAAAATTACTCATACAAAATT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=72018107;WS=72018089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	72020134	rs12708923	T	C	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=47;PP=1933;SC=CCAGATGCCTTCTGCAATGAC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=100;WE=72020142;WS=72020124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	72020294	rs4788590	G	A	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=31;PP=965;SC=GTTCAGATGCGGCTGATGTTA;SOR=1.498;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=43;WE=72020302;WS=72020284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	72020323	rs4788591	A	G	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=25;PP=696;SC=GTGATACTTGATAGTACTGAA;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=72020331;WS=72020313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	72027191	rs7191148	T	A	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=34;PP=1030;SC=GGGAATTATTTCCATTTCTTT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=72027199;WS=72027181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	72033801	rs72787027	G	T	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=41;PP=1092;SC=ATGTGGTGCTGGGCTGTTTAG;SOR=1.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=72033809;WS=72033791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	72042682	rs3213422	A	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	72050885	rs11075914	G	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=435;SC=CTATGGTGCCGTCTCACTCTG;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=21;WE=72050893;WS=72050875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	72051143	.	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=-0.693;SC=ACCTCTCCTAGAGCGATTTTC;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=72051151;WS=72051133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	72054984	rs1862752	G	T	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	72057282	rs2288002	A	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=25;PP=840;SC=TCGTGATGGGAATCATCATTC;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=72057290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	72088675	rs4788458	T	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=34;PP=790;SC=TAAATTATAGTGAACCAAAGG;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=72088683;WS=72088665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	72089958	rs148260617	ATG	A	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
chr16	72090626	rs376838432	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	72092017	rs2070938	A	T	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=262;SC=ATTGTTTAAAAATAATACAGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=72092025;WS=72092014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	72107865	rs11642506	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=344;ReadPosRankSum=1.370;SC=AATGATGTCACGGATATTTCA;SOR=0.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=27;WE=72107873;WS=72107855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,39:0.36:107
chr16	72135014	rs1050363	T	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=477;ReadPosRankSum=-1.392;SC=TGAAGGATGCTACTTCTGACC;SOR=0.841;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=38;WE=72135022;WS=72135004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,70:0.43:162
chr16	72139396	rs150617	T	C	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=21;PP=1030;SC=ATTTTTCCCTTCCTGTATGTC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=72139404;WS=72139386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	72139537	rs42544	T	C	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=34;PP=995;SC=AGAGAAGACATGGGAGGCAAG;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=64;WE=72139545;WS=72139527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	72146441	rs7940	C	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=834;SC=ATTGGGTCCTCAGCCTTCTGG;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=72146449;WS=72146431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	72153125	rs4788459	C	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=281;SC=AGGCTGGGACCGTGATATACT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=72153133;WS=72153115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	72156674	rs72787077	C	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=130;SC=GATGCAGATTCGAGACCTGGG;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=72156682;WS=72156664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	72156842	rs16973716	T	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=14;PP=477;SC=TGGCAATGTATTTCACCTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=72156850;WS=72156832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	72157000	rs12935266	C	G	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=78;SC=CTGCATCCCACGTCCCCCACG;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=72157008;WS=72156990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	72158950	rs3812986	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=12;PP=459;SC=TATTTTCTTCTCAGTGGCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=72158958;WS=72158940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	72162855	rs6499562	G	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=564;SC=TGTCCCTCCCGTCTTTCCTAA;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=72162863;WS=72162845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	72162966	rs34832584	G	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=18;PP=990;SC=CCCACTCACCGTCTTGTCTTT;SOR=1.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=51;WE=72162974;WS=72162956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	72184566	rs35370634	C	T	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=18;PP=651;SC=TCTAGTAACTCGATGTTGCTC;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=72184574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	72198642	rs3852785	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=270;SC=AGGGGTGAGCGGCTGCTGCCA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=72198650;WS=72198632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	72821625	rs201772357	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr16	72827758	rs699444	T	C	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=32;PP=1134;SC=CAGGCCGATCTCCGCTGTCAC;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=72827766;WS=72827748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	72830885	.	C	A	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=727;ReadPosRankSum=0.143;SC=GTTGCCCTCTCCCCCCTCGGC;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=51;WE=72830893;WS=72830875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,73:0.56:131
chr16	72831111	rs79037957	G	C	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=504;ReadPosRankSum=0.482;SC=GTCCCAGTCAGTGTCAGTGCC;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=37;WE=72831119;WS=72831101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,51:0.45:114
chr16	72831357	rs372909378	CTTG	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,10:0.16:64
chr16	72832135	rs740178	T	A	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=30;PP=1258;SC=TATGGTCCTCTGCCAGAGTGG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=61;WE=72832143;WS=72832125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	72832618	.	T	TA	56.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=1.368;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr16	72991660	rs10852515	C	G	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=54;PP=2327;SC=TTGGTTTGGTCGGCGAGGGGG;SOR=0.739;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=112;WE=72991668;WS=72991650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	72991715	rs4788682	A	G	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=45;PP=2415;SC=CGCCGCAGCCACCGCCGCCGC;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=113;WE=72991723;WS=72991705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	73126858	rs7189194	T	G	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=16;PP=1348;SC=TATCCCTTCGTTTATGCTCTG;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=61;WE=73126866;WS=73126848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	73161198	rs72795194	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr16	73164795	rs34115176	A	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=201;ReadPosRankSum=0.038;SC=GGGTGAGCCAACACGCTGGGC;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=13;WE=73164803;WS=73164785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr16	73164842	.	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=-1.767;SC=ATGGCTAGGGGCACTATAAGA;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=14;WE=73164850;WS=73164832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr16	73165038	rs56203505	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=1.260;SC=TAGGGTTGACATGAGAATTCA;SOR=0.238;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=19;WE=73165046;WS=73165028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr16	73521307	rs35394633	A	ATT	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr16	74320977	rs112297841	CA	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.834;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,22:0.20:111
chr16	74333380	rs889641	T	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=216;ReadPosRankSum=-0.523;SC=TGAGCTCAAGTAGTCCCTGCA;SOR=0.972;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=17;WE=74333388;WS=74333370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr16	74335204	rs17336700	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=-2.201;SC=AAAACTAGAGTAGCAATTTAA;SOR=0.883;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=6;WE=74335212;WS=74335194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	74366531	rs3743922	A	C	3708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.032;NF=37;NR=17;PP=750;ReadPosRankSum=0.374;SC=CCCGGATCCCATTTGCATAGC;SOR=0.718;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=54;WE=74366539;WS=74366521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,181:0.64:281
chr16	74366672	rs3743923	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.647;NF=5;NR=21;PP=429;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GGAGACAGACGTCAAGGCAAG;SOR=1.051;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=26;WE=74366680;WS=74366662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr16	74366694	.	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.475;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.573;NF=0;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=0.714;SC=ATTTCATCCCAAAAGTGGTTA;SOR=2.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=13;WE=74366702;WS=74366684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr16	74372644	.	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.657;NF=34;NR=29;PP=911;ReadPosRankSum=4.041;SC=TACCCTTGTCAGGGGGAACAA;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=63;WE=74372652;WS=74372634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,61:0.37:167
chr16	74372914	rs11353924	GT	G	134.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-0.825;QD=8.98;ReadPosRankSum=-2.577;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr16	74384296	rs11859725	C	T	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.424;NF=32;NR=35;PP=883;ReadPosRankSum=0.656;SC=GCCTTCCTGACCAGGATAGCA;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=67;WE=74384304;WS=74384286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,99:0.51:194
chr16	74384319	rs113276760	G	GT	2994.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.924;NF=11;NR=37;PP=1913;ReadPosRankSum=-2.539;SC=CATCAACCCAGTGTGGAGGAA;SOR=0.649;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=48;WE=74384327;WS=74384309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,97:0.55:177
chr16	74394425	rs3852692	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.41;MQRankSum=-2.864;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,14:0.17:83
chr16	74394671	rs62055171	T	C	4361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.856;NF=64;NR=115;PP=2277;ReadPosRankSum=0.259;SC=CGGCAGCTGATGCGCTGTTTC;SOR=1.183;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=296;TCF=118;TCR=178;TR=179;WE=74394679;WS=74394661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,215:0.58:371
chr16	74394745	rs71391080	A	G	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=6.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=60.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-12.415;NF=10;NR=58;PP=1306;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GACAGCAACCAGTAGAACATC;SOR=3.731;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=163;TCF=47;TCR=116;TR=68;WE=74394753;WS=74394735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,61:0.29:210
chr16	74425358	rs6564065	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-12.813;NF=49;NR=14;PP=839;ReadPosRankSum=0.336;SC=CACAGCTGAAGCTTTAAAAAA;SOR=1.376;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=208;TCF=151;TCR=57;TR=63;WE=74425366;WS=74425348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,54:0.25:218
chr16	74425448	.	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DP=768;ExcessHet=3.0103;FS=1.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQRankSum=-2.488;QD=0.06;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:674,91:0.12:765
chr16	74425548	rs2868591	A	G	8959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.144;NF=96;NR=125;PP=2840;ReadPosRankSum=-2.286;SC=CTGAAGGAGTATCTCCTGGTC;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=499;TCF=217;TCR=282;TR=221;WE=74425556;WS=74425538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,343:0.47:736
chr16	74425569	rs11641596	C	T	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-0.635;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:558,131:0.19:689
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chr16	74514032	rs1005715	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=2.399;HP=5;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=-0.498;SC=CCCCACAAAATAGTCTAAAAA;SOR=1.802;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=16;WE=74514040;WS=74514022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr16	74530611	.	TAC	T,TACACAC	327.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,3:0.77,0.23:13
chr16	74537591	rs4887772	C	T	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=60;PP=1864;SC=GGTGATCCACCAAGCAGGAAA;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=99;WE=74537599;WS=74537581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	74566092	rs202047611	ATAT	A	173.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.87;QD=17.37;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	74660185	rs78219119	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TTTTCCCTTACCAATATTTTA;SOR=0.333;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=10;WE=74660193;WS=74660175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr16	74662597	rs11149759	C	T	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=25;PP=689;SC=GTATCTCACACTCCAAAACTC;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=74662605;WS=74662587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	74664810	rs7188880	A	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr16	74664969	rs7193959	T	A	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=136;SC=ACACTCATACTCCCAAACTAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=74664977;WS=74664959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	74666634	rs4072450	G	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=19;PP=510;SC=ATTCAAACTAGTTTTTCAAGT;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=24;WE=74666642;WS=74666624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	74670458	rs4888262	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TTTGATGTGACGTAAGTTTTT;SOR=0.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=8;WE=74670466;WS=74670448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	74678721	rs71682116	CA	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.917;NF=0;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=-1.077;SC=AACAGAAGTGCAAAAAAAATG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=74678729;WS=74678711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	74694731	rs79470274	C	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=126;ReadPosRankSum=1.138;SC=AGTTACCTGACTTGCCAAAAG;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=8;WE=74694739;WS=74694721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	74695079	rs8058922	G	T	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=53;PP=1794;SC=GTTCTCCACAGTGTCTTCTCC;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=101;WE=74695087;WS=74695069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	74706298	rs4888274	A	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=-1.289;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr16	74706349	rs9783779	T	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,43:0.40:108
chr16	74709206	rs11862413	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=272;ReadPosRankSum=1.077;SC=TCTACTGGAAGGGGACCCAAC;SOR=0.986;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=16;WE=74709214;WS=74709196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr16	74712905	rs6564158	A	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=417;SC=CGGGGAGCATAAGTACCTTTG;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=74712913;WS=74712895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	74729219	rs34515646	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=498;ReadPosRankSum=-2.097;SC=CTGGAAAGCTCGCCTGTCTTC;SOR=0.857;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=32;WE=74729227;WS=74729209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr16	74750405	rs2301865	G	A	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=930;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CTACTGCCTCGGGCAGGATGA;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=63;WE=74750413;WS=74750395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,95:0.59:160
chr16	74760292	rs11295057	CT	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	74908439	rs2870148	C	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=20;PP=559;SC=GTCTTCCTCTCAAGACTCTAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=74908447;WS=74908429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	74920374	rs4888305	C	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	74927507	rs10718591	CA	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.833;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
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chr16	74938083	rs9930498	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
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chr16	75186727	rs11859007	G	A	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.033;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,59:0.49:120
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chr16	75238103	rs4737	C	T	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,107:0.61:176
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chr16	75256825	rs201853088	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr16	75263974	rs6564241	T	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=19;PP=596;SC=GAGTTGGAACTACAGGCCGAG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=75263982;WS=75263964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	75267676	rs4888361	A	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.00;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	75269267	rs3169330	A	G	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=44;PP=1606;SC=CACTCTGGACAGCGGCCACAG;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=90;WE=75269275;WS=75269257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	75269534	rs3743613	C	T	7341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.051;SC=TGCCCTCTGCCGGGGCTTCAC;SOR=0.283;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=159;WE=75269542;WS=75269524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr16	75269958	rs10623347	C	CCA	969.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5523;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=580;ReadPosRankSum=-1.523;SC=CAGCACCCAGCCACACACACA;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=15;WE=75269966;WS=75269948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr16	75270721	rs2278020	C	A	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=18;PP=894;SC=CCCCTGTGCACACACCCAGAC;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=51;WE=75270729;WS=75270711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	75276295	rs7195938	A	G	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=21;PP=833;SC=GGGTGGCTGGACCCTTCTGTG;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=75276303;WS=75276285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	75276775	rs1035539	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.621;NF=10;NR=8;PP=257;ReadPosRankSum=0.244;SC=GGAGGGCCGGGGCCAGGCCCT;SOR=0.465;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=18;WE=75276783;WS=75276765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr16	75277344	rs4888363	A	T	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=36;PP=1253;SC=ATCACGACAAAGCTGCCAAGT;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=73;WE=75277352;WS=75277334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	75277446	rs76709948	AAGAC	A	784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=628;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GAACAACAATAAGACAGAGCT;SOR=1.578;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=14;WE=75277457;WS=75277436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr16	75277480	rs4887810	C	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=19;PP=480;SC=CTATCTACCCCAAATCCAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=75277488;WS=75277470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	75281964	rs1862737	A	C	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,69:0.47:146
chr16	75285164	rs1862738	A	C	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=6;PP=623;SC=CCGCCAACGCACCCGAGGCGC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=75285172;WS=75285154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr16	75300708	rs11149811	C	G	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=31;PP=947;SC=GTCCAGAGCACTGTCCCGGAG;SOR=1.392;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=46;WE=75300716;WS=75300698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	75301605	rs9319482	A	G	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=44;SC=TAGGTGCCCCAGCCAGAATGG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=75301613;WS=75301599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	75301974	rs72804106	G	T	242.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GACTCACTCCGTCCTATAGGG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=12;WE=75301982;WS=75301964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr16	75327916	rs6624	A	G	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=73;PP=2237;SC=CCACTCGGTCAAGGAAGGCTT;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=118;WE=75327924;WS=75327906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	75338855	rs3743607	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=6.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.353;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,61:0.45:135
chr16	75339131	rs7192981	T	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=14;PP=379;SC=CTGATCTCTATATTAACAGTT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=75339139;WS=75339121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	75445605	rs1109341	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=1.903;SC=TTGAGTTCAAGTATAACTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=75445613;WS=75445595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	75445675	rs1109342	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=0.419;SC=AGAGAGAGACGCTCATTTTTG;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=11;WE=75445683;WS=75445665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr16	75445906	rs247435	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=5;PP=149;SC=ATATTGTTTACAGATACTTTT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=75445914;WS=75445896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	75448273	rs8056236	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=0.227;SC=TACCTATTAACATTTTCTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=4;WE=75448281;WS=75448271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr16	75448659	rs8051407	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-0.438;SC=AGACATTTTCATTAATACAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=75448667;WS=75448649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	75467076	rs3833048	G	GC	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr16	75498025	rs9931077	A	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.915;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	75498148	rs115618771	T	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=131;ReadPosRankSum=0.023;SC=GCTCTCTGCATCTCACGCCCA;SOR=0.483;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=14;WE=75498156;WS=75498138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr16	75498252	rs150429885	C	CT	1824.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.427;SC=CGGAGGACAGCGCCCACGCCG;SOR=0.622;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=25;WE=75498261;WS=75498242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr16	75498253	rs34904236	G	T	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.58;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr16	75498320	rs37596	C	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=489;ReadPosRankSum=0.041;SC=AGCACGGCAGCGGCGACGGCG;SOR=0.894;SbPval=0.79;Source=Platypus;TCR=31;TR=32;WE=75498328;WS=75498310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr16	75563427	.	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.610;NF=17;NR=15;PP=494;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CGGCCGCGCAGGAAGGGTGGC;SOR=0.760;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=32;WE=75563435;WS=75563417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr16	75565654	rs17606758	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	75575244	.	A	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=340;ReadPosRankSum=0.000;SC=AACAGAAAGGATATGAAATGA;SOR=0.523;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=23;WE=75575252;WS=75575234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr16	75678340	.	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.816;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=1.275;SC=AGAGCACCCTGGAACTAATGA;SOR=1.942;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=23;WE=75678348;WS=75678330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr16	75681420	rs117457640	T	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=553;ReadPosRankSum=-0.161;SC=CTCGCGGCGCTTCCCAGCCCA;SOR=0.532;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=36;WE=75681428;WS=75681410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,59:0.48:124
chr16	75703213	rs199883674	T	TA	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.81;MQRankSum=1.393;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr16	75730037	rs5817959	T	TA	2082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=1638;SC=CAGAAGCTGTTGGGGAATTTT;SOR=2.024;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=36;WE=75730045;WS=75730027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	75734075	.	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TGCCTGATGAACAGAAAAGGG;SOR=0.653;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=9;WE=75734083;WS=75734065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	75794738	rs7205764	T	C	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=38;PP=1349;SC=CAGGATCTCATTCCCATCACC;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=79;WE=75794746;WS=75794728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	76311602	rs59314262	G	GT	4009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=32;PP=1987;SC=CGCTACTTCTGTATCTACTCA;SOR=0.730;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=44;WE=76311610;WS=76311592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	76343767	rs9927750	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=131;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CTCTTGCAGCCGCCATGATTC;SOR=0.963;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=11;WE=76343775;WS=76343757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr16	76343812	rs8053810	GG	AA	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=482;ReadPosRankSum=1.168;SC=CTGTGAGTCCGGTTAAGTCTC;SOR=1.078;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=16;WE=76343821;WS=76343802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
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chr16	76389441	rs2866712	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=425;ReadPosRankSum=0.099;SC=TAGTCTCTCGGGGAAAAAGTA;SOR=0.937;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=32;WE=76389449;WS=76389431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr16	76461273	rs7192076	A	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=315;ReadPosRankSum=-1.460;SC=ACACATTGCTAATAGACATTA;SOR=0.102;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=17;WE=76461281;WS=76461263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr16	76461519	rs9927638	C	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=2.150;SC=TTATCCAATACACTGACATAG;SOR=0.610;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=21;WE=76461527;WS=76461509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr16	76461588	rs9938200	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=0.346;SC=TTTTAGCTACATAAAGAGGTA;SOR=2.891;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=10;WE=76461596;WS=76461578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	76482546	.	C	T	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=45;QD=15.9542425094;SC=GTATTTGAAACGGAATGCGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=76482554;WS=76482536;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr16	76482605	.	C	CT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.526;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr16	76482910	rs3947083	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-2.697;SC=TAATCTCCCAGAGGAAAATAC;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=76482918;WS=76482900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	76486700	.	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=0.326;SC=AAAGCATATGGATTTGAAAGA;SOR=1.799;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=16;WE=76486708;WS=76486690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr16	76495842	rs35994137	C	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.948;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr16	76496025	rs57292037	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=0.361;SC=GCCAGGCTCTATGAGCAACTG;SOR=1.741;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=76496033;WS=76496015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr16	76496131	rs34782687	C	T	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=45;SC=TCTTTGATCACGGACATTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=76496139;WS=76496121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	76501288	.	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=390;ReadPosRankSum=-0.968;SC=TGTAAAAGTCCACTTGGTGGA;SOR=0.840;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=26;WE=76501296;WS=76501278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
chr16	76501542	rs1002974	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	76523792	rs7201030	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=273;SC=TAAGTAAACCATGGTGTCTGT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=76523800;WS=76523782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	76532392	rs12932943	C	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=345;SC=TAGTTCAGAACATCTTGGTTT;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=76532400;WS=76532382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	76532583	rs12933808	A	G	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=44;PP=1352;SC=CTGCTCTGCCAGGGAGACAGT;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=76532591;WS=76532573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	76555005	rs72373340	AT	A	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.642;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr16	76555015	rs11353699	CT	C	1392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.63;ReadPosRankSum=1.557;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,75:0.95:79
chr16	76569754	rs6564348	A	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	76587202	rs7202925	T	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=326;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TGGACCAGGATACTGCACTGG;SOR=0.489;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=25;WE=76587210;WS=76587192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr16	76587331	rs7184958	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,50:0.40:124
chr16	76587647	rs4243123	G	C	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.698;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=860;ReadPosRankSum=1.684;SC=ATAATTCTCTGTGGTTTAAAA;SOR=1.447;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=46;WE=76587655;WS=76587637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr16	76902722	rs34106659	C	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.514;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	76902847	rs7500280	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.55;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	76902850	rs7499278	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.92;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr16	77225217	rs3214483	A	AG	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.480;NF=1;NR=10;PP=261;ReadPosRankSum=-0.986;SC=AAAGTGTTGGAGGGGGGACGT;SOR=0.514;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=11;WE=77225225;WS=77225207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr16	77225440	rs35193130	G	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GGACTTGGAGGACACGCAGTT;SOR=0.792;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=26;WE=77225448;WS=77225430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
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chr16	77228866	rs2232504	T	C	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=62;PP=1696;SC=GGCGCCTGGTTGAAGATGGGA;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=108;WE=77228874;WS=77228856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
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chr16	77242083	rs9934426	C	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=6;PP=343;SC=CTCTGGCTCACTCTTTCTTCC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=77242091;WS=77242073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr16	77246218	rs13331769	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr16	77246953	rs2278047	G	C	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=515;ReadPosRankSum=2.155;SC=GGCGGGGCGTGCTGGGATCTC;SOR=0.620;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=36;WE=77246961;WS=77246943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,58:0.47:123
chr16	77246988	rs7203616	T	G	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=39;PP=1164;SC=GCCGGACCCCTCCCACCAGTC;SOR=1.281;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=58;WE=77246996;WS=77246978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	77247005	rs77292914	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=362;ReadPosRankSum=0.109;SC=AGTCGAGCCCCGGGCGCCGTA;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=25;WE=77247013;WS=77246995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr16	77281779	rs35625788	GTC	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr16	77281905	rs13332812	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=-1.600;SC=AAACCTCAGTCCTTCTTCATG;SOR=0.484;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=16;WE=77281913;WS=77281895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr16	77281998	rs13337994	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=-0.308;SC=AAAGCCCAATATTTGTTATGG;SOR=1.153;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=11;WE=77282006;WS=77281988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr16	77317954	rs61749042	C	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,51:0.43:120
chr16	77327226	rs4888618	C	A	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	77328813	.	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr16	77331198	.	G	A	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=2.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,93:0.47:199
chr16	77334103	.	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr16	77334194	.	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=492;ReadPosRankSum=0.332;SC=CTGACTGCACGATACTCCAGG;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=37;WE=77334202;WS=77334184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr16	77353973	rs9930984	G	T	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=50;PP=1321;SC=GCTGGAATGAGGACCACCGGA;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=77353981;WS=77353963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	77359724	rs150951581	A	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=310;ReadPosRankSum=-0.900;SC=ATTATTATCCACATAGAGACT;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=23;WE=77359732;WS=77359714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr16	77359919	rs11640912	A	T	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=63;PP=2003;SC=GGACAGAATAAGCCACCATAC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=102;WE=77359927;WS=77359909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
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chr16	77389956	rs8059275	A	G	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=41;PP=1221;SC=TCCCTTCTCCATCGTGAATCA;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=77389964;WS=77389946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	77393207	rs2650907	G	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=257;ReadPosRankSum=-1.898;SC=GTTCAAAGAGGCACTTACTTG;SOR=0.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=21;WE=77393215;WS=77393197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr16	77393445	rs72406902	GGAAA	G	277.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	77393450	rs114891228	A	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	77395948	rs1909802	C	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=0.011;SC=TAGAAAGTTTCCATACTGTGT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=77395956;WS=77395938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr16	77397899	rs1948718	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.658;SC=TATGTACATATAAATACAATT;SOR=0.458;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=9;WE=77397907;WS=77397889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	77398081	rs1948719	T	C	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=528;ReadPosRankSum=-1.696;SC=ACACCCCCGCTTACCATGTTC;SOR=0.972;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=37;WE=77398089;WS=77398071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr16	77398359	.	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.494;SC=TGAAACAAGGGAAGAAGAGAA;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=77398367;WS=77398349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	77398386	rs2562119	A	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	77401684	rs2434895	T	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=-0.641;SC=AGGGTTGGTTTTCAACAACTG;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=12;WE=77401692;WS=77401674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr16	77465155	.	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=203;ReadPosRankSum=1.024;SC=CACAAAACACGAAAGAGGGAG;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=18;WE=77465163;WS=77465145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr16	77756613	rs2914456	G	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=611;SC=TGATTTTGCAGCTCCCGCCAG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=77756621;WS=77756603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	77769369	rs308926	C	T	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=9;PP=281;SC=GCCAAGCAGACGCCAGCATCA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=77769377;WS=77769359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	77769647	rs186305	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=3;PP=160;SC=AAATAGAAGTCCAGTAAGTAT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=77769655;WS=77769637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	77769834	rs308925	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=279;ReadPosRankSum=1.562;SC=GTGGGTCTCCGTCCTCACCAA;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=25;WE=77769842;WS=77769824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr16	77775459	rs11648791	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr16	77850697	.	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-1.718;SC=AAAAAAGACAGGAAGGAGTGA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=77850705;WS=77850687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	77850887	rs148203612	G	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.840;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,62:0.42:149
chr16	77910201	.	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=-0.723;SC=ACACAGGAAAGGAAAGGGATT;SOR=0.298;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=17;WE=77910209;WS=77910191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr16	77910418	rs3751765	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr16	77912966	rs3751767	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=314;ReadPosRankSum=-0.675;SC=TTTCAAGATTTCTCCAGTTCC;SOR=0.392;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=17;WE=77912974;WS=77912956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
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chr16	77918801	rs1864228	T	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.907;SC=TTTTCCCAGATGGGTTTGTTT;SOR=0.385;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=9;WE=77918809;WS=77918791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr16	78063064	rs7190832	G	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=241;ReadPosRankSum=0.085;SC=TTGTTCAAGAGATACACAGCT;SOR=0.651;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=19;WE=78063072;WS=78063054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr16	78063143	rs7192416	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr16	78063226	.	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=1.812;SC=TTAAGAAAATCCCTGTCTCTC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=78063234;WS=78063216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	78064733	rs2072663	C	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=0.274;SC=CACCATCCCTCAATAGGTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=78064741;WS=78064723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr16	78085754	rs2344923	C	A	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=21;PP=1039;SC=GAGCCACCCCCCCTGGCCAAC;SOR=1.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=78085762;WS=78085744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	78142209	rs4887937	T	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	78143584	rs117470523	G	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=20.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr16	78143607	rs2287972	C	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=13;PP=807;SC=GGGCTCCTTCCCTTCCTGACC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=78143615;WS=78143597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	78148794	rs1469117	T	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=170;SC=AATGGGGTTTTCCTAAAGTAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=78148802;WS=78148784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	78197911	rs4359451	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=0.315;SC=ACCCCACAACTGTGGCCACTG;SOR=0.283;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=10;WE=78197919;WS=78197910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr16	78198192	rs2303191	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=2.045;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,70:0.48:145
chr16	78312497	rs8050128	C	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=173;ReadPosRankSum=-1.429;SC=TTGTATCTTACAGAAAACAAA;SOR=1.244;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=12;WE=78312505;WS=78312487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr16	78420775	rs11545029	G	A	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=38;PP=1574;SC=CAAGGTAGAAGCAATGACCCT;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=78420783;WS=78420765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	78466628	rs189695070	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=391;ReadPosRankSum=0.621;SC=TTACCTTGGCGAGGCCTTTCA;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=30;WE=78466636;WS=78466618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr16	78790765	rs7199110	C	T	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=12;PP=647;SC=GACATCAGAGCATGTGACTTA;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=78790773;WS=78790755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	79245465	rs384216	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=3;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=0.725;SC=ATCACTCCTTTTCTTAAAATT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=79245481;WS=79245455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	79245786	rs77897021	A	G	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=620;ReadPosRankSum=-1.020;SC=TGTCCCTCCAACACAGATCCG;SOR=0.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=44;WE=79245794;WS=79245776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr16	79245820	rs383362	G	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=0.913;SC=AATAAGAGCAGTCACAACAGA;SOR=0.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=22;WE=79245828;WS=79245810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr16	79245930	rs2288035	G	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.642;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=364;ReadPosRankSum=0.798;SC=CTTTCTGGTGGTGGCCTGTTT;SOR=1.352;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=23;WE=79245938;WS=79245920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr16	79245956	rs2288034	C	G	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.31;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	79245961	rs2288033	T	C	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	79246078	rs2288032	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=0.000;SC=CACTGCAGCCGGGGGCTGGCC;SOR=0.275;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=79246086;WS=79246068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr16	79619727	rs60080524	GAAA	G	884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=34.03;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	79619835	rs60533944	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.017;NF=9;NR=11;PP=282;ReadPosRankSum=-0.332;SC=ATTCCCTTGGGTACCTGATTT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=20;WE=79619843;WS=79619825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr16	79633805	rs5818251	TGCC	T	857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=630;ReadPosRankSum=2.186;SC=GCCATTCTCCTGCCGCCGCCG;SOR=0.970;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=15;WE=79633815;WS=79633795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr16	80574886	rs9922406	T	C	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=43;PP=1864;SC=CCACTTCCTTTTTTGTCTCCT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=82;WE=80574894;WS=80574876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	80577098	rs8049769	G	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=412;SC=TAGGTATCTTGCTAAACATTA;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=80577106;WS=80577088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	80577216	.	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=248;ReadPosRankSum=1.753;SC=AGTCATAAAGGGGTTATTGGA;SOR=0.510;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=18;WE=80577224;WS=80577206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr16	80581547	rs6564762	C	T	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=13;PP=794;SC=CTGAGCATTGCACCCTTAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=80581555;WS=80581537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	80581580	rs6564763	A	C	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=26;PP=1248;SC=TTAGGATGCAAAATAAAACTG;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=69;WE=80581588;WS=80581570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	80581631	rs6564764	G	A	4102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	80582724	.	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=278;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTACAATATCCTTATTACCAC;SOR=0.616;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=18;WE=80582732;WS=80582714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr16	80654830	.	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=1.055;SC=CTTCTTTCATGATCTGCCGGC;SOR=1.493;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=14;WE=80654838;WS=80654820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr16	80704886	rs7195952	T	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=12;PP=417;SC=CTCAGGATTTTGTCTCCTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=80704894;WS=80704876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	80718879	rs8049284	A	G	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=29;PP=1125;SC=GACATGTGCAACCCATTGAAT;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=80718887;WS=80718869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	80719086	rs8047798	G	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=9;PP=257;SC=AACTCAGTTCGAGGCAACAAG;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=15;WE=80719094;WS=80719076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	81014684	rs72349077	CA	C	53.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	81014700	rs1477381	T	C	62.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=115;SC=AAAAAAAAAGTTCAAAAATAA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=81014708;WS=81014690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	81015560	rs2549822	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=404;SC=TAAATACTGCCACAGACATGA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=81015568;WS=81015550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	81022203	rs34522854	TA	T	916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=397;SC=GCACGTTTCCTAAAAAAAACA;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=81022211;WS=81022193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	81022232	rs2549833	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=17;PP=418;SC=AATTTAAGTCTCCATACGATT;SOR=1.352;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=81022240;WS=81022222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	81025372	rs2244452	A	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=570;SC=TGTGGTCTTCATCCGAAAACA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=81025380;WS=81025362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	81025490	rs2113196	A	C	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=28;PP=1262;SC=ATCAAAAACAAAGAAAATGTC;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=81025498;WS=81025480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	81025506	rs2113197	T	A	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=29;PP=1278;SC=ATGTCACAGATAACAGGAGCC;SOR=0.851;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=68;WE=81025514;WS=81025496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	81050965	rs935939	A	T	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=12;PP=369;SC=AAGTTTGGGAAGTTTTTCAGA;SOR=0.746;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=22;WE=81050973;WS=81050955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	81051327	rs935940	C	T	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	81053682	rs10602593	CT	C	185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=3;PP=93;SC=GAAATTAAGCCTTTTTTTTTT;SOR=1.445;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=81053690;WS=81053672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	81061827	rs2549887	G	A	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=15;PP=922;SC=GGCTGAGAGGGAAGAACCCCT;SOR=1.163;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=47;WE=81061835;WS=81061817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	81062030	rs2549888	G	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=21;PP=973;SC=GCTCTCTCTTGCATCTTCTGC;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=81062038;WS=81062020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	81062151	rs35608064	CTT	C	6160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.67;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	81062157	rs114305409	T	C	6408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=36;PP=1655;SC=TTCCCTTTTTTTTTTTTTTAA;SOR=1.054;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=86;WE=81062179;WS=81062141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	81062171	rs2602428	C	T	6847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=46;PP=1721;SC=TTTTTAATTTCAGGTATTGCA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=100;WE=81062179;WS=81062141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	81066159	.	GT	G	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=2.756;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr16	81069449	rs2602430	A	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	81077915	rs2257378	T	C	6085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=75;PP=2965;SC=ATCTGCCTGCTCAGACATTGG;SOR=0.861;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=94;TCR=75;TR=169;WE=81077923;WS=81077905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr16	81078591	.	C	T	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.273;NF=19;NR=33;PP=701;ReadPosRankSum=0.311;SC=ACGGTGGAGTCCATGTGTGAA;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=52;WE=81078599;WS=81078581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,82:0.55:149
chr16	81094760	rs804884	A	G	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=6;PP=358;SC=GTTCTACCGCAACCGCTCAGA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=81094768;WS=81094750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	81095363	rs804885	C	T	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=74;PP=2266;SC=CTGGGATGGACAGCCCTCTGT;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=119;WE=81095371;WS=81095353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	81095448	.	A	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=629;ReadPosRankSum=0.128;SC=GTTGCACCAAATAAACTCCTT;SOR=0.918;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=39;WE=81095456;WS=81095438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr16	81118289	rs7187102	C	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	81121145	rs7200400	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	81129822	rs8052579	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=54.51;NF=6;NR=5;PP=178;SC=CGCGGCGGGTGACGGGACCGC;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=81129830;WS=81129812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	81145630	rs8053975	C	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=8;PP=496;SC=ACAGCAAAGACACCCTGTACT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=81145638;WS=81145620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	81145664	rs8054611	A	G	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=13;PP=823;SC=ACCTTCCTTGAGTTCCCAGGG;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=81145683;WS=81145654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	81145675	rs8059153	T	C	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=15;PP=963;SC=GTTCCCAGGGTCTCCCTAACC;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=81145683;WS=81145654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	81145737	rs8059318	T	G	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=25;PP=1180;SC=GCAGAGACCCTCCCCGAACTT;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=81145745;WS=81145727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	81145807	rs8054182	C	G	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=41;PP=1498;SC=GGATGACAATCATAAAGCCTG;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=79;WE=81145815;WS=81145797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	81151122	rs4889238	A	C	7830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=93;NR=92;PP=2965;SC=ACGTCTCTTTACTCATGCGCT;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=185;WE=81151130;WS=81151112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr16	81151149	rs148566398	C	T	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=52;PP=1289;ReadPosRankSum=-1.023;SC=GGAAAAGGAGCGTGAAGTTGC;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=97;WE=81151171;WS=81151139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,140:0.55:253
chr16	81151163	rs8053191	C	T	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=80;PP=2838;SC=AAGTTGCGGCCGTGACTGCCC;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=144;WE=81151171;WS=81151139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr16	81157324	rs4889241	G	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=9;PP=293;SC=GTAGACAGTGGACTCCACAAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=81157332;WS=81157314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	81157385	rs8050204	G	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5073;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=-1.819;SC=AGATAGCGGAGAATTCTGCAG;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=19;WE=81157393;WS=81157375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr16	81157521	rs4889242	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr16	81157577	rs76970623	T	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TGTGATATGGTGGCACCCCTC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=81157585;WS=81157567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	81161473	rs145602984	G	GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC	2575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,66:0.37:177
chr16	81161552	rs16954717	C	T	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.114;NF=30;NR=33;PP=924;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GAATATGGTGCACGGCATCCG;SOR=0.644;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=65;TCR=77;TR=63;WE=81161560;WS=81161542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,100:0.45:222
chr16	81161569	rs75417926	T	G	3511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.949;QD=16.80;ReadPosRankSum=1.578;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,93:0.44:209
chr16	81161571	rs80097269	T	C	3574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.918;QD=17.61;ReadPosRankSum=1.423;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,92:0.45:203
chr16	81161578	rs7206183	G	A	3462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=3.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.851;QD=18.13;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,90:0.47:191
chr16	81161608	rs16954722	T	C	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.729;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr16	81161712	rs113658800	TA	T	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.632;NF=3;NR=17;PP=1158;ReadPosRankSum=0.046;SC=GCAATCAAAATAATCTTAACA;SOR=0.757;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=20;WE=81161730;WS=81161702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr16	81161722	rs71183779	A	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr16	81161737	rs2084959	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=-0.496;SC=CCAAGCTCCCCGGCCTGAGGC;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=18;WE=81161745;WS=81161727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr16	81161764	rs16954729	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GAAATTCAGCGTACCCATTAT;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=14;WE=81161772;WS=81161754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr16	81164274	rs11150345	C	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=248;SC=ACAGTCCCTGCTCAGGCAGGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=81164282;WS=81164264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	81164289	rs34186266	C	T	214.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=0.674;SC=GCAGGATCCACGACTCCCACC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=81164297;WS=81164279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr16	81167314	rs3826050	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=-0.080;SC=GTCTGTGGAGGGAAGGACACC;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=11;WE=81167322;WS=81167304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr16	81167342	rs11150346	T	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=218;SC=CCCCTACGTGTGCAGAGGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=81167350;WS=81167332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	81173030	rs4889243	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=0;PP=227;SC=ATAAAGGAATAAAAGCCCAGG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=13;WE=81173038;WS=81173020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	81173136	rs12918619	T	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=13;PP=481;SC=GTGACGAACATGCTCTCCACG;SOR=1.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=81173144;WS=81173126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	81173193	rs4889244	C	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=20;PP=710;SC=CTGGCCCTCCCGTAGTGCAGG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=81173201;WS=81173183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	81180988	rs7194136	C	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=36;PP=1251;SC=CTGATGTGTTCTGTGGATAAA;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=71;WE=81180996;WS=81180978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	81183266	rs8044870	A	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=291;SC=CCAGCCACTAACCCTGACCTC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=81183274;WS=81183256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	81183624	.	CTTT	C	373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.36;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr16	81185326	rs11649028	G	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=13;PP=696;SC=CCTGGGTGGCGGAACAAGACC;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=81185334;WS=81185316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	81185416	rs8061038	A	G	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=35;PP=1244;SC=GAAACACCTTATCGAGGACGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=81185424;WS=81185406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	81190294	rs4889251	G	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=205;SC=CAGGTGATCCGTCCACCTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=81190316;WS=81190284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	81190308	rs4889252	G	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=430;SC=ACCTTGGCCTGCCAAAGTGCT;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=81190316;WS=81190284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	81190328	rs4889253	G	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=280;SC=TGGGATTACAGGCGTGAGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=81190336;WS=81190318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	81190601	rs1453325	T	C	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=30;PP=869;SC=TGGTGGATGTTGATGGCATTG;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=81190621;WS=81190591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	81190613	rs1453324	A	G	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=32;PP=1162;SC=ATGGCATTGGACATCACCAGG;SOR=0.953;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=54;WE=81190621;WS=81190591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	81190708	rs1453323	A	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=24;PP=540;SC=CAACCCATAAAGGGGCTGTCA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=81190716;WS=81190698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	81193433	rs734823	G	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=28;PP=650;SC=CTGTAGGAAAGGGGGTTCCAG;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=81193441;WS=81193423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	81194382	rs2317117	T	C	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=40;PP=1762;SC=GTGCAATGTCTGGTCTCCAGT;SOR=1.017;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=105;WE=81194390;WS=81194372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	81194528	rs11647564	C	T	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=49;PP=1470;SC=CAGAAACAATCCTATTGAAGG;SOR=1.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=72;WE=81194536;WS=81194518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	81197117	rs4889255	A	G	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=15;PP=955;SC=GCTTGAGCCCAGGAGGCAGAA;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=81197125;WS=81197107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	81199520	rs12931217	T	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=34;PP=856;SC=AGCAGGAGGGTGGTCTGCACA;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=81199528;WS=81199510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	81199572	rs12927442	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=0.837;SC=TGGCAATCTGAAAAAGGAGGC;SOR=0.527;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=12;WE=81199580;WS=81199562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr16	81201448	rs11313252	G	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=386;SC=GATGGGGGGGGAAAGTTCCAC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=81201456;WS=81201447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	81201620	rs35292101	C	A	6146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	81201625	rs34504526	G	A	6225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	81201774	rs34172014	C	G	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=16;PP=452;SC=CTGTGTCATTCAAGGGACAAG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=81201782;WS=81201764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	81201837	rs35055907	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=244;SC=CCTGGCACACGAGCTCCCTGT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=81201845;WS=81201827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	81201853	rs72822032	C	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=95;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=234;SC=CCTGTATCTCCGGCTTGAGAC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=81201861;WS=81201843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	81201868	rs34722210	G	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	81201872	rs76815905	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.52;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	81204172	rs11648241	A	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=185;SC=ATAAGGAAGCACAGGAGCTGG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=81204180;WS=81204166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	81204423	rs11640279	T	C	6553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=71;PP=2584;SC=GGAAAGAAGATGACAGAGGTC;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=84;TCR=71;TR=155;WE=81204431;WS=81204413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr16	81209207	rs2317114	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=180;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TGCCACCACCTACCTTAGCCA;SOR=0.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=12;WE=81209215;WS=81209197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr16	81211496	rs9935113	C	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=534;ReadPosRankSum=0.361;SC=AGAACGGTGCCCTCCTCTGGG;SOR=0.533;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=37;WE=81211504;WS=81211486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,59:0.58:101
chr16	81211548	rs9934605	G	A	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=587;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GCACAGTGCTGATCACATAGG;SOR=0.845;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=42;WE=81211556;WS=81211538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,76:0.63:121
chr16	81211720	rs9925522	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=1.412;SC=AACTTCAGACATCTCTGGATC;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14;WE=81211728;WS=81211710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr16	81213081	rs4889259	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=1.438;SC=CAGGAGGCTGGGACAGGAGGA;SOR=1.828;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=81213089;WS=81213071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	81213142	rs4889260	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr16	81213378	rs4889261	A	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=427;ReadPosRankSum=-1.956;SC=GCAGGCATCCAGGAGGGGCTC;SOR=0.651;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=31;WE=81213386;WS=81213368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr16	81213422	rs4889262	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=293;ReadPosRankSum=0.270;SC=GGGCTGCTGACGCTACAGCCA;SOR=1.048;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=19;WE=81213430;WS=81213412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr16	81219187	rs13339342	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=642;ReadPosRankSum=-1.792;SC=AACAGCCAGGCGCAGGGTGAC;SOR=0.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=50;WE=81219195;WS=81219177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,63:0.61:103
chr16	81219329	rs9319563	G	T	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr16	81219396	rs9674042	T	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.704;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=542;ReadPosRankSum=-0.194;SC=TCATGAATAATAACATCAGCT;SOR=0.299;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=39;WE=81219404;WS=81219386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr16	81222447	.	CAA	C	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.316;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=1.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr16	81222672	rs4889271	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TGGGGTGCTGTTGGCATTCCC;SOR=2.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=15;WE=81222680;WS=81222662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr16	81224234	rs12716909	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=84;ReadPosRankSum=-0.427;SC=CATCTTTTCCTTGTGAGGTTA;SOR=0.179;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=81224242;WS=81224224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr16	81224423	rs11647179	G	A	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=30;PP=940;SC=CACCAGGGGCGTCAGCCTGTC;SOR=0.852;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=81224431;WS=81224413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	81224495	rs72823811	G	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=394;ReadPosRankSum=1.385;SC=GATTAAAAGTGAGTCATCTTG;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=22;WE=81224503;WS=81224485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr16	81228814	rs72823822	G	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GAAGGAGCTTGGTTCTTGTCC;SOR=1.136;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=10;WE=81228822;WS=81228804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr16	81232275	rs7205673	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=0.504;SC=ACCTTCAACCGGAACAGCCAG;SOR=0.892;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=81232283;WS=81232265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	81232564	rs7194871	T	G	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=556;ReadPosRankSum=-1.485;SC=CCCATCAGTTTCTGGGTTTCT;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=38;WE=81232572;WS=81232554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr16	81232743	rs9924038	G	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=0.494;SC=GCAGCTCAGAGTCAGTCTCTG;SOR=0.559;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=24;WE=81232751;WS=81232733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr16	81240931	rs11150368	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CCGGACAGCCTACCCCAGCCA;SOR=0.293;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=81240939;WS=81240927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	81241098	rs11150369	C	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr16	81241100	rs11150370	G	C	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr16	81242085	rs7499175	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr16	81242102	rs6420424	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,51:0.54:94
chr16	81242148	rs55980345	GTT	G	1428.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=1012;ReadPosRankSum=1.525;SC=TCGGACACAGGTTTCCAAAGT;SOR=0.759;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=16;WE=81242159;WS=81242138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr16	81242151	rs5818326	T	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=1028;ReadPosRankSum=1.700;SC=GACACAGGTTTCCAAAGTAGG;SOR=0.745;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=25;WE=81242159;WS=81242138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr16	81242194	rs6564838	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=1.334;SC=TGACTGTAGCTCCTGGCACTG;SOR=0.616;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=16;WE=81242202;WS=81242184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr16	81242366	rs6564839	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GAAGACCAGGTACTGGGCTAG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=81242374;WS=81242356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	81242386	rs6564840	T	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr16	81248745	rs8060294	A	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.202;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=389;ReadPosRankSum=-0.944;SC=GACCTGCCCCAAGCCACAGTG;SOR=0.851;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=26;WE=81248753;WS=81248735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr16	81248935	rs8044334	T	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=137;ReadPosRankSum=1.184;SC=GCAGGGGTGATAAATTGAATA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=8;WE=81248943;WS=81248925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr16	81249954	rs7191351	T	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=506;ReadPosRankSum=0.276;SC=AGCGGCGGCCTGCCCTCCATG;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=37;WE=81249962;WS=81249944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr16	81253526	rs141224532	A	ATTATT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=156;SC=TTAGACATGAATTATTTAATC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=81253534;WS=81253524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	81253637	rs9924275	A	G	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	81253642	rs62052455	AG	TC	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	81253745	rs9934272	C	G	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=33;PP=1361;SC=GGGAGATGTGCTTCTGCAGAA;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=72;WE=81253767;WS=81253735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	81253759	rs9924371	A	G	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=40;PP=1500;SC=TGCAGAAACCACTGGGTGCCT;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=83;WE=81253767;WS=81253735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	81253917	rs9924530	A	G	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=38;PP=1244;SC=CTCTGGCTTAACAGTGGTGGC;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=81253925;WS=81253907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	81254023	rs35807120	T	TA	555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=508;SC=TCTTGGGACTTTCATATGCGG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=81254031;WS=81254013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	81272625	.	A	AT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=5.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.778;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr16	81298464	.	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=457;ReadPosRankSum=1.082;SC=TTCTGTTTTTCGTTGATGACA;SOR=0.688;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=31;WE=81298472;WS=81298454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr16	81314496	rs7501331	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-1.164;SC=ATCAAAGTGGCATCTACAACA;SOR=0.728;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=20;WE=81314504;WS=81314486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr16	81320830	rs8048342	A	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=5;PP=221;SC=ATCTTCATGCACTCCTATTTG;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=81320838;WS=81320820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	81385122	rs9935105	G	A	57.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGAGTTTTGAGTACATAAATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=81385130;WS=81385112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	81385429	rs16955113	G	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-2.539;SC=TGTGTGCATTGACTGACATTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=81385437;WS=81385419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	81388419	rs3803653	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-0.120;SC=AATTCAAATTTTAGTTGTTTT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=81388427;WS=81388409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	81390339	rs56859781	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CTAAAAATGATGTGTTGCATT;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=81390347;WS=81390329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr16	81396038	rs16955173	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=491;ReadPosRankSum=1.924;SC=GTTTCTATATATGCTGTGGCG;SOR=0.968;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=27;WE=81396046;WS=81396028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr16	81396267	rs78861333	C	T	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,79:0.45:177
chr16	81396342	rs11862778	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=308;ReadPosRankSum=-2.332;SC=ATTCGCTCCAACCTCTCCTTC;SOR=0.544;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=19;WE=81396350;WS=81396332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr16	81398520	rs4889313	G	A	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=23;PP=833;SC=TTTAATATCTGTTCACCTGAC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=51;WE=81398528;WS=81398510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	81528953	rs17777059	A	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=427;SC=GGCGACCCACAGGCTTCTTGG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=81528961;WS=81528943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	81641452	rs7203914	A	G	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=5;PP=127;SC=GCTGTAAACCAGGTCTGACTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=81641460;WS=81641442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	81679151	rs4889356	A	G	2291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=1014;ReadPosRankSum=1.605;SC=GAACCCTGGCATATGTGCTTG;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=78;WE=81679159;WS=81679141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,118:0.52:226
chr16	81704033	rs8044418	C	G	40.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	81726584	rs11642818	A	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=-1.029;SC=CGCCTCCTCAAAGAAGGCCTT;SOR=0.307;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=3;WE=81726592;WS=81726580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr16	81730381	rs9933631	C	A	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=37;PP=1326;SC=CGGAGTTTCCCGGCTAACACA;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=72;WE=81730389;WS=81730371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr16	81816787	rs4476171	T	A	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=15;PP=430;SC=TCCAGTGGACTATGGCCTAGA;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=26;WE=81816795;WS=81816777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	81816818	rs72834729	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=-2.700;SC=TGGGGAACTCCAGGATGCATG;SOR=1.063;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=6;WE=81816826;WS=81816808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr16	81819768	rs1143685	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=189;ReadPosRankSum=1.049;SC=GCAAGACCGCTGACAAGATCG;SOR=0.243;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=20;WE=81819776;WS=81819758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr16	81819820	rs4294811	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-0.378;SC=AGTGTGGCCCGTCCTCTGGGG;SOR=1.244;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=81819828;WS=81819810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr16	81891998	rs4341734	G	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr16	81892041	rs5818357	GGGA	G	772.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.17;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr16	81892048	rs5016604	A	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.32;ReadPosRankSum=-1.033;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr16	81892708	rs4888183	T	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=253;ReadPosRankSum=-1.024;SC=TTTTGTCTCATATTTCTTTCC;SOR=1.060;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=20;WE=81892716;WS=81892698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr16	81902797	rs12445580	A	G	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=421;ReadPosRankSum=-1.301;SC=AGGTGACAGAACTGGGTCTCC;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=29;WE=81902805;WS=81902787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,55:0.49:113
chr16	81902990	rs4889419	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=398;ReadPosRankSum=-0.410;SC=TTTGAGTTCCGTGGAATAGTG;SOR=0.915;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=29;WE=81902998;WS=81902980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr16	81903055	rs4889420	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=-1.401;SC=GAGGGATCATGGACATATCTG;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=12;WE=81903063;WS=81903045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr16	81904374	rs146168517	A	AT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=0.598;SC=CATTTCTGAAACAAAAATTAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=81904383;WS=81904364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr16	81904375	rs35039495	C	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=1.150;SC=ATTTCTGAAACAAAAATTATT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=81904383;WS=81904364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr16	81904433	rs34761601	TG	T	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=-1.210;SC=AAAAATCATGTGGTCACTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=81904441;WS=81904423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr16	81904674	rs7192509	T	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=0.542;SC=ATGAGAATGATGAAAGCATAC;SOR=0.175;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=81904682;WS=81904664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr16	81904711	rs7192535	T	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=-0.998;SC=ATTGGCAAAATTCTTTAACCA;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=81904719;WS=81904701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	81914619	rs41305761	A	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=0.411;SC=CCTGGTGCCCAGCCGGCCTCC;SOR=1.085;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=16;WE=81914627;WS=81914609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr16	81917099	rs6564928	G	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=343;SC=AACGATTGCAGTCTGCCAGAT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=81917107;WS=81917089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	81927217	rs4889430	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TGGCGGCTCGGGCGGAGAAGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=81927225;WS=81927207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	81931362	rs8053636	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=298;ReadPosRankSum=-2.297;SC=GTTGGCCAGGTTGGTCTTGAA;SOR=0.407;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=17;WE=81931370;WS=81931352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr16	81939150	rs4435248	G	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=0.667;SC=CTGCGGCCACGCCCCTTGCAG;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=19;WE=81939158;WS=81939140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr16	81941319	rs1143689	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=419;ReadPosRankSum=0.125;SC=GCGCCATTGCCGATGCCAAGC;SOR=0.723;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=28;WE=81941327;WS=81941309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr16	81941444	rs71400183	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=1.268;SC=AGCCAGTCCCCGGGACCTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=14;WE=81941452;WS=81941434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr16	81942029	.	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr16	81953081	rs12448130	T	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=330;SC=GTGTTCTTCCTGCTCCAGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=81953089;WS=81953071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	81953368	rs12448152	A	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=19;PP=474;SC=TTCACCATGTATCTGATACTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=81953376;WS=81953358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	81956927	rs4485360	C	G	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=196;SC=TTGGGGCCTTCGATCCTTTGC;SOR=3.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=81956935;WS=81956917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	81964977	rs7187863	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=168;ReadPosRankSum=-0.750;SC=CGTCCCCATCAGTGCTAACCG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=11;WE=81964985;WS=81964967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr16	81971403	rs1071644	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=2.048;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr16	81973474	rs4405546	C	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=503;SC=TGTGGCCTCTCATGAGCTTTG;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=81973482;WS=81973464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	81973788	rs4996272	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr16	81990605	rs145405304	GGGCATGGTGGCTCACAGGCCA	G	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=1579;ReadPosRankSum=-1.260;SC=ATCCTTGGCCGGGCATGGTGG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=81990633;WS=81990595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	82124500	.	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=2.712;SC=TCCCATTATTCCCATAGGAGG;SOR=0.384;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=18;WE=82124508;WS=82124490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr16	82124776	rs2955154	G	T	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=538;SC=TCAGTTAAAGGGGTGAAAACA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=82124784;WS=82124766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	82131623	rs8191243	C	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CAAGCGCCTGCTCCCTGACTT;SOR=0.111;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=9;WE=82131631;WS=82131613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	82182286	rs3751863	C	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=262;ReadPosRankSum=1.696;SC=CTCCAGATGCCCTGCTGACTT;SOR=0.371;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=19;WE=82182294;WS=82182276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr16	82182354	rs3751865	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.041;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=563;ReadPosRankSum=-0.982;SC=GGGGCTTTAAGAACATCTTCT;SOR=0.341;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=42;WE=82182362;WS=82182344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
chr16	82182568	rs16956524	C	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=339;ReadPosRankSum=0.852;SC=AAAAAGATTACGAAAAAGAAA;SOR=0.775;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=19;WE=82182576;WS=82182558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr16	82182832	rs11859599	C	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=5;PP=849;SC=AGCTGCCGTGCACTGTGGGGT;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=82182840;WS=82182822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	82182866	rs16956533	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=409;ReadPosRankSum=-1.283;SC=CTGGGAGAGCCAATGAATGCT;SOR=0.768;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=30;WE=82182874;WS=82182856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr16	82183136	rs140235657	ACT	A	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=609;ReadPosRankSum=0.411;SC=TTGATAAGGGACTCTCTGTAA;SOR=0.735;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=82183152;WS=82183126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	82183144	rs74398860	T	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=605;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GGACTCTCTGTAATACTTGAT;SOR=0.646;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=13;WE=82183152;WS=82183126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr16	82184973	rs2303268	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=1.532;SC=CCCAATTATTAGCAGAAAAAA;SOR=1.342;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=5;WE=82184981;WS=82184963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	82184993	.	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-0.984;SC=AATTCAATTGGAAAAATTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=5;WE=82185001;WS=82184983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	82197580	.	A	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr16	82197883	rs2303266	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=2.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TCTTCTACTTGTTCTCCTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=82197891;WS=82197873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	82203705	rs2303265	A	C	7590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	82203711	rs2303264	G	T	7720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	82203742	rs1134847	T	C	9341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=62;PP=2420;SC=TCATGCGCAGTAGATTCTTGG;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=127;WE=82203750;WS=82203732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr16	82203758	rs2303262	C	T	9470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.53;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	82203768	rs2303261	G	T	8904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	82203786	rs2303260	C	G	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.451;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,78:0.45:173
chr16	82672920	rs12444222	G	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=346;ReadPosRankSum=0.138;SC=GGGTCAGCCCGGGGTCATTTG;SOR=0.788;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=20;WE=82672928;WS=82672910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr16	82673047	rs4782724	C	T	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=52;PP=1937;SC=TGGGCGTGACCCACCTGCAGC;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=109;WE=82673055;WS=82673037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	82752937	.	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CTTAAAGCTTGGAACTTAAAA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=5;WE=82752945;WS=82752927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	82882118	rs1585533	A	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=1;PP=881;SC=TTTTTAAATTATTACTTTGTC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=82882126;WS=82882113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	82882187	rs35909991	TG	T	581.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr16	82882188	rs13336316	G	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr16	82882283	rs9935254	C	G	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=1.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,147:0.46:323
chr16	82917768	rs929847	G	C	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=11;PP=571;SC=TCCTTATGCTGTTTCTTTCCA;SOR=1.075;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=30;WE=82917776;WS=82917758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	82917852	rs929848	T	C	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=28;PP=794;SC=TGGGCTCCCATGAGAAGGAAA;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=82917860;WS=82917842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	83065664	rs6565105	G	A	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=15;PP=867;SC=ATGAGGTCTCGAGCCCATACT;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=83065672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	83065904	rs7197530	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr16	83065965	rs2228685	T	A	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=119;SC=AATCCAACTCTAAAAATGTAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=83065973;WS=83065955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	83159350	rs7196370	A	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=555;SC=GTTGAAATTAAGCAGGAAGAT;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=83159358;WS=83159340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	83159519	rs72798389	A	G	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=454;ReadPosRankSum=0.581;SC=TCGGTTTTCCAAAAACTAAAC;SOR=0.877;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=30;WE=83159527;WS=83159509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
chr16	83251210	rs4572385	G	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=152;SC=ACCCGGGACTGCATGGCTTTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=83251218;WS=83251200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	83520256	.	G	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=692;ReadPosRankSum=1.766;SC=CTGCTGGACCGAGAGGTGAGC;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=45;WE=83520264;WS=83520246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr16	83541895	.	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr16	83542061	rs4782540	C	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=CACTCCCATACAGGCTTTCAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=83542069;WS=83542051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	83658649	rs11639522	C	G	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=556;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TATTTAAGCACAAAAATGGAC;SOR=0.612;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=37;WE=83658657;WS=83658639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr16	83658870	rs7188563	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=316;ReadPosRankSum=-0.055;SC=AAATGACGGACCCTGTGTTAT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=16;WE=83658878;WS=83658860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr16	83733216	.	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr16	83753785	rs137993523	TAC	T	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.204;NF=5;NR=15;PP=241;ReadPosRankSum=-0.664;SC=AGTACATACGTACACACACAC;SOR=0.757;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=20;WE=83753794;WS=83753775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,23:0.11:205
chr16	83753815	rs72797298	T	C	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=3.506;NF=37;NR=46;PP=945;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CACACACTTGTGCATGTACAC;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=83;WE=83753823;WS=83753805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,136:0.55:249
chr16	83753910	rs142886033	TCATGCACACA	T	2545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=4.348;NF=4;NR=22;PP=2981;ReadPosRankSum=-1.398;SC=ATACATGCACTCATGCACACA;SOR=0.722;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=26;WE=83753927;WS=83753900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,70:0.56:126
chr16	83775105	.	A	ATG	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=1;PP=42;SC=ATATATATATATGTGTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=1;WE=83775113;WS=83775095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	83775121	rs200005534	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	83781604	rs16961631	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=1.591;SC=TTTGGATTTTTGTTACCTAGG;SOR=0.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=11;WE=83781612;WS=83781594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr16	83816828	rs153654	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=313;ReadPosRankSum=-0.697;SC=AGTCTCATCCACTCTCACCAG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=28;WE=83816836;WS=83816818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr16	83817019	rs1048612	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=210;ReadPosRankSum=0.356;SC=GCAACGCGGCAGGGGCCCTGC;SOR=1.208;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=15;WE=83817027;WS=83817009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr16	83828488	rs74786055	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=282;ReadPosRankSum=-1.154;SC=ATCCTTAAGGAAAAAAAAAAT;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=83828496;WS=83828478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr16	83828544	rs3743617	C	G	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=489;ReadPosRankSum=1.130;SC=TTATACCTTGCCTGTCATTTT;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=29;WE=83828552;WS=83828534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr16	83842792	rs8053753	G	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=1.790;SC=TAACAGTGTCGAAAGAAAATT;SOR=0.180;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=8;WE=83842800;WS=83842782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr16	83873259	rs435383	G	A	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	83873285	rs435367	G	A	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	83873300	.	T	TTGTG	507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.06;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	83873312	rs367415	C	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	83886468	rs150603407	GTGCACACA	G	2142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.665;NF=9;NR=17;PP=1432;ReadPosRankSum=-1.408;SC=GCACACACACGTGCACACATG;SOR=0.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=26;WE=83886483;WS=83886458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,60:0.44:135
chr16	83886589	rs12597522	A	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.302;NF=19;NR=27;PP=540;ReadPosRankSum=0.147;SC=CCAGGGCTGGATTGGGTTGGA;SOR=0.604;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=46;WE=83886597;WS=83886579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,65:0.42:154
chr16	83886664	rs141778832	G	GT	672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=553;ReadPosRankSum=0.325;SC=CATCAGAAGGGTAACAAGATG;SOR=1.924;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=15;WE=83886672;WS=83886654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr16	83932780	rs138107830	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	83933296	rs446036	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=326;SC=CCGCCGTCGATCCCCCGGCAG;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=83933304;WS=83933286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	83940480	rs3815804	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=0.479;SC=GTCTTGCACAATTGTCTTATG;SOR=1.292;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=11;WE=83940488;WS=83940470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr16	83982460	rs4782863	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=356;ReadPosRankSum=1.265;SC=GGATCACGTCACAAGCTCTCA;SOR=1.871;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=25;WE=83982468;WS=83982455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr16	83982670	rs2432561	G	A	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=3.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,92:0.44:208
chr16	83982960	rs4782864	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr16	83983071	rs4782865	C	T	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=0.531;SC=AAGTGGAGACCGAGAGGCTGC;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=26;WE=83983079;WS=83983061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr16	83983755	rs2245008	G	A	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=12;PP=1871;SC=CATGGCCCCAGCTGTGCCTAA;SOR=2.906;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=72;TCR=13;TR=84;WE=83983763;WS=83983745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	83983867	.	C	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MMLQ=19;MQ=58.84;NF=119;NR=124;PP=2965;QD=20;SC=GGCAGATACGCACACACAGAC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=119;TCR=124;TR=243;WE=83983875;WS=83983857;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr16	83983892	.	CA	TG	1594	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=20;MQ=58.02;NF=51;NR=55;PP=1594;QD=15.5421497629;SC=GCATACATACCAGCACACACG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=106;TCR=119;TR=106;WE=83983901;WS=83983882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:119,106:0.47:225
chr16	83983920	.	G	A	1399	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=64;MMLQ=26;MQ=56.1;NF=38;NR=47;PP=1399;QD=16.8678966182;SC=ACATGCACACGTGAGCACATG;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=177;TCF=76;TCR=101;TR=85;WE=83983928;WS=83983910;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:92,85:0.48:177
chr16	83983949	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=67;MMLQ=22;MQ=45.77;NF=24;NR=34;PP=2962;QD=20;SC=TGCACATACATACTGGCACAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=58;WE=83983976;WS=83983939;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:57,58:0.50:115
chr16	83984578	.	GCA	G	382	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=23;MQ=40.82;NF=9;NR=13;PP=382;QD=18.4545454545;SC=ATACATACTGGCACACACGTA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=22;WE=83984587;WS=83984566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,22:0.55:40
chr16	83984776	rs28555129	A	C	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1010;ReadPosRankSum=0.096;SC=TCTACCAGGAACCAGCCCCAG;SOR=0.502;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=70;WE=83984784;WS=83984766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,92:0.50:184
chr16	83984844	rs2244899	A	C	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.87;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	83984850	rs2244898	C	G	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.86;SOR=1.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	83986885	rs7203516	C	G	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,76:0.37:205
chr16	83986888	rs7203864	G	A	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,76:0.37:205
chr16	83991141	rs824396	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=690;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CCGGACCAGACCCTGAGGGCC;SOR=0.998;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=43;WE=83991149;WS=83991131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr16	83991459	rs862200	T	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.481;NF=3;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=-1.305;SC=TTTTTGGGGTTTATTTTTTAT;SOR=0.807;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=11;WE=83991475;WS=83991449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr16	83991464	rs138450613	TTTTA	T	536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=41.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	83992785	rs2665296	G	A	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=51;PP=2616;SC=TGAATGCGCCGCATCTAGATC;SOR=1.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=94;TCR=51;TR=145;WE=83992793;WS=83992775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr16	83994126	rs2665294	C	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=327;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TCTGGGAAGACGACCCCGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=23;WE=83994134;WS=83994116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr16	83994548	rs2741876	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=320;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GGGTTCAGGCGAGCAGAGGCC;SOR=0.501;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=27;WE=83994556;WS=83994538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr16	83994569	rs2136662	G	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=349;ReadPosRankSum=-1.220;SC=TGGACCAAAGGGTTCCTTTCC;SOR=1.115;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=27;WE=83994577;WS=83994559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
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chr16	83999000	rs3743627	C	G	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.947;SC=CCCTGGAGGCCGCCACAAGGG;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=94;TCR=83;TR=86;WE=83999008;WS=83998990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,114:0.42:273
chr16	83999033	rs173776	A	G	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=44;PP=1301;ReadPosRankSum=-2.963;SC=CCCCGGCCTCAGACCCTGTCC;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=116;TCR=84;TR=102;WE=83999041;WS=83999023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,132:0.44:298
chr16	84011979	rs925332	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=1.652;SC=TTTGGGGGCCGTGCATGCACT;SOR=1.445;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=84011987;WS=84011969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr16	84012104	rs925331	T	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr16	84014482	rs16962369	C	G	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,83:0.45:183
chr16	84014563	rs12102668	G	A	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=726;ReadPosRankSum=1.272;SC=GGTAGCGCAGGTGGGAGGTGC;SOR=0.938;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=43;WE=84014571;WS=84014553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
chr16	84014625	rs72793608	C	T	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=2.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.915;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.494;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,95:0.46:206
chr16	84014759	rs111637074	G	GTCCAGGGC	548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.557;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.814;NF=0;NR=8;PP=489;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GGCCCCCGGGGTCCAGGGCTC;SOR=2.018;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=84014767;WS=84014749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr16	84014778	rs60683281	C	A,T	857.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=1,5;NR=7,7;PP=101,165;SC=TCCAGTGCTGCTTCAGTTCCA;SOR=1.371;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=8,12;WE=84014786;WS=84014768;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.39,0.61:36
chr16	84023967	rs8063020	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=552;ReadPosRankSum=1.430;SC=CCCCAGGAGGCCGTGGGGTCC;SOR=1.194;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=32;WE=84023975;WS=84023957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr16	84024286	rs72793619	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=1.986;SC=CGTGCACGCGCACGTGCCCAC;SOR=0.399;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=17;WE=84024294;WS=84024276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr16	84027016	rs72793621	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.858;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=-1.970;SC=TCACAAGAGACAAATTCCAGA;SOR=2.303;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=84027024;WS=84027006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr16	84027059	rs73248824	C	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=-0.983;SC=AGAGACCAAGCGGGTGTTGGG;SOR=0.727;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=12;WE=84027067;WS=84027049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr16	84027176	rs72793623	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TGGTCATTCATTGAGCATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=13;WE=84027184;WS=84027166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr16	84027225	.	C	CTG	85.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=0.180;SC=GCAAGGTGAGCTGTGTGTGTG;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=84027233;WS=84027215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr16	84028014	rs2292324	C	G	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=48;PP=1736;SC=CAAGGCAAGACCCTTCCATCT;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=80;WE=84028022;WS=84028004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	84028104	rs16962439	G	C	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=26;PP=913;SC=ACAGGGACTGGGGAGATGAGC;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=84028112;WS=84028094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	84028123	rs2292326	T	C	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=26;PP=870;SC=GCAAGTTTGATGCCCCTGGAG;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=84028131;WS=84028113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	84030720	rs34965558	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=-1.573;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	84030798	rs72793633	C	G	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=709;ReadPosRankSum=-2.039;SC=GGTCTAGCATCACTGTGTGCT;SOR=0.718;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=45;WE=84030806;WS=84030788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,77:0.57:134
chr16	84030955	rs8052260	C	T	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=60;PP=1835;SC=GCTCAATGCCCCTGACCCCGC;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=110;WE=84030963;WS=84030945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	84031722	rs2292328	G	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=565;SC=TATTTTGACCGAGGAAGGGAG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=84031730;WS=84031712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	84032023	rs7201492	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=60;ReadPosRankSum=0.728;SC=TAGTACAAGTTGCACCCCAGG;SOR=1.911;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=8;WE=84032031;WS=84032013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr16	84034310	rs36152286	C	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=343;ReadPosRankSum=-1.061;SC=CTCCTCCCCCCGACCATCTCC;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=28;WE=84034318;WS=84034300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,56:0.43:129
chr16	84034434	rs141446650	GAGGGAGACAGAGGGAAGT	G	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.261;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr16	84034500	rs36160302	G	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=2;HapScore=4;MGOF=222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=-0.994;SC=GGGAGGGTAAGGCCGAGTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=13;WE=84034521;WS=84034490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
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chr16	84035268	rs144271537	CCCTGGGCACCCCCTCACCTT	C	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=2924;ReadPosRankSum=2.144;SC=GAGTCAGCCTCCCTGGGCACC;SOR=1.489;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=12;WE=84035295;WS=84035258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
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chr16	84035348	rs35016623	G	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-2.654;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,54:0.50:107
chr16	84035446	rs2271298	C	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=771;ReadPosRankSum=-0.069;SC=GCAGAGCCCCCTGTGTAAGGC;SOR=0.738;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=58;WE=84035454;WS=84035436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,95:0.50:190
chr16	84035531	rs2271300	A	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=427;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GGTAGGGGGCAAAGGCCTGGA;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=30;WE=84035539;WS=84035521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr16	84035594	rs2271302	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=0.486;SC=AGGCTGCCCCATATCTCCCGG;SOR=0.610;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=11;WE=84035602;WS=84035584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr16	84035838	rs1995866	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	84035844	rs5012586	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr16	84035919	rs5012585	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.715;NF=11;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CTCTCTCCTTTTAGCTGCTTG;SOR=0.749;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=19;WE=84035927;WS=84035909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr16	84036011	rs34037353	C	CCT	1554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.388;NF=2;NR=12;PP=583;ReadPosRankSum=1.557;SC=AAGGAAATCCCGTTTTTTTCT;SOR=0.641;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=14;WE=84036019;WS=84036001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr16	84036037	rs56106144	T	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr16	84043380	rs7196330	A	G	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=821;ReadPosRankSum=-1.218;SC=GCCCGGCACTAGCTGCCCATC;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=47;WE=84043388;WS=84043370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr16	84046412	rs11149615	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-0.875;QD=14.98;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	84046432	rs11864037	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.989;NF=6;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=-1.477;SC=CCGGGCTCCTATCCTGGCTCA;SOR=1.038;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=84046440;WS=84046422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	84046499	rs11864095	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=238;ReadPosRankSum=0.194;SC=AGGTTTCTCACCTGCAGGATG;SOR=0.646;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=17;WE=84046507;WS=84046489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr16	84046762	rs11864211	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=-3.223;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	84046769	rs13336030	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-2.092;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	84050037	rs12929392	G	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr16	84056325	rs5818479	CTT	C	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.433;NF=5;NR=4;PP=310;ReadPosRankSum=-1.722;SC=CGCTGTTACTCTTGTTTCTAC;SOR=1.078;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=9;WE=84056334;WS=84056315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr16	84063320	rs143276186	A	AAGGAAG	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=539;ReadPosRankSum=-0.276;SC=GGAAATGGAAAAGGATGCTGG;SOR=1.387;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=9;WE=84063328;WS=84063310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr16	84065710	rs907043	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=412;SC=CTGCCTCACCATCCTCATCTG;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=84065718;WS=84065700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	84075563	rs1105355	C	A	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=4;PP=323;SC=ACTCACTTCCCGGGGACTTAC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=84075571;WS=84075553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	84088047	rs11607	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=620;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GTCAGCCAGGCTGCCGGTCAC;SOR=0.440;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=45;WE=84088055;WS=84088037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr16	84088268	rs74035120	G	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=-0.630;SC=AGGACAGCCGGTTGAACAGGC;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=10;WE=84088276;WS=84088258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr16	84089536	rs11415464	T	TG	280.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=172;SC=GCCCGCCTCCTGGGGAGGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=84089544;WS=84089532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	84089767	rs17849043	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=1.535;SC=TAAAACAAAACAAAAATAAGC;SOR=0.482;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=22;WE=84089775;WS=84089757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr16	84093062	rs2280024	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.146;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=272;ReadPosRankSum=-0.142;SC=TCAACAAAAAGGAAAATCATC;SOR=0.500;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=22;WE=84093070;WS=84093052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr16	84101240	rs3835163	C	CACATTTT	696.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=940;ReadPosRankSum=1.462;SC=CCCCAAAAGTCTTATCCAAAT;SOR=0.994;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=14;WE=84101248;WS=84101230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr16	84101875	rs3817151	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr16	84102135	rs870584	G	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=373;ReadPosRankSum=0.903;SC=CACAGGGCCGGCTCTGCAAGA;SOR=0.770;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=27;WE=84102143;WS=84102125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr16	84104478	rs1980011	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-0.045;SC=AAACTGGTTCCGAGAAATACT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=84104486;WS=84104468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr16	84124604	rs11325729	CA	C	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.979;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr16	84132628	rs10690442	G	GAC	4192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=23;PP=2077;SC=AAACAGCAGAGAGAAATTTGC;SOR=1.289;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=42;WE=84132636;WS=84132618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	84135453	rs1049884	A	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=821;SC=TTCTTGATTAAAAGTGAATTT;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=84135461;WS=84135443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	84135493	rs907045	A	G	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=692;SC=CAACATTACTAATCAGCCATC;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=84135501;WS=84135483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	84135515	rs11550471	C	T	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=470;SC=TACAGTCTTGCCCAACATAAA;SOR=2.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=84135523;WS=84135505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	84199641	.	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.908;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	84203612	rs17856705	A	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=0.370;SC=TGCCCGGAAAAGCCAAGTGGA;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=18;WE=84203620;WS=84203602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr16	84205726	rs12926474	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=612;SC=CTTGTGATCCGCCCACCTTGG;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=84205734;WS=84205720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	84209815	rs2288021	C	G	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=41;PP=1249;SC=CTCTGGCCAGCTACTGATGCC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=84209823;WS=84209805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	84217062	rs4782591	C	T	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=62;PP=1695;SC=CCGATACCGGCACCCTCCGCG;SOR=0.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=108;WE=84217070;WS=84217052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	84270381	rs244811	G	A	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=420;ReadPosRankSum=-1.865;SC=TGACACACAGGCTGACGGCTG;SOR=0.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=32;WE=84270389;WS=84270371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,57:0.49:116
chr16	84270476	rs11646443	G	A	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=660;ReadPosRankSum=-0.855;SC=TCGCGCAGCCGGTTCATGCAC;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=43;WE=84270484;WS=84270466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,81:0.47:171
chr16	84271193	rs11647665	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=313;ReadPosRankSum=0.628;SC=GGCAAAGAGTCCTGGATGTCA;SOR=1.145;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=24;WE=84271201;WS=84271183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr16	84328752	rs369797	G	T	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.19;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	84328756	rs401782	G	C	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.03;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	84328826	rs429725	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=396;SC=TGCTCCCCCAAAACGTGGCAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=84328834;WS=84328816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	84357925	rs244786	G	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=3;PP=187;SC=AGTGAGATGGGGAGACTGAAA;SOR=1.230;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=13;WE=84357933;WS=84357915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	84358121	rs244787	A	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=172;SC=AGGCAGTGAAAGTTTCTTATG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=84358129;WS=84358111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	84360415	.	C	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=422;ReadPosRankSum=0.576;SC=TTTGGCAGTTCCTGGTGAGCC;SOR=0.928;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=26;WE=84360423;WS=84360405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr16	84431973	rs12148971	C	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=3;PP=251;SC=GATCATGACACTGCACTCCAG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=84431981;WS=84431963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	84438505	rs61740804	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.145;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr16	84438512	rs11149650	G	A	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=32.62;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	84438556	.	C	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.031;NF=23;NR=15;PP=577;ReadPosRankSum=-0.865;SC=TGTGCCTTTTCCTCCTCTCTC;SOR=0.824;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=38;WE=84438564;WS=84438546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr16	84444113	rs2291006	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TAGCCTGCCACGCCCTGTCCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=84444121;WS=84444109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	84444238	.	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=0.720;SC=CCCAGTCAGGGTAAGCTGGGC;SOR=0.553;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=23;WE=84444246;WS=84444228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr16	84444349	rs247818	A	C	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	84455961	rs2288573	A	G	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=12;PP=1048;SC=GGGGTGACAGAGAGATTCCAC;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=84455969;WS=84455951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	84456642	rs247814	G	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=549;SC=ATACGCACAGGTCTTCAGTGC;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=84456650;WS=84456632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr16	84459512	rs1887	G	C	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=40;SC=AGGAAGGGTTGGGAAGGTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=84459520;WS=84459502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr16	84473137	rs247904	G	C	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=18;PP=614;SC=CGAGGTGAGTGCCAAAGGAAT;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=84473145;WS=84473127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr16	84473195	rs247903	T	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	84474614	rs2303852	C	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=1.056;SC=ATTGAGGCTTCTGGGGCTCCT;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=16;WE=84474622;WS=84474604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr16	84476022	rs2288582	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr16	84476224	rs2288581	G	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=269;ReadPosRankSum=0.256;SC=TCCTGGGGTGGCTCTGCGGGG;SOR=0.667;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=20;WE=84476232;WS=84476214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr16	84476259	.	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=262;ReadPosRankSum=-1.188;SC=GGGCTGGATTCATTGGTAGAA;SOR=1.547;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=16;WE=84476267;WS=84476249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr16	84476297	rs2288580	G	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.73;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr16	84476301	rs2288579	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.07;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	84480111	rs62050893	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-0.675;SC=AAAATGCAGACTTCAAGGATA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=14;WE=84480119;WS=84480101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr16	84481995	rs247891	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=266;SC=GTCCAGCACCTGTGAACAGCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=84482003;WS=84481985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	84485573	rs247885	C	A	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.977;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=1333;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TGACGTTTCTCGGTCTTGTGG;SOR=0.160;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=74;WE=84485581;WS=84485563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr16	84485817	rs72806637	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=-2.019;SC=CTAGCCCTACAGGCTTAGAAA;SOR=0.283;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=18;WE=84485825;WS=84485807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr16	84486700	rs193704	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr16	84486867	rs2435172	A	G	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=33;PP=1257;SC=CTTGGCTGGCAGTGGGGCTGG;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=76;WE=84486875;WS=84486857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	84488691	rs72806642	G	A	364.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-1.717;SC=GGGGTCTCGCGGAGTCCCCAG;SOR=1.000;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=15;WE=84488699;WS=84488681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr16	84488734	rs79006868	C	G	211.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.524;SC=GTCAGTGTGGCAGGTGCCCCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=84488742;WS=84488724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr16	84492683	rs693552	A	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=290;ReadPosRankSum=2.091;SC=TCCAGCCCTCACGCAGGCCCG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=18;WE=84492691;WS=84492673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr16	84493032	rs3743654	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=646;ReadPosRankSum=0.086;SC=TCTCTTTACCCACCTGCGGGG;SOR=1.112;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=43;WE=84493040;WS=84493022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr16	84493080	rs3743655	A	G	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=656;ReadPosRankSum=0.688;SC=CCAAGGCTATAGGGATGAACA;SOR=0.677;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=43;WE=84493088;WS=84493057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,63:0.46:136
chr16	84493144	rs410388	C	G	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=40;PP=1282;SC=TGTTGCACTGCAGTGAGACTG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=84493152;WS=84493134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	84493216	rs377261	T	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=161;ReadPosRankSum=-0.819;SC=TGGAACTTTCTGCTCCCTCTG;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=15;WE=84493224;WS=84493206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr16	84493927	rs35858301	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=0.722;SC=GGCGGAGCCTGGAGCCTGTTT;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=84493935;WS=84493917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr16	84493954	.	G	GA	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=2.058;SC=GCGCAACGTTGGGGGGGGTCC;SOR=0.725;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=84493962;WS=84493944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
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chr16	84494252	rs72806651	C	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=729;ReadPosRankSum=1.896;SC=GTGTCTTGTTCGGAGCAGCTT;SOR=0.481;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=52;WE=84494260;WS=84494242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,86:0.52:165
chr16	84494275	rs2241640	C	T	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=845;ReadPosRankSum=0.649;SC=GGGTAGAGCCCGTTGACAAAG;SOR=0.748;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=63;WE=84494283;WS=84494265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,86:0.49:175
chr16	84494450	rs381467	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=275;ReadPosRankSum=1.986;SC=GCCCTGGTGCGGTGCAGACGC;SOR=0.297;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=19;WE=84494458;WS=84494440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr16	84495224	rs369750	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=254;ReadPosRankSum=0.725;SC=GCTCCCAGCCATGCCCCAGGA;SOR=0.180;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=24;WE=84495232;WS=84495214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr16	84495770	rs2241639	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=150;ReadPosRankSum=0.691;SC=AGGTGACCTCGACCAGGGCCA;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=11;WE=84495778;WS=84495760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr16	84497186	rs2241634	C	T	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=521;ReadPosRankSum=0.676;SC=AGCTGCAGCCCGTCCTGAATC;SOR=1.010;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=34;WE=84497194;WS=84497176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr16	84497212	rs1560247	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TGTTTTCTCCCTTGGCAGATT;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=25;WE=84497220;WS=84497202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,45:0.39:115
chr16	84513463	rs899250	T	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	84514341	rs444170	A	G	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=449;ReadPosRankSum=-2.055;SC=GACAGAGAATAGCATCAGCAA;SOR=0.512;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=36;WE=84514349;WS=84514331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,70:0.50:139
chr16	84516214	rs140439420	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=740;ReadPosRankSum=-1.822;SC=GTTCGGGATCGTCTGCTGTCC;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=55;WE=84516222;WS=84516204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,82:0.55:148
chr16	84516309	rs433293	G	A	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,89:0.47:191
chr16	84520223	rs431629	A	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=186;ReadPosRankSum=-0.129;SC=AAGGTTCAGGACACCAAGTCT;SOR=0.458;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=12;WE=84520231;WS=84520213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr16	84520325	rs431389	T	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=480;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CCACACAGGGTCCCCGGTGAG;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=37;WE=84520337;WS=84520315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr16	84520396	rs422145	A	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=31;PP=1144;SC=AAGAGCAGGCACCAGCGGTGC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=84520404;WS=84520386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	84520537	rs431818	T	C	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=29;PP=1000;SC=GAGCACAGGATGAGAAAGCCC;SOR=0.784;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=57;WE=84520545;WS=84520527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	84520659	.	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=0.407;SC=CAGAAGTCTCTTGCCATCTAG;SOR=1.314;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=17;WE=84520667;WS=84520649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr16	84520780	rs378384	G	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	84522867	rs422918	C	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=354;ReadPosRankSum=0.952;SC=TGCATCACCGCGTCCACGCAC;SOR=2.179;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=19;WE=84522875;WS=84522857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr16	84522897	rs436278	G	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=448;ReadPosRankSum=0.374;SC=GCAGCTTCATGTCAGAGAGCA;SOR=1.581;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=28;WE=84522905;WS=84522887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr16	84528235	rs62050761	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TTTCCAGTGTTGTCTTCCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=14;WE=84528243;WS=84528225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr16	84528293	rs2082037	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.434;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr16	84528317	rs2435171	G	C	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	84531780	rs501782	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=-0.067;SC=AAAATAAATGTTGAGAATTAT;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=11;WE=84531788;WS=84531770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr16	84600347	rs247860	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=7;PP=510;SC=CATGGCTTCTTTTCTCCCTGG;SOR=1.460;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=23;WE=84600355;WS=84600337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	84600595	rs12929880	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=333;ReadPosRankSum=2.141;SC=GCGTTCCTATTAAGAAGGAAG;SOR=0.641;Source=Platypus;TCF=23;TR=20;WE=84600603;WS=84600585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr16	84623989	rs2288584	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	84690467	rs72797510	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-0.022;SC=AATGTGTCTTCTCTGTCCAGG;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=11;WE=84690475;WS=84690457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr16	84691044	rs3751762	C	T	3364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=1366;ReadPosRankSum=1.205;SC=GCACGACCTCCTGCAGGCCGC;SOR=0.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=115;TCR=118;TR=106;WE=84691052;WS=84691034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,168:0.48:350
chr16	84693149	rs67118461	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=-1.568;SC=GACTCAGAGCGTCTCCATCCC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=10;WE=84693157;WS=84693139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr16	84693205	rs117768539	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.112;SC=GGGGGCTCAGAGCTCCCACCT;SOR=0.887;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=11;WE=84693213;WS=84693195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr16	84693675	rs2303230	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=1.236;SC=CCATGAGGGGCGGAGGGCGTG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=84693683;WS=84693665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	84695126	rs12924673	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=-1.069;SC=CGGCTCGGAGGGGGTAAGCCT;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=10;WE=84695134;WS=84695116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	84695280	rs17755815	A	G	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=838;ReadPosRankSum=0.493;SC=AGAACCTGCTATGCTACGACC;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=52;WE=84695288;WS=84695270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,91:0.51:180
chr16	84695490	rs12928590	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=450;ReadPosRankSum=1.087;SC=CGCTGCTGCACGCCAACAGCG;SOR=0.832;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=30;WE=84695498;WS=84695480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr16	84738520	rs73243905	G	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=127;ReadPosRankSum=1.498;SC=TGAATTCCTCGACTTTCCCTT;SOR=0.544;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=10;WE=84738528;WS=84738510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr16	84774022	rs12448489	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=322;ReadPosRankSum=0.367;SC=TTGGCCATACGTGCTGGGTGG;SOR=0.798;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=24;WE=84774030;WS=84774012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr16	84774120	rs4510001	T	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=238;SC=TGTATTTAATTGCTGAATCAC;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=84774128;WS=84774110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	84778222	rs3751759	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=661;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TTAACTAATAGTTTTCTTTCT;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=45;WE=84778230;WS=84778212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,72:0.52:138
chr16	84778685	rs1862792	A	G	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.136;NF=45;NR=40;PP=963;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TATGGGTGACATGCCCCCGTC;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=199;TCF=102;TCR=97;TR=85;WE=84778693;WS=84778675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,137:0.43:320
chr16	84778762	rs4553618	C	T	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.934;NF=33;NR=51;PP=1308;ReadPosRankSum=0.118;SC=TTGTGCCTGACAGTCCTTTCC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=60;TCR=92;TR=84;WE=84778770;WS=84778752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,125:0.53:236
chr16	84779248	rs7185949	T	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=485;ReadPosRankSum=2.140;SC=TTGTTCCGGTTTCAGAGGATC;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=42;WE=84779256;WS=84779238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,65:0.44:149
chr16	84792291	rs41327444	A	G	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=553;ReadPosRankSum=1.920;SC=GATGTCATCAATTTCTGAAAT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=34;WE=84792299;WS=84792281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,57:0.49:116
chr16	84792428	rs7202832	C	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=452;ReadPosRankSum=-0.114;SC=CCTTCCTGGACGCCGTCCGCA;SOR=0.831;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=36;WE=84792436;WS=84792418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,57:0.52:110
chr16	84793261	rs3764333	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=0.967;SC=TGGAGCATTGATGATCTGTGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=84793269;WS=84793251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	84796603	rs12932018	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=285;ReadPosRankSum=0.475;SC=AGGGTCGACAAGAAGATGCTG;SOR=0.452;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=18;WE=84796611;WS=84796593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr16	84796864	rs35594082	A	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=122;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGTAAATTACAGTTTATCCCG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=10;WE=84796872;WS=84796854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	84797637	rs3213810	T	A	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,57:0.55:103
chr16	84808824	rs774298	C	G	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=47;PP=1997;SC=CCTATCGGCTCTTTGCAGGTG;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=113;WE=84808832;WS=84808814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	84808900	rs774299	G	A	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=65;PP=2065;SC=CTGGGCACAGGTTTGCTGCAA;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=115;WE=84808908;WS=84808890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	84808969	rs2303232	G	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=712;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GAGTCGGGGAGTCACGTGAGA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=37;WE=84808977;WS=84808959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr16	84808984	rs774300	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=477;ReadPosRankSum=0.276;SC=GTGAGAGTTTTACCTGAAACT;SOR=0.479;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=25;WE=84808992;WS=84808974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr16	84812466	rs74992092	G	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.445;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr16	84872051	rs1546124	G	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.588;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=-1.341;SC=AGCTCTGCCCGAGGAGCCCAG;SOR=0.249;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=20;WE=84872059;WS=84872041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr16	84879286	rs12931881	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.965;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr16	84879324	rs12051168	T	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=447;ReadPosRankSum=2.199;SC=GGGGCGTTGCTGTATTTATGG;SOR=0.659;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=38;WE=84879332;WS=84879314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr16	84879464	rs12051468	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=520;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CGGGCCCACCAGTCTGCTGGT;SOR=0.474;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=47;WE=84879472;WS=84879454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,70:0.56:124
chr16	84882911	rs4783086	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=308;SC=CCCTCCCTCCTACCTGCCCGT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=84882919;WS=84882901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	84882974	rs4783087	C	A	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=15;PP=585;SC=ACTGAGTGAGCGGTTTCTGCC;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=84882982;WS=84882964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	84883102	rs8061351	C	T	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=25;PP=838;SC=GCTCGGGGCCCATGTGCACGC;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=84883110;WS=84883092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	84883195	rs140532417	A	ATTG	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=842;SC=CCCCTGGGGGATTGTCAAATC;SOR=1.302;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=17;WE=84883203;WS=84883185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	84884072	rs4782673	T	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.437;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.603;SC=ACCCTTCACCTCGTACCTCTT;SOR=1.265;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=58;WE=84884080;WS=84884062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr16	84884116	rs4783090	A	G	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=35;PP=1602;SC=AGGCCAAATGATATCACCCTT;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=90;WE=84884124;WS=84884106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	84888295	rs4782674	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.681;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr16	84888310	rs4782675	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=274;ReadPosRankSum=-0.268;SC=TTCCCTCTGACGGTTGTTTTT;SOR=0.668;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=24;WE=84888318;WS=84888300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr16	84888519	rs72337724	TAAAG	T	2403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=1390;ReadPosRankSum=0.199;SC=ACAGGGGAATTAAAGAAGTCA;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=33;WE=84888530;WS=84888509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,64:0.44:146
chr16	84888541	rs2646127	T	C	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=55;PP=1468;SC=TCACCCCTCCTGGCCCTATTT;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=92;WE=84888549;WS=84888531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	84888597	rs2646126	C	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=31;PP=861;SC=TGAGCTGAGCCTCATCTCCAG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=84888605;WS=84888587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	84902353	rs4782676	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=437;ReadPosRankSum=0.593;SC=AGTATAGCACGGATTGGATTG;SOR=0.742;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=31;WE=84902361;WS=84902343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr16	84905980	rs721004	G	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=131;ReadPosRankSum=-1.177;SC=TGAAAAAAATGATAAACTCAT;SOR=0.653;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=9;WE=84905988;WS=84905970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	84907499	rs11298434	GT	G	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr16	84907503	.	T	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.699;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr16	84907504	.	T	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr16	84907670	rs2934486	G	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=445;ReadPosRankSum=-0.445;SC=TTTATCATGCGTGTGAACATT;SOR=0.539;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=31;WE=84907678;WS=84907660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr16	84914299	rs59111100	A	AAATT	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=391;ReadPosRankSum=2.408;SC=CCTCTTAGCTAAATTAATTAA;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=8;WE=84914307;WS=84914289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr16	84922859	rs767050	C	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=660;ReadPosRankSum=2.173;SC=GCAAGACAGCCGTGCACGCGG;SOR=0.907;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=38;WE=84922867;WS=84922849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,64:0.50:128
chr16	84940479	rs1874008	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=70;ReadPosRankSum=-2.157;SC=TGCTGGGGCCTGGGGGTCTCC;SOR=0.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=9;WE=84940487;WS=84940469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr16	85009970	rs7195377	A	G	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=30;PP=1015;SC=ACTCCGGGCCACCTTTTCTGG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=85009978;WS=85009960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	85011480	rs8045409	T	C	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=350;SC=TCCCCTTTCATCCAATAACAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=85011488;WS=85011470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	85011622	rs8044638	G	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=536;SC=CTAGAATGAGGGGGAGATTGG;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=85011630;WS=85011612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	85015541	rs16975086	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TGACTTCCCCGGGCTTCAGCT;SOR=0.656;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=17;WE=85015549;WS=85015531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr16	85023855	rs931713	C	T	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=29;PP=1989;SC=CAGCCACACCCGAGGACACTA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=100;WE=85023863;WS=85023845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	85105296	rs12445079	C	T	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=61;SC=GGGAATATTTCGTTAGTTCCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=85105304;WS=85105286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	85105554	rs8058770	A	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	85105643	rs12597135	C	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	85106500	rs7184546	C	G	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=23;PP=886;SC=CGCCCTGAACCTCAATGATGT;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=85106508;WS=85106490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	85109328	rs16975200	A	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=293;SC=TGTTTTGTGCATCTCCAGTGG;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=85109336;WS=85109318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr16	85112097	rs12932461	C	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=26;PP=748;SC=AGACGCCCAGCCCACAGCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=85112105;WS=85112087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	85120500	rs7206590	C	T	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.69;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	85120609	rs2291962	A	G	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=24;PP=1111;SC=TCCCAGAGACAAGGGCCCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=61;WE=85120617;WS=85120599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	85139173	rs8050910	G	T	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	85141729	.	G	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=525;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GACACCAGGGGATCTGAGCGC;SOR=0.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=37;WE=85141737;WS=85141719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr16	85145800	rs60296580	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=-1.762;SC=GGTGGAGGCACCGTGGGAGGG;SOR=0.368;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=5;WE=85145808;WS=85145790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	85145977	rs9931038	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,39:0.38:103
chr16	85691294	rs7404958	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=220;SC=CTGTTTGCCCAACATCCTGCC;SOR=0.922;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=85691302;WS=85691284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	85696485	.	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=451;ReadPosRankSum=0.790;SC=GTGCCAGCAGGCCTGGCCTGA;SOR=1.914;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=29;WE=85696493;WS=85696475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr16	85699527	rs7195186	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=220;ReadPosRankSum=0.816;SC=CGTGCTGGACACTCAGCCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=15;WE=85699535;WS=85699517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr16	85699940	rs142485822	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=309;ReadPosRankSum=-2.229;SC=AGAAGGCCCTGCAGAAGCATA;SOR=0.665;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=24;WE=85699948;WS=85699930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr16	85704584	rs2303202	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.215;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr16	85706047	rs9940601	A	C	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr16	85711860	rs1053328	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr16	85720945	rs3815796	C	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=451;ReadPosRankSum=1.548;SC=CAGTAGATAACGGAACAGAGG;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=31;WE=85720953;WS=85720935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr16	85721297	rs9930592	T	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=25;PP=628;SC=CCAAATGCAATTAATAAAAAC;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=85721305;WS=85721287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	85721332	rs138585263	AAGCGCCTCCTG	A	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.571;NF=0;NR=8;PP=2276;ReadPosRankSum=0.581;SC=ACTCAGAACAAAGCGCCTCCT;SOR=1.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=85721350;WS=85721322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	85743732	rs2305357	C	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CGGGCCCCCACAGCCGACCCG;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=85743740;WS=85743722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	85775064	rs388855	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	85775175	rs446444	G	A	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=11;PP=582;SC=GAACTCCCACGTGGAGAGTTT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=85775183;WS=85775165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	85813231	rs8587	A	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=178;SC=CACAGGCTACAAGATATTTTA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=85813239;WS=85813221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	85813526	rs301163	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	85813880	rs301164	T	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=243;SC=GGTATCATGCTTCTGGAGAAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=85813888;WS=85813870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	85813963	rs301165	C	T	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=16;PP=892;SC=CCAGCCCGCGCGGCAGCATGG;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=50;WE=85813971;WS=85813953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	85814899	rs3081701	T	TAGTC	9260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=54;PP=2957;SC=GTCAAAGAAATAGGCTACCAC;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=73;WE=85814907;WS=85814889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	85814995	rs301166	A	G	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=63;PP=1903;SC=AAAGACTGGCAGAGCCAACAG;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=101;WE=85815003;WS=85814985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	85815074	rs301167	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=20;PP=583;SC=TCTTGCTCTGCTGCCCTAGCT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=85815082;WS=85815064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	85838093	rs2599088	G	A	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=109;SC=CTTCCGAGTAGCTGGGACTAT;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=85838101;WS=85838089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	85838115	rs2733963	G	A	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=155;SC=GGCACGTGCCGCCACGCCCGG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=85838123;WS=85838105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	85838166	rs2599089	G	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	85838195	rs2733964	A	C	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=142;SC=ATCTCCTGACATCGTGATCCG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=85838203;WS=85838185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	85838503	rs2599090	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=221;SC=GACTCTCAACTTACATGGATT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=85838511;WS=85838493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	85838532	rs2733965	A	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=4;PP=278;SC=TTTATTCAATATGTTTTTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=85838540;WS=85838522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	85838653	rs2599091	T	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=13;PP=410;SC=CCAGAAGGCATTGAAGGAGAA;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=85838661;WS=85838643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	85838804	rs11419687	G	GA	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=229;SC=ACTGTCTAGAGGCAGTCTTGC;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=85838812;WS=85838794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	85839140	rs2599092	T	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=626;SC=CATTTTCTTCTTTCCTTGCCC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=85839148;WS=85839130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	85839186	rs2733966	C	T	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=18;PP=903;SC=TGTGCACGTACGTGCGTGAAC;SOR=0.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=46;WE=85839194;WS=85839176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	85839211	rs2075532	G	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=22;PP=1095;SC=TGTGGCCTGGGTTGGTGTATC;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=85839219;WS=85839201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	85839543	rs2641797	C	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=584;SC=GGTGGGCTGTCGGGGACCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=85839551;WS=85839533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	85839977	rs2075553	G	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=6;PP=482;SC=AGGCATTTTTGCATTCTGAAT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=85839985;WS=85839967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	85840035	rs5818557	CA	C	2198.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=15;PP=1307;SC=GGGTTAATAACAGACCCGAAT;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=30;WE=85840043;WS=85840025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	85945076	rs2292980	T	C	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr16	85945231	rs8052064	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=249;ReadPosRankSum=1.339;SC=AGATGGAGTGCGGTCGCTCTG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=22;WE=85945239;WS=85945221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr16	85948012	.	G	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,57:0.43:134
chr16	85953844	.	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.088;HP=1;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=1.121;SC=AGTATGGGCAGCTTTTTTTTT;SOR=1.409;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=8;WE=85953853;WS=85953834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	85955036	.	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=63;ReadPosRankSum=-1.514;SC=ATTCTCGGAGGAGTAGACGTT;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=7;WE=85955044;WS=85955026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr16	86369306	rs3828516	C	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr16	86565826	rs3751803	C	G	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=28;PP=976;SC=CGGGCGTCCCCGGGGAGGTTC;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=59;WE=86565834;WS=86565816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	86565882	rs3751802	G	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=455;ReadPosRankSum=2.238;SC=CCCTGGTGGGGAGCCAGGGGC;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=27;WE=86565890;WS=86565872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr16	86574726	rs1025057	C	G	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=1055;ReadPosRankSum=1.173;SC=CCAGCAGAGACAGCATCATAA;SOR=0.491;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=71;WE=86574734;WS=86574716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,93:0.55:168
chr16	86574818	rs17192954	C	G	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.657;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=899;ReadPosRankSum=-0.876;SC=GAGATAAAAACCACAAATGCA;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=57;WE=86574826;WS=86574808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,72:0.44:163
chr16	86574897	rs35698660	T	TA	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr16	86575460	rs3213418	C	G	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=52;PP=1479;SC=AAAGGGGCTGCTGGGAATGCC;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=77;WE=86575468;WS=86575450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	86575858	rs16941478	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=607;ReadPosRankSum=0.662;SC=TGTGCGGTCCGGGGCATCGCT;SOR=0.612;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=39;WE=86575866;WS=86575848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,63:0.52:120
chr16	86585905	rs8046613	C	A	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=40;PP=1122;SC=CGCCCTGTTTCCAATGCAATC;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=86585913;WS=86585895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	86588655	rs2354022	G	C	8716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=80;PP=2965;SC=GACCTCCTCGGCCGCTTCCGG;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=99;TCR=80;TR=179;WE=86588663;WS=86588645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr16	86588993	rs3751796	T	C	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=894;ReadPosRankSum=-0.277;SC=CTAGTCATTGTCGAGCGCCGC;SOR=0.572;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=52;WE=86589001;WS=86588983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,74:0.58:127
chr16	86612303	.	G	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=498;ReadPosRankSum=0.108;SC=TGCGTTGCGGGGAGCGCAGCG;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=35;WE=86612311;WS=86612293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr16	87349333	rs6540037	A	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	87349489	rs7193801	A	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=21;PP=612;SC=GGGATGCTAGAGCACAGGCCT;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=87349497;WS=87349479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	87349529	rs7198660	T	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=18;PP=506;SC=TGACTCTTAATAATAAAGCCC;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=87349537;WS=87349519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr16	87350997	rs4843592	A	G	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=22;PP=591;SC=GAGCCCAACAACGCCCGCGCG;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=87351005;WS=87350987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	87376605	rs2303763	C	T	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=23;PP=765;SC=GAACAGAGTCCATCACAGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=45;WE=87376613;WS=87376595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	87376623	rs4843237	C	G	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=23;PP=751;SC=CATCCCCCACCCCAGGCAGGT;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=87376631;WS=87376613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	87377455	rs2303764	G	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=498;SC=GCACTGCAATGGCACAGAGAA;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=87377463;WS=87377445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	87416903	rs8058715	A	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	87426028	rs8043569	T	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=12;PP=368;SC=CCCAGATCCCTGCACCATGCC;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=87426036;WS=87426018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	87426256	rs72628299	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	87436382	rs8044820	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=ATCAAAGGAAGTGTCCTGTGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=87436390;WS=87436372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	87436546	.	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.518;NF=13;NR=7;PP=248;ReadPosRankSum=1.184;SC=TTACAGCTCAATGCTAATCAG;SOR=0.332;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=20;WE=87436554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr16	87436720	rs1054521	G	T	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.74;QD=25.36;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	87436764	rs1054528	A	G	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=50;PP=1387;SC=AAAAAAAGGGATGTTACCAAC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=75;WE=87436772;WS=87436754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	87445363	rs1050846	G	A	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=575;ReadPosRankSum=-1.024;SC=TGTAAGGGGCGTGCACGACGG;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=48;WE=87445371;WS=87445353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,75:0.56:133
chr16	87445839	rs3748400	C	T	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=20;PP=987;SC=AGGGGGCCCACTGGCATACTG;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=87445847;WS=87445829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	87446053	rs2042395	G	A	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=37;PP=1416;SC=TCCCCGTGGCGGCCGTGCTGG;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=87446061;WS=87446043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	87452546	rs4240794	C	A	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=42;PP=1326;SC=AATTTACAGACAATGAAAATA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=87452554;WS=87452536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	87452584	rs8046992	C	T	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=31;PP=926;SC=TTTTTTGAGACGGTGTTTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=87452592;WS=87452574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	87637893	rs71156237	C	CCTGCTG,CCTGCTGCTG	3297.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5,5;NR=24,24;PP=433,526;ReadPosRankSum=-1.404;SC=CAGGGAGCTGCCTGCTGCTGC;SOR=0.333;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=29,29;WE=87637901;WS=87637883;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.46:80
chr16	87638585	rs376105995	CTG	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.237;QD=2.19;ReadPosRankSum=-2.510;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr16	87677791	rs918367	A	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=755;ReadPosRankSum=0.359;SC=TGGCTGCTTCAACCCTGTCCG;SOR=0.664;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=45;WE=87677799;WS=87677781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr16	87678144	rs918368	T	C	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=966;ReadPosRankSum=0.366;SC=CGCTGCTGAGTGGGCTGAAGC;SOR=0.799;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=83;WE=87678152;WS=87678134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,104:0.45:231
chr16	87717696	.	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=559;ReadPosRankSum=2.049;SC=AACCCAGACCCCTGTCACCTG;SOR=0.615;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=36;WE=87717704;WS=87717686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr16	87717820	rs140244379	C	T	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=1190;ReadPosRankSum=1.012;SC=AGGCGCGGATCGCCAGGATCA;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=81;WE=87717828;WS=87717810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,145:0.56:258
chr16	87723838	rs34767155	T	C	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=762;ReadPosRankSum=2.668;SC=TGGAGACGCATCCCCAGAAAA;SOR=0.651;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=58;WE=87723846;WS=87723828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,93:0.49:189
chr16	87729256	rs72810189	T	C	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.960;NF=34;NR=26;PP=775;ReadPosRankSum=-1.556;SC=CCATTCCCTGTGCAGCAGGTA;SOR=0.798;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=60;WE=87729264;WS=87729246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,85:0.49:175
chr16	87729334	rs34111279	C	CA	6709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=54;PP=2857;SC=CGCTCCCTCTCCCCCTGCCTG;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=76;WE=87729342;WS=87729324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	87735527	rs7199037	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=567;ReadPosRankSum=-0.587;SC=GTGCTCCCTCGGGCCCTCCCA;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=41;WE=87735535;WS=87735517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
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chr16	87742129	rs2290017	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=525;ReadPosRankSum=0.559;SC=AGGTGGGGGAGGCTGCGGGAC;SOR=0.903;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=35;WE=87742137;WS=87742119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,45:0.42:108
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chr16	87760337	rs67926154	A	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=3;PP=263;SC=TTCCCGGTCCAACGCCTTGCC;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=87760345;WS=87760327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	87764403	rs34481270	C	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.251;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.216;SC=TCTGATCTATCAACTACCAAA;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=9;WE=87764411;WS=87764393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	87782182	rs56031151	A	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-1.142;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr16	87782396	rs34779002	C	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CTGTCCGCCACCTTGAGGCAC;SOR=0.680;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=16;WE=87782404;WS=87782386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr16	87788756	rs2303770	A	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=260;SC=CCAGACTCCCACGTGGGAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=87788764;WS=87788746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	87788836	rs17699859	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=291;ReadPosRankSum=1.917;SC=GACTGGGGATGTCAACTTTGG;SOR=0.531;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=21;WE=87788844;WS=87788826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr16	87788864	rs2303771	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=-2.395;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr16	87795580	rs2303772	G	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-1.563;SC=GGGCACGGAAGTTCCACAGTC;SOR=0.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=19;WE=87795588;WS=87795570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr16	87798732	rs4843266	G	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=247;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CATAAAACTGGCCCCGGTTAG;SOR=1.082;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=16;WE=87798740;WS=87798722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr16	87871714	rs2287121	T	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=13;PP=342;SC=GCCTCTCAGTTCCCCCAACCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=87871722;WS=87871704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	87873247	rs750950	A	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=329;SC=TCCGGTCTGGAAGGGACGGGC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=87873255;WS=87873237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	87902684	rs17853938	G	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.081;NF=7;NR=4;PP=144;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AGGCGTAGTCGCCGCCCGATT;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=11;WE=87902692;WS=87902674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr16	87935958	.	CA	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.269;QD=0.26;ReadPosRankSum=1.951;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,39:0.19:204
chr16	87969777	.	T	TA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.762;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.241;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr16	88012150	rs8052854	T	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	88014554	rs8052770	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.693;NF=5;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CAACCTTAAGGTGTCAGCACT;SOR=1.071;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=6;WE=88014562;WS=88014544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr16	88017809	rs3815820	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.430;NF=11;NR=11;PP=300;ReadPosRankSum=1.429;SC=CCATCCAGGTCCCCATGGTGG;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=22;WE=88017817;WS=88017799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr16	88039979	rs8055024	G	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GTGGCCAGGCGCGGTGGCTCA;SOR=0.368;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=3;WE=88039987;WS=88039969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	88052161	rs7499814	C	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=-0.534;SC=AGATGGCGCTCACGCTGCTGG;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=24;WE=88052169;WS=88052151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr16	88061150	rs74740586	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.725;NF=10;NR=10;PP=254;ReadPosRankSum=0.113;SC=AGCAGAGCATCGACTCCAAGT;SOR=0.465;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=20;WE=88061158;WS=88061140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr16	88066655	rs11641367	A	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.05;QD=44.96;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	88066659	rs11646301	C	A	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.17;QD=42.14;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	88105053	rs11117358	T	A	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,76:0.50:151
chr16	88105394	.	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr16	88123598	rs8063486	C	G	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=22;PP=966;SC=TGTCTTCTCTCTCAGGCGGCA;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=88123606;WS=88123588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	88123697	rs8063654	C	A	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-0.085;NF=30;NR=24;PP=862;ReadPosRankSum=0.476;SC=GAGGCCCAGACCTGAGACCCC;SOR=0.411;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=54;WE=88123705;WS=88123687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr16	88124525	rs28650772	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=178;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CCCACCTGCCACCTCAGAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=14;WE=88124533;WS=88124515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
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chr16	88494947	rs11648572	T	C	11407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=120;PP=2965;SC=TGCCCTCTCTTCCCCTGGAGC;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=265;TCF=144;TCR=121;TR=264;WE=88494955;WS=88494937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
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chr16	88495163	rs113937803	G	A	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CGAGCTGGCCGCCCCAGGGCC;SOR=0.953;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=47;TCR=72;TR=70;WE=88495171;WS=88495153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,85:0.53:159
chr16	88495407	rs7199961	G	C	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=59;PP=2606;SC=CCCGCGGGGGGCCCCGAGTGG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=118;WE=88495415;WS=88495397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	88495654	rs12927001	A	G	5069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=72;PP=2342;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GCGAGTCCCCACTGCCGTCAC;SOR=0.616;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=378;TCF=221;TCR=157;TR=166;WE=88495662;WS=88495644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,262:0.46:569
chr16	88496008	rs12918876	T	C	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=1041;ReadPosRankSum=2.576;SC=GTGCGCCGCCTCCGTACCCCA;SOR=0.821;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=64;WE=88496016;WS=88495998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,92:0.43:213
chr16	88497031	rs9924504	T	C	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=42;PP=1803;SC=AGGAGCTCATTCTGAAGATCG;SOR=0.768;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=89;WE=88497039;WS=88497021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	88497400	rs9938800	G	A	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=28;PP=1474;SC=CCCGTGGCCCGTCTCGAAGCC;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=88497408;WS=88497390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	88497446	rs7197071	A	G	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=54;PP=2690;SC=GGGAGGCCCCAAGTGTGCTGA;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=97;TCR=54;TR=151;WE=88497454;WS=88497436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	88498221	rs4782300	C	T	10179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=114;PP=2965;SC=GCATCGCCACCGACCTTGGAG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=136;TCR=116;TR=249;WE=88498229;WS=88498211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr16	88498297	rs12445417	T	G	12471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=150;NR=157;PP=2965;SC=GCAGCCTGTCTGCGAACAGGG;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=309;TCF=151;TCR=158;TR=307;WE=88498305;WS=88498287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr16	88498803	.	C	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=506;ReadPosRankSum=0.448;SC=GGTGCGGAATCGGCTGTGGCC;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=35;WE=88498811;WS=88498793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,61:0.52:118
chr16	88499539	rs9931465	C	G	5340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=69;PP=2510;SC=TATCCAACACCCACCCTAGCA;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=132;WE=88499547;WS=88499529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr16	88501034	rs12598474	G	C	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=44;PP=2334;SC=CCCTGAGACCGGGCGCTCTGG;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=88501042;WS=88501024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	88501971	rs3812956	T	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=32;PP=1121;SC=TTGGCCACTCTGGGACCTGGG;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=88501979;WS=88501961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	88502505	rs1983014	A	G	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=43;PP=1330;SC=AGGAACCCGCATGTCTACGGG;SOR=1.166;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=73;WE=88502513;WS=88502495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	88504850	rs1105066	G	C	8632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=55;PP=2965;SC=CATGGTGTCTGAGGGGGGGCC;SOR=1.099;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=144;WE=88504858;WS=88504840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	88504868	rs904783	A	G	9373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=66;PP=2965;SC=GCCCCGAGGCACCTTCCACAA;SOR=1.018;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=96;TCR=66;TR=162;WE=88504876;WS=88504858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr16	88505734	rs4782362	C	T	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=77;PP=2178;SC=AAGATGCTTCCGAGTAATTTC;SOR=1.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=107;TCF=30;TCR=77;TR=105;WE=88505756;WS=88505724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	88505748	rs45504291	G	A	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=61;PP=1755;SC=TAATTTCTAGGAGCAAGAGCC;SOR=2.356;Source=Platypus;TCF=16;TR=77;WE=88505756;WS=88505724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	88505868	.	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TGCTCAGGCCTTGATGTCAGA;SOR=2.066;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=88505876;WS=88505858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	88552370	rs3751673	A	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,70:0.44:160
chr16	88555301	rs34251187	C	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=315;ReadPosRankSum=0.012;SC=AGTGAGAGCGCACCAGGAGAT;SOR=0.357;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=21;WE=88555309;WS=88555291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr16	88593210	rs35678431	CT	C	244.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	88594567	rs35121729	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr16	88598669	rs35790756	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=731;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GGACGCGGGTCCTCAGGATGC;SOR=0.916;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=46;WE=88598677;WS=88598659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,57:0.51:112
chr16	88598875	rs147824507	C	CGGA	1238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.709;NF=11;NR=5;PP=696;ReadPosRankSum=-0.255;SC=AGACAAAAGGCGGAGGAGGAG;SOR=0.527;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=16;WE=88598883;WS=88598865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr16	88599023	rs56041036	A	G	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=882;ReadPosRankSum=1.668;SC=GTGTTCCAGGAGAGCGGCCCT;SOR=0.498;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=55;WE=88599031;WS=88599013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,74:0.54:138
chr16	88599659	rs71395304	G	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
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chr16	88599697	.	AG	CC	1039	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=17;NR=32;PP=1039;QD=22.2952627523;SC=GCCAGAGCGGAGCCTCTGGCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=88599712;WS=88599687;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr16	88643457	rs936621	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=193;SC=CCAGGAAAGTAGGGACAAGGT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=88643465;WS=88643447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	88644005	rs899728	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=8;PP=333;SC=ATGAGGAGAAAGGCGAAGGCA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=88644013;WS=88643995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	88664758	rs3887592	T	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr16	88666035	rs6500481	G	A	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=191;SC=CTCCCCAGAAGGACAACTGTG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=88666056;WS=88666025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	88666048	rs62050304	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr16	88675194	rs9932692	A	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=6;PP=661;SC=GTTTGTGAACAGATTTCCTAA;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=88675202;WS=88675184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	88675529	rs9930974	C	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=326;SC=TTTTTATTTACAGTAAAAAAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=88675537;WS=88675519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	88688547	rs1111433	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=1.465;SC=CTGTCACACCTGGCATTGCTG;SOR=0.157;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=13;WE=88688555;WS=88688537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr16	88688832	rs3751675	A	G	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=501;ReadPosRankSum=0.718;SC=GGGTGTCAGCACCTTGGAGCC;SOR=0.469;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=39;WE=88688840;WS=88688822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr16	88690832	.	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.191;SC=GGCTTTGAAGCCGTTCCCAAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=88690840;WS=88690824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr16	88690882	rs3830228	G	GAGC	769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=365;ReadPosRankSum=1.427;SC=GTCCAGGCACGAGCGTGCTCA;SOR=1.027;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=88690890;WS=88690872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr16	88695300	rs4782387	C	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=460;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GGCAGAGGGACGGGAGCCTGG;SOR=1.109;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=29;WE=88695308;WS=88695290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr16	88695332	rs4782306	G	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.78;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	88695332	.	GAGACCC	CAGACCC,CAGACCG	258	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5,1;NR=25,14;PP=200,258;QD=7.82570708491;SC=AGCTGGGTCTGAGACCCCATT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30,15;WE=88695346;WS=88695322;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:30
chr16	88695338	rs4782388	C	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=5.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.056;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	88705804	rs2254073	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=23;PP=476;SC=TGGGCCTTGGTGGTTCTCACC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=88705812;WS=88705794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	88709712	rs7195830	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr16	88709737	rs1049255	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr16	88709828	rs1049254	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=0.438;SC=CCCCGCCGCCACCGCAGCCTC;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=8;WE=88709836;WS=88709818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	88711819	rs9940427	G	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=518;ReadPosRankSum=0.042;SC=TTGCCTCTGCGGGCAGGAGGG;SOR=0.696;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=39;WE=88711827;WS=88711809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,67:0.49:136
chr16	88712712	.	T	TGCAGACCCAGGGGACGTGTGCGGACCGGGGCTGCAAAGTCTCAGCACAAG	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr16	88712731	.	C	T	148	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=33;MMLQ=22;MQ=59.74;NF=5;NR=6;PP=148;QD=16.615564777;SC=AGGGGACGTGCGCGGACCGGG;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=11;WE=88712741;WS=88712721;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr16	88712733	.	C	T	365	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=33;MMLQ=23;MQ=59.74;NF=13;NR=4;PP=365;QD=23.5159536792;SC=GGGACGTGCGCGGACCGGGGC;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=17;WE=88712741;WS=88712721;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,17:0.47:36
chr16	88712733	.	C	CGGACCGGGGCTGCAAAGTCTCAGCACAAGGCAGACCCAGGGGACGTGCGT	1224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	88712767	rs12933505	A	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=428;SC=GGGTGTTCTCAGCCTTGATGT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=88712790;WS=88712757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr16	88712780	.	ACA	CCG	448	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=19;NR=8;PP=448;QD=18.5728842542;SC=CTTGATGTGGACACTAGCGGC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=27;WE=88712790;WS=88712757;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,27:0.87:31
chr16	88712782	rs12709103	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	88713236	rs4673	A	G	7279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=2878;ReadPosRankSum=0.854;SC=GCGGTCATGTACTTCTGTCCC;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=148;WE=88713244;WS=88713226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,278:0.99:280
chr16	88713473	rs4782308	G	A	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=37;PP=1674;SC=GGGCCCCGCAGCCCCCGGAGA;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=97;WE=88713481;WS=88713463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	88713501	rs4782393	A	G	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.084;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=859;ReadPosRankSum=0.140;SC=GAGCAGGAGGAGACTCACCAG;SOR=1.039;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=59;WE=88713509;WS=88713491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,93:0.49:190
chr16	88714559	rs2306422	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=-0.856;SC=GTGGGGCTCCCGTCCCGGGGG;SOR=0.404;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=37;WE=88714567;WS=88714549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr16	88716534	rs3812948	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr16	88717074	rs3794624	G	A	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,116:0.48:244
chr16	88717386	rs8053867	T	C	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=47;PP=1718;SC=CCAGCGCCTGTTCGTTGGCCC;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=88;WE=88717394;WS=88717376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	88719877	rs12926212	C	G	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	88721012	rs12935454	G	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=8;PP=709;SC=CTGTCTCAGCGCCACAGCCTT;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=88721020;WS=88721002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	88723538	rs112485764	T	TG	132.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=0;PP=118;SC=TTTGTAGAGATGGGGGGGGGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=88723546;WS=88723528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	88724347	rs2279258	G	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=502;ReadPosRankSum=-1.155;SC=GCCTGCAGCCGCGGCTGCCCC;SOR=0.717;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=37;WE=88724355;WS=88724337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr16	88729573	rs3794625	C	T	8087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=106;PP=2965;SC=TCACGCGCTACCACAGGATTG;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=91;TCR=107;TR=197;WE=88729581;WS=88729563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr16	88752693	rs11076698	T	G	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=19;PP=842;SC=CTCCCGCCCCTCAGGGTCGAG;SOR=0.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=49;WE=88752701;WS=88752683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	88762943	rs1132579	A	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.679;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.326;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,66:0.92:72
chr16	88766205	rs142744254	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=2.112;SC=CTGGGGAGGCCGAGACCTCAG;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=7;WE=88766213;WS=88766195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr16	88772491	rs7194105	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CCCAGTCCGGAGCTGCACCGG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=88772499;WS=88772481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr16	88772815	rs880233	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=147;ReadPosRankSum=-2.019;SC=CTGCGCCGCGCTGACGTCATC;SOR=1.724;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=8;WE=88772823;WS=88772805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	88772928	rs880234	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=69;ReadPosRankSum=1.497;SC=GCGACGGGACCCGGCGTGCCC;SOR=0.532;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=8;WE=88772936;WS=88772918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr16	88773414	rs57958330	G	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=486;ReadPosRankSum=0.176;SC=GCCTGGGTTTGTGTGTGTACC;SOR=0.750;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=31;WE=88773422;WS=88773404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr16	88773738	rs881633	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TATTCCTGCTCCTGATGGGGT;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=8;WE=88773746;WS=88773728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr16	88773753	rs6500490	C	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=-0.221;SC=TGGGGTCCCTCGTGCCCCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=12;WE=88773761;WS=88773743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr16	88776141	rs4598894	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.15;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	88776141	.	GGTGAGCC	AGTGAGCC,AGTGAGCT	188	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=15,9;NR=6,2;PP=137,188;QD=8.17958154987;SC=GGGAGGGGCCGGTGAGCCTCG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21,11;WE=88776156;WS=88776131;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:21
chr16	88776148	rs4377140	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-1.260;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr16	88776297	rs4390574	T	C	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=70;NR=58;PP=2252;SC=AGGACGCTGCTCACTGTGCGG;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=128;WE=88776305;WS=88776287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr16	88778133	rs2879902	C	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CTCCTAGTCCCTGGCCACTTG;SOR=0.948;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=27;WE=88778141;WS=88778123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr16	88778167	rs73262659	T	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=0.634;SC=GGATCCTCCCTCTGGTGTGGA;SOR=0.397;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=19;WE=88778175;WS=88778157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr16	88778427	rs11361741	GC	G	4381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=35;PP=2760;SC=CTGATGGTGAGCGGGGGCCCA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=88778435;WS=88778417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr16	88779328	rs67815044	GC	G	1540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=19;PP=720;SC=GGCCCCGAGAGCCCCCCTTCC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=19;WE=88779336;WS=88779313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr16	88779753	rs73262667	C	T	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=1432;ReadPosRankSum=-1.131;SC=CCCGAGCCCACGGCTACTCCA;SOR=0.648;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=47;WE=88779761;WS=88779729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,91:0.59:154
chr16	88779952	rs74757912	C	CCT	2000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=17;PP=1637;SC=AGTCCTGCGGCCTCGGATGGT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=35;WE=88779960;WS=88779942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	88780090	rs2290904	G	A	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=28;PP=1021;ReadPosRankSum=0.568;SC=ACGTGGTGGTGGTGCGGCCCA;SOR=0.800;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=147;TCF=86;TCR=61;TR=71;WE=88780098;WS=88780080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,100:0.50:201
chr16	88780472	rs7205626	T	C	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=18;PP=1202;SC=ACGGCACCTGTCCTGGGGACT;SOR=1.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=88780480;WS=88780462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	88780518	rs3826076	A	G	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.01;QD=24.91;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	88780634	rs11278302	AGGTGTG	A	5420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=52;PP=2972;SC=CACTGTGTACAGGTGTGGGTG;SOR=0.993;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=57;WE=88780647;WS=88780624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	88780685	rs7191439	C	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=44;PP=1386;SC=GTGTGCTGTGCGCGGGTGTGT;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=76;WE=88780693;WS=88780675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	88780923	rs8050715	C	G	5038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr16	88780944	rs148253988	G	A	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1268;ReadPosRankSum=-0.987;SC=CCAGGGAGTGGGTGTGGGGGC;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=89;TCR=73;TR=86;WE=88780952;WS=88780934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,123:0.54:226
chr16	88781040	rs8059048	A	G	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.727;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1317;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CGTCTCTCCCAGATGCAGTCA;SOR=0.722;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=97;WE=88781048;WS=88781030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,157:0.44:356
chr16	88781125	rs8043637	T	C	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=80;PP=2430;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CCCAGCGCTGTGGCCAGGGGG;SOR=0.318;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=144;WE=88781133;WS=88781115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr16	88781225	rs2306047	T	C	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=623;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CTGCACGGCATTGAGGTGCCA;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=39;WE=88781233;WS=88781215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,59:0.45:130
chr16	88781384	rs3217719	C	CTGT	1417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.076;NF=5;NR=15;PP=805;ReadPosRankSum=-1.803;SC=CGCGGGAAGGCCGTCACCTCG;SOR=0.798;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=20;WE=88781392;WS=88781374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr16	88781419	rs2306046	A	G	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=29;PP=1096;SC=GGGTGCTGGCAGGTTTCTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=88781427;WS=88781409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	88781534	rs61737996	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=450;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CCCACACTGCCGTGGCGCGTG;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=38;WE=88781542;WS=88781524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,60:0.51:118
chr16	88782319	rs3214887	GC	G	2748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.060;NF=11;NR=41;PP=1100;ReadPosRankSum=1.236;SC=GCTGCGGGGTGCCCCCCCAGC;SOR=0.653;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=115;TCF=21;TCR=94;TR=52;WE=88782327;WS=88782309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,114:0.47:240
chr16	88782676	rs2290902	A	G	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=24;PP=1127;SC=GGAAGAGATTAGGGATGACCC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=88782684;WS=88782666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	88783100	rs1803382	T	C	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=915;ReadPosRankSum=2.189;SC=GCCGTGACGATGTCCTCAGGG;SOR=0.558;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=77;WE=88783108;WS=88783090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,144:0.51:280
chr16	88783374	rs8044367	A	G	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=47;PP=2231;SC=GTGGTGCACCACCTTGGCCAG;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=116;WE=88783382;WS=88783349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr16	88783449	rs8057031	C	G	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.105;NF=46;NR=38;PP=1282;ReadPosRankSum=0.391;SC=CGCCCAGCTTCAGGGTGACGG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=102;TCR=84;TR=84;WE=88783457;WS=88783439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,136:0.45:300
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chr16	88783738	rs4782432	A	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=18;PP=450;SC=AGTATGGCACAGCGGTAGTAA;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=88783746;WS=88783728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr16	88786967	rs4401037	C	T	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=43;PP=1945;SC=TCAGCCTGGGCCCAGTACCCG;SOR=2.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=91;WE=88786975;WS=88786957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr16	88787673	rs35159887	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.221;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.088;NF=19;NR=28;PP=748;ReadPosRankSum=-2.114;SC=TCCACTTGGGGTTCTGGGGTC;SOR=0.894;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=47;WE=88787681;WS=88787663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
chr16	88787704	rs8043924	G	C	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=51;PP=1408;SC=GTCCGACCCTGGCTTCCACCT;SOR=0.918;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=88;WE=88787712;WS=88787694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	88788477	rs9935872	A	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=371;SC=GCAGGCGCCTACAGGGAGACC;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=88788485;WS=88788467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	88788903	rs4238687	T	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=20;PP=761;SC=TCCTTTGGGGTACAAGGGAAT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=88788911;WS=88788893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	88788934	rs4238686	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=256;ReadPosRankSum=0.620;SC=GGGGATGGCTAGGCGATGCCC;SOR=0.549;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=18;WE=88788942;WS=88788924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr16	88788960	rs3816618	C	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=1.000;SC=CCAGGGGCAGCAGCTGGGGCT;SOR=0.867;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=17;WE=88788968;WS=88788950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr16	88789178	rs34745095	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CGCGGGACTAGGCTGTTAAGC;SOR=0.269;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=6;WE=88789186;WS=88789168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr16	88791458	rs11645197	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr16	88791707	rs8050515	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.873;SC=TCATGCGGACAGGACAGGCGG;SOR=1.356;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=88791715;WS=88791697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr16	88792047	rs4782430	A	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	88792097	rs4782429	A	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=16;PP=525;SC=AAGCCCCTGTAGGGAGGCGGG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=88792105;WS=88792087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	88792933	rs2247261	C	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=296;ReadPosRankSum=0.765;SC=CGCCCTCCCCCGCCACCGTCC;SOR=0.636;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=23;WE=88792941;WS=88792923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr16	88793068	rs143054492	T	TCAGCGGGGC	812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.619;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=1574;ReadPosRankSum=0.512;SC=GAGAGCAGGGTCAGCGGGGCC;SOR=0.024;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=5;WE=88793076;WS=88793058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr16	88793090	rs4516218	A	G	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=3.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	88793103	rs4424896	C	G	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=3.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	88793813	rs8057198	T	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	88793823	rs2879904	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr16	88793843	rs2242169	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.35;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr16	88793858	rs2242170	C	T	197.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TGTGCCTGACCACACCTCCGC;SOR=0.223;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=88793866;WS=88793848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr16	88793910	rs2242171	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	88798341	rs76070043	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=10.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=3.228;SOR=0.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr16	88798365	rs8055958	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr16	88798367	.	A	AGGGCG	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-0.000;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr16	88800545	rs66935855	CGCTTCT	C	689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.109;NF=0;NR=10;PP=418;ReadPosRankSum=0.193;SC=CTGTCGGCACCGCTTCTGCTG;SOR=1.075;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=10;WE=88800558;WS=88800535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr16	88800610	rs79319346	G	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=-2.019;SC=CTGTCCCTGTGACCTCCACGC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=88800618;WS=88800600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	88801026	rs3214056	G	A	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=740;ReadPosRankSum=0.650;SC=GGGTTTCGGCGCCCCTGCCCC;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=52;WE=88801034;WS=88801016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,77:0.65:118
chr16	88802540	rs734918	G	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=277;ReadPosRankSum=-0.145;SC=CCCCGGATGTGGTGGTGCACA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=14;WE=88802548;WS=88802530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	88803124	rs13333358	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GACGCCTCCCTGGGCTCAGCC;SOR=0.601;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=8;WE=88803132;WS=88803114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr16	88803195	rs4782410	T	C	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=21;PP=742;SC=TCTGCAGGCCTCCCCACCCTG;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=88803203;WS=88803185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	88803925	rs66881450	G	GC	1045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=613;SC=CCTCCGCCCCGCCCCCCGCAC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=19;WE=88803933;WS=88803915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	88803982	rs6500493	C	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.962;NF=19;NR=10;PP=378;ReadPosRankSum=0.747;SC=CGCCGCAGGACGGAGCTCTGG;SOR=0.776;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=29;WE=88803990;WS=88803972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr16	88804349	rs112081600	G	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=756;ReadPosRankSum=0.145;SC=CACCTGGCCGGAGGGGCGGTA;SOR=0.537;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=51;WE=88804357;WS=88804339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,57:0.45:127
chr16	88804734	rs7184427	A	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=660;ReadPosRankSum=-0.773;SC=CCCCACCGCGACGCAGAGTCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=48;WE=88804742;WS=88804724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,82:0.43:192
chr16	88804924	rs34600315	TC	T	1655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=638;ReadPosRankSum=0.007;SC=ATCAGGGAACTCCCAAGACCC;SOR=0.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=20;WE=88804932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,63:0.38:164
chr16	88807896	rs7404939	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=627;ReadPosRankSum=0.774;SC=CAGCTCCCGTGGATGTGGGCT;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=48;WE=88807904;WS=88807886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,65:0.59:111
chr16	88808111	rs11076707	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=0.052;SC=CGGGTGGGAGTGTGGATGGGT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=15;WE=88808119;WS=88808101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr16	88808311	.	T	C	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=2;PP=51;QD=17.1542425094;SC=TCTCCAGGTGTGGGTGGGAGC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=88808319;WS=88808301;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,5:0.50:10
chr16	88808411	.	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.962;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=3.131;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr16	88808743	rs6500495	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GCGGGGCACAATATGCAGGCA;SOR=0.427;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=21;WE=88808751;WS=88808733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr16	88808862	rs7201439	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=-0.517;SC=AGGCTGGTCCCGGGGACGGGG;SOR=0.346;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=88808870;WS=88808852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr16	88809368	rs28525359	G	T	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=609;ReadPosRankSum=-1.716;SC=GTTGCATCCCGATGCATGGCC;SOR=0.741;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=136;TCF=82;TCR=54;TR=46;WE=88809376;WS=88809358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,75:0.38:198
chr16	88809434	rs9925084	A	G	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=917;ReadPosRankSum=0.844;SC=CCTGCTGTGCACCAGGTCAGG;SOR=0.686;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=204;TCF=110;TCR=94;TR=74;WE=88809442;WS=88809424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,132:0.39:336
chr16	88809480	rs9925171	A	G	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;ReadPosRankSum=0.434;SC=CTGTGCACCCACACCTGGCAG;SOR=0.694;Source=Platypus;TCF=101;WE=88809488;WS=88809470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,122:0.39:313
chr16	88809686	rs9927855	T	C	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1188;ReadPosRankSum=1.336;SC=AGCTCACCCTTCAGCAGGGGT;SOR=0.645;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=81;WE=88809694;WS=88809676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,109:0.42:262
chr16	88809773	rs8048714	G	C	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.616;SC=ACCCCGGCACGTGCTGGCAGG;SOR=0.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=67;WE=88809781;WS=88809763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,95:0.46:207
chr16	88809893	rs9933845	GG	AC	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=1573;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TGGAGCTCAGGGACAGGTAGC;SOR=0.836;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=39;WE=88809902;WS=88809883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,58:0.49:118
chr16	88810129	rs8053135	A	G	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=55;PP=1580;SC=CTGACCGTGAAGCAGCCCTCA;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=88810137;WS=88810119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	88815605	rs55963358	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.294;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=344;ReadPosRankSum=1.495;SC=CAGAGATCGCGCCACTGCACT;SOR=1.429;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=21;WE=88815613;WS=88815595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr16	88815647	rs112962992	C	CA	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.329;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr16	88870099	rs865103	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.986;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=509;ReadPosRankSum=-0.495;SC=GCCCCGTCCCTTCCCTCCCCC;SOR=0.418;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=34;WE=88870107;WS=88870089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr16	88872145	rs507329	T	C	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=48;PP=1385;SC=TTTTGAGGAGTGCAATGTTGG;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=86;WE=88872153;WS=88872135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	88872229	rs480727	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=-0.979;SC=CAAGGATGGCACCAGGAGGTC;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=26;WE=88872237;WS=88872219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr16	88872511	rs510862	T	C	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=38;PP=1320;SC=TGGTGGAGCATGTCAAGGAGC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=88872519;WS=88872501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr16	88880811	rs11076715	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=124;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGGGCCAACCGGAGATTCTA;SOR=0.534;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=88880819;WS=88880801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr16	88880965	rs11076716	C	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-2.172;SC=AAAGAACATGCAGTTATTCAA;SOR=0.612;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=7;WE=88880973;WS=88880955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	88884454	rs147536058	G	A	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=1161;ReadPosRankSum=2.361;SC=GGGGCTGCGCGGGGACCAAGG;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=36;WE=88884474;WS=88884444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,73:0.51:143
chr16	88884466	rs2303271	C	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=934;ReadPosRankSum=-3.034;SC=GGACCAAGGCCTCCTGGTGCT;SOR=0.796;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=32;WE=88884474;WS=88884444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chr16	88893013	rs3859024	C	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TGTCCAGAACCAGGAGGGCTG;SOR=0.914;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=11;WE=88893021;WS=88893003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr16	88901827	.	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=0.517;SC=AGGCAGCCAACGGCATACTGT;SOR=0.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=14;WE=88901835;WS=88901817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr16	88901850	rs11076721	T	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr16	88902183	rs1064315	G	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=575;ReadPosRankSum=-0.912;SC=AGACGGGTGCGTGCGTGGCGT;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=43;WE=88902191;WS=88902173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,58:0.60:96
chr16	88902276	rs12934499	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=313;ReadPosRankSum=-0.572;SC=AGAGCCACACCGTCGTCCTCC;SOR=0.954;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=25;WE=88902284;WS=88902266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
chr16	88902518	rs2269333	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=165;ReadPosRankSum=1.733;SC=AGGTTGATGCATTCCTGTCCC;SOR=0.674;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=11;WE=88902526;WS=88902508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr16	88902780	rs12444543	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=223;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AAAGAAGGCTAGGGCTGGGCG;SOR=0.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=16;WE=88902788;WS=88902770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr16	88902820	rs11076722	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.06;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr16	88902823	rs11076723	G	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.06;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr16	88907283	rs8054994	G	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.698;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=222;ReadPosRankSum=-1.373;SC=AGAATCAGCTGCCGTTTCCCA;SOR=0.257;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=14;WE=88907291;WS=88907273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr16	88909028	rs71395332	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=243;ReadPosRankSum=-0.272;SC=TTGATGCAGCCGCCCAGAGTC;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=14;WE=88909036;WS=88909018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr16	88921634	rs34150867	C	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=11;PP=690;SC=CCCCGCCTCACCCCTCTGTCC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=88921642;WS=88921624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	88921901	.	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=-0.615;SC=GACCCCTGGGCGCTGGAGAGC;SOR=0.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=11;WE=88921909;WS=88921891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr16	88922989	rs113289677	A	AC	418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=383;SC=GCACGGGGATACCCCCCGTCC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=88922997;WS=88922979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	88927221	rs3826061	T	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=8;PP=433;SC=CTGGAGAAGGTCCCGAGCATC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=88927229;WS=88927211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	88929990	.	A	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=-2.360;SC=CTGGACCACCATACAAGGCCC;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=10;WE=88929998;WS=88929980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr16	88930840	rs12927622	T	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=543;ReadPosRankSum=-1.562;SC=GAGACCCAGCTCACAGCCCCC;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=34;WE=88930848;WS=88930830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr16	88931363	rs141563331	A	AGGGAG	679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	88931914	rs889753	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=7;PP=456;SC=CGCCAGACCCTCTGGTAGAGA;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=88931922;WS=88931904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	88946955	rs564705	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=7;PP=480;SC=GTCCTGCCCTAAGTGTGAACC;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=88946963;WS=88946945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	88947267	.	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=-0.344;SC=CCCTCCCCACCCTGGCTGGGC;SOR=0.892;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=8;WE=88947275;WS=88947257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr16	88948971	.	GGCATGGCTGTGGGCGTGGCTGTGTGT	G	468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=1593;SC=GCTGTGTGTGGGCATGGCTGT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=88949004;WS=88948961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	88958282	rs3743541	C	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr16	88964557	rs61734177	C	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-0.772;SC=CCCGTCCTCTCGATCTGTAAG;SOR=1.165;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=14;WE=88964565;WS=88964547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr16	89119156	.	CT	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr16	89160329	rs145228567	C	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	89160452	rs9938075	A	G	70.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	89167075	rs11273288	C	CCCCAGGAGGCTCCCGGGAG	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.444;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=600;ReadPosRankSum=-1.962;SC=TCCAGCTCGGCCGCCTGTCAG;SOR=1.536;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=2;WE=89167083;WS=89167065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr16	89167094	rs7188200	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.373;NF=15;NR=7;PP=253;ReadPosRankSum=-1.423;SC=AGTGCAATGCTGCCCCATGTG;SOR=0.833;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=22;WE=89167102;WS=89167084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr16	89167140	rs7201122	G	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.045;NF=24;NR=14;PP=551;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GCGCCTTGGCGTCCTGCCGGC;SOR=0.901;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=38;WE=89167148;WS=89167130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,65:0.49:134
chr16	89167395	rs6500526	C	T	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=3.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,59:0.27:216
chr16	89167404	rs7193255	T	C	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,60:0.26:230
chr16	89167431	rs6500527	G	C	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=1506;ReadPosRankSum=-2.265;SC=CCCAGTGGGCGTCATGGATGA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=46;WE=89167451;WS=89167421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,70:0.30:235
chr16	89167443	rs6500528	T	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.412;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=1506;ReadPosRankSum=-2.513;SC=CATGGATGAGTGGCGGTGTGG;SOR=0.897;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=50;WE=89167451;WS=89167421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,74:0.32:234
chr16	89167458	rs6500529	C	A	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=729;ReadPosRankSum=-1.095;SC=GTGTGGCAGTCCCCCTCTACA;SOR=0.814;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=53;WE=89167466;WS=89167448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,77:0.33:232
chr16	89167792	rs8060043	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=550;ReadPosRankSum=-1.483;SC=TTTCGGTGACCGCACAGCACT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=33;WE=89167800;WS=89167782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr16	89168981	rs4782457	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=0.079;SC=AGTCTTGCTCTTGCTCTCAGC;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=89168989;WS=89168971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	89169205	rs4782456	C	G	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.393;NF=15;NR=24;PP=1591;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CACCCTCAGACTAGGCGCCTT;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=39;WE=89169228;WS=89169195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr16	89169219	rs10578141	CCT	C	1753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.338;QD=21.92;ReadPosRankSum=-1.458;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr16	89169312	rs4782455	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=0.755;SC=AGACTAGGCATCTTTTCCTGG;SOR=0.346;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=89169320;WS=89169302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr16	89178457	.	G	GTGCCTGCTCATCTTCCCACCGAGTGCTTCCTTTCCTCCGCCGCCGTGGGTCTC	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=33.98;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr16	89178773	rs4782449	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.138;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr16	89180664	rs9940965	C	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CAAGGGCCGCCTCCTGAGGGG;SOR=1.264;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=17;WE=89180672;WS=89180654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr16	89180883	rs3743979	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=309;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GACCACTGCCGTGCGCCTGCC;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=24;WE=89180891;WS=89180873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr16	89180935	rs3743980	G	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=0.953;SC=CTTCCACTGTGCTCTGAGCCC;SOR=0.430;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=9;WE=89180943;WS=89180925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr16	89187378	rs3743983	G	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=57;ReadPosRankSum=0.104;SC=AGGCCCCCCAGGGTGGTTACA;SOR=0.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=9;WE=89187386;WS=89187368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr16	89188672	rs8058601	C	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=161;ReadPosRankSum=0.268;SC=GGCCTGGGCCCCCCGCAGTGG;SOR=0.616;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=14;WE=89188680;WS=89188662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr16	89212200	rs4302032	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=0.267;SC=AGCCAGCACCAGGACGAGTGA;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=89212208;WS=89212190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr16	89217686	rs78406340	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=88;ReadPosRankSum=-1.750;SC=AAGCAAATAGCAGGCCCAAAA;SOR=0.522;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=11;WE=89217700;WS=89217676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr16	89217754	rs74486778	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
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chr16	89238215	rs139759411	C	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=551;ReadPosRankSum=0.010;SC=GGGTGCACTCCGGCCCGGCTC;SOR=0.876;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=29;WE=89238223;WS=89238205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr16	89245890	rs2287359	G	T	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=655;ReadPosRankSum=-1.581;SC=CTGGCGCCGGGCGCCTGCCCT;SOR=0.521;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=50;WE=89245898;WS=89245880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,89:0.49:181
chr16	89246064	.	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=460;ReadPosRankSum=-0.199;SC=AAGGTCTCCTGGGAGCCAGCG;SOR=0.663;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=29;WE=89246072;WS=89246054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr16	89246670	rs59865771	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=2.660;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr16	89251776	rs58079876	G	A	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=592;ReadPosRankSum=1.611;SC=ACACCCGCACGGCCAGGGCAG;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=43;WE=89251784;WS=89251766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,62:0.46:135
chr16	89251798	rs2287356	C	T	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=464;ReadPosRankSum=1.211;SC=CCATCTCCTGCGGGTCCCTCT;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=40;WE=89251806;WS=89251788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr16	89251851	rs2287354	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=305;ReadPosRankSum=-0.481;SC=CCCTGCCGTCACTGCAGAGCT;SOR=0.735;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=19;WE=89251859;WS=89251841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr16	89254064	rs12929648	A	G	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=749;ReadPosRankSum=0.219;SC=ATGGGGCAGGAGGATGGTGTG;SOR=0.954;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=108;TCF=32;TCR=76;TR=50;WE=89254072;WS=89254054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr16	89258229	.	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.974;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=625;ReadPosRankSum=-1.300;SC=CCCCCCACGGGGCCCCCTTCC;SOR=1.680;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=91;TCF=29;TCR=62;TR=36;WE=89258237;WS=89258207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,56:0.39:142
chr16	89258747	rs75791347	A	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=363;ReadPosRankSum=1.685;SC=CCGCTGCGGCAAGGACGGCGT;SOR=0.901;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=20;WE=89258755;WS=89258737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr16	89259010	.	G	T	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=28;MQ=47.96;NF=0;NR=4;PP=55;QD=22.4428031368;SC=CCCCAGCTCCGCCTCCTCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=89259018;WS=89259000;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	89259993	rs3815615	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=2.059;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr16	89262431	rs2287353	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.043;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr16	89263851	rs3743986	T	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=690;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CCAGGCTCTCTCCCCAGGCCT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=51;WE=89263859;WS=89263841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,86:0.59:146
chr16	89264460	rs7202874	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr16	89265087	rs61732365	A	G	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.698;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=1596;ReadPosRankSum=0.530;SC=TCCTCCAAGGAACTGTCCCCG;SOR=0.936;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=50;WE=89265109;WS=89265077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,78:0.45:173
chr16	89265101	rs74640353	C	T	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.653;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=1596;ReadPosRankSum=2.158;SC=GTCCCCGGGGCCCACGCCACT;SOR=1.042;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=46;WE=89265109;WS=89265077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,71:0.44:163
chr16	89265466	rs12926888	A	G	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1299;ReadPosRankSum=-1.323;SC=TCATCAGGGCACCCAGCCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=83;TCR=86;TR=91;WE=89265474;WS=89265456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,160:0.51:312
chr16	89267769	rs34679577	GC	G	628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.09;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	89287481	rs117976521	C	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.680;NF=6;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=0.325;SC=AGCTGCCCTGCAGTGGCCTTG;SOR=1.040;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=17;WE=89287489;WS=89287471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr16	89287613	rs10586525	CAG	C	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.011;NF=0;NR=8;PP=285;ReadPosRankSum=-0.271;SC=TCCTGATACACAGTGTGTGTA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=89287622;WS=89287603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr16	89288418	rs9931258	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-1.285;SC=TCCTGCTAGGATGGAATGACT;SOR=0.784;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=11;WE=89288426;WS=89288408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr16	89289624	rs12920028	G	A	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,98:0.47:209
chr16	89291210	rs113560259	G	GGTGA	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.097;NF=3;NR=5;PP=323;ReadPosRankSum=-1.662;SC=AGTTCTCCAAGGTAAGTGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=8;WE=89291218;WS=89291200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	89291309	rs28533907	A	T	225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=175;SC=GTGTCAAGTTAAGCGGCTGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=89291317;WS=89291299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr16	89291948	rs12926996	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=2.260;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr16	89291951	rs12926997	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=2.727;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr16	89293271	rs28417933	A	C	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=855;ReadPosRankSum=-0.089;SC=ACCTTGTTCAAAATTGGAGAG;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=61;WE=89293279;WS=89293261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,99:0.51:194
chr16	89293291	rs117690401	G	A	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=904;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GCAGTTTTCCGTGTTGGGTCA;SOR=0.607;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=67;WE=89293299;WS=89293281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,101:0.49:207
chr16	89293614	rs4785626	A	G	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=773;ReadPosRankSum=0.451;SC=ACCCTGGGGAAAAGCCCTGTG;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=51;WE=89293622;WS=89293604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,79:0.51:154
chr16	89294381	rs28415940	T	C	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1291;ReadPosRankSum=1.650;SC=AAGCCCTTTATATGTACGGTA;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=73;TCR=82;TR=82;WE=89294389;WS=89294371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,107:0.49:219
chr16	89294439	rs9921361	G	T	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.506;SC=AGCACATTCAGATTCACACTG;SOR=1.032;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=67;WE=89294447;WS=89294429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,83:0.49:168
chr16	89294511	rs28638280	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=767;ReadPosRankSum=0.695;SC=CGAGCCTAACCGAGCACATAC;SOR=0.737;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=56;WE=89294519;WS=89294501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
chr16	89294595	rs74466939	C	T	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=866;ReadPosRankSum=3.528;SC=CACACCTTATCGTGCACATAA;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=57;WE=89294603;WS=89294585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,76:0.58:132
chr16	89294697	rs60437616	C	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=633;ReadPosRankSum=-1.712;SC=GAAGGACTCACACAGGAGAGA;SOR=0.786;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=46;WE=89294705;WS=89294687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr16	89294798	rs118093429	A	G	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=575;ReadPosRankSum=-0.189;SC=CAGAAACCCTATAAATGTAAG;SOR=0.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=40;WE=89294806;WS=89294788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,63:0.53:118
chr16	89299054	rs71158785	T	TA	777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=33.81;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	89299200	rs61078268	C	A	6519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.503;NF=69;NR=43;PP=1604;ReadPosRankSum=0.682;SC=TGCATATGCACATCAACTCAC;SOR=0.888;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=268;TCF=157;TCR=111;TR=112;WE=89299208;WS=89299190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,185:0.43:431
chr16	89299227	rs62068537	C	T	6680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.827;NF=72;NR=52;PP=1722;ReadPosRankSum=2.065;SC=TGCAACTCAACTCACACCGTA;SOR=0.927;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=292;TCF=161;TCR=131;TR=124;WE=89299235;WS=89299217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,197:0.40:488
chr16	89299268	.	A	ATCAACTCGCACTGCGTATGCAAC	2903.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=19.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=5.478;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.497;SOR=1.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,72:0.29:249
chr16	89299280	rs62068538	T	A	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.646;NF=62;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=2.074;SC=CAACTCGCACTGCGTATGCAA;SOR=0.528;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=290;TCF=128;TCR=162;TR=131;WE=89299288;WS=89299258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,182:0.42:436
chr16	89299851	rs35483107	G	A	6796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=4.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.247;QD=25.75;ReadPosRankSum=6.965;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,175:0.66:264
chr16	89299853	rs34789784	G	A	6778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=5.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.158;QD=25.20;ReadPosRankSum=7.142;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,174:0.65:269
chr16	89299888	.	T	TCG	1332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=2.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-0.479;QD=5.46;ReadPosRankSum=3.644;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,48:0.20:244
chr16	89299890	.	A	ACTGCGTGTGCAACTCAACTCG	1332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=2.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-0.472;QD=5.51;ReadPosRankSum=4.794;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,48:0.20:242
chr16	89299899	rs34175485	A	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=3.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-0.509;QD=5.18;ReadPosRankSum=6.665;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,48:0.19:253
chr16	89300015	rs62068548	A	G	11015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=166;NR=139;PP=2965;SC=CTCATACTGCATATGCAACTC;SOR=0.851;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=313;TCF=167;TCR=146;TR=305;WE=89300023;WS=89300005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr16	89300147	rs62068549	A	G	10410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=141;NR=167;PP=2965;SC=CTCGCACTGCATATGCAACTC;SOR=0.823;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=313;TCF=141;TCR=172;TR=308;WE=89300155;WS=89300137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr16	89345122	rs3102367	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr16	89345408	rs3096305	G	A	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=955;ReadPosRankSum=-1.216;SC=CGGGCTGGAGGAAGCCGTGAC;SOR=0.806;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=67;WE=89345416;WS=89345398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,77:0.48:160
chr16	89345822	rs199558535	G	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.88;MQRankSum=0.872;QD=14.48;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	89348078	rs143426579	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=812;ReadPosRankSum=2.053;SC=CTGCCGGCTTCGCCTTCTCCT;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=59;WE=89348086;WS=89348068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,96:0.49:195
chr16	89350038	rs2279348	G	A	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,160:0.49:324
chr16	89350178	rs2279349	G	A	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=49;PP=2411;SC=TATGCTTTTCGGTCTGCTCTT;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=89350186;WS=89350168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr16	89355218	.	G	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.884;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-1.366;SC=CTGCAGTTTAGGGAAGCAGGT;SOR=0.154;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=12;WE=89355226;WS=89355208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr16	89356882	.	CGGGGGAGGCTCAGGGCTCCAATG	C	188.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.77;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	89356902	.	AAT	A	251	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=82;MMLQ=23;MQ=50.94;NF=8;NR=0;PP=251;QD=37.6600359045;SC=TCAGGGCTCCAATGGGGGGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=89356913;WS=89356892;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,8:1.00:8
chr16	89357740	.	G	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=-1.195;SC=GGAAAGCACAGCGGTGCTGGG;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=89357748;WS=89357730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr16	89371827	rs3114912	G	A	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=27;PP=780;SC=TGTTTCATATGCCAGGAGAAG;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=39;WE=89371847;WS=89371817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	89371839	rs2277908	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=665;SC=CAGGAGAAGCGCATCTCTTAT;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34;WE=89371847;WS=89371817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	89379936	rs3102350	T	C	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=22;PP=794;SC=ACTGCAGAGTTGTGGGCTCCA;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=89379944;WS=89379926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	89389645	rs3114900	G	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	89574166	rs3809641	C	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr16	89576879	rs5818722	GT	G	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.260;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr16	89577046	rs3922633	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=368;ReadPosRankSum=0.034;SC=TGCACACTTACCGCCTCAGCT;SOR=0.954;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=27;WE=89577054;WS=89577036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr16	89590060	rs28643511	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=-3.229;SC=CGCGATCACGGCTCACTGCAG;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=89590068;WS=89590050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr16	89590168	rs113476208	T	TATCTC	1452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=947;ReadPosRankSum=-1.202;SC=GGTTTCCTCTTAGGTGGGAAC;SOR=1.232;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=19;WE=89590176;WS=89590158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr16	89590243	rs3803680	G	A	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.493;NF=44;NR=22;PP=930;ReadPosRankSum=1.481;SC=ACAGCACAGCGTTAGTCTTTG;SOR=0.805;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=66;WE=89590251;WS=89590233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,101:0.48:212
chr16	89590667	rs3803679	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=1.003;SC=TGAGTGAGGGTGCGGGAGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=89590675;WS=89590657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr16	89596106	rs3803676	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=-2.193;SC=TAGCCTGAAGCCACAATTAGA;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=10;WE=89596114;WS=89596096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	89597057	rs4785690	G	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr16	89597221	rs4785691	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr16	89598760	rs463701	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=161;ReadPosRankSum=-0.165;SC=TAGGGAATGGAGCTGGTAGCT;SOR=0.754;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=12;WE=89598768;WS=89598750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr16	89611199	rs79201073	G	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=1.377;SC=CAGGATCCCAGCCTCTCCCAC;SOR=0.416;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=30;WE=89611207;WS=89611189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr16	89612979	.	ACC	A,AC	654.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=7.516;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.92;MQRankSum=1.810;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,15,19:0.33,0.42:45
chr16	89623393	rs11559075	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=-0.314;SC=TGATCGCACCGCAGAGGTGGA;SOR=0.733;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=26;WE=89623401;WS=89623383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr16	89629218	rs258327	A	G	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	89645437	rs369230	G	T	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=35;PP=1070;SC=GGTGGCTCACGCCTGTAATCG;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=89645445;WS=89645427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	89649675	rs455868	G	A	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=185;SC=AGGGTCCGGGGCCGTTTGAGC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=89649683;WS=89649665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	89650371	rs408800	T	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=324;SC=CTGGGGCCTCTGGTCCCCCAC;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=89650390;WS=89650361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	89650382	rs141398937	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=1.406;SC=GGTCCCCCACGGTGGGGTCAG;SOR=0.283;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=10;WE=89650390;WS=89650361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr16	89651001	rs2271913	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr16	89652210	.	A	AG	198	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=17;MQ=60.85;NF=0;NR=6;PP=198;QD=37.5;SC=AGGACGGGGTAGGGGGTCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=89652218;WS=89652200;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,6:0.43:14
chr16	89653032	rs452176	G	A	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	89653563	rs9924678	G	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	89653943	rs72805558	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.615;NF=12;NR=8;PP=208;ReadPosRankSum=0.689;SC=GCTTACCTTCCACAAACACAT;SOR=0.791;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=20;WE=89653951;WS=89653933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
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chr16	89656251	rs464349	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-1.661;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,45:0.40:112
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chr16	89662422	rs461227	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=443;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TCTACCAGGCAAGACACACAT;SOR=0.493;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=23;WE=89662430;WS=89662412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr16	89662837	rs12447806	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=347;ReadPosRankSum=2.157;SC=GTTGCAGGGACGGATGATCTC;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=26;WE=89662845;WS=89662827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr16	89662990	rs694285	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=231;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GAAGCCTGGGTGTCCCTGCCG;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=22;WE=89662998;WS=89662980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr16	89663072	rs659974	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=0.623;SC=GAATGGGTCCGTACAGCCTCT;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=10;WE=89663080;WS=89663062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr16	89696999	rs395593	C	T	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	89702620	rs2070992	G	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=357;ReadPosRankSum=-0.078;SC=GCATGCGGGGGGTGGGCTGAG;SOR=0.784;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=23;WE=89702628;WS=89702610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr16	89703424	rs445537	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=0.097;SC=GCATCTCCTCACGTGGGACCT;SOR=0.636;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=8;WE=89703432;WS=89703414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr16	89703519	rs461115	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CTTCCAGCCACGAAGGATGAT;SOR=1.880;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=10;WE=89703527;WS=89703509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr16	89704365	rs1126464	G	C	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=786;ReadPosRankSum=0.618;SC=GAGGGTCTTCGAGGCTGTGGA;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=51;WE=89704373;WS=89704355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,74:0.50:147
chr16	89704598	rs140890523	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.958;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr16	89717781	rs141950187	AAAAC	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=1;PP=284;SC=TCCGTCTCAAAAAACAAACAA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=89717792;WS=89717778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	89720409	rs258338	T	A	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=40;PP=1176;SC=ACTCACTAGGTTCCTTCTAGA;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=89720417;WS=89720399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	89724572	rs154664	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=246;SC=TTATTCTGGATCCACGCAGGC;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=89724580;WS=89724562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	89735923	rs9937322	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=1.358;SC=CCTTTGCATGGCACTCGCTAC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=89735931;WS=89735913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	89751861	rs3751698	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=0.221;SC=CTGGTCCCGCAGTGGGCGGTG;SOR=1.371;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=89751869;WS=89751851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	89751920	rs3751699	G	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=363;ReadPosRankSum=0.766;SC=GTTTGGGCCCGACCGAGCTGG;SOR=0.844;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=24;WE=89751928;WS=89751910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr16	89752194	rs3751700	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr16	89753971	rs258325	T	C	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=38;PP=1386;SC=GTTGGCCTTTTCTTTTTTGTT;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=89753979;WS=89753961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	89754255	rs258324	T	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=1.533;SC=GGAAAGGGAGTTTGAGACTAG;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=19;WE=89754263;WS=89754245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr16	89755810	.	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr16	89757132	rs12598665	C	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-2.280;SC=GTGCTTGTAGCGGGGGCCGGC;SOR=0.425;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=9;WE=89757140;WS=89757122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	89757199	rs62068364	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=-0.598;SC=CACGCAGCCTCAGCTGTCTGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=89757207;WS=89757189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr16	89758973	rs187282	A	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=35;PP=1082;SC=GCTGAGGCCTAACTCTGCTGC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=64;WE=89758981;WS=89758963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	89760474	rs12595968	G	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GTCCGAGTTGGGACAGGTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=89760482;WS=89760464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	89760552	rs460057	T	C	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=18;PP=831;SC=AGGAGCCGGCTGTATTGAGGT;SOR=1.042;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=49;WE=89760560;WS=89760542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr16	89763045	rs460367	C	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=7;PP=379;SC=GCCGCCTGGGCGGGCTGTCCA;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=89763053;WS=89763035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	89763214	rs4247353	T	C	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=543;ReadPosRankSum=0.064;SC=AGGGCCGGCGTCCCCGAAGCC;SOR=0.558;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=40;WE=89763222;WS=89763204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr16	89763359	rs3803690	G	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=-0.529;SC=GGACCCCCAAGTCCTGAGCCC;SOR=0.497;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=13;WE=89763367;WS=89763349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr16	89764237	rs11866038	C	T	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=806;ReadPosRankSum=-0.404;SC=AGAGTGGTGGCCTGTAGGCCA;SOR=0.724;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=150;TCF=65;TCR=85;TR=56;WE=89764245;WS=89764227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,78:0.42:187
chr16	89764549	rs3751695	G	A	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=952;ReadPosRankSum=-2.163;SC=GCCGGAGGGCGAAGCAGCCCA;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=59;WE=89764557;WS=89764539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
chr16	89774396	rs1110331	G	A	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=36;PP=1151;SC=GGTGTCATCTGAACGAACAGA;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=89774404;WS=89774386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	89774411	rs11860230	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=31;PP=1022;SC=AACAGAAGGATACCCCCGGCC;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=89774419;WS=89774401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	89775422	rs59660050	C	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=18;PP=734;SC=CTGAGCCACCCCTTATACCCC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=89775437;WS=89775412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	89775429	rs143353176	C	CCCCG	844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.7419;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=15;PP=682;SC=ACCCCTTATACCCCGCCCACC;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=89775437;WS=89775412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	89777761	rs12920315	C	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=447;ReadPosRankSum=-1.199;SC=CCAGGCTGGTCACGAGTGACA;SOR=0.774;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=30;WE=89777769;WS=89777751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr16	89778224	rs7206836	G	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=10;PP=271;SC=GGCCCACCCAGGCGGCTCTGA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=89778232;WS=89778214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	89782989	rs7206570	A	G	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=14;PP=668;SC=CAGGCTGGGGAATGGGAGCAG;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=89782997;WS=89782979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	89783187	rs4785706	C	T	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=14;PP=437;SC=GCTGTGCTAGCTTCAGCATCT;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=89783195;WS=89783177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	89784267	.	TGCCCCGA	T	8057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.612;ClippingRankSum=0.000;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-1.633;QD=15.96;ReadPosRankSum=2.634;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,227:0.45:505
chr16	89784268	.	GCC	CCT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=56.85;NF=64;NR=47;PP=2944;QD=20;SC=TCCAGTGGCTGCCCCGACCTC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=302;TCF=167;TCR=135;TR=111;WE=89784328;WS=89784258;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:191,111:0.37:302
chr16	89784277	.	TCTGTGATCCCACGTCCAGGGGCTCCCCCGACCTCTGTGATCCCACGTCCAGTGGCTCCC	T	7709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.194;ClippingRankSum=0.000;DP=643;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=1.176;QD=12.01;ReadPosRankSum=-2.737;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,233:0.36:642
chr16	89784283	.	A	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=56.2;NF=56;NR=47;PP=2962;QD=20;SC=GACCTCTGTGATCCCACGTCC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=305;TCF=164;TCR=141;TR=103;WE=89784328;WS=89784258;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:202,103:0.34:305
chr16	89784296	.	G	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=26;MQ=55.23;NF=49;NR=42;PP=2962;QD=20;SC=CCACGTCCAGGGGCTCCCCCG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=303;TCF=159;TCR=144;TR=91;WE=89784328;WS=89784258;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:212,91:0.30:303
chr16	89784398	rs4785707	C	G	7129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=831;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.540;NF=138;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.219;SC=CGTCCAGTGGCTCCCCCGACC;SOR=0.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=466;TCF=245;TCR=221;TR=256;WE=89784406;WS=89784388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,352:0.54:652
chr16	89784521	rs10468304	T	A	18887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=757;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=166;NR=253;PP=2965;SC=CTGTGATCCTTTGTGCAGCGG;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=423;TCF=168;TCR=255;TR=419;WE=89784529;WS=89784511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,741:1.00:741
chr16	89787038	.	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	89789898	rs6500437	T	C	4844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=67;PP=2217;SC=CAAGTGGCCATGGGACAAAGA;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=131;WE=89789906;WS=89789888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	89793555	rs2099105	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=232;SC=GATGGGGCCATGGTGGGGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=89793563;WS=89793545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	89793731	rs17719249	C	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr16	89795485	rs7204478	C	T	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	89804335	rs17233826	CT	C	8188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.034;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=90;PP=2969;ReadPosRankSum=-1.539;SC=TCAGGACCCCCTCCCAGGGCT;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=75;TCR=96;TR=159;WE=89804343;WS=89804324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,289:0.95:303
chr16	89804624	rs17227424	G	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=342;ReadPosRankSum=1.382;SC=TGACCACAGAGGGCCAGGCGG;SOR=0.777;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=25;TCR=72;TR=36;WE=89804632;WS=89804614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,50:0.37:135
chr16	89805261	rs1800359	A	G	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=53;PP=1846;SC=TGTCCCCCACATGGCCCAAGG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=102;WE=89805269;WS=89805251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	89805977	rs1061646	G	A	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	89806347	rs7195906	A	T	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=26;PP=930;SC=CATTTGCAAGATGCCTCTGAA;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=89806355;WS=89806337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	89811196	rs9923733	T	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=572;SC=TCCCCAGTAGTTGGGATTACA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=89811204;WS=89811187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	89815217	rs1800345	C	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=22;PP=691;SC=GCACAGCGTACACTCTGCTCC;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=89815225;WS=89815207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	89818491	rs3743860	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=16;PP=992;SC=AATATCTTAATAGCACGCGGC;SOR=1.545;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=54;WE=89818499;WS=89818481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	89828977	rs113028128	G	GA	332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.86;MQRankSum=0.625;QD=16.64;ReadPosRankSum=1.390;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr16	89829201	rs9806894	G	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=10;PP=278;SC=ACCATGACCAGCTAAGTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=89829209;WS=89829191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	89836323	rs7195066	C	T	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=47;PP=1734;SC=AAGGCCAGCACCAGGTGCAGG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=89836331;WS=89836313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr16	89836507	rs7200990	T	C	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=45;PP=1589;SC=TGAAGACGAATTGAGAAGTAG;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=89836515;WS=89836497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	89836865	rs886951	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr16	89838078	rs1800340	A	G	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=27;PP=1082;SC=CTGAGCCCCTACACCTACCAT;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=55;WE=89838086;WS=89838068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	89842029	rs3785275	C	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=350;SC=ACCCAAAGCACCGGCTTGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=89842037;WS=89842019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	89842374	rs1558184	T	G	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	89845110	rs7187436	A	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=327;SC=ATAAAACACAATAGTGGTCTA;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=89845118;WS=89845100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	89845194	rs1800337	A	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=20;PP=742;SC=TCCCCTTCTAACCGTTGCTGC;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=41;WE=89845202;WS=89845184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	89846195	rs1800335	A	G	90.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	89849480	rs2239359	C	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=18;PP=445;SC=CGGTACTTGCCGGGAACCAGG;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=89849488;WS=89849470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	89849583	rs2239360	C	T	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=3;PP=98;SC=CCACAATTCACTTCCAACATC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=89849591;WS=89849573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	89857622	rs1057042	T	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=209;SC=GAAGATCCGCTGAGGCCCCGA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=89857630;WS=89857617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	89857700	rs8049660	A	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=8;PP=548;SC=CAAAGCTGACAGCAAGGTTGC;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=89857708;WS=89857690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	89857964	rs1800330	T	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=771;SC=AACCATGACATAGTCACAGCA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=89857972;WS=89857954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	89858505	rs6500452	T	C	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	89858525	rs1800287	C	G	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	89859008	rs3856	G	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=585;SC=AAAAGTTGTGGGTTTTTGTTA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=89859023;WS=89858998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	89859015	rs35617323	GT	G	1141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=19;PP=734;SC=GTGGGTTTTTGTTAAGGACCA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=89859023;WS=89858998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	89866043	rs7190823	T	C	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr16	89866160	rs7186192	A	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=25;PP=702;SC=ACGGCACTTCAGGAGGCCGAG;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=89866168;WS=89866150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	89869761	rs1800286	T	C	4782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	89874559	rs11076627	A	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=1;PP=539;SC=CTAGTCTAGTATAAATATGCA;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=89874567;WS=89874549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	89874628	rs1800285	C	T	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	89882807	rs78004870	G	T	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=108;SC=CCAGCCGGGCGCCCACCCCGC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=89882815;WS=89882797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	89882826	rs72631431	C	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=104;SC=GCACAGCCCCCCGGGCGCGGC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=89882834;WS=89882816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	89902482	rs12598477	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=1.126;SC=GTTTAGGAGGTTAAGGCAGGA;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=89902490;WS=89902472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	89912063	rs13331995	T	C	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=454;SC=AGCTGACGTCTGCAGGGCCGG;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=89912071;WS=89912053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	89921119	.	A	ACGCAGAGGGGCAGCCTGGATGCAGAGGTCGTGGTGAGTGGGGCAGACGCAGAGGGGCAGCCTGGATGCAGAGGTCGTGGTGAGCGGGGCGGC	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.52;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr16	89921126	.	TGA	GGG	287	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=54.03;NF=0;NR=7;PP=287;QD=48.6382678375;SC=CGGACGCAGATGAGCAGCCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=89921136;WS=89921116;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,7:0.39:18
chr16	89922232	rs187196340	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=136;ReadPosRankSum=0.202;SC=ACGGGTGAGGCGGGCTGGCTT;SOR=0.061;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=89922240;WS=89922222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr16	89922485	rs1105691	T	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=395;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CCGCAGGTCCTGCTTCCCCAC;SOR=0.402;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=31;WE=89922493;WS=89922475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,61:0.62:99
chr16	89930129	rs55999134	G	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=234;ReadPosRankSum=0.041;SC=GAGCCCTGAGGGGGTAGCAGG;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=17;WE=89930137;WS=89930119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr16	89944842	rs71971202	AT	A	114.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.283;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr16	89949956	rs185485576	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=0.536;SC=GGCATCAGACGGGAGAGTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=10;WE=89949964;WS=89949946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr16	89950982	rs16966253	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr16	89951149	.	G	GC	666	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=56.6;NF=1;NR=10;PP=666;QD=63.0909090909;SC=TCTGCCTGACGCCCTCTCCCT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=11;WE=89951171;WS=89951139;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,11:0.52:21
chr16	89951163	.	T	C	659	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=55.84;NF=4;NR=9;PP=659;QD=53.3670163498;SC=TCTCCCTCTGTCTGACGCCCT;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=13;WE=89951171;WS=89951139;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,13:0.59:22
chr16	89952385	.	C	CGCCCTTCTCTGTGGCT	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.153;NF=0;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGTGGCCCCCGCCCTTCTCT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=11;WE=89952393;WS=89952375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr16	89954138	rs9922515	G	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=246;ReadPosRankSum=-1.137;SC=AAGGTCCACAGTGAGCTGCAT;SOR=0.596;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=22;WE=89954146;WS=89954128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr16	89958421	rs377613474	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr16	89961356	rs113220766	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=80;ReadPosRankSum=0.223;SC=CCCAGCCTCCGCTGGTTTTAA;SOR=0.171;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=10;WE=89961364;WS=89961346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr16	89962394	rs2293586	A	G	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=692;ReadPosRankSum=-2.249;SC=CCCTGTGCCCACAGAGAGAGC;SOR=0.674;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=45;TCR=57;TR=51;WE=89962402;WS=89962384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,89:0.53:168
chr16	89967217	rs62052184	T	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=234;ReadPosRankSum=-0.693;SC=GTGAGCGCTGTGTCTCGCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=18;WE=89967225;WS=89967207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr16	89970746	.	G	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.701;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.118;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=350;ReadPosRankSum=1.946;SC=CGGCCTCGGGGACTGTCATTT;SOR=0.283;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=22;WE=89970754;WS=89970736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr16	89971087	rs144019234	A	AC	2696.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=1479;ReadPosRankSum=3.088;SC=ACGCAGATGGACCCGCCCTGG;SOR=0.705;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=43;WE=89971095;WS=89971077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,99:0.49:202
chr16	89972532	rs11862382	A	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.303;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr16	89973777	rs143440936	CTCCCAGT	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.43;MQRankSum=2.543;QD=7.25;ReadPosRankSum=-2.489;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	89973781	.	CAG	C	90.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.58;MQRankSum=-1.154;QD=5.34;ReadPosRankSum=2.216;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr16	89973784	.	T	TCC	90.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=-1.154;QD=5.34;ReadPosRankSum=1.611;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr16	89973790	.	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=-0.985;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.081;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr16	89973796	rs111916961	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=1.221;QD=21.08;ReadPosRankSum=-2.881;SOR=3.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	89975466	rs72813437	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr16	89975638	rs1137042	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr16	89981303	.	G	T	409	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=68;MMLQ=15;MQ=52.26;NF=6;NR=1;PP=409;QD=63.3958875067;SC=ACATTTGTGTGTGTGTGCCTG;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=7;WE=89981318;WS=89981287;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr16	89981345	.	T	TTG	898	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5359;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MMLQ=22;MQ=55.71;NF=9;NR=18;PP=898;QD=33.6666666667;SC=GGGTGCACATTTGTGTGTGTG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=27;WE=89981354;WS=89981335;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,27:0.90:30
chr16	89981381	.	TTG	T	1350	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=23;MQ=57.88;NF=10;NR=20;PP=1350;QD=45.3;SC=GGGTGCACATTTGTGTGTGTG;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=30;WE=89981390;WS=89981371;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,30:0.79:38
chr16	89986130	rs1110400	T	C	3653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=51;PP=1727;ReadPosRankSum=0.058;SC=TACCACAGCATCGTGACCCTG;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=116;TCR=92;TR=116;WE=89986138;WS=89986120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,181:0.50:361
chr16	89986154	rs885479	G	A	3554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=43;PP=1326;ReadPosRankSum=-1.593;SC=CGGGCGCGGCGAGCCGTTGCG;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=118;TCR=96;TR=96;WE=89986162;WS=89986144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,174:0.49:352
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chr16	90028106	rs8048449	T	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=201;ReadPosRankSum=0.394;SC=GTGGGGTTTTTGTGAGGCAGG;SOR=0.641;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=13;WE=90028114;WS=90028096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr16	90029926	.	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=0.632;SC=CTCAGGTTTTTTCCGGACAGC;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=90029934;WS=90029916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr16	90030355	rs13330431	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.734;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr16	90030770	rs56219904	A	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=461;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CTGAGGGGGGATTGGCAGGAG;SOR=0.617;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=35;WE=90030778;WS=90030760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,63:0.46:136
chr16	90032149	rs7192373	T	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.344;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=635;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GGCTGCAGACTCCGACTCTGC;SOR=0.419;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=45;WE=90032157;WS=90032139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,61:0.50:122
chr16	90032255	rs11864977	C	G	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.675;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=850;ReadPosRankSum=-1.346;SC=GCCCCGACCTCTTTCTGCCCC;SOR=0.694;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=63;WE=90032263;WS=90032245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,110:0.53:208
chr16	90032296	rs11861894	T	G	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.93;MQRankSum=-1.371;NF=31;NR=31;PP=718;ReadPosRankSum=0.909;SC=ACTCCACCACTTGTCCCAAGT;SOR=0.459;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=62;WE=90032304;WS=90032286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,109:0.51:212
chr16	90037828	rs4785755	G	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=777;ReadPosRankSum=0.720;SC=CAGCATTTCTGTGTACATGTC;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=61;WE=90037836;WS=90037818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,86:0.52:166
chr16	90075115	.	A	C	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=27;MQ=58.82;NF=4;NR=0;PP=44;QD=19.6928031368;SC=AGCCCACCACACACACCTCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=90075123;WS=90075105;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	90075131	.	T	G	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=23;MQ=59.11;NF=4;NR=2;PP=49;QD=13.9618687579;SC=CTCCCAGGACTTCCCAAGGGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=90075139;WS=90075121;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,6:0.43:14
chr16	90075412	rs2241084	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr16	90076032	rs8062608	T	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TCAAGGAGGCTGCTCCTTCCC;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=14;WE=90076040;WS=90076022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr16	90085787	rs11076656	G	C	131.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6054;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=2.287;SC=GGGCGACGGCGGCGTCGCCTG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=90085795;WS=90085777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr16	90086433	rs9888822	C	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=402;ReadPosRankSum=0.630;SC=AAACTGACCCCCATGTCCCTA;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=34;WE=90086441;WS=90086423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr16	90089335	rs59443037	C	T	212.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr16	90093969	rs3743829	T	C	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=19;PP=824;SC=TGCCAAATGTTCCTGGGAGCA;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=90093977;WS=90093959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	90094169	rs3743828	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr16	90094195	rs3743827	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=23;PP=631;SC=CAGGGTGCCTACGCCGAGTGT;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=90094203;WS=90094185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	90095277	rs7191175	T	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=236;SC=TGAAAGAGTCTCATGACCTGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=90095285;WS=90095267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	90095484	rs3785184	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr16	90095561	rs3785183	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.903;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr16	90095597	rs71137702	T	TGGGGCAGGCTGC,TGGGGCAGCCTACGGGGCAGGCTGC	2051.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=11;NF=1,2;NR=10,10;PP=1509,2938;SC=GGGCAGGCTATGGGGCAGCCT;SOR=1.121;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=11,12;WE=90095605;WS=90095586;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.57,0.43:37
chr16	90095673	rs141306543	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=-2.120;SC=ACTCAGAAGGCTTCTTCAGGG;SOR=0.910;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=15;WE=90095681;WS=90095663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr16	90097544	rs4608335	C	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=630;ReadPosRankSum=0.387;SC=ATTCTGTCTCCGGAGCTTCCT;SOR=0.863;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=47;WE=90097552;WS=90097534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,60:0.43:138
chr16	90097748	rs2302513	C	T	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=680;ReadPosRankSum=-0.597;SC=AGCTGGACCGCGAGCGGGAGG;SOR=1.196;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=43;WE=90097756;WS=90097738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr16	90099061	rs4324129	C	T	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=24;PP=1409;SC=ACCAGGTGTGCACAGGTACGG;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=77;WE=90099069;WS=90099051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	90099348	rs3785182	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=210;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTGGCGGGGGCACCTGGAGG;SOR=1.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=12;WE=90099356;WS=90099338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	90104019	rs2241036	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=198;ReadPosRankSum=1.430;SC=CGTGCTACCGGCCGGCCTTGG;SOR=1.085;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=13;WE=90104027;WS=90104009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr16	90109519	rs2241032	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=516;ReadPosRankSum=1.625;SC=TGATGCTCACGCTGCCCCTCC;SOR=0.390;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=34;WE=90109527;WS=90109509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr16	90109711	rs3743825	A	G	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=41;PP=1235;SC=TCGGACAGACACTGGGCCAGG;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=90109719;WS=90109701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	90109756	rs3833069	G	GC	1059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.344;NF=3;NR=21;PP=811;ReadPosRankSum=0.155;SC=CGACGTAGCTGCCCCCCTGGG;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=24;WE=90109764;WS=90109746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr16	90110027	rs3743824	G	A	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.90;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	90110031	.	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr16	90110284	rs3743821	G	A	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr16	90110289	rs1048148	C	A	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.74;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	90110737	rs3743817	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=316;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CGTAGAGTCTATTGCTGCCTG;SOR=1.536;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=21;WE=90110745;WS=90110727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr16	90110950	rs1048149	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.482;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,72:0.50:145
chr16	90124695	rs180980492	A	T	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.895;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.240;NF=38;NR=25;PP=1001;ReadPosRankSum=-0.347;SC=ATGTCCTTTTATTCAAGAGTT;SOR=0.485;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=117;TCF=73;TCR=44;TR=63;WE=90124703;WS=90124685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,83:0.54:155
chr16	90127080	rs3826200	C	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=708;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GAGTTCCCTCCAGGCAGGATG;SOR=0.634;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=48;WE=90127088;WS=90127070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
chr16	90130136	rs2078478	C	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=336;ReadPosRankSum=-1.845;SC=TGACAATTCTCTCAAACTAGA;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=25;WE=90130144;WS=90130126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr16	90133137	rs16966444	G	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=10;PP=522;SC=AATGATGATGGCAGACACTGC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=90133145;WS=90133127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	90141288	.	TA	T	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.864;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,25:0.23:111
chr16	90141477	rs7196459	T	G	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=36;PP=1110;SC=AGAGCTGGGATGAGGAACAAA;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=90141485;WS=90141467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	90161065	rs8051193	A	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.439;NF=27;NR=17;PP=606;ReadPosRankSum=-2.436;SC=GCGGGCGAGGACTGGGGTGCG;SOR=0.822;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=44;WE=90161073;WS=90161055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr16	90161164	rs8049480	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQRankSum=-8.956;QD=6.78;ReadPosRankSum=-3.469;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,30:0.23:130
chr16	90161168	rs191288996	T	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQRankSum=-8.892;QD=6.68;ReadPosRankSum=-2.651;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,28:0.21:131
chr16	90161170	rs8050754	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.903;NF=15;NR=18;PP=479;ReadPosRankSum=2.099;SC=TCCTGTCCTCCGAGTCGAGTC;SOR=0.695;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=33;WE=90161178;WS=90161154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,52:0.39:132
chr16	90161231	rs8055916	T	C	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.657;NF=18;NR=23;PP=661;ReadPosRankSum=1.447;SC=CCGGGTGTCTTCTCAAGGTGA;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=41;WE=90161239;WS=90161221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr16	90161274	rs6500467	T	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=1.953;QD=4.74;ReadPosRankSum=-2.063;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr16	90161292	rs6500468	G	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=1.176;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr17	6115	rs61739713	G	C	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=45;PP=1240;SC=TGTACTTGAGGGAGATGAGGA;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=85;WE=6123;WS=6105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	6157	rs2294076	A	G	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=43;PP=1262;SC=ACTTGTCTTCAGTCTTGTCCA;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=73;WE=6165;WS=6147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	11743	rs34663111	A	G	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=164;SC=CAAGCCCCCAAGCTGGAGTTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=11751;WS=11733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	11830	rs62054999	A	G	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=3;PP=399;SC=GGGTGGGAGTAGGGGTTGGGG;SOR=2.737;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=11838;WS=11820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	13905	rs6565705	G	A	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=17;PP=947;SC=GGGCAGGCCTGGGTGGAACCC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=13913;WS=13895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	14008	rs2294075	G	C	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=27;PP=928;SC=GGGCAGAGAAGAGCAAACGGT;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=14016;WS=13998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	22211	rs2294074	G	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=180;SC=CCCACACAGCGCAGACATCCA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=22219;WS=22201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	69368	rs62059560	G	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.876;NF=14;NR=5;PP=260;ReadPosRankSum=-1.133;SC=CCAGGCTGGAGTGCACCGTGC;SOR=0.897;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=19;WE=69376;WS=69358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr17	69631	rs62059561	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=39;ReadPosRankSum=-0.558;SC=TACCACGTGGCGTAGCAGCTC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=5;WE=69639;WS=69621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr17	96774	.	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=1.844;SC=CACAGGGAGGGACGCATCACC;SOR=1.112;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=7;WE=96782;WS=96764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr17	131516	rs12942829	C	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=-1.188;SC=GAGGGCATATCCAGCCCACTC;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=12;WE=131524;WS=131506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr17	131709	rs11150871	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=-1.558;SC=CGAGGGGCTCAGACAACTGTA;SOR=0.929;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=13;WE=131717;WS=131699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr17	131756	rs12451279	T	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=30;ReadPosRankSum=-2.418;SC=GGAGCGTCTCTTGCTTCAGGA;SOR=1.085;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=6;WE=131764;WS=131746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr17	177359	rs67434950	G	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GGCTGGGGGTGGGGAGTCACA;SOR=0.843;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=23;WE=177367;WS=177349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr17	181474	rs12953074	T	C	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=31;PP=1397;SC=GAGGGCCTCATCAGCCGACCC;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=181482;WS=181464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	182727	rs4074370	T	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=400;ReadPosRankSum=0.226;SC=ACCCGAGGGGTACAGGGAACG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=29;WE=182735;WS=182717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr17	182990	.	A	C	1141	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=18;MQ=55.57;NF=24;NR=47;PP=1141;QD=16.5601579232;SC=GACACAGAGAAGGCCATTAGA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=182998;WS=182980;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	295585	.	TA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr17	295777	rs9902142	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=69;ReadPosRankSum=0.325;SC=CGGGCCATTTCTTTTATTTTT;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=6;WE=295785;WS=295767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr17	422983	.	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.368;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=244;ReadPosRankSum=1.281;SC=AAGCCCCCCCGGAACTTATAT;SOR=1.557;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=16;WE=422991;WS=422973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr17	424880	rs16953156	G	A	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CTTTGACAACGATCTTGGTGT;SOR=0.621;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=131;TCF=59;TCR=72;TR=70;WE=424888;WS=424870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,125:0.52:240
chr17	505139	rs56807006	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.973;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr17	505162	rs4968055	A	G	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=29;PP=980;SC=GAGAAAGAGAAGTGTTTTCTG;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=505170;WS=505152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	505227	rs7225041	G	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=209;ReadPosRankSum=1.502;SC=TCTCCAACAAGGAAGTCATGC;SOR=0.906;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=16;WE=505235;WS=505217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr17	505250	rs4968092	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=533;SC=GCTATCTGATAAAGAAGAACT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=505258;WS=505240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	600502	rs2657633	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=-0.849;SC=AGGGACAGCACGTGGCTGCTG;SOR=1.673;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=600510;WS=600492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr17	602469	rs2543781	G	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=1.268;SC=TGGCAAACTTGAGATTTCAGT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=11;WE=602477;WS=602459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
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chr17	618100	rs2955626	C	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=0.451;SC=GCACTTCCGGCAGGCCAGGGC;SOR=0.622;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=15;WE=618108;WS=618090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr17	636266	rs141977343	A	AGGGCC	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=417;ReadPosRankSum=0.624;SC=GTCAGGCCGAAGGGCCGGGCC;SOR=0.219;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=9;WE=636274;WS=636256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr17	636320	rs111405529	T	TCTC	898.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=635;ReadPosRankSum=-0.421;SC=CGCGCGCTGTTCTCTCCGCCC;SOR=0.500;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=14;WE=636328;WS=636310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr17	648157	rs1045481	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=150;ReadPosRankSum=1.199;SC=CTTCAGGGCCGATGCCCTCAG;SOR=0.570;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=12;WE=648165;WS=648147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr17	648498	rs2740349	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=3.943;SC=GGAAGCCAATCACGACAGCTA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=20;WE=648506;WS=648488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr17	649505	rs4968104	T	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=468;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GGGACCCTGCTCTTCCACAAA;SOR=0.806;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=34;WE=649513;WS=649495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,67:0.64:104
chr17	649935	rs2740348	G	C	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.658;SC=AAGTCTGGCTGTCGGAAGAGG;SOR=0.828;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=67;WE=649943;WS=649925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,104:0.64:163
chr17	651196	.	C	T	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=758;ReadPosRankSum=0.056;SC=CTGCCAGTGCCTTAGGGTGGA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=49;WE=651204;WS=651186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,77:0.57:135
chr17	673895	rs2644706	C	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CTAGTCCACACTTTCCTGTGT;SOR=0.191;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=673903;WS=673885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	680299	rs2273453	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=219;ReadPosRankSum=-0.659;SC=AGAGAACTACTGGGCACAGAG;SOR=0.299;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=20;WE=680307;WS=680289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr17	685752	rs2249542	G	A	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=742;ReadPosRankSum=-1.645;SC=TTTCCTTCCGGAGAGGTGGTG;SOR=0.754;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=43;WE=685760;WS=685742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr17	686589	rs35144249	C	CT	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.020;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr17	704480	rs570710	C	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	706862	rs598974	G	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=304;ReadPosRankSum=0.186;SC=GCCAGGATCAGTCCTGTGCCA;SOR=0.839;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=22;WE=706870;WS=706852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr17	708223	rs2295477	G	A	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=238;SC=AGAGAGAAGCGGCAGGGACAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=708231;WS=708213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	708531	rs2295478	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr17	725433	rs503779	C	T	190.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.282;NF=7;NR=0;PP=134;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GCAGGAGAATCGCTTGAACCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=725441;WS=725423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr17	727132	rs3744744	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GAGCGGCAGGCGTGACAAGAT;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=14;WE=727140;WS=727122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr17	727170	rs3744745	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr17	727172	rs3744746	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr17	727194	rs60671123	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.948;SC=AGCTAACACAGGAATCAAACT;SOR=1.075;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=6;WE=727202;WS=727184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr17	767377	.	G	GCACGTTTACCGTTGCTCACTTCCGGTGAAGGGGCACGTTTACCATTGCTCACTTCCGGTGAAGGGGCACGTTTACCATTGCTCGGTCCCACGTTTACCGTTGCTCGGTTCCGGTGAAGGGA	2541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=8.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-7.169;QD=27.63;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=2.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr17	799933	rs2467248	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=203;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CCCCGGCCCAAGGAAGTTTTT;SOR=0.272;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=15;WE=799941;WS=799923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr17	800125	rs77274853	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=433;ReadPosRankSum=0.502;SC=AACAAACTCACGCTATTTCTC;SOR=0.856;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=21;WE=800133;WS=800115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr17	909451	rs2586306	A	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=1.085;SC=TCCCTGTCCTAGGCCTCGTCC;SOR=1.414;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=909459;WS=909441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr17	910391	rs202098552	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.669;HP=5;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.228;NF=9;NR=1;PP=376;ReadPosRankSum=-0.129;SC=CGGGCCCGGGCGGTGCCAGGG;SOR=2.215;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=10;WE=910409;WS=910381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr17	910401	rs2586305	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.870;NF=5;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=-0.574;SC=CGGTGCCAGGGTACCTGCGCC;SOR=0.255;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=8;WE=910409;WS=910381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr17	910636	rs2586304	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=2.100;SC=CGCTGTGGGAACTCCTGAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=910644;WS=910626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr17	915368	rs333652	A	G	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=60;PP=2482;SC=AGGGCAGAGAAAGAGGCCACC;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=116;WE=915376;WS=915358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	925670	rs2586251	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr17	925764	rs2663345	A	G	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=12;PP=934;SC=CGTCAACGTGACTGCTCCGAG;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=925772;WS=925754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	953456	rs2257540	C	T	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=43;PP=1082;SC=CCTGAACCTCCGAAGCTGGGA;SOR=2.381;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=54;WE=953464;WS=953446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	960221	rs2304959	C	G	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	961149	rs9912632	T	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=247;SC=CGCTTAGAAATACAAAAGGCC;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=961157;WS=961139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	961304	rs2260448	C	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	961900	rs2304961	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=255;SC=TTTCCGGTTCGTACAGGTCAG;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=961908;WS=961890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	970251	rs2258097	TG	CA	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.24;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	970413	rs2262150	C	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	976711	rs2258893	T	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	986742	rs2257468	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=219;ReadPosRankSum=0.624;SC=CAGGGTGGCTATGTGGGGAGC;SOR=0.754;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=15;WE=986750;WS=986732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr17	1012447	rs138356399	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=68;ReadPosRankSum=2.015;SC=GACCCGGGACTGCATCCCGGA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=10;WE=1012455;WS=1012437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr17	1083083	rs62070499	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.47;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	1173790	rs2063188	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr17	1174094	rs3951819	A	G	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,69:0.51:136
chr17	1183354	rs6502774	T	C	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=50;PP=2331;SC=TCCGCCGCATTCCTGGACCTG;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=119;WE=1183362;WS=1183344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	1183464	rs6502776	A	G	5587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=62;PP=2732;SC=GGAGCAGAACAGCCAGGGCCT;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=144;WE=1183472;WS=1183454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	1264611	rs140254754	TA	T	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=1.759;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr17	1265325	rs3752827	T	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.040;NF=8;NR=14;PP=250;ReadPosRankSum=0.061;SC=AAATTTTTTTTAAATCAGATT;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=22;WE=1265333;WS=1265315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr17	1359363	rs2229075	T	G	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=48;PP=1800;SC=CGACTCAACCTCCCCCAGTAC;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=105;WE=1359371;WS=1359353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	1370459	rs2302459	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=565;SC=GTGAGGTGCCTGGGCTCTGCC;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=1370467;WS=1370449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	1370887	rs201190601	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=0.318;SC=GGGCCAGGCAGGAGGAGGGGT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=29;WE=1370895;WS=1370877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr17	1371088	rs8069059	T	C	183.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	1371123	rs8072859	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=1;PP=418;SC=TCCCCATCCATGAAAAGGCAC;SOR=1.292;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=1371131;WS=1371113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	1371473	rs8079811	C	G	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr17	1371818	rs8080389	C	T	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	1372987	rs9303175	T	G	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1850;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TGCTACTGCATCCTTTGGATA;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=96;WE=1372995;WS=1372977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr17	1373518	rs9905106	T	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=9;PP=347;SC=CAGGACATTCTGGGGCAGCTG;SOR=0.968;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=21;WE=1373526;WS=1373508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	1373612	rs8081370	C	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.63;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	1377878	rs2286871	T	C	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.72;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	1377878	.	TGCGCCC	CGCGCCC,CGCGCCT	386	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=59.63;NF=30,10;NR=15,6;PP=386,137;QD=9.35047138994;SC=CATGCACCCCTGCGCCCGGTC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=45,16;WE=1377892;WS=1377868;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:47
chr17	1377884	rs2286872	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=-1.832;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr17	1377943	rs2286873	A	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=555;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CGCTCCGGTCAAAGCACTGGC;SOR=0.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=38;WE=1377951;WS=1377933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
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chr17	1383756	rs12449944	C	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.38;MQRankSum=2.623;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
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chr17	1384066	rs4790518	A	G	7221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=75;PP=2626;SC=TCTCCTCCTCACCCCCCTCCA;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=142;WE=1384074;WS=1384056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	1386183	rs148694544	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.143;NF=28;NR=22;PP=660;ReadPosRankSum=1.582;SC=CTGTAGCAGCCGGTCCCGCAC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=50;WE=1386191;WS=1386173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr17	1387334	.	CA	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=2.577;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr17	1387472	rs11538156	C	T	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=-2.526;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,95:0.42:225
chr17	1388973	rs111532225	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr17	1395682	rs12941864	C	T	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=39;PP=1367;SC=CCACCCTCCTCCCAGCCCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=82;WE=1395690;WS=1395672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	1412455	rs5818804	GC	G	474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=482;SC=GGAACGGTCTGCCAGACCCAG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=1412463;WS=1412445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	1465837	rs142675143	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=358;ReadPosRankSum=-0.523;SC=ACACTCACTACTCCTTGAGCA;SOR=1.210;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=105;TCF=25;TCR=80;TR=32;WE=1465845;WS=1465827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,63:0.34:187
chr17	1479741	rs6502794	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-2.126;SC=TTTCCTGCCTAGCCACCATTC;SOR=0.804;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=9;WE=1479749;WS=1479731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	1480088	rs7222193	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TGGTGACCCCGGGCTGCACCG;SOR=0.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=1480096;WS=1480078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr17	1489088	rs4790208	C	G	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=23;PP=1084;SC=GCTCCGGGAGCAGCTGGAGTG;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=1489096;WS=1489078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	1490379	rs143498029	A	ACACTGCGTTTCCCG	1360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=22;PP=2967;SC=TGCATTTCCCACACTGCGTTT;SOR=1.911;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=23;WE=1490387;WS=1490369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	1490409	rs8078582	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.6182;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=332;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=236;SC=CATTTCCCACTAAGCGTGACT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=1490417;WS=1490399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	1493972	rs7210368	T	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=2;PP=234;SC=GGCAGACAGCTCCTGGGATGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=1493980;WS=1493964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	1493999	rs7406591	G	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=420;SC=TCCATGGCCCGGCTGGCCCGG;SOR=1.893;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=1494007;WS=1493989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	1494027	rs4790668	T	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=521;SC=TAACACATTCTGGCCGGTGGC;SOR=2.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=1494035;WS=1494017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	1494567	rs12953268	G	A	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=9;PP=622;SC=GGGTACCTGCGGCATCCGGCT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=1494575;WS=1494557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	1516266	rs113654174	A	AG	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=-0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr17	1516480	rs7219369	T	C	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.87;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	1530897	rs5018812	T	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.032;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr17	1530979	rs5818816	G	GC	1435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=1187;ReadPosRankSum=0.902;SC=AGCTCCAGGAGCCCCCCGCAA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=33;WE=1530987;WS=1530969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr17	1538546	rs4790250	C	T	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=28;PP=1021;SC=ACTGTCCGGCCACCAAGTGGG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=1538554;WS=1538536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	1538628	rs3744644	C	G	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=26;PP=1216;SC=CTTCTGCTTCCTCTGGGCCTG;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=1538636;WS=1538618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	1538669	rs36108564	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=538;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CCCTCAGGACCCGACTGCGCC;SOR=1.020;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=39;WE=1538677;WS=1538659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr17	1542153	rs2272012	G	A	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=383;ReadPosRankSum=-0.248;SC=AGCAGGCAAGGCCCAGGAAGA;SOR=0.848;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=32;WE=1542161;WS=1542143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr17	1542190	rs2272011	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=404;ReadPosRankSum=-0.598;SC=AAGGCTGCCCGCGATGAGGGC;SOR=0.803;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=30;WE=1542198;WS=1542180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr17	1542803	rs34632795	GA	G	287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.829;QD=15.14;ReadPosRankSum=0.434;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr17	1549131	rs145233261	G	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.344;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=2.225;SC=TGAGAGGGAGGGGGTGGCTGG;SOR=0.230;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=19;WE=1549139;WS=1549121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr17	1550106	rs2293067	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=456;ReadPosRankSum=0.349;SC=AGCAGGGTGACGGGCAGAGAA;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=26;WE=1550114;WS=1550096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr17	1580974	rs200389505	C	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.841;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr17	1611433	rs4790809	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=293;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GCAAGCAGGCAGAGTTCAGTT;SOR=0.530;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=23;WE=1611441;WS=1611423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr17	1611545	rs4790810	A	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=11;PP=323;SC=GGTCAGAGGAACCCCATGACC;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=1611553;WS=1611535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	1612777	rs11078594	G	C	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=783;ReadPosRankSum=0.435;SC=TCTGGCTTCTGCCCTCAGAGT;SOR=0.684;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=49;WE=1612785;WS=1612767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,71:0.57:124
chr17	1635455	rs181392530	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr17	1636945	rs146469235	C	T	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.631;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=875;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TGCCCGGCACCGGGCCCGAGT;SOR=0.453;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=61;WE=1636953;WS=1636935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,71:0.43:167
chr17	1638796	rs192478799	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=-2.232;SC=GTGAGTTGGGGGATTAGAAGC;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=1638804;WS=1638791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr17	1673276	rs1136287	C	T	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=698;ReadPosRankSum=-0.181;SC=CGATCCAGCACGAGCCCCACG;SOR=0.691;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=54;WE=1673284;WS=1673266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,93:0.55:168
chr17	1673405	rs12603825	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=185;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TGGCCTCTGCGTAAACGTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=10;WE=1673413;WS=1673395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr17	1674544	rs71375537	CT	C	165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr17	1684643	rs144817739	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=-1.209;SC=TCTTCTGGAGCTCCTGGATTT;SOR=1.075;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=10;WE=1684651;WS=1684633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr17	1704296	rs7224496	C	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=355;ReadPosRankSum=-0.167;SC=TGTCTGTGCTCTGTTAATGTC;SOR=0.959;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=29;WE=1704304;WS=1704286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr17	1707762	rs8067685	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=-0.455;SC=ATGAGCGCCCAGTCCGACTTT;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=1707770;WS=1707752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr17	1715435	rs7503422	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=-1.347;SC=AGGAAACAAAGTAAGCAGAAA;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=23;WE=1715443;WS=1715425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr17	1731268	rs8067660	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,46:0.41:113
chr17	1733399	rs5030749	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=-2.013;SC=TGGTCGGCCAACTGAGCGAGG;SOR=0.328;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=11;WE=1733407;WS=1733389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr17	1748028	rs4790827	A	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	1756351	rs2287321	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=167;ReadPosRankSum=0.054;SC=TCATTTGAACAGAATTTGTTT;SOR=0.499;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=16;WE=1756359;WS=1756341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr17	1761423	.	T	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQRankSum=-8.564;QD=3.94;ReadPosRankSum=-3.877;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,28:0.15:189
chr17	1761425	.	C	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQRankSum=-8.848;QD=4.44;ReadPosRankSum=-4.129;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,30:0.16:192
chr17	1761428	.	G	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQRankSum=-9.425;QD=4.90;ReadPosRankSum=-3.911;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,33:0.16:204
chr17	1761431	rs3809874	T	C	7623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.36;QD=35.46;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	1761436	.	A	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=2.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQRankSum=-10.924;QD=5.92;ReadPosRankSum=-3.342;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,42:0.18:231
chr17	1761445	.	C	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=3.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQRankSum=-11.813;QD=6.60;ReadPosRankSum=-2.798;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,51:0.20:249
chr17	1761446	rs11656253	G	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQRankSum=0.749;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,69:0.27:251
chr17	1761447	.	G	A	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=6.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQRankSum=-12.311;QD=6.56;ReadPosRankSum=-3.037;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,54:0.22:250
chr17	1761457	.	C	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=5.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQRankSum=-12.734;QD=7.03;ReadPosRankSum=-2.049;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,56:0.23:242
chr17	1761482	.	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.225;HP=1;HapScore=1;MGOF=109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-11.985;NF=32;NR=39;PP=775;ReadPosRankSum=4.021;SC=AGAGGGAAGACGAGTGCAAAC;SOR=1.337;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=189;TCF=80;TCR=109;TR=71;WE=1761490;WS=1761472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,56:0.24:232
chr17	1778911	rs66498893	GTAGAA	G	799.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=488;ReadPosRankSum=2.664;SC=AAAAAGCTAAGTAGAATAGTA;SOR=0.275;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=11;WE=1778923;WS=1778901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr17	1782957	rs2230930	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=532;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TGGACACATCCGGGAAGGTGG;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=38;WE=1782965;WS=1782947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,59:0.47:126
chr17	1792174	rs2270412	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=739;ReadPosRankSum=0.321;SC=TGAGAACCACGGTTGTGTTCA;SOR=1.187;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=45;WE=1792182;WS=1792164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,69:0.58:119
chr17	1795080	.	C	T	241.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.639;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=-1.269;SC=CTCAGTGTGTCTTTTTATTAT;SOR=0.105;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=1795088;WS=1795070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr17	1800217	rs7406062	G	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=2;PP=422;SC=ACATTCAGGAGGAGGCTGTCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=1800225;WS=1800207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	1839674	rs9902457	G	C	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=111;SC=GCAGCCGAAGGCTCTACCAGC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=1839682;WS=1839664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	1840468	rs9903800	C	T	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=28;PP=1026;SC=GGTCGTGGAACGCCTTGTGGT;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=1840476;WS=1840458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	1933381	rs2273981	G	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr17	1940232	rs1131600	A	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=338;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CGACTGTCCAAAGAGGTGGAG;SOR=0.910;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=22;WE=1940240;WS=1940222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,43:0.36:118
chr17	1943888	rs2236375	T	C	5635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=95;PP=2514;SC=GCCTACTTCCTGAGGTGGATG;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=57;TCR=96;TR=152;WE=1943896;WS=1943878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	1945041	rs7216804	A	G	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=33;PP=1320;SC=GCGAGACCCTAACCAAAGTCT;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=73;WE=1945049;WS=1945031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	1945225	rs869020	T	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=1.028;SC=TGGGAACGCCTTGGCGCTCCG;SOR=1.140;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=1945233;WS=1945215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr17	1945621	rs2015866	G	T	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=21.149;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.13;ReadPosRankSum=1.387;SOR=1.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,114:0.97:118
chr17	1945694	rs55815331	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=144;ReadPosRankSum=2.004;SC=GCAGCCTGTCCTCCCAGGCTT;SOR=0.404;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=13;WE=1945702;WS=1945684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr17	1946503	rs1051322	C	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-0.885;SC=GTGCGCCTCACCAGAACCAGT;SOR=1.095;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=11;WE=1946511;WS=1946493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr17	1960974	rs77393586	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-2.092;SC=GCCGGGAGCGCGGCTCCCCCA;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=14;WE=1960982;WS=1960964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr17	1961035	rs182733310	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr17	1964751	rs77194529	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.74;ReadPosRankSum=1.038;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr17	1964759	rs145926620	C	CG	407.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.36;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr17	1965085	rs7214308	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=280;SC=CGGGGACCCTCCCCTGCTGGC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=1965104;WS=1965075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	1965096	rs12939002	C	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=236;SC=CCCTGCTGGCCTAGAGAGGGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=1965104;WS=1965075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	1968983	rs2232486	T	C	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=24;PP=838;SC=ACTGATGAGATAGAGCCCCAC;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=1968991;WS=1968973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	1985050	rs8076897	T	C	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=454;SC=CATCCTCTCATGCCCTAGACA;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=1985058;WS=1985040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	1985107	.	G	A	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=350;ReadPosRankSum=1.243;SC=ACTTCACCTGGATCTTTTCCT;SOR=0.600;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=28;WE=1985115;WS=1985097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr17	2090215	rs78081565	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=0.840;SC=AGCTCTTAGGGAAGGGAGACC;SOR=2.215;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=11;WE=2090223;WS=2090205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr17	2091647	rs143526588	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=463;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CTGGACAAGGCCAGGCAACTG;SOR=1.197;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=29;WE=2091655;WS=2091637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr17	2091765	rs903160	C	T	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CCCAGAGCTGCGGCTTGTTCC;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=80;WE=2091773;WS=2091755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,125:0.60:209
chr17	2092006	rs903161	A	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=115;ReadPosRankSum=1.234;SC=GTGTTTGATAAGATGATAAGG;SOR=1.214;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=9;WE=2092014;WS=2091996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr17	2139741	rs145545852	CTCTA	C	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=354;ReadPosRankSum=1.515;SC=CTACATTAATCTCTATCTGTC;SOR=1.329;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=10;WE=2139752;WS=2139731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr17	2195933	rs3215741	GA	G	3362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=61;PP=2118;SC=AACTAGAACAGAAAAAACAGT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=6;TCR=63;TR=67;WE=2195941;WS=2195923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	2196088	rs216206	C	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=11;PP=579;SC=ACAACACCCACATGGCCTACT;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=2196096;WS=2196078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	2196150	rs216205	C	T	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=17;PP=660;SC=AATAACGAAGCAGAGGTAAAA;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=2196158;WS=2196140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	2200386	rs75195880	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=-0.524;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr17	2200434	rs170043	A	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=6;PP=251;SC=CTGTATCATTATTTTATCCTC;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=2200442;WS=2200424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	2202849	.	C	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=5.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,66:0.50:131
chr17	2203025	rs1885987	T	G	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=34;PP=1765;SC=TTTAGCACTGTTTTTCTGCTC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=81;WE=2203033;WS=2203015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	2203167	rs216195	T	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GACACTTGCTTCTTCAGTCGT;SOR=0.704;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=32;WE=2203183;WS=2203157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,48:0.41:117
chr17	2203175	rs1885986	C	G	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=2053;ReadPosRankSum=0.676;SC=CTTCTTCAGTCGTGGCCTCTC;SOR=0.580;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=58;WE=2203183;WS=2203157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr17	2203348	rs216194	T	C	5003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=50;PP=1960;SC=TCCCGCGGGCTGGGTCGTCGT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=117;WE=2203356;WS=2203338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	2203453	rs216193	A	G	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=680;ReadPosRankSum=0.305;SC=TTTCTATCTCAGCCCTGTCTG;SOR=0.514;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=65;TCR=68;TR=58;WE=2203461;WS=2203443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,81:0.41:196
chr17	2203993	rs117068193	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GGAGGGAAAGGTAGAAGATAA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=12;WE=2204001;WS=2203983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr17	2222325	rs8081273	C	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=162;SC=TGTGGTTTCCCCTTTATTTCT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=2222333;WS=2222315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	2238152	rs79597880	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=322;ReadPosRankSum=1.153;SC=TCTATTTGTTTCTTCAGTGGG;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=21;WE=2238160;WS=2238142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr17	2238741	.	TA	T	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.567;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr17	2270777	rs2429910	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=-0.119;SC=ACCACAGGGGTTCGAACGGCA;SOR=0.191;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=12;WE=2270785;WS=2270767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr17	2276401	rs66956940	CTGA	C	1598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=816;ReadPosRankSum=1.925;SC=TCCCATGGGGCTGATGAGATG;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=19;WE=2276411;WS=2276391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr17	2279618	rs118187687	A	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.179;HP=1;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=682;ReadPosRankSum=-2.170;SC=CTCTGTGAAGATGAGGTCCGG;SOR=1.056;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=21;WE=2279629;WS=2279608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr17	2279621	rs2429916	A	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=3;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=1050;ReadPosRankSum=0.726;SC=TGTGAAGATGAGGTCCGGAAG;SOR=0.419;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=33;WE=2279629;WS=2279608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr17	2290345	rs61742229	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=127;ReadPosRankSum=0.531;SC=GCCCCAGGCCGGCCGTGCCGT;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=9;WE=2290353;WS=2290335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr17	2297571	.	G	GCACACA	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=286;ReadPosRankSum=-0.118;SC=ACGCACGCACGCACACACACA;SOR=0.465;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=6;WE=2297580;WS=2297561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr17	2310611	rs62067054	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr17	2318695	rs4790335	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr17	2323517	rs17834783	C	T	4999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=67;PP=2083;ReadPosRankSum=-1.929;SC=GCCTTGACAACTTTCCAAAAC;SOR=0.743;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=291;TCF=149;TCR=142;TR=142;WE=2323525;WS=2323507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,246:0.53:464
chr17	2371000	rs10163513	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=235;ReadPosRankSum=2.521;SC=GATTACAGGCGTGAGCCACCG;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=20;WE=2371008;WS=2370990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,24:0.27:90
chr17	2595215	rs5818873	GC	G	938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5259;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=148;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=399;ReadPosRankSum=0.208;SC=AAGGGATCAGGCCCCCCCGTG;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=23;WE=2595223;WS=2595205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr17	2595237	.	C	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.27;MQRankSum=0.000;QD=38.56;ReadPosRankSum=1.741;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr17	2595248	.	CCGCCA	C	424.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.304;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.31;MQRankSum=0.000;QD=32.65;ReadPosRankSum=2.276;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr17	2595266	.	GC	G	427.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.55;MQRankSum=0.000;QD=35.66;ReadPosRankSum=0.871;SOR=3.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr17	2595275	.	CCCGCCA	C	427.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.51;MQRankSum=0.000;QD=35.66;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=3.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr17	2595964	rs2302199	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=348;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GCTGGCTGCTGGCGAAGCAGT;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=24;WE=2595972;WS=2595954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr17	2597711	rs72194150	TGCAGCAGGGAC	T	386.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.26;MQRankSum=5.448;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.272;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr17	2597723	rs66960934	GCAGCGGGGACA	G	850.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.338;NF=6;NR=22;PP=2984;ReadPosRankSum=0.714;SC=CAGCAGGGACGCAGCGGGGAC;SOR=0.675;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=28;WE=2597742;WS=2597707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr17	2597734	rs60218044	A	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.37;MQRankSum=4.670;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr17	2597969	rs2277663	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=52;ReadPosRankSum=1.181;SC=ACTGCCCCACCCGGCCCCCGG;SOR=0.527;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=7;WE=2597977;WS=2597959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr17	2598627	rs1003398	T	C	6569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=76;PP=2962;SC=TCCATCCCAGTCCCACAGCTC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=157;WE=2598647;WS=2598617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	2598639	rs1003399	C	G	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=1063;ReadPosRankSum=-1.164;SC=CCACAGCTCCCGTTCCGCCCC;SOR=0.796;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=76;WE=2598647;WS=2598617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,120:0.51:236
chr17	2599612	rs2302200	C	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=464;ReadPosRankSum=0.331;SC=TGCCGCCTGGCGCTGGCGGGG;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=24;WE=2599620;WS=2599602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr17	2604375	rs758417	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=152;ReadPosRankSum=-1.966;SC=GCAGGTGGGCCGGCTCACCCC;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=14;WE=2604383;WS=2604365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr17	2605528	rs375237892	AAC	A	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.784;NF=0;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=-0.376;SC=TGACACCACAAACACACACAC;SOR=0.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=2605537;WS=2605518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr17	2606715	rs1065479	G	A	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1154;ReadPosRankSum=2.116;SC=AGAAGCAGGTGCGGTGACACG;SOR=0.644;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=87;WE=2606723;WS=2606705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,139:0.59:236
chr17	2607560	rs12953041	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=300;ReadPosRankSum=0.350;SC=CTGCCACAAAATGGGGCCGGT;SOR=1.317;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=17;WE=2607568;WS=2607550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr17	2699935	rs123059	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=12;PP=310;SC=TTAAGTGCATTGGCGGCCGTG;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=2699943;WS=2699925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	2703764	rs11869022	C	G	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=486;ReadPosRankSum=0.111;SC=ATGTAGGAGTCTTCAGCCTCA;SOR=0.477;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=34;WE=2703772;WS=2703754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,61:0.59:104
chr17	2808508	rs62089741	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=309;ReadPosRankSum=-1.110;SC=TCCGAGAGCCCAGTCACTCTT;SOR=0.858;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=22;WE=2808516;WS=2808498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr17	2868935	rs12950923	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=7;PP=176;SC=GGGTCATCCTTAGGTAGGGCT;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=2868943;WS=2868925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	2883500	rs4790400	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=426;ReadPosRankSum=0.222;SC=GCCTCCCAAAATGCTGAGATG;SOR=0.932;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=30;WE=2883508;WS=2883490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr17	2884548	.	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=187;ReadPosRankSum=0.203;SC=CCAAGGTAAGGACCTTCATGC;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=15;WE=2884556;WS=2884538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr17	2888212	rs12943691	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=0.926;SC=CCCCTGCCATGTGCTTCCTCA;SOR=0.999;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=16;WE=2888220;WS=2888202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr17	2888248	.	G	A	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,56:0.64:88
chr17	2894569	rs8071529	C	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=0.395;SC=AATTCCTGCCCTTATTCCTGT;SOR=0.596;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=10;WE=2894577;WS=2894559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr17	2908562	.	G	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=343;ReadPosRankSum=-1.278;SC=CTGGGAAGAGGAGGAGGGAGA;SOR=1.115;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=22;WE=2908570;WS=2908552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr17	2908816	rs2289648	A	G	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=36;PP=1236;SC=GGATGGAGCCAAATTCAGGCT;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=63;WE=2908824;WS=2908806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	2921210	rs60254420	CGT	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.636;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr17	2921251	rs8064800	A	G	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	2923597	rs2304981	C	A	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=1;PP=146;SC=CTGTGACTGGCCTGAGTCTCC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=2923605;WS=2923587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	2923767	rs2304982	A	G	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=27;PP=1404;SC=AATTTCATCGACAGCCTCCAG;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=2923775;WS=2923757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	2923865	.	G	A	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.157;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=624;ReadPosRankSum=0.324;SC=GGCTCAGAAGGCCAGGGCGAC;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=51;WE=2923873;WS=2923855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,80:0.56:144
chr17	2923933	rs11652061	T	C	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=42;PP=1115;SC=TTGCGGGGTCTGTCAACCCCC;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=2923941;WS=2923923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	2924011	rs4790416	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=640;SC=AGGAGATGGCTCTGCCTTCAG;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=2924019;WS=2924001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr17	2935591	rs4239039	T	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=207;SC=CCTGGGGTCCTGAATCCCTTC;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=2935599;WS=2935581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	2966032	rs202049082	C	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.56;MQRankSum=1.373;QD=11.27;ReadPosRankSum=-1.640;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr17	2966112	.	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.700;NF=22;NR=16;PP=437;ReadPosRankSum=-0.278;SC=GAGTAGGTATGGAGGGGCTGC;SOR=0.873;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=38;WE=2966120;WS=2966102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,42:0.25:169
chr17	2966173	rs61752193	G	C	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.222;NF=43;NR=28;PP=968;ReadPosRankSum=-1.744;SC=CACCCAAATGGGAGGCACAGG;SOR=0.813;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=173;TCF=98;TCR=75;TR=71;WE=2966181;WS=2966163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,106:0.43:248
chr17	2966191	rs61752194	G	A	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.742;NF=44;NR=25;PP=1008;ReadPosRankSum=-2.298;SC=AGGTAGAGAAGGTTTTGTATT;SOR=0.891;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=173;TCF=102;TCR=71;TR=69;WE=2966199;WS=2966181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,107:0.41:258
chr17	2966273	rs2676567	G	A	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.379;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.985;NF=64;NR=43;PP=1703;ReadPosRankSum=1.289;SC=GAACCCTAAGGGGGTGAGGAA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=147;TCR=101;TR=107;WE=2966281;WS=2966263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,160:0.43:372
chr17	2966308	rs2855605	C	T	3883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.193;NF=73;NR=60;PP=1915;ReadPosRankSum=1.608;SC=TGGCAATCAACGCTGTGTGAA;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=162;TCR=133;TR=133;WE=2966316;WS=2966298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,196:0.45:432
chr17	2966912	rs201120660	T	C	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.458;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.82;MQRankSum=-0.680;QD=25.88;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr17	3029987	.	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr17	3100827	rs2241093	T	C	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=503;ReadPosRankSum=-1.472;SC=AGAAAGAAAATCAATCCTTTA;SOR=0.799;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=36;WE=3100835;WS=3100817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,67:0.43:155
chr17	3101076	rs2241092	G	C	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=22;PP=1262;SC=ATCTCTTGGGGAGCAAGTTCA;SOR=1.032;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=53;WE=3101084;WS=3101066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	3101578	rs2241091	G	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=2056;ReadPosRankSum=0.008;SC=TACAACGATGGGCATGTATTT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=63;TCR=77;TR=70;WE=3101598;WS=3101568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,88:0.46:191
chr17	3101590	rs2469791	C	T	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=2374;ReadPosRankSum=1.242;SC=CATGTATTTCCGCCCTCTGAC;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=66;TCR=77;TR=75;WE=3101598;WS=3101568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,108:0.55:197
chr17	3101691	rs12150427	G	T	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=504;ReadPosRankSum=-0.429;SC=TGAGAAATTGGGATATGAAGG;SOR=0.841;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=40;WE=3101699;WS=3101681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,66:0.43:153
chr17	3119008	rs4325604	T	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=23;PP=949;SC=CATCCTCTTCTTGTTCATTTA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=3119030;WS=3118998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	3119022	.	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr17	3119049	rs4374201	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=7.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr17	3119297	rs4375699	G	A	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=924;ReadPosRankSum=-2.254;SC=GCCATCAGCCGCCCACTTCAC;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=69;WE=3119305;WS=3119287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,78:0.45:174
chr17	3119673	rs769426	A	G	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=834;ReadPosRankSum=0.425;SC=ATTATGGTACAGTCATGGGCA;SOR=0.478;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=52;WE=3119681;WS=3119663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr17	3119767	rs769427	C	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=654;ReadPosRankSum=-0.069;SC=AATGTTAAATCCTTTCATCTA;SOR=0.829;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=43;WE=3119775;WS=3119757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr17	3119871	rs17174920	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=333;ReadPosRankSum=0.935;SC=CATTGGATACCGTAGTCACCA;SOR=0.988;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=20;WE=3119879;WS=3119861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr17	3143983	rs200686480	A	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.69;MQRankSum=-4.796;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,51:0.32:157
chr17	3182309	rs2014057	G	T	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=45;PP=1243;SC=TCAAAGCCCCGTGGCGAGTCC;SOR=2.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=3182317;WS=3182299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	3194907	.	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=263;ReadPosRankSum=2.088;SC=GACACAGGGAGAAAGGGTCAA;SOR=1.140;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=16;WE=3194915;WS=3194897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr17	3195503	rs703903	C	T	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.398;NF=19;NR=23;PP=553;ReadPosRankSum=0.350;SC=GGCCAGGAATCGGTCATAGGC;SOR=0.504;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=42;WE=3195511;WS=3195493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,64:0.49:131
chr17	3214181	rs231678	T	G	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=803;ReadPosRankSum=-1.592;SC=GCTCTCCTGCTCCAGTGTTCA;SOR=0.545;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=59;WE=3214189;WS=3214171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,92:0.40:228
chr17	3214314	rs231677	G	A	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=715;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GCAGAGGGCAGAAAGAAAGCC;SOR=0.592;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=74;TCR=88;TR=50;WE=3214322;WS=3214304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,98:0.38:260
chr17	3300665	.	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=2.232;SC=TGCCATTTCAACAAAAGGATG;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=3300673;WS=3300655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr17	3301278	rs150989	C	T	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.330;NF=36;NR=28;PP=952;ReadPosRankSum=0.138;SC=GCCACCAGGGCGAGACAGAGC;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=78;TCR=61;TR=64;WE=3301286;WS=3301268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,90:0.46:194
chr17	3301549	rs150988	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.768;NF=14;NR=22;PP=394;ReadPosRankSum=1.031;SC=GGAGATGGGAGTCCAGTCGAA;SOR=0.960;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=36;WE=3301557;WS=3301539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,34:0.30:114
chr17	3324004	rs146946227	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.73;QD=31.25;SOR=6.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	3324024	.	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.233;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.60;MQRankSum=-0.776;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr17	3324086	rs227788	G	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.10;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	3324255	rs769432	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.00;QD=25.41;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	3336162	rs11867612	T	C	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=623;SC=CAAGTATTACTGTCATAGAAG;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=3336170;WS=3336152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	3336260	rs61739591	A	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=17;PP=947;SC=GGGTCAGCATAGGGGTCACCA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=3336268;WS=3336250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	3337057	rs769431	A	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=30;PP=1208;SC=AGGGCATAGCACAGGTTTTGC;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=69;WE=3337065;WS=3337047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	3349634	.	C	CTT	28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=28;QD=48.9550042192;SC=ATTATTAAAACCAGTTCTTTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=3349642;WS=3349624;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	3352309	rs11556563	T	C	4733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=73;PP=2176;SC=TAATTGTTTTTGTTGTTGAGC;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=140;WE=3352317;WS=3352299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	3397702	rs12948217	C	T	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=30;PP=1089;SC=AAGTTGATTACCCCCGGGATG;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=3397710;WS=3397692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	3417123	rs906418	C	T	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=574;SC=CCGGACTCCACCATCCCTCAA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=3417131;WS=3417113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	3417920	.	G	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr17	3418119	rs10579788	AGTT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=20;ReadPosRankSum=1.958;SC=GTCACACCAAAGTTGTTGGAG;SOR=0.287;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=2;WE=3418129;WS=3418109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr17	3419689	rs8081785	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr17	3419689	.	CA	TG	366	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=59.88;NF=22;NR=7;PP=366;QD=14.464409478;SC=ATCCTGTCACCATCCTGCCCC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=29;WE=3419698;WS=3419679;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr17	3419690	rs8082339	A	G	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.19;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	3422032	rs7216486	G	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=303;ReadPosRankSum=1.200;SC=GGATGTTCAGGTCACCCAGGC;SOR=0.682;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=31;WE=3422040;WS=3422022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,53:0.41:129
chr17	3422077	rs12946883	G	A	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=0.731;SC=GCACTGCGTCGCTGAAGCTGC;SOR=0.511;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=28;WE=3422085;WS=3422067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr17	3424183	rs8079980	A	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=182;SC=AATTGTTGCCAAGGCCGCCAT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=3424191;WS=3424173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	3424507	rs925101	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.484;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr17	3427442	rs62069862	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.208;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=323;ReadPosRankSum=0.714;SC=CCCCATCTGAAAAATGGCCAT;SOR=0.309;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=21;WE=3427450;WS=3427432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr17	3430271	rs11657715	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=378;SC=GGCCCTCAGCAGGGGAGCTGA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=3430279;WS=3430261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	3435935	rs454738	C	A	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=12;PP=1108;SC=TGCCTCCCCACGCCCCATGGC;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=3435943;WS=3435925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	3436080	rs395357	C	T	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=63;PP=2242;SC=AGTCATTCTGCGTCTTGAAGT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=121;WE=3436088;WS=3436070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr17	3446885	rs322937	T	C	5643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	3448410	.	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=347;ReadPosRankSum=0.445;SC=CCACATGCTGGAGCTGAGGGC;SOR=0.515;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=22;WE=3448418;WS=3448400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr17	3448434	rs9911213	A	G	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=22;PP=1035;SC=GCCCAGGGCAAGGGGTTGGGC;SOR=1.209;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=57;WE=3448442;WS=3448424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	3449726	rs34223256	ACT	A	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=157;SC=ACAGAGCGAGACTCTATCTCA;SOR=0.976;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=3449735;WS=3449716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	3449808	rs62069871	T	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	3449810	rs62069872	G	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	3449817	rs62069873	G	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	3449907	rs423431	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=14;PP=293;SC=CTTGGAGACATGTGGCTTCTA;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=3449915;WS=3449897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	3450007	rs390804	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=176;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=153;SC=TGTGGTGGCTCATGCCTGTAA;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=3450015;WS=3449997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	3457954	rs11453205	T	TG	611.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.6146;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=207;ReadPosRankSum=1.042;SC=AAGGGCTCCCTGGGGGGGTGC;SOR=0.826;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=12;WE=3457962;WS=3457944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,25:0.89:28
chr17	3458016	rs182566183	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=250;ReadPosRankSum=0.976;SC=CCCGAGCTCTCCAAACCCACC;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=22;WE=3458024;WS=3458006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr17	3458072	rs322965	T	C	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=30;PP=872;SC=TCTGGCAGGATGGCAGGGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=62;WE=3458080;WS=3458062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	3475018	rs224547	A	G	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=34;PP=922;SC=AGCCCAAGAAACCCACCCATC;SOR=1.532;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=3475026;WS=3475008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	3475367	rs224548	T	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=12;PP=693;SC=TGTCCACAGGTGAGCCCCAAA;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=3475375;WS=3475357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	3475405	rs224549	C	T	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=20;PP=1161;SC=CAGGTGGAGCCTGGGCATTAC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=3475413;WS=3475395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	3475564	rs224550	C	T	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=44;PP=1166;SC=ACACCAAGGGCAGAGGAGCTG;SOR=1.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=65;WE=3475572;WS=3475554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	3476826	rs11441416	G	GC	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=20;PP=519;SC=GCCACACACCGCCCCCACCAC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=20;WE=3476840;WS=3476816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	3476832	rs2456855	A	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=38.81;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	3480396	rs8078936	C	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=751;ReadPosRankSum=-1.274;SC=CCTGCCCTCCCCCAGCGCTGA;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=73;TCR=53;TR=55;WE=3480404;WS=3480386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,112:0.41:270
chr17	3480447	rs8065080	T	C	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=1.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,119:0.41:288
chr17	3492002	rs161390	A	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=409;SC=CGGCTACTTGAGAGGCCGAGA;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=3492010;WS=3492000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	3492107	rs58427247	T	TA	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.106;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr17	3492319	rs7220415	C	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=247;SC=GTGGCTCATGCCTGTAATCCC;SOR=1.519;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=3492327;WS=3492309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	3493200	rs222747	C	G	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=45;PP=2203;SC=TGGCCCCCAGCATCAGAATCT;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=115;WE=3493208;WS=3493190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	3493533	rs161387	A	G	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=38;PP=1514;SC=GGTCTGCCACACTGTCTCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=3493541;WS=3493523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	3513719	rs465563	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=491;SC=GTTCTTGGCCGAGATGGGACC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=3513727;WS=3513709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	3514028	rs224496	G	C	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=52;PP=1723;SC=CCACGCCCCAGTCCTGGAGCT;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=93;WE=3514036;WS=3514018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	3526776	.	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=418;ReadPosRankSum=-2.010;SC=AGGACTTCAGGAACTCTGGGC;SOR=0.853;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=32;WE=3526784;WS=3526766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr17	3533412	rs9913319	G	A	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	3552038	rs222778	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=213;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CATTTCCTAAGCCTAACTGCT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=3552046;WS=3552028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr17	3552372	rs161351	G	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr17	3553526	rs161350	A	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	3558417	rs459613	C	G	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=38;PP=1414;SC=TCAGGGTGTGCGGGCCTCACG;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=3558425;WS=3558407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	3558695	rs457419	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CCCTAGGAGCAGGGCGTTCCA;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=5;WE=3558706;WS=3558685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr17	3558698	rs467277	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=271;ReadPosRankSum=1.915;SC=TAGGAGCAGGGCGTTCCAGCA;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=3558706;WS=3558685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr17	3561396	rs161400	C	T	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=13;PP=477;SC=GTGGGAGTGACCACGTGGCTG;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=3561404;WS=3561386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	3563339	rs222753	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr17	3563963	rs2873624	C	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=578;ReadPosRankSum=0.285;SC=GGACTGGGCACCAAGCTTGCA;SOR=0.537;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=35;WE=3563971;WS=3563953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr17	3566857	rs11541134	C	T	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=193;SC=GAGAGAAAGCCGGTCCCAGAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=3566865;WS=3566853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr17	3567461	rs2235107	G	A	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=27;PP=1339;SC=CCCAAACCTTGTTTCTCCTCC;SOR=0.991;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=73;WE=3567469;WS=3567451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	3568012	rs8278	A	G	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=47;PP=1650;SC=TCTGGGAAGGATCCTGGTCGA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=89;WE=3568020;WS=3568002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	3577273	rs160587	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=252;ReadPosRankSum=-0.078;SC=AAGTCTGAAAAGAGCTACAGT;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=16;WE=3577281;WS=3577263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr17	3591822	rs220488	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CCGCTCTGACACCCACCCCCA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=3591830;WS=3591813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr17	3592740	rs220487	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=177;ReadPosRankSum=-0.246;SC=CCAGGCCCAGTGCCCCCAGGC;SOR=0.990;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=16;WE=3592748;WS=3592730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr17	3593074	rs220486	A	G	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=7;PP=142;SC=GCGCCCCAGCACCACCCACCG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=3593082;WS=3593064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	3594276	rs3215407	TG	T	3265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=31;PP=1486;SC=TGCCGCTGGTTGGGGGTCACA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=39;WE=3594284;WS=3594266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	3599044	rs2293880	C	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=634;ReadPosRankSum=-0.854;SC=CTCACAGACCCCCAGCTACCG;SOR=0.432;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=38;WE=3599052;WS=3599034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr17	3618298	rs1367950	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=269;ReadPosRankSum=0.299;SC=TTCAGAAAACCGGCATTCTGG;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=19;WE=3618306;WS=3618288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr17	3620138	rs2293881	A	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=391;ReadPosRankSum=0.757;SC=TGAAGCAAACAAGGAAAAAAT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=23;WE=3620146;WS=3620128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr17	3626816	rs16953429	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=263;ReadPosRankSum=1.586;SC=CGGCCCAAGCGAAGCTCCAGC;SOR=0.223;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=18;WE=3626824;WS=3626806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr17	3627473	rs9907144	C	T	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=757;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GCGGCGGAGGCGTCCCGGCGG;SOR=0.684;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=55;WE=3627481;WS=3627463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,99:0.41:242
chr17	3627840	rs220462	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=988;ReadPosRankSum=0.860;SC=GTCCCGAGCGGCCTCCACCTC;SOR=0.649;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=65;WE=3627848;WS=3627830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,113:0.47:240
chr17	3628212	rs220461	T	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=1.807;SC=CCAAGGGGAATAGACAGGCTG;SOR=0.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=20;WE=3628220;WS=3628202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr17	3628362	rs3809806	T	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=443;ReadPosRankSum=-0.679;SC=TTACAGAATGTCTGCTTTTGG;SOR=0.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=34;WE=3628370;WS=3628352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr17	3629698	rs170208	A	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=501;ReadPosRankSum=0.960;SC=TTCAACCTCCATCCCCACAGG;SOR=1.227;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=27;WE=3629706;WS=3629688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr17	3632836	rs1716	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=1.120;SC=GCCAAAGACCGTCTTTCATTG;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=21;WE=3632844;WS=3632826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr17	3632952	rs2915554	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=1.882;SC=GCAGTGTTGCCGTCTCAGCTC;SOR=0.283;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=3632960;WS=3632942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr17	3634316	rs75487983	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=178;ReadPosRankSum=0.616;SC=TAAGGGGGCCGTTCCTCTCAC;SOR=1.387;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=12;WE=3634324;WS=3634306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr17	3634629	rs78134599	CTTTTTTTTTTTT	C	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=28.63;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr17	3635645	rs170209	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=220;ReadPosRankSum=-1.019;SC=AGAGCGAATCAGTCCAAACCG;SOR=0.479;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=18;WE=3635653;WS=3635635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr17	3638037	rs184335	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=191;ReadPosRankSum=-0.367;SC=AGTGAGGGGGCCACCACAGAA;SOR=2.165;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=3638045;WS=3638027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr17	3638344	rs9674606	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=343;ReadPosRankSum=0.029;SC=TGGTGCTGTGGTGCAATGATC;SOR=0.523;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=27;WE=3638352;WS=3638334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr17	3648942	.	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=349;ReadPosRankSum=1.841;SC=GGCCTGTTATGATTATTTTAA;SOR=1.263;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=25;WE=3648950;WS=3648932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr17	3649214	rs1183610	G	A	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=55;PP=1424;SC=GAAGTGCCTCGCGGAGGCCTG;SOR=1.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=83;WE=3649222;WS=3649204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	3655235	.	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=566;ReadPosRankSum=1.234;SC=TTGCCACCCCGATGCACGCTC;SOR=0.635;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=38;WE=3655243;WS=3655225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr17	3657159	rs2272606	C	T	7485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=53;PP=1805;SC=ATGTTTGTACCGTGGAGCCCC;SOR=0.774;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=102;WE=3657167;WS=3657149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	3657175	rs220479	T	C	6948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=51;PP=1503;SC=GCCCCCGCGATGTAGGAGAGG;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=3657183;WS=3657165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	3664477	rs10687117	A	AATT	1116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=464;ReadPosRankSum=0.521;SC=ATTTTCTTTAAAAACACACAT;SOR=0.350;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=11;WE=3664485;WS=3664467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr17	3665116	rs8080482	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=-0.387;SC=CGGGAACAGCATGGCAGTCAG;SOR=0.922;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=16;WE=3665124;WS=3665106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr17	3665160	rs220471	C	G	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=22;PP=790;SC=ACCACGAGGGCTAGCACCAGC;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=3665168;WS=3665150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	3687533	rs55722017	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=0.878;SC=CCGCCTGGGCAACAGAGCAAG;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=7;WE=3687541;WS=3687523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr17	3704483	rs3809805	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=439;ReadPosRankSum=1.132;SC=AGGCGAGTGCGACACATGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=29;WE=3704491;WS=3704473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr17	3717896	rs9897428	A	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=1.400;SC=AGGGCCTGACAATCAGGCTGC;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=3717904;WS=3717886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr17	3728903	rs12940049	T	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=1.519;SC=AATCGCTATATCCACACTAAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=3728911;WS=3728893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr17	3775916	rs7214864	T	C	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=40;PP=1092;SC=CGTCGATGAATGGGCACTGTG;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=67;WE=3775924;WS=3775906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	3776555	rs34231122	T	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=579;SC=CAGAGAAAGATAGAAAAAGCC;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=3776563;WS=3776545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	3783872	rs11651131	T	C	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=746;SC=TAATAAAAAATTTAAAGCACA;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=3783880;WS=3783862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	3786802	rs737360	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=-0.947;SC=GAAATGTCACTACTGTGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=11;WE=3786810;WS=3786792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr17	3786907	rs758642	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GCCCAGGTAAGTGTTAAGCGG;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=8;WE=3786928;WS=3786897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr17	3786920	.	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=447;ReadPosRankSum=1.369;SC=TTAAGCGGGGTTGGGGGTGGC;SOR=1.058;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=9;WE=3786928;WS=3786897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr17	3787593	rs8082046	G	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr17	3806794	rs2074990	C	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=19;PP=826;SC=TGAGAGCTGCCGGAGCGGCCC;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=3806802;WS=3806784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	3807044	rs740794	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=10;PP=583;SC=AGCCCTGGGCTGGTGGAGGGG;SOR=1.358;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=25;WE=3807052;WS=3807034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	3808032	rs2074989	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=3;PP=404;SC=CCAAATTTCCATCACTATGGC;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=3808040;WS=3808022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	3808497	rs12449598	AA	GC	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=12;PP=1678;SC=GGAAGGTGCAAACCTGAGCCA;SOR=1.278;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=40;WE=3808506;WS=3808487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	3808713	rs2074988	T	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=29;PP=685;SC=CAGCTGGACCTGTCACACGCT;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=3808721;WS=3808703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	3818620	rs10852862	T	C	5299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=58;PP=2352;SC=ATGTGGGCACTCAGCACCAGG;SOR=0.764;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=121;WE=3818628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	3818788	rs2875751	G	A	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=48;PP=1725;SC=GGACAGGTCCGGAGATGCCCA;SOR=1.000;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=81;WE=3818796;WS=3818778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	3818830	rs2325788	A	G	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=43;PP=1549;ReadPosRankSum=-0.963;SC=GACCAGAACCAATCTCTGTCC;SOR=0.434;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=78;WE=3818838;WS=3818820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr17	3819002	rs11078475	T	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.716;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=1324;ReadPosRankSum=1.343;SC=GGGTGTGGGGTATGGCCTCTG;SOR=0.771;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=67;WE=3819010;WS=3818988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr17	3828702	rs887387	T	C	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=574;ReadPosRankSum=1.270;SC=GAGACTCCACTCTGTTCCCAG;SOR=0.595;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=39;WE=3828710;WS=3828692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,61:0.48:128
chr17	3831240	rs753960	C	T	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1148;ReadPosRankSum=-1.540;SC=ATACGGCCACCGCCTCTGCGC;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=91;TCR=44;TR=72;WE=3831248;WS=3831230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,91:0.54:168
chr17	3832182	rs9747965	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.504;SC=CTTCATGAGCGCTCCTAAGAA;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=11;WE=3832190;WS=3832172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
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chr17	3840694	rs34866939	GA	G	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=486;ReadPosRankSum=-1.493;SC=TGAGAGGAGGGAAGGCCCGGC;SOR=0.871;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=9;WE=3840702;WS=3840676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr17	3840928	rs3179783	A	G	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=399;ReadPosRankSum=1.862;SC=CTCCATCGCCAGTCTGTGGGC;SOR=0.559;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=30;WE=3840936;WS=3840918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr17	3844344	rs144535413	C	T	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.993;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=739;ReadPosRankSum=0.095;SC=GGCGAAGCAGCGGGCGGTGCG;SOR=0.537;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=53;WE=3844352;WS=3844334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,88:0.55:159
chr17	3844671	rs55858476	G	A	3431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1683;ReadPosRankSum=0.086;SC=AGCTGCTGCAGGGAGACTTGG;SOR=0.868;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=177;TCF=97;TCR=80;TR=100;WE=3844679;WS=3844661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,158:0.54:290
chr17	3844787	rs1800912	C	G	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=858;ReadPosRankSum=2.545;SC=TCCTTGGGGGCGCGTCCCGGG;SOR=0.736;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=66;WE=3844795;WS=3844777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,101:0.38:269
chr17	3844985	rs17846890	A	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=24;PP=590;SC=GTAACTCATCAGTCAGAACCC;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=3844993;WS=3844975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	3845927	rs17846889	A	G	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	3846675	rs71366582	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=678;ReadPosRankSum=1.093;SC=GAGCCCCCAGCCCTGCTCACC;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=47;WE=3846683;WS=3846665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr17	3846802	rs758641	A	G	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=24.93;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	3846891	rs146621763	TG	T	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.525;NF=0;NR=19;PP=657;ReadPosRankSum=-0.341;SC=ACTCACTCCTTGCCCCTGCAG;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=19;WE=3846907;WS=3846881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr17	3846899	rs757611	C	A	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=31;PP=868;SC=CTTGCCCCTGCAGCTGCCTTT;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=3846907;WS=3846881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	3848013	rs1800911	A	C	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=691;ReadPosRankSum=1.747;SC=TGTAGTCCAGAGCCGAGTCGT;SOR=0.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=48;WE=3848021;WS=3848003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr17	3848153	.	GTCCGCCTCTTGGCCCCGCCCCTAGGAGGGGGC	G	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.84;ReadPosRankSum=-2.474;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr17	3851124	.	G	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=561;ReadPosRankSum=-0.479;SC=CACACCCACCGCTTTGCCCGA;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=41;WE=3851132;WS=3851114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,62:0.47:133
chr17	3854618	.	G	A	3640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=47;PP=1485;ReadPosRankSum=1.969;SC=GGTCCGAGCGGATCACCTTGC;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=104;WE=3854626;WS=3854608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,176:0.59:299
chr17	3854837	rs56224024	A	AC	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=250;ReadPosRankSum=1.760;SC=TGGCTGGGAGACCGCCCCCCG;SOR=2.833;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=17;WE=3854848;WS=3854827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr17	3854840	rs2302298	G	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=23;PP=590;SC=CTGGGAGACCGCCCCCCGCCC;SOR=4.615;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=33;WE=3854848;WS=3854827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	3856615	rs1800915	A	G	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	3985832	rs2727061	A	G	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=44;PP=1545;SC=TATTCAGAAAATCTAGTCCAT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=3985840;WS=3985822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	3989636	.	AGCG	A	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.55;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr17	3989642	.	AATCCCTTTCTGGGGGATTCCCACAGCG	A	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.84;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr17	3989669	.	G	A	373	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=59.67;NF=14;NR=7;PP=373;QD=19.417676788;SC=TTCCCACAGCGGCAATCCCTT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=3989677;WS=3989659;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	3989968	rs2727060	C	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=17;PP=423;SC=AGACAAAAAACATCAGAGAGC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=3989976;WS=3989958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	3994170	rs2727075	T	C	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=40;PP=1271;SC=TTGAAACTTCTCAAGGGTCTA;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=3994178;WS=3994160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	4005770	rs1869493	T	C	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=39;PP=993;SC=GAAACTAGCATGCCTATCTGT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=4005778;WS=4005760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	4007875	rs9907500	C	T	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	4027036	rs11078481	C	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=91;SC=CACCACCGTACTGGGGATGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=4027055;WS=4027032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	4027047	rs7225521	A	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=91;SC=TGGGGATGAAAGAGATGACTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=4027055;WS=4027032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	4027392	rs7208760	G	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=14;PP=349;SC=TCAAGTAAACGAGGGCAGTTT;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=4027400;WS=4027382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	4045809	rs4239043	T	C	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	4046101	rs1454121	A	G	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=40;PP=1282;SC=CGTGCCCGAGACCGCGGCCCA;SOR=1.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=4046109;WS=4046091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	4046270	rs1454122	T	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=230;SC=CGACAGCAGCTGGCGGGCGGG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=4046278;WS=4046260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	4071302	rs4790583	G	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=222;SC=GGCAGCCAAGGCGCCCGCAAT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=4071310;WS=4071292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	4071326	rs4790178	C	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=208;SC=ACTCTGGCAACTCTGCCAACT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=4071334;WS=4071316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	4074261	rs897030	A	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=291;SC=GCTGGCAGGAAATCTGTTCAC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=4074269;WS=4074251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	4077485	rs4790585	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=227;SC=TGGGAGCATAGGAGCTTCACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=4077493;WS=4077475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	4088291	rs2020118	C	T	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=36;PP=1216;SC=GGAGCTCTGCCGTGAGGTTGG;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=4088299;WS=4088281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	4098573	rs5818941	A	AT	2379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.496;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=807;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCAATGACACATTTTTTTTTA;SOR=0.416;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=56;WE=4098581;WS=4098563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,115:0.93:123
chr17	4145818	rs12709336	T	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-0.899;SC=CCTCATCCCATAGACAGGAAA;SOR=1.473;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=4145826;WS=4145808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr17	4166804	rs2325881	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=632;ReadPosRankSum=-0.118;SC=AGGAGACCCACGCTCTTCCGC;SOR=0.444;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=34;WE=4166812;WS=4166794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr17	4192401	.	TAC	T,TACAC	111.75	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=-1.465;SC=TGGGAAGAGATACACACACAC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=4192410;WS=4192391;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.46:13
chr17	4350182	rs2047233	T	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=8;PP=1029;SC=CCCTGCCCCTTTGTTGCAGTG;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=4350190;WS=4350172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	4350367	rs2047232	A	G	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=29;PP=1002;SC=CATTAGGGGGACGGGGGGTGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=48;WE=4350382;WS=4350357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	4350373	rs3055435	GGT	G	1104.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.027;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.390;NF=4;NR=27;PP=902;ReadPosRankSum=0.140;SC=GGGGACGGGGGGTGGTGGTCA;SOR=0.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=31;WE=4350382;WS=4350357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,41:0.91:45
chr17	4350407	rs2047231	G	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=24;PP=608;SC=TTGGACATGTGGGGCCTCATA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=4350415;WS=4350397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	4351396	rs6502786	C	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=337;SC=CCCGGGGGTCCCTTGGGCTGT;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=15;WE=4351404;WS=4351386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	4351560	rs12450838	G	A	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=48;PP=1783;SC=GAGGCTTCAGGAGCAGCTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=101;WE=4351568;WS=4351550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	4351640	rs884250	G	A	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	4352539	rs7224464	C	T	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	4352660	.	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr17	4352701	.	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=276;ReadPosRankSum=-0.076;SC=ATCCGGGGGCCCTGGGCACCT;SOR=0.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=17;WE=4352709;WS=4352691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr17	4356375	rs11655342	G	T	3759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=56;PP=1722;SC=GGCAGAAGCTGCGAGGAGGTA;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=94;WE=4356383;WS=4356365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	4402803	rs184566	T	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=515;SC=GCTTTTGGTCTCAGGCCTGCT;SOR=2.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=4402811;WS=4402793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	4416638	rs9894697	G	A	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=681;ReadPosRankSum=-1.140;SC=TCCCCCCCACGCCCAGGCGTT;SOR=0.922;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=53;WE=4416646;WS=4416628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,85:0.36:233
chr17	4416674	rs7214270	T	C	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=689;ReadPosRankSum=-0.454;SC=GTCCTGTTGGTCGTCATCTGC;SOR=0.831;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=151;TCF=71;TCR=80;TR=48;WE=4416682;WS=4416664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,100:0.36:276
chr17	4434489	rs62064929	C	T	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=683;ReadPosRankSum=0.349;SC=GAGATGTAATCCAGGCTAGGA;SOR=0.995;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=42;WE=4434497;WS=4434479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,68:0.43:157
chr17	4434617	rs62064930	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=0.202;SC=GTCAGAGCCAGACACAGCCCC;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=5;WE=4434625;WS=4434607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr17	4436005	rs9892232	T	C	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=37;PP=930;SC=AGGGGTCTGGTGGGAAGAGAG;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=4436013;WS=4435995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr17	4439356	rs74592437	C	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.04;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr17	4439366	rs75075518	C	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=2.667;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr17	4439497	rs12945732	A	G	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,86:0.37:233
chr17	4439501	rs1076071	C	G	7967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=95;NR=71;PP=2962;SC=CTGGCCAGGGCAGGCTGGGGG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=166;WE=4439523;WS=4439487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	4439512	rs11658114	A	G	3793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=4.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-2.484;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,103:0.40:259
chr17	4439515	rs9908450	G	T	3864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=4.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-2.516;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,106:0.40:265
chr17	4439532	rs1076072	T	C	9963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=100;PP=2965;SC=GGCTCTGCCCTGACATCCACC;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=112;TCR=101;TR=211;WE=4439540;WS=4439522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	4440907	rs34901192	A	G	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=1133;ReadPosRankSum=-0.901;SC=GGCATCAAGAAGAGGCTGTGT;SOR=0.727;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=64;WE=4440915;WS=4440897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,97:0.57:169
chr17	4442088	rs62064958	C	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr17	4443075	rs9905742	T	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=582;ReadPosRankSum=0.302;SC=TTCCTGCCCATGCTGGGGGGC;SOR=0.552;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=35;WE=4443083;WS=4443065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr17	4445085	rs62066360	G	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=610;ReadPosRankSum=0.184;SC=TTACCTCGGTGACCTTTGCTA;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=46;WE=4445093;WS=4445075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,76:0.50:152
chr17	4448757	rs76924683	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=348;ReadPosRankSum=-1.550;SC=TAGGAGAGGCGGCCAGGCCAG;SOR=0.121;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=19;WE=4448765;WS=4448747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr17	4448853	rs2306267	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=10;PP=291;SC=TGGTGCAGCTCGCTGCTCAGT;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=4448861;WS=4448843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	4453586	rs142631366	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=467;ReadPosRankSum=-1.553;SC=CATCCTGGCACCCCTCTAGGA;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=30;WE=4453594;WS=4453576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr17	4453603	.	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=1.705;SC=AGGAAGGTGCCCACGTAATCG;SOR=0.866;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=11;WE=4453611;WS=4453593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr17	4455500	rs7206974	T	C	7779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=102;PP=2906;SC=CTTCCTTGAGTGCCAGGCGGA;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=81;TCR=102;TR=182;WE=4455508;WS=4455490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr17	4456034	.	G	A	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=29;QD=15.9428031368;SC=AGTCATCAGAGGCCAGTTGCT;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=4456042;WS=4456024;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr17	4457580	rs2306270	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=128;ReadPosRankSum=-0.748;SC=ACAGCTGCCAGGAGTTGTGTG;SOR=0.243;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=16;WE=4457588;WS=4457570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr17	4458302	rs1871348	C	A	7311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=107;PP=2965;SC=AAGGTGCACGCCCCCGCGCAC;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=81;TCR=107;TR=188;WE=4458322;WS=4458292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	4458314	rs1871347	C	T	6376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=98;PP=2965;SC=CCCGCGCACCCTGGCATCCAG;SOR=0.985;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=73;TCR=99;TR=171;WE=4458322;WS=4458292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr17	4463023	rs11657054	G	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=30;PP=764;SC=CACTACACGGGCCCAGGTTCC;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=4463031;WS=4463013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	4495740	rs12449695	G	A	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=18;PP=527;SC=CCAGCCGGGGGCAGGTAGGGC;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=4495748;WS=4495730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	4497160	rs8080130	T	C	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=36;PP=903;SC=GCTCTGGCTATGGGGCAGTGA;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=4497168;WS=4497150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	4498682	rs4790655	C	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=285;SC=CCAGACGGGGCTTGGGTGGGT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=4498690;WS=4498672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	4500072	rs9906333	A	G	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=2;PP=85;SC=TGGTGGTGCCAGGACAGCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=4500080;WS=4500062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr17	4540647	rs11078527	G	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=1.089;SC=GAGCTAACTCGTCTCCATCAT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=39;WE=4540655;WS=4540637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr17	4541744	rs899452	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=297;SC=CAACCATGCCTCCTTGACTCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=4541752;WS=4541734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	4542717	rs11078528	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.227;NF=26;NR=14;PP=482;ReadPosRankSum=-0.801;SC=CCTCAGCCCCGCGCTTACCGG;SOR=0.899;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=40;WE=4542725;WS=4542707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,55:0.42:130
chr17	4544729	rs9906597	A	G	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=12;PP=740;SC=GCCAGAGGCCAACGGGGGCGC;SOR=1.316;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=41;WE=4544737;WS=4544719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	4544978	rs369435246	G	GAGA	2031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=1300;SC=CCTTCTGGTGGAGAAGGGTGG;SOR=1.464;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=4544986;WS=4544968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	4545581	rs2255888	C	T	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=391;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CTCCCTGTTGCCTGCAGAATA;SOR=0.721;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=27;WE=4545589;WS=4545571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr17	4574751	rs9436	T	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.492;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=413;ReadPosRankSum=1.905;SC=TCAGGCTCTGTGGGAGGTGGT;SOR=0.329;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=28;WE=4574759;WS=4574741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr17	4575134	.	T	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=1.569;SC=AACAAGCTCCTGGGGAGGGGG;SOR=0.773;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=20;WE=4575142;WS=4575124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr17	4575283	rs3862485	A	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=604;SC=GCCCGGGTTCAGGTTCGGGTT;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=4575291;WS=4575273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	4576620	rs55677157	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=0.970;SC=AGCGAGGAGACGGGGCCAGCA;SOR=0.460;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=17;WE=4576628;WS=4576610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr17	4577112	rs11658808	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.504;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TAGAAAATGGGGATCATAAAA;SOR=1.781;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=11;WE=4577120;WS=4577102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr17	4578007	rs4790673	C	G	7219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	4578064	.	G	C	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1525;ReadPosRankSum=1.867;SC=TGGTCAAAGGGCACAGGATGA;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=77;TCR=81;TR=90;WE=4578072;WS=4578054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,112:0.56:200
chr17	4579301	rs55884013	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=4.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr17	4579638	rs8071990	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=305;ReadPosRankSum=-0.153;SC=CTAACTAGCAGCCCTGGTCCC;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=23;WE=4579646;WS=4579628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr17	4580137	rs6502806	A	G	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=40;PP=1134;SC=GGAAGAGGCCAGTGAGCCAGC;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=4580145;WS=4580127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	4580224	rs11078530	C	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=504;SC=CCTGTAGACACAAGAAGCAAA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=4580232;WS=4580214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	4586253	rs34352526	GA	G	1151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=21;PP=735;SC=TGGGTCTAAAGAAAAAAATAA;SOR=0.952;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=27;WE=4586261;WS=4586243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	4594847	rs7226084	T	C	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=526;SC=TGAAGTCACATCTCCTCTGAG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=4594855;WS=4594837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	4620497	rs7208257	C	T	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=34;PP=1601;SC=AAGTCTTCTCCTTCCTCCGCC;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=87;WE=4620505;WS=4620487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	4620897	rs35741745	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=1.387;SC=TCCCTGCCCGAGAGGAGGGAA;SOR=0.292;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=6;WE=4620905;WS=4620887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr17	4620928	rs28365158	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.956;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr17	4622071	rs2036656	C	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.848;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr17	4622077	.	C	CTT	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-2.191;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr17	4622551	rs28365160	A	G	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=791;ReadPosRankSum=-1.290;SC=GCCCCTAAGCATCTTGTTCTC;SOR=0.498;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=66;WE=4622559;WS=4622541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,117:0.50:235
chr17	4622638	rs1045280	C	T	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1150;ReadPosRankSum=0.718;SC=CACTGCTCAGCGACAACCGGG;SOR=0.720;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=170;TCF=78;TCR=92;TR=92;WE=4622646;WS=4622628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,145:0.53:274
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chr17	4638563	rs2277680	G	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr17	4638737	rs1050998	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr17	4641755	rs1050997	C	T	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=16;PP=556;SC=CCTTGTTGCCCCCACACACGC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=4641763;WS=4641745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	4642069	rs2250333	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=13;PP=1128;SC=AGAGGCAGGTAAAATTACCTC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=4642077;WS=4642059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	4644491	rs9903643	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=12;PP=333;SC=CTCCCTTCGGAAGCCCTCCCC;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=4644499;WS=4644481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	4645026	.	C	T	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=808;ReadPosRankSum=0.705;SC=CTATGCTCTCCTCTGTCACAG;SOR=0.455;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=46;WE=4645034;WS=4645016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,64:0.57:113
chr17	4646533	.	CA	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-2.345;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.066;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr17	4648466	.	G	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=347;ReadPosRankSum=1.348;SC=TGCTGGGATGGATTTGGGGAG;SOR=0.155;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=24;WE=4648474;WS=4648456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr17	4648832	rs12940996	C	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.148;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=442;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TCGTCGCCCCCATGGGAGGTC;SOR=1.066;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=26;WE=4648840;WS=4648822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr17	4686036	rs111274373	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TTCGAGGGCACTCGCTCCACG;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=26;WE=4686044;WS=4686026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr17	4686323	.	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=448;ReadPosRankSum=0.632;SC=GCGATTGCAGGAAAAAACAGG;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=34;WE=4686331;WS=4686313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,46:0.41:111
chr17	4686340	rs3853643	TT	GG	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	4688996	rs2279962	A	C	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=28;PP=849;SC=CGGGCCCCCCATTCACCAAGC;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=42;WE=4689004;WS=4688986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	4693054	rs12951761	G	A	7210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=94;PP=2934;SC=TCGCCCGCAGGTTCCTGACTC;SOR=0.998;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=59;TCR=94;TR=152;WE=4693062;WS=4693044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr17	4693170	rs34850425	T	C	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=33;PP=716;SC=TGGTCGCTGGTGGCCATGGCG;SOR=2.137;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=40;WE=4693178;WS=4693160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	4693342	rs35910358	C	A	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.405;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=518;ReadPosRankSum=2.317;SC=GAGGCCCGGACGCGGGCGTGC;SOR=0.578;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=34;WE=4693350;WS=4693332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr17	4693508	rs34421346	G	C	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	4710957	rs3867173	G	T	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=2;PP=192;SC=CGGTCAGGAGGCCGTGGGGGA;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=4710965;WS=4710949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	4712314	rs3786043	G	A	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=679;ReadPosRankSum=-1.834;SC=CTTTTCCTCCGAGCCCCATCT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=45;WE=4712322;WS=4712304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,69:0.62:111
chr17	4712757	rs2286671	G	A	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=53;PP=1823;SC=AAAGCCAGGTGTCTCCTCCGG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=102;WE=4712765;WS=4712747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	4713942	.	AAAAT	A	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr17	4714021	rs3081314	G	GGAAA	1883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.94;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	4718776	rs1132448	G	A	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=22;PP=792;SC=ACCAGGAGGAGGGTGTCCGTG;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=45;WE=4718784;WS=4718766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	4720131	rs2302325	C	G	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=926;ReadPosRankSum=0.326;SC=GAGGGGTCAACGGTGGTACAG;SOR=0.676;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=53;WE=4720139;WS=4720121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,69:0.57:121
chr17	4720469	rs1052748	C	T	4022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=66;PP=1667;ReadPosRankSum=-0.478;SC=AAGACTCCCACATACCCCTAC;SOR=0.629;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=260;TCF=132;TCR=128;TR=126;WE=4720477;WS=4720459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,209:0.47:440
chr17	4722299	rs2326097	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=9;PP=631;SC=GTAGGAAGAGTTTCTGGAGTG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=4722307;WS=4722293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr17	4722876	rs3764897	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
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chr17	4750573	rs9890271	G	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=128;SC=ATGGAGTCTCGCTCAGGCTGG;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=4750581;WS=4750563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	4758174	rs73341669	C	A	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=30;PP=882;SC=GAGTAAGAAGCGCTGAGAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=4758182;WS=4758164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	4774476	.	ATT	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.379;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr17	4778487	rs8078776	G	A	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=20;PP=761;SC=AACTGAAGACGGATGAGATGA;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=34;WE=4778495;WS=4778477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	4788323	rs62073636	C	T	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=706;ReadPosRankSum=1.205;SC=CTGAGGCTGACGAGGACCTTT;SOR=0.490;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=51;WE=4788331;WS=4788313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,83:0.65:127
chr17	4795307	rs2586532	C	T	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=13;PP=790;SC=TAACCCTGGACGTATTCACTA;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=39;WE=4795315;WS=4795297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	4795620	rs62073638	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=300;ReadPosRankSum=1.463;SC=CTACCCGCCTGGGGGTGGGAA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=16;WE=4795628;WS=4795610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr17	4835852	rs81663	A	T	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=10;PP=1123;SC=GGATGCTTCCAGGGGATGCAG;SOR=4.103;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=56;WE=4835860;WS=4835842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	4837171	.	GGAGCCCACCTCAGAGCCCGCCCCCAGCCCGACCACCCCA	G	431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	4837210	.	A	G	516	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=23;MQ=54.59;NF=0;NR=20;PP=516;QD=27.5385606274;SC=CGACCACCCCAGAGCCCACCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=20;WE=4837218;WS=4837200;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,20:0.80:25
chr17	4837952	rs199616811	A	AG	184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=314;SC=ACAGGGTGATAGGGAGGGGTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=4837960;WS=4837942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	4845768	rs238247	G	A	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	4856376	rs238238	A	G	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.08;NF=35;NR=35;PP=1455;SC=AACATCAACAATACTCTGGGC;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=4856384;WS=4856366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	4856580	rs238239	T	C	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	4856812	rs238240	C	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr17	4859102	.	T	TTGTCTCTGCTC	1075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=1099;SC=TGTCTCTGCCTTGTCTCTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=16;WE=4859110;WS=4859092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	4859156	.	C	T	127	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=73;MMLQ=27;MQ=57.43;NF=2;NR=4;PP=127;QD=26.9618687579;SC=CTGTCTCTGCCCTGTCTCTGC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=4859175;WS=4859154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr17	4859156	.	CCTGTCTCTGCT	C	233.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.76;QD=33.41;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	4859167	.	T	C	399	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=73;MMLQ=27;MQ=57.3;NF=6;NR=5;PP=399;QD=39.4337465952;SC=CTGTCTCTGCTCTGTCTCTGC;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=11;WE=4859175;WS=4859154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,11:0.73:15
chr17	4859811	.	CCT	C	3812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.611;NF=17;NR=30;PP=1933;ReadPosRankSum=2.272;SC=CCACCCAACCCCTGCTTTCCC;SOR=0.873;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=47;WE=4859820;WS=4859801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,99:0.54:183
chr17	4863410	rs238224	A	G	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=40;PP=1555;SC=CAAACTCCTGAAGAAGAGCAG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=4863418;WS=4863400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	4863626	rs138742777	G	A	3235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=1365;ReadPosRankSum=0.458;SC=GGGATGGGATGGCAGAGGGGA;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=84;WE=4863634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,149:0.65:228
chr17	4872066	rs201220600	C	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TGGCCAGTCCCGGCTGGGGAA;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=26;WE=4872074;WS=4872056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr17	4875566	rs238230	T	C	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=47;PP=1473;SC=CAGCGTCCTCTGGAGCAGCCC;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=4875574;WS=4875556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	4877120	rs238229	G	A	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=93;PP=2739;SC=CTGGCTTGAGGTGGCCTTGGC;SOR=1.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=55;TCR=93;TR=147;WE=4877128;WS=4877110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	4881776	rs376516	C	G	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	4882952	rs1859434	G	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	4883818	rs238234	C	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	4885982	rs238233	G	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=216;SC=AGCCCAGGTCGGGCTAGAGCC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=4885990;WS=4885972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	4886037	rs238232	A	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=572;SC=TGAGCTGAATATCTGACTCTC;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=4886045;WS=4886027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	4890843	rs8071428	T	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=14;PP=929;SC=AGCTGCGCCCTCTGGCGCGGG;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=4890851;WS=4890833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	4891956	rs426475	G	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=7;PP=572;SC=TCTCACCTACGTTATTTTTGT;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=4891964;WS=4891946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	4893357	rs427703	G	C	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=42;PP=1459;SC=GAAATTAACCGCAGACTAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=81;WE=4893365;WS=4893347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	4906785	rs113980359	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.111;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr17	4907989	rs391271	A	G	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=587;ReadPosRankSum=1.411;SC=GAAGAGTGCCAGGAGTTCAGA;SOR=0.357;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=40;WE=4907997;WS=4907979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr17	4917107	.	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=482;ReadPosRankSum=0.334;SC=TTGGTGTCTCCCTTCCCTGGT;SOR=1.201;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=25;WE=4917115;WS=4917097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr17	4926882	rs346828	A	G	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=26;PP=1072;SC=CCCCCTCGCCACCACTGTCAA;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=4926890;WS=4926872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	4936972	rs346821	G	A	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=53;PP=2015;SC=CAGCTGATGGGCCTCAGGGTC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=107;WE=4936980;WS=4936962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	4937575	rs346822	T	C	5734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=80;PP=2641;SC=CGGGGCCAGCTGCCTCCACAG;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=153;WE=4937583;WS=4937555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	4937982	rs346824	T	C	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=33;PP=1073;SC=GATGCTTTGGTTCTTCTGGAA;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=4937990;WS=4937972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	5013190	.	C	CT	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5010;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=61.19;NF=1;NR=3;PP=43;QD=12.25;SC=AATCATTCCTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=5013198;WS=5013180;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr17	5036205	rs80328123	A	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-8.113;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,22:0.18:123
chr17	5036210	.	TC	GT	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-7.896;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,23:0.19:123
chr17	5036214	rs114647990	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-7.993;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=1.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,25:0.20:128
chr17	5036224	rs72830922	C	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=5.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-8.041;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.332;SOR=1.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,26:0.19:135
chr17	5036274	rs78465432	C	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-6.789;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,32:0.22:146
chr17	5036281	rs76236903	G	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-5.620;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,29:0.21:138
chr17	5036329	rs72830923	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-3.792;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.553;SOR=0.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr17	5036383	rs76207017	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.724;NF=2;NR=9;PP=127;ReadPosRankSum=0.573;SC=TCTCAGAGGGCGGGTGGCACA;SOR=0.627;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=11;WE=5036391;WS=5036373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr17	5041337	.	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=326;ReadPosRankSum=1.928;SC=CGCCCAGTGGGAGACTGAAGT;SOR=0.617;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=23;WE=5041345;WS=5041327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr17	5042483	.	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=404;ReadPosRankSum=0.605;SC=GCAGGCAGGTGGGGCCCAGCC;SOR=0.511;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=27;WE=5042491;WS=5042473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr17	5042894	rs8073787	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-1.694;SC=TGATTTTGAATGGAGCTGCTG;SOR=0.883;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=10;WE=5042902;WS=5042884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr17	5044640	.	T	TA	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr17	5045283	rs140256080	T	C	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQRankSum=-0.774;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,89:0.56:159
chr17	5048207	rs2304447	A	G	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=37;PP=1056;SC=AAATGTTCTGACCACAAATAC;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=5048215;WS=5048197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	5058771	.	G	A	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.430;NF=46;NR=37;PP=1164;ReadPosRankSum=-1.094;SC=CAGCCTCTTTGGAATGCCATT;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=83;WE=5058779;WS=5058761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,129:0.49:263
chr17	5058808	rs9899177	G	A	7323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=26.06;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	5066305	rs2307138	A	T	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=35;PP=1108;SC=AAAGGGTAAGAATTTAGGGCC;SOR=1.073;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=57;WE=5066313;WS=5066295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	5084763	rs1689965	G	A	7507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=124;PP=2965;SC=GTTTTCTCACGTTCTTCAAGT;SOR=0.915;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=96;TCR=125;TR=220;WE=5084771;WS=5084753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr17	5085893	rs4115657	C	T	8372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NR=107;PP=2965;SC=CCCTAAGCTCCTCATCCTGGC;SOR=0.706;Source=Platypus;TCR=111;WE=5085901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr17	5087040	rs9908414	A	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=772;ReadPosRankSum=0.852;SC=CTGATGTATAATAAGATTTGA;SOR=0.290;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=46;WE=5087048;WS=5087030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chr17	5087602	rs2641232	C	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=296;SC=TTCTATAATTCCTAAAATACA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=5087610;WS=5087592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	5118423	rs79013928	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TAATTGGAAGCATTTCCTTTC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=5118431;WS=5118413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr17	5124462	rs2439945	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=188;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TGTGAAGTCTCGCCAGCTCTA;SOR=0.886;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=16;WE=5124470;WS=5124452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr17	5126674	rs2641256	A	G	5724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=26;PP=1374;SC=TGAGGCCCAGACCCACAGAGA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=72;WE=5126682;WS=5126664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	5126689	rs2585271	G	A	6071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.87;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	5126876	rs2641255	C	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=22;PP=604;SC=CTCACTCTGTCGCCCAGGCTG;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=5126884;WS=5126866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	5185664	rs11538946	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=160;ReadPosRankSum=1.400;SC=CTTAGCGGTTTCTCTCTGGGC;SOR=0.536;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=13;WE=5185681;WS=5185654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr17	5264916	rs34594998	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=265;ReadPosRankSum=-0.574;SC=CCTATGTGTCCCCTAGTGGTT;SOR=0.837;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=19;WE=5264924;WS=5264906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr17	5268337	rs57839578	A	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr17	5268356	rs71151866	TA	T	94.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr17	5271804	rs7213832	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=-1.841;SC=ATGTTACTATATATTCCTTTT;SOR=0.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=19;WE=5271812;WS=5271794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr17	5276531	rs3026097	A	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TTTAGTTTGGACTTGTTTTTC;SOR=0.610;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=5276539;WS=5276521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr17	5308603	rs3026133	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr17	5323228	rs1806269	C	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=2.341;SC=TGCTGGAAATCTAGCACCTGG;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=5323236;WS=5323218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr17	5326162	rs2189336	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=293;ReadPosRankSum=0.381;SC=AACCCCTAGTGGTAGTCCTTC;SOR=0.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=18;WE=5326170;WS=5326152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr17	5328659	.	CT	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.562;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr17	5358671	rs11867311	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TCACCATTAACTTCCACAATT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=5358679;WS=5358661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr17	5364561	.	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=0.703;SC=TCCAAGGCTCTGAGCAGAACA;SOR=0.235;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=5364569;WS=5364551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr17	5366947	rs8069315	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=285;ReadPosRankSum=0.057;SC=ATGCCCTGGCGGCTGATCCCT;SOR=1.029;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=19;WE=5366955;WS=5366937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr17	5367024	rs11286147	GA	G	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.127;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr17	5372259	rs28372907	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=150;ReadPosRankSum=1.543;SC=GGAGCACACCGCCCCTTCCTC;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=13;WE=5372267;WS=5372249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr17	5386025	rs1805456	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=139;ReadPosRankSum=0.267;SC=CAGAAATCATAGCTAAGATGG;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=5386033;WS=5386015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr17	5388568	rs16710	T	TCAAC	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=-2.087;SC=TTAAAGCAAATCAAGAAACAA;SOR=0.627;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=5388576;WS=5388558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr17	5440381	.	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.769;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-1.388;SC=GGGTTCCCTGGAAGCCAGGCT;SOR=0.236;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=10;WE=5440389;WS=5440371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr17	5456663	.	C	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=3.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CCTTGGATCTCTTCCCCATCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=5456671;WS=5456653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	5462171	rs61753140	G	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=389;ReadPosRankSum=0.386;SC=AGCTCAGAGGGATGGGGTGCT;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=37;WE=5462179;WS=5462161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,57:0.41:140
chr17	5487164	rs884367	C	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.156;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=485;ReadPosRankSum=-2.001;SC=GTGTCTCACCCGAAGAGCTCC;SOR=0.448;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=38;WE=5487172;WS=5487154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,60:0.45:133
chr17	5991344	rs2302836	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=1.266;SC=ACGATGGCCACGAGAGGACTC;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=16;WE=5991352;WS=5991334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr17	6014176	rs2302837	A	G	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	6021541	rs2302838	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GGGTGGGAGGCTTGTCAGTAC;SOR=0.781;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=10;WE=6021549;WS=6021531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr17	6023792	rs16955477	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=431;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TGTCTGTGAGCGAGGAGCGGC;SOR=0.922;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=38;WE=6023800;WS=6023782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,53:0.38:139
chr17	6337213	.	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=267;ReadPosRankSum=0.153;SC=CTAGTCCCAGGAGACAGGCGC;SOR=0.412;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=19;WE=6337221;WS=6337203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr17	6353679	rs7218283	A	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=11;PP=448;SC=CTCTGTCTTGAAGGAAACAAG;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=23;WE=6353687;WS=6353669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	6358989	rs73346328	G	C	867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=96;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=13;PP=559;SC=GAGGGCAGGGGAGGGCAGGGC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=6358997;WS=6358979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	6364753	rs11654099	A	G	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=39;PP=1443;SC=GCACCAGCCCATCGGAGAAGA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=6364761;WS=6364743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	6441164	rs165106	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=264;SC=TCTTGGCACATCCACAGGATG;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=6441172;WS=6441154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	6441207	rs9907305	C	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=476;SC=GCAGATACCACGTCTGAGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=6441215;WS=6441197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	6441376	rs28493751	G	A	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	6483046	rs3744720	T	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=9;PP=495;SC=GTGACACAAATGGCCTCGCCT;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=6483054;WS=6483036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	6493056	rs367918	T	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	6493198	rs1443417	T	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.96;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	6493391	rs2278646	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=1.564;SC=TGTTAATTTACCCTCATGGTT;SOR=0.330;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=6493399;WS=6493381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr17	6503518	rs2289640	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CCCCTTGTCCCTTTATCTCTA;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=4;WE=6503526;WS=6503515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr17	6511781	rs4796519	A	G	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=26;PP=655;SC=TTAGCCATGCAGCACTGAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=6511789;WS=6511771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	6513329	rs2304977	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr17	6515387	rs2289642	A	G	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=78;PP=2387;SC=TCCTTCTTCCAGAACTATATC;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=127;WE=6515395;WS=6515377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	6515454	rs2289643	C	T	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=42;PP=1241;SC=AGCTCCGTATCGGGCTGATAC;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=6515462;WS=6515444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	6515531	rs79749671	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=121;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TTGCTGAGAATGATTATCTAC;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=13;WE=6515539;WS=6515521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr17	6524298	rs9889363	T	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.983;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr17	6524358	rs8074991	G	A	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	6526765	rs10521150	C	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.453;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr17	6527874	rs112439852	A	ACG	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.64;ReadPosRankSum=1.834;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr17	6531648	rs2072149	A	G	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=39;PP=1544;SC=CTTTGGCACCAGAGCTGGAGA;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=90;WE=6531656;WS=6531638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	6546259	rs2285999	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=268;ReadPosRankSum=0.330;SC=TTTGACTGTTTTTCTCTTACA;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=22;WE=6546267;WS=6546249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr17	6547653	.	G	T	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=25;QD=19.9237375157;SC=AAAGTTGGATGAAAAAGCACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=6547661;WS=6547643;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr17	6547766	rs11078641	G	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=251;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGTATTAAGTGCCTCGTTTGT;SOR=1.057;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=17;WE=6547774;WS=6547756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr17	6553456	rs72835786	G	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=-0.018;SC=ACTGTGATTTGTTACCCCTAA;SOR=0.641;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=12;WE=6553464;WS=6553446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr17	6553543	rs17842438	A	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=177;ReadPosRankSum=-0.834;SC=GTACGCAATTATATCTATATA;SOR=0.392;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=12;WE=6553551;WS=6553533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr17	6554921	rs74504320	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=1.143;SC=AGTTCCGGAAACCACGGCTCC;SOR=0.467;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=22;WE=6554929;WS=6554911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr17	6555546	rs56268735	C	CG	6810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=57;PP=2974;SC=CCCGACCCCGCGGCCAAGCCG;SOR=1.121;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=83;WE=6555554;WS=6555536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	6558645	rs8077691	G	A	145.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=71;SC=GTGTGTGTGTGTGTGCATGTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=6558653;WS=6558639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	6558768	rs8078913	C	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.10;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	6594322	rs4796540	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=0.405;SC=TCAGGGCCAGGGCAAGCTTGG;SOR=1.911;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=6594330;WS=6594312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr17	6596497	.	AACAC	A	792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	6597480	rs55698160	G	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=-1.002;SC=ATAGCAGGGTGGCCACAAAGA;SOR=0.711;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=20;WE=6597488;WS=6597470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr17	6599095	rs56224509	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=263;ReadPosRankSum=-1.689;SC=GCATGAAGCCGGGGTCTCGGG;SOR=0.763;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=22;WE=6599103;WS=6599085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,38:0.30:126
chr17	6606256	rs190122953	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr17	6606537	rs8072966	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr17	6607318	rs72836208	C	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=597;ReadPosRankSum=-0.406;SC=CCGTGGTTGCCGTGTTACTGA;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=46;WE=6607326;WS=6607308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,84:0.52:161
chr17	6616669	rs62061545	T	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=-4.571;SC=GGAGGGAGACTGGCGGGCGAG;SOR=0.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=23;WE=6616677;WS=6616659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr17	6659324	rs3785793	A	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=262;SC=GGGCTGGGCCATCGGAAAACT;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=6659332;WS=6659314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	6663895	rs2271231	C	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=2.815;SC=ATGTCTGTCGCAGTGAACAGG;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=10;WE=6663903;WS=6663885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr17	6684090	.	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=584;ReadPosRankSum=-1.611;SC=TGGCCCGAATCCTCTTGCAGG;SOR=0.707;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=35;WE=6684098;WS=6684080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr17	6690021	.	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=0.684;SC=AGAGCCAGGTCGTGGAAATGT;SOR=2.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=6690029;WS=6690011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr17	6690557	rs370620219	ATG	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.082;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr17	6704121	rs2271233	C	T	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=428;ReadPosRankSum=-1.157;SC=TATTGTGCGACATCACGACAC;SOR=0.705;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=30;WE=6704129;WS=6704111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr17	6716385	rs8081510	T	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=1.371;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr17	6718507	.	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.683;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,39:0.32:121
chr17	6733672	rs8078571	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=213;ReadPosRankSum=-0.925;SC=GGAACTTGGGTGGAGGTTGTA;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=20;WE=6733680;WS=6733662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr17	6899559	rs312467	C	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=5;PP=173;SC=AGCTGCGGCCCGCGCGGGGCG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=6899567;WS=6899549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	6899629	rs3218667	C	T	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=101;SC=CAGGCCCGGGCCGAGCTGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=6899637;WS=6899619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	6900362	rs2070589	C	T	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=261;SC=CAGGCGGCGTCGGGGAAGGAG;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=6900370;WS=6900352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	6900383	rs312468	T	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=310;SC=GCACAAGGTCTCGGGAACTGC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=6900391;WS=6900373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	6902179	rs312470	G	A	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=28;PP=1041;SC=CTAGACCTCGGAGTGAAATAA;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=6902187;WS=6902169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	6902743	rs1042356	G	A	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=55;PP=1946;SC=TGCTGCCCTCGGGGATGGAAG;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=95;WE=6902751;WS=6902733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	6902760	rs1126667	A	G	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=52;PP=1652;SC=GAAGAGCTTCAGGCTCAACTG;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=6902768;WS=6902750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	6903537	rs2292353	G	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=161;SC=TCCCAACAGGGCTCCGGTACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=6903545;WS=6903527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	6905061	rs1042357	T	G	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=59;PP=1859;SC=TGCTGAACACTCACCTGGTGG;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=103;WE=6905069;WS=6905051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	6906085	rs11571338	C	CT	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=200;SC=ATACAGGGAACTTGGCAGAGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=6906093;WS=6906075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	6909376	.	G	GGT	222	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=94;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=222;QD=97.3033361461;SC=GAAATGGTGGGGCCGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=6909384;WS=6909366;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,3:0.43:7
chr17	6909377	.	GCC	G	377.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.77;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	6909379	.	C	CTGG	377.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.77;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	6915401	rs2271316	C	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=416;SC=AAACCATGCCCGATCCCCAAA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=6915409;WS=6915391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	6915661	.	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GCTAGTTCCTCGTCACGTGAC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=6915669;WS=6915651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	6919093	rs14309	T	C	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=28;PP=977;SC=CTTCTGACAGTGCGAAGTGGA;SOR=0.947;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=6919101;WS=6919083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	6926907	rs72834413	G	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr17	6927177	.	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=22.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr17	6927350	rs312461	A	G	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=378;SC=GAAGCTGCGCATGTCTCCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=6927358;WS=6927340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	6928019	rs146207245	C	CCAG	2468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.287;NF=6;NR=47;PP=2293;ReadPosRankSum=0.417;SC=GACGAGGCCTCCAGCAGCAGC;SOR=1.090;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=53;WE=6928029;WS=6928009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,99:0.94:105
chr17	6929924	rs379478	T	C	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=32;PP=1895;SC=TTGCCAGTCATCGTACAGTGC;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=91;WE=6929932;WS=6929914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	6933217	rs421264	T	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=264;SC=GTGTGGAGGCTGCAGGGAGAA;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=6933225;WS=6933207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	6942108	rs11078663	C	T	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=2298;ReadPosRankSum=-0.806;SC=TGGCCTTCTCCGTGCTGCCTG;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=67;TCR=88;TR=70;WE=6942119;WS=6942098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,126:0.48:263
chr17	6942111	rs33979567	G	T	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=0.761;SC=CCTTCTCCGTGCTGCCTGAAC;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=66;TCR=91;TR=86;WE=6942119;WS=6942098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,141:0.53:268
chr17	6943266	rs4796576	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=1.684;SC=CCAAGGAGGGGCTGGAAGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=7;WE=6943274;WS=6943256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr17	6946357	rs75636181	C	A	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.050;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=745;ReadPosRankSum=0.260;SC=ACGGGGCGGGCCCCCCAGCGC;SOR=0.959;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=111;TCF=33;TCR=78;TR=47;WE=6946365;WS=6946347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,69:0.46:149
chr17	7011064	rs199979065	GCACACTACACACACCGCACACGTA	G	5386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=1.222;NF=18;NR=60;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.427;SC=ACGCACACGTGCACACTACAC;SOR=0.752;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=23;TCR=68;TR=78;WE=7011095;WS=7011054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chr17	7011144	rs62058755	G	A	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.891;NF=43;NR=47;PP=1125;ReadPosRankSum=-2.361;SC=ACACCCCGGAGGCTCTCTGAC;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=97;TCR=107;TR=90;WE=7011152;WS=7011134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,163:0.51:319
chr17	7011722	rs62061385	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	7017350	rs10459915	A	G	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=11;PP=591;SC=CTGTTCACAGAGTGGGTGCGG;SOR=1.151;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=7017358;WS=7017340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	7017420	rs10459916	G	A	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=17;PP=761;SC=CAAAGCCGCAGAAACTGCACA;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=7017428;WS=7017410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	7095090	rs2586539	C	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=332;ReadPosRankSum=-0.870;SC=AGGGATCCCCCTCAGGGGCTG;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=27;WE=7095098;WS=7095080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr17	7100235	.	G	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=668;ReadPosRankSum=-2.302;SC=TCGGTTCTCGGGGAATGTCTT;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=44;WE=7100243;WS=7100225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,65:0.53:123
chr17	7111365	.	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr17	7111624	rs178471	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-1.148;SC=CTGGCCGCCCTGGCCGCCGCC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=7111632;WS=7111614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr17	7121785	rs2521985	T	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=383;ReadPosRankSum=-0.831;SC=AAATGATCTCTGGGCTCCCAA;SOR=1.473;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=25;WE=7121793;WS=7121775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr17	7123240	rs139223575	T	TGGGCGTGCAGGACGC	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.452;NF=4;NR=9;PP=2045;ReadPosRankSum=0.444;SC=CGCCAGGACGTGGGCGTGCAG;SOR=0.656;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=13;WE=7123248;WS=7123230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr17	7127718	rs17671352	T	C	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=606;ReadPosRankSum=-0.670;SC=AGCTGGTAAGTGGCCAGGGGT;SOR=0.758;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=49;WE=7127726;WS=7127708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,71:0.60:118
chr17	7129840	rs35594616	T	C	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=306;ReadPosRankSum=0.964;SC=GGGCAGGGTATTGGTAGGAGA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=22;WE=7129848;WS=7129830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr17	7129974	rs2074222	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.111;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr17	7131348	.	A	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr17	7139238	rs222851	G	A	9434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=1.570;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr17	7140521	.	T	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=232;ReadPosRankSum=0.942;SC=AAGCTAGCTATCCCGGCCATC;SOR=0.509;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=12;WE=7140529;WS=7140512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr17	7140606	rs222852	A	G	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=17;PP=980;SC=ATAATTTCTAAGGGCCTCCTT;SOR=1.376;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=53;WE=7140614;WS=7140596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr17	7166660	rs77549883	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.798;SC=CACACTCGCCCGTTTCTCTTT;SOR=0.194;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=14;WE=7166668;WS=7166650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr17	7185788	rs222848	T	C	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=50;PP=1965;SC=CCCCCCCTCCTCCAGCTCAGG;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=100;WE=7185796;WS=7185778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	7192091	rs222842	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=0.342;SC=TGGGTGTCCTCTGAGTTGAGT;SOR=0.708;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=17;WE=7192099;WS=7192081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr17	7192198	rs222841	T	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GTTCTTTTTGTTTTTGAGACA;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=13;WE=7192206;WS=7192188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr17	7193055	rs3833134	GA	G	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.461;NF=2;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=0.650;SC=CTAAGGCAAGGAACAAGGCTC;SOR=0.686;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=6;WE=7193068;WS=7193045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr17	7193060	rs55781423	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.438;NF=5;NR=4;PP=295;ReadPosRankSum=0.732;SC=GCAAGGAACAAGGCTCTGAGG;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=9;WE=7193068;WS=7193045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr17	7193255	rs3744405	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=220;ReadPosRankSum=0.256;SC=ACACTGGAAGGGGAAGACCAA;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=16;WE=7193263;WS=7193245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr17	7193448	rs222838	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=0.242;SC=CTGGAGCCAGATTATCCACAG;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=23;WE=7193456;WS=7193438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,37:0.34:110
chr17	7194010	rs2521992	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=0.307;SC=GTGGAATGTGCTTGCACCCAT;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=7194018;WS=7194000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr17	7197633	rs8069533	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr17	7197794	rs222859	C	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr17	7213560	rs72840907	C	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=343;ReadPosRankSum=0.465;SC=TTTCAGGTCACCTTGCTGCTT;SOR=1.503;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=25;WE=7213568;WS=7213550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr17	7213694	rs4796399	C	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=9;PP=234;SC=AACATTCTTGCTAGCACTTCC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=7213702;WS=7213684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	7214824	rs11658072	C	T	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=59;PP=1896;SC=CTCCCTGCTTCTGTGCTCAGC;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=101;WE=7214832;WS=7214814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	7217463	rs2292064	T	C	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=30;PP=1160;SC=CAGCTGATGTTAGGGTGGTCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=7217471;WS=7217453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	7220469	rs186032429	G	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=1.252;SC=GGCTGCGCTTGGGCCCTCTCC;SOR=0.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=7220477;WS=7220459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr17	7220697	rs62059198	G	T	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1100;ReadPosRankSum=1.240;SC=TACCTGGGAGGAGAACTGGGT;SOR=0.581;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=86;WE=7220705;WS=7220687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,143:0.53:271
chr17	7221385	rs1127440	G	A	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=45;PP=1728;SC=GGGACTCACCGGGAAGCAGCA;SOR=0.851;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=79;WE=7221393;WS=7221375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	7221544	rs7222233	T	C	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=39;PP=1247;SC=AGGGTGAGGGTGGGGGAGTAG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=79;WE=7221552;WS=7221534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	7221707	rs7216490	G	T	7846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=82;PP=2965;SC=GACAGAGCTTGGTCAGACCCC;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=118;TCR=82;TR=200;WE=7221715;WS=7221697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	7222444	.	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=385;ReadPosRankSum=1.919;SC=CAGAAGCAGGGAAGTTGAGCC;SOR=0.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=31;WE=7222452;WS=7222434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr17	7224319	rs3809811	T	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=367;SC=TTTGCACAGATCCTGAGTGTG;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=7224327;WS=7224309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	7224921	rs3809813	C	G	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=59;PP=1441;ReadPosRankSum=1.526;SC=TCCTCTGGAGCTGCCCATCAC;SOR=0.837;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=204;TCF=88;TCR=116;TR=99;WE=7224929;WS=7224911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,164:0.48:344
chr17	7225149	rs3809814	C	G	6173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=74;PP=2965;SC=TCGTGATGGGCCTCGCAGCCC;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=87;TCR=74;TR=161;WE=7225157;WS=7225139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr17	7225425	rs2062771	T	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=359;SC=GAAATGGGGATGCCAACGCCC;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=7225433;WS=7225415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	7226957	rs35776863	G	A	4197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=70;PP=1839;ReadPosRankSum=-1.001;SC=ACACACAGACGGCCCTCACCA;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=158;TCR=144;TR=143;WE=7226965;WS=7226947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,226:0.46:489
chr17	7228469	rs57003369	GCC	G	273.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=17;HapScore=4;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=324;SC=TCCTTGCCCCGCCCCCCCCCC;SOR=4.407;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=9;WE=7228487;WS=7228459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr17	7231236	rs33998041	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=1560;ReadPosRankSum=0.358;SC=AGGCTTAGAATGGGCCACCCC;SOR=0.300;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=40;WE=7231246;WS=7231226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr17	7231238	.	G	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.416;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GCTTAGAATGGGCCACCCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=26;WE=7231246;WS=7231226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr17	7245674	rs8069505	G	A	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=2.896;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,115:0.60:192
chr17	7246940	rs3809829	T	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
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chr17	7251159	rs72840986	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=-0.906;SC=GCCTTGCCTCCCAGTGTCTTC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=7251167;WS=7251149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr17	7251605	rs2292066	G	C	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=576;ReadPosRankSum=-3.232;SC=GGAAGACTGCGTGCTTCTCCC;SOR=0.660;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=39;WE=7251613;WS=7251595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,66:0.55:121
chr17	7253624	rs56009878	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=2.015;SC=CACGTTCGGGCGGGCGGGCGG;SOR=1.426;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=9;WE=7253632;WS=7253614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr17	7253659	rs2292068	T	C	161.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=0.140;SC=CAGAAGCCTGTGCTGTGGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=7253667;WS=7253649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr17	7254315	rs35985803	G	A	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,89:0.45:197
chr17	7258481	rs72840988	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=0.721;SC=GAGCATTCCTCGGCTCAGCTG;SOR=0.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=11;WE=7258489;WS=7258471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr17	7259073	rs6503016	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=5;PP=499;SC=GACAGGAGGGCTGATCAGGGA;SOR=3.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=7259091;WS=7259063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	7259083	rs144825300	A	AG	693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=7;PP=817;SC=CTGATCAGGGAGGGGCTGCGT;SOR=3.258;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=21;WE=7259091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	7286266	rs1554947	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=707;ReadPosRankSum=-0.462;SC=AGGCTGGCTCCCTGTGGCTAC;SOR=0.466;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=47;WE=7286274;WS=7286256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,71:0.49:146
chr17	7286326	rs1554948	T	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=756;ReadPosRankSum=-0.304;SC=GGCCCATCCTTGAGGAGCTTA;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=56;WE=7286334;WS=7286316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,78:0.53:147
chr17	7286728	.	C	T	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=908;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TACCGGATTTCCCATCCCTGT;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=56;WE=7286736;WS=7286718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,95:0.49:195
chr17	7288085	rs7223885	C	T	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=593;ReadPosRankSum=1.524;SC=TGGGAACCCCCGACCTCACCA;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=43;WE=7288093;WS=7288075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr17	7288228	rs7208523	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=0.345;SC=GCAGGGAGATCAGAGCCCTGG;SOR=0.512;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=7;WE=7288236;WS=7288218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr17	7290787	rs5819155	TG	T	1859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=837;ReadPosRankSum=-1.108;SC=GTGGGTGTGGTGGACTCCAGA;SOR=0.573;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=24;WE=7290795;WS=7290777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr17	7290821	rs968580	T	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=1.334;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,56:0.50:111
chr17	7290922	.	A	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr17	7292107	rs6503018	G	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=30;PP=1705;SC=TCTGTCACAGGTGGAGCTGAG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=78;WE=7292115;WS=7292097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	7293715	rs3744549	C	T	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=27;PP=1404;SC=TAACTGGTGACGGCAGAGGGC;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=7293723;WS=7293705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	7297388	.	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=-0.512;SC=TCCGTGGGGGGGATAACGGAG;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=10;WE=7297396;WS=7297378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr17	7297452	rs4613118	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	7306727	rs17882626	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=0.460;SC=AAAAACAGAAACGAAGGGATG;SOR=0.907;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=28;WE=7306735;WS=7306717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr17	7307074	rs71370494	G	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.790;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr17	7307103	.	A	AC	61.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr17	7318396	rs2241233	C	T	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=618;ReadPosRankSum=0.759;SC=GAGAGGACAGCGCTGAAGCTG;SOR=1.018;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=39;WE=7318404;WS=7318386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr17	7318559	rs6503019	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=309;SC=TGGCAAGGAGGGATGGGCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=7318567;WS=7318549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	7320142	rs3752031	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.146;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=135;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CTTGCTGTCCCCCTGTCTCTC;SOR=0.038;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=9;WE=7320150;WS=7320138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr17	7321067	.	C	T	72	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=72;QD=35.5904041824;SC=CTCCCACCGCCACCAGCCACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=7321075;WS=7321057;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr17	7352163	rs17806566	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=472;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCTTACTCTTTATCCTTAATC;SOR=0.415;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=24;WE=7352171;WS=7352153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr17	7358803	rs7214344	G	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	7365219	.	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.67;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr17	7385174	rs8065577	G	C	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=667;SC=TTCTAGCTCCGAAGAGTTCCT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=7385182;WS=7385173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	7385454	rs3760422	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.156;NF=14;NR=20;PP=512;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GGGCCTGCCTGCTGGCTTCGT;SOR=0.992;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=34;WE=7385462;WS=7385444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr17	7400041	rs9890920	C	T	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=18;PP=1087;SC=AGGGAAATGGCCCACCCTCTG;SOR=1.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=57;WE=7400049;WS=7400031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	7400137	rs9898024	T	C	4437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=47;PP=2109;SC=TGGCCTAGAGTTGTATGCGGA;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=108;WE=7400145;WS=7400127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	7402556	rs2277638	G	A	5537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=67;PP=2568;SC=TCAAGGTTTCGCTGCAGACAT;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=141;WE=7402564;WS=7402546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	7402600	rs2228129	T	C	6217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=68;PP=2476;SC=TTAACTGTAGTGTGACAACTC;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=75;TCR=68;TR=143;WE=7402608;WS=7402590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	7403942	rs12936464	A	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=602;SC=TGTCTGCCTTACTCTTTGTCT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=7403950;WS=7403932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	7404107	rs7217707	T	C	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=50;PP=2400;SC=GTACCCACAGTACCCATCCCG;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=117;WE=7404115;WS=7404097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	7404209	rs6503030	G	A	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=51;PP=2041;SC=GAATTTGGACGTGGGAGCCAG;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=93;WE=7404217;WS=7404199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	7404506	.	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.964;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.135;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=328;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TTTCTTTCCTCCTTGGATTTG;SOR=1.360;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=19;WE=7404514;WS=7404496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr17	7404991	rs2228130	T	C	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=38;PP=1542;SC=CTGAATACAATAACTTCAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=7404999;WS=7404981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	7405074	rs8075218	C	T	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NR=30;PP=1061;SC=TTTCCATATACGGGGCCGCTG;SOR=0.908;Source=Platypus;TCR=30;WE=7405082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	7405937	rs2071504	C	T	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=609;ReadPosRankSum=-1.187;SC=AGCTGCGCTACGGCGAAGACG;SOR=0.889;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=47;WE=7405945;WS=7405927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,61:0.43:143
chr17	7406343	rs9890028	T	C	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=163;SC=ACCACTGTACTTGGTCGGCTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=7406351;WS=7406340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	7411855	rs4796432	A	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=536;SC=TCAACTGGGTATGGTGGCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=22;WE=7411863;WS=7411845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	7412212	rs9889368	A	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=9;PP=726;SC=GTTAGAAGAGACGTTTAGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=7412220;WS=7412202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	7412403	rs2228133	T	C	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=661;ReadPosRankSum=0.997;SC=TGCCTGACTTTGATGTGGCCC;SOR=0.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=60;WE=7412411;WS=7412393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,102:0.45:225
chr17	7413038	rs2269459	A	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-1.223;SC=TGCAATCAACATTGAGGGGCG;SOR=0.497;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=16;WE=7413046;WS=7413028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr17	7413057	rs7213878	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=1.687;SC=CGGCCAGGCGCGGTGGCTCAC;SOR=0.282;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=14;WE=7413065;WS=7413047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr17	7413120	rs7218412	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=241;SC=ACCTGAGCTCAGGAGTTCGAG;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=7413128;WS=7413110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	7414958	rs2071502	G	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=84;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CTGGCTCTCAGGCCCCTCATT;SOR=1.093;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=8;WE=7414966;WS=7414948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr17	7417086	rs4344809	G	A	19196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=259;NR=239;PP=2965;ReadPosRankSum=0.497;SC=CTACAGCCCAGCCTCACCCAA;SOR=0.255;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=503;TCF=264;TCR=239;TR=498;WE=7417094;WS=7417076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,769:1.00:770
chr17	7417551	rs9533	T	C	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=86;PP=1917;SC=CCCGTGCTGCTGTGCAGTTCT;SOR=3.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=18;TCR=86;TR=104;WE=7417559;WS=7417541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	7452977	rs9899183	C	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=8;PP=235;SC=TGCATGGGTGCGTGTCTGCAG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=7452985;WS=7452967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	7460517	rs3803798	G	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=607;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CCACTGCGGCGAGTTCCCTCG;SOR=0.556;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=36;WE=7460525;WS=7460507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr17	7460559	rs4968189	T	G	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=29;PP=1137;SC=AGGTGTCTGGTCTGTTGGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=7460567;WS=7460549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	7460685	rs1128963	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=335;ReadPosRankSum=0.982;SC=TGGTCTCCCCGCAGTCGTCCC;SOR=0.848;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=32;WE=7460693;WS=7460675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr17	7462969	rs3803800	A	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=372;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GCCTGGGAGAATGGGGAGAGA;SOR=0.853;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=24;WE=7462977;WS=7462959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr17	7467617	.	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=185;ReadPosRankSum=-2.755;SC=TTCATTGAGCCTTTACAATAT;SOR=0.148;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=11;WE=7467625;WS=7467607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr17	7468216	rs4968212	T	C	6737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=74;PP=2965;SC=CTCTCTCCCTTCTCCGACTCC;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=154;WE=7468224;WS=7468206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	7468688	rs8068222	G	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=174;ReadPosRankSum=-0.959;SC=GTATTCCAGGGAGTAGTAGGT;SOR=1.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=11;WE=7468696;WS=7468681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr17	7470285	rs58837213	CA	C	2451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=28;PP=1511;SC=AACTCCGTACCAAAGGGTTAT;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=7470293;WS=7470275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	7474277	rs4968213	C	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=16;PP=406;SC=GGCCACCTCCCCTAGCTCTGA;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=7474285;WS=7474267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	7477938	rs1057086	G	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=155;SC=GCATCTACGCGTATGGTTTTG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=7477946;WS=7477928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	7478498	rs78553499	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=0.447;SC=TTGCCATATCGATTCTGCAGC;SOR=0.250;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=8;WE=7478506;WS=7478488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr17	7480547	rs2270341	T	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.392;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr17	7484782	rs17607	G	A	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=2.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,132:0.43:309
chr17	7487108	rs2075230	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=206;ReadPosRankSum=-1.033;SC=CGGGAGGCGGAGTGTCCGCAG;SOR=0.351;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=18;WE=7487116;WS=7487098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr17	7490379	rs2302661	G	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr17	7491546	rs78555071	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=104;ReadPosRankSum=-0.200;SC=TTGTATGTTGTGCGGCTCTCC;SOR=1.005;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=13;WE=7491554;WS=7491536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr17	7495378	rs71387972	GTC	G	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=205;ReadPosRankSum=1.330;SC=TCATGATCCAGTCTCTCTTAC;SOR=0.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=7495387;WS=7495368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr17	7499382	rs858526	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.413;SC=GACCCTTTGCATAACTTAAAT;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=6;WE=7499390;WS=7499372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr17	7530147	rs858521	G	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.594;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr17	7530271	rs858520	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=235;ReadPosRankSum=-1.300;SC=CCCGATATTCCGGCATCACAT;SOR=0.877;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=20;WE=7530279;WS=7530261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr17	7531252	rs148963195	T	TC	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-2.442;SC=CACGGCCGCGTCCCCCCCAAG;SOR=0.489;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=6;WE=7531260;WS=7531242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr17	7554772	rs1642762	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=1.415;SC=AGGGCTTCAGCGCGCGGCGCC;SOR=1.309;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=7554780;WS=7554762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr17	7557419	rs1642763	A	G	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.635;SC=GCCGCCCTGGACGCTATTACG;SOR=0.615;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=107;TCR=91;TR=87;WE=7557427;WS=7557409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,148:0.48:309
chr17	7557834	rs1642764	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr17	7565354	.	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-2.150;SC=GAGAGAGACGGAGTCTCACTT;SOR=0.685;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=7;WE=7565362;WS=7565344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr17	7578115	rs1625895	T	C	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=15;PP=847;SC=ACTGCTCACCTGGAGGGCCAC;SOR=1.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=7578123;WS=7578105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	7578645	rs2909430	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	7578711	rs141204613	CTTT	C	231.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.17;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	7579472	rs1042522	G	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=15;PP=657;SC=AGGGGCCACGGGGGGAGCAGC;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=7579480;WS=7579462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	7579643	rs146534833	CCCCCAGCCCTCCAGGT	C	5367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.09;QD=44.00;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	7579801	rs1642785	G	C	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=41.630;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;MQRankSum=0.535;QD=16.85;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,93:0.92:101
chr17	7630505	rs11867551	T	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=267;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CACAGGAGCATGATGCCATTC;SOR=0.904;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=30;WE=7630513;WS=7630495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr17	7637688	.	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=151;ReadPosRankSum=-1.093;SC=GCTGACAATGGAGTTGGGTTA;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=10;WE=7637696;WS=7637678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr17	7640300	rs150748195	A	AAAAT	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.857;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr17	7646166	rs2642160	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GCATGCGCGCATGTGTAGGTC;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=7646174;WS=7646160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr17	7646266	.	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=158;ReadPosRankSum=1.624;SC=GTGCTCATTTCCTGCCCCGTA;SOR=0.716;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=13;WE=7646274;WS=7646256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr17	7660622	rs62062621	C	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	7663232	rs148215103	C	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=755;ReadPosRankSum=0.888;SC=CAAGTTACATCGTGAACCCAT;SOR=0.567;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=53;WE=7663240;WS=7663222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,82:0.57:145
chr17	7677927	rs4791759	A	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=0;PP=240;SC=CATGTTAGACAGTCTGGGGAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=7677935;WS=7677922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	7680159	rs62059684	G	A	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=486;ReadPosRankSum=1.450;SC=TGCTGACAGCGAAGGAGCGGG;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=34;WE=7680167;WS=7680149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,73:0.46:160
chr17	7681412	rs7359662	C	G	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=25;PP=1302;SC=ATGACTGTGTCATCCGCCAGA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=66;WE=7681420;WS=7681402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	7681653	.	G	A	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.884;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=47;PP=1371;ReadPosRankSum=0.655;SC=CTCCCCCAAAGGCCCTGCAGG;SOR=0.956;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=77;WE=7681661;WS=7681643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,138:0.62:223
chr17	7682753	.	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=1.113;SC=TAGGTGGCAGGGAGTGGATGG;SOR=0.495;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=7682761;WS=7682743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr17	7695776	.	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=1.169;SC=AGGTGGGTCCCAGAGAAGGGC;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=7695784;WS=7695766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr17	7700712	rs1565817	C	T	9066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=94;NR=109;PP=2965;SC=AGTTCCCTGCCCACAGAGTCT;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=203;WE=7700720;WS=7700702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr17	7702357	rs12949280	C	T	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=7;PP=904;SC=CCACCTGACCCGCTGCCCCCG;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=7702365;WS=7702347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	7705042	.	CC	TT	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=898;ReadPosRankSum=-0.996;SC=AGCCCCTCCTCCCCACCTCTC;SOR=0.737;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=23;WE=7705051;WS=7705032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr17	7705089	rs4791834	C	G	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=20;PP=741;SC=CGCCTCTCATCTCTCATCGCA;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=7705097;WS=7705079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	7707643	.	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr17	7708096	rs9889268	G	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=237;SC=CCCTGGGGGCGGAGGTTGCAG;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=7708104;WS=7708086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	7720091	rs11078708	G	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CTTTCACTCTGCTCGCCACTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=7720099;WS=7720081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr17	7721030	rs872346	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=517;ReadPosRankSum=-0.262;SC=GGCAACAGGTGAGGGTGCTGC;SOR=0.689;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=39;WE=7721038;WS=7721020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,68:0.37:182
chr17	7722365	rs7213894	C	T	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=32;PP=940;SC=GAGATCAACACTGACTTGGCG;SOR=1.058;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=52;WE=7722373;WS=7722355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	7726665	rs55758061	C	CAG,CAGAG	1067.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.4998;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7,7;NR=9,9;PP=349,33;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GAGAAAAATACAGAGAGAGAG;SOR=1.214;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=16,16;WE=7726673;WS=7726655;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.21,0.73:33
chr17	7733555	rs7405476	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=2;PP=666;SC=TGTACATGGCAGTGCTAGTGG;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=7733563;WS=7733545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	7733833	rs34121753	A	G	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=40;PP=1128;SC=AGGGGTCCTCATCCCAGCCCT;SOR=1.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=7733841;WS=7733823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	7750177	rs61462443	T	TACCACC,TACC	2313.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.123;NF=1,1;NR=43,43;PP=51,1817;ReadPosRankSum=-1.178;SC=CCACCACCATTACCACCACCA;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=10;TCR=63;TR=44,44;WE=7750194;WS=7750167;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.98:58
chr17	7750211	.	A	ACCACCC	1455	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=57.86;NF=1;NR=42;PP=1455;QD=33.9534883721;SC=CACCACCACCACCACCCCTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=43;WE=7750219;WS=7750201;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:51,43:0.46:94
chr17	7754993	rs12939056	G	A	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=51;PP=1869;SC=AGGAGCTGCTGAAGCTGCCCG;SOR=1.109;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=84;WE=7755001;WS=7754983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	7788409	rs201772788	C	G	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=18;PP=510;SC=CAGGTAAGCGCCCGCCCCGAC;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=7788417;WS=7788399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	7788427	rs191420949	C	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-2.466;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr17	7794202	rs12450454	C	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=134;ReadPosRankSum=-0.264;SC=GGCCTGTGTGCGGCCTGGAAT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=12;WE=7794210;WS=7794192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr17	7801509	rs9889962	C	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr17	7804405	rs62062524	G	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=0.559;SC=CACAGGGGTGGAGCTGGGCTG;SOR=0.381;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=10;WE=7804413;WS=7804395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr17	7806529	rs7222046	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.280;SC=AGGCAGCTCTATGGGCAGCTT;SOR=1.670;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=13;WE=7806537;WS=7806519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr17	7807240	rs61744840	C	T	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=426;ReadPosRankSum=-2.218;SC=AGGACACTGACGTGCAGAACA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=30;WE=7807248;WS=7807230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr17	7810661	rs201488618	C	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=340;ReadPosRankSum=1.064;SC=ACCCCATTGTCCTCTTCCAGG;SOR=1.247;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=21;WE=7810669;WS=7810651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr17	7811998	rs4239111	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=436;ReadPosRankSum=0.631;SC=TGATGGTTCCTTTTCCTTCAT;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=28;WE=7812006;WS=7811988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr17	7812870	rs5819185	CA	C	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=337;ReadPosRankSum=-1.303;SC=TGATAGCATTCACATCCGTGC;SOR=0.915;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=10;WE=7812878;WS=7812860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr17	7828275	rs4444395	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=167;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TGTTGCCCAGACTGTTCTCGA;SOR=0.904;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=11;WE=7828283;WS=7828265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr17	7828558	rs10852894	G	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr17	7828870	rs4396585	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.374;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr17	7829051	.	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr17	7829087	rs112531903	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=382;ReadPosRankSum=0.363;SC=GACAAAGATAGGGGACCGGGG;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=23;WE=7829095;WS=7829077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr17	7830610	rs9908139	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=0.532;SC=ATAATCCCTGGGGTCCTCTCA;SOR=0.188;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=7;WE=7830618;WS=7830600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr17	7832766	rs9898955	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr17	7840579	.	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.825;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr17	7840679	rs4791987	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=2.594;SC=AATTTGAGTTGCACCAGAGCA;SOR=1.341;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=7840687;WS=7840669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr17	7843053	rs11078719	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=342;ReadPosRankSum=-0.815;SC=CCAGGCTCAGCTGGAAAGGGA;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=29;WE=7843061;WS=7843043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
chr17	7846684	rs7207022	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=0.134;SC=GATTTGGGCCGTTATCCCACC;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=21;WE=7846692;WS=7846674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr17	7847837	rs62623385	A	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.407;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=644;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GCAGAGTGGGAACCAGCAGCT;SOR=1.140;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=46;WE=7847845;WS=7847827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,55:0.40:136
chr17	7847955	rs11650083	C	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=0.036;SC=CCCAACCCTCCAGTACGCCTT;SOR=0.188;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=7847963;WS=7847945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr17	7849087	rs4462665	C	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=403;ReadPosRankSum=2.251;SC=CTCAGGAGCCCGAGAAGGAGG;SOR=0.600;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=32;WE=7849095;WS=7849077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr17	7852528	rs7211792	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=149;ReadPosRankSum=0.542;SC=CACTGACCAGCTCCTTCACCT;SOR=1.329;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=14;WE=7852536;WS=7852518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr17	7852887	rs7217194	T	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr17	7906519	rs61749665	G	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr17	7910896	.	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-2.007;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr17	7916676	rs72841481	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.434;SC=ATGAAACTCAATTATACGGAG;SOR=1.136;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=13;WE=7916684;WS=7916666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr17	7918490	rs3813585	T	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=538;SC=CCAGACCTCCTGTCCCTTATT;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=7918498;WS=7918480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	7948175	rs6503070	C	T	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=32;PP=1266;SC=GGCAGGAGGACGCCTTCTTCG;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=7948183;WS=7948165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	7949043	.	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.142;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=1.271;SC=TGTGCCCATGCCTCTGTGCCT;SOR=0.096;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=7949051;WS=7949033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr17	7950377	rs11541083	C	T	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	7950952	rs9898751	C	A	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=19;PP=1006;SC=TCACCTGCTCCGCCAAGCATG;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=47;WE=7950960;WS=7950942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	7951819	rs4792147	A	G	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=45;PP=1592;SC=GAGCGGAACCAGGGCCTGGTG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=96;WE=7951827;WS=7951809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	7960380	rs8072641	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=284;SC=ACGGTCTCCTTGAACCCAGGT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=7960388;WS=7960370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	7960412	rs140331091	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=135;ReadPosRankSum=1.476;SC=TGAGCGTGGTCGTTGTGAAGA;SOR=0.425;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=9;WE=7960420;WS=7960402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr17	7960625	rs9896256	C	T	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=28;PP=1178;SC=AGAGCAATATCGTCCTTGGTT;SOR=0.897;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=64;WE=7960633;WS=7960615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	7961129	rs7214975	G	A	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=101;SC=CAGGAACCACGAGCGCATGGT;SOR=1.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=7961137;WS=7961119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	7977105	rs12937410	A	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=32;PP=915;SC=CCCAGGCGACATCAGTCGTGC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=7977113;WS=7977095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	7979463	rs2289586	A	G	6581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=56;PP=2612;SC=TGTCCACCCTAAGAGCCACCC;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=129;WE=7979471;WS=7979453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	7983799	rs2304907	A	G	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=25;PP=793;SC=ATGTCTCAAGATCTTTGCATC;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=42;WE=7983807;WS=7983789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	7983969	rs2304908	G	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=378;SC=CACTCACACGGACTCACATGG;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=7983977;WS=7983959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	7989346	.	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=0.053;SC=GTGGCCTCCCGGAGTGCCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=10;WE=7989354;WS=7989336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr17	7990567	.	C	CACACACAG	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.72;MQRankSum=4.267;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.851;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr17	7990569	.	C	CACACAG	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=5.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.56;MQRankSum=-2.208;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.221;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,10:0.15:67
chr17	7990577	rs7504003	G	C	3227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.34;QD=38.43;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	7991330	rs9909784	T	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=1;PP=224;SC=CGGGGGAGGGTAGGGGGAGGG;SOR=3.500;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=12;WE=7991338;WS=7991320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	7999957	rs3809881	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=1.046;SC=AGATGGAGACGCTGTTCTCAA;SOR=0.735;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=8;WE=7999965;WS=7999947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr17	7999980	.	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=0.120;SC=AGGGGAGGGTCCAGGTAGGTG;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=10;WE=7999988;WS=7999970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr17	8007650	rs2289587	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=50;ReadPosRankSum=0.000;SC=CACCGAGCCATGACTGTCTTG;SOR=1.085;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=8007658;WS=8007640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr17	8007683	rs2289588	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGGATGGCCACCACCAAGATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=8007691;WS=8007673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr17	8015342	.	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr17	8015579	rs894505	G	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.390;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr17	8027593	rs3027279	G	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=30;PP=790;SC=AAACTGGCCTGGGAGTGCGGG;SOR=1.392;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=42;WE=8027601;WS=8027583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	8045006	.	TCCCTTGAACTTGAGCTCAATTCTTTTTTCTCC	T	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=9.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.922;QD=14.42;ReadPosRankSum=-1.323;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr17	8045060	.	CT	C	402	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=23;MQ=58.77;NF=13;NR=11;PP=402;QD=17.7916666667;SC=GAGCTCAATTCTTTTTTCTCC;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=24;WE=8045068;WS=8045050;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,24:0.59:41
chr17	8046772	rs2585405	C	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	8048010	rs2289591	C	A	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.585;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,146:0.46:318
chr17	8048169	rs2253820	T	C	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=32;PP=746;SC=CTTCCTTCTGTGTGTGCAGGG;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=8048177;WS=8048159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr17	8051639	rs10462024	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=-1.082;SC=TCAGCCCTCCACTCTGCCTGG;SOR=0.307;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=8051647;WS=8051629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr17	8052415	rs56408410	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.615;NF=4;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=1.748;SC=GCTGAGGCAGGAGAATCGCTT;SOR=0.399;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=8052423;WS=8052405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr17	8052525	rs147233293	CAAAAACA	C	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.94;MQRankSum=3.800;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
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chr17	8059756	.	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.386;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=43;PP=869;ReadPosRankSum=1.311;SC=ACCCATGCCCCGTGCCGCGTG;SOR=0.840;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=17;TCR=90;TR=50;WE=8059764;WS=8059746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,56:0.50:111
chr17	8064083	rs1061032	T	G	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=2;PP=110;SC=TCCAGGGGAGTGGGGGCTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=8064091;WS=8064071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	8064779	rs75664430	C	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=263;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CGGCCATTCTCACCCTACTCA;SOR=0.373;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=17;WE=8064787;WS=8064769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr17	8076741	rs72479723	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=-1.478;SC=GCTAATCAGCATAACACAAAT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=8076749;WS=8076731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr17	8076778	rs9894790	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=-0.856;SC=AAGAATCAGACAGGAGCAATC;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=7;WE=8076786;WS=8076768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr17	8076802	rs9901637	T	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=119;ReadPosRankSum=-1.305;SC=GTGTTGCAAGTCCTGATTACG;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=11;WE=8076810;WS=8076792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr17	8076911	rs11655582	A	G	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	8076911	.	ACAAACA	GCAAACC,GCAAATA	954	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=15,8;NR=14,8;PP=954,429;QD=34.740271547;SC=GACGATACAGACAAACAGCCG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=29,16;WE=8076925;WS=8076901;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.59:49
chr17	8076916	rs11650713	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=1.833;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr17	8076917	rs56346215	A	C	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.58;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr17	8079029	rs8064449	G	C	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=54;PP=2766;SC=AGGGAGTCCTGATAGAAGTGG;SOR=0.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=77;TCR=56;TR=131;WE=8079037;WS=8079019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	8090469	.	C	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.121;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=704;ReadPosRankSum=-0.403;SC=TCCTAAGCGTCTTTCCGGCGG;SOR=1.054;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=36;WE=8090477;WS=8090459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr17	8092694	rs8531	T	G	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=42;PP=1442;SC=CGGGGTCGATTGGGGGAATGG;SOR=1.337;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=64;WE=8092702;WS=8092684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	8108331	rs1059476	A	G	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.58;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	8108331	.	ATGGGCACG	GTGGGCACA,GTGGGCACG	730	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=28,51;NR=23,38;PP=730,406;QD=15.3621151934;SC=CTGGGCTCCCATGGGCACGGA;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=51,89;WE=8108347;WS=8108321;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:89
chr17	8108339	rs2241909	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr17	8108709	.	C	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=386;ReadPosRankSum=2.132;SC=TGTCTTCCTCCTGGGAGGGAT;SOR=0.555;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=32;WE=8108717;WS=8108699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,51:0.43:119
chr17	8110764	rs2289590	C	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=0.955;SC=CTTCCTCATCCCATCCTGTCC;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=5;WE=8110772;WS=8110754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr17	8132763	rs3826543	T	C	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=29;PP=659;SC=GGCAGGGGAATGCTAAATAAA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=45;WE=8132771;WS=8132753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	8134458	.	C	CA	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=47;QD=30.5;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=2;WE=8134466;WS=8134448;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
chr17	8135061	rs3027238	T	C	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=29;PP=1202;SC=CCAGGAGCTATGAGTCGGTAC;SOR=0.937;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=73;WE=8135069;WS=8135051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	8137737	rs4792621	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	8138643	rs12603646	A	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=1.483;SC=AGAGATGAAGACCCCAACTCA;SOR=0.954;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=24;WE=8138651;WS=8138633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr17	8139327	rs4791626	A	G	5478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=53;PP=2390;ReadPosRankSum=-0.874;SC=CCTCTTTGAAAACCCACATTT;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=115;WE=8139347;WS=8139317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr17	8139339	rs66582670	T	C	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=838;ReadPosRankSum=-1.066;SC=CCCACATTTCTGGCCCCTCAA;SOR=0.828;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=66;WE=8139347;WS=8139317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,121:0.55:220
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chr17	8141324	rs11655903	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=-1.170;SC=ACAGCGCCCCTGCCATGCCTA;SOR=0.317;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=10;WE=8141332;WS=8141314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr17	8141707	rs6503093	T	C	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=35;PP=1261;SC=ACCTTCCACTTACCTCACAGC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=65;WE=8141715;WS=8141697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	8157310	rs9891699	C	T	5661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=72;PP=2638;SC=GGGGGCAGCCCCTGGACACAC;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=83;TCR=72;TR=155;WE=8157318;WS=8157300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	8158273	rs6503094	A	G	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=13;PP=763;SC=AGACAGCAGTAGGCAGGATCC;SOR=1.390;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=39;WE=8158281;WS=8158263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	8159232	rs7221716	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	8161149	rs4791641	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr17	8166378	rs7206953	T	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=19;PP=1005;SC=GGGGAGCGTATAGGAGCTTCC;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=8166386;WS=8166368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	8166639	.	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.549;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=2.148;SC=TGCCAGGTTTCGTTTAGGGAG;SOR=2.147;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=12;WE=8166647;WS=8166629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr17	8167060	rs112902379	C	G	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=608;ReadPosRankSum=-1.768;SC=TGCCCACTGGCCCTTCTCTTT;SOR=0.652;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=48;WE=8167068;WS=8167050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,66:0.37:177
chr17	8167600	rs11078738	T	C	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=37;PP=1458;SC=CCGACACCCCTGCCAACCCCT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=81;WE=8167608;WS=8167590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	8167962	rs78296773	G	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=-1.739;SC=TCCTTCCTCCGCTCAGCCTCT;SOR=0.260;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=8167970;WS=8167952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr17	8168224	rs9902252	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=8;PP=614;SC=TGGACCGCTCTGTGGGAGGCC;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=8168232;WS=8168214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	8168805	rs9897842	A	G	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1293;ReadPosRankSum=-1.031;SC=TGGGAGCCCCAGGGAGGGGAG;SOR=0.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=81;WE=8168813;WS=8168795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr17	8169006	rs11655563	T	C	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=1107;ReadPosRankSum=1.230;SC=GTGATCTTTGTTTGGCTCCTG;SOR=0.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=50;WE=8169014;WS=8168996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr17	8170087	.	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.9969;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=328;ReadPosRankSum=2.093;SC=CTGTGCTGTTCGCTGAGGAGC;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=20;WE=8170095;WS=8170077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr17	8193473	rs11245	G	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=4;PP=73;SC=TGGGTCTCTCGATTCCCTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=8193481;WS=8193463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	8194318	rs72835272	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr17	8194318	.	GT	AC	146	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=59.93;NF=11;NR=8;PP=146;QD=10.4983092033;SC=GAGGAAGAGCGTTGTCAACCA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=19;WE=8194327;WS=8194308;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:33,19:0.37:52
chr17	8194319	rs6503098	T	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.66;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	8215534	rs3744651	C	T	5169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.694;SC=CAATGTGCACCCCCATCTTCT;SOR=0.739;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=282;TCF=125;TCR=157;TR=193;WE=8215542;WS=8215524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,259:0.65:401
chr17	8216468	rs871841	T	C	4614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=74;PP=2060;ReadPosRankSum=0.415;SC=CTCCTGCCACTCCTCAAGCCT;SOR=0.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=69;TCR=152;TR=107;WE=8216476;WS=8216458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,224:0.55:408
chr17	8216737	rs2302867	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=203;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TATAGTAACCATCCCTGCTGG;SOR=0.472;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=13;WE=8216745;WS=8216727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr17	8218619	.	G	A	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1139;ReadPosRankSum=0.410;SC=GTGGGAGATGGGAGGGGGGTG;SOR=0.432;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=69;WE=8218627;WS=8218609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,88:0.69:128
chr17	8219478	rs2270445	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=0.170;SC=TACCTGTCCCAGCTGCGGCCG;SOR=1.307;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=17;WE=8219486;WS=8219468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr17	8224133	rs3744646	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CCCCACCTCATTGGAGCCTCT;SOR=0.948;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=8224141;WS=8224123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr17	8224276	rs3744647	T	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=662;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GGCTGTTGGATCTTCTTCAGG;SOR=0.595;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=42;WE=8224284;WS=8224266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,65:0.53:123
chr17	8243469	rs12943505	T	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GGAGGCAGGATGGGGCACAGG;SOR=0.639;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=25;WE=8243477;WS=8243459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr17	8243661	rs12601097	G	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=636;ReadPosRankSum=0.703;SC=ACTATTGGTCGTGGCCTTCTC;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=47;WE=8243669;WS=8243651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,85:0.62:138
chr17	8243785	rs12936935	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.437;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr17	8275023	rs1004151	T	G	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	8283379	rs409445	C	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=-1.352;SC=AAAGAGCCCACTTCGGCAACC;SOR=1.276;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=14;WE=8283387;WS=8283369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr17	8296383	rs12601362	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=207;ReadPosRankSum=-0.801;SC=GGGAGCTGGGCGCTCTGGCCC;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=17;WE=8296391;WS=8296373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr17	8296440	rs12601265	G	A	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=14;PP=723;SC=CTCCAGGCAGGGGAGGAGGCG;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=8296448;WS=8296430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	8339103	rs8065181	C	T	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=8;PP=366;SC=CCCCCTGTGACACCAGCCCCG;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=16;WE=8339111;WS=8339093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	8339283	rs3744652	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.501;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=185;ReadPosRankSum=0.918;SC=CTGAGCCGAGCGGCTGGGCGG;SOR=0.855;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=15;WE=8339291;WS=8339273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr17	8339307	rs8064417	G	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=415;SC=TGGCCGGGCCGGCGGAGGGGA;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=8339315;WS=8339297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	8349984	rs369297844	T	TC	196.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	8366657	.	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=331;ReadPosRankSum=0.177;SC=AGTCATATTTCCCACGTTGTT;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=24;WE=8366665;WS=8366647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr17	8383253	rs4791316	G	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=199;SC=GTCCTCCCAGGCTCTGAATGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=8383261;WS=8383249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	8383344	rs3215073	G	GC	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.433;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr17	8383894	rs6503120	A	G	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=24;PP=705;SC=AGCACAGCACAGGAGCCTCAG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=8383902;WS=8383884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	8384875	rs904417	T	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=211;SC=AATTAAACTGTCAAGAAAATC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=8384883;WS=8384865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	8387438	rs113838551	G	GATGA	3053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=12;PP=1705;SC=TGAACAAATGGATAAGTAACA;SOR=1.478;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=30;WE=8387446;WS=8387428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	8390655	rs7219356	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=-1.774;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr17	8390733	rs3826463	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=1.066;SC=CAGAGACTCCATGGGTGAAGG;SOR=0.340;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=14;WE=8390741;WS=8390723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr17	8393900	rs2270744	G	C	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=606;ReadPosRankSum=0.411;SC=GGAAAGAGTTGACCGGGGTGG;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=31;WE=8393908;WS=8393890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr17	8393979	rs2270743	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=1.561;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=1.773;SC=CCACTTTGGTCCCCCTGGGCC;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=15;WE=8393987;WS=8393969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr17	8395894	rs904416	T	C	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	8396010	rs3744653	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=79;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TATCACATTTAAATGCCTTTA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=8396018;WS=8396000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr17	8397315	rs2277670	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=254;ReadPosRankSum=0.305;SC=TGCATGAGAACGCCCAGTGAC;SOR=0.560;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=15;WE=8397323;WS=8397305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr17	8398598	rs113134214	G	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=1.700;SC=TCAATAGTAAGCAAGCAGAAA;SOR=1.136;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=7;WE=8398606;WS=8398588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	8411812	rs11658073	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr17	8412133	rs9889907	A	G	394.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=1.499;SC=ACTGTACACAATCACATGCTG;SOR=3.092;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=8412141;WS=8412123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr17	8413314	rs36135285	CCA	C	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=0.167;SC=CGAGATTTGACCACACATTCA;SOR=0.313;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=23;WE=8413323;WS=8413304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,17:0.27:64
chr17	8413358	rs35193113	A	ATTT	329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=20.61;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
chr17	8413380	.	G	A	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=51;QD=14.2952020912;SC=TTTTTGACACGGAGTCTCGCT;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=6;WE=8413388;WS=8413370;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,6:0.32:19
chr17	8416901	rs11374	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.968;NF=26;NR=12;PP=604;ReadPosRankSum=1.836;SC=CTTCCACCTTCGTCTGCTTCT;SOR=1.114;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=38;WE=8416909;WS=8416891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr17	8417006	rs66631876	GT	G	757.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.291;QD=6.48;ReadPosRankSum=2.440;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
chr17	8424270	rs8067456	G	A	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=33;PP=1195;SC=CCAGGACACCGTTACAGCGAA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=8424278;WS=8424260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	8449716	rs35537538	TA	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.873;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.663;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr17	8449767	rs4791724	A	G	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=25;PP=979;SC=AAGACAGTTTATATTGATTCA;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=61;WE=8449775;WS=8449757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	8451744	rs57472344	GA	G	342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=102;SC=TTGATAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=8451752;WS=8451734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	8455532	rs883811	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=3.155;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr17	8473182	rs422173	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=-2.504;SC=TTAATCTAATGTCTTTACTCA;SOR=0.730;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=16;WE=8473190;WS=8473172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr17	8478586	rs10573578	CAAT	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-1.465;SC=ATGTTAACAACAATGATTTAT;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=8478596;WS=8478576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr17	8478605	rs268460	C	T	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=310;SC=ATGTGTTCCACAGGGAATTTG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=8478613;WS=8478595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	8479841	rs1431307	A	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=1.951;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr17	8633310	rs1971773	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr17	8638633	.	ATG	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,8:0.12:69
chr17	8644854	rs2288156	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.488;SC=TTCAGCTTGGCGCTCAGCCGC;SOR=0.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=20;WE=8644862;WS=8644844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,30:0.28:109
chr17	8647127	rs9895426	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr17	8647181	rs9902109	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-1.294;SC=TCCCACTTTCTACCCCATGCC;SOR=0.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=7;WE=8647189;WS=8647171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr17	8647337	rs7218546	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.887;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr17	8647931	rs10852904	G	C	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,82:0.41:201
chr17	8700982	rs2242373	C	T	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1095;ReadPosRankSum=0.738;SC=CCTCTCCATGCGGGGAGTGGC;SOR=0.807;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=167;TCF=89;TCR=78;TR=79;WE=8700990;WS=8700972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,109:0.43:255
chr17	8706496	rs28537446	C	T	173.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.38;ReadPosRankSum=1.061;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr17	8725214	rs56322041	A	AG	4726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=58;PP=2691;SC=AGTGGCCCGCAGGAAACGGTG;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=63;WE=8725222;WS=8725204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	8726160	rs2074258	A	G	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=211;SC=GGGGATCAAGAGCAGCCTTGG;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=8726168;WS=8726150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	8726320	.	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=117;ReadPosRankSum=0.786;SC=TACCTTTGGGGAATTTAGAAT;SOR=0.906;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=9;WE=8726328;WS=8726310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr17	8730618	rs201603369	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=555;ReadPosRankSum=-0.485;SC=GCTTCTGGGGGAAAGGGGATG;SOR=0.811;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=43;WE=8730626;WS=8730608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr17	8732926	rs62067965	C	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=469;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CATACACACACTGACACACGC;SOR=0.572;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=33;WE=8732934;WS=8732916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr17	8733075	.	G	A	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=442;ReadPosRankSum=-2.499;SC=GGCTGGGCAGGGGAATGCTTG;SOR=0.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=29;WE=8733083;WS=8733065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr17	8736394	rs12945801	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=307;ReadPosRankSum=-1.283;SC=GCCTGGGTCTTGGCCCAGCGC;SOR=0.949;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=21;WE=8736402;WS=8736384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr17	8736433	rs16957648	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=-0.479;SC=AAGCCAAGTCCGCAGGGCCCT;SOR=1.292;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=13;WE=8736441;WS=8736423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr17	8738553	rs2072089	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=-0.357;SC=AGGGACGAGGGCTGGGACTGA;SOR=0.892;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=8738561;WS=8738543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr17	8738575	rs1005898	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=2.438;SC=AAGGGGCTGCAGGCAGGGCCA;SOR=0.976;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=11;WE=8738583;WS=8738565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr17	8739735	.	A	C	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=21;QD=18.5904041824;SC=GACAAATATCATGGCTGGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=8739743;WS=8739725;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
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chr17	8742830	rs9910718	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=0.135;SC=CCCTTGCCCCCTGAGCTCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=8742838;WS=8742826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr17	8743118	rs16957654	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.875;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
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chr17	8787955	rs436384	T	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=420;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CAGCTCTGGGTCCAAGCTCTG;SOR=0.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=24;WE=8787963;WS=8787945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr17	8788154	rs454347	C	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=494;ReadPosRankSum=0.289;SC=CGGCTCCTCACGAACGCAGTG;SOR=1.145;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=31;WE=8788162;WS=8788144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr17	8791075	rs449373	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=66;ReadPosRankSum=0.641;SC=TTTGGGAGGCTGAGGTGGGTG;SOR=0.793;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=9;WE=8791083;WS=8791065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr17	8792029	rs381309	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=625;ReadPosRankSum=1.213;SC=GCAAGGGACAAGGTGGAGTCA;SOR=0.725;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=47;WE=8792037;WS=8792019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,56:0.41:136
chr17	8792514	rs394811	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=818;ReadPosRankSum=0.801;SC=TGGGGATGGTGTGGAGCTTCC;SOR=0.978;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=23;WE=8792533;WS=8792504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr17	8792525	.	C	T	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.846;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=818;ReadPosRankSum=0.929;SC=TGGAGCTTCCCTGGTTTTGCA;SOR=1.132;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=27;WE=8792533;WS=8792504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr17	8793905	rs365024	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=0.664;SC=ACACCCTCTATGAGGTCAGCC;SOR=1.688;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=8793913;WS=8793895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr17	8794002	rs364676	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=536;ReadPosRankSum=1.995;SC=AGGGAGAGGGTGCTACCTCCT;SOR=0.727;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=16;WE=8794022;WS=8793992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr17	8794014	rs381198	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=536;ReadPosRankSum=0.754;SC=CTACCTCCTCAGAGAGGTGCT;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=17;WE=8794022;WS=8793992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr17	8809075	rs92535	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr17	8812683	rs181534	T	C	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=62;SC=CTCAGCTCACTGCAACCTCTG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=8812691;WS=8812673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	9066366	.	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=-1.287;SC=CCGGGGAACATCAGTCCTCCC;SOR=1.911;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=15;WE=9066374;WS=9066356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr17	9083081	rs9907119	C	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=415;ReadPosRankSum=-0.490;SC=ATGCACTGGCCGCTTCCCCCT;SOR=0.663;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=24;WE=9083089;WS=9083071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr17	9083377	rs9906162	G	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=511;ReadPosRankSum=0.191;SC=TTTTTGGTTGGTTGAGTCTCA;SOR=0.945;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=37;WE=9083385;WS=9083367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr17	9083395	rs9906347	G	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=466;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TCACTGTGTCGCCCAGGCTGG;SOR=1.158;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=28;WE=9083403;WS=9083385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr17	9086228	rs2302196	C	A	3173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=1186;ReadPosRankSum=1.856;SC=TTGAACCTCACAAAGAGATCC;SOR=0.658;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=84;WE=9086236;WS=9086218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,161:0.51:314
chr17	9086293	rs2302197	G	C	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,88:0.56:157
chr17	9086561	rs16957995	C	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=0.410;SC=TACTTGTCCACCAGCTGCCCG;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=6;WE=9086569;WS=9086551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr17	9086676	rs16957998	T	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GGGCACAGGGTCGCACAAGCA;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=6;WE=9086684;WS=9086666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr17	9086708	rs62068199	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=-2.906;SC=GCCCAGGAGCTGGGCGTGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=5;WE=9086716;WS=9086698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr17	9086743	rs62068200	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr17	9153861	rs8974	G	C	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=19;PP=1088;SC=TCTGTCATTGGCAGGTGTCAC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=53;WE=9153869;WS=9153851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	9154078	rs17743659	G	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=23;PP=632;SC=CCTTCAGTTTGTACGAAGTGG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=9154086;WS=9154068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	9154118	rs17675967	C	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=10;PP=238;SC=TGGGGCGCCGCTGCTGCTACA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=9154126;WS=9154108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	9395033	rs6503214	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=276;SC=TGTAACAATCATTGACATTAA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=9395041;WS=9395023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	9395231	rs9893664	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=272;SC=CAAGGCCTGCGTCCTGTTCTG;SOR=1.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=9395239;WS=9395221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	9408290	rs60041570	C	CAAAAAAAAA	327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=46.82;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	9408594	rs2249929	A	C	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=110;SC=CAATTCAAACACAATTTATTG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=9408602;WS=9408584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	9408609	rs2125348	A	G	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=99;SC=TTATTGCATCATTAGTTTATG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=9408617;WS=9408599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	9471711	rs1133295	T	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=10;PP=265;SC=TCACCTTTTCTTTCATATTGA;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=9471719;WS=9471701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	9479048	rs7210038	T	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=391;ReadPosRankSum=-1.949;SC=TTGCCTGCTCTCCGGAAGCCC;SOR=0.513;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=29;WE=9479056;WS=9479038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,52:0.66:79
chr17	9479098	rs7224817	C	A	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=406;ReadPosRankSum=1.164;SC=CCGCCCTCACCCGGGACTCAC;SOR=0.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=32;WE=9479106;WS=9479088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,77:0.60:128
chr17	9479364	rs6503230	T	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=350;SC=TTAAAATTGTTAAATAGAAAC;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=9479372;WS=9479354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	9515777	rs6503235	G	A	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=51;PP=1554;SC=TGATGCTGTCGAGGATATTGT;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=90;WE=9515785;WS=9515767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	9603423	.	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=503;ReadPosRankSum=1.046;SC=GGAGACTGCTGAGCCCTGAAG;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=31;WE=9603431;WS=9603413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr17	9615442	.	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,34:0.34:100
chr17	9676291	.	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=217;ReadPosRankSum=-1.614;SC=GGCCCTGCTTCCTGGTGGGCG;SOR=2.049;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=14;WE=9676299;WS=9676281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr17	9710721	rs138330028	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=378;ReadPosRankSum=0.768;SC=CTATGACCAAGGTTGGTCATC;SOR=0.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=26;WE=9710729;WS=9710711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr17	9712092	rs56256681	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=4;PP=534;SC=TGTCCAGTCTGACACTCTGCT;SOR=1.911;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=9712100;WS=9712082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	9712255	rs9908677	G	A	3782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=50;PP=1592;SC=GTCAGTATCAGAACGATATCC;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=91;WE=9712263;WS=9712245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	9714009	rs4079466	C	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=24;PP=796;SC=AATTTCTAGCCCCTTAACTGG;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=9714017;WS=9713999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	9725091	rs28590474	G	A	8555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.22;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,219:0.57:385
chr17	9725091	.	GGC	AGT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=70;NR=55;PP=2944;QD=20;SC=TCACCGTTGAGGCTCTCCTCG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=227;TCF=125;TCR=102;TR=125;WE=9725101;WS=9725081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:102,125:0.55:227
chr17	9725093	rs28376468	C	T	8555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.66;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,222:0.56:395
chr17	9725279	rs9915294	C	T	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=844;ReadPosRankSum=-3.406;SC=CTTCACCACCCGTCGGGTCCC;SOR=0.306;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=94;TCF=23;TCR=71;TR=56;WE=9725287;WS=9725269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,75:0.60:124
chr17	9763563	.	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr17	9764531	rs2001486	A	G	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=19;PP=614;SC=GTAATTCACCAGGTGTTATTC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=9764539;WS=9764521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	9764547	rs12150176	C	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	9765514	rs12150273	G	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=474;SC=CCTTGAGAGAGAGAAGCTGAA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=9765522;WS=9765504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	9768941	rs756224	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=13;PP=1041;SC=TGCACACATAAGCCTCAAGTG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=9768949;WS=9768931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	9774057	rs17810279	T	G	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=21;PP=1032;SC=CTGCTCTTTTTTTCAAGGTCA;SOR=0.897;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=9774065;WS=9774047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	9783566	rs4791903	G	C	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=604;SC=ATGTTGTAGTGAAGGAGACCA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=9783574;WS=9783556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	9783855	rs2277690	A	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=25;PP=657;SC=TCTGAACCAAAATGCCTTGAC;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=9783863;WS=9783845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	9791375	rs17676067	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=388;SC=GTGGATGGGATGATGCTACGG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=9791383;WS=9791365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	9792768	rs17681684	G	A	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	9792872	rs17681708	T	C	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=56;PP=1691;SC=GGCTCCTACATCTAGCCATGC;SOR=1.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=9792880;WS=9792862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	9793240	rs17681738	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=6;PP=617;SC=ATCCTAATAACCCCCACCAGT;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=9793248;WS=9793230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	9793417	rs55789050	A	T	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=34;PP=1042;SC=GGGTGCGTGAAAACCTCCTAG;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=9793425;WS=9793407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	9801299	.	A	ATGTGTGTG	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	9801316	.	T	TGTGTGTGTGC,TGTGTGC,TGTGTGTGC	112.73	.	AC=1,0,0;AF=0.500,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.887;NF=7,7;NR=4,4;PP=68,155;ReadPosRankSum=-2.369;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGT;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=11,11;WE=9801324;WS=9801306;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.50:10
chr17	9801351	rs17744264	A	G	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=9;PP=547;SC=GTGTGTGTGCACAGGCGCTCA;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=9801359;WS=9801341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	9801370	rs16958933	A	G	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=14;PP=732;SC=CACGGGTGTCATGTGAGTGGT;SOR=1.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=46;WE=9801378;WS=9801360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	9801532	rs76286617	G	C	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=51;PP=1272;SC=CTGTGCATTGGGAAAAAATAT;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=91;WE=9801540;WS=9801522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	9801635	rs62064489	A	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=619;SC=TATCTATTATAAGAATATTGA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=9801643;WS=9801625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	9808571	rs2286531	T	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.267;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GGCCGCAGGCTGGGCTCAAGG;SOR=0.293;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=7;WE=9808579;WS=9808561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr17	9820695	rs4791910	C	T	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=45;PP=1435;SC=CTGTTAGAGACGGCGGCCAAG;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=9820703;WS=9820685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	9820739	rs11078821	A	G	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=27;PP=905;SC=TGCTGTCCTCACCTTAGTGTC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=9820747;WS=9820729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	9821249	rs11078822	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=533;SC=TAACCTGCCACGGCCTAGCGC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=9821257;WS=9821239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	9821614	rs61532416	G	GA	2071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=30;PP=1269;SC=TTTACTTCCTGAAATCCTGCT;SOR=3.306;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=30;WE=9821626;WS=9821604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	9821618	rs55976773	T	G	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=812;SC=CTTCCTGAAATCCTGCTCCGC;SOR=3.306;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=9821626;WS=9821604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	9939543	.	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr17	9943001	.	AAAAT	A	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr17	10204401	rs76865302	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=0.452;SC=TAAGGAATGGCGTTGTTTCCC;SOR=0.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=10204409;WS=10204391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr17	10205047	rs62060457	C	G	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=689;ReadPosRankSum=0.257;SC=GGGGGTATGACGCTGTAGAGC;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=44;WE=10205055;WS=10205037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,65:0.48:135
chr17	10205067	rs2008528	C	T	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=43;PP=1401;SC=CCTCTCAGTCCGATTATGAGG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=10205075;WS=10205057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	10214310	rs10852921	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=48;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GTTACTCCCAATGGAGACTCA;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=10214318;WS=10214300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr17	10214628	rs2074867	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.750;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=582;ReadPosRankSum=0.117;SC=CAGGGATGGGCGATTCATTCA;SOR=1.317;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=37;WE=10214636;WS=10214618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr17	10215410	.	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GATGACAAAGGGACATGGGAG;SOR=0.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=12;WE=10215418;WS=10215400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr17	10216299	rs139944816	T	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=-1.108;SC=CTAGGTGGAATGGACAGTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=10216307;WS=10216289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr17	10216442	rs4239113	C	A	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=26;PP=1080;SC=TGTCCTCGGGCCCCCTCTGCT;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=10216450;WS=10216432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	10216510	rs4791401	G	A	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.275;NF=29;NR=23;PP=772;ReadPosRankSum=0.956;SC=GCTGAATGGCGTCCGTCTCGT;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=52;WE=10216518;WS=10216500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,87:0.62:140
chr17	10216750	.	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=0.862;SC=AAATCGCTTTCCCCCAACTTG;SOR=0.553;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=9;WE=10216758;WS=10216740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr17	10219366	rs2240577	C	T	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=46;PP=1323;SC=AAAGTCAACACGAATGGGAAG;SOR=1.015;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=76;WE=10219374;WS=10219356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	10219470	rs2240578	A	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=398;SC=AACAAAAAAAAGTTCAGTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=10219478;WS=10219460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	10222061	rs2074872	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=287;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GCAGGTGGCCGTCGGCTGCCT;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=20;WE=10222069;WS=10222051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr17	10223714	rs2074877	T	C	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=28;PP=1205;SC=TCTAGATCCATAATGGATTCC;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=10223722;WS=10223704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr17	10224955	.	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=320;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CTCCTGTAGAGATTTCTTTTC;SOR=0.658;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=26;WE=10224963;WS=10224945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,39:0.38:103
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chr17	10231335	rs186137259	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=386;ReadPosRankSum=0.689;SC=TCGGCCTCTGCACTCTTCAGC;SOR=0.796;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=38;WE=10231343;WS=10231325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr17	10231498	rs2277645	A	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=0.782;SC=CTGCACCCCCAACCTGTCCCC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=10;WE=10231506;WS=10231488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr17	10235360	rs8064714	G	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=2.300;SC=GATCAGCTAAGAAGCAGCCCA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=10235368;WS=10235350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr17	10236465	rs2240579	G	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=384;ReadPosRankSum=1.550;SC=CGAGGACCCCGTTACAGCGCA;SOR=0.634;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=25;WE=10236473;WS=10236455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr17	10243589	rs4445936	C	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=689;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CATTTAGCAACTGCCATTTCA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=55;WE=10243597;WS=10243579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,76:0.54:141
chr17	10243717	rs3760423	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=0.650;SC=CTCCGGAGTCGCCTGGAGACA;SOR=1.247;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=11;WE=10243725;WS=10243707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr17	10247544	rs12453187	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=0.279;SC=CTGGCATGTACGCTCGGTGAG;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=10247552;WS=10247534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr17	10249888	rs34168540	G	GA	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=483;ReadPosRankSum=-1.424;SC=CTCTTAATGTGAAAGCTGATT;SOR=1.353;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=14;WE=10249896;WS=10249878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr17	10254197	rs2108568	A	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=19;PP=542;SC=TGGGTGGGTGAAGACTATGGG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=10254205;WS=10254187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	10258153	rs3214260	GT	G	1496.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.81;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr17	10258155	rs5010940	T	C	841.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr17	10263475	.	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=1.973;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr17	10267610	rs4791981	C	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=307;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TGAGCATGCCCATATTATCAA;SOR=0.993;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=28;WE=10267618;WS=10267600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr17	10297658	rs8069834	A	G	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=23;PP=826;SC=AGAGTGGCCCACAGCTCCTCG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=10297666;WS=10297648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	10298671	.	C	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=606;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TCATCCTTTTCTGCGATTTTT;SOR=0.838;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=48;WE=10298679;WS=10298661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,61:0.42:144
chr17	10303144	rs3815314	G	C	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=3;PP=103;SC=TAGGCATGGCGAGTGCATAGT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=10303152;WS=10303134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	10304261	rs3744552	G	A	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=18;PP=656;SC=TCAAATTGCTGATTTCAAATT;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=10304269;WS=10304251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	10308043	rs147823087	TAC	T	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=177;ReadPosRankSum=-1.487;SC=ATGCAGGCTTTACACACACAC;SOR=0.622;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=11;WE=10308054;WS=10308033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr17	10316198	.	T	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TTAGAGCATGTGGTTGCCAGT;SOR=0.257;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=14;WE=10316206;WS=10316188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr17	10318636	rs8068729	A	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=353;ReadPosRankSum=0.296;SC=CATTCCTCACAGTTTTGGCAT;SOR=0.733;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=27;WE=10318644;WS=10318626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr17	10348126	.	C	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=597;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TAAGTGAGTTCCTTCACTCTT;SOR=0.532;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=46;WE=10348134;WS=10348116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,71:0.38:187
chr17	10348611	.	C	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.679;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr17	10355449	.	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.913;NF=16;NR=15;PP=399;ReadPosRankSum=2.052;SC=GTGGACTCTTCCAGGTCCCTG;SOR=0.635;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=31;WE=10355457;WS=10355439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr17	10356571	.	G	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=553;ReadPosRankSum=0.390;SC=GGGCCTCCTGGAGAGCCTTCT;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=46;WE=10356579;WS=10356561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,66:0.46:142
chr17	10357281	rs3826444	T	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=-3.248;SC=AGGTGGAAATTTCAGTGACTA;SOR=0.195;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=13;WE=10357289;WS=10357271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
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chr17	10399368	.	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.293;NF=15;NR=24;PP=526;ReadPosRankSum=0.400;SC=CGCAGCTCCTCGATCTCAGCC;SOR=0.945;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=39;WE=10399376;WS=10399358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,48:0.42:115
chr17	10399541	.	C	T	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=878;ReadPosRankSum=0.267;SC=CTGGGATCATCTGTTGGACAT;SOR=0.870;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=55;WE=10399549;WS=10399531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,82:0.54:153
chr17	10400008	.	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.523;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=249;ReadPosRankSum=0.827;SC=GTGTCATTTTCATGCCTTTGC;SOR=1.034;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=17;WE=10400016;WS=10399998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr17	10400963	rs723903	C	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=211;ReadPosRankSum=-2.468;SC=TGAGAACAGCCCTCAGATGGT;SOR=0.732;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=20;WE=10400971;WS=10400953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr17	10401904	.	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=-1.948;SC=TGGGAGCAAGGAAACTTATAG;SOR=0.776;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=10;WE=10401912;WS=10401894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr17	10402323	.	C	T	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=642;ReadPosRankSum=-1.090;SC=CTTTTCAGTTCCTCAATCTGT;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=46;WE=10402331;WS=10402313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,92:0.59:157
chr17	10405051	.	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.213;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=1.506;SC=AGAGTAATTTCCCCACAAAAC;SOR=0.265;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=26;WE=10405059;WS=10405041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr17	10406191	.	G	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.099;NF=25;NR=24;PP=675;ReadPosRankSum=0.439;SC=CTTAGCAATGGTTTCATCCAG;SOR=0.490;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=49;WE=10406199;WS=10406181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr17	10406627	.	T	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=374;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TCAGATTTTATTAATATTTTG;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=30;WE=10406635;WS=10406617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr17	10408756	.	G	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=439;ReadPosRankSum=0.854;SC=TGGACCCCAGGAGCTTCTCTG;SOR=0.778;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=28;WE=10408764;WS=10408746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,53:0.49:108
chr17	10411322	.	G	GT	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,19:0.22:85
chr17	10412082	.	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=267;ReadPosRankSum=1.795;SC=TGAGTAAATTCATCCTTTAAT;SOR=1.134;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=18;WE=10412090;WS=10412072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr17	10415603	.	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=0.225;SC=TGTAGAAAGTCTGTGTGTGGG;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=15;WE=10415611;WS=10415593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr17	10415630	.	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=249;ReadPosRankSum=-1.584;SC=TGAGTATGTCCATCAGGAGCT;SOR=0.591;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=10415638;WS=10415620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr17	10415840	rs2007027	A	G	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=906;ReadPosRankSum=-1.707;SC=CATCTGAAGTAAAGCCCAGAA;SOR=0.483;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=57;WE=10415848;WS=10415830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,103:0.61:168
chr17	10420059	.	T	TA	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.037;NF=2;NR=7;PP=538;ReadPosRankSum=1.851;SC=GATTCACATTTAAAACTTTAA;SOR=0.418;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=10420072;WS=10420049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr17	10420064	.	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.037;NF=3;NR=7;PP=507;ReadPosRankSum=1.320;SC=ACATTTAAAACTTTAAAAAAA;SOR=0.418;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=10420072;WS=10420049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr17	10424897	.	CAT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.967;NF=0;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=-1.884;SC=TTATTGATGTCATATATATAT;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=10424906;WS=10424887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr17	10428305	.	C	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.110;NF=31;NR=25;PP=852;ReadPosRankSum=-1.502;SC=CAGCAATTTTCCTATCAACCT;SOR=0.532;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=56;WE=10428313;WS=10428295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,70:0.56:124
chr17	10429895	.	C	T	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=671;ReadPosRankSum=1.350;SC=TCTGCTCATTCTCTCATATCT;SOR=0.745;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=49;WE=10429903;WS=10429885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,65:0.44:147
chr17	10432405	.	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.340;NF=9;NR=17;PP=458;ReadPosRankSum=1.086;SC=GCCTGGGAATGGTGGAAAATA;SOR=0.990;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=26;WE=10432413;WS=10432395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr17	10435325	rs11379780	G	GA	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=199;ReadPosRankSum=0.871;SC=ACATGCAGATGAAAAAATTCT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=10435333;WS=10435315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr17	10436736	.	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.093;NF=16;NR=12;PP=348;ReadPosRankSum=0.500;SC=CTTTGAAAAAGACCTGTGAAT;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=28;WE=10436744;WS=10436726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
chr17	10532884	rs12940161	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=2.253;SC=CAGTCCCTGGGGGGGGGCTCC;SOR=0.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=10532892;WS=10532874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	10533595	rs3216886	C	CT	1754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=1252;ReadPosRankSum=1.531;SC=GGGGTTCCTCCTGCACACACC;SOR=0.930;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=31;WE=10533603;WS=10533585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr17	10535100	rs73976871	C	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=545;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GAGGCTGGAACCTCGCCTCTC;SOR=0.783;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=36;WE=10535108;WS=10535090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,61:0.46:132
chr17	10536018	rs2285479	G	A	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=889;ReadPosRankSum=-0.947;SC=CCTTCTCGGCGATCTTTCTAT;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=62;WE=10536026;WS=10536008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,90:0.60:151
chr17	10536184	rs2285478	A	G	353.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=-0.249;SC=CAAAACTTCAATGGAATAGTC;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=17;WE=10536192;WS=10536174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr17	10541515	rs2285477	C	T	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=37;PP=1412;SC=TTCCTCAGCGCGGCCACCATG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=10541523;WS=10541505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	10542471	rs2285475	T	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=642;ReadPosRankSum=-2.842;SC=CCAGGTCTACTCGGAGCTTCT;SOR=0.696;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=46;WE=10542479;WS=10542461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr17	10542765	rs2285474	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=-0.831;SC=CATCTAACCCAGAGAGTTCCT;SOR=0.784;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=12;WE=10542773;WS=10542755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr17	10542803	rs2285473	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=0.709;SC=TAAGAAGAATTCGCAAGCAAT;SOR=0.941;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=8;WE=10542811;WS=10542793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr17	10542886	rs2285472	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=82;ReadPosRankSum=1.022;SC=CCTTGTTCTCTGTGGCATGCT;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=8;WE=10542894;WS=10542876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr17	10543183	rs2285471	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=-1.449;SC=CCAGTATTTCACTATATATGA;SOR=0.094;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=10543191;WS=10543173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr17	10543218	rs2285470	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CATTTCAACTAAAAAGCAAAA;SOR=0.207;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=10543226;WS=10543208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr17	10543253	rs60940173	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=6;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=-0.250;SC=CTCAATTTTTCTAAATAAATA;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=6;WE=10543261;WS=10543243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr17	10543281	rs138188093	TAA	T	220.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.282;HP=14;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-1.614;SC=CTAGAAGAGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.105;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=4;WE=10543290;WS=10543271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr17	10543385	rs56163389	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.097;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr17	10543463	rs2285469	T	C	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=-2.179;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr17	10544018	rs876660	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=126;ReadPosRankSum=-0.617;SC=ATTGTAGACATGGAAATCATC;SOR=0.465;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=13;WE=10544026;WS=10544008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr17	10544416	rs876657	G	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.600;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr17	10544461	rs56259391	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=-0.233;SC=AGATGCGGATGCCCTCCAGGA;SOR=0.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=14;WE=10544469;WS=10544451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr17	10544696	rs3216884	GA	G,GAA	378.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=19,19;PP=99,200;ReadPosRankSum=-1.828;SC=TTTCCTAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=20,20;WE=10544704;WS=10544686;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.57:35
chr17	10546130	rs2285468	T	G	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=54;PP=2258;ReadPosRankSum=0.739;SC=ACGGTGGGGATGGAACTGGAT;SOR=0.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=118;WE=10546138;WS=10546120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr17	10549184	rs2239933	G	A	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=824;ReadPosRankSum=1.328;SC=AGGGCAGCACGTCAGTCAGTT;SOR=0.800;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=62;WE=10549192;WS=10549174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,88:0.58:152
chr17	10550845	rs142213434	TTTTTG	T	1011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=14;PP=700;SC=CCCCCTAAAATTTTTGTTTTG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=15;WE=10550857;WS=10550835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	10553046	rs1989810	A	G	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=22;PP=756;SC=CAAGTCTGTTAGTATAAACAG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=10553054;WS=10553036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	10555028	rs2285466	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-1.093;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr17	10555061	rs71360285	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.553;QD=2.60;ReadPosRankSum=2.241;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr17	10555064	.	G	GTT	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.879;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr17	10555926	.	CTTTTTTTTTTTTTTTT	C	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-0.000;QD=29.29;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr17	10558187	.	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=425;ReadPosRankSum=-1.747;SC=CCCTGTTGTCCTCAGTTTCCA;SOR=0.969;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=31;WE=10558195;WS=10558177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,69:0.54:127
chr17	10595388	rs2520178	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=729;SC=AGGTGTTTTGAAAGCAGATGG;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=10595396;WS=10595378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	10608518	rs34940296	T	G	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=712;ReadPosRankSum=1.186;SC=TCCCTAGAACTTGTTATGGAC;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=55;WE=10608526;WS=10608508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,98:0.57:172
chr17	10614051	rs3215180	AT	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=0.252;SC=TGAGATAGCAATTTTTTTTTC;SOR=0.223;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=10614059;WS=10614041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr17	10614442	rs406446	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=-2.144;SC=TACAAGAAAGAAAGAGCCTTC;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=24;WE=10614450;WS=10614432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr17	10618665	rs10676707	A	AAACT	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.253;NF=1;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GAGTTTTAAAACTATTAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=2;WE=10618673;WS=10618655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr17	10632174	rs453318	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=0.076;SC=ACATTACATTAGAACTCTGAT;SOR=0.132;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=10632182;WS=10632164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr17	10632499	rs421541	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=0.551;SC=GGCATCGAGGGTACAAAATCT;SOR=0.540;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=13;WE=10632507;WS=10632489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr17	10633181	rs3826448	A	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-2.563;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr17	10633245	rs202312	T	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=16;PP=473;SC=CGGTCCGCCTTCCTCCTTGCG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=10633253;WS=10633235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	10633320	rs57860819	G	GT	170.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.19;MQRankSum=3.062;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr17	10633321	rs60373482	C	G	605.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.19;QD=37.86;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	10633321	.	CC	TC	394	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=65.19;NF=0,2;NR=10,6;PP=394,117;QD=45.7845760471;SC=CGTCGCTCCGCCCGGGGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10,8;WE=10633329;WS=10633311;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr17	10633321	.	CC	CGC	394	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=65.19;NF=0,2;NR=10,6;PP=394,117;QD=45.7845760471;SC=CGTCGCTCCGCCCGGGGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10,8;WE=10633329;WS=10633311;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,10:1.00:10
chr17	10633358	rs202311	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.19;MQRankSum=1.803;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr17	11282858	rs113370473	AG	A	1928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=868;ReadPosRankSum=2.890;SC=ACTAAAATACAGAGGTTGCCT;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=23;WE=11282866;WS=11282848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,61:0.52:117
chr17	11455359	rs2969191	C	T	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=34;PP=989;SC=ATCAAACACACGGTCATAAAC;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=11455367;WS=11455349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	11459012	rs1030055	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=131;ReadPosRankSum=-1.002;SC=ACCTGCCACAGACATGGTCCT;SOR=0.527;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=10;WE=11459020;WS=11459002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr17	11459223	.	C	T	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.848;SC=AGTTGAATTTCCCCCAAGTTG;SOR=0.825;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=125;TCF=50;TCR=75;TR=74;WE=11459231;WS=11459213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,95:0.58:163
chr17	11461358	.	G	A	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.292;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=670;ReadPosRankSum=0.944;SC=GGAGCGGACGGCCTTTCCCGA;SOR=0.821;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=54;WE=11461366;WS=11461348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,77:0.43:180
chr17	11461677	.	G	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=747;ReadPosRankSum=1.909;SC=GGGGCCGGGAGGGGCCAGGAG;SOR=0.930;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=42;WE=11461685;WS=11461667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr17	11502403	rs8079566	G	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.210;SC=AACCAGGAGGGAAGTTCCTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=11502411;WS=11502393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr17	11511412	rs4792156	A	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=8;PP=486;SC=GAATTGGAACACCTGCCTTTC;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=11511420;WS=11511402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	11511457	rs11078022	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=302;ReadPosRankSum=0.369;SC=TTGTTCTACCCGTCCTGGCCA;SOR=0.548;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=26;WE=11511465;WS=11511447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr17	11513661	rs2191072	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=5;PP=164;SC=ATTTTCACGCCTCAGGGTTTT;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=11;WE=11513669;WS=11513651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	11522764	rs10852799	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=206;SC=TATTATCCTCGTGAAAAATAT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=11522772;WS=11522754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	11523082	rs9892256	A	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=19;PP=585;SC=TTCCTGGGACAACTGCACGTG;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=11523090;WS=11523072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	11550355	rs75771366	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=156;ReadPosRankSum=2.106;SC=TGGGAGGGGGCTTATGAGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=12;WE=11550363;WS=11550345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr17	11555990	rs4792159	T	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=109;SC=CACTCGCAAGTATTAAATCCC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=11555998;WS=11555980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	11583089	rs8071438	T	C	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=19;PP=1034;SC=CCAACCTGGATGCGTTTATAA;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=11583097;WS=11583079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	11603000	.	G	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,73:0.39:186
chr17	11604598	rs7214186	T	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=150;SC=TCCTCCATGGTTGGGGCTGTC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=11604606;WS=11604588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	11622494	rs12945437	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=6;PP=427;SC=TTGCCCGCTAAAGAGTCCTCC;SOR=1.828;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=11622502;WS=11622486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	11645456	.	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=307;ReadPosRankSum=-0.386;SC=ACTGTACTTGGGAAACTGACT;SOR=0.281;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=25;WE=11645464;WS=11645446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr17	11648332	rs3744578	C	T	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=56;PP=1875;SC=GAGACCCCAACTTCGAAGCTT;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=95;WE=11648340;WS=11648322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	11648444	rs3744580	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=32;PP=900;SC=ATCTCTTACTTATTGTCCAGG;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=11648452;WS=11648434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	11660722	rs11078030	G	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	11661057	.	G	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=-2.000;SC=GCAATAAAAAGCCCATGGGTT;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=11661065;WS=11661047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr17	11684571	rs2277659	G	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=392;SC=TATTCTGCCTGAACGGCAAAC;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=18;WE=11684579;WS=11684561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	11737899	rs3744584	T	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=185;ReadPosRankSum=0.156;SC=ACTAGTCCAGTGCCCACAGTC;SOR=0.260;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=14;WE=11737907;WS=11737889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr17	11737938	rs3744585	G	A	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=1.157;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr17	11737941	rs3744586	C	T	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr17	11757556	rs12449553	C	G	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=699;ReadPosRankSum=1.978;SC=TGCAAGACCCCGAGTTCAATC;SOR=0.820;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=52;WE=11757564;WS=11757546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,98:0.51:194
chr17	11778240	rs7211854	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr17	11778577	rs11396360	G	GC	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.957;NF=1;NR=11;PP=357;ReadPosRankSum=-0.127;SC=CAGATTTTAAGCCCAGTGAAT;SOR=0.756;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=12;WE=11778585;WS=11778567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr17	11786951	rs8070256	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=186;ReadPosRankSum=-2.141;SC=CCTGAAAACGTTGGAAGACAG;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=15;WE=11786959;WS=11786941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr17	11787936	rs11868929	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.754;NF=8;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=2.679;SC=TGGGTAAGACAGATAAACCAG;SOR=0.957;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=20;WE=11787944;WS=11787926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr17	11787975	rs11078042	T	C	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=21;PP=685;SC=TGAGGGACAGTTGAGGTTGGA;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=11787983;WS=11787965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	11806234	.	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=72;ReadPosRankSum=2.196;SC=TTTGCGGTAGGAAACAGGGTG;SOR=0.330;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=11806242;WS=11806224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr17	11806266	rs3815269	T	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=130;SC=AGCATAGGCATGGGGCAAGGG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=11806274;WS=11806256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	11827353	rs2286300	T	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=2.129;SC=CTTCTCCCCATCTGTCCTTTC;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=11;WE=11827361;WS=11827343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr17	11833287	rs2286303	A	G	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1159;ReadPosRankSum=1.754;SC=GTGCAGAGCCAGCACCCTCCC;SOR=0.713;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=79;WE=11833295;WS=11833277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,139:0.62:226
chr17	11833365	rs1859887	G	A	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1037;ReadPosRankSum=0.622;SC=AGCCCCCCACGGGCATGCATG;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=74;WE=11833373;WS=11833355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,108:0.53:203
chr17	11835331	rs17612861	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CTCATTTCAGGACACTCTGGA;SOR=1.009;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=11;WE=11835339;WS=11835321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr17	11837161	rs12948962	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=163;ReadPosRankSum=0.663;SC=GTGGAGGTCTTTCTTCCTTCC;SOR=0.293;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=12;WE=11837169;WS=11837151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr17	11840528	rs2240521	A	C	150.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGAGAGGGTGATGAAGTCAAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=11840536;WS=11840518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr17	11886542	rs34660389	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CCTCCTTCACCACCTCCCCAA;SOR=0.132;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=10;WE=11886550;WS=11886532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr17	11886864	rs17613212	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=105;ReadPosRankSum=0.869;SC=CTTAGAACAGTGTGTGGAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=11886872;WS=11886854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr17	11887518	rs34299203	GA	G	425.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr17	11887622	.	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=373;ReadPosRankSum=1.503;SC=CGTGCCATAGGATCCTGGCCA;SOR=0.511;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=30;WE=11887630;WS=11887612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr17	11894195	rs35075542	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr17	12606812	.	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=0.375;SC=AATGCATATCCATTTATAATT;SOR=1.112;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=9;WE=12606820;WS=12606802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr17	12607340	.	C	T	84.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AACATCTGACCCATCTCGAGG;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=12607348;WS=12607330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr17	12608473	.	G	A	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=862;ReadPosRankSum=-0.327;SC=AACAAAGAAGGACCCAGGAAC;SOR=0.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=60;WE=12608481;WS=12608463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,93:0.57:162
chr17	12620761	rs12944823	A	G	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=37;PP=1192;SC=GAAATCAGACACCAAGAGATG;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=62;WE=12620769;WS=12620751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	12620897	rs12602716	G	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=226;SC=TCTAGGCCACGTAGATACCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=12620905;WS=12620887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	12639588	.	G	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=0.004;SC=CCAAAACTCAGCGGGATCCCC;SOR=0.727;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=31;WE=12639596;WS=12639578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr17	12647490	rs12709295	T	C	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=34;PP=1457;SC=TTTCCTCATCTTCTTTGCAGT;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=80;WE=12647498;WS=12647480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	12661295	.	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=0.524;SC=TTTCTTTTTTCCTCTTAGATC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=12661303;WS=12661285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr17	12664177	rs16946572	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=514;SC=TCTCGCACATTTTTAGAGCTG;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=12664185;WS=12664167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	12667081	.	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=1.025;SC=AAGAAGCAATGATTTCTGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=12667089;WS=12667071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr17	12799738	.	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=451;ReadPosRankSum=-0.997;SC=AGAAGCGTCTGGAGCTGGTGA;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=27;WE=12799746;WS=12799728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr17	12799985	rs2302068	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=203;ReadPosRankSum=2.143;SC=TTTTCTGTGGGGTAATGACCC;SOR=0.354;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=19;WE=12799993;WS=12799975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr17	12819094	.	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=97;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CCATGGAGATCAGCCAGCTTA;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=8;WE=12819102;WS=12819084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr17	12820421	rs35221864	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr17	12820632	rs12451747	A	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.313;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr17	12823019	.	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=242;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GGTTCCTAAAGAATTTATCTT;SOR=0.755;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=20;WE=12823027;WS=12823009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr17	12832063	rs1317990	G	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr17	12860057	.	C	T	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=639;ReadPosRankSum=1.593;SC=CTGGTTCTTCCCTGGGGGTAG;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=37;WE=12860065;WS=12860047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr17	12860183	.	AAC	A	111	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=111;QD=23.2;SC=TTCCCCTATAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=12860192;WS=12860173;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr17	12897293	rs9915058	A	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=350;SC=TAGCCAGCACAATCTCCCCTG;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=12897301;WS=12897283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	12898994	rs2286338	C	G	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=169;SC=AACAGCCCAGCGGGCCAGGCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=12899002;WS=12898984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	12916628	rs145104704	T	TTAGTGAAGATGTGTGGG	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.432;NF=0;NR=7;PP=2640;ReadPosRankSum=-1.387;SC=AGTGATTGCATTAGTGAAGAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=7;WE=12916636;WS=12916618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr17	13399486	rs200853608	A	ATT,ATTT	3454.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;QD=28.09;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,99,24:0.80,0.20:123
chr17	13399616	rs62057033	A	T	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQRankSum=-0.855;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,64:0.58:110
chr17	13400153	rs8080565	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.483;NF=21;NR=31;PP=649;ReadPosRankSum=1.366;SC=ACGCAAAAAGGCATGTCAGAG;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=52;TCR=78;TR=52;WE=13400161;WS=13400143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,85:0.33:259
chr17	13446924	rs9913045	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.982;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=2.585;SC=GACAAAAACCGCGATTACTTT;SOR=1.668;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=13446932;WS=13446914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr17	13504382	.	A	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=199;ReadPosRankSum=-1.516;SC=GAACTTCCGGAAGATGCTGCG;SOR=0.592;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=13;WE=13504390;WS=13504372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr17	13927886	rs11649821	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=0.143;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.143;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr17	13928299	.	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.30;MQRankSum=-0.444;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.394;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr17	13972811	rs6502330	G	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	13972811	.	GCGG	ACGA,ACGG	31	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3,6;NR=2,3;PP=9,31;QD=12.4935749724;SC=GCCGGAAGTGGCGGCCCGGAA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5,9;WE=13972822;WS=13972801;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.56:9
chr17	13972814	rs28680987	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	13977813	rs143814384	C	CTTTA	765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=514;SC=TACTTTCTGCCTTTTTCTCTG;SOR=1.493;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10;WE=13977821;WS=13977803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	13980350	rs2072279	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=325;ReadPosRankSum=-2.238;SC=ATTTTGGCTCGACTATCCAAA;SOR=0.428;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=19;WE=13980358;WS=13980340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr17	14005267	rs3785686	A	G	136.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TGTAGTTTTTATAATCAGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=14005275;WS=14005257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr17	14005373	rs1017076	C	T	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=10;PP=459;SC=TTTTGTCGTTCTGGCCTTTAC;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=14005394;WS=14005363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	14005386	rs2108683	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.512;HP=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=207;ReadPosRankSum=-1.063;SC=GCCTTTACAGTTGGGACTCCT;SOR=0.392;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=15;WE=14005394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr17	14005647	rs3217030	C	CAT	295.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=263;SC=CTTCCAAACTCATATATTGAT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=14005655;WS=14005637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	14063389	rs7212977	G	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=49;SC=AAGAAACAAAGTGATATGGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=14063397;WS=14063379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	14095550	rs200573622	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.990;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.207;NF=26;NR=43;PP=725;ReadPosRankSum=2.226;SC=TAAGTGTCCCGCGATGTGGAG;SOR=1.193;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=212;TCF=93;TCR=119;TR=69;WE=14095558;WS=14095540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,72:0.30:242
chr17	14110115	rs144296730	A	ACCC	2891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.991;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TCCTTCCCTGACCCCCGCACA;SOR=1.247;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=34;WE=14110123;WS=14110105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,74:0.62:119
chr17	14139414	.	C	G	128	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=54.51;NF=3;NR=7;PP=128;QD=16.2771212547;SC=AAGCCTCTCTCCAGCGAGGTA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=10;WE=14139422;WS=14139404;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr17	14139565	rs4791563	T	C	314.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.096;NF=9;NR=5;PP=217;ReadPosRankSum=-0.911;SC=ACGCTTTCAGTTCCAGGGTTA;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=14;WE=14139573;WS=14139555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr17	14139682	.	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.50;MQRankSum=-0.244;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.344;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr17	14139774	rs4791564	C	A	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.50;QD=23.98;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	14139891	rs62052131	A	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.15;QD=24.63;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	14140103	rs4792453	A	G	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=219;SC=CACTCCCTCCATTCCTGAAGC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=14140111;WS=14140093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	14248423	rs9906855	T	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=44;PP=996;SC=GGGAGGCCCCTGCGCGCATCT;SOR=1.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=14248431;WS=14248413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	14673431	rs72815721	C	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=0.857;SC=ACAGCTGGGCCAGTGACAGAG;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=11;WE=14673439;WS=14673421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr17	15134175	rs13422	T	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=10;PP=596;SC=CTGCTTTCTGTTTTCCCTTCC;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=29;WE=15134183;WS=15134165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	15142755	rs3744333	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.010;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr17	15154966	rs66507245	T	A	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.05;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr17	15155057	rs3826362	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr17	15162389	rs231020	T	C	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=10;PP=392;SC=GACAAGCTCATGGAGCACAAA;SOR=1.005;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=26;WE=15162397;WS=15162379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	15207364	rs13961	T	G	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=18;PP=722;SC=CATACTCGAGTGTGGCTTTGA;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=15207372;WS=15207354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	15215660	rs2286516	T	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=296;ReadPosRankSum=1.303;SC=CTTTGTTGAATTGATTCCACA;SOR=0.662;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=25;WE=15215668;WS=15215650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,51:0.38:136
chr17	15217389	rs230897	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=335;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CAGCCGTGGCGTGTGCCTGAC;SOR=0.629;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=25;WE=15217397;WS=15217379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr17	15217437	rs230898	C	G	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=731;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GCGGAAGTAGCCGACACCGTC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=49;WE=15217445;WS=15217427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,63:0.57:111
chr17	15222535	rs11387328	C	CA	79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=145;SC=AACAATGTAACAAACATCAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=15222543;WS=15222525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	15231266	rs230901	A	G	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=29;PP=1332;ReadPosRankSum=1.181;SC=ACATACATTTACAACTAAGCT;SOR=0.857;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=84;WE=15231274;WS=15231256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,130:0.54:242
chr17	15343524	rs71150251	C	CCTT	4887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=28;PP=1857;SC=CCCAACCCTACCTTCTTTCTT;SOR=0.786;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=38;WE=15343532;WS=15343514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	15343776	rs182468504	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=0.132;SC=AGTGAGCCCCGCAAAGGCCTG;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=9;WE=15343784;WS=15343766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr17	15406123	.	CCTCTCTCT	C,CCTCT	849.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,16:0.20,0.80:20
chr17	15468718	rs200463402	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.205;NF=8;NR=3;PP=139;ReadPosRankSum=1.007;SC=TTTGGCTCAGGGGAAGATAAT;SOR=0.320;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=11;WE=15468726;WS=15468708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr17	15492409	rs151442	T	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.60;QD=31.84;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	15492410	rs76213106	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=7.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.18;MQRankSum=-2.817;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=1.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr17	15492426	rs28445278	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.088;NF=11;NR=12;PP=346;ReadPosRankSum=0.699;SC=TGGAGTCTCACATGAGCACAC;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=23;WE=15492434;WS=15492416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr17	15496727	rs79385100	T	G	3700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-3.292;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.504;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,101:0.43:234
chr17	15496730	rs8078150	A	G	3676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-3.548;QD=15.78;ReadPosRankSum=1.469;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,99:0.42:233
chr17	15498181	rs12601532	A	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.693;NF=26;NR=29;PP=700;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GGCATTTCACAGCTCCCTCGT;SOR=0.604;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=55;WE=15498189;WS=15498171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,62:0.42:146
chr17	15499737	rs762697	A	G	181.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.61;QD=30.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	15500031	rs3217025	GA	G	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.655;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-2.175;NF=0;NR=21;PP=517;ReadPosRankSum=-1.595;SC=GGGGGAAAAGGAAAGGTTACA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=21;WE=15500039;WS=15500021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr17	15500058	rs4792624	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.908;NF=4;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=1.859;SC=TTCTGCTCCCCATCACAGAAG;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=14;WE=15500066;WS=15500048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr17	15510856	rs41346256	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.021;NF=23;NR=13;PP=439;ReadPosRankSum=0.214;SC=TCAAGCGTCCCTAGAGACCCA;SOR=0.521;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=36;WE=15510864;WS=15510846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr17	15510888	rs62070401	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.604;NF=25;NR=20;PP=498;ReadPosRankSum=2.014;SC=CAGTACCTACGTGTCAGAGAG;SOR=0.599;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=45;WE=15510896;WS=15510878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,63:0.35:180
chr17	15510988	rs62070402	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.020;NF=17;NR=21;PP=351;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GTCCACAGGTTGTACTCATTC;SOR=0.665;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=38;WE=15510996;WS=15510978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,53:0.32:167
chr17	15517060	.	G	GA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQRankSum=-7.851;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,23:0.19:119
chr17	15517406	.	G	A	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=55.52;NF=2;NR=4;PP=50;QD=14.1285354245;SC=ACTCCAGGCCGAGAACAAGTC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=6;WE=15517414;WS=15517396;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,6:0.19:31
chr17	15522599	.	G	A	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=5.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.70;MQRankSum=-3.245;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,69:0.44:158
chr17	15526766	rs7221749	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.766;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.105;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr17	15531942	rs62070417	C	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.91;MQRankSum=-0.385;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr17	15602900	rs2601942	T	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.15;MQRankSum=-1.097;NF=5;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=0.191;SC=TCTTCGATCGTCCGATTCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=15602908;WS=15602891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr17	15602950	rs12449956	G	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.967;NF=6;NR=3;PP=78;ReadPosRankSum=0.471;SC=GAGAACCGGAGTCTGGCGATG;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=9;WE=15602958;WS=15602940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr17	15603021	rs12452845	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=6.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-5.395;QD=7.88;ReadPosRankSum=2.828;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr17	15603031	rs12450403	G	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=6.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQRankSum=-5.446;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.898;SOR=1.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr17	15603799	rs144866168	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.67;MQRankSum=-3.087;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr17	15604349	.	AC	A	26	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=49.77;NF=3;NR=0;PP=26;QD=25.0102999566;SC=TTTTGGGGGTACCTTCAGTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=3;WE=15604357;WS=15604344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr17	15604395	rs77257979	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQRankSum=-4.580;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.577;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr17	15604485	rs78494624	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=4.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQRankSum=-5.590;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,23:0.14:159
chr17	15607657	.	C	G	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=52.96;NF=3;NR=1;PP=65;QD=24.9428031368;SC=CTCCCAGGCCCCCTGGGGCCC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=4;WE=15607679;WS=15607647;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr17	15620481	rs2530064	C	T	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.72;QD=28.13;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	15620647	rs61435333	G	A	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.77;QD=25.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	15620679	rs58734516	G	C	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.53;QD=25.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	15640743	.	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.99;MQRankSum=-2.736;QD=14.29;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr17	15690210	rs376068178	AC	A	380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.42;QD=29.29;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	15690281	rs62070982	C	T	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=26;PP=2079;SC=CAAGCAGGTTCGCTCTGAGAG;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=15690304;WS=15690271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	15690294	rs200526826	CCTT	C	2109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.513;NF=14;NR=16;PP=1286;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TCTGAGAGGCCCTTCTTCTCC;SOR=0.852;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=30;WE=15690304;WS=15690271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr17	15690793	rs534861	T	C	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=42;PP=2052;SC=ACACGGGGCTTACCATCCTGC;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=104;WE=15690801;WS=15690783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	15690928	rs533242	G	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.242;NF=17;NR=33;PP=871;ReadPosRankSum=-0.990;SC=GCTATACCGAGACAGAGCCAC;SOR=1.148;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=50;WE=15690936;WS=15690918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr17	15884227	rs2286796	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=2.043;SC=CTGAAGACAAAGACAAAAAAC;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=13;WE=15884235;WS=15884217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr17	15884561	rs10491104	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=0.224;SC=CAAATTGCACCGAGAAGAACT;SOR=0.582;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=8;WE=15884569;WS=15884551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr17	15903602	rs758853	C	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr17	15905190	rs3760298	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr17	15909728	rs3760297	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CCATCTCAACAGAAGGAAGAA;SOR=1.329;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=15909736;WS=15909718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr17	15928584	rs2301652	T	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-2.366;SC=CAGCAGATGGTCCTAGATCCT;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=15928592;WS=15928574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr17	15928600	rs2301651	G	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.282;SC=ATCCTCCTTGGTCCCCAGTCT;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=4;WE=15928608;WS=15928590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr17	15930087	rs35168566	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-1.567;SC=GATTTGTGAAGTGGTATGTAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=15930095;WS=15930077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr17	15943910	rs1075901	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr17	15950198	rs1079533	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=0.413;SC=TTACAGGAGAGGCAACACTGG;SOR=0.212;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=11;WE=15950206;WS=15950188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr17	15961951	rs2157991	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr17	15968143	rs2285583	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=0.726;SC=AATGTAAACATGATGGTTCTA;SOR=0.914;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=12;WE=15968151;WS=15968133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr17	15973844	rs12942295	A	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.127;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=420;ReadPosRankSum=0.479;SC=TGTGCCCTAAAGGGAAAGAAA;SOR=1.111;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=27;WE=15973852;WS=15973834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr17	15977005	rs11078330	A	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CTTAACCTACAATAAAATATG;SOR=0.136;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=15977013;WS=15976995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr17	16005187	rs2285580	T	C	147.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-1.085;SC=AGAAACCATGTTTGAAAGTAG;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=16005195;WS=16005177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr17	16024701	.	C	CA	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=29;QD=11.6666666667;SC=ATCTCTCACTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=16024709;WS=16024691;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr17	16041636	rs2875265	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=0.235;SC=TGGTGGCTCATGCCTGTAATC;SOR=1.356;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=8;WE=16041644;WS=16041626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr17	16046845	rs2285579	A	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=0.058;SC=TACATACAAAAAAACCCTTAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=16046853;WS=16046835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr17	16049626	rs11078333	A	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.850;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.435;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr17	16052606	.	C	CATATAT	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=48;QD=17.3333333333;SC=AGATTTAAGTCATATATATAT;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=3;WE=16052615;WS=16052596;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,3:0.33:9
chr17	16185248	rs3785626	T	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=254;SC=ATGCAACCTGTAAGACCCATC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=16185256;WS=16185238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	16221271	rs56228407	A	AC	1221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=827;SC=CCTGCCCCAGACCCCTGTCTC;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=21;WE=16221279;WS=16221261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	16221319	rs9890539	T	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=246;SC=TAACTGAAGGTTTTTCACAGT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=16221327;WS=16221309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	16229232	rs15739	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=21;PP=583;SC=GGGTTTTCAGATCCAAGGAAC;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=16229240;WS=16229222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	16246016	rs7477	A	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=248;SC=GACCCTAGTCAACGGAACCAG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=16246024;WS=16246006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	16248083	rs9907546	T	A	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.00;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	16248087	rs112533199	T	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr17	16251859	rs2286666	A	G	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	16256240	rs3095172	C	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=151;SC=AGGCTCAGAGCTGAAAGGCGC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=16256248;WS=16256234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	16323589	rs4273076	C	A	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=52;PP=1661;SC=GGATCCAAGGCTAGGCATCCT;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=94;WE=16323597;WS=16323579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	16323608	rs68189233	ATAGT	A	4735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=41;PP=2405;SC=CTGTGAGCTGATAGTTAGGTG;SOR=0.951;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=48;WE=16323619;WS=16323598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	16325968	rs8121	A	G	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=28;PP=1177;SC=TTAAGGACGGAGTCAATGCCT;SOR=0.883;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=64;WE=16325976;WS=16325958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	16326005	rs1129235	A	C	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=37;PP=1349;SC=GCAGATCGACAGGGACTCTGG;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=84;WE=16326013;WS=16325995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	16326253	rs7225104	G	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=13;PP=399;SC=AGTAAGGCCTGGTTCAAGGTC;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=16326261;WS=16326243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	16329292	rs117341820	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=183;ReadPosRankSum=-1.491;SC=GGTACGTGCACGTGTCAGCTG;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=14;WE=16329300;WS=16329282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr17	16331820	rs4792742	T	C	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=25;PP=667;SC=GAAGTCGGGATCTGTGTACAG;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=16331828;WS=16331810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	16332438	.	T	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.667;SC=GATGGAAGCTTAAGTACAGGC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=16332446;WS=16332428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr17	16335191	rs34786363	C	A	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.99;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr17	16336828	rs7213055	G	A	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=18;PP=1045;SC=CTTGCCTTGTGTGCCTTTGCC;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=16336836;WS=16336818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	16336992	rs14039	C	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=833;SC=ATGGCAGCCCCGATGAGCGCT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=16337000;WS=16336982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	16340316	rs7214366	A	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=410;SC=TTCACTAACTAACTCTTCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=16340324;WS=16340306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	16340405	rs7215836	T	C	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=4;PP=57;SC=GGTCTGTGTATGGGACTAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=16340413;WS=16340395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	16342813	rs4072454	T	C	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=27;PP=1366;SC=GGAAGACTTATTCGACTGTCC;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=16342821;WS=16342803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	16344314	rs55710649	A	ACT	5083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=26;SC=TCATTAATTGACTGTCATCAG;SOR=1.342;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=51;WE=16344322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	16344600	rs4617905	TG	CC	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	16344875	rs9251	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	16346932	rs4792745	G	T	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=14;PP=586;SC=CAGTCTCCTTGCCCTCATGGT;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=16346940;WS=16346922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	16347567	rs4438345	T	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=273;SC=AACACTTGGATGTCGGATGCC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=16347575;WS=16347557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	16350156	rs1009237	T	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=413;SC=TCTACCCAGGTAGAGCCCCTC;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=16350164;WS=16350146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	16350239	rs2882581	A	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=1;PP=836;SC=TCCATCTCCTAGTTGTGGGTG;SOR=4.294;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=18;WE=16350247;WS=16350229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	16351592	rs2351084	T	C	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=23;PP=523;SC=CCATGATCCCTGCCACTCCCC;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=16351600;WS=16351582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	16624049	.	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.09;MQRankSum=-5.483;QD=4.42;ReadPosRankSum=-3.545;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr17	16665012	.	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQRankSum=-2.562;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.524;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chr17	16734809	rs2688010	A	G	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.77;QD=25.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	16734869	rs62074145	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.70;QD=25.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	16836425	rs3751987	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=557;ReadPosRankSum=0.657;SC=CCCTGTGCTCGTCTCAGGTGG;SOR=0.505;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=41;WE=16836433;WS=16836415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,54:0.47:115
chr17	16842912	rs11078355	A	G	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=2.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,94:0.56:169
chr17	16842991	rs34562254	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=464;ReadPosRankSum=-0.354;SC=AGTGGGGTCGGGGGTCCCAGG;SOR=1.000;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=30;WE=16842999;WS=16842981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr17	16843753	.	G	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=800;ReadPosRankSum=0.093;SC=GCAGAGGACGGCACACAGGCA;SOR=0.792;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=61;WE=16843761;WS=16843743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,98:0.62:157
chr17	16844870	.	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.528;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=587;ReadPosRankSum=-0.196;SC=GGGCACTTCCCCTACAGCACC;SOR=2.235;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=30;WE=16844878;WS=16844860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr17	16852027	rs2274892	T	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=0.367;SC=CGTGACACCATGCAGGTTTGC;SOR=0.653;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=13;WE=16852035;WS=16852017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr17	16855878	rs8072293	C	T	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=39;PP=1460;SC=TAGCCACCCCCGTCCACAGGC;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=81;WE=16855886;WS=16855868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	17035036	rs2271520	A	G	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=19;PP=625;SC=GGTTTGCCAGATGGCATCCCC;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=17035044;WS=17035026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	17039561	rs3833098	CCAG	C	3173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.980;NF=5;NR=41;PP=1885;ReadPosRankSum=-0.266;SC=GTGGCTGTTACCAGCAGCAGC;SOR=0.730;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=10;TCR=72;TR=46;WE=17039574;WS=17039551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,84:0.68:123
chr17	17046024	rs3744137	C	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr17	17046736	rs6502563	T	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=12;PP=954;SC=CTTGCTATGGTGGCTAGGCAG;SOR=2.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=17046744;WS=17046726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	17049547	rs117407639	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=0.180;SC=CAGGGCTGTGGCTGAGACTCC;SOR=0.446;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=17049555;WS=17049537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr17	17050573	rs3744134	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=-0.966;SC=CCGCCGTGGCGTGGCAGGCAT;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=18;WE=17050581;WS=17050563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr17	17062241	rs11551189	C	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.089;NF=6;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=0.290;SC=TGCCCATCGCCCCCGTCCACC;SOR=0.489;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=11;WE=17062249;WS=17062231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr17	17064775	rs5819603	G	GC	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.328;NF=2;NR=8;PP=334;ReadPosRankSum=0.313;SC=CTGAGCAGGGGTGTCTCCCAG;SOR=0.525;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=10;WE=17064783;WS=17064765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr17	17069105	rs3744131	G	A	4429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NR=75;PP=2100;ReadPosRankSum=-1.301;SC=TCAAAGACGTGACCGTGAGGC;SOR=0.601;Source=Platypus;TCR=130;WE=17069113;WS=17069095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,207:0.59:349
chr17	17069336	.	G	A	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=581;ReadPosRankSum=-1.194;SC=AGGCCCTGATGTGCCTGGAAA;SOR=0.751;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=44;WE=17069344;WS=17069326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,80:0.46:174
chr17	17075142	.	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=1.545;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.373;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr17	17075318	rs2292530	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=1.057;SC=TTCTTTGACTATTCACTCTGA;SOR=0.998;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=14;WE=17075326;WS=17075308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr17	17118442	rs34235236	T	C	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=35;PP=1643;SC=GGGCAGGCGTTAGCGCGGGGC;SOR=0.853;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=81;WE=17118450;WS=17118432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	17119982	rs76960595	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=0.498;SC=GGTGAGGGGGGAGGGTCCTCC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=7;WE=17119990;WS=17119972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr17	17120344	rs41424546	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr17	17120668	rs4985705	G	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TAAAGGGGCAGAGAGAGAAGT;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=6;WE=17120676;WS=17120658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	17122286	rs8065572	C	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=291;SC=CAGCCCATGACTGGCTCTCCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=17122294;WS=17122284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	17124625	rs41400246	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=477;ReadPosRankSum=0.586;SC=CCCCACCTAGCTGGGGAACAG;SOR=0.894;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=39;WE=17124633;WS=17124615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr17	17127471	rs1736219	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=1.772;SC=GAGGGACACCGGCGACTCAGA;SOR=0.420;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=17;WE=17127479;WS=17127461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr17	17165136	rs1736210	C	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=1.651;SC=GAATGTGTAGCAGACATTCAA;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=7;WE=17165144;WS=17165126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr17	17168164	rs3182911	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=0.837;SC=GCCCAGTATAGATCATCCCTC;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=10;WE=17168172;WS=17168154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr17	17179209	rs9892352	A	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=128;ReadPosRankSum=1.183;SC=TGTGCCAAGAATGTGCCACTG;SOR=0.853;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=10;WE=17179217;WS=17179206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr17	17179299	rs4985760	C	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=279;ReadPosRankSum=-0.148;SC=AGGAAGTGCACAGTGTTCCAT;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=19;WE=17179307;WS=17179289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr17	17179481	rs4985761	G	A	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=734;ReadPosRankSum=0.860;SC=CATTTGCCCTGGAAAACAGGA;SOR=0.530;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=46;WE=17179489;WS=17179471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,72:0.57:126
chr17	17184033	rs3853545	G	T	42.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr17	17184080	rs1029829	G	C	55.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr17	17184399	rs2012954	A	C	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,94:0.64:146
chr17	17207201	rs7219752	C	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr17	17409401	rs3816511	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=10;PP=486;SC=TACCATGGCCGCTCTGACCTG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=17409409;WS=17409391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	17409560	rs7946	C	T	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	17409709	rs1918249	T	A	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=252;SC=GCCGTGACCCTGGCCCTCCGG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=17409717;WS=17409699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	17412032	rs4646407	G	C	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=32;PP=1315;SC=CCTCTGACCCGCCGGGGGAGC;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=75;WE=17412040;WS=17412022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	17682484	rs1006656	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=17;PP=446;SC=AATATTTTCCGTGGTGAGGAA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=17682492;WS=17682474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	17697093	rs371983878	CCAG	C	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.365;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.356;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,22:0.15:143
chr17	17698254	rs8067439	G	A	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=66;PP=2965;SC=CTGGGGAGCCGGAGGCCCTGC;SOR=1.014;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=93;TCR=66;TR=157;WE=17698262;WS=17698244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	17701669	.	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.514;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr17	17707105	rs3818717	T	C	5319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=43;PP=2545;SC=GGGCCACCATTGGGTGCTGCC;SOR=1.237;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=91;TCR=44;TR=134;WE=17707113;WS=17707095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	17715317	rs2297508	C	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	17719503	rs7501788	G	T	178.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.80;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr17	17721457	rs4925115	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=2.362;SC=TGAGGTGGGCAGGGCAGAGGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=9;WE=17721465;WS=17721447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr17	17726965	rs12936927	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-0.388;SC=AGCGCTGCGGCGCGCCCGCCC;SOR=0.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=18;WE=17726973;WS=17726955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr17	17740164	rs60282872	GC	G	1148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=9.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr17	17750907	rs7501812	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=0.431;SC=CACGGGGTGCGAGCGGGGACC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=3;WE=17750915;WS=17750897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr17	17767526	rs34383547	A	AT	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr17	17770083	.	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=0.369;SC=TTCAATTTCCCAAATATTTCA;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=8;WE=17770091;WS=17770073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr17	17770355	rs11657074	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GTCCCACCTGGGGGCTAGGGA;SOR=1.276;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=9;WE=17770363;WS=17770345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr17	17772622	rs34879782	G	GA	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.967;QD=4.46;ReadPosRankSum=2.195;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr17	17774118	rs9907287	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.523;SC=CCTCAAGCCCCGCACTGAGCC;SOR=0.853;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=17774126;WS=17774108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr17	17875407	rs59304093	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=3.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-1.286;SC=AGCGCCCGGCAAAGGCCCGAC;SOR=1.265;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=10;WE=17875415;WS=17875397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr17	17880877	rs7219320	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.241;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr17	17896090	rs4368210	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=282;ReadPosRankSum=-1.007;SC=TCATCTACCTCCGGCGGTTCA;SOR=0.335;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=22;WE=17896098;WS=17896080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr17	17896205	rs4584886	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,54:0.39:138
chr17	17897739	rs4924832	T	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=323;ReadPosRankSum=0.918;SC=CAAGGTACCGTTCCGGCAGGC;SOR=1.257;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=22;WE=17897747;WS=17897729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr17	17898243	rs9899355	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=1.533;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr17	17919749	rs9913277	G	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=-0.726;SC=CTGGGGAGGCGCTGAAGCAAA;SOR=0.627;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=17919757;WS=17919739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr17	17948475	rs2955355	G	A	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=440;ReadPosRankSum=0.029;SC=TGGACACGGGGAACTCTTACC;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=33;WE=17948483;WS=17948465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr17	17997209	rs2230316	G	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=590;ReadPosRankSum=-0.860;SC=AATCGGCCTCGTCCAAAGGAG;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=48;WE=17997217;WS=17997199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr17	18003648	rs854814	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr17	18003671	rs2272570	T	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=8;PP=667;SC=GGGGTACTCTTCCTAGGTCTC;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=18003679;WS=18003661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	18003845	rs854813	C	T	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=747;ReadPosRankSum=0.617;SC=TGTGACCCCTCGGTCAGCAGT;SOR=0.833;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=49;WE=18003853;WS=18003835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,81:0.53:153
chr17	18005073	rs721669	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=360;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GCTTGAAACCAGGGTTCCAGC;SOR=0.593;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=24;WE=18005081;WS=18005063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr17	18022039	rs854818	A	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr17	18024266	rs2955367	T	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr17	18024560	.	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr17	18025744	rs712268	C	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=190;ReadPosRankSum=-3.322;SC=ACAGATTACACGGAGGGTTTG;SOR=0.631;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=15;WE=18025752;WS=18025734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr17	18028318	rs854790	C	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=343;ReadPosRankSum=-0.122;SC=GAAAAAGGCACAGAATAGGGA;SOR=0.311;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=24;WE=18028326;WS=18028308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr17	18030240	rs854792	T	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=-0.088;SC=GGCCTGCATCTGGCCAGAACT;SOR=0.608;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=27;WE=18030248;WS=18030230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr17	18030524	rs854793	G	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,63:0.45:139
chr17	18034099	rs369725588	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=-1.283;QD=13.92;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr17	18034531	.	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr17	18035921	.	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-0.602;SC=GGCCCTGGTCCTCCCACCCCG;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=10;WE=18035929;WS=18035911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr17	18039263	rs854785	A	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.399;SC=TGGGTCAGGCATGGAGGGGAG;SOR=0.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=18039271;WS=18039253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr17	18039280	.	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.365;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GGAGTAATTTCAGACCCCAGA;SOR=0.473;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=18039288;WS=18039270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr17	18042276	rs2075658	A	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=668;ReadPosRankSum=0.270;SC=GTCGGCCTGGACGCTGGTGCT;SOR=1.047;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=40;WE=18042284;WS=18042266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr17	18042527	rs854783	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=3.726;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr17	18043766	rs854780	C	G	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=3.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,74:0.55:134
chr17	18044270	rs854779	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=186;ReadPosRankSum=2.786;SC=ATATTCACCATGATAATGCCT;SOR=0.320;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=12;WE=18044278;WS=18044260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr17	18044404	.	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.100;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr17	18044893	rs11658477	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=3.468;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=0.319;SC=CTGGCTGGGGGCAGTAACCCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=18044901;WS=18044883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr17	18046058	rs854778	A	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr17	18046290	rs8065026	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=0.930;SC=GCTCTTTAACTTTGGCCATTG;SOR=0.724;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=14;WE=18046298;WS=18046280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr17	18046898	rs854777	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=-1.077;SC=AGAGTGGAGGTGCCAGGTGGA;SOR=1.659;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=18046906;WS=18046888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr17	18047671	rs11421905	G	GC	497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=546;SC=CCCCTCACCAGCCTCAGTTTC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=18047679;WS=18047661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	18047772	rs11421904	T	TC	1300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=922;ReadPosRankSum=1.382;SC=TGCCTGTCAGTCCAGCTCTGT;SOR=0.560;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=25;WE=18047780;WS=18047762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr17	18051975	rs854774	T	C	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=932;ReadPosRankSum=0.254;SC=ATAGGGTCCATTCTGTTCATG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=55;WE=18051983;WS=18051965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,86:0.53:163
chr17	18052466	rs4303606	A	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	18052867	rs2955379	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=278;SC=ATAGCCTCTTTGACCCTGTGC;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=18052875;WS=18052857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	18053627	.	G	A	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=554;ReadPosRankSum=0.312;SC=TGAGCCAGTGGGAGGCTGCCC;SOR=1.067;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=31;WE=18053635;WS=18053617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr17	18054868	rs854773	G	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.904;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=864;ReadPosRankSum=-2.683;SC=CCCCCAGCCCGCCAGCCCCCT;SOR=0.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=26;TCR=71;TR=51;WE=18054876;WS=18054858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
chr17	18054917	rs865923	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.603;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=439;ReadPosRankSum=-0.633;SC=ACCAGCTTACTGGGTTGAAGC;SOR=0.117;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=28;WE=18054925;WS=18054907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr17	18055229	rs854772	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=324;ReadPosRankSum=0.753;SC=TCCTGAAAGGGCAGATGACCC;SOR=0.491;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=28;WE=18055237;WS=18055219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr17	18057215	rs9916193	C	G	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=3.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,115:0.56:205
chr17	18057272	rs712271	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=674;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GGCTGAAGCGAGCAGAGGAGG;SOR=1.560;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=48;WE=18057280;WS=18057262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr17	18057301	rs735960	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=688;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CTTGGGGAGGGAGCCCAGGAG;SOR=0.990;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=41;WE=18057309;WS=18057291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr17	18057907	rs62073602	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr17	18063441	rs712273	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr17	18064730	rs8077577	C	T	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=536;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TCCTCCAAGACGTGAGCCGGA;SOR=0.458;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=37;WE=18064738;WS=18064720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,82:0.53:154
chr17	18065888	rs62073604	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.444;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=422;ReadPosRankSum=-2.399;SC=CTGAACTCCCTGCTTCTGCAG;SOR=0.976;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=31;WE=18065896;WS=18065878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr17	18066791	rs62073605	C	T	98.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CTCAGAAGAGCAAACTGCACC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=18066799;WS=18066781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr17	18067288	.	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CCCCATGTGGAAGGATCTCTG;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=18067296;WS=18067278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr17	18070761	rs854796	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr17	18077175	rs854800	T	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.694;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,87:0.57:153
chr17	18087468	.	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr17	18088094	rs11078411	C	T	3450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=1826;ReadPosRankSum=2.463;SC=TGGTGGAGCACCGCGTCATCC;SOR=0.678;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=202;TCF=113;TCR=89;TR=119;WE=18088102;WS=18088084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,163:0.58:283
chr17	18088365	rs186990322	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=546;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CCTGCGCCTGCTGCCTTAGCT;SOR=0.803;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=31;WE=18088373;WS=18088355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr17	18098180	rs17436616	C	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr17	18111793	rs1563371	C	T	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=553;ReadPosRankSum=-1.561;SC=TGTTTTTGTTCATTGGGGGGT;SOR=0.821;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=47;WE=18111801;WS=18111783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,68:0.65:105
chr17	18111868	rs1378602	G	A	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=608;ReadPosRankSum=-1.040;SC=TTGCCTGTTAGGGCTGAAGAA;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=37;WE=18111876;WS=18111858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,56:0.66:85
chr17	18133495	rs2290502	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.485;SC=GGGCTTCTGCGGAGGTTGGCG;SOR=1.479;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=7;WE=18133503;WS=18133485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr17	18135753	rs2290503	T	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=412;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TTGGGTGTCTTCCTCACTGTG;SOR=0.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=31;WE=18135761;WS=18135743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr17	18137141	rs2290505	A	G	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=1.783;SC=GGTGGCTGCCAGCGACATAGC;SOR=0.541;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=49;WE=18137149;WS=18137131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,71:0.41:173
chr17	18137423	.	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=320;ReadPosRankSum=1.008;SC=TTGGCTACAGCCGGGGCCTGC;SOR=0.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=25;WE=18137431;WS=18137413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr17	18139896	rs2746028	G	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=-0.794;SC=AACTCGGGTAGCCCTGACATC;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=18139904;WS=18139886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr17	18141684	.	G	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=543;ReadPosRankSum=0.855;SC=GGTGGTAGAGGAATGGTAACA;SOR=0.650;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=38;WE=18141692;WS=18141674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,64:0.71:90
chr17	18141705	rs2245430	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=184;ReadPosRankSum=0.170;SC=GAACGTAGGGCGCAAAGCAGG;SOR=0.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=16;WE=18141713;WS=18141695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr17	18144720	rs2245737	C	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=551;ReadPosRankSum=-1.882;SC=GCCCTGGGGACGAGGACAGGG;SOR=0.671;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=35;WE=18144728;WS=18144710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,51:0.56:91
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chr17	18149854	rs2856289	A	G	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.915;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.551;SC=GCTGGGTCTGAGCCCCACCAC;SOR=1.060;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=68;WE=18149862;WS=18149844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,98:0.56:174
chr17	18150444	.	AC	A	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-2.045;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
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chr17	18154510	rs2071242	T	C	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=949;ReadPosRankSum=-0.300;SC=AACTCTGGAGTTGGGGACTGA;SOR=0.972;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=53;WE=18154518;WS=18154500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,66:0.58:114
chr17	18156541	rs2071241	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=252;ReadPosRankSum=0.250;SC=ACAGACCACAAGGTGGGCTCT;SOR=1.341;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=17;WE=18156549;WS=18156531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr17	18161744	rs59366579	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=1.008;SC=GCCTGCCCAGCCTCGGTCTCC;SOR=0.682;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=13;WE=18161752;WS=18161734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr17	18167505	rs2605143	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=348;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CGCTGGCTGCTTCTGTCAACT;SOR=0.523;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=23;WE=18167513;WS=18167495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr17	18194011	rs3817992	C	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=399;ReadPosRankSum=0.046;SC=CTACAGGGAGCGGCAGGTGCA;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=30;WE=18194019;WS=18194001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr17	18194096	.	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=-1.281;SC=TGCTCCACTAGAGAACTCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=14;WE=18194104;WS=18194086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr17	18194362	rs6502645	C	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=16;PP=464;SC=AAGAGGAGTACGAAACTCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=18194370;WS=18194352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	18202996	rs2294913	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr17	18208334	rs7225932	C	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr17	18219835	rs3829956	T	C	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=647;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AGTCCATCATTGAACATCAAG;SOR=0.640;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=51;WE=18219843;WS=18219825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr17	18220138	.	C	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.871;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,77:0.57:135
chr17	18220770	rs1563632	G	A	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=905;ReadPosRankSum=1.556;SC=GGAGCCATCCGCTTCCAGGCA;SOR=1.002;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=51;WE=18220778;WS=18220760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,72:0.64:112
chr17	18221010	rs12449313	A	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=713;ReadPosRankSum=0.415;SC=GAAAATGCCAACCCTTCTTCC;SOR=0.809;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=45;WE=18221018;WS=18221000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,73:0.47:154
chr17	18236339	rs2273029	G	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=666;ReadPosRankSum=-0.333;SC=AGTTGGAGGCGAGGCTGACCT;SOR=0.984;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=52;WE=18236347;WS=18236329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,76:0.54:140
chr17	18243872	rs62072543	GC	AT	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=478;ReadPosRankSum=-0.758;SC=ACAAAAAGCAGCAAACACACA;SOR=0.756;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=16;WE=18243881;WS=18243862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr17	18252010	rs3866955	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GGGTTTTGGCTGGGAGAGGTG;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=16;WE=18252018;WS=18252000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr17	18259415	rs12950117	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=1.047;SC=TGCCCAGGCTAGAGTGCAGTG;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=18259423;WS=18259405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr17	18284262	rs570145	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=414;ReadPosRankSum=0.393;SC=ATGCAAGCCAGCGCCGACCAG;SOR=0.850;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=37;WE=18284270;WS=18284252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,78:0.52:150
chr17	18286560	.	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=0.799;SC=TCCTCACCGCCGCTCCCCACC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=18286568;WS=18286550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr17	18286916	rs112094897	A	AG	1152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=588;SC=GCCCTCGGGCAGCGGCAGGGC;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=18286924;WS=18286906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	18286922	rs111736884	A	AG	1079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.16;QD=43.19;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	18286930	rs200680358	A	AG	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.90;QD=47.40;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	18286938	rs145486982	A	AG	936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.37;QD=44.61;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	18291432	rs140944304	TCACAGC	T	127.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQRankSum=-1.282;QD=25.55;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr17	18291456	rs578670	C	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQRankSum=-2.823;QD=20.88;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr17	18291470	rs586214	C	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.489;NF=6;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=0.489;SC=AGTGTAGGACCCTTACAACGT;SOR=0.627;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=18291478;WS=18291446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr17	18291544	rs586322	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.428;NF=16;NR=10;PP=335;ReadPosRankSum=3.470;SC=TTCTGTGTCCATCTTCCTCTC;SOR=0.657;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=26;WE=18291552;WS=18291534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr17	18291618	rs586757	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr17	18314830	rs62074236	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.929;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.367;NF=21;NR=9;PP=405;ReadPosRankSum=-1.937;SC=TTCTTCCTCATCCCGCACCCT;SOR=2.387;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=30;WE=18314838;WS=18314824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr17	18314913	rs62074237	T	C	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-4.732;QD=14.29;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,76:0.41:187
chr17	18314964	rs62074238	T	G	5256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-13.971;NR=57;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CCCAATCGTCTTCTTTCCCAG;SOR=0.585;Source=Platypus;TCR=143;WE=18314972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,219:0.44:499
chr17	18315107	rs113907775	C	CCT	6680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=863;ExcessHet=3.0103;FS=1.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.87;MQRankSum=-4.843;QD=7.98;ReadPosRankSum=2.001;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:621,216:0.26:837
chr17	18380008	rs10674629	T	TACC	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=119;SC=CCCAACACCCTACCTTTCTCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=18380016;WS=18379998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	18380065	rs1682221	C	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.283;NF=6;NR=3;PP=112;ReadPosRankSum=2.635;SC=CATTGAATAACAGCCAAGTTG;SOR=0.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=18380073;WS=18380055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr17	18380154	rs1682220	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=1;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.307;NF=7;NR=9;PP=662;ReadPosRankSum=0.812;SC=TGGTGGCCACAGAGGCGGTGG;SOR=0.858;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=16;WE=18380172;WS=18380144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr17	18380163	rs376412531	GGA	G	1248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.476;NF=1;NR=9;PP=666;ReadPosRankSum=0.065;SC=CAGAGGCGGTGGAGAGATGGC;SOR=0.963;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=18380172;WS=18380144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr17	18394431	rs140402450	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.45;MQRankSum=-2.685;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr17	18394552	rs201945348	G	A	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.026;NF=43;NR=33;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CTTTACTCAGGAGAGCCTGGG;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=76;WE=18394560;WS=18394542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,82:0.67:122
chr17	18394706	rs368033760	A	G	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.68;MQRankSum=-4.054;QD=15.86;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr17	18395647	.	G	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.001;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.378;NF=35;NR=16;PP=755;ReadPosRankSum=1.554;SC=TGGAACCAAGGAAAGATATCG;SOR=1.004;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=51;WE=18395655;WS=18395637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr17	18396131	rs138238232	T	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.23;QD=29.52;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	18397711	rs75054442	G	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.46;MQRankSum=-3.501;QD=12.70;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr17	18498497	rs59933375	G	GA	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=0.040;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr17	18528623	rs34925025	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-4.797;QD=3.75;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,29:0.28:105
chr17	18541775	rs9902086	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-2.124;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,13:0.19:67
chr17	18541852	.	ACCCAC	A	884.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.428;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=14.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-7.505;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=2.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr17	18541857	.	C	CGATGGTG	884.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.286;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=14.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-7.454;QD=10.79;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=2.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr17	18541868	rs55807264	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.842;NF=24;NR=11;PP=1139;ReadPosRankSum=-2.156;SC=CCAGGCCAAAACCATGGGCGC;SOR=1.041;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=35;WE=18541876;WS=18541842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,36:0.35:102
chr17	18542074	rs9908833	G	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.506;NF=14;NR=26;PP=516;ReadPosRankSum=1.526;SC=GTGGCCCGTGGATGCTGGGTC;SOR=0.769;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=40;WE=18542082;WS=18542064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,67:0.44:154
chr17	18542107	rs80078274	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-4.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.391;NF=6;NR=17;PP=285;ReadPosRankSum=0.195;SC=GCCCTGAAGGGACCCAACCTG;SOR=0.318;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=23;WE=18542115;WS=18542097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr17	18542432	.	T	C	701	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=47.29;NF=10;NR=5;PP=701;QD=49.0514141698;SC=GCCTTACCGATCACCCGATTC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=15;WE=18542441;WS=18542422;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:34,15:0.31:49
chr17	18542433	.	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.328;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQRankSum=3.768;QD=18.00;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,48:0.91:53
chr17	18542519	rs74452761	T	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.412;NF=11;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=-0.211;SC=GCGGGGCAGCTCCATCTCACT;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=23;WE=18542527;WS=18542509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr17	18565143	rs55636053	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.857;NF=23;NR=2;PP=450;ReadPosRankSum=-2.244;SC=TAGATGCATATAGAATTGGTC;SOR=2.461;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=25;WE=18565151;WS=18565133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr17	18565350	rs9912644	G	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.669;NF=35;NR=30;PP=809;ReadPosRankSum=-0.142;SC=TTTCTCTCCGGTATGAGTTCT;SOR=0.794;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=204;TCF=100;TCR=104;TR=65;WE=18565358;WS=18565340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,77:0.34:224
chr17	18565423	rs9912852	G	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.838;NF=31;NR=33;PP=806;ReadPosRankSum=2.279;SC=CATTTGTACGGTTTCTTTCCA;SOR=0.715;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=64;WE=18565431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,79:0.34:229
chr17	18566737	.	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.371;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.015;NF=4;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=-2.490;SC=TAGAGATGCCGATGAAGCAAT;SOR=0.037;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=18;WE=18566745;WS=18566727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr17	18574794	rs201620470	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.46;MQRankSum=-1.233;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr17	18574872	rs146810330	G	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQRankSum=-1.473;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,72:0.33:216
chr17	18574998	rs9635701	A	T	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.774;NF=38;NR=38;PP=1007;ReadPosRankSum=1.377;SC=GGTATACGGGAAGCTAGAACT;SOR=0.322;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=164;TCF=70;TCR=94;TR=76;WE=18575006;WS=18574988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,91:0.44:206
chr17	18575127	rs9635680	G	A	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.091;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.906;NF=20;NR=38;PP=1956;ReadPosRankSum=0.079;SC=TGCCTGCCATGTCAGTCAGCC;SOR=1.421;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=58;WE=18575148;WS=18575117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,59:0.41:143
chr17	18575140	rs9635681	A	G	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.081;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.983;NF=18;NR=36;PP=1956;ReadPosRankSum=1.394;SC=AGTCAGCCGTAGCAGTTCCAC;SOR=1.476;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=54;WE=18575148;WS=18575117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr17	18575675	rs55797270	T	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.119;NF=15;NR=17;PP=433;ReadPosRankSum=0.074;SC=GGCACGCAACTCACCATCCAC;SOR=0.962;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=32;WE=18575683;WS=18575665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,35:0.33:105
chr17	18576256	rs4924901	G	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQRankSum=-2.025;QD=5.88;ReadPosRankSum=2.823;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr17	18583921	rs200583611	T	TC	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.225;NF=3;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=0.212;SC=GTCTCCTGACTAGTCTCTTAG;SOR=0.069;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=6;WE=18583929;WS=18583911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr17	18584009	rs112134397	T	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-1.635;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr17	18584123	rs200143783	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-5.970;QD=5.10;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr17	18584142	rs116808485	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.275;NF=2;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=-2.005;SC=GGAAGACAGAACTAACGACAA;SOR=0.836;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=9;WE=18584150;WS=18584132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr17	18602476	rs1969051	A	G	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=46;PP=2252;SC=GTTTTTGGCAAAATGCTGGCA;SOR=1.068;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=114;WE=18602484;WS=18602466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	18602532	rs1969050	A	T	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.859;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,111:0.56:199
chr17	18610134	rs1973459	T	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.885;NF=8;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=1.015;SC=TTGTAAGAGTTGAGCTCTGGC;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=19;WE=18610142;WS=18610124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr17	18630995	rs8075739	G	A	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.024;NF=30;NR=37;PP=1119;ReadPosRankSum=2.516;SC=CTGGAGTACAGGAGTGCCGAG;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=67;WE=18631003;WS=18630985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,89:0.57:157
chr17	18638151	rs9916065	A	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.289;NF=17;NR=10;PP=277;ReadPosRankSum=-1.980;SC=ATCAGCTGTCAGTTCCTGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=27;WE=18638159;WS=18638141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,47:0.44:108
chr17	18643593	.	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.436;NF=6;NR=8;PP=193;ReadPosRankSum=-0.335;SC=TGGAAGAAAAGGTAGTGCATG;SOR=0.450;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=14;WE=18643601;WS=18643583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr17	18643642	rs150131079	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=52.62;MQRankSum=-3.440;NF=1;NR=6;PP=61;ReadPosRankSum=-1.545;SC=ATTTCAGCACTGACTCCCTCC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=18643650;WS=18643632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr17	18647539	rs116483657	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.655;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.543;NF=19;NR=6;PP=377;ReadPosRankSum=-1.405;SC=GGCTAAAATGGACTGGTTATC;SOR=1.541;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=25;WE=18647547;WS=18647529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,16:0.14:113
chr17	18647625	rs74502778	T	A	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.913;NF=42;NR=30;PP=851;ReadPosRankSum=0.387;SC=ACCGATTCCATCCCTCTATGC;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=118;TCR=82;TR=72;WE=18647633;WS=18647615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,87:0.36:244
chr17	18651265	.	G	A	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.45;MQRankSum=-2.750;QD=14.26;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr17	18653070	rs9895749	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.319;NF=22;NR=14;PP=354;ReadPosRankSum=1.290;SC=GTGTATATCCGAAATGAATAG;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=36;WE=18653078;WS=18653060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,53:0.30:179
chr17	18653145	rs200535885	C	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.79;MQRankSum=-2.060;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,29:0.16:178
chr17	18670278	rs4611519	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.01;QD=26.98;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	18671733	rs10775382	C	A	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=5;PP=551;SC=TACCGAGTGACTGGCAGTCAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=18671741;WS=18671723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	18671961	rs144931466	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQRankSum=0.474;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr17	18675802	rs150329747	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=221;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GTGGAAAAAACGAAACAAAAG;SOR=0.459;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=23;WE=18675810;WS=18675792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr17	18678548	rs4630608	C	T	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=51;PP=1643;SC=ACAAGTGGCACGGATGGTGGG;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=18678556;WS=18678538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	18684487	rs59588820	A	G	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=81;SC=GTGAGGCCGGACTGAGGCTCT;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=18684495;WS=18684477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	18684642	rs75174617	G	T	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=4;PP=113;SC=GGCTCGCTGGGAGGGTGGCGG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=18684650;WS=18684632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	18694277	rs61075345	G	A	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.27;QD=25.79;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	18700843	rs115776459	C	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.13;MQRankSum=-4.449;QD=8.58;ReadPosRankSum=2.153;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr17	18702094	rs2270139	A	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.219;NF=24;NR=9;PP=520;ReadPosRankSum=-0.222;SC=AAATTTCACAACATGATAATT;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=33;WE=18702102;WS=18702084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr17	18702220	rs8080471	T	C	5514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=65;PP=2358;SC=TGATATTTGCTTTTAGTGCAC;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=119;WE=18702228;WS=18702210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	18708830	rs55974180	G	GT	982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=1.427;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,79:0.52:152
chr17	18708991	rs373765497	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.57;MQRankSum=-1.135;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr17	18769349	rs2386404	T	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=141;SC=TATTGTTAAATTTGAAAGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=18769357;WS=18769339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	18770733	rs2305064	G	A	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=31;PP=833;SC=CTATTGAAACGATTTGATTCA;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=18770741;WS=18770723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	18775867	rs80097258	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr17	18775900	rs4393623	A	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=19;PP=611;SC=TGCCAGAAACAAGAGTACAAA;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=18775908;WS=18775890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	18776020	rs7503678	A	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=18;PP=476;SC=GAGTGTTTAAAATAATGATAG;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=18776028;WS=18776010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	18780888	rs112755492	GT	G	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=1.065;SC=TTATTGGTTGGTTTTTTTCTG;SOR=0.582;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=5;WE=18780896;WS=18780878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr17	18785823	.	T	TA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.814;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr17	18793061	rs3803835	C	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=22;PP=867;SC=TTCAACTAGCCAAGCATTTTT;SOR=0.960;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=51;WE=18793069;WS=18793051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	18793225	rs3826380	A	G	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=32;PP=1014;SC=TTCTGGATCTACTTCTAAGGA;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=63;WE=18793233;WS=18793215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	18814661	rs55971101	T	TTA	1471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=25;PP=377;SC=CGTTTTTTTTTAGTTGGCAAA;SOR=1.123;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=18814676;WS=18814651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	18833810	rs1634411	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr17	18834021	rs1801755	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-1.539;SC=AGTTTTCCTTTAGGAAAACTC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=12;WE=18834029;WS=18834011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr17	18855611	rs2076562	T	C	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=500;ReadPosRankSum=1.544;SC=TTGCTCTGAATGTGGCCGTGG;SOR=0.515;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=45;WE=18855619;WS=18855601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,64:0.63:101
chr17	18863105	rs2074276	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=1.055;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr17	18872337	rs8415	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=259;ReadPosRankSum=-0.149;SC=GGAATAACAGTCCCACACAAG;SOR=0.810;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=23;WE=18872345;WS=18872327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
chr17	18872680	rs80176664	GG	AA	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=597;ReadPosRankSum=0.317;SC=TAATCTACACGGACGCCCTGC;SOR=0.651;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=19;WE=18872689;WS=18872670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,39:0.38:102
chr17	18874685	rs3071666	C	CGGT	987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=703;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GGGGTCTTTGCGGTCCCGGGG;SOR=1.101;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=17;WE=18874693;WS=18874675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr17	18874720	rs916823	C	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=353;ReadPosRankSum=-2.608;SC=GTTTAGAATCCGATGAGGCCC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=29;WE=18874728;WS=18874710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr17	18880268	rs2472715	C	A	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=596;ReadPosRankSum=0.939;SC=GCCTGATCATCATGCCGGGCA;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=43;WE=18880276;WS=18880258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,60:0.41:145
chr17	18882991	rs2472714	T	A	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=17;PP=469;SC=GAGATTCTGTTTTGGGAACCA;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=18882999;WS=18882981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	18916893	rs11652575	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=355;SC=GCCCAATGAGTATGGGGACTG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=18916901;WS=18916883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	18918258	rs28526726	C	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=425;SC=CTTGGAGGAGCATGCAAATGG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=18918266;WS=18918248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	18918530	rs9891254	A	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	18920581	.	C	T	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,89:0.50:179
chr17	18923818	rs1624825	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=253;SC=GGGATCCCGAGGCCCCAAGAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=18923826;WS=18923808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	19213335	rs2296981	C	G	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=741;SC=CAGGTCTGCACTGCATTGACT;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=19213343;WS=19213325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	19216917	rs3826405	T	C	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=29;PP=1250;SC=ACACCCAGCGTCCCAGCTGAA;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=19216925;WS=19216907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	19231898	rs7206963	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=380;SC=AGTACCCTTTTGATGGCTGTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=19231906;WS=19231888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	19232078	rs6587220	T	C	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	19233096	rs2296979	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=19;PP=530;SC=GAGCCTGAAGTTTCTAATTCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=19233104;WS=19233086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	19237374	.	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,47:0.37:126
chr17	19240972	rs11652712	G	A	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=7;PP=335;SC=GGCTTCCCGCGGAAGTTTCTC;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=19240980;WS=19240962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	19247075	rs4924987	G	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=44;PP=1567;SC=TATGGGGGATGGGGGTAAGAG;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=76;WE=19247083;WS=19247065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	19250693	.	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=552;ReadPosRankSum=-0.797;SC=GAGACCTTTCTGAGCCTCCAG;SOR=0.771;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=48;WE=19250701;WS=19250683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,78:0.60:131
chr17	19265797	rs10445411	C	T	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	19314611	rs739830	T	C	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=54;PP=2315;SC=CCTCACCTTCTACCTACCGCA;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=125;WE=19314619;WS=19314601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	19314857	.	G	GC	93	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MMLQ=15;MQ=58.93;NF=5;NR=3;PP=93;QD=15.75;SC=CGGGGGTGGGGAGGATGAGGG;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=8;WE=19314865;WS=19314843;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,8:0.35:23
chr17	19314917	.	CTTTTT	C,CTTTT	442.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=1.385;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,7,19:0.25,0.68:28
chr17	19318031	rs1295330	A	G	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	19319015	rs1295329	C	T	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=50;NR=37;PP=1554;SC=CTCCCTGTCACAGGACGTAGC;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=87;WE=19319023;WS=19319005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	19445923	rs12451696	A	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=20;PP=509;SC=ATTCTCTTACAGTGCTGGAGT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=19445931;WS=19445913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	19458777	rs2440149	G	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=11;PP=542;SC=GGAGGGTGAGGCTGCTCTGGG;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=19458785;WS=19458767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	19535920	rs28672254	C	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=440;ReadPosRankSum=0.227;SC=TTGCGCCCAGCCCACAATGGC;SOR=1.362;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=24;WE=19535928;WS=19535910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr17	19552476	rs4646793	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=236;ReadPosRankSum=1.320;SC=AAACTGGCCCCCGCCGCGCAC;SOR=0.776;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=17;WE=19552484;WS=19552466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr17	19555976	rs1004491	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=156;ReadPosRankSum=0.399;SC=CTCCAACATATGTGTTTACTG;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=18;WE=19555984;WS=19555966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr17	19559623	rs2072332	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=273;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GATTGCTGATGTTAGACGTTA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=17;WE=19559631;WS=19559613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr17	19561011	rs3841513	GACTGAATT	G	1287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=2866;ReadPosRankSum=1.490;SC=ATGAATATTTGACTGAATTAC;SOR=0.693;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=19;WE=19561026;WS=19561001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr17	19568486	rs59755039	CT	C	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=257;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TGAGGGAGACCTTTTCCTGGT;SOR=0.293;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=19568494;WS=19568476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr17	19578873	rs7216	A	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-1.508;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,65:0.50:129
chr17	19608773	rs4925042	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=259;ReadPosRankSum=-0.095;SC=TGGCCACCTCGTAGATGACAG;SOR=0.741;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=22;WE=19608781;WS=19608763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr17	19608876	rs368004089	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=-1.449;SC=ACCCTGCGCCGACAGGACGCT;SOR=0.619;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=15;WE=19608884;WS=19608866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr17	19609947	rs12942065	C	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=805;ReadPosRankSum=0.010;SC=CGCCCCCCATCCTCTTCCACG;SOR=0.855;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=53;WE=19609955;WS=19609937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,85:0.46:186
chr17	19610104	rs35263947	C	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=38;PP=900;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GAGCTGACAGCCTGCCCTGCT;SOR=0.951;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=53;WE=19610112;WS=19610094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,60:0.57:106
chr17	19612241	.	G	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=587;ReadPosRankSum=1.779;SC=CAGCCACCTGGACTCATGCTC;SOR=0.496;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=36;WE=19612249;WS=19612231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr17	19617236	rs4924792	G	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=3.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr17	19617393	rs9900497	G	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=-0.474;SC=TGGCGGACCCGGCGGCCTCTG;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=19617401;WS=19617383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr17	19641834	rs79434246	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-0.947;SC=TCCCTCTCCACCTTGTTGGGT;SOR=0.627;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=6;WE=19641842;WS=19641824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr17	19642952	rs2228100	G	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=284;ReadPosRankSum=0.208;SC=TGCATCACCGGGGACTGGGGG;SOR=0.717;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=22;WE=19642960;WS=19642942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr17	19645938	rs887241	A	C	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,96:0.53:182
chr17	19648219	rs56234923	T	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	19651482	rs2072327	T	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=1.012;SC=GGAGAGATGATGTAGGACTCT;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=6;WE=19651490;WS=19651472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr17	19699121	rs157386	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=1.085;SC=AGAGAATGAGGAAACAAGAAA;SOR=0.327;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=6;WE=19699129;WS=19699111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr17	19699358	rs192511	T	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=15;PP=788;SC=AATCTATGTTTTACTATTACA;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=19699366;WS=19699348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	19699605	rs10587010	CAT	C	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.53;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr17	19702705	.	A	G	101.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr17	19713740	rs150122	C	T	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	19729495	rs157397	T	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=13;PP=411;SC=GGCTAAAAAATGCTTCTGTAA;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=19729503;WS=19729485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	19749952	rs140413803	CA	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.193;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.145;SOR=0.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr17	19809330	.	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CTTTAAGACTCTCACTGTGTG;SOR=1.493;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=12;WE=19809338;WS=19809320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr17	19812541	rs203462	T	C	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=42;PP=1340;SC=TGCTGCATAATGTCACTGACT;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=88;WE=19812549;WS=19812531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	19835112	rs61749865	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CGCAATCAGTCAATACCTGAG;SOR=0.641;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=9;WE=19835120;WS=19835102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr17	19861458	rs2108978	C	T	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=27;PP=1022;SC=CATTTCAAGACGGAGAGAATG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=57;WE=19861466;WS=19861448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	19999781	rs12942179	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=215;SC=CTAGTATAAAGCCTATAAACC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=19999789;WS=19999775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	20000131	rs4925085	G	T	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=32;PP=909;SC=AAAATGCACAGGGCCAGGCAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=20000139;WS=20000121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	20059591	rs3833861	A	AC	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.359;NF=7;NR=14;PP=665;ReadPosRankSum=-1.518;SC=CCGCAACCCCACCCCCCCTCC;SOR=0.569;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=21;WE=20059599;WS=20059581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr17	20297545	rs3874846	T	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.59;MQRankSum=-1.701;QD=25.05;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr17	20305306	.	CAATAATAAT	C	616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.27;QD=38.55;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	20305356	.	CT	C	338	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=50;MMLQ=25;MQ=50.62;NF=2;NR=5;PP=338;QD=50.2857142857;SC=ATAATTCTTGCTTTTTTTTTC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=7;WE=20305364;WS=20305346;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,7:0.64:11
chr17	20354747	rs200108749	C	CCT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.70;QD=38.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	20436158	rs201599386	A	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.58;QD=22.63;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	20492807	rs199914815	C	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.742;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.755;NF=14;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=-2.276;SC=GCTCTTCCCCCTCTTGGCCCT;SOR=3.663;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=16;WE=20492815;WS=20492797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,11:0.17:65
chr17	20492954	rs367956889	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=4.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQRankSum=-5.718;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,53:0.23:234
chr17	20492967	.	CCTT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=10.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQRankSum=-2.603;QD=0.35;ReadPosRankSum=-3.101;SOR=1.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,19:0.09:217
chr17	20654750	rs201500989	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.24;MQRankSum=-1.770;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr17	20768839	rs372665136	GA	G	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-6.069;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.884;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,12:0.10:124
chr17	20768850	rs114103783	G	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-6.900;QD=0.37;ReadPosRankSum=2.062;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,10:0.08:121
chr17	20768867	rs9906896	A	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-7.891;QD=1.40;ReadPosRankSum=2.043;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,10:0.11:94
chr17	20768928	rs141057464	AAT	A	133.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-5.587;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr17	20768931	rs76382049	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-5.587;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr17	20799119	rs2279263	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.324;NF=6;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=-1.035;SC=ATCGTGCTGGAGCTGGTCTAA;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=12;WE=20799127;WS=20799109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr17	20906251	rs4985956	C	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.73;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	20906257	rs4985957	A	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.73;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	20908081	rs66644145	CTAGTGGAGCTGCGGGCAGCCAA	C	1661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=2925;SC=GCGGCCTTTCCTAGTGGAGCT;SOR=2.554;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=12;WE=20908110;WS=20908071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	20908325	rs9797279	T	C	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=48;PP=1486;SC=AACGGCAGGATTCAGCATCAT;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=20908333;WS=20908315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	20910364	rs9907786	C	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=1.062;SC=CTGGAAGCTTCAGGGCCTTCT;SOR=0.590;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=15;WE=20910372;WS=20910354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr17	20910424	rs9914758	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TTGAACTGCCTTGTAGCTACA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=13;WE=20910432;WS=20910414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr17	20916022	rs17770614	A	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.947;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr17	20916035	rs4985962	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=627;SC=CATTTATCTCATAGCCTCCTT;SOR=1.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=31;WE=20916043;WS=20916012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	20916362	rs719093	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=1.545;SC=CGCTTTAAAAGGCCATGTGAG;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=20916370;WS=20916352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr17	20919104	.	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=1.403;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr17	20919334	rs7213684	T	G	204.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.14;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	20919337	rs7207753	G	C	204.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.21;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	20921189	.	A	AT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.970;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr17	20921492	rs1038107	C	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=209;SC=TGGATCCCAGCGGCTTCCTCT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=20921500;WS=20921482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	20922268	rs984007	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=0.097;SC=TGGTTGCTGAGCACATTGATG;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=11;WE=20922276;WS=20922258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr17	20924523	rs2291037	G	A	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=36;PP=1115;SC=AGATGCCTCCGTACATCAGAT;SOR=0.930;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=20924531;WS=20924513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	20924620	rs899342	T	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=23;PP=553;SC=TTAAACACAGTGAGGTTCTGT;SOR=1.201;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=37;WE=20924628;WS=20924610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	20945874	rs10579510	GCA	G	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.19;ReadPosRankSum=1.140;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr17	20945887	rs4985967	G	A	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=4.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	20945887	.	GGAAGAGGGC	AGAAGAGGGA,AGAAGAGGGC	1321	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=16;MQ=59.4;NF=15,33;NR=0,3;PP=928,1321;QD=65.4311916575;SC=ACGGGGGAAGGGAAGAGGGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=15,36;WE=20945904;WS=20945864;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.42:36
chr17	20945896	rs112391166	C	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=-1.640;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr17	21075183	rs12936069	G	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=0.528;SC=GGCCGAGGGTGCAGGGCCTGG;SOR=0.252;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=4;WE=21075191;WS=21075173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr17	21087671	rs3744226	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=-1.622;SC=TAAGCCTCTGCATCTGTCCTC;SOR=0.656;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=32;WE=21087679;WS=21087661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,42:0.41:102
chr17	21117531	.	G	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=-0.830;SC=GCGGGCCGACGGGAAGTGTAG;SOR=0.740;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=31;WE=21117539;WS=21117521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,49:0.37:133
chr17	21117589	rs3744223	C	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=1.253;SC=CCAGACCCGGCGGAACTACCG;SOR=0.707;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=21;WE=21117597;WS=21117579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr17	21147404	rs897926	A	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=280;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TGGCCCTGCCACCTGCCTGCC;SOR=0.398;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=24;WE=21147412;WS=21147394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr17	21147560	rs66531706	A	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=331;ReadPosRankSum=-2.028;SC=GAGACAGGTAAGCCTATGCTG;SOR=0.618;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=36;WE=21147568;WS=21147550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,65:0.42:156
chr17	21156530	rs201190568	G	GC	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=68;SC=GGATGGGGCAGCCTGCTCCAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=21156538;WS=21156520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	21194658	rs71160134	T	TACAACACAAC,TACAACACAACACAAC	1497.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.92;QD=49.92;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,18:0.40,0.60:30
chr17	21194769	rs72840055	C	T	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.22;MQRankSum=-4.091;QD=12.03;ReadPosRankSum=1.966;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,49:0.34:144
chr17	21194771	rs114473529	A	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.16;MQRankSum=-1.560;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,27:0.19:142
chr17	21194785	rs72840057	T	C	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.78;MQRankSum=-3.790;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,57:0.40:143
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chr17	21199105	rs3035435	AG	A	3557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.392;HP=7;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.140;NF=10;NR=41;PP=1076;ReadPosRankSum=0.957;SC=GGCTTGGTGAAGGGGGGGCCA;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=18;TCR=68;TR=51;WE=21199119;WS=21199095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,116:0.61:190
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chr17	21199499	rs2885718	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=1.012;SC=ATCTTGCTTCGTCCTGCAGCA;SOR=1.802;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=8;WE=21199507;WS=21199489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr17	21201579	rs11651154	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
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chr17	21201884	rs2305875	T	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=6.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-2.767;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,55:0.25:223
chr17	21201890	rs8072401	A	G	3344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=-1.174;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,85:0.44:195
chr17	21201894	rs8071865	C	T	3179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,82:0.44:186
chr17	21201907	rs2305874	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,30:0.21:141
chr17	21202056	rs34676150	G	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.98;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr17	21202063	rs77850849	G	C	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.52;ReadPosRankSum=1.595;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr17	21202067	rs76764437	A	G	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.47;ReadPosRankSum=1.273;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
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chr17	21202102	rs35701021	C	T	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=1033;ReadPosRankSum=0.379;SC=CTCGTCCCCACGCCAGGCCCC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=112;TCR=56;TR=73;WE=21202110;WS=21202092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,92:0.43:215
chr17	21202123	rs68151103	A	G	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,74:0.27:279
chr17	21202191	rs33911218	C	A	4870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=6;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=61;PP=2083;ReadPosRankSum=0.477;SC=TCTCCACAGACCCCCCCGGAA;SOR=0.889;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=347;TCF=195;TCR=152;TR=151;WE=21202199;WS=21202180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,259:0.43:608
chr17	21202237	rs36047035	G	C	5433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.02;MQRankSum=1.078;NF=75;NR=81;PP=2336;ReadPosRankSum=1.336;SC=ATTGGAGACAGAGTAGGTGCC;SOR=0.607;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=328;TCF=150;TCR=178;TR=156;WE=21202245;WS=21202227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,276:0.46:595
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chr17	21202310	rs77343934	GC	AT	4531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.496;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.004;QD=19.79;ReadPosRankSum=1.774;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,115:0.50:229
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chr17	21202370	rs34794731	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.718;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
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chr17	21203711	rs73311537	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.012;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TGCTGAGGGTCACACAGCAGG;SOR=0.086;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=21203719;WS=21203701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr17	21203820	rs78304829	G	C	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,59:0.42:140
chr17	21203825	rs75854955	C	G	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,61:0.43:142
chr17	21203893	rs34105301	T	C	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=707;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GGTGACCATCTCAGAACTGGG;SOR=0.731;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=53;WE=21203915;WS=21203883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,78:0.43:182
chr17	21203907	rs73311539	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,31:0.17:178
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chr17	21203941	rs2305873	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,16:0.14:117
chr17	21203949	rs62057673	C	T	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=472;ReadPosRankSum=1.292;SC=ACGCCCAGAGCGGCACCATCA;SOR=0.690;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=30;WE=21203957;WS=21203924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chr17	21203998	rs62057674	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=303;ReadPosRankSum=-2.035;SC=GCAGCTGGGAGGGCTCCCTGG;SOR=0.411;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=21;WE=21204006;WS=21203988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr17	21204153	rs66883103	C	T	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=706;ReadPosRankSum=0.514;SC=GCCTCTGCCACGGCAACCTCT;SOR=0.756;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=50;WE=21204161;WS=21204143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,62:0.43:143
chr17	21204187	rs56067280	G	T	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=4.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.651;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,95:0.40:235
chr17	21204192	rs56216806	C	T	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=5.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.756;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,96:0.40:240
chr17	21204210	rs55796947	C	T	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.845;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=976;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CGTGAACTCACAGGAGCAGAA;SOR=0.975;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=196;TCF=115;TCR=81;TR=80;WE=21204218;WS=21204200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,110:0.39:285
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chr17	21204335	rs113821733	C	T	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=2.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,78:0.21:371
chr17	21204428	rs36191822	G	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=4.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,31:0.23:134
chr17	21204437	rs76549047	T	C	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.75;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr17	21204441	rs78162711	T	C	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,48:0.45:107
chr17	21205352	rs66761201	CGGA	C	780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.489;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.567;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr17	21205354	.	GA	AG	1348	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=23;MQ=59.95;NF=17;NR=1;PP=1348;QD=77.8593263812;SC=GCACACGTCGGAGAGGGGGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=18;WE=21205371;WS=21205344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:50,18:0.26:68
chr17	21205360	rs74998514	G	A	813.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.500;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr17	21205361	rs67557217	GGCT	G	804.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.541;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr17	21205396	rs75974715	C	A	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.342;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
chr17	21205406	rs72831582	A	G	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.246;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr17	21205460	rs62057721	C	T	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.178;NF=35;NR=25;PP=981;ReadPosRankSum=0.407;SC=CACAGGGAGACGTGTGGATCT;SOR=0.692;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=60;WE=21205468;WS=21205450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,90:0.52:173
chr17	21205592	rs66644302	GGC	G	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=14.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=5.030;QD=1.65;ReadPosRankSum=-3.501;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,10:0.14:70
chr17	21205606	rs2305871	G	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=7.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=1.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr17	21205642	.	T	G	1277	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=59.99;NF=4;NR=24;PP=1277;QD=46.8489718767;SC=CCAGCAGGCATGGAGCCTGCC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=28;WE=21205663;WS=21205632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,28:0.56:50
chr17	21205654	.	AT	GA	1258	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=14;PP=1258;QD=72.8593263812;SC=GAGCCTGCCTATTGATGGTGT;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=18;WE=21205663;WS=21205632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,18:0.53:34
chr17	21206269	rs73982750	G	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=-0.104;SC=AGGTGAGCCCGGGAGGATGAG;SOR=0.027;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=10;WE=21206277;WS=21206259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr17	21206294	rs73311581	C	T	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=193;ReadPosRankSum=-0.142;SC=GGCAGGAGGCCGAGTGTGTCT;SOR=0.119;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=14;WE=21206302;WS=21206284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr17	21206360	rs67280439	A	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,29:0.22:129
chr17	21206372	rs72838545	G	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,31:0.21:145
chr17	21206379	rs112413796	G	A	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,34:0.22:155
chr17	21206385	rs72838547	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,35:0.21:166
chr17	21206440	rs3744222	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=1.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,58:0.22:265
chr17	21206444	rs62057728	A	G	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,130:0.48:270
chr17	21206556	rs736103	C	T	2739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=66;PP=1650;ReadPosRankSum=-0.979;SC=GGTCAGTGCCCGGCAGCCACC;SOR=1.096;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=131;TCF=44;TCR=87;TR=93;WE=21206564;WS=21206546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,129:0.77:168
chr17	21206616	rs57761454	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=401;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GCGGGTGGACGTCTCCCTATG;SOR=0.394;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=26;WE=21206624;WS=21206606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr17	21206632	rs35678520	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr17	21206635	rs77285979	T	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.86;ReadPosRankSum=0.649;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr17	21206642	rs59259996	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.05;ReadPosRankSum=0.601;SOR=2.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr17	21206654	rs56821097	G	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.830;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr17	21207602	rs55677712	C	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=0.187;SC=GACCCTGGTGCAACCTGCCCA;SOR=0.171;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=16;WE=21207610;WS=21207592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr17	21207649	rs56342308	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=332;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GGGTCTTGGGCGAGGGAGGGG;SOR=0.436;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=26;WE=21207657;WS=21207639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr17	21207813	rs74575904	T	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=3.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,48:0.14:350
chr17	21207834	rs58609466	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,46:0.15:304
chr17	21207835	rs76111309	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.506;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,43:0.14:302
chr17	21207844	rs2230436	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,52:0.18:285
chr17	21207909	rs41301807	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,23:0.20:114
chr17	21207916	rs7209761	A	G	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=58;PP=1300;SC=GGCGGGGAGAAATCTGCCCAG;SOR=2.200;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=75;WE=21207924;WS=21207899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	21207938	rs75147012	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,8:0.15:55
chr17	21207939	rs41309278	G	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.558;SOR=0.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr17	21207945	rs9896440	A	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=179;ReadPosRankSum=0.958;SC=CCCCGGCCATACCCTCTGTCC;SOR=0.450;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=18;WE=21207953;WS=21207928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr17	21208292	rs7214432	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.387;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,22:0.22:102
chr17	21208317	rs4456559	G	A	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.399;SC=TAGCCATGGGGGCTTACCTGG;SOR=0.741;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=59;WE=21208339;WS=21208307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,90:0.53:170
chr17	21208331	rs1898407	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=1134;ReadPosRankSum=1.968;SC=TACCTGGGGCGGGTGTTCACG;SOR=0.679;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=90;TCR=47;TR=39;WE=21208339;WS=21208307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,52:0.26:201
chr17	21208347	rs4559960	C	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.551;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,61:0.26:233
chr17	21208349	rs7209860	C	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=2.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-2.751;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,63:0.26:238
chr17	21208413	rs1657695	C	T	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=592;ReadPosRankSum=0.724;SC=ATGTCAAGTCCGACGTCTGGA;SOR=0.703;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=194;TCF=97;TCR=97;TR=56;WE=21208421;WS=21208403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,83:0.30:280
chr17	21208449	rs1657694	G	T	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=3.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=2.012;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,71:0.32:222
chr17	21208456	rs1657693	A	G	2291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=4.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.644;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,68:0.33:203
chr17	21208640	rs7209152	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=1.876;SC=GTCACTCATCGTGAAGTCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=21208648;WS=21208630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr17	21215424	rs35026048	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=1978;ReadPosRankSum=1.016;SC=ATCTGGGGCCGGGGCCTCTGA;SOR=0.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=69;TCR=19;TR=31;WE=21215454;WS=21215414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr17	21215434	rs113634008	A	AC	889.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=2248;ReadPosRankSum=0.299;SC=GGGGCCTCTGACCCCCTGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=27;WE=21215454;WS=21215414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr17	21215446	rs62055363	C	T	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.712;NF=34;NR=10;PP=2244;ReadPosRankSum=-2.070;SC=CCCCTGTCCCCGCTGCAGATT;SOR=0.772;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=116;TCF=87;TCR=29;TR=44;WE=21215454;WS=21215414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr17	21215483	rs55935757	C	T	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.671;NF=45;NR=25;PP=967;ReadPosRankSum=-1.309;SC=GGTTCCCTTACGAGTCCTGGG;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=116;TCR=64;TR=70;WE=21215491;WS=21215473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,95:0.42:226
chr17	21215537	rs55736474	C	A	4077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.469;NF=66;NR=49;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.109;SC=AGGAGCCGTCCCCCCAGCTCC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=150;TCR=115;TR=115;WE=21215545;WS=21215527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,197:0.48:408
chr17	21215552	rs56369732	C	T	8233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.530;QD=17.71;ReadPosRankSum=2.159;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,215:0.46:465
chr17	21215557	rs35206134	G	A	8225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.527;QD=17.32;ReadPosRankSum=2.193;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,220:0.46:475
chr17	21215637	rs66486636	G	A	5031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=1.287;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,138:0.44:311
chr17	21215643	rs73302034	A	G	4964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=2.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,130:0.46:285
chr17	21215682	rs73302038	G	A	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=42;PP=863;ReadPosRankSum=-1.062;SC=TTATTCCTTTGGCAAATAAAC;SOR=0.835;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=140;TCF=41;TCR=99;TR=56;WE=21215690;WS=21215672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,73:0.42:174
chr17	21215700	rs73302043	T	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=586;ReadPosRankSum=-1.398;SC=AACCCCCAGATGACTTGGCAT;SOR=0.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=23;TCR=76;TR=39;WE=21215708;WS=21215690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr17	21216661	rs4994551	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr17	21216664	rs4081986	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr17	21216686	rs4994549	C	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=166;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CCCTTCTTCCCTGGGTGCACG;SOR=0.914;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=16;WE=21216694;WS=21216676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr17	21216710	rs4994548	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=302;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CCCCTGCTGCTAGGCCTGGGG;SOR=0.650;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=25;WE=21216718;WS=21216700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,28:0.30:94
chr17	21216758	rs5819747	G	GCTTC	2225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=1430;ReadPosRankSum=0.119;SC=TGGGGGCTGGGCTTCCTCCCT;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=30;WE=21216766;WS=21216748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,58:0.34:171
chr17	21216788	rs1673840	C	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.071;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=683;ReadPosRankSum=1.187;SC=GCCACAGCTGCACTATTCTCT;SOR=0.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=50;WE=21216796;WS=21216778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,82:0.36:228
chr17	21216846	rs1657688	G	C	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,79:0.42:187
chr17	21216891	rs934688	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=4.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.818;SOR=0.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr17	21216951	rs1673839	C	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=462;ReadPosRankSum=0.683;SC=TGGGTAGCTCCTCTGGCTGGC;SOR=0.765;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=34;WE=21216972;WS=21216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr17	21216964	rs1657686	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=48;PP=1341;SC=TGGCTGGCCCTGTGTTCTCTC;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=21216972;WS=21216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	21217290	rs1673837	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=278;ReadPosRankSum=-0.865;SC=AGGAGCCACAGATGCCATCTG;SOR=0.622;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=20;WE=21217298;WS=21217280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr17	21217397	rs1657685	A	G	3670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,109:0.41:263
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chr17	21217411	rs1657684	T	C	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=4;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=31;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.854;SC=TGGCCACCTCTCCCTCCCGCT;SOR=0.864;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=176;TCF=96;TCR=80;TR=75;WE=21217419;WS=21217387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,119:0.41:287
chr17	21217513	rs2363198	G	A	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=985;ReadPosRankSum=2.238;SC=TGCTGCCTTCGTGAAGGAGAT;SOR=0.791;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=74;WE=21217521;WS=21217503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,140:0.46:306
chr17	21217547	rs2363197	T	C	3771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.38;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,108:0.50:217
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chr17	21217566	rs2363375	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=2525;ReadPosRankSum=-1.070;SC=GACCCCACTCCGGCCCTCCAG;SOR=0.700;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=53;WE=21217574;WS=21217537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,80:0.49:162
chr17	21217586	rs2363374	G	T	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.92;ReadPosRankSum=-3.573;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
chr17	21217596	rs2363373	C	G	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.04;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,46:0.43:107
chr17	21318521	rs76804083	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=76;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CCTCCAGTCACGTCTGGGGGC;SOR=1.664;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=11;WE=21318529;WS=21318511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr17	21318546	rs112960185	A	G	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=-1.633;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr17	21318552	rs112854769	G	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,31:0.32:96
chr17	21318555	rs58462457	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,30:0.29:102
chr17	21318569	rs74584621	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=2.159;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,41:0.28:147
chr17	21318586	rs59891808	G	C	4445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.80;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,121:0.62:195
chr17	21318586	.	GTC	CTG	1397	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=33;NR=17;PP=1397;QD=29.0093574972;SC=ACATGCTGTCGTCTCTGTTGC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=93;TCR=45;TR=50;WE=21318611;WS=21318576;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:88,50:0.36:138
chr17	21318588	rs77791524	C	G	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,66:0.33:200
chr17	21318595	rs58780973	G	C	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,56:0.27:211
chr17	21318603	rs79809401	C	T	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=1416;ReadPosRankSum=0.408;SC=TTGCAGGAGCCGCCCTGCCTG;SOR=0.669;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=113;TCR=53;TR=61;WE=21318611;WS=21318576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,85:0.34:249
chr17	21318629	rs58862472	C	A	2783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,133:0.53:250
chr17	21318663	rs72846666	G	A	3488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=46;PP=1511;ReadPosRankSum=0.493;SC=GGATGACCGCGGCCAGCCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=301;TCF=179;TCR=122;TR=112;WE=21318671;WS=21318653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,192:0.37:521
chr17	21318698	rs1657738	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=47;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.146;SC=ATCGTGTCATCGGAGGAGGAC;SOR=0.700;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=381;TCF=217;TCR=164;TR=120;WE=21318706;WS=21318688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,151:0.25:593
chr17	21318777	.	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DP=680;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.947;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:560,110:0.16:670
chr17	21318782	rs78117732	G	A	4054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=82;PP=2059;ReadPosRankSum=1.152;SC=CGCAGGTGCCGCAACCGCTTC;SOR=0.642;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=450;TCF=231;TCR=219;TR=159;WE=21318790;WS=21318767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:455,231:0.34:686
chr17	21318821	rs1714865	A	C	3757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-2.793;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,226:0.32:711
chr17	21318867	rs73979893	G	A	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=67;PP=1645;ReadPosRankSum=-2.464;SC=TGGCTGACATGTTCACCACCT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=418;TCF=209;TCR=209;TR=135;WE=21318875;WS=21318857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:478,131:0.22:609
chr17	21318897	rs1657739	G	C	3991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=64;PP=2090;ReadPosRankSum=1.272;SC=TCCGCTGGCGGTACATGCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=405;TCF=194;TCR=211;TR=138;WE=21318905;WS=21318887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,209:0.37:571
chr17	21318948	rs112314728	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-2.798;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,58:0.13:462
chr17	21318951	rs75757803	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-2.760;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,54:0.12:446
chr17	21318952	rs8076599	A	G	5665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,229:0.52:443
chr17	21319007	rs1657740	G	A	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,151:0.41:368
chr17	21319007	.	GG	AC	1959	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MMLQ=23;MQ=59.97;NF=47;NR=57;PP=1959;QD=19.3506526429;SC=GCTGAGGGCCGGGGCCGCACA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=297;TCF=125;TCR=172;TR=104;WE=21319016;WS=21318997;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:193,104:0.35:297
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chr17	21319069	rs76265595	G	A	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,96:0.21:462
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chr17	21319302	rs1657743	T	C	11161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.83;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,353:0.63:563
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chr17	21319519	rs78113532	G	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=1.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-6.937;QD=3.99;ReadPosRankSum=-2.592;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,51:0.16:314
chr17	21319523	rs77987694	C	T	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=1.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-7.282;QD=4.26;ReadPosRankSum=-2.291;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,46:0.15:303
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chr17	21319543	rs80335301	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-7.731;QD=3.77;ReadPosRankSum=-3.252;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,44:0.16:278
chr17	21319560	rs74801394	G	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=10.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-7.177;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.555;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,43:0.17:258
chr17	21319650	.	CGAG	C	2799.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-8.703;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.797;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,88:0.24:361
chr17	21319682	rs80203231	C	T	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-8.611;NF=29;NR=38;PP=677;ReadPosRankSum=-0.378;SC=ATTGACTACTCGCACTTCCAC;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=224;TCF=102;TCR=122;TR=67;WE=21319690;WS=21319672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,100:0.28:356
chr17	21319716	rs78135255	G	A	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=5;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.178;NF=25;ReadPosRankSum=2.015;SC=TGCCCTCTACGCCCCGCTGCA;SOR=0.927;Source=Platypus;TCF=98;WE=21319736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,80:0.25:316
chr17	21319728	rs76681424	T	C	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.736;NF=26;ReadPosRankSum=2.503;SC=CCCGCTGCAGTGCGAAGGATC;SOR=0.805;Source=Platypus;TCF=93;WE=21319736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,74:0.24:304
chr17	21319743	rs76267885	A	G	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.695;NF=25;NR=34;PP=692;ReadPosRankSum=0.595;SC=AGGATCTGGTAGAGAACAAGT;SOR=0.769;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=191;TCF=89;TCR=102;TR=59;WE=21319751;WS=21319733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,76:0.26:297
chr17	21319767	rs1612176	C	T	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=4.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=0.000;QD=16.19;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,93:0.48:194
chr17	21319785	rs1657745	C	T	2631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=3.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=2.359;QD=12.18;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,75:0.35:216
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chr17	21319845	rs72846670	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,25:0.20:127
chr17	21319860	rs2917720	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr17	21319868	rs73979902	G	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.010;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,19:0.18:107
chr17	21319908	rs66981137	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=94;ReadPosRankSum=-2.391;SC=TCCAGGCTGGCGGCGGGGTCC;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=11;WE=21319916;WS=21319898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
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chr17	21320025	rs5021702	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.169;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr17	21535972	.	A	G	474	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=48.2;NF=10;NR=0;PP=474;QD=50.8771212547;SC=GTTTATTGGCATTGATCTCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=10;WE=21535988;WS=21535962;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr17	21536065	rs9325914	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=14.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-10.894;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=2.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,25:0.13:198
chr17	21536106	rs9325915	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=12.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-12.180;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=1.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,41:0.18:234
chr17	21536168	rs9325916	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-10.184;NF=16;NR=21;PP=384;ReadPosRankSum=1.182;SC=GTTTTTCTTTGCTTTTCCTAT;SOR=0.607;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=37;WE=21536176;WS=21536158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,37:0.25:151
chr17	21544462	rs9285742	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-0.755;QD=31.34;ReadPosRankSum=-1.187;SOR=3.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr17	21544470	rs9285743	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-1.666;QD=23.99;ReadPosRankSum=0.260;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr17	21544587	rs9285744	A	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.363;NF=17;NR=19;PP=601;ReadPosRankSum=1.594;SC=TTAAACTGAAAAAGAAACAAG;SOR=0.786;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=36;WE=21544607;WS=21544577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr17	21544599	rs9912297	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=1.160;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,20:0.20:99
chr17	21544646	rs9285745	T	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=410;ReadPosRankSum=0.095;SC=TTTCTCCCTATAGAAGATATT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=23;WE=21544654;WS=21544636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr17	21544674	rs9747056	T	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=355;ReadPosRankSum=0.176;SC=TTTCCATATTTTGAAACTGTA;SOR=1.235;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=21;WE=21544682;WS=21544664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr17	21730653	rs11656087	G	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=301;ReadPosRankSum=1.020;SC=GAAATACAATGATCCTGAGAT;SOR=1.508;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=16;WE=21730661;WS=21730643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr17	21730703	rs72842072	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.592;NF=15;NR=8;PP=345;ReadPosRankSum=1.850;SC=GTCAAAATGCGGATCTTCGTG;SOR=0.856;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=23;WE=21730711;WS=21730693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr17	21731656	rs1985718	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=0.367;SC=GATGGCATTACTCTGCACTAT;SOR=0.340;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=9;WE=21731664;WS=21731646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr17	21825565	rs12453514	G	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=17;PP=507;SC=CCTGCCCGGAGGGTGTTCGGG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=21825573;WS=21825555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	21826038	rs9989454	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=409;SC=CGTGAGGAGATGCGTCGATCC;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=21826046;WS=21826028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	21826256	rs9989450	A	G	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=33;PP=1098;SC=AGAGGAAGCCAGGAATGGGAG;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=21826264;WS=21826246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	22066780	rs78507742	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-9.497;QD=0.77;ReadPosRankSum=-4.101;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,13:0.10:126
chr17	22066807	rs78727354	G	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-9.730;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,17:0.11:156
chr17	22066822	rs137955476	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=-9.945;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,19:0.12:156
chr17	22066835	rs147079852	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-9.553;QD=1.93;ReadPosRankSum=3.177;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,19:0.13:145
chr17	22066856	rs138169151	CAG	C	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-9.438;QD=4.72;ReadPosRankSum=2.522;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,22:0.19:117
chr17	22066870	rs79914182	G	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQRankSum=-8.573;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.905;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,21:0.19:108
chr17	22066929	.	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-5.878;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.801;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,5:0.14:36
chr17	22066932	.	A	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.385;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQRankSum=-5.705;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.682;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr17	22066948	rs369981603	AT	A	73.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.629;NF=0;NR=4;PP=287;ReadPosRankSum=0.451;SC=TCCAGAAAAAATATGTGAGAG;SOR=1.236;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=4;WE=22066968;WS=22066938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr17	22066950	.	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-4.629;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.213;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr17	25628820	rs6561	T	C	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=23;PP=1208;SC=TTAGTGAGATTACGTACTATA;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=25628828;WS=25628810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	25630388	rs2270761	T	C	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=28;PP=1584;SC=CTTCCCCCACTCCAGTCTCTT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=75;WE=25630396;WS=25630378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	25636954	rs11080131	T	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=3;PP=417;SC=ATGTATCATCTCTACTGAGTC;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=25636962;WS=25636944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	25639104	rs11305587	CT	C	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=5;PP=471;SC=TTGGTTAGTTCTTCCTGGTTG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=25639112;WS=25639094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	25753033	rs13341669	T	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.888;NF=13;NR=16;PP=279;ReadPosRankSum=1.002;SC=CTGGCTTCTCTGGGTGCTGAA;SOR=0.757;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=29;WE=25753041;WS=25753023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr17	25887530	rs2945397	G	C	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	25887541	rs2948526	C	T	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	25887571	rs61054489	T	C	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=53;PP=1662;SC=AGATGAGGCCTTCTCCCAGAG;SOR=1.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=79;WE=25887579;WS=25887561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	25909850	rs2293181	G	T	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr17	25912828	rs2945373	A	G	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=44;PP=1311;SC=GCTGGTGACCACCTCAGGAAA;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=25912836;WS=25912818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	25917810	rs1403321	A	G	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=19;PP=850;SC=GCTGGTGCAAACATGTGCCTG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=25917818;WS=25917800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	25944235	rs4267373	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=348;SC=TGAGAACATCAAAGGGACCCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=25944243;WS=25944225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	25972820	.	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.070;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr17	26084380	.	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=450;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GCTTCTGGCTCTTTTAGGTAA;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=35;WE=26084388;WS=26084370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr17	26088337	rs59685746	GC	G	205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=141;SC=CCACACCACGGCCCTCCTTGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=26088345;WS=26088327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	26105932	rs1137933	G	A	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=697;ReadPosRankSum=1.880;SC=AGCGCTGGACGTCACAGAAGT;SOR=0.806;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=59;WE=26105940;WS=26105922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,100:0.40:251
chr17	26108040	rs2297520	T	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=1.511;SC=CAATGGCCGGTGGCTGAGGCT;SOR=0.671;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=31;WE=26108048;WS=26108030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,50:0.38:133
chr17	26108928	rs28999368	CCTGGTTTCTCCTGGAG	C	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=1;PP=238;ReadPosRankSum=-1.177;SC=TTTCTTTCTCCCTGGTTTCTC;SOR=0.569;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=1;WE=26108951;WS=26108921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr17	26109030	rs3729508	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=193;ReadPosRankSum=-0.798;SC=CCCTGGGAAATGTGCACCGAC;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=19;WE=26109038;WS=26109020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr17	26116848	rs8072199	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=235;SC=TGTTCATGGTCGGTCTGACCA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=26116856;WS=26116838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	26206414	rs3751972	C	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=344;SC=AGGCCAATGGCTCTTCCAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=26206422;WS=26206404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	26512301	.	G	GT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=2.859;QD=1.04;ReadPosRankSum=-2.248;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr17	26574430	rs140528012	T	TTCCACC	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr17	26575240	.	CC	AT	5797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=2519;ReadPosRankSum=1.240;SC=GCCCAGCTCTCCCCTCCACAC;SOR=0.690;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=78;WE=26575249;WS=26575230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,152:0.48:316
chr17	26575380	rs2292633	G	A	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=663;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TGCATGGAAAGGGGAGGGCAG;SOR=0.961;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=39;WE=26575388;WS=26575370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,51:0.53:97
chr17	26646434	rs5819836	G	GC	3284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=32;PP=1593;SC=AGGCTCTCCCGGCGCTGCGTC;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=37;WE=26646442;WS=26646424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	26669245	rs5819838	A	AG	820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=644;SC=CCTCACTCCCAGCCGCTTGGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=26669253;WS=26669235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	26676135	rs13469	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=364;ReadPosRankSum=0.640;SC=AAGCCTGCAGCGAGACGTGGC;SOR=0.563;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=28;WE=26676143;WS=26676125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,55:0.59:94
chr17	26678960	rs2073867	G	C	130.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.887;SC=CAAACAAGGTGCTCATACATG;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=26678968;WS=26678950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr17	26684181	rs9916226	T	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-2.975;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr17	26684283	rs11314852	GT	G	2396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=707;SC=TCCAGGCCCAGTTCCTCGCGC;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=26684291;WS=26684273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	26684390	rs11448856	G	GC	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=506;SC=GCACAGAGCGGCTTTGCCACC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=26684402;WS=26684380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	26684394	rs17856014	T	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=8;PP=315;SC=AGAGCGGCTTTGCCACCGGGC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=26684402;WS=26684380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	26684449	rs4795429	G	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=226;SC=ACGGCCAGGGGCCGCCGGGCT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=26684457;WS=26684439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	26684529	rs113967755	G	GGC	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=4;PP=273;SC=GCGGCCGGGCGGTTCCGCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=26684537;WS=26684519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	26687484	rs11379368	G	GC	247.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=156;SC=AGAGGGCTGAGCCAGACTGTC;SOR=1.863;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=26687492;WS=26687474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	26687898	rs11382918	G	GC	829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=452;SC=AGGGCAGGGTGCCCTGGTGGG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=26687906;WS=26687888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	26691321	rs9910163	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=10;PP=354;SC=GACAATGGCCAAGGCATAGAT;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=26691329;WS=26691311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	26691760	rs2277668	G	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=188;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GCTACCCAGCGAAGGGGCTGT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=12;WE=26691768;WS=26691750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr17	26691916	rs2277667	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=211;ReadPosRankSum=0.640;SC=CCAGCTCCAGTAGCTGCCCTT;SOR=1.051;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=17;WE=26691924;WS=26691906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr17	26692224	rs11387886	A	AG	7664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=55;PP=2936;SC=GGGCCATGCCAGGCTGTGCCC;SOR=0.730;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=75;WE=26692232;WS=26692214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	26694483	rs2227728	A	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=285;ReadPosRankSum=-0.922;SC=GTGTGCGAAGATTGACTCGGT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=22;WE=26694491;WS=26694473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,36:0.40:90
chr17	26694661	rs2227726	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=245;ReadPosRankSum=0.054;SC=TGCAGGCTGCGTTCAGCCCTT;SOR=0.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=16;WE=26694669;WS=26694651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr17	26694861	rs704	G	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=799;ReadPosRankSum=0.614;SC=GGACAGCCACGTGGCGCGGGA;SOR=0.637;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=60;WE=26694869;WS=26694851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,95:0.57:166
chr17	26695704	rs2227725	A	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=580;SC=CCTGAGGAGCAGGGTGGTGGG;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=26695712;WS=26695694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	26695832	rs2071379	A	G	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=37;PP=1456;SC=CCCCAGTGAAATGTGAAAGGA;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=26695840;WS=26695822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	26696477	rs2071378	A	G	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,80:0.46:173
chr17	26696482	rs2071377	C	T	3046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,81:0.47:173
chr17	26699121	rs7212814	G	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.84;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	26699195	rs11437592	C	CG	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=4;PP=206;SC=TGCGGGTGGCCCGGGCCCGCG;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=26699213;WS=26699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	26699199	rs112387743	G	GC	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	26699205	rs11340312	GA	G	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=217;SC=CCGGGCCCGCGAAAGTGTCGC;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=26699213;WS=26699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	26699367	rs11437594	G	GC	1083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=535;SC=CCTGGCTGCTGCGGCCGTGGG;SOR=1.143;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=26699375;WS=26699357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	26708298	.	A	AGC	5455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	26708302	.	GGT	G	5498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	26708550	rs11658194	TC	CG	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=22;PP=1713;SC=CGAGCTGCTTTCGCTGCACGC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=51;WE=26708559;WS=26708540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	26716821	rs4795433	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=0.206;SC=GCAGGGGAATCGCTTGGGCCC;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=16;WE=26716829;WS=26716811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr17	26716917	rs4795434	G	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=0.965;SC=ATACAAGTTGGTGTAAATGCT;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=26716925;WS=26716907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr17	26726913	.	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr17	26727721	rs5819844	GA	G	1149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=555;SC=GTGAGTTGAAGAATGCCGGAG;SOR=0.957;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=26727729;WS=26727711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	26729428	rs4795436	C	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=15;PP=371;SC=CCATACCCCACGTGGGGCTTA;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=22;WE=26729436;WS=26729418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	26816365	rs11443311	G	GC	1260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=614;ReadPosRankSum=2.373;SC=TCTGAGGTGAGCCCCATCCAT;SOR=0.622;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=18;WE=26816373;WS=26816355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr17	26817537	rs11568466	G	A	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1146;ReadPosRankSum=1.575;SC=TGGCCATCGCGGTGGAACACT;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=71;WE=26817545;WS=26817527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,108:0.57:191
chr17	26818676	rs9890678	T	C	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=1377;ReadPosRankSum=1.367;SC=GATCTGCACATTCACTGGGAG;SOR=0.819;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=83;WE=26818684;WS=26818666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,111:0.54:207
chr17	26824156	rs11567842	A	G	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=760;ReadPosRankSum=-0.307;SC=TGGAGTCCTGATCATCGCACT;SOR=0.729;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=56;WE=26824164;WS=26824146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,90:0.49:185
chr17	26850810	.	TTCTCTCTCTCTCTCTCTC	T,TTCTCTCTCTC,TTC	377.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;NF=3,3;NR=3,3;PP=291,431;SC=CGCTCTCTGGTTCTCTCTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6,6;WE=26850835;WS=26850802;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.60,0.40:10
chr17	26850929	rs483434	A	C	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=17;PP=518;SC=GTTGGTCCCCACTGGATGCTG;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=26850937;WS=26850919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	26851501	rs614434	G	A	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,139:0.57:245
chr17	26856261	rs548973	A	G	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=-1.842;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,134:0.62:217
chr17	26864067	.	G	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=559;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AGATTGACAGGGAGGAGGGGC;SOR=0.885;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=33;WE=26864075;WS=26864057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,51:0.43:119
chr17	26864302	rs532648	G	C	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.336;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=998;ReadPosRankSum=1.210;SC=TGACTTGGCAGCCCCGGGCAG;SOR=0.674;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=68;WE=26864310;WS=26864292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,105:0.58:181
chr17	26883313	rs631905	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=293;ReadPosRankSum=-1.270;SC=TTGCCACAACATCATACCAGG;SOR=0.773;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=29;WE=26883321;WS=26883303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,53:0.35:151
chr17	26888725	rs8074623	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr17	26889996	rs2286518	G	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=1.680;SC=TGGGATTACAGTGTGAGCCAC;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=3;WE=26890004;WS=26889986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr17	26906783	.	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr17	26911529	rs71372388	C	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=444;ReadPosRankSum=0.392;SC=TGACACCATGCGGTCAGCAGG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=23;WE=26911537;WS=26911519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr17	26912696	rs2302206	C	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GGTTGCAAGGCCACAGTGGGC;SOR=0.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=26912704;WS=26912686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr17	26923182	rs34479761	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=0.069;SC=AAGATTGTGCCACTGCACTCC;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=8;WE=26923190;WS=26923172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr17	26926101	rs28384494	C	CG	663.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=592;ReadPosRankSum=0.934;SC=GGGTAGAGCCCGGGGGGCGGG;SOR=0.656;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=24;WE=26926109;WS=26926091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr17	26944326	.	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr17	26947046	rs2302205	A	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr17	26955330	.	A	C	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=35;QD=13.9542425094;SC=GGGAGTGTTAACACGAGGTGG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=5;WE=26955338;WS=26955320;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr17	26966533	rs2302203	C	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=407;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AAACTCAAAACGAAATAATGT;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=35;WE=26966541;WS=26966523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,60:0.36:169
chr17	27000391	rs9904043	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	27002402	rs9892089	A	G	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=26;PP=860;SC=GCCCCAACCCATCCTTTTCCT;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=27002410;WS=27002392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	27003521	rs17720594	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=1.097;SC=TCTAGCAAAAGTCTGGCATTG;SOR=1.230;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=27003529;WS=27003511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr17	27004703	rs7207976	C	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=329;ReadPosRankSum=1.173;SC=AGATAAAGTCCGTCTCACCCT;SOR=1.264;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=20;WE=27004711;WS=27004693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr17	27005664	.	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr17	27011560	rs57529153	T	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.225;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr17	27053568	rs12952249	G	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=211;SC=CCGGGCCACCGGCTACCCCGC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=27053576;WS=27053558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	27075423	rs2070265	C	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=15;PP=564;SC=CTAAGGAGTTCGTCTTTGACA;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=27075431;WS=27075413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	27085564	rs2043031	A	G	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=684;SC=ACGGCATGGCAAGGTCCTGAG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=27085572;WS=27085554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	27093542	rs9900141	G	A	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=23;PP=875;SC=CTTCAAGGACGGCCCAAATGT;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=27093550;WS=27093532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	27188296	rs28448745	A	C	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	27210253	rs6505095	T	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=14;PP=399;SC=TCTTCACCTGTCAGTGACGAC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=27210261;WS=27210243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	27213104	.	AC	A	218	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=22;MQ=54.74;NF=1;NR=6;PP=218;QD=35.0;SC=CAGTAATCCAACCCCCCAACT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=27213112;WS=27213094;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	27225399	rs12947849	G	A	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=3;PP=101;SC=GCATGGCCTCGCACACATCCG;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=27225407;WS=27225389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	27244473	rs8066347	G	A	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	27246368	rs68042462	CCTCCCCTCCTTGATCCTAACATT	C	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=41.20;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	27287480	.	C	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=242;SC=CCGAGCCCATCCCCGTGGACC;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=27287488;WS=27287470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	27290969	rs11450637	T	TG	694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=6;PP=538;SC=CCCTTTCCCCTGGGCACTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=14;WE=27290977;WS=27290959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	27306661	rs62068969	G	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=13;PP=660;SC=GAATACACCCGCCCCAGCTTT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=27306669;WS=27306651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	27306898	.	C	CGT	162.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.20;QD=20.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	27379121	rs4795491	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=14;PP=374;SC=CACAAAACAGGCAGCCTCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=27379129;WS=27379111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	27412805	rs7209661	T	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=50;SC=GACCAGGTAGTGGGATGCGTG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=27412813;WS=27412795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	27413403	rs8080570	T	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=46;SC=GTTCCAGAGGTGGTCAAGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=27413411;WS=27413393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	27413908	rs4795495	C	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=166;SC=TCAGCAGCTACTCAAGGGGCT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=27413916;WS=27413903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	27419695	rs12602934	G	A	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=94;SC=GCTGGGCGGTGAGACAGTAAG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=27419703;WS=27419685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	27420304	rs12603438	G	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=412;SC=CATGGGCAGGGAGCCGGCCAG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=27420312;WS=27420294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	27421911	rs2019988	T	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=22;PP=638;SC=TGACCCCAGGTTGTGAGGGGG;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=27421919;WS=27421901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	27422053	rs2320786	C	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=15;PP=529;SC=CCTCCTCATGCGCCTGCGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=27422061;WS=27422043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	27424163	rs748737	A	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=314;SC=CTGCCCCCAGAGTTCACTGGA;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=27424171;WS=27424153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	27425793	rs12450936	A	G	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=410;SC=AAGATAAACCAGCAAGGCTTC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=27425801;WS=27425783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	27434020	.	G	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=568;SC=CCAGGGAAGGGAAGGCAGATG;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=27434028;WS=27434010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	27437134	rs2279958	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=15;PP=415;SC=CGAGGGGAAGAGACTGCCCTC;SOR=0.954;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=25;WE=27437142;WS=27437124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	27437208	rs2279959	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=295;SC=CACTGCTCACAGGGTAGCAGC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=27437216;WS=27437198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	27437710	rs1994663	C	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	27438469	rs8076604	G	A	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=457;SC=GAGCCGGGGGGCATTCTGGGT;SOR=1.483;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=27438477;WS=27438459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	27441077	rs12601535	C	G	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=29;PP=1044;SC=AGTCATCCGTCGGGGGTTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=27441085;WS=27441067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	27443631	rs144361514	G	GCACACACACACACACA	318.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.84;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	27446571	rs11349517	AT	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	27449059	rs877492	C	A	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=32;PP=919;SC=TATCCTCCCCCCCACTGCATC;SOR=1.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=47;WE=27449067;WS=27449049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	27455736	rs8075284	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	27456255	rs11080078	G	C	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=103;SC=CAAGCACTGAGGAGCCCAGCA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=27456263;WS=27456245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	27492869	rs6505113	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=12;PP=642;SC=GGCTCTGATAACAGCTCTTGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=27492877;WS=27492859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	27835138	rs508706	C	T	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=28;PP=718;SC=ACCAGGCTGCCATGGAGAAAG;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=27835146;WS=27835128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	27861004	rs12945584	A	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	27889578	rs539307	T	C	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=13;PP=541;SC=GGCCAGGTCTTTCACCTTGTG;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=29;WE=27889586;WS=27889568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	27889963	rs721479	C	G	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=21;PP=900;SC=CATCCCGGAGCGGGTCGTTGC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=27889971;WS=27889953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	27893015	rs2292973	G	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=347;SC=GCCCACGCCTGTTCCAATGCT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=27893023;WS=27893005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	27893893	rs62070806	C	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=136;SC=TCCGACGGCGCGCCCCCAGGG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=27893901;WS=27893883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	27895682	rs200199476	GC	G	375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.64;QD=31.31;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	27898828	rs565977	T	C	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=27;PP=1371;SC=TTTCCTCTTGTTTGTCCCCAC;SOR=0.849;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=64;WE=27898836;WS=27898818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	27901975	rs550818	A	G	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=25;PP=985;SC=ACTTTAAGCCACCAGCTGAGA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=27901983;WS=27901965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	27904322	rs601364	A	G	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=47;PP=1443;SC=CTGACGCAGGACGGCAGGGAC;SOR=1.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=27904330;WS=27904312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	27904617	rs2278217	C	A	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=21;PP=843;SC=GGAGGGACCGCGGGGATGAAG;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=50;WE=27904625;WS=27904607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	27904711	rs11080105	G	A	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=29;PP=1036;SC=GGAAGGGCACGGCACTGCGCT;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=27904719;WS=27904701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	27905673	rs563976	A	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	27910706	rs2303623	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=348;SC=TGCTCTGGCCCGTGCCAAGCC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=27910714;WS=27910696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	27949934	rs77991986	G	GC	261.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	27958409	.	C	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=13;PP=482;SC=GAAAACCACTCGAGACTCGAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=27958417;WS=27958399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	28011501	rs11307211	TA	T	778.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=10.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.12;ReadPosRankSum=1.330;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr17	28011503	.	A	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr17	28011504	.	A	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr17	28029938	rs3102560	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=6;PP=196;SC=ACAAAAGATATAGTTACCAAG;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=28029946;WS=28029928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	28268800	rs4567782	A	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.34;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	28296327	rs9897794	T	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=13;PP=598;SC=TTACCAGAGGTTGATGAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=28296335;WS=28296317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	28320248	rs4795524	T	A	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	28400079	.	A	AT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr17	28434826	rs5819880	ACTTTT	A	322.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=178;SC=CTCCACTCTTACTTTTCTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=28434838;WS=28434816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	28444183	rs6505162	A	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	28505024	rs7221154	G	A	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=4;PP=99;SC=TTCTCAAAAAGCATAGACTTT;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=28505032;WS=28505014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	28511978	rs1979572	G	A	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=25;PP=902;SC=ATCAGCACCAGCAGAAGCAAT;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=28511986;WS=28511968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	28538532	rs140701	C	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	28542451	.	G	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=102;SC=CCACGGCCTGGATGAGTGCTC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=28542459;WS=28542448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	28549898	rs6354	G	T	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=23;PP=636;SC=TATTCTGCAAGAGAGGGCAAG;SOR=1.055;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=36;WE=28549906;WS=28549888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	28549978	rs25528	G	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=322;SC=GGTGGTTGGTGTCGCCGTCCC;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=28549986;WS=28549968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	28765935	rs139485558	A	AT	56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	28778720	rs2253256	G	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=20;PP=792;SC=ATTTCTGTTTGTGCTTCAGTT;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=28778728;WS=28778710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	28811658	rs5819903	G	GT	174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.41;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	28890189	.	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=7;PP=351;SC=CCTCCCACTTCCCACGGTAGC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=28890211;WS=28890179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	28890203	rs216455	T	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=7;SC=CGGTAGCCTGTTCTCCCCCTC;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=28890211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	28900708	rs3764416	G	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	28901151	rs11080128	G	C	154.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.24;QD=19.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	29051705	rs9903735	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.55;QD=27.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	29096006	rs62070634	C	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=24.42;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	29111368	rs11867457	A	G	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=21;PP=694;SC=GGTGGTTCCTAGAGTCACGGC;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=29111376;WS=29111358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	29171137	rs376234876	GTATT	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=-1.465;SC=GTGTTCTGGGGTATTTATTTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=29171148;WS=29171127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr17	29206421	rs6505216	G	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.572;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr17	29221227	rs9898911	A	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=104;SC=GGGGAAATCAATAGAGTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=29221235;WS=29221217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	29221881	.	C	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=105;SC=AGGAATTCATCTTGACATTCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=29221889;WS=29221871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	29226630	rs28539246	T	A	363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=261;SC=GAAATCTTTTTAAAAAAAGAC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=29226638;WS=29226620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	29226652	rs9897628	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=237;SC=AAATAAAGGAACAGAAATAAT;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=29226660;WS=29226642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	29233246	.	CC	TT	8574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=46;PP=2947;SC=GTCCAGTCTTCCTCCATTGAC;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=87;WE=29233255;WS=29233236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	29374403	.	C	T	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=16;PP=495;SC=CCTGTGACTTCAGTCAGGCTT;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=29374411;WS=29374393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	29421446	.	TA	T	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr17	29482878	rs2269855	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=TGAGATGCAAGTATAGGTATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=29482886;WS=29482868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	29486152	rs2952976	G	A	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	29508775	rs1801052	G	A	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	29509791	rs2953000	C	T	221.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	29545987	rs67472948	A	AT	353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=189;SC=CGATTTATTTATTTTTTTAAT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=7;WE=29545995;WS=29545977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	29546175	rs2905880	T	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=15;PP=396;SC=GAAGGAAAGATTGTAACTATG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=29546183;WS=29546165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	29553336	rs141114572	G	GAC	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=240;ReadPosRankSum=1.525;SC=TGTATGCGGAGACACACACAC;SOR=2.494;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=7;WE=29553344;WS=29553326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr17	29576110	.	TC	CT	6299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=46;PP=2947;SC=CCCCTCAACTTCGAAGTGTGT;SOR=0.857;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=78;WE=29576119;WS=29576100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	29646032	rs1129506	G	A	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=35;PP=962;SC=CCGTGGGCATGCTTGGCAATC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=29646040;WS=29646022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	29647358	rs3837848	A	AT	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr17	29647361	.	TA	T	59.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr17	29647363	.	A	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr17	29653293	rs9894648	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=11;PP=379;SC=CTGTGTTTTGTAAACGATTCA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=29653301;WS=29653283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	29654876	rs2285894	T	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.25;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	29663624	rs7406038	T	A	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	29663625	rs7406039	T	A	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	29670190	rs7405740	C	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=391;SC=TTATGAAGTACTATTAAGAAA;SOR=1.143;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=29670198;WS=29670180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	29679246	rs964288	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=7;PP=282;SC=CATATTAATTGATTTTTCTCT;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=29679254;WS=29679236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	29684553	rs7350943	C	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TTTTGACCTACTAGATCTATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=29684561;WS=29684543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	29705947	rs2525574	T	C	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=34;PP=966;SC=GAACAGCCTCTGACAAAGCTG;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=29705955;WS=29705937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	29815404	rs8075239	T	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=217;SC=TGGGAGGTCGTGTTACCTGAG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=29815412;WS=29815394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	29844658	rs3744619	C	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=496;SC=TCTCTGCTCTCTCTTTCCCAG;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=29844666;WS=29844648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	29844909	rs3744618	A	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=395;SC=AGTTAAAACCACCTGAAGCTC;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=29844917;WS=29844899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	30183663	rs71142094	G	GC	408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=3;PP=186;SC=GAAGCTCCAAGCAAGGCTTCC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=30183671;WS=30183653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	30183857	rs8068049	T	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=14;PP=343;SC=CTCTCCTGACTGGAGTGGTCA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=30183865;WS=30183847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	30185565	rs9906443	G	A	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=187;SC=TGTAATAACGGTCTGTAACGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=30185573;WS=30185555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	30185892	rs11542477	A	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=23;PP=647;SC=CTGCTGACCCAGAGCGCCCAC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=30185900;WS=30185882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	30186233	rs186725141	G	A	227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.71;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	30190628	rs201448339	TTAAC	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=2;PP=124;SC=TCTAAGAAACTTAACTTCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=30190639;WS=30190618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	30200644	rs147584370	C	G	6433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=59;PP=2524;SC=AACCAGGGAACCTTCTGCCAT;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=130;WE=30200652;WS=30200634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	30216514	.	A	AT	33.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TACTCGCACAATTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=30216522;WS=30216504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr17	30219703	rs77772425	G	T	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=10;PP=703;SC=CTGGCATGAAGCTTAAAGGGC;SOR=1.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=30219711;WS=30219693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	30228656	rs2074101	G	A	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=569;SC=TGAGGTCCGAGGTCTACAACC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=30228664;WS=30228646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	30322882	rs35646011	A	T	82.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	30469470	.	CCCG	C	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.4990;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=53.92;NF=0;NR=2;PP=21;QD=12.0;SC=TGCCGTCGTCCCCGCCGCCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=2;WE=30469480;WS=30469460;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr17	30509939	rs6505286	C	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=304;SC=TTACTAAATTCGGGTTTTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=30509947;WS=30509929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	30593449	rs150865318	CC	GT	335.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=3;PP=112;SC=TTGGCCGGGTCCCCGCGGGCA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=30593458;WS=30593439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	30632274	rs16967266	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=6;PP=435;SC=GTCTTAGCACGGAGCCTGCAG;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=30632282;WS=30632264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	30643361	rs2344973	A	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=272;SC=CCAGGGCCTGAGGTTCAAAGA;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=30643369;WS=30643351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	30659006	rs1019152	T	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=184;SC=GCCTAGAAAATGATTACCCAG;SOR=2.093;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=9;WE=30659014;WS=30658996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	30665005	rs35677406	T	C	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=23;PP=683;SC=AAAGGATGAATAATGAAGACA;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=30665013;WS=30664995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	30687522	rs6505295	G	C	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=122;SC=ATCTCATGAAGTAATTTTACC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=30687530;WS=30687512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	30696292	rs2286645	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=76;SC=GTATTTAGCCCTGCGCTTATT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=30696300;WS=30696282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	30791503	rs2302276	C	T	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	30791509	rs2302277	C	G	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.05;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	30815681	rs8192474	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	30980972	rs2249638	G	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=24;PP=617;SC=GCTTCTGAAAGAGAAAGGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=30980980;WS=30980962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	31039255	rs11080184	T	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=386;SC=GAAAACCATATGGTCATCTCA;SOR=1.942;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=26;WE=31039263;WS=31039245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	31072453	rs6505311	A	G	99.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=60;SC=GTATTAAAGGATACCAAATTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=31072461;WS=31072443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	31082747	rs4548927	T	C	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=136;SC=ACCCTGATGCTCCCATTTGTA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=31082755;WS=31082737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	31107845	rs10512439	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=257;SC=CTGTGGTTACAGAGAAATGAT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=31107853;WS=31107835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	31266427	.	G	GA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=2.151;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.018;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr17	31323728	rs140981292	A	AG	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=359;SC=AGCAGGTGGGAGGCACCTGCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=31323736;WS=31323718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	31324395	.	T	TCA	1090.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.435;QD=26.60;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chr17	31340937	.	G	A	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	31344549	rs2074215	T	C	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=81;SC=TTCCCTCTACTATGATTCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=31344557;WS=31344539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	31355227	rs58042873	A	AG	360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=3;PP=211;SC=GGCAGATCCCAGGGCCCTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=31355235;WS=31355217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	31618732	rs9893935	A	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=21;PP=815;SC=TGTTGCACACAGTGACGGCGG;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=31618740;WS=31618722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	32483237	rs2228990	A	G	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=19;PP=737;SC=GGTACAGGTCATTGGTGGTGA;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=32483245;WS=32483227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	32483270	rs2228989	C	G	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=21;PP=971;SC=GGAAGCCATTCAGGTTACAGA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=32483278;WS=32483260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	32583132	rs2857657	G	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=286;SC=TGAGCTCTTTGTCTTCTCCTG;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=32583140;WS=32583122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	32684991	rs2072069	G	A	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=45;SC=GTCATCTCCTGGGTAAACCCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=32684999;WS=32684981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	32688712	rs159271	T	C	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=22;SC=AACCTTATTCTGGTAAAATAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=32688720;WS=32688702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	32689042	rs3138032	G	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=7;PP=168;SC=ACATCCAGACGGTGCCGGCAT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=32689050;WS=32689032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	32904480	rs887231	G	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=11;PP=618;SC=TAAGATGAGCGAAGTGCATGA;SOR=1.280;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=32;WE=32904488;WS=32904470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	32904586	rs887230	C	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=21;PP=604;SC=TGGTTTTGTCCTGCTCACTGT;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=32904594;WS=32904576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	32908064	rs4795938	T	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	32908210	rs7218304	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.45;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	32908217	rs7212426	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	32961751	rs2058164	C	A	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=103;SC=GGCAAGGGTGCGGGGTGTGTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=32961759;WS=32961741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	32965285	rs28442132	C	A,CA	613.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=4.260;HP=10;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.417;NF=0;NR=11;PP=185;ReadPosRankSum=1.230;SC=ACCCCCCCCCCCAACGGGGTC;SOR=1.227;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=32965293;WS=32965275;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.58:24
chr17	33288882	rs931196	T	G	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=44;PP=1725;SC=CAGCGCCTCATTCCGTCAAGA;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=33288890;WS=33288872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	33307700	rs57311484	GC	G	433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=9;PP=370;SC=AAGGCAGCGGGCCCGGGGCGA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=33307708;WS=33307690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	33309982	rs58611631	C	CT	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.312;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr17	33433820	rs936656	A	G	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=1;PP=136;SC=TGGAAGAATCAGTGTGAGTAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=33433828;WS=33433814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	33448818	rs1871892	T	C	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=43;PP=1609;SC=AAAACCCTTTTCAAACCCCAA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=82;WE=33448826;WS=33448808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	33454415	rs2306508	C	A	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	33463568	rs3736143	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	33464864	rs7215209	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=413;SC=GGCCAGCTTCCTGCCATCTGG;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=33464872;WS=33464854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	33469279	rs1471615	G	C	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=30;PP=978;SC=ACACCCACCGGCACTGCTGCC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=33469287;WS=33469269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	33478424	.	C	T	137.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=1;PP=21;SC=TGGCCAGACTCTCTCGAACTC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=33478432;WS=33478414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	33482522	rs11869662	G	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	33495143	.	C	T	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=11;PP=550;SC=TGTCAGGGATCCTGCAGGGCC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=33495151;WS=33495133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	33497331	rs7213921	A	G	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=73;SC=TGCTGGGTCCAGACCCACAGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=33497339;WS=33497321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	33501432	rs1384220	C	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=216;SC=GGCTGGGGGCCGAGGGTCCTG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=33501440;WS=33501422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	33504194	rs78278095	T	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=361;SC=AGGGGTCTCCTTTGCTCCTAG;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=33504202;WS=33504184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	33504716	rs77782351	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=9;PP=251;SC=GAGAATGCTCTTCTCTGAAGA;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=33504724;WS=33504706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	33504809	rs4795065	C	T	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=120;SC=AAAAATGCTACAAGGCCCTTC;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=33504817;WS=33504799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	33591987	rs11080334	T	G	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;SC=GCTTTCAGTTTACTTGCTAAA;SOR=1.275;Source=Platypus;TCF=28;WE=33591995;WS=33591977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	33592591	rs11651240	C	T	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=24;PP=800;SC=GGTTATTCTCCGAAGGATATT;SOR=0.784;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=44;WE=33592599;WS=33592581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	33679374	.	C	T	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=47;PP=1994;SC=TGGAGTTCTTCCTAATGGCCA;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=101;WE=33679382;WS=33679364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	33680807	rs9897352	G	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.54;QD=29.70;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	33680840	rs28571667	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=338;SC=CCTCTGCATCTTGCTCCCTGA;SOR=1.828;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=33680848;WS=33680830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	33689758	.	C	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=304;SC=TCCCTCTTACCTGGATCTGTG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=33689766;WS=33689748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	33689926	rs4796077	T	C	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=24;PP=1059;SC=TTTAACACATTCACAATTTTG;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=56;WE=33689934;WS=33689916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	33690863	rs4796078	G	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	33768199	rs1822403	G	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=649;SC=TCTGAAAGTAGTCCAGAAAGA;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=33768207;WS=33768189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	33768354	rs3744371	C	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.15;QD=23.84;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	33769034	rs62078110	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQRankSum=1.790;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr17	33770706	rs16970975	G	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=155;SC=TTGTCACTGTGTACACCTGGA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=33770714;WS=33770696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	33770802	rs10512469	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.95;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr17	33772658	rs8072510	G	T	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=33;PP=1132;SC=CCAGGTCTGGGTAAGATGGAT;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=58;WE=33772666;WS=33772648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	33772796	rs8073820	C	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=248;SC=ATATTTAAAACGTGTCTAATA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=33772804;WS=33772786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	33802156	rs3744372	T	G	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=16;PP=819;SC=AGGGCTCAAGTAGAAGATCTT;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=33802164;WS=33802146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	33805150	rs2304968	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=20;PP=639;SC=ACGAAGAGGATAACTCTGGGA;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=33805158;WS=33805140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	33805180	rs2304967	G	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=12;PP=360;SC=TGATGTACTTGCTGGAGAGGG;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=33805188;WS=33805170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	33806202	.	T	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=18;PP=656;SC=CTGTTATCTTTCACGTGCCAG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=37;WE=33806210;WS=33806192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	33806332	rs8066132	C	T	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=21;PP=735;SC=AATTTATCGTCCCCTTCTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=33806340;WS=33806322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	33806812	rs12451876	C	T	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=31;PP=1112;SC=TGGAGCTCAACGTGGCAATCT;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=59;WE=33806820;WS=33806802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	33807250	rs9905892	T	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=426;SC=GAGTTAAGCCTGAGAGACAGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=33807258;WS=33807240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	33814735	rs10626701	G	GAA	3164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=1585;SC=TAAAGAAAAAGAGAACGAACC;SOR=0.898;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=32;WE=33814743;WS=33814725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	33876083	rs1001441	G	A	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=29;PP=946;SC=CTTGGCAGGTGGTTTGTTGGC;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=33876091;WS=33876073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	33880003	rs28498569	C	G	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=16;PP=832;SC=ACAGGGAGACCACCACCAGAG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=33880011;WS=33879993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	33881631	rs321612	T	C	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	33881718	rs321613	G	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	33881769	.	TAAAA	T	234.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=1.920;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr17	33884804	rs10512472	T	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=26;PP=794;SC=AAGGTATTTCTGTGAACCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=33884812;WS=33884794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	33921160	rs225305	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=77;SC=AGGCAGAATGCTGCTGACCTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=33921168;WS=33921150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	33963611	rs11345348	AT	A	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=420;SC=AATCGGAAACATTAAAATGGT;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=33963619;WS=33963601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	33968871	rs225270	A	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=5;PP=459;SC=ATTCTTTCACACTATCACAAA;SOR=1.893;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=33968879;WS=33968861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	33977538	rs12943224	C	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.30;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	33998904	rs17670584	T	C	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=21;PP=617;SC=CTGGTGGATATGTGGCTCCTA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=33998912;WS=33998894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	34067892	rs12944858	G	A	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=45;SC=CATCTTTTAGGTCAGTTGTGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=34067900;WS=34067891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	34074674	.	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=2;PP=270;SC=GTGTTGCCCGCCATCTTGTGG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=34074682;WS=34074664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	34100350	rs58543174	G	GC	3327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=34;PP=1101;SC=GCCGGCTCCGGAGATGCTCAG;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=41;WE=34100358;WS=34100340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	34171132	.	C	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=336;SC=GGTGGAGACCCCAAAAGTGGG;SOR=1.329;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=34171140;WS=34171122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	34189961	.	C	T	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=45;PP=1519;SC=TTACCTTGTCCAGCTTTGCCC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=91;WE=34189969;WS=34189951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	34191815	rs116191233	G	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=18;PP=665;SC=GGCCTGGATCGCATCTCAGAT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=34191823;WS=34191805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	34328461	rs854625	A	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	34340161	rs1734953	T	A	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=376;SC=AATGCTTCTTTAAAAAATAAT;SOR=1.382;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=34340169;WS=34340151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	34340284	rs1003645	C	T	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	34341082	rs1719204	C	G	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=109;SC=GGGTGGGCCACAGCAGGACCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=34341090;WS=34341072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	34398495	rs14304	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=228;SC=CCCTGGAGGCCACCTCTTCTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=34398503;WS=34398485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	34416665	rs1719133	A	G	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=27;PP=963;SC=GGAAGAGAATAAGCCCGAGTC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=34416673;WS=34416655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	34431287	rs1049750	G	T	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=19;PP=834;SC=AAACCTCTTTGCCACCAATAC;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=34431295;WS=34431277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	34431961	rs1719146	T	C	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=100;SC=TTTCTTACACTGCGAGGAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=34431969;WS=34431951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	34842521	rs4796224	A	G	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=30;PP=1161;SC=GCGGCGCAGTAAACAGTCTCC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=60;WE=34842529;WS=34842511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	34862220	rs1109442	T	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=10;PP=295;SC=GCACCGATCCTGGCAGGTGCT;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=34862228;WS=34862210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	34869150	rs6607296	C	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	34869155	rs8882	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	35300494	rs35033250	GA	G	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.349;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr17	35306312	rs2306658	G	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.27;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	35346641	rs1045056	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=4;PP=86;SC=CCAAGCGCTCTGTCTATCGAG;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=35346649;WS=35346631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	35414006	rs11653434	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=21;PP=532;SC=TTGGCTGGTGCGGCTGCTGGT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=35414014;WS=35413996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	35470230	rs3815059	A	T	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=32;PP=901;SC=TTAGAAATCAAGAAATTTCTC;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=52;WE=35470238;WS=35470220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	35478362	rs1470452	T	C	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=357;SC=TGGCCTGATATGTCTTAAACG;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=35478370;WS=35478352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	35479531	.	C	T	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	35486486	rs9789070	C	T	179.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	35486495	rs17848779	A	G	179.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	35581887	rs144469510	TTA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.797;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr17	35743010	rs1714987	C	G	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=264;SC=TTTCCCACCACTGCCCCTTCT;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=35743018;WS=35743000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	35818739	rs72377203	TTGTGTG	T	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.60;QD=38.12;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	35899141	rs1034686	T	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=7;PP=598;SC=AGCCTCACCTTAGATGCATGA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=35899149;WS=35899131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	35902225	rs3110623	C	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=276;SC=AACATTCGTTCGGGGTTTCTT;SOR=0.793;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=35902233;WS=35902215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	35937637	rs12602536	T	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=27;PP=828;SC=ACTTCAGAAGTATTTAATTTA;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=35937645;WS=35937627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	35946814	rs59650365	T	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	35956263	rs4795207	T	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=15;PP=622;SC=ACTAAAGAAGTAAGTACCTGC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=35956271;WS=35956253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	35981285	rs34337635	A	G	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	36003275	rs3813911	T	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=216;SC=CGGGTGTCCATGTGCGCCGGC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=36003283;WS=36003265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	36003613	.	C	CTT	72.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	36047275	rs1800929	C	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=9;PP=377;SC=TCGCAGGTGCCGGTCAGGTCA;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=36047283;WS=36047265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	36047417	rs3110641	A	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=19;PP=665;SC=GAGGAGAGAGAGTGCTCAGCT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=36047425;WS=36047407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	36058980	rs2269843	C	T	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=91;SC=CTCAGAAGGACCTAATTTCTG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=36058988;WS=36058970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr17	36352408	rs11407739	G	GT	1458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.792;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.439;NF=28;NR=35;PP=662;ReadPosRankSum=0.864;SC=AATACTTAAAGTTTTTTTTTT;SOR=0.510;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=63;WE=36352416;WS=36352398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,107:0.57:187
chr17	36352489	rs4796259	A	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQRankSum=0.747;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.442;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,26:0.13:195
chr17	36352572	.	C	T	367	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=26;MQ=52.67;NF=0;NR=23;PP=367;QD=17.468313589;SC=GCAGATAGCCCGTAATACTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=23;WE=36352580;WS=36352562;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr17	36353560	rs111638343	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.26;MQRankSum=-3.211;QD=3.43;ReadPosRankSum=-2.507;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr17	36353761	rs62074778	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.368;NF=17;NR=26;PP=493;ReadPosRankSum=-0.771;SC=ATGAGTCCACCATTCCTAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=129;TCF=45;TCR=84;TR=43;WE=36353769;WS=36353751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,43:0.32:136
chr17	36357280	rs149632022	TA	T	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=5.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-3.674;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,45:0.33:135
chr17	36357295	rs79239780	A	G	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=4.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=-2.894;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.964;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,45:0.32:141
chr17	36357295	.	A	AG	483	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=15;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=25;MQ=53.64;NF=2;NR=37;PP=483;QD=12.4615384615;SC=AAAAAAAAAAAAGAAACAAAT;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=95;TCF=8;TCR=87;TR=39;WE=36357303;WS=36357270;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr17	36357835	rs1848308	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.269;NF=19;NR=19;PP=426;ReadPosRankSum=0.558;SC=ATAAATAGCTGTGAAACTACT;SOR=0.597;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=38;WE=36357843;WS=36357825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,43:0.28:151
chr17	36358189	rs5820175	GATATATATATAT	G	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-1.446;QD=14.98;ReadPosRankSum=2.009;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr17	36358847	rs77355093	T	A	5694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.540;NF=116;NR=64;PP=2788;ReadPosRankSum=1.146;SC=TTTACCTCTATTGCAAATTTT;SOR=0.572;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=269;TCF=176;TCR=93;TR=180;WE=36358855;WS=36358837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,259:0.68:381
chr17	36374963	rs11389346	TA	T	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=3.595;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr17	36384810	rs142086381	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=41;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GTGAGACTCTATCTCTATTAG;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=7;WE=36384818;WS=36384800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr17	36384868	rs71252892	C	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=-0.244;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
chr17	36398089	rs7221889	C	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.922;HP=4;HapScore=2;MGOF=131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.308;NF=15;NR=6;PP=456;ReadPosRankSum=1.318;SC=TTACCCATTTCTAAAGTAACA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=21;WE=36398097;WS=36398079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr17	36398125	.	GTC	G	402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQRankSum=-6.397;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr17	36398156	rs147730015	ACACACACACC	A	1144.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQRankSum=2.817;QD=9.23;ReadPosRankSum=3.858;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,35:0.28:124
chr17	36398164	rs372289585	ACC	A	292.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQRankSum=-5.413;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,30:0.24:123
chr17	36453125	rs112285248	T	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQRankSum=-4.978;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr17	36552190	rs55687042	A	G	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=111;SC=CTCATTTCCAAACAGAAGCAA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=36552198;WS=36552180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	36584628	.	G	GGGC	27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9998;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=67.64;NF=0;NR=2;PP=27;QD=26.0;SC=ACCCCGGGGGGCCCCCCACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=36584636;WS=36584618;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	36614563	rs16965350	C	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=29;PP=741;SC=GGGAGGGAGACTCTTTTGTGC;SOR=1.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=41;WE=36614571;WS=36614553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	36617210	rs9898977	A	G	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=29;PP=1217;SC=GGACCTGCACAGGACTCCTCT;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=36617218;WS=36617200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	36638179	rs144390029	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.50;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	36638388	rs11867891	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=76;SC=GAACCAGGTGAGTCTCTGCCA;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=36638396;WS=36638378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	36638695	rs139165577	G	T	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.72;QD=25.38;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	36642473	rs71138626	CT	C	268.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.129;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.786;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,23:0.85:27
chr17	36646291	rs12937928	A	G	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=15;PP=672;SC=GGCCGGGAGAACAGGGGAAGG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=36646299;WS=36646281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	36646386	rs9891156	A	G	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;QD=25.39;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	36666551	rs62074752	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=9;PP=286;SC=GGGCGGGGGATGAGGCGGACG;SOR=1.040;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=23;WE=36666559;WS=36666541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	36708225	rs118010851	C	T	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=45;PP=1354;SC=AGCTGGCCCGCTCAGCTCATG;SOR=0.935;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=76;WE=36708233;WS=36708215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	36709077	.	G	A	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	36718610	rs6503709	T	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=9;PP=209;SC=GTCACCAAGGTCACCCCTGTC;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=36718618;WS=36718600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	36734700	rs7503695	T	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=8;PP=411;SC=CCGCTGGCCGTGGCCGCAGCC;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=36734719;WS=36734690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	36734706	rs144253512	CAGCCGG	C	1272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=827;SC=GCCGTGGCCGCAGCCGGAGCC;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=36734719;WS=36734690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	36760878	rs62077547	C	T	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=71;SC=GGCTGGGGGACGAGCACCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=36760886;WS=36760868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	36861983	rs17855918	T	C	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	36889466	rs5820264	G	GCCTGC	3771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=19;PP=1781;SC=AGCTCCTGCAGCCTGCCCTGC;SOR=1.085;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=30;WE=36889474;WS=36889456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	36894839	rs1138349	G	A	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	36895206	rs2075056	A	G	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	36896746	rs12601476	T	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.47;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	36909061	rs228274	A	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.07;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr17	36927690	rs25540	C	CTAAG	391.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=4;PP=283;SC=CGCGAGCTCTCTCTAATGGGG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=36927698;WS=36927680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	36932200	rs228293	C	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=5;PP=310;SC=AGCAAAATAACAGAGTCACAA;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=36932208;WS=36932190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	36934475	rs7207178	C	T	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=126;SC=TGTTGACAGACGGCATGTCTG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=36934483;WS=36934465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	36993655	rs645686	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=110;SC=CCAGACCGGGTGCAGTGGCTC;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=36993663;WS=36993645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	36997288	rs595306	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	36997461	rs7210156	G	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=13;PP=731;SC=CAAAAGGGGCGGAACCACGTG;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=36997469;WS=36997451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	37010130	rs1124927	C	G	100.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	37010150	rs923370	G	A	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	37076265	.	C	T	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=2;PP=79;SC=GGGGAGGGCTCCTGGGGCAGA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=37076273;WS=37076255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	37101101	.	A	ATGTGTGTGTGTGTGTGTG	97.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.46;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	37101380	rs9906595	T	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=437;SC=CTCCAGTTTTTGGGCACTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=37101388;WS=37101370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	37119289	rs149385639	G	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=318;SC=TCTTCTTCTTGTCTCACAAAT;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=15;WE=37119297;WS=37119279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	37253316	rs4795349	G	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=255;SC=GAGGCTGTGAGGAGTCCTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=15;WE=37253324;WS=37253306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	37265097	.	G	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=9;PP=446;SC=CCCTGGGAGGGCCCCTGAGTT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=37265105;WS=37265087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	37265378	rs16490	C	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=105;SC=CCCATGGGAACCCCTGGAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=37265386;WS=37265368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	37296189	rs3025179	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=356;SC=CATGCCACTGTAGAATTTGCA;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=37296197;WS=37296179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	37307816	rs188501857	C	A	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=23;SC=GAGGAGACGGCGGAGCGCGGG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=37307824;WS=37307806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	37308968	rs114070984	G	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=163;SC=ATATGGGCGGGGACAGGAGAA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=37308976;WS=37308958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	37313013	rs116044498	T	C	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=17;PP=630;SC=GGGAGAATGGTGTCAATCTCA;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=37313021;WS=37313003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	37317672	rs511163	C	G	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=236;SC=TGCCCTCTTTCTTTCCCCACT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=37317680;WS=37317662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	37319029	rs544198	T	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=243;SC=ATGTCCCACATGAAGAAGTGG;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=14;WE=37319037;WS=37319019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	37332036	rs529955	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	37334426	rs186559351	A	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	37334427	rs200040112	G	GT	581.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.78;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	37334429	rs115149510	C	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.23;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	37341235	rs2301775	A	G	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.35;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	37349655	rs16531	T	C	5120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	37349710	rs16532	C	G	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=45;PP=1343;SC=ACCACCACCACGGTCCGGCTG;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=37349718;WS=37349700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	37351285	rs534012	T	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=362;SC=ACCCTCATCTTGCCAGCCCCA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=37351293;WS=37351275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	37371519	rs11078892	T	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=26;PP=718;SC=TGGCTCTGCCTCAAAGCCCTG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=37371527;WS=37371509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	37396201	rs34473775	G	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=12;PP=560;SC=TCTGGCTCAGGAGTCCTTGTG;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=37396209;WS=37396191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	37399364	rs2338795	T	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=3;PP=192;SC=GGCTGACAGGTGGCAGGCGGG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=37399372;WS=37399354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	37399379	rs2879258	G	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=247;SC=GGCGGGTAACGGGTTTTGGGT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=37399387;WS=37399369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	37401051	rs11078895	A	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=5;PP=242;SC=GTTCCTCACCACCATTCGCTC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=37401059;WS=37401041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	37410700	rs752314	C	T	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=113;SC=TATGTCTGGACACCTCTCTTC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=37410708;WS=37410699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	37410892	rs2879259	C	G	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=14;PP=575;SC=AAAAGGGGTGCAGTTGATCAG;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=37410900;WS=37410882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	37417575	rs3744348	C	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=163;SC=ATGTGTGGCTCTGGGGATCTG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=37417583;WS=37417565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	37421767	rs2061338	T	C	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	37427114	rs11307198	TA	T	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.849;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	37580203	rs7405667	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=68;SC=TGGCGTGATCTTGGCTCACTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=37580211;WS=37580193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	37587534	rs35691977	CT	C	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.378;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr17	37657460	rs11406230	C	CT	418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.21;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr17	37671910	rs8070799	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=242;SC=TATCAATAATGTAAAAATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=37671918;WS=37671900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	37778213	.	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=5;PP=214;SC=CGGGGGCAGCCTCAGCTGGCA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=37778221;WS=37778203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	37783787	rs3751903	C	G	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=37;PP=1062;SC=GCTTCTTCGCCCTCCCAAGGC;SOR=1.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=37783795;WS=37783777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	37814080	rs1877031	G	A	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=19;PP=892;SC=GCCGTGCTGCGGCTCCGGCAC;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=37814088;WS=37814070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	37815899	rs11658786	G	A	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=29;PP=800;SC=AAGATTACATGGGTTGGAGCC;SOR=1.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=38;WE=37815907;WS=37815889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	37821435	rs931992	G	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=259;SC=CCTCTGACCGGGGGGCAGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=37821443;WS=37821425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	37822311	rs1053651	A	C	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=35;PP=1065;SC=AGCCCGGTGCACTTCGTCGCT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=37822319;WS=37822301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	37829129	rs2247862	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=12;PP=342;SC=GCTGTGGGCCAAAGGAGTAGC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=37829137;WS=37829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	37830447	rs2934956	T	A	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=336;SC=CTGAGTCTTGTGTTCACATCA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=37830455;WS=37830437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	37830900	rs2941504	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=19;PP=604;SC=TGGTGTGGAAAACTGTGGACC;SOR=1.352;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=29;WE=37830908;WS=37830890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	37831035	rs1565922	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=290;SC=GGGGCTCTGCAGGACAAGAAA;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=37831043;WS=37831025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	37855713	.	TA	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr17	37866005	rs1810132	C	T	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=37;PP=1502;SC=CTCTCTGTTACTAACCCGTCC;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=81;WE=37866013;WS=37865995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	37868715	rs4252627	C	T	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=100;SC=AGAGTGGGCACGATGACCTGA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=37868723;WS=37868705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	37879762	rs903506	G	A	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	37884037	rs1058808	C	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=29;PP=1203;SC=TCTGGAAAGGCCCAAGACTCT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=59;WE=37884045;WS=37884027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	37886704	.	C	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=10;PP=302;SC=GCTCGACCTCCTCGGGAGGGG;SOR=0.927;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=37886712;WS=37886694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	37898543	rs2952142	T	C	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=23;PP=856;SC=GCCCCTCTCTTGCTCAGACGC;SOR=0.884;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=54;WE=37898551;WS=37898533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	37921899	rs2952141	C	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=139;SC=ACAGTGTTTCCCTGGCTACCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=37921907;WS=37921889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr17	38121993	rs3894194	G	A	4652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	38126911	rs10531136	AACACACAC	A	892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=42.51;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	38127713	rs3916061	A	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=524;SC=CCCCCAACTCACGCTCCCAAT;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=38127721;WS=38127703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	38128584	rs5820314	A	AG	290.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=4;PP=286;SC=CCTCAACTTTAGAAAGACAGA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=38128592;WS=38128574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	38128601	rs72832993	C	A	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=2;PP=189;SC=CAGATAGAGGCATATAAATAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=38128609;WS=38128595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	38128648	rs3859192	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=4;PP=208;SC=AGACAGAGACCGGAAGGCACA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=38128656;WS=38128638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	38128714	rs3859191	G	A	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	38129996	rs60137005	A	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=6;PP=429;SC=TAGTGTCTCAACCCCTGGGTA;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=38130004;WS=38129986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	38130139	rs56326707	C	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=417;SC=GCATTAGGGGCAGAGAGAGGA;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=38130147;WS=38130129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	38130492	rs62066853	T	C	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	38131187	rs56030650	C	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=150;SC=CATGAAGTGACCCTGGAGGCA;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=38131195;WS=38131177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	38140524	rs3816471	T	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=8;PP=284;SC=AGTGACATCATTTTCTTCTCT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=38140532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	38145103	.	CC	TT	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=167;SC=CACTTGGGGTCCGTGGGGTCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=38145112;WS=38145093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	38145828	rs57968500	A	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=145;SC=CGCACCCAGAATAGTGCTGTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=38145836;WS=38145824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	38146263	rs3217173	GA	G	877.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=12;PP=820;SC=TGGTGCATAAGAGGCCCATTT;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=19;WE=38146271;WS=38146253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	38146482	rs11405679	C	CT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=17.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.442;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.463;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr17	38153714	rs10671123	T	TGA	3956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=39;PP=2726;SC=CTGGAAGGGCTGAGCTGCTCT;SOR=0.924;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=52;WE=38153722;WS=38153704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	38153875	rs7021	T	A	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.24;QD=24.99;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	38171668	rs2227322	C	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=10;PP=286;SC=TGTATAAAGGCCCCCCTAGAG;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=38171676;WS=38171658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	38172192	rs2227324	G	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.55;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	38172305	rs2071369	T	C	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	38172452	rs2071370	T	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.49;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	38172942	rs2227338	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=307;SC=CACCACAGCCAGGCCTGTGTA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=38172950;WS=38172932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	38176476	rs9899955	A	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=286;SC=ATGAGAAGAGAGACTCGTCCA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=38176484;WS=38176466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	38178627	rs3213762	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	38179290	rs4794824	G	A	175.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=123;SC=CCTGGCTCACGGCAGCCTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=38179298;WS=38179280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	38179667	rs2302778	A	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=261;SC=GGGCCGAGAGAACCTGAGGCT;SOR=1.519;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=38179675;WS=38179657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	38184360	rs117331478	G	T	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	38251992	rs148075782	T	C	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=13;PP=428;SC=ACCTGATGCATGGTTGGCATT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=38252000;WS=38251982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	38252582	.	G	GT	360.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=288;SC=GACATCCCCTGGCACATGTGA;SOR=3.258;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=38252590;WS=38252572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	38252660	rs883871	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.89;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	38252667	rs939346	G	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.64;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	38253212	rs2314339	C	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=192;SC=GGAGAAATCCCTGAAGCCAGA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=38253220;WS=38253202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	38253228	rs2102928	T	C	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=165;SC=CCAGAATAGGTCCTGGCAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=38253236;WS=38253218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	38278787	.	C	G	85.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=146;SC=CCTCCCCCCCCTCAGTCCTCG;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=38278795;WS=38278777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	38279036	rs117827273	C	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=255;SC=AGCCGGGGCCCCCGCTGGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=38279044;WS=38279026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	38296626	.	AACAC	A	278.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.98;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr17	38324766	rs11327454	AT	A	252.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=278;SC=TTGAGAGAACATTTTCAGTGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=38324774;WS=38324756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	38334225	.	T	G	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5027;HP=10;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=27;QD=20.5904041824;SC=CTGGAGGGGGTGGGGGACCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=3;WE=38334233;WS=38334215;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,3:0.33:9
chr17	38334359	rs66989091	A	AG	943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=537;SC=CCGCCCCCTGAGAGGAAGGAG;SOR=1.781;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=38334367;WS=38334349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	38340449	.	C	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	38346802	rs56304903	C	G	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=35;PP=1196;SC=TTCCCAAGGCCTTGACTGGAA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=38346810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	38348616	rs56357916	G	A	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=180;SC=AAGGTGTTTAGTGTATGGGAC;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=38348624;WS=38348606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	38519291	rs502041	C	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=5;PP=136;SC=GCGGGGCGCACGGCTCGGGGC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=38519299;WS=38519281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	38556770	rs471692	T	C	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	38563710	rs558068	C	G	134.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	38566396	rs2715548	G	A	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	38572366	rs2586112	G	A	218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	38609187	rs1009727	G	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=3;PP=280;SC=TTGGTGTGACGCTCTGACCTC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=38609195;WS=38609177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	38609207	rs1009728	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	38609431	rs5820347	G	GAC	597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=354;SC=CATGTGCATAGACACACACAC;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=38609439;WS=38609421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	38612911	.	GGAGTCT	G	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=101;SC=GACCCAGAGTGGAGTCTGAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=38612924;WS=38612901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	38633791	.	C	T	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=10;PP=695;SC=AGGGGGGCTCCTTAGCGAGCC;SOR=1.562;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=38;WE=38633799;WS=38633781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	38640744	rs2290207	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=495;SC=ACCTGGTCGACTCTGAGCAGA;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=38640752;WS=38640734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	38640992	rs2290206	A	G	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=166;SC=GTACTGTCAAATCTCCACCAT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=38641000;WS=38640982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	38644752	rs34377860	G	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=239;SC=GCATGCGTGCGTGTGCCTGTG;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=38644760;WS=38644742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	38645125	rs3764424	A	G	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	38645331	rs34879399	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=8;PP=208;SC=TTTATAGAGACGAGGACACTG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=38645339;WS=38645321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	38652220	rs78581969	C	T	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	38786451	rs4890092	A	T	72.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=90;SC=TATTATTATTATTTTTTACCT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=38786459;WS=38786441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	38787270	.	CTA	C	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=44;QD=28.5;SC=TGCCTATAAACTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=2;WE=38787279;WS=38787260;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chr17	38813462	rs56178748	C	CAAA	86.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr17	38813824	rs8068721	G	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=111;SC=TTCAAATATTGCTTGTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=38813836;WS=38813814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	38813828	rs11412331	G	GT	140.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=170;SC=AATATTGCTTGTTTTTTTTCG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=8;WE=38813836;WS=38813814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	38816526	rs917593	A	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=10;PP=227;SC=CTGATTTGCAATATCTTCATC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=38816534;WS=38816516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	38816595	rs2008469	T	C	78.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	38856319	.	C	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=11;PP=807;SC=TTATCTCATTCTTGGCAGAAG;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=38856327;WS=38856309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	38904405	.	A	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=300;SC=ATTGCCCAGAAAGAAAGTAAC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=38904413;WS=38904395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	38950272	rs2250671	T	C	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=12;PP=262;SC=TCTCGGTCTCTGTCAAGGAGC;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=38950280;WS=38950262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	38953540	rs3813038	A	G	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	38954612	rs139807956	C	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=11;PP=423;SC=TCGGCCTCTACGTTTTGGTGA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=25;WE=38954620;WS=38954602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	38954687	rs9914044	C	T	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=7;PP=170;SC=TAAGACTACCCCAAGAAACAG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=38954695;WS=38954677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	38975214	.	T	TGCCGCCGTGGCCGCCGCTGGAGCTTCC	466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.69;QD=46.67;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	38975328	rs17855579	G	A	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.04;MQRankSum=-1.883;QD=24.54;ReadPosRankSum=2.242;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr17	38976998	rs1799873	G	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=15;PP=364;SC=TTAAAAAGCAGCTACATAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=22;WE=38977006;WS=38976988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	38978536	rs4261597	A	C	6954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=3.076;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.95;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr17	38990834	rs2240078	G	C	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=9;PP=491;SC=CCAGCTATGTGCCCTCTGTTG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=38990842;WS=38990824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	39023381	rs17566772	G	A	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=42;PP=1213;SC=GAGGAGAGCCGCCGGGACAGT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=39023389;WS=39023371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	39032479	rs75091657	C	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=247;SC=ATAGGATTCCCGCCACCCCAC;SOR=2.670;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=39032487;WS=39032469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	39032599	.	C	T	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	39034321	.	G	A	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=185;SC=TTGGTGCTGGGTAATGAGTGA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=39034329;WS=39034311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	39038941	rs149855322	T	TTTTATTTA	585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=350;SC=ACATTTTCTTTTTTATTTATT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=5;WE=39038949;WS=39038931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	39041052	rs7212483	C	T	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=9;PP=404;SC=TCTCACCTGACTTCGCAGCTC;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=39041060;WS=39041042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	39041309	rs17567558	G	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=18;PP=632;SC=AGATGCGGATGCCCCGGCCTC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=39041317;WS=39041299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	39081713	rs8037	A	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=5;PP=132;SC=GCTCCAGTTCATGGCGTAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=39081721;WS=39081703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	39084504	rs9257	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=370;SC=CTGTACTGTGTCTGCAGGTCA;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=39084512;WS=39084494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	39114763	.	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=340;SC=AGTACCTTAAGGGACTGGGGA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=39114771;WS=39114753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	39114962	rs7213256	C	T	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=18;PP=540;SC=AACCAGTATCCGGGACAGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=39114970;WS=39114952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	39118553	rs4890151	C	T	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=25;PP=1045;SC=AAACACACAGCCAGAGACTGA;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=39118561;WS=39118543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	39119942	rs17843020	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=212;SC=GTGCCTCTAGGTCGGCCTTGC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=39119950;WS=39119932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	39122797	rs10491137	G	A	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=21;PP=805;SC=CAAGGCGCTCGTTCAAGATTT;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=39122805;WS=39122787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	39123131	rs5820378	G	GT	834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=684;SC=GCTTTAGTTTGTTCCAGGTCT;SOR=0.997;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=17;WE=39123139;WS=39123121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	39134455	rs2271277	G	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=115;SC=ACATTCACAAGCAGCAGTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=39134463;WS=39134445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	39134528	rs16968862	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=5;PP=106;SC=GCATGTGGTCGAACATGGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=10;WE=39134536;WS=39134518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	39134561	rs2271278	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=7;PP=155;SC=GGGGAAAAATCGATTTTCAAC;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=39134569;WS=39134551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	39134576	rs2271279	A	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	39134585	rs2271280	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	39134590	rs2271281	G	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	39135084	rs8064733	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=234;SC=AGCAGGCCCCAGTACGTGTTG;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=39135092;WS=39135074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	39135205	rs8064910	A	G	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	39135214	rs8068970	T	C	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	39135322	rs8068223	C	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=215;SC=TGCAGTCTCTCGGGCCAGAGT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=39135330;WS=39135312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	39137104	rs9908389	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=1;PP=276;SC=CAAGATCTCCATCTGGCAGCC;SOR=2.636;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=39137112;WS=39137094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	39137154	rs721958	C	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=11;PP=605;SC=GCTGATTCAGCTCTTCTGTCT;SOR=1.345;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=39137162;WS=39137144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	39137297	rs721957	C	T	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=25;PP=949;SC=CACCGTTTCACACTGACAGCG;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=39137305;WS=39137287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	39137387	rs2010027	C	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=29;PP=1059;SC=AAGCTGTTCACGAAGCAAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=57;WE=39137395;WS=39137377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	39137553	rs8074364	T	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=27;PP=750;SC=TTTTCACCACTTAGAAGGGCC;SOR=1.390;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=42;WE=39137561;WS=39137543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	39138436	rs11078972	A	G	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=69;SC=GCCCTGCCTCAAGTAGTTTTA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=39138444;WS=39138426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	39138476	rs11078973	CG	TA	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=343;SC=TGCCCAAATTCGATTTACAAA;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=39138485;WS=39138466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	39138712	rs4243257	G	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=127;SC=GTTCACTCTCGTACCTTTCAC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=39138720;WS=39138702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	39139256	rs9910558	A	T	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=309;SC=GTGAAACTCCATCTCAAAATA;SOR=1.445;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=39139264;WS=39139246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	39139274	rs34812152	A	T	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	39139279	rs35072663	A	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	39139370	rs9908304	G	A	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=27;PP=709;SC=CTCTGCTTTCGTGCATAAGAT;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=39139378;WS=39139360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	39139413	rs9910145	C	A	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=22;PP=556;SC=ATAAATGATTCTTTGAGAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=39139421;WS=39139403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	39139430	rs9908522	G	A	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	39139961	rs6503570	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=3;PP=230;SC=CTATGTATCACTAACTCTTAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=39139969;WS=39139951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	39140221	rs1510068	C	T	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=27;PP=1202;SC=CTCCAGATAGCTGGCGAGTCT;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=39140229;WS=39140211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	39140417	rs1510069	T	C	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=31;PP=921;SC=GTAGCACAGGTACCGGGGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=39140425;WS=39140407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	39150357	rs1989365	A	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=26;PP=760;SC=CATGGCTATTAGAGTCTGTGG;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=39150365;WS=39150347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	39150443	rs2010209	G	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=183;SC=GGGCTCTTATGTACCCTCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=39150451;WS=39150433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	39156184	.	C	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=27;PP=714;SC=TGTTAGGGCTCTTATATACCC;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=39156192;WS=39156174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	39156224	rs3813051	C	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=425;SC=CAACTGGAAGCCTTCCTGTTT;SOR=3.500;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=39156232;WS=39156214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	39165174	rs112432710	G	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=10;PP=544;SC=AGGGTGGGGGGCAGGTGTCAC;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=39165182;WS=39165164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	39165358	.	G	GAGA	1058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=18;PP=886;SC=GTTGAGTTGAGAGAAGTCTGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=39165366;WS=39165348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	39186031	rs8074117	C	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=12;PP=355;SC=CACAGTAGGACGGGCGGCAGC;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=39186039;WS=39186021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	39186168	rs8074887	A	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=8;PP=346;SC=GTGCTCACAGATCCACCGCTG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=39186176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	39186220	rs8073323	G	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=388;SC=TGCCACAGCCGGTTCCGCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=39186228;WS=39186210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	39186382	rs8077277	G	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=17;PP=445;SC=CTGAGTTTGGGCTGTACCTTC;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=39186390;WS=39186372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	39190953	.	GG	CA	302	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=56.57;NF=7;NR=2;PP=302;QD=39.4964305402;SC=AAGCTGGTCTGGCAGCAGCTT;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=9;WE=39190962;WS=39190943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,9:0.36:25
chr17	39190954	.	G	GCAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGTCTCA	765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.02;QD=109.39;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	39197538	rs146863522	G	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-7.287;QD=2.19;ReadPosRankSum=2.081;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,9:0.12:72
chr17	39197549	.	G	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-4.120;QD=2.11;ReadPosRankSum=-4.358;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
chr17	39240426	rs11658607	G	A	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.02;MQRankSum=1.754;QD=25.18;ReadPosRankSum=3.426;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr17	39240504	rs11655310	A	G	5199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.02;QD=42.97;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	39240511	rs383835	A	T	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=21.418;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.25;MQRankSum=3.176;QD=23.75;ReadPosRankSum=1.766;SOR=0.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,107:0.93:115
chr17	39240661	rs11650484	C	G	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=38;PP=1188;SC=TGTCGCCCCACCTGCTGTGAG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=39240669;WS=39240651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	39240795	.	A	ACTGCTGCCGCCCAT	323	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=81;MMLQ=25;MQ=58.48;NF=3;NR=0;PP=323;QD=117.333333333;SC=CTGCCGCCCCAGCTGCTGCCG;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=3;WE=39240803;WS=39240785;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,3:0.33:9
chr17	39240803	.	C	CATCTCCAGCTGCTGT	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=16.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-0.329;QD=20.88;ReadPosRankSum=2.093;SOR=4.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	39254335	rs201764113	A	AT	3998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=34;PP=1978;SC=GGAGTTGACCATGGTGTCAGA;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=39254343;WS=39254325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	39254444	rs6416913	T	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=20;PP=513;SC=AGGCCCGTTGTCACCACGTCA;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=39254452;WS=39254434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	39258027	rs7503699	G	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=5;PP=240;SC=CACAGGTTGGGTGATAGCAAG;SOR=0.869;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=39258035;WS=39258017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	39258495	rs168397	G	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=288;SC=TGATTTAAAGGTGGAATTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=39258503;WS=39258485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	39261560	rs349792	T	A	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.48;QD=29.56;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	39261608	rs349791	G	A	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.00;QD=49.09;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	39261611	rs11654665	G	A	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.90;QD=41.30;SOR=2.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	39261933	rs7207685	C	T	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=22;PP=876;SC=TGCCAGCCTGCGTGCTGCCAA;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=39261941;WS=39261923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	39261949	rs7212474	T	C	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=22;PP=926;SC=GCCAACCCACTTGCTGTCGCC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=39261957;WS=39261939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	39274069	rs349771	G	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=15;PP=447;SC=CAGGAGACTCGGCCACAGACT;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=29;WE=39274077;WS=39274059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	39274415	rs425487	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-4.029;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,13:0.18:74
chr17	39274426	.	T	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-4.693;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
chr17	39274435	.	A	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-5.336;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.095;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,10:0.13:79
chr17	39274437	.	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-4.971;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,9:0.11:82
chr17	39274448	.	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-4.497;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,7:0.08:88
chr17	39274449	.	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-4.526;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.622;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,7:0.08:89
chr17	39274518	rs9897031	C	T	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=33;PP=1158;SC=GCAGAGGTCTCGGCCACAGCC;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=39274526;WS=39274508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	39305956	rs1497383	G	A	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=32;PP=1196;SC=CAGCTGGGGCGGCAGCAGTTC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=39305964;WS=39305946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	39333956	rs377518	T	C	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=159;SC=CACAGGTGGATCATATCAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=39333964;WS=39333946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	39334133	rs389784	T	C	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=21;PP=776;SC=GGGCTGGCAGTACACAGACTG;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=39334141;WS=39334123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	39334456	rs493514	G	A	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=57;PP=1669;SC=TTTCCAGGAAGGTGGGTTTGG;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=83;WE=39334464;WS=39334446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	39340597	rs452216	G	A	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=9;PP=697;SC=ACATGGACAAGTTGATATAAA;SOR=1.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=39340605;WS=39340587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	39340707	rs398825	C	T	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	39340795	.	ACGGCAGCAGCTGGACATACCACAGCTGGGGTGGCAGGTGGTCTGACAGCAGAGTGGG	A	1944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.26;QD=41.38;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	39340812	.	T	C	690	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=26;NF=16;NR=17;PP=690;QD=21.9627640166;SC=CAGCTGGACATACCACAGCTG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WS=39340802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	39340826	.	T	C	638	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=23;MQ=53.72;NF=15;NR=18;PP=638;QD=20.3870064408;SC=ACAGCTGGGGTGGCAGGTGGT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=39340834;WS=39340802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	39340843	.	GCAGAGTGGG	ACAGACTGGG,ACAGAGTGGA	747	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=27;MQ=54.51;NF=3,11;NR=5,10;PP=177,747;QD=28.8084843578;SC=TGGTCTGACAGCAGAGTGGGC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=8,21;WE=39340860;WS=39340833;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.26:31
chr17	39340910	rs2320231	T	C	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=20;PP=683;SC=ACAGACTGGGTGGCAGCAGCT;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=39340918;WS=39340900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	39341158	rs452531	G	A	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=16;PP=494;SC=TGAGTTTTTCGAATGTGGGAA;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=39341166;WS=39341148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	39341266	rs449817	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=208;SC=TAGATAGGCAATTATCAAGTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=39341274;WS=39341256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	39341294	rs385122	T	A	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=77;SC=TGTGGGAAAATATCTGTATAA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=39341302;WS=39341284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	39346518	rs238824	T	C	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=36;PP=1410;SC=TATCAAACTATCTGCTTCAGG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=39346526;WS=39346508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	39346595	rs11283848	T	TGCTGTGGGTCCAGCTGCTGCCAGCCTA	2960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=2945;SC=CCAGCCCACCTGCTGTGGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=9;WE=39346603;WS=39346585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	39389020	.	C	T	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=35;PP=1602;SC=GTGGGTCCAGCTGTGGTCAGA;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=85;WE=39389028;WS=39389010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	39406409	rs2191379	C	A	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=39;PP=1291;SC=ACCTGTGTGTCCAGCTGCTGT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=72;WE=39406417;WS=39406399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	39406447	rs3967754	A	G	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=37;PP=1083;SC=ATCAAGTCCCAAGAGAACCAC;SOR=1.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=59;WE=39406455;WS=39406437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	39432562	rs9893993	A	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=10;PP=259;SC=AAACCAACAAAGTGAACTTAG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=39432570;WS=39432552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	39458765	rs1005197	A	G	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=20;PP=765;SC=GACAACAAGTAGATTCCGAGC;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=39458773;WS=39458755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	39459051	.	G	A	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=27;PP=801;SC=TGTGGTGATGGTGGGCACAGC;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=39459059;WS=39459041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	39459167	rs1005196	G	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=223;SC=AAAGACATCCGATACAGAGGG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=39459175;WS=39459157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	39464492	.	G	A	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=31;PP=966;SC=CAGAAGGACAGCGCTTGACTA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=39464500;WS=39464482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	39535629	.	G	A	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=184;SC=CCTGCAGCTCGATCTCCAGGG;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=39535637;WS=39535619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	39535859	rs2239710	A	G	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=26.52;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	39537447	.	G	A	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=32;PP=1053;SC=CAGCCTCAGGGACTGCTCCGT;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=39537455;WS=39537437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	39580559	rs9916475	T	A	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	39580562	rs9916484	T	C	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	39580660	rs9916724	T	C	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=32;PP=917;SC=GGAGGCAGCATTGGCCTCTGC;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=39580668;WS=39580650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	39580739	rs9910204	C	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=207;SC=ATGGTGCAACCCAGAGGGCAT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=39580747;WS=39580729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	39593620	rs9894044	T	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	39593768	rs897416	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=225;SC=CAGGAGGGAGACGTGGAGCAC;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=39593776;WS=39593758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	39593872	rs897415	A	G	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	39594679	rs7209968	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=14;PP=607;SC=AGACCTCCAAAATAAAATGCT;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=25;WE=39594687;WS=39594669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	39595116	rs9894668	G	T	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=55;PP=2065;SC=ACTTCCTGCAGAAGGGAGGAA;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=117;WE=39595124;WS=39595106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	39596611	rs1350046	T	C	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=28;PP=1113;SC=TTCTCTGAGCTTTACATGGAT;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=58;WE=39596619;WS=39596601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	39616430	rs2604953	G	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=12;PP=493;SC=ACGGTGCGGGGCACGCATGGG;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=39616438;WS=39616420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	39620565	rs72830046	C	T	4241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=38;PP=1954;SC=CACGTCCCTGCGGTTGGCCTC;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=95;WE=39620573;WS=39620555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	39622068	rs2071561	G	T	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=478;SC=CTCCTTCAGGGACTCAACCTG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=39622076;WS=39622058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	39623363	rs3744786	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=15;PP=393;SC=ACTGGCTGCCTGGCAGGAACT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=27;WE=39623371;WS=39623353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	39623622	rs1807434	A	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=570;SC=CTGGATGTCTACAGACCCCAT;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=39623630;WS=39623612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	39623708	rs737487	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=207;SC=TGTTGATGTTCACACCCAGCC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=39623716;WS=39623698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	39633317	rs2239711	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=236;SC=CTCAGAACCGACCCCCTGGGC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=39633325;WS=39633307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	39633349	rs2071601	G	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=9;PP=212;SC=ATGGGGCGGGGGCTGCAGTTT;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=39633357;WS=39633339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	39634625	rs7216017	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=340;SC=TGCTGTGCTGAGCCTGCAGCT;SOR=2.093;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=16;WE=39634633;WS=39634615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	39636044	rs2011243	G	A	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	39637244	rs743686	A	G	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	39643646	rs2301354	G	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=7;PP=502;SC=CGCGTTGACCGTACGTCTCAG;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=39643654;WS=39643636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	39644057	rs2301353	G	A	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=368;SC=TCAATGACCTGAATTCAAACC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=39644065;WS=39644047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	39646021	rs1003842	A	G	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=557;SC=AGCCCACAGAACGGATGGAGG;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=39646029;WS=39646011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	39659183	rs4796698	G	A	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=40;PP=1313;SC=TGGGAGGGCCGGGTACCTTGG;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=39659202;WS=39659173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	39659194	rs4796697	T	C	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=41;PP=1042;SC=GGTACCTTGGTGTGGAACCAT;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=39659202;WS=39659173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	39659529	rs7211835	T	C	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=510;SC=AGCCTGCAATTCCCGCTCACC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=39659537;WS=39659519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	39659913	rs9891361	G	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.36;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	39661689	rs8182306	G	A	5563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=73;PP=2620;SC=CTGATCCCCCGGACACAAACC;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=124;WE=39661697;WS=39661679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr17	39670912	rs897420	G	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=7;PP=447;SC=TTCCCTGATGGCAATGCCAGC;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=39670920;WS=39670902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	39671045	rs897421	T	C	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	39674641	rs1050784	T	C	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=21;PP=1059;SC=TCTGGGCTGGTTGGGGTCTGC;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=39674649;WS=39674631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	39675183	.	G	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=255;SC=CCCTTCAGAGGGTGTTGTGGG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=39675191;WS=39675173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	39680580	rs1869719	A	C	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=26;PP=1231;SC=TAGGGAACACAAAGCCCTCCC;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=39680588;WS=39680570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	39680796	rs1869720	T	A	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=26;PP=759;SC=TGATTTCCTGTAAAGATACAG;SOR=1.355;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=39680804;WS=39680786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	39681475	rs4601	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=12;PP=386;SC=CCAGACGGGCATTGTCGATCT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=39681483;WS=39681465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	39684321	rs4602	G	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	39684410	rs11550883	G	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=5;PP=187;SC=GCGCGCGAAAGGCGACCCCCG;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=39684418;WS=39684400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	39742807	rs3826550	C	T	4711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=24.16;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	39742856	rs6503639	G	A	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=54;PP=1556;SC=CAAAGCTGCTGCTGCTGCTGC;SOR=1.092;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=84;WE=39742864;WS=39742846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	39742899	rs6503640	C	T	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=37;PP=990;SC=CCCCAGCCCGCAGGCTCCCCC;SOR=2.066;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=48;WE=39742907;WS=39742889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	39766504	rs7406899	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=9;PP=306;SC=GGAGAGAAAAAGCAGGGCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=39766512;WS=39766494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	39779160	rs9916519	G	C	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=3;PP=105;SC=GAGATCCTCCGCCAGCTGGCC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=39779168;WS=39779159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	39871700	rs7220169	G	A	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=9;PP=407;SC=TGCAGCGACTGTGTGTGTATG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=39871708;WS=39871690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	39871996	.	C	T	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	39874075	rs7213435	C	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	39874137	rs7212417	G	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	39874267	rs7218465	T	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=283;SC=TCTTAGGTCCTCGGCTGGGGC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=39874275;WS=39874257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	39874283	rs11079007	T	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=209;SC=GGGGCTCTGTTATAAAAGACA;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=39874291;WS=39874273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	39881289	rs8075017	G	C	10709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=141;PP=2965;SC=CCTGGGGCACGAACTCCTCCG;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=99;TCR=141;TR=240;WE=39881297;WS=39881279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr17	39881483	rs41314646	C	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.75;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	39881487	rs11869104	T	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.83;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	39883672	rs11867808	G	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=234;SC=TACTTCTCCCGCAGGTCCTGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=39883680;WS=39883662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	39883972	rs4796600	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=918;SC=TCTGGGCCAGCGGCTCTCCAG;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=39883980;WS=39883962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	39884065	rs35612698	C	A	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=50;PP=2160;SC=GCTGCTTCTGCAACTTTTCAG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=121;WE=39884073;WS=39884055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	39884091	rs4796601	G	C	5276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=58;PP=2163;SC=GCCCCATACTGGAAGGACCCA;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=129;WE=39884099;WS=39884081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	39884246	rs4796602	G	A	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=35;PP=1024;SC=GGGGAGTCACGCAGCCTGGTT;SOR=2.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=47;WE=39884254;WS=39884236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	39884419	rs4796692	C	T	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=20;PP=1045;SC=CCCATGGGGCCACGACAAGAG;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=39884427;WS=39884409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	39884583	rs4796693	G	A	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=35;PP=956;SC=GCTGGCCTCCGCTGGGGAGGG;SOR=1.281;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=39884591;WS=39884573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	39884684	rs4796694	C	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=14;PP=338;SC=TCGGCTGCTGCGCTGTGCCAG;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=39884692;WS=39884674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	39888455	rs3895103	G	C	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=28;PP=1124;SC=AGATTGGCCCGCTATCCTCTC;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=60;WE=39888463;WS=39888445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	39890715	rs4796603	A	T	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=19;PP=672;SC=AGGAACTGGGATCCAGAGGTG;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=39890723;WS=39890705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	39959189	rs1065029	C	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	39959511	rs3809877	C	T	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=17;PP=929;SC=GGCTGCATCCCCACCCCCCAA;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=39959519;WS=39959501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	39977862	rs8072866	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=81;SC=GCCCAGACCCCGGCCTGACTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=39977870;WS=39977852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	39983644	rs9896766	A	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=198;SC=GAGAAGAAAGACATGAAGAGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=39983652;WS=39983634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	39983808	rs1046404	G	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=13;PP=490;SC=GAAGTAACCAGAGTTCTCACA;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=39983828;WS=39983798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	39983820	rs1046403	G	A	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=13;PP=480;SC=GTTCTCACACGCAGAGCTGTT;SOR=0.829;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=39983828;WS=39983798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	39983849	rs1128966	G	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=12;PP=485;SC=ATGTGTGTATGAGCTGGCCCT;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=39983857;WS=39983839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	39987130	rs4796712	T	C	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=52;PP=1192;SC=GGAGATTGTGTGCTTTGGTCC;SOR=1.241;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=76;WE=39987138;WS=39987120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	39988601	rs7208062	C	T	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	39991790	rs1319763	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=191;ReadPosRankSum=-1.427;SC=TATCAGGTCCCTCCTAAGAGA;SOR=0.982;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=12;WE=39991798;WS=39991780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr17	39991867	rs3039772	A	ATATC	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=9;PP=573;SC=GGGGAGGATAAGGCCCTAGGT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=39991875;WS=39991857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	39991988	rs1865841	G	A	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=16;PP=741;SC=TCAAGCTCCCGGCCATTTCTT;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=39991996;WS=39991978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	39998141	rs1529933	C	T	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=696;ReadPosRankSum=-0.245;SC=GCATTTCTCCCGACATGATGA;SOR=0.278;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=41;WE=39998149;WS=39998131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr17	40003421	rs4796721	C	T	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=43;SC=ACTGTACAGACTGGAATTAAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=40003429;WS=40003411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	40003685	rs193251032	A	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	40010979	rs3744782	G	A	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=41;PP=1444;SC=CATCAACAAAGTATCCCACAC;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=85;WE=40010987;WS=40010969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	40024023	rs7217218	A	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	40024869	rs12946315	G	A	157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	40024895	rs8079008	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=343;SC=CAACCCCATGAGTAAGTGGTG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=40024903;WS=40024885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	40025264	rs9912300	G	T	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=23;PP=1171;SC=ATCAACAAACGTAATGAAGAA;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=64;WE=40025272;WS=40025254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	40025285	rs9914829	A	G	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	40025453	rs3744779	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	40025670	rs3744780	G	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=204;SC=CGTGGCTCCTGTTTCCTCCAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=40025678;WS=40025660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	40027869	rs1808787	A	T	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=138;SC=TGGCCTCCCAAAGTGCTGTGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=40027877;WS=40027859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	40028450	rs8071627	A	T	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=31;PP=956;SC=AGTGGGGGGAACAAAGGCCAG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=40028458;WS=40028440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	40028541	rs8071753	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=268;SC=GTAACTACCAATCCAAGTCTA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=40028549;WS=40028531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	40028568	rs8071234	C	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=173;SC=CCACACAACTCTAAGGCAAAA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=40028576;WS=40028558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	40048613	rs8065502	A	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=11;PP=630;SC=CTACCTCCGGATGCTTCCTCA;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=40048621;WS=40048603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	40049171	rs4796735	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	40049473	rs4796736	A	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=217;SC=ACATACCCCCAGGAGACCTGC;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=40049481;WS=40049463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	40053021	rs11652326	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=253;SC=AAAGCCCTCATCATCCCTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=40053029;WS=40053011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	40058204	rs3816121	C	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.86;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	40058212	rs3816122	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	40068613	rs2304499	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=133;SC=TGCTGACCTGGAGGTGACCAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=40068621;WS=40068603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	40105401	rs77012779	T	TATG	1524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.20;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	40123829	rs12602950	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=500;SC=AGTGTTTTGCGCTGGGCCTCG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=40123837;WS=40123819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	40146970	rs6503679	G	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=38;PP=1056;SC=GAACTGCACCGGAAAATCAGA;SOR=1.716;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=52;WE=40146978;WS=40146960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	40152431	rs374909941	CT	C	254.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=61.34;NF=4;NR=0;PP=103;SC=GCCACCAGGACTTGGCAGCTA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=40152439;WS=40152421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	40169519	rs4796758	G	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=20;PP=522;SC=CCGCGGCGCCGCGCCCAGAAG;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=40169527;WS=40169509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	40173851	rs9894001	A	C	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	40186128	rs4277396	C	A	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	40215180	rs4796765	A	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=182;SC=TGTATCCTCTATATCCCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=40215188;WS=40215170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	40215231	.	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=52;SC=CGCATAATGGGGTCTATTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=40215239;WS=40215221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	40266939	rs17659391	G	A	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=11;PP=463;SC=ATGTGGGACAGCTCCGTGTAG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=40266947;WS=40266929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	40280234	.	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=276;SC=AGGCCGGGGGGAGCTGCTTAC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=40280242;WS=40280224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	40341909	rs79309130	G	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=5;PP=140;SC=GACTTGTAGCGGGGAGAGGCT;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=40341917;WS=40341899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	40359505	rs66538430	GCA	G	821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.400;QD=25.68;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr17	40384279	rs11653908	A	G	143.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=73;SC=TTTTATTTTTATTTTTTTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=40384287;WS=40384269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	40462796	.	T	TTGTG	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=718;SC=ATGCATGTGCTTGTGTGTGTG;SOR=2.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=14;WE=40462804;WS=40462786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	40481529	rs2293152	G	C	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=17;PP=738;SC=AGCCCTCTCCGGCAGCCAGAG;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=40481537;WS=40481519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	40490559	.	G	T	157	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5001;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=59.2;NF=9;NR=4;PP=157;QD=14.7516317344;SC=GAATACTCCTGGACCTGAGGG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=40490567;WS=40490549;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,13:1.00:13
chr17	40619937	rs4796668	A	G	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=98;SC=ACTTTTTGTAACCAGGTCTTA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=40619945;WS=40619928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	40642452	rs9899168	T	C	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=15;PP=851;SC=GTGTAACCACTACCACAATTA;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=40642460;WS=40642442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	40646803	rs11651671	G	A	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=2;PP=113;SC=AAGTTATTGCGGTTTTGGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=40646811;WS=40646793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	40689455	rs659497	T	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	40689613	rs2071046	G	C	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=204;SC=GGGAGCCACCGTAGGTGTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=40689621;WS=40689603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	40696233	rs86312	C	G	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	40699291	rs607740	G	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=17;PP=544;SC=CGCAGTGTGTGACACAGGCCT;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=40699299;WS=40699281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	40699332	rs607795	T	C	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=25.48;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	40699475	rs67843205	G	GC	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=264;SC=CAGGGACCGGGCCCGGAGCTC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=40699483;WS=40699465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	40700448	rs2854973	C	G	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=24;PP=850;SC=GCGCGCAGCCCGGGCCAGAGC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=40700456;WS=40700438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	40705100	rs597255	C	T	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=20;PP=828;SC=CCTTGGAGGCCAGAAGGGAAG;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=40705108;WS=40705090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	40705955	rs2676530	C	T	9514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=106;PP=2965;SC=GACCTAGAGACGCCGAGCACC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=86;TCR=106;TR=192;WE=40705963;WS=40705945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr17	40706610	rs202206467	G	A	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=29;PP=1267;SC=GGTGAGCGCCGGGCTGGACTC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=40706618;WS=40706600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	40706906	rs605059	G	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=512;SC=GGCCGGGCGCGGTGCGGTGGG;SOR=1.681;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=23;WE=40706914;WS=40706896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	40714804	rs615942	C	A	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=19;PP=925;SC=CAGCCCCAGTCCAGCCCCGTG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=40714812;WS=40714794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	40716520	rs598126	A	G	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=30;PP=1056;SC=TCAGACATACAGAGAATGAAG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=40716528;WS=40716510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	40720605	rs646174	G	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=15;PP=584;SC=CCCCGACCTCGGGGGGCTCAG;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=40720613;WS=40720595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	40721360	rs632758	C	A	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=27;PP=1050;SC=TGGAGCCAAGCGGGGCTGTGA;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=40721368;WS=40721350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	40725656	rs2292752	G	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=398;SC=AACCACATCCGCCTGGGGTCA;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=40725664;WS=40725646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	40734987	rs35747013	AT	A	109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.68;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	40735469	rs1517002	T	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	40737043	rs9889580	G	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.28;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	40766546	rs1045710	C	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=14;PP=1167;SC=TCCGGGAACGCAAGTTGGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=40766554;WS=40766536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	40811781	rs2292750	C	T	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=52;PP=2006;SC=TCGTGTCAGCCTCTGAGACTA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=107;WE=40811789;WS=40811771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	40811919	rs525911	A	G	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=35;PP=928;SC=TCGTGGAGGAATTCGCCACCG;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=40811927;WS=40811909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	40817990	rs7225374	G	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=473;SC=CAGAGCGGGCGACTTTCTTGC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=40817998;WS=40817980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	40818451	rs1554227	G	A	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=5.782;NF=78;NR=64;PP=2589;ReadPosRankSum=-1.949;SC=ACCTGCCCTCGGCCCACCGGG;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=142;WE=40818459;WS=40818441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,209:0.97:216
chr17	40818699	rs1046097	A	G	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.352;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=49;PP=1555;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TAAGGAGGACATGTTCAAGGA;SOR=0.497;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=88;WE=40818707;WS=40818689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr17	40822308	rs8071056	C	A	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=1;PP=20;SC=AGAAGTCCCGCTGCAGGCTCT;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=40822316;WS=40822298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	40826299	.	G	A	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=8;PP=478;SC=AACCGCTAGGGGAGACAGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=40826307;WS=40826289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	40826525	rs35595844	AAGG	A	307.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=4;PP=143;SC=GGGATTGAGGAAGGAGGAGTC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=40826535;WS=40826515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	40835819	rs36108420	A	AT	1441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=8;PP=759;SC=GCTGACTAACAGTCGGTTTCC;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=18;WE=40835827;WS=40835809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	40835922	rs2271029	A	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.318;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;MQRankSum=0.252;QD=25.15;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr17	40836975	rs9889373	A	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=677;SC=AGCAGAGGGCAGGACGTGGTT;SOR=2.012;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=36;WE=40836983;WS=40836965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	40841397	rs2271028	C	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=248;SC=CCTGCATCTGCGCTTATACCC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=40841405;WS=40841387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	40842084	rs3760386	G	A	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	40849842	rs1553468	A	G	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=25;PP=854;SC=CACAGAGGACAGAAGGGAGGG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=45;WE=40849850;WS=40849832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	40850552	rs71359582	C	CGT	152.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.02;ReadPosRankSum=0.489;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr17	40854534	rs3841620	G	GT	567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=4;PP=427;SC=AAGTGCTGCCGTGGGGCCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=40854542;WS=40854524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	40914569	.	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=9;PP=621;SC=GCACTCTTCTCCCTGGGTCCA;SOR=1.547;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=30;WE=40914577;WS=40914559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	40939222	.	C	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=644;SC=TCCTGGAGTTCCCAAGAAGGC;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=40939230;WS=40939212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	40986454	.	GGAGAGA	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.589;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr17	41001828	.	G	C	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	41046440	rs324079	T	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=4;PP=385;SC=CCCTACCTGCTCAGTTCAAGG;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=41046448;WS=41046430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	41061460	.	C	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=5;PP=104;SC=GACTCCCTTCCTTCTCCCCCA;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=41061468;WS=41061450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	41063466	rs2229611	T	C	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=32;PP=909;SC=CTTCGGTGTTTAAAGTCAACA;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=41063474;WS=41063456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	41103938	rs534720	T	C	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=17;PP=533;SC=GGAGATAAGCTCTGATACTGA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=41103946;WS=41103928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	41108009	rs151078413	AAC	A	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr17	41113131	rs35166621	CA	C	127.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=102;SC=CTAGAGAACCCAAACTACGTC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=41113139;WS=41113121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	41113543	rs2670865	C	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=81;SC=CAGTCCTTTTCATTCTAAACA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=41113551;WS=41113533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	41116234	rs690941	G	A	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=37;PP=1403;SC=CGGGACAGCAGGAGACCACGG;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=41116242;WS=41116224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	41116291	rs11278824	CAGCCCT	C	1834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=23;PP=1548;SC=GCCCCGACCCCAGCCCTAGCC;SOR=1.005;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=27;WE=41116304;WS=41116281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	41116565	rs690971	G	T	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	41116723	rs690979	G	A	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=5;PP=110;SC=CAAGGCACGTGGTTTAGTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=41116731;WS=41116713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	41121205	.	TGGG	T	2131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	41121217	.	G	GGA	1845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.12;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	41121263	rs4793187	G	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=272;SC=AGGAACATTTGTGTTAACAAA;SOR=1.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=41121271;WS=41121253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	41122443	rs2670866	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=219;SC=GAAGAATGGTTGCAGCCAGAA;SOR=1.143;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=41122451;WS=41122433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	41132578	rs692074	T	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=1;PP=44;SC=TGACGTGCGGTGGTGTTTCCG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=41132586;WS=41132568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	41133071	rs1708875	T	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=11;PP=445;SC=GGACCGGCCATGGTTGCGGGG;SOR=0.929;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=41133079;WS=41133061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	41133242	rs550285	G	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=386;SC=TGGAGTGCGGGGCCGGCTGAA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=41133250;WS=41133232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	41150949	rs2271539	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	41150983	rs691954	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=8;PP=172;SC=CGTGGGAGAGTTTTTGAGAGA;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=41150991;WS=41150973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	41154817	rs11871636	A	C	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=283;SC=AGGCTTTGGTAGTGAATGGTG;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=41154825;WS=41154807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	41164126	rs692651	A	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	41165493	rs588703	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=17;PP=662;SC=CTCCCCCTAGATGTCCAGCCA;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=41165501;WS=41165483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	41165734	rs443759	C	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=255;SC=TGCAAGATTACGGTGCAGGGA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=41165742;WS=41165724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	41165878	rs13229	C	T	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=251;SC=CGTATGTGAACGGGGAGATCC;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=41165886;WS=41165868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	41167957	rs455055	C	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	41170898	rs429464	T	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=431;SC=GGTACAAGGCTACCTTCTTCC;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=41170906;WS=41170888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	41170943	rs55845054	GTAA	G	308.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=283;SC=AATAGTCATGGTAATAATAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=41170953;WS=41170933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	41327684	rs10684756	C	CTG	1548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=6;PP=953;SC=TTGTTCATTGCTGTCTCCCAA;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=41327692;WS=41327674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	41332804	rs9904555	T	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	41341027	rs117796976	C	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=11;PP=600;SC=GAAAAAGTAACCTCTAACATC;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=41341035;WS=41341017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	41355955	rs35909706	CT	C	35.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr17	41368082	rs140334356	G	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=8;PP=237;SC=AGGGTGTTGGGAGCCTGAAGA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=41368090;WS=41368072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	41455232	.	CTT	C	42.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr17	41465810	.	T	TC	346.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.659;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=19.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-2.913;SOR=4.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr17	41465811	.	G	GAGCC	346.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=19.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-2.676;SOR=4.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr17	41465823	.	T	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.297;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=31.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-2.687;SOR=5.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr17	41465829	.	A	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.893;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=35.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=-3.192;SOR=5.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr17	41465830	.	A	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.535;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=38.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=-3.530;SOR=5.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,18:0.22:80
chr17	41465838	.	A	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.874;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=37.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=-3.811;SOR=5.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
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chr17	41465847	.	A	AGGC	423.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.561;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=34.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-3.445;SOR=5.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr17	41465848	.	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.332;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=31.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-3.336;SOR=5.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,15:0.18:85
chr17	41465852	.	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=7.387;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=34.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-3.599;SOR=5.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr17	41465853	.	GATA	G	332.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.410;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=31.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-3.605;SOR=5.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,15:0.18:85
chr17	41465877	rs77516390	A	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=12.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.581;QD=4.27;ReadPosRankSum=-3.451;SOR=1.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr17	41465893	rs75477609	C	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=25.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-2.049;SOR=2.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,26:0.25:105
chr17	41465894	rs77055481	T	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=29.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.908;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,25:0.24:104
chr17	41465915	.	GTC	G	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.531;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=42.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,16:0.16:101
chr17	41465919	.	CAAGATAT	C	351.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.982;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=38.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=5.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,16:0.15:104
chr17	41465927	.	CATCA	C	384.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.136;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=37.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-1.780;SOR=5.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,16:0.16:98
chr17	41465937	.	G	GCA	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.836;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=32.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-1.946;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,13:0.14:92
chr17	41465939	.	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.679;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=29.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-2.610;SOR=5.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,13:0.14:90
chr17	41465941	.	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.539;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=28.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-2.684;SOR=5.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,13:0.14:92
chr17	41465942	.	C	CG	264.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.429;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=26.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.994;SOR=4.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,11:0.12:92
chr17	41465944	.	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.770;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=23.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-2.238;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,10:0.11:90
chr17	41466049	rs62080661	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr17	41466055	rs62080662	G	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr17	41466073	rs4986155	T	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=136;ReadPosRankSum=1.849;SC=GGGGCTGGAGTTCCTCTGCCA;SOR=0.970;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=13;WE=41466081;WS=41466063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr17	41466096	rs62080664	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=733;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CAGGAGGCTGACACCAGACAC;SOR=0.671;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=11;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr17	41466108	rs62080665	G	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=670;ReadPosRankSum=0.230;SC=ACCAGACACCGGGCAGAGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=11;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr17	41466120	rs66825422	GCGGCGCATGGA	G	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=1;HapScore=4;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.873;NF=1;NR=4;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.737;SC=GCAGAGGGAGGCGGCGCATGG;SOR=0.368;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr17	41522213	rs7207008	T	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.82;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	41561601	rs140026870	CGGAAGGA	C	3968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=49;PP=2972;SC=TTGAGGGAAGCGGAAGGAGGA;SOR=1.460;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=50;WE=41561615;WS=41561591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	41566783	rs141196624	CTCT	C	1568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=449;SC=TTGTTCATGTCTCTTCTTTTC;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=41566793;WS=41566773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	41569933	rs11870101	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=300;SC=AACTCTAATTCAGTTCAAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=41569941;WS=41569923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	41599087	.	C	T	78.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	41599629	.	C	T	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	41846964	rs1230403	T	C	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=128;SC=CGAGCAGAGGTGGTGGGGGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=41846972;WS=41846954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	41847300	rs58242860	T	C	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=22;SC=TGTGTGCCTGTCAGAATGGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=41847308;WS=41847290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	41860581	rs182373632	G	A	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=17;PP=746;SC=GCGAGCTAGTGAGAATCACCA;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=41860589;WS=41860571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	41886190	rs17675122	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=85;SC=AATAGGCAAAATGGAAAGACA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=41886198;WS=41886182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	41891437	rs17742929	G	A	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=7;PP=763;SC=GCTTCAGCTCGTGCAGTCGGG;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=41891445;WS=41891427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	41891473	rs2066725	A	G	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=13;PP=978;SC=GGAAACAAGAAGAAGGCTGAC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=41891481;WS=41891463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	41893360	rs8081646	T	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=22;PP=703;SC=TCTGGGGCCTTGGGTGGGGCA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=41893368;WS=41893350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	41902929	.	G	A	184.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=49;SC=GAGGCAGATGGAAGGGAAGTT;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=41902937;WS=41902921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	41907509	rs60335331	A	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=7;PP=161;SC=ACTGATGGCTAGAGGTGCCCC;SOR=1.051;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=41907517;WS=41907499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	41930569	rs4793040	A	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=255;SC=GGGTCACACAAGAAGTGCCAG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=41930577;WS=41930559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	41931375	rs12453522	A	G	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=61;PP=1873;SC=AGCAGAGGACACCAGTCCAGC;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=102;WE=41931383;WS=41931365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	41935064	rs72836564	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=9;PP=438;SC=GAGGCCCAGAGAGGGTAAAGG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=41935072;WS=41935054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	41938989	.	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=245;SC=GAGAGGCCATGAATCAAAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=41938997;WS=41938979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	41955158	rs231521	A	G	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=21;PP=1039;SC=AGTGAGCCAAAGACCAGGTGA;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=41955166;WS=41955148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	41959808	rs124721	T	C	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=67;PP=2573;ReadPosRankSum=0.714;SC=GCAGGCCTTGTTGAGCCACCA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=137;WE=41959816;WS=41959798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,249:0.99:251
chr17	41960343	rs124719	T	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	41960633	rs412849	CG	GC	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=9;PP=885;SC=TGCTCAGCCACGTGCGCCAGG;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=20;WE=41960642;WS=41960623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	41961451	rs231518	T	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=16;PP=582;SC=AGCCACTTTATCCCAAAGTAT;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=41961459;WS=41961441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	41987062	rs3744416	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=8;PP=348;SC=GTATCTCTCTAATAAAGGCCT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=41987070;WS=41987052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	42015818	rs1731897	G	A	356.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=0;PP=186;SC=GAAAGCGGGGGGTGGGGGGGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=14;WE=42015839;WS=42015808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	42015831	.	C	CG	347.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.64;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	42030531	rs1058046	G	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=11;PP=292;SC=GGAAAGAAGCGTGTCCGGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=16;WE=42030539;WS=42030521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	42030743	rs229969	G	C	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=16;PP=638;SC=GCGTCTTCGCGGGGAGCCTCG;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=42030751;WS=42030733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	42031331	rs2070592	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.66;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	42083840	rs228770	T	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=311;SC=TCCGTGGGGGTAGGGGGGCAG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=42083848;WS=42083830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	42084097	rs228771	C	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=8;PP=264;SC=GTGGGCGGGCCGGGGACTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=12;WE=42084105;WS=42084087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	42085150	rs228773	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=14;PP=312;SC=TGGTAGGTCCTGCCACTCCCA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=42085158;WS=42085140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	42085972	rs186636	C	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=12;PP=311;SC=GCAGCTGACCCTCACCATGGA;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=42085980;WS=42085962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	42090587	rs228778	G	C	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=169;SC=TGGCTTCCCAGAGTGTAGAAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=42090595;WS=42090577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	42156471	rs376816	A	C	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=29;PP=1407;SC=GGCCCCTCAGACCTCTGGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=71;WE=42156479;WS=42156461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	42157739	rs850856	C	T	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=52;PP=2129;SC=GGGGCTCCCACTGACTACCAT;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=112;WE=42157747;WS=42157729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	42158310	rs377963	T	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=10;PP=311;SC=ATGGTCAAATTCCACCTGTCA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=42158318;WS=42158300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	42164885	rs228757	G	C	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=35;PP=1610;SC=CCTCCCCATCGTCTTCCTCGT;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=42164893;WS=42164875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	42170289	rs368328	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	42171206	rs454192	T	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=20;PP=557;SC=ACCTCCACTGTGGGCAGAAGA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=35;WE=42171214;WS=42171196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	42188311	rs228767	C	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=83;SC=GCAGCCCGCACAGCACAGGTT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=42188319;WS=42188301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	42232818	.	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=14;PP=337;SC=TGGTAAGGCCCTCCTTCTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=42232826;WS=42232808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	42248346	rs7218599	A	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=13;PP=357;SC=CTGTCCACCAAGCCCTCTTCT;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=42248354;WS=42248336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	42264962	rs4793082	A	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	42268274	rs757430	C	T	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	42287215	rs112344458	G	A	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=161;SC=CAGGGAGGAGGAGAAACAGGT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=42287223;WS=42287205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	42294198	rs2269908	G	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	42294215	rs2269907	G	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=332;SC=ACAAGATATGGCTCAGCCCTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=42294223;WS=42294205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	42335135	rs5017	C	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=15;PP=394;SC=CAGTGGAGATCAGCAGCTCCG;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=23;WE=42335143;WS=42335125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	42392077	rs68030960	T	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=5;PP=321;SC=GCCTGCTGCATCCTCTGGCCC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=42392085;WS=42392067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	42392622	rs708386	T	C	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=22;PP=676;SC=TCGTCACCGATGAGGACAGCT;SOR=0.855;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=48;WE=42392630;WS=42392612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	42398052	rs2011951	A	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=16;PP=521;SC=TTCGGCCTGAACCCATTGAGC;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=42398060;WS=42398042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	42398757	rs2011895	C	A	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=24;PP=750;SC=GGGTTTGGGCCGAGGTGGGGA;SOR=1.092;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=39;WE=42398765;WS=42398747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	42400816	rs60776742	C	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=478;SC=CATCCCCACCCGCCCCCACCC;SOR=2.737;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=42400824;WS=42400806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	42426940	rs9897526	G	A	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=51;PP=1575;SC=CATCAGCCCAGTGGAGGGGCT;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=42426948;WS=42426930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	42431350	.	C	G	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=77;SC=AGTTGTCCTCCGGAGAGCAGA;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=42431358;WS=42431340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	42431970	.	G	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=197;SC=ACCAGGGTGGGCATGACGTTG;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=42431978;WS=42431960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	42475983	rs936019	G	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=13;PP=557;SC=TGGGCTTTCGGGTAGCTGGGA;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=42475991;WS=42475973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	42483233	rs2045088	T	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	42483531	rs1377808	T	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=52;SC=GTATTAGTGTTGAACACATTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=42483539;WS=42483521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	42501692	rs1869495	C	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=3;PP=173;SC=GTACCTTCTTCTGTTAGCAAG;SOR=1.371;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=42501700;WS=42501682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	42751607	rs6416902	C	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=245;SC=GATAAATATACCAAGACATGC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=42751615;WS=42751597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	42824648	rs9893320	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=517;SC=GCGATCTCTATGCTGCTATGG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=42824656;WS=42824638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	42828638	rs370688870	C	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=26;PP=690;SC=ACCCAGAACACCTGAGACTTG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=42828646;WS=42828628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	42847092	.	C	T	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=7;PP=211;SC=CCAGCCTGTCCATCTGGCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=42847100;WS=42847082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	42847438	rs55882072	C	G	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	42852061	rs12942192	C	T	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=27;PP=748;SC=TGGCTCACCCCTCAGGGGACT;SOR=1.390;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=40;WE=42852069;WS=42852051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	42852610	rs1558084	T	C	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=17;PP=1017;SC=TCTCGCGCTGTAGCATCGACG;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=42852618;WS=42852600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	42855472	rs2070604	T	C	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=34;PP=1088;SC=CTGTCTGTCCTGCTCTCTATG;SOR=0.866;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=62;WE=42855480;WS=42855462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	42925559	rs12164	C	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=235;SC=CACCTGACGACGAAGACTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=42925567;WS=42925549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	42927628	rs2231647	A	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=111;SC=GTGAACCCCTAGGACGCCTGA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=42927636;WS=42927618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	42927650	rs2231648	C	T	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.56;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	42927721	rs1071682	G	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=237;SC=ACAATGTACAGCGATTACGTC;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=42927729;WS=42927711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	42929906	.	G	A	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=4;PP=216;SC=AGCCTGGGATGGGTGCATCCT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=42929914;WS=42929896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	42929970	rs2289673	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.95;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	42929985	rs73984100	G	T	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=173;SC=CAAAAGCCAAGAAGCAATCCA;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=42929993;WS=42929975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	42934372	rs6503405	A	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=140;SC=TGGTGGGGGTAGAGGTGGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=42934380;WS=42934362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	42934694	rs2277615	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=179;SC=GCTGTCCAAATCATCACCAAA;SOR=2.049;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=42934702;WS=42934684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	42945296	rs2120276	A	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	42945867	rs3785890	A	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=24;PP=653;SC=GAGGAAAACGAGGACACTGAG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=42945875;WS=42945857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	42953409	rs2289674	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=7;PP=247;SC=TGATGCACACAGTGACTGCCA;SOR=0.963;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=17;WE=42953417;WS=42953399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	42957139	rs2289676	C	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	42957855	rs1443463	A	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=11;PP=598;SC=TTCTGCTCCGAAAAGTGAGAG;SOR=0.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=42957863;WS=42957845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	42961009	rs2289677	C	T	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=22;PP=984;SC=CTGAAAGTTCCGTCTTACCTT;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=42961017;WS=42960999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	42979592	rs12451394	G	A	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=208;SC=AAATGAGGCCGCCAAGGACCA;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=42979600;WS=42979582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	42989088	rs2289681	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=209;SC=GCAACTGGCGCCGGTAGTCGT;SOR=1.214;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=42989096;WS=42989078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	43004436	rs61739617	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=293;SC=GTGAACAGGGGCACAGGTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=43004444;WS=43004426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	43008970	rs17546822	T	C	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	43101684	.	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGG	T	247.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.93;QD=35.39;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	43111154	rs10451271	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.54;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	43111162	rs9303432	A	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.57;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	43131480	rs4793172	A	T	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.03;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr17	43131618	rs145150422	A	AT	586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.578;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr17	43138597	rs62065834	C	T	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	43158902	rs916661	G	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=264;ReadPosRankSum=2.048;SC=TGCTTCTGAAGCCAACAGGCT;SOR=1.108;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=43158910;WS=43158892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr17	43163756	rs6416904	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=82;SC=GCCTCCCAAAATGTTGGGATT;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=43163764;WS=43163746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	43163851	rs6503422	T	C	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	43170907	rs2239921	C	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=5;PP=497;SC=GCTGGAAAGACGGTTTGCAGT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=43170915;WS=43170897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	43176632	rs877598	A	C	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=162;SC=GGGAGGCTGGAGAGCAGGGTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=43176640;WS=43176622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	43181287	rs4793167	A	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=19;PP=767;SC=TGCAGGGAAGAGGCAGTGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=43181295;WS=43181277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	43192549	rs35911033	T	TC	2630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=1390;SC=GGGTGCAGGGTCGCAGGCGGG;SOR=0.971;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=31;WE=43192557;WS=43192539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	43192681	rs713102	C	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=14.037;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.247;QD=15.71;ReadPosRankSum=1.742;SOR=6.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr17	43192821	rs713101	A	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=38;PP=1490;SC=GCAGCGGGCAACTTCTTTCCC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=43192829;WS=43192811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	43198166	rs11382448	A	AG	626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=438;SC=CCCTCAGGACAGGGCCCTGCC;SOR=1.721;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=12;WE=43198174;WS=43198156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	43227766	rs78243847	T	TTTGG	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=314;SC=TCCCCCTGGCTTTGGTTTCGT;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=43227774;WS=43227756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	43316520	rs1023995	T	C	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=597;SC=TGGGGTCAGGTAGACCTGGGT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=43316528;WS=43316510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	43318778	rs7218169	GC	CG	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=409;SC=CCGCCATGGGGCCCTCCAGGC;SOR=0.906;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=22;WE=43318787;WS=43318768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	43319770	rs1801353	C	T	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=27;PP=827;SC=CTGGGTGGCACTGAAACCCAG;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=43319778;WS=43319760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	43333125	rs11651968	C	T	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	43333785	rs76453679	AAGAC	A	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=409;SC=AGTCATCTCTAAGACAGAAGA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=43333796;WS=43333775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	43342141	rs1047833	G	C	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=17;PP=616;SC=CGTCTTTGGTGACCAAGCTGA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=43342149;WS=43342131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	43352049	rs17685379	C	T	182.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.85;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	43364293	rs56405343	C	CG	3002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=1105;SC=GAGGCAGAGCCGCCGTAGGCC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=43364301;WS=43364283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	43910455	rs17689966	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=9;PP=426;SC=CCATGCCATCGAGGTGGACGC;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=27;WE=43910463;WS=43910445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	43923180	rs242944	G	A	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.29;QD=23.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	43923898	rs171443	A	G	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.93;QD=27.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	43924412	rs242943	T	C	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	44363740	.	C	A	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	44788253	rs78850923	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=4;PP=154;SC=AGCATGTACGGATTATAACTC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=44788261;WS=44788243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	45000547	rs183199	G	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=9;PP=405;SC=CGTGGCCTGCGGGGCCGGCGA;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=45000555;WS=45000537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	45012248	rs169126	T	G	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=173;SC=GCCTTTGCTTTGCTTTTTCTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=45012256;WS=45012242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	45044147	rs11079745	C	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=409;SC=ACCTGCCTTGCAAGAATTATT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=45044155;WS=45044137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	45050533	rs11079746	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=13;PP=373;SC=AAAACTGGAATGCCGGATGAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=45050541;WS=45050523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	45198400	rs938904	G	A	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=406;SC=AAATAAAACAGAAGTCCACAG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=45198408;WS=45198390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	45214519	rs74348171	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQRankSum=-9.593;QD=8.46;ReadPosRankSum=-6.084;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,27:0.26:102
chr17	45214527	rs62075618	T	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQRankSum=-9.783;QD=9.38;ReadPosRankSum=-5.339;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
chr17	45214558	rs77685276	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQRankSum=-8.810;QD=6.05;ReadPosRankSum=2.862;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr17	45214604	rs75661039	A	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQRankSum=-6.191;QD=16.74;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr17	45214605	rs76926116	T	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQRankSum=-6.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr17	45234303	rs200611688	G	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-4.925;QD=4.12;ReadPosRankSum=-2.555;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr17	45234406	rs112848754	CA	C	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.341;NF=0;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=-1.015;SC=GGTGAAATTACAGCTGAATCA;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=45234428;WS=45234396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr17	45234417	rs193061947	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQRankSum=-3.081;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr17	45234420	rs78493795	T	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQRankSum=-4.008;QD=12.26;ReadPosRankSum=-1.875;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr17	45234707	rs75353677	T	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-3.333;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr17	45234760	rs11372544	C	CA	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.791;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.626;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr17	45331467	rs112188890	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=188;SC=GAGCTGGGGACCTTCCTGGCC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=45331475;WS=45331457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	45360680	rs988684	C	T	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=23;PP=1109;SC=GTCGCCATAGCTCTGATTGCT;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=66;WE=45360688;WS=45360670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	45364722	rs2292865	C	T	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=72;SC=GGGCTCGGTTCCAGCTTGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=45364730;WS=45364712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	45368337	rs15908	A	C	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=12;PP=561;SC=GTTCTAAAGTAGAGCTGGAAG;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=45368345;WS=45368327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	45369777	rs4642	A	G	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=20;PP=946;SC=AGCAGGACGAATGCAGCCCCC;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=45369797;WS=45369767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	45369789	rs4634	G	A	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=20;PP=942;SC=GCAGCCCCCGGGAGGGTCAGC;SOR=0.880;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=47;WE=45369797;WS=45369767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	45380002	rs3760372	T	C	94.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=96;SC=CATACTTCCCTGGAAGTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=45380010;WS=45379992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	45425144	rs3851808	C	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=151;SC=TTTTGATTAACTAACTAAATG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=45425152;WS=45425134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	45438690	rs56100955	G	C	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	45447634	rs55756546	C	T	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=73;SC=TTATGTTGGGCGTGTACTGAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=45447642;WS=45447624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	45447832	rs55853213	A	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=154;SC=TGGGGATATTATATTTACTTT;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=45447840;WS=45447822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	45451894	rs4968318	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=6;PP=174;SC=GTTATCAAGTGTAGCAGGATG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=45451902;WS=45451884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	45456460	rs3736439	A	C	136.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	45468842	rs72825679	A	T	118.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=42;SC=AAAATTAAAGATAAAAATGTG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=45468850;WS=45468832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	45469031	.	AT	A	35	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=35;QD=28.0;SC=AAAATGACTAATTTTTTTATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=45469039;WS=45469021;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	45469853	rs72825685	C	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.77;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	45479696	rs56195427	G	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=179;SC=ATGTTTATACGCAGATGAAAC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=45479704;WS=45479686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	45490251	rs3883318	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=309;SC=AGGAGGACTTCAATGAAGCCC;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=45490259;WS=45490241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	45492341	rs58221919	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=108;SC=TTTAAAAATGACATTTAAAAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=45492349;WS=45492331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	45503539	rs10514928	T	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=22.05;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr17	45517774	rs56330182	G	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	45534062	rs59134940	A	G	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.58;QD=43.97;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	45534067	rs59512479	G	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.58;QD=43.97;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	45534145	rs148078594	T	C	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=18;PP=579;SC=AGAGCACACATCTCATGGGCC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=45534153;WS=45534135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	45569815	rs2610367	A	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-1.524;NF=10;NR=16;PP=462;ReadPosRankSum=1.836;SC=TTGAGGTATGAGGGCTGCCAT;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=45569823;WS=45569805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr17	45569850	rs138621300	A	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=424;SC=GGCCGCCGGGAAGGGAGCTGA;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=45569858;WS=45569840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	45569957	rs111925142	C	A	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=108;SC=AAATGTGAGCCGCGAGGACGC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=45569965;WS=45569947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	45623409	.	G	GGTGTGTGT,GGTGTGT	528.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=15,15;PP=319,277;ReadPosRankSum=-1.459;SC=GCATATGTGGGGTGTGTGTGT;SOR=0.495;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=16,16;WE=45623417;WS=45623399;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.49:41
chr17	45623441	.	A	T	145	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=71;MMLQ=27;MQ=60.27;NF=1;NR=6;PP=145;QD=25.6816017925;SC=TGTGTGTGTGAGAGAGAGAGA;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=7;WE=45623449;WS=45623429;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr17	45646981	rs367947091	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=1.206;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.954;SOR=0.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr17	45662846	rs59683199	CT	C	2058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.82;QD=22.14;SOR=1.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	45663700	.	ATC	A	61	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=57.81;NF=1;NR=5;PP=61;QD=11.1666666667;SC=ATATATATATATCAATAAATG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=6;WE=45663710;WS=45663690;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,6:0.21:28
chr17	45663702	rs183403065	C	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=18;PP=713;SC=ATATATATATCAATAAATGTT;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=33;WE=45663710;WS=45663690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	45664573	rs201164269	C	CT	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQRankSum=-2.823;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr17	45669179	.	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.273;NF=9;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=-1.117;SC=CTACATTTTTTTGAGGACCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=9;WE=45669187;WS=45669173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr17	45669359	rs200616431	T	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQRankSum=2.689;QD=4.43;ReadPosRankSum=-2.647;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,64:0.30:215
chr17	45669428	rs59875832	T	TA,TAAA	1025.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.815;HP=9;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.882;NF=1,1;NR=29,29;PP=23,320;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GGGGATAAGGTAAAAAAAAAC;SOR=1.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=30,30;WE=45669436;WS=45669418;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.18:49
chr17	45669964	rs111796729	C	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=22;PP=751;SC=GTCACTCTATCCAGGCTGGGA;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=45669972;WS=45669954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	45700384	rs3065062	C	CCTA	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=410;SC=AACAGTATATCCTAATAAGCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=45700392;WS=45700374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	45734209	rs68149542	CTTT	C	1115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=5;PP=324;SC=TATCTTTTGTCTTTTTTTTTG;SOR=1.302;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=45734219;WS=45734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	45735975	rs1136613	G	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	45740357	rs111355449	CAATT	C	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=100;SC=ATATTTACCTCAATTAATCCT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=45740368;WS=45740347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	45742233	rs56226803	T	A	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=105;SC=TGGACCTATATTATATGGCCT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=45742241;WS=45742223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	45750468	rs1136614	T	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	45750596	rs3809868	G	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	45754569	rs11301979	AC	A	540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=287;SC=TTAAATATCGACCAGGCTGGG;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=45754577;WS=45754559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	45755810	rs4239162	G	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=208;SC=CCCTTCGTCCGCTCGCCAATG;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=45755818;WS=45755800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	45757598	rs7210738	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=242;SC=GATGGCAACAGTTCACTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=45757606;WS=45757588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	45774072	rs8078309	T	C	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=40;PP=1085;SC=CCACCCCACCTGCAGTACCCA;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=72;WE=45774080;WS=45774062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	45786452	rs4794057	C	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	45810919	rs2240017	C	G	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=53;SC=ACCCGCAGCACCGCTACTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=45810927;WS=45810909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	45885687	rs9907142	A	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	45885756	rs9911983	C	T	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=11;PP=619;SC=CGCTGCTATCCGTCTGCCGCC;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=34;WE=45885764;WS=45885746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	45888251	rs2074188	C	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=337;SC=CACCATTAGGCTACCCCAAAG;SOR=1.209;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=45888259;WS=45888241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	45894735	rs9914156	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=17;PP=488;SC=TCTGCGGGGAAAAAGAACAAG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=45894743;WS=45894725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	45895571	rs916798	T	A	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=74;SC=AGGTAACATTTTCCCCTCCTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=45895579;WS=45895566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	45896478	rs878171	T	C	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=285;SC=GGGGGTGAAGTGTTGGTAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=45896486;WS=45896468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	45897531	rs1985407	C	A	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=47;PP=1410;SC=TGTCTGGTTCCAGCTTGGCCC;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=45897539;WS=45897521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	45905850	rs4793671	C	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=211;SC=GTGACATGTACCCAAATTCCT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=45905858;WS=45905840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	45908893	rs370811871	G	A	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.71;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	45913847	rs16948662	C	A	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=10;PP=230;SC=ACGAGGTGACCCTGCTTTCCA;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=45913855;WS=45913837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	45915395	rs6503875	T	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=11;PP=472;SC=CTGAGATGAGTCTGTCCGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=45915403;WS=45915385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	45915788	rs7350974	T	C	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=23;PP=838;SC=GCCACCCCCATCCCGAAGATG;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=45915796;WS=45915778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	45994044	rs2228253	C	T	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=71;PP=2414;SC=TGTGGTGAAGCTGACAGGTGG;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=129;WE=45994052;WS=45994034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	45994094	rs2228251	T	C	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=54;PP=2025;SC=TCAACAACCTTGTGAACGCCA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=106;WE=45994102;WS=45994084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	45994154	rs2229358	G	A	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=50;PP=1655;SC=CCCCAACCCCGCTGTCTAAGA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=93;WE=45994162;WS=45994144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	46002744	rs1130932	G	T	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.90;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr17	46022191	rs146204978	T	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=8;PP=195;SC=GCTCTCTGTGTGCAGGTGCCC;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=46022199;WS=46022181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	46048157	rs2525084	A	G	140.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	46048165	rs2597168	T	C	140.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.68;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	46048168	rs2255697	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	46048412	rs2285860	G	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	46048592	rs2905846	A	G	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=625;SC=CTCCCTCCGGAAGCGGCTCAA;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=46048600;WS=46048582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	46048858	rs2525085	C	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=583;SC=GAGCTCTGACCCCTGAAAGCC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=46048866;WS=46048848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	46052793	rs2597172	A	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=448;SC=GCCTGGTTGCACCCCCTTTGG;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=46052801;WS=46052783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	46054170	.	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=212;SC=GGGGCATCTTCCCGGAATCAG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=46054178;WS=46054160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	46054264	rs2525087	C	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=7;PP=195;SC=GTGTCTGTAACGGCATCACTT;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=46054272;WS=46054254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	46055106	rs2597173	C	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=316;SC=GAATGTGCAGCCATTGACCTC;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=46055114;WS=46055096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	46055347	rs2875746	A	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	46103760	rs12051	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	46106634	rs9898218	G	T	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=128;SC=CCTCTCCGAAGGCATCCTGCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=46106642;WS=46106624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	46111172	rs2240119	T	C	192.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=114;SC=TGTGTCCAGATGGAGAAGATG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=46111180;WS=46111162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	46128359	rs12936731	G	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=134;SC=CTGCCAGGGTGGGGTACGGGG;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=46128367;WS=46128349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	46132212	.	T	TG	43	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=66;MMLQ=22;MQ=62.65;NF=0;NR=2;PP=43;QD=35.0;SC=GGAAGGGGGCTGGCTGGGCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=46132220;WS=46132202;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr17	46134236	rs60312877	A	ACT	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=170;SC=GGACTCTTTCACTCTCTTCTG;SOR=1.445;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=46134244;WS=46134226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	46136133	rs2229369	G	C	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=18;PP=933;SC=CCTTAGACTCGAGCCATAGCC;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=46136141;WS=46136123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	46137055	rs148827257	GCTGGAC	G	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=812;SC=CTGGAGAAGGGCTGGACCTGG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=15;WE=46137068;WS=46137045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	46152558	.	T	TA	55.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr17	46152559	rs2240122	C	T	499.03	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=0.612;QD=23.76;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr17	46195939	.	CA	C	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.146;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr17	46441192	.	G	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.501;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.866;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,14:0.21:67
chr17	46507417	rs2271264	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=12;PP=288;SC=CACTGGAGGGGGCCTGCGCCA;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=18;WE=46507425;WS=46507407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	46607021	rs7226137	T	C	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=22;PP=1059;SC=GACCCGACCTTCCTCTCGCTC;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=46607029;WS=46607011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	46607817	rs7207109	C	T	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=18;PP=627;SC=GTGCAAAGCTCGCGGTCTGCT;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=46607825;WS=46607807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	46607958	rs12939811	T	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.203;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=532;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CTCCTTCTGATTGACCCAGAG;SOR=0.433;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=46607966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr17	46608030	rs12946855	G	A	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=16;PP=696;SC=CCGAGGGCGCGGAGCTGGGGA;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=46608038;WS=46608020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	46608184	rs145570960	G	GGGGCGCTGT	3698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=29;PP=2979;SC=AAAGGAGGTTGGGGCGCTGTG;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=33;WE=46608192;WS=46608174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	46620402	rs2229302	G	A	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=18;PP=799;SC=GAGCGCGGGGGTCGAAAGGAC;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=46620410;WS=46620392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	46621828	rs56128659	T	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=4;PP=156;SC=CTTCCACTGCTTTTTCTCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=46621836;WS=46621827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	46622335	.	A	AC	82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=6;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=82;QD=35.6666666667;SC=ATCGGAAGGGACCCCCCTCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=46622356;WS=46622325;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	46622348	.	A	AC	63	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=9;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=63;QD=26.6666666667;SC=CCCCTCCTGCACCCCCCCCGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=46622356;WS=46622325;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	46632796	.	CTCT	C	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=1030;SC=AGCTTGTGAACTCTTCTTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=22;WE=46632806;WS=46632786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	46651061	rs2288277	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	46655364	rs201040786	G	A	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=7;PP=219;SC=AGCGCTGGCCGGGCTCCGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=46655372;WS=46655354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	46670520	rs7406798	T	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	46688256	rs7406910	T	C	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=41;PP=1289;SC=GAAAATAAAGTATTCGCATAA;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=46688264;WS=46688246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	46691587	rs112987208	A	AGGCCCCCTGCCC	336.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=1;PP=309;SC=CCGGCCTGCCAGGCCTTGGGC;SOR=4.174;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=46691595;WS=46691577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	46703095	rs201721789	C	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	46799812	rs1054072	A	G	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=194;SC=CTTGCAAGCAAGCATCGGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=46799820;WS=46799802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	46862675	rs507973	TC	AT	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=163;SC=AGGAAAGCAGTCGATAGTAAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=46862684;WS=46862665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	46873482	.	A	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=14;PP=588;SC=TAATGGAATAATTAGTCAGGT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=46873490;WS=46873472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	46873601	.	G	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=341;SC=GGGGCTTGAAGGGATGGAAAG;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=46873609;WS=46873591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	46874362	.	AT	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.908;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr17	46878625	rs17634167	A	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	46881748	rs489005	T	C	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	46894597	rs114722761	A	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=13;PP=312;SC=GCGCTAGGGGAGGGGCGCGCC;SOR=2.448;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=46894605;WS=46894587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	46926772	rs551605	A	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	46934001	rs72437948	GCATT	G	684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=15;PP=759;SC=TAAATGCTGTGCATTCATTCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=46934012;WS=46933991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	46970836	rs684682	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=330;SC=GCCGCGCCGCAGTGCTCTGTA;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=46970844;WS=46970826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	46973139	rs35074390	TG	T	955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=22;PP=595;SC=TGAGGCTCCATGGGGGGGTCA;SOR=2.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=46973147;WS=46973129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	46985756	rs71144541	AG	A	283.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=1;PP=154;SC=GTGGAAGCGGAGGGGGTGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=46985764;WS=46985746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	46990075	rs78069344	A	G	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=113;SC=TGGTGAGGATATAGAACATGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=46990083;WS=46990066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	47013393	rs59383380	G	GT	315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=1.556;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr17	47014675	rs2132201	C	T	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=39;PP=1135;SC=GGTCAGACGGCTCCAGAGGGC;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=47014683;WS=47014665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	47014754	rs2132200	T	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=584;SC=CTTTGGGACATCGAGCTAGGT;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=47014762;WS=47014744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	47036043	rs72833611	C	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=7;PP=299;SC=GGGCAGAATCCAGTCCTGAGC;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=47036051;WS=47036033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	47038391	rs6504587	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.38;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	47038394	rs117649535	G	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	47038471	rs4794004	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=155;SC=CGACACAGCTATCTCTCCGTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=47038479;WS=47038461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	47039254	rs2291726	T	C	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=18;PP=478;SC=TCTTTTAATATCTGAACCCCA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=47039262;WS=47039244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	47076449	.	A	AT	934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.853;QD=13.17;ReadPosRankSum=-2.001;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr17	47076551	rs2411760	G	T	174.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	47120937	.	G	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	47210429	rs7207842	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=6;PP=159;SC=TCCACGTGGAAGTGGCCTCTC;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=47210437;WS=47210419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	47210506	rs7207403	C	A	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.46;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	47230360	rs62079773	T	G	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=35;PP=987;SC=GGCTCATGCCTGTAATTCCAG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=47230368;WS=47230350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	47237802	rs1523137	A	G	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=172;SC=TCTCATCCCAACCAGGACTCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=47237810;WS=47237792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	47238028	rs8071836	C	T	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=20;PP=562;SC=CTTGGGGCTCCGTGGTGGCAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=47238036;WS=47238018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	47241604	rs8074457	T	C	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	47280301	rs4794029	T	C	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=23;PP=747;SC=TGGATTCATGTGATGTCTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=47280309;WS=47280291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	47293848	rs2233368	C	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=4;PP=188;SC=GCCAAGGACCCAGTGGAAGAT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=47293856;WS=47293838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	47297297	rs616338	T	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	47329705	rs596783	T	C	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=27;PP=1153;SC=CAGGAGGCGATACCAGGCCAG;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=62;WE=47329713;WS=47329695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	47588000	rs11466155	C	T	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=27;PP=893;SC=TGGTTGTGGGCCTTGTGGCCT;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=47588008;WS=47587990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	47688881	rs140209761	T	TAGAG	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=173;SC=TGCCAGCAGATAGACGACTTT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=47688889;WS=47688871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	47779288	rs34701118	C	CA	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr17	47780065	rs73335243	C	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	47780707	rs375908491	TGC	T	422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=307;SC=ACACAAAATGTGCGCACACAC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=47780716;WS=47780697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	47785064	rs9908959	C	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=3;PP=129;SC=TGGGGAGAGACTGTCGGCCCG;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=47785072;WS=47785054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	47888852	rs4462645	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=18;PP=653;SC=CAACGGAGAGACAGCTTCGAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=47888860;WS=47888842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	48068720	rs8081044	T	A	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	48151718	rs186943165	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=12;SC=ATCTGTGTCCATGTTTGCGCT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=48151726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	48172779	rs7221362	A	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	48184288	rs847694	G	A	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=15;PP=632;SC=GAGAAGCCCCGGGGACCCCTC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=48184296;WS=48184278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	48184377	rs847693	A	G	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=25;PP=938;SC=CCCAGTATCAATGTCAGGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=48184385;WS=48184367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	48186131	rs3059824	T	TCTC	1282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=878;SC=GGGAGGCTTCTCTCCTCACTC;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=16;WE=48186139;WS=48186121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	48186817	rs56409353	C	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=18;PP=520;SC=CTGATAGGACCTGGGCAGCCT;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=48186825;WS=48186807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	48187470	rs60269840	G	A	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=16;PP=394;SC=AAGGGCCGCCGTGCATCTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=48187478;WS=48187460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	48187546	rs61328000	G	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=8;PP=201;SC=CCTCCTGGGGGAGCAGGGGGT;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=48187554;WS=48187536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	48202129	rs202016696	G	GCA	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	48202135	.	GCACACACACA	G	327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=46.82;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	48202147	.	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.22;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr17	48202149	.	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.86;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr17	48202151	.	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr17	48212647	rs11317638	GA	G	336.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=309;SC=GGGGAGGGAGGAACAATGGGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=48212655;WS=48212637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	48212910	rs3744535	A	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=13;PP=616;SC=AGGGCGCCCCAGGCCCACCTT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=48212918;WS=48212900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	48216944	rs1569116	C	T	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	48226445	rs112058541	G	GC	285.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=312;SC=TGGCTGGCGAGCGGGGGCGGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=48226453;WS=48226435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	48227384	.	G	GGC	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=737;SC=GCCGCGCCGCGCTCCTTGTCG;SOR=1.061;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=48227392;WS=48227374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	48227403	.	G	GGC	1214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=649;SC=CGCCGCCTGCGCGCTGGGGCG;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=48227411;WS=48227393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	48243504	rs9911548	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.16;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	48245180	rs2696297	C	T	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=25;PP=1006;SC=GGATTGGGTGCTCATTCACAG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=48245188;WS=48245170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	48248906	rs1046329	C	G	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=29;PP=1058;SC=ACCCTTCGAACCCCCTTGATA;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=53;WE=48248914;WS=48248896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	48252804	rs2696288	T	C	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=20;PP=692;SC=ACTGACAGCCTAGCCAGGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=48252812;WS=48252794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	48258140	rs2586484	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=9;PP=463;SC=CTCGCATTCTTTCCCACGCGG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=48258148;WS=48258130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	48262775	rs1061237	A	G	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=65;SC=TTGGCTTTTGAGGGGGTTCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=48262783;WS=48262765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	48264717	rs2696245	C	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	48265495	rs1800215	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	48265542	rs41316705	G	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=13;PP=318;SC=TGAGCTCTTGGCCAGGGAAGG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=48265550;WS=48265532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	48266160	rs138425306	CAG	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,7:0.13:55
chr17	48266669	rs2586489	G	C	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=38;PP=1371;SC=AGGTGCCAGAGAGCAGCACAG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=48266677;WS=48266659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	48268223	rs2734272	A	G	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=33;PP=1084;SC=CAATGGGGCCAGTCAGACCAC;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=63;WE=48268231;WS=48268213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	48268626	rs2696246	A	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=7;PP=610;SC=AAGGGGAAGAAGGGAGGATTA;SOR=1.714;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=31;WE=48268634;WS=48268616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	48269302	rs2857396	G	A	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	48269426	rs2586490	C	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	48271433	rs1007086	A	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	48271742	.	G	A	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=17;PP=784;SC=TCACCGGGACGACCAGCTTCA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=37;WE=48271750;WS=48271732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	48272055	rs2253369	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.57;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	48274291	rs2075555	T	G	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=81;SC=TGCAACTCAGTATCTTTTGGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=48274299;WS=48274281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	48274309	rs2075554	T	C	221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=83;SC=GGGGAAGAGGTTGGGACTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=48274317;WS=48274299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	48275501	.	G	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	48276004	rs5820805	G	GC	399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=407;SC=AGACATTCCTGCAAAGATGCA;SOR=1.445;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=48276012;WS=48275994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	48276971	rs2256835	G	C	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=451;SC=GAAGAGACGCGCGTTAGAGCC;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=48276979;WS=48276961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	48277059	rs150854949	AGCCCCAGGCCCCAGGCCCCAG	A	1225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=2990;SC=CCCCAGCCCCAGCCCCAGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=48277087;WS=48277049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	48356260	rs6504642	G	C	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=31;PP=1064;SC=GAGCCAGACAGCCCAGTGGAT;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=61;WE=48356268;WS=48356250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	48432042	rs11430429	G	GA	1779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.23;NF=15;NR=17;PP=1375;SC=AGGTAGCCTAGGAGGGAAACT;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=48432050;WS=48432032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	48432681	rs2526538	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=-0.787;SC=GCAAGGGGCAGAGGAAGGATG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=48432689;WS=48432678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr17	48432749	rs73344091	G	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=365;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GCCAGGGGTAGGGCACATGGC;SOR=0.702;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=29;WE=48432757;WS=48432739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr17	48433081	rs886568	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=551;ReadPosRankSum=-1.001;SC=TGCCAGGCGGGTGAAAGAGCT;SOR=0.707;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=36;WE=48433089;WS=48433071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,48:0.35:137
chr17	48433958	rs4794136	T	C	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=1057;ReadPosRankSum=-1.976;SC=TCCACCTGTATGGCAGCTACC;SOR=0.744;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=317;TCF=158;TCR=159;TR=109;WE=48433974;WS=48433948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,202:0.38:538
chr17	48437456	rs6504649	C	G	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=35;PP=1632;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CAGCGGCACACACAGCTCACA;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=150;TCF=92;TCR=58;TR=94;WE=48437464;WS=48437446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,141:0.64:219
chr17	48440467	.	T	TA	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.823;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,46:0.24:191
chr17	48440522	rs10656180	T	TCCA	9320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=67;PP=2059;SC=CCTGTCCTTCTCCACCATATT;SOR=0.880;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=17;TCR=69;TR=84;WE=48440536;WS=48440512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	48445674	rs111380254	CCTGGTCAG	C	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=2690;ReadPosRankSum=0.331;SC=AACACACAGACCTGGTCAGCT;SOR=1.475;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=14;WE=48445689;WS=48445664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr17	48445699	rs2586438	C	T	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=594;ReadPosRankSum=-2.636;SC=AGCTGGTCAGCGAGGTGGTCC;SOR=0.278;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=33;WE=48445707;WS=48445689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr17	48446130	rs17776853	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=242;ReadPosRankSum=-1.851;SC=CTAATAAAACAATCATACTAC;SOR=0.300;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=21;WE=48446138;WS=48446120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr17	48448023	rs16948951	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr17	48450595	.	C	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.527;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,107:0.22:487
chr17	48452776	rs3760413	A	C	4898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=57;PP=2411;SC=CTGTCCCAGAAATAGCTGAAA;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=122;WE=48452784;WS=48452766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	48452978	rs3060668	A	AAGC	3152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.375;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.060;NF=13;NR=31;PP=1842;ReadPosRankSum=-0.867;SC=TGACTGGAAAAAGCCCTTTCC;SOR=0.828;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=43;TCR=93;TR=44;WE=48452986;WS=48452968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,91:0.33:276
chr17	48456133	.	AGG	A	1907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=5.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.88;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,50:0.44:113
chr17	48456135	.	GGA	ATG	1134	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=15;NR=12;PP=1134;QD=44.3506620319;SC=CTTCATGCAGGGAAGCCTGGA;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=27;WE=48456145;WS=48456125;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:47,27:0.36:74
chr17	48456137	.	A	ATG	1907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=4.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.45;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr17	48457567	rs917029	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=112;ReadPosRankSum=0.665;SC=GTAACATGGCGCCCACCTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=9;WE=48457575;WS=48457557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr17	48457609	rs917028	C	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=193;ReadPosRankSum=0.817;SC=TCAGTTGCCACTTGAGGGGAA;SOR=1.244;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=13;WE=48457617;WS=48457599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr17	48460745	rs3744525	C	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.42;ReadPosRankSum=1.732;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr17	48460750	rs3744524	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.42;ReadPosRankSum=1.732;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr17	48469724	rs757509	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=209;ReadPosRankSum=0.614;SC=CCAGGGAGTGTATAAGGAGCC;SOR=1.110;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=15;WE=48469732;WS=48469714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr17	48472270	rs3760407	C	T	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=15;PP=705;SC=GAAGGAGTCACGGCTGCATGC;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=36;WE=48472278;WS=48472260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	48503473	rs371898261	GCGCCC	G	290.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	48504132	rs9901133	A	G	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=14;PP=1219;SC=TCATGGGCAAACTTGGGGATC;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=48504140;WS=48504122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	48539763	rs2277631	C	A	5303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=106;PP=2965;SC=TGTCTCTCACCATCGTCCCCA;SOR=2.453;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=39;TCR=106;TR=143;WE=48539771;WS=48539753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	48539997	rs8082089	T	C	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=98;PP=2965;SC=ATGCCCCCTGTCCCTGTGACA;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=52;TCR=98;TR=150;WE=48540005;WS=48539987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	48540499	.	C	T	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,72:0.44:163
chr17	48540960	rs3744522	C	G	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=46;PP=1345;SC=AAACCCTCTTCTTCCTCACTC;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=48540968;WS=48540950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	48541443	rs2277630	G	C	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=12;PP=886;SC=CCAGCCCAGGGCCAGCTGCCA;SOR=1.445;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=43;WE=48541451;WS=48541433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	48541491	rs2277629	A	G	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	48541707	rs898455	G	A	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=29;PP=1001;SC=TGGGATGACAGCAGATGGACA;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=48541715;WS=48541697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	48542572	rs898454	C	G	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=32;PP=1658;SC=CCCTCCAGGGCCAGGGGGTAT;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=48542580;WS=48542562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	48543391	rs2231506	A	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=392;SC=ATCTCAGATAATCCAATCTAC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=48543399;WS=48543381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	48545596	rs34864120	G	A	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=73;PP=2730;SC=GGTTCTCCACGTCGTCCAGGG;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=147;WE=48545604;WS=48545586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	48549791	rs2305998	C	G	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=31;PP=1051;SC=TGTCCCAGGCCCGGATCATGA;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=48549799;WS=48549781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	48557326	rs2290862	G	A	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=51;PP=2381;SC=TGTGGCACAGGCAGCCCACCT;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=111;WE=48557334;WS=48557316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	48557348	rs2290861	T	C	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=60;PP=2354;SC=CCTGCAGACTTGGAAGTCACA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=126;WE=48557356;WS=48557338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	48560550	.	A	AAAAG	139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.48;QD=23.30;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	48596499	rs79976200	A	AG	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=159;ReadPosRankSum=-1.213;SC=TCCATGGAGGAGGGGGCGGGG;SOR=0.569;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=8;WE=48596507;WS=48596489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr17	48598785	rs1380657	G	A	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=39;PP=1269;SC=TGAAGACACAGCATACTTGTG;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=66;WE=48598793;WS=48598775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	48599195	rs9893172	T	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=4;PP=312;SC=GGAAGCTGCGTGGGAGTGGAG;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=48599203;WS=48599185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	48599450	rs7216625	A	T	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=37;PP=1107;SC=AAGGTAAAACAGCCTCCACCA;SOR=1.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=48599458;WS=48599434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	48603503	rs9890721	C	T	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=55;PP=1662;SC=GAGTCCTCAGCGGAAGAGCAT;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=94;WE=48603511;WS=48603493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	48603775	rs149225883	C	CTATTTATT	494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=41.23;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	48605780	rs8067733	C	G	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=39;PP=1118;SC=CCTTTCTGTCCGCTGCCAGGA;SOR=1.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=48605788;WS=48605770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	48606313	rs2290864	G	A	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=33;PP=1566;SC=GTGAGCTACTGTTGAGGACAT;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=84;WE=48606321;WS=48606303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	48606537	rs1133818	C	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=32;PP=920;SC=ACACCCAGAGCCTGCACAGTG;SOR=1.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=41;WE=48606545;WS=48606527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	48606606	rs4793659	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=397;SC=TATTCATTCCGTTCAGTCTGC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=48606614;WS=48606596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	48607280	rs6504671	G	C	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	48607614	rs4794156	G	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=456;SC=CAGCACTTTGGGAGGCCAAGG;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=48607622;WS=48607604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	48608717	rs1064055	T	C	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=21;PP=596;SC=CCCTGGTGACTGACCTGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=48608725;WS=48608707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	48608951	rs2277627	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	48610272	rs755046	G	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=191;SC=GTGCCGTCCCGCTGCTGCACA;SOR=0.826;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=48610280;WS=48610262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	48613837	rs3785915	A	G	4658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=41;PP=2385;SC=CCCATCCTTCAAGACTGTGAC;SOR=1.249;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=124;WE=48613845;WS=48613827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	48614020	.	C	T	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DP=617;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-2.536;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,162:0.27:611
chr17	48616114	rs4794158	C	G	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=18;PP=910;SC=GCTGACTGAGCGGCAAATGGC;SOR=1.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=48;WE=48616122;WS=48616104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	48618106	rs7215760	A	G	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	48619249	rs4794159	C	A	6207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=86;PP=2965;SC=CGCGGGCGAGCCGGGCAGGCC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=169;WE=48619257;WS=48619239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	48624523	rs9890200	A	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=1.484;SC=CAGCCTCCTGACTTCCCTTCC;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=6;WE=48624531;WS=48624513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr17	48625543	rs12943759	G	A	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CTGGGAGCAGGGGTCCTACTG;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=65;WE=48625551;WS=48625533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,101:0.70:145
chr17	48625828	rs8076470	C	T	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=72;PP=1659;ReadPosRankSum=0.422;SC=AGCACCTCTCCTGGGGCCCTG;SOR=0.901;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=305;TCF=139;TCR=166;TR=121;WE=48625836;WS=48625818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,176:0.39:453
chr17	48625928	rs8076632	C	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=950;ReadPosRankSum=1.247;SC=CCCCTGGGGACAGGAAGCCTT;SOR=0.741;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=161;TCF=52;TCR=109;TR=59;WE=48625936;WS=48625912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,80:0.39:207
chr17	48626389	rs8077316	C	T	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=2.400;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,72:0.34:212
chr17	48626398	rs8077323	C	T	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,77:0.36:213
chr17	48626575	rs8077587	C	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=732;ReadPosRankSum=0.342;SC=AGTTGGGGGACCAGGGTGGGG;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=57;WE=48626583;WS=48626565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,70:0.39:179
chr17	48626626	rs8076628	G	A	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=513;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TGACCTCCAGGTGTGCCCCCA;SOR=0.916;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=51;WE=48626634;WS=48626616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,83:0.40:208
chr17	48627860	rs10586811	CCT	C	1631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=1144;ReadPosRankSum=1.179;SC=TCCCCAGTGACCTCTCTGTTC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=30;WE=48627869;WS=48627850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,52:0.29:181
chr17	48628092	rs1132414	A	G	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=831;ReadPosRankSum=0.661;SC=ATAGCGCAGAAGATGCAGACT;SOR=0.671;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=238;TCF=133;TCR=105;TR=72;WE=48628100;WS=48628082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,115:0.30:380
chr17	48628470	rs9913430	T	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=370;ReadPosRankSum=-0.028;SC=CTTGCTCAATTCAGGGCTGGA;SOR=0.510;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=27;WE=48628478;WS=48628460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
chr17	48628581	rs9913677	T	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=112;ReadPosRankSum=1.308;SC=ACCGAGCCTGTCTGTAGGATC;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=11;WE=48628589;WS=48628571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr17	48629312	rs8082568	G	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr17	48629375	rs151234453	G	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=779;ReadPosRankSum=-0.005;SC=CCTTCGTGGTGCGGGGCCTGC;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=46;WE=48629383;WS=48629365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,58:0.70:83
chr17	48629458	rs8065903	A	G	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=42;PP=1835;SC=ACACAGGACAAGCTCTTTTGG;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=48629466;WS=48629448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	48631607	rs739924	T	C	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,121:0.34:354
chr17	48631857	rs873839	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=0.456;SC=TAGGAGGGAAGTTGGGGCTGC;SOR=0.848;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=14;WE=48631865;WS=48631847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr17	48646346	.	A	AGT,AGTGTGTGTGT	156.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.307;NF=2,2;NR=25,25;PP=2997,1341;ReadPosRankSum=-0.028;SC=CCTGCAGGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.719;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=27,27;WE=48646354;WS=48646336;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.30:30
chr17	48646376	.	T	TGTGTGTGTGTGTTG	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.26;MQRankSum=1.294;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.303;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr17	48647011	rs12946808	T	G	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=886;ReadPosRankSum=1.012;SC=TTGACCTCTTTTGACCCCACT;SOR=0.583;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=65;WE=48647019;WS=48647001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,128:0.59:216
chr17	48650068	.	G	A	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,145:0.30:481
chr17	48652875	rs198550	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=-1.517;SC=TCTTCAGGACATTTCCTCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=48652883;WS=48652865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	48653354	rs12449998	C	A	10052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TGGGTCCCGCCGGCTCATGCT;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=505;TCF=230;TCR=275;TR=330;WE=48653362;WS=48653344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,470:0.62:760
chr17	48668013	rs8064333	G	C	3372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.317;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=2462;ReadPosRankSum=-1.784;SC=CTGACTCTCAGTTGAGGAATG;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=58;WE=48668029;WS=48668003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,90:0.66:136
chr17	48668021	rs34926473	AT	A	3219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=2447;ReadPosRankSum=-1.647;SC=CAGTTGAGGAATGGTAGCAGG;SOR=0.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=35;WE=48668029;WS=48668003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,80:0.65:123
chr17	48668091	rs8066026	A	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=259;ReadPosRankSum=0.270;SC=GTCTGGAGTCAGGCCCCACTG;SOR=1.426;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=20;WE=48668099;WS=48668081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr17	48668653	rs7359536	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	48668720	rs7359527	C	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=64;ReadPosRankSum=0.855;SC=CCCTTGGGTGCTACTGAGTCC;SOR=0.458;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=5;WE=48668728;WS=48668710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr17	48669026	rs11079918	T	C	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=791;ReadPosRankSum=0.116;SC=CCGGCCAGGCTGGGGGCAGGA;SOR=0.682;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=50;WE=48669034;WS=48669016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,57:0.70:82
chr17	48678325	rs198530	A	T	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=56;PP=2965;SC=CTGGGAGGGCACTGGAGGGGC;SOR=1.151;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=87;TCR=56;TR=142;WE=48678333;WS=48678315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	48683139	.	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=196;ReadPosRankSum=0.466;SC=CTGGCCCCAGAGCAGAGCACC;SOR=0.061;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=48683147;WS=48683129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr17	48683200	rs3744521	G	C	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=15;PP=953;SC=GGGCTCAGGAGTCCTGGGCTT;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=48683208;WS=48683190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	48696240	rs374725822	G	A	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1315;ReadPosRankSum=1.851;SC=AGCCCCACTCGCCACTGGGCA;SOR=0.558;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=81;WE=48696248;WS=48696230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,128:0.69:185
chr17	48712705	rs12604031	G	A	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.68;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr17	48712711	rs9890046	C	G	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.76;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr17	48733137	.	G	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=620;ReadPosRankSum=0.363;SC=CTTCCTCAAGGCAGCCCAATT;SOR=0.875;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=40;WE=48733145;WS=48733127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,50:0.39:127
chr17	48736582	.	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr17	48738266	rs2301837	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=248;ReadPosRankSum=-1.181;SC=ACCCACTGCTCCTTCCTCCCT;SOR=1.270;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=16;WE=48738274;WS=48738256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr17	48745016	.	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=645;ReadPosRankSum=0.745;SC=CCAGCTTCCTGAAGCAGGTGG;SOR=0.849;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=49;WE=48745024;WS=48745006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,59:0.34:176
chr17	48746135	rs879459	C	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=563;ReadPosRankSum=1.093;SC=GTCCTCCTTTCCCCTGCCCCC;SOR=1.236;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=37;WE=48746143;WS=48746125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr17	48746923	rs4794176	G	C	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=455;ReadPosRankSum=-1.773;SC=AAGAGGCTAGGGCATAGAGCT;SOR=0.560;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=112;TCF=33;TCR=79;TR=46;WE=48746931;WS=48746913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,67:0.42:161
chr17	48750231	.	GA	G	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr17	48752890	rs2072366	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=0.594;SC=GGCCTCCCCAGGCCCTGCCAG;SOR=1.278;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=13;WE=48752898;WS=48752880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr17	48753522	rs8077268	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.582;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,49:0.40:121
chr17	48753956	.	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.292;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr17	48761046	.	T	A	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,74:0.50:149
chr17	48761053	rs11568591	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,39:0.24:161
chr17	48797210	rs11398903	T	TG	4454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=59;PP=2947;SC=CCGCGGGCCTTGGCCTGAGCC;SOR=1.170;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=9;TCR=63;TR=68;WE=48797218;WS=48797200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	48801239	rs117687704	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=0.529;SC=CAAGTGATCGGTCCGCCTCAG;SOR=0.515;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=11;WE=48801247;WS=48801229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr17	48801313	rs79915367	TC	T	999.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=479;ReadPosRankSum=2.589;SC=CCTACCTTACTCCATAGTAAA;SOR=0.557;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=15;WE=48801321;WS=48801303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr17	48821201	rs9894501	T	C	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.15;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	48821207	rs9894508	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr17	48834023	rs3760403	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.11;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	48834032	rs3760402	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.11;ReadPosRankSum=1.981;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	48834080	rs9303561	A	G	194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	48844381	rs16949266	T	C	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=59;PP=2515;SC=GTCTGCAAGGTAACAACAGTG;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=130;WE=48844389;WS=48844371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	48917333	rs9675120	C	T	7348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.468;SC=AGACAGTGAGCTTCCTCTGTG;SOR=0.887;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=345;TCF=132;TCR=213;TR=217;WE=48917341;WS=48917323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,344:0.62:557
chr17	48940422	rs4626	T	C	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=1036;ReadPosRankSum=1.848;SC=CTACAAAAGATTTCTCATTGA;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=64;WE=48940430;WS=48940412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,95:0.65:147
chr17	49041948	.	C	CAA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr17	49043701	.	C	T	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=583;ReadPosRankSum=0.742;SC=ACAGAAGGTTCAAGTGGAAGA;SOR=0.705;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=50;WE=49043709;WS=49043691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,84:0.41:205
chr17	49054439	rs9332407	T	C	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=817;ReadPosRankSum=1.107;SC=TCCTATTTGTTCCATGGCAGT;SOR=0.337;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=58;WE=49054447;WS=49054429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,79:0.68:117
chr17	49060107	rs12453116	T	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=247;ReadPosRankSum=-1.009;SC=AACATTTTATTTGTTGTATAA;SOR=0.579;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=17;WE=49060115;WS=49060097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr17	49067763	rs9899816	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=348;ReadPosRankSum=0.984;SC=GGCATCTGAGTGTAGCCTTAG;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=20;WE=49067771;WS=49067753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr17	49076857	.	T	TA	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr17	49076907	rs61490626	TA	T	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr17	49097501	rs2286649	C	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr17	49124845	rs11400140	G	GA	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=179;ReadPosRankSum=0.624;SC=TTTAAAGAAAGAAAAAATACA;SOR=1.021;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=49124853;WS=49124835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr17	49156907	rs8081821	A	G	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=437;ReadPosRankSum=0.317;SC=GCCAAGCCCAATCTTTAGTGT;SOR=0.960;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=31;WE=49156915;WS=49156897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr17	49197654	rs5820842	A	AC	698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.38;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	49231623	rs34431255	C	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.82;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr17	49231627	rs11556835	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.52;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr17	49270643	rs35987233	AT	A	66.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	49271018	rs12453388	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=190;SC=TTGCTCTGTCGCCCAGGCTGG;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=49271026;WS=49271008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	49365800	.	A	G	97.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CACCATTCCTAAAGTGGTCCT;SOR=0.368;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=49365808;WS=49365790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr17	49567610	rs115246230	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=1.556;SC=CTATGATGGCGTCACTGCACT;SOR=0.682;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=11;WE=49567618;WS=49567600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr17	49567749	rs12603818	T	C	5048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=56;PP=2271;SC=ACTCAATGCCTTTCTCTTGCC;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=128;WE=49567757;WS=49567739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	49710713	rs3815371	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=281;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GGAGTGTGATGGCTATTGTCA;SOR=0.336;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=18;WE=49710721;WS=49710703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr17	49711045	rs2286634	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=-0.924;SC=AGATCCAACCATCCTCTTAAA;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=13;WE=49711053;WS=49711035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr17	49713205	rs10514986	G	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.202;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=428;ReadPosRankSum=1.473;SC=AATGACCAGAGAGAAACTCAC;SOR=1.197;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=33;WE=49713213;WS=49713195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,57:0.37:154
chr17	49713300	rs11870209	G	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=2.170;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,66:0.35:190
chr17	49713428	rs139939914	GACAT	G	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.791;NF=0;NR=8;PP=356;ReadPosRankSum=0.529;SC=TGGTATTGCTGACATACATAC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=49713439;WS=49713418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr17	49825215	.	CCTT	C	2242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=43;PP=2218;ReadPosRankSum=-2.106;SC=GCAAGGCCCTCCTTCTTCTAT;SOR=0.693;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=82;TCF=9;TCR=73;TR=50;WE=49825225;WS=49825205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,106:0.59:179
chr17	49825233	.	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.573;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,40:0.26:155
chr17	50149899	rs5820905	C	CT	598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.96;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr17	51063941	rs2271474	C	G	4051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=58;PP=1851;ReadPosRankSum=-2.077;SC=TTTTAATTTCCACACCACTGT;SOR=0.537;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=218;TCF=121;TCR=97;TR=125;WE=51063949;WS=51063931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,199:0.60:331
chr17	51900729	rs3803824	C	T	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=1246;ReadPosRankSum=-1.238;SC=CAGCGTACCGCCACGAAATGG;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=137;TCR=133;TR=92;WE=51900737;WS=51900719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,127:0.34:370
chr17	51901084	rs3803825	A	G	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=95;PP=2965;SC=AGACAACCTTAAAGGACCTGG;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=72;TCR=95;TR=167;WE=51901092;WS=51901074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	51901385	rs3803826	C	T	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=63;PP=1941;ReadPosRankSum=0.943;SC=CATTTATGCTCTGGTGGCACA;SOR=0.548;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=95;TCR=104;TR=124;WE=51901393;WS=51901375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,143:0.58:246
chr17	51901643	rs4561518	C	T	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=23;PP=851;SC=CAGGCAAACACCTGTCAACGC;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=51901651;WS=51901633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	51901703	rs4561519	C	G	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=19;PP=735;SC=GAAGTCAGGACGGATAATGCA;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=51901711;WS=51901693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	51902252	rs3826355	C	T	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=37;PP=1395;SC=TAGCCAATGGCTGGAAAACAT;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=75;WE=51902260;WS=51902242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	51902482	.	A	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr17	51902492	rs10693171	A	AAAT	1221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=931;SC=AAAACTGTCCAAATTATCTAA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=19;WE=51902500;WS=51902472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	52978081	.	G	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=0.788;SC=CCCGCGCCCCGCAGCGGCAGC;SOR=1.347;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=52978089;WS=52978072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr17	52993346	rs2934935	G	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=19;PP=483;SC=CCTGATTTCAGTTGATTTCTA;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=52993354;WS=52993336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	53014442	rs5821078	C	CT	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,58:0.72:81
chr17	53063743	rs958556	C	T	156.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AGGATAGCAGCAATGAGTAGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=53063751;WS=53063733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr17	53076799	rs1156287	G	A	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=43;PP=1450;SC=CATAATTACCGGAGCCAAGTT;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=76;WE=53076807;WS=53076789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	53076986	rs11658717	G	A	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=36;PP=1638;SC=TTTCTTTTTAGTACTAGGTTA;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=94;WE=53076994;WS=53076976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	53084697	rs141409093	CT	C	49.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr17	53084790	rs12051573	C	T	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=23;PP=1207;SC=ACAGCAGGAACTCAGAACATA;SOR=1.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=53084798;WS=53084780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	53085018	.	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=0.829;SC=GAAGTATTCTCCTTCTTTGAG;SOR=0.127;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=9;WE=53085026;WS=53085008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr17	53121020	rs17818142	A	G	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	53124546	rs149633875	CGTGTGT	C,CGT	763.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=7,7;PP=165,181;SC=TATATGTGCTCGTGTGTGTGT;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8,8;WE=53124559;WS=53124536;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.50:20
chr17	53158361	rs2628302	G	A	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=10;PP=601;SC=AGTAAAGATAGATGTTGTTTA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=53158369;WS=53158351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	53158492	rs8069999	G	A	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	53342796	rs10635027	G	GTTTC	8371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=57;PP=2175;SC=GGGGGCGGTTGTTTCTTTCTT;SOR=0.867;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=93;WE=53342819;WS=53342783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	53392912	rs1465353	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=1.033;SC=GTGCATGAAGGATTTCTGATT;SOR=0.551;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=10;WE=53392920;WS=53392902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr17	53478675	rs3744308	A	G	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=122;SC=CCACCATGCCAAGCTAAACAC;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=53478683;WS=53478665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	53485186	rs2286806	C	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=599;ReadPosRankSum=0.861;SC=ACTGTCCTAGCGAGGGGGAAA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=44;WE=53485194;WS=53485176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr17	53798410	.	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.561;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,25:0.22:112
chr17	53828706	rs890488	C	G	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=22;PP=1230;SC=GACAGGGGCGCGTCTTCTCCG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=53828714;WS=53828696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	53844833	rs57156382	CT	C	2306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.250;NF=5;NR=49;PP=975;ReadPosRankSum=2.359;SC=GCTTGCTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.771;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=54;WE=53844855;WS=53844823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,117:0.96:122
chr17	53844847	rs35430620	C	T	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=50;PP=1425;SC=TTTTTTTAGACGTACTTTCAC;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=53844855;WS=53844823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	53851071	rs2960063	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	53851078	rs2912558	T	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.48;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	53851228	rs2960062	C	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=29;PP=995;SC=GCCTGGCGATCGAGAGTGACG;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=53851236;WS=53851218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	53852111	rs2960061	T	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=18;PP=674;SC=ATTTTTCTGGTATTTTTCCTT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=38;WE=53852119;WS=53852101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	54230793	.	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=208;ReadPosRankSum=1.044;SC=GCAACGGGACCGTGTGGACAT;SOR=0.162;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=17;WE=54230801;WS=54230783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr17	54428067	rs2215756	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-1.131;SC=ATGATAAAATCATATGTCAAC;SOR=0.458;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=6;WE=54428075;WS=54428057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr17	54428436	rs17759670	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-0.015;SC=GATGCTTGCAATTTTATAAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=54428444;WS=54428426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr17	54450038	rs957724	C	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CAATGCACCTCAACACACTGG;SOR=0.760;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=10;WE=54450046;WS=54450028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
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chr17	54558149	.	C	A	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,71:0.39:182
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chr17	54558284	rs11079234	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=463;ReadPosRankSum=1.058;SC=GTGTGTGTGTAAATTTTCCTT;SOR=0.321;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=18;WE=54558292;WS=54558272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr17	54892126	rs4794668	A	G	401.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.15;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
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chr17	54921322	rs3760157	G	A	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	54921494	rs3760158	A	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	54925262	rs6503775	G	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=536;SC=AAAATAATTTGTCTTTTTCTT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=54925270;WS=54925252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	54925480	rs56356802	C	CATAT	889.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=537;ReadPosRankSum=-1.551;SC=ATATACTATACATATATATAT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=15;WE=54925488;WS=54925470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,23:0.92:25
chr17	54939715	rs9911560	T	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=38;PP=853;SC=CAGTGGTTTATGGCTCATGCA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=54939723;WS=54939705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	54939737	rs3826295	T	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=880;SC=CTGGTCACTGTACACTAGCGG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=54939745;WS=54939727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	54978794	rs205498	G	A	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=12;PP=621;SC=ACTGGGGGTGGGCTCCTGGAG;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=54978802;WS=54978784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	54990691	.	TG	T	1068.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=631;ReadPosRankSum=0.619;SC=AGGCCCCCGGTGGCCCCTCTG;SOR=0.619;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=18;WE=54990699;WS=54990681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr17	55026912	rs12942251	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=297;ReadPosRankSum=-1.642;SC=GAGCCCTACCAGGAACCCGTA;SOR=0.751;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=28;WE=55026920;WS=55026902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,42:0.34:123
chr17	55027850	rs8071691	T	C	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.862;NF=28;NR=38;PP=965;ReadPosRankSum=0.592;SC=CATCACAAGATTCAGACTCCG;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=70;TCR=94;TR=66;WE=55027858;WS=55027840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,99:0.38:258
chr17	55038062	rs9899845	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.722;NF=6;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-0.338;SC=GTCTAGCGGCTTCAGGCCCGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=55038070;WS=55038052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr17	55055741	rs71139945	CT	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.391;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.840;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr17	55058689	rs3095499	G	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=-0.579;SC=AGTGAAGGGCGGATTTGGTCC;SOR=0.275;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=55058697;WS=55058679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr17	55065530	rs12453004	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=-0.991;SC=GTGTGACTCAAAAAGCAATCA;SOR=1.136;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=10;WE=55065538;WS=55065520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr17	55065558	rs11437466	T	TA	1308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=855;SC=TAATTCTGTGTAATTCCTTTT;SOR=1.055;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=55065566;WS=55065548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	55074482	.	T	TA	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.015;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr17	55075582	rs1811258	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=489;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TGAGGCAGGAAAATCGCTTGA;SOR=0.223;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=22;WE=55075590;WS=55075575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr17	55075670	rs367630962	CA	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.939;QD=0.20;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,33:0.21:156
chr17	55075928	rs12941709	C	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=584;ReadPosRankSum=-0.485;SC=AATTCAGAGACCTGAATTTGT;SOR=0.504;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=37;WE=55075936;WS=55075918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr17	55078526	rs67794111	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.210;SC=TGGGGAGCTGCACGTGGCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=55078534;WS=55078516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr17	55079471	rs12940187	T	C	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=1241;ReadPosRankSum=1.025;SC=CCCTAAATCTTTGGAAACATC;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=69;WE=55079479;WS=55079461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,131:0.65:200
chr17	55123748	rs3213728	C	T	19342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=221;NR=210;PP=2965;SC=TGCTCCTCCTCGTCGTCCTCC;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=437;TCF=223;TCR=214;TR=431;WE=55123764;WS=55123738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,749:1.00:749
chr17	55123867	rs3217120	G	GGACT	8994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=120;PP=2977;SC=GAAACCGCGGGGACTTTCCCA;SOR=2.047;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=144;TCF=4;TCR=140;TR=124;WE=55123875;WS=55123857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	55182811	rs3833091	CT	C	1302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=7;PP=985;SC=GGTGTAATTACTTCAAGCCTC;SOR=2.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=55182819;WS=55182801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	55183203	rs2230772	T	C	12522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=173;PP=2965;SC=CACGCAGAGATGACAGTACAA;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=147;TCR=173;TR=320;WE=55183211;WS=55183193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr17	55183716	rs1050515	T	C	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=49;PP=1864;SC=AAGCCCAGGATAGAGGTGTCG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=91;WE=55183724;WS=55183706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	55185241	rs75053167	G	A	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=21;PP=909;SC=CTTGTGGGAGGCTTGAGCTTC;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=54;WE=55185249;WS=55185231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	55189723	rs3094444	T	G	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=16;PP=1552;SC=AAGTGTTTTGTTACCTCAAAG;SOR=2.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=68;WE=55189731;WS=55189713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	55193997	.	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=0.772;SC=GAAGCAGGCTCCTTTTTAGGA;SOR=0.868;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=5;WE=55194005;WS=55193991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr17	55197631	.	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,50:0.34:145
chr17	55197762	rs376555503	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=1.489;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,52:0.26:197
chr17	55197802	rs4583	C	A	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=47;PP=1395;SC=TCCTTTCTTTCTCCATACTGT;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=55197810;WS=55197792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	55334352	.	TCTCG	T	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=67;MMLQ=23;MQ=59.39;NF=1;NR=1;PP=37;QD=27.5;SC=ACCTCCCGGCTCTCGCTCGCT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=2;WE=55334363;WS=55334342;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,2:0.18:11
chr17	55334577	.	GC	G	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=13;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=20;MQ=57.24;NF=0;NR=3;PP=65;QD=23.3333333333;SC=CGGTGTAGGAGCCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=55334588;WS=55334567;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr17	55334580	.	C	A	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=12;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=56.95;NF=0;NR=2;PP=34;QD=34.3856062736;SC=TGTAGGAGCCCCCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=55334588;WS=55334567;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr17	55363421	rs11079286	G	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=27;PP=818;SC=GCCTCTTTCTGTCTTTCCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=44;WE=55363429;WS=55363411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	55606875	rs55990806	G	GT	680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.458;HP=10;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=456;ReadPosRankSum=0.857;SC=AAAGACCACTGTTTTTTTTTC;SOR=1.270;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=36;WE=55606883;WS=55606865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr17	55674423	rs6503820	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr17	55693490	.	A	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.459;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TGGGAGGGCTATGGAGGCCTC;SOR=0.919;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=10;WE=55693498;WS=55693480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr17	55704465	rs1861474	A	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=311;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AACCCTCATGAGAGACAAATT;SOR=0.957;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=23;WE=55704473;WS=55704455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr17	55822171	rs12451748	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=174;ReadPosRankSum=2.051;SC=ACCCACGAGGTTCAGTCAGCC;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=13;WE=55822179;WS=55822161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr17	55822214	rs12451753	T	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=205;ReadPosRankSum=0.154;SC=GGGCGTCACGTCCCCTGTCCA;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=19;WE=55822222;WS=55822204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr17	55822467	rs12449409	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,58:0.34:173
chr17	55822720	.	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.265;SC=ATCATTCGGAGTGGAGAAACC;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=55822728;WS=55822710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr17	55917353	rs2099914	C	G	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=56;PP=1288;ReadPosRankSum=0.789;SC=TCAATTAATTCGCTAAAGATA;SOR=0.719;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=136;TCF=42;TCR=94;TR=84;WE=55917361;WS=55917343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,114:0.60:189
chr17	55944566	rs9894704	G	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.827;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr17	55950064	rs35704289	C	T	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=27;PP=1617;SC=TCCGTTGCAGCTCCTTCATGA;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=86;WE=55950072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	55950363	rs17762330	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=0.876;SC=ACCTGGTTGCGAGCCAAAATC;SOR=1.721;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=14;WE=55950371;WS=55950353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr17	55950826	rs11650742	G	A	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=18;PP=870;SC=ACGAACCCAGGGCAACAGAAA;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=55950834;WS=55950816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	55951037	rs17762338	C	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=621;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GTTCCGATAGCGTCTCTGGCT;SOR=0.278;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=42;WE=55951045;WS=55951027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,62:0.79:78
chr17	55957063	.	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,31:0.22:141
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chr17	56232435	rs8071404	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=512;ReadPosRankSum=-1.392;SC=GACTGTCCAAGGAAAATGATT;SOR=0.270;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=32;WE=56232443;WS=56232425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr17	56232459	rs145787234	TTTTG	T	699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=1168;ReadPosRankSum=0.922;SC=TTTTCATTTTTTTTGTTTGTT;SOR=0.585;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=28;WE=56232470;WS=56232449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr17	56232675	rs12602205	G	A	4340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=68;PP=2092;ReadPosRankSum=1.819;SC=TTTGACTGCCGGCTCCACACA;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=92;TCR=106;TR=127;WE=56232686;WS=56232665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,194:0.70:279
chr17	56233234	rs62636635	C	T	3565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.866;NF=61;NR=61;PP=2035;ReadPosRankSum=1.338;SC=CTTCCACCTGCACCACCCACA;SOR=0.561;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=199;TCF=104;TCR=95;TR=122;WE=56233242;WS=56233224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,162:0.63:256
chr17	56235104	rs3863503	C	A	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=0.275;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,66:0.32:209
chr17	56235322	rs1987665	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=24;PP=602;SC=CACAGCTGAAGTTTGTTCTTT;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=56235330;WS=56235312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	56247306	rs80043692	G	C	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=66;PP=2224;ReadPosRankSum=2.654;SC=TACCAGGGCTGCATGGGTCAG;SOR=0.564;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=176;TCF=78;TCR=98;TR=125;WE=56247314;WS=56247296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,160:0.64:251
chr17	56247454	rs9912728	A	G	3249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1778;ReadPosRankSum=2.196;SC=GGCTGGTGGTAGCCACCTGGG;SOR=0.569;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=151;TCF=75;TCR=76;TR=105;WE=56247462;WS=56247444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,142:0.68:210
chr17	56247575	rs74730740	C	T	3542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.275;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=52;PP=1446;ReadPosRankSum=0.236;SC=AGTACTGAGACTTGCCTGCAC;SOR=0.728;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=95;WE=56247583;WS=56247565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,166:0.65:257
chr17	56270121	rs12602891	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=0.262;SC=CGGCTGGGGGTCCTCAAAGTG;SOR=0.527;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=56270129;WS=56270111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr17	56271060	rs11079340	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.012;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=188;ReadPosRankSum=-1.647;SC=GGTCTGCCCATTTGCCTTCCC;SOR=0.293;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=13;WE=56271068;WS=56271050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr17	56271094	rs11652709	G	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=295;ReadPosRankSum=0.441;SC=CAGAACCACAGCTGCGGCTGC;SOR=0.674;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=17;WE=56271102;WS=56271084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr17	56271497	rs10853004	A	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=335;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GATCTCTTAAATGCGGGGAGT;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=22;WE=56271505;WS=56271487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr17	56272260	rs35892171	G	A	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.236;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1144;ReadPosRankSum=0.743;SC=TGAGTCCTGGGTTGGCTCTAA;SOR=1.106;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=75;WE=56272268;WS=56272250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,86:0.60:143
chr17	56272390	rs2240815	A	G	5143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=74;PP=2040;ReadPosRankSum=-0.737;SC=ACCGTGGCCGAGCCCTCATGT;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=101;TCR=116;TR=139;WE=56272398;WS=56272380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,246:0.62:398
chr17	56274781	rs34415223	T	TG	724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=622;ReadPosRankSum=2.692;SC=ATCAGAACGTTGAGTCCCTTT;SOR=0.916;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=56274789;WS=56274771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr17	56289545	rs3213698	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=-0.308;SC=ACCTTTTTCTTAGCATTAACA;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=7;WE=56289553;WS=56289535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr17	56290334	rs3826300	T	C	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,61:0.71:86
chr17	56290556	rs3744105	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=-0.828;SC=ACACCTCACTAAAGTATATGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=15;WE=56290564;WS=56290546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr17	56293960	rs7225148	T	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=436;ReadPosRankSum=-1.520;SC=TTTGGCAATATGTATCACCAG;SOR=0.758;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=29;WE=56293968;WS=56293950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr17	56320158	rs8178290	C	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=-1.209;SC=TTCCATCTCTCCCAGTACCTA;SOR=0.270;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=14;WE=56320166;WS=56320148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr17	56321271	rs7219860	G	A	4403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=56;PP=2112;ReadPosRankSum=0.597;SC=GGTAATGGCCGAGAAAGAGGG;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=231;TCF=142;TCR=89;TR=141;WE=56321279;WS=56321261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,204:0.64:317
chr17	56321442	.	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,55:0.32:173
chr17	56321451	.	GACACAC	G	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=11.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.698;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr17	56327999	rs7208924	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=376;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CCCTGCAGCTAGGCATCTCTG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=22;WE=56328007;WS=56327989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr17	56344656	rs8178407	A	G	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=986;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GCCCCAAAGGAGGCTGTGAAC;SOR=0.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=59;WE=56344664;WS=56344646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,74:0.67:111
chr17	56344867	rs8178409	G	A	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1144;ReadPosRankSum=0.946;SC=TTGCTGAGCCGCTGGTGGAAA;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=59;TCR=75;TR=80;WE=56344875;WS=56344857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,113:0.61:185
chr17	56351708	.	AGTGT	A	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.19;ReadPosRankSum=0.751;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr17	56357731	.	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,52:0.35:150
chr17	56386450	.	C	T	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=834;ReadPosRankSum=0.602;SC=CCAGGCATGTCTTCCAGGCAG;SOR=0.748;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=165;TCF=82;TCR=83;TR=72;WE=56386458;WS=56386440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,104:0.41:254
chr17	56393251	.	G	GGGAT	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.69;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,25:0.93:27
chr17	56393270	.	A	ATGGG	278	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=10;NR=4;PP=278;QD=20.2142857143;SC=GGATGGATGGATGGATGGATG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=14;WE=56393278;WS=56393260;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr17	56393840	rs61739511	G	C	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=683;ReadPosRankSum=-1.148;SC=GCCCTCTGGCGCAGCTGGGAG;SOR=0.687;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=50;WE=56393848;WS=56393830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,96:0.64:151
chr17	56397398	.	C	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,37:0.33:113
chr17	56398006	rs2526380	C	G	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=29;PP=758;SC=GTAGAGAGGGCTGCGAGGGAG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=56398014;WS=56397996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	56404091	.	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.731;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=433;ReadPosRankSum=0.937;SC=TGCCGCAGCTCCCCCAGGGCC;SOR=0.931;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=40;WE=56404099;WS=56404081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,54:0.24:224
chr17	56404349	rs2526378	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=578;SC=CCACATAGACACCCCCAAACC;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=56404357;WS=56404339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	56424710	rs757485	T	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=21;PP=1412;SC=GAAGAGCTATTCCCTCTTTTG;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=56424718;WS=56424700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	56429672	rs66475354	CA	C	802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TTTCTCCCGCCAGCAGGCGGG;SOR=1.247;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=17;WE=56429683;WS=56429662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr17	56429675	rs62082090	C	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=1069;ReadPosRankSum=0.039;SC=CTCCCGCCAGCAGGCGGGGAG;SOR=1.247;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=18;WE=56429683;WS=56429662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr17	56432362	rs2158460	C	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=-0.100;SC=ATTTAGAGAGCGGGGAGGAAA;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=14;WE=56432370;WS=56432352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr17	56435257	rs199831923	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=306;ReadPosRankSum=-1.824;SC=GGAGGCGTCAACTGGGCCAGG;SOR=0.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=25;WE=56435265;WS=56435247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr17	56440542	rs2680700	G	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.340;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=377;ReadPosRankSum=-1.470;SC=AGGATCTCTCGCAGCTCCAGG;SOR=1.437;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=84;TCF=75;TCR=9;TR=23;WE=56440550;WS=56440532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
chr17	56448297	rs2257205	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-2.152;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,67:0.54:125
chr17	56540110	rs3803753	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=199;ReadPosRankSum=-1.366;SC=GGTACTTTGAGCTTTATAAGC;SOR=0.539;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=23;WE=56540118;WS=56540100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr17	56540267	rs3803752	C	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=668;ReadPosRankSum=-1.479;SC=CTGTATTGTGCTATTTTCAAC;SOR=0.804;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=167;TCF=82;TCR=85;TR=54;WE=56540275;WS=56540257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,75:0.33:230
chr17	56544280	rs1017089	T	G	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=62;NR=70;PP=2309;SC=GGAAGAGGCATTGGGAGTGAC;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=62;TCR=71;TR=132;WE=56544288;WS=56544270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	56569842	rs75741842	T	TGA	9383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=62;PP=2975;SC=CCCTGTTTTTTGTCATACTAA;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=93;WE=56569850;WS=56569832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	56580997	rs1860262	T	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=414;SC=GGCGACAAAGTGAGATTCCGT;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=56581005;WS=56580987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	56581651	rs4277402	C	G	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	56584508	rs2302190	T	C	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=666;ReadPosRankSum=-2.384;SC=CACGCCTCGCTGGTATCATTA;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=49;WE=56584516;WS=56584498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr17	56586242	rs36056793	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-1.729;SC=GAGGCAAAGTGCAGTTGTGCC;SOR=0.250;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=56586250;WS=56586232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr17	56598655	rs1057065	C	T	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=845;ReadPosRankSum=-2.350;SC=CCCGAACTCGCCGCCCTCTGG;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=93;TCR=102;TR=69;WE=56598663;WS=56598645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,119:0.39:306
chr17	56603934	.	A	AACAC	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=1.970;QD=23.65;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
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chr17	56620501	rs17222523	A	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=-0.495;SC=GAACTGTCACATGGTGAGTTG;SOR=0.751;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=34;WE=56620509;WS=56620491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
chr17	56621286	rs8071623	G	T	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=13.089;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=46;PP=1732;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CCAGTCTCGGGTCCCCGAGGA;SOR=0.326;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=105;WE=56621294;WS=56621276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,160:0.98:164
chr17	56621359	rs6503867	T	C	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=60;PP=2239;SC=AGTCTGATGCTGAATGGGGAG;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=132;WE=56621367;WS=56621349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	56636854	rs7225128	T	C	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	56636908	rs9903050	T	C	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=2.347;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr17	56637002	rs35632156	A	AAAC	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr17	56643109	rs34818467	A	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=2.664;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,60:0.30:198
chr17	56649614	rs144725723	AAAACAAAC	A,AAAACAAACAAAC	788.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.436;NF=1,1;NR=13,13;PP=1567,1349;ReadPosRankSum=0.624;SC=TTACATTATTAAAACAAACAA;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14,14;WE=56649629;WS=56649604;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.68:22
chr17	56654849	rs201209688	TA	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.349;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr17	56659018	rs6503870	C	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=14;PP=395;SC=AAAATATTCACCGTCTGGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=56659026;WS=56659008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	56670761	rs35867543	A	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TGCTCTTCCTACTCACTCAGT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=10;WE=56670769;WS=56670752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr17	56676725	.	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=361;ReadPosRankSum=-0.038;SC=AGCTCTTCTTCCATGGATTTC;SOR=0.908;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=33;WE=56676733;WS=56676715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,46:0.27:170
chr17	56690848	rs8077548	T	C	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=977;ReadPosRankSum=1.087;SC=GGGTTTTCTCTAGGTCCTGGG;SOR=0.597;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=52;WE=56690856;WS=56690838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,95:0.65:146
chr17	56691034	rs66508449	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=9;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=-1.449;SC=CTTTTCTTTTTTTTTTGACAC;SOR=1.138;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=7;WE=56691042;WS=56691019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr17	56699201	.	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.661;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TCAATGGAATGGAAGCTTGGG;SOR=1.439;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=27;WE=56699209;WS=56699191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,40:0.27:148
chr17	56737838	rs17822837	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr17	56738919	rs4340382	G	A	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=529;ReadPosRankSum=-1.098;SC=ACAGCTCGGGGAGCCGCGGCG;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=45;WE=56738927;WS=56738909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,79:0.59:134
chr17	56769979	rs12946397	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=-0.430;SC=AGTTTGGCTGCTCCGGGGTTA;SOR=1.154;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=14;WE=56769987;WS=56769969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr17	56780459	rs6503874	C	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	56833323	rs367822898	A	T	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.815;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=20;PP=1651;ReadPosRankSum=0.090;SC=GCTTCCCCCAACCCCTTTCCC;SOR=1.283;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=164;TCF=126;TCR=38;TR=99;WE=56833331;WS=56833313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,123:0.56:219
chr17	56833457	rs201186780	G	GGAACCC	13749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.951;NF=35;NR=153;PP=2990;ReadPosRankSum=2.382;SC=AGCCGGAGCCGGAACCCGAAC;SOR=0.841;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=255;TCF=47;TCR=208;TR=188;WE=56833476;WS=56833447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,505:0.99:509
chr17	57049382	rs189579374	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=0.502;SC=TGAAATTCCATTATTAATAGT;SOR=0.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=57049390;WS=57049372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr17	57049716	.	C	CT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr17	57050365	rs16943326	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=196;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TACAGGGAACCTGAGATGATA;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=16;WE=57050373;WS=57050355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr17	57089588	rs72443487	G	GCAGCAGCAGCAGCAGCAC	1106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.362;NF=14;NR=32;PP=2991;ReadPosRankSum=2.777;SC=AGCAGCAGCAGCACCACCACC;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=46;WE=57089598;WS=57089566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,48:0.27:175
chr17	57094617	rs4932691	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=300;ReadPosRankSum=0.588;SC=TAATAAATATTTACCCCACTA;SOR=0.996;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=21;WE=57094625;WS=57094607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr17	57126842	rs62084384	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr17	57152920	rs6416933	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=31.84;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	57152924	.	CAA	C	94.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr17	57158345	rs7214402	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=0.329;SC=CCTATCAAATTTGCAAATCTT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=57158353;WS=57158336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr17	57247249	rs9914425	T	A	7866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=101;PP=2965;SC=AAGGTAAGGCTTAATGTGGAA;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=78;TCR=102;TR=179;WE=57247257;WS=57247239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr17	57271039	.	C	T	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,102:0.26:399
chr17	57272079	rs2291193	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=5;PP=302;SC=CAGTTGTGCTGGTTCCAATTT;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=57272087;WS=57272069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	57272646	rs2291194	G	C	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=15;PP=1201;ReadPosRankSum=2.440;SC=CATTTTGAGTGATATTTTAAA;SOR=1.427;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=66;WE=57272654;WS=57272636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,78:0.62:125
chr17	57274802	rs112714589	CA	C	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=272;ReadPosRankSum=0.538;SC=TTAATAGAGACAAGGTTTCAC;SOR=0.527;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=9;WE=57274810;WS=57274797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr17	57275148	.	C	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=392;ReadPosRankSum=1.521;SC=GAGAAAGTTTCAGGTAACCCT;SOR=0.866;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=30;WE=57275156;WS=57275138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr17	57278908	.	C	CT	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=3.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.336;QD=0.27;ReadPosRankSum=1.734;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,36:0.16:231
chr17	57287454	rs6503905	A	G	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=28;PP=1388;SC=TAATGGGAGCATCAGCCTGGA;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=57287462;WS=57287444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	57290383	rs3744383	G	A	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=51;PP=2062;SC=CTGAGAAGAGGCCAAACTTCG;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=107;WE=57290391;WS=57290373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	57311748	rs6503908	C	A	126.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=195;SC=TGTCTACCCCCAAAAAAAAAA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=57311756;WS=57311737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	57322954	rs9912727	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=1.704;SC=TAGATGTCGCGGCCTATAAGA;SOR=1.721;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=15;WE=57322962;WS=57322944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr17	57334668	rs12450435	C	G	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=54;PP=1700;SC=AGGTTAGAGTCAGTGACTGCA;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=75;WE=57334676;WS=57334658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	57344601	rs62083295	C	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=408;ReadPosRankSum=0.360;SC=TAAAAGCTCACTAATATCAAT;SOR=0.914;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=26;WE=57344609;WS=57344591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr17	57474396	rs3214250	GA	G	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.647;QD=11.45;ReadPosRankSum=-1.464;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr17	57642843	.	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=11.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.344;SOR=3.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr17	57642843	.	CC	TT	777	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=0;PP=777;QD=69.2056562385;SC=GGCGGGAAATCCCTGGGGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=12;WE=57642854;WS=57642834;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr17	57642844	.	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=11.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.361;SOR=3.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr17	57642846	rs10713316	TG	T	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.282;HP=6;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=806;ReadPosRankSum=1.521;SC=GGGAAATCCCTGGGGGGTGGA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=10;WE=57642854;WS=57642834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr17	57642935	.	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=386;ReadPosRankSum=0.112;SC=CGCACGCGCGGAAGTAAACAC;SOR=0.751;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=40;WE=57642943;WS=57642925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,57:0.27:209
chr17	57663596	rs58298344	TA	T	700.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-0.820;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr17	57676168	rs139117700	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.37;MQRankSum=-3.040;QD=12.22;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr17	57683041	rs150025878	T	TA	1161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.125;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=810;ReadPosRankSum=1.063;SC=AAAGGGTGAGTAAATCATTTG;SOR=0.475;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=25;WE=57683049;WS=57683031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,55:0.40:139
chr17	57717737	rs9910530	C	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=25;PP=712;SC=TTAACCTTCTCTTAGCCAATA;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=44;WE=57717745;WS=57717727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	57717763	.	CT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr17	57719360	rs10547125	GT	G	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=1.845;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chr17	57719366	rs9899439	T	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr17	57721907	rs113812535	T	TTTTG	825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.59;ReadPosRankSum=2.071;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr17	57725043	rs8071749	T	G	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=46;PP=1354;SC=ATTTTAACTATTTTTTTATGA;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=57725051;WS=57725033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	57725163	.	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr17	57728736	.	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=10.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.412;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr17	57733479	rs4349212	T	A	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=1027;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TCCCCAAGATTAAAAAATAGA;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=49;WE=57733487;WS=57733469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr17	57743691	rs9893154	G	A	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=44;PP=1675;SC=AGCTACTGAGGGGCCTACTCC;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=57743699;WS=57743681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	57746107	rs2272411	A	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=9;PP=788;SC=AAGTGTGCCTATGCTTAATTG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=57746115;WS=57746097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	57750982	rs8065248	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=12;PP=514;SC=AAATTTAAAGTTTCCTTTTGT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=57750990;WS=57750972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	57754591	rs28465103	A	G	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=24;PP=654;SC=CTGCATTTTTAAAAACCTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=57754599;WS=57754581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	57756818	.	CC	TT	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.957;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,33:0.19:173
chr17	57761384	rs3215190	CAT	C	1018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=821;SC=TCTCAAGACTCATAAAGTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=57761393;WS=57761374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	57842516	.	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
chr17	57886125	rs2645487	T	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=2.629;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr17	57889192	rs2063353	T	G	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=664;ReadPosRankSum=0.165;SC=ATGAACCCATTACAAGACAAT;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=46;WE=57889200;WS=57889182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,65:0.59:111
chr17	57937792	.	G	GA	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.242;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
chr17	57951973	rs2250526	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=1.635;SC=TAAATGTGGTGTATGCCAATG;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=18;WE=57951981;WS=57951963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr17	57963537	rs1292053	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr17	57992145	rs3066247	TATC	T	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=-0.823;SC=GAAGCAATCATATCATATTTT;SOR=0.602;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=57992155;WS=57992135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr17	58011498	rs180524	G	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=0.611;SC=CTTATAATTCGGAGAATAATC;SOR=0.356;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=135;TCF=85;TCR=50;TR=40;WE=58011506;WS=58011488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,59:0.30:194
chr17	58012768	rs11459613	C	CA	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=1.481;SC=AAATATTGAACAAAAAAGTCT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=11;WE=58012776;WS=58012758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr17	58024224	rs76853887	C	CAA	1735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.275;NF=2;NR=21;PP=922;ReadPosRankSum=-1.958;SC=CAAGGTGAAACGACTCAAAAT;SOR=1.087;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=23;WE=58024232;WS=58024214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,48:0.39:124
chr17	58024275	rs180515	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=136;ReadPosRankSum=1.469;SC=AGAACACTTCAGACACAGGAA;SOR=1.061;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=12;WE=58024283;WS=58024265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr17	58030551	rs34068842	CT	C	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr17	58031639	rs199982924	ATC	A	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.206;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr17	58037374	rs12600680	T	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.207;NF=8;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=2.073;SC=TACAAAGTGCTATGAAATATA;SOR=0.651;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=12;WE=58037382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr17	58040730	rs4968401	T	C	741.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.9597;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=372;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTTATTCACTAAAGGAGTAG;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=21;WE=58040738;WS=58040720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr17	58042126	rs76419616	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.958;NF=5;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=-0.415;SC=TCCCCGGACGTTCTCACGCGC;SOR=0.262;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=18;WE=58042140;WS=58042116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr17	58073432	.	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.071;NF=17;NR=33;PP=582;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TAAGTTTCTGGAAAATAAAAG;SOR=0.648;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=144;TCF=46;TCR=98;TR=50;WE=58073440;WS=58073422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,42:0.30:138
chr17	58149745	rs3744375	G	A	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=55;PP=1553;SC=AATGAGGCTTGCAAAAGACTA;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=89;WE=58149753;WS=58149735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	58179793	.	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=1.198;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,59:0.26:227
chr17	58180062	rs8075626	T	C	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=51;PP=1171;SC=GCTTGGCCGGTGGCGGCGGAG;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=58180070;WS=58180052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	58180079	rs8074512	C	G	4339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=48;PP=1337;SC=GGAGCTTGGCCGGCGGCGGCG;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=69;WE=58180087;WS=58180069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	58180172	rs8075789	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=14;PP=381;SC=CATTTCTATTTCTCATTCCAT;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=58180180;WS=58180162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	58232859	.	TACAC	T	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.65;ReadPosRankSum=-1.480;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr17	58235834	.	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=1.160;SC=GCAGGGCATGGGCTCCCACTG;SOR=0.673;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=12;WE=58235842;WS=58235824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr17	58332659	.	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr17	58423080	rs8066935	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.679;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr17	58503554	.	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.947;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,33:0.25:132
chr17	58556492	.	G	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=739;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GTAATTACAGGATATGTTCCA;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=75;TCR=52;TR=56;WE=58556500;WS=58556482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,76:0.39:196
chr17	58786625	rs2643103	A	G	5078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	58824567	rs7501675	T	C	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=1012;ReadPosRankSum=1.669;SC=AGATCAGTGGTGAAGCACAAG;SOR=0.405;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=66;WE=58824575;WS=58824557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,136:0.98:139
chr17	59480289	rs200207014	GAT	G	3252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.24;SOR=2.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	59480291	.	T	G	740	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=215;MMLQ=22;MQ=59.28;NF=39;NR=13;PP=740;QD=14.8994463951;SC=GAAGAACCGATAGAGAGAGAG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=52;WE=59480299;WS=59480281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,52:0.84:62
chr17	59480311	rs202026270	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	G	337.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=12.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr17	59480313	rs140392356	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	G	1203.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=13.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.11;ReadPosRankSum=0.029;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr17	59482165	rs66504335	GC	G	2417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=18;PP=1410;SC=CAGGGAGGTGGCGGCGGGGGG;SOR=0.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=32;WE=59482181;WS=59482155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	59482169	rs35619711	C	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=45.47;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	59482173	rs9891115	G	A	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=43.24;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	59485393	rs2240736	C	T	7271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=69;PP=2965;SC=GTCTAACCCTCGTCTTGTTCT;SOR=1.069;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=119;TCR=69;TR=186;WE=59485401;WS=59485383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr17	59485555	rs1057987	C	T	13059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=181;NR=161;PP=2965;SC=TCTCCCGGAGCCCCTTCCTGG;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=182;TCR=163;TR=342;WE=59485563;WS=59485545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr17	59489893	rs9907379	T	C	7015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=99;PP=2965;SC=CGGCAACTCCTCACAGGTCCA;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=64;TCR=99;TR=163;WE=59489901;WS=59489883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	59543174	.	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.660;NF=21;NR=9;PP=311;ReadPosRankSum=1.299;SC=CCCTCGGCTCCCCCAGGAGGA;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=30;WE=59543182;WS=59543164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,45:0.29:153
chr17	59560726	.	G	A	2821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=69;PP=1564;ReadPosRankSum=0.561;SC=AGAGAGCGCGGCCTCCCCCAA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=101;TCR=168;TR=110;WE=59560734;WS=59560716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,147:0.38:389
chr17	59560974	.	A	AGT	131.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=5;PP=135;SC=AAGGTATTCCAGTGTGTGTGT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=59560983;WS=59560964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	59760644	.	GAGTTAAGTATTATT	G	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.793;NF=1;NR=1;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.953;SC=CTTAGCTTGAGAGTTAAGTAT;SOR=0.313;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=2;WE=59760665;WS=59760634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr17	59760996	rs4986763	A	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=679;ReadPosRankSum=0.404;SC=CTTCAGGATCATAAAGTTCAG;SOR=0.570;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=46;WE=59761004;WS=59760986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr17	59763114	rs4988357	A	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TTAAGGAATTAATCTATACCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=59763122;WS=59763104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr17	59763347	rs4986764	A	G	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=811;ReadPosRankSum=0.608;SC=AAATAAGGTGAGGTACTGTAC;SOR=0.851;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=45;WE=59763355;WS=59763337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,56:0.64:87
chr17	59763465	rs4986765	T	C	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1309;ReadPosRankSum=1.495;SC=CAGCCAAGGATTCCAGTGCAC;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=88;WE=59763473;WS=59763455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,136:0.65:210
chr17	59853960	.	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=268;ReadPosRankSum=0.290;SC=AGTTATGCCTGAAAAAGGCAT;SOR=0.713;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=22;WE=59853968;WS=59853950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,25:0.25:100
chr17	59857809	rs4988351	C	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=307;SC=TTAGAAGAGGCTGGGCAAAGT;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=59857817;WS=59857799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	59955359	.	GC	G	3426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.401;NF=10;NR=41;PP=1831;ReadPosRankSum=1.822;SC=TAACACTTCCGCATATGGTAT;SOR=0.726;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=26;TCR=113;TR=51;WE=59955367;WS=59955349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,110:0.34:324
chr17	59955426	rs606072	T	G	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=86;PP=2667;SC=ACTTGTGTGTTATTTACTGGG;SOR=1.256;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=130;WE=59955434;WS=59955416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	60002219	.	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.790;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TAAGAGTAGAGGAGAATTCAA;SOR=0.122;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=12;WE=60002227;WS=60002209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr17	60043884	rs671347	G	A	8486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=115;NR=92;PP=2965;SC=CATTGTTACCGTCAGCTGCCT;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=115;TCR=92;TR=207;WE=60043892;WS=60043874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr17	60070111	rs11375626	G	GT	392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=399;SC=GATTCTTACAGTAACAAGTAA;SOR=1.445;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=60070119;WS=60070101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	60070140	rs11375627	C	CT	128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=99;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=7;PP=158;SC=CTTATTATTACTTTTTTTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=60070148;WS=60070130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	60109036	rs117059497	C	T	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=884;ReadPosRankSum=0.642;SC=AACCAATTACCTTTGTGACTA;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=56;WE=60109044;WS=60109026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,89:0.65:136
chr17	60142710	.	G	GC	238.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=45;PP=2517;SC=AGGCCGCCGGGCGCCCGCCCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=45;WE=60142718;WS=60142700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	60215601	.	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.124;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.204;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=-1.463;SC=CGGCGGGCAGGGGTAGGTGCG;SOR=2.409;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=10;WE=60215609;WS=60215591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr17	60215748	rs11079465	T	C	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=62;SC=CAGCTCCCGGTGCAGCTCGGC;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=60215756;WS=60215738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	60217236	rs56068498	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.883;NF=7;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GGCGTTGTACATGTCCAGCGT;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=15;WE=60217244;WS=60217226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr17	60217376	.	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQRankSum=0.464;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr17	60217696	.	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.286;NF=18;NR=16;PP=311;ReadPosRankSum=-0.306;SC=ATCCTTGACCCCCATCTGGAC;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=34;WE=60217704;WS=60217686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,44:0.31:140
chr17	60324448	rs12325728	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=0.273;SC=GGATGCCTTACTTCCTCCAGA;SOR=0.711;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=22;WE=60324456;WS=60324438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,42:0.41:102
chr17	60324593	rs11079467	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.13;MQRankSum=-2.659;NF=2;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.301;SC=CTATTTTGTGCTTTTCTTGCC;SOR=0.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=8;WE=60324601;WS=60324583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr17	60360238	rs10163525	A	G	11638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=103;PP=2965;SC=GGTAGTAAGGATGAACATTCC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=85;TCR=103;TR=185;WE=60360246;WS=60360228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr17	60360261	rs62069132	T	C	10548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=98;PP=2341;SC=TTGTAGATGGTGAAGAGGAGC;SOR=0.993;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=60;TCR=99;TR=158;WE=60360269;WS=60360251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	60363906	rs202158824	G	T	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.49;QD=31.70;SOR=6.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	60363941	rs148555715	G	C	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.93;QD=32.28;SOR=7.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	60364233	rs4968513	A	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.247;NF=7;NR=29;PP=590;ReadPosRankSum=-0.739;SC=ATGTCCTATAATCCAATCAGA;SOR=0.413;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=36;WE=60364241;WS=60364223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr17	60365992	rs149569922	C	G	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.67;QD=32.46;SOR=5.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	60366741	rs2668983	C	G	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=51;PP=1571;SC=AGGACAGATACGAATGTGTTA;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=93;WE=60366749;WS=60366731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	60366787	rs200284807	CT	C	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=8.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQRankSum=-4.015;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr17	60366800	rs11658000	T	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=6.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQRankSum=-2.476;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.259;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr17	60369283	rs143698032	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.58;MQRankSum=-4.030;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr17	60369419	.	G	A	790.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=12.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.72;MQRankSum=1.831;QD=21.37;ReadPosRankSum=0.523;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,34:0.92:37
chr17	60374173	rs202112984	CT	C	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-1.089;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr17	60374341	.	G	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.82;MQRankSum=-1.605;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,42:0.28:152
chr17	60464688	rs9909704	C	T	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=16;PP=799;SC=AATATTTTCACATCTTTCCTC;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=60464696;WS=60464678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	60472623	rs11079476	C	T	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=32;PP=1113;SC=CAGTCAGCTCCCACTAACATC;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=60472631;WS=60472613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	60491298	rs9913294	G	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=53.28;MQRankSum=-0.260;NF=1;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=-0.241;SC=AAAACCAAGAGAATTTTTATC;SOR=1.460;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=60491306;WS=60491288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr17	60503892	rs2543409	A	G	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=78;PP=2353;SC=AGTGTTCTTCAAAGAGCCTTG;SOR=1.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=34;TCR=79;TR=112;WE=60503900;WS=60503882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	60503921	rs2319055	T	C	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.09;QD=31.94;SOR=3.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	60526161	.	C	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.688;NF=9;NR=22;PP=369;ReadPosRankSum=0.268;SC=AATTGTAGCACTGGGCGTGGT;SOR=0.619;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=31;WE=60526169;WS=60526151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,45:0.33:136
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chr17	60613749	.	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr17	60651884	rs11314763	GT	G	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.878;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.118;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr17	60654358	.	G	C	200	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=70;MMLQ=21;MQ=57.33;NF=2;NR=9;PP=200;QD=21.3428375043;SC=GAGTCTCACTGTGTCTCCCAG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=11;WE=60654366;WS=60654348;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,11:0.44:25
chr17	60657334	rs12451705	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr17	60683503	rs8078132	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.878;QD=7.04;ReadPosRankSum=-2.158;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr17	60741917	rs2014055	G	A	9229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr17	60742348	rs2252814	G	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=63;PP=1736;SC=TGGGGTCCCCGATGTCCAGGG;SOR=1.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=81;WE=60742356;WS=60742338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	60743546	.	GG	AT	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=1560;ReadPosRankSum=0.457;SC=GCACCAGCACGGGCCGCGAGG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=78;TCR=97;TR=56;WE=60743555;WS=60743536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,84:0.30:283
chr17	60748926	rs729647	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	60758273	rs2245463	G	C	6638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=70;PP=2613;SC=AGCTGACCTCGGTGCACAGCC;SOR=0.945;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=162;WE=60758281;WS=60758263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr17	60759340	rs2429389	A	G	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.79;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	60759347	rs2460300	A	G	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	60766224	rs2465430	A	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=19;PP=749;SC=CCAGCTGTGCAGTGGTCCTGC;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=45;WE=60766232;WS=60766214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	60766483	rs2465429	A	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=11;PP=288;SC=TGGAAAAGCAATAGCACCCAC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=60766491;WS=60766473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	60767015	rs2429387	G	A	6768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=81;PP=2965;SC=TGTGAGAGCCGCAATGCCAGC;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=103;TCR=81;TR=182;WE=60767023;WS=60767005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr17	60767151	rs740698	C	T	8406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=116;PP=2965;SC=GCCCTGGGCCCCAGCCTTGCC;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=112;TCR=119;TR=227;WE=60767159;WS=60767141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr17	60767461	rs2465426	C	G	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=22;PP=1014;SC=CATGGGCAAGCTGTCGGTGGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=60767469;WS=60767451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	60767953	rs11357719	GC	G	3050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=32;PP=1225;SC=GGGGGACTCTGCCCCCCCCGG;SOR=1.146;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=53;WE=60767961;WS=60767943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	60768243	rs2465425	A	G	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=41;PP=2219;ReadPosRankSum=-1.073;SC=TCTAGAACACACCTGCTCTCC;SOR=0.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=81;TCR=41;TR=120;WE=60768251;WS=60768233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr17	60778932	rs2251393	G	A	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=4;PP=274;SC=AGAGTGGCACGAGGTGAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=60778940;WS=60778922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	60779025	rs2251391	A	G	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=21;PP=929;SC=AAGGGCTGGCAGGAGAGGTCT;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=60779033;WS=60779015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	60824224	rs17746153	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=-0.189;SC=CACTGCATTCACCTTCACAGG;SOR=0.317;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=16;WE=60824232;WS=60824214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr17	60824239	.	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=-1.502;SC=CACAGGGAGGGATGCTTCTGC;SOR=0.502;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=17;WE=60824247;WS=60824229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr17	61315272	rs2460111	G	A	5843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=66;PP=2653;SC=AACCTTGGCAGTCTCAAAAAT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=157;WE=61315280;WS=61315262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	61432774	rs4968765	A	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=413;SC=TCTGTGATAAACAATTCTGAG;SOR=2.387;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=61432782;WS=61432764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	61457217	rs8065950	G	C	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=70;PP=2115;SC=CCATTTTTCCGCCATCTCTAG;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=40;TCR=71;TR=109;WE=61457225;WS=61457207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	61473325	rs2270133	C	A	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	61512629	.	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=193;ReadPosRankSum=0.981;SC=GAGACGGTTCCGGGACAGGGC;SOR=0.648;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=18;WE=61512637;WS=61512619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr17	61515421	.	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=299;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TGAGGCAGAGGTCTCAAGTCT;SOR=0.780;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=19;WE=61515429;WS=61515411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr17	61548918	rs4277405	C	T	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=46;PP=2462;SC=GGGAGCCCTGCCATGCCATGT;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=87;TCR=46;TR=133;WE=61548926;WS=61548908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	61548948	rs4459609	C	A	6435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=72;PP=2803;SC=TATAGTATATCTATGCCCAGC;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=161;WE=61548956;WS=61548938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	61549420	.	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=260;ReadPosRankSum=-0.138;SC=AGACCAGCAAGAAGATCACCA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=24;WE=61549428;WS=61549410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr17	61556298	rs4295	C	G	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=38;PP=1857;SC=GCTCCTCCTTCTAGCAGCGAG;SOR=1.102;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=98;WE=61556306;WS=61556288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	61556527	rs4296	A	G	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=57;PP=1667;SC=GCTGCACTCCAGACCATGCAG;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=83;WE=61556535;WS=61556517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	61557200	rs4298	C	T	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=536;ReadPosRankSum=0.657;SC=GCTGGCACAACGCTGCGGGCA;SOR=0.985;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=157;TCF=73;TCR=84;TR=47;WE=61557208;WS=61557190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,88:0.33:269
chr17	61557804	.	C	T	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=676;ReadPosRankSum=2.058;SC=ACCTGAACCTCCATGCCTTCG;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=217;TCF=108;TCR=109;TR=62;WE=61557812;WS=61557794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,100:0.26:392
chr17	61560763	rs4311	T	C	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=44;PP=2169;SC=TCTACAAAAGTTAAATCCATC;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=111;WE=61560771;WS=61560753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	61560986	rs4312	A	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=-1.593;SC=TCCTCCTGTGATCCTAGCTGC;SOR=0.027;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=18;WE=61560994;WS=61560976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr17	61561017	rs4313	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.396;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=244;ReadPosRankSum=1.628;SC=GGGCTTGTCCCCATGCTCCTC;SOR=0.209;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=15;WE=61561025;WS=61561007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr17	61562309	rs4316	C	T	3071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TGCTGGTCCCCAGCCAGGAGG;SOR=0.587;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=162;TCF=93;TCR=69;TR=86;WE=61562317;WS=61562299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,140:0.57:245
chr17	61562553	rs4320	G	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=937;ReadPosRankSum=-0.244;SC=AACCTGGAGAGGGGAGGCAGA;SOR=0.428;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=48;WE=61562561;WS=61562543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,65:0.68:96
chr17	61562774	rs4321	T	C	6007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=99;PP=2767;ReadPosRankSum=1.123;SC=AGCATGTGCATACACACAGAG;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=254;TCF=106;TCR=148;TR=166;WE=61562782;WS=61562764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,272:0.68:402
chr17	61564052	rs4331	A	G	4123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=65;PP=1601;ReadPosRankSum=-0.170;SC=AACGGGCAGCACTGCCTGCCC;SOR=0.840;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=175;TCF=72;TCR=103;TR=105;WE=61564060;WS=61564042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,198:0.63:312
chr17	61564281	rs4332	T	C	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.497;SC=GGCCTGGGGGTAGTGCAGGCC;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=64;WE=61564289;WS=61564271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,81:0.81:100
chr17	61564522	rs4333	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=444;ReadPosRankSum=0.177;SC=CAGAGTTGGGTTCCCCTCGCT;SOR=0.283;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=21;WE=61564530;WS=61564512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr17	61565990	rs4341	G	C	3328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.07;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,85:0.54:158
chr17	61565998	rs4342	A	C	3522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.72;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,95:0.56:170
chr17	61566031	rs4343	G	A	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,114:0.55:208
chr17	61570815	.	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=-0.407;SC=AGTGCACCACCGTGAACTTGG;SOR=0.648;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=12;WE=61570823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr17	61571516	rs150234417	AGT	A	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.404;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr17	61573761	rs4362	T	C	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,164:0.57:289
chr17	61574492	rs4363	G	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=322;ReadPosRankSum=1.191;SC=CTTGCTTCCCGCTCAGCTCGC;SOR=0.783;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=29;WE=61574500;WS=61574482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr17	61600717	rs71376915	A	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=438;ReadPosRankSum=0.908;SC=CCGAGGACAGACGGAGACGCC;SOR=0.400;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=29;WE=61600725;WS=61600707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr17	61607440	rs80311894	T	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.868;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr17	61611423	rs7225568	T	C	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=37;PP=1539;ReadPosRankSum=-1.577;SC=TGCTCAGCGATCAGGACGAAT;SOR=0.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=102;TCR=64;TR=94;WE=61611431;WS=61611413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,72:0.58:124
chr17	61615371	rs4465659	T	G	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1429;ReadPosRankSum=1.800;SC=GGTAAGCCCTTGGTGGTGTGG;SOR=0.849;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=85;TCR=45;TR=85;WE=61615379;WS=61615361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,115:0.68:169
chr17	61615660	rs148485289	T	TG	1403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.314;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=1018;ReadPosRankSum=2.426;SC=GCCCCGGGCGTGGGGGGGAGC;SOR=1.162;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=15;TCR=56;TR=41;WE=61615668;WS=61615650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
chr17	61621330	rs76957877	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=0.023;SC=GGCTGCAGCTCCCTGGGCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=61621338;WS=61621320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	61621805	rs8070334	T	G	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=864;ReadPosRankSum=0.107;SC=TGGGGGCTGGTCATGGGTAGC;SOR=0.521;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=49;WE=61621813;WS=61621795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,73:0.65:113
chr17	61622589	.	G	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=463;ReadPosRankSum=0.190;SC=CGAGTCCAGGGCCCAGGCTGC;SOR=0.895;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=39;WE=61622597;WS=61622579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,75:0.33:229
chr17	61623052	rs35819807	C	T	5755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=77;PP=2259;ReadPosRankSum=-1.197;SC=GCTGTGGCAACGGACAAAACT;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=272;TCF=151;TCR=121;TR=168;WE=61623060;WS=61623042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,278:0.62:452
chr17	61660889	rs66502552	CG	C	6235.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=57;PP=2972;SC=TTAGCCGGGCCGGGGGGTGGC;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=98;WE=61660897;WS=61660879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	61710010	rs6504171	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=321;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GTATTTAAGTGTCTTAGTCCA;SOR=0.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=23;WE=61710018;WS=61710000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr17	61729882	rs8080211	A	G	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=799;ReadPosRankSum=0.192;SC=TTTTAAGTATACAATTAACCA;SOR=0.957;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=45;WE=61729890;WS=61729872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr17	61735056	rs6504173	T	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=341;ReadPosRankSum=-1.118;SC=TTCCTCCAAATGTATTTTTAT;SOR=1.697;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=19;WE=61735064;WS=61735046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr17	61744263	.	A	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=1.134;SC=CTGACTGTGTAAAGATGTAGC;SOR=0.592;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=15;WE=61744271;WS=61744253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr17	61763031	rs11658329	G	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=0.637;SC=GTTAGCTCTGGAGGCCCAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=14;WE=61763039;WS=61763021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr17	61766880	rs1877316	C	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=740;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GACTTGCTCTCCTCTGGCCCT;SOR=1.207;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=51;WE=61766888;WS=61766870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,76:0.60:126
chr17	61769456	rs7211213	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GACTCCCCTTTGCTAAATCCT;SOR=0.385;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=9;WE=61769464;WS=61769446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr17	61776479	rs1877317	T	C	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=30;PP=1218;SC=AGGCCCTGGATCAGGGCTGCA;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=61776487;WS=61776469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	61776538	rs3817181	G	C	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=718;ReadPosRankSum=1.848;SC=AAAGGGGGCCGGCAAACTCTG;SOR=0.806;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=49;WE=61776546;WS=61776528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,85:0.71:120
chr17	61781331	rs3830487	T	TAGAACC	5178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=4.114;NF=8;NR=33;PP=2412;ReadPosRankSum=0.300;SC=GAACCAGAACTAGAACCAGAA;SOR=0.655;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=133;TCF=28;TCR=105;TR=41;WE=61781339;WS=61781321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,138:0.40:344
chr17	61781980	rs66871703	TG	T	1268.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.94;ReadPosRankSum=1.972;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,37:0.90:41
chr17	61781984	rs372457035	G	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.32;ReadPosRankSum=1.155;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr17	61782325	rs9897229	T	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	61783908	rs3817182	A	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=84;SC=TAGTATTCCTAGTCTGTGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=61783916;WS=61783904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	61790917	rs16947051	G	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=390;ReadPosRankSum=0.330;SC=CCATACGCAAGGACAAGAACA;SOR=0.920;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=112;TCF=35;TCR=77;TR=40;WE=61790925;WS=61790907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,52:0.36:145
chr17	61805607	rs2137144	G	A	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=36;PP=1476;SC=CGACCCTCACGTAGAAAACCA;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=61805615;WS=61805597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	61805747	rs4968597	G	A	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=882;SC=TACTGTGTAGGCCTACTTCAG;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=61805755;WS=61805737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	61829157	rs11283431	A	ATAGTGTT	2008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=5;PP=1780;SC=ATTCTTCTTTATAGTGTTATC;SOR=3.160;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=29;WE=61829165;WS=61829147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	61829741	.	G	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.776;NF=14;NR=5;PP=210;ReadPosRankSum=-1.546;SC=GTTCATCAGGGGTAGCAGTGC;SOR=0.947;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=19;WE=61829749;WS=61829731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr17	61829989	rs3785572	C	T	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=18;PP=714;SC=TAAGCAAGCACAGGCTTATAG;SOR=0.929;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=39;WE=61829997;WS=61829979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	61833795	rs75208831	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=37;PP=1025;ReadPosRankSum=0.025;SC=AGACACAGTTCTACGTATATT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=138;TCR=107;TR=85;WE=61833803;WS=61833785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,116:0.32:363
chr17	61838196	rs374704881	CA	C	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.050;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr17	61838259	rs11654841	G	A	3771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=41;PP=1984;SC=GAAAACCAGCGGGAAGAATAC;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=100;WE=61838267;WS=61838249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	61877666	rs3833115	AAT	A	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.750;NF=13;NR=1;PP=553;ReadPosRankSum=1.345;SC=TGTTCTTCTGAATATTGCTAT;SOR=2.765;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=14;WE=61877675;WS=61877656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr17	61884120	rs2251164	G	A	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=21;PP=492;SC=GTAGAACCTTGTTGATAAGGA;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=61884128;WS=61884110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	61888693	rs2584629	T	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=435;SC=GGGATAGACGTAACAAGACTG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=61888701;WS=61888683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	61889213	rs3217509	G	GA	5143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=49;PP=2936;SC=GATGCAGGTAGAAATATAATG;SOR=0.969;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=88;WE=61889221;WS=61889203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	61892862	rs2247435	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.570;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr17	61898063	rs3833114	C	CGCTTGAACCTGGAAGACGG	994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=2037;SC=CAAGGAGAATCAGGCTGCAGT;SOR=1.127;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=61898071;WS=61898053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	61898135	rs2665836	C	A	930.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;MQRankSum=-0.342;QD=18.24;ReadPosRankSum=-1.768;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,44:0.86:51
chr17	61901197	rs2727288	T	A	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr17	61901439	rs2584627	T	C	6379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=86;PP=2965;SC=CCCAGCTCCTTTCACCTCTTC;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=80;TCR=86;TR=166;WE=61901447;WS=61901429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	61901641	rs894407	T	C	10235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=71;PP=2965;SC=TTCCCAGACTTTTCCCCTGGA;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=83;TCR=72;TR=154;WE=61901649;WS=61901631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	61901657	rs894406	A	G	11228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=80;PP=2965;SC=CTGGACACCCAGTCCACACCT;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=94;TCR=80;TR=174;WE=61901665;WS=61901647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr17	61901880	rs752621	G	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=374;ReadPosRankSum=0.764;SC=TAAATCAAAAGGCTCAGGCCC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=32;WE=61901888;WS=61901870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr17	61902822	rs716880	C	G	9269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.03;NF=136;NR=94;PP=2965;SC=AATTAGTTGACGCACTCTGCA;SOR=0.956;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=137;TCR=94;TR=230;WE=61902830;WS=61902812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr17	61903445	rs2584625	G	C	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=15;PP=1208;SC=GTGATGTCCTGCTGGAGAGTC;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=61903453;WS=61903435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	61904337	rs141581810	TCCACTTCCAGTTTC	T	2309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	61904465	rs28362566	C	CG	299.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=115;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=296;SC=ATGCAGCTAACTACTTCCGCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=61904473;WS=61904455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	61904724	rs2665834	T	C	5402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	61904728	rs2727287	G	A	5513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.08;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	61906679	rs2584623	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=0.765;SC=AGGTCCAGAGGGACTCTTGAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=61906687;WS=61906669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr17	61906846	rs2665833	T	C	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	61908055	rs55833669	CT	C	970.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.74;ReadPosRankSum=1.524;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr17	61908271	rs968719	C	T	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=54;PP=2102;SC=TGGCTCTGAACTGGTACAGAA;SOR=0.803;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=104;WE=61908279;WS=61908261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	61908316	rs7220892	G	A	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=888;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CTAGCAATGTGAGAAGCAAGA;SOR=1.125;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=53;WE=61908324;WS=61908306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,86:0.69:125
chr17	61908556	rs13030	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=779;ReadPosRankSum=1.096;SC=TCAACCAGCTCGACGGCTTTG;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=57;WE=61908564;WS=61908546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,89:0.39:231
chr17	61912261	rs2665832	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=287;SC=CCTGGAGCTCCGGATACTGAA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=61912269;WS=61912251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	61913094	.	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr17	61950184	rs201529264	C	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	61957961	.	C	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.450;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=519;ReadPosRankSum=-0.692;SC=TTCCTCCCTCCCCTCCAGGTT;SOR=1.727;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=34;WE=61957969;WS=61957951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr17	61958669	rs2006123	G	T	8041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GCGGGGGAAAGTCACCCCTTC;SOR=0.762;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=418;TCF=228;TCR=190;TR=251;WE=61958677;WS=61958659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,387:0.60:650
chr17	61986027	rs2854152	A	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.224;NF=17;NR=1;PP=354;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CTTACACCAAATTACCCCAAT;SOR=1.981;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=18;WE=61986035;WS=61986017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr17	61987405	rs2006122	A	T	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.091;SC=ATGAAGAATAAGGTGAGTTCT;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=74;WE=61987413;WS=61987395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,100:0.69:144
chr17	61996228	rs11568827	AC	A	5607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.749;NF=22;NR=61;PP=2904;ReadPosRankSum=0.468;SC=CCCTTTTTATACCCTGGCCCC;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=37;TCR=100;TR=83;WE=61996236;WS=61996218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,187:0.58:323
chr17	61996255	rs2005172	A	C	4266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.938;QD=12.37;ReadPosRankSum=-1.892;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,205:0.59:345
chr17	62006497	rs1051684	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=258;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TGGGGGGTCCAGGAAAGGGGT;SOR=0.452;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=18;WE=62006505;WS=62006487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr17	62006601	.	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=283;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CCTGGCCTGGGTGCTCACCTA;SOR=0.737;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=21;WE=62006609;WS=62006591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,32:0.27:120
chr17	62007498	rs2070776	A	G	4247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=52;PP=1940;ReadPosRankSum=-1.062;SC=ACTTCTGCTGACAGAAGTAGA;SOR=0.888;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=214;TCF=121;TCR=93;TR=128;WE=62007506;WS=62007488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,204:0.59:348
chr17	62020348	rs2058194	T	C	3665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=57;PP=1484;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TGGCTCTGGTTGTCTGTCTCC;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=190;TCF=98;TCR=92;TR=115;WE=62020356;WS=62020338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,174:0.61:284
chr17	62020563	.	CAGAGATGACAG	C	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=1853;ReadPosRankSum=2.292;SC=ACAGAGATGACAGAGATGACA;SOR=0.984;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=29;WE=62020585;WS=62020553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr17	62022659	rs58028318	A	AG	1292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=7;PP=1321;SC=GTACAACGAGAGGACCGGGGT;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=31;WE=62022667;WS=62022649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	62041068	rs6504191	T	C	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=18;PP=998;SC=TCTCCGCTGCTGCTCTGCCTC;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=62041076;WS=62041058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	62041317	rs2331408	G	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=17;PP=506;SC=CAAACTTAGTGCAGGTGGGGG;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=62041325;WS=62041307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	62042078	rs2877373	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=139;SC=TCCCATGACGTCCACCTCCTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=62042086;WS=62042068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	62044016	rs78364035	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=8.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=2.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr17	62045293	rs11418006	C	CA	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-2.290;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr17	62048467	rs2302236	A	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=394;ReadPosRankSum=0.690;SC=CCAGGCCTGCACATGGTACGG;SOR=0.919;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=30;WE=62048475;WS=62048457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr17	62049235	rs9892013	A	G	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=544;SC=GCCGGCCGGGACAGGCATGTC;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=62049243;WS=62049225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	62049738	rs41280108	G	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=448;ReadPosRankSum=0.559;SC=TGATGGCCCCGCGCCTGACTA;SOR=0.640;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=42;WE=62049746;WS=62049728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,60:0.34:179
chr17	62075994	rs76735942	G	GA	1011.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.514;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.404;NF=14;NR=14;PP=868;ReadPosRankSum=1.593;SC=CACTGGCCGGGGGGGTTGGGG;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=28;WE=62076002;WS=62075984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr17	62076077	rs62070903	C	G	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr17	62078841	.	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GCTGTGCCCCCACCCCCACCC;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=12;WE=62078849;WS=62078831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr17	62079286	rs12939821	G	A	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=55;PP=1496;ReadPosRankSum=0.742;SC=ATCAGTCCCTGCCCCACGCCA;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=99;WE=62079294;WS=62079276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,136:0.64:211
chr17	62080969	rs4141180	A	C	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=42;PP=2426;SC=AAAGTGACTTATCACTCCCAA;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=118;WE=62080977;WS=62080959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	62082365	.	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=156;ReadPosRankSum=1.358;SC=AGGGCCCCACGATGACAGTGC;SOR=0.662;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=13;WE=62082373;WS=62082355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr17	62083929	rs6504194	A	G	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	62121480	rs196912	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=176;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GGAAGCGAGATGTGAAGTAGC;SOR=1.207;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=18;WE=62121488;WS=62121470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr17	62122145	rs196915	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=7;PP=539;SC=AAGATTTATAAAGAATGGATG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=62122153;WS=62122135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	62122677	rs196917	G	A	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=15;PP=1295;SC=AGGCGGCAGCGACTTTTGCAA;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=62122685;WS=62122667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	62123022	rs196918	C	T	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=19;PP=469;SC=CTGTTCCTCACGAAGCACAGG;SOR=3.160;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=22;WE=62123030;WS=62123012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	62125272	rs196923	A	G	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	62130129	rs74407634	C	T	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=729;ReadPosRankSum=0.151;SC=GGGCCATAGCCTATTACTCAC;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=50;WE=62130137;WS=62130119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr17	62130389	rs10689374	G	GCCT	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=403;SC=GCAACCCCAGGCCTCCTCCAA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=62130397;WS=62130379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	62130937	.	T	C	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=22;QD=28.3856062736;SC=CTCAAGTTCATTGCCTCATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=2;WE=62130945;WS=62130927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr17	62132309	rs196931	C	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=238;SC=AGGCACTGCACCCCAGACTGC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=62132317;WS=62132299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	62141455	rs187826	A	G	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=34;PP=1139;SC=CCTTGTCCCCAATGGTGACGC;SOR=0.888;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=62;WE=62141463;WS=62141445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	62145672	rs196939	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=2.792;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,32:0.30:107
chr17	62145728	rs196940	A	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.142;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr17	62152611	rs5821420	T	TA	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr17	62156923	rs78424767	A	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr17	62156933	rs196947	T	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.78;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	62157004	rs78213244	G	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=445;ReadPosRankSum=-0.154;SC=AGTACAAAAAGCAGCTAAATA;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=27;WE=62157012;WS=62156994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr17	62157142	rs75923435	T	C	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=589;ReadPosRankSum=-1.500;SC=GCCCAGGGCATGGAACAACAT;SOR=0.664;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=46;WE=62157150;WS=62157132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr17	62158012	rs196950	T	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=416;ReadPosRankSum=-1.906;SC=AGACTTTATATGTCACTCACT;SOR=0.917;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=37;WE=62158020;WS=62158002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
chr17	62158278	rs196951	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-2.962;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr17	62158300	rs196952	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=87;ReadPosRankSum=-2.404;SC=TGGGCTAGTGCACGTGAAGGT;SOR=0.779;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=10;WE=62158308;WS=62158290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr17	62175835	.	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=817;ReadPosRankSum=0.158;SC=AACATTACAAGGACAAGAATT;SOR=0.701;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=54;WE=62175843;WS=62175825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,71:0.39:182
chr17	62207498	.	A	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr17	62232046	rs10546895	AACAG	A	1442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.712;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.718;NF=13;NR=11;PP=1105;ReadPosRankSum=1.978;SC=CTGGAATTTAAACAGACCACT;SOR=0.250;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=24;WE=62232057;WS=62232036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr17	62232073	rs4968693	A	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.759;NF=17;NR=8;PP=314;ReadPosRankSum=-1.334;SC=GGATATTAATAAAAAAACCAT;SOR=0.688;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=25;WE=62232081;WS=62232063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,36:0.38:95
chr17	62232216	.	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,62:0.35:175
chr17	62248386	rs12941171	C	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=363;ReadPosRankSum=-1.160;SC=CCTCCAAACACAAAGCCATCA;SOR=1.074;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=20;WE=62248394;WS=62248376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr17	62254983	rs1967130	G	A	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=178;SC=GTCCCACATTGTATTGGTGAC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=62254991;WS=62254973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	62265838	rs36104018	TC	T	3520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=48;PP=2165;SC=GTAAGCGGACTCCCTGAGAAA;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=53;WE=62265846;WS=62265828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	62270785	rs2166290	T	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=9;PP=772;SC=GTCATGAGAATGCACATTAGG;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=62270793;WS=62270775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	62270823	rs139320354	G	GCTTCCTTC	1574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.87;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr17	62385609	rs113369705	A	AAAACAAAC	1327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=13.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.720;QD=29.51;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr17	62386078	rs28670385	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.949;NF=13;NR=19;PP=478;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GGAAAGGAAATTGGCCACTAT;SOR=0.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=32;WE=62386086;WS=62386068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr17	62401118	rs2812	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=715;ReadPosRankSum=-0.394;SC=ATACAGGGATTATCTGTTCTT;SOR=0.748;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=41;WE=62401126;WS=62401108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr17	62406971	rs2070783	A	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=425;ReadPosRankSum=1.763;SC=GGAAGAATTCATGTGAATGCA;SOR=1.115;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=30;WE=62406979;WS=62406961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr17	62462477	.	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GGCCACATTCCAGACGCATTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=62462485;WS=62462467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr17	62463825	rs199721035	T	TG	983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=850;SC=CTGAGGCAGGTGATTACTTGA;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=19;WE=62463833;WS=62463815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	62754586	rs9908143	T	C	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,81:0.31:258
chr17	62757971	.	A	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=551;ReadPosRankSum=-1.824;SC=TTCATGATTAATAGGCTAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=44;WE=62757979;WS=62757961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,54:0.44:124
chr17	62758984	rs11374577	G	GC	568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=56.12;NF=0;NR=15;PP=662;SC=TAAGTTAAAAGTAAAGCTAAT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=62758992;WS=62758974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	62760703	rs7208832	T	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr17	62782689	rs6504255	T	C	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=18;PP=1354;SC=GCATACCTGATTGTGGTGTCA;SOR=1.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=65;WE=62782697;WS=62782679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	62782790	.	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=0.154;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,52:0.24:217
chr17	62788424	.	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.351;NF=14;NR=2;PP=252;ReadPosRankSum=-2.246;SC=ATGCATGTGCATGTGTACGTG;SOR=1.038;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=16;WE=62788432;WS=62788414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr17	62796759	.	A	C	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.952;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.006;NF=43;NR=44;PP=1232;ReadPosRankSum=0.195;SC=CTCCCGCACCAGGTCCAGCCA;SOR=0.615;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=87;WE=62796767;WS=62796749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,78:0.45:174
chr17	62801318	.	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.048;NF=8;NR=22;PP=371;ReadPosRankSum=-0.683;SC=CGCGCAACCTTGGCTCACTGC;SOR=0.517;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=30;WE=62801326;WS=62801308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr17	62811364	.	A	C	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQRankSum=-3.860;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.744;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,61:0.71:86
chr17	62816557	.	A	ACTTTGTG	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.365;NF=1;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=1.087;SC=CGATCTCTTGACTTTGTGATC;SOR=0.593;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=2;WE=62816565;WS=62816547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr17	62820746	rs9915020	G	T	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.524;NF=39;NR=18;PP=939;ReadPosRankSum=1.148;SC=ATCTCACTTGGGGGTGACAGC;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=57;WE=62820754;WS=62820736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,64:0.64:100
chr17	62855003	.	T	TA	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,29:0.18:160
chr17	62924044	rs6504263	G	A	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=36;PP=903;SC=ATACACTTACGTTACAAATTC;SOR=4.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=39;WE=62924052;WS=62924034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	62952689	rs3960389	C	G	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.23;QD=26.13;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	63052344	rs12945514	G	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=8;PP=798;SC=GCGACACAGCGGACCAGGGCG;SOR=1.044;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=36;WE=63052352;WS=63052334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	63052361	rs7216195	C	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=10;PP=689;SC=GGCGGTGCCCCGCCCCGCACC;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=39;WE=63052369;WS=63052351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	63133804	rs2585858	A	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=27;PP=960;SC=AGGAGTGGAGAGCACCCCTTT;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=63133812;WS=63133794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	63157035	.	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-0.101;SC=AAGGTATGGAGGTGCTTTTAA;SOR=0.604;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=10;WE=63157043;WS=63157025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr17	63185522	.	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=0.995;SC=GCTTGGTAATGAAATGAAAAC;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=20;WE=63185530;WS=63185512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
chr17	63532767	rs28684769	C	G	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.28;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,51:0.75:68
chr17	63532914	rs28760438	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=298;ReadPosRankSum=0.083;SC=CTGCAAAAACAGCCATTCCCA;SOR=0.132;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=22;WE=63532922;WS=63532904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr17	63533768	rs1133683	G	A	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=682;ReadPosRankSum=0.485;SC=AGCGGGAGCGGGGGCTATAGC;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=41;WE=63533776;WS=63533758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,54:0.65:83
chr17	63533789	rs9915936	T	C	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=469;ReadPosRankSum=1.299;SC=GGCCTACGCCTGGAGACTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=40;WE=63533797;WS=63533779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,62:0.66:94
chr17	63534250	rs8078753	T	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=588;ReadPosRankSum=-0.284;SC=ACGCACCCCATGCACATGCGC;SOR=0.705;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=37;WE=63534258;WS=63534240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr17	63534538	rs4541111	C	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=447;ReadPosRankSum=-0.219;SC=GAGCTTCCCGCACCAGGCGCT;SOR=0.205;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=26;WE=63534546;WS=63534528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr17	63554591	rs2240308	G	A	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=516;ReadPosRankSum=0.316;SC=GAAGAGACAGGCATGGGTTTG;SOR=0.566;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=69;TCR=99;TR=47;WE=63554599;WS=63554581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,94:0.34:278
chr17	63633073	rs2107654	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=0.369;SC=AGCACTGGGATGAGAAGGGGG;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=63633081;WS=63633063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr17	63739352	rs12948946	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=1.079;SC=TGAAAACAGCATGCTATAACT;SOR=0.949;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=12;WE=63739360;WS=63739342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,18:0.25:73
chr17	63822357	rs62065084	T	C	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,70:0.65:107
chr17	64001925	rs1015098	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=283;ReadPosRankSum=1.004;SC=ATTGGAAGACGAGTAAAGTTT;SOR=0.931;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=20;WE=64001933;WS=64001915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr17	64002046	rs3055984	A	AATACT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr17	64023483	rs11079627	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=1.663;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr17	64023493	rs35334393	T	TA	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=2.683;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr17	64023624	rs17704679	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr17	64023642	rs11079628	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=0.424;SC=ATGTGTTTTAAATGACTTTTC;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=10;WE=64023650;WS=64023632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
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chr17	64024255	rs56239919	A	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=151;SC=CTACATCTCAAAGCATCAATC;SOR=1.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=64024263;WS=64024254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	64024303	rs4277386	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-0.434;SC=TATACAATGCGATAAAAGAAT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=7;WE=64024311;WS=64024293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr17	64024340	rs9901053	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=129;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CATTTCTGAGTTTTATTTTTT;SOR=0.821;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=14;WE=64024348;WS=64024330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr17	64024375	rs9899985	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=0.749;SC=TGATACATCTGAATCAAGAAA;SOR=0.706;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=14;WE=64024383;WS=64024365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr17	64025069	rs11079632	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	64025331	rs11652766	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,13:0.19:67
chr17	64025435	rs60700240	T	TTAATCA	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=215;ReadPosRankSum=0.842;SC=ATGAAATTTTTTAATCAGCTA;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=64025443;WS=64025425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr17	64025926	rs9908964	G	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=546;SC=GCAGATAACTGATACAGTTAA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=64025934;WS=64025920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	64049733	rs1401049	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.010;NF=21;NR=11;PP=381;ReadPosRankSum=1.851;SC=GTAGGAAGGTAAAGTTTTTCT;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=32;WE=64049741;WS=64049723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr17	64050007	rs11079637	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=339;ReadPosRankSum=-1.031;SC=GCTACATCAGGAAATCAAGAG;SOR=1.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=17;WE=64050015;WS=64049997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr17	64050062	rs1401048	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-1.021;SC=GTAATTCAGCGGAAAAAATGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=64050070;WS=64050052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr17	64062830	rs908713	T	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=12;PP=682;SC=ATCAAATTTTTTTCTCCACAT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=39;WE=64062838;WS=64062820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	64173170	rs2159557	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,38:0.32:119
chr17	64179537	rs77237016	T	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	64208230	rs6933	G	A	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=40;PP=1541;SC=GTGACATTTTGTGTGGAATCT;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=64208238;WS=64208220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	64208396	rs1558359	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=558;SC=TACATTTTACGAGTATATAGA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=64208404;WS=64208386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	64210528	rs1544556	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-1.670;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr17	64210757	rs4581	C	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=326;ReadPosRankSum=-1.891;SC=TTCACAGGTACTTTACAAGAT;SOR=0.752;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=24;WE=64210765;WS=64210747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr17	64213104	rs2041398	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=2.148;SC=TTTATTCAATAAGACATATTA;SOR=0.714;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=19;WE=64213112;WS=64213094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr17	64216644	rs3744317	G	A	4461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=40;PP=2236;SC=GCCCTACCATGCGTATTTTGT;SOR=1.423;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=85;TCR=40;TR=124;WE=64216652;WS=64216634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	64637666	rs80025683	C	T	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1118;ReadPosRankSum=-1.783;SC=GGCTCAGTAACTTTTCAACAC;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=71;WE=64637674;WS=64637656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,109:0.75:145
chr17	64684265	rs17689224	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=0.588;SC=ACTCCTGTAGCGCTTTGCTTG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=9;WE=64684273;WS=64684263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr17	64685078	rs2227857	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=0.238;SC=GGTACAAGTTGCTTAACCAAG;SOR=0.357;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=24;WE=64685086;WS=64685068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr17	64731813	rs3889874	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=39;ReadPosRankSum=0.694;SC=CGATGCAGTACCCAGCTCTCA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=5;WE=64731821;WS=64731803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr17	64735035	rs5821506	C	CT	4003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.239;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.225;NF=14;NR=62;PP=2478;ReadPosRankSum=0.297;SC=TGGAAACTTCCTTTTTTCCCC;SOR=0.597;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=15;TCR=69;TR=76;WE=64735043;WS=64735025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,163:0.98:166
chr17	64735157	rs9892696	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-2.162;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr17	64783081	rs6504459	G	A	6687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=79;PP=2741;SC=GGCTGTTTCTGTCTGCAAAGG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=160;WE=64783089;WS=64783071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	64785191	rs11420909	T	TG	1000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=663;SC=AGGAGGCCGGTGCCCCTGGCT;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=64785199;WS=64785181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	64873552	rs11652480	G	A	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=2.509;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,152:0.62:247
chr17	64875035	rs2286676	C	T	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	64875241	.	G	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=-2.263;SC=GCAGAGGGAAGAGTCAGTGTG;SOR=0.313;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=8;WE=64875249;WS=64875231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr17	64881075	rs2286678	A	G	10988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=155;PP=2965;SC=CAGCGAGCCCATCCTCTGCTG;SOR=0.803;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=291;TCF=135;TCR=156;TR=290;WE=64881083;WS=64881065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr17	64961274	.	C	CCACACACA,CCACA	608	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0,0;NR=28,28;PP=343,608;QD=13.3571428571;SC=CCCCTCGCCGCCCCACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=3;TCR=70;TR=28,28;WE=64961285;WS=64961264;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.38:73
chr17	64961275	.	C	CA	1363.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.27;ReadPosRankSum=1.874;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr17	64961276	.	C	A	1568	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=14;NR=66;PP=1568;QD=20.0346401568;SC=CCTCGCCGCCCCACACACACA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=14;TCR=70;TR=80;WE=64961285;WS=64961264;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,80:0.95:84
chr17	64961276	.	C	CACA,CACACACA	1716.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=71.53;ReadPosRankSum=2.067;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,16,6:0.67,0.25:24
chr17	65026515	rs2240648	A	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=446;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TGCCCGTCCCACTGTGGGTCT;SOR=0.919;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=32;WE=65026523;WS=65026505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr17	65026886	rs11649752	C	T	5093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=86;PP=2259;ReadPosRankSum=1.114;SC=CAAGGTCCACCGAGGCCTCGC;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=227;TCF=98;TCR=129;TR=148;WE=65026894;WS=65026876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,229:0.67:343
chr17	65041073	rs16960487	G	A	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.658;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=56;PP=1015;ReadPosRankSum=0.696;SC=TGGCAAAGTTGCCCTTGCGAA;SOR=0.894;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=273;TCF=93;TCR=180;TR=79;WE=65041081;WS=65041063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,119:0.30:393
chr17	65051180	rs2363844	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.746;NF=21;NR=9;PP=273;ReadPosRankSum=-1.583;SC=AAGAGCTCCCATGCTGAGGCC;SOR=0.939;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=30;WE=65051188;WS=65051170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,40:0.25:160
chr17	65052304	rs1799938	G	A	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:341,125:0.27:466
chr17	65104743	rs11653020	G	A	4743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=51;PP=1867;SC=TGGGTATGGAGCGCTGCCCTG;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=107;WE=65104751;WS=65104733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	65116491	rs12709454	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	65119931	.	CTG	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
chr17	65147231	.	G	A	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1446;ReadPosRankSum=1.714;SC=CGATGTTTAAGAATATCTTCT;SOR=0.697;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=235;TCF=116;TCR=119;TR=98;WE=65147239;WS=65147221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,164:0.42:387
chr17	65156919	.	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr17	65337094	.	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-2.941;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr17	65341976	rs62086002	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=2.151;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr17	65362389	.	C	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=405;ReadPosRankSum=0.885;SC=TGGGGTCTCCCACTCGTGCAG;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=25;WE=65362397;WS=65362379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr17	65362552	rs11079691	T	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=2.860;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,109:0.25:437
chr17	65528801	rs2304278	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=461;SC=ATGTGGCTGCCTTCTCTTCTC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=65528809;WS=65528791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	65548540	rs2916133	G	T	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=52;PP=1516;SC=GATTTACAGTGGATTATCCAA;SOR=1.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=77;WE=65548548;WS=65548530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	65549847	rs2570046	A	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=190;SC=GAATAATTCCAAGTCAGAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=65549855;WS=65549837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	65574283	rs2570035	A	G	4419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=70;PP=2293;ReadPosRankSum=0.171;SC=GCTAATGAAAATTTGCTTTTC;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=219;TCF=117;TCR=102;TR=154;WE=65574291;WS=65574273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,205:0.67:306
chr17	65574437	rs8082003	A	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,19:0.16:116
chr17	65665608	rs36013607	AT	A	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.668;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr17	65689053	rs147971105	G	GT	882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=6.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=2.413;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,52:0.67:78
chr17	65714232	rs3760224	C	G	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.376;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=1010;ReadPosRankSum=0.058;SC=GGGAGCGCCCCGACTGCCTTC;SOR=0.841;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=222;TCF=96;TCR=126;TR=78;WE=65714240;WS=65714222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,120:0.32:374
chr17	65714359	rs3760226	G	A	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=43;PP=1240;SC=AGTGAGGTCTGGAATCTGGCT;SOR=3.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=47;WE=65714367;WS=65714349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	65718798	rs5821454	TA	T	62.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=60;SC=GAAATTTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=65718806;WS=65718788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	65718839	rs999043	C	T	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=143;SC=GTTGCCCTGTCACCCAGGCTT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=65718847;WS=65718829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr17	65722849	rs3744268	G	A	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=31;PP=774;SC=TTTTCATTTCGTTATTACCCA;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=65722857;WS=65722839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	65730259	rs80229149	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-1.508;SC=TTAATTGTTATTCCTGGTTCA;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=65730267;WS=65730254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr17	65730404	rs4790943	G	A	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=22;PP=876;SC=ATATTTAACTGTAACTCCCCC;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=49;WE=65730412;WS=65730394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	65732093	rs3760227	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr17	65732959	rs7223990	A	G	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=5;PP=168;SC=TATCCTTACAACTCTTAGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=65732967;WS=65732949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	65733119	rs3752647	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-2.059;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr17	65734514	rs1542610	A	G	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=68;PP=1792;ReadPosRankSum=2.275;SC=TCTTTATAGGATATAGTTATA;SOR=1.251;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=106;WE=65734522;WS=65734504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr17	65735563	rs2286916	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=195;ReadPosRankSum=0.302;SC=TTCAATCTTCGTGATGGGTTT;SOR=1.165;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=16;WE=65735571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr17	65736913	rs61602831	T	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.692;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,46:0.33:138
chr17	65737013	rs201299108	CTTCT	C	353.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.662;NF=2;NR=18;PP=215;ReadPosRankSum=-1.756;SC=TAAAAAATAACTTCTTTTTTT;SOR=0.741;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=20;WE=65737024;WS=65737003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr17	65737016	rs34886243	CT	C	301.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=13;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.847;NF=1;NR=18;PP=362;ReadPosRankSum=2.092;SC=AAAATAACTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.048;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=19;WE=65737024;WS=65737003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr17	65739627	rs10127	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=0.229;SC=TTCTGGATGCAAATTTTACTG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=65739635;WS=65739617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr17	65739789	rs2286917	A	G	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.64;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	65739797	rs2286918	A	T	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	65821481	rs12945266	C	T	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=21;PP=1387;SC=AGCCCAGGCGCCCAGGGCTCC;SOR=1.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=74;WE=65821489;WS=65821471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	65822233	.	CGAG	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.693;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,7:0.09:76
chr17	65882457	rs8072824	T	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=33;PP=888;SC=CATCCATTCCTTTAAAGGGAA;SOR=2.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=65882465;WS=65882447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	65919212	.	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.553;NF=2;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGCTCTGTCACCCAGGCTGGA;SOR=0.732;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=7;WE=65919220;WS=65919202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr17	65955651	rs8068790	T	C	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=27;PP=1504;SC=CTTTAATTGATAACAGGAAGA;SOR=1.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=75;WE=65955659;WS=65955641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	65962538	rs5821446	A	AT	1315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=12;PP=1036;SC=TTAGGTAACTATTACTAGAGC;SOR=1.312;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=25;WE=65962546;WS=65962528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	65972188	rs61489754	TA	T	335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=18.65;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	65977682	rs7502707	T	G	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=25;PP=668;SC=GTTAATATAATTTTTTAATGT;SOR=1.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=65977690;WS=65977672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	65988049	rs9891146	T	C	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=41;PP=1696;SC=TGGGTATGAATTGCACCTTGA;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=88;WE=65988057;WS=65988039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	65989048	rs28368756	T	C	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	66036943	rs141699894	T	TG	869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.06;ReadPosRankSum=1.064;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr17	66038181	rs62084696	C	G	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=44;PP=2263;SC=ACTTTTATTTCTCTTTTTGTT;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=115;WE=66038189;WS=66038171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	66039086	.	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=410;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GTTGGCTCTCCTTGCAGTTCC;SOR=0.989;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=23;WE=66039094;WS=66039076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr17	66039350	rs4638	A	G	5053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=74;PP=2706;SC=ATCCAGAAGTATTAGCAGATA;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=67;TCR=74;TR=140;WE=66039358;WS=66039340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	66039618	rs35594666	G	A	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=490;SC=TCAGGAGTTCGAGACCAGCCT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=66039626;WS=66039608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	66122027	rs374673808	TA	T	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr17	66246416	rs3213690	A	G	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=26;PP=1629;SC=TGAGAAATTAAATGCTGGGGA;SOR=1.354;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=76;WE=66246424;WS=66246406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	66247426	rs58359332	A	ACTGTATAG	1231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.926;NF=2;NR=17;PP=1427;ReadPosRankSum=0.829;SC=GATATTTAAAATATTTTCAGT;SOR=0.996;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=19;WE=66247434;WS=66247416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr17	66250522	rs35309522	C	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr17	66265367	rs199555462	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.895;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr17	66267691	rs7222013	A	T	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.038;NF=19;NR=14;PP=595;ReadPosRankSum=-0.578;SC=CCTCTGATAAAGATGGGTCTG;SOR=0.484;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=33;WE=66267699;WS=66267681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,61:0.74:82
chr17	66364691	rs1558876	C	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=450;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TGTTTCAGCACCAGCGGGAGG;SOR=2.358;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=24;WE=66364699;WS=66364681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr17	66364749	rs1558877	T	C	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,84:0.62:136
chr17	66364804	rs1558878	T	C	3869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=53;PP=1665;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TGCAGGGCTCTGGGAGATGGA;SOR=0.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=196;TCF=113;TCR=83;TR=133;WE=66364812;WS=66364794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,177:0.69:256
chr17	66391314	rs11657051	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=653;ReadPosRankSum=-0.460;SC=GCTCTTTGGCCGGTCACAGCC;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=155;TCF=77;TCR=78;TR=53;WE=66391322;WS=66391304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,66:0.28:236
chr17	66420766	rs3785605	T	C	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=27;PP=883;SC=CCTGTAATCCTAGCACTTTGG;SOR=2.252;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=66420774;WS=66420756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	66422383	.	T	TGG	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=60;SC=ACCTGGCGGGTGGGGAGCGGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=66422398;WS=66422373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	66422388	rs3744304	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.97;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	66422390	rs1006226	C	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.97;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	66425995	rs3785610	T	G	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.47;SOR=2.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	66425995	.	TCC	GCT	1841	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=59.55;NF=32;NR=8;PP=1841;QD=47.3616968716;SC=CTCCCAAGGTTCCGGGATTAC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=40;WE=66426005;WS=66425985;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr17	66425997	rs3785611	C	T	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.90;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	66430873	.	GG	AA	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.605;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=854;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CTGTCTCTGAGGAGGAAGAAC;SOR=1.688;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=24;WE=66430882;WS=66430863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,25:0.29:87
chr17	66440514	rs1030098	T	C	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=10;PP=1171;SC=GAGATAAACCTCACTAAGACT;SOR=2.376;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=52;WE=66440522;WS=66440504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	66446803	rs2302782	T	C	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=16;PP=1076;SC=TCTTGAAAGATGTCCATCTTT;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=66446811;WS=66446793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	66447073	rs2302783	T	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=38;PP=822;SC=TTACATGGATTGATCACTTCC;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=66447081;WS=66447063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	66449122	rs883541	G	A	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	66453305	rs71378928	C	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=3;PP=1063;SC=GTGGGGGGTGCGGCAAACCCC;SOR=4.174;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=37;WE=66453313;WS=66453295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	66453320	rs67556103	A	C	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=8;PP=1520;SC=AACCCCACTGAAGGGGTACGG;SOR=5.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=66453328;WS=66453310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	66453410	rs71378929	C	T	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=76;NR=64;PP=2348;SC=CCACAAGCTGCTCTCAGGACG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=140;WE=66453418;WS=66453400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	66453572	rs146213184	GGCCCGGGAA	G	3000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=48;PP=2941;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TCGGGGGCTCGGCCCGGGAAG;SOR=1.631;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=49;WE=66453588;WS=66453562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chr17	66547185	.	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=511;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GCATGACTTGGGTAACGTGGC;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=35;WE=66547193;WS=66547175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr17	66547829	rs200576196	AATT	A	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=35.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	66872802	rs1481	G	C	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.006;NF=18;NR=20;PP=416;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AGGTCTTCACGGGAGACTTCA;SOR=0.695;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=38;WE=66872810;WS=66872792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,71:0.33:214
chr17	66879889	.	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr17	66880081	rs8080098	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=1.427;SC=TTCAATATCAAAGATATACTA;SOR=0.269;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=66880089;WS=66880071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr17	66880371	rs1470293	G	A	78.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9965;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=1.006;SC=ATAGATACCTGTATCTCTAAC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=66880379;WS=66880361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr17	66880405	rs3744492	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=0.898;SC=TTTCACAGTGTGTACAGAACT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=66880413;WS=66880395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr17	66883719	rs6501839	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,14:0.21:67
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chr17	66986162	rs9902444	A	C	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=58;PP=1744;SC=TTTCCTTATAAAAAATCATGA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=85;WE=66986170;WS=66986152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	66987202	rs2302293	A	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=-1.479;SC=AGATTCATTCAGAGCACAACA;SOR=0.297;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=8;WE=66987210;WS=66987192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr17	67017833	.	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.522;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr17	67023755	rs6501947	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=-1.013;SC=TTTTATGGCTATGTGACATCT;SOR=1.532;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=8;WE=67023763;WS=67023745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr17	67024585	rs12940103	T	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=4.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=1.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,24:0.21:115
chr17	67024799	rs8066758	T	A	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=355;ReadPosRankSum=0.454;SC=GGCATGATTTTAAAAAAAATT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=26;WE=67024807;WS=67024789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr17	67025343	rs148542361	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.022;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
chr17	67028260	rs2302291	T	C	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=49;PP=2744;SC=TGATGGCTTCTTTCCCACAGA;SOR=1.125;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=91;TCR=51;TR=140;WE=67028268;WS=67028250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	67031369	rs1860448	T	C	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=16;PP=1043;SC=AAAGTGAAAGTGTTACCTTAA;SOR=1.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=53;WE=67031377;WS=67031359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	67031457	rs1860447	C	T	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=40;PP=1772;SC=TGCAGGAAGACGTGTATACAA;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=92;WE=67031465;WS=67031447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	67045430	.	GG	AA	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,42:0.22:187
chr17	67047047	rs35873471	AT	A	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=453;ReadPosRankSum=0.633;SC=TTGAAAAAAAATCTAGCTTGT;SOR=1.148;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=11;WE=67047055;WS=67047039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr17	67075294	rs2302289	C	T	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	67079548	.	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr17	67080770	rs11657954	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=152;ReadPosRankSum=-1.511;SC=CCTAACTCATAATTTTAAAAA;SOR=0.850;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=13;WE=67080778;WS=67080760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr17	67081732	rs2302133	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-2.851;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr17	67081830	rs2302134	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=277;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TCCAGCACCATTGGGTCCTAG;SOR=0.600;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=24;WE=67081838;WS=67081820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,51:0.31:163
chr17	67082787	rs138917560	T	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=225;ReadPosRankSum=0.402;SC=AGATATTTCTTGCTGCTATTT;SOR=0.572;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=23;WE=67082795;WS=67082777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr17	67082962	rs740516	C	G	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=613;ReadPosRankSum=0.548;SC=ATGTCATAAGCCAAACCATAT;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=36;WE=67082970;WS=67082952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr17	67083360	.	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=215;ReadPosRankSum=1.713;SC=ATACTTCTTTGGAGTGTCCTG;SOR=0.712;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=17;WE=67083368;WS=67083350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr17	67099129	rs2364315	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=-0.832;SC=AGTTAATAAGAGAAGGCCATA;SOR=0.446;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=4;WE=67099137;WS=67099119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr17	67101718	rs7212506	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=256;SC=ACATAGCATACATTATATTTT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=67101726;WS=67101708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	67109894	rs9282552	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=2.441;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr17	67111065	rs138479597	G	A	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=714;ReadPosRankSum=0.072;SC=TTTTATTATAGATGGTAACTG;SOR=0.864;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=47;WE=67111073;WS=67111055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,67:0.66:101
chr17	67119593	rs4603621	G	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=107;ReadPosRankSum=-1.404;SC=AATAGTAAAAGAATGCGCAAA;SOR=1.426;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=9;WE=67119601;WS=67119583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr17	67125840	rs4968839	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
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chr17	67131029	.	C	CTTTTTTTTTTTTT	434.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=48.30;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	67132022	rs7219200	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.906;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
chr17	67150176	rs2886232	T	C	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=53;PP=1647;SC=AATGTCAGATTCACCTTTGGT;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=88;WE=67150184;WS=67150166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	67150561	rs56142812	CT	C	122.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.761;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr17	67152893	rs10605889	CAAAT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=149;ReadPosRankSum=-0.325;SC=AAAACAAAAACAAATAAATAA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=67152904;WS=67152883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr17	67160186	rs7208382	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=0.372;SC=TTATGCAATATATATATTTAG;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=11;WE=67160194;WS=67160172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr17	67170736	rs740520	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-2.006;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr17	67170935	.	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,15:0.22:67
chr17	67178316	rs4968849	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=-2.532;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr17	67178954	rs4968851	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.269;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.695;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr17	67181540	rs11658738	C	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr17	67181548	rs11655199	T	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr17	67188576	rs8070232	A	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=268;SC=AGACATTTTGAGCTGTTTATT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=67188584;WS=67188566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	67188668	rs8074259	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	67193150	.	A	AGGGAGG	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.25;NF=1;NR=0;PP=22;QD=41.0;SC=CCGTGGACAGAGGGAGGGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=1;WE=67193158;WS=67193140;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,1:0.14:7
chr17	67212031	rs11077414	A	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=2.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,81:0.26:307
chr17	67212423	rs9909216	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=-2.717;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr17	67212574	rs9912127	A	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-3.042;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr17	67215712	rs12941264	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=0.169;SC=GGAGACCCATCACTGTCATCA;SOR=1.105;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=6;WE=67215720;WS=67215702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr17	67219703	rs11655507	G	A	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=12;PP=956;SC=TATTAACTTTGTATCTCACTC;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=67219711;WS=67219693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	67219768	rs1468512	C	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=2.041;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,111:0.67:165
chr17	67220060	rs1468513	T	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=271;SC=GCTTACACTGTGCATACAGGA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=67220068;WS=67220050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	67245941	rs1420904	G	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.38;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	67245944	rs1420905	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr17	67246137	.	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=2.398;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr17	67249922	rs9909726	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=-1.143;SC=TATTTGGTGTTTAATGAAAGT;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=16;WE=67249930;WS=67249912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr17	67260926	rs12449649	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr17	67264251	rs145417915	AGATATATCTTAG	A	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=2782;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TTATATCTTAAGATATATCTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=67264270;WS=67264241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	67267317	rs557491	T	C	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=981;ReadPosRankSum=0.535;SC=TCTGAATGCATCACATTTAAA;SOR=0.824;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=72;WE=67267325;WS=67267307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,135:0.70:193
chr17	67270277	.	G	GA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr17	67273882	rs536009	C	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=-0.296;SC=CTCACTAGAGCAGCCTTGGTT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=16;WE=67273890;WS=67273872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr17	67279959	rs56193366	C	CAGTA	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=458;SC=CTATCACTATCAGTATCTCAT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=67279967;WS=67279949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	67280310	rs564426	A	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=199;SC=ACAGCCTGTGAAACATATCAT;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=67280318;WS=67280300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr17	67287327	rs34164530	G	GT	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr17	67290840	rs17686569	T	C	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=537;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GTATGTCTTCTGAATACCACT;SOR=0.380;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=49;WE=67290848;WS=67290830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,64:0.74:87
chr17	67293535	rs487382	A	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=317;SC=GAGTTACCATAATTAGTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=67293543;WS=67293525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	67297176	rs12938097	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=3.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.966;SC=GAATATGACTTAGGGTACCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=67297184;WS=67297166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr17	67304447	rs11544715	C	T	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1191;ReadPosRankSum=4.073;SC=TCTATGGATGCTTGTAAAACT;SOR=0.764;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=77;WE=67304455;WS=67304437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,120:0.73:164
chr17	67305364	rs11871086	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr17	67513902	rs41309304	C	T	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=17;PP=493;SC=TATTTTCCTCCAAAGGTATGG;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=67513910;WS=67513892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	67516340	.	G	GT	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=5.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.096;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr17	67532388	rs3815035	A	G	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=32;PP=906;SC=TCACATCACCATATTGGAAGA;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=50;WE=67532396;WS=67532378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	69334553	rs4401085	G	C	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.005;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.192;NF=57;NR=42;PP=2011;ReadPosRankSum=0.735;SC=GTGTCTAGGTGTGGTTACTTT;SOR=0.143;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=99;WE=69334561;WS=69334543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr17	69334971	.	TATTTC	T	1443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.48;QD=37.99;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	69334972	.	A	C	702	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=64.59;NF=10;NR=24;PP=702;QD=21.6697415455;SC=TGTTTCTTTTATTTCCTTTCT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=34;WE=69335011;WS=69334962;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr17	69334981	rs59439845	CTTTCTTTCTTCCTTCCTTTCTTT	C	1388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.27;QD=39.68;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	70845688	rs12449747	C	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=378;SC=ACAATTGCCCCTTCCCCTTTT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=70845696;WS=70845678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	70845949	rs34998299	CAA	C	1538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.257;QD=13.74;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,74:0.66:112
chr17	70846027	rs4998297	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=386;ReadPosRankSum=2.083;SC=AGCTACAGCAGGAAGAAGCTT;SOR=0.681;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=25;WE=70846035;WS=70846017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr17	70846116	rs4436821	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=-1.189;SC=CACTGCAGCCCCAACTTCCCG;SOR=1.136;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=8;WE=70846124;WS=70846106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	70943990	rs2466517	T	C	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=33;PP=1245;SC=AGTGCCAGGGTCGTCTGGGGG;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=70943998;WS=70943980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	71027543	rs9912666	G	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=217;SC=AGAAATCACCGATCAGTTCCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=71027551;WS=71027533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	71081078	rs9891809	G	A	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=52;PP=1583;SC=AAAGAGCCACGCAAATAAAGA;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=89;WE=71081086;WS=71081068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	71189155	.	A	AGG	1028	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5774;HP=7;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=23;MQ=59.42;NF=11;NR=13;PP=1028;QD=43.9166666667;SC=AAGATGGCGGAGGGGGCGGGA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=24;WE=71189163;WS=71189145;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr17	71189182	rs3764359	A	G	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5171;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=851;ReadPosRankSum=0.532;SC=GGGCGTAGGTAGATCGCCGGG;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=39;WE=71189190;WS=71189172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,46:0.84:55
chr17	71192468	rs1052705	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=-1.329;SC=GATCTTACAACACTCCTGACT;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=71192476;WS=71192465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr17	71192663	rs1052706	G	A	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=26;PP=1469;ReadPosRankSum=0.714;SC=AGCCATCCCAGGAGAAGTTCT;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=80;TCR=38;TR=80;WE=71192671;WS=71192653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,105:0.70:150
chr17	71192873	rs11544800	A	G	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.819;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=54;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.892;SC=GGCAGGTGGCAGCCGCCAGCC;SOR=0.927;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=128;TCF=50;TCR=78;TR=85;WE=71192881;WS=71192863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,139:0.72:194
chr17	71192955	rs1010442	C	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=647;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GGGTTTATGGCGTTTGTCTTC;SOR=0.394;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=39;WE=71192963;WS=71192945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr17	71193594	rs7221701	G	A	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=743;ReadPosRankSum=0.271;SC=TTTGCTCAGCGTCTACCGTGT;SOR=1.241;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=47;WE=71193602;WS=71193584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,55:0.53:103
chr17	71193633	rs11658510	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=305;ReadPosRankSum=0.277;SC=CTCTGGGGATGGAGCAGTGAA;SOR=0.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=19;WE=71193641;WS=71193623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr17	71195949	rs1009110	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=552;ReadPosRankSum=0.783;SC=CTCCCTGTTTCAATATGCACT;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=33;WE=71195957;WS=71195939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
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chr17	71196995	rs1026129	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-1.154;SC=GATTTCTGTCGCTTCCCAAGT;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=71197003;WS=71196985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr17	71197200	rs1026130	T	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=0;PP=420;SC=TGTTTTGAAATGTCCTTAAAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=71197208;WS=71197195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	71197748	rs1037256	G	A	5059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=90;PP=2538;ReadPosRankSum=1.070;SC=GCATTGAAGAGGGTGTGCAAG;SOR=0.883;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=209;TCF=80;TCR=129;TR=141;WE=71197756;WS=71197738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,225:0.69:327
chr17	71201675	rs3829571	T	C	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=50;PP=1507;SC=GGGTGGGGACTGGGAATTCAT;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=93;WE=71201683;WS=71201665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	71203231	rs57965299	CAAAAA	C	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-0.629;QD=20.06;ReadPosRankSum=2.067;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr17	71205854	rs8387	A	G	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1378;ReadPosRankSum=-1.242;SC=TGTCCGGGCTATTGATGCTGC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=83;WE=71205868;WS=71205844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,141:0.73:193
chr17	71206030	rs11655892	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr17	71208647	rs10717516	GC	G	1705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=1559;ReadPosRankSum=0.264;SC=AGGATTTGCAGCCAGCTGCAA;SOR=1.249;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=41;WE=71208655;WS=71208637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,52:0.76:68
chr17	71223424	rs71154980	GA	G	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr17	71223501	rs17184168	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.608;SC=ATTTGCCCTCTGGCCTGAGAA;SOR=0.105;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=71223509;WS=71223491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr17	71228502	.	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr17	71231604	rs3751925	A	C	2806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=30;PP=1980;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TCTCACATTTACCTTTTTCAG;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=104;TCR=42;TR=107;WE=71231612;WS=71231594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,132:0.74:178
chr17	71232687	rs745143	T	C	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=41;PP=1640;ReadPosRankSum=1.386;SC=TTTAAGTTTGTTCATTCCGAG;SOR=0.652;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=87;WE=71232695;WS=71232677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,111:0.74:151
chr17	71232804	rs904384	C	A	11594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.30;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr17	71232804	.	CATT	AATC,AATT	2033	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=59.98;NF=79,120;NR=52,77;PP=2033,831;QD=15.927235686;SC=CCAGAATCATCATTGTGTCCC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=201;TCF=123;TCR=78;TR=131,197;WE=71232815;WS=71232794;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.65:201
chr17	71232807	rs904383	T	C	4827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=4.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.09;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,216:0.72:300
chr17	71232881	rs745142	G	C	6542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.224;SC=CTGATAGTCAGTTCCAAGCAT;SOR=0.830;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=273;TCF=146;TCR=127;TR=196;WE=71232889;WS=71232871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,293:0.75:393
chr17	71233130	rs11869253	A	G	4645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=78;PP=2120;ReadPosRankSum=0.115;SC=AAAGACTCTCACAAGGTAAAC;SOR=0.891;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=195;TCF=86;TCR=109;TR=133;WE=71233138;WS=71233120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,213:0.71:302
chr17	71238433	rs1566286	G	A	4361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=1796;ReadPosRankSum=-1.007;SC=GGAACCCCCTGCCGGACTTAC;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=88;TCR=79;TR=119;WE=71238441;WS=71238423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,201:0.74:271
chr17	71238525	rs1566287	A	G	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.825;NF=33;NR=59;PP=1413;ReadPosRankSum=0.306;SC=CTTCTGTTGCAGGTTCTGGGC;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=92;WE=71238533;WS=71238515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,133:0.75:177
chr17	71238649	rs5821951	T	TC	557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.932;NF=0;NR=12;PP=510;ReadPosRankSum=-0.806;SC=ATTTTGGAGTTGGACATAATT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=71238657;WS=71238639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr17	71238693	rs1566288	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=115;ReadPosRankSum=0.938;SC=CTACCATTTATTCAACAGCTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=71238701;WS=71238683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	71239000	rs2270726	T	C	449.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=330;ReadPosRankSum=-0.599;SC=TAGTTTCAGTTGCTGTAACAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=71239008;WS=71238990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr17	71239016	rs2270727	C	T	513.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5982;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=344;ReadPosRankSum=2.929;SC=AACAACAAGCCGTGTTTCCTT;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=17;WE=71239024;WS=71239006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr17	71239190	rs2270728	A	T	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.86;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,46:0.79:58
chr17	71239214	rs138600770	GAA	G	1024.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.654;QD=29.28;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr17	71239227	.	T	TG	859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=0.971;QD=27.73;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr17	71239234	.	T	TTTTG	736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=7.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.939;QD=28.34;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr17	71241279	rs74822881	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=7.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=1.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,17:0.21:80
chr17	71244630	rs8915	C	T	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=785;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TAAGAAGCAACGCTTAGATCT;SOR=0.695;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=59;WE=71244638;WS=71244620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,101:0.67:150
chr17	71246230	rs112790822	C	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.863;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr17	71334473	rs3195414	G	A	6232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=90;PP=2836;ReadPosRankSum=0.274;SC=CCCCAGCTCCGTGTAATTCCC;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=261;TCF=138;TCR=123;TR=194;WE=71334481;WS=71334463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,292:0.72:407
chr17	71344584	rs4969105	G	A	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=41;PP=2502;SC=GGAGGGGACAGATGGCCCATA;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=90;TCR=41;TR=131;WE=71344592;WS=71344574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	71344889	rs9905883	C	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=19;PP=536;SC=GGAGTGGGGCCGAGAGGTGCA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=71344897;WS=71344879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	71346329	.	T	TGGGCACTGCTGGGCCTGGCCCCCCACCC	1352	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=21;MQ=63.49;NF=4;NR=2;PP=1352;QD=229.5;SC=TCTCCCCACCTGGGCACTGCT;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=6;WE=71346337;WS=71346319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,6:0.50:12
chr17	71346347	.	G	GC	1415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.32;QD=52.43;SOR=5.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	71346353	.	A	C	934	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=24;MQ=63.06;NF=38;NR=14;PP=934;QD=18.6302156259;SC=CCTGGCCCCCAACCCACGCAG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=71346361;WS=71346343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	71346353	.	A	ACCCGGGCACTGCTGGGCCTGGCCCCCC	2283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.22;QD=67.17;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	71346513	rs35317925	C	T	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=488;ReadPosRankSum=0.309;SC=TGGCACTGTTCCCTGAAGTCG;SOR=0.555;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=47;WE=71346521;WS=71346503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,91:0.36:253
chr17	71346750	rs1995163	C	G	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=36;PP=1653;SC=ATACATAAAACTCAAGTCCAG;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=91;WE=71346758;WS=71346740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	71346943	rs4969107	A	G	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=40;PP=1094;SC=GAGCACAGATAGTCAGGTATA;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=71346951;WS=71346933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	71347027	rs12449590	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=263;SC=ACAATCTATGGGAAGGCAGGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=71347035;WS=71347017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	71353985	rs2279730	T	C	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=17;PP=1088;SC=TGGTCCTCAGTTAGCACTAAC;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=71353993;WS=71353975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	71357854	rs377212719	G	A	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=714;ReadPosRankSum=0.292;SC=CGTTGGCTTCGATCTCCGGCC;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=59;WE=71357862;WS=71357844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,101:0.35:290
chr17	71358045	rs11657033	T	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=-0.830;SC=CTGGAGGCCATGGGGAAGGGG;SOR=0.593;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=30;WE=71358053;WS=71358035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr17	71365314	rs867998	A	G	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=0.505;SC=GCGCTGGCACATCAGCACTTA;SOR=0.922;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=23;WE=71365322;WS=71365304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr17	71375255	.	C	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=2.424;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:408,108:0.21:516
chr17	71382747	rs7212508	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=28;PP=766;SC=CGCCCCATGCTCCCACCAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=71382755;WS=71382737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	71394066	rs7224026	C	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=260;SC=CATCAGAAAACAGAAAGAGAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=71394074;WS=71394063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	71397366	rs11653524	G	A	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=65;PP=2101;SC=GAGAGCCGCCGTGTTGGCATG;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=116;WE=71397374;WS=71397356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	71397749	rs74657905	C	T	5379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=53;PP=2153;SC=TGACCTTTCCCAGCCCTGTCC;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=122;WE=71397757;WS=71397739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	71410891	rs12386051	C	T	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	71426656	rs1105353	G	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=409;ReadPosRankSum=-2.250;SC=GTACCTGATGGTTACTCGGGG;SOR=0.653;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=16;WE=71426678;WS=71426646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr17	71426670	rs1105354	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=409;ReadPosRankSum=-2.013;SC=CTCGGGGGTCGTGGGTCACTC;SOR=0.821;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=16;WE=71426678;WS=71426646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr17	71429674	rs11652365	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=1.118;SC=GTGATCTGCCCACCTCAACCT;SOR=1.426;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=7;WE=71429682;WS=71429667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr17	71429776	rs8071524	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=446;ReadPosRankSum=0.944;SC=ACAAGTGTACGTGGGGAACCC;SOR=1.482;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=75;TCF=63;TCR=12;TR=27;WE=71429784;WS=71429766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr17	71434272	.	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=2.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-2.482;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,90:0.24:371
chr17	71443924	rs7209875	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=219;ReadPosRankSum=2.051;SC=ACAGGGGCCTAAGGGGCTCTG;SOR=1.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=14;WE=71443932;WS=71443914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr17	71503636	rs9895895	T	C	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=825;ReadPosRankSum=0.452;SC=TGAACTCCAGTGGCCAGCTGC;SOR=0.885;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=65;WE=71503644;WS=71503626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,80:0.59:136
chr17	71640085	.	G	A	131	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=59.23;NF=8;NR=1;PP=131;QD=18.4190236164;SC=GTCACCGTGAGGCCGGCCAGC;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=9;WE=71640093;WS=71640075;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,9:0.26:34
chr17	71746361	rs17782705	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=0.589;SC=GGCCTGGCCTGAGCAGGTATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=71746369;WS=71746351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr17	71746386	rs17191848	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=0.650;SC=CGACAACTGCAGAGAGTGCCA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=71746394;WS=71746376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr17	71746427	rs35481671	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr17	71746435	rs34026863	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr17	71746479	rs2683163	C	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=-1.382;SC=GCTGCGAGCACAGCCAAAAAG;SOR=0.315;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=9;WE=71746487;WS=71746469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr17	71746508	rs2683162	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=6.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr17	71746796	rs2620035	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=264;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TGTCTGGAATATCTCCCCTTG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=29;WE=71746804;WS=71746786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,51:0.29:176
chr17	71824396	.	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr17	72209858	rs7206926	A	G	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-2.151;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,122:0.35:349
chr17	72245986	rs36208397	CCACTGTGGGGCTCCTGGGAGACGGAGCCT	C	3591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=2;PP=2916;SC=GGCCCCTCAGCCACTGTGGGG;SOR=2.805;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=12;WE=72246022;WS=72245976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	72277879	rs3803792	A	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=1.585;SC=CTGTCCTGGCAGGACCTGTGG;SOR=0.319;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=24;WE=72277887;WS=72277869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr17	72281367	rs6501706	A	G	6248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=92;PP=2965;SC=CCCCAGCTGCAAGAGCCCCAT;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=69;TCR=92;TR=161;WE=72281375;WS=72281357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	72285659	rs35604335	CA	C	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.518;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.876;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr17	72287036	.	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr17	72287037	.	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr17	72301377	.	G	A	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=40;PP=1277;ReadPosRankSum=-1.079;SC=TTCATGGTGGGGACCGAGCAG;SOR=0.548;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=340;TCF=216;TCR=124;TR=102;WE=72301385;WS=72301367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,144:0.33:434
chr17	72301563	rs143470009	C	T	5215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=113;PP=2624;ReadPosRankSum=0.363;SC=AGCCGGGAATCGTCCATCATG;SOR=0.651;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=390;TCF=148;TCR=242;TR=186;WE=72301571;WS=72301553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,265:0.48:554
chr17	72305688	rs2290956	T	C	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=825;ReadPosRankSum=3.051;SC=CGATTGCTTTTGAGCGTGTGC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=59;WE=72305696;WS=72305678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,87:0.70:124
chr17	72305753	rs2290957	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=1.176;SC=CACAACAGAACCACCTGGGGG;SOR=0.741;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=10;WE=72305761;WS=72305743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr17	72305793	rs12051676	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.745;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr17	72305815	rs11653157	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CCCACAGGCCGATTCCTTCAG;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14;WE=72305823;WS=72305805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr17	72306116	rs66769719	CCT	C	1314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,45:0.25:179
chr17	72306291	rs28725418	G	A	3224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=58;PP=1505;ReadPosRankSum=-1.195;SC=TGAGAAGAACGTAGCCTCTTC;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=97;WE=72306299;WS=72306281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,150:0.67:224
chr17	72308319	rs1979370	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=256;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CATCATCTTCGCAGAGCTGAA;SOR=0.516;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=21;WE=72308327;WS=72308309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr17	72308410	rs4239009	C	T	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.64;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	72308447	rs1979371	G	A	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=27;PP=707;SC=TCTGCTTGCCGACTTCCTGGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=72308455;WS=72308437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	72310476	rs2054400	G	A	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=71;PP=2113;SC=GTGGTGGGCTGGGAGCATCGG;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=106;WE=72310484;WS=72310466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	72321928	rs7207519	T	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=9;PP=454;SC=GTGCAGACACTCACAGCACAG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=72321936;WS=72321918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	72322881	rs8082699	G	A	7493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=175;PP=2965;SC=CCCAGAAGGAGGGTGGCGGTT;SOR=2.320;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=228;TCF=52;TCR=176;TR=225;WE=72322889;WS=72322871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr17	72324649	rs11412158	G	GC	2375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.652;NF=22;NR=20;PP=1717;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GAGCAGGTATGCAGGGCTCTG;SOR=1.246;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=42;WE=72324657;WS=72324639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,73:0.72:102
chr17	72330002	.	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.125;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr17	72332849	rs1111596	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=12;PP=671;SC=GAGACCCACAACTCTGAATCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=72332857;WS=72332839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	72338045	.	C	T	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.899;NF=54;NR=36;PP=1309;ReadPosRankSum=-1.090;SC=AATGGAGGATCCCGACGACAT;SOR=0.948;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=189;TCF=105;TCR=84;TR=90;WE=72338053;WS=72338035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,129:0.45:286
chr17	72338164	rs11285065	TC	T	4167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=74;PP=2781;SC=CAGGAGCCCCTCCCCCACCCT;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=2;TCR=81;TR=76;WE=72338172;WS=72338154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	72344723	rs75219617	TGTAA	T	7069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=44;PP=2906;SC=CCCTGAGGGCTGTAAGTTTTA;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=56;WE=72344734;WS=72344713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	72345250	.	GC	G	2227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.413;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=2327;ReadPosRankSum=1.308;SC=GGGAAGAAAGGCCCTGCAGGC;SOR=1.072;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=38;WE=72345261;WS=72345227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,65:0.29:223
chr17	72345253	.	C	A	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.365;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=2341;ReadPosRankSum=1.193;SC=AAGAAAGGCCCTGCAGGCAGG;SOR=1.041;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=177;TCF=119;TCR=58;TR=59;WE=72345261;WS=72345227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,67:0.29:230
chr17	72346736	rs12451539	C	T	7663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=89;PP=2965;SC=TCCCAGGACCCTCCAGGCCCC;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=111;TCR=89;TR=200;WE=72346744;WS=72346726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	72346855	rs11077744	T	C	7956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=126;PP=2965;SC=GCTGGAAGCATGAGAAGTCCC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=111;TCR=126;TR=237;WE=72346863;WS=72346845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr17	72348598	.	G	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=538;ReadPosRankSum=-1.815;SC=GCACCCCAGGGAGTTGACTCC;SOR=0.598;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=45;WE=72348606;WS=72348588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,88:0.35:252
chr17	72348741	rs11655890	T	C	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=24;PP=1236;SC=CACAAATGGCTCCAGCTGCCC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=72348749;WS=72348731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	72348810	rs1814832	A	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=19;PP=1531;SC=CCACAGCTTAACCCCGAGGAC;SOR=1.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=66;WE=72348818;WS=72348800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	72348852	.	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.994;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,24:0.20:123
chr17	72349067	rs2280108	C	T	6123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=109;PP=2965;SC=TGCAGAACAGCGCCCTCCCTC;SOR=1.025;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=71;TCR=109;TR=180;WE=72349075;WS=72349057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	72350277	rs2382642	T	G	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=18;PP=1035;SC=TCTCGGGTTGTATGTTCCCCG;SOR=0.897;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=72350285;WS=72350267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	72350412	rs2271535	G	A	6089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=70;PP=2812;SC=GCGACAGAGCGCAGCAGCCTG;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=166;WE=72350420;WS=72350402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	72357585	rs6501712	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=370;SC=GTTTCCCAGCACGGCCTTCCC;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=72357593;WS=72357575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	72357805	rs12939498	C	T	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=57;PP=2965;SC=CCTGGCCGGCCGCGTGCAGCC;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=88;TCR=57;TR=144;WE=72357813;WS=72357795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	72363958	.	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,19:0.21:89
chr17	72366656	.	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=548;ReadPosRankSum=1.410;SC=TCCGCACCTTCTAGCTGGCCA;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=51;WE=72366664;WS=72366646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,73:0.31:236
chr17	72366695	rs2382647	C	A	5757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=74;PP=2593;ReadPosRankSum=1.090;SC=GCCCACGCCCCACGTCAGCGG;SOR=0.227;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=146;WE=72366703;WS=72366685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr17	72367843	rs11652774	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.883;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=507;ReadPosRankSum=-1.081;SC=ATGCCTCTCCCCTCCCTCACC;SOR=1.634;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=29;WE=72367851;WS=72367833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr17	72368455	.	C	T	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=2.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=2.281;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,104:0.25:415
chr17	72368550	rs11658891	T	C	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,99:0.27:373
chr17	72369704	rs12451435	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=168;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CCAGCCACAGGAGACACAGCC;SOR=1.214;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=12;WE=72369712;WS=72369694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr17	72369932	.	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr17	72369933	.	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr17	72369937	.	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,4:0.14:28
chr17	72429917	rs75838240	G	T	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=58;PP=1306;ReadPosRankSum=0.487;SC=AGTTTGGTTGGCCCTGTGACG;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=135;TCF=51;TCR=84;TR=95;WE=72429925;WS=72429907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,149:0.71:210
chr17	72439700	rs9893663	T	G	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=43;PP=2090;SC=GGGGCTGGGGTGTCTACAGTG;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=103;WE=72439708;WS=72439689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	72439808	rs3840056	TG	T	6679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=57;PP=2951;SC=ACCCCCAAGTTGGCCACTCCT;SOR=0.783;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=99;WE=72439816;WS=72439798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
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chr17	72469958	rs1127737	A	G	9888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=5.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-6.574;QD=26.87;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,247:0.67:368
chr17	72469966	rs2272111	G	A	9986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=9.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-6.428;QD=27.06;ReadPosRankSum=-2.061;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,255:0.69:369
chr17	72470737	.	C	T	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.761;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,109:0.28:390
chr17	72473553	rs7209406	T	C	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=552;ReadPosRankSum=-1.622;SC=GCCCCGCCCTTACCATCCTGT;SOR=0.422;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=34;WE=72473561;WS=72473543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,62:0.82:76
chr17	72519099	.	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.483;SC=TCACTCCCATCCCCTGACCCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=72519107;WS=72519089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr17	72519798	rs1472726	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.395;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr17	72521760	rs372366394	GTC	G	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.619;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,7:0.13:55
chr17	72521897	rs17553512	G	A	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=818;ReadPosRankSum=1.178;SC=CTGGGTCAACGATCACTTTCA;SOR=0.680;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=166;TCF=106;TCR=60;TR=61;WE=72521905;WS=72521887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,72:0.29:248
chr17	72527718	rs965229	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=253;ReadPosRankSum=-1.549;SC=CACAGGGCTTAAGCATCGTCA;SOR=0.852;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=20;WE=72527726;WS=72527708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr17	72537894	rs2140253	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=0.753;SC=ACACGGTGACAGGCAGTGAGT;SOR=0.321;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=26;WE=72537902;WS=72537884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,37:0.30:125
chr17	72541838	rs809740	A	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.319;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=-0.261;SC=AGAGCTCCCCAAGTCCAGGGT;SOR=0.374;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=36;WE=72541846;WS=72541828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,54:0.39:139
chr17	72541980	rs783230	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,60:0.31:196
chr17	72588326	rs493430	A	C	7007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=79;PP=2965;SC=AGCAGCAGAGATGGGGACAGC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=169;WE=72588334;WS=72588316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	72608834	rs579238	G	A	6505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=65;PP=2790;SC=TCACCCAGAAGACAGCACCCA;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=73;TCR=65;TR=138;WE=72608842;WS=72608824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	72608926	rs509574	G	A	7395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=88;PP=2965;SC=TGGTGGACACGGTGAAAATGA;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=77;TCR=88;TR=165;WE=72608934;WS=72608916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr17	72610089	rs1878061	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=283;ReadPosRankSum=-0.543;SC=AACACCTCCCCGGTGCTGAGG;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=31;WE=72610097;WS=72610079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,42:0.26:160
chr17	72613589	rs581157	T	G	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=966;ReadPosRankSum=-0.285;SC=GCCGGGGCCCTTCAGAGACAA;SOR=0.935;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=61;WE=72613597;WS=72613579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,84:0.73:115
chr17	72615293	rs12950039	C	T	4517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=53;PP=1777;ReadPosRankSum=2.144;SC=CCAGCAGCACCTCCTTCTAGG;SOR=0.812;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=122;WE=72615301;WS=72615283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,220:0.67:329
chr17	72691263	rs34303409	G	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.592;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,40:0.25:158
chr17	72691885	rs59859657	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,37:0.33:111
chr17	72691928	rs2034310	T	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GGTAGCCTTTTGCGGGGAGGT;SOR=0.664;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=28;WE=72691936;WS=72691918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,51:0.37:138
chr17	72700943	rs35489971	A	G	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.567;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:459,144:0.24:603
chr17	72709195	rs67406906	T	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=313;ReadPosRankSum=0.276;SC=CCTGTAATCCTGGCACTTTGG;SOR=0.512;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=25;WE=72709203;WS=72709185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr17	72709210	rs71380839	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=328;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CTTTGGGAGGCCAAGGCGGGC;SOR=0.598;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=18;WE=72709218;WS=72709200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr17	72736755	rs11651291	A	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=16;PP=1444;SC=CAGGGTGAAGATGGCGGCTGG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=68;WE=72736763;WS=72736745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	72738324	rs3803786	C	G	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=627;ReadPosRankSum=-0.537;SC=GGGAACAAGACAGGACGTCTG;SOR=0.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=45;WE=72738332;WS=72738314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr17	72744798	rs745666	G	C	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=768;ReadPosRankSum=-1.919;SC=TTGGTCTGTGGTCCTCTCTCG;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=49;WE=72744806;WS=72744788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,81:0.73:111
chr17	72762901	rs4788849	A	T	857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=2.750;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr17	72768970	rs2305214	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=473;ReadPosRankSum=1.007;SC=TTGCAGCCTCGGCAGGCTCAG;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=30;WE=72768978;WS=72768960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr17	72769694	rs878907	A	G	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=736;ReadPosRankSum=0.408;SC=GGGCTAGGGGAAGTGGGGGGG;SOR=0.558;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=44;WE=72769702;WS=72769684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,67:0.72:93
chr17	72771637	rs750018	C	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr17	72773387	rs8074137	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=467;ReadPosRankSum=1.565;SC=GGTGAAGCCTGCTCTTTTGTT;SOR=0.358;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=29;WE=72773395;WS=72773377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr17	72773794	rs9910691	C	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.911;NF=23;NR=44;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CACGGTGGCTCACGCCTGTAA;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=67;WE=72773802;WS=72773784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,86:0.64:134
chr17	72781812	rs2166703	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=324;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CAGGAAGCCCGAACATGAGGG;SOR=1.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=19;WE=72781820;WS=72781802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr17	72784932	rs2016126	G	A	7674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.070;SC=CCTCAGCTTCGTGACCACCAC;SOR=0.621;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=290;TCF=138;TCR=152;TR=224;WE=72784940;WS=72784922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,353:0.74:479
chr17	72791088	rs3830567	A	AG	940.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,59:0.74:80
chr17	72791266	rs9910463	G	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=48;PP=1354;SC=TACCCTCCTGGCCCCCAGGTT;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=72791274;WS=72791256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	72791618	rs7221435	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=13;PP=665;SC=CAGCCCAGCCAGGCGGCCTCG;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=72791626;WS=72791608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	72838481	rs939536	C	T	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=1;PP=1001;SC=GATTTCATGGCAGAAGCCAGA;SOR=4.664;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=40;WE=72838489;WS=72838471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	72839130	rs139495021	A	AGCTCCGGGG	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=2327;SC=CAGGTCCTCCAGCTCCGGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=72839138;WS=72839120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	72843984	.	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr17	72845848	rs147942219	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CCCATCCCCACCCAAGCTGTA;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=9;WE=72845856;WS=72845838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr17	72848758	rs75018418	C	CG	6915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=91;PP=2917;SC=CTCCTGGGGGCGGGCGGGGCC;SOR=1.497;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=114;TCF=11;TCR=103;TR=102;WE=72848788;WS=72848748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	72848772	rs199662980	G	GC	6484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=87;PP=2977;SC=CGGGGCCTGAGCGGGGCGGGA;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=9;TCR=87;TR=96;WE=72848788;WS=72848748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	72848778	rs201209302	C	CG	5812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=81;PP=2299;SC=CTGAGCGGGGCGGGAGGGCCG;SOR=1.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=9;TCR=81;TR=90;WE=72848788;WS=72848748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	72848811	.	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.690;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=3;HapScore=2;MGOF=85;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=30;PP=599;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CGCCCCTTCCCCGACCTCGGC;SOR=0.191;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=30;WE=72848819;WS=72848801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr17	72850641	.	C	T	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.143;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=606;ReadPosRankSum=-0.602;SC=AATGTGAGGTCAGCCCAGAAT;SOR=0.455;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=196;TCF=133;TCR=63;TR=57;WE=72850649;WS=72850631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,94:0.34:279
chr17	72851133	rs689730	A	G	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=45;PP=1526;SC=TAAACACCACAGCCACCGTCA;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=83;WE=72851141;WS=72851123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	72862705	rs2070918	G	A	6858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=83;PP=2929;SC=CAGGTCCCCCGGGAATGGGAG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=75;TCR=83;TR=158;WE=72862713;WS=72862695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	72874694	.	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=465;ReadPosRankSum=1.412;SC=ACATCATCTTCCCACCCCCAG;SOR=0.338;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=32;WE=72874702;WS=72874684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr17	72888836	rs489152	G	A	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=59;PP=2171;SC=GAGGAGGAAGGAGACGGGTCT;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=108;WE=72888844;WS=72888826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	72889676	.	G	GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC	9533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.57;QD=44.34;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	72923727	.	G	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=469;ReadPosRankSum=1.352;SC=AAGGGTCACAGGCCTCTTTGT;SOR=0.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=84;TCR=54;TR=39;WE=72923735;WS=72923717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,62:0.29:214
chr17	72927123	rs6501741	G	T	19268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.45;ReadPosRankSum=2.759;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,783:0.99:788
chr17	72929380	rs2035835	G	C	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=9;PP=1080;SC=AGGATGGGCCGCCATCTAGCC;SOR=2.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=72929388;WS=72929370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	72929700	rs11650478	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=53;ReadPosRankSum=0.563;SC=GCCCACTCAGACACCCTCTGG;SOR=0.457;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=6;WE=72929708;WS=72929690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr17	72937605	rs7210616	G	A	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=53;PP=2191;SC=ACCCGGCCCCGGCAGAAGTCC;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=115;WE=72937613;WS=72937595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	72937851	rs9890664	G	A	6151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=51;PP=2211;SC=ACCACCCGCCGACCACACGCC;SOR=0.830;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=115;WE=72937859;WS=72937841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr17	72938100	rs1542752	T	C	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=61;PP=2007;SC=CCTTGTCTTCTCTGTCATCGA;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=112;WE=72938108;WS=72938090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	72939446	rs4789110	C	T	11507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=132;PP=2965;SC=CTAGGTAAGACTTCTCTCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=132;TCR=133;TR=263;WE=72939454;WS=72939436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr17	72939663	rs8069015	G	A	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=39;PP=1658;SC=CTGGGGAGCCGGCCAGGGTGT;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=69;WE=72939671;WS=72939653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	72943126	rs8066909	G	A	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=94;PP=2965;SC=CGTGCCTGGCGGGCACAGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=94;TCR=94;TR=188;WE=72943134;WS=72943116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	72943451	.	G	A	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=752;ReadPosRankSum=0.006;SC=CTCCTTGCTGGAGCTGGGCCA;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=88;TCR=131;TR=64;WE=72943459;WS=72943441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,83:0.27:310
chr17	72947779	.	G	A	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=984;ReadPosRankSum=1.418;SC=TTGCAGACAAGGCACCAGGAG;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=61;WE=72947787;WS=72947769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,76:0.77:99
chr17	72948369	rs17853024	A	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=35;PP=1286;SC=CTCACTTGTCAATGCAGATCT;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=72948377;WS=72948359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	72951823	rs9899490	C	T	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=16;PP=1248;SC=GGCTGTGCCCCCCTTATGTAG;SOR=1.450;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=59;WE=72951831;WS=72951813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	72951845	rs9903414	G	A	4865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=26;PP=1536;SC=AAGTAGGCCCGCTGGCCACCC;SOR=1.299;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=85;WE=72951853;WS=72951835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	72952017	rs9906160	A	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=46;PP=1269;SC=ACTTGTTGGCAGTCACCATGG;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=72952025;WS=72952007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	72955227	rs902727	C	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=0.735;SC=CCCAACAAATCCCCCCCTCCA;SOR=0.420;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=72955235;WS=72955217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr17	72956124	rs3744198	G	A	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,112:0.29:387
chr17	72956278	.	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,37:0.19:197
chr17	72957962	rs10719287	CT	C	2184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.303;NF=8;NR=18;PP=909;ReadPosRankSum=-1.391;SC=GCCAAGGGCCCTTCACCTGTT;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=26;WE=72957970;WS=72957952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,69:0.76:91
chr17	72959000	rs7503218	G	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=168;ReadPosRankSum=0.085;SC=CAACTGGCCCGGCCCCAACCC;SOR=0.408;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=19;WE=72959008;WS=72958990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr17	72968895	.	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.689;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=62;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GGCCCCGCCCCGACAGGCCCC;SOR=0.048;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=9;WE=72968903;WS=72968885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr17	72983888	rs7222918	A	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	72995412	rs4789125	G	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=8.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-2.070;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr17	72997364	rs58998428	T	TAGG	3419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.090;NF=25;NR=13;PP=1717;ReadPosRankSum=2.323;SC=AAAAAAGAAGTAGGAGGGTCT;SOR=0.570;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=38;WE=72997372;WS=72997354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,84:0.72:116
chr17	72999773	rs3744204	C	T	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=728;ReadPosRankSum=1.009;SC=CCAGCCGGCACGCGGGCAACC;SOR=0.714;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=54;WE=72999781;WS=72999763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,102:0.64:160
chr17	73000061	rs3744203	A	G	4822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=65;PP=2264;ReadPosRankSum=1.573;SC=AGCGGCTGGAACAGAGCCAGC;SOR=0.502;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=214;TCF=126;TCR=88;TR=150;WE=73000069;WS=73000051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,217:0.72:301
chr17	73015707	rs12449492	C	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=0.880;SC=CAATATAATACCTTCCCTACA;SOR=0.693;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=73015715;WS=73015697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr17	73016621	rs1044228	C	T	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1525;ReadPosRankSum=0.508;SC=AGTTGATCCTCACCTCTGAGA;SOR=0.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=91;WE=73016629;WS=73016611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,143:0.69:207
chr17	73043337	rs12952376	C	T	206.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.81;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr17	73089524	rs4789133	G	A	3167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=44;PP=1422;ReadPosRankSum=0.850;SC=CAAGGCCAACGCGTGGGCCTC;SOR=0.540;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=107;WE=73089532;WS=73089514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,150:0.69:218
chr17	73089706	rs4789134	G	A	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=50;PP=1949;ReadPosRankSum=-0.434;SC=TTGGCAGTGAGGCCGTGGCAG;SOR=0.510;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=149;TCF=72;TCR=77;TR=103;WE=73089714;WS=73089696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,155:0.69:225
chr17	73089852	rs4788863	T	C	12017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=131;PP=2965;SC=CTTCACTGAATTGCAATGGGA;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=141;TCR=131;TR=272;WE=73089860;WS=73089842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr17	73094072	rs10598249	TCTC	T	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=242;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CTCCAGCCACTCTCCTCCTCT;SOR=0.576;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=7;WE=73094082;WS=73094062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr17	73094407	rs7212311	C	T	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=522;ReadPosRankSum=-2.301;SC=CCTGTTATCCCAGCACTTTGG;SOR=1.499;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=33;WE=73094415;WS=73094397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr17	73096951	rs4238978	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=264;ReadPosRankSum=-0.689;SC=TAGTGTGGTAAAAGGGGAACA;SOR=0.790;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=17;WE=73096959;WS=73096941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr17	73110144	rs1531565	G	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=17;PP=926;SC=AGCCCCAGTTGCCCAGGTCCC;SOR=1.342;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=50;WE=73110152;WS=73110134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	73110279	rs1531564	C	T	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=39;PP=1567;SC=GCAGTCTGAACGGTGACGGTG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=73110287;WS=73110269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	73124692	rs2291028	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=497;ReadPosRankSum=0.504;SC=AGCCTGGGCCCCTACCTGGGG;SOR=0.393;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=26;WE=73124700;WS=73124682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr17	73125173	rs2291027	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CTACTGCTGGAGACCACAGTC;SOR=0.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=73125181;WS=73125163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr17	73126746	rs10715821	GT	G	11385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=77;PP=2974;SC=GCCTAGGACAGTGAAAGACAG;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=41;TCR=77;TR=118;WE=73126754;WS=73126736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr17	73127024	rs9910084	C	G	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=63;PP=2207;SC=GGGATAGGGACTTGGCTCTAA;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=106;WE=73127032;WS=73127014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	73127217	rs3736075	G	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,33:0.24:139
chr17	73127683	rs4788867	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=276;ReadPosRankSum=2.331;SC=AGCCGCGGCGTTGCTCCAGCG;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=19;WE=73127691;WS=73127673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr17	73138751	rs111454348	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.420;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.256;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr17	73138980	.	TAC	T	210	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=5;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=210;QD=36.5;SC=TATATGAAAATACACACACAC;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=73138991;WS=73138970;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,6:0.55:11
chr17	73143574	rs1382508	T	A	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=239;SC=TTCCAGTGGGTGAACTGAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=73143582;WS=73143564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	73145284	.	T	TA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr17	73177444	rs1471453	C	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=658;SC=AATGTGAAAGCGGAAAAATCC;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=73177452;WS=73177434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	73204530	rs899326	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.51;QD=26.98;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	73208182	rs12946479	C	T	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.529;NF=56;NR=100;PP=2762;ReadPosRankSum=0.141;SC=CGCGTGCGCGCGTGTGTGTGT;SOR=1.140;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=58;TCR=107;TR=156;WE=73208190;WS=73208172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,157:0.97:162
chr17	73208205	rs56406015	G	GTT,GTGTT	6257.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=4,4;NR=76,76;PP=1974,308;SC=GTGTGTGTGTGGGTATTTTGA;SOR=1.972;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=4;TCR=90;TR=80,80;WE=73208213;WS=73208195;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.77:137
chr17	73209067	.	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=488;ReadPosRankSum=-0.399;SC=TAATTTTTCTCATTAAAATAA;SOR=0.887;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=33;WE=73209075;WS=73209057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr17	73211642	rs9909306	A	G	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=13;PP=843;SC=TAAAATCACAACCACTAAAAC;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=73211650;WS=73211632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	73221439	rs2291029	C	T	5264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=72;PP=2650;SC=TCCCTTAGCCCGGGAACACCC;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=141;WE=73221447;WS=73221429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	73222847	rs1551967	C	T	5732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=47;PP=1624;SC=CAGGGATGTTCATTTAAAATA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=91;WE=73222855;WS=73222837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	73222865	rs1478785	G	A	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.60;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	73227827	rs148363627	G	GT	1774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=1522;ReadPosRankSum=-1.956;SC=TTGGCTCCTTGAAGGCTTCGG;SOR=0.595;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=36;WE=73227835;WS=73227817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr17	73228101	rs899318	T	C	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=43;PP=1039;SC=CCCAGCCTACTGTCTGTGGGA;SOR=1.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=73228109;WS=73228091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	73230856	rs9988	C	T	7084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=102;PP=2965;SC=TGCTGACAGACGCCTTGCCCC;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=82;TCR=102;TR=184;WE=73230864;WS=73230846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr17	73231817	rs3841603	AT	A	2210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=46;PP=1401;SC=ATGTATATAGATTTTTTTAAA;SOR=1.289;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=52;WE=73231825;WS=73231807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	73236605	rs11077781	C	A	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=18;PP=557;SC=GTGAAGGCGCCGGGAGAAGCT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=73236613;WS=73236595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	73238816	.	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=0.824;SC=TGGCAGCAGGGGAGAACAAAA;SOR=0.399;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=9;WE=73238824;WS=73238806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr17	73240559	rs2306216	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=2;PP=349;SC=CGTTACCTCCAGGGCCTAGCT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=73240567;WS=73240549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	73240836	rs4789156	T	C	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=44;PP=1057;SC=AGTGAGGGCGTGCTCGGGGCT;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=73240844;WS=73240826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	73242895	rs2242230	A	G	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=97;PP=2965;SC=CACAACAAAGAAGAGGACAAG;SOR=1.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=52;TCR=98;TR=149;WE=73242903;WS=73242885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	73242935	rs2242231	A	G	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=65;PP=1988;SC=GATGCAATGGAAGGTTTTCTT;SOR=1.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=22;TCR=65;TR=86;WE=73242943;WS=73242925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	73257830	rs2279161	C	T	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=42;PP=2223;SC=TTTTGGCGCTCCCCTTTGGAC;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=111;WE=73257838;WS=73257820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	73257986	rs8075276	C	T	4380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=73;PP=2284;SC=GCCAAGATGGCTGCCCCCGCA;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=54;TCR=73;TR=126;WE=73257994;WS=73257976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	73258085	rs36039201	GGC	G	2711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=37;PP=1653;SC=GGCGAGCAGCGGCGGGGGGGC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=37;WE=73258094;WS=73258075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	73258479	rs6501772	C	T	9520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=103;PP=2965;SC=CGCGCCGCTCCCCCTCGTCGG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=105;TCR=105;TR=208;WE=73258487;WS=73258469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr17	73259083	rs2279162	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=782;SC=TGCATGTGTACGGGCTTTAAT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=73259091;WS=73259073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	73268801	rs3744231	C	T	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=47;PP=1467;SC=CCTGCACGGGCGCTGGGATCT;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=73268809;WS=73268791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	73269530	rs1809352	A	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=15;PP=720;SC=TCCTTCCTGCACTCAGCGCTG;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=73269538;WS=73269520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	73269676	rs4789164	C	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=19;PP=507;SC=CTTCCTTTTGCAGCACCTGCT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=73269684;WS=73269666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	73279624	rs7213318	A	G	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=55;PP=2185;SC=CCCGGGCGTCATACACGCTGC;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=130;WE=73279632;WS=73279614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	73279700	rs4788882	C	T	4775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=72;PP=2275;SC=AAGAAGTCACCGACAGCCCAA;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=131;WE=73279708;WS=73279690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	73282299	rs2306218	C	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=2;PP=450;SC=CTGCCCTGCGCGGCATTCCTG;SOR=2.387;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=73282307;WS=73282289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	73282636	rs2306219	C	T	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=44;PP=2049;SC=GGATAGAATTCCAAGTTTTAG;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=100;WE=73282644;WS=73282626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	73316679	rs8079197	G	C	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=28;PP=831;SC=TTCCTGGTCTGTGACTGGCCA;SOR=1.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=39;WE=73316687;WS=73316669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	73316716	.	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.071;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.904;HP=4;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=0.072;SC=GGTTCCAGGGGGAAACGAATG;SOR=2.303;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=14;WE=73316724;WS=73316706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr17	73317644	rs12946365	C	T	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=10;PP=626;SC=GAAGGGCGCCCGCATGTTGAG;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=73317652;WS=73317634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	73328773	rs1529844	T	C	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=48;PP=1912;SC=TAATGGAGCTTAACTTACGGA;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=104;WE=73328781;WS=73328763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	73389446	rs4788890	A	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=316;SC=ACCACACATCACACCAACTCA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=73389454;WS=73389436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	73402246	rs7220246	C	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=17;PP=633;SC=CCGGATTCTCCAATATAGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=33;WE=73402254;WS=73402236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	73482110	rs11331365	TC	T	1827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=1337;SC=CCCCAACCTCTCCAGCTGTGC;SOR=1.848;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=73482118;WS=73482100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	73482664	rs9899149	T	C	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=762;SC=CCACTCTCTTTTGAGCAGGGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=73482672;WS=73482654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	73484753	rs11652993	C	G	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	73485033	rs11867527	T	C	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=60;PP=1448;SC=TGGTGTCTTCTGTGAAGAGGG;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=91;WE=73485041;WS=73485023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	73485781	rs8079362	C	T	15149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=176;NR=173;PP=2965;SC=TGCTTCCCTCCGACCCGCAGG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=176;TCR=175;TR=349;WE=73485789;WS=73485771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr17	73488794	rs4078259	C	T	11470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=163;PP=2965;SC=TGTGCAACATCGCCCTGCAAG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=144;TCR=165;TR=307;WE=73488802;WS=73488784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr17	73489220	rs7215753	T	C	7513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=123;PP=2965;SC=CCAGGCGAGATCTTCCAGAGC;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=71;TCR=123;TR=194;WE=73489228;WS=73489210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr17	73489567	rs4078474	C	G	10995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=110;PP=2965;SC=AACTCTCTCCCCCAGGCACAG;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=160;TCR=111;TR=270;WE=73489575;WS=73489557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr17	73490611	rs8078131	A	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=11;PP=615;SC=CCTGGGGCCCATATGCTCATT;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=73490619;WS=73490601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	73491894	rs11077792	G	A	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=8;PP=1105;SC=CAGAAGTGCCGATGTTCACAT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=73491902;WS=73491884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	73493874	rs12949173	G	C	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=55;PP=1554;SC=TCTCTCTGCTGGGGAAGCCCC;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=99;WE=73493882;WS=73493864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	73494963	rs9894026	G	A	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=21;PP=1063;SC=AAGCAGTGTCGGGTTCACACG;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=73494971;WS=73494953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	73497415	rs8081353	T	C	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.01;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	73497415	.	TTT	CTC	1180	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=40;NR=13;PP=1180;QD=23.272978771;SC=ATCTAGGTGATTTCAACACCT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=53;WE=73497425;WS=73497405;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,53:0.95:56
chr17	73497417	rs8081354	T	C	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.09;SOR=2.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	73497439	rs8075850	G	A	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=24;PP=1825;SC=CTCTTATCCCGTTAGTGCCTG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=92;WE=73497447;WS=73497429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	73497794	rs9892311	T	C	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=67;PP=2899;SC=AAAGGTTGGCTTGGGACTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=137;WE=73497802;WS=73497784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	73498458	.	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;ReadPosRankSum=0.065;SC=GGGGCCCTGTGGCCCCTTCCT;SOR=0.394;Source=Platypus;TCF=27;TR=19;WE=73498466;WS=73498448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr17	73498483	rs7503373	T	C	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=12;SC=CCCTGGGCTCTCATCTAGTGG;SOR=1.828;Source=Platypus;TCF=32;TR=44;WE=73498491;WS=73498473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	73498623	rs7502835	A	G	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=53;PP=2092;SC=TTGGGGTCACACTAGGACTGG;SOR=0.991;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=114;WE=73498631;WS=73498613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	73499697	rs7207376	T	C	7309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=110;PP=2965;SC=CAGCTGAGGGTGACAGCACGT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=97;TCR=110;TR=207;WE=73499705;WS=73499687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr17	73501752	rs8069700	G	A	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=26;PP=802;SC=CGGGGTGGGGGACAGGTGTCA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=73501760;WS=73501742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	73502118	rs28558885	G	A	4037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=65;PP=2049;SC=CGATTTTACAGATGAGGACAT;SOR=0.897;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=113;WE=73502126;WS=73502108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	73504416	rs6501815	T	C	6207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=95;PP=2965;SC=CTGCCCTCACTCAGCATCCCT;SOR=1.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=54;TCR=95;TR=149;WE=73504424;WS=73504406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	73510012	rs4789206	A	T	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=55;PP=1411;SC=GGAGCAAGTCAGGTGTCCCAG;SOR=3.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=62;WE=73510020;WS=73510002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	73512653	rs7216673	G	T	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=174;SC=TGGAGCCCGAGCCCGAGCCCG;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=73512661;WS=73512643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	73513185	rs7218675	C	A	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=75;PP=2608;SC=CGGGGACCGCCCTCCCTGCCC;SOR=3.545;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=144;WE=73513193;WS=73513175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	73515055	.	A	AT	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.545;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,31:0.25:123
chr17	73518203	rs9911502	G	C	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=54;NR=70;PP=2252;SC=GCAAGGAGAAGCTCTCCAGGC;SOR=0.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=54;TCR=71;TR=124;WE=73518211;WS=73518193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	73518284	rs6501820	G	C	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=41;PP=1324;SC=AGGTGCAGCGGTGCTCCAGCT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=73518292;WS=73518274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	73519322	.	C	T	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,82:0.35:231
chr17	73519413	rs8064529	C	T	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=46;PP=1401;SC=GATGGAGGTGCCCGGTAAGTT;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=73519421;WS=73519403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	73539631	rs6501822	A	G	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=34;PP=1127;SC=TCGGCCAAGCAGCTCAGGCTG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=68;WE=73539639;WS=73539621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	73554523	rs1671033	C	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=175;ReadPosRankSum=-1.296;SC=ACTGGGGCTGCGTGGCCCCAG;SOR=0.444;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=14;WE=73554531;WS=73554513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr17	73554756	rs66614718	C	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=30;PP=816;SC=CAGCCTGACCCTTGCCCTTAG;SOR=1.954;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=41;WE=73554764;WS=73554746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	73559342	rs936060	G	A	6329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=103;PP=2965;SC=CAGAGGCATGGGGTGCAGGCG;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=63;TCR=103;TR=166;WE=73559350;WS=73559332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	73559563	rs1671028	G	A	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=45;PP=1335;SC=TTCACCCGCCGGGCAGGGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=73559571;WS=73559553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	73559629	rs1671027	A	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=29;PP=949;SC=AGCAAACTCCAGGGCCAGAGA;SOR=1.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=43;WE=73559637;WS=73559619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	73564962	rs34001927	A	G	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=81;PP=2965;SC=CCAGTAGGATATGTGGGGTGG;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=141;WE=73564970;WS=73564952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	73565171	rs1671021	T	C	8905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=1.862;SC=CAACGAGAACTTCAGTGCCCA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=182;WE=73565179;WS=73565161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,339:0.99:341
chr17	73565262	rs2305526	T	A	6861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=102;PP=2965;SC=AGCTGGGTCCTGTCCCCGTGG;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=84;TCR=102;TR=186;WE=73565270;WS=73565252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr17	73565510	rs936059	T	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=20;PP=533;SC=TCTGTGTCCTTTGCTTTTCCG;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=73565518;WS=73565500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	73566561	rs2305525	G	A	4289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=69;PP=2181;SC=AGCGGCACCCGGCTGGCCCCC;SOR=1.276;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=104;WE=73566569;WS=73566551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	73567846	rs1661715	C	T	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=43;PP=2279;SC=AATGGATGAGCCTGTGCGGGC;SOR=1.053;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=111;WE=73567854;WS=73567836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	73568055	rs1661714	C	T	10372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=112;PP=2965;SC=TACCCCTTCCCGAGCCCCTCG;SOR=0.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=236;TCF=122;TCR=114;TR=227;WE=73568063;WS=73568045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr17	73568121	.	C	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=555;ReadPosRankSum=-0.361;SC=ACCAGCTGCTCGTCGTATCAG;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=65;TCR=109;TR=49;WE=73568129;WS=73568111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,78:0.28:276
chr17	73568984	rs1671020	G	A	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=19;PP=1277;SC=GAGAGCCAAGGGTTTGTCAGG;SOR=1.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=65;WE=73568992;WS=73568974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	73569010	rs1661713	T	C	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=29;PP=1515;SC=GGGAGGCATGTGGGGAGGGGA;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=88;WE=73569018;WS=73569000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	73569776	rs10648915	C	CCT	1862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=34;PP=1854;SC=TCTGAGATACCGAGGCTCCCA;SOR=5.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=37;WE=73569784;WS=73569766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	73569901	.	G	A	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-6.669;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.788;NF=37;NR=2;PP=788;ReadPosRankSum=-2.189;SC=TCCAGGGCAGGACTCAGTTTA;SOR=0.509;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=63;TCR=4;TR=39;WE=73569909;WS=73569891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr17	73569927	rs1671019	G	T	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=23;PP=2637;SC=CAGGCTCTCCGGCTCAGGACA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=100;TCR=25;TR=123;WE=73569935;WS=73569917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	73570718	rs1126939	C	G	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=35;PP=1430;SC=CACATCGAGCCGCCGTGGGGT;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=76;WE=73570726;WS=73570708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	73570756	rs1661712	G	T	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=35;PP=1834;SC=GGAGGTGGGGGCTCTGGGCTT;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=85;WE=73570764;WS=73570746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	73570774	rs1671016	G	A	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=34;PP=1732;SC=CTTGAGTGCAGCTGCCAACCG;SOR=1.090;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=88;WE=73570782;WS=73570764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	73570842	rs35199943	T	C	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=57;PP=2382;SC=CCCACGGGGCTGACACGTGCC;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=77;TCR=57;TR=134;WE=73570850;WS=73570832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	73571030	rs1042861	A	G	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=73;PP=2533;SC=CCCTGCCCCAACCGGAGAGGC;SOR=0.913;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=125;WE=73571038;WS=73571020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	73587640	rs707709	T	C	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=36;PP=1628;SC=GGTGGTCCTATGTGCCCCTCC;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=100;WE=73587648;WS=73587630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	73587784	rs936056	A	G	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=54;PP=1564;ReadPosRankSum=2.551;SC=CGGGGAACCGAGAGTGTCAGG;SOR=0.526;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=101;WE=73587792;WS=73587774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,140:0.71:198
chr17	73587910	rs12449676	C	T	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=723;ReadPosRankSum=-0.902;SC=GAGGGGTGGTCTCCAGGCCTC;SOR=0.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=43;WE=73587918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,62:0.75:83
chr17	73588067	rs736523	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,42:0.21:203
chr17	73588199	rs736525	T	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=0.878;SC=TACAATCACTTACCCTTCCTG;SOR=0.877;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=23;WE=73588207;WS=73588189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr17	73590436	rs820254	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=295;ReadPosRankSum=0.430;SC=AGATCTCCTCATGTGACATAT;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=21;WE=73590444;WS=73590426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr17	73590530	.	C	T	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=870;ReadPosRankSum=-1.173;SC=AAGCAGAGATCTCCCTGTCCC;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=55;WE=73590538;WS=73590520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,93:0.69:135
chr17	73590830	rs820256	T	G	7006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=78;PP=2965;SC=GGAAAGTGCCTTTGATGCCAG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=160;WE=73590838;WS=73590820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	73590888	rs76361517	T	G	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=3.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,73:0.30:240
chr17	73592352	rs7359522	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GCAGCTAGAGGGACCTGTGGC;SOR=1.071;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=10;WE=73592360;WS=73592342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr17	73592568	rs145254299	CTG	C	2384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=1338;ReadPosRankSum=1.270;SC=CCTGGAGCAACTGTGCAACAA;SOR=0.670;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=116;TCF=29;TCR=87;TR=36;WE=73592577;WS=73592558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,70:0.30:231
chr17	73592733	rs75861410	C	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=349;ReadPosRankSum=0.764;SC=GAGAGCTCTGCCTGGAAGGCC;SOR=0.865;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=27;WE=73592741;WS=73592723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr17	73599104	.	C	T	3862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1700;ReadPosRankSum=0.308;SC=CCCCTCTTTCCCTCATCAGGA;SOR=0.578;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=202;TCF=118;TCR=84;TR=106;WE=73599112;WS=73599094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,178:0.52:341
chr17	73599417	.	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=937;ReadPosRankSum=1.747;SC=CCTCGGGGCAGGACTGACAAG;SOR=0.886;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=109;TCF=24;TCR=85;TR=53;WE=73599425;WS=73599407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr17	73601517	rs11448916	T	TA	130.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.605;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr17	73601755	rs936054	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=17;PP=518;SC=GAAAGGAGAGGTGCATTCTGG;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=73601763;WS=73601745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	73602081	rs8068464	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.783;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr17	73606310	rs11657863	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.890;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=1.525;SC=TGGTGGCCCAGCCCCTGCTCC;SOR=0.313;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=18;WE=73606318;WS=73606300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr17	73607549	.	CAA	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.099;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr17	73607804	rs3743991	T	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=0.352;SC=GGGGTGTGTCTGTCCCTTGTG;SOR=0.602;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=12;WE=73607812;WS=73607794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr17	73608203	rs820140	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=677;ReadPosRankSum=0.195;SC=TTGCCCTCCTTCCTCCCCAGC;SOR=1.084;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=24;TCR=85;TR=41;WE=73608211;WS=73608193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,39:0.32:122
chr17	73608744	rs11336364	CA	C	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=1.075;QD=9.63;ReadPosRankSum=1.593;SOR=1.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,50:0.77:65
chr17	73609112	rs820142	G	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=687;ReadPosRankSum=1.143;SC=GATCATGGGCGCATACCTGGT;SOR=0.888;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=54;WE=73609120;WS=73609102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,60:0.32:187
chr17	73609139	rs3803728	C	T	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=47;PP=1719;ReadPosRankSum=-1.382;SC=GGGGCAGTGCCGGCCAGGGCT;SOR=0.536;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=101;WE=73609147;WS=73609129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,150:0.71:212
chr17	73610203	rs4789221	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=373;ReadPosRankSum=1.707;SC=CAGCCCCCTGCCCCCTTGGCC;SOR=1.383;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=21;WE=73610211;WS=73610193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr17	73611467	rs3803729	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=321;ReadPosRankSum=0.395;SC=GAGAGCAGCCACCAGCTCTGG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=23;WE=73611475;WS=73611457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr17	73611724	rs35131709	G	GTC	1542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=789;ReadPosRankSum=1.337;SC=TGGAGGAGAGGTCTGTGGCTC;SOR=0.995;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=20;WE=73611732;WS=73611714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,47:0.32:149
chr17	73611823	rs820144	T	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.227;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,41:0.21:193
chr17	73612461	rs371699907	CAGG	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-1.997;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,11:0.09:116
chr17	73612630	.	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.764;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,64:0.16:391
chr17	73612642	rs11439064	A	AT	15022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=99;PP=2971;SC=TGAAGAAGCCATGAAGCAAGG;SOR=0.977;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=174;WE=73612651;WS=73612620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr17	73613975	rs820145	G	A	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=1.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,73:0.22:325
chr17	73614357	rs1093992	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=399;ReadPosRankSum=0.240;SC=TTAACACCACGTAGGGCATGT;SOR=0.407;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=148;TCF=51;TCR=97;TR=41;WE=73614365;WS=73614347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,50:0.31:162
chr17	73615644	rs820147	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.021;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=1.197;SC=GCAGGAGAGCCGGGGAGCAGA;SOR=1.567;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=14;WE=73615652;WS=73615634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr17	73615887	rs820148	A	G	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,109:0.30:358
chr17	73615933	rs820149	T	C	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=3.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,98:0.32:311
chr17	73615962	rs820150	T	C	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,84:0.33:258
chr17	73615983	rs820151	G	A	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=575;ReadPosRankSum=2.359;SC=TGGGTGTGGAGTGCCGGGGCG;SOR=0.539;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=90;TCR=115;TR=60;WE=73615991;WS=73615973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,72:0.31:230
chr17	73616088	rs820152	T	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=2.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,55:0.26:213
chr17	73616211	rs3840857	TG	T	872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=595;ReadPosRankSum=0.314;SC=GCCAAATCCCTGGAAGTCTGG;SOR=0.685;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=20;WE=73616219;WS=73616201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
chr17	73616239	rs820153	C	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;ReadPosRankSum=0.203;SC=GGTGGAGGGGCAGGCCAGCAG;SOR=0.544;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=24;WE=73616247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr17	73616446	rs820154	A	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=0.435;SC=AGGTATCGCCAGAGGCCGGCA;SOR=0.732;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=22;WE=73616454;WS=73616436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,42:0.32:133
chr17	73616853	rs10808	G	C	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,65:0.23:279
chr17	73616864	rs11470	C	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,64:0.23:276
chr17	73616920	rs10814	A	G	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,87:0.28:309
chr17	73617104	rs820182	A	C	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=911;ReadPosRankSum=0.049;SC=GTTTCTTGTGATCCCAGCGCC;SOR=0.663;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=269;TCF=162;TCR=107;TR=80;WE=73617112;WS=73617094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,99:0.28:348
chr17	73617377	rs820183	A	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=601;ReadPosRankSum=0.176;SC=GCTGGGATGAAGGCAGGAGGG;SOR=0.387;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=144;TCF=38;TCR=106;TR=44;WE=73617385;WS=73617367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,51:0.32:160
chr17	73617403	rs820184	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=335;ReadPosRankSum=0.633;SC=CAAGCTGGGCTGTCTCCCTCT;SOR=0.484;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=30;WE=73617411;WS=73617393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
chr17	73618371	rs75625838	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=179;ReadPosRankSum=0.931;SC=GAGTGAGAGGTCACTGGAGAG;SOR=0.990;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=12;WE=73618379;WS=73618361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr17	73619920	rs820186	G	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=745;ReadPosRankSum=-1.279;SC=AGCAGGTCACGGGACACCCCC;SOR=0.615;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=146;TCF=93;TCR=53;TR=55;WE=73619928;WS=73619910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,81:0.35:234
chr17	73619952	.	GCTTCT	G	8816.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	73619953	.	CT	GG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=59.89;NF=91;NR=50;PP=2947;QD=20;SC=GGACCGGTGGCTTCTGGGGGT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=141;WE=73619965;WS=73619943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,141:0.88:160
chr17	73619955	.	TCTG	T	2948	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=59.63;NF=41;NR=50;PP=2948;QD=20;SC=ACCGGTGGCTTCTGGGGGTGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=91;WE=73619965;WS=73619943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr17	73619958	.	G	GGT	8815.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.52;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	73620804	rs820187	C	A	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=66;PP=2900;ReadPosRankSum=-0.915;SC=GTGGCAGGGCCGGGTGTGTGT;SOR=0.249;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=137;WE=73620812;WS=73620794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr17	73621432	rs820188	A	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=68;PP=2556;SC=GGGGCCTGTGAACATCTGTCC;SOR=1.992;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=104;WE=73621440;WS=73621422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	73625286	rs820190	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=348;ReadPosRankSum=0.542;SC=TGGCAAGGGAGCTGCCCCCAG;SOR=0.678;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=33;WE=73625307;WS=73625276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,52:0.29:177
chr17	73625299	.	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,41:0.22:187
chr17	73625430	rs4788902	G	A	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=963;ReadPosRankSum=0.557;SC=TCGGGGGCTCGTGCTCGCCTC;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=68;WE=73625438;WS=73625420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,116:0.73:160
chr17	73625478	rs820191	T	C	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=53;PP=1486;SC=TGATCCGAGTTGTCTCCATCA;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=97;WE=73625486;WS=73625468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	73625629	rs820192	A	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=21;PP=972;SC=CTGGAGCAGTAACTCACATTG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=73625637;WS=73625619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	73626208	rs820193	G	C	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=533;SC=CAGCTTCTGCGTCAGAGTATG;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=73626216;WS=73626198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	73626817	rs820194	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.004;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,18:0.18:101
chr17	73626829	rs820195	C	G	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=36;PP=1902;SC=AGGGCCCCGGCGGGTGGCTGA;SOR=1.044;Source=Platypus;TCF=48;TR=84;WE=73626837;WS=73626807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	73626922	rs56158987	G	GT	2129.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=9.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.27;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,55:0.83:66
chr17	73626923	rs55982817	G	GT	746.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.845;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr17	73626924	rs113150921	G	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=14.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr17	73626983	rs9896073	G	C	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=44;PP=1670;ReadPosRankSum=-2.938;SC=GTCCCCCACAGCCCGGATGAG;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=95;WE=73626991;WS=73626973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,110:0.71:156
chr17	73627539	rs820196	T	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=421;ReadPosRankSum=0.798;SC=CCTGCTGAAGTCCCCGTAGCC;SOR=0.813;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=33;WE=73627547;WS=73627529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,51:0.28:181
chr17	73627565	rs820197	A	G	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=55;PP=2060;SC=GGCCTCCCTCATACAGCTCGG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=112;WE=73627573;WS=73627555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	73647138	rs1661744	CA	TG	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=380;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CCCGACACAACAGCCTTTGCA;SOR=0.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=11;WE=73647147;WS=73647135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr17	73658489	rs820159	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=274;SC=GGTCTTAGACTAATCTCCATC;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=73658497;WS=73658485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	73661411	rs820157	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.682;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TTCTATGAAAAAGGCAAGGAT;SOR=0.030;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=11;WE=73661419;WS=73661401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr17	73663296	rs2165635	CT	AG	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=1.805;SC=AGCGCGAGCGCTGGCATGAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=4;WE=73663305;WS=73663286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr17	73663313	rs864234	C	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.494;SOR=2.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr17	73687010	rs186110532	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=154;SC=TGAGCGTGCACGCTTATATGG;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=73687018;WS=73687000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	73687495	rs820218	G	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,55:0.24:229
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chr17	73702253	rs2305529	G	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=52;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.794;SC=CAGACAGCACGTGGATCTGGG;SOR=0.217;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=108;TCF=25;TCR=83;TR=72;WE=73702261;WS=73702243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr17	73702317	rs820230	A	G	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1491;ReadPosRankSum=0.966;SC=GGGGTGGGCCACTTCGGGGTC;SOR=0.286;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=69;WE=73702325;WS=73702307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr17	73702402	rs820229	T	C	5510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=58;PP=2965;SC=GTGATCCTGATTTCTGCTTTA;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=94;TCR=58;TR=151;WE=73702410;WS=73702392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	73720638	rs820166	C	T	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=937;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CAGGGCCCTGCCTCTGGCGGC;SOR=0.973;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=50;WE=73720646;WS=73720628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,63:0.82:77
chr17	73720727	rs3862481	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=6.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,63:0.28:226
chr17	73720900	rs820167	A	G	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=52;PP=1513;SC=TCCTGGCAGGATCATCCCTTG;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=70;WE=73720908;WS=73720890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	73723239	rs2584100	G	A	4114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=44;PP=1780;ReadPosRankSum=0.715;SC=TTTGCTGAGCGCCTCCCCATT;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=167;TCF=104;TCR=63;TR=114;WE=73723247;WS=73723229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,188:0.68:276
chr17	73723453	rs34275940	GC	G	4415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=56;PP=2551;SC=AATGGGTGCTGCCCCCCAGTG;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=80;WE=73723461;WS=73723443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	73725239	rs56375128	C	CA	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=1.245;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr17	73728127	rs188704955	G	A	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=1183;ReadPosRankSum=-0.023;SC=AATGAAGCAGGACTCCTGTGC;SOR=0.420;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=66;WE=73728135;WS=73728117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,72:0.71:102
chr17	73732025	rs820174	C	T	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=24;PP=1695;SC=GCTAGCGGCACCCTGGCTCCC;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=81;WE=73732033;WS=73732015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	73732045	rs820175	T	C	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=35;PP=2136;SC=CACAGCTCTGTTCCCACAGGC;SOR=1.194;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=101;WE=73732053;WS=73732035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	73732522	rs820176	T	G	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=1294;ReadPosRankSum=1.969;SC=CACAGGGCAGTGTGGGCAGGA;SOR=0.346;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=67;WE=73732530;WS=73732512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr17	73732810	rs820177	A	C	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=42;PP=1040;SC=GGTTGCTGAGAGCCTAGGCAG;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=73732818;WS=73732800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	73733315	rs820179	G	C	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=13;PP=1237;SC=GAGGCAGATCGCAGAGTAGGG;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=58;WE=73733323;WS=73733305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	73738802	rs139130590	C	T	4536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=4.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,225:0.76:295
chr17	73739715	rs189848011	T	C	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.440;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=1108;ReadPosRankSum=-1.339;SC=TGGGCTGGGCTGGGCAGGGTC;SOR=1.092;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=78;WE=73739723;WS=73739705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,97:0.69:141
chr17	73746146	rs820387	T	C	6030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=70;PP=2806;SC=CCCCTGGTGGTGAAGGGGGAT;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=97;TCR=70;TR=167;WE=73746154;WS=73746136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	73751042	rs3988219	C	CACAT	8483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=106;PP=2976;SC=CACGTGCACACGCATGCACAC;SOR=1.536;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=135;TCF=26;TCR=109;TR=132;WE=73751050;WS=73751032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	73752999	rs2249613	C	G	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=54;PP=2749;SC=GGGCCGCAGACGCTGAAGGCA;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=126;WE=73753007;WS=73752989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	73753503	rs871443	T	C	7681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.166;SC=ACAGATGGGCTGACCCTGGGG;SOR=0.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=92;TCR=117;TR=208;WE=73753511;WS=73753493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr17	73753661	rs9367	C	T	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.04;NF=49;NR=107;PP=2802;SC=ACCCCCGCCACGTCCCACTAG;SOR=1.560;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=170;TCF=62;TCR=108;TR=156;WE=73753669;WS=73753651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	73759038	rs35008831	TC	T	5744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=53;PP=2970;SC=GTGGGCACACTCCCACCCAGG;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=92;WE=73759046;WS=73759028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	73759304	rs820386	G	T	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.015;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1333;ReadPosRankSum=1.042;SC=TCCAGGGAGAGTCCCTGCCAC;SOR=0.081;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=76;WE=73759312;WS=73759294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,93:0.97:96
chr17	73759552	rs7209235	G	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=752;ReadPosRankSum=0.191;SC=ATGGTAAGAGGGGCTGCCTGG;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=45;WE=73759560;WS=73759542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr17	73760626	rs56038529	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,70:0.25:279
chr17	73760820	rs55715426	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,31:0.28:110
chr17	73780506	rs11655389	G	A	444.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5496;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=273;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GAACCTAGCTGTACTAAGTAT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=20;WE=73780514;WS=73780496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr17	73780747	.	G	A	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,101:0.25:409
chr17	73805856	.	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=559;ReadPosRankSum=1.567;SC=TGAAAGAATTCCGCACAGAGC;SOR=0.548;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=169;TCF=113;TCR=56;TR=48;WE=73805864;WS=73805846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,69:0.27:253
chr17	73809807	.	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,74:0.20:363
chr17	73812909	rs9908146	A	G	6248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=61;PP=2582;SC=CCACCCAGCCAGGTCCTGTCC;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=96;TCR=61;TR=157;WE=73812917;WS=73812899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	73813181	.	CAGAGCCTGTGCTGATGAGCCTGTAGGACTGG	C	2846	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=2846;QD=20;SC=GGGCAGTCCCCAGAGCCTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=73813219;WS=73813171;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr17	73816026	rs11868471	A	G	12180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=138;NR=150;PP=2965;SC=AGAGCTCTGCACCCGTGAACA;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=139;TCR=150;TR=288;WE=73816034;WS=73816016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr17	73819525	rs8078208	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=3.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,67:0.33:204
chr17	73824121	rs7210574	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,25:0.20:128
chr17	73826406	rs2290769	G	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=0.065;SC=GGCCAGGACGGGACCATGGAG;SOR=0.730;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=5;WE=73826414;WS=73826396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr17	73827205	rs1135688	T	C	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,52:0.28:188
chr17	73828903	rs112267124	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,72:0.25:293
chr17	73830996	rs17581728	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,32:0.28:115
chr17	73832384	rs74410877	C	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=3.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=1.420;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,66:0.28:237
chr17	73833039	.	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=460;ReadPosRankSum=1.045;SC=CAGGGAGGAGGAAATTGCCTT;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=25;WE=73833047;WS=73833029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr17	73833087	rs142821095	C	CCCTCCTCCAGGGCCCCTGGTGGAGAA	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=2809;ReadPosRankSum=0.895;SC=GGAATCGCCTCCCATCCACCA;SOR=1.489;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=7;WE=73833095;WS=73833077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr17	73836162	rs7223416	C	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=406;ReadPosRankSum=0.943;SC=CGGTGTAGCTCGGCTGCGAGC;SOR=0.498;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=33;WE=73836170;WS=73836152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
chr17	73836839	rs374832914	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.250;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,14:0.14:101
chr17	73837142	rs8067076	A	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,52:0.33:159
chr17	73837209	rs11868308	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr17	73838816	rs3744006	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=273;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CCAGCAGCATGGGGGGCCAGC;SOR=0.436;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=21;WE=73838824;WS=73838806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr17	73838857	rs11870883	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=312;ReadPosRankSum=1.046;SC=TGGGTGCTCCCGCCAAGAGTC;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=33;WE=73838865;WS=73838847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,37:0.26:143
chr17	73839214	rs3744008	G	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-1.852;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr17	73839366	rs3744009	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=-0.505;SC=CACGGGGTCACCTTGGGGACC;SOR=0.807;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=13;WE=73839374;WS=73839356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr17	73839498	rs9903200	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=1.095;SC=TGCCATCAGCGTCGGCCGGCA;SOR=0.946;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=12;WE=73839506;WS=73839488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr17	73840243	rs3744010	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=233;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CAGGGCACCCGTACCCGAGAC;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=21;WE=73840251;WS=73840233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,50:0.33:150
chr17	73844748	rs2290771	A	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=0.666;SC=AGCCACCTGAAAGGGGAAGGA;SOR=0.719;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=25;WE=73844756;WS=73844738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr17	73847613	rs936393	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr17	73847799	rs936391	G	A	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,49:0.36:136
chr17	73871467	rs3744017	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=497;ReadPosRankSum=0.595;SC=GAGGGGGCACGGGCGTCCACT;SOR=0.545;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=118;TCF=81;TCR=37;TR=38;WE=73871475;WS=73871448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,54:0.34:159
chr17	73871911	rs3744021	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=165;ReadPosRankSum=1.937;SC=CTGGATGGGCGCCAGGCCTGG;SOR=0.165;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=14;WE=73871919;WS=73871901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr17	73872948	rs1055129	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=0.337;SC=ACAGCCCTACACTCGGGTCCC;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=7;WE=73872956;WS=73872938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
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chr17	73874071	rs4600514	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=0.351;SC=TCGAGCGGCCGTAGGTGGCGC;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=13;WE=73874079;WS=73874061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr17	73874138	rs4072479	G	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=119;ReadPosRankSum=0.159;SC=GTCCGCGGAGGGCGGGGCTGC;SOR=2.286;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=10;WE=73874146;WS=73874128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr17	73886888	rs3760128	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr17	73887807	rs11270925	TGCACACACACACGTGCTCACA	T	537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.405;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.370;NF=7;NR=0;PP=2432;ReadPosRankSum=0.273;SC=CATACGAACATGCACACACAC;SOR=3.111;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=7;WE=73887835;WS=73887797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr17	73888354	rs34974290	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,94:0.27:351
chr17	73888423	rs7222755	A	G	3352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=2.608;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,100:0.28:352
chr17	73888427	rs7222757	A	C	3376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=2.159;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,101:0.29:346
chr17	73888672	rs3744028	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=0.292;SC=GGGCTGAGGGTCAGGGATGTG;SOR=0.443;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=15;WE=73888680;WS=73888662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr17	73888743	rs3744027	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GCTCAGCCCCGCTCCCTGCTG;SOR=0.657;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=13;WE=73888751;WS=73888733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr17	73894804	rs7370	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=0.532;SC=TGGGCCTGACGGGAGGGGGCC;SOR=0.336;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=9;WE=73894812;WS=73894794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr17	73897033	rs111405920	A	AC	3612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.653;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:494,180:0.27:674
chr17	73897046	rs9902371	A	G	6121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.655;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:510,187:0.27:697
chr17	73900688	rs3744015	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=313;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCTGCTCTGCTCGGCGCCGGT;SOR=0.742;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=27;WE=73900696;WS=73900678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,37:0.26:140
chr17	73906934	rs9302994	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr17	73909948	rs55793071	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=602;ReadPosRankSum=-1.313;SC=AGGTGGGAGGCTGGGGGTGCC;SOR=0.751;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=46;WE=73909956;WS=73909938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,75:0.28:264
chr17	73911152	rs61739332	C	T	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=540;ReadPosRankSum=1.306;SC=CCGTGACCTTCCTTTGCTCCT;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=47;WE=73911160;WS=73911142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,71:0.31:227
chr17	73913729	rs4788912	C	G	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=181;SC=AGTGAGGTCACGGGAGTGCCG;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=73913737;WS=73913728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	73913965	rs11288315	TC	T	1903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=18;PP=1602;SC=CAGCAGCTGCTCCCCCTTCCC;SOR=1.160;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=44;WE=73913973;WS=73913955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	73914058	.	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=328;ReadPosRankSum=-0.476;SC=CCCGCTCCTGGGAGGTGGTGA;SOR=0.414;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=29;WE=73914066;WS=73914048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,44:0.30:148
chr17	73917623	.	G	A	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,67:0.50:133
chr17	73922941	rs2305913	T	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=0.136;SC=AGAAGTCCTCTCAATGGGTCT;SOR=0.619;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=20;WE=73922949;WS=73922931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr17	73926121	rs1135889	C	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=109;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CTCTGAGATACCTGAAACCTA;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=11;WE=73926129;WS=73926111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr17	73931787	rs59867239	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,35:0.30:115
chr17	73931847	rs7218498	C	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=196;ReadPosRankSum=-2.949;SC=AGGCGTCAGACCTTTCAGATG;SOR=1.299;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=16;WE=73931855;WS=73931837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr17	73934130	rs2608882	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=320;ReadPosRankSum=1.701;SC=GGTCCTTGCCGCCCAGCCCCC;SOR=0.798;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=28;WE=73934138;WS=73934120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,41:0.32:130
chr17	73942976	rs2666003	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=2.025;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr17	73944596	rs2666005	T	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=0.890;SC=TAGACATAATTATATGCATAT;SOR=0.582;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=17;WE=73944604;WS=73944586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
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chr17	73953404	rs11077798	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=369;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TCAAGTGATCTGCCCACCTCA;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=20;WE=73953412;WS=73953394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr17	74017554	rs74955334	G	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.334;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,7:0.13:53
chr17	74017573	rs78569674	C	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.042;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,6:0.11:55
chr17	74019544	.	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.229;NF=16;NR=24;PP=538;ReadPosRankSum=1.259;SC=CCTGGGTCTTCCCCAGGGACC;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=40;WE=74019552;WS=74019534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr17	74035543	rs7409	T	C	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=25;PP=939;SC=CAGCGGCCCCTTTCCCAGGAG;SOR=0.966;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=42;WE=74035551;WS=74035533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	74036912	rs2598444	A	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=10;PP=722;SC=AAACAGTAGTATGGGGTGTGA;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=74036920;WS=74036902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	74037208	rs2598445	G	A	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	74039867	rs1530834	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=8;PP=913;SC=GCTGACTCCATAACCTGCCAG;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=74039875;WS=74039857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	74046672	rs2665972	A	G	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=39;PP=1228;SC=CTAATGGGAGAGGAGCAAAAT;SOR=0.955;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=64;WE=74046680;WS=74046662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	74056413	rs2665998	C	T	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=31;PP=1249;SC=CCAAGAGACCCTCAGTGCCCC;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=74056421;WS=74056403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	74063523	rs4789241	G	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=52;PP=1601;SC=TATACTTATGGTTACTAGAAT;SOR=1.396;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=79;WE=74063531;WS=74063513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	74066303	rs10699209	C	CAAAA	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;QD=36.63;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	74066447	rs2443168	T	A	9217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=89;PP=2965;SC=ACATCTTGTATGTGATACTAA;SOR=0.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=117;TCR=90;TR=206;WE=74066455;WS=74066437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr17	74077797	rs1043149	C	T	22169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=263;NR=278;PP=2965;SC=CTCCCTGGTGCAGGCCCTGCC;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=542;TCF=264;TCR=278;TR=541;WE=74077805;WS=74077787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,830:1.00:830
chr17	74080443	rs2305347	C	T	6142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=96;PP=2965;SC=CTTCCCCAAACACCCTTGGTC;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=169;WE=74080451;WS=74080433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	74083064	rs143090577	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GGTTAGAAACGGCATGTCAAC;SOR=0.458;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=15;WE=74083072;WS=74083054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr17	74086512	.	C	T	4032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1523;ReadPosRankSum=-0.851;SC=ACACAAGCAGCGTTTATCCAG;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=185;TCF=83;TCR=102;TR=110;WE=74086520;WS=74086502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,196:0.64:308
chr17	74261677	rs2585751	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.618;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr17	74261929	rs71382201	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=432;ReadPosRankSum=-0.005;SC=TGGGGGGCCCAGCCGCTGCGT;SOR=0.652;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=42;WE=74261937;WS=74261919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,49:0.28:174
chr17	74270069	rs71815	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=-0.514;SC=ACAGCGGGTATTTCCCTTTCC;SOR=1.270;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=11;WE=74270077;WS=74270059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr17	74270112	rs71382202	G	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr17	74270426	.	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=1.124;SC=CCCAGGGAGGTTGAGAGCAGT;SOR=0.910;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=16;WE=74270434;WS=74270416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr17	74273165	rs164011	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CTGATTTTCTGGTGGCTTTAG;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=7;WE=74273173;WS=74273164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr17	74273299	rs73350377	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=2.971;SC=AAGGTGCTGCGGGCGGCTGCG;SOR=0.516;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=16;WE=74273307;WS=74273289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr17	74274998	rs347676	G	A	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=20;PP=1306;ReadPosRankSum=1.238;SC=TCTCCACACTGTCCCACAGCA;SOR=0.995;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=77;WE=74275006;WS=74274988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,85:0.76:112
chr17	74275030	rs182972	T	C	8078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.84;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	74275030	.	TG	CA,CG	1740	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=73,96;NR=42,58;PP=1740,304;QD=15.5953728249;SC=CACGTTCCGCTGGGCCCTCCG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=99;TCR=59;TR=115,154;WE=74275039;WS=74275020;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.73:158
chr17	74275031	rs4789266	G	A	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=3.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=2.855;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,151:0.70:216
chr17	74276067	rs164010	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=-1.650;SC=TCTGCCCTCACCCCCTGAAGA;SOR=0.122;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=74276075;WS=74276057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr17	74276315	rs73350386	G	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=358;ReadPosRankSum=-0.198;SC=GTGCTGTCCCGATCCTGGGGG;SOR=0.672;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=78;TCR=63;TR=39;WE=74276328;WS=74276305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,69:0.32:215
chr17	74283214	.	C	A	233	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=49;MMLQ=23;MQ=62.72;NF=13;NR=8;PP=233;QD=12.7510101213;SC=GAGGGCAGGGCCAAGCCAGCT;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=21;WE=74283222;WS=74283204;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:44,21:0.32:65
chr17	74283253	rs8072620	A	G	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=52;PP=2575;SC=CCCTGGAGCTAAAGAGTGGGG;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=129;WE=74283261;WS=74283243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	74283769	rs346785	T	C	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=5;PP=819;SC=ACAATCCAGGTCAAAGACAGT;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=74283777;WS=74283759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	74286082	rs4789273	C	T	5545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=41;PP=1838;SC=CTTTTGCTTTCTCCTGCCAAA;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=94;WE=74286090;WS=74286072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	74286106	rs4789274	C	T	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.08;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	74286173	rs17509527	A	G	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=45;PP=1440;SC=GGAAAGCAGAAGCCTTATGAT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=77;WE=74286181;WS=74286163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	74287204	rs2279052	C	G	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=55;PP=1863;SC=CTACTGAGCTCTCCCATCAGA;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=74287212;WS=74287194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	74287389	rs2279053	T	C	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=67;PP=2184;SC=AGGAATTCCATGTCGGTCCGA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=72;TCR=67;TR=139;WE=74287397;WS=74287379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	74287594	rs2279054	G	A	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	74288564	rs35035566	CTGA	C	21366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.953;NF=91;NR=159;PP=2969;ReadPosRankSum=10.007;SC=CCAAACCACGCTGATGATCTG;SOR=0.764;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=272;TCF=105;TCR=167;TR=250;WE=74288574;WS=74288554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:62,485:0.89:547
chr17	74289242	rs3803736	T	C	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=857;ReadPosRankSum=-2.052;SC=CCAGGCCATGTTGATCGACGA;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=192;TCF=90;TCR=102;TR=66;WE=74289250;WS=74289232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,110:0.35:316
chr17	74289500	rs3803737	G	A	5734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=77;PP=2965;SC=GCTCATCCACGACAAATGGTA;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=98;TCR=77;TR=174;WE=74289508;WS=74289490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	74289705	rs6501880	A	G	10232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=0.021;SC=GTCTCTGGCCAAGGGTAAGTC;SOR=0.487;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=111;TCR=147;TR=255;WE=74289713;WS=74289695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,394:0.99:397
chr17	74289839	rs6501881	G	A	6631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=84;PP=2965;SC=GTCGTGGCACGCCAGCTTCAT;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=85;TCR=85;TR=168;WE=74289847;WS=74289829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	74289875	rs6501882	C	T	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=82;PP=2965;SC=GCTGCTGTCTCCCAGTACCAG;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=104;TCR=83;TR=186;WE=74289883;WS=74289865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	74289908	rs6501883	A	G	7007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=90;PP=2965;SC=TTTGTTCCCTACTGGAAACCC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=192;WE=74289916;WS=74289898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr17	74290097	rs7225131	T	A	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=76;PP=2205;SC=TAAGTGTTTCTGAGCCCTGGT;SOR=1.563;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=105;WE=74290105;WS=74290087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	74300497	rs73996306	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=444;ReadPosRankSum=-0.305;SC=CTGGTTCACCGCTTGTGAGGC;SOR=0.666;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=47;WE=74300505;WS=74300487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,63:0.34:183
chr17	74300916	rs8068457	G	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=0.519;SC=ACTGAGAGACGGCCAGCCCCC;SOR=0.761;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=12;WE=74300924;WS=74300906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr17	74301070	rs8068763	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=161;ReadPosRankSum=2.470;SC=CCCTACACACGCACACTCACA;SOR=0.930;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=18;WE=74301090;WS=74301060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
chr17	74307737	rs10459	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.805;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,56:0.22:249
chr17	74308891	rs61440609	T	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
chr17	74310084	rs56194157	A	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr17	74324729	rs346791	C	A	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=24.76;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	74326553	rs449114	G	A	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	74326556	rs399029	A	T	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.77;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	74381555	rs2247856	G	A	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=9;PP=494;SC=AGGGAATGACGCCGGTGCTCC;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=74381575;WS=74381545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	74381567	rs346803	G	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=514;SC=CGGTGCTCCTGCAGCCACGGC;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=74381575;WS=74381545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	74386996	.	G	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=981;ReadPosRankSum=0.770;SC=CTCTCCCACGGTGATGCTCTT;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=95;TCR=43;TR=63;WE=74387004;WS=74386986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,85:0.48:178
chr17	74387284	rs3803739	C	T	7504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=93;PP=2965;SC=GAGGCCAGGCCCTGGGCACCG;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=181;WE=74387292;WS=74387274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr17	74398514	rs11652985	G	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=4;PP=648;SC=AATAGGCCACGGCAGATAAGG;SOR=2.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=74398522;WS=74398506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	74401204	.	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=259;ReadPosRankSum=1.352;SC=GCAAGAGCACGGAGGAGGCTG;SOR=0.575;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=27;WE=74401212;WS=74401194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
chr17	74401405	rs11290311	AG	A	6752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=80;PP=2974;SC=GTCCTGGGGGAGGGGAGGAGA;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=14;TCR=86;TR=93;WE=74401413;WS=74401395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	74468552	rs12942767	A	G	6792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=68;PP=2965;SC=AAGATAAATGAGGCGGTGGAG;SOR=1.002;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=102;TCR=68;TR=169;WE=74468560;WS=74468542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	74470000	rs201325813	A	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.677;QD=4.12;ReadPosRankSum=-3.086;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,69:0.26:261
chr17	74473115	.	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=2.439;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,22:0.24:93
chr17	74473286	.	G	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=350;ReadPosRankSum=-0.846;SC=CCCATCGGGGGAGACAGGGGA;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=28;WE=74473294;WS=74473276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr17	74475024	rs3744045	G	A	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=888;ReadPosRankSum=-0.188;SC=CGGTGGGTGCGGGGCGTGGGG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=57;WE=74475032;WS=74475014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,89:0.75:118
chr17	74475409	rs150316415	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,43:0.30:144
chr17	74475975	rs3809694	C	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=582;ReadPosRankSum=-1.342;SC=GTGGTGTGTGCAGCCCAGGTC;SOR=0.910;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=37;WE=74475983;WS=74475965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,65:0.70:93
chr17	74476045	rs3826287	G	C	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=567;ReadPosRankSum=0.927;SC=CTTCAACCCTGATTTATGCCC;SOR=0.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=25;WE=74476053;WS=74476035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr17	74476089	rs138608987	ATGTGTGTGTG	A,ATGTGTGTGTGTG	465.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.102;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.87;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,11,6:0.61,0.33:18
chr17	74477340	rs3826288	A	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=337;ReadPosRankSum=1.012;SC=GGCTGCACAGACAGCAGCTGT;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=25;WE=74477348;WS=74477330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr17	74477691	rs11870168	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr17	74527846	rs3217541	T	TG	2549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=53;PP=2140;SC=TCCAGGATAGTGGGGGCTGAA;SOR=1.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=55;WE=74527854;WS=74527836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	74534650	rs9914222	G	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=296;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GTCCAGAGAGGCACCGGATAG;SOR=0.564;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=29;WE=74534658;WS=74534640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,52:0.31:169
chr17	74536333	rs77817682	C	G	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.39;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	74536335	rs201716822	G	GT	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.185;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
chr17	74536337	rs8176324	G	C	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=10.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.80;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,48:0.86:56
chr17	74536762	rs2289607	G	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=0.944;SC=TGCGTGCACCGTATCCTGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=12;WE=74536770;WS=74536752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr17	74538466	rs4647881	A	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=252;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TGGGGGTGACATTTCTACTCT;SOR=2.636;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=13;WE=74538474;WS=74538456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr17	74539025	rs3803740	C	T	2970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.112;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=31;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.368;SC=AAGGGAGAGGCGGTGCTCGGA;SOR=1.010;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=147;TCF=92;TCR=55;TR=92;WE=74539033;WS=74539015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,138:0.64:215
chr17	74539092	rs4318240	C	T	9534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=113;NR=101;PP=2965;SC=TGCTGATCTGCTCTGGTTTTC;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=218;TCF=114;TCR=104;TR=214;WE=74539100;WS=74539082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr17	74540492	rs2278639	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=0.911;SC=GCTGGGGAGGCGCTCAGGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=6;WE=74540500;WS=74540482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr17	74540917	rs895157	A	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,59:0.26:224
chr17	74541137	rs4648339	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr17	74541171	rs5742903	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,23:0.24:94
chr17	74554739	rs4648343	C	G	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=17;PP=1351;SC=AAATGAGTAGCGTCTTTGCCC;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=67;WE=74554747;WS=74554729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	74555365	rs62086581	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=316;ReadPosRankSum=-1.929;SC=ATGGTGCGATCTTGGCTCAGC;SOR=0.382;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=20;WE=74555373;WS=74555355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr17	74557681	rs4510053	A	C	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=54;PP=2596;SC=TGTTTGTAAGATTTGTTTACA;SOR=0.938;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=135;WE=74557689;WS=74557671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	74557803	rs60161580	GT	G	3728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.308;NF=5;NR=83;PP=1629;ReadPosRankSum=0.951;SC=TGGCTCCATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=104;TCF=7;TCR=97;TR=88;WE=74557811;WS=74557791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,182:0.97:187
chr17	74559066	.	C	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=4.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,61:0.34:181
chr17	74559287	rs4451979	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=28;PP=637;SC=ATGCGTTCTTTGGGCTTCATC;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=74559295;WS=74559277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	74563653	rs2241918	A	G	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=72;PP=2064;SC=AAAAAGAGACATTTCAGCTCA;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=136;WE=74563661;WS=74563643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	74570408	rs7207173	A	G	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=38;PP=1809;SC=GCAGGAAGCTAAGGCAGAAGG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=74570416;WS=74570398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	74581914	rs3135934	C	G	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=38;PP=1169;SC=GCGAGCGCCCCGTCCGCTGAC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=74581922;WS=74581904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	74581945	rs12449329	AA	GC	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=29;PP=1740;SC=GAAGGGAGAGAACCGGGTGGG;SOR=1.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=74581954;WS=74581935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	74582025	rs1867561	G	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=341;SC=TGCGGCGCCTGCCCGCCCGGC;SOR=2.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=74582033;WS=74582015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	74621635	rs2286595	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.536;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr17	74625865	rs11433733	G	GT	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.890;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr17	74639530	rs719430	T	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,48:0.38:126
chr17	74681435	rs2286593	A	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=495;SC=CTACAACGAGACAGCCAGAGA;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=74681443;WS=74681425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	74684598	rs4788942	C	T	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=73;PP=2698;SC=CTGCGGCCAGCAGACAAAGGG;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=135;WE=74684606;WS=74684588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	74684858	rs7219390	T	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=457;SC=CTTGCAGGAATGTCAGAGGAT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=74684866;WS=74684848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	74707050	rs71383084	G	C	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=146;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=85;SC=CGCCGAGTGCGGGCCAGCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=74707058;WS=74707040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	74707086	rs372946783	CGTCGCCGCGCCCG	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	74716759	rs12943725	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=15;PP=352;SC=GAGAAACCCAATACGGTGCCC;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=74716767;WS=74716749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	74721488	rs36106744	C	CA	83.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.213;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr17	74728938	rs4789351	C	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=TTTATACAAACCCAGAAAGAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=74728946;WS=74728928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	74729588	rs34243161	C	CT	693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.780;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,56:0.39:142
chr17	74732507	rs237058	A	G	13487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=221;PP=2965;SC=ACCTGGAACGACTCCGACTCC;SOR=1.145;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=342;TCF=115;TCR=227;TR=335;WE=74732515;WS=74732497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr17	74733099	rs237057	G	A	6693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=98;PP=2965;SC=TGGTGTAGCGGTCCCGCGGGA;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=71;TCR=98;TR=169;WE=74733107;WS=74733089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr17	74733403	rs3744061	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=-0.153;SC=TAGCGCACCTGAGTAACAACT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=7;WE=74733411;WS=74733393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr17	74734323	rs237054	G	A	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=8;PP=934;SC=CCTGGCTCCTGCATCTGCCTT;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=74734331;WS=74734313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	74734598	rs237053	C	T	3384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=61;PP=1735;SC=TGAAAATAAACGTTCATTATA;SOR=1.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=29;TCR=62;TR=90;WE=74734606;WS=74734588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	74736999	.	CTTT	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,14:0.17:80
chr17	74750215	rs11399997	C	CT	6874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=56;PP=2967;SC=TCAGGAACAACTCGGCATTTG;SOR=0.737;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=20;TCR=60;TR=76;WE=74750223;WS=74750205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	74750331	rs116719	C	T	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	74857515	rs499828	A	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr17	74909875	rs11652970	G	A	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1063;ReadPosRankSum=-0.721;SC=AAGTAAGAAGGAGACTGAAAA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=71;WE=74909883;WS=74909865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,138:0.70:196
chr17	74920957	rs3889146	G	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=565;ReadPosRankSum=-1.977;SC=CTCTGCACTTGTACAGTTCAT;SOR=0.956;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=35;WE=74920965;WS=74920947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,42:0.37:115
chr17	74921072	rs3889145	G	C	4623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=65;PP=1896;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CGCCAGGCCGGGGAAGCTGCC;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=210;TCF=112;TCR=98;TR=140;WE=74921080;WS=74921062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,213:0.69:309
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chr17	74922636	rs12450749	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.301;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=220;ReadPosRankSum=0.897;SC=AGGGACACACGGGGAGGTTGC;SOR=0.156;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=21;WE=74922644;WS=74922626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr17	74922652	rs11653088	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=7.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr17	74936429	rs920851	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-2.625;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,62:0.19:325
chr17	74944151	rs71384132	C	T	3935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.078;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=86;PP=2521;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TCCTGAACAGCCAGGACGCCT;SOR=0.463;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=269;TCF=123;TCR=146;TR=163;WE=74944159;WS=74944141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,183:0.63:292
chr17	74944585	rs11870033	T	C	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=8;PP=1049;SC=CGTAACACATTTCCTTACCCA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=74944593;WS=74944575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	74944709	rs9894270	T	C	8610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.32;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr17	74944709	.	TGGTCC	CGGTCC,CGGTCG	1707	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=19;MQ=59.93;NF=88,22;NR=73,26;PP=1707,593;QD=10.8184547363;SC=CGGTGCTGTGTGGTCCCTGCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=161,48;WE=74944722;WS=74944699;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:161
chr17	74944714	rs57502449	C	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=6.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.998;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,74:0.25:292
chr17	74944934	rs3803745	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.120;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=32;PP=675;ReadPosRankSum=1.929;SC=CGCCTCTGCCGCCCTGCCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=34;WE=74944942;WS=74944924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr17	75085226	rs3214724	TC	T	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.377;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=360;ReadPosRankSum=0.533;SC=TGTTACTTTTTCCCCCAAGGT;SOR=0.033;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=14;WE=75085234;WS=75085216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr17	75085260	rs2247814	C	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.596;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=299;ReadPosRankSum=0.743;SC=GAGAAATATCCCCCGACGATT;SOR=0.336;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=27;WE=75085268;WS=75085250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr17	75085322	rs11868249	A	G	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=34;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CGTTGATGAGAGCATTCGAAG;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=95;WE=75085330;WS=75085312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,159:0.67:237
chr17	75085434	rs2678770	G	A	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=665;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GCCAAGTTGTGGGTGCAGCAT;SOR=0.602;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=181;TCF=86;TCR=95;TR=53;WE=75085442;WS=75085424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,82:0.30:269
chr17	75190786	.	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=7.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.093;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,15:0.14:108
chr17	75190846	rs673918	A	C	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=46;PP=2128;SC=TTCCATCACGACCTCTTCAGA;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=113;WE=75190854;WS=75190836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	75199580	rs12602668	A	G	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=32;PP=1749;SC=ATTCCTGTTAAGGGTCTTAGA;SOR=1.148;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=92;WE=75199588;WS=75199570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	75202848	.	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.291;NF=19;NR=16;PP=468;ReadPosRankSum=-1.114;SC=GAAGGAAGTTCCTCATTTATG;SOR=0.440;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=35;WE=75202856;WS=75202838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr17	75207966	rs2280269	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	75303298	rs4789439	T	C	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=67;PP=2049;SC=CTCGCTCCGCTCTGGCCCCAC;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=106;WE=75303306;WS=75303288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	75369578	rs7217986	T	C	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	75401190	rs2164449	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=350;ReadPosRankSum=0.835;SC=GGTGCTGGATGCACAGGGACG;SOR=1.047;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=31;WE=75401198;WS=75401180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,39:0.34:114
chr17	75401310	rs2117924	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr17	75478481	rs425139	C	T	7213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.251;SC=CCCAGGGCGGCCCACAAGCCT;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=142;TCR=162;TR=216;WE=75478489;WS=75478471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,340:0.71:478
chr17	75478809	rs149896636	C	CACCGCAGCCT	798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.459;NF=1;NR=6;PP=2722;ReadPosRankSum=1.392;SC=CACCGCACCCCGGCCAGAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=75478817;WS=75478799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,19:0.95:20
chr17	75483719	rs9902607	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=199;ReadPosRankSum=-1.945;SC=CATCACACACAGTCAGTGGCC;SOR=0.327;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=75483727;WS=75483709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr17	75483729	.	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=-2.523;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr17	75484156	rs441670	C	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.599;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=611;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CCAGGGGAACCGTCACCGGCC;SOR=2.105;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=31;WE=75484164;WS=75484149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr17	75484200	rs35261301	TC	T	1659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.12;MQRankSum=0.690;NF=20;NR=17;PP=1280;ReadPosRankSum=0.727;SC=GCCATTAATTTCCCGGTGTCT;SOR=0.548;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=37;WE=75484208;WS=75484190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,63:0.69:91
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chr17	75485014	rs426885	A	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.267;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=804;ReadPosRankSum=-0.304;SC=CTGGGACTGCAAGACGGTGCT;SOR=1.981;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=36;WE=75485022;WS=75485004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr17	75488973	rs2627198	C	T	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.266;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TTGGGGGACCCCAGGCTCAGG;SOR=0.698;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=58;WE=75488981;WS=75488963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
chr17	75489015	rs188747	T	C	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=30;PP=1491;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GGGGAGGGAATTGCCTTCCCG;SOR=1.213;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=89;WE=75489023;WS=75489005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,110:0.71:155
chr17	75489216	rs312797	C	T	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.839;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=998;ReadPosRankSum=-1.361;SC=CTTCTGCTGACCCAGAGCCTG;SOR=1.306;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=55;WE=75489224;WS=75489206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,59:0.70:84
chr17	75489244	rs167498	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.841;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=602;ReadPosRankSum=1.706;SC=CGCCTGAGCCAGGGACTCGTG;SOR=1.885;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=30;WE=75489252;WS=75489234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr17	75489282	rs61127839	C	CA	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=651;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TTGCCCCACCCAGAGGGAGGG;SOR=2.326;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=15;WE=75489290;WS=75489272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr17	75494705	rs2627223	A	G	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.06;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	75494787	rs5822173	T	TC	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=25;PP=733;SC=GTCATTTCCGTCCCCCCCCAG;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=25;WE=75494795;WS=75494777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	75834770	rs9910282	A	G	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=567;ReadPosRankSum=3.025;SC=CTGCTCAAGAAGAAATCTTGG;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=35;WE=75834778;WS=75834760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr17	75878480	.	AGT	A	57	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=2;NR=3;PP=57;QD=14.0;SC=CATGTGTGCAAGTGTGTGTGT;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=5;WE=75878489;WS=75878470;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,5:0.20:25
chr17	76073299	.	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=299;ReadPosRankSum=1.452;SC=CACGCCTTCACCGTTCTTGCC;SOR=0.440;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=20;WE=76073307;WS=76073289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr17	76114101	rs62079068	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.166;SC=AGGGAAGGGCGACCAGGGCTG;SOR=0.269;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=76114109;WS=76114091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr17	76114963	rs2748430	C	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=-3.243;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr17	76114975	rs2748429	G	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=618;ReadPosRankSum=-2.568;SC=AGTGTCCCAGGCTCTGCCCAG;SOR=0.409;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=23;WE=76114983;WS=76114953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr17	76115181	rs2252496	A	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=470;ReadPosRankSum=0.500;SC=CCTCCCCGAGATCAGGCTGGT;SOR=0.544;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=34;WE=76115189;WS=76115171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr17	76115353	rs2748428	T	C	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=30;PP=1300;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GGCCAGACAGTAGGAGGCAAG;SOR=0.701;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=79;WE=76115361;WS=76115343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,112:0.73:154
chr17	76116017	rs743047	C	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr17	76116153	rs2926778	T	C	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.349;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,82:0.65:126
chr17	76117361	rs2073285	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=1.252;SC=CTCCAAGATCTGGCCCTCCCC;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=17;WE=76117369;WS=76117351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr17	76117570	rs2613520	G	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.637;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=428;ReadPosRankSum=0.645;SC=GCCTCCCCAGGGGGCAGGTGC;SOR=2.465;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=21;WE=76117578;WS=76117569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr17	76117971	rs1997978	G	A	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.369;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=80;PP=1814;ReadPosRankSum=0.493;SC=CCCTCCAGGCGCAGAGAGGAC;SOR=0.464;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=158;TCF=42;TCR=116;TR=112;WE=76117979;WS=76117961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,117:0.70:167
chr17	76120065	rs2613522	A	G	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=4.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,100:0.68:148
chr17	76127849	rs146880338	T	TG	1138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.870;HP=9;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=411;ReadPosRankSum=1.322;SC=AGACGGTGCGTGGGGGGGGTG;SOR=0.518;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=25;WE=76127859;WS=76127839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,59:0.69:85
chr17	76128360	rs2221636	G	A	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=45;PP=1783;ReadPosRankSum=1.473;SC=CACGCCGTCCGGTGGGCCCGC;SOR=1.020;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=111;WE=76128368;WS=76128350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,131:0.68:192
chr17	76128386	rs1354985	G	C	4198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=65;PP=2288;ReadPosRankSum=-2.541;SC=GACTCTCAGCGCGGCCCCAGC;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=102;TCR=84;TR=142;WE=76128394;WS=76128376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,186:0.74:250
chr17	76128662	rs1396149	G	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=679;ReadPosRankSum=0.487;SC=CCAGGGCCCAGAGCGTGGCGA;SOR=0.255;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=31;WE=76128670;WS=76128652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr17	76129034	rs60591028	C	T	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.259;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=886;ReadPosRankSum=0.997;SC=CTAAGAGGACCTCTGCTCCTC;SOR=0.454;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=50;WE=76129042;WS=76129024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,65:0.73:89
chr17	76129360	rs9889313	C	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=678;ReadPosRankSum=1.687;SC=CTCTGTGGGCCCTTGTAAGAC;SOR=0.907;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=40;WE=76129368;WS=76129350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr17	76129636	rs417780	T	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=552;ReadPosRankSum=-1.194;SC=GAGAGCGAGGTCCACACCTTC;SOR=1.445;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=35;WE=76129644;WS=76129626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr17	76129910	rs58590476	A	C	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.610;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=727;ReadPosRankSum=1.221;SC=CTCCTCCAGCAGCCCCTGGTC;SOR=1.858;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=43;WE=76129918;WS=76129900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,50:0.82:61
chr17	76130575	rs7208422	A	T	6181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=89;PP=2623;ReadPosRankSum=2.514;SC=AACGTACTCAACGGGCTCCTG;SOR=0.506;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=259;TCF=140;TCR=119;TR=182;WE=76130583;WS=76130565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,291:0.69:422
chr17	76130947	rs62079073	G	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=801;ReadPosRankSum=1.637;SC=GCCTTTTCCCGCAGGAGTCCC;SOR=0.973;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=47;WE=76130955;WS=76130929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr17	76131070	rs12452890	G	A	3793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=57;PP=1616;ReadPosRankSum=0.667;SC=CCAACACGGAGGTCAACCTCA;SOR=0.633;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=167;TCF=85;TCR=82;TR=108;WE=76131078;WS=76131060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,182:0.66:275
chr17	76133693	rs55694641	C	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=426;ReadPosRankSum=0.590;SC=TTCTATCAGACACCAGGCAAG;SOR=0.772;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=27;WE=76133701;WS=76133683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr17	76133746	rs12449680	A	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=1.568;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,73:0.68:108
chr17	76134828	rs7221365	C	A	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=64;PP=1851;ReadPosRankSum=2.027;SC=TCAGGGCAGCCGGGGCCATGG;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=53;TCR=95;TR=99;WE=76134836;WS=76134818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,126:0.66:191
chr17	76137198	rs369764	T	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=28;PP=800;SC=CTGTAACCCCTACCCCTGCCT;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=76137206;WS=76137188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	76142402	rs2310998	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=177;ReadPosRankSum=-0.148;SC=CACCCACCCAGGGAGCATCCC;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=13;WE=76142410;WS=76142392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr17	76142795	rs748708	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=353;ReadPosRankSum=0.659;SC=GGGGGGAGGGGCGCAAAAGAG;SOR=1.581;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=19;WE=76142803;WS=76142785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr17	76143009	rs7217374	G	A	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1114;ReadPosRankSum=-1.479;SC=GGCATAGCCTGCTGCAGGGAG;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=79;WE=76143017;WS=76142999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,117:0.69:169
chr17	76157242	.	C	T	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=729;ReadPosRankSum=0.172;SC=CAAGTCCAGTCCAGACCTGCT;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=81;TCR=102;TR=61;WE=76157250;WS=76157232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,120:0.33:363
chr17	76181342	.	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=-2.525;SC=TGTCCCTAGTGGTATGCAGAC;SOR=0.298;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=6;WE=76181350;WS=76181332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr17	76198754	rs35822441	T	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=581;ReadPosRankSum=-1.011;SC=GGGCGGGCCTTGCTCACACGC;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=59;WE=76198762;WS=76198744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,59:0.35:171
chr17	76218857	rs4789559	G	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,41:0.40:103
chr17	76219123	.	TAGACTAGCTGGGGTGCCC	T	349	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=349;QD=392.0;SC=CTGGGGTGCCTAGACTAGCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=1;WE=76219148;WS=76219113;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,1:0.20:5
chr17	76219591	rs2071214	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=291;ReadPosRankSum=-0.096;SC=GGAAACTGCGGAGAAAGTGCG;SOR=0.805;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=26;WE=76219599;WS=76219581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,45:0.33:136
chr17	76228048	rs186093980	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.120;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr17	76228088	rs8068943	T	A	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=15;PP=587;SC=ACCCGTCCCCTCCCGCCGGCC;SOR=0.927;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=28;WE=76228096;WS=76228078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	76230111	.	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;ReadPosRankSum=1.104;SC=AGGCAAGGCAGATCCCAGCCA;SOR=0.705;SbPval=0.37;Source=Platypus;TCR=78;TR=51;WE=76230119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,60:0.29:210
chr17	76235962	rs140627927	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=165;ReadPosRankSum=0.807;SC=TCTGTTCTGTCCACTCTCCCC;SOR=0.709;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=19;WE=76235970;WS=76235952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,34:0.29:119
chr17	76267843	rs872359	G	A	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=61;PP=1944;ReadPosRankSum=-0.546;SC=GGTATCTCCCGACATGAGCAC;SOR=0.707;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=158;TCF=77;TCR=81;TR=114;WE=76267851;WS=76267833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,157:0.69:227
chr17	76268010	rs880316	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=274;ReadPosRankSum=-1.593;SC=CAGTGGCTCCCTCATCCTCTG;SOR=0.841;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=30;WE=76268018;WS=76268000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,31:0.25:125
chr17	76392525	rs79745319	A	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=0.481;SC=AACATGCCACAGCTTTTTGTG;SOR=0.170;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=8;WE=76392533;WS=76392515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
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chr17	76394195	rs2292645	T	C	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=625;ReadPosRankSum=1.153;SC=TTTGTGGTGTTGGTGTCCGAG;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=175;TCF=104;TCR=71;TR=55;WE=76394203;WS=76394185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,72:0.30:243
chr17	76394449	rs2292644	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=444;ReadPosRankSum=0.967;SC=GGCATGCAAGCCTGGCCCCTC;SOR=0.795;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=27;WE=76394457;WS=76394439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr17	76395421	rs2292643	G	A	4037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.83;ReadPosRankSum=1.873;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,95:0.77:123
chr17	76395430	rs2292642	C	T	4482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.11;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,122:0.79:154
chr17	76395750	rs12450500	C	T	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr17	76396963	rs3817294	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=416;ReadPosRankSum=-1.543;SC=ACACCCTTCTATGGCTGTGGG;SOR=1.197;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=26;WE=76396971;WS=76396953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr17	76399904	.	G	A	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=46;PP=1507;ReadPosRankSum=0.949;SC=GCGGAGCGCGGGGCAAAGGTC;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=112;TCR=105;TR=94;WE=76399912;WS=76399894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,152:0.46:332
chr17	76400236	rs3744219	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=546;ReadPosRankSum=-1.837;SC=AGGGGGTGGGGAGCCCTGGCG;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=26;WE=76400244;WS=76400226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr17	76400251	rs3744218	C	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr17	76400258	rs3744217	G	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.86;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr17	76400268	rs3826323	C	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.57;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr17	76410871	rs3744216	G	A	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=24;PP=1012;SC=AGGGCAGGCCGCCTTTCTCTT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=55;WE=76410879;WS=76410861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	76411154	rs3833108	T	TG	651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=15;PP=554;SC=AGGGTGTGGCTGGGGGCCCAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=76411162;WS=76411144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	76415665	.	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
chr17	76422473	rs4969188	T	C	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=17;PP=1308;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GGGTGTGGGGTGTGCCGAGCT;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=66;WE=76422481;WS=76422463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr17	76423097	rs2271613	G	A	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	76424482	rs651806	A	G	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=24;PP=1461;SC=ACCCAAGCCCAAGGCTGGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=77;WE=76424490;WS=76424472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	76433685	rs2289757	A	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=7;PP=711;SC=AGGCCGTGGCATGGGATGGGG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=76433693;WS=76433679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	76433898	rs12941494	T	C	5354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=69;PP=1892;ReadPosRankSum=-1.279;SC=CGTGCTGTAGTGCTCCAGCTT;SOR=0.267;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=127;WE=76433906;WS=76433888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr17	76435448	rs12150123	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-0.732;SC=GTTTTAAAACCCATCTTAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=76435456;WS=76435438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr17	76446248	.	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=122;ReadPosRankSum=-0.229;SC=GGCACTGCCCGATGGCTGTGT;SOR=1.153;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=10;WE=76446256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr17	76446313	.	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-1.638;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr17	76447835	rs2305038	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CACCTTTCACCCCAGCCCCAG;SOR=1.296;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=7;WE=76447843;WS=76447825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr17	76449233	.	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=0.046;SC=TCCTAATTGGGAAGTGGCCCC;SOR=0.110;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=76449241;WS=76449226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr17	76451629	.	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr17	76451921	rs8069561	A	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-2.322;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,43:0.23:184
chr17	76456352	rs623336	T	C	5745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=84;PP=2186;SC=GGAAGGAAGATGGACAGGAGA;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=152;WE=76456360;WS=76456342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	76457808	.	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=0.780;SC=AGGAGAAACCGAGAAACAGCA;SOR=1.074;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=9;WE=76457816;WS=76457798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,17:0.19:91
chr17	76458906	rs75758039	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr17	76475340	rs80091359	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.703;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=190;ReadPosRankSum=0.144;SC=AAGTGGGAGGGAATTTGCTGT;SOR=1.565;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=14;WE=76475348;WS=76475330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
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chr17	76482432	rs691151	A	G	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.936;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GCAGGTACAGAATCGTTTGGA;SOR=0.553;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=237;TCF=105;TCR=132;TR=91;WE=76482440;WS=76482422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,127:0.35:362
chr17	76486997	.	GG	AA	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=168;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GTTCTGGGGTGGGGGTTACTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=5;WE=76487006;WS=76486987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr17	76488856	.	G	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.510;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,48:0.21:225
chr17	76488937	rs10655360	G	GTTTTTTTTT	408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;QD=37.16;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	76490991	rs72927807	G	A	5585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.004;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=68;PP=2371;ReadPosRankSum=-2.792;SC=GCTGCTGCCCGCATCTCAAAC;SOR=0.464;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=200;TCF=115;TCR=85;TR=153;WE=76490999;WS=76490981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,249:0.80:313
chr17	76491127	rs691652	TG	CC	10743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=103;PP=2947;SC=CCCTCGGCCATGAGCATGATC;SOR=1.113;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=63;TCR=104;TR=166;WE=76491136;WS=76491117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	76491194	rs11077375	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=722;ReadPosRankSum=-0.134;SC=GGAGGTCAGCGGTGCCTGTGG;SOR=1.107;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=36;WE=76491202;WS=76491184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr17	76491211	rs11077376	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.013;HP=3;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=615;ReadPosRankSum=0.571;SC=GTGGGCTTCTGCCCACTCCCT;SOR=1.628;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=31;WE=76491219;WS=76491201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr17	76495050	rs691291	C	T	5645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=53;PP=2255;SC=ACGAGCCAGTCACCCGACGTG;SOR=0.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=130;WE=76495058;WS=76495040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	76496492	rs2028734	A	G	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=85;PP=2689;SC=CGGGGCCGGCAGGGGCTCCAC;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=154;WE=76496500;WS=76496482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	76496577	rs2028735	C	T	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=50;PP=1544;SC=TGTGTGCCAGCGACCCCATGG;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=81;WE=76496585;WS=76496567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	76497920	rs690844	C	A	5231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=76;PP=2364;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TGAGGTTCCCCATGAGCAGCG;SOR=0.566;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=255;TCF=125;TCR=130;TR=160;WE=76497928;WS=76497910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,251:0.60:415
chr17	76498346	rs141632101	CCTT	C	1329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.660;NF=7;NR=20;PP=782;ReadPosRankSum=1.243;SC=GGTAAATTCTCCTTCTTTTCA;SOR=0.652;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=27;WE=76498356;WS=76498336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,41:0.27:152
chr17	76498393	rs73380870	A	G	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,38:0.26:146
chr17	76498406	rs930572	A	G	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=63;PP=2427;SC=TTTTTTTTAAAGACTCTCAGT;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=107;WE=76498414;WS=76498382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	76498692	rs930571	C	T	6411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	76498844	rs7218164	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=623;ReadPosRankSum=1.457;SC=TAACGCAGACATTCCTGCTGA;SOR=0.472;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=34;WE=76498852;WS=76498834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr17	76501401	.	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,29:0.23:128
chr17	76502734	rs11077378	T	C	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=197;SC=GCGGTTGAGGTAGAGGTGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=76502742;WS=76502724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	76503527	rs9894913	G	A	8542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=109;PP=2965;SC=GGGAACCACCGGGCTGTGCTC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=114;TCR=111;TR=223;WE=76503535;WS=76503517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr17	76503593	rs9896398	T	C	6460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=96;PP=2965;SC=GGGAGCTGGGTGCGGATGTCT;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=81;TCR=96;TR=177;WE=76503601;WS=76503583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	76503966	rs9902653	T	C	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=52;PP=1531;SC=TTCCAGGACATAGACTGAAGC;SOR=1.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=74;WE=76503974;WS=76503956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	76506607	rs867654	G	A	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=39;PP=1557;SC=AAAAAATCCAGGCAGGATTCA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=76506615;WS=76506597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	76511195	.	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=1.289;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,14:0.16:85
chr17	76525475	rs884714	T	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
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chr17	76525864	rs4597380	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr17	76533269	rs111781371	A	AAAAG	748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=3.428;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.148;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
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chr17	76554114	rs62075923	A	G	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,56:0.20:277
chr17	76554147	rs4969171	A	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-2.265;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,91:0.23:389
chr17	76557862	rs894966	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.371;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=377;ReadPosRankSum=3.004;SC=CCAGGCTCCATTTGAGCTGCC;SOR=1.114;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=34;WE=76557870;WS=76557852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,41:0.23:175
chr17	76558159	rs2376587	T	C	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=35;PP=736;SC=TCTTCAGGAGTGAGAGAATGT;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=76558167;WS=76558149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	76562967	.	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-2.043;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr17	76567107	.	C	T	3257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;PP=1295;ReadPosRankSum=0.019;SC=TCGTTGGCTTCCTTCAGCCCT;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=95;TCR=97;TR=92;WE=76567115;WS=76567097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,163:0.51:322
chr17	76567707	rs894968	T	C	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=26;PP=1453;SC=AGCAGCCGAGTGTCCCAGAAC;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=71;WE=76567728;WS=76567697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	76567719	.	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,35:0.26:135
chr17	76567720	.	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,42:0.30:140
chr17	76567753	.	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,50:0.30:164
chr17	76571217	.	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=33;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TCCCCAATTTCCCACCCATCC;SOR=0.676;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=6;WE=76571225;WS=76571207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr17	76672002	rs1126607	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,40:0.25:160
chr17	76672192	.	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,39:0.22:180
chr17	76794774	rs3744799	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr17	76794981	rs2279308	A	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=3.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,85:0.25:341
chr17	76798548	rs71964596	TTTTTTC	T	673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.580;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr17	76799795	rs1057040	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=122;ReadPosRankSum=-0.344;SC=TGTGGGAGGCGCGTCTCTGAG;SOR=0.650;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=12;WE=76799803;WS=76799785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr17	76799860	rs3088040	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr17	76799898	rs9302885	A	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr17	76809019	rs117840411	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=0.998;SC=CTCGGGCGGCCGGGAAGGGAG;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=17;WE=76809027;WS=76809009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr17	76817090	rs3744793	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=6.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,62:0.27:232
chr17	76867185	rs55743137	G	T	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=31;PP=942;SC=ACAACCTGTAGCTGGGGTACA;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=76867193;WS=76867175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	76887615	.	G	A	2767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.708;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=40;PP=1437;ReadPosRankSum=-1.054;SC=AGATGCTGGGGACACGGCTTC;SOR=0.918;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=236;TCF=135;TCR=101;TR=98;WE=76887623;WS=76887605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,138:0.43:319
chr17	76897733	rs12941365	G	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=1.475;SC=TAGGCCAAGCGACTTCACTCT;SOR=2.012;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=76897741;WS=76897723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr17	76897974	rs4789936	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-2.339;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,24:0.26:93
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chr17	76988785	rs11891	G	A	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=23;PP=778;SC=GGCCAAGAACGCCGACATGTG;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=76988793;WS=76988775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr17	77081788	rs4789879	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=481;ReadPosRankSum=-1.627;SC=GAGGAGGAGAGCTTCACCTGT;SOR=0.590;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=40;WE=77081796;WS=77081778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,60:0.32:187
chr17	77082359	.	C	T	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,87:0.43:203
chr17	77083180	rs57241083	C	G	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=495;ReadPosRankSum=0.438;SC=GGAAGTGGCTCTGAGGCAGTC;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=42;WE=77083188;WS=77083170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,64:0.34:187
chr17	77086806	rs62063826	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.559;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
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chr17	77086851	rs148863918	G	GT	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr17	77087005	rs112100897	C	CA	672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.975;QD=4.64;ReadPosRankSum=1.982;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,30:0.21:145
chr17	77088790	rs11286198	GA	G	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=2.327;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr17	77089515	rs4789891	G	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=189;ReadPosRankSum=-1.479;SC=CTGCACGGAGGGCCCAAGAGC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=10;WE=77089523;WS=77089507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr17	77089629	rs12602626	T	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr17	77089630	rs371204042	GA	G,GAA	525.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,28,27:0.42,0.40:67
chr17	77089873	rs60453390	CCA	CCACA,C	125.90	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.4989;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1,1;NR=9,9;PP=217,23;SC=CAACAGCTGGCCACACACACA;SOR=1.022;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10,10;WE=77089884;WS=77089863;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
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chr17	77093022	rs114881471	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
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chr17	77102966	rs36122090	T	TC	1085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=663;SC=GGCCAGATTCTCCCCACCCTT;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=77102974;WS=77102956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	77681036	rs73410309	G	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr17	77704912	rs8074547	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.910;NF=14;NR=4;PP=229;ReadPosRankSum=0.401;SC=ATGAGAGGCCTGGCCGTCCTC;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=18;WE=77704920;WS=77704902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr17	77705045	rs8074728	T	C	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.988;NF=36;NR=21;PP=696;ReadPosRankSum=2.187;SC=ACGACCAGGATGTGGACACCC;SOR=0.861;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=57;WE=77705053;WS=77705035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,74:0.34:220
chr17	77707168	rs375922133	GC	G	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr17	77709073	.	G	A	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=3.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,110:0.27:414
chr17	77709124	.	G	T	5350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=63;PP=2020;ReadPosRankSum=0.532;SC=CTACCTCCGGGAGAGCATCGC;SOR=0.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=361;TCF=196;TCR=165;TR=143;WE=77709132;WS=77709114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,282:0.43:655
chr17	77709283	.	G	A	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=59;PP=1379;ReadPosRankSum=0.765;SC=CCTGGACTACGGACCAAACGG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=109;TCR=174;TR=97;WE=77709291;WS=77709273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,140:0.34:414
chr17	77751983	rs71368052	C	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=295;SC=GCGCGGCGGTCCGGGCGGGTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=77751991;WS=77751976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	77757523	.	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.979;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,25:0.19:131
chr17	77758177	.	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=4.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,35:0.22:157
chr17	77758484	rs3751956	G	A	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.649;NF=49;NR=37;PP=1464;ReadPosRankSum=1.088;SC=GTGAGAAGCTGGCTTCCAGAG;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=86;WE=77758492;WS=77758474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,133:0.70:191
chr17	77758691	rs3751957	G	A	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=884;ReadPosRankSum=0.179;SC=GACAGAACCCGTCAGTGTCCG;SOR=0.595;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=263;TCF=140;TCR=123;TR=79;WE=77758699;WS=77758681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,131:0.30:438
chr17	77768654	rs4889891	C	A	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.418;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=47;PP=2263;ReadPosRankSum=-1.160;SC=CAGGCCCCCCCCAGAGCTGGG;SOR=0.543;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=110;WE=77768662;WS=77768644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr17	77768749	.	T	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=745;ReadPosRankSum=1.018;SC=CCCTGTGCTTTATCACCCTGG;SOR=0.598;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=246;TCF=139;TCR=107;TR=73;WE=77768757;WS=77768739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,93:0.27:345
chr17	77769398	rs61013672	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=409;ReadPosRankSum=-1.123;SC=GGCAGGGCCCTGTCCACCCCC;SOR=0.320;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=26;WE=77769406;WS=77769388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr17	77770679	.	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.308;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=295;ReadPosRankSum=0.486;SC=AACCCGGGCCGGGAGGGGAGG;SOR=0.388;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=21;WE=77770687;WS=77770669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,27:0.26:102
chr17	77772068	rs9905914	G	A	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=16;PP=780;SC=TCCCAACGTGGGCGGCGGACA;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=77772076;WS=77772058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	77808961	rs61737009	G	A	4226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.464;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=50;PP=1908;ReadPosRankSum=-1.037;SC=GCTGGTAGGGGTGGTGCTTCT;SOR=0.929;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=225;TCF=129;TCR=96;TR=127;WE=77808969;WS=77808951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,199:0.62:320
chr17	77809666	rs28476629	C	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=883;ReadPosRankSum=0.135;SC=GCAGGTCAGGCCTCTGCGCCC;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=40;WE=77809674;WS=77809656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr17	77915796	.	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.418;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TTCTGAGAACGAGCTGGTGGG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=11;WE=77915804;WS=77915786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr17	77916134	rs2650236	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=0.777;SC=AGCCCAGCTCGGGGGCCGTGT;SOR=1.473;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=77916142;WS=77916124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr17	77926491	rs4889804	G	A	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,76:0.32:238
chr17	77984141	rs35922784	C	T	4258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=60;PP=1842;ReadPosRankSum=0.370;SC=GCGGCTCCCGCCCCTCCTCGG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=85;TCR=81;TR=123;WE=77984149;WS=77984131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,196:0.76:259
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chr17	78010710	rs3752040	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.392;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
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chr17	78020943	rs80017238	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr17	78021037	rs7207441	A	G	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.935;SC=CTCAGTGGCAATTAAGCCCTG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=81;WE=78021045;WS=78021027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,101:0.65:155
chr17	78021214	rs7212525	T	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=449;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GCCACCCACCTGCTGAGGTCA;SOR=0.902;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=35;WE=78021222;WS=78021204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr17	78021260	rs7212643	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=0.480;SC=CACAGGCCCTTCTGTGCAAGG;SOR=1.329;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=16;WE=78021268;WS=78021250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr17	78023614	rs7219552	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=718;ReadPosRankSum=1.223;SC=CTGGCCCACCGGAGGGAGACC;SOR=0.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=37;WE=78023622;WS=78023604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr17	78023722	rs2289531	C	T	3631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1549;ReadPosRankSum=-1.706;SC=TGGTAAGATTCCAGGCTGCCC;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=102;WE=78023730;WS=78023712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,169:0.70:240
chr17	78039867	rs8082554	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=363;ReadPosRankSum=-1.007;SC=GGGATGGATGCGTGGCTCAGG;SOR=0.737;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=32;WE=78039875;WS=78039857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,52:0.41:126
chr17	78055758	rs35578653	T	G	7790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=104;PP=2965;SC=AGACGGATGCTGCCATCCGGG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=104;TCR=105;TR=208;WE=78055766;WS=78055748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	78058432	rs715041	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=1.095;SC=CTGTGCGTTTGGAATATCTCC;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=11;WE=78058440;WS=78058422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr17	78061317	rs11150839	A	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=558;SC=GAGAGACAAAACCTGGCTCAC;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=78061325;WS=78061307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	78061353	rs11150840	G	A	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=11;PP=921;SC=GCCTGCGGGCGAGGACCCGTA;SOR=1.888;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=46;WE=78061361;WS=78061343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	78064064	.	G	A	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=16;NF=94;NR=113;PP=2965;QD=20;SC=GGACGCGCGCGGGCACGTGCA;Source=Platypus;TCF=96;TR=207;WE=78064072;WS=78064054;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,207:0.98:212
chr17	78064216	.	CAGCACGTGCATGAACAACACAGGACACACACA	C	2158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.39;QD=39.25;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	78069097	rs1982243	G	A	3355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=39;PP=1660;ReadPosRankSum=-0.323;SC=AGCAGGAGAAGATGATCCGTG;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=92;TCR=56;TR=106;WE=78069105;WS=78069087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,155:0.68:228
chr17	78069324	rs1561810	C	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.394;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,50:0.30:167
chr17	78069367	rs12601244	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr17	78071052	rs12952612	T	C	5493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=55;PP=2310;SC=AGGCCACCGATGAGTGCACCA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=90;TCR=56;TR=144;WE=78071060;WS=78071042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	78071247	rs59252872	A	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=301;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GCCATGGAACATGCCACTCAC;SOR=0.489;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=94;TCF=24;TCR=70;TR=29;WE=78071255;WS=78071237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,46:0.34:137
chr17	78073201	rs55990144	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=5;PP=345;SC=CCTTCACGCCGTCCCTTTTCA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=78073209;WS=78073191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	78073355	rs56407805	A	G	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=28;PP=1311;SC=CCCTGCAGACACGCCTTAAGC;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=78073363;WS=78073345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	78073562	rs2304854	A	G	5550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=54;NR=69;PP=2126;SC=TCGAGTCACCAGGGCCCTCCT;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=123;WE=78073570;WS=78073552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	78073589	rs2304853	T	C	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	78078709	rs1800300	T	C	16964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=247;NR=170;PP=2965;SC=CCCGCGGCTGTTGCTACATCC;SOR=0.987;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=419;TCF=248;TCR=171;TR=417;WE=78078717;WS=78078699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr17	78079481	rs8069491	C	G	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=23;PP=1233;SC=CTGTCCTTGGCGTGCGGGTTG;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=63;WE=78079489;WS=78079471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	78079509	rs12452721	T	G	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=31;PP=1401;SC=GAGAGTAAGGTGGCTGTGGGG;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=78079517;WS=78079499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	78079544	rs3816256	C	G	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=46;PP=1752;SC=CCCATCTCTTCTAGATCAAAG;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=99;WE=78079552;WS=78079534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	78079597	rs1042393	A	G	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=56;PP=1734;SC=GAGACCCCGCATGTCCACAGC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=78079605;WS=78079587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	78079669	rs1042395	G	A	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=44;PP=1239;SC=GTGATCGTGCGCCGGCAGCTG;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=78079677;WS=78079659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	78081526	rs3071247	A	AGCAGCGG	6292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=73;PP=2980;SC=CCCACGGTACAGCGGCGGGCG;SOR=1.432;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=12;TCR=80;TR=83;WE=78081534;WS=78081516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	78081551	rs2304845	T	C	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=52;PP=1285;SC=GCGGGGGCACTGAGCTGGGGA;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=78081559;WS=78081541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	78081707	rs2252455	G	A	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=28;PP=816;SC=TAAGCTGCCCGCCGCCCAGCG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=78081715;WS=78081697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	78081982	rs2241888	G	A	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=20;PP=1224;SC=TGAGCTCCTCGTGGGGAGAGA;SOR=1.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=78081990;WS=78081972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	78082005	rs2241887	C	T	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=26;PP=1567;SC=CTCAACTCTCCGCCTGTGATT;SOR=1.462;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=84;WE=78082013;WS=78081995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	78082504	rs1800304	G	A	4265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	78083726	rs2278619	A	G	8527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr17	78084507	rs2304844	G	C	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=7;PP=1148;SC=TCTCCCCACTGCAGCCTCTCG;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=78084515;WS=78084497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	78084688	rs2304843	C	A	11347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=1.608;SC=GGGGACTACCCCACCCTCCTC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=122;TCR=120;TR=241;WE=78084696;WS=78084678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,441:1.00:443
chr17	78084940	rs199788201	GC	G	489.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.89;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr17	78084942	rs4889817	G	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.47;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr17	78086003	rs2304839	C	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=42;PP=706;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GAGGCCCAGACCACCCGGGGC;SOR=0.385;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=191;TCF=40;TCR=151;TR=55;WE=78086011;WS=78085993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,60:0.30:199
chr17	78086043	rs2304838	C	T	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.059;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=57;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.829;SC=TCTCCCCACCCGCTGCCTGCA;SOR=0.307;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=94;TCF=8;TCR=86;TR=64;WE=78086051;WS=78086033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr17	78086531	rs2304837	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=255;ReadPosRankSum=0.210;SC=ACCAGGAGGGGCTGCTCAGCA;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=26;WE=78086539;WS=78086521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr17	78086846	rs2304836	A	G	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=67;PP=2163;SC=GGGTGGCGGCATGGCAGGTGG;SOR=0.991;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=122;WE=78086854;WS=78086836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	78086953	rs2304833	G	A	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1310;ReadPosRankSum=0.209;SC=CTCCCGAGGCGGGGACTCCAG;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=66;WE=78086961;WS=78086943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,78:0.71:110
chr17	78087041	rs1800309	G	A	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=1.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,111:0.28:397
chr17	78087109	rs1800310	A	G	11827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr17	78087260	rs72850840	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.798;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr17	78090928	rs2304832	G	A	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.69;SOR=2.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	78090928	.	GCCCT	ACCCC,ACCCT	1197	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1,13;NR=25,82;PP=251,1197;QD=11.7103028793;SC=GGGACCCTAAGCCCTGGGGAG;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=96;TCF=13;TCR=83;TR=26,95;WE=78090940;WS=78090918;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.27:96
chr17	78090932	rs2304831	T	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr17	78091405	rs1126690	G	A	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=47;PP=1986;SC=CCAGGTGCCAGTAGAGGCCCT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=108;WE=78091413;WS=78091395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	78092063	rs1042397	G	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=854;ReadPosRankSum=-0.297;SC=CCAAGGGTGGGGAGGCCCGAG;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=54;WE=78092071;WS=78092053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,69:0.71:97
chr17	78110005	rs111252606	C	A	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=779;ReadPosRankSum=1.770;SC=AGAAGTGAAGCCAATGAGAGC;SOR=0.837;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=52;WE=78110013;WS=78109995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,94:0.79:119
chr17	78111449	rs2289535	A	C	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=771;SC=ACTGGATGTAAAAACTTTTTC;SOR=2.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=32;WE=78111457;WS=78111439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	78111877	rs2361710	T	C	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=30;PP=1191;SC=TCTTGATTTATGTCATTCAGA;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=73;WE=78111885;WS=78111867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	78114991	rs8082247	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=2.037;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr17	78115484	rs935117	A	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr17	78120808	.	C	CTG	80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=58.2;NF=1;NR=3;PP=80;QD=26.25;SC=GCCGACCTCGCTGCCGCTGCC;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=4;WE=78120816;WS=78120798;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr17	78155182	rs9906472	A	C	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=17;PP=1411;SC=GGTCCTGCTTACCTGACAACT;SOR=1.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=78155190;WS=78155172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	78157592	rs11656949	C	T	2709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=38;PP=1743;SC=CATGCTCACCCGCCCACATGC;SOR=0.829;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=85;WE=78157600;WS=78157582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	78158063	rs4889991	G	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=553;SC=GCACCCCGGCGCGACCCTGCT;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=78158071;WS=78158053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	78162170	rs28674001	G	A	8719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=85;NR=85;PP=2965;SC=CCTCCCCACCGCACAGCTGTA;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=85;TCR=86;TR=170;WE=78162178;WS=78162160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr17	78164427	rs12942414	A	G	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.908;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr17	78166326	rs61751629	G	A	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=664;ReadPosRankSum=-1.328;SC=CAGGACCAGGGAGCCCTGTCC;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=75;TCR=100;TR=52;WE=78166334;WS=78166316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,87:0.29:300
chr17	78171944	rs2066964	G	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
chr17	78175483	rs2304856	T	C	4160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=47;PP=1871;ReadPosRankSum=0.460;SC=GCGCCTTCTGTCTTCTGGCTG;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=105;TCR=66;TR=122;WE=78175491;WS=78175473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,190:0.71:268
chr17	78175807	rs11356264	TC	T	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=174;ReadPosRankSum=0.460;SC=GTGCCCCAGGTCCCCAGGAGG;SOR=0.752;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=7;WE=78175815;WS=78175797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr17	78175854	rs3813063	C	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=380;ReadPosRankSum=0.079;SC=CCCACTGACTCCAGTGCCAGA;SOR=0.910;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=31;WE=78175862;WS=78175844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr17	78176233	rs8069255	T	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=549;ReadPosRankSum=0.283;SC=AGCAGCTGCCTCGAGCTCGGT;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=42;WE=78176241;WS=78176223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr17	78178170	rs4889996	A	G	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=1261;ReadPosRankSum=1.609;SC=CACAGGGGCCACTGGCTCCAA;SOR=0.586;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=32;WE=78178197;WS=78178160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr17	78178182	rs4889836	T	C	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.63;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr17	78178189	rs4889997	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.61;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr17	78178830	rs11653893	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=187;ReadPosRankSum=1.468;SC=CCTCTCCTCCACAGGCTCCAG;SOR=0.743;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=13;WE=78178838;WS=78178820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr17	78178893	rs11652075	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.743;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=530;ReadPosRankSum=0.212;SC=TACCCTGGTGCGGCCCCATCG;SOR=1.032;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=35;WE=78178901;WS=78178883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr17	78180618	rs4889998	A	C	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.422;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=8;PP=1442;ReadPosRankSum=-1.933;SC=GGCAAGCTCTATTCCCTCATC;SOR=0.217;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=83;TCR=9;TR=72;WE=78180626;WS=78180611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,75:0.77:97
chr17	78181918	rs111745899	C	A	889.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=8.025;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.93;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,42:0.89:47
chr17	78184679	rs9894254	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr17	78187795	rs141802955	C	T	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=886;ReadPosRankSum=-0.680;SC=AGCCTCACTCCGGACCACCCC;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=153;TCR=121;TR=82;WE=78187803;WS=78187785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,143:0.29:491
chr17	78187954	rs6565647	A	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=625;ReadPosRankSum=1.026;SC=CCTGAAACACAGGAGGGGCCG;SOR=0.529;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=176;TCF=67;TCR=109;TR=53;WE=78187962;WS=78187944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,66:0.30:220
chr17	78188963	rs4889839	G	A	4520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=57;PP=1924;SC=CATGAGGTCCGGGGCCCCCGG;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=105;WE=78188971;WS=78188953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	78189009	rs4889840	C	T	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=792;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TGTTCTCCCACGGCCCTCCCA;SOR=0.425;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=55;WE=78189017;WS=78188999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,71:0.70:101
chr17	78191030	rs9900502	C	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,36:0.22:162
chr17	78191036	rs9900509	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,34:0.22:157
chr17	78193831	rs4889841	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.906;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr17	78196742	rs5822330	T	TGTG	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.113;QD=16.77;ReadPosRankSum=1.956;SOR=0.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr17	78201554	rs6565652	T	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=1.658;SC=AGCAGCAGGATGCTTGAGTCA;SOR=0.283;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=15;WE=78201562;WS=78201544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr17	78201783	rs6565653	T	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=363;ReadPosRankSum=-0.592;SC=GGCTGACATCTTATGCAACCT;SOR=0.740;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=38;WE=78201791;WS=78201773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,49:0.32:153
chr17	78210944	rs8070283	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=636;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CTGAGGCTGCGGTGGCCCCTG;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=36;WE=78210952;WS=78210934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr17	78215441	rs12943906	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=556;ReadPosRankSum=-1.180;SC=AATATTTTAGATGTGTATTCT;SOR=0.651;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=29;WE=78215449;WS=78215431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr17	78215566	rs12942462	T	G	4461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=52;PP=1757;ReadPosRankSum=1.781;SC=TTGGTTCCCTTTAGCATCTCA;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=113;WE=78215574;WS=78215556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,203:0.71:284
chr17	78219065	rs7406843	C	A	7494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GGTGAGTGACCTGTCCGCCTC;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=121;TCR=176;TR=219;WE=78219073;WS=78219055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,342:0.73:470
chr17	78219100	rs7406844	C	T	5310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=102;PP=2613;ReadPosRankSum=0.089;SC=GTTGGACGCCCTAACGTTGTT;SOR=1.118;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=220;TCF=82;TCR=138;TR=153;WE=78219108;WS=78219090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,237:0.69:345
chr17	78219908	rs34818744	T	C	8101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,376:0.69:545
chr17	78221887	rs113361368	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GTTGGGGCCTCGGGCAGCTGC;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=9;WE=78221895;WS=78221877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr17	78222280	rs7209848	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=363;ReadPosRankSum=0.885;SC=CCTGCAGCACACTAGGTTGGG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=23;WE=78222288;WS=78222270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,37:0.82:45
chr17	78222565	rs7214131	A	G	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=49;PP=1723;SC=CCCTGTCCCCAACGCTCTCCA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=95;WE=78222573;WS=78222555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	78222661	rs9904116	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.557;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=596;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GGGTGGTGGCCCCCCACATAT;SOR=0.250;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=38;WE=78222669;WS=78222651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
chr17	78223103	rs8064518	C	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr17	78223170	rs9895606	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=1.601;SC=ATGTGACATCTCTGGGCTGTG;SOR=1.942;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=78223178;WS=78223160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr17	78225055	rs8078855	G	T	2747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=36;PP=1486;ReadPosRankSum=0.634;SC=TGAGATGGCAGGTCTACCAGG;SOR=0.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=81;TCR=47;TR=96;WE=78225063;WS=78225045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,125:0.73:172
chr17	78252770	rs7219131	T	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=55;PP=1194;SC=TGGCACAGCCTGGCACGGCCA;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=78;WE=78252778;WS=78252760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	78264612	.	G	GT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr17	78265667	rs7503557	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.313;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,26:0.25:102
chr17	78272446	rs140780402	CTT	C	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.596;NF=0;NR=10;PP=352;ReadPosRankSum=0.351;SC=AACACACGCTCTTTTAACATT;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=78272455;WS=78272436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr17	78280030	rs8066993	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CTCTTTTCTCCGTCCCTATTT;SOR=0.819;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=14;WE=78280038;WS=78280020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr17	78281088	rs61087724	G	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=2.005;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr17	78286986	rs78857404	G	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=516;ReadPosRankSum=-2.322;SC=TTGGCCGAAGGCTTCTGGGTA;SOR=0.501;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=37;WE=78286994;WS=78286976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,57:0.36:157
chr17	78293189	rs55996424	A	T	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=60;PP=1558;ReadPosRankSum=1.981;SC=AGGGCTATGAAGCACCCGCTG;SOR=0.566;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=109;WE=78293197;WS=78293179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,186:0.72:260
chr17	78298938	rs6565674	A	G	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=45;PP=1327;SC=GGACAACTTCAATGACATTTT;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=81;WE=78298946;WS=78298928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	78302157	rs8082521	C	A	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=58;PP=1870;SC=CCAGGATGAACAATGTGCTGT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=102;WE=78302165;WS=78302147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	78305871	rs10782008	G	A	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=48;PP=1986;SC=AAATGACACCGTGACAGTGAG;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WE=78305879;WS=78305861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	78306102	rs9913636	G	C	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=669;ReadPosRankSum=-2.427;SC=CCTTGAGCTTGAAGAGGTGTA;SOR=0.630;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=202;TCF=107;TCR=95;TR=59;WE=78306110;WS=78306092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,79:0.27:295
chr17	78306280	rs8074015	A	G	6222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=97;PP=2965;SC=GACCACCAGGACCAAAGAGAT;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=74;TCR=98;TR=170;WE=78306288;WS=78306270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	78306308	rs9908287	C	G	4685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=78;PP=2572;SC=AGGACCGAGTCGAACAGATCA;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=47;TCR=79;TR=124;WE=78306316;WS=78306298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	78308136	rs11658902	G	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=337;SC=ACTGTGTGGCGTTCCTAAACT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=78308144;WS=78308126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	78311508	rs4890009	G	A	7096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=63;PP=2965;SC=TGATCCAGGCGCCCAAAGGTG;SOR=1.245;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=120;TCR=63;TR=183;WE=78311516;WS=78311498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	78319136	rs9674961	G	A	7740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=104;PP=2965;SC=GATGCCATCAGTCACTTGACT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=97;TCR=104;TR=201;WE=78319144;WS=78319126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr17	78319380	rs4890012	G	C	4914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=67;PP=2644;SC=GTGGGATCCCGGTTATCATCA;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=140;WE=78319388;WS=78319370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	78323445	rs35993981	T	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr17	78323757	rs7223115	T	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=454;SC=GCCGCAGCCGTGTGGCTTCTG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=78323765;WS=78323747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	78324048	rs9944443	T	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr17	78324352	rs11654408	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=319;ReadPosRankSum=0.643;SC=GTGGGATTAGGGAAACTGAAG;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=17;WE=78324360;WS=78324342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr17	78327229	rs11655038	C	A	5053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=94;PP=2481;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GGAGGCTGAGCACACAGACTC;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=83;TCR=120;TR=161;WE=78327237;WS=78327219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,229:0.75:306
chr17	78327358	rs7216493	G	A	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=36;PP=1290;SC=AGGCGATGGAGACGGAGGCCA;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=78327366;WS=78327348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	78327447	.	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=252;ReadPosRankSum=1.214;SC=AAGGAAACCTCTGAACTCGGA;SOR=0.860;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=19;WE=78327455;WS=78327437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,39:0.30:132
chr17	78327709	rs34269699	G	A	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=37;PP=1290;ReadPosRankSum=1.432;SC=CGTGAGGACCGCCGCCCTGTG;SOR=0.545;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=88;WE=78327717;WS=78327699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,116:0.66:175
chr17	78327745	rs11656211	C	T	3235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=47;PP=1469;ReadPosRankSum=0.491;SC=AGACCCTCATCGCATACGGGC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=168;TCF=89;TCR=79;TR=102;WE=78327753;WS=78327735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,151:0.62:245
chr17	78329159	.	A	G	254	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=65;MMLQ=23;MQ=56.72;NF=0;NR=10;PP=254;QD=28.8771212547;SC=AAGCGGGGTGAACGGGAATGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=78329167;WS=78329149;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr17	78332396	rs9915562	A	G	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=17;PP=515;SC=CAACGTTGACATGGGTGCTTT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=78332404;WS=78332386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	78333840	rs8067292	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,39:0.22:180
chr17	78345567	rs111992928	T	TAC	2082.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=991;ReadPosRankSum=0.043;SC=TATATGTTTATACACACACAC;SOR=0.722;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=24;WE=78345575;WS=78345557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,71:0.57:125
chr17	78348494	rs6565681	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=29;PP=742;SC=CCACTGATGCAGCCCATCACG;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=78348502;WS=78348484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	78351506	rs62077765	A	G	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,133:0.68:197
chr17	78354661	rs4889848	C	T	9328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=89;PP=2965;SC=AGACCGGCCACGTGCTGGGCA;SOR=0.847;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=117;TCR=89;TR=205;WE=78354669;WS=78354651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr17	78355494	rs61745599	C	G	4298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=73;PP=2251;ReadPosRankSum=1.743;SC=CCTGCGCAGGCTTCTCCAAGA;SOR=0.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=144;WE=78355502;WS=78355484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,191:0.69:277
chr17	78359309	rs62077768	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.642;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr17	78362269	rs6565682	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=1.945;SC=GGTTAATGACGGAGAGGGGCG;SOR=1.371;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=78362277;WS=78362259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr17	78362300	rs6565683	A	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=6;PP=404;SC=AGGGATACACAGGGCAGCGCG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=78362308;WS=78362290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	78363054	rs8072774	G	A	5721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=79;PP=2527;ReadPosRankSum=0.136;SC=GCTGTCTGTCGTAGAAGTCAC;SOR=0.569;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=222;TCF=111;TCR=111;TR=168;WE=78363062;WS=78363044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,261:0.76:344
chr17	78367039	rs67516934	CCACAGTGCTGGGCTTACACACGTGAGCCA	C	1046.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.209;QD=22.27;ReadPosRankSum=0.391;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr17	78395734	rs34933300	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,27:0.29:93
chr17	78396091	rs9907097	C	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=145;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TGGGGAAGAGCGGGGGGAGAG;SOR=0.462;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=16;WE=78396099;WS=78396081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr17	78399004	rs4076133	A	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=301;ReadPosRankSum=1.081;SC=ACTTGCCCACATCAACCCCCC;SOR=0.974;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=16;WE=78399012;WS=78398994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr17	78401471	.	C	T	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.880;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1108;ReadPosRankSum=1.144;SC=TCAACAGGTTCACCTCCTGCT;SOR=0.785;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=209;TCF=104;TCR=105;TR=87;WE=78401479;WS=78401461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,156:0.40:390
chr17	78401588	rs8065290	G	T	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=57;PP=1626;SC=CAGGCGCTGCGGCGCTCCTGG;SOR=1.355;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=85;WE=78401596;WS=78401578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
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chr17	78444679	rs28364735	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CGATGTGGGATTCAGCCCAGG;SOR=1.061;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=17;WE=78444687;WS=78444669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr17	78445702	rs1131609	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=0.957;SC=ACAAAAGGCAACTTGGCCACC;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=31;WE=78445710;WS=78445692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,43:0.34:125
chr17	78567271	rs144473725	G	C	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=2.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,107:0.37:291
chr17	78599562	rs17848685	C	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=-0.880;SC=TGGTGAAGACCACGCCCTGTG;SOR=0.547;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=22;WE=78599570;WS=78599552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr17	78617439	rs6565469	T	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr17	78765219	rs4969429	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=253;ReadPosRankSum=-3.601;SC=TGTTCCATTCATGCCGTTCAC;SOR=0.815;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=26;WE=78765227;WS=78765209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,34:0.29:116
chr17	78795868	rs9911574	A	G	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=16;PP=1220;ReadPosRankSum=0.351;SC=GCCGTGCGCCAAGCTTCTGCT;SOR=0.728;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=90;TCR=25;TR=78;WE=78795876;WS=78795858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,98:0.70:141
chr17	78820212	rs3829572	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=400;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GGCAGGGGTGGGCAAGACCAG;SOR=1.099;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=34;WE=78820220;WS=78820202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,40:0.25:163
chr17	78820329	rs3751945	C	T	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=662;ReadPosRankSum=2.365;SC=TCACCATGGGCGTGGAGAACC;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=75;TCR=94;TR=63;WE=78820337;WS=78820319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,95:0.31:302
chr17	78896529	rs2271603	C	T	5624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1208;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:839,359:0.30:1198
chr17	78897547	rs7217786	C	T	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,53:0.26:204
chr17	78897561	rs6565491	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,44:0.29:154
chr17	78921117	rs4969231	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.992;SC=AGTATCTGAACGGCCAGGACT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=12;WE=78921125;WS=78921107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr17	78923151	rs145903677	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=400;ReadPosRankSum=0.245;SC=ACTGCAGCACGTCTGCCAGGA;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=30;WE=78923159;WS=78923141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,40:0.34:118
chr17	78937925	rs3751938	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=626;ReadPosRankSum=0.618;SC=CCGGCATTTCCGGGCCTGAGG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=31;WE=78937933;WS=78937915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr17	78938011	rs3751937	C	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=1079;ReadPosRankSum=0.238;SC=CCGCCCCCCGCAGTGTCTGCC;SOR=0.820;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=49;WE=78938019;WS=78937985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,73:0.62:118
chr17	78938182	.	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=641;ReadPosRankSum=-1.553;SC=CATAGTGAAGCTGTCACTCGC;SOR=0.875;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=45;WE=78938190;WS=78938172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,62:0.37:166
chr17	78938204	rs3751936	G	C	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=1020;ReadPosRankSum=1.402;SC=GGGGCACGGGGCGTCGGCTGC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=59;WE=78938212;WS=78938194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,76:0.63:120
chr17	78965884	.	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.866;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr17	78968524	rs56236825	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=330;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GGCACCCTGTCGGCTGGGGTG;SOR=0.683;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=22;WE=78968532;WS=78968514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr17	78969386	rs4969333	G	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.961;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr17	78969590	rs66738175	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.335;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr17	78970779	rs12951796	G	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,22:0.21:103
chr17	78970909	rs4969334	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=0.944;SC=CCCAACTGTGAGAACCCACAA;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=24;WE=78970917;WS=78970899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr17	78971150	.	C	CCCCCAGGACTGAGCACAGTCACTCAGGCAGTGGGA	2238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;ClippingRankSum=0.000;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=1.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.96;MQRankSum=11.379;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.887;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,49:0.17:287
chr17	78971156	rs60323363	G	A	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=7.651;QD=6.19;ReadPosRankSum=-2.527;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,64:0.20:313
chr17	78971182	rs9989472	C	T	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=3.223;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,62:0.21:299
chr17	78972326	rs10871491	A	G	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=23;PP=676;SC=GGCCGTGGGCAAGCCCTGCTG;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=78972334;WS=78972316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr17	79009153	rs8073224	T	C	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=23.31;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr17	79010839	rs6565527	A	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=346;SC=ACCGGGCAGTAGGCCTTCACC;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=79010847;WS=79010829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	79031612	rs45566238	C	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=346;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CCAAGACTGCCGTGTTTTTGC;SOR=0.461;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=36;WE=79031620;WS=79031602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,51:0.34:150
chr17	79031773	rs373292198	AC	A	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.89;ReadPosRankSum=0.537;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr17	79031787	rs111933912	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=77;ReadPosRankSum=-0.296;SC=CCCCCCCCCCCCCGCCTGGTA;SOR=1.473;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=10;WE=79031795;WS=79031761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr17	79059216	.	T	C	3690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.470;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=29;PP=2962;ReadPosRankSum=0.107;SC=GTTTCCCTTGTGGCTGTTTGG;SOR=0.998;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=97;WE=79059238;WS=79059206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,169:0.65:261
chr17	79059230	rs8080815	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=2.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.276;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,101:0.34:299
chr17	79059376	rs148844869	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.886;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,91:0.26:346
chr17	79060474	rs41292398	C	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr17	79072011	rs72634327	A	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=-2.281;SC=TCATACAACAAGCCCTGCACC;SOR=0.763;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=25;WE=79072019;WS=79072001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,59:0.32:187
chr17	79077957	rs34057293	T	C	5076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=108;PP=2965;SC=ACGTGCCTCCTCAGACCCTAC;SOR=1.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=42;TCR=108;TR=150;WE=79077965;WS=79077947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	79077980	rs57792378	A	C	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=94;PP=2801;SC=TCATGCCACAACCCTCAATAG;SOR=2.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=28;TCR=95;TR=122;WE=79077988;WS=79077970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	79078610	rs72854146	A	G	507.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TTGTGTTTAGAGTGGCTGTGC;SOR=1.708;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=19;WE=79078618;WS=79078600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr17	79082081	rs7502590	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=428;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TTGGGCAGTCATTACTTTACC;SOR=0.465;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=29;WE=79082089;WS=79082071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr17	79082862	rs11664	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,99:0.27:373
chr17	79084574	rs56084168	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=1027;ReadPosRankSum=0.791;SC=CAGGGAGAGCCAGAGCCCCAG;SOR=1.308;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=53;WE=79084582;WS=79084564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
chr17	79089428	rs12450670	A	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=8;PP=725;SC=AAAGCAGCGTATATTGTCTGT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=79089436;WS=79089418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	79089590	rs4969391	A	G	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.788;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,107:0.58:184
chr17	79090198	rs62073016	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=0.975;SC=TGGGGCTCTCCTGGGCCCCTC;SOR=1.144;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=10;WE=79090206;WS=79090188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr17	79093142	rs144250320	C	CCGCGTGCCCTACCTCT	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.76;MQRankSum=4.801;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr17	79093822	rs36000545	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr17	79095144	rs8073904	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-3.096;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,34:0.24:142
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chr17	79096115	rs61738821	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=204;ReadPosRankSum=1.712;SC=TCGTGGCCGGCGGCGGGTGCG;SOR=0.678;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=15;WE=79096123;WS=79096105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
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chr17	79098838	rs141491493	GGCAGGGTGA	G	1712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=17;PP=2988;SC=CAGGGGCAGGGGCAGGGTGAG;SOR=0.836;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=22;WE=79098854;WS=79098828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr17	79108318	rs11658145	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,45:0.29:155
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chr17	79155116	rs906180	A	G	10602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=151;PP=2965;SC=TGCTGCCCACAGACATGAGAC;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=91;TCR=151;TR=242;WE=79155124;WS=79155106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr17	79166103	rs870187	T	C	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	79170576	rs1542961	C	T	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=29;PP=1183;SC=GCCGGCTCAGCGCCTTCTCTG;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=64;WE=79170584;WS=79170566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	79171967	rs2659016	A	G	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=24;PP=1294;SC=GCGGGGCAGCACGTCCGGCTC;SOR=1.190;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=70;WE=79171975;WS=79171957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	79172119	rs112770207	G	C	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=835;ReadPosRankSum=0.188;SC=CAGGGAGACAGATGCAGCAAG;SOR=0.392;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=51;WE=79172127;WS=79172109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,97:0.71:136
chr17	79173184	rs2659015	T	C	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=23;PP=1136;SC=CTCTCACCAGTATTGTTGGCC;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=79173192;WS=79173174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	79173224	rs2725419	T	C	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=28;PP=1075;SC=TGCCGCCTGGTGTGGGGGACA;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=79173232;WS=79173214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	79174221	rs2466773	T	C	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=60;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.683;SC=ATGGTGACAGTGGCCTGGTTC;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=95;WE=79174229;WS=79174211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr17	79180369	rs55844247	C	G	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=20;PP=1670;SC=TGCAAGACGCCACCTGGCAGC;SOR=1.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=86;WE=79180377;WS=79180359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	79180775	rs2256881	A	G	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=38;PP=2674;SC=TCCCATACAGACAGGTGGATG;SOR=1.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=116;WE=79180783;WS=79180765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	79182667	rs9896314	A	G	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=286;SC=GGAGCAGGCCAGGGTGGGGCA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=79182675;WS=79182657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	79204661	rs12937612	C	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=223;SC=CCAGACACCACAGCCCTGTCC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=79204669;WS=79204651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	79205736	rs11655759	G	A	6395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.75;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	79205736	.	GCTGTTC	ACTGTTC,ACTGTTT	1320	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=54,16;NR=62,16;PP=1320,293;QD=11.6790621771;SC=TGCTCAGGTCGCTGTTCTGGG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=116,32;WE=79205750;WS=79205726;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:116
chr17	79205742	.	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,65:0.32:203
chr17	79210707	rs2271089	G	A	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=21;PP=662;SC=ACCCTGGGCCGCTCGTCTGCT;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=79210715;WS=79210697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	79223847	rs9902277	A	G	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=52;PP=2235;SC=TCTTGACTTCAGCACACTCCT;SOR=1.097;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=132;WE=79223855;WS=79223837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	79225851	rs9915417	G	A	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=4;PP=216;SC=ACCAGCTGCCGGGGCCCGCTC;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=79225859;WS=79225850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	79226211	.	G	A	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,121:0.29:419
chr17	79227092	rs9910167	G	A	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=56;PP=1743;SC=CTCCAGGAGCGGGGCAGCTCT;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=79227100;WS=79227082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	79244802	rs2292184	T	C	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=43;PP=1529;SC=TGGTCGCTCCTGTGAGGCCCA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=96;WE=79244810;WS=79244792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chr17	79246270	rs3841622	G	GC	743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=376;SC=TGATGCCGAAGCCCCGGGTCC;SOR=1.051;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=10;WE=79246278;WS=79246260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr17	79249997	rs9898133	C	T	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=54;NR=84;PP=2436;SC=GACATCCTAGCCGAGTGGCAC;SOR=0.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=138;WE=79250005;WS=79249987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
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chr17	79258787	rs8077394	A	G	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=87;PP=2824;SC=GGGCGATTTCACAGAAACCCA;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=60;TCR=88;TR=147;WE=79258795;WS=79258777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr17	79268562	rs8064597	A	G	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=42;PP=1950;SC=AGGACGACCCAGCCAGACGCC;SOR=1.205;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=112;WE=79268570;WS=79268552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	79278357	rs11871509	C	G	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,69:0.28:250
chr17	79279017	rs2056439	C	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=542;ReadPosRankSum=0.427;SC=GGCCCAGGCACAGCCCCTGAG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=33;WE=79279025;WS=79279007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,43:0.36:120
chr17	79287477	rs9916085	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=392;ReadPosRankSum=0.426;SC=CCTGCACCCCGGCCCCACAGC;SOR=0.577;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=93;TCR=46;TR=40;WE=79287485;WS=79287467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,53:0.31:170
chr17	79288124	rs9891595	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=426;ReadPosRankSum=1.048;SC=ATTTCCCTCCCCTGCCCTCCC;SOR=0.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=31;WE=79288132;WS=79288114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr17	79372928	.	A	AGTGT,AGT	236.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.806;NF=6,6;NR=12,12;PP=298,253;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TGTGCGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=1.112;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=18,18;WE=79372937;WS=79372918;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.47:32
chr17	79372952	rs146560663	T	TGC	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=0.371;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr17	79373061	.	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-0.533;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.381;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,19:0.24:79
chr17	79373203	rs182760976	C	A	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=7;PP=1514;ReadPosRankSum=0.209;SC=CCCCGCCACCCGGCCTGGCCG;SOR=1.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=154;TCF=122;TCR=32;TR=93;WE=79373211;WS=79373193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,93:0.70:132
chr17	79380614	rs12450346	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=-0.341;SC=ATGAGGTCGGCGCGGGGTTTG;SOR=1.110;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=12;WE=79380622;WS=79380604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr17	79386952	rs730209	A	G	3466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=70;PP=1792;ReadPosRankSum=1.612;SC=ACGCTCCCCAACCCCAGAGTG;SOR=0.601;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=161;TCF=61;TCR=100;TR=116;WE=79386960;WS=79386942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,164:0.68:240
chr17	79389251	rs9897258	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=-2.025;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,62:0.37:169
chr17	79389411	rs11655888	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=-1.171;SC=GAGCCAACCTCGTTTTGGGAG;SOR=0.855;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=30;WE=79389419;WS=79389401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr17	79389486	rs11870740	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=24;ReadPosRankSum=-1.946;SC=CCCCTCGGTGGGAGGTGGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=5;WE=79389494;WS=79389476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr17	79390260	rs151241907	G	GGT,GGTGT	1678.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=61;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.424;NF=11;NR=38;PP=1100;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GTCCATTGAGGGTGTGTGTGT;SOR=0.702;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=49;WE=79390285;WS=79390244;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.68,0.22:63
chr17	79390298	.	T	TGCGTGTGCGCGTGTGTGTCCATGAAAATGGGTGTGTGCATGTGTATGTCCATGAGGATGGGTGTGTGC,TGCGTGTGCGCGTGTGTGTCCATGAAAATGGGTGTGTGCATGTGTGTGCATGTGTATGTCCATGAGGATGGGTGTGTGC,TGC	5388.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.57;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=25;NR=53;PP=2971;SC=GATGGGTGTGTGCATGTGTGC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=78;WE=79390314;WS=79390288;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.77:44
chr17	79390370	rs36169187	CGT	C	1992.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.732;NF=11;NR=39;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.072;SC=GGTGTATGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.683;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=50;WE=79390379;WS=79390360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,76:0.30:257
chr17	79390508	rs35463915	C	T	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=57;PP=1313;ReadPosRankSum=0.280;SC=CTGGCCATCCCGAGCCTGCAC;SOR=1.007;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=84;WE=79390516;WS=79390498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,101:0.72:140
chr17	79395814	rs57878731	AT	A,ATT	1173.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,54,28:0.57,0.30:94
chr17	79402603	rs77984483	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=0.339;SC=TCTGGAGCCCCGACGTTCTAG;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=24;WE=79402611;WS=79402593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,38:0.30:127
chr17	79408919	.	C	T	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,145:0.48:304
chr17	79408995	.	C	T	4124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=65;PP=1915;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GAGGCAGGCTCCCTGCAGAAG;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=69;TCR=94;TR=114;WE=79409003;WS=79408985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,184:0.70:262
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chr17	79409309	rs12938890	A	G	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=16;PP=573;SC=GCGGCCTGGCACGGGGGTGGT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=79409317;WS=79409299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	79409434	rs12939225	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.512;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=593;ReadPosRankSum=-0.190;SC=ACGCCGGGCCACCCCCGCCCC;SOR=1.217;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=36;WE=79409442;WS=79409424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,59:0.69:85
chr17	79409710	rs12943867	G	A	5845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.439;SC=CCCACCTGAAGGCCGAGGGCA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=245;TCF=134;TCR=111;TR=183;WE=79409718;WS=79409700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,257:0.71:361
chr17	79411662	rs11655860	G	A	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1188;ReadPosRankSum=1.990;SC=CCGAGAGTGCGAGGCCTGACC;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=73;WE=79411670;WS=79411652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,138:0.65:211
chr17	79414307	rs7213444	A	G	9272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=109;PP=2965;SC=CCCCTACCCTACCGAGCGGGG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=76;TCR=109;TR=185;WE=79414315;WS=79414297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr17	79414897	rs11650750	C	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=617;ReadPosRankSum=0.908;SC=GTTGCCGCCACCCCCCAGAGT;SOR=0.423;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=44;WE=79414905;WS=79414887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr17	79414914	rs10871497	A	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=37;PP=1110;SC=GAGTCCCAGCAGTGGGACCCA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=79414922;WS=79414904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	79418260	rs6565571	A	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=45;PP=1437;SC=GCTTCCGTGCACGAGGCCTCA;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=73;WE=79418268;WS=79418250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	79418599	rs28576195	C	T	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=817;ReadPosRankSum=-0.055;SC=GTCTTCAAGGCTGGGTGGCTT;SOR=1.308;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=54;WE=79418607;WS=79418589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,81:0.73:111
chr17	79418770	rs61746096	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-1.828;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,68:0.27:249
chr17	79418983	rs34593866	G	GC	1102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=388;ReadPosRankSum=1.490;SC=AGGCCCCTGTGCCCCCCCCAC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=17;TCR=88;TR=30;WE=79418991;WS=79418973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,69:0.25:275
chr17	79419001	.	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.459;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=745;ReadPosRankSum=0.897;SC=CACCAGGTGTGCCCCCTGAAG;SOR=0.977;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=142;TCF=61;TCR=81;TR=59;WE=79419009;WS=79418991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,96:0.39:245
chr17	79419025	rs35572189	G	A	3855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.290;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.06;MQRankSum=0.593;NF=33;NR=52;PP=1398;ReadPosRankSum=0.282;SC=GCCATCGACCGGCTGGACACG;SOR=1.118;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=85;WE=79419033;WS=79419015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,128:0.75:171
chr17	79419159	rs142997686	TGGGAGGGTCGCAGCACCCCCACCCCC	T	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.629;NF=0;NR=3;PP=943;ReadPosRankSum=-3.353;SC=CGGGGGGGCCTGGGAGGGTCG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=79419192;WS=79419149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr17	79422252	rs1478610	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=476;ReadPosRankSum=0.841;SC=TGGGGCGGCCGGGCCTGCATC;SOR=0.238;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=32;WE=79422260;WS=79422242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr17	79422289	rs1842041	C	T	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=694;ReadPosRankSum=1.820;SC=CCCCATGCCCCCAGGGCGGTG;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=49;WE=79422297;WS=79422279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
chr17	79424516	rs12601317	A	G	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=55;PP=1775;SC=GCTGCTGCACACCGGGGCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=90;WE=79424524;WS=79424506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	79424537	rs34224936	C	T	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=870;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TGTGGCCGTGCTGGGGCCCTC;SOR=0.822;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=53;WE=79424545;WS=79424527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,79:0.71:111
chr17	79425141	rs78579961	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CCCAACCAGCCGGGTCTCTAG;SOR=0.943;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=12;WE=79425149;WS=79425131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr17	79426021	rs34202212	GC	G	3292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=52;PP=2606;ReadPosRankSum=0.556;SC=AAGGGTGCCAGCCGCCTGGGG;SOR=0.717;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=70;WE=79426029;WS=79426011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,101:0.67:151
chr17	79426416	rs4969272	A	G	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1528;ReadPosRankSum=-0.878;SC=GGACAAAGGAAGGCCTTGGCC;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=77;WE=79426424;WS=79426406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,84:0.69:121
chr17	79426481	rs4969273	A	G	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=44;PP=1781;SC=GCCCTGGGCCAGGCCCCACCT;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=86;WE=79426489;WS=79426471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	79427219	.	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=1.750;SC=CCCTCACCCTCCCCACCGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=10;WE=79427227;WS=79427211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr17	79427258	rs72634331	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
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chr17	79429711	rs3736072	C	T	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=28;PP=1521;SC=CTGGCCGCCACCTGTCCCCAC;SOR=1.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=82;WE=79429719;WS=79429701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
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chr17	79495519	rs2075720	C	T	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=42;PP=2271;SC=ACTCAGAGGGCGCATCCCAGG;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=124;WE=79495527;WS=79495509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	79497036	rs12937453	C	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr17	79502316	rs138055235	A	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.750;NF=1;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=0.033;SC=CACCATCCGCATCCCCATCTC;SOR=1.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=8;WE=79502324;WS=79502306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
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chr17	79504151	.	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=2.137;SC=CCGTGTCTCTCCCGCAGCTGT;SOR=0.584;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=22;WE=79504159;WS=79504141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr17	79508263	rs62076028	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=0.559;SC=CCGAGTGACTAGAGGGGGGCC;SOR=2.494;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=11;WE=79508271;WS=79508253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr17	79508400	rs14422	T	C	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=25;PP=1010;SC=GAGCCCTGGGTGGCCTGCTCT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=79508408;WS=79508390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	79508484	rs58483803	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-0.231;SC=ACACCCCTTGGAGCAGGGTGA;SOR=1.017;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=14;WE=79508492;WS=79508474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,23:0.26:87
chr17	79508506	rs2228698	G	T	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=26;PP=773;SC=CCTCTCCCTCGAGCTGCCTGG;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=79508514;WS=79508496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	79510899	rs7406506	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=270;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GCGGCAGAGCAGACTTGGATC;SOR=0.914;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=24;WE=79510907;WS=79510889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr17	79511135	rs8077430	A	G	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=5.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,63:0.31:201
chr17	79512647	rs79372565	C	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=643;ReadPosRankSum=-1.206;SC=CAGAGTCCTCCGGGAAGCTTG;SOR=0.478;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=37;WE=79512655;WS=79512637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr17	79512944	rs140093334	TC	T	2520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.694;NF=2;NR=46;PP=1750;ReadPosRankSum=-0.433;SC=CTCAGCCTGATCCTACCAGGT;SOR=0.467;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=72;TCF=2;TCR=70;TR=48;WE=79512952;WS=79512934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,79:0.69:115
chr17	79513892	rs202032434	A	AG	878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.66;MQRankSum=2.180;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.737;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr17	79514129	rs11552304	G	A	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=698;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TGTGTGTGGCGGGGCCAGGCC;SOR=0.643;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=164;TCF=85;TCR=79;TR=53;WE=79514137;WS=79514119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,67:0.33:205
chr17	79514832	rs7224579	G	A	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=948;ReadPosRankSum=0.977;SC=GTGGAGCCACGCCAGAGAGTG;SOR=0.583;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=255;TCF=114;TCR=141;TR=87;WE=79514840;WS=79514822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,118:0.35:338
chr17	79515075	rs6565593	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=158;ReadPosRankSum=1.777;SC=TTGGCTCCCCAGAATGTTCCT;SOR=0.939;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=15;WE=79515083;WS=79515065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,18:0.22:82
chr17	79515124	rs62076030	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=308;ReadPosRankSum=2.247;SC=TCACAGTGAAAACCAGGGGGG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=15;WE=79515132;WS=79515114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr17	79517183	rs80125356	CA	TG	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=2278;ReadPosRankSum=-0.222;SC=AGAACAAGCCCAGGAAAGGAA;SOR=1.124;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=53;WE=79517192;WS=79517173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr17	79519382	rs4076968	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.798;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=35;PP=570;ReadPosRankSum=1.329;SC=GTCAGAGTGAGAAGCCCCGGC;SOR=1.939;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=133;TCF=25;TCR=108;TR=38;WE=79519390;WS=79519372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,41:0.28:146
chr17	79526569	rs4076819	C	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CAGTGCTGGTCCTGCCCACAC;SOR=0.519;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=13;WE=79526577;WS=79526559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
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chr17	79530993	rs8070929	G	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=1.709;SC=TGTAATCCCAGCTACTCGGGA;SOR=0.648;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=14;WE=79531001;WS=79530983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr17	79532654	rs3934711	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=0.154;SC=CCAAAAGGAAGGTTCCTCTTC;SOR=1.739;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=11;WE=79532662;WS=79532644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr17	79539213	rs117824378	T	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=7.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=2.272;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr17	79564304	rs62074671	G	T	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TACCCTTTCGGGTATCTTCTG;SOR=0.610;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=76;WE=79564312;WS=79564294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,117:0.64:182
chr17	79567610	rs7213849	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=1.060;SC=ATGCGACACGCCTCCCGGCTT;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=7;WE=79567618;WS=79567600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr17	79573860	rs10695650	C	CTTAA	999.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.517;NF=0;NR=10;PP=375;ReadPosRankSum=0.223;SC=AGAGAAGCAACTTAAACATCA;SOR=0.682;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=10;WE=79573868;WS=79573850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr17	79573884	rs62074677	T	C	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=606;ReadPosRankSum=-1.013;SC=TGGTGAAAAGTTGAGCAAGAG;SOR=0.738;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=35;WE=79573892;WS=79573874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,61:0.71:86
chr17	79580173	rs6565601	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.714;NF=9;NR=0;PP=158;ReadPosRankSum=0.240;SC=AAACAAAAACCGATAAAAAGC;SOR=0.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=9;WE=79580181;WS=79580172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr17	79589052	rs75305572	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=0.473;SC=GCAAGCAACACGGTCATGTGT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=79589060;WS=79589045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr17	79589242	rs6565604	G	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=537;ReadPosRankSum=-1.554;SC=TTATCTCTCCGGTCTTGTTTC;SOR=0.579;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=37;WE=79589250;WS=79589232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,74:0.63:118
chr17	79589359	rs6565605	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=3.421;SC=TATCACTACACATACCATACA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=27;WE=79589367;WS=79589349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr17	79596811	rs9894429	C	T	5082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=62;PP=2017;ReadPosRankSum=0.375;SC=TCACTCCATCCGGGGACTGGA;SOR=0.591;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=133;WE=79596819;WS=79596801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,233:0.66:351
chr17	79603831	rs9895741	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=269;ReadPosRankSum=-0.837;SC=GCGAGAGAAGAGAAAGGGGCC;SOR=0.798;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=22;WE=79603839;WS=79603821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
chr17	79604264	rs62074750	T	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=682;ReadPosRankSum=0.749;SC=TTTTGGAAAGTTGCGTCTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=44;WE=79604272;WS=79604254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr17	79604477	.	G	GT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.22;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,30:0.16:193
chr17	79612397	rs6420484	A	G	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.984;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=46;PP=1971;ReadPosRankSum=1.341;SC=CTGGCTGGCTACCTGGGCGCC;SOR=0.540;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=97;WE=79612405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,144:0.74:194
chr17	79614932	rs34872037	TTAAC	T	4524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.795;NF=10;NR=38;PP=2211;ReadPosRankSum=3.469;SC=TGCAGGTACTTTAACTAACTG;SOR=0.543;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=48;WE=79614943;WS=79614922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,114:0.62:184
chr17	79615225	rs7406494	G	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=155;SC=CTGCCCGCAGGGGGGCGGCGT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=79615233;WS=79615215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	79618270	rs8074225	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=-1.350;SC=CAGCCCAGGTGTAGCCCTACA;SOR=1.493;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=13;WE=79618278;WS=79618260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr17	79634774	rs61742303	A	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=478;ReadPosRankSum=0.791;SC=AGAAGAAGAAAGTGAACTGCA;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=35;WE=79634782;WS=79634764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr17	79634813	rs11546632	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=447;ReadPosRankSum=-0.492;SC=AACAGGAGATTCCTTTCCGGC;SOR=0.745;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=26;WE=79634821;WS=79634803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr17	79637349	rs10438817	T	C	6392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=77;PP=2359;SC=AGGGGGAGTCTGACGGGGCCT;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=77;TCR=78;TR=152;WE=79637357;WS=79637339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	79637367	rs7226091	C	G	3669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=0.978;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,166:0.74:224
chr17	79637565	rs7215601	T	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=287;ReadPosRankSum=0.121;SC=CCTCTGCAGGTACCCTGTTTC;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=14;WE=79637573;WS=79637555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
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chr17	79638805	rs11150805	C	T	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,102:0.68:151
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chr17	79650181	rs34815730	A	G	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=675;ReadPosRankSum=-1.211;SC=ACGATGCAAAAAGAACAATAC;SOR=0.474;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=40;WE=79650189;WS=79650171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,55:0.69:80
chr17	79650675	rs8080624	C	G	7338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CCCCGCCCCACTCCGGGTGCC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=194;TCR=111;TR=203;WE=79650691;WS=79650665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,327:0.69:473
chr17	79650828	rs8066889	T	G	12834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,608:0.70:872
chr17	79657136	rs8074828	G	C	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=-1.827;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,98:0.74:133
chr17	79663931	rs8070488	T	C	4397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=72;PP=1704;ReadPosRankSum=2.347;SC=CCTTCAGCCCTGCCGGCTCGG;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=94;TCR=119;TR=130;WE=79663939;WS=79663921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,210:0.61:345
chr17	79667397	.	C	CA	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=2.938;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr17	79668226	rs55837949	A	G	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=60;PP=1311;ReadPosRankSum=1.693;SC=CGGTTTAGCAATGGGACCCCT;SOR=0.877;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=26;TCR=92;TR=76;WE=79668234;WS=79668216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,83:0.63:131
chr17	79670386	rs1132803	A	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=548;ReadPosRankSum=-0.436;SC=AGCGCGAGGTACGGCTAGAGC;SOR=0.252;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=31;WE=79670394;WS=79670376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
chr17	79679494	.	G	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.246;SC=TGGTACTTCGGGGGGCTGGCC;SOR=0.668;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=13;WE=79679502;WS=79679484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr17	79682051	rs3204270	C	T	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=1030;ReadPosRankSum=0.433;SC=TGGTGCGTACCGACGGCATCC;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=61;WE=79682059;WS=79682041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,89:0.72:124
chr17	79682502	.	C	T	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,77:0.25:302
chr17	79682558	rs2072700	T	C	4151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=60;PP=1717;ReadPosRankSum=1.722;SC=TGCGGGACCGTGTGGCCAAGG;SOR=0.584;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=122;WE=79682566;WS=79682548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,192:0.66:293
chr17	79682650	rs8071492	G	A	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-0.643;QD=15.41;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,104:0.70:149
chr17	79683698	rs62077217	T	C	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=467;ReadPosRankSum=0.713;SC=CAGGACCAGCTTCATGTTCCC;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=26;WE=79683706;WS=79683688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr17	79683997	rs140229959	T	TGCCTCACCCCTG	6419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.703;NF=25;NR=35;PP=2897;ReadPosRankSum=2.883;SC=CCTCACCCCTTGCCTCACCCC;SOR=0.641;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=60;WE=79684005;WS=79683987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,174:0.55:316
chr17	79684022	.	C	T	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=6.385;NF=45;NR=33;PP=811;ReadPosRankSum=2.364;SC=CTCACCCCTTCCTTGTGCAGA;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=111;TCR=80;TR=78;WE=79684030;WS=79684012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,129:0.33:388
chr17	79687218	rs11150813	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=378;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GTGGCCACCCGTCCTCCGCAG;SOR=0.273;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=23;WE=79687226;WS=79687208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr17	79767617	rs200915569	GTC	G	2041.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.507;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,68:0.24:280
chr17	79769790	.	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.407;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,48:0.30:161
chr17	79769953	.	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr17	79784101	rs374374934	GCA	G	791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.346;QD=1.78;ReadPosRankSum=2.153;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:372,72:0.16:444
chr17	79805344	.	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=264;ReadPosRankSum=0.033;SC=GTGGGGTTTCGAGCCACAGGT;SOR=2.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=15;WE=79805352;WS=79805334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr17	79816926	rs1533756	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=485;SC=GAGAACCCGGCCTGAGGAACG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=79816934;WS=79816916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	79827713	.	G	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=635;ReadPosRankSum=-0.292;SC=ATGCTCTTCTGGGCCGGGGGC;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=54;WE=79827721;WS=79827703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,86:0.30:289
chr17	79849512	.	CC	TT	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.665;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.21;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr17	79862882	rs146889521	C	G	6475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=100;PP=2965;SC=GGGGAGGGCACGGTAAGTCTA;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=85;TCR=101;TR=185;WE=79862890;WS=79862872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr17	79867372	rs371067681	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=327;ReadPosRankSum=1.783;SC=GCGGGTGGGCGAGGCCATCTG;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=30;WE=79867380;WS=79867362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,45:0.32:139
chr17	79872129	rs1879568	A	G	10398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=113;PP=2965;SC=ACCCTCGGGCAGGCAGGGGCT;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=130;TCR=113;TR=243;WE=79872137;WS=79872119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr17	79872241	rs1879569	A	G	12930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=137;PP=2965;SC=TCCCAGTTCAAAGGCTGCCCC;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=156;TCR=138;TR=292;WE=79872249;WS=79872231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr17	79891147	rs61747618	T	C	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=38;PP=1562;SC=GGCCAGAAGGTGACAGAGCGG;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=96;WE=79891155;WS=79891137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	79893962	rs34419046	G	A	9676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=106;PP=2965;SC=AGCCCCACAGGGACTCAGTCT;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=137;TCR=106;TR=242;WE=79893970;WS=79893952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr17	79899282	.	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,47:0.26:182
chr17	79915846	.	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=312;ReadPosRankSum=-1.674;SC=CCTCCTACCCCAGAATGGCTG;SOR=1.005;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=29;WE=79915854;WS=79915836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,37:0.25:148
chr17	79935636	rs9906594	C	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.36;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr17	79954544	rs8074498	T	A	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=56;PP=1959;SC=GGACAGAGACTGGGGGGCCCT;SOR=0.816;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=116;WE=79954552;WS=79954534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	79967791	rs36093868	C	CT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr17	79967963	rs72296786	G	GTT	635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.121;QD=23.55;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr17	79972901	rs9895872	C	T	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=22;PP=1638;SC=AGGCCCTTCCCGGGCCCTGCT;SOR=1.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=79972909;WS=79972891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	79974731	rs13087	T	C	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	79977364	rs112863532	C	T	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.033;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=921;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CACGGGCAGCCCCCAGAACCA;SOR=0.638;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=54;WE=79977372;WS=79977354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,77:0.72:107
chr17	79977813	rs4969471	C	G	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=68;PP=2304;SC=GTCAGCGCCACGCCCCGCCCT;SOR=5.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=98;WE=79977831;WS=79977803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	79980756	rs3934983	C	A	5780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=72;PP=2725;SC=CCTCAACGCGCGCCCACCGGA;SOR=1.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=147;WE=79980764;WS=79980746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	79980845	.	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr17	79980891	rs4444402	C	T	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=35;PP=977;SC=AGCCAATGAGCCCGGAGCGCG;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=79980899;WS=79980881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	79987415	rs76311640	G	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=244;ReadPosRankSum=-0.080;SC=GGCCATCTGTGCAGGAGCTGA;SOR=0.929;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=16;WE=79987423;WS=79987405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr17	79989546	rs190408119	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TCCGGCCGATCGCTCGGCGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=79989554;WS=79989536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	79990972	rs10708637	CG	C	1976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=36;PP=1588;SC=AATTGCGATACGGGTTCTGCC;SOR=1.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=41;WE=79990980;WS=79990962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	80000899	rs9907483	A	G	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=78;PP=2285;SC=GCATATGTGAACATGCAGGCC;SOR=2.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=23;TCR=79;TR=101;WE=80000907;WS=80000889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	80006504	rs1128009	T	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=607;SC=CTCACTGGTGTGGCCGTGGCA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=80006512;WS=80006494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	80006812	rs8069068	C	T	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=12;PP=580;SC=GGGCCGTGGGCGGAGGGAGCA;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=80006820;WS=80006802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	80006957	rs12948507	A	C	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=29;PP=1917;SC=TCACCACGTTATGTGGGTTCT;SOR=1.259;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=89;WE=80006965;WS=80006947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	80007018	rs12939972	T	C	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=50;PP=2771;SC=GTGGGCAGAGTGTGTGGCCTG;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=142;WE=80007026;WS=80007008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	80007055	rs62078730	T	C	7969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=78;PP=2965;SC=CGCCTGCCCCTGGCCAGGAGC;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=142;TCR=78;TR=220;WE=80007063;WS=80007045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	80007080	rs28404464	T	C	17655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.36;SOR=1.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr17	80007088	rs28696285	C	G	13503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.70;ReadPosRankSum=1.103;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,411:1.00:413
chr17	80007307	rs11653935	A	G	35034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=404;NR=400;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CCCAGCTGGCATGGGGCCTCA;SOR=0.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=806;TCF=405;TCR=401;TR=804;WE=80007315;WS=80007297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1357:1.00:1358
chr17	80007887	rs9915228	A	G	22387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr17	80007897	rs9915742	G	T	22085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr17	80007942	.	A	C	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.254;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.482;SC=CTGACTCTTCATGGGACTCCC;SOR=0.612;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=252;TCF=106;TCR=146;TR=73;WE=80007950;WS=80007932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,93:0.28:333
chr17	80008018	rs9893491	A	G	7311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=93;PP=2965;SC=CTTGGAGCAAAAAGAGCCGGG;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=104;TCR=93;TR=197;WE=80008026;WS=80008008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	80008392	rs9916764	G	T	5645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=84;PP=2965;SC=GGAGGCTCCTGGCGTTCACAT;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=151;WE=80008400;WS=80008382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	80008676	rs4464142	A	C	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=81;PP=2560;SC=CACGTAGAGGATGGCACTGGG;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=42;TCR=81;TR=123;WE=80008684;WS=80008666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	80009156	rs28552909	T	G	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	80009668	rs117999554	C	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=396;SC=CCCGGCGCTGCGAGCGGAGAA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=80009676;WS=80009658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	80013235	rs4969464	A	G	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=32;PP=1015;SC=GGGCACATGTACAGGTGTAGG;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=80013243;WS=80013225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	80013918	rs113959514	C	T	3379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=1357;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GTGGCCTGTGCGCCTTGGCTA;SOR=0.505;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=92;WE=80013926;WS=80013908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,156:0.68:231
chr17	80014861	rs4969484	T	G	5545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=73;PP=2688;SC=GTGGGCTGGCTTGAGGGGGGG;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=154;WE=80014869;WS=80014851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	80018714	rs58204115	C	T	12996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=159;PP=2965;SC=CCTGCAAGGCCGGGCTCCCAC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=157;TCR=161;TR=313;WE=80018722;WS=80018704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr17	80022656	rs34249409	C	CG	1404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=766;SC=ATTCCAGGACCGGGAACCCAA;SOR=1.455;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=20;WE=80022664;WS=80022646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	80038952	rs4246444	T	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=6;PP=947;SC=CGAAGGGCGGTATGCCTGCCG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=80038960;WS=80038946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	80039028	rs4246445	A	G	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=42;PP=1567;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CCGCCTGGCCACCCACACGCA;SOR=0.889;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=99;WE=80039036;WS=80039018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr17	80039420	rs72863323	A	C	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=596;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GCTATGTCCCAAGACCCTGAT;SOR=0.665;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=34;WE=80039428;WS=80039410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr17	80039481	rs1140616	G	A	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=32;PP=1196;SC=GCTCACCCAGGATGTGTGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=80039489;WS=80039471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	80039509	rs145866788	C	T	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=724;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CACCAGGTCCCGCTGGCTGTC;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=45;WE=80039517;WS=80039499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
chr17	80040607	rs4969465	T	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=24;PP=1406;SC=GTCTCTTCCCTACACGCCGGG;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=80040615;WS=80040597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	80042883	.	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=22.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.437;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,24:0.20:120
chr17	80043349	rs17848939	C	T	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=44;PP=1700;SC=CCCTGCCCGGCGGCCGCACCT;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=103;WE=80043357;WS=80043339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	80044078	rs17848937	G	A	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=10;PP=613;SC=TGATGTCAGGGTGGGTCCTAC;SOR=1.298;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=34;WE=80044086;WS=80044068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	80044211	rs41283365	G	A	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=51;PP=1943;SC=AGTCCAGGAGGCCGCTGAGCA;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=112;WE=80044219;WS=80044201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	80045147	rs17848935	G	A	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	80050272	rs17848925	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=238;SC=CCCAGCCATGGCGCAACCCAG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=80050280;WS=80050269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	80050554	rs10591316	CGG	C	686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=13.222;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.70;ReadPosRankSum=1.324;SOR=6.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr17	80051012	.	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=0.132;SC=GAGCTGGCAGGATCCTGCTCA;SOR=0.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=6;WE=80051020;WS=80051002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr17	80051183	rs2228309	A	G	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=38;PP=1324;SC=TCAGCAGGACATTGATGCCCC;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=82;WE=80051191;WS=80051173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	80051663	.	G	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=791;ReadPosRankSum=0.108;SC=ACAAACAGTGGTCAAGGTGCC;SOR=0.995;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=52;WE=80051671;WS=80051653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,58:0.39:150
chr17	80059487	rs1127678	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	80059596	rs13949	T	C	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=35;PP=1511;SC=TTGGGGGGCCTCTGGCAGCCT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=80059604;WS=80059586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	80059758	rs7225637	G	A	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=35;PP=1088;SC=AGGTAAAGAGGAAAAAACAGC;SOR=1.165;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=55;WE=80059766;WS=80059748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	80065244	rs112663677	C	CGGGAGTG	767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.16;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	80071244	rs7211808	T	C	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=40;PP=1898;SC=CAGCGTGACCTGCTCTCTCAG;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=111;WE=80071252;WS=80071234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	80071450	rs11653662	G	A	6933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr17	80085283	rs73360060	C	T	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=5;PP=624;SC=AGTCAGCCTGCGCCCGGGTGT;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=80085303;WS=80085273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	80085295	rs74001545	C	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=6;PP=896;SC=CCCGGGTGTACGGTGCTGCAT;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=80085303;WS=80085273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	80085326	rs62078305	G	A	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=19;PP=1435;SC=TGTGCGCCCGGGTGTACGGTG;SOR=1.668;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=78;WE=80085334;WS=80085316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	80085341	rs62078306	A	G	4388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=30;PP=1643;SC=ACGGTGCTGCACTAGGAAATG;SOR=1.350;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=93;WE=80085349;WS=80085331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	80085633	rs11077969	A	G	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=66;PP=1979;SC=CAACCTCCACATGTCCTGGAG;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=110;WE=80085641;WS=80085623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	80085703	rs7213172	G	T	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=46;PP=1312;SC=TCAGGGTGCTGGGGAGCCTGG;SOR=1.240;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=68;WE=80085711;WS=80085693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	80086386	rs7406162	C	T	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	80086389	rs7406163	C	T	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	80086395	rs4625783	T	C	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	80086597	rs4459614	C	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=657;SC=AAGACTCACACCATTTGGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=80086605;WS=80086587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	80092171	rs4789752	A	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=27;PP=828;SC=GTTCCTTTTCAAAACCAAAGT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=80092179;WS=80092161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	80141892	.	T	TGC,TGCGC	2103.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.63;ReadPosRankSum=-1.659;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,31,35:0.44,0.49:71
chr17	80146089	rs4789729	G	A	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=24;PP=1079;SC=CCAAGCACACGCTCACTGGTC;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=80146097;WS=80146079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	80159403	rs11657459	C	A	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=17;PP=1292;SC=GCGCGTCGGTCGGTGGCTCAC;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=80159411;WS=80159393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	80159566	rs8072670	T	C	10757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=123;PP=2965;SC=GCCTGGCCTCTTCCCACTCCC;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=150;TCR=123;TR=273;WE=80159574;WS=80159556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr17	80159665	rs11653797	G	A	11059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=138;PP=2965;SC=CCTCCTGCAGGCACCGCAGTT;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=122;TCR=138;TR=260;WE=80159673;WS=80159655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr17	80195582	rs9303026	T	C	8447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=94;PP=2965;SC=ACCTGGCGGGTTCTACGGCGG;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=82;TCR=94;TR=175;WE=80195590;WS=80195572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr17	80198007	rs9901910	G	C	6369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=98;PP=2965;SC=CTGGCCTTGCGCCAGCTGGGC;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=72;TCR=98;TR=170;WE=80198015;WS=80197997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	80210961	.	G	A	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=785;ReadPosRankSum=0.342;SC=TCACGATAGGGGATGTGCTGG;SOR=0.790;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=191;TCF=114;TCR=77;TR=61;WE=80210969;WS=80210951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,91:0.30:301
chr17	80275253	rs3176829	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr17	80280865	rs11077986	G	A	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.295;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,141:0.31:462
chr17	80320561	rs7502620	G	A	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.468;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=58;PP=1253;ReadPosRankSum=2.927;SC=AGGGGAGCCCGTGGTGTTGAA;SOR=0.320;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=128;TCF=40;TCR=88;TR=90;WE=80320569;WS=80320551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,118:0.67:176
chr17	80332122	.	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=166;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CCCACAGGCTGAGCTGGTTGC;SOR=0.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=16;WE=80332130;WS=80332112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,18:0.24:76
chr17	80332251	rs11654140	T	C	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,86:0.27:316
chr17	80332460	.	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,51:0.18:279
chr17	80352138	rs6502106	T	C	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=12;PP=857;SC=AGTGCTGGGATTACAGGCGTG;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=80352146;WS=80352128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	80352234	rs62079522	G	A	6373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=54;PP=2684;SC=GACTCAGCACGGCAACCAAGG;SOR=1.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=88;TCR=54;TR=140;WE=80352242;WS=80352224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	80352303	rs62079523	G	A	8776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=96;PP=2965;SC=CCCCTCTCGGGCGGGTGGTGA;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=118;TCR=97;TR=214;WE=80352311;WS=80352293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr17	80355975	rs62079527	C	T	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=7;PP=1110;SC=GCAGATGCTCCGTGAACTCAG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=49;WE=80355983;WS=80355965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	80356019	rs9905077	C	G	3759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=27;PP=1831;SC=CCACACCCACCGTGCTTGCCT;SOR=1.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=75;TCR=27;TR=102;WE=80356027;WS=80356009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	80356315	rs6502107	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=19;PP=594;SC=TTGCTCCATCACCCAGGCTGG;SOR=1.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=80356323;WS=80356305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	80361753	rs11655676	G	A	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=4;PP=328;SC=CACTCACCGTGCCCACGGGCA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=80361761;WS=80361743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr17	80367206	rs62080965	G	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=7;PP=574;SC=CAAAGTTAACGGGTAAAAAAA;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=80367214;WS=80367196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	80376170	.	GC	G	141.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=-0.489;SC=ACGCCCACCTGCCCCCCCCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14;WE=80376178;WS=80376160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
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chr17	80438165	rs367877086	GCA	G	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.32;MQRankSum=2.853;NF=5;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=-1.504;SC=GCCAGCGCGCGCACACACACA;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=8;WE=80438176;WS=80438155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
chr17	80439606	rs61126963	CA	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.377;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr17	80441255	rs112635259	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,28:0.24:117
chr17	80521092	rs4789795	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=558;ReadPosRankSum=1.553;SC=TTGGCGACTTATAATAACACG;SOR=0.203;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=25;WE=80521100;WS=80521086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr17	80521135	rs4789796	T	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=694;ReadPosRankSum=1.749;SC=GCATCCATGTTCTCAGCTGCT;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=35;WE=80521143;WS=80521125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr17	80525802	rs375959731	CTTTTTT	C	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.26;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr17	80526139	rs2291395	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-0.639;SC=AGGGCCCTCAATGTCACCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=7;WE=80526147;WS=80526129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr17	80529495	rs3794723	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=337;ReadPosRankSum=-1.484;SC=GACAAATGAGGTATCAGAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=22;WE=80529503;WS=80529485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr17	80540585	rs2306759	A	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=217;ReadPosRankSum=0.959;SC=AAATAAATATATGAATTCTAC;SOR=0.643;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=18;WE=80540593;WS=80540575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr17	80543901	rs61737960	C	T	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=57;PP=1107;ReadPosRankSum=2.261;SC=AGCCACCCGTCGTGCAGACGG;SOR=0.729;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=355;TCF=172;TCR=183;TR=107;WE=80543909;WS=80543891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:407,200:0.33:607
chr17	80544855	rs1387545	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GTGTGATAGCTATCTGGTTAT;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=9;WE=80544863;WS=80544845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr17	80545156	rs6502124	A	G	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=44;PP=1208;SC=ATGGTAAGACATGCTGGTCGG;SOR=1.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=80545164;WS=80545146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	80559130	rs200062574	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=1.041;SC=TCTGAGTCGCGAGGGTTCACG;SOR=1.009;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=11;WE=80559138;WS=80559120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr17	80573888	rs147083174	G	A	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,88:0.34:260
chr17	80574082	rs753569	T	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.761;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr17	80601769	rs59318270	TA	T	1075.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=610;ReadPosRankSum=1.389;SC=AGGTTAAATTTAAGACTCCGA;SOR=0.696;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=20;WE=80601777;WS=80601759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,46:0.35:133
chr17	80615865	rs150608118	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=681;ReadPosRankSum=1.701;SC=AGGAACCGCCGTGCATCATCC;SOR=0.551;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=210;TCF=104;TCR=106;TR=67;WE=80615873;WS=80615855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,72:0.28:254
chr17	80617552	rs2279395	G	A	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.072;SC=GAGGTCACAGGCTCAGCACGC;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=74;WE=80617560;WS=80617542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,102:0.66:154
chr17	80619080	rs4789706	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=24;PP=533;SC=CCAATGTCCCTGAAGGGATCC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=80619088;WS=80619070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	80622344	rs2279392	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=-0.384;SC=CTGGGGGTGCGGGACGCTCGC;SOR=0.382;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=5;WE=80622352;WS=80622334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr17	80626055	rs72853027	C	T	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=962;ReadPosRankSum=1.647;SC=GGTAGCTCTCCGCAGCTGGTC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=61;WE=80626063;WS=80626045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,81:0.66:123
chr17	80626210	rs7221877	T	C	6210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	80656616	rs2243606	T	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=485;SC=ACAGCGCGCATCCCCGCCCGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=80656624;WS=80656606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	80674643	rs2250000	C	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=9;PP=673;SC=TGGAGGAGCTCCTGAGGCGCG;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=80674651;WS=80674633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	80674839	rs10714010	CG	C	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr17	80676946	rs111661651	A	ACCACCCC	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=749;ReadPosRankSum=1.742;SC=GCATCTTCACACCACCCCCCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=13;WE=80676954;WS=80676936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr17	80676971	rs7207719	C	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=2.609;SC=GCTTTATTACCTGAGCAGGTG;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=80676979;WS=80676961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr17	80680589	rs3748812	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr17	80684638	rs2246103	T	C	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=24;PP=1296;SC=CTGGGGGCGGTGGGGACCTGG;SOR=1.118;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=71;WE=80684646;WS=80684628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	80685126	rs2243446	T	C	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=24;PP=488;SC=CTTCACATGCTGGACTAGCTT;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=80685134;WS=80685116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	80693705	rs2256322	A	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	80696410	rs2253149	A	C	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=619;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GGAGGCCCTCAGGAGCACGGG;SOR=0.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=36;WE=80696418;WS=80696400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr17	80696542	rs2253132	G	A	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=26;PP=775;SC=ACCCATATGCGCACATGTGTA;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=80696550;WS=80696532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	80696622	rs7216058	A	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=1.253;SC=AGGGAGACAGAAACAGGGAGA;SOR=0.458;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=7;WE=80696630;WS=80696612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr17	80696692	rs7208565	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CCAAGAGTTCCACCCTGCCAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=80696700;WS=80696682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr17	80699093	rs2252848	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.267;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr17	80700592	rs1994554	T	C	4585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	80700712	rs1994553	T	C	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=51;PP=1220;SC=TCTGTCTCCTTGTCGACGCCC;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=74;WE=80700720;WS=80700702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	80700774	.	G	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=480;ReadPosRankSum=-1.618;SC=CCCTGGTGTGGGTAGAGGGTG;SOR=0.915;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=30;WE=80700782;WS=80700764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr17	80706928	rs2243416	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=4.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,32:0.29:111
chr17	80708601	rs1056534	C	G	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.676;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=465;ReadPosRankSum=1.118;SC=GGAGCCCTTCCTTGGGCACCA;SOR=0.431;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=163;TCF=50;TCR=113;TR=49;WE=80708609;WS=80708591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,81:0.32:254
chr17	80726157	.	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr17	80730527	rs615630	T	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=601;SC=TCTGAGGGAGTGTGCAGCAGT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=80730535;WS=80730517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	80755615	rs36020328	C	CT	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.891;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.492;SOR=1.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr17	80755760	rs7215396	T	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.662;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr17	80763983	rs582192	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=760;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TTGCTGGTGCCGGCACTGTCT;SOR=0.723;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=41;WE=80763991;WS=80763973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr17	80765322	rs668990	C	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=620;ReadPosRankSum=0.683;SC=GATTTGAGAACGGAGGGAAGG;SOR=0.950;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=34;WE=80765330;WS=80765312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr17	80785875	rs8067667	A	G	4102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1031;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:721,283:0.28:1004
chr17	80786008	rs6502134	G	A	35260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=29.81;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1183:1.00:1183
chr17	80786026	rs78229497	CACAG	C	10419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.583;QD=9.57;ReadPosRankSum=2.097;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:779,310:0.28:1089
chr17	80786261	rs138156874	T	TACAC	7444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.166;NF=37;NR=66;PP=2954;ReadPosRankSum=2.591;SC=CACTCACAGATACATGCACAC;SOR=0.643;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=342;TCF=138;TCR=204;TR=103;WE=80786269;WS=80786251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:486,207:0.30:693
chr17	80786427	rs11364632	GC	G	19103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=924;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=303;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.328;SC=AATGGAATGTGCCCCCCCCGA;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=459;TCF=107;TCR=352;TR=396;WE=80786445;WS=80786385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,652:1.00:655
chr17	80786627	rs34655768	GCA	G	5165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.903;NF=10;NR=80;PP=2982;ReadPosRankSum=0.472;SC=ACCCAGAGATGCACACACACA;SOR=0.970;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=142;TCF=23;TCR=119;TR=90;WE=80786649;WS=80786617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,155:0.79:196
chr17	80786641	rs7207932	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=4.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.522;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,45:0.22:203
chr17	80788465	rs12938126	T	C	4341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=66;PP=1865;ReadPosRankSum=-2.473;SC=CAGCAGGTTCTGCAGCTCGTG;SOR=0.562;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=184;TCF=90;TCR=94;TR=140;WE=80788473;WS=80788455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,198:0.73:270
chr17	80788492	rs12948179	A	G	4430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=69;PP=1905;ReadPosRankSum=1.217;SC=CGGGGAAGGCAGGCCTCGGAG;SOR=0.556;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=177;TCF=80;TCR=97;TR=130;WE=80788500;WS=80788482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,205:0.73:280
chr17	80790442	rs3744165	T	G	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=282;SC=TCTTTCCCGATCACTTCTATC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=80790450;WS=80790432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	80827955	rs7222931	A	G	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=14;PP=1449;SC=GGAGCCCCGAACCTCTGGGTG;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=80827963;WS=80827945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	80828057	rs3744161	G	A	10539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr17	80828303	rs3744160	G	A	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=649;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GCCCCCTGACGGCGCCGTGTG;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=55;TCR=110;TR=55;WE=80828311;WS=80828293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,76:0.35:218
chr17	80858669	rs9891862	G	A	7850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=119;PP=2965;SC=AGATTCAGTTGAGCTTATAAG;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=77;TCR=119;TR=196;WE=80858677;WS=80858659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr17	80861206	rs2271918	A	G	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1114;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TGTCTCCCTCACTTTCTTTTT;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=81;WE=80861214;WS=80861196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,108:0.63:172
chr17	80867153	rs72861530	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr17	80878389	rs1471197	A	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=10;PP=444;SC=AGGCGCTTTTAGAAAAGTAAC;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=23;WE=80878397;WS=80878379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	80878412	rs5822547	C	CT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-1.878;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr17	80884125	rs2004708	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=1.687;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr17	80884132	rs2004707	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.91;ReadPosRankSum=0.444;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr17	80884247	rs1078334	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=312;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TAGCTTATGGTTCTTCTGTGA;SOR=0.883;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=33;WE=80884255;WS=80884237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,53:0.31:173
chr17	80885945	.	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.738;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,28:0.23:122
chr17	80887206	rs729124	A	G	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.865;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:520,197:0.27:717
chr17	80887451	rs2034962	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=357;ReadPosRankSum=1.456;SC=TCTTGGGAGCATGTATGGAGC;SOR=1.023;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=33;WE=80887459;WS=80887441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,46:0.33:141
chr17	80890638	rs898095	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-1.743;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,28:0.22:129
chr17	80895253	rs8079398	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=347;ReadPosRankSum=0.123;SC=TTCAAGTGCTGCTGGCCTTAG;SOR=0.600;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=30;WE=80895261;WS=80895243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr17	80895745	rs3785520	T	C	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=567;ReadPosRankSum=1.209;SC=GCGACACTCGTGTGTGTAGGC;SOR=0.801;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=59;WE=80895753;WS=80895735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,95:0.30:317
chr17	80895769	rs3785521	A	G	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=2.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.317;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,96:0.28:345
chr17	80895933	rs3785522	A	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=59;PP=1781;SC=AGGTTCTGCGAGATGGTGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=80895941;WS=80895923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	80899281	rs9390	G	A	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.636;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=584;ReadPosRankSum=-2.088;SC=ACAGGGACGCGGAGCTTGCAG;SOR=0.946;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=172;TCF=99;TCR=73;TR=49;WE=80899289;WS=80899271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,88:0.33:268
chr17	80914743	rs56027815	G	A	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=968;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GGCTCACACAGGAGCCAGGGC;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=62;WE=80914751;WS=80914733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,107:0.67:159
chr17	80923536	rs4986144	C	T	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=1393;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CCTGACCTCCCTCGTTAAAGG;SOR=0.483;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=83;WE=80923544;WS=80923526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,109:0.78:139
chr17	80963331	rs9901757	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5108;FS=1.270;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=814;ReadPosRankSum=0.161;SC=ACGCGCATCTCGGCGGTGAAC;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=53;WE=80963339;WS=80963321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,58:0.84:69
chr17	81006286	rs10852789	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=200;ReadPosRankSum=-0.617;SC=AAACTGTTTCGGTACGTAAGT;SOR=0.645;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=20;WE=81006294;WS=81006276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,29:0.27:108
chr17	81006387	rs1143006	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=2.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,85:0.28:304
chr17	81009487	rs73360407	C	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr17	81009795	.	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.151;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr17	81043039	rs9908756	A	G	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=1802;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TGCTGGTACCAGACGGGGACG;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=113;WE=81043047;WS=81043029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,167:0.67:251
chr17	81050833	rs74775917	A	AG	2552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.307;NF=18;NR=21;PP=1384;ReadPosRankSum=1.435;SC=GCTGAGTGTGAGATCCTTTGA;SOR=0.801;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=39;WE=81050841;WS=81050823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,89:0.37:239
chr17	81050982	rs7501742	G	C	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.05;MQRankSum=1.637;NF=14;NR=29;PP=596;ReadPosRankSum=-1.075;SC=GTGAGTGTCTGCTCGGCAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=43;WE=81050990;WS=81050972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,56:0.27:204
chr17	81051007	rs7502442	G	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.267;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=363;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CCTCCTGTGCGCCTGGTTTCT;SOR=1.484;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=29;WE=81051015;WS=81050997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,34:0.23:148
chr17	81051887	rs7223467	T	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.855;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=221;ReadPosRankSum=-0.419;SC=TGGCAGAGTCTGGGGTCAGCT;SOR=0.169;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=20;WE=81051895;WS=81051877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr17	81052423	rs8269	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=99;ReadPosRankSum=0.559;SC=TGGGAGCCGCGTGCCCTGGGC;SOR=1.214;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=10;WE=81052431;WS=81052413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr17	81083406	.	TCTCAGGGCGGCCGTGTGGGCATCCGTGTCAGAGTGCTGTGTGCCGGGCAACG	T	452.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-0.521;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr17	81083419	rs28399067	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=0.759;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr17	81083422	.	T	C	133	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=21;MQ=53.66;NF=7;NR=2;PP=133;QD=18.6412458386;SC=GGCGGCCGTGTGGGCATCCGT;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=9;WE=81083430;WS=81083412;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,9:0.30:30
chr18	196829	rs655781	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=1.266;SC=TACATTTACCGTACTTACTGG;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=16;WE=196837;WS=196819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr18	203081	rs471274	A	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=1.177;SC=GGATTTCTTTACATTTTGTCT;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=17;WE=203089;WS=203071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr18	204780	rs61607000	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr18	204815	.	T	A	111	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=111;QD=72.8856062736;SC=TATAGTATTATTTGGATCAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=2;WE=204824;WS=204805;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,2:0.14:14
chr18	204816	.	T	TAAAAA	115	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=115;QD=48.6666666667;SC=ATAGTATTATTTGGATCAATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=204824;WS=204805;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr18	219029	rs1784834	G	A	183.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5409;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.282;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AAATACTCATGAAGTGGTGGC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=219037;WS=219019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr18	224184	rs631343	C	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=453;ReadPosRankSum=0.960;SC=GATGTTCTGTCGTGAACAAAA;SOR=0.614;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=28;WE=224192;WS=224174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr18	252559	rs657138	G	A	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=47;PP=1431;SC=GAGCTTCCTCGTCTCCCATTT;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=86;WE=252567;WS=252549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr18	319935	rs12190	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.738;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr18	334742	rs2305027	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	334758	rs2305026	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.08;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	334942	.	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=1.774;SC=GCCCTGAGGGCCGGGGAGTCC;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=13;WE=334950;WS=334932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr18	334994	rs2305025	A	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=15;PP=593;SC=TCCCCACTGGAGCCCTGAGGG;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=335002;WS=334984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	357247	rs3810040	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=ATAGCTGTAAGTTTAAGATAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=357255;WS=357237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	357570	rs685658	T	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=2.260;SC=GATGTCATTTTAAAATTTATC;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=357578;WS=357560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr18	606993	rs62090069	G	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=1.542;SC=CGTCCCTCTCGGTTGCCAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=7;WE=607001;WS=606983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr18	607024	rs62090070	A	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=-0.601;SC=TGGCATGTTCATAGCTCACTG;SOR=1.188;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=12;WE=607032;WS=607014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr18	607068	rs62090071	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=225;ReadPosRankSum=-0.376;SC=GTGACCCTCCTACCTCAGCCC;SOR=0.706;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=17;WE=607076;WS=607058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr18	607210	rs62090072	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=1.725;SC=TCACTGCAACTTCTGCCTCCC;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=8;WE=607218;WS=607200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr18	618124	rs518471	T	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=477;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TGGTTTCTTATCTGTGCTGTG;SOR=0.927;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=32;WE=618132;WS=618114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr18	619050	rs546696	G	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=1.206;SC=GTGGCAGCTGGGTCCATGTGG;SOR=0.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=619058;WS=619048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr18	624783	rs495688	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=210;SC=TTTAGAATGTATACATTTCAA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=624791;WS=624773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr18	625070	rs498466	G	A	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.82;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr18	672836	rs1059393	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
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chr18	674535	rs2847172	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
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chr18	678847	rs2606246	T	C	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=18;PP=544;SC=TGTTAAGCCATGTGAAGGCTC;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=678855;WS=678837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	678947	rs2741186	A	G	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=400;SC=CTGAGCTGCCACCACCAGCCC;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=678955;WS=678937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	683094	rs2741183	C	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=289;SC=AGGTCTGTAACCCCTGTATTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=683102;WS=683084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	683116	rs2741182	C	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=3;PP=570;SC=TCACACATTACAATTATTTCA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=683124;WS=683106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	685797	rs2847329	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=13;PP=923;SC=ACTGCAAGACCACAGAAGTGT;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=685805;WS=685787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	688428	rs2847152	G	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=354;SC=CTGGCCTAAGGGGAAACTTCT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=688436;WS=688418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	688463	rs2612088	G	T	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=8;PP=558;SC=TGAGCCAGGGGGATCCTAGCC;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=688471;WS=688453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	690436	rs2847614	C	T	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=8;PP=422;SC=AGGAAAACCACACACATCTGG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=690444;WS=690426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	691173	rs2612087	G	A	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=43;PP=1531;SC=GTGTGTGCACGTCGTGTATCC;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=85;WE=691181;WS=691163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr18	691266	rs2612086	A	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	693269	rs2612083	A	C	7594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=77;PP=1794;SC=TGTACAGTAGAGGCTACAATG;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=124;WE=693277;WS=693259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr18	693285	rs2606248	A	T	6748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=70;PP=1934;SC=CAATGGCCTGATCTTATTCTT;SOR=1.486;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=98;WE=693293;WS=693275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr18	693767	rs2612082	C	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=218;SC=GCTTTATCATCGCTATAGTGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=693775;WS=693757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	693828	rs2305996	A	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=12;PP=710;SC=GCATGTCATCAATGATATCCA;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=693836;WS=693818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	693986	rs3217714	GCT	G	3130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=22;PP=1354;SC=CGCGTTGGCAGCTCTAATGCT;SOR=0.971;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=29;WE=693995;WS=693976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	694206	rs2847602	A	G	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=33;PP=1804;SC=TCAGTGTCGTACAGCTCCCAG;SOR=1.211;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=89;WE=694214;WS=694196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	697377	rs34911737	CTT	C	4224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=49;PP=2260;SC=GGATTGAACTCTTGTTTATGC;SOR=1.313;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=51;WE=697386;WS=697367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	706322	rs3831414	C	CACTG	623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=544;SC=AACCATGAAACTTTTTACTCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=706330;WS=706320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	706589	rs2612102	A	G	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr18	712319	rs34015520	TCGG	T	1111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=716;SC=AGAGCTGCAGTCGGCGGGGCG;SOR=0.770;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=15;WE=712329;WS=712309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	712356	rs3786350	G	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.44;QD=41.22;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	724612	rs537141	A	G	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=25.42;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	739918	rs3840903	AT	A	35.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	742858	rs9961743	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=1.030;SC=TATATGCATACAAATCAAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=5;WE=742866;WS=742848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr18	743436	.	T	C	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=25;QD=19.9237375157;SC=GAATAAACTATACTGTAATAT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=3;WE=743444;WS=743426;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,3:0.30:10
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chr18	905125	rs1893154	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=0.925;SC=TTCGCTTGGCATCGCGTCAGG;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=11;WE=905133;WS=905115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr18	905537	rs2231183	T	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=35;PP=998;SC=AGCTGGGGCTTCCCAGGCACA;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=905545;WS=905527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	907675	rs8192597	G	A	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=41;PP=1246;SC=AGGAAGAGGCGTACGGCGAGG;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=907683;WS=907665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	1275839	.	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GCTCAGCAAACCCAAGATGAA;SOR=0.148;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=1275847;WS=1275829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr18	1278665	rs1595005	C	T	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=465;ReadPosRankSum=-0.144;SC=AATCTGAGTGCTCCCCTGTCT;SOR=0.711;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=34;WE=1278673;WS=1278655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,62:0.52:119
chr18	2539016	rs8084295	C	G	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=41;PP=1688;SC=CCAGACTCCACAGCAATAAAA;SOR=0.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=94;WE=2539024;WS=2539006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr18	2547500	rs2677879	G	T	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=44;PP=1313;SC=GGTATTTGCTGTATTTGCAGG;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=70;WE=2547508;WS=2547490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	2554625	.	G	A	104.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr18	2595443	rs12456560	G	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=152;ReadPosRankSum=2.226;SC=TAAAACAGGAGAACACTCGAC;SOR=0.144;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=13;WE=2595451;WS=2595433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr18	2606596	rs4035305	CTT	C	600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=361;ReadPosRankSum=1.287;SC=AAATCAAAATCTTTAAGCTAT;SOR=0.412;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=2606605;WS=2606586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr18	2610978	rs3817350	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=282;ReadPosRankSum=1.132;SC=AGTATGATCTGGCAAAAATTT;SOR=3.745;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=14;WE=2610986;WS=2610968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr18	2656248	rs2430853	G	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=339;ReadPosRankSum=0.500;SC=GATTTCGCGCGTGTGTGTGTC;SOR=1.002;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=26;WE=2656256;WS=2656238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr18	2666046	rs9947882	A	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.566;SC=AGATAAGTGTAGTGGTTACAG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=2666054;WS=2666036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr18	2688798	rs637651	G	A	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	2698125	rs626994	T	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=234;SC=ATCGGTTGGGTTATTCAGGTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=2698133;WS=2698115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	2705633	rs8090967	T	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	2705675	rs8090988	T	A	220.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr18	2707619	rs2276092	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=525;ReadPosRankSum=-0.440;SC=GCCTAATGAGGTTAGGCCTGC;SOR=0.811;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=41;WE=2707627;WS=2707609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,53:0.49:108
chr18	2724930	rs633422	A	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=165;ReadPosRankSum=-0.569;SC=AAATAACCAAAGGACCAAATT;SOR=0.507;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=14;WE=2724938;WS=2724920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr18	2739579	rs113825505	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=-0.171;SC=GTTTCCTTCCATGGATGTTTT;SOR=1.042;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=15;WE=2739587;WS=2739569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr18	2750238	rs2304860	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GTTGGGACTGAATAGAAGTTG;SOR=0.936;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=17;WE=2750246;WS=2750228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr18	2751475	rs300293	A	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=525;SC=GTAAATATATAATGTTATATA;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=2751483;WS=2751465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	2763697	rs483547	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=470;ReadPosRankSum=1.558;SC=CCATTAAAGGCTCTAATGAGG;SOR=0.701;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=34;WE=2763705;WS=2763687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,56:0.40:139
chr18	2771516	rs300291	G	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	2784404	rs35853884	TGAAA	T	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=313;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TTGGAGCAGTTGAAATAAGTT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=2784415;WS=2784394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr18	2847361	rs112881773	C	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr18	2885118	rs592120	C	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=372;SC=GGCCTCGAAACAGCTTGAAGA;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=2885126;WS=2885108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr18	2960969	rs17881253	TTATTAA	T	758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=747;SC=ATCATTAGCCTTATTAATTTT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=2960982;WS=2960959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	2982817	rs1539792	C	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=314;SC=GTATATAATCCAAACAGAAAG;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=2982825;WS=2982807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	3067278	rs2230164	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=158;ReadPosRankSum=0.028;SC=CCTTCTTGCCACCTTTCAGGG;SOR=1.140;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=14;WE=3067286;WS=3067268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr18	3072052	.	AT	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.493;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr18	3075503	rs10667835	C	CAAA	6816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=39;PP=2704;SC=AACAAACAGACGAAGAATTTT;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=66;WE=3075511;WS=3075493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr18	3075554	rs2298540	T	C	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.061;NF=28;NR=22;PP=705;ReadPosRankSum=-0.423;SC=TGACGACATTTTCCTTGCCTC;SOR=0.617;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=50;WE=3075562;WS=3075544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,79:0.48:166
chr18	3075712	rs2298539	C	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=0.225;SC=TTGCTAGGACCAGGGACTTAC;SOR=0.891;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=18;WE=3075720;WS=3075702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr18	3079439	rs5822732	CT	C	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.020;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=403;ReadPosRankSum=0.063;SC=GTTTTGTAGGCTTTCAAAAAA;SOR=1.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=13;WE=3079447;WS=3079429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr18	3085191	rs148266515	AT	A	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.338;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr18	3086065	rs3765623	C	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=714;ReadPosRankSum=1.806;SC=CATATACCATCCTTAAAGTCA;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=48;WE=3086073;WS=3086055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,93:0.53:175
chr18	3089123	rs5822736	CTATTT	C	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.873;NF=3;NR=4;PP=271;ReadPosRankSum=0.750;SC=TCTCTACATTCTATTTTATTT;SOR=0.760;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=7;WE=3089135;WS=3089113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr18	3089522	rs948298	G	T	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=614;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CTTTATCCACGGCCTATTTTT;SOR=0.687;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=35;WE=3089530;WS=3089512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr18	3100429	rs7232329	G	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=582;ReadPosRankSum=-2.198;SC=TTCGTCCTTCGGAACAAAATA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=41;WE=3100437;WS=3100419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,68:0.50:135
chr18	3112231	rs8096379	G	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr18	3112568	rs8097874	C	A	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=110;SC=TCAAACACTACGCAGGTGACT;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=3112576;WS=3112558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	3120060	rs6506068	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-1.817;SC=TACTTGTTGAGCATTTTATTT;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=4;WE=3120068;WS=3120050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr18	3131593	rs34489383	CT	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=7.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-2.277;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr18	3168816	rs2230167	G	A	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=19;PP=1449;SC=AAGACTCACCGTTTCTGTACC;SOR=1.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=70;WE=3168824;WS=3168806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	3169070	rs59171311	C	CAAAAA	717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;QD=39.87;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	3173873	rs10153407	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=244;SC=AGCATTATGGGCTAACTTATT;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=3173881;WS=3173863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	3173964	rs2230163	G	A	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=11;PP=1009;SC=AAGCCCCAGCGTGGAAGCGAG;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=3173972;WS=3173954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	3174018	rs17183883	C	T	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=28;PP=1800;SC=AAAACAGAAACGCATGTGAAC;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=96;WE=3174026;WS=3174008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	3174056	rs10153428	C	A	7728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.73;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr18	3174064	rs72860297	G	T	8608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.79;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr18	3174076	rs35188311	A	AAC	7232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.643;NF=44;NR=60;PP=2985;ReadPosRankSum=1.020;SC=AATTTTTAAAAACACACACAC;SOR=0.592;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=104;WE=3174093;WS=3174046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,207:0.96:215
chr18	3174269	.	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=360;ReadPosRankSum=-0.568;SC=ACTAGCTGTTCTATCAAGGAA;SOR=0.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=23;WE=3174277;WS=3174259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr18	3176017	rs17177479	C	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=11;PP=317;SC=GTGAGCAACACATGGACACTA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=3176025;WS=3176007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr18	3176063	rs2230162	C	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=11;PP=357;SC=GAGTGTGCATCCCATATCGAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=3176071;WS=3176053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	3188664	rs144550875	TAC	T	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.161;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.594;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
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chr18	3214918	rs7232679	G	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=-0.266;SC=GTTGGAGGAGGGCGTCCGACA;SOR=1.508;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=6;WE=3214926;WS=3214908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr18	3215230	rs1662315	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=426;ReadPosRankSum=-2.058;SC=ATCCTGTGCCCCTTGAAGGAA;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=29;WE=3215238;WS=3215220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr18	3253543	rs1791105	G	A	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	3253569	rs6417016	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=18;PP=444;SC=TGTTTCCCACCGGATCACCAG;SOR=2.948;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=3253577;WS=3253559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	3272744	rs7242012	A	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=156;SC=GTTTAGGTGCATACTTATTCC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=3272752;WS=3272734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	3272798	rs6506097	AG	TA	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=4;PP=850;SC=TTTTACCTACAGACTTTAGGT;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=22;WE=3272807;WS=3272788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	3272855	rs6506099	C	T	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	3272874	rs7407072	T	A	2269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	3273153	rs7407045	C	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=571;SC=TTTTTTTGTGCGATGTACAAA;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=3273161;WS=3273143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	3277466	rs6506100	TG	CA	6409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr18	3277691	rs6506102	A	T	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=19;PP=871;SC=TACGATTGACAAGCTTTAGGA;SOR=1.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=3277699;WS=3277681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	3456679	rs138089161	GAC	G	1655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.036;SC=GCCACTCAAAGACAGAAGGAA;SOR=0.782;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=28;WE=3456688;WS=3456669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr18	3580485	rs2240900	G	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.95;MQRankSum=0.149;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.683;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr18	3580742	rs475528	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-2.721;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,49:0.46:107
chr18	3582272	rs11662259	A	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-2.469;SC=AACAAAGACAATGTGATTTCT;SOR=1.897;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=10;WE=3582280;WS=3582262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr18	3742572	rs3745050	C	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=28;PP=866;SC=GAAGCAATAACATGTGGCACT;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=3742580;WS=3742562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	3874343	rs72863445	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=0.413;SC=GAGCGTTTTGTTTCCCTTTTC;SOR=0.737;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=14;WE=3874351;WS=3874333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr18	3879336	rs373210125	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=0.205;SC=ACCGCCTGCTCGCTGATGGTG;SOR=0.721;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=44;WE=3879344;WS=3879326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,63:0.54:116
chr18	5145609	rs1395063	G	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr18	5196981	rs292285	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.653;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr18	5196992	rs292286	T	C	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=26;PP=860;SC=TCCTCTACCCTGCTCCCCTCC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=5197000;WS=5196971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	5197057	rs115401521	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=331;ReadPosRankSum=0.212;SC=CACCATGATTTCTTCCAGCCG;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=20;WE=5197065;WS=5197047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr18	5197214	.	G	GGGCCGCAGCTCC	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=62.65;MQRankSum=1.242;NF=0;NR=4;PP=962;ReadPosRankSum=2.450;SC=CTAGATCCTGGGGCCGCAGCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=5197222;WS=5197204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr18	5292030	rs620652	A	G	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=39;PP=1461;SC=TTTTAAAGTAAGTGCTGCAGG;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=5292038;WS=5292020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	5292207	rs11327444	CA	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr18	5395213	.	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=1.686;SC=TTCAGTAGGGGGAAATGGCCG;SOR=0.643;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=16;WE=5395221;WS=5395203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr18	5396513	rs58817821	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr18	5397286	.	G	A	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=950;ReadPosRankSum=-2.380;SC=CGCCGAGTAAGAAGCATCCCC;SOR=0.838;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=148;TCF=53;TCR=95;TR=67;WE=5397294;WS=5397276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,100:0.46:218
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chr18	5437961	rs5822861	T	TC	1812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=1262;ReadPosRankSum=0.373;SC=GTAAGCACGCTCTTTCCGGAG;SOR=1.162;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=33;WE=5437969;WS=5437951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,61:0.56:109
chr18	5478295	rs117900256	C	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=445;ReadPosRankSum=1.064;SC=GCACTGCATGCTTTTAGGCTT;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=34;WE=5478303;WS=5478285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr18	5577258	rs11876037	T	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.47;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	5630531	rs4083186	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr18	5630676	rs56114101	G	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AGCCCGCGCCGCTCAGCCCTC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=5630684;WS=5630666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr18	5840617	rs9965310	G	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=72;ReadPosRankSum=1.394;SC=CTCCCATCAGGTATCTCCACT;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=8;WE=5840625;WS=5840607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr18	5840674	rs9966028	C	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=308;ReadPosRankSum=0.784;SC=AAGGGGTGGGCGTGAGGCGGG;SOR=0.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=19;WE=5840682;WS=5840664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr18	5840810	rs72855836	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr18	5891657	.	G	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=737;ReadPosRankSum=0.685;SC=GCTCGTGCTGGAGGCGTGCTC;SOR=0.785;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=46;WE=5891665;WS=5891647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,65:0.50:129
chr18	5891680	.	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=596;ReadPosRankSum=-1.422;SC=GGGCGCGCCCGCGGAACTGGA;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=47;WE=5891688;WS=5891670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
chr18	5956238	rs3737353	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GACTTCTTGGCCTGAGGCAAT;SOR=0.223;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=8;WE=5956246;WS=5956228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr18	5956425	rs3737354	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=-1.350;SC=AAATGTTTTGCCACGGAAGCC;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=20;WE=5956433;WS=5956415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr18	5956483	rs3737357	G	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=-1.421;SC=TGTGGAACCCGTCATAGCCTC;SOR=0.990;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=15;WE=5956491;WS=5956473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr18	5956502	rs34472471	GCT	G	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=320;ReadPosRankSum=0.583;SC=TCCGTGTTGAGCTCACCAGTG;SOR=1.085;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=9;WE=5956511;WS=5956492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr18	5960165	rs505559	G	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.728;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr18	6046717	rs7234770	T	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=492;ReadPosRankSum=0.283;SC=AAAACAGAGATACAACTTACC;SOR=0.566;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=34;WE=6046725;WS=6046707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
chr18	6081023	.	A	G	235.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TAGCAGCACAAATTTAAATAG;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=6081031;WS=6081013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr18	6241305	.	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=0.365;SC=TGAATTTTAAGAAATTTAAGC;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=6241313;WS=6241295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr18	6311538	.	GG	AA	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.412;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=224;ReadPosRankSum=-1.845;SC=AAGGGTCCAGGGATGGACATC;SOR=1.531;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=7;WE=6311547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr18	6511473	rs4798453	C	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=6;PP=408;SC=CTGTAATAATCGTGGACATCA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=6511481;WS=6511463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	6511669	rs4798454	T	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=26;PP=747;SC=GAGCTCTTTGTTGGTGACATT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=6511677;WS=6511659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	6511759	rs58594073	T	TA	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=1.662;SC=ATTACAGCATTCAACCTGTGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=6511767;WS=6511749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
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chr18	6513750	rs7242507	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=382;ReadPosRankSum=-0.896;SC=TCTTTTCTTTGTGCACAAAAG;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=35;WE=6513758;WS=6513740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr18	6576156	rs2004296	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=0.149;SC=CATTGAGAACTTATTAAGAAC;SOR=0.735;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=6576164;WS=6576146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr18	6588929	rs8094425	A	T	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=43;PP=1310;SC=TAACCAGCTCACCAGGATAAA;SOR=0.985;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=75;WE=6588944;WS=6588919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr18	6730016	rs57509765	G	C	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=115;SC=GCTGCGCCTTGTGCCTGAGCG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=6730024;WS=6730006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	6837446	rs2303977	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr18	6889973	rs4239328	A	G	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=36;PP=1864;SC=TGATGGCACCAAACCTTTTCT;SOR=1.083;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=106;WE=6889981;WS=6889963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr18	6890270	.	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TTGAAACAGGGATCCACATAA;SOR=0.260;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=12;WE=6890278;WS=6890260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr18	6890434	rs1116757	A	G	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=43;PP=1343;SC=TCCAGGTTCCATCTTTCTTAA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=83;WE=6890442;WS=6890424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr18	6890509	.	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=373;ReadPosRankSum=0.825;SC=CAAGTGTCAGGAAGCTGCTCA;SOR=0.573;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=28;WE=6890517;WS=6890499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr18	6890591	rs1116756	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=278;SC=TAGATTTGTACTCCTCAAAGG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=6890599;WS=6890581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	6896450	rs11081282	C	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=14;PP=704;SC=ATCATTGAGCCGATATTCATC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=6896458;WS=6896440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	6898415	rs12185460	C	T	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=8;PP=544;SC=CACATTAACCCGTTTTCCACT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=6898423;WS=6898405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	6898540	.	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-2.020;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,58:0.53:110
chr18	6912004	rs1346931	G	A	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=51;PP=2003;SC=ATATGTGTGCGCACGCACACA;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=116;WE=6912012;WS=6911994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr18	6912143	rs1056408	A	C	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=794;ReadPosRankSum=1.101;SC=AAACCCCAACAAAGTTCTTAA;SOR=1.897;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=32;WE=6912151;WS=6912133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr18	6927348	rs2282629	G	A	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr18	6927352	rs2282630	TG	CA	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.01;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	6942295	rs733918	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=0.935;SC=ATGCGATCCATAGCACAAAAG;SOR=0.870;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=10;WE=6942303;WS=6942285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr18	6947013	rs489023	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr18	6947143	rs2155697	A	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=-0.276;SC=GAAGACCCTCATGGAGAGGAA;SOR=0.709;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=12;WE=6947151;WS=6947133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr18	6947362	rs12966847	C	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr18	6948614	rs62081479	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=338;ReadPosRankSum=-1.487;SC=GGGTTTGGACACATTTTCCTT;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=20;WE=6948622;WS=6948604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr18	6948629	rs3840904	TTCA	T	651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=543;ReadPosRankSum=-1.299;SC=TTCCTTCCACTTCATCAGACT;SOR=0.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=13;WE=6948639;WS=6948619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr18	6949052	rs500355	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=261;ReadPosRankSum=-0.383;SC=TACAAAATAAACACGAACACA;SOR=0.555;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=21;WE=6949060;WS=6949042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr18	6950999	rs62081480	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-2.191;SC=CAGCGTTGAGAAAGGAAACTT;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=8;WE=6951007;WS=6950989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr18	6956393	rs11875257	T	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=344;ReadPosRankSum=0.175;SC=ATATTATACATCAGCCCAATG;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=22;WE=6956401;WS=6956383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr18	6958364	.	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=1.479;SC=CATTATTTGGGAATTTGCAAA;SOR=0.976;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=6958372;WS=6958354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr18	6980457	rs693360	T	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=11;PP=444;SC=CTTCCTTATGTTCCTGAGTGA;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=6980465;WS=6980447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	6980523	rs607230	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=15;PP=479;SC=CACTTACCTTTAGGAATTGCT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=6980531;WS=6980513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr18	6985507	rs523711	G	A	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.65;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
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chr18	6985655	rs617573	C	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=491;SC=GCAGCAGAAACGGCATTTTAA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=6985663;WS=6985645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	6986050	rs59480422	C	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-0.898;SC=AGCCACCCAGCCAGGCCAGGG;SOR=0.293;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=6986058;WS=6986040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr18	6986259	rs62081531	G	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=444;ReadPosRankSum=-2.327;SC=TTGAAAGGACGTGGCTTGCTG;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=30;WE=6986267;WS=6986249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr18	6992509	rs7243349	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=366;ReadPosRankSum=-2.378;SC=AGATAGCGTGCAAGTTTCTCT;SOR=0.799;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=33;WE=6992517;WS=6992499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,53:0.44:121
chr18	6995512	rs4798524	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-1.975;SC=TAACTAAGAAGCACTTGCATT;SOR=0.268;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=12;WE=6995520;WS=6995502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr18	7007150	rs375908736	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.850;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,75:0.50:149
chr18	7008591	rs662471	T	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=928;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCAACCTCCATTGAAATGTCT;SOR=0.898;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=52;WE=7008599;WS=7008581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,64:0.50:128
chr18	7012123	rs9946794	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=479;ReadPosRankSum=-1.439;SC=TGCACTGAGGACCAAAGACAT;SOR=0.761;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=33;WE=7012131;WS=7012113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,51:0.39:130
chr18	7015714	rs603258	T	C	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=5;PP=420;SC=TGGATGACAGTGCTCACCTGG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=7015722;WS=7015704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	7016794	.	TC	T	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=25;QD=25.5;SC=CATGACACCATCCCCATCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=7016802;WS=7016784;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr18	7017322	rs539713	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=16;PP=516;SC=GTTTGCAGTCACAGAGCCCGG;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=7017330;WS=7017312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	7017536	rs4797276	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTTAGAAGTTTAGCATTTTTC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=7017544;WS=7017526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr18	7023371	rs684634	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=1.586;SC=AACCATCTGCACATCTGTATC;SOR=0.571;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=11;WE=7023379;WS=7023361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr18	7024345	rs548577	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
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chr18	7033173	rs113773518	GA	G	684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.298;NF=1;NR=9;PP=323;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GCTCCTAAAAGATTTAAATCC;SOR=0.482;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=10;WE=7033181;WS=7033163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr18	7033235	rs4797278	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.775;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.889;SC=GGAGGCCAAGGTGGGTGGATC;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=7033243;WS=7033225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr18	7033255	rs628540	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.47;MQRankSum=1.782;NF=2;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CACGAGGTCAAGAGATCGAGA;SOR=0.465;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=7033263;WS=7033245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr18	7034448	rs566825	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=230;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TACCTTCACCGTAAGTTTTTC;SOR=0.107;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=20;WE=7034456;WS=7034438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr18	7034464	rs674733	T	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=5.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=1.185;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
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chr18	7035915	rs677136	A	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=331;ReadPosRankSum=1.745;SC=CTCACCTAGTAACTTTCAGTC;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=23;WE=7035923;WS=7035905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
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chr18	7049294	rs144543039	G	GTTTA	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=449;ReadPosRankSum=1.622;SC=AATGTCAATTGTTTATTTATT;SOR=0.616;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=11;WE=7049302;WS=7049284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
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chr18	7117782	rs334407	A	G	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=35;PP=1178;SC=GGAACGCTCCACGGGACGCGA;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=7117790;WS=7117772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	7117880	rs36201812	CCCCGCCCCGT	C	874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=2981;SC=CTGCGCCCCGCCCCGCCCCGT;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=15;WE=7117897;WS=7117870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	7947197	rs8092781	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr18	8088969	rs488952	G	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=-0.315;SC=AAATCCATATGTTTATTAGCT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=8088977;WS=8088959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr18	8089027	rs658110	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=1.068;SC=TTGATGTAAGGTGATCAAGTA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=8089035;WS=8089017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr18	8244282	rs60751184	C	CA	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr18	8244335	rs12962826	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=0.429;SC=GGTTTCTTCAGTCATTTTCAG;SOR=0.495;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=13;WE=8244343;WS=8244325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr18	8247734	rs78327892	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=185;ReadPosRankSum=0.052;SC=CAGTGAGTCCCGGAGTCACCG;SOR=1.095;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=10;WE=8247742;WS=8247724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr18	8343333	rs2246146	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=379;SC=CTGCATGTGGGTATTAATAGA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=8343341;WS=8343323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	8379046	rs3826631	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.63;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr18	8380473	rs657374	T	A	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=27;PP=724;SC=GGGGGTCAAGTTTGTTTTTAC;SOR=1.666;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=39;WE=8380481;WS=8380463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	8384848	rs586931	A	C	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	8387058	rs664201	T	G	5405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	8387065	rs594742	C	T	5485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.54;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr18	8387195	rs593978	G	A	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=34;PP=1064;SC=GGCAAGAGGAGTACAATGGCG;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=8387203;WS=8387176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	8387219	rs593950	G	C	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=25;PP=600;SC=AAGGCCGCACGGTTGTGCACT;SOR=1.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=8387227;WS=8387209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	8705583	.	A	ACGCCGC,ACGCCGCCGCCGC	1140.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=3,3;NR=2,2;PP=112,145;SC=GGGAGGCTGCACGCCGCCGCC;SOR=1.721;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=5,5;WE=8705591;WS=8705573;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.40,0.60:20
chr18	8705679	rs8089706	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr18	8705871	rs142882599	T	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=221;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GAGCCCCGGCTCCCGCCGCCC;SOR=0.474;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=14;WE=8705879;WS=8705861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr18	8706143	rs11661625	C	T	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=5;PP=869;ReadPosRankSum=-0.347;SC=GGCCGCAAAGCCAAGCGCGGC;SOR=1.769;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=77;TCF=66;TCR=11;TR=46;WE=8706151;WS=8706133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr18	8706186	rs11661629	C	T	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=28;PP=1559;ReadPosRankSum=2.107;SC=CCGTCGGCCCCCCGACCCCGG;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=117;TCR=53;TR=92;WE=8706194;WS=8706176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,109:0.55:199
chr18	8706485	rs182991633	CG	AA	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.656;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=1418;ReadPosRankSum=-1.003;SC=CCCCTCGCCGCGGGCGCCTGT;SOR=1.723;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=31;WE=8706494;WS=8706475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
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chr18	8784370	rs918272	A	G	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=844;ReadPosRankSum=1.997;SC=ACTCGGAGGAAATGTTTGAGA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=56;WE=8784378;WS=8784360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,65:0.49:133
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chr18	8796549	rs112076971	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr18	8821301	rs656602	T	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=405;SC=GATTGTACTTTAAAGGCCTCA;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=8821309;WS=8821291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	8821556	rs629142	G	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=237;SC=GTCTTAAAATGTTGTTTTGTC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=8821564;WS=8821546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	8825192	rs581894	A	G	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=59;PP=2366;SC=ACACCAAGGGAGGCCCTCCAG;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=102;WE=8825200;WS=8825182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr18	8826083	rs3744977	G	C	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=44;PP=1799;SC=CTGGCTACACGCTCACTGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=87;WE=8826091;WS=8826073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	9105108	rs1396740	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.992;SC=ATTACTTATACAACCAGGCCC;SOR=0.132;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=12;WE=9105116;WS=9105098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr18	9117867	rs906807	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=186;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CATAAGACAGTTATGCAAAAT;SOR=0.602;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=14;WE=9117875;WS=9117857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr18	9182329	rs149819427	T	TA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.036;SOR=2.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr18	9182331	.	A	AACTTCAGGTAGGT	1585	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=1585;QD=561.666666667;SC=GTGGTGCGTAACCTATTGTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=9182340;WS=9182321;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr18	9182332	.	C	T	211	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=211;QD=81.9237375157;SC=TGGTGCGTAACCTATTGTATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=9182340;WS=9182321;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr18	9182332	rs60039834	C	CTTCAGGTAGGTT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.368;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr18	9255982	rs4798791	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=1.426;SC=AGTAGAGAAAAGATGGATAGG;SOR=0.299;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=13;WE=9255990;WS=9255972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr18	9337456	rs3975825	G	GTATT	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=227;ReadPosRankSum=1.043;SC=TAAGACCTGAGTATTGGGTCA;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=9337464;WS=9337446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr18	9396597	rs2298550	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=0.820;SC=TGGTCTGTCCATGTAATCTAT;SOR=0.332;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=17;WE=9396605;WS=9396587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr18	9512985	rs1813100	G	A	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=28;PP=1236;SC=TTCTCTTGGTGCAGGTGTAAT;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=68;WE=9512993;WS=9512975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr18	9522606	rs329007	G	A	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=53;PP=1561;SC=TGAACTTGAGGAGATAGGTAA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=75;WE=9522614;WS=9522596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	9522666	rs2241943	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GGACAGTGTCAATGTATAAGA;SOR=0.048;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=16;WE=9522674;WS=9522656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr18	9562042	rs2306134	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=458;ReadPosRankSum=1.108;SC=GTCTGAATCGCTGTGAATATA;SOR=0.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=26;WE=9562050;WS=9562032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr18	9577352	rs329000	C	T	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=5;PP=154;SC=TTAGCTAGGACTGAAAAATTC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=9577360;WS=9577342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	9588144	.	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=634;ReadPosRankSum=0.762;SC=GCTCTATGAGGACAGGGCACA;SOR=0.849;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=46;WE=9588152;WS=9588134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr18	9614096	rs71360847	C	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=1.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr18	9708582	rs62078920	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=282;ReadPosRankSum=0.034;SC=CTCGTCCGCGCGCCCCCTGGT;SOR=1.581;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=19;WE=9708590;WS=9708572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr18	9775372	rs6506697	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CCTGTATGTCATTCTCCTTCG;SOR=0.925;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=22;WE=9775380;WS=9775362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr18	9775411	rs6506698	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.529;NF=0;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=0.496;SC=CATCAGAATGACCACTCTGTC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=11;WE=9775419;WS=9775401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
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chr18	9859134	rs10695443	A	AAATATT	783.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=700;ReadPosRankSum=1.489;SC=TGCACAGCCCAAAGCAGGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=14;WE=9859142;WS=9859124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
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chr18	9887586	rs141824629	G	A	10064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-4.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.201;NF=87;NR=102;PP=2728;ReadPosRankSum=3.957;SC=TCCAGCCCAAGGAGGGTGACA;SOR=0.674;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=383;TCF=183;TCR=200;TR=189;WE=9887594;WS=9887576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,296:0.49:604
chr18	9887936	rs17805544	G	C	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=584;ReadPosRankSum=-0.017;SC=AGGACCATCAGACCATTCTTC;SOR=0.754;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=36;WE=9887944;WS=9887926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
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chr18	10455133	rs28484275	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CGCGGCACGGCCTACACTGTC;SOR=0.169;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=12;WE=10455141;WS=10455123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr18	10471732	rs3748415	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=789;ReadPosRankSum=1.776;SC=GCTGCACAACGTCCAGGTGAT;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=151;TCF=81;TCR=70;TR=60;WE=10471740;WS=10471722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,80:0.40:202
chr18	10471764	rs3748414	C	T	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.66;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,95:0.45:211
chr18	10471773	rs3748413	C	G	3720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,105:0.48:219
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chr18	10485363	rs91958	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.59;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr18	10485369	rs91959	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.26;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
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chr18	10488064	rs3811368	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr18	10488091	rs1045584	G	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=1.267;SC=TGACAGATTTGCTTTACCAAA;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=10;WE=10488099;WS=10488081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr18	10677880	rs5823112	GA	G	355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=94;SC=TTTCTGTGAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=10677888;WS=10677870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	10680104	rs1944383	C	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=297;SC=ATCTAAAGTTCCCATTCTTCC;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=10680112;WS=10680101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	10680132	rs688237	C	T	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.12;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	10680142	rs688222	T	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.81;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	10680163	rs487037	G	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=513;SC=ACTGGGGAAAGGGATAAATTA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=10680171;WS=10680153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	10691414	.	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=-0.862;SC=GTGAAGCAATGAAATACTCTT;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=22;WE=10691422;WS=10691404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr18	10698010	rs6146217	C	CGGATGCATTTGTGAACAATTACTGA	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.29;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr18	10704619	rs4796901	C	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=185;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TAGAATTTCTCTGACTCTTCA;SOR=1.008;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=10;WE=10704627;WS=10704609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
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chr18	10757888	rs7407954	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=0.431;SC=CCCAAGTATAGCAGAGAAAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=10757896;WS=10757878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr18	10758023	rs7407105	G	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=540;ReadPosRankSum=0.827;SC=CCGCATCAAGGTTCATGCAGA;SOR=0.964;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=36;WE=10758031;WS=10758013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr18	10758284	rs79054145	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=133;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TGGAGTCCAATGTCGGGGCCA;SOR=0.238;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=13;WE=10758292;WS=10758274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr18	10759840	rs35033671	C	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,60:0.54:112
chr18	10759935	rs2865119	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=-1.632;SC=GAGGCAAAAAAAAAAAATCAG;SOR=0.677;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=22;WE=10759943;WS=10759919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr18	10759961	rs2865118	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.652;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr18	10762962	rs7241380	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.069;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,51:0.46:110
chr18	10763007	rs7227167	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=-2.177;SC=ACGTCCAGACTGTGCAGACAC;SOR=0.555;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=36;WE=10763015;WS=10762997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr18	10763132	rs7507093	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=0.858;SC=GACAAAAATACGTAACACGGC;SOR=0.887;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=26;WE=10763140;WS=10763122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr18	10763218	rs2865131	T	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=403;SC=ATTCCTAGCATGCGCAAGGAA;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=10763226;WS=10763208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	10784733	rs3830641	GA	G	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=-1.001;SC=TAGGGTTGAAGAGCTGCCTTC;SOR=1.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=10784741;WS=10784723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr18	10785070	rs12604151	A	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=1.059;SC=TCGTTTATTGAATCCCTCTCT;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=10785078;WS=10785060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr18	10787047	rs6505592	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-1.467;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr18	10789014	rs2870106	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=222;ReadPosRankSum=0.762;SC=AATCTCTGCAGAGGTAGCTCA;SOR=0.407;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=17;WE=10789022;WS=10789004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr18	10797362	rs7407224	T	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=312;ReadPosRankSum=-3.419;SC=TATCATCATATCATACATACC;SOR=0.454;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=23;WE=10797370;WS=10797352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr18	10855553	.	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr18	10911051	.	C	T	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=27;MQ=42.21;NF=4;NR=0;PP=20;QD=13.6928031368;SC=GGCAAAATGACGACTTGATCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=4;WE=10911059;WS=10911050;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr18	11066010	rs7236754	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CCATGCCATATTAGCCCTGCT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=11066018;WS=11066009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr18	11609769	.	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.542;NF=8;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=-1.542;SC=CCCCCTTTCTCGTATGGCTTA;SOR=1.836;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=20;WE=11609777;WS=11609764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr18	11609811	rs8087666	G	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.264;NF=22;NR=9;PP=588;ReadPosRankSum=-2.478;SC=GCTGGAGCTGGTCATCTGTCG;SOR=0.223;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=31;WE=11609819;WS=11609801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
chr18	11609903	rs8087561	CA	GG	12277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=100;PP=2947;SC=TCCGAGGCCGCACCTGCTTCT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=121;TCR=102;TR=219;WE=11609912;WS=11609893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr18	11609978	rs79858187	C	T	3729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQRankSum=-11.995;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,103:0.39:264
chr18	11609981	rs76641843	T	C	3682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-12.249;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,101:0.38:266
chr18	11609994	rs75154847	C	T	3020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQRankSum=-12.744;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,84:0.36:232
chr18	11610001	rs79348909	A	G	3013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-12.672;QD=13.51;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,82:0.37:223
chr18	11610024	rs80224205	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-12.042;NF=16;NR=39;PP=730;ReadPosRankSum=-0.398;SC=CTGCTCCGCCATCCTCACCCT;SOR=0.860;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=37;TCR=87;TR=55;WE=11610032;WS=11610014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,58:0.34:170
chr18	11610042	rs76699910	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.321;NF=11;NR=31;PP=572;ReadPosRankSum=1.316;SC=CCTCTGCCTTGAGAGCCAGGT;SOR=1.040;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=42;WE=11610050;WS=11610032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,44:0.33:133
chr18	11610121	rs73943948	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.226;NF=1;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=0.099;SC=GTGGGACCTGGACTCTGGACA;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=8;WE=11610129;WS=11610111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr18	11619799	rs112261054	ATGT	A	4304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=38;PP=2008;SC=CAGTTATAGAATGTTGTTGAG;SOR=1.202;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=42;WE=11619809;WS=11619789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr18	11689522	rs9303742	T	C	145.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=95;SC=GCGCCCAGCCTGCCCTAGTCC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=11689530;WS=11689512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	11689669	rs201898548	C	CGGCCCT	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.417;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr18	11689699	rs7236433	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.091;NF=8;NR=5;PP=151;ReadPosRankSum=-1.919;SC=GCGGCCGCAAGGGACACGGCC;SOR=0.182;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=13;WE=11689707;WS=11689689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr18	11690019	rs9675415	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=178;SC=CGGGGAGCGGTGGCGGGCACC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=11690027;WS=11690009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	11752943	rs1895689	C	A	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=28;PP=936;SC=GTTCAGTTTGCTTCCAAACTG;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=11752951;WS=11752933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr18	11753067	rs5823172	TG	T	707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=329;SC=TATTTGCTGTTGGATTTGGTA;SOR=1.721;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=11753075;WS=11753057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	11753716	rs8095592	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=13;PP=726;SC=TTACTAGAAAGGTCAAGTGCT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=11753724;WS=11753706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	11754034	rs72865259	T	C	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=602;SC=TTGATACTAATTCATTATTAA;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=11754042;WS=11754024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	11824829	rs1647555	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.691;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=540;ReadPosRankSum=0.682;SC=CTTGCAAAAAACAGTTTTTGC;SOR=2.262;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=25;WE=11824837;WS=11824820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr18	11824879	rs200508915	C	CT	235.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=6.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr18	11824880	rs1647556	T	A	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=6.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.89;ReadPosRankSum=0.365;SOR=1.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,63:0.62:102
chr18	11824886	rs1647557	T	G	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=6.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.26;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,70:0.62:112
chr18	11851480	rs16976750	C	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=504;ReadPosRankSum=-0.779;SC=GCTTCTCAGCCGGGCCGCCGA;SOR=0.866;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=33;WE=11851488;WS=11851470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr18	11864707	rs4315401	A	G	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=161;SC=TGTGCATGGCAGCCCTTTCAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=11864715;WS=11864697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	11867297	rs2855646	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CTTAACTATTCTTGAATTAGA;SOR=0.404;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=9;WE=11867305;WS=11867287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr18	11884670	rs643652	C	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr18	11999038	rs45442994	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=377;ReadPosRankSum=0.036;SC=CCCAAATCCCGTACTTTTATT;SOR=0.913;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=21;WE=11999046;WS=11999028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr18	11999115	rs11545506	T	C	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=605;ReadPosRankSum=-1.040;SC=CTGCAGATCTTGTGACAGAAA;SOR=0.864;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=49;WE=11999123;WS=11999105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,74:0.54:136
chr18	12012457	rs635370	A	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.26;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	12012457	.	ACCGTGGTCTA	CCCGTGGTCTA,CCCGTGGTCTC	160	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3,1;NR=15,6;PP=160,76;QD=10.8206229193;SC=CCTCGTGTCAACCGTGGTCTA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18,7;WE=12012475;WS=12012447;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:18
chr18	12012467	rs16976956	A	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr18	12014220	rs45512594	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr18	12014411	rs643107	T	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=661;SC=ACTTCTGAAATAAAAGTGTGA;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=12014419;WS=12014401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	12027941	rs45446291	AT	A	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=270;ReadPosRankSum=0.787;SC=TCGAAAGATGATCCTTACTCT;SOR=2.062;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=12027949;WS=12027931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr18	12057195	rs9959517	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.314;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=295;ReadPosRankSum=-1.657;SC=GTCCTCCTCTATGAGCCGCGA;SOR=1.380;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=19;WE=12057203;WS=12057185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr18	12057389	rs9959781	C	G	5305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.293;NF=45;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=1.339;SC=GGTCCTGCAGCGCCTGCAGCT;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=156;TCF=79;TCR=77;TR=92;WE=12057411;WS=12057379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,137:0.54:252
chr18	12057403	rs9959774	A	G	5428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.288;NF=47;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.002;SC=TGCAGCTCCCAGTCCTTGCTG;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=95;WE=12057411;WS=12057379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,144:0.55:264
chr18	12057809	rs9960429	G	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=0.178;SC=TGCAAGGGGCGCTGCGCTTAC;SOR=1.201;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=9;WE=12057817;WS=12057799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr18	12067762	rs7506731	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=475;ReadPosRankSum=1.439;SC=TGCCCCTGGGCTCGTGGGGAG;SOR=0.688;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=29;WE=12067770;WS=12067752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr18	12067777	rs6505712	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=508;ReadPosRankSum=2.352;SC=GGGGAGGGCTTCATGGCGCCA;SOR=0.735;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=27;WE=12067785;WS=12067767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr18	12067919	rs12966234	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.010;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,63:0.43:146
chr18	12068078	rs34203217	G	T	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=867;ReadPosRankSum=1.084;SC=CGGAGTGCTCGCAGGCCTCTC;SOR=0.872;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=55;WE=12068086;WS=12068068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,86:0.52:165
chr18	12076504	rs12966109	A	C	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.30;QD=23.66;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	12094006	rs9964971	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=0.899;SC=GAGAAGATCTCTGGCTTCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=8;WE=12094014;WS=12093996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr18	12094031	rs11664969	G	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=227;ReadPosRankSum=1.497;SC=AGGTCAGGGGGTCGTTCCTGG;SOR=1.300;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=14;WE=12094039;WS=12094021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr18	12096249	rs1986751	G	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr18	12097547	rs4796945	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=-0.727;SC=TTCTACATGGACAGGCATATT;SOR=0.169;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=18;WE=12097555;WS=12097541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr18	12099654	rs6505715	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr18	12107493	rs77270132	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-1.537;SC=AGTTAACAGCGGATCACTGTT;SOR=0.764;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=5;WE=12107501;WS=12107483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr18	12115002	rs9959641	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr18	12115310	rs8091585	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.848;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr18	12115339	rs8091463	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.121;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr18	12115509	rs4519391	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.605;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr18	12125657	rs7243248	G	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.752;NF=27;NR=14;PP=644;ReadPosRankSum=-0.939;SC=GAATGAGGAAGCATTAACAAA;SOR=0.965;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=41;WE=12125665;WS=12125647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,59:0.50:119
chr18	12126407	rs9303759	T	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.93;MQRankSum=-0.964;NF=1;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=0.213;SC=AGATAAGTATTTTTCAAACTT;SOR=1.022;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=12126415;WS=12126397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr18	12127880	rs150303184	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=0.467;SC=AAAAAGAAATTAGGCCAGATG;SOR=0.741;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=19;WE=12127888;WS=12127870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr18	12254956	rs34939372	G	A	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	12264492	rs34567652	AC	A	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.820;NF=0;NR=15;PP=382;ReadPosRankSum=-1.118;SC=TACTGGGTAGACTTTTTACCT;SOR=0.576;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=15;WE=12264500;WS=12264482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr18	12274104	rs11545881	G	T	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.847;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.31;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr18	12308243	rs8087840	T	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.44;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr18	12308245	rs8086821	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.44;ReadPosRankSum=0.828;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr18	12308377	rs8086993	C	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=-0.204;SC=AGGGCCTCTCCGCGGGTCGGC;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=12308385;WS=12308367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr18	12308608	rs77669770	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GCCGCCGGGGCGCCTGGGGTG;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=8;WE=12308616;WS=12308598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr18	12308793	rs11267036	G	C	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=779;ReadPosRankSum=0.191;SC=ATGAGTCATCGTGTGAGTAGC;SOR=0.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=56;WE=12308801;WS=12308783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,85:0.46:186
chr18	12329536	rs1129115	C	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=178;ReadPosRankSum=0.698;SC=CCACAGTGGACAGACTGAGAT;SOR=0.610;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=12329544;WS=12329526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr18	12337642	rs376213367	CCAG	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,5:0.12:40
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chr18	12453005	rs499013	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.7346;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=0.882;SC=AATAAGGAAGATAATTGGTAT;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=12453013;WS=12452995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr18	12512385	rs139581657	CAA	C	830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=2.276;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
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chr18	12512574	rs567709	T	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=48;PP=1370;SC=CATTAAGTTATCTTCTCAAAT;SOR=1.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=66;WE=12512582;WS=12512564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	12546608	rs35057526	GA	G	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=1.068;SC=TCCAGGGGGGGAAAAAAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=12546616;WS=12546601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr18	12634934	rs35302137	CA	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.794;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr18	12634986	rs12454931	T	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr18	12657431	rs34472716	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.688;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr18	12658075	rs139943173	A	C	33.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	12658191	rs3902981	T	G	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=101;SC=GGCCGGGGGATGCACGCTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=12658199;WS=12658181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	12658600	rs1062235	A	G	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=27;PP=1096;SC=GTCTGGTTGAAAACTTGAACC;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=62;WE=12658608;WS=12658590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr18	12662148	rs1129214	G	A	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	12662186	rs71353221	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr18	12662190	rs5823232	G	GA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr18	12673574	rs12959199	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=256;ReadPosRankSum=0.288;SC=GCAAGTAAATCAGTATTTAAA;SOR=0.559;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=17;WE=12673582;WS=12673564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr18	12678486	rs12966424	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=22;PP=598;SC=TAAAAATTAAAAAGGCAGCAT;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=12678494;WS=12678476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	12680595	rs34861312	CAA	C	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-1.182;QD=13.76;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr18	12695415	.	C	A	46	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=46;QD=26.9237375157;SC=CAACCAAAGTCTAACCAAAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=12695423;WS=12695405;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	12699286	rs45541436	C	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=1.446;SC=AAAAACTTGACAGATAAAAAC;SOR=1.651;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=13;WE=12699294;WS=12699276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr18	12700918	rs137976891	CATAT	C	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.197;NF=7;NR=5;PP=529;ReadPosRankSum=0.812;SC=TTAGTATATACATATATACTC;SOR=0.591;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=12;WE=12700929;WS=12700908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr18	12703067	rs3809916	A	G	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=28;PP=1133;SC=CGTTCTTGCCAGGGCCGCGGT;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=67;WE=12703075;WS=12703057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	12703192	rs3809919	C	T	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=41;PP=1335;SC=TCGGGGCTGCCGCCTCCCGAG;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=12703200;WS=12703182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	12718593	rs2302768	A	G	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=34;PP=1009;SC=TTGTTCTTTCAAGCAGTCATT;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=12718601;WS=12718583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr18	12718647	rs12965549	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=2.616;SC=ATGTTTCTGCCTCTGGAAAGT;SOR=1.931;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=13;WE=12718655;WS=12718637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr18	12951738	rs1474043	G	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.53;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	12955439	rs11286163	CT	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-0.349;QD=8.34;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr18	12963146	rs35999381	AT	A	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.615;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;MQRankSum=0.340;QD=18.65;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr18	12979028	rs56263236	T	C	222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=11;PP=186;SC=ATGTAAACTTTGAAATGTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=12979036;WS=12979018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	12982760	rs12955780	G	A	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=34;PP=936;SC=AATATTTTTTGAAAATGGTCT;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=12982768;WS=12982750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	12984144	rs6505776	C	A	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=32;PP=987;SC=CTAGGTTCAACTATTCCAAGT;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=57;WE=12984152;WS=12984134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	12986802	rs113784266	G	GT	575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr18	13001512	rs4499304	G	C	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=13;PP=426;SC=GTTCCATCCGGGTCATCTCCC;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=13001531;WS=13001502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	13001523	rs11080618	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=14;PP=530;SC=GTCATCTCCCGGAAGCCAGAG;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=32;WE=13001531;WS=13001502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	13008369	rs6505777	A	G	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=174;SC=TTTAAGAGGTAAAATACATAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=13008377;WS=13008359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	13008701	.	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.728;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.906;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr18	13030383	rs9964466	G	A	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=72;SC=GTAGTCATCTGAATTTAAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=13030391;WS=13030373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	13040084	rs7229869	A	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=4;PP=137;SC=GAAGTTGAAGAGTAACTGAAT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=13040092;WS=13040074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	13049948	rs11441028	G	GA	601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=14;PP=395;SC=TAGGAACTGGGAAAAAAATGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=13049956;WS=13049938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	13056333	rs2282541	C	T	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=69;PP=2307;SC=CTGCTGTGCACGCACTCTTGA;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=127;WE=13056341;WS=13056323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr18	13056515	.	C	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=718;ReadPosRankSum=-1.130;SC=AACTCTGTGGCTGTGGGAATT;SOR=0.579;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=48;WE=13056523;WS=13056505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,82:0.53:154
chr18	13059099	.	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=276;ReadPosRankSum=0.110;SC=TTCAACATATCGTTGTTTAGT;SOR=0.908;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=19;WE=13059107;WS=13059089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr18	13068132	rs578208	T	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=22;PP=801;SC=TTCCAAGGAATCCGTCCGAGC;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=13068140;WS=13068122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	13069782	rs6505780	C	T	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=20;PP=943;SC=AAAGAATCTACTCCTTAAACC;SOR=0.864;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=47;WE=13069790;WS=13069772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	13072979	rs1787013	T	C	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=48;PP=2242;SC=CTGCTTTGTTTTATGCATTTA;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=98;WE=13072987;WS=13072969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr18	13087789	rs472992	A	G	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=8;PP=206;SC=ATTTATGTGGATGATGAGCTA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=13087797;WS=13087779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	13087815	rs527839	G	A	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=156;SC=ATGTGAGGAAGAAATACCCGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=13087823;WS=13087805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	13088673	rs498685	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=245;SC=ATACGCCTGTTTCCTTCTGAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=13088681;WS=13088663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	13095401	rs476191	A	T	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=6;PP=317;SC=TAGATTTATGAAGAATATAAA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=13095409;WS=13095391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	13095609	rs474337	T	C	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=57;PP=1663;SC=CGCCCGCCTCTGGATCAGCTG;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=45;TCR=57;TR=102;WE=13095617;WS=13095599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr18	13096436	rs556371	T	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=429;SC=GCACAAAGCATGTGCATGGTT;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=13096444;WS=13096426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	13116432	rs1786263	G	T	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=35;PP=1190;SC=TACAGGTTCCGGCCGACTAGT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=13116440;WS=13116422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	13460037	rs59728040	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=186;ReadPosRankSum=0.568;SC=ACGTCGTCACGCCATGGTCAT;SOR=0.460;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=14;WE=13460045;WS=13460027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr18	13460078	rs59719495	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TCCAGCTTCCTTTTGAAGAGG;SOR=0.392;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=12;WE=13460086;WS=13460068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr18	13643179	rs11080665	C	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=361;ReadPosRankSum=-0.994;SC=GTGATCCATCCGCCTCTGCCT;SOR=2.129;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=20;WE=13643187;WS=13643171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr18	13666768	rs1149356	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=344;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TGTCATCTTAAGCAAAAACAA;SOR=0.819;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=25;WE=13666776;WS=13666758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr18	13671689	.	CA	C	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.808;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr18	13731407	rs61281036	C	CA	265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=84;SC=AACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=13731415;WS=13731397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr18	13759820	rs4797813	G	T	230.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	13762011	rs4461147	C	A	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=11;PP=606;SC=CACACCTTGTCGTCTAAATGT;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=13762019;WS=13762001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	13826364	rs143817151	C	T	3302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=45;PP=1402;ReadPosRankSum=1.891;SC=TGCTGTTCCTCCTGGTGTCTC;SOR=0.798;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=223;TCF=116;TCR=107;TR=103;WE=13826372;WS=13826354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,171:0.44:391
chr18	13884972	.	G	A	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=989;ReadPosRankSum=-2.537;SC=GCATCAGCGGGAACAGCGACG;SOR=0.607;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=73;WE=13884980;WS=13884962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,132:0.47:281
chr18	13885128	.	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.787;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=719;ReadPosRankSum=-1.234;SC=GGAAGATGGTGATGTAGCGGT;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=50;WE=13885136;WS=13885118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,67:0.44:153
chr18	14105016	rs61609068	C	A	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.96;NF=43;NR=39;PP=1671;SC=AGTATGAATTCTCTGATGTTG;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=82;WE=14105024;WS=14105006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr18	14105853	rs8094412	C	A	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=37;PP=1048;SC=AATATAAATTCTTTGATGTTG;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=14105861;WS=14105843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	14105923	rs2159940	T	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=504;SC=TAAGGCTTTTTTTGAATATGG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=14105931;WS=14105913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	14156143	rs149108958	A	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.51;QD=23.49;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	14156241	rs115684852	A	T	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.91;QD=24.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	14157291	rs9959262	A	T	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.418;NF=25;NR=33;PP=800;ReadPosRankSum=1.188;SC=TCAGCTGCCTACTTCCTCCGT;SOR=0.634;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=58;WE=14157299;WS=14157281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,93:0.50:187
chr18	14157373	rs7505684	T	A	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=40;PP=1140;SC=ATAAGATAATTTATGAAGTTT;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=14157381;WS=14157363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	14179603	rs4797872	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQRankSum=-2.823;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr18	14378533	rs2137484	G	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=15;PP=575;SC=GCGGCCGTCGGGGAAAGCTCG;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=14378541;WS=14378523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	14378621	rs55811695	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.131;NF=0;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=-0.120;SC=ACCAGGCCCGCGTCCTCCTCC;SOR=2.642;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=7;WE=14378629;WS=14378611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr18	14393945	rs56386651	G	A	128.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=0;PP=21;SC=CCGGCCGCAGGGGGAGGGGGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=14393953;WS=14393935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	14542979	rs200806970	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=9.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-4.645;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.828;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,42:0.23:180
chr18	14543139	rs28535987	T	C	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=38;PP=1183;SC=CAAACCTCAGTCACCATCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=14543147;WS=14543129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	14752768	rs45620343	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.516;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=534;ReadPosRankSum=0.767;SC=CAACTAGTTTGTGAAACCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=29;WE=14752776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr18	14752957	rs12457503	G	A	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=545;ReadPosRankSum=1.650;SC=GTGAGAATTTGTTAATGGTGG;SOR=0.671;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=43;WE=14752965;WS=14752947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,78:0.47:167
chr18	14780082	rs11080793	G	A	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=6;PP=156;SC=ATGTGAAAATGCAAAATCAGA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=14780090;WS=14780072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	14830262	.	C	T	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=51.88;NF=3;NR=4;PP=41;QD=10.8244589353;SC=TTAGAGAAATCCAACTATCAG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=7;WE=14830270;WS=14830252;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr18	14837168	.	G	GT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=1.452;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr18	14848820	rs4090319	C	T	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=24.15;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	14852108	.	G	A	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.952;NF=40;NR=37;PP=1178;ReadPosRankSum=0.328;SC=AGACCGATGTGAAACACAGTG;SOR=0.799;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=77;WE=14852116;WS=14852098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,97:0.56:173
chr18	14852335	rs12386087	C	A	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=57;PP=1925;SC=GTCATCTAAACGAGAAAAATG;SOR=1.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=94;WE=14852343;WS=14852325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	15004661	rs11665121	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr18	15005736	rs4890719	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=297;SC=ACCCCAAGCCGGGCCCACCCG;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=15005744;WS=15005726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	15005785	rs4890720	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=-1.036;SC=GGAAGAAGCGCGGAGCGCTCC;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=8;WE=15005793;WS=15005775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr18	18559675	rs7237677	G	C	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=51;SC=TCTGCAATTGGTACAGTGTTG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=18559683;WS=18559671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr18	18983766	rs2117317	C	T	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=16;PP=1021;SC=TTATGGATTGCGTCCCCATCA;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=18983774;WS=18983756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	18984024	rs17719278	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=346;ReadPosRankSum=1.097;SC=TAAAATATATACTTACTGCTG;SOR=0.544;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=20;WE=18984032;WS=18984014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr18	19020160	rs9948725	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr18	19020296	.	C	T	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1023;ReadPosRankSum=-1.781;SC=TCACCTCTCCCCCAACCTGGC;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=76;WE=19020304;WS=19020286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,110:0.51:216
chr18	19024150	rs4368249	T	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=442;ReadPosRankSum=0.396;SC=TAAAAAGAAATGTTGAACTGT;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=30;WE=19024158;WS=19024140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr18	19034556	rs3794938	T	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=354;ReadPosRankSum=0.592;SC=GGAGCCCACCTAGATCCAGCT;SOR=0.610;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=28;WE=19034564;WS=19034546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,50:0.42:119
chr18	19048666	rs8083036	A	G	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=926;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CTTTCTCTTCATGTCGTTTTT;SOR=0.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=78;WE=19048674;WS=19048656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,120:0.57:210
chr18	19065494	rs7234335	C	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	19075808	rs3764502	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=-0.697;SC=ATGATTAAAACTTGGCTGATG;SOR=0.489;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=23;WE=19075816;WS=19075798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr18	19079537	rs8087553	A	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=235;SC=ACACGGAGCAATGTGGAGAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=19079545;WS=19079527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	19079853	rs4800747	A	G	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=49;PP=2186;SC=TGAAGCAGGAATGTGACTCCC;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=111;WE=19079861;WS=19079843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr18	19100517	rs1395251	T	C	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=830;SC=TTTAAGTTAATATTGGAAAAA;SOR=2.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=35;WE=19100525;WS=19100507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	19100758	rs34960489	A	ATCT	3471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=1415;SC=GTAGGTGCTGATCTTAAGAAA;SOR=1.409;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=27;WE=19100766;WS=19100748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	19115896	rs4800780	A	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=183;SC=ATTAAAACTGATCTTTACATG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=19115904;WS=19115891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	19119801	rs1818274	C	T	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	19119974	rs35031202	GAT	G	1151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.580;QD=28.09;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr18	19153424	.	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=216;ReadPosRankSum=1.694;SC=TTCACTTCTTCAGAATTAATT;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=16;WE=19153432;WS=19153414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr18	19153494	rs973730	C	T	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=28;PP=1035;SC=TCCCTAAAAACGTACTTTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=19153502;WS=19153484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	19154143	rs13381941	G	A	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=947;ReadPosRankSum=2.216;SC=AGATCCTTGCGTGCATTGAGA;SOR=0.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=76;WE=19154151;WS=19154133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,105:0.46:228
chr18	19192214	.	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=439;ReadPosRankSum=-0.823;SC=GCGGCCGGAAGAGAGTGCGGC;SOR=0.864;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=29;WE=19192222;WS=19192204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr18	19192255	rs2850556	C	T	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr18	19208851	rs2847117	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=0.825;SC=TGGGGGGTGGAGGGAATCTGA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=19208859;WS=19208841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr18	19408950	rs9989532	C	T	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=17;PP=523;SC=TTTAATTCTCCCTTGGTGGTT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=19408958;WS=19408940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	19423963	rs3216119	GT	G	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=401;SC=TCTTCAGTAGGTCCAGGGTGT;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=19423971;WS=19423953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	19424069	.	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=250;ReadPosRankSum=1.467;SC=GTCCGTGCAGGTGCCAAGCTT;SOR=0.880;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=20;WE=19424077;WS=19424059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr18	19780527	rs11352746	AC	A	3331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=31;PP=1967;SC=GGCTGCACAGACCCCGTTCAT;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=52;WE=19780535;WS=19780517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr18	20555219	rs2336916	T	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=380;SC=TTTTATTTTATTTAGCTATAC;SOR=0.984;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=20555227;WS=20555209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr18	20564802	.	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
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chr18	20715656	rs113232639	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-2.006;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr18	20716014	rs139352344	GGGCGCCGGC	G	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.835;NF=2;NR=6;PP=2831;ReadPosRankSum=-1.661;SC=CGGCCAAGCCGGGCGCCGGCG;SOR=1.041;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=8;WE=20716030;WS=20716004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr18	20817276	rs12185467	G	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=1.737;SC=TTGGTGGCCGGCTGGGGGCTT;SOR=1.445;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=9;WE=20817284;WS=20817266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr18	20932384	rs8084251	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=0.507;SC=TGTTTTCTAGATCTGTGATCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=20932392;WS=20932374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr18	20953485	rs9944662	C	A	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=267;SC=TGCAGCCCTGCGGAGAAGGCA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=20953493;WS=20953475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	20953720	rs8099409	G	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=27;PP=826;SC=GCCAGGAGGAGGAGGGCACTG;SOR=1.659;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=37;WE=20953728;WS=20953710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	20964769	rs8094375	A	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	21017836	rs7226498	T	C	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=47;PP=1570;SC=CGTCCCCTTCTCGGGGATCCA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=21017844;WS=21017826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	21033582	rs8086258	G	C	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=60;PP=1398;SC=GGGACCCCGCGGACCTCGGCA;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=83;WE=21033590;WS=21033572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr18	21044607	rs2291993	G	A	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=33;PP=924;SC=GTTACAGAAAGTATCTATCTC;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=21044615;WS=21044597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	21047278	.	C	CA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=7.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr18	21055092	rs7235571	A	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=278;ReadPosRankSum=1.656;SC=CTTTTAAAAGAATTCACACAC;SOR=1.108;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=21055100;WS=21055082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr18	21088081	rs1652381	T	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=410;SC=AGCGGGGCATTGGGGTCGCAG;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=21088089;WS=21088071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	21100240	rs1367083	C	T	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=77;PP=2297;SC=CCGTGCTTCCCGCTCGATCGA;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=116;WE=21100248;WS=21100230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr18	21103909	rs891387	T	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=311;SC=CCTGGATTGTTAGCTCCTTCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=21103917;WS=21103899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	21103971	rs891386	T	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=5;PP=488;SC=CATTTCTTCCTTGACTACAAT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=21103979;WS=21103961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	21106689	.	A	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=401;ReadPosRankSum=0.475;SC=TCCTCCAGAGAAAGGAATGCA;SOR=0.717;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=30;WE=21106697;WS=21106679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr18	21107628	rs111369676	G	GTATTGTATTTCT	1310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.43;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	21109250	rs1788825	T	C	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=31;PP=830;SC=TGTCAGCCTTTGTGGAAAAGA;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=21109258;WS=21109240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	21109269	rs1652375	T	C	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=27;PP=735;SC=GAAGGTGGGCTGCAGCTTTCC;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=21109277;WS=21109259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	21109466	rs1652376	G	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=10;PP=598;SC=CTGGAGCGATGTGTGCAAAAC;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=21109474;WS=21109456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	21113285	rs2510344	T	C	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=28;PP=1212;SC=AATGTCCTTCTATTGTGCCAC;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=63;WE=21113293;WS=21113275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr18	21119291	rs6507720	A	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	21119777	rs1140458	G	A	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=616;SC=GTACTGACTAGTTGTCCAGCT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=21119785;WS=21119767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	21120035	rs7239575	T	C	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=133;SC=GCGAGGATCATGGAGAATAAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=21120043;WS=21120025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	21120444	rs1805082	T	C	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=24.94;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr18	21123304	.	A	AG	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.57;ReadPosRankSum=2.638;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr18	21123536	rs11299077	TA	T	554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.400;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr18	21124945	.	C	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=22;PP=1029;SC=GACAGCTTTTCATGTGCCCCA;SOR=0.776;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=33;WE=21124953;WS=21124935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	21127910	rs2435307	C	T	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=32;PP=1240;SC=AAGTGCTTGCCGCAAGTGTCT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=21127918;WS=21127900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr18	21134569	rs11340795	CA	C	260.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr18	21140432	rs1805081	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=20;PP=486;SC=CTCCATCCCATGGACTGGAAA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=21140440;WS=21140422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr18	21192261	rs1652366	G	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	21293869	.	C	CT	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr18	21338515	rs11308832	TC	T	1072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=774;SC=CGTGGCCTTCTCCCCCCTCTC;SOR=2.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=25;WE=21338523;WS=21338505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	21399999	rs45448896	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=-1.828;SC=TGGCTGAGTAGCTCAGATACT;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=14;WE=21400007;WS=21399989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr18	21413998	.	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GAACAATTAGGAAATCTGCCT;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=17;WE=21414006;WS=21413988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr18	21422554	rs368958393	GTC	G	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.761;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,20:0.13:159
chr18	21426458	.	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=424;ReadPosRankSum=2.486;SC=CACTACGGATTCCCACGCTGC;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=27;WE=21426466;WS=21426448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr18	21447659	rs79745076	C	T	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=137;SC=ATATTTTTACCAGTCAGTTAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=21447667;WS=21447649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	21447947	.	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=68;ReadPosRankSum=1.278;SC=AGACAATCATGATTTTTACTC;SOR=1.038;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=9;WE=21447955;WS=21447937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr18	21474827	rs1268716	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=12;PP=774;SC=GCAGTCCCACGGCTCCCCCCA;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=21474835;WS=21474817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	21479217	rs188310963	A	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=242;ReadPosRankSum=0.780;SC=GGAGCCCAGAATTCCCAGTCT;SOR=0.639;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=19;WE=21479225;WS=21479207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr18	21481233	rs1154226	C	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=18;PP=516;SC=CTGCCCAAGCCAAGCAGGCAA;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=21481241;WS=21481223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	21481340	rs1154227	A	G	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=75;SC=TGAGAGAAGCAGGGATCTTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=21481348;WS=21481330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	21483206	.	G	A	98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=98;QD=26.5542425094;SC=CTCTTAGATGGAAGAGAATAT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=21483214;WS=21483196;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	21511034	rs1154232	C	A	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.607;SC=AGACAAGGAACCTGCAGGTCA;SOR=0.499;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=91;WE=21511042;WS=21511024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr18	21511089	rs1154233	A	G	4130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=49;PP=1563;SC=CGATAGCGGCAGCCCAATTTT;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=94;WE=21511097;WS=21511079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr18	21511172	rs1258107	G	C	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=34;PP=724;SC=CTGGGTGAGTGGAATAATACT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=21511180;WS=21511162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	21513768	rs1131521	C	T	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=28;PP=1089;SC=TCCTGAAGTCCTAGATTTGAC;SOR=0.845;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=62;WE=21513776;WS=21513758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	21534365	.	TAA	T	429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.53;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr18	21644075	rs201675660	TTG	T	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.710;NF=1;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=-1.529;SC=TAATTGTATTTTGTGTGTGTG;SOR=0.618;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=5;WE=21644084;WS=21644065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr18	21662816	rs2305024	A	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=15;PP=619;SC=TGGAGTTTTGAAAAATGGAAA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=21662824;WS=21662806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	21693671	rs894931	G	A	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	21693684	.	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,67:0.50:134
chr18	21694618	rs4800176	G	A	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=44;PP=1360;SC=ATTGGTAAATGTGAAATGTCT;SOR=0.920;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=80;WE=21694626;WS=21694608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	21696599	rs28582690	A	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr18	21698036	rs3745029	G	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=325;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CTTAAATATGGGTCATAGAGC;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=27;WE=21698044;WS=21698026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr18	21703649	rs9956079	A	G	192.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=6;PP=135;SC=GGGATTACTGACATGAACCAC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=21703657;WS=21703639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	21705624	rs2306811	G	A	121.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-0.967;SC=ATCGGAGTCAGGGAGAGTACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=21705632;WS=21705614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr18	21706390	.	TAA	T	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr18	21706607	rs56130136	A	AT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr18	21710321	rs12970083	C	T	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=28;PP=927;SC=GTCAGAATAACTTATATGTTC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=21710329;WS=21710311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	21736933	rs1049683	T	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=219;SC=AGAAGGGGAATCAACAGCTGA;SOR=1.136;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=21736941;WS=21736923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	21739725	rs1049684	T	C	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=904;ReadPosRankSum=-1.756;SC=AACCTCTTCCTGGACATGCTG;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=132;TCF=61;TCR=71;TR=69;WE=21739733;WS=21739715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,74:0.47:157
chr18	21743391	rs7243722	A	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=346;ReadPosRankSum=0.375;SC=GTGATGCTGTATTTCTGCTTA;SOR=0.646;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=21;WE=21743399;WS=21743381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr18	21758188	rs79752389	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=-1.043;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr18	21759593	rs12604451	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.947;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr18	21883552	rs1487377	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=379;ReadPosRankSum=-1.315;SC=CAACAGGTCAGTATCTATGTG;SOR=0.286;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=30;WE=21883560;WS=21883542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr18	21891975	rs2337961	A	G	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr18	21894173	.	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=259;ReadPosRankSum=-0.563;SC=TTTAAATGTTCTGTAAGTTTT;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=22;WE=21894181;WS=21894163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr18	21894351	rs12966893	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=195;ReadPosRankSum=-0.244;SC=ATTCATTCACATAAAAGAGGA;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=16;WE=21894359;WS=21894341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr18	21894409	rs12966456	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=0.723;SC=CATGACTTAACGATACCCAGT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=21894417;WS=21894399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr18	21897189	rs34306542	A	G	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.875;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=520;ReadPosRankSum=0.039;SC=TCAAAATAAAAATGAAATTAT;SOR=1.160;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=28;WE=21897197;WS=21897179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr18	21898556	rs12955338	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr18	21901628	rs34481824	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=196;ReadPosRankSum=-0.831;SC=TGGGTATGTATGAATAAAATG;SOR=0.857;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=22;WE=21901636;WS=21901618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr18	21912865	rs2848605	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=89;ReadPosRankSum=1.019;SC=TCATTTTATAATTTCAAAATG;SOR=0.648;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=9;WE=21912873;WS=21912855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr18	21947020	.	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr18	22008627	rs34548911	G	A	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=1;PP=167;SC=TAGGATTTTTGTAGTATTTCT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=22008635;WS=22008625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	22008913	rs582358	C	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=28;PP=849;SC=GTTTATATTGCTATAAAAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=22008921;WS=22008903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	22010421	rs9783924	C	T	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	22017752	rs1941814	C	A	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	22018129	rs1791254	A	C	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=81;SC=ATTATAAAATACAAGTTTCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=22018137;WS=22018119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	22020543	rs677688	C	G	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	22642499	rs45453901	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=0.743;SC=CAAGGGGTCTATCCGGTGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=22642507;WS=22642489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr18	22669420	.	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr18	22804244	rs4129657	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=0.037;SC=GTGGAGAGTGTAAACATAAAG;SOR=0.132;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=7;WE=22804252;WS=22804234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr18	23670645	.	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=-1.929;SC=GGGGAGGGGGGATGCTCCGGG;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=19;WE=23670653;WS=23670635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr18	23670730	rs12964835	G	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.682;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr18	23670736	rs34364376	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.414;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr18	23714109	rs7235001	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=471;ReadPosRankSum=-2.892;SC=CCAGCCCACCTTTCCATCCTA;SOR=1.403;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=25;WE=23714117;WS=23714099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr18	23772224	rs141374631	G	GTAAA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=0.967;SC=TCTTCATATTGTATTTACATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=23772232;WS=23772214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr18	23865851	rs12456749	C	T	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=20;PP=1121;SC=TCCAGAAAAGCGTGGTTGCCT;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=23865859;WS=23865841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	23866482	rs8089000	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=355;SC=CATTTTGTTTCTTCCCCAGTT;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=23866490;WS=23866472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr18	23875336	rs1382260	T	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=7;PP=146;SC=GACTGATTTCTTGGAAGGCAA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=23875344;WS=23875326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	23901198	rs2276407	G	A	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=27;PP=756;SC=ATAAACTCTCGAGTGTTATAG;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=36;WE=23901206;WS=23901188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	24035650	rs146107679	TTTTG	T	731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.862;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.763;NF=7;NR=5;PP=527;ReadPosRankSum=0.152;SC=AATGTCCCTTTTTTGTTTGAG;SOR=1.578;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=12;WE=24035661;WS=24035640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr18	24035788	rs3755	G	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.668;NF=16;NR=20;PP=493;ReadPosRankSum=0.293;SC=GGACGTATTCGCTGAACTGGG;SOR=0.831;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=36;WE=24035796;WS=24035778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,60:0.53:114
chr18	24039964	rs3835044	AT	A	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=1.828;SC=CTAAGAGGTGATTTTTTTCCA;SOR=0.645;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=24039972;WS=24039954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr18	24442056	rs455671	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-1.385;SC=TAGCTATTTTAGGGATGTGCC;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=24442064;WS=24442046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr18	24445692	rs162008	C	T	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=893;ReadPosRankSum=1.328;SC=TTGCCTGCCCCGCAGCTCCCT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=62;WE=24445700;WS=24445682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,76:0.52:147
chr18	24497378	.	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=208;ReadPosRankSum=-1.655;SC=ACTGGATAAGGAACTTCACAT;SOR=1.419;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=15;WE=24497386;WS=24497368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr18	24603853	.	T	A	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=20;QD=18.2570708491;SC=TTTAGTTTCCTTTGTAAATCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=3;WE=24603861;WS=24603843;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr18	24628305	rs12458504	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-2.771;SC=AAATTAATATCGATCAGTTCA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=24628313;WS=24628295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr18	24628679	rs12456126	A	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=1.530;SC=TATGCATTAAATGTGCTGTTG;SOR=0.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=24628687;WS=24628669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr18	25562831	rs8092870	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=4;PP=332;SC=CATTTTCTTACTGATGTATTA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=25562839;WS=25562821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	25565082	rs1220144	A	G	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=50;PP=1594;SC=AAACCTTCACACGCAGGATGG;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=87;WE=25565090;WS=25565072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr18	25570228	rs1628684	G	C	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=63;PP=2070;SC=TTGACTGAGGGGGGTGCTGAA;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=121;WE=25570236;WS=25570218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr18	25572837	rs1662733	G	A	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=31;PP=935;SC=TCAGAGGAGGGGCATGGACCA;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=25572845;WS=25572827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	25573308	rs1662734	C	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=588;SC=GGATGCCTCACGTAAGGCCCT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=25573316;WS=25573298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	25573622	rs2957286	G	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	25727760	.	GA	G	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.528;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,38:0.27:139
chr18	25757048	rs113469494	A	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.726;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr18	28588056	.	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=0.557;SC=CAGGATTTTGGAAGTTATGAT;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=15;WE=28588064;WS=28588046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr18	28604387	.	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr18	28611139	rs276936	A	C	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=35;PP=1060;SC=TCCAAATTAAATGCAAGTAAA;SOR=1.076;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=56;WE=28611147;WS=28611129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	28611247	.	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=1.335;SC=ATGAAATAAGCCAATCACTTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=28611255;WS=28611237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr18	28612229	rs2852003	G	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=0.022;SC=GGCTTCACCAGCACGACTGAA;SOR=0.524;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=8;WE=28612237;WS=28612219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr18	28648200	rs1790682	C	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=531;ReadPosRankSum=0.229;SC=AAAAACACAACGTTTTTATTA;SOR=1.147;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=35;WE=28648208;WS=28648190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,62:0.44:142
chr18	28648944	.	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=206;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CTCCCCTGCAGGAGTCCAGGG;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=15;WE=28648952;WS=28648934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr18	28659724	rs1658128	T	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=211;SC=AGTGCATGTATCCAGCTTTAA;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=28659732;WS=28659714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	28662776	rs1790702	G	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=192;SC=CGCCCGCCTCGGCCTCCCAAA;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=28662784;WS=28662766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	28666526	rs35717505	T	TTAA	2126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=13;PP=1238;SC=TCAGGTTTTATTGTTTATGTT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=25;WE=28666534;WS=28666516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	28671212	rs1790683	T	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=313;SC=ATTAGCTGGGTAGGGGTGAGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=28671220;WS=28671202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	28671381	rs34593516	GA	G	718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=426;SC=AAGCAAAACTGAAAAAAAAAT;SOR=2.115;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=22;WE=28671389;WS=28671371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	28672067	rs117812913	T	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr18	28710767	.	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=0.045;SC=TTTTACTGTTTAATTTTTAAT;SOR=0.275;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=16;WE=28710775;WS=28710757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr18	28711519	rs1789072	C	T	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=713;SC=TAGCATTTAACTTCCATGTAA;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=28711527;WS=28711509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	28714098	.	G	GA	878.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.283;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=174;ReadPosRankSum=0.586;SC=TTTTACCTAGGGAAAAAAAAG;SOR=0.287;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=16;WE=28714107;WS=28714088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr18	28714099	.	G	A,T	2061.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=5,10;NR=20,13;PP=754,203;SC=TTTACCTAGGGAAAAAAAAGA;SOR=1.467;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=25,23;WE=28714107;WS=28714088;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.54,0.46:63
chr18	28719674	rs1789043	A	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	28728384	rs2577067	C	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=572;SC=AATGATAAAACGTAAACATCT;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=28728392;WS=28728374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	28734749	rs2249810	A	G	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=39;PP=1798;SC=CAAACTGTTCATATTTCTCAC;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=106;WE=28734757;WS=28734739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr18	28736236	.	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.242;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr18	28737299	rs2118342	T	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=350;SC=GTAAGCATATTACTGTGCTAG;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=28737307;WS=28737289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	28737407	rs35338395	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr18	28739495	rs35550730	C	CAA	812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;MQRankSum=0.365;QD=26.22;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr18	28898201	rs1834582	A	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=438;ReadPosRankSum=-0.974;SC=TGGGAGAAAGAAAAAGAACAG;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=31;WE=28898209;WS=28898191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr18	28898294	rs1426310	A	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=457;ReadPosRankSum=-1.649;SC=AGTAGTTGCAATGCTGTTCAT;SOR=0.766;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=33;WE=28898302;WS=28898284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,54:0.43:126
chr18	28906460	rs57200666	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr18	28906461	rs60498108	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr18	28907096	rs765054	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=0.662;SC=ACTATAGTCACCTAGATGATG;SOR=0.283;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=28907104;WS=28907086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr18	28908090	rs2303465	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GAAAGCTGTCGTATATCAAAT;SOR=1.002;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=12;WE=28908098;WS=28908080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr18	28913599	rs12967407	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.455;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=386;ReadPosRankSum=-0.579;SC=ACCGAGATGGCGGGGCAGATG;SOR=0.806;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=30;WE=28913607;WS=28913589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,51:0.45:113
chr18	28913929	rs5823800	TTC	T	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CCTACTGTAGTTCTCTCTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=2;WE=28913938;WS=28913919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr18	28916230	.	G	GA,GAT	31.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=-0.697;SC=AAGATAATAAGTTTTTTTTGC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=28916238;WS=28916220;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.43:7
chr18	28916290	rs6506917	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=182;ReadPosRankSum=1.111;SC=TTCTTATAATGAAACTATTTT;SOR=1.765;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=28916298;WS=28916280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr18	28920081	.	C	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=423;ReadPosRankSum=-0.980;SC=ACGTATTTTACAAATTCTCAT;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=23;WE=28920089;WS=28920071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr18	28923983	rs11660224	AT	CA	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=223;ReadPosRankSum=-0.624;SC=TTTGTTTAACATCTCAAATGC;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=8;WE=28923992;WS=28923973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr18	28934233	.	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=367;ReadPosRankSum=1.477;SC=TTCATAATTTCATTTTCTCTT;SOR=0.591;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=26;WE=28934241;WS=28934223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr18	28934631	rs145955044	G	A	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=1100;ReadPosRankSum=-0.179;SC=TGCATCCTAAGCCTATTCTCG;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=77;WE=28934639;WS=28934621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,102:0.54:190
chr18	28935375	rs8099566	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.95;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr18	28972164	.	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.583;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr18	28979185	rs368181590	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=262;ReadPosRankSum=0.081;SC=TTACTTTATCGAAAGAGAGTT;SOR=1.071;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=16;WE=28979193;WS=28979175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr18	28983448	rs117510013	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=317;ReadPosRankSum=0.270;SC=TATTGTCCAAACATTTTTCCT;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=19;WE=28983456;WS=28983438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr18	28983586	.	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=419;ReadPosRankSum=1.018;SC=TGGGATGTCAGATCAACAAAT;SOR=0.218;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=31;WE=28983594;WS=28983576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,46:0.61:76
chr18	28986333	rs4799570	A	C	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=37;PP=1126;SC=CCTGCTACTGATTTGTAAGTA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=28986341;WS=28986323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	28989539	.	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=339;ReadPosRankSum=0.904;SC=TTGAAGGGGCCCATCCCGAGG;SOR=1.061;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=23;WE=28989547;WS=28989529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr18	28989598	.	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.133;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=289;ReadPosRankSum=1.575;SC=AGTTTCAGTGGAAATTGAGCA;SOR=0.368;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=22;WE=28989606;WS=28989588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr18	28993183	rs12960081	A	G	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=83;PP=2965;SC=ATGCTGATCCATGTGTGCAAC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=180;WE=28993191;WS=28993173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr18	28993501	rs7234288	C	A	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=44;PP=1491;SC=CCACATCCCCCATGACATCTC;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=28993509;WS=28993491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr18	29027745	rs10084010	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr18	29027757	rs8085523	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=8.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.70;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr18	29027771	rs8085532	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr18	29027905	.	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=262;ReadPosRankSum=-1.318;SC=CCTGGATTTTCCTAATAATCA;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=20;WE=29027913;WS=29027895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr18	29028057	rs141268501	T	TTTTG	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=-1.447;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr18	29046398	rs2035042	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr18	29049018	rs11660216	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=262;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GACACTTCGTCCTACTGTTGA;SOR=0.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=21;WE=29049026;WS=29049008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr18	29055957	rs1380866	A	G	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=42;PP=1581;SC=TGCTTTGTCCACCTCTGGGTC;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=29055965;WS=29055947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr18	29098323	rs2276149	G	A	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.00;ReadPosRankSum=-1.686;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,72:0.65:110
chr18	29101230	rs55657337	T	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr18	29104698	rs2230233	C	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr18	29116462	rs2276150	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=390;ReadPosRankSum=1.196;SC=TTGTAAGTTGTATTTCTTCTC;SOR=0.826;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=22;WE=29116470;WS=29116452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
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chr18	29126670	rs1791235	T	C	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=501;ReadPosRankSum=-1.533;SC=CCACCAGAGTTACCAAGCATA;SOR=0.966;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=34;WE=29126678;WS=29126660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,82:0.48:170
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chr18	29207155	rs1026123	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=435;ReadPosRankSum=-1.096;SC=AAGGTTTCAGCCTTTTATGTG;SOR=0.679;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=25;WE=29207163;WS=29207145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr18	29237765	rs1449086	T	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr18	29340343	rs11875226	C	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-0.735;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr18	29426868	rs682279	A	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=212;SC=AGTGGAAATAATATGGCCAAT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=29426876;WS=29426858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	29435778	.	TA	T	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.042;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr18	29497573	rs6506948	A	G	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=26;PP=1044;SC=TTCATGATCCAATGCTGGCAT;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=29497581;WS=29497563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	29617255	rs9947278	T	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=38;PP=991;SC=CCCCACCTATTTTCATGGTTA;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=29617263;WS=29617245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	29625524	rs113849815	C	CA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-1.677;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr18	29625685	rs61749945	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=490;ReadPosRankSum=1.533;SC=AGATCGGAACGGAGGCCTGTG;SOR=0.883;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=34;WE=29625693;WS=29625675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chr18	29708981	rs684359	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=8;PP=199;SC=TGTAATGTGTGTCAAGATGTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=29708989;WS=29708971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	29775226	.	TAC	T	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=56.68;NF=3;NR=1;PP=73;QD=19.0;SC=AAAGTAGGGCTACACACACAC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=4;WE=29775237;WS=29775216;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,4:0.40:10
chr18	29793526	rs335518	C	T	5494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=78;PP=2348;SC=ACCACCGGTTCGTAACTCATT;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=133;WE=29793534;WS=29793516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr18	29795076	rs173032	T	C	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	29795101	rs233223	T	C	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	29800038	.	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=-2.161;SC=GGCTCGAAATGGAGACCAGGA;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=29800046;WS=29800028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr18	29800255	rs180868362	T	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-1.701;SC=AAAAGGATTCTTCATCATGGA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=14;WE=29800263;WS=29800245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr18	29890042	rs616601	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=0.224;SC=CACTAACTATTAGAAGATAAA;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=29890050;WS=29890032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr18	29890297	rs683701	G	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=623;ReadPosRankSum=-1.427;SC=CTAAAACACAGGATAAACAGA;SOR=0.995;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=57;WE=29890305;WS=29890287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,76:0.47:163
chr18	29890411	rs625361	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr18	29890448	rs628733	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr18	29890456	rs682827	G	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr18	29972774	rs3786309	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=281;ReadPosRankSum=-2.166;SC=CTTTCTAGTTTACAGACAATT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=19;WE=29972782;WS=29972764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr18	30050356	rs11664566	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr18	30093722	rs11081773	A	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=249;SC=GTCTATGAGGATTTCATGAAA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=30093730;WS=30093712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	30314398	.	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-2.057;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr18	30352057	rs200605696	GCGCCGGCC	G	3056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.28;QD=43.05;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	30352114	rs71366355	C	G	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=41;PP=2414;SC=CGCCGCCGCCCGGCTCGGAGG;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=97;WE=30352122;WS=30352101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr18	30353370	.	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=1.288;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr18	30672631	rs1995096	G	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=6;PP=204;SC=GGATATCATCGTCAGATCAGA;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=30672639;WS=30672621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr18	30804756	rs466113	C	T	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=292;SC=TGTTCTTTGTCGAGACTTCTG;SOR=1.308;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=30804764;WS=30804746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	30804808	.	T	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=1.639;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr18	30846895	rs9965081	A	T	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=7;PP=243;SC=ATTGGTTTTTACTGTTATTTT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=30846903;WS=30846885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	30847290	.	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=0.242;SC=AGAACAAAGTGAATTGTATAG;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=8;WE=30847298;WS=30847280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr18	30913044	.	A	G	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=24;SC=AAAAAAAAAAAAAACCTTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=30913052;WS=30913034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	30926349	.	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=531;ReadPosRankSum=5.006;SC=GTTTCCATTTCCTGCTTTAAC;SOR=0.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=39;WE=30926357;WS=30926339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr18	30950168	rs9965655	T	C	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	30976968	rs4447495	C	G	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=136;SC=TTTAAAGAAGCGTTACGATTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=30976976;WS=30976958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	30977255	rs6507018	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=189;SC=GTAAGGATACGGGAAGAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=30977263;WS=30977245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	31187623	.	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=-2.268;SC=TTCAGAAAGAAGGGTTAAAAG;SOR=0.789;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=16;WE=31187631;WS=31187613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr18	31225030	rs4799705	G	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=329;ReadPosRankSum=-0.281;SC=ACATGTGAAGGTAAACAAAAT;SOR=1.099;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=21;WE=31225038;WS=31225020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr18	31241497	rs9304126	C	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-1.767;SC=TTTTCAATTGCAGAAAAGCTC;SOR=0.460;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=12;WE=31241505;WS=31241487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr18	31251945	.	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr18	31263320	rs8086318	G	A	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=585;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GTACGTACACGTTTCCCTCTA;SOR=0.956;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=41;WE=31263328;WS=31263310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,64:0.52:124
chr18	31312106	rs10432168	T	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=0.256;SC=TCTCTGATTTTTCAGTCTTTT;SOR=0.646;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=8;WE=31312114;WS=31312096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr18	31314196	rs34501189	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr18	31318376	rs1493910	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.397;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr18	31318725	.	G	A	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.878;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=604;ReadPosRankSum=-0.326;SC=AATTCAGGAGGAAATTGCAGA;SOR=1.059;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=39;WE=31318733;WS=31318715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr18	31320229	rs2282632	A	G	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=859;ReadPosRankSum=-2.055;SC=GGGATAAGAAATGAAAGTAGA;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=61;WE=31320237;WS=31320219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,75:0.47:159
chr18	31320310	.	G	A	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=1002;ReadPosRankSum=0.851;SC=AAGAGAGCTAGGATAGAAGAT;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=61;WE=31320318;WS=31320300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,104:0.51:205
chr18	31323587	.	G	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=573;ReadPosRankSum=0.012;SC=GAGTTCTGTTGATAAATCCTC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=42;WE=31323595;WS=31323577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,56:0.47:118
chr18	31324934	rs7232237	A	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=426;ReadPosRankSum=-1.949;SC=AACACAGAACATGAAAGCTTC;SOR=0.586;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=33;WE=31324942;WS=31324924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr18	31463174	rs199947605	T	TA	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.453;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr18	31537188	.	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=196;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TGACATTATGGAAAAAAATAA;SOR=0.469;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=15;WE=31537196;WS=31537178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr18	31538158	rs148016526	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=-1.881;SC=ACATGAAAGTGAAGTGGTAAA;SOR=0.307;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=31538166;WS=31538148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr18	31684975	rs4564652	A	C	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=4.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-1.972;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,67:0.55:122
chr18	32401588	.	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=1.524;SC=ACAATTTTTTCCTTGGTGTTA;SOR=1.270;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=17;WE=32401596;WS=32401578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr18	32461896	rs623966	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=-1.426;SC=TTTAGGTATTACTAAAGAAGA;SOR=0.045;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=32461904;WS=32461893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr18	32470291	rs9944927	G	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=307;ReadPosRankSum=-1.356;SC=GACCAGACTCGAGCACCCCTG;SOR=0.426;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=26;WE=32470299;WS=32470281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr18	32470459	rs7227051	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=0.384;SC=CTACATCTTGCGGGGGTTGTT;SOR=0.526;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=29;WE=32470467;WS=32470449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,51:0.46:110
chr18	32558525	rs34534618	C	A	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,82:0.50:163
chr18	32650341	rs3744923	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=1.140;SC=GTCATGTGGAATGTGATTTTA;SOR=0.446;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=6;WE=32650349;WS=32650331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr18	32711893	.	TTC	T	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=40;QD=16.3333333333;SC=TTATTTCTGCTTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=3;WE=32711902;WS=32711883;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr18	32720189	rs3786314	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=479;ReadPosRankSum=0.590;SC=GGCAGTGGCAATGGGCTGGGA;SOR=1.009;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=28;WE=32720197;WS=32720179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr18	32822382	rs4799374	G	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.72;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	32823905	rs1054890	T	C	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=18;PP=783;SC=GTATGTCATGTTAATTTGTTT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=32823913;WS=32823895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	32826088	rs2278463	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=296;ReadPosRankSum=1.741;SC=GACATCAGAGAATTCATAGTG;SOR=0.478;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=22;WE=32826096;WS=32826078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr18	32836089	rs4799376	T	C	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	32838807	.	T	C	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=20;MQ=53.44;NF=2;NR=1;PP=23;QD=19.2570708491;SC=GCACTCTAGCTTGGGCGACAG;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=32838815;WS=32838797;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr18	32844056	rs75902053	G	T	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=959;ReadPosRankSum=-0.640;SC=GCAGCTCCAGGATCTGCTCCT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=59;TCR=95;TR=68;WE=32844064;WS=32844046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,81:0.42:191
chr18	32886528	rs147217916	T	TAGTC	2002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=16;PP=1403;SC=ACAAACATTTTAGAGTTCTGA;SOR=1.203;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=32;WE=32886536;WS=32886517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	32887914	rs1131709	A	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=0.739;SC=CATTAAAACCACACTGGATCC;SOR=0.532;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=10;WE=32887922;WS=32887904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr18	32887933	rs9963614	A	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=12;PP=314;SC=CCGGATACGTATGGTGGCTCA;SOR=1.358;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=17;WE=32887941;WS=32887923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	32917644	rs2032729	T	C	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=38;PP=1256;SC=AACACCCATATTGAGAGTGCC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=32917652;WS=32917634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	32917780	rs5823970	G	GA	242.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=198;SC=TCTATTAAGGGAAAAGAAACC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=32917788;WS=32917770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	32948446	.	T	TTTTATTTATTTA,TTTTATTTATTTATTTA	998.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.20;QD=49.94;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,7:0.65,0.35:20
chr18	32948510	rs2909340	G	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5025;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=122;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=309;SC=CTGTCTGAGCGGTTCAAGCAA;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=32948518;WS=32948492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	32953608	.	G	A	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=521;ReadPosRankSum=-0.171;SC=CATCAGGTTGGGACTTGAGGA;SOR=0.997;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=32;WE=32953616;WS=32953598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr18	33048554	rs3088182	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr18	33077660	rs189576	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCGCACGCGCAGCCTGGGAGC;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=33077668;WS=33077650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr18	33263670	.	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-1.527;SC=AATTTCCTCCCAAGTTTGCTT;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=9;WE=33263678;WS=33263660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr18	33272291	.	AAT	A	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=52;QD=20.3333333333;SC=AGAGGTAAGAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=33272300;WS=33272281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr18	33647254	rs1789517	A	C	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=48;PP=2897;SC=TGACGATGGGACGCGAGTGTT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=143;WE=33647262;WS=33647244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr18	33694120	rs1050631	G	A	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=21;PP=1054;SC=ATCCAGGCCAGAGTGGCGACG;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=53;WE=33694128;WS=33694110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	33696772	rs1789504	A	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=25;PP=756;SC=CAATACTTTAAAACAGTAATT;SOR=1.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=35;WE=33696780;WS=33696762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	33706614	rs1789528	C	G	6679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=88;PP=2965;SC=GATGCTCGTGCTCTGAGTGAT;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=80;TCR=89;TR=168;WE=33706622;WS=33706604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr18	33709762	rs1632169	G	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=17;PP=858;SC=TCAGGGGGGCGGGGCTGCCTC;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=33709770;WS=33709752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	33713132	rs1785904	T	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=258;SC=CTGAAATCTGTTTTTACTTAT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=33713140;WS=33713122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	33713287	rs1785905	T	A	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=17;PP=557;SC=GCTGTAAGTATTAACCAGATT;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=33713295;WS=33713277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	33718326	rs1785934	A	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=15;PP=614;SC=TGCATTATGTACACTGATCGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=33718334;WS=33718316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	33719434	rs1785932	C	T	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=10;PP=697;SC=AGCCACCAGCCTCTCTCGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=33719442;WS=33719424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	33722425	rs1789549	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=369;SC=ATGTTTTTCTATTGTCCCAAT;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=33722433;WS=33722415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	33725874	rs1789546	T	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.17;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr18	33725931	rs1785928	G	A	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=25;PP=740;SC=ACAGCAGCCAGTGAGATTATT;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=33725939;WS=33725921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	33726447	rs1785927	C	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=283;SC=AGTAGAGGCACTTGAAGTTCA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=33726455;WS=33726437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	33744677	rs684890	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=470;SC=ACAGTTATGTTCATTTTATCT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=33744685;WS=33744667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	33750046	rs8299	C	T	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=31;PP=1115;SC=GGGGTGAGTGCGACTCCACTG;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=33750054;WS=33750036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	33750314	rs637786	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=155;SC=TCACTCTGTCGCCCAGGCTGG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=33750322;WS=33750304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	33767479	rs11665282	G	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	33767749	rs4267398	G	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=12;PP=326;SC=GGCGCATTTTGAATCGAAACT;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=33767757;WS=33767739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	33778607	rs596644	C	A	3924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=44;PP=1857;SC=ACAAAAGAAGCGACCCTAAGT;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=99;WE=33778615;WS=33778597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr18	33779821	rs646424	C	A	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=46;PP=2030;SC=AGTGGGTATGCGGAACGTGAC;SOR=1.149;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=99;WE=33779829;WS=33779811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr18	33779855	rs623053	C	T	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=51;PP=2542;SC=GTCATATCCACCCCGGTCAGG;SOR=0.734;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=118;WE=33779863;WS=33779845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr18	33779896	rs540967	A	G	6168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=70;PP=2965;SC=AGAGGAACGTAGTGCTTCAGC;SOR=0.995;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=102;TCR=71;TR=172;WE=33779904;WS=33779886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr18	33780020	rs623558	A	G	8813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=108;PP=2965;SC=GGGCGGTTGCACCCTGTGAGC;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=204;WE=33780028;WS=33780010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr18	33783030	rs579596	T	C	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=50;PP=2022;SC=GCACATGGATTGTTTTGACCA;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=123;WE=33783038;WS=33783020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr18	33785093	rs678560	G	A	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=18;PP=702;SC=GTATACCTACGTGGCCCTGTC;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=33785101;WS=33785083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	33785185	rs667667	A	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=22;PP=610;SC=TTCAGGGCCCAATCATCAATT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=33785193;WS=33785175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	33785304	rs667195	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=217;SC=GAGAGCAATGTAGTGTGACAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=33785312;WS=33785294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	33793511	rs687387	T	C	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=106;SC=TTGCTGCCTGTGTGTCTGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=33793519;WS=33793501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	33795425	rs631108	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=270;SC=ACTGTTTCCAGTGTCTCTATG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=33795433;WS=33795415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	33828849	rs140947210	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr18	33828980	rs567458	C	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=0.448;SC=CTCTGAAGCACGTGAAAATCT;SOR=0.922;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=17;WE=33828988;WS=33828970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr18	33829077	rs568388	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=0.980;SC=CCAGTTGCTGTCCATTTCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=6;WE=33829085;WS=33829067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr18	33848663	rs111317566	A	ATACAT	1155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.685;NF=1;NR=14;PP=774;ReadPosRankSum=-0.641;SC=AATTTTTAGCATAAAGTTTCT;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=15;WE=33848671;WS=33848653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr18	33877687	rs188660514	T	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=601;SC=AGCCTGCGAGTCCGCGAGCCA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=33877695;WS=33877677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	34081849	rs17565834	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TTTCACTGTCAATAGAGTCAG;SOR=0.653;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=11;WE=34081857;WS=34081839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr18	34174958	rs8087763	T	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=127;SC=TAAGAATTAATAGAATTCCCG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=34174966;WS=34174948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	34182800	rs34287129	A	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=719;SC=GACCCCTGGTATCTGTGCTTG;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=34182808;WS=34182790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	34205385	rs2644253	A	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=116;SC=AAAAATCCCTATTAGGGCAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=34205393;WS=34205379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	34261559	rs542241	T	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=19;PP=475;SC=AGATTTTTTTTAAATAGTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=34261567;WS=34261549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	34261581	rs34100890	AG	A	764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=393;SC=TAAAAATTAAAGGCATGTGAC;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=34261589;WS=34261571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	34273440	rs483351	C	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=634;SC=AGACAGGCTTCCTCAGGGCAG;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=34273448;WS=34273430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	34398717	.	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=-1.546;SC=GGGCTGAACAGGAACATAGAA;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=12;WE=34398725;WS=34398707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr18	34398914	rs1045781	C	T	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=506;ReadPosRankSum=1.939;SC=TGATGGTCACCTCAGTCACAC;SOR=0.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=37;WE=34398922;WS=34398904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,61:0.50:121
chr18	34539578	rs3744904	A	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=193;SC=CTGTTCCTGGACCCAAAGGTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=34539586;WS=34539568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	35065374	.	CG	C	124	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=124;QD=37.5;SC=CGAGCTCAGGCGGGGCGGCGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=35065382;WS=35065364;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr18	35145660	rs138975334	T	TCTCG	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=15;PP=960;SC=CGCTCCTCTCTCTCGCTCGCT;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=17;WE=35145668;WS=35145650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	35237209	.	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.198;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr18	37201910	rs2852341	G	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=395;SC=AGCTTTCTTTGCTCCTACAGT;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=37201918;WS=37201900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	39542407	rs33946724	GAT	G	1054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.905;NF=8;NR=10;PP=827;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TTAAAAGAAAGATATATATAT;SOR=0.689;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=18;WE=39542416;WS=39542397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr18	39570683	rs11082257	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=1.139;SC=TATAACTACAACAAGATTACA;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=39570691;WS=39570673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr18	39623942	rs534507	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=235;SC=ATGCTTTGACATAATAGTATT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=39623950;WS=39623932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	40323497	rs1804730	G	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.413;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr18	40613840	rs12954451	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr18	40695611	rs17716817	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-0.301;SC=AACCATCAGCGTCGGGCTGGC;SOR=0.784;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=7;WE=40695619;WS=40695601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr18	40853563	.	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.200;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr18	41559268	rs7230555	T	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr18	41559321	rs7229587	C	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=-1.901;SC=ATATTTGACACCATCCAGGAT;SOR=1.431;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=6;WE=41559329;WS=41559311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr18	42456653	rs663651	G	A	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=25.66;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	42456670	rs3085861	C	CTCTT	5786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=42;PP=2882;SC=CCGGTTCTCTCACTCTTCCTT;SOR=0.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=50;WE=42456678;WS=42456660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr18	42532693	rs1064204	C	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=762;ReadPosRankSum=1.368;SC=TGACATGCAGCCTTCTCTGAA;SOR=0.696;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=48;WE=42532701;WS=42532683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,61:0.49:124
chr18	42533130	rs8096662	A	G	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=39;PP=1280;SC=GCACGAGATCAGAGAACCTGG;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=42533138;WS=42533120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr18	42533315	rs3786177	T	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=829;ReadPosRankSum=2.717;SC=GGTAAGGCTGTTTTTCTTCAG;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=49;WE=42533323;WS=42533305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,61:0.54:112
chr18	42643463	.	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GCCGCCCCTGCCGCCACCGCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=9;WE=42643471;WS=42643453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr18	43204868	rs117490050	G	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=0.383;SC=CCTTCCCAGTGAACTTAGCAC;SOR=1.302;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=15;WE=43204876;WS=43204858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr18	43206985	rs1484873	A	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=225;SC=GGTGATGTTCATCAACAATCC;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=43206993;WS=43206975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr18	43221341	rs7233416	T	C	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=52;PP=1870;SC=AACCAGGTTATTCTGGCTATT;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=89;WE=43221349;WS=43221331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr18	43247784	rs9964193	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=-1.902;SC=CTTCCTGCCCCGGTTCCATTT;SOR=1.048;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=14;WE=43247792;WS=43247774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr18	43248504	rs6507631	T	C	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	43248509	rs10451385	T	C	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	43248578	rs9304319	C	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=350;SC=GTCCACTGGACTAATAACTAA;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=43248586;WS=43248568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	43252786	rs1531926	A	G	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=10;PP=573;SC=GGAAGGGTTCAGTGCCAAGTC;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=43252794;WS=43252776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	43253100	rs1000501	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TTCAACACTCCACCTGCTGAT;SOR=0.770;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=6;WE=43253108;WS=43253090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr18	43262359	rs3745009	G	A	3173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=49;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CAATAACCCCGCCATCTACAA;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=91;TCR=90;TR=100;WE=43262367;WS=43262349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,165:0.51:324
chr18	43262501	rs3745008	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.765;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=293;ReadPosRankSum=0.062;SC=CTGTCTAAAACACATCAGTGT;SOR=1.516;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=19;WE=43262509;WS=43262491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr18	43262532	rs3745007	C	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=1.121;SC=TTCAGCACGCCGTCCAGATCC;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=12;WE=43262540;WS=43262522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr18	43307246	rs11877062	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=104;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GATGAATGGACGGTCTTTGAT;SOR=0.160;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=43307254;WS=43307236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr18	43307338	rs11877086	C	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=0.855;SC=CGCGCAGAGGCATCGCCCGGC;SOR=0.721;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=9;WE=43307346;WS=43307328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr18	43307455	rs3861806	C	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=7;PP=114;SC=GTATCTTTTCCGGGCAGAGCC;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=43307463;WS=43307445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	43310222	.	G	A	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=25;QD=19.9237375157;SC=AATCTGGAGGGCTCTGCCTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=43310230;WS=43310212;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr18	43310845	rs3819178	G	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=240;ReadPosRankSum=2.179;SC=ACAATGGGTTGAGAGAGAAAT;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=43310859;WS=43310835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr18	43310851	.	G	A	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=49;QD=41.8856062736;SC=GGTTGAGAGAGAAATATTAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=2;WE=43310859;WS=43310835;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,2:0.18:11
chr18	43314092	.	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GTTTTTGTACGATGCTTACGT;SOR=0.231;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=17;WE=43314100;WS=43314082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr18	43314401	rs35812340	G	GA	296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,17:0.85:20
chr18	43314473	rs8096571	T	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=1.198;SC=CAAGATGAAATATGTTCTCTG;SOR=1.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=4;WE=43314481;WS=43314463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr18	43316538	rs2298718	A	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=436;ReadPosRankSum=-0.238;SC=ATTACAATCCATTCTTTCCAG;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=34;WE=43316546;WS=43316528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr18	43319060	rs473429	T	C	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=368;ReadPosRankSum=-1.548;SC=TGTAGGAGTTTGTGGGTGTCC;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=32;WE=43319068;WS=43319050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr18	43319359	rs531281	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=10;PP=415;SC=TCCAGATCTTCCTTGAGATCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=43319367;WS=43319349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	43319519	rs1058396	G	A	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=554;ReadPosRankSum=2.135;SC=CCCATTTGAGGACATCTACTT;SOR=0.691;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=49;TCR=47;TR=45;WE=43319527;WS=43319509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,73:0.48:153
chr18	43328295	rs474270	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GTGATTAAAAGTGCATCTACG;SOR=0.707;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=20;WE=43328303;WS=43328285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr18	43405792	rs1440822	T	C	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=448;ReadPosRankSum=1.150;SC=ACAGAATAGATGCTGAAAGCA;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=39;WE=43405800;WS=43405782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,68:0.55:123
chr18	43416982	rs72916293	G	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr18	43435738	rs514001	A	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=9;PP=235;SC=TATGACATAAAAAGATGAACA;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=43435746;WS=43435728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	43438030	.	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CTTCCTCCACGGAGCTAGGGG;SOR=0.557;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=9;WE=43438038;WS=43438020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr18	43438156	rs567801	C	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=4;PP=67;SC=CACAGGCTAACGGCTGATGTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=43438164;WS=43438146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	43446734	rs3826633	T	C	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=17;PP=1126;SC=AGGAACAGTCTCTGCCTTTTA;SOR=1.302;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=56;WE=43446742;WS=43446724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	43487885	.	TAA	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=-0.546;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.594;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr18	43492121	rs67738770	CAGAG	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=216;ReadPosRankSum=2.579;SC=AACATAGAGACAGAGAAAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=43492132;WS=43492111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr18	43495416	rs7237763	G	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr18	43497710	rs3744998	A	G	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=662;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CAGGACATGAACCACTGTTCT;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=41;WE=43497718;WS=43497700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,66:0.53:125
chr18	43502190	rs1075906	G	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-2.102;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr18	43505558	rs4476262	C	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=1;PP=602;SC=GAGAATTAAACAGAAAATCCT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=43505566;WS=43505556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	43519825	rs72918362	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr18	43523312	rs3745000	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=6.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.686;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr18	43524145	rs75005183	C	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=2.325;SC=TATGATCTAGCGTTACAGGAG;SOR=1.655;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=18;WE=43524153;WS=43524135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr18	43534824	rs59422275	T	C	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=501;ReadPosRankSum=1.669;SC=AGGCCTTGTTTGTCTTCTTTA;SOR=0.787;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=43;WE=43534832;WS=43534814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,70:0.49:143
chr18	43547127	rs11301517	TG	T	2985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=25;PP=1532;SC=CTCGGGAGGGTGGGGGAGATC;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=43;WE=43547135;WS=43547117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	43573628	.	C	T	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1156;ReadPosRankSum=-1.938;SC=ACAATGCATTCCGGAAGAAGT;SOR=0.729;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=77;TCR=100;TR=83;WE=43573636;WS=43573618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,129:0.47:277
chr18	43678307	.	G	A	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	43705512	.	CAA	C	35.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr18	43914438	rs8084936	A	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=13;PP=478;SC=CCCCCACCCCATTTTAGGGGG;SOR=2.049;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=18;WE=43914446;WS=43914427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	44063598	rs1377016	G	A	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=34;PP=1044;SC=GACATGCCAGGCAAGTTCTCT;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=44063606;WS=44063588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr18	44087439	.	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-5.011;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=350;ReadPosRankSum=-1.747;SC=ACAAGGGCCTGAGCCCGAATT;SOR=0.051;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=23;WE=44087447;WS=44087429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr18	44109115	rs59252058	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.866;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr18	44114473	rs436433	T	C	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=34;PP=858;SC=AGTATGGCCTTGGCAACATCC;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=44114481;WS=44114463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	44114526	.	C	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=0.070;SC=TGCATTTCCTCCTGATACGTC;SOR=0.404;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=11;WE=44114534;WS=44114516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr18	44122010	rs10775482	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CTGGCTGATATCATTAACATG;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=13;WE=44122018;WS=44122000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr18	44124967	rs988213	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=0.523;SC=ACAACTCTACAATGCCTGGAG;SOR=1.781;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=44124975;WS=44124957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr18	44126803	.	G	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=697;ReadPosRankSum=2.701;SC=TTAGGGTTAGGGAGAGGCAGA;SOR=1.110;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=46;WE=44126811;WS=44126793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr18	44126909	rs1893566	T	C	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=63;PP=2529;SC=CCGCCTCCCCTACCCTCCTCG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=133;WE=44126917;WS=44126899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr18	44138902	rs4243280	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=790;SC=GGCTTAGCACCGACCACAGCT;SOR=3.675;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=30;WE=44138910;WS=44138892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	44157506	rs328166	G	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr18	44197963	rs328130	A	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=212;ReadPosRankSum=-1.065;SC=TCACACACATAAACTTTACAA;SOR=1.244;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=12;WE=44197971;WS=44197960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr18	44198092	.	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=431;ReadPosRankSum=0.979;SC=CAGGATTGTGGGAACCCCATC;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=26;WE=44198100;WS=44198082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr18	44237098	rs34951935	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr18	44272034	rs533027	A	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=7;PP=378;SC=GGGAAGATGCACGCTGAGAGC;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=44272042;WS=44272024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	44284474	rs139931734	C	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.901;HP=4;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=109;ReadPosRankSum=-0.196;SC=CACGCACTCACCCCCAACCCC;SOR=0.027;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=9;WE=44284487;WS=44284464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr18	44424105	rs34052557	G	GA	368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=1.555;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr18	44426877	rs644731	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=263;SC=AAGATAGATACAGGATCCTGC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=44426885;WS=44426867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	44526798	rs2187092	A	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=4;PP=451;SC=GTAACTGACTACTTTTCTCCC;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=44526806;WS=44526788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	44560337	rs3744864	G	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.813;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=302;ReadPosRankSum=-0.115;SC=GGCTTTCCTGGACAGGAGGCA;SOR=0.124;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=25;WE=44560345;WS=44560327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr18	44560939	.	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=458;ReadPosRankSum=-0.262;SC=GGGCGTTTTTCCTGGCGAGAC;SOR=0.555;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=33;WE=44560947;WS=44560929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr18	44561107	.	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=8.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-2.097;SOR=2.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr18	44561658	.	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GTGCAGGCGTCGCTGTCCCGG;SOR=1.150;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=18;WE=44561666;WS=44561648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr18	44589450	rs80196369	C	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=686;ReadPosRankSum=0.402;SC=CAGTAAGTGGCGAAGATGTGA;SOR=0.567;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=55;WE=44589458;WS=44589440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,81:0.49:166
chr18	44595809	rs2289036	A	T	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=14;PP=726;SC=AAGCAGGGGGATGGAGTTGAA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=44595817;WS=44595799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	44601611	rs3816125	A	G	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=675;ReadPosRankSum=-1.284;SC=CTTTAAGTCTATAAGCTTGAA;SOR=0.676;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=55;WE=44601619;WS=44601601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,91:0.49:185
chr18	44610718	rs16954999	T	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=630;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ACATGCATTTTTGGGCTCCAG;SOR=0.739;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=38;WE=44610726;WS=44610708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
chr18	44610879	rs7504798	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=339;ReadPosRankSum=0.567;SC=ACCAAGTTAAAGACAGTTCAA;SOR=0.610;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=20;WE=44610887;WS=44610869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr18	44635048	rs2635058	C	T	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=15;PP=828;SC=GATGCACACACTGCTTCACAA;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=47;WE=44635056;WS=44635038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	44702502	rs12968552	A	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=409;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CCATTAGGTTACGCGCCCCCG;SOR=0.610;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=26;WE=44702510;WS=44702492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr18	44702718	rs2277717	C	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=455;ReadPosRankSum=1.847;SC=GGCGCCTCCACGGCCGGCGCC;SOR=0.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=26;WE=44702726;WS=44702708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr18	44746460	rs1355593	A	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.210;SC=AACATTATTGACAGTCCCATG;SOR=0.307;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=44746468;WS=44746450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr18	44757226	rs7236105	G	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.917;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr18	44757545	.	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr18	44771481	rs17723754	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=1.998;SC=CTATTAACTCCAAGGAGAAAC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=17;WE=44771489;WS=44771471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr18	44771849	.	A	AT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
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chr18	44774682	.	TGGC	T	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.135;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
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chr18	45688841	rs4939747	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=1.950;SC=ATAATAGGGACTTCATAGACA;SOR=0.676;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=8;WE=45688849;WS=45688831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr18	45691715	rs9646522	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=2.193;SC=TCAGAGACAATGAGTGTCCAG;SOR=0.715;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=15;WE=45691723;WS=45691705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr18	45711740	rs12455480	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
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chr18	46284587	rs1038308	T	C	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.91;MQRankSum=-1.024;NF=22;NR=33;PP=579;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ACAGCAGCCTTGAGGCCCCCC;SOR=0.663;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=46;TCR=68;TR=55;WE=46284595;WS=46284577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,81:0.48:168
chr18	46284611	rs61729840	C	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.184;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=617;ReadPosRankSum=-0.223;SC=GCCCTGACACCCTGGCCCCGG;SOR=0.522;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=45;WE=46284619;WS=46284601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,63:0.46:136
chr18	46343666	rs3764481	C	T	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=376;ReadPosRankSum=1.067;SC=CCTTCCTGTGCGAGGTCTTCG;SOR=0.773;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=30;WE=46343674;WS=46343656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,61:0.46:132
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chr18	46343818	rs9951895	T	C	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=499;SC=CTCAGATAACTGGGACAAAGC;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=46343826;WS=46343796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	46343913	rs62103298	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.736;NF=1;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=-2.232;SC=TTGGGAGGCCAAGGCAGGTGG;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=46343921;WS=46343903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr18	46384073	rs937021	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=425;ReadPosRankSum=-1.439;SC=ATGCCTTAACAGTTCTAGGGG;SOR=0.514;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=34;WE=46384081;WS=46384063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr18	46385948	rs3752082	A	G	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=946;ReadPosRankSum=0.746;SC=GGGGCCTGGCAGGCGGCCCAC;SOR=0.729;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=149;TCF=67;TCR=82;TR=72;WE=46385956;WS=46385938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,105:0.50:208
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chr18	46468946	rs3764482	G	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,75:0.48:157
chr18	46570404	.	G	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr18	47013626	rs74483357	G	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=-0.352;SC=CGGAGGGAGGGACGATCCGCA;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=10;WE=47013634;WS=47013616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr18	47013723	rs6417105	A	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=698;ReadPosRankSum=0.799;SC=GTGTTGCCCAAGGGGCGCGGC;SOR=0.669;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=75;TCR=26;TR=45;WE=47013731;WS=47013713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
chr18	47014953	rs35737964	G	GTGT	1624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=971;ReadPosRankSum=-0.533;SC=AAAGAAAAATGTGTTAAGTTT;SOR=0.818;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=21;WE=47014961;WS=47014943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
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chr18	47016046	rs6507920	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=362;ReadPosRankSum=0.631;SC=AATCATTTTTAAAAGGCAATC;SOR=0.671;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=24;WE=47016054;WS=47016036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
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chr18	47093790	rs2000812	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=320;ReadPosRankSum=0.854;SC=GAATAAAAAACAACTTCCACT;SOR=0.379;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=25;WE=47093798;WS=47093780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr18	47102002	rs2276269	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=264;ReadPosRankSum=-1.684;SC=CTCAGTTTATTCCATCTCCTT;SOR=0.886;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=19;WE=47102010;WS=47101992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr18	47113008	rs6507931	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=-1.195;SC=CGGGGCATGGCATGAAAATTT;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=8;WE=47113016;WS=47112998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr18	47318626	rs11549285	T	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.354;NF=5;NR=7;PP=189;ReadPosRankSum=-1.736;SC=TCTACCTGCATTGTCTGTTTT;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=12;WE=47318634;WS=47318616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr18	47320850	rs34944087	AAT	A	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=133;ReadPosRankSum=0.741;SC=TTTTAAAAGTAATATGTTATA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=47320859;WS=47320840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr18	47376128	rs490697	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.597;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-1.079;SC=AGTGCGGCCCATGGGCAGCCG;SOR=1.183;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=17;WE=47376136;WS=47376118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr18	47398464	.	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=167;ReadPosRankSum=2.507;SC=GGCCTGATTTCCTGATGCCCA;SOR=1.863;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=11;WE=47398472;WS=47398454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr18	47398504	rs3826580	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=213;ReadPosRankSum=-1.717;SC=GCCAGGGGAGTGTTCCAGGAA;SOR=0.799;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=22;WE=47398512;WS=47398494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr18	47398549	rs3826579	G	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=2.214;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr18	47401935	rs2276172	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=265;ReadPosRankSum=0.193;SC=AAGTAGGAGCCCTCTGAGACT;SOR=2.494;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=18;WE=47401943;WS=47401925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr18	47401999	rs2276173	A	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr18	47402280	rs657424	A	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GCCTCCCTCTATATCAGCCAT;SOR=1.828;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=7;WE=47402288;WS=47402270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr18	47404399	rs2276175	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=1.654;SC=TGGCTAAATAAAGCTAGCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=47404407;WS=47404389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr18	47405304	rs2276176	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.136;NF=9;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=-1.656;SC=CAGCAGAAGCACCCCCCTTGC;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=11;WE=47405312;WS=47405294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr18	47405425	rs3841750	T	TGAG	1926.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.155;NF=4;NR=12;PP=754;ReadPosRankSum=-0.916;SC=TCTTTCTTCATGAGATTTTCC;SOR=0.832;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=16;WE=47405433;WS=47405415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
chr18	47405525	rs4939602	T	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr18	47405530	rs4939603	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr18	47406943	rs2276177	T	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr18	47429022	rs2298624	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,71:0.47:150
chr18	47489589	rs68106090	T	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-1.383;SC=AGAACATGTCTATTTTCAAAA;SOR=0.074;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=47489597;WS=47489579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr18	47500631	.	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=270;ReadPosRankSum=0.839;SC=GAACCACCAGGAAGCTCTCCA;SOR=1.127;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=15;WE=47500639;WS=47500621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr18	47527817	rs12969222	T	G	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=2.087;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,104:0.52:201
chr18	47527916	.	T	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.942;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=414;ReadPosRankSum=-2.417;SC=AGAGGAACAGTGTAAAAATAG;SOR=1.191;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=21;WE=47527924;WS=47527906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr18	47563299	rs1815930	T	C	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=30;PP=1224;SC=CCACTGTAGGTATAGATGACA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=68;WE=47563307;WS=47563289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	47563429	rs58132038	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=372;ReadPosRankSum=0.664;SC=TTAGCTCAAGGCACCCATCCA;SOR=0.937;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=29;WE=47563437;WS=47563419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr18	47787402	rs1899671	G	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=9;PP=300;SC=ACCAACTTTGGATTCTGTTTG;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=47787410;WS=47787392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	47788256	rs698617	C	T	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=154;SC=TTAATATAAACATCTCAGCCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=47788264;WS=47788254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	47802971	rs10775495	A	G	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=36;PP=1537;SC=CCAGCCTAGCATGACACTGGA;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=47802979;WS=47802961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
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chr18	47810351	rs7228084	A	G	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=51;PP=1998;SC=CCTGAAGGCGAGTGCGGGCAC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=103;WE=47810359;WS=47810341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
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chr18	47902337	rs1970679	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	47906416	rs1441293	A	G	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=49;SC=ACAGCTATCTATTCTAAGAGT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=47906424;WS=47906406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	47906690	rs1441294	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=84;SC=TTAAGTAATTTTTAAGGATGC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=47906698;WS=47906680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	47906719	rs1441295	T	G	219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	47908556	rs6507992	G	A	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=544;SC=TAAAGAAAACGTTCCTTCCCA;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=47908564;WS=47908546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	47917735	rs2044012	A	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=317;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AAATGTAGCTAGTTCTAGAAA;SOR=1.250;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=47917743;WS=47917725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr18	47918639	rs10460085	A	C	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.68;NF=13;NR=20;PP=634;SC=ACTTTTGAACATACCAACAGG;SOR=0.909;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=33;WE=47918647;WS=47918629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	48190271	rs3752085	T	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=185;ReadPosRankSum=1.009;SC=TAGCCGAGACTTGGCCTTTCC;SOR=2.786;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=13;WE=48190279;WS=48190261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr18	48190814	.	C	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=499;ReadPosRankSum=0.774;SC=CAGAGGACCTCGTGCTCAAGA;SOR=0.798;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=39;WE=48190822;WS=48190804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,66:0.42:158
chr18	48256072	.	G	A	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=780;ReadPosRankSum=0.228;SC=CCCCCAGTTCGACCTGGACGT;SOR=0.530;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=57;WE=48256080;WS=48256062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,113:0.46:247
chr18	48326352	rs12967343	C	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=1.635;SC=TCCGTGTTAACCACCAGGAGG;SOR=0.905;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=13;WE=48326360;WS=48326342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr18	48326378	rs2586778	G	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	48327815	rs2276186	G	A	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=14;PP=558;SC=ATTTCCTCCCGGCAAAGGCAG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=48327823;WS=48327805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	48331421	rs3764485	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-3.087;SC=TCGGCCTCCCAAAGTGCTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=48331429;WS=48331417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr18	48331451	rs12458285	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.37;ReadPosRankSum=1.203;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr18	48331457	rs12458286	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.191;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr18	48331524	rs2586776	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=-0.126;SC=ATTTACTTACGTCATCTAATA;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=24;WE=48331532;WS=48331514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr18	48331553	rs2849233	T	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=271;ReadPosRankSum=-1.036;SC=GTCTGAAGGGTGATATCTATG;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=26;WE=48331561;WS=48331543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr18	48333341	rs143372155	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.304;SC=CCCTTCTTTCTCCTACTAAAG;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=48333349;WS=48333331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr18	48346024	rs3813089	G	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=453;ReadPosRankSum=1.876;SC=GCTTTCCCGGGTAGTAGCCAA;SOR=0.552;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=37;WE=48346032;WS=48346014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,65:0.45:145
chr18	48446953	rs674210	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=-0.607;SC=AAAAAAACTTCAGGGTTTTGA;SOR=0.883;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=48446961;WS=48446943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr18	48452184	rs142095996	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
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chr18	48577782	rs7229678	G	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-1.335;SC=TGATACAAGAGCAGGTAACTA;SOR=0.346;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=10;WE=48577790;WS=48577772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr18	48723145	rs147438518	CGCCGCCGCG	C	5452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.56;QD=43.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	48723217	rs35675106	C	T	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=158;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=45;PP=1629;SC=GGGACCCGCCCGGGATCTGCT;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=85;WE=48723225;WS=48723207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr18	48723439	rs4396619	C	T	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=19;PP=469;SC=ACAGCTCCGCCGCCCGCCGGG;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=48723447;WS=48723429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	49867224	rs9951523	T	C	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=26;PP=1025;SC=AGCTTCCTTGTTCAGCGCGCA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=49867232;WS=49867214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	50278686	rs13381333	G	A	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=870;ReadPosRankSum=0.431;SC=ACCAATGTGAGGCATCTTTAG;SOR=0.532;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=63;WE=50278694;WS=50278676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,91:0.48:189
chr18	50432602	rs2229080	C	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=494;ReadPosRankSum=-1.705;SC=GCAGATCAGCCGACTCCAACC;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=36;WE=50432610;WS=50432592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr18	50450240	rs2276204	T	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=313;ReadPosRankSum=1.248;SC=ATTTCACATTTAAGACTTTTT;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=25;WE=50450248;WS=50450230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr18	50451821	rs2298654	T	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=1.377;SC=ATCACTGAATTGATTCCTATG;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=19;WE=50451829;WS=50451811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr18	50589845	.	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=491;ReadPosRankSum=0.793;SC=TATTTTGTTTCATATTTGTTT;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=28;WE=50589853;WS=50589835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr18	50705331	.	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr18	50705500	.	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=-1.163;SC=AGTATGAAAAGGAACGGGCCA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=50705508;WS=50705490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr18	50731802	rs7227069	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=486;ReadPosRankSum=-1.652;SC=TAGCTCTAGGGCTGGAGAAAT;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=30;WE=50731810;WS=50731792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr18	50731823	rs2298606	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr18	50731829	rs4497763	A	G	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.67;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	50733984	.	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TGATTGCACAGAATGAGTGCC;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=50733992;WS=50733974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr18	50832102	rs1431196	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=0.835;SC=CAGTGTTCACATGGTGTAGTC;SOR=0.764;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=11;WE=50832110;WS=50832092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr18	50848540	.	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=1.778;SC=AAGACTTTTTCCCAGTTACTA;SOR=0.880;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=18;WE=50848548;WS=50848530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr18	50912352	rs3764496	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=485;ReadPosRankSum=-0.297;SC=AATGTTTGCCTTGAGTATTTT;SOR=1.002;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=28;WE=50912360;WS=50912342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr18	50917982	rs12604262	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=2.239;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr18	50918311	rs1393331	A	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=-1.333;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
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chr18	50929098	rs10612041	CAAT	C	1681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=834;ReadPosRankSum=0.990;SC=AAATTTCCAACAATGTTTATT;SOR=0.648;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=21;WE=50929108;WS=50929088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr18	50936780	rs10853631	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=1.602;SC=GAACTGCAGCGTGTAGGACAC;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=50936788;WS=50936774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr18	50936994	rs2229082	T	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=313;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCTCTGATCCTATCCTCTTCA;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=23;WE=50937002;WS=50936984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr18	50937026	rs11873515	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr18	50942653	rs2270951	C	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=438;ReadPosRankSum=0.900;SC=ACTGGCGTGACGATTAATCTT;SOR=0.646;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=35;WE=50942661;WS=50942643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,61:0.43:143
chr18	50994208	rs1502229	G	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CTAGAAATTAGGTAAAGTGTT;SOR=0.498;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=7;WE=50994216;WS=50994198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr18	51013094	.	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.247;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
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chr18	51053176	rs17515923	T	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.220;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr18	51053218	rs113173464	T	TCACCCCAGGC	1493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=2983;SC=TACTGTCCATTCACCCCAGGC;SOR=1.214;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=51053226;WS=51053208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr18	51731308	rs140691	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=315;ReadPosRankSum=2.523;SC=ATTATGATGTGAGATACTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=16;WE=51731316;WS=51731298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr18	51795847	rs3730668	G	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=-0.958;SC=ACTGGAGACTGTAGTCCCCCG;SOR=0.307;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=8;WE=51795855;WS=51795837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr18	51795957	rs10584411	GCGA	G	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.148;NF=0;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GAAGGCGGCGGCGACGACGAC;SOR=0.724;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=4;WE=51795967;WS=51795947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr18	51820805	rs8305	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=0.066;SC=GTGGAAGAGAGCAGGATCAGA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=25;WE=51820813;WS=51820795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr18	51880587	rs5825069	T	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr18	51880841	rs7242085	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=2.022;SC=CATAATTTAACTTATTTTCTT;SOR=0.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=12;WE=51880849;WS=51880831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr18	51880986	rs1370363	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.630;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr18	51888347	rs143972273	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=389;ReadPosRankSum=0.198;SC=AACTTATGAATAGGACTAATA;SOR=0.648;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=26;WE=51888355;WS=51888337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr18	51900788	.	T	TTTAA	72	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=72;QD=49.0;SC=GAGCACACTGTTTACACTAAA;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=51900796;WS=51900778;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr18	51904461	rs35286005	C	CTTTA	632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=410;SC=TAATAGTCAACTTTATTTATT;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=51904469;WS=51904451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	51904498	rs3753057	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.156;NF=10;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=0.061;SC=TGGCTATTCAGTTCTTAATAA;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=14;WE=51904506;WS=51904488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr18	51904641	rs3753056	A	G	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.33;ReadPosRankSum=0.584;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr18	51904644	rs3753055	G	A	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.38;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr18	52265308	rs9947055	A	C	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1661;ReadPosRankSum=-1.666;SC=TGAATCTACAACTTCAACAGC;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=203;TCF=104;TCR=99;TR=114;WE=52265316;WS=52265298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,172:0.55:310
chr18	52555398	rs4343367	G	A	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr18	52571434	rs4801109	T	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=255;SC=TTTGTTTGATTTTCTGAAATG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=52571442;WS=52571424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	52571629	.	C	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=0.487;SC=AGGGGAAACACCTTCGGTCTT;SOR=0.377;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=37;WE=52571637;WS=52571619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,64:0.54:119
chr18	52571741	rs4801110	C	T	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=261;SC=ATACTATTCACATCAAATCTG;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=52571749;WS=52571731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	52575002	rs1944382	G	A	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=25;PP=932;SC=GGGTGGAAGAGGACAGAGACC;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=52;WE=52575010;WS=52574992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	52585071	.	GACACACACAC	G,GAC	718.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.26;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=2,2;NR=7,7;PP=228,166;SC=CACGTGCACAGACACACACAC;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9,9;WE=52585090;WS=52585061;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.39,0.61:18
chr18	52585170	.	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=5;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-1.250;SC=TTAACCTTTTCTCTGAGATTT;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=10;WE=52585178;WS=52585160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr18	52595996	.	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=355;ReadPosRankSum=-2.482;SC=AAAGAAATCAGGAACTGCCTT;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=26;WE=52596004;WS=52595986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr18	52604193	.	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=596;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CTTGCAGCTAGAAAAAAGGTC;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=39;WE=52604201;WS=52604181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr18	52605188	rs1344011	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=-1.417;SC=AAAGTCATACCTTGATTTTCA;SOR=1.390;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=12;WE=52605196;WS=52605178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr18	52608329	rs8087479	C	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=17;PP=605;SC=AGAAGGAAAACAAAACCATTT;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=52608337;WS=52608319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	52609945	rs61743412	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=341;ReadPosRankSum=-2.197;SC=TGTGAGCGGACGTAGACTCAT;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=26;WE=52609953;WS=52609935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,50:0.38:132
chr18	52895531	rs8766	T	C	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=634;ReadPosRankSum=0.664;SC=GGGGAGGCTCTGAGGACACCT;SOR=0.861;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=54;WE=52895539;WS=52895521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
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chr18	52942827	rs1788027	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=223;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TGACATTCCCGTTACCGTGTA;SOR=1.012;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=16;WE=52942835;WS=52942817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr18	52947011	.	A	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=360;ReadPosRankSum=-0.257;SC=AAATCTGAACAAACCCTAGAA;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=23;WE=52947019;WS=52947001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr18	52969851	.	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-1.722;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr18	53018255	.	A	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=0.166;SC=AAAAAGGGAAAACAAACATAT;SOR=0.818;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=10;WE=53018263;WS=53018245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr18	53068065	.	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=-0.150;SC=AAGCATGTTTCCATATAGCAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=53068073;WS=53068055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr18	53070583	rs181475584	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=-1.510;SC=TTGCCGGTGCATCTTTGGTGT;SOR=0.061;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=53070591;WS=53070573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr18	53070914	rs17522826	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=211;ReadPosRankSum=2.183;SC=CCTCACTCTGGCTATGATAAA;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=18;WE=53070922;WS=53070904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr18	53131179	rs151196106	C	CTGTG	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=154;ReadPosRankSum=-1.163;SC=GCCCATGCCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=53131187;WS=53131169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr18	53131202	rs143184224	TGTGTGTGA	T	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.003;NF=5;NR=6;PP=884;ReadPosRankSum=0.370;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGTGAGA;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=11;WE=53131218;WS=53131192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr18	53131488	rs3760600	C	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=1.180;SC=AACCAGGCACCGGGCTACCAT;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=53131496;WS=53131478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr18	53146303	rs2924331	T	C	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=73;SC=TCCTCAAACATTGCAAGTTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=53146311;WS=53146302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	53252388	rs599550	G	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=261;SC=TGCAATAACCGTATGATTACA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=53252396;WS=53252378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	53252718	.	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=0.783;SC=ACATCACCATCCAACTTAAAA;SOR=0.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=53252726;WS=53252708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr18	53255634	.	GA	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.640;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr18	53302845	rs610362	C	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=616;SC=TAGAAACTACCGTTATGTTTG;SOR=1.675;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=30;WE=53302853;WS=53302835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	53303101	rs611326	C	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=23;PP=638;SC=GGCACCTGTGCTATTTTCTCC;SOR=1.077;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=53303109;WS=53303091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	53696010	rs1477440	A	G	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=18;PP=829;SC=GATCAGACTCACTTTGCAAAA;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=53696018;WS=53696000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	53696180	rs2551452	C	A	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=28;PP=750;SC=TTCTAAGAAACATGAGTAGAA;SOR=1.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=53696188;WS=53696170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	53696212	rs34257372	ATGAG	A	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=18;PP=910;SC=CTAAAACAATATGAGTATTTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=53696223;WS=53696202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	53727502	rs2535724	T	C	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=37;PP=829;SC=AATAAGTGTTTGTAGGTGCCC;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=52;WE=53727510;WS=53727492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	54293843	rs11664091	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=177;SC=GACAGAGTCTCACTCTGTCGG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=54293851;WS=54293833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	54339818	rs568078	C	G	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=26;PP=774;SC=GCATCTCAGCCGTACTTTTAA;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=47;WE=54339826;WS=54339808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	54339977	rs566956	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=8;PP=222;SC=TATAGTCCCCAAATGATGCTT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=54339985;WS=54339967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	54346482	rs683248	T	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=592;SC=GTCTTCTATTTTACTATGGCT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=54346490;WS=54346472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	54346510	rs597585	G	A	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	54346745	rs11452823	A	AT	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
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chr18	54354239	rs576095	T	C	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=9;PP=285;SC=AGCTGTATTTTTATCCTTCAA;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=54354247;WS=54354229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr18	54363747	rs1468742	A	G	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=165;SC=AAGTTATATTACTATCAGGAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=54363755;WS=54363737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	54448778	rs2302845	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=11;PP=335;SC=GAGAAGCCGCGCAGGCCCTGC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=54448786;WS=54448768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	54629624	.	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=430;ReadPosRankSum=-1.184;SC=CACCTGGCTTCTTGTTTTTGT;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=27;WE=54629632;WS=54629614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr18	54694561	rs3833199	A	ACGGC	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=0.267;SC=ATCCAGTGGCACGGCCGGGTC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=5;WE=54694569;WS=54694551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr18	54814972	.	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=618;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TTCATGAATTCCTGGTGGCCC;SOR=1.280;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=34;WE=54814980;WS=54814962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr18	54815025	rs11151997	G	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=339;ReadPosRankSum=0.946;SC=GAGCCAGAAGGCCAGGACCCT;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=22;WE=54815033;WS=54815015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr18	55019963	.	T	TCACA	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=1.197;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr18	55027212	rs1942964	T	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=250;ReadPosRankSum=-1.528;SC=CCAAATGTACTTATTGTTCCA;SOR=0.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=22;WE=55027220;WS=55027202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr18	55134288	rs597720	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
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chr18	55143766	rs3745074	C	T	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,86:0.46:189
chr18	55221648	rs536560	T	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=40;PP=934;SC=ACCAGGGCATTGGACCAACCT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=55221656;WS=55221638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	55226254	rs1736440	T	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=8;PP=609;SC=AGTCTGAGATTTGAGAATTCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=55226262;WS=55226244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	55226383	rs536765	G	C	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=59;PP=1825;SC=TTACAGACATGGGCAGTGAGT;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=128;WE=55226391;WS=55226373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr18	55238820	rs2272783	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CAGCTTAGCAACCTGAGAAAT;SOR=0.465;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=16;WE=55238828;WS=55238810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr18	55240455	rs577152	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=19;PP=640;SC=AGGTTATAATTGAGGTGTTTA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=55240463;WS=55240445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	55247454	rs2269219	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-1.465;SC=TAAAGTGCTCGCATGAAATCT;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=11;WE=55247462;WS=55247444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr18	55253710	rs317815	G	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=541;ReadPosRankSum=0.505;SC=GCGAGGGCCCGGGCGCCAGCT;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=55253718;WS=55253700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr18	55268866	rs2070109	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CTTTCCTCCACGCTTCTGGAG;SOR=0.515;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=25;WE=55268874;WS=55268856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,35:0.36:97
chr18	55287739	rs388644	A	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=394;ReadPosRankSum=1.378;SC=GCAAGTCACAAGAAAATTGAC;SOR=2.225;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=24;WE=55287747;WS=55287729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr18	55288007	rs389031	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=14;PP=374;SC=AGGTCCATAAGTAATTAATAT;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=55288015;WS=55287997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr18	55315959	rs12958967	G	A	428.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.43;ReadPosRankSum=2.488;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
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chr18	55335240	rs4940499	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=0.294;SC=TTCCTTAGGTATACAATTTTA;SOR=0.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=7;WE=55335248;WS=55335230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr18	55335495	rs317844	A	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=22;PP=809;SC=GATGCAGAAGAATGTGCTGGA;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=39;WE=55335503;WS=55335485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	55335786	rs10639378	T	TAAAAA	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.41;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	55338656	rs317838	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.118;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=451;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GCATCAGAGAGTAAGTTCAGA;SOR=0.226;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=32;WE=55338664;WS=55338646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr18	55352389	rs11659313	T	C	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.08;MQRankSum=-1.097;NF=22;NR=27;PP=630;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TCTACACCTATGTCCAGAGGC;SOR=0.663;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=49;WE=55352397;WS=55352379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,73:0.55:132
chr18	55352436	rs319459	G	A	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=41;PP=1148;SC=AGTGATGGTGGTAAGACCATA;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=55352444;WS=55352426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	55352470	rs143958246	TTTA	T	950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.850;NF=1;NR=16;PP=669;ReadPosRankSum=-1.608;SC=GGCTAAAATATTTATTATCTG;SOR=0.511;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=17;WE=55352480;WS=55352460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr18	55362532	rs319443	T	G	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=25;PP=709;SC=TTATCTAGTCTGTTATTGGGT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=55362540;WS=55362522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	55362816	rs319442	G	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=181;SC=TGAGTTCAAAGTGGAAGTTAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=55362824;WS=55362806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	55364830	rs319439	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=136;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TTTAAATCAGGCCCATCGAGA;SOR=0.402;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=14;WE=55364838;WS=55364820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr18	55364852	rs319438	A	G	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=15;PP=798;SC=ACACTTACCCATCCAGTTCTG;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=55364860;WS=55364842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	55397512	rs319432	T	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=5;PP=669;SC=TAGAAAGCCTTCAAGGGCAGA;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=55397520;WS=55397502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	55397624	rs33964473	GATA	G	4372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=34;PP=2277;SC=AGAACACTATGATAATGATTT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=48;WE=55397634;WS=55397614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	55397674	rs319433	G	C	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=35;PP=1128;SC=TAGAATTTTAGGGAACACCAT;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=55397682;WS=55397664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	55397871	rs319434	T	C	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=52;PP=2017;SC=TTCTACTGCCTTCAGTGATGT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=101;WE=55397879;WS=55397861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr18	55398604	rs12606419	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.78;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	55398604	.	TAT	CAC	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5044;HP=2;HapScore=3;MGOF=150;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=32;QD=21.3669687156;SC=TATATATATATATACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=55398614;WS=55398594;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr18	55398606	rs12606420	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.78;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	55398756	rs651867	T	C	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=32;PP=1417;SC=GAGAAGATTCTCTCCTAGACC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=75;WE=55398764;WS=55398746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr18	55816602	.	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr18	55983330	rs2288774	T	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=17;PP=359;SC=TTGTAGTCAGTGTATTTTCAG;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=55983338;WS=55983320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	55983364	rs2288775	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CACCACGGTGAAGAAGGCTGA;SOR=0.132;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=55983372;WS=55983354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr18	55997929	rs144384654	CTTCT	C	682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=372;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TGGATCCCTACTTCTTTCTAG;SOR=0.379;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=9;WE=55997940;WS=55997919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr18	56008148	rs4149609	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=84;ReadPosRankSum=1.031;SC=AGTGTTTTCTATATAAATAGA;SOR=0.122;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=56008156;WS=56008138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr18	56024396	rs201044327	ATT	A,AT	1397.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.620;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.303;QD=17.05;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,50,29:0.61,0.35:82
chr18	56040649	rs1943994	T	C	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=37;PP=1082;SC=GCAGCACCTTTTTGTCATGCC;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=56040657;WS=56040639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	56054651	.	G	GT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
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chr18	56118493	rs17669	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.522;SC=TAAAGTCTGGCTCTTTTGCAC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=56118501;WS=56118483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr18	56149048	rs3744867	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TAGGTTACCCAGGGACGTTAG;SOR=0.871;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=12;WE=56149056;WS=56149038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr18	56149099	rs7240666	T	C	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=20;PP=866;SC=GCCTTCTTTATTGTCATAGAG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=56149107;WS=56149089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	56182174	rs7505023	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=331;SC=TCGTCCCTCCTAGTCCCCAAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=56182182;WS=56182164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	56182489	rs4310952	G	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GGCCACTTAGGGAGGAGCTCT;SOR=2.765;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=9;WE=56182497;WS=56182479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr18	56182507	rs4940399	C	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=16;PP=478;SC=TCTGAGACGTCAAGGAACTGT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=56182515;WS=56182497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	56191351	rs7228617	C	T	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=160;SC=TGCATTTTTTCCTAATATACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=56191359;WS=56191341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	56202059	rs10469211	A	G	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=28;PP=1434;SC=CAGCAACAGAACCTCACCTCT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=73;WE=56202067;WS=56202049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	56202120	rs7234999	G	A	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=580;ReadPosRankSum=0.849;SC=TCTTCTGTGTGTGATAATGAT;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=49;WE=56202128;WS=56202110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,63:0.43:146
chr18	56202394	rs7240355	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,44:0.38:117
chr18	56202418	rs10469212	T	C	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=43;PP=1641;SC=CCTGCAGTAATTTAGGGGCTT;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=81;WE=56202426;WS=56202408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr18	56202683	rs33910491	T	C	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=546;ReadPosRankSum=0.222;SC=AAACACATACTGACGCTTTCT;SOR=0.496;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=42;WE=56202691;WS=56202673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,58:0.46:126
chr18	56202982	rs3826594	A	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=446;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GAATTTGTTCAGCCTCCTGCT;SOR=0.910;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=29;WE=56202990;WS=56202972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,40:0.37:108
chr18	56203252	rs141586980	AAAG	A	1694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.154;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.358;NF=10;NR=14;PP=962;ReadPosRankSum=0.934;SC=GAAACTTTTTAAAGAAGGCAG;SOR=0.439;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=24;WE=56203262;WS=56203242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr18	56203411	rs3809980	G	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=391;ReadPosRankSum=0.512;SC=CCAGGAGTCTGGGTTGGCTGA;SOR=0.914;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=36;WE=56203419;WS=56203401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr18	56203447	rs3809979	A	G	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=418;ReadPosRankSum=0.201;SC=GACTTCTCCAATGTACACTGA;SOR=0.742;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=35;WE=56203455;WS=56203437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,54:0.47:115
chr18	56203749	.	C	T	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=687;ReadPosRankSum=0.854;SC=GGTCTATATTCTTTAGACTCT;SOR=0.690;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=47;WE=56203757;WS=56203739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,69:0.56:124
chr18	56203891	rs3809978	G	T	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.68;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,59:0.56:106
chr18	56203898	rs3809977	T	G	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.80;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr18	56204250	rs3809976	A	C	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=898;ReadPosRankSum=1.812;SC=ATATGATCCAACTGCACTTGG;SOR=0.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=62;WE=56204258;WS=56204240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,101:0.55:184
chr18	56204644	rs12963422	T	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=16;PP=634;SC=GGCCAGCATGTACTGTGGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=56204652;WS=56204634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr18	56204794	rs56390741	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=548;ReadPosRankSum=1.266;SC=TGCTTTTGCACGTAGACACTG;SOR=0.945;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=35;WE=56204802;WS=56204784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
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chr18	56274514	rs6566986	A	G	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=37;PP=1900;SC=ACAGAATATAAGGATATTAGT;SOR=1.247;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=96;WE=56274522;WS=56274504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr18	56279025	rs6566987	T	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.41;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	56400851	rs139677985	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=0.842;SC=AGTTAAATATCGACCATGACA;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=56400859;WS=56400841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr18	56586499	.	C	T	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,92:0.52:177
chr18	56606808	.	C	T	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.673;NF=34;NR=35;PP=1001;ReadPosRankSum=-0.577;SC=AGCACACATTCCCACGCCTAC;SOR=0.596;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=69;WE=56606816;WS=56606798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,106:0.41:260
chr18	56646583	rs35743757	A	AAAAT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=305;SC=GAAAATAAAAAAAAAAGGAGC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=56646591;WS=56646573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	56648756	rs61733373	C	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	56703194	rs9961940	A	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	56711225	rs11152115	A	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=198;SC=TTTATTCTGTACAGATTGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=56711233;WS=56711215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	56711284	rs11152116	C	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=9;PP=520;SC=GTAATTCCTGCGACAATTCTT;SOR=1.157;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=30;WE=56711292;WS=56711274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	56718686	.	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.623;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=0.886;SC=GAGATGACTGGAGGGACCCCG;SOR=0.175;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=56718694;WS=56718676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr18	56720269	.	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.040;SC=AACTCAATTTCCTTTGTCTTC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=56720277;WS=56720259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr18	56807308	rs3744890	C	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-2.051;SC=GCCGGGACCGCCTGTGCTAGC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=19;WE=56807316;WS=56807298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr18	56807339	rs3744891	T	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=0.247;SC=GGCTTCCCAGTCAGGGCTCCG;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=13;WE=56807347;WS=56807329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr18	56823071	rs4940848	T	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr18	56887507	rs1062557	C	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=230;SC=CATGCGCGGCCGTGAGCTCCC;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=56887515;WS=56887497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	56897699	.	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=482;ReadPosRankSum=-0.227;SC=AACCAGCAATGATAATGATGG;SOR=0.541;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=39;WE=56897707;WS=56897689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,63:0.43:146
chr18	56936395	rs7226481	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=0.141;SC=GCGCGAGAGGTTGCAGGCCGG;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=5;WE=56936403;WS=56936385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr18	56940307	rs2271733	G	T	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=642;ReadPosRankSum=-1.458;SC=GGATCCCGTCGTCCTTGGTAA;SOR=0.723;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=48;WE=56940315;WS=56940297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,102:0.52:198
chr18	56963742	rs4940456	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr18	57000303	rs2298712	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=-0.360;SC=AATTATAAAAGGAAAAGGAAA;SOR=0.481;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=10;WE=57000311;WS=57000293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr18	57014812	rs11354119	TA	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr18	57026573	rs140141851	A	AC	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=-0.465;SC=AGCCCGGGGGACCCCCAAGGG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=57026581;WS=57026563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr18	57103294	.	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=203;ReadPosRankSum=0.528;SC=GTGCCCGAACACCTTTTCCTG;SOR=0.799;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=18;WE=57103302;WS=57103284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr18	57115133	rs3809990	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=190;SC=CTGGAGAACATTGTCCAGGCC;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=57115141;WS=57115132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	57133862	rs8083041	T	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr18	57134152	rs4940876	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=459;SC=AGAGAATACTAAGTTTCTGAG;SOR=1.863;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=57134160;WS=57134142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	57136869	rs632899	A	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.27;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	57136869	.	ACTACAG	GCTACAA,GCTACAG	290	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2,7;NR=7,21;PP=97,290;QD=16.7186527625;SC=GCTCACATCAACTACAGGAGG;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=9,28;WE=57136883;WS=57136859;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.32:28
chr18	57136875	.	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
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chr18	59751715	rs1560502	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
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chr18	59805532	rs9959632	T	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	59806190	rs2298779	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CATTTTTGTGCGTGCCTTTTT;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=59806198;WS=59806180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr18	59807635	rs12608212	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.056;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
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chr18	59813265	rs61751989	A	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=0.125;SC=GAACCTACAAATAAGATATAA;SOR=0.820;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=12;WE=59813273;WS=59813255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr18	59814268	rs9320000	G	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=24;PP=689;SC=TTCCATAGAAGTGGTTAAACA;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=59814276;WS=59814258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	59814324	rs9320001	G	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=527;SC=TTAATATTGTGCTTGTAGTCT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=59814332;WS=59814314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	59815284	rs7243994	G	C	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=49;SC=TGATTTAAACGACTATATTGG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=59815292;WS=59815274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	59821949	rs11659731	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=289;SC=TAAAATATGAGCTAGTCATTC;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=59821957;WS=59821939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	59824209	rs1021952	A	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=460;ReadPosRankSum=1.801;SC=GGAAAAAAAAATACTGTAATT;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=59824217;WS=59824200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr18	59824490	rs1021953	A	T	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=33;PP=969;SC=AGTAATAGTTATATACACATG;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=59824498;WS=59824480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	59825109	rs17715866	A	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=348;ReadPosRankSum=-0.403;SC=AAGCTTTAGAAACATAAGATT;SOR=0.426;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=22;WE=59825117;WS=59825099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr18	59855291	rs17644012	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=0.399;SC=TGTCACACTCCGGCAGGGTAT;SOR=1.125;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=15;WE=59855299;WS=59855281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr18	59894764	rs17717783	T	C	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=980;ReadPosRankSum=0.734;SC=CCACAGAAAGTATTTAAACTA;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=57;WE=59894772;WS=59894754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,97:0.62:156
chr18	59936081	rs55806215	A	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr18	59936142	rs17645999	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=1.464;SC=AAGCTACAGTCCCCATTTATG;SOR=0.942;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=6;WE=59936150;WS=59936132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr18	59942746	.	A	AT	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.373;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr18	59946943	rs10515985	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=0.144;SC=CCTTCTTCCCGTGGCGCACTG;SOR=1.656;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=11;WE=59946951;WS=59946933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr18	59947118	rs2980981	G	A	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=35;PP=1250;SC=TTTTATATTCGGCATCCCTTT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=59947126;WS=59947108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr18	59954765	rs1567038	G	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=476;ReadPosRankSum=-0.276;SC=AACTTGGTTGGTAAAGATTGA;SOR=1.318;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=32;WE=59954773;WS=59954755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr18	59958678	rs2980983	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=0.961;SC=CCATAGGTATGATATAAGAAG;SOR=0.610;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=9;WE=59958686;WS=59958668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr18	60015291	.	CAA	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=1.944;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr18	60021761	rs35211496	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=347;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GGGCGCCCAGCACCCGTGTAC;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=34;WE=60021769;WS=60021751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr18	60025458	rs36062124	GTT	G	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.974;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
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chr18	60027149	rs6567271	T	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=235;ReadPosRankSum=0.725;SC=AAAAACAAGCTTATAAAACCA;SOR=0.883;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=19;WE=60027157;WS=60027139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
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chr18	60027361	rs9653064	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr18	60034075	rs34939126	A	AC	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=113;ReadPosRankSum=0.985;SC=CATATTGAGCACCCCCCCCCA;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=10;WE=60034083;WS=60034065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr18	60036083	rs8092336	A	G	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=41;PP=1755;SC=GTCAGGGCACATGTGTAGGAG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=91;WE=60036091;WS=60036073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	60190786	.	C	CCCG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.31;QD=38.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	60191428	rs7229802	G	A	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=39;PP=1528;SC=GGGCCCAGGAGGAACTGCTGC;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=88;WE=60191436;WS=60191418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr18	60212013	rs143702074	ATG	A	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=172;ReadPosRankSum=0.146;SC=ACCATATAATATGTGTGTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=5;WE=60212022;WS=60212003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr18	60223422	.	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.084;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr18	60227939	rs146609669	TAATTA	T	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=258;ReadPosRankSum=1.608;SC=ATGTAACATTTAATTAAATTT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=60227951;WS=60227929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr18	60232405	rs4940561	C	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=216;SC=TTAATAGATACTGAGCTGTTG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=60232413;WS=60232395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	60237388	rs8096750	A	G	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=30;PP=1130;SC=AAACATCTTCAGAGAGTTACA;SOR=0.951;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=75;WE=60237396;WS=60237378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr18	60241732	rs3744926	C	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=677;ReadPosRankSum=2.072;SC=GTAGTACTCCCGCTTTGCATC;SOR=0.790;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=50;WE=60241740;WS=60241722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,67:0.37:180
chr18	60242310	.	G	A	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=52;PP=1491;ReadPosRankSum=0.591;SC=AACGCTAATGGGACAGTAGTG;SOR=0.847;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=179;TCF=81;TCR=98;TR=89;WE=60242318;WS=60242300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,127:0.49:261
chr18	60243876	rs11557713	G	A	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,70:0.53:131
chr18	60491538	.	GA	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=2.245;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr18	60562298	rs624821	A	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=-2.720;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr18	60572437	rs3217528	GT	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr18	60612536	rs525092	T	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=435;ReadPosRankSum=0.424;SC=ACTCTAAGCTTCAGGTCGGCA;SOR=0.515;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=35;WE=60612544;WS=60612526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr18	60630531	rs547690	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TTTTATTTCTTGGATAAAGGT;SOR=0.796;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=5;WE=60630539;WS=60630521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr18	60645818	rs62100048	C	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=717;ReadPosRankSum=0.943;SC=AGCTCAGCGCCGGTGGGGCTG;SOR=0.541;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=49;WE=60645826;WS=60645808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,70:0.44:159
chr18	60985879	rs1801018	T	C	10255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr18	61022634	rs1809319	T	C	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=50;PP=1635;SC=ATTAAACCTATAGAGAAGTTG;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=78;WE=61022642;WS=61022624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	61022791	rs2003149	C	T	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=21;PP=645;SC=ATATGCAAAGCACCACCTGTT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=61022799;WS=61022781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	61154043	rs34587228	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=7;PP=710;SC=GTGCTGAGGTTGAGGAGCCTT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=61154051;WS=61154033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	61156606	rs12454742	G	C	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=34;PP=1708;SC=CGAAGAGACCGTATGCAAAGG;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=91;WE=61156614;WS=61156596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr18	61160287	rs2289519	T	C	3936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=54;PP=1868;SC=GAAGAAATTTTCTGAATCAGA;SOR=0.850;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=98;WE=61160295;WS=61160277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr18	61160385	rs2289521	T	C	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=825;SC=TGAAAAATGATAGGGACAGAG;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=61160393;WS=61160375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	61166269	rs56208842	C	T	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.60;QD=40.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	61166273	rs12458191	C	T	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.60;QD=40.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	61166280	.	G	GTA	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr18	61170467	rs1840557	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=235;SC=CTGCTTTGAAGCTGGGCTTAT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=61170475;WS=61170460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	61170500	rs1455557	T	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=4;PP=315;SC=TGTTTTCAATTGAGCCAGGTC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=61170508;WS=61170490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	61170721	rs1455556	T	C	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=45;PP=1556;SC=ATATCTTCAGTGAAGACACAT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=93;WE=61170729;WS=61170711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr18	61170782	rs1455555	A	G	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=57;PP=2106;SC=ATCAAATGTTATCCACAAAGT;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=109;WE=61170790;WS=61170772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr18	61170925	rs8093128	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=35;PP=1182;SC=CTCGAAACATTATTTTCTTTG;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=61170933;WS=61170915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	61225801	rs7244584	C	T	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=33;PP=988;SC=GTGATAGTTGCTTATCCCCAA;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=61225809;WS=61225791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	61226694	rs11152391	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=105;SC=AACAGAGACAGCTGACATCTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=61226702;WS=61226687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	61226740	rs12103954	G	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=336;SC=TACAAAACACGCATCTTTTAG;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=61226748;WS=61226730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	61228248	rs9676250	T	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=139;SC=CTCAGGAGAGTCTCACTCCTA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=61228256;WS=61228238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	61231143	rs33927218	AAAAAT	A	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.50;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr18	61231417	rs9957786	A	G	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=44;PP=1284;SC=GGAATGATTTACAATATGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=61231425;WS=61231407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	61233739	rs2077549	T	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=197;SC=TCTTGAAGGTTGTCACTGCCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=61233747;WS=61233729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	61254525	rs3216123	A	AT	2000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.336;NF=20;NR=31;PP=853;ReadPosRankSum=1.359;SC=TTGGGCATAGATTTTTTTTAA;SOR=0.252;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=51;WE=61254533;WS=61254515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr18	61256117	rs77936810	GC	G	305.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=129;ReadPosRankSum=0.377;SC=AATTCATTTGGCGGGGGGGTT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=61256126;WS=61256102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr18	61261515	rs11152394	T	C	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=35;PP=1091;SC=CAAGTCCATCTGCATCATATT;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=61261523;WS=61261505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	61261540	rs11152395	T	C	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=33;PP=1301;SC=ATACATATTATTTGTCATTTG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=61261548;WS=61261530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	61261565	rs11152396	C	G	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=33;PP=1060;SC=ATGGGTCAACCTTTTTCTGTT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=61261573;WS=61261555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	61264298	rs1020694	G	A	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=28;PP=1300;SC=GGTGGAGGACGGTTACGATCT;SOR=0.982;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=69;WE=61264306;WS=61264288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr18	61264468	rs1020693	C	T	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=85;PP=2965;SC=CAGCTGCCACCGGCATAGGCT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=195;WE=61264476;WS=61264458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr18	61271065	rs7229459	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=294;SC=CAGATTCAACGGATAGTTACA;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=61271073;WS=61271055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	61308895	rs2518061	A	G	4315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=37;PP=2037;SC=TCTCCACCTGAGTCGGCCAGG;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=100;WE=61308903;WS=61308885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr18	61308986	.	G	A	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.905;NF=30;NR=34;PP=874;ReadPosRankSum=1.391;SC=TAGGCCAGGTGAAATTACCTG;SOR=0.732;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=64;WE=61308994;WS=61308976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,102:0.44:233
chr18	61323191	.	C	T	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.866;NF=35;NR=31;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GGTCATAGCTCTCTTCCACTT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=66;WE=61323199;WS=61323181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,108:0.57:191
chr18	61325905	rs7228687	T	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=20;PP=564;SC=TAAGAGTAATTTATGTAACTA;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=34;WE=61325913;WS=61325895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	61326505	rs8089032	T	A	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.070;NF=48;NR=24;PP=1371;ReadPosRankSum=1.166;SC=AACGGAGCTATTGCACTCTGA;SOR=1.033;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=72;WE=61326513;WS=61326495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr18	61326597	rs8085479	A	C	9764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=44.59;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr18	61326602	rs8085482	A	G	9903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=45.64;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr18	61326609	rs8089201	T	G	9833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.50;QD=44.70;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr18	61326628	rs11370831	A	AT	6521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=72;PP=2936;SC=GCCAGGTGAAATTACCTGTAA;SOR=0.732;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=29;TCR=74;TR=101;WE=61326636;WS=61326618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr18	61377579	rs1395268	A	C	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=663;SC=GGAGAGACTGAAGAGCAATTG;SOR=1.306;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=61377587;WS=61377569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	61378468	.	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr18	61378677	.	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CTAAGAGAAGGATGAAATAAT;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=21;WE=61378685;WS=61378667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr18	61383181	rs8087185	A	C	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=156;SC=TTTTCTCTGCATTAGAATTTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=61383189;WS=61383171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	61387993	rs12607732	T	C	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=45;SC=ATCCGTGTTATGCAAGGTAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=61388001;WS=61387983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	61390316	rs1395265	C	A	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=42;PP=1591;SC=ACACCTCCCCCGATTCAAACT;SOR=0.952;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=77;WE=61390324;WS=61390306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	61390332	rs1395266	C	T	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=37;PP=1356;SC=AAACTTGAAACTAAGTATGAG;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=61390340;WS=61390322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	61390361	rs1395267	T	C	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=34;PP=1339;SC=CCTGTTAAAATCTCTAGGGGT;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=61390369;WS=61390351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	61390570	rs953695	T	G	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=24;PP=942;SC=ACCCCTTCCTTTTCTTTATAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=47;WE=61390578;WS=61390560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	61390649	rs953696	C	T	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=527;SC=TGGGGTTGAGCAAGGCTCAGA;SOR=1.077;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=28;WE=61390657;WS=61390639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	61391228	rs2089318	T	C	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	61391323	rs147160513	CTCT	C	1563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.44;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	61391449	rs144614464	C	CTCTTCT	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=41.19;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	61391505	rs144622175	CTCT	C	2176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.22;QD=38.19;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	61391593	.	C	T	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.85;MQRankSum=-1.463;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,98:0.46:211
chr18	61391697	rs12326861	A	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=33;PP=890;SC=TATACTCAGGATAACATGGAG;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=61391705;WS=61391687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	61393442	rs9965604	T	C	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=102;SC=CCAACCCAAATCCACAGAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=61393450;WS=61393432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	61393644	rs1893563	T	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=17;PP=587;SC=CTGCTATTTCTGACTCCTAAG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=61393652;WS=61393634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	61394300	rs8097334	C	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=431;SC=GTTCCCTCCACTCTCAGTTCT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=61394308;WS=61394290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	61394403	rs8098025	A	G	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=21;PP=813;SC=ACCAGAGGCAACCACACCCTC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=61394411;WS=61394393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	61394522	rs6567386	A	G	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=271;SC=TAGTCCTTGGACAGGTCATTC;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=61394530;WS=61394512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	61463736	.	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr18	61471529	rs61735186	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=297;ReadPosRankSum=1.928;SC=AGGCGAATGACCTCTAAGTAT;SOR=1.069;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=23;WE=61471537;WS=61471519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr18	61570581	.	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=170;ReadPosRankSum=-1.976;SC=TGTAGATGAGCTGTGTGCCTC;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=13;WE=61570589;WS=61570571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr18	61600336	.	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=-3.049;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr18	61600384	rs963075	C	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=451;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CTACAAAAGCCGTGACCTCAG;SOR=0.735;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=34;WE=61600392;WS=61600374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr18	61602360	rs35453062	G	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=661;ReadPosRankSum=1.738;SC=GAGTGAGATAGATATACGAAT;SOR=0.904;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=50;WE=61602368;WS=61602350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,70:0.51:137
chr18	61620766	rs9945924	G	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=614;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TCTCAGGTACGTAAAGCCACT;SOR=0.699;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=48;WE=61620774;WS=61620756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,74:0.47:158
chr18	61647069	rs1944270	G	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=605;ReadPosRankSum=-0.160;SC=GATATTCACCGAGGTTTCCAG;SOR=0.519;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=44;WE=61647077;WS=61647059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,60:0.37:162
chr18	61649170	rs12605976	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=1.203;SC=TGTGACCTGCATACCACAGGC;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=11;WE=61649178;WS=61649160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr18	61650865	rs11537989	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=543;ReadPosRankSum=1.399;SC=TGACAAAGCTGGTCCTTGTGA;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=41;WE=61650873;WS=61650855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr18	61654463	rs3826616	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=440;ReadPosRankSum=-1.297;SC=TTCATCAGGCACCACAAAACC;SOR=0.572;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=38;WE=61654471;WS=61654453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr18	61766039	rs2613658	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CTATTTGCACCCAGCCTGGTT;SOR=2.303;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=8;WE=61766047;WS=61766029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr18	63430340	rs2276190	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=-1.776;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr18	63430344	rs2276191	T	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=-1.876;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr18	63477317	rs11332924	GA	G	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.101;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr18	63489243	rs28722899	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=-0.846;SC=GGACTTACTACTTGTATCAGT;SOR=1.204;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=12;WE=63489251;WS=63489233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr18	63489378	rs8097752	C	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=454;ReadPosRankSum=-0.858;SC=ATTTGCTTGTCATTCAGGCAA;SOR=0.422;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=37;WE=63489386;WS=63489368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,64:0.40:162
chr18	63491797	rs974080	A	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=383;SC=GTTGTGCTACAATGATGCCAA;SOR=1.885;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=63491805;WS=63491787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	63511176	rs2306675	T	C	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=33;PP=1235;SC=TTGTGGAAGATGTAGATGAGC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=63511184;WS=63511166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	63511411	.	A	ATT	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=64.64;NF=0;NR=4;PP=70;QD=20.25;SC=TAAAAACCAGATATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=63511419;WS=63511401;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr18	63511413	rs201084225	A	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.90;MQRankSum=2.189;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr18	63527083	rs8091515	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=1.303;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr18	63527083	.	CGA	TGT	182	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=182;QD=47.0935749724;SC=ATATTGTTACCGATAGAGGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=63527093;WS=63527073;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr18	63527085	rs8091386	A	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr18	63529859	.	C	T	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=787;ReadPosRankSum=-1.559;SC=AAGACTGATTCCATCAGAAAT;SOR=0.850;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=44;WE=63529867;WS=63529849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr18	64176400	.	C	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr18	64211251	rs72954429	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=107;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GCAGACACCACGCCTACAAAT;SOR=0.324;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=12;WE=64211259;WS=64211241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr18	64239196	rs10516000	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr18	64748928	rs11423865	C	CT	716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.172;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=251;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TTCAGCAGGACTTTTTTTTGG;SOR=1.036;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=15;WE=64748936;WS=64748918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr18	65178103	rs112210097	G	GCA	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATACACGCGTGCACACACACA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=65178111;WS=65178093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr18	65179829	rs2279269	G	A	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=747;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GTGATTGTGGGTTCCATCTGA;SOR=0.525;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=46;WE=65179837;WS=65179819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,70:0.59:118
chr18	66358403	rs309228	G	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr18	66358514	rs143627864	TAA	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=0.778;SC=TTACATGAGTTAAAGATTTGG;SOR=0.991;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=3;WE=66358523;WS=66358504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr18	66365129	rs433550	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TAAATTAAATTACAATACATC;SOR=0.160;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=66365137;WS=66365119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr18	66367607	rs72955911	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr18	66367821	.	A	AATATAT	83	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=83;QD=39.0;SC=TATTACATAAAATAGTAAATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=66367829;WS=66367811;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr18	66368825	rs3745058	A	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=2.536;SC=AAGCATAAAGAAGCAGTCCCT;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=10;WE=66368833;WS=66368815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr18	66381163	.	C	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr18	66504093	rs485613	A	C	4209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=38;PP=1809;SC=ACATGGTGGCACCTGCCTCAC;SOR=0.972;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=96;WE=66504101;WS=66504083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr18	66504351	rs637051	G	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=510;ReadPosRankSum=-1.388;SC=ACAGTGCCAGGGAGGAAGGAA;SOR=1.132;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=34;WE=66504359;WS=66504341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr18	66504459	rs572020	A	T	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=28;PP=1187;SC=TAGAAGCTAAAGTTACCCAGG;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=66504467;WS=66504449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	66505855	.	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=-0.591;SC=GTTGTGGTATCGTAACATTTA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=66505863;WS=66505845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr18	66509474	rs35993883	GTA	G	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.13;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	66511027	rs9962597	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr18	66511207	rs33926572	TA	T	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=1.780;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr18	66513615	rs2187094	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=305;ReadPosRankSum=0.858;SC=TGGAAGTGGAAGTATGAAGAA;SOR=0.787;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=21;WE=66513623;WS=66513605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
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chr18	67365668	rs4426448	A	G	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.418;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=991;ReadPosRankSum=-2.968;SC=TTATGCCTACACCAAACCTGG;SOR=0.828;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=66;WE=67365676;WS=67365658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,114:0.49:232
chr18	67425287	.	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.632;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=0.339;SC=GCTATCATTTCATATACTCAT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=67425295;WS=67425277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr18	67531642	rs763361	T	C	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,96:0.44:217
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chr18	67540368	rs1788101	T	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=-0.017;SC=CAGCATAAGTTGCACTACTCA;SOR=0.387;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=7;WE=67540376;WS=67540358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr18	67563309	rs1630425	A	C	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=32;PP=928;SC=ATGATTAGATACAGGTTGTCA;SOR=1.131;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=54;WE=67563317;WS=67563299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	67563348	rs1788115	T	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr18	67614674	rs3214811	T	TA	367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=1.739;SC=CTGGTTCTATTAAAAAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=8;WE=67614682;WS=67614664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr18	67718688	rs4891392	A	G	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=48;PP=1703;SC=CACGGTAACAAACGGGAGTGT;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=88;WE=67718696;WS=67718678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr18	67724802	rs12968602	A	G	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=203;SC=TCTCTTTTCTAACATCCAGAC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=67724810;WS=67724798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	67726975	rs11876398	A	G	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=83;SC=GAGCCTAAAAAAGAATAAAGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=67726983;WS=67726965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	67727003	rs1435086	A	T	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=2;PP=96;SC=CCAGGTCACAAGAAATCTTGT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=67727011;WS=67726993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	67733234	rs11151561	T	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=498;SC=ACACACAAGATATCCTTAAAC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=67733242;WS=67733224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	67741117	rs1369292	G	A	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=16;PP=827;SC=TCAAAATAAAGGACTTATGCA;SOR=1.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=46;WE=67741125;WS=67741107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	67741309	rs1369293	G	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=19;PP=495;SC=CGCATTACAGGAAACCAATTC;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=24;WE=67741317;WS=67741299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	67742801	rs285228	G	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=25;PP=683;SC=GGGAAAGAAGGAGGAGACACT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=67742809;WS=67742791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	67759549	rs4891394	C	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=16;PP=429;SC=ATGAAAACAACGTGAAAATGT;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=67759557;WS=67759539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	67809632	rs78051412	CA	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr18	67809647	rs11665653	A	C	800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=29.66;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr18	67817744	rs12606964	T	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=111;SC=GGTTTCTTTTTAGTTTCTCAC;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=67817752;WS=67817734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr18	67863850	rs74941514	T	TCTC	3404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=25;PP=806;SC=ATGCTTTCCATCTCCAAAGGC;SOR=0.719;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=32;WE=67863861;WS=67863840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr18	70209321	rs7237888	C	A	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=768;SC=CGCAGCCGCCCGGCTCGCGCA;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=70209329;WS=70209311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	70416367	rs35742923	C	CA	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=1.630;SC=ACTATTTGCACAAAAAAATAT;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=12;WE=70416375;WS=70416357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr18	70417396	rs922999	C	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=14;PP=533;SC=TTGCGAGTAGCTGTGTTTCAT;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=29;WE=70417404;WS=70417386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	70520686	.	G	GA	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=9;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=61.07;NF=0;NR=2;PP=36;QD=25.0;SC=TTTTTATGTGGAAAAAAAAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=2;WE=70520706;WS=70520676;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
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chr18	70532185	rs71924600	TA	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr18	70532840	rs10164255	T	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=505;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CATCTCTGAATGAAGAGAGGG;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=31;WE=70532848;WS=70532830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr18	70532977	rs10163845	A	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=220;SC=CAGACTGTGGAGGAGGAGAAT;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=70532985;WS=70532967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	70534401	rs6566677	G	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=224;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GGGTCCGCCGGAGCGCGGCGC;SOR=1.961;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=15;WE=70534409;WS=70534391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr18	71749359	rs12962744	G	A	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=-2.112;SC=TTCAGTCGGCGACTTTATAAG;SOR=0.474;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=35;WE=71749367;WS=71749349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,69:0.55:125
chr18	71920966	rs1790871	T	C	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=31;PP=981;SC=AAATCTTTGCTCCTTCTAACA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=71920974;WS=71920956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	71922899	rs3831450	T	TG	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=217;ReadPosRankSum=1.792;SC=ACCCAGAAGGTGGGGGACGCA;SOR=0.603;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=8;WE=71922907;WS=71922889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr18	71927852	rs7238784	G	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.674;SC=AAATCTTTTAGATCAGAAGCA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=71927860;WS=71927842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr18	71930734	rs2032262	T	C	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=24.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr18	71930834	rs144732931	C	CTG	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=639;SC=CAACAGGAGACTAACTTGTCC;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=71930852;WS=71930824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	71930844	rs2032264	C	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=291;SC=CTAACTTGTCCATAAATGTGG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=71930852;WS=71930824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	71989909	rs10164170	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-1.282;SC=AAGTCCTTTTTATAAATGTGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=71989917;WS=71989899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr18	71990033	rs10163785	G	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=0.743;SC=TTGTTTATAGGGATTATACGT;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=8;WE=71990041;WS=71990023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr18	71996377	rs1541292	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=1.277;QD=7.11;ReadPosRankSum=-2.171;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr18	72020475	rs8093010	T	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=534;ReadPosRankSum=0.342;SC=TCTCTATCCTTTTCAGGAACA;SOR=0.865;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=37;WE=72020483;WS=72020465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,63:0.54:116
chr18	72021548	rs12608084	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.904;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=0.497;SC=ATGCTAGACCCTTAAAACCCC;SOR=0.122;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=72021556;WS=72021538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
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chr18	72113730	rs3861310	A	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=564;SC=CTGCAGAAGCAACAGTAGTTT;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=72113738;WS=72113720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr18	72175955	.	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=147;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GCTCCTGATCGGAAGGGGAAG;SOR=0.773;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=11;WE=72175963;WS=72175945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr18	72180723	rs2241511	G	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=602;SC=TCCTGGGGTCGGTGCAGGAAA;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=72180731;WS=72180713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	72186059	rs733062	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=309;SC=GACCTTGAACGCGGGCTTGCT;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=72186067;WS=72186049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	72186175	rs5826329	T	TC	2117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;QD=29.83;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	72186404	rs2241508	G	A	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=64;SC=CCTTCCCCCCGTGTGCAGCTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=72186412;WS=72186394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	72223591	.	GTGC	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.899;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,5:0.11:45
chr18	72226455	rs12605490	A	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=316;SC=CTTGATCAACAGAAAAGTACC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=72226463;WS=72226445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	72226504	rs12605520	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=10;PP=478;SC=TCGCTCCCCCCGCAGAGCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=72226512;WS=72226494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	72226539	rs12607796	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	72228124	rs4263028	A	G	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=743;SC=AATACCTCCCATCATCCTGGC;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=44;WE=72228132;WS=72228114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	72234337	rs4891562	A	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	72234635	rs12960862	C	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	72238283	rs4892244	A	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=3;PP=320;SC=TGAGAAACACAGAAAGTGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=72238291;WS=72238273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	72245660	rs141377822	A	AG	792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=688;SC=CTACCATTGGAGTATCATTTT;SOR=1.708;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=72245668;WS=72245650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	72264397	rs7505285	A	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	72264406	rs7505289	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	72264473	rs7505334	C	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=13;PP=553;SC=TTTTTCTCATCATCTAAAGTA;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=72264481;WS=72264463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	72343008	rs7243081	T	C	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	72593118	rs2628126	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=312;SC=GCAGAGAGGACGGCAAGACAC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=72593126;WS=72593108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	72776121	rs3744913	G	A	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=26;PP=1058;SC=TCATCGTGACGGAGGAGCTGG;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=72776129;WS=72776111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr18	72914280	rs7230037	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	72998412	.	C	T	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=27;PP=1298;SC=TGGTCCCCTCCACCAAAAAGC;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=67;WE=72998420;WS=72998402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr18	73130653	rs3214645	G	GTT	379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.6022;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=109;SC=GAATGTTCTAGTTTTTTTTTA;SOR=2.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=10;WE=73130661;WS=73130643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	73139335	rs7235563	C	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	74090957	rs56087742	CG	C	933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=484;SC=GAGTGTAGGACGGGGGGGCGC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=19;WE=74090965;WS=74090947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	74092366	rs12970367	G	A	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=106;SC=TGTCTTCAGCGGGAGAAGCCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=74092374;WS=74092356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	74153146	rs59762437	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=131;SC=CTGGAAGCAGGAACCCCCTGA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=74153154;WS=74153136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	74208573	rs4891164	G	A	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=305;SC=TCAGGCAGAAGGACAGGGACA;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=14;WE=74208581;WS=74208563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	74536101	rs3764473	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=506;SC=CACAGGTGCCCCAGAGAAAGG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=74536109;WS=74536091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	74648536	rs630229	G	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=324;SC=TTTATGAGATGTATTTTGACC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=74648544;WS=74648526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	74671768	rs470403	T	C	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=9;PP=310;SC=GCCGCATACATACAGGTAACG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=74671776;WS=74671758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	74680114	rs17575711	T	C	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=96;SC=TAAATAGGAATCATTTTGTGC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=74680122;WS=74680104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	74680208	rs73968242	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=8;PP=396;SC=CGGAGCAGGACGGGGAGGAGC;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=74680216;WS=74680198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	74680259	rs657066	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=11;PP=446;SC=TGCAGGAGGCCGCCGGCGAGT;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=74680267;WS=74680249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	74680369	rs470774	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=145;SC=TTGGAATCTCCGTTTTAAAGC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=74680377;WS=74680359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	74702113	.	A	AT	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.8060;HP=14;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=33;QD=12.3333333333;SC=TGTAATCTGGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=74702121;WS=74702103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr18	74779614	rs4890887	C	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=110;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=100;SC=CCTGGTGCTACCCACCAGCAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=74779622;WS=74779604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	74779866	rs4890888	G	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=10;PP=255;SC=ATGTACTGCAGGCTGTTTGTT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=74779874;WS=74779856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	74817010	rs9319656	A	ATT	98.25	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	74817011	rs11412053	A	AC	98.25	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	74962447	rs13306375	A	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=54;SC=CCCGGCGCCTACTATCCCGCC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=74962455;WS=74962437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	74962645	rs5374	T	C	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=31;PP=1107;SC=TCGCGCTGGGTGTGCTGGGCA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=68;WE=74962653;WS=74962635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	74980809	rs5376	G	A	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=33;PP=1014;SC=ACTAAAGAAAGTAAAAGTCGA;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=74980817;WS=74980799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	76752263	rs35091814	C	A	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=1.637;SC=GCGCCGCCCCCCGAGGACTTC;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=36;WE=76752271;WS=76752253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,75:0.57:132
chr18	76752410	.	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=0.135;SC=GAACCCGCGGGGGACACGCGC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=7;WE=76752418;WS=76752400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr18	76753063	rs2472643	C	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=253;ReadPosRankSum=0.758;SC=GGCGCCCGGCCTGCCAAGTCC;SOR=0.512;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=23;WE=76753071;WS=76753053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr18	76753588	rs7240860	A	G	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1263;ReadPosRankSum=1.247;SC=ACTGCCGCCCACTGTCCCTGG;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=92;TCR=94;TR=84;WE=76753596;WS=76753578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,108:0.44:246
chr18	76753768	rs2447437	C	G	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=775;ReadPosRankSum=0.681;SC=CGGGCCGCCCCTCACTAAAGC;SOR=0.623;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=160;TCF=69;TCR=91;TR=63;WE=76753776;WS=76753758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,93:0.45:205
chr18	76754367	rs2927258	C	T	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.236;SC=ACGCGGAGACCCTGAGCAGCT;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=54;TCR=88;TR=71;WE=76754375;WS=76754357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,116:0.48:241
chr18	76754466	rs2472644	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr18	76754765	.	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CTGGGCGCCCCGGAGGAGCCC;SOR=0.801;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=15;WE=76754773;WS=76754755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr18	76754871	rs2615613	G	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=461;ReadPosRankSum=-0.625;SC=AGGAGGAGGCGCCCTTCAGCC;SOR=0.448;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=30;WE=76754879;WS=76754861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr18	76829525	rs4078115	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-2.152;SC=CGACCGGCACAGCAGGTAACC;SOR=0.725;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=9;WE=76829533;WS=76829515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr18	76873288	rs34331564	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=1.164;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr18	76933856	rs28419454	T	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=309;ReadPosRankSum=2.398;SC=TATACACATTTTAGAATAATC;SOR=0.440;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=25;WE=76933864;WS=76933846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr18	76934104	rs9954209	C	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=0.623;SC=GCATTTTTTGCTTTATTTAGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=76934112;WS=76934094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
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chr18	77102423	rs11659393	G	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=1.821;SC=CACAAACGAAGCCTATTGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=18;WE=77102431;WS=77102413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
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chr18	77135340	rs8097299	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-2.467;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
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chr18	77137202	rs1110784	A	G	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=26;PP=1180;SC=AGGGCCCAGGACTTCTTGGTC;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=77137210;WS=77137192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	77156103	rs71359461	G	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=0.664;SC=CTTTCCTCCGGGGCGCGCGGC;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=77156111;WS=77156093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr18	77156449	rs58346397	G	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.58;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	77160235	.	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=108;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CCGGTTGTTTATGTAAACCCG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=77160243;WS=77160228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr18	77160256	.	G	GGGGGGC	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=0.637;SC=GAAACGCCCCGGGGGGCGGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=77160264;WS=77160246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr18	77160367	.	C	CGCCCCG	1355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.98;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr18	77170006	rs182507	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=20;ReadPosRankSum=0.438;SC=GAATGAAGAGCGGAACCCGTG;SOR=0.235;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=77170014;WS=77169996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr18	77170477	rs1051978	C	A	3823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=61;PP=1801;ReadPosRankSum=-0.233;SC=CCTGCCGGCCCCGTGCCACAA;SOR=0.653;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=271;TCF=151;TCR=120;TR=133;WE=77170485;WS=77170467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,202:0.50:402
chr18	77171061	rs2230112	T	G	12552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.294;SC=CCGCGTCCCCTTGCAACAAGA;SOR=0.275;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=139;TCR=141;TR=277;WE=77171069;WS=77171051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,492:1.00:493
chr18	77171518	rs113881412	G	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=12.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,63:0.63:100
chr18	77209015	rs2278801	A	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=29;PP=886;SC=GGCCTCTGGCAGGGGGCGGTA;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=77209023;WS=77209005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	77210902	rs680802	C	T	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=15;PP=1073;SC=CAGGCCTTTACGCTCCCGCGT;SOR=1.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=77210910;WS=77210892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	77211175	rs2290154	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=426;SC=TCCCGTCACATGCGCTTCACT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=77211183;WS=77211165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	77227476	rs25656	A	G	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=1258;ReadPosRankSum=-0.747;SC=AGATCCCGCCATTTCGGAATC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=73;WE=77227484;WS=77227466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr18	77246444	rs7233684	C	T	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=779;ReadPosRankSum=-1.251;SC=CGGCCCCTGGCGTGAGCCCCA;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=53;WE=77246452;WS=77246434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,75:0.52:143
chr18	77402295	rs55831729	AC	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr18	77402305	rs56014953	C	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=11;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=1.401;SC=ACCCCCCCCCCCCGCCCGACG;SOR=1.942;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=77402313;WS=77402285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr18	77420703	rs868678	C	G	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=14;PP=590;SC=AGCTCCCTCCCGGGGTCTTTC;SOR=1.105;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=34;WE=77420711;WS=77420693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	77439532	rs3826573	T	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	77439844	rs56006341	G	T	227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.78;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	77440128	rs17855830	T	G	128.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=23;SC=CGCGCAGTCCTCCGGGGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=77440136;WS=77440118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	77455871	rs558700	C	T	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=17;PP=736;SC=AAGATAGCAGCGTGTGTCCGT;SOR=1.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=43;WE=77455879;WS=77455861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	77458037	rs2242174	T	C	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=44;PP=1356;SC=CCGCGGGTCCTAGAATTTTGA;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=77458045;WS=77458027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr18	77513721	rs626169	T	C	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=57;PP=1426;SC=GCAACGAGGATGAGGGCAGCA;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=77513729;WS=77513711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
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chr18	77728045	rs2298644	C	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=322;SC=TGTGCCTCGGCGGCTCTGGAC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=77728053;WS=77728035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	77728135	rs2298645	G	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=12;PP=452;SC=AGAATGTCAAGGACTTAATGG;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=77728143;WS=77728125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	77736542	.	G	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=CCCAGCCCATGGTTCAGACCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=77736550;WS=77736536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	77736735	rs4799116	T	C	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	77797321	rs748337	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=163;SC=GCTCTTCTTCCTGATGGAGAC;SOR=1.981;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=77797329;WS=77797311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	77805949	rs3744873	A	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=24;PP=913;SC=AACGCAGATGAAAAAGGGAAG;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=77805957;WS=77805939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	77896699	rs11411000	C	CA	30.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=30;SC=ATAAAACTTGCAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=77896707;WS=77896689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	77926862	rs72978384	G	A	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=20;PP=755;SC=ACTCTCTGGCGAGGAAGGGTG;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=77926870;WS=77926852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	77927028	rs1879105	A	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=336;SC=GAGAGCTTGCACCGGGGTGGA;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=77927036;WS=77927018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	281360	rs7815	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=1.408;SC=GGACTCACAGCAGCTCCCTGC;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=2;WE=281368;WS=281350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	287970	.	G	GT	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=161;ReadPosRankSum=1.349;SC=GGGTAAAGCTGGCCCCACCCC;SOR=1.022;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=6;WE=287978;WS=287960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	308556	rs200228754	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=0.204;SC=CCCAGGGCAGGAGATACTCCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=308564;WS=308546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr19	312020	.	A	G	663	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=59.06;NF=17;NR=27;PP=663;QD=15.8584366488;SC=CGGGGAGAACAGTCAGCGGCG;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=44;WE=312028;WS=312010;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr19	312143	rs10416918	T	C	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=33;PP=1479;SC=CGGTCAGCAGTGCCCAGGGCG;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=312151;WS=312133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	326481	rs4897949	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=1.095;SC=GGGATGCCAGGTTGGGGAGAT;SOR=1.002;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=12;WE=326489;WS=326471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr19	327260	.	TA	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.438;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.202;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr19	327998	rs2305113	G	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=0.555;SC=CTCTGAGTTGGGGAAGGGAAC;SOR=0.487;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=17;WE=328006;WS=327988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr19	335946	rs3816322	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=0.296;SC=CCATCTGAACGGGTGGGAGCT;SOR=0.622;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=13;WE=335954;WS=335936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr19	344875	.	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.054;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr19	367313	rs585487	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=-0.504;SC=GAGCAACACTGAAAGACACAA;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=22;WE=367321;WS=367303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr19	371369	rs644609	G	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=5.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=3.726;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr19	371396	rs644644	G	C,GTGTC	1798.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.740;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.47;ReadPosRankSum=1.272;SOR=2.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,31,15:0.65,0.31:48
chr19	372551	rs652081	A	G	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=929;ReadPosRankSum=0.826;SC=CCTTTCCCACACAGCATCCTG;SOR=1.139;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=56;WE=372559;WS=372541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr19	372661	rs2303810	C	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=533;ReadPosRankSum=-0.006;SC=CAGGTAGAATCTCTTGGGCCG;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=45;WE=372669;WS=372651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,60:0.48:126
chr19	374453	rs3815960	T	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=437;ReadPosRankSum=-1.441;SC=AAGTTGGAGCTGCTTTCCCGC;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=39;WE=374461;WS=374443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr19	374492	rs10410345	G	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=26;PP=720;SC=CCAGAGAAGCGTGGGTCTTGC;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=374500;WS=374482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	407075	.	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=288;ReadPosRankSum=1.204;SC=CACCCGAGCGGACAGCGAGCA;SOR=0.764;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=16;WE=407083;WS=407065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr19	407900	rs10411998	A	G	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=38;PP=1250;SC=GGGGGCTCTCAGCCAGCATGG;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=407908;WS=407890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	408221	.	G	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.909;NF=24;NR=18;PP=503;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AAAAGTCGGGGATCTTGTCGG;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=42;WE=408229;WS=408211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,75:0.54:139
chr19	418769	rs12981152	G	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr19	422555	rs2287957	G	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=312;SC=GGAGTCCCTCGTGCACCCGTC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=422563;WS=422524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	439055	rs112380345	G	A	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	460668	rs189741717	C	G	200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.08;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	464310	rs34551779	A	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=25;PP=759;SC=CCGATGGCGCACAGGGGGCAC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=464318;WS=464300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	496652	.	A	G	47	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=18;MQ=58.46;NF=0;NR=2;PP=47;QD=40.8856062736;SC=GAGAGAGGAGAGGGCCCGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=496660;WS=496642;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
chr19	498212	rs12461640	A	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=41;PP=1143;SC=GATTGCAGGCAGGGTCCCAGC;SOR=1.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=498220;WS=498202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	498524	rs2302217	A	G	5607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=67;PP=2357;SC=CCGTCTCCCCAGCAGCCCTGG;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=72;TCR=67;TR=137;WE=498532;WS=498514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr19	499425	rs34283757	GACAC	G	5730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=82;PP=2979;SC=TACAAACACAGACACACACAC;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=7;TCR=95;TR=88;WE=499436;WS=499415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	501695	.	C	T	296	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=19;MQ=55.42;NF=16;NR=6;PP=296;QD=15.0350551158;SC=CTCCCCGGAGCCTCCCGACAC;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=22;WE=501703;WS=501685;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr19	501743	.	T	TCTCCCGACACCACCTCCCAGGAGCCTCCCGACACCACCTCCCAGGAGC	6668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.41;QD=76.65;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	505071	rs1140823	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=0.508;SC=CATCCCTCTGTTCACAGAGAT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=505079;WS=505061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	507450	rs7246920	G	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr19	519336	rs112370786	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr19	536088	.	C	CGGGGCGCTGGGAGCCTCACATCCTCGTCCTTCCGGGACCT	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=7.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=1.145;QD=16.68;ReadPosRankSum=-1.574;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr19	541685	rs7150	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.425;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr19	544277	rs12981692	C	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=-1.509;SC=TGGGGCATCCCGAGCTCCTCA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=16;WE=544285;WS=544267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr19	544315	rs3760874	A	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=368;SC=ACATCCCGGGACCGTGGGAGA;SOR=1.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=544323;WS=544305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	547224	rs4919846	A	G	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=31;PP=1411;SC=GGACAGTCGCAGCAGGCAGCA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=81;WE=547232;WS=547214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	547491	rs2070795	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=427;SC=CCGACGGCGCCCATTCTCTGC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=547499;WS=547481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	548865	rs12972174	C	T	100.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	549595	rs1599883	T	C	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=18;PP=891;SC=CCTCAGCAGGTGCAGAGGCTG;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=549603;WS=549585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	549678	rs1599882	A	G	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=49;PP=1689;SC=GGTGTTGGCCAGAGTCCTGTC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=549686;WS=549668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	590172	rs113534512	G	A	129.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	605171	rs12981860	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=294;SC=TCCTGGTGCCTATGCTGCAGG;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=605179;WS=605161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	613307	rs2301778	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.623;NF=10;NR=8;PP=196;ReadPosRankSum=1.095;SC=TCGCCAACGCCGACCCCAACT;SOR=0.559;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=18;WE=613315;WS=613297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr19	613560	rs149420100	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.184;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	613583	.	A	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,1:0.33:3
chr19	613584	.	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,1:0.33:3
chr19	613898	rs1054786	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr19	617205	rs2072122	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=0.307;SC=CGTGCACCCTTCCTGAAGACA;SOR=0.035;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=13;WE=617213;WS=617195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr19	619408	rs10853989	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.412;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	619574	rs10853990	T	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=74;ReadPosRankSum=0.311;SC=CAGCGCGACATGCCTGGCGCA;SOR=0.871;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=6;WE=619582;WS=619564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
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chr19	619913	rs2074548	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=0.667;SC=AGGGCTCACATTGCCCCCACG;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=12;WE=619921;WS=619903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr19	620999	.	CGCCGGGGGAGGGCGCGGGGGT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	621712	rs2238547	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.769;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=0.788;SC=TGAGCAGGAAAGCACCAGAGT;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=4;WE=621720;WS=621702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr19	622000	rs2238548	C	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-1.640;SC=CGGCCGGACACCTGCATGGAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=622008;WS=621990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr19	622336	rs2238549	T	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.405;NF=6;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=-1.027;SC=CGCCCCCAGCTCCTCCCAGTA;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=14;WE=622344;WS=622326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr19	623083	rs41544516	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=-0.872;SC=AGACCTCATGGCCCTCAAGGT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=14;WE=623091;WS=623073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr19	623729	rs2238550	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=-1.745;SC=TATCGCTGACGCGGGGAAAGG;SOR=1.402;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=16;WE=623737;WS=623719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr19	625198	rs1056766	A	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-1.917;QD=10.17;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr19	641215	rs7246140	T	C	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=23;PP=627;SC=CCCACCCTCCTGGGGCTCCCA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=641223;WS=641205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	643104	.	G	GGAGGGGACTCGTGGTCTGGGGCAGGGGGGGCTCCTCGTGTCTGTCGTGGTCAT	646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.80;QD=161.68;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	646900	rs7249518	A	G	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=23;PP=859;SC=CGCGGGACACAGTGAAGAGTG;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=646908;WS=646890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	647039	rs2074460	T	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=19;PP=408;SC=CTCCGTTAGCTGTCTCCATCG;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=647047;WS=647029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	649110	rs2040736	G	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=57;SC=GAGCCCGCCCGGGGTCGGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=649118;WS=649100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	652206	rs8102953	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	652238	rs11554788	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr19	652739	rs12973146	C	G	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=20;PP=1468;SC=CCACACTCGGCGGGGCGGACG;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=71;WE=652747;WS=652729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	652948	rs10153505	T	G	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	676559	rs62134281	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.347;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr19	685985	rs62131270	G	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=1.366;SC=ATCTCACCACGGCCCTCCCTG;SOR=0.482;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=19;WE=685993;WS=685975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr19	687142	rs8102982	G	A	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=65;PP=1984;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TCTCCCTGGCGGCCTCAGCAG;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=102;WE=687150;WS=687132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr19	725939	rs3787017	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=353;SC=GGCAGAGCCTCGTCCCCTCCT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=725947;WS=725929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	726910	rs28452452	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=0.350;SC=TCCCCGGACAGAGGAAGCAGG;SOR=0.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=9;WE=726918;WS=726900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr19	727225	.	C	CAACCCT	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=7.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.596;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr19	727237	.	C	CGACCCT	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.803;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr19	727544	rs3746168	C	G	7165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,193:0.47:408
chr19	727550	rs3746169	T	C	7164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.28;ReadPosRankSum=0.944;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,184:0.47:392
chr19	727552	rs3746170	C	T	7062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.39;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,181:0.47:384
chr19	731055	rs10405821	G	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=267;ReadPosRankSum=0.046;SC=GCCCCACCGGGGATGCAGGAG;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=23;WE=731063;WS=731045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr19	731077	rs10405836	GG	CT	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=835;ReadPosRankSum=1.670;SC=CACCCTCACAGGCACACCCTC;SOR=1.106;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=23;WE=731086;WS=731067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr19	731144	rs1050457	A	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=468;ReadPosRankSum=0.058;SC=CGCCCCAGCCACTGCCAAGGA;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=30;WE=731152;WS=731134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr19	731176	rs76698799	A	G	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=-1.276;SC=CCCCGAGCCCAGTCCGGGCCC;SOR=0.670;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=27;WE=731184;WS=731166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,70:0.52:135
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chr19	852804	.	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GTGGGGGATCCAGAGGCCCCG;SOR=1.162;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=8;WE=852812;WS=852794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr19	853386	.	G	A	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.724;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,129:0.50:256
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chr19	859831	rs8107095	T	G	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=479;ReadPosRankSum=-0.697;SC=CTCCAGCCCCTCCAGGTGGGC;SOR=0.910;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=33;WE=859839;WS=859821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,69:0.70:99
chr19	860852	rs1629038	G	C	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=21;PP=1085;SC=GACTCCGTCCGGTCCCCAGGG;SOR=1.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=860860;WS=860842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	861102	rs1626564	C	A	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=49;PP=1240;SC=CCAGCCTCGACCTCTCCTGCT;SOR=3.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=53;WE=861110;WS=861092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	861593	rs1683563	C	A,G	316.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=3,7;NR=2,3;PP=60,97;SC=GACCCACGCCCCTGCCCTGAT;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=5,10;WE=861601;WS=861592;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.71:17
chr19	863388	rs1135146	C	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=591;ReadPosRankSum=1.047;SC=CTCAGGAGTTCGAGATCAGCA;SOR=0.332;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=39;WE=863396;WS=863378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr19	868089	.	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.070;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr19	871222	rs8100258	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=348;ReadPosRankSum=1.487;SC=CCAGCGCCTCGTCCGGCTCGC;SOR=0.830;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=30;WE=871230;WS=871212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr19	871447	rs1683570	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=167;ReadPosRankSum=-1.254;SC=GTGACCCCAGAGTTCTCTCCC;SOR=0.519;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=12;WE=871455;WS=871437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr19	871604	rs72984030	G	A	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,71:0.48:147
chr19	872089	rs72984031	A	G	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=981;ReadPosRankSum=3.338;SC=CGTCCCGCAGAAAGCTGTGGC;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=71;WE=872097;WS=872079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,115:0.50:229
chr19	897571	rs3746149	G	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=232;ReadPosRankSum=1.064;SC=GCAAGAACGGGAGGAATTTGG;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=15;WE=897579;WS=897561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr19	899567	rs2930885	C	G	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=51;PP=1665;SC=GCCGCAGCCTCGGAGGGTCCG;SOR=0.895;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=90;WE=899575;WS=899557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	900789	rs2930886	A	G	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	901013	.	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.375;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr19	901955	rs4343405	C	T	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=709;ReadPosRankSum=2.611;SC=CCCCAGGAGGCGCCTCCCGAC;SOR=0.581;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=53;WE=901963;WS=901945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,91:0.63:145
chr19	917526	rs10407968	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=0.645;SC=CTACGTCCGGACCCAACGCGT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=11;WE=917534;WS=917516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr19	920642	rs350132	T	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=542;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GCGGAGCTGCTCCGCCTGGGG;SOR=0.473;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=31;WE=920650;WS=920632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr19	929678	rs3826948	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GAGAGCCCGAGAGTGCCCGGA;SOR=0.648;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=9;WE=929686;WS=929668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr19	929753	rs1799595	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=0.256;SC=TGGGACACCCAGCCAGCCCCG;SOR=0.764;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=10;WE=929761;WS=929743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr19	960187	rs1637993	G	C	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=66;PP=1922;SC=CCCCCACCCCGCTGGAGGGAG;SOR=1.088;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=103;WE=960195;WS=960177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr19	968318	rs8105235	C	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr19	971949	rs1051505	G	A	3834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=1028;ReadPosRankSum=-1.445;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=59;WE=971957;WS=971939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr19	984218	rs8112598	C	T	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=3;PP=166;SC=ACAAGAAAGCCCCTCTCTCCG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=984239;WS=984215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	984231	rs34402804	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	984533	rs2301810	T	C	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=18;PP=652;SC=TGGGCAAGAATTACATCAGCG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=984541;WS=984523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	984554	rs4806884	C	G	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=12;PP=405;SC=CCTGGGAGCTCCAGCGGAAGG;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=984562;WS=984544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	984578	rs2301811	T	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=13;PP=397;SC=GGCGGTGCGGTCTCGCTGCTG;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=984586;WS=984568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	985815	rs2074573	T	G	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=24;PP=1490;SC=ACTGCTGTAGTAGCTCCCGTG;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=985823;WS=985805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	985997	rs2074574	C	G	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=75;PP=2296;SC=AAAGCGTGAGCGTTTCCCACA;SOR=0.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=127;WE=986005;WS=985987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	990185	rs10409367	G	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	990281	rs2158367	G	A	6175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	990394	rs2240148	T	C	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	990819	rs2240149	G	A	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=32;PP=1347;SC=TCCCCCTGCCGGGCCGAGCCC;SOR=0.965;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=79;WE=990827;WS=990809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	991196	rs60416441	CGTCCCAG	CCCCAG,C	5573.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=39;PP=2957;SC=CTGTCTGGCACGTCCCAGGTG;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=52;WE=991212;WS=991186;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:123
chr19	991199	rs201372013	CCCAGG	C	5575.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	991204	.	G	C	1725	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=44;NR=38;PP=1725;QD=21.4606245433;SC=CACGTCCCAGGTGACCCCTGT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=82;WE=991212;WS=991186;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:17,82:0.83:99
chr19	991873	rs71335284	G	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.57;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	991892	rs71335285	T	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.15;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	1000420	rs112743753	A	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=16;PP=545;SC=GTGGCGAGCGACGCCGACAAC;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=1000428;WS=1000410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	1000568	rs112236900	C	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=146;SC=CCCTCCTGCCCCGCGCGCCTC;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=9;WE=1000576;WS=1000558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	1000785	rs12986002	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.24;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	1000799	rs2301813	G	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=165;SC=TCCTGGCGGCGGCCACCGAGA;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=1000807;WS=1000775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	1003808	rs2240155	A	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=21;PP=599;SC=ACGTGAGGCCAGACGCGGTGG;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=1003816;WS=1003798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	1003857	rs4806904	G	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.88;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	1003860	rs2240156	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.87;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	1004710	rs4807399	C	T	9153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=75;PP=2817;SC=TGCCTCTGCACGGCCCCCGCC;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=159;WE=1004732;WS=1004700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	1004724	rs11880849	A	G	10483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=78;PP=2965;SC=CCCCGCCCCCACAGGGTGCCC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=86;TCR=78;TR=164;WE=1004732;WS=1004700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	1004740	rs2240157	T	C	10928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=79;PP=2779;SC=TGCCCAGGTCTGGCCCAAGCT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=90;TCR=81;TR=169;WE=1004748;WS=1004730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	1004823	rs4806908	G	A	10442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=85;PP=2965;SC=AGTGCCCAGCGGGGCAGCTGT;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=163;WE=1004831;WS=1004813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr19	1004844	rs4806909	T	C	9616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=80;PP=2484;SC=GCCTGGACCCTGGCACCAACG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=157;WE=1004852;WS=1004834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr19	1004896	rs10666583	G	GCGTT	8730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=68;PP=2918;SC=GCTGGCCAACGGCTCAGCGCC;SOR=0.839;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=98;TCF=22;TCR=76;TR=89;WE=1004904;WS=1004886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	1005016	rs377629131	G	A	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=1046;ReadPosRankSum=1.309;SC=CGGCAAGTACGGCGCCCTGCG;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=82;TCR=71;TR=67;WE=1005024;WS=1005006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,95:0.46:206
chr19	1005230	rs2240158	C	T	7186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=83;PP=2965;SC=CACTGGTCCACGTGGCTGGGC;SOR=0.911;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=117;TCR=83;TR=198;WE=1005238;WS=1005220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	1005531	rs12973948	G	C	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=54;PP=1967;SC=TCGAGGAGCTGTCGGGGATCC;SOR=1.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=76;WE=1005539;WS=1005521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	1005598	rs11671828	T	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=19;PP=458;SC=GGGCTAGCGGTGGCCCCGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=1005606;WS=1005588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	1008358	rs10403909	A	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=30;PP=951;SC=CCTTGTCTGAAGTGACCAACC;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=1008366;WS=1008348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	1009365	rs10417824	T	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.814;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr19	1009485	rs10401245	C	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=199;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=352;SC=GCGGCGCGGCCAGCTCCTGGC;SOR=0.922;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=19;WE=1009493;WS=1009475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	1009550	rs142516571	GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT	G	1209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=2918;SC=AGGCCAGAGCGGCCCCCGCGG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=1009584;WS=1009540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	1010691	rs2240159	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=16;PP=618;SC=CGCTGGCCCCAGGCGAGACGG;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=1010699;WS=1010681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	1010908	rs7248769	A	G	126.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	1010910	rs7252527	T	C	126.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.01;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	1011823	rs2240161	A	G	9247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=54;PP=2965;SC=AGGAAGCGCTATGAGGGGCTG;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=104;TCR=54;TR=158;WE=1011831;WS=1011813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	1011846	rs10420656	T	C	10946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr19	1011856	rs113138803	C	A	11953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.36;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr19	1012379	rs2240162	C	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.19;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	1012379	.	CGT	GGC	914	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=16;NR=4;PP=914;QD=48.3733937431;SC=CACAGCCCCCCGTCCCGCACC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=1012389;WS=1012369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	1012381	rs2240163	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.24;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	1012416	rs112926823	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=10;PP=815;SC=AGGGAGGAGGGGAGGCCCCGC;SOR=1.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=1012424;WS=1012406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	1012611	rs970100	A	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=33;PP=920;SC=GCGCCCCCACACACGTCCCCC;SOR=1.450;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=1012619;WS=1012601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	1014398	rs7146	A	G	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=33;PP=861;SC=TGTCACGCACATGCTCCAGGC;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=1014406;WS=1014388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	1014537	rs67806247	ACGTGATGGGG	A	234.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=642;SC=CCAAGGGCCTACGTGATGGGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=1014554;WS=1014527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	1020673	rs1005504	C	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=4;PP=480;SC=GTGGCGCTCGCTGTCCCCAGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=1020681;WS=1020663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	1031212	rs7247087	A	G	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	1031338	.	G	GGGGGGGA	36.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=18.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	1031340	rs12978059	C	G	45.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr19	1032369	rs10401325	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	1032702	rs4315451	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=294;SC=GAAGGTGAGGCCCAGAGAGGG;SOR=1.143;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=1032710;WS=1032692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	1032756	rs55784632	C	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=213;SC=GATGTAGCTGCTGCATTCACT;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=1032764;WS=1032746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	1032871	rs4630683	A	G	163.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=48;SC=TCCAACTCCCAGGTTCAAGCG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=1032879;WS=1032861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	1036018	rs930232	G	A	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	1036444	rs930231	G	A	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=21;PP=2170;SC=CCAGCCAGTCGGGCATGACTG;SOR=2.093;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=82;TCR=21;TR=102;WE=1036452;WS=1036434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	1036552	rs2304262	T	C	15855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=223;NR=158;PP=2965;SC=CGAACAAGTGTGCCAGCCAGG;SOR=0.969;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=381;TCF=223;TCR=158;TR=381;WE=1036560;WS=1036542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,611:1.00:611
chr19	1037645	.	AC	A	212	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=140;MMLQ=22;MQ=51.3;NF=1;NR=1;PP=212;QD=119.5;SC=GGCTCCCGGGACCCGGCGGCA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=2;WE=1037653;WS=1037635;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr19	1037801	rs78797154	A	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-6.028;QD=0.84;ReadPosRankSum=1.691;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,4:0.11:38
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chr19	1037844	rs74612849	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-4.714;QD=3.32;ReadPosRankSum=2.367;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr19	1037848	rs76751843	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-4.493;QD=3.63;ReadPosRankSum=2.004;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr19	1037856	rs76549406	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-3.749;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr19	1037869	rs75014171	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQRankSum=-3.460;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr19	1037869	.	CCC	TCA	271	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=22;MQ=53.32;NF=2;NR=2;PP=271;QD=81.1169687156;SC=CTGAATATCCCCCTTACTACC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=4;WE=1037879;WS=1037818;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	1037871	rs78251590	C	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQRankSum=-3.460;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr19	1037932	rs3848639	G	C	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=79;SC=CACATCGTCTGCCCATCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=1037940;WS=1037922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	1042809	rs3764645	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=2.270;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr19	1043638	rs3752231	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=185;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CAGAGGCACACGCAGGAGCAA;SOR=0.840;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=17;WE=1043646;WS=1043628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr19	1043864	rs4622634	G	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=2.256;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr19	1044753	rs3764648	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=229;SC=GGTGAGGGCCTGTCCACCTGC;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=1044761;WS=1044743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	1047002	rs3752234	A	G	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=459;ReadPosRankSum=0.361;SC=TCAGCGCCGCACTGCTGGTTC;SOR=0.572;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=34;WE=1047010;WS=1046992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr19	1047161	rs3752237	A	G	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=665;ReadPosRankSum=2.213;SC=CACAGCTGGGAGACATCCTCC;SOR=0.696;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=51;WE=1047169;WS=1047151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,90:0.48:186
chr19	1049012	rs4147912	A	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=-0.473;SC=AGGGTGAGGCACTACGAGGCT;SOR=0.537;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=9;WE=1049020;WS=1049002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr19	1049466	.	GCCCCCCCACTCCCACCCCGTGAGC	G	531.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-1.228;QD=24.17;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr19	1049490	.	C	CT	112.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.793;QD=5.93;ReadPosRankSum=-1.576;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr19	1049491	.	C	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.330;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr19	1050781	.	A	AAAT	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.61;ReadPosRankSum=1.701;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr19	1050874	rs12151021	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.572;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr19	1051751	rs3764651	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=79;ReadPosRankSum=-0.921;SC=AGAGTTGGGGATAGACAGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=1051759;WS=1051741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	1052005	rs3764652	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=497;ReadPosRankSum=-0.788;SC=ACCGTGTGGCCGTGGTGGCAG;SOR=0.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=33;WE=1052013;WS=1051995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr19	1053299	rs3829687	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr19	1053524	rs3752241	C	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=348;ReadPosRankSum=1.741;SC=ACACCAGCCTCGAGGAGGTGT;SOR=0.526;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=21;WE=1053532;WS=1053514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr19	1053677	rs3752242	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr19	1054060	rs3752243	A	G	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1536;ReadPosRankSum=-0.638;SC=ACGTAACCCTACGGCTCAAGA;SOR=0.866;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=221;TCF=98;TCR=123;TR=99;WE=1054068;WS=1054050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,129:0.43:299
chr19	1054334	.	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.876;SOR=0.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr19	1055191	rs3745842	G	A	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-2.669;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
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chr19	1056492	rs3752246	G	C	7713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=103;PP=2965;SC=CTGTCTGAGGGTGCACTGTGA;SOR=0.975;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=62;TCR=104;TR=165;WE=1056500;WS=1056482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr19	1057137	rs4147916	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=0.290;SC=CCACTGCCCTGTCTGGCCCCT;SOR=0.671;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=15;WE=1057145;WS=1057127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr19	1058176	rs4147918	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=-0.591;SC=ATCTTGAAACAGGTCTTCCTT;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=26;WE=1058184;WS=1058166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,40:0.36:110
chr19	1059004	rs2279796	A	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=6.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=1.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr19	1062041	rs4147919	C	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=376;ReadPosRankSum=-0.277;SC=CACACGCGGACCAGGCCCTGA;SOR=1.044;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=22;WE=1062049;WS=1062031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr19	1062164	rs4147920	T	C	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=877;ReadPosRankSum=-1.613;SC=GGCGCCCCCATCCCCAGCGTG;SOR=0.684;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=58;WE=1062172;WS=1062154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,92:0.43:213
chr19	1062192	rs4147921	T	C	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=622;ReadPosRankSum=0.293;SC=AACCCAGTGCTGCGCACCTCA;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=52;WE=1062200;WS=1062182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,99:0.39:255
chr19	1064193	rs4147930	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=151;ReadPosRankSum=1.808;SC=GCTCGCGCCTGGCCATCATGG;SOR=0.524;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=13;WE=1064201;WS=1064183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr19	1065018	rs4147934	G	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=0.887;SC=GTTCCCTGGGGCGGAGCTGCG;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=13;WE=1065026;WS=1065008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr19	1065197	rs4147936	G	C	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=621;ReadPosRankSum=1.144;SC=GGTCGGGCTGGGGGAGGCAGG;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=50;WE=1065205;WS=1065187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,68:0.56:122
chr19	1066256	rs4147938	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr19	1068734	rs3764653	T	C	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.88;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,81:0.60:134
chr19	1068738	rs1801284	G	A	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.66;ReadPosRankSum=1.537;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,79:0.61:129
chr19	1071312	rs4807506	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.853;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr19	1073409	rs2074441	C	G	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=23;PP=1145;SC=CAAGCTCCCTCCTGTTCCCCC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=1073417;WS=1073399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	1074000	rs2074442	A	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=10;PP=532;SC=CCAGCCTGGAAGACTGTGACG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=1074008;WS=1073990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	1074064	rs12610818	C	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	1074252	rs11084881	T	G	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	1077985	rs7251797	A	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GGGAGCAGGCAGCACGGCCAC;SOR=1.125;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=24;WE=1077993;WS=1077975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr19	1078101	rs72975505	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CCAATGCTTGGTGTGACATTT;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=12;WE=1078109;WS=1078091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr19	1080189	rs2074453	G	C	10093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=125;PP=2965;SC=CTCTGTCGGGGGCATGAAGAT;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=125;TCR=125;TR=250;WE=1080197;WS=1080179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr19	1080311	rs2074454	G	C	6759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=98;PP=2965;SC=TGGCGCGGCCGGAGGCTGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=97;TCR=98;TR=195;WE=1080333;WS=1080301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr19	1081120	rs8113708	A	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.002;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=852;ReadPosRankSum=2.428;SC=TGGGGTGCCCAGCACCGCCGG;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=1081128;WS=1081110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr19	1081462	rs34275968	C	CG	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GGGCTGTGAGCGCCCCGGGGA;SOR=0.343;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=5;WE=1081470;WS=1081452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr19	1081617	rs10404947	A	G	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=25;PP=917;SC=AGAAGCTGCAAGGCCGCCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=1081625;WS=1081607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	1082815	rs76508986	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,55:0.45:122
chr19	1083418	rs116851320	A	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=181;ReadPosRankSum=-1.635;SC=GCTGCTGGGGACAGTCGTTGT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=13;WE=1083426;WS=1083408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr19	1085966	rs3761028	A	G	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=884;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GGCGGATGACACTGGGCTCCT;SOR=0.966;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=56;WE=1085974;WS=1085956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,66:0.50:132
chr19	1090020	rs61585798	TG	T	197.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=24.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr19	1095122	rs2074446	C	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CCGGCGACCTCTGGGCCTCCC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=5;WE=1095130;WS=1095112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr19	1095151	rs10416031	A	G	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=8;PP=659;SC=CCGGCCCTTCATCGCTGCTGC;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=1095159;WS=1095141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr19	1095352	rs17554924	C	G	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
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chr19	1095430	rs17554909	T	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CCCGCGCTGGTCTGTCGTCGG;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=12;WE=1095438;WS=1095420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr19	1104078	rs4807542	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	1105621	rs8178973	A	AG	944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=957;ReadPosRankSum=-0.540;SC=AGGGGGTGCCAGCCCCCGACT;SOR=0.559;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=28;WE=1105629;WS=1105611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr19	1106477	rs8178977	G	C	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=1102;ReadPosRankSum=0.825;SC=TCTCTAGGGAGCCCGCTTGAG;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=71;TCR=88;TR=74;WE=1106485;WS=1106467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,134:0.52:260
chr19	1106615	rs713041	T	C	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=591;ReadPosRankSum=-0.838;SC=CCCACGCCCTTGGAGCCTTCC;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=53;WE=1106623;WS=1106605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,96:0.53:181
chr19	1108765	rs147525230	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=0.131;SC=CGGGGCGCCCGCCGCCCACTC;SOR=0.776;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=35;WE=1108773;WS=1108755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,55:0.47:116
chr19	1109213	rs2159133	A	G	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.05;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr19	1109213	.	AGG	GGA	1504	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=26;NR=14;PP=1504;QD=38.9366968716;SC=GCGGTGACCTAGGGACACAGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=40;WE=1109223;WS=1109203;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:55,40:0.42:95
chr19	1109215	rs11669443	G	A	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.80;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,75:0.49:152
chr19	1110829	rs2302109	G	A	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=49;PP=1547;ReadPosRankSum=2.777;SC=GGAACAGGGCGTTCTGCTTGT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=116;TCR=92;TR=112;WE=1110837;WS=1110819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,162:0.52:313
chr19	1115782	rs2072281	G	A	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.10;ReadPosRankSum=1.370;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr19	1115789	rs2072282	A	G	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.43;ReadPosRankSum=2.170;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr19	1116935	rs7251039	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=288;ReadPosRankSum=-0.363;SC=ACTGTGGGACGGCAGAGGACT;SOR=0.916;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=24;WE=1116943;WS=1116925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,36:0.34:106
chr19	1117007	rs8112247	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=60;ReadPosRankSum=0.340;SC=CCTGGGGTGATGGCCACATCC;SOR=0.320;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=9;WE=1117015;WS=1116997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr19	1119019	rs2074920	C	T	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=777;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CCAGCAGGGCCGCGCGGTTGT;SOR=0.821;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=49;WE=1119027;WS=1119009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr19	1119699	rs7249751	A	G	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=653;ReadPosRankSum=-0.903;SC=AGTTGGGACCACCCGACGAGG;SOR=0.928;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=40;WE=1119707;WS=1119689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr19	1119876	rs8107205	T	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=263;ReadPosRankSum=0.862;SC=CTGCTGCGGGTGGGTCACGTG;SOR=0.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=17;WE=1119884;WS=1119866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr19	1119963	rs2074921	A	G	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=450;ReadPosRankSum=2.206;SC=GGTCTAGCACAGCCTTGCCCA;SOR=0.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=38;WE=1119971;WS=1119953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,48:0.37:131
chr19	1120101	rs2074922	C	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=534;ReadPosRankSum=1.155;SC=ACCCAAGACCCCACCTTCCTG;SOR=0.900;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=36;WE=1120109;WS=1120091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chr19	1122147	rs2072280	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=545;ReadPosRankSum=1.231;SC=CGACGCCCTCGAAGGCCTCCC;SOR=0.629;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=39;WE=1122155;WS=1122137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,64:0.46:140
chr19	1124053	rs2024093	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=0.072;SC=AGCCCGGGCCAGACGGGACAG;SOR=0.483;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=10;WE=1124061;WS=1124043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr19	1154517	rs75953628	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-2.208;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr19	1242065	.	C	T	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.096;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=532;ReadPosRankSum=-1.008;SC=CAGGGCGCGACCCCCGCTTCC;SOR=0.458;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=42;WE=1242073;WS=1242055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr19	1251781	rs2285811	A	G	10993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr19	1254122	rs2301761	G	A	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=12;PP=391;SC=GGCTGGGGGCGCCGCAAGCTG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=1254130;WS=1254112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	1256998	rs9823	C	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=625;ReadPosRankSum=2.258;SC=TTGCAGGGGACCGGCTTCGGC;SOR=0.736;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=44;WE=1257006;WS=1256988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
chr19	1268178	rs12975875	G	A	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=136;SC=GGGGCAGAGAGGCAGGGGTCC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=1268186;WS=1268168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	1270231	rs56378951	GC	G	1128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.782;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=34;PP=573;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CTGACAGCCAGCCCCCCCCCC;SOR=3.285;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=34;WE=1270240;WS=1270221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr19	1271274	rs12609287	C	T	6882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=75;PP=2943;SC=AGCAGGAGTCCCGTCTCGAGG;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=162;WE=1271282;WS=1271264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	1271529	rs4807050	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=18;PP=558;SC=AGCTGGTACTCACTTTTTCCT;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=25;WE=1271537;WS=1271519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	1272040	rs12488	T	C	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=24;PP=1189;SC=GAGACAGTTATGACAGTTACG;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=67;WE=1272048;WS=1272030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	1274539	rs8108009	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=282;SC=TATGGCCCCATGGCGGGCGCC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=1274547;WS=1274529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	1275812	.	C	T	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=419;ReadPosRankSum=0.291;SC=CGCTCTACTTCCTGATCCGGG;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=35;WE=1275820;WS=1275802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
chr19	1277275	rs757292	G	C	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=26;PP=928;SC=AGGAGACGGTGTTTGAGTCCC;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=1277283;WS=1277265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	1354983	rs10555657	AGCG	A	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.58;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr19	1357082	rs713042	T	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=36;PP=1017;SC=AAATCCTCTCTCTAGAGGAAA;SOR=1.451;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=53;WE=1357090;WS=1357072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	1358726	rs2285972	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=492;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TCTCGTACCCCCGTGGCCTCC;SOR=0.655;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=39;WE=1358734;WS=1358716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,49:0.38:129
chr19	1360575	rs3826942	G	A	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=64;PP=2429;SC=TAAGAGGGGAGGAAACTCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=127;WE=1360583;WS=1360565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	1364306	rs17673260	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TCACTGTCTCATCATTGGTGG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=6;WE=1364314;WS=1364296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr19	1366179	rs72377165	CGCTGGGGTCACCCCCAGA	C	1407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=2957;SC=CGGGAGACTTCGCTGGGGTCA;SOR=2.517;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=16;WE=1366204;WS=1366169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	1366422	rs2668418	C	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=23;PP=728;SC=GCCTGAGGGGCCAGGCCGGCC;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=1366430;WS=1366412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	1370675	rs12608765	C	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=293;ReadPosRankSum=0.494;SC=AGCAGGACGTCTTGGGGACCA;SOR=0.662;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=21;WE=1370683;WS=1370665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr19	1383649	rs3848638	G	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=2.128;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr19	1383758	.	T	C	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=492;ReadPosRankSum=0.689;SC=TCGGGTGATCTGGGGGTGCAC;SOR=0.556;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=41;WE=1383766;WS=1383748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,94:0.47:200
chr19	1387919	.	T	G	33.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	1388538	rs1142530	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AGCGTGGGCCCGGCTGTGCAG;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=11;WE=1388546;WS=1388528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr19	1389043	rs200080426	CAT	C	6463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.482;NF=11;NR=48;PP=2549;ReadPosRankSum=0.983;SC=ACACACAACACATGCATGCAC;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=24;TCR=106;TR=59;WE=1389052;WS=1389033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,169:0.48:353
chr19	1389064	rs7258846	G	T	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-1.041;QD=10.70;ReadPosRankSum=-2.494;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,170:0.52:325
chr19	1389203	rs76175054	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.548;NF=11;NR=15;PP=370;ReadPosRankSum=-0.105;SC=TGTGCACACACGCTTGCACAC;SOR=0.899;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=26;WE=1389211;WS=1389193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr19	1389324	rs66919466	ACT	A	2162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.536;NF=15;NR=14;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.023;SC=ACACATGCACACTCACACACA;SOR=0.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=29;WE=1389333;WS=1389314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,59:0.46:127
chr19	1389517	rs11666067	C	A	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=784;ReadPosRankSum=0.645;SC=TGGAGATGACCCCTCCGTTTC;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=73;WE=1389525;WS=1389507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,107:0.45:240
chr19	1390839	rs7256647	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=172;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GGCTCCGGGGGTGGCGTCTGA;SOR=0.539;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=16;WE=1390847;WS=1390829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr19	1391059	rs2074896	G	T	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=762;ReadPosRankSum=-0.957;SC=GGTAGGCCTCGTCCCAGCCGC;SOR=0.805;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=64;WE=1391067;WS=1391049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,93:0.50:187
chr19	1391235	rs2074897	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CCCTGATGGCGCTTATCAAAA;SOR=0.656;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=11;WE=1391243;WS=1391225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr19	1394466	rs111722299	G	GTGC	1553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.102;NF=0;NR=19;PP=958;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CCTGCGGACTGTGCTCCCTGT;SOR=0.879;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=19;WE=1394474;WS=1394456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr19	1395301	rs79526322	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr19	1397504	rs2074899	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=406;ReadPosRankSum=1.541;SC=GTCTCCTGGTCGGGGATGGCA;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=30;WE=1397512;WS=1397494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr19	1407618	.	A	AGCCGCCGCCGCCGCC	141.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.03;QD=141.06;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr19	1422299	rs2271055	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=209;ReadPosRankSum=2.311;SC=GAAGACCACCTGTGGTGCTGG;SOR=0.351;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=18;WE=1422307;WS=1422289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr19	1426145	.	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=0.834;SC=CAGCACCCTTCCTGCGGGGTG;SOR=0.352;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=15;WE=1426153;WS=1426135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr19	1428850	.	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr19	1453705	rs12985827	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CATATGTCTCTGCCCACACCT;SOR=0.238;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=15;WE=1453713;WS=1453695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr19	1455933	rs146334923	C	CAGAGTCAGAGCCCAGGGCGAAGTCATCCCAGGA	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.194;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr19	1456544	rs2656869	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=0.150;SC=TCTGGCGTGCAGCTCATGCAG;SOR=0.804;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=1456552;WS=1456534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	1456730	rs3896893	G	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=-1.188;SC=CCCCTCATCTGTCCCCCAGGT;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=1456738;WS=1456720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	1457894	rs67685730	C	CGGGGGGGGG	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=935;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GGGCGGGTTGCGGGACCTTCG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=1457902;WS=1457884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr19	1460473	rs11668593	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=516;ReadPosRankSum=0.402;SC=CAGAGAGTGCGGTGTGGGGGG;SOR=0.902;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=25;WE=1460481;WS=1460463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr19	1467684	rs265273	A	C	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=19;PP=839;SC=GGGCAAGAACAGAGCAGGGCT;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=1467692;WS=1467674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	1469467	.	C	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.155;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr19	1487561	rs62128466	C	G	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,110:0.47:234
chr19	1489770	rs791468	T	G	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.653;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=693;ReadPosRankSum=2.698;SC=GGGCAGGGGGTTGGCCTCCAG;SOR=0.938;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=51;WE=1489778;WS=1489759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,84:0.48:175
chr19	1490377	rs791469	T	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-0.373;SC=CCTGCGCAAATCCCCTCCCTC;SOR=0.941;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=11;WE=1490385;WS=1490367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr19	1491171	rs791473	T	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GGCCGGAGCATCGCGGCTCAG;SOR=0.722;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=1491179;WS=1491161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr19	1491523	.	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.615;SC=CCTCGAGGTCCGCCCGCAGCC;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=5;WE=1491531;WS=1491513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr19	1495277	rs12459408	C	T	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=762;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GGCACACCACCGCCTCTCTCC;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=69;WE=1495285;WS=1495267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,113:0.51:223
chr19	1495634	rs2277748	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=702;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GGGCACAGCCGTGGAGCGCAT;SOR=0.933;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=113;TCF=34;TCR=79;TR=52;WE=1495642;WS=1495624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,70:0.43:162
chr19	1496263	rs2244686	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=-1.458;SC=GCCCGCGTGTAACTCCTGCCC;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=15;WE=1496271;WS=1496253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr19	1496716	rs34524945	TGC	T	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=828;ReadPosRankSum=2.935;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC;SOR=0.910;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=21;WE=1496726;WS=1496702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr19	1497121	.	G	T	68	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=5;NR=2;PP=68;QD=14.6816017925;SC=AGCAGCTCCGGGGAGCCCAGG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=7;WE=1497129;WS=1497111;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr19	1497144	rs2292456	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr19	1497163	.	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.151;SOR=1.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr19	1497543	rs1050017	A	G	4039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=61;PP=1826;ReadPosRankSum=-1.963;SC=TACTTCCTCCAGCCCCTCCCA;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=165;TCR=137;TR=134;WE=1497552;WS=1497533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,211:0.44:480
chr19	1506417	.	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=0.928;SC=GTGGGACCTCGGGATCTATAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=14;WE=1506425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr19	1506710	rs3215149	TC	T	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-0.868;SC=TCCCCACTCATCCCCCACCCT;SOR=0.454;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=4;WE=1506718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr19	1507483	rs791460	T	C	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1467;ReadPosRankSum=-1.435;SC=GGCCTCAGTCTCCCCATCTGT;SOR=0.810;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=169;TCF=77;TCR=92;TR=98;WE=1507491;WS=1507473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,128:0.59:218
chr19	1507535	rs791461	T	C	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CGGGTGCCTCTCGCCTCACAT;SOR=0.583;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=60;WE=1507543;WS=1507525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,71:0.55:129
chr19	1507710	rs791462	T	A	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=650;ReadPosRankSum=1.181;SC=CTTGAGGATTTAATGAGCTAC;SOR=0.763;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=42;WE=1507718;WS=1507700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,64:0.59:109
chr19	1510661	rs265291	A	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=3;PP=484;SC=GGCTGCGCACAGAGACGCCAC;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=1510669;WS=1510651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	1526931	rs2656858	A	C	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=599;ReadPosRankSum=2.160;SC=AACTTCCTGGACCCTGAGGTT;SOR=0.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=37;WE=1526939;WS=1526921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,73:0.55:133
chr19	1527051	rs11288093	CG	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	1527958	.	C	T	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=973;ReadPosRankSum=0.160;SC=ACTGGCACCCCACCCTTCATG;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=110;TCR=96;TR=79;WE=1527966;WS=1527948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,150:0.43:346
chr19	1528231	rs2668408	T	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=524;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CCCCGCCCTGTCCCAGGTAAC;SOR=0.600;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=38;WE=1528239;WS=1528221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,52:0.41:128
chr19	1529527	rs2668409	G	C	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=33;PP=1090;SC=GCTGCAGGTGGGGAGGGAGGA;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=69;WE=1529535;WS=1529517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	1529550	rs2656863	A	G	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=31;PP=1255;SC=TACAAGTGACAGGGGGACCAA;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=1529558;WS=1529540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	1530015	rs2668410	C	G	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=91;SC=GAGGGCTCTGCGGCAGCCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=1530023;WS=1530005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	1531605	.	GC	G	954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.064;NF=13;NR=7;PP=556;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CACCACCGAAGCCCCCAAGCC;SOR=0.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=20;WE=1531613;WS=1531595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr19	1533870	rs265286	T	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=253;SC=GTGCTGGGTGTGGGGGCGAGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=11;WE=1533878;WS=1533860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	1534965	.	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=0.415;SC=CAGACTGGGGGCTCTGGGTCC;SOR=1.058;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=9;WE=1534973;WS=1534955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr19	1535179	rs55953917	G	A	6468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=69;PP=2437;SC=GACGTCCCGCGGAGCCACGGC;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=142;WE=1535187;WS=1535169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	1535349	rs265281	G	A	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=35;PP=1006;SC=CCTGGGGGAGGGCTGGGGGGC;SOR=2.049;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=46;WE=1535357;WS=1535339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	1581272	rs142198786	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=0.027;SC=CCCACCCCTGCCAGGCAGTGG;SOR=0.972;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=11;WE=1581280;WS=1581262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr19	1611929	.	C	CG	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5022;HP=11;HapScore=2;MGOF=105;MMLQ=23;MQ=59.62;NF=1;NR=0;PP=25;QD=34.0;SC=GGTAGGATGTCGGGGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=1;WE=1611937;WS=1611919;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,1:0.25:4
chr19	1619333	rs1140828	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-2.785;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr19	1619339	rs8140	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr19	1619749	.	A	AGGGTGGGGTG	171.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=42.97;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	1623971	.	G	A	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=427;ReadPosRankSum=-2.366;SC=GACCCGGCGGGACCTTCCGGA;SOR=0.864;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=32;WE=1623979;WS=1623961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,87:0.50:175
chr19	1624007	rs55677929	A	G	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=673;ReadPosRankSum=-0.103;SC=TGTCTGTTAGAAGCAAAAGGG;SOR=0.625;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=49;WE=1624015;WS=1623997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,109:0.49:221
chr19	1625811	rs11084904	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr19	1753589	rs112596908	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	1775123	rs79565776	T	TCGCC	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=280;ReadPosRankSum=-0.194;SC=TGTGTCCCGCTCGCCCGCCCG;SOR=3.456;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=6;WE=1775131;WS=1775113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr19	1783027	rs60482625	T	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=210;ReadPosRankSum=-1.256;SC=TCCTGAGGTGTCACTGTGACT;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=16;WE=1783035;WS=1783017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr19	1783146	rs16994559	T	G	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=472;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GTGATGAGGTTTGCATATCCC;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=34;WE=1783154;WS=1783136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
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chr19	1784944	rs3764606	A	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=26;PP=705;SC=TGAGGTCGGCATCTGGGGACA;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=1784952;WS=1784934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr19	1785772	rs8110462	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=369;ReadPosRankSum=0.709;SC=GAGATCAGGATCTCCTCGGGC;SOR=3.897;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=19;WE=1785780;WS=1785762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr19	1789721	rs56335545	T	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=457;ReadPosRankSum=1.503;SC=ACACCAGCAGTTTGTCCTGGC;SOR=0.524;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=31;WE=1789729;WS=1789711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr19	1789857	rs151224036	G	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=363;ReadPosRankSum=-1.191;SC=CCTGGCGCCGGGACCCCGCCG;SOR=0.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=27;WE=1789865;WS=1789847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr19	1792190	rs2286004	A	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=0.162;SC=TCCGAGGCTCAGCCCTCCCCA;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=1792198;WS=1792180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	1796943	rs62127692	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=296;ReadPosRankSum=-1.302;SC=TCCCCCTCACCGTCCCGCGCT;SOR=0.638;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=23;WE=1796951;WS=1796933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,40:0.33:122
chr19	1802129	rs79891569	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-1.210;SC=CCCACTCCCCCACTCATCCAC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=1802137;WS=1802119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr19	1806083	rs56193578	A	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=550;ReadPosRankSum=0.617;SC=CCTCGGGGTCAACCCCAGCTC;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=35;WE=1806091;WS=1806073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr19	1806210	rs7252063	A	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=21;PP=699;SC=CTCCCTCTGCAAACCCTCCCC;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=1806218;WS=1806200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	1806463	rs28397595	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=0.765;SC=CTCTGTCCTCGTCCCGGCCAA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=1806471;WS=1806462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	1807136	rs59572086	C	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=6.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr19	1809836	rs8107742	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=72;ReadPosRankSum=0.970;SC=ACCCAGGCACTGGGGAGGCCC;SOR=0.041;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=9;WE=1809844;WS=1809826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr19	1810605	rs716993	T	C	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=552;ReadPosRankSum=-0.044;SC=CCGCCCCCTCTGCCCAGGATC;SOR=0.681;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=49;WE=1810613;WS=1810595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,101:0.51:199
chr19	1811547	rs12609187	A	G	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=740;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GCCTCCTCTCAGGTGCCCCTC;SOR=0.773;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=145;TCF=75;TCR=70;TR=55;WE=1811555;WS=1811537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,120:0.44:272
chr19	1817134	.	C	CCCAGATGGGG	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=930;ReadPosRankSum=0.637;SC=GTGAGCCAGGCCCAGATGGGG;SOR=0.074;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=3;WE=1817142;WS=1817124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr19	1818459	rs1610106	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr19	1818952	rs893538	C	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=256;ReadPosRankSum=0.020;SC=CCGTGTGGCACAGCAGGGGCT;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=18;WE=1818960;WS=1818942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr19	1819234	rs113598561	ACT	A	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.036;NF=0;NR=10;PP=352;ReadPosRankSum=-1.559;SC=CTCTGCCTCAACTCCCCCTTT;SOR=0.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=10;WE=1819243;WS=1819224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr19	1820254	.	G	A	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=652;ReadPosRankSum=-0.867;SC=AGGAACTCCAGGACCTCACCT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=48;WE=1820262;WS=1820244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,75:0.43:175
chr19	1821637	rs4807145	A	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=432;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CCGTTGGAGGACTGGCTGCCG;SOR=0.808;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=28;WE=1821645;WS=1821627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr19	1825786	.	TA	T	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr19	1825854	.	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=673;ReadPosRankSum=1.153;SC=GCCTTGCTTGGAAAGGTGGGA;SOR=1.040;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=46;WE=1825862;WS=1825844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr19	1848243	rs12984809	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr19	1863628	rs112570276	A	C	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	1880950	rs4807160	T	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=-0.936;SC=CCCCAGCTCTTGCCCAGCAGG;SOR=0.625;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=27;WE=1880958;WS=1880940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr19	1905298	rs373590285	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=276;ReadPosRankSum=0.316;SC=CCCACCTTGGCCTGGCGAAGA;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=16;WE=1905306;WS=1905288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr19	1908694	rs4806818	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.865;SC=AACAGGGTCTCTCTATCTTGC;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=8;WE=1908702;WS=1908684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr19	1912594	rs139117131	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=267;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CTCTTCTCCACGCAGGAGCGC;SOR=0.908;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=21;WE=1912602;WS=1912584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr19	1914795	rs11666645	C	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=10;PP=454;SC=GCACTGGAGCCGAGGGGAGGG;SOR=1.101;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=25;WE=1914803;WS=1914785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	1914940	rs11084918	A	G	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=32;PP=1108;SC=TGCCCAGGGCAGCTCAGGGTT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=1914948;WS=1914930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	1915118	rs10853957	A	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=356;SC=GCCGTTGGCAAACAGTGTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=1915126;WS=1915108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	1918023	rs10415845	T	C	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=9;PP=705;SC=ATGGGGTCACTGGGCTGGGGA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=1918031;WS=1918013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	1924005	rs28719567	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=6;PP=428;SC=ACAGTCTGTCTGCCTCGGCCT;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=20;WE=1924013;WS=1923995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	1924076	rs7255232	TC	CT	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=23;PP=1298;SC=TCATTTTCTGTCTTCTGCCTC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=62;WE=1924085;WS=1924066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	1952808	rs74415283	G	A	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.362;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,74:0.54:137
chr19	1952841	rs2396366	T	C	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=44;PP=1452;SC=GGCCGAACCCTGCTGTGCCCT;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=95;WE=1952849;WS=1952831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	1953637	rs35628322	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=7;PP=265;SC=CAGCTCTGCCCGTGGCCCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=1953645;WS=1953627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	1954126	rs34622118	C	CA	7719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=59;PP=2957;SC=GCACCTGATGCGTTAAACCCA;SOR=1.114;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=68;WE=1954136;WS=1954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	1954128	rs34797288	T	C	7728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=59;PP=2012;SC=ACCTGATGCGTTAAACCCATT;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=1954136;WS=1954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	2037846	rs1064543	A	C	557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.92;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr19	2040061	rs56197957	T	C	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=637;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TCTCCGGGTCTTTCACAAATG;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=42;WE=2040069;WS=2040051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,102:0.52:197
chr19	2040851	rs143355743	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-1.831;SC=GCTGGCCAGCGGGCACCGTGC;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=2040859;WS=2040850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr19	2041032	rs2287003	T	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=881;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GTGCGGCTGGTACTCACCCCC;SOR=0.612;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=58;WE=2041045;WS=2041022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,72:0.42:172
chr19	2042886	rs7253052	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=243;ReadPosRankSum=-0.220;SC=AGGGCAGGGCAGGGCAGGACA;SOR=0.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=16;WE=2042894;WS=2042876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr19	2043271	rs2302585	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=0.643;SC=CGGCCTAGGAGGGGCCCACCC;SOR=0.730;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=29;WE=2043279;WS=2043261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr19	2073466	rs758145	T	C	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,148:0.50:297
chr19	2078409	rs2074893	A	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=594;ReadPosRankSum=0.329;SC=CCCGGGGGCAACTGCACGGCC;SOR=0.603;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=37;WE=2078417;WS=2078399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,53:0.42:127
chr19	2078488	rs2074894	T	C	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.371;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=512;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GCTGGGTGCCTGGCTCAAACT;SOR=1.005;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=38;WE=2078496;WS=2078478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,79:0.57:138
chr19	2098398	rs143353597	A	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=332;ReadPosRankSum=0.751;SC=GGCCACGGCCACTCGGCCTCC;SOR=0.795;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=26;WE=2098406;WS=2098388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,57:0.41:138
chr19	2099362	rs1051767	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=0.805;SC=TGGGCCTGCCCCAGGGCAACG;SOR=0.676;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=27;WE=2099370;WS=2099352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,39:0.37:106
chr19	2109019	rs2072306	T	C	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=19;PP=934;SC=CCGGCTCCAATAGGAAGGGAC;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=2109027;WS=2109009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	2109071	rs56150334	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=550;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CCATCAGCCCCTCACTCTCCT;SOR=0.662;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=40;WE=2109079;WS=2109061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,55:0.39:141
chr19	2109157	rs25673	T	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=480;ReadPosRankSum=0.270;SC=TCGACTTTGATTGAGCTCATG;SOR=0.625;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=37;WE=2109165;WS=2109147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,55:0.43:129
chr19	2109812	rs79162849	G	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=-0.300;SC=ACAGGTGTCTGCAAGGTAGAG;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=6;WE=2109820;WS=2109802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
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chr19	2110746	rs20567	G	A	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=20;PP=969;SC=CATCGTGGACGGAGGAGCCCT;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=2110754;WS=2110736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	2111382	rs17604954	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CTCCGTCTCAGCGAAGACTCC;SOR=1.085;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=9;WE=2111390;WS=2111372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr19	2111397	rs75865123	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=0.530;SC=GACTCCAGTATGGCCCAATAC;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=8;WE=2111405;WS=2111387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr19	2111649	rs2074959	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=352;SC=AACCCCGGCGTGGGGCGGGGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=2111669;WS=2111639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	2111661	rs55759847	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=1.735;SC=GGGCGGGGGCGCTGAAGTACC;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=11;WE=2111669;WS=2111639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr19	2111873	rs74967342	AC	A	1119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=473;ReadPosRankSum=-1.902;SC=CTGCTCCAGCACGCCCCCATC;SOR=0.598;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=14;WE=2111881;WS=2111863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr19	2113301	rs117630602	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=156;ReadPosRankSum=-1.265;SC=CTGCAGACACCGAGGCTGGCA;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=7;WE=2113309;WS=2113291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr19	2114175	rs55698722	T	C	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,76:0.60:126
chr19	2114694	rs79145059	G	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=544;ReadPosRankSum=-1.420;SC=ACGAGAGGAAGGGAAGCAACC;SOR=0.587;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=31;WE=2114702;WS=2114684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr19	2115133	.	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=0.746;SC=CGAAGACCATGGGGAGAGGCC;SOR=0.582;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=2115141;WS=2115129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr19	2115439	rs2066764	C	G	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=874;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CAGCGGGCAGCCACTCAGCAC;SOR=0.476;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=56;WE=2115447;WS=2115429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,89:0.50:177
chr19	2115479	rs2066779	C	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=527;ReadPosRankSum=-1.388;SC=GGGAGGGCGGCGGGAGCACCC;SOR=0.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=41;WE=2115501;WS=2115469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,70:0.45:157
chr19	2115493	rs2066775	A	G	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=49;PP=2249;SC=AGCACCCCACAGCCCATGTGA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=98;WE=2115501;WS=2115469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	2115668	rs75277331	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=127;ReadPosRankSum=0.330;SC=ACACGTGCAAGACAAGCCTCG;SOR=0.527;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=10;WE=2115676;WS=2115658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr19	2116281	rs2240656	T	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=345;ReadPosRankSum=0.754;SC=CTCGGCGCTGTGGGACACAGC;SOR=1.105;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=31;WE=2116289;WS=2116271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chr19	2116400	rs9676693	C	T	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	2116466	rs734727	G	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=597;SC=AATCGCTAACGCTCTGGGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=2116474;WS=2116443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	2116649	rs2074960	A	G	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=24;PP=1083;SC=GGTGCTTGGGACGCCGCTGCT;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=2116657;WS=2116639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	2116760	rs78648742	A	G	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr19	2116764	rs114460651	C	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr19	2117075	rs75223679	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TGGTGAGTCCGTGTGAGGGAT;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=14;WE=2117083;WS=2117065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr19	2118692	rs34569645	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=315;ReadPosRankSum=0.546;SC=TCTGCCTCCCCGGCCTGCTCC;SOR=0.810;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=24;WE=2118700;WS=2118682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,52:0.46:114
chr19	2121316	rs11667435	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=455;ReadPosRankSum=-2.157;SC=GACACCTGGGCAAAAGTGTAC;SOR=0.443;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=39;WE=2121324;WS=2121306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr19	2123328	rs76578931	A	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=301;ReadPosRankSum=0.221;SC=GGACACGAAAATGACAGCACT;SOR=0.598;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=20;WE=2123336;WS=2123318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr19	2123516	rs2072304	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.165;SC=CGTCAGCCCCACCCACCAATC;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=14;WE=2123524;WS=2123506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr19	2123712	rs2072305	G	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=718;SC=CTCCCAAGCCGCAAGATGGCG;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=2123720;WS=2123702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	2123928	rs75483641	C	T	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=423;ReadPosRankSum=-2.478;SC=TGGCCAGCGCCGACACCAACT;SOR=0.908;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=32;WE=2123936;WS=2123918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,61:0.35:174
chr19	2127272	rs4807203	A	G	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=39;PP=1140;SC=CAGTGCCGGCAGCTCAGCTGG;SOR=1.338;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=2127280;WS=2127262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	2128987	.	GCC	ACA	105	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=7;HapScore=4;MGOF=49;MMLQ=28;MQ=64.63;NF=1;NR=1;PP=105;QD=79.2339374311;SC=GCCCGCCCCCGCCGCTCCGAC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=2;WE=2128997;WS=2128971;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr19	2129027	.	GCC	ACA	648	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=65.58;NF=4;NR=2;PP=648;QD=116.911312477;SC=GCCCGCCCCCGCCGCTCCGAC;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=6;WE=2129037;WS=2129011;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:25,6:0.19:31
chr19	2136992	rs117019553	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=387;ReadPosRankSum=0.500;SC=AGAGCGGCCCCGGCCCGGGAA;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=28;WE=2137000;WS=2136982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr19	2137885	rs45542440	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=62;ReadPosRankSum=-1.621;SC=TCAAGCGCTCCCTCCCAGCAC;SOR=0.999;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=7;WE=2137893;WS=2137875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr19	2180515	rs3810409	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr19	2180808	.	G	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=326;ReadPosRankSum=1.747;SC=CCACTTCCGTGGACACCCGTG;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=29;WE=2180816;WS=2180798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr19	2189857	rs79010603	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=389;ReadPosRankSum=0.534;SC=CCCTCCAGACCCCTTATGTCA;SOR=0.522;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=27;WE=2189865;WS=2189847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr19	2194660	rs11268058	A	ATGTTGGCACATGGC	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=760;ReadPosRankSum=0.660;SC=TTTCTTGCCGATGTTGGCACA;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=2;WE=2194668;WS=2194650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr19	2207549	rs2301798	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr19	2208859	rs2301799	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=0.392;SC=GTTGCTGTTGTTACCTGGGTG;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=15;WE=2208867;WS=2208849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr19	2214057	rs2074552	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GTCCTCTGTGCGGGTGGGAGG;SOR=1.356;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=13;WE=2214065;WS=2214047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr19	2220720	rs78566095	G	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=0.516;SC=GACACTGCAGGCCTGTCTGTT;SOR=0.175;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=2220728;WS=2220710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr19	2221792	rs12462556	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=-1.365;SC=GCCCTGAGCCTTGAGCTTGCC;SOR=0.430;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=10;WE=2221800;WS=2221791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	2223275	rs75613123	C	T	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.642;SC=TCTGTCTGCCCTCAGGTCAGT;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=146;TCF=84;TCR=62;TR=74;WE=2223283;WS=2223265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,130:0.51:257
chr19	2226772	rs2302061	G	C	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1073;ReadPosRankSum=2.126;SC=GGACCGCGAGGTCGACCTCAA;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=75;TCR=70;TR=75;WE=2226780;WS=2226762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,162:0.51:319
chr19	2236097	rs191615952	A	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=582;ReadPosRankSum=0.393;SC=CCCCGCCCAGACCCCGGCCCC;SOR=0.467;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=32;WE=2236105;WS=2236087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr19	2244903	rs6510652	T	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.65;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	2244903	.	TGAGTACG	GGAGTACA,GGAGTACG	214	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=4,8;NR=9,20;PP=143,214;QD=15.1129134509;SC=CCTGGGCGCTTGAGTACGGTT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=13,28;WE=2244918;WS=2244893;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.46:28
chr19	2244910	rs55709403	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	2246652	rs2074861	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=1.210;SC=GGCCTCCCCCGGGGTCCCGCT;SOR=0.460;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=8;WE=2246660;WS=2246642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr19	2247733	rs77542691	C	T	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=60;PP=1451;ReadPosRankSum=0.348;SC=CTAGCCCCACCCGTGCCTGCT;SOR=0.470;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=217;TCF=100;TCR=117;TR=102;WE=2247741;WS=2247723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,131:0.52:250
chr19	2249477	rs10407022	G	T	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=312;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CCTCCAGGCAGCCCACAAGAG;SOR=0.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=24;WE=2249485;WS=2249467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr19	2249534	.	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr19	2249583	rs61736572	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.904;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=311;ReadPosRankSum=-1.382;SC=AGGCCTTCCTGGGGGCCGTGC;SOR=1.358;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=19;WE=2249591;WS=2249573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr19	2249634	rs61736575	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=-1.777;SC=CCACCTTCGGGGTCTGCAACA;SOR=0.912;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=16;WE=2249642;WS=2249624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr19	2250236	rs77671243	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=208;ReadPosRankSum=2.871;SC=CCCGCTTGAGGTCCCCTGCAC;SOR=1.091;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=15;WE=2250244;WS=2250226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr19	2250528	rs8112524	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=261;ReadPosRankSum=0.488;SC=GGGGGGCATGGATTTGTTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=16;WE=2250536;WS=2250518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr19	2251512	rs7252789	T	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=520;SC=TCTGCCCAGGTGGCCCCGGCG;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=2251520;WS=2251502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	2251817	rs10417628	T	C	7195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=114;PP=2965;SC=AAGATGCAGGTCCGTGGGGCC;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=85;TCR=114;TR=198;WE=2251825;WS=2251807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	2253590	rs3746158	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,58:0.50:117
chr19	2253732	rs74521370	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=-1.459;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr19	2254458	rs35121757	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=234;ReadPosRankSum=2.216;SC=GGCACGCTGCCGGAGTCGGCC;SOR=1.002;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=16;WE=2254466;WS=2254448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr19	2255336	rs886363	A	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=394;SC=AGCAGGTCCCAGGCCAGGCTG;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=2255344;WS=2255326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	2269829	rs4806836	C	T	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	2271282	rs2074457	T	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=10;PP=669;SC=GCGGGGTCTTTTGGCCGAGGC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=2271290;WS=2271272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	2271323	rs2523175	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=15;PP=707;SC=GGCCGCCCGGACGCCCTGGAG;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=2271331;WS=2271313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	2271577	rs28384674	CT	C	2544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=31;PP=1714;SC=GCCACAGGTACTTTCTTGTGC;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=43;WE=2271585;WS=2271567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	2278508	rs78048915	AT	GC	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=10;PP=297;SC=GAAAGGCCAAATGAAACAAGC;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=2278517;WS=2278498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	2278755	rs73518414	C	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=18;PP=654;SC=ATAGATGGTACGGAGGCCCTG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=2278763;WS=2278745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	2280756	rs202241723	TCCTGCCGCTCCCTGCACCCA	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.345;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr19	2280885	rs55662626	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.709;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr19	2290870	rs8111892	G	C	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=52;PP=1917;SC=GCAGGGCCCCGGCCAGGTGCA;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=2290878;WS=2290860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	2291613	.	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=1.726;SC=AGGCGGGTCTCGGCCGGGATG;SOR=0.916;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=18;WE=2291621;WS=2291603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr19	2321854	rs886881	C	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=569;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GACTGAGGGACCTCCAGGAAG;SOR=0.547;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=43;WE=2321862;WS=2321844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr19	2321939	rs77028998	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=468;ReadPosRankSum=0.438;SC=CCACGAGCACGCAGGGACCTC;SOR=0.634;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=20;WE=2321947;WS=2321929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr19	2324113	rs140121434	A	AC	785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=480;ReadPosRankSum=-0.246;SC=CTCGGCCGCCACCCCACTCAC;SOR=0.770;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=15;WE=2324121;WS=2324103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr19	2324384	rs10404826	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=26;PP=720;SC=GCAGCAGACCACGTCTGCGGG;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=2324392;WS=2324374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	2328245	rs113860855	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=1.568;SC=CTCCAGCCCGGGTGACAGAGC;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=2328253;WS=2328235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	2328281	rs11666344	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	2328633	.	CGGCGCATGCGT	C	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.277;NF=5;NR=7;PP=2976;ReadPosRankSum=-1.484;SC=CGCGCATGCGCGGCGCATGCG;SOR=0.758;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=12;WE=2328651;WS=2328623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr19	2337377	rs3752204	C	G	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=25;PP=1348;SC=GGTGGGAGAACGGGCAGCTGG;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=2337385;WS=2337367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	2338733	.	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr19	2339702	rs11883146	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.959;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr19	2339949	rs3746285	T	C	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-1.403;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,91:0.62:146
chr19	2339958	rs1609752	T	C	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=56;PP=1856;SC=ATTTCTACGATCTCCTCGGTG;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=95;WE=2339966;WS=2339953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr19	2340050	rs1609753	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=-1.236;SC=GCCTGGCCCCCGGCCTCACGG;SOR=0.458;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=23;WE=2340058;WS=2340040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,52:0.42:124
chr19	2340154	rs5826760	G	GC	2278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=26;PP=664;SC=TGCGGCGGCTGCCTTCGGCAA;SOR=1.284;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=2340164;WS=2340144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	2341047	rs55818311	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=1153;ReadPosRankSum=1.284;SC=CGGCGGGCAGCGGAGTCCTCG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=37;WE=2341068;WS=2341037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr19	2341059	rs11880345	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr19	2341059	.	GT	AC	905	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=14;PP=905;QD=36.8641490332;SC=GAGTCCTCGGGTGCACCAGGG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=26;WE=2341068;WS=2341037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:38,26:0.41:64
chr19	2341060	rs7245824	T	C	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=37;PP=1153;SC=AGTCCTCGGGTGCACCAGGGC;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=2341068;WS=2341037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	2341581	.	C	T	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=1051;ReadPosRankSum=2.155;SC=TGGCCCGTCCCCGCCCGGTCC;SOR=0.533;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=67;WE=2341589;WS=2341571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,97:0.55:177
chr19	2343142	rs3746289	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TGTGTGGCTCGTGGGAGGCGG;SOR=1.473;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=11;WE=2343150;WS=2343132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr19	2344022	rs1128392	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=-4.256;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr19	2344484	rs55704748	A	G	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,86:0.49:175
chr19	2353150	rs1128402	C	A	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=666;ReadPosRankSum=2.203;SC=CAGCTGAATCCGAGGGCCGGG;SOR=1.002;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=43;WE=2353158;WS=2353140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr19	2382603	rs145510194	G	GACAC	3690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.148;NF=4;NR=42;PP=2178;ReadPosRankSum=-1.892;SC=CACACACACAGACACATGCAC;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=9;TCR=97;TR=46;WE=2382611;WS=2382580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,101:0.44:232
chr19	2382678	rs148093377	TACAC	T	983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=743;ReadPosRankSum=1.346;SC=CGTGCACACATACACACATGC;SOR=0.275;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=24;WE=2382689;WS=2382668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr19	2389872	rs891174	G	C	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=852;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CGAGCGGCCAGCATTGGCGTG;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=63;WE=2389880;WS=2389862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,109:0.53:206
chr19	2389954	rs891175	G	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.62;ReadPosRankSum=-1.514;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr19	2389958	rs891176	T	A	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.31;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr19	2396556	rs7252886	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=370;ReadPosRankSum=1.606;SC=CTACACAGGGCTTCCACGTGG;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=29;WE=2396564;WS=2396546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,50:0.37:134
chr19	2396611	rs17685098	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=323;ReadPosRankSum=-0.901;SC=CAGCAGTTTGCGGCGGGAGAC;SOR=0.991;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=25;WE=2396619;WS=2396601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,54:0.40:134
chr19	2398849	rs10407225	A	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr19	2405641	rs4807260	C	T	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=898;ReadPosRankSum=1.024;SC=CTTAGAGCCCCTGGAAGTAAT;SOR=0.612;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=26;TCR=86;TR=58;WE=2405649;WS=2405631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,78:0.52:151
chr19	2410484	rs4806846	G	A	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.418;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,74:0.49:152
chr19	2426828	rs6945	G	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=315;ReadPosRankSum=2.075;SC=ACAGTCCCGTGTGTCCCAGCA;SOR=1.828;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=18;WE=2426836;WS=2426818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr19	2433890	rs11084940	A	G	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=4.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=3.044;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,159:0.44:360
chr19	2520716	rs1133692	T	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=26;PP=732;SC=GCCCCGTTGTTCAGAGAGCTG;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=2520724;WS=2520706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	2520791	rs3764585	C	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=367;SC=CAGGGGCGCCCGGCCTTGGCT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=2520799;WS=2520781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	2524477	rs4807289	T	C	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=571;ReadPosRankSum=2.150;SC=CATGTATGTGTGTATGTGTAT;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=45;WE=2524485;WS=2524467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,80:0.52:155
chr19	2524508	rs73516630	A	G	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=505;ReadPosRankSum=0.385;SC=ATGAGTGTGCATATATGCGTG;SOR=0.833;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=43;WE=2524516;WS=2524498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,76:0.47:161
chr19	2524659	rs4807290	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=0.193;SC=CGTGTGTGCGTCTGCATATGA;SOR=1.426;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=15;WE=2524667;WS=2524649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr19	2524685	rs4807291	C	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=2.479;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
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chr19	2717256	rs3745812	C	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=414;ReadPosRankSum=0.905;SC=TCTTCTGCTTCCCGGAGCGCT;SOR=0.586;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=27;WE=2717264;WS=2717246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
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chr19	2717880	.	AGAGAGG	GGAGAGA,GGAGAGG	375	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8,17;NR=16,38;PP=319,375;QD=15.5194947859;SC=GAGCCTGTGCAGAGAGGAGGG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=24,55;WE=2717894;WS=2717870;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:55
chr19	2717886	.	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr19	2812095	.	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=414;ReadPosRankSum=-1.278;SC=CATACGAGTCCTTCCGGGATC;SOR=1.697;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=31;WE=2812103;WS=2812085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,39:0.42:92
chr19	2823257	rs6510702	CT	AC	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=459;SC=TGAGGTACTCCTGCTGCTCCC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=2823277;WS=2823247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	2823269	rs6510704	G	A	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=192;SC=GCTGCTCCCAGGTGTAAAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=2823277;WS=2823247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	2833576	rs8107668	G	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=209;SC=TTGAACATCAGTCCGCACAGG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=2833584;WS=2833566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	2833617	rs8107771	G	A	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=8;PP=454;SC=CTTCTGTCCCGCTGGTTTTCA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=2833625;WS=2833607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	2834808	rs8102063	T	C	5982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=90;PP=2439;ReadPosRankSum=0.722;SC=TCATTGACTGTGGGAAAGCGT;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=60;TCR=91;TR=148;WE=2834816;WS=2834798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr19	2841360	rs1006717	G	A	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=24;PP=1235;SC=ACAGCGCCAGGGGACGGACTG;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=2841368;WS=2841350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	2841454	.	C	T	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=763;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TAATCAGGCCCCTGGGACGGG;SOR=0.668;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=60;WE=2841462;WS=2841444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,91:0.42:216
chr19	2841695	rs10412693	G	T	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=128;SC=GGCGCAGGACGGGAGCCTGGG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=2841703;WS=2841685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	2841718	rs11667713	C	T	79.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	2851678	rs11880407	A	T	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=47;PP=1400;SC=AGAACATAGTATTTCAGGAGA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=2851686;WS=2851668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	2853566	rs10412087	A	G	6577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=104;PP=2965;SC=ATATGAGAAGACATACCGCAG;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=79;TCR=104;TR=183;WE=2853574;WS=2853556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr19	2867219	.	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=-0.494;SC=AGGGGAGTTGGGATGTGACTG;SOR=0.180;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=8;WE=2867227;WS=2867210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr19	2867583	rs8104536	C	A	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	2877650	.	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr19	2878397	rs11084965	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-1.096;SC=GGCCGGGCGCAGTGGCTCACG;SOR=0.596;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=11;WE=2878405;WS=2878387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr19	2896818	rs8100809	C	T	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=34;PP=1487;SC=CAAATGTCCTCGAAAAGATGA;SOR=0.791;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=75;WE=2896826;WS=2896808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	2896948	rs8104326	T	C	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.50;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	2896953	rs8101379	A	G	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.13;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	2897133	rs8103080	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.734;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TTTTTCTCCCGTGTGCATTCT;SOR=1.347;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=10;WE=2897141;WS=2897123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr19	2900865	rs10420989	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=21;SC=GGGGCTTAGAGATTGTCCAAT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=2900873;WS=2900862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	2900930	rs12981209	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	2900934	.	C	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	2901114	rs11279103	CGCCGAAGTCT	C	694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=2324;SC=AACCAGAGTCCGCCGAAGTCT;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=2901131;WS=2901104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	2915738	rs2043336	T	A	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=69;PP=2051;SC=GGGAAAGGACTAAGACAGACA;SOR=1.324;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=34;TCR=69;TR=103;WE=2915746;WS=2915728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	2916048	rs2043335	T	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=17;PP=991;SC=CTTATTCCTTTTGAGATTTGT;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=2916056;WS=2916038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	2916358	rs34115054	C	CA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr19	2917186	rs2288959	T	C	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=44;PP=1713;SC=ACGGAAGAACTGACACTGAGG;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=101;WE=2917194;WS=2917176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	2917287	rs2288958	C	A	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=896;ReadPosRankSum=-0.686;SC=GCAGAGAAAACCTACAAATGC;SOR=0.814;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=63;WE=2917295;WS=2917277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,86:0.49:175
chr19	2917315	rs140425321	G	A	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=849;ReadPosRankSum=0.226;SC=GTCGGATGGCGTTTAATGGGT;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=61;WE=2917323;WS=2917305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,84:0.48:174
chr19	2917612	rs10410539	T	C	4336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=56;PP=1974;SC=GGATCCACACTGGGGACAAAC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=112;WE=2917620;WS=2917602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	2933480	rs3786948	C	T	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=482;SC=CCACTGTATTCGTAGATTCAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=2933488;WS=2933479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	2934282	rs3746073	T	C	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=36;PP=1216;SC=CTCGAAAGTATGAGGGACAGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=69;WE=2934290;WS=2934272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	2936443	rs7251272	A	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=5;PP=192;SC=CCCTGTGCCCAGCCGATACTT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=2936451;WS=2936433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	2936623	rs4807371	C	T	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=15;PP=515;SC=ACTTTACAATCTCTTCATCAT;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=2936631;WS=2936613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	2939268	.	A	G	504	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=59.54;NF=30;NR=5;PP=504;QD=15.3934632156;SC=AGGGAATGACACCACCCTTAC;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=35;WE=2939276;WS=2939258;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr19	2978135	rs445657	G	C	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	2979962	rs61170944	CA	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=2.016;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr19	2980269	rs4807380	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.921;SC=GTGGTCTAGAGGCTGCTGGCC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=2980277;WS=2980259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr19	2981345	.	C	CAA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=0.728;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr19	2981487	rs10407929	G	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=455;ReadPosRankSum=1.442;SC=ACTCTGGGGAGGGAGTCCTGA;SOR=0.855;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=34;WE=2981495;WS=2981477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr19	2986869	.	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr19	2989810	rs504199	G	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=-0.911;SC=GGAAGGGGAAGCATCCTGTGC;SOR=0.468;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=18;WE=2989818;WS=2989800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr19	2991814	rs428113	T	C	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=31;PP=1194;SC=CTTGACCTGATTGCCTCCCGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=2991822;WS=2991804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	2993427	rs435806	T	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.418;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr19	2993946	rs35271493	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-0.794;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	2994107	rs34438430	C	CT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=112;ReadPosRankSum=2.503;SC=CTGCGGTGGGCTGGGGGCAGG;SOR=0.784;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=2994115;WS=2994097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr19	2994814	rs439808	T	C	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=14;PP=552;SC=TTTGAAGAGATGATGCTTCAT;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=2994822;WS=2994804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	2994837	rs401886	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr19	2994885	rs11084986	G	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr19	3005425	rs144033921	C	T	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=376;ReadPosRankSum=0.336;SC=CTGCCAGAACCGAACAGCACC;SOR=0.536;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=29;WE=3005433;WS=3005415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr19	3006236	rs3050847	A	AAT	1166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.895;NF=1;NR=16;PP=779;ReadPosRankSum=1.057;SC=CAGATTGGCCAGAGCCCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=17;WE=3006244;WS=3006226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr19	3009788	rs216284	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=0.494;SC=GCCTTTCATTTAGAGTTTCCA;SOR=0.631;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=5;WE=3009796;WS=3009778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr19	3014647	rs1844880	C	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=428;ReadPosRankSum=-1.110;SC=TCATTGTGGTCATGCCCCTGC;SOR=1.064;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=29;WE=3014655;WS=3014637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr19	3017888	rs191977002	G	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr19	3019899	rs72988931	T	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=2.250;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,61:0.40:151
chr19	3019986	rs59931576	T	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=350;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GCAGGTAGAATAGTTACAAAT;SOR=0.566;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=21;WE=3019994;WS=3019976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
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chr19	3028871	rs2288950	G	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=424;SC=CCCGCAGTCCGCACTCACCGG;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=3028879;WS=3028861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	3053802	rs425485	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=504;ReadPosRankSum=0.404;SC=CCAACCTCCCTGTCCCGGCCC;SOR=1.221;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=36;WE=3053813;WS=3053792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr19	3054089	rs2302301	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=0.825;SC=ACCTGTCCCCCGCCCACCCGC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=3054097;WS=3054079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr19	3056285	rs58280427	G	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	3062857	rs11539938	T	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr19	3113305	rs1682811	G	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=685;SC=AGCTCTCGACGTCTCCCCTGC;SOR=1.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=3113313;WS=3113295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	3115124	rs10407783	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=647;ReadPosRankSum=1.714;SC=CTCATTTGCCCGGTGTGCCGG;SOR=0.685;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=45;WE=3115132;WS=3115114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr19	3119184	rs308046	T	G	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=34;PP=1651;SC=TCTGATTCCCTCTGCCTTCGC;SOR=1.046;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=81;WE=3119192;WS=3119174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	3119405	rs370286	T	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.501;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=0.631;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,71:0.96:74
chr19	3136692	rs411210	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=8;PP=201;SC=AGGTCAGACATTGGCATCGTG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=3136700;WS=3136682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	3148819	rs8113569	G	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGGGGCCCAGGGCAGGGTTC;SOR=1.893;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=13;WE=3148827;WS=3148809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr19	3148865	rs201896289	T	TCAGGG	519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=713;ReadPosRankSum=0.529;SC=TCCCCAGACTTCAGGGCAGGG;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=3148877;WS=3148855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr19	3148869	rs74675399	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=313;ReadPosRankSum=0.345;SC=CAGACTTCAGGGCAGGGCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=6;WE=3148877;WS=3148855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr19	3149990	rs170159	G	C	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=0;PP=353;SC=GTGCGGGGGGGTCGGGAGCTC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=3149998;WS=3149986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	3150238	rs310680	A	G	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	3151913	.	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=349;ReadPosRankSum=1.556;SC=GGCCCTGAGGGATGAGTAGGA;SOR=1.293;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=24;WE=3151921;WS=3151903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr19	3155713	.	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=266;ReadPosRankSum=-0.465;SC=AGCACCTATTCTTGCTGTCGC;SOR=0.922;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=15;WE=3155721;WS=3155703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr19	3157885	rs61758985	T	C	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr19	3157885	.	TAA	CAG	966	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=11;NR=17;PP=966;QD=36.4095669594;SC=CCAGGGTAAGTAATTCTAGAA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=28;WE=3157895;WS=3157875;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:48,28:0.37:76
chr19	3157887	rs72983041	A	G	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,45:0.40:113
chr19	3157916	rs66509881	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=-1.442;SC=CCTTCAACTCCCAAAAGCAGC;SOR=1.272;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=21;WE=3157924;WS=3157906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr19	3162909	rs1637656	C	T	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.264;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=48;PP=1469;ReadPosRankSum=-0.760;SC=CCCGACGCCTCTTCAGCCACT;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=100;WE=3162917;WS=3162899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,184:0.52:353
chr19	3179828	rs147906636	C	T	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=1333;ReadPosRankSum=1.755;SC=AGGCTCACTCCGGAGCTTCCA;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=65;TCR=80;TR=93;WE=3179836;WS=3179818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,112:0.58:192
chr19	3193484	rs499877	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=0.899;SC=AGGCGTCCCCATCCCAAGGGC;SOR=0.593;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=3193492;WS=3193474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr19	3196122	rs311615	T	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=472;ReadPosRankSum=-0.879;SC=GTGCTGGGGATGCCCCCTGGC;SOR=1.065;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=35;WE=3196130;WS=3196112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chr19	3201480	rs1978729	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr19	3201695	rs311625	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=74;ReadPosRankSum=0.584;SC=CCCACCAGGCACCTCTGCAGA;SOR=1.170;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=6;WE=3201703;WS=3201685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	3204155	rs199629540	T	C	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.72;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr19	3204159	rs28372911	T	C	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.00;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr19	3204172	rs8106438	A	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.085;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=1147;ReadPosRankSum=-1.364;SC=ATGGGTCCGGAGCTCTGCGGA;SOR=1.112;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=23;WE=3204180;WS=3204145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
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chr19	3206235	rs482758	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=315;ReadPosRankSum=0.900;SC=GGGCCAGGCCATGACTACCAC;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=20;WE=3206243;WS=3206225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr19	3207338	rs312068	T	C	2805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.60;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,74:0.44:169
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chr19	3207422	rs3816054	T	C	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=444;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TGCTCCTGGCTGTTGGCATTG;SOR=0.807;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=36;WE=3207430;WS=3207412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,52:0.38:137
chr19	3207646	rs2288949	A	G	3210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=47;PP=1319;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CTCCTCTACAAGACCGTCCAG;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=113;TCR=105;TR=97;WE=3207654;WS=3207636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,166:0.46:360
chr19	3273818	rs312928	T	C	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.632;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=880;ReadPosRankSum=-0.063;SC=ACCCCCCGCCTGCCACACCCC;SOR=2.356;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=44;WE=3273826;WS=3273808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr19	3278206	rs11879556	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=-1.440;SC=GCTGTCATCCGGTAGCCCCTG;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=11;WE=3278214;WS=3278196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr19	3281298	rs36030381	G	A	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1382;ReadPosRankSum=1.135;SC=TCCTGACGCCGTCCCTCACAT;SOR=0.590;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=195;TCF=84;TCR=111;TR=101;WE=3281306;WS=3281288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,159:0.50:321
chr19	3284819	rs3746064	T	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	3285012	rs59656659	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=13;PP=332;SC=CGCCCCCGCCTAGGGCCCCGC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=3285020;WS=3285002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	3285042	rs113646375	C	T	228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=101;SC=CCGCCCCGGACGTGTCGTTCT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=3285050;WS=3285032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	3293593	rs313784	A	G	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=51;PP=1353;SC=GTGATGCTTCAAGAGGCTACA;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=51;WE=3293601;WS=3293583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	3366532	.	C	CG	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr19	3366786	rs3764589	G	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.959;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr19	3381645	rs67426967	GC	G	3805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.300;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=1864;ReadPosRankSum=0.537;SC=AGCCTTCGGGGCCGGGCAGTG;SOR=0.488;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=53;WE=3381653;WS=3381635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,124:0.50:246
chr19	3448869	rs4807473	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=423;SC=TAATGGGCTCACAGCCTCTCC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=3448877;WS=3448859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	3452683	rs8105687	A	G	7671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=146;PP=2965;SC=GGCGGGGCGCATTCGGGCCTC;SOR=1.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=74;TCR=146;TR=220;WE=3452691;WS=3452673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr19	3539444	rs7258234	T	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=677;SC=CACTGTGGGGTCTACAGACCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=3539452;WS=3539434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	3543109	rs7248491	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=370;ReadPosRankSum=0.106;SC=CTCCAAGTGGCGAGGGAGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=18;WE=3543117;WS=3543099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr19	3543640	rs6510758	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=174;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TGGGGGAGCGCGCTGTGGAAA;SOR=0.931;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=18;WE=3543648;WS=3543630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr19	3544035	rs8105705	G	C	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=777;ReadPosRankSum=0.496;SC=TGCACCCACTGTCTCTGCACC;SOR=0.671;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=56;WE=3544043;WS=3544025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,102:0.46:222
chr19	3544892	rs56203814	C	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.486;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=762;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CAGCCACCATCGCCCAGTGGT;SOR=1.216;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=23;WE=3544909;WS=3544882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr19	3544901	rs141551845	G	A	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr19	3545022	rs10424065	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr19	3546185	rs878493	G	A	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=582;ReadPosRankSum=1.580;SC=ACACAGGCGAGGTGGTCAGCG;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=41;WE=3546193;WS=3546175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr19	3547955	rs10414812	C	T	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=24;PP=973;ReadPosRankSum=0.103;SC=ATGCGGCCGGCGCCTCTCCCG;SOR=0.834;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=134;TCF=84;TCR=50;TR=67;WE=3547963;WS=3547945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,105:0.48:218
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chr19	3548313	rs2240752	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GGAACCTGGGTCACTTCCTCC;SOR=0.307;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=3548321;WS=3548303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
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chr19	3610502	rs740349	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.217;SC=AGGGACCACCGGGCCCCAGTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=3610510;WS=3610492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr19	3611146	rs2074786	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=298;ReadPosRankSum=-1.751;SC=CCCTGTGCTCAGAGGTGGGGG;SOR=0.738;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=23;WE=3611154;WS=3611136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr19	3611186	rs758016	C	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.111;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr19	3611190	rs758017	C	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr19	3611199	.	G	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr19	3611765	rs2369188	A	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.756;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=488;ReadPosRankSum=0.245;SC=TTTATATAGGAGGAAACTGAG;SOR=1.292;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=32;WE=3611773;WS=3611755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,58:0.41:143
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chr19	3612914	rs6510763	T	C	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=40;PP=1016;SC=GGTGACGGAATGCACGCTCAG;SOR=1.339;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=3612922;WS=3612904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	3613346	rs2074789	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.270;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=462;ReadPosRankSum=1.309;SC=GGTGGGCGCCGCGTCCTCAGG;SOR=0.533;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=34;WE=3613354;WS=3613336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr19	3613400	rs2240504	C	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=370;ReadPosRankSum=0.368;SC=GGAGGCTGCCCACGGCCCCTC;SOR=0.221;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=25;WE=3613408;WS=3613390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr19	3613422	rs2074790	G	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.311;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=256;ReadPosRankSum=-1.086;SC=ATCCTGCTCCGCGTCTGCATC;SOR=0.348;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=20;WE=3613430;WS=3613412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr19	3613596	rs57918402	A	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=342;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TGGGACGCAGAGCCGGGGTCA;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=26;WE=3613604;WS=3613586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr19	3614403	rs7255692	T	C	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=25;PP=1747;SC=ACCGGGCCCGTGCCATGTGGG;SOR=1.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=89;WE=3614411;WS=3614393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	3623229	rs7252821	A	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=58.47;MQRankSum=-1.382;NF=5;NR=4;PP=94;ReadPosRankSum=-1.025;SC=CGAGACCCTGAGTCAAAAAAG;SOR=0.740;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=9;WE=3623237;WS=3623219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr19	3623454	.	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=-0.047;SC=ATGAACCCGGGAGGTGGAGCT;SOR=0.293;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=9;WE=3623462;WS=3623444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr19	3623505	rs7252742	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=124;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CCAGCCTGGGCGACAGAGCGA;SOR=0.252;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=10;WE=3623513;WS=3623495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr19	3623534	rs7253265	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=-2.233;SC=GTCAAAAAAGAAAGCTGATAG;SOR=0.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=16;WE=3623542;WS=3623524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr19	3624005	rs55862054	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=513;ReadPosRankSum=2.192;SC=AGGAGACCACGAGCGTGCGCG;SOR=0.588;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=42;WE=3624013;WS=3623995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,83:0.61:136
chr19	3626476	rs4806945	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=3.607;SC=TCCCCTTCTCTAGGAAGCCCT;SOR=0.914;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=11;WE=3626484;WS=3626466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr19	3626771	rs17674528	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=-1.395;SC=CGGCTGGGCCAGTGGCCGCGG;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=8;WE=3626779;WS=3626761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr19	3633273	rs542690	G	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=22;PP=662;SC=GAGACACTTAGCCCACGGCCA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=3633281;WS=3633263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	3633623	rs17606167	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr19	3641672	rs3815338	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=210;ReadPosRankSum=0.335;SC=AGCAGGTGGGCGCCCCGACCT;SOR=0.826;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=15;WE=3641680;WS=3641662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr19	3641973	rs79056524	G	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr19	3645947	rs12460780	G	A	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=623;ReadPosRankSum=-0.952;SC=GGTCCCTCCCGCCTTGCGGGG;SOR=0.492;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=134;TCF=78;TCR=56;TR=56;WE=3645955;WS=3645937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,88:0.41:214
chr19	3647303	.	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr19	3647440	rs4806948	A	G	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=25;PP=762;SC=ATGCCAGGCCACCTCACTCAG;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=3647448;WS=3647430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	3653525	rs2074957	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr19	3656652	rs10432303	G	A	231.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.323;SC=AACTGATGACGGGTCGCTGCA;SOR=0.250;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=3656660;WS=3656642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr19	3660944	rs3826944	G	A	3498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,174:0.50:348
chr19	3667294	rs114799461	G	A	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.671;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=510;ReadPosRankSum=-0.904;SC=GGGACCCCAGGCCCTTCGTCC;SOR=1.058;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=43;WE=3667302;WS=3667284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,81:0.51:159
chr19	3667461	rs7257360	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=27;PP=583;SC=TGTGTAACTCTGCGTGGGGCT;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=3667469;WS=3667451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	3728275	rs1985864	C	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr19	3728609	rs2067019	G	A	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.093;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=999;ReadPosRankSum=-0.004;SC=CAGGACCCCCGCCGGGGCTTT;SOR=0.591;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=162;TCF=74;TCR=88;TR=88;WE=3728617;WS=3728599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,149:0.51:294
chr19	3730041	rs7258176	C	T	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=5.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,123:0.58:211
chr19	3730403	.	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=112;ReadPosRankSum=1.243;SC=AAGCCAGCCCCTCCAGCCCAG;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=10;WE=3730411;WS=3730393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr19	3736397	.	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=-0.120;SC=CTGTTCCAGTCCTCCCCTTGG;SOR=0.061;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=3736405;WS=3736387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	3738649	rs599587	A	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=190;ReadPosRankSum=0.356;SC=GGTGACGCAGAGGAAGCAGGA;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=20;WE=3738657;WS=3738639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr19	3738971	rs600986	A	G	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.018;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=608;ReadPosRankSum=-0.142;SC=AGCCCAGTCCACCGTCTGGCC;SOR=0.748;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=46;WE=3738979;WS=3738961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,77:0.55:139
chr19	3740658	rs10416362	T	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=277;ReadPosRankSum=-1.555;SC=TGCGGGGTCTTCGTCGAGGAG;SOR=0.801;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=17;WE=3740666;WS=3740648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr19	3746762	.	C	T	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=664;ReadPosRankSum=-1.565;SC=CACTGACGTCCCCTCCCTGCA;SOR=0.986;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=43;WE=3746770;WS=3746752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,76:0.44:171
chr19	3751087	.	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=323;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GCATCGTCTTGATATGCACCT;SOR=0.679;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=23;WE=3751095;WS=3751077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr19	3753892	rs374545158	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=635;ReadPosRankSum=1.853;SC=CTGTGTAGGAGATGGTATGCA;SOR=0.810;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=45;WE=3753900;WS=3753882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,74:0.47:156
chr19	3762698	rs13960	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=202;ReadPosRankSum=-1.522;SC=CGCAATACGTCATGGCGACCA;SOR=1.247;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=15;WE=3762706;WS=3762688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr19	3762926	rs7245624	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CAAGCGCAGAGAGGCGGATGC;SOR=1.148;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=15;WE=3762934;WS=3762916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
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chr19	3779934	rs12610723	A	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=-1.004;SC=TGAAACACAGACCCCATGCTC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=3779942;WS=3779924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr19	3783831	.	T	C	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=655;ReadPosRankSum=-0.046;SC=GTCCATGAGGTTGCAGAAGAA;SOR=0.661;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=44;WE=3783839;WS=3783821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr19	3784757	rs2074976	T	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=445;ReadPosRankSum=0.365;SC=CAGGAAGGGGTCTCAGGGTGT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=27;WE=3784765;WS=3784747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,49:0.53:92
chr19	3785223	rs4807509	T	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=1.178;SC=CACAGGCCAGTCGGCTGGCAC;SOR=1.078;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=13;WE=3785231;WS=3785213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr19	3789138	rs74479793	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGGCTGGGGACGCTGCAGCTG;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=3789146;WS=3789128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	3806162	rs8109765	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=0.177;SC=CCCCGCCCGCTCTGCTCCCCG;SOR=0.747;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=27;WE=3806170;WS=3806152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr19	3807276	rs56083710	C	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=-0.227;SC=GTCTTTGTGACGGGGAGTGGG;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=20;WE=3807284;WS=3807266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr19	3811457	rs10413220	G	C	381.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.303;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr19	3813778	rs148032971	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=-0.435;SC=CTGGGGAAGCGTGAGGGGGAC;SOR=0.567;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=11;WE=3813786;WS=3813768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr19	3819275	rs2301840	A	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=-2.035;SC=GTCTGTGGGGACCCTTGGGGA;SOR=1.371;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=11;WE=3819283;WS=3819265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr19	3820293	rs2301844	A	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=480;ReadPosRankSum=0.521;SC=AGCCGCCTGCAGGACCGAGAC;SOR=0.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=13;WE=3820313;WS=3820283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr19	3820305	rs2301845	T	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=480;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GACCGAGACGTGACAGAGCAT;SOR=0.425;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=14;WE=3820313;WS=3820283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr19	3820441	rs2301847	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=0.312;SC=TGCCTGCTGTATGCACAGAAG;SOR=0.250;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=10;WE=3820449;WS=3820431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr19	3822008	rs28510805	C	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=469;ReadPosRankSum=0.367;SC=GGCCCGACCACAGGCCTCCCA;SOR=1.702;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=22;WE=3822016;WS=3821998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr19	3822063	.	C	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=800;ReadPosRankSum=1.572;SC=GTCGGAGCTCCCCCTGCTGGA;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=48;WE=3822071;WS=3822053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr19	3827576	rs376842526	C	T	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=490;ReadPosRankSum=0.736;SC=CGCGGGCTCCCGTTGGGCTGC;SOR=0.597;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=38;WE=3827584;WS=3827566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr19	3827734	rs62132979	G	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=324;ReadPosRankSum=1.343;SC=CCGGCTTAGCGCGAGGGAACT;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=21;WE=3827742;WS=3827724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr19	3827779	.	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.603;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr19	3831709	rs2240234	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=289;ReadPosRankSum=0.997;SC=TAGGAGGTCACGATGGAAGCT;SOR=1.395;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=21;WE=3831717;WS=3831699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr19	3831816	.	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=1.497;SC=CGCCTGCTGTGGGGGCTGAGC;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=12;WE=3831824;WS=3831806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr19	3833572	rs56713158	TA	T	772.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.806;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,63:0.82:77
chr19	3869128	rs35860262	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GCGCGAAGCCCTCACCTTCTC;SOR=2.546;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=11;WE=3869136;WS=3869118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr19	3895033	.	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr19	3902722	rs2060247	C	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=19;PP=510;SC=TGATGGCGCTCTCATGAAGCC;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=3902730;WS=3902712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	3908201	rs3810373	T	C	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=17;PP=842;SC=TGGTGGGTGGTGCGCGGGAGG;SOR=1.092;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=3908209;WS=3908191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	3910933	rs4807527	G	A	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=678;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CTCAGTGTGCGTGTGTGCGTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=60;WE=3910941;WS=3910923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,87:0.46:190
chr19	3911012	rs4807528	T	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=275;ReadPosRankSum=-0.153;SC=TGTGTGTGCATCCATGTGTGT;SOR=1.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=16;WE=3911020;WS=3911002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr19	3918721	rs11667520	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=2.046;SC=CAGGAAAACCAGAGAGGCCAG;SOR=0.169;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=15;WE=3918729;WS=3918711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr19	3920616	rs8108660	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=294;SC=GCTGGGATTATAGGCATGAGC;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=3920624;WS=3920606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	3922125	rs56225015	A	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.457;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=481;ReadPosRankSum=-1.574;SC=AACTACATACACCTGGCTGAC;SOR=1.214;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=27;WE=3922133;WS=3922115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr19	3938782	rs12459191	C	T	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr19	3938842	.	GTTTTGT	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr19	3942078	.	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=358;ReadPosRankSum=-1.014;SC=TTTCTGATTTCAGTCTACCTG;SOR=0.900;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=27;WE=3942086;WS=3942068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr19	3958397	rs7255123	A	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=318;ReadPosRankSum=-1.130;SC=GCATATCCCCAGTGGCCAAGG;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=27;WE=3958405;WS=3958387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr19	3960020	rs2304193	C	T	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=664;ReadPosRankSum=0.071;SC=AAGGCCAAGGCGGGAAGCCCA;SOR=0.821;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=55;WE=3960028;WS=3960010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,88:0.49:181
chr19	3961533	rs76315900	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=609;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CAACAGCCCGGCAGTGAGAGG;SOR=0.880;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=35;WE=3961541;WS=3961523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr19	3963744	rs34381972	C	G	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,64:0.54:118
chr19	3964106	rs2278438	C	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=214;ReadPosRankSum=0.554;SC=AGACCTCCCGCAAAGCCGGGC;SOR=0.918;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=13;WE=3964114;WS=3964096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr19	3964437	.	AAACCTCACCCTCACGCTCCCCGC	A	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr19	3964448	.	T	C	234	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=234;QD=53.7542425094;SC=AACCTCACCCTCACGCTCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=5;WE=3964466;WS=3964438;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,5:0.20:25
chr19	3964458	.	CG	C	235	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=59.04;NF=0;NR=5;PP=235;QD=53.8;SC=TCACGCTCCCCGCAACCTCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=5;WE=3964466;WS=3964438;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,5:0.26:19
chr19	3976863	rs62130414	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-0.819;SC=ACCAGACACTCGGCCTGGTGC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=3976871;WS=3976853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	3977486	rs36527	A	G	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=29;PP=858;SC=GCACACTGGCATAGAGGCAGC;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=3977494;WS=3977476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	3979408	rs36526	A	G	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=28;PP=1293;SC=CCGCGATGATATGCTCTCCCG;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=67;WE=3979416;WS=3979398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	3980824	rs36525	A	G	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=27;PP=988;SC=GGGCCCGGCCACCGGGACCAC;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=52;WE=3980832;WS=3980814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	3981526	rs45443207	A	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=1.554;SC=TCCTGCTTGGAAGACTCAGGT;SOR=0.725;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=22;WE=3981534;WS=3981516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
chr19	3982967	rs2230561	G	A	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=701;ReadPosRankSum=0.700;SC=CAGGCTTGATGCGCTCGGCAA;SOR=0.883;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=51;WE=3982975;WS=3982957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,83:0.49:171
chr19	3983184	rs2230560	A	G	3327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,178:0.49:362
chr19	3983302	rs2305107	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.164;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=626;ReadPosRankSum=0.101;SC=GATGGAGGGAGGGACTCGTCA;SOR=0.376;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=38;WE=3983310;WS=3983292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr19	3984453	rs8100131	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=387;ReadPosRankSum=1.359;SC=CCAGGAGGGGGTTGGTGCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=27;WE=3984461;WS=3984443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr19	3985250	rs62131469	C	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=524;ReadPosRankSum=0.051;SC=AGCCCCGGGTCCTCCGGCCCC;SOR=0.507;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=25;WE=3985258;WS=3985240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr19	4013322	rs2289865	T	C	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=399;ReadPosRankSum=2.207;SC=ATATGCTGGATGAGCTGCTGA;SOR=0.580;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=35;WE=4013330;WS=4013312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr19	4013389	rs7257356	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=252;ReadPosRankSum=0.452;SC=GAGGCTTCACCTAGGCCCCGT;SOR=0.435;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=15;WE=4013397;WS=4013379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr19	4024020	rs2028827	G	A	5986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.04;NF=72;NR=58;PP=2192;SC=CCCTGACCCCGTGTTTGTCTT;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=130;WE=4024028;WS=4024010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	4028067	rs4520954	C	T	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=51;PP=2118;SC=CGGTCTCCACCTTGTCGGGTG;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=116;WE=4028075;WS=4028057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	4028783	rs2289863	C	T	7117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=73;PP=2965;SC=TCAACCTCACCCACCTCATGT;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=102;TCR=75;TR=172;WE=4028791;WS=4028773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr19	4032949	rs895333	A	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=14;PP=1462;SC=CCAATCCCTCACGGCCCCGAG;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=75;WE=4032957;WS=4032939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	4033244	rs749449	G	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=43;PP=1045;SC=CCCTGGGCCCGGGGCGGCTTG;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=4033252;WS=4033234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	4033462	rs7255988	T	C	6993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=80;PP=2965;SC=CAGAGACCTGTGCCCACCTGC;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=181;WE=4033470;WS=4033452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	4033614	rs12460140	G	A	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=86;PP=2583;SC=GGCCGGAGCCGGACATCCGTG;SOR=1.259;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=134;TCF=48;TCR=86;TR=130;WE=4033622;WS=4033604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	4037525	rs2305106	C	T	6004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=77;PP=2800;SC=CCCCACCAGCCGCGCAGTCCG;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=87;TCR=77;TR=164;WE=4037533;WS=4037515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr19	4042077	rs4410205	C	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=11;PP=383;SC=CTCTGAAGCACAGAGGTTAGG;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=4042085;WS=4042067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	4101062	rs10250	G	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr19	4102449	rs17851657	G	A	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=2.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=2.521;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,78:0.45:172
chr19	4117705	rs350890	T	C	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=42;PP=1246;SC=CCGTGGTGCATCGGCCCCCAG;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=4117713;WS=4117695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	4153659	rs350879	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=195;ReadPosRankSum=2.762;SC=GAGCTTGCCCGGCCCCAGGTA;SOR=1.072;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=16;WE=4153667;WS=4153649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr19	4156841	rs350872	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=319;ReadPosRankSum=0.588;SC=TTGAGCCTCAGCAGCCCCGGG;SOR=1.759;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=17;WE=4156849;WS=4156836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr19	4169998	rs350852	G	A	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=150;SC=CTGACCTGCCGAGTAACCTTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=4170006;WS=4169992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	4170378	rs350851	G	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=303;SC=AGGCCGAGGCGGGTGGATCAC;SOR=1.863;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=4170386;WS=4170368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	4171309	.	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=221;ReadPosRankSum=1.214;SC=GCCTCAGTTTCCCTGCCTGTG;SOR=0.293;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=15;WE=4171317;WS=4171299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr19	4171413	.	C	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=695;ReadPosRankSum=0.603;SC=CATCATCCTCCCCTCCATCAG;SOR=0.541;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=54;WE=4171421;WS=4171403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,89:0.48:185
chr19	4174950	rs350845	A	G	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	4177051	rs350844	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=10;PP=489;SC=CAGAGCCCCCACCCCTGCACC;SOR=0.843;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=28;WE=4177059;WS=4177041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	4177331	rs350843	A	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=309;SC=GGGCAAGTGGACCAACCTCTC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=4177339;WS=4177321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	4180690	rs7260071	T	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=3.072;SC=CAGATGGATGTGTTCTCATTC;SOR=0.792;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=12;WE=4180698;WS=4180680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr19	4180836	rs352493	C	T	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	4202683	rs352513	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=1.164;SC=CCTCAAATTCTCAGCTGCTTC;SOR=1.781;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=4202691;WS=4202673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr19	4217207	rs353693	T	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=527;ReadPosRankSum=1.705;SC=AGGGATGGAATCCACAGGAGT;SOR=0.839;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=38;WE=4217215;WS=4217197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr19	4219608	.	C	T	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=833;ReadPosRankSum=0.825;SC=AGGCCCTGTTCATGAAGAGTG;SOR=0.848;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=57;WE=4219616;WS=4219598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,76:0.68:111
chr19	4229635	rs400089	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=0.600;SC=CCCCTGGGGGACTGGGGGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=23;WE=4229643;WS=4229625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr19	4236996	rs4740	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=293;ReadPosRankSum=0.685;SC=CAGGTACTACGTCCAAGTGGC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=27;WE=4237004;WS=4236986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr19	4237067	rs4905	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CCACTGCCACAATGAGCCTGG;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=10;WE=4237075;WS=4237057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr19	4247069	.	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr19	4250917	rs3803907	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr19	4250991	rs3803908	A	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.048;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr19	4251069	rs1045750	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
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chr19	4302172	.	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=-0.976;SC=TCAGAGGATCCTTCCTTAATC;SOR=0.097;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=4302180;WS=4302162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr19	4302504	rs888933	C	G	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=577;ReadPosRankSum=1.574;SC=GGTGTTCCAGCCTGCTGGGGG;SOR=0.535;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=46;WE=4302512;WS=4302494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr19	4306311	rs4807578	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=0.118;SC=GTGCCAGCCGTACCTACGAGC;SOR=0.836;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=12;WE=4306319;WS=4306301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr19	4308098	rs11669091	T	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TTGGCAAAAGTACATACTGAT;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=17;WE=4308106;WS=4308088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr19	4312103	rs3745989	C	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=0.553;SC=CTCTTCCAGCCTCCCGTCTCG;SOR=1.058;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=15;WE=4312111;WS=4312093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr19	4323451	.	G	A	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=825;ReadPosRankSum=0.622;SC=GCCCTCCGCGGCCCAGGGGGA;SOR=0.697;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=62;WE=4323459;WS=4323441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,76:0.58:130
chr19	4325115	rs2002349	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQRankSum=-1.221;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr19	4325327	rs10411394	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=644;ReadPosRankSum=0.016;SC=AAAGTGTAACGTGTCACATCA;SOR=0.581;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=49;WE=4325335;WS=4325317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,70:0.44:160
chr19	4325433	rs1138253	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,65:0.43:150
chr19	4328860	rs11882358	T	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=323;ReadPosRankSum=-2.525;SC=TCCGCTCTTCTGCACGTAAAC;SOR=0.680;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=35;WE=4328868;WS=4328850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,64:0.35:181
chr19	4331940	rs145454096	AAAAG	A	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=1.648;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.369;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr19	4332105	rs7258060	A	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=-0.348;SC=AAAGAATCCAAGTCAGTGAGC;SOR=0.798;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=25;WE=4332113;WS=4332095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr19	4333666	rs10413905	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-1.493;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr19	4333711	rs7247504	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=-0.286;SC=ATCTCCTGATCCCGGAGAATC;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=6;WE=4333719;WS=4333701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr19	4338586	rs35303066	CAGAG	C	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=492;ReadPosRankSum=1.644;SC=GACAGGGACTCAGAGAGGTGC;SOR=0.709;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=10;WE=4338597;WS=4338576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr19	4352763	rs11668153	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.57;QD=25.52;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	4352837	rs111765325	G	GA	1539.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.22;QD=41.61;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	4352838	rs11668187	C	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.02;QD=40.76;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	4352959	rs11882587	A	G	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=29;PP=1012;SC=ACGTTCTGGCAGGGGTCTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=4352967;WS=4352949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	4353841	rs7246177	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=7;PP=283;SC=ATTTCTTCTTTGTAAATAAGA;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=4353849;WS=4353831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	4355035	rs2041772	A	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	4355054	rs2041773	A	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	4355203	rs2041774	G	A	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=187;SC=GCATTCTGGGGAGGGTTGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=4355211;WS=4355193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	4357555	rs4807583	A	G	6520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=62;PP=1992;SC=CCAAGATCTCACCTTTCTGGG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=100;WE=4357563;WS=4357545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr19	4362691	rs243261	G	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=427;SC=CCCGGGGCTTGGGCTTATACT;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=4362699;WS=4362681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	4363564	rs139561776	TGA	T	1515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=982;SC=GCAAGGGGGCTGAGAGGGGAC;SOR=1.209;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=21;WE=4363573;WS=4363554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	4364376	.	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=288;ReadPosRankSum=0.926;SC=AAGCCATGCTGGCACCTCAGC;SOR=0.439;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=16;WE=4364384;WS=4364366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr19	4365495	.	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.511;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr19	4406160	rs243342	G	A	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=142;SC=ACTTATGCACGATTGGTGTTT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=4406168;WS=4406150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	4408751	rs243347	A	G	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=746;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=4408759;WS=4408741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	4431896	rs243371	C	T	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=11;PP=639;SC=AAAGAGTGCCCGGGCATAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=4431904;WS=4431886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	4442336	rs9352	C	T	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=22;PP=799;SC=CCGGATGCTGCGGGTGAGAAG;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=4442344;WS=4442326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	4442529	rs243382	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=280;SC=ATGCCAGGCATCGTTCTGGCC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=4442537;WS=4442519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	4442999	rs243383	T	G	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=27;PP=1314;SC=CACCCTGACCTCGAGCCCACT;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=4443007;WS=4442989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	4443046	rs2992	T	C	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=44;PP=1568;SC=GTATGTAGAATGCTTAGGGTG;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=102;WE=4443054;WS=4443036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	4446995	rs243389	C	T	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=43;PP=1172;SC=GTCCAGGGGCCCGGCTCTCGC;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=4447003;WS=4446985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	4452497	rs243395	G	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=3;PP=76;SC=TACCTGGGGCGGTGAAAGCGT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=4452505;WS=4452487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	4453324	rs376965	TG	CC	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=20;PP=1716;SC=CCACAACCTGTGTCCACCTTG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=4453333;WS=4453314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	4453856	rs144275315	TCCAGGGCCAGGCA	T	948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	4457496	rs10425328	CG	GC	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=3;PP=724;SC=CTGACCCTCGCGTGCCGCTCC;SOR=1.942;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=28;WE=4457505;WS=4457486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	4457650	rs1044510	C	T	7878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=23.88;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr19	4457792	rs12977256	T	A	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.57;QD=20.60;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	4472447	.	TGG	T	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr19	4472460	rs182316418	G	T	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.25;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr19	4475606	rs3816048	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=239;ReadPosRankSum=-0.683;SC=GGAGAGCCAGTGTGAAGCGCG;SOR=1.100;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=23;WE=4475614;WS=4475596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr19	4488926	rs10421685	G	A	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=4.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,64:0.59:109
chr19	4488949	rs34663282	CT	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=12.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr19	4491476	rs11878416	G	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=236;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GAGCTCAGCTGTCGTGGGTGG;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=13;WE=4491484;WS=4491466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr19	4493708	rs892161	A	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=472;ReadPosRankSum=0.508;SC=AGAAGGCGCCATCAGCCTCCG;SOR=1.571;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=35;WE=4493716;WS=4493698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr19	4496198	rs2288930	A	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=533;ReadPosRankSum=1.514;SC=GTGGAGGGCGACAGAAAGGGT;SOR=1.947;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=30;WE=4496206;WS=4496188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr19	4498154	rs919798	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr19	4498157	rs919797	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr19	4498245	rs2288926	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CTGCCCTTGAACAGCTGGCCC;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=9;WE=4498253;WS=4498235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr19	4498440	rs2288924	T	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CTCCCTTAGATGTCTCGGGAA;SOR=0.683;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=17;WE=4498448;WS=4498430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr19	4498700	rs10406139	A	T	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	4499023	rs67274054	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CCTGGGTCAGCGAGGAGGCCG;SOR=0.330;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=11;WE=4499031;WS=4499013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr19	4499632	rs72100503	AAGCTGGCCGGGGAGG	A	2354.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=44.43;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	4501361	.	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=0.387;SC=GTTTGGACTCCTGAGCGGCAG;SOR=1.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=15;WE=4501369;WS=4501351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr19	4502201	rs8887	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr19	4502282	rs13041	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.848;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr19	4502287	rs7254167	G	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=87;SC=TGGGGCGCAGGCGGCAGTGTC;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=4502295;WS=4502272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	4508945	rs8105775	A	G	5156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	4510388	rs56906779	AC	A	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=2.105;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr19	4510560	rs7251858	C	T	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=791;ReadPosRankSum=-1.927;SC=TGTGTGGTGGCCAAAAGCCCC;SOR=0.801;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=131;TCF=59;TCR=72;TR=56;WE=4510569;WS=4510550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,96:0.45:212
chr19	4511140	rs7255715	C	G	3954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=83;PP=2398;ReadPosRankSum=-1.269;SC=TCTGGACGGTCCCTTTGGCCA;SOR=0.744;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=289;TCF=122;TCR=167;TR=139;WE=4511148;WS=4511130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,184:0.48:381
chr19	4511341	rs74202324	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-3.377;QD=1.16;ReadPosRankSum=-3.808;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,66:0.15:442
chr19	4511350	rs7259721	T	A	9760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.829;NF=117;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=5.466;SC=CTTTGGCCACTTTCGCAGCAC;SOR=0.745;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=235;TCF=124;TCR=111;TR=209;WE=4511358;WS=4511331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,377:0.85:441
chr19	4511375	.	CCA	C	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.644;ClippingRankSum=0.000;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=28.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-7.582;QD=1.38;ReadPosRankSum=-7.946;SOR=3.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:393,44:0.10:437
chr19	4511379	.	G	GAC	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.279;ClippingRankSum=0.000;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=34.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-8.905;QD=1.37;ReadPosRankSum=-8.443;SOR=3.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:388,43:0.10:431
chr19	4511453	rs7255187	G	A	12697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=146;NR=137;PP=2965;SC=GGCCACGTTCGCAGCACCGGT;SOR=0.705;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=298;TCF=157;TCR=141;TR=283;WE=4511461;WS=4511443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr19	4511525	rs7256712	A	G	14836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=190;NR=137;PP=2965;SC=GTCTACACCCATCTGGACGGC;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=193;TCR=138;TR=327;WE=4511533;WS=4511515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr19	4511575	rs62115185	C	G	6671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=2.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-4.162;QD=13.48;ReadPosRankSum=-7.630;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,187:0.38:495
chr19	4511578	rs62115186	A	G	6613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=2.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-4.645;QD=13.53;ReadPosRankSum=-8.124;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,177:0.36:489
chr19	4511580	rs78884463	CA	TG	6434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=1.841;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-4.284;QD=13.32;ReadPosRankSum=-8.369;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,169:0.35:483
chr19	4511598	rs76022477	AC	GG	3790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.022;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.677;NF=24;NR=42;PP=2544;ReadPosRankSum=-9.451;SC=GTACCAGTTAACACAGTCTTG;SOR=0.979;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=226;TCF=111;TCR=115;TR=66;WE=4511607;WS=4511588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,101:0.24:425
chr19	4511619	rs77044499	TG	CA	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=16.457;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-3.859;QD=2.17;ReadPosRankSum=-9.447;SOR=1.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,31:0.10:314
chr19	4511622	rs62115187	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=21.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-4.257;QD=0.81;ReadPosRankSum=-8.677;SOR=2.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,22:0.07:302
chr19	4511647	rs7256387	C	G	6749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=87;PP=2965;SC=CTTTGGCCAACTTCACAGCCC;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=155;WE=4511655;WS=4511637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	4511725	rs73920825	T	C	6383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=46.60;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	4511725	.	TTGGATGGCCCCT	CTGGACGGCCCCC,CTGGACGGCCCCT	2934	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=26;MQ=53.12;NF=46,78;NR=25,66;PP=2934,2260;QD=20;SC=CCAGGCCCCCTTGGATGGCCC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=201;TCF=110;TCR=91;TR=71,144;WE=4511754;WS=4511715;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.35:201
chr19	4511730	rs62115190	T	C	6235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.82;QD=42.71;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	4511830	rs7257142	A	G	5638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-3.054;NF=85;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.434;SC=TGGTCTGGACAGTCCCTTTGG;SOR=0.667;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=403;TCF=200;TCR=203;TR=192;WE=4511838;WS=4511820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,279:0.53:529
chr19	4511908	rs10423606	C	T	14083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.682;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.596;NF=140;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=9.919;SC=CGGTCTTGGCCGTGTCTACAC;SOR=0.421;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=355;TCF=167;TCR=188;TR=258;WS=4511898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,360:0.85:426
chr19	4511927	rs10422025	G	A	18061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=44.82;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr19	4511929	rs10424401	A	G	18305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=44.87;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr19	4511955	rs7260518	T	C	11969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=173;PP=2962;SC=TTCACAGCACTGGTCACCCCA;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=158;TCR=176;TR=330;WE=4511963;WS=4511898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr19	4512669	rs55901236	T	C	6811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=91;PP=2965;SC=CTGCAGACGGTGTCCTTTGTA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=184;WE=4512677;WS=4512659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr19	4513143	rs4807595	CA	TG	6260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=46;PP=2947;SC=TTCATGGCACCAGTCACCCCA;SOR=1.114;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=117;WE=4513152;WS=4513133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	4513559	rs4807597	A	G	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=54;PP=2091;SC=GCTGGACACCACCTCCTTGGT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=105;WE=4513567;WS=4513549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	4516560	.	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=0.966;SC=AGCAGGAACTGAAATGTCGCA;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=9;WE=4516568;WS=4516550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr19	4517736	.	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GGGTGTGCAGGATGAGCAGGC;SOR=0.649;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=23;WE=4517744;WS=4517726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr19	4523980	.	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=765;ReadPosRankSum=-1.213;SC=CGCCGCACCTCAGCCACCTTC;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=51;WE=4523988;WS=4523970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,68:0.49:138
chr19	4525046	rs1610090	A	G	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=24;PP=903;SC=TTCCCAGGGCAGGCCGGGGCG;SOR=0.775;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=49;WE=4525054;WS=4525036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	4529622	rs147345372	TACACACACACAC	T	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.64;QD=38.56;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	4538599	rs966384	G	A	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=46;PP=1525;SC=AAGAGGCCCGGGGGCAGCCCG;SOR=1.132;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=76;WE=4538607;WS=4538589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	4544645	rs28731213	T	A	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.85;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	4546592	rs112691576	T	TTTAA	751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=41.76;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	4548015	rs4807602	G	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=708;SC=TCCCGCCCACGGCTGGCCTGG;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=4548023;WS=4548005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	4548245	rs10853972	C	A	6271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=76;PP=2965;SC=CTCCTGCTGGCGACCCCTTCC;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=163;WE=4548253;WS=4548235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	4550698	rs2043328	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=218;SC=AACTGTATAACGGGTACAGCT;SOR=1.426;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=4550706;WS=4550688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	4554583	rs1610094	A	C	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=40;PP=1189;SC=AAGGGGGGACATAGGCTGGTT;SOR=1.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=4554591;WS=4554573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	4555310	rs10853973	T	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=297;SC=AAGCCCCAAATCCCGCTGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=4555318;WS=4555300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	4556816	rs62115778	C	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=-1.277;SC=CCAGGGCTGGCAGTTGGGCGG;SOR=0.560;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=4556824;WS=4556806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr19	4556916	rs117217779	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=-2.384;SC=CATGGGTAATGCCAGGGCTGA;SOR=0.313;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=13;WE=4556924;WS=4556906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr19	4557056	rs10422881	A	C	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=31;PP=1344;SC=TGAGGGGGTAACGGGTCCCAG;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=4557064;WS=4557046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	4557299	rs17434453	C	T	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=773;ReadPosRankSum=-2.060;SC=TCCATCCTTCCCACTGCCAAT;SOR=0.689;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=55;WE=4557307;WS=4557289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,94:0.61:154
chr19	4557437	rs11673058	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CTGCCCGGCACGCCCCACGGA;SOR=2.387;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=4557445;WS=4557427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr19	4558431	rs2304213	C	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-1.003;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.142;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr19	4670139	rs113015946	G	A	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=580;ReadPosRankSum=0.482;SC=GGGCCTGCCAGCACTCAAATA;SOR=0.931;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=41;WE=4670147;WS=4670129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,74:0.48:153
chr19	4684642	rs8105807	A	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=429;ReadPosRankSum=2.212;SC=CCCGAGACCCAAAGGACCCAG;SOR=0.644;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=35;WE=4684650;WS=4684632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,71:0.49:144
chr19	4685276	rs10421782	A	C	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1071;ReadPosRankSum=0.614;SC=AGATGGTCCAACTGCCAATCT;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=164;TCF=78;TCR=86;TR=76;WE=4685284;WS=4685266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,147:0.51:291
chr19	4700187	rs2277735	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,48:0.48:100
chr19	4704398	.	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=289;ReadPosRankSum=1.136;SC=CCTCGGGCTGGGGCATTCCCA;SOR=0.646;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=17;WE=4704406;WS=4704388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr19	4705954	.	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,46:0.44:104
chr19	4714044	rs2277733	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=1.847;SC=CAGGGAACTGTGGTCCCAGAT;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=8;WE=4714052;WS=4714034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr19	4714468	rs7251000	C	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=189;SC=CTGCCGCTTTCCCCACTCCCT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=4714476;WS=4714458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	4722408	rs116853154	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=-0.272;SC=TCCAGGGCCATAGAAAACCAT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=4722416;WS=4722398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr19	4769740	rs11878617	C	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr19	4772128	.	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.104;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=301;ReadPosRankSum=-1.193;SC=ACTGCACATGGTTACCTGTTC;SOR=0.200;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=21;WE=4772136;WS=4772118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
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chr19	4772343	rs3760954	T	C	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=675;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CTGCAGCACATAGTCCAATTA;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=48;WE=4772351;WS=4772333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,72:0.46:155
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chr19	4847713	rs9973235	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=9;PP=573;SC=CAGGCTTAGGACCTGCGACAG;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=4847721;WS=4847703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr19	4852106	rs2271058	A	G	14554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.812;SC=ACCCCACTCAACACCATCTGG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=150;TCR=144;TR=292;WE=4852114;WS=4852096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,560:1.00:562
chr19	4852137	rs1055919	C	T	5088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=69;PP=2038;ReadPosRankSum=0.894;SC=AGCCCATGACCGATTGGACGC;SOR=0.658;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=282;TCF=140;TCR=142;TR=144;WE=4852145;WS=4852127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,253:0.50:509
chr19	4852337	rs2271057	A	C	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1382;ReadPosRankSum=0.998;SC=CAGCATCAGCATCTCTGCCTT;SOR=0.513;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=169;TCF=69;TCR=100;TR=90;WE=4852345;WS=4852327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,120:0.50:240
chr19	4859937	rs8289	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=-0.151;SC=ACAGTCTTGATGTGCGGGTAG;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=21;WE=4859945;WS=4859927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr19	4896948	rs35308440	C	CT	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
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chr19	4929124	rs148082424	G	GC	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
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chr19	4941456	rs2251519	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=294;ReadPosRankSum=-1.096;SC=CCAGGCATCCCGAGAACCCGT;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=17;WE=4941464;WS=4941446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
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chr19	4944596	rs2251117	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=255;ReadPosRankSum=1.433;SC=AGGAGGGGTGTGGAAAGCCTG;SOR=1.071;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=24;WE=4944604;WS=4944586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr19	4945974	rs2250978	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	4954454	rs2247238	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.214;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr19	4954658	.	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.759;NF=10;NR=4;PP=236;ReadPosRankSum=-0.858;SC=CCACCCTCTTCCAGGAGGTGG;SOR=1.473;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=14;WE=4954666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr19	4954679	rs55946225	G	GC	1663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=18;PP=1509;SC=CCCGAGCAGGGCGGGTCCCCG;SOR=1.105;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=35;WE=4954687;WS=4954669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	5041178	rs2240678	T	C	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=31;PP=1320;SC=AGGACTTTGATGACCTTGAAC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=5041186;WS=5041168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	5041316	rs2240679	T	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=469;ReadPosRankSum=0.965;SC=TGGGTGGTGGTGGGAGGGCCC;SOR=0.788;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=29;WE=5041324;WS=5041306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
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chr19	5070809	rs730291	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.459;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=292;ReadPosRankSum=1.177;SC=TCCTCACTCCCCGCTCCTCCA;SOR=1.473;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=22;WE=5070817;WS=5070799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr19	5111994	rs2613736	A	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=25;PP=643;SC=GCCAGGCACGATCGCTCACAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=5112002;WS=5111984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	5119907	.	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.592;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.624;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=0.067;SC=GTTTTCCCACCCCCGTGGGCA;SOR=0.126;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=5119915;WS=5119897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr19	5132051	rs2620839	G	A	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=870;SC=GGCTCTCATCGGCCCTGCTCC;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=5132059;WS=5132041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	5135392	rs2620836	A	G	5047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=41;PP=1874;SC=CTCCCTCGGAAAGGGCTGCCC;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=97;WE=5135400;WS=5135382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	5151324	.	C	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.451;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr19	5206775	rs1143700	A	G	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=766;ReadPosRankSum=-0.039;SC=GCCTGGGGGGAACCATGGCTT;SOR=0.366;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=55;WE=5206783;WS=5206765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,96:0.67:144
chr19	5211568	rs55858361	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=370;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GGCTCCTTCTGGGGCCCTGAG;SOR=0.610;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=23;WE=5211576;WS=5211558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr19	5214533	rs9304921	A	G	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=39;PP=1553;ReadPosRankSum=1.557;SC=GGACAGGCTGACTGGCAGGGG;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=86;TCR=66;TR=90;WE=5214541;WS=5214523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,110:0.58:190
chr19	5214697	rs4807697	A	G	5879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=94;PP=2965;SC=GCGTTCTGACACCGGTAGCCG;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=56;TCR=95;TR=150;WE=5214705;WS=5214687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	5216896	rs5826875	C	CG	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.718;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr19	5220900	rs10412973	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-2.493;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr19	5222071	rs3746132	G	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=508;ReadPosRankSum=0.325;SC=TGAGCCTTAAGCCCTGCTGAA;SOR=1.013;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=28;WE=5222079;WS=5222061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr19	5225555	rs35664173	C	CG	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GAGGCAGGGGCGGGGGGGGCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=5225563;WS=5225549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr19	5257341	rs112290142	G	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=530;ReadPosRankSum=1.294;SC=AACAAGCTTCGCTGGGTGCCG;SOR=0.873;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=39;WE=5257349;WS=5257331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr19	5260878	rs36016542	T	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.19;MQRankSum=1.379;NF=4;NR=6;PP=329;ReadPosRankSum=0.300;SC=ACAAGGCGGTTGTTGGGGGGC;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=10;WE=5260887;WS=5260868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr19	5260879	rs10708972	GT	G	653.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.342;NF=1;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=-0.009;SC=CAAGGCGGTTGTTGGGGGGCC;SOR=0.767;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=7;WE=5260887;WS=5260868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr19	5260933	rs7246162	A	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=0.354;SC=GCCAGGCCTCAGCACTCTGCC;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=8;WE=5260941;WS=5260923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr19	5263061	rs55840918	G	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=10.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr19	5264967	rs4807017	A	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=697;ReadPosRankSum=0.216;SC=GATGCTCCCCACCCCCTGCTG;SOR=0.512;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=49;WE=5264975;WS=5264957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,75:0.54:140
chr19	5455422	rs4375786	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=1.218;SC=AGAACCCTGGTGACTCCTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=5455430;WS=5455415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr19	5455611	rs2240743	C	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=532;ReadPosRankSum=-1.288;SC=GCCCTCGCGTCCTGGCCACAG;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=40;WE=5455619;WS=5455601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr19	5455796	rs420325	A	G	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=870;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CCGCGCAGGCAGTGGTACGGG;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=58;WE=5455804;WS=5455786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,80:0.58:137
chr19	5455971	rs8103406	G	T	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=3.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.52;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,85:0.46:183
chr19	5455978	rs8107825	T	C	3420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=3.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.29;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,83:0.44:187
chr19	5455990	rs17304380	G	A	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.888;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=2815;ReadPosRankSum=-0.242;SC=CTGATCCGCCGCTACGACTGC;SOR=0.562;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=59;WE=5455998;WS=5455961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,91:0.44:205
chr19	5456450	rs8111108	T	C	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1473;ReadPosRankSum=0.977;SC=TGGATGAGTATGAGGAGGGCG;SOR=0.528;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=214;TCF=129;TCR=85;TR=115;WE=5456458;WS=5456440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,162:0.53:305
chr19	5456930	rs2240747	A	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=-0.935;SC=ACCCATCCCCATCAAGCCTAA;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=5456938;WS=5456920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	5593918	.	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=215;ReadPosRankSum=-1.944;SC=AGGTCGTAGGGCCTCCGCCCG;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=19;WE=5593926;WS=5593908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
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chr19	5600370	rs2285969	A	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=654;ReadPosRankSum=0.703;SC=ACGTCCACACAAAACAAATCA;SOR=0.752;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=44;WE=5600378;WS=5600360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,74:0.54:137
chr19	5661896	.	AT	A	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr19	5661945	rs144191205	G	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GCGGAGGCTGGAGTGCAGTGA;SOR=2.022;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=16;WE=5661953;WS=5661935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr19	5663920	rs3745628	T	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=376;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GAGAGAACACTCTTGGTGAAA;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=27;WE=5663928;WS=5663910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr19	5667204	rs148831822	AC	A	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=7.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=2.206;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,19:0.21:90
chr19	5684775	rs35832694	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=1.791;SC=CACCAAACACGGGTGGCTGTG;SOR=1.680;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=15;WE=5684783;WS=5684765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr19	5687059	rs113901360	G	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr19	5687507	rs202221949	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=0.392;SC=GCCGTCCGCGCCCCCAGGCCG;SOR=0.736;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=15;WE=5687515;WS=5687497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr19	5691987	rs3835296	T	TCAGTTCTGGCCCAGACAGGGCCTGACATC	1069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=10.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.18;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr19	5692311	rs3818815	G	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=101;ReadPosRankSum=0.703;SC=CCTGGGGACCGGCGATACACA;SOR=0.138;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=10;WE=5692319;WS=5692301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr19	5694630	rs2436514	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr19	5696146	rs3745624	G	A	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=563;ReadPosRankSum=0.147;SC=GCTCGGGGATGGTGTCCGTGA;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=42;WE=5696154;WS=5696136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,74:0.47:159
chr19	5696245	rs4073993	A	G	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=48;PP=1665;SC=CCCAGGCCCCAGACAGGCCCC;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=93;WE=5696253;WS=5696235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	5707204	rs945828	T	C	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=33;PP=871;SC=GGCATCTGTGTGTGTAGGGCC;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=60;WE=5707212;WS=5707194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	5707628	rs3737237	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr19	5727414	rs5826899	C	CT	835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=542;ReadPosRankSum=1.505;SC=TAGATTTGCCCCATTCATTCG;SOR=0.877;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=15;WE=5727422;WS=5727404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr19	5746121	rs77656808	C	CA	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=0.727;SC=TGGCCTCCTCCAGAGGGGCCG;SOR=0.477;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=5746129;WS=5746111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	5749070	rs58136456	C	T	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.907;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,89:0.49:183
chr19	5759231	rs11879365	T	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=37;PP=1056;SC=GAGAAGCAGGTCTGAGATCAG;SOR=1.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=5759239;WS=5759221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	5763377	.	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.026;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=456;ReadPosRankSum=-2.179;SC=GGCCCTGAGGTTGCAATGAGC;SOR=1.398;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=26;WE=5763385;WS=5763367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr19	5766090	rs2446200	T	C	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	5768331	rs10680062	T	TTTTA	843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=20;PP=977;SC=AAATTAGGAATTTTATTTATT;SOR=3.258;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=21;WE=5768339;WS=5768321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	5772742	.	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=377;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CTGTGGCCCGGGTCTTCCTGG;SOR=1.209;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=26;WE=5772750;WS=5772732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr19	5787446	.	G	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GCTGCCCGGAGGCCCCCACCA;SOR=0.910;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=16;WE=5787454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr19	5788228	rs113274115	GCA	G	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=3.666;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.643;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,39:0.19:210
chr19	5827620	rs8106995	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=404;ReadPosRankSum=-1.261;SC=AAATTTGGGACCTGGGAGTGA;SOR=0.235;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=25;WE=5827628;WS=5827618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	5831724	rs112313064	T	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.88;QD=30.03;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	5832209	rs778805	G	A	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=694;ReadPosRankSum=1.353;SC=TGCCGCCTCGGGGAGCGTGGG;SOR=0.917;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=50;WE=5832217;WS=5832199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,67:0.43:157
chr19	5832589	rs9807877	A	C	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.942;NF=32;NR=57;PP=1619;ReadPosRankSum=0.970;SC=GGGTCAGAGTATCTGGGAAGT;SOR=0.962;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=166;TCF=64;TCR=102;TR=89;WE=5832597;WS=5832579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,125:0.53:238
chr19	5843680	.	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr19	5843784	rs3894326	A	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=0.515;SC=CCAAGCCGCTATGCTGCGCAC;SOR=1.220;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=15;WE=5843792;WS=5843774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr19	5844537	rs778986	A	G	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=75;PP=2715;SC=CACGATGACCATGTCTGCCTG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=155;WE=5844545;WS=5844527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	5844649	rs812936	G	A	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=17;PP=1864;SC=GGCCATGTCCGTAGCAGGATC;SOR=2.762;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=94;WE=5844657;WS=5844639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	5844792	rs28362459	A	C	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.889;SC=CTGAAATAGCAGTGCGGCCAG;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=86;TCR=107;TR=101;WE=5844800;WS=5844782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,129:0.46:278
chr19	5866585	rs778982	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.780;NF=19;NR=14;PP=443;ReadPosRankSum=0.916;SC=AGTGAGGTCCCGGCAGCCCAG;SOR=0.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=33;WE=5866593;WS=5866575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr19	5866654	rs778983	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-4.030;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.916;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr19	5866736	rs57100281	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.185;NF=1;NR=7;PP=68;ReadPosRankSum=0.629;SC=CTCCCGCCAGTGAAAGTAGCT;SOR=1.880;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=8;WE=5866744;WS=5866726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr19	5866840	rs702065	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.46;MQRankSum=-1.655;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.496;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr19	5867154	rs140776824	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.198;NF=19;NR=13;PP=490;ReadPosRankSum=-0.976;SC=TTGAGCGGTGGGTGGGCAGGC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=32;WE=5867162;WS=5867144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr19	5892797	rs72989069	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr19	5931549	.	G	A	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=750;ReadPosRankSum=-0.019;SC=GGGACTGTGGGAGGGAAGGAG;SOR=0.538;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=30;TCR=82;TR=50;WE=5931557;WS=5931539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr19	5994823	rs71942694	CGAG	C	2302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=10;PP=1342;SC=TTTGGAACCTCGAGGAGGCGC;SOR=1.480;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=28;WE=5994833;WS=5994813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	5995450	rs452767	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=6;PP=366;SC=CACCTGCTGCTCAGGCATCAC;SOR=1.508;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=19;WE=5995458;WS=5995440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	5995582	rs2302222	T	C	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=22;PP=849;SC=CCTGGGAGGGTCGTGGTGGGA;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=46;WE=5995590;WS=5995572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	6001738	.	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5193;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=0.051;SC=TTTGCTCTGAGCTCACCAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=11;WE=6001746;WS=6001728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr19	6007844	.	G	A	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=1025;ReadPosRankSum=3.682;SC=GAGACAGACGGGTGCGTGCGC;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=73;WE=6007852;WS=6007834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,125:0.52:239
chr19	6042059	rs2288846	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=400;ReadPosRankSum=0.530;SC=ACGCACATGGCTCCATTGGTG;SOR=0.483;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=35;WE=6042067;WS=6042049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr19	6141471	rs10853992	C	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=256;ReadPosRankSum=-0.453;SC=TTGGCCTCATCCCTACAGCCC;SOR=0.804;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=23;WE=6141479;WS=6141461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr19	6141758	rs9304926	G	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.332;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=1.637;SC=CCACCCTTTTGTTTTGAGACA;SOR=3.258;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=8;WE=6141766;WS=6141748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr19	6141809	rs9304927	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CAGTGGTGCAGTCATAGCTCA;SOR=2.494;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=5;WE=6141817;WS=6141799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr19	6147743	rs9304929	G	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=0.837;SC=ATAGGTAACAGACATACATAC;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=15;WE=6147751;WS=6147733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr19	6151549	rs10422296	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CTCGAACTTCTGGCCTCAAGC;SOR=0.593;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=6151557;WS=6151539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr19	6151703	rs7252466	C	T	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr19	6156483	rs4807840	T	C	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=705;ReadPosRankSum=0.552;SC=TCTGCCGAGGTTTGTCAATAT;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=48;WE=6156491;WS=6156473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,99:0.48:205
chr19	6156510	rs33937754	A	G	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.95;MQRankSum=0.937;NF=31;NR=31;PP=864;ReadPosRankSum=1.192;SC=ACTCATGCCAAAGTGAACATC;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=62;WE=6156518;WS=6156500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,99:0.46:214
chr19	6161110	rs372263768	C	CAAA	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=13;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=2.112;SC=GACTGTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=6;WE=6161118;WS=6161100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	6190811	rs34836033	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.956;NF=1;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-0.980;SC=AACACACACATACACACATAC;SOR=0.399;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=6190831;WS=6190801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr19	6190823	.	T	TACACACAC,TACAC	259.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.43;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=252;SC=CACACATACATACACACACAC;SOR=1.329;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=6190831;WS=6190801;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:6
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chr19	6361845	rs57445020	G	GC	2001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=36;PP=1927;SC=TCGGCTGGCTGCCCCGGCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=48;WE=6361853;WS=6361835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	6364500	rs7260547	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=247;ReadPosRankSum=0.899;SC=TCTACGACACGATGCAGTACA;SOR=0.511;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=19;WE=6364508;WS=6364490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr19	6411830	rs113579663	C	G	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=937;ReadPosRankSum=-0.946;SC=ACCGGGCAGACGACTCGGAGC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=62;WE=6411838;WS=6411820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,91:0.48:188
chr19	6415443	rs1616305	T	C	6508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=73;PP=2068;SC=GCTGTGGGGGTGCTCCGGGCT;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=132;WE=6415451;WS=6415433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	6415711	rs62107578	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=462;ReadPosRankSum=1.197;SC=CGGCCCACGCGGCGTTGGGGT;SOR=0.957;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=29;WE=6415719;WS=6415701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr19	6418142	rs2860167	C	T	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=838;ReadPosRankSum=-0.576;SC=TGCCCCACACCCCCCCACCTC;SOR=0.656;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=41;TCR=90;TR=56;WE=6418150;WS=6418132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,78:0.41:188
chr19	6418237	rs72983829	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=-1.615;SC=ACCTGCCACTTTAATGGGGAG;SOR=0.141;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=15;WE=6418245;WS=6418227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr19	6427408	rs3760750	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-5.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.191;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=543;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GCAGGTAGCCGCGGTAAAGGG;SOR=0.400;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=49;WE=6427416;WS=6427398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,75:0.56:134
chr19	6442163	.	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.609;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr19	6442182	.	CG	GG	466	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=13;HapScore=4;MGOF=30;MMLQ=14;MQ=59.07;NF=0,0;NR=11,11;PP=197,466;QD=19.4545454545;SC=TGGGAGGGGGCGGGGGGGGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=11,11;WE=6442190;WS=6442172;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr19	6442182	.	CG	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=18.195;HP=13;HapScore=4;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=14;MQRankSum=-0.000;NF=0,0;NR=11,11;PP=197,466;ReadPosRankSum=-0.547;SC=TGGGAGGGGGCGGGGGGGGCA;SOR=2.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=11,11;WE=6442190;WS=6442172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr19	6443472	rs145180922	CA	C	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=0.719;SC=CTCCTGGACTCAAATGATCCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=6443480;WS=6443462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	6443675	rs348341	G	A	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	6452305	rs173229	A	G	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=27;PP=1327;SC=GGGAAAGAGGAACGCGCTGCC;SOR=1.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=6452313;WS=6452295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	6456146	rs111282539	A	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.114;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr19	6456324	rs10425555	T	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=490;ReadPosRankSum=-1.548;SC=GCCTTCTCCTTCTGGAAAGTC;SOR=0.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=29;WE=6456332;WS=6456314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr19	6456339	rs10425567	T	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=571;ReadPosRankSum=0.260;SC=AAAGTCCTGGTCCAGCCCATC;SOR=0.369;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=32;WE=6456347;WS=6456329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr19	6457367	rs348370	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.97;MQRankSum=-0.797;NF=12;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=0.716;SC=TGTGAGCCACTGCGCCTGGCC;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=17;WE=6457375;WS=6457357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr19	6458240	rs2289784	G	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=350;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TGTGAAACATGAGCAGCAGAC;SOR=0.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=23;WE=6458248;WS=6458230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
chr19	6459677	rs118160965	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=565;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CCGGCAGCGGCGGCCTCAGTG;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=20;TCR=66;TR=40;WE=6459685;WS=6459667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chr19	6466482	rs348362	A	G	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=409;ReadPosRankSum=-1.550;SC=TGCAGCGTCCAGAAGCCATCA;SOR=0.613;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=33;WE=6466490;WS=6466472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr19	6468040	rs116930831	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=400;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CATCCAAAGACGAGGCATTTT;SOR=0.905;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=33;WE=6468048;WS=6468030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr19	6469042	rs112143621	C	CT	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr19	6471123	rs202082317	AT	A	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5211;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=0.682;SC=CACCTAGCGAATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=7;WE=6471131;WS=6471113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
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chr19	6495064	rs446199	C	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.05;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr19	6535080	rs2234182	T	C	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=732;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CGGAATAACGTCCAGCCTGGG;SOR=0.515;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=45;WE=6535088;WS=6535070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr19	6583564	rs72193958	CTTTTTTTTTTTT	C	99.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.05;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	6585921	rs453462	G	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=CCACCACTACGCCCCACCACA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=6585929;WS=6585911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	6586268	rs1862511	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=0.456;SC=TCGTGGAGGAGCAGATGGCCA;SOR=0.955;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=18;WE=6586276;WS=6586258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr19	6590789	rs344589	A	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=496;ReadPosRankSum=0.816;SC=TACCCATCTCATTCTGTCTTT;SOR=1.085;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=41;WE=6590797;WS=6590779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr19	6665020	rs344560	T	C	4527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=63;PP=1711;ReadPosRankSum=-0.138;SC=ACGACCACCTTCTCCCCAGCC;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=265;TCF=126;TCR=139;TR=117;WE=6665028;WS=6665010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,228:0.51:446
chr19	6666908	.	A	AAAAT	403.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.37;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	6669934	rs2291668	G	A	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=800;ReadPosRankSum=0.639;SC=CGGCCAGCCCGGCCCCCATCA;SOR=0.562;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=51;WE=6669942;WS=6669924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,90:0.53:171
chr19	6677989	rs17030	G	A	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=712;ReadPosRankSum=0.108;SC=CGTCCTCCTCGGGCCAGTGCT;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=50;WE=6677997;WS=6677979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,88:0.58:152
chr19	6678042	.	G	A	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.155;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;ReadPosRankSum=0.985;SC=AGGCTGGAGGGAAGAATGGCA;SOR=0.442;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=49;WE=6678050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,81:0.60:136
chr19	6678474	rs11569565	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=426;ReadPosRankSum=0.637;SC=ACACTGTGGGGGAGAGGCAGA;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=30;WE=6678482;WS=6678464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr19	6679360	rs344555	T	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=29;PP=1126;SC=ATGGGATAGATGACCTGGGTA;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=6679368;WS=6679350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	6679511	rs2277984	C	T	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=2.706;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,110:0.48:227
chr19	6679563	rs2277983	T	C	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=695;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CCAAAGACCATGCCTGGGAGG;SOR=0.560;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=118;TCF=46;TCR=72;TR=63;WE=6679571;WS=6679553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,72:0.47:153
chr19	6686089	rs11569536	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.160;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=-0.619;SC=GTGGGAAGCCGCAGGAGACAG;SOR=2.636;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=9;WE=6686097;WS=6686079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr19	6689331	.	T	TCTACCTACCTAC	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr19	6690461	rs6417195	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=0.180;SC=ATTAGAGGGCGGGTCTGTATT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=6690469;WS=6690451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	6690613	rs3745568	T	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=475;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TAAGGTAGGGTAGGGTGGGAA;SOR=0.862;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=29;WE=6690621;WS=6690603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr19	6696342	rs2287848	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=-1.215;SC=ATTTGGCTCCATCCATGCCCT;SOR=2.939;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=7;WE=6696350;WS=6696334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	6696496	rs2287847	T	C	3081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=34;PP=1278;ReadPosRankSum=-3.233;SC=GAGTGAGAGATACCGATGGCT;SOR=0.850;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=166;TCF=98;TCR=68;TR=85;WE=6696504;WS=6696486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,149:0.55:271
chr19	6696557	rs2287846	C	G	3940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=5.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=2.186;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,194:0.61:319
chr19	6696597	rs2287845	G	A	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=1051;ReadPosRankSum=0.153;SC=CCCTGCAGCCGACTCACCACG;SOR=0.391;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=79;WE=6696605;WS=6696587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,128:0.61:211
chr19	6696691	rs2355315	G	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr19	6696699	rs2253756	G	A	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.94;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr19	6696789	rs2355316	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GCGGTGGCTCGTGCCTGTGAT;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=6696797;WS=6696779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr19	6697214	.	AT	A	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=24;QD=25.5;SC=TGCTTCTGAAATTCTGGGACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=2;WE=6697222;WS=6697204;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr19	6697406	rs423490	A	G	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=25;PP=892;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GATGGTAGACAGCAGCCTTGA;SOR=0.849;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=160;TCF=98;TCR=62;TR=73;WE=6697414;WS=6697396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,123:0.48:254
chr19	6697829	rs366510	G	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr19	6702598	rs406514	G	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=644;ReadPosRankSum=0.164;SC=TACCTGCAGGGGGTTTAGATC;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=44;WE=6702606;WS=6702588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,70:0.47:148
chr19	6707618	.	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr19	6708107	rs10659507	T	TTCTC	601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.910;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
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chr19	6710584	rs112132860	GGA	G	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr19	6710782	rs2230203	G	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=351;ReadPosRankSum=-0.381;SC=TGATGGACAGGGGCAGCACCA;SOR=0.700;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=25;WE=6710790;WS=6710772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr19	6712483	.	G	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,72:0.51:140
chr19	6713175	rs11085197	G	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=0.200;SC=GTGGTCCTGAGCCTGGCCTTC;SOR=0.871;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=11;WE=6713183;WS=6713165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr19	6713262	rs1047286	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=361;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TTCTGCTCGGGGGTTCTGCAC;SOR=0.953;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=22;WE=6713270;WS=6713252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,48:0.42:113
chr19	6714320	.	G	A	3371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,170:0.50:339
chr19	6714409	.	G	A	3546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=62;PP=1520;ReadPosRankSum=-1.618;SC=ACGCCAAGCTGGTTCTGAGAA;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=99;TCR=133;TR=109;WE=6714417;WS=6714399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,183:0.49:370
chr19	6718387	rs2230199	G	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=507;ReadPosRankSum=0.012;SC=AACTTGTTGCGCCCCTTTTCT;SOR=0.743;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=33;WE=6718395;WS=6718377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,63:0.46:137
chr19	6718534	rs2250656	T	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=422;ReadPosRankSum=0.322;SC=TTCTTGGTCTTCCGAGGTGGC;SOR=1.814;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=20;WE=6718542;WS=6718524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr19	6731057	rs2279624	T	C	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=25.51;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	6731304	rs2279626	G	A	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=22;PP=766;SC=CTGCAGGGGCGCGAGCAGGCG;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=40;WE=6731312;WS=6731294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	6731766	rs1702375	C	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.72;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	6732018	rs2291666	C	T	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=46;PP=2386;SC=AGCCTCAGCCCGGGGGCAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=87;TCR=47;TR=133;WE=6732026;WS=6732008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	6732476	rs117899024	G	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.100;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=-0.141;SC=AGCAGAGTGGGGGACACTCAC;SOR=0.269;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=26;WE=6732484;WS=6732466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chr19	6732615	rs2047139	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.87;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr19	6732982	rs2012357	G	A	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	6733517	rs339395	A	G	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=24;PP=1257;SC=GGGGTGAGGCACTCTGGGCCC;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=6733525;WS=6733507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	6734131	rs339397	C	G	5511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=77;PP=2589;SC=GGGAAAACGGCATGGGGAGTG;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=135;WE=6734139;WS=6734121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	6737481	rs340138	T	C	6529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=74;PP=2751;SC=CAGCGCCAGCTGGTGGATGCG;SOR=0.838;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=164;WE=6737489;WS=6737471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr19	6737509	rs339401	G	A	10641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.44;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr19	6737509	.	GCAGCAGC	ACAGCAGC,ACAGCAGT	1440	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=106,49;NR=81,38;PP=1440,1150;QD=7.88647707244;SC=CAGCCACCCAGCAGCAGCACC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=107;TCR=84;TR=187,87;WE=6737524;WS=6737499;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:191
chr19	6737516	rs11539591	C	T	2890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,150:0.49:309
chr19	6739710	rs2303109	G	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	6743393	.	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	6743399	rs381897	A	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=368;SC=TACTCCCTTGACCCCTACTTA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=6743407;WS=6743396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	6743634	rs339407	G	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
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chr19	6751029	.	AT	A	329	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=26;MQ=59.38;NF=8;NR=3;PP=329;QD=33.0;SC=AAAATAATAAATTTTGCCTAA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=11;WE=6751037;WS=6751019;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,11:0.48:23
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chr19	6751279	.	AGC	GGT	1420	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=16;PP=1420;QD=52.6238526737;SC=GGCCACGGGGAGCCCCAGGAC;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=28;WE=6751301;WS=6751269;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr19	6751281	rs1049230	C	T	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=-1.729;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,55:0.42:130
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chr19	6754774	rs168129	C	A	5854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=74;PP=2734;SC=TCAGGTGAAGCGTGATTATGT;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=142;WE=6754782;WS=6754764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	6755007	rs2305806	T	C	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=628;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CCTGTGGTCTTGTAAAACATC;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=51;WE=6755015;WS=6754997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,87:0.51:172
chr19	6760664	.	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=335;ReadPosRankSum=-0.083;SC=AGGCTCTATCCGAGCTGGGCC;SOR=1.493;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=24;WE=6760672;WS=6760654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr19	6820785	.	C	T	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=423;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GCGGAGCGAGCTCTTCGAAGC;SOR=0.533;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=34;WE=6820793;WS=6820775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr19	6820951	rs164016	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=0.471;SC=ATATACAAGACGCAAATAGCA;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=6820959;WS=6820941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr19	6825032	rs12979659	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=2.608;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr19	6826508	.	A	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=1.589;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr19	6832060	rs625828	T	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=271;ReadPosRankSum=-1.714;SC=TCCCACCCTCTGCGGGGGCAG;SOR=0.814;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=18;WE=6832068;WS=6832050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr19	6832126	rs144739934	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=400;ReadPosRankSum=2.425;SC=CCTCCTGATCGAGGACCAAGG;SOR=0.351;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=27;WE=6832134;WS=6832116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr19	6833072	rs308200	C	T	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=125;SC=GACCCAAAAGCCAATCAATGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=6833080;WS=6833062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	6833162	rs59428230	C	CT	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr19	6833777	rs186295	A	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	6833989	rs308199	G	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=285;SC=GTTGCTGTGTGGGGGCAGGAG;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=6833997;WS=6833979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	6836271	rs308196	A	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=291;SC=AAATAGTTTTACAAAGAGTAT;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=6836279;WS=6836261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	6836836	rs308194	G	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=545;SC=CCATTGAGCAGAGAGATGGAC;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=6836875;WS=6836826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	6836844	rs6146454	GACACACACACACACACACACAC	G	1048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.95;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	6887530	.	C	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=380;ReadPosRankSum=0.488;SC=ACTCTGACTCCGCCTTCCCCT;SOR=0.698;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=31;WE=6887538;WS=6887520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr19	6896380	rs10406373	G	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=783;ReadPosRankSum=2.488;SC=CTCTAATCTTGTCTAAACTTT;SOR=0.880;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=58;WE=6896388;WS=6896370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,79:0.51:155
chr19	6896483	rs330877	G	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=577;ReadPosRankSum=0.071;SC=TTACTATTGCGCTTGCAAACA;SOR=0.790;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=46;WE=6896491;WS=6896473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,69:0.60:115
chr19	6897392	rs330879	G	A	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.360;NF=35;NR=30;PP=1064;ReadPosRankSum=1.796;SC=TTTCTGAACTGAGGCACCCAA;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=65;WE=6897400;WS=6897382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,121:0.57:212
chr19	6897418	.	C	A	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.206;NF=34;NR=26;PP=818;ReadPosRankSum=-1.015;SC=TATCTGCTCACCCTCTTCCAC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=60;WE=6897426;WS=6897408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,96:0.42:230
chr19	6897464	rs330880	C	G	2845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.86;MQRankSum=0.216;NF=41;NR=40;PP=1146;ReadPosRankSum=1.893;SC=TCACCAGCAGCGTCTGCCCTG;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=81;WE=6897472;WS=6897454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,142:0.55:257
chr19	6901749	.	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.882;SC=TGCCTGGGAAGAAGGGGGGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=6901757;WS=6901745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	6901894	.	G	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=444;ReadPosRankSum=-0.312;SC=AGACGTGGATGAATGTGCAGA;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=32;WE=6901902;WS=6901884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr19	6906357	rs366181	C	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=160;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTAAGTCGGGCACGGGAGGAC;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=13;WE=6906365;WS=6906347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
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chr19	6908675	rs34044572	C	CT	855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,49:0.88:56
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chr19	6913878	rs462913	G	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TACACCTAGGGGATGATTTTG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=6;WE=6913886;WS=6913868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr19	6919529	.	T	C	81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=3;NR=2;PP=81;QD=23.1542425094;SC=AAACGATTCCTTCCTTTTTTT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=6919537;WS=6919519;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	6919624	rs373533	A	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=11;PP=526;SC=GCGCTTCTTCAAAGACCACCA;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=6919632;WS=6919614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	6919718	.	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=300;ReadPosRankSum=-0.624;SC=AAGAAAGACGGCTTCTCAGAT;SOR=0.712;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=21;WE=6919726;WS=6919708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr19	6919753	rs461645	A	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=19;PP=549;SC=TCTGGAGAACATTCAGGTTTG;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=6919761;WS=6919743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	6919879	rs252566	C	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=154;SC=CCACAATTTCCAGCAATTCAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=6919887;WS=6919869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	6935113	rs252551	C	T	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=40;PP=1330;SC=TCACCTCCCCCCCTCTTTTAA;SOR=0.873;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=73;WE=6935129;WS=6935103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	6935121	rs1160969	T	TAA	5106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=38;PP=2182;SC=CCCCCTCTTTTAATTTCCTCT;SOR=0.918;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=46;WE=6935129;WS=6935103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	6937683	rs388711	A	G	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=42;PP=1270;SC=TGCTCCCTGCAGGTGCTGGTC;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=73;WE=6937691;WS=6937673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	6939910	rs463891	G	A	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=346;SC=TAACATTTTAGTGTTTATCCT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=6939918;WS=6939900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	6940189	rs464849	G	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=201;SC=TGTTGGGGGCGGTCTTCCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=6940197;WS=6940179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	6954707	.	G	A	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,66:0.47:140
chr19	6954725	rs11085209	G	A	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=42;PP=1258;SC=AAATTTGAGTGGAGAGGTCCG;SOR=0.932;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=6954733;WS=6954715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	6960834	rs459883	A	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=372;SC=GAATCCAAGGAAAGAAAAGTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=6960842;WS=6960824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	6960979	.	C	T	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.570;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,118:0.55:213
chr19	6961182	rs460698	G	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=547;SC=ATTTTAGATGGAGTCAGATGT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=6961190;WS=6961172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	6972357	rs252579	C	T	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=480;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CGTGGACCAGCGGCCTCCCTC;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=37;WE=6972365;WS=6972347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr19	6974564	rs466123	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=804;ReadPosRankSum=-1.164;SC=TTCAAACCGACGGTGCCGCTC;SOR=1.033;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=50;WE=6974572;WS=6974554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,64:0.54:118
chr19	6977211	rs4807919	A	G	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=647;ReadPosRankSum=-1.257;SC=AAATAAAACAATGATGTGTAG;SOR=0.985;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=42;WE=6977219;WS=6977201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr19	6977409	rs7255801	C	T	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=814;ReadPosRankSum=-0.106;SC=AAGTCTCATACCTAAATAATT;SOR=1.525;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=48;WE=6977417;WS=6977399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,62:0.52:119
chr19	6980939	rs2035972	T	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=213;SC=TTTTTGAAAATGGAGTCCTTC;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=6980947;WS=6980929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	6981582	rs2035971	A	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=176;ReadPosRankSum=-0.733;SC=GTGTCCCCAGACATTGACAGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=12;WE=6981590;WS=6981572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr19	6981849	rs1874003	T	C	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=49;PP=1517;SC=TCCCTTCTTCTAGTCACCCTC;SOR=1.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=6981857;WS=6981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	6981885	rs1874002	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=251;ReadPosRankSum=0.810;SC=CTAATAATTCTGCAGCCCATC;SOR=0.087;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=18;WE=6981893;WS=6981875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
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chr19	6984927	rs34752448	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.792;SC=CCCATGAAATTTTTATTGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=6984935;WS=6984917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr19	7074872	rs2967648	G	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=3;PP=371;SC=CGGGCAGGAGGGGGGGTGACC;SOR=2.066;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=20;WE=7074880;WS=7074862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	7083629	rs966591	A	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=224;ReadPosRankSum=0.502;SC=ATGTTCTCTCATCCGTTAAGA;SOR=1.174;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=21;WE=7083637;WS=7083619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr19	7083761	rs8110740	A	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=267;ReadPosRankSum=1.630;SC=TGTGAATTCAATAACTGTGGG;SOR=0.822;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=25;WE=7083769;WS=7083751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
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chr19	7117487	rs11883325	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=214;ReadPosRankSum=0.254;SC=CCCAAACCCCCACTCTTGTCC;SOR=1.508;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=16;WE=7117495;WS=7117477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr19	7117506	rs11883202	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=2.320;SC=CCCTGCAGCCGACACCCACGG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=9;WE=7117514;WS=7117496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr19	7125297	rs1799817	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=399;ReadPosRankSum=0.240;SC=GACTCACCACGTGATGGCAGG;SOR=0.591;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=28;WE=7125305;WS=7125287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr19	7131996	rs148055651	CAA	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr19	7141775	rs2229431	G	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=-0.276;SC=AGTGGACGACGTTGTTCTCAA;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=30;WE=7141783;WS=7141765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr19	7150418	rs2252673	C	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CAAAAAGCCACAGAAACCCCT;SOR=0.132;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=7;WE=7150426;WS=7150408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr19	7166043	.	TA	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.652;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr19	7293898	rs7508518	G	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=6;PP=139;SC=GCCCCCGGTGGCCATGGCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=7293906;WS=7293888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	7427607	rs11260007	T	C	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=14;PP=1014;SC=AGAATCCAGGTCCTGGCTTCC;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=7427615;WS=7427597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	7427657	rs72990744	T	G	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=31;PP=1464;SC=TGTCCCTCCTTTCTCCACAGG;SOR=0.978;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=76;WE=7427665;WS=7427647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	7440870	rs1015956	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=10;PP=330;SC=CCACCATGGCAGGGTGGAGGC;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=7440878;WS=7440860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	7441649	rs72992618	C	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=16;PP=436;SC=TCAAGGTAGCCAGCCTGGGAG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=7441657;WS=7441639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	7443253	rs8113073	C	T	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	7568966	rs113706007	A	ATCTCTCTCTCTC,ATCTCTCTC	415.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=0.450;SC=GGGAATCTCAATCTCTCTCTC;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=5;WE=7568974;WS=7568956;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.63:19
chr19	7569282	rs484870	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=358;ReadPosRankSum=-0.548;SC=AGGCCCCAGGATCTGCCTGAA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=22;WE=7569290;WS=7569272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr19	7570729	rs683729	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=1.116;SC=AGTGCTACCAGGTGGGGCCCA;SOR=0.400;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=9;WE=7570737;WS=7570719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
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chr19	7571030	rs3826736	T	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=349;ReadPosRankSum=0.800;SC=GCAGCAAAGCTACCTGCCGCG;SOR=1.110;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=23;WE=7571038;WS=7571020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr19	7571067	rs200631755	A	AAGCCCCGCCCCATGG	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr19	7571120	.	CCCCCATGGAGCCCCT	C	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.549;NF=0;NR=14;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GAAAGCCCCGCCCCCATGGAG;SOR=0.475;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=14;WE=7571142;WS=7571110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr19	7571157	rs812664	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.763;NF=0;NR=15;PP=338;ReadPosRankSum=0.691;SC=CCCGCCCCCACGGAGCCCCGT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=15;WE=7571165;WS=7571147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr19	7572169	rs505570	G	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=132;ReadPosRankSum=0.174;SC=CCTTCAGCCTGAAGATCATCC;SOR=1.154;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=10;WE=7572177;WS=7572159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr19	7573098	rs475923	T	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr19	7573287	rs1133378	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr19	7573297	rs608144	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.22;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr19	7573301	rs1133380	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr19	7593589	rs612862	C	T	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=698;ReadPosRankSum=1.606;SC=TGCTGCAGAACGTGAGGCTTC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=53;WE=7593597;WS=7593579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,83:0.56:149
chr19	7594159	rs625910	G	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=543;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CCCTACACACGCAGCCCTCAC;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=42;WE=7594167;WS=7594149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr19	7595121	rs11880842	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=4;HapScore=2;MGOF=94;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.504;NF=16;NR=4;PP=318;ReadPosRankSum=0.490;SC=CCCCAGCCCCCGGTTCCTGGC;SOR=0.346;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=20;WE=7595129;WS=7595113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr19	7606737	rs492092	G	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=263;ReadPosRankSum=1.627;SC=CGAGGAAGCTGTGGCCTCGTC;SOR=0.425;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=18;WE=7606745;WS=7606727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr19	7607023	rs577866	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.498;SC=ACCGCCTGCCTGTCTTGATTG;SOR=0.169;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=7607031;WS=7607013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr19	7607564	rs620744	T	C	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=570;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CGGGTAAGGCTTGGGACCCTG;SOR=0.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=35;WE=7607572;WS=7607554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr19	7615585	rs577219	T	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.164;NF=5;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=0.119;SC=CCTCGACAACTCACACACATC;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=14;WE=7615593;WS=7615575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr19	7615682	rs66529260	GA	G	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.950;NF=8;NR=3;PP=271;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CATTTCGTTGGAAAAAGGGGA;SOR=0.132;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=11;WE=7615690;WS=7615674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr19	7616347	rs473899	G	A	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,71:0.54:131
chr19	7616474	rs661825	C	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=0.749;SC=AAGTAGGACCCAGGTGCAGAG;SOR=0.105;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=13;WE=7616482;WS=7616464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr19	7618660	rs508740	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=553;ReadPosRankSum=-0.093;SC=CACAGGAGCAAGAATTTCAGA;SOR=0.934;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=34;WE=7618668;WS=7618650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr19	7619199	rs534464	C	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.768;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=446;ReadPosRankSum=1.845;SC=GGTGGGTGGGCCTGGAGCCTC;SOR=1.384;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=29;WE=7619207;WS=7619189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr19	7619229	rs563266	T	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=2.469;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr19	7619239	rs597582	T	C	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=1.121;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr19	7619329	rs598023	G	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr19	7619338	rs598028	G	C	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
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chr19	7625871	rs199585191	CT	C	1978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.873;NF=22;NR=51;PP=1771;ReadPosRankSum=0.151;SC=TGGGCCCCCCCTAAGAGCCTC;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=73;WE=7625879;WS=7625854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,80:0.58:139
chr19	7626013	rs11307097	AC	A	1788.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.211;NF=8;NR=26;PP=735;ReadPosRankSum=-0.338;SC=GGCCCAGGGGACCCCCCAAGA;SOR=0.667;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=34;WE=7626021;WS=7626003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,73:0.44:165
chr19	7626669	rs2303178	G	A	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=994;ReadPosRankSum=-0.698;SC=TGTCGTTTTCGGACTGGGGAC;SOR=0.543;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=69;WE=7626677;WS=7626659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,100:0.58:171
chr19	7626738	.	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=1.521;SC=GTGCTTGCCCCCCACAGGGAA;SOR=0.436;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=17;WE=7626746;WS=7626728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
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chr19	7675750	.	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TGACCCTCTTCTCTGTACTGC;SOR=0.628;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=15;WE=7675758;WS=7675740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr19	7676947	.	C	T	7199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=114;PP=2897;ReadPosRankSum=0.881;SC=ATGCCACACCCCGAGACCCCC;SOR=0.799;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=421;TCF=192;TCR=229;TR=201;WE=7676955;WS=7676937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,361:0.47:761
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chr19	7685981	rs4134863	G	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=18;PP=473;SC=CAGAAACCCAGCCCGCCCGCC;SOR=3.258;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=22;WE=7685989;WS=7685971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	7686282	rs4134861	A	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=572;SC=CCTGCCAGGAACTCCCTTGGG;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=7686290;WS=7686272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	7687626	rs4134851	C	G	5384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=83;PP=2669;SC=GCCCCCACCCCACAGCCTGGG;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=136;WE=7687634;WS=7687616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	7687908	rs4134849	A	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=373;ReadPosRankSum=2.567;SC=ACAGGCACACACATGCGTGCA;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=7687916;WS=7687898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr19	7688039	rs4134846	C	T	4424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=43;PP=1665;SC=CACAGGCACACGCAACAGGGT;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=104;WE=7688047;WS=7688029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	7688614	rs2335521	T	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=314;SC=AGGCTTCATGTACCTCCCGGG;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=7688622;WS=7688604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	7688838	rs732457	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=5;PP=89;SC=CACCGCCTCCACTCCCCACCC;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=7688846;WS=7688828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	7691001	rs4134838	G	C	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	7692058	rs794084	G	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=6;PP=388;SC=GACATCCTACGCGGAGCTAGT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=7692066;WS=7692048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	7692076	rs4134826	T	C	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	7692083	rs4134825	G	A	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	7694393	rs4134809	G	A	7770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=90;NR=71;PP=2965;SC=CGGGCCGCGAGAGTCGCGCCA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=161;WE=7694401;WS=7694383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr19	7695620	rs11260004	T	C	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=31;PP=1090;SC=TGCTGGGGACTAATGTCTGCC;SOR=1.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=47;WE=7695628;WS=7695610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	7696294	rs376677773	GT	G	40.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5024;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=93;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=29;SC=GCGGGGGGGGGTGGTCCCGGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=7696303;WS=7696284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	7697168	rs2279042	C	T	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=9;PP=586;SC=GTCAGGGCAGCGGATGGACAG;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=7697176;WS=7697158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr19	7698226	rs151032321	C	CTAAT	2782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.46;QD=44.17;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	7698320	rs1862514	C	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=29;PP=728;SC=AGCCTTCCTCCGTCTTCTCCT;SOR=0.728;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=48;WE=7698328;WS=7698310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	7703605	rs8104339	C	T	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=23;PP=996;SC=CCCTCCCTTCCCTGCAGAAAT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=7703613;WS=7703595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	7704815	rs138165596	TATGTGTGTGC	T	990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=2909;SC=TGTCCATGTGTATGTGTGTGC;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=12;WE=7704832;WS=7704805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	7705383	rs76937271	CATCTGTGTGTGTGT	C	1355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=7;PP=2957;SC=TGTGTGTGTGCATCTGTGTGT;SOR=1.418;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=15;WE=7705405;WS=7705373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	7707446	.	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.059;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr19	7708214	rs2303115	G	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	7710040	rs929807	T	C	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=35;PP=1816;SC=ACCTGGGAGCTCACCTGGCCG;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=90;WE=7710048;WS=7710030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	7710210	rs889187	A	G	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=44;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.852;SC=AGGAGCGGGCATGGGGGGACC;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=54;WE=7710218;WS=7710200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr19	7710269	rs710951	A	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=512;SC=GCAGAGGGCCATTGGTGCACA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=7710277;WS=7710259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	7711221	rs10001	T	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=11;PP=373;SC=TCATCAAGGATGTAATGGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=7711229;WS=7711211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	7712161	rs55954306	C	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=24;PP=756;SC=CCCCCGCCCACGCCTGGGTCT;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=43;WE=7712169;WS=7712151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	7712277	rs6791	A	G	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=25;PP=769;SC=CAAGGCTGGCATAGAAGCCCG;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=7712285;WS=7712267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	7712425	rs34976997	G	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=584;SC=GGACCCTGGGGTCTGGGGCTT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=7712433;WS=7712415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	7712474	rs794074	G	A	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=666;SC=CTAGGTGTCTGGACTCCAGAG;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=7712482;WS=7712464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	7712585	rs794073	T	G	4144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	7735089	rs10402265	G	C	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	7735318	rs11270887	AGATGATGATGAT	A,AGAT	582.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.85;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,7:0.53,0.47:15
chr19	7742335	rs146580993	ATG	A	390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.52;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	7743159	rs74489689	G	A	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.169;NF=23;NR=23;PP=700;ReadPosRankSum=0.237;SC=GGTGCTGGGGGGCCTAGACTT;SOR=0.572;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=46;WE=7743167;WS=7743149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,84:0.58:144
chr19	7744075	.	ACCC	A	72	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9994;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=61.19;NF=0;NR=5;PP=72;QD=15.6;SC=ACGGGAAATGACCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=7744085;WS=7744065;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr19	7747724	rs188298793	G	A	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,93:0.47:196
chr19	7754912	rs4996980	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.90;ReadPosRankSum=-2.197;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr19	7754917	rs4996979	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.54;ReadPosRankSum=-1.811;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr19	7754942	rs4996978	A	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=361;ReadPosRankSum=-2.305;SC=AGAGACCCTTATCTCTGAGCC;SOR=0.580;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=22;WE=7754950;WS=7754932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr19	7754964	rs4996977	T	C	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.45;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr19	7754968	rs4996976	A	G	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.88;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr19	7754971	rs4996975	C	T	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.60;ReadPosRankSum=1.069;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,58:0.49:118
chr19	7755056	rs2228138	G	A	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=683;ReadPosRankSum=0.391;SC=TGTAGTCCACGTGGCTCCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=56;WE=7755064;WS=7755046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,95:0.51:188
chr19	7755159	rs4996973	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=589;ReadPosRankSum=-0.375;SC=GTCCTGGGGGACAGGACAGGG;SOR=0.863;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=38;WE=7755167;WS=7755149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr19	7755213	rs4996972	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=574;ReadPosRankSum=-1.640;SC=CAGCCCACTTCGAGAGGTTGG;SOR=1.075;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=37;WE=7755221;WS=7755203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
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chr19	7755469	rs2277995	T	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.72;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
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chr19	7762440	rs72558007	C	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=583;ReadPosRankSum=-2.866;SC=ATCTGGTCACCGTGGTGGCTT;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=47;WE=7762448;WS=7762430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,80:0.58:137
chr19	7763045	rs7249320	C	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CCATTGCAAGCGGAAGAGCAT;SOR=0.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=7763053;WS=7763035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr19	7764157	rs12984870	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=0.826;SC=CTCCCCAGCCACTTTCCCAGG;SOR=1.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=11;WE=7764165;WS=7764147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr19	7764363	rs61499635	GTTTTT	G,GTTTTTT	713.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.4996;FS=1.983;HP=15;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.730;NF=3,3;NR=14,14;PP=244,29;ReadPosRankSum=0.869;SC=AGCTGAAGCCGTTTTTTTTTT;SOR=0.330;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=17,17;WE=7764375;WS=7764353;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.70:27
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chr19	7764545	rs3214456	G	GC	757.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.083;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=567;ReadPosRankSum=1.527;SC=GGACTGGGGAGCCCCGCTTCT;SOR=0.221;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=17;WE=7764553;WS=7764535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr19	7764741	rs2287867	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=-0.195;SC=GCTGATTTGGGATTTAATGAT;SOR=0.443;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=13;WE=7764749;WS=7764731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr19	7764772	rs2287868	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=2.064;SC=AGCCATCAAATCCTAGTTACC;SOR=0.619;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=9;WE=7764780;WS=7764762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr19	7794293	.	C	T	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=1029;ReadPosRankSum=1.280;SC=CCGTCCTTCTCGCTGTCACAC;SOR=0.570;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=72;WE=7794301;WS=7794283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,105:0.54:196
chr19	7794605	rs2277997	T	C	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.36;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr19	7794605	.	TATGG	CATGC,CATGG	886	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=39,61;NR=23,34;PP=886,593;QD=15.1527076591;SC=CATCCCTAAGTATGGAGCCCC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=62,95;WE=7794617;WS=7794595;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.64:97
chr19	7794609	rs115293707	G	C	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=2.411;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,83:0.64:130
chr19	7795812	.	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=0.114;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr19	7795812	.	CG	TC	306	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=57.84;NF=0;NR=6;PP=306;QD=59.911312477;SC=GACCAGCCCCCGCCCCGCACC;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=6;WE=7795821;WS=7795802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr19	7795813	rs6603117	G	A,C	338.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=183;SC=ACCAGCCCCCGCCCCGCACCA;SOR=2.985;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=6;WE=7795821;WS=7795802;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.71:14
chr19	7796497	rs11260026	C	G	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	7796587	rs117034642	T	G	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=618;ReadPosRankSum=1.692;SC=CCCAAAGGACTGTGGTGACCA;SOR=0.829;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=45;WE=7796595;WS=7796577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,87:0.52:168
chr19	7808163	rs11465391	G	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.255;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=421;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CTCTGTCCCCGCCAGCTACAT;SOR=1.862;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=27;WE=7808171;WS=7808153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr19	7810006	rs11465384	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=39;PP=768;ReadPosRankSum=-1.363;SC=TCAGGGCTGGGCTTAGATTAG;SOR=1.298;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=49;WE=7810014;WS=7809996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,77:0.48:161
chr19	7812181	rs7252229	G	C	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=697;ReadPosRankSum=0.565;SC=AAACTGCTAAGTCCTCTCTAC;SOR=1.055;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=42;WE=7812189;WS=7812171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,70:0.49:143
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chr19	7831166	rs868875	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=0.838;SC=TTGAGTTACCAACCCTGCCTG;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=18;WE=7831174;WS=7831156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
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chr19	7912816	rs2307003	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.995;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
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chr19	7916475	rs2452012	T	C	5845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=104;PP=2749;SC=TGAGGACCGATGGTGCCTGGG;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=69;TCR=104;TR=173;WE=7916483;WS=7916465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	7916620	rs580790	A	G	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=36;PP=996;SC=TGAACCAGGCAGAGCTGATGC;SOR=1.275;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=7916628;WS=7916610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	7917919	rs12975442	C	T	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.841;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=748;ReadPosRankSum=0.997;SC=GGGCGGCCCCCGGTGGTCAGG;SOR=0.373;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=51;WE=7917927;WS=7917909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr19	7918103	rs526464	A	G	6988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=114;PP=2965;SC=GGTACTGGTAAGAAGGGGGGA;SOR=1.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=75;TCR=114;TR=189;WE=7918111;WS=7918093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	7927465	rs57122454	G	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=566;ReadPosRankSum=-0.148;SC=ACCGCCCCCGGACGCGCCCCT;SOR=0.752;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=26;WE=7927473;WS=7927455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr19	7928462	rs10410459	T	C	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	7935716	rs12984133	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr19	7936208	rs525420	A	G	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,72:0.54:133
chr19	7936891	.	GG	AA	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.751;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-0.970;QD=18.97;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
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chr19	7944348	rs56796931	TC	T	3745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=33;PP=2065;SC=CAGCAACTTCTCCAAGAAATT;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=7944356;WS=7944338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	7944664	rs62125157	C	T	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=44;PP=1503;SC=CAGGACGATTCGATTGGCAGG;SOR=0.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=78;WE=7944672;WS=7944654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	7944849	rs11260038	A	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=353;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GACAGATGGAATTGACGTGAG;SOR=0.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=22;WE=7944857;WS=7944839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr19	7963914	rs524029	A	C	7702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=105;PP=2965;SC=TATCCGAGGTATCCGGGGAGA;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=81;TCR=105;TR=186;WE=7963922;WS=7963904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr19	7975464	rs11879199	A	C	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=49;PP=1542;ReadPosRankSum=0.783;SC=CAACGTGAGTACCTGGCCGCG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=89;TCR=89;TR=100;WE=7975472;WS=7975454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,143:0.50:287
chr19	7976112	rs7260355	G	A	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=59;PP=2334;SC=TTGGAGATACGTCTTCTCCTC;SOR=1.274;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=104;WE=7976120;WS=7976102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	7976529	rs2303700	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr19	7986638	rs475002	C	G	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=29;PP=1022;SC=GGAAGAAGCCCTGGCAGTGGC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=7986646;WS=7986628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	7990134	rs112578370	T	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	7990160	.	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=281;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GGCCGGCTAGGGGGCGCCGCG;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=22;WE=7990168;WS=7990150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr19	7997676	rs2279528	G	A	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=61;PP=2759;SC=GGAAGGCCGGGGACCCCGCCC;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=141;WE=7997684;WS=7997666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr19	8000052	.	CTT	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=10.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
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chr19	8137850	rs376197094	CGTGTGT	C,CGTGTGTGTGTGT	817.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=8.239;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.71;ReadPosRankSum=1.695;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,13:0.40,0.52:25
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chr19	8146114	rs2303169	T	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=414;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GAGAAAGACCTCGGAGATGGT;SOR=0.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=8146122;WS=8146104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
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chr19	8148301	rs17202517	G	A	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.661;SC=GCTGCTTCGCGCCTCCACCGA;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=48;TCR=70;TR=56;WE=8148322;WS=8148291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,100:0.53:187
chr19	8148314	rs17160149	A	C	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=2014;ReadPosRankSum=0.828;SC=TCCACCGAGGAATGTCTCCTT;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=57;WE=8148322;WS=8148291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr19	8151239	rs8103000	G	C	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=477;ReadPosRankSum=-0.169;SC=GCAGGTGGGCGGGGAGGCCAC;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=38;WE=8151247;WS=8151229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr19	8152725	rs12460643	A	G	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=23;PP=747;SC=ACATGGCCCCATCCTCCCGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=8152733;WS=8152715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	8154359	.	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=0.158;SC=GGTGTCTTCCCTGCCCTGCTC;SOR=1.931;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=16;WE=8154367;WS=8154349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr19	8154760	rs35033566	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-2.102;SC=GCTCTTAGCATGTGGGTGAGG;SOR=0.970;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=8154768;WS=8154750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	8154990	rs35002391	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=475;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CACCGCTGCCCTCCTGGGGAC;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=38;WE=8154998;WS=8154980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,51:0.39:131
chr19	8156221	rs12981294	A	G	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=908;ReadPosRankSum=0.358;SC=TGCTAATGCAAACAGACACCT;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=87;TCR=43;TR=61;WE=8156229;WS=8156211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,67:0.45:149
chr19	8156260	rs12984611	C	T	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,115:0.45:256
chr19	8156290	rs8104453	A	G	8014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=87;PP=2965;SC=TTTTCTGGGCAATCTGACCCT;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=101;TCR=91;TR=187;WE=8156298;WS=8156280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr19	8156523	rs34758775	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=0.225;SC=AGGACCTCCATCAGTGGGGAG;SOR=0.586;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=8;WE=8156531;WS=8156513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr19	8159409	rs7245552	G	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=-1.734;SC=GGCAAGTGCCGGGTAGGCAGG;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=18;WE=8159417;WS=8159399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
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chr19	8160812	rs10404258	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=346;ReadPosRankSum=-0.206;SC=TCTGAGAACCCACTTTGTGGC;SOR=0.673;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=27;WE=8160820;WS=8160802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr19	8161450	rs3829817	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=119;ReadPosRankSum=-0.550;SC=ACACTCATTCCGTCCTGGGGG;SOR=0.628;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=14;WE=8161458;WS=8161440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr19	8162121	rs45624733	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.444;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=299;ReadPosRankSum=0.438;SC=TGCACAGTGGCGGACATGCAT;SOR=0.455;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=24;WE=8162129;WS=8162111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr19	8167830	rs12986396	A	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=16;PP=448;SC=CCAAAGAGATAGGAACTCCTT;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=8167838;WS=8167820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	8168326	rs3865463	G	A	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=210;SC=ACTGCCACATGTCAGCACTTC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=8168348;WS=8168316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	8168340	rs3865464	T	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.968;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=93;ReadPosRankSum=0.383;SC=GCACTTCATATATGCTTACCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=8168348;WS=8168316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	8168399	rs4289098	G	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=7;PP=601;SC=CCATGCCCAGGTGCTGCTTCT;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=8168407;WS=8168389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	8168545	rs33967815	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr19	8171252	rs2126971	A	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=480;SC=ATAGACATTTAAAGGGTCTAT;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=8171260;WS=8171242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	8176009	rs17160196	C	T	2933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1443;ReadPosRankSum=2.023;SC=ACCCGCCGGGCGCATTGAGGC;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=86;TCR=95;TR=96;WE=8176017;WS=8175999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,144:0.46:312
chr19	8176458	rs12609936	A	G	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr19	8176463	rs11260057	A	G	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr19	8176569	rs35306870	G	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=823;ReadPosRankSum=-1.040;SC=AGCCCTGGCGGCAGGTGCAGC;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=34;WE=8176577;WS=8176559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr19	8176640	rs12975322	C	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=457;ReadPosRankSum=1.613;SC=TCCTGGGAGACGCATTCATCC;SOR=1.148;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=25;WE=8176648;WS=8176630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr19	8176919	rs4804264	C	T	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=423;ReadPosRankSum=-0.399;SC=TGAAACTCCCCGGGATGTTGA;SOR=0.727;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=34;WE=8176927;WS=8176909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr19	8181467	.	C	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=413;ReadPosRankSum=0.831;SC=TGGCATTTTTCATGCCTATGT;SOR=0.435;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=26;WE=8181475;WS=8181457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr19	8186191	rs138827355	C	T	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,83:0.42:196
chr19	8190750	rs35988441	T	C	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=259;ReadPosRankSum=-0.123;SC=CGTGTGGCCCTGTATGCGGAC;SOR=0.510;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=24;WE=8190758;WS=8190740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr19	8191238	rs10906993	C	T	5127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	8191248	rs10906994	A	G	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	8191323	rs7260558	T	C	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	8191401	rs3813778	G	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=568;ReadPosRankSum=0.182;SC=CGAGGGTGGCGCAGCACTCAG;SOR=0.516;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=36;WE=8191409;WS=8191391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr19	8196229	.	C	T	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=381;ReadPosRankSum=-0.630;SC=GGCTCGGATTCAGCCACAGGC;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=26;WE=8196237;WS=8196219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
chr19	8196444	rs4804271	C	T	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=35;PP=1484;SC=TCACCGGAGTCTTTGGCAGGA;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=8196452;WS=8196434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	8196508	rs12974280	G	C	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=0.056;SC=AGCAGCACTCGGACTTGGTGA;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=46;WE=8196516;WS=8196498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr19	8197865	rs11666450	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=213;ReadPosRankSum=0.275;SC=GCTCCAGGCTCACCCATGCAG;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=17;WE=8197873;WS=8197855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr19	8198103	rs12975055	G	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=293;ReadPosRankSum=-0.599;SC=AGTGTGGGAGGCAAACAAGCT;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=16;WE=8198111;WS=8198093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr19	8200759	rs6603148	G	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=520;SC=AGGTGGGTTTGGGGGCACAGT;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=8200767;WS=8200751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	8201051	rs8112525	T	C	13595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=132;NR=141;PP=2965;SC=ACATCACCCCTACTCTTGGAT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=134;TCR=142;TR=273;WE=8201059;WS=8201041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr19	8201243	rs71165277	G	GC	1103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr19	8201249	rs9749144	C	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
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chr19	8203328	rs7246376	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=498;ReadPosRankSum=-0.872;SC=CTCAGGGACCGGGCCAGCTGC;SOR=0.563;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=33;WE=8203336;WS=8203318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr19	8206553	rs73922237	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=149;ReadPosRankSum=0.078;SC=GCCCCCCAGGTCATGAGTCAC;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=8206561;WS=8206543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr19	8206748	rs12162233	G	A	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.794;SC=AAGCCCGGCAGGGGAGTGAGA;SOR=0.497;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=79;WE=8206756;WS=8206738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,124:0.50:250
chr19	8207070	rs12162237	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=595;ReadPosRankSum=0.579;SC=GCCCCTGTCTGGAGATCTCTG;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=42;WE=8207078;WS=8207060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,60:0.46:130
chr19	8209926	rs899208	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=149;ReadPosRankSum=-0.234;SC=ACAGCAAGCCTGTCTTCACCC;SOR=0.754;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=13;WE=8209934;WS=8209916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr19	8211945	.	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=-1.440;SC=TAAGAGTGTCCCCGGCCTGTG;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=8211953;WS=8211935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr19	8315847	rs379983	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=252;ReadPosRankSum=-1.018;SC=CTGGTTGTCAACTGCGCTGAT;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=14;WE=8315855;WS=8315837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr19	8320656	rs144397154	TGGGGCGGGGC	T	1904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=24.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.70;MQRankSum=3.123;QD=22.68;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr19	8320890	rs2306199	T	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=349;ReadPosRankSum=0.719;SC=GAGCGAGCTTTGCAAGATGGT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=20;WE=8320898;WS=8320880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr19	8321937	rs1127912	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TGCTGTTACACGATTCCTCTG;SOR=0.515;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=20;WE=8321945;WS=8321927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr19	8322594	rs36250	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=178;ReadPosRankSum=1.529;SC=GATTACAGGCGTGAGCCACCA;SOR=0.250;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=12;WE=8322602;WS=8322584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr19	8326772	rs76022690	T	C	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,69:0.43:162
chr19	8326866	rs17160348	C	T	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=799;ReadPosRankSum=-0.678;SC=AGTGAGGAGGCGGCGGCGGCC;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=60;WE=8326874;WS=8326853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,104:0.55:188
chr19	8326904	rs36259	G	A	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=634;ReadPosRankSum=1.915;SC=AAAGAACGGGGCAGCTGGAGG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=54;WE=8326912;WS=8326894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,88:0.49:181
chr19	8326944	rs17160349	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=614;ReadPosRankSum=0.885;SC=GATGGCCCTCGGAGCCGGGTG;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=37;WE=8326952;WS=8326934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,62:0.46:136
chr19	8326999	rs1044547	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=369;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CATAGCCGGGCGGGGCTGGCT;SOR=0.646;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=28;WE=8327007;WS=8326989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr19	8367033	rs250510	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=406;SC=CAACTTTAATTGCCACCCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=8367041;WS=8367023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	8367525	rs2227288	G	C	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=424;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GTAAGGAGGGGGAAGGCAAGA;SOR=0.775;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=31;WE=8367533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr19	8370120	rs2232778	T	C	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=21;PP=638;SC=CTGGCTGTGATCCGCAGGAGA;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=8370128;WS=8370110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	8381595	rs3214554	CCT	C	844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=431;ReadPosRankSum=-0.893;SC=GCTGTGGGCCCCTGTCACCTC;SOR=0.340;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=11;WE=8381604;WS=8381585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr19	8386306	rs2241592	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=2.404;SC=TGCTGGGAAAGACGCGGCGTG;SOR=0.742;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=17;WE=8386314;WS=8386296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr19	8386352	.	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr19	8386701	rs2241590	G	A	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=56;PP=1933;SC=ATTTCATCACGGGGTTCTGAT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=109;WE=8386709;WS=8386691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	8387207	rs1057232	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=667;SC=GTCTGTCACAGTCTGCTCCTT;SOR=1.949;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=35;WE=8387223;WS=8387197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	8387619	rs4147653	TAGCCTCTG	T	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CGGCCAGTGTTAGCCTCTGAG;SOR=1.705;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=7;WE=8387634;WS=8387609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
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chr19	8388310	rs11260079	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=0.953;SC=TGCCAGGCGCGATGGCTCACA;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=9;WE=8388318;WS=8388300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
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chr19	8398121	rs7248298	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=507;ReadPosRankSum=2.123;SC=CGCCCTGCAAGGGACAGGGGC;SOR=1.562;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=30;WE=8398129;WS=8398111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr19	8398597	rs2913954	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=0.538;SC=CTGCGCTCCCGGGGCACTCAC;SOR=0.269;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=8398605;WS=8398587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr19	8398975	rs2913955	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CTGTCGCTGGCGTCCTCGCTG;SOR=0.507;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=10;WE=8398983;WS=8398965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr19	8399272	rs8106699	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=572;ReadPosRankSum=1.018;SC=CAGGTGTGCCGTCTCTCTTCT;SOR=0.937;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=40;WE=8399280;WS=8399262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr19	8399628	rs710949	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=339;SC=GGTGCTCCAGACTGGCGCGCA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=8399636;WS=8399618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	8399709	rs890852	C	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=222;ReadPosRankSum=1.181;SC=CGTCCGCCTCCACGGTCTCGG;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=16;WE=8399717;WS=8399699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr19	8399799	rs890851	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=1.588;SC=CGGCCTCGGCGGCCACCTCCC;SOR=0.963;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=14;WE=8399807;WS=8399789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr19	8399849	rs890850	C	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=2.800;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr19	8400651	rs11669559	C	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=1.273;SC=CGGCGGGGACCGGGCACAGGC;SOR=0.709;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=6;WE=8400659;WS=8400641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr19	8400749	rs2913956	C	A	135.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5952;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-0.180;SC=ACAAACCGAGCGTGTCCCCCA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=8400757;WS=8400739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr19	8402473	rs2017507	G	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=-0.350;SC=CAAGTGATCCGCCCACCGTGG;SOR=1.532;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=8402481;WS=8402463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr19	8402505	rs1807414	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=252;ReadPosRankSum=-0.306;SC=GCTGGGATTACAGGCATGAGC;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=19;WE=8402513;WS=8402495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr19	8402603	rs737229	C	T	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=769;ReadPosRankSum=1.263;SC=CTGTAGGCTGCGTCCACACAC;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=58;WE=8402611;WS=8402593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,78:0.51:154
chr19	8402642	rs737228	C	T	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=1818;ReadPosRankSum=-1.924;SC=TCTGTGCATGCGCACACACAC;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=59;WE=8402653;WS=8402632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,102:0.51:200
chr19	8402645	rs2913958	A	T	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=1470;ReadPosRankSum=2.374;SC=GTGCATGCGCACACACACACA;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=52;WE=8402653;WS=8402632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,95:0.47:204
chr19	8434222	.	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CTCAGGTAGGGTGTGTTAGTC;SOR=0.976;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=5;WE=8434230;WS=8434212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr19	8438716	rs11672433	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=1.025;SC=GCTACTACCCGCTGCAGGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=34;WE=8438724;WS=8438706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr19	8454098	.	C	CAAA	107.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9003;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-1.383;SC=AACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=8454106;WS=8454088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr19	8467538	rs148680686	C	CTTGTTTTTTTCTTT	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=7.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.344;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=2.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	8468337	rs2230876	C	T	4225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1308;ReadPosRankSum=-1.838;SC=TCGCAGACCGCGCTGCCCACG;SOR=0.651;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=188;TCF=87;TCR=101;TR=92;WE=8468345;WS=8468327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,212:0.54:391
chr19	8486953	rs10469477	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.533;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=344;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TCTCTCTGGGCGCAGTGAGTT;SOR=1.255;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=24;WE=8486961;WS=8486943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr19	8503574	rs11259981	A	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=7;PP=180;SC=GACACCATGCAGAGCCTAGTC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=8503582;WS=8503564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	8528277	rs3764570	A	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=491;SC=TGTGACATAAATCATATTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=8528285;WS=8528267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	8528310	rs8102587	A	G	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=14;PP=747;SC=ACTGTCATTGATATTTACTAT;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=8528318;WS=8528300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	8533504	rs7258281	T	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=8;PP=431;SC=ATAGGAAGCATGCTCCGCATG;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=8533512;WS=8533494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	8536373	rs12973706	A	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=13;PP=401;SC=AATTATTGGGACAACTGGACT;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=8536381;WS=8536363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	8551094	rs2230647	T	C	5483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=61;PP=1914;SC=GCATGGGCCCTGCCATGGGCC;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=118;WE=8551102;WS=8551084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	8551112	rs12977861	G	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=1024;ReadPosRankSum=1.305;SC=GCCCGGCCCTGGGCGCTGGCA;SOR=0.652;SbPval=0.42;Source=Platypus;TCF=55;TR=68;WE=8551120;WS=8551102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,77:0.48:160
chr19	8551852	rs11669139	A	G	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=20;PP=690;SC=GCTGCAAGGCATGCCTTAGGA;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=8551860;WS=8551842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	8553630	rs6992	C	T	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=29;PP=1001;SC=AGGGGTGTGGCGTGGTTAAGT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=59;WE=8553638;WS=8553620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	8563456	rs2910435	C	G	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=26;PP=966;SC=GTGTCCCAGCCGCTCCAAACC;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=8563464;WS=8563446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	8567475	rs968502	T	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.55;ReadPosRankSum=-1.657;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr19	8567500	rs968501	G	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.21;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr19	8567548	rs968500	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr19	8575765	rs3111564	C	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr19	8576307	rs2910443	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GGTATCCACCAGACCCCGCAG;SOR=0.507;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=8576315;WS=8576297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr19	8576468	rs2967575	A	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=258;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GAGCCCAGCCAGCCCTCCTGG;SOR=0.878;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=26;WE=8576476;WS=8576458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr19	8576670	rs7175	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.921;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr19	8576862	rs2287865	G	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TGGGCAGAGGGCTGGGCTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=6;WE=8576870;WS=8576852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	8576888	rs2042302	C	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-1.494;SC=CCTCCAGGGGCACCAGGGAGA;SOR=1.863;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=8576896;WS=8576878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	8577868	rs2967578	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr19	8578000	rs1064010	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=191;ReadPosRankSum=0.848;SC=CCGGGGCCAGGCTGGCAGCTG;SOR=0.540;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=15;WE=8578008;WS=8577990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr19	8578118	rs1064009	A	G	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=301;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TGGAGGAGGAAGGGGCTGCAG;SOR=0.506;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=23;WE=8578126;WS=8578108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr19	8578199	rs1141019	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=245;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CCAGCATGTCTGGGATGGGCC;SOR=0.798;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=25;WE=8578207;WS=8578189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr19	8578860	rs2287864	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=0.118;SC=AGGCTGTAGGCGCGACAGGGC;SOR=0.804;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=6;WE=8578868;WS=8578850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr19	8579011	rs2287863	T	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr19	8591233	rs35536931	G	GTC	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=301;ReadPosRankSum=-0.795;SC=AAACTCAAAAGTCTCTCTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=8;WE=8591242;WS=8591223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
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chr19	8601958	rs140428641	C	CAG	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=2.165;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
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chr19	8604968	rs150279394	CT	C	1295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=964;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TTCGGGTACTCTTCCTCCAGG;SOR=0.586;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=15;WE=8604976;WS=8604947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr19	8605077	rs10411722	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=1.589;SC=TTTGGTTTGTTTTTTGAGGCA;SOR=1.230;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=15;WE=8605085;WS=8605067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr19	8606681	rs115675479	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=358;ReadPosRankSum=0.378;SC=CCACTCCCCTCGAGTTTGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=22;WE=8606689;WS=8606671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr19	8606934	rs114026321	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.444;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr19	8615268	rs2303686	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.105;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=264;ReadPosRankSum=0.565;SC=AGGGCAAAAATGGGACAGTTG;SOR=1.190;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=22;WE=8615276;WS=8615258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr19	8615589	rs4804311	A	G	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=550;ReadPosRankSum=0.084;SC=CTGTGGTACAACGGGGGCAGA;SOR=0.577;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=35;WE=8615597;WS=8615579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr19	8616813	rs56935925	A	T	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,120:0.44:270
chr19	8617106	rs7251254	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=-1.718;SC=GTGGGGGAAGGGTTGGGGATG;SOR=1.124;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=14;WE=8617114;WS=8617096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr19	8619302	rs34667346	G	GTGA	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=495;SC=CCTGGGGGTGGTGATGTTTCA;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=8619310;WS=8619292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	8619461	rs2913925	A	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=20;PP=1007;SC=TGGGCCTGGCAGGGGAGGTCA;SOR=1.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=8619469;WS=8619451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	8642160	rs4542783	T	C	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	8645786	rs7252299	A	C	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	8649943	rs138501563	G	GAGGGGGC	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.292;NF=0;NR=6;PP=249;ReadPosRankSum=-1.669;SC=AGAGCACTGCGAGGGGGCACC;SOR=0.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=6;WE=8649951;WS=8649933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr19	8651562	rs4476282	A	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=754;ReadPosRankSum=0.317;SC=GGGGGGTCCCAGGCAGCCCCT;SOR=1.212;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=50;WE=8651570;WS=8651552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,69:0.51:135
chr19	8657074	rs35484313	C	CAG	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=0.420;SC=AGGCCCCAGCCAGAGATATCA;SOR=0.078;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=13;WE=8657082;WS=8657064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr19	8657092	rs71179860	C	CGGGATGGGGCTGGAAG	755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=2900;SC=TCAGCCTCTCCGGGATGGGCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=12;WE=8657100;WS=8657082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	8657871	rs34134669	G	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.377;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=296;ReadPosRankSum=0.832;SC=CAGAGAGCCCGGTGCTCCCTT;SOR=3.185;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=22;WE=8657879;WS=8657861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	8660936	.	G	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=304;ReadPosRankSum=-1.540;SC=CGCTCTGAGGGACACCCAGGT;SOR=1.165;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=22;WE=8660944;WS=8660926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr19	8661307	.	GG	AA	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CTGGGAAGACGGACATGTGGG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=36;WE=8661316;WS=8661297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,76:0.42:181
chr19	8662034	.	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=406;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGGACAGAGGGAAATGCATGG;SOR=0.760;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=30;WE=8662042;WS=8662024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,61:0.45:135
chr19	8662347	rs5827006	TTGC	T	476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.28;QD=39.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	8668885	rs36044688	CT	C	195.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.337;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;MQRankSum=0.500;QD=9.80;ReadPosRankSum=-1.009;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr19	8669873	rs7260282	T	C	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=20;PP=1177;SC=CATTTCCCCCTGCGTTCCAGA;SOR=1.320;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=8669881;WS=8669863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	8669931	rs7255721	G	C	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=36;PP=1420;SC=CACATGGGAGGTGCTGGCCTG;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=76;WE=8669939;WS=8669921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	8808373	rs4804079	G	T	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=36;PP=1625;SC=GCGGTCAGGTGGTTGCCCGCC;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=83;WE=8808381;WS=8808363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	8808536	.	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=549;ReadPosRankSum=0.406;SC=ACATGGCTGGGGAGCGCAGCG;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=37;WE=8808544;WS=8808526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,74:0.41:179
chr19	8808900	rs10410943	A	G	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=40;PP=1513;SC=AATAACCACCACGCCGGTCTT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=75;WE=8808908;WS=8808890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	8808942	rs2340550	A	G	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=42;PP=1620;SC=CATGCCGGGGAAGTCCCGCTG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=8808950;WS=8808932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	8809039	.	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=2.312;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr19	8809100	rs62117992	T	C	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	8841558	rs28324	T	C	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=660;ReadPosRankSum=-0.434;SC=CCCGGCTCCATACACCCATGT;SOR=0.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=39;WE=8841566;WS=8841548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,82:0.47:174
chr19	8923117	rs250315	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr19	8932092	rs2910347	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=0.834;SC=AGCACGAGATGTTGGGGGGGG;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=17;WE=8932100;WS=8932082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr19	8932524	rs12978839	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=184;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CACACTGACATTTTCTGGGCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=10;WE=8932532;WS=8932520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr19	8953801	rs2969292	T	C	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=38;PP=1665;SC=AATTTCTGGTTACTGAGGAAG;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=73;WE=8953809;WS=8953791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	8953922	rs2972588	C	T	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=36;PP=1019;SC=CCAAGAAGGCCGTCCTGAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=8953930;WS=8953912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	8961772	rs2972591	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=0;PP=389;SC=ATTATTTGTCAATTAATTAAA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=8961780;WS=8961762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	8961981	rs1035442	C	G	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=75;PP=2264;SC=CATGTGATGACTCCCAGGAGT;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=129;WE=8961989;WS=8961971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	8962315	rs2910353	C	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-0.904;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr19	8962461	rs1964289	G	C	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=351;SC=TCTGGAGATGGAGTCTTGCTC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=8962469;WS=8962451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	8968748	.	G	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=261;ReadPosRankSum=0.194;SC=CCAGCTTTAGGAAAAAGCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=16;WE=8968756;WS=8968738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr19	8974167	.	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=-3.429;SC=AAAATGCAGAGCCAAAGTTGC;SOR=0.502;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=8974175;WS=8974157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr19	8974237	rs11670820	G	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=1.309;SC=GGCATTGCAGGAGCTCTTAGA;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=8974245;WS=8974227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	8976471	rs3764554	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.568;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=137;ReadPosRankSum=2.142;SC=GAGAGGTCCCGAGACCTCTGC;SOR=1.536;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=10;WE=8976479;WS=8976461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr19	8976504	rs3764553	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GTGGAGGGAGGAGCAGGGGAA;SOR=0.883;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8;WE=8976512;WS=8976494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr19	8976713	rs3764552	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=251;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TTATCCCACCAGGAGCTGCTG;SOR=0.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=24;WE=8976721;WS=8976703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr19	8976921	rs11085755	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=0.415;SC=GATCAGACTGCGCTCATTATT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=12;WE=8976929;WS=8976911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr19	8977514	rs1469077	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=262;ReadPosRankSum=1.155;SC=TATGCCAGGTATCTCACCCCA;SOR=1.405;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=16;WE=8977522;WS=8977504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr19	8979157	.	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr19	8982084	rs3752139	C	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.81;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	8987133	rs3764555	T	C	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=19;PP=738;SC=AGAAGGGAGCTTGGGTTGGTC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=38;WE=8987141;WS=8987123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	8987348	rs150904213	A	AAG	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.77;ReadPosRankSum=2.287;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr19	8992971	.	T	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-2.341;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.300;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	8992972	.	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-2.341;QD=14.74;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	8992980	.	C	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQRankSum=-2.903;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.509;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr19	8992997	.	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-3.136;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.220;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr19	8993017	rs111468097	G	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-1.510;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.256;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,3:0.12:25
chr19	8993020	.	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-1.510;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.964;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,3:0.12:25
chr19	8993041	.	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-3.381;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,4:0.15:27
chr19	8993048	.	C	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-3.526;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=2.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,4:0.14:29
chr19	8994113	rs2009979	T	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=13;PP=743;SC=ACACTTGGGGTAGCCAGACTG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=8994121;WS=8994103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	8994285	rs752410	T	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=28;PP=884;SC=TGGAAGGGGCTGTAATCAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=8994293;WS=8994275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	8994373	rs873869	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=10;PP=462;SC=TAGGTGGAACAAGACAAGGTG;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=8994381;WS=8994363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	8995853	rs11672574	T	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=255;SC=CTCTCAGATCTTTCCCTCATG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=8995861;WS=8995843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	8997421	.	A	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-8.513;QD=1.12;ReadPosRankSum=-2.252;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,7:0.09:74
chr19	8997424	.	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-8.013;QD=1.09;ReadPosRankSum=-2.474;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,8:0.11:76
chr19	8998532	rs57902801	T	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.11;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	8998532	.	TCTTATCC	CCTTATCC,CCTTATCT	183	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=58.98;NF=16,7;NR=0,0;PP=183,166;QD=13.6107007842;SC=GTGTCCCCTTTCTTATCCCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=16,7;WE=8998547;WS=8998522;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.94:17
chr19	8998539	.	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.561;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr19	8998752	.	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.475;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-8.255;QD=0.55;ReadPosRankSum=-2.371;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,10:0.10:102
chr19	8998763	rs375722672	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-7.237;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.994;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,10:0.11:93
chr19	8998766	.	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-8.096;QD=0.89;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,8:0.09:91
chr19	8998775	.	G	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.066;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-7.625;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,7:0.08:85
chr19	8998782	.	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.663;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-5.676;QD=0.49;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,7:0.09:81
chr19	8998830	.	G	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.220;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=7.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-5.004;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr19	8998831	.	T	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-1.847;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,6:0.09:65
chr19	8998832	.	AT	A	163.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.538;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=13.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-4.293;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=3.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,9:0.15:62
chr19	8998834	.	T	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=10.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-4.546;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=3.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,8:0.13:60
chr19	8998837	.	T	TGA	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=7.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-4.040;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=2.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,7:0.12:57
chr19	8998839	.	GAC	G	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=7.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-3.993;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=2.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,7:0.12:56
chr19	8998849	.	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-2.745;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,5:0.11:47
chr19	8998851	.	T	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.820;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-2.539;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,5:0.10:49
chr19	8998857	.	G	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-2.460;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,5:0.11:47
chr19	8998858	.	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-2.594;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,5:0.12:43
chr19	8998860	.	T	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-2.671;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,5:0.11:45
chr19	8998870	.	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-1.505;QD=0.84;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,3:0.08:38
chr19	8999383	rs79909361	A	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-8.014;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.197;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,39:0.26:149
chr19	8999386	rs77049866	A	G	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=4.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-7.757;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.249;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,40:0.26:153
chr19	8999429	.	G	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=-1.831;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,28:0.16:173
chr19	8999438	rs77891947	A	T	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-5.657;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.250;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,35:0.22:161
chr19	8999439	.	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=5.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-7.956;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,15:0.09:176
chr19	8999446	rs201254514	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=10.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-8.563;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.559;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,21:0.12:174
chr19	8999447	.	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=7.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-8.112;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.159;SOR=1.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,16:0.09:174
chr19	8999448	.	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=7.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-8.001;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.350;SOR=1.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,16:0.09:176
chr19	8999449	rs76798407	G	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-2.677;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,32:0.18:175
chr19	8999453	rs11085765	C	T	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=87;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=8.813;NF=48;NR=38;PP=1546;ReadPosRankSum=0.762;SC=TGCTGTGGGTCAGCTGGCTCA;SOR=0.245;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=86;WE=8999506;WS=8999428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,129:0.71:181
chr19	8999456	.	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=5.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-8.297;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.177;SOR=1.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,16:0.09:184
chr19	8999458	.	G	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=7.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-8.347;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.205;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,16:0.09:186
chr19	8999675	rs11085766	A	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=304;SC=AGCCTGGTAGAGAAGTGAGAA;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=8999683;WS=8999665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	9000169	.	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=14.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-7.822;QD=4.71;ReadPosRankSum=-2.889;SOR=2.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,14:0.17:83
chr19	9000170	.	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=16.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-7.988;QD=4.60;ReadPosRankSum=-2.912;SOR=2.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,15:0.18:85
chr19	9000185	.	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=24.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-8.723;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=3.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,19:0.20:96
chr19	9000187	.	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=27.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-8.903;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=3.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,20:0.20:99
chr19	9000194	.	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=27.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-8.952;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=3.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,20:0.20:100
chr19	9000205	.	C	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=36.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQRankSum=-9.127;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=4.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,23:0.23:102
chr19	9000206	rs4994075	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=36.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQRankSum=-9.127;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=4.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,23:0.23:102
chr19	9000326	rs35743385	G	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=13;PP=482;SC=AGTGGTTGGGGTATGCATATC;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=9000334;WS=9000316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	9001822	rs12976111	A	G	5123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.79;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	9001833	rs12976122	A	G	5113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	9001833	.	ATG	GTA	966	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=59.94;NF=30;NR=32;PP=966;QD=16.4430302397;SC=GTACTCACTCATGGGTCCAGA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=62;WE=9001843;WS=9001812;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,62:0.94:66
chr19	9001835	rs12985778	G	A	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.97;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	9001986	rs12461757	C	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=14;PP=431;SC=GCCCTTGCTGCATGTGGGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=9001994;WS=9001976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	9002113	rs12462672	A	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	9002132	.	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=2.220;SC=CAGGAGCACTGGAACATCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=6;WE=9002140;WS=9002122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr19	9002266	.	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=-2.458;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	9002493	rs77972891	T	C	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=11.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-9.961;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.306;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,82:0.46:180
chr19	9002504	rs78327556	T	C	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=7.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-10.351;QD=9.09;ReadPosRankSum=2.185;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,81:0.43:190
chr19	9002519	rs150783178	G	C	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=8.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-10.571;QD=9.11;ReadPosRankSum=2.953;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,76:0.41:184
chr19	9002576	rs80214581	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=11.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-12.341;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=1.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,40:0.24:167
chr19	9002587	rs201053591	C	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=16.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-12.523;QD=5.50;ReadPosRankSum=-2.180;SOR=1.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,35:0.21:166
chr19	9002597	.	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=10.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-12.717;QD=4.82;ReadPosRankSum=-3.014;SOR=1.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,28:0.17:164
chr19	9002612	.	TG	GA	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.142;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=26.499;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-12.352;QD=1.36;ReadPosRankSum=-4.365;SOR=3.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,16:0.10:154
chr19	9002622	.	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.878;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=25.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-12.233;QD=0.57;ReadPosRankSum=-4.541;SOR=4.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,11:0.07:151
chr19	9003217	rs60430468	GA	G	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr19	9003618	rs11085776	C	T	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=29;PP=1103;SC=GCCAGGGCGACGCATGTCCTC;SOR=0.979;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=67;WE=9003626;WS=9003608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	9003645	rs11085777	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.942;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr19	9003706	rs11085778	T	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.03;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr19	9003749	rs11085779	G	T	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=24;PP=624;SC=TTAATCTGTTGCATATAGTTA;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=9003757;WS=9003739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	9005041	rs62118260	T	C	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=15;PP=564;SC=TCAGCTGGGATTCTGATTAGC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=9005049;WS=9005031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr19	9005719	rs4804375	A	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=579;ReadPosRankSum=-0.454;SC=TGGCTACTCCATCCTTCTCAG;SOR=0.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=33;WE=9005727;WS=9005709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
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chr19	9012958	rs76003547	T	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.508;HP=3;HapScore=4;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.692;NF=14;NR=31;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.527;SC=GAGTTTGCAATAGACTTATCT;SOR=0.418;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=45;WE=9012966;WS=9012898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr19	9012977	rs78271560	A	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-5.452;QD=11.70;ReadPosRankSum=-2.138;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
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chr19	9012999	.	C	CT	270.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=6.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-6.173;QD=6.77;ReadPosRankSum=-3.291;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr19	9013000	.	A	AAAT	226.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-6.029;QD=5.97;ReadPosRankSum=-2.999;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr19	9014405	rs74199498	C	CT	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.885;NF=5;NR=8;PP=483;ReadPosRankSum=-0.276;SC=AAGTCCAGAACTTAGTCACCC;SOR=0.446;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=13;WE=9014413;WS=9014395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr19	9014551	rs12459127	T	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.213;NF=7;NR=6;PP=177;ReadPosRankSum=2.712;SC=AGAGACTGTTTCTGTCCAGGG;SOR=0.575;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=13;WE=9014559;WS=9014541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr19	9014569	rs12462963	A	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.241;NF=6;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=0.681;SC=GGGTGTAGGGACCCAGCTCTT;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=12;WE=9014577;WS=9014559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
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chr19	9015438	rs34556045	A	C	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.156;NF=11;NR=21;PP=1466;ReadPosRankSum=1.645;SC=TGTGTGTGTTAGGGGCAGATG;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=32;WE=9015446;WS=9015426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,52:0.39:132
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chr19	9025695	.	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.651;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=19.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-5.005;QD=1.42;ReadPosRankSum=-3.003;SOR=4.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,9:0.11:83
chr19	9025698	.	T	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.284;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=19.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-4.971;QD=1.58;ReadPosRankSum=-3.184;SOR=4.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,9:0.11:82
chr19	9025700	.	T	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=16.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-4.869;QD=1.57;ReadPosRankSum=-3.666;SOR=3.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,9:0.11:79
chr19	9025701	.	T	TAGGG	123.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.217;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=16.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-4.150;QD=1.61;ReadPosRankSum=-3.489;SOR=3.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,8:0.10:77
chr19	9025826	rs7256118	T	A	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=166;SC=TGGAGTAAAGTGGCATGATCT;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=9025834;WS=9025816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	9028373	rs56396897	G	A	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=68;PP=2366;SC=ATCCACTGCCGTGGCTGAGCT;SOR=0.750;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=131;WE=9028381;WS=9028363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	9028432	rs10411029	C	T	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=59;PP=1673;SC=GTCCATCCACCTCTCCATCCT;SOR=1.001;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=98;WE=9028440;WS=9028422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	9033314	rs76381387	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.964;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr19	9045513	.	GG	AA	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=214;ReadPosRankSum=-0.580;SC=TGTTTAGAATGGCAATTTTTA;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=8;WE=9045522;WS=9045503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr19	9048342	rs10854118	C	T	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=31;PP=1051;SC=GGGGTCACCACTCCTGATACC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=60;WE=9048350;WS=9048332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr19	9049726	rs11670328	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=506;ReadPosRankSum=1.443;SC=CTGAGCTGACGTCTGCCCCAT;SOR=0.834;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=34;WE=9049734;WS=9049716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr19	9056982	rs11670318	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,67:0.44:153
chr19	9057408	rs1423051	A	G	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=31;PP=1269;SC=TTCCACAAAGAGAGAGCTCTT;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=9057416;WS=9057398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	9057687	rs1895364	A	G	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=42;PP=1604;SC=AGGGATGTGTATTCTATTAGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=9057695;WS=9057677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	9057721	rs2216662	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=646;ReadPosRankSum=-0.873;SC=GTCATGGAGACTTCAGTAGTA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=44;WE=9057729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,51:0.45:114
chr19	9058907	rs1833777	G	C	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=31;PP=1534;SC=TTTCAAAAACGTGAATTGCCT;SOR=1.094;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=78;WE=9058915;WS=9058897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	9058942	rs1833778	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=589;ReadPosRankSum=0.913;SC=GCTTTAGAAGCGGCCAGACTC;SOR=0.754;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=41;WE=9058950;WS=9058932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,66:0.53:125
chr19	9059159	rs12462651	T	G	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.206;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=812;ReadPosRankSum=-1.153;SC=GAGGGCTGTTTTTTTCCACAG;SOR=0.818;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=52;WE=9059167;WS=9059149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,89:0.49:183
chr19	9059307	rs12461695	C	T	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=767;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GGTAAAGGTACCCTGCGAGGT;SOR=0.668;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=54;WE=9059315;WS=9059297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,79:0.49:162
chr19	9059808	rs7508222	A	G	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=43;PP=1682;SC=GACTTCAGTGATGGCCAGTAT;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=86;WE=9059816;WS=9059798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	9060541	rs11882256	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=468;ReadPosRankSum=0.878;SC=GAGGTGACCACTGGAGATGTC;SOR=0.697;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=30;WE=9060549;WS=9060531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr19	9060569	.	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=425;ReadPosRankSum=-0.268;SC=ATGGCTCTGGGAGGCCTGGAT;SOR=0.614;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=29;WE=9060577;WS=9060559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr19	9060605	rs2194168	G	A	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=28;PP=1099;SC=CTTGTCTAGCGCTGATGGTGC;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=9060613;WS=9060595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	9060656	rs2216663	C	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.036;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=435;ReadPosRankSum=0.662;SC=GCTGAATTGCCTCTGTCTCCA;SOR=0.788;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=27;WE=9060664;WS=9060646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr19	9060812	rs1820099	T	C	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=51;PP=1514;SC=GGAGAGGAGATGAGTGGCTAC;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=103;WE=9060820;WS=9060802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	9061047	.	C	T	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=652;ReadPosRankSum=0.731;SC=GGTAAAGGTACCTTGTGAGGA;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=47;WE=9061055;WS=9061037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,65:0.53:123
chr19	9061559	rs1423052	C	G	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=846;ReadPosRankSum=0.310;SC=TGACTTCAGACGTGGCTAATA;SOR=0.727;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=51;WE=9061567;WS=9061549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,81:0.55:148
chr19	9062415	rs12978757	T	G	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=799;ReadPosRankSum=0.385;SC=AGGCTGCATGTCTTCTGTATC;SOR=0.794;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=49;WE=9062423;WS=9062405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr19	9062544	rs2547063	T	G	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.059;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=1485;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CAGGCCAGGGTTGAGAAGAGA;SOR=0.295;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=9062552;WS=9062534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr19	9063678	rs2547064	T	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=727;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GCTTGACGTGTCCAAAGTACT;SOR=0.738;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=49;WE=9063686;WS=9063668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,75:0.43:173
chr19	9063935	rs2252675	G	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=588;ReadPosRankSum=0.003;SC=CTTCAGAGCCGCTGGACTCCC;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=46;WE=9063943;WS=9063925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,64:0.49:131
chr19	9065203	rs62118307	T	C	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=602;ReadPosRankSum=-1.490;SC=GAGGAGTGGCTACTTGCTGGT;SOR=1.205;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=36;WE=9065211;WS=9065193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr19	9065510	rs1867692	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=558;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GGGAAGTAGGGAACTTAATGA;SOR=0.981;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=36;WE=9065518;WS=9065500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr19	9065632	rs1867691	T	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=0.218;SC=GTAGCACCAATGGACACTTCA;SOR=0.544;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=38;WE=9065640;WS=9065622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr19	9065718	.	G	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=473;ReadPosRankSum=0.086;SC=AGGGCTCAGGGAGGAAATTGA;SOR=1.002;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=36;WE=9065726;WS=9065708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr19	9066152	.	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=390;ReadPosRankSum=-1.238;SC=AAGACAGCAGGGAAGGGAGAG;SOR=0.714;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=24;WE=9066160;WS=9066142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr19	9066195	.	C	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
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chr19	9066965	rs191423546	A	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=777;ReadPosRankSum=-1.605;SC=TAGGAGAAGGAGTGGTGTGAA;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=52;WE=9066973;WS=9066955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,74:0.61:122
chr19	9068530	rs7250080	C	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=505;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GTGGTCCCCACATTGGCCACT;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=36;WE=9068538;WS=9068520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,53:0.40:133
chr19	9069100	.	A	G	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=512;ReadPosRankSum=1.333;SC=GTAGGATCATAGTAGGTGACT;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=37;WE=9069108;WS=9069090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr19	9070079	rs1559170	C	G	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TCTCCTCAGACGTCCTGGTGT;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=66;WE=9070087;WS=9070069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,72:0.46:158
chr19	9070194	rs1344572	A	G	7284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=98;PP=2965;SC=GGCGAAGGTGATACCCATTGG;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=88;TCR=98;TR=186;WE=9070202;WS=9070184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr19	9070225	rs1559172	G	C	6590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=99;PP=2965;SC=TTGGATGTGTGTGAATCAGCT;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=77;TCR=99;TR=176;WE=9070233;WS=9070215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr19	9070837	rs2547067	G	A	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=58;PP=1867;SC=GCTATTGTGGGCCGATCAAGG;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=105;WE=9070845;WS=9070827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	9071617	.	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=353;ReadPosRankSum=0.111;SC=GATGCAGACTCAGGAGGACTT;SOR=1.052;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=22;WE=9071625;WS=9071607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr19	9071763	rs10422567	T	A	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=27;PP=918;SC=GCTAGAAGAGTTGACCCCTGT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=9071771;WS=9071753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	9072313	rs2121133	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GCAGGTGAGGACAGAAAGGAA;SOR=0.817;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=19;WE=9072321;WS=9072303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr19	9072348	.	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.239;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr19	9072544	.	C	T	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=533;ReadPosRankSum=0.306;SC=TCTGCAGATTCTGTCATTATT;SOR=0.550;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=44;WE=9072552;WS=9072534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,70:0.46:151
chr19	9072742	rs2591590	T	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=590;ReadPosRankSum=0.171;SC=TCCTGGGAGATGCTGGTCTCC;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=49;WE=9072750;WS=9072732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,68:0.42:161
chr19	9074950	rs2591591	G	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=-2.183;SC=GTTGTAGCATGGATAGGTACC;SOR=0.866;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=32;WE=9074958;WS=9074940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,48:0.48:100
chr19	9075217	rs2547068	T	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.198;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=473;ReadPosRankSum=1.590;SC=GACAGCCTGGTGATGGCTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=30;WE=9075225;WS=9075207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr19	9075346	rs2591592	T	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=217;ReadPosRankSum=1.334;SC=GAAGAGATAATACTTGTTTGT;SOR=0.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=17;WE=9075354;WS=9075336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr19	9075456	.	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=418;ReadPosRankSum=0.467;SC=TGGCCATGTGGTTGTTGACAT;SOR=0.834;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=30;WE=9075464;WS=9075446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr19	9075565	rs17000836	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=0.750;SC=GAAGCATGTTCGGAACTTGTG;SOR=0.662;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=24;WE=9075573;WS=9075555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr19	9075584	rs2547069	T	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=372;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TGACCCAGCCTGTGGTCTCTA;SOR=0.889;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=21;WE=9075592;WS=9075574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr19	9075635	rs2547070	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=270;ReadPosRankSum=-0.400;SC=TGTCTGTGGTGGACTCAGAAG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=20;WE=9075643;WS=9075625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr19	9075737	rs2547071	T	C	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=28;PP=973;SC=GGGTCCTTAATACACTGGAGG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=9075745;WS=9075727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	9075969	rs2591593	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=-1.328;SC=GGGCACCTGCCCTGGATGTGC;SOR=0.562;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=15;WE=9075977;WS=9075959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr19	9076083	rs2547072	G	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=265;ReadPosRankSum=0.142;SC=TGCAGCTGGTGTGACTGCACT;SOR=0.898;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=20;WE=9076091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr19	9076163	rs2547073	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=452;ReadPosRankSum=0.741;SC=AAGTGAGTTCCTGGGGAGTTG;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=29;WE=9076171;WS=9076153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr19	9076278	rs953551	G	A	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=1063;ReadPosRankSum=-0.029;SC=GGACAGGGGCGTATTTGGGTC;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=74;WE=9076286;WS=9076268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,108:0.51:211
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chr19	9076858	rs2547074	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=362;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GCTGTGGTTACGTCCAGGATG;SOR=0.408;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=29;WE=9076866;WS=9076848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr19	9076884	.	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=367;ReadPosRankSum=0.146;SC=TTCCGCAGGAGATGAAGTCTG;SOR=0.582;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=29;WE=9076892;WS=9076874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr19	9076929	rs2547075	T	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=482;ReadPosRankSum=0.072;SC=AATGTCACTTTTCACTGCACT;SOR=0.796;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=37;WE=9076937;WS=9076919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
chr19	9076950	rs2547076	C	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=474;ReadPosRankSum=0.880;SC=TACATTGGCCCTCAGAGTCTC;SOR=0.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=34;WE=9076958;WS=9076940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr19	9076991	rs2591595	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=490;ReadPosRankSum=0.792;SC=TGACAGATGACGCAGAGCTTG;SOR=0.814;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=36;WE=9076999;WS=9076981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr19	9077060	rs2591596	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=444;ReadPosRankSum=0.391;SC=AGGGCAGAGACACTAGTGAGG;SOR=0.596;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=30;WE=9077068;WS=9077050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr19	9077196	rs7254941	C	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=555;ReadPosRankSum=-0.212;SC=ATCCACAGATCGACTTGTCTG;SOR=0.615;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=38;WE=9077204;WS=9077186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr19	9077264	rs1862461	T	G	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=799;ReadPosRankSum=1.033;SC=CTGTGGTGCTTACCCATGTCT;SOR=0.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=55;WE=9077272;WS=9077254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,79:0.54:146
chr19	9077349	.	G	A	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=661;ReadPosRankSum=1.462;SC=AAGGATATTGGAAGATGTGCT;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=43;WE=9077357;WS=9077339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,64:0.52:124
chr19	9077436	rs1862462	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=490;ReadPosRankSum=0.977;SC=AGTTGTCTTTGAAACCAGTTC;SOR=0.954;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=31;WE=9077444;WS=9077426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,41:0.40:103
chr19	9077803	rs2591597	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-2.313;SC=GGGCTGATGCTGGGTTCCTTG;SOR=0.561;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=15;WE=9077811;WS=9077793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr19	9077902	rs2547077	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=2.640;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr19	9077984	rs2547078	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.385;SC=TTCCTCCTTCTCTGGGAAAGA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=9077992;WS=9077974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr19	9080343	.	GAAAGA	G	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr19	9080362	rs200183504	G	GAA	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.79;MQRankSum=3.375;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr19	9080462	rs2547065	C	G	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=28;PP=926;SC=TGCTGGACTGCTCCCCGTCTC;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=9080470;WS=9080452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	9082514	rs17000871	C	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=476;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TCTTCTTCTGCAATGGTCTGG;SOR=0.692;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=35;WE=9082522;WS=9082504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr19	9083124	rs12608495	G	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.855;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr19	9083352	.	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=357;ReadPosRankSum=0.070;SC=CACCTGGGTTCATGGTCAGAG;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=28;WE=9083360;WS=9083342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr19	9084401	rs142278154	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=533;ReadPosRankSum=0.057;SC=AAAGTTCTTACTGGTCTAGAC;SOR=0.961;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=40;WE=9084409;WS=9084391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr19	9084779	.	C	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.818;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=1.520;SC=ACTGTAGTTTCATTATCCAGT;SOR=0.853;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=29;WE=9084787;WS=9084769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr19	9085376	.	G	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=478;ReadPosRankSum=-1.865;SC=ATGGCCATTGGAAGAGGGACT;SOR=0.639;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=37;WE=9085384;WS=9085366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr19	9085414	rs183496438	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=563;ReadPosRankSum=-1.096;SC=CCCCACAGGAGTCTCAGAAAG;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=39;WE=9085422;WS=9085404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,64:0.58:110
chr19	9086184	rs74999347	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TATCAGAGCCGTTTTCCAATC;SOR=0.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=22;WE=9086192;WS=9086174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr19	9087615	rs1596798	T	A	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=39;PP=1453;SC=TTTCTGCCAATTTTGTGTAAT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=9087623;WS=9087605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	9088017	rs1596797	T	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=361;ReadPosRankSum=-3.195;SC=CCATGGTAAGTTTGATGGTGC;SOR=0.821;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=25;WE=9088025;WS=9088007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,41:0.35:116
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chr19	9088722	rs17000948	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
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chr19	9089866	.	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=1776;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TGGAGACACGGAGACTGGGAC;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=56;WE=9089874;WS=9089855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
chr19	9204307	rs4804097	A	G	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=32;PP=1191;ReadPosRankSum=0.315;SC=TCTGCCACCCATTGCACTACG;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=132;TCR=68;TR=96;WE=9204315;WS=9204297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,148:0.50:295
chr19	9204799	.	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=266;ReadPosRankSum=0.698;SC=ACAGCTTGAGGAACAGAGACC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=14;WE=9204807;WS=9204789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr19	9213257	.	G	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=918;ReadPosRankSum=1.494;SC=CACAGGAGGTGATCTGAGTGT;SOR=0.774;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=59;WE=9213265;WS=9213247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,88:0.43:206
chr19	9225387	rs34333263	G	GAAA	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.041;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr19	9225685	rs2195951	T	C	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=928;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AGCTGTCCCATAGAACAAGGA;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=60;WE=9225693;WS=9225675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,78:0.50:156
chr19	9226017	rs2217657	C	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=705;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TCAGCAAGCCCCAGAAATGGA;SOR=0.612;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=44;WE=9226025;WS=9226007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,59:0.42:142
chr19	9226192	rs6511874	A	G	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=692;ReadPosRankSum=0.344;SC=TTGGATGTTCACTAGGATCTT;SOR=0.764;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=50;WE=9226200;WS=9226182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,82:0.53:155
chr19	9226360	.	GG	AA	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=893;ReadPosRankSum=0.428;SC=CAGGCTGAAAGGGATTAACTT;SOR=0.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=29;WE=9226369;WS=9226350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,62:0.55:112
chr19	9226540	rs36095111	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=1.180;SC=GAAAAGGGGTAGATTCTAAGG;SOR=0.180;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=9226548;WS=9226530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr19	9236698	rs111867493	G	GATGGT	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.09;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr19	9236886	rs10424352	A	G	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=901;ReadPosRankSum=-0.079;SC=ACAAGGAAACAACGATTAAAT;SOR=0.901;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=59;WE=9236894;WS=9236876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,105:0.47:224
chr19	9237435	rs10407484	A	G	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.081;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr19	9237542	rs10414255	T	C	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=514;ReadPosRankSum=-1.942;SC=AGGAACAGCATGAAGAGGATG;SOR=0.698;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=41;WE=9237550;WS=9237532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,69:0.53:130
chr19	9237723	rs10414701	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.510;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr19	9237735	rs200437868	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.645;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr19	9237738	.	TCC	T	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.645;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr19	9237746	rs369468829	TTTTC	T,TTCTTTC	457.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.04;QD=35.21;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,6:0.54,0.46:13
chr19	9251026	.	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.482;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=271;ReadPosRankSum=1.661;SC=CGCCCCGCTTCCGTATTAGAC;SOR=0.212;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=18;WE=9251034;WS=9251016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr19	9266874	rs139210933	CTG	C	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=312;ReadPosRankSum=1.207;SC=ACCCCAGTGACTGTGTCTGCT;SOR=1.692;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=9;WE=9266883;WS=9266864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr19	9267319	rs3752199	G	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=534;ReadPosRankSum=1.534;SC=CCTGTCTCCAGGACTCAGAAT;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=39;WE=9267327;WS=9267309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr19	9268261	rs3829682	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GTGGTTCTCCGGTGTGTGTCT;SOR=0.693;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=10;WE=9268269;WS=9268251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr19	9296664	rs56246934	T	C	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.605;NF=21;NR=19;PP=552;ReadPosRankSum=0.720;SC=TGTCCTGGGTTGACATCTGTT;SOR=0.652;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=40;WE=9296672;WS=9296654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,61:0.44:140
chr19	9297381	rs61733545	A	C	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=742;ReadPosRankSum=0.268;SC=TCAGCAGGGCAGCCTCTTGTT;SOR=0.697;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=62;WE=9297389;WS=9297371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,84:0.50:168
chr19	9346427	rs1968136	T	C	8197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=2.608;NF=107;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=2.723;SC=TATGTGGCCATGGCACTGCTG;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=107;TCR=123;TR=230;WE=9346435;WS=9346417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,323:0.99:325
chr19	9346599	rs1985937	C	G	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NR=73;PP=2921;SC=GGGTCTATCTCAGTTCTGCTG;SOR=0.917;Source=Platypus;TCR=73;WE=9346607;WS=9346589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	9361871	.	CC	TT	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.782;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=598;ReadPosRankSum=0.864;SC=CTGTTCCTGTCCATGTACCTG;SOR=0.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=17;WE=9361880;WS=9361861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr19	9362805	rs78240061	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=417;ReadPosRankSum=0.275;SC=TATTTTGGTTGCTTGATGGCT;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=29;WE=9362813;WS=9362795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr19	9408811	rs55772378	AT	A	84.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr19	9434930	rs10411624	T	C	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=49;PP=1519;SC=TGGGCGGCGTTCGGTGGTGTC;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=9434938;WS=9434920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	9448701	.	C	T	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=758;ReadPosRankSum=0.342;SC=GTGGTAAGTCCGTATTGATGG;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=55;WE=9448709;WS=9448691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,78:0.51:154
chr19	9448917	rs8113427	T	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.23;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr19	9449149	rs8110197	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=4;PP=141;SC=GGATTCTCAGATTTTATTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=9449157;WS=9449139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	9449337	rs8110584	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=185;SC=AGTGGAACAGGGCCCCTGCAA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=9449345;WS=9449327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	9452026	rs55837495	ACT	A	1602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=786;SC=TTTGACAAACACTCTAAACAT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=9452035;WS=9452016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	9489132	rs2304110	C	T	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=34;PP=1035;SC=CTTCATCTTCCGCAGCTCCCA;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=9489140;WS=9489122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	9490358	rs12461520	C	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=505;SC=TTGGGAATGTCACTCAGTGAA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=9490366;WS=9490348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	9490814	rs2217652	C	T	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	9491210	rs1347165	C	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=351;SC=TCATACGCACCTACTGAAAAT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=9491218;WS=9491200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	9491232	.	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=182;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GTACACATGTCAGTCATGATC;SOR=0.184;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=14;WE=9491240;WS=9491222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr19	9492141	rs3826783	C	T	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=69;PP=2597;SC=AAGCCTTCATCGATCAGTCAT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=139;WE=9492149;WS=9492131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	9492370	rs2230752	A	T	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=47;PP=1731;SC=TTATAAATGTATTCAGTGTGA;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=94;WE=9492378;WS=9492360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	9524185	rs2241356	A	G	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=40;PP=1894;SC=GAAACTTAAAAGCTTTGCCAC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=80;WE=9524193;WS=9524175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	9528366	.	G	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr19	9579642	.	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CTGACCTCATGATCCGCCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=5;WE=9579650;WS=9579632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	9580506	.	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=289;ReadPosRankSum=-0.141;SC=TTGCATATATCCCATCTTTCT;SOR=0.238;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=19;WE=9580514;WS=9580496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr19	9586067	.	A	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=253;ReadPosRankSum=0.440;SC=AGAAGGCATAAGAGCCCAGAC;SOR=0.559;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=27;WE=9586075;WS=9586057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
chr19	9641821	rs34198502	G	A	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=836;ReadPosRankSum=1.299;SC=AGCACTTTGGGAGGCTAAGGC;SOR=1.131;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=48;WE=9641829;WS=9641811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr19	9646739	rs888872	C	G	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=426;SC=ACAGGCAGAGCCTGACTCACA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=9646747;WS=9646729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	9673271	rs147918159	CTCT	C	1836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=759;SC=CTCTCTCCTCCTCTTCCCAGG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=9673281;WS=9673261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	9805397	rs77670201	A	G	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.318;NF=27;NR=23;PP=648;ReadPosRankSum=1.123;SC=AGAAGGAAATATGTCTACCTA;SOR=0.633;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=50;WE=9805405;WS=9805387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,80:0.53:150
chr19	9869350	rs377128988	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=238;ReadPosRankSum=0.376;SC=CCAATGTGAGTTATCATGTGA;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=20;WE=9869358;WS=9869340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr19	9958878	rs2010457	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr19	9964823	rs8111802	A	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=9;PP=734;SC=CCCAGCCCCCAGAGGCCCCCC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=39;WE=9964831;WS=9964813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	9968139	rs11556087	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=551;ReadPosRankSum=2.048;SC=CAACAGTTCCGTCATCCTGTC;SOR=0.656;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=45;WE=9968147;WS=9968129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,67:0.42:159
chr19	9968299	rs146830323	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr19	9968434	rs2303100	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=-2.712;SC=TGCCCGGAGCCGCGCATCCAG;SOR=0.641;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=14;WE=9968442;WS=9968424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr19	10047001	.	C	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr19	10071063	rs10406152	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=583;SC=GGCTCCCTCATGGTCCCTCCC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=10071071;WS=10071053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	10071634	rs918542	T	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=17;PP=320;SC=AGCCACCCCCTGGAATCTCCA;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=10071642;WS=10071624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	10071669	rs2277968	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=7;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=-1.176;SC=AGCCACCCCCCCCATGTCACC;SOR=0.105;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=10071677;WS=10071659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr19	10073744	rs35427045	C	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CTGAGGCAGCCCTCACCCAAT;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=10;WE=10073752;WS=10073734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr19	10073763	.	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.024;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.731;SC=ATGACTAATGGGAGTTGGTGG;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=5;WE=10073771;WS=10073753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr19	10077158	rs3745582	C	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=666;ReadPosRankSum=1.446;SC=CGGACCCCAACCCCCCCCACA;SOR=0.390;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=43;WE=10077166;WS=10077148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr19	10077419	rs3745584	C	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr19	10077496	rs66715357	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=-1.149;SC=GAGAGACAGGCAGAGATGAAG;SOR=0.527;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=9;WE=10077504;WS=10077486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr19	10077931	rs3786698	C	G	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=215;SC=CCCAGTGCTGCGCACGGAAGG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=10077939;WS=10077921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	10077947	rs3786699	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=0.758;SC=GAAGGACCCTCTGGGGACACC;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=10077955;WS=10077937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr19	10078107	rs58364301	C	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.271;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,30:0.25:121
chr19	10078125	rs62104313	T	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=-0.369;SC=TGGAGACCCTTCCCACCAACA;SOR=0.756;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=20;WE=10078133;WS=10078115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr19	10078505	rs35354203	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GAAGGCAGAGACGTGGAGGGT;SOR=0.610;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=10078513;WS=10078495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr19	10078589	rs3815748	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr19	10078802	rs2287818	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=0.038;SC=CACCCTATTGCCCTGACACAT;SOR=0.796;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=10;WE=10078810;WS=10078792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr19	10078849	rs2287817	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=0.374;SC=AAAGGAAGACCCCGAACCCTA;SOR=0.654;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=7;WE=10078857;WS=10078839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr19	10079013	rs3815747	G	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=27.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=4.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr19	10080140	rs2277966	C	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=675;SC=TGGACCCCCCCCCGACCATGC;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=10080148;WS=10080130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	10080236	rs10406577	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=313;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CCCACCCCTGCCCCGCTCCAC;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=26;WE=10080244;WS=10080226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr19	10080619	rs57674179	A	AG	1287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.66;QD=29.27;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	10080672	rs58525359	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=-0.524;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.637;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	10081276	rs1895371	C	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=329;ReadPosRankSum=1.487;SC=GCTGAGGACCCAGGAGGTGGC;SOR=1.507;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=23;WE=10081284;WS=10081266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr19	10084292	rs2287813	C	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=494;ReadPosRankSum=-1.242;SC=AGCGTCCCCTCGCTCACCCTG;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=32;WE=10084300;WS=10084282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
chr19	10084551	rs2287811	T	G	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=60;PP=2242;SC=TAGGAAATGGTTGTCCCCATC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=109;WE=10084559;WS=10084541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	10087200	rs2287810	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=0.228;SC=CCTTCAAGGACCCAGAGAAGG;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=11;WE=10087208;WS=10087190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr19	10088271	rs2161468	C	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=468;ReadPosRankSum=0.705;SC=GTCACTTACCCGGGACCCCTT;SOR=0.628;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=38;WE=10088279;WS=10088261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr19	10089262	rs12610207	G	A	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=11;PP=398;SC=TGGCCCCCACGGGCCCTGGGG;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=10089270;WS=10089252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	10089797	rs3214452	C	CA	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=363;ReadPosRankSum=-0.421;SC=CTCCAGTGGACAGTGTCTCAC;SOR=0.984;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=12;WE=10089805;WS=10089787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr19	10090467	rs60233060	GAA	G	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.100;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr19	10091267	rs144086896	A	ATCTC,ATC	763.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17,17;NR=13,13;PP=29,825;ReadPosRankSum=-0.791;SC=TCCACTCAGAATCTCTCTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30,30;WE=10091286;WS=10091257;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.81:31
chr19	10091294	rs71188870	TCA	T	1135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=21.03;ReadPosRankSum=1.555;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,44:0.81:54
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chr19	10096686	rs1862473	G	A	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.38;SOR=1.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	10096686	.	GAGG	AAGC,AAGG	501	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6,12;NR=23,35;PP=501,132;QD=19.1195818918;SC=TTGGGGAAACGAGGTTCAAGT;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=29,47;WE=10096697;WS=10096676;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.62:47
chr19	10096689	rs8102756	G	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr19	10097187	rs60604169	G	GC	2887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.436;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.506;NF=16;NR=50;PP=2178;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TCTTCCCCGAGCCCCCAGACC;SOR=1.161;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=157;TCF=41;TCR=116;TR=66;WE=10097195;WS=10097177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,116:0.47:246
chr19	10097536	rs8113693	G	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=0.896;SC=CCCAAGAGGAGGCTAGGCAGA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=10097544;WS=10097526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr19	10099744	rs11879755	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr19	10099748	rs11883111	T	C	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr19	10099883	rs2287806	T	C	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=1296;ReadPosRankSum=-0.149;SC=AGTGCCATTCTAGACAGTCCC;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=115;TCR=77;TR=84;WE=10099891;WS=10099873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,126:0.44:287
chr19	10099910	rs2287805	C	T	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,139:0.44:319
chr19	10100061	rs2287804	C	A	2822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1433;ReadPosRankSum=0.078;SC=GAAACATTCTCAGTTGTCAGA;SOR=0.600;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=173;TCF=68;TCR=105;TR=92;WE=10100069;WS=10100051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,137:0.52:263
chr19	10102177	rs7248892	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=-0.431;SC=ATGTTGCAGTCTATCACTATC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=10102185;WS=10102167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr19	10102315	.	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=203;ReadPosRankSum=-2.494;SC=ATGAGTCCCTGGGGACCGGGG;SOR=0.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=15;WE=10102323;WS=10102305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr19	10102567	rs7251453	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=369;ReadPosRankSum=0.068;SC=CATGGTGTTGGGGCGTTAGTG;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=24;WE=10102575;WS=10102557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr19	10102676	rs7252953	A	G	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=-0.836;SC=CACAGGGCACATACCACATTG;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=29;WE=10102684;WS=10102666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr19	10102765	rs111742429	G	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=-1.399;SC=AGAGCAACAAGCTGGGAGCCT;SOR=0.843;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=15;WE=10102773;WS=10102755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr19	10103583	rs2010448	C	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=405;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GAATTATTTCCACATCACCTC;SOR=0.789;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=30;WE=10103591;WS=10103573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,62:0.50:123
chr19	10103659	rs2010454	C	T	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr19	10104153	rs1974813	C	T	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=663;ReadPosRankSum=-1.421;SC=AGGGTGTGGGCGGAGAGACCA;SOR=0.623;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=42;WE=10104161;WS=10104143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr19	10104322	rs62638740	A	C	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=43;PP=1361;ReadPosRankSum=0.324;SC=CAGGCAGCCCAGGGAGGCCAT;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=128;TCR=80;TR=111;WE=10104330;WS=10104312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,163:0.52:311
chr19	10104531	rs62104336	C	T	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=50;PP=1268;ReadPosRankSum=0.977;SC=TCCCTGTACCCCTCCACCAAA;SOR=0.554;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=128;TCF=38;TCR=90;TR=74;WE=10104539;WS=10104521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,87:0.55:157
chr19	10106671	rs3745592	C	G	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=737;ReadPosRankSum=1.242;SC=TTTCCCCATCCAGCACTGTAT;SOR=0.510;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=57;WE=10106679;WS=10106661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,83:0.52:159
chr19	10106936	rs1559186	G	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=326;ReadPosRankSum=0.426;SC=CTTTCATAGAGAGCTGGAAAG;SOR=0.749;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=20;WE=10106944;WS=10106926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr19	10108714	rs7254800	G	A	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1246;ReadPosRankSum=0.374;SC=GAAGGGAGAAGTGAGTGTCGG;SOR=0.780;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=172;TCF=100;TCR=72;TR=91;WE=10108722;WS=10108704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,151:0.47:321
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chr19	10108861	rs3745595	A	G	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.725;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=2224;ReadPosRankSum=0.372;SC=GAGAAAAGAGATGTGAACTTG;SOR=0.982;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=127;TCF=46;TCR=81;TR=57;WE=10108869;WS=10108840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,68:0.42:163
chr19	10108908	rs143525824	GCA	G	738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.878;NF=0;NR=24;PP=930;ReadPosRankSum=-1.350;SC=ACACACACTTGCACACACACA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=24;WE=10108919;WS=10108898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr19	10112091	rs113865073	C	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=182;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CCAAAGTGTTCGGATTACAGG;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=9;WE=10112099;WS=10112081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr19	10112148	rs12980478	T	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.071;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=258;ReadPosRankSum=1.891;SC=TAAAAAAATTTTAATAGGAAT;SOR=1.018;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=19;WE=10112156;WS=10112138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr19	10112346	rs2287803	T	C	7561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=85;PP=2965;SC=TCCAAGCTCCTCTGAGAACGT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=172;WE=10112354;WS=10112336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	10114252	rs61742765	C	G	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=576;ReadPosRankSum=1.414;SC=TGGTTCTCTGCGGAGTCAGGA;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=44;WE=10114260;WS=10114242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,76:0.46:166
chr19	10114740	rs62104337	T	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GGTGCCAGGTTGTCACAGTCG;SOR=0.531;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=23;WE=10114748;WS=10114730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr19	10114893	rs73007122	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.634;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=40;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CCCCTAACCCCCAGCAGTCCT;SOR=0.148;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=4;WE=10114901;WS=10114883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr19	10116076	rs11085529	G	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=2;PP=491;SC=CACAATCACAGGCTGCAACGG;SOR=2.546;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=10116084;WS=10116066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	10116375	rs2303099	G	T	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=74;PP=2426;SC=CTATGCTGACGGCCACACGGT;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=127;WE=10116383;WS=10116365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	10116636	.	G	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=643;ReadPosRankSum=-1.657;SC=TGATCAGCAAGGAGAAGTTCT;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=40;WE=10116644;WS=10116626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr19	10116703	rs11085530	A	G	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=37;PP=1629;SC=AGGGCCCAGCAGTGCCTCCCT;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=89;WE=10116711;WS=10116693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	10120887	rs8108121	C	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.601;NF=4;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=0.455;SC=TTCCCCTCCACGCCCCTCCAC;SOR=0.393;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=14;WE=10120904;WS=10120877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,20:0.25:81
chr19	10124089	.	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.221;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=0.415;SC=TGGGAGGGGGTTAGGAGGGAG;SOR=0.610;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=10124097;WS=10124079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr19	10129262	rs1644733	T	C	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	10131401	rs2233796	T	C	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,143:0.51:280
chr19	10131849	rs35664342	C	CT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.430;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr19	10131852	rs2255079	A	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.211;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr19	10131866	rs2016307	A	T	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.43;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	10131999	rs1644731	T	C	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=42;PP=1640;SC=CAGGTTTCTATGGCTGAGTTC;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=102;WE=10132007;WS=10131989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	10132290	rs747574	C	T	3283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.372;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=59;PP=1725;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TGACCACGCTCAAAACCGTGG;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=129;TCR=124;TR=120;WE=10132298;WS=10132280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,168:0.44:382
chr19	10149131	rs17210660	G	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=1.756;SC=CTCCTCCCAGGATCTGTCCCA;SOR=0.622;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=17;WE=10149139;WS=10149121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr19	10149207	rs57198581	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr19	10149223	rs16997792	A	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=8;PP=194;SC=CGAGAGCCTGATGTACCTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=10149231;WS=10149213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	10158037	.	C	T	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=572;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GTTATGAAATCGTTCTTTGTG;SOR=0.674;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=42;WE=10158045;WS=10158027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,68:0.44:156
chr19	10160578	rs11085554	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr19	10165844	rs60321046	G	A	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.70;ReadPosRankSum=2.119;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,81:0.62:130
chr19	10165854	rs56717463	T	C	3243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.84;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,90:0.63:142
chr19	10165867	rs10425181	C	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,58:0.39:149
chr19	10165932	rs8113341	A	G	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=61;PP=2059;SC=GGCTACACTCAGATGCTGACC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=119;WE=10165940;WS=10165922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
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chr19	10166114	rs10426597	A	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=382;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TGGGGTGTCCAGCGCACGGCC;SOR=0.409;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=24;WE=10166122;WS=10166104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr19	10166233	rs10405132	C	T	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=2.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,100:0.47:214
chr19	10166243	rs10403535	G	T	4760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,124:0.47:263
chr19	10166253	rs10411594	T	C	5067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.01;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,141:0.47:298
chr19	10166375	rs10403787	G	A	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1539;ReadPosRankSum=1.368;SC=GATCATCATCGACAGGCAGGC;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=194;TCF=82;TCR=112;TR=104;WE=10166383;WS=10166365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,147:0.48:304
chr19	10169245	rs1993466	A	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.096;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr19	10169261	rs11667703	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=328;ReadPosRankSum=-1.211;SC=ACCAAGGCTCCGAGGAGGATG;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=27;WE=10169269;WS=10169251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr19	10169278	rs4552116	T	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=404;ReadPosRankSum=-2.517;SC=GATGTATCCCTCACAGCTCTT;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=29;WE=10169286;WS=10169268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr19	10169457	.	C	T	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=736;ReadPosRankSum=0.525;SC=CTGATCATCTCCCTCTGGCCC;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=49;WE=10169465;WS=10169447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr19	10169477	rs11667515	G	A	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=840;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CCTCCCTCTGGCCCTCTAGAA;SOR=0.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=56;WE=10169485;WS=10169467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr19	10192415	.	AGGAGGAGGAG	A	504.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=21.94;ReadPosRankSum=2.113;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr19	10192425	rs112439574	G	GGAA	229.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr19	10197479	.	C	CG	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.808;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr19	10197488	rs139505689	G	GC	537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr19	10202078	.	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.459;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=289;ReadPosRankSum=2.375;SC=CTACCCCAGCCCTGCCCCTCC;SOR=1.954;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=18;WE=10202086;WS=10202068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr19	10218030	rs1551570	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=0.792;SC=CTGCGTCCGACTGACTCTAAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=10218038;WS=10218020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr19	10218408	rs2305790	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=821;ReadPosRankSum=-0.354;SC=AAGAAGAGATGGGGCAAAGGT;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=47;WE=10218416;WS=10218398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,63:0.44:143
chr19	10218434	rs55752217	C	T	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=817;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CTCCGGGCACCTCTGCTAGAC;SOR=0.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=54;WE=10218442;WS=10218424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,79:0.59:135
chr19	10218524	rs2305791	C	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=651;ReadPosRankSum=2.101;SC=CCTTCCAGGTCAAGAAGGTGA;SOR=0.568;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=37;WE=10218532;WS=10218514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr19	10218621	rs113903089	C	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=532;ReadPosRankSum=0.514;SC=GTCACCCCCTCCTCTCTCCTG;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=37;WE=10218629;WS=10218611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr19	10221151	rs2305792	C	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=0.865;SC=ACCCGCGTCTCTTGGCTCAGT;SOR=0.760;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=27;WE=10221159;WS=10221141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr19	10221440	.	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr19	10222558	rs2010353	G	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=156;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GAGGTCGAGGGGGGTGGAACA;SOR=0.375;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=11;WE=10222566;WS=10222548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr19	10224526	rs3745600	C	T	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=46;PP=1597;ReadPosRankSum=-1.250;SC=TGCTCTGCGCCCTGACGCTGC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=102;TCR=90;TR=98;WE=10224534;WS=10224516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,133:0.49:272
chr19	10224774	.	T	C	2425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=952;ReadPosRankSum=0.219;SC=CTGCTGGCCATGCCCACACTC;SOR=0.612;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=79;TCR=108;TR=78;WE=10224782;WS=10224764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,121:0.46:264
chr19	10225335	rs147646315	G	A	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,86:0.43:202
chr19	10225682	rs3816556	G	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
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chr19	10226052	rs2305795	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
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chr19	10229726	rs149991692	TGGCAGTCCTCACTCACCTCCC	T	1053.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=2923;ReadPosRankSum=1.471;SC=GGACACCGAGTGGCAGTCCTC;SOR=0.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=14;WE=10229754;WS=10229716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
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chr19	10251747	rs2290684	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=315;ReadPosRankSum=1.327;SC=GTTACAGAAGAATAACTTGAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=20;WE=10251755;WS=10251737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr19	10257245	rs2288349	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr19	10265248	rs2114724	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=397;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CTCTGGTCCCTGCCGCATCCT;SOR=0.898;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=30;WE=10265256;WS=10265237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,41:0.37:110
chr19	10265312	rs721186	T	C	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=43;PP=1297;SC=GCATGCAGGGTGTCAGGAAGA;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=10265320;WS=10265302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	10267077	rs2228611	T	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=406;ReadPosRankSum=-1.459;SC=CTTCAAGAGATGGGTCATCAT;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=38;WE=10267085;WS=10267067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,63:0.50:127
chr19	10270746	rs3079962	GA	G	1118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.521;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.942;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,79:0.56:141
chr19	10334443	rs2116941	A	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=184;SC=AGTAGCCCCAAGTCTCTATCT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=10334451;WS=10334442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	10334663	rs2116942	T	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=278;ReadPosRankSum=0.390;SC=ACCCCCGGCCTCCAGCACTGC;SOR=0.622;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=24;WE=10334671;WS=10334653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr19	10362882	rs2358580	G	A	254.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=-1.015;SC=GGCGCCTCGCGAGGCTCCAGT;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=11;WE=10362890;WS=10362872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr19	10363455	rs35087032	C	CT	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=696;ReadPosRankSum=0.715;SC=TGACTTTGGGCTTGTACCCTT;SOR=1.368;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=20;WE=10363463;WS=10363445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr19	10369181	rs150008862	C	T	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1270;ReadPosRankSum=0.574;SC=GGGGGGACTCCGTACTCCTCG;SOR=0.608;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=190;TCF=95;TCR=95;TR=94;WE=10369189;WS=10369171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,126:0.49:258
chr19	10369389	rs201855315	T	C	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=582;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCCCCTAGAGTGCGCATGTGC;SOR=0.556;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=56;WE=10369397;WS=10369379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,71:0.44:161
chr19	10370542	rs11115	C	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=814;ReadPosRankSum=0.077;SC=TTGGGAGCCTCAGGCCCACGC;SOR=0.614;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=130;TCF=42;TCR=88;TR=61;WE=10370550;WS=10370532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,85:0.50:169
chr19	10395683	rs5498	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=471;ReadPosRankSum=1.347;SC=GGTCACCCGCAAGGTGACCGT;SOR=0.743;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=31;WE=10395691;WS=10395673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr19	10395785	rs376045646	C	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=614;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TGTATCCTCCCCACAGCCCCC;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=39;WE=10395793;WS=10395775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr19	10400810	rs11575073	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=1.146;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr19	10402131	rs901886	T	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.068;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=515;ReadPosRankSum=0.007;SC=CAAGTCCCGGTGTTCAAAGAG;SOR=1.249;Source=Platypus;TCF=37;TR=43;WE=10402139;WS=10402121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr19	10402938	rs1056538	G	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=349;ReadPosRankSum=-2.144;SC=CAGGCAGCTGGTCTGCAACGT;SOR=0.496;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=30;WE=10402946;WS=10402928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr19	10403368	rs2228615	G	A	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=18;PP=1265;ReadPosRankSum=0.047;SC=CGCAGCTGGGGCCCAAGCTCT;SOR=0.704;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=138;TCF=101;TCR=37;TR=72;WE=10403376;WS=10403358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,105:0.55:191
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chr19	10403947	rs2569702	T	C	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=660;ReadPosRankSum=-1.633;SC=GCAGGGTGCATTTCTATCTGG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=41;WE=10403955;WS=10403937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,59:0.51:116
chr19	10404227	rs2569703	C	G	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=12;PP=1398;SC=AGAGTGCATGCCTCGACTAGC;SOR=2.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=62;WE=10404235;WS=10404220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr19	10405906	rs34124276	C	CT	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=462;ReadPosRankSum=0.251;SC=AGGCAGGATCCTCTTCTGCCC;SOR=0.361;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=12;WE=10405914;WS=10405896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr19	10407169	rs710845	G	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=287;SC=CCGTGTGTCTGAACGGAGCGG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=10407177;WS=10407159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	10418784	rs281416	A	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=3;PP=446;SC=CCGACGCCAGAGAGCACCCCT;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=10418792;WS=10418774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	10419130	rs281417	C	T	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=497;ReadPosRankSum=0.426;SC=GCCCCAGGACCGGGGTGTCCT;SOR=0.459;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=40;WE=10419138;WS=10419120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,61:0.62:99
chr19	10421385	rs281418	G	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GGCCAGAGGTGGGGGAGGGAG;SOR=0.446;Source=Platypus;TCF=16;TR=12;WE=10421393;WS=10421375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr19	10421414	.	G	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=12.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.604;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr19	10425986	rs368835	A	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.91;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	10425992	rs145939973	TG	T	520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.20;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	10426422	rs378395	A	C	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,68:0.57:120
chr19	10426628	rs395782	T	C	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=1073;ReadPosRankSum=0.288;SC=CAGCCTGCAGTAGAACCCTGG;SOR=0.277;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=131;TCF=31;TCR=100;TR=63;WE=10426636;WS=10426618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,92:0.52:176
chr19	10429120	rs281427	T	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=249;SC=ATCTTCCCTCTGCCTCCCAGG;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=10429128;WS=10429110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	10439225	rs144646475	C	CA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	10441117	rs3181049	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=203;ReadPosRankSum=-0.640;SC=GCCCTGGCCCGCCCCATGGCC;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=16;WE=10441125;WS=10441107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr19	10444826	rs2278442	G	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.377;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=59;PP=1535;ReadPosRankSum=1.532;SC=GCAGCCCCGTGTTAGCTCACC;SOR=1.130;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=166;TCF=51;TCR=115;TR=79;WE=10444834;WS=10444816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,103:0.46:223
chr19	10446568	rs2304237	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GGGCGACCCATCCTCCACTTG;SOR=0.463;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=25;WE=10446576;WS=10446558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr19	10449252	rs7257871	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=0.602;SC=GGGTCAGAACTGTGGTCCATT;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=8;WE=10449260;WS=10449242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr19	10449358	rs7258015	T	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=304;ReadPosRankSum=1.286;SC=GTCGACTCACTGTACACGGTG;SOR=0.849;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=23;WE=10449366;WS=10449348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr19	10449392	rs2304240	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=455;ReadPosRankSum=-2.127;SC=CTGTTATCTGAGAGCCATTGC;SOR=0.960;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=30;WE=10449400;WS=10449382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr19	10449665	rs3176768	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr19	10561305	.	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=-1.222;SC=GGCCCCACCCCTGTCTGCAAG;SOR=0.544;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=18;WE=10561313;WS=10561295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr19	10563831	.	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=144;ReadPosRankSum=-1.193;SC=CGCGGCTCCCCCTTCCACTAC;SOR=0.857;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=12;WE=10563839;WS=10563821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr19	10569856	.	T	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=1.139;SC=AGAGCAATACTTGGCAGATCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=10569864;WS=10569846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr19	10625067	rs6511701	A	C	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=56;PP=1946;SC=GTGCACAGATAGCGGCCAGGA;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=109;WE=10625075;WS=10625057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	10655930	.	GGA	G	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-0.369;SC=AGTAAGTTTTGGAGAGATGAG;SOR=0.330;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=3;WE=10655939;WS=10655920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr19	10664632	rs3087689	A	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=280;ReadPosRankSum=0.395;SC=GGTGCTCAGGAGCTGTTCTTG;SOR=0.669;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=22;WE=10664640;WS=10664622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr19	10665691	rs10419405	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CAACAAGAGGTTGACGGAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=10665699;WS=10665681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr19	10665912	rs6146467	C	CCCGCCCTGCCCGCAGCGCACCTGGCT	1404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-1.218;QD=17.78;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
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chr19	10668452	rs3745255	A	G	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=1180;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CACCGGGTTCAAACACGGGCT;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=179;TCF=72;TCR=107;TR=86;WE=10668460;WS=10668442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,126:0.50:253
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chr19	10669032	rs892084	T	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=1.014;SC=TAGGGCTCCCTACAGCCCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=14;WE=10669040;WS=10669022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr19	10670184	rs3826709	C	G	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=34;PP=2007;SC=TGCTTGAGCTCTTCCTGCTTC;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=96;WE=10670192;WS=10670174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	10671664	rs7259124	T	C	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=527;ReadPosRankSum=-1.848;SC=TCAGCGACCATGCGTGAGAAC;SOR=0.500;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=41;WE=10671672;WS=10671654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr19	10673302	rs35523350	C	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=265;ReadPosRankSum=1.065;SC=AGCCACCATGCCCGGCCCAGG;SOR=0.846;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=15;WE=10673310;WS=10673293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr19	10676343	rs3745246	A	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=243;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CGGGGTGCAGAGGGGGGCTTG;SOR=0.337;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=18;WE=10676351;WS=10676333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr19	10676423	rs3745245	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=631;ReadPosRankSum=0.609;SC=CCGACTCGGAGCTGGAGTCGC;SOR=0.449;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=46;WE=10676431;WS=10676413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,37:0.36:103
chr19	10676487	rs34864064	G	GCCC	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=12.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.518;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,77:0.33:235
chr19	10676537	rs3745244	C	A	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.165;NF=46;NR=52;PP=1269;ReadPosRankSum=-3.289;SC=ACTTCCCAACCGGCCGGCGCG;SOR=0.910;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=234;TCF=115;TCR=119;TR=98;WE=10676545;WS=10676527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,171:0.43:401
chr19	10676681	rs3218222	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=461;ReadPosRankSum=0.059;SC=GGCATGGCGGTTCTGTGGCCC;SOR=0.242;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=24;WE=10676689;WS=10676671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr19	10679067	rs33926515	GAGA	G	991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.402;QD=19.07;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr19	10679240	rs1968445	C	G	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=41;PP=1527;SC=GCACCAGCTCCCGGTGCAGAA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=81;WE=10679248;WS=10679230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	10685859	rs1560712	G	C	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=36;PP=1079;SC=GAGATACCATGTCTACAAAAA;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=55;WE=10685867;WS=10685849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	10687757	rs7252007	T	C	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=14;PP=958;SC=TCATGAGCCATCACACCTGAC;SOR=1.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=10687765;WS=10687747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	10689496	.	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=245;ReadPosRankSum=-0.751;SC=CCAAAGTGCTGGGATTACAGG;SOR=0.963;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=17;WE=10689504;WS=10689486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr19	10689518	rs73018654	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.388;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=0.887;SC=GTGAGCCACCGCACCCACCCG;SOR=1.220;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=20;WE=10689526;WS=10689508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr19	10690321	rs73018660	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-2.259;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr19	10690557	rs10426276	G	C	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=23;PP=699;SC=GTGGAGAGTGGAGAGTGACCC;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=10690565;WS=10690547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	10692000	rs1045361	T	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=587;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CTGGCATTCCTGACAGAAACA;SOR=1.280;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=39;WE=10692008;WS=10691990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,49:0.44:112
chr19	10692117	rs2304161	T	C	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=1.942;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,94:0.57:166
chr19	10692129	rs2304160	G	A	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=1739;ReadPosRankSum=0.659;SC=CAGCCAGGCCGTGGAAGGGGT;SOR=0.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=66;WE=10692137;WS=10692107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,103:0.60:171
chr19	10694239	rs11085739	A	G	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr19	10694244	rs11085740	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr19	10697773	rs75323740	A	G	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=843;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GTGTTCCCAGACCTCTTCCTG;SOR=0.898;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=57;WE=10697781;WS=10697763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,82:0.51:160
chr19	10697801	rs75192074	G	T	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=879;ReadPosRankSum=1.023;SC=CGGAGGGGTCGCCCCTGAATC;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=60;WE=10697809;WS=10697791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,110:0.51:215
chr19	10713249	rs189105123	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=-3.913;SC=TAGGAGCCGCCTCCGGTCAGG;SOR=0.791;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=10;WE=10713257;WS=10713239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr19	10736373	.	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.694;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr19	10738639	rs3087969	C	T	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=51;PP=1444;SC=ACCCCACTGACAGCCGGGGCG;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=84;WE=10738647;WS=10738629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	10741622	rs12710257	A	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=9;PP=536;SC=CGGAGGTTGCAGTGAGCCGAG;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=10741630;WS=10741612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	10741681	rs60016481	C	CA,CAA	1011.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.601;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.005;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:20,41,28:0.46,0.31:89
chr19	10741907	rs12972963	A	G	10316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=133;PP=2965;SC=AGTCCTGAGCAGTCTGCCCCA;SOR=0.718;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=265;TCF=129;TCR=136;TR=262;WE=10741915;WS=10741897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr19	10742170	rs2288904	A	G	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=29;PP=1247;SC=GAGGTGCTTCAAGATGGTGAC;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=60;WE=10742178;WS=10742160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	10742287	rs1560711	C	T	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=39;PP=1896;SC=TGGTGCCATCCTCTGCTCCAT;SOR=1.027;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=101;WE=10742295;WS=10742277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	10742443	rs1560710	C	T	6890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=87;PP=2965;SC=TATTGGCGCACCGCGCCAGGG;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=103;TCR=87;TR=189;WE=10742451;WS=10742433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr19	10742463	rs1560709	G	T	6863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=93;PP=2965;SC=GTCTCACTTTGCTGGGTGGGA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=97;TCR=94;TR=190;WE=10742471;WS=10742453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	10745764	rs2163832	T	C	4770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=55;PP=2028;SC=GGGGCCAGGGTGCCAGGGGCC;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=120;WE=10745772;WS=10745754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	10748820	rs3859514	T	C	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=54;PP=1831;SC=GATTTCTGTCTTCTGTGATGA;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=10748828;WS=10748810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	10751769	rs111569642	G	GA	549.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.857;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr19	10752968	rs10405617	A	G	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=33;PP=1380;SC=TGGTCCCAGCATAGGATGGAC;SOR=1.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=82;WE=10752976;WS=10752958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	10793749	rs2738039	A	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=13;PP=778;SC=CTCCCATGTGACTGGAATGCC;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=10793757;WS=10793739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	10794630	rs2229383	G	T	6049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=68;PP=2436;SC=GAGGCAACTCGGCGACAGCAG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=131;WE=10794638;WS=10794620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	10794793	rs892087	C	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=471;SC=AGACGGCCCTCGACCCCCACC;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=10794801;WS=10794783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	10818092	rs892085	G	A	5538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=82;PP=2725;SC=GGGATATGTGGTGGGAGGGGA;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=144;WE=10818100;WS=10818082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	10824435	rs35323929	CT	C	135.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr19	10883126	rs3826803	C	G	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=22;PP=1276;SC=AGCTCTTTCTCATTTTCAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=10883134;WS=10883116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	10959242	.	C	T	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=11.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=2.086;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,119:0.57:209
chr19	10961060	.	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=401;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CACACTGTATCGAGGGGGGCA;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=31;WE=10961068;WS=10961050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr19	10961295	.	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr19	10967193	.	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=-1.136;SC=TATTATTTTTCTTTTCAGACA;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=19;WE=10967201;WS=10967183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr19	10970558	rs8100581	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=141;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GGCAACCCTGATCCCTGTCAC;SOR=0.902;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=13;WE=10970566;WS=10970548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr19	11038843	rs892010	G	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=212;ReadPosRankSum=1.295;SC=TAGGGTTGACGCTGGGATGGG;SOR=0.351;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=10;WE=11038851;WS=11038833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr19	11095890	.	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=1.765;SC=CAGCGCATAGCTGCGCTGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=12;WE=11095898;WS=11095880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr19	11129473	.	TCCTC	T	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=46;QD=32.0;SC=CAGTCTCTCTTCCTCCCTCCC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=2;WE=11129484;WS=11129463;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,2:0.14:14
chr19	11217961	.	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=224;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TTAATGAATCCATTTGCATGC;SOR=0.869;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=16;WE=11217969;WS=11217951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr19	11221454	rs2738442	T	C	10037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.34;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	11221454	.	TCCG	CCCC,CCCG	1126	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=12;MQ=60.0;NF=43,89;NR=43,88;PP=954,1126;QD=11.714742731;SC=GAAGGTGATTTCCGGGTGGGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=86,177;WE=11221465;WS=11221444;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.48:179
chr19	11221457	rs12710260	G	C	2649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,139:0.49:281
chr19	11224181	rs1003723	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=344;ReadPosRankSum=-0.211;SC=GGGCTCCTGGCGCTGATGCCC;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=27;WE=11224189;WS=11224171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr19	11224265	rs5930	A	G	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=882;ReadPosRankSum=2.254;SC=TCATCAGCAGAGACATCCAGG;SOR=0.843;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=66;WE=11224273;WS=11224255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,96:0.51:189
chr19	11224491	rs1569372	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=203;ReadPosRankSum=1.729;SC=AGCAGGAAGGAGCTTCAGGAA;SOR=0.564;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=17;WE=11224499;WS=11224481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr19	11227602	rs688	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr19	11227814	rs58321173	CT	C	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.965;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr19	11230645	rs2569549	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=943;ReadPosRankSum=0.505;SC=AGTGAAACTCTGTCTGAAACA;SOR=1.109;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=18;WE=11230661;WS=11230635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr19	11230650	rs145643854	GAAAC	G	937.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=968;ReadPosRankSum=-0.305;SC=AACTCTGTCTGAAACAAACAA;SOR=1.154;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=14;WE=11230661;WS=11230635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr19	11230881	rs5925	T	C	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.221;SC=AGGATATGGTTCTCTTCCACA;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=168;TCF=82;TCR=86;TR=84;WE=11230889;WS=11230871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,120:0.50:238
chr19	11233886	rs45508991	C	T	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=924;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GAGACATCCACCGTCAGGCTA;SOR=0.625;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=64;WE=11233894;WS=11233876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,118:0.44:269
chr19	11233941	rs5927	A	G	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=917;ReadPosRankSum=0.103;SC=CAACCACCCGACCTGTTCCCG;SOR=0.745;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=198;TCF=103;TCR=95;TR=80;WE=11233949;WS=11233931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,141:0.41:343
chr19	11238473	rs2738459	A	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=199;ReadPosRankSum=-1.220;SC=TCTATCCCCCACAAAAAGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=11;WE=11238481;WS=11238463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr19	11238492	rs12459476	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=0.497;SC=ACCTTCTTAAACCGGAATTGA;SOR=0.330;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=9;WE=11238500;WS=11238482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr19	11238548	rs2569538	A	G	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=19;PP=774;SC=GTGGCCTCTCACAGACTTGGG;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=11238556;WS=11238538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	11238613	rs17249358	G	A	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=657;ReadPosRankSum=0.172;SC=CGTGACCACCGTCCTCTGCCT;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=46;WE=11238621;WS=11238603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,80:0.63:126
chr19	11238802	rs72658868	C	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=345;ReadPosRankSum=-0.083;SC=CAGGTCACAGCCTCCCGCTAT;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=25;WE=11238810;WS=11238792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr19	11241904	rs6413503	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=941;ReadPosRankSum=-0.901;SC=GCCTCCAGCCGTGTTTCCTGA;SOR=0.656;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=28;WE=11241923;WS=11241894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr19	11241915	rs6413504	A	G	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=682;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TGTTTCCTGAATGCTGGACTG;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=25;WE=11241923;WS=11241894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr19	11242307	rs2738464	G	C	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=114;SC=GATGAAAGGGGAGGGGATGTC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=11242315;WS=11242297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	11258638	rs8111157	G	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,68:0.49:138
chr19	11259754	rs7251440	T	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=2.119;SC=GCTGATCCCCTAGCAGAAAAG;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=11259762;WS=11259744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	11266504	.	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr19	11266517	.	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr19	11266584	rs892114	A	G	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=319;SC=GGGGAACAGGATCTTAGACTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=11266592;WS=11266574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	11285390	rs440677	G	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=314;SC=TCAGGTGGGAGAGGATGTGAG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=11285398;WS=11285380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	11303459	rs35706290	GC	G	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr19	11314807	rs3217390	CTGGGGATGAGGAG	C	979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=1;PP=2624;SC=CAGCAGATCCCTGGGGATGAG;SOR=2.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=11314827;WS=11314797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	11319491	rs8409	G	A	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=93;PP=2965;SC=CCTCTAGCACGTTGGATGAGA;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=82;TCR=94;TR=175;WE=11319499;WS=11319481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	11319808	.	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=-1.743;SC=GGGATGTGAGGAGGGGACTCA;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=18;WE=11319816;WS=11319784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr19	11324890	rs12609620	T	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	11325417	rs2163830	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=598;SC=CCCAGGGGGCACTGGCTCCCT;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=25;WE=11325425;WS=11325407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	11325924	rs11673129	C	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=8;PP=795;SC=CGGCCCATGCCCGGCTAATTT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=11325932;WS=11325918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	11326119	rs2304155	A	G	8424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	11326125	rs2304154	C	T	8315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.19;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	11326629	rs10403991	C	A	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=32;PP=939;SC=ACTGGGGTTCCAGGCTGACTC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=11326637;WS=11326619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	11327571	rs4804150	C	T	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=18;PP=887;SC=TCCATCATCTCCTGCCCACGC;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=51;WE=11327579;WS=11327561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	11327608	rs4804151	T	C	5518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=26;PP=1447;SC=CAAAGGCAGCTAGGCAAAGGT;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=11327616;WS=11327598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	11327626	rs4804152	A	G	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=29;PP=1509;SC=GGTACAGCAAATCCAACAGAC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=11327634;WS=11327616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	11358799	rs12978266	G	A	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	11363146	rs8113582	A	T	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=20;PP=800;SC=GCTGCCCCTAAGTCAGACTCA;SOR=0.908;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=49;WE=11363154;WS=11363136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	11436302	rs56363898	A	AG	1729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=1074;SC=AAGACCCCTGAGGGCAGAGTC;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=27;WE=11436310;WS=11436292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	11447769	.	C	CA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.230;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr19	11473415	rs12983706	C	T	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=28;PP=881;SC=CACCAGCTCTCTGACCCAAGA;SOR=1.065;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=45;WE=11473423;WS=11473405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	11495377	.	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=-0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.701;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	11495381	.	T	TTCC	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;QD=17.43;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	11526759	rs160838	G	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	11526765	rs167479	G	T	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.94;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	11534503	.	TGG	T,TG	1429.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.79;ReadPosRankSum=2.144;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,37,9:0.77,0.19:48
chr19	11541712	rs34094	T	C	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	11546475	rs45450094	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=0.438;SC=GCAGGAACCGCGGCTGCTGGA;SOR=0.346;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=11546483;WS=11546465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr19	11557235	rs35753565	A	AG	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.237;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=323;ReadPosRankSum=-0.486;SC=AGGGCACAGGAGGGGGACCAA;SOR=1.394;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=11;WE=11557243;WS=11557225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr19	11558052	rs160840	T	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=552;ReadPosRankSum=-0.745;SC=GAGCTGCCTCTGGTTCTGGCA;SOR=1.341;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=37;WE=11558060;WS=11558042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr19	11558240	rs186375	T	C	6904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=47;PP=1752;SC=CCGACCGCACTGCTCACCCGC;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=113;WE=11558248;WS=11558230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	11558275	rs11557488	G	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=3.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.517;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,109:0.44:249
chr19	11558340	.	AGAGGAG	A,AGAG	3479.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.75;QD=38.24;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,80:0.12,0.88:91
chr19	11558451	rs111813645	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=0.343;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr19	11559158	rs160841	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.906;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=1.113;SC=CTGCTCCTTGACTCCCAGGGG;SOR=1.044;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=6;WE=11559166;WS=11559148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	11559489	rs45626947	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.730;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=483;ReadPosRankSum=1.271;SC=GGGTGGGAGGCGGGTGGCCCC;SOR=1.341;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=33;WE=11559497;WS=11559479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr19	11569397	rs61744781	G	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=565;ReadPosRankSum=0.875;SC=CATCCCGGATGGATGCTGAAC;SOR=0.606;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=46;WE=11569405;WS=11569387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,74:0.51:146
chr19	11596649	rs62131158	A	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=0.367;SC=GGAGGTGGGGAGAGATGAGGG;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=12;WE=11596657;WS=11596639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr19	11624491	rs4804168	C	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	11660012	rs8100751	T	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr19	11708361	rs11551815	C	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=424;ReadPosRankSum=-0.683;SC=CAAGGTGTCTCCGCCGCAGCC;SOR=0.949;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=26;WE=11708369;WS=11708351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr19	11708464	rs72997090	G	C	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=471;ReadPosRankSum=0.645;SC=GAGGGGTCAGGCGTCCCCAGA;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=32;WE=11708472;WS=11708454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr19	11725793	.	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr19	11725823	rs1969533	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.79;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr19	11725826	rs3923752	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.60;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr19	11728802	rs4804611	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=293;ReadPosRankSum=1.184;SC=AAGGATTCACAGTGGAGAAAG;SOR=0.716;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=18;WE=11728810;WS=11728792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
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chr19	11891003	rs799193	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=366;ReadPosRankSum=1.771;SC=TAATTGCTACGTTAGAGTTGA;SOR=0.829;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=30;WE=11891011;WS=11890993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr19	11918093	rs71166630	AT	A	755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=570;ReadPosRankSum=1.708;SC=GAGAAATGCTATTTTTTAATT;SOR=0.760;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=22;WE=11918101;WS=11918083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr19	11941221	rs424132	T	A	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-5.757;NF=51;NR=66;PP=1542;ReadPosRankSum=1.214;SC=CCTGACCTCTTTAGGTAAGGA;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=203;TCF=92;TCR=111;TR=117;WE=11941229;WS=11941211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,146:0.53:277
chr19	11941256	rs421355	A	G	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-6.340;NF=43;NR=59;PP=1408;ReadPosRankSum=0.503;SC=CCCTCAGTCCATTAGTGAACC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=74;TCR=101;TR=102;WE=11941264;WS=11941246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,125:0.55:228
chr19	11941363	rs2545810	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.429;NF=16;NR=23;PP=549;ReadPosRankSum=0.802;SC=AATCATGGGCGTAGAATCTAA;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=39;WE=11941371;WS=11941353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr19	11941532	rs35392612	C	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.232;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.479;NF=8;NR=15;PP=408;ReadPosRankSum=-0.587;SC=TCTCTCTAGACAATCTTAGAA;SOR=0.990;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=23;WE=11941540;WS=11941522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr19	11941617	rs410885	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.948;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.25;MQRankSum=1.765;NF=1;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=-0.422;SC=TAGAATATTTGATCAAAAAAC;SOR=1.675;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=13;WE=11941625;WS=11941607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr19	11942362	rs427880	A	G	3315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.304;NF=63;NR=44;PP=1663;ReadPosRankSum=-3.210;SC=TTTAATATGAACATCAGAGGT;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=228;TCF=139;TCR=89;TR=107;WE=11942370;WS=11942352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,161:0.48:335
chr19	11942615	rs394416	A	C	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.94;MQRankSum=1.293;NF=24;NR=39;PP=886;ReadPosRankSum=-0.904;SC=GTGGGAAAGCATTCCATTGTC;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=57;TCR=92;TR=63;WE=11942623;WS=11942605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,83:0.45:184
chr19	11942771	rs436411	G	A	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.680;NF=55;NR=42;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.402;SC=AATATCAGGAGTGTGGGAAAG;SOR=0.788;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=191;TCF=104;TCR=87;TR=97;WE=11942779;WS=11942761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,147:0.52:285
chr19	11943697	rs400106	G	A	3603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=984;ReadPosRankSum=1.953;SC=ATGGAGAGAAGCCCTATGCAT;SOR=0.641;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=70;WE=11943705;WS=11943687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,100:0.49:203
chr19	11943713	rs56167415	G	A	3494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=955;ReadPosRankSum=-0.418;SC=TGCATGTAAGGAATGTGGGAA;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=67;WE=11943721;WS=11943703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,97:0.50:195
chr19	11943823	rs375049	G	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.694;NF=13;NR=22;PP=485;ReadPosRankSum=0.820;SC=TATGTGGGAGGGGCTTTTATT;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=35;WE=11943831;WS=11943813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,53:0.43:123
chr19	11943852	rs3745669	T	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.972;NF=15;NR=19;PP=510;ReadPosRankSum=1.159;SC=TCATTTCAAATACATGAAAAA;SOR=0.621;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=34;WE=11943860;WS=11943842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr19	11977572	rs11671596	G	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=0.839;SC=GATCAAGGCTGAGGGCTCACT;SOR=0.941;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=4;WE=11977580;WS=11977562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr19	11979164	rs10500209	T	C	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=61;PP=1471;ReadPosRankSum=-0.351;SC=AATCTTCAATTGCATGGTAGG;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=123;TCR=138;TR=117;WE=11979172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,179:0.45:402
chr19	12157334	rs4804176	T	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=8;PP=954;SC=CATTGCACCTTTGTCTCATTT;SOR=2.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=37;WE=12157342;WS=12157324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	12222381	rs1866382	C	G	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=16;PP=1182;SC=AAGGATTCTGCGAAGACATTT;SOR=1.483;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=55;WE=12222389;WS=12222371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	12432139	.	TATC	T	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GTTCTTCCCATATCATTCCTA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=12432149;WS=12432129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr19	12461104	.	G	A	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.514;SC=ACATTCATAGGGTTTCTCACC;SOR=0.725;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=74;WE=12461112;WS=12461094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,119:0.48:247
chr19	12491302	rs145317058	TTTC	T	10250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=86;PP=2969;SC=ATTCATAGAGTTTCTTCTCTC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TCF=40;TR=123;WE=12491312;WS=12491292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	12491498	rs4804664	C	T	7849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=102;PP=2965;SC=AGTGGTTTCACGTCTTTGAAG;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=121;TCR=102;TR=222;WE=12491506;WS=12491488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
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chr19	12491654	rs57371898	C	T	15047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=121;PP=2965;SC=CTCCCCAGTACGTGTTCTTTC;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=97;TCR=121;TR=218;WE=12491662;WS=12491644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr19	12491779	rs17706075	T	C	6596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=84;PP=2845;SC=GCCAGAAAAATGCTTTCCCAC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=168;WE=12491787;WS=12491769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	12491949	rs11668955	T	C	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.17;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	12491955	rs11668074	A	C	6229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	12492036	rs10417283	A	T	5799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	12492039	rs10414984	G	T	5774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	12494612	rs10418011	T	C	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.39;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	12494621	rs10412448	A	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	12502457	rs4804669	A	G	8854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=143;PP=2965;SC=ACATTCATACAGTTTCTCCCC;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=119;TCR=143;TR=260;WE=12502465;WS=12502447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr19	12541532	rs10422063	C	A	13923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=108;PP=2965;SC=GAAATCAATACAGGCTTTCCC;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=120;TCR=109;TR=227;WE=12541540;WS=12541522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr19	12541547	rs10402252	T	G	13813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=109;PP=2965;SC=TTTCCCAAGTTTGCATTTATA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=124;TCR=110;TR=231;WE=12541555;WS=12541537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr19	12542772	rs1134389	C	T	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=77;PP=2076;SC=TTACTTTCAACAAATCTCTCT;SOR=1.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=110;WE=12542780;WS=12542762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	12542848	rs4804692	G	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=45.10;SOR=5.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	12542851	rs4804693	AT	GC	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=43.95;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	12542891	rs140908232	G	A	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.24;QD=30.14;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	12542904	rs78266625	C	T	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.52;QD=26.81;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	12543333	rs3979432	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=636;SC=ACACTGCAATCGTTCAAAATG;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=12543341;WS=12543323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	12551616	rs35084134	C	G	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=10;PP=1644;SC=GGACCCGGGTCCGTAGATCCC;SOR=3.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=68;WE=12551624;WS=12551609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	12551715	rs11881297	A	C	9448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=91;PP=2965;SC=ACGCCGGCCCAGCACACGCAC;SOR=0.864;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=119;TCR=91;TR=209;WE=12551735;WS=12551705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr19	12574740	rs3071438	CA	C	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr19	12576049	rs7259240	G	A	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=51;NR=46;PP=1720;SC=ACGTTTTCCCGCATTCTTTAC;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=97;WE=12576057;WS=12576039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	12576573	rs10404972	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=202;SC=AAAACAAAACGCACAATTAGT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=12576581;WS=12576563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	12637949	.	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=440;ReadPosRankSum=-1.991;SC=TCATGCTTTCGAACATAACTG;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=31;WE=12637957;WS=12637939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr19	12639347	.	TCTAA	T	2522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.354;NF=21;NR=20;PP=1768;ReadPosRankSum=0.187;SC=ATACTTCTTCTCTAACTGACT;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=41;WE=12639358;WS=12639337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,66:0.53:125
chr19	12659875	rs146138143	C	CCATA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=154;SC=GAGAAACCTACCATACATGTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=12659883;WS=12659865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	12661335	rs2861411	C	T	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=136;SC=CCGGTCGTGGCGGCGCATGCC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=12661343;WS=12661325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	12661474	rs112461690	G	GA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-1.719;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr19	12662318	rs79749579	G	GC	4748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=65;PP=1964;SC=GTTGAACATTGCCCCTGTCCC;SOR=1.298;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=5;TCR=71;TR=70;WE=12662328;WS=12662308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	12692001	rs3745651	G	A	5305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=65;PP=2383;SC=GAGTCCTTTCGTGGGTTAGAA;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=124;WE=12692009;WS=12691991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	12694089	rs12461643	T	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=9;PP=973;SC=TCCTGACCTCTTAATCCGCCC;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=12694097;WS=12694079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	12707904	rs1864082	T	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=13;PP=987;SC=GGTCTTCCCATAGCCGGTTCC;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=12707912;WS=12707894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	12707978	rs1864081	G	A	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=50;PP=1902;SC=CTCGGCTTACGGAGGCTCCAG;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=104;WE=12707986;WS=12707968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	12720631	rs8100964	C	T	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	12734655	.	ATTTTTTC	A	326	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=26;MQ=61.92;NF=0;NR=10;PP=326;QD=34.4;SC=GGATGACATCATTTTTTCTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=12734669;WS=12734645;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,10:0.53:19
chr19	12760287	rs12984441	A	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=305;SC=CTGGCTCCCCAACTCTTTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=14;WE=12760299;WS=12760277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	12760664	rs3815914	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.56;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	12763350	rs71168621	C	CT	435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.462;QD=13.20;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=1.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,27:0.82:33
chr19	12768391	rs73002392	G	A	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=30;PP=1081;SC=CAATGAGTCCGGTGAGGTTCT;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=59;WE=12768399;WS=12768381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	12768843	rs34324185	G	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=14;PP=504;SC=AACTTCAGCCGCAAACCTCTT;SOR=0.829;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=31;WE=12768851;WS=12768833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	12772090	rs1133330	C	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=12;PP=749;SC=ATTTACCAGCCGGATGAGCTT;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=12772098;WS=12772080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	12772165	rs1054487	G	A	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	12772263	rs2303731	T	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=27;PP=917;SC=TTTTGATGTATATGGGGTCAA;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=48;WE=12772271;WS=12772253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	12774208	rs1054486	G	C	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=775;ReadPosRankSum=0.218;SC=TCCTCCACCAGCGGCTGATCG;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=51;WE=12774216;WS=12774198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,87:0.40:220
chr19	12816506	.	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=551;ReadPosRankSum=-0.993;SC=CTCCAGCAGGGGGAAGAGGTC;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=35;WE=12816514;WS=12816496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,53:0.46:115
chr19	12832008	.	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=225;ReadPosRankSum=-2.069;SC=TCGGGAGCGCGGGAGGGGGGA;SOR=1.002;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=15;WE=12832016;WS=12831998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr19	12866332	rs45546836	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.904;NF=9;NR=12;PP=350;ReadPosRankSum=0.630;SC=GGTTTCCAAGGGGAAACCAAG;SOR=0.803;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=21;WE=12866340;WS=12866322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr19	12876278	rs1205169	C	A	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=67;PP=1892;SC=GAAAAGAAAGCAGGCCAGGCG;SOR=1.515;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=94;WE=12876286;WS=12876268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	12876964	rs897804	G	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=537;ReadPosRankSum=1.181;SC=CATCCTCCAGGTGGCGCTGCA;SOR=0.957;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=35;WE=12876972;WS=12876954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,58:0.60:96
chr19	12882997	rs75541414	C	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=95;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TCCCCCAAATCTCTTACCTGG;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=7;WE=12883005;WS=12882987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr19	12883345	.	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.510;SC=TACCAGGGCAGGACCTGTGCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=12883353;WS=12883335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	12886212	.	G	A	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CCCGCCCCACGACCTACCCAG;SOR=0.685;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=73;WE=12886220;WS=12886202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,151:0.46:331
chr19	12917472	rs1046220	T	C	641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=178;ReadPosRankSum=0.715;SC=CAGCTGGTGGTGGCGGCTGAG;SOR=0.957;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=15;WE=12917480;WS=12917462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr19	12918043	.	G	C	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=1036;ReadPosRankSum=0.831;SC=ATTGGAGAGCGAGCGGGAAAG;SOR=0.634;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=71;WE=12918051;WS=12918033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,112:0.53:212
chr19	12924260	.	G	A	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=732;ReadPosRankSum=0.507;SC=ACGCGGCCTGGAGTCAGCAAC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=53;WE=12924268;WS=12924250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,108:0.56:194
chr19	12936881	rs4804736	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=-1.357;SC=GGGAGTCTATGTGCGGAACGT;SOR=0.848;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=12936889;WS=12936871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr19	12939792	rs1466306	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.955;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=271;ReadPosRankSum=0.235;SC=CCCTGTGAGCTAGGGTCTTGG;SOR=1.284;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=13;WE=12939800;WS=12939782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr19	12985595	.	G	A	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.441;NF=46;NR=47;PP=1442;ReadPosRankSum=2.175;SC=GCCTCAAGTGGGGCTGACCTC;SOR=0.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=93;WE=12985603;WS=12985585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,142:0.49:290
chr19	13002400	rs1799918	G	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=173;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TGCCGCAGGTGGACTCTGTCC;SOR=1.781;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=14;WE=13002408;WS=13002390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr19	13002563	rs2242517	T	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr19	13006685	rs2238641	T	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.93;ReadPosRankSum=0.169;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr19	13006685	.	TGG	CGA	600	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=13;NR=6;PP=600;QD=34.3930460454;SC=CCACCTGCCTTGGCCTCCTAA;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=19;WE=13006695;WS=13006675;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,19:0.46:41
chr19	13006687	rs12151303	G	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.80;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr19	13006765	.	C	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=497;ReadPosRankSum=-1.316;SC=GGGGATGTATCAGGGACCAGG;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=37;WE=13006773;WS=13006755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr19	13008607	rs1060218	G	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=451;ReadPosRankSum=0.170;SC=TGCTGGGGGGGAATGGGATTT;SOR=0.894;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=32;WE=13008615;WS=13008597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,67:0.51:132
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chr19	13010643	rs9384	G	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=-0.209;SC=AGAGTGACATGGAAGCAACTC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=27;WE=13010651;WS=13010633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr19	13015530	rs17706531	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.289;SC=AGAGTACAGGAAGCGGCCAGG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=13015538;WS=13015520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	13029188	rs2965214	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=1.702;SC=AAGGAGGGAGGATGAGGAGTG;SOR=0.420;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=15;WE=13029196;WS=13029178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr19	13030939	.	AT	A	177	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=59.82;NF=2;NR=3;PP=177;QD=36.0;SC=ACACACACACATAATTATATT;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=5;WE=13030947;WS=13030929;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,5:0.31:16
chr19	13031210	rs2967897	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=-0.416;SC=TCTAGACAGATAGGCCTTGCT;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=9;WE=13031218;WS=13031200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr19	13033787	.	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=376;ReadPosRankSum=0.084;SC=TTCTTCAGAGGAAAAGTTCAA;SOR=0.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=25;WE=13033795;WS=13033777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr19	13035006	rs1045913	G	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=2.910;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,73:0.45:161
chr19	13039284	rs2293683	A	G	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=835;ReadPosRankSum=0.434;SC=GGTGGGAGACACAGCCTGACT;SOR=0.722;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=65;WE=13039292;WS=13039274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,98:0.50:195
chr19	13049397	.	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=1.153;SC=GGTGGGTATAAAAGTGCAAGG;SOR=2.027;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=11;WE=13049405;WS=13049387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr19	13049421	.	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=439;ReadPosRankSum=0.341;SC=GCGGCGGCGTCCGTCCGTACT;SOR=0.484;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=25;WE=13049429;WS=13049411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr19	13051542	.	C	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.511;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=699;ReadPosRankSum=1.113;SC=CTTCGGTTTCCTTCTCCCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=53;WE=13051550;WS=13051532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,68:0.47:146
chr19	13220676	rs10414282	G	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=764;ReadPosRankSum=0.760;SC=GGTGGTTGGTGGGGAGGGAGG;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=53;WE=13220684;WS=13220666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,81:0.46:177
chr19	13249244	rs8112067	A	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=37;PP=1034;SC=CCGCGGGGCCACACACTTCCC;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=13249252;WS=13249234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	13255536	rs2304095	T	C	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=70;PP=2418;SC=CACACCAGGGTGGCCGAGAGC;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=124;WE=13255544;WS=13255526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	13260240	.	A	AAAG	1005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.34;QD=31.43;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	13263847	.	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.275;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=265;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TATAAAAGGGCCTGGGTGGCG;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=16;WE=13263855;WS=13263842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr19	13317490	rs143342886	GTTA	G	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr19	13318672	rs16054	CCTGCTG	C,CCTG	451.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=4,4;NR=2,2;PP=27,246;SC=CTGGCCACCGCCTGCTGCTGC;SOR=1.445;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6,6;WE=13318685;WS=13318662;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.58,0.42:12
chr19	13319693	rs16051	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr19	13319989	rs10413221	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=306;SC=TTCCTGCAGCTGCTGCCTGGC;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=13320010;WS=13319979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	13320002	rs2304093	C	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=321;SC=TGCCTGGCCCCCTCTGTCCCC;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=17;WE=13320010;WS=13319979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	13322822	rs3217380	AG	A	960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=1;PP=790;SC=TGAGTCCGGCAGGGAGGGGAT;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=13322830;WS=13322812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	13323124	rs16048	T	G	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=38;PP=1317;SC=TGTGTGTGTGTGGGGGGCCCA;SOR=1.139;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=60;WE=13323132;WS=13323112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	13323641	rs140435495	T	TACACAC	231.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=285;SC=ATCCCCAGTATACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=13323649;WS=13323631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	13339405	rs34941295	TAG	T	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=-0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.161;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr19	13355900	rs16039	T	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=2;PP=750;SC=AGCTATGGCTTCCGGGACACA;SOR=3.193;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=13355908;WS=13355890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	13373477	rs16031	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=216;SC=TGAGCAGTGTACAACCTGCTC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=13373485;WS=13373467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	13409613	.	C	T	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,55:0.45:123
chr19	13411482	rs16018	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=106;ReadPosRankSum=-0.902;SC=TAAAAGGCACGTGGAATCTTT;SOR=0.685;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=11;WE=13411490;WS=13411472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr19	13440985	rs3834988	C	CT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=1.036;SC=TGCAAGCCCTCTGCCCCCACC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=13440993;WS=13440975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr19	13443770	rs16008	T	C	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=34;PP=1227;SC=GTTAAGCTCCTGCATTTGGAG;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=75;WE=13443778;WS=13443760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	13445144	rs2306348	C	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=193;SC=CTTTGTACTCCGTGGCCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=13445152;WS=13445134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	13445208	rs2248069	C	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=415;SC=TTGAGATCCACTCCATGTACC;SOR=1.209;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=13445216;WS=13445198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	13445365	.	GTGTGTGTGTT	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr19	13616693	rs16003	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=-2.798;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr19	13865070	rs378189	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=1.394;SC=ATATCAGCCTCTCTCTGAGTC;SOR=0.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=15;WE=13865078;WS=13865060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr19	13866866	rs417186	T	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr19	13866957	rs2910225	T	C	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=31;PP=730;ReadPosRankSum=0.288;SC=GGCAGAAAATTGTGAGCTCCT;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=89;TCR=69;TR=71;WE=13866965;WS=13866947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,110:0.44:251
chr19	13868117	rs693151	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=7.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr19	13868669	rs6511886	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr19	13870153	rs371671	C	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=0.836;SC=TCCAGCCCTCCCCCCACCACA;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=13;WE=13870161;WS=13870143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr19	13879622	rs346152	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=307;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CAACTTCTCATACGCCCCCTC;SOR=1.079;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=21;WE=13879630;WS=13879612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr19	13883099	rs1469071	A	G	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=44;PP=1026;ReadPosRankSum=-2.310;SC=GATGTAACCAACTCAGCTCTC;SOR=0.972;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=144;TCF=60;TCR=84;TR=69;WE=13883107;WS=13883089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,105:0.47:224
chr19	13884445	rs375322562	TA	T	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr19	13885240	.	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.521;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.931;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=231;ReadPosRankSum=-1.125;SC=GTTCCCTGTGCCTTCCGGCTA;SOR=0.089;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=17;WE=13885248;WS=13885230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr19	13899980	rs4926171	A	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=0.533;SC=GCCAGCCCTGAGGTCCTGTTT;SOR=0.767;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=10;WE=13899988;WS=13899970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr19	13900059	rs62111900	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=1.281;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr19	13947487	.	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=0.964;SC=GCACAGGGGTGAGGGGGGCAC;SOR=0.521;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=15;WE=13947495;WS=13947477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr19	13994230	.	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=1.020;SC=AGCAGGGAAGGAAATTGAGAG;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=21;WE=13994238;WS=13994220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr19	14020527	.	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=450;ReadPosRankSum=-1.585;SC=AAATGGCTTTCCCTGGGAGAC;SOR=0.811;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=32;WE=14020535;WS=14020517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr19	14038791	rs2305777	C	T	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=47;PP=1982;SC=CAGTTGGAGACGACGACAGAG;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=14038799;WS=14038781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	14063806	rs67764456	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GCTCCCATGGTTGCTCCATAA;SOR=0.129;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=21;WE=14063814;WS=14063796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr19	14065358	.	C	T	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=531;ReadPosRankSum=0.009;SC=CTGGGCTTTTCCAAATGCGGC;SOR=0.687;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=36;WE=14065366;WS=14065348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,71:0.44:160
chr19	14065488	rs1056143	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=396;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GGAGGCTTCAACACCAGGCTG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=25;WE=14065496;WS=14065478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr19	14083761	rs2305780	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.541;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=308;ReadPosRankSum=0.285;SC=CCAGTGCTGGTGGAGCTGGCG;SOR=1.369;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=30;WE=14083769;WS=14083751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr19	14083983	.	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr19	14091543	rs146048336	T	TGCATCCTCTCTGGGGTGGGCTC	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.63;MQRankSum=5.728;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr19	14104667	.	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr19	14139004	rs1982632	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=253;SC=CGTTCAAAGCATCTCCGTCCA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=14139012;WS=14138994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr19	14153293	rs35026308	T	C	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
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chr19	14165278	rs56202530	G	A	3679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.267;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=53;PP=1887;ReadPosRankSum=0.940;SC=AGGTCTCCTCGCCTCCTCCCG;SOR=0.830;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=245;TCF=130;TCR=115;TR=126;WE=14165286;WS=14165268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,182:0.49:374
chr19	14167643	.	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=-0.790;SC=AGTTGGGGCTGGGCATACAGA;SOR=1.329;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=14167651;WS=14167633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr19	14169958	.	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=454;ReadPosRankSum=0.633;SC=CCGGTAGAGGGAGCTCTCCGC;SOR=0.952;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=28;WE=14169966;WS=14169948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr19	14184713	rs35666756	C	CG	2273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.722;NF=10;NR=32;PP=1455;ReadPosRankSum=-1.903;SC=GTAGCAACGCCGGGACCCCCA;SOR=0.625;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=29;TCR=79;TR=42;WE=14184721;WS=14184703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,92:0.35:260
chr19	14185226	rs7258963	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr19	14193965	rs187269898	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr19	14194458	rs35357458	C	A	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.206;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=1039;ReadPosRankSum=0.461;SC=AGCTGGCCTGCGAGGAGTGGG;SOR=0.922;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=70;WE=14194466;WS=14194448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,92:0.50:184
chr19	14200109	rs8062	T	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=346;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CATCATCTTCTTCATCTTCAT;SOR=1.038;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=22;WE=14200117;WS=14200099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr19	14208782	rs34415768	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=-0.288;SC=AGAGCCTACCCCAGAGGAAGA;SOR=1.581;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=10;WE=14208790;WS=14208772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr19	14211845	.	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-1.693;SC=CTCCCTGTAGGAATCATGTTC;SOR=0.316;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=15;WE=14211853;WS=14211835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr19	14213822	.	G	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.777;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=8.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr19	14213834	.	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.961;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=11.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.959;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr19	14231243	rs3745464	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr19	14231325	rs8102267	C	G	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=6.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.72;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr19	14231330	rs8102698	A	G	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=7.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=0.399;SOR=1.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr19	14267364	.	A	AGT	108	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=15;MQ=60.83;NF=5;NR=0;PP=108;QD=23.6;SC=AGAGAGAGAGAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=14267372;WS=14267354;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	14267379	.	G	GT	197.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.502;QD=15.21;ReadPosRankSum=-2.083;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr19	14267380	.	G	GT	197.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.502;QD=15.21;ReadPosRankSum=-1.930;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr19	14268799	rs2242222	G	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr19	14273641	rs3745462	A	G	4234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=48;PP=1686;ReadPosRankSum=-0.001;SC=CGTACACGGAACGCAGGACGT;SOR=0.733;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=239;TCF=123;TCR=116;TR=105;WE=14273649;WS=14273631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,207:0.50:416
chr19	14277727	rs899171	T	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.78;ReadPosRankSum=1.770;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr19	14294288	rs61051191	GC	G	2212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=14;PP=719;SC=CATTTTATCTGCCCCCCCCAG;SOR=1.194;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=32;WE=14294296;WS=14294278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	14301821	rs35845368	A	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.364;NF=7;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-0.520;SC=AATTGCTTGAACCTGGGAGGC;SOR=1.371;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=10;WE=14301829;WS=14301811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr19	14492219	rs28366013	C	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr19	14499357	rs2302094	T	A	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=505;SC=AGCCAGAGCCTGGGGAGGGTC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=14499365;WS=14499347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	14499410	rs2302092	G	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=661;SC=GAAAGAGAGGGCTCGCGCACG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=14499418;WS=14499400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	14499450	rs35363541	C	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=10;PP=780;SC=CCATCTCCCCCAGTGCCCCCT;SOR=2.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=43;WE=14499458;WS=14499440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	14507128	rs75902260	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.019;NF=15;NR=5;PP=286;ReadPosRankSum=-1.876;SC=CTACGGGCATCCTTCACCCTC;SOR=0.503;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=20;WE=14507136;WS=14507118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr19	14507307	rs62122581	C	T	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=5.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-8.022;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,91:0.24:377
chr19	14507342	rs62122582	G	T	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=5.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-10.909;QD=4.27;ReadPosRankSum=-3.079;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,47:0.17:271
chr19	14507345	rs62122583	C	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=10.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-11.365;QD=4.22;ReadPosRankSum=-2.711;SOR=1.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,43:0.16:265
chr19	14508223	rs10412108	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=36;PP=1020;SC=ACTGAGGGGGAAGGCTCAGGG;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=14508231;WS=14508213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	14508964	rs7508244	T	C	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=63;PP=1737;SC=AAGGGCAGGATGCTGGGGGAC;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=105;WE=14508972;WS=14508954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	14522434	rs55968966	GCCTTA	G	12719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=100;PP=2971;SC=TAAGAAGAGGGCCTTACCTTA;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=23;TCR=104;TR=121;WE=14522446;WS=14522424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	14561722	rs8107892	A	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	14580635	rs74889788	G	A	4816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.74;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,124:0.48:257
chr19	14580638	rs78858120	T	C	4955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.06;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,127:0.49:260
chr19	14580662	rs74564226	G	A	4734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.09;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,141:0.51:277
chr19	14580865	rs79441155	G	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=404;ReadPosRankSum=0.847;SC=ACCCTATTCGGGGTGCCCCCC;SOR=0.623;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=26;WE=14580873;WS=14580855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr19	14581063	rs1042728	A	G	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=590;ReadPosRankSum=0.191;SC=CGTACACGCGAGCTGTGGACT;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=42;WE=14581071;WS=14581053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,64:0.53:120
chr19	14581634	.	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.05;MQRankSum=-0.867;NF=26;NR=31;PP=879;ReadPosRankSum=-1.413;SC=GAGAGATGCAGAAGATGTGAA;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=57;WE=14581642;WS=14581624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,93:0.43:214
chr19	14581756	rs59891980	TGCCTCAAGGGCCTCGTTGC	T	843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.556;NF=2;NR=16;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CTAGCCGCTTTGCCTCAAGGG;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=18;WE=14581782;WS=14581746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr19	14583729	.	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=-1.494;SC=TAAAAGCCTGGGAGGAGGGGC;SOR=0.082;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=14583737;WS=14583719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr19	14590279	rs45458894	G	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=1.074;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr19	14590433	rs45621333	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr19	14627050	rs4926222	G	A	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=30;PP=992;SC=CCCAGAGGCCGTCTGCCATAG;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=14627058;WS=14627040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	14627215	rs8112776	T	C	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=2.567;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,67:0.57:118
chr19	14629150	rs3962158	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=356;ReadPosRankSum=1.766;SC=TCTGGTAGTAGTCTTTACCCA;SOR=0.066;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=18;WE=14629158;WS=14629140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr19	14655865	rs7252966	T	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=420;ReadPosRankSum=-2.351;SC=GAGTTGTTTCTAAGCCTCTCA;SOR=0.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=26;WE=14655873;WS=14655855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr19	14674235	rs891089	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=0.281;SC=CGTGGCACTCCGCAGGAACGC;SOR=0.128;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=17;WE=14674243;WS=14674225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr19	14682804	rs9543	G	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr19	14693777	.	A	ATG	116	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=116;QD=30.0;SC=CTCTGTGTGTATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=14693785;WS=14693768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr19	14694286	.	GG	AA	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.019;NF=18;NR=20;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GGGAATACAGGGAATGGGGTC;SOR=0.665;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=38;WE=14694295;WS=14694276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,63:0.40:156
chr19	14694417	rs6511941	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=129;ReadPosRankSum=1.205;SC=ATGGCGGAGGTGGGTTTGGGC;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=10;WE=14694425;WS=14694407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr19	14698649	rs34955132	G	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=173;ReadPosRankSum=0.828;SC=CTGCCCAGGAGGACCTGTCAG;SOR=2.930;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=14;WE=14698657;WS=14698639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr19	14703150	rs150637944	A	G	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.305;NF=23;NR=11;PP=427;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CCTCCCTACAAGGACCTTCCT;SOR=0.777;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=34;WE=14703158;WS=14703140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr19	14703299	rs28736680	A	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=-2.002;SC=ACTGTGCAACACACACCCTGC;SOR=0.518;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=18;WE=14703307;WS=14703289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr19	14705499	rs34335847	G	A	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.61;ReadPosRankSum=-2.284;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,89:0.49:182
chr19	14705509	rs35049360	T	C	3063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.71;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,81:0.47:173
chr19	14706149	.	C	T	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=898;ReadPosRankSum=-2.231;SC=CCCATTTCCCCTCTGACAGTG;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=59;WE=14706157;WS=14706139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,84:0.55:152
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chr19	14730109	rs2482	C	T	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr19	14740824	rs77548886	A	AG	1123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=10;PP=714;SC=TTAAGTTTAAATAACAAAGAA;SOR=0.906;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=17;WE=14740832;WS=14740814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	14743562	rs10405678	C	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=352;SC=TTTATCACAGCAGCTTAGCTT;SOR=2.049;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=14743570;WS=14743552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	14744181	rs899217	T	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.28;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	14752325	rs8102646	C	T	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=68;PP=2965;SC=GCTGGTGTTCCGGATGGCTTT;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=87;TCR=70;TR=154;WE=14752333;WS=14752315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	14758168	rs34226397	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.721;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr19	14765731	rs111825387	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=594;ReadPosRankSum=0.683;SC=TTTCTAATTGCCTAACCCAGA;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=39;WE=14765739;WS=14765721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr19	14769207	rs4488589	G	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=167;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CATTATATATGTATATATAAT;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=14;WE=14769215;WS=14769197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr19	14769339	rs4606855	C	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TTCCTGCCCTCGGTTGTCTTT;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=14;WE=14769347;WS=14769329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr19	14772878	rs61729084	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=374;ReadPosRankSum=0.738;SC=CATTGTAACACACAGCGTTAA;SOR=0.492;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=34;WE=14772886;WS=14772868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr19	14772984	rs8111916	G	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=0.691;SC=TTATTGAGCAGCTACTATGTG;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=5;WE=14772992;WS=14772974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr19	14779550	rs4239642	C	A	144.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr19	14804183	rs10407394	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=200;ReadPosRankSum=-0.486;SC=TTTGATTGTGACCACTCTGCT;SOR=0.801;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=16;WE=14804191;WS=14804173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr19	14805719	rs3850141	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr19	14806017	rs3813144	G	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-1.668;SC=GCCATGTGAAGAAGACAGACG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=14806025;WS=14806007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr19	14806551	rs28575925	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.218;SC=AGAGCATTTTCAAAGGCCCTT;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=12;WE=14806559;WS=14806541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr19	14816794	rs10410458	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=316;ReadPosRankSum=1.712;SC=TCTTCCCACTCGTCCCTGCCC;SOR=1.259;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=20;WE=14816802;WS=14816784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr19	14817145	rs4809215	G	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TGCCTGCTCCGCATTCACGCA;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=14817153;WS=14817135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr19	14817548	rs6511961	T	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=0.905;SC=CAGTGCCTACTCTGGGCCACC;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=11;WE=14817556;WS=14817538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr19	14819310	rs34925577	C	CAG	744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.253;NF=0;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=-0.531;SC=TCTCAGGGGACGGGAGAGTTC;SOR=0.603;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=14819318;WS=14819300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr19	14826849	rs4078586	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=319;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TTCCCCAGGCTTGCCAGCCTC;SOR=0.573;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=20;WE=14826857;WS=14826839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
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chr19	14846897	rs1859257	T	A	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,101:0.58:173
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chr19	14910321	rs16979912	A	G	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1087;ReadPosRankSum=0.887;SC=CCAGTGAAGGAAATCACACCC;SOR=0.476;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=75;WE=14910329;WS=14910311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,112:0.44:256
chr19	14910438	rs10415312	C	T	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.060;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=924;ReadPosRankSum=-1.149;SC=ATTTCCATTTCGGTGCAGAAG;SOR=0.627;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=71;WE=14910446;WS=14910428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,103:0.48:213
chr19	14910573	rs10415562	C	T	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=894;ReadPosRankSum=0.774;SC=GGGTGACAGACGGCCACGAAG;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=60;WE=14910581;WS=14910563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,85:0.57:150
chr19	14910654	rs17230134	T	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=433;ReadPosRankSum=0.100;SC=AAAATCTGACTGAGACAGCCT;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=36;WE=14910662;WS=14910644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr19	14938616	rs2190686	T	C	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=51;PP=1535;ReadPosRankSum=0.076;SC=TCCAGGATGCTAGAACCAGCA;SOR=0.689;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=99;WE=14938624;WS=14938606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,138:0.55:252
chr19	14951889	rs3752194	A	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=257;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CTGTGTGTGAATTGTGGGTGG;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=22;WE=14951897;WS=14951879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,33:0.31:105
chr19	14952706	.	CAG	C	307	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=59.86;NF=2;NR=11;PP=307;QD=23.8461538462;SC=ATGTGACTACCAGAGAGAGAG;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=13;WE=14952717;WS=14952696;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr19	14974930	rs10407452	G	A	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=36;PP=1663;SC=GCTGCAAAATGCATCACCATG;SOR=1.063;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=95;WE=14974938;WS=14974920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	14975040	rs10407682	G	A	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=828;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CAACTGCAATGTCACTAAGCT;SOR=0.490;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=152;TCF=84;TCR=68;TR=65;WE=14975048;WS=14975030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,93:0.44:213
chr19	14975368	rs10415965	A	G	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=72;PP=2274;SC=GTGTGGAGGCAGGAGTCTGAG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=121;WE=14975376;WS=14975358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	14975471	rs11085912	C	T	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=40;PP=1129;SC=ATTCTTGTTTCTCTGAAAATC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=14975479;WS=14975461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	14991643	rs10401818	G	A	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.326;NF=34;NR=33;PP=1073;ReadPosRankSum=-0.386;SC=AGAAAAAGTGGGGGATTTCCA;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=92;TCR=85;TR=67;WE=14991651;WS=14991633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,119:0.46:256
chr19	14991963	rs10404119	C	A	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.642;NF=31;NR=32;PP=980;ReadPosRankSum=-0.716;SC=CAGATGTCTGCAAAGGACAGG;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=63;WE=14991971;WS=14991953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,90:0.51:177
chr19	14992031	rs10405129	A	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-3.953;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
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chr19	14992045	rs10404335	C	T	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-3.692;QD=18.84;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,64:0.51:125
chr19	14992178	rs149867911	CTATTTATTTATT	C,CTATTTATTTATTTATT	1190.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=12,12;PP=2309,1383;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CTTTTTTTTTCTATTTATTTA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=12,12;WE=14992197;WS=14992166;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.65:34
chr19	14992226	rs10410793	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr19	15052983	rs3044711	T	TATC	8774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=80;PP=2957;SC=GTCCTAAGAGTATCTGCCAGA;SOR=1.156;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=18;TCR=92;TR=95;WE=15052991;WS=15052973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	15061216	rs12461006	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.611;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=0.705;SC=GTACAGGGGAGAAAGAAGCTG;SOR=1.316;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=17;WE=15061224;WS=15061206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr19	15063757	rs2229896	A	G	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1032;ReadPosRankSum=-0.375;SC=AGTCCACGGCAATGATGAGCG;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=78;WE=15063765;WS=15063747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,142:0.54:261
chr19	15063778	rs200085107	C	T	3144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=35;PP=1191;ReadPosRankSum=3.947;SC=TGATGTCTTCCGTGGGCAAGC;SOR=0.770;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=80;WE=15063786;WS=15063768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,153:0.51:298
chr19	15064065	rs10417793	A	G	101.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=23;SC=ATCCCCACCCACCCCGCCCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=15064073;WS=15064055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	15064858	rs2269913	A	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=419;SC=GCTCCAGCTGAGGCCCCCTCC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=15064866;WS=15064848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	15065169	rs757465	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=232;SC=GGACTGAGGATGGGGCGTGGC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=15065177;WS=15065159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	15072787	rs3827000	A	T	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=12;PP=1153;SC=TGGCTCCACCATCCCGTGGGC;SOR=2.082;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=56;WE=15072795;WS=15072777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	15073226	rs7247183	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr19	15073283	.	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=313;ReadPosRankSum=1.417;SC=TCTTCATTATCGATTATCACT;SOR=0.527;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=17;WE=15073291;WS=15073273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr19	15073303	rs62113268	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=-1.596;SC=TCATTATCGACTATCACTCAT;SOR=0.116;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=15073311;WS=15073293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	15075020	rs10407669	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=472;SC=ACCCCTGCCCATTGCTCTGTC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=15075028;WS=15075010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	15078986	rs2097836	CG	TA	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=186;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TAGAAGTGCCCGTCTCTGCTC;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=15078995;WS=15078976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr19	15083485	rs3746294	T	C	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=766;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CGCCTTTCCCTGAAGTCCCCG;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=66;WE=15083493;WS=15083475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,105:0.43:243
chr19	15083693	rs3746295	C	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=0.230;SC=CGCTCTCCCGCAGGAACAGGC;SOR=0.760;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=12;WE=15083701;WS=15083683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr19	15131213	rs7248834	G	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=6;PP=464;SC=GAAATCACTTGCATCCACTTC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=15131221;WS=15131203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	15131261	rs4405675	C	T	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=9;PP=531;SC=TTCTCCTCCCCTCCCCACCCA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=15131269;WS=15131251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	15131330	rs35352238	G	A	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	15132574	rs757463	C	G	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=47;PP=1847;SC=GTGCCGGTGGCTGGAGGCTGG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=100;WE=15132582;WS=15132564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	15133762	rs8111625	G	C	10007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=69;PP=2794;SC=AAGAACCTCAGCTGGGGCCTC;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=73;TCR=69;TR=142;WE=15133770;WS=15133752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	15133787	rs10424547	C	A	10311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.92;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr19	15133926	rs8112667	C	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=32;PP=843;SC=CAGCGCGGACCCCTAGTGACC;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=15133934;WS=15133916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	15164655	.	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=340;ReadPosRankSum=-2.317;SC=CTTCCTCAAGGGAGAAGATGG;SOR=0.632;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=22;WE=15164663;WS=15164645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr19	15165818	rs3181162	A	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=1.404;SC=TGGTGCAATCATGGCTCACTG;SOR=0.379;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=15;WE=15165826;WS=15165817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr19	15166997	rs11574685	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=-1.132;SC=CTTCTGTTCCCAAGGCCAAAT;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=14;WE=15167005;WS=15166987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr19	15198263	rs8105277	A	G	8779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=110;PP=2965;SC=TTGTCCACCCACAGCGTTACT;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=122;TCR=110;TR=232;WE=15198271;WS=15198253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr19	15198292	rs8104843	C	G	3364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1457;ReadPosRankSum=0.967;SC=ATGTGCTCCCCTGTCTGTGGG;SOR=0.608;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=260;TCF=145;TCR=115;TR=109;WE=15198300;WS=15198282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,174:0.45:383
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chr19	15224225	rs8109071	G	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=2;PP=892;SC=GCCTAGTTGCGTAAGCAACCA;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=15224233;WS=15224215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	15224265	rs8109089	G	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=543;ReadPosRankSum=0.623;SC=AAACCTGAAAGGGTCGAAGGC;SOR=1.071;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=38;WE=15224273;WS=15224255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr19	15226611	rs2074261	C	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=3.418;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,70:0.48:147
chr19	15226970	rs2074262	G	A	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.450;SC=TACCAGGATCGAGCCAGCGCA;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=86;WE=15226978;WS=15226960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,119:0.52:229
chr19	15227030	rs2074263	G	A	4167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=54;PP=1514;ReadPosRankSum=-0.215;SC=CGAAGTCCCCGCCATCCACCA;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=103;TCR=99;TR=109;WE=15227038;WS=15227020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,205:0.56:367
chr19	15227638	rs875803	A	G	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
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chr19	15227868	rs8101492	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=-1.785;SC=CCCTGGCCTCCACCCAGCCCC;SOR=0.712;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=27;WE=15227876;WS=15227858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr19	15233581	rs2074265	C	A	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=670;ReadPosRankSum=-1.469;SC=AGTAGGGGTACAGCACGTCAA;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=39;WE=15233589;WS=15233571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,63:0.48:132
chr19	15233631	rs2074266	G	A	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=738;ReadPosRankSum=0.717;SC=GGGACAGGGAGGACGCTGAGT;SOR=0.676;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=60;WE=15233639;WS=15233621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,103:0.50:207
chr19	15235932	rs4141356	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr19	15271771	rs1044009	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=26;PP=923;SC=TGCCCCAGCCGCCGGGTACTC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=15271779;WS=15271761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	15273221	rs757472	T	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.36;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	15273231	rs4809028	A	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.74;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	15273248	rs4809029	A	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=7;PP=324;SC=CACTGCTGACACCCAGTGGAC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=15273256;WS=15273238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	15273381	rs4809030	A	G	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=16;PP=522;SC=TCCCTGGAGGATGAAGGGGAG;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=15273389;WS=15273371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	15276007	rs2886698	C	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=473;SC=CCCTGAGGCACCCTAAGGACT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=15276015;WS=15275997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	15276055	rs2074617	C	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=13;PP=806;SC=CTTCATGAAGCCTGGTTATGT;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=15276063;WS=15276045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	15276143	rs2074618	C	T	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=38;PP=1512;SC=CAGGTGACACCAACCCAGCTT;SOR=0.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=87;WE=15276151;WS=15276133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	15276919	rs2074619	G	A	5889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	15276923	rs10416777	C	T	5829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	15277006	rs45591935	T	C	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	15277009	rs62113791	CA	TG	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	15277938	rs1548554	C	T	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=12;PP=759;SC=TTGCTGAATACACACACCCTT;SOR=1.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=39;WE=15277946;WS=15277928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	15278057	rs1548555	A	G	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=34;PP=1293;SC=CACTGTCACTAACCTGGGCCA;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=60;WE=15278065;WS=15278047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	15281386	rs2074620	C	A	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=67;PP=2192;SC=AAGCAGAGGGCGGGGCTTCAG;SOR=1.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=36;TCR=68;TR=103;WE=15281407;WS=15281376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	15281399	.	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=768;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GGCTTCAGCCGAGGGCGGGGC;SOR=0.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=48;WE=15281407;WS=15281376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr19	15281459	rs56277836	C	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=394;ReadPosRankSum=0.813;SC=CCCCGCCACCCCCTCCCCAAG;SOR=1.221;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=23;WE=15281467;WS=15281449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr19	15285052	rs1044006	T	C	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=16;PP=578;SC=GTAGCTCCTCTGGCGGCAGCA;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=15285060;WS=15285042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	15285272	rs10422818	T	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=17;PP=641;SC=ACAATCCCCTTCCATGCATTC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=15285280;WS=15285262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	15285382	.	ATTT	A	459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;QD=35.36;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	15289613	rs11670823	A	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=13;PP=652;SC=TCCTCCTCCAAAGGCCGCCAC;SOR=1.312;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=15289621;WS=15289603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	15290125	rs56061231	G	A	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=30;PP=1579;SC=GGTCAAGAGGGAATGAAGACA;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=15290133;WS=15290115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	15290412	rs2074621	G	A	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	15292088	rs7257550	G	C	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=80;SC=CCCTTATCTCGGCAAGAAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=15292096;WS=15292078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	15292366	rs11669982	C	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=7;PP=605;SC=TCCCTGCTCTCCAAGCAGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=15292374;WS=15292356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	15292437	rs1043997	T	C	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=27;PP=996;SC=CTCCGTAGCCTGGCGGGCAGG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=15292445;WS=15292427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	15294991	rs2074616	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=282;SC=ATAAATAAAACGGGAAAAGTA;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=15294999;WS=15294981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	15295134	rs1043996	G	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	15296553	.	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=2.247;SC=AGGGAGGGACGACGTGACCCC;SOR=1.292;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=10;WE=15296561;WS=15296543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr19	15300069	rs10423702	T	C	7170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=79;PP=2779;SC=TCACAGACGATGGAGCTCCCC;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=80;TCR=79;TR=159;WE=15300077;WS=15300059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	15302844	rs1043994	T	C	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=63;PP=1992;SC=ATGGTGAGGGTGCACAGGGCA;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=113;WE=15302852;WS=15302834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	15349764	rs113881069	C	G	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=660;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GCCGGGCCTGCTCCAGCGCAT;SOR=0.572;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=42;WE=15349772;WS=15349754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
chr19	15350164	.	G	A	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=827;ReadPosRankSum=0.475;SC=ACCTTCCAGGGCCAAGGGGCA;SOR=0.924;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=58;WE=15350172;WS=15350154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,89:0.56:159
chr19	15350594	rs11669901	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=323;ReadPosRankSum=-1.122;SC=TCACCACCACGAGGGGCTGGG;SOR=0.665;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=22;WE=15350602;WS=15350584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr19	15366010	rs34027119	A	AG	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr19	15378434	rs139141985	GCCAC	G	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.476;NF=0;NR=12;PP=477;ReadPosRankSum=-1.279;SC=GGCACCCCATGCCACCCACCC;SOR=0.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=12;WE=15378445;WS=15378424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr19	15383582	rs34855805	C	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=-3.404;SC=ATGCAGGAGACGACCTCCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=10;WE=15383590;WS=15383572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr19	15471856	rs4809184	T	C	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,80:0.42:190
chr19	15483751	rs144582281	C	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,50:0.44:114
chr19	15483893	rs377117827	G	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=915;ReadPosRankSum=0.590;SC=CGGGGGGCACGAAGGGGTCGC;SOR=0.882;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=55;WE=15483901;WS=15483883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,63:0.49:129
chr19	15485283	rs111926344	C	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=470;ReadPosRankSum=0.497;SC=CAACAGCAGCCGTGGCTGACT;SOR=0.322;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=32;WE=15485291;WS=15485273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr19	15485350	rs4809185	C	T	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1222;ReadPosRankSum=-1.580;SC=CGGGCTGACCCGCCTGGCCTT;SOR=0.775;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=170;TCF=109;TCR=61;TR=79;WE=15485358;WS=15485340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,95:0.52:184
chr19	15508130	rs7247749	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GGGCCCAGGTGCCTAAGATAG;SOR=1.192;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=9;WE=15508138;WS=15508120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr19	15508362	rs2058322	G	C	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=4;PP=432;SC=TGTAGATTTGGTGGATGAGGC;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=15508370;WS=15508352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	15539054	.	G	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=87;ReadPosRankSum=-1.502;SC=CCGGCGGTGGGGGGGGAAGCA;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=8;WE=15539062;WS=15539044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr19	15549255	rs1005953	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr19	15580290	rs36020076	G	A	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=568;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CAAAGGCTGGGCCTAGGTTTC;SOR=0.694;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=44;WE=15580298;WS=15580280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
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chr19	15586672	rs892145	A	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=407;ReadPosRankSum=1.698;SC=GAGGAAGGCCATGGTTAACAG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=33;WE=15586680;WS=15586662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr19	15587185	rs733731	C	T	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=921;ReadPosRankSum=0.858;SC=TACGTCATGTCGGGCCACCTC;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=63;WE=15587193;WS=15587175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,122:0.47:258
chr19	15587345	rs3813135	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=0.658;SC=GTGTGTCTGGTCTTGGCAGCT;SOR=0.532;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=21;WE=15587353;WS=15587335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr19	15648380	.	G	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=391;ReadPosRankSum=-1.599;SC=GTGACAAGTGGAGCCGGCACC;SOR=0.801;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=33;WE=15648388;WS=15648370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr19	15648715	rs11666601	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=0.501;SC=AGGGCTCAGCGGTCTCCCTTG;SOR=0.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=10;WE=15648723;WS=15648705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr19	15651539	rs201608860	GCC	G	874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.804;HP=5;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=255;ReadPosRankSum=2.058;SC=GTGAGGCTGGGCCCCCTGGAA;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=15651548;WS=15651529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr19	15651548	rs372183725	AAT	A	859.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=11.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.99;ReadPosRankSum=2.904;SOR=2.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	15651551	rs372614865	T	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=11.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.34;ReadPosRankSum=3.100;SOR=2.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	15651553	rs62113202	C	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=11.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.88;ReadPosRankSum=2.762;SOR=2.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr19	15651556	.	G	GAGC	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=9.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.20;ReadPosRankSum=2.534;SOR=2.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr19	15651560	rs62113205	C	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=8.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.37;ReadPosRankSum=2.918;SOR=2.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	15651562	rs139932061	CG	C	823.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.781;HP=2;HapScore=3;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=349;ReadPosRankSum=2.857;SC=GCTGGCCTCCCGAGGGCTGGC;SOR=2.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=15651576;WS=15651552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	15651564	rs60465772	A	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.97;ReadPosRankSum=2.125;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr19	15651568	rs55832992	C	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.91;ReadPosRankSum=0.974;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr19	15658813	.	AGTGT	A	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr19	15726487	rs4646523	G	T	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=28;PP=1478;SC=CCCCGTGGCTGCTCCTGCTGG;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=79;WE=15726495;WS=15726477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	15726589	rs11673150	C	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,100:0.39:256
chr19	15730498	rs55848814	G	GC	4296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=63;PP=2962;SC=ACCGTCGCTTGTGACGCCTGC;SOR=1.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=13;TCR=67;TR=75;WE=15730510;WS=15730488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	15730502	rs61746468	C	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=777;ReadPosRankSum=-1.326;SC=TCGCTTGTGACGCCTGCCTTC;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=51;WE=15730510;WS=15730488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr19	15730632	rs11668616	T	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr19	15739084	rs4239613	T	C	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=15;PP=1818;SC=GTGTATGCTCTCTGGATAATT;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=67;TCR=15;TR=81;WE=15739092;WS=15739074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	15739274	rs2056820	C	T	7771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=110;PP=2965;SC=GAGGAGGGTCCTGGGCAGGGC;SOR=0.924;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=82;TCR=111;TR=192;WE=15739282;WS=15739264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr19	15739315	rs2056821	T	C	7477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=101;PP=2965;SC=CGGACCTTGTTCTTACTGTCC;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=84;TCR=102;TR=185;WE=15739323;WS=15739305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
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chr19	15739597	rs2056822	A	C	7529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.219;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=98;PP=2911;ReadPosRankSum=0.938;SC=GCTTCGACCCAGAAAACGCCC;SOR=0.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=84;TCR=100;TR=181;WE=15739605;WS=15739587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
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chr19	15763775	rs4646511	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.346;NF=10;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=-0.857;SC=GAGTGCAGGTGCTGGTGCCCT;SOR=0.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=23;WE=15763783;WS=15763765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,47:0.53:88
chr19	15763798	rs2683039	G	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=289;ReadPosRankSum=2.163;SC=TCCTGAGCCTGTCTCATTGGC;SOR=0.746;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=21;WE=15763806;WS=15763788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr19	15769625	rs1915390	A	G	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,65:0.55:119
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chr19	15770018	rs68106141	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQRankSum=4.566;QD=27.94;ReadPosRankSum=2.420;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr19	15770020	rs2460819	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQRankSum=4.566;QD=27.94;ReadPosRankSum=2.446;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr19	15770027	rs55876862	A	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=-4.891;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.489;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
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chr19	15784116	rs7253210	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=410;ReadPosRankSum=0.443;SC=GACTCTAATCGGCCCATCTCT;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=32;WE=15784124;WS=15784106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr19	15784167	rs7254627	A	G	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=25;PP=796;SC=GAGGCCACTTAGTTGTTGGTT;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=15784175;WS=15784157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	15784195	rs10414690	G	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.67;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	15784200	rs55794585	C	T	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.76;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	15784214	rs56398124	C	T	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=16;PP=475;SC=TCTCAGCCCTCGTTTACTCAC;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=15784222;WS=15784185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	15784285	rs56205003	C	T	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=9;PP=730;SC=ACACTGTCCCCGGAGCTCTTC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=15784293;WS=15784275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	15784319	rs56124328	G	T	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=10;PP=864;SC=TCCTCACCCTGCATCCCCTCT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=15784327;WS=15784309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	15784386	rs16995378	C	T	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	15784617	.	A	G	1070	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=13;NR=41;PP=1070;QD=20.4587261583;SC=TCAGTGAGCTAGGTATTGATG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=15784625;WS=15784607;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	15784660	.	A	G	505	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=20;PP=505;QD=23.468313589;SC=GAGAAGCAAGAGAGATGGCTC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=15784668;WS=15784650;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	15789034	rs28416595	C	A	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=31;PP=1400;SC=CTAAAATTAACCATCACAGGA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=15789042;WS=15789024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	15789098	rs609636	A	G	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=45;PP=1808;SC=GGGCTTGAAGAACTCGACCCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=15789106;WS=15789088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	15789140	rs609290	A	G	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=44;PP=1680;SC=GGGCTTTACGATATGGCTGGG;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=82;WE=15789148;WS=15789130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	15791151	rs116266410	G	A	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1350;ReadPosRankSum=-0.191;SC=ACCTTGCGGGGAGGGTAGGGG;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=79;TCR=98;TR=88;WE=15791159;WS=15791141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,126:0.46:271
chr19	15791180	rs8100667	C	T	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=83;PP=2740;SC=CTCTTGCCCACTGTCCTTGGC;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=60;TCR=83;TR=143;WE=15791188;WS=15791170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr19	15793062	rs7253816	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr19	15793068	rs7254785	C	T	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=178;SC=GTCTGGTCCTCGCTGGCAATG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=15793076;WS=15793052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	15793186	.	C	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=0.365;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,36:0.22:162
chr19	15793235	rs2285888	T	C	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.466;NF=31;NR=33;PP=671;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GGGCAGCAGTTGTCTGGACAT;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=64;WE=15793243;WS=15793225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,96:0.49:196
chr19	15795842	rs2018030	C	T	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=24;PP=1145;SC=GTCCACCCTCCGGTGCTGAAG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=15795850;WS=15795832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	15795961	.	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=414;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CTGCCGACAGGAGGTGCAAGA;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=32;WE=15795969;WS=15795951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr19	15795992	.	C	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=1.344;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
chr19	15806964	.	C	T	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=782;ReadPosRankSum=0.909;SC=CCCTTTCTCTCCCACAGGCAT;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=50;WE=15806972;WS=15806954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,71:0.44:161
chr19	15807071	.	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.505;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=405;ReadPosRankSum=1.382;SC=CCACCCCCATCCTCTACTTTT;SOR=0.307;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=28;WE=15807079;WS=15807061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr19	15807884	rs593818	A	G	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=928;ReadPosRankSum=-1.496;SC=CCTGAATGTAAGCTTGCAGTG;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=62;WE=15807892;WS=15807874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,108:0.52:209
chr19	15808025	rs11669240	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=257;ReadPosRankSum=-0.188;SC=AAGGGGCCTAACCTGGGTGGG;SOR=0.730;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=14;WE=15808033;WS=15808015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr19	15838972	rs4569397	T	A	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.349;NF=54;NR=50;PP=1584;ReadPosRankSum=-1.090;SC=TTCACGCTGCTGGGCAACCTG;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=90;TCR=88;TR=104;WE=15838980;WS=15838962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,135:0.58:231
chr19	15839081	rs2067083	C	T	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.042;NF=36;NR=53;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.656;SC=ACACCGTGGCCATCATCCCGC;SOR=0.844;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=89;WE=15839089;WS=15839071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,120:0.49:246
chr19	15839910	rs10426009	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=1.319;SC=AAAGATTTCTGTATATGACAA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=15839918;WS=15839900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	15852223	rs1966357	A	C	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=724;ReadPosRankSum=0.030;SC=AGAACTACAGAACCATATCTG;SOR=1.271;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=41;WE=15852231;WS=15852213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,59:0.52:114
chr19	15852363	rs11670007	G	A	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.448;NF=56;NR=60;PP=1703;ReadPosRankSum=0.289;SC=TGGATTGAACGCAGACTCCAC;SOR=0.704;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=214;TCF=108;TCR=106;TR=116;WE=15852371;WS=15852353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,155:0.49:318
chr19	15852544	rs11670326	C	T	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=1175;ReadPosRankSum=0.587;SC=CTCACTCCTTCCTTCTCATGG;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=76;WE=15852552;WS=15852534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,92:0.49:187
chr19	15853150	rs16980824	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr19	15881751	rs8112713	A	C	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1094;ReadPosRankSum=0.605;SC=CATTTGACATAAAGCTCCATT;SOR=1.055;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=71;WE=15881759;WS=15881741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,98:0.48:206
chr19	15881953	rs4807986	A	G	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.981;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.819;NF=28;NR=45;PP=1222;ReadPosRankSum=0.267;SC=CGGAAGCGCCACCCGTCATGG;SOR=0.948;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=73;WE=15881961;WS=15881943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,88:0.59:149
chr19	15884810	rs10421246	A	T	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=551;ReadPosRankSum=-1.472;SC=ATTCCAGACCAGATCTGTCCA;SOR=0.993;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=34;WE=15884818;WS=15884800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr19	15885233	.	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.170;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=477;ReadPosRankSum=-1.257;SC=CCAGCACTTTCCCTACTCCAT;SOR=0.234;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=32;WE=15885241;WS=15885223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr19	15890388	rs7259595	A	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=779;SC=GAGTGAGTGAATGAGCCGCCT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=15890396;WS=15890383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	15890517	rs11669449	A	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=693;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CTGCTGCCACACTCACGAGGT;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=50;WE=15890525;WS=15890507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,77:0.46:167
chr19	15890625	rs11673423	C	G	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.91;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	15890625	.	CG	GA,GG	1006	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=25,52;NR=37,71;PP=1006,823;QD=17.08819153;SC=GCCAGGAAGCCGGCCAGGAGC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=62,123;WE=15890634;WS=15890615;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:125
chr19	15890626	rs55782900	G	A	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,108:0.55:198
chr19	15890725	rs56378626	G	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=472;ReadPosRankSum=0.262;SC=GCGGCATCCTGCAGGGCAGAC;SOR=0.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=26;WE=15890733;WS=15890715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr19	15890771	rs56317414	T	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.190;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
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chr19	15905468	rs62106065	T	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.337;NF=29;NR=35;PP=1004;ReadPosRankSum=1.010;SC=GGGCTTGGTGTGTATCACGGC;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=64;WE=15905476;WS=15905458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,80:0.53:150
chr19	15905505	rs62106066	T	C	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=6.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQRankSum=-0.447;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr19	15905529	rs62621417	C	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.91;MQRankSum=-1.369;QD=12.81;ReadPosRankSum=-2.274;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr19	15905661	rs67455341	C	A	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.286;NF=37;NR=42;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GGTCCCCAGTCTCCGGAAGGA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=79;WE=15905669;WS=15905651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,96:0.50:191
chr19	15918380	rs28426969	C	T	5527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=78;PP=2866;SC=TCACCACCATCCCCATGACCA;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=68;TCR=78;TR=146;WE=15918388;WS=15918370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	15918500	rs148327766	G	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.126;NF=33;NR=28;PP=983;ReadPosRankSum=1.553;SC=AGCCCATGACGGTGAGCAGGA;SOR=0.472;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=61;WE=15918508;WS=15918490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,67:0.60:111
chr19	15918635	.	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.828;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=26.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQRankSum=-9.331;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,21:0.14:149
chr19	15918647	rs4081570	G	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=6.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=27.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.578;NF=23;NR=12;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TCTCGGAGACGGAGAGGGCGC;SOR=2.919;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=35;WE=15918655;WS=15918625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,24:0.15:156
chr19	15932684	rs62106092	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.504;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=260;ReadPosRankSum=0.042;SC=CCATGTATTCGAAATGAACTG;SOR=0.266;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=22;WE=15932692;WS=15932674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr19	15932937	.	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.747;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=2.167;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr19	15932941	rs3761012	A	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=2.252;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr19	15933059	rs3761013	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=-0.504;SC=ATGACCTGGAATCTGGCTGAA;SOR=0.423;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=12;WE=15933067;WS=15933049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	15933155	rs367984219	A	AT	149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	15934599	rs2285881	C	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr19	15934656	rs10411865	A	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=30;PP=961;SC=TGAGACTGACAGCCCTGGGTA;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=15934664;WS=15934646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	15990048	rs3093198	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.933;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr19	15990431	rs2108622	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=4.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.024;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,71:0.50:143
chr19	15996907	rs3093160	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.578;NF=12;NR=12;PP=302;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GCTGCTTCAGCACCCGAAGGT;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=24;WE=15996915;WS=15996897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr19	16006178	rs8109064	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=413;ReadPosRankSum=-0.009;SC=AAATTGATGAATACATGAAAG;SOR=0.871;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=22;WE=16006186;WS=16006168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr19	16006413	rs3093114	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=732;ReadPosRankSum=0.514;SC=GGGGGTAGGTGGCCACCAGCT;SOR=0.850;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=44;WE=16006421;WS=16006403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,56:0.49:115
chr19	16008099	rs2074902	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.840;NF=10;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=-2.708;SC=ATGAGTAAGATGCCTCCTCTG;SOR=0.108;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=12;WE=16008107;WS=16008089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr19	16008257	rs3093106	T	C	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=824;ReadPosRankSum=-0.882;SC=AGTTCCGTCTTGGGGGTTGTG;SOR=0.634;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=147;TCF=73;TCR=74;TR=66;WE=16008265;WS=16008247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,119:0.49:242
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chr19	16008434	rs3093103	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=357;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TGCAGGGCAGACGGGATGGAC;SOR=0.654;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=19;WE=16008442;WS=16008424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
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chr19	16034714	rs8104361	A	G	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.98;MQRankSum=-1.131;NF=38;NR=45;PP=1059;ReadPosRankSum=-1.268;SC=GGGAGGGTGCAGCGCCGCTCC;SOR=0.703;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=206;TCF=107;TCR=99;TR=83;WE=16034722;WS=16034704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,118:0.44:271
chr19	16035517	rs3746156	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=267;ReadPosRankSum=0.801;SC=TCCTTTTCCAGCCTACTCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=14;WE=16035525;WS=16035516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr19	16038334	rs2219358	G	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=810;ReadPosRankSum=1.029;SC=GGAGAGGGGTGAGAGAAGGAC;SOR=0.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=57;WE=16038342;WS=16038324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,66:0.46:143
chr19	16038365	rs2305804	C	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=578;ReadPosRankSum=2.200;SC=GAGGAATGCTCCCAGCCAGGG;SOR=1.220;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=35;WE=16038373;WS=16038355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr19	16038390	rs2305803	G	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=498;ReadPosRankSum=0.384;SC=GCACTTCCACGCATCCCACCC;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=29;WE=16038398;WS=16038380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr19	16040292	rs3765070	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=419;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TAGGCCGGATAATGTCAGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=22;WE=16040300;WS=16040282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr19	16040473	rs4808414	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=-2.076;SC=CCTGAATTAATCATGAATTCC;SOR=1.368;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=13;WE=16040481;WS=16040463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr19	16045141	rs2305801	T	C	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=984;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GCCAGGAGCCTCCAACCAGCA;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=66;WE=16045149;WS=16045131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,104:0.50:210
chr19	16060551	.	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=2.121;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,46:0.36:127
chr19	16060827	rs1594685	T	G	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=19;PP=495;SC=CTGTTGTAAGTGTTCAGGTAT;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=16060835;WS=16060817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	16130594	rs11669662	G	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr19	16130604	rs7250074	T	C	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.22;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr19	16130624	.	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.045;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=-0.232;SC=ACGACAGCCCCGAGAGCCAGC;SOR=0.745;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=22;WE=16130632;WS=16130614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr19	16130974	rs73928322	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=337;ReadPosRankSum=2.710;SC=GGCGCACCCTCAGTGCCCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=27;WE=16130982;WS=16130964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,36:0.38:95
chr19	16131030	rs16981049	T	C	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=585;ReadPosRankSum=0.739;SC=GGAAATGCTGTTGGGACCGGA;SOR=0.831;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=41;WE=16131038;WS=16131020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,81:0.44:186
chr19	16131679	rs757545	T	C	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=1073;ReadPosRankSum=1.074;SC=ATGTTGGGACTCCACCAACGC;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=70;WE=16131687;WS=16131669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,101:0.54:187
chr19	16136405	rs4808423	C	T	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=557;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GCCCTGAAACCCGGCCCTGCC;SOR=0.333;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=38;WE=16136413;WS=16136395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,56:0.56:100
chr19	16136923	rs757546	T	C	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AGCACTCATCTGGGGTTGGCA;SOR=0.853;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=28;WE=16136931;WS=16136913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr19	16137025	rs757547	C	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=0.289;SC=AAACCCAGCCCAGCAAGCAGC;SOR=0.509;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=13;WE=16137033;WS=16137015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr19	16137052	rs757548	A	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=0.803;SC=CCGGGCCCCCAAGCCCGCCAG;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=10;WE=16137060;WS=16137042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr19	16145876	.	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.654;SC=CCCAGTGCTCCTGGGACCGCA;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=10;WE=16145884;WS=16145866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr19	16178587	rs4808031	A	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.721;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=344;ReadPosRankSum=2.383;SC=GGCTGCTGGGAGTCCTCTCTG;SOR=0.459;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=29;WE=16178595;WS=16178577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr19	16186813	.	AC	A	74.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr19	16186815	rs10633690	C	CCA	167.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.415;HP=9;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=0.156;SC=GGGACGTGACCCCCCCCCCAG;SOR=3.908;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=11;WE=16186823;WS=16186803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr19	16192898	rs3826722	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.264;SC=GTTTGCTTTTAGAAAATGGGG;SOR=0.749;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=14;WE=16192906;WS=16192888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr19	16192958	rs3786577	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.138;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr19	16197421	rs2303149	A	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	16236557	rs10416989	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-1.544;SC=GCCCCACCCCGGAGCCCCTCG;SOR=0.627;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=12;WE=16236565;WS=16236547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr19	16254422	rs4321304	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=282;ReadPosRankSum=-1.043;SC=TGACTTGAGCTGTCCTTGTTC;SOR=0.283;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=21;WE=16254430;WS=16254412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr19	16254694	rs2446366	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.71;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	16259447	.	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=261;ReadPosRankSum=-1.702;SC=ACTTCTCAAAGGAGGAGGCAC;SOR=1.429;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=15;WE=16259455;WS=16259437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr19	16263202	rs285286	G	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=5;PP=410;SC=CACTCCAGCCGGGGGGACAGA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=16263210;WS=16263198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	16263227	.	CAAA	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=2.072;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr19	16264087	.	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	16265494	rs111524	G	A	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=5;PP=151;SC=CTTTCTGCCTGTCACCTACCC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=16265502;WS=16265484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	16268207	rs5827321	TA	T	6557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=79;PP=2975;SC=CGGCAGCAGCTAAAAAAGCCA;SOR=0.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=127;TCF=44;TCR=83;TR=117;WE=16268215;WS=16268197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	16275515	rs6512086	A	G	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.028;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.02;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=1.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr19	16275515	.	ACG	GCG,GCT	672	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=58,30;NR=17,6;PP=480,672;QD=6.8636161673;SC=GTGGGCGGTGACGGAGAGCAT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=75,36;WE=16275525;WS=16275505;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:78
chr19	16275517	.	G	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.596;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.661;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr19	16275655	rs6512087	C	T	7731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GGCACTCAGCCCCCCCCGCGT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=159;WE=16275663;WS=16275645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr19	16275772	rs4808461	A	G	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=44;PP=1251;SC=CAGGAGGGCTAGGCCGGCTGT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=16275780;WS=16275762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	16280634	rs2003419	A	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=207;SC=TTTTTGAGACAGAGTCTCGGT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=16280642;WS=16280624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	16283852	.	TACACAC	T	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	16301312	rs206231	A	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	16301544	rs2242143	G	C	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=13;PP=905;SC=GGGAGCCCAGGGTTCAGGAGT;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=16301552;WS=16301534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	16314299	rs117647142	C	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=598;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACCGTGGCGACGTGGACATGT;SOR=0.701;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=43;WE=16314307;WS=16314289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr19	16320075	rs2290802	C	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=28;PP=740;SC=GGCAAAGCCCCGAGAGCCGTT;SOR=2.059;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=16320083;WS=16320065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	16321047	rs7258138	T	C	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=156;SC=TTTATATTTATTTTCTGTTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=16321055;WS=16321045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	16337423	rs2305939	T	C	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=55;PP=1614;SC=CATTACAGCCTAGGGCAGGGT;SOR=1.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=80;WE=16337431;WS=16337413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	16338532	rs2124904	G	A	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=44;PP=1295;SC=CTGGGCTGTCGGCAGACTCCT;SOR=1.533;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=63;WE=16338540;WS=16338522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	16339069	rs2305937	G	A	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=72;PP=1908;SC=TCTCTGGCCCGTCCCAGGAGC;SOR=1.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=100;WE=16339077;WS=16339059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	16339715	rs3752797	C	T	9008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=126;PP=2965;SC=ACAGCGAGATCGTGTGGTCCA;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=86;TCR=126;TR=212;WE=16339723;WS=16339705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr19	16344528	rs2279060	C	G	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=38;PP=1145;SC=CAGTCAGCTGCAATCAGGACC;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=16344536;WS=16344518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	16345099	rs897774	T	C	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=23;PP=1016;SC=AGTGAGGCCCTACCCGTGGGG;SOR=0.822;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=16345107;WS=16345089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	16435717	rs8106384	T	C	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=36;PP=1307;SC=CCGCGTCCTTTCTCCCCGGGT;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=67;WE=16435725;WS=16435707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
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chr19	16539347	rs71178694	G	GAAGA	857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.53;QD=45.14;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr19	16582785	rs7252649	G	T	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=103;SC=TCCGAGCGCCGGGGGAACGGG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=16582793;WS=16582775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	16589972	.	G	A	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.383;SC=GAAATTGATTGAAGTAATGTT;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=74;WE=16589980;WS=16589962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,134:0.54:246
chr19	16591464	rs9305079	G	A	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=32;PP=896;SC=AATTATCTGCGTACTCTTCAT;SOR=0.936;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=16591472;WS=16591454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	16593189	rs138347151	CAACAA	C	577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=249;SC=GACCCTGTCTCAACAAAACAA;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=5;WE=16593211;WS=16593179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	16593203	rs75847259	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;QD=35.37;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	16593318	rs118131979	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.151;NF=17;NR=10;PP=344;ReadPosRankSum=-1.446;SC=GGTCATACTGCGTCAAATAGT;SOR=0.769;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=27;WE=16593326;WS=16593308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr19	16593415	rs8100755	G	A	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	16594967	rs10413787	A	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	16594979	rs7252242	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.98;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	16601154	rs3810196	T	C	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=15;PP=1187;SC=CTAGAAGTGGTTGTGTTGCAC;SOR=1.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=55;WE=16601162;WS=16601144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	16601194	rs3810198	C	T	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=25.31;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	16606742	rs3810199	G	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=23;PP=924;SC=GGGGACCCTCGAGGATTCGAG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=16606750;WS=16606732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	16606766	rs3810200	G	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=21;PP=567;SC=TCGCTGCCGTGGACCCCGTGG;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=16606774;WS=16606756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	16613797	.	C	CA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr19	16633950	rs1043481	T	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=16;PP=577;SC=TGATGTGGGGTGGGCCCTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=32;WE=16633958;WS=16633940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	16666101	rs2287869	G	C	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=34;PP=1033;SC=AGTAGCTCAGGGGGCTAACGA;SOR=1.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=16666109;WS=16666091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	16689196	.	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=294;ReadPosRankSum=-1.533;SC=GAGATGACTTCCAGCACCGCC;SOR=0.754;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=23;WE=16689204;WS=16689186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr19	16770093	.	CAAAAAAAAA	C	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.99;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr19	16770964	.	C	T	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=672;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GCGGAAGCCCCAGGGAGGGAG;SOR=0.790;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=47;WE=16770972;WS=16770954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,77:0.48:159
chr19	16797240	rs2249827	A	G	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=16;PP=606;SC=TTCTTGCAGCATTCTTGCCTT;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=35;WE=16797248;WS=16797230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	16798927	rs2547112	T	C	9825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=141;NR=109;PP=2965;SC=CTGTCTCTCTTGCTGTCTCCC;SOR=0.785;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=146;TCR=111;TR=250;WE=16798935;WS=16798917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr19	16841831	rs8108763	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=188;ReadPosRankSum=1.781;SC=GAGGAGAGAGAATCTCTTGAG;SOR=0.591;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=11;WE=16841839;WS=16841821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr19	16842052	rs8107776	G	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.547;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr19	16855990	rs7247028	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=0.799;SC=GCGAAAGGGGAAATTCCTTAT;SOR=0.850;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=16;WE=16855998;WS=16855980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr19	16860105	rs706764	G	A	7211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=97;PP=2965;SC=CTGCCTGGACGCTGATGCCCA;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=80;TCR=97;TR=176;WE=16860113;WS=16860095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr19	16860392	rs706763	C	T	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AGACCTTCTGCGGACGCCAGG;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=85;WE=16860400;WS=16860382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,146:0.48:305
chr19	16869926	rs773842	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-2.396;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr19	16872940	rs773852	G	A	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.11;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr19	16872945	.	G	T	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.76;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,57:0.52:110
chr19	16876099	rs4808526	T	C	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=33;PP=934;SC=TTTTCATCAATTCTCATACCT;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=50;WE=16876107;WS=16876089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	16883912	rs773835	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=258;ReadPosRankSum=0.701;SC=ATCCAGGCAACTTAGTCTACA;SOR=1.013;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=20;WE=16883920;WS=16883902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr19	16890243	rs773930	C	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr19	16899838	rs2608737	A	T	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=372;SC=ACCCTCGCCAACTCTGCTTCA;SOR=2.215;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=16899846;WS=16899828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	16899865	rs2608738	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=1.165;SC=TACACGCTGCACTTGTGGAAC;SOR=1.049;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=13;WE=16899873;WS=16899855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr19	16905101	rs2608729	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.237;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.888;NF=7;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=-2.080;SC=TGCTTGAACCCGGGAGGCGGA;SOR=1.727;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=8;WE=16905109;WS=16905091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr19	16905182	rs201592521	C	CA	282.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5131;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=0.332;SC=ATCTCAAAAACAAAAAAAATA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=16905190;WS=16905172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr19	16905474	rs2431802	G	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=273;SC=GGTTAGCAACGTTTTCTGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=16905482;WS=16905464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	16923482	.	AAAACAAACAAAC	A	1538.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=1.527;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr19	16923494	rs773894	C	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=-1.561;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr19	16926067	rs11671361	A	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=0.451;SC=GCTCCCCAGGACTTGGAGTCA;SOR=0.852;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=17;WE=16926075;WS=16926057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr19	16940553	.	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr19	16976286	rs773911	A	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.75;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	16976286	.	ATCT	GTCC,GTCT	309	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=8;MQ=60.0;NF=13,26;NR=4,14;PP=194,309;QD=14.5569338154;SC=AGAAGAAGCTATCTCGGATGG;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=17,40;WE=16976297;WS=16976276;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.41:41
chr19	16976289	rs2303091	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.842;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr19	16988456	rs2303090	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CAGAGGTAAGAGGCCCTGAGA;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=13;WE=16988464;WS=16988446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr19	16988476	rs2258663	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr19	17000131	rs773904	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr19	17000231	rs773903	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=277;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CTCTGTATCCCGTCTCTGACC;SOR=0.426;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=16;WE=17000239;WS=17000221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	17000632	rs773902	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,76:0.49:156
chr19	17003789	rs773901	T	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=622;ReadPosRankSum=-0.830;SC=ACGTGTATTCTTGTCAATATC;SOR=0.427;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=39;WE=17003797;WS=17003779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,60:0.49:122
chr19	17006738	rs2981474	A	G	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.542;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr19	17008578	rs2608732	G	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=1.336;SC=GTGGGCTGTGGGTGCTGACGT;SOR=0.951;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=15;WE=17008586;WS=17008568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr19	17011950	rs77345177	A	AC	3983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=28;PP=1561;SC=AGCCAGCCTGACCTGGGTGCC;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=53;WE=17011960;WS=17011940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	17017878	rs56408444	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GGCCAGGGGCGCAGCAGACTC;SOR=0.695;Source=Platypus;TCF=27;TR=22;WE=17017886;WS=17017868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
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chr19	17025439	.	C	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NR=29;PP=773;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GTGAGGGGCCCGGGAAGGAGG;SOR=0.457;Source=Platypus;TCR=66;WE=17025447;WS=17025429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
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chr19	17062644	rs8108234	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.308;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
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chr19	17068621	rs1457090	C	G	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,62:0.47:131
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chr19	17091368	rs8103646	T	G	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=469;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CCCGCTTGCTTCGCTGCTGGG;SOR=0.321;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=34;WE=17091376;WS=17091358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,46:0.48:95
chr19	17091533	rs8100517	C	T	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=823;ReadPosRankSum=1.588;SC=CTCTGCCTCGCACCAATGTTG;SOR=0.549;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=153;TCF=57;TCR=96;TR=71;WE=17091541;WS=17091523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,92:0.45:206
chr19	17100552	rs1973093	A	G	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=2.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.325;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,127:0.49:261
chr19	17107825	rs3745337	G	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=2.103;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr19	17108135	rs3745340	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.204;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.549;NF=16;NR=21;PP=488;ReadPosRankSum=-0.079;SC=GTCGAAGTCCCGGGAGCCGAG;SOR=0.446;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=37;WE=17108143;WS=17108125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
chr19	17111297	rs4808551	A	G	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=370;ReadPosRankSum=1.168;SC=CATGTTGATCATTAAGGCACC;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=32;WE=17111305;WS=17111287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr19	17111411	rs4808064	A	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=376;ReadPosRankSum=-1.544;SC=GGCCAGGTTGACATAGTGTGG;SOR=0.869;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=27;WE=17111419;WS=17111401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr19	17119560	rs897768	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-1.113;SC=CAGAAGGGGATGGGCTGGGCC;SOR=0.616;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=12;WE=17119568;WS=17119550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr19	17122630	rs35560062	G	A	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	17137290	rs11878608	A	C	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=65;PP=2407;SC=TCGCTGCAACACTCTGAGCCA;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=134;WE=17137298;WS=17137280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr19	17160564	rs4808557	T	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	17163661	rs2305758	C	T	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=414;ReadPosRankSum=-1.460;SC=CCTTTTTCGCCGTCACGTCCT;SOR=1.040;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=33;WE=17163669;WS=17163651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,58:0.38:153
chr19	17166896	rs3214849	TAA	T	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=211;ReadPosRankSum=2.008;SC=TGTGCAGGGTTAAGATACAGC;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=17166905;WS=17166886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr19	17171035	rs35562523	TAAA	T	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=10.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.64;ReadPosRankSum=1.727;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr19	17173418	rs71338609	A	G	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=414;ReadPosRankSum=-0.083;SC=CCCTTCCCAGAAAGGAAAGAA;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=30;WE=17173426;WS=17173408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr19	17179789	rs2305754	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=275;ReadPosRankSum=-0.413;SC=AATTCCAGTTGCTCAGAACCT;SOR=0.596;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=21;WE=17179797;WS=17179779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr19	17180033	rs2305753	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=1.373;SC=GTCACCACTCCTCCTGCTCGC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=10;WE=17180041;WS=17180023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr19	17186136	rs2305751	C	A	4230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=52;PP=1431;ReadPosRankSum=-1.015;SC=TAACTCCCCACCTCCGCTGCC;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=261;TCF=145;TCR=116;TR=120;WE=17186144;WS=17186126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,220:0.51:432
chr19	17212992	rs3745349	C	T	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=59;PP=1440;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GTAACCTCCCCGAGCTAACCG;SOR=0.752;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=239;TCF=115;TCR=124;TR=107;WE=17213000;WS=17212973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,170:0.43:399
chr19	17256032	rs59360945	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=-0.629;SC=GTTGCAGTGAGCCAAGATTGT;SOR=1.981;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=17256040;WS=17256029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr19	17264961	rs2305769	G	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
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chr19	17270044	rs28531775	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=0.090;SC=CAGCACATCGCGGGTGGGTGG;SOR=0.446;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=17270052;WS=17270034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr19	17283383	rs11463235	A	AG	1264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=16;PP=1239;SC=GCGAGGTTCCAGGTGCTCAGA;SOR=0.804;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=31;WE=17283391;WS=17283373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	17283657	rs2279006	C	T	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=857;ReadPosRankSum=2.788;SC=GGGAGCTCATCGGCATGGACC;SOR=0.655;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=62;WE=17283665;WS=17283647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,90:0.51:175
chr19	17286438	rs8113494	A	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr19	17294679	.	T	TA	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=2.513;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,42:0.18:234
chr19	17298679	rs7249926	G	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=-1.479;SC=GCCTGAGCCAGCAACAGACTT;SOR=0.793;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=17298687;WS=17298669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr19	17298724	rs9305088	G	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=0.435;SC=CCTGCCTGATGTCTCGCATTC;SOR=1.042;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=13;WE=17298732;WS=17298714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr19	17298893	rs3826689	G	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=326;ReadPosRankSum=0.233;SC=CACCTGTTCCGTGGCAAAGGC;SOR=0.789;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=24;WE=17298901;WS=17298883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr19	17298946	rs3826690	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=0.624;SC=GAGTGTAAACTCAGCAGGTTG;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=18;WE=17298954;WS=17298936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr19	17299009	rs3826691	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.048;NF=3;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=0.069;SC=AGGCTGAGGCAGGCGGATCAC;SOR=0.653;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=9;WE=17299017;WS=17298999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr19	17301706	rs62126162	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=130;ReadPosRankSum=1.688;SC=CACACACCTCGGCCTCCCAAA;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=11;WE=17301714;WS=17301704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr19	17301733	rs34092109	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.844;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr19	17301863	rs962919	G	A	3369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=665;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TCGCTGGCCAGAACACTCACC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=48;WE=17301871;WS=17301853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,92:0.53:175
chr19	17301880	rs4808072	T	C	3388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.59;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,90:0.52:173
chr19	17301935	rs55959020	G	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.005;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,63:0.46:138
chr19	17302056	rs962918	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TCGGGGCACTACAAACCCACA;SOR=0.990;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=14;WE=17302064;WS=17302046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr19	17302112	rs10541498	ACT	A	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=-1.990;SC=CCCCAGGGCCACTCTCTGAAA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=17302121;WS=17302102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr19	17303460	rs4808594	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=-0.124;SC=ACACCAGCCTAGGTCTCACTC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=17303468;WS=17303451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr19	17303774	rs1545620	T	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=238;ReadPosRankSum=-3.614;SC=CCTCCAGGCCTCATGGAGGGG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=17;WE=17303782;WS=17303764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr19	17305440	rs1064305	T	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=578;ReadPosRankSum=-1.801;SC=CAAGAGCAGGTGCTGAGGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=32;WE=17305448;WS=17305430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr19	17306031	rs2279003	T	C	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1050;ReadPosRankSum=0.241;SC=CACCGGCCCCTGGCAGCGCCC;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=87;WE=17306039;WS=17306021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,156:0.54:291
chr19	17311442	rs2305766	C	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=0.438;SC=TCCTGTCCCCCCTCAGCCCCC;SOR=0.481;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=13;WE=17311450;WS=17311432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr19	17312992	rs2305765	C	T	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=47;PP=1203;ReadPosRankSum=2.256;SC=ACCAGATCGTCGTCAGCAACC;SOR=0.595;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=173;TCF=71;TCR=102;TR=85;WE=17313000;WS=17312982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,127:0.44:290
chr19	17313178	rs11392202	A	AT	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.049;NF=0;NR=10;PP=355;ReadPosRankSum=-1.088;SC=CGCCATCCTTAGCCACGCCCA;SOR=1.897;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=17313186;WS=17313168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr19	17313619	rs8101251	C	A	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=888;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CCAGGGGGGCCCCCGCCAACC;SOR=1.023;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=57;WE=17313627;WS=17313609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,71:0.59:121
chr19	17313833	rs2305764	G	A	2291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=41;PP=1239;ReadPosRankSum=0.697;SC=TTTTTCCCCCGGCATATACGG;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=75;TCR=78;TR=81;WE=17313841;WS=17313823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,114:0.50:228
chr19	17315973	.	A	AAG	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=1.282;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.497;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	17316253	rs2305763	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=0.126;SC=GAGCAGCCAGTAGGGGGCGGC;SOR=1.426;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=21;WE=17316261;WS=17316243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr19	17316697	rs12327728	C	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=-1.801;SC=GACCAGGAGGCAGAGGCCCCC;SOR=1.158;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=13;WE=17316705;WS=17316692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr19	17316782	rs7248508	T	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=411;ReadPosRankSum=0.885;SC=GAGCCAGGCGTTGAGCCTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=32;WE=17316790;WS=17316772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr19	17317252	rs2279002	A	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=3.551;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr19	17317548	rs201528246	A	G	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=980;ReadPosRankSum=-2.408;SC=CACCTTCCAGAAGCCAACCAC;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=70;WE=17317556;WS=17317538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,121:0.38:319
chr19	17317955	rs8110964	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=344;ReadPosRankSum=0.757;SC=ACCGCATGTCACCTGGGGCGC;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=32;WE=17317963;WS=17317945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,48:0.41:116
chr19	17321301	.	C	CG	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=146;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CCTAACCTTCCGGAAGTGCAT;SOR=0.941;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=17321309;WS=17321291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr19	17321669	rs12463169	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr19	17326567	rs388484	A	T	244.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=199;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CATGATCAGGACATGGGAAAG;SOR=0.086;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=17326575;WS=17326557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr19	17330060	rs414528	T	C	5182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=76;PP=1983;SC=GAGAAGCAGTTGGCAGCTGAG;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=133;WE=17330068;WS=17330050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	17330651	rs3745162	G	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-2.401;SC=TCTGTCTTCCGTCTGTCCCCT;SOR=0.857;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=12;WE=17330659;WS=17330641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr19	17337223	rs2288542	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-0.165;SC=TGCGCGCCCTGGAGGTCGAGG;SOR=0.620;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=17;WE=17337231;WS=17337213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr19	17338033	rs891202	C	T	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=533;ReadPosRankSum=0.766;SC=TGTGATTCTTCATGCCTGGGA;SOR=0.769;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=38;WE=17338041;WS=17338023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,60:0.44:136
chr19	17346441	rs146497684	A	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=-2.082;SC=CGGCGGCCATAGGCGCGGCGT;SOR=0.740;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=7;WE=17346449;WS=17346431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr19	17346854	rs202200760	G	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=-0.192;SC=AGCGAGTGCGGGATGCGGCCG;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=17346862;WS=17346844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr19	17373378	.	C	T	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=23;PP=923;ReadPosRankSum=-1.728;SC=TGCAGCGTCTCCTTCTCAGCT;SOR=0.772;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=65;WE=17373386;WS=17373368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,116:0.54:216
chr19	17392483	rs7246262	C	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	17392894	rs8100241	G	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=14;PP=399;SC=GCGCTGCGGCGCGGACCCTAA;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=17392902;WS=17392884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	17393015	rs1864116	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=162;SC=GACCCCAACGCTCGGTAAGAT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=17393023;WS=17393005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	17393504	rs1864113	G	C	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=84;SC=TGGCCGCCGCGTGGGGCTGCC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=17393512;WS=17393494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	17393530	rs8108174	T	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=187;SC=GGCCTGGAGCTGCTGCTGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=17393538;WS=17393520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	17394124	rs2363956	T	G	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=37;PP=1636;SC=GACATTGGCTTGGAGGCTGAC;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=87;WE=17394132;WS=17394114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	17394504	rs891017	A	C	14302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=185;PP=2965;SC=ACGGACACCAACCCCTGGAGC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=340;TCF=155;TCR=185;TR=339;WE=17394512;WS=17394494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,548:1.00:548
chr19	17395003	rs11086065	A	G	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=67;PP=1862;SC=CAGTTTGAGCAGCCAGATCCT;SOR=1.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=20;TCR=67;TR=87;WE=17395011;WS=17394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	17395055	rs11882562	C	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=26;PP=786;SC=CTAGCTTCACCTATCTGCTGC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=17395063;WS=17395045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	17395182	rs4808614	G	T	289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=7;PP=193;SC=ATCATCAGCTGCTTCTTCTTC;SOR=1.981;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=11;WE=17395200;WS=17395172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	17395192	rs60208686	CT	C	181.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=152;SC=GCTTCTTCTTCTTTTTTTTTA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=17395200;WS=17395172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	17396549	rs751599	T	C	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=32;PP=880;SC=GTGGTTGCGGTGTTGTGTCCC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=17396557;WS=17396539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	17396761	rs891018	T	C	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=183;SC=AACCTGCACATGCATGTATTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=17396769;WS=17396751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	17397481	rs1465581	G	T	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,16:0.73:22
chr19	17397501	rs1465582	T	G	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.68;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr19	17397700	rs10401700	A	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=339;SC=GGGCAACTCCACCTGGAATAG;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=17397708;WS=17397690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	17411507	rs34641950	G	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=393;SC=GACTGTTCCCGAACTCCCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=17411515;WS=17411497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	17412366	rs11086066	G	A	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=27;PP=909;SC=GTGGCCCCACGGCGTTGGGGG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=17412374;WS=17412356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	17412399	rs11086067	G	A	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	17416590	rs3217329	CT	C	1948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=23;PP=1511;SC=CCAACGGCCTCTTTTTTGCAC;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=48;WE=17416598;WS=17416580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	17424932	rs2288463	A	G	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=20;PP=1024;SC=TGTTCCTGGGACTGGGAGGAA;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=17424940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	17430319	rs145884597	AAG	A	2360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=10;PP=1720;SC=TCCGAAAAAAAAGACTCACAG;SOR=1.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=39;WE=17430328;WS=17430309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	17434587	rs12977101	T	G	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	17435884	rs755123	T	C	6907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	17435887	rs56286266	C	T	6915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.22;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	17438642	rs8102944	A	G	7016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=107;PP=2965;SC=AGAAGAGCACAACGTAGCCGA;SOR=1.241;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=52;TCR=107;TR=159;WE=17438650;WS=17438632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	17438918	rs11667523	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=21;PP=1224;SC=TCGGACGGTGTGTCCCGTCCC;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=64;WE=17438926;WS=17438908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	17441488	rs1529482	C	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=1;PP=622;SC=ACCTCTCCCCCTGGGGAGCAC;SOR=5.136;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=17441496;WS=17441485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	17445836	rs187068571	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=2.387;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,41:0.37:110
chr19	17448961	rs1864112	A	C	15407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=179;NR=136;PP=2965;SC=GAATTCTCACAGCACCCCGAG;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=180;TCR=136;TR=315;WE=17448969;WS=17448951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr19	17450016	rs3810206	T	C	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=56;PP=1748;SC=CGCTCAGGGGTGCACGTAGTG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=104;WE=17450024;WS=17450006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	17450445	rs11669718	GG	CA	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=21;PP=527;SC=GGGAACGCGGGGCCCTTTCTC;SOR=2.670;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=23;WE=17450454;WS=17450435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	17476311	rs150210307	C	T	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=3.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,135:0.59:229
chr19	17502698	rs2278235	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=-0.852;SC=AGGCAGAGGAGAGGAGGAGTG;SOR=0.401;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=19;WE=17502706;WS=17502688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr19	17514646	rs113321277	T	TGGG	8903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=52;PP=2924;SC=GCGGTACAGATGGCAAATCAG;SOR=0.724;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=75;WE=17514654;WS=17514636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	17514923	.	A	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=349;ReadPosRankSum=0.709;SC=GTAGCGGGGGAAGGCTATCTC;SOR=0.751;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=23;WE=17514931;WS=17514913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr19	17516400	rs111617488	A	AGCTGAAAG	4459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=29;PP=2746;SC=TCTCCCCTTTAGAGTCTGGCC;SOR=1.090;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=34;WE=17516408;WS=17516390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	17531450	rs2303680	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TCCAGTAAGGGCTGCTTCGGA;SOR=0.876;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=28;WE=17531458;WS=17531440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr19	17531990	rs10679842	C	CT	481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=1.067;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,32:0.84:38
chr19	17533126	rs2303678	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=455;ReadPosRankSum=0.292;SC=TCACTCCCCTACCCCCCACTC;SOR=0.610;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=28;WE=17533134;WS=17533116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr19	17534693	rs2288408	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	17534898	rs13345062	C	T	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=522;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TCTCAGGGAGCCTGGGTCTGC;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=38;WE=17534906;WS=17534888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
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chr19	17535658	rs4808637	A	C,G	5090.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=11;MQRankSum=0.000;NF=36,42;NR=33,27;PP=926,965;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CTAAGTACCCACTCTGCCATT;SOR=0.278;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=69,69;WE=17535666;WS=17535648;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.51,0.49:225
chr19	17535867	rs201974585	CCTCACTGCATCCTGGGGCCACCCCCA	C	930.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.488;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr19	17544039	rs62125232	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=-0.995;SC=ACTGTCCACACCCTAGAACAT;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=8;WE=17544047;WS=17544029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr19	17544165	rs10415889	C	T	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=21;PP=798;SC=AGATCACCTCCGTTTGTAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=17544173;WS=17544155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	17544375	rs55761990	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TCCCCTTCCAGGCAGTGCAGA;SOR=0.093;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=17544383;WS=17544365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr19	17547292	rs4808641	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr19	17556054	rs3810209	A	G	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	17559076	rs4808643	T	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=22;PP=845;SC=GGCAGCAGCGTCCCGGCCGCG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=17559084;WS=17559066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	17571186	.	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=0.949;SC=GCTCCCTGGGGTGGCATGGAA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=17571208;WS=17571176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr19	17571200	rs12984622	A	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=321;SC=CATGGAAGCCAGCATGTGGAA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=17571208;WS=17571176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	17571766	rs890839	A	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=12;PP=287;SC=AAATCTTTAGAAAACCAGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=17571774;WS=17571756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	17597830	rs12979251	G	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=260;SC=CGGGCGGGGAGATGCTGCGCC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=17597838;WS=17597820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	17611261	rs3746318	G	A	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=65;PP=2501;SC=GGGTCCCCACGCCCTGCCTGC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=132;WE=17611269;WS=17611251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	17611490	rs11879407	T	G	6154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=77;PP=2692;ReadPosRankSum=-0.845;SC=ATGGGGATCCTCCACCCATCT;SOR=0.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=69;TCR=78;TR=145;WE=17611498;WS=17611480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr19	17612251	rs11668681	T	C	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=52;PP=1743;SC=CCCACTCCAATCTCTCTCTTC;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=98;WE=17612259;WS=17612241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	17622614	rs11086075	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr19	17628532	.	T	C	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=666;ReadPosRankSum=1.475;SC=CGGGAGAAGATTGTGGCTCCC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=47;WE=17628540;WS=17628522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,71:0.38:189
chr19	17628587	rs6743	A	G	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=1034;ReadPosRankSum=-1.229;SC=TGACCCTCACACTACCTGTCC;SOR=0.694;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=72;WE=17628595;WS=17628577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,131:0.44:295
chr19	17628737	rs8104468	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.672;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr19	17638233	.	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=1.140;SC=GACAGGGTGGGAGTCCAGGTG;SOR=0.707;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=12;WE=17638241;WS=17638223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr19	17643065	rs12984143	T	C	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=547;ReadPosRankSum=-1.251;SC=GCTCCCTCTTTCTGCAGAAGC;SOR=0.706;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=35;WE=17643073;WS=17643055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr19	17643143	rs141997373	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=584;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GGTGGCAGCCGATCTTCTGTG;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=41;WE=17643151;WS=17643133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,56:0.41:138
chr19	17648350	rs8107859	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=514;SC=CTTCAGGGCATAGGTGGGTCT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=17648358;WS=17648340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	17650053	rs74546231	G	A	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1256;ReadPosRankSum=-0.148;SC=ACGACGACGTGACCCTAGGCT;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=183;TCF=85;TCR=98;TR=87;WE=17650061;WS=17650043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,147:0.49:299
chr19	17651370	rs11878663	A	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=413;ReadPosRankSum=0.073;SC=AGAGCCCCTCAGGCACGCGGC;SOR=0.524;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=32;WE=17651378;WS=17651360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr19	17660300	rs11666267	G	A	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=4.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,81:0.53:152
chr19	17666636	rs7259723	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=1.521;SC=ACGCCTACTTCCCCGAGGAGC;SOR=1.981;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=17666644;WS=17666626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr19	17670112	.	C	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,75:0.52:144
chr19	17679597	rs3848645	A	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=472;ReadPosRankSum=-0.301;SC=CCAGTTCAGAACACACTGAAG;SOR=1.605;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=26;WE=17679605;WS=17679587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
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chr19	17728820	.	CCT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr19	17734488	rs10419420	A	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=186;SC=CCAGCCCAGAAGAGGTGGAAG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=17734496;WS=17734478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	17735770	.	G	A	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=0.299;SC=GGCTGGGGACGAGGGGCAGGT;SOR=0.834;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=27;WE=17735778;WS=17735760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,61:0.54:112
chr19	17744075	rs71162163	G	GC	1512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=962;SC=GTCCTTCCCTGCCCCACAGAG;SOR=0.963;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=25;WE=17744083;WS=17744051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	17746947	rs4239634	A	G	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=36;PP=1138;SC=TTCCTCTGGGAGAACTTCCCC;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=62;WE=17746961;WS=17746937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	17753824	.	A	AT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.863;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,17:0.21:81
chr19	17758368	rs4808675	A	G	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=24;PP=646;SC=CCAAGGCGAGAGCCCCGCCCC;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=35;WE=17758376;WS=17758358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	17760232	rs11665838	C	T	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=31;PP=1473;SC=CCCCCAACCCCAGGTTGACCA;SOR=1.006;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=73;WE=17760240;WS=17760222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	17760508	rs73009926	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=460;SC=TGGGTCCCTCAAAAAAAAGAT;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=17760516;WS=17760498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	17760561	rs11665951	C	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=216;SC=GGTGACCTTACTTGGAAACGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=17760569;WS=17760551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	17763392	rs1159365	A	G	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=40;PP=1679;SC=CCAGCCTTGGACTTGGGGTTC;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=94;WE=17763400;WS=17763382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	17766900	rs34752754	C	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=859;ReadPosRankSum=-1.050;SC=TCACGCTGGGCATAGCTGCCC;SOR=0.869;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=56;WE=17766908;WS=17766890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,72:0.49:146
chr19	17768818	rs1157615	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=0.845;SC=CCCTCTCTCCACTCCAGGAGA;SOR=0.385;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=7;WE=17768826;WS=17768808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr19	17769166	rs7258943	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=17;PP=416;SC=CTTACGGTGCCGCTACCGAAG;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=17769174;WS=17769156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	17774267	.	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=282;ReadPosRankSum=0.731;SC=TGGTAGTGGGGAGGGGCCTTG;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=21;WE=17774275;WS=17774257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr19	17777431	rs10424761	A	G	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=23;PP=838;SC=TTCAGCTGATACCCAAGGAAG;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=17777439;WS=17777421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	17777508	rs9305092	C	G	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=21;PP=640;SC=CATCTTGGAACGAATACTGAA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=34;WE=17777516;WS=17777498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	17778832	rs7248783	A	G	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=43;PP=2154;SC=AGGGAAAGACAAGCTTAGAGA;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=123;WE=17778840;WS=17778822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	17783019	rs4808677	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=354;ReadPosRankSum=1.396;SC=AGAGCAAGATGGAAGGTGTAT;SOR=0.474;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=23;WE=17783027;WS=17783009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr19	17830507	.	GGGC	G	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr19	17831041	.	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=0.198;SC=GCGCCCGTGGGTGGAGATGGG;SOR=0.318;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=17831049;WS=17831031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	17835831	rs3761055	T	G	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1332;ReadPosRankSum=-2.068;SC=ACAGAACGGGTCCTTTAGTGT;SOR=0.762;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=193;TCF=101;TCR=92;TR=89;WE=17835839;WS=17835821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,157:0.46:341
chr19	17837425	rs17710707	C	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=457;ReadPosRankSum=0.463;SC=ACGCTGGCCTCTGTGTGCGCC;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=32;WE=17837433;WS=17837415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr19	17837552	.	C	T	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=691;ReadPosRankSum=-1.795;SC=ACTTGAGGTTCCTGCGAGAGC;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=47;WE=17837560;WS=17837542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,81:0.54:151
chr19	17837981	rs7253548	A	G	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1340;ReadPosRankSum=-1.099;SC=CCCCCAGTGCAGCCTGCGGCT;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=204;TCF=94;TCR=110;TR=106;WE=17837989;WS=17837971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,132:0.44:298
chr19	17844325	rs2287860	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=266;ReadPosRankSum=1.216;SC=TAAGCTGTGTTCCCCAGGCCA;SOR=0.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=18;WE=17844333;WS=17844315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr19	17881171	rs12327667	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=298;ReadPosRankSum=-0.618;SC=CTGACATCACGTGGAGTGTTT;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=25;WE=17881179;WS=17881161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr19	17881552	rs3746197	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=-1.032;SC=CTGGGGGAGGCCCCCTGAGTA;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=7;WE=17881560;WS=17881542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr19	17884956	.	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=145;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GACCTCAGGTGATCCGCCCGC;SOR=0.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=12;WE=17884964;WS=17884946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr19	17885270	rs2287859	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=-1.057;SC=AGCGGGAGCCAGAGCCACCTG;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=9;WE=17885278;WS=17885260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr19	17885308	rs2287858	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.189;SC=ACCCCTGCCCGGTCTGGCCCA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=17885316;WS=17885298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr19	17885325	rs2287857	A	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CCCAGGCTAGACCGAGATCCC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=17885344;WS=17885315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	17885336	rs2287856	C	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=7;PP=129;SC=CCGAGATCCCCTCCCCTGCCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=17885344;WS=17885315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	17885880	rs2287855	C	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=547;ReadPosRankSum=0.975;SC=TCCTGGAGCCCGATTCAGGGG;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=46;WE=17885888;WS=17885870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,58:0.40:144
chr19	17886940	rs2287854	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=545;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GGGCCACCGCGGGCAGCCTCA;SOR=0.649;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=38;WE=17886948;WS=17886930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,51:0.53:97
chr19	17887024	rs2287853	T	C	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=36;PP=1379;SC=GCTGGATGCATTCGTGTGTGA;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=17887032;WS=17887014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	17887563	rs13345379	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.973;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=1.044;SC=CCATGTCTCCGCCTGGTGTTC;SOR=0.223;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=12;WE=17887571;WS=17887553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr19	17888787	rs4808690	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=0.816;SC=AGCGGAGGTTGCAGCAAGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=17888795;WS=17888777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	17888847	rs34991275	C	CA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr19	17892193	rs2287852	G	C	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=45;PP=1860;SC=TGGGGGTCGCGTCTGGGGTCC;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=90;WE=17892201;WS=17892183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	17892478	rs2042299	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=9;PP=479;SC=CTATATTCACACTGTCTATCC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=17892486;WS=17892468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	17892591	rs2042298	A	G	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=20;PP=710;SC=CAGCCTTCACAGAGTATGTCC;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=17892599;WS=17892581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	17897325	.	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=262;ReadPosRankSum=1.264;SC=TGAGGCAGGACCCTGGGCTCT;SOR=0.269;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=20;WE=17897333;WS=17897315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr19	17922795	rs36686	G	A	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=54;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.435;SC=CCATCGCAACGCCTGTCCTCC;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=77;TCR=118;TR=90;WE=17922803;WS=17922785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,121:0.44:278
chr19	17932138	rs6523	T	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TCGCCTCCGGTCGCAGGCCTC;SOR=0.392;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=12;WE=17932146;WS=17932128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr19	17932190	rs1047233	T	C	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=225;ReadPosRankSum=-0.461;SC=ACACGCGCACTAGCGCGCGTA;SOR=0.421;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=19;WE=17932198;WS=17932180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr19	17940816	rs3212781	G	C	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=3.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.673;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,111:0.52:214
chr19	17940842	rs3212780	G	A	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,139:0.55:253
chr19	17941602	.	G	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=2.076;SC=AGCCCTGGGAGGTGCCTGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=17941610;WS=17941592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr19	17942281	.	G	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-1.018;SC=GCGTGACCTGGCACCCCAACC;SOR=0.678;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=17942289;WS=17942271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr19	17942412	rs73020668	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=130;ReadPosRankSum=1.593;SC=CCTTCACCGCGACCTCCAAGC;SOR=0.321;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=12;WE=17942420;WS=17942402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr19	17942433	.	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=315;ReadPosRankSum=1.046;SC=AGACCCCTGCCCAGGCCGTGC;SOR=1.501;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=16;WE=17942441;WS=17942423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr19	17948732	rs3212752	T	C	2816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.151;NF=42;NR=43;PP=855;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TGGTCCACATTGCTCTCACCT;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=105;TCR=106;TR=85;WE=17948740;WS=17948722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,154:0.43:360
chr19	17951178	rs3212741	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=135;ReadPosRankSum=0.945;SC=AGGGAATGGGGAGGAGTCAGA;SOR=1.312;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=10;WE=17951186;WS=17951168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr19	17952185	rs3212733	G	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=260;ReadPosRankSum=0.118;SC=GGGAATGGGGGACAGGTCCTT;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=18;WE=17952193;WS=17952175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr19	17952209	rs55802448	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=458;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TGATGGGGCCGTGGCACTGCT;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=32;WE=17952217;WS=17952199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr19	17952609	rs3212730	T	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=0.561;SC=GGGGCCCAGCTGGACCCCGCC;SOR=0.706;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=11;WE=17952617;WS=17952599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr19	17955001	rs3212713	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=3.067;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	17955003	rs3212712	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.20;ReadPosRankSum=2.655;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	17955021	rs3212711	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5434;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CCTCTGGCCCGATCCACTAGG;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=17955029;WS=17955011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	17973862	rs73020697	G	C	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr19	17983561	rs740695	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=-0.630;SC=GGCGCTGGGGCTTTGGGCCGC;SOR=0.395;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=19;WE=17983569;WS=17983551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr19	17985375	.	G	A	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GGGAGATTAGGGAAGCATGTC;SOR=0.624;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=90;TCR=73;TR=85;WE=17985383;WS=17985365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,126:0.49:257
chr19	18047283	rs4808722	T	G	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=687;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CCCGGGCACGTAGGGCAGAGG;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=51;WE=18047291;WS=18047273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,94:0.55:171
chr19	18053340	rs4808105	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=166;ReadPosRankSum=0.785;SC=TTGTTCCTGGTATGTCCCCTG;SOR=1.038;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=10;WE=18053348;WS=18053331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr19	18100814	.	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=194;ReadPosRankSum=0.573;SC=ATCTTCAGAGGGAGGCAGATG;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=15;WE=18100822;WS=18100804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr19	18104155	rs2290640	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATAGACTACAGGGAATCGGC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=13;WE=18104163;WS=18104148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr19	18170265	rs3833286	T	TC	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-1.192;SC=CATCTAGGGTTCCCCCGCAGG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=3;WE=18170273;WS=18170255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr19	18170384	rs3746190	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=214;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ACGTAGCCTCGGGCGAGTCAC;SOR=0.931;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=19;WE=18170392;WS=18170374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr19	18170657	rs12461312	C	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.555;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=464;ReadPosRankSum=1.280;SC=CCCCACCCCCCGGGCAGGGTT;SOR=1.414;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=31;WE=18170665;WS=18170647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr19	18170680	rs17882555	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=603;ReadPosRankSum=1.982;SC=ACCCCTGACCGTCTGGCCCAC;SOR=1.101;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=44;WE=18170688;WS=18170670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr19	18170962	rs1870063	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGGATGGAACGGACCAGGTC;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=13;WE=18170970;WS=18170952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr19	18171886	rs383483	A	G	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=577;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CTTGTCCAGCATGTGCACCCA;SOR=0.750;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=47;WE=18171894;WS=18171876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,78:0.53:148
chr19	18172043	rs67773732	G	GT	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.041;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr19	18172841	rs17878533	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=0.652;SC=CTGCTGCTTCAATAAAGCTGT;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=18172849;WS=18172831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr19	18182266	rs2045386	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr19	18194269	.	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=254;ReadPosRankSum=-0.991;SC=TATGGCGGGTCCTGAAAACAG;SOR=0.635;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=21;WE=18194277;WS=18194259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr19	18232778	rs273483	A	G	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=37;PP=1043;SC=ACCACGGGCAAGGGTTGGGCA;SOR=1.578;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=18232786;WS=18232768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	18233279	rs273486	C	G	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=110;SC=GGCAGCTGGACTCACGGGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=18233291;WS=18233269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	18233283	rs55849352	C	CG	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5102;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GCTGGACTCACGGGGGGGCTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=1;WE=18233291;WS=18233269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr19	18234441	rs740691	C	T	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=30;PP=976;SC=TGATGAATCACGTGTACCGGG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=55;WE=18234449;WS=18234431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	18235352	rs123202	T	G	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=14;PP=943;SC=GGAGACCCAGTGGGTGAGCTG;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=18235360;WS=18235342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	18235424	rs123203	T	C	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=36;PP=1568;SC=AACCAAGCCCTGGGTGACCAG;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=92;WE=18235432;WS=18235414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	18242675	rs273497	C	T	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	18245512	rs2270623	C	T	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	18245807	rs12983325	C	T	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.54;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	18245813	rs273499	T	C	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	18248146	rs541225	T	C	8227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=25.63;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr19	18252829	rs613339	A	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=19;PP=645;SC=ACATCCGGTAAGTGGCCTGGG;SOR=0.933;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=31;WE=18252837;WS=18252819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	18255359	rs8108738	G	A	5245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=48;PP=2556;SC=TCTGGATGCCGGCCGGGGCCG;SOR=0.988;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=124;WE=18255367;WS=18255349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	18256418	rs11305984	TC	T	1709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=1309;SC=GAGTAGGAGTTCCCCCAGGAT;SOR=2.345;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=38;WE=18256426;WS=18256416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	18257750	rs2072490	C	T	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=1328;ReadPosRankSum=0.546;SC=TCAAGGTGGGCCCCGCCCGGA;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=81;WE=18257758;WS=18257740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr19	18257875	rs273279	C	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=440;SC=GGCGGGGCCACGGGGACTGGG;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=18257883;WS=18257865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	18258459	rs1566030	A	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=25;PP=695;SC=ACCCCCCACCACCCCGGCTAC;SOR=2.833;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=30;WE=18258467;WS=18258449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	18272190	rs2241088	A	C	123.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=34;SC=CCGCGTGGCCAGCCGCGCCCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=18272198;WS=18272180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	18273047	rs1011320	T	C	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=811;SC=AAAGCCGGCCTCCACAGTCCT;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=18273055;WS=18273037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	18273410	rs2006885	A	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=438;SC=TCAAGAATGGAGGGCCAGGCA;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=18273418;WS=18273400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	18276856	rs4808755	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=174;SC=AATGACACTCTGATAGAGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=18276864;WS=18276854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	18279638	rs273269	T	C	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=60;PP=1769;SC=AGATGCTGAGTGGCAAGCGGG;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=105;WE=18279646;WS=18279628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	18305578	rs16982263	G	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=347;SC=TTCTTGGTTTGCTTCCCAGGC;SOR=1.329;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=17;WE=18305586;WS=18305568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	18306751	rs62120383	G	A	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=27;PP=1400;SC=AGGGCAGGTAGAGGGACAGGG;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=75;WE=18306759;WS=18306741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	18306990	rs17683509	G	C	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=76;PP=2965;SC=CTTCAGCTCCGGAGCATTGGG;SOR=0.924;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=177;WE=18306998;WS=18306980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	18308508	rs8109807	C	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.70;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	18309365	rs2271882	A	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=375;SC=TCTGCATGGCAAACTCCTACA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=18309373;WS=18309355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	18311111	rs3803919	A	G	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.42;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,136:0.98:139
chr19	18311199	rs1046565	A	G	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=64;PP=2437;SC=TGAAGCCCATAGCGCCCCGGT;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=127;WE=18311207;WS=18311189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	18322095	rs12611244	G	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=31;PP=883;SC=ACCTGTGGCGGGGGGTGGGGC;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=18322103;WS=18322085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	18329240	rs1042050	T	C	4037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=55;PP=2114;SC=GGTAGTGACCTTCCAGCATCA;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=104;WE=18329248;WS=18329230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	18329784	rs2229228	C	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=306;SC=TGTGAGGGGCCGGTTCCCACT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=18;WE=18329792;WS=18329774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	18331357	rs5827400	AC	A	2017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=35;PP=1015;SC=GGCCTGCCCAACCCCCCCGCT;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=37;WE=18331365;WS=18331347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	18331859	.	T	TCCGCCAGGCCCCGCCCCACC	1307	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=55.48;NF=0;NR=2;PP=1307;QD=703.5;SC=CAGCCCGCTTTCCGCCCACCT;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=2;WE=18331867;WS=18331849;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,2:0.33:6
chr19	18337260	rs4808768	G	A	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=4;PP=73;SC=CCGAGCGCCGGCTGCGCGGGA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=18337268;WS=18337250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	18368810	rs999813	G	T	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=840;ReadPosRankSum=0.353;SC=CCGCCTGGGAGGCACCACCGC;SOR=0.533;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=52;WE=18368818;WS=18368800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,83:0.53:157
chr19	18368969	rs999814	G	A	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.762;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=959;ReadPosRankSum=-3.067;SC=AGGATTCTGGGGGCTATAGGA;SOR=0.456;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=59;WE=18368977;WS=18368959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,91:0.58:158
chr19	18368988	rs999815	G	A	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=736;ReadPosRankSum=1.016;SC=GAGTCCTGCCGTCTCCACGGT;SOR=0.503;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=50;WE=18368996;WS=18368978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,68:0.51:133
chr19	18369120	rs2891654	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=458;ReadPosRankSum=-0.761;SC=TCCCCAGTGCGGATGACGGGC;SOR=1.245;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=28;WE=18369128;WS=18369110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr19	18369211	rs3810434	T	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=0.744;SC=GCACATACTGTAAGGGCCTAA;SOR=1.367;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=17;WE=18369219;WS=18369201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr19	18369270	rs3810433	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=0.847;SC=CTACCATGCACGGATCTGTAG;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=13;WE=18369278;WS=18369260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr19	18369356	.	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GAGTGGATTGGGGACAGCTTC;SOR=0.232;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=7;WE=18369364;WS=18369346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr19	18375563	rs12608744	G	A	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=1141;ReadPosRankSum=0.372;SC=GCATGCTCTGGGGCAGGGCTT;SOR=0.524;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=139;TCF=64;TCR=75;TR=67;WE=18375571;WS=18375553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,85:0.47:179
chr19	18375659	rs12608843	C	T	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1024;ReadPosRankSum=0.983;SC=CTTTGGCCAACAGAGTGCGGA;SOR=0.838;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=76;WE=18375667;WS=18375649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,123:0.52:237
chr19	18376407	rs8110972	T	A	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=799;ReadPosRankSum=0.816;SC=TACAGGCACATACACGTGAGG;SOR=0.739;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=56;WE=18376415;WS=18376397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,77:0.52:149
chr19	18376522	rs2277922	T	G	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=949;ReadPosRankSum=0.711;SC=TGTTTCTGGGTGCCAGTCTTG;SOR=0.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=63;WE=18376530;WS=18376512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,99:0.58:171
chr19	18377274	rs3746186	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=262;ReadPosRankSum=0.149;SC=GGTGGTGGTCATCGTGGACGC;SOR=0.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=21;WE=18377282;WS=18377264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr19	18377496	rs8104533	C	G	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1059;ReadPosRankSum=-1.385;SC=GGTCCGGGCACTTACACGTTT;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=77;WE=18377504;WS=18377486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,153:0.49:315
chr19	18377647	rs8103906	G	C	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=441;ReadPosRankSum=-0.049;SC=AGGAAGGCCAGCCCCCGGACT;SOR=0.502;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=26;WE=18377655;WS=18377637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr19	18378219	rs1469023	A	G	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=606;ReadPosRankSum=-1.359;SC=CATTTTGTCCAGGAGACTGGG;SOR=0.889;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=42;WE=18378227;WS=18378209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr19	18391142	.	A	AG	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5001;HP=11;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=24;QD=22.5;SC=ACACTCGGGGAGGGGGGGTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=18391150;WS=18391132;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chr19	18391171	rs7249	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=0.967;SC=GCACCCTCTCCAAGTCCGGGG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=18391179;WS=18391161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	18392873	rs7247222	C	A	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=8;PP=391;SC=TCCCGCATGGCTAAATAACTC;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=18392881;WS=18392863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	18392894	rs7247237	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.900;NF=8;NR=5;PP=185;ReadPosRankSum=3.049;SC=CTTGGCGCCTCCTGCTCTGCT;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=13;WE=18392902;WS=18392884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr19	18392913	rs7247767	A	G	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.429;NF=10;NR=7;PP=202;ReadPosRankSum=0.013;SC=CTGTGCCGCCAGGGCCTCCCC;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=17;WE=18392921;WS=18392903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr19	18393032	rs41374745	C	CTCCT	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.69;MQRankSum=1.748;QD=26.38;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr19	18420704	rs2227270	C	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=-0.174;SC=ATTAACTTACCACCGGGCCGT;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=22;WE=18420712;WS=18420694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr19	18423402	rs2232968	T	C	2592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.478;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=891;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CGTTGGTGGGTGCAGCACCCA;SOR=0.464;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=77;WE=18423410;WS=18423392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,128:0.66:193
chr19	18426950	rs2232965	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=1.453;SC=GTCCCACCCATGACTCATAGA;SOR=0.846;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=9;WE=18426958;WS=18426940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr19	18451346	.	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=0.574;SC=GTCTCGGGCCCGGGGGCGCGC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=18451354;WS=18451336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	18451381	rs7251555	A	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr19	18453629	rs66732430	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=1.801;SC=ACTGGGAAGGGCCACTCTTGG;SOR=0.297;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=20;WE=18453637;WS=18453619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr19	18466840	rs34068189	C	T	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=50;PP=1432;SC=TGCCAAGGGGCGGCACTTCCT;SOR=1.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=18466848;WS=18466830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	18497024	rs1059519	G	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=188;ReadPosRankSum=0.915;SC=ACTCAGGACGGTGAATGGCTC;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=14;WE=18497032;WS=18497014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
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chr19	18499780	rs1227733	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=3.281;SC=ACCTGCGCGGAGGACGCGACC;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=17;WE=18499788;WS=18499770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr19	18499842	.	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=0.588;SC=ACACCCGATTCCTGCCCAAAC;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=6;WE=18499850;WS=18499832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr19	18502728	rs6512264	C	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=2.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=1.056;SC=GCCATGGAGGCGTTAGGACGC;SOR=1.445;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=18502736;WS=18502718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr19	18502835	rs6512265	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=312;ReadPosRankSum=-2.175;SC=TCATCCATTGGGGCCTGGCCC;SOR=1.262;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=20;WE=18502843;WS=18502825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr19	18503019	rs7254789	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr19	18507176	.	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=461;ReadPosRankSum=-1.305;SC=TTGTTCAGCTCCCGGCTTCTG;SOR=0.409;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=31;WE=18507184;WS=18507166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr19	18541579	rs11395316	G	GA	1692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=7;PP=945;SC=CTGCAGAGAGGGGGGGCACAC;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=28;WE=18541587;WS=18541569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	18544498	rs2544723	A	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=42.82;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	18544501	rs62122438	C	T	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=45.42;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	18544505	rs2544724	G	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=43.54;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	18544677	rs78783575	G	GC	2191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=23;PP=1261;SC=GGCCGGAGGGGCTGGCGGGCA;SOR=1.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=18544685;WS=18544667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	18544769	.	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.693;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.789;NF=5;NR=9;PP=200;ReadPosRankSum=1.199;SC=GGCATCCTTTCCCTCTCCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=14;WE=18544777;WS=18544759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr19	18583696	.	TA	T	86.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=-0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.502;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.531;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr19	18643063	.	G	A	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=691;ReadPosRankSum=0.003;SC=TCCATGGGATGGACTGTGGAT;SOR=0.591;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=47;WE=18643071;WS=18643053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr19	18650278	rs7247733	T	C	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=15;PP=1583;SC=GCCTGGGGTGTGTGGGGATAG;SOR=1.526;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=71;WE=18650286;WS=18650268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	18650692	rs11086113	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=0.570;SC=ACTCTGCCACCAGAGTGGGGA;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=14;WE=18650700;WS=18650682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr19	18675612	rs62137086	T	G	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=28;PP=832;ReadPosRankSum=2.102;SC=ATGAACAGTCTTCTGGGCCAG;SOR=0.419;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=134;TCF=88;TCR=46;TR=69;WE=18675620;WS=18675602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,73:0.46:160
chr19	18675854	rs10692700	G	GGGC	2042.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.206;NF=2;NR=27;PP=1324;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TGCCACCCCAGCCCAGCTGAC;SOR=0.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=5;TCR=75;TR=29;WE=18675862;WS=18675844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,55:0.41:133
chr19	18679075	rs5827417	CA	C	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.349;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr19	18679155	rs1468475	C	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.904;NF=37;NR=16;PP=796;ReadPosRankSum=-0.425;SC=ACAATAAGTCCTACATCACAG;SOR=0.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=53;WE=18679163;WS=18679145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,71:0.56:127
chr19	18679379	rs7648	C	G	3066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1237;ReadPosRankSum=0.583;SC=CCATGTCCAGCCTGGCTCCCC;SOR=0.531;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=152;TCF=56;TCR=96;TR=76;WE=18679387;WS=18679369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,147:0.52:281
chr19	18684563	rs2302055	C	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=2.087;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,61:0.44:138
chr19	18685964	rs6554	G	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=603;ReadPosRankSum=-1.981;SC=CAAATAAGGTGGTTCTTTCCT;SOR=1.287;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=33;WE=18685972;WS=18685954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr19	18699990	rs2074174	T	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=655;ReadPosRankSum=1.011;SC=GGTCCTTGTGTGGCTGCAGAG;SOR=0.704;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=55;WE=18699998;WS=18699980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr19	18700047	rs2074175	A	G	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=38;PP=1312;ReadPosRankSum=0.097;SC=ACCTTCACGAAAAAGGCCCCA;SOR=0.573;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=161;TCF=92;TCR=69;TR=84;WE=18700055;WS=18700037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,120:0.50:242
chr19	18703077	rs3170474	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=98;ReadPosRankSum=-0.746;SC=TGGCTGGGGTTGCGCCCCACT;SOR=1.721;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=11;WE=18703085;WS=18703067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr19	18704528	rs7256319	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=-0.655;SC=TGCCCCTCTCCGGGCCTTGGC;SOR=0.793;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=8;WE=18704536;WS=18704518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr19	18707664	.	G	A	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr19	18707878	rs7247346	A	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=0.173;SC=CAGAGGAGGGACCCTCTCAGC;SOR=0.090;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=19;WE=18707886;WS=18707868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr19	18710535	rs2238647	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr19	18717389	rs34503316	GAGC	G	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=117;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CGAGGACGCAGAGCAGCAGCA;SOR=1.229;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=18717399;WS=18717379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	18726856	rs709679	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=271;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GCAATGACCTTGTCAACTCAG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=30;WE=18726864;WS=18726846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,45:0.39:115
chr19	18728392	.	C	T	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1228;ReadPosRankSum=1.823;SC=GGTTCATCTCCTAGGGTCATC;SOR=0.796;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=187;TCF=95;TCR=92;TR=83;WE=18728400;WS=18728382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,108:0.43:249
chr19	18794473	.	TGGA	T	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.686;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,14:0.12:113
chr19	18876269	rs61752711	G	A	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=3.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,129:0.53:245
chr19	18888150	rs78830644	C	T	21036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=200;NR=259;PP=2965;SC=TGGTTCTGGCCGACCCAGCCA;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=460;TCF=201;TCR=259;TR=459;WE=18888158;WS=18888140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,807:1.00:807
chr19	18895218	rs12327738	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=422;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GTGGGCCACCGGAGCCCCCCT;SOR=0.922;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=27;WE=18895226;WS=18895208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr19	18895617	.	T	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=19.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=2.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr19	18896757	.	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.208;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=536;ReadPosRankSum=1.117;SC=CCCACCGCAGGCCCCGCCCCC;SOR=1.078;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=36;WE=18896765;WS=18896747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr19	18897526	rs5827423	A	AG	1305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=910;SC=CATTAGGATGAGCCAGCCTGA;SOR=1.547;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=18897534;WS=18897516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	18900607	.	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr19	18942888	rs4808161	C	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=3;PP=765;SC=CGCCGGGGCGCGCGGTTTGGT;SOR=2.964;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=18942896;WS=18942878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	18956699	rs59045002	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=-1.162;SC=ATGAGGCCAGGGTGTCACACC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=6;WE=18956707;WS=18956689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr19	18971322	rs757115	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.936;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=0.406;SC=ATTCTACTTATTTTTAACATG;SOR=0.019;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=16;WE=18971330;WS=18971312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr19	18974200	rs2238658	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=125;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GTCCTGTGAGACGGGCAGCTC;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=12;WE=18974208;WS=18974190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr19	18979324	rs11673194	A	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=276;SC=CCTCCCCACCACCCAGGCAAG;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=18979332;WS=18979314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	18980172	rs4808863	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.740;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr19	18980213	rs4808864	A	G	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	18990207	.	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=0.095;SC=CCTGCGGTGGGAGGAGTCAGG;SOR=0.862;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=34;WE=18990215;WS=18990197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr19	18993503	rs62138063	C	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=3;PP=100;SC=TATTTATGTACGTGTTTGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=18993511;WS=18993493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	19006648	rs113536478	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	19006666	rs3746263	G	C	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	19014248	rs55988241	C	T	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=21;PP=723;SC=GGGAGGGTCCCGCATCATTGC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=19014256;WS=19014238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	19016785	rs73003085	G	A	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=58;PP=1697;SC=CTAGAGGAGGGCCACGCACCC;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=19016793;WS=19016775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	19017862	rs10330	G	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=10;PP=571;SC=CAGGAAGGTGGTGTTGGTCAC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=19017870;WS=19017852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	19019800	rs73003090	G	A	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=26;PP=1120;SC=GAGCAAGACCGTATCTCAAGA;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=19019808;WS=19019790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	19021970	rs1468461	T	C	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=49;PP=1644;SC=AGACAGGAAGTCCCTGCCCCA;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=19021978;WS=19021960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	19030689	rs2231993	C	G	4663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=60;PP=2065;SC=AGGGCCTTCCCCAAGAGGCCT;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=117;WE=19030697;WS=19030679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	19032637	rs2231997	T	C	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=66;PP=2292;SC=CTGCCTCTCATGCTCTGTCCC;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=140;WE=19032645;WS=19032627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	19033089	rs2158004	G	A	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=555;SC=GCCAAGACCCGGGGCCATGGA;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=19033097;WS=19033079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	19033387	rs2106660	G	A	5389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.94;NF=64;NR=66;PP=2324;SC=ACACTGAGGCGTGGCGGTCTA;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=130;WE=19033395;WS=19033377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	19035159	rs5827425	CT	C	1927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=28;PP=1223;SC=CCTGGGATACCTTCCCCGCCT;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=19035167;WS=19035149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	19035370	rs1476505	G	C	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=40;PP=1947;SC=ACCCTGTCCCGAGGCCTCACA;SOR=1.017;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=19035378;WS=19035360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	19037053	rs2301661	T	C	7581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr19	19037294	rs2301662	G	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=28;PP=696;SC=GCCTGCTCCCGTGAGCAGATT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=19037302;WS=19037275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	19039908	rs62138076	G	A	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=11;PP=929;SC=ATCTGCAAGCGGCTTATAACT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=19039916;WS=19039898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	19040312	rs1059240	G	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=30;PP=1148;SC=GCTCAAACAGGCTGACGTCCA;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=53;WE=19040320;WS=19040302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	19049198	rs1064351	G	A	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=44;PP=1643;SC=AGCCCAGGCCGTAGACTGTGT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=91;WE=19049206;WS=19049188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	19105773	rs3180770	G	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=508;ReadPosRankSum=-0.867;SC=ACAGAAAGGAGCCCTGTAAAC;SOR=0.634;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=43;WE=19105781;WS=19105763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,66:0.42:157
chr19	19121162	rs143683059	A	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=597;ReadPosRankSum=-3.526;SC=CTAGATAACAAAACAAGCATA;SOR=0.839;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=42;WE=19121170;WS=19121152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,70:0.46:151
chr19	19130056	rs116962777	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=-1.587;SC=ACACAGAACAGCTTCTCTGAG;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=19130064;WS=19130046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr19	19135319	rs6511010	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=199;ReadPosRankSum=-2.039;SC=TAAAATCCTGATATGTTTCCA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=13;WE=19135327;WS=19135309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr19	19136541	rs4808907	C	T	2821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1274;ReadPosRankSum=0.498;SC=ACTTGACTGCCGCCCCTAAGC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=89;WE=19136549;WS=19136531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,140:0.52:270
chr19	19145193	rs2269806	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=155;ReadPosRankSum=0.690;SC=AGATAGAGAAGGTGCGGATAA;SOR=1.371;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=10;WE=19145201;WS=19145183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr19	19150183	rs12979565	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.354;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=259;ReadPosRankSum=1.054;SC=AGACTTGAAACAGTCCTCCCA;SOR=0.260;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=21;WE=19150191;WS=19150173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr19	19151692	rs8104799	T	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=589;ReadPosRankSum=1.748;SC=CTACCAGGCATCCCTTAGGGT;SOR=0.847;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=43;WE=19151700;WS=19151682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,69:0.49:141
chr19	19153801	rs3214143	G	GC	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=-1.134;SC=GAAACCAGGTGCCATTGGGCC;SOR=0.665;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=19153809;WS=19153791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr19	19168183	rs7258637	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=0.425;SC=GGACCCCACCCCAAAGCCCCA;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=19168191;WS=19168173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr19	19215612	rs56247515	T	TA	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.193;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.004;NF=1;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=-1.288;SC=GGGACAAGATTGGGGGGAAAA;SOR=0.180;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=6;WE=19215620;WS=19215602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr19	19230816	rs45467802	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.272;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=-2.170;SC=GTCCACCAGATGAGGTAGGCC;SOR=1.856;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=10;WE=19230824;WS=19230806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr19	19230868	rs756791	A	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=141;ReadPosRankSum=-0.978;SC=GGCCACCCAGAGCCCCGGCAA;SOR=0.744;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=11;WE=19230876;WS=19230858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr19	19243843	rs10414676	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=294;ReadPosRankSum=-1.261;SC=GGGCCGGTCCTGTGTCCCTGA;SOR=1.358;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=17;WE=19243851;WS=19243833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr19	19245771	rs3746259	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr19	19256870	rs2238663	G	A	192.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=74;SC=TGAGCTCAGCGAGGAAGGGAA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=19256878;WS=19256860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	19267802	rs7256766	A	G	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=113;SC=CTACAAAAAAAGTAAAAATTA;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=19267810;WS=19267794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	19267990	rs7257072	C	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=10;PP=301;SC=CTTGGATAATCCTCTGGCATC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=19267998;WS=19267980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	19304931	.	C	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=571;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GCCAGTGTTTCCTCTCCACAG;SOR=0.963;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=35;WE=19304939;WS=19304921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr19	19348947	rs12981871	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=237;SC=GAGGGGTGATTTCGCCCCGCA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=19348955;WS=19348937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	19349218	.	A	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=507;ReadPosRankSum=1.454;SC=AGCTTCATTAATAGTAGGGGC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=36;WE=19349226;WS=19349208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr19	19360889	.	A	G	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,66:0.49:135
chr19	19379017	.	CT	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.380;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.782;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr19	19414330	rs147525144	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=1.027;SC=GCAGCTTCTATCGTGCAAAAA;SOR=0.715;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=14;WE=19414338;WS=19414320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr19	19431423	rs3934667	T	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.499;HP=12;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=480;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CGACTGGGTTTTTTTTTTTTT;SOR=0.127;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=47;WE=19431432;WS=19431410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr19	19431963	rs12460764	G	T	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=52;PP=1730;SC=GGGCCGGGCCGCGAGGGAGGA;SOR=0.962;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=88;WE=19431971;WS=19431953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	19446936	rs769267	G	A	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=16;PP=1010;SC=ACTAGATCCCGCAGTTCGAAG;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=19446944;WS=19446926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	19447933	rs34414052	G	GT,GTT	1747.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.691;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-1.211;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,75,27:0.64,0.23:118
chr19	19449603	rs2074089	G	A	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	19449686	rs2074090	G	T	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=35;PP=1111;SC=ACCTGGTGTCGGCCTGTGACC;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=64;WE=19449694;WS=19449676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	19451591	rs2965190	A	G	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=16;PP=728;SC=CCTTGGGGTAATCACAGTCAT;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=19451599;WS=19451581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	19453521	rs2965191	T	G	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.00;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	19453521	.	TGGGGGCG	GGGGGGCA,GGGGGGCG	827	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=27,58;NR=20,50;PP=631,827;QD=14.5631462737;SC=GGGCCAGGGCTGGGGGCGGGG;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=47,108;WE=19453536;WS=19453511;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.42:112
chr19	19453528	rs191654042	G	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.711;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
chr19	19453560	rs2301669	C	A	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=63;PP=2134;SC=CCCTGGTAACCCCTGCTGTCT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=118;WE=19453568;WS=19453550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	19453742	rs2965192	A	G	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=626;SC=GCCAGACGCTAGCTGTACCAG;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=32;WE=19453750;WS=19453732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	19454828	rs2965193	G	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=23;PP=644;SC=GACTGAATTCGCCAAGTGCAT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=19454836;WS=19454818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	19547086	rs2916077	T	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=31;PP=704;SC=CAGCAGGCTTTGGTCAGCTTC;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=19547094;WS=19547076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	19609201	.	T	G	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=16;PP=989;ReadPosRankSum=-1.652;SC=TGGGGAGCCTTCCTCTGGGCA;SOR=0.786;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=60;WE=19609209;WS=19609191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,78:0.58:134
chr19	19637930	rs7251447	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.062;NF=12;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CTCTGCCCACAGCCCTTGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=14;WE=19637938;WS=19637920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr19	19648234	rs201051947	C	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=368;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CCGGGCGCCACCACTTCGTGG;SOR=0.542;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=23;WE=19648242;WS=19648224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr19	19735202	.	G	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.349;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=688;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AGAAGGCGGCGGAAGGTGCGG;SOR=0.848;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=43;WE=19735210;WS=19735192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr19	19735257	rs1266503	G	T	5113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=57;PP=2089;SC=CATTGACCAGGGAGTTGGCCT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=112;WE=19735265;WS=19735247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	19746214	rs2304129	C	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr19	19754149	rs4808975	G	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=14;PP=606;SC=GAAGGGCTGGGGTCCTGAACC;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=19754157;WS=19754139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	19756662	rs10405234	T	C	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=55;PP=2263;SC=AGTGAATGTTTGGGCAGGGCC;SOR=4.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=117;WE=19756670;WS=19756652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	19756787	rs144612212	G	C	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=713;ReadPosRankSum=1.269;SC=TCCACGAACTGCTCCTGCCTG;SOR=0.553;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=53;WE=19756795;WS=19756777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,81:0.53:153
chr19	19758190	rs892035	T	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=2.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	19765568	rs2288867	C	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=24;PP=713;SC=AAGCTGCATCCCCACCAGCAG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=38;WE=19765576;WS=19765558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr19	19773923	rs884480	G	A	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=353;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GTGGGGTCATGATTAAGCCTG;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=30;WE=19773931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,62:0.52:120
chr19	19779706	rs12976582	T	C	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=493;ReadPosRankSum=-2.312;SC=ACGGCTGATTTTGTCGTGTGG;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=35;WE=19779714;WS=19779696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,61:0.60:101
chr19	19788845	rs16996227	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=633;ReadPosRankSum=1.669;SC=GACAAGTGTGTTTTGGTCACC;SOR=0.843;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=40;WE=19788853;WS=19788835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr19	19789424	rs71172513	CA	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr19	19790159	rs4808209	A	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=378;ReadPosRankSum=-0.502;SC=GGACAGGCACATGAGAGCTCA;SOR=0.805;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=30;WE=19790167;WS=19790149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr19	19822049	rs7246866	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=264;SC=CTGGAACAATTAAGGGCTTTA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=19822057;WS=19822039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	19823270	rs12973901	T	A	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=1035;ReadPosRankSum=0.850;SC=TTTTCTCCAGTGTGAGTTCTT;SOR=0.672;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=69;WE=19823278;WS=19823260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,93:0.43:217
chr19	19824850	rs11085270	T	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.787;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,40:0.37:108
chr19	19843551	rs247774	A	G	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=819;ReadPosRankSum=0.393;SC=GGGCTCCAGGACCGGGGGCCG;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=51;WE=19843559;WS=19843541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr19	19868879	rs247782	A	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=353;ReadPosRankSum=0.844;SC=AGACTTTTCCATGAATCTTCC;SOR=0.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=23;WE=19868887;WS=19868869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr19	20116963	rs17679334	C	T	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=30;PP=1870;SC=TAGCGTTTGACGGCAGTATGA;SOR=1.490;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=93;WE=20116971;WS=20116953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	20133846	rs7255165	C	T	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=48;PP=1511;SC=TGTCTCTTCACATTCCAGGGC;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=83;WE=20133854;WS=20133836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	20150075	rs2286920	A	G	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=15;PP=857;SC=GGGAGGCCCCAGTCCCGTCAC;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=20150083;WS=20150065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	20150125	rs2286921	T	C	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=32;PP=1482;SC=TGCCCCCACCTCGGGATGCGC;SOR=0.917;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=78;WE=20150133;WS=20150115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	20150175	rs2286922	G	C	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=48;PP=1823;SC=CCGGGATGTCGTGGAGTCTTA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=93;WE=20150183;WS=20150165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	20150247	rs2286923	A	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=41;PP=1314;SC=GTCACCGGGAACTACTAGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=20150255;WS=20150237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	20150380	rs2335896	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=248;SC=GTTCCCACTCTAGCGCCCATG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=20150388;WS=20150370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	20295366	rs143931313	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=539;ReadPosRankSum=-0.902;SC=AATGATTTTAGTAATTTATCC;SOR=1.275;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=33;WE=20295374;WS=20295356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr19	20727463	rs10411329	T	C	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=719;ReadPosRankSum=-0.745;SC=TTAAAGCCTTTGCCACATTCT;SOR=0.887;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=63;WE=20727471;WS=20727453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,144:0.51:281
chr19	20727932	rs33926	G	A	3216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.787;NF=44;NR=55;PP=1394;ReadPosRankSum=1.733;SC=GAATTATCTTGTGTGTAGTAA;SOR=0.799;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=212;TCF=99;TCR=113;TR=99;WE=20727940;WS=20727922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,162:0.49:334
chr19	20735138	rs58829785	GA	G	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr19	20735196	rs7250860	A	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=806;ReadPosRankSum=0.058;SC=AGCTTCCCAAATCACACTTTA;SOR=0.557;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=65;WE=20735204;WS=20735186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,74:0.54:138
chr19	20735272	rs7251976	T	C	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=969;ReadPosRankSum=1.666;SC=CATTTTCACTTGCACCTACCT;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=172;TCF=83;TCR=89;TR=81;WE=20735280;WS=20735262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,121:0.49:249
chr19	20736677	rs2562632	A	G	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=53;PP=1372;ReadPosRankSum=-1.096;SC=TTTACCAAGTAGCCAAGGGTG;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=78;TCR=107;TR=93;WE=20736685;WS=20736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,130:0.43:303
chr19	20748522	rs12979592	C	A	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=58;PP=1216;ReadPosRankSum=-1.188;SC=GCCACAGAGGCTGGGCCTCTA;SOR=0.799;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=190;TCF=72;TCR=118;TR=92;WE=20748530;WS=20748512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,134:0.49:272
chr19	20806770	rs34554673	T	TCA	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=950;SC=ATATCAATTCTTAGTTAGAAA;SOR=1.112;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=20;WE=20806778;WS=20806762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	20806824	rs10409289	T	C	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=11;PP=681;SC=CACATTCACATGGTTTCTCTC;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=20806832;WS=20806814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	20808149	rs1991528	A	G	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=64;PP=2135;SC=AAGCTTTGCCACATTCTATAT;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=101;WE=20808157;WS=20808139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	20808515	rs1968385	T	A	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=32;PP=935;SC=AATATAAATATATATATGCAG;SOR=1.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=20808523;WS=20808505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	20828106	rs34588720	C	CAA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr19	20828410	rs34679916	A	AAAG	4056.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=2443;ReadPosRankSum=-0.813;SC=CCCAAATCACACTTTAAGGAC;SOR=0.550;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=50;WE=20828418;WS=20828400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,103:0.50:206
chr19	20844340	rs3217340	G	GAAGT	8099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=72;PP=2388;SC=GCCTTTAGGAGAAGAACCAGA;SOR=1.009;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=13;TCR=80;TR=83;WE=20844348;WS=20844330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	20975455	rs62125618	C	G	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.200;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=53;PP=1090;ReadPosRankSum=-0.616;SC=GTGAGAAAAACTTTAATACAT;SOR=1.107;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=121;TCF=36;TCR=85;TR=71;WE=20975463;WS=20975445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,110:0.56:198
chr19	20976742	rs1808542	A	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=706;ReadPosRankSum=1.000;SC=CAAGGTCAAAAAGAAAGCCAG;SOR=0.531;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=101;TCF=31;TCR=70;TR=49;WE=20976750;WS=20976732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
chr19	21120258	rs61385453	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=2.221;SC=AGGCTGCTGGGTCTGCACTAG;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=9;WE=21120266;WS=21120248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr19	21125524	rs11672995	A	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=0.267;SC=AGTTGCATTCAGTTTTGGTCA;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=21;WE=21125532;WS=21125514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr19	21203552	rs2081054	C	T	7499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=104;NR=85;PP=2965;SC=CCCTGTGACCCGCAGGTATTG;SOR=0.858;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=189;WE=21203560;WS=21203542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr19	21216536	rs3760839	G	A	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=38;PP=1025;SC=TTCCATATAGGAAAGAATTTT;SOR=4.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=21216544;WS=21216526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	21217211	rs1470020	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=337;SC=CAAGTTTGCTATCAGAACCAA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=21217219;WS=21217201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	21281765	rs34494287	T	TA	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=5.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-1.454;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr19	21299774	rs36125838	T	TATA	8194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=81;PP=2924;SC=CAAAAAAGGTTATGAACTAAA;SOR=0.998;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=20;TCR=86;TR=100;WE=21299782;WS=21299764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	21299819	.	C	T	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=990;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CAAAATATTTCCATGTGATAA;SOR=0.594;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=59;WE=21299827;WS=21299809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,71:0.56:126
chr19	21300142	rs112722125	A	C	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=640;ReadPosRankSum=0.583;SC=TTCATACTGGAGAGAAACCCT;SOR=0.669;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=62;WE=21300150;WS=21300132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,88:0.38:231
chr19	21300462	rs2884554	A	G	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.035;NF=54;NR=36;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.350;SC=ACAAAACATAAAAGAATTCAT;SOR=0.811;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=161;TCF=93;TCR=68;TR=90;WE=21300470;WS=21300452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,129:0.49:261
chr19	21300964	rs111456417	T	C	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.666;NF=12;NR=23;PP=493;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TTACTAAACATAGGAAAATTC;SOR=0.594;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=35;WE=21300972;WS=21300954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,66:0.42:158
chr19	21301860	.	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=-1.156;SC=CCAGATAGTTCATACTTAATA;SOR=0.534;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=6;WE=21301868;WS=21301850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr19	21326358	rs17445374	A	G	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=548;ReadPosRankSum=0.999;SC=CCATAGGACGACTTGAAATAT;SOR=0.785;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=42;WE=21326366;WS=21326348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,68:0.54:125
chr19	21349311	rs7256576	C	T	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=74;PP=2141;SC=CTAAATGTTTCATGTCTCTTT;SOR=1.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=29;TCR=74;TR=103;WE=21349319;WS=21349301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	21350520	rs113788883	TA	T	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=1.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,50:0.18:283
chr19	21477379	rs504280	C	T	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=512;ReadPosRankSum=-1.313;SC=TGTCACACACCGGTTAAGTCC;SOR=0.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=32;WE=21477387;WS=21477369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,80:0.49:163
chr19	21477403	rs1781872	T	G	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=618;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GTGACCTCCTTTGTGCAACTT;SOR=0.579;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=46;WE=21477411;WS=21477393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,78:0.53:146
chr19	21491951	rs685844	T	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=18;PP=1292;ReadPosRankSum=0.797;SC=CTAGAAACTTTGGAACACAGA;SOR=1.176;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=138;TCF=101;TCR=37;TR=77;WE=21491959;WS=21491941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,81:0.52:156
chr19	21492062	rs547516	G	A	11758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=142;PP=2965;SC=GGGTTTGGCTGCCATCTCGTG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=133;TCR=144;TR=275;WE=21492070;WS=21492052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr19	21493255	rs11665988	A	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.782;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr19	21493258	rs669560	T	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr19	21493278	.	T	TA	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.415;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
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chr19	21558311	rs2914645	C	T	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=261;SC=ATTATCCATGCAGAAAAAAAT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=21558319;WS=21558301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	21560141	rs1875256	G	A	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=208;SC=ACTGCCTTCAGTTCCTCTCTT;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=21560149;WS=21560135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	21560314	rs112058265	G	GCA,GCACA	2117.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.025;NF=0,0;NR=32,32;PP=903,368;ReadPosRankSum=0.416;SC=ACACAGACGTGCACACACACA;SOR=0.649;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=32,32;WE=21560322;WS=21560304;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.61,0.32:76
chr19	21561508	rs145776873	TCTC	T	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=208;ReadPosRankSum=1.047;SC=TTCAAGCAGTTCTCCTACCTC;SOR=0.569;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=21561518;WS=21561498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr19	21580012	rs62110379	T	G	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1310;ReadPosRankSum=0.616;SC=CTTCGTGACCTGAAGATACTG;SOR=0.793;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=188;TCF=108;TCR=80;TR=91;WE=21580020;WS=21580002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,151:0.52:292
chr19	21588165	rs2650847	G	A	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=680;ReadPosRankSum=0.012;SC=TGAGTTTCTGGTGCCTGTTTT;SOR=0.417;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=43;WE=21588173;WS=21588155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr19	21588709	rs3080710	TA	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	21605645	rs11666213	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	21606719	rs10414834	C	G	2825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.098;NF=51;NR=37;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GTCTTCACACCTTACTACACA;SOR=0.883;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=187;TCF=100;TCR=87;TR=88;WE=21606727;WS=21606709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,147:0.51:291
chr19	21607878	rs34723025	ATAAT	A	4653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.823;NF=8;NR=33;PP=1799;ReadPosRankSum=-0.807;SC=TACACATAAGATAATTAATGC;SOR=0.754;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=41;WE=21607889;WS=21607868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,118:0.60:196
chr19	21688602	rs10420016	C	G	4028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=55;PP=1791;ReadPosRankSum=1.395;SC=CTGACATCCCCAGAGAGGGGG;SOR=0.736;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=206;TCF=110;TCR=96;TR=121;WE=21688610;WS=21688592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,200:0.55:364
chr19	21712415	rs35176838	T	TTC	3017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.499;NF=31;NR=19;PP=1889;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GTCAATATATTTCTCTCTCTT;SOR=0.911;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=50;WE=21712423;WS=21712405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,97:0.50:195
chr19	21720803	rs2562473	C	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=476;ReadPosRankSum=-1.487;SC=TGTGGTGGCTCATGCCTGTAA;SOR=0.466;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=33;WE=21720811;WS=21720793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr19	21736788	rs2562502	T	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=14;PP=541;SC=TTGGTTTTTTTACATACTCCC;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=28;WE=21736796;WS=21736778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	21736838	rs2681370	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=129;ReadPosRankSum=0.985;SC=TTTGTTATTTTTTCTCTAATG;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=21736846;WS=21736828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	21838002	rs7351091	G	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-2.661;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr19	21838113	rs34320073	A	AGAT	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=2.129;SC=TACACAAAGAAGATAACAAAC;SOR=0.631;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=7;WE=21838121;WS=21838103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr19	21838146	rs7351088	CA	TG	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=636;ReadPosRankSum=0.175;SC=TGATAACTACCAAGAGCAATA;SOR=1.314;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=16;WE=21838155;WS=21838136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr19	21838240	rs6511279	C	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.156;NF=20;NR=9;PP=429;ReadPosRankSum=-2.765;SC=TAGAAAGAAACCTTTCAAATG;SOR=1.026;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=29;WE=21838248;WS=21838230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr19	21838351	rs7508059	A	G	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.272;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.866;NF=25;NR=32;PP=863;ReadPosRankSum=0.653;SC=TTGTGGCAAAACCTTCAACTG;SOR=0.834;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=57;WE=21838359;WS=21838341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,84:0.47:180
chr19	21838492	rs6511280	C	G	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.814;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.327;NF=31;NR=19;PP=973;ReadPosRankSum=-1.109;SC=TGGAGAGAAACCGTACAGATG;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=50;WE=21838500;WS=21838482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,65:0.42:155
chr19	21838565	rs6511281	T	C	5002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=1.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.023;QD=18.53;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,131:0.49:270
chr19	21838572	.	G	A	5145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-0.996;QD=18.31;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,140:0.50:281
chr19	21838657	rs7508494	G	A	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=52;PP=1402;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TGCTGGAGAGGAGCCCTACAA;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=186;TCF=84;TCR=102;TR=97;WE=21838665;WS=21838647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,151:0.50:305
chr19	21838785	rs10422946	C	T	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=1008;ReadPosRankSum=-1.389;SC=TTAACCACTCCTCAACTCCTA;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=66;WE=21838793;WS=21838775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,103:0.59:175
chr19	21838830	rs10422804	A	C	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.93;MQRankSum=1.723;NF=36;NR=43;PP=1257;ReadPosRankSum=0.810;SC=GAGAGAAACCATACAAATGTG;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=79;WE=21838838;WS=21838820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,126:0.59:212
chr19	21910621	rs11556742	A	G	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=789;ReadPosRankSum=0.119;SC=CACTGGTTTAATTTGTTATCA;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=55;WE=21910629;WS=21910611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,96:0.43:221
chr19	21948748	rs11085493	T	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr19	21950337	rs10412066	G	C	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1389;ReadPosRankSum=-0.228;SC=ACACAGAGAAGTGAGAGCAAA;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=77;TCR=106;TR=87;WE=21950345;WS=21950327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,148:0.45:328
chr19	21950402	rs6511291	T	C	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=723;ReadPosRankSum=0.964;SC=CCGGAAGCCGTCCAGTCCGCT;SOR=0.606;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=36;TCR=68;TR=47;WE=21950410;WS=21950392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,79:0.48:165
chr19	22115982	rs807958	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.35;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	22115990	rs807957	G	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.35;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	22116050	rs140860406	C	CA	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQRankSum=0.483;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.746;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr19	22153495	rs2359812	A	T	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=35;PP=1322;SC=TCATTTGTAGAGTTTCTCTCC;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=75;WE=22153503;WS=22153485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	22154954	rs2214301	C	T	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=41;PP=2039;SC=CTTATGATAACTAAGGGTTGA;SOR=1.016;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=101;WE=22154962;WS=22154944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	22157302	rs10419899	G	A	6380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=76;PP=2954;SC=ATGATCTGACGTATTCTTTAC;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=156;WE=22157310;WS=22157292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	22171880	rs4574045	C	T	648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	22193451	rs2040654	C	G	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=14;PP=1192;SC=ATGGCTGAACCGGACTGAGGT;SOR=1.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=64;WE=22193459;WS=22193441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	22235307	rs415291	C	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=26;PP=1723;SC=CGCTCTAGCCCGAGCTGCAGG;SOR=1.462;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=87;WE=22235315;WS=22235297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	22235491	rs387343	T	G	8316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=109;PP=2965;SC=GGTTGGAACCTGTGGGAAGTC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=80;TCR=109;TR=189;WE=22235499;WS=22235481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr19	22235526	rs387315	T	C	5910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.94;NF=56;NR=96;PP=2557;SC=CAGGCCTCCTTGCAGTCAGCC;SOR=1.064;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=57;TCR=96;TR=152;WE=22235534;WS=22235516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	22235577	rs408312	C	T	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=63;PP=1840;SC=AGCTCGGCCTCGGTCCCCCTC;SOR=1.587;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=89;WE=22235585;WS=22235567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	22235620	rs423926	G	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=38;PP=1118;SC=TGACAGCCGGGACCCCGGGCG;SOR=3.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=22235628;WS=22235610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	22364233	rs12986319	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=490;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TTATAACCTTCTTTGTGCACG;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=39;WE=22364241;WS=22364223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,56:0.39:142
chr19	22469233	rs808373	G	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr19	22486535	rs9304996	A	G	2871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=40;PP=1493;ReadPosRankSum=-1.816;SC=GGAAATGTATATGTGTCTTTC;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=179;TCF=109;TCR=70;TR=99;WE=22486543;WS=22486525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,140:0.50:278
chr19	22585517	rs35315232	A	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQRankSum=-6.595;QD=8.15;ReadPosRankSum=2.814;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr19	22585521	rs35112061	CT	C	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=8.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQRankSum=-7.863;QD=4.60;ReadPosRankSum=2.554;SOR=1.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr19	22586073	rs56768795	C	A	1215.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-0.826;QD=22.51;ReadPosRankSum=0.676;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr19	22586074	.	A	AC	115.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-1.337;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr19	22586084	rs113181884	A	C	1190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=19.21;ReadPosRankSum=1.938;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr19	22586192	rs1368476	A	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.399;NF=50;NR=31;PP=1267;ReadPosRankSum=-1.631;SC=CCTCACCCACAAAGACCAGGT;SOR=0.704;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=81;WE=22586200;WS=22586182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,75:0.34:222
chr19	22605103	rs11669353	G	C	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=56;PP=1027;ReadPosRankSum=1.329;SC=GACACAGAAGGGCGAAGACGA;SOR=0.810;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=159;TCF=59;TCR=100;TR=84;WE=22605111;WS=22605093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,113:0.57:199
chr19	22605120	rs11669356	G	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=47;PP=1042;ReadPosRankSum=1.012;SC=ACGAGACCAGGAACTCCGGCT;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=43;TCR=85;TR=72;WE=22605128;WS=22605110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,95:0.58:163
chr19	22784742	.	GAGA	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.548;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,6:0.11:56
chr19	22785553	.	G	A	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=664;ReadPosRankSum=-2.658;SC=CCCAGTGGGTGAAGGGAACCC;SOR=0.718;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=52;WE=22785561;WS=22785543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,77:0.44:174
chr19	22942332	.	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=362;ReadPosRankSum=-1.719;SC=TAAGCTTCTTCGTGCATCTTA;SOR=0.930;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=28;WE=22942340;WS=22942322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr19	22966945	.	A	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=652;ReadPosRankSum=2.871;SC=TGGAACCAGAAACAACGGCCC;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=38;WE=22966953;WS=22966935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,58:0.46:125
chr19	23317114	.	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.599;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr19	23328940	rs7247102	G	A	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=1245;ReadPosRankSum=2.497;SC=CATACTGGAGGGAAACCCTAC;SOR=0.573;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=68;TCR=73;TR=75;WE=23328948;WS=23328930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,101:0.52:194
chr19	23406165	rs2885604	T	C	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=58;PP=1624;SC=TAAGGGTTGATGATTGGTTAA;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=23406173;WS=23406155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	23406801	rs8110795	G	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=-1.562;SC=GAAGGTCTTGGGCAAAATAAC;SOR=0.779;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=21;WE=23406809;WS=23406791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr19	23413937	rs7256859	A	G	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=20;PP=2140;SC=TGCCCGCCTTAGCCTCTCCAA;SOR=2.158;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=72;TCR=20;TR=91;WE=23413945;WS=23413927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	23414167	rs4932841	T	G	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=58;PP=1209;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GCAATACCTGTTTTATTAAAA;SOR=0.899;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=189;TCF=69;TCR=120;TR=88;WE=23414175;WS=23414157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,117:0.46:252
chr19	23433107	rs10405424	G	C	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=1117;ReadPosRankSum=1.749;SC=TTGCAGGTCAGAGGGCCACAG;SOR=0.440;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=135;TCF=51;TCR=84;TR=69;WE=23433115;WS=23433097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,96:0.55:175
chr19	23542290	rs428549	AG	GC	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.421;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.971;NF=26;NR=10;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CTCCCAAAGTAGTGGGATTAC;SOR=0.926;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=36;WE=23542299;WS=23542280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
chr19	23542697	rs1821845	G	C	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1443;ReadPosRankSum=-0.483;SC=TAAAAGCTTTGCCACATTCTT;SOR=0.702;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=191;TCF=96;TCR=95;TR=95;WE=23542705;WS=23542687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,147:0.50:294
chr19	23543834	rs7255296	C	T	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.522;NF=53;NR=46;PP=1380;ReadPosRankSum=-0.260;SC=TATGAATTCTCTTATGTTTAG;SOR=0.723;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=99;WE=23543842;WS=23543827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,143:0.48:300
chr19	23545004	rs296092	G	A	3087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=60;PP=1454;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CTTTAGCACAGATTATTTTAT;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=81;TCR=106;TR=104;WE=23545012;WS=23544994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,157:0.54:292
chr19	23545250	rs1044095	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=523;ReadPosRankSum=0.058;SC=ATTTCTTTCCAGTATGTCTTA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=33;WE=23545258;WS=23545240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr19	23557966	rs12976946	T	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr19	23837145	rs11671053	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GCAGAAATTCACCTTGGTATA;SOR=0.941;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=6;WE=23837153;WS=23837135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr19	23837365	rs4380159	A	C	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	23845038	rs10418600	T	G	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=1.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	23845042	rs10418602	T	C	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=1.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	23869684	rs4020520	G	A	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=29;PP=2113;SC=TCTTATGGCTGCAGGGGACTG;SOR=1.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=83;TCR=32;TR=111;WE=23869692;WS=23869674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	23869823	rs2364624	T	G	3500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1767;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GTCGCACCCGTAACTCTCACC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=97;TCR=109;TR=106;WE=23869831;WS=23869813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,168:0.50:337
chr19	23869941	rs2364625	A	G	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=75;PP=2171;SC=ACACAGAGCAATGAAAGCGAG;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=42;TCR=75;TR=117;WE=23869949;WS=23869931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	23926332	rs10405811	G	A	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	23927252	rs1818990	C	T	10266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=134;NR=134;PP=2965;SC=TTCTTCACATCTGTAGGGCTT;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=135;TCR=134;TR=268;WE=23927260;WS=23927242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr19	23927468	rs1818989	A	G	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=68;PP=2321;SC=AGTAAGGGTTAAGGACTGATT;SOR=1.106;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=108;WE=23927476;WS=23927458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	23927741	rs61397759	CCA	C	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=442;ReadPosRankSum=1.392;SC=AAAGGCTTTTCCACAGTCTTC;SOR=0.915;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=11;WE=23927750;WS=23927731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr19	23928102	rs7248674	C	G	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=50;PP=1419;SC=GGTGAAAAGTCTTGGGCAAAA;SOR=1.496;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=23928110;WS=23928092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	23941459	rs6417220	G	A	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=59;PP=2895;SC=GGAGAACTCAGGGCGCAAATT;SOR=1.106;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=95;TCR=59;TR=154;WE=23941467;WS=23941449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
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chr19	24289017	rs77922372	T	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=112;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CTTCAAGATGTTTCATCTTGA;SOR=0.350;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8;WE=24289025;WS=24289007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr19	24345092	rs112811130	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.384;NF=3;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=2.253;SC=TGTTGGAATGCCAGATGAAAC;SOR=0.892;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=5;WE=24345100;WS=24345082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr19	29567046	rs1549945	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=-0.187;SC=GGTCCTTCAATCTGTGCCCTT;SOR=1.089;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=5;WE=29567054;WS=29567036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr19	29567134	rs1549944	T	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
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chr19	29704010	rs8100724	A	C	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.65;QD=43.83;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	30017759	rs77232410	C	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CAGCGCCGCGCCCGAGTCGTT;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=30017767;WS=30017749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	30018052	rs4804888	G	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=328;ReadPosRankSum=0.423;SC=CGACTGCCTCGCTTTAGGTTG;SOR=0.920;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=23;WE=30018060;WS=30018042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr19	30020678	rs35700860	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr19	30097268	rs2303754	C	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=18;PP=750;SC=GGGTTGGGGACGTTAAGGGTC;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=30097276;WS=30097258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	30099457	rs1465585	A	G	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=13;PP=706;SC=GACTACAGGTATGAGCCACTG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=30099465;WS=30099447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	30102746	.	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,74:0.43:173
chr19	30102856	rs2288477	A	G	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=55;PP=2150;SC=CGTAAGTTGCATTCCTGAAGC;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=110;WE=30102864;WS=30102846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	30103153	rs4804893	A	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=681;SC=GTGGAGACCCAGGGCGTGTGT;SOR=1.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=30103161;WS=30103143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	30106130	rs72228837	CT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr19	30193721	rs10424582	G	A	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=35;PP=1418;SC=TGACCAGCGCGGTCAGCTGCA;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=83;WE=30193729;WS=30193711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	30414449	.	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.825;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=0.599;SC=TGAGGCCTGGGGATGTGTCCC;SOR=0.074;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=30414457;WS=30414439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	30414572	rs3745643	C	G	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=325;ReadPosRankSum=0.173;SC=TCACTCTTTTCCAGGCTCCTT;SOR=0.411;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=21;WE=30414580;WS=30414562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr19	30414587	rs3745642	G	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=332;ReadPosRankSum=-0.278;SC=CTCCTTGGAGGTCACTGCCCT;SOR=0.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=25;WE=30414595;WS=30414577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr19	30433668	rs1990903	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=344;SC=CCCAGCTGCCCGGGCCCCCGG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=30433676;WS=30433658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	30500118	rs3840928	GTGA	G	7730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.75;MQRankSum=0.590;QD=24.78;ReadPosRankSum=2.744;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,308:0.99:312
chr19	30934988	.	C	T	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.017;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=58;PP=1303;ReadPosRankSum=-2.906;SC=AGGGGAACCTCAAGATTCACC;SOR=0.502;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=196;TCF=76;TCR=120;TR=100;WE=30934996;WS=30934978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,138:0.53:262
chr19	31025746	rs376621622	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=361;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GTTTCTCCTTCGCTGCAGACA;SOR=0.787;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=28;WE=31025754;WS=31025736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr19	31038995	rs1469705	T	C	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=484;ReadPosRankSum=0.393;SC=ACCACAAGGATGAGATGTCAA;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=42;WE=31039003;WS=31038985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,54:0.41:131
chr19	31039256	rs111707808	C	T	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=680;ReadPosRankSum=-1.805;SC=TTGTGAGCAACGGTGTGAATT;SOR=0.698;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=145;TCF=75;TCR=70;TR=58;WE=31039264;WS=31039246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,93:0.43:216
chr19	31039669	rs77238711	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=499;ReadPosRankSum=1.435;SC=GCCCGGGAGGCGAGTAAGATG;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=33;WE=31039677;WS=31039659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
chr19	31769763	rs12461253	G	A	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=826;ReadPosRankSum=-2.040;SC=TTTTGGCGGCGACAGGAGTGA;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=55;WE=31769771;WS=31769753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,71:0.47:150
chr19	31770009	rs28609894	C	T	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.024;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=46;PP=775;ReadPosRankSum=0.429;SC=TCATGTGCACCGTCAACTCCA;SOR=0.929;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=181;TCF=79;TCR=102;TR=77;WE=31770017;WS=31769999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,120:0.43:276
chr19	31840190	rs71173962	AG	A	743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.99;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr19	31930594	.	A	AT	874.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=599;ReadPosRankSum=1.272;SC=AGAGAGAGAGAGGGTTGGGAG;SOR=0.841;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=7;WE=31930602;WS=31930580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr19	32083696	rs7245697	T	C	5252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=81;PP=2186;SC=ATGGCTCTACTGCCGTCCACC;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=137;WE=32083704;WS=32083686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	32084052	.	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CTAACTGTGAGAGGAGGAGAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=32084060;WS=32084042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr19	32873698	rs2270399	A	G	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=39;PP=1313;SC=CTGGAAGTTCAGAAAATGCAG;SOR=0.959;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=32873706;WS=32873688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	32923539	rs2287294	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=-1.931;SC=TTCAAGTTGCAGTTATGTATC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=32923547;WS=32923529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr19	32927635	rs16967110	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr19	32930069	rs6510249	G	A	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=780;ReadPosRankSum=-0.968;SC=AGAACTGGGCGCTGCCATTCT;SOR=0.820;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=56;WE=32930077;WS=32930059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,84:0.54:157
chr19	32946043	rs2903738	A	T	96.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	32949099	rs12327772	C	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.164;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr19	32954725	rs1544511	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=0.632;SC=CAGAATCCAGGTTTATATACA;SOR=1.250;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=16;WE=32954733;WS=32954715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr19	32955406	rs7252536	A	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=101;SC=ATTTCTGGTAATTTTTTAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=32955414;WS=32955400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	32959551	rs79236931	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.775;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr19	33072069	rs10402931	G	A	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=98;SC=TGGATTGGTGGCGCCTGGGCC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=33072077;WS=33072059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	33072085	rs10405535	A	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=3;PP=101;SC=GGGCCCCGCGAGCGCCTGCGC;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=33072093;WS=33072075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	33072118	rs11084660	C	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr19	33072266	rs10411464	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	33076973	rs10500262	T	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=422;ReadPosRankSum=0.531;SC=GAGAATAAATTGCCTTTCCTA;SOR=0.909;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=26;WE=33076981;WS=33076963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr19	33098632	rs2302970	G	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=302;ReadPosRankSum=0.879;SC=CAGCAGGAGGGGGATGAGGTC;SOR=0.669;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=23;WE=33098640;WS=33098622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr19	33098870	rs2903755	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=1.260;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr19	33098875	rs2868150	T	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.71;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr19	33106390	rs614370	T	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.62;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	33106621	rs405858	C	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=764;ReadPosRankSum=-0.870;SC=ATTCGGGGTCCGCTGCACTGA;SOR=0.935;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=56;WE=33106629;WS=33106611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,77:0.45:172
chr19	33110149	rs28615461	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=1.134;SC=CCCCAGCCCTTCCTCTGGAAG;SOR=0.105;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=33110157;WS=33110139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr19	33110204	rs2287669	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=-1.653;SC=TGCCTTGAGCTGGCTGACATG;SOR=0.420;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=13;WE=33110212;WS=33110194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr19	33117666	rs6510271	T	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=601;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GCGGAGTGGCTCCATGGTAGT;SOR=0.449;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=37;WE=33117674;WS=33117656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,55:0.65:84
chr19	33117842	rs6510272	C	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=1.267;SC=GGCATGAAACCCACGGTAGAT;SOR=0.732;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=17;WE=33117850;WS=33117832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr19	33117884	rs6510273	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	33119883	rs6510274	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-1.452;SC=CTGGAGTGCAATGGTGTGATC;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=33119891;WS=33119873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr19	33122492	rs201689511	GCAGTAT	G	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=369;ReadPosRankSum=-1.121;SC=TCTCTTCAGAGCAGTATCGGC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=33122505;WS=33122482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	33130496	rs11084666	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=0.230;SC=TCTAGTCAGTTGGTTCGCTCA;SOR=0.346;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=33130504;WS=33130486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	33131112	rs3760943	G	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.854;NF=22;NR=7;PP=466;ReadPosRankSum=-0.979;SC=CTCGTGATCCGCCCGCCTTGG;SOR=0.437;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=29;WE=33131120;WS=33131102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr19	33131336	rs10416829	T	C	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=764;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GAGATTCAAATGGACTGACAA;SOR=0.781;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=74;WE=33131344;WS=33131326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,119:0.50:239
chr19	33133936	rs3841621	CG	C	545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=520;ReadPosRankSum=-0.992;SC=ATCAAACCAGCGTGTCACCTC;SOR=1.186;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=14;WE=33133944;WS=33133926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr19	33134425	rs259229	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=-0.852;SC=AAAGGGCTTGGATTTGCATGG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=28;WE=33134433;WS=33134415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr19	33134635	rs259228	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=42;ReadPosRankSum=-0.852;SC=AAGTGCTAACACAAGCTTTAT;SOR=0.074;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=33134643;WS=33134625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	33135458	rs259225	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=0.936;SC=TCCTACAGGGCCTAGGCCCTC;SOR=0.394;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=8;WE=33135466;WS=33135448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr19	33137629	rs259220	T	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=235;ReadPosRankSum=-1.192;SC=CTTCACCCCATTGTGGGTTTG;SOR=1.075;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=18;WE=33137637;WS=33137619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr19	33149768	rs259251	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=-0.357;SC=AGTCTACCACGTCTCTGGAAC;SOR=0.215;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=11;WE=33149776;WS=33149758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr19	33150041	.	TTTTC	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=1.314;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr19	33150045	rs35323163	CT	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr19	33167455	rs259290	G	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=0.751;SC=CATGCGACGCGCGCTGGAGCT;SOR=0.384;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=14;WE=33167463;WS=33167445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr19	33167879	rs259291	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=1.355;SC=CTGAGCTGACGGACACCCGAC;SOR=0.368;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=33167887;WS=33167869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr19	33182802	rs8108837	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr19	33183352	rs61732600	G	C	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=36;PP=823;ReadPosRankSum=-1.127;SC=AGCCACCGCCGGGCCTGGCCT;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=21;TCR=61;TR=49;WE=33183360;WS=33183342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,60:0.65:93
chr19	33211069	rs13346373	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-6.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=35;PP=693;ReadPosRankSum=1.226;SC=CAGCCGCGCACAGCCTCCCAC;SOR=0.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=78;TCF=0;TCR=78;TR=35;WE=33211077;WS=33211059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr19	33222691	.	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=217;ReadPosRankSum=-0.835;SC=TTTAGATCATGATGTCGATTA;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=17;WE=33222699;WS=33222681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr19	33239450	rs4805805	C	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=704;ReadPosRankSum=-3.229;SC=AAGCCAGTGCCTGATCACTGC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=51;WE=33239458;WS=33239440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,66:0.57:116
chr19	33240570	rs9783983	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr19	33264348	rs12608647	G	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=564;ReadPosRankSum=-1.754;SC=CTGAAGAAAAGTTTTCTTTTA;SOR=0.614;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=42;WE=33264356;WS=33264338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,82:0.52:159
chr19	33281652	.	GG	AA	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.722;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr19	33281924	rs11881633	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GAACAAGATCAAGCCCTGCTT;SOR=0.822;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=17;WE=33281932;WS=33281914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr19	33282109	rs11878874	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=0.518;SC=TTTGAGATTACAGGCATGAGC;SOR=1.371;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=4;WE=33282117;WS=33282099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr19	33292568	rs12976876	A	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=2.386;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr19	33293607	rs11673502	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=340;ReadPosRankSum=1.235;SC=ACCGATGCCACGTGTGTGATT;SOR=0.776;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=25;WE=33293615;WS=33293597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr19	33298550	.	T	A	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,70:0.52:135
chr19	33302284	.	T	C	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=1060;ReadPosRankSum=-1.608;SC=TTATTGTCTGTAGGGTGAAAC;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=69;WE=33302292;WS=33302274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,98:0.56:175
chr19	33304690	rs8107900	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=-0.828;SC=ATGGTAAGTACGCATTTTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=8;WE=33304698;WS=33304680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr19	33304713	rs8111278	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr19	33308875	.	C	CA	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.701;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr19	33309030	rs12151363	A	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=395;ReadPosRankSum=0.487;SC=GCTCAAGACCAGGATCATCCA;SOR=0.454;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=30;WE=33309038;WS=33309020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr19	33321717	.	AG	GG	607	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2,10;NR=8,13;PP=372,607;QD=44.1910008438;SC=CCCTGTGCTCAGGATGGCCAG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=10,23;WE=33321725;WS=33321707;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr19	33321717	.	AG	AGGG	607	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2,10;NR=8,13;PP=372,607;QD=44.1910008438;SC=CCCTGTGCTCAGGATGGCCAG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=10,23;WE=33321725;WS=33321707;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr19	33321717	rs3214460	A	G,AGG	1411.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,22,23:0.49,0.51:45
chr19	33349295	rs2287880	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=140;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GGGGGTGATATTGCTTTCGCC;SOR=0.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=11;WE=33349303;WS=33349285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr19	33349488	rs2287879	T	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=-0.012;SC=GGGTCTTTCTTGGCCTCCAAG;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=19;WE=33349496;WS=33349478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr19	33351695	rs2287878	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=2.576;SC=AGGTGAATTTTTTTCCAGGTG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=33351703;WS=33351685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	33353041	rs1007161	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=1.183;SC=CATAGGCCCAGAGTCCATTGT;SOR=0.693;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=33353049;WS=33353031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr19	33353061	rs1007160	G	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=1.618;SC=TAAAACGCCAGGCTGATGGCT;SOR=0.678;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=8;WE=33353069;WS=33353051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr19	33353343	rs11084671	A	G	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=503;ReadPosRankSum=0.088;SC=GTGCCCGTGCAGGGCCCACCC;SOR=0.776;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=16;WE=33353365;WS=33353333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr19	33353357	rs11084672	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.02;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr19	33353464	rs11084673	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=419;ReadPosRankSum=0.471;SC=CCAGCCGCACGCTCAGTGAGT;SOR=0.654;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=34;WE=33353472;WS=33353454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr19	33353574	rs72009425	A	AT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr19	33355055	rs12150889	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=518;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CTTGCAGCCCACATAGAAGGG;SOR=1.013;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=15;WE=33355077;WS=33355045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr19	33355069	rs12150890	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=518;ReadPosRankSum=0.859;SC=AGAAGGGCGCACACACATACT;SOR=1.099;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=16;WE=33355077;WS=33355045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr19	33355356	rs12151145	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=1.259;SC=CACCGTGGTCCGCCCTCGCTG;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=9;WE=33355364;WS=33355346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr19	33355513	rs12150904	A	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=381;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CGGGGCTGCAACAGGCTCCCA;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=27;WE=33355521;WS=33355503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr19	33370070	rs745961	A	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=4;PP=876;SC=CGCAGATTCTAGCAGGTGGGG;SOR=2.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=33370092;WS=33370060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	33370084	rs745960	T	A	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=8;PP=923;SC=GGTGGGGGCATGAGACTTCAG;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=33370092;WS=33370060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	33370161	rs745959	A	C	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=44;PP=2118;SC=GGCTGGGGGCAACCAGAGCTC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=107;WE=33370169;WS=33370151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	33373040	rs17272274	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=0.782;SC=TAGCAACCCCGGATAAGTTTG;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=33373048;WS=33373030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr19	33390693	rs10420862	T	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=349;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GATCATTTTTTAAAATACTCT;SOR=0.639;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=25;WE=33390701;WS=33390683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr19	33390796	rs10418340	G	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=1006;ReadPosRankSum=1.287;SC=CCTGGGTTATGTTTTCTGCCA;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=77;WE=33390804;WS=33390786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,126:0.58:218
chr19	33392087	rs7253415	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=364;ReadPosRankSum=-0.153;SC=CCACTGTACCCAGACCATTTG;SOR=0.498;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=27;WE=33392095;WS=33392077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr19	33406442	rs7246178	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=321;ReadPosRankSum=0.803;SC=CAAAAGAGGAAGATAAAAACT;SOR=0.898;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=24;WE=33406450;WS=33406432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr19	33406484	rs7260149	G	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=185;ReadPosRankSum=-0.150;SC=ACACAATTATGGGCTATTAGG;SOR=1.112;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=13;WE=33406492;WS=33406474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
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chr19	33430746	rs73051180	A	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr19	33439157	.	G	GT	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=10;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=58.89;NF=2;NR=0;PP=52;QD=32.0;SC=AAAAATTGTGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=2;WE=33439166;WS=33439147;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
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chr19	33444453	rs75223967	T	G	6348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=5.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.09;ReadPosRankSum=2.619;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,181:0.72:253
chr19	33444456	rs2944021	A	G	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=4.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=2.269;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,127:0.49:260
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chr19	33444511	rs80283382	T	C	5337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=64;PP=1945;ReadPosRankSum=-1.049;SC=ACTGGGAACATAGAAAACACC;SOR=0.559;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=174;TCF=83;TCR=91;TR=110;WE=33444519;WS=33444501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,250:0.70:355
chr19	33444556	.	T	C	1229	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=66;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=21;NR=54;PP=1229;QD=16.850282834;SC=AGGTCATCACTGTGGCCTCCT;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=148;TCF=57;TCR=91;TR=75;WE=33444564;WS=33444546;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:73,75:0.51:148
chr19	33444576	.	C	T	2194	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=52;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=8;NR=41;PP=2194;QD=45.4851267867;SC=TCTGTCCTCCCGGGCACTGAC;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=49;WE=33444596;WS=33444566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:77,49:0.39:126
chr19	33444588	.	T	G	2194	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=52;MMLQ=27;MQ=59.94;NF=4;NR=31;PP=2194;QD=63.6791775013;SC=GGCACTGACATCCCCCAATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=35;WE=33444596;WS=33444566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:79,35:0.31:114
chr19	33462564	.	T	TA	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=5.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.701;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,33:0.26:128
chr19	33464225	rs73037453	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=323;ReadPosRankSum=-2.584;SC=GGCCTGCCCTCTGCCAGCCCT;SOR=0.706;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=21;WE=33464233;WS=33464215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr19	33467620	rs7247715	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=93;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CATCTTCTCCTGAGACCACAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=33467628;WS=33467610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr19	33470806	rs8112607	G	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-1.083;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	33470874	rs8099835	A	G	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=25;PP=1154;SC=GGAAATGTTCAGGGCCTGAAC;SOR=0.995;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=63;WE=33470882;WS=33470864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	33481388	rs7250684	C	T	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=23;PP=1558;SC=TCCACGCCACCACTGACTGCC;SOR=1.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=78;WE=33481396;WS=33481378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	33486810	rs4805026	A	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=729;SC=CTCAGTCCCTACCCTGTGCAG;SOR=3.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=29;WE=33486830;WS=33486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	33486822	rs8110267	T	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=9;PP=840;SC=CCTGTGCAGCTCTCCTTGTGC;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=33486830;WS=33486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	33487071	rs12610600	G	C	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.501;NF=35;NR=33;PP=804;ReadPosRankSum=1.321;SC=TGCAGAGGCTGGCCTCCCGCA;SOR=0.666;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=68;WE=33487079;WS=33487061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,102:0.41:248
chr19	33487182	rs11084689	A	G	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=45;PP=1394;SC=CAGAGCATAAAGGCCCAAGGG;SOR=1.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=33487190;WS=33487172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	33487251	rs8110730	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=26;PP=554;SC=AGCTAGAGCCTGTGATACCCT;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=33487259;WS=33487241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	33490429	.	G	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.744;NF=2;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TCTGTGGCTGGCTGTGAGCAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=2;WE=33490450;WS=33490419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr19	33490442	.	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.087;NF=2;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-1.139;SC=GTGAGCAGGACCAGCTGGGCA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=2;WE=33490450;WS=33490419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	33490462	.	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.264;NF=4;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=-1.469;SC=ACCAAGTGGGGCCCACATCTG;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=33490470;WS=33490452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr19	33490480	rs74603434	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.246;NF=9;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=-0.838;SC=CTGGGTGCAGGGGGACACGCA;SOR=1.136;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=11;WE=33490488;WS=33490470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	33490566	rs201801079	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQRankSum=-1.547;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.951;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,27:0.28:97
chr19	33490616	rs199764566	A	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQRankSum=-2.296;QD=2.62;ReadPosRankSum=-2.885;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,24:0.24:102
chr19	33490667	rs200498530	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQRankSum=-5.816;QD=6.80;ReadPosRankSum=-4.569;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr19	33490685	rs8109247	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=7;PP=113;SC=TTCTCTACCATGTCTCCAGCT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=33490693;WS=33490675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr19	33498978	rs2163807	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=0.283;SC=TCTGCCGATCACACCGGGTCC;SOR=0.084;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=16;WE=33498986;WS=33498968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr19	33503799	rs12460205	T	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=33;ReadPosRankSum=-1.345;SC=TAGTTTTTTTTAATACGGAGT;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=33503807;WS=33503789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr19	33512632	rs34594918	CA	C	7405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.811;NF=12;NR=82;PP=2948;ReadPosRankSum=1.897;SC=CTCAGCAGCCCAAGCTCAGGT;SOR=0.759;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=26;TCR=181;TR=94;WE=33512640;WS=33512622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,239:0.48:500
chr19	33685836	rs60145560	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=80;SC=CTGACCGACCTCCTCTCCGGC;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=33685844;WS=33685826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	33695830	rs11666900	G	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=32;PP=897;SC=CCGGCCCACAGGGGCGGCACC;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=33695838;WS=33695820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	33696708	rs2112800	T	C	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=51;PP=1627;SC=GCCGCCTCACTGTGGCCTACC;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=97;WE=33696716;WS=33696698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	33698291	rs3745974	T	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=26;PP=1480;SC=GAGCCACTGGTAGACGGCCCA;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=71;WE=33698299;WS=33698281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	33698655	rs376080905	C	CGG	61.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=20.46;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	33698657	.	G	GGGC	189	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=16;MQ=61.07;NF=1;NR=5;PP=189;QD=37.0;SC=GGACTGAACGGCGGGGGGGAG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=33698665;WS=33698647;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,6:0.67:9
chr19	33699664	rs57394649	T	TA	391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=521;SC=AGGGCTTCCTTAAACAGGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=33699672;WS=33699654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	33700445	rs2303093	C	T	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=24;PP=686;SC=GCTGTCTGTACCCCCGACCCC;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=33700453;WS=33700435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	33702245	rs2241378	A	G	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.163;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=928;ReadPosRankSum=2.451;SC=CTGGGTGGGCACAGTAGAGAG;SOR=0.416;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=64;WE=33702253;WS=33702235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,94:0.49:190
chr19	33703103	rs11669156	C	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=7;PP=635;SC=AGGACCAGCCCGAGCCTTGGG;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=33703111;WS=33703093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	33703570	rs56100350	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr19	33703706	rs11673535	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=9;PP=414;SC=GGCAGGATGGAGCCCGGGCAG;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=33703714;WS=33703696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	33879203	rs201218645	CACA	C	1935.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr19	33879204	.	AC	GT	2211	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=13;NR=15;PP=2211;QD=80.8738526737;SC=GTCCCTGGCCACACTACCCTA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=28;WE=33879217;WS=33879194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr19	33879206	.	ACTAC	A	2232	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=16;MQ=59.79;NF=5;NR=16;PP=2232;QD=107.857142857;SC=CCCTGGCCACACTACCCTAGG;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=21;WE=33879217;WS=33879194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr19	33879207	.	C	G	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.72;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr19	33879209	rs199620076	AC	A	1962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.038;QD=18.52;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr19	33882176	.	C	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr19	33882222	rs17569	G	A	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=537;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CTCCCACGTCGTGCACGTCAA;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=39;WE=33882230;WS=33882212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,75:0.50:150
chr19	33904656	.	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=-1.676;SC=GTCTCCCCTGCCGTGGCCCCA;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=13;WE=33904664;WS=33904646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr19	33953743	rs6510386	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=1.444;SC=GGGCGCAGTCAGAAGAAAAAT;SOR=1.061;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=13;WE=33953751;WS=33953733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr19	33953831	rs75449530	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=560;ReadPosRankSum=-1.503;SC=TCTCATCTGTTACTCACTCAG;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=35;WE=33953839;WS=33953821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr19	33968814	rs35273650	GA	G	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=350;ReadPosRankSum=-0.961;SC=AAGCAAAACAGAAAAGGCTAT;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=12;WE=33968822;WS=33968804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr19	33984050	rs10411395	T	C	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=793;ReadPosRankSum=0.440;SC=TCAAGGCACTTGGATAACAGG;SOR=0.782;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=58;WE=33984058;WS=33984040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,65:0.43:152
chr19	34288178	.	TGTGTGTGTGTGC	T	328.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.19;MQRankSum=1.080;QD=25.26;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr19	34288202	rs1139231	C	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=813;SC=CGCGCGCGCGCGCGCGCTTGT;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=34288210;WS=34288168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	34291283	rs28609628	C	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=275;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CCCCATGGTACATGACTAGGA;SOR=0.932;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=22;WE=34291291;WS=34291273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
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chr19	34304260	rs60235724	A	AT	1250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=16;PP=1073;SC=GAGATGGCTTATTTTCTACAG;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=27;WE=34304268;WS=34304250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	34513913	rs10418860	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=683;ReadPosRankSum=0.768;SC=GTGTGAGCATCGTGGAACCAG;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=43;WE=34513921;WS=34513903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr19	34584137	rs574004	A	G	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=14;PP=918;SC=CGAGCAGCAAACACACCAGTC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=34584145;WS=34584127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	34685617	rs872236	C	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=504;ReadPosRankSum=-1.183;SC=TTTTTTCTCTCTAGTTGAATG;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=39;WE=34685625;WS=34685607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr19	34687746	rs3119815	C	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=178;SC=AACTCAACACCAACTATTAGA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=34687754;WS=34687736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	34687809	rs8112123	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr19	34706440	rs57270694	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=1.678;SC=ATTTCTAACTATGGAAGTTTT;SOR=0.720;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=16;WE=34706448;WS=34706430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr19	34710532	rs2297521	A	G	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=11;PP=409;SC=TGTGAATTACAGATGTTTCTC;SOR=0.869;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=24;WE=34710540;WS=34710522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	34710807	rs2599557	A	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=223;ReadPosRankSum=2.577;SC=CTGTTCTTTTATCTTATGATA;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=34710825;WS=34710797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr19	34710817	rs59123546	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=330;ReadPosRankSum=-1.907;SC=ATCTTATGATATTGATTGAAG;SOR=1.140;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=7;WE=34710825;WS=34710797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr19	34712654	rs536367	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=196;ReadPosRankSum=1.743;SC=GTAAGTGTTACTGTTAATAAA;SOR=0.787;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=14;WE=34712662;WS=34712644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr19	34712736	rs537252	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=1.147;SC=GTGAATTGTTTTGAGGACATT;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=34712744;WS=34712726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr19	34717269	rs67394960	CAT	C	67.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=22.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	34842488	rs392340	T	C	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=-0.697;SC=CGGTGGAGGATGTGAACCAGG;SOR=0.694;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=42;WE=34842496;WS=34842478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr19	34843761	rs397414	C	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=29.390;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=496;ReadPosRankSum=0.582;SC=AGACCCCACCCCAGCCCCCAC;SOR=0.026;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=40;WE=34843771;WS=34843751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,63:0.68:92
chr19	34843874	rs72121022	AGCCTGCCT	A	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.524;NF=0;NR=6;PP=1783;ReadPosRankSum=0.805;SC=CAGGCCAGCCAGCCTGCCTGC;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=34843889;WS=34843864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr19	34859457	rs2099099	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=319;ReadPosRankSum=0.865;SC=GTTGGGGGGGGCAGTCTTTAT;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=21;WE=34859465;WS=34859447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr19	34870256	rs2278266	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=1.754;SC=GCCTGTGACCCGTCTGCTTTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=34870264;WS=34870252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	34872332	rs144111841	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.832;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,56:0.42:134
chr19	34872355	.	G	GT	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=2.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.839;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.957;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,34:0.21:164
chr19	34872382	rs1864139	G	A	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.818;NF=22;NR=22;PP=671;ReadPosRankSum=-1.585;SC=CCAAAGTGAAGGAGTTTGGAA;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=44;WE=34872390;WS=34872372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,83:0.41:204
chr19	34885006	rs8108038	A	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GGAGTCAGCAAGATTTGTGGG;SOR=0.409;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=24;WE=34885014;WS=34884996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr19	34890322	rs2301263	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GGCTTGGGGCGTGCCTGGCTT;SOR=0.250;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=18;WE=34890330;WS=34890312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	34904539	rs9653103	C	G	142.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=1.569;SC=ACTGCGCCTGCCCTGATAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=34904547;WS=34904529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr19	34922865	rs3217243	T	TGTATAAA	1157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=620;SC=ATTGCAAAGTTGTATAAGGGT;SOR=2.066;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=34922873;WS=34922855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	34942872	rs2161472	A	T	601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=27.35;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	34951355	.	C	T	106.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.28;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr19	34954873	rs10412944	C	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	34959812	rs7258977	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-2.000;SC=CGTAATGTGTAAAGTGAAAAT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=34959820;WS=34959802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	34959979	rs7259160	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=-0.406;SC=TAGTTGATTCAGATGAAGAAG;SOR=0.704;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=11;WE=34959987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr19	34971763	rs7257588	T	C	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=596;ReadPosRankSum=1.813;SC=CCCTGACAGATAACGGTTTGG;SOR=0.510;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=41;WE=34971771;WS=34971753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,57:0.55:103
chr19	34971846	rs4344866	C	T	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=765;ReadPosRankSum=-3.347;SC=CCCTAGTCACCTCTCGATTCC;SOR=0.572;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=49;WE=34971854;WS=34971836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,99:0.49:203
chr19	34971998	rs7248705	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=431;ReadPosRankSum=1.389;SC=GGGGAGGCTCGCCGCCCACCG;SOR=0.728;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=30;WE=34972006;WS=34971988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr19	34972146	rs7248847	G	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=541;ReadPosRankSum=0.514;SC=TTCAGAGGCCGGTGCGCGGCC;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=46;WE=34972154;WS=34972136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,82:0.53:154
chr19	34972892	rs12609305	A	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr19	34973413	rs1465433	T	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.06;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	34973476	rs8107479	G	A	218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	34981191	rs2902629	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=252;ReadPosRankSum=-0.203;SC=CCCCAGGTCAAGCGGGTGGGC;SOR=1.565;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=13;WE=34981199;WS=34981181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr19	34981505	rs4321301	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=187;ReadPosRankSum=0.033;SC=CCCAGGCTGGGCTGTGGAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=15;WE=34981513;WS=34981495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr19	34985369	rs28550036	A	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=1.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr19	34985466	rs11671685	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=1.726;SC=CAGCTGATCACTTCTGGTTTC;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=19;WE=34985474;WS=34985456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr19	34986767	rs35126035	A	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.45;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr19	34986776	rs35570240	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.97;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr19	35033937	rs2021382	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.130;NF=17;NR=8;PP=373;ReadPosRankSum=-3.303;SC=GAAAGCTTTCTCACATTCTCT;SOR=1.617;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=25;WE=35033945;WS=35033927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr19	35036089	rs7259820	G	A	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=14;PP=610;SC=GAATTCAGCCGTTTACTTAGG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=35036097;WS=35036083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	35036256	rs10402223	A	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQRankSum=-3.619;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.583;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,20:0.19:104
chr19	35174227	rs66509108	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=-1.351;SC=AGCATTTTAGGGATACTGTCT;SOR=0.895;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=14;WE=35174235;WS=35174217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr19	35175592	rs10425561	G	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.307;NF=29;NR=25;PP=700;ReadPosRankSum=0.717;SC=TCAATCCTCAGTCGCCACTGG;SOR=0.817;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=54;WE=35175600;WS=35175582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,59:0.40:146
chr19	35175749	rs10401309	C	G	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.938;NF=35;NR=26;PP=1044;ReadPosRankSum=0.294;SC=TTAGCCATGGCTCATCACTTA;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=61;WE=35175757;WS=35175739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,79:0.46:171
chr19	35231472	rs11426796	T	TA	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=-1.247;SC=TTCAAATAGTTAAAAAAAAAC;SOR=0.495;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=10;WE=35231480;WS=35231462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr19	35260281	rs2242129	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=206;ReadPosRankSum=0.786;SC=CCTAGAAAGGGTGGATTCAAA;SOR=0.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=20;WE=35260289;WS=35260271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr19	35270543	rs7259475	G	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=0.093;SC=GCACTCATAAGGCCTTTCTCC;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=21;WE=35270551;WS=35270533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr19	35420841	rs2546001	A	G	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=27;PP=936;SC=AGTTCTTACAATTCTCAAAGC;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=35420849;WS=35420831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	35420966	rs2651123	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=351;SC=CTAATTGCCTACTTGATTCCT;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=35420974;WS=35420956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	35422808	rs10422961	C	T	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=59;PP=1973;SC=ATAGCCTTCTCCCAGCAGGAG;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=113;WE=35422816;WS=35422798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	35424504	rs2859486	C	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=11;PP=591;SC=TATTTTATTTCTTTTCTACAT;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=35424512;WS=35424494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	35434238	rs1811	A	G	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=49;PP=1798;SC=CGTGAATGTCAGGAATATGGA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=104;WE=35434246;WS=35434228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	35434448	rs62122088	A	G	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	35434512	rs2651109	T	C	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=36;PP=1331;SC=AGACTATTAGTGGTAGCTATC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=35434520;WS=35434502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	35435006	rs1345658	G	A	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=45;PP=1842;SC=GAATGCGGGAGAACCTTCAGT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=96;WE=35435014;WS=35434996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	35448803	rs1063235	C	A	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	35449409	rs2651081	G	A	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=53;PP=1681;SC=CACCACACCCGTGAGGCCGCT;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=99;WE=35449417;WS=35449399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	35449760	rs2651080	G	C	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=39;PP=1480;SC=GGCTTTCACCGGTGTGAACCC;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=82;WE=35449768;WS=35449750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	35450229	rs2651079	C	T	5882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=87;PP=2791;SC=CACCTGTTTCCGGGGAAGGTT;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=67;TCR=89;TR=154;WE=35450237;WS=35450219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	35450505	rs117383413	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=11;PP=260;SC=GGTGAAGTTCGTATAAACTTT;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=35450513;WS=35450495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	35451330	rs2546024	A	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=150;SC=ATAGACTACAAGACAGGAAGC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=35451338;WS=35451320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	35451742	rs2651078	G	A	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=15;PP=1083;SC=AGAGGAGCTCGGGACACCGGG;SOR=1.580;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=54;WE=35451750;WS=35451732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	35452045	rs2546026	A	C	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=27;PP=582;SC=CCACTGTGTCAGCCCGCAGCA;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=35452053;WS=35452035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	35454459	rs181712515	C	T	7550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr19	35454604	rs2546028	AA	CG	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=54;PP=2947;SC=ACGGTGCGGGAAACCACGGGG;SOR=1.832;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=71;WE=35454613;WS=35454594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	35487125	rs67018685	G	A	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=927;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GGAGTCCCCCGCCTGCACCCC;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=65;WE=35487133;WS=35487115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,107:0.54:197
chr19	35491265	.	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=20;ReadPosRankSum=0.150;SC=GGGCGGCGGCCGCGGAAGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=3;WE=35491273;WS=35491255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	35491326	rs3072398	A	AGCCCT	681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=4;PP=298;SC=CGCGCAGCCCAGCCCTGCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=35491334;WS=35491316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	35500919	rs11084797	T	C	10719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=143;NR=111;PP=2965;SC=CCCAGCCCTGTGACTCTCCGC;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=143;TCR=111;TR=254;WE=35500927;WS=35500909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr19	35501051	rs2290642	T	C	3649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=74;PP=1710;ReadPosRankSum=-1.188;SC=TCTACCTCTCTGAGAACTGGA;SOR=0.645;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=303;TCF=144;TCR=159;TR=145;WE=35501059;WS=35501041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,192:0.44:433
chr19	35502352	rs140658050	CCT	C	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.775;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,43:0.13:339
chr19	35502534	rs3746258	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=413;ReadPosRankSum=1.589;SC=CAGAACTTGCGGAGCTGGAGG;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=23;WE=35502542;WS=35502524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr19	35504627	rs7251988	C	A	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=175;SC=GGGTGGGATACTGATAGGAAG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=35504635;WS=35504617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	35506622	rs2290648	G	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=1.835;SC=TCCAGGAGGTGGGGTCCGCCC;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=35506630;WS=35506612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	35506729	rs2290647	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=433;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TGTCTCCAGCGGACTTGGCTG;SOR=0.519;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=36;WE=35506737;WS=35506719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr19	35510102	rs2290646	G	C	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=30;PP=1166;SC=TAGACGTGACGCTGAGCCCCT;SOR=0.870;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=67;WE=35510110;WS=35510092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	35510504	rs68162641	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CCACTCCTCAAGTCAGCAGCA;SOR=0.468;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=18;WE=35510512;WS=35510494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr19	35512400	rs117408896	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GATCTCCCAACCCCAGAGTGT;SOR=0.567;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=11;WE=35512408;WS=35512390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr19	35513050	rs66984916	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=0.323;SC=AAGTGGGAGCGTGGGTTTGCT;SOR=2.376;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=35513058;WS=35513040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr19	35513746	rs58690566	T	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.016;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr19	35514545	rs3761075	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	35521779	rs72556351	G	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr19	35524824	rs55742440	T	C	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=55;PP=2151;SC=CCTCTGTTTCTCTCCAGCCCA;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=115;WE=35524832;WS=35524814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	35524932	.	C	T	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=0.784;SC=TGCCTTCTGTCTCTGAGCCAA;SOR=0.653;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=69;WE=35524952;WS=35524922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,121:0.55:220
chr19	35524939	rs67701503	C	A	3199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,88:0.43:203
chr19	35524944	rs67486287	G	C	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,84:0.42:201
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chr19	35533550	rs11399986	A	AC	891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=18;PP=704;SC=ATGCATCCCCACCCCTGTTAG;SOR=2.226;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=18;WE=35533558;WS=35533540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	35541330	rs57035236	TA	T	585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=313;SC=CTGTCCCTGGTAATTAGCTCC;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=35541338;WS=35541320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	35550967	.	C	T	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,92:0.44:211
chr19	35551225	rs3830343	G	GC	2167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.712;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=1216;ReadPosRankSum=0.826;SC=CCCTGTCGCCGCCCCCTGCTG;SOR=0.816;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=38;WE=35551233;WS=35551215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,86:0.54:160
chr19	35556123	rs2305744	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=1.916;SC=GCAGGCCAGCGGGGGCTGGAC;SOR=1.333;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=14;WE=35556131;WS=35556113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr19	35556281	rs2305745	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=709;ReadPosRankSum=0.818;SC=TGATGCCACCGTTTGGGAGAC;SOR=0.468;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=46;WE=35556289;WS=35556271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,65:0.58:112
chr19	35556300	rs2305746	A	G	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=31;PP=1448;SC=ACTCTGAACTAGGCTGGGGAT;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=70;WE=35556308;WS=35556290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	35556357	rs2305747	C	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=546;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GGAGTAGGGACGCTGAGGGGA;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=33;WE=35556365;WS=35556347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr19	35556640	rs1688031	T	C	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=33;PP=857;SC=GGGATGGAGATGCAGGGGAGT;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=35556648;WS=35556630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	35556659	rs1672991	A	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=26;PP=755;SC=GTGGGTGGTCAGGCTCCCCAT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=35556667;WS=35556649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	35556744	rs1688030	T	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=8;PP=393;SC=ACTTTGGCCTTCAGCCAGACC;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=18;WE=35556752;WS=35556735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	35556763	.	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=3;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.891;NF=6;NR=8;PP=197;ReadPosRankSum=0.741;SC=CCTCCCTCTCCCCTCCCAGGG;SOR=0.683;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=14;WE=35556771;WS=35556753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr19	35557260	rs1042328	T	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=523;SC=ACGCTGGGCCTAGGATGGGAC;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=35557268;WS=35557250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	35578055	rs17718894	G	A	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=51;PP=1435;SC=GCTTTGGGACGTGTCGTTTCT;SOR=2.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=67;WE=35578063;WS=35578045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	35590180	rs1687994	T	A	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	35597215	rs10422803	C	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=78;ReadPosRankSum=-1.282;SC=TTGTGCCGAGCCTGCCCTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=35597223;WS=35597206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	35597352	rs2445826	T	C	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=10;PP=831;SC=ACCACCCGGCTGGGGAGGCCT;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=35597360;WS=35597342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	35597462	rs10424084	A	G	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=1056;ReadPosRankSum=2.559;SC=CAGAGATGTGAGACCCTCAGG;SOR=0.753;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=155;TCF=98;TCR=57;TR=68;WE=35597470;WS=35597452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,115:0.46:252
chr19	35597620	rs10423723	C	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=895;ReadPosRankSum=0.122;SC=CAGCTCATTGCGCCTTTTCAA;SOR=0.910;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=45;TCR=83;TR=64;WE=35597628;WS=35597610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,73:0.45:162
chr19	35597729	rs7258700	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=-1.304;SC=GAGAGAGCCCCGACCTGATGA;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=23;WE=35597737;WS=35597719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr19	35602014	rs4806085	T	C	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=666;ReadPosRankSum=2.562;SC=GTGTCAACCATGCCCCGAGGC;SOR=0.483;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=65;WE=35602022;WS=35602004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,115:0.48:239
chr19	35602338	rs11665663	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=0.176;SC=TTTAAATGTTTGCAATTATTA;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=6;WE=35602346;WS=35602328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr19	35602445	rs199877070	TGGG	T	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	35608092	rs1006162	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr19	35608148	rs1688021	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr19	35609972	rs10543115	GGAC	G	861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.699;NF=10;NR=5;PP=879;ReadPosRankSum=0.651;SC=TGTCCAGTGAGGACAACAGCG;SOR=0.452;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=15;WE=35609989;WS=35609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr19	35609981	rs10426785	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.746;NF=13;NR=7;PP=896;ReadPosRankSum=1.677;SC=AGGACAACAGCGGGCAGTGGC;SOR=0.364;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=20;WE=35609989;WS=35609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr19	35610245	rs2278994	A	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=-1.065;SC=TGCTAAGGCCAGACCTCCCGC;SOR=0.628;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=20;WE=35610253;WS=35610235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr19	35612168	rs1688016	T	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=537;ReadPosRankSum=2.215;SC=CCGTGCCCCCTTTCCCCTCCC;SOR=1.096;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=37;WE=35612176;WS=35612158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr19	35612286	rs2290650	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GTTACTGAATATGCCACACAG;SOR=1.367;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=15;WE=35612294;WS=35612276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr19	35613623	rs1688017	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=0.079;SC=GGGACAGATGGAGAGGACACA;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=35613631;WS=35613620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr19	35614272	rs937088	A	G	1163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.885;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr19	35614274	rs937089	G	A	619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.952;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr19	35614336	rs1672974	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=495;ReadPosRankSum=-0.447;SC=ACCCCATCACTTCCCGCAGGC;SOR=0.775;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=34;WE=35614344;WS=35614326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,58:0.42:139
chr19	35615995	rs14358	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=0.033;SC=ACGTGGCCCACGGTCAGCAGC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=10;WE=35616003;WS=35615985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr19	35616016	rs1048690	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=219;ReadPosRankSum=-1.749;SC=TCACAGGCGGGCCATCACCCC;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=16;WE=35616024;WS=35616006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr19	35616086	rs11084800	C	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.966;NF=17;NR=13;PP=474;ReadPosRankSum=0.822;SC=CCCAGAGTCCCGTTGGTGGTC;SOR=0.431;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=30;WE=35616094;WS=35616076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr19	35616315	rs12610146	GC	AT	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=1;HapScore=3;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=1575;ReadPosRankSum=-0.971;SC=AGGATGGCCAGCTGGTCCCTG;SOR=0.460;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=48;WE=35616324;WS=35616305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
chr19	35616464	rs12976269	G	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=600;ReadPosRankSum=2.566;SC=TCTGGGGGCCGTGGAACAGCT;SOR=0.494;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=36;WE=35616472;WS=35616454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr19	35616562	rs12978414	C	G	2786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1283;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CACACACATGCAGTTGTTCTG;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=123;TCR=78;TR=83;WE=35616570;WS=35616552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,138:0.46:302
chr19	35616663	rs1630545	A	G	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=50;PP=1230;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TTCTCCCACCACCTCTGGCTG;SOR=0.624;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=270;TCF=129;TCR=141;TR=103;WE=35616671;WS=35616653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,180:0.39:457
chr19	35616692	rs1672976	C	T	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=59;PP=1254;ReadPosRankSum=-1.958;SC=CCCCTCCTGACTGGACCATCC;SOR=0.820;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=234;TCF=94;TCR=140;TR=96;WE=35616700;WS=35616682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,163:0.42:388
chr19	35616953	rs1632457	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=218;ReadPosRankSum=2.532;SC=GAGCCAGCATTTGGGGGTAGA;SOR=0.301;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=10;WE=35616961;WS=35616943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr19	35617122	rs937087	A	G	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=790;ReadPosRankSum=1.674;SC=TTAGTGTGCAAGATTGGGTCA;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=57;WE=35617130;WS=35617112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,88:0.47:189
chr19	35617270	rs1319969	T	C	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=430;ReadPosRankSum=-0.058;SC=CGGGGATGTCTGTGCGTCTCT;SOR=0.655;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=35;WE=35617278;WS=35617260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,55:0.50:109
chr19	35617639	rs1687998	C	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=204;ReadPosRankSum=-1.869;SC=CGAAGAGGCTCGGGCCCAGCA;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=14;WE=35617647;WS=35617629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr19	35622492	rs1688001	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GGCTGCGACCCGGCTTCCACG;SOR=0.301;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=13;WE=35622500;WS=35622482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr19	35622695	rs1673007	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	35624890	rs11666576	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=416;ReadPosRankSum=1.654;SC=TGTGCATAAACGCACACTCCC;SOR=0.680;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=32;WE=35624898;WS=35624880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr19	35632165	rs151269496	TCTGGCCCCGCCTCTCCCTGGCCCCGCCTCTCCCTAGCCCCCCTCTCC	T,TCTGGCCCCGCCTCTCCCTAGCCCCCCTCTCC	1697.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=35,29;PP=2970,2970;SC=CCCACCTCTCTCTGGCCCCGC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=35,29;WE=35632219;WS=35632155;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.57,0.43:46
chr19	35632634	rs12461849	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.799;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr19	35633236	rs1687986	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr19	35633503	rs1673004	C	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TCCCTGGCTGCGTAGAGGGAA;SOR=1.255;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=34;WE=35633511;WS=35633493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr19	35642139	.	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=395;ReadPosRankSum=0.865;SC=CCTCGATGTCCCCCATTATCT;SOR=0.753;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=29;WE=35642147;WS=35642129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr19	35648264	rs12980648	G	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=381;SC=AGGCGAGGGCGGGGGTGGTGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=35648272;WS=35648254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	35648365	rs1688005	T	G	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=21;PP=849;SC=TTCAGCAGACTCAACTATCAT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=35648373;WS=35648355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	35649324	rs1633915	C	G	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=42;PP=1243;SC=CAGGGGCAGGCGGCGGGGACA;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=65;WE=35649332;WS=35649314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	35650593	rs4806093	G	A	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=62;PP=1817;SC=AATATTTTGCGTATGTTAACT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=92;WE=35650601;WS=35650583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	35651531	rs1617607	A	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=14;PP=1070;SC=ATACAGACATAAGCCACCGCG;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=35651539;WS=35651521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	35655151	rs1672994	T	C	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=56;PP=1718;SC=GCCATCTGGTTAGTAACTGCC;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=79;WE=35655159;WS=35655141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	35657210	.	GG	AA	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=574;ReadPosRankSum=0.752;SC=GTTCATCACAGGCATCATCAT;SOR=0.641;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=19;WE=35657219;WS=35657200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr19	35657318	.	T	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.982;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=-0.772;SC=CTGGGCAATTTTGTTTTAAAT;SOR=0.183;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=16;WE=35657326;WS=35657308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr19	35657351	rs8106303	A	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=14;PP=367;SC=AGCTGCATATACATACAAACC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=35657359;WS=35657341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	35660508	rs12110	G	A	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=24;PP=765;SC=TGCCGGAATCGTTGCAGGTGA;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=35660516;WS=35660498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	35718891	rs35001809	C	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=637;ReadPosRankSum=0.514;SC=GACAGTCGAGCCACACAAATT;SOR=0.663;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=38;WE=35718899;WS=35718881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr19	35718938	rs564117	C	T	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=1031;ReadPosRankSum=-1.096;SC=TCAAAAATGACGTAATCCACC;SOR=0.862;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=68;WE=35718946;WS=35718928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,99:0.52:189
chr19	35719020	rs541169	C	T	4185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=61;PP=2051;ReadPosRankSum=1.033;SC=AGCGGCTAGACCACACCAGCA;SOR=0.786;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=235;TCF=123;TCR=112;TR=134;WE=35719028;WS=35719010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,202:0.54:375
chr19	35719106	rs565791	A	G	8330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.092;SC=AGGCGTTTACACTCGCCCGGC;SOR=0.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=98;TCR=118;TR=216;WE=35719114;WS=35719096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,323:0.99:325
chr19	35719257	rs11673347	G	A	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=43;PP=1300;SC=CATCCTGAAAGTCAATTTCAT;SOR=1.305;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=35719265;WS=35719247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	35719577	rs34873156	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.751;SC=CACAGCATGGGTGGCATGGTG;SOR=0.184;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=35719585;WS=35719567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr19	35741456	rs2073900	T	C	5045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=78;PP=2272;SC=ACCCCTACGTTGAGTGCCAGG;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=54;TCR=78;TR=132;WE=35741464;WS=35741446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	35752917	rs2073899	G	A	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.152;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1057;ReadPosRankSum=0.157;SC=TGGGCTTCTCGGGAGCTCCCA;SOR=0.550;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=75;WE=35752925;WS=35752907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,127:0.51:247
chr19	35757250	rs916147	G	A	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.086;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,134:0.46:290
chr19	35758275	rs142507475	G	GGGA	5325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=38;PP=2967;SC=GAGTAATGGTGGGAGAAGCCG;SOR=1.104;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=64;WE=35758283;WS=35758265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	35761519	rs28365133	A	G	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=684;ReadPosRankSum=0.287;SC=TAGAAGTCAGATTGGCAGGTG;SOR=0.980;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=47;WE=35761527;WS=35761509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,76:0.41:186
chr19	35769518	rs34832786	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=294;ReadPosRankSum=0.297;SC=TGGGTGTCCTTGGGCTGAGCC;SOR=1.467;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=18;WE=35769526;WS=35769508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr19	35769561	rs28365136	T	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.429;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr19	35770064	rs2280747	C	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=737;ReadPosRankSum=3.426;SC=CCGTCGTGTCCGCCAGATCGA;SOR=0.483;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=49;WE=35770072;WS=35770054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,77:0.57:136
chr19	35770174	rs12742	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=1.384;SC=CGCCACCACCACGCAGCCGCC;SOR=1.054;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=25;WE=35770182;WS=35770164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr19	35775979	.	C	T	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=748;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CCCTCCCTTCCTTATTTATTC;SOR=0.792;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=52;WE=35775987;WS=35775969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,74:0.58:127
chr19	35782958	rs2301599	C	T	42.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr19	35800720	rs10411883	G	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=6;PP=393;SC=AGGAGTCTCCGGGGCCGGGCC;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=35800728;WS=35800717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	35836751	rs4805119	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.345;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=-1.691;SC=CCTCATTCCCACTCGGCAACA;SOR=0.061;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=13;WE=35836759;WS=35836741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr19	35836855	rs10413526	C	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=8.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=1.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr19	35836859	rs4805120	A	G	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=8;PP=134;SC=TCAAGACCTCATGATACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=35836867;WS=35836845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	35837428	rs12985354	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=293;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GTGGAGGCTGGCGACAGTGGG;SOR=0.647;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=20;WE=35837436;WS=35837418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr19	35837694	rs73031792	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr19	35843086	rs2301151	G	A	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=77;PP=2335;SC=GCACTGGCCCGCTCCGGCCTG;SOR=1.094;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=121;WE=35843094;WS=35843076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	35850022	rs149009291	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQRankSum=0.884;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,17:0.27:64
chr19	35850560	rs77988018	G	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.361;NF=43;NR=39;PP=934;ReadPosRankSum=1.100;SC=AAAGCCCGGCGTGGAGGATCT;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=126;TCR=114;TR=82;WE=35850568;WS=35850550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,99:0.32:309
chr19	35850893	.	G	A	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=18;MQ=40.93;NF=0;NR=5;PP=32;QD=13.3542425094;SC=CCTCGCTCACGCCAGGAGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=35850901;WS=35850883;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,5:0.31:16
chr19	35978299	rs7976	C	T	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=19;PP=740;SC=TCAGCGCTCACGCTAGCCCCC;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=38;WE=35978307;WS=35978289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	35978458	rs17638216	G	A	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	35978567	rs62111717	T	C	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=26;PP=1184;SC=TTCTGCTTCTTCCCTTACCCC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=35978575;WS=35978557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	35979696	rs10410228	C	T	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=23;PP=740;SC=GGAAAACAGACGGCTTACCTC;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=35979704;WS=35979686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	35991043	rs11666154	G	T	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=14;PP=497;SC=ACACCTGCCTGCTCCCCTCCT;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=35991051;WS=35991033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	35991373	rs2293695	C	T	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	35991442	rs909072	T	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=37;PP=1060;SC=CACCTGATCGTCTCTGCCTGC;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=35991450;WS=35991432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	35992691	rs8100640	A	G	7631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr19	35993794	.	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr19	35993919	rs8107732	A	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=15;PP=398;SC=AGGAGCTGAGAGTCTTTAGGG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=35993927;WS=35993909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	35994126	rs8106676	G	A	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=2;PP=102;SC=CCCGTTTCCCGAAGCTGTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=35994134;WS=35994116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	35994376	rs149163465	GTT	G	356.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.71;QD=39.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	35994384	rs3829678	T	G	365.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.46;QD=40.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	35994390	rs3829677	T	G	365.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.46;QD=40.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	35997363	rs6510492	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr19	35997457	rs6510493	G	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr19	35998213	rs4358061	A	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.958;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr19	35998362	rs4254439	T	G	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr19	35999251	rs11084818	C	G	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=615;ReadPosRankSum=-1.472;SC=TAATGGCACTCTCTTTTGGAA;SOR=0.667;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=41;WE=35999259;WS=35999241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr19	36002393	rs11667007	C	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.934;NF=15;NR=10;PP=353;ReadPosRankSum=1.624;SC=CCACTGCTGCCGCCACTGCTG;SOR=0.643;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=25;WE=36002401;WS=36002383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr19	36002421	.	A	ACTGCTGCTG	1782.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.151;NF=7;NR=12;PP=2966;ReadPosRankSum=0.500;SC=TGCTGCTGCCACCACTGCTGC;SOR=0.652;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=19;WE=36002429;WS=36002411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr19	36003430	rs7254784	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=549;ReadPosRankSum=-1.489;SC=CAGGGAGGCACGCGGAGCATG;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=37;WE=36003438;WS=36003420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr19	36004106	rs4806163	A	G	12924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=142;PP=2965;SC=AGCATCTGCTACGCCAAAGCC;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=159;TCR=144;TR=301;WE=36004114;WS=36004096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr19	36017469	rs62113963	C	T	56.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	36017928	rs10775583	G	C	4550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=76;PP=2245;ReadPosRankSum=3.318;SC=AAACTGCCCCGCCTCCCTTCC;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=304;TCF=154;TCR=150;TR=151;WE=36017936;WS=36017918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,224:0.49:456
chr19	36018894	.	A	G	3210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1721;ReadPosRankSum=0.088;SC=CTCATGGGCAACCTTGTCCAT;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=106;TCR=109;TR=108;WE=36018902;WS=36018884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,148:0.52:284
chr19	36038174	rs12610889	A	G	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=671;ReadPosRankSum=-1.734;SC=GCTGGGTCCAAAGTGGGGTGG;SOR=0.527;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=44;WE=36038182;WS=36038164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr19	36038390	rs7599	A	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=1.951;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr19	36038394	.	C	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.91;ReadPosRankSum=1.940;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr19	36042207	rs2301617	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=-0.310;SC=GAGTTATTGGCCAGTTAGAAA;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=7;WE=36042215;WS=36042197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	36044524	rs2251124	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=154;ReadPosRankSum=-0.228;SC=AGAACCAGCCGGAGCCCAAGG;SOR=0.120;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=13;WE=36044532;WS=36044514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	36045772	rs2733739	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr19	36048741	rs2230181	G	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.338;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr19	36048791	rs748214	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	36050969	rs2733743	A	G	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=61;PP=1783;SC=CAGGCCCTGCACGGTGCCTGC;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=36050977;WS=36050959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	36054485	.	C	T	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1096;ReadPosRankSum=-0.965;SC=CAACCCCTGTCCCCACTGCAC;SOR=0.762;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=75;WE=36054493;WS=36054475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,106:0.46:228
chr19	36145409	rs377609041	CA	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.393;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr19	36157710	.	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=397;ReadPosRankSum=-0.500;SC=ATGTGTCCCAGGATGATGGCG;SOR=0.451;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=29;WE=36157718;WS=36157700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr19	36207251	.	CC	TT	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=909;ReadPosRankSum=-0.881;SC=CAACTCCGCTCCTGAGTCTCC;SOR=0.997;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=25;WE=36207260;WS=36207241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr19	36207510	rs1052491	G	A	4562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=63;PP=2436;ReadPosRankSum=-1.596;SC=GTCCCAGCCTGGCCTCCATGC;SOR=0.858;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=287;TCF=164;TCR=123;TR=156;WE=36207518;WS=36207500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,225:0.52:436
chr19	36213850	rs371651934	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=1.025;SC=AGGTAGAAGCCTGGTGGCTTT;SOR=0.741;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=10;WE=36213858;WS=36213840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr19	36214632	rs11373774	A	AG	1039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=737;SC=CTGTTCCCGCAGCCGGACGAT;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=36214640;WS=36214622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	36223111	rs61351824	C	G	3300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.108;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=35;PP=1299;ReadPosRankSum=0.908;SC=ACCCTCCCCCCACAGGAAGTC;SOR=0.989;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=92;WE=36223119;WS=36223101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,162:0.54:299
chr19	36228954	rs2242522	G	T	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=40;PP=1952;SC=TGTTCATCCTGCCCTGCAGAT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=100;WE=36228962;WS=36228944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	36233304	.	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.707;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,66:0.46:143
chr19	36233689	.	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=0.349;SC=GGCCAGTATGGAACCTCGGGG;SOR=1.627;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=11;WE=36233697;WS=36233679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr19	36236120	rs231597	A	G	8228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=77;PP=2965;SC=AACCCTGGAAAAGGTGCAAAG;SOR=1.120;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=131;TCR=77;TR=208;WE=36236128;WS=36236110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr19	36243089	rs170758	T	C	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=36;PP=1603;SC=CTGGAGATGGTCAAAGCCCGG;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=90;WE=36243097;WS=36243079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	36243229	.	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=417;ReadPosRankSum=1.201;SC=TGGGTGGGACCCCACAGGCTG;SOR=0.763;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=31;WE=36243237;WS=36243219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr19	36243446	.	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=312;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CTTTCCTTATCCAAGCCCTGA;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=26;WE=36243454;WS=36243436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr19	36243813	rs231243	G	A	5379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=47;PP=2622;SC=CTCCCTACGCGGGCCATCTGC;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=126;WE=36243821;WS=36243803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	36257623	.	C	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=173;ReadPosRankSum=1.881;SC=GGTTGCTGATCTCCCTGGCCC;SOR=1.845;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=11;WE=36257631;WS=36257613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr19	36258744	.	G	T	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=892;ReadPosRankSum=0.572;SC=GCCCGCAGCGGGGTCAGTGAT;SOR=0.808;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=61;WE=36258752;WS=36258734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,103:0.53:196
chr19	36258937	rs5827939	AG	A	2229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=25;PP=1755;SC=CTGCTTGCCCAGGGCCGCCCT;SOR=1.162;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=45;WE=36258945;WS=36258927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	36273253	rs200942970	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=334;ReadPosRankSum=0.839;SC=GATCTTCCTCCTCCTTGACAC;SOR=0.442;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=27;WE=36273261;WS=36273243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr19	36278820	.	C	T	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=786;ReadPosRankSum=2.207;SC=CTCAATGCCTCCTACGGCATG;SOR=0.461;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=46;WE=36278828;WS=36278810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,72:0.51:140
chr19	36279862	rs59882609	AG	A	510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=437;SC=ATCTGCAGAGAGGGGAACCAT;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=36279870;WS=36279852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	36322509	rs466452	G	A	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=55;PP=1777;SC=TATCACCCTCGGGTCTCCACC;SOR=2.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=77;WE=36322517;WS=36322499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	36322601	rs4806213	T	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=307;ReadPosRankSum=0.719;SC=ACAGGAGGCATTGGAGAGGAG;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=23;WE=36322609;WS=36322591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr19	36330350	.	G	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=680;ReadPosRankSum=-1.783;SC=TAAATTCAGGGAAGTGCCCTA;SOR=0.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=45;WE=36330358;WS=36330340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr19	36332829	.	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.908;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=2.374;SC=TGCTTGGAATCATCTATGCAT;SOR=0.324;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=13;WE=36332837;WS=36332819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr19	36333048	.	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=200;ReadPosRankSum=-1.376;SC=AGATCCAGAGGGACCCCGTTT;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=12;WE=36333056;WS=36333038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr19	36340243	.	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr19	36342212	rs3814995	C	T	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=741;ReadPosRankSum=-0.244;SC=GGCCCCATCTCAGAGCGGCCG;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=51;WE=36342220;WS=36342202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,85:0.54:157
chr19	36351768	rs60849332	G	A	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=540;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GTCAGTGGCTGCATTCCGCCC;SOR=0.630;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=42;WE=36351776;WS=36351758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,84:0.55:152
chr19	36351935	rs35854130	G	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=880;ReadPosRankSum=0.545;SC=GCGGTGGCGCGCAGGTACAGC;SOR=0.515;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=62;WE=36351943;WS=36351925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,94:0.49:192
chr19	36355595	rs382789	A	G	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=452;SC=TCTGGAGGAGAAAGGGACTCT;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=36355603;WS=36355585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	36357219	rs370493250	C	G	3604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1574;ReadPosRankSum=0.403;SC=ATGGTCCCCCCCTGCAGACTT;SOR=0.746;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=226;TCF=134;TCR=92;TR=112;WE=36357227;WS=36357209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,188:0.48:394
chr19	36362358	.	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=176;ReadPosRankSum=0.561;SC=GCATCCTCTTCGCACTTGGGA;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=36362366;WS=36362348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr19	36367509	rs35586905	C	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr19	36367682	.	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TCTGCCATCCGGTCTGCGCTC;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=36367690;WS=36367672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr19	36381538	.	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr19	36486445	rs7249826	G	C	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=22;PP=902;SC=GGCGTGGGTTGCCAGCCTGAC;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=36486453;WS=36486435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	36496121	rs10469279	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.18;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	36496125	.	C	CT	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr19	36497358	rs2285422	C	G	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=11;PP=619;SC=GGGGCCCCCTCTGGCCACACA;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=36497366;WS=36497348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	36499173	rs2285424	C	T	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=11;PP=385;SC=TTGACCATCTCGGGGGGTGAG;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=36499181;WS=36499163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	36501445	rs2073894	C	T	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=40;PP=1757;SC=CTACAAGCAGCTGGGGCAGTG;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=99;WE=36501453;WS=36501435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	36502441	rs8111422	G	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=1.558;SC=CCAACATAGGGGCCTTTACCT;SOR=0.758;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=12;WE=36502449;WS=36502431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr19	36508392	rs2073896	A	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=715;SC=AGAGCCACAAAAGGCCAGGGT;SOR=1.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=31;WE=36508400;WS=36508382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	36508614	.	C	T	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=636;ReadPosRankSum=-0.045;SC=AGTGAAGTACCGGACACCGAA;SOR=0.936;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=43;WE=36508622;WS=36508604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,83:0.47:178
chr19	36515560	rs10403729	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=25;PP=719;SC=AAAAGAAGGCAGGGACTCAGT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=36515568;WS=36515550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	36517461	rs77163653	C	G	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=39;PP=1586;SC=GTCCTTGCCCCCTCCCAGCCA;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=87;WE=36517469;WS=36517451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	36523205	.	C	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr19	36523293	rs182369167	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CGGGTGCAGAGTTGGGGGCAG;SOR=0.425;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=16;WE=36523301;WS=36523283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr19	36530428	rs34250145	G	A	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=39;PP=1416;SC=GACCGCTCAGGAGTTGGCGCA;SOR=0.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=36530436;WS=36530418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	36536938	rs7258807	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	36558113	rs12608517	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=10;PP=342;SC=AGACTTGGAGTGGGGACGAGC;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=36558121;WS=36558103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	36558948	rs78943646	T	A	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=26;PP=700;SC=CTGGACAGACTCTTTCTCGTG;SOR=1.217;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=36558956;WS=36558938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	36572564	rs7246292	T	C	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=29;PP=1379;SC=TGATGGACCCTAGATGTTAGG;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=36572572;WS=36572554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	36581263	rs3746271	G	C	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=24;PP=1079;SC=GGCTTCCAGGGGAGGGGAGGA;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=67;WE=36581271;WS=36581253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	36582270	rs2301736	G	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=32;PP=996;SC=CTCTGACTCCGAAGGCAAGTG;SOR=2.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=35;WE=36582278;WS=36582260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	36585111	rs60492874	CAT	C	1082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=485;SC=TGTAGGGAATCATTGCTGGGT;SOR=1.358;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=36585120;WS=36585101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	36585173	rs1972510	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=183;SC=ACTCAGGAGTCGACAGGGTGC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=36585181;WS=36585163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	36590329	rs2285745	T	C	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=23;PP=1289;SC=GCAGATGGCTTGGCCTTCCAC;SOR=1.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=36590337;WS=36590319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	36592752	rs2311004	G	T	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=17;PP=820;SC=CTAAGCACAGGCCCTGCACTT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=36592760;WS=36592742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	36594659	rs2074435	A	T	9340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=121;PP=2965;SC=GGGCTCCTGCAGCCCCCCGTG;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=116;TCR=122;TR=237;WE=36594667;WS=36594649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr19	36595258	rs2074436	G	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=530;SC=CAGGGAGGAGGCTGCATTGGA;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=21;WE=36595266;WS=36595248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	36595417	.	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.072;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=382;ReadPosRankSum=-1.451;SC=CTCTCTACCCCAGGTGCACTT;SOR=1.058;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=32;WE=36595425;WS=36595407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,52:0.34:153
chr19	36595436	rs1008328	A	C	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=45;PP=2400;SC=TTGGTCTGTTACAGGGCAGCC;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=108;WE=36595444;WS=36595426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	36602729	rs1003470	G	C	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=37;PP=1122;SC=TGAAAGCAAGGCACTGTTCTA;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=36602737;WS=36602719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	36603703	rs2072605	T	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=14;PP=732;SC=CCAGGGGCCCTGGGACGCTGG;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=36603711;WS=36603693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	36605647	rs2227260	T	C	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=67;PP=2308;SC=AGGGGTTAGTTCTGGAGCCAT;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=119;WE=36605655;WS=36605637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	36605794	rs2231568	C	T	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=20;PP=503;SC=CCCAGCCTTCCGCGCTTGCTC;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=36605802;WS=36605784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	36632060	rs11084845	T	A	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr19	36640769	rs14100	T	C	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=391;SC=GCCCCCTCACTGCCTTGCTAT;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=36640777;WS=36640759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	36642310	rs2008683	T	C	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=14;PP=969;SC=CAGCCACCTCTTACTCTGGGT;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=36642318;WS=36642300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	36642554	rs2285598	C	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=580;ReadPosRankSum=1.593;SC=GGATCCCCACCCCCCCCGACC;SOR=1.010;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=27;WE=36642570;WS=36642544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr19	36642561	.	G	GC	3040.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.07;SOR=3.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	36642562	rs2285599	A	C	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=45;PP=1688;SC=ACCCCCCCCGACCCCCCACCT;SOR=2.770;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=49;WE=36642570;WS=36642544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	36642694	.	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=1.419;SC=TGGAGGCACCTGGAGGGGTGT;SOR=0.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=18;WE=36642702;WS=36642684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr19	36642884	rs17879437	T	C	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr19	36685310	rs2287897	C	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.07;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	36685316	rs2287898	T	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.07;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	36686205	rs56206115	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=334;SC=TTAACAAGGTGTACCCTGTTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=36686213;WS=36686195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	36728290	rs4806293	A	G	192.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=96;SC=TGCCCCAGAAATAATCCTTCT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=36728298;WS=36728280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	36896668	rs142442911	GTAAT	G	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=429;SC=TGTCAAAACAGTAATTAATAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=36896679;WS=36896658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	36900778	rs2271842	A	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	36940760	rs2967532	G	T	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=51;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TTAAACTGCCGATTACATTCC;SOR=0.998;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=163;TCF=74;TCR=89;TR=87;WE=36940768;WS=36940750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,125:0.51:247
chr19	36963743	rs73049826	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=2.010;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr19	36967352	rs150830509	T	TTTTC	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.25;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr19	36981218	rs2967473	G	A	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=27;PP=733;SC=AATGAGTGGGGCAGGAAGTAA;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=41;WE=36981226;WS=36981208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	37006064	.	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=-1.152;SC=ACATTCATAAGGTTTCTCTCC;SOR=1.237;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=14;WE=37006072;WS=37006054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr19	37038092	rs2278168	T	C	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr19	37039069	rs2912444	A	C	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=817;ReadPosRankSum=0.122;SC=GGTCCTTGTAAGTCAATCTTG;SOR=0.807;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=71;WE=37039077;WS=37039059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,109:0.50:216
chr19	37063218	rs11448179	C	CA	840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.238;HP=13;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GGTAAATGAACAAAAAAAAAA;SOR=1.206;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=27;WE=37063226;WS=37063208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr19	37064240	rs2967442	A	G	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=466;ReadPosRankSum=0.881;SC=CGCGGCCCTGAGGCCTGTGGG;SOR=0.574;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=32;WE=37064248;WS=37064230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr19	37065732	rs2912406	A	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=2.891;SC=GGTTTTATACATTACGAATAA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=12;WE=37065740;WS=37065722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr19	37068081	rs2912410	G	C	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=8;PP=256;SC=GGGCTGGTCTGGAACTCCTGA;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=18;WE=37068089;WS=37068071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	37117302	rs3108171	A	G	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=40;PP=1617;SC=ACTGGATGGGAGAAATCACTC;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=92;WE=37117310;WS=37117292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	37118439	rs61732180	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=357;ReadPosRankSum=0.583;SC=GTAGAAACCACGGGAATTCAG;SOR=0.989;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=29;WE=37118447;WS=37118429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,46:0.35:131
chr19	37134864	rs62112477	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr19	37147330	rs12981751	T	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=265;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TGCAAGAGCTTCCTGTGCTTG;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=20;WE=37147338;WS=37147320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr19	37203249	rs1830031	T	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=683;SC=TGTACCTGGCTAAGTCCACCT;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=37203257;WS=37203239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr19	37210805	rs3108201	C	T	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=65;PP=2835;SC=AGAAACCCTACATTTGTAAAG;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=141;WE=37210813;WS=37210795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	37241141	rs1673082	A	G	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=64;PP=2182;SC=GTTGAATAAGATGTGCAGACG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=119;WE=37241149;WS=37241131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	37241781	rs2462576	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=199;ReadPosRankSum=0.891;SC=GGTAGAAAGGGGAGACAAACT;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=10;WE=37241789;WS=37241771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr19	37441111	rs571294	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,69:0.49:141
chr19	37441462	rs546589	T	C	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=-3.069;SC=AAATTCACACTGGAGAGAAAC;SOR=0.745;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=38;WE=37441470;WS=37441452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
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chr19	37676174	.	G	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.988;NF=55;NR=33;PP=1258;ReadPosRankSum=-0.922;SC=ATTTCTGAACGAAGCCTTTCC;SOR=0.761;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=99;TCR=63;TR=88;WE=37676182;WS=37676164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,128:0.55:233
chr19	37689998	rs12459637	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=0.495;SC=CTTTATCATACACTTGTATAG;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=27;WE=37690006;WS=37689988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr19	37690375	rs73023557	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=209;ReadPosRankSum=-2.216;SC=TACAGTGAGCCGTGATTGCAC;SOR=1.162;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=16;WE=37690383;WS=37690365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr19	37690420	rs1234250	C	T	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=27;PP=1155;SC=AGTGAGACCCCGTTTCAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=62;WE=37690428;WS=37690410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	37698113	.	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=415;ReadPosRankSum=0.948;SC=GCTGGAGTCTGGAGGAAGGTC;SOR=0.713;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=30;WE=37698121;WS=37698103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,52:0.46:112
chr19	37721404	rs56895666	T	TA	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.770;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr19	37726433	rs320880	G	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=6.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=-1.749;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,79:0.52:151
chr19	37826023	.	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=188;ReadPosRankSum=0.195;SC=CACTTCGTGGGGAGGGTGTTT;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=16;WE=37826031;WS=37826013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr19	37854580	rs3745764	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=540;ReadPosRankSum=-1.459;SC=CACCAGAGGACACATTCAGGA;SOR=1.065;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=44;WE=37854588;WS=37854570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,56:0.32:176
chr19	37864925	rs61161652	A	AC	1062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=877;SC=CCACCCCGCCACCCTGGCCAG;SOR=2.517;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=21;WE=37864933;WS=37864915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	37870184	.	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=-1.363;SC=TAAAAATCTTCCTCTGGGGTG;SOR=0.837;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=24;WE=37870192;WS=37870174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr19	37958983	.	T	TTG	711.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.96;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr19	37961148	rs199763868	G	GGT	890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=363;ReadPosRankSum=0.598;SC=AGTCTAGACTGGTGATTCTGG;SOR=1.270;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=10;WE=37961156;WS=37961138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr19	37975892	.	C	T	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=1072;ReadPosRankSum=-3.121;SC=ATGACTCGTCCCTTACTCAAC;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=64;WE=37975900;WS=37975882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,77:0.61:126
chr19	38024287	.	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GGCAGCATGCCCGGGCTGCCA;SOR=0.660;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=21;WE=38024295;WS=38024277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr19	38024485	.	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=1.876;SC=GGCTCTACTTGATTGCACCTC;SOR=0.074;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=38024493;WS=38024475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	38033360	.	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	38046946	rs112514764	C	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.601;NF=11;NR=6;PP=189;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TTTTTCTGCACCTTTGGAGCT;SOR=0.936;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=17;WE=38046954;WS=38046936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr19	38056763	rs8111790	C	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=379;ReadPosRankSum=0.648;SC=TCTCACCAGTCTGAATTCTCT;SOR=0.799;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=25;WE=38056771;WS=38056753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr19	38077474	rs2306201	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr19	38077661	rs8111055	G	A	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=37;PP=1320;SC=ACAAGGAAAAGAAGCCACAAG;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=67;WE=38077669;WS=38077650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	38135403	rs2972458	T	C	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=13;PP=1095;SC=CCACTGCACTTCAGCCTGGTG;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=38135411;WS=38135393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	38135444	rs71298747	C	CAAAAAG	6204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=28;PP=1538;SC=TGGAAAAAAACAAAGACAGCC;SOR=1.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=60;WE=38135454;WS=38135434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	38138845	.	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=342;ReadPosRankSum=-0.574;SC=ACTGCCTCAGAGTTTCCAAAT;SOR=1.127;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=22;WE=38138853;WS=38138835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr19	38138887	rs2290999	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=0.878;SC=TCCATTCCTATATGCAACTCC;SOR=0.627;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=13;WE=38138895;WS=38138877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
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chr19	38184262	rs17246792	C	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=527;SC=GAGGGTTTCCCGGTGGCCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=38184270;WS=38184252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	38189440	rs958305	T	C	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=62;PP=2365;SC=TTCAAAGGGTTTCTTACCACT;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=126;WE=38189448;WS=38189430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	38189616	rs2075284	T	C	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=27;PP=896;SC=GTTTCTCTCCTGTATGAATTC;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=48;WE=38189624;WS=38189606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	38190845	rs5827990	GT	G	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=435;SC=AAATGTCAATGTTATTGTAGA;SOR=1.473;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=38190853;WS=38190835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	38198610	rs7255313	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=1.632;SC=CAAAGCGCTGGGATTACAAGC;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=7;WE=38198618;WS=38198606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr19	38202515	rs12461753	G	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=5.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr19	38202516	rs2909097	A	C	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.73;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	38229378	rs1291	G	A	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=25;PP=1215;SC=TGGCGCGCTCGTACTCTTTAC;SOR=1.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=38229386;WS=38229368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	38229824	rs3095726	T	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=17;PP=662;SC=TAGGGTTTCATACCAGTATGA;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=38229832;WS=38229814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	38229926	rs11666245	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=1.644;SC=TGAGTTTTCCGATGTTGAATA;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=21;WE=38229934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr19	38230962	.	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=385;ReadPosRankSum=0.311;SC=AACCACTACTAAATTTCTTCT;SOR=0.469;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=28;WE=38230970;WS=38230952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr19	38314767	rs2305105	A	G	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=30;PP=1238;SC=GAAGTGACAAAAGAACAAATG;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=38314775;WS=38314757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	38376103	rs73027454	A	G	6375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=81;PP=2965;SC=GTTTATCCTTAAAATCCCAGA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=163;WE=38376111;WS=38376093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	38376485	rs10408510	T	A	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=51;PP=1954;SC=AATGGCTTCATGTTTGGCCAG;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=38376493;WS=38376475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	38377409	rs7252765	A	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.74;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	38377563	.	C	T	3283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,172:0.46:377
chr19	38377563	.	CT	TC	1353	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=57;NR=41;PP=1353;QD=14.3517130088;SC=GAAAACTTTTCTTTTGGTTTG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=236;TCF=133;TCR=103;TR=98;WE=38377572;WS=38377553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:138,98:0.42:236
chr19	38377564	rs7253969	T	C	12609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.63;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr19	38378539	rs10422056	G	C	6144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=86;PP=2965;SC=CCAGTATCTTGTTGAACATTC;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=161;WE=38378547;WS=38378529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	38384421	rs3894129	C	G	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=36;PP=1298;SC=GTCCAGAATGCCTATGAGTCT;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=38384429;WS=38384411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	38384464	.	C	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=330;ReadPosRankSum=-0.225;SC=ACAGAGCCATCGGCAGAACCT;SOR=0.821;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=21;WE=38384472;WS=38384454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr19	38386820	.	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,72:0.49:147
chr19	38621473	rs861304	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=345;ReadPosRankSum=2.925;SC=CTGGCATGAGGCCTCCCTGGC;SOR=1.286;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=24;WE=38621481;WS=38621463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr19	38633159	rs2304132	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.914;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr19	38652993	rs332864	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=233;ReadPosRankSum=2.523;SC=GCAAAGATTCCCCCAACAGGC;SOR=0.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=21;WE=38653001;WS=38652983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr19	38696708	rs74573108	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.73;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr19	38696714	rs10419131	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr19	38697054	rs3745946	G	A	40.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr19	38706989	rs2278431	G	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=480;ReadPosRankSum=0.415;SC=GGAGGCATCCGTACCTGTGTG;SOR=0.940;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=34;WE=38706997;WS=38706979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr19	38708329	rs2304174	A	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=224;ReadPosRankSum=-0.119;SC=TCAGCCAGAGACCTGAGCAGC;SOR=1.134;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=14;WE=38708337;WS=38708319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr19	38708398	rs2304175	A	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=16;PP=681;SC=GTCTCTGGGCACCCCTCTCTC;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=38708406;WS=38708388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	38709532	rs2288907	C	G	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=25;PP=1239;ReadPosRankSum=-1.301;SC=AGGGGTGAGACGAAGCCATGC;SOR=0.794;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=179;TCF=117;TCR=62;TR=80;WE=38709540;WS=38709522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,112:0.46:245
chr19	38709552	rs2288909	C	T	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=37;PP=1256;ReadPosRankSum=0.144;SC=CAGCGGGGGTCCCCCAGAGGT;SOR=0.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=125;TCR=82;TR=94;WE=38709560;WS=38709542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,149:0.47:316
chr19	38709568	rs2255456	C	T	9976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=96;PP=2965;SC=GAGGTGGGCCCACCTGACAGT;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=132;TCR=96;TR=227;WE=38709576;WS=38709558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr19	38743506	rs73030311	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=324;ReadPosRankSum=1.066;SC=GCAAAGTGGGAGGCTGGGGGA;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=25;WE=38743514;WS=38743496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr19	38743591	rs10993	G	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr19	38774341	.	G	A	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=641;ReadPosRankSum=1.199;SC=TGTCACTGACGGATCCTGCCA;SOR=0.478;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=44;WE=38774349;WS=38774331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,64:0.44:144
chr19	38774473	.	CTTTTTTT	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr19	38778377	.	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=0.572;SC=TCCAAGTTGTGGTCTGGCATG;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=10;WE=38778385;WS=38778373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr19	38794895	rs2304176	T	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=403;ReadPosRankSum=0.117;SC=CAACTTCTCTTACCGCCATGG;SOR=1.104;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=25;WE=38794903;WS=38794885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr19	38795250	rs45437199	G	A	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1302;ReadPosRankSum=-1.780;SC=CCTCACTGCCGCACCTCCATC;SOR=0.590;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=90;TCR=76;TR=95;WE=38795258;WS=38795240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,151:0.56:269
chr19	38795580	rs201974576	CAAG	C	2153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.421;QD=19.06;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr19	38798086	rs3178327	T	C	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=754;ReadPosRankSum=-1.240;SC=CAAAGATGGCTACGCAGCACC;SOR=0.581;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=52;WE=38798094;WS=38798076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,114:0.56:202
chr19	38817110	rs7250755	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=6;PP=528;SC=AGGATCACTTAGGTCCAGGAG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=38817118;WS=38817100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	38817363	rs61734615	C	T	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1274;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TGCTGACTCACGTGCCCCTGT;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=163;TCF=71;TCR=92;TR=87;WE=38817371;WS=38817353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,107:0.51:209
chr19	38817486	rs3745951	T	C	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=729;ReadPosRankSum=1.152;SC=CTGTGATCTTTGCCCACCTCG;SOR=0.694;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=65;WE=38817494;WS=38817476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,99:0.50:200
chr19	38826947	rs56849284	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr19	38827049	rs112867468	G	GGAAC	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=230;ReadPosRankSum=0.365;SC=ACCCGGGGAAGGAACGGGTCC;SOR=0.595;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=38827057;WS=38827039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr19	38834377	rs73043019	G	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.506;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=383;ReadPosRankSum=0.884;SC=GGGCCTGGGGGAGGCGGGAGG;SOR=0.992;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=28;WE=38834385;WS=38834367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr19	38843069	.	A	G	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=857;ReadPosRankSum=-2.515;SC=AAACCGCGGCAGTGGTGAGTG;SOR=0.921;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=54;WE=38843077;WS=38843059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,83:0.54:154
chr19	38847431	rs2286475	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr19	38848796	rs4802351	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=1.040;SC=GGACTAGCAAACCCGAGTGGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=38848804;WS=38848786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr19	38849967	rs150469402	G	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr19	38850120	.	G	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=1.672;SC=CTCTAACAAGGAAAACTTCAT;SOR=0.793;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=18;WE=38850128;WS=38850110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,40:0.35:114
chr19	38850246	rs60071299	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr19	38852384	rs145616447	C	A	3534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=1.801;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,179:0.54:332
chr19	38858062	rs3745955	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=459;ReadPosRankSum=0.373;SC=TTTTTCCTGCGGCATCTCACT;SOR=0.961;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=27;WE=38858070;WS=38858052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr19	38861333	rs1052375	G	A	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=555;ReadPosRankSum=-1.286;SC=CGAGCATGCCGTCTCTGAGAC;SOR=1.217;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=39;WE=38861341;WS=38861323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,66:0.55:119
chr19	38867138	rs2302228	A	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=1.005;SC=GGTTGCATGGAAGCTCCTTTA;SOR=0.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=38867146;WS=38867128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	38873076	rs7257976	G	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GTACCTGGCAGCAGCTGGAGG;SOR=0.155;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=12;WE=38873084;WS=38873066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr19	38884833	rs8109713	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=203;ReadPosRankSum=1.278;SC=CGGAGTGGGCGGGACTGCCCC;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=16;WE=38884841;WS=38884823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
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chr19	38886758	rs140053480	G	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr19	38894307	rs150024474	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	38894374	rs113450443	C	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	38895473	rs113976914	G	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=226;ReadPosRankSum=0.801;SC=CCGGCCATCAGTGGAGCTTTT;SOR=0.586;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=17;WE=38895481;WS=38895463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr19	38896075	rs73044953	C	T	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=879;ReadPosRankSum=1.424;SC=AGACTGTGTGCGACTGACTGA;SOR=0.768;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=57;WE=38896083;WS=38896065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,87:0.50:175
chr19	38896295	rs3745963	A	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=406;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GCAGGGGACCATGCAGAATTG;SOR=0.729;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=29;WE=38896303;WS=38896285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr19	38897502	rs59491640	G	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.130;NF=31;NR=15;PP=726;ReadPosRankSum=0.799;SC=CAGGTCCCACGTGGGGAAGGG;SOR=0.408;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=46;WE=38897510;WS=38897492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr19	38899548	rs3745964	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=5;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.468;SC=CGGGGGCGGGGGGTCCTCCAT;SOR=1.863;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=9;WE=38899556;WS=38899538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr19	38905683	rs10412098	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.093;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=-1.009;SC=GCAGCCGGAAACCCGCGCAGC;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=11;WE=38905691;WS=38905673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr19	38910987	rs80159218	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr19	38912597	rs4310986	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=309;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CTGCTGGGGAGAGGACACTTA;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=22;WE=38912605;WS=38912587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
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chr19	38934713	.	G	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=943;ReadPosRankSum=1.174;SC=GAGGCCTGGTGGAGGGAGAGC;SOR=0.846;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=66;WE=38934721;WS=38934703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,100:0.46:218
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chr19	38943728	rs12460768	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=115;ReadPosRankSum=0.950;SC=GGGCCACGGCGCTGGGCGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=12;WE=38943736;WS=38943718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr19	38945851	rs7254832	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
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chr19	38946215	rs2288889	G	C	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=799;ReadPosRankSum=-2.445;SC=GTGGGACAGAGGCTTGTGGGA;SOR=0.513;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=57;WE=38946223;WS=38946205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,74:0.50:147
chr19	38948356	rs2071085	T	C	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=909;ReadPosRankSum=0.422;SC=ATGGATGTCCTTTCCTTAATC;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=62;WE=38948364;WS=38948346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,91:0.55:165
chr19	38948420	rs73044990	C	G	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
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chr19	38959680	rs11083462	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.607;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,66:0.43:152
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chr19	38979741	rs74778515	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=265;ReadPosRankSum=1.003;SC=TGAGGGGCAGGTCTGGAGAAT;SOR=1.781;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=16;WE=38979749;WS=38979731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr19	38980118	rs16972654	C	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=106;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GGCCTCTGTCCATCTGGGCTG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=38980126;WS=38980108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr19	38981003	rs17708009	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=618;ReadPosRankSum=-0.939;SC=GACCCTCAACCTCTAAACCCG;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=41;WE=38981011;WS=38980993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr19	38981284	rs2228068	A	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=505;ReadPosRankSum=0.282;SC=TGCAATTCAAAGATGGTACAG;SOR=0.792;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=34;WE=38981292;WS=38981274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,64:0.47:135
chr19	38985384	rs140470643	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	38987102	rs143102497	C	T	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,78:0.45:172
chr19	38987528	.	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=590;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CCCTGGACGTGGCTGCTGCCT;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=41;WE=38987536;WS=38987518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,68:0.43:157
chr19	38991640	rs2960323	C	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=698;ReadPosRankSum=-1.846;SC=GGTGAGCAACCCTGCCCAGCC;SOR=1.390;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=39;WE=38991648;WS=38991630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr19	38993372	rs1469695	A	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=14.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.345;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr19	38993418	.	GGCAGGGGCAGGGGCAGGGGCAGGGGCAGGGGGAGGA	G	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=4.141;NF=8;NR=0;PP=1358;ReadPosRankSum=-0.014;SC=CAGGGGCAGGGGCAGGGGCAG;SOR=0.186;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=8;WE=38993461;WS=38993408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr19	38993556	rs1469698	C	T	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.981;NF=44;NR=37;PP=1206;ReadPosRankSum=0.840;SC=ACCTGTTGCGCCGCCTGGTGT;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=81;WE=38993564;WS=38993546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,125:0.45:280
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chr19	38997076	rs2960344	C	T	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=977;ReadPosRankSum=0.552;SC=CTGGCATCCTCTGAATCTAGC;SOR=0.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=66;WE=38997084;WS=38997066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,80:0.44:180
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chr19	38997364	rs35973146	T	TTCA	882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=557;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TATTCGTATCTTCTTTATCAC;SOR=0.816;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=12;WE=38997372;WS=38997354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
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chr19	38997609	rs2915959	T	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=1.203;SC=GGGTTGGGGCTCCCGCGGAAG;SOR=0.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=12;WE=38997617;WS=38997599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
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chr19	39002691	rs2960338	C	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.383;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=588;ReadPosRankSum=1.419;SC=GGCATCCCCCCGGCCCATCTT;SOR=1.417;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=38;WE=39002699;WS=39002681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,53:0.37:144
chr19	39002725	rs2071089	A	G	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=765;ReadPosRankSum=0.485;SC=CAGACGCCCCAGCTGTGGTCA;SOR=1.390;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=130;TCF=82;TCR=48;TR=59;WE=39002733;WS=39002715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,76:0.39:193
chr19	39003153	rs77374921	C	T	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,123:0.49:250
chr19	39008003	rs2304151	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=302;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CCCCAGTCCTGGGGCTCCCCA;SOR=1.009;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=19;WE=39008011;WS=39007993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr19	39013849	.	C	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,80:0.37:215
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chr19	39028694	rs112783810	C	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=0.847;SC=CCTCCTCCCCCGGTCAATGAT;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=39028702;WS=39028684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr19	39063632	.	T	A	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=52;QD=43.3856062736;SC=CTGACCCCTCTGCCCATGTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=2;WE=39063646;WS=39063622;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
chr19	39063638	.	T	G	147.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CCTCTGCCCATGTTCCCCACA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=39063646;WS=39063622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr19	39063802	.	C	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=1.983;SC=CCTTTGGCCTCCTCCCACTAT;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=22;WE=39063810;WS=39063792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,41:0.35:118
chr19	39100737	rs13345885	A	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GACAGAGAGGACTGGTACAGG;SOR=0.497;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=24;WE=39100745;WS=39100727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
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chr19	39101870	rs2287732	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=358;ReadPosRankSum=1.146;SC=TCCCTCCTGTTACTCTCTCGT;SOR=0.094;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=22;WE=39101878;WS=39101860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr19	39109975	rs2232997	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=681;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CAGGTCTGAGCCCGGTTGGAG;SOR=0.437;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=48;WE=39109983;WS=39109965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,72:0.55:131
chr19	39138608	rs2303040	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr19	39191383	rs2112649	G	C	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=45;PP=1424;SC=CAGTGCGGCCGAGCCCTGGCA;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=39191391;WS=39191373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	39195558	rs2287728	C	T	3025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=35;PP=1570;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CCCTCTGCCCCCTTCCCTGTG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=90;TCR=56;TR=92;WE=39195566;WS=39195548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,135:0.61:222
chr19	39195795	rs141476190	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=0.090;SC=CCTTGCAGGGGTAGTCAGTGG;SOR=1.157;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=18;WE=39195803;WS=39195785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr19	39196745	rs3745859	C	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr19	39200843	rs12984794	C	T	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=684;ReadPosRankSum=1.655;SC=CAGTGAGTGACGCCTCCACCC;SOR=0.409;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=54;WE=39200851;WS=39200833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,92:0.54:169
chr19	39208795	rs7248577	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=814;ReadPosRankSum=-1.319;SC=TGGGTGTGCACACACAGCCCC;SOR=0.643;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=56;WE=39208803;WS=39208785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,98:0.56:174
chr19	39212052	rs34026184	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=180;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TCCATGCCACTGTCATTGGCA;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=10;WE=39212060;WS=39212042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr19	39214411	rs62120068	C	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=568;ReadPosRankSum=0.277;SC=CCTGCTGCCCCGGGGCTGGTG;SOR=0.452;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=38;WE=39214419;WS=39214401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr19	39215172	rs12986337	T	C	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=532;ReadPosRankSum=-2.084;SC=GCCAGGCCAATGTTGTGGGGC;SOR=0.877;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=46;WE=39215180;WS=39215162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,69:0.43:161
chr19	39215333	rs3786851	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TTCTCACCACCCAGGGGCCGT;SOR=0.105;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=39215341;WS=39215323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr19	39216248	rs376807963	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=1.487;SC=GGCCAAGGCCCCAGGCCAAAG;SOR=0.569;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=12;WE=39216256;WS=39216238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr19	39217774	.	C	T	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=41;PP=1212;ReadPosRankSum=1.460;SC=TCGGCCTCTCCCCTCCCGCCG;SOR=0.763;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=202;TCF=108;TCR=94;TR=90;WE=39217782;WS=39217764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,206:0.50:413
chr19	39218694	rs12981131	A	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr19	39219050	.	G	GCTCCTCCTC	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.372;QD=24.11;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr19	39219124	.	T	G	335	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=82;MMLQ=19;MQ=59.91;NF=0;NR=12;PP=335;QD=30.8142677123;SC=CTCCAGAGCTTCCTCGTCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=12;WE=39219132;WS=39219114;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,12:0.48:25
chr19	39219780	rs1136956	T	C	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=-2.268;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,68:0.51:134
chr19	39224413	rs4801861	A	G	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=41;PP=1592;SC=CGAACTTGTTAAATATGGCCT;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=39224421;WS=39224403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	39224902	rs35807146	G	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=501;ReadPosRankSum=-1.204;SC=GGGGAGGAGAGACCCCAACGT;SOR=0.546;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=39;WE=39224910;WS=39224892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,63:0.37:170
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chr19	39225079	rs117513237	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=244;ReadPosRankSum=0.057;SC=TTCTGGCCACCACTTTAAGGG;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=22;WE=39225087;WS=39225069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
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chr19	39227107	rs202243527	TTTGACCAAGCCCCAGGGCAGG	T,GTTGACCAAGCCCCAGGGCAGG	1457.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.78;QD=29.15;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,28,22:0.56,0.44:50
chr19	39227221	.	A	AAGGGGCGTCGGGGCAGGGGAGAGAGGGGCGTCGGGGCAGGGGAGAG	615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=29.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;MQRankSum=-0.995;QD=8.43;ReadPosRankSum=-2.014;SOR=4.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,10:0.14:73
chr19	39227253	rs62120076	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=-1.256;QD=3.44;ReadPosRankSum=-2.361;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,25:0.24:106
chr19	39227347	.	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.919;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.479;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=633;ReadPosRankSum=1.147;SC=CCCCGCAGTCCCCGACCCAGG;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=37;WE=39227355;WS=39227337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr19	39228868	rs34488364	G	GCA	309.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=217;SC=GAACCCCTTGGCAGAGACCCT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=39228876;WS=39228858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	39229089	rs12983010	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=337;ReadPosRankSum=1.745;SC=CACTCCACGCAGCCCCATGGG;SOR=0.423;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=25;WE=39229097;WS=39229079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr19	39229316	rs12983550	A	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=449;ReadPosRankSum=1.280;SC=TGGTGAGGCCAAGGTAGGGGA;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=29;WE=39229324;WS=39229306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr19	39230748	rs34911882	C	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.838;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=587;ReadPosRankSum=1.349;SC=GGGCAGAGAACAGCCCCATGC;SOR=0.416;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=34;WE=39230756;WS=39230738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr19	39232968	rs35341175	C	CA	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr19	39233042	.	A	T	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=5.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.736;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr19	39233146	rs936524	A	G	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=49;PP=1463;SC=GGGAGGCGGCAGCTGCAAGGA;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=39233154;WS=39233136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	39233221	rs1106372	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=310;ReadPosRankSum=1.223;SC=GGCCTGGTGCGGTGGCTCATG;SOR=0.452;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=17;WE=39233229;WS=39233211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr19	39281540	rs147201724	T	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	39297007	rs74176466	C	CA	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr19	39297201	.	CC	TT	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.586;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=462;ReadPosRankSum=-0.032;SC=AAGCCGGTGCCCGTACTCATA;SOR=0.847;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=17;WE=39297210;WS=39297191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr19	39299362	rs1035525	A	G	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=18;PP=1212;SC=AGCTTGGGAAACAAGAGAGAA;SOR=1.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=39299370;WS=39299352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	39307846	.	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=356;ReadPosRankSum=0.222;SC=CTGCCTCTTGGGACACAGTCT;SOR=1.056;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=25;WE=39307854;WS=39307836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr19	39322087	rs9419	T	G	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=56;PP=2026;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TCCGGAAGCCTCCTCTTGTGC;SOR=0.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=96;WE=39322095;WS=39322077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr19	39328145	rs2278010	A	C	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=38;PP=1467;SC=GGGGAAAAGTAAAGGTTTTAG;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=39328153;WS=39328135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	39330714	rs62119016	A	C	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=20;PP=861;SC=CGAGGAACCCAGGGGGCCCGG;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=39330722;WS=39330704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	39334811	rs2278011	T	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=636;SC=TACCCCAGAGTGTGATAAGGA;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=39334819;WS=39334801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	39334830	rs2278012	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=397;SC=GACAAGGTAGCACCCCAAGAC;SOR=1.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=39334838;WS=39334820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	39338125	rs862454	G	A	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=54;PP=1627;SC=ACAAGATGACGCCCCACTGGC;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=94;WE=39338133;WS=39338115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	39338142	rs862455	A	G	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=48;PP=1565;SC=TGGCCTCTGTACTGTTGTAGA;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=83;WE=39338150;WS=39338132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	39364415	rs6508823	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr19	39366899	rs1529713	A	G	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=423;ReadPosRankSum=-1.437;SC=AATTTGTGTCATGTTTGTCAC;SOR=0.606;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=36;WE=39366907;WS=39366889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,54:0.44:124
chr19	39367111	rs1001413	T	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=441;ReadPosRankSum=-1.395;SC=TCTGCTTTGTTCACCTGTGGT;SOR=1.056;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=26;WE=39367119;WS=39367101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr19	39370144	rs117253061	C	T	7018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=66;PP=2844;SC=CACGTCCCTGCGGTGCAGCAG;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=151;WE=39370152;WS=39370134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	39371724	rs201596933	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=138;ReadPosRankSum=-1.737;SC=TGCGGGGAGGCTGGGGGGCCA;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=12;WE=39371732;WS=39371714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr19	39379669	.	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=374;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCTCTGCTGAGGACACCATGC;SOR=0.577;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=20;WE=39379677;WS=39379659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr19	39381338	.	GA	G	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.183;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr19	39390931	rs2053071	C	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=0.087;SC=CCTGAGGCTTCCTAACCTCAT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=34;WE=39390939;WS=39390921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr19	39398416	rs3136642	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GAACTCAGGCAGCAGCGCCAG;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=6;WE=39398424;WS=39398406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr19	39399277	rs3136646	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=0.623;SC=GGCTTTGAGGCGAGACCTAAT;SOR=1.863;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=39399285;WS=39399275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	39400054	rs11404115	T	TA	867.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=880;ReadPosRankSum=0.829;SC=TCGGTTCTCATAGTGGCATCC;SOR=2.013;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=22;WE=39400062;WS=39400044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr19	39402455	rs76973734	C	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=-1.708;SC=TCCTCACCTCCTCCTTGGAGG;SOR=0.906;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=16;WE=39402463;WS=39402445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr19	39407014	rs4801945	C	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=724;SC=GCAAGAGGAACAAATGGAAAC;SOR=2.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=39407022;WS=39407004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	39408360	rs7508411	A	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=9;PP=478;SC=GCCCCTCTCCACACCGGAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=39408368;WS=39408350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	39408688	rs4803034	C	G	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=36;PP=1223;SC=GGAGGGAAGACTGATTGTCAC;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=39408696;WS=39408678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	39409236	rs11083489	C	A	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=23;PP=779;SC=TTTTACAGTCCCAACCCCAGC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=39409244;WS=39409226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	39409637	rs12459197	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=1.547;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	39410530	.	G	A	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=475;ReadPosRankSum=-0.650;SC=CAGACAGGCGGGTGCACATGG;SOR=0.713;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=32;WE=39410538;WS=39410520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr19	39412404	rs75345221	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.180;SC=TGTGGTGGACATTCATGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=39412412;WS=39412394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr19	39416887	rs11544093	C	T	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=630;ReadPosRankSum=0.762;SC=CCTTCTCTTCCTCCAGGCTCC;SOR=0.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=58;WE=39416895;WS=39416877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,89:0.45:198
chr19	39416966	rs4803045	GA	TT	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=925;ReadPosRankSum=0.992;SC=GAGAAAAGGAGATGAAGCAGC;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=24;WE=39416975;WS=39416956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr19	39421388	rs730078	A	G	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=49;PP=1375;SC=TTGGACCGGGAACAAGGCGGC;SOR=1.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=39421396;WS=39421378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	39433136	rs77963530	C	CA	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=422;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TCCCGAGCTCCAGTGATCCTC;SOR=0.990;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=11;WE=39433144;WS=39433133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr19	39433299	rs8113389	A	G	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=41;PP=1660;SC=CAAGGGCGCCATAGTGCCCCA;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=95;WE=39433307;WS=39433289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	39433497	rs11313800	GT	G	1143.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=21;PP=911;SC=TCCTGCGCTAGTTTGCTGGGG;SOR=3.690;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=21;WE=39433507;WS=39433487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	39433499	rs57290038	T	G	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=456;SC=CTGCGCTAGTTTGCTGGGGAC;SOR=3.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=20;WE=39433507;WS=39433487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	39435485	rs10416055	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=313;SC=AGAAGGGCTCGATACTTCTTA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=39435493;WS=39435475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	39435933	rs11672849	C	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.06;QD=23.41;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	39437258	rs10568003	TCA	T	2639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=976;ReadPosRankSum=0.670;SC=GGCATTCAAGTCACAGTCAGA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=24;WE=39437278;WS=39437248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,69:0.49:142
chr19	39437270	rs2278412	G	A	4792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=46;PP=1423;SC=ACAGTCAGAAGCCACCTCCTC;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=39437278;WS=39437248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	39437411	rs2278413	G	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.319;SC=CCACCCTGCTGCGGGCTCCAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=39437419;WS=39437401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr19	39441046	rs78365239	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-1.294;SC=TTGTCCCCCAGGGCGCAAGGC;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=39441054;WS=39441036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr19	39589334	rs560364	G	A	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=850;SC=TTGAGGAGGAGTGGGAAGAGG;SOR=1.284;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=45;WE=39589342;WS=39589324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	39589518	rs190998143	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr19	39589520	rs371296886	CACCAGTCGGGGAAGGATGGGGTTGGAGGGAGGG	C	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr19	39589869	rs11326424	CG	C	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.883;NF=2;NR=4;PP=125;ReadPosRankSum=-1.854;SC=GCGCGCGGGTCGGGGGCGGTG;SOR=0.458;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=39589877;WS=39589859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr19	39590955	rs8110736	G	A	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=863;ReadPosRankSum=1.091;SC=CCAGCCTGCCGTACATGACAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=59;WE=39590963;WS=39590945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,88:0.48:182
chr19	39592138	rs1313617	C	T	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=7.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,76:0.43:176
chr19	39597625	.	G	A	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=782;ReadPosRankSum=-1.592;SC=CTGTCTTCCCGAGGCCCTGGA;SOR=0.887;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=56;WE=39597633;WS=39597615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,103:0.52:198
chr19	39660277	rs75096376	C	T	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=772;ReadPosRankSum=0.795;SC=TCGACCAGCACGAGCAGAAGT;SOR=0.482;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=61;WE=39660285;WS=39660267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,93:0.50:186
chr19	39687592	rs12462614	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.330;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr19	39688815	rs12610064	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=378;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GTTGGGGTGTCCTAACCCTTT;SOR=0.663;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=22;WE=39688823;WS=39688805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr19	39688901	rs12610093	G	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=0.719;SC=AAGGTGAGTCGCCAGGGCCAG;SOR=0.834;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=26;WE=39688909;WS=39688891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr19	39689943	rs12610530	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=259;ReadPosRankSum=-2.519;SC=CCCCGTGATCGCGCAGGGCTG;SOR=0.407;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=17;WE=39689951;WS=39689933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr19	39691136	rs11672471	C	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=641;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TGAGACTCTCCGCGCCGGGGC;SOR=0.481;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=43;WE=39691144;WS=39691126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,57:0.46:123
chr19	39691216	rs11672475	A	T	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GCGGGTCCTCAAAAAGGGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=102;TCR=79;TR=75;WE=39691224;WS=39691206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,103:0.42:244
chr19	39691239	rs11672479	A	G	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.259;SC=CCCTAACCCCAGGTGCTGTCA;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=110;TCR=88;TR=84;WE=39691247;WS=39691229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,132:0.45:293
chr19	39734220	rs4803217	C	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.331;NF=24;NR=9;PP=387;ReadPosRankSum=2.436;SC=ATAAATTAAGCCAAGTGGCTA;SOR=0.961;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=33;WE=39734228;WS=39734210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
chr19	39734923	rs11881222	A	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.422;NF=17;NR=4;PP=330;ReadPosRankSum=0.072;SC=GTGGTCAGGTAGGAGCAGAGG;SOR=0.760;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=21;WE=39734931;WS=39734913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr19	39735106	rs8103142	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQRankSum=-0.447;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr19	39735644	rs28416813	C	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.568;NF=6;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=1.001;SC=TGAGGGAATGCAGAGGCTGCC;SOR=1.070;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=18;WE=39735652;WS=39735634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,27:0.24:112
chr19	39745695	rs35963157	G	GC	2761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.994;NF=15;NR=31;PP=1820;ReadPosRankSum=2.308;SC=TGCCACACTTGCACGAGACAC;SOR=0.622;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=46;WE=39745703;WS=39745685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,88:0.51:173
chr19	39760069	rs30481	G	C	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=41;PP=2095;SC=TCTCTATCCTGCTCCCCAACC;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=85;WE=39760077;WS=39760059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	39760368	.	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.070;NF=8;NR=19;PP=469;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CCGCCCTCCTCTGCCCACAGA;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=27;WE=39760376;WS=39760358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr19	39787513	.	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=417;ReadPosRankSum=1.112;SC=GGGACCTGAGGCTTCTCCAGG;SOR=0.996;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=30;WE=39787521;WS=39787503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
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chr19	39905852	.	C	T	2592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1116;ReadPosRankSum=-1.170;SC=CCCGGGAGATCGTGGAGACAG;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=81;WE=39905860;WS=39905842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,134:0.46:289
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chr19	39913614	.	C	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=873;ReadPosRankSum=-0.495;SC=ACGTGCCCAACCTTCCTGAAA;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=60;WE=39913622;WS=39913604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,90:0.45:202
chr19	39914308	rs31725	C	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=715;ReadPosRankSum=3.168;SC=GGTCCGGGTACGTGGTTGGCA;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=54;WE=39914316;WS=39914298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,73:0.56:130
chr19	39914748	rs31726	G	A	4047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=56;PP=1662;ReadPosRankSum=-0.680;SC=CCTGAGCATAGAAGTCACATG;SOR=0.606;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=105;TCR=122;TR=104;WE=39914756;WS=39914738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,191:0.54:357
chr19	39915637	rs31727	G	A	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=583;ReadPosRankSum=1.122;SC=ATATCAGCCAGAGCCTGGCTC;SOR=0.841;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=38;WE=39915645;WS=39915627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr19	39915758	rs31728	C	G	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=637;ReadPosRankSum=-1.922;SC=ACCACCTCCCCCAGCCAGGCG;SOR=0.595;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=44;WE=39915766;WS=39915748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,82:0.51:162
chr19	39916110	rs16746	GGGA	G	553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.822;NF=0;NR=13;PP=507;ReadPosRankSum=1.851;SC=GGATGGGGAAGGGAGGAATGT;SOR=0.238;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=13;WE=39916120;WS=39916100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	39924129	rs566130	T	C	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1360;ReadPosRankSum=0.793;SC=CACACACCCATCTACCTCATG;SOR=0.637;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=103;TCR=68;TR=87;WE=39924137;WS=39924119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,138:0.56:247
chr19	39926509	rs17628	A	C	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=63;PP=2884;ReadPosRankSum=0.220;SC=AGACCTGCACAGACTGCAGCG;SOR=0.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=71;TCR=120;TR=101;WE=39926529;WS=39926499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,134:0.52:256
chr19	39926521	rs17626	G	A	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=3;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=56;PP=2884;ReadPosRankSum=0.785;SC=ACTGCAGCGGGCCCTTGGACG;SOR=0.640;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=65;TCR=109;TR=91;WE=39926529;WS=39926499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,112:0.52:215
chr19	39932066	rs1865091	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CTGCTGGATCTCCTGGGGTCC;SOR=1.038;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=39932074;WS=39932056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr19	39936502	rs1932	G	A	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=506;ReadPosRankSum=-1.721;SC=ACGCGCCAAGGCTGCTGTCTT;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=38;WE=39936510;WS=39936492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,70:0.46:152
chr19	39936693	rs2116932	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=125;ReadPosRankSum=0.544;SC=GAGGGGTTCACAGCGGGCTCT;SOR=0.038;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=11;WE=39936701;WS=39936683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr19	39944082	rs1130180	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=-0.737;SC=AGGAGGAATACGATGAGGAAG;SOR=0.889;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=19;WE=39944090;WS=39944072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr19	39948871	rs374640896	CCCACCA	C	1370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;MQRankSum=0.364;QD=38.08;ReadPosRankSum=0.311;SOR=4.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr19	39955533	rs2304217	G	A	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=656;ReadPosRankSum=-2.029;SC=AGGCCATTGAGGGGGTGGGCA;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=45;WE=39955541;WS=39955523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,74:0.65:114
chr19	39957232	rs57236251	TGG	T	2606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.937;NF=16;NR=20;PP=865;ReadPosRankSum=0.966;SC=ATCTGTGGCCTGGGGGGGAGG;SOR=0.706;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=36;WE=39957241;WS=39957222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,74:0.54:137
chr19	39957472	rs8103333	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=0.339;SC=CAGGGGTGGCCCCGCCACAGG;SOR=0.741;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=23;WE=39957480;WS=39957462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr19	39971432	rs2304220	G	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=595;ReadPosRankSum=-0.466;SC=ATTGGCTGTAGCTCCGGCCCG;SOR=1.298;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=36;WE=39971440;WS=39971422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,47:0.53:88
chr19	39971622	rs2304221	C	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=3.224;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr19	39976464	rs4803245	C	G	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=997;ReadPosRankSum=1.364;SC=CCCGGGAAACCCAGTGGGTTG;SOR=0.320;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=63;WE=39976472;WS=39976454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,85:0.66:129
chr19	39976734	rs4803247	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=0.149;SC=AGAGAACTCTGTTCTGGGAAT;SOR=0.776;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=15;WE=39976742;WS=39976724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr19	39978610	rs74178079	GTGTA	G	1153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=997;ReadPosRankSum=1.724;SC=GTGTGATGCTGTGTATGTATG;SOR=1.096;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=21;WE=39978621;WS=39978600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr19	39990245	rs3212275	G	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=696;ReadPosRankSum=0.132;SC=TCCCAGACCAGTAACTCTACC;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=39;WE=39990253;WS=39990235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr19	39991237	rs2304223	C	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,103:0.50:205
chr19	39993415	rs2278440	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CATGTTCGGCCGGGCCCACCC;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=18;WE=39993423;WS=39993405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr19	39993560	rs8107127	T	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr19	40093111	rs3764843	C	A	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=972;ReadPosRankSum=1.283;SC=GAATGAAGCCCGAGGGCAAGG;SOR=0.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=55;WE=40093119;WS=40093101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr19	40093215	.	T	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=505;ReadPosRankSum=-0.396;SC=AACAATGTCTTCTTTACCCGT;SOR=0.559;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=38;WE=40093223;WS=40093205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,46:0.33:141
chr19	40096127	rs2233709	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=221;SC=CAGGGTCCATCTCCCATAACT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=40096135;WS=40096117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	40149297	rs1860134	T	A	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.509;SC=TACGTGTGTCTCAATGAGTAT;SOR=0.404;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=65;WE=40149305;WS=40149287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr19	40174236	rs7258833	G	A	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,139:0.47:294
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chr19	40199914	rs10755	C	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=533;ReadPosRankSum=0.973;SC=TGCAAGTCTTCAGAGATATCT;SOR=0.896;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=33;WE=40199922;WS=40199904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,51:0.41:124
chr19	40221999	.	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=0.433;SC=GACAGGGATTCCTTGGCAACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=40222007;WS=40221989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	40224833	rs375867	A	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
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chr19	40224887	rs391660	T	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=618;ReadPosRankSum=1.247;SC=TGAGATCCCATGGAAGCCGGG;SOR=0.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=18;WE=40224909;WS=40224877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr19	40224901	rs453827	G	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=618;ReadPosRankSum=1.211;SC=AGCCGGGTGCGGGGAGCTCCT;SOR=0.653;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=20;WE=40224909;WS=40224877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr19	40224986	rs384138	A	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=435;ReadPosRankSum=0.895;SC=GAAAGGGCATATTCTTGGATT;SOR=0.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=32;WE=40224994;WS=40224976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,59:0.41:145
chr19	40225168	rs399641	T	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=208;ReadPosRankSum=2.026;SC=AGCAGGTCCCTTTCTTGTGGG;SOR=0.665;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=15;WE=40225176;WS=40225158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr19	40225228	.	CAA	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=175;ReadPosRankSum=0.917;SC=CGTGGTCGAGCAAAGACTTGT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=40225237;WS=40225218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	40225646	rs17608	G	A	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=338;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CAAGAAACAGGCAAGTGGTCG;SOR=0.615;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=32;WE=40225654;WS=40225636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr19	40318086	rs12977762	A	G	7749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	40318086	.	AG	GA,GG	893	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=36,63;NR=34,60;PP=893,771;QD=13.5209696409;SC=GCAGGGGTCAAGGTCATCAGG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=70,123;WE=40318095;WS=40318076;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.55:128
chr19	40318087	rs56110449	G	A	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.434;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,115:0.54:213
chr19	40328339	rs62621202	C	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=1.689;SC=GGGCCACCCCCAGACCCCTCA;SOR=0.553;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=14;WE=40328347;WS=40328329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr19	40328615	rs616650	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=105;SC=ATGACTATTGCTATCATGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=40328623;WS=40328605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	40362573	rs10422312	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=6.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=347;ReadPosRankSum=-0.169;SC=GTGGGAGAAGAAGTTGTGTGG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=21;WE=40362581;WS=40362563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr19	40363020	rs741143	G	A	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.628;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=920;ReadPosRankSum=1.733;SC=GGAGCCGGGCGCCCGCCATGC;SOR=0.474;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=67;WE=40363028;WS=40363010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,87:0.53:163
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chr19	40368280	rs62106924	A	G	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=5.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.30;MQRankSum=-5.921;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.471;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,62:0.59:105
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chr19	40368376	rs75204711	A	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQRankSum=-4.033;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,45:0.19:233
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chr19	40368498	rs12610683	AA	CC	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=23;PP=1733;SC=GTGCCAGATGAAAGGGGTCCG;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=40368507;WS=40368488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	40368520	rs36079378	G	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.714;NF=5;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.071;SC=AGAAGCCAGGGCCCTCGTACT;SOR=0.969;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=14;WE=40368528;WS=40368510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr19	40374034	rs138587194	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.56;MQRankSum=-4.734;QD=9.27;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr19	40376261	.	A	G	155	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=44.32;NF=6;NR=4;PP=155;QD=18.9771212547;SC=GGGCTGATGAACAGTGGGAGG;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=10;WE=40376269;WS=40376251;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	40376529	.	C	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.60;MQRankSum=0.665;QD=23.70;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr19	40376562	.	A	G	175	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=40.05;NF=10;NR=1;PP=175;QD=19.0701102316;SC=GGGGCTGCAAAGCCCAGGGTC;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=11;WE=40376570;WS=40376552;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr19	40376675	rs77872255	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.55;MQRankSum=-3.264;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.558;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,47:0.32:145
chr19	40376880	rs75009537	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQRankSum=-4.538;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr19	40382178	rs76154158	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.255;NF=9;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=-1.303;SC=CGGGAAGGAAAGTGGCCCCTG;SOR=0.512;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=13;WE=40382186;WS=40382168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr19	40384163	.	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQRankSum=-1.258;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
chr19	40389581	rs143411450	G	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.433;NF=13;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=1.317;SC=TACACTACCCGCAGCCCCAGA;SOR=0.610;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=16;WE=40389589;WS=40389571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr19	40392315	.	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.89;MQRankSum=-2.170;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr19	40392359	rs56242719	T	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.50;QD=27.44;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	40392482	rs62108883	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQRankSum=1.292;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr19	40392631	rs80068592	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-0.176;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr19	40405847	rs2011817	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CCAGTTACACCACCCTCAGCC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=6;WE=40405855;WS=40405837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr19	40406019	rs2355719	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.963;NF=12;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=0.000;SC=CATGGCACGTGCACTGCTGCC;SOR=0.713;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=26;WE=40406027;WS=40406009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr19	40408146	rs56186636	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.429;NF=17;NR=10;PP=400;ReadPosRankSum=1.393;SC=CTGCAAGGAGGGGGTGCCGAT;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=27;WE=40408154;WS=40408136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr19	40408821	rs11083543	C	G	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.743;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.394;NF=25;NR=28;PP=779;ReadPosRankSum=-2.346;SC=GCCAGCACCACGGGCAGCTTC;SOR=0.719;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=53;WE=40408829;WS=40408811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,72:0.44:165
chr19	40408857	rs4802064	T	C	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.774;NF=26;NR=28;PP=604;ReadPosRankSum=1.275;SC=ACCTGGGAGGTGAGAGAGGCA;SOR=0.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=54;WE=40408865;WS=40408847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,86:0.45:190
chr19	40408910	rs11083544	T	C	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=638;ReadPosRankSum=-2.128;SC=GGTAGGACCCTAGTTCAAGCC;SOR=0.532;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=43;WE=40408918;WS=40408900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
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chr19	40521256	rs143797522	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=450;ReadPosRankSum=0.189;SC=AGAAGCCCTACATATGTAATG;SOR=0.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=29;WE=40521264;WS=40521246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr19	40590499	.	C	CT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.402;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr19	40711333	rs892117	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=1.005;SC=CCTTTTTTGCATATTAAGAAA;SOR=1.802;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=40711341;WS=40711323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr19	40720079	rs3746005	C	T	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=52;PP=1590;SC=CGCCATCGGACGGGGCGCTGG;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=88;WE=40720087;WS=40720069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	40721877	rs8106744	G	C	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr19	40723844	rs79666308	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-3.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.437;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=185;ReadPosRankSum=0.383;SC=CCCATCCCCCCACCCCCCGAC;SOR=0.158;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=14;WE=40723852;WS=40723834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr19	40739513	rs33933140	A	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
chr19	40739721	rs2304186	G	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=473;ReadPosRankSum=-1.521;SC=AAGTTAGGGGGAAAAAACCAC;SOR=0.728;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=38;WE=40739729;WS=40739711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,57:0.45:126
chr19	40742105	rs2304188	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=413;ReadPosRankSum=0.814;SC=AACACACAGGTCTGGGGGATC;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=22;WE=40742113;WS=40742095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr19	40742320	rs2304189	T	C	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=17;PP=557;SC=GGATCTCAGGTGCATGCTCCC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=40742328;WS=40742310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	40770982	rs3730050	T	C	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=146;SC=GTCCACGAAATGGGGGCATAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=40770990;WS=40770972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	40781192	.	G	A	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1026;ReadPosRankSum=1.678;SC=GCATGCACGGGAGCCCTCCAG;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=76;WE=40781200;WS=40781182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,122:0.48:255
chr19	40788641	rs11880261	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=13;PP=288;SC=TCTGATAAGATGCGGTGGAAG;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=21;WE=40788649;WS=40788631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	40839664	rs8103796	A	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=309;SC=TCTACCTTTGAAAATTACAGG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=40839672;WS=40839654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	40873489	.	T	TA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,18:0.25:73
chr19	40875800	rs3745198	C	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=-1.361;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	40875810	rs3745199	C	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr19	40883608	.	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.330;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=393;ReadPosRankSum=0.587;SC=CCACAGATCTCGCTCCACACT;SOR=0.679;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=24;WE=40883616;WS=40883598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr19	40883844	rs45469694	A	C	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1159;ReadPosRankSum=-1.086;SC=TTCAGACACCAGGGGCGGCCC;SOR=0.704;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=199;TCF=99;TCR=100;TR=91;WE=40883852;WS=40883834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,131:0.45:288
chr19	40884160	rs4635	G	A	5854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=69;PP=2347;ReadPosRankSum=-0.166;SC=CTGTCCCCGCGCCCCCGCTTC;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=131;WE=40884168;WS=40884150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,234:0.99:236
chr19	40886223	rs56237517	G	A	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.145;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=818;ReadPosRankSum=0.051;SC=GAACGCACCCGGCTCACCTCA;SOR=1.191;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=51;WE=40886231;WS=40886213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,95:0.48:199
chr19	40900865	rs268674	C	T	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=43;PP=1758;SC=ACCACCTGCCCGGCTGTGGAC;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=91;WE=40900873;WS=40900855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	40901011	rs3745202	G	C	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.051;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=779;ReadPosRankSum=2.921;SC=CTTTTCCCCCGGGCTGGCACG;SOR=0.507;Source=Platypus;TCF=66;TR=62;WE=40901019;WS=40901001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,103:0.48:216
chr19	40901496	rs268673	T	C	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=733;ReadPosRankSum=1.382;SC=CTTTTGTCTCTATCATCTCCA;SOR=0.682;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=46;WE=40901504;WS=40901486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
chr19	40901604	rs268672	A	G	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=7.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.40;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr19	40901614	rs268671	A	G	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.73;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
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chr19	40947448	rs2887292	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=300;ReadPosRankSum=1.458;SC=TCCACTCCCAAGAACCTGGGG;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=24;WE=40947456;WS=40947438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr19	40947751	rs35314597	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr19	40957441	rs373095840	CTT	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.619;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.409;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr19	41007797	rs75996882	GTC	G	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.394;NF=5;NR=4;PP=297;ReadPosRankSum=-0.740;SC=AGTGCCCACTGTCTTGTTTCC;SOR=0.807;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=9;WE=41007806;WS=41007787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr19	41008049	rs814526	A	G	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=479;ReadPosRankSum=1.718;SC=TGGACCAGGTATTGGAGGTGG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=33;WE=41008057;WS=41008039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr19	41010045	rs10420988	G	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=6.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr19	41010047	rs843779	C	G	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.25;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	41012190	rs7258094	C	T	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=403;ReadPosRankSum=2.031;SC=TGGAGGCAGACGACCTGTTGC;SOR=1.024;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=29;WE=41012198;WS=41012180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr19	41025243	rs814538	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=1.651;SC=ACCCTGGGTCGGCGGGCCCTC;SOR=1.061;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=11;WE=41025251;WS=41025233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr19	41034912	rs1461008	G	A	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=28;PP=1650;SC=CCCCCAACCCGGGGCCTTTCC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=88;WE=41034920;WS=41034890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	41038574	rs814501	G	A	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=34;PP=1429;SC=GGCGCGGGATGGCACGCGGGA;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=80;WE=41038582;WS=41038564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	41040334	rs1165858	G	A	93.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.78;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	41056410	rs71173650	ATT	A	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr19	41062144	.	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=1.210;SC=TGCCGAGAAGGAGGTGGTGGC;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=13;WE=41062152;WS=41062134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr19	41072890	rs1165835	C	A	276.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=2.664;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr19	41073863	rs61733984	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=1.902;SC=GCCGGCCGCACCAGAGGACGC;SOR=0.223;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=10;WE=41073871;WS=41073853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr19	41075662	rs1165837	G	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.87;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	41077891	rs8101070	C	T	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=14;PP=749;SC=CAGAGTGCTGCGGCTCTGCCT;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=41077899;WS=41077881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	41078220	rs1165841	G	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=10;PP=541;SC=CCAGATCTCTGAAGTCCTGTG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=41078228;WS=41078210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	41082993	rs35684786	GC	G	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.487;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	41083854	rs67613859	TAC	T	158.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr19	41094765	rs12977500	G	A	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=871;ReadPosRankSum=-1.620;SC=TCCCACTTGCGGCCACCTGAC;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=39;TCR=73;TR=57;WE=41094773;WS=41094755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,80:0.51:158
chr19	41095086	.	TGAGGACAGTCCTGTCCAACAGGGAGG	T	1630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.963;NF=2;NR=13;PP=2954;ReadPosRankSum=0.826;SC=TGGGCAGCGGTGAGGACAGTC;SOR=0.951;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=15;WE=41095119;WS=41095076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr19	41096116	rs117030537	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=293;ReadPosRankSum=-2.029;SC=GGTGAGAAAGCGAGGGTGACC;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=21;WE=41096124;WS=41096106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr19	41096189	rs396118	A	G	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=510;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CACCCACGACAGCCTTCACAG;SOR=0.677;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=41;WE=41096197;WS=41096179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,78:0.57:136
chr19	41107428	rs185400394	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=269;ReadPosRankSum=2.424;SC=GCCTGCGCTGCGTCCATGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=20;WE=41107436;WS=41107418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr19	41116397	rs1318544	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
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chr19	41119273	rs12611045	G	C	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=38;PP=1149;ReadPosRankSum=-2.003;SC=TGGGAGGCCGGGTCCCGTGAC;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=107;TCR=76;TR=89;WE=41119281;WS=41119263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,149:0.53:280
chr19	41120083	rs2369006	A	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
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chr19	41123093	rs59030801	A	AG	2243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=29;PP=1442;SC=CTCTGTGACCAGGTTACGAGG;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=35;WE=41123101;WS=41123083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	41125159	rs7259237	A	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=344;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TTAAATATACACATTATATTT;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=30;WE=41125167;WS=41125149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr19	41125177	rs7259554	G	C	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=423;ReadPosRankSum=1.499;SC=TTTGAAAGCTGAGACTTTCGG;SOR=1.144;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=30;WE=41125185;WS=41125167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr19	41128162	rs12979249	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	41128309	rs10880	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=337;ReadPosRankSum=-1.576;SC=TCCCCAGGCACGTTCCCAGGC;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=23;WE=41128317;WS=41128299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr19	41129079	rs11376199	C	CT	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=1.226;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr19	41129842	rs7367	C	T	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=547;ReadPosRankSum=1.079;SC=TCTCCCTAGACAATGACGAGT;SOR=0.782;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=42;WE=41129850;WS=41129832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,87:0.53:163
chr19	41131675	rs2278242	C	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=-2.498;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr19	41135156	rs35487927	TCA	T	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.141;NF=10;NR=3;PP=475;ReadPosRankSum=0.158;SC=CTGGCCGGGCTCACACAGTTA;SOR=1.898;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=13;WE=41135165;WS=41135146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr19	41173880	rs2604901	C	T	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=4.483;NF=22;NR=22;PP=2224;ReadPosRankSum=-2.979;SC=GCTGTTGCTGCTGCTGCTGCT;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=44;WS=41173870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,67:0.51:132
chr19	41173892	rs141662737	CTGCTGT	C	2119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.069;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=5.442;NF=7;NR=25;PP=2249;ReadPosRankSum=-1.743;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGTTGCT;SOR=0.800;SbPval=0.75;Source=Platypus;TR=32;WS=41173870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,61:0.46:134
chr19	41186975	rs144933018	G	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=288;ReadPosRankSum=-2.048;SC=AGGAGGGGCCGGGGAGGCCAG;SOR=0.868;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=30;WE=41186983;WS=41186965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr19	41188890	rs3833218	TG	T	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.509;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,27:0.14:195
chr19	41192610	rs112258640	T	TTGAG	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=273;ReadPosRankSum=-1.821;SC=ATGTGAGTGTTTGTGACTCTG;SOR=0.330;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=41192625;WS=41192600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr19	41192617	rs59449188	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.206;NF=4;NR=3;PP=264;ReadPosRankSum=-2.285;SC=TGTTTGTGACTCTGCACTTGA;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=41192625;WS=41192600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr19	41206208	rs2246095	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=7.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=1.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,27:0.25:110
chr19	41209433	.	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=-1.086;SC=AGAGGAGTGGGTGGGCGCCTC;SOR=1.214;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=12;WE=41209441;WS=41209423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr19	41209477	rs11538385	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=218;ReadPosRankSum=-1.280;SC=TCTTGAGTACCGCCAGCAGGT;SOR=0.711;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=16;WE=41209485;WS=41209467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr19	41211056	rs3865452	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=125;ReadPosRankSum=-1.524;SC=CTCAAAGATGTGCTGCAGCTG;SOR=0.413;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=11;WE=41211064;WS=41211046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr19	41224204	rs28493229	G	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GGGTGAGTGGGACCCATCCTG;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=7;WE=41224212;WS=41224194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr19	41245163	.	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=0.598;SC=AGCCAGGCTCCAGGGTTCATG;SOR=0.420;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=16;WE=41245171;WS=41245153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr19	41248009	rs3745213	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=207;ReadPosRankSum=-0.212;SC=CTGAGGCTGACGCAGTTCAGT;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=16;WE=41248017;WS=41247999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr19	41251180	rs2369302	T	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CTGGGAGTGGTCGTATCCAGG;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=13;WE=41251188;WS=41251170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr19	41255309	rs147606106	AC	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5561;FS=4.771;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.431;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=1.042;SC=GGACACGGGAACCCCCCCCCC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=41255317;WS=41255299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	41255500	rs2254343	C	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=180;ReadPosRankSum=-1.263;SC=GAAGACATGACGGGGAGCAGG;SOR=0.785;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=13;WE=41255508;WS=41255490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr19	41257176	rs1457141	G	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	41263289	.	T	C	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=368;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AGATCCTGGATATCCTGGTAT;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=30;WE=41263297;WS=41263279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr19	41265201	rs736625	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=4;PP=486;SC=GTGATCTGCTCGCTTTAGCCT;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=41265209;WS=41265191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	41269076	rs2305797	T	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=311;ReadPosRankSum=0.751;SC=TTGGGTGGTCTGGGCAGGCCC;SOR=0.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=26;WE=41269084;WS=41269066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr19	41283365	rs2233159	C	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	41286163	rs2287691	C	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=373;ReadPosRankSum=-1.657;SC=CTAGGTTCTCCTTGACCTCAA;SOR=0.900;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=31;WE=41286171;WS=41286153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr19	41289756	rs2287692	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=187;ReadPosRankSum=-1.934;SC=GTGGGTGCCCGGGGTGGGTGG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=15;WE=41289764;WS=41289746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr19	41306362	rs11547373	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=-2.260;SC=CCTGCCCCACGCCAGGCCCGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=41306370;WS=41306352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr19	41313202	rs3736329	C	A	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=1230;ReadPosRankSum=0.974;SC=CTTCTGGAGACGCACCCAGGT;SOR=0.962;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=82;WE=41313210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,113:0.42:272
chr19	41316355	rs41530251	T	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.866;NF=9;NR=21;PP=453;ReadPosRankSum=-3.016;SC=ACAGATAACATTGGATACAGC;SOR=0.394;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=30;WE=41316363;WS=41316345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr19	41316370	rs11552615	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.877;NF=5;NR=19;PP=364;ReadPosRankSum=0.824;SC=TACAGCATTATCCAGTAGCCG;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=24;WE=41316378;WS=41316360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr19	41332171	rs78011401	C	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.563;NF=24;NR=36;PP=808;ReadPosRankSum=-2.450;SC=GGGAAGATGTCGTACAACTGG;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=60;WE=41332179;WS=41332161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,79:0.54:147
chr19	41349874	rs143731390	T	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.34;MQRankSum=-1.362;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
chr19	41350613	rs59505316	T	C	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.437;NF=15;NR=23;PP=435;ReadPosRankSum=0.410;SC=ATTGAAGTCCTGGGGGTTGGA;SOR=0.626;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=38;WE=41350621;WS=41350603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,82:0.50:165
chr19	41350664	rs1809810	A	T	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=37;PP=1032;SC=CAGCATAGGGAACACTTCGGT;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=57;WE=41350672;WS=41350654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	41351216	.	C	T	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.565;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,71:0.45:157
chr19	41351400	rs28399453	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.622;NF=13;NR=27;PP=621;ReadPosRankSum=0.801;SC=GGGGAGGAGGGGGAATGTGTT;SOR=0.877;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=40;WE=41351408;WS=41351390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr19	41354712	rs8192725	A	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=13;PP=379;SC=AGGGGGCGGCAGGGGCAGGAG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=41354720;WS=41354702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	41356281	rs1137115	T	C	6571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=85;PP=2965;SC=TCAAGACCATTACAGTCAGGC;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=69;TCR=86;TR=154;WE=41356289;WS=41356271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr19	41381647	rs12460590	A	C	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=63;PP=1917;SC=CGTGGCAAAGACCACGTGTTT;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=102;WE=41381655;WS=41381637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	41381771	rs12462918	T	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.97;MQRankSum=1.315;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr19	41382607	rs2316206	AG	CA	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=42.19;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	41382612	rs2316208	CG	TA	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.20;QD=45.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	41382645	rs3865455	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.57;QD=43.21;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	41382653	rs2388869	A	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.43;QD=44.88;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	41382655	rs2316210	T	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.43;QD=43.91;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	41382665	rs3852869	G	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.20;QD=43.35;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	41383153	rs2261144	A	G	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=2.500;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr19	41383217	rs2302987	T	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.661;NF=20;NR=26;PP=719;ReadPosRankSum=-0.944;SC=GGCATCTTGGTCCGGTCCTCA;SOR=0.764;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=46;WE=41383225;WS=41383207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,52:0.43:120
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chr19	41383378	rs16958956	C	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.92;NF=9;NR=17;PP=529;SC=ATACGGCTCCCCCTATGAGAC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=41383386;WS=41383368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	41383799	rs3869579	G	A	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.591;NF=37;NR=27;PP=784;ReadPosRankSum=-1.236;SC=AAGCCATAGCGCAGGGTGGTG;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=64;WE=41383807;WS=41383789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,90:0.42:215
chr19	41384637	rs4079367	C	T	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.274;NF=34;NR=23;PP=798;ReadPosRankSum=-1.290;SC=TGGCTTTGCACCTCCCCGCAC;SOR=0.601;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=57;WE=41384645;WS=41384627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,94:0.59:158
chr19	41384675	rs4079366	T	C	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=63;PP=2162;SC=CTCCTGCATGTGGATGAGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=134;WE=41384683;WS=41384665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	41384702	rs117539170	T	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.730;NF=41;NR=31;PP=840;ReadPosRankSum=0.532;SC=GATGAAGTCCTGTGGGGAATT;SOR=0.676;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=72;WE=41384710;WS=41384692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,68:0.37:185
chr19	41386033	rs73032311	T	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.211;NF=13;NR=20;PP=412;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CCTAGCATCATGCTCAGCAGT;SOR=0.757;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=33;WE=41386041;WS=41386023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,57:0.46:123
chr19	41386136	rs4142867	A	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.387;NF=5;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=-3.522;SC=AGAAGGTGGGATCGATATTGG;SOR=0.419;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=17;WE=41386144;WS=41386126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr19	41386282	rs3815705	G	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.429;NF=11;NR=6;PP=203;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AAGTGCGGGCGCCTTTCCCCA;SOR=0.380;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=17;WE=41386290;WS=41386272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr19	41386366	rs3815706	T	G	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-0.230;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,118:0.60:196
chr19	41386420	rs56081734	A	C	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.312;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.035;NF=20;NR=13;PP=517;ReadPosRankSum=1.394;SC=AGGAAGCCCGACTCCTCCTGG;SOR=0.860;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=33;WE=41386428;WS=41386410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,71:0.34:211
chr19	41386486	rs3815708	CA	AG	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-5.932;QD=12.31;ReadPosRankSum=-1.684;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,34:0.35:98
chr19	41386494	rs3815710	A	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-6.059;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr19	41386527	rs58798281	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.279;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.455;NF=2;NR=15;PP=206;ReadPosRankSum=1.616;SC=GTTGCTGAACGCCACGCCTGG;SOR=2.093;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=17;WE=41386535;WS=41386517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr19	41386544	rs71337574	C	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-5.219;QD=11.60;ReadPosRankSum=1.888;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr19	41386547	rs74219554	G	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQRankSum=-5.110;QD=11.97;ReadPosRankSum=2.228;SOR=1.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr19	41387620	rs10425150	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.541;NF=6;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=-1.885;SC=CGGGGCCCCAAGTGAATGGTG;SOR=1.373;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=19;WE=41387628;WS=41387610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr19	41387647	rs10425169	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=-5.418;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.626;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,19:0.22:86
chr19	41387656	rs10425176	A	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-6.027;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.320;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,18:0.22:82
chr19	41387669	rs10425185	A	G	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=25;PP=1333;SC=GATGGAGGCGAGTGGGAGTGG;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=45;WE=41387677;WS=41387637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	41397370	rs3852870	A	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=-2.112;SC=TCACATAGAAACTTATGACTT;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=13;WE=41397378;WS=41397360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr19	41397806	rs8106551	C	A	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=372;SC=TGTTTATATCCCTCTAAAATC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=41397814;WS=41397796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	41397988	rs12609161	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.451;NF=15;NR=22;PP=408;ReadPosRankSum=-3.724;SC=GGAAGCCTTGATAGACCAAGC;SOR=0.870;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=37;WE=41397996;WS=41397978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,58:0.27:217
chr19	41399887	rs12609982	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.533;NF=10;NR=8;PP=203;ReadPosRankSum=1.574;SC=GAGGAGTTCCAGAAGACCAAG;SOR=0.598;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=18;WE=41399895;WS=41399877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr19	41400696	rs34127861	T	TA	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.072;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-1.011;SC=TGTATTGTGGTAAAAAAAATA;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=10;WE=41400704;WS=41400686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr19	41400906	rs10626476	C	CAGAG	615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.143;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=404;ReadPosRankSum=-0.153;SC=AGAGAAAAGACAGGCTGAAAA;SOR=0.373;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=6;WE=41400924;WS=41400896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr19	41400913	rs140473451	AAAAC	A	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=9.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr19	41401950	rs4803398	G	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-2.023;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr19	41402162	rs3956342	T	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=385;SC=TGGGTTCAAGTGATTCTCCTG;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=41402170;WS=41402152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	41402337	.	G	A	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=830;ReadPosRankSum=0.967;SC=GGAATTACAGGTATGAGCCAC;SOR=0.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=65;WE=41402345;WS=41402327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,81:0.47:173
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chr19	41403982	rs11083583	G	GT	835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.000;NF=12;NR=9;PP=622;ReadPosRankSum=2.352;SC=AAAAACACCTGTTTTATTTTG;SOR=0.672;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=21;WE=41403994;WS=41403972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr19	41404196	rs10419393	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.671;NF=7;NR=11;PP=295;ReadPosRankSum=0.393;SC=AACATCATCCAGGACACTCAG;SOR=1.051;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=18;WE=41404204;WS=41404186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr19	41405962	rs4803400	T	G	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=38;PP=1311;ReadPosRankSum=2.150;SC=CTTCTCTCTATGCTCGCTGGT;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=89;WE=41405970;WS=41405952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,155:0.47:328
chr19	41414363	rs8100418	A	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=746;ReadPosRankSum=-0.986;SC=CGCCGGCACCAGCACAGCCCT;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=51;WE=41414371;WS=41414353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,73:0.45:162
chr19	41414481	rs72480748	G	A	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=56;PP=1432;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GATTTGAAGCGGAAGTTCTGC;SOR=0.918;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=191;TCF=84;TCR=107;TR=93;WE=41414489;WS=41414471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,154:0.52:296
chr19	41415087	rs34724660	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=180;ReadPosRankSum=0.997;SC=GGTAAGGGAGGCCCCTGCTGG;SOR=1.078;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=13;WE=41415095;WS=41415077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr19	41415112	rs3844442	T	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr19	41415677	rs149512856	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=-1.729;SC=GGATGTGGTGGTTCAAAAAAT;SOR=1.077;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=16;WE=41415685;WS=41415667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr19	41416750	rs10419589	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=0.723;SC=ATCTTCCTTTTCCAGCCCCCT;SOR=1.371;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=41416758;WS=41416740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr19	41430151	rs34418474	G	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=676;ReadPosRankSum=-0.077;SC=AGGCTGCAGTGGGGTGCAGGG;SOR=0.908;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=43;WE=41430159;WS=41430141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,54:0.47:114
chr19	41442597	rs73038469	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=1.843;SC=GACAGAGAGTGAGAGAGACAG;SOR=4.011;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=9;WE=41442605;WS=41442587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr19	41447136	rs148719590	C	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.37;MQRankSum=-0.321;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.569;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	41447479	rs34151237	T	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQRankSum=0.637;QD=21.18;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr19	41447486	rs34013487	C	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=0.015;QD=23.86;ReadPosRankSum=1.423;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	41447492	rs73038475	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=0.015;QD=23.86;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	41447928	rs3865460	G	A	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=52;PP=1940;SC=CAAGGCTACAGCCTCTCCTGA;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=109;WE=41447936;WS=41447918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr19	41497143	.	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=1.557;SC=ACAGGGTGCAGAGGCAGGGTC;SOR=0.627;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=15;WE=41497151;WS=41497133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr19	41497274	rs8192709	C	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=2.237;SC=CCTGGTTCAGCGCCACCCTAA;SOR=0.703;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=26;WE=41497282;WS=41497264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,68:0.38:179
chr19	41509950	rs2279341	G	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.086;NF=22;NR=12;PP=655;ReadPosRankSum=-0.970;SC=ACCTGGGACCGAGGCCCGTGG;SOR=1.503;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=34;WE=41509958;WS=41509940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr19	41515702	rs2279345	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=179;ReadPosRankSum=0.752;SC=GAAACAGAGTTAGGAAGACTA;SOR=2.303;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=10;WE=41515710;WS=41515696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr19	41522451	rs2291287	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=260;ReadPosRankSum=-0.868;SC=TCTTATGCAAATCTGTTGCAG;SOR=0.776;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=12;WE=41522459;WS=41522442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr19	41531487	rs11670798	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;ReadPosRankSum=-1.585;SC=GGGGCGTGACAGCCAGGCTGC;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=20;WE=41531495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr19	41531825	rs3745276	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=435;ReadPosRankSum=1.141;SC=TTTCCCCACCAAGGCCCGGTC;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=30;WE=41531833;WS=41531815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr19	41531915	rs3745277	G	A	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=556;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TCTGCTCACCGCGCGTGCCCT;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=37;WE=41531923;WS=41531905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
chr19	41558800	rs11083604	T	C	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.07;QD=25.45;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	41558878	rs56156262	G	A	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=35;PP=1165;SC=TCGGGAGACAGGCAGCTTGGA;SOR=0.997;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=59;WE=41558886;WS=41558868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	41564417	rs12978001	C	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=22;PP=652;SC=CCAGGCAAGGCGCCTTGGATG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=41564425;WS=41564407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr19	41622107	rs3833221	G	GC	1595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=1098;ReadPosRankSum=1.160;SC=GACAGCATAAGCACAGCCATC;SOR=1.185;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=29;WE=41622115;WS=41622097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr19	41622189	rs305968	G	A	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.908;NF=36;NR=26;PP=887;ReadPosRankSum=-1.598;SC=AGCTGCCTCCGGGACCCAGAC;SOR=0.874;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=62;WE=41622197;WS=41622179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,108:0.55:195
chr19	41622462	.	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=644;ReadPosRankSum=-1.420;SC=GGTGGACCAGGGAGAGGAGTT;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=38;WE=41622470;WS=41622452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr19	41622615	rs12975986	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=2.077;SC=CTTGTTGACACTCAGGGCTGC;SOR=0.113;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=12;WE=41622623;WS=41622605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr19	41627868	rs80319612	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQRankSum=-6.104;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr19	41628677	rs305975	T	G	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.272;NF=37;NR=22;PP=759;ReadPosRankSum=-1.412;SC=TGGTCTAGAGTGAAGGGGCCT;SOR=0.981;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=59;WE=41628685;WS=41628667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,96:0.44:220
chr19	41631415	rs137939255	C	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.78;MQRankSum=-2.100;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr19	41700343	rs338600	C	T	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=33;PP=1767;SC=TGGTAGAGGGCGTAGAAGCTA;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=98;WE=41700351;WS=41700333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	41700493	rs338599	G	C	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	41703869	rs373140852	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.533;SC=GTCTCCAGCCGAGTGAAAGGG;SOR=0.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=5;WE=41703877;WS=41703859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	41704832	rs338592	A	G	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=41;PP=1086;SC=CTGAATGGGCATGGTGACCTG;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=41704840;WS=41704822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	41707139	.	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=252;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CTTTCAGGAGGAACAAAACCC;SOR=0.547;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=17;WE=41707147;WS=41707129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr19	41725271	rs10411012	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=42;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TGGGAGCCCAACAACTTCTGA;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=7;WE=41725279;WS=41725261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr19	41743801	.	C	T	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.457;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=809;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GTGACCATCTCGTGTGATTGC;SOR=0.950;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=60;WE=41743809;WS=41743791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,86:0.47:182
chr19	41743861	rs7249222	A	G	8774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=87;PP=2965;SC=TGTGCTGTCAAACGATGGGAT;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=106;TCR=88;TR=193;WE=41743869;WS=41743851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr19	41748753	rs2304234	T	C	3178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1340;ReadPosRankSum=-1.071;SC=GATCCAAGGCTTCATCCATGA;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=95;WE=41748761;WS=41748743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,157:0.52:301
chr19	41754430	rs35538872	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=406;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GAACAGCCTGGGCATCAGTGA;SOR=1.439;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=22;WE=41754438;WS=41754420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr19	41759631	rs3835078	ACCC	A	1346.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=7.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.49;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr19	41759637	rs116056574	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.63;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr19	41762525	rs2304232	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=366;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TGGTAGGTGCACTCCCGCCAA;SOR=0.874;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=23;WE=41762533;WS=41762515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr19	41765407	rs4591267	A	C	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=700;ReadPosRankSum=-1.402;SC=TCCAGAATGCACCCCTTCTGA;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=47;WE=41765415;WS=41765397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,63:0.53:119
chr19	41774064	rs2304230	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=-2.549;SC=GCCTTCTGGATGCTTTGGTCC;SOR=0.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=15;WE=41774072;WS=41774054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr19	41798111	rs3752705	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=215;ReadPosRankSum=0.170;SC=TGCCTATGGCAAGAGTTGGCA;SOR=0.864;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=22;WE=41798119;WS=41798101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr19	41798468	rs112745840	GACAC	G	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=192;ReadPosRankSum=-2.362;SC=AGACAGAGGAGACACACACAC;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=41798479;WS=41798458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chr19	41808432	rs11881940	A	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=1.912;SC=CCTTCTGTCTATGTCTTTCTT;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=12;WE=41808440;WS=41808422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
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chr19	41854480	.	TTTTA	T	97	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=97;QD=51.0;SC=CTCTGATACCTTTTATTTATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=41854491;WS=41854470;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
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chr19	41889423	rs11880674	A	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.26;ReadPosRankSum=-1.886;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
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chr19	41889748	rs12602	T	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=422;ReadPosRankSum=0.762;SC=TGACCCTGGCTGCCTACCTTG;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=33;WE=41889756;WS=41889738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr19	41897674	rs878082	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=331;ReadPosRankSum=1.063;SC=CTAGCAGTGAGGGTATATGTA;SOR=0.495;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=10;WE=41897696;WS=41897664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr19	41897688	rs878083	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=331;ReadPosRankSum=1.967;SC=ATATGTATCCGCCAGGAGGGA;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=12;WE=41897696;WS=41897664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr19	41903220	rs10853751	G	A	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=907;ReadPosRankSum=0.630;SC=GTCAGTATGCGTCTCCTCCTC;SOR=0.862;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=49;TCR=80;TR=64;WE=41903228;WS=41903210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,94:0.47:200
chr19	41903671	rs892044	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.037;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr19	41903675	rs892043	A	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.94;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	41919944	rs3213861	A	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=282;ReadPosRankSum=0.135;SC=GGTCCCCTCTACACCCCCAGG;SOR=0.278;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=21;WE=41919952;WS=41919934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr19	41920211	rs3213860	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=1.223;SC=AAGCCAGGGTTAGGACTCTGG;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=11;WE=41920219;WS=41920201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr19	41928336	rs284651	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=0.929;SC=TCCCCAATCCTGCCACCTTCC;SOR=0.737;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=19;WE=41928344;WS=41928326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr19	41928652	rs284652	C	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.212;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;ReadPosRankSum=-0.538;SC=ACCAGCCCTTCCTCATCGAGG;SOR=0.354;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=49;WE=41928660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,74:0.51:145
chr19	41928701	rs284653	C	T	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CCCGTCAGCACCCCCACAGCA;SOR=0.837;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=70;WE=41928709;WS=41928691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,91:0.49:186
chr19	41928724	rs284654	G	A	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.027;NF=46;NR=36;PP=1090;ReadPosRankSum=0.348;SC=GACAGCCACCGTAGCATCTTC;SOR=0.808;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=82;WE=41928732;WS=41928714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,110:0.49:224
chr19	41928765	rs284655	C	T	3757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.461;NF=65;NR=46;PP=1551;ReadPosRankSum=1.180;SC=CAAAACATGGCCTTATCACCT;SOR=0.821;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=221;TCF=124;TCR=97;TR=111;WE=41928773;WS=41928755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,187:0.49:385
chr19	41928867	rs3217385	G	GC	5687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.921;NF=11;NR=68;PP=2839;ReadPosRankSum=0.752;SC=ACTCCAGGGAGCCCACACTGA;SOR=0.699;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=22;TCR=141;TR=79;WE=41928875;WS=41928857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,207:0.52:396
chr19	41930396	rs4674	A	G	4746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=69;PP=2207;ReadPosRankSum=1.705;SC=ACCCCAACCTACTCTTCTCAG;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=292;TCF=156;TCR=136;TR=144;WE=41930404;WS=41930386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,241:0.45:540
chr19	41931454	rs113478859	A	AGGCCAGGGCCGG	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=2897;ReadPosRankSum=1.408;SC=CCAGAGGCCCAGGCCAGGTCA;SOR=0.580;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=10;WE=41931462;WS=41931444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr19	41932084	rs284660	G	T	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=921;ReadPosRankSum=0.611;SC=GGCTCTCCCAGGCCACTAGTG;SOR=0.672;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=63;WE=41932092;WS=41932074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,86:0.45:192
chr19	41932120	rs284661	C	T	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=767;ReadPosRankSum=-1.374;SC=CCGCCTCACCCACCGGAGACC;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=67;TCR=69;TR=62;WE=41932128;WS=41932110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,87:0.48:182
chr19	41932275	rs284662	T	C	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=5.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,84:0.58:146
chr19	41932612	rs284663	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=572;ReadPosRankSum=2.130;SC=CGGATGTCCACTCGATGTACA;SOR=0.641;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=45;WE=41932620;WS=41932602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,71:0.46:154
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chr19	41938222	rs2231943	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,57:0.38:149
chr19	41939297	rs1043413	C	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=378;ReadPosRankSum=0.577;SC=GTCCACGTGGCAGCAGCGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=28;WE=41939305;WS=41939287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr19	41944237	rs2231940	T	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=477;ReadPosRankSum=1.093;SC=CTTCTTCTGATTGCCCTCTGG;SOR=0.409;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=34;WE=41944245;WS=41944227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr19	41945321	.	C	G	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=1000;ReadPosRankSum=1.173;SC=GTTCCCCCACCCATCATGCTT;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=72;WE=41945329;WS=41945311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,123:0.44:282
chr19	41945837	rs13346603	T	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=1039;ReadPosRankSum=1.058;SC=AAGGGGCCGGTCTTATCCCAC;SOR=0.617;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=31;WE=41945856;WS=41945827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr19	41945848	rs13344547	G	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=1039;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CTTATCCCACGCTCCTGGTTC;SOR=0.834;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=32;WE=41945856;WS=41945827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr19	41945904	rs13344563	G	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=363;ReadPosRankSum=0.516;SC=TTTTCTAACCGTCCTCTTAAA;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=27;WE=41945912;WS=41945894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr19	41949870	rs3745286	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCCCTTGCTCTCTGGGGTGGC;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=41949878;WS=41949860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr19	41950192	.	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=1.922;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr19	42027500	rs4803475	A	G	4405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=40;PP=1305;SC=CCAAATCTCCATTAAGTGTAT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=42027522;WS=42027490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	42027514	rs4803476	T	A	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=37;PP=1262;SC=AGTGTATTTTTTGAACAGTGA;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=70;WE=42027522;WS=42027490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	42082616	rs62119452	C	A	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=725;ReadPosRankSum=-0.849;SC=ACAGAGCAGGCAGCAGAGACC;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=54;WE=42082624;WS=42082606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,76:0.47:160
chr19	42083673	rs7247842	T	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.842;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=490;ReadPosRankSum=0.948;SC=CCGAGAATCTTTACAGCTATG;SOR=0.402;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=32;WE=42083681;WS=42083663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr19	42083708	.	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=452;ReadPosRankSum=0.261;SC=AAAACGGTGGAGCCCAACCAG;SOR=0.971;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=31;WE=42083716;WS=42083698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr19	42083849	rs714106	C	A	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=519;ReadPosRankSum=0.176;SC=GGATACTACACCCTACAAGTC;SOR=0.605;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=36;WE=42083857;WS=42083839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr19	42085873	rs2302188	A	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=33;PP=1178;SC=GTTTAACCATATGCTCACCAT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=42085881;WS=42085863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	42090854	.	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=-1.020;SC=AGGCGAGAAGGAAGGAGACCC;SOR=0.942;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=11;WE=42090862;WS=42090844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr19	42092097	.	CC	TT	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=1374;ReadPosRankSum=0.504;SC=GGCTCCCTCTCCCCAATTCTC;SOR=0.698;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=40;WE=42092106;WS=42092087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,56:0.39:144
chr19	42092225	rs62119455	G	A	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=744;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CATCTCCTAGGTAAGACTGTC;SOR=0.954;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=54;WE=42092233;WS=42092215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,84:0.38:222
chr19	42092815	rs3745936	T	A	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=60;PP=1893;SC=CTGTTTTTACTGGAATTGCTA;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=100;WE=42092823;WS=42092805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	42125660	rs1041994	T	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=382;SC=CTGGGAGCTTTGGGGACGCTC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=42125668;WS=42125650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	42126097	.	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=-1.956;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr19	42126448	rs9967607	T	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=16;PP=932;SC=GGATCCTGGCTGGAGGCACTC;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=42126456;WS=42126438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	42127907	rs4803488	G	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=4;PP=451;SC=GGAATGAGAGGGAAGGATTCC;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=42127915;WS=42127897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	42128202	rs8111279	G	A	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=29;PP=962;SC=AAACCATAAGGGGCATTGCAG;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=48;WE=42128210;WS=42128192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	42132314	rs1126454	G	C	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=40;PP=1158;SC=GTGGGCGGGTGCCAGAAGGTT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=63;WE=42132322;WS=42132304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	42133310	.	G	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=942;ReadPosRankSum=1.710;SC=CCTCCACGGGGAGCGGCTGAG;SOR=0.545;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=150;TCF=56;TCR=94;TR=66;WE=42133318;WS=42133300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,99:0.45:222
chr19	42190667	.	G	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TTCACTAAATGCCCAAACTCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=42190675;WS=42190663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	42191934	rs34742303	GC	G	3229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=20;PP=2071;SC=TTCAACAGAAGCCCTTTGTCC;SOR=1.511;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=51;WE=42191942;WS=42191924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	42212753	rs111973464	A	AGCACAGAGACTG	6164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=2957;SC=GGGAGGAGGGAGCTGGGGTCT;SOR=0.902;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=38;WE=42212761;WS=42212743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	42221607	rs7249230	A	G	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=88;PP=2806;SC=AATCCAGAACAAATTAAGTGT;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=63;TCR=90;TR=151;WE=42221615;WS=42221597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	42231159	rs9621	G	A	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,89:0.48:184
chr19	42260569	rs1805223	G	A	3365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.367;NF=58;NR=46;PP=1511;ReadPosRankSum=1.923;SC=AATCCACGCCGTTCAATGTCG;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=104;WE=42260577;WS=42260559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,169:0.48:353
chr19	42312933	rs3752172	G	A	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=64;PP=2304;SC=TGGTGGCCGCGCTGGTGTGTT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=123;WE=42312941;WS=42312923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	42342832	rs370431259	CAT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr19	42352562	.	GG	AA	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=-2.272;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,70:0.47:149
chr19	42352924	rs145708066	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=499;ReadPosRankSum=-1.201;SC=TCCTGGACTCCGGTGCCTCCT;SOR=0.616;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=38;WE=42352932;WS=42352914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr19	42402365	rs138023679	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=561;ReadPosRankSum=0.841;SC=AGACCGAGGTCATTGAGGCCA;SOR=1.057;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=39;WE=42402373;WS=42402355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr19	42409901	.	C	T	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=902;ReadPosRankSum=0.888;SC=CCCAGCACTTCCTCCCCTCAG;SOR=0.663;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=61;WE=42409909;WS=42409891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,130:0.49:263
chr19	42427142	.	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=240;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CCAGGTGAAGGGAATGTGAGG;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=14;WE=42427150;WS=42427132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr19	42427163	.	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GGCAGCCTAGGGAAGAGGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=12;WE=42427171;WS=42427153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr19	42462853	rs73051429	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=704;ReadPosRankSum=1.819;SC=AGCCGGTCGGGGCTAGTGCGG;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=44;WE=42462861;WS=42462843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,61:0.58:105
chr19	42482426	.	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=626;ReadPosRankSum=1.759;SC=CATCACAGTCGAAGGCAAAGC;SOR=0.635;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=44;WE=42482434;WS=42482416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,67:0.45:149
chr19	42489516	rs2217342	A	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=304;ReadPosRankSum=0.609;SC=GGTTGTCGTGAGTGCAGTCGG;SOR=0.820;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=32;WE=42489524;WS=42489506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr19	42498054	.	C	T	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr19	42558629	rs3736109	G	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=2.744;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,71:0.49:146
chr19	42566941	.	G	A	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=924;ReadPosRankSum=0.540;SC=GCTCACGGTGGAGGCAGATGC;SOR=0.828;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=62;WE=42566949;WS=42566931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,104:0.56:185
chr19	42569813	.	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=78;ReadPosRankSum=-0.988;SC=AGGGCCTGAGGATGCAGGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=42569821;WS=42569803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr19	42603776	rs1205817	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=439;ReadPosRankSum=1.784;SC=CAGGCCTGGAAAGACAAGGGG;SOR=1.255;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=27;WE=42603784;WS=42603766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr19	42703833	rs2303652	A	G	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=846;ReadPosRankSum=-0.224;SC=CACAAACCACAGAGCCCAGGT;SOR=0.601;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=53;WE=42703841;WS=42703823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,104:0.54:191
chr19	42713835	rs3745231	A	G	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,98:0.49:202
chr19	42728836	rs3810151	T	C	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=1115;ReadPosRankSum=0.628;SC=ACACAGAATGTTGGCCTGGAG;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=71;WE=42728844;WS=42728826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,91:0.51:180
chr19	42735177	rs74259566	C	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=215;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TAAAGGGCCACGATAGTAACT;SOR=0.450;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=17;WE=42735185;WS=42735167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr19	42736267	rs851609	A	G	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=9;PP=602;SC=GAGGAGGGATAAGAATGGCGT;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=42736275;WS=42736257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	42741124	rs2302485	A	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=411;ReadPosRankSum=2.165;SC=CTCAGAATACAACCAACTCTC;SOR=1.460;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=26;WE=42741132;WS=42741114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
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chr19	42747474	rs79021928	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.466;SC=ACCTGACCCTCTGTGAGGCCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=42747482;WS=42747464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr19	42753283	rs61735151	G	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=457;ReadPosRankSum=-1.588;SC=AGGCGCGGGGGCTGAGGTGGT;SOR=0.481;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=34;WE=42753291;WS=42753273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,60:0.56:108
chr19	42753649	rs11557114	G	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=435;ReadPosRankSum=-0.281;SC=GTGGTCGGGCGCGGGGATCCT;SOR=0.505;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=27;WE=42753657;WS=42753639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr19	42753877	.	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.212;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=782;ReadPosRankSum=0.096;SC=GGGCACTCTGGGGCACTGCAC;SOR=0.939;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=48;WE=42753885;WS=42753867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,57:0.45:126
chr19	42754403	rs76292187	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
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chr19	42795554	rs10410185	T	C	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=901;ReadPosRankSum=0.569;SC=AAGTCCTGGCTGCCACTGCAC;SOR=0.447;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=151;TCF=92;TCR=59;TR=74;WE=42795562;WS=42795544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,120:0.49:244
chr19	42820530	rs1206009	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=-0.934;SC=CTGGAGTCCTAAGGGAGGAGG;SOR=1.139;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=14;WE=42820538;WS=42820520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr19	42848750	rs139484187	A	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=554;ReadPosRankSum=0.012;SC=GAGTGTCCGCAGCAGTGGGCC;SOR=0.733;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=38;WE=42848772;WS=42848740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr19	42848764	rs874002	A	G	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=27;PP=1278;SC=GTGGGCCGGCAGGAGGGGGCC;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=42848772;WS=42848740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	42848815	rs1206044	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=332;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ACCCCCTGTCTTCTCAGAGCA;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=24;WE=42848823;WS=42848805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr19	42852480	rs1676211	G	A	3761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=52;PP=1395;ReadPosRankSum=1.252;SC=AGACAGATGTGTCCCTGGTCT;SOR=0.706;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=235;TCF=115;TCR=120;TR=98;WE=42852488;WS=42852470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,201:0.43:470
chr19	42852549	rs34922891	C	T	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=928;ReadPosRankSum=-1.529;SC=GGGCTGAGGACGTGGCCGTGT;SOR=0.597;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=166;TCF=59;TCR=107;TR=71;WE=42852557;WS=42852539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,98:0.43:229
chr19	42853782	rs28621009	T	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=1.313;SC=GCCAGCTCAATGGCTCGGCAG;SOR=0.749;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=27;WE=42853790;WS=42853772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr19	42857179	rs149155949	C	T	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.844;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=1247;ReadPosRankSum=0.825;SC=CTCCCACACCCGCCCCGGGTC;SOR=0.316;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=82;WE=42857187;WS=42857169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,138:0.67:205
chr19	42858793	rs61995685	T	C	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=53;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.080;SC=ACACTGGTGTTGTCCAGTCGG;SOR=0.633;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=100;WE=42858801;WS=42858783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,181:0.60:300
chr19	42863035	rs1206038	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=160;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AGTCAGGAAGAAGATGGCTCT;SOR=0.608;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=11;WE=42863043;WS=42863025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr19	42865072	rs62648096	C	T	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=663;ReadPosRankSum=-0.780;SC=ACCCCTGCCGCCTGCTGTCCT;SOR=0.862;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=44;WE=42865080;WS=42865062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,73:0.54:136
chr19	42872559	rs79915295	TC	T	1997.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.212;NF=22;NR=35;PP=1925;ReadPosRankSum=0.421;SC=TAAGCTTATTTCCCCATCTCT;SOR=0.491;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=144;TCF=45;TCR=99;TR=57;WE=42872567;WS=42872549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,79:0.41:193
chr19	42893091	rs139046031	G	A	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=802;ReadPosRankSum=1.670;SC=CAGGCATGTCGTTGCAGCAGT;SOR=0.992;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=50;WE=42893099;WS=42893081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,75:0.50:150
chr19	42893236	rs73556315	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=-1.186;SC=CCTCGCAGCATCTCCTGGGCC;SOR=0.976;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=12;WE=42893244;WS=42893226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr19	42893738	.	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr19	42893754	rs8108964	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.697;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
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chr19	42906273	rs35639038	C	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr19	42911684	rs190722818	A	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=0.600;SC=GCACCCCTCCATGGGGATGCC;SOR=0.808;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=16;WE=42911692;WS=42911674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
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chr19	42946867	rs11380022	T	TC	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TTGCCACATTTCTCCCCCCGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=2;WE=42946875;WS=42946864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr19	43013363	rs11666350	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=-1.486;SC=TCAGGGTAGAATAAGTAACTT;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=17;WE=43013371;WS=43013353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr19	43013394	rs10405906	A	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=0.074;SC=AAAAGCACAAATAATGATCAG;SOR=0.597;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=24;WE=43013402;WS=43013384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr19	43021011	rs10412463	G	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.910;NF=6;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=0.647;SC=ATGGTGAAACGCCATCTCTAC;SOR=0.700;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=11;WE=43021019;WS=43021001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr19	43021049	.	CAAAA	C	754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.092;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr19	43032561	rs8102519	G	A	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=686;ReadPosRankSum=0.518;SC=CACCTGTGGAGGAGAGCTTGG;SOR=0.763;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=45;WE=43032569;WS=43032551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,87:0.52:167
chr19	43032624	rs8103285	T	C	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=595;ReadPosRankSum=-1.410;SC=TGTTTTCCACTCTCTGTGCTG;SOR=1.013;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=38;WE=43032632;WS=43032614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,72:0.56:129
chr19	43087484	rs1126458	A	C	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=582;ReadPosRankSum=-0.244;SC=CCTTGTACTAAAGCATCTGTC;SOR=0.689;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=44;WE=43087492;WS=43087474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,80:0.51:158
chr19	43226290	.	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.165;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-1.565;SC=AATCTAATGAGAATTTATTAT;SOR=0.293;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=16;WE=43226298;WS=43226280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr19	43257563	.	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.301;NF=6;NR=12;PP=264;ReadPosRankSum=-2.556;SC=GAAACAATGAACAGAGATGCA;SOR=0.937;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=18;WE=43257571;WS=43257553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr19	43372386	rs1064491	T	C	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.475;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.172;NF=19;NR=25;PP=649;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GCTGAAACTTTTCATTAATTG;SOR=0.759;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=44;WE=43372394;WS=43372376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,81:0.48:170
chr19	43420264	rs2074856	C	T	5054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.009;NF=88;NR=57;PP=2104;ReadPosRankSum=-0.485;SC=AGGGATCATGCGGAATCACTC;SOR=0.910;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=268;TCF=151;TCR=117;TR=145;WE=43420272;WS=43420254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,249:0.52:477
chr19	43420451	rs3198831	G	C	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.267;NF=42;NR=60;PP=1684;ReadPosRankSum=-0.619;SC=ATTTGACCGTGTACTACATAT;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=76;TCR=109;TR=102;WE=43420459;WS=43420441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,140:0.55:253
chr19	43433570	rs2074857	A	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.162;NF=36;NR=17;PP=883;ReadPosRankSum=1.968;SC=CAGCCTGGCTAACAGAGGAAC;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=53;WE=43433578;WS=43433560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr19	43433805	rs1065178	A	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=778;ReadPosRankSum=1.976;SC=CACAGGTTAAAATCACAGCCT;SOR=0.820;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=52;WE=43433813;WS=43433795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,84:0.47:178
chr19	43439793	rs7245978	G	A	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=99;PP=2965;SC=TACCAGATGTGGCCAGTAAGA;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=75;TCR=99;TR=174;WE=43439801;WS=43439783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	43448156	rs55931787	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.559;NF=6;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=-1.872;SC=TCCAACTCTGGCTTATAGGGC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=6;WE=43448164;WS=43448146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr19	43519362	rs11083680	C	T	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=876;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TTGGAGTAATCTGAGGGATAA;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=61;WE=43519370;WS=43519352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr19	43519442	rs10414166	T	C	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.97;MQRankSum=-1.503;NF=33;NR=34;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GGGTTAGAGTTTGCGAAGCAG;SOR=0.489;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=67;WE=43519450;WS=43519432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,105:0.47:224
chr19	43519551	.	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=318;ReadPosRankSum=0.007;SC=AGCCACAGTTGATGTCATCTG;SOR=0.697;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=22;WE=43519559;WS=43519541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr19	43530379	rs2526716	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.068;NF=7;NR=3;PP=367;ReadPosRankSum=0.627;SC=TATTTTTTAGAACCCCAGGAG;SOR=0.498;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=10;WE=43530398;WS=43530377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr19	43530390	rs2736151	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.415;NF=10;NR=3;PP=367;ReadPosRankSum=-0.892;SC=ACCCCAGGAGCCTCTCCAGGA;SOR=0.671;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=13;WE=43530398;WS=43530377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr19	43530473	rs74644375	G	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.774;NF=18;NR=14;PP=378;ReadPosRankSum=0.432;SC=GTGAGCAGGAGCCCCTTCCAT;SOR=0.583;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=32;WE=43530481;WS=43530463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr19	43530640	rs60941975	GT	G	1616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=25;PP=1211;SC=ACTCTTCCCGGTGGAAGGAGC;SOR=1.259;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=43530648;WS=43530630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	43576164	rs34094925	G	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GGATGCTCCTGGTCTCTTAAA;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=20;WE=43576172;WS=43576154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr19	43690551	.	G	A	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.574;NF=24;NR=25;PP=670;ReadPosRankSum=-2.687;SC=GCTGAGAGGGGCCCCATGGTC;SOR=0.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=49;WE=43690559;WS=43690541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr19	43708853	rs4802164	A	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.94;QD=26.09;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	43708926	rs11673307	G	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.005;NF=20;NR=12;PP=465;ReadPosRankSum=-1.842;SC=TGGAACAGGCGGCAGACTCCT;SOR=1.135;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=32;WE=43708934;WS=43708916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,37:0.33:113
chr19	43708968	rs11669435	T	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=1797;ReadPosRankSum=0.345;SC=GTCTCCACCCTCTGGATGTTT;SOR=0.703;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=45;WE=43708986;WS=43708958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,69:0.40:174
chr19	43708978	rs67183694	TC	T	874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=1783;ReadPosRankSum=0.425;SC=TCTGGATGTTTCTTTTTCCCC;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=26;WE=43708986;WS=43708958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,65:0.37:174
chr19	43709072	rs56700032	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=246;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TATAGTTATTGTTATCATTTT;SOR=0.589;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=24;WE=43709080;WS=43709062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr19	43757657	.	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.330;NF=15;NR=6;PP=304;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AAAACATTATCCTTTTGATTA;SOR=0.648;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=21;WE=43757665;WS=43757647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr19	43780616	rs201953667	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQRankSum=-5.150;QD=2.10;ReadPosRankSum=1.836;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,12:0.13:95
chr19	43780619	rs199862715	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQRankSum=-5.119;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.743;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,12:0.13:93
chr19	43857779	.	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr19	43857873	rs45441892	G	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=270;ReadPosRankSum=-0.162;SC=GGTCATGAGCGCGGTATTACT;SOR=0.784;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=20;WE=43857881;WS=43857863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr19	43857968	.	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=354;ReadPosRankSum=0.784;SC=CCGGGCAAGGGAACCCTGCTG;SOR=0.990;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=32;WE=43857976;WS=43857953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,44:0.39:114
chr19	43858317	rs4803613	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-1.030;SC=GGACCCTGGAGGCCTGACCTC;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=43858325;WS=43858307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr19	43858578	rs77156507	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=115;ReadPosRankSum=0.354;SC=AGAGGGAGGGGCTGCTAGAAG;SOR=0.795;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=12;WE=43858586;WS=43858568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr19	43859549	rs1962260	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=130;ReadPosRankSum=-1.187;SC=CAGGTGTGAGTCACCACACCC;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=9;WE=43859557;WS=43859539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	43860053	rs71350665	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.567;NF=6;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-1.251;SC=GAGGAGGGTGGGCCTGGCTTC;SOR=0.787;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=9;WE=43860061;WS=43860043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr19	43860192	rs71337594	T	G	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.19;QD=28.35;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	43860251	rs199668750	G	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.70;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	43860255	rs200662237	T	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.70;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	43920443	rs3810375	C	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=26.60;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	44047493	.	CGT	C	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=76;QD=26.3333333333;SC=TTAAATGCATCGTGTGTGTGT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=3;WE=44047506;WS=44047483;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,3:0.30:10
chr19	44047550	rs3547	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=11;PP=473;SC=TACTTCAGGCTTGCGGCACCA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=44047558;WS=44047540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	44047826	rs2682557	T	A	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=32;PP=970;SC=TCACTCATATTGTCCTCGAGC;SOR=0.870;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=57;WE=44047834;WS=44047816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	44057875	.	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=1.607;SC=TCTGGCCCAAGGACAGAGGCC;SOR=0.527;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=12;WE=44057883;WS=44057865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr19	44079687	rs3213245	G	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=16;PP=420;SC=AGTGGGAGGGGGCGGGGTGCG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=44079695;WS=44079677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr19	44081499	rs2682586	A	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=19;PP=471;SC=TAGAGAGAGAAAGAGCCTTCA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=44081507;WS=44081489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr19	44111568	rs35296355	TAC	T	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.711;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,28:0.24:118
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chr19	44117582	rs10410000	T	C	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.724;NF=57;NR=29;PP=1296;ReadPosRankSum=0.711;SC=GGCGAGAGATTGCAGCCGATC;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=117;TCR=58;TR=86;WE=44117590;WS=44117578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,98:0.47:210
chr19	44118188	rs3815422	A	C	2774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=0.037;SC=TAGCAAGGAGAGCGACCCCAG;SOR=0.658;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=210;TCF=105;TCR=105;TR=100;WE=44118199;WS=44118178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,143:0.46:308
chr19	44118191	rs34163641	G	A	3498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CAAGGAGAGCGACCCCAGTCA;SOR=0.742;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=212;TCF=105;TCR=107;TR=108;WE=44118199;WS=44118178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,165:0.54:308
chr19	44118353	rs2302421	G	A	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=58;PP=1481;ReadPosRankSum=0.611;SC=CAGTCAAGCCGACGCCACCAC;SOR=0.574;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=202;TCF=87;TCR=115;TR=108;WE=44118361;WS=44118343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,164:0.51:324
chr19	44118680	rs1860149	A	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=298;SC=CACTGCTGGCATGGGGCACAG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=44118688;WS=44118670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	44128437	rs2240633	A	G	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=47;PP=1024;ReadPosRankSum=-0.700;SC=TCAGAGGACGATCCCAGTCTG;SOR=0.756;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=100;TCF=15;TCR=85;TR=58;WE=44128445;WS=44128427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr19	44130453	rs3746003	G	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=50;PP=1196;ReadPosRankSum=-1.961;SC=GCCACACCCCGGTCAGACACT;SOR=1.105;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=140;TCF=56;TCR=84;TR=76;WE=44130461;WS=44130443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,122:0.56:218
chr19	44131297	rs407049	T	C	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=44;PP=1516;SC=AGGATGCGTCTGACAAGGGGG;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=93;WE=44131305;WS=44131287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	44153100	rs4760	A	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GGTGATGGTGAGGCTGAGATG;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=17;WE=44153108;WS=44153090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr19	44156472	rs2302524	T	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=411;ReadPosRankSum=0.536;SC=GCTGTTCCCCTTGCAGCTGTA;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=29;WE=44156480;WS=44156462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr19	44169465	rs4251832	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=1.049;SC=CTGCCCTACTCACCAGAGTTG;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=21;WE=44169473;WS=44169455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr19	44223125	rs346049	C	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=666;ReadPosRankSum=0.783;SC=CTTCTTCCTGCTGGTCTCCCC;SOR=0.766;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=55;WE=44223133;WS=44223115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,84:0.44:192
chr19	44223145	rs34439296	C	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=6.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,86:0.48:181
chr19	44223412	rs34471331	C	T	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=430;ReadPosRankSum=-1.262;SC=CCTGGGAGCACGACCTGCCCT;SOR=0.539;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=37;WE=44223420;WS=44223402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
chr19	44224161	rs346048	T	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=163;ReadPosRankSum=-1.649;SC=AAATCCAAATTACCAACAAAA;SOR=0.603;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=9;WE=44224169;WS=44224151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr19	44244423	rs430066	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=-1.814;SC=TCAGCCTTGGATGCATCCGAA;SOR=1.002;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=10;WE=44244431;WS=44244413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr19	44248878	rs346532	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=0.736;SC=CCCTGCTCCCAGTGGGTGCCC;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=44248886;WS=44248868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr19	44254972	rs164070	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=447;SC=CTAGACTATACGAAGTCCCTT;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=44254980;WS=44254962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	44276334	.	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=199;ReadPosRankSum=-0.711;SC=ATAGAGGTTTCCATGATATTC;SOR=0.929;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=15;WE=44276342;WS=44276324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr19	44276370	rs3760979	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=2.111;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr19	44278781	rs563995	G	A	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=691;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GCTGCCGGTAGGGGGCCAAGA;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=42;WE=44278789;WS=44278771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,63:0.61:104
chr19	44280837	rs514328	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=5;PP=175;SC=GTCTCCCTCCGCCTGGCCCTC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=44280845;WS=44280827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	44280980	rs35773079	T	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr19	44302624	rs349053	T	C	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=848;ReadPosRankSum=1.145;SC=CATTCTGCCATTGCCCTGGAA;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=54;WE=44302632;WS=44302614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,108:0.50:215
chr19	44303066	rs11547806	C	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=15;PP=439;SC=AGCGCGTCCGCGTTCGATTGC;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=44303074;WS=44303056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	44306358	.	A	AGCCCCTCCTCCCTC	188.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-3.399;QD=5.55;ReadPosRankSum=-2.092;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr19	44306359	.	A	G	362	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=21;MQ=58.22;NF=6;NR=6;PP=362;QD=33.0642677123;SC=CAGGCCCCCAACCCCTCCTCC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=12;WE=44306367;WS=44306337;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr19	44306359	.	A	AGACCCAGGAGTCCAGGCCCCCAG	477.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.573;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.651;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr19	44306482	rs11879355	C	T	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=654;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TCAGGCAGAGCGCAGCCCCAA;SOR=0.876;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=49;WE=44306490;WS=44306472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,90:0.47:190
chr19	44306576	rs62116993	G	T	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=611;ReadPosRankSum=0.089;SC=GCTGTGATGTGCTGCCTGGCT;SOR=0.545;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=44;WE=44306584;WS=44306566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,64:0.56:115
chr19	44351107	rs10421861	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=199;ReadPosRankSum=-1.055;SC=AGTCAAAAACGTATGAGACCA;SOR=1.061;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=15;WE=44351115;WS=44351097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr19	44351166	rs79626467	GGGAGAT	G	1096.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.308;NF=11;NR=9;PP=934;ReadPosRankSum=1.862;SC=TTTTCCCAGTGGGAGATGAAG;SOR=1.236;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=20;WE=44351179;WS=44351156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr19	44351694	rs2195980	C	T	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=66;PP=2267;SC=AAAATTCATACTGGTGTGAAA;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=124;WE=44351702;WS=44351684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	44351836	rs957569	G	A	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=45;PP=1744;SC=GTGGCTATCAGCTTACTCAGC;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=44351844;WS=44351826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	44352639	rs1061768	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=407;ReadPosRankSum=-1.532;SC=CTTTATCAACGTAAGGAATTC;SOR=0.984;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=29;WE=44352647;WS=44352629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr19	44352665	rs2356437	T	C	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.39;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	44352665	.	TG	CA,CG	381	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=11,17;NR=19,39;PP=347,381;QD=13.3489291621;SC=GACCTTTACTTGTGGCTCAAA;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=30,56;WE=44352674;WS=44352655;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.52:58
chr19	44352666	rs1061769	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.538;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr19	44352688	rs2883946	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=404;ReadPosRankSum=-1.234;SC=TTGTTCATGAGAGAACTCATA;SOR=0.538;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=28;WE=44352696;WS=44352678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr19	44376681	rs1050054	G	T	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	44377357	rs239942	C	T	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=38;PP=1668;SC=GAGCCCTTACCAAAAGCCTTT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=85;WE=44377365;WS=44377347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	44377614	rs76483217	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.568;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr19	44377669	rs12977303	G	A	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=41;PP=1703;SC=ATTTTCTGATGTTCTGTAAGG;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=92;WE=44377677;WS=44377659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	44417575	rs417699	A	G	4270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=48;PP=2054;SC=CTGATGAAGGAAAGTCCTTGT;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=106;WE=44417583;WS=44417565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	44418077	rs407731	C	T	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	44418343	rs406968	C	T	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=51;PP=1778;SC=CACACTGATACGGTTTCTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=101;WE=44418351;WS=44418333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	44418544	rs425221	A	G	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=53;PP=2099;SC=TACAATGAATATTAAGGTGTG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=44418552;WS=44418534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	44418680	rs388685	G	C	8336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=65;PP=1987;ReadPosRankSum=2.018;SC=ACACTTATATGGTTTCTTTCC;SOR=0.248;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=127;WE=44418701;WS=44418670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr19	44418693	rs388706	T	C	8345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=67;PP=2054;SC=TTCTTTCCAGTGTGAACTTTC;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=65;TCR=68;TR=132;WE=44418701;WS=44418670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	44418824	rs399098	C	T	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=54;PP=1884;SC=CCCAACATTCCTCCCACACTC;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=103;WE=44418832;WS=44418814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	44419030	rs420242	A	G	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=60;PP=2210;SC=TCTCTCCTGCATGAGCCCTTT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=124;WE=44419038;WS=44419020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	44422982	rs423320	G	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=18;PP=771;SC=TATCTCCAAGGCTAACAGAAA;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=44422990;WS=44422972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	44423195	rs423752	G	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=343;SC=TCATTTCATCGTCTTCAGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=44423203;WS=44423185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	44423981	rs384329	T	C	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=50;PP=1578;SC=TTCAACTTTATTACAGTTAAA;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=73;WE=44423989;WS=44423971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	44426265	rs413093	A	G	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=171;SC=AATAAGGTGTATGTAATCTTT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=44426273;WS=44426255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	44426467	rs57712519	T	TG	735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=412;SC=TGTTTTGTTTTTTTTAACGTG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=44426475;WS=44426457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	44466754	rs413061	G	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=7;PP=663;SC=TTGCAGTTTGGGGTTATGAGT;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=44466762;WS=44466744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	44469577	rs451601	T	G	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=630;SC=TTGCCAAACTTCTTTCATAAC;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=44469585;WS=44469567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	44470147	rs16976937	G	A	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=46;PP=1399;ReadPosRankSum=0.124;SC=TATAAGTCACGTGCAACAGAA;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=176;TCF=98;TCR=78;TR=100;WE=44470155;WS=44470137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,157:0.56:282
chr19	44470189	rs454301	T	A	6848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=82;PP=2965;SC=TAAACAGTCCTTCAGTGATGT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=174;WE=44470197;WS=44470179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	44470420	rs439676	T	C	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.565;NF=36;NR=28;PP=703;ReadPosRankSum=-0.364;SC=ACCATTCAAATGTGGGCAATG;SOR=0.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=159;TCF=87;TCR=72;TR=64;WE=44470428;WS=44470410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,96:0.45:214
chr19	44470548	rs453640	A	G	6759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=90;PP=2965;SC=CACAGCTTCAAGAACATCAGA;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=105;TCR=91;TR=195;WE=44470556;WS=44470538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	44470663	rs435590	G	C	8913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=109;PP=2965;SC=AGGAGAAAAAGCATTCAGATG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=115;TCR=110;TR=224;WE=44470671;WS=44470653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr19	44471209	rs365745	T	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.919;NF=22;NR=24;PP=636;ReadPosRankSum=0.585;SC=TACTCAGAGTTCACAACTTCA;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=46;WE=44471217;WS=44471199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,64:0.53:120
chr19	44471323	rs366111	G	A	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=53;PP=2112;SC=GAGGGTCCACGGGGGAGAGCG;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=113;WE=44471331;WS=44471313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	44500478	rs398235	A	T	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=59;PP=2041;SC=TAAACAGTCCATCAGTGATGT;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=102;WE=44500486;WS=44500468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	44500761	rs448921	G	A	9734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=125;PP=2965;SC=AATGTTCATCGTAAATTACAC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=125;TCR=126;TR=250;WE=44500769;WS=44500751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr19	44501116	rs388812	A	G	7527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=109;PP=2965;SC=ACACAGGAGAAAAACCATATA;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=95;TCR=110;TR=203;WE=44501124;WS=44501106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	44501227	rs388471	A	G	4935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=72;PP=2769;SC=AAGAATGTGGAAAGGGATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=138;WE=44501235;WS=44501217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	44501518	rs446016	G	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=592;ReadPosRankSum=-0.427;SC=AAGACCAGCCGAGAGACTATA;SOR=0.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=39;WE=44501526;WS=44501508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,53:0.38:140
chr19	44501627	rs35292176	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=-1.671;SC=TGACACATAATTGTTCATATT;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=9;WE=44501635;WS=44501617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	44503379	rs452554	C	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=9;PP=468;SC=TACATTTCATCCAGTCCTGTA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=44503387;WS=44503369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	44503541	rs11314755	TA	T	1272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=623;SC=AGACAGACCTTAAGAGTTCAT;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=44503549;WS=44503531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	44503569	rs7252394	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.849;NF=2;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=0.283;SC=TTTACAAAACGAATCATGAAC;SOR=0.829;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=10;WE=44503577;WS=44503559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr19	44503607	rs7253205	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.783;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CACTAGAATGTCAGTGACATG;SOR=0.859;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=44503615;WS=44503597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	44511202	rs2356549	A	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr19	44511223	rs424147	T	G	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CAAAAAGTAGTAGGAAAAATG;SOR=0.273;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=68;WE=44511231;WS=44511213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr19	44511389	rs2191566	G	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr19	44515352	rs1060880	T	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.394;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=529;ReadPosRankSum=0.417;SC=GGGTCCATACTGGAGAGAGAC;SOR=1.014;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=42;WE=44515360;WS=44515342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr19	44515514	rs12753	C	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=453;ReadPosRankSum=-1.272;SC=AACAAGGAGACCACAATGGAG;SOR=0.769;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=34;WE=44515522;WS=44515504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr19	44530390	rs8101750	T	C	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	44530444	rs3830527	GAC	G	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.091;NF=1;NR=8;PP=325;ReadPosRankSum=0.429;SC=ATGGGCGTGAGACACAGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=44530453;WS=44530434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr19	44564401	rs12610472	T	C	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=22;PP=646;SC=AAGACTTCTTTGTCGTTGGAC;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=44564409;WS=44564391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	44564981	rs3826941	G	A	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=84;PP=2965;SC=CAACCCAAAGGGAAGGGAATT;SOR=0.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=161;WE=44564989;WS=44564971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	44565125	rs4502339	A	G	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=50;PP=1576;SC=CCTTCCAGCTAGTGGCCCTGC;SOR=1.464;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=44565145;WS=44565115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	44565137	.	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=545;ReadPosRankSum=-1.431;SC=TGGCCCTGCTCCGTGCCTTCC;SOR=0.942;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=35;WE=44565145;WS=44565115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr19	44570393	rs6509138	C	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=672;ReadPosRankSum=0.187;SC=TGAGGAAGGACTATCTATAAT;SOR=0.824;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=50;WE=44570401;WS=44570383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,67:0.50:134
chr19	44570551	rs4375771	G	A	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=26;PP=1088;SC=ACATCTCAGCGCTTCATATTC;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=44570559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	44571154	rs4433920	T	C	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=985;ReadPosRankSum=0.111;SC=ACTTGCACCATAGAGCCCACA;SOR=0.761;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=57;WE=44571162;WS=44571144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,74:0.43:172
chr19	44580440	rs201907991	CT	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr19	44580758	rs57895932	T	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=281;SC=ATTTATGTTATGAGTAGAAAT;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=44580766;WS=44580748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	44585159	rs4803674	T	A	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=26.13;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	44586076	rs4553729	T	C	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=16;PP=693;SC=ACCATATCAGTGTTCAAGTTC;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=40;WE=44586084;WS=44586066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	44589999	rs139900131	TCTC	T	3269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.585;NF=11;NR=31;PP=1715;ReadPosRankSum=-1.891;SC=AGCTCTCAGTTCTCCACACAA;SOR=0.719;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=21;TCR=66;TR=42;WE=44590009;WS=44589989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,88:0.48:183
chr19	44590558	rs7255701	C	T	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=668;ReadPosRankSum=-0.513;SC=CCATGGTCCACATGCAAGAGA;SOR=0.794;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=49;WE=44590566;WS=44590548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,66:0.48:137
chr19	44591360	rs8113249	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=165;ReadPosRankSum=0.836;SC=GAAGCGCTACGAGAGGCGCTT;SOR=0.478;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=16;WE=44591368;WS=44591350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr19	44604914	rs62115526	T	C	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=430;ReadPosRankSum=0.690;SC=CCAGGAATCATTGGTCATGAG;SOR=0.505;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=28;WE=44604922;WS=44604904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr19	44610665	rs2068061	A	G	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=52;PP=2518;SC=TCAAGACTTGATGATAAATAG;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=130;WE=44610673;WS=44610655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	44610798	rs4239529	A	T	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=72;PP=2307;ReadPosRankSum=1.710;SC=GATGTCTCCCACTTTGATTTT;SOR=0.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=47;TCR=72;TR=119;WE=44610806;WS=44610788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr19	44611066	rs7508149	T	C	10783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=16.793;NF=124;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.805;SC=ATGTTCATCATAAATTACACA;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=228;TCF=124;TCR=104;TR=227;WE=44611074;WS=44611056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,420:1.00:422
chr19	44611420	rs4508518	A	G	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=62;PP=1857;ReadPosRankSum=-1.252;SC=ACACGGGAGAAAAGCCATATA;SOR=0.581;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=234;TCF=103;TCR=131;TR=116;WE=44611428;WS=44611410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,157:0.50:311
chr19	44611957	rs3746322	T	C	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.527;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.054;SC=GTGGGAAGAGTTTTGGCTGGG;SOR=0.705;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=62;WE=44611965;WS=44611947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,94:0.55:172
chr19	44612005	rs3746321	A	G	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=4.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=-2.086;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,71:0.46:156
chr19	44612014	rs3200505	A	T	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.05;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,61:0.40:151
chr19	44612231	rs3746319	A	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=587;ReadPosRankSum=1.165;SC=TTCATTCTCTAAAGTGCAAGA;SOR=1.120;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=36;WE=44612239;WS=44612221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr19	44634903	rs10413195	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=349;SC=AACATTCCCTATATTTATTAA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=44634911;WS=44634893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	44635822	rs62623665	G	A	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=45;PP=1176;ReadPosRankSum=1.093;SC=TGTGGAAAACGCTTCATTTAT;SOR=0.747;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=211;TCF=107;TCR=104;TR=98;WE=44635830;WS=44635812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,166:0.48:344
chr19	44648713	rs78778792	T	G	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=816;ReadPosRankSum=2.305;SC=TCCATAGTGTTCCAGGCACGA;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=53;WE=44648721;WS=44648703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
chr19	44660967	rs12609635	A	G	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1375;ReadPosRankSum=1.899;SC=AGGAATGTGGAAGGGCCTTCA;SOR=0.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=90;WE=44660975;WS=44660957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,138:0.49:279
chr19	44662274	rs35483237	T	TA,TAA	379.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.08;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,9:0.48,0.43:21
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chr19	44721699	rs9304640	C	T	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=38;PP=1715;SC=CATTGCCTCTCGTTTCCTGCT;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=44721707;WS=44721689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	44739303	rs2279073	T	C	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=46;PP=1790;SC=ATGGCTCCAATCAGAAATTAC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=44739311;WS=44739293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	44739399	rs2279072	T	C	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=41;PP=1984;SC=CGAATGTTCATACAGGAGAAA;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=44739407;WS=44739389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	44764064	rs1233444	A	G	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=25;PP=1164;SC=AGGAGGGCGAAGCAGCCGTCA;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=44764072;WS=44764054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	44769974	rs12462723	C	T	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=11;PP=469;SC=GTACAAACACCTTTTTCAGCG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=44769982;WS=44769964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	44778405	rs1233428	A	C	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=55;PP=2443;SC=AGAGTTCACAAAGGAGAGAAG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=114;WE=44778413;WS=44778395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	44792701	rs2125579	T	G	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=50;PP=2007;SC=GTCCTTCTCATGTGTACTACA;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=100;WE=44792709;WS=44792691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	44792969	rs2609908	G	A	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=18;PP=779;SC=AATATACATAGTTTGTTTTTC;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=38;WE=44792977;WS=44792959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	44813582	rs77701217	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=323;ReadPosRankSum=-0.558;SC=AAGTTAAACTCTAAACTGAAT;SOR=0.923;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=22;WE=44813590;WS=44813572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr19	44813702	rs10413396	G	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,74:0.56:131
chr19	44815688	rs150991918	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=1.279;SC=CCCGGGAGGCGGAGGTTGCAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=4;WE=44815696;WS=44815678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr19	44832684	rs2609880	T	G	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=2452;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GTTTCTCTCCTGTGTGGACTC;SOR=0.631;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=191;TCF=86;TCR=105;TR=78;WE=44832701;WS=44832674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,136:0.43:315
chr19	44832693	rs61733037	T	C	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.094;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=63;ReadPosRankSum=0.097;SC=CTGTGTGGACTCTCTGATGAA;SOR=0.877;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=107;WE=44832701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,172:0.56:307
chr19	44832875	rs2722722	A	G	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.167;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=938;ReadPosRankSum=1.986;SC=CCTTGAAGATATAAATTATGG;SOR=0.538;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=70;WE=44832883;WS=44832865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,96:0.51:189
chr19	44832992	rs2722723	C	G	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=694;ReadPosRankSum=-2.736;SC=CCACACTCCTCAGAATTATAT;SOR=1.061;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=48;WE=44833000;WS=44832982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,62:0.47:133
chr19	44833506	rs4325673	C	T	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=31;PP=1374;SC=GCTGATGAACCTCAGAGCTGG;SOR=0.851;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=44833514;WS=44833496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	44833851	rs4280359	G	C	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=27;PP=1039;SC=CTATATGAGTGAATATATAGT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=44833859;WS=44833841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	44840789	rs2571104	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr19	44840983	rs73555168	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr19	44845190	rs59957346	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=192;ReadPosRankSum=-1.086;SC=TGGATCTGGGCGCTCTGCCCA;SOR=0.770;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=18;WE=44845198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr19	44845385	rs74260472	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr19	44847480	rs5828194	GA	G,AA	3635.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=11,11;NR=12,25;PP=1082,2097;SC=AGGGTAATACGAAAGAAGCCA;SOR=0.724;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=23,36;WE=44847488;WS=44847470;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.66,0.34:128
chr19	44871173	rs2722747	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.339;NF=6;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=0.562;SC=GGAACAGAGCGCACAAAATAC;SOR=0.573;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=9;WE=44871181;WS=44871163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr19	44871287	rs8113807	T	C	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=1.670;QD=23.03;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr19	44871293	rs2571074	T	G,C	2858.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=564;SC=TTCTTGAAGATAAGGAGGGCC;SOR=0.815;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=19;WE=44871301;WS=44871277;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.61,0.39:85
chr19	44871374	rs16978991	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.58;MQRankSum=-1.470;NF=3;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=-3.157;SC=ATGACCTCACTTTCATGGAGC;SOR=0.560;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=11;WE=44871382;WS=44871364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr19	44891784	rs2571089	T	C	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=52;PP=2214;SC=TTTCCCACAGTTGGGATGTCT;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=106;WE=44891792;WS=44891774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	44892333	rs2571090	A	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=28;PP=709;SC=TGAGAAAATGAAATATGATGG;SOR=1.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=34;WE=44892341;WS=44892323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	44896487	rs2571123	G	C	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=27;PP=1829;SC=CCAGTGGTCTGATGCTCAGTT;SOR=1.632;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=90;WE=44896495;WS=44896477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	44896857	rs2571122	G	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=229;SC=GTGTCCTTACGTGGCAGAGGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=44896865;WS=44896847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	44898575	.	T	TA	52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=52;QD=22.0;SC=TAAAGTATAATAAAAAAAAAG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=44898583;WS=44898565;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	44898662	rs2571124	C	T	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	44901526	rs2722650	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=297;SC=TCCTCTCACTAGATATCATCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=44901534;WS=44901516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	44901557	rs2722651	A	G	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=224;SC=TGAACAGACTAAACTCCCACC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=44901565;WS=44901547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	44932440	.	G	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.520;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=351;ReadPosRankSum=1.153;SC=CAGATGGATAGAAAGCTCTGA;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=24;WE=44932448;WS=44932430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr19	44934489	rs2571174	G	A	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=32;PP=1427;SC=ACTGTCCAGGGAATTCTCAAT;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=74;WE=44934497;WS=44934479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	44947050	rs204548	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=733;ReadPosRankSum=0.148;SC=CTGCTAGGTTTTCTGCGAGCA;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=7;TCR=72;TR=33;WE=44947058;WS=44947040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr19	44947184	rs204547	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=91;ReadPosRankSum=-1.078;SC=GTCCAGAGCGTGACTGCTTCC;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=10;WE=44947192;WS=44947174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr19	44976058	rs2571053	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.423;NF=14;NR=10;PP=337;ReadPosRankSum=0.822;SC=GTAGCAAATGCCATTATCAAA;SOR=0.398;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=24;WE=44976066;WS=44976048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr19	44977071	rs1897824	C	T	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.473;NF=34;NR=40;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.601;SC=AAGGATTTTGCGTATAGCTCT;SOR=0.671;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=74;WE=44977079;WS=44977061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,108:0.47:232
chr19	44977240	rs1897823	A	G	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,98:0.54:183
chr19	44977382	rs1897822	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.204;NF=23;NR=28;PP=716;ReadPosRankSum=-0.283;SC=AGTACACACACTGTGAGCGTG;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=51;WE=44977390;WS=44977372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,61:0.45:136
chr19	44977405	rs1897821	C	T	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-6.038;NF=20;NR=32;PP=725;ReadPosRankSum=0.441;SC=AAGGACCTTCCGACTCATCAA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=52;WE=44977413;WS=44977395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr19	44981375	rs954314	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=259;ReadPosRankSum=-0.180;SC=ACTTTCCACATTGATTGCATT;SOR=0.477;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=18;WE=44981383;WS=44981365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr19	44981883	rs1897820	C	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=312;ReadPosRankSum=-0.236;SC=AAATCCATAGCATTTATCTTT;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=21;WE=44981891;WS=44981873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr19	44983567	rs2253563	C	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=252;ReadPosRankSum=0.540;SC=GAGCAGGGTTCCAAGTACCCT;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=16;WE=44983575;WS=44983557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr19	44983728	rs35167767	TG	T	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=-0.515;SC=ATTGGTGACCTGGGGAGTTGT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=44983736;WS=44983718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr19	44988716	rs3745148	G	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-0.163;SC=AATCTCCTCCGGTCAGTGGGC;SOR=0.653;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=22;WE=44988724;WS=44988706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
chr19	45001232	rs2571109	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=204;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CATGAGGGCCCCAAACCCCCT;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=15;WE=45001240;WS=45001222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr19	45001346	rs2571108	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=0.241;SC=CTGTGCACAGGCCTTCGGGGG;SOR=0.796;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=26;WE=45001354;WS=45001336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr19	45004042	rs12459496	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=0.672;SC=GTTCTCAAGATGTCCCCTTAC;SOR=0.737;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=11;WE=45004050;WS=45004041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr19	45004305	rs12977470	G	C	3906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=77;PP=1920;ReadPosRankSum=-1.426;SC=GACACCAAGCGCTGCCCCACG;SOR=0.764;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=264;TCF=109;TCR=155;TR=129;WE=45004313;WS=45004295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,189:0.52:362
chr19	45015020	rs17800789	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=212;ReadPosRankSum=1.206;SC=GACTCTTTAGTAGGGAAGAAA;SOR=0.719;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=16;WE=45015028;WS=45015010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
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chr19	45016116	rs8100718	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=-1.847;SC=GATATATTGCAATACTCAGGA;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=17;WE=45016124;WS=45016106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr19	45016990	rs5828200	CT	C	2598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=18;PP=1377;SC=GACTGGGGTCCTTCTGTTGTT;SOR=1.117;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=33;WE=45016998;WS=45016980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	45017064	rs17800819	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr19	45017477	rs10706694	TA	T	2237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=36.09;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	45024581	rs12982449	C	G	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=18;PP=1066;SC=CATAGGGCCCCGTGTCATTCC;SOR=1.270;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=58;WE=45024589;WS=45024571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	45024875	rs12975863	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=23;PP=853;SC=TCCAGGAGTGTGTGCGTGTGT;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34;WE=45024888;WS=45024865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	45024879	rs144346131	C	CGTGT	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=252;ReadPosRankSum=-0.925;SC=GGAGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.296;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=12;WE=45024888;WS=45024865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr19	45028169	rs7260180	C	T	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	45033379	.	GCACA	G,GCA	2383.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.372;QD=26.19;ReadPosRankSum=-1.835;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,39,50:0.43,0.55:91
chr19	45116908	.	G	A	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.678;SC=AGGAGCGGGCGATTCTGCTTC;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=82;WE=45116916;WS=45116898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,111:0.47:235
chr19	45121424	rs10412507	G	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=691;ReadPosRankSum=-1.256;SC=CTGCCTTCTCGGAGCTGCCCT;SOR=0.546;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=56;WE=45121432;WS=45121414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,80:0.55:146
chr19	45126994	rs846857	A	G	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=806;ReadPosRankSum=1.035;SC=TTCCCTGTTTACACAGACAGC;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=58;WE=45127002;WS=45126984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,97:0.61:158
chr19	45138648	rs140576977	TTC	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=8.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr19	45138669	rs60475615	TC	T	324.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.602;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr19	45138671	rs370451038	TCTC	T	318.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.432;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr19	45138676	rs375878000	GTC	G	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr19	45147340	rs11540084	G	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=169;ReadPosRankSum=0.978;SC=CAGAGCGAGCGGGCGCCGGGA;SOR=0.352;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=15;WE=45147348;WS=45147330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr19	45147518	rs5828211	C	CA	4868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=36;PP=2464;SC=GTCTGGCTCCCGCTCCGCATC;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=45147526;WS=45147508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	45147542	rs439446	T	C	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	45147576	rs5828212	CG	C	2265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=38;PP=1782;SC=ACGGCCCCGCCGCGGCGCCAC;SOR=1.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=42;WE=45147597;WS=45147566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	45157113	rs71171278	A	AG	11354.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=105;PP=2974;SC=AATCCCGCGTACCCCAGGCCC;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=55;TCR=108;TR=156;WE=45157121;WS=45157103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr19	45162038	rs203710	A	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	45162189	rs35385129	C	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=0.817;SC=CCAGAGCTGCCGTAATTGAGC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=45162197;WS=45162179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr19	45208894	.	C	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=520;ReadPosRankSum=1.033;SC=TCCAGGATTCCACCACCCGCA;SOR=0.647;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=35;WE=45208902;WS=45208884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,57:0.41:139
chr19	45287665	.	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.217;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=364;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GCTTGTGAGTCTCCATTCTGG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=25;WE=45287673;WS=45287655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr19	45297532	rs148527231	G	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=777;ReadPosRankSum=1.519;SC=ATGCCCAGCCGAAAGTGGTGA;SOR=0.572;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=57;WE=45297540;WS=45297522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,99:0.54:182
chr19	45316434	.	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=0.363;SC=TGAGTGGGGAGAACTCCTGAG;SOR=0.836;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=18;WE=45316442;WS=45316424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr19	45322744	rs1135062	A	G	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=773;ReadPosRankSum=1.690;SC=CCACTTCGGCACCGGTGAGTG;SOR=0.710;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=62;WE=45322752;WS=45322734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,104:0.37:278
chr19	45323073	rs3669	T	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=252;ReadPosRankSum=1.078;SC=CAACCACATCTTATCCTCCAC;SOR=0.379;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=14;WE=45323081;WS=45323063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
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chr19	45395619	rs2075650	A	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=263;ReadPosRankSum=0.630;SC=GTGGGGTTGGAGTGGAGTGTG;SOR=0.521;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=21;WE=45395627;WS=45395609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr19	45395714	rs157581	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=1.079;SC=GTAACCATTTTCAGGTGAGCC;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=45395722;WS=45395704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr19	45396144	rs11556505	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=270;ReadPosRankSum=0.738;SC=ACTACCACTTCGGGGTCACAT;SOR=0.862;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=24;WE=45396152;WS=45396134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr19	45396219	rs157582	C	T	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,75:0.50:149
chr19	45404052	.	T	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=-0.058;SC=AGAGCTGGTCTACCACCGGCG;SOR=1.532;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=45404060;WS=45404042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr19	45404691	rs405697	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.571;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr19	45408990	.	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.863;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	45422561	rs1064725	T	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=488;ReadPosRankSum=-1.168;SC=GAGGACTCCCTCCATGTGGCC;SOR=0.561;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=40;WE=45422569;WS=45422551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,71:0.47:152
chr19	45430280	rs5112	C	G	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=13;PP=536;SC=TTCTGTCGATCGTCTTGGAAG;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=33;WE=45430288;WS=45430270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	45448036	rs1132899	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=268;ReadPosRankSum=1.720;SC=GAAGGAACCCTGAGCCCCCCA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=24;WE=45448044;WS=45448026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr19	45451620	rs5120	T	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=519;ReadPosRankSum=-1.444;SC=GACACCGAGCTCACACAGAGC;SOR=0.266;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=37;WE=45451628;WS=45451610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr19	45451656	rs10422603	T	G	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=756;ReadPosRankSum=1.148;SC=CCCACCAGAGTGGGGCGTGAC;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=48;WE=45451664;WS=45451646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,72:0.57:126
chr19	45452335	.	T	C	237	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=17;MQ=53.84;NF=7;NR=10;PP=237;QD=15.9865419145;SC=GGAGTCCAGGTCCCCAGACCC;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=17;WE=45452343;WS=45452325;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,17:0.46:37
chr19	45458146	rs3760629	A	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr19	45465363	rs35566032	GA	G	1044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=434;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TTTGTTCACCGAAAACATTCA;SOR=0.590;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=15;WE=45465371;WS=45465353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr19	45476422	rs204481	T	C	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=55;PP=1869;SC=CCGGAGGAGCTCCACGCGTCG;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=45476430;WS=45476412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	45477910	rs11318909	CT	C	1595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=41;PP=1633;SC=ACTGAAGGACCTTTTCCTCCA;SOR=3.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=43;WE=45477918;WS=45477900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	45488434	rs204472	A	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=668;SC=TGCAGGTGCCAGCAGGTCTCA;SOR=1.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=45488442;WS=45488424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	45488567	rs204471	T	C	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=35;PP=959;SC=TCAAGGTAAATGGGCAGGGTT;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=45488575;WS=45488557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	45489548	rs58800134	A	AG	903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=9;PP=671;SC=GCTTGAGCCCAGAATTCGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=16;WE=45489556;WS=45489538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	45490636	rs204468	T	C	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=85;PP=2355;SC=ACTTCCTGGGTGATGAGTTGT;SOR=1.577;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=38;TCR=86;TR=123;WE=45490644;WS=45490626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	45493635	rs875255	C	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=-1.667;SC=CTGGTTCCCCCCTACCCCCTG;SOR=0.444;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=17;WE=45493643;WS=45493625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr19	45494247	rs11405080	A	AC	5491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=64;PP=2196;SC=GTCTCCAGGTACCACGTATCC;SOR=0.976;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=12;TCR=66;TR=76;WE=45494257;WS=45494237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	45494349	rs11333249	TC	T	1449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=29;PP=1606;SC=CATAACTGCTTCCCTGGGCGA;SOR=1.347;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=43;WE=45494357;WS=45494339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	45496303	rs9193	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=237;ReadPosRankSum=1.180;SC=CAGCGTGTGATGTAGGGGCCG;SOR=0.679;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=22;WE=45496311;WS=45496293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr19	45506732	rs145291152	CAAA	C	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=19.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-0.645;QD=12.20;ReadPosRankSum=2.415;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr19	45506772	rs7251460	T	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.126;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr19	45528799	rs2288918	T	C	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=42;PP=2130;SC=CCCTTCCCCGTTCCCCTGTAC;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=93;WE=45528807;WS=45528789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	45532009	rs12609547	G	T	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=764;SC=GTTCCATGAGGATCAGATGCC;SOR=3.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=45532017;WS=45531999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	45535672	rs147163954	CA	C	324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.69;QD=17.09;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	45536061	rs34293391	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.431;SC=GTCTTTGGCCTTGGGGAGACC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=45536069;WS=45536051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr19	45540541	.	G	GA	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.144;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.816;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	45561063	rs4803794	A	G	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	45567327	.	C	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.839;NF=28;NR=18;PP=631;ReadPosRankSum=-2.194;SC=CGACCCCGGGCCGCGAGGAGA;SOR=0.880;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=46;WE=45567335;WS=45567317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,79:0.41:194
chr19	45567648	rs140157080	C	G	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=410;ReadPosRankSum=1.245;SC=TCGAGGACCTCCAGCTCCCGC;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=31;WE=45567656;WS=45567638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr19	45571900	rs34337168	G	GCC	1055.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=1114;ReadPosRankSum=-1.028;SC=CAGCTCCGCTGCCGCTATGCT;SOR=0.368;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=16;WE=45571911;WS=45571890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr19	45571903	rs36097205	G	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.922;SC=CTCCGCTGCCGCTATGCTGGG;SOR=0.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=21;WE=45571911;WS=45571890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr19	45643957	rs116863911	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=-1.105;SC=AGGAGGGGGTCCCCTAGACAA;SOR=1.318;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=19;WE=45643965;WS=45643947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr19	45644720	rs66519628	AGGAAGAGGCAGCTCAGGCTCCC	A	7893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=75;PP=2925;SC=CTCGGCTTCCAGGAAGAGGCA;SOR=1.506;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=5;TCR=75;TR=80;WE=45644749;WS=45644710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	45649386	rs968445	A	G	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=25;PP=920;SC=CCTGTTGTGGACCTCAGTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=51;WE=45649394;WS=45649376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	45649503	rs112250728	T	TGTAA	1596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=44.35;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	45662459	rs8109620	G	A	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=7;PP=145;SC=GGGGGCCAGAGTATTCTTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=45662467;WS=45662449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	45681560	rs7254936	T	C	5284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=101;PP=2610;SC=TCTTGCGTCATGGCGCGAGCC;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=66;TCR=101;TR=167;WE=45681568;WS=45681550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	45682698	rs182286598	C	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-1.094;SC=GCCCGACGCGCGGCCGCCCCA;SOR=0.384;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=9;WE=45682706;WS=45682688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr19	45716678	rs346740	G	C	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	45769479	.	C	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.955;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr19	45801018	rs173179	T	C	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=64;PP=2539;SC=GCCTGGCACGTGGTTCCACCA;SOR=0.845;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=140;WE=45801026;WS=45801008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	45801337	.	TTCC	T	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,16:0.10:166
chr19	45801579	rs139000043	GGGTCTGTGCGT	G	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=2817;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GTGGATGTGAGGGTCTGTGCG;SOR=0.495;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=9;WE=45801597;WS=45801569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr19	45803228	.	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr19	45810035	rs4884	A	G	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1312;ReadPosRankSum=0.585;SC=TCATGTCGTCAATGGACTGGC;SOR=0.724;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=160;TCF=80;TCR=80;TR=88;WE=45810043;WS=45810025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,125:0.44:281
chr19	45868239	.	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=526;ReadPosRankSum=1.909;SC=AGGGGTCAGGGAGGCTGCCTG;SOR=0.898;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=33;WE=45868247;WS=45868229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,57:0.45:126
chr19	45873891	.	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=520;ReadPosRankSum=-2.096;SC=GGGCTCGCTCCACCTATATTA;SOR=0.975;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=43;WE=45873899;WS=45873881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,59:0.41:145
chr19	45911319	rs11314106	CA	C	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=3.530;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr19	45912489	rs35729377	CAAG	C	3633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=4.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.447;QD=18.63;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,96:0.49:195
chr19	45912736	rs3212986	C	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GAAGCGGAAGCAGCAGCAGCA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=15;WE=45912744;WS=45912726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr19	45913086	rs3212985	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.92;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr19	45913093	rs1007616	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.94;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr19	45918849	rs10401261	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-1.270;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr19	45918893	rs72086112	C	CA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.734;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
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chr19	45971961	rs2282695	C	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=1.108;SC=CCACCGCCGCCGCCTCCCAGG;SOR=0.844;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=17;WE=45971969;WS=45971951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr19	45972039	rs2282696	A	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr19	45974593	rs2276469	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=0.200;SC=AGAGGGGATGTTGAGGGGAGC;SOR=1.077;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=10;WE=45974601;WS=45974583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr19	45991636	rs1603	G	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GTGTCTGGCCGGGACATCTGT;SOR=0.873;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=22;WE=45991644;WS=45991626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr19	45998346	rs2298887	C	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr19	46001703	.	G	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=0.128;SC=TGTACAGGGTGGAGCCTTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=6;WE=46001711;WS=46001693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr19	46002766	rs45440199	G	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr19	46003601	rs2156916	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=0.435;SC=CGATGTTGTCCAGGCTGGTCT;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=46003609;WS=46003596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	46005593	rs5027739	C	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr19	46020890	rs80016077	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=557;ReadPosRankSum=-1.387;SC=AGAAGGTGACCGGCCCCTCTC;SOR=0.562;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=42;WE=46020898;WS=46020880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr19	46027752	rs4802260	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=767;ReadPosRankSum=-1.633;SC=CTCAATGTGACCCCTGGAATA;SOR=0.685;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=56;WE=46027760;WS=46027742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,70:0.52:135
chr19	46057081	rs3826860	A	G	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=968;ReadPosRankSum=-0.999;SC=CGCCCAGCTCAGCTGCCGCCT;SOR=0.862;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=170;TCF=87;TCR=83;TR=79;WE=46057089;WS=46057071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,119:0.45:266
chr19	46118127	rs3816046	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=0.900;SC=GGGGTCTTCACAGCCCGCAGC;SOR=0.515;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=7;WE=46118135;WS=46118117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr19	46119867	rs2241722	C	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=530;ReadPosRankSum=0.976;SC=TCCATCCCCTCCTCGCCCAGA;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=33;WE=46119875;WS=46119857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr19	46121020	rs12985660	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GGACATTCTCTTGCCTCAGGG;SOR=0.307;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=13;WE=46121028;WS=46121010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr19	46125008	.	CT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr19	46127918	rs28365786	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=201;ReadPosRankSum=0.197;SC=GAAGGGAGGCAGAGCCAGGAG;SOR=1.283;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=19;WE=46127926;WS=46127908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr19	46130191	rs1548026	T	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-1.028;SC=CGGCTGTTTGTGTTGTATGCT;SOR=1.262;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=8;WE=46130199;WS=46130181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr19	46133251	rs7251952	C	T	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,72:0.43:169
chr19	46133256	rs7252175	G	A	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,71:0.44:163
chr19	46141692	rs138562379	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=0.462;SC=ACAGGCCTGAGCTGCCTTGAC;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=8;WE=46141700;WS=46141683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr19	46141845	rs12151009	T	C	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=443;ReadPosRankSum=-1.692;SC=TCTGGGATCATCATGGGCACA;SOR=0.708;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=30;WE=46141853;WS=46141835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,56:0.47:118
chr19	46145025	rs2286756	G	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=534;ReadPosRankSum=0.107;SC=GAGCACACAGGTGGGGGCAGA;SOR=0.561;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=36;WE=46145033;WS=46145015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr19	46148386	rs11670462	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=1.676;SC=GGACCTTGCTCTTGGGTCAGG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=46148394;WS=46148376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	46180150	rs4803846	A	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=407;ReadPosRankSum=0.389;SC=GCTGGGGGAGACTGGGAGACA;SOR=0.584;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=31;WE=46180158;WS=46180140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr19	46180184	rs11672660	C	T	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,49:0.38:130
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chr19	46206098	rs62111730	G	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=730;ReadPosRankSum=-0.343;SC=CTAGAGGTTGGGCTTGGGCTC;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=97;TCR=39;TR=54;WE=46206106;WS=46206088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,59:0.40:146
chr19	46206262	rs17850756	G	A	4543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=2.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,240:0.51:470
chr19	46206425	rs11672416	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=-1.011;SC=TACCTTTGTCTCCTAATTGTG;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=15;WE=46206433;WS=46206415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr19	46254070	rs117516680	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.867;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=-1.444;SC=AGTGTTTCCTGGTGCCTGTGA;SOR=0.294;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=17;WE=46254078;WS=46254060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr19	46262286	rs725660	C	A	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=94;PP=2940;SC=GAGTACCTGACCCAAGGTGAG;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=65;TCR=94;TR=159;WE=46262294;WS=46262276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr19	46262826	.	C	T	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.005;SC=TTCATTCACTCATCCACTCCC;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=74;WE=46262834;WS=46262816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,120:0.53:227
chr19	46264963	rs12982642	C	T	2682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CCCCCAAAGACCCTCCTGAGT;SOR=0.861;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=152;TCF=72;TCR=80;TR=71;WE=46264971;WS=46264953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,131:0.47:278
chr19	46268902	rs2341097	C	T	4569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=62;PP=2174;SC=AGCCTCAGCACGGTGTGGGGG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=130;WE=46268910;WS=46268892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	46269313	rs2014377	G	C	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=18;PP=563;SC=CCCTGCTGCAGGGCCACACCC;SOR=0.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=33;WE=46269321;WS=46269303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	46274357	rs183029748	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=285;ReadPosRankSum=-1.460;SC=TCGGAGCCCAGCCCAGCCCTC;SOR=0.489;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=18;WE=46274365;WS=46274347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr19	46282890	rs2070737	A	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=403;SC=CCCACCTGCCACACCACGCCC;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=46282898;WS=46282880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	46285362	rs149612963	G	GC	380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	46288706	rs3760843	A	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	46289392	rs8110017	G	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=20;PP=1003;SC=GGGCCAGGGGGGGGTGCGGGT;SOR=1.281;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=58;WE=46289400;WS=46289382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	46289503	rs8109951	C	T	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=50;PP=2133;ReadPosRankSum=2.266;SC=GTGGAGAGAGCGGGGCGCCCC;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=118;WE=46289511;WS=46289493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
chr19	46294136	rs72626215	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
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chr19	46313825	rs10407137	A	T	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=31;PP=1726;SC=GCCCCCACTGACCCTGATGCC;SOR=1.226;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=93;WE=46313833;WS=46313815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	46318963	rs3810331	C	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=15;PP=711;SC=CTCCTGGTGACCGGGGAAGGA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=46318971;WS=46318953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	46320041	rs74821481	G	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.682;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=0.982;SC=GGTACCTGGTGGGGGGAAGGG;SOR=1.115;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=5;WE=46320049;WS=46320031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr19	46326200	rs12976060	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=345;SC=TGGGGAGCTGAGGGCAAGCTC;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=46326208;WS=46326190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	46327166	rs11671524	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=0.269;SC=CCAGACCCAGGGTGAGAGCTT;SOR=0.452;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=22;WE=46327174;WS=46327156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr19	46327185	rs7252416	G	C	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=22;PP=636;SC=TTAGGGGAGGGTCAGGTGTTG;SOR=1.414;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=31;WE=46327193;WS=46327175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	46327209	rs11284049	CT	C	749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=623;SC=GGCAGGGTGGCTTGCGGGGCA;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=46327217;WS=46327199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	46329438	rs7246155	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=180;SC=GGCCCAGAGCGCGGACACAGC;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=46329446;WS=46329428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	46329781	rs28362500	GT	G	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.775;NF=1;NR=8;PP=317;ReadPosRankSum=-0.757;SC=CTGGTCCCCAGTGCAGGAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=46329789;WS=46329771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr19	46331302	rs4239535	C	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=21;PP=535;SC=CAAGCCCCTGCTTATAAAGCT;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=46331310;WS=46331292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	46332194	rs3745929	C	T	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=13;PP=839;SC=GGAAGCCTCTCGGGGACAGGA;SOR=1.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=42;WE=46332202;WS=46332184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	46333632	rs4516331	G	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=441;SC=GTGGGTAAGAGGAAGGAAGAG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=46333640;WS=46333622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	46334955	rs4803866	C	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=35;PP=862;SC=CACAAAACCTCGTTTAAATCC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=46334963;WS=46334945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	46338492	rs7256192	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=388;ReadPosRankSum=0.106;SC=AGGACCTGTGGGATGCCCAGG;SOR=0.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=12;WE=46338513;WS=46338482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr19	46338505	rs117961206	G	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr19	46351278	.	G	A	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=625;ReadPosRankSum=-0.084;SC=AGGCCAGGAAGGAATGGAAGA;SOR=0.707;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=39;WE=46351286;WS=46351268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr19	46366279	rs34086257	C	G	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=803;ReadPosRankSum=-0.395;SC=GAGCCTCCTCCTTTCGTCTCC;SOR=0.268;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=52;WE=46366287;WS=46366269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,84:0.51:165
chr19	46366454	.	G	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr19	46367901	rs1363538	T	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=8;PP=284;SC=CTTGGGCAGCTGAGGAACTGG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=17;WE=46367909;WS=46367891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	46376009	.	C	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.642;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=653;ReadPosRankSum=-0.101;SC=ACAGTCACCTCCCCGCCCCAG;SOR=0.403;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=46;WE=46376017;WS=46375999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr19	46387344	rs11550348	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=550;ReadPosRankSum=1.217;SC=CGCCCTGCATGAAGGCCCAGG;SOR=0.478;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=40;WE=46387352;WS=46387334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr19	46387503	rs3745926	T	C	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=686;ReadPosRankSum=0.575;SC=GGGTGTCTTCTAGCCGCTCCC;SOR=0.603;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=50;WE=46387511;WS=46387493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,73:0.42:174
chr19	46394268	rs150220406	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=0.112;SC=CCCGGATGGCGTTGGCAGTCT;SOR=0.715;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=10;WE=46394276;WS=46394258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr19	46394322	rs114387602	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=2.340;SC=CTGAGGCCGAGAGCGTGGGTG;SOR=0.255;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=6;WE=46394330;WS=46394312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr19	46404428	rs35633692	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=357;ReadPosRankSum=-2.023;SC=CTATAAAATGGGGCGAAGGAC;SOR=0.531;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=29;WE=46404436;WS=46404418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr19	46404579	rs10423899	A	G	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.56;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	46417429	rs66529687	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=1.812;SC=GGAGTTCTGGGGGCCAGAAAT;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=46417437;WS=46417419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr19	46443470	.	C	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.052;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.751;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr19	46443739	rs28742045	T	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.275;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,65:0.54:120
chr19	46443886	rs1047061	C	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=424;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CCGCGGCTGGCAGCACATCCG;SOR=1.071;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=26;WE=46443894;WS=46443876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr19	46464225	rs35514609	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=-2.028;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr19	46498353	rs892217	C	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	46498456	.	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=225;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TCTTTCCCTTCCACTCTGGGG;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=18;WE=46498464;WS=46498446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr19	46498827	rs746401	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.56;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	46498835	rs55951953	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.65;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	46511548	rs2287305	T	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=16;PP=548;SC=AGATCTGGCATCTGCGGGAGC;SOR=0.733;Source=Platypus;TCF=12;TR=28;WE=46511556;WS=46511538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	46511617	.	C	T	181	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=9;PP=181;QD=19.615564777;SC=TCATGCACCGCGGGGCCCATG;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=46511625;WS=46511607;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	46520026	rs2287306	A	G	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=439;ReadPosRankSum=1.391;SC=CGCCAGACCCAGCCCCCTGCT;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=43;WE=46520034;WS=46520016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,70:0.43:161
chr19	46520728	rs11669048	G	C	173.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5015;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=0.842;SC=GGCAATTGTAGCTCACGGCAG;SOR=0.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=46520736;WS=46520718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr19	46526298	rs2072562	T	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.490;SC=GGCGGCAGGGTCCGGGAGACC;SOR=0.465;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=8;WE=46526306;WS=46526288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr19	46543249	rs756401	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=1.645;SC=GTAGCAGCAGTGGCGGGGAAG;SOR=0.374;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=13;WE=46543257;WS=46543239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr19	46546250	rs4803890	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr19	46627592	rs2287307	G	A	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=56;PP=1714;SC=AGGGAGAAAGGAAAAAGGTTG;SOR=1.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=88;WE=46627600;WS=46627582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	46640551	rs1990765	C	A	7521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=90;PP=2965;SC=ACACCACATGCAATATTATCT;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=107;TCR=90;TR=197;WE=46640559;WS=46640541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr19	46652396	rs138711585	TCTCTCTCTCTCC	T	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.7354;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=10;PP=1095;SC=TGGGCAACCATCTCTCTCTCT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=46652416;WS=46652386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	46664400	rs10408162	A	G	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=28;PP=1135;SC=ACATAGGCTAAGGTAATATGT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=46664408;WS=46664390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	46733912	rs2286802	A	G	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	46733916	rs2286803	G	A	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	46734255	rs2286804	A	C	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=7;PP=125;SC=CCCACCCTGCAGCTGCCCTGA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=46734263;WS=46734245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	46811857	rs73059757	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=0.180;SC=GCCAGGGTGCCGGAGGGCACT;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=46811865;WS=46811847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr19	46811984	rs2311054	A	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=10;PP=458;SC=TGAAGAGTACACTCACCAGCC;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=46811992;WS=46811974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	46812126	rs757638	A	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=308;SC=GGCATCTCCTAGGCTGGGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=46812134;WS=46812116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	46812451	rs61750957	C	T	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1093;ReadPosRankSum=0.383;SC=AAGCCACCTGCGCAGACTTCT;SOR=0.749;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=197;TCF=104;TCR=93;TR=82;WE=46812459;WS=46812441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,146:0.46:317
chr19	46815297	rs8101216	T	C	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1115;ReadPosRankSum=1.328;SC=TTCTCTCGGTTACAATCCTTC;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=76;WE=46815305;WS=46815287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,112:0.49:229
chr19	46815499	rs8101480	T	C	9759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=1.604;SC=TGGACTCCGATGCGGTCAGCA;SOR=0.245;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=118;TCR=127;TR=244;WE=46815507;WS=46815489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,382:1.00:383
chr19	46815705	rs3752207	A	C	8759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=114;PP=2965;SC=GTCCCCAGATATTTCTCTCCC;SOR=1.100;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=204;TCF=87;TCR=117;TR=195;WE=46815713;WS=46815695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr19	46815969	rs146459631	G	GGT,GGTGTGTGT	658.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.471;NF=0,0;NR=6,6;PP=80,177;ReadPosRankSum=1.559;SC=TGTGTGGACAGGTGTGTGTGT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6,6;WE=46815977;WS=46815959;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.26,0.68:19
chr19	46825067	rs61750958	C	T	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1061;ReadPosRankSum=0.239;SC=CCTTCCTGCACCCGCCTTCCC;SOR=0.571;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=174;TCF=106;TCR=68;TR=84;WE=46825075;WS=46825057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,117:0.44:265
chr19	46842959	.	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=123;ReadPosRankSum=1.378;SC=CAACGCACAGGATGGGGGCGC;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=9;WE=46842967;WS=46842949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	46856963	rs917947	G	A	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=922;ReadPosRankSum=-0.737;SC=TGTCCTCGCAGGGTTGGAGCA;SOR=0.807;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=154;TCF=89;TCR=65;TR=66;WE=46856971;WS=46856953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,88:0.41:213
chr19	46857015	rs917948	C	T	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1223;ReadPosRankSum=0.455;SC=CCAAGGACTACGAGAACGCCA;SOR=0.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=195;TCF=100;TCR=95;TR=91;WE=46857023;WS=46857005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,134:0.44:306
chr19	46857286	rs2075144	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=-0.331;SC=CCTGAGCCAGGCAGATACTGA;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=18;WE=46857294;WS=46857276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr19	46887007	rs1024781	G	C	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	46890247	rs58701793	G	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=-1.252;SC=AGGCCCATGGGGGCAAGGGAC;SOR=0.103;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=12;WE=46890255;WS=46890237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr19	46892111	rs759290	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AAGAACATGACGAACACCCCC;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=14;WE=46892119;WS=46892101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr19	46892168	rs8106745	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-0.084;SC=AGCCTGTGAGTGCTGACCAGC;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=46892176;WS=46892158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr19	46974307	rs3826852	C	T	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=62;PP=1725;SC=CGGCTCTGAACCTACTATGTG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=95;WE=46974315;WS=46974297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	47030234	rs62136886	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.900;NF=8;NR=6;PP=199;ReadPosRankSum=-0.317;SC=GCTCGTCGCCTGCGATGGCCC;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=14;WE=47030242;WS=47030224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
chr19	47030432	rs3745795	T	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=655;SC=GAAGTCAGGCTGCCCGGGCAC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=47030440;WS=47030422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	47104310	rs17551870	TGG	T	788.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=541;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GAAAGTGAAGTGGGCCCGGGA;SOR=2.025;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=16;WE=47104319;WS=47104300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr19	47109011	rs3729510	T	C	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=652;SC=GGGCCGAGGGTCTGGGCTGAG;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=47109019;WS=47109001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	47111663	rs3729760	T	C	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=59;PP=2667;SC=AGGGAGCCTCTCTCAGGGTGA;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=75;TCR=59;TR=133;WE=47111671;WS=47111653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	47124714	rs2229129	T	G	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=552;ReadPosRankSum=1.415;SC=CCCTCCTCCCTGAGGCGAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=41;WE=47124722;WS=47124704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,78:0.61:128
chr19	47126614	rs12459883	C	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=485;ReadPosRankSum=-1.328;SC=CACGATGTCTCACCTCTTTTG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=31;WE=47126622;WS=47126604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr19	47126636	.	CC	TT	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=3;HapScore=3;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GCCTCAGTCTCCCCATCTGTG;SOR=1.015;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=35;WE=47126645;WS=47126626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr19	47127324	rs2229128	C	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=567;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CCAGTCCGGTCACCAGCACCG;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=33;WE=47127332;WS=47127314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr19	47137162	rs1005774	C	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=2.777;SC=TCCACGTCCACCCCTACCCCC;SOR=0.760;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=47137170;WS=47137152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	47152130	.	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=144;ReadPosRankSum=-1.188;SC=GCCGGGGCCGGGAACACGCGC;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=10;WE=47152138;WS=47152120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr19	47153145	rs375074031	CA	C	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.733;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr19	47177913	rs314665	A	G	7978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=72;PP=2652;SC=CTCCCAGCGCACGTCGTCACT;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=157;WE=47177921;WS=47177903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr19	47193850	rs314671	T	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr19	47200618	rs10413222	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr19	47207964	rs73058662	T	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=338;ReadPosRankSum=0.131;SC=GGTCTCTTCTTGAGAAGTTGT;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=22;WE=47207972;WS=47207954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr19	47212593	rs10423365	A	G	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.077;NF=17;NR=23;PP=584;ReadPosRankSum=-0.449;SC=AAGAACTGGGAAGAGAAGGCC;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=40;WE=47212601;WS=47212583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,71:0.53:134
chr19	47228985	rs313844	G	C	224.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	47228990	rs3848529	T	C	194.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	47230627	rs7351078	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.675;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=273;ReadPosRankSum=-0.425;SC=AGGGCACGGGCGGCACCCAGT;SOR=1.768;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=18;WE=47230635;WS=47230617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr19	47236268	rs11666600	G	C	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=1090;ReadPosRankSum=0.638;SC=GGAACAGAGAGACACACCTGC;SOR=0.990;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=150;TCF=89;TCR=61;TR=70;WE=47236276;WS=47236258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,93:0.40:231
chr19	47239919	rs2270685	G	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=547;ReadPosRankSum=0.332;SC=CCCCAGGCCAGGCTCCGCCCA;SOR=1.601;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=34;WE=47239927;WS=47239909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr19	47241659	rs12976352	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=-1.291;SC=GTGGAAGAAACCACTCCCTGG;SOR=1.473;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=10;WE=47241667;WS=47241649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr19	47249296	rs12984041	G	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
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chr19	47291174	rs3027956	G	C	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,65:0.46:140
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chr19	47524457	.	G	C	375.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.75;MQRankSum=3.875;QD=13.42;ReadPosRankSum=-1.633;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr19	47542885	.	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr19	47545943	rs2303105	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TGTAAGTGCCTCAGGGTGGGG;SOR=1.371;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=47545951;WS=47545935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr19	47658320	rs11666272	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr19	47658482	rs11670191	G	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=362;ReadPosRankSum=1.124;SC=TATGTGTAACGTGGGGGCAGA;SOR=0.674;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=25;WE=47658490;WS=47658472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr19	47700611	rs11083864	C	T	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=395;ReadPosRankSum=-1.207;SC=TTAGTCCTGACCTGCTTCCTG;SOR=0.870;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=26;WE=47700619;WS=47700601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,65:0.44:149
chr19	47725298	rs145749398	C	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CTCCTCCCCCCGCCTGGGCTA;SOR=0.653;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=47725306;WS=47725288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr19	47731829	rs3810294	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=2.369;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr19	47735875	rs45607935	T	C	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,117:0.53:222
chr19	47761543	rs2302985	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TGAAGTAGGTTGGGGGGCCAT;SOR=0.465;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=13;WE=47761551;WS=47761533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr19	47761646	rs12985905	G	C	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=33;PP=1249;SC=TTGGCTCCACGCAGCCAGCGA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=47761654;WS=47761636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	47763573	rs45591932	C	T	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=701;ReadPosRankSum=-0.629;SC=GCTGTCTGCTCCTAGGAGATT;SOR=0.834;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=50;WE=47763581;WS=47763563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr19	47768128	rs2032811	G	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=0.292;SC=GCCGGGAGGAGAGCCGCCGGC;SOR=0.732;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=24;WE=47768136;WS=47768118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr19	47769839	rs9304666	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=0.757;SC=GCGGGACATCACCCTGACTCC;SOR=1.218;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=9;WE=47769847;WS=47769829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr19	47770015	rs10413121	A	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=613;ReadPosRankSum=0.366;SC=TGGCCAGTGGAGGCGCGAGTG;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=48;WE=47770023;WS=47770005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,66:0.48:138
chr19	47773786	rs888838	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=-2.377;SC=TTCCCTTCCCAATGACACCTG;SOR=0.465;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=16;WE=47773794;WS=47773776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr19	47773973	rs888837	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=2.000;SC=CGGGCTTGCATACCCCCAGGG;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=47773981;WS=47773963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr19	47774329	rs73570553	T	C	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=-1.978;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,93:0.50:185
chr19	47774447	rs66726054	G	A	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1144;ReadPosRankSum=-0.462;SC=CCATGCAGGTGAGGCTGGGCT;SOR=0.704;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=77;WE=47774455;WS=47774437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,158:0.53:299
chr19	47774572	rs60930438	C	T	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=653;ReadPosRankSum=1.851;SC=CTCCTGAAGACGAGGGGGAAG;SOR=0.443;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=45;WE=47774580;WS=47774562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,75:0.61:122
chr19	47774772	rs888836	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=350;ReadPosRankSum=0.200;SC=GAGCCCCTGCTGGAGCCCCAG;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=37;WE=47774780;WS=47774762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr19	47774983	.	TGTGTGTGCGCGCGCGCGC	T	1746	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5003;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MMLQ=21;MQ=59.8;NF=0;NR=7;PP=1746;QD=249.857142857;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGTGCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=47775008;WS=47774973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,7:0.88:8
chr19	47778054	rs34227852	G	GC	299.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=286;SC=GCGTGACCATGCTGGCGGGGG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=47778062;WS=47778044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	47778101	rs35912982	T	TC	478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=380;SC=AGCGGGGCGGTCTGCGGGGTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=47778109;WS=47778091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	47778221	rs10407367	A	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr19	47778412	rs1055218	G	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=461;ReadPosRankSum=1.045;SC=TGTGCTGCCCGCCCGGGCGTG;SOR=0.742;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=35;WE=47778420;WS=47778402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr19	47778610	.	C	T	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,127:0.58:218
chr19	47813165	rs11670330	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=302;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GGTGAGTCTCGAAGGGGAATG;SOR=0.979;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=27;WE=47813173;WS=47813155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr19	47813270	.	C	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr19	47823038	rs4467185	G	A	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=39;PP=1833;SC=TTCCCCTTAGGACTCCTTCAA;SOR=0.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=99;WE=47823046;WS=47823028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	47823484	rs4804049	T	C	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=79;PP=2171;SC=TCCGAGGGGCTGGCTTGGCCT;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=131;WE=47823492;WS=47823474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	47823871	rs11880097	G	T	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=65;PP=2614;SC=TGCTGCTGAAGAAGCTGGACT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=135;WE=47823879;WS=47823861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr19	47879613	rs2253022	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=195;ReadPosRankSum=1.223;SC=TGGAGGAGGGAACCTGGGCCA;SOR=0.960;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=15;WE=47879621;WS=47879603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr19	47879683	.	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=275;ReadPosRankSum=-0.855;SC=CTTGTGCTTTCTCTCTGTCCT;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=23;WE=47879691;WS=47879673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr19	47885180	rs889167	A	G	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=29;PP=1515;SC=ATTTGGGTGCAGGTAGACCTG;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=88;WE=47885188;WS=47885170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	47916598	rs11673488	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=6;PP=155;SC=TGCAGTGAGCCGAGATCGTGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=47916606;WS=47916588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	47918144	.	T	TG	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=8;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=-1.802;SC=ACCGGGGTACTGGGGGGGGCC;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=4;WE=47918152;WS=47918134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr19	47922426	rs62130535	G	A	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=46;SC=CTGACGGCCCGCGGTGTTGAC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=47922434;WS=47922416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	47933190	rs142312177	A	AG	753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=4;PP=550;SC=GACACAGAACAGGGCAATCAA;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=47933198;WS=47933180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	47933728	rs8104926	A	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=0.328;SC=CGTGTCTGCGAGGCAGAGACA;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=20;WE=47933736;WS=47933718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr19	47935352	rs4801722	T	C	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=35;PP=1689;SC=CACCTCATTTTGGCAGGATCC;SOR=1.206;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=97;WE=47935360;WS=47935342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	47944710	rs2254560	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=17;PP=572;SC=GTGCAGGGGGTAAGGGGGAGG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=47944718;WS=47944700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	47978671	rs2272295	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,64:0.50:127
chr19	47986924	rs16972230	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=-1.651;SC=GGCTACCGCAATGATCATGCC;SOR=0.352;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=9;WE=47986932;WS=47986914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr19	47994210	rs2293421	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TCGGGTGATATTGAGTCAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=12;WE=47994218;WS=47994200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr19	47996010	rs11881195	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=203;ReadPosRankSum=0.506;SC=GGGAGAGAGACGGTGCTGGCA;SOR=0.821;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=12;WE=47996018;WS=47996000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr19	47998769	rs73940866	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=276;ReadPosRankSum=-1.221;SC=GCAATGCAGTGGGACCCGGGG;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=23;WE=47998777;WS=47998759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr19	48000016	.	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GAGGCATCTGGACAGAGGCTC;SOR=1.821;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=9;WE=48000024;WS=48000006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr19	48017957	rs34206657	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=289;ReadPosRankSum=0.431;SC=GTCCCCTCTGCCGCCTCAGGC;SOR=1.085;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=15;WE=48017965;WS=48017947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr19	48032946	rs3810319	G	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=274;ReadPosRankSum=0.071;SC=CCAGGACCAGGTGGGGGAAGA;SOR=0.709;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=19;WE=48032954;WS=48032936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr19	48042976	rs12972658	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=209;ReadPosRankSum=0.227;SC=GCCATGCTCCCTATGTGTCGG;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=17;WE=48042984;WS=48042966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr19	48043647	rs34156544	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-0.786;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr19	48047264	.	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr19	48047278	rs2081893	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=279;ReadPosRankSum=1.404;SC=CTCTGTAAAATTGCATCTGGG;SOR=0.317;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=9;WE=48047286;WS=48047254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr19	48047821	rs3826836	C	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=615;ReadPosRankSum=1.018;SC=GCGTTGGAACCGCGGCCACTT;SOR=0.678;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=50;WE=48047829;WS=48047811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
chr19	48179267	.	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr19	48182508	rs2914439	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=341;ReadPosRankSum=1.620;SC=CATTCTTTGCGGCAGCTGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=25;WE=48182516;WS=48182498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr19	48182568	rs2911005	C	T	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=27;PP=1266;SC=CCACCTTTCCCGGCCTGCAGC;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=48182576;WS=48182558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	48182919	rs117898943	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=1.867;SC=CAGGCAGCACCGACCTGCTGG;SOR=0.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=15;WE=48182927;WS=48182909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr19	48182946	rs2911006	T	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=18;PP=920;SC=AGGGCCCGCCTACCGTGCTGA;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=48182954;WS=48182936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	48183114	rs2914438	A	G	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=33;PP=1179;SC=CGGCGGCCACACTGGGCCTGG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=48183122;WS=48183104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	48184547	rs889337	G	A	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=45;PP=1571;SC=AGCAGGGCGGGGCAAGGGAGC;SOR=0.779;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=85;WE=48184555;WS=48184537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	48184642	rs58014830	TG	T	872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.509;HP=8;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=512;ReadPosRankSum=0.765;SC=CTGTGGCAGCTGGGGGGGGAA;SOR=1.996;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=48184650;WS=48184632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr19	48185147	rs2303755	G	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	48185387	.	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=-0.433;SC=GACAGCCAGGCTTCCCCGGCT;SOR=0.569;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=10;WE=48185395;WS=48185377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr19	48197218	rs2914428	A	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=489;SC=GAGGGAGGGAAGGGCAGCCGT;SOR=3.258;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=26;WE=48197226;WS=48197214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	48198557	rs2241614	G	A	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=6;PP=666;SC=TGGGGCTCCCGTTTGAGGAGG;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=48198565;WS=48198547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	48198796	rs2241613	C	G	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=26;PP=853;SC=GGAACTGGGGCTGGCAGGGGC;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=48198804;WS=48198786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	48198817	rs2241612	T	A	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=23;PP=712;SC=AGGGAGACACTGGAAGACGCG;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=48198825;WS=48198807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	48198833	rs2241611	G	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=562;SC=ACGCGGACAGGATGAAGCTGG;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=48198841;WS=48198823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	48198883	rs143834137	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=0.285;SC=AGCCGTGCAGGGACAGGAAGG;SOR=0.425;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=9;WE=48198891;WS=48198873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr19	48202125	rs7248050	C	G	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=44;PP=1967;SC=AGCCGCAGGTCCACGGTGCGC;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=93;WE=48202133;WS=48202115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	48239557	rs11669035	T	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=0.128;SC=GAGTGGGGCCTGCAGCCTGTG;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=48239565;WS=48239547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr19	48244045	rs34197064	C	CT	935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.803;NF=6;NR=6;PP=443;ReadPosRankSum=1.393;SC=CAGCTACCCCCGAGCTTCTCC;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=12;WE=48244053;WS=48244035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr19	48244194	rs7255434	A	G	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=749;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CGAAGCTGCTAGAGGCACTGG;SOR=0.898;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=46;WE=48244202;WS=48244184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,70:0.53:133
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chr19	48244692	rs3833256	C	CG	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.536;NF=1;NR=12;PP=412;ReadPosRankSum=0.454;SC=CCGAGTGAGCCGGCCCCCCTC;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=13;WE=48244700;WS=48244682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr19	48250320	rs2334293	G	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=7.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
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chr19	48253579	rs3745754	A	G	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,105:0.49:215
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chr19	48254392	rs10402957	T	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr19	48254707	rs113310396	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=188;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TGTGGAGGGATTGGGGGGGAG;SOR=0.814;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=16;WE=48254715;WS=48254697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr19	48255804	rs1042558	A	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=600;ReadPosRankSum=0.599;SC=CGTCCCAGGCACCCGCCGTGG;SOR=0.901;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=50;WE=48255812;WS=48255794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,55:0.40:139
chr19	48258551	rs10406879	T	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr19	48258578	rs10405135	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr19	48258717	rs1804994	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.529;NF=4;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GCGCGGCGGCAGAGGCGGCGG;SOR=0.587;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=11;WE=48258725;WS=48258707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr19	48258772	rs11083895	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr19	48258826	rs10411523	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr19	48260079	rs889142	T	C	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=605;ReadPosRankSum=-2.363;SC=CAGGGCCCCTTCCAGAGTGTG;SOR=1.319;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=33;WE=48260087;WS=48260069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr19	48260109	.	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.505;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;ReadPosRankSum=0.206;SC=TGAGCCACACCCCCTTGGCCA;SOR=0.931;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=31;WE=48260117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr19	48282077	rs111841672	C	CGCAGCGG	1064.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.964;NF=2;NR=14;PP=749;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TATTGGTAAGCCCAGCGGCCA;SOR=0.479;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=16;WE=48282085;WS=48282056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr19	48282172	rs1862485	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=-0.299;SC=ATGGGAGCCCTTGTATGGGAA;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=18;WE=48282180;WS=48282162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr19	48284025	rs34362700	C	CG	1140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.976;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=580;ReadPosRankSum=0.697;SC=AGTGGATGCCCGGGGGGCATT;SOR=1.111;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=24;WE=48284033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr19	48363390	rs200234544	C	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=22.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	48363549	.	C	T	126.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.31;MQRankSum=-0.792;QD=18.01;ReadPosRankSum=1.465;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr19	48364640	.	C	T	3772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=69;PP=1699;ReadPosRankSum=-1.776;SC=ACCCTGACTTCACCAAGCTGC;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=251;TCF=110;TCR=141;TR=119;WE=48364648;WS=48364630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,192:0.46:417
chr19	48387126	rs145087874	GA	G	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=1.981;SC=AGCACTTTGGGAGGCTGAGGC;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=48387134;WS=48387116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	48389425	rs11083907	A	G	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=65;PP=2366;SC=CCCTTATCACAAACTCATCAC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=130;WE=48389433;WS=48389415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	48479839	.	G	GA	35.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr19	48479854	rs10404937	C	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.25;MQRankSum=0.884;QD=20.31;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr19	48495128	rs11671612	T	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=25.25;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	48512121	rs7249129	G	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=22;PP=679;SC=AGCTGGGCGCGGTGGCTGACA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=48512129;WS=48512111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	48522894	rs2115100	C	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=23;SC=TGGGATAAAGCGTGGCACAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=48522902;WS=48522884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	48523197	rs2303691	C	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=350;SC=GCTCAACAAACACCTCCTGAA;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=48523205;WS=48523187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	48525507	rs2303690	G	A	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=37;PP=1262;SC=CTGCACTAACGAAGGATCAAA;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=79;WE=48525515;WS=48525497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	48543774	rs8102084	C	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=302;SC=TCTCCACCCCCAACTCTACTC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=48543782;WS=48543770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	48543862	rs8105198	G	A	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=15;PP=771;SC=CTGGACTCACGGTTCATGCGG;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=48543870;WS=48543852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	48544753	rs3745745	G	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=8;PP=321;SC=GAATTTATACGGAAATGCACA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=48544761;WS=48544743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	48551546	rs9226	A	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=156;SC=CCAGGTGGACATCAGGGCCCT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=48551554;WS=48551536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	48558003	rs744399	A	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=235;SC=GAGGCCTCTCAATCCATGCTG;SOR=1.371;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=48558011;WS=48557993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	48558342	rs3217328	TCTCCAGAAGACCC	T	323.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	48565468	rs4802425	G	T	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=826;ReadPosRankSum=-0.310;SC=GCAAGACTTGGAAATGGAAGG;SOR=0.310;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=50;WE=48565476;WS=48565458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr19	48581253	rs1019785	C	G	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=46;SC=TCTGTGCTCGCTGACCTCATG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=48581261;WS=48581243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	48588148	rs431234	C	G	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=6;PP=1289;SC=TGTGGTCTTCCTGGCTGCCCA;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=64;WE=48588156;WS=48588138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	48593591	rs3745741	G	C	8897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=25.50;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr19	48598823	rs156631	A	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	48598916	rs156632	A	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=13;PP=340;SC=GGAATGTAGCAGGTATGCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=48598924;WS=48598906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	48601350	rs251685	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=8;PP=530;SC=CACTCCGTGCTGTTCCATCCC;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=48601358;WS=48601340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	48601454	rs251684	T	C	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	48601528	rs251683	G	T	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=23;PP=793;SC=TTTGGGAGAAGGTGCCAAGAC;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=48601536;WS=48601518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	48601593	rs11432234	A	AT	380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CGTAGGCCACATTTTTTTTTA;SOR=0.507;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=48601601;WS=48601583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr19	48608823	.	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr19	48613544	rs251696	C	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=105;SC=CGGAGCTTGCCGTGAGCCGAG;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=48613552;WS=48613534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	48613602	rs138934663	CA	C	185.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	48613788	rs138501838	T	TGCTCCGGAATCCGGTGCGGAGGCTTGG	520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=2127;SC=GTGGAGCTTGTGCTCCGGAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=48613796;WS=48613778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	48621036	rs13436	C	G	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=508;ReadPosRankSum=-1.473;SC=GCAGCACCAGCGCCTGCAGTG;SOR=0.829;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=35;WE=48621044;WS=48621026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,61:0.50:122
chr19	48622427	rs20581	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=156;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CCAGCTCCTCATCACTGAAGC;SOR=0.631;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=16;WE=48622435;WS=48622417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr19	48622483	rs156647	A	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=305;ReadPosRankSum=0.234;SC=AGGCTCAGCCAGCCACAGGCC;SOR=0.760;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=26;WE=48622491;WS=48622473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,58:0.51:114
chr19	48624625	rs153023	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.845;NF=11;NR=20;PP=401;ReadPosRankSum=0.871;SC=GCGCCCAAGGCGGGGCCCTCA;SOR=0.516;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=31;WE=48624633;WS=48624615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,43:0.41:106
chr19	48630700	rs61230848	GCC	G	558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.091;NF=1;NR=12;PP=417;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TCTCCCTCTCGCCCCACCTAA;SOR=1.432;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=13;WE=48630709;WS=48630690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	48631408	rs156641	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=0.540;SC=CAGGTGCACACAGATGCTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=48631416;WS=48631398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	48634319	rs392891	T	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=501;ReadPosRankSum=0.128;SC=TGCAAGTGTGTGGCAGACGCC;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=37;WE=48634327;WS=48634309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr19	48636534	rs2288883	T	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CCCCCGGCCTTCCTTCCAGGT;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=48636542;WS=48636524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr19	48639235	rs2288882	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GAAGAGGAGGGGGGAAGCCTG;SOR=1.546;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=4;WE=48639243;WS=48639225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	48639472	rs3730976	T	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=262;ReadPosRankSum=1.880;SC=CCTTGATGTATGTAGACCCTC;SOR=0.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=28;WE=48639480;WS=48639462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
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chr19	48660243	rs3730867	GAAGGGGCA	G	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=8;PP=1632;SC=GCAGGCGACTGAAGGGGCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=48660258;WS=48660233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	48660445	rs274862	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=1.515;SC=AAGGAGGGACTCCATTTTCCA;SOR=1.371;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=13;WE=48660453;WS=48660435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr19	48664798	rs3730862	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=592;ReadPosRankSum=0.660;SC=GTAAAGGGGCGACTACAGCAG;SOR=0.625;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=39;WE=48664806;WS=48664788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr19	48668795	rs3730849	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=358;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AGGGGCAAGGGAGGGTGCTCA;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=26;WE=48668803;WS=48668785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr19	48668966	rs143468290	G	GA	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=1.661;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.155;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr19	48673458	rs3730840	G	A	6436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=106;PP=2694;ReadPosRankSum=0.017;SC=CGCACCCGCCGCCCTCCGCCT;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=353;TCF=152;TCR=201;TR=191;WE=48673466;WS=48673448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,324:0.54:604
chr19	48673609	.	GG	AA	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.176;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=1096;ReadPosRankSum=3.063;SC=TCTGCGGGCGGGGGCGGGGCA;SOR=0.289;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=29;WE=48673618;WS=48673599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr19	48690906	rs10416739	G	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	48690928	.	C	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr19	48692832	rs10418095	C	A	241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.14;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	48693928	rs57930203	C	G	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=720;SC=TCTTGGCAAGCGGCAAAAGAT;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=48693936;WS=48693918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	48697808	rs34897645	TGG	T	584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=282;SC=AATGAATGGGTGGTCCCATTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=48697817;WS=48697807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	48697961	rs12973411	C	T	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=19;PP=667;SC=GGTGTTCTTCCTGACGTCGCG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=48697969;WS=48697951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	48707401	rs3745717	G	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=-1.564;SC=GCAGTCTCTGGGTGAGGAGGC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=6;WE=48707409;WS=48707391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr19	48707581	rs1965759	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.63;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr19	48707583	rs1965758	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.91;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr19	48707714	rs2015211	A	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr19	48709635	rs8110489	G	A	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=747;ReadPosRankSum=1.063;SC=TTCAGGAAGCGCCTACCGTAT;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=56;WE=48709643;WS=48709625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,85:0.47:180
chr19	48715153	rs3745718	T	C	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,79:0.51:155
chr19	48715269	rs2008521	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=22;PP=606;SC=TTGAGAATCGTTCACTTACAG;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=48715277;WS=48715259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	48722180	rs10500299	C	T	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=529;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TTTCAGTAATCTCAAGTTGAA;SOR=0.861;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=35;WE=48722188;WS=48722170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,58:0.40:145
chr19	48735017	rs140826611	C	CTT	1180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.225;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=697;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TCAAAACAGACTTTAGAAGCA;SOR=1.206;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=18;WE=48735025;WS=48735007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr19	48735287	rs4802448	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=13;PP=370;SC=ATTCCATAAGACTTTCTGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=48735295;WS=48735277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	48736706	rs4802449	G	A	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=30;PP=885;SC=CGCTTTTCTCGGAAGGATTCT;SOR=1.139;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=45;WE=48736714;WS=48736696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	48737551	rs2288877	T	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=6;PP=617;SC=AGCTCATTCATTCTCCCCTGA;SOR=1.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=48737559;WS=48737541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	48737764	rs2288876	A	G	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=52;PP=1705;SC=AGATGTCACAAAGGGTCTCAG;SOR=1.089;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=83;WE=48737772;WS=48737754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr19	48800791	rs2292113	A	G	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=691;ReadPosRankSum=2.097;SC=GGGAAGGTGAACTGGGCCCCG;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=41;WE=48800799;WS=48800781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,66:0.55:120
chr19	48800914	rs35461177	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=348;ReadPosRankSum=0.483;SC=CTCAAAACCCGGGGGGTCTTC;SOR=0.820;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=34;WE=48800922;WS=48800904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,56:0.41:137
chr19	48801047	rs73047511	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=203;ReadPosRankSum=-2.224;SC=GCCCTTCCCTTCTGGGGCACC;SOR=0.839;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=12;WE=48801055;WS=48801037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr19	48801426	rs8111947	T	C	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CTCCCTGCCGTCTCCCACCTG;SOR=0.685;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=67;WE=48801434;WS=48801416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,109:0.53:204
chr19	48805943	.	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=-0.609;SC=GCGCCCATGGGTGCTCACCAG;SOR=0.660;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=26;WE=48805951;WS=48805933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr19	48807401	rs56177753	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.996;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=229;ReadPosRankSum=0.193;SC=CTCCTCCCTGCGGGGGTCAGC;SOR=0.223;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=17;WE=48807409;WS=48807391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr19	48821896	rs73047547	C	A	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=708;ReadPosRankSum=-1.601;SC=TCACTAAAGGCAGGACCCAGG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=49;WE=48821904;WS=48821886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr19	48823545	rs8107712	G	A	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	48830286	rs10415654	T	A	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	48832554	rs8102349	A	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=16;PP=940;SC=CAAGCAGGTGAAGCTGGAACT;SOR=1.263;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=51;WE=48832562;WS=48832544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	48836673	rs3826828	G	T	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=27;PP=779;SC=ACCTCCGACCGGAGCCACCTG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=48836681;WS=48836663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	48845777	rs4275952	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=182;ReadPosRankSum=-1.767;SC=CGTGGCAGGCGCATGCTCACC;SOR=0.864;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=17;WE=48845785;WS=48845767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr19	48848702	rs17361438	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.389;NF=2;NR=6;PP=292;ReadPosRankSum=0.823;SC=CAGATACTTTCATTTATTTAT;SOR=0.105;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=48848716;WS=48848692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr19	48863386	rs438767	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr19	48866457	rs73049222	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=0.654;SC=GGAGGCGCCAGGGCAGCTCTC;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=48866465;WS=48866447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr19	48866482	rs3826824	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=0.951;SC=GCAACTAGGGCCCTGCCGCCG;SOR=1.739;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=11;WE=48866490;WS=48866472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr19	48876661	rs2569713	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=355;ReadPosRankSum=2.145;SC=AAAGAGGGAGAGGTCCAGACG;SOR=1.445;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=20;WE=48876669;WS=48876651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr19	48878946	.	C	T	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=459;ReadPosRankSum=1.924;SC=CCAAAGAGTTCCTCCTGGGGA;SOR=0.727;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=39;WE=48878954;WS=48878936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,71:0.47:151
chr19	48893802	.	AAG	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=-0.605;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr19	48893820	.	C	CAGAGAGAGAGAG	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=2.348;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.203;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr19	48922772	rs11302654	CT	C	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.642;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr19	48923101	rs276709	C	A	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=751;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TGGGCTGGAGCTGGGGCTGGG;SOR=0.667;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=34;WE=48923109;WS=48923091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
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chr19	48945245	.	A	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=236;ReadPosRankSum=0.730;SC=TCCACAGCGGAGAGGGGGAGG;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=16;WE=48945253;WS=48945235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
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chr19	49012675	.	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=0.882;SC=GCCCTGCCTCCCCTCCCCAGC;SOR=1.270;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=6;WE=49012683;WS=49012665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr19	49090368	rs34482710	T	TA	735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.411;NF=17;NR=9;PP=479;ReadPosRankSum=-1.540;SC=GACTCTGTCTTAAAAAAAAAT;SOR=1.132;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=26;WE=49090376;WS=49090358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chr19	49096065	rs2302948	C	T	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=856;ReadPosRankSum=1.343;SC=CTACGAGGAGCTGCAGCAGGT;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=63;WE=49096073;WS=49096055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,93:0.53:177
chr19	49102399	rs1132054	C	T	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=333;ReadPosRankSum=-1.804;SC=CAGGGGTCTGCGGCGACTGGA;SOR=0.619;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=26;WE=49102407;WS=49102389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr19	49102782	rs10410524	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=-0.780;SC=TCAGAGTCCCGCCCAGAGGCA;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=21;WE=49102790;WS=49102772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr19	49104308	rs1236093	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=607;ReadPosRankSum=0.851;SC=GGCTCTGAGCCGACAGTTGTC;SOR=1.500;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=34;WE=49104316;WS=49104298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr19	49106995	rs3745728	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=220;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CACGCGGTGCGGGCTGCGGCC;SOR=0.904;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=15;WE=49107003;WS=49106985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr19	49113029	rs2617803	G	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.579;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=0.815;SC=ACACAGATGAGAAAAGAGAGG;SOR=0.045;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=10;WE=49113037;WS=49113026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	49114236	rs454715	T	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=2.879;SC=AAAGTTCAGGTGGGCTAAAGG;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=8;WE=49114244;WS=49114226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
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chr19	49116134	rs2617800	T	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=1.231;SC=CCCAGTCTGGTGAATGGACAC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=49116142;WS=49116124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr19	49116359	rs447802	T	C	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=455;ReadPosRankSum=0.067;SC=TCCACATCGGTGGTGGTGGCT;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=41;WE=49116367;WS=49116349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr19	49116438	rs376524	A	G	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=556;ReadPosRankSum=0.042;SC=CCAAGCCCTGAACCTCATCCG;SOR=0.812;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=38;WE=49116446;WS=49116428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,63:0.40:157
chr19	49116555	rs368654	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CGGAATATAGAAAGCCGGGGC;SOR=0.922;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=15;WE=49116563;WS=49116545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr19	49119900	rs138568775	C	CCAGCACAGCACAGCA	4232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=6.144;NF=7;NR=26;PP=2989;ReadPosRankSum=2.085;SC=TGAGGATGGACCAGCACAGCA;SOR=0.962;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=88;TCF=21;TCR=67;TR=33;WE=49119912;WS=49119890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,119:0.50:240
chr19	49120434	rs369880	C	T	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=37;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.949;SC=ACCAACAGTCCAAGCTCTACG;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=210;TCF=127;TCR=83;TR=95;WE=49120442;WS=49120424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,145:0.46:317
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chr19	49122433	rs200472012	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr19	49131764	rs34630951	A	AAG	1742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=1409;ReadPosRankSum=0.085;SC=GAGCAAATGAAAGATGACCAG;SOR=1.567;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=36;WE=49131772;WS=49131754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,52:0.42:125
chr19	49132634	rs3745733	G	A	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1289;ReadPosRankSum=0.519;SC=TGCCTCCGCTGGGCACCCCGC;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=68;TCR=95;TR=81;WE=49132642;WS=49132624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,103:0.47:220
chr19	49141406	rs137896889	AAGAC	A	539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=8.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.003;QD=19.28;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
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chr19	49143025	rs2303147	T	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=0.052;SC=TCCCTCCCTCTGAATCTCGCC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=16;WE=49143033;WS=49143015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr19	49148781	rs10426317	C	T	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=894;ReadPosRankSum=0.336;SC=TCCCCACCTCCACCCTCCCTC;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=73;TCR=87;TR=71;WE=49148789;WS=49148771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,111:0.39:286
chr19	49164952	rs281392	A	G	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=24;PP=807;SC=CCGGCCTGGGACTGGGTGTGG;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=49164960;WS=49164942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	49166546	rs116938685	C	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.436;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr19	49166875	rs371690	G	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=591;SC=CCATCCCTCCGTTCCATCTTG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=49166883;WS=49166865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	49168182	rs373002	T	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=7;PP=292;SC=ATTATCTTTTTTTTTTGAGAC;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=49168190;WS=49168172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	49183705	rs3826846	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=738;ReadPosRankSum=1.180;SC=CGCTGTGTCCGCCTCACGGGC;SOR=0.754;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=51;WE=49183713;WS=49183695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,70:0.54:129
chr19	49206108	rs679574	C	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=391;ReadPosRankSum=1.136;SC=AGTAGAAGCACACACACACCC;SOR=0.910;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=21;WE=49206116;WS=49206098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr19	49206145	rs516316	G	C	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=579;ReadPosRankSum=0.716;SC=CCACCGCATGGCCACGTTCAC;SOR=0.404;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=38;WE=49206153;WS=49206135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr19	49206172	rs516246	C	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=617;ReadPosRankSum=1.160;SC=CCCGGGCCTCCATCTCCCAGC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=45;WE=49206180;WS=49206162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr19	49206417	rs492602	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.020;NF=15;NR=21;PP=543;ReadPosRankSum=1.525;SC=CGATCAATGCAATAGGCCGCC;SOR=0.772;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=36;WE=49206425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr19	49206462	rs681343	C	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.678;NF=23;NR=16;PP=602;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCACACTGTACGCCCTGGCCA;SOR=1.041;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=39;WE=49206470;WS=49206452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr19	49206603	rs281377	C	T	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.094;NF=21;NR=25;PP=598;ReadPosRankSum=0.217;SC=ACCACCTGAACGACTGGATGG;SOR=0.499;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=46;WE=49206611;WS=49206593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,82:0.53:156
chr19	49206674	rs601338	G	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.384;NF=16;NR=16;PP=408;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CCCTGCTCCTGGACCTTCTAC;SOR=0.706;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=32;WE=49206682;WS=49206664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr19	49206985	rs602662	G	A	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1378;ReadPosRankSum=0.714;SC=CACCTCCCACGGTGATGTGGT;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=82;WE=49206993;WS=49206975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,100:0.50:199
chr19	49207206	rs485186	A	G	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=49;PP=1169;ReadPosRankSum=0.177;SC=CGGAGTGGACAGGGATTGCCG;SOR=0.557;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=153;TCF=56;TCR=97;TR=80;WE=49207214;WS=49207196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,111:0.50:222
chr19	49207255	rs485073	A	G	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.89;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,49:0.51:96
chr19	49207255	.	ATT	GTC	1417	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=27;PP=1417;QD=37.7043044836;SC=ATGCTGGCCCATTCTTTGAGA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=39;WE=49207265;WS=49207245;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr19	49207257	rs603985	T	C	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.50;ReadPosRankSum=2.445;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr19	49216926	rs281384	A	G	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=25;PP=1473;SC=GCAGGAGTCCAGAACCTCAGC;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=80;WE=49216934;WS=49216916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	49217261	rs281385	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=563;SC=TATCCGCGGCACGTGGAAGAG;SOR=2.694;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=49217269;WS=49217251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	49217305	rs281386	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GGCTTGACCTAGAGCAGCCAA;SOR=0.105;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=49217313;WS=49217295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr19	49217520	rs281387	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=7;PP=287;SC=TTCCTACCGCTGGTCCTCGCC;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=49217528;WS=49217510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	49217605	rs281388	T	G	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=15;PP=537;SC=GTCCGCAAGCTCATAGCCCCG;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=35;WE=49217613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	49217622	.	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=208;ReadPosRankSum=0.662;SC=CCCGCCCTCACCGAGCCCTGA;SOR=1.051;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=16;WE=49217630;WS=49217612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
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chr19	49228059	rs34354498	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=501;ReadPosRankSum=1.649;SC=CAGGGTGCAGCTCGCACTGGC;SOR=0.931;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=33;WE=49228067;WS=49228049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,57:0.36:159
chr19	49228272	rs2287921	T	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=328;ReadPosRankSum=0.387;SC=CCAGGAAGCTTCAGGGTAATA;SOR=0.297;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=25;WE=49228280;WS=49228262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr19	49232226	rs2287922	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=200;ReadPosRankSum=-0.992;SC=CGGGCCAGGCGGCCCAGCAGT;SOR=0.700;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=15;WE=49232234;WS=49232216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr19	49244219	rs2307018	CG	AA	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=399;ReadPosRankSum=0.190;SC=TTTGCTCGGCCGCTCCACTGC;SOR=0.438;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=14;WE=49244228;WS=49244209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr19	49246866	rs838147	A	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=-0.250;SC=CTGGGGCCAGATCATCTATGA;SOR=0.653;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=25;WE=49246874;WS=49246856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr19	49247601	rs11672046	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr19	49247693	rs8108136	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=317;ReadPosRankSum=-2.242;SC=GGGACACCGACTCCCATCTTC;SOR=1.008;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=24;WE=49247701;WS=49247683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr19	49247786	rs8108468	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=1.175;SC=GCTCCTTCACGAAGAGATCGC;SOR=0.639;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=25;WE=49247794;WS=49247776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,53:0.58:91
chr19	49247900	rs8111288	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.026;NF=2;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=-0.408;SC=AGGAAAGGGCGCTACAACTGA;SOR=0.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=49247908;WS=49247890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr19	49248640	rs12982115	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=245;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CACTGGGCAAAGATAGGCCTG;SOR=0.689;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=16;WE=49248648;WS=49248630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr19	49248730	rs838145	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=456;ReadPosRankSum=0.801;SC=TAGGGAAAACGGTATTTACTA;SOR=1.308;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=24;WE=49248738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr19	49254573	rs838137	T	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.686;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr19	49259529	rs838133	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=-1.831;SC=AGCACTCAGGACTGTGGGTTT;SOR=0.913;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=18;WE=49259537;WS=49259519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr19	49261259	rs375892369	G	A	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=609;ReadPosRankSum=0.090;SC=TTACCAGTCCGAAGCCCACGG;SOR=0.429;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=39;WE=49261267;WS=49261249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,88:0.53:165
chr19	49261368	rs739320	T	C	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.178;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=691;ReadPosRankSum=-1.155;SC=CCCCCCGCACTCCCGGAGCCA;SOR=0.989;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=49;WE=49261376;WS=49261358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,82:0.42:193
chr19	49299533	rs557106	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=440;ReadPosRankSum=-1.258;SC=AGAGCAGCACAGAAAGCCCAC;SOR=0.686;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=34;WE=49299541;WS=49299523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr19	49300605	rs526744	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=0.834;SC=TGGAGGGCAGTCTGGTTGGGT;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=21;WE=49300613;WS=49300595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr19	49309937	rs201148940	T	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=645;ReadPosRankSum=1.631;SC=AGGCTTCTTATGAGGCTTCTG;SOR=0.698;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=54;WE=49309945;WS=49309927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,75:0.48:156
chr19	49318224	rs45580433	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=0.892;SC=GGCTCCTAAGTTGTCTGGACT;SOR=0.818;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=10;WE=49318232;WS=49318214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr19	49336014	.	G	GT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.381;NF=2;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=-0.783;SC=AATGTCCTTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.711;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=49336022;WS=49336004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr19	49339098	rs8110220	T	C	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=742;ReadPosRankSum=1.288;SC=GCCCCGCTGTTCACTGAGAAT;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=47;WE=49339106;WS=49339088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,95:0.47:204
chr19	49340858	rs10407029	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=1.201;SC=GCGCTAGGACCCCGGATTCCC;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=8;WE=49340866;WS=49340848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr19	49342269	rs3745705	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.524;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr19	49378180	.	A	AT	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.256;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr19	49401205	rs60572211	C	CTTAT	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.588;NF=0;NR=11;PP=546;ReadPosRankSum=-0.171;SC=AATCTTTAGCCTTATTTATTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=11;WE=49401213;WS=49401195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr19	49416554	rs5828369	CA	C	2653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=45;PP=1519;SC=GCCCTTGAGGCAAAAAAACTC;SOR=0.903;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=55;WE=49416562;WS=49416544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	49416936	rs746075	C	T	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=188;SC=GGCCCAAGAGCCAAGCCTATG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=49416944;WS=49416926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	49421829	rs2287834	A	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=19;PP=1145;SC=CTAGTGGGGTACTAAAGCCTG;SOR=1.362;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=57;WE=49421837;WS=49421819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	49421966	rs2287836	T	C	6509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=64;PP=2618;SC=GATACCTTGCTATCCTCTTCC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=128;WE=49421974;WS=49421956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	49424354	rs12979307	C	T	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	49424381	rs12979328	C	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	49424925	rs11671777	C	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=4;PP=630;SC=TTATTAAGCCCGACTGTCAAT;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=49424933;WS=49424915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	49425772	rs1532704	T	C	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=25;PP=589;SC=CCCTGGGGGCTGGTGTCATGT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=49425780;WS=49425762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	49445853	rs201940958	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CGCTGGGGATCGTGCCCCTAA;SOR=0.488;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=22;WE=49445861;WS=49445843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr19	49458262	rs4645881	C	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	49459104	rs1805419	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	49464971	rs704243	G	A	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	49469087	rs2230267	T	C	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=40;PP=1862;SC=CTTCCGCGAATTGGCCGAGGA;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=89;WE=49469095;WS=49469077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	49474027	rs2270938	A	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=326;SC=GGTCTCCAGGACTCTGTGGCA;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=49474035;WS=49474017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	49485548	rs5464	G	A	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=12;PP=580;SC=ATGCCTCCAGGAAGACGTCAG;SOR=0.952;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=30;WE=49485556;WS=49485538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	49485758	rs2270937	C	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=305;SC=AGAGGCATCACGGGGCCTCCT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=49485766;WS=49485748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	49497100	.	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=-0.789;SC=AGCTAGCCTAGAGGAGCCAGA;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=13;WE=49497108;WS=49497090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr19	49513273	rs1062708	C	T	8050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=72;PP=2734;SC=GATCTCCAAGCTGGGCCGCTC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=82;TCR=73;TR=154;WE=49513281;WS=49513263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr19	49513349	rs2287760	C	G	5057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=68;PP=2198;SC=CCGGGATCCCCTCGCCCCCAG;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=126;WE=49513357;WS=49513339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	49518484	rs753307	C	T	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=27;PP=811;SC=TCCAGGGTTCCGATTTCATCC;SOR=1.066;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=43;WE=49518492;WS=49518474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	49518575	rs753308	A	G	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=12;PP=348;SC=TATAGTAGGTATCAGTAAATC;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=49518583;WS=49518565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	49519058	rs749776	T	C	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=76;PP=2815;SC=CCATGTGGCCTTCCTTCTCCC;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=137;WE=49519066;WS=49519048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	49519230	rs2013039	T	G	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=40;PP=1112;SC=GAAAGACACCTCCAGAGTGCG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=49519238;WS=49519220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	49519466	rs1056917	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=6;PP=260;SC=CGGGGTCCACACCACGCGGGC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=49519474;WS=49519456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	49519785	rs140502544	CT	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=249;SC=GCATCTGCCCCTGGCCCCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=49519801;WS=49519775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr19	49519855	rs1056914	T	G	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=12;PP=438;SC=TGATGCACACTGGGCAGCCCT;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=49519863;WS=49519845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	49519873	rs6521	G	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.36;QD=41.75;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	49519997	rs4002462	A	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=238;SC=TGCTTCACCCAGGTCTGAGAC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=49520005;WS=49519987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	49520315	rs2387589	T	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=526;SC=AGGGGCCCTGTAGTCTTACCT;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=49520323;WS=49520305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	49520372	rs3752210	A	T	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=17;PP=763;SC=GTATCTGGCTATATACCTCGG;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=40;WE=49520380;WS=49520362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	49520502	rs1960072	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=420;SC=CTCAGCAGAGCGCCCCAGCCC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=49520510;WS=49520492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	49522106	rs8108340	G	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=208;SC=GCAGGAGGCGGTGCCGAGCGA;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=49522114;WS=49522096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	49528937	rs4802537	T	C	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=45;PP=1958;SC=GGCCTCGAAGTGGGCAACAAA;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=111;WE=49528945;WS=49528927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	49529116	.	T	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQRankSum=-12.104;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,56:0.25:225
chr19	49529379	rs7255292	T	C	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.51;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	49529404	rs2387592	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=12;PP=272;SC=GGAGGCTGGGATTAGAGAAGA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=49529412;WS=49529394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	49540093	rs10853805	A	C	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.165;NF=23;NR=58;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GAACCTGGCCAGAGTCAGCGG;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=81;WE=49540101;WS=49540083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr19	49541825	rs141621458	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.891;NF=13;NR=4;PP=223;ReadPosRankSum=-1.774;SC=TGGGCATCAGTGGTCAATGCC;SOR=0.769;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=17;WE=49541833;WS=49541815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr19	49541882	rs149139631	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.213;NF=22;NR=8;PP=447;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CAGTGCCCCCCGGTCCACACC;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=30;WE=49541890;WS=49541866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr19	49542006	rs148385491	A	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-6.278;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,59:0.34:175
chr19	49542070	rs73945411	G	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=5.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=26.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.612;NF=10;NR=28;PP=1255;ReadPosRankSum=-2.079;SC=CACCCAGACAGTGACTGCATC;SOR=2.640;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=38;WE=49542086;WS=49542060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,31:0.19:165
chr19	49542078	rs4002456	A	G	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-5.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=34.175;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=10.687;NF=37;NR=40;PP=2698;ReadPosRankSum=1.500;SC=CAGTGACTGCATCGCACACGG;SOR=0.030;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=77;WE=49542086;WS=49542060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,137:0.84:163
chr19	49542274	rs141591368	C	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=0.311;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.463;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr19	49558729	rs12461085	G	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GGAGTGAGCTGGACACTAACC;SOR=1.124;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=11;WE=49558737;WS=49558719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr19	49558779	rs12461088	G	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=1.494;SC=GGGAGGCACAGGAGTGGCTCA;SOR=0.635;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=9;WE=49558787;WS=49558769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr19	49558833	rs12461505	G	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=1.242;SC=TAGCGCCAAGGATGAGGCGGA;SOR=0.148;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=49558841;WS=49558823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr19	49559329	rs3810179	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=-1.762;SC=GGAGGACATTGTCTGGACTTA;SOR=0.260;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=15;WE=49559337;WS=49559319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr19	49560521	rs3810183	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.812;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	49573344	.	C	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.336;NF=21;NR=16;PP=498;ReadPosRankSum=-3.409;SC=CCAGGTGTTTCCCTGGGGGTG;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=37;WE=49573352;WS=49573334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
chr19	49573362	rs10535426	TGGA	T	3038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.627;NF=14;NR=31;PP=1882;ReadPosRankSum=1.015;SC=GTGCCCAGAGTGGAGGTGGTA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=45;WE=49573372;WS=49573352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,80:0.54:149
chr19	49573438	rs1017219	A	G	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.958;NF=44;NR=34;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.527;SC=ACAAGGCTGCATGTCCACATG;SOR=0.797;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=78;WE=49573446;WS=49573428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,110:0.53:209
chr19	49573518	rs3810188	G	A	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=39;PP=1375;ReadPosRankSum=1.567;SC=AGACAATGACGGGCACTGGCA;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=97;TCR=75;TR=89;WE=49573526;WS=49573508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,138:0.53:262
chr19	49574125	rs1611775	G	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=430;ReadPosRankSum=0.042;SC=GCCATTCAGCGGAGCGGGGAA;SOR=0.432;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=24;WE=49574133;WS=49574115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr19	49575304	rs77059600	G	A	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=887;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GGCTGCGGCTGCAGCAGCAAG;SOR=0.780;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=66;WE=49575312;WS=49575294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,108:0.60:179
chr19	49575618	rs71352730	A	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=432;ReadPosRankSum=-1.327;SC=GCAGCCGCCCACCGGACTGGT;SOR=0.823;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=35;WE=49575626;WS=49575608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,54:0.39:138
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chr19	49605530	rs10419811	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=30;PP=806;SC=CCCTCCTCCCACCCCAGTCGC;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=49605538;WS=49605520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	49621905	rs2232004	A	G	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=758;ReadPosRankSum=0.567;SC=CCGAGGGCGGAGGGCGGAGGC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=49;WE=49621913;WS=49621895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,72:0.53:136
chr19	49621964	rs2232003	T	C	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=598;ReadPosRankSum=2.380;SC=AGGACAACGCTGCCTACCCTT;SOR=0.677;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=54;WE=49621972;WS=49621954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,102:0.47:216
chr19	49631437	.	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr19	49631698	rs76397153	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=279;ReadPosRankSum=-2.447;SC=AGATTGCAGAGCTGAAGGCGG;SOR=0.638;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=26;WE=49631706;WS=49631688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr19	49632079	rs4802565	C	A	9736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,386:1.00:387
chr19	49632309	rs4802566	T	C	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=30;PP=902;SC=AATGGAAACCTATAGTTGACT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=49632317;WS=49632299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	49632500	rs4802567	C	T	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=13;PP=487;SC=TAGCTGGTTGCGGCTGCATAC;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=49632508;WS=49632490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	49632772	rs1559155	C	T	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=341;SC=GGGCTGCCCACGGGGCGGAGC;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=49632780;WS=49632762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	49636633	rs2287761	G	C	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	49638236	.	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CCAAGCTCCTCCCTTCTGATC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=12;WE=49638244;WS=49638226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr19	49638956	rs745124	C	G	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=53;PP=2015;SC=ACCCCTGGCCCTAGGTCTGTC;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=119;WE=49638964;WS=49638946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	49641651	rs117880896	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=-1.320;SC=GCCTGGCACCCCCTAGCCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=9;WE=49641659;WS=49641641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr19	49643059	.	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=552;ReadPosRankSum=-0.651;SC=AGGCGGGGTCCCTGGAAGATG;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=40;WE=49643067;WS=49643049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr19	49646006	rs4545921	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CATCTCTCCGATTTTCTCCTC;SOR=0.941;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=49646014;WS=49646004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	49649051	rs3764625	T	G	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=14;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.720;SC=TGCCCTATAATAAGAATCATT;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=126;TCF=95;TCR=31;TR=62;WE=49649059;WS=49649041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,76:0.52:147
chr19	49652128	rs112505587	GT	G	544.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.01;MQRankSum=4.423;QD=20.18;ReadPosRankSum=-1.736;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr19	49652129	.	TG	AG	642	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=17;MMLQ=23;NF=9,8;NR=3,5;PP=638,642;QD=56.0642677123;SC=ACCATAACCGTGGGGGTGGAG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=12,13;WE=49652137;WS=49652119;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr19	49652129	.	TG	T	642	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=17;MMLQ=23;NF=9,8;NR=3,5;PP=638,642;QD=56.0642677123;SC=ACCATAACCGTGGGGGTGGAG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=12,13;WE=49652137;WS=49652119;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr19	49652130	rs116573491	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.01;MQRankSum=4.423;QD=20.47;ReadPosRankSum=-1.759;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr19	49655174	rs1423520	A	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=-1.867;SC=CCACCAGCCTACCGGGCCAGG;SOR=0.754;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=13;WE=49655182;WS=49655164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr19	49657710	.	A	ACAT	1321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.037;NF=5;NR=17;PP=998;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TTCAATGGAGACATCATCATC;SOR=0.563;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=22;WE=49657718;WS=49657700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr19	49661582	rs3760664	T	C	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=59;PP=1727;SC=CCGCGGATGGTCACGCCCCAG;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=87;WE=49661590;WS=49661572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	49671442	rs35449031	A	AGT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.147;NF=3;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CCCGCCGCCCAGTGTGTGTGT;SOR=0.719;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=5;WE=49671450;WS=49671432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr19	49684586	rs11668638	T	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=559;ReadPosRankSum=0.655;SC=TCTTGTCCCCTCTCCCTCTAA;SOR=0.681;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=41;WE=49684594;WS=49684576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,58:0.41:143
chr19	49684787	.	CTT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	49685708	rs201110201	CCCAT	C,CCCATCCAT	1712.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.298;QD=37.23;ReadPosRankSum=-1.131;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,27,18:0.59,0.39:46
chr19	49699902	.	C	T	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=595;ReadPosRankSum=1.989;SC=CGTGGATTTCCAGCCGGCGCC;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=51;WE=49699910;WS=49699892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,83:0.52:160
chr19	49797887	rs3214611	TA	T	114.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	49838891	rs354020	C	A	3978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=65;PP=1960;ReadPosRankSum=0.989;SC=GGCTACCCAGCCGGGGCCCAG;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=249;TCF=133;TCR=116;TR=142;WE=49838899;WS=49838881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,195:0.52:376
chr19	49839015	rs354021	T	C	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,101:0.53:190
chr19	49841054	rs354026	G	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=566;ReadPosRankSum=0.286;SC=AGTACACAGAGCTAGCCATTC;SOR=0.776;Source=Platypus;TCF=45;TR=30;WE=49841062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr19	49842824	rs164820	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=0.232;SC=ACCGGAGGGTGGGGGCGGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=49842832;WS=49842814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	49846398	rs30003	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.747;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=362;ReadPosRankSum=-0.309;SC=ACTCCCTCCATGCATACTCCC;SOR=0.223;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=33;WE=49846406;WS=49846388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr19	49851941	rs254661	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr19	49860518	.	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=532;ReadPosRankSum=0.256;SC=CCTTCAACTTGGACTGGATTT;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=34;WE=49860526;WS=49860508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr19	49863041	rs3745306	C	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GCTCCATAAACCTTGGTTACT;SOR=0.184;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=8;WE=49863049;WS=49863031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr19	49867913	rs919364	G	A	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=350;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GATCCCCTCCGCTGCAGCTCC;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=24;WE=49867921;WS=49867903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr19	49868959	rs2303758	G	T	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=907;ReadPosRankSum=-1.515;SC=CCTCCATCCCGCCATCCCTCG;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=58;WE=49868967;WS=49868949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,94:0.47:200
chr19	49894027	rs61018355	T	TC	697.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=534;ReadPosRankSum=1.926;SC=AGGACACCATTTCCTGCTTCT;SOR=0.701;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=49894036;WS=49894017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr19	49894028	rs57104627	T	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=563;ReadPosRankSum=1.924;SC=GGACACCATTTCCTGCTTCTC;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=12;WE=49894036;WS=49894017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr19	49894152	rs7256629	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=217;ReadPosRankSum=1.327;SC=TGGACCTGCCCGAGGGCCCGG;SOR=0.653;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=20;WE=49894160;WS=49894142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr19	49894217	rs7256984	G	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr19	49899076	rs10405154	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=179;ReadPosRankSum=0.325;SC=CTGACCTCCCGGCAACTGCCA;SOR=0.608;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=13;WE=49899084;WS=49899066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr19	49900877	rs9304688	A	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=431;ReadPosRankSum=0.489;SC=GTTCCAGGGAAGCCAACATTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=29;WE=49900885;WS=49900867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr19	49901125	rs12977735	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=0.778;SC=GAGTCTCTCTCCTGTTTATCT;SOR=1.270;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=49901133;WS=49901115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	49901318	rs10421748	T	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,45:0.42:108
chr19	49901484	rs12980364	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=1.068;SC=CCCATGCTCGTGTCTGCATCC;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=49901492;WS=49901474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	49902990	rs9807898	A	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr19	49903008	rs8110789	G	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.877;SC=GTGGACCAGTGCCTCCCTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=49903016;WS=49902998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr19	49920805	rs17206868	A	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=446;ReadPosRankSum=-1.014;SC=GTCTAGCTCAATAAATCCCCT;SOR=0.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=35;WE=49920813;WS=49920795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr19	49925667	rs12974629	T	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=28;PP=1391;SC=GCGCAGGAACTAGGCGCAGTC;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=81;WE=49925675;WS=49925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	49930721	rs4802605	T	C	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=95;PP=2965;SC=GAGTCCAACGTCCCTCCTCCC;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=73;TCR=95;TR=168;WE=49930729;WS=49930711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	49935927	rs5828394	A	AG	1124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=876;SC=ACAGGTGTACAGGGACACTAG;SOR=1.002;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=21;WE=49935935;WS=49935917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	49938127	.	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=0.654;SC=CCACAATAGCAAAGCCGAAAA;SOR=0.557;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=17;WE=49938135;WS=49938117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr19	49938666	.	GC	G	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.078;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	49939719	rs2946848	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=307;ReadPosRankSum=-1.641;SC=GGCCTGGACGTCTGGTGGGTG;SOR=2.712;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=16;WE=49939727;WS=49939709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr19	49940131	rs3826718	G	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=25;PP=554;SC=CCAGGATCCAGGGCAAAACCT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=49940139;WS=49940121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr19	49950356	rs12443	C	G	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=450;ReadPosRankSum=0.156;SC=GCTTTTCAGGCCTGAGGAGGA;SOR=1.013;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=28;WE=49950364;WS=49950346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
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chr19	49954356	rs6509432	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=5.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=110;ReadPosRankSum=0.026;SC=CCGAGGTCTCGGCTCATTGCA;SOR=2.266;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=7;WE=49954364;WS=49954346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	49954803	rs2293013	C	T	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,91:0.43:211
chr19	49954807	rs2293012	T	G	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=3.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.50;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,97:0.45:215
chr19	49955016	rs2293011	G	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=260;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TCAAATCCGTGGGGAATATGT;SOR=1.418;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=17;WE=49955024;WS=49955006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr19	49962892	rs62128062	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=167;ReadPosRankSum=1.296;SC=GCTGAGGGCCGTTGGAAAATG;SOR=0.481;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=12;WE=49962900;WS=49962882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr19	49963987	rs11668181	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr19	49964833	.	T	C	170	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=23;MQ=58.96;NF=5;NR=3;PP=170;QD=25.5964015684;SC=GAGGAGGGGCTGGGCCTGGAC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=8;WE=49964841;WS=49964823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,8:0.50:16
chr19	49964977	rs1320303	C	G	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,61:0.60:101
chr19	49967808	rs34601909	C	T	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.497;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=31;PP=1255;ReadPosRankSum=1.283;SC=CGTCACCAGCCCCCCCGCCGC;SOR=0.435;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=71;WE=49967816;WS=49967798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,107:0.63:170
chr19	49967981	rs11558188	T	G	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=787;ReadPosRankSum=0.490;SC=GCCTCGCTGTTCCCTCAACCC;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=52;WE=49967989;WS=49967971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,78:0.50:155
chr19	49969085	rs10853810	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=496;ReadPosRankSum=0.108;SC=CGTCTGGCAACCTCCATGGCT;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=39;WE=49969093;WS=49969075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr19	49969310	rs2914668	A	G	129.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=4;PP=98;SC=CCAGGATGCCAACCCCCACTG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=49969318;WS=49969300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	49983614	rs200009375	G	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=2.161;SC=AGCCCCGACAGCCCCGCAGCC;SOR=0.648;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=49983622;WS=49983604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr19	49999638	.	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=448;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TACGTCACTTCCTCTCCAGCC;SOR=0.815;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=34;WE=49999646;WS=49999628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,73:0.47:156
chr19	50029297	.	C	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=477;ReadPosRankSum=0.701;SC=GGAGACGACACCGGGGTCCTC;SOR=0.692;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=39;WE=50029305;WS=50029287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,70:0.51:138
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chr19	50059559	.	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=572;ReadPosRankSum=0.730;SC=GGAAGGGGAGGGGTGGGACTC;SOR=0.263;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=39;WE=50059567;WS=50059549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr19	50093454	rs4429389	A	T	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=10;PP=961;SC=CCCCATGCAAAGGTCTAGGGG;SOR=2.137;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=50093462;WS=50093444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	50102766	.	C	T	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=569;ReadPosRankSum=0.313;SC=CCTGACGCCTCCGCTCAGCCC;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=40;WE=50102774;WS=50102756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,69:0.38:183
chr19	50140068	rs1368464	C	T	7783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=91;PP=2965;SC=CCGCCACCAGCAACCCCTGTC;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=83;TCR=92;TR=174;WE=50140076;WS=50140058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr19	50140092	rs1865077	G	A	7557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=93;PP=2965;SC=TCTGCCGGTCGTTAATGGCGA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=83;TCR=93;TR=176;WE=50140100;WS=50140082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr19	50140209	rs1368463	C	T	6832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=88;PP=2965;SC=GAGGGGCCATCGTGGGGACCA;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=102;TCR=88;TR=189;WE=50140217;WS=50140199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	50140246	rs1865076	C	A	8606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.058;SC=CCCCAAGAGCCCTCAGCCCCC;SOR=0.253;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=212;TCF=105;TCR=107;TR=209;WE=50140254;WS=50140236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,352:0.99:355
chr19	50143211	rs151014532	A	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=-0.434;SC=ACCTGGATGAACTGGATGGTC;SOR=0.711;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=7;WE=50143219;WS=50143201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr19	50154904	rs7251334	A	C	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=16;PP=662;SC=CGCCCGGCCTACACCGGCCGC;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=36;WE=50154912;WS=50154894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	50156896	rs10401743	T	C	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=34;PP=1157;SC=GCTGCCCACGTTGCCCCCGCC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=50156904;WS=50156886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	50157700	.	T	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.690;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=622;ReadPosRankSum=0.772;SC=TGGGCTCCCCTGGGGGAGAGT;SOR=1.121;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=44;WE=50157708;WS=50157689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr19	50169126	.	G	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr19	50173754	.	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-0.470;SC=GGGTGAGCCGCTGAAGCCTCT;SOR=0.773;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=8;WE=50173762;WS=50173744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr19	50183980	rs1433102	TT	CC	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=21;PP=1207;SC=TGCTGCGCACTTCCTAGGGTC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=23;WE=50183989;WS=50183970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	50187111	rs3816047	C	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr19	50208627	rs45617640	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=423;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TTCTGGAGTCCGCCTGACTGA;SOR=1.263;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=26;WE=50208635;WS=50208617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr19	50211937	.	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=396;ReadPosRankSum=1.354;SC=TGGCCTCAGTCCACAGGGAGG;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=33;WE=50211945;WS=50211927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr19	50216118	rs56405217	T	TG	4058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=38;PP=2306;SC=TGAGTGGAGCTGGGCGCGCTG;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=54;WE=50216126;WS=50216108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	50250872	rs8109529	G	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=543;SC=CCTTGGCTAAGGGGATGGCTT;SOR=2.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=50250880;WS=50250862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	50265549	rs3745477	T	G	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=22;PP=672;SC=TGGGCCCTCCTGCCTTCCTTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=50265557;WS=50265539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	50304336	rs1003424	A	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-2.410;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr19	50304392	rs10421561	T	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=361;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CCCAGGGGTCTCAGGGCAGGC;SOR=0.538;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=23;WE=50304400;WS=50304382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr19	50304439	rs10421754	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.179;SC=TCCACCCCAATCCACCTAGCA;SOR=2.043;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=10;WE=50304447;WS=50304429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr19	50305688	rs2159984	G	C	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,118:0.47:252
chr19	50308893	rs8101959	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=387;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CGGGGCCTAATGGAGCCTCCC;SOR=0.669;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=35;WE=50308901;WS=50308883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr19	50311801	rs201750052	A	ACCCCTG	980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=12.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.16;ReadPosRankSum=1.359;SOR=1.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr19	50314458	rs55810357	GA	G	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr19	50315423	rs8104825	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=-1.326;SC=AAGTGTTGGTGGTCTGCACTC;SOR=0.233;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=10;WE=50315431;WS=50315413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr19	50315698	rs2305919	A	C	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=369;ReadPosRankSum=0.273;SC=CCTCTCTCAGACCAACCTGCC;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=24;WE=50315706;WS=50315688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr19	50315773	rs2305918	T	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=467;ReadPosRankSum=0.004;SC=CATAGCCAAATTAACAGCTGC;SOR=0.239;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=33;WE=50315781;WS=50315763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr19	50316083	rs35816883	C	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,54:0.45:121
chr19	50322611	.	T	TGATGGCTTGGGTGGTTGGGGTCCCTGTAAGGGGCCGTGCATGAGG	1521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.071;QD=21.43;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr19	50322619	.	TG	T	2147	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.13;NF=0;NR=19;PP=2147;QD=114.789473684;SC=AGTGATGGCTTGGGGTGGTTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=19;WE=50322665;WS=50322609;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr19	50331678	rs5828413	CT	C	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=478;ReadPosRankSum=1.740;SC=GATGGCAACCCTGGGGGCTGA;SOR=0.671;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=14;WE=50331686;WS=50331668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr19	50333251	.	CC	TT	3920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.484;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,103:0.44:232
chr19	50353949	.	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=255;ReadPosRankSum=0.806;SC=CTGGGAGTTGGAGTCCCTTGC;SOR=1.317;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=17;WE=50353957;WS=50353939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr19	50358170	rs1290657	T	C	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=52;PP=1799;SC=TCCCACCCCATCCACTCTGAG;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=57;WE=50358178;WS=50358160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr19	50363585	rs200876443	CAG	C	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=330;ReadPosRankSum=0.187;SC=GAGGCCCCCGCAGAGACTGGT;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=9;WE=50363594;WS=50363575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr19	50368361	rs1290649	T	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=418;ReadPosRankSum=1.026;SC=GGCGGCTCCCTCAGCCCTCGG;SOR=0.516;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=28;WE=50368369;WS=50368351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr19	50375035	rs2290774	T	C	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=567;ReadPosRankSum=3.419;SC=GTGCCTGCCCTCAGGTCGGGA;SOR=0.581;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=36;WE=50375043;WS=50375025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr19	50375242	rs2290775	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.916;SC=ACAGCCACCACCTCCACCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=5;WE=50375250;WS=50375232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr19	50380858	rs731826	T	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=-2.167;SC=CACCCGCTCCTTCTCTAGAAC;SOR=0.086;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=8;WE=50380866;WS=50380848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr19	50383591	rs8109661	A	G	5324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=63;PP=2239;SC=TTTGACCCCGACTATGAACCT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=124;WE=50383599;WS=50383581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	50383636	rs3745486	T	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=494;ReadPosRankSum=-0.330;SC=CGGCCACAGCTCTGCCACTCA;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=40;WE=50383644;WS=50383626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,56:0.41:137
chr19	50386340	rs746738	T	C	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=467;ReadPosRankSum=3.001;SC=AAACGTGAGTTCTCAGGAGGC;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=36;WE=50386348;WS=50386330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,74:0.58:128
chr19	50387729	rs35681527	C	T	3961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=60;PP=1944;ReadPosRankSum=0.295;SC=ACGTCCAGGGCATGAGTGATC;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=138;TCR=105;TR=139;WE=50387737;WS=50387719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,190:0.55:344
chr19	50399318	.	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=0.525;SC=GGGCTGGGAGGAGGAGGACAG;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=22;WE=50399326;WS=50399308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr19	50399384	rs3840921	G	GC	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=-0.088;SC=TTGTTCCAGAGCCCCTCCCCT;SOR=0.877;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=6;WE=50399392;WS=50399374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr19	50404845	.	CC	TT	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr19	50404879	rs55853951	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=262;ReadPosRankSum=-1.561;SC=CCCAGGGCCCCGGGTGGGGGC;SOR=0.601;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=22;WE=50404887;WS=50404869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr19	50411012	rs1127729	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	50411742	rs892028	A	G	8705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=99;PP=2965;SC=TGAGCTGTGCATCGATGTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=106;TCR=99;TR=205;WE=50411750;WS=50411732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr19	50412217	rs1062798	C	G	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,78:0.57:136
chr19	50412417	rs999583	G	A	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=16;PP=751;SC=TGGGCCCAGTGCTGGTGATGG;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=37;WE=50412425;WS=50412407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	50435747	rs283525	T	C	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=61;PP=1838;SC=GGAGCCTCCCTTACCCCCCGG;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=67;WE=50435755;WS=50435737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	50435862	rs283526	C	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=29;PP=820;SC=GATGCCCCGCCCCTCCCACCA;SOR=3.383;Source=Platypus;TCF=1;TR=30;WE=50435870;WS=50435852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	50435998	rs34877198	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,42:0.41:102
chr19	50436371	rs8667	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=0.966;SC=TGTGGCTTCTGGGGGCTGGTC;SOR=0.471;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=16;WE=50436379;WS=50436361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr19	50474938	rs138936320	C	G	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=2.351;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr19	50496281	rs113770287	G	GAC	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=347;ReadPosRankSum=1.105;SC=TGCAGACCAGGAGGGAGCCCC;SOR=1.204;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=50496289;WS=50496271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr19	50548736	.	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.724;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=872;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CACTCGGAAACGCTATGAGTG;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=53;WE=50548744;WS=50548726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,62:0.53:118
chr19	50657786	rs66651303	AG	A	6573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.22;NF=40;NR=55;PP=2966;SC=TGACCCATCCAGGGGAGTCGC;SOR=1.184;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=95;WE=50657794;WS=50657776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
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chr19	50662726	rs3745499	G	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
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chr19	50666389	rs61742305	G	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=720;ReadPosRankSum=-0.288;SC=CGCACTGCAGGCAGCCCCAGC;SOR=0.512;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=41;WE=50666397;WS=50666379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
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chr19	50726319	rs12609315	C	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=511;ReadPosRankSum=1.868;SC=ATGACATATTCCCCCACTCTG;SOR=0.758;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=31;WE=50726327;WS=50726309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,54:0.49:111
chr19	50726459	rs654877	T	C	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=957;ReadPosRankSum=0.931;SC=GGAGCTTGCCTGAGGTCATTG;SOR=0.638;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=83;WE=50726467;WS=50726449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,122:0.50:246
chr19	50726570	rs4801822	G	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=697;ReadPosRankSum=1.465;SC=CCCACGTGGCGTCGTCTCCAA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=50;WE=50726578;WS=50726560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,71:0.45:158
chr19	50727312	rs7258667	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=2.353;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr19	50728148	rs61389250	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=1.408;SC=GATTGCTTGAGGCCAGGAGTT;SOR=0.240;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=7;WE=50728156;WS=50728138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr19	50728955	rs12983888	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=470;ReadPosRankSum=-1.775;SC=GGGGTGGGCAGTGCTGGCTGT;SOR=0.524;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=37;WE=50728963;WS=50728945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr19	50730047	rs71180683	TG	T	682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=366;ReadPosRankSum=-0.405;SC=AGCAAGGAAGTGGGGGGGCAG;SOR=0.836;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=18;WE=50730055;WS=50730037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr19	50735024	rs34062561	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=370;ReadPosRankSum=-0.073;SC=AGGTGCTAAACGCCCACTCCA;SOR=0.465;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=29;WE=50735032;WS=50735014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr19	50750419	rs607227	C	T	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=63;PP=2018;SC=GAAAGAGCCGCGCACCCCGGC;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=114;WE=50750427;WS=50750409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	50752878	.	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=371;ReadPosRankSum=0.892;SC=TCTCCATCCTCCCAGCTCACG;SOR=1.863;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=19;WE=50752886;WS=50752869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr19	50758387	.	C	T	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,158:0.42:372
chr19	50760879	.	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.612;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=0.561;SC=TGCTTCTATTCCTAGGCTCAG;SOR=0.245;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=14;WE=50760887;WS=50760869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr19	50762418	rs1651553	A	G	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=44;PP=1393;SC=AGCTGGAGCCACGGCTGGTGC;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=80;WE=50762426;WS=50762408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	50763889	rs12981413	C	T	9510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=90;PP=2965;SC=CCCACCCCTCCCTGCTCATTG;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=100;TCR=91;TR=189;WE=50763897;WS=50763879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr19	50764017	rs146099002	T	TGC	4978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=70;PP=2987;SC=TGTGTGTGTGTGCGTGCATGA;SOR=1.510;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=1;TCR=78;TR=71;WE=50764025;WS=50764007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,119:0.97:123
chr19	50764079	rs140241247	A	AGT	1764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=39;PP=1545;SC=TGTGTGTGCAAGTGTGTGTGC;SOR=4.461;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=39;WE=50764087;WS=50764069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	50764888	.	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=108;ReadPosRankSum=0.143;SC=ATACCTGGCTCGCAGGTGGGC;SOR=0.495;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=11;WE=50764896;WS=50764878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr19	50766707	rs1529492	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=16;PP=527;SC=GTGGCCCCAGTAGGGAGAGGA;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=50766715;WS=50766697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	50771609	rs3745504	G	A	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=25;PP=1035;SC=AGAAGAGGCTGCAGCAGCACA;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=50771617;WS=50771599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	50771635	rs930086	T	C	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=34;PP=1173;SC=GTCTGGCCCCTTGCATGCCCA;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=50771643;WS=50771625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	50775742	rs1651543	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=5;PP=280;SC=GTGACTGGGGACCTGTGGTCT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=50775750;WS=50775732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	50779151	rs8108435	C	T	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=11;PP=657;SC=TGGGACTGGCCACTCCCAAAG;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=50779159;WS=50779141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	50779469	rs76579307	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	50779988	rs788337	A	T	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	50780186	rs7259185	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.92;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	50784840	.	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr19	50796352	rs651044	C	A	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=15;PP=875;SC=CTGTAGGTTGCAGCTCATTCC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=50796360;WS=50796342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	50796905	rs3745509	G	A	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=9;PP=352;SC=AGAGCAACTCGGAGCTGCTCA;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=50796913;WS=50796895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	50796960	rs3745510	C	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=11;PP=385;SC=CGTGATTGACCGCCCCCACCA;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=50796968;WS=50796950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	50797131	rs4801826	A	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=52;SC=TTCAGGGCTAAATCCAAAGAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=50797139;WS=50797121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	50805138	rs3826772	C	T	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=39;PP=1048;SC=TAGGTGAGAGCGGAGGCCACA;SOR=1.346;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=50805146;WS=50805128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	50812221	rs889002	A	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.82;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	50813169	rs12978083	A	C	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.168;SC=ATGGTGCAGCACTCTGGCATT;SOR=0.923;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=74;WE=50813177;WS=50813159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,119:0.48:246
chr19	50813263	rs627491	T	G	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=38;PP=1206;SC=AGGGAGGCAATGACTGGAGCT;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=50813271;WS=50813253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	50819300	.	GG	AA	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.519;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.612;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr19	50823836	rs189018316	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	50832152	rs375912738	T	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	50863023	rs638294	A	G	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=37;PP=1480;SC=GCCAGTAGGCAGGGACCGTGA;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=73;WE=50863031;WS=50863013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	50865535	rs676314	A	G	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=42;PP=1340;SC=TAGGTTCAGGATCCTGCGTCC;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=50865543;WS=50865525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	50868754	rs1274517	A	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=14;PP=514;SC=AAGAGGCAGAAAATCCCTCCT;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=50868762;WS=50868744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	50880741	rs2695121	T	C	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=15;PP=1749;SC=AGTAGGGTCTTTGGAGAGATG;SOR=2.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=77;WE=50880749;WS=50880731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	50881326	rs28514894	T	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=297;SC=GCTCTTTGCCTGGGGATCTCC;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=50881334;WS=50881320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	50881822	rs34296657	A	ACAG	3643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=2102;ReadPosRankSum=0.129;SC=AGATTCGGAAACAGCAGCAGG;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=39;WE=50881830;WS=50881812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr19	50882169	rs2248949	A	G	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.76;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	50882172	rs41432149	C	T	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.89;SOR=2.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	50882918	rs2303045	G	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.71;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	50883250	rs55865283	G	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=-1.340;SC=TTGGGGTGAGGGTTGAGCCAA;SOR=0.139;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=11;WE=50883258;WS=50883240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr19	50909389	rs1673041	T	G	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=13;PP=848;SC=TCTTCAGGCTTATGTGACGGG;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=50909397;WS=50909379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	50910365	rs140216790	C	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=426;ReadPosRankSum=1.442;SC=GGGTCACTGGCGTGCCCCTCA;SOR=0.715;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=34;WE=50910373;WS=50910355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,47:0.32:149
chr19	50910478	rs3219399	G	A	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=39;PP=1319;ReadPosRankSum=-3.185;SC=AGGCACGTCTGTGGCCCCCTC;SOR=0.786;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=234;TCF=127;TCR=107;TR=101;WE=50910486;WS=50910468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,162:0.46:355
chr19	50912657	.	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=2.604;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr19	50919797	rs3218776	C	T	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.017;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.58;ReadPosRankSum=1.312;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr19	50922370	rs2244095	A	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=9;PP=273;SC=GGAGGGGTCCACCCTGTCTCT;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=50922378;WS=50922360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	50923403	.	C	T	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=927;ReadPosRankSum=-0.243;SC=GTCTCTCTCCCCCTCTCAGGC;SOR=0.838;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=63;WE=50923411;WS=50923393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,86:0.55:156
chr19	50925671	.	G	A	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=725;ReadPosRankSum=0.857;SC=GTCCAGGGTGGGGGTTGGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=53;WE=50925679;WS=50925661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,78:0.45:172
chr19	50926240	.	G	A	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=693;ReadPosRankSum=0.348;SC=CCCCCAGCCTGGAGGCCCCGG;SOR=0.534;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=46;WE=50926248;WS=50926230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,78:0.57:138
chr19	50926264	rs1673030	T	C	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	50926265	rs11546996	G	C	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=10.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=-2.140;SOR=1.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr19	50926742	rs3745516	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=-0.626;SC=AAAGGCCAAAATCTAGGCTGT;SOR=0.301;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=15;WE=50926750;WS=50926732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr19	50936378	rs3765069	C	T	143.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr19	50939867	rs2004423	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=2.012;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr19	50940594	rs2293455	G	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=17;PP=1144;SC=GCCCAGGCCTGAGCAAGGTTG;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=50940602;WS=50940584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr19	50954584	rs8105250	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=0.097;SC=CCACGGGCTGCGCTGGGAGCG;SOR=0.929;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=24;WE=50954592;WS=50954574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr19	50957397	rs25665	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=955;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CACCAACCCCGTCGGCGAGGA;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=69;WE=50957405;WS=50957387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,99:0.54:185
chr19	50957677	rs36109908	GT	G	48.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.431;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.427;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr19	50958459	.	G	A	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=497;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CCACCAAGATGATCGAGGGCA;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=36;WE=50958467;WS=50958449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr19	50958995	rs12980584	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=172;ReadPosRankSum=-1.285;SC=GGGACAGAGATGGGTGCAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=13;WE=50959003;WS=50958985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr19	50962062	rs3745518	G	A	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=26;PP=1176;SC=GCGTCGTCCCGCCTGCCCTTT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=50962070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr19	50967640	rs25667	G	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=437;ReadPosRankSum=-0.306;SC=ATGGAAATCCGTGAAGATCCC;SOR=0.611;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=41;WE=50967648;WS=50967630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,82:0.48:170
chr19	50969325	rs1274604	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=215;SC=ACAGTGGCCTAGGATGGGGCG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=50969333;WS=50969315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	50982086	rs921938	C	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=0;PP=411;SC=AATGGGGGCCCAGATGGGGAG;SOR=3.477;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=21;WE=50982094;WS=50982076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	50983517	.	C	T	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=2.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,115:0.42:274
chr19	50983930	rs10409679	C	T	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=24;PP=1133;SC=TGACGCACCCCGGGGGCTGCC;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=50983938;WS=50983920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	50985038	rs12609351	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr19	50986074	rs14031	G	A	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=42;PP=1267;SC=CTGGATGGCCGGGGGCTTCTG;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=50986082;WS=50986064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	51010780	.	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=229;ReadPosRankSum=0.793;SC=TCACACTATAGGGTGCCCTCT;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=15;WE=51010788;WS=51010770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr19	51014850	rs7254387	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	51015404	rs12977172	T	C	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=13;PP=910;SC=CAGGAGGCTCTGCCAGAAGGC;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=48;WE=51015412;WS=51015394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	51017835	rs889131	G	A	8053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=119;PP=2965;SC=CCCAGCTCGCGTCAGCCCAGG;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=78;TCR=119;TR=197;WE=51017843;WS=51017825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr19	51020903	rs61751956	A	G	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=428;ReadPosRankSum=-0.257;SC=AGTTGAGGCCAGGCGGGCCTT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=30;WE=51020911;WS=51020893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr19	51052189	rs11880112	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-1.020;QD=3.21;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr19	51128661	rs16986142	T	C	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=35;PP=1568;SC=AGTCGTAGTCTACCACGGCGA;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=51128669;WS=51128651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	51128712	.	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=491;ReadPosRankSum=1.929;SC=GGGCCACGTCGAACACCAGCG;SOR=1.117;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=35;WE=51128720;WS=51128702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chr19	51128856	rs10426057	A	C	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	51132552	.	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.747;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=0.858;SC=GCCACTGACCGAGCCGCCCTC;SOR=1.702;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=7;WE=51132560;WS=51132542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
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chr19	51133356	rs10407511	C	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=2.069;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
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chr19	51171188	rs750578	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=234;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GGGCCTTGCCGGTCAGCGGGT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=13;WE=51171196;WS=51171178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr19	51189865	.	A	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=0.969;SC=GGGCGGGCGGAGGGAGGGGAG;SOR=1.270;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=12;WE=51189873;WS=51189855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr19	51200466	rs4802735	G	A	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=60;PP=1540;SC=AGCCCTGACTGCACCCTCCCC;SOR=4.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=11;TCR=61;TR=71;WE=51200474;WS=51200456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	51207508	rs187882127	C	T	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=38;PP=1167;SC=GGGCAGGGAACGTGGCGAGGT;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=51207516;WS=51207498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	51207775	rs41275786	C	T	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=33;PP=1083;SC=AGGTCTCCTGCGGGTAATGGC;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=58;WE=51207783;WS=51207765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	51262620	rs10424138	A	C	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.43;MQRankSum=-0.626;QD=26.31;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr19	51262668	rs12983009	C	T	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=21;PP=628;SC=TCTGTCATCCCGTCCCCGTGG;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=51262676;WS=51262658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	51273962	rs35300823	G	A	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=749;ReadPosRankSum=0.460;SC=CCGGATGCCTGTCTGAGGAGG;SOR=0.809;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=129;TCF=75;TCR=54;TR=57;WE=51273970;WS=51273952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,99:0.48:207
chr19	51274124	.	C	T	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.757;NF=31;NR=36;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TTGCCGATTTCATGCTCTCAC;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=74;TCR=82;TR=67;WE=51274132;WS=51274114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,107:0.43:248
chr19	51295726	.	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=1.405;SC=TGCACAGTGGGGATGGCAACA;SOR=0.260;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=14;WE=51295734;WS=51295716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr19	51321813	rs2411334	A	G	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=-1.568;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,152:0.56:272
chr19	51321919	rs3212841	C	CCAGCCTTCGCAGGCCACACCCTGAAGCCACTCTCCACCCGCT	3024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=5.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	51321961	rs3212840	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.992;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	51322274	rs3212839	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CCCTTCCTTTCCCCACCTGCT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=51322282;WS=51322273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr19	51322312	rs5519	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=-0.299;SC=AGGCATGAGATTGACACAGCT;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=14;WE=51322320;WS=51322302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr19	51323232	rs5517	T	C	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=543;ReadPosRankSum=-0.604;SC=TGGGCTTTTTTGCACTCATCA;SOR=0.807;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=39;WE=51323240;WS=51323222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,74:0.41:180
chr19	51323473	rs5516	C	G	8122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=119;PP=2965;SC=TCGGGTTCCTCGGTGGGCAAC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=88;TCR=122;TR=206;WE=51323481;WS=51323463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr19	51323501	rs1054713	A	G	6792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=98;PP=2965;SC=CCTTCACAGCATCTGTGATGG;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=74;TCR=99;TR=172;WE=51323509;WS=51323491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	51323881	rs2659103	T	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=174;SC=AGATGAAAGATTTTGAGAGTG;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=51323889;WS=51323871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	51326895	.	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=7;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=388;ReadPosRankSum=1.008;SC=TTATCGGGGGGGGATGTGAGG;SOR=1.270;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=28;WE=51326903;WS=51326885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr19	51326981	rs191306706	G	A	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=689;ReadPosRankSum=0.742;SC=GGGACAGGGCGAGGCACAGAA;SOR=0.840;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=46;WE=51326989;WS=51326971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,91:0.49:184
chr19	51327163	rs35641597	GC	G	334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=14;PP=218;SC=CTGGACAATTGCCCCCCCCCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=51327172;WS=51327153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	51329815	.	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
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chr19	51331199	rs142271509	G	GT	1502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.61;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr19	51361315	rs12946	C	T	4530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.41;ReadPosRankSum=1.261;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,116:0.52:222
chr19	51361325	.	C	T	4843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.00;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,134:0.53:255
chr19	51361644	rs1810020	A	G	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=45;PP=2026;SC=CAGGACTCCTAGGTCTGAGGG;SOR=0.905;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=105;WE=51361652;WS=51361634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	51363026	rs2659122	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=0.180;SC=GTCCCTTCCCCACCGGCCAGG;SOR=0.916;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=3;WE=51363034;WS=51363016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr19	51363398	rs1058205	C	T	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=1002;ReadPosRankSum=0.343;SC=CCCTATCAACCCCCTATTGTA;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=74;WE=51363406;WS=51363388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,128:0.47:273
chr19	51380364	rs34964828	C	A	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GCCTCCCCTGCTCCCCAGCTA;SOR=0.710;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=167;TCF=71;TCR=96;TR=73;WE=51380372;WS=51380354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,128:0.48:264
chr19	51391287	.	GG	AA	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.288;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=593;ReadPosRankSum=-0.360;SC=ACCATTCCTTGGGGTTTGGGT;SOR=0.769;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=17;WE=51391296;WS=51391277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr19	51391352	.	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr19	51410171	rs73042387	G	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=87;ReadPosRankSum=1.577;SC=TCAATTTCATGGGTTCCCAGT;SOR=0.493;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=8;WE=51410179;WS=51410161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr19	51410398	rs198965	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=1.673;SC=GGAAATGGATGTGGGCTCAGA;SOR=0.646;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=51410406;WS=51410388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	51411636	rs2569527	G	T	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=23;PP=1083;SC=CCTTCTGGTCGTGCCCTCCGC;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=60;WE=51411644;WS=51411626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	51412666	rs1654552	C	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=248;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CAGAGACGAGCGATCCTGAGG;SOR=0.522;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=21;WE=51412674;WS=51412656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr19	51413802	rs198969	G	C	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=17;PP=1526;SC=ACAGCCATGGGGGACGGATAA;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=51413810;WS=51413792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	51452250	rs183854	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	51462454	rs77760094	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr19	51465200	rs112376245	A	AC	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=1.188;SC=CTCCCCAGTCACCCCCCAACC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=51465208;WS=51465190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	51480671	rs59354651	AGGTT	A	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.844;NF=6;NR=7;PP=558;ReadPosRankSum=1.408;SC=ACAGGGCATGAGGTTGGTTTA;SOR=0.916;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=13;WE=51480682;WS=51480661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr19	51482969	rs1701924	C	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=2;PP=131;SC=CCCAGTCACTCGGGTCAAGCT;SOR=1.445;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=51482977;WS=51482959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	51484984	rs1991820	C	T	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.13;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	51484990	rs1991819	T	C	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.14;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	51485013	rs1991818	C	T	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=11;PP=656;SC=GAGACTTGGGCGGCACCTACT;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=51485021;WS=51485003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	51485194	rs1654523	C	T	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=45;PP=1288;SC=TGGAGGAGCACGTGGGTAGCT;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=51485202;WS=51485184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	51485622	rs2659067	A	G	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=37;PP=1246;SC=GATAGCAGTAAGATCTGCAGG;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=68;WE=51485630;WS=51485612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr19	51487175	rs1624358	T	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=32;PP=899;SC=AAAATCTTCATCCCTCTGCTG;SOR=1.539;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=51487183;WS=51487165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	51499195	rs1612902	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=0.409;SC=CCCCACCTAGTCTGCCAGCAG;SOR=1.371;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=8;WE=51499203;WS=51499185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr19	51503524	rs1701946	T	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.500;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=188;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CCTGTAATGGTGGGGATAGTT;SOR=0.919;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=19;WE=51503532;WS=51503514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr19	51503896	.	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=593;ReadPosRankSum=0.068;SC=CGAGGGCTGGGAAGGCCACTG;SOR=0.318;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=41;WE=51503904;WS=51503886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr19	51504075	rs1701947	A	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=1.001;SC=ACAGGCCCCGAGTACTCCCAG;SOR=1.833;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=51504083;WS=51504065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr19	51506905	.	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=0.395;SC=TCTGCTCCCCTAAATCCTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=7;WE=51506913;WS=51506895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr19	51507020	rs2075802	T	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=540;ReadPosRankSum=2.098;SC=CCGAGATGTGTCCAGGGTATG;SOR=0.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=34;WE=51507028;WS=51507010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,66:0.41:162
chr19	51518134	.	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr19	51518222	.	G	A	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=41;QD=15.1542425094;SC=GGGGTGGCAGGAAGGAGAGAT;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=5;WE=51518230;WS=51518212;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,5:0.33:15
chr19	51519114	rs2075691	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=188;ReadPosRankSum=-0.805;SC=CCTGAGGTTCCGGCCTCAGAG;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=14;WE=51519122;WS=51519104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr19	51519236	rs2075690	A	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=352;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GCGGGGCCCCAGCACTACGGG;SOR=0.828;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=26;WE=51519244;WS=51519226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr19	51519259	rs2075689	C	T	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=410;ReadPosRankSum=1.833;SC=TGGCCAGCTTCAGCAACATGA;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=30;WE=51519267;WS=51519249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
chr19	51519346	rs1061368	G	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
chr19	51519364	rs2075688	T	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.682;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=351;ReadPosRankSum=0.766;SC=GGAGCTGCTCTCCCTGAAGAA;SOR=1.014;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=27;WE=51519372;WS=51519354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr19	51519451	rs2075687	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=210;ReadPosRankSum=0.962;SC=AAACCCTTCATAGGGACTGGG;SOR=0.625;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=16;WE=51519459;WS=51519441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr19	51519480	rs12981039	C	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TGGGCAGTGACGCAGGGCCTG;SOR=0.435;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=11;WE=51519488;WS=51519470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr19	51520487	rs3745535	A	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	51522286	rs2304156	C	T	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.05;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	51522291	rs2304157	G	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.08;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	51525703	rs1048344	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=1.085;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	51530693	rs1474520	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=418;ReadPosRankSum=0.188;SC=CAGGCAGCCCGAGTCCAGCTG;SOR=0.756;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=29;WE=51530701;WS=51530683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr19	51530741	rs61752567	C	G	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=676;ReadPosRankSum=0.355;SC=TGCCCGATGACTTCCAGTCCC;SOR=0.375;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=52;WE=51530749;WS=51530731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,77:0.50:153
chr19	51535130	rs3745540	A	G	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=59;PP=1376;ReadPosRankSum=0.511;SC=TGGGCCCCTTACTCCGTGGGT;SOR=0.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=187;TCF=58;TCR=129;TR=84;WE=51535138;WS=51535120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,152:0.48:315
chr19	51535460	rs10635364	T	TCC	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.097;NF=1;NR=9;PP=397;ReadPosRankSum=-0.657;SC=CCACGGACACTCAGGCGCTCC;SOR=1.204;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=51535468;WS=51535450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr19	51563965	rs2569474	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=135;SC=GGTAAGGGTCGGATTATTGCC;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=51563973;WS=51563955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	51566873	rs10426620	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.551;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr19	51566943	rs2736433	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=304;ReadPosRankSum=2.020;SC=AGGGAGTGTCGCCAGAGGAGA;SOR=0.784;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=24;WE=51566951;WS=51566933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr19	51567176	rs2736431	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=362;ReadPosRankSum=0.335;SC=TAACATCTGCGTCTGTCCCCG;SOR=0.462;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=24;WE=51567184;WS=51567166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr19	51567744	rs35554667	CA	C	139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr19	51567990	rs10500306	T	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=305;ReadPosRankSum=1.121;SC=CGCGAACCCATGTCTTTCAGC;SOR=0.739;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=31;WE=51567998;WS=51567980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr19	51568029	rs2736434	G	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=343;ReadPosRankSum=1.557;SC=AGCCTTGAACGCGGGAGGGGC;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=21;WE=51568037;WS=51568019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr19	51568066	rs12979090	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-1.113;SC=TGGGAGGTGAAGGGTCTGGGG;SOR=1.911;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=51568074;WS=51568056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	51581127	.	C	T	125	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=27;MQ=49.15;NF=10;NR=0;PP=125;QD=15.9771212547;SC=CCTGGACTCCCGGGTCTGAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=10;WE=51581135;WS=51581117;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr19	51581127	.	C	CGGGTCTGAGGGAGGAGGGGCTGGGGGCCTGGACTCCT	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-2.903;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.662;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr19	51583003	rs6509518	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=450;SC=GGTCTGAGCCAGAGACTCCTC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=51583011;WS=51582993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	51584743	rs2569489	A	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=267;SC=AGGGCTTTAGACTCTGGAATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=51584751;WS=51584733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	51584812	.	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=-1.385;SC=GAGCAGCAGTGATGACCCACT;SOR=1.051;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=13;WE=51584820;WS=51584802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr19	51584916	rs2569491	G	A	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=34;PP=1206;SC=GTGCACGTATGGCCACCAATT;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=51584924;WS=51584906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	51584951	rs35287116	T	C	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=37;PP=943;SC=CTCTTGGCTCTGTGTCATGGC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=51584959;WS=51584941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	51585112	rs62114143	C	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=77;SC=GTGAGACATGCCCAATATTGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=51585120;WS=51585102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	51628529	rs2075803	A	G	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=3.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,114:0.52:220
chr19	51628827	.	G	A	2907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.173;NF=39;NR=35;PP=956;ReadPosRankSum=0.230;SC=CCTCTGACCTGATCCTGAGTC;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=95;TCR=79;TR=74;WE=51628835;WS=51628817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,155:0.45:342
chr19	51630482	rs2258983	C	A	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=719;ReadPosRankSum=0.158;SC=CTGAGGGATGCAGCTGAATTC;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=44;WE=51630490;WS=51630472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr19	51631165	rs867188	C	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=165;ReadPosRankSum=0.806;SC=AGACCCAATTCTCTATGATAT;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=14;WE=51631173;WS=51631155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr19	51631924	.	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=357;ReadPosRankSum=0.895;SC=TTGGTTTCCTCCCCTAAGAAC;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=26;WE=51631932;WS=51631914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr19	51649403	.	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.44;MQRankSum=1.784;NF=3;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=0.561;SC=GGCTGGAGGAGGAGAACACAC;SOR=0.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=51649411;WS=51649393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr19	51650664	.	A	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=446;ReadPosRankSum=-1.910;SC=ATCATGGCCAAAATTATCTCC;SOR=0.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=29;WE=51650672;WS=51650654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr19	51656218	rs273661	G	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=283;SC=CTATACAGAGGAATATATCCG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=51656226;WS=51656208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	51656454	rs273662	A	T	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=466;SC=ACCTATCAGGACAAGAAGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=51656462;WS=51656444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	51728477	rs12459419	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=536;ReadPosRankSum=-1.870;SC=CCCACAGGGGCCCTGGCTATG;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=39;WE=51728485;WS=51728467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr19	51729103	rs201074739	CCCGG	C	8287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.426;NF=20;NR=81;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CACTCTAGAACCCGGCCACTC;SOR=0.853;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=198;TCF=38;TCR=160;TR=101;WE=51729114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,215:0.50:432
chr19	51738917	rs35112940	G	A	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=461;ReadPosRankSum=-0.979;SC=CCCTACCACAGGGTCAGCCTC;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=34;WE=51738925;WS=51738907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr19	51767205	rs6509523	C	T	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.597;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=301;ReadPosRankSum=-1.904;SC=CTGCTCTCCCCATCCCCACAT;SOR=0.983;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=22;WE=51767213;WS=51767195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
chr19	51767485	rs875283	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AATAATCAACATGAATTAGAC;SOR=1.981;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=51767493;WS=51767475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	51768744	.	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=459;ReadPosRankSum=0.817;SC=CGTGGGTGTGGATGGCATGGA;SOR=0.242;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=30;WE=51768752;WS=51768734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
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chr19	51828658	.	G	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=782;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GGGGCAATGTGAACCTGCTTT;SOR=0.850;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=58;WE=51828666;WS=51828648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,94:0.56:168
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chr19	51837360	rs11668576	T	G	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=524;ReadPosRankSum=0.112;SC=CGGCACTGATTGCCTCAGCCA;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=34;WE=51837368;WS=51837350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr19	51841417	rs34380065	C	T	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=777;ReadPosRankSum=1.978;SC=CTCCCCCAACCGTGTCTCTGC;SOR=0.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=34;TCR=74;TR=50;WE=51841425;WS=51841407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,70:0.45:154
chr19	51843589	rs6509528	G	T	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=721;ReadPosRankSum=-0.928;SC=CGAGTGTCAGGGTCACCTGGG;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=48;WE=51843597;WS=51843579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,80:0.62:129
chr19	51843808	rs7259266	C	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=538;ReadPosRankSum=0.071;SC=CCTCTGAGCGCATCCGGGGCG;SOR=0.665;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=37;WE=51843816;WS=51843798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr19	51844978	rs8105710	G	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=-0.787;SC=CAGAGAAGGGGGAAACCGGGC;SOR=0.685;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=20;WE=51844986;WS=51844968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr19	51845371	rs10414211	T	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=1.063;SC=AGCCTGTGGGTTGTCCATGGT;SOR=0.495;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=17;WE=51845379;WS=51845361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr19	51850290	rs1130426	G	A	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=398;ReadPosRankSum=2.206;SC=CCCCTCCAGCGTCACCTGGGA;SOR=0.795;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=31;WE=51850298;WS=51850280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,68:0.43:159
chr19	51853468	rs4802789	C	T	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=361;SC=TGAGGCAATCCGAGGGAACAG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=51853476;WS=51853467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	51856604	rs111522316	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.828;NF=2;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.649;SC=AGGAGTCTGGCTCGCAGCCCC;SOR=1.127;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=9;WE=51856612;WS=51856594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr19	51856619	rs2004309	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=449;SC=AGCCCCTCCTTCCTCAGACCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=51856649;WS=51856609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	51856631	rs3889312	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.14;QD=45.67;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	51856641	rs3889313	G	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.89;QD=50.62;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	51857738	rs79338777	G	A	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.440;SC=TGTAGGCAGGGGCAGGTCACC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=65;WE=51857746;WS=51857728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,101:0.50:203
chr19	51858040	rs78611945	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=31;SC=CTACAGGCAACAATAGAGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=51858048;WS=51858030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	51869346	rs3786625	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.387;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr19	51883727	rs2547318	G	A	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=43;PP=1751;SC=TCTGCCCCAGGCACTGACCTT;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=107;WE=51883735;WS=51883717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	51883977	.	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr19	51919257	.	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=190;ReadPosRankSum=-0.840;SC=AGCTCCAGCCCCAGGGGTCTA;SOR=0.269;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=13;WE=51919265;WS=51919247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr19	51919321	rs61741671	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CCCAGCTCAGTGTGGCAGGGG;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=11;WE=51919329;WS=51919311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr19	51919507	rs62114257	T	C	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.140;NF=24;NR=20;PP=430;ReadPosRankSum=-1.959;SC=CCTCATCCCCTGAAGCCTTTT;SOR=0.612;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=44;WE=51919515;WS=51919497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,80:0.44:182
chr19	51920613	rs1010425	C	T	5890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=58;PP=2965;SC=CTGTCCAGTCCTGTCGGGGGT;SOR=0.959;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=86;TCR=61;TR=144;WE=51920621;WS=51920603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	51957452	.	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=2.301;SC=TGCTCGGTGTGGAGAAGCCCA;SOR=0.549;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=19;WE=51957460;WS=51957442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr19	51961483	.	C	T	4894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.99;MQRankSum=1.425;NF=81;NR=71;PP=2408;ReadPosRankSum=0.087;SC=TCCAGCCATCCTGGGGGTAGG;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=323;TCF=167;TCR=156;TR=152;WE=51961491;WS=51961473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,237:0.50:472
chr19	51984725	rs8106673	T	A	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=35;PP=1250;SC=GCTGACTGCCTCACAAATGTC;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=73;WE=51984733;WS=51984715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr19	52000624	rs3752135	T	G	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=17;PP=910;SC=GATGCAGAAGTACAGGAAGAC;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=52000632;WS=52000614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	52000672	rs3829658	G	A	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=32;PP=1479;SC=TGCCCCTAGCGTCACTCCTGA;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=52000680;WS=52000662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	52001485	rs11668530	G	A	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	52002317	rs4801871	G	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=280;SC=GGAGGGGGGGGCCGGGGCTCA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=52002325;WS=52002307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	52002488	rs968491	C	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=604;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CAGAAAGACACGGAGTTCCCA;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=30;WE=52002496;WS=52002478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr19	52002526	.	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=289;ReadPosRankSum=0.412;SC=GACACTGACCCTGTCTCCCCA;SOR=0.509;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=15;WE=52002534;WS=52002516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr19	52002729	rs2009362	G	A	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=25;PP=888;SC=TCATGGTCACGCCGGCCCCAG;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=52002737;WS=52002719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	52003058	rs10420446	C	T	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=19;PP=716;SC=CTTACTCCTCCCCTGAGCCAG;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=35;WE=52003066;WS=52003048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	52003089	rs10420457	C	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=16;PP=581;SC=CCTCCAACTCCCTCCCAGGAT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=31;WE=52003097;WS=52003079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	52003331	rs6509544	G	C	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=45;PP=2012;SC=GGAATCGACCGTGGGTATCCT;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=102;WE=52003339;WS=52003321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	52004469	rs3810108	C	T	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=19;PP=1157;SC=CCATCACCCCCGGCCCCCTCC;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=52004477;WS=52004459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	52004551	rs3810109	C	T	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=36;PP=1857;SC=TCTTGGAGCCCGTGCCTTACC;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=97;WE=52004559;WS=52004541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	52004743	rs3810110	G	A	8070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=97;PP=2965;SC=CACTGCTCGAGCTGGGTTGTT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=117;TCR=97;TR=214;WE=52004751;WS=52004733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	52004791	rs66949844	G	GC	13134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.04;NF=39;NR=104;PP=2936;SC=ATGGTCCCCTGCCCGGAACCA;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=42;TCR=109;TR=143;WE=52004803;WS=52004781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	52004795	rs61742108	G	T	13241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=104;PP=2965;SC=TCCCCTGCCCGGAACCAGTAG;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=110;TCR=109;TR=211;WE=52004803;WS=52004781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	52031162	rs897783	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=14;PP=424;SC=CCCACTCCCTATGGAGAGTAC;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=52031170;WS=52031152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	52031648	rs10419617	A	G	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=28;PP=890;SC=TGAACCCGGAACCAGCCTCTT;SOR=1.318;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=52031656;WS=52031638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	52032964	rs3976745	C	G	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=48;PP=2360;SC=TCGCGCACCTCCCCCCACACT;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=117;WE=52032972;WS=52032954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr19	52033742	rs2305772	G	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=33;PP=1110;SC=GGAGCATCTGGGGTGGAAAGA;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=52033750;WS=52033732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	52034940	rs1551559	C	T	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=24;PP=597;SC=GGAAGGACTGCGGGGAGGAAC;SOR=3.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=52034948;WS=52034930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	52076481	rs2305371	C	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GACTCTCCGCCGTGTCCCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=52076489;WS=52076471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	52085291	rs1543923	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-1.652;SC=GCTATAAATGTTAAATGTCCT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=10;WE=52085299;WS=52085281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr19	52095980	rs3794984	G	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.881;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr19	52096033	rs3838908	GATAAA	G	902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.001;NF=9;NR=12;PP=913;ReadPosRankSum=-1.519;SC=GCAGAAAGGAGATAAAATAAA;SOR=0.663;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=21;WE=52096045;WS=52096023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr19	52096053	rs3794983	T	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=434;ReadPosRankSum=-0.683;SC=ACTCTACTTTTAAAAGAAACC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=26;WE=52096061;WS=52096043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr19	52096270	rs3794982	C	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=-0.594;SC=ATCCAGGGATCGGAGGATTGG;SOR=0.984;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=26;WE=52096278;WS=52096260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
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chr19	52097461	rs7252645	A	C	6516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.234;SC=CAATCCTAGGAATGTGCTTAG;SOR=0.736;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=374;TCF=186;TCR=188;TR=206;WE=52097469;WS=52097451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,312:0.57:547
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chr19	52115833	rs12462938	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CACAATTTCCAATTCTCTACC;SOR=1.901;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=52115841;WS=52115823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr19	52130337	rs8105105	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=338;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TCTGTGTTTCTGAGATTCAGT;SOR=0.865;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=25;WE=52130345;WS=52130327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
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chr19	52132524	rs112581861	T	TACACAC	485.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=209;ReadPosRankSum=-1.604;SC=CTGTCTTCCTTACACACACAC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=52132533;WS=52132514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr19	52132986	rs200975295	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=7;PP=399;SC=ACCTGCCCCAAGTCCTACACC;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=52132994;WS=52132976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	52133060	rs2278833	G	T	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.554;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.31;MQRankSum=-0.607;QD=24.11;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr19	52133270	rs201664362	G	T	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	52148617	rs4544342	A	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=9;PP=485;SC=GGGAGCAGGAAGGACCCAGAC;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=25;WE=52148625;WS=52148607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	52148804	rs885266	A	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=25;PP=877;SC=AAGATACAGCACCAGCTTCAG;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=52148812;WS=52148794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	52148918	rs1868952	C	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=13;PP=426;SC=CACGAGTTTTCCCTGGTTATC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=52148926;WS=52148908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	52148980	rs11424909	C	CA	674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.14;QD=35.51;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	52148981	.	C	A	288	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=25;MQ=52.33;NF=12;NR=9;PP=288;QD=15.3700577403;SC=ACACACACACCCCCCTCACTC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=52148989;WS=52148971;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	52149165	rs71358847	G	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.07;QD=26.55;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	52149467	.	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.65;MQRankSum=3.159;QD=23.76;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr19	52196453	rs12976445	T	C	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=28;PP=1058;SC=TCTCTGTGCCTATCTCCATCT;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=52196461;WS=52196443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	52196812	rs11881781	G	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr19	52208277	rs11382950	G	GC	2587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=1514;SC=TGGTGTCCAGGCTCCGGGACC;SOR=0.904;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=34;WE=52208285;WS=52208267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	52208393	rs180742666	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.11;MQRankSum=-0.747;NF=8;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TATCTTTCCTCCTTCCCTATC;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=17;WE=52208401;WS=52208383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,36:0.37:97
chr19	52208492	rs34764077	G	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=425;ReadPosRankSum=1.015;SC=GTAGGAGGAGGTGCAGCAAGC;SOR=1.470;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=24;WE=52208500;WS=52208482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr19	52227137	rs58597876	T	TAC,TACAC	761.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.74;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,7,16:0.29,0.67:24
chr19	52249672	rs1042229	A	C	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=690;ReadPosRankSum=0.261;SC=CAACGGCCACATTTATCCTCT;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=42;WE=52249680;WS=52249662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,64:0.52:124
chr19	52249702	rs2070746	G	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=521;ReadPosRankSum=0.204;SC=CGTTGGTCCAGGGCGAAAAGT;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=39;WE=52249710;WS=52249692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr19	52250216	rs5030878	A	G	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	52250216	.	ATGTTC	GTGTTC,GTGTTT	369	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=13,8;NR=30,19;PP=103,369;QD=3.20398168714;SC=CCCTCCAGAGATGTTCGTGGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43,27;WE=52250229;WS=52250206;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:43
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chr19	52516544	.	T	TA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=2.417;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr19	52520714	rs12976476	G	T	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=398;SC=CCCAGCACTTGGGGAGGCTGA;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=52520722;WS=52520704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr19	52660279	rs1366245	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=439;ReadPosRankSum=-0.616;SC=ACCCTTTACACATATAAGGTT;SOR=0.535;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=27;WE=52660287;WS=52660269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr19	52660783	rs17696575	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.949;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr19	52660826	rs61641512	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=22;ReadPosRankSum=-1.476;SC=GAGTTTTTTCGTTGGTTTTTT;SOR=2.281;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=4;WE=52660834;WS=52660816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr19	52664019	rs3794976	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=0.210;SC=AATTCAATAGAAGATTATGAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=52664027;WS=52664009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	52803669	rs3217319	CTG	C	4087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=34;PP=2251;SC=AAGAGTCATGCTGTGTGATGA;SOR=0.797;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=46;WE=52803678;WS=52803659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	52825032	rs13343641	C	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.008;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=396;ReadPosRankSum=-2.357;SC=TGTCAAAACCCCCATTTTTAA;SOR=0.761;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=30;WE=52825040;WS=52825022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr19	52825235	rs8102373	A	G	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=34;PP=1242;SC=GTCGCAATTCACACCTTGCAG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=52825243;WS=52825225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	52852523	rs321953	T	C	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=35;PP=1317;SC=GTTCTCTCTGTTTCTTTCTGA;SOR=0.812;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=64;WE=52852531;WS=52852513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	52856955	rs1961205	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=585;ReadPosRankSum=0.423;SC=CATTCATGGACGTGGCCATCG;SOR=1.038;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=37;WE=52856963;WS=52856945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr19	52868883	rs11881435	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=0.903;SC=GGCTGATTCTGGTCCCTCCAC;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=52868891;WS=52868873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr19	52869022	rs2241586	G	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=13;PP=547;SC=AACCCTTGAGGCACATCTGTC;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=52869030;WS=52869012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	52869278	rs321937	G	C	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=21;PP=1139;SC=TTTAGAGTCCGTGCAAGCCTT;SOR=1.033;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=55;WE=52869286;WS=52869268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	52869312	rs162120	T	C	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=23;PP=1206;SC=TAATCCATACTGCAGAGAAAC;SOR=1.151;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=65;WE=52869320;WS=52869302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	52869534	rs162119	G	A	5057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=61;PP=2495;SC=GAGAGTGTTCGGGACTTACTA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=124;WE=52869542;WS=52869524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	52873023	rs707312	A	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=3;PP=720;SC=CTCTGCCGGGACACAATCTAT;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=52873031;WS=52873021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	52876385	rs14048	G	A	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=20;PP=1250;SC=ATTCAGGGACGTGGCCATAGA;SOR=1.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=69;WE=52876393;WS=52876375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	52877464	rs35732198	A	AT	179.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;MQRankSum=1.142;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr19	52887282	rs324125	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=18;PP=825;SC=CAAAAAATTTATTCTAGTGTC;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=52887290;WS=52887272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	52888048	rs324124	G	A	8467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=92;PP=2965;SC=ACACGGGAGAGCAACCTTACA;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=102;TCR=93;TR=194;WE=52888056;WS=52888038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr19	52893538	rs2657917	TG	CA	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=13;PP=1664;SC=GCTTCCCATCTGCTCCGCTCC;SOR=1.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=43;WE=52893547;WS=52893528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	52905067	rs324091	A	C	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	52909164	.	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=535;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TTTCAGGGACCCTTGAAATTC;SOR=0.570;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=36;WE=52909172;WS=52909163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr19	52909303	rs2290745	C	T	6467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=84;PP=2965;SC=ATAATGTCCCCTCAGAAGCCG;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=161;WE=52909311;WS=52909293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr19	52909458	rs2245620	T	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=24;PP=625;SC=CTTTCTTCAGTTATTCTCCTC;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=28;WE=52909466;WS=52909448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	52909989	rs11668956	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=614;SC=TGCGGTGGCAATCATAGCTCA;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=52909997;WS=52909979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	52917590	rs162124	G	A	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=49;PP=1415;SC=GGGACTGAACGAAGGGGGCGA;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=52917598;WS=52917580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr19	52920006	rs10664588	C	CTG	3603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=1561;SC=TCCCTACAAACTGTATGGCAA;SOR=1.075;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=31;WE=52920014;WS=52919996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	52937339	rs17780173	G	A	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=48;PP=1197;ReadPosRankSum=0.631;SC=CCCTAGGTGAGGATAATGTCC;SOR=0.862;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=169;TCF=74;TCR=95;TR=78;WE=52937347;WS=52937329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,129:0.49:264
chr19	52937530	rs2560997	C	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=20;PP=505;SC=AAATGGTTCACGAGGTCAGGA;SOR=3.098;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=52937538;WS=52937520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	52938361	rs11084161	C	A	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=25.71;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	52938417	rs11084162	A	G	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	52938459	rs11084163	A	G	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=52;PP=1497;SC=AGGTGTGAACACAGGTGAGAG;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=80;WE=52938467;WS=52938449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	52940931	rs1428179	A	T	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=154;SC=TTTCTGTCAGACTTTAAACAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=52940939;WS=52940921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	52941171	rs1428180	T	C	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=18;PP=705;SC=ATAAGTTTTTTCAGTGTCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=52941179;WS=52941161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	52941540	rs1366257	G	A	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=43;PP=1770;SC=AAAGAATGTGGGAAAGTCTTT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=78;WE=52941548;WS=52941530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	52941618	rs1366258	A	C	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=38;PP=1880;SC=AAATGTAGTGAATGTGGCAAA;SOR=1.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=90;WE=52941626;WS=52941608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	52941847	rs1366259	A	T	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=58;PP=2054;SC=TTCATACTGGAGAGAAACCTT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=101;WE=52941855;WS=52941837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	52942159	rs2608497	A	G	6681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=86;PP=2965;SC=CAAACCTTCAACGACATAGGA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=94;TCR=86;TR=180;WE=52942167;WS=52942149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr19	52942445	rs2608498	C	T	13232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=101;PP=2965;SC=AGAGAAGCCTCACAGTTGTAA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=111;TCR=104;TR=211;WE=52942453;WS=52942435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr19	52942495	rs2561001	G	A	12964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=112;NR=107;PP=2965;SC=CACACCTTGCGCGACATAGGA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=112;TCR=109;TR=219;WE=52942503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr19	52942734	rs2446079	C	T	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=40;PP=1065;SC=CAGTGGCTCACGTCTGTAATC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=52942742;WS=52942724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	52954507	rs324104	T	C	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=27;PP=675;SC=CCGGAGGTGCTGAGGAGCCAA;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=52954515;WS=52954497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	53005249	rs9304729	A	G	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=47;PP=1516;SC=ATGTATTGTAACAGCCAGTCT;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=53005257;WS=53005239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	53014346	rs161931	G	A	5618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=97;NR=80;PP=2965;SC=TGAGACTGGCGAAGCCTTTAA;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=97;TCR=80;TR=177;WE=53014354;WS=53014336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	53015487	rs35772645	AG	A	4931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=44;PP=2829;SC=TAAAAGACATAGGAGAATTCA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=69;WE=53015495;WS=53015477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	53075519	rs8104138	G	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=10;PP=439;SC=TGTTGGTCAGGATGGTCTCGA;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=53075527;WS=53075509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	53075734	rs3826655	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=377;SC=AAGGAAGTTTCTTTATCCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=53075742;WS=53075724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	53077258	rs75491966	G	A	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=30;PP=1462;SC=GGGCACCTTTGTATGTGTCAT;SOR=0.917;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=78;WE=53077266;WS=53077248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	53077411	rs162832	T	C	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=53;PP=1861;SC=ATGGCTCTTCTTCAGGTGAGA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=95;WE=53077419;WS=53077401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	53085659	rs366793	C	T	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=95;PP=2965;SC=ATGACAAAAACCAAAAAGTTG;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=71;TCR=95;TR=166;WE=53085667;WS=53085649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	53086124	rs373554	C	A	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=72;PP=2965;SC=AATCCTTACACGTGTAATGAG;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=157;WE=53086132;WS=53086114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	53116933	.	GCCACACTCATTACATTTGTAAGGTTTCTCTCCAGTGTGGATTCTCTGATGTTGTGCAAGGTGTGAAATATGATGGAAGACCTTT	G	2990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.04;QD=37.86;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	53117017	.	T	G	313	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=56.89;NF=4;NR=10;PP=313;QD=24.8408008962;SC=GGAAGACCTTTCCACATACAT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=53117025;WS=53117007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	53117531	rs1056185	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=16;PP=654;SC=GCCACGCTCACTACATTTGTA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=53117539;WS=53117521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	53117809	rs10406458	C	A	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=33;PP=1049;SC=CATCCTTTCTCCCATGCATGT;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=53117817;WS=53117799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr19	53303527	rs8107444	A	G	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=882;ReadPosRankSum=-0.453;SC=TTCATTACACATGTATGGTTT;SOR=0.606;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=65;WE=53303535;WS=53303517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,94:0.52:182
chr19	53303705	rs10417163	T	G	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.967;NF=35;NR=36;PP=1002;ReadPosRankSum=1.516;SC=TTGTATGGTTTCTCTGCAGTA;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=71;WE=53303713;WS=53303695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,93:0.51:182
chr19	53311395	rs7257656	G	A	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.211;NF=30;NR=52;PP=1253;ReadPosRankSum=-0.727;SC=CCCTGAAATGGAAACACATTT;SOR=0.952;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=165;TCF=64;TCR=101;TR=82;WE=53311403;WS=53311385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,114:0.47:240
chr19	53343939	rs9749464	T	G	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=15;PP=1135;ReadPosRankSum=0.451;SC=CTTACAGGGTTGAATTGTGAT;SOR=0.806;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=151;TCF=107;TCR=44;TR=64;WE=53343947;WS=53343929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,109:0.50:216
chr19	53344118	rs10419826	C	G	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=5.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.125;NF=44;NR=46;PP=1333;ReadPosRankSum=-2.670;SC=GATGTCTGACCGAAGGTCTTG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=229;TCF=113;TCR=116;TR=90;WE=53344126;WS=53344108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,88:0.30:298
chr19	53344701	rs10420793	A	G	3249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.870;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.079;NF=59;NR=49;PP=1584;ReadPosRankSum=-0.568;SC=GGGATGAATTATGACCAAAGG;SOR=0.729;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=228;TCF=115;TCR=113;TR=108;WE=53344709;WS=53344691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,162:0.48:336
chr19	53344919	rs58239286	T	G	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=1144;ReadPosRankSum=-0.260;SC=TTTTCTCTCATGTGTACTTCC;SOR=0.659;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=65;WE=53344927;WS=53344909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,86:0.54:158
chr19	53345447	rs60596790	C	T	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.056;NF=12;NR=32;PP=657;ReadPosRankSum=2.523;SC=TAAGTACAGACGGTATATAAT;SOR=0.927;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=44;WE=53345455;WS=53345437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr19	53345480	rs142157651	GA	G	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.18;MQRankSum=0.867;NF=1;NR=26;PP=431;ReadPosRankSum=-0.388;SC=AAATATCACAGAAAAAAAACA;SOR=0.708;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=27;WE=53345488;WS=53345470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr19	53345515	rs62117470	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=149;ReadPosRankSum=0.141;SC=CTTCCCAAACGTGAGCTTCAA;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=12;WE=53345523;WS=53345505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr19	53351266	rs7256165	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=253;ReadPosRankSum=-0.427;SC=ACGAGAAATACCCACAGGTAT;SOR=1.350;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=19;WE=53351274;WS=53351256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr19	53369486	rs35128688	CAT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.819;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	53369845	rs11669868	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=79;ReadPosRankSum=1.855;SC=TTTATCATGTCGAGCTCTTTG;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=6;WE=53369853;WS=53369835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr19	53384185	rs6509701	C	T	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,73:0.41:180
chr19	53454701	.	A	G	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1639;ReadPosRankSum=-1.335;SC=AGTGATGAATATCTTTCTTCA;SOR=0.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=99;TCR=113;TR=102;WE=53454709;WS=53454691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,158:0.50:314
chr19	53456645	.	CA	AA	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5020,0.9989;HP=11;HapScore=4;MGOF=25;MMLQ=10;MQ=61.19;NF=0,0;NR=2,2;PP=7,30;QD=20.8856062736;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=2,2;WE=53456653;WS=53456635;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr19	53456645	.	CA	CAA	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5020,0.9989;HP=11;HapScore=4;MGOF=25;MMLQ=10;MQ=61.19;NF=0,0;NR=2,2;PP=7,30;QD=20.8856062736;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=2,2;WE=53456653;WS=53456635;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr19	53553125	rs150642692	C	T	6477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=107;PP=2965;SC=ACACTGTCCCCACATGGCCAA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=95;TCR=107;TR=202;WE=53553133;WS=53553115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	53553497	rs2195311	G	A	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=24.26;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	53553686	rs12975552	G	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=23;PP=941;SC=TCTTAGCAGAGCAGGGTGGAG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=53553694;WS=53553676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	53571306	rs2288421	T	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=259;SC=AAGGAGTGAATTGTACCTAAT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=53571314;WS=53571298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	53576465	rs329734	C	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=317;ReadPosRankSum=0.694;SC=ATGTAAGTGACAACATGCAGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=15;WE=53576473;WS=53576455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr19	53576589	rs329733	C	G	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,124:0.54:230
chr19	53577419	rs8105668	G	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=1.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr19	53577668	rs167918	C	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-1.093;SC=TGCCTGTAATCCCAGCATTTT;SOR=0.507;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=9;WE=53577676;WS=53577658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr19	53589677	rs329718	C	T	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=42;PP=1231;SC=CACAGTCACACGCACAGATCT;SOR=0.936;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=53589685;WS=53589667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	53612311	rs4803051	T	C	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
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chr19	53612745	rs1133327	T	C	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=43;PP=1406;SC=TGGGTTTTGATGGTAGAAGAA;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=53612765;WS=53612735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	53612757	rs1054485	T	G	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=39;PP=1504;SC=GTAGAAGAAATTATTTGGGGT;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=53612765;WS=53612735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	53612989	rs1054484	A	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=-1.211;SC=AATTTCTTTCATCATCTCTCC;SOR=0.725;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=40;WE=53612997;WS=53612979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr19	53618588	rs368236478	CA	C	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=67;ReadPosRankSum=-0.898;SC=AACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=53618596;WS=53618578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr19	53618698	rs12609961	C	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=208;SC=AGAGAGTTCACGGAAGTCAGA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=53618706;WS=53618688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	53619741	rs12608974	T	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=296;ReadPosRankSum=-2.262;SC=GGAGTTACCATCTTCACACAA;SOR=1.473;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=20;WE=53619749;WS=53619731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr19	53626112	rs2303689	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-2.595;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr19	53645291	rs2195310	T	C	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=41;PP=1626;SC=CCACATCCATTAGATTTGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=53645299;WS=53645281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	53651845	rs10694633	T	TTC	3006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=14;PP=2213;SC=GAATTCAAACTTGTTTTCCCA;SOR=2.235;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=47;WE=53651853;WS=53651835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	53667637	rs4803054	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=451;SC=GTGATCCCCCCGCCTCGGCCT;SOR=1.839;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=24;WE=53667645;WS=53667627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	53667804	rs4801958	C	T	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=40;PP=1796;SC=CCAGTATGGACTGCCATATGG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=94;WE=53667812;WS=53667794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	53667913	rs12459469	A	G	3924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=47;PP=1858;SC=CAAGATGTGAATTTTGAGTGA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=97;WE=53667921;WS=53667903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	53667940	rs12459471	A	G	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=49;SC=TGCCACATTCATTACATTTGT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=100;WE=53667948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	53669273	rs4801959	T	C	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=43;PP=1872;SC=TTTCCCTTCATGTTGAAATTG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=103;WE=53669281;WS=53669263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	53669492	rs12460170	A	G	3663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=51;PP=1761;SC=GGACAAGCCTACAGTGTCACA;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=89;WE=53669500;WS=53669482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	53669653	rs12460233	C	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=295;SC=AGGTAAATAACTATTTCCCAT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=53669661;WS=53669643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	53678862	.	G	A	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=785;ReadPosRankSum=-0.357;SC=TGACTATGAGGAAAATTTGAA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=50;WE=53678870;WS=53678852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr19	53678924	rs4289099	C	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=871;SC=GTTCAATTCACGTAAGCAGAC;SOR=3.145;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=35;WE=53678932;WS=53678914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	53706984	rs12610332	G	A	4325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=47;PP=1929;SC=TCTTCCTAACGTCCCTAAATG;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=114;WE=53706992;WS=53706974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	53707097	rs11084225	T	C	4695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=74;PP=2191;SC=CTCTCCCCCATGTGCTTGGTA;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=132;WE=53707105;WS=53707087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	53707289	rs7249771	C	T	5629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=64;PP=2602;SC=CATTCAGGGACGTGGCCATCG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=83;TCR=64;TR=146;WE=53707297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	53716190	rs10775558	A	G	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=40;PP=1425;SC=TACCAAATGCAGCAAGGCCTT;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=79;WE=53716198;WS=53716180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	53716278	rs10853858	A	G	3772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=46;PP=1759;SC=GAGTGTGGAAAAACCTTTACC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=93;WE=53716286;WS=53716268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	53716460	rs10853859	A	G	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=23;PP=1223;SC=GTCAAAATTCACACCTTGTAA;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=58;WE=53716468;WS=53716450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	53727097	rs36114232	G	A	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.45;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	53727100	rs35443981	T	TTA	1523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=7;PP=608;SC=GGTATTGGTTTTGTTTTTGCC;SOR=1.308;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=14;WE=53727108;WS=53727087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	53727145	rs112228801	G	GGTTTT	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.490;NF=7;NR=8;PP=469;ReadPosRankSum=0.391;SC=CGTTGCCTTGGGTTTTGTTTT;SOR=0.582;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=15;WE=53727153;WS=53727135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr19	53727282	rs11084227	A	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=19;PP=678;SC=CAAAGGGGTAAGACCTCCAGC;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=53727290;WS=53727272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	53727392	rs10401578	T	C	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=20;PP=1203;SC=CTGTCAAATCTTCATAGTAAT;SOR=1.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=56;WE=53727400;WS=53727382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	53727573	rs12985503	A	G	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=55;PP=1975;SC=AGTAGTGCAGACCTGAATGTG;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=102;WE=53727581;WS=53727563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	53727591	rs10401984	T	C	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.98;QD=43.51;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	53727591	.	TCA	CCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=53.35;NF=36;NR=49;PP=2947;QD=20;SC=GTGATACTTTTCAACTGGCTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=85;WE=53727601;WS=53727581;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,85:0.94:90
chr19	53727593	rs11673594	A	G	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.79;QD=45.45;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	53727644	rs12972588	T	C	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=40;PP=1454;SC=CATATACTCTTATTGGAGGTA;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=53727652;WS=53727634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	53727909	rs34436799	CAT	C	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.169;NF=5;NR=9;PP=515;ReadPosRankSum=-0.769;SC=CAATTCCTCACATGTCTTCCG;SOR=0.557;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=14;WE=53727918;WS=53727899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr19	53728096	rs7248561	A	G	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.41;QD=43.52;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	53728105	rs7248883	G	C	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.91;QD=41.55;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	53728160	rs7248781	C	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	53728218	rs11666631	G	C	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=472;SC=TTTGCTTTAGGGGGGTTATAC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=53728226;WS=53728208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	53728280	rs7248812	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=313;SC=ACTTCATGTAAAGCATCAGAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=53728288;WS=53728270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	53740822	rs8113436	T	C	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=33;PP=1392;SC=GGCTTGAACGTTCAGCAAAGG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=53740830;WS=53740812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	53741068	rs12984188	C	T	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=49;PP=1615;SC=TAGTGAGGTTCGAACACTGGT;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=93;WE=53741076;WS=53741058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	53741188	rs12984473	C	T	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=28;PP=982;SC=AGTCATTACACTTGTATGATT;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=53741196;WS=53741178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	53741478	.	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=0.874;SC=TTTAACAAATTCCTTATAAAT;SOR=0.697;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=13;WE=53741486;WS=53741468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr19	53754736	rs2965240	T	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=11;PP=616;SC=GTCCAAAATATGGCATTTCAG;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=53754744;WS=53754726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	53760758	rs17305059	T	G	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=36;PP=1144;SC=ACAACTCGTGTTGCCATGCAG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=53760766;WS=53760748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	53762535	.	C	T	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,112:0.59:189
chr19	53762535	.	CTC	TTT	1211	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=42;NR=32;PP=1211;QD=17.0874037144;SC=TAGGAACAATCTCTACCCCAA;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=74;WE=53762545;WS=53762525;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr19	53762537	rs12609049	C	T	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.00;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	53770893	.	C	T	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.031;NF=17;NR=24;PP=553;ReadPosRankSum=1.139;SC=TAAGATCATTCCCACTGCCAC;SOR=0.635;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=41;WE=53770901;WS=53770883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,78:0.55:143
chr19	53784753	.	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr19	53793042	rs8109165	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=4.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.254;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,85:0.40:215
chr19	53793574	rs2865248	A	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=657;ReadPosRankSum=0.145;SC=GCTCTTTGTTAACGGAGTACA;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=37;WE=53793582;WS=53793564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
chr19	53802337	rs1965725	A	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQRankSum=-3.652;QD=4.31;ReadPosRankSum=-2.111;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr19	53802342	rs1965724	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-3.522;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr19	53803080	rs140380971	C	T	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.906;NF=31;NR=30;PP=735;ReadPosRankSum=1.242;SC=GTAACGTCCCCGCCATGTCCC;SOR=0.607;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=61;WE=53803088;WS=53803070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,64:0.37:173
chr19	53818564	rs73055190	C	T	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.112;NF=21;NR=23;PP=669;ReadPosRankSum=-1.456;SC=CTTAGCTCTCCGCTGTAAAGG;SOR=0.489;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=44;WE=53818572;WS=53818554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,68:0.48:143
chr19	53818603	rs10439122	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.356;NF=18;NR=17;PP=481;ReadPosRankSum=-0.813;SC=AGCTTTTGGGGTTAGATATTT;SOR=0.490;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=35;WE=53818611;WS=53818593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,46:0.40:114
chr19	53849446	rs4803089	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=261;SC=TCTGTTTCATGTTATCTGTAT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=53849454;WS=53849436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	53849599	rs8108958	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.911;NF=9;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=0.324;SC=GCAGCAGTGCCGTATGTGATC;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=19;WE=53849607;WS=53849589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr19	53849632	rs11406858	G	GC	1149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=933;SC=AGCCGGCTTCGCTCTCGTGCT;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=53849640;WS=53849622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr19	53856349	rs55874600	A	T	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.488;NF=37;NR=45;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.600;SC=AGTGTAATGAATGTGGCAAGA;SOR=0.831;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=193;TCF=93;TCR=100;TR=82;WE=53856357;WS=53856339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,117:0.47:247
chr19	53875494	rs7252803	A	T	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=736;ReadPosRankSum=0.061;SC=CTCTTGGTACATGAGGAAGAA;SOR=0.758;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=50;WE=53875502;WS=53875484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,63:0.55:114
chr19	53875523	rs7253268	G	A	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=735;ReadPosRankSum=0.799;SC=AAGGAAAGCAGAGGAGTCAGG;SOR=1.013;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=58;WE=53875531;WS=53875513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,80:0.52:155
chr19	53875569	rs7253278	G	A	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=871;ReadPosRankSum=1.164;SC=TATTCTCAGTGGATTGTTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=62;WE=53875577;WS=53875559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,92:0.52:176
chr19	53905129	rs111753331	TA	T	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.045;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr19	53905278	.	C	T	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.318;NF=34;NR=27;PP=858;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GATAAGAACTCCTCCCATAAC;SOR=0.658;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=61;WE=53905286;WS=53905268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,90:0.47:193
chr19	53905469	rs3975046	A	G	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-0.800;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,89:0.60:148
chr19	53905501	.	CTTTTTTT	C	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=9.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=2.710;SOR=2.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr19	53905578	rs2617638	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=15;PP=294;ReadPosRankSum=0.588;SC=GGCATGATCTCGGCTCACGGC;SOR=1.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=16;WE=53905586;WS=53905568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr19	53910912	rs2061773	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr19	53911973	rs10425136	A	G	4621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.335;NF=65;NR=82;PP=2367;ReadPosRankSum=0.912;SC=TAATGAGTGTAGCAAGACCTT;SOR=0.808;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=303;TCF=146;TCR=157;TR=147;WE=53911981;WS=53911963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,216:0.53:409
chr19	53912242	rs10426347	G	A	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.406;NF=39;NR=57;PP=1428;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TCAGCCGGACGTCATCCCTTA;SOR=0.886;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=205;TCF=92;TCR=113;TR=96;WE=53912250;WS=53912232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,157:0.50:314
chr19	53926318	rs36087592	T	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQRankSum=0.861;QD=16.41;ReadPosRankSum=0.633;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr19	53926320	rs34818233	T	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQRankSum=0.861;QD=16.41;ReadPosRankSum=0.385;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr19	53958126	rs2708743	T	G	6745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=87;PP=2965;SC=TTGACAGGTATTACAGAACGA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=92;TCR=87;TR=179;WE=53958134;WS=53958116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr19	53958263	rs1984432	G	A	8589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=100;PP=2965;SC=TGTGAAGTCTGTCCACGATGC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=204;WE=53958271;WS=53958253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr19	53959343	rs2708742	G	A	9826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=122;NR=122;PP=2965;SC=TAATGAGTGCGGCAAGACCTT;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=123;TCR=122;TR=244;WE=53959351;WS=53959333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr19	53959568	rs2617726	G	C	9740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=128;PP=2965;SC=TCATACTGAAGAGAATCCTTA;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=132;TCR=128;TR=260;WE=53959576;WS=53959558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr19	53959895	.	C	T	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1534;ReadPosRankSum=1.339;SC=CCATAGACTTCATACTGGAGA;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=122;TCR=117;TR=104;WE=53959903;WS=53959885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,154:0.44:353
chr19	53983591	.	C	CATA	112	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=56.96;NF=0;NR=7;PP=112;QD=22.1428571429;SC=GAGCCCAATGCATGTCTTTAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=7;WE=53983599;WS=53983581;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,7:0.21:34
chr19	53991335	rs2617675	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.356;NF=4;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CTGGAGTGCAGTGGCACAATC;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=53991343;WS=53991330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	53993764	rs12609217	A	T	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1238;ReadPosRankSum=1.872;SC=ATTGATAAAGATATTCATAAC;SOR=0.637;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=103;TCR=78;TR=86;WE=53993772;WS=53993754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,118:0.42:281
chr19	53995004	rs2708845	G	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.138;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.565;NF=23;NR=36;PP=848;ReadPosRankSum=-3.322;SC=GTTTTAATCGGAAAACACACC;SOR=1.007;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=59;WE=53995012;WS=53994994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,87:0.45:194
chr19	54007145	rs72487103	G	A	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=2.041;NF=30;NR=31;PP=945;ReadPosRankSum=3.715;SC=ATACTGTTCTGCTGCTGATCA;SOR=0.488;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=61;WE=54007153;WS=54007135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,79:0.96:82
chr19	54072757	rs3746304	C	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=572;SC=TGTTTCCCAGCTCTTTCTATT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=54072765;WS=54072747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	54072782	rs3746303	T	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=374;SC=TGAATGATAATGCCACGTAGC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=54072790;WS=54072772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	54080144	rs8109631	A	G	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr19	54183313	rs111630758	G	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=290;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TCTTGGTAACGCATTTGCAGA;SOR=0.607;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=20;WE=54183321;WS=54183303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr19	54185311	rs28653280	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=261;ReadPosRankSum=-2.092;SC=CAGGCATGAGCCACTGCGCCC;SOR=0.433;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=23;WE=54185319;WS=54185301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr19	54185492	rs75598818	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=-1.460;SC=GAGGGTTACCGTTTGGGAAAA;SOR=0.359;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=22;WE=54185500;WS=54185482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr19	54188219	rs2060230	G	A	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr19	54209679	rs7251827	T	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.691;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr19	54211903	rs7256241	T	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr19	54214334	.	GG	AA	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.166;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=957;ReadPosRankSum=0.423;SC=GGAGTGTTACGGTTTGAGAAA;SOR=1.164;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=28;WE=54214343;WS=54214324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr19	54215465	rs4803166	C	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=194;ReadPosRankSum=0.021;SC=AGCCGAGATCCCACCACCGCA;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=18;WE=54215473;WS=54215455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr19	54216777	rs5828551	T	TTTTG	2511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=33;PP=1650;SC=GAGTCTGTTTTTTTGTTTGTT;SOR=1.316;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=36;WE=54216785;WS=54216767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	54216813	rs2865855	A	T	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;QD=26.66;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	54219769	rs4801998	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=364;ReadPosRankSum=0.502;SC=GGGCCAATACGTGCATCTTTA;SOR=0.523;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=23;WE=54219777;WS=54219759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr19	54220019	rs11306531	GT	G	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr19	54220111	.	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=9.631;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=1.691;SC=TGGTCCTCTTTTTTGGGACAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=54220119;WS=54220101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr19	54224191	rs12973211	A	G	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=5;PP=807;SC=GCTTGAACCCAGGAGGCGGAG;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=54224199;WS=54224181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	54224285	rs58416318	CA	C	3945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.42;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	54228742	rs10670323	G	GAAAGA	933.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.225;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.583;NF=0;NR=12;PP=595;ReadPosRankSum=-0.023;SC=TGTGTTTTGTGAAAGAAAGTG;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=12;WE=54228750;WS=54228732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr19	54234353	rs4470257	A	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=532;ReadPosRankSum=1.000;SC=GAAAAACAACACTGAAGCTGA;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=38;WE=54234361;WS=54234343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr19	54238034	rs7255175	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=285;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CAGAAAACAGGCAAACAGGAC;SOR=1.287;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=19;WE=54238042;WS=54238026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr19	54238067	.	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr19	54242768	.	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=-0.448;SC=TTCATTCTAAGACAGGATCTC;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=17;WE=54242776;WS=54242758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr19	54255878	rs56196717	GTTT	G	869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=33.45;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	54257185	rs611356	C	G	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.15;QD=45.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	54257190	rs62144158	AC	GA	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.16;QD=44.58;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	54261507	.	G	A	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.695;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
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chr19	54308554	rs4806773	C	T	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	54308775	.	C	CTTT	129.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr19	54313058	rs139082917	C	T	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1296;ReadPosRankSum=-1.010;SC=TCCTGGATCTCGTACAAGCAG;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=187;TCF=101;TCR=86;TR=91;WE=54313066;WS=54313048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,156:0.50:312
chr19	54314585	rs6509827	G	A	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=533;SC=CTCATCAGCAGCCTCTAATGA;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=54314593;WS=54314575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	54327440	rs4539722	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=401;ReadPosRankSum=1.198;SC=GGGGTGCCGTGAGCCCCAAAG;SOR=0.927;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=28;WE=54327448;WS=54327430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr19	54385437	rs307942	A	C	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=15;PP=1085;SC=CGCCTCCCCCAACCCGGGGCT;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=54385445;WS=54385427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	54385820	rs2547362	C	T	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=86;PP=2498;SC=GAAAGGGGGCCCTGAGGCAGA;SOR=1.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=32;TCR=87;TR=118;WE=54385828;WS=54385810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	54387313	rs307956	A	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=8;PP=362;SC=TGGTTTTCTCAGTGTCCGAGT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=54387321;WS=54387303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	54393069	.	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=534;ReadPosRankSum=1.102;SC=GAAATGCCCGGGATGGGGTGG;SOR=0.593;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=36;WE=54393077;WS=54393059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr19	54394965	rs3745406	T	C	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,104:0.55:188
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chr19	54401546	.	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.903;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=198;ReadPosRankSum=0.671;SC=TCTCCTTGAGGGGACGGGCGG;SOR=2.645;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=12;WE=54401554;WS=54401542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr19	54409783	rs73603631	G	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;ReadPosRankSum=0.871;SC=CAATATACCTGTATGTGGGGG;SOR=0.089;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=12;WE=54409791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr19	54445594	rs11324363	AG	A	3743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.248;NF=3;NR=77;PP=2106;ReadPosRankSum=1.356;SC=TCCTCGTCTTAGGGGGGTCTC;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=5;TCR=143;TR=80;WE=54445602;WS=54445584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,143:0.57:253
chr19	54483335	.	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=7.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=1.660;SOR=2.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr19	54483337	rs202060954	T	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.810;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr19	54483339	rs12979538	T	C	1157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=1033;ReadPosRankSum=-1.227;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC;SOR=1.426;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=42;WE=54483347;WS=54483325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr19	54502791	rs158199	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=280;ReadPosRankSum=-1.203;SC=CTCTCGTCCCGAATCTTACAT;SOR=0.820;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=19;WE=54502799;WS=54502781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr19	54515173	rs113483278	C	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr19	54515580	rs79135916	C	T	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=838;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TACACGCCTGCCTCCTGTCCC;SOR=1.400;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=57;WE=54515588;WS=54515570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,67:0.54:125
chr19	54544189	rs2303558	C	T	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	54545186	rs73058793	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.892;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr19	54545274	rs67563163	G	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GAGGGCAATGGAGGGGAGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=8;WE=54545282;WS=54545264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr19	54551579	.	A	C	143.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.00;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr19	54554942	rs4442924	C	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.37;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr19	54561493	.	T	TAAAAAAAAAA	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-2.244;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
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chr19	54604319	rs7253859	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AATACTAGTCAGGAGGTGGAG;SOR=0.096;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=9;WE=54604327;WS=54604309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr19	54606405	rs254259	T	C	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=741;ReadPosRankSum=-1.171;SC=GGGTGACGCTTCTTGCCACCC;SOR=0.461;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=48;WE=54606413;WS=54606395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,74:0.47:156
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chr19	54609170	rs254256	A	G	4060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,108:0.43:252
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chr19	54609746	rs8100254	G	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr19	54611287	rs621147	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
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chr19	54611734	rs75622830	A	G	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,65:0.57:114
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chr19	54627039	rs35291886	GCACA	G	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.978;NF=7;NR=9;PP=672;ReadPosRankSum=-0.680;SC=ATACACACATGCACACACACA;SOR=0.767;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=16;WE=54627050;WS=54627029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr19	54627097	rs2303557	T	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=20;PP=1110;SC=AGGCGGGAGATCCAGGAGGCT;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=54627105;WS=54627087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	54627915	rs11556769	C	T	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1348;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CCAAGATGCCCGCCTGCAACA;SOR=0.862;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=85;WE=54627923;WS=54627905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,130:0.50:258
chr19	54628075	rs76781318	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=489;ReadPosRankSum=0.888;SC=CGGCCCCCCTGGAGCCTTCCG;SOR=4.933;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=24;WE=54628083;WS=54628065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr19	54631378	rs171703	T	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	54631381	rs45513391	G	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	54631877	.	T	TC	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TGCCCCAGCCTCCTCCCCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=54631888;WS=54631867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr19	54631880	rs74716353	T	C	363.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=230;SC=CCCAGCCTCCTCCCCCCCGGC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=54631888;WS=54631867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	54632352	rs608608	C	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=2;PP=252;SC=GCTGGGCTTCCGGCTGGTGGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=54632360;WS=54632342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	54632423	rs655240	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=714;SC=CGCCTCCTCTTCCCCCTAGAT;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=54632431;WS=54632413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	54634830	rs62144168	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=324;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TCCTCAAGGTCAAGGGCGAGA;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=26;WE=54634838;WS=54634820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr19	54646784	.	C	T	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,75:0.60:124
chr19	54647078	rs34281370	T	TGG	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-1.687;SC=GGGTAGGGGTTGGGGGGGGTC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=4;WE=54647086;WS=54647068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr19	54652203	rs43211	T	C	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.245;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=1247;ReadPosRankSum=1.151;SC=GCAGCGGAGGTGGAGGGAGCA;SOR=0.428;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=65;WE=54652211;WS=54652193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr19	54653572	rs36661	C	T	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=56;PP=1631;SC=GCTGCACCCCCTGCCCCCACC;SOR=1.222;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=86;WE=54653580;WS=54653562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	54653597	rs1611078	CTT	C	3492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=43;PP=1981;SC=TTCTGGATCTCTTTCTCTGGC;SOR=1.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=46;WE=54653606;WS=54653587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	54656766	.	G	GC	2184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.319;NF=18;NR=32;PP=1270;ReadPosRankSum=1.058;SC=GCAGCCTCGGGCCCCCCGGCT;SOR=0.615;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=50;WE=54656774;WS=54656756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,93:0.51:183
chr19	54657069	rs42318	C	T	7824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=89;PP=2965;SC=CTCTGCTCATCGGCACATTCT;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=117;TCR=89;TR=205;WE=54657077;WS=54657059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr19	54657877	rs4806718	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=384;ReadPosRankSum=0.389;SC=GCACACTCGCTTGGGGTGTGG;SOR=0.563;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=25;WE=54657885;WS=54657867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr19	54664209	rs36657	G	C	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	54664752	rs36656	A	C	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=56;PP=2022;SC=ATGGACCACAAAGCTTAGAAG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=108;WE=54664760;WS=54664742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	54665970	rs36655	C	T	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=37;PP=1000;SC=CCTGGAACTCCTGGGTCCCCG;SOR=1.488;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=53;WE=54665978;WS=54665960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	54667709	rs33938391	CTT	C	394.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;MQRankSum=0.500;QD=19.71;ReadPosRankSum=-1.266;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr19	54667748	rs36654	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=16;PP=467;SC=TCGCTCTGTTGCCCAGCCTAG;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=54667756;WS=54667738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	54668392	rs113570942	G	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=539;ReadPosRankSum=0.867;SC=GGGCCTCCCGGTTCCCCAGGT;SOR=1.056;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=33;WE=54668400;WS=54668382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr19	54668487	rs36653	C	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=473;SC=TGGTTCCACCCGCTCCAGGAA;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=54668495;WS=54668477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	54672226	.	GA	AT	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.62;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
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chr19	54676814	.	G	GC	2944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.210;NF=2;NR=41;PP=1789;ReadPosRankSum=-1.544;SC=TTCTTCCATGGCCCAGGCTGG;SOR=0.523;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=43;WE=54676822;WS=54676804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr19	54677759	rs4806721	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=294;SC=GGAGCTTCTCTGGGGCAAGGC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=54677767;WS=54677749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	54687334	rs254283	C	G	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=715;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CGGGAACACACAACAGGCACT;SOR=1.038;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=44;WE=54687342;WS=54687324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,67:0.44:154
chr19	54691225	rs1865961	T	C	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=22;PP=823;SC=GCCTTGGCCATTCACTCCACG;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=54691233;WS=54691215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	54694334	rs16985457	G	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=0.361;SC=TGGACGGCGGGTGTCCAGGGG;SOR=0.864;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=14;WE=54694342;WS=54694324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr19	54697079	rs7595	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=10;PP=536;SC=GCTGGGCCCCCGAGGACACCA;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=29;WE=54697087;WS=54697069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	54697602	rs36622	G	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=356;SC=GGCCTGGAGGGGGGGGACTGA;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=54697610;WS=54697592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	54705182	rs2304525	G	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=285;ReadPosRankSum=2.533;SC=AAGTGGTTCGGCTTCCGGGAG;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=21;WE=54705190;WS=54705172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr19	54705207	rs36615	G	A	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=20;PP=898;SC=TTAGCACGTGGATGAAGGTGC;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=54705215;WS=54705197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	54705619	rs36614	A	G	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=37;PP=1030;SC=GGCACTTGTGAAGTAGGAAAA;SOR=1.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=54705627;WS=54705609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr19	54723738	rs255772	G	C	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.897;NF=10;NR=14;PP=621;ReadPosRankSum=1.695;SC=CCTCACTCACGATTCTGAGGG;SOR=0.601;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=24;WE=54723746;WS=54723728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
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chr19	54756024	rs405443	A	C	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=462;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GAGACTTCTCAGTCCTGCCAG;SOR=0.667;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=40;WE=54756032;WS=54756014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,83:0.53:157
chr19	54756118	rs405152	A	G	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=39;PP=1125;SC=GGTTCAGACCACCTCCCCCTT;SOR=2.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=54756126;WS=54756108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	54756142	rs72087	T	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.065;HP=7;HapScore=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=793;ReadPosRankSum=0.979;SC=CCCAGACCCCTCCCAGCCTGT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=18;WE=54756163;WS=54756132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
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chr19	54756302	rs415860	A	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=11;PP=673;SC=GGGCAGTGAGAGGGCTGTGCG;SOR=1.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=54756310;WS=54756292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr19	54759361	rs12975366	T	C	3726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=55;PP=1454;ReadPosRankSum=0.551;SC=ATAGCCGACATCAGAGCGACA;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=98;TCR=111;TR=104;WE=54759369;WS=54759351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,188:0.51:369
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chr19	54779805	.	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.628;NF=19;NR=14;PP=408;ReadPosRankSum=-1.919;SC=GGGGTCTCACCCGAGTGTCCA;SOR=0.887;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=33;WE=54779813;WS=54779795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr19	54780197	.	C	G	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.350;NF=19;NR=24;PP=626;ReadPosRankSum=1.583;SC=GTATGGGCCACGAGCAGGTGG;SOR=0.811;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=43;WE=54780205;WS=54780187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,69:0.56:123
chr19	54781235	.	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GAGCTGAAAGGAACTTTCCCA;SOR=0.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=54781243;WS=54781228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr19	54781466	rs3859538	C	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.600;NF=6;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-1.239;SC=TGGGTCAGGACGGGGAGGTGA;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=13;WE=54781474;WS=54781456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr19	54781509	rs1808548	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.331;NF=10;NR=7;PP=282;ReadPosRankSum=1.694;SC=CACATCAGCCCGGCTGCTCCT;SOR=0.803;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=17;WE=54781517;WS=54781499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr19	54781541	rs450937	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.354;NF=11;NR=15;PP=1515;ReadPosRankSum=-0.945;SC=GGCCCCAACACTTCTCTCTGC;SOR=0.868;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=26;WE=54781565;WS=54781536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr19	54781554	rs451000	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=6.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-5.256;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.307;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr19	54781557	rs400942	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=6.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQRankSum=-5.063;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr19	54781843	rs4022330	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TTCCTGAAGTCTCCACCTCAA;SOR=0.458;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=9;WE=54781851;WS=54781833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr19	54782407	rs1128646	C	T	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=1630;ReadPosRankSum=0.731;SC=GGGTGTGCCACGGATCTGTCC;SOR=0.728;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=109;TCF=32;TCR=77;TR=47;WE=54782428;WS=54782397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,84:0.47:177
chr19	54782420	rs11666104	G	A	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.96;MQRankSum=0.010;NF=7;NR=30;PP=1630;ReadPosRankSum=0.486;SC=ATCTGTCCTGGAGAGAAGAAG;SOR=0.650;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=85;TCF=20;TCR=65;TR=37;WE=54782428;WS=54782397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr19	54782704	rs7247451	G	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=12.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQRankSum=-5.183;QD=16.09;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=3.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr19	54782710	rs7247208	A	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=21.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQRankSum=-5.279;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.361;SOR=3.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr19	54782724	rs7247538	G	A	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.904;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.536;NF=25;NR=2;PP=1371;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GAGAGGTTGTGTGCACCGTAG;SOR=2.179;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=27;WE=54782732;WS=54782694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr19	54782919	rs386056	C	T	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=811;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CCAGGGGCCACGACAGGACCC;SOR=0.530;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=63;WE=54782927;WS=54782909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,118:0.56:212
chr19	54783375	rs373032	T	A	8799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=122;NR=123;PP=2965;SC=GTGGGTGTTCTTCTTCTCCTT;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=122;TCR=124;TR=245;WE=54783383;WS=54783365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr19	54783521	rs383925	C	T	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.530;NF=14;NR=39;PP=830;ReadPosRankSum=1.351;SC=GAAGGAGGCACCGTGTTAAAT;SOR=0.654;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=96;TCF=23;TCR=73;TR=53;WE=54783529;WS=54783511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,78:0.53:146
chr19	54783923	rs366337	A	G	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=49;PP=1489;SC=TGGGCTTGGGAATGGTCCCTG;SOR=1.167;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=78;WE=54783931;WS=54783913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	54786022	rs4112253	G	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr19	54797848	rs103294	C	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,61:0.45:136
chr19	54800222	rs368178	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.09;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	54800225	rs368177	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.22;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr19	54823630	.	C	T	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.308;NF=30;NR=18;PP=671;ReadPosRankSum=-1.950;SC=TCCTGGGGCCCAGACTCAGCC;SOR=0.533;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=48;WE=54823638;WS=54823620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,66:0.54:123
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chr19	54876324	rs3745441	T	C	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=26.09;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr19	54930227	.	A	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=277;ReadPosRankSum=0.466;SC=CCGACCCCCCAGCCACGCAGG;SOR=0.318;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=17;WE=54930235;WS=54930217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr19	54932733	rs1077829	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.889;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=347;ReadPosRankSum=0.277;SC=ACCCAACCCCCGACCCTGGCT;SOR=0.160;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=25;WE=54932741;WS=54932723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr19	54940303	rs3745428	T	A	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=317;SC=CCAGATGTCCTGCTGGACATC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=54940311;WS=54940298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	54946784	rs3745420	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=157;ReadPosRankSum=0.080;SC=TCTTCCTGCTACTCTTCTCCC;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=14;WE=54946792;WS=54946774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr19	54947715	rs190614969	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=-0.170;SC=AGACAGCCTCGCCTCGCACCC;SOR=0.776;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=11;WE=54947723;WS=54947705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr19	54962374	rs1035450	A	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=17;PP=802;SC=TTTTCTGCCCAGCTTCTCTTG;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=48;WE=54962382;WS=54962364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	54962467	rs1035451	G	A	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=42;PP=1619;SC=TTTCTCATAGGCAGTGAAAAA;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=89;WE=54962475;WS=54962457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	54962579	rs1035452	C	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	54963482	.	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=1.372;SC=CCCTGAGCCAGAGGTTGTGGG;SOR=0.412;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=13;WE=54963490;WS=54963472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr19	54963813	rs3841263	CCT	C	1600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=982;ReadPosRankSum=1.736;SC=GGCACATGTGCCTCTCTGCTT;SOR=0.464;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=23;WE=54963822;WS=54963803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr19	54964019	rs963352	C	T	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=655;SC=GGGATGGGGCCGGGTGGTGGA;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=54964027;WS=54964009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	54965527	rs7247170	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=433;SC=CTGTGACCACCGCGTCCTCAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=54965535;WS=54965522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	54965860	rs3813148	G	A	9735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=131;PP=2965;SC=ACCGCATGAAGCGTAAGTTGG;SOR=0.982;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=77;TCR=131;TR=208;WE=54965868;WS=54965850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr19	54965889	rs3813147	G	C	5769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=104;PP=2698;SC=CGTGGAGGTCGGAGCGGTTGG;SOR=1.219;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=54;TCR=106;TR=157;WE=54965897;WS=54965879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	54965907	rs3813146	C	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.000;NF=18;NR=46;PP=994;ReadPosRankSum=-1.665;SC=TGGGCCCTCACAAGAGCTCCT;SOR=1.052;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=127;TCF=41;TCR=86;TR=64;WE=54965915;WS=54965897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,82:0.49:166
chr19	54966579	rs889147	C	G	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=59;PP=1879;SC=CTGGGAAGCCCGATGACTGGC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=111;WE=54966596;WS=54966569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	54969075	rs45605939	C	T	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=786;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TCCTGCCTCCCGCTCCTTGTG;SOR=0.591;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=51;WE=54969083;WS=54969065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,89:0.52:170
chr19	54971229	rs3745437	T	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=7;PP=403;SC=CACCTTCCCCTCAAGGAGGCT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=54971237;WS=54971219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	54972028	.	C	G	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=887;ReadPosRankSum=-0.285;SC=CTTCCTAGAGCCCCTGGGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=65;WE=54972036;WS=54972018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,93:0.50:186
chr19	54973280	rs10423424	C	G	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=46;PP=1573;SC=TCACTCCAGGCGGATCTCAGC;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=85;WE=54973288;WS=54973270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	54973988	rs140013148	GCCT	G	7192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=50;PP=2974;SC=TGGCTTCAGTGCCTCCTCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=69;WE=54973998;WS=54973978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	54974318	rs10406453	T	C	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=44;PP=1290;SC=AAGGCGGCCATGGAAGCGGAA;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=82;WE=54974326;WS=54974308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	54974774	rs1981829	A	T	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=44;SC=GCGGCTCCCCATGGATGCACC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=54974782;WS=54974764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	55009497	rs3865495	A	C	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5018;FS=2.995;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.279;NF=23;NR=42;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CTGCTACCACACCACCCTCAG;SOR=1.078;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=65;WE=55009505;WS=55009487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,103:0.80:128
chr19	55014031	rs59342471	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=344;ReadPosRankSum=0.549;SC=AGAAAGCTCTCCCTCTTGTGT;SOR=1.670;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=22;WE=55014039;WS=55014021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr19	55014088	rs2042287	C	T	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.023;NF=38;NR=20;PP=830;ReadPosRankSum=0.354;SC=CCCCGGCCAGCACATCCTGTC;SOR=0.950;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=58;WE=55014096;WS=55014078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,87:0.50:174
chr19	55014172	rs73070113	A	T	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=892;ReadPosRankSum=1.259;SC=GGCCTAGGTGAGTCCTGGAGG;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=73;WE=55014180;WS=55014162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,123:0.57:217
chr19	55044228	rs10553990	TTC	T	2573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	55044241	rs74177858	C	CT	568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr19	55048270	rs17606836	C	T	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	55049066	.	G	A	111.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.70;QD=15.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	55049088	rs10632924	A	AAAAGAAAG,AAAAGAAAGAAAG	1320.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=63.28;QD=52.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,13:0.48,0.52:25
chr19	55049212	.	C	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=-0.355;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,69:0.44:158
chr19	55049332	rs62131630	G	C	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=22;PP=528;SC=CCATGACCCTGGGCTAGGCAG;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=55049340;WS=55049322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	55053911	rs7251007	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.858;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr19	55085715	.	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.142;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=153;ReadPosRankSum=2.016;SC=GCTGAGAGCTGAGATCTGTTG;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=12;WE=55085723;WS=55085705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr19	55098459	.	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=263;ReadPosRankSum=-1.940;SC=GGCTCTTCTCCACTGTTTTGA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=17;WE=55098467;WS=55098449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr19	55107099	.	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.442;NF=19;NR=10;PP=448;ReadPosRankSum=-0.042;SC=AGCACCTTTTCCCAGGTGTTT;SOR=1.044;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=29;WE=55107107;WS=55107089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr19	55112145	.	C	T	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.070;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=925;ReadPosRankSum=1.322;SC=TCTGTGACCTCTTTGCCCACC;SOR=0.407;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=58;WE=55112153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,85:0.57:149
chr19	55142101	rs3760861	G	A	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.913;NF=36;NR=20;PP=755;ReadPosRankSum=0.693;SC=ACCCCACAACGCTGAGCTGAT;SOR=0.957;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=56;WE=55142109;WS=55142091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,80:0.57:141
chr19	55142377	.	G	A	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=998;ReadPosRankSum=-2.480;SC=CCTGGGGAGGGCAGTTCCACT;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=71;WE=55142385;WS=55142367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,109:0.61:178
chr19	55142930	rs3843752	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=431;ReadPosRankSum=0.019;SC=AGTTAGAATCCGACTCCTGAT;SOR=0.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=24;WE=55142938;WS=55142920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr19	55143083	rs1061679	T	C	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.538;NF=45;NR=39;PP=1237;ReadPosRankSum=-1.148;SC=AAAACAGCACTCTGGATTACA;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=91;TCR=82;TR=84;WE=55143091;WS=55143073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,121:0.48:251
chr19	55143156	rs12462774	TG	CA	4777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.783;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.221;NF=37;NR=39;PP=2586;ReadPosRankSum=1.769;SC=CCTGGGAACATGCAGGGCGGT;SOR=0.423;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=161;TCF=68;TCR=93;TR=76;WE=55143165;WS=55143146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,125:0.49:255
chr19	55143452	rs1061680	T	C	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.406;NF=51;NR=43;PP=1363;ReadPosRankSum=0.240;SC=GGGAATGTAATCCTCCAGTGT;SOR=0.709;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=172;TCF=96;TCR=76;TR=94;WE=55143460;WS=55143442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,132:0.50:263
chr19	55143491	rs1061681	G	T	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.387;NF=57;NR=48;PP=1505;ReadPosRankSum=0.031;SC=GATGGCTTCAGTCTGTGTAAG;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=106;TCR=90;TR=105;WE=55143499;WS=55143481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,151:0.51:294
chr19	55175009	rs11540761	G	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.999;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr19	55175117	.	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr19	55175596	rs3050015	T	TGTGGGAG	6078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=42;PP=2969;SC=CTGGGGATGATGTGGGAGCCC;SOR=0.937;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=69;WE=55175604;WS=55175586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	55175740	rs3745871	C	T	8483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=95;PP=2965;SC=TGGACACTTTCCTTCTGATCA;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=101;TCR=95;TR=196;WE=55175748;WS=55175730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	55176262	rs731170	A	G	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=39;PP=1348;SC=TCCTTGGAGGATCCCAGGCCC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=55176270;WS=55176252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	55176535	rs1925241	C	T	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=14;PP=529;SC=CGAGCTGATGCGGGGAGCAGG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=55176543;WS=55176525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	55178090	.	G	A	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=716;ReadPosRankSum=-2.089;SC=GGACCAGCAGGAATGAGAGGT;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=53;WE=55178098;WS=55178080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,90:0.49:185
chr19	55266447	rs2916031	A	G	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=23.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	55266479	.	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.47;MQRankSum=-1.662;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr19	55278607	rs2365247	C	T	5689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=53;PP=2757;SC=TCCTGGAAAACGTGAGCACCC;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=94;TCR=53;TR=147;WE=55278615;WS=55278597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	55278635	.	C	T	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.885;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=3.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-2.051;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,141:0.50:283
chr19	55278656	.	G	A	3371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.714;NF=63;NR=55;PP=1758;ReadPosRankSum=-0.107;SC=GGACTCTGATGAACAAGACCC;SOR=0.545;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=232;TCF=130;TCR=102;TR=118;WE=55278664;WS=55278646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,163:0.50:325
chr19	55278805	rs34684434	A	C	10178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=133;PP=2965;SC=CCAGATCCAAAGTTGTCTCCT;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=106;TCR=133;TR=239;WE=55278813;WS=55278795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr19	55278865	rs35075966	C	T	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=94;PP=2333;SC=AGGGAGACAACAGCCCTGTCT;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=45;TCR=94;TR=139;WE=55278873;WS=55278855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	55281368	rs4806554	T	C	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.88;QD=42.39;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	55281368	.	TGA	CGC	747	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=21;MQ=49.28;NF=21;NR=27;PP=747;QD=16.6764140596;SC=AGGGAGGGAGTGAGGGGATGG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=48;WE=55281378;WS=55281358;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr19	55281370	rs4806555	A	C	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.52;QD=44.79;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	55284858	rs116929762	G	A	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.78;QD=26.42;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	55286757	.	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.46;MQRankSum=-1.718;QD=24.40;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr19	55286760	.	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.74;MQRankSum=-2.189;QD=17.08;ReadPosRankSum=-2.823;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr19	55286767	.	G	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=13.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.22;MQRankSum=2.050;QD=6.30;ReadPosRankSum=2.980;SOR=0.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr19	55286770	.	C	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=10.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.13;MQRankSum=1.963;QD=4.83;ReadPosRankSum=3.057;SOR=0.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr19	55286772	.	AAG	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.890;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.32;MQRankSum=1.897;QD=2.70;ReadPosRankSum=3.077;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr19	55286775	.	G	GCA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=8.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.49;MQRankSum=1.878;QD=2.49;ReadPosRankSum=3.097;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr19	55286795	rs12982263	T	C	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=6;PP=873;SC=CATTCCAGGCTGACTTTCCTC;SOR=1.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=55286803;WS=55286785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	55286822	rs28465191	C	A	5570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=8.882;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.86;MQRankSum=-0.100;QD=43.86;ReadPosRankSum=1.279;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr19	55286828	rs376821145	G	A	5909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=4.363;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.00;MQRankSum=1.625;QD=41.62;ReadPosRankSum=0.708;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr19	55286864	rs77397437	A	C	5294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=1.139;NF=70;NR=41;PP=1929;ReadPosRankSum=-1.439;SC=ATGACTCTCCATACGAGTGGT;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=111;WE=55286872;WS=55286854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr19	55287015	rs367995568	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.13;QD=43.51;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	55287019	rs371816488	G	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.13;QD=43.51;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	55294252	rs143941985	C	T	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.26;QD=28.21;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	55294927	.	A	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=31;PP=1414;SC=GTTGACTTCCATCTTCTACAG;SOR=0.972;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=88;WE=55294935;WS=55294917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	55297955	rs4806560	T	C	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.76;QD=24.63;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	55301688	.	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.49;QD=24.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	55315307	rs112963206	C	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQRankSum=-2.492;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.985;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr19	55317456	rs149046820	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.08;MQRankSum=0.566;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr19	55328917	rs12983499	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.31;MQRankSum=-0.471;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.970;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr19	55328959	rs149236621	G	T	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	55329901	.	A	G	345	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=48.78;NF=19;NR=15;PP=345;QD=11.1697415455;SC=CAGAATCCACATTCCCATCTT;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=34;WE=55329909;WS=55329891;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:81,34:0.30:115
chr19	55329922	rs1049150	A	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-10.499;NF=21;NR=19;PP=463;ReadPosRankSum=-2.508;SC=CCATGGCAGAATATTCCAGGA;SOR=1.178;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=40;WE=55329930;WS=55329912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,34:0.21:160
chr19	55331177	.	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.534;NF=20;NR=1;PP=386;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GGAAACCACAGAAAACCTTCC;SOR=0.793;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=21;WE=55331185;WS=55331167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr19	55333096	rs181336705	T	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQRankSum=-0.849;QD=14.70;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr19	55333148	.	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.53;MQRankSum=-0.942;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
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chr19	55349040	.	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.285;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.022;NF=17;NR=4;PP=332;ReadPosRankSum=-1.184;SC=GGAGTCCACAGAAAACCTTCC;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=21;WE=55349048;WS=55349030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr19	55386890	rs11084377	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=0.492;SC=AAGAAATTGAAGAATAGCCTG;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=7;WE=55386898;WS=55386880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	55397084	.	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.385;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr19	55400921	.	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TTTGGCAAGCGAAAAGGAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=9;WE=55400929;WS=55400911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	55435368	.	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=1.003;SC=CAGGGTCTTGCTCTGTTGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=16;WE=55435376;WS=55435358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr19	55445775	rs104895521	G	GC	968.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.948;NF=6;NR=10;PP=585;ReadPosRankSum=0.340;SC=CCACGTGGGTGGCGCAGTAAG;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=16;WE=55445783;WS=55445765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr19	55445892	.	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=328;ReadPosRankSum=0.482;SC=GGCGTGTCATGGTCTTGTACA;SOR=0.455;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=25;WE=55445900;WS=55445882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr19	55447552	.	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr19	55447572	rs775876	A	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=242;SC=TAGATCCCCCAGCAACACGGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=55447580;WS=55447562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	55447595	rs7359929	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=0.227;SC=AGTGGACTCCAGGTGCTGGGG;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=55447603;WS=55447585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	55447612	rs17699561	G	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.349;SC=GGGGAGAGCCGTGACCGTGAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=55447620;WS=55447602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	55447840	rs4806626	A	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=325;ReadPosRankSum=-1.254;SC=AGTGATTAATACTCACATTGT;SOR=0.323;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=23;WE=55447848;WS=55447830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr19	55447925	.	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr19	55450443	.	C	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=490;ReadPosRankSum=-0.584;SC=TTCGCCAGCTCCTCCTCCTGA;SOR=0.999;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=33;WE=55450451;WS=55450433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr19	55451050	rs10418277	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.816;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.323;NF=7;NR=3;PP=67;ReadPosRankSum=0.122;SC=GGTCCTCCCCCTTCTCCATCT;SOR=1.236;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=10;WE=55451058;WS=55451040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr19	55451232	rs775882	C	T	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.941;NF=28;NR=19;PP=593;ReadPosRankSum=0.582;SC=TCCACCCTTACGTAGATCGGC;SOR=0.857;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=47;WE=55451240;WS=55451222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,88:0.54:163
chr19	55451797	rs775883	C	T	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1036;ReadPosRankSum=1.484;SC=AGACCAAAGACTGTTTCTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=75;WE=55451805;WS=55451787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,100:0.55:182
chr19	55451890	rs775884	T	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.768;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=528;ReadPosRankSum=0.765;SC=TTCTGAATTATTTTGTCAAGT;SOR=0.388;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=39;WE=55451898;WS=55451880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr19	55452932	.	C	T	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=744;ReadPosRankSum=0.659;SC=TTCTTGCCATCAGCCTCTTCC;SOR=1.088;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=53;WE=55452940;WS=55452922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,67:0.60:112
chr19	55453134	rs775886	G	A	900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=2.284;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr19	55458896	.	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=2.237;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr19	55481476	.	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=377;ReadPosRankSum=0.133;SC=ATCTGATCACGACCTTCTCCC;SOR=0.576;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=26;WE=55481484;WS=55481466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
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chr19	55485786	rs703468	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
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chr19	55526373	rs2304166	G	C	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=34.998;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=1153;ReadPosRankSum=1.982;SC=GGAGGGGCGGGAGGGGCGGAA;SOR=1.142;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=125;TCF=45;TCR=80;TR=60;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,82:0.63:131
chr19	55527081	rs2304167	C	T	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=26;PP=1099;SC=TTTGGACTGGCGGTGATACTC;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=66;WE=55527089;WS=55527071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	55527189	rs1671153	G	T	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=41;PP=1148;SC=ACACACATGGGGAGGCACAAT;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=55527197;WS=55527179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	55527276	rs1654484	T	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=604;SC=GAGGCTGAGGTAGGAGGCTGG;SOR=1.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=55527284;WS=55527266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	55529836	rs1654415	C	T	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=189;SC=TCACCCAAAACGCTCCTCCTT;SOR=4.407;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=55529844;WS=55529826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	55529933	rs1671192	A	G	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=12;PP=848;SC=CGGTGAAGTGATTAAAAGCCT;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=55529941;WS=55529923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	55530035	rs1654416	C	T	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=42;PP=1542;SC=GTGAAGACTTCGTTTGTGAAT;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=91;WE=55530043;WS=55530025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	55536595	rs1613662	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=12;PP=702;SC=CCTGCTACCGGGGAAGGTGGT;SOR=1.552;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=37;WE=55536603;WS=55536585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	55538980	rs1654425	T	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=21;PP=1081;SC=CGCTGGGGGCTGACCACAGGT;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=61;WE=55538988;WS=55538970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	55539061	rs892089	A	G	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=43;PP=1684;SC=TGATGATGGGAAAACTAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=88;WE=55539080;WS=55539051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	55539072	rs892090	T	G	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	55543973	rs41275824	C	T	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=627;ReadPosRankSum=1.705;SC=CTGCTGGGCGCGGTGATAAGA;SOR=0.591;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=43;WE=55543981;WS=55543963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,77:0.52:147
chr19	55559034	rs116964083	C	A	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	55559715	rs2305543	G	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=819;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CGCCGGCTCAGCTCCTTGGTG;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=57;WE=55559723;WS=55559705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,80:0.52:154
chr19	55570574	rs1654447	A	G	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=25;PP=853;SC=CTGTGTTGGCACCCGTCACGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=55570582;WS=55570564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr19	55574431	.	G	GC	187.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=-2.100;QD=7.82;ReadPosRankSum=2.372;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
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chr19	55597369	rs2290476	G	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=1.701;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,75:0.55:136
chr19	55598003	rs3217645	G	GC	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=355;ReadPosRankSum=1.230;SC=ACGCTGGAGCGCCCCCCCGCC;SOR=1.179;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=13;WE=55598011;WS=55597993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr19	55598724	rs1054940	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=3.102;SC=TCGCTGCAGAAGGAGGAGCTG;SOR=0.250;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=12;WE=55598732;WS=55598714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr19	55605658	rs370611782	GCCCCAGCCCCTCCTCCCTCAGACCCAGGAGTCCAGA	G	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.11;MQRankSum=4.469;QD=16.64;ReadPosRankSum=1.777;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr19	55614923	rs2532060	T	C	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=597;ReadPosRankSum=-1.223;SC=GCTTGGCTGCTTCCACATCCA;SOR=0.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=37;WE=55614931;WS=55614913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr19	55624113	rs34521018	G	A	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=743;ReadPosRankSum=0.763;SC=TCACAGTGGCGCCCTGCTCCA;SOR=0.725;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=51;WE=55624121;WS=55624103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,103:0.51:203
chr19	55624279	.	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=1.334;SC=AGGACAGTGGGGAAAATGACC;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=13;WE=55624287;WS=55624269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr19	55644123	rs10414711	G	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=319;SC=CAAGTAACTTGTTGGTAATAA;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=55644131;WS=55644113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	55644234	.	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.709;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=226;ReadPosRankSum=0.204;SC=GCTACCGATGGGACAAACACT;SOR=0.801;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=14;WE=55644242;WS=55644224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr19	55644325	rs890868	A	C	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	55644442	rs891186	G	A	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=240;SC=TCCCTGCCCAGAGGAAGCAGT;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=55644450;WS=55644432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	55652162	rs200177206	G	GTAA	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.89;ReadPosRankSum=2.264;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr19	55652758	rs2560942	A	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=29;PP=744;SC=TGGTGAACTGAACCGTTTCCC;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=55652766;WS=55652748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	55658240	.	C	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-1.358;SC=GGAGACGCTCCAGACCCGGAG;SOR=1.981;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=55658248;WS=55658230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	55660537	rs9636153	T	C	6359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=94;PP=2332;SC=ACCTAGGCTGTGTCTGAGATG;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=56;TCR=94;TR=150;WE=55660545;WS=55660527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	55665584	rs7252610	A	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	55666159	.	C	T	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=2.445;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,147:0.47:315
chr19	55671257	rs200324983	C	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr19	55671337	rs890872	C	T	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	55672967	rs12104158	G	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.532;NF=5;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=0.429;SC=TCCTCCCTCAGACCCAGGGGT;SOR=0.719;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=8;WE=55672975;WS=55672957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr19	55677523	rs3848619	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=0.838;SC=CTGGGATTCGCAGTCCGCAGA;SOR=0.423;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=15;WE=55677531;WS=55677513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	55686008	.	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=164;ReadPosRankSum=1.826;SC=GGTGGACCTTGACGTATGGAT;SOR=0.385;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=14;WE=55686016;WS=55685998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr19	55697913	.	G	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=729;ReadPosRankSum=-0.123;SC=AGTCATCTAGGAGAAGAGGCC;SOR=0.914;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=49;WE=55697921;WS=55697903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,70:0.52:134
chr19	55697932	rs10522859	C	CCAGGCAGAGAGACCCAGAGAGGCACAGAGACAAGACCA	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=61.93;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr19	55699454	rs890870	T	C	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=37;PP=1421;SC=ACCTGGTACTTGTCTGCAAAA;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=88;WE=55699462;WS=55699444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
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chr19	55708475	rs2288522	G	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=663;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GGCAGGAAGGGGATTCTCACA;SOR=0.542;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=43;WE=55708483;WS=55708465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr19	55708557	rs2288521	A	G	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=56;PP=2665;SC=AAATTGTACAACGTCCCGGGT;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=135;WE=55708565;WS=55708547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	55709928	rs2288519	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr19	55713411	rs144253410	G	A	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr19	55713535	rs2288515	G	A	3987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=4.041;NF=53;NR=48;PP=1901;ReadPosRankSum=-0.254;SC=ATGTTGGTGTGTGCTGTGCTT;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=101;WE=55713543;WS=55713525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,158:0.96:164
chr19	55713614	rs10416122	A	G	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.912;NF=29;NR=39;PP=903;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GGTCTGGGCCATCGGGGACCT;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=68;WE=55713622;WS=55713604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,93:0.49:191
chr19	55715309	rs45535035	C	T	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,150:0.45:332
chr19	55715319	rs9304763	C	G	10661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=34.06;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	55716800	rs2288516	A	G	5085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=65;PP=2734;SC=CGGTGATGTTAGTGTGTGCTG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=134;WE=55716808;WS=55716790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	55738634	rs4644955	T	C	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=12;PP=656;SC=GATCACCAGGTGGGCATGGGG;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=55738642;WS=55738624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	55738737	.	C	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=410;ReadPosRankSum=0.898;SC=TGGGCCAGGCCGCGCCACAGC;SOR=0.727;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=33;WE=55738745;WS=55738727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,80:0.53:152
chr19	55741961	rs28678477	G	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=0.788;SC=TACCCAGCCCGAGGCTGCAGC;SOR=0.871;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=14;WE=55741969;WS=55741951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr19	55742071	rs116604313	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-0.978;SC=GGAGAGAGGGGATGTGCAGAG;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=10;WE=55742079;WS=55742061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr19	55751123	rs8104509	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=585;ReadPosRankSum=0.834;SC=TATCGGTGGCGGTGGGAGGCT;SOR=0.269;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=31;WE=55751131;WS=55751113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr19	55758628	rs7258327	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=452;ReadPosRankSum=0.123;SC=GGCCCCGCCCCGGGACTGCCC;SOR=0.802;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=32;WE=55758636;WS=55758618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr19	55776823	rs67351527	G	A	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=1035;ReadPosRankSum=0.030;SC=CAACCCTATCGCCCGCCCCGT;SOR=0.682;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=47;TCR=89;TR=71;WE=55776831;WS=55776813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,109:0.54:201
chr19	55777143	rs62126349	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr19	55790886	rs10701478	A	AGCCGCCGCC	1218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=2980;ReadPosRankSum=-0.185;SC=CCAGCCGAGGAGCCGCCGCCG;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=17;WE=55790894;WS=55790876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr19	55791091	rs62126354	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=373;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GGCGGCGTTTCAGGGGAGCTC;SOR=0.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=30;WE=55791099;WS=55791081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr19	55798565	rs11878562	C	T	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1331;ReadPosRankSum=0.138;SC=CGTGTCCCCACCCCTCTTGAC;SOR=0.671;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=181;TCF=100;TCR=81;TR=96;WE=55798573;WS=55798555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,127:0.48:265
chr19	55800789	rs62126358	C	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=0.706;SC=AGTGGGAGACCAGGCCCTTTG;SOR=0.752;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=18;WE=55800797;WS=55800779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr19	55815894	rs1172820	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr19	55815906	rs12977268	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=336;ReadPosRankSum=-1.420;SC=TCTCAGTCTCCTGTCCTCTGC;SOR=0.641;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=14;WE=55815914;WS=55815884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr19	55816775	rs35949773	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr19	55816976	rs201393743	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GGGTCCCCATCGAGCCTGGCC;SOR=1.082;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=15;WE=55816984;WS=55816966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr19	55817537	rs12972487	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr19	55817676	rs12973169	G	A	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=737;ReadPosRankSum=0.798;SC=CCGAGTACAAGGCCAGTGGCG;SOR=0.671;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=60;WE=55817684;WS=55817666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,94:0.40:233
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chr19	55820120	.	TGGGGGGCGTGGGTGGCGGGGGCCGTGGGTGGCGGGGGGCGTGGGTGGC	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-2.185;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
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chr19	55824332	rs7246479	T	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=344;ReadPosRankSum=2.054;SC=AGTCAACGGCTAAGAGACCGA;SOR=0.741;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=20;WE=55824340;WS=55824322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr19	55831723	rs897797	T	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=213;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TGGCTGGGCTTGGGAGCACTG;SOR=0.795;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=13;WE=55831731;WS=55831713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr19	55832427	rs10412726	T	G	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=571;ReadPosRankSum=-0.816;SC=AGGTGAAGGATCGGGGCTGAG;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=40;WE=55832435;WS=55832417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,70:0.44:159
chr19	55854389	rs12610863	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=1.424;SC=TGTGGCTACCGTGGTGCCGCT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=55854397;WS=55854379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr19	55856083	rs11084395	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=0.034;SC=GGACTCAGGATGCTGTCCAGA;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=24;WE=55856091;WS=55856073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr19	55856211	rs10405231	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=341;ReadPosRankSum=1.991;SC=GATGGGGCACCCCGGGAGGCA;SOR=0.622;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=28;WE=55856219;WS=55856201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,40:0.35:114
chr19	55865350	rs12461665	G	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=379;SC=GCGGGCGGGGGTCACGCGGCA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=55865358;WS=55865340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	55866336	.	G	GC	162.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.140;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.140;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr19	55869879	rs67168196	GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT	G	2210.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=2919;ReadPosRankSum=1.566;SC=GTCCCAGGGTGGCTCCTTCAT;SOR=0.919;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=24;WE=55869911;WS=55869869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,63:0.35:178
chr19	55869892	rs28420516	C	T	3954.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.86;ReadPosRankSum=-2.162;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,104:0.60:173
chr19	55869903	rs28712579	T	C	4055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=5.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.79;ReadPosRankSum=-1.832;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,108:0.61:178
chr19	55870104	rs12974819	G	C	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=54;PP=1957;SC=GGATTTCGAGGGCTGCTCTTT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=115;WE=55870112;WS=55870094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	55870289	rs12974907	C	T	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=1063;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CTTCAAGCTTCGCCCAGTGGG;SOR=0.652;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=77;WE=55870297;WS=55870279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,129:0.57:228
chr19	55870351	rs12976922	T	C	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=885;ReadPosRankSum=2.120;SC=GTCACCTCCTTGGTTTGGCTA;SOR=0.744;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=144;TCF=68;TCR=76;TR=71;WE=55870359;WS=55870341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,109:0.51:213
chr19	55870478	rs79366553	C	T	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=2.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.516;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,103:0.45:230
chr19	55870600	rs12460416	C	G	4148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=63;PP=2138;SC=ATCTGGTATTCGGTAGGTGAG;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=108;WE=55870608;WS=55870590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	55870835	rs113307911	A	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=187;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TCTGGGATGGAGCAGGTACGG;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=15;WE=55870843;WS=55870825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr19	55870994	.	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=386;ReadPosRankSum=0.029;SC=GGTCAACAAGGAACGGTGCCT;SOR=0.940;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=28;WE=55871002;WS=55870984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,46:0.41:113
chr19	55871019	rs12609732	A	G	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=33;PP=1175;SC=AGATGTGACAAGGCCAGATGG;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=55871027;WS=55871009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	55872191	rs897799	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr19	55872397	rs2124918	A	G	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=1.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	55872566	rs2124919	A	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=19;PP=681;SC=GTCTCTGAGCAGCCACCGTCT;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=55872574;WS=55872556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	55872591	rs2124920	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=188;ReadPosRankSum=1.536;SC=CGGAAAGTTGCGCTCAGCAAC;SOR=0.652;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=17;WE=55872599;WS=55872581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr19	55872955	rs11673554	G	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=12;PP=451;SC=CCGCTCCTCCGTCAGACCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=55872963;WS=55872945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	55873642	rs4252574	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=3.300;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr19	55880385	rs62128183	G	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-0.941;SC=TGGACTCCCGGGTCTGAGGGA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=55880393;WS=55880375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
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chr19	55889451	rs77912983	G	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr19	55895588	rs1870074	G	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=225;SC=GCACCCGGCGGGCTCCCCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=55895596;WS=55895578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	55903158	rs10653185	C	CAG	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=841;SC=CAGATGGACTCATGATCACAG;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=55903166;WS=55903148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	55913038	rs7608	C	T	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=23;PP=1129;SC=GGGCCCGAGCCGCATACTCCT;SOR=1.195;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=62;WE=55913046;WS=55913028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	55913286	rs11393810	T	TC	345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=420;SC=TCATCTTTGCTCCTGTCTCCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=55913294;WS=55913276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	55964546	rs3214450	G	GC	321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	55967229	.	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.035;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CAGTGATGGGGAAGAAAGGTC;SOR=1.270;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=8;WE=55967237;WS=55967219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr19	55992639	.	C	T	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=12;PP=845;ReadPosRankSum=-1.772;SC=GAAGCCAGGCCCTGCGGCCCC;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=124;TCF=93;TCR=31;TR=55;WE=55992647;WS=55992629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,71:0.48:147
chr19	55993260	rs34864744	A	G	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=91;PP=2711;SC=CGCCCCGGGTACCGCCTCCGC;SOR=2.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=24;TCR=91;TR=114;WE=55993268;WS=55993250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	55993790	rs7254184	A	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=18;PP=675;SC=GCCACGTGGAAGAGGCCGCGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=55993798;WS=55993780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	55993876	rs10423355	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=19;PP=773;SC=GCCGCCCCCGTCCCGCCGCCA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=55993884;WS=55993866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	55994240	rs12981044	C	T	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=69;PP=2866;SC=GCCACGTGCACACTGGCGAGA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=80;TCR=70;TR=149;WE=55994248;WS=55994230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	55995272	rs11550705	G	A	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=50;PP=1818;SC=TCACTGGCCCGGGCCCCGGGG;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=55995280;WS=55995262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	55996939	rs3745450	G	A	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=385;SC=GTCCTGATCTGGGAAGTGCCG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=55996947;WS=55996929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	55999993	rs4405662	A	G	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	56000429	rs57080356	GCC	G	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=267;SC=CCATCTGCCCGCCCCCCCCCC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=56000438;WS=56000419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	56000492	rs11084399	C	T	118.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=259;SC=ACTGGGTCCCCGGCCCATCCG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=56000500;WS=56000482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	56001802	rs5828624	C	CCCAAGCAA	3710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=27;PP=1263;SC=CTCCCCCGACCCCAAGGCTGG;SOR=1.139;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=28;WE=56001810;WS=56001791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	56001871	rs4274529	C	T	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	56004901	rs889090	G	A	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	56009191	rs34794462	GT	G	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=145;SC=TGGATGAAGAGTCAGGAGGCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=56009199;WS=56009181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	56009215	rs7254234	G	A	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=2;PP=108;SC=CGGCTTCCCCGACTCTAATTC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=56009223;WS=56009205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	56009741	rs4801701	C	T	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=49;SC=TGTGTTATGCCCATTTTACTG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=56009749;WS=56009731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	56011091	rs4801314	G	A	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=6;PP=753;SC=AATGGGAACTGGGTGAGTGAC;SOR=1.823;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=36;WE=56011099;WS=56011081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	56011460	rs4801713	C	T	12749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=156;NR=124;PP=2965;SC=CAGACCTAACCTCACAGACCA;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=157;TCR=125;TR=280;WE=56011468;WS=56011450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr19	56012590	rs11669496	G	A	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	56012597	rs11669422	A	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	56015448	rs7257434	C	T	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=21;PP=924;SC=TGGGTGGGCTCCAGCTGTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=56015456;WS=56015438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	56024519	rs671542	T	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=17;PP=439;SC=CCTCCAACTCTGAGAGTCCAT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=56024527;WS=56024509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	56024563	rs514574	G	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=411;SC=CTGGGGTGAGGAGACTGGGAC;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=56024571;WS=56024553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	56024599	rs671152	A	G	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=185;SC=GTAAAGAGACAGATTCCAGAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=56024607;WS=56024589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	56029465	rs4801331	G	A	9036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.39;QD=24.36;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr19	56030428	rs10217	C	A	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=32;PP=854;SC=ACAAAAAAAACCCCCAAAGTA;SOR=1.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=47;WE=56030436;WS=56030418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr19	56041255	rs620251	C	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=29;PP=862;SC=TCGGCCGCGGCGGCCAGGCCG;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=56041263;WS=56041245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	56047448	rs310453	A	G	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=30;PP=1244;SC=CGGCCATAGCAACCCTGGCCC;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=56047456;WS=56047438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	56052008	rs34837414	C	T	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=9;PP=648;SC=CTGGATCCTGCGTCTGAGAGA;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=56052016;WS=56051998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	56052337	rs55643341	A	AC	15325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=155;PP=2966;SC=GCTCCCCAAAACCCAGGTCCC;SOR=0.962;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=195;TCF=28;TCR=167;TR=182;WE=56052345;WS=56052327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr19	56052509	.	G	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=526;ReadPosRankSum=1.407;SC=GCTGAGGCTTGGTGGTCACCC;SOR=0.586;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=31;WE=56052517;WS=56052499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr19	56052770	rs654439	C	T	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=39;PP=1340;SC=GGCTGCAGACCGGGTCGAAGA;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=80;WE=56052778;WS=56052760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	56055436	rs694398	A	G	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=19;PP=853;SC=TGGGATAAGCACTCCCAACCT;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=56055444;WS=56055426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	56056184	rs491639	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=303;SC=GAGGCTGGGCAAGGAGCACGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=56056192;WS=56056174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	56089353	rs2292812	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.392;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr19	56089908	rs113850871	C	CCCG	1805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=713;ReadPosRankSum=0.224;SC=CTCCGTTCTGCCCTTCTCCCC;SOR=0.622;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=17;WE=56089916;WS=56089898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr19	56089947	rs10403008	C	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.238;NF=9;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=0.716;SC=ACTCCGCCCCCTCGCCCCCCT;SOR=0.864;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=26;WE=56089955;WS=56089937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,45:0.40:112
chr19	56090076	rs34164618	G	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=417;ReadPosRankSum=2.158;SC=GGAGGTAGGAGGCGAGGCGGA;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=36;WE=56090084;WS=56090066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr19	56090172	.	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=445;ReadPosRankSum=-2.062;SC=GCCTGGCGAAGGCCTTGAGGC;SOR=0.652;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=29;WE=56090180;WS=56090162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr19	56104136	rs7247236	T	C	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	56114045	rs1077806	C	T	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=47;PP=1786;SC=CGCACCACCACCGCGTGCACT;SOR=0.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=89;WE=56114053;WS=56114035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	56114237	rs310459	G	A	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=36;PP=992;SC=GGGCCGAGGAGGAGGAGGAGA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=50;WE=56114245;WS=56114227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	56133523	.	CCCG	C	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,9:0.12:78
chr19	56153868	rs310475	G	A	4274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=37;PP=1515;SC=CCCAGCTGCCGCTCCAGATGC;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=56153876;WS=56153858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	56160399	rs7246799	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=516;SC=CTGGGGTCCGTAGGAAGCCGC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=56160407;WS=56160389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	56162776	rs2287791	C	T	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=10;PP=365;SC=AAGAAGGCAGCGCCAGTGAGA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=56162784;WS=56162766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	56162881	rs519856	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=193;SC=GTGCATGGGGCGGGCGCTGAG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=56162889;WS=56162871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	56170771	rs537728	G	A	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=17;PP=434;SC=GTGTTGGCCGGCCTGTGGGTG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=56170779;WS=56170761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	56171778	rs507498	A	C	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=26;PP=1355;SC=TGGAGCTTACATGGTTGCGGG;SOR=1.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=55;WE=56171786;WS=56171769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	56175149	rs310444	G	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=28;PP=774;SC=TTCTCCCCCAGTCCTGTTCCC;SOR=1.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=56175157;WS=56175139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	56180732	rs681804	T	C	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=14;PP=527;SC=TGGGGGGGCATGTGAGGGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=56180740;WS=56180722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	56180968	rs617073	C	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=24;PP=667;SC=TCGTGGAGGACGTGCGGGACG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=56180976;WS=56180958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	56185250	rs664684	G	A	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=37;PP=1601;SC=ACGCTGACTGGCTGTTGGGCG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=90;WE=56185258;WS=56185240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	56201134	.	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr19	56223788	rs146098794	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=397;ReadPosRankSum=-2.068;SC=ATACTCACCCGAGACACTCTA;SOR=0.685;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=29;WE=56223796;WS=56223778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr19	56235279	.	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=232;ReadPosRankSum=-0.996;SC=GAAGGAAAACAAGAAAATCAA;SOR=0.381;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=20;WE=56235287;WS=56235269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr19	56241265	rs193384	A	G	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=18;PP=761;SC=AGGGATCATCAAGGCTGGTAT;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=56241273;WS=56241255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	56249445	rs755804	A	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=11;PP=571;SC=TCCTCGCCCCATCATCCAGCA;SOR=1.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=56249453;WS=56249435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	56249672	rs56211941	A	G	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=42;PP=1241;SC=TAAATTTCCAAAACTCTTCCT;SOR=1.090;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=67;WE=56249680;WS=56249662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	56270555	rs199838993	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-2.950;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr19	56270556	rs200698882	A	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQRankSum=-2.730;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr19	56273136	rs59333538	T	C	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.86;QD=25.97;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	56274193	rs149361735	G	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.82;MQRankSum=-4.610;QD=5.40;ReadPosRankSum=-2.948;SOR=1.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr19	56274424	rs150161449	C	A	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-4.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-8.417;NF=59;NR=116;PP=2175;ReadPosRankSum=-1.211;SC=TTTGCGAGCCCTGGCGTCCAT;SOR=0.883;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=429;TCF=179;TCR=250;TR=175;WE=56274432;WS=56274403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,167:0.33:504
chr19	56274453	rs75239380	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.687;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.330;NF=33;NR=85;PP=1575;ReadPosRankSum=-2.847;SC=CATAAACGTGGAAGTCAAGAT;SOR=1.289;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=372;TCF=154;TCR=218;TR=118;WE=56274461;WS=56274443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,95:0.21:457
chr19	56284197	rs117388121	C	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.16;MQRankSum=-3.272;QD=7.51;ReadPosRankSum=-3.497;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr19	56284396	rs141642534	A	T	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.12;QD=22.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	56284428	rs150473927	C	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.24;QD=24.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	56284457	rs78244980	G	A	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.28;QD=25.13;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	56284507	rs115250131	T	G	9043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.49;MQRankSum=-2.501;QD=43.48;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,206:0.99:208
chr19	56284511	rs116745378	C	G	9043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.49;MQRankSum=-2.501;QD=43.48;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,206:0.99:208
chr19	56284529	rs199519773	C	A	8187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.48;MQRankSum=-2.554;QD=41.35;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr19	56284535	rs144990325	A	G	7906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.39;MQRankSum=-2.573;QD=43.68;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr19	56284582	rs201888659	A	T	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.65;QD=40.61;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	56284587	rs200252021	C	G	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.42;QD=44.94;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	56284614	rs199744839	C	T	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.54;QD=27.06;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	56289163	.	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=384;ReadPosRankSum=0.863;SC=AGGAACTAGAGCCCAAGGTGA;SOR=0.572;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=29;WE=56289171;WS=56289153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr19	56289727	.	G	A	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.307;NF=32;NR=21;PP=767;ReadPosRankSum=0.064;SC=ATATGACCTTGGATGTGGACA;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=53;WE=56289735;WS=56289717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,101:0.46:221
chr19	56289860	.	C	T	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.712;NF=35;NR=35;PP=994;ReadPosRankSum=1.791;SC=GGGCACCCCTCGCTTCACTTC;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=70;WE=56289868;WS=56289850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,91:0.52:176
chr19	56307679	rs35540760	T	TA	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.865;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr19	56307723	rs10422937	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=0.481;SC=CGATGATGTCTACTTGGAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=56307731;WS=56307713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr19	56319416	rs7255234	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	56320663	rs12461110	G	A	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=829;ReadPosRankSum=0.212;SC=AGTGTTGCTCGGCAAAAGAAT;SOR=0.597;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=52;WE=56320671;WS=56320653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,69:0.55:125
chr19	56321314	.	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=701;ReadPosRankSum=0.123;SC=GAGTTTCTTGGGATCAGACAG;SOR=1.047;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=39;WE=56321322;WS=56321304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr19	56321414	rs299163	C	A	6282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=73;PP=2965;SC=ATTTCGTGAGCAGTGAGGTGA;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=168;WE=56321422;WS=56321404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr19	56329186	rs71182913	GA	G	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.431;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	56329334	rs8113630	G	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.388;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.096;NF=16;NR=9;PP=334;ReadPosRankSum=0.152;SC=ATATGCTGAAGAGCATATTCC;SOR=0.910;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=25;WE=56329342;WS=56329324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr19	56368863	rs11673189	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	56368948	rs435148	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr19	56369189	rs441827	G	A	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,69:0.55:125
chr19	56369215	rs395503	C	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=859;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GTACAGTGATCATTCAAGGAC;SOR=0.377;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=51;WE=56369223;WS=56369205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,65:0.54:121
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chr19	56370446	.	C	T	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=426;ReadPosRankSum=-1.972;SC=AATGCAGGATCCTGCCTTTGT;SOR=0.727;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=35;WE=56370454;WS=56370436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr19	56372705	rs4801635	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=-0.112;SC=ACAAGTGGCTCGTGTTGACCG;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=15;WE=56372713;WS=56372695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr19	56373427	.	G	A	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=723;ReadPosRankSum=1.345;SC=AGCCAGACTTGAAATACCTGA;SOR=0.713;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=131;TCF=67;TCR=64;TR=60;WE=56373435;WS=56373417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,114:0.46:247
chr19	56373462	rs12462372	G	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,104:0.50:208
chr19	56382140	.	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=278;ReadPosRankSum=2.068;SC=AGCAAATCTCCCTGAGACACC;SOR=0.551;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=20;WE=56382148;WS=56382130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr19	56388262	rs16986758	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=0.142;SC=CGGTGCCTATCCACATGAATG;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=16;WE=56388270;WS=56388252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr19	56393051	rs302457	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=0.275;SC=AAATCATTGATACTCTGAGTT;SOR=1.721;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=11;WE=56393059;WS=56393041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr19	56410340	rs302828	T	G	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=31;PP=787;SC=GGGAAAGTAATTGCGTCCCGA;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=56410348;WS=56410330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	56413583	rs302835	A	G	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=49;PP=1457;SC=TGCAGGGTGAAAGCCACAGAG;SOR=2.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=59;WE=56413591;WS=56413573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	56419171	.	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=424;ReadPosRankSum=1.274;SC=AGATACTTGAGGTTGCAAGCT;SOR=0.529;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=24;WE=56419179;WS=56419161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr19	56421775	rs11670284	C	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=227;SC=CTACTTTGCCCAAGTAGCAGT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=56421783;WS=56421765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	56421826	rs12982016	C	T	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=561;SC=CTCCTGAGCACGTAGCTTGCC;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=56421834;WS=56421816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	56421861	rs12982043	C	T	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=6;PP=787;SC=CAACCACACTCATCAAAAGAG;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=56421869;WS=56421851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	56422976	rs1436079	A	G	125.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	56423033	rs4801643	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=273;SC=CCTGAGAAAACAGGAGAAAGC;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=56423041;WS=56423023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	56423074	rs977070	C	G	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=5;PP=521;SC=ATACTCACTCCAGAATTTCCA;SOR=1.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=56423082;WS=56423064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	56423254	rs304002	G	A	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=59;PP=1873;SC=CCTGGGACTCGTGTAGGCAGT;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=108;WE=56423262;WS=56423244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	56423668	rs304001	G	A	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=28;PP=1124;SC=CCAGGCCCTCGATCTCAGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=56423676;WS=56423658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	56423692	rs304000	C	T	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=28;PP=1114;SC=CTTTGTTAAACGTGAAGTTCA;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=56423700;WS=56423682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	56423728	rs303999	A	G	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=25;PP=1044;SC=CTATGGCCAGACTGCAGAGGG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=56423736;WS=56423718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	56423893	rs303998	G	A	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=50;PP=1956;SC=AGGAACATACGGTCCAACACA;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=108;WE=56423901;WS=56423883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	56424443	rs303997	T	C	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=46;PP=1237;SC=CAGCATAGCCTGCATTGCCAA;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=79;WE=56424451;WS=56424433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	56459342	rs306507	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=7.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,72:0.51:140
chr19	56459574	rs144859503	G	A	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr19	56459614	rs306506	G	C	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.959;NF=14;NR=20;PP=497;ReadPosRankSum=-1.192;SC=AATGTGTGTTGTAGTCCGCAG;SOR=0.825;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=34;WE=56459622;WS=56459604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,66:0.47:140
chr19	56464058	rs306501	C	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=-2.371;SC=CTAAGGCAAGCCAGATTTTAA;SOR=1.102;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=17;WE=56464066;WS=56464048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr19	56467456	.	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=445;ReadPosRankSum=0.347;SC=CAGCTCCCATCCTGGCTCTGA;SOR=0.676;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=30;WE=56467464;WS=56467446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr19	56473645	rs11671531	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CTTTATGGAGATGGTCTGTTT;SOR=0.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=56473653;WS=56473635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr19	56511233	rs12462663	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=793;ReadPosRankSum=1.327;SC=AATCCCCTGCCCTCGCTGCTG;SOR=0.938;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=15;WE=56511241;WS=56511207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr19	56515331	rs35669530	C	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=4.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
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chr19	56520129	rs12460633	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=15;PP=767;SC=ATTGAGGCCAGTCTCCCTTTT;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=56520137;WS=56520119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	56520150	rs12460592	C	G	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=20;PP=952;SC=TCTTTGTCTTCCAGGACATTC;SOR=1.091;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=50;WE=56520158;WS=56520140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	56530664	rs306428	A	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.626;NF=34;NR=24;PP=802;ReadPosRankSum=1.452;SC=TCTCTGACTCAAATAATAAAC;SOR=0.515;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=58;WE=56530672;WS=56530654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,85:0.49:173
chr19	56538203	rs3103612	C	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=6;PP=365;SC=TGACCTCCCACAGTGCTGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=56538211;WS=56538193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	56538627	.	C	T	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1352;ReadPosRankSum=-2.144;SC=TGGCCAGACTCCCAGGCTCCG;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=82;TCR=107;TR=87;WE=56538635;WS=56538617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,122:0.48:254
chr19	56539240	rs397977	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=382;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CAGTGTTTGACGGTGACGACC;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=31;WE=56539248;WS=56539230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr19	56549483	.	G	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=519;ReadPosRankSum=-0.067;SC=AGCCTGGCAGGAAACAAGGTG;SOR=0.951;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=35;WE=56549491;WS=56549473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr19	56549538	.	C	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=532;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TGAGAGTCTCCCAGTGCGCCC;SOR=0.772;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=39;WE=56549546;WS=56549528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,54:0.39:138
chr19	56552230	rs2569425	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=649;SC=AAAGGAGGGAAAGATGGAACT;SOR=3.193;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=56552238;WS=56552223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	56552456	rs61732213	G	T	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=654;ReadPosRankSum=0.186;SC=TGCAGAGGCTGATGTGAGTCT;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=48;WE=56552464;WS=56552446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr19	56561749	rs2574762	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=258;SC=GGGAATGAGCATCACGATCTT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=56561757;WS=56561739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	56565127	rs392801	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GGGTTGCTGCGCTGTGCGAGG;SOR=0.575;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=16;WE=56565135;WS=56565117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr19	56565164	rs3103057	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=16;PP=459;SC=CAGTGTTCTGGCGAGACTCGG;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=56565172;WS=56565154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	56565233	rs386127	A	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=170;ReadPosRankSum=0.557;SC=GGACCCCAGCATGAGGTTGCT;SOR=0.498;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=13;WE=56565241;WS=56565223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr19	56569917	rs386875	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=1.550;SC=TGCCCACTACGTTCTGAGTAC;SOR=0.269;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=56569925;WS=56569907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr19	56599405	.	C	G	72	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=15;MQ=59.3;NF=3;NR=2;PP=72;QD=21.3542425094;SC=GCCCTCCCCACCGCGGCACTC;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=5;WE=56599413;WS=56599395;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	56599437	rs5828672	CTCG	C	937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=9;PP=623;SC=CGCCCGCGGCCTCGTCGTCGT;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=13;WE=56599447;WS=56599427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	56600527	rs490015	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=1.105;SC=TGCCTTGGCTGCTACGCTGGC;SOR=0.204;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=56600535;WS=56600517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	56614652	rs473045	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=1.821;SC=AGGCTGCACCGAGGGCCCTGC;SOR=0.751;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=18;WE=56614660;WS=56614642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr19	56688669	rs4801681	A	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=420;ReadPosRankSum=0.303;SC=GTCCTGGGGAAGAAGCTCAAA;SOR=0.680;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=29;WE=56688677;WS=56688659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr19	56691912	rs274171	G	C	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=23;PP=1230;SC=CGCCTGCCCCGCTTTCTGTCT;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=66;WE=56691920;WS=56691902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	56693620	rs3745833	C	G	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=36;PP=1140;SC=GGAAGGCCATCGGTGAGTGAG;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=56693628;WS=56693610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	56693643	rs274174	T	C	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=31;PP=783;SC=GGGAGTTAGATGTCTTCTCCT;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=56693651;WS=56693633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	56703248	rs527025	G	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=433;ReadPosRankSum=1.215;SC=GCGACCCTGGGCAGGATCTGC;SOR=0.740;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=31;WE=56703256;WS=56703238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,48:0.40:119
chr19	56718585	rs4801690	A	G	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1083;ReadPosRankSum=-0.836;SC=CAGGCCAGCCAAGAGCTGCAG;SOR=0.800;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=76;WE=56718593;WS=56718575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,109:0.53:206
chr19	56719405	rs12979551	A	C	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=20;PP=996;SC=ATTCTCAGGAAGAGGACTTCC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=56719413;WS=56719395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	56719822	rs1865101	G	T	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=32;PP=1535;SC=TTCCAGCAGGGGTGGTGGGAG;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=83;WE=56719830;WS=56719812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	56719853	rs1865102	C	A	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.512;NF=43;NR=40;PP=1625;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GAAGGAACCCCAAAAAAGAGC;SOR=0.273;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=83;WE=56719861;WS=56719843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr19	56758938	rs35779585	G	A	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=48;PP=1236;SC=CAGAGGGAGTGCCCTAGATAG;SOR=1.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=56758946;WS=56758928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	56895873	.	G	A	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=773;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TCACCAGTATGAATTCTATAA;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=53;WE=56895881;WS=56895863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,77:0.51:150
chr19	56901293	rs6509995	C	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=10;PP=855;SC=CAGGGAAGATCTTCTAAGACA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=56901301;WS=56901283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	56904509	rs11439847	T	TA	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.857;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.170;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr19	56918560	rs4801159	T	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=210;SC=GAACATTTTGTTTTTCTTCCA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=56918582;WS=56918550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	56918574	rs2288862	T	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=205;SC=TCTTCCAAAATTCTGCAACCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=56918582;WS=56918550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	56918598	rs2288863	T	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=139;SC=AAGGTTCCATTCATCCAGTGA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=56918606;WS=56918588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	56935527	rs3810340	A	G	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=47;PP=1754;SC=GTGGGAAAGCATTTAGCTATA;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=104;WE=56935535;WS=56935517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	56953585	rs3760849	T	C	5387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=61;PP=2488;SC=ATTGAAGGCTTTTCCGCACTT;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=128;WE=56953593;WS=56953575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	56953863	rs8107758	T	C	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=24;PP=1224;SC=GCTTCTCTCCTGTATGAATGT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=64;WE=56953871;WS=56953853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	56961039	.	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=1.935;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	56969610	.	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=0.437;SC=TCTCCGAAAGGAAAGACCTGT;SOR=0.581;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=18;WE=56969618;WS=56969600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr19	56978525	rs11881919	T	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=2.847;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr19	57023025	rs67525856	CTT	C	1892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.082;NF=4;NR=26;PP=955;ReadPosRankSum=0.440;SC=CTGTTTAGGACTTTTTGTAAT;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=30;WE=57023034;WS=57023015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr19	57027606	rs10419939	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=1.067;SC=TCTTTGGACACGAGCATTGGT;SOR=1.368;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=12;WE=57027614;WS=57027596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr19	57036012	rs11667052	G	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.476;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr19	57036653	rs3752176	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=293;ReadPosRankSum=-1.391;SC=TACAAATGTGGTGTGTGTGGA;SOR=0.748;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=17;WE=57036661;WS=57036643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
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chr19	57062072	rs73055329	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
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chr19	57065189	rs145011	T	C	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=606;ReadPosRankSum=-0.113;SC=ACTATGTGTTTGGAAGGAAGC;SOR=0.775;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=56;WE=57065197;WS=57065179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,93:0.55:169
chr19	57066013	rs10409531	C	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=447;ReadPosRankSum=1.324;SC=TTTGAATGTGCGGAGTGTGGA;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=29;WE=57066021;WS=57066003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr19	57085769	rs10421285	G	C	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=975;ReadPosRankSum=-1.269;SC=TTAGGGTTCAGTGACTTTCAC;SOR=0.816;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=63;WE=57085777;WS=57085759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,105:0.51:206
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chr19	57089375	rs4570977	A	G	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=589;ReadPosRankSum=0.063;SC=ACCTCGCGCAACATCAGAAAA;SOR=0.884;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=36;WE=57089383;WS=57089365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,55:0.53:103
chr19	57293394	rs2286751	A	G	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=31;PP=1149;SC=CACTAAGGGAACTAAGTTCCT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=57293402;WS=57293384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	57293983	rs112091499	A	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GAAAATTAAGAAGTGGGACAA;SOR=0.293;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=57293991;WS=57293973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr19	57326642	.	C	T	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=793;ReadPosRankSum=-0.898;SC=CATGAGACTTCTCTTGGTCAT;SOR=0.713;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=58;WE=57326650;WS=57326632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,90:0.53:171
chr19	57327503	rs33931963	A	G	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=766;ReadPosRankSum=-1.565;SC=ATTTTGCCTCATAGACATTTT;SOR=0.719;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=57;WE=57327511;WS=57327493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,89:0.51:173
chr19	57329003	.	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=-0.510;SC=AGGACAGTGGGACTTGGAGGG;SOR=1.030;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=17;WE=57329011;WS=57328993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	57335022	rs1860565	G	A	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=515;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TGTCGTCGTCGCTGGTCACGT;SOR=1.078;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=41;WE=57335030;WS=57335012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
chr19	57335179	rs1860566	T	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=900;SC=CATTTCTGAGTTCAAAACCCT;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=57335187;WS=57335169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	57640412	.	G	A	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=1015;ReadPosRankSum=-1.994;SC=TTGAAAGCAGGAATATGCTGA;SOR=0.505;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=64;WE=57640420;WS=57640402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,86:0.59:147
chr19	57641146	rs1027392	A	G	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=721;ReadPosRankSum=-2.534;SC=TTTTCTGGCAACATGCAGAAT;SOR=0.851;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=43;WE=57641154;WS=57641136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr19	57642098	rs3764574	G	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=588;ReadPosRankSum=0.250;SC=TTCAAGAGGTGCCTCAACATC;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=42;WE=57642106;WS=57642088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,54:0.48:113
chr19	57642782	rs9973206	C	A	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=26;PP=713;SC=AGGGGGAATACGAAGGTGACT;SOR=2.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=57642790;WS=57642772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	57646570	rs4801433	T	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=-2.281;SC=TTATGTTGAATGAGGTTTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=35;WE=57646578;WS=57646560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr19	57647015	rs7251328	A	G	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=658;ReadPosRankSum=-1.279;SC=GCTTGTAGGCATTTCCACAGT;SOR=0.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=51;WE=57647023;WS=57647005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,73:0.48:151
chr19	57647236	rs7252632	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=545;ReadPosRankSum=0.283;SC=GATGGATTATTGCCAACTAAT;SOR=0.395;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=40;WE=57647244;WS=57647226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
chr19	57648272	.	C	T	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr19	57648277	rs4801200	A	T	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,48:0.42:113
chr19	57648433	rs2370135	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=2.584;SC=CGTATGCTTGTGTGAATATTT;SOR=0.262;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=15;WE=57648441;WS=57648423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr19	57653864	rs11084488	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GTAGAGTGTGTGTTACCTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=9;WE=57653872;WS=57653854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr19	57654065	rs58537382	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=-1.074;SC=TGAGGGAAAATGGAAAAGAAC;SOR=0.850;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=23;WE=57654073;WS=57654055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr19	57654104	rs59976893	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=0.794;SC=GCTTTGGAAGTTGGGGATCAT;SOR=0.983;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=24;WE=57654112;WS=57654094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr19	57654217	rs10426157	T	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr19	57665750	rs8108591	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=250;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GTCCAGTTGATATTATCAAGT;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=21;WE=57665758;WS=57665740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr19	57666840	rs12459119	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=1.465;SC=TTGAGACAGCGGTCTCTCTCA;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=57666848;WS=57666830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr19	57670730	.	T	C	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,95:0.49:194
chr19	57703258	rs77125234	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=0.711;SC=TCTGTCCCAGCTCTGCGGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=13;WE=57703266;WS=57703248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr19	57742472	rs11084490	G	C	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,71:0.42:171
chr19	57742489	rs58264281	C	T	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=2688;ReadPosRankSum=1.066;SC=ATCAGTGAGGCTGCAGGACGA;SOR=0.788;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=134;TCF=75;TCR=59;TR=55;WE=57742514;WS=57742479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,80:0.41:195
chr19	57742493	rs142269286	AGGACGAGCAGGATT	A	2932.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=2971;ReadPosRankSum=1.655;SC=GTGAGGCTGCAGGACGAGCAG;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=31;WE=57742514;WS=57742479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,80:0.37:218
chr19	57742703	rs758097	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=0.803;SC=GAAAGGACGCAGGGAAGGCTG;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=15;WE=57742711;WS=57742693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr19	57743039	rs758098	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr19	57743067	rs2361127	C	G	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=2.127;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,74:0.61:122
chr19	57743334	rs758099	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-0.238;SC=GGAGCATTGGCATCCCTGACT;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=10;WE=57743342;WS=57743324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr19	57743766	rs2074859	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TCCTGTTCTCCGTTCTCCCCT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=57743774;WS=57743756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr19	57746199	.	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.637;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=276;ReadPosRankSum=0.783;SC=AGGAGAATTTCCCTCATCCTG;SOR=2.274;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=19;WE=57746207;WS=57746189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr19	57760289	rs73629343	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-1.540;SC=CTGGTCCTGGGGCTGCAGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=57760297;WS=57760279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr19	57765225	.	C	T	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=859;ReadPosRankSum=0.099;SC=ACGAGTGCTTCGAATGTGGCA;SOR=0.800;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=64;WE=57765233;WS=57765215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,102:0.47:215
chr19	57796192	rs117683431	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.74;ReadPosRankSum=-1.977;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr19	57802024	rs45619736	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.403;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr19	57802806	rs2041109	C	T	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=799;ReadPosRankSum=0.672;SC=TCTTGCATAACAAGAGCCACA;SOR=0.739;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=54;WE=57802814;WS=57802796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,77:0.56:138
chr19	57802824	rs2041110	G	A	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=734;ReadPosRankSum=3.853;SC=ACAATGAGAAGAAACCCTTCG;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=49;WE=57802832;WS=57802814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr19	57802911	rs36032958	G	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.215;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=427;ReadPosRankSum=0.102;SC=CTGGGGAGAGGCCCTTTAAGT;SOR=0.447;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=37;WE=57802919;WS=57802901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr19	57832089	rs4801461	G	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=284;SC=CGCTTTGTGCGCATTTTTCTC;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=57832097;WS=57832079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	57832257	rs4801462	T	C	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=22;PP=602;SC=GACGAGGTTTTGGCCTTGCTG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=57832265;WS=57832247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	57835252	rs4801216	C	T	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=763;SC=CTCCACAGCCCACTTGTTCTG;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=57835260;WS=57835242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	57835279	rs4801467	G	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=23;PP=603;SC=CTGGCACCACGCAGGGGTGTT;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=57835287;WS=57835269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	57837926	rs8110400	C	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=15;PP=741;SC=CCCCATCCTGCAGTCCCAGAT;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=57837934;WS=57837916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	57838018	rs6510057	C	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=26;PP=1144;SC=TTTGTTCAAACCAGAGCTGAT;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=57838026;WS=57838008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	57839150	rs8100491	A	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=749;SC=CTCCAGGAACAACTGACACAA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=57839158;WS=57839140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	57839567	rs1968090	T	A	5316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=78;ReadPosRankSum=0.494;SC=CTTCAGCACCTCATCATCCAC;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=146;WE=57839575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr19	57863149	rs34172522	T	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=24;PP=660;SC=TTCAGGGTGCTCACTCCGTCG;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=57863157;WS=57863139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	57865082	rs862703	T	C	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=50;PP=2112;SC=CAGCTGTACTTATCATGGCAG;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=117;WE=57865090;WS=57865072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	57868336	rs862709	A	G	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=75;SC=TAAGTGCAACAAATGTGGGAA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=79;TCR=76;TR=153;WE=57868344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	57890000	rs2361119	C	T	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=35;PP=1045;SC=GCCAAAATGACGAACAACACC;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=57890008;WS=57889990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	57901422	rs75599624	G	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	57909872	rs4801478	G	A	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=31;PP=1428;SC=AGAGGTTACAGCTTCAAAGCC;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=57909880;WS=57909862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	57922664	rs4801480	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=8;PP=752;SC=TGAGGCTCGGTTGAATCGGTT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=57922672;WS=57922654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	57929213	rs377038890	CA	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.001;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr19	57931303	rs2014827	C	A	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=55;PP=1955;SC=AGGAACCTCACATGCATGCAG;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=95;WE=57931311;WS=57931293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	57932027	rs2158009	C	T	5193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=62;PP=2440;SC=ATGAATGCAACGAATGTGGGA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=126;WE=57932035;WS=57932017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	57954628	rs7249430	G	A	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=566;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CGGAGTTCACGTGCACTTCAC;SOR=0.486;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=68;TCR=19;TR=41;WE=57954636;WS=57954618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr19	57955244	rs12986235	A	G	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.490;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,65:0.57:114
chr19	57956828	rs7246856	T	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=0.686;SC=AAACATCAGATAATTCATACT;SOR=0.590;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=26;WE=57956836;WS=57956818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
chr19	57967049	rs61744949	G	T	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=512;ReadPosRankSum=1.499;SC=TGTGGCTCTGGCTTCCTGGGA;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=33;WE=57967057;WS=57967039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr19	57967133	rs28649880	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=556;ReadPosRankSum=-2.207;SC=GAAGACCATGGAGCCACTGGC;SOR=0.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=35;WE=57967141;WS=57967123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr19	57983457	rs10153521	A	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=12;PP=1018;SC=ACAGGTATGGAAATATTTCTG;SOR=1.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=57983465;WS=57983447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	57984918	rs2074058	A	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=683;ReadPosRankSum=-1.828;SC=CAGTATGAACACTCCAATGTT;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=47;WE=57984926;WS=57984908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,62:0.48:128
chr19	57985460	rs2074059	T	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=29;PP=964;SC=GACATCTCCATTGATTGCACA;SOR=0.753;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=53;WE=57985468;WS=57985450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	57985566	rs2074060	G	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=32;PP=1178;SC=TTGCACTGAAGCAGAACTGTT;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=57985574;WS=57985556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	57985889	rs7257644	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=341;ReadPosRankSum=-0.299;SC=ACCAAGGTCATAGGACTGTTG;SOR=0.574;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=23;WE=57985897;WS=57985879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr19	57986184	rs2285607	G	A	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=32;PP=1480;SC=GAAACACTAAGTACAGGCCAA;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=57986192;WS=57986174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	57987895	rs2074065	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=344;ReadPosRankSum=-1.779;SC=GTCCTCAGACCCAAGAGATCG;SOR=0.919;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=57987913;WS=57987885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr19	57987905	rs2067055	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=431;ReadPosRankSum=2.509;SC=CCAAGAGATCGGAGAGTAGCA;SOR=0.321;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=10;WE=57987913;WS=57987885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr19	57988666	rs34678661	A	AGCC	1202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CCATCGGCTCAGCCGCCGCCA;SOR=1.494;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=22;WE=57988674;WS=57988656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr19	57999182	rs8113039	A	G	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=832;ReadPosRankSum=-0.250;SC=TGAGGCGACCAGCGCCGGAAG;SOR=0.594;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=130;TCF=90;TCR=40;TR=66;WE=57999190;WS=57999172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,83:0.49:169
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chr19	58003488	rs2074070	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQRankSum=0.595;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.753;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
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chr19	58003613	rs2074072	C	T	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=46;PP=1658;SC=GAGGTGTGAACTCAGGGATGG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=91;WE=58003621;WS=58003603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	58003728	rs2074073	G	A	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=43;PP=1760;SC=CTATTCTGATGTTTGACCTAG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=58003736;WS=58003718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	58003873	rs2074074	C	T	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=41;PP=1180;SC=TATTTGGTTGCAGTTGGTTTT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=58003881;WS=58003863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	58004158	rs2074075	C	T	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=13;PP=554;SC=TTAGACACATCTGTGAGAGTG;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=58004166;WS=58004148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	58004346	rs2074076	G	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=21;PP=932;SC=AAAAAGACAAGAGGGCAGGGT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=58004354;WS=58004336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	58004931	rs2074077	A	G	5864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=79;PP=2965;SC=ACATCAGAGAATTCACACTGG;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=90;TCR=80;TR=168;WE=58004939;WS=58004921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	58011421	rs12463137	G	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.679;NF=7;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CCCTTTCCTCGGTCGTTGTCT;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=15;WE=58011429;WS=58011411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr19	58016474	rs150811873	T	C	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=9.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.89;MQRankSum=-2.108;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.392;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,72:0.42:172
chr19	58018848	rs2066936	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=0.894;SC=GAAAGTTCACAGTGTAAAAAA;SOR=0.463;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=22;WE=58018856;WS=58018838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr19	58038964	rs12461014	T	A	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=30;PP=1091;SC=GCGCTAGTGATTACGCCGCAG;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=67;WE=58038972;WS=58038954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	58058536	rs1548476	A	G	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=753;ReadPosRankSum=-1.028;SC=CTGGTGCTGTATGAGTTCTGA;SOR=0.983;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=47;WE=58058544;WS=58058526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,65:0.43:152
chr19	58058739	rs10410631	T	C	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.40;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	58058739	.	TT	CC,CT	664	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=19,40;NR=11,31;PP=313,664;QD=12.2155958287;SC=CCTTTCGACATTGACTACACT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=30,71;WE=58058748;WS=58058729;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.41:73
chr19	58058740	.	T	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,51:0.45:114
chr19	58071195	rs75946741	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr19	58084930	rs3746222	G	A	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=803;ReadPosRankSum=1.383;SC=GCAAAATGTCGGTCAGGAATG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=59;WE=58084938;WS=58084920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,81:0.47:171
chr19	58117223	rs2360543	T	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=497;ReadPosRankSum=0.528;SC=TTGAGCTCCATGCCTCACCCT;SOR=0.821;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=35;WE=58117231;WS=58117213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr19	58118715	rs10715037	CT	C	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.588;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr19	58193352	.	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GCCGGAACTTCCGGCGTCCTC;SOR=0.582;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=9;WE=58193360;WS=58193342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr19	58213693	rs61730373	C	T	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=1042;ReadPosRankSum=0.606;SC=TGTGAACTCTCCGGTGCTGAA;SOR=0.593;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=70;WE=58213701;WS=58213683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,88:0.49:179
chr19	58213773	rs2188736	G	C	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1183;ReadPosRankSum=2.027;SC=CCAGTGTGAAGTCTCCAATGG;SOR=0.553;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=161;TCF=87;TCR=74;TR=79;WE=58213781;WS=58213763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,98:0.46:211
chr19	58214147	rs34282745	T	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=254;ReadPosRankSum=0.564;SC=CTGCTTCTGATGATGAACATC;SOR=0.854;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=26;WE=58214155;WS=58214137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr19	58214279	rs35063765	T	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CGTCTCACAGTGGTGGGCCTT;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=58214287;WS=58214269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr19	58233008	rs3746207	G	A	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=723;ReadPosRankSum=0.183;SC=TGACACTCCTGCTACAAAAAT;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=53;WE=58233016;WS=58232998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,91:0.49:186
chr19	58238790	.	C	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=376;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CGCCATAGGACCGTGGGCGCG;SOR=1.089;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=24;WE=58238798;WS=58238780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr19	58258466	rs60751243	G	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,75:0.41:182
chr19	58262454	rs11419013	C	CT	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.203;NF=2;NR=16;PP=686;ReadPosRankSum=1.411;SC=ACTGCCCTCTCTCTCCTTGAG;SOR=0.392;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=18;WE=58262462;WS=58262444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr19	58281192	rs74911211	T	TC	2038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=5.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.044;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.874;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,92:0.49:186
chr19	58281374	rs2285614	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=360;ReadPosRankSum=-0.946;SC=GCGCCGGCGGGTGGGATCCCT;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=18;WE=58281382;WS=58281364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr19	58288169	rs2285615	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=674;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TGTTGTTGGTCGGACTGAGGT;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=42;WE=58288177;WS=58288159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,58:0.51:114
chr19	58290884	rs201548471	G	A	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=1225;ReadPosRankSum=0.665;SC=CACCATCAGCGAGTTCATACT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=79;TR=73;WE=58290892;WS=58290874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,99:0.51:195
chr19	58291228	rs2158013	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=526;ReadPosRankSum=-1.253;SC=AGTTCACACCAGATCAAGGTG;SOR=0.641;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=38;WE=58291236;WS=58291218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr19	58301766	rs72530696	TG	T	3761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=45;PP=1913;ReadPosRankSum=-1.333;SC=ATATCCTCCCTGGGTAAGGTA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=24;TCR=92;TR=56;WE=58301774;WS=58301756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,131:0.45:291
chr19	58326001	rs2303817	A	G	3917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.224;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=77;PP=2205;ReadPosRankSum=1.868;SC=AGAGCCGTAAACAGGTGCCGC;SOR=0.931;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=208;TCF=91;TCR=117;TR=130;WE=58326009;WS=58325991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,183:0.55:334
chr19	58352522	rs12981244	G	A	3594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.018;NF=74;NR=60;PP=1541;ReadPosRankSum=0.719;SC=TTGTGAAGAGGTGTAAGTTGC;SOR=0.837;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=434;TCF=224;TCR=210;TR=134;WE=58352530;WS=58352512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:475,219:0.32:694
chr19	58361328	rs28374851	G	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-0.392;QD=17.10;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr19	58361334	rs28577146	G	A	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-0.752;QD=16.66;ReadPosRankSum=-1.338;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr19	58361549	rs58754895	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=0.824;SC=CCGGCGTAGGAACACTGAGGC;SOR=0.657;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=18;WE=58361557;WS=58361539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr19	58370727	rs77825740	T	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-14.725;NF=52;NR=24;PP=906;ReadPosRankSum=1.301;SC=AGCCATCAGCTTGTTCACACT;SOR=1.434;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=191;TCF=114;TCR=77;TR=76;WE=58370735;WS=58370717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,72:0.27:265
chr19	58374130	rs7253130	C	T	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=622;ReadPosRankSum=1.525;SC=ATGGGACATTCTGAGGGACCC;SOR=1.120;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=39;WE=58374138;WS=58374120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr19	58385954	.	T	C	542	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=18;MQ=59.27;NF=20;NR=12;PP=542;QD=18.0241003921;SC=CACATTCATGTTTTTTTTCAG;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=32;WE=58385962;WS=58385944;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:29,32:0.52:61
chr19	58386651	rs12610589	C	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQRankSum=1.212;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr19	58386762	rs7252219	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.163;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr19	58419180	rs73068597	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=1.760;SC=GTCTGCACAGGGACTGGAGAT;SOR=0.751;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=9;WE=58419188;WS=58419170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr19	58419841	rs10414704	G	T	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.523;NF=40;NR=21;PP=933;ReadPosRankSum=2.232;SC=CACTCATAAGGCCTTTCTCCA;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=61;WE=58419849;WS=58419831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,73:0.48:152
chr19	58419874	rs10415951	T	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.418;NF=45;NR=28;PP=871;ReadPosRankSum=2.907;SC=CTGTGTTTAATGAGACGGGAT;SOR=0.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=83;TCR=52;TR=73;WE=58419882;WS=58419864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,75:0.42:179
chr19	58420152	rs17845779	C	A	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=3.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-5.018;QD=13.06;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,110:0.36:309
chr19	58420162	rs10416584	T	C	4489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=2.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQRankSum=-5.115;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,121:0.37:328
chr19	58420167	rs17852300	T	C	4214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=4.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-4.631;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,118:0.36:329
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chr19	58421128	rs201944488	C	T	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.49;QD=24.13;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr19	58472963	rs8102308	T	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=771;ReadPosRankSum=0.815;SC=GTTTTCATGATGAATAATTCA;SOR=1.244;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=14;WE=58472971;WS=58472938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr19	58483954	rs11668548	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr19	58485439	rs257676	C	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=12;PP=830;SC=GATTCTCACTCCACTGAATGA;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=58485447;WS=58485429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	58485828	rs7249794	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=-0.019;SC=TATTTTATCCCGTAGATGAAA;SOR=1.246;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=17;WE=58485836;WS=58485818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr19	58491627	rs11673029	T	C	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1007;ReadPosRankSum=1.279;SC=AATGCTTTGCTTTCAAGATTT;SOR=0.427;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=69;WE=58491635;WS=58491617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,108:0.55:198
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chr19	58512227	rs10406352	GT	AC	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=563;ReadPosRankSum=0.678;SC=GAGCCCAAGGGTGTGTAAAAA;SOR=0.569;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=20;WE=58512236;WS=58512217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr19	58513477	rs4801242	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.685;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr19	58513807	rs4801243	A	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=327;ReadPosRankSum=1.180;SC=GCGCAGCAGGATCGGGGTCTG;SOR=0.790;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=20;WE=58513815;WS=58513797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr19	58514095	rs141913767	A	AC	1543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.982;NF=8;NR=25;PP=889;ReadPosRankSum=-1.060;SC=GGCTCTCCTGACCCCCCAAGC;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=33;WE=58514103;WS=58514085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,82:0.52:159
chr19	58514183	rs9304808	T	C	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=589;ReadPosRankSum=-1.359;SC=TTCCCCGGCGTCGACCGGAGC;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=38;WE=58514191;WS=58514173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
chr19	58514475	rs9304809	G	T	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.458;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,112:0.49:228
chr19	58520694	.	C	T	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.221;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=1016;ReadPosRankSum=-2.010;SC=ACTTTTATTTCTTAGCTGACA;SOR=0.464;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=130;TCF=83;TCR=47;TR=71;WE=58520702;WS=58520684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,101:0.53:190
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chr19	58549593	rs2241406	C	G	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=18;PP=797;SC=CGCAGGCTTCCTGCCCCGGGC;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=58549601;WS=58549583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	58549868	.	A	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=0.472;SC=CTCTCTGGGAAGGACGCTGCC;SOR=0.573;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=14;WE=58549876;WS=58549858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr19	58551664	.	GG	TA	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=504;ReadPosRankSum=-0.829;SC=GCAGCCACATGGAGGGACAGA;SOR=1.027;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=14;WE=58551673;WS=58551654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr19	58565431	rs8104122	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=0.450;SC=TGGCCAGCCTCGGGCCTCGGC;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=16;WE=58565439;WS=58565421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr19	58572959	rs2288274	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=352;ReadPosRankSum=0.379;SC=AGCAAGTGACGTTTGAGGACG;SOR=1.322;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=23;WE=58572967;WS=58572949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr19	58572979	rs1469087	G	A	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=24;PP=1068;SC=GTGGTAGTGGGCTTCAGCCAG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=58572987;WS=58572969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	58578578	rs2229375	C	T	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=1016;ReadPosRankSum=0.646;SC=AGAGACCTTACGAATGTCACG;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=85;TCR=93;TR=78;WE=58578586;WS=58578568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,114:0.45:256
chr19	58579923	rs2229379	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-0.811;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr19	58579927	rs12461217	A	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.944;NF=5;NR=17;PP=848;ReadPosRankSum=-1.640;SC=ACGTACATTCATACACAAGCC;SOR=0.478;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=22;WE=58579935;WS=58579913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
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chr19	58598784	rs2260914	A	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=24;PP=814;SC=GGGGAGAAGGAGAGGCAGAGC;SOR=0.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=58598792;WS=58598774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	58601221	rs2547354	T	C	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=49;PP=1840;SC=TTCTCCTCTGTGACAGCCCAC;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=114;WE=58601229;WS=58601211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	58629830	rs8108978	A	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.83;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	58629878	rs8109275	G	T	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=21;PP=547;SC=GGCCGCAGCTGCCTGGCAGCC;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=58629886;WS=58629868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	58718360	rs59557917	A	AG	1301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=1113;SC=GGTCCCCGGGAGCCCTGGACC;SOR=0.804;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=24;WE=58718368;WS=58718350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	58723066	rs45503599	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=0.185;SC=AGGCTGTGCCCCCTCTTCACC;SOR=0.925;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=29;WE=58723074;WS=58723056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr19	58791254	rs77570482	A	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.320;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	58850341	rs59054150	G	C	4562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=69;PP=2180;ReadPosRankSum=0.855;SC=GGGTGCACACGGGGGAGCGGC;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=151;TCR=113;TR=162;WE=58850349;WS=58850331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,216:0.60:362
chr19	58850756	rs16988668	G	C	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=-0.943;SC=TAAGAGAAACGCTGAGTTCCT;SOR=0.634;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=18;WE=58850764;WS=58850746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr19	58858231	rs3214663	GC	G	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=379;ReadPosRankSum=1.856;SC=TTTAAACAGAGCCTCTCTTCA;SOR=0.776;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=12;WE=58858239;WS=58858221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr19	58858614	rs11345647	AG	A	2046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.17;NF=20;NR=19;PP=1487;SC=AGCGCTAACCAGGGGTGCCCA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=39;WE=58858622;WS=58858604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	58858676	rs1265957	A	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr19	58859055	rs144085420	C	CCCCAGGCCGCG	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=707;ReadPosRankSum=0.573;SC=CCAGGCCACGCCCCAGGCCAC;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=3;WE=58859074;WS=58859045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr19	58859066	rs1265959	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=0.663;SC=CCCAGGCCACACCCCAGGCCA;SOR=0.148;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=3;WE=58859074;WS=58859045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr19	58863161	rs10164322	C	CT	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.782;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr19	58863673	rs144826779	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=-0.221;SC=GTCACAGTAGCGCTGGGCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=13;WE=58863681;WS=58863663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr19	58864479	rs893184	T	C	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=785;ReadPosRankSum=-0.622;SC=AGTCTCCAGGTGGGCCTGGCA;SOR=0.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=59;WE=58864487;WS=58864469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,76:0.41:185
chr19	58864867	rs2375470	A	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.074;QD=8.85;ReadPosRankSum=-2.314;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr19	58864879	rs3833872	T	TG	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.225;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr19	58870003	rs10692126	T	TGAG	852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=838;ReadPosRankSum=1.313;SC=CTAGCAGATCTGAGAAAACAA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=18;WE=58870011;WS=58869993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr19	58870087	rs11332731	TG	T	3484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.948;NF=23;NR=34;PP=2045;ReadPosRankSum=0.854;SC=CACACAGGTGTGGACTGGAGA;SOR=0.607;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=57;WE=58870095;WS=58870077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,118:0.53:222
chr19	58871130	rs6510138	C	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-0.100;SC=ACGAGGTCAGCAATTCCAAGA;SOR=0.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=58871138;WS=58871120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr19	58879660	rs61746138	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=482;ReadPosRankSum=0.673;SC=CCGCTCGCTGTAGTCCCCGCA;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=25;WE=58879668;WS=58879650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr19	58879701	rs61746129	C	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=487;ReadPosRankSum=0.862;SC=AGGCGCGCCGCGCCAGGACGG;SOR=0.834;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=29;WE=58879709;WS=58879691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr19	58879965	rs7255489	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=5;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=751;ReadPosRankSum=-0.036;SC=ACACTGGGGGACTCTTGCCCG;SOR=0.462;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=20;WE=58879984;WS=58879955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr19	58879976	rs7255596	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=751;ReadPosRankSum=0.857;SC=CTCTTGCCCGCCTGCTGCTGC;SOR=0.776;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=17;WE=58879984;WS=58879955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr19	58880016	rs7255916	G	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-1.079;SC=TCCCGCACCGGGCACACGGAC;SOR=0.297;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=10;WE=58880024;WS=58880006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
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chr19	58880242	rs7256940	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=279;ReadPosRankSum=-0.458;SC=GGGGTGGTTCTGGATCCGCTC;SOR=0.623;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=21;WE=58880250;WS=58880232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
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chr19	58904396	rs10853905	G	A	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1655;ReadPosRankSum=0.336;SC=ACAGTGCAGGGCGGTATGCCG;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=127;TCR=98;TR=113;WE=58904404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,132:0.50:266
chr19	58906041	.	C	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr19	58907443	rs12611212	C	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=1.406;SC=TCCTCTCCTCCCAGGTCCATC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=58907451;WS=58907433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	58907700	rs112710702	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=449;ReadPosRankSum=-1.525;SC=CAAGCGCCTGGACTGCGGCCA;SOR=0.733;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=35;WE=58907708;WS=58907690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr19	58908150	rs13343526	C	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=475;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CTCCGGCCCCCCGCGGCCCCA;SOR=0.580;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=33;WE=58908158;WS=58908140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,79:0.54:146
chr19	58920104	rs145105239	ACGGGAGTTC	A	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.344;NF=7;NR=1;PP=2678;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GGCGCGGGCCACGGGAGTTCC;SOR=0.551;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=8;WE=58920120;WS=58920094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	58928302	rs10423138	T	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=446;ReadPosRankSum=1.164;SC=ATGGGGCAGCTTTCCCACCTG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=25;WE=58928310;WS=58928292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr19	58928786	rs7257872	A	G	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=3.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=2.867;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,61:0.46:132
chr19	58929052	rs3764535	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=501;ReadPosRankSum=1.197;SC=AGTGTGGGAAGGCCTTCAAAC;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=36;WE=58929060;WS=58929042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,58:0.46:126
chr19	58929136	rs3764534	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=2.220;SC=CACATGGGAAGGTCGTTAGCT;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=20;WE=58929144;WS=58929126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr19	58929194	rs3764533	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-1.587;SC=AAAGGAGGTTAAGGAGAGTGG;SOR=0.097;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=58929202;WS=58929184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr19	58945962	rs9941466	C	T	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=755;ReadPosRankSum=1.566;SC=CAGTGTGAAACTTTTTATTAC;SOR=0.521;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=50;WE=58945970;WS=58945952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,77:0.53:145
chr19	58946056	rs1465789	G	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.649;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=571;ReadPosRankSum=-0.432;SC=CAGATGGTTGGGGAGAGTGGA;SOR=1.366;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=34;WE=58946064;WS=58946046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,51:0.53:97
chr19	58951123	rs7259841	T	C	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=456;ReadPosRankSum=0.063;SC=ACACTCCACTTACCTGCGCCG;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=31;WE=58951131;WS=58951113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr19	58962958	rs893188	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=321;ReadPosRankSum=0.568;SC=GCAATGTGAGCTCTGGGGGCT;SOR=0.845;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=26;WE=58962966;WS=58962948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr19	58963018	rs893187	C	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=327;ReadPosRankSum=1.297;SC=CAGGCCACACCGGTGGTCTGG;SOR=0.250;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=22;WE=58963026;WS=58963008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr19	58966644	rs60037165	A	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=7.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.069;QD=9.85;ReadPosRankSum=2.333;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr19	58982384	rs10418774	A	G	4646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=60;PP=2171;SC=TCCGGCTTAGAGAAAAGACAC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=105;WE=58982392;WS=58982374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	58989495	rs893185	A	C	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=3.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=884;ReadPosRankSum=2.089;SC=CCCTGAGGGGAACCATGGACA;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=53;WE=58989503;WS=58989485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,101:0.38:264
chr19	58991900	rs882610	G	A	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=910;ReadPosRankSum=0.256;SC=CACCCCCGACGCTCACTCACA;SOR=0.876;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=66;WE=58991908;WS=58991890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,92:0.53:175
chr19	59010439	rs80330258	A	G	4089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=2.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,196:0.56:347
chr19	59010593	rs4801274	A	G	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=54;PP=1223;ReadPosRankSum=2.890;SC=TCCATCTGCAAGGAGGGAGCC;SOR=0.927;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=167;TCF=57;TCR=110;TR=80;WE=59010601;WS=59010583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,95:0.44:218
chr19	59023166	rs34415062	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.56;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr19	59023174	rs35350976	A	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.565;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr19	59025685	rs4801602	A	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=459;SC=CCCCTGCGGAAGACAGGGCGG;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=59025693;WS=59025675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	59028585	rs11545185	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.542;NF=14;NR=4;PP=297;ReadPosRankSum=-0.046;SC=GGTGGCGCAGGCGGTGACGCA;SOR=0.826;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=18;WE=59028593;WS=59028575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr19	59056752	rs2305122	G	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TAACCTGGGTGGGAACTTGTA;SOR=0.638;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=13;WE=59056760;WS=59056742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr19	59058693	rs3816329	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr19	59082605	rs3752109	C	T	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr20	76962	rs6111385	T	C	3380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1167;ReadPosRankSum=1.578;SC=TGCCACCATCTGAGGCCACTA;SOR=0.792;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=234;TCF=121;TCR=113;TR=103;WE=76970;WS=76952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,174:0.46:376
chr20	138004	rs6055356	G	C	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=52;SC=TGGGTGGCCTGAAATTTCCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=138012;WS=137995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	138178	rs3216039	GC	G	2304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=887;SC=CTTCTGGAAAGCCTGGCCATG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=138186;WS=138168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	139362	rs6055460	G	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=422;SC=CAAAACCAACGTGCCTTCAGT;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=139370;WS=139352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	139745	rs4142304	T	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=496;SC=CTTCTTCCTTTTGGTTTCTTG;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=139753;WS=139735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	168466	rs4813042	T	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.582;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr20	168728	rs4813043	T	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=515;ReadPosRankSum=-1.106;SC=AGCCTGTTACTTTATTGAAGC;SOR=0.856;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=36;WE=168736;WS=168718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr20	238435	rs66489228	CTGGTCT	C	4700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.19;NF=5;NR=38;PP=2448;SC=GTTCCTGCTCCTGGTCTTGGC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=43;WE=238448;WS=238425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	238507	rs373225	A	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=29;PP=875;SC=GGAAAGGAAAACTGGGAACGA;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=238515;WS=238497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	238530	rs412143	T	G	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=40.73;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	238540	rs416360	C	T	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=46.11;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	239664	rs420525	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=430;SC=GACGCTTTAGTAGCCCTGTGC;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=239672;WS=239654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	239688	rs399083	G	A	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.26;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	239697	rs399094	G	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.18;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	256573	rs6075567	A	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=258;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TCAGAGTGTGACTGGTTTAAG;SOR=0.563;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=22;WE=256581;WS=256563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr20	256727	rs3827147	T	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=0.191;SC=TGGTCAATAATCTGAGAGGAA;SOR=0.819;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=12;WE=256735;WS=256717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr20	256760	rs56774790	G	GA	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=435;ReadPosRankSum=1.729;SC=GGAGAAGGGAGAGGCAAATGG;SOR=1.038;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=256771;WS=256750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr20	256763	rs61354763	G	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=426;ReadPosRankSum=0.409;SC=GAAGGGAGAGGCAAATGGCCC;SOR=0.804;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=7;WE=256771;WS=256750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr20	257320	rs2277779	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=266;ReadPosRankSum=-0.168;SC=CAACACCAGAGTCAGAGACCT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=19;WE=257328;WS=257310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr20	257733	rs2277781	A	G	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=564;ReadPosRankSum=-2.155;SC=GAATCTTGTCAGACAAGGATT;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=42;WE=257741;WS=257723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,71:0.50:142
chr20	257812	rs6046375	T	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=375;ReadPosRankSum=1.951;SC=AGGGTGTTGGTCACCAGTCCT;SOR=1.019;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=22;WE=257820;WS=257802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr20	258865	rs6046492	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GAAGAGAGCCAATGGGGCTGA;SOR=1.163;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=17;WE=258873;WS=258855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr20	259928	rs151192874	C	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=601;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GTTCTCACGGCTTCGGAGCTC;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=48;WE=259936;WS=259918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,83:0.43:193
chr20	259969	rs7271033	G	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=412;ReadPosRankSum=-0.097;SC=TCCTGAGCGAGGTCTGCGGGC;SOR=0.830;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=32;WE=259977;WS=259959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,52:0.40:131
chr20	270414	rs11478105	TC	T	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=468;ReadPosRankSum=-1.544;SC=ACTTGACCTCTCCTGAGCCTC;SOR=0.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=9;WE=270436;WS=270404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr20	270428	rs6035784	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.996;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=466;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAGCCTCAATCTTCTCATCTG;SOR=0.309;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=12;WE=270436;WS=270404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr20	271135	rs3215551	G	GC	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=587;ReadPosRankSum=-0.574;SC=AAGACCGAGGGCGACCTCGAG;SOR=1.445;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=29;WE=271143;WS=271125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr20	278515	rs2223665	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=1.677;SC=GCCGCGGGGATCCGAAGGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=7;WE=278523;WS=278505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr20	278687	rs5839847	CCGG	C	1690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=13;PP=1285;SC=CCAGGATGAGCCGGCGGCGGC;SOR=1.387;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=28;WE=278697;WS=278677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	278806	rs1057189	C	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.195;NF=27;NR=21;PP=776;ReadPosRankSum=0.387;SC=TCCTGCGCTCCATCGGCATGG;SOR=0.643;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=48;WE=278814;WS=278796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,89:0.42:214
chr20	279483	rs1046560	T	C	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.007;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=903;ReadPosRankSum=-0.568;SC=AGCCAGCTTATCCCTCTTAAG;SOR=0.465;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=62;WE=279491;WS=279473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,111:0.54:207
chr20	334317	rs5839855	TC	T	9781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=110;PP=2973;SC=CCTGGATCCTTCCCCCCTTCT;SOR=0.946;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=20;TCR=113;TR=130;WE=334325;WS=334307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr20	340044	rs142345508	GCAC	G	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=460;ReadPosRankSum=0.317;SC=ATGAAGGCTGGCACCACCAGT;SOR=0.234;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=12;WE=340054;WS=340034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr20	377226	rs6115830	C	T	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=4.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,85:0.46:185
chr20	389456	rs3746792	C	T	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=45;PP=1263;SC=TGGGGAACTTCCGGTGGGAAG;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=389464;WS=389446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	390569	.	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=348;ReadPosRankSum=-1.629;SC=GGCGGGCGGGGATGAACAGGT;SOR=0.572;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=25;WE=390577;WS=390559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr20	391170	rs7059	C	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	397928	rs6115906	C	T	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=19;PP=688;SC=TGGAGGCCCTCGTGTGCTGCC;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=40;WE=397936;WS=397918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr20	398039	rs67707964	TTG	T	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=205;ReadPosRankSum=-0.182;SC=AGACTGGGGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.132;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=398048;WS=398029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr20	400504	rs67470622	AGTGACCCTGCACCTGGCT	A	858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=2957;SC=TGCTGCTGGCAGTGACCCTGC;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=400529;WS=400494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	402710	rs2057251	A	G	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=15;PP=985;SC=CATGTGAGGGATGGAGTCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=47;WE=402718;WS=402700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	402921	rs6051905	C	G	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;MQRankSum=0.192;QD=23.97;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr20	442937	rs708978	C	G	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=98;SC=CCCCCCGGGCCGCCCTCGCAG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=442945;WS=442927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	480602	.	CAAA	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr20	488930	rs74119	C	T	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=14;PP=1230;SC=ACTCTGCTTCCTCACTGCAAA;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=58;WE=488938;WS=488920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	585398	.	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr20	590456	rs282164	A	G	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=33;PP=1052;SC=TGCCCGCGGCACGGAAGCACG;SOR=0.853;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=60;WE=590464;WS=590446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	590542	rs2754502	CG	GC	5336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=32;PP=2057;SC=GCCAGGCGCACGGTCTCGATC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=65;WE=590551;WS=590532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	590900	rs183989	T	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.724;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr20	656057	rs6053839	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr20	741847	rs910857	A	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=27;PP=802;SC=CCTTGACGTAACTGAGGCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=741855;WS=741837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	742237	rs3746801	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr20	742237	.	GGT	AGC	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=2;PP=50;QD=12.9334843578;SC=TTCCCGGGAGGGTCCCACAGA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=742247;WS=742235;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,8:0.44:18
chr20	742239	rs6054589	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=127;SC=CCCGGGAGGGTCCCACAGACC;SOR=2.093;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=16;WE=742247;WS=742235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	744450	rs3746805	G	A	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=487;ReadPosRankSum=0.022;SC=GGTCATTGAGGAGGTCTTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=33;WE=744458;WS=744440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,56:0.47:118
chr20	744662	rs3833341	A	ACAGGTCAAT	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=2954;ReadPosRankSum=1.661;SC=AAAGGACAAGACAGATCCCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=744670;WS=744652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr20	746423	rs11467076	GTATCTGCCC	G	1927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.853;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=2938;ReadPosRankSum=0.694;SC=GGCCATGGCGGTATCTGCCCT;SOR=1.088;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=24;WE=746439;WS=746413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr20	825678	rs538094	T	C	7625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=87;PP=2965;SC=AGCCGCTCTTTAGCCCTGAGA;SOR=0.983;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=205;TCF=118;TCR=87;TR=203;WE=825686;WS=825668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr20	826492	rs2282050	G	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=1.051;SC=GACCAGCATTGTTGGGCAAGG;SOR=0.724;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=13;WE=826500;WS=826482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr20	854940	rs944110	T	C	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr20	861743	rs4816045	C	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.495;HP=5;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CGATGGGGTGCGGGGTGTCTG;SOR=2.683;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=16;WE=861765;WS=861733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr20	861757	rs148734460	G	GGGAA	761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.031;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=1143;ReadPosRankSum=0.695;SC=GTGTCTGTTTGGGAAGCCCTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=16;WE=861765;WS=861733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr20	896708	.	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=283;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GCTCAGACTTGGGCAGCAAGA;SOR=0.808;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=27;WE=896716;WS=896698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,45:0.36:126
chr20	1099329	rs2072962	A	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=231;SC=AGAGGGAAGCAGAGTTATAGC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=1099337;WS=1099328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	1099523	rs1803415	T	G	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=64;PP=2360;SC=CACGGTTACTTCGGCTTGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=131;WE=1099531;WS=1099513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr20	1099666	rs2072961	G	C	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=832;SC=GTCTGGGGCAGATGGCAGCGT;SOR=3.202;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=1099674;WS=1099656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	1106670	.	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.425;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=10.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.788;SOR=0.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr20	1108262	rs6040024	C	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=323;SC=ATGGAAGAACCTTTTATTTCT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=1108270;WS=1108252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	1115529	rs4813939	A	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr20	1146958	rs190099428	C	T	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=37;PP=1423;SC=GGCACGAGATCAAGGCGGTAG;SOR=0.762;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=75;WE=1146966;WS=1146948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	1210647	rs450739	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=386;ReadPosRankSum=0.737;SC=GATGACATTTTGCCCAGGTAT;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=31;WE=1210655;WS=1210637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr20	1214814	rs203534	A	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=1.806;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr20	1221038	rs16992733	T	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=0.281;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr20	1285933	rs3795139	G	A	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=398;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CTGAGGATGGGGCAGACAGTG;SOR=0.666;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=31;WE=1285941;WS=1285923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,46:0.39:117
chr20	1286711	rs4813082	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=381;SC=GGGCCCATTCTGGCAGCGGCG;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=1286719;WS=1286701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	1290968	rs113382304	C	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=7.830;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=0.807;SC=ACACGCCCCCCTCATGGCAGC;SOR=3.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=1290976;WS=1290967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr20	1291018	rs11449	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=1.985;SC=CCCATCATCCGAGGGTGGTTG;SOR=1.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=11;WE=1291026;WS=1291008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr20	1291076	rs1048628	G	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=-1.194;SC=GCCCTGCCCTGCAGTGGCTTC;SOR=0.551;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=17;WE=1291084;WS=1291066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr20	1291393	rs2273956	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=263;ReadPosRankSum=-1.228;SC=CGGGAGGTGAAGGGGATGGCA;SOR=0.750;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=13;WE=1291401;WS=1291383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr20	1292964	rs4814110	T	C	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=44;PP=2441;SC=CCCTCCCTGGTGCGGCCACCA;SOR=1.450;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=95;TCR=45;TR=139;WE=1292972;WS=1292954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr20	1293008	rs2273958	C	T	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=45;PP=1216;ReadPosRankSum=0.215;SC=TCTGCCCGTCCACCTCACACA;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=201;TCF=114;TCR=87;TR=100;WE=1293016;WS=1292998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,148:0.48:310
chr20	1293141	rs35367003	C	T	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=54;PP=1565;ReadPosRankSum=1.625;SC=GGTGACAGTCCGCTGGAACGG;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=119;TCR=115;TR=107;WE=1293149;WS=1293131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,130:0.45:287
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chr20	1298794	rs6078610	G	A	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=11;PP=590;SC=AGTGGTTTTCGTGAAGCCTCA;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=1298802;WS=1298784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr20	1356261	rs6074549	G	C	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=83;PP=2902;SC=TGAAAAAGACGACTGTAACAT;SOR=0.803;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=73;TCR=84;TR=156;WE=1356269;WS=1356251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr20	1424303	rs6891	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=179;ReadPosRankSum=0.095;SC=ACTGCTGGGTGTGCACAAGGG;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=15;WE=1424311;WS=1424293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr20	1426393	rs9575	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=316;ReadPosRankSum=0.151;SC=TCTGATTCGTCGATTAAGATG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=23;WE=1426401;WS=1426383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr20	1435905	rs6042377	T	C	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=369;SC=TACTGGCTAGTTGGGAACACA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=1435913;WS=1435895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	1457045	rs6042499	T	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=264;SC=CCACGCCTCATTGCTGCCCAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=1457053;WS=1457035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	1457910	rs6135048	C	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=-1.926;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,39:0.37:106
chr20	1457915	.	G	A	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=-2.196;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,45:0.38:117
chr20	1458159	rs6135050	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CTATGTGGGTATGGGCTAGAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=1458167;WS=1458149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr20	1459060	rs6042507	T	G	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=25;PP=1173;SC=CACCGCTGTCTCCTTGGGGTG;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=1459068;WS=1459050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	1460272	rs2873565	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=-1.521;SC=TACAGCATGATACAGTGGATA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=1460280;WS=1460262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr20	1520883	rs2256520	T	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=24;PP=900;SC=AGGGAATATGTTCTCTCCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=1520891;WS=1520873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	1532595	rs2249317	T	C	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=56;PP=1882;SC=GGTAAGGTATTGGGTACGCTG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=111;WE=1532603;WS=1532585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr20	1538379	rs73604175	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=0.281;SC=GCAGAGAAGACAGTTCTTGCC;SOR=0.990;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=13;WE=1538387;WS=1538369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr20	1546742	rs2243602	T	A	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=29;PP=1178;SC=TGGGCCCTCCTGCTGGCCTTG;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=1546750;WS=1546732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr20	1546911	rs2243603	C	G	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=32;PP=869;SC=GCCAGCGCTGCTTCTGGAAAT;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=1546919;WS=1546901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	1551485	rs2254458	C	T	4867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=42;PP=1958;SC=CCTTCTGGTGCGCTGAGATCT;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=103;WE=1551493;WS=1551475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr20	1551682	.	T	C	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=906;ReadPosRankSum=0.470;SC=TCCAACCAGGTCAGCTGTAGT;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=66;WE=1551690;WS=1551672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,102:0.56:181
chr20	1552430	rs2253427	T	C	9177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=110;PP=2965;SC=TGATGTGGGCTATCTCGCAGA;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=94;TCR=110;TR=204;WE=1552438;WS=1552420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr20	1559101	rs41275422	T	G	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.516;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=715;ReadPosRankSum=0.791;SC=TTACTGATGCTGATGGAAAAG;SOR=0.902;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=50;WE=1559109;WS=1559091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr20	1610790	rs3746719	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=0.602;SC=GGTGCTGCATGGCATGTGGGC;SOR=0.382;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=1610798;WS=1610780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr20	1610812	rs3746720	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=0.066;SC=GGGCCTTCCTGTTGGCCTTGC;SOR=0.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=8;WE=1610820;WS=1610802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr20	1610894	rs3746721	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr20	1610939	rs3746722	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=0.313;SC=GCGCAGTAAGGGATGATGCCG;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=10;WE=1610947;WS=1610929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr20	1615959	rs9305125	T	C	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=795;ReadPosRankSum=1.344;SC=CTGTGACCTCTAGGGCAAGGC;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=51;WE=1615967;WS=1615949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,61:0.52:117
chr20	1616137	rs6034239	G	A	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=973;ReadPosRankSum=-0.602;SC=TCCATTCTCCGACCAGGTCAG;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=65;WE=1616145;WS=1616127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,108:0.52:206
chr20	1616206	rs6043409	A	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=605;ReadPosRankSum=-1.494;SC=CTGGTTCCCCACCCTCATGGG;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=39;WE=1616214;WS=1616196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,54:0.51:106
chr20	1616892	rs2277760	A	G	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.77;MQRankSum=-0.668;NF=47;NR=38;PP=1184;ReadPosRankSum=0.097;SC=GCAAGGTGACATGGGCCACCT;SOR=0.783;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=182;TCF=93;TCR=89;TR=85;WE=1616900;WS=1616882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,120:0.48:252
chr20	1629547	rs6110775	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.712;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr20	1629604	.	AAA	CAG	631	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=9;NR=7;PP=631;QD=42.7792421789;SC=TGAGCACTGAAAATCACACCT;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=16;WE=1629614;WS=1629594;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr20	1629606	rs6110777	A	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.99;ReadPosRankSum=-1.728;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr20	1638374	.	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=444;ReadPosRankSum=1.083;SC=GGAGACCTCAGAAGCCTGCTC;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=29;WE=1638382;WS=1638364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr20	1895929	.	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.159;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.000;NF=8;NR=20;PP=503;ReadPosRankSum=-2.155;SC=GCCACTTCCCCCGGGTAACAA;SOR=1.182;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=28;WE=1895937;WS=1895919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr20	1908299	rs2076552	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=0.172;SC=TGGCAACTTCCAGAAGTGGAA;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=1908307;WS=1908289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr20	1915226	rs2076554	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=269;ReadPosRankSum=0.281;SC=ATATGCAGTTGTATTTCTGTT;SOR=1.292;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=15;WE=1915234;WS=1915216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr20	2124603	rs61067536	TC	T	1497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,51:0.45:114
chr20	2290333	rs214803	C	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=13;PP=621;SC=AACTGGCAGACGGCCTTCAAC;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=2290341;WS=2290323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	2290532	rs214804	T	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=635;SC=TAGCCCTTGTTCATTCAAGGA;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=2290540;WS=2290522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	2290547	rs214805	C	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=16;PP=472;SC=CAAGGACTGACGGGGACCACA;SOR=1.483;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=2290555;WS=2290537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	2297790	rs214814	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GACCCAAGGAGCTGGAACGGC;SOR=0.425;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=14;WE=2297798;WS=2297780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr20	2313059	rs2076408	T	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=504;ReadPosRankSum=0.964;SC=CAGCTACGAATGGAGCAGCCA;SOR=1.005;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=26;WE=2313067;WS=2313049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr20	2315929	rs2076406	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=-0.093;SC=GGTAATGGGGCTCCCCATCCT;SOR=1.136;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=2315937;WS=2315919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr20	2361684	rs2422753	C	T	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	2375262	rs2076405	A	G	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	2375311	.	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=1.849;SC=GTCTGCAGCTGGAGGGACCTG;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=19;WE=2375319;WS=2375301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr20	2378726	.	C	T	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.464;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,151:0.49:308
chr20	2380396	rs2076404	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	2381058	.	G	A	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=892;ReadPosRankSum=-1.831;SC=CCTTCGGGCGGACCCTGGAGG;SOR=0.688;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=62;WE=2381066;WS=2381048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,118:0.54:220
chr20	2411657	.	G	GAAC	3713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.963;NF=4;NR=31;PP=1558;ReadPosRankSum=0.369;SC=CCTTCTCCAGGAACAGCTCAG;SOR=0.787;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=35;WE=2411665;WS=2411647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,97:0.52:185
chr20	2413126	rs6036467	C	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=13;PP=666;SC=CTCCCCTCCCCTTCCTCCAGC;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=2413134;WS=2413116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	2442273	rs6049216	C	A	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=233;SC=AAATAAAGATCCATAGGTGCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=2442281;WS=2442263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	2451503	rs4815262	G	A	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=45;PP=1335;SC=TGGAGTTCCGGCCCCGGAGCG;SOR=1.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=2451511;WS=2451493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	2473587	rs41308639	A	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=198;ReadPosRankSum=-0.341;SC=ATTCGTCAGAATATATGGTTC;SOR=0.807;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=16;WE=2473595;WS=2473577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr20	2474081	rs4815270	T	C	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	2474136	rs371945940	GA	G	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.164;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,21:0.22:97
chr20	2517377	rs6036860	A	G	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GGAAGCACATATGGTGTTCAG;SOR=0.879;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=18;WE=2517385;WS=2517367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
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chr20	2539387	rs6050063	G	A	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=453;ReadPosRankSum=0.537;SC=ATTCCGAGGAGGGAGGAGAAG;SOR=0.813;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=39;WE=2539395;WS=2539377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,73:0.42:172
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chr20	2542747	rs4815323	G	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=-0.252;SC=TCCCCAAAGGGGCTTGATGTG;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=2542755;WS=2542737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr20	2552805	rs1883981	T	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.817;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr20	2552926	rs1883980	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.192;NF=7;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=2.333;SC=GTGTGTGGGGTGGGGGCAGTG;SOR=0.437;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=16;WE=2552934;WS=2552916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr20	2559778	rs6083735	G	C	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=338;ReadPosRankSum=-1.156;SC=AGAGTTTTACGTCTTTTATTT;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=21;WE=2559786;WS=2559768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr20	2572816	rs6050433	T	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=10.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=2.341;SOR=0.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr20	2591005	rs1883978	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr20	2591232	rs6050576	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
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chr20	2594190	rs10485601	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=1.266;SC=ATGTGACCTTCTATTCTAGGA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=13;WE=2594198;WS=2594180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr20	2633234	rs6115305	T	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	2633244	rs4815467	A	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	2633325	rs150527448	GGGGCGC	G	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=88;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=220;SC=GAGTGGTTGCGGGGCGCGGGC;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=2633338;WS=2633315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	2633378	rs149713688	A	AGAGCCTGGGCCT	939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=724;SC=GGCCGCAGACAGGGCCTGGGC;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=10;WE=2633388;WS=2633368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	2633404	rs6115307	C	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=12;PP=450;SC=CCTGGGCCTGCGCCTGCGCCT;SOR=1.371;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=26;WE=2633412;WS=2633394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	2633936	rs2073194	T	C	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=26;PP=1127;SC=TGGAGGAGTCTGTGCTCAACC;SOR=1.190;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=73;WE=2633944;WS=2633926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	2637071	rs8958	T	C	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=15;PP=758;SC=GGGGTAACACTCCAAAATATG;SOR=1.078;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=2637079;WS=2637061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	2638982	rs11553611	C	G	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=9;PP=360;SC=CATACCATAGCCCAAGGTGAC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=2638990;WS=2638972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	2644407	rs2073193	C	G	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=60;PP=1944;SC=TCCTCGGCCTCAATTGGGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=95;WE=2644415;WS=2644397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	2673644	.	GGGCGCT	G	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=1;PP=36;SC=GGGGCACGCGGGGCGCTGGCG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=0;TCR=1;TR=1;WE=2673657;WS=2673634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	2686229	.	G	T	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1034;ReadPosRankSum=1.027;SC=ACAGTGGCGTGGGTCTGGCAC;SOR=0.533;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=79;WE=2686237;WS=2686219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,125:0.55:227
chr20	2686431	.	CCACACA	C	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;QD=22.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr20	2686967	.	C	T	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.746;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=917;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GACCCTGCCTCCCCCTGGTCT;SOR=1.047;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=52;WE=2686975;WS=2686957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,73:0.65:112
chr20	2690122	rs7267225	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=0.583;SC=ACAGGACATCAGCACCCTCAG;SOR=1.234;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=18;WE=2690130;WS=2690112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr20	2690165	rs7273910	G	A	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=10.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=-1.748;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
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chr20	2732934	rs60014511	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=2.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=1.063;SC=CCTCCCCGCCGTCCTCGGGCG;SOR=1.139;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=9;WE=2732942;WS=2732924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr20	2775872	rs41306788	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=66;ReadPosRankSum=0.746;SC=GTAGCCTAAATGGACAGCAGG;SOR=0.148;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=2775880;WS=2775862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr20	2777459	rs1985525	T	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	2777828	rs742707	G	T	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=25;PP=1145;SC=ACCCTGGCCTGACTGCCCACC;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=2777836;WS=2777818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	2778075	rs127076	T	C	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=28;PP=880;SC=CCTCCAAGCTTACTGTCTCCC;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=47;WE=2778083;WS=2778065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	2779257	rs215541	G	C	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=18;PP=515;SC=TGAGCCTAAGGTTGCTCCTGC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=2779265;WS=2779247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	2781273	.	C	T	71.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQRankSum=-0.253;QD=14.36;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr20	2796485	rs3830832	C	CCTTTT	3016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.025;NF=4;NR=33;PP=1961;ReadPosRankSum=-1.445;SC=CATCAGGCCCCCTTTTCTCCT;SOR=0.818;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=86;TCF=7;TCR=79;TR=37;WE=2796493;WS=2796475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,79:0.49:160
chr20	2797015	rs215561	G	A	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr20	2797137	rs11469869	GCC	G	754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.45;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr20	2820324	.	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=433;ReadPosRankSum=0.235;SC=CTACTGGACGGAACAGACCAG;SOR=0.396;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=30;WE=2820332;WS=2820314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr20	3063587	rs200820983	G	GC	193.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=6;PP=115;SC=AGCGGTCTGCGCCCCCCCCAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=3063595;WS=3063577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	3065111	rs148045404	A	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=365;ReadPosRankSum=0.560;SC=GGCTACCACCACCCATGACTT;SOR=0.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=30;WE=3065119;WS=3065101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,43:0.38:114
chr20	3090848	rs708973	T	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr20	3147468	rs17853865	G	A	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.286;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=957;ReadPosRankSum=1.385;SC=TGCCAACCACGTTGCCACAGA;SOR=0.994;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=64;WE=3147476;WS=3147458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,104:0.57:182
chr20	3147762	rs6051612	A	G	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=41;PP=1225;SC=CCAGGAGAGGATCCCGCCCTG;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=3147770;WS=3147752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr20	3171628	rs2295546	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GTCGAATCAGGCTGCCCTGCC;SOR=1.144;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=5;WE=3171636;WS=3171618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr20	3172246	rs2295547	A	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=-2.246;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr20	3175556	rs2295549	C	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=236;ReadPosRankSum=0.151;SC=CCCTAGCAAGCCCACAGGGTT;SOR=0.873;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=17;WE=3175564;WS=3175546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr20	3175742	rs2295551	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-1.118;SC=TGGCCACTAAAGCCTGCTGGT;SOR=0.593;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=3175750;WS=3175733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr20	3176009	rs2295552	T	C	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=507;ReadPosRankSum=-0.005;SC=CCTGTGGACATAGGAGGCAAA;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=33;WE=3176017;WS=3175999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr20	3176072	rs7263489	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=1.893;SC=TTGCTGCTACCCCTGCAGGAC;SOR=2.007;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=9;WE=3176080;WS=3176062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr20	3185123	rs11697186	A	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=420;ReadPosRankSum=0.423;SC=GACGGTCCACAAAGGCTCAGA;SOR=0.457;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=37;WE=3185131;WS=3185113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr20	3193842	rs1127354	C	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=592;ReadPosRankSum=1.086;SC=AGATAAGTTTCCATGCACTTT;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=43;WE=3193850;WS=3193832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,62:0.57:108
chr20	3193978	rs8362	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=264;ReadPosRankSum=0.951;SC=CGGAGTACCAGGGGGAGCCGG;SOR=1.013;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=19;WE=3193986;WS=3193968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr20	3203950	rs2236206	T	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr20	3204084	rs9101	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=248;ReadPosRankSum=-1.428;SC=AGCTGCAGGAGTACTTTGGCA;SOR=0.907;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=23;WE=3204092;WS=3204074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,35:0.36:97
chr20	3209371	rs2281575	G	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GGCCCGAGCCGCGAGTGTCAC;SOR=0.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=76;WE=3209379;WS=3209361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,100:0.57:176
chr20	3210153	.	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=337;ReadPosRankSum=-2.171;SC=CCCTCCCCTCCCCATGCAGCC;SOR=0.536;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=17;WE=3210161;WS=3210143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr20	3210692	rs6139039	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr20	3211064	rs3810561	A	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=6;PP=336;SC=TTGGGGCAGCAATATGGTGGG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=3211072;WS=3211062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	3211719	rs3803953	T	G	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=1230;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GAATGGGGGATGGGAGAGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=74;WE=3211727;WS=3211709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,118:0.55:213
chr20	3212200	.	G	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=446;ReadPosRankSum=1.500;SC=CTTTTCTAGGGGTGGAGGATG;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=31;WE=3212208;WS=3212190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr20	3212222	rs147477986	T	TG	966.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.890;HP=4;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=1674;ReadPosRankSum=0.477;SC=GAGTCACCCCTAGAAACAGAG;SOR=1.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=18;WE=3212233;WS=3212212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr20	3212223	.	A	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=0.362;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr20	3212223	.	AGA	TGG	1663	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=5;NR=16;PP=1663;QD=81.7365654696;SC=AGTCACCCCTAGAAACAGAGG;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=21;WE=3212233;WS=3212212;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr20	3212225	.	A	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.812;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.386;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr20	3214020	rs2144771	G	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=458;ReadPosRankSum=-0.681;SC=ACATGTTTCTGACACACCCAC;SOR=0.283;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=26;WE=3214028;WS=3214010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr20	3214581	rs3803956	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=5.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr20	3214819	rs3827075	T	G	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=3.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,129:0.47:277
chr20	3215046	rs6139040	C	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=585;ReadPosRankSum=-1.193;SC=CCAGCCGCAGCAGTCCAGCCC;SOR=0.668;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=12;WE=3215057;WS=3215036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr20	3215049	rs3842433	T	TCCAGCCC	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=4.132;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr20	3215548	rs3803957	C	A	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=481;ReadPosRankSum=0.856;SC=AGCCTAGAGACCCCCAAGAGC;SOR=0.680;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=41;WE=3215556;WS=3215538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,71:0.44:161
chr20	3218355	rs3827076	C	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=461;ReadPosRankSum=0.686;SC=ATGCAACCCACGCCACCCTAG;SOR=1.096;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=26;WE=3218363;WS=3218345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr20	3218634	rs3810562	G	C	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=45;PP=1394;SC=CTCTCTCCTCGGATGCCAAGG;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=84;WE=3218642;WS=3218624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	3219561	rs113139885	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GCGAAGCCGCGCCCGGGCCTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=3219569;WS=3219551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr20	3219692	rs6084314	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=310;ReadPosRankSum=0.330;SC=GAGACGGTGGCGGAGACCCGG;SOR=1.055;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=24;WE=3219700;WS=3219682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr20	3219894	rs6107260	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=591;SC=ACACACCCCCACGCCGCGCCT;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=3219902;WS=3219884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	3233142	rs6037516	C	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=182;ReadPosRankSum=-0.436;SC=AGGCCTCCAGCAGAGCTGAGG;SOR=0.330;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=12;WE=3233150;WS=3233132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr20	3236015	rs1569942	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	3240723	rs6051685	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.994;NF=14;NR=20;PP=438;ReadPosRankSum=0.675;SC=CGGTGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=0.653;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=34;WE=3240731;WS=3240713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr20	3245006	rs6515783	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr20	3245249	.	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.623;NF=1;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.769;SC=CGGAGTCTCGCTCTGTCGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=3245257;WS=3245239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr20	3245276	rs6051694	T	C	159.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=5;PP=77;SC=AGTGCAGTGGTGCAATCTTGG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=3245284;WS=3245266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	3251248	rs6037526	T	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr20	3262493	rs6051708	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr20	3275377	rs2281506	G	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=0.272;SC=CAATGACAGAGTCAACTCTTC;SOR=0.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=9;WE=3275385;WS=3275367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr20	3277602	rs2236104	C	A	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=550;ReadPosRankSum=-0.271;SC=AAGACCTAAACAAAACAGAAT;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=41;WE=3277610;WS=3277592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,63:0.45:139
chr20	3285126	rs2254916	A	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=498;ReadPosRankSum=-1.715;SC=GATCCTTGGAAATGATGATAC;SOR=0.851;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=44;WE=3285148;WS=3285116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,66:0.50:131
chr20	3285140	rs2422864	T	C	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=49;PP=1812;SC=ATGATACTTCTATGACGACAG;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=3285148;WS=3285116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr20	3296279	rs2236115	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr20	3311438	rs376742293	CT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr20	3329062	rs6139087	TG	CA	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.20;ReadPosRankSum=-1.923;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr20	3362033	rs6051818	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TACCATCTAGTACTTCTTCAG;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=13;WE=3362041;WS=3362023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr20	3515924	rs151518	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=124;ReadPosRankSum=-1.691;SC=CTGGGTTTGTGACAGATGGAC;SOR=1.112;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=9;WE=3515932;WS=3515914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr20	3515951	rs151519	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=-1.252;SC=ATTATAAATACAAAACGAAGT;SOR=0.850;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=12;WE=3515959;WS=3515941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr20	3516100	rs60560655	GA	G	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=-1.189;SC=AACATTACTTGATAACCTTTC;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=3516108;WS=3516090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr20	3541633	rs235577	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.422;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TGTTTAGAAAAGTTCAACCTA;SOR=0.250;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=22;WE=3541641;WS=3541623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr20	3556469	rs41279370	T	G	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=859;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TTGTTTTCTTTGCAGCTCTTG;SOR=0.488;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=59;WE=3556477;WS=3556459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,83:0.55:152
chr20	3557338	.	G	GTCTATCTATCTATCTA	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=9.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.426;SOR=3.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr20	3557342	.	GT	AT	1947	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=58.97;NF=7,2;NR=2,2;PP=200,1947;QD=26.085690283;SC=CTGTCTGTCTGTCTATCTATC;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9,4;WE=3557350;WS=3557337;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr20	3557342	.	GT	GTCTGTCTGTCTGTCTAT	1947	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=58.97;NF=7,2;NR=2,2;PP=200,1947;QD=26.085690283;SC=CTGTCTGTCTGTCTATCTATC;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9,4;WE=3557350;WS=3557337;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr20	3557342	rs62206468	G	A,GTCTGTCTGTCTGTCTA	339.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.28;MQRankSum=-0.000;QD=33.97;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,4,5:0.40,0.50:10
chr20	3562866	rs118065662	A	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=356;ReadPosRankSum=-1.149;SC=CCCATTTACAAATAGTTTACT;SOR=0.634;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=27;WE=3562874;WS=3562856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr20	3564672	rs235540	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=-0.527;SC=CCAATGCCTACGTGGCCTCCT;SOR=0.968;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=19;WE=3564680;WS=3564662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr20	3564772	rs170976	T	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-2.267;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr20	3565546	rs235538	C	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=618;ReadPosRankSum=1.381;SC=CCTTGCATATCCAAATTCAAG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=46;WE=3565554;WS=3565536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,57:0.38:150
chr20	3575248	rs235532	G	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=226;ReadPosRankSum=-1.701;SC=GGACCACCAGGGAGGACCAAG;SOR=1.642;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=20;WE=3575256;WS=3575238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr20	3605059	rs235519	A	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=311;ReadPosRankSum=0.604;SC=CTTCTTTAAAATGTAAGCTCT;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=27;WE=3605067;WS=3605049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr20	3624848	rs34398666	C	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=665;ReadPosRankSum=0.541;SC=GCAACAAAGCCGCTGTCCTCT;SOR=0.531;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=54;WE=3624856;WS=3624838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,93:0.50:187
chr20	3640467	rs635674	C	T	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=12;PP=553;SC=GGTAAGCCAGCCCCTTCTCAA;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=3640475;WS=3640457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	3640499	rs679393	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=307;ReadPosRankSum=-1.044;SC=GCCACAGAGGCGGCCCAGGCA;SOR=0.435;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=25;WE=3640507;WS=3640489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr20	3640823	rs2853208	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr20	3643876	rs12624874	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=320;ReadPosRankSum=0.056;SC=GCGCACAGGCCTCTCACTGGC;SOR=1.232;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=23;WE=3643884;WS=3643866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
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chr20	3655085	rs511898	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=0.455;SC=TGTGAATTCCCGTCTCTTCTG;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=13;WE=3655093;WS=3655075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr20	3657803	rs568251	AT	GA	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=52;PP=2947;SC=GGGCAAGAAAATGTGTGGAGC;SOR=1.650;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=72;WE=3657812;WS=3657793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	3670061	rs3746634	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=158;ReadPosRankSum=1.797;SC=GAGGAAAGAAGGAAACTACAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=9;WE=3670069;WS=3670051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr20	3670945	rs609203	C	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=0.106;SC=TGATTGCAGACAATGACCACA;SOR=1.126;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=13;WE=3670953;WS=3670935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr20	3671891	rs3859664	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=11.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.920;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
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chr20	3673445	rs3746637	C	T	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=3.473;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,74:0.56:131
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chr20	3674821	rs59383643	G	GAC	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=6.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=1.101;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
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chr20	3675498	rs709012	T	G	3799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=39;PP=1224;SC=GACTCCTGTGTGTACCTGGCA;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=72;WE=3675506;WS=3675488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr20	3677095	rs11471725	T	TGCTG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=503;SC=GGAGGCCTTCTGCTGGCTGGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=3677103;WS=3677094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	3677357	rs501538	T	C	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=49;PP=1674;SC=TGGCCTCAGCTTTAGCCTGGA;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=3677365;WS=3677347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr20	3677736	rs673114	T	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=6;PP=788;SC=ACCCACAGAGTACACTCAGGA;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=3677744;WS=3677726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	3678792	rs41297628	A	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=509;ReadPosRankSum=-0.762;SC=TGCAGGGAGGAAGAACATGGG;SOR=0.954;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=33;WE=3678800;WS=3678782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr20	3678841	rs76500013	G	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=0.974;SC=CACAAGCCTGGCTAGGCTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=20;WE=3678849;WS=3678831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr20	3679928	rs74423567	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=424;ReadPosRankSum=0.704;SC=ATGAGCCGGCGTCAGTGCTGG;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=32;WE=3679936;WS=3679918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr20	3680259	rs12624921	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.842;SC=TTTAATGCCAAATCAGATCTA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=3680267;WS=3680249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr20	3682011	rs1018493	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=632;ReadPosRankSum=0.275;SC=AGTCCAGGGTGGAGGTTGCAT;SOR=0.671;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=44;WE=3682019;WS=3682001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr20	3682149	rs13037869	G	A	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.009;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=1039;ReadPosRankSum=1.980;SC=CACTGTCCCCGGAGGTGGAGG;SOR=0.971;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=137;TCF=60;TCR=77;TR=60;WE=3682157;WS=3682139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,89:0.44:204
chr20	3682242	rs45472900	C	T	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=519;ReadPosRankSum=1.336;SC=CCACAAGTCCCGCCTGGGTCT;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=34;WE=3682250;WS=3682232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr20	3682275	rs1018492	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TCAGGACTGGAGTGAGAGGCG;SOR=0.132;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=17;WE=3682283;WS=3682265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr20	3684022	rs611847	A	G	4240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=64;PP=1820;SC=TGGGTGCCTCATTGGGTGTGT;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=103;WE=3684030;WS=3684012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr20	3684729	rs625372	T	C	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=47;PP=1366;SC=CTTCACACCCTTGGGGGCATC;SOR=2.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=58;WE=3684737;WS=3684719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr20	3686304	.	TC	T	678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.979;NF=8;NR=7;PP=484;ReadPosRankSum=0.499;SC=GAGCAAGGGTTCCGTTTCTGT;SOR=0.709;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=15;WE=3686312;WS=3686294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr20	3686436	rs6037651	C	T	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=5.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.048;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,69:0.53:130
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chr20	3730524	rs62206555	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=441;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GCGGCGCCCCGGTACCCAGCG;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=30;WE=3730532;WS=3730514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,60:0.52:116
chr20	3740620	rs11470482	GCA	G	1891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=916;ReadPosRankSum=0.600;SC=ACTCACACATGCACACACACA;SOR=0.719;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=23;WE=3740629;WS=3740610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,68:0.53:129
chr20	3759528	rs2281478	C	T	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,143:0.59:242
chr20	3760548	rs6116037	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGGAGATGCGGAAAGGGGAA;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=3760556;WS=3760538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr20	3766179	.	G	A	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr20	3783649	rs592687	G	C	4937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=49;PP=2382;SC=TTTCTAGGCAGATTTGGGACT;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=77;TCR=49;TR=126;WE=3783657;WS=3783639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr20	3802996	.	G	GTC	570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.803;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.091;NF=0;NR=8;PP=280;ReadPosRankSum=0.739;SC=ATTGTAATAGGTATTTTCGGG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=8;WE=3803004;WS=3802986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr20	3843027	rs7262903	C	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=-0.270;SC=GCATCAGGAGCAGGACACAGA;SOR=0.484;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=25;WE=3843035;WS=3843017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr20	3846397	rs7269320	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=162;ReadPosRankSum=2.782;SC=GACAGCAGCTCTGAGAATAGG;SOR=0.407;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=13;WE=3846405;WS=3846387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr20	3870124	rs3737084	G	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=17;PP=483;SC=CGGATGGGAGGGGGCCGGCTC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=3870132;WS=3870114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	3889007	rs71647838	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.560;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.460;SC=GAAATAATTTCCATCTCTAAT;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=3889015;WS=3888997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr20	3915885	rs241606	A	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=15.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=-2.500;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr20	3944779	rs17215054	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=328;ReadPosRankSum=-0.011;SC=GAAACAAATATGGTAGACAAA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=25;WE=3944787;WS=3944769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr20	3954789	rs2143236	T	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=324;SC=TTAACTGATTTAAAAAAAACA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=3954797;WS=3954780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	4053254	rs6139288	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.748;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr20	4053478	.	TAC	T	81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=81;QD=28.0;SC=CCTCCTCTGTTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=4053487;WS=4053468;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr20	4155948	rs1741315	G	A	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=56;PP=1766;SC=ACCTCCCCAGGTCACCTTTAG;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=106;WE=4155956;WS=4155938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr20	4162411	rs1124983	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=10;PP=594;SC=GATGGAGGTGTGATGAGGTGT;SOR=1.445;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=33;WE=4162419;WS=4162401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	4163302	rs1051904	A	G	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=64;PP=2271;SC=AGGACGAAGCAGAGAGCCACA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=123;WE=4163310;WS=4163292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr20	4163513	rs45449404	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=219;ReadPosRankSum=-1.666;SC=ACGTGCCCCACGACCCGCTTC;SOR=0.278;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=13;WE=4163521;WS=4163503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr20	4164283	rs1741327	A	G	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=46;PP=1320;SC=TGCCGTACACAGAGAGCTCAA;SOR=1.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=4164291;WS=4164273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr20	4202802	rs835873	A	G	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	4228581	.	G	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=615;ReadPosRankSum=1.671;SC=TTCTTCTCACGGGAGAACTTG;SOR=0.803;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=49;WE=4228589;WS=4228571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,79:0.43:182
chr20	4229514	rs184418609	T	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.418;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr20	4705756	rs2756263	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=265;ReadPosRankSum=0.398;SC=CAGTACAGAGTGCAGCAGCGA;SOR=1.127;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=22;WE=4705764;WS=4705746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr20	4713176	rs2735677	A	G	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=45;PP=1639;SC=GCCATGCAGTATGGGGAAGTG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=93;WE=4713184;WS=4713166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr20	4768136	rs55900827	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=7;PP=453;SC=CTGCAAAAGCTGGCTTCGAGA;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=4768144;WS=4768126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	4768475	rs111533115	A	AAGGGACT	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=640;SC=CAGGGGTCCAAAGGCACCTTA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=4768483;WS=4768465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	4770440	rs2422992	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=188;SC=ACGATACTCAGAATGTACTCC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=4770448;WS=4770430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	4771395	.	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.090;SC=TCTGCTGGGGGAAAAACATAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=4771403;WS=4771385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr20	4776659	rs4549182	G	A	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr20	4837929	.	TACACACACACACACAC	T	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.37;ReadPosRankSum=1.206;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr20	4839897	rs6052941	T	A	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,23:0.21:109
chr20	4843370	rs3737321	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.675;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr20	4843609	rs6052943	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=1.068;SC=CAAAATCACCGTAAGTTACTA;SOR=1.569;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=12;WE=4843617;WS=4843599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr20	4854682	rs1110277	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=374;ReadPosRankSum=-1.081;SC=GAGGGAAGACATCTGTCACCG;SOR=0.625;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=29;WE=4854690;WS=4854672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr20	4864570	rs2298174	G	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=-3.113;SC=AAGGCAATAAGTTATTACATC;SOR=0.307;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=14;WE=4864578;WS=4864560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr20	4880132	rs71993570	AGCTCAATGCCTTCTGC	A	755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=2957;SC=CAAACGGCGCAGCTCAATGCC;SOR=1.493;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=9;WE=4880155;WS=4880122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	4880308	rs1776964	G	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=261;ReadPosRankSum=-1.107;SC=ACATGGCATCGGCCAACAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=20;WE=4880316;WS=4880298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr20	5098065	rs17351	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=-1.531;SC=CCTAATAAGCAGTATTATAAT;SOR=0.399;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=5098073;WS=5098055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr20	5099636	rs25406	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=512;SC=TGGAGGGTAAGCGGACTGCTG;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=5099644;WS=5099626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	5162897	.	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=0.511;SC=TGTTTTTCTCCCCTGGGCTTT;SOR=1.085;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=11;WE=5162905;WS=5162887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr20	5283256	rs3746682	C	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=676;ReadPosRankSum=0.632;SC=TAAAGAGGACCGTTTCTGTTG;SOR=0.766;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=49;WE=5283264;WS=5283246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
chr20	5283298	.	G	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=686;ReadPosRankSum=0.586;SC=CAATGAGAATGGACACCATCC;SOR=0.499;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=40;WE=5283306;WS=5283288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr20	5296488	rs910971	G	C	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=2.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,120:0.51:236
chr20	5296549	rs910972	C	T	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,113:0.51:222
chr20	5296651	rs910973	T	G	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.736;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,116:0.48:243
chr20	5297172	rs4544519	T	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=438;ReadPosRankSum=0.876;SC=TGCGCTCTGCTGCTCCGGAAG;SOR=0.830;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=34;WE=5297180;WS=5297162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr20	5297193	rs4315595	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=-1.035;SC=CCGGATCGAGAGTCACAGTGT;SOR=0.511;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=30;WE=5297201;WS=5297183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr20	5454400	rs606389	A	T	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=70;PP=2538;SC=CTCCAGTACCACTCAAATCAG;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=71;TCR=71;TR=140;WE=5454408;WS=5454390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr20	5454686	rs1060236	A	G	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=198;SC=ATGCCATTTTAATACCAGGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=5454694;WS=5454676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr20	5539599	rs73596113	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=0.551;SC=CTGTAATCCCAACACTTTGGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=3;WE=5539607;WS=5539589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr20	5564774	rs6053517	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=-1.125;SC=CATATGAGACTGCTGCTGCAC;SOR=0.412;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=5564782;WS=5564764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr20	5574134	rs1983694	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=-1.247;SC=TTCACAAAACTCCTCAAATAA;SOR=1.256;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=5;WE=5574142;WS=5574124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr20	5752917	rs237420	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GGGGCCATTAATAAGTAAAAT;SOR=0.399;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=16;WE=5752925;WS=5752907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr20	5753579	rs237422	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=211;ReadPosRankSum=0.517;SC=CTGCCATCAGCGTGTGACATA;SOR=0.421;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=18;WE=5753587;WS=5753569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr20	5903517	rs236151	A	G	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=47;PP=2059;SC=TGGAGAGGAGACAGGGAGCCA;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=98;WE=5903525;WS=5903507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	5905779	rs2821	C	A	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=45;PP=1314;SC=CACCATTTATCTACCCAAGGG;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=5905787;WS=5905769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	5948706	rs236100	A	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.77;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	5948712	rs236101	C	T	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.79;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	5987267	rs2294971	A	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=100;SC=TCAGGTAACAAGCTCTGGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=5987275;WS=5987257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	5988095	rs4813786	A	G	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr20	5990727	rs6117033	T	G	178.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.87;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr20	5996238	.	T	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TCCAAAAATATAGTTTTCAAC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=5996246;WS=5996228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr20	6011882	rs2423132	G	T	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=137;SC=TAATGCATATGAGTACTCTTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=6011890;WS=6011872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	6032970	.	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=-0.171;SC=CTGCAGCGCCCGCAGCGGATT;SOR=1.625;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=15;WE=6032978;WS=6032960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr20	6064554	rs753929	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=1.316;SC=AAGTGTCAGGACTATTTATAA;SOR=0.693;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=4;WE=6064562;WS=6064544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr20	6064635	rs753928	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=245;ReadPosRankSum=-2.037;SC=CTCCCCAAAAGCCACTTAAAA;SOR=0.378;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=21;WE=6064643;WS=6064625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr20	6064710	rs753927	A	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=-2.374;SC=AGGTGAGGCCAAACTCAGGCA;SOR=0.572;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=32;WE=6064718;WS=6064700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr20	6064839	rs2232077	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=0.094;SC=TCAACCTCTCTTCACATGCAC;SOR=1.038;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=6064847;WS=6064829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr20	6065729	rs2232074	C	T	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.28;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,64:0.55:116
chr20	6065729	.	CTT	TTC	1401	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=24;NR=16;PP=1401;QD=36.3616968716;SC=GGATTTGTGTCTTTTTGCACA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=40;WE=6065739;WS=6065719;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr20	6065731	rs2232073	T	C	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.92;ReadPosRankSum=1.537;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,63:0.53:118
chr20	6069562	rs6117076	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.371;NF=14;NR=11;PP=330;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TGAGCCACCGCGTCTGCCCTG;SOR=0.602;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=25;WE=6069570;WS=6069552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr20	6077726	rs6076938	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=0.760;SC=ACAGAAATGTTATAAATATAA;SOR=1.668;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=13;WE=6077734;WS=6077716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr20	6096695	rs2295435	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
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chr20	6100088	rs10373	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=232;ReadPosRankSum=-1.356;SC=CTCCTCCAACATGAAGGTCTC;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=18;WE=6100096;WS=6100078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
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chr20	6750968	.	G	A	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1519;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GCCTGAAACAGAGACCCACCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=107;TCR=113;TR=102;WE=6750976;WS=6750958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,180:0.47:386
chr20	6751034	rs1049007	A	G	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1026;ReadPosRankSum=0.821;SC=GCAGGCACTCAGGTCAGCCGG;SOR=0.599;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=172;TCF=78;TCR=94;TR=78;WE=6751042;WS=6751024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,128:0.49:263
chr20	6759115	rs235768	A	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=-2.499;SC=CCGTGACCAGACTTTTGGACA;SOR=0.983;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=29;WE=6759123;WS=6759105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr20	8130943	rs16994453	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=383;ReadPosRankSum=1.248;SC=ATTTCTAGGACTCAACTATTG;SOR=1.244;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=27;WE=8130951;WS=8130933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr20	8626859	rs41275582	G	T	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=629;ReadPosRankSum=-1.609;SC=TGCTAAGGGCGTTGCTTCTTC;SOR=0.884;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=47;WE=8626867;WS=8626849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,79:0.43:185
chr20	8628696	rs2235947	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=363;ReadPosRankSum=-1.690;SC=CAGCCTAAGTGGGAGTGTGGA;SOR=0.725;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=28;WE=8628704;WS=8628686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr20	8637727	rs6140670	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-2.332;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr20	8637760	.	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr20	8639443	rs2076640	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=555;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GATCGTTAGGTTAGTTTCCTC;SOR=1.552;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=30;WE=8639451;WS=8639433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr20	8639474	rs2076639	C	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=2.058;SC=GCATTCCTTTCGGTCTGAAAT;SOR=0.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=15;WE=8639482;WS=8639464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr20	8665502	rs61201694	GA	G	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr20	8665556	rs189535872	C	T	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=761;ReadPosRankSum=-1.111;SC=CATTCACATCCTTTCTAACTT;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=51;WE=8665564;WS=8665546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,66:0.43:153
chr20	8665751	rs2273189	C	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=569;ReadPosRankSum=1.251;SC=TTCTTTGTTACTTTAGCCAGT;SOR=0.921;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=38;WE=8665759;WS=8665741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr20	8665793	rs2273190	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=494;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CTACTTTCTGTTGTTCGGAAG;SOR=0.476;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=27;WE=8665801;WS=8665783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr20	8678446	rs2295179	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=1.228;SC=GTATATGAATGTTACTAAGAG;SOR=1.129;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=20;WE=8678454;WS=8678436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr20	8678554	rs2295180	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.140;SC=ATCATCTTTGCAATTTCAGAG;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=8678562;WS=8678544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr20	8696722	rs2076690	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=201;ReadPosRankSum=-1.052;SC=TCAGTGCCTTCGCTGTCCATC;SOR=0.776;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=13;WE=8696730;WS=8696721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr20	8696907	rs2076689	T	G	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=985;ReadPosRankSum=0.496;SC=TTGTTCTCCCTTAGCCCAAAG;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=72;WE=8696915;WS=8696897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,112:0.50:225
chr20	8696984	.	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=663;ReadPosRankSum=1.617;SC=GGAGCCCCTGGAAAAATATCC;SOR=0.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=51;WE=8696992;WS=8696974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,73:0.47:156
chr20	8698565	rs6039243	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=96;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GGGCTGTGCGTGGTGGCTCAT;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=10;WE=8698573;WS=8698555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr20	8703145	rs6086563	C	G	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=37;PP=1113;SC=TGGTCACTTTCTGCCATCTAG;SOR=1.248;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=56;WE=8703153;WS=8703135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	8705496	rs6056043	A	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=20;PP=446;SC=CTTAATAGAGAGATTTATGCT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=8705504;WS=8705486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	8707900	rs1015171	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=403;SC=ATAATTTATAACAATGAATTG;SOR=2.215;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=8707908;WS=8707890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	8707927	rs1015170	C	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=6;PP=640;SC=TCACCTTCCCCTTTTTTGTTT;SOR=1.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=8707935;WS=8707917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	8708127	.	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=0.706;SC=TAAGGAGAAAGATGCATAAAA;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=27;WE=8708135;WS=8708117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr20	8713842	rs993670	G	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	8731580	rs10653378	C	CT	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.001;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.759;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr20	8741188	rs2294596	A	G	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	8741247	rs3886935	C	T	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=21;PP=504;SC=TAGAGACATACACTTTTAGTT;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=8741255;WS=8741237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	8769180	rs2327089	C	T	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	8770108	rs4633993	A	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	8770130	rs2327090	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=8;PP=369;SC=TTCTGGATGAATTGGTATAAT;SOR=1.121;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=25;WE=8770138;WS=8770120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	8770981	.	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=0.472;SC=ACCTTCCTGGTTTACATAAGT;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=14;WE=8770989;WS=8770971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr20	8773096	rs6086599	C	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=215;SC=ACTGGGTAGACAGGTTACATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=8773104;WS=8773093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	8773155	rs6056118	C	T	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=11;PP=839;SC=TTCTTCCTTTCTGGCCCCTTG;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=8773163;WS=8773145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	8773295	rs6056119	T	C	5163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=67;PP=1926;SC=CATCTTTTTGTGTCTGGATTT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=65;TCR=67;TR=132;WE=8773303;WS=8773285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr20	8782901	rs6056128	G	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=670;SC=GGACTTGCTCGTTTGTCCTTC;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=28;WE=8782909;WS=8782891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	8862157	rs141768696	A	AAGTT	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=283;ReadPosRankSum=2.290;SC=ATGATATTTTAAGTTAATGTA;SOR=1.162;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=6;WE=8862165;WS=8862147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr20	8862471	.	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr20	9288522	rs6077510	G	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=150;SC=GCAAGAAGGAGCAGTTTTTGA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=9288530;WS=9288512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	9364955	.	C	T	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,104:0.51:203
chr20	9371129	rs41275608	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=196;ReadPosRankSum=-3.158;SC=CTTATTCTTGGACGGTTAATG;SOR=0.786;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=18;WE=9371137;WS=9371119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr20	9402073	.	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=282;ReadPosRankSum=0.422;SC=TGGACTCAATCCAGTTTACAA;SOR=0.896;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=19;WE=9402081;WS=9402063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr20	9453567	rs2206389	T	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=8;PP=194;SC=AGCCACCAGATCTCTAGCTAA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=9453575;WS=9453557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	9453901	rs11475002	AT	A	56.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.989;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr20	9495454	rs55905271	C	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=533;ReadPosRankSum=0.432;SC=CCCTCTCTGGCGGCCTCTGCA;SOR=0.522;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=37;WE=9495462;WS=9495444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr20	9538069	.	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=0.191;SC=TCAGGCAATTCTGACTAACAA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=9538077;WS=9538066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr20	9538128	.	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr20	9546490	.	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=-1.885;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr20	9547018	rs11700112	C	T	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=575;ReadPosRankSum=0.651;SC=CATCTGTGCTCGATCGTAATC;SOR=0.436;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=44;WE=9547026;WS=9547008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,80:0.68:118
chr20	9561310	.	G	A	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=910;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CTATAATACGGATCCAGATCA;SOR=1.293;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=55;WE=9561318;WS=9561300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,72:0.52:139
chr20	9625003	rs4816157	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=317;ReadPosRankSum=0.138;SC=AAATATAAATGGAAAAGAGGC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=22;WE=9625011;WS=9624993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr20	10019093	rs575534	A	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=592;ReadPosRankSum=0.366;SC=CCATTAATGGACTTAGTGCTT;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=45;WE=10019101;WS=10019083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,75:0.43:173
chr20	10019226	.	C	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr20	10023689	rs4813909	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=-1.440;SC=AGCTAAATATGGATTTTTAAT;SOR=0.105;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=10023697;WS=10023679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr20	10024950	rs6039662	GG	TT	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.435;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=590;ReadPosRankSum=-2.324;SC=GTAAAGCTAAGGTCAAATGGA;SOR=0.132;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=15;WE=10024959;WS=10024940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr20	10025241	.	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CTTTTCTGTCCTTTTTCTCAA;SOR=0.616;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=14;WE=10025249;WS=10025231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr20	10030931	rs656111	C	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=1.507;SC=AAAAGATGACCGAATTTTAGT;SOR=0.904;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=10030939;WS=10030921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr20	10036202	rs6087119	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=421;ReadPosRankSum=-1.498;SC=AGGGAACTACGGCGAGAGAGG;SOR=0.681;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=33;WE=10036210;WS=10036192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
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chr20	10273694	.	C	CT	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
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chr20	10280083	rs363006	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=-0.296;SC=CAGTCAGCAAGTCCCTACTGC;SOR=0.904;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=9;WE=10280091;WS=10280073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr20	10386013	rs1545	C	A	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=641;ReadPosRankSum=0.789;SC=GCTGGCTGAGCCCACAGCTTC;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=47;WE=10386021;WS=10386003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,68:0.52:130
chr20	10386059	rs1547	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=772;ReadPosRankSum=0.472;SC=AATGGACGACGTGTGCTTCTT;SOR=0.476;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=48;WE=10386067;WS=10386049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,65:0.48:135
chr20	10388506	rs6133907	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr20	10389218	rs6133909	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,33:0.35:94
chr20	10389480	rs764266	T	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=1.198;SC=AAAATACAAGTTGTATAAGCA;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=10389488;WS=10389470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr20	10393145	rs221667	C	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=0.441;SC=GATTTATTAACTGTAAGAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=10393153;WS=10393135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr20	10393162	rs6133917	A	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=1.074;SC=AGGCAAAAGCAAAGAGTGATT;SOR=1.584;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=9;WE=10393170;WS=10393152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr20	10393629	rs17852625	G	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=782;ReadPosRankSum=0.411;SC=AGGCTCTCAGGATCAAAGCAC;SOR=0.871;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=54;WE=10393637;WS=10393619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,88:0.47:186
chr20	10394046	rs16991547	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.139;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=559;ReadPosRankSum=0.235;SC=GCCTACCTGAGGGGCCATAGC;SOR=1.141;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=34;WE=10394054;WS=10394036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr20	10438780	rs6104617	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=5;PP=224;SC=CCAAATAAAAAGAAATTTTAA;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=10438788;WS=10438770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	10439002	rs6039947	T	A	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=139;SC=CTCTGCAAAATTTTTTTTTTT;SOR=1.493;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=10439010;WS=10438992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	10439037	rs6039948	A	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=73;SC=GTTCTGGGGCATGTGTGCAGG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=10439045;WS=10439027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	10603750	rs6077853	G	A	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=586;ReadPosRankSum=0.524;SC=GGAAGTGATCGATTAGTCCCG;SOR=0.650;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=40;WE=10603758;WS=10603740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr20	10620275	rs1051421	G	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,64:0.44:144
chr20	10620386	rs1051419	A	G	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=750;ReadPosRankSum=0.940;SC=TCTTGTTCTCATAATCCTTGA;SOR=0.885;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=52;WE=10620394;WS=10620376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,72:0.61:119
chr20	10622080	rs3215563	CA	C	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=200;ReadPosRankSum=0.185;SC=ATCCACCATTCAAAAAAAAAA;SOR=0.375;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=17;WE=10622088;WS=10622070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr20	10624924	.	TCA	T,TCTCACACACA	913.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.43;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,16,20:0.41,0.51:39
chr20	10626748	.	A	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=449;ReadPosRankSum=1.365;SC=AAACAAAGTAAAGCAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=30;WE=10626756;WS=10626738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr20	10633237	rs1131695	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CTTGCCAGCCGTACTGGCACC;SOR=0.679;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=23;WE=10633245;WS=10633227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr20	10633313	rs6040055	T	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=23;PP=631;SC=ACAATTCAAATGGAAGACTGC;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=10633321;WS=10633303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	10639385	rs2273060	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=368;ReadPosRankSum=-0.359;SC=AGACAAAGTGATGAATCATGT;SOR=0.629;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=25;WE=10639393;WS=10639375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr20	10653739	rs62185096	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=659;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CCCACTCCCCGCCCCGACGAG;SOR=0.951;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=98;TCF=24;TCR=74;TR=45;WE=10653747;WS=10653729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,51:0.46:110
chr20	11008382	rs4813955	A	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=182;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CTAATATTATACTCTGTGTTT;SOR=2.044;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=12;WE=11008390;WS=11008372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr20	11009079	rs45609436	T	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=206;ReadPosRankSum=0.549;SC=GGAGAAAACATATATGGTTTT;SOR=0.509;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=10;WE=11009087;WS=11009069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr20	11790885	rs3036550	C	CTT	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=-0.702;SC=TTTCCTCATACTTCACCTGCC;SOR=0.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=10;WE=11790893;WS=11790875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr20	11791008	rs803665	C	T	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=25;PP=908;SC=CCACTAGCTTCGCCTCTGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=11791016;WS=11790998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	11830180	rs33956420	CT	C	696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=19.91;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	11871253	rs11908312	G	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CAGTTCGTGGGACAAGGACGA;SOR=2.303;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=9;WE=11871261;WS=11871248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr20	12989901	rs3761896	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=431;SC=TCCCGGGCTCTGTCACTTCAC;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=12989909;WS=12989891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	12990044	rs3761895	T	C	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=40;PP=1419;SC=TAAGAGGCACTCTCCCCTACT;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=79;WE=12990065;WS=12990034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr20	12990057	rs3761894	T	A	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	13029764	rs1431433	A	C	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=75;PP=2180;SC=AGCTGTGGAAAGAAAAGAACA;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=133;WE=13029772;WS=13029754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr20	13029790	rs6078899	C	T	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=66;PP=2027;SC=TACGTATGCGCACCTCCCTGG;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=117;WE=13029798;WS=13029780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr20	13029862	rs919604	C	T	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=49;PP=1840;SC=AGGTGCAGATCCTAGAAAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=87;WE=13029870;WS=13029852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	13029920	rs934335	C	G	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=47;PP=1747;SC=ATCTCCACCTCCTAAACCCCA;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=13029928;WS=13029910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr20	13073963	rs1030561	T	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=379;SC=CTAACTGCTATACATGATTTT;SOR=2.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=13073971;WS=13073957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	13074235	rs708937	G	A	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.48;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	13074243	rs1011290	T	A	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.62;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	13090745	rs2236126	G	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=136;ReadPosRankSum=0.812;SC=TTTTTTTTTTGGTATTATTTA;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=14;WE=13090753;WS=13090723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr20	13134931	rs2073303	C	G	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=627;SC=CCACCTGTCACTCTATCAGCT;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=13134939;WS=13134921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	13202315	rs113569834	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=2.369;SC=CGGGAGCCGAGGCGGGAGCCG;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=13202323;WS=13202305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr20	13269438	rs34117863	C	CT	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.924;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=1.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr20	13464030	rs2273480	C	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=-2.257;SC=CAGCACCGAACACCCTGCTTA;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=17;WE=13464038;WS=13464020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr20	13509263	rs3761890	G	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=274;SC=TAATAATGATGTAAAACAACT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=13509271;WS=13509253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	13561632	rs34179122	T	TAA	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr20	13595316	rs2295506	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr20	13597717	rs6033773	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.634;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr20	13605903	rs2070307	A	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr20	13695680	rs6110019	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=197;ReadPosRankSum=1.218;SC=CTTGTTCTTTCCGTTCTCTTT;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=17;WE=13695688;WS=13695670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr20	13695824	.	CAA	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr20	13698006	rs4239710	T	C	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=12;PP=635;SC=GCCTGGTGTCTATGGTTACCT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=13698014;WS=13697996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	13743298	rs754796	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=0.494;SC=TAATAATTCTAACAGTAAGCC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=13743306;WS=13743288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr20	13747441	rs3180370	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr20	13750448	rs35589194	C	CA	91.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	13755728	rs67609153	CA	C	64.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr20	13763896	rs28372964	C	CATTA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	13765942	rs3831170	CCCGCGGGG	C	1507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.479;NF=2;NR=28;PP=2939;ReadPosRankSum=0.758;SC=AGGAGGTGAGCCCGCGGGGCG;SOR=0.727;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=30;WE=13765957;WS=13765932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
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chr20	13830102	rs2073289	C	T	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,82:0.64:129
chr20	13830137	rs2073290	A	C	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=662;ReadPosRankSum=0.089;SC=CATCCTACCCATGGTGATTTC;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=47;WE=13830145;WS=13830127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,79:0.56:141
chr20	13845987	rs761811	C	T	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=25;PP=1416;SC=AATTTTAACTCATCTTACTAG;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=13845995;WS=13845977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	13846191	rs761812	A	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=603;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CAAGGAGACTAGTTAGCCAGT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=38;WE=13846199;WS=13846181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr20	13847420	rs660710	A	G	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr20	13865838	.	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=297;ReadPosRankSum=1.933;SC=CTTAGTTCTTCCTAAGAAGCT;SOR=0.919;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=18;WE=13865846;WS=13865828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr20	13867235	.	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=1.438;SC=ATGAAAAATAGAAATTTTCAG;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=10;WE=13867243;WS=13867225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr20	13868745	rs243910	T	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=621;SC=CCTAGCTCCATAATGACCCAT;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=13868753;WS=13868735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	13895660	rs17191270	G	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=158;ReadPosRankSum=-1.202;SC=TGAAGGTAAAGACCAGAAAGC;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=11;WE=13895668;WS=13895650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr20	14306381	.	T	A	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=931;ReadPosRankSum=-0.607;SC=AAAAGAAGTTTCCCTGATTTC;SOR=0.538;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=64;WE=14306389;WS=14306371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,102:0.57:179
chr20	14306896	rs6042672	G	A	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=673;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TGGTATCAGAGGTGACAGACT;SOR=0.717;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=51;WE=14306904;WS=14306886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,84:0.52:161
chr20	14306953	rs6079391	G	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=658;ReadPosRankSum=2.773;SC=CTGTGGTTTGGTGATCCTTAG;SOR=0.560;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=43;WE=14306961;WS=14306943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,57:0.46:124
chr20	14830453	rs438632	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=578;SC=TAAGTAGTAACTCTCACATCT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=14830461;WS=14830443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	14830596	rs6079581	C	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.186;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,81:0.50:163
chr20	15480226	rs2180526	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=-0.746;SC=TCTGTACTGGTGTAGGACCAG;SOR=0.193;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=6;WE=15480234;WS=15480225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr20	15480308	rs2145014	G	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=345;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TGTACTTATTGGTTGAACTGA;SOR=0.990;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=24;WE=15480316;WS=15480298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr20	15480548	rs2145015	T	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=268;ReadPosRankSum=0.405;SC=TGATGCTCAGTTCCCCCCAAA;SOR=0.923;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=17;WE=15480556;WS=15480538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr20	15480588	rs77919071	A	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=0.027;SC=AATATCAACTACACCTAGTCA;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=6;WE=15480596;WS=15480578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr20	15843323	.	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=164;ReadPosRankSum=2.007;SC=TTTGTTCTACGGCTATGTCCT;SOR=0.973;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=16;WE=15843331;WS=15843313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr20	15866536	.	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=1.115;SC=TTTTTTCAACGAAAGACAAAA;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=11;WE=15866544;WS=15866526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr20	15874325	rs932501	A	G	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.923;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,61:0.35:173
chr20	15967327	rs34675181	A	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=8;PP=297;SC=AGCTACGGTCATGCATATCAC;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=15967335;WS=15967317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	16021720	rs6135652	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=0.802;SC=ACCTTTTCTGCAAAAGAAGTT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=16021728;WS=16021710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr20	16021877	.	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=314;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GGATGCCTGGGAAAAGTGAAG;SOR=0.547;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=21;WE=16021885;WS=16021867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr20	16025192	rs11482445	C	CT	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
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chr20	16223922	rs1541065	T	C	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=680;ReadPosRankSum=-1.907;SC=ATATTTCTACTAGCAAGACAT;SOR=0.764;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=47;WE=16223930;WS=16223912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,62:0.44:141
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chr20	16347929	rs73093402	C	A	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=1040;ReadPosRankSum=1.241;SC=TTGGGGCTTCCTGAAGGTGCT;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=66;WE=16347937;WS=16347919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,102:0.46:220
chr20	16348291	rs41306786	T	G	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.496;SC=AAGTAAATCATGTCAACCAAG;SOR=0.669;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=65;WE=16348299;WS=16348281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,103:0.51:201
chr20	16351329	rs2144893	C	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=127;SC=AGCAAGTTCACGGGGCGGGGG;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=16351337;WS=16351319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	16352234	rs111754823	C	CAA	326.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr20	16359567	rs6034464	A	G	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=42;PP=1633;SC=TTCAATCTCCATGCCCAGGGT;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=93;WE=16359575;WS=16359557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr20	16359650	rs8116503	C	T	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=59;PP=2215;SC=CTCTCTGCTGCTTCTCTCTGG;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=116;WE=16359658;WS=16359640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr20	16362173	rs11306679	CA	C	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.921;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr20	16362235	rs4814479	G	A	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.884;NF=39;NR=33;PP=955;ReadPosRankSum=-0.704;SC=CAGACACAGAGCAAGGGGGAA;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=72;WE=16362243;WS=16362225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,96:0.57:169
chr20	16407960	rs2273425	A	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	16410559	rs34550969	A	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=0.343;SC=CATCGATGCCAATCAAATGAG;SOR=1.015;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=6;WE=16410567;WS=16410549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr20	16475112	rs6044027	G	A	60.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=46;SC=AAATGAGATCGCGACTTTTAC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=16475120;WS=16475102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	16486698	rs2295115	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=224;ReadPosRankSum=2.033;SC=CCAGAGTCACGAGGGACTTGT;SOR=0.793;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=22;WE=16486706;WS=16486688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr20	16493533	rs6135775	T	C	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=566;ReadPosRankSum=0.069;SC=GACTGAAGAGTCCTTCACAGA;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=39;WE=16493541;WS=16493523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
chr20	16493580	rs6135776	A	G	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=667;ReadPosRankSum=-1.032;SC=TGCATGGGAAAGACCAATGTC;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=47;WE=16493588;WS=16493570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,84:0.56:150
chr20	16496362	rs6044046	T	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=443;ReadPosRankSum=-1.199;SC=ATTTTAATAATAGCCCCTTCA;SOR=0.379;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=31;WE=16496370;WS=16496352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr20	16496415	rs6131837	T	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CTCTTAAGGATTAGACCATAT;SOR=0.073;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=13;WE=16496423;WS=16496405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr20	16506939	rs6034517	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=278;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GACTAAAAACCATTTCATTCC;SOR=0.730;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=19;WE=16506947;WS=16506929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr20	16554067	rs4814510	A	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=240;SC=GTTCCGCGGCAGCCCCACCTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=16554075;WS=16554057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	16721237	.	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr20	16729016	rs17686413	C	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=699;ReadPosRankSum=0.250;SC=CGCTTCCAGTCAGAGTTCAAG;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=48;WE=16729024;WS=16729006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,69:0.48:143
chr20	16729048	rs17686437	T	C	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=710;ReadPosRankSum=-0.352;SC=AAAAGGAAGATGGCAAGAATA;SOR=0.740;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=68;WE=16729056;WS=16729038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,110:0.52:211
chr20	16729138	rs6135876	T	C	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=696;ReadPosRankSum=0.977;SC=TCCAAGAAGCTCTGTGCAGAT;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=51;WE=16729146;WS=16729128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,82:0.52:158
chr20	16729262	rs6080387	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=5.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=0.993;SC=TGAATCTTCTCCAATGTGTAT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=16729270;WS=16729252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr20	16729654	rs10627353	A	AAGATG	1926.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=1128;SC=CTGGCAGTGTAAGATAATTTA;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=19;WE=16729662;WS=16729644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	16730464	rs6075100	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.65;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	16730466	rs6131861	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr20	16730479	rs6075101	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr20	16730522	rs6135878	T	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=267;ReadPosRankSum=-0.844;SC=AGCTTTTTCCTGATTGCTATT;SOR=2.419;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=17;WE=16730530;WS=16730512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
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chr20	17436895	rs2021789	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
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chr20	17475217	rs6136118	C	T	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=609;ReadPosRankSum=-1.416;SC=CAGAGTCTTCCGCAACAGAAA;SOR=0.640;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=48;WE=17475225;WS=17475207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,70:0.43:164
chr20	17475465	.	C	T	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.303;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=2.345;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr20	17477592	rs6080719	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=-0.760;SC=CCTTTCCCACCGGATCCAGTG;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=3;WE=17477600;WS=17477582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr20	17477751	rs6044850	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.658;SC=AAAAATGAAAAAAAAGCTTTC;SOR=0.608;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=17477759;WS=17477741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr20	17479730	rs6111549	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=1.565;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr20	17539168	rs6044883	A	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=4;PP=559;SC=TCAGACTACTACTGAGCCAAT;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=17539176;WS=17539158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	17594714	rs35586556	GC	G	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=452;SC=TTCTCTCGGAGCTACCGGAAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=17594722;WS=17594704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	17595329	rs7261001	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=1.020;SC=CTGCCTCCCCGGGGCTCCCGG;SOR=1.263;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=11;WE=17595337;WS=17595319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr20	17596731	rs2236250	C	T	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=60;PP=2007;SC=GCACAGGCACCGCTCTCTAGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=119;WE=17596739;WS=17596721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr20	17597331	rs911347	C	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=9;PP=787;SC=GGCCTGCACTCTTCTGGGATT;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=17597339;WS=17597321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	17597361	rs911348	A	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=16;PP=935;SC=TCTGGGGACCAGCTCACCGCC;SOR=1.498;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=51;WE=17597369;WS=17597351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	17599214	rs2328181	T	C	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=744;SC=GTCACACTCCTGGCATGGGGA;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=39;WE=17599222;WS=17599204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	17600357	rs11960	G	A	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=57;PP=2097;SC=CTCCAAATGCGACGTGTGCTC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=114;WE=17600365;WS=17600347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr20	17602028	rs2236253	T	C	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=20;PP=1168;SC=GGCCACCTCCTGCCCCATAGG;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=17602036;WS=17602018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	17605016	rs2236254	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=0.079;SC=TCCTAGTGCCTCTGTGTGTCC;SOR=1.549;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=11;WE=17605024;WS=17605006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr20	17605240	rs6034867	A	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=21;PP=714;SC=GGTCAGGGAGAGCAGCTTCTC;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=17605248;WS=17605230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr20	17606372	rs2295672	T	C	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=52;PP=1676;SC=GGACGGTCCCTTCTGGCTGCC;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=75;WE=17606380;WS=17606362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr20	17610729	rs6044917	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=257;SC=CTGGTCCATGTGGGAAGGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=17610737;WS=17610719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	17617531	rs6044923	T	C	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=102;SC=CCAGCTGCAGTGGGAACGACG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=17617539;WS=17617521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	17622676	rs41276398	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=0.408;SC=GCAGGGGCTTCGAGTCAAGGG;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=9;WE=17622684;WS=17622666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr20	17639433	.	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,54:0.42:128
chr20	17640009	rs13040917	A	C	5292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.21;QD=25.45;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr20	17640388	.	G	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=8.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
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chr20	17674451	rs6080781	G	C	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=105;SC=TGTGTCCAGTGGGAGGAGGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=17674459;WS=17674441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr20	18005600	rs2281543	A	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,48:0.42:113
chr20	18005678	rs373772460	TGC	TC,T	421.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=461;ReadPosRankSum=0.218;SC=GTAAAAGTCATGCCATGACCA;SOR=0.320;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=8;WE=18005690;WS=18005668;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.31:42
chr20	18005681	rs201416729	CA	C	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr20	18005682	.	A	C	469	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=3;NR=8;PP=469;QD=45.7973829588;SC=AAGTCATGCCATGACCAAGGA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=11;WE=18005690;WS=18005668;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,11:0.31:35
chr20	18022171	rs1571431	C	T	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.505;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=790;ReadPosRankSum=1.066;SC=ACGCACTCCCCGCTCACCTGT;SOR=0.655;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=51;WE=18022179;WS=18022161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,83:0.49:168
chr20	18118740	rs1205190	T	G	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=33;PP=1316;SC=GCGCGCGGCGTCGACCTGGGG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=72;WE=18118748;WS=18118730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr20	18123084	rs78016265	CT	C	269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=186;SC=GTATCTTCATCTTTTTTTTTG;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=18123092;WS=18123074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	18142564	rs3828013	A	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=569;ReadPosRankSum=-2.186;SC=TAAAAGAGAAAAGGTCTCGAA;SOR=0.889;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=39;WE=18142572;WS=18142554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr20	18142924	rs3748511	G	A	3505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=68;PP=1612;ReadPosRankSum=-1.027;SC=TTGGGTATGGGCCATGGTATA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=85;TCR=120;TR=115;WE=18142932;WS=18142914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,173:0.53:327
chr20	18143117	rs1205193	T	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=54;PP=1902;SC=GTGGTTGGGGTCAGAAAGAAG;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=18143125;WS=18143107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	18165371	.	C	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=431;ReadPosRankSum=1.082;SC=CATTTCATTTCTGTTCGTCCA;SOR=0.540;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=27;WE=18165379;WS=18165361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr20	18167977	rs2747404	T	C	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=42;PP=1446;SC=CAAGCAACCCTGCTATGCTAC;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=18167985;WS=18167967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr20	18286888	rs2328286	G	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=18;PP=810;SC=TTGAATTCTTGAATGGGCTCT;SOR=1.054;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=50;WE=18286896;WS=18286878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr20	18291064	rs2424155	C	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=314;SC=TTAATTTTCTCGGCTGTTTCA;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=18291072;WS=18291054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	18296072	rs1033545	T	A	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=49;PP=1941;SC=CCCAGCTCAGTCAGGGAACCC;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=18296080;WS=18296062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr20	18361603	rs1883938	T	C	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=52;PP=2461;SC=AGGACAAGTCTGCAAAGCAGA;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=131;WE=18361611;WS=18361593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr20	18374591	.	C	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=248;ReadPosRankSum=0.809;SC=TGATTAAACCCGGCAGGAGAG;SOR=1.058;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=15;WE=18374599;WS=18374581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr20	18393275	rs59695827	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=-1.416;SC=GAAGAAAGGGCATCCTCCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=18393283;WS=18393265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr20	18393312	rs6075337	C	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=189;ReadPosRankSum=2.979;SC=TGATGGCTGTCAGGAGGGGTT;SOR=0.491;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=18393320;WS=18393302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr20	18393499	rs6075338	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=-3.755;SC=ACATCGGGGCCATGCGTGAGG;SOR=1.085;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=18393507;WS=18393489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr20	18414356	rs6035042	A	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-2.866;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr20	18429497	rs6081147	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.69;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr20	18429509	rs6105923	T	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=1.960;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr20	18432690	rs2424196	T	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr20	18445963	rs6035051	A	G	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.907;NF=15;NR=18;PP=433;ReadPosRankSum=0.664;SC=GGCACTCGTAATGGTATGATC;SOR=0.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=33;WE=18445971;WS=18445953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,56:0.56:100
chr20	18446022	rs74875927	C	A	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-0.808;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr20	18446022	.	CTC	ATA	345	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=144;MMLQ=24;MQ=59.89;NF=5;NR=9;PP=345;QD=28.4619910616;SC=CTCTCTCTCTCTCTATATATA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=14;WE=18446032;WS=18446012;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,14:0.41:34
chr20	18446024	rs6111974	C	A	620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=-1.135;QD=16.34;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr20	18446050	rs111987137	A	ATGTGCACTTATAGC	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=41.38;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	18448079	rs1474974	C	A	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=20;PP=1089;SC=TCCACTGGTTCCCCGGGTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=61;WE=18448095;WS=18448069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr20	18460614	rs6035056	A	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr20	18460641	rs6081160	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=-0.039;SC=TTTGGAAATTGTTATCTTATA;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=18;WE=18460649;WS=18460631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr20	18461237	rs57962043	GT	G	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr20	18462421	rs1055171	A	G	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=525;ReadPosRankSum=-1.108;SC=TCCCTCCCACAGGTTTGGTCC;SOR=0.572;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=38;WE=18462429;WS=18462411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr20	18462492	rs4813332	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=1.426;SC=TTGACTGCCCACGGGTGCAAG;SOR=0.223;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=11;WE=18462500;WS=18462482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr20	18462518	rs6111983	C	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=1.177;SC=CATTAAGAAACAGAGCAAGCA;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=9;WE=18462526;WS=18462508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr20	18464101	rs2424213	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr20	18470664	rs3748450	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.448;SC=ATCTTTCAGTACCCATGGATA;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=18470672;WS=18470654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr20	18470980	rs2424217	A	G	6002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=65;PP=2965;SC=TTTACAACCTAAACAGACAGC;SOR=0.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=96;TCR=66;TR=161;WE=18470988;WS=18470970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr20	18474566	rs17734238	C	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=181;ReadPosRankSum=0.109;SC=ATGACTGGAGCCCACAAAGGG;SOR=1.473;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=18474574;WS=18474556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr20	18477614	rs2247746	A	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=23;PP=1171;SC=GGGCTTTGCTAGAGGGGATTA;SOR=1.233;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=65;WE=18477622;WS=18477604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	18477870	rs2247757	T	A	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=33;PP=881;SC=CCCAGCCTGCTCCCGCAGGGA;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=18477878;WS=18477860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	18505403	rs3762200	G	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=296;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GCCCAGGCTGGAGTTCAGTGG;SOR=0.269;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=15;WE=18505411;WS=18505393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr20	18506616	rs911115	T	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=13;PP=298;SC=ATCATACAAATGTGCTCTCAG;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=18506624;WS=18506606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	18508304	rs17734573	A	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=552;ReadPosRankSum=1.641;SC=TATTTTAAGGAAAGAGAAATT;SOR=0.506;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=40;WE=18508312;WS=18508294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr20	18511456	rs6081189	A	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.08;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	18511504	rs3762201	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=0.432;SC=CAGGCTGGTCTCAAACTCCTG;SOR=0.951;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=6;WE=18511512;WS=18511494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr20	18513372	rs17807673	C	T	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=420;ReadPosRankSum=-0.141;SC=GTGAAAGGACCGTGTGTGTCA;SOR=0.779;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=35;WE=18513380;WS=18513362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,54:0.46:118
chr20	18523002	rs2273526	C	G	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.614;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,93:0.45:208
chr20	18523864	rs2295557	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=1.851;SC=TTCTGCTTTACTTTCGAGAAG;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=18523872;WS=18523854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr20	18529233	rs3736775	T	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=525;ReadPosRankSum=0.383;SC=CATTTCTCTTTCCGTTCTTTG;SOR=0.672;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=37;WE=18529241;WS=18529223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr20	18535982	rs1555363	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=226;SC=GAATAACATTACTGGGCCGGA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=18535990;WS=18535972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	18548056	rs12624935	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=259;ReadPosRankSum=0.056;SC=GACCGCAGCGACGCCCTCACC;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=14;WE=18548064;WS=18548046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr20	18548320	rs35930853	CT	C	1963.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.544;NF=0;NR=35;PP=1347;ReadPosRankSum=-0.009;SC=AACAACTTCCCTGTCCTTTAA;SOR=1.118;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=35;WE=18548328;WS=18548310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,60:0.46:130
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chr20	18549848	rs11475239	CT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr20	18576912	rs1884875	C	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=317;SC=CATCCAGGAACGGGTCTTTGG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=18576920;WS=18576902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	18576980	rs6081237	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.480;SC=CTTTTCTGGAAAGTCATTGTT;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=18576988;WS=18576970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr20	18608945	rs3818220	G	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GTCCCTGGAAGAGTCCTCGGT;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=18608953;WS=18608935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr20	18790825	.	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CAGAGGTCTTGGCTGACCTCT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=18790833;WS=18790815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr20	18794963	rs374701216	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=1.563;SC=AACTTCTCTTCGATGATAATG;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=18;WE=18794971;WS=18794953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr20	18806046	rs6136525	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=1.485;SC=GTTAGCTCAGCGATAACAATA;SOR=0.898;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=19;WE=18806054;WS=18806036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr20	18810705	rs6136530	C	T	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=995;ReadPosRankSum=0.027;SC=TTTGCTTGGACCATGAAGGAA;SOR=0.637;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=74;WE=18810713;WS=18810695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,116:0.46:250
chr20	19193682	rs6106031	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr20	19261623	rs1569767	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=362;ReadPosRankSum=-0.299;SC=CATGGACCTCGTAGGGGAAGA;SOR=0.223;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=30;WE=19261631;WS=19261613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr20	19560555	rs11087288	GA	G	3364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=32;PP=1902;SC=GATGACAGAAGACATTATCAA;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=19560563;WS=19560545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr20	19560664	rs3790261	G	A	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=39;PP=1233;SC=TGTTCTATGCGCTGGCCATTG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=68;WE=19560672;WS=19560654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr20	19566011	.	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=1.767;SC=TAATGCTTATGAAAGGTTCCC;SOR=1.051;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=14;WE=19566019;WS=19566001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr20	19646436	rs11470358	CGT	C	375.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=1.854;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr20	19654454	rs1406971	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=2.160;SC=GAGTCACTGTAATTTTGATTA;SOR=1.688;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=15;WE=19654462;WS=19654444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr20	19867256	rs11362637	CT	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-0.478;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr20	19951660	rs3803982	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=209;ReadPosRankSum=0.644;SC=TACATTGCTCCGTCAATCTCT;SOR=0.165;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=19;WE=19951668;WS=19951650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr20	19970705	rs2076584	C	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr20	19970888	rs35151304	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=186;ReadPosRankSum=-1.010;SC=TGTATTCGCCGGAAAAGAAGG;SOR=0.464;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=16;WE=19970896;WS=19970878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr20	20018882	.	T	TA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr20	20032998	rs2255255	T	C	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=831;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TCTGCAGCAGTCGACCTCTGG;SOR=0.852;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=57;WE=20033006;WS=20032988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,85:0.52:163
chr20	20033137	rs2255258	T	A	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=745;ReadPosRankSum=-2.165;SC=GACCTCTCGCTTGAGCCGTGA;SOR=0.869;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=63;WE=20033145;WS=20033127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,94:0.47:199
chr20	20033242	rs2273057	A	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TGAGGTGGGTAACGCCGTGCT;SOR=0.165;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=26;WE=20033250;WS=20033232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr20	20033319	rs2273058	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=-2.083;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr20	20033367	rs7508949	C	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=398;ReadPosRankSum=1.175;SC=CCGTGGCGCCCTGCAAGGGAG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=16;WE=20033388;WS=20033357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr20	20033380	rs3817995	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=2.324;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
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chr20	20071634	rs6046614	T	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=-1.970;SC=AGTGACTGATTCATGTGGGAA;SOR=0.833;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=27;WE=20071642;WS=20071624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr20	20079251	.	CAA	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=-0.473;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr20	20123624	rs7265615	G	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=140;ReadPosRankSum=1.446;SC=TGCCTAGGGTGGGGGGATGGG;SOR=0.313;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=20123632;WS=20123614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr20	20139951	rs11475376	GC	G	1771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=1045;SC=TTGCTCCAGAGCTTGGACTCT;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=20139959;WS=20139941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	20140196	rs2179823	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TCCCTGCCTGTCTCCACCAGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=20140204;WS=20140186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	20144772	rs6081901	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=0.289;SC=GGCATCGCTCGTACTGCCTGA;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=14;WE=20144780;WS=20144762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr20	20146875	rs6046679	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	20146934	rs6106204	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=73;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CTGACTAGTGGTTGGCTAATC;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=8;WE=20146942;WS=20146924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr20	20150182	rs6112802	A	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	20152372	rs11696933	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=1.831;SC=ACATTTTGCTAACTGTGTTTC;SOR=0.770;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=8;WE=20152380;WS=20152362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr20	20152462	rs996197	A	C	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=844;ReadPosRankSum=1.451;SC=GCATCACCAGAGTGTCAAAGG;SOR=0.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=53;WE=20152470;WS=20152452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr20	20152581	rs2328500	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=458;SC=ACAGGGAAGGGTGGAATGAGA;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=20152589;WS=20152571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	20168497	rs2179825	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=429;SC=AGTGTGATATATTACAATTCT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=20168505;WS=20168487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	20180498	.	G	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,74:0.43:172
chr20	20232139	.	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=247;ReadPosRankSum=-1.105;SC=CAAGAGCACGGACTCAGCCCA;SOR=0.811;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=18;WE=20232147;WS=20232129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr20	20232380	.	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr20	20257958	rs2424317	C	T	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=44;PP=1261;SC=CGGTGGAGAGCGCCGTGGCGG;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=20257966;WS=20257948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr20	20322503	.	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=-3.511;SC=GTGCCTGGCCCTGTTCCACGA;SOR=0.599;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=10;WE=20322511;WS=20322493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr20	20322598	.	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=285;ReadPosRankSum=-1.760;SC=TGGATTATTCCTTGCAAATTA;SOR=0.509;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=19;WE=20322606;WS=20322588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr20	20348962	rs111558392	C	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=334;ReadPosRankSum=0.181;SC=CGCCCGTTTCCTACCGGGTCC;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=28;WE=20348970;WS=20348952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,61:0.46:134
chr20	20350516	rs6137007	T	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=33;PP=904;SC=CGCCCTGCACTCCCCGAACCC;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=20350524;WS=20350506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	20377421	rs11426947	A	AC	7254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=31.54;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr20	20445793	rs5840886	T	TCACACA,TCACACACA	912.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.49;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,10,11:0.45,0.50:22
chr20	20446270	.	G	A	320.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.83;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr20	20609964	rs11467035	AACACACACAC	A,AACACACACACAC	671.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3,3;NR=10,10;PP=297,2149;ReadPosRankSum=-0.032;SC=AAGAACTTGTAACACACACAC;SOR=0.551;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=13,13;WE=20609981;WS=20609954;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.49:35
chr20	20610028	rs377121833	G	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=453;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CTTCATTCACGAAGTTGACAT;SOR=0.940;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=34;WE=20610036;WS=20610018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr20	21106714	rs5840900	C	CG	1445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=650;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CCCGGCCGAACGGCCACCCAG;SOR=0.692;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=20;WE=21106722;WS=21106704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr20	21117240	rs11476720	GT	G	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr20	21126194	rs6047271	C	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=395;SC=ATCAAACTTTCTTTATATTTA;SOR=1.802;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=21126202;WS=21126184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	21142454	rs11482592	A	AC	1389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.26;MQRankSum=0.408;QD=25.74;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr20	21142523	rs4815025	C	G	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=42;PP=1973;SC=TTGCAGTGCACGAGGGGATTA;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=98;WE=21142531;WS=21142513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr20	21142813	rs2236178	T	C	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=78;PP=2716;SC=GGTGAGAAAATGCCAGTCACA;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=92;TCR=79;TR=170;WE=21142821;WS=21142803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr20	21186161	rs11087346	A	AG	2778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=28;PP=1960;SC=AGACGTACCGAGGCACAGGTG;SOR=1.031;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=46;WE=21186169;WS=21186151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr20	21186296	.	T	TA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr20	21196343	rs189044988	C	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chr20	21224959	rs368771801	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=362;ReadPosRankSum=0.058;SC=AGATTTTCTTTTTCTGTTTTA;SOR=0.645;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=25;WE=21224967;WS=21224949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,39:0.42:92
chr20	21227314	rs6047326	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=346;SC=AGTTTTCTCACTGTTTTATGG;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=21227322;WS=21227304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	21283879	.	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-1.081;SC=CTCATCCAGCGAAGCCTCCTT;SOR=0.160;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=21283887;WS=21283871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr20	21307107	rs2296728	A	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=25;PP=762;SC=ATTATATTACATTGTTTGGTT;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=21307115;WS=21307097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	21313109	rs11481754	T	TA	761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,41:0.85:48
chr20	21319828	rs202844	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=335;SC=AGTAGGACTTAGTCAGGGACG;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=21319836;WS=21319818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	21321294	rs202845	C	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=3;PP=462;SC=GCCCTTCTTTCCTTTCTGTCA;SOR=2.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=21321302;WS=21321284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	21328715	rs11087351	GT	G	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=282;SC=TCTAATTTTTGTTTTTTTTAA;SOR=2.030;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=13;WE=21328723;WS=21328705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	21336825	rs3787500	G	A	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=39;PP=1076;SC=GGTATGTTACGCAATTTGGTT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=21336833;WS=21336815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr20	21362703	rs11476840	TA	T	3018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=26;PP=1253;SC=CAGGTAATATTAAAAGTAGAC;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=33;WE=21362711;WS=21362693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	21362758	rs6047417	T	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=26;PP=715;SC=GGGTTTATGGTTTTTATGGAA;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=42;WE=21362766;WS=21362748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	21494184	rs8192562	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=446;ReadPosRankSum=0.861;SC=GCCCTCTTGGCTGGCTCGGGC;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=33;WE=21494192;WS=21494174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr20	21695347	rs17861061	C	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=490;ReadPosRankSum=1.520;SC=GGTGCACGCCCAGCCAGCCCC;SOR=0.905;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=36;WE=21695361;WS=21695337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,55:0.47:117
chr20	22562674	rs1212275	T	C	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=7.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,75:0.56:135
chr20	23016970	rs3746726	T	G	7510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.222;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=1.502;SC=GCTGAACCTCTTCGTGACCAG;SOR=0.389;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=98;TCR=113;TR=210;WE=23016978;WS=23016960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr20	23017017	rs2567609	T	C	7612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=105;PP=2965;SC=CCCTTATCCTTAGCTATGCCA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=87;TCR=108;TR=192;WE=23017025;WS=23017007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr20	23017044	rs3746728	C	T	7320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr20	23017082	rs2567608	T	C	7191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=96;PP=2965;SC=TTCCGCCGATTCTTCCAGCGG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=86;TCR=96;TR=182;WE=23017090;WS=23017072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr20	23029636	.	A	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=386;ReadPosRankSum=-1.846;SC=TGGGAAGTGGAACTCGCAGAG;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=32;WE=23029644;WS=23029626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr20	23064810	rs11087413	C	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=469;ReadPosRankSum=-0.532;SC=AAACCTGGGCCTGCTCTTGCT;SOR=0.479;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=32;WE=23064818;WS=23064800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
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chr20	23347553	rs999072	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr20	23350525	rs17830281	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=-0.020;SC=GGAACGCTCACGGAATGAATG;SOR=0.375;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=7;WE=23350533;WS=23350515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr20	23360369	rs6137917	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr20	23377642	rs3736755	C	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=270;ReadPosRankSum=0.186;SC=CTGACCTTAACGTTGAGGGAA;SOR=0.671;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=23;WE=23377650;WS=23377632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr20	23401904	.	ACC	A,AC	3971.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.304;HP=12;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.225;NF=15,15;NR=56,56;PP=153,778;ReadPosRankSum=-0.919;SC=AAGTACGGAGACCCCCCCCCC;SOR=0.173;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=71,71;WE=23401924;WS=23401894;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.39,0.58:154
chr20	23421101	rs17757442	G	A	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=980;ReadPosRankSum=-3.035;SC=CGAGTCCAGAGGCTAATTCGA;SOR=0.817;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=69;WE=23421109;WS=23421091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,130:0.51:253
chr20	23424613	rs3746736	T	C	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	23424638	rs3746737	C	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr20	23425419	rs200735623	C	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=470;ReadPosRankSum=1.730;SC=GTTTAATTTGCGAGTCTTTGA;SOR=0.711;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=37;WE=23425427;WS=23425409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr20	23425458	.	C	T	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=630;ReadPosRankSum=1.646;SC=TAAACTATTTCCAGCTCTGGA;SOR=0.822;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=40;WE=23425466;WS=23425448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,64:0.53:120
chr20	23432528	rs2236021	A	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=347;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GCATTTCCACATTCAGGTGAT;SOR=0.404;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=32;WE=23432536;WS=23432518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr20	23472391	rs2983288	A	G	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=17;PP=717;SC=AGAATGAGACAGGGGTGCTGA;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=40;WE=23472399;WS=23472381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	23476389	.	A	G	134	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=10;NR=2;PP=134;QD=14.0642677123;SC=GACACCTAGCAACAGGACAAT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=12;WE=23476397;WS=23476379;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr20	23476412	rs11482296	C	CT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr20	23529377	rs3004129	G	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=9;PP=425;SC=ACCTGTGTCCGCACCACACCC;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=23529396;WS=23529367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	23529388	rs2983611	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=481;SC=CACCACACCCCATGCGGCATC;SOR=0.866;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=24;WE=23529396;WS=23529367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	23548774	rs2983617	T	C	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=16;PP=914;SC=AGACCCCCTGTCCCCACCCCA;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=48;WE=23548782;WS=23548764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	23584116	rs726217	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=451;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TAAGGCACAAGCAGGGCAGCC;SOR=0.634;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=33;WE=23584124;WS=23584106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr20	23586184	rs2983639	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=329;SC=AGACTAGACATCTTGGTCCCT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=23586192;WS=23586174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	23586360	rs2983640	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr20	23615819	.	TCA	T	680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=586;ReadPosRankSum=0.234;SC=AACATGTGCATCACACACACA;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=17;WE=23615830;WS=23615809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr20	23618395	rs6138024	T	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=16;PP=551;SC=GGCCTCCCACTAGGCGCGGCG;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=23618403;WS=23618385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	23618427	rs1064039	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=-1.381;SC=CTGGAGCCGGCCGCGGGGCTC;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=9;WE=23618435;WS=23618417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr20	23618571	rs73318135	T	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr20	23618652	rs71334202	A	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.29;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr20	23618656	rs5030707	C	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.29;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr20	23729722	rs3188314	G	T	14596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.604;NF=180;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TACATATGGTGCGGCCCACCT;SOR=0.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=181;TCR=142;TR=322;WE=23729730;WS=23729712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,563:1.00:564
chr20	23731494	rs6076122	A	G	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=53;PP=1672;SC=GTACTCAGATACTGGGCCATG;SOR=1.313;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=23731502;WS=23731484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	23731560	rs6076123	C	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=35;PP=948;SC=GGTGAGAGCCCGAGGCAGGGA;SOR=2.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=23731568;WS=23731550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	23731589	rs113896553	G	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=634;SC=CAGCAGGCAGGTGTGCATTTA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=23731597;WS=23731579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	23805832	rs6036548	G	A	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=25;PP=1197;SC=CCTGGGACCCGCATCAGGAAC;SOR=1.193;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=68;WE=23805840;WS=23805822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	23807028	rs4407312	A	C	5410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=3.031;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.40;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr20	23807083	.	C	T	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=461;ReadPosRankSum=-0.306;SC=CTCCCTGGCTCGTAGCACCCG;SOR=0.547;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=38;WE=23807091;WS=23807073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,68:0.46:147
chr20	24524218	rs4815274	C	G	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=45;PP=1281;SC=CTGGAGGTCACAGGATGTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=24524226;WS=24524208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	24524245	rs4813519	A	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.44;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	24524269	.	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=124;ReadPosRankSum=0.510;SC=GGATTCTAGGGAGGGCAGGAG;SOR=0.336;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=10;WE=24524277;WS=24524259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr20	24645939	rs2892217	G	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=588;ReadPosRankSum=1.380;SC=TGCTTGTTCCGACTTGCTTAC;SOR=0.541;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=42;WE=24645947;WS=24645929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,64:0.42:153
chr20	24930085	rs227653	G	A	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=611;ReadPosRankSum=-0.950;SC=CATGCTGCCTGAGAAGGCACT;SOR=0.696;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=47;WE=24930093;WS=24930075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,68:0.49:140
chr20	24939590	rs1056033	G	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=-0.428;SC=AATATATGCTGGAGGTGGAAA;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=24;WE=24939598;WS=24939580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr20	24939764	rs45556041	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-0.221;SC=ACCGTCACCACGTCTCTAACG;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=24939772;WS=24939754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr20	24944933	rs761368	T	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=14;PP=515;SC=CTGGATGGCCTGGCTGAACTG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=24944941;WS=24944923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	24945079	rs10534910	AGGC	A	1524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=641;ReadPosRankSum=1.481;SC=CATTTCAAATAGGCAAGGTGC;SOR=0.725;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=17;WE=24945089;WS=24945069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr20	24950373	rs2064404	A	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=17;PP=451;SC=TATGGGCCTGAAGAAGGTGAC;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=24950381;WS=24950363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	24954162	rs66649227	AG	A	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=1.510;SC=TCCATCTACTAGATGGTCAGA;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=24954170;WS=24954152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr20	24959382	rs11087491	C	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr20	24959385	rs6083703	A	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr20	24959386	rs56312312	C	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr20	24973383	rs6138456	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=-1.141;SC=GCCGGCTCAGACTCCAGGCCC;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=8;WE=24973391;WS=24973373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr20	24987438	rs6083718	C	T	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=10;PP=842;SC=TGGTTCTCACCGCCCCAACCA;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=24987446;WS=24987428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	24993414	rs6132785	T	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=512;ReadPosRankSum=-1.580;SC=CATGGAGGTGTAGGAGTGAAG;SOR=0.931;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=39;WE=24993422;WS=24993404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr20	24994289	rs6050249	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr20	25004071	rs4813543	G	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=670;SC=ATATGACCTCGCCTCAAACTG;SOR=1.662;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=25004079;WS=25004061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr20	25027526	rs6083730	G	A	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
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chr20	25027630	rs6106989	G	A	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=638;SC=CCTGGGGGCCGAGGGGAGGAA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=25027638;WS=25027620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	25027692	rs6115015	G	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=283;SC=AGCATCACTCGTCTGCCTCCA;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=25027700;WS=25027682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	25038484	rs66817095	G	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=918;ReadPosRankSum=-1.086;SC=TGTGGTAGGGGGTGTCCCACA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=64;WE=25038492;WS=25038474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,82:0.52:157
chr20	25053087	.	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=0.447;SC=TGCATGGGTCCATTTGTCCCC;SOR=0.035;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=11;WE=25053095;WS=25053077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr20	25053105	rs743018	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=-2.812;SC=CCCCCAGGCCGATACTGTCCT;SOR=0.024;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=14;WE=25053113;WS=25053095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr20	25059442	rs6138482	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=-0.861;SC=ATCTTTGGAGCGGAGAAAAGG;SOR=0.826;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=27;WE=25059450;WS=25059432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr20	25062715	rs8123716	C	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=280;ReadPosRankSum=-1.161;SC=CGTCGGAAAGCGAGTCCCGGC;SOR=0.589;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=19;WE=25062723;WS=25062705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr20	25176296	rs6083773	A	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=246;SC=CCGCCTGCGCATGCGCGGCTG;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=25176304;WS=25176286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	25187213	rs2076559	G	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=483;ReadPosRankSum=0.507;SC=AGAAAAACGAGCTACATTTTT;SOR=0.814;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=36;WE=25187221;WS=25187203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
chr20	25187575	rs11699392	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=0.157;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr20	25190598	rs1007707	A	G	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=44;PP=1207;SC=GTTCAACTGCAGAATGTGTTC;SOR=1.525;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=64;WE=25190606;WS=25190588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr20	25193863	rs2076560	T	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr20	25193949	rs2076561	G	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.956;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
chr20	25195394	rs6050445	C	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=102;SC=CAGATTTTTTCGTTCTTCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=25195402;WS=25195384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	25195509	rs6050446	A	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=13;PP=487;SC=TTAGGTGAAAAAAGTATTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=25195517;WS=25195499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	25197982	rs4815394	T	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=14;PP=797;SC=ATTGGCTCCTTATTGCCTGCT;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=25197990;WS=25197972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	25229231	rs2273473	C	G	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=164;SC=GTCGGCGGGGCCCGGGCGTCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=25229239;WS=25229221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	25252161	rs2281559	C	T	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=51;PP=1449;SC=TTCCAGCTCTCGTTCACACAA;SOR=1.219;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=78;WE=25252169;WS=25252151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	25257215	rs2254046	G	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=18;PP=1061;SC=AGGCTGGGCCGGGGAGAGGCA;SOR=1.421;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=53;WE=25257223;WS=25257205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	25257260	rs2257370	G	C	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=34;PP=2273;SC=ACTCCGTCCTGAGCAACCCGT;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=105;WE=25257268;WS=25257250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr20	25257462	rs2424699	G	A	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr20	25258916	rs11466827	G	GCCCTGGGACTGGGTCATGGGGCATGTGCC	1151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=57.59;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	25259006	rs2228976	G	T	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=26;PP=1450;SC=CGTGGTGGCCGCCACGCTCCA;SOR=1.125;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=79;WE=25259014;WS=25258996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr20	25259200	rs2261109	T	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=33;PP=1032;SC=AGTGGAATGGTACATGCCCCT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=25259208;WS=25259190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	25259807	rs2261115	G	A	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=41;PP=1314;SC=GGAAAAGGGCGGCACCTCCCC;SOR=1.146;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=65;WE=25259815;WS=25259788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	25260931	rs2227890	A	G	6821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=70;PP=2505;SC=AGACCTGTGCATACACCAACC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=79;TCR=70;TR=149;WE=25260939;WS=25260921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr20	25261784	rs2261747	G	A	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=33;PP=1129;SC=GGCCAGCTCTGTCTGACACCC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=25261792;WS=25261774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	25262536	rs10582106	TCTC	T	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=0;PP=397;SC=GTCACTCTGTTCTCCTTAGAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=25262546;WS=25262526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	25262769	rs2227891	G	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	25262789	rs2261790	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=9;PP=269;SC=TGGAGGTGAGTCCCGGGCCCC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=25262797;WS=25262779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	25263648	rs2145126	G	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=190;SC=AGGGGCTGCTGGGGTAACCCT;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=25263656;WS=25263638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	25264664	rs2257705	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=4;PP=473;SC=ACAGGGCACTTGAAGCAGGAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=25264672;WS=25264654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	25264814	rs2227892	T	C	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=36;PP=969;SC=CCATGTTCGATGTGCATGTGA;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=25264822;WS=25264804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr20	25264910	rs2257712	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=463;SC=ATCACCTGCATGACCGCGCTG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=25264918;WS=25264900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	25268920	rs3002702	T	C	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=22;PP=1154;SC=TGTGCCACTGTCACCCGTGTC;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=25268928;WS=25268910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	25270339	rs2257991	T	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=5;PP=556;SC=GCAGGAAGAATTGTAGCAAAA;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=25270347;WS=25270329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	25271033	rs2258053	C	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=294;SC=GCCTCACCCCCCTACAGACCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=25271041;WS=25271024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	25271086	rs2257432	T	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=13;PP=601;SC=AAGGCATTTTTGTGCTAAAAA;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=36;WE=25271094;WS=25271076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	25271326	rs2258066	C	T	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=27;PP=745;SC=GTACTGGCCCCGGGCCTTTCA;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=25271334;WS=25271316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	25275553	rs16436	GTTAGTT	G	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=7;PP=812;SC=CTGCCTTTGGGTTAGTTTTAG;SOR=1.230;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=16;WE=25275566;WS=25275543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	25275843	rs2258719	C	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=292;SC=AGACTTAAGACGGCAAATGGA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=25275851;WS=25275833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	25276297	rs1130694	G	A	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=27;PP=1077;SC=AGGTGGACCAGCTGTACCGGG;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=25276305;WS=25276287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr20	25276343	rs2258728	G	A	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=34;PP=1193;SC=GGGAGCAGCTGGGTGGGTCCA;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=66;WE=25276351;WS=25276333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr20	25281398	rs2424708	C	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=10;PP=739;SC=GCCGGCCCCCCGGGGCTTCAG;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=25281406;WS=25281388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	25282944	rs10966	A	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=12;PP=375;SC=GAACTTTGAAATCTCGGAAGC;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=25282952;WS=25282934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	25284343	rs2260197	T	C	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=35;PP=878;SC=GGCAGGGATCTGGGTTCAGGG;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=25284351;WS=25284333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr20	25371113	rs6115166	G	C	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr20	25426693	rs5841057	CA	C	4481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=43;PP=2215;SC=CTCTCTCCACCACTCCCTTCA;SOR=1.159;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=50;WE=25426701;WS=25426683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr20	25434351	rs2072975	A	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=527;SC=GCTCTCTTTTATCCTCCCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=25434359;WS=25434341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	25436283	rs2235607	C	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=646;SC=GACGTGAACACGAAAGCAGCA;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=25436291;WS=25436273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	25442097	rs6107047	G	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=241;SC=CGTTGGCACTGCGGTGATGCT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=25442105;WS=25442087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	25442989	rs3036810	G	GGGGAGCC	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=398;SC=CCAGCCTCCAGCTCAGCTCCC;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=25443005;WS=25442979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	25442991	.	T	TGGTG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.32;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=307;SC=AGCCTCCAGCTCAGCTCCCTG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=25443005;WS=25442979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	25442992	rs2387889	C	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.10;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	25442997	rs559771	C	G	362.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	25443278	rs113237945	A	ATTTGTTTTGT	439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=894;SC=TTAAGTAGTCATTTGTTTTGT;SOR=0.693;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=25443286;WS=25443268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	25447896	rs404394	A	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=0;PP=311;SC=CCTGGGGGCCAGTCAGCAACT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=25447904;WS=25447886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	25447931	rs404148	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=12;PP=625;SC=TTAGAAGAATATTCTCTACTT;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=25447939;WS=25447921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr20	25457049	rs68078266	GCTCCCA	G	3828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=24;PP=2465;SC=CTCAGGGGTGGCTCCCACATC;SOR=0.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=42;WE=25457062;WS=25457039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr20	25459919	rs84816	G	A	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.114;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;MQRankSum=7.073;QD=24.06;ReadPosRankSum=1.411;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
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chr20	25470056	rs431579	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=22;PP=463;SC=GCCCAGCTTCTGCCAACACCA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=25470064;WS=25470046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	25479058	rs400357	A	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=16;PP=453;SC=TCCCTCCCTGATCCAGGGCCT;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=25479066;WS=25479048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	25520827	rs11472175	A	AAC	2540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=1390;SC=GATAAAAAGCAACAGTTTCTC;SOR=1.217;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=30;WE=25520835;WS=25520817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	25755984	rs368432091	AAGAAAG	A	209.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.687;NF=4;NR=16;PP=601;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TGAAATCAGAAAGAAAGAGAG;SOR=0.614;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=20;WE=25755999;WS=25755974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,11:0.13:82
chr20	25755988	.	AAG	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-1.049;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.012;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,10:0.16:62
chr20	25756020	rs139676733	CA	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.041;HP=9;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.248;NF=2;NR=17;PP=293;ReadPosRankSum=1.103;SC=AAGCCATGAGCAAAAAAAAAG;SOR=0.188;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=19;WE=25756028;WS=25756010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr20	25829184	rs74788234	A	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.575;NF=26;NR=4;PP=537;ReadPosRankSum=1.482;SC=GTTATGAGGGATGCTGCCTCT;SOR=0.446;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=62;TCF=56;TCR=6;TR=30;WE=25829192;WS=25829179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr20	25829290	rs75735480	G	T	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=2.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQRankSum=-14.101;QD=6.64;ReadPosRankSum=4.879;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,84:0.21:391
chr20	25829292	rs76588078	C	T	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=0.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQRankSum=-13.982;QD=6.18;ReadPosRankSum=5.167;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,83:0.21:397
chr20	25829312	rs78355493	G	T	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQRankSum=-14.997;QD=5.43;ReadPosRankSum=3.571;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,84:0.19:440
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chr20	25829352	rs74961672	T	C	5174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQRankSum=-17.750;QD=12.90;ReadPosRankSum=-5.747;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,137:0.34:401
chr20	25829384	rs75757905	T	C	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=10.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQRankSum=-12.779;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.242;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,61:0.25:244
chr20	25829384	.	TTA	CTG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MMLQ=24;MQ=45.59;NF=29;NR=63;PP=2944;QD=20;SC=AGTTCGCAAGTTAGGCTTCCT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=220;TCF=76;TCR=144;TR=92;WE=25829394;WS=25829374;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:128,92:0.42:220
chr20	25829386	rs74835374	A	G	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=7.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQRankSum=-12.549;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.308;SOR=1.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,60:0.25:237
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chr20	25829436	rs73348912	T	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.934;HP=1;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.607;NF=6;NR=33;PP=439;ReadPosRankSum=0.605;SC=GCCAGGGAGCTTCTCTGAAGG;SOR=0.973;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=130;TCF=33;TCR=97;TR=39;WE=25829444;WS=25829425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,29:0.24:121
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chr20	25900162	rs6037279	C	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.020;NF=25;NR=26;PP=707;ReadPosRankSum=-0.340;SC=ATCCAGCAACCGCCAACAACT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=51;WE=25900174;WS=25900152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,49:0.35:141
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chr20	25900190	rs199687742	AAATT	A	958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.740;NF=2;NR=24;PP=480;ReadPosRankSum=-2.991;SC=TTCTATCTTGAAATTAATATC;SOR=0.715;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=26;WE=25900201;WS=25900180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,33:0.23:143
chr20	25900276	rs75406844	G	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=7.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQRankSum=-4.172;QD=0.82;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,6:0.12:52
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chr20	29625985	rs79368216	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQRankSum=-3.658;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,20:0.13:150
chr20	29625997	rs62198355	A	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=4.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.940;HP=4;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.206;NF=11;NR=47;PP=962;ReadPosRankSum=3.507;SC=AAGTGCTGTTATTGTTTATAA;SOR=1.627;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=134;TCF=31;TCR=103;TR=58;WE=29626005;WS=29625975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,50:0.39:128
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chr20	29628099	rs73621498	G	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-5.599;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.414;SOR=1.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,4:0.12:33
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chr20	29628125	.	TG	CA	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.284;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.662;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQRankSum=-4.882;QD=7.86;ReadPosRankSum=-2.686;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr20	29628128	rs73621500	C	T	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=11.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.99;MQRankSum=-7.735;QD=20.26;ReadPosRankSum=-4.968;SOR=2.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr20	29628136	rs73621501	T	G	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=8.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.40;MQRankSum=-8.617;QD=15.68;ReadPosRankSum=-3.817;SOR=1.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,68:0.52:131
chr20	29628158	rs73605203	G	A	3988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=12.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQRankSum=-9.304;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.033;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,129:0.49:263
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chr20	29628167	rs181840913	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=8.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQRankSum=-3.263;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,37:0.11:345
chr20	29628261	rs111331725	T	C	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=848;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQRankSum=12.764;QD=2.46;ReadPosRankSum=-2.982;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:669,177:0.21:846
chr20	29628271	rs62199576	C	T	14102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.290;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-9.778;NF=197;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.288;SC=TTATTAGATGCAATGAAGCAG;SOR=0.809;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=565;TCF=311;TCR=254;TR=353;WE=29628279;WS=29628251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,481:0.62:780
chr20	29628335	rs11152455	A	T	5328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.12;MQRankSum=-15.272;QD=14.02;ReadPosRankSum=-3.761;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,159:0.42:380
chr20	29628341	rs11152456	C	A	5612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=6.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQRankSum=-16.849;QD=16.91;ReadPosRankSum=-2.018;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,144:0.43:332
chr20	29628361	rs11152457	A	C	2941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=9.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.352;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-16.110;NF=62;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=3.723;SC=CAGATGACTGAATTCACACAT;SOR=1.181;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=266;TCF=110;TCR=156;TR=157;WE=29628369;WS=29628351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,121:0.42:287
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chr20	29628477	rs62199577	T	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.898;HP=4;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.802;NF=6;NR=33;PP=1535;ReadPosRankSum=1.647;SC=GACTCATTTTTAATTATAAAT;SOR=0.307;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=108;TCF=13;TCR=95;TR=39;WE=29628506;WS=29628467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
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chr20	29632761	rs6057390	T	C	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.322;NF=31;NR=96;PP=2284;ReadPosRankSum=1.444;SC=TTTCAGTAGCTAATAGAAATG;SOR=0.635;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=37;TCR=111;TR=127;WE=29632769;WS=29632739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,128:0.85:151
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chr20	29633938	rs61041024	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQRankSum=-6.279;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,36:0.18:199
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chr20	29633986	rs2379676	A	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=7.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQRankSum=-4.982;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.157;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,34:0.22:157
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chr20	29634049	rs2379675	G	C	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.170;NF=6;NR=25;PP=632;ReadPosRankSum=1.836;SC=TTAGCTAGTAGCTAGTTTAAC;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=31;WE=29634057;WS=29634027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
chr20	29634102	rs113531250	TC	T	308.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=2;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.481;NF=0;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=-1.680;SC=TGGATGTACTTCCTTGGCTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=29634115;WS=29634092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr20	29634104	rs56780525	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.58;MQRankSum=-3.481;QD=22.70;ReadPosRankSum=-1.680;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr20	29652036	rs62206781	C	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.586;NF=53;NR=16;PP=1049;ReadPosRankSum=0.750;SC=CAATTCCTTACAATAAACCTA;SOR=0.705;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=114;TCR=33;TR=69;WE=29652044;WS=29652026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
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chr20	29652172	.	TGGAGTGCCTCGGCAGCCTC	CAGAGTGCCTCAGCAGCCTT,CGGAGTGCCTCGGCAGCCTC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=68;MMLQ=13;MQ=59.03;NF=26,162;NR=31,169;PP=1585,2962;QD=29.0959276292;SC=AGGCGACCCATGGAGTGCCTC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=379;TCF=178;TCR=201;TR=57,331;WE=29652204;WS=29652156;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.15:379
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chr20	29652236	rs62206786	G	C	8463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.002;NF=69;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.658;SC=CTGCAACCACGTTTCTACAGG;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=89;TCR=167;TR=201;WE=29652244;WS=29652225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,205:0.82:251
chr20	29652254	rs77357187	G	A	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=2.757;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,55:0.30:181
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chr20	29652303	rs62206787	T	C	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQRankSum=-2.364;QD=38.43;ReadPosRankSum=0.343;SOR=2.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,50:0.91:55
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chr20	29978216	rs2206381	T	C	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	29978332	.	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.335;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr20	30037685	.	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=194;ReadPosRankSum=1.183;SC=CAGAGTAAAGGAAAAACAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=16;WE=30037693;WS=30037675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
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chr20	30060720	rs111977476	G	GCACACA	863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=445;ReadPosRankSum=1.528;SC=GCACACATGTGCACACACACA;SOR=0.683;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=14;WE=30060729;WS=30060710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,36:0.33:108
chr20	30064331	rs1006459	A	G	3892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.172;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.981;NF=70;NR=66;PP=1954;ReadPosRankSum=0.355;SC=CCACGGGGCCACCAGCCTGGC;SOR=0.667;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=272;TCF=134;TCR=138;TR=136;WE=30064339;WS=30064321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,196:0.49:396
chr20	30071844	rs2233834	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=224;ReadPosRankSum=-0.416;SC=CAGACAGCAGCACCAGGCATG;SOR=0.919;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=16;WE=30071852;WS=30071834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr20	30102619	rs138291873	A	ACCT	4455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.015;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.374;NF=8;NR=36;PP=2025;ReadPosRankSum=-1.323;SC=CGGGACAGACACCTCTCCCCG;SOR=0.512;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=17;TCR=89;TR=44;WE=30102627;WS=30102609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,116:0.52:224
chr20	30115140	rs34469982	CA	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.597;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
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chr20	30147554	rs6058103	C	A	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CCTCCACCCCCACAGCAGCCA;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=53;TCR=92;TR=73;WE=30147562;WS=30147544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,106:0.46:228
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chr20	30153934	rs2376862	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=308;ReadPosRankSum=0.750;SC=TCCAGCCCAGAAGGGGTTTGG;SOR=0.456;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=20;WE=30153942;WS=30153924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr20	30154237	rs11906851	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
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chr20	30193110	rs6060263	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTCTTAACTGTTCCATTTTCC;SOR=0.250;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=30193118;WS=30193100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr20	30193538	rs15817	A	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=850;ReadPosRankSum=-0.685;SC=CCGAAGTTGGAACCCCCGGGG;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=55;WE=30193546;WS=30193528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,70:0.50:139
chr20	30193659	rs200436740	G	A	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=674;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TATACCGACGGGGAAACGGAG;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=46;WE=30193667;WS=30193649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,83:0.48:174
chr20	30194899	rs6058197	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr20	30195166	rs6088736	C	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=0.949;SC=TCTTCCCCCACTACTCCCACA;SOR=0.436;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=14;WE=30195174;WS=30195156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr20	30226690	rs45557936	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=2.137;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr20	30226764	rs6088857	G	C	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=1.344;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr20	30227639	rs6088858	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=0.300;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCA;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=30227647;WS=30227629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr20	30232452	rs6120970	C	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=485;ReadPosRankSum=0.372;SC=ATACTTCAACCCTGGAGTATC;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=28;WE=30232460;WS=30232442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr20	30232504	rs7269866	G	A	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=746;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GCTACAGGGTGGCTGGAGACC;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=50;WE=30232512;WS=30232494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,76:0.48:159
chr20	30232673	rs11907253	G	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=565;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CTGGCCTCCCGCTGGGACTAT;SOR=0.607;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=39;WE=30232681;WS=30232663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,62:0.50:125
chr20	30347832	rs6060930	A	G	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=35;PP=1392;SC=CTTGCTGATCAGACAATGATG;SOR=0.879;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=82;WE=30347840;WS=30347822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	30363645	rs6060938	T	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=341;SC=TCTCCTCTCTTCTCATTTACT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=30363653;WS=30363635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	30371454	rs6060943	A	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TTGTTTGTGAAGTTTTCATTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=7;WE=30371462;WS=30371444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr20	30381758	rs1062794	G	C	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=24;PP=811;SC=GCCCTTTCTCGTTTGATTCTC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=46;WE=30381766;WS=30381748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	30382108	rs6060952	T	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=3;PP=399;SC=TTTGAAAGGTTTCCTTCCTTA;SOR=2.494;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=30382116;WS=30382098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	30382315	rs3203770	A	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=478;ReadPosRankSum=1.620;SC=AGACTGACAGAAGAGGTGCTC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=31;WE=30382323;WS=30382305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr20	30385192	rs6058463	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.997;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=-0.838;SC=ATCTGACTGACTTTCTCTCTA;SOR=0.148;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=10;WE=30385200;WS=30385182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr20	30408435	rs12480305	T	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=420;ReadPosRankSum=1.801;SC=TAGGCATGGTTATCATCACAT;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=30;WE=30408443;WS=30408425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr20	30409452	rs6058469	T	C	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=373;ReadPosRankSum=-0.019;SC=CGAGGGGGATTGAGTTCCAGG;SOR=0.736;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=33;WE=30409460;WS=30409442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr20	30409573	rs6060970	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=10.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.804;SOR=3.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr20	30411427	rs6060971	T	C	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=555;ReadPosRankSum=-1.910;SC=GGACAGAGAGTACACCGGGCT;SOR=0.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=34;WE=30411435;WS=30411417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr20	30414334	rs11907651	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GCCTGTTCAAGGGTGCGGGTA;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=8;WE=30414342;WS=30414324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr20	30414560	rs41293108	C	G	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=539;ReadPosRankSum=0.632;SC=GGGGGTACCACCAGGCACGGA;SOR=0.756;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=38;WE=30414568;WS=30414550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,70:0.47:148
chr20	30419051	rs4518038	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CACCTCCCCTATCCCTCAGTC;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=13;WE=30419059;WS=30419041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr20	30419954	rs6060980	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
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chr20	30421459	rs6089093	C	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=615;ReadPosRankSum=-0.358;SC=GCTGCTCAGACACCCTGCAGC;SOR=0.827;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=54;WE=30421467;WS=30421449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,81:0.50:163
chr20	30433352	rs6121246	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.536;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=256;ReadPosRankSum=0.989;SC=GCATGCTGGCCGGGCTGCCAG;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=17;WE=30433360;WS=30433342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr20	30436088	rs8118150	G	A	69.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr20	30436641	rs12480322	G	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=260;ReadPosRankSum=1.648;SC=TTGGGGTGCTGTGTGGGGCCC;SOR=1.241;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=16;WE=30436649;WS=30436631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr20	30436666	rs12480325	G	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=317;ReadPosRankSum=-1.066;SC=CCTCCTCACCGAAGCACAGAC;SOR=0.838;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=23;WE=30436674;WS=30436656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr20	30437299	.	C	T	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.165;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,127:0.31:411
chr20	30437522	rs3746599	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=19;PP=710;SC=GCGCTGGGCAATGGGTCGGGG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=30437530;WS=30437512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	30449325	rs947310	C	G	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	30449516	.	G	GC	108	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=15;MQ=55.15;NF=0;NR=3;PP=108;QD=47.0;SC=GTCAAGGCCGGCGCGGGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=30449524;WS=30449506;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	30451844	rs6087786	C	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=24;PP=763;SC=GGAGTTGTTCCGCCCCCACCC;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=30451852;WS=30451834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	30452709	rs41310803	A	G	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,121:0.47:256
chr20	30467811	rs6089106	G	A	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.84;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	30527065	rs6061043	T	C	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=660;ReadPosRankSum=1.515;SC=CCAACACACATCTCGGTATGT;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=48;WE=30527073;WS=30527055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,89:0.51:173
chr20	30530939	rs6058498	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=5.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=1.373;SC=CAGCCTGGCACCAGCTTTGCT;SOR=2.494;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=30530947;WS=30530929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr20	30531645	.	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TTCGGGAGTTGAGTGTGAGTA;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=7;WE=30531653;WS=30531635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr20	30539924	.	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=0.922;SC=CCGGCTGCGAGAGGCGGGGCC;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=30539932;WS=30539914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr20	30584553	.	C	T	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=988;ReadPosRankSum=0.218;SC=CTGGGTCATCCAAGGGGAGAC;SOR=0.557;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=70;WE=30584561;WS=30584543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,110:0.45:244
chr20	30602775	rs112249840	C	T	3393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=52;PP=1635;ReadPosRankSum=0.222;SC=GTAGGAGCAGCGTGAGCCGCC;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=115;TCR=91;TR=121;WE=30602783;WS=30602765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,166:0.58:285
chr20	30607035	.	AGGC	A	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,6:0.11:55
chr20	30661297	rs2297304	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.40;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	30671938	.	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=0.349;SC=CCTGCTGTGTCCTTCTTGGCC;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=30671946;WS=30671928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr20	30672219	.	A	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=364;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TCTGCCAGAAACTGTCGGTGC;SOR=0.642;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=23;WE=30672227;WS=30672209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr20	30687082	.	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=-1.051;SC=AAAGGCACCTCCATCCATCTA;SOR=1.730;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=18;WE=30687090;WS=30687072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr20	30729488	rs6089193	T	C	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.076;SC=CCTGTGCTCCTTGCTGCCTCA;SOR=0.768;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=70;WE=30729496;WS=30729478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,111:0.47:237
chr20	30746248	rs6061195	T	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	30747679	rs4911553	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr20	30753270	rs14316	T	C	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=27;PP=878;SC=ACGGCCAAGCTTGCTCCGTCC;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=30753278;WS=30753260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	30777200	.	GA	G	2134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.423;NF=14;NR=25;PP=1373;ReadPosRankSum=0.763;SC=AGAAGCTTCGGACAGTGTCCC;SOR=0.855;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=39;WE=30777208;WS=30777190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,67:0.41:163
chr20	30777336	rs3813922	G	T	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.335;NF=26;NR=30;PP=857;ReadPosRankSum=0.957;SC=CTGGAAGTAGGGGTTGCTCCA;SOR=0.798;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=56;WE=30777344;WS=30777326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,78:0.53:146
chr20	30777800	rs11907716	T	C	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=41;PP=1062;SC=CGCTGGCTCCTGCCCGAGTCC;SOR=1.074;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=63;WE=30777808;WS=30777790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	30777860	rs11907235	A	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=20;PP=688;SC=GGACCCGGCCATTTTCCAGGC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=30777868;WS=30777850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	30784654	rs150328309	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQRankSum=-0.706;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr20	30795819	rs1923095	T	C	5227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr20	30816023	.	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=639;ReadPosRankSum=0.578;SC=CAGCCAGGCTCTCTGTGCGTC;SOR=0.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=40;WE=30816031;WS=30816013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr20	30914706	rs3746606	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=0.076;SC=CTATTAACTTCAAGTATATTT;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=30914714;WS=30914696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr20	30915461	rs1129012	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=440;ReadPosRankSum=0.431;SC=AGGCCCGATATAGGGTGAGAA;SOR=0.493;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=30;WE=30915469;WS=30915451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr20	30919183	rs1029116	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.953;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-2.070;SC=AGAGACTAGCAAAAAGCTGCA;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=30919191;WS=30919173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr20	31016314	rs3818190	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=-0.022;SC=AGCTGTGAACATGTTCAGAGA;SOR=0.105;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=31016322;WS=31016304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr20	31019024	rs2295765	C	T	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=588;ReadPosRankSum=1.391;SC=GCAGATAACTCCTGGGTAGCT;SOR=0.905;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=44;WE=31019032;WS=31019014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,74:0.51:145
chr20	31022959	rs6058694	T	C	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=37;PP=1289;SC=GGTCCCATTCTGTCTCTAGTG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=31022967;WS=31022949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr20	31023732	.	C	T	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=653;ReadPosRankSum=-1.148;SC=ATGTGCGGTCCGCCAAAAGAT;SOR=0.767;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=42;WE=31023740;WS=31023722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,61:0.43:142
chr20	31024274	rs4911231	T	C	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=683;ReadPosRankSum=-0.882;SC=CACAGGACAGTAATTCAAATG;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=43;WE=31024282;WS=31024264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,59:0.48:122
chr20	31025163	rs2295764	A	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=0.992;SC=CATGGGAAACATTGTATATTT;SOR=0.509;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=18;WE=31025171;WS=31025153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr20	31025231	rs2295763	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-1.221;SC=ATCATTGATATAATACTCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=31025239;WS=31025221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr20	31035129	rs1737887	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,59:0.43:136
chr20	31035726	rs144443155	A	AGTT	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=151;ReadPosRankSum=-1.579;SC=GCCCACTGTGAGTTGGGCACT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=31035734;WS=31035716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr20	31097877	rs293566	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5043;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CTCCTGCAGCTCAAACTACTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=31097885;WS=31097867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr20	31099311	rs159428	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=531;SC=GCGGGCCTGTTGCCCACATGG;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=31099319;WS=31099301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	31189411	rs2029086	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=0.554;SC=AGGGAGCATGAAGCACCTTGC;SOR=0.507;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=12;WE=31189419;WS=31189401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr20	31189646	rs41303793	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=0.482;SC=GGAAAGGCCCCGAGGCTGGCA;SOR=1.230;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=9;WE=31189654;WS=31189636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr20	31196471	rs8114375	A	G	10305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=125;PP=2965;SC=AGCTCTGTGCAGCCTCCCTGC;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=107;TCR=125;TR=232;WE=31196479;WS=31196461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr20	31238627	rs7272020	C	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=579;ReadPosRankSum=-1.169;SC=TCCTCCTTCCCGCCCCACCGC;SOR=0.933;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=39;WE=31238635;WS=31238617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr20	31291161	rs9421	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=375;SC=GGAACGGGGCCAGGGGAGATG;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=31291169;WS=31291151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	31292298	rs59379723	CA	C	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=1.193;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr20	31294655	rs28548540	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	31315862	rs2064936	G	A	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr20	31315867	rs2064937	C	T	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.97;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,51:0.59:87
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chr20	31374991	rs4911107	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=527;ReadPosRankSum=-0.429;SC=TCTGGTCACCGACATCCTTTG;SOR=0.364;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=35;WE=31374999;WS=31374981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr20	31376490	rs4911260	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.254;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
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chr20	31381229	rs993419	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CGCCGAGATCGCACCACTGCA;SOR=1.306;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=31381237;WS=31381224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr20	31383238	rs150682895	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=410;ReadPosRankSum=0.651;SC=AAGACGCACAGCTGACGACTC;SOR=1.066;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=30;WE=31383246;WS=31383228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
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chr20	31383530	rs875041	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-1.336;SC=AGTCATCCCCCTCACACCCTG;SOR=0.976;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=15;WE=31383538;WS=31383520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr20	31386347	rs6058891	T	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=534;ReadPosRankSum=0.646;SC=CCTGGAGCTGTTACATGTGTC;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=38;WE=31386355;WS=31386337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,53:0.41:129
chr20	31386449	rs2424922	T	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=191;ReadPosRankSum=0.058;SC=GGCTTGAATATGTAAGCCACA;SOR=0.945;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=22;WE=31386457;WS=31386439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,47:0.41:114
chr20	31387954	rs1997797	C	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr20	31388636	rs2424928	T	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr20	31389009	rs2065576	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=1.754;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr20	31446645	rs853853	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr20	31451788	.	A	AT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-1.530;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr20	31466347	rs13037174	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.576;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=0.083;SC=GACGGAGTCTCGCTCTGTCGC;SOR=0.039;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=31466355;WS=31466338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr20	31466364	rs13037187	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=140;ReadPosRankSum=-0.329;SC=TCGCCCAGGTCGGACTGCGGA;SOR=0.180;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=11;WE=31466372;WS=31466354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr20	31466387	rs13037762	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=0.794;SC=GCAGTGGCGCAATCTCGGCTC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=13;WE=31466395;WS=31466377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr20	31466534	rs13037496	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=278;ReadPosRankSum=0.916;SC=TTACATGATGCGTGAGTTCCA;SOR=0.619;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=20;WE=31466542;WS=31466524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr20	31473483	rs6119300	G	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=1.788;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr20	31480938	rs2377733	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.820;NF=28;NR=14;PP=590;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TGAGCCACCGCGCCCAGCCCA;SOR=0.820;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=42;WE=31480946;WS=31480928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,55:0.59:94
chr20	31480961	rs2377734	C	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=628;ReadPosRankSum=1.463;SC=CAACCTCTTCCGTCTCCATCT;SOR=0.621;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=43;WE=31480969;WS=31480951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,64:0.57:113
chr20	31484417	rs11167186	T	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=345;ReadPosRankSum=0.684;SC=AAAGTGGATTTACTCCCTGGG;SOR=0.553;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=29;WE=31484425;WS=31484407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,49:0.38:128
chr20	31486206	rs6058948	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=-2.311;SC=ATCTCTGGGCACCTCCAGTCC;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=11;WE=31486214;WS=31486196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr20	31494382	rs6120033	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.186;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
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chr20	31505292	rs13037781	C	T	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=1233;ReadPosRankSum=-0.941;SC=AGGAGCCCCTCGCCCTTGCAG;SOR=0.691;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=198;TCF=92;TCR=106;TR=89;WE=31505300;WS=31505282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,171:0.51:338
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chr20	31573528	rs2274343	A	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=2.664;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
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chr20	31577394	rs6058991	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=533;ReadPosRankSum=-1.966;SC=GACACTTGAGGCAGTCAGATG;SOR=0.787;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=38;WE=31577402;WS=31577384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr20	31577414	.	G	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr20	31577572	rs6088057	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.001;NF=5;NR=12;PP=717;ReadPosRankSum=0.117;SC=CACGTGTCCACGGGAGGTAAC;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=17;WE=31577591;WS=31577562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr20	31577582	rs141745544	CAG	C	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.003;NF=1;NR=10;PP=709;ReadPosRankSum=-0.155;SC=CGGGAGGTAACAGGGGGCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=11;WE=31577591;WS=31577562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr20	31583384	rs2070310	A	G	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=498;ReadPosRankSum=0.829;SC=CATCAAACAAAGAGAAATTAG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=34;WE=31583392;WS=31583374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr20	31583966	rs2070311	T	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=2.429;SC=CCAGAGAGAATAGGTGACTTG;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=31583974;WS=31583956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr20	31584178	rs6141862	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=-1.538;SC=GTGGAGTATTGAGAAAGTAAG;SOR=0.919;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=16;WE=31584186;WS=31584168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr20	31585351	rs452299	C	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.665;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr20	31585415	rs190097	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=233;ReadPosRankSum=2.863;SC=ACCTGTCAGCTGTGGGGCCTG;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=21;WE=31585423;WS=31585405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr20	31585508	rs41301833	G	T	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.457;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=429;ReadPosRankSum=-0.350;SC=GAGGCCATGAGAATAAGAATG;SOR=0.838;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=34;WE=31585516;WS=31585498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,61:0.51:120
chr20	31585545	rs440139	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=1.204;SC=AGATGAAGAGCCTAGGTGCTG;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=25;WE=31585553;WS=31585535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr20	31587752	rs414191	G	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=147;ReadPosRankSum=1.667;SC=AATTCTCACAGCAACACCCAT;SOR=0.786;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=14;WE=31587760;WS=31587742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr20	31587793	rs15850	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr20	31590530	rs41305793	T	G	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=28;PP=979;SC=TGCAGAGACCTAGGGAGCACC;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=31590538;WS=31590520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	31590922	rs139039302	G	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=0.792;SC=GACCCAGGTTGCTGTGGCAGT;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=31590930;WS=31590912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr20	31592242	rs6088062	C	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=9;PP=322;SC=TGAAAAGTGCCAAGTGGAATC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=18;WE=31592250;WS=31592232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	31596472	rs6088066	A	T	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.84;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr20	31603405	.	TA	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr20	31604913	.	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr20	31619357	rs4911286	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCCAGAAACACCCAGGGGGCT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=31619365;WS=31619347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr20	31619578	rs6059027	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=-0.992;SC=CCGGGCGTGCAGCTGGGAGGC;SOR=0.957;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=20;WE=31619586;WS=31619568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr20	31619724	rs2070312	A	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=1.114;SC=CAAGGACCAGAGAAAATGGGA;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=31619732;WS=31619714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr20	31620645	.	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=2.082;SC=TCCATCTTCCCCCATTAGGCT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=31620653;WS=31620635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr20	31621564	rs2070315	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=145;ReadPosRankSum=-0.518;SC=ATGCTACTGGCATCTACTGGG;SOR=0.235;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=14;WE=31621572;WS=31621554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr20	31621583	rs2070316	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GGCTGAGGTCGGAGATGCTAT;SOR=0.264;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=9;WE=31621591;WS=31621573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr20	31622083	rs2070317	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=136;ReadPosRankSum=-1.186;SC=AGGCATGACCGTCACTGGCAA;SOR=1.078;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=14;WE=31622091;WS=31622073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr20	31622768	rs6059032	C	A	3018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.197;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1186;ReadPosRankSum=-1.412;SC=TTGCTATACCCCCCAGCATAT;SOR=0.842;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=217;TCF=111;TCR=106;TR=86;WE=31622776;WS=31622758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,155:0.43:357
chr20	31622839	rs6059033	T	C	4146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,219:0.46:473
chr20	31624368	rs6059035	C	T	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=1149;ReadPosRankSum=-0.622;SC=CACCTGGGAGCTGGGGTCTCA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=80;WE=31624376;WS=31624358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,127:0.53:239
chr20	31626558	rs6088078	G	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=148;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TCATCACCTGGGCTGCCCAGA;SOR=1.432;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=31626566;WS=31626548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr20	31626621	rs6057708	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=439;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TGAAGGGAGCCTCAAAGGGTA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=25;WE=31626629;WS=31626611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr20	31626683	rs181757384	C	T	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=658;ReadPosRankSum=-0.405;SC=GGGAGGACTCCAGCAACCCTA;SOR=0.577;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=54;WE=31626691;WS=31626673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,93:0.53:175
chr20	31627291	rs4911287	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=372;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCGGTGGCGGAGCAAGGCTCC;SOR=0.869;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=25;WE=31627299;WS=31627281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr20	31629911	rs2070319	G	A	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=40;PP=918;ReadPosRankSum=1.803;SC=GCCCTGAAATGGAGGCAGATG;SOR=0.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=18;TCR=70;TR=50;WE=31629919;WS=31629901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr20	31643511	rs384430	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=0.765;SC=CAGGAGTGAAAGTTTCCCTTG;SOR=0.069;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=31643519;WS=31643501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr20	31644520	rs408538	T	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=108;ReadPosRankSum=-1.131;SC=TCCCACCTGCTGCATGCCCTA;SOR=1.030;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=12;WE=31644528;WS=31644510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr20	31647126	rs6088082	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=0.531;SC=CCACTCTGGGCGCCGCCTGGG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=31647134;WS=31647116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr20	31647864	rs6088084	C	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=545;ReadPosRankSum=1.358;SC=CAGCCTGCAACCCTGACCCGC;SOR=0.889;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=44;WE=31647872;WS=31647854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr20	31647935	rs2424936	G	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=348;ReadPosRankSum=1.365;SC=GCCAGCTGCGGGGGCCTGAAC;SOR=0.925;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=24;WE=31647943;WS=31647925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr20	31651583	rs403461	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GCAGGATCTCAGGGTCCTTTA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=31651591;WS=31651573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr20	31652292	rs4911290	G	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=2.075;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,75:0.49:152
chr20	31656632	rs6057717	C	G	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1112;ReadPosRankSum=3.593;SC=TGCCCCTGCACCAGCAACTCC;SOR=0.563;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=83;WE=31656640;WS=31656622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,110:0.39:279
chr20	31656837	rs2424938	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=327;ReadPosRankSum=0.410;SC=GGGGGTGACTGTCTCCAGGAC;SOR=0.344;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=21;WE=31656845;WS=31656827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr20	31673846	rs2070325	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.757;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr20	31676622	rs2424949	G	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=416;ReadPosRankSum=0.349;SC=CCAAGGTGAAGGTACTCTGTC;SOR=0.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=26;WE=31676630;WS=31676612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr20	31676804	rs2889732	A	C	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.538;SC=AATTTAGTGAACCGAGTCCTG;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=76;TCR=91;TR=91;WE=31676812;WS=31676794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,163:0.56:292
chr20	31677474	rs7271727	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.93;ReadPosRankSum=0.971;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr20	31677474	.	AGT	GGC	525	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=13;PP=525;QD=44.4975288356;SC=AGGCCCTTGAAGTGAGGAGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=31677484;WS=31677464;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr20	31677476	rs6057722	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.93;ReadPosRankSum=0.971;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr20	31683044	rs12329638	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=0.223;SC=AGATGCTCAGCGCTGGGGTGG;SOR=0.205;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=31683052;WS=31683034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr20	31688219	.	CC	TT	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=8.225;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.22;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,65:0.64:102
chr20	31688241	rs11699009	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=491;ReadPosRankSum=0.285;SC=GGACACAGAATTCTTGGCCTC;SOR=1.160;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=34;WE=31688249;WS=31688231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,44:0.37:119
chr20	31688260	rs11696307	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=417;ReadPosRankSum=1.902;SC=TCATTTTCCACAGAAGGAGAT;SOR=0.883;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=31;WE=31688268;WS=31688250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,42:0.37:115
chr20	31688330	rs11696310	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=0.821;SC=GGGGTCCTGACGGTGCTGGTG;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=31;WE=31688338;WS=31688320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr20	31695373	rs62210238	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=0.734;SC=ACCTGGGAGGTGGAGGTTGCA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=31695381;WS=31695363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr20	31762122	.	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=0.381;SC=ATCTGTGAGTGAGAGAACCCT;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=31762130;WS=31762112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr20	31811551	rs725914	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=250;ReadPosRankSum=-1.192;SC=CCCAGGCCTCCGAATCCCAAG;SOR=0.245;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=24;WE=31811559;WS=31811541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr20	31812923	rs3818222	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr20	31814348	rs1570033	G	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=691;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CCGAGGGTTAGGGCATATATC;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=45;WE=31814356;WS=31814338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,71:0.51:138
chr20	31814759	.	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=435;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TCGGTGAAATCCTCGGGCAGC;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=29;WE=31814767;WS=31814749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr20	31830394	.	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=-1.680;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr20	31886782	.	CT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr20	31897554	rs1999663	G	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=476;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TGGAAACCCAGCTCTCCTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=35;WE=31897562;WS=31897544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr20	31954535	rs111360441	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=294;ReadPosRankSum=0.551;SC=CTACTTGGGAGGCTGAGGCAG;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=17;WE=31954543;WS=31954525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr20	31954890	rs291674	C	G	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=223;SC=GCACAGAGGGCGACCATGTTC;SOR=1.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=31954898;WS=31954880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	31961860	rs291676	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=-0.282;SC=ACAAGGACACTGTTTGGTCAT;SOR=0.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=31961868;WS=31961850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr20	31981849	rs291700	T	C	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=71;PP=1885;SC=TGATAGAGCATGTGACAAGGA;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=127;WE=31981857;WS=31981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr20	32000351	rs291694	A	G	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=7;PP=549;SC=CGGAAGAGAGAGAGGGATAGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=32000359;WS=32000341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	32245546	rs13037669	T	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	32328921	.	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TGCTGTGGTCCCCAGGACATG;SOR=0.608;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=32328929;WS=32328911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr20	32336838	.	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr20	32664864	rs10649600	C	CCAG	2279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=1207;ReadPosRankSum=0.583;SC=GGAGGTGGCGCCGGCGGCGGC;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=28;WE=32664872;WS=32664854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
chr20	32891200	rs819146	G	T	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=48;PP=1429;SC=TATCTTCCTCGCACTTGCATA;SOR=1.329;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=70;WE=32891208;WS=32891190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr20	32996689	rs3761147	G	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr20	33037336	rs3736762	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=-1.062;SC=TTTTTGTTCTCTTCCAATTGT;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=33037344;WS=33037326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr20	33045189	.	C	T	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.603;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,99:0.46:216
chr20	33057954	rs6059856	G	C	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=664;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TCTCTGTACTGCCTTAACTTT;SOR=0.909;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=124;TCF=49;TCR=75;TR=45;WE=33057962;WS=33057944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,77:0.40:193
chr20	33057974	rs10716089	CT	C	1458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.275;NF=1;NR=25;PP=850;ReadPosRankSum=0.616;SC=TGTTGTGTTGCTTTATATTAC;SOR=0.784;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=3;TCR=68;TR=26;WE=33057982;WS=33057964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,56:0.39:145
chr20	33059478	.	GGTGTGT	G,GGTGTGTGT	287.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,6:0.45,0.55:11
chr20	33068563	rs6059861	A	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=0.293;SC=CATGTAATTTATTAAAATATA;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=6;WE=33068571;WS=33068553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr20	33092123	.	C	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=329;ReadPosRankSum=-0.507;SC=TTTATGATTTCATTATGTTTT;SOR=0.302;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=24;WE=33092131;WS=33092113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr20	33104592	rs2424993	G	C	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=948;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GGCAACCCTGGCAACGTTTCC;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=65;WE=33104600;WS=33104582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,82:0.49:166
chr20	33114290	rs10684716	C	CTT	88.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr20	33147737	rs6059915	C	G	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=26;PP=781;SC=GGGAGTCGGGCGGCCCCGGTC;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=33147745;WS=33147727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	33148861	rs6059916	T	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=560;SC=CTGGCAGGTGTTGTTGGAAGA;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=33148869;WS=33148851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	33150503	rs6059918	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=0.906;SC=TGCCTGGGGCCCAGATCACTG;SOR=0.303;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=6;WE=33150511;WS=33150493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr20	33162785	.	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TACTTGAGGGGAGTAACTGTG;SOR=0.773;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=8;WE=33162793;WS=33162775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr20	33169495	rs11467128	AAGAG	A	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr20	33222326	.	T	TA	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.420;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr20	33297810	rs369052205	G	GCC	62.25	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	33297811	rs2378257	A	C	96.28	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	33326876	rs6060025	A	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=16;PP=400;SC=GGAACATGTCAGGGAAGGGAA;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=33326884;WS=33326866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	33334540	rs910872	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=414;SC=ATTGTTTCCTTGAAGACATGG;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=33334548;WS=33334530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	33334734	.	TAAAA	T	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=-0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.020;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.743;SOR=1.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr20	33337494	.	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=-1.327;SC=TCCCTGCATGGCCTGCACATG;SOR=0.607;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=33;WE=33337502;WS=33337484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,45:0.36:125
chr20	33337751	rs3787220	T	C	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=53;PP=1816;SC=CTTGCATGTTTGGAGTTGGTC;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=106;WE=33337759;WS=33337741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr20	33338325	.	T	TA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr20	33342439	rs1884432	T	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=154;SC=CCAAGACTTATTACTTATCTG;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=33342447;WS=33342429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	33342477	rs6087625	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.479;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr20	33346556	rs11468960	ATC	A	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=0.306;SC=TTTTATAATGATCTGTGCAGA;SOR=0.459;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=2;WE=33346565;WS=33346546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr20	33356511	rs2295353	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-0.736;SC=AGTTTACCACCAGAAAAATGG;SOR=0.082;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=33356519;WS=33356501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr20	33364584	rs6060043	C	T	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=8;PP=291;SC=AGGCAATGAACGGAAAGCCGT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=33364592;WS=33364574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	33364655	rs6120723	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr20	33370266	rs6060048	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr20	33462813	.	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=173;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GTAGGCTTCAGGAGGTGGGAG;SOR=1.426;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=33462821;WS=33462803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr20	33470694	rs4911163	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=537;ReadPosRankSum=0.499;SC=GGAAAATCTTCATTGAGTGGA;SOR=0.500;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=41;WE=33470702;WS=33470684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,70:0.53:133
chr20	33496667	.	G	GA	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.090;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr20	33500245	rs3787214	C	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-0.163;SC=CACACCACCACACCCAGCTAA;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=7;WE=33500253;WS=33500235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr20	33500378	rs2378294	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-0.803;SC=GAGCCACCGCGCCTGGCCAAT;SOR=0.976;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=33500386;WS=33500368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr20	33507379	rs60692848	AGTGT	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.126;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr20	33509275	rs3818273	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=456;ReadPosRankSum=1.379;SC=AGTGAGTGAAGGGTACAGAAG;SOR=0.449;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=34;WE=33509283;WS=33509265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr20	33509523	rs2273683	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=220;ReadPosRankSum=1.139;SC=GTTCTGGGGCCCCTTGGGAGT;SOR=0.668;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=15;WE=33509531;WS=33509513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr20	33533736	rs734111	A	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=-1.277;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
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chr20	33572979	rs3746448	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=481;ReadPosRankSum=-0.537;SC=GGCCTGAGCCCGGTCACCCCA;SOR=0.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=36;WE=33572987;WS=33572969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr20	33574022	rs2425008	G	C	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=20;PP=529;SC=GTACGATGAAGGGGGTGGGAG;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=33574030;WS=33574012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr20	33574765	rs3746446	T	C	3885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=65;PP=1474;ReadPosRankSum=0.083;SC=ACAACATGAATGATGGGGAGG;SOR=0.757;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=211;TCF=103;TCR=108;TR=121;WE=33574773;WS=33574755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,198:0.54:368
chr20	33575347	rs3053708	C	CAT	1942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=1076;SC=TTACCCCACTCGTGCCCTGCC;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=33575355;WS=33575337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	33577476	.	CC	TT	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=373;ReadPosRankSum=0.693;SC=GCCTGGGGAACCAGGGGTTCA;SOR=0.481;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=9;WE=33577485;WS=33577469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr20	33578251	rs3746444	A	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr20	33578460	.	G	A	3961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=44;PP=1595;ReadPosRankSum=0.035;SC=CCCTGCTCCCGTCTCGGTCCT;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=150;TCR=88;TR=120;WE=33578468;WS=33578450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,195:0.53:365
chr20	33578899	rs2425009	T	C	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=47;PP=1602;SC=CCCCAACAGGTTGCTCTACAC;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=33578907;WS=33578889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr20	33581889	rs7268266	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=553;ReadPosRankSum=-0.821;SC=CTGTGCTGAGTGTCACCATTT;SOR=0.834;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=41;WE=33581897;WS=33581879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr20	33581955	rs2425012	G	A	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,110:0.48:231
chr20	33583033	rs10536288	CAAA	C	143	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=47;SC=AGAGCACAGCCAAACTTTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=33583045;WS=33583032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	33583037	rs61501849	C	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	33583114	rs2425014	T	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=151;SC=TCCCCCAACCTGGCCCCGTTC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=33583122;WS=33583104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	33583331	rs2425015	A	G	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=42;PP=1511;SC=TGATGACCTGAAGCTGACACT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=84;WE=33583339;WS=33583321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr20	33584289	rs3746438	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=391;ReadPosRankSum=0.232;SC=GCGCGCTGACCAAGGCCAAGC;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=27;WE=33584297;WS=33584279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr20	33584864	rs11167251	C	CT	325.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=146;SC=CCTGTGCTGGCCACCCACTCT;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=33584872;WS=33584854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	33586193	rs3746436	C	T	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=928;ReadPosRankSum=-1.473;SC=CGGACGCAAGCACGCAGCGTG;SOR=0.964;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=62;WE=33586201;WS=33586183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,87:0.54:161
chr20	33587198	rs3746435	G	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=308;ReadPosRankSum=-1.457;SC=GGGAGAACAAGAACCTGCAGG;SOR=0.677;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=22;WE=33587206;WS=33587188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr20	33587553	rs369393561	TCC	T	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.135;HP=11;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.645;NF=1;NR=19;PP=534;ReadPosRankSum=2.050;SC=CCACTGGCCATCCCCCCCCCC;SOR=2.712;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=20;WE=33587573;WS=33587543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr20	33587565	.	A	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.934;HP=14;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.447;NF=1;NR=9;PP=588;ReadPosRankSum=-1.157;SC=CCCCCCCCCCACCCTACCCTG;SOR=0.027;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=10;WE=33587573;WS=33587543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr20	33588698	rs67885143	TGAGGCTGGGCAAGGGCTGTGGG	T	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;MQRankSum=2.813;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr20	33589107	rs36003887	G	A	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=524;ReadPosRankSum=-1.717;SC=AGGCCCTTAAGGGCGTGCGCA;SOR=0.778;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=36;WE=33589115;WS=33589097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,58:0.51:114
chr20	33590096	rs4911167	A	G	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=21;PP=548;SC=TGCTGCCTTCAGCCTTCCCTG;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=33590104;WS=33590086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	33591197	rs11481073	A	AG	3088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=30;PP=1895;SC=CACCCCCTTGAGGGTGGGGCA;SOR=0.780;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=46;WE=33591205;WS=33591187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr20	33592248	rs752448	C	T	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=434;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GTGTGTCTGCCGGGGCCTCTC;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=28;WE=33592256;WS=33592238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr20	33592474	rs752449	A	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=274;SC=CTCTGAAGCTAGGAGCTCATC;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=33592482;WS=33592464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	33593457	rs3746431	T	C	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=27;PP=1312;SC=CCAGCATTCTTACCCTGCATG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=70;WE=33593465;WS=33593447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr20	33593674	rs3746430	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=21;PP=588;SC=CCCGGGGGGATAGTCACTACA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=33593682;WS=33593664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr20	33632600	rs3803938	C	T	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=153;SC=CCCTTACATACGGGGCTTAGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=33632608;WS=33632590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	33637606	rs2281626	T	G	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.25;ReadPosRankSum=0.671;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
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chr20	33642737	rs4911463	G	A	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.13;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	33645352	.	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr20	33657126	rs1998233	G	A	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	33703607	rs3746429	C	T	3021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1133;ReadPosRankSum=-1.191;SC=GTGATCACCGCGTCGAAGGTG;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=80;WE=33703615;WS=33703597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,147:0.60:247
chr20	33706187	rs6088722	T	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=221;SC=AGGAACTAATTCTAGCTCTAC;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=33706195;WS=33706177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	33706433	.	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=0.507;SC=TTGCTGATTTTTTCAATGGAT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=12;WE=33706441;WS=33706423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr20	33711624	rs6120838	T	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=272;SC=GATGGAGCCTTGTAGAGGGGA;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=33711632;WS=33711614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	33713963	rs2295885	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=244;SC=ACTCAAGCAATTAACAAAGTA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=33713983;WS=33713953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	33713975	rs2295886	A	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=250;SC=AACAAAGTACATTATTTGACT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=33713983;WS=33713953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	33714187	rs2295887	G	A	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=15;PP=480;SC=CTCTGCAGTGGGGGAGATGGG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=33714195;WS=33714177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	33730387	rs6120849	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CCACTTAAGACCTCCAGTTTC;SOR=0.081;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=19;WE=33730395;WS=33730377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr20	33734905	rs945959	G	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=4.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.630;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr20	33762489	rs2069948	C	T	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=760;ReadPosRankSum=1.134;SC=CAGGCTGAAGCTGACTCTGCC;SOR=0.877;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=52;WE=33762497;WS=33762479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,87:0.50:175
chr20	33763951	rs2069952	C	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=605;ReadPosRankSum=0.913;SC=AGTCCCCTGACCCTGACTGTC;SOR=0.414;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=42;WE=33763959;WS=33763941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,69:0.51:134
chr20	33764632	rs9574	C	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=217;ReadPosRankSum=0.430;SC=CTCCAGCCCCCTCAGAAGGGG;SOR=0.437;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=17;WE=33764640;WS=33764622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr20	33834708	rs3764733	G	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=350;ReadPosRankSum=-0.569;SC=TGCACTCAGCGAAGGCCTTGC;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=27;WE=33834716;WS=33834698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr20	33839764	rs369700691	G	A	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=777;ReadPosRankSum=-0.369;SC=AGCCGTAGGCGGAGAAACAAG;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=66;TCR=66;TR=59;WE=33839772;WS=33839754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,112:0.46:242
chr20	33855058	rs52833951	G	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=681;ReadPosRankSum=1.066;SC=TACACTCCCCGTCCGCAGGAT;SOR=0.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=86;TCR=34;TR=52;WE=33855066;WS=33855048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,76:0.49:154
chr20	33859675	rs11696548	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=0.644;SC=CATGGGGAGCCGGTTTTATGT;SOR=2.786;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=12;WE=33859683;WS=33859665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr20	33867697	rs619865	A	G	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=24;PP=1125;SC=AACACTAGGCAAAAGGATCTG;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=33867705;WS=33867687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	33868652	.	AG	A	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=485;ReadPosRankSum=1.626;SC=CCCAAATTAGAGGGTGAATAC;SOR=1.130;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=9;WE=33868663;WS=33868642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr20	33868655	.	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=485;ReadPosRankSum=1.699;SC=AAATTAGAGGGTGAATACACA;SOR=1.130;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=9;WE=33868663;WS=33868642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr20	33875316	.	C	T	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=1118;ReadPosRankSum=-1.555;SC=AGGACTGGGACCATGGGTATG;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=78;TCR=54;TR=71;WE=33875324;WS=33875306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,117:0.59:198
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chr20	33971914	rs4911494	C	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=454;ReadPosRankSum=3.114;SC=ACCACATGCTCGGGACTGGCT;SOR=0.882;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=36;WE=33971922;WS=33971904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr20	33972053	rs4911496	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=338;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CCCACTTCCCCGTGATCAGCT;SOR=0.838;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=22;WE=33972061;WS=33972043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr20	33974163	rs6088812	T	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.304;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr20	34022387	rs224331	A	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.989;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=323;ReadPosRankSum=-1.984;SC=TCCAGCAAGGAGGCCGGCTGC;SOR=1.099;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=22;WE=34022395;WS=34022377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr20	34022519	.	C	T	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=2.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,175:0.51:342
chr20	34025756	rs143384	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=1.678;SC=CGGCAGCAGCAAAGGTGCCTC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=10;WE=34025764;WS=34025746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr20	34053921	rs147554271	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=-0.912;SC=AAAAAGCTGACGTGGTGAATA;SOR=0.625;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=23;WE=34053929;WS=34053911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr20	34079200	rs224373	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=1.592;SC=GGGAGTAGGGAAGAAAGGGGC;SOR=0.675;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=14;WE=34079208;WS=34079190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr20	34099165	rs72173955	CT	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.681;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.124;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr20	34144107	rs224420	T	C	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=41;PP=978;SC=TCCTGCATTTTGTTCCGTCAG;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=58;WE=34144115;WS=34144097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	34147998	rs224424	A	G	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=970;ReadPosRankSum=1.326;SC=GACCTGCGCCAGACGCTCACC;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=79;WE=34148006;WS=34147988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,133:0.52:254
chr20	34148488	rs8115363	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=0.625;SC=GACCTGGGCCGGGGCCACTGA;SOR=1.112;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=9;WE=34148496;WS=34148478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr20	34152782	rs2277862	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.378;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr20	34164422	rs1557202	T	C	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=46;PP=1850;SC=AATTCTTCCTTCAGGGACCTG;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=97;WE=34164430;WS=34164412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr20	34170035	rs6060486	C	G	5301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr20	34170174	rs6119628	C	A	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=44;PP=1361;SC=AAATGGGCACCCGGATGTTGG;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=68;WE=34170182;WS=34170164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr20	34170316	rs6060487	C	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=291;SC=GGGGCTCCACCTCACTGGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=34170324;WS=34170306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	34173046	rs1536147	C	T	10008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=100;PP=2965;SC=GTCCCCTCACCGTGAGCATTA;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=118;TCR=102;TR=216;WE=34173054;WS=34173036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr20	34173178	rs6060488	A	G	4695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=90;PP=2558;ReadPosRankSum=2.533;SC=AGACCAGCACATCGGGGAGGG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=49;TCR=90;TR=139;WE=34173186;WS=34173168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
chr20	34208516	rs2425067	C	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.74;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	34241029	.	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=444;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TAATCCTGGAGGAGGGATTGG;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=35;WE=34241037;WS=34241019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr20	34247060	rs11478538	CA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.028;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr20	34304616	.	TA	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr20	34320202	rs11479445	TA	T	113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=8.75;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,10:0.77:13
chr20	34328274	rs1538426	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=5;PP=473;SC=TTATAAGACTGTTAGAAGATT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=34328282;WS=34328264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	34328442	.	A	T	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=736;ReadPosRankSum=0.689;SC=TCACTCAATTACTACCTTATG;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=53;WE=34328450;WS=34328432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,75:0.52:143
chr20	34556844	.	T	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.473;SC=ATGGTGGCCATCCTGTACCTT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=34556852;WS=34556834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr20	34582947	rs76775934	T	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.937;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=421;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CCTATGTCCCTTGCTGTGTTC;SOR=1.117;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=35;WE=34582955;WS=34582937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,55:0.50:111
chr20	34776503	.	AACAC	A	52.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=17.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	34802309	.	G	A	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=660;ReadPosRankSum=-0.565;SC=AGTGGGGAGGGAGTTCATAGC;SOR=0.632;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=44;WE=34802317;WS=34802299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,90:0.50:181
chr20	34809940	.	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=0.952;SC=GTTACCCATGGATGGCTATCC;SOR=0.976;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=18;WE=34809948;WS=34809930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr20	34858360	rs2425206	T	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=138;SC=CAGGCGTGAGTCACCGCACCT;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=34858368;WS=34858359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	35064912	rs1275393	G	A	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=21;PP=583;SC=TGCTTCTTGAGAGAACCCCTT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=35064920;WS=35064902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	35068018	rs1275396	A	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=529;SC=ACAGTCAAATACAAGCTGGTG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=35068026;WS=35068008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	35090820	rs1275391	C	G	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	35127575	.	T	TTG	1195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.887;QD=16.38;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr20	35238150	.	G	C	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=646;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GTAGCTGATAGTTTTACAACA;SOR=1.031;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=42;WE=35238158;WS=35238140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr20	35299827	.	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=268;ReadPosRankSum=-1.079;SC=TCTGTGTTAAGAATGTAAGCA;SOR=0.674;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=19;WE=35299835;WS=35299817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr20	35423172	.	C	CT	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr20	35467713	rs1146250	G	A	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=31;PP=1261;SC=TGCGCAGCCGGTACTGCAGGA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=35467721;WS=35467703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr20	35491033	rs1291099	A	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=15;PP=616;SC=GACCCCTGCGACCTCCCTTTC;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=36;WE=35491041;WS=35491023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	35491551	rs6029806	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=310;SC=CCGTGAGGAGAACGCGGCGCT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=35491559;WS=35491541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	35507542	rs3748459	G	A	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=963;ReadPosRankSum=2.341;SC=TGTACCGGCGGATGGAGGGCT;SOR=0.757;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=73;WE=35507550;WS=35507532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,123:0.50:244
chr20	35508959	rs1291125	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=291;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TTCCCAGGTGTCCTCTAGGAT;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=22;WE=35508967;WS=35508949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr20	35515781	.	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-2.041;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr20	35569619	rs6030312	G	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=0.900;SC=ACTAACAGAAGTTAGATTGGA;SOR=1.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=35569627;WS=35569609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr20	35661007	rs77052854	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=1.041;SC=TCTGTCTCTGTTACTCAATCT;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=9;WE=35661015;WS=35660997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr20	35663923	.	T	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.875;QD=14.39;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr20	35684439	.	C	CA	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=34;QD=10.0;SC=AACTCGGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=4;WE=35684447;WS=35684429;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
chr20	35710453	rs1892205	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr20	35738841	rs1744759	G	C	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=35;PP=1098;SC=TGGGGTCAGAGACTCTATCAG;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=35738849;WS=35738831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	35740794	rs1744760	T	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=670;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GTACACTTCTTGGGGCAGCTT;SOR=0.701;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=50;WE=35740802;WS=35740784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,79:0.51:154
chr20	35742276	.	AATGT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=1.150;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr20	35748039	rs138010782	G	GAAAGA	833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=49.04;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	35748894	rs1624888	C	G	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=30;PP=1123;SC=AGCTTCTAAACAATGAGTCTT;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=62;WE=35748902;WS=35748884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr20	35749079	rs8120336	T	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr20	35751961	.	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
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chr20	35786188	rs1780687	A	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=688;SC=ACCACTGAATACTTCCACATT;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=35786196;WS=35786178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr20	35796541	rs62621241	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=287;ReadPosRankSum=0.900;SC=GTATGCACAATGTCTGCTATG;SOR=0.672;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=31;WE=35796549;WS=35796531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr20	35807790	rs11467214	G	GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT	545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=1246;SC=GTTGCGCGTGGCTTTGGGGAG;SOR=1.802;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=2;WE=35807798;WS=35807780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	35812526	rs16986470	C	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=357;ReadPosRankSum=-1.065;SC=ATCATTGGGACTGTGTATAGC;SOR=0.526;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=29;WE=35812534;WS=35812516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr20	35826683	rs2076399	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=-0.228;SC=ACTAAATTCATGTAGCTCATT;SOR=0.804;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=9;WE=35826691;WS=35826673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr20	35827028	rs146714866	A	ATT	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.730;QD=17.83;ReadPosRankSum=1.439;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr20	35827682	rs2076398	G	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=367;SC=GGTCCTATCCGAAGAGGGCTC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=35827690;WS=35827672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	35828696	rs6032013	A	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=299;SC=CCGGCTGCCCAGCTAATTTTT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=35828704;WS=35828686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	35828757	.	ATT	A	635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9987;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.487;NF=9;NR=7;PP=235;ReadPosRankSum=0.579;SC=GCCGGTTGTAATTTTTTTTTT;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=35828767;WS=35828747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr20	35835657	rs11698281	C	T	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=13;PP=853;SC=GAAACAGCTGCATTTCGCATT;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=35835665;WS=35835647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	35835889	rs1079657	A	G	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=49;PP=1370;SC=CCCTCTGATTATCATTCCTAG;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=77;WE=35835897;WS=35835879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	35838372	rs2272950	T	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=11;PP=656;SC=TTGCAACCTATAGATAAAGCA;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=35838380;WS=35838362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	35838591	rs2050091	T	C	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=40;PP=1158;SC=CATATTTTGGTGGGGCGCTGA;SOR=0.878;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=35838599;WS=35838581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	35838756	rs3817885	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=286;SC=TTCATTCTCTGTTTCTAGTTG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=35838764;WS=35838746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	35852395	rs2076397	A	C	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=44;PP=1272;SC=CCACCTGATCACTCAGGGAGC;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=35852403;WS=35852385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	35852450	rs2076396	G	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=30;PP=794;SC=ACTGAGCCCTGCAGGCATCAG;SOR=3.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=34;WE=35852458;WS=35852440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	35854324	rs79906004	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.632;SC=AGGTTTTGACCGAACCCTGAC;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=35854332;WS=35854314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr20	35865054	rs4608	C	T	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=45;PP=1501;SC=CCTGGCCATCCTGGGCAGTGT;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=35865062;WS=35865044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr20	35867160	.	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=285;ReadPosRankSum=-0.582;SC=TATAGACAAGCCTCTCTCTCT;SOR=0.608;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=25;WE=35867168;WS=35867149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr20	35869619	rs2050093	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=8;PP=299;SC=GGGAGAGTACCTTAGTCTCTC;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=35869627;WS=35869609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	36030939	rs1885257	G	C	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=27;PP=937;SC=GCAAAGTGGCGGACTTTGGGC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=36030947;WS=36030929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	36031097	rs2145792	A	G	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=31;PP=1282;SC=TGCTTATCTAACAGAGCGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=64;WE=36031105;WS=36031087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr20	36150593	rs375982710	AT	A	225.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	36150600	rs5841264	T	TA	225.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	36375071	rs2297154	T	C	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=23;PP=749;SC=CTGTTACTCTTTCTCCTGTCT;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=36375079;WS=36375061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	36488508	rs3833308	TCTCA	T	2245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=29;PP=2102;SC=TTAGGTGGACTCTCACTCAGG;SOR=1.436;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=38;WE=36488519;WS=36488498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	36488557	.	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.293;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.088;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
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chr20	36500313	rs717599	C	A	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr20	36572310	rs11365082	AC	A	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=5.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr20	36624780	rs34900517	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=507;ReadPosRankSum=-1.191;SC=GACGTACCTCCTGGCAGCCTC;SOR=0.648;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=35;WE=36624788;WS=36624770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr20	36628853	rs150432768	A	ACGGCCAGCGCAGACTTCCCTCCCGCGTGGG,ACGGCCAGCGCAGGCTTCCCTCCCGCGTGGG	1368.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=64.31;QD=31.11;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,35,9:0.80,0.20:44
chr20	36640870	rs36059660	C	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=520;ReadPosRankSum=1.802;SC=AGAGTTCCAACGCCGTTCCTC;SOR=0.557;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=36;WE=36640878;WS=36640860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr20	36685813	.	A	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=-1.687;SC=GGTTACTATTAAGCCATTCTG;SOR=0.822;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=16;WE=36685821;WS=36685803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr20	36685915	rs2256288	T	C	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=25;PP=882;SC=TCAAATTTATTACTTTCTCTT;SOR=0.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=47;WE=36685923;WS=36685905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	36793501	rs2067027	A	G	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=643;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TGCTCTCCAAATCAGGACTTA;SOR=0.754;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=49;WE=36793509;WS=36793491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,99:0.46:217
chr20	36793529	rs2076380	G	A	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=758;ReadPosRankSum=0.850;SC=AGCTCCCACCGGGTCCTGACC;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=53;WE=36793537;WS=36793519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,98:0.57:172
chr20	36919616	rs6014601	G	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=6;PP=639;SC=GTTTCCCACAGTGTGTCCCCG;SOR=2.303;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=36919624;WS=36919606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	36932551	rs1341022	G	C	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=20;PP=1143;SC=CATTTCCCCAGCCGACTCTTT;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=36932559;WS=36932541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr20	36932660	rs1341023	C	T	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=39;PP=1181;SC=CCGAGATGGGCGTCCCTGATG;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=36932668;WS=36932650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr20	36932676	rs1341024	G	C	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=36;PP=924;SC=TGATGGTGCTGGTCGCCATAG;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=36932684;WS=36932666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	36932798	rs5741798	C	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=280;SC=CCCTGAGGAGCACTTACTTAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=36932806;WS=36932788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	36937246	rs2066252	G	A	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=757;SC=GGTGGGGGACGAGTCTGCATT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=36937254;WS=36937236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	36959318	rs5743533	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GCTGTGACCCGTGGAAGGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=16;WE=36959326;WS=36959308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr20	36959353	rs5743534	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=307;ReadPosRankSum=0.280;SC=GGAAAACCAGACAGTATCCAC;SOR=0.619;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=19;WE=36959361;WS=36959334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr20	36959566	rs2425357	A	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=33;PP=1025;SC=TCATAGGCTCAAGGCATTATT;SOR=1.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=36959574;WS=36959556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	36959732	rs6127771	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TCCAGACCTTCCCCACCTGAG;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=36959740;WS=36959722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr20	36964189	rs5743545	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=2.297;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr20	36965617	rs1131847	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.031;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=0.529;SC=GCTGTCAGCCACACCTGTTCC;SOR=0.293;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=14;WE=36965625;WS=36965607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr20	36983773	.	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=507;ReadPosRankSum=0.924;SC=TCCACAACCAGATTGAGTCCA;SOR=0.977;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=33;WE=36983781;WS=36983763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr20	36989269	rs1780623	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr20	36989302	rs1780624	C	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.228;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=-1.047;SC=TGATCAGCACCGGGCCAGACC;SOR=0.093;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=36989310;WS=36989292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr20	36993333	rs2232607	A	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=489;ReadPosRankSum=1.943;SC=GCCATCTCGGATTATGTCTTC;SOR=0.901;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=36;WE=36993341;WS=36993323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,58:0.42:138
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chr20	36997632	rs1780627	T	C	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=500;ReadPosRankSum=1.242;SC=CCTAATTCTGTTCCCAGTTAG;SOR=0.720;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=35;WE=36997640;WS=36997622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,52:0.38:137
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chr20	37062583	rs788347	T	C	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=54;PP=2246;SC=CGCGATTTCTTTCCCTGCACT;SOR=0.814;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=121;WE=37062591;WS=37062573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr20	37078258	.	C	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=115;ReadPosRankSum=2.018;SC=CTCCTGTTATCAGAGAGCAGT;SOR=0.418;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=37078266;WS=37078248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr20	37126168	.	A	AT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.185;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,22:0.17:133
chr20	37146131	.	CT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr20	37187110	.	A	ATT	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.752;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr20	37230486	rs6070740	C	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=8;PP=247;SC=ACTGGGTGCGCCACGGGGGCC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=37230494;WS=37230476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	37275580	.	TTC	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=0.166;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,11:0.10:109
chr20	37377139	rs2254105	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.772;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr20	37378982	rs67064795	A	AGT	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=292;ReadPosRankSum=-2.344;SC=AGCAAGTACTAGCCTGTGAAC;SOR=0.634;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=8;WE=37378990;WS=37378972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr20	37383517	rs2757520	C	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=309;ReadPosRankSum=1.211;SC=CAGGCGTGAGCCCCTGCGCCC;SOR=1.202;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=17;WE=37383525;WS=37383507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr20	37383640	rs2748663	T	C	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=706;ReadPosRankSum=1.712;SC=ATGAGAATAATGTCCACAAGA;SOR=0.495;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=67;WE=37383648;WS=37383630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,107:0.48:224
chr20	37383841	rs2757521	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=-1.229;SC=CAGGGACGGGCGCCCTTCCGT;SOR=0.387;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=9;WE=37383849;WS=37383831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr20	37394795	rs3215704	AT	A	297.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=161;SC=AACTATTGGGATTAAGAAACG;SOR=1.402;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=37394803;WS=37394785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	37395112	rs2243520	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.614;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=-1.115;SC=AGGCACTTGAAAATGCATCTC;SOR=0.086;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=37395120;WS=37395102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr20	37396120	rs2245231	A	G	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=318;ReadPosRankSum=-0.719;SC=CCCAAAGGACATTCAGGAAAT;SOR=0.781;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=29;WE=37396128;WS=37396110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
chr20	37396262	rs2245237	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=168;ReadPosRankSum=-1.087;SC=CGAGTAGTCAATTATTTTGAA;SOR=0.602;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=15;WE=37396270;WS=37396252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr20	37400470	.	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=0.349;SC=CAGAGGCCCTCCAGAGAGACT;SOR=0.392;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=12;WE=37400478;WS=37400460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr20	37524409	.	A	ACTTCCTTCTTTCTCTCCTCCCTTCCTCC	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.120;QD=18.37;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr20	37534582	rs12626105	A	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=438;ReadPosRankSum=-0.485;SC=TGATCCCCTGAGGAATGCTCA;SOR=0.799;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=29;WE=37534590;WS=37534572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr20	37534665	rs4812332	C	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=493;ReadPosRankSum=-1.377;SC=TCCTCCTGGACCATGGAGTGC;SOR=0.728;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=34;WE=37534673;WS=37534655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr20	37536925	.	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.853;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=0.196;SC=CAACTGAGAGCCTTCAGAGGG;SOR=0.148;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=13;WE=37536933;WS=37536915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr20	37547374	rs4812336	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=1.131;SC=CAGCCCAACAGCCCTGGCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=18;WE=37547382;WS=37547364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr20	37555116	rs3752290	G	C	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=1004;ReadPosRankSum=-2.267;SC=CCTGGACGAGGTGCCCGCCGC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=60;WE=37555124;WS=37555106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,91:0.62:146
chr20	37570725	rs3752293	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.821;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,66:0.53:124
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chr20	37591184	rs974561	G	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=0.419;SC=GCCTCTGTGCGGGGGGAGCTC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=37591206;WS=37591174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
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chr20	37630606	rs3764701	A	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.07;ReadPosRankSum=1.625;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
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chr20	37634664	rs4812351	T	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=0.389;SC=GTCTTTCTAGTATATTAAACT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=37634672;WS=37634654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr20	37634704	rs3829696	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=-0.507;SC=ATGTTGGAAATGTTAAATCTT;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=10;WE=37634712;WS=37634694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr20	37635027	rs3752298	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=17;PP=322;SC=TAAGGGTTTTTGACTTTCTTA;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=37635035;WS=37635017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	37643659	rs3764703	T	C	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=50;PP=1517;SC=CTTTAGGGATTTTAGTATCTT;SOR=2.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=64;WE=37643667;WS=37643649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	37654024	rs3752301	T	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.024;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=465;ReadPosRankSum=1.225;SC=CCGTCCCAGCTGGTGACCTCC;SOR=1.268;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=30;WE=37654032;WS=37654014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr20	37662835	rs3834993	CT	C	1193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=723;ReadPosRankSum=2.206;SC=GCTCATGTTTCTTTCTCATTT;SOR=0.527;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=21;WE=37662843;WS=37662825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr20	37663062	rs80042855	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.258;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=422;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GTGTGTTCCCCCTAGGGGTGC;SOR=1.721;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=26;WE=37663070;WS=37663052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr20	37667182	rs3752302	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=327;ReadPosRankSum=-0.817;SC=GTCCAGGACCCGTGAGAGGAG;SOR=1.009;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=27;WE=37667190;WS=37667172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr20	39609426	rs4812473	C	T	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=18;PP=564;SC=TGCGCTCTCCCTCTTCCAAGC;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=31;WE=39609434;WS=39609416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	39634616	rs1000411	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
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chr20	39657625	rs34282819	C	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=329;ReadPosRankSum=0.064;SC=CCGGAGTCCCCGTCCGCCCGC;SOR=0.805;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=24;WE=39657633;WS=39657615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr20	39726776	rs78221809	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.898;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=-0.136;SC=GGTGCTTGGGTGTATTTGCAA;SOR=0.089;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=13;WE=39726784;WS=39726766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr20	39788855	rs2076148	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=1.600;SC=AACCTTAGCCAGGCCTCTAAG;SOR=1.106;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=16;WE=39788863;WS=39788845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr20	39791741	rs34454281	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=-1.349;SC=CCATGCTGGACCATTCTGGGA;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=21;WE=39791749;WS=39791731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr20	39794489	rs6124323	G	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=206;ReadPosRankSum=-0.156;SC=ATGCAGATGCGTATGTTCAGT;SOR=0.625;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=19;WE=39794497;WS=39794479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,48:0.41:118
chr20	39797465	rs753381	T	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=26;PP=876;SC=CTGACCTTCATCAAGAGCGCC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=39797473;WS=39797455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	39797646	rs909708	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=222;ReadPosRankSum=-0.956;SC=GCATGGGAACCCCTACCAAAG;SOR=1.488;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=39797654;WS=39797636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr20	39830122	rs2235367	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=0.325;SC=TTTCGAGTACAATCCAGAGAA;SOR=1.426;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=39830130;WS=39830112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr20	39977650	rs78339899	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=379;ReadPosRankSum=1.221;SC=TTCACCTTACCAAGCCCCTGA;SOR=1.362;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=29;WE=39977658;WS=39977640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
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chr20	39986085	rs12625565	A	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=832;ReadPosRankSum=-0.323;SC=ACAAAATCCAACTGTGAGTGC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=19;WE=39986110;WS=39986066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr20	39986097	rs201428897	TGGGCTG	T	925.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=847;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TGTGAGTGCCTGGGCTGGGGC;SOR=0.794;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=12;WE=39986110;WS=39986066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr20	40043680	.	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=193;ReadPosRankSum=0.296;SC=ACAGAAGATGGAGGGCATCTT;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=11;WE=40043688;WS=40043677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr20	40049099	rs6029672	G	A	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=0;PP=197;SC=ACCCCCCGTCGTGTGTGAACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=40049107;WS=40049089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	40079562	.	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=345;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CTGCCACCAGGGTATGGGGAG;SOR=0.864;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=25;WE=40079570;WS=40079552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr20	40080413	.	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.893;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=250;ReadPosRankSum=-0.227;SC=GAGGAAGAGGGGATGAAGTGC;SOR=0.199;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=16;WE=40080421;WS=40080403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr20	40111900	rs2143228	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=6;PP=459;SC=AATATCAAAGGAAAGGAACTG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=40111908;WS=40111890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	40120211	rs4810321	C	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=47;SC=TGTGCAAAGACTACCACCCTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=40120219;WS=40120201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	40120269	rs117723729	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=0.962;SC=ACTGCGACTCTAGGTGTTCCA;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=14;WE=40120277;WS=40120259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr20	40143368	.	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr20	40713532	rs56030532	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=328;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GGATGCTTGCGTACATGCACC;SOR=0.540;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=27;WE=40713540;WS=40713522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr20	40714479	rs2016647	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
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chr20	40714539	rs1569547	C	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.14;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr20	40714540	rs1569548	G	C	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=347;ReadPosRankSum=0.591;SC=GGCAGGGGGCGGGTATCAAAG;SOR=1.058;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=12;WE=40714548;WS=40714529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr20	40733082	rs2076247	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	40735374	.	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=385;ReadPosRankSum=-1.112;SC=CATCATGTTTCTCCTTGGTCA;SOR=0.457;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=30;WE=40735382;WS=40735364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr20	40743829	rs2076248	A	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=17;PP=1124;SC=ACAGCCTCCAAGAAGCTTACC;SOR=1.366;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=40743837;WS=40743819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	40747211	rs16986527	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-1.863;SC=TTTGTCCCCCCGGTTGGTCAA;SOR=0.624;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=20;WE=40747219;WS=40747201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,36:0.35:102
chr20	40748468	.	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr20	40748742	.	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=282;ReadPosRankSum=0.668;SC=GTTATTCCCAGAGAAGTGGCA;SOR=0.688;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=19;WE=40748750;WS=40748732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr20	40828155	.	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.81;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr20	40828159	.	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.18;ReadPosRankSum=1.204;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr20	40863182	rs6030076	C	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=40;ReadPosRankSum=-1.139;SC=TACACTGATACCTATCCCCTG;SOR=0.086;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=40863190;WS=40863172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr20	40877630	.	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=-1.618;SC=AGGACCAATTCCTTGTGAGGT;SOR=0.116;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=9;WE=40877638;WS=40877620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr20	40944527	rs371433526	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=274;ReadPosRankSum=1.200;SC=TGTAGAGAATCGAGGCTGGAG;SOR=0.946;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=22;WE=40944535;WS=40944517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr20	40979160	rs2071854	T	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=4;PP=270;SC=GGAAGCTTTGTTCCTGGCCAG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=40979168;WS=40979150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	40979430	rs929071	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=1.023;SC=GGCTCCCCACCGCCCCTTGCT;SOR=0.330;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=15;WE=40979438;WS=40979420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr20	41100774	rs760704	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=166;ReadPosRankSum=0.290;SC=TTCATTGAAGGCCTAAGAAAA;SOR=0.439;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=14;WE=41100782;WS=41100764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr20	41100922	rs41279250	C	T	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=767;ReadPosRankSum=0.837;SC=CCTCAGTCTGCACCACCAGCT;SOR=0.964;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=67;WE=41100930;WS=41100912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,115:0.43:265
chr20	41101051	rs41279252	G	A	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=723;ReadPosRankSum=0.634;SC=CCTCGGCCTCGTACTGCTGCT;SOR=1.243;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=46;WE=41101059;WS=41101041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr20	41101161	rs41279254	T	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=280;ReadPosRankSum=1.487;SC=TGCCGGGCTCTGATGTCTACG;SOR=1.010;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=20;WE=41101169;WS=41101151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr20	41101180	rs41279258	G	A	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=27;PP=658;SC=CGATTTCCACGTTCTGTGGGC;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=41101188;WS=41101170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	41101195	rs41279260	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.040;SC=GTGGGCCATGTACCGGATCTG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=10;WE=41101203;WS=41101185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr20	41306488	rs3091760	G	GAA	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr20	41306600	rs2425516	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.280;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=218;ReadPosRankSum=0.648;SC=CATACTCAACATCGGGGTCCA;SOR=0.976;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=22;WE=41306608;WS=41306590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr20	41399958	.	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.537;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr20	41400229	rs6030462	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=-0.741;SC=AATGAGATTCGACAGCCTGCA;SOR=0.929;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=14;WE=41400237;WS=41400219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr20	41408845	.	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=331;ReadPosRankSum=0.225;SC=TTGGGAGGAAGGGAAAGACTT;SOR=0.603;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=24;WE=41408853;WS=41408835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr20	41419718	rs208244	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-1.465;SC=GAGGAGAAGCACAGTAAACAC;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=41419726;WS=41419708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr20	41514690	.	C	CAT	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=370;ReadPosRankSum=1.083;SC=GAAGATTTTCCATATATATAT;SOR=0.610;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=17;WE=41514699;WS=41514680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr20	41818289	rs2867655	C	G	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	42088473	.	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr20	42089140	rs34934568	T	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.973;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=343;ReadPosRankSum=2.012;SC=GACTTCATTGTTTTTCTCCTA;SOR=1.700;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=21;WE=42089148;WS=42089130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr20	42089511	rs2235611	T	C	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=24;PP=1346;SC=CCCGATCCCCTAAAGAAAATG;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=42089519;WS=42089501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr20	42089809	.	CAG	C	26	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=34.5;SC=CTCTTGAAAACAGGGGCACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=42089818;WS=42089799;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr20	42157237	rs2071972	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=0.485;SC=CAGGGGAAGCCGAAGAAAGTC;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=17;WE=42157245;WS=42157227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr20	42163768	rs2071968	C	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=-0.270;SC=AGCAGTGCTTCTGGCTACCCC;SOR=0.293;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=13;WE=42163776;WS=42163758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr20	42169500	.	C	T	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.349;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=616;ReadPosRankSum=1.235;SC=GGGTCACTGTCCTTAAGACGG;SOR=0.656;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=38;WE=42169508;WS=42169490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,96:0.67:144
chr20	42198210	.	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=0.756;SC=TGGGAGCTGTCCATCCCACAT;SOR=0.426;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=19;WE=42198218;WS=42198200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr20	42199704	rs11467250	GGTGT	G	1073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;QD=42.95;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	42199925	rs3127060	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=241;SC=CATGTACATAGGGGGCAGGGG;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=42199933;WS=42199915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	42205061	rs763227	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=354;SC=CATGGGGCTCGCAGCTTCCTG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=42205069;WS=42205051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	42208522	rs2301483	T	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=6;PP=626;SC=GCCAGTTGCTTGTGGAGCTCT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=42208530;WS=42208512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	42225114	rs2664519	G	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=596;SC=TAAATGGAGTGAAACTGTGGA;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=42225122;WS=42225104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	42242700	rs4473450	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=22;PP=610;SC=CAGAAGGCTTCTATATGTTTT;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=42242708;WS=42242690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	42249398	rs1555348	C	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=374;SC=TTTAATCTTTCTTCCTTTATC;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=42249406;WS=42249388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	42249479	rs11483104	C	CT	1163.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.457;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,65:0.87:75
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chr20	42264726	rs2273523	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=13;PP=261;SC=AGGCATTCGCTGTGGTCCCTT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=42264734;WS=42264716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	42265700	rs6065638	T	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=340;SC=TTAGTTATGATTTTGGACAAG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=42265708;WS=42265690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	42265966	rs6031008	G	A	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=327;SC=GCAATGGTGCGATCTCGGCTC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=42265974;WS=42265956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	42275499	rs393115	G	T	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=8;PP=836;SC=AATCTCTAAAGTCCAAAGCAC;SOR=2.560;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=44;WE=42275507;WS=42275489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	42302201	rs826949	C	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=333;SC=CATTTGAGTCCAGGAGTTCAA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=42302209;WS=42302191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	42302371	rs826950	C	T	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=35;PP=1421;SC=GTGGGCTGGCCGCTGCCTACA;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=42302379;WS=42302361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	42302439	.	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr20	42310509	rs442143	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=200;SC=AGTACAGTCCTGCTGTGGCCC;SOR=1.519;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=42310517;WS=42310499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	42328639	rs285162	T	C	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=23;PP=635;SC=TCCTCATCCCTGCTGTGGGTT;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=42328647;WS=42328629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	42328749	rs285163	A	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=253;SC=CTTCTCTCTCAGGCCCACATC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=42328757;WS=42328739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	42354942	rs375809336	C	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=598;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CTGACTCTTTCGTGTCATTTT;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=40;WE=42354950;WS=42354932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr20	42574442	rs4812769	T	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	42635492	.	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=237;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GGTTGAGAGGGAAGCAGAAGA;SOR=1.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=14;WE=42635500;WS=42635482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr20	42683179	.	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=-0.059;SC=GAGCCTCCCTCTCTTTCTGGG;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=21;WE=42683187;WS=42683169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr20	42693572	rs76310705	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=593;ReadPosRankSum=-0.412;SC=AACTGGGGCCCGTGGGAAGGG;SOR=1.148;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=35;WE=42693580;WS=42693562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr20	42743454	rs6093935	A	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=12;PP=689;SC=GGAGGTGAACAAAGAGGATGG;SOR=1.238;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=42743462;WS=42743444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	42744265	rs56061946	G	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=1.243;SC=GCTACCTCTAGGGAACCCGAC;SOR=0.643;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=42744281;WS=42744255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr20	42744273	.	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TAGGGAACCCGACCTTAGGCA;SOR=1.061;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=3;WE=42744281;WS=42744255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr20	42744587	rs74352869	G	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GTGGGGGCTCGGGCGGCGTGG;SOR=0.518;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=11;WE=42744595;WS=42744577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr20	42745115	rs6073336	T	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-1.802;SC=CGAGCCTCATTCATGGGCTCA;SOR=1.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=3;WE=42745123;WS=42745105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr20	42747254	rs7268512	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=316;ReadPosRankSum=0.243;SC=TGGCCTTGGCGTGGCTTGTCC;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=23;WE=42747262;WS=42747244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr20	42788237	.	C	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=711;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CGACCCCTTCCCACCCCCACC;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=49;WE=42788245;WS=42788227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,64:0.57:113
chr20	42806429	rs2064381	A	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=-1.386;SC=TTGTCCTCAAATATCCTCCCG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=15;WE=42806437;WS=42806419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr20	42814931	rs6031442	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=11;PP=1308;SC=CCTCCCTGGCTCCACCCCACC;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=42814939;WS=42814921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	42815190	rs1883790	G	A	7342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=91;PP=2965;SC=TGGGCCAGGTGTAGACACCTG;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=170;WE=42815198;WS=42815180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
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chr20	42826350	rs9346	A	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=0.386;SC=CTGAGTTCTCACTGCTCCTCG;SOR=0.746;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=13;WE=42826358;WS=42826340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
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chr20	43034693	rs745975	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=2.682;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr20	43036691	rs8122476	T	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=0.527;SC=GAGCACAACATTTATTAAGGT;SOR=1.532;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=43036699;WS=43036681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr20	43043051	rs3212194	C	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=268;ReadPosRankSum=-0.115;SC=AGCCCCCTCCCCACATCTGAT;SOR=0.638;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=17;WE=43043059;WS=43043041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr20	43043095	rs3212195	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=591;ReadPosRankSum=1.180;SC=GGGACAGAGAGTGCGGGAGGG;SOR=0.548;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=40;WE=43043103;WS=43043085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr20	43052570	rs2273618	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=561;SC=CCTTGTGTGATACAAGTCAGG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=25;WE=43052578;WS=43052560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	43058012	rs74173201	A	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=200;ReadPosRankSum=1.471;SC=CTTAGGGATTATCTGGTTTAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=43058026;WS=43058002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr20	43058018	rs3746574	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.939;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=283;ReadPosRankSum=0.100;SC=GATTATCTGGTTTAATTAATT;SOR=0.223;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=9;WE=43058026;WS=43058002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr20	43058096	rs3746575	C	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=18;PP=1248;SC=CTTTCCCGGGCCTCTTCATTT;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=43058104;WS=43058086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	43090929	rs11482024	T	TA	250.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=1.512;SC=CACTCTAGTTTAAAAAAAAAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=43090937;WS=43090919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr20	43254490	rs244074	A	G	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=139;SC=CCAGGCCCTAACATGTCCCTC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=43254498;WS=43254480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	43257744	rs45557242	C	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=539;ReadPosRankSum=0.440;SC=GGGTGAGCGGCTTGTCCATGC;SOR=0.850;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=38;WE=43257752;WS=43257734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,68:0.42:162
chr20	43264927	rs394105	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=5;PP=189;SC=CATGCAGTTCCACCTGCAAGG;SOR=1.044;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=14;WE=43264935;WS=43264917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	43280227	rs73598374	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=2.309;SC=TTGGGCTTGTCGAAGGCGGGC;SOR=0.269;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=10;WE=43280235;WS=43280217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr20	43343895	rs376618937	TGTGTGTGAGC	T	99.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.79;MQRankSum=-0.431;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.063;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr20	43343899	.	TGTGAGC	T	286.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.79;MQRankSum=0.431;QD=23.89;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr20	43343908	rs1980803	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.53;QD=48.70;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	43343930	rs1980804	T	G	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=11;PP=486;SC=GCGTGTGTACTCGTGCGTGTG;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=43343938;WS=43343920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	43356156	rs1061098	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GACCTAGTCCCCTTTCCTCTA;SOR=0.976;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=10;WE=43356164;WS=43356146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr20	43374839	rs3834659	GC	G	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=244;ReadPosRankSum=0.308;SC=CCATCGGTGAGCCGCCCGGAG;SOR=0.330;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=43374847;WS=43374829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr20	43378770	rs1111032	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=414;ReadPosRankSum=-1.029;SC=CCCTGCATAGAGTACGGCCAC;SOR=0.562;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=30;WE=43378778;WS=43378760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr20	43379264	rs6073538	A	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.667;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=755;ReadPosRankSum=-0.027;SC=CGCTGCCCGCACCCCCAGCCC;SOR=1.190;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=43;WE=43379272;WS=43379254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr20	43379454	rs13042905	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-1.070;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
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chr20	43438782	rs150963275	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.727;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
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chr20	43561125	rs111977769	C	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=728;ReadPosRankSum=0.413;SC=GTGTGGGCCCCGTGAGGCAGT;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=55;WE=43561133;WS=43561115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,68:0.45:151
chr20	43564017	.	T	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr20	43565622	rs3746584	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=-0.192;SC=TTTGAGGTTGGGAGACAGTCC;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=19;WE=43565630;WS=43565612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr20	43566787	rs11780	A	G	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=666;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TTGACAACTCAGAGCTGTTGC;SOR=0.821;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=49;WE=43566795;WS=43566777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,79:0.51:155
chr20	43567442	rs6073572	T	C	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=26;PP=862;SC=TGTAAGGAAATAGGCAGGGAC;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=43567450;WS=43567432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	43577620	rs2234206	C	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=180;SC=CTACAATCCTCTCTCCCAGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=43577628;WS=43577610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	43577644	rs1884440	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=TCCTCCCCTGCTGTAAATCAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=43577652;WS=43577634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	43588802	rs2234200	A	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=486;ReadPosRankSum=2.374;SC=TGGTTGCGGGAGTTGGAGGAG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=28;WE=43588810;WS=43588792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr20	43600673	rs6130717	C	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=1.383;SC=TGTTCTAGTTCCTAGCAAATA;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=43600681;WS=43600663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr20	43629135	rs17420378	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=-1.886;SC=GCAGCGGGAAGTGGACCAGGA;SOR=0.685;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=16;WE=43629143;WS=43629125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr20	43681951	rs2284275	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=2.150;SC=TAAATGCCTGCGGTTTTTGAC;SOR=1.414;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=15;WE=43681959;WS=43681941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr20	43723627	rs734784	T	C	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=759;ReadPosRankSum=-0.040;SC=ACCCCATCAATGCTGCTCAGC;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=57;WE=43723635;WS=43723617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,108:0.48:227
chr20	43727155	rs13043825	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=0.383;SC=GCCGCGCCTGCTCCTCCGACG;SOR=0.255;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=20;WE=43727163;WS=43727145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr20	43727367	rs34643859	T	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=201;ReadPosRankSum=0.885;SC=CGCTGAGGAGTTCCCGGGCTT;SOR=0.598;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=13;WE=43727375;WS=43727357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr20	43727443	rs35456522	G	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=-0.945;SC=GTTGGAGGCTGTGTGTGAAGC;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=43727451;WS=43727433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr20	43728070	rs6073643	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=295;ReadPosRankSum=1.902;SC=TGACCTTGAATCTTGACTCTC;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=20;WE=43728078;WS=43728060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr20	43743532	rs11700134	G	A	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,77:0.47:164
chr20	43743532	.	GCG	ACA	2093	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=40;NR=18;PP=2093;QD=37.008066808;SC=ACACACACACGCGCACACACA;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=58;WE=43743542;WS=43743498;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:74,58:0.44:132
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chr20	43752737	rs34841068	G	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=0.821;SC=CTGGGAGGCAGGTCTCCTTAC;SOR=0.815;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=18;WE=43752745;WS=43752727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
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chr20	43836118	rs201421616	A	G	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=3.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,89:0.42:213
chr20	43836173	rs2301366	T	A	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.205;NF=34;NR=34;PP=1028;ReadPosRankSum=0.581;SC=TCATGACCAGTCCCGAAAAAG;SOR=0.666;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=68;WE=43836181;WS=43836163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,115:0.58:199
chr20	43837303	rs2233889	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=448;ReadPosRankSum=-0.442;SC=ATCTTAACAACGACCGAAACC;SOR=0.555;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=39;WE=43837311;WS=43837293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr20	43850113	.	GG	AA	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.465;NF=9;NR=19;PP=909;ReadPosRankSum=0.553;SC=AAAGGTGAGTGGAGAGGGTAA;SOR=0.861;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=28;WE=43850122;WS=43850103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr20	43851108	rs2233903	C	T	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1254;ReadPosRankSum=-1.085;SC=AGATCAAGAGCATGGCCGGAA;SOR=0.982;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=184;TCF=84;TCR=100;TR=81;WE=43851116;WS=43851098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,112:0.43:262
chr20	43851375	rs2071650	G	C	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=587;ReadPosRankSum=2.174;SC=CATCCAGAAAGGTGTATCCAA;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=56;WE=43851383;WS=43851365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,84:0.44:189
chr20	43881577	rs60478948	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CCATATGCCTGGGCCTCCAGA;SOR=0.616;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=6;WE=43881585;WS=43881567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr20	43881630	rs6032073	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=141;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GTGTGCCCTCATCCCCTGCTT;SOR=1.539;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=14;WE=43881638;WS=43881620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr20	43882351	.	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=7.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=-2.536;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr20	43922403	rs2233107	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr20	43926536	rs2227274	G	T	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.663;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=899;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GAGAGGAGGAGCCCCGAGAGA;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=57;WE=43926544;WS=43926526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr20	43926573	rs2227275	C	T	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=30;PP=1271;SC=CAGATGCTGCCTCTGAGGTTC;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=67;WE=43926581;WS=43926563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr20	43929659	rs2076023	G	A	4599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=44;PP=2093;SC=ACTGAAAGGAGAGACAGGTCA;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=109;WE=43929667;WS=43929649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr20	43934445	.	C	CTTTTTT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-0.431;QD=20.79;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr20	43935641	.	A	AC	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=-0.469;SC=ACGAAGGACCACCCCCCCACC;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=43935649;WS=43935631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr20	43940112	rs2743327	C	G	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=10;PP=580;SC=AAAAGCGTTGCGGGGAGCGGG;SOR=1.251;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=43940120;WS=43940102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	43964407	rs2072791	G	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=376;SC=CGCCTGCCCAGCACACCTTCC;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=43964415;WS=43964397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	43964707	rs3830725	C	CT	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.738;NF=0;NR=7;PP=244;ReadPosRankSum=-1.403;SC=CACTCTACCTCTAACTCACCG;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=43964715;WS=43964697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr20	43976807	rs2078423	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=366;ReadPosRankSum=-1.019;SC=CCCGTGACCCCGGAGCAAAGT;SOR=1.329;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=22;WE=43976815;WS=43976797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr20	43976869	rs5841587	C	CT	1203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=12.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.06;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr20	43976875	rs5841588	GC	G,GCC	1892.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.303;QD=26.29;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,39,29:0.54,0.40:72
chr20	43976991	rs2228384	A	G	4862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.499;NF=63;NR=62;PP=1971;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CCTACGAAGAACAGCAGCAGC;SOR=0.516;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=222;TCF=102;TCR=120;TR=125;WE=43976999;WS=43976981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,241:0.52:460
chr20	43995410	rs6032142	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=242;SC=ACACTTATCTCGTCACTTCTG;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=43995418;WS=43995400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	44002665	rs2231626	C	G	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=23;PP=697;SC=CCAGCAGAAACCTCGGTGTTA;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=44002673;WS=44002655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	44004155	rs10546815	CATT	C	1762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=28;PP=1455;SC=TGGAACTCTTCATTATTTTGT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=31;WE=44004165;WS=44004145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	44006078	rs2231614	C	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=14;PP=486;SC=AGCCAAGGGCCGGCCTGCTGG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=44006086;WS=44006068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	44038574	rs1127497	A	G	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr20	44048065	rs3092108	C	CG	1719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.022;SC=CAGCCGGGGGCGGGGGGTGTA;SOR=0.765;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=105;TCF=26;TCR=79;TR=41;WE=44048074;WS=44048055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,92:0.42:221
chr20	44049916	rs3092450	T	TC	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=454;SC=GCAGGGCTGTTCCCCATCTAC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=12;WE=44049924;WS=44049906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr20	44141201	rs11470736	TCACACA	T	1022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=8;PP=1105;SC=AACCTCTTGTTCACACACACA;SOR=1.802;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=18;WE=44141218;WS=44141191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	44141331	rs6032259	A	G	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=31;PP=1225;SC=TTCTTTCCTCAAAAAGTTGTT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=44141339;WS=44141321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr20	44141492	.	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TGTCTGAAGAGAGAAAGTGGT;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=19;WE=44141500;WS=44141482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr20	44144118	rs8125061	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.161;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=433;ReadPosRankSum=0.072;SC=CCCACCACCCCGCCCCCCAGC;SOR=0.083;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=27;WE=44144126;WS=44144108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr20	44163988	rs6032274	T	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=21;PP=618;SC=GATCGCAGAATAGAGCTGTTT;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=31;WE=44163996;WS=44163978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	44166207	.	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr20	44170712	rs11594	C	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=658;SC=CTGGAGCATCCGTCAGGTACA;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=44170720;WS=44170702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	44171292	rs2231842	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=291;ReadPosRankSum=0.290;SC=CCAGACCTCCCGGCATGGGAC;SOR=0.385;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=19;WE=44171300;WS=44171282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr20	44174423	rs765156	G	A	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=51;PP=1613;SC=GGGAAAGAGCGGTTTTACACC;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=83;WE=44174431;WS=44174413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr20	44180813	rs17348421	G	A	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=44;PP=1398;SC=GACTTTATGGGGTAAAAGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=44180821;WS=44180803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr20	44180868	rs17433181	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=26;PP=722;SC=GACAAATTTGAGGAATCTTGG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=41;WE=44180876;WS=44180858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr20	44182081	rs6032299	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	44184285	rs6032305	G	A	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=3;PP=102;SC=TAACCTCATTGGTATACTATT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=44184293;WS=44184275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	44184375	rs2250860	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.80;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	44190705	rs3817887	T	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=24;PP=867;SC=TCATCCCCAATAATGCTTTCT;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=47;WE=44190713;WS=44190695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr20	44190996	rs2272956	A	G	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=5;PP=156;SC=ATGGGGAAGGAGTCTGTCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=44191004;WS=44190986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	44208011	rs7273669	C	T	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=69;PP=1947;SC=GCCAGTCTGCCCCTCTAGCCC;SOR=2.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=16;TCR=70;TR=85;WE=44208019;WS=44208001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	44278015	.	A	G	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=732;ReadPosRankSum=-1.844;SC=TTTCCCCAGCATTCTTCAAGT;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=54;WE=44278023;WS=44278005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,83:0.51:164
chr20	44330879	.	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=537;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CCCAAGGAGGGAAGTAACATG;SOR=0.732;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=35;WE=44330887;WS=44330869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr20	44333297	.	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=-0.010;SC=GCAGAAGAGTCCCTTACCAGC;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=13;WE=44333305;WS=44333287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr20	44333501	.	T	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.460;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=186;ReadPosRankSum=-1.436;SC=ACAAATGCCTTTATCCACAGA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=10;WE=44333509;WS=44333491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr20	44378577	rs380421	T	C	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=36;PP=1206;SC=AACTATCCTCTGAAGAAGGGC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=44378585;WS=44378567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr20	44417643	rs6032537	A	G	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=42;PP=1312;SC=ACAATTCATCACCCTGGCACA;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=44417651;WS=44417633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr20	44417675	rs6032538	G	C	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=31;PP=784;SC=GGGTTCTTATGGGGAGGGCAT;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=44417683;WS=44417665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	44418471	rs411945	G	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=15;PP=625;SC=CAGGGGATGAGTTCTCCTCTC;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=44418479;WS=44418461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	44418564	rs3746493	A	G	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=24;PP=746;SC=AGGATTCCAGAGACCCAAGAG;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=44418572;WS=44418554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr20	44420637	rs2664539	G	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=8;PP=280;SC=TGGGGGCCGGGGGCGCCATGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=44420645;WS=44420627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	44420682	rs2664591	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=258;SC=CGCGGGGACCTAGCGGGGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=44420690;WS=44420672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	44422373	rs6032544	T	C	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=219;SC=ATGCACTTCATAGAGTTATTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=44422381;WS=44422363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	44422705	rs6032545	G	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.58;ReadPosRankSum=0.709;SOR=1.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr20	44423843	rs6104350	C	A	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=5;PP=389;SC=GAATCTAAATCTGGCTGATCC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=44423851;WS=44423840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	44425026	rs11477536	CA	C	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.730;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr20	44429633	rs11458259	C	CA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
chr20	44431928	rs181284715	G	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=324;ReadPosRankSum=-0.972;SC=TTAGTCCTAGGTCTCACCTTG;SOR=0.839;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=25;WE=44431936;WS=44431918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr20	44451901	rs8860	T	C	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=9;PP=997;SC=CCACAAGGGGTCGCGCCTCCC;SOR=2.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=45;WE=44451909;WS=44451891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	44452697	rs4629	C	A	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=63;PP=1991;SC=TCTCCTCGTCCGTCACGTGCT;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=114;WE=44452705;WS=44452687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr20	44453335	rs144529565	A	AC	1412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5231;FS=2.835;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=50;PP=901;ReadPosRankSum=1.541;SC=CCTCACACCTACCCCCCCCCA;SOR=1.952;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=86;TCF=12;TCR=74;TR=51;WE=44453353;WS=44453325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,61:0.84:73
chr20	44456059	rs373018	T	C	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=29;PP=778;SC=GGTCAGCGAGTCCCACCCCTC;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=44456067;WS=44456049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	44468931	rs197669	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=433;SC=AGAGATTGGCTGGGGTTTCAG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=44468939;WS=44468921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	44468982	rs11418101	A	AC	2019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=18;PP=1393;SC=AGAAGAACTAATGCTCTATGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=44468990;WS=44468972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	44469290	rs4638862	G	A	8459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=107;NR=78;PP=2965;SC=CTACACCCTCGCCGTGATCGG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=108;TCR=78;TR=185;WE=44469305;WS=44469280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr20	44470676	rs3848713	T	C	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=33;PP=994;SC=AAACAGAGTCTCACTAAGTTG;SOR=1.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=47;WE=44470684;WS=44470666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr20	44472163	rs55931834	C	T	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=65;PP=2200;SC=GCCCCACACTCACCGGCCCAG;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=120;WE=44472171;WS=44472153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr20	44485670	rs75498225	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GAGCAGAGAGGACAGCTCTGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=44485678;WS=44485667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr20	44501458	rs6130959	A	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=25;PP=693;SC=CACTGTGCACACAATAGGTAC;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=44501466;WS=44501448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	44505973	rs2903808	T	C	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=30;PP=1339;SC=GCGGAGACAGTCACCTCTGTG;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=62;WE=44505981;WS=44505963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	44506418	rs1045493	G	A	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=30;PP=1475;SC=GCCTCTTTCGGGAACAGCAGT;SOR=0.925;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=70;WE=44506426;WS=44506408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr20	44511627	rs11086984	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=425;ReadPosRankSum=0.056;SC=TCCAAGTATTCAAGAAGTTTA;SOR=0.673;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=34;WE=44511635;WS=44511617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr20	44515059	rs6094224	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=5;PP=371;SC=AACCACCAGCTCTATCCCCAT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=44515067;WS=44515049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	44516444	rs7268221	A	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=512;SC=TCTTGCCCTAACCTTGAACGA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=44516452;WS=44516434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	44517360	rs1516580	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	44518843	rs3817731	A	T	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=17;PP=1052;SC=AGTAGATTCCAGTCCCCACAC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=52;WE=44518851;WS=44518833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr20	44519643	rs2868362	G	A	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=16;PP=568;SC=CTCGGCCATAGGGCAGGCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=44519651;WS=44519633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	44520237	rs3080212	CCTGCTG	CCTG,C	4717.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=27,27;NR=31,31;PP=51,2939;SC=CGCCGCTGTTCCTGCTGCTGC;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=58,58;WE=44520250;WS=44520227;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:106
chr20	44522005	rs742034	A	G	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=45;PP=1260;SC=ACATGATCTCAGGTCTGTCCT;SOR=1.159;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=71;WE=44522013;WS=44521995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr20	44522594	rs4810476	A	G	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=15;PP=879;SC=TCCCACCAGCAGCTGATGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=51;WE=44522602;WS=44522584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	44523248	rs2075962	T	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=20;PP=1085;SC=GTGGAGAGGCTGGGGATCTGT;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=44523256;WS=44523238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr20	44523442	rs3215446	TC	T	7436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=72;PP=2969;SC=CCACACCCATTCCCCCACCTC;SOR=0.791;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=19;TCR=78;TR=90;WE=44523450;WS=44523432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr20	44523547	rs2075961	G	A	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=49;PP=1807;SC=TCAGGTGTGCGAGGGCGTGGG;SOR=0.794;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=99;WE=44523555;WS=44523537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr20	44523782	rs4608591	C	T	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=72;PP=2077;SC=AGTGAGGTTCCGTGGCCACCT;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=116;WE=44523790;WS=44523772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr20	44525464	rs11468785	GC	G	510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=25.54;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	44526783	rs7270170	G	A	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=16;PP=514;SC=TAACTGGGCCGGAGGCAAAGG;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=30;WE=44526791;WS=44526773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	44530838	rs553359	G	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=450;SC=TACTTTAAGCGCAACATCCCT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=44530846;WS=44530828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	44538427	rs378114	T	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=13;PP=440;SC=CTACCAAACCTTCCTATCAAC;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=44538435;WS=44538417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	44538484	rs435306	G	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=7;PP=412;SC=ATGAAGAAACGGAAACTCAGG;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=44538492;WS=44538474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	44540178	rs394643	A	G	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=35;PP=1066;SC=CATAAGTGGGAACTAGCCTGG;SOR=1.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=44540186;WS=44540168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr20	44574533	rs11696196	C	T	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=31;PP=1149;SC=GTAAGAGCTGCGGGGAGGAAG;SOR=0.714;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=60;WE=44574541;WS=44574523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	44578776	rs6065910	A	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=520;SC=CTGCTACTGTACCCAGTGGTG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=44578784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	44586036	rs3746506	G	A	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=184;SC=GATACCCTGCGGCCTCCGTGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=44586044;WS=44586030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	44588109	rs3746507	G	A	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=20;PP=482;SC=AAGTCTGCCCGTCCCTAGCCT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=44588117;WS=44588099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	44596207	rs6032606	C	G	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=43;PP=1732;SC=TTCCTCTTGGCTCTTGGTGGA;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=92;WE=44596215;WS=44596197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	44596545	rs3848719	G	A	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=46;PP=1346;SC=GCACCGGGGAGCTGGGCCCAC;SOR=1.043;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=76;WE=44596553;WS=44596535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	44599839	rs6017715	G	C	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=8;PP=746;SC=CCGTCCAGCCGGGTCCATACC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=44599847;WS=44599829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	44599909	.	C	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=637;ReadPosRankSum=-1.256;SC=CCTCTGCCTGCCCCGGGGCGG;SOR=0.628;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=40;WE=44599917;WS=44599899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr20	44639511	rs3918253	C	T	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=41;PP=2033;SC=AGCGCACAATCTGCGCAGCAG;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=111;WE=44639519;WS=44639501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr20	44640959	rs3918256	G	A	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	44642406	rs2250889	G	C	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=20;PP=615;SC=TTTGAGGAGCGGCTCTCCAAG;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=44642414;WS=44642396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	44642833	rs13969	A	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=142;SC=TGGGCCTGGGAGCCGACGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=44642841;WS=44642823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	44645010	rs20544	C	T	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	44663475	rs11699481	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=3;PP=395;SC=AGCCCCATTTTCCCAATGCGC;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=44663483;WS=44663465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	44666013	.	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=317;ReadPosRankSum=1.088;SC=GGGCACCATCGAAATCCTGCT;SOR=0.553;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=23;WE=44666021;WS=44666003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr20	44674743	rs2297199	A	C	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=694;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CAACCCCAGGAAGTTCCCCAT;SOR=0.607;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=36;WE=44674751;WS=44674733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr20	44675136	rs3848727	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=15;PP=399;SC=CCAATCCTCATCTTACTCCAG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=44675144;WS=44675126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	44678348	rs6032635	G	A	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=21;PP=942;SC=AGCTGAAGGCGGGGAAGGGCC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=48;WE=44678356;WS=44678338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr20	44693947	rs2903908	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=0.700;SC=TGTGTGTTCCTACTGATAACT;SOR=0.420;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=15;WE=44693955;WS=44693937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr20	44746982	rs1883832	T	C	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=21;PP=846;SC=CTCACCTCGCTATGGTTCGTC;SOR=0.867;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=44746990;WS=44746972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	44747086	rs745307	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr20	44757213	rs3765457	A	G	3134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.885;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,166:0.47:352
chr20	44757407	rs3765459	G	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,63:0.47:135
chr20	44806875	rs2281335	G	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=352;ReadPosRankSum=-1.277;SC=ACTTGGGGCCGGGGGTCAGCA;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=29;WE=44806883;WS=44806865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr20	44979641	rs4810503	TA	GC	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=469;SC=ATCAAGATCTTACTGAAATCC;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=44979650;WS=44979631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	44983462	.	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=-1.596;SC=GTTGGGCTCAGGGCGAGGATC;SOR=0.784;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=14;WE=44983470;WS=44983452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr20	44985307	rs911435	T	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=24;PP=665;SC=ACAGGACAGCTTGGGAGGTCC;SOR=1.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=44985315;WS=44985297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	44996182	rs2257495	A	G	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=26;PP=899;SC=CACTGAGGCCATCAATCCAGA;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=44996190;WS=44996172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	44998791	rs2261964	C	T	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=13;PP=716;SC=CAATGTTATACACTATACGAT;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=44998799;WS=44998781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	45003326	rs2261213	A	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=367;SC=GTCTCCGTGTATGCAGGGACC;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=45003334;WS=45003316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	45003788	rs2257545	T	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	45173858	.	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=268;ReadPosRankSum=-2.083;SC=GATTCAAGGGCTGTTTCTTGG;SOR=0.678;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=22;WE=45173866;WS=45173848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr20	45188971	rs910062	C	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=17;PP=410;SC=GGACACAGACCCAGGTCGGTA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=45188979;WS=45188961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	45192253	rs59207395	G	GA	1798.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.88;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	45192254	rs35374760	G	GAGAGA,GAGAGAGA	1624.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=60.18;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,19:0.30,0.70:27
chr20	45195274	rs56923216	C	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=0.555;SC=GGGACCCAAACCCCTGGGTCT;SOR=0.105;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=45195282;WS=45195264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr20	45204266	rs1880898	G	A	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	45242269	rs2273024	G	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,47:0.39:120
chr20	45354826	.	C	T	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.028;ClippingRankSum=0.000;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,158:0.44:357
chr20	45358145	rs2425906	T	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr20	45358223	rs2425907	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=-1.304;SC=CTTTTGCAAGCGGGCATTCCT;SOR=2.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=45358231;WS=45358213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr20	45629941	rs3746492	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=243;ReadPosRankSum=-1.581;SC=AGCATCTGTGGTGGAGAAAGC;SOR=0.471;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=17;WE=45629949;WS=45629931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr20	45717954	rs866937	C	T	2971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=56;PP=1255;ReadPosRankSum=0.563;SC=GGGCCTCCGACGGGAAGCTCC;SOR=0.858;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=170;TCF=74;TCR=96;TR=96;WE=45717962;WS=45717944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,152:0.52:294
chr20	45725959	rs947018	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=-0.234;SC=AATTCCTATGACATTTTCCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=45725967;WS=45725949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr20	45771952	.	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=0.105;SC=AGGCCCAAAACTGTGGCCGGT;SOR=0.160;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=45771960;WS=45771942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr20	45801319	rs3827049	T	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=382;SC=TGCACCCCCCTGCACTAACAC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=45801327;WS=45801309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr20	45809652	rs2235907	A	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=18;PP=450;SC=CATCCTGGGAATGGGGTGTTT;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=45809660;WS=45809642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	45811860	rs8124918	A	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=5;PP=625;SC=TGCAGGCACCAAGCTCTTAAT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=45811868;WS=45811850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	45816594	rs3818012	G	A	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=515;SC=AAGTCCCCACGTGCTAGACTT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=45816602;WS=45816584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	45816639	rs3818013	A	G	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.55;SOR=1.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	45816649	rs3818014	C	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.58;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr20	45853037	rs2664544	A	G	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=40;PP=1714;SC=CACAGTAGCTAGTGTTCCAAC;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=89;WE=45853045;WS=45853027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr20	45856045	rs1124178	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=421;SC=GAGAGTGAGCATCTTCAAAAG;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=45856053;WS=45856035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	45891189	rs2294560	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr20	45923383	rs2076402	G	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=533;ReadPosRankSum=0.667;SC=TCATTTACGCGTATACCAAGA;SOR=0.548;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=43;WE=45923391;WS=45923373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,57:0.39:147
chr20	45947670	rs190102148	GG	AA	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=2141;ReadPosRankSum=0.432;SC=GCGAGGGGCAGGGAACGCCAA;SOR=0.815;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=59;WE=45947679;WS=45947660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,81:0.51:159
chr20	45985038	.	CAG	C	109	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=109;QD=24.0;SC=GGGAACTGCTCAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=45985047;WS=45985028;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr20	45985094	.	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr20	46254053	rs141618266	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=214;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTCTCTTCTGGGGACTATTCG;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=12;WE=46254061;WS=46254043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr20	46256424	rs6094752	C	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,63:0.52:120
chr20	46262263	rs41283354	A	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=617;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TATAGATACAAATTCACTGAG;SOR=0.641;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=41;WE=46262271;WS=46262253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr20	46262701	rs6018604	T	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=-1.631;SC=TTTTTAGAAATGTACTTGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=11;WE=46262709;WS=46262691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr20	46262994	rs6018606	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=212;ReadPosRankSum=0.054;SC=TTCTCAAAATGCTTTATTATT;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=15;WE=46263002;WS=46262984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr20	46267950	rs4810648	C	T	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=52;PP=1411;SC=AGTATGGGTACGTTATTTCTA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=68;WE=46267958;WS=46267940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr20	46268008	rs2076548	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=2.385;SC=AAATACTTAAAGCCATCTAAA;SOR=0.321;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=14;WE=46268016;WS=46267998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr20	46268493	rs2076546	A	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=398;ReadPosRankSum=0.962;SC=CTATTCCCACATTGCCTCTTC;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=34;WE=46268501;WS=46268483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr20	46279613	rs2745724	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.666;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-0.103;SC=TTAAAAAAAAGAAGGCCCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=10;WE=46279621;WS=46279603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr20	46279827	rs6018623	G	A	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=609;ReadPosRankSum=0.990;SC=AGCAGCAGCAGCAGCAGCAAC;SOR=1.212;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=43;WE=46279846;WS=46279817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,75:0.43:174
chr20	46279866	rs28529067	A	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=844;ReadPosRankSum=5.057;SC=AGCAGCAGCAACAGCAACAGC;SOR=1.237;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=53;WE=46279874;WS=46279853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,60:0.33:184
chr20	46287012	rs444271	C	G	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=14;PP=1267;SC=CTGGCCAATACCACAGGTCTG;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=46287020;WS=46287002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	46288255	rs73913405	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=919;ReadPosRankSum=-1.671;SC=AAGAAAAAGTCCCCAAAGAAC;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=27;WE=46288264;WS=46288245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr20	46288256	.	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=915;ReadPosRankSum=2.000;SC=AGAAAAAGTCCCCAAAGAACT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=24;WE=46288264;WS=46288245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
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chr20	46365571	rs3810526	A	G	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=32;PP=1027;SC=CGTACTTGCCAGTGAGGATGG;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=46365579;WS=46365561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr20	47244222	.	T	G	192	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MMLQ=22;MQ=59.59;NF=0;NR=18;SC=CACTGGGGGGTGGGGGTGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=18;WE=47244230;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:44,18:0.29:62
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chr20	47253150	rs2664521	T	C	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=41;PP=1241;SC=AGCAGCTGCTTGGAGAAGGTG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=82;WE=47253158;WS=47253140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr20	47256300	rs6019339	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=150;ReadPosRankSum=0.569;SC=CCCTGCCCACCGACCTTCCAC;SOR=1.371;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=12;WE=47256308;WS=47256290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr20	47260936	rs6019344	A	G	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=971;ReadPosRankSum=0.314;SC=GGCCGCTGCCACTCCACTCAC;SOR=0.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=72;WE=47260944;WS=47260926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,110:0.51:216
chr20	47262549	rs6012504	C	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=440;ReadPosRankSum=-1.989;SC=GCCAAGGATGCGTCGCAGGAC;SOR=0.891;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=43;WE=47262557;WS=47262539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
chr20	47269874	rs742643	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr20	47272963	rs3091871	G	GC	10818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=81;PP=2975;SC=GGCCTCCAGGGCTGGACCCCG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=27;TCR=82;TR=107;WE=47272971;WS=47272953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr20	47305109	rs11086260	C	CA	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=211;ReadPosRankSum=1.597;SC=TGGGCAGGGCCAGGCTGCATG;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=47305117;WS=47305099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr20	47307618	rs3746820	G	A	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=-1.400;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,65:0.54:121
chr20	47317276	rs35913794	C	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CCATCCCAGCCTCCTGGCCAC;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=5;WE=47317284;WS=47317266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr20	47538667	.	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr20	47569112	rs2295030	C	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=279;SC=GCAGAGCCATCTTACAATTTA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=47569120;WS=47569104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	47585642	rs3764683	T	C	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=15;PP=836;SC=GGACTACAGGTGGGTGCCACC;SOR=1.252;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=47;WE=47585650;WS=47585632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	47589122	rs2273102	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=425;SC=TTTTAGAGGATGACCAACTTA;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=47589130;WS=47589112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	47604825	rs4810905	G	A	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=20;PP=1213;SC=TTGATGTCTCGAATTTTTTTC;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=63;WE=47604833;WS=47604815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	47614665	rs3764681	G	A	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=17;PP=949;SC=CCAAAGTGCTGAGATTACAGG;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=47614673;WS=47614655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	47615074	rs60107724	TA	T	279.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.792;QD=10.74;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr20	47621554	rs4810910	G	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=13;PP=761;SC=AGAGACCCACGTCGGTCATTA;SOR=1.314;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=42;WE=47621562;WS=47621544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	47628363	rs1535268	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=567;ReadPosRankSum=1.509;SC=AATTATCTCTGATGTATGTGT;SOR=0.986;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=38;WE=47628377;WS=47628353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
chr20	47628368	rs371203595	ATG	A	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,19:0.18:108
chr20	47630449	rs2281582	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=0.491;SC=TGTTCAGAATCGTGTTTCGGA;SOR=0.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=13;WE=47630457;WS=47630439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr20	47632754	rs1473718	A	G	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=18;PP=983;SC=CCAGGAGTGTACAAGAATGCC;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=47632762;WS=47632744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	47634006	rs11086275	A	AT	2980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.437;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.180;NF=4;NR=66;PP=1227;ReadPosRankSum=0.402;SC=CACATTGATTATTTTTTTTCT;SOR=1.250;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=84;TCF=6;TCR=78;TR=70;WE=47634014;WS=47633996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr20	47639464	rs2426106	G	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=423;SC=CCAGCCTGGAGAACGTAGTGA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=47639472;WS=47639454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	47648454	rs3091900	CA	C	860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.344;NF=18;NR=9;PP=386;ReadPosRankSum=0.651;SC=GACCCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.724;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=27;WE=47648463;WS=47648444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr20	47649510	rs200019014	CA	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
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chr20	47682893	rs2246266	C	T	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1970;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TAATCTTTTCCTCTCCTAGTT;SOR=0.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=112;WE=47682901;WS=47682883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
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chr20	47845220	rs238165	T	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
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chr20	47852822	rs238152	G	A	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=803;ReadPosRankSum=-1.891;SC=TTGCCTCTTCGCACCCCCCTT;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=58;WE=47852830;WS=47852812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,103:0.50:204
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chr20	47859254	rs71186444	CTTTTTTTTTTTTTT	C	1696.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=10.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=0.923;QD=28.28;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
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chr20	47865372	rs238208	G	A	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TCTGAACACAGCTGCACACAG;SOR=0.516;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=174;TCF=99;TCR=75;TR=85;WE=47865380;WS=47865362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,127:0.49:257
chr20	47865509	rs238209	G	A	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=50;PP=1346;ReadPosRankSum=1.294;SC=CCGAGGAATGGTTTTGGGCAC;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=197;TCF=93;TCR=104;TR=98;WE=47865517;WS=47865499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,139:0.49:285
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chr20	47872377	rs238221	C	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=547;ReadPosRankSum=0.638;SC=TGAGGTCCAGCTGCCAAACAT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=38;WE=47872385;WS=47872367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr20	47874239	rs11295162	CT	C	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=7.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.323;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.236;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
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chr20	47886684	rs57950	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=1335;ReadPosRankSum=0.573;SC=GGGTAAAGTCGTATCTGCCCC;SOR=0.691;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=40;WE=47886704;WS=47886674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr20	47886696	rs139084450	C	G	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=5;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.170;SC=ATCTGCCCCCCATTAGCAAGT;SOR=0.722;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=45;WE=47886704;WS=47886674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,66:0.54:123
chr20	47892270	rs238191	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=273;ReadPosRankSum=0.575;SC=ATTTCCTTCTTTTATTACTAG;SOR=1.501;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=17;WE=47892278;WS=47892260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
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chr20	47951040	rs200288022	CTTTT	C	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.34;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr20	48184734	rs7262428	G	C	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=81;SC=CCCCCACCCGGCGCGCCCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=48184742;WS=48184724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	48257149	rs421801	C	T	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=791;ReadPosRankSum=-1.686;SC=CTTTCATTGCCTCTTGAAAGC;SOR=0.861;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=132;TCF=56;TCR=76;TR=57;WE=48257157;WS=48257139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,84:0.40:210
chr20	48259034	rs2235855	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr20	48273299	rs4810968	T	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=586;SC=TAAAAAAACATACCACATAGC;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=48273307;WS=48273289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	48300990	rs6019972	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GTCCCAGCTGCTGGGGAGGCT;SOR=0.892;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=8;WE=48300998;WS=48300980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr20	48301146	rs6512586	G	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,62:0.39:158
chr20	48330030	rs12329570	G	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.479;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
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chr20	48431765	rs73910322	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=0.133;SC=TCTGCCATCCCGTGTCTGTGT;SOR=0.705;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=18;WE=48431773;WS=48431755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr20	48456238	rs2025958	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-1.272;SC=ATATTATTATGTTATATATCC;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=48456246;WS=48456228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr20	48466166	rs6012755	G	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
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chr20	48471866	rs6020086	T	C	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=731;ReadPosRankSum=0.760;SC=AATTCAGCTCTAGCGTGTAGT;SOR=0.580;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=48;WE=48471874;WS=48471856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
chr20	48479356	rs3092598	TATGA	T	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=2;PP=700;SC=TGAATGATGGTATGAATGAAT;SOR=3.126;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=13;WE=48479367;WS=48479352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	48491258	rs542234	T	G	8302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr20	48494650	rs6020100	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=1.528;SC=TTTGTAGATCAATAAACACAT;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=48494658;WS=48494640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr20	48500736	rs71932394	GACAC	G	310.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.84;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	48500779	rs72209159	GAC	G	308.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.59;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	48522330	rs495337	G	A	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=17;PP=424;SC=CTGGGCGGTTGCAGAAGCCAC;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=48522338;WS=48522320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	48522585	rs492702	G	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=13;PP=584;SC=TGGAGAGGGCGGACTCTTTGG;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=48522593;WS=48522575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	48524827	rs2769982	A	G	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=19;PP=944;SC=CCACCACCTCATAGAACTGGA;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=48524835;WS=48524817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	48561893	rs4810993	A	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=554;SC=TCACTAACTTATGGGCTCTGA;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=48561901;WS=48561883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	48562083	rs11473738	G	GTTGGACACC	1771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=15;PP=2900;SC=ATACAAAGAGGTTGCATGCCC;SOR=1.151;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=19;WE=48562091;WS=48562073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	48562797	rs34310744	C	CT	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.939;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr20	48567355	.	TTATGCTGCCATCACCTTGTTTTCCTATGGAAATGCAGGCGCAGCA	T	2646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=2897;ReadPosRankSum=1.854;SC=GCCTGACTCGTTATGCTGCCA;SOR=1.870;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=23;WE=48567407;WS=48567345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,70:0.44:160
chr20	48568503	rs2281216	C	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=10;PP=775;SC=GGGATCCGGTCCCTGGCAACC;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=48568511;WS=48568493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr20	48713049	rs6012831	G	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	48729677	rs126907	C	G	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=25.33;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr20	48770159	rs232733	T	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=397;SC=CCCGGCCAGTTCTCGGCGCCC;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=48770167;WS=48770149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	48808011	rs4253439	C	T	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1098;ReadPosRankSum=-0.942;SC=GCCTGGGGGCCGCCAAGGGCG;SOR=0.568;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=163;TCF=62;TCR=101;TR=79;WE=48808019;WS=48808001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,145:0.54:270
chr20	48894872	rs3761180	T	C	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=69;PP=1794;SC=ATTAAAACTGTGGGCCAGCCC;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=116;WE=48894880;WS=48894862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr20	48894919	rs12625213	C	T	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=54;PP=1544;SC=TAAGGGATCTCTGTTGCTTGG;SOR=1.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=76;WE=48894927;WS=48894909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr20	49181345	rs16995294	T	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=214;ReadPosRankSum=-1.248;SC=AAAATCCCAGTCGCCCCATAC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=17;WE=49181353;WS=49181335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr20	49191228	rs1885177	A	C	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=555;ReadPosRankSum=0.333;SC=TCAGGCGGCTACTGGTTCACA;SOR=0.585;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=43;WE=49191236;WS=49191218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,67:0.47:143
chr20	49194866	rs3215684	A	AT	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=479;ReadPosRankSum=0.528;SC=TTAGAGGTAGAGAGTGGAAGG;SOR=1.310;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=14;WE=49194874;WS=49194856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr20	49198054	.	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GAGCACTGGCCGCTAGCCCGA;SOR=0.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=10;WE=49198062;WS=49198044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr20	49210953	rs914458	G	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=0.026;SC=AGCTGAGAAAGCTCCTCCGTC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=49210961;WS=49210943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr20	49214156	rs6020624	A	G	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=598;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CAGCTCATCCAGGGCGAAGTC;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=46;WE=49214164;WS=49214146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr20	49225953	rs73615305	A	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=475;ReadPosRankSum=-0.678;SC=AGGGCCTCTAACCATCCCTGC;SOR=0.590;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=29;WE=49225961;WS=49225943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr20	49226285	.	C	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=-0.324;SC=GGGCTGGTGGCGCTGCCCACG;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=18;WE=49226293;WS=49226275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr20	49227294	rs4811083	T	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=277;ReadPosRankSum=-1.644;SC=CTGATCCCTGTTTCGAGGGCA;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=17;WE=49227302;WS=49227284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr20	49227544	rs144167038	G	GGGCTTAGTGCCGGGCC	1367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.140;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=2963;ReadPosRankSum=0.229;SC=TCAGAGAATGGGGCCCCTCAC;SOR=1.675;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=18;WE=49227552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr20	49231024	.	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=-1.796;SC=AGCAAGGCCTCCTTGCTTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=7;WE=49231032;WS=49231014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr20	49236478	rs6122953	G	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=416;ReadPosRankSum=-0.238;SC=AGGAGGCGAGGTAGAGGAATG;SOR=0.829;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=28;WE=49236486;WS=49236468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr20	49348246	.	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TTCCGAGATCCCCAGTCGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=49348254;WS=49348236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr20	49354351	.	CTT	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr20	49367076	rs6020721	T	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=554;SC=GACTTGTACATTTGGCTAGTT;SOR=1.567;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=49367084;WS=49367066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	49434669	.	T	TA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr20	49507892	rs761240	T	G	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=5;PP=964;SC=TCACACTGGATATCAGAGTTC;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=49507900;WS=49507887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	49551780	rs11483542	T	TA	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr20	49552904	rs2294902	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TAAAACTTTCACTGGCCATTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=49552912;WS=49552894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr20	49620783	rs1054268	G	T	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=65;PP=2246;SC=TGCCGCTCAGGATGCTGCTCA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=122;WE=49620791;WS=49620773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr20	49621149	rs6122993	T	C	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=49;PP=1853;SC=TGCGACGGCCTGCGGCGGCGC;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=111;WE=49621157;WS=49621139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr20	49621399	rs4811110	G	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=41;PP=914;SC=AGGAAAGGAGGGCAGAAGCTC;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=49621407;WS=49621389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	49626971	rs6122994	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-0.344;SC=ATGCAGATTCCGCAGATATTC;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=49626979;WS=49626961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr20	50015107	rs11468602	TA	T	118.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.84;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr20	50092027	rs6013193	T	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=0.560;SC=GCTCCAAGGGTATCTCCAGGA;SOR=0.310;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=14;WE=50092035;WS=50092017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr20	50092287	rs6021231	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr20	50133628	.	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-1.592;SC=TACGTTCCGGGAAATGCACCA;SOR=0.425;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=7;WE=50133636;WS=50133618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr20	50223975	rs2273090	G	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=332;ReadPosRankSum=0.860;SC=TTTCAGATTCGTTTCTTCTCT;SOR=0.944;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=24;WE=50223983;WS=50223965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr20	50224161	rs2273089	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=287;ReadPosRankSum=0.214;SC=GCCGGTTTCGCGGGGGGCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=19;WE=50224169;WS=50224151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr20	50224206	rs3818004	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.086;SC=TTATTCTCCCGCTAACGAGAT;SOR=0.903;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=11;WE=50224214;WS=50224196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr20	50225206	rs3827032	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=521;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TGGCTGACGCGATAGGAGCTA;SOR=1.220;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=33;WE=50225214;WS=50225196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr20	50225235	rs6021312	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=331;ReadPosRankSum=0.248;SC=GCCAGCCTCCGGCACCCAAGT;SOR=1.193;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=19;WE=50225243;WS=50225225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr20	50230462	rs2235863	A	G	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=34;PP=988;SC=CATTGTAGGAAATCTTTGAAG;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=57;WE=50230470;WS=50230452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	50233929	.	C	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=292;ReadPosRankSum=-1.091;SC=TTTTATCATTCTTTATCTGGA;SOR=0.603;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=22;WE=50233937;WS=50233919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr20	50235145	.	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=-1.718;SC=CTTAGGGAAAGGGAGCCTGGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=50235153;WS=50235135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr20	50235591	.	G	A	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=599;ReadPosRankSum=0.911;SC=ACCTGGAAGGGAACAGAGATG;SOR=0.601;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=45;WE=50235599;WS=50235581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
chr20	50238545	rs2235862	A	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr20	50241714	rs2235859	C	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr20	50244098	rs2426317	T	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=-1.568;SC=GGGAGGCAGGTGGGGCTGCAA;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=24;WE=50244106;WS=50244088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr20	50255762	rs2426333	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=2;PP=294;SC=TATATTCCCTTGTTAGTCTGG;SOR=5.421;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=17;WE=50255770;WS=50255752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	50256107	rs2426334	T	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=229;SC=CAGGCTGTGCTATGAACACAA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=50256115;WS=50256097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	50286484	rs5841856	T	TA	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.986;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr20	50287736	rs2255341	C	T	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1151;ReadPosRankSum=0.832;SC=CGGGGATTTTCGAGTCCCTTC;SOR=0.699;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=89;WE=50287744;WS=50287726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,123:0.47:264
chr20	50287790	rs2255342	A	G	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=1201;ReadPosRankSum=1.074;SC=CCAGGTTCACACGCAAACTAG;SOR=0.653;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=75;TCR=99;TR=81;WE=50287798;WS=50287780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,117:0.46:254
chr20	50287925	rs2255358	A	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=824;ReadPosRankSum=1.806;SC=GCACACTGCCAGAGCTGAACG;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=37;WE=50287933;WS=50287915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr20	50290654	rs6091346	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=336;ReadPosRankSum=0.689;SC=GAGAAGAAGATGTCACGGCAG;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=34;WE=50290662;WS=50290644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,48:0.44:109
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chr20	50305824	rs45465399	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=0.461;SC=CGGCTCCACCATGAGGGGAGG;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=20;WE=50305832;WS=50305814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
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chr20	50329416	rs1205698	T	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=341;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TTCCCACACCTGCGGCCCGGG;SOR=0.686;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=29;WE=50329424;WS=50329406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr20	50329565	.	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=377;ReadPosRankSum=-2.241;SC=ACGTAGCATCGGATCTCCTCC;SOR=0.908;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=28;WE=50329573;WS=50329555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,58:0.42:139
chr20	50342285	rs1205708	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=558;ReadPosRankSum=0.722;SC=CCAGATGCCTAAGTGAGAGAA;SOR=0.523;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=38;WE=50342293;WS=50342275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr20	50342555	rs1205709	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=354;ReadPosRankSum=-1.364;SC=TGAATAACATCTAAAAACATT;SOR=1.385;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=18;WE=50342563;WS=50342545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr20	50346216	rs34915887	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.900;NF=18;NR=4;PP=428;ReadPosRankSum=-0.244;SC=CTCAGGAGGCGGAGGTTGCAG;SOR=1.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=22;WE=50346224;WS=50346210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr20	50384821	rs3746416	A	G	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr20	50405359	.	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.333;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=-1.080;SC=AAGACACCTGGTGCCTAGCCC;SOR=0.336;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=15;WE=50405367;WS=50405349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr20	50406500	.	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=0.388;SC=GTTCAACCCAGGCTCCTTTTT;SOR=0.963;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=10;WE=50406508;WS=50406490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr20	50407142	.	G	A	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GATGGGGCACGAATGCTGCGT;SOR=0.562;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=83;WE=50407150;WS=50407132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,100:0.50:199
chr20	50407162	rs6021437	T	C	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=957;ReadPosRankSum=1.653;SC=TCTTAATGGATGTGTTGGTTC;SOR=0.625;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=80;WE=50407170;WS=50407152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,103:0.49:212
chr20	50407502	rs6126344	A	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=468;ReadPosRankSum=1.634;SC=CCCAGGCTGCAGGTCACCGGG;SOR=0.705;Source=Platypus;TCF=32;TR=33;WE=50407510;WS=50407492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr20	50407966	rs13038893	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=249;ReadPosRankSum=0.898;SC=ATGTGTCTAGCGCCACAGTGG;SOR=0.994;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=20;WE=50407974;WS=50407956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr20	50408377	rs61737139	G	C	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=971;ReadPosRankSum=1.432;SC=AGATCTGCTCGAGGACCCACG;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=58;WE=50408385;WS=50408367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,82:0.44:185
chr20	50408482	rs6013281	A	G	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr20	50668746	rs201746789	CTTTATATTTATATA	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr20	50705211	rs2273382	A	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=335;ReadPosRankSum=0.545;SC=TCAAAGTTAAAGGTTTTTTGG;SOR=0.148;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=23;WE=50705219;WS=50705201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr20	50705584	rs973341	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=280;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GGCATCTCCCCCTAGGCTGTT;SOR=1.236;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=17;WE=50705592;WS=50705574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr20	50713652	rs10715971	TA	T	1226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.586;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.024;NF=18;NR=33;PP=533;ReadPosRankSum=-1.028;SC=CTGGCTGCCCTAAAAAAAAAA;SOR=0.454;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=51;WE=50713661;WS=50713642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,86:0.47:183
chr20	50713992	rs11309611	AT	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=1.457;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr20	50721106	rs62216874	G	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=572;ReadPosRankSum=2.695;SC=TCGGGCCTCCGGTGACCTCTC;SOR=0.179;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=30;WE=50721114;WS=50721096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr20	50721147	.	C	T	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=873;ReadPosRankSum=1.488;SC=CCCTGGGTCCCTGCGCTTCTG;SOR=0.640;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=45;WE=50721155;WS=50721137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,63:0.45:139
chr20	50734144	rs67451131	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=169;ReadPosRankSum=-3.497;SC=GGCGACAGAGCGAAACTCTGT;SOR=0.846;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=13;WE=50734152;WS=50734134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr20	50734238	rs67904269	T	C	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=33;PP=1051;SC=AAGTGCAGCATGGGTGTGGAC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=66;WE=50734246;WS=50734228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr20	50734331	rs62216888	T	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=258;ReadPosRankSum=0.139;SC=ATTTTATGATTATTATTCTTT;SOR=0.327;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=20;WE=50734339;WS=50734321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr20	50734367	rs2180366	T	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=415;SC=CCTCTGCTTGTTCTGTCACTC;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=50734375;WS=50734357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	50734398	rs8116847	G	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=1.882;SC=ACAGTGATGCGATCACAGCTC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=50734406;WS=50734388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr20	50768672	rs3838014	GT	G	580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=6;PP=483;SC=CACTCCTTTTGTTTTTTTAAG;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=18;WE=50768680;WS=50768662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	50769183	rs3746415	G	A	4735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=59;PP=2172;SC=TCACTGCAGCGGCGGCAGCCT;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=116;WE=50769191;WS=50769173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr20	50769379	rs3746414	C	T	6227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=76;PP=2817;SC=CTTACTCTCACTGTACTCACT;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=152;WE=50769387;WS=50769369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr20	50769549	rs3746413	A	G	6059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=69;PP=2733;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CCATGTCCCCATGGAACTTCT;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=153;WE=50769557;WS=50769539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr20	50770782	rs3787178	G	A	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=31;PP=1142;SC=GATGGCTTCCGGGATGGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=61;WE=50770790;WS=50770772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr20	50771635	rs1555328	C	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=16;PP=427;SC=ATAGTTATTACAGAGAAAAAA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=50771643;WS=50771625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	50775605	rs6021760	G	C	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=31;PP=1558;SC=GATCCCCAGGGAAATCTGAAA;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=76;WE=50775613;WS=50775595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	50777026	rs3818198	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=34;PP=935;SC=AGAATATTCCAAAAACCCTAA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=50777034;WS=50777016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	50781298	rs72411807	T	TAA	1556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.316;QD=26.84;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr20	50781725	rs6021770	G	A	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=32;PP=1107;SC=AAAGGACATCGGTGGGACACT;SOR=0.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=50781733;WS=50781715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	50782102	rs2038429	T	C	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=175;SC=GGAAAGAAAATTCTTACTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=50782110;WS=50782092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	50782303	rs6021771	A	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=556;SC=GTAGTTTGGAACACATCCATG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=50782311;WS=50782293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	50782343	rs6021772	C	A	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=12;PP=756;SC=TGAGGAGGAGCCCTGGAGCCT;SOR=1.217;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=50782351;WS=50782333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	50782608	rs2273472	G	T	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=18;PP=463;SC=ATAAATGCCCGCTAGCTATGG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=50782616;WS=50782598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	51802132	rs2010156	T	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.365;NF=18;NR=8;PP=362;ReadPosRankSum=1.315;SC=GCACTCCAGCTGGGGATACAG;SOR=0.780;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=26;WE=51802140;WS=51802122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr20	51871146	.	G	A	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1133;ReadPosRankSum=1.301;SC=TAAAGTGCATGGAGTGTGGGA;SOR=0.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=78;WE=51871154;WS=51871136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,121:0.53:229
chr20	51871477	.	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=883;ReadPosRankSum=2.147;SC=ACCTTTAGACCCTACAATCAA;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=52;WE=51871485;WS=51871467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,72:0.46:158
chr20	52185814	rs4602270	C	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=267;SC=CTAAGGAAAACAACATTTTTT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=52185822;WS=52185804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	52192595	rs61748378	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=283;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GCTGGCACTCCGATTACAGAA;SOR=1.243;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=19;WE=52192603;WS=52192585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr20	52192637	rs34323943	T	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=16;PP=766;SC=CCACGGGCTGTCGTTCTTGGC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=52192645;WS=52192627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	52193088	rs6063966	C	T	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=25;PP=974;SC=TTTTTATGAACGTCAGGATTG;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=52193096;WS=52193078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	52197948	rs143321989	GAGAC	G	2290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=12;PP=1219;SC=GGGAGACGGGGAGACAGACAG;SOR=1.747;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=23;WE=52197959;WS=52197938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	52557934	rs74179252	G	GGTGT	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.149;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr20	52561372	rs2072241	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=1.199;SC=TCAGAAGAATATATACATGGA;SOR=0.165;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=52561380;WS=52561362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr20	52583398	rs141808142	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=340;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TTCCCAGAAGCCGCTCTAGGT;SOR=1.264;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=24;WE=52583406;WS=52583388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr20	52611427	.	TAC	T	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=247;ReadPosRankSum=1.547;SC=ATAGATATGATACACACACAC;SOR=0.892;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=9;WE=52611438;WS=52611417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr20	52674537	.	A	AT	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
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chr20	52675188	rs394732	G	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=320;SC=TACACTACCTGGTAAGTCTCT;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=52675196;WS=52675178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	52774579	rs1570670	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.66;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr20	52774601	rs2274130	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=286;ReadPosRankSum=2.304;SC=TTTGTAAGGTATAGAATATAC;SOR=0.560;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=20;WE=52774609;WS=52774591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr20	52775528	rs2296239	C	T	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=609;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CTTTTAAATACGGCATATTCC;SOR=0.734;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=44;WE=52775536;WS=52775518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,84:0.52:162
chr20	52775728	rs2296240	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=1.340;SC=TATTAGCTGAAAAAAAGGTGA;SOR=1.885;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=12;WE=52775736;WS=52775718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr20	52781264	rs6013905	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=43;ReadPosRankSum=0.010;SC=CTGGGAGCAATGCCCGTACCC;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=6;WE=52781272;WS=52781254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr20	52782438	rs4809958	T	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=572;ReadPosRankSum=1.574;SC=TATGTTTAGCTGGTTATTAAA;SOR=0.999;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=37;WE=52782446;WS=52782428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr20	52786073	rs4809960	T	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=639;ReadPosRankSum=-0.316;SC=AAAAGAGCCATGTTTTATCCG;SOR=0.952;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=45;WE=52786081;WS=52786063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr20	52786219	rs2296241	G	A	6280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=80;PP=2550;SC=CCATAAAATCGGCCAAGACCT;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=137;WE=52786227;WS=52786209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr20	52788314	rs2259735	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr20	52789743	rs2248137	C	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=446;ReadPosRankSum=0.598;SC=GGGGACCCTCCCTGCCCAGAC;SOR=0.411;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=25;WE=52789751;WS=52789733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr20	52831705	rs1964861	G	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr20	52840695	rs377179188	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.231;NF=7;NR=4;PP=177;ReadPosRankSum=-0.404;SC=ACAGTGGTGGGAAAGAGGCAG;SOR=0.653;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=11;WE=52840703;WS=52840685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr20	52841011	rs13039589	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=1.207;SC=TAGTTGGGGTAGGCAAAAACA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=52841019;WS=52841001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr20	53205130	.	G	A	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=901;ReadPosRankSum=1.857;SC=TTTTGCTTGCGAATCAGGTTT;SOR=0.577;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=67;WE=53205138;WS=53205120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,115:0.49:236
chr20	53208380	.	TTG	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
chr20	53208447	.	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.270;SC=CATATGAGATCCAGCTGAAGT;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=16;WE=53208455;WS=53208437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr20	53259964	rs6064099	G	C	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=29;PP=1431;SC=CCCCAGTGTTGCTGACGCACA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=75;WE=53259972;WS=53259954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr20	54823779	rs13044293	G	T	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=11;PP=991;SC=AAACTCTAAGGCCAGATTGAA;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=54823787;WS=54823769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	54961463	rs1047972	T	C	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=26;PP=891;SC=TGCAAAGGAATGCGCTGGGAA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=54961471;WS=54961453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	54963149	rs67542863	C	CGACAAGACCAACCTCCATGTGGGTTTATAAATGTGAATGAGATTACAGATTATTCAATTTA	1332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=102.52;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	54974424	rs2426617	C	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=587;SC=GTATGTGAGACGTTGATGTTA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=54974432;WS=54974414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	55020923	.	C	T	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=2.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,110:0.48:228
chr20	55025762	rs6069753	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=-1.129;SC=GCTAAGGTGCGGTGTTATGAA;SOR=0.880;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=22;WE=55025770;WS=55025752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr20	55049641	.	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TATCAAATGTAAACGACTTTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=55049649;WS=55049637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr20	55059315	.	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=251;ReadPosRankSum=-3.478;SC=AGGGTCCTTTCCCTCCATTTG;SOR=0.684;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=18;WE=55059323;WS=55059305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr20	55108488	.	G	A	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.044;NF=39;NR=30;PP=935;ReadPosRankSum=-0.300;SC=GAAAACTAGCGAACCCCAGGG;SOR=0.828;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=128;TCF=66;TCR=62;TR=69;WE=55108496;WS=55108478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,107:0.56:190
chr20	55108617	rs3209183	C	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.102;NF=4;NR=20;PP=422;ReadPosRankSum=-1.834;SC=TGTGATACTGCAGTGTCAAAG;SOR=1.075;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=24;WE=55108625;WS=55108607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
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chr20	56064267	rs6099656	T	C	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=63;PP=1671;SC=CTGTGCAAGATGTCTACGATA;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=106;WE=56064275;WS=56064257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr20	56071296	rs11086611	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=489;SC=CCCCTCTCTCGCTCCTGCTTT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=56071304;WS=56071286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	56089869	.	G	GT	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=2.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.903;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,43:0.20:213
chr20	56098607	rs184873390	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-1.748;SC=AGTATTTGTACTGTCTTTAAT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=8;WE=56098615;WS=56098597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr20	56131053	rs17496809	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.271;SC=CATCCCTTCGGTGTTCCCGTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=56131061;WS=56131043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr20	56131387	rs117072392	ACG	CTT	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=746;ReadPosRankSum=0.529;SC=TTGGGAAAACACGGACCTTGA;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=11;WE=56131397;WS=56131377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr20	56137184	rs6070157	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr20	56137704	rs201796599	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=375;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GGTCGTGTTCGAAGTCCAAGG;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=26;WE=56137712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr20	56137895	rs707555	G	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=313;ReadPosRankSum=-0.027;SC=CCTGGAAGCAGTGGGCGATGG;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=20;WE=56137903;WS=56137885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr20	56138648	rs11552145	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=125;ReadPosRankSum=0.323;SC=CCCTGAGGGTGAGAAGAAGTA;SOR=0.352;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=11;WE=56138656;WS=56138638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr20	56139403	rs2070756	T	C	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.592;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=766;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TAGCTTCAGGTGTCACCATCA;SOR=0.960;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=64;WE=56139411;WS=56139393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,88:0.54:164
chr20	56139967	rs1023049	C	T	145.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.7346;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=0.140;SC=GCTTGGTGAACGCAAAACTAG;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=56139975;WS=56139957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr20	56179422	rs6064572	C	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=338;ReadPosRankSum=1.348;SC=CCCAAGGCAACTCCCTGTCAT;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=26;WE=56179430;WS=56179412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr20	56179586	rs6123710	G	A	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=715;ReadPosRankSum=0.798;SC=CCTAGCATGCGCCCACCCCCA;SOR=0.783;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=46;WE=56179594;WS=56179576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,79:0.54:146
chr20	56179875	rs8118279	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=60;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TGGCCTGGGCATTTCCACAGG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=56179883;WS=56179865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr20	56182183	rs4811888	G	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=202;ReadPosRankSum=-0.550;SC=AGATGGATCTGGGCAAAGTAA;SOR=0.704;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=16;WE=56182191;WS=56182173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr20	56182296	rs6123711	A	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=1.394;SC=AGTCTGGAAGAAGTTGATTCC;SOR=0.874;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=16;WE=56182304;WS=56182286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr20	56186884	rs2865394	T	C	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=39;PP=1388;SC=CAGTATGGACTGCTCCATGTG;SOR=0.736;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=82;WE=56186892;WS=56186874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr20	56190634	rs2073145	C	T	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	56191172	rs11468882	CAG	C	5346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=36;PP=2973;SC=AACCAAGGCACAGAGAGAGGA;SOR=1.162;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=67;WE=56191181;WS=56191162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr20	56227141	.	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.652;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
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chr20	56726107	rs6070358	C	T	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=55;PP=1876;SC=TGGGATCGGGCAACGCGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=109;WE=56726115;WS=56726097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr20	56735727	.	C	T	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,68:0.54:127
chr20	56793546	rs583987	A	G	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=13;PP=575;SC=CGTTCCCACCAGGAGCTAATG;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=56793554;WS=56793536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr20	56793717	.	G	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=264;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GTGTGCAATGGAGATGGGGGT;SOR=0.864;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=25;WE=56793725;WS=56793696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,45:0.33:135
chr20	56793764	rs1192511	G	A	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=41;PP=1121;SC=TGGAGGCCCCGTGCTGGAGCA;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=56793772;WS=56793754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	56793889	.	G	A	355.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr20	56798017	rs573485	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=0.265;SC=GAAACTGTTATTCACATATCC;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=56798025;WS=56798007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr20	56803353	rs1192514	C	T	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=624;ReadPosRankSum=0.936;SC=CTTTGAGCTCCCGCACGGTCA;SOR=0.618;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=42;WE=56803361;WS=56803343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,84:0.47:178
chr20	56806821	rs586193	A	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr20	56807969	rs3818744	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=163;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CAAAGAAGTCATTTCAGAATC;SOR=0.612;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=14;WE=56807977;WS=56807959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr20	56809652	rs619838	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr20	56810446	rs633276	A	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=415;ReadPosRankSum=0.558;SC=AAAAACATCAAAAGAGCACAT;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=29;WE=56810454;WS=56810436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
chr20	56810484	rs503900	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=0.629;SC=ATTTGAATTACGAATACTACT;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=19;WE=56810492;WS=56810474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr20	56811400	rs474212	C	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=473;SC=GGCAAAAAAACAAAATTATTG;SOR=1.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=56811408;WS=56811390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	56813472	rs678936	G	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TCACTGGCAAGAACTTTTGCA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=56813480;WS=56813462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr20	56814195	rs3831236	A	AC	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=0.913;SC=AGAAAGCTAAAAACTGCATTG;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=56814203;WS=56814185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr20	56814892	rs614507	G	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.603;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr20	56815878	rs514706	A	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TTTTAAGTGCAAAGGAAAATT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=56815886;WS=56815868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr20	56820702	rs595292	G	T	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=12;PP=1023;SC=CCTCTCAATGGGTATACAGTG;SOR=1.819;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=52;WE=56820710;WS=56820692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	56820880	rs3746406	C	T	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=704;ReadPosRankSum=-1.441;SC=CTGCAAGCTACCAAGGACTTT;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=51;WE=56820888;WS=56820870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,80:0.51:158
chr20	56821127	rs3746405	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;ReadPosRankSum=1.940;SC=AGCTTTGAGCAGGCGCTGGTC;SOR=0.579;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=18;WE=56821135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr20	56822236	rs1541117	C	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TTACTTTTTGCTTCTTTACAT;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=5;WE=56822244;WS=56822226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr20	56822536	rs4811972	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TGAAGGGGCCGAGGGACTGGA;SOR=1.230;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=56822544;WS=56822526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr20	56823390	rs11471230	GTTTT	G	48.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.43;MQRankSum=-0.955;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.586;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr20	56823391	.	TTTTTTTTATTTA	T	274.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.955;NF=1;NR=13;PP=1487;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GCAGAACCTGTTTTTTTTATT;SOR=0.293;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=14;WE=56823410;WS=56823381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
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chr20	56846580	rs6015238	T	A	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr20	56884186	rs483569	T	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=0.535;SC=CGACAAGGAGTGCCTGGCTTG;SOR=0.111;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=9;WE=56884194;WS=56884176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr20	56886062	rs542165	A	G	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.759;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,62:0.38:165
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chr20	57045765	rs3946003	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=-0.590;SC=CAGCGCAGGCAGCTGCCCCCG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=20;WE=57045777;WS=57045755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr20	57242746	rs149945005	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-0.974;SC=AATTTGGCTACACTTGAATGT;SOR=1.473;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=57242754;WS=57242736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr20	57275949	rs6070554	A	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=5;PP=721;SC=GGCAGGGAGCACCAGGCTCAG;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=57275957;WS=57275939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	57288422	rs56241559	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=172;ReadPosRankSum=-0.574;SC=AAGGGGCTCATGCCAGTGTCC;SOR=0.910;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=15;WE=57288430;WS=57288412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr20	57289017	rs35104993	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=334;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TCACCAACAGCGCTGAGTGGG;SOR=0.361;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=25;WE=57289025;WS=57289007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr20	57290347	rs6026468	C	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr20	57292717	rs78774012	C	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=218;ReadPosRankSum=0.870;SC=TGAGGGCACACAGGGCTGCAC;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=15;WE=57292725;WS=57292707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr20	57293089	rs6026470	A	G	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=668;ReadPosRankSum=0.286;SC=GGCCTGGGAGAGGACCCAGAT;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=49;WE=57293097;WS=57293079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,61:0.37:167
chr20	57293118	rs2426777	T	C	3261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.959;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.05;MQRankSum=1.118;NF=33;NR=24;PP=2515;ReadPosRankSum=-1.036;SC=CCAGAACTGATGGAAAATCTC;SOR=0.861;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=57;WE=57293132;WS=57293108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,88:0.45:196
chr20	57293124	rs10470038	A	AG	3263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.142;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.935;NF=17;NR=23;PP=2519;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CTGATGGAAAATCTCTCCCCA;SOR=0.899;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=40;WE=57293132;WS=57293108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,88:0.45:196
chr20	57293305	rs16982252	G	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=755;ReadPosRankSum=1.447;SC=ATGGTCACCTGACTCTCAGGA;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=49;WE=57293313;WS=57293295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr20	57299003	.	A	AGAG	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.302;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr20	57415110	rs1800900	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=6;PP=721;SC=CTTCGGAGCCACTCTCTGCAG;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=57415118;WS=57415100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	57415995	rs1800905	A	G	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=38;PP=1146;SC=GGAGCAGCGCAGGTGGAAAGG;SOR=1.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=57416003;WS=57415985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	57474720	rs35714680	GCA	G	347.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=214;SC=ACACACACACGCACACACATG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=57474729;WS=57474710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	57475191	rs13831	A	G	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=124;SC=ACGAAAAATGAACTGAAATCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=57475199;WS=57475181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	57478807	rs7121	C	T	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=60;PP=1889;SC=TGGACTACATCCTGAGTGTGA;SOR=1.074;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=96;WE=57478815;WS=57478797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr20	57484363	rs1004902	G	A	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=781;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TTACTGTTTCGGTTGGCTTTG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=56;WE=57484371;WS=57484353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,74:0.47:159
chr20	57556295	rs151333	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=2.326;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr20	57565943	rs163782	G	C	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=870;ReadPosRankSum=-1.799;SC=TAGTAACGGGGTCTATGGTTT;SOR=0.578;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=51;WE=57565951;WS=57565933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,70:0.56:125
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chr20	57570568	rs13720	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=240;ReadPosRankSum=-0.095;SC=CGCAGCCAGTGCCACGCTGTC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=13;WE=57570576;WS=57570558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr20	57571763	rs9760	A	G	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=3.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,127:0.48:265
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chr20	57572675	rs163785	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=315;SC=GACCATTTGCATAGATTTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=57572683;WS=57572665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	57582285	rs71181993	C	CCGGCCT	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=0.088;SC=GGCCTCGGCCCAGCACCCGGC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=3;WE=57582293;WS=57582275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr20	57599016	rs163777	T	G	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=29;PP=1847;SC=TGTCGGACACTGTGGTGGAGC;SOR=1.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=96;WE=57599024;WS=57599006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr20	57612390	rs151359	C	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=159;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CTTACCAAGTCTATCAATATT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=12;WE=57612398;WS=57612380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr20	57613704	.	CAAA	C	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-2.072;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr20	57766254	.	C	T	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,103:0.50:206
chr20	57767043	rs259984	G	C	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=632;ReadPosRankSum=-1.128;SC=CGACGGCAGCGGAGAAGCCCT;SOR=1.020;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=47;WE=57767051;WS=57767033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,67:0.55:122
chr20	57768311	.	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=400;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GGCAGTAGGAGCCCCCTGGTC;SOR=0.862;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=34;WE=57768319;WS=57768301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,62:0.46:136
chr20	57768399	rs442091	T	C	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=590;ReadPosRankSum=-0.177;SC=ATGTAGAGGCTCCCAGGCCAG;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=33;WE=57768407;WS=57768389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr20	57768417	rs61743781	G	A	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=510;ReadPosRankSum=0.514;SC=CAGTTTGGCCGGACCCCAAGC;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=31;WE=57768425;WS=57768407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr20	57768648	.	G	A	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.45;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr20	57768655	rs61743779	G	A	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.26;ReadPosRankSum=1.190;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr20	57769854	rs454356	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=256;ReadPosRankSum=2.475;SC=TTGAGAGAGCATGTTGTTATC;SOR=1.514;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=17;WE=57769862;WS=57769844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr20	57771181	rs116082248	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=1.003;SC=TTAGAGCTTCATGATTAAAGG;SOR=1.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=57771189;WS=57771171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr20	57828183	.	G	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,58:0.55:106
chr20	57828923	rs259957	A	C	78.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr20	57829301	rs259956	T	C	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=48;PP=1936;SC=CAGTGCTGAATCACGAGACCA;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=97;WE=57829309;WS=57829291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr20	57829821	rs3041675	C	CTT	2066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=21;PP=1153;SC=AACATGGTGTCTGGTCAAAAA;SOR=1.802;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=23;WE=57829829;WS=57829811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	58330128	rs1182477	G	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=-1.329;SC=AGAGGGGTGGGGGACCACCCA;SOR=1.104;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=12;WE=58330136;WS=58330118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr20	58342130	rs2426831	T	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=358;SC=AGGTCACTGCTCTGTATGCTC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=58342138;WS=58342120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	58411441	rs2426849	T	C	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=80;SC=TTTCTCTCCTTCCAATTTTGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=58411449;WS=58411431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	58425413	rs2865768	C	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	58476942	rs77773857	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=0.319;SC=AGACATGGATGTAGCAGATTA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=58476950;WS=58476932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr20	58571125	rs3746711	G	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-2.739;SC=TGGTCTGTAGGGGTGTCCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=58571133;WS=58571115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr20	58576349	rs41310819	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=276;ReadPosRankSum=-0.818;SC=TTGTTTCCAGCTGGAGAGAAA;SOR=0.744;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=26;WE=58576357;WS=58576339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr20	58578068	rs6123961	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.224;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr20	58644995	rs6071100	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=330;ReadPosRankSum=1.490;SC=GAGGCTCTTCTGGGGCCAGCC;SOR=0.646;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=21;WE=58645003;WS=58644985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr20	58883399	rs11408280	A	AT	1566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.011;NF=18;NR=13;PP=1186;ReadPosRankSum=0.284;SC=GGACCGGGAAACAGATGCTTA;SOR=0.934;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=31;WE=58883407;WS=58883389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr20	58883516	rs6513495	A	G	3863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.04;MQRankSum=1.136;NF=40;NR=45;PP=1175;ReadPosRankSum=0.673;SC=CAGCCAGGACAGTTCAGAAGC;SOR=0.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=183;TCF=91;TCR=92;TR=85;WE=58883524;WS=58883506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,110:0.44:250
chr20	58883534	rs6513496	T	C	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.187;NF=37;NR=42;PP=1159;ReadPosRankSum=0.880;SC=AGCCTGGAGATCAGGAGTCTG;SOR=0.700;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=176;TCF=89;TCR=87;TR=79;WE=58883542;WS=58883524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,98:0.42:234
chr20	58883605	rs6513497	T	G	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=866;ReadPosRankSum=-0.019;SC=CAGCTGCCTCTGAGGCCTCAG;SOR=0.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=149;TCF=67;TCR=82;TR=66;WE=58883613;WS=58883595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,87:0.44:197
chr20	58883675	rs6027486	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=585;ReadPosRankSum=0.954;SC=AACAGCAGCCCAGGGTCCTGC;SOR=0.590;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=42;WE=58883683;WS=58883665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,53:0.42:125
chr20	58883730	rs6027487	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=7.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.20;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr20	58883730	.	TCT	CCC	878	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=11;NR=16;PP=878;QD=34.4988101801;SC=CAGGAGGTGATCTTACCTACC;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=27;WE=58883740;WS=58883720;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,27:0.54:50
chr20	58883732	rs6027488	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.96;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr20	59091946	rs6064934	A	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AAAACACATAAAATTATATTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=59091954;WS=59091936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr20	59224926	rs846222	C	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=327;SC=GCTGGTGCTACTCTAAGAAAC;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=59224934;WS=59224916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	59431577	rs11468910	TACAC	T	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.41;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	59793696	.	G	A	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,91:0.49:185
chr20	59827498	.	TCGG	T	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr20	59829847	rs3752252	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.396;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr20	59908320	.	TACACAC	T,TAC	3497.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;QD=39.30;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,17,72:0.19,0.81:89
chr20	59908349	rs11086735	A	G	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=40;PP=1224;SC=ACACATGCACACACACCTGCA;SOR=1.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=59908357;WS=59908339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	59908377	rs11908491	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=430;ReadPosRankSum=2.509;SC=GCTGGCAAGTTTCTCTTTTTC;SOR=0.375;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=22;WE=59908385;WS=59908367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr20	60145672	rs2252560	T	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=322;ReadPosRankSum=0.612;SC=CCTGGTGTGTTTGGGAATGGG;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=19;WE=60145680;WS=60145662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr20	60293919	rs2892179	C	A	7676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=100;PP=2965;SC=TTCACTGTTCCTGCTGTCAGG;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=94;TCR=100;TR=194;WE=60293927;WS=60293909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr20	60294246	rs11440327	A	AT	1161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.581;HP=11;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.535;NF=3;NR=37;PP=521;ReadPosRankSum=-0.086;SC=CTAATCAGAGATTTTTTTTTT;SOR=1.130;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=40;WE=60294254;WS=60294236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,62:0.90:69
chr20	60318561	rs2297193	T	C	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=943;ReadPosRankSum=1.187;SC=GTTGCTGCCATTGTTACCGCC;SOR=0.786;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=103;TCF=74;TCR=29;TR=61;WE=60318569;WS=60318551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,70:0.55:127
chr20	60485327	rs1776237	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=1;PP=346;SC=TGGGCTGACACGGTGTGTTCT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=60485335;WS=60485317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	60485497	.	A	G	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,69:0.49:140
chr20	60485627	rs2427240	C	T	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=49;PP=1296;SC=TCCGCACAGACCCCGTAACCA;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=60485635;WS=60485617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	60572663	rs2296081	C	A	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=22;PP=865;SC=TGGGCCCGATCGCTGCTAGTG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=60572671;WS=60572653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	60573983	rs2296082	A	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=0;PP=209;SC=TGAGCTCATCAGGTTGTGGCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=60573991;WS=60573973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	60574216	rs2296083	C	T	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=17;PP=452;SC=GCCCAGCAAGCAAAGGGGTTG;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=60574224;WS=60574206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	60582540	rs2281735	T	A	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=11;PP=729;SC=GCACACTTGGTGCATCTGCGC;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=60582548;WS=60582530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr20	60640095	.	G	A	87.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	60640305	.	TGCCAGG	T	113	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=21;MQ=65.19;NF=0;NR=4;PP=113;QD=33.75;SC=CCGGCGGGCTTGCCAGGGCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=60640318;WS=60640295;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	60704117	rs4925345	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=392;SC=TTTCCTCCTGATTCAGAGGGC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=60704125;WS=60704107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	60706367	rs75003636	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=104;ReadPosRankSum=-1.005;SC=AAGGCTGTGCGCTCTGCCCCT;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=60706375;WS=60706357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr20	60708216	rs6089657	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=7;PP=632;SC=CAGAGCTGACGGGGCCGCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=60708224;WS=60708206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	60709530	rs11477488	CT	C	191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr20	60712174	rs3078903	CAGCAGT	C	176.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=185;SC=AAGTATTAAGCAGCAGTAGCA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=60712187;WS=60712164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	60712284	rs2057169	G	A	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=3;PP=505;SC=GACGTATGGGGAGCCTCAGAA;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=60712292;WS=60712274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	60712347	rs2057168	G	A	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=23;PP=2135;SC=GTTTCCTTCGGAACTGGTACT;SOR=2.163;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=79;TCR=23;TR=102;WE=60712355;WS=60712337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	60712511	rs2281740	A	G	6509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=91;PP=2837;SC=AGGAGCATTAACCACCTTTCC;SOR=1.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=48;TCR=91;TR=138;WE=60712519;WS=60712501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr20	60713311	rs7076	G	A	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=52;PP=1599;SC=CCAGGAACTCGCGCACTGACT;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=89;WE=60713319;WS=60713301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr20	60713332	rs1135961	A	G	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=43;PP=1501;SC=TGGCACCCCGACCTATGGCAT;SOR=1.008;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=60713340;WS=60713322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	60714156	.	G	A	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=795;ReadPosRankSum=-1.495;SC=TGTGCCCGAGGGGTCAGTCTG;SOR=0.786;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=52;WE=60714164;WS=60714146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,78:0.51:152
chr20	60718420	rs3746651	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	60768497	rs2236527	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr20	60773041	rs6062140	G	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=438;ReadPosRankSum=-1.421;SC=GAGACTGCCGGACCTGGCCCT;SOR=1.197;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=22;WE=60773049;WS=60773031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr20	60773684	rs4925355	C	T	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=12;PP=1153;SC=GCCTGCTGTTCCCCAGGTCCC;SOR=1.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=60773692;WS=60773674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	60774035	rs6142990	A	G	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=618;ReadPosRankSum=0.836;SC=CCATCAGTACACTGCTGACTT;SOR=0.834;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=38;WE=60774043;WS=60774025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr20	60776016	.	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=347;ReadPosRankSum=-1.222;SC=AGGAGGTCATCGTGCTGTCGG;SOR=1.056;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=26;WE=60776024;WS=60776006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
chr20	60790560	.	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=623;ReadPosRankSum=1.909;SC=GAAGAGGGGTGAAAGGGCCAG;SOR=1.172;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=41;WE=60790568;WS=60790550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr20	60791404	rs3787429	C	T	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=20;PP=663;SC=GCTTCTCCAGCGAGGCCGAGG;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=60791412;WS=60791394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	60791422	rs3787430	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=227;ReadPosRankSum=-1.107;SC=AGGACGCCGACGGCTTGGAGC;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=16;WE=60791430;WS=60791412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr20	60791600	.	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=165;ReadPosRankSum=0.100;SC=CATGGCCTCCCCGTGCCCCTT;SOR=0.622;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=12;WE=60791608;WS=60791590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr20	60792029	rs1739583	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=-1.545;SC=GGAATATTGGGCTGGGTGCGC;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=16;WE=60792037;WS=60792019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr20	60808026	rs6089695	C	T	5716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=77;PP=2877;SC=AAACCCATGGCGCCACCCTCA;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=162;WE=60808034;WS=60808016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr20	60831300	rs6089706	G	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=334;SC=AGAACCAACTGGGGACGTACT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=60831308;WS=60831290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	60848248	rs6061476	G	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=282;SC=AACTGAAAACGCACACGGAAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=60848256;WS=60848247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	60848348	rs2236526	C	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=13;PP=764;SC=CCTGTCCCCCCCGTGGATTAT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=60848356;WS=60848338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	60857034	rs2274938	G	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=440;SC=CTACGTGCATGAGACGCGGGT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=60857042;WS=60857024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	60859381	rs4925225	A	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=16;PP=470;SC=GATGAACCATATATTGTGGGT;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=60859389;WS=60859371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	60859430	.	ATT	A	301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.21;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr20	60859486	rs4925226	A	G	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=282;SC=AGGCTGGAGTACAGTGGTGCA;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=60859494;WS=60859476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	60864390	rs3746657	C	T	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=17;PP=452;SC=AACATGGGTGCGTCCACGCAG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=60864398;WS=60864380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	60866735	rs113771708	C	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr20	60881330	rs2427273	G	A	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=37;PP=1511;SC=TGCCTGGGGCGCTGGGGGCCA;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=82;WE=60881338;WS=60881320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr20	60881643	rs2427274	T	C	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=216;SC=GCGCAGGCAGTGCGGTGGGGC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=60881651;WS=60881633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	60881780	rs2427275	T	C	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=22;PP=927;SC=CAGCCGGCCTTGGAGGACTGG;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=60881788;WS=60881770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	60882277	rs2427277	C	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	60882888	rs2427278	A	G	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=59;PP=1991;SC=CAGCAAGGTAACGTGTGCTGT;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=87;WE=60882896;WS=60882878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr20	60884695	.	T	TGGGGGGGTGGGAGGGGGTGGG	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.12;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr20	60885142	rs2379129	C	A	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=485;ReadPosRankSum=1.045;SC=CAGGACCTGGCGGGGTAGGAA;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=33;WE=60885150;WS=60885132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,48:0.48:100
chr20	60885448	rs944897	A	G	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=46;PP=1556;SC=TGCCCTGCTGAGGCCTGGGAT;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=90;WE=60885456;WS=60885438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr20	60886611	rs2297590	C	T	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=53;PP=1731;SC=GGCGGGCAGGCGGTCAGCAGC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=96;WE=60886619;WS=60886601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr20	60887581	rs944895	G	A	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=851;ReadPosRankSum=0.492;SC=GGGAAGAGCCGTCGCAGGCTG;SOR=0.667;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=62;WE=60887589;WS=60887571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,85:0.51:167
chr20	60888126	rs34599904	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.209;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=409;ReadPosRankSum=-0.618;SC=GATGGCAGGACGGGTGTGCCT;SOR=0.656;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=35;WE=60888134;WS=60888116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr20	60890375	rs6062210	C	T	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=155;SC=CCCTATGGATCGTGTGAGACC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=60890383;WS=60890365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	60891288	rs2065578	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=530;SC=GTCTCAGCGTAGCCTCTGTTC;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=60891296;WS=60891278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	60892100	rs13038400	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=-0.050;SC=AGGGAGGGTCGAAGGAGTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=6;WE=60892108;WS=60892090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr20	60892116	rs2236521	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=1.119;SC=GTGGGTAAGCGCAGACGCCCT;SOR=0.740;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=11;WE=60892124;WS=60892106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr20	60892526	rs2427281	A	G	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=43;PP=1461;SC=TCCGAGCCCCATCCAGGCTGG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=87;WE=60892534;WS=60892516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr20	60892692	rs6062216	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.352;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=291;ReadPosRankSum=0.029;SC=GATGGGGTGGCGACAGGGGCC;SOR=1.473;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=16;WE=60892700;WS=60892682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr20	60893387	rs183361685	A	G	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	60895697	rs2297587	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr20	60895738	rs6089346	A	G	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=27;PP=992;SC=GTGGGAGGCGAAAGGTGAAGG;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=60895746;WS=60895728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	60897071	rs2274936	A	G	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=895;ReadPosRankSum=1.191;SC=TGTTGAGGACACACCTTCACA;SOR=0.375;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=48;WE=60897079;WS=60897061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr20	60897487	rs2274934	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=367;ReadPosRankSum=-1.204;SC=CCGCAGCCATCGAAACCAAAA;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=24;WE=60897495;WS=60897477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr20	60897772	rs6143021	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=190;ReadPosRankSum=-0.805;SC=GTGCCCGCTGTGGGGGTCGCA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=17;WE=60897780;WS=60897762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr20	60898505	rs2379128	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=4.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=2.016;SC=CCCAGCCCGACGCCTACGGGT;SOR=1.863;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=9;WE=60898513;WS=60898495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr20	60898654	rs11696243	G	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=280;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TGGGGTCACCGTTGCCGCTGC;SOR=0.723;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=24;WE=60898662;WS=60898644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
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chr20	60901762	rs11699758	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=242;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CCACGGTGAACGTGGCCAGGC;SOR=0.247;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=19;WE=60901770;WS=60901752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr20	60901932	rs45496002	C	T	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,113:0.42:267
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chr20	60902214	rs944894	G	A	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=8;PP=522;SC=GACAGACCCCGCTCCTGGCTC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=60902222;WS=60902204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	60902402	rs13039398	G	A	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=1059;ReadPosRankSum=0.238;SC=CCTGGCTGCCGCTCGTGGGGC;SOR=0.416;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=147;TCF=85;TCR=62;TR=76;WE=60902410;WS=60902392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,112:0.52:215
chr20	60902490	rs944892	C	T	11503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=153;NR=129;PP=2965;SC=TGGCTGCACACGGGTGGATGC;SOR=0.786;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=285;TCF=156;TCR=129;TR=282;WE=60902498;WS=60902480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr20	60902544	rs944891	A	C	12799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=142;NR=153;PP=2965;SC=CCCACCTAAGACCTCCCCGAG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=144;TCR=153;TR=295;WE=60902552;WS=60902534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr20	60902883	rs4925375	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=352;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CTGATGAGGCCGGAGGGAGAG;SOR=0.747;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=26;WE=60902891;WS=60902873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr20	60903419	rs7262393	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=213;ReadPosRankSum=0.771;SC=GCTGGCACAGCAGGCAGTCGG;SOR=0.857;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=19;WE=60903427;WS=60903409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr20	60904421	rs3065756	GCAGCC	G	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=238;ReadPosRankSum=-2.023;SC=CCTGGCAGCAGCAGCCCAGCC;SOR=0.141;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=6;WE=60904433;WS=60904411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr20	60904853	rs2427286	T	C	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=53;PP=1639;SC=CACCGGCCCTTGGGCACACGC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=60904861;WS=60904843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr20	60905528	.	C	A	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=289;ReadPosRankSum=0.352;SC=CTCCACCCCCCACACCAGACA;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=20;WE=60905536;WS=60905518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr20	60905717	rs2095235	T	C	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=51;PP=1447;SC=GAGCCCCTGCTGCCCCCTGGA;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=98;WE=60905725;WS=60905707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr20	60905878	rs3810548	A	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=27;PP=892;SC=AGCTGGGGACATGGCTGGAGT;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=60905886;WS=60905868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	60906055	rs73613564	C	T	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=574;ReadPosRankSum=0.498;SC=GGCCCTCGGCCGCGCCCCTCC;SOR=1.071;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=41;WE=60906063;WS=60906045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,75:0.54:138
chr20	60906269	rs35653162	C	T	178.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.16;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,8:0.44:18
chr20	60907446	rs2151513	T	C	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	60907675	rs6142734	G	A	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=43;PP=1652;SC=GGGTGTGCACGGCCACGCCCA;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=94;WE=60907683;WS=60907665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr20	60908882	rs12481057	G	A	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=3;PP=1073;SC=GGAAGGTGGCGGGGCTTGGGA;SOR=3.797;Source=Platypus;TCF=42;TR=45;WE=60908900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	60908892	rs141833594	A	AGTGGG	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.622;NF=21;NR=0;PP=900;ReadPosRankSum=-0.347;SC=GGGGCTTGGGAGTGGGGTGGG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TR=21;WE=60908900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr20	60908908	.	G	GTGGGC	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5022;FS=3.078;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.816;NF=17;NR=0;PP=934;ReadPosRankSum=2.067;SC=GTGGGGTGGGGTGGGCTGGGC;SOR=2.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=17;WE=60908916;WS=60908898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr20	60908964	rs13044266	G	A	6301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=45.01;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr20	60908969	rs13042941	T	C	6437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=43.50;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr20	60909060	rs13038331	A	G	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=61;PP=2223;SC=AGAAAAGGTCAGGGGAGGTCA;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=120;WE=60909068;WS=60909050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr20	60909466	rs2379127	G	A	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=154;SC=GCGGCCCCGGGTCTCCAGGGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=60909474;WS=60909456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	60909518	rs1105019	G	T	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=176;SC=GACACGGAGAGGCCCGGAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=60909526;WS=60909508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr20	60911958	rs2890083	G	A	3513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-2.161;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,181:0.53:343
chr20	60912683	rs2427289	T	C	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=45;PP=1648;SC=CGGGCACACATGTGTCACACC;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=97;WE=60912691;WS=60912673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr20	60913085	.	G	A	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=714;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GGCAGTTGGGGAAACCATGGT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=48;WE=60913093;WS=60913075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,70:0.52:135
chr20	60913127	rs8124907	A	G	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,66:0.43:154
chr20	60913495	rs2151512	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=621;ReadPosRankSum=-1.813;SC=CGAGCGCAGGTAGAGGTTGAG;SOR=0.714;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=38;WE=60913503;WS=60913485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,52:0.46:114
chr20	60917294	rs4925380	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=-0.782;SC=AGGAGGCAGAGGTTGAAGTGA;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=10;WE=60917302;WS=60917284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr20	60920545	rs6143034	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=0.889;SC=TCACTGCAGCTTCGGCCTTCC;SOR=0.883;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=10;WE=60920553;WS=60920537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr20	60920624	rs4925385	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CACTACACCCAGCTAATTTTT;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=12;WE=60920632;WS=60920614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr20	60920700	rs6143035	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr20	60920887	rs11204472	G	A	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,44:0.38:116
chr20	60921044	rs4925386	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=420;ReadPosRankSum=0.720;SC=CAGGATAACATGGTCCATCCC;SOR=0.531;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=30;WE=60921052;WS=60921034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr20	60921643	rs4925229	T	C	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=39;PP=1968;SC=TTGACGCCGGTGGTGTGGTGC;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=98;WE=60921651;WS=60921633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr20	60921701	rs4925387	A	G	7627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=64;PP=2488;SC=GCCCCACCTCAGGGCCAGCCC;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=140;WE=60921709;WS=60921691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr20	60921721	rs6143036	C	A	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1001;ReadPosRankSum=-1.489;SC=CATTCCCAGCCCTCTAGCCCA;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=81;TCR=70;TR=77;WE=60921729;WS=60921711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,131:0.53:248
chr20	60921896	rs4925388	A	G	4565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=73;PP=2277;SC=CGCCCTCCACAGGCCCGGGCA;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=130;WE=60921904;WS=60921886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr20	60926828	rs62204553	G	A	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=476;ReadPosRankSum=1.276;SC=AGCGGCCTCCGATGCTGATAT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=33;WE=60926836;WS=60926818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,64:0.56:115
chr20	60927257	rs2427294	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=9.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-2.046;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr20	60927349	rs483876	C	T	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=46;PP=1603;SC=TGCAGATGGCCGCGTCGTCCC;SOR=0.705;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=96;WE=60927357;WS=60927339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr20	60927412	rs624313	G	A	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=792;ReadPosRankSum=-0.457;SC=AGTCCCTCTTGGAGGCTGCGG;SOR=0.815;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=53;WE=60927420;WS=60927402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,85:0.46:185
chr20	60927431	rs2427295	G	A	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=670;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GGGGAATGGCGGGAGGGGAGG;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=47;WE=60927439;WS=60927421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,88:0.56:158
chr20	60927475	rs2427296	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr20	60927482	rs482220	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=1048;ReadPosRankSum=0.342;SC=CGCGGTGCCCGGGCCCCTTGA;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=26;WE=60927490;WS=60927465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr20	60927538	rs623834	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=396;ReadPosRankSum=1.110;SC=CAAGAGGCCGCGTGACAGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=11;WE=60927559;WS=60927528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr20	60927551	rs482010	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=396;ReadPosRankSum=-0.642;SC=GACAGAGACCACAGCTCACTG;SOR=0.412;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=60927559;WS=60927528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr20	60963055	rs911077	T	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GGTGCCTGAGTAGATCTGCTG;SOR=0.707;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=22;WE=60963063;WS=60963045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
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chr20	60971327	rs748037	A	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=423;ReadPosRankSum=0.801;SC=CCGTGGGCTTATGGAGACCAC;SOR=1.176;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=24;WE=60971335;WS=60971317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
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chr20	60988411	.	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-1.221;SC=CTCTCCGTGGGGAAAACACCT;SOR=1.508;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=60988419;WS=60988401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr20	60989185	rs10888228	C	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=521;ReadPosRankSum=-0.958;SC=AGGCCTGCTGCGGCCAGAGCT;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=45;WE=60989193;WS=60989175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,68:0.58:118
chr20	60989365	rs3810553	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=372;ReadPosRankSum=-0.344;SC=AGGCGAAGGTCCTGCATGCCC;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=22;WE=60989373;WS=60989355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr20	60990075	rs911078	T	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr20	60990162	rs62196317	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr20	60990170	rs911079	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=261;ReadPosRankSum=1.107;SC=GTGGGGCAGGCGGGCACCTGT;SOR=0.569;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=8;WE=60990178;WS=60990152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr20	60990312	.	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=74;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GGCAATGGTCCCGTGCAGCTG;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=60990320;WS=60990302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr20	60990606	rs3810554	A	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=0.514;SC=CCAGCTGCACATGGTGGGCTC;SOR=1.911;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=6;WE=60990614;WS=60990596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr20	60992168	.	G	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr20	61039958	rs6061550	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=224;ReadPosRankSum=1.477;SC=CCTGGGGGCTTGGGGCCGTGG;SOR=0.846;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=17;WE=61039966;WS=61039948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr20	61040041	.	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=0.449;SC=TCCTCCTGGCCAGAGGCCTGC;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=8;WE=61040049;WS=61040031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr20	61040453	rs6061243	C	G	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=18;PP=594;SC=GCTTGGCTTTCGAAGTGGCTG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=61040461;WS=61040443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	61040951	rs6587239	C	T	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=33;PP=916;SC=GGATGCTTTCCTTCTTCATAG;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=44;WE=61040959;WS=61040941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	61041653	rs6061244	G	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr20	61048549	rs41305803	G	A	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=48;PP=2434;SC=GGCCGGTGCCGTCTCGGCGCC;SOR=1.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=80;TCR=48;TR=128;WE=61048557;WS=61048539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr20	61143364	rs12625668	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=241;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CAAGGGTCCATCTCAGGGTGT;SOR=0.681;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=18;WE=61143372;WS=61143354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr20	61143487	rs3934574	T	C	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=850;ReadPosRankSum=1.446;SC=AGACCCCGAATCCACGGCTGT;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=58;WE=61143495;WS=61143477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,92:0.40:230
chr20	61143945	rs3934573	T	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-1.222;SC=GCCTCTGCGTTGGGCAGCCTC;SOR=0.160;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=12;WE=61143953;WS=61143935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr20	61162100	rs13040413	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=1.196;SC=CTTCACCGACGTCGCTGTTCC;SOR=0.892;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=61162108;WS=61162090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr20	61162267	rs6062251	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=388;ReadPosRankSum=0.655;SC=ACCCAGCAGGTGGCGCGGGGA;SOR=0.515;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=32;WE=61162275;WS=61162257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr20	61162423	rs6062250	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=282;ReadPosRankSum=0.084;SC=AGCTGGGTGCTCCTGCTTGTT;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=23;WE=61162431;WS=61162413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr20	61167517	rs6143065	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.418;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr20	61167632	rs11483745	G	GTTT	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
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chr20	61289958	rs2427369	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=374;ReadPosRankSum=-1.788;SC=TCCCAGGCACGGGGCCCCACA;SOR=0.601;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=24;WE=61289966;WS=61289948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr20	61292373	rs144381587	G	GAGCCCCC	825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=1068;SC=CCACCTCCGGGAGCCCCCAGC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=61292381;WS=61292363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	61326276	rs2427393	G	A	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.138;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=483;ReadPosRankSum=-0.426;SC=GCAGAGAAGCGCCTCTGCCTG;SOR=0.152;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=28;WE=61326284;WS=61326266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr20	61326380	rs2427394	C	T	6189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=59;PP=2622;SC=TAGGATCCAGCCCTGAGCTTC;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=140;WE=61326388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr20	61326439	rs145607453	T	TCTGCACCTGCACCTGCAC	2407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.409;QD=13.16;ReadPosRankSum=2.644;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,62:0.34:183
chr20	61331638	.	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=310;ReadPosRankSum=1.410;SC=TGGATCTCTGGAGACGCAGAA;SOR=1.287;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=20;WE=61331646;WS=61331628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr20	61331678	rs4809531	C	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=500;ReadPosRankSum=-1.274;SC=CATCCTTAGCCCAAGGAGGAA;SOR=0.996;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=34;WE=61331686;WS=61331668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr20	61341286	rs3746780	A	G	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=847;ReadPosRankSum=-3.237;SC=GAGCCTCAGTAACCAGCCCCG;SOR=0.910;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=51;WE=61341294;WS=61341276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,90:0.56:160
chr20	61428423	rs11696245	A	C	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=860;ReadPosRankSum=-1.606;SC=CTTTCTCCTCACCGCTCACCG;SOR=0.611;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=49;WE=61428431;WS=61428413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,67:0.44:152
chr20	61440971	rs1048792	G	A	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=907;ReadPosRankSum=-0.744;SC=AGAACTGGACGGACAACTATG;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=58;WE=61440979;WS=61440961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,94:0.48:196
chr20	61441035	rs2277772	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.330;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr20	61441797	rs2277771	A	G	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=386;ReadPosRankSum=-1.065;SC=GCACCTGCCCAAGGTCTGGAA;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=33;WE=61441805;WS=61441787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,60:0.45:133
chr20	61443547	rs2075776	A	G	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=481;ReadPosRankSum=0.987;SC=GAGGGGCCCCAGCCATTGACC;SOR=0.720;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=37;WE=61443555;WS=61443537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,61:0.47:130
chr20	61448333	.	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr20	61448933	rs2273078	C	A	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.422;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=566;ReadPosRankSum=0.331;SC=TGGGACTCCCCGGCCCCCCCG;SOR=0.795;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=38;WE=61448941;WS=61448923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,66:0.57:115
chr20	61453348	rs8114983	T	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=449;ReadPosRankSum=0.304;SC=ACCAGCACAGTCCGTGGGAGT;SOR=0.873;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=26;WE=61453356;WS=61453338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr20	61453549	rs2294988	G	A	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=934;ReadPosRankSum=1.895;SC=AAGAAGTGCTGGGCATGGACT;SOR=0.625;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=68;WE=61453557;WS=61453539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,102:0.57:179
chr20	61455666	rs2746258	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=8.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.618;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr20	61455965	rs2734514	G	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr20	61457062	rs2734515	G	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=450;ReadPosRankSum=-0.550;SC=AGCTGTGAAGGGGGCAACACC;SOR=0.471;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=32;WE=61457070;WS=61457052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr20	61457670	rs11699142	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=-0.655;SC=TTGTCTGCACCTCCAGACTTC;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=14;WE=61457678;WS=61457660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr20	61458547	rs2249766	A	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TCTCCGACCAACTCCATGGTG;SOR=1.302;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=5;WE=61458555;WS=61458537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr20	61458811	rs2249780	C	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AGGGCCCGAGCTCTCTCCCTG;SOR=0.765;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=7;WE=61458819;WS=61458801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr20	61459366	rs34492576	C	T	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=637;ReadPosRankSum=1.213;SC=GCTCCTCCCCCGGGTCCTGGG;SOR=0.917;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=46;WE=61459374;WS=61459356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,67:0.60:111
chr20	61460053	rs2249897	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=1.172;SC=CCCCCAGGGCAGGACTGTAGA;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=10;WE=61460061;WS=61460043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr20	61460338	rs6062700	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.14;ReadPosRankSum=1.208;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr20	61460338	.	CGG	TGC	293	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=293;QD=49.4954106946;SC=GGTGAGTGCCCGGCGGGTGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=61460348;WS=61460328;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr20	61467898	rs910152	G	C	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=38;PP=1135;SC=AGTCAGCCACGTGCACCGGCT;SOR=1.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=61467906;WS=61467888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	61468571	rs2294995	T	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=695;ReadPosRankSum=0.921;SC=GAGGACCCCCTGGATACCGCG;SOR=0.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=59;WE=61468579;WS=61468561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,73:0.54:134
chr20	61472073	rs1048100	C	A	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=1.568;SC=ATCAGGCTCTCGAAGCTCATA;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=21;WE=61472081;WS=61472063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr20	61472115	.	C	CAA	1689.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr20	61472116	.	GCC	G	1689.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr20	61472120	rs1048109	G	A	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.75;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr20	61473270	rs58968380	G	GT	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=212;ReadPosRankSum=1.611;SC=TGCAGAAGGCGTGCACAGGTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=61473278;WS=61473260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr20	61485649	rs3765465	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=1.614;SC=CCTGTCACCACAGGAAGCCCC;SOR=0.346;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=17;WE=61485657;WS=61485639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr20	61488785	rs2294996	T	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=724;ReadPosRankSum=1.222;SC=TCTCCCTACGTTGAGACCTTC;SOR=0.785;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=44;WE=61488793;WS=61488775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,70:0.42:168
chr20	61491494	rs17854409	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=277;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TGTGAAAGATTAGAATTTCCA;SOR=2.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=13;WE=61491502;WS=61491484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr20	61493023	.	GGCGGC	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr20	61511165	.	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=771;ReadPosRankSum=0.142;SC=GGAGAGCGCGGAGGGCGGCCC;SOR=0.596;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=50;WE=61511173;WS=61511155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr20	61512606	rs910148	T	C	4933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=57;PP=2391;SC=CCGGTCTCAGTGGCCAGGCGC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=132;WE=61512614;WS=61512596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr20	61524133	rs2294998	C	T	2507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=1024;ReadPosRankSum=0.480;SC=AAGACACACACACGCACACAC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=95;TCR=72;TR=81;WE=61524141;WS=61524123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,133:0.44:299
chr20	61525300	.	G	A	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=743;ReadPosRankSum=1.374;SC=CAGCGGGGAGGGCTCGGGATG;SOR=0.825;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=44;WE=61525308;WS=61525290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,65:0.54:120
chr20	61526001	rs750079	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.08;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr20	61526023	rs1883846	T	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.60;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr20	61527480	rs755740	T	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=588;ReadPosRankSum=-0.328;SC=AGAAACGTCTTAGCTTTCCTG;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=35;WE=61527488;WS=61527470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr20	61527563	rs2013097	T	C	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,118:0.49:241
chr20	61528074	rs910149	T	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=331;ReadPosRankSum=-1.078;SC=AGGCAGCCGTTGCCGCTGCAG;SOR=0.716;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=31;WE=61528082;WS=61528064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr20	61528306	rs1883848	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TGAGGCTGCCATGGCTGCCGC;SOR=0.533;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=26;WE=61528314;WS=61528296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr20	61536938	rs2295000	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr20	61542239	rs34097003	C	T	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=56;PP=1645;ReadPosRankSum=1.686;SC=TGTCCTGAGCCGCCTTTCCCT;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=115;TCR=111;TR=113;WE=61542247;WS=61542229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,182:0.53:344
chr20	61572760	rs13039291	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=-1.164;SC=TGGGATTCTCCGGCTCACAGC;SOR=0.105;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=61572768;WS=61572758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr20	61576024	.	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=338;ReadPosRankSum=0.825;SC=TAAACTGCCTCTTTTTAATAG;SOR=1.071;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=21;WE=61576032;WS=61576014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr20	61577275	rs2427452	T	C	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=666;ReadPosRankSum=0.675;SC=CATCGTCAGCTGGCTCTGCCG;SOR=0.928;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=55;WE=61577283;WS=61577265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,87:0.49:179
chr20	61584141	rs139060051	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.398;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr20	61588159	rs2245341	A	G	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=20;PP=1029;SC=TGCTGGGCACATGCCTTCTGT;SOR=1.116;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=61588167;WS=61588149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr20	61588745	rs2427457	C	T	4483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr20	61594679	rs2427463	A	G	8179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=129;PP=2965;SC=TCCAGGCACAACAGAGTCCCC;SOR=1.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=84;TCR=130;TR=213;WE=61594687;WS=61594669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr20	61595537	rs2427464	A	G	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=16;PP=1129;SC=AGATGGCCAGATGCCGGCCCT;SOR=1.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=55;WE=61595545;WS=61595527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	61597946	rs5842409	CT	C	8154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=67;PP=2951;SC=AGGACCTTGCCTTACCCCAGC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=23;TCR=68;TR=89;WE=61597954;WS=61597936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr20	61598899	rs3746750	A	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=24;PP=669;SC=CAGCAGCCCCAGGACACAGGG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=61598907;WS=61598889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	61835245	rs117568047	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=1.771;SC=AGCACAGGTGGAGCAAAAACA;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=10;WE=61835253;WS=61835235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr20	61847068	rs6090310	C	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=250;ReadPosRankSum=0.349;SC=CCGGCCCCGACGCGCGGTCAC;SOR=0.544;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=17;WE=61847076;WS=61847058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr20	61869223	rs6062855	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=540;ReadPosRankSum=1.423;SC=TGGGTGGGACTTGGCTGGGGC;SOR=1.101;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=28;WE=61869231;WS=61869213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr20	61869607	rs6010878	C	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=191;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GGCGTCTCCACAGCAGCCCTC;SOR=1.371;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=12;WE=61869615;WS=61869597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr20	61869826	rs2273487	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=575;ReadPosRankSum=0.018;SC=TGCTGGGCTCCTGGGTGAGCG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=36;WE=61869834;WS=61869816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr20	61870075	rs744590	C	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=790;ReadPosRankSum=1.495;SC=GTGACGGGCACGTGACAGGGT;SOR=1.660;Source=Platypus;TCF=48;TR=42;WE=61870083;WS=61870065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr20	61870167	rs744591	C	A	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=39;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CCCCCAGTGCCAGGCCCCATT;SOR=0.713;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=90;WE=61870175;WS=61870157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,143:0.53:268
chr20	61870220	rs744592	T	C	4674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=66;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GCCCATTGCCTGTCGCCATAC;SOR=0.615;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=240;TCF=126;TCR=114;TR=133;WE=61870228;WS=61870210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,239:0.51:466
chr20	61870465	rs1075557	A	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.199;NF=14;NR=16;PP=386;ReadPosRankSum=-0.160;SC=GGGCCGGCCCAGCTTTCTCCT;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=30;WE=61870473;WS=61870455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr20	61870605	rs3215649	T	TG	488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.730;NF=2;NR=10;PP=396;ReadPosRankSum=1.497;SC=CGGGACCCCCTGGGTGAGGGC;SOR=0.937;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=12;WE=61870613;WS=61870595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr20	61870634	rs1075556	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.993;NF=6;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GGGAGGGCTGAGGGACCCCGA;SOR=0.438;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=14;WE=61870642;WS=61870624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr20	61872905	rs1047826	A	G	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=584;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GGGCTGGGGCAGCCACTGGGG;SOR=0.812;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=48;WE=61872913;WS=61872895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,73:0.51:144
chr20	61873039	rs1047822	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=564;ReadPosRankSum=-0.209;SC=ACTGCCTCTCTCTGTGCCGGC;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=36;WE=61873047;WS=61873029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr20	61873080	rs1047819	T	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=-1.849;SC=TTTGCTGACATCTCAGTGGGG;SOR=0.491;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=22;WE=61873088;WS=61873070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr20	61875497	rs2236186	A	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.817;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=270;ReadPosRankSum=-1.074;SC=GGTGTCATTGAGGCGATGTGG;SOR=0.372;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=29;WE=61875505;WS=61875487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr20	61878632	rs2236193	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=0.626;SC=GAGGCGGGGTGTCTCGGCCTG;SOR=0.375;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=9;WE=61878640;WS=61878622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr20	61878649	rs4809512	T	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=0.776;SC=CCTGATCCGATTCCTTCCCAC;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=12;WE=61878657;WS=61878639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr20	61878830	rs13038098	C	T	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=763;ReadPosRankSum=-0.891;SC=ACGCCTGAGGCCAGGTCAGCT;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=53;WE=61878838;WS=61878820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,102:0.53:194
chr20	61878950	rs872808	A	C	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=1093;ReadPosRankSum=0.883;SC=ATCTGCAGGCAACTGTGTAGG;SOR=0.639;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=68;WE=61878958;WS=61878940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,84:0.47:179
chr20	61880169	rs1129659	T	G	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=974;ReadPosRankSum=-1.246;SC=GCACTCACCTTTAAGAGGCCA;SOR=0.587;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=78;WE=61880177;WS=61880159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,132:0.46:285
chr20	61880274	rs2273497	A	G	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=611;ReadPosRankSum=1.022;SC=ATGGGGCGGCAGCTGAACACA;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=43;WE=61880282;WS=61880264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr20	61881296	rs927081	A	G	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=695;ReadPosRankSum=0.808;SC=CCACCATGACATAGCGCAGCC;SOR=0.491;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=52;WE=61881304;WS=61881286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,93:0.58:160
chr20	61885452	rs34203226	G	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=601;ReadPosRankSum=0.243;SC=CCCGCCCGAAGGCTTCCGTCC;SOR=0.503;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=22;WE=61885467;WS=61885442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr20	61885459	rs34830843	G	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=887;ReadPosRankSum=0.516;SC=GAAGGCTTCCGTCCGGCCAGC;SOR=1.032;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=24;WE=61885467;WS=61885442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr20	61916379	rs13042357	C	T	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=49;PP=1734;SC=TGGGACTCAGCGAGGCCAAGC;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=93;WE=61916387;WS=61916369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	61917241	rs6090342	A	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=804;SC=TATGGAAACAACTTGGCCCAC;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=61917249;WS=61917231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	61918164	rs6062431	C	G	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=22;PP=733;SC=GCTGGCGCTGCTCTGCTGTTC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=61918172;WS=61918154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	61937471	.	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.455;NF=13;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=0.885;SC=ATGAGGCCAGGAAGTTCTTCC;SOR=0.589;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=34;WE=61937479;WS=61937461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr20	61938897	.	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr20	61940535	rs6062884	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=344;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CCCTCGGGAGCGCCTGGCCCA;SOR=0.223;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=24;WE=61940543;WS=61940534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr20	61941747	rs4809287	A	G	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=28;PP=1100;SC=TGGTGGAGGGACCCGCCGCCT;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=61941755;WS=61941737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr20	61946692	rs6090357	C	T	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=33;PP=1535;SC=CCCTCCCCAGCGGTCTGTCAG;SOR=1.016;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=87;WE=61946700;WS=61946682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr20	61951326	rs11478836	CT	C	730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=356;SC=CTGGCCTGGCCTTGGGGGCTC;SOR=1.828;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=61951334;WS=61951316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	61951489	rs6089881	G	C	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=21;PP=560;SC=CACCCGCTGCGGGCTTCGTCA;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=61951497;WS=61951479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	61951789	rs6062891	C	T	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=27;PP=747;SC=GGTCACAGTGCCTGGGGTCAG;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=61951797;WS=61951779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	61952490	rs4809533	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=31;PP=1004;SC=ACCAGGGAACACTGGCCAATG;SOR=1.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=61952498;WS=61952480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	61953365	rs1884821	T	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=287;SC=TCCTCTACCTTGGTTGGGTAG;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=61953373;WS=61953355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	61956782	rs2314251	T	C	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=24;PP=1034;SC=CAGCCCATCTTCCCCCTCCAG;SOR=0.879;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=56;WE=61956790;WS=61956772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	61960762	rs5842416	CTG	C	2263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=10;PP=1532;SC=CAGGAGGCGCCTGTGTGGAGC;SOR=2.221;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=33;WE=61960771;WS=61960752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	61981104	rs1044397	C	T	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=36;PP=1119;SC=GCGGGGGCGGCGCTTTGGTGC;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=61981112;WS=61981094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr20	61981134	rs1044396	G	A	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=34;PP=1087;SC=TGACCGTGGCGCTCGGGGACA;SOR=0.807;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=63;WE=61981142;WS=61981124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	61981536	rs2229960	A	G	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=21;PP=821;SC=CCAGGGGGACACAGAAGGACG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=61981544;WS=61981526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	61981554	rs2229959	C	A	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=24;PP=1179;SC=ACGGTGAGGGCGGGTGCAGGC;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=61981562;WS=61981544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	61982085	rs1044394	A	G	6338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=70;PP=2965;SC=AGATCTCGGCACAGCACTCGT;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=90;TCR=70;TR=159;WE=61982093;WS=61982075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr20	61982124	rs1044393	A	G	7959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=91;PP=2965;SC=TGCCCACGGCATCCACGATGA;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=114;TCR=91;TR=205;WE=61982132;WS=61982114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr20	61982496	rs13041103	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=125;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=209;SC=CACGCCCACATCCACGTCCAC;SOR=1.445;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=61982510;WS=61982486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr20	62038378	rs1801471	A	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=371;ReadPosRankSum=0.529;SC=GCTCGTGGGCAGGCGGCGGCG;SOR=1.201;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=23;WE=62038386;WS=62038368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr20	62038757	rs3746364	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=228;ReadPosRankSum=0.895;SC=GGCTGGGGTGCGAGGGCCCGT;SOR=0.976;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=19;WE=62038765;WS=62038747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr20	62043227	rs62208003	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=264;ReadPosRankSum=1.589;SC=ACCCACAATCATATCTATCCT;SOR=0.855;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=21;WE=62043235;WS=62043217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr20	62044525	rs150283013	TAC	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=-1.764;SC=ATGCGTGACTTACACACACAC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=4;WE=62044534;WS=62044519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr20	62045658	.	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.289;SC=TCGAGGCTCCCTGTGGTGCCC;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=62045666;WS=62045648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr20	62046496	rs112006486	C	CGACAGACA	6135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=39;PP=2980;SC=CCACGGGAACCGACAGACAGA;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=51;WE=62046504;WS=62046486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
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chr20	62076245	.	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.539;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=0.309;SC=CCCCCTTGGAGAAAACTCCCC;SOR=1.732;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=11;WE=62076253;WS=62076235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr20	62076679	.	G	A	4026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=52;PP=1392;ReadPosRankSum=1.471;SC=AGATCCGCACGAAGTACTCCA;SOR=0.634;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=220;TCF=99;TCR=121;TR=99;WE=62076687;WS=62076669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,205:0.50:406
chr20	62119588	rs71799118	GC	G	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=46.97;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	62119594	rs71792296	GC	G	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=37.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	62119595	.	C	G	385	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=3;HapScore=4;MGOF=46;MMLQ=23;MQ=59.73;NF=7;NR=1;PP=385;QD=52.4714015684;SC=GGGGCCCGGGCCCGGGGTTCG;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=62119603;WS=62119580;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,8:0.80:10
chr20	62119615	rs2750402	A	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=28.47;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	62119875	rs7265428	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=58;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GCGTCGGGAATGTCCTCGGAA;SOR=0.164;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=8;WE=62119883;WS=62119865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr20	62121702	rs310607	A	G	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=1432;ReadPosRankSum=-0.541;SC=ACAGGCGTGAACCACTGCGCC;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=67;WE=62121710;WS=62121692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr20	62121726	rs310608	T	C	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=34;PP=1755;SC=CCTGAGGGTCTGGTTTTCTCC;SOR=1.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=101;WE=62121734;WS=62121716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr20	62121820	rs45510898	G	A	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1316;ReadPosRankSum=-1.254;SC=TGGACCCAGCGCAGCCCCCCA;SOR=0.622;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=193;TCF=105;TCR=88;TR=91;WE=62121828;WS=62121810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,129:0.45:287
chr20	62126185	rs310617	A	G	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.406;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=747;ReadPosRankSum=0.710;SC=GCATGTTGTCACCGTGCCAGC;SOR=0.460;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=50;WE=62126193;WS=62126175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr20	62126299	rs2274860	C	T	4381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=55;PP=1535;ReadPosRankSum=0.769;SC=CGCTGTAGGCCGGCTCTGTGG;SOR=0.583;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=253;TCF=141;TCR=112;TR=120;WE=62126307;WS=62126289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,221:0.51:432
chr20	62127521	rs310619	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=0.268;SC=GCTCTCCGTCGGGGTCCTGGG;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=62127529;WS=62127511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr20	62163812	rs13041839	G	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=292;ReadPosRankSum=-1.736;SC=GTGGGGGGGGGGTGTGCACTT;SOR=0.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=21;WE=62163820;WS=62163803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr20	62172219	rs6122130	G	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=604;ReadPosRankSum=-1.615;SC=GCAGCGTGGCGAAGGAGGGCC;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=47;WE=62172227;WS=62172209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,71:0.43:167
chr20	62173029	rs310656	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.940;SC=CGGTGAGGCCAGCGTCCACCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=62173037;WS=62173019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr20	62173562	rs56130722	G	T	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=552;ReadPosRankSum=0.405;SC=GTTCCGTGACGATGTACACAG;SOR=0.675;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=45;WE=62173570;WS=62173552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,82:0.47:176
chr20	62174724	rs4809309	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=1.008;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr20	62187439	rs734750	T	C	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=770;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CTGAGCTGGATGCCCTGCTCC;SOR=0.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=64;WE=62187447;WS=62187429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,88:0.43:204
chr20	62191321	rs3810477	A	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-4.047;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr20	62191475	rs3810478	T	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=333;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GAGGCCCTGCTGCCGCTGCGC;SOR=0.585;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=28;WE=62191483;WS=62191465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr20	62191759	.	A	G	350	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=25;NF=18;NR=9;PP=350;QD=14.2507856499;SC=CTGACTCACAAGCACCAGACA;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=27;WE=62191767;WS=62191749;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr20	62191759	.	A	AGCACCAGACACTCACCACCTCAGCCACCTCCTCCAGAAAGCCCTCCCTGACTCACAG	1362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.45;QD=681.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr20	62191937	rs11551685	G	A	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.192;SC=AGATGACAGGGCAGCTCTCCT;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=82;TCR=85;TR=78;WE=62191945;WS=62191927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,101:0.44:230
chr20	62193414	rs310629	A	G	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=48;PP=1672;SC=CTCCCCCGGCATGGGCCCTAC;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=84;WE=62193422;WS=62193404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr20	62193587	rs3810482	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=291;ReadPosRankSum=-1.720;SC=TGAGCACTCATGCAGGGTGGG;SOR=0.538;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=23;WE=62193595;WS=62193577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr20	62194030	rs3810483	G	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=477;ReadPosRankSum=-0.162;SC=TCCCAGTCCTGCGTCTGCCCG;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=28;WE=62194038;WS=62194020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr20	62194103	rs3810484	A	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=347;ReadPosRankSum=-0.780;SC=TGCTGGGCCCAGGGCGTGGGC;SOR=0.843;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=26;WE=62194111;WS=62194093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr20	62194128	rs3810485	G	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=527;ReadPosRankSum=-2.510;SC=CGTGGGAGCCGGCAGCCCCTC;SOR=0.922;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=33;WE=62194136;WS=62194118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr20	62194713	rs3810486	A	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=431;ReadPosRankSum=-1.758;SC=CTCCACGGCCAGGGTGTGTGG;SOR=1.012;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=31;WE=62194721;WS=62194703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr20	62195087	rs310630	A	G	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=999;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CAGAGTAGGCAGAGCCCCCAT;SOR=0.711;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=76;WE=62195095;WS=62195077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,111:0.53:211
chr20	62195220	rs3827022	C	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.347;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=741;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CTGGTGGCCCCGGGCGCAGCG;SOR=0.459;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=48;WE=62195228;WS=62195210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,59:0.48:124
chr20	62195672	rs3827023	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=670;ReadPosRankSum=1.555;SC=AGTCGGACCGCAGGCGGTGCC;SOR=0.704;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=47;WE=62195680;WS=62195662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,81:0.46:176
chr20	62196020	rs45602035	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=680;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CCTCCACGTCCAGCACCCCGT;SOR=1.473;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=18;WE=62196041;WS=62196010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr20	62196033	rs3810487	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.394;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=680;ReadPosRankSum=0.201;SC=CACCCCGTCCCTGGGCACGAA;SOR=1.244;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=18;WE=62196041;WS=62196010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr20	62196182	rs3810488	G	C	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=925;ReadPosRankSum=0.655;SC=CTCGGCGGCCGGCAACCCGGC;SOR=0.805;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=76;WE=62196190;WS=62196172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,102:0.55:184
chr20	62196253	rs310631	C	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=498;ReadPosRankSum=-1.659;SC=GACGGGGGCACCCTCAAGCTG;SOR=0.556;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=42;WE=62196261;WS=62196243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,72:0.44:165
chr20	62196807	rs310632	T	C	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=65;PP=2159;SC=GGGCTCCGCGTGCAGCAGCTT;SOR=0.703;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=134;WE=62196815;WS=62196797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr20	62196884	rs310633	A	G	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=52;PP=2148;SC=GCCTGGCGACAGTGTCCAGCA;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=124;WE=62196892;WS=62196874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr20	62198236	rs415304	G	A	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=33;PP=1290;ReadPosRankSum=0.321;SC=ACCTCTGCTCGCGGCCGCCCC;SOR=0.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=179;TCF=108;TCR=71;TR=89;WE=62198244;WS=62198226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,147:0.51:290
chr20	62198348	rs438363	C	T	8713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr20	62198662	rs367440	A	G	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=29;PP=1052;SC=CGTGCGAGGCATAGGCCAGCG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=58;WE=62198670;WS=62198652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr20	62199010	.	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=595;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TCATGGGCTTCTTGCTGGGGG;SOR=0.661;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=42;WE=62199018;WS=62199000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,65:0.55:118
chr20	62199100	rs422888	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=417;ReadPosRankSum=0.353;SC=GGCTGTCAGAGGTGAGCAGCA;SOR=0.945;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=29;WE=62199108;WS=62199090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr20	62199126	rs3810491	C	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=1.966;SC=TGGTGTCCCTCCTGTCAGGAG;SOR=0.539;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=14;WE=62199134;WS=62199116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr20	62199604	.	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.818;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=1.231;SC=CGGCTACAGGGAGTGCAGAAT;SOR=0.039;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=62199612;WS=62199603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr20	62200471	rs6089923	C	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=186;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GCTCCTGCTACCCCAGCTGCT;SOR=0.355;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=16;WE=62200479;WS=62200461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr20	62200575	rs1741594	T	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.25;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	62200575	.	TG	CA,CG	284	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=14,21;NR=8,13;PP=284,160;QD=15.3394488574;SC=AGTTGGTTGGTGAGATGGGGC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=22,34;WE=62200584;WS=62200565;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.65:34
chr20	62200576	rs6090457	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr20	62200860	rs1757752	A	G	7130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=78;PP=2771;SC=CGAACGAGGCAGCCTGCACAC;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=79;TCR=78;TR=157;WE=62200868;WS=62200850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr20	62202240	rs402211	A	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=237;SC=CAGGGAGGTCAGCAGGGCTAC;SOR=1.220;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=62202248;WS=62202230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	62203748	rs34681475	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TCTCCACGGCGCTGTGTGCAA;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=62203756;WS=62203738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr20	62221364	rs2297427	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=0.684;SC=CCAGCCCTGCGGCCTCTGCCC;SOR=0.260;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=62221372;WS=62221356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr20	62221610	rs311496	T	C	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=36;PP=1746;SC=TGAGCAGCTGTAGCGGGCTGA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=81;WE=62221618;WS=62221600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr20	62221766	rs2297428	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=-1.558;SC=GCGGGGAGGCCGGGGAGCTGG;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=30;WE=62221774;WS=62221756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
chr20	62222211	rs1291170	T	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TCTGCTCACCTGATGCCACAA;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=62222219;WS=62222201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr20	62223371	rs311494	A	G	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=28;PP=1518;SC=TGGTCTCAGCATACCTGCCAG;SOR=1.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=94;WE=62223379;WS=62223361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr20	62224083	rs2236502	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.199;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr20	62224595	rs2236503	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=238;ReadPosRankSum=-2.328;SC=AAGTGTACCTGCCTTATATTT;SOR=1.003;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=20;WE=62224603;WS=62224585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr20	62227081	rs311489	A	G	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=34;PP=1141;SC=AGACCTTGTCATGCTGGTAGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=62227089;WS=62227071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	62227180	rs2282157	C	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=1.789;SC=GCACCTGGCCCGCCCACCCTG;SOR=0.654;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=13;WE=62227188;WS=62227170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr20	62229244	rs2297430	T	C	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=399;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TGGGTCAAGCTTGGCCGGGAC;SOR=0.577;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=28;WE=62229252;WS=62229234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,62:0.42:146
chr20	62229337	rs414897	G	A	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;PP=911;SC=GGCTCTGACCGGTGCAGGCCT;SOR=1.519;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=42;WE=62229345;WS=62229327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	62234240	rs4809312	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr20	62234240	.	CA	TG	94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=5;NR=2;PP=94;QD=21.066839266;SC=AGGATGCACTCAGCACAGCTG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=7;WE=62234249;WS=62234230;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr20	62234241	rs2145262	A	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.42;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	62234273	rs766915	A	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=489;SC=AGTCACAGACACCATGAGGCC;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=62234281;WS=62234263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	62236148	rs6090471	T	C	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=36;PP=1005;SC=CGGCAGCTGCTGCCGCTGCAT;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=63;WE=62236156;WS=62236138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr20	62272658	rs2150910	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.799;NF=3;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAACGTGTTCTGTCGCAGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=7;WE=62272666;WS=62272648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr20	62273435	rs186744824	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.808;NF=7;NR=2;PP=166;ReadPosRankSum=0.058;SC=CCCGCTCCGAGCTCCGCCCCG;SOR=0.357;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=9;WE=62273443;WS=62273425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr20	62275844	rs6010986	TC	CT	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=681;ReadPosRankSum=1.595;SC=CTTCCAGACGTCGGCACTGTC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=18;WE=62275853;WS=62275834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
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chr20	62309640	rs41310197	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=-2.923;SC=TGCGCCTGGAGGGGGCCATCG;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=25;WE=62309648;WS=62309630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr20	62312299	rs2297440	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr20	62319604	rs2777941	A	C	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1028;ReadPosRankSum=2.498;SC=CTGGTAGGGAACCCTGCAGAC;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=59;TCR=74;TR=70;WE=62319612;WS=62319594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,117:0.48:244
chr20	62320968	rs6062302	T	C	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=1.636;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,77:0.59:131
chr20	62321655	rs2236506	G	A	2378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=50;PP=1298;ReadPosRankSum=0.391;SC=AGATGCCAGCGCCGGCCCCCC;SOR=0.542;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=155;TCF=59;TCR=96;TR=83;WE=62321663;WS=62321645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,113:0.57:199
chr20	62321690	.	GAGA	G	3264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=2009;ReadPosRankSum=1.187;SC=AGTGTGCGTGGAGAAGATGCT;SOR=0.489;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=89;TCF=6;TCR=83;TR=45;WE=62321700;WS=62321680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,84:0.53:159
chr20	62322288	rs3208007	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr20	62323006	rs2236507	G	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr20	62324289	rs3848672	C	T	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=55;PP=1993;SC=CCGATGACTTCGCCGCCCTGG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=113;WE=62324297;WS=62324279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr20	62326110	rs3208008	A	C	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=505;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CTGGCAGCCAACCACAGTGGG;SOR=0.544;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=34;WE=62326118;WS=62326100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
chr20	62327027	.	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=135;ReadPosRankSum=-0.297;SC=CACTACAGTTCCTGCTGGGTG;SOR=1.152;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=12;WE=62327035;WS=62327017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr20	62327062	.	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=296;ReadPosRankSum=-0.068;SC=GGGCTGAGGGGGAAAGGGCAG;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=20;WE=62327070;WS=62327052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr20	62328267	rs2257440	C	T	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=753;ReadPosRankSum=-0.297;SC=GGCTGGTGTGCGCCCAGTGCC;SOR=0.816;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=54;WE=62328275;WS=62328257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,96:0.56:171
chr20	62328375	rs2738787	A	G	5647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=59;PP=2066;SC=GGAACTACCTAGAGCGCTGCC;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=108;WE=62328383;WS=62328365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr20	62328453	rs2258056	T	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=280;ReadPosRankSum=-0.095;SC=CCCACAACCGTGCCTGCCGCT;SOR=1.011;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=30;WE=62328461;WS=62328443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,46:0.40:114
chr20	62328480	rs55765053	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=475;ReadPosRankSum=0.345;SC=CCGGCTTCTTCGCGCACGCTG;SOR=0.402;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=35;WE=62328488;WS=62328470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr20	62328742	rs909341	C	T	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=418;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CAGCCAGCAGCTCCAGCTCAG;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=34;WE=62328750;WS=62328732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,66:0.36:183
chr20	62328829	rs1291205	C	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=0.301;SC=CCCATGACACCCTGTGCACCA;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=32;WE=62328837;WS=62328819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,54:0.35:154
chr20	62331989	rs1048665	T	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=350;ReadPosRankSum=0.205;SC=TCAGGCAATCTCGCCTGCCGA;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=25;WE=62331997;WS=62331979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr20	62332436	rs2738788	A	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=9;PP=616;SC=TCAGTGATGGAGGCAGTCTGC;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=62332444;WS=62332426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	62332638	rs374497353	A	AC	3047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=1540;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GTGAAGATTCACCTGGCCCTC;SOR=0.673;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=39;WE=62332649;WS=62332628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,103:0.58:178
chr20	62332641	rs2257818	T	C	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=1094;ReadPosRankSum=0.274;SC=AAGATTCACCTGGCCCTCTGG;SOR=0.707;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=46;WE=62332649;WS=62332628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,76:0.42:180
chr20	62333115	rs2236508	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=128;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GTGCACACCTGCTCCCCTTGC;SOR=0.560;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=12;WE=62333123;WS=62333105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr20	62333350	rs59166240	GCCCC	G	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.44;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr20	62337622	rs1291211	A	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.82;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr20	62364882	.	C	T	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.728;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,110:0.48:230
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chr20	62366248	.	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=460;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CCATCAGGTTCCCGGGGTCCC;SOR=0.747;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=29;WE=62366256;WS=62366238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr20	62366478	rs2427534	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=84;ReadPosRankSum=1.572;SC=GGGGTCCCGCAGCCACAGCAC;SOR=0.327;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=9;WE=62366486;WS=62366468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr20	62367377	rs2427535	A	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=38;PP=1091;SC=TGGGGCGTGCAGACACTGCTG;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=62367385;WS=62367367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	62368804	rs2236510	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-1.753;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr20	62369300	rs914559	C	G	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=520;ReadPosRankSum=-0.416;SC=GTCCGCAGGGCACCGACCAGC;SOR=0.623;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=41;WE=62369308;WS=62369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,76:0.42:180
chr20	62369426	rs150938918	C	CGGGGCG	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=12.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr20	62369895	rs1151624	A	G	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=658;ReadPosRankSum=-1.021;SC=GGGCCGGCAGATCCTCAGCAG;SOR=0.326;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=50;WE=62369903;WS=62369885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,58:0.53:110
chr20	62370349	rs1056441	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=208;ReadPosRankSum=-1.596;SC=GTCCCCGGGCTGCCAGCCCGT;SOR=1.055;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=17;WE=62370357;WS=62370339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr20	62372706	rs4809221	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=150;ReadPosRankSum=-1.428;SC=CCCGCACCCCGCCCCCATCTC;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=12;WE=62372714;WS=62372696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr20	62372813	rs2427536	G	A	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=27;PP=1045;SC=TGGGGGCCCCGGTTGCAGCCT;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=62372821;WS=62372803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr20	62372956	rs2253823	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-0.360;SC=AATGGACTCCCGCACCCTCAG;SOR=0.430;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=12;WE=62372964;WS=62372946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr20	62373707	rs8957	G	T	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=28;PP=1049;SC=CAGAGCCTGAGCAGAGTGATG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=62373715;WS=62373697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr20	62374219	rs1151626	A	C	4892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=52;PP=2263;SC=ATGTCCTGTGACCCCCCGCAC;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=115;WE=62374227;WS=62374209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr20	62374441	rs6742	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.640;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr20	62378418	rs74552928	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=568;ReadPosRankSum=0.359;SC=CCAGCTCCTCCGCCTCCCCTC;SOR=0.798;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=40;WE=62378426;WS=62378408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,64:0.41:157
chr20	62406955	rs143002051	A	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=0.133;SC=GCCTCATCTCATCTTGGCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=8;WE=62406963;WS=62406948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr20	62517549	rs4809241	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=260;SC=TGGTTGCTGCATCTCAGGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=62517557;WS=62517539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	62518729	rs3795156	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.518;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GGTGCCCCCCATGAGGCCAAG;SOR=0.111;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=62518737;WS=62518719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr20	62518766	rs3795157	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr20	62520635	.	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,57:0.63:91
chr20	62520671	rs6062569	T	C	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.49;ReadPosRankSum=0.884;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr20	62520674	rs6010690	G	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.96;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr20	62571417	.	AG	A	199	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=12;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=22;MQ=59.85;NF=18;NR=2;PP=199;QD=10.25;SC=CCCTGGAAAAAGGGGGGGGGG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=20;WE=62571427;WS=62571407;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr20	62573064	rs817370	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=-1.366;SC=CTCTTGGCTGTCCCGTCCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=9;WE=62573072;WS=62573054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr20	62576991	rs2252258	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=367;ReadPosRankSum=-2.708;SC=GGGTATTCCCGGCGGGTGCTT;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=26;WE=62576999;WS=62576981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr20	62578077	rs111264888	A	AT	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=629;SC=CCCACAGGGCACCCCCCCCAC;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=62578085;WS=62578067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr20	62594899	rs817324	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=0.960;SC=GTTAGAAACCGGGGGCACTGC;SOR=0.776;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=12;WE=62594907;WS=62594889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr20	62595169	rs817325	A	G	5799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=68;PP=2418;SC=TGTGCTTCTTAAGCCCCACGA;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=127;WE=62595177;WS=62595159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr20	62595547	rs6062599	C	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.574;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=357;ReadPosRankSum=0.850;SC=TGAACTCGGGCCTTGTCCTCA;SOR=1.030;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=26;WE=62595555;WS=62595537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr20	62595990	rs817326	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr20	62597463	.	TTCC	T	594	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=60.33;NF=9;NR=3;PP=594;QD=52.25;SC=CTTACCACTGTTCCTCCCCGA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=62597479;WS=62597445;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr20	62597471	.	C	T	85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.24;NF=5;NR=1;PP=85;QD=19.9618687579;SC=TGTTCCTCCCCGACCTGGGAC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=6;WE=62597479;WS=62597445;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr20	62597666	rs45486695	C	T	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1065;ReadPosRankSum=0.383;SC=GTGACCGGCACGGGTTTCGTA;SOR=0.427;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=81;WE=62597674;WS=62597656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,108:0.54:200
chr20	62597694	rs817329	T	G	7004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=71;PP=2965;SC=CAAGCTTTGTTACCGTAATGG;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=101;TCR=71;TR=172;WE=62597702;WS=62597684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr20	62598815	rs817330	C	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=486;ReadPosRankSum=1.108;SC=CTGGACTTCCCGGGTCAAAGC;SOR=0.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=43;WE=62598823;WS=62598805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,85:0.47:181
chr20	62599141	rs817331	C	T	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=562;ReadPosRankSum=0.628;SC=CACTTGCTGCCCAGAACCATC;SOR=0.573;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=41;WE=62599149;WS=62599131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,86:0.49:176
chr20	62599357	rs56015416	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=0.629;SC=ACTTGGAACACGTGGTGAGGC;SOR=1.001;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=25;WE=62599365;WS=62599347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr20	62610556	rs116165844	G	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=241;ReadPosRankSum=-0.902;SC=GCCTGAGGCTGGCTGCCCCCT;SOR=0.071;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=16;WE=62610564;WS=62610546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr20	62612574	rs45558633	C	T	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,176:0.49:356
chr20	62625036	rs138342962	A	AG	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=118;ReadPosRankSum=1.275;SC=CTACTGTAAAAGGTAGGACAA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=62625044;WS=62625026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr20	62642781	rs111366685	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=0.773;SC=CGCAGATGGTGGAGAAGATCA;SOR=1.432;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=12;WE=62642789;WS=62642771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr20	62664365	rs7550	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr20	62670369	rs118165004	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=0.021;SC=CTTCGCCTGCCTCTCTGTGGG;SOR=0.895;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=8;WE=62670377;WS=62670359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr20	62670427	rs76145129	G	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=0.034;SC=GGGCGGTGGAGGGGGAATGCG;SOR=1.058;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=14;WE=62670435;WS=62670417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr20	62697751	rs4809251	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=17;PP=709;SC=CCTTGTGTTCTCCTCCAGTAG;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=62697759;WS=62697741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	62698188	rs34848242	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.036;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=379;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GTCCTGTGGGGGCCACCAAGG;SOR=0.418;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=29;WE=62698196;WS=62698178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr20	62698484	rs10460612	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GAGCCAGGTCGCTTGGGAGTG;SOR=1.222;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=13;WE=62698492;WS=62698474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr20	62699483	.	C	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=344;ReadPosRankSum=-1.205;SC=GGCCCCGGATCCCAGGTAGCA;SOR=0.821;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=22;WE=62699491;WS=62699473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr20	62701092	rs4809393	A	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=493;ReadPosRankSum=2.170;SC=CCAGTGGGGGAAGCTAGTCAG;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=27;WE=62701100;WS=62701082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr20	62703490	rs13039439	C	T	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TCTCATGTGGCCACAAGGCTG;SOR=0.553;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=69;WE=62703498;WS=62703480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,100:0.52:192
chr20	62705140	rs6011280	A	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr20	62724253	rs55872076	C	T	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=640;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TCTACCTGGCCGTGTGTGTCG;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=51;WE=62724261;WS=62724243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,82:0.48:170
chr20	62729431	rs2229205	C	T	3245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=1408;ReadPosRankSum=1.274;SC=CCCAGGCTGTCAATGTGGCCA;SOR=0.692;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=218;TCF=104;TCR=114;TR=110;WE=62729439;WS=62729421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,167:0.51:330
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chr20	62737055	.	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	62737063	.	G	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	62737067	.	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	62737070	.	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	62737077	rs368469662	TG	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	62737318	rs13036542	G	A	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=36;PP=1369;SC=GTGGGGTCTGGGGCAGGTCCG;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=74;WE=62737326;WS=62737308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr20	62737690	rs149388219	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=697;ReadPosRankSum=2.169;SC=ACAGGCTGGCGACCTTCGCCC;SOR=0.862;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=48;WE=62737698;WS=62737680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,75:0.50:150
chr20	62830290	rs2295450	C	A	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=549;ReadPosRankSum=0.635;SC=CCCTCCCCTCCTCCAGGGCTG;SOR=0.883;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=38;WE=62830298;WS=62830280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,64:0.53:120
chr20	62836382	rs2273443	C	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.149;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,66:0.50:131
chr20	62838866	rs76118085	G	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=439;ReadPosRankSum=0.301;SC=AGGTGGAGGGGTGGTGGGTGT;SOR=1.721;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=21;WE=62838874;WS=62838860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr20	62838933	rs6090069	T	C	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=805;ReadPosRankSum=0.038;SC=CACGTTGATTTTGATTTTGTG;SOR=0.833;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=50;WE=62838941;WS=62838923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr20	62839888	rs59834539	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=117;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTTCACCCCTGCCCCAGGTG;SOR=0.430;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=10;WE=62839896;WS=62839878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr20	62843304	rs76419146	G	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=298;ReadPosRankSum=0.055;SC=CTTTGGACAAGGCTCCTGCAC;SOR=1.207;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=21;WE=62843312;WS=62843294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr20	62843563	rs187443415	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-0.858;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr20	62850193	.	C	T	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,80:0.56:143
chr20	62850358	rs41279348	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=0.501;SC=CTGAGAACCTCAGCACGAAGC;SOR=0.521;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=11;WE=62850366;WS=62850348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr20	62851020	rs6122274	T	C	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.221;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=576;ReadPosRankSum=-0.185;SC=AAGGCACACATGGGAAGGGAT;SOR=0.934;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=48;WE=62851028;WS=62851010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,63:0.46:137
chr20	62854536	rs369284426	C	T	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1222;ReadPosRankSum=-1.187;SC=GGTTTGTCTCCTGCTCGGGTC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=85;WE=62854544;WS=62854526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,123:0.49:251
chr20	62858693	rs2273446	C	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=399;ReadPosRankSum=1.645;SC=AGGCTTTCCTCTGGGGGTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=23;WE=62858701;WS=62858683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr20	62868631	.	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=-0.169;SC=AGGTTTCTCTCTGGGTCAGTG;SOR=0.532;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=21;WE=62868639;WS=62868621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr20	62903535	rs11906201	T	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=379;ReadPosRankSum=-1.413;SC=TGAGGGTTTCTGAAGAACAGT;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=31;WE=62903543;WS=62903525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr20	62903550	rs11905831	A	G	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=469;ReadPosRankSum=1.289;SC=AACAGTGGAGATGCTGAGATT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=36;WE=62903558;WS=62903540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr20	62903729	rs11907696	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=0.429;SC=TGCATGAAATCGTGAGCTTTA;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=11;WE=62903737;WS=62903719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr20	62904542	rs6062361	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=1.476;SC=ACTCCGATGCATTTGACTGTG;SOR=0.540;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=11;WE=62904550;WS=62904532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr20	62959184	rs200444735	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.278;NF=10;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=-2.160;SC=CGGTTCTCAGTGCTCAGCTCG;SOR=1.143;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=13;WE=62959192;WS=62959174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr20	62959363	rs111569474	G	C	403.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.251;NF=5;NR=14;PP=380;ReadPosRankSum=0.463;SC=TGCGCCTGGGGTGGCGGCGGG;SOR=0.560;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=19;WE=62959371;WS=62959353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr21	9825671	.	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	9825735	rs371225382	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=15.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.17;MQRankSum=-3.534;QD=16.87;ReadPosRankSum=-2.978;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr21	9825838	.	T	TGCG	11212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.140;NF=138;NR=40;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.568;SC=CGGCCGCGACTGCGGCGGCGG;SOR=0.699;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=324;TCF=255;TCR=69;TR=178;WE=9825860;WS=9825826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,319:0.71:450
chr21	9826301	rs374753985	T	C	27459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1082;ExcessHet=3.0103;FS=1.629;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.27;MQRankSum=0.275;QD=25.91;ReadPosRankSum=0.117;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:34,1026:0.97:1060
chr21	9907198	.	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.976;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.35;MQRankSum=-1.664;QD=3.01;ReadPosRankSum=1.441;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr21	9907222	.	T	C	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=5.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.61;MQRankSum=-3.484;QD=16.93;ReadPosRankSum=0.350;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,93:0.66:140
chr21	9907271	.	A	G	4955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-8.218;NF=129;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.989;SC=CCAGCTGCAGAATGGTGGGGT;SOR=0.740;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=290;TCF=177;TCR=113;TR=213;WE=9907279;WS=9907261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,222:0.69:324
chr21	9907345	.	C	T	7755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.410;NF=133;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.538;SC=ATGGCAGTGACGTCCTTCTCC;SOR=0.687;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=384;TCF=193;TCR=191;TR=272;WE=9907353;WS=9907335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,360:0.69:521
chr21	9907375	rs146622385	T	C	10585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQRankSum=-9.497;QD=25.82;ReadPosRankSum=-1.546;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,282:0.69:410
chr21	9907384	rs140139768	G	A	10187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQRankSum=-8.682;QD=27.39;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,247:0.66:372
chr21	9907397	rs150294462	C	T	8823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.536;NF=72;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.830;SC=GGGACTGCTCCGCTTGTAGAA;SOR=0.750;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=286;TCF=113;TCR=173;TR=192;WE=9907405;WS=9907365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,215:0.68:318
chr21	9907416	.	C	T	7460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-4.578;NF=62;NR=105;PP=2388;ReadPosRankSum=0.541;SC=AAGCTTCTCCCGCAGCGCTGT;SOR=0.789;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=251;TCF=99;TCR=152;TR=167;WE=9907424;WS=9907406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,183:0.69:265
chr21	9907503	.	C	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.986;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.98;MQRankSum=1.665;QD=19.89;ReadPosRankSum=-1.781;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr21	9907592	.	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.17;MQRankSum=0.469;QD=20.86;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr21	10793776	rs368569117	GGAGTT	G	588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.76;ReadPosRankSum=0.175;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr21	10793781	.	T	G	427	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=127;MMLQ=26;MQ=49.09;NF=18;NR=1;PP=427;QD=24.3037480288;SC=AGAATGGAGTTGAATGGAGCA;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=19;WE=10793789;WS=10793771;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,19:0.70:27
chr21	10793844	.	G	GTGGAATGGAATGGAGTGGAA	2325	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=68;MMLQ=22;MQ=56.06;NF=10;NR=4;PP=2325;QD=167.571428571;SC=ATGCATTGGAGTGGAATGGAA;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=14;WE=10793852;WS=10793827;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr21	10793860	.	T	TGG	2280.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=5.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-2.343;QD=19.01;ReadPosRankSum=-2.896;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr21	10793861	.	A	AATGGAATGGAATGGAGTG	3984.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-1.808;QD=28.26;ReadPosRankSum=-2.408;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,99:0.70:141
chr21	10793885	rs200167075	A	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.687;QD=0.53;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,17:0.07:242
chr21	10793891	rs28490105	T	G	6807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-1.320;QD=26.59;ReadPosRankSum=-2.045;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,199:0.78:256
chr21	10793925	rs28641787	T	A	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=2.328;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,151:0.47:318
chr21	10793932	.	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-4.817;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,58:0.20:297
chr21	10793946	.	C	CGAATAGAATGGACTT	2954	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=87;MMLQ=21;MQ=59.79;NF=9;NR=39;PP=2954;QD=20;SC=GGAATGGAGTCGAATAGAATG;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=89;TCF=11;TCR=78;TR=48;WE=10793954;WS=10793915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:41,48:0.54:89
chr21	10793961	.	T	TGAATGGAATGGACTC	4778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=1;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=40;PP=2971;ReadPosRankSum=0.573;SC=AGAATGCACTTGAATGGAATG;SOR=0.565;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=44;WE=10793969;WS=10793951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,122:0.74:164
chr21	10794022	rs28971978	A	G	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.01;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,53:0.78:68
chr21	10794047	rs28970391	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=7.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.46;ReadPosRankSum=0.174;SOR=2.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr21	10794051	rs200584440	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.462;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr21	10794052	rs74672900	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.77;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr21	10862599	rs3883945	C	T	4616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.659;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.824;NF=79;NR=56;PP=2041;ReadPosRankSum=-0.469;SC=CTAGAGAAGCCCCTGAGAGCA;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=213;TCF=129;TCR=84;TR=135;WE=10862607;WS=10862589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,213:0.63:340
chr21	10862618	rs3916251	T	C	10288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.122;NF=99;NR=71;PP=2891;ReadPosRankSum=1.257;SC=CACAGCTCCTTACCATGGACT;SOR=0.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=137;TCR=98;TR=170;WE=10862626;WS=10862608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,290:0.73:396
chr21	10862761	.	C	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-0.774;NR=28;ReadPosRankSum=1.128;SC=GTGCCCAGTCCCAGGTACAGC;SOR=0.824;Source=Platypus;TCR=104;WE=10862769;WS=10862751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,90:0.25:361
chr21	10862846	rs3916645	A	T	15826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.08;QD=34.71;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr21	10862846	.	ATCACCAG	TTCACCAA,TTCACCAG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=55.79;NF=79,184;NR=49,133;PP=1944,2962;QD=15.6052177724;SC=TGGATACACCATCACCAGCTA;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=320;TCF=187;TCR=133;TR=128,317;WE=10862861;WS=10862836;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.40:320
chr21	10862853	rs1961808	G	A	3802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-5.950;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.495;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,195:0.42:461
chr21	10862874	rs1807747	A	G	7573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.048;NF=133;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CACTGGGTGCACCAGGTCCAT;SOR=0.540;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=364;TCF=206;TCR=158;TR=243;WE=10862882;WS=10862864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,361:0.67:537
chr21	10862947	rs3883944	G	A	9731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.151;NF=158;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=2.626;SC=GCTATGCACAGAAGTTCCAGG;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=468;TCF=250;TCR=218;TR=302;WE=10862955;WS=10862937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,445:0.66:677
chr21	10863087	rs28521368	T	G	12650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=212;PP=2965;SC=TCTTGAGAGTTTCAGAAACTG;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=122;TCR=213;TR=333;WE=10863095;WS=10863077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr21	10863155	rs28501310	G	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.09;MQRankSum=-0.459;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,44:0.25:175
chr21	10906979	.	G	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=626;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:552,69:0.11:621
chr21	10906989	rs210498	C	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,62:0.11:565
chr21	10908767	rs4913632	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-2.894;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.874;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
chr21	10910207	.	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.875;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=2.560;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,30:0.26:114
chr21	10910253	rs1828001	G	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-7.766;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.285;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,58:0.23:249
chr21	10910291	rs150480	C	T	9920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-5.601;NF=114;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.392;SC=GCAGAGGCTACTTTGTGATTA;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=156;TCR=129;TR=209;WE=10910299;WS=10910281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,252:0.68:373
chr21	10910311	rs9996	T	G	11153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.912;NF=113;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.548;SC=ACTCACCGAATAGAAAAACTG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=155;TCR=150;TR=222;WE=10910319;WS=10910301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,311:0.69:452
chr21	10910340	rs62211191	C	G	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-2.265;QD=2.30;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:398,98:0.20:496
chr21	10910347	rs150482	A	G	14387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=177;PP=2962;SC=ATACAGAGGTAGACCGTCGAA;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=129;TCR=178;TR=306;WE=10910355;WS=10910330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr21	10914285	rs62211195	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-1.067;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr21	10916290	rs61249862	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-0.358;QD=2.34;ReadPosRankSum=-2.207;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,26:0.22:119
chr21	10916293	rs150483	A	G	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=4.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-3.326;QD=18.17;ReadPosRankSum=0.794;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,87:0.69:126
chr21	10916322	rs210506	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.415;NF=24;NR=18;PP=507;ReadPosRankSum=0.758;SC=CCAGAGTGGGGACATTGGCCC;SOR=0.781;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=42;WE=10916330;WS=10916312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,57:0.36:159
chr21	10919969	rs4913680	C	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-3.708;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.604;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,28:0.22:130
chr21	10920041	rs4913553	C	T	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-2.786;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,66:0.21:312
chr21	10920067	rs4913681	T	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-2.506;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,69:0.23:300
chr21	10920098	rs212146	T	C	6572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=90;PP=2918;SC=GAAGGAGTTTTTACTCCCTGA;SOR=0.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=157;WE=10920106;WS=10920088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr21	10920176	rs62211225	G	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=241;ReadPosRankSum=0.616;SC=TACAAAAAAGGGTACAATCCA;SOR=0.711;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=23;WE=10920184;WS=10920166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,24:0.27:88
chr21	10935004	rs6582917	A	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=0.837;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,31:0.21:151
chr21	10935116	rs625018	T	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.560;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.852;NF=0;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=0.554;SC=CATCTTCTAGTGGAGATTCAG;SOR=3.872;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=15;WE=10935124;WS=10935106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr21	10941784	rs60630159	AT	A	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.395;NF=11;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=1.298;SC=ATCCATTATGATTTTTTTTCC;SOR=1.101;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=12;WE=10941792;WS=10941774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr21	10942036	rs2019999	T	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=251;ReadPosRankSum=1.918;SC=TACAAAAAAATTAATTTATAC;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=20;WE=10942044;WS=10942018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr21	10942601	rs1810855	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=6.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.773;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,27:0.22:123
chr21	10942756	rs1810540	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-2.441;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:611,99:0.14:710
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chr21	10959881	rs212112	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.239;NF=5;NR=19;PP=303;ReadPosRankSum=-2.178;SC=TATTTGAATAGCAAGAATCCC;SOR=0.935;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=24;WE=10959889;WS=10959871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr21	10969152	.	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-0.240;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,29:0.26:110
chr21	10969894	.	A	AATGGATGG	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=6.634;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.529;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,9:0.11:84
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chr21	10971210	rs469872	G	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-3.906;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.749;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr21	10971453	rs1739180	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=309;ReadPosRankSum=-1.590;SC=CTTTTATTATTCACATGTATG;SOR=0.302;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=21;WE=10971461;WS=10971443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr21	10971795	.	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.305;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,62:0.27:227
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chr21	10973626	.	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.779;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,35:0.17:207
chr21	10973787	rs469953	T	A	3729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.551;NF=62;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=1.203;SC=CTAGAGGATGTCAAAAGAATA;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=83;TCR=123;TR=154;WE=10973806;WS=10973777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,167:0.71:236
chr21	10973798	rs469961	T	C	3490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.952;NF=51;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=1.067;SC=CAAAAGAATATAGTCAGACAG;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=69;TCR=119;TR=142;WE=10973806;WS=10973777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,147:0.71:207
chr21	10973815	rs469960	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=6.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.99;MQRankSum=-3.360;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.667;SOR=1.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,22:0.15:150
chr21	10998165	rs364232	C	A	1413.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-4.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.065;NF=42;NR=14;PP=921;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TTTAATTAACCAAGTGTTGAT;SOR=0.320;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=56;WE=10998173;WS=10998155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,61:0.90:68
chr21	11026874	rs6582728	G	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.500;NF=4;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=0.420;SC=AACATTCTGTGACAGCCCAAA;SOR=0.074;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=11026882;WS=11026865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr21	11027085	rs6421268	A	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.22;MQRankSum=-1.183;NF=5;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=-0.376;SC=TATCAGCAAGACTTTGCATGA;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=15;WE=11027093;WS=11027075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr21	11027129	rs4577378	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TTCTCGGTGACGACAACAACT;SOR=0.941;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=11027137;WS=11027119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr21	11038649	rs28565510	C	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.47;MQRankSum=-1.196;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr21	11038722	rs62209718	C	A	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQRankSum=-0.425;QD=12.23;ReadPosRankSum=-1.712;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,76:0.58:130
chr21	11038802	rs56253511	G	A	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQRankSum=-3.409;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,100:0.38:260
chr21	11038843	rs10433076	G	C	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.668;NF=68;NR=53;PP=1605;ReadPosRankSum=0.978;SC=TTCCAGCAGAGGAACTAAGAG;SOR=0.644;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=197;TCF=121;TCR=76;TR=121;WE=11038851;WS=11038833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,148:0.60:248
chr21	11038868	rs67736403	C	T	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.587;NF=107;NR=45;PP=2704;ReadPosRankSum=0.209;SC=AGGGTAATTACGCAGCATGTC;SOR=0.897;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=211;TCF=139;TCR=72;TR=152;WE=11038890;WS=11038858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,129:0.54:241
chr21	11038957	rs10433077	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=6.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.84;MQRankSum=-5.760;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.564;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,81:0.16:521
chr21	11038998	rs1625628	G	A	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQRankSum=-4.587;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:567,111:0.16:678
chr21	11039072	rs1625833	G	T	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQRankSum=-2.309;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:610,145:0.19:755
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chr21	11059841	rs77547988	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-3.248;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr21	11059845	rs7364036	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.758;NF=11;NR=8;PP=282;ReadPosRankSum=1.292;SC=ATTAGCCGGACGTGGTGGCAG;SOR=0.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=19;WE=11059862;WS=11059831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr21	11059853	rs75278999	C	T	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-2.484;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,41:0.38:109
chr21	11059853	.	CA	TG	1180	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=40;MMLQ=27;MQ=57.69;NF=13;NR=10;PP=1180;QD=53.6290380375;SC=GACGTGGTGGCAGGCACCTGT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=23;WE=11059862;WS=11059831;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr21	11059854	rs75079963	A	G	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-1.821;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,41:0.37:111
chr21	11059877	rs7364059	T	C	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.150;NF=24;NR=23;PP=804;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CCCAGCTACTTAGGAGGCTGA;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=47;WE=11059885;WS=11059867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,75:0.65:116
chr21	11059937	.	A	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-1.863;QD=0.55;ReadPosRankSum=1.838;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,13:0.15:85
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chr21	11059982	rs75720212	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=1.217;QD=0.99;ReadPosRankSum=-2.048;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr21	11060013	rs2838200	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-1.885;QD=17.49;ReadPosRankSum=1.344;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr21	11060029	rs112803135	A	AAAAAT	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-1.919;QD=10.81;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr21	11098626	rs1967649	G	A	6189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.382;NF=89;NR=46;PP=2647;ReadPosRankSum=1.344;SC=ATCTCTAGCCGGTCAAGAGCA;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=241;TCF=161;TCR=80;TR=135;WE=11098647;WS=11098616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,194:0.59:329
chr21	11098639	.	T	A	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.422;NF=53;NR=35;PP=1337;ReadPosRankSum=1.989;SC=CAAGAGCAGCTCCAGCTGCCA;SOR=0.670;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=284;TCF=178;TCR=106;TR=88;WE=11098647;WS=11098616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,132:0.32:416
chr21	11098674	rs1752238	T	C	13812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=5.483;NF=211;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=2.123;SC=ACTCAGGCTGTACTCCTACCA;SOR=0.363;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=368;TCF=211;TCR=157;TR=364;WE=11098712;WS=11098664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:40,581:0.94:621
chr21	11098685	.	CTCCAGCCGCCA	C	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DP=723;ExcessHet=3.0103;FS=4.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-7.082;QD=0.29;ReadPosRankSum=-2.087;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:676,42:0.06:718
chr21	11098704	rs74415742	A	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-5.574;QD=1.12;ReadPosRankSum=-3.922;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:650,64:0.09:714
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chr21	11098728	rs113315187	C	T	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-5.118;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:620,95:0.13:715
chr21	11098827	rs79274499	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=15.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-1.851;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,57:0.23:251
chr21	11098863	rs75318310	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-4.879;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,21:0.18:118
chr21	14756438	rs3126400	T	C	83.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=0.366;SC=TACACACACATATATATATAT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=14756446;WS=14756428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr21	14756481	rs12627112	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr21	14756483	rs12627113	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.34;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr21	14756675	.	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.426;NF=25;NR=16;PP=633;ReadPosRankSum=1.724;SC=GTTGCATTTTCGTCTCAGGAA;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=41;WE=14756683;WS=14756665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr21	14756794	rs2792526	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.69;MQRankSum=-0.568;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,41:0.31:131
chr21	14756973	rs2821831	T	A	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.891;NF=24;NR=23;PP=737;ReadPosRankSum=0.678;SC=GCTTTTGGATTTCCTTTGAGC;SOR=0.413;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=47;WE=14756981;WS=14756963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,59:0.75:79
chr21	14757043	rs2257596	T	C	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.243;NF=18;NR=11;PP=430;ReadPosRankSum=-1.256;SC=ACATCAACATTCATTATTCCT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=29;WE=14757051;WS=14757033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,40:0.33:120
chr21	14757095	rs148845140	G	GT	1418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQRankSum=-2.445;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr21	14757565	rs2821832	C	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=0.076;SC=ATAACTTGTACGTTTATACAA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=14757573;WS=14757555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr21	14758516	rs2821833	T	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.01;MQRankSum=0.598;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr21	14760151	rs2775777	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=495;SC=ACTTATTTTTTGTTTGTTCCA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=14760159;WS=14760141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	14760203	rs2775779	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.63;MQRankSum=0.842;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr21	14766093	rs2775805	G	A	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=6;PP=167;SC=ATTTATTATCGGTCATAAGTA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=14766101;WS=14766083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	14771323	.	TTC	T	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQRankSum=-0.930;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr21	14771325	.	CTT	TGC	281	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=40.56;NF=3;NR=4;PP=281;QD=49.2096964089;SC=ATCTTCTTTTCTTCCTAATTC;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=7;WE=14771335;WS=14771315;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr21	14771327	rs143695938	TC	T,TGCC	1359.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.04;QD=33.99;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,31,9:0.77,0.22:40
chr21	14778811	rs112146711	C	T	82.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.30;QD=20.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	14916824	rs7280211	T	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.817;NF=11;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=1.868;SC=ACAGAGGAGCTATTCCTAACT;SOR=0.441;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=24;WE=14916832;WS=14916821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,35:0.31:113
chr21	15373420	rs1297087	C	A	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.25;QD=26.38;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr21	15399864	rs2298673	T	C	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=19;PP=639;SC=TGTGACCTGCTGGCATTGAAT;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=15399872;WS=15399854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	15481157	rs1136522	T	C	45.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=32;SC=ACTGTATGCATTTTTTATTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=15481165;WS=15481147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	15481234	rs7279700	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	15481365	rs7278737	G	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	15516898	rs2822431	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=2.398;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CCAATATTTTCAAGTTTAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=15516906;WS=15516888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr21	15516948	rs2822432	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr21	15516976	rs7283442	T	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=223;SC=TTAACATGAGTCTCTGGATCT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=15516984;WS=15516966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	15535889	rs73346033	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr21	15537727	rs75730972	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=0.375;SC=GGGTTAAAAAAAAAACAAAGA;SOR=1.342;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=5;WE=15537735;WS=15537717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr21	15554030	rs2822438	T	C	317.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5168;FS=4.301;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=239;ReadPosRankSum=0.553;SC=AAGGTCTACATTTTCCTTTTC;SOR=2.833;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=15554038;WS=15554020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr21	15579103	rs34009097	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5009;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=138;ReadPosRankSum=-1.794;SC=TCTTCATTTTATATATGAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=11;WE=15579111;WS=15579093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
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chr21	15663777	rs34559607	A	AGTGT	329.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.98;ReadPosRankSum=0.660;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chr21	15872931	.	G	A	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=644;ReadPosRankSum=-1.460;SC=TTATTTTCTTGGGGGCTGCTT;SOR=0.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=42;WE=15872939;WS=15872921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr21	15882675	.	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GGCGTGAAATCCGTATGCACT;SOR=0.848;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=14;WE=15882683;WS=15882665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr21	15884949	rs3761320	A	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=0.265;SC=ACAGAGATGTACATTGAGTAC;SOR=1.402;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=6;WE=15884957;WS=15884939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr21	15893594	rs760345	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.425;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr21	15918714	rs12329657	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr21	15954528	rs2822785	G	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=27;PP=1120;SC=GAGGAGCAGTGGTCCCAGGGT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=15954536;WS=15954518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr21	15954660	rs2822787	T	C	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.00;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr21	15954681	.	CC	TT	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=994;ReadPosRankSum=0.213;SC=CTGGATCTACCCAGTGATGCA;SOR=0.621;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=31;WE=15954690;WS=15954671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,47:0.32:149
chr21	15964920	rs466913	C	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=16;PP=517;SC=CATTTGACTACATAAGTATCT;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=15964928;WS=15964910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	15966421	rs460852	T	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.11;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	15974409	rs456067	T	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=11;PP=292;SC=AGAAAATCATTTTCATTTAGA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=15974417;WS=15974399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	15984982	rs2822809	C	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;ReadPosRankSum=-1.649;SC=TAAATATAAACGGAAAATATT;SOR=0.656;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=30;WE=15984990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr21	15988184	.	CAAAAAA	C	109.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr21	15991786	rs1292586	C	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=235;SC=GACTCATTTACGATCAAGCAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=15991794;WS=15991776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	16015250	rs458292	A	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=4;PP=396;SC=TGTATTAATAAGTATCATTAG;SOR=3.014;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=20;WE=16015258;WS=16015240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	17116359	rs140356438	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=74;ReadPosRankSum=-1.971;SC=GCTGGGTGGCGCCAGGAGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=7;WE=17116367;WS=17116349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr21	17238511	rs71317630	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr21	17238521	rs147076784	AAT	A	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=1.169;SC=TTGATTTACAAATATATATAT;SOR=0.991;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=17238530;WS=17238501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr21	17250214	.	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr21	17443540	.	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=2.167;SC=TCTCTCTTAGGGTGCCACTAC;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=12;WE=17443548;WS=17443530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr21	17533255	rs34726086	G	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.852;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=368;ReadPosRankSum=1.504;SC=CGTTATCCAAGATACTAGGGA;SOR=1.118;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=28;WE=17533263;WS=17533245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr21	17560174	rs10629120	T	TTCCTTCCC	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.131;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr21	17560189	.	C	CCTCCTTCT	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=1.171;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr21	18814243	rs208893	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTCTACTGCTTCTGTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=18814254;WS=18814233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr21	18914370	rs1542800	T	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=-0.120;SC=GGTGATTTTTTAATAAGATTT;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=9;WE=18914378;WS=18914360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr21	18915188	rs2824340	C	G	58.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr21	19190427	rs243556	C	T	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr21	19506715	rs2824647	C	T	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.42;ReadPosRankSum=1.084;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,72:0.77:94
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chr21	19642551	rs74740848	G	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=0.049;SC=TAAAAAATATGATTTAATTGC;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=11;WE=19642559;WS=19642541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr21	19651241	rs59972471	GTT	G	54.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr21	19666526	rs6517807	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.668;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr21	19666530	rs4395327	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-1.668;SC=ATGGGACGCTTGGCAGTGTCT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=19666538;WS=19666520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr21	19666901	rs1540000	T	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.270;SC=AAGTGGGATATGACAACATAT;SOR=1.445;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=19666909;WS=19666891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr21	19670118	rs2824721	G	A	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr21	19704296	rs1155847	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=261;SC=ACATGATAGGCGTACCCATGT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=19704304;WS=19704286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	19704563	.	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=180;ReadPosRankSum=-1.861;SC=ATATGCCAGCGAATTTTCAAT;SOR=1.077;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=12;WE=19704571;WS=19704553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr21	19725095	.	T	A	54.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AATTGAATTTTTAAAAAACCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=19725103;WS=19725085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr21	19744415	.	ATGTG	ATGTGTG,A	193.74	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.4988,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.791;NF=5,5;NR=0,0;PP=22,180;ReadPosRankSum=0.213;SC=TGAGATTAGAATGTGTGTGTG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5,5;WE=19744426;WS=19744405;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.71:14
chr21	19756040	rs2824790	C	G	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=34;PP=1398;SC=TTTACATTTTCATCTGACACC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=78;WE=19756048;WS=19756030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr21	20058298	rs6517825	C	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	22643720	rs8127865	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	22656409	rs34246223	AT	A	136.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=98;SC=CTGTTACATAATTTTTTTTCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=22656417;WS=22656399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	22658544	rs111713483	TTTTGTGA	T	1107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=7;PP=754;SC=GCAATGATACTTTTGTGATTT;SOR=1.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=13;WE=22658558;WS=22658534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	22664619	rs60892739	T	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.749;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr21	22696837	rs232467	C	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=237;ReadPosRankSum=-2.027;SC=TATGCACCCCCCTCCCTCTGG;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=17;WE=22696845;WS=22696827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr21	22696881	rs11334381	TG	T	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=356;SC=GGAACAGTATTGGGGATCTTA;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=22696889;WS=22696871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr21	22757976	rs2826822	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5977;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=265;ReadPosRankSum=1.662;SC=TTTCCGAGGCGTTACTTTACT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=20;WE=22757984;WS=22757966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
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chr21	26965148	rs1135638	G	A	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr21	26969703	rs1135618	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=113;SC=CATGAGCATCTTTTGTGAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=26969711;WS=26969693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	26973663	rs140202502	A	ATATACT	4299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=20;PP=2815;SC=ACAAAAAGACATATATGTATA;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=41;WE=26973671;WS=26973653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr21	26976250	rs7278164	A	G	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.89;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr21	26979628	rs9653688	G	A	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=39;PP=2276;SC=TGCCCCGCGGGACCTCCCCGG;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=116;WE=26979636;WS=26979618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr21	27056099	rs2829863	C	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=0.306;SC=TGTCACCAAACTTTAGGACAG;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=27056107;WS=27056089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr21	27062232	.	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=0.489;SC=AGATTAGAGTGGAAGAAACTG;SOR=0.791;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=5;WE=27062240;WS=27062222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr21	27141273	rs56048433	C	CATTT	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr21	27326859	rs2829997	G	A	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=387;SC=TCCTCTGGGGGAAAATACATG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=27326867;WS=27326849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	27327100	rs417676	G	A	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=83;SC=ACGGAGTCTCGCTCTGTCGCC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=27327108;WS=27327090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	27327862	rs2251337	G	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=372;SC=CGGAGAATGCGTGGGATCCTG;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=27327870;WS=27327852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	27328175	rs440666	T	C	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=23;PP=728;SC=CATGTGAACGTACTGTGAGTC;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=27328183;WS=27328165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	27369481	rs2051504	C	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=3;PP=128;SC=GTCAATGATGCTCTTAGCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=27369489;WS=27369471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	27382362	rs11455808	A	AG	1855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=850;SC=GGGAAGACTGACATGTACACC;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=27382370;WS=27382352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	27382417	rs2409166	C	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=451;SC=AGCAGGCAAACAACCTACAGA;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=27382425;WS=27382407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	27423561	rs2070655	G	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr21	27840793	rs17002187	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=-1.539;SC=ATCGCCCATTGGCACATGTTC;SOR=0.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=9;WE=27840801;WS=27840783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr21	27840930	rs371412046	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.787;SC=ATCTCGTGGTCGTGACCGTAG;SOR=0.555;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=27840938;WS=27840920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr21	27852724	rs966410	A	G	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr21	27938575	.	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr21	27945141	rs62216535	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=451;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GTGACCCAAGGGCAGCCCCGA;SOR=1.030;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=27;WE=27945149;WS=27945131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr21	28210657	rs229042	T	C	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	28212760	rs436525	G	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	28215619	rs422381	T	C	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=79;SC=CCAGGCATGATTGATTATTTG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=28215627;WS=28215609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	28215826	rs373460567	C	CACA	2126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=771;SC=AAGCACTGCACAGAGAGAAGG;SOR=0.909;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=14;WE=28215844;WS=28215816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	28215836	rs3838077	GC	G	1619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=587;SC=CAGAGAGAAGGCCGTAGCAGG;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=28215844;WS=28215816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	28215987	rs417301	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=12;PP=339;SC=TCAGCCCGCCTGGGTCAGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=28215995;WS=28215977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	28216038	rs422803	C	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=11;PP=367;SC=GAACAGAGATCCTAGCGTAGC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=28216046;WS=28216028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	28216066	rs370850	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=10;PP=437;SC=GGTACCTTCCCAGGTCACCAT;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=28216074;WS=28216056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	28216240	rs451792	G	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	28216299	rs428616	T	C	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=114;SC=TGCTTTGCTTTAGTTTGCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=28216307;WS=28216289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	28216437	.	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.52;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr21	28216445	rs408358	A	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.36;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	28216595	rs428785	C	G	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=28;PP=1383;SC=GACCACTGAGCCCCTTCGTCC;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=67;WE=28216603;WS=28216585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr21	28216692	rs445784	G	T	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=39;PP=1474;SC=ACGTGCCGCCGACGTCGCCCT;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=28216700;WS=28216682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr21	28217178	rs434857	T	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=27;PP=1049;SC=GCGTGGGTACTGGCCCAAAGC;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=28217186;WS=28217168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr21	28217320	rs402007	C	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=27;PP=779;SC=GAGCGAGGGACCTTTAGTTCG;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=42;WE=28217328;WS=28217310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	28296324	rs151065	A	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=5;PP=523;SC=CGACTGCATCAGTGCTGAATC;SOR=1.981;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=28296332;WS=28296314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	28302355	rs226794	A	G	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=47;PP=1330;SC=ATTACTGTACAGCCTACATTC;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=28302363;WS=28302345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr21	28305212	rs2830585	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.745;SOR=1.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,15:0.19:81
chr21	28305477	rs2830586	T	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=0.956;SC=ACAGATACAGTTATATTTTCA;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=5;WE=28305485;WS=28305467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr21	28307173	rs162495	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GAGCACGAGGCACCCATGAAT;SOR=0.160;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=28307181;WS=28307163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr21	28326276	rs233894	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=139;SC=GCAAAAATTGGGCTCATTTAG;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=28326284;WS=28326266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	28326941	rs162506	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=0.471;SC=CAAATTTAATTCCCAGTGGTA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=28326949;WS=28326931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr21	28338423	rs55933916	C	G	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1471;ReadPosRankSum=-0.696;SC=AGAGGAACCTCCGGCCGCCCG;SOR=0.789;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=51;TCR=80;TR=91;WE=28338431;WS=28338413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,159:0.67:239
chr21	28338581	rs3746840	G	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=0.846;SC=TGCCGCCGGCGGGGCTGGGCG;SOR=0.770;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=4;WE=28338589;WS=28338571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr21	30250555	rs2205446	T	C	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=593;SC=GAATAATCCTTTTGGTGAAAG;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=30250563;WS=30250545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	30250615	rs2205447	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	30250812	.	T	C	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=25;QD=29.8856062736;SC=TCATCATTTTTTAGTGTGTAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=30250820;WS=30250802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr21	30252088	rs2205449	T	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=0.825;SC=ATCAGAGTAGTCTGTGATAGC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=6;WE=30252096;WS=30252078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr21	30254695	rs2254507	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=20;PP=512;SC=AAAATTAGAACGTATTCAATA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=30254703;WS=30254685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	30257418	rs1997605	G	A	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=12;PP=982;SC=TCATCTGCAAGTGGACCCCGC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=30257426;WS=30257408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	30257560	rs1997606	C	G	7241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.36;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr21	30257568	rs1997607	T	C	7132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr21	30257729	rs2859734	A	G	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=11;PP=290;SC=GCATGCCCTCACCCTCATGCG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=30257737;WS=30257719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	30303388	rs58579273	G	GGT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr21	30315681	rs2705666	T	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-2.128;SC=ACATTATTTTTAAATATGTGA;SOR=0.093;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=30315689;WS=30315671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr21	30318466	rs2243552	T	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr21	30338293	rs5843357	G	GC	1009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=409;SC=ATGGGGTTTTGTATGTTGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=30338301;WS=30338283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	30341891	rs2254796	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr21	30357163	rs2245431	G	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=201;ReadPosRankSum=-2.917;SC=TTTTTAAGTAGGGAGCCAACT;SOR=0.619;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=23;WE=30357171;WS=30357153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr21	30357307	rs2245434	C	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=400;SC=CAGACATTTCCGGATATGCTA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=30357315;WS=30357297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	30365322	rs2249028	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CGCCACCGGAGACGTCACAGC;SOR=0.813;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=12;WE=30365330;WS=30365312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr21	30365352	.	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=40;ReadPosRankSum=-0.783;SC=GCCTGTCTGAGTGATGTCATT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=30365360;WS=30365342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr21	30410791	rs146577278	CTGAA	C	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.350;NF=0;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=1.395;SC=ACTTTCCTCTCTGAATGTGTG;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=3;WE=30410802;WS=30410781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr21	30414724	rs2254872	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=312;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TCCCACAGGGCAGGGAGGATC;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=24;WE=30414732;WS=30414714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr21	30439335	rs139906177	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=0.480;SC=GAACAACATACCAAATTAGGA;SOR=0.721;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=11;WE=30439343;WS=30439325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr21	30442475	rs2183569	T	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	30442481	rs2183570	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	30445774	rs2070611	G	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr21	30445948	rs2070610	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;ReadPosRankSum=0.419;SC=CGACCGCTCGGAAGACCGCGG;SOR=0.968;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=15;WS=30445938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr21	30445961	rs2012645	G	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.931;SC=GACCGCGGAGGAAGCGAGGAG;SOR=0.405;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=27;WE=30445969;WS=30445938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr21	30481371	rs2832181	G	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=-2.460;SC=GTTGACATTCGTAACCTTCCT;SOR=0.627;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=12;WE=30481379;WS=30481361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr21	30481612	rs2832182	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.979;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr21	30532146	rs66780570	TA	T	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr21	30714776	rs388707	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chr21	30961131	rs363433	C	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=286;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TGCATATTTTCAGATATGTTA;SOR=0.633;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=21;WE=30961139;WS=30961121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr21	30961186	rs2229899	G	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.936;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,59:0.40:148
chr21	30963590	rs363432	G	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=451;ReadPosRankSum=0.804;SC=TGTCAGTGTGGCATTTACACC;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=32;WE=30963598;WS=30963580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr21	30969901	rs363431	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=3;PP=127;SC=CAACATCCCATGCACCATCGT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=30969909;WS=30969891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	30971183	rs363430	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=493;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GACTAATAATGTCCAGATCAA;SOR=0.592;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=40;WE=30971191;WS=30971173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,70:0.67:105
chr21	31002803	rs7282163	G	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=335;ReadPosRankSum=1.029;SC=AATCAAAATAGTTCTTTAATA;SOR=0.889;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=23;WE=31002811;WS=31002793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr21	31026967	rs10637196	A	AAAAG	809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=775;SC=AAGAAAGAAAAAAAGCCTGCT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=31026975;WS=31026957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	31655212	rs1557291	A	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=11;PP=311;SC=TACTGCAGACACCAGGATAGC;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=31655220;WS=31655202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	31692168	.	T	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=-1.315;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,71:0.71:100
chr21	31709691	rs2244485	G	A	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=16;PP=769;SC=TGATTGGCACGCTGTCCTTTC;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=31709699;WS=31709681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	31720287	rs762377	A	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=288;SC=AATATTAATAAGTTTAAAACA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=31720295;WS=31720277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr21	31802768	rs2226548	G	A	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=43;PP=1428;SC=CTGGGAGCCCGCCAGCTGCCA;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=31802776;WS=31802758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr21	31803054	rs999597	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=168;ReadPosRankSum=2.759;SC=TGTGGATCTCGCTTCTATCAA;SOR=0.583;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=16;WE=31803062;WS=31803044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,35:0.33:105
chr21	31803136	.	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=1.960;SC=CCATTATTTTCATTCTTGCCA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=16;WE=31803144;WS=31803126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr21	31803159	rs1539783	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=352;SC=TCCCAATATCTTTTTATTCTT;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=31803167;WS=31803149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	31803210	rs1539784	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=205;SC=TGGCAGACTGCGAAATTAATG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=31803218;WS=31803200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	31812601	rs76898026	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=373;ReadPosRankSum=-0.279;SC=TTCACACACACACGCTCCTCA;SOR=0.660;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=26;WE=31812609;WS=31812591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr21	31812772	rs2832873	C	A	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=42;PP=1470;SC=TACCTGCCAACTGGGCTCCTC;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=31812780;WS=31812762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr21	31869286	rs2298437	T	C	5974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=62;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TGGGCGGCAGTAGCCATATCC;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=87;TCR=63;TR=147;WE=31869294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,228:0.98:232
chr21	31913981	rs5843453	AG	A	8339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=49;PP=2976;SC=GTTTTTTAGTAGAATCCAGAG;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=101;WE=31913989;WS=31913971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr21	31914000	rs1023364	T	A	9087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=63;PP=2965;SC=AGAATCCATATCCTTCACGGC;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=101;TCR=64;TR=164;WE=31914008;WS=31913990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr21	31964916	rs9305426	A	C	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=54;PP=2387;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GGCTTTGGCTATGGAGGCCTG;SOR=0.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=117;WE=31964924;WS=31964906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr21	31973516	rs198915	T	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=19;PP=535;SC=GGCTGTGGTCTTAGCGGCTAT;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=31973524;WS=31973506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	31973685	rs1961491	C	T	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=3;PP=79;SC=AAAATTTAGCCCACATTGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=31973693;WS=31973675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	31992864	rs1702405	A	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=7;PP=358;SC=ATATGAAACCAAACGGCCTCA;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=31992872;WS=31992854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	32201822	rs9982910	G	T	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=15;PP=773;SC=CATAGCAGCCGCCCAGGTTGT;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=32201843;WS=32201812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr21	32201835	rs9982675	A	C	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=17;PP=845;SC=CAGGTTGTTGATGTTGCTACC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=32201843;WS=32201812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	32201866	rs9982755	A	G	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=20;PP=878;SC=TAGCCCAGGGAGCTGTAGCCA;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=32201874;WS=32201856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	32201951	rs9982775	A	G	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=21;PP=687;SC=TGAAGGTCCCATGGAAGTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=32201959;WS=32201941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	32201969	rs35359062	GA	G	2648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=22;PP=1196;SC=TGGTCCCATAGAATAGGGTAT;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=32201977;WS=32201959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	32202106	rs2833118	T	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.63;NF=3;NR=13;PP=352;SC=CAGGGCTTTTTATACCTCAAG;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=32202114;WS=32202096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	32253620	.	G	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=780;ReadPosRankSum=1.690;SC=GGAGACACATGAAGTTCGCCG;SOR=0.690;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=49;WE=32253628;WS=32253610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,80:0.73:110
chr21	32434766	rs2070405	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-1.163;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.991;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr21	32493031	rs762194	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=440;ReadPosRankSum=0.221;SC=CAGTGTCCCCACCACCGGGGG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=33;WE=32493039;WS=32493021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,41:0.32:127
chr21	32493204	rs2073371	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=0.114;SC=CATGCTTTACGTGAGATGAAA;SOR=0.885;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=19;WE=32493212;WS=32493194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr21	32499473	rs2070410	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CTCTGCATCTAAAGAAATTAA;SOR=0.714;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=17;WE=32499481;WS=32499463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,27:0.27:100
chr21	32499577	rs2833286	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=-0.987;SC=AATGCAGAACACTGTATAAGA;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=11;WE=32499585;WS=32499567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr21	32502411	rs112890688	AG	A	81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.25;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr21	32524852	rs9305453	A	G	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=13;PP=710;SC=CCTTAGGAACAGACCCCACTG;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=32524860;WS=32524842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	32525302	rs723470	A	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=73;ReadPosRankSum=0.381;SC=TTTCAGTGTTACGCATGTCCC;SOR=0.580;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=7;WE=32525310;WS=32525292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr21	32525345	rs723469	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GTCAAACCACGGTATGATGGT;SOR=0.778;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=10;WE=32525353;WS=32525335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr21	32526525	rs12482307	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr21	32585850	.	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=316;ReadPosRankSum=0.875;SC=CGAAACGTAGGAAGGGGGAAG;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=22;WE=32585858;WS=32585840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr21	32617688	.	TAAAAA	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr21	33038631	.	G	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr21	33057312	rs367618143	TG	T	61.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr21	33068962	rs7280330	T	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=-0.790;SC=CAGGGGGTACTGCGGCAGCAG;SOR=0.846;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=16;WE=33068970;WS=33068952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr21	33073985	rs204734	T	C	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=151;SC=GAAAAGCAGATGTATTTTCTC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=33073993;WS=33073975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	33312539	.	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=2.228;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr21	33331458	rs3819152	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-1.085;SC=CCGTCTCTCAATGGCCACTCA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=33331466;WS=33331448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr21	33355760	rs737103	G	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=344;SC=CCAAGCGCTGGTTTAAAAATT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=33355768;WS=33355750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	33641240	rs57672040	A	AT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.438;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr21	33651221	.	G	A	3778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=51;PP=1506;ReadPosRankSum=-2.105;SC=AGTCTTCGGAGAGTCTCTTGC;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=98;WE=33651229;WS=33651211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,177:0.66:269
chr21	33690293	rs2070380	C	A	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=197;SC=GTCAGCACTGCGGCACCCTGA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=33690301;WS=33690283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	33691502	rs11402028	G	GC	850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=5;PP=632;SC=GGCCAGAAGGGCCCCCTGGCG;SOR=1.863;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=33691510;WS=33691492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	33691754	rs958828	G	A	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=32;PP=871;SC=CCTTCAATCCGCCACATCCTG;SOR=1.131;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=52;WE=33691762;WS=33691744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	33694224	rs3761342	C	G	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr21	33710001	rs13046776	C	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	33719695	rs2070378	C	T	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	33721843	rs743306	T	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=325;SC=GGTTCACAGCTACCAGGCAGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=33721851;WS=33721833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	33726201	rs2298363	C	T	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=8;PP=397;SC=ACAGACTAGCCGGCCAGGTGC;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=33726209;WS=33726191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	33730013	rs7283283	T	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	33740637	rs7276783	G	A	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=353;SC=TCGGCCTCCCGAAGTGCTGGG;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=33740645;WS=33740627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	33749533	rs4816431	A	C	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=11;PP=1047;SC=AGCCTACGGGAACAGAGGCCA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=33749541;WS=33749523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr21	33839992	rs111977143	T	G	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.949;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=440;ReadPosRankSum=2.139;SC=TCAATTTTTGTTTTTGCTTCA;SOR=0.304;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=31;WE=33840000;WS=33839982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr21	33840095	rs8130653	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-2.724;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,45:0.35:127
chr21	33840208	rs4816434	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=388;ReadPosRankSum=-1.420;SC=GGACAGAATTAATAGAATATA;SOR=0.086;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=33840221;WS=33840198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr21	33840317	rs34740520	C	CATAT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=1.710;SC=AATAAACTCCCGTGTGTGTGT;SOR=1.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=2;WE=33840325;WS=33840307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr21	33949056	rs2833909	A	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr21	33949059	rs7520	G	A	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.36;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr21	33954763	rs62214717	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.742;NF=5;NR=17;PP=374;ReadPosRankSum=0.795;SC=AACCTCTCAGATGTCACAATG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=22;WE=33954771;WS=33954753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr21	33956362	rs2833916	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.578;SC=CCCGGGGTGGTGCATTCCTAC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=6;WE=33956370;WS=33956352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr21	33956579	rs2017816	T	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=-1.771;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr21	33979904	.	C	CAAA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr21	33997466	rs701730	A	G	73.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TCTATTGACTACTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=33997474;WS=33997456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr21	34003928	rs71640263	A	AAGTATT	3644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.633;NF=8;NR=26;PP=2065;ReadPosRankSum=-0.493;SC=ACAGAACTCAAAACATTACTT;SOR=0.605;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=34;WE=34003936;WS=34003918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,90:0.73:124
chr21	34011412	rs2230766	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=0.727;SC=TGAGGCTTCAGTGGTTCAGGA;SOR=0.760;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=34011420;WS=34011402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr21	34018437	rs844978	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=300;ReadPosRankSum=-0.075;SC=AAATAGTTAACGGGTTCATAC;SOR=0.397;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=20;WE=34018445;WS=34018427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr21	34050937	.	AAT	A	945	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.21;NF=10;NR=3;PP=945;QD=74.6923076923;SC=TAACAAATAAAATATAAAGTG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=13;WE=34050950;WS=34050927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr21	34050939	rs201012663	TA	T	1033.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.883;QD=22.47;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr21	34050941	rs150500694	TA	T	1034.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.887;QD=21.56;ReadPosRankSum=-0.933;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr21	34050942	.	A	T	936	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.17;NF=17;NR=3;PP=936;QD=48.5385606274;SC=AATAAAATATAAAGTGCACAT;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=20;WE=34050950;WS=34050927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr21	34056293	rs75924460	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.448;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr21	34059207	rs844975	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-2.811;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr21	34127438	rs5843565	TA	T	231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.87;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	34128717	rs7279405	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=333;ReadPosRankSum=0.271;SC=GTGGAATACAGAGATGTCTGT;SOR=0.633;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=22;WE=34128725;WS=34128707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr21	34157235	rs35174687	GT	G	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.700;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr21	34165864	rs2231391	C	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GTTTCTTTTTCTTTTGTTTTT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=34165872;WS=34165858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr21	34166190	rs74617086	A	T	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=29;PP=1309;SC=TATATGATTTAAAGGCTGAGT;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=67;WE=34166198;WS=34166180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	34166343	rs2231390	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=1.448;SC=GATGCTTGGCCTCCATGTTGA;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=27;WE=34166351;WS=34166333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,47:0.30:158
chr21	34169181	rs762228	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.590;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr21	34169317	rs72564613	C	CT	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=199;ReadPosRankSum=0.917;SC=TATTGGTTTGCGGAACATGTG;SOR=1.220;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=34169325;WS=34169307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr21	34399045	.	A	ACT,ACTCT	154.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.327;NF=5;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=0.199;SC=TCACTGACTCACTCTCTCTCT;SOR=0.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=7;WE=34399053;WS=34399035;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.40:20
chr21	34399401	rs762178	A	G	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=431;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GCTTCAAGTCATCCTCGTCCA;SOR=0.713;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=42;WE=34399409;WS=34399391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,67:0.31:213
chr21	34538065	rs11444667	C	CT	1493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=948;SC=TGGCCTCCTTCTTGTATCCCC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=34538073;WS=34538055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	34540594	rs11379155	C	CT	593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=380;SC=TGCTATAGAGCTGGAATTTAT;SOR=2.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=34540602;WS=34540584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	34542356	rs2834118	A	G	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=26.49;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr21	34617213	rs2834158	T	C	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=27;PP=826;SC=AGAATACAACTGTGGGTTCCA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=34617221;WS=34617203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr21	34617729	rs2252639	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=279;SC=AAGTCCTGTTATCTGAGGACA;SOR=1.220;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=34617737;WS=34617719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	34617950	rs2252650	A	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=49;SC=GACATAATGGATGGAGTCCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=34617958;WS=34617940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	34624386	.	C	CATCTATCTATCT	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=1157;ReadPosRankSum=0.458;SC=AGACCCCATCCATCTATCTAT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=4;WE=34624394;WS=34624376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr21	34624917	rs2236757	A	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=176;SC=ATTAAGGCCTACCTCTAAATG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=34624925;WS=34624916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	34635065	rs9984273	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr21	34635309	.	C	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.624;SC=GGTCAGGCCTCTGCCACCTCT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=72;WE=34635317;WS=34635299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,88:0.62:142
chr21	34638859	rs2239573	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-2.310;SC=TGGGAACCGGGAGGCCCCGCG;SOR=1.506;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=4;WE=34638867;WS=34638849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr21	34649123	rs2285020	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=285;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TTCCACATTGGTTGGTCCATC;SOR=0.463;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=25;WE=34649131;WS=34649113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr21	34666111	rs139112783	CAA	C	322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.52;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,11:0.73:15
chr21	34666160	rs999261	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=388;ReadPosRankSum=2.055;SC=GCATGAACTAAGAATCCTCTA;SOR=1.109;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=24;WE=34666168;WS=34666150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr21	34666376	rs1467845	A	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=29;PP=956;SC=CTGCTGGCATAAGCTCTCACC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=34666398;WS=34666366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	34666390	rs999260	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TCTCACCTCCGAGGCTAGAAG;SOR=0.478;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=21;WE=34666398;WS=34666366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr21	34668747	rs3171425	A	G	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=41;PP=1700;SC=GGCAGCAAACAAGGGCCAAGA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=34668755;WS=34668737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr21	34668976	rs8178562	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=0.261;SC=AAACAGGGCCGAGCACAGTGG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=34668984;WS=34668966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr21	34697264	rs2850015	T	C	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=16;PP=658;SC=GCAGCGCGTGTGCAGAGGGGC;SOR=0.866;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=37;WE=34697272;WS=34697254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	34707808	rs2243592	T	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=1.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr21	34717531	rs180872415	T	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.223;SC=TGCTTTTTTTTATCTGTTCTT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=4;WE=34717539;WS=34717521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr21	34726127	rs2856973	T	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-0.918;SC=AACAGCTAGGTAATGAACAGA;SOR=0.098;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=16;WE=34726135;WS=34726117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr21	34793706	rs2834214	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr21	34799084	rs146481328	C	CTA	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=1.068;SC=TCTACACCCACTATATATATA;SOR=0.495;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=34799092;WS=34799074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr21	34799350	rs11910627	C	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=24;PP=682;SC=GCAAGAGCATCTTTCTTTTTT;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=38;WE=34799358;WS=34799340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	34804966	rs1532	T	C	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr21	34805197	rs17883129	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr21	34809043	rs67423512	T	TA	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.262;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr21	34809049	rs2040120	T	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.49;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr21	34823252	rs2834220	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TATGCTTTGACAGGTACTTCA;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=10;WE=34823260;WS=34823242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr21	34837623	rs2248820	C	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr21	34839533	rs743334	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TGGGCTGGGTACAGAGGCTCA;SOR=0.540;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=17;WE=34839541;WS=34839523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr21	34860749	rs139852262	CAATTA	C	694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=314;ReadPosRankSum=-0.502;SC=AGGATGGGAACAATTAAATTA;SOR=0.478;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=7;WE=34860761;WS=34860739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr21	34870990	rs62226457	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=212;ReadPosRankSum=0.306;SC=TACAAAGCCTGGAAGTTGGAA;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=16;WE=34870998;WS=34870980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr21	34871107	rs35013844	AT	A	117.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.84;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr21	34871133	rs7278879	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TTAGGCCAGGCGCGGTGGCTC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=34871141;WS=34871123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr21	34889714	.	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
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chr21	34897113	rs8788	C	T	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=20;PP=1042;SC=CGAAAGCCGACGTCTTTCCTA;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=34897121;WS=34897103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	34915324	rs1041745	CG	GC	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=923;SC=CGAATTGGCCCGTGCGCCTCC;SOR=2.621;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=23;WE=34915333;WS=34915314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	34924243	rs16990760	T	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=19;PP=797;SC=GTACCCAAGATTCTGCTATGT;SOR=0.721;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=41;WE=34924251;WS=34924233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr21	34925142	rs13433428	C	T	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=28;PP=1404;SC=GTGCCATCATCACCATCTGAA;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=34925150;WS=34925132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr21	34925689	rs61739710	G	A	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=45;PP=1888;SC=TAACTGTCCTGGAGCCTTCGG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=98;WE=34925697;WS=34925679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr21	34926260	rs13047599	C	T	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=49;PP=1587;SC=GACTAAACAGCGCACAGTATT;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=89;WE=34926268;WS=34926250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr21	34927751	rs34040109	A	AT	641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=459;SC=TTAAACCTTAATTTTTTTCTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=16;WE=34927759;WS=34927741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	34948684	rs34377180	G	GA	1528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=9;PP=876;SC=TTGAGAAATGGAGCCCTTACC;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=34948704;WS=34948674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	34948696	rs34373121	GA	G	1767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=12;PP=993;SC=GCCCTTACCAGACCCAATTGT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=34948704;WS=34948674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	34959776	rs7283856	G	A	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=173;SC=CAAATCCTATGAAAAAAAAGT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=34959784;WS=34959765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	34968605	rs150787088	GTA	G	135	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=111;SC=ATTTTGCTAAGTATATGTCAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=34968614;WS=34968595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	34985754	rs2276226	T	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	35012719	rs6517185	GG	CT	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=842;SC=AGTTTGAATCGGGGCTTTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=35012728;WS=35012709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	35124253	rs2834255	A	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=263;SC=GGTTAAGGCCATTACCTGATT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=35124261;WS=35124243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	35134084	rs11444980	G	GC	2160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=19;PP=1366;SC=TTTTTACAAAGCCCTGCGGTA;SOR=1.033;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=34;WE=35134092;WS=35134074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	35174897	rs11390596	T	TA,TAA	703.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.4979,0.5021;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=0,0;NR=21,21;PP=5,209;SC=TTGTGCTTTTTAAAAAAAAAG;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=21,21;WE=35174905;WS=35174887;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:33
chr21	35186127	.	CT	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr21	35201947	rs1108000	C	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=51;SC=AGGTTATTGCCTCATACACCG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=35201955;WS=35201937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	35228953	rs9305535	A	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=11;PP=869;SC=AGCCCTCAGGACCCAGCAGCC;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=35228961;WS=35228943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	35230987	rs2073367	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr21	35237349	rs9984732	A	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=6;PP=570;SC=AGTGGCCCTTAAGGCTGTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=35237357;WS=35237339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	35237608	rs9976801	T	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=22;PP=493;SC=AGAAGACGGATGAGGCCCCAG;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=35237616;WS=35237598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	35239562	rs56279221	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr21	35239570	.	CC	TT	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.344;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr21	35247576	rs73203605	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CTGCCCCGCTGGGCCTGGTCC;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=11;WE=35247584;WS=35247566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr21	35247611	rs2298681	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=638;SC=TCACAGGCCCGCCCACATTGC;SOR=1.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=38;WE=35247619;WS=35247601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	35247873	rs933130	C	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=455;SC=CAGAGCCTCGCCTGCCAGCCT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=35247881;WS=35247863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	35260481	rs2073370	T	C	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=0.374;SC=CGGAGATCCGTGTGGCGGACA;SOR=0.683;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=24;WE=35260489;WS=35260471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr21	35275955	rs9980730	G	A	4180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=49;PP=1440;SC=TACAAAAGAAGTAAGACTGGA;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=85;WE=35275963;WS=35275945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr21	35276209	rs2834293	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=-1.175;SC=ATAACCCGAGAAAACGTACCA;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=7;WE=35276217;WS=35276199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr21	35278919	rs3831798	A	ACT	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.990;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=460;ReadPosRankSum=2.362;SC=ATTATAGCCCACTATCAAGTC;SOR=1.314;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=11;WE=35278927;WS=35278909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr21	35281393	rs4591	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr21	35284734	rs2211873	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr21	35287965	rs9979313	C	T	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=888;ReadPosRankSum=-1.744;SC=CCCTGGTGCTCGAGGTTTGGT;SOR=0.720;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=60;WE=35287973;WS=35287955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,107:0.64:168
chr21	35446136	rs79607614	C	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=14;PP=370;SC=GCCGCGGGACCCCGGGCCTTC;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=35446144;WS=35446126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	35467372	rs11295804	AC	A	319.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=238;SC=AAAGACTTTGACCCTGCTGTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=35467380;WS=35467362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	35467472	rs11295803	AG	A	2867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=1297;SC=CTGTCATTGGAGCGCTATTAT;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=30;WE=35467480;WS=35467462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	35467645	rs8129891	A	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=21;PP=781;SC=GACCTGGGTAACAATTGGTGC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=35467653;WS=35467635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	35469193	rs4817617	C	A	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr21	35469708	rs35685523	G	GA	38.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=77;SC=GGTCTTTGGGGAAAAAAGTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=35469716;WS=35469698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	35742722	rs9305548	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=1.225;SC=AGAAAAGATCCGTTTTCCTAA;SOR=0.307;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=9;WE=35742730;WS=35742712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr21	35821419	rs2070357	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.60;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr21	35821821	rs1805127	T	C	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=879;ReadPosRankSum=0.138;SC=TTGCCGTCACTGCTGCGGGGG;SOR=0.690;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=74;WE=35821829;WS=35821811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,121:0.65:186
chr21	35985895	rs915540	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=357;SC=AGGAAAAGGTCTGAAATGCTG;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=35985903;WS=35985885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	36041978	rs7280973	A	G	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=110;SC=AGGTGCCCCAAGGAGGGGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=36041986;WS=36041968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	36042203	rs9680380	G	C	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	36080204	rs6517253	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=64;ReadPosRankSum=0.143;SC=CCAGATTCTCACGGTGGCCCA;SOR=0.495;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=36080212;WS=36080194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr21	36164405	rs13051066	G	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr21	36165041	rs11700756	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr21	36193871	.	T	C	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=23;QD=28.8856062736;SC=CTGAGGGCTGTCATCTTTCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=36193879;WS=36193861;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr21	36410912	.	GTG	CTC	83	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=25;NF=1;NR=2;PP=83;QD=45.4892916207;SC=CTCTCTCTCTGTGTGTGTGTG;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=3;WE=36410922;WS=36410902;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,3:0.25:12
chr21	36411119	rs3746865	G	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=2.416;SC=AAGCCTGGCAGCCTTGGCCGA;SOR=0.917;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=15;WE=36411127;WS=36411109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr21	36419856	.	ACACTCT	A	475	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=76;MMLQ=27;MQ=51.72;NF=7;NR=2;PP=475;QD=53.1111111111;SC=ACACACACACACACTCTCTCT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=9;WE=36419869;WS=36419838;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr21	36421036	rs8133634	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=251;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GACAGGGAACTGGCAGGCACC;SOR=0.379;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=23;WE=36421044;WS=36421026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr21	36422282	rs10607352	AACACAC	A	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.72;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr21	36422478	rs2071029	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr21	37092980	rs9981293	G	A	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=14;PP=452;SC=GATTTGAAGCGTGTATTCCCA;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=37092988;WS=37092970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	37408608	rs68024241	AACGT	A	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=459;SC=TATTTCACAGAACGTACGTAC;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=37408619;WS=37408598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	37414194	rs35392556	C	CAA	206.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=148;SC=TTTCTATATTCAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=37414202;WS=37414184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	37420650	rs8738	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=118;ReadPosRankSum=1.608;SC=CTGTGTCCGTGGTGAGCAGGC;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=15;WE=37420658;WS=37420640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
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chr21	37443480	rs1005696	T	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=469;ReadPosRankSum=1.074;SC=TCTGTGCTTTTTCTCCTGCCA;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=33;WE=37443488;WS=37443470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr21	37443565	rs1005695	G	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CCTCCCTGTCGCACTGGTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=12;WE=37443573;WS=37443555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr21	37444120	rs35710857	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=1.936;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
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chr21	37444973	rs20572	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=3.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,42:0.25:166
chr21	37507745	rs881711	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,52:0.43:122
chr21	37518362	rs2835286	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
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chr21	37571593	rs2243723	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=19;PP=575;SC=TACCCAAGTAACCGGTATTTC;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=37571601;WS=37571583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr21	37586877	rs2850079	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.459;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr21	37599824	rs7280662	T	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-0.524;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr21	37599842	rs11431401	C	CA	84.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=1.068;SC=AAGACTCTGTCAAAAAAAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=37599850;WS=37599832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr21	37617630	rs4817788	T	G	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=59;PP=2332;SC=TACAAGCTCCTGCCACACGGA;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=128;WE=37617638;WS=37617620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr21	37618160	.	C	T	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=666;ReadPosRankSum=-1.281;SC=GCCAGAGTTTCTACGGAAAGC;SOR=0.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=53;WE=37618168;WS=37618150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,92:0.35:263
chr21	37619724	rs1023367	C	T	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=12;PP=1092;SC=GTGATCTCTCCCTAGTTCCTG;SOR=1.897;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=52;WE=37619732;WS=37619714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	37619931	rs5843755	A	AT	846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,48:0.91:53
chr21	37623447	rs2298450	C	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.52;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr21	37625935	.	C	CAA	163.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=18.19;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	37626011	rs62232368	C	T	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	37632955	.	G	A	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,93:0.67:138
chr21	37642196	rs11700664	G	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=7;PP=243;SC=TTAATGGTACGTATATGCTCA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=37642204;WS=37642186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	37649170	rs7279450	A	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=295;SC=AAAAGCTGAAAGTTAACAGAG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=37649178;WS=37649160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	37650182	rs2070516	C	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=189;SC=TCAAGTGATCCGCCCTCCTCA;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=37650190;WS=37650172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	37650235	rs2070517	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=395;SC=CCGTCGCACCTGGCCAGTTTC;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=37650243;WS=37650225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	37653705	rs7277281	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=1;PP=292;SC=ATAGAATTACACTAGTATGAA;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=37653713;WS=37653695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	37660161	rs2268299	G	A	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=403;SC=GGGATTACAAGTGCGAGCCAC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=37660169;WS=37660151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	37661180	rs9979272	A	G	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=15;PP=502;SC=TTAGATATAGAGTTGTCTAAT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=37661188;WS=37661170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	37664372	rs9977791	C	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=279;SC=CTCTTACCAGCAGACCTGACC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=37664380;WS=37664362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	37664501	rs9978057	G	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	37664554	rs55884666	C	CT	137.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr21	37664571	rs9978153	G	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=224;SC=TTTTTTTTTGGTGAGACAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=37664579;WS=37664561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	37713718	.	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr21	37729088	rs2835339	G	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.921;SC=AGAGTAAAGGGATTGTACAAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=37729096;WS=37729078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr21	37747412	rs202003065	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr21	37749689	rs2850081	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=0.086;SC=CACTTAGATACTTTTTGCTCT;SOR=0.335;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=15;WE=37749697;WS=37749679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr21	37769577	rs73902503	A	G	249.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GGGTTTTAGTACAGAGTCTCT;SOR=0.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=37769585;WS=37769567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr21	37775276	rs35705526	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=1.611;SC=TACCTGCCCATTGGAACCTCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=37775284;WS=37775266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr21	37784070	rs218630	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.624;SC=TCTGTCACCCGGGCTGGAGTG;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=37784078;WS=37784060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr21	37787572	.	CT	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,24:0.22:107
chr21	37833307	rs219780	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=-0.610;SC=ACCCGCTGTGCGTGGCCGAGG;SOR=1.383;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=12;WE=37833315;WS=37833297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr21	37833751	rs219779	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=390;ReadPosRankSum=-0.625;SC=CCATGAGGGCGCGGGCAGCCT;SOR=0.790;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=32;WE=37833759;WS=37833741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr21	38081562	rs2070647	T	G	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=23;PP=972;SC=TAGAGCGGCCTCGCCGGGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=38081570;WS=38081552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	38081577	rs2070648	C	G	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=20;PP=964;SC=GGGGGAGGAGCGCAGCCGCCG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=38081585;WS=38081567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr21	38092247	.	G	GA	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr21	38113998	rs2070519	C	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=204;ReadPosRankSum=-1.260;SC=CTGAGGACTCCTGTCACCTTG;SOR=1.078;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=15;WE=38114006;WS=38113988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr21	38128707	rs9977769	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.195;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.448;NF=3;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=0.998;SC=AGCCAAGATCGTGCCACTGCA;SOR=0.027;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=38128716;WS=38128697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr21	38128708	rs370339949	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.195;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.448;NF=7;NR=0;PP=286;ReadPosRankSum=-0.998;SC=GCCAAGATCGTGCCACTGCAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=38128716;WS=38128697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr21	38132172	rs2073420	C	T	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=680;ReadPosRankSum=0.466;SC=TTAATTAAGCCGTCACAGGAC;SOR=0.490;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=53;WE=38132180;WS=38132162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,73:0.75:97
chr21	38139632	rs2073421	C	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=158;ReadPosRankSum=-0.443;SC=ATGGACACGCCCGCGGCACCA;SOR=2.960;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=10;WE=38139640;WS=38139622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr21	38302769	rs2073425	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=-1.439;SC=AAACTGAGGGCACTCACAGGC;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=12;WE=38302777;WS=38302759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr21	38309354	.	G	A	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=918;ReadPosRankSum=-0.176;SC=TCGTAGGGAAGGTCTGGAATG;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=55;WE=38309362;WS=38309344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,84:0.80:105
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chr21	38338665	rs1055700	C	G	125.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=0.524;SC=CTCCCGGGCTCCCGGCGGGGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=38338673;WS=38338641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr21	38444995	rs7280542	A	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=154;SC=GCGCATACAGACACCCAGGCT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=38445003;WS=38444985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	38459725	rs2835583	A	G	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=507;ReadPosRankSum=-0.425;SC=CTAATTTTTCATTTTTGACAT;SOR=0.574;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=43;WE=38459733;WS=38459715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,73:0.75:97
chr21	38461326	rs2835586	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.552;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
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chr21	38463868	rs138290419	A	ATTATTTAT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr21	38466203	rs2835595	G	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=20;ReadPosRankSum=-1.090;SC=ATATAGGACCGTTGTGGACTC;SOR=0.934;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=3;WE=38466211;WS=38466193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr21	38467857	rs2251161	C	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
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chr21	38469017	rs2835601	T	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr21	38495185	rs11440324	G	GT	485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=3;PP=265;SC=TAAATTTGAGGTCCTTACTAT;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=38495193;WS=38495175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	38495213	rs11440325	G	GA	452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=280;SC=AAGTAAATTTGAAATCTTTTA;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=38495221;WS=38495203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	38495270	rs11440326	A	AT	741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=474;SC=TGTGTGTGTGATGACTTTTAT;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=38495278;WS=38495260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	38501279	rs2835617	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=135;ReadPosRankSum=0.548;SC=CAGATTTTAGGAACAAATACT;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=10;WE=38501287;WS=38501269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr21	38504928	rs67638494	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.502;NF=5;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=0.483;SC=TTTTCTTTATATGAGTAGAAC;SOR=0.627;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=38504936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr21	38512956	rs1133001	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=0.323;SC=TTGGAAAAGTATATTTGAAAA;SOR=0.527;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=8;WE=38512964;WS=38512946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr21	38517058	rs764175	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=0.833;SC=CTCCCTTACACGCATTTCCCC;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=38517066;WS=38517048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr21	38520031	.	A	AT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-2.141;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr21	38523266	rs3737540	C	A	98.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr21	38525198	rs2051162	G	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	38525356	rs1053808	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=-0.116;SC=AATACAGCCATGCTTCTCAAA;SOR=0.862;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=23;WE=38525364;WS=38525346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr21	38525652	rs767998	T	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=0.000;SC=CATTTTCATTTTCCTGCCATA;SOR=0.293;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=10;WE=38525660;WS=38525642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr21	38528866	rs2835635	A	G	241.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=32;SC=GCAAACTATAATCAGCTGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=38528880;WS=38528856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	38528872	rs10706050	TG	T	270.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=203;SC=TATAATCAGCTGGCTTTCAGA;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=38528880;WS=38528856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	38531863	rs4817852	T	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	38531871	rs2835636	T	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	38531921	rs1787365	C	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=322;SC=TAGTATGAGGCGTTATTTTAA;SOR=1.358;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=38531929;WS=38531911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	38532058	rs34771928	TG	T	2194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=1067;SC=GTAAGTTACTTGGATCACTTG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=38532076;WS=38532048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	38532068	rs113972351	G	GA	1826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=1164;SC=TGGATCACTTGAATCTTACGT;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=38532076;WS=38532048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	38532086	rs34586966	TG	T	1879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=992;SC=CGTTCTAATCTGATGTTAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=38532094;WS=38532076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	38532192	rs34367119	A	AT	426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=13;PP=524;SC=ACGTACTATTATTCATTAGAA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=38532200;WS=38532182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	38534228	rs11424055	A	AT	404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=125;SC=AATTTTAATGATTTTTCTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=38534242;WS=38534218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	38534234	rs57522570	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=3;PP=139;SC=AATGATTTTTCTCTTTAATGG;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=38534242;WS=38534218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	38537743	rs2835641	A	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr21	38539673	rs1793885	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	38539677	rs4988831	A	T	227.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	38539681	rs1793886	G	A	182.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	38539718	rs2000413	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.7346;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-0.984;SC=ACATGTTTACGGAAAGCATGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=38539726;WS=38539708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr21	38539745	rs5843802	G	GA	203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=116;SC=ATCTAAATGGGAAAAAAAACT;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=38539753;WS=38539735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	38539836	rs5843803	T	TA	1455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=10;PP=746;SC=AAGTGAATTTTATTTTTTGTT;SOR=0.954;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=38539844;WS=38539826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	38564530	rs202143959	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr21	38567902	rs2835659	C	T	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.33;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr21	38567911	rs7280251	T	C	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.530;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr21	38568009	rs1053966	G	C	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=1006;ReadPosRankSum=0.120;SC=GTCTTCAGGCGACGATGGCCA;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=70;WE=38568017;WS=38567999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,111:0.58:190
chr21	38568308	rs6579	C	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=464;ReadPosRankSum=-0.971;SC=TTATTGAGCACCTGTCAGTGG;SOR=1.165;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=30;WE=38568316;WS=38568298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr21	38593461	rs1888464	G	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,51:0.28:185
chr21	38593609	rs2835677	C	T	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=754;ReadPosRankSum=0.183;SC=GTGAGGGCGCCGTCCTCCAGC;SOR=0.900;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=177;TCF=92;TCR=85;TR=62;WE=38593617;WS=38593599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,98:0.36:275
chr21	38599934	rs11300896	TG	T	1481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=689;SC=CCATGAGGGCTGGGAGGCGAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=38599942;WS=38599924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	38600154	rs10716173	CG	C	374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=317;SC=GCAGAGGCTGCGGGGTCCACA;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=38600162;WS=38600144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	38604570	rs2835680	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=1.029;SC=AAATCTCTGCCGGCTGATGAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=38604578;WS=38604569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr21	38639752	.	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=-0.474;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr21	38850640	rs928763	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=1.948;SC=CTATCTTGCAGTATGTCATTG;SOR=0.599;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=26;WE=38850648;WS=38850630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr21	38862862	rs67837743	C	T	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=100;SC=TTGCGGTTTTCGCCATTGCAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=38862870;WS=38862852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	38877503	rs2186339	T	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr21	39086965	rs2070995	T	C	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=38;PP=1344;SC=TAATTCCCTCTGGGCATTTAT;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=39086973;WS=39086955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr21	39089242	rs3061015	ACT	A	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.529;NF=5;NR=2;PP=209;ReadPosRankSum=2.096;SC=CTTTATGGACACTCTGTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=7;WE=39089251;WS=39089232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr21	39089396	rs10602497	ATC	A	1617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=623;ReadPosRankSum=0.659;SC=TTAAAAATCAATCTCCTGGAT;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=17;WE=39089405;WS=39089386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,46:0.34:134
chr21	39089582	rs857961	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=319;SC=CAAATACCAGAATAGGTGTTG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=39089590;WS=39089572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	39212857	rs55948847	A	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=1.385;SC=GTAAGAGCAAAAGAGAAGGAC;SOR=0.663;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=17;WE=39212865;WS=39212847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr21	39213020	rs2836016	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=1.069;SC=TCCTGGAGGTGAGAAGAAAAG;SOR=0.382;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=7;WE=39213028;WS=39213010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr21	39492430	rs111572706	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=303;ReadPosRankSum=0.476;SC=GTCCAGAATCCGTAGGAGAAG;SOR=0.490;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=21;WE=39492438;WS=39492420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr21	39671476	rs2230033	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.190;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chr21	39672093	.	G	A	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=999;ReadPosRankSum=0.743;SC=TATCCCAGAGGAAATCTACTG;SOR=0.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=61;WE=39672101;WS=39672083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,68:0.64:107
chr21	39774442	rs201535917	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=0.020;SC=TAAGACCCTACGCTCTTGCTG;SOR=0.387;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=8;WE=39774450;WS=39774432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr21	39818838	rs11701207	C	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-1.042;SC=CCCTATGATGCCCTTTGTGAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=22;WE=39818857;WS=39818828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,50:0.29:172
chr21	39822906	rs9305648	G	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.435;SC=GTTTGTGTCTGTGAATGGAAT;SOR=0.903;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=15;WE=39822914;WS=39822896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr21	39870310	rs2836441	G	A	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=399;SC=GCCATAATGCGATCAAGTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=39870318;WS=39870300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	40182177	rs3746882	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=-1.266;SC=TTTGCTTACTTGCTCTGGTCC;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=40182185;WS=40182167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr21	40190443	rs115786160	C	T	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=917;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CCACACCCAGCGTACTCAGCT;SOR=0.726;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=58;WE=40190451;WS=40190433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,95:0.66:145
chr21	40190620	rs10854389	C	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.674;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=573;ReadPosRankSum=2.362;SC=ATTCTGAGAACCCCAGAGCCA;SOR=2.303;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=31;WE=40190628;WS=40190610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr21	40191431	rs457705	T	G	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=31;PP=1340;SC=TGCCAGGGACTCCCAAAGACC;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=73;WE=40191439;WS=40191421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr21	40191638	rs461155	A	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=35;PP=1085;SC=GGAGTGACCCAGTGGAGCAAG;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=40191646;WS=40191628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	40250361	rs11464500	T	TAAA	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr21	40250762	rs5843936	GA	G	1370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.794;NF=1;NR=19;PP=1359;ReadPosRankSum=0.674;SC=TGGTGCAATTGAGAGGAAATT;SOR=0.555;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=20;WE=40250774;WS=40250752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr21	40250766	rs1569306	G	A	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=1350;ReadPosRankSum=0.275;SC=GCAATTGAGAGGAAATTGCCC;SOR=0.432;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=28;WE=40250774;WS=40250752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr21	40547387	rs9305670	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=78;ReadPosRankSum=-1.742;SC=ACTACAATTAATTTTTTACAA;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=40547395;WS=40547377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr21	40552307	rs3171465	A	G	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=659;ReadPosRankSum=1.817;SC=TCCAGAGTTTAGCACAACCAA;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=43;WE=40552315;WS=40552297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,68:0.73:93
chr21	40571246	rs1041439	A	G	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=50;PP=1988;SC=CACTGGTAATAGTTGATTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=40571254;WS=40571236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr21	40574305	rs2183573	A	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	40574552	rs2150411	G	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CTAAATAGAAGTATATCATAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=40574560;WS=40574542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr21	40584412	rs8132424	A	T	96.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=70;SC=TCTCACTCTGATAATACAGTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=40584420;WS=40584407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	40584598	rs6517529	C	T	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=9;PP=357;SC=TTACTCTCCTCCTTCCAGAAG;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=40584606;WS=40584588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	40585330	rs142696785	AAAGCCAACATTTTCTTCACTTT	A	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.792;NF=3;NR=1;PP=1123;ReadPosRankSum=-1.368;SC=TTGGTACTACAAAGCCAACAT;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=40585359;WS=40585320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr21	40587003	rs11434832	G	GC	363.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=77;SC=CACCATGTTGGTACGCTGGTC;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=40587011;WS=40586993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	40587049	rs4818004	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.82;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	40597215	rs139986112	A	AAAG	1432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=22;PP=1167;SC=TACAGATAAAAAAGCCAAAAG;SOR=2.235;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=40597223;WS=40597205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	40597236	rs9977787	A	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=41;ReadPosRankSum=-1.260;SC=CACAATACAAAAACAGGCAAG;SOR=0.260;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=40597244;WS=40597226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr21	40604429	rs2836950	C	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=0.222;SC=CAAATTCTACCAAGGGGAAGA;SOR=1.002;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=32;WE=40604437;WS=40604419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr21	40636350	rs199628970	AC	A	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-1.417;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.751;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr21	40636354	rs33939736	TA	T	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=1.876;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.668;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr21	40642189	rs6517532	C	T	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=433;SC=ATTTGTTACACTGTACCAGAA;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=40642197;WS=40642179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	40648065	rs149667995	AAC	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=6.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.382;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,7:0.12:59
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chr21	40649088	rs139067275	TA	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=-0.197;SC=AAATTAAAAATAAAAGTAGAG;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=4;WE=40649096;WS=40649078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr21	40649291	.	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=1.262;SC=AAATAAAAATGGTAAGGTTTA;SOR=1.569;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=11;WE=40649308;WS=40649281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr21	40650567	rs9985148	G	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=-1.180;SC=AACACCAGAAGTCATTTACCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=40650575;WS=40650557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr21	40650621	rs973521	G	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=413;SC=TCATTTAATAGATGTTTAAAA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=40650629;WS=40650611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	40652040	rs2836971	A	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr21	40684641	rs2272578	C	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=52;SC=ACGCAGCTATCCCCGGGCCGC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=40684649;WS=40684631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	40684861	rs2297258	C	G	87.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.12;QD=29.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	40684975	rs35687055	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr21	40685239	rs34240248	A	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.26;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr21	40685246	rs34436313	A	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.02;ReadPosRankSum=0.239;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr21	40685284	rs35182074	A	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr21	40685515	.	G	GCGCCGCCGCCGC	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.95;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	40686020	rs35994303	C	T	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=883;ReadPosRankSum=2.246;SC=TTTCACGGACCGGTCGTCTGG;SOR=0.541;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=52;WE=40686028;WS=40686010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,84:0.73:115
chr21	40686078	rs9981301	G	C	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=827;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TTCGAGGACAGGAAAGCTTTT;SOR=0.604;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=59;WE=40686086;WS=40686068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,98:0.73:134
chr21	40686327	rs4624474	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr21	40715132	rs2070867	G	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=483;SC=ACACGTTGTCGTTTTATTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=40715140;WS=40715122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	40715175	rs2776308	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr21	40719241	rs2249666	C	T	40.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr21	40721611	rs2735313	A	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr21	40769017	rs1060180	G	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTTTATGAGAGAGTCTTATAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=40769025;WS=40769007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr21	40782285	.	TT	GC	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=149;ReadPosRankSum=0.517;SC=ACTGATTTTGTTGAAGAAACT;SOR=1.802;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=6;WE=40782294;WS=40782275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr21	40799955	rs2837028	A	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=0;PP=52;SC=TTCCTAATTTATTCTATAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=40799963;WS=40799945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr21	40823981	rs6517549	G	A	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=34;PP=1225;SC=CGCATTCCCTGACAGGGGTGT;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=72;WE=40823989;WS=40823971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr21	40824161	rs2837037	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.218;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr21	40847196	rs940625	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr21	40847249	rs760284	T	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=605;SC=AAATTAACATTACTTTAGTAC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=40847257;WS=40847239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	40871810	rs9974333	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=2.804;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr21	40880881	rs138818478	CTTGAA	C	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-1.319;SC=TTTAAACGTACTTGAATTATG;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=40880893;WS=40880871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr21	40883671	rs3831201	G	GAGA	671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=270;ReadPosRankSum=0.850;SC=ACTGCAGAAGGAGAAGAGCCT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=40883679;WS=40883661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr21	40969620	rs2091883	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.342;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr21	40969826	rs662571	G	C	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=42;PP=1651;SC=CGTGGATCCTGCACCAGAGCT;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=40969834;WS=40969816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr21	40981622	.	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=0.344;SC=ATGGACAAATGAGCAGGTGGA;SOR=1.358;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=18;WE=40981630;WS=40981612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr21	41032740	rs3746887	T	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=402;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AAAGAGAGGATGGTGAAGGGA;SOR=0.777;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=37;WE=41032748;WS=41032730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr21	41032804	rs734413	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=381;ReadPosRankSum=1.013;SC=CAGCGGAAACGAAAGAGGTGG;SOR=1.005;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=30;WE=41032812;WS=41032794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr21	41033399	.	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=0.209;SC=TTCCCGGGGGGAAGATTGTCC;SOR=1.675;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=41033407;WS=41033389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr21	41117368	rs403527	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-0.452;QD=15.58;ReadPosRankSum=-1.479;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr21	41117533	rs425320	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=-0.316;SC=GCTGGGAGGTTGGGACGACAG;SOR=0.938;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=15;WE=41117541;WS=41117523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr21	41137362	rs9784201	A	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=185;ReadPosRankSum=0.476;SC=TGGATGGACAACCTGGGGGTT;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=12;WE=41137370;WS=41137347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr21	41137499	rs12626544	A	G	3505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=2.756;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,89:0.60:148
chr21	41137507	rs2205204	G	C	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=6.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.19;ReadPosRankSum=0.395;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,94:0.63:150
chr21	41160242	rs456818	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=-0.625;SC=ATTAAGTACCAGAGGTAGACA;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=9;WE=41160250;WS=41160232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr21	41165301	rs464574	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=209;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CATTCTAAAGAGATGGGATCT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=41165309;WS=41165291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr21	41165462	rs2837225	C	A	2626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=1011;ReadPosRankSum=2.847;SC=CTGTTGCAGACACCGCTTCTC;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=66;WE=41165470;WS=41165452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,124:0.64:194
chr21	41165677	rs463903	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CTCCATATCAGCTGGTCAGCA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=41165685;WS=41165667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr21	41270521	rs2075719	C	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-0.630;SC=GCAGCAGGTGCGGATCATACA;SOR=0.188;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=5;WE=41270529;WS=41270511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr21	41297873	rs2037920	G	A	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=22;PP=1155;SC=CTGAATCTGGGGTATTTAGAA;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=65;WE=41297881;WS=41297863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr21	41297992	rs2037921	C	T	5629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr21	41301080	.	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CCAAATTCAACCATCATCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=5;WE=41301088;WS=41301070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
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chr21	41434841	rs2837409	T	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=7;PP=252;SC=GGAAAGAAAGTTAACATTAGT;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=41434849;WS=41434831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr21	41514492	.	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=242;ReadPosRankSum=-0.450;SC=TACCTCCGTCCATGAGGTTGG;SOR=0.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=16;WE=41514500;WS=41514482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr21	41516366	rs2297266	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=287;SC=GGGCAGACCCGAGGGAACCTT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=41516374;WS=41516356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr21	41648013	.	T	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.808;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr21	41711279	.	G	A	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.252;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,107:0.70:153
chr21	42539569	rs11316732	AC	A	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.966;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=2.398;SC=CCTCCGAGTCACCCCCGGAAG;SOR=1.000;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=5;WE=42539577;WS=42539559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,10:0.15:66
chr21	42615293	rs2252576	C	T	361.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=131;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GTAAATATTTCCTGTCCCAGG;SOR=0.836;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=42615301;WS=42615283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr21	42622657	rs960231	G	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=6;PP=319;SC=CATGGTTTCTGATGTGATCTT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=42622665;WS=42622647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	42622786	rs1046210	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,20:0.22:91
chr21	42676370	.	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CCGGCGGTTTCCCACGTGCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=42676378;WS=42676360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr21	42717605	.	A	G	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
chr21	42717662	rs417708	T	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=24;PP=520;SC=TGTATGAAGGTGGTAAGAAAA;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=42717670;WS=42717652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	42767733	rs440364	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.317;SC=TCAGGAAAGCTCTGGAATTAG;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=42767741;WS=42767723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr21	42775179	rs112479250	G	GT	1187.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.84;ReadPosRankSum=1.312;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr21	42775180	rs459763	C	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.00;ReadPosRankSum=1.481;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr21	42775555	rs462161	A	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=32;PP=1224;SC=CTCCACCGAGAACTGGCTGGT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=42775563;WS=42775545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	42803840	rs456657	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=196;ReadPosRankSum=0.308;SC=CACTCTTCTACGCTCTGGGGA;SOR=0.153;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=14;WE=42803848;WS=42803830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr21	42803858	rs463856	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=178;ReadPosRankSum=1.826;SC=GGACATCACCATGAACAACTA;SOR=0.743;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=42803866;WS=42803848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr21	42808015	rs468207	A	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=19;PP=543;SC=TACCACAGACAGGGTGGCTTA;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=42808023;WS=42808005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	42808054	rs468451	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=0.871;SC=TCTCACAGTTCTGGAGACTGG;SOR=0.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=4;WE=42808062;WS=42808044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr21	42809206	rs468646	A	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr21	42812891	rs467960	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr21	42813933	rs145807679	A	AGTGTGT	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.848;NF=0;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-0.044;SC=AGATGTGTGGAGTGTGTGTGT;SOR=0.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=5;WE=42813942;WS=42813923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr21	42817354	rs35870315	T	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr21	42817582	rs469288	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=42;ReadPosRankSum=0.965;SC=TTCCTTCTTCACTCCCCCAAG;SOR=0.921;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=6;WE=42817590;WS=42817572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr21	42817612	rs469382	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr21	42817930	rs469390	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.264;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr21	42818106	rs467773	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=2.037;SC=CTGCTACAACCGAATACCTGA;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=7;WE=42818114;WS=42818096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
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chr21	42821265	rs2280807	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.066;SC=TTCTAAAGAAAGGAAAGGTTC;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=9;WE=42821273;WS=42821255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr21	42830399	.	A	AGTCCCCTCCTCACAGTGTCCCCTCCTCACAGT	760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.765;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=8.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.05;ReadPosRankSum=0.717;SOR=3.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr21	42842713	rs112132031	C	CCTAAGGCCTCGGG	1116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=2;PP=1817;SC=GCGGGTATCACCTATGTCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=42842721;WS=42842703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	42843960	rs464431	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	42843960	.	AGT	GGA,GGT	106	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=3,5;NR=6,12;PP=106,83;QD=17.7186527625;SC=CAGAGCTCTCAGTGGATGAAC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=9,17;WE=42843970;WS=42843950;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.53:17
chr21	42843962	rs458213	T	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=9.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr21	42845374	rs2298659	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr21	42845383	rs17854725	A	G	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.43;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	42848560	rs140530035	CAG	C	4041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=34;PP=2069;SC=GCAAAAAGAACAGGGGAAATT;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=42848569;WS=42848550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	42848684	rs9985159	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=0.258;SC=AGTTACAACTCCAATAAGGTA;SOR=0.352;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=15;WE=42848692;WS=42848674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr21	42852311	rs34561135	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=277;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CAGCACTCATGTGCCGGTGCT;SOR=0.569;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=8;WE=42852328;WS=42852301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr21	42852320	rs734056	C	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr21	42852497	rs12329760	C	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
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chr21	42860593	rs3787947	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.11;MQRankSum=-0.674;NF=7;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=0.647;SC=GAGATGAAGTCTCATTCTGTC;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=18;WE=42860601;WS=42860583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr21	42879909	rs75603675	C	A	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.60;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr21	43132878	rs11701067	T	A	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr21	43133145	rs6586229	A	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=38;PP=1075;SC=TGTCGGGAAAAACAAACAAAC;SOR=1.751;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=50;WE=43133153;WS=43133135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	43133243	rs138319143	ATTT	A	310.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.92;ReadPosRankSum=1.527;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr21	43133659	rs13051745	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-2.802;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr21	43133829	rs2838096	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=176;SC=GGGTAGCAGCATCCCTGGAAA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=43133837;WS=43133819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	43161022	rs7276592	C	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=14;PP=711;SC=GCCGCAGGAGCGTGGCGGCGG;SOR=1.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=43161030;WS=43161012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	43161357	rs3746891	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=37;PP=1397;SC=TCTGAGGTCATGGCCTCCTTG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=79;WE=43161365;WS=43161347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	43161805	rs2838113	G	A	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=50;PP=2347;SC=TGCTAGACTCGTCCCCGTTCT;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=129;WE=43161813;WS=43161795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr21	43161877	rs3746893	C	T	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=71;PP=2559;SC=TGATCTTCCGCGCCAGCAGGA;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=144;WE=43161885;WS=43161867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr21	43162150	rs3746894	G	A	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=27;PP=789;SC=CGTCTGTGGTGCCCAGATCTG;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=43162158;WS=43162140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	43162200	rs3746895	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=16;PP=505;SC=TGGCTGCACATCCAGGGACGT;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=43162208;WS=43162190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	43164232	rs2277789	C	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=407;ReadPosRankSum=0.749;SC=GCTGTGAGAGCAGCTCGGAGA;SOR=0.486;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=26;WE=43164240;WS=43164222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr21	43164319	rs73906243	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-2.498;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr21	43164345	rs2277790	A	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	43167066	rs13048502	A	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=-1.030;SC=CGGCTCCCCCACTCCGTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=10;WE=43167074;WS=43167056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
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chr21	43187167	rs6586239	G	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=139;ReadPosRankSum=-2.088;SC=GCGCAGCAGCGCCAGGGCCCA;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=16;WE=43187175;WS=43187157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,41:0.35:116
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chr21	43221826	rs2236696	T	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=29;PP=948;SC=TGATGTTGGTTAAGCCGACTG;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=43221834;WS=43221816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr21	43222779	rs2838128	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=528;SC=TACACTGTGTATAGTAAAAAG;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=43222787;WS=43222769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	43224567	rs62216227	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=0.381;SC=GCCAAGAAAACAGGGTAACCT;SOR=0.620;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=10;WE=43224575;WS=43224557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr21	43224683	rs2298687	A	G	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=28;PP=892;SC=CTGGGGCCCCATGCTGCTCAC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=43224691;WS=43224673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr21	43236252	rs28657504	A	G	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=46;PP=1223;SC=CTGGGGGCCCATGCCCGAGAC;SOR=1.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=43236260;WS=43236242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	43239972	rs28477638	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=394;ReadPosRankSum=-1.685;SC=ACTCGCGGACATTGTCGTGCA;SOR=0.966;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=31;WE=43239980;WS=43239962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,50:0.30:168
chr21	43242207	rs28360603	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=126;ReadPosRankSum=-1.981;SC=GCCTTGAAACGACCACCTTCC;SOR=0.804;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=11;WE=43242215;WS=43242197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr21	43243852	rs73357703	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr21	43246223	rs28559700	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=92;ReadPosRankSum=-2.734;SC=CAAATCTTCCCTGCAATATTC;SOR=0.343;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=9;WE=43246231;WS=43246213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr21	43254485	.	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=590;ReadPosRankSum=-2.331;SC=AGAGCCCCTGGGAGTCCGCTG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=43;WE=43254493;WS=43254475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr21	43254623	rs113774580	C	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=244;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CCTGGTAGGTCTCTAAGCCGA;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=27;WE=43254631;WS=43254613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,51:0.36:142
chr21	43255509	rs2839392	C	T	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr21	43256548	rs3216763	C	CT	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=139;ReadPosRankSum=-0.090;SC=GCCCTGGCCCCGGGCGCCAGC;SOR=1.919;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=43256556;WS=43256538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr21	43258000	rs8127003	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GCTGCCAGCATTGTCTGTCCA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=9;WE=43258008;WS=43257990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr21	43298715	rs62214725	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	43299261	rs112381381	G	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	43299327	rs185321045	C	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	43309191	rs2839403	A	G	190.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=106;SC=GGTAGTTAACATGGGTGCACG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=43309199;WS=43309181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	43315057	rs2839411	C	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=691;SC=CCCACCTCCACGAGCAACACC;SOR=1.445;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=36;WE=43315065;WS=43315047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	43319534	rs511247	A	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=-1.323;SC=TTTGAAAAGAACTGAAAAGCA;SOR=0.982;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=4;WE=43319542;WS=43319524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr21	43325742	rs35279709	CA	C	1071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=716;SC=CAACTTTTTCCAAATTCTGAA;SOR=1.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=19;WE=43325750;WS=43325732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	43327856	rs3746906	A	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=16;PP=606;SC=GCTGCTTCTTAAATAAGTCCA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=43327864;WS=43327846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	43332605	rs201192263	T	TA	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	43332608	rs11387062	T	TA	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	43332611	rs11387061	T	TA	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	43332623	rs2026283	A	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	43334669	rs3746907	G	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=2;PP=213;SC=GGGGCTGGAAGAGCCCCTCCA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=43334677;WS=43334659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	43334896	rs3746908	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=16;PP=518;SC=GGAAGTAGCCACTGGACTCCT;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=43334904;WS=43334886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	43338415	.	A	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TCAGGTGACTAAAACCATGCA;SOR=1.038;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=43338423;WS=43338405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr21	43413553	rs871546	T	G	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=38;PP=1517;SC=TCAAGAGACTTTGCATATACC;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=80;WE=43413561;WS=43413543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr21	43413651	rs871545	T	C	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CTTATTGGTATTGGCCTTGAC;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=70;WE=43413659;WS=43413641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,105:0.67:157
chr21	43413731	rs915837	C	T	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=50;PP=1501;SC=TTTTTCCTTGCGCTTCGTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=84;WE=43413739;WS=43413721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr21	43496017	rs220285	C	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=367;SC=GGGAGGTGTGCTCTCACTTGC;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=43496025;WS=43496007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	43496381	rs220286	G	T	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=30;PP=913;SC=GCTGGGCTGGGGCGGGGCCAC;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=43496389;WS=43496371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	43504228	rs7278485	T	C	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=538;ReadPosRankSum=1.215;SC=CGTCAAGACCTGGGGCCTGCC;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=50;WE=43504236;WS=43504218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,82:0.69:118
chr21	43510514	rs2839464	C	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-0.440;SC=AAGCTCCAGCCACGTCTCCAC;SOR=0.426;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=8;WE=43510522;WS=43510504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr21	43530897	rs220125	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=203;ReadPosRankSum=0.254;SC=GGGATGCAGAGCAGTCCTGCT;SOR=0.327;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=15;WE=43530905;WS=43530887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr21	43531008	rs220126	T	C	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=456;ReadPosRankSum=-0.302;SC=GTGAGCCCCATGGGCGGTGGA;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=41;WE=43531016;WS=43530998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,68:0.62:110
chr21	43531403	rs220127	C	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=433;ReadPosRankSum=0.063;SC=CCCCAGCCAGCGGAGCACCAG;SOR=0.988;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=23;WE=43531411;WS=43531393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr21	43531553	rs220128	A	C	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=46;PP=1792;ReadPosRankSum=0.078;SC=CCCGAAGGCTACTGGGTCAAC;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=114;WE=43531561;WS=43531543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,165:0.63:263
chr21	43531632	rs220129	T	C	5271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,248:0.63:395
chr21	43531848	rs220131	C	T	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=46;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TGCATGGGGACTAGGACTAAT;SOR=1.137;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=64;WE=43531856;WS=43531838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,80:0.78:102
chr21	43541304	.	CC	TT	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=175;ReadPosRankSum=-1.589;SC=CCCCGACTTCCCTGTGGAATA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=6;WE=43541313;WS=43541294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr21	43546705	rs220157	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=283;SC=TTCCTTGAGATGGAATATACA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=43546713;WS=43546695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	43547788	rs220158	T	C	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=5;PP=429;SC=TCAGCTGCCCTGTGCCCAACA;SOR=1.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=43547796;WS=43547778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	43548239	rs2839470	T	C	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=21;PP=741;SC=CTTGCCATGATACCTAGTGCT;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=35;WE=43548247;WS=43548229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	43549794	rs7275646	C	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.28;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	43557559	rs3819141	T	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GTGAGCCTCCTCATGCAGAAG;SOR=0.804;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=6;WE=43557567;WS=43557549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr21	43557698	rs3819142	A	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=104;ReadPosRankSum=-2.735;SC=AATCCAGTCCAACAACTTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=8;WE=43557706;WS=43557688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr21	43557759	.	C	T	54	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=27;MQ=57.7;NF=3;NR=2;PP=54;QD=17.7542425094;SC=AAGGTGGGTGCGGAGTGGGGT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=5;WE=43557767;WS=43557749;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr21	43676586	rs7281684	A	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=544;ReadPosRankSum=-0.631;SC=GGCTGGGTGTACTGGCTACAG;SOR=0.536;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=42;WE=43676594;WS=43676576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr21	43679438	rs915841	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=72;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CAGCCGTGCATGTACAGGTGG;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=9;WE=43679446;WS=43679428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr21	43679513	rs915842	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=121;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CCTGCAAAATCGAAAATGTCT;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=10;WE=43679521;WS=43679503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr21	43679554	rs915843	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=-1.184;SC=AAAAGGGTGCCGATGTCTGGC;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=9;WE=43679562;WS=43679544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr21	43680047	.	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=1.540;SC=AGCAGCTGTGGGTTGGACGGT;SOR=0.242;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=10;WE=43680055;WS=43680037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr21	43680070	rs116982610	C	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=147;ReadPosRankSum=-0.295;SC=TGTTGGCTTGCTCTTCCCCTT;SOR=1.650;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=10;WE=43680078;WS=43680060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr21	43680106	.	CGGCATCCTGCACGTG	C	505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.439;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.621;NF=7;NR=4;PP=2930;ReadPosRankSum=0.528;SC=CAGGCCAGTGCGGCATCCTGC;SOR=1.569;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=11;WE=43680128;WS=43680096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr21	43680415	rs9974993	C	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr21	43704650	rs2234719	C	T	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr21	43708431	rs2234720	G	GC	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=410;ReadPosRankSum=0.698;SC=CGGTAAGGCTGCCCGCATCTT;SOR=0.640;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=14;WE=43708439;WS=43708421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr21	43710052	rs4148137	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=0.195;SC=CTAAGACGTGCTGTCACAGAG;SOR=0.124;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=10;WE=43710060;WS=43710042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr21	43710096	rs2234721	G	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=1.074;SC=GCCGCATCCGGGTTGTTCTCT;SOR=0.270;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=15;WE=43710104;WS=43710086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr21	43720512	rs72117495	CAT	C	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.422;NF=4;NR=6;PP=308;ReadPosRankSum=-0.430;SC=TGGACACACACATACACACAC;SOR=0.262;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=10;WE=43720533;WS=43720502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr21	43720525	rs1023156	A	G	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-1.980;NF=20;NR=12;PP=556;ReadPosRankSum=-0.141;SC=ACACACACATACACACACATA;SOR=1.005;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=32;WE=43720533;WS=43720502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr21	43732171	.	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=0.916;SC=TCTCAGGCACGAAGAACTGTC;SOR=0.815;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=43732179;WS=43732161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr21	43732425	rs533093	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-2.062;SC=TCTCCACCCACGCTGCCCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=43732433;WS=43732415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr21	43766560	rs225334	G	A	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=25;PP=1881;SC=ATTTCATGAAGTATGAAGCTG;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=60;WE=43766580;WS=43766550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	43766572	rs140740671	T	TAAG	687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,23:0.22:103
chr21	43767500	rs225337	T	A	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=14;PP=793;SC=GCACTGAGGCTGCGAGGCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=43767508;WS=43767490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	43770926	rs5844113	CT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.632;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr21	43782628	rs28476620	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=1.334;SC=GGGGAGGGAGAAAGAGATGCT;SOR=0.789;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=9;WE=43782636;WS=43782618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr21	43783346	rs7281220	C	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=2.074;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr21	43783380	rs61735845	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=-0.360;SC=GAGGGACGTCGATGGTATTAG;SOR=0.659;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=14;WE=43783388;WS=43783370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr21	43786512	rs225358	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=1.454;SC=GGAAGAAGCACGCCTTACCTG;SOR=0.942;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=19;WE=43786520;WS=43786502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr21	43803167	rs2839500	T	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GCAGCAGTGATGATCCACAGG;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=31;WE=43803175;WS=43803157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr21	43803412	rs8129105	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.947;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr21	43805637	rs2839501	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,18:0.16:113
chr21	43805656	rs8130564	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=4.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,21:0.17:122
chr21	43808964	rs225432	T	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=3;PP=73;SC=TGGACCCATTTTACAGATGGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=43808972;WS=43808954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	43823910	rs2277797	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr21	43824106	rs2277798	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-1.641;SC=CAAGCTCAAGAGCCGCAGCAG;SOR=0.772;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=6;WE=43824114;WS=43824096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr21	43824123	rs2277799	G	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-1.650;SC=GCAGCCCCTCGCTCCTGGAGC;SOR=0.641;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=6;WE=43824131;WS=43824113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr21	43826344	rs3746923	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=425;ReadPosRankSum=-0.266;SC=TGTGCAAGGCCACACCCTGCC;SOR=0.946;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=33;WE=43826352;WS=43826334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,39:0.26:148
chr21	43826391	rs3746924	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=-1.594;SC=CGACGTGACTTTGTGTCTGTG;SOR=0.967;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=28;WE=43826399;WS=43826381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,40:0.31:130
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chr21	43846729	rs2839509	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.188;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
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chr21	43862466	rs2254368	G	A	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=152;SC=TGATTTAGACGTGTGTGTGAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=43862474;WS=43862456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	43863521	rs868092	A	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.154;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=40;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.849;SC=ACACCTGTCCACAGGACAGTA;SOR=2.035;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=50;WE=43863529;WS=43863511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr21	43864519	rs4920104	G	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=235;SC=CTTCTAGCCCGGGGGTCTCGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=43864527;WS=43864515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	43867059	rs3827232	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=0.007;SC=CCTGGGCAGTCGCAGACCCTC;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=43867067;WS=43867049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr21	43892775	rs11203205	G	A	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=328;SC=GAGCAGTGGCGCGATCTCCAC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=43892783;WS=43892765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	43897355	rs11702140	C	T	150.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.79;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr21	43905887	rs2839536	C	T	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.95;NF=7;NR=22;PP=618;SC=TGCCCGTCTCCGCGTATAAAT;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=43905895;WS=43905877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	43906351	rs2839537	G	C	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=11;PP=923;SC=AGAAAGATTGGACCTGCCTGG;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=43906359;WS=43906341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	43916339	rs1573413	G	A	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=35;PP=998;SC=GCCTCTAGCAGGTGGGTAGCA;SOR=0.919;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=57;WE=43916347;WS=43916329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr21	43938673	rs4919990	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=557;SC=AGGTGAGGGCTACTGTGCAGG;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=43938681;WS=43938663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	43955427	rs228056	A	G	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=0;PP=174;SC=GAAACTGAACAGAAAATGCAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=43955435;WS=43955417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	43959770	rs228063	A	G	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr21	43959908	rs58348531	TC	T	104	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=115;SC=ACAAAGTCCTTCCCTTTCTCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=43959916;WS=43959898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	43963401	rs228074	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=160;SC=TCGCGAGTCCTGCATGGCACA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=43963409;WS=43963392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	43963759	rs228075	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	43967126	rs228082	G	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=8;PP=425;SC=CGGTGCTCCCGTGTTGCCCTG;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=43967134;WS=43967116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	43984126	rs7282730	C	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=444;SC=AGGGTCAGGCCGTCACCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=43984134;WS=43984116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	43985016	rs915874	G	A	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=177;SC=TGACAAGCCCGCTTCATTCCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=43985024;WS=43985006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	43985955	rs228104	G	A	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=19;PP=888;SC=CTTCTCCACCGTCAGCAAGAT;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=43985963;WS=43985945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	43986117	rs36113965	T	TC	1894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.19;NF=7;NR=21;PP=1187;SC=GCTAAAATTGTCCGTGTCCTC;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=43986125;WS=43986107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	43986175	rs4919992	C	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=420;SC=CTCCCCAGTGCGAGGCTTGCC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=43986183;WS=43986165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	43987325	rs9977293	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	43987329	rs9979646	G	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	43988437	rs7280392	G	A	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr21	43999983	rs453592	T	C	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=28;PP=713;SC=ATCTGCCTTCTGCACCTGGCT;SOR=1.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=46;WE=43999991;WS=43999973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	44000052	rs380152	A	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=18;PP=447;SC=CTTCACTCTCACTTTTTCTTT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=44000071;WS=44000042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	44000063	rs380161	T	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=13;PP=314;SC=CTTTTTCTTTTCTAATAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=44000071;WS=44000042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	44000078	rs453647	T	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=239;SC=TAAATACCTCTGGATGGGTTA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=44000086;WS=44000068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr21	44118958	rs1515755	T	A	294.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
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chr21	44152292	rs182064373	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=1.155;SC=TCTCTAAGAGCGAGGGCAGGC;SOR=0.180;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=10;WE=44152300;WS=44152282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr21	44163839	rs6586344	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr21	44174275	rs4919999	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr21	44180866	rs55905735	ACC	A	152.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.34;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr21	44180916	rs1547379	G	A	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=19;PP=748;SC=AAACACCTACGCCCTGTTTTC;SOR=0.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=42;WE=44180924;WS=44180906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	44182135	rs2269168	C	G	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=629;SC=GTTGCTCCCCCGTGCAGGTAC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=44182143;WS=44182125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	44182167	.	C	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
chr21	44185794	rs2284970	TC	GA	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=335;SC=TCCTGATGGGTCCTCCTTCAT;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=44185803;WS=44185784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	44188175	rs9982811	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.264;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr21	44188249	rs68104891	GC	G	1211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=648;SC=GCAGCAGCAGGCCCGTGTTCT;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=17;WE=44188257;WS=44188239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	44188450	.	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-1.425;SC=CTTATTAGCCCCACTTAGTAA;SOR=1.270;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=7;WE=44188458;WS=44188440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr21	44188475	rs34734386	C	CA	908.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=456;ReadPosRankSum=2.103;SC=TTGCGTTAAACGAGCACGCCT;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=12;WE=44188493;WS=44188465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr21	44188485	rs2284977	T	A	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.35;NF=7;NR=13;PP=422;SC=CGAGCACGCCTGGGTGGTCCC;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=44188493;WS=44188465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	44189166	rs1045382	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr21	44189172	rs3087994	A	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr21	44189277	rs113406948	TCAC	T	2211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=1151;ReadPosRankSum=0.712;SC=TGAGTAACTGTCACCACATGT;SOR=0.794;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=27;WE=44189287;WS=44189267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,56:0.62:90
chr21	44189329	rs13046985	A	G	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=571;ReadPosRankSum=1.039;SC=ACACACAGGCACACACACATA;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=38;WE=44189337;WS=44189319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr21	44189387	rs55990449	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=49;ReadPosRankSum=1.993;SC=ATGCACACACGTACACAGATA;SOR=0.614;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=8;WE=44189395;WS=44189377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr21	44190727	rs13048753	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=172;ReadPosRankSum=-1.776;SC=GGTTTCCGCACGGAGCACCTG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=12;WE=44190735;WS=44190717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr21	44279888	rs11909507	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=-1.948;SC=GCAGGGACCGGGAGGCCTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=8;WE=44279896;WS=44279878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr21	44283574	rs11911090	C	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,109:0.28:386
chr21	44283785	rs112237505	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=384;ReadPosRankSum=1.541;SC=CCACGTGGGCGGTGGCAGGCA;SOR=0.515;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=23;WE=44283793;WS=44283775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr21	44296934	rs7279447	T	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr21	44323459	.	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr21	44323590	rs4148973	T	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.470;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr21	44324365	rs10595	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=1.960;SC=CGCGCCAGGGGACGACCGAGG;SOR=0.235;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=12;WE=44324373;WS=44324355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
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chr21	44371114	rs451887	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTGATATTATTCATAATATC;SOR=1.228;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=14;WE=44371122;WS=44371104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr21	44424689	rs3216136	G	GA	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=0.665;SC=TTCGTGTTCAGAAAAAAAGCC;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=6;WE=44424697;WS=44424679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr21	44430325	rs234781	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr21	44448763	rs170916	G	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=379;ReadPosRankSum=-1.052;SC=TCCTGTATAGGGTCTTTACGA;SOR=0.566;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=16;WE=44448783;WS=44448753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr21	44448775	rs234728	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=379;ReadPosRankSum=0.761;SC=TCTTTACGAAGGCTGTTTTCA;SOR=0.558;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=15;WE=44448783;WS=44448753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr21	44449095	rs234729	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr21	44475786	rs2124460	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr21	44475796	rs2124461	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.767;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr21	44475876	rs35307078	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=208;ReadPosRankSum=2.079;SC=GTCTTGGGGGCCGTGCCGTCT;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=18;WE=44475884;WS=44475866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr21	44478393	rs6586281	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-2.190;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,41:0.30:138
chr21	44478497	rs6586282	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=38;ReadPosRankSum=-0.412;SC=AGCCTACACGCGGCAGGAACC;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=5;WE=44478505;WS=44478487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr21	44483276	rs55767206	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=220;ReadPosRankSum=1.004;SC=TGGCCAATACCGCCGTTAACA;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=23;WE=44483284;WS=44483266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,32:0.32:100
chr21	44485350	rs234706	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CGGTGGTGTCGTAGTGAGCCA;SOR=0.741;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=20;WE=44485358;WS=44485340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,41:0.38:109
chr21	44486324	rs234708	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=190;ReadPosRankSum=1.836;SC=CAGCCAGCCCTGGCCACCCCC;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=15;WE=44486332;WS=44486314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr21	44488033	rs234714	T	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TCCCTCCACGTTCTTGAGCCT;SOR=0.283;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=19;WE=44488041;WS=44488023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr21	44515685	rs2839634	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=334;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TCGTTATACATTACAAAGTGT;SOR=0.285;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=21;WE=44515693;WS=44515675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr21	44527669	rs17115876	T	G	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=937;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GCCGACGCCCTCGGGAGACGT;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=60;WE=44527677;WS=44527659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,89:0.60:148
chr21	44579891	rs73374285	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=0.876;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr21	44579936	rs73374287	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-1.333;SC=CCCCCACGCATACACACCACG;SOR=0.534;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=44579944;WS=44579926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr21	44579990	rs68189421	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=127;SC=CACTATAGATGTACCACACAC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=44579998;WS=44579980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	44580019	rs143864709	AACACACACC	A	114.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.95;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr21	44589215	rs872331	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-2.013;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,27:0.24:112
chr21	44590059	rs870137	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=2.189;SC=TAGGCATCAACGCCAGGGTGC;SOR=2.494;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=44590067;WS=44590049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr21	44837551	rs430552	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
chr21	44837555	rs430554	G	A	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.93;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr21	44838081	rs2838301	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr21	44838258	.	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GCGACCCCAGGAAGGGCGAGG;SOR=1.049;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=7;WE=44838266;WS=44838248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
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chr21	44839654	rs229346	A	G	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr21	44845888	rs56796001	A	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=370;ReadPosRankSum=0.489;SC=GCTGGGTCCCACCGCCCCCAC;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=29;WE=44845896;WS=44845878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr21	44985202	rs9637217	G	A	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.78;QD=28.65;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr21	45076373	rs2838340	A	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=3;PP=618;SC=GGACTGTAAGAGTACCTTAAA;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=45076381;WS=45076363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	45076443	rs2838341	A	G	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=24;PP=1316;SC=GTTACCACCAATGACTGCTGA;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=45076451;WS=45076433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	45077865	rs2838342	G	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=117;SC=GTCTCCGAGCGCACGGGGCGA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=45077873;WS=45077855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	45078035	rs2838343	C	T	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=17;PP=820;SC=TGACCCCTCACGCCAGAAAGC;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=45078043;WS=45078025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr21	45092095	rs11909064	G	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=367;SC=ACCTTCCCACGAGCGGAAGTG;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=45092103;WS=45092085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	45092257	rs2251253	T	A	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=42;PP=1491;SC=GTAAGTCCTGTTGTTTCTTCT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=90;WE=45092265;WS=45092247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr21	45107285	rs2838348	C	G	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=215;SC=GAACTTTCCTCGTGGTAGAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=45107293;WS=45107275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	45107518	rs7279959	A	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=22;PP=976;SC=GTGCAGCCCCATCCCTGGAAC;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=45107526;WS=45107508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	45107562	rs9306160	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=27;PP=1077;SC=GCCTCTGGGCTGAAAGCCCTG;SOR=1.146;Source=Platypus;TCF=41;TR=66;WE=45107570;WS=45107552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	45111512	.	A	AT	143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=173;SC=CCATTTCTTTATTTTTATTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=45111520;WS=45111502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr21	45170580	rs1079268	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
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chr21	45209714	rs2276245	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=1.051;SC=CGGCGGCGGCCGGAGCTGGGG;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=45209722;WS=45209704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
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chr21	45215172	rs2838374	C	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=532;ReadPosRankSum=-0.263;SC=ACGCTGTTCTCGGGGACCGCA;SOR=0.384;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=38;WE=45215180;WS=45215162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr21	45217450	rs112805425	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.575;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=477;ReadPosRankSum=-0.676;SC=TGGGCTCCGACGGGGCGGTGG;SOR=0.023;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=32;WE=45217458;WS=45217440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,49:0.88:56
chr21	45217559	rs2838378	T	C	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=538;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TCTGCAGAATTGCTGCCCGGA;SOR=0.661;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=37;WE=45217567;WS=45217549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,62:0.58:107
chr21	45217645	rs73379033	G	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=-2.219;SC=GCTGTTGTGGGGGTGCTGCTC;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=21;WE=45217653;WS=45217635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr21	45217663	rs73224966	G	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CTCCCTCGAGGGATGAATCTG;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=18;WE=45217671;WS=45217653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr21	45217929	rs2838379	T	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=-1.411;SC=CCTCTGAGGGTGGTGAGCGTG;SOR=0.407;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=25;WE=45217937;WS=45217919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr21	45219524	rs4566449	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GCGGCCCCGTTCTCCAGGTGG;SOR=0.846;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=14;WE=45219532;WS=45219514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
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chr21	45220787	rs2329576	A	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr21	45375174	rs733085	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=106;ReadPosRankSum=0.140;SC=CAGGCTGGGTGGGGAAGGACT;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=45375182;WS=45375164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr21	45405278	rs112367723	TA	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.005;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr21	45452145	.	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=341;ReadPosRankSum=0.535;SC=TTTAGACATTTATGTGAACAA;SOR=0.425;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=21;WE=45452153;WS=45452135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr21	45478904	rs71326023	C	CGTAAT	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.53;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr21	45494183	rs2277805	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.083;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr21	45509650	rs2277806	A	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=368;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TCTGGGCAGCAGTGGTGGTGG;SOR=0.482;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=26;WE=45509658;WS=45509640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr21	45512094	rs3788104	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=-1.030;SC=CTGGATCGAGGCTTGCTCCTG;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=15;WE=45512102;WS=45512084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr21	45514141	rs11287102	TG	T	663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=308;SC=TTTGGGAGGGTGGGGGTGAAA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=45514157;WS=45514131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	45514149	rs9941801	A	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=213;SC=GGTGGGGGTGAAAAAATGAAA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=45514157;WS=45514131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	45514168	rs4819371	C	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.56;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	45514188	rs4818879	A	G	156.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=137;SC=ATAATCTGAAAAACTGAATAG;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=45514196;WS=45514178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	45518131	rs2242950	A	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=-0.417;SC=ATAGGTGTCTATCCTCAGCTC;SOR=0.368;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=45518139;WS=45518121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr21	45522605	.	G	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=297;ReadPosRankSum=-1.890;SC=CGTGACTCTCGCCTGAGTACT;SOR=0.713;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=17;WE=45522613;WS=45522595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr21	45527112	rs72257518	GCTC	G	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=190;ReadPosRankSum=0.387;SC=GGGCGACGCAGCTCCTCCTGC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=45527122;WS=45527102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr21	45527291	rs11550376	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-1.084;SC=CACGTGCGACGGCCGTGATGA;SOR=0.854;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=15;WE=45527299;WS=45527281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr21	45528919	rs2020945	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=2.562;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr21	45534032	rs2243999	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=403;ReadPosRankSum=1.325;SC=GGGGTAGCTGCGCGGTGGTGA;SOR=0.996;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=31;WE=45534040;WS=45534022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr21	45535691	.	AGAG	A	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=4.221;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,12:0.10:117
chr21	45538512	rs5844173	TG	T	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=177;ReadPosRankSum=-0.130;SC=AGTGAATTGTTGGAGTCTGGT;SOR=0.047;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=45538520;WS=45538502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr21	45538647	rs756553	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-4.101;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,40:0.31:128
chr21	45538725	rs756554	C	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,36:0.40:91
chr21	45538782	rs756555	A	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr21	45539240	rs2855652	G	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr21	45539426	rs2071142	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr21	45540143	rs2855653	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-2.109;SC=AGCATCTTAGGTGGGGCGGCA;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=45540151;WS=45540133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr21	45540207	rs2850157	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.180;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=253;ReadPosRankSum=1.579;SC=GGTCTGCCCCCGCCCCTCCTG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=18;WE=45540215;WS=45540197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr21	45540264	rs139322288	C	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=494;ReadPosRankSum=-1.649;SC=GCTTCTGCTTCGTCACTTTTA;SOR=1.024;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=38;WE=45540272;WS=45540254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,50:0.39:128
chr21	45540919	rs2071143	A	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=502;ReadPosRankSum=2.338;SC=GGGACAAGACAGTGCGCCTAT;SOR=0.551;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=45;WE=45540927;WS=45540909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,64:0.32:201
chr21	45544585	.	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr21	45544594	rs2187313	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.910;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr21	45550460	rs11311220	TC	T	339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=161;SC=GCATTGACCATCCCCTGTGTG;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=45550468;WS=45550450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	45553430	rs2187314	A	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=287;ReadPosRankSum=0.592;SC=CCCACCGGCGAACTCACTGGA;SOR=1.473;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=18;WE=45553438;WS=45553420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr21	45553452	rs117523877	C	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=377;ReadPosRankSum=0.092;SC=AGGGCTGAGACGGGGGCGGGT;SOR=0.976;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=24;WE=45553460;WS=45553442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,40:0.37:107
chr21	45553476	rs968713	A	C	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=245;ReadPosRankSum=1.662;SC=GGCTCCGCCCAGAAGGCTGCG;SOR=0.740;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=25;WE=45553484;WS=45553466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,44:0.33:134
chr21	45553596	rs968714	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=489;ReadPosRankSum=-0.553;SC=GCTGTGAGGGTCCTGGTGGCC;SOR=0.938;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=35;WE=45553604;WS=45553586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,59:0.31:188
chr21	45560331	rs2838492	C	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=-1.941;SC=CTCACAGCTGCTTTTCTTGTT;SOR=0.301;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=45560339;WS=45560321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr21	45564575	rs2838496	G	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr21	45648992	rs7278940	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CAGGCAGACGTCGGTTTTCTC;SOR=0.855;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=19;WE=45649000;WS=45648982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
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chr21	45649494	.	ACTCCG	GCTCCA,GCTCCG	108	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=5,12;NR=7,13;PP=108,81;QD=13.4556562385;SC=GCCCGGACCCACTCCGGACAC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=12,25;WE=45649507;WS=45649484;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.48:25
chr21	45649499	rs9974245	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.348;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr21	45649640	rs7280853	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=428;ReadPosRankSum=-0.790;SC=ACACCCTGGTCGGGGCTGGGC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=25;WE=45649648;WS=45649630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr21	45649778	rs4568033	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=-0.403;SC=AGGAAATGCCATGCGCACCAT;SOR=0.853;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=27;WE=45649786;WS=45649768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,36:0.27:135
chr21	45649848	rs13052840	T	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=454;ReadPosRankSum=0.233;SC=CTTTTGCCTTTTGAAAGTTTT;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=31;WE=45649856;WS=45649838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr21	45650008	rs145424134	A	AC	505.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.57;MQRankSum=5.317;QD=17.44;ReadPosRankSum=3.324;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr21	45650009	rs2236668	T	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.71;MQRankSum=5.317;QD=17.75;ReadPosRankSum=3.237;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr21	45650009	.	TG	CG	582	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=65.19;NF=6,2;NR=10,10;PP=572,582;QD=37.9232007842;SC=GCAGCAGCGATGGGGGGTGTC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=16,12;WE=45650017;WS=45649999;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr21	45650009	.	TG	TGG	582	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=65.19;NF=6,2;NR=10,10;PP=572,582;QD=37.9232007842;SC=GCAGCAGCGATGGGGGGTGTC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=16,12;WE=45650017;WS=45649999;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr21	45651413	rs3746962	A	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=165;SC=AAGTGTTGCAAGGAAGTATTT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=45651421;WS=45651403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	45655124	rs2070557	A	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=450;ReadPosRankSum=0.322;SC=ACTGTCGGGCACAGCTCAGCA;SOR=1.035;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=23;WE=45655132;WS=45655114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr21	45656774	rs11558819	C	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=436;ReadPosRankSum=0.261;SC=GTAACCTCAACGCTCAAAACC;SOR=0.491;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=32;WE=45656782;WS=45656764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr21	45658474	rs56124762	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=-1.378;SC=GAGGTAGTTAAGCCCATCACA;SOR=1.382;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=24;WE=45658482;WS=45658464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr21	45660835	rs2847224	C	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=79;SC=GCGCTCCCGCCGCGCCCGAGG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=45660843;WS=45660825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	45670770	rs7354779	T	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.501;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=-1.805;SC=AAGAAGGGCCTGGGGCTGCCT;SOR=0.182;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=10;WE=45670778;WS=45670760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr21	45679295	.	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr21	45681153	rs2070565	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=11;PP=204;SC=GGGGATGCTGTGTCAGGACAC;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=45681161;WS=45681143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	45707389	.	C	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr21	45709568	rs1055311	C	T	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=28;PP=1021;SC=TCCAGGTTGGCGGGGAGTTCT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=45709576;WS=45709558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr21	45710617	rs190740201	G	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=0.522;SC=GCTGCAGGTGGAGGATTCAGC;SOR=1.469;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=15;WE=45710625;WS=45710607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr21	45712357	rs5844181	AC	A	189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	45725859	.	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr21	45732116	rs1057034	C	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=387;SC=ATGGCAGCCTCACAGGTGCCA;SOR=0.909;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=23;WE=45732124;WS=45732106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	45733911	rs61750224	G	A	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=19;PP=802;SC=TGAGGTGGGTGCCGTCCAGCC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=45733919;WS=45733901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr21	45744982	rs928303	C	G	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr21	45750346	rs2070573	C	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=174;ReadPosRankSum=0.434;SC=AGTGACTGACCGGCACACTCG;SOR=0.965;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=15;WE=45750354;WS=45750336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
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chr21	45755808	rs62220411	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.425;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr21	45789011	rs34543751	A	AG	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=552;SC=CCTGGGTGTCAGGTGCCCCTC;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=45789019;WS=45789001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	45789066	.	G	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=401;ReadPosRankSum=0.440;SC=CCAGGGGCCTGGATCATCACA;SOR=0.511;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=26;WE=45789074;WS=45789056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr21	45802472	.	G	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=131;ReadPosRankSum=0.580;SC=AGATGTGGTGGTGTCCTGGCC;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=45802480;WS=45802462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr21	45810733	.	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=198;ReadPosRankSum=0.080;SC=TTCCCTGGAGGGAAATGGCTT;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=15;WE=45810741;WS=45810723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr21	45815567	.	GTGTGGAGGGCTGTGGAGGATGTGGAGGGGTGTGGAGGGCTGTGGAGGGA	G	1396	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=18;MQ=61.46;NF=1;NR=6;PP=1396;QD=201.285714286;SC=GTGTGGAGGGGTGTGGAGGGC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=45815623;WS=45815557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,7:0.70:10
chr21	45815573	rs67099101	AG	A	234.79	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.13;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	45815575	rs150668005	G	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	45815580	.	TG	T	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.56;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	45815583	.	AGGATGTGG	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	45817620	rs1785436	T	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=11;PP=491;SC=GTGGCTCCTCTGGTCCCCAGA;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=45817628;WS=45817610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	45819117	.	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr21	45820279	.	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=98;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CGGGGCTGCGGGACTGTGGGG;SOR=0.714;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=9;WE=45820287;WS=45820269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr21	45821529	rs9974831	T	C	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=6;PP=1076;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CTGGCCCTGGTGGTCACTGTC;SOR=2.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=46;WE=45821537;WS=45821519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr21	45821663	rs377447563	C	T	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=2.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,112:0.38:295
chr21	45821794	rs1785437	C	T	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=50;PP=1366;SC=CAGCCCCACCCGCTTTTCCAC;SOR=1.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=45821802;WS=45821784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr21	45825975	rs1614122	G	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=34;PP=915;SC=GGTGGGCCTCGGGGAGGGCAG;SOR=2.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=43;WE=45825983;WS=45825965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	45826434	rs1785454	C	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	45826462	rs1618355	C	A	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.02;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr21	45834025	rs915779	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=37;PP=814;SC=GCAGTGGCCATGCTGTCTCCA;SOR=1.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=45834033;WS=45834015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	45837790	rs1785452	T	C	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=26;PP=1344;SC=CTCGAGGTGTTGCTTTCTCCT;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=45837798;WS=45837780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr21	45838461	.	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,31:0.24:127
chr21	45843707	rs35058894	TGAG	T	181.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=159;SC=AGGAGGGCTCTGAGGAGTGAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=45843717;WS=45843697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	45844601	rs13050999	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	45844751	rs9978351	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=7;PP=266;SC=CAGACAGCCCAAGCCCTGCAC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=45844759;WS=45844741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	45845807	rs762428	C	T	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=179;SC=ATCCTGGCTCCCAGCCACTGC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=45845815;WS=45845797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	45846480	.	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=456;ReadPosRankSum=1.852;SC=TTTCACCCTGGTGCCTGGCCC;SOR=0.916;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=30;WE=45846488;WS=45846470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr21	45854925	rs41277556	G	A	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=10;PP=416;SC=GGCTCCTGACGCCCGCTGTCC;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=45854933;WS=45854915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	45860834	.	GG	AA	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=499;ReadPosRankSum=1.197;SC=AGGCAGGGACGGGTATGGGCG;SOR=0.838;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=14;WE=45860843;WS=45860824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr21	45861790	rs1055540	T	C	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=48;PP=1069;SC=GGACTCAGGCTGTTCCTGGGC;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=45861798;WS=45861780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	45876758	.	C	T	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=780;ReadPosRankSum=2.209;SC=ACAAGATCTCCCACCTCCCGG;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=92;TCR=91;TR=63;WE=45876766;WS=45876748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,89:0.31:284
chr21	45942111	rs233230	A	G	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=224;SC=ACCCACGAGGACAAGGCCAAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=45942119;WS=45942101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	45945639	.	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GGGTAAACTTCAGCTTTCTGT;SOR=0.762;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=20;WE=45945647;WS=45945629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr21	45945889	.	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TGGTGGGGTGGGCGCAGAGCC;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=45945897;WS=45945879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr21	45949657	.	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.581;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=755;ReadPosRankSum=0.309;SC=CTTTGGTGTGGGGGCGGGTGG;SOR=0.853;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=22;WE=45949667;WS=45949647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,37:0.30:123
chr21	45949659	.	G	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=1810;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TTGGTGTGGGGGCGGGTGGCC;SOR=0.531;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=57;WE=45949667;WS=45949647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,88:0.69:127
chr21	45949836	.	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.803;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=-0.483;SC=CCTCACCAGTCCCTGCAGAGA;SOR=0.161;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=26;WE=45949844;WS=45949826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr21	45951141	.	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr21	45951460	rs75933048	G	GGT	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=0.148;SC=ACATGAATTCGGGGGGGGCAC;SOR=0.569;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=45951468;WS=45951450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr21	45959195	rs233316	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.107;NF=13;NR=11;PP=302;ReadPosRankSum=0.610;SC=TCAGCAGGCCGGGCGGGAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=24;WE=45959203;WS=45959185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr21	45959312	rs233317	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,23:0.19:118
chr21	45959386	rs233318	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-1.901;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.903;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,44:0.24:186
chr21	45959556	.	A	ATG	2599.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,76:0.30:255
chr21	45959557	.	ATC	A	2593.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,75:0.29:256
chr21	45959918	rs233320	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.084;NF=9;NR=8;PP=647;ReadPosRankSum=-2.045;SC=GCAGGGGGCCGGGGCGCAGCA;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=17;WE=45959928;WS=45959908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr21	45959920	.	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.180;NF=16;NR=10;PP=891;ReadPosRankSum=1.968;SC=AGGGGGCCGGGGCGCAGCAGC;SOR=0.879;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=26;WE=45959928;WS=45959908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr21	45960066	.	TGTGA	T	647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.389;NF=0;NR=11;PP=442;ReadPosRankSum=-1.577;SC=CTGCGGGAGGTGTGAGTGAGT;SOR=0.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=11;WE=45960077;WS=45960056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr21	45970812	rs2329834	G	A	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=860;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CTGCTGACACGGGGAGGAGGT;SOR=0.676;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=64;WE=45970820;WS=45970802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,87:0.38:227
chr21	45971109	rs200984587	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=4.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-9.337;QD=0.24;ReadPosRankSum=1.494;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,20:0.14:144
chr21	45971162	rs199922020	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-8.150;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.757;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,16:0.18:87
chr21	45971380	.	A	AGTGAGTGAGTGT	337	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.39;NF=0;NR=2;PP=337;QD=177.5;SC=GAGGTGTGTGAGTGAGTGAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=2;WE=45971388;WS=45971370;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,2:0.15:13
chr21	45978488	rs12483390	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.665;NF=4;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=0.419;SC=GGGCCGGGGCGCAGCAGCTGG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=10;WE=45978511;WS=45978478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr21	45978499	rs377549	T	G	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.25;QD=44.29;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	45978503	rs435424	G	A	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.25;QD=43.79;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	45978587	rs448908	A	G	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-2.379;QD=27.20;ReadPosRankSum=-2.087;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr21	45978591	rs79221051	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.347;NF=7;NR=5;PP=444;ReadPosRankSum=1.611;SC=CATGGTAGACGTGGCCATGCT;SOR=0.754;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=12;WE=45978600;WS=45978577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr21	45978592	rs452472	T	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-2.329;QD=26.76;ReadPosRankSum=-1.447;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,53:0.70:76
chr21	45994302	.	T	G	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.250;NF=28;NR=19;PP=796;ReadPosRankSum=0.290;SC=CACCTCCTCCTCCTGCCAGCA;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=47;WE=45994310;WS=45994299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,60:0.65:92
chr21	46011149	.	T	C	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=53.2;NF=4;NR=0;PP=36;QD=17.6928031368;SC=TCCTGGTCCCTAAGACAAAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=4;WE=46011157;WS=46011139;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,4:0.27:15
chr21	46011170	.	T	C	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=48.76;NF=4;NR=1;PP=47;QD=16.3542425094;SC=GCCTGCCCCATCTTCTGAGGG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=5;WE=46011178;WS=46011160;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,5:0.23:22
chr21	46011468	rs465279	G	A	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=47;PP=2234;SC=GAGGAGGAGGGTCTGCAGCAG;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=113;WE=46011476;WS=46011458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr21	46012240	rs543542	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.13;MQRankSum=-1.591;QD=16.55;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr21	46020473	rs113686885	C	CTCAT	5172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=25;PP=2266;SC=GACTCACTCACTCACTCACTC;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=39;WE=46020481;WS=46020463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr21	46020527	rs1211103	C	T	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=43;PP=1355;SC=CCAGCATGGCCGCGTCCACTA;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=71;WE=46020535;WS=46020517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr21	46020655	rs36208679	CCTGCTGCGCCCCCAG	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQRankSum=1.036;QD=11.62;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=2.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr21	46021088	rs388827	C	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.65;QD=29.23;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	46021179	rs363877	C	A	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.007;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=2.332;NF=74;NR=36;PP=2090;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GTCTAGCTGCCAGCCGGCTTG;SOR=0.955;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=110;WE=46021187;WS=46021169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr21	46021205	rs389167	C	T	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.01;QD=23.98;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr21	46021370	rs437149	T	C	12100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=112;PP=2965;SC=GCTGTGTGCCTGTCTGCTCTG;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=84;TCR=113;TR=196;WE=46021378;WS=46021360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr21	46021390	rs446817	G	C	11122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=104;PP=2965;SC=GGGGCTTCCAGTTCATGCTGC;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=78;TCR=105;TR=182;WE=46021398;WS=46021380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr21	46021481	rs437334	T	C	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=56;PP=2408;SC=TCTGCCGCCCTGTGTGCAGGC;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=115;WE=46021502;WS=46021471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr21	46021494	rs369720	A	G	7659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=56;PP=2357;SC=GTGCAGGCCCACCTGCTGCGT;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=113;WE=46021502;WS=46021471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr21	46021607	rs370092	A	G	7862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=94;PP=2965;SC=GCTCCCGCCCAGCCTGCTGTG;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=95;TCR=94;TR=189;WE=46021615;WS=46021597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr21	46021759	rs659638	A	G	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=40;PP=992;SC=TGCAGTGGACATCAGTGGTCA;SOR=3.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=46021767;WS=46021749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	46032094	rs411254	A	G	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=45;PP=1550;SC=GACGTGGGCCATGTCAGCCGA;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=96;WE=46032102;WS=46032084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr21	46047418	rs8126553	C	T	6675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=80;PP=2965;SC=CTGTGTGCTGCGTGCCCGTCT;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=109;TCR=81;TR=189;WE=46047426;WS=46047408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr21	46047633	rs8127342	A	G	12022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=156;PP=2965;SC=CAGCAGTCCTACTGTGTGCCT;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=133;TCR=158;TR=288;WE=46047641;WS=46047623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr21	46047710	rs8131142	T	C	9614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;PP=2965;SC=GGCTTCCTCTTTGTGCTGCCA;SOR=0.842;Source=Platypus;TCF=112;WE=46047718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr21	46047857	rs9980129	C	T	7427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=103;PP=2965;SC=CACCTCCTCCCGCCAGCCCAG;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=90;TCR=103;TR=193;WE=46047865;WS=46047847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr21	46047925	rs9979457	G	T	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=92;PP=2710;SC=GCTCCCGCCCGGCCTGCTACA;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=61;TCR=92;TR=153;WE=46047933;WS=46047915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr21	46047971	rs463217	T	C	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=70;PP=2218;SC=CTGCTGACGGTCATGTCCCCC;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=110;WE=46047979;WS=46047961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr21	46048053	rs59484649	G	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQRankSum=0.335;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr21	46048060	rs57944973	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQRankSum=0.389;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr21	46057391	rs9306108	A	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr21	46057391	.	AGT	GGA	330	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=11;NR=9;PP=330;QD=19.1733937431;SC=CTTGGCGGGTAGTCGACTGCC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=20;WE=46057401;WS=46057381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr21	46057393	rs2838602	T	A	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.48;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	46057417	rs114653592	AG	CC	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.040;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr21	46057422	rs112205018	T	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.45;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr21	46057548	rs4818947	A	C	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=93;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=41;PP=1760;SC=CTCCTGCACAACCCCATGCTA;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=83;WE=46057556;WS=46057538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr21	46057612	rs66931310	CCTGCTGTGTGCCTGT	C	6486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.286;NF=22;NR=45;PP=2974;ReadPosRankSum=1.254;SC=TGCCAGCAGGCCTGCTGTGTG;SOR=0.641;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=67;WE=46057634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr21	46057711	rs4818948	G	C	4034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-1.159;QD=22.42;ReadPosRankSum=1.767;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,104:0.58:180
chr21	46057720	rs4818949	A	C	4263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-1.201;QD=21.87;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,116:0.59:195
chr21	46057806	rs4818950	G	A	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=66;SC=CGTCTGCTATGTGCCTGTGTG;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=126;WE=46057814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr21	46057958	rs4818951	C	T	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=54;PP=2197;SC=CCGTCCCCTCCTGCGGTGCCT;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=115;WE=46057966;WS=46057948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr21	46058060	rs13051517	C	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.472;NF=14;NR=23;PP=451;ReadPosRankSum=0.481;SC=CCTGCTACAGCCTCTGCTCTG;SOR=0.805;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=37;WE=46058068;WS=46058050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,48:0.33:147
chr21	46058229	rs1785474	A	T	75.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.40;QD=18.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	46066764	rs4818952	C	T	6047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TGCCGGCAGTCTAGCTGCCAG;SOR=0.305;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=90;TCR=86;TR=172;WE=46066772;WS=46066754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr21	46067072	.	C	T	3063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.930;NF=50;NR=60;PP=1763;ReadPosRankSum=2.471;SC=CTGCTGCAGACCCTCCTCCTC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=72;TCR=86;TR=110;WE=46067080;WS=46067062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,138:0.65:213
chr21	46067180	rs462007	C	T	6212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=81;PP=2965;SC=CAGCTGCTGCCGCCCGGCCTC;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=89;TCR=82;TR=170;WE=46067188;WS=46067170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr21	46074104	rs2073437	T	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=81;SC=CAGTTTGCTGTGGGAGGATGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=46074112;WS=46074094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	46074202	rs9984726	A	G	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=360;SC=CTCAGCAGCCAGTGGGGGTGC;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=46074210;WS=46074192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	46074565	rs12482041	C	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=3;PP=82;SC=GCGCAGAGGACAGGGCTGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=46074573;WS=46074555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	46077812	rs2838617	A	G	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=20;PP=1143;SC=CCCAGATGACAGGACCCAGGT;SOR=1.449;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=68;WE=46077820;WS=46077802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr21	46077946	rs9306111	A	G	7933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=84;PP=2965;SC=TGCTGCATACACAGCCCCTGC;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=106;TCR=85;TR=190;WE=46077954;WS=46077936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr21	46078162	.	C	T	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.073;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=1029;ReadPosRankSum=0.474;SC=AGACCCATCTCCTGCAGCACC;SOR=0.345;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=58;WE=46078170;WS=46078152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,63:0.72:88
chr21	46078220	rs9306112	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=408;ReadPosRankSum=1.178;SC=GGTACACACCTGTATCCCTCC;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=25;WE=46078228;WS=46078210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr21	46086407	rs12481809	C	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=673;ReadPosRankSum=-0.538;SC=CTGCAGAGGACGCTGGTGCAG;SOR=1.349;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=37;WE=46086415;WS=46086397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr21	46086457	rs12483730	G	A	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=29;PP=1628;ReadPosRankSum=-1.224;SC=GGACGGAGCCGCATACACGAC;SOR=0.829;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=141;TCF=99;TCR=42;TR=94;WE=46086465;WS=46086447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,109:0.62:175
chr21	46086488	rs75799438	C	T	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.677;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=763;ReadPosRankSum=0.983;SC=CTCACAGGCACGCACAGGGAG;SOR=1.024;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=191;TCF=121;TCR=70;TR=62;WE=46086496;WS=46086478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,84:0.33:257
chr21	46086718	rs7275281	GA	CG	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.844;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=1735;ReadPosRankSum=1.111;SC=TGCCTGGCAGGAGCTGGGCAC;SOR=0.945;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=201;TCF=77;TCR=124;TR=59;WE=46086727;WS=46086708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,78:0.30:260
chr21	46086757	rs7275298	GC	AT	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=98;PP=2947;SC=GGGGCTGGGCGCGCAGCAGGC;SOR=1.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=38;TCR=101;TR=135;WE=46086766;WS=46086747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr21	46086827	rs55914221	C	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.604;NF=3;NR=29;PP=681;ReadPosRankSum=0.266;SC=TGGATAAGGTCGAGGCAGAGG;SOR=1.519;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=32;WE=46086835;WS=46086817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr21	46101854	.	G	A	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=965;ReadPosRankSum=1.222;SC=ATACACGACGGGCCTGCAGCT;SOR=0.878;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=221;TCF=121;TCR=100;TR=74;WE=46101862;WS=46101844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,128:0.35:361
chr21	46101934	rs56135164	G	A	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.755;NF=37;NR=49;PP=2398;ReadPosRankSum=1.378;SC=TCACGGGCACGCACACGGAGG;SOR=0.608;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=228;TCF=101;TCR=127;TR=86;WE=46101947;WS=46101924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,158:0.40:400
chr21	46101939	rs9984476	C	T	4808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.765;NF=61;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.133;SC=GGCACGCACACGGAGGACTGG;SOR=0.748;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=219;TCF=96;TCR=123;TR=134;WE=46101947;WS=46101924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,232:0.61:383
chr21	46101993	rs55881656	C	T	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=735;ReadPosRankSum=-1.471;SC=GGGCTGGGCGCGCAGCAGGCT;SOR=0.583;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=54;TCR=99;TR=55;WE=46102001;WS=46101983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,81:0.39:210
chr21	46102015	rs7283084	C	T	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=52;PP=1217;ReadPosRankSum=0.687;SC=GCTGGCAGCCCGAGGAGCAGC;SOR=0.648;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=124;TCF=40;TCR=84;TR=79;WE=46102023;WS=46102005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,104:0.66:158
chr21	46117792	rs34302939	G	A	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1048;ReadPosRankSum=-1.043;SC=GCCAAGCTGCGGCCGCCTGGC;SOR=0.626;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=67;WE=46117800;WS=46117782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,117:0.65:180
chr21	46191256	rs4818975	C	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=209;ReadPosRankSum=-0.905;SC=TGCTGAGCTGCTTGGCGGTGT;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=13;WE=46191278;WS=46191246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr21	46191270	rs11569	C	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=738;SC=GCGGTGTGTGCGCGCCTGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=46191278;WS=46191246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr21	46233863	rs13050872	G	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=345;ReadPosRankSum=2.061;SC=CACACGGGGAGGCTCTGCGGG;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=31;WE=46233871;WS=46233853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr21	46271452	rs235314	C	T	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.10;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	46271452	.	CGTGCACCT	TGTGCACCC,TGTGCACCT	222	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1,8;NR=4,11;PP=39,222;QD=18.4935749724;SC=GGCTGCGGAGCGTGCACCTCA;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=5,19;WE=46271468;WS=46271442;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.26:19
chr21	46271460	rs2236442	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.989;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr21	46271660	rs235315	A	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	46276343	rs35432315	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=280;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GCACAGCAGCCTTCCCTCGCC;SOR=1.068;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=22;WE=46276351;WS=46276333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr21	46280964	.	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.542;NF=17;NR=6;PP=352;ReadPosRankSum=0.361;SC=TGATCCACCCGCCTCCGCCTC;SOR=1.453;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=23;WE=46280972;WS=46280954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr21	46281314	rs235276	T	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=406;SC=AACCTCCCCCTCAACGCCTCA;SOR=2.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=46281322;WS=46281304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	46281948	rs73238097	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.732;SC=GCCCCTTGAACGTCAGGTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=46281956;WS=46281938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr21	46285416	rs67786546	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=1.737;SC=GCAGTGTAAATATTAGTCCAG;SOR=0.669;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=19;WE=46285424;WS=46285406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr21	46293692	rs235373	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr21	46310262	.	C	T	430.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=1.187;SC=TTGCTTTCCTCGAGGCCTACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=46310270;WS=46310252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr21	46311813	rs235326	A	G	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr21	46314907	rs235330	T	A	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=24;PP=777;SC=TCTTAATGAGTTGGACCACAT;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=46314915;WS=46314897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr21	46318940	rs2838728	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,34:0.22:152
chr21	46328099	rs760462	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=302;SC=AGCCGCTCCCTGTGGGACGCA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=46328107;WS=46328089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	46354055	rs9974172	A	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=190;SC=TTGGGCTGGCACCCAGGGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=46354063;WS=46354045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	46389017	rs12106383	C	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	46389189	rs12106389	C	T	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=128;SC=AGCGGCCGCCCGGAGTGGCGA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=46389197;WS=46389179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	46393090	rs3827260	C	T	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	46554604	rs200755576	AT	A	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr21	46572572	rs420085	A	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=14;PP=432;SC=CTTTTTCAGCATCATGGGGCG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=46572580;WS=46572562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	46596042	.	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,24:0.22:108
chr21	46602384	rs141948449	G	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=1.456;SC=AGCTTGAAAAGTCTGTTGGCC;SOR=0.454;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=46602392;WS=46602374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr21	46604363	rs35076710	AT	A	36.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr21	46640714	rs150069905	C	T	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.828;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=801;ReadPosRankSum=0.775;SC=GGGGTGAAAGCGGGCTTCACA;SOR=0.437;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=54;WE=46640722;WS=46640704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,73:0.69:106
chr21	46641968	rs1051367	G	A	3105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.079;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,148:0.61:242
chr21	46685560	rs72316840	ATCACAGAGGTTCCAGAGTCAGGGAGAACTGGCG	A	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.72;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr21	46698256	rs914215	T	C	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	46702822	rs74961332	A	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=-2.137;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr21	46703223	.	CG	C	83.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.77;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	46703256	rs11367431	TG	T	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=12;NR=0;PP=233;ReadPosRankSum=-0.919;SC=CAGGGGGAGGTGGGGGGGCAC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=12;WE=46703264;WS=46703246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr21	46825214	rs113272297	G	C	319.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	46825223	rs60499034	G	C	319.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	46841398	rs2838920	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=202;ReadPosRankSum=-1.477;SC=GCAGGACACCGCGTTTCTGGC;SOR=0.467;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=15;WE=46841406;WS=46841388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr21	46842267	rs8130384	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=1.508;SC=CCCTGGGCTTGGTGGGCAGGC;SOR=1.473;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=10;WE=46842275;WS=46842257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr21	46842443	rs8131523	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=0.169;SC=ACGCACCTCGCGCCGTGCCAG;SOR=0.963;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=16;WE=46842451;WS=46842433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr21	46875564	rs914230	T	C	8156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=82;PP=2965;SC=ACACCAGCCATGCAGCTACCA;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=123;TCR=83;TR=204;WE=46875572;WS=46875554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr21	46876083	rs2236451	A	G	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=662;ReadPosRankSum=-1.846;SC=TGCCACCACCATCTTCAGGTA;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=46;WE=46876091;WS=46876073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,92:0.62:149
chr21	46876580	rs8133886	C	T	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.513;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=799;ReadPosRankSum=0.290;SC=CTGCTGCAGACGCACTGCCAC;SOR=0.699;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=60;WE=46876588;WS=46876570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,92:0.70:132
chr21	46893767	rs2236456	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=2.218;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=2.132;SC=TGCCACTGCCACCTCAGGACC;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=46893775;WS=46893757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr21	46894002	rs2236457	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=0.088;SC=CCACTTGGGGCACTGGGAAGC;SOR=1.115;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=26;WE=46894010;WS=46893992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr21	46895507	rs77596926	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr21	46895659	rs76610230	CGT	C	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=352;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CTGGCCGCCGCGTGTCTCTGG;SOR=1.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=46895668;WS=46895649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr21	46896303	rs2230687	C	G	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.67;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,83:0.60:139
chr21	46896312	rs2230688	G	T	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.25;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,92:0.60:154
chr21	46897221	rs2236462	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-1.383;SC=AGCCGGGCTCCAGGACTGAAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=46897229;WS=46897214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr21	46897253	rs2236463	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GCCGGGGCCGTCTGGGGTGCC;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=12;WE=46897261;WS=46897243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr21	46898174	rs2236464	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=178;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TGCATTTCCATGTAGACACTG;SOR=0.622;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=12;WE=46898182;WS=46898164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr21	46898243	rs13046486	C	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=-0.494;SC=ACACCCAGGGCGACCCCGGTG;SOR=0.644;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=18;WE=46898251;WS=46898233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,24:0.31:78
chr21	46902273	rs2236468	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=468;ReadPosRankSum=1.179;SC=CCGGGGCCCCAGGCGTTTGTG;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=34;WE=46902281;WS=46902263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr21	46906711	rs2274809	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr21	46910415	rs74504453	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-0.524;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr21	46910425	.	C	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-0.887;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr21	46910432	rs71851609	CCA	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-0.887;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr21	46910439	.	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-0.887;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr21	46910445	.	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-0.887;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr21	46910574	rs71240730	G	GGGTCTCT	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GCCCACTCCCGGAGCGCCAGG;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=3;WE=46910582;WS=46910564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr21	46910654	rs71334070	TAAAG	T	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.14;MQRankSum=1.624;NF=2;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=1.770;SC=GGTCGGGAAATAAAGAACCCC;SOR=0.796;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=7;WE=46910665;WS=46910644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr21	46911276	rs62216329	G	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=1.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr21	46911299	rs148502711	G	GC	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=1.522;SC=CCCTCCCCGAGCCCCCCCCAC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=46911307;WS=46911289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr21	46912386	rs1556329	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=1.662;SC=GTAAGTCGCTCGAGTCCAGTT;SOR=0.418;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=14;WE=46912394;WS=46912376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr21	46912658	rs11270246	G	GCCCGCCACTGCCCT	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.86;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr21	46912970	rs2297289	T	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGTCGGGCTGTCGAGGCAGGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=46912978;WS=46912964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr21	46913310	rs749626	C	G	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=374;ReadPosRankSum=1.053;SC=GTGAAAGGACCCAGCCTGCGA;SOR=0.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=26;WE=46913318;WS=46913300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
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chr21	46917782	rs2236478	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=0.194;SC=GCAGGGCACAAGCCCAGCAAG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=46917790;WS=46917772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
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chr21	46924425	rs149296338	CGGCCCCCCA	C	1185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.48;QD=40.89;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	46927370	rs144246690	TGGGAGGGCCAGGTGCTGGGGCGGGAGAGTCGGGTGCTGGGCA	T	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.82;MQRankSum=3.604;QD=15.84;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr21	46929467	rs1050351	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.775;NF=17;NR=18;PP=545;ReadPosRankSum=0.236;SC=TGCGGCCGGCGCGACCCACAA;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=35;WE=46929475;WS=46929457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
chr21	46929522	rs3835286	GC	G	1489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.602;NF=5;NR=21;PP=568;ReadPosRankSum=-2.685;SC=GGTGGTGAGTGCCCCCCCAAA;SOR=0.555;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=26;WE=46929537;WS=46929512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,58:0.75:77
chr21	46930865	.	AACACCCCACATACACCCCCAAACACCCCCCACACCC	A	233.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.36;QD=38.96;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	46930909	.	ACAACACACCCCCCC	A	295.80	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-0.157;QD=36.97;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr21	46930924	.	C	T	304.84	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-0.157;QD=38.10;ReadPosRankSum=0.489;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr21	46930929	.	ACATCC	A	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-0.473;QD=29.61;ReadPosRankSum=1.383;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr21	46930948	rs116087241	A	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-0.900;QD=21.84;ReadPosRankSum=2.044;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr21	46930959	rs147164507	CA	C	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-0.820;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.051;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr21	46930992	rs56335679	A	C	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=7.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-0.633;QD=19.47;ReadPosRankSum=0.171;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr21	46930993	rs55690336	C	A	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-0.599;QD=18.98;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr21	46931004	rs148407279	T	TAC	1761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=2;HapScore=4;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.021;NF=7;NR=25;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.028;SC=CACACACACATACACACGGTT;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=32;WE=46931012;WS=46930982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr21	46932328	rs7499	G	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=502;ReadPosRankSum=-1.846;SC=GCCTGGATGCGGATGGCCGGA;SOR=0.813;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=34;WE=46932336;WS=46932318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr21	46932383	rs8199	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=-2.126;SC=GGCAGGGAGCGGCCGGCCAGC;SOR=0.711;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=20;WE=46932391;WS=46932373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr21	46934826	rs1051298	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CAGCACGTCCGCGGTGACCGG;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=46934834;WS=46934816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr21	46934861	rs1051296	A	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=154;ReadPosRankSum=-1.938;SC=GGGCTGGCACAAGTGTGGGAG;SOR=0.250;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=12;WE=46934869;WS=46934851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr21	46950782	.	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=1.093;SC=GCGCCAGAAGGAAGACCAGCC;SOR=0.679;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=18;WE=46950790;WS=46950772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,33:0.23:143
chr21	46951556	rs12659	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=565;ReadPosRankSum=0.312;SC=CGCCTGGGCCAGGATTCATGC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=45;WE=46951564;WS=46951546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,57:0.34:168
chr21	46952094	rs914231	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.856;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=190;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CCCCACCAGGTGTTAGCAATG;SOR=1.361;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=20;WE=46952102;WS=46952084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,24:0.28:87
chr21	46954343	rs2330184	T	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=12;PP=757;SC=GGGCACAGGTTCTGCCCACAG;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=46954351;WS=46954333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	46957794	rs1051266	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-5.170;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,33:0.28:117
chr21	46957907	rs374919431	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=932;ReadPosRankSum=0.365;SC=CGGAGGGGACGAAGGTGACGC;SOR=1.267;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=30;WE=46957924;WS=46957897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr21	46957916	rs1131596	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr21	47320377	rs2075891	C	T	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=105;SC=CTGGTTTGCTCCTCCAGCACA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=47320385;WS=47320367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	47320425	rs7281638	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=174;SC=TGGGCCAGGCTGCTCCCCACC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=47320433;WS=47320415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr21	47401760	rs7671	C	G	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=47;SC=CCGCAGGCCCCAGACATGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=47401768;WS=47401750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr21	47404397	rs3746993	A	G	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=43;PP=1368;SC=AGTGGCCCCCAGCCTCCTGCC;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=75;WE=47404405;WS=47404387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr21	47406612	rs754507	C	A	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=295;SC=AGGCACCGGCCCCCCCCGGCA;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=47406620;WS=47406602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	47407362	rs62215498	C	T	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.838;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1585;ReadPosRankSum=-2.206;SC=GTGTCCCAGCCGTATGTCCGT;SOR=0.442;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=104;WE=47407370;WS=47407352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,179:0.71:251
chr21	47409113	rs8129814	C	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=197;SC=GACTAGGCCTCGGAAACTTCC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=47409121;WS=47409103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	47409503	rs2277814	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=524;SC=GTGTCTCACCATCTCCTCCTG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=47409511;WS=47409493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	47410378	.	GAATGGGGC	G	601.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-0.000;QD=25.07;ReadPosRankSum=3.067;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr21	47410379	rs11702175	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-2.350;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr21	47410388	.	AGATGGGGAGGGACGGAGTGGACGGCGTGAAGGTGACC	A	127.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=2.929;SOR=2.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr21	47410391	.	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr21	47410401	rs201910945	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr21	47410404	rs371490467	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr21	47410411	rs111649307	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr21	47410423	rs145398932	AC	A	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.496;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,4:0.13:30
chr21	47410626	rs1980981	T	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=185;SC=AGTCTGACAGTTGATTGGCCT;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=47410634;WS=47410616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	47410931	rs1980982	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,42:0.34:125
chr21	47412751	rs2850173	A	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=9;PP=248;SC=GGAGCTGGGAACCACCCCAGG;SOR=0.869;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=47412759;WS=47412741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	47412840	rs2075893	C	T	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=121;SC=GGCCCCTCAACGTGGCCAGCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=47412848;WS=47412830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	47417147	rs148786363	CCAGGCCCTTCGTG	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=1262;ReadPosRankSum=0.566;SC=ACACTTGTGCCCAGGCCCTTC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=47417167;WS=47417143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr21	47417206	rs11701583	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr21	47417303	rs2839077	T	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=474;ReadPosRankSum=-0.321;SC=GTGAGGCCTGTGGTCCAACGT;SOR=0.919;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=35;WE=47417311;WS=47417293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr21	47417415	rs2276254	C	A	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=32;PP=1033;SC=CCACTCCCCACCCACACCCGC;SOR=1.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=49;WE=47417423;WS=47417405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	47417432	rs3216137	A	AG	1629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=1165;SC=CCGCCCACCCAGGGGGGCCTG;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=35;WE=47417440;WS=47417422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	47417578	rs2276255	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=-2.280;SC=TCACCATGCTAAGCCTGCTCC;SOR=0.935;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=12;WE=47417586;WS=47417568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,14:0.19:73
chr21	47417975	rs3737437	A	G	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=15;PP=586;SC=GGCCTGTGCCAGCCAGTGGGT;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=47417983;WS=47417965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	47418234	rs11700844	G	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=0.194;SC=GTCAGCTCAGGCCCTTCCGCT;SOR=0.419;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=9;WE=47418242;WS=47418224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr21	47418728	rs141212516	C	CT	1062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=9;PP=652;SC=CCTCTCTTATCTTTATTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=17;WE=47418736;WS=47418718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr21	47420565	rs142824931	AGGAGGGCGGCCGGGGAG	A	2282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.64;QD=41.50;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr21	47421159	rs184666690	G	A	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=941;ReadPosRankSum=0.334;SC=CACCGCCCCCGCCTGCAGAAT;SOR=1.000;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=65;WE=47421167;WS=47421149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,93:0.73:127
chr21	47421315	rs11701124	C	T	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=1010;ReadPosRankSum=-1.209;SC=GGCCTCGCCCCGCCCGGCTTT;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=68;WE=47421323;WS=47421305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,102:0.71:143
chr21	47421793	rs8132377	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.36;ReadPosRankSum=-1.498;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr21	47421797	rs8131313	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.83;ReadPosRankSum=-2.144;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr21	47421864	rs8132521	C	T	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=332;ReadPosRankSum=0.549;SC=ACCCCGGTGCCGGTCCCACAG;SOR=0.553;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=22;WE=47421872;WS=47421854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr21	47422412	rs35796750	C	T	3892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=1744;ReadPosRankSum=-0.144;SC=GAGCAGGCTGCGCCACACCGA;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=199;TCF=105;TCR=94;TR=121;WE=47422420;WS=47422402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,181:0.60:301
chr21	47422639	rs2236485	A	G	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.98;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	47422639	.	ACCCGG	GCCCGA,GCCCGG	568	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=58.7;NF=6,10;NR=23,41;PP=568,245;QD=21.4299267194;SC=GCATGGGGCCACCCGGGCAGT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=29,51;WE=47422652;WS=47422629;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:51
chr21	47422644	rs2236486	G	A	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.46;ReadPosRankSum=-2.260;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr21	47422679	rs2236487	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.510;HP=5;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=0.772;SC=GCGCGGGGCCGCCCGGGCAGT;SOR=0.213;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=17;WE=47422687;WS=47422669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr21	47422712	rs2236488	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=5;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=-2.777;SC=TAGGTGCACGCGGGGCCGCCC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=47422720;WS=47422702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr21	47423133	rs2236489	C	G	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=26;PP=810;SC=TCTGAGAGGACGGGGCTCTGG;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=47423141;WS=47423123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	47423233	rs59769541	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=311;ReadPosRankSum=0.777;SC=GGAGCTTAGACGCTCTCTGGC;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=17;WE=47423241;WS=47423223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr21	47423389	rs1053312	G	A	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
chr21	47423507	rs1053315	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.375;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CAGAGCGGGCGTCGCTGCAGT;SOR=1.019;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=26;WE=47423515;WS=47423497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr21	47423636	rs1053320	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.731;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,43:0.25:175
chr21	47423741	.	C	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=767;ReadPosRankSum=-1.802;SC=GGGCAGGCATCGAGATCTTCG;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=48;WE=47423749;WS=47423731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,68:0.76:90
chr21	47531996	rs374336669	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=403;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TGAAGCAGTTCGTGCCGCAGT;SOR=0.616;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=39;WE=47532004;WS=47531986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,46:0.27:169
chr21	47532541	.	GG	AA	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.922;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.996;SC=GGCCACGGTGGGCCGTCCACC;SOR=0.608;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=60;WE=47532552;WS=47532531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,79:0.72:110
chr21	47532544	rs1010688	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=1600;ReadPosRankSum=1.555;SC=CACGGTGGGCCGTCCACCCAC;SOR=1.132;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=25;WE=47532552;WS=47532531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,31:0.29:107
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chr21	47537666	rs5844252	T	TG	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TCACTGAGCCTGGGCCTCACA;SOR=0.346;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=47537674;WS=47537656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
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chr21	47544541	rs3746995	C	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=154;ReadPosRankSum=2.519;SC=CCACTGAAGCCCACCTGTTCT;SOR=0.413;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=13;WE=47544549;WS=47544531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr21	47545155	rs2839113	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.181;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=262;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CGGGGGGACTACCCTGCCTGC;SOR=1.813;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=15;WE=47545163;WS=47545145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr21	47545768	rs1042917	G	A	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,58:0.32:184
chr21	47545823	rs13052956	G	A	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,63:0.30:212
chr21	47545826	rs13046639	C	T	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,61:0.29:208
chr21	47545913	rs2839114	G	A	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=693;ReadPosRankSum=0.508;SC=TGTTTGCGGTGGTCATCACGG;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=78;TCR=66;TR=55;WE=47545921;WS=47545903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,69:0.36:194
chr21	47546244	rs13050660	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=-0.101;SC=ACCTGAGGGATGAATGTGCAG;SOR=1.802;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=12;WE=47546252;WS=47546241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr21	47551833	rs7279622	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=2.091;SC=TGCCCACCTCCCCTCCGCCCA;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=8;WE=47551841;WS=47551823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr21	47551908	rs369040271	C	T	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=408;ReadPosRankSum=1.114;SC=CCGTGGACATCGTCTTCCTGC;SOR=0.737;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=28;WE=47551916;WS=47551898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,53:0.82:65
chr21	47556793	rs12774	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=218;ReadPosRankSum=3.015;SC=TGCCCACCTACCCTCCGGGCC;SOR=0.951;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=16;WE=47556801;WS=47556783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr21	47557074	rs9284510	A	G	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=32;PP=1419;SC=CACTGCCCACAGCCAGTCGGC;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=83;WE=47557082;WS=47557064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr21	47558473	rs1047179	G	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.644;SC=GTTCCTGCAGGGCCGGCCACA;SOR=2.041;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=5;WE=47558481;WS=47558463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr21	47558586	rs60525628	A	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.75;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
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chr21	47566090	rs80225292	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.308;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr21	47566345	rs3746999	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=4;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=346;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CCCCTGCCCCGAGCACACAGG;SOR=0.883;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=12;WE=47566353;WS=47566323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr21	47570266	rs55761347	G	A	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=710;ReadPosRankSum=-0.953;SC=AGATCGGCTCGCCCCTCACAG;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=42;WE=47570274;WS=47570256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,62:0.73:85
chr21	47571383	rs34248722	C	CA	688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=575;SC=GTGCCCCATCCCCACCGACCT;SOR=3.500;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=47571391;WS=47571373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	47575237	rs62214040	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.390;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
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chr21	47581655	rs3827274	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.10;ReadPosRankSum=0.703;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr21	47609677	rs914247	A	G	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr21	47612471	rs2187121	T	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQRankSum=-0.407;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.589;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr21	47612512	rs146297977	C	CTG	3090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=36;PP=2243;SC=GTACGTATGTCTGTGTGGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=47;WE=47612520;WS=47612502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr21	47614469	rs2254524	A	C	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=13;PP=975;SC=GCACTCTGCAAATAACGCCGC;SOR=1.310;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=47614477;WS=47614459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr21	47614660	rs2277824	G	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr21	47615477	rs58875826	AAAAC	A	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.070;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
chr21	47616071	rs7282841	G	C	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.02;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	47616071	.	GTGGATCCCG	CTGGATCCCA,CTGGATCCCG	225	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=10,23;NR=3,7;PP=164,225;QD=16.7282980663;SC=GCAGAAACCTGTGGATCCCGT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=13,30;WE=47616088;WS=47616061;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.43:30
chr21	47616080	rs2839140	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr21	47635302	rs5844259	T	TC	460.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=7;PP=318;SC=GACTTGCCCTTCCCAGGGTTT;SOR=1.911;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=47635310;WS=47635292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	47635856	rs2839153	C	G	113.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GACCCCGAGGCCACATGAAGG;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=47635864;WS=47635846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr21	47639492	rs2277826	C	G	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=75;PP=2377;SC=ACCACCTGAGCGGGGAGAGAA;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=119;WE=47639500;WS=47639482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr21	47639548	rs74328331	C	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=587;ReadPosRankSum=0.335;SC=TGCACTGCCTCTAGCTGGGAA;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=32;WE=47639556;WS=47639538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr21	47641700	rs2839157	G	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=224;SC=TTTCTGTATCGCGTTTGTGAG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=47641708;WS=47641690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	47641996	rs2280959	C	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=0.573;SC=TGCTAAAATGCCTTAACCTGA;SOR=0.793;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=47642004;WS=47641986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr21	47642016	rs2280958	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-1.359;SC=ACATAACATGCCAACACAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=47642024;WS=47642006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr21	47647439	rs76428496	C	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=288;ReadPosRankSum=-1.750;SC=GTGGCCATACCATCAGGCTGG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=20;WE=47647447;WS=47647429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr21	47647618	rs10550493	GAA	G	1250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=1.390;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr21	47648729	.	CCCCGCCCCT	C,CCCCGCCCCTCCCGCCCCTCCCGCCCCTCCCGCCCCT	654.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.51;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,9:0.47,0.53:17
chr21	47656732	rs17183368	G	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr21	47662899	rs56371413	CA	C	257.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.738;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr21	47666332	rs2839169	A	G	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=498;ReadPosRankSum=-0.576;SC=TAAGACAGACATAGATGAAGG;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=34;WE=47666340;WS=47666322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,75:0.65:116
chr21	47666744	rs17183220	G	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=760;ReadPosRankSum=1.197;SC=CTCCCAGGAGGTCCTTCTGTG;SOR=1.245;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=59;WE=47666752;WS=47666734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,75:0.67:112
chr21	47669648	rs2330353	T	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-1.467;SC=GCACCTGGCCTGTGCCAGGCA;SOR=1.044;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=16;WE=47669656;WS=47669638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr21	47671690	rs2839984	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=-1.413;SC=AGAAGAAAGAAAAATATCACA;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=47671698;WS=47671680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr21	47674275	rs2250213	G	A	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=1171;ReadPosRankSum=-1.548;SC=TCCACCTCTTGGAAACCCCAC;SOR=0.895;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=84;WE=47674283;WS=47674265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,128:0.70:182
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chr21	47681127	rs2839180	T	C	57.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr21	47686174	rs4818831	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=108;ReadPosRankSum=0.056;SC=GCCCCTTGGGTGTCACCACAG;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=47686182;WS=47686164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr21	47692531	rs17182739	T	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=708;ReadPosRankSum=0.311;SC=GGAACTCCGCTTCGCTGGCAC;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=43;WE=47692539;WS=47692521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,67:0.70:96
chr21	47692798	rs2839188	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.578;SC=AAGAGGCAACCGTGAGAAGGA;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=47692806;WS=47692788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr21	47695395	rs2839191	C	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.465;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=-1.552;SC=GAGCCTCAGACAAAGAGGACT;SOR=3.056;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=17;WE=47695403;WS=47695385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr21	47700158	rs17176219	A	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.215;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr21	47700666	rs75145622	C	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=0.089;SC=TCTCTGGCTGCGGCAGCAGCA;SOR=1.112;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=18;WE=47700674;WS=47700656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr21	47705237	rs17176131	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
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chr21	47707050	rs61182475	T	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr21	47711229	rs2276257	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CTCTAAGTCTACATTTCCTCA;SOR=0.435;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=9;WE=47711237;WS=47711219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr21	47716230	rs1888539	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-1.570;SC=ACCCTCCATCTTGACCGCCCC;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=11;WE=47716238;WS=47716220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr21	47717350	rs2839206	C	G	30.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr21	47717493	rs61736728	G	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=234;ReadPosRankSum=0.293;SC=GAGCTGGGCCGACGCACGGGG;SOR=1.358;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=14;WE=47717501;WS=47717483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr21	47717616	rs8651	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=-0.965;SC=GGTCGCACACGAATAAATAAC;SOR=0.987;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=15;WE=47717624;WS=47717606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr21	47717686	rs2839207	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.461;SC=GGTATTTTTCGTTATTGTAAA;SOR=0.976;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=7;WE=47717694;WS=47717676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr21	47721804	.	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.803;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr21	47722391	rs1556337	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=213;ReadPosRankSum=0.183;SC=GCTGGGGGCTAAGCCTACCTG;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=16;WE=47722399;WS=47722381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr21	47722578	rs1974171	G	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr21	47722659	rs4819233	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=0.736;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr21	47735137	rs79241392	C	T	201.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5082;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=128;ReadPosRankSum=2.287;SC=TGGTGAGTGCCGTGGGAGCAA;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=47735145;WS=47735127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr21	47744037	rs3842460	CG	C	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=3.802;HP=7;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACAGTTGTCGCGGGGGGAGGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=47744045;WS=47744027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr21	47744127	rs138595914	G	T	532.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=209;ReadPosRankSum=0.559;SC=GGCGGCCCGCGCGGAGTCTGA;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=13;WE=47744135;WS=47744117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr21	47744202	rs80017051	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.093;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=-1.458;SC=CGAAGGTAAACATTAGGGGCT;SOR=1.034;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=12;WE=47744210;WS=47744192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr21	47766113	rs34500739	T	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=465;ReadPosRankSum=0.469;SC=CTGGCCTGCATCAGAGTCAGG;SOR=0.775;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=28;WE=47766121;WS=47766103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
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chr21	47767295	rs75756987	G	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=0.667;SC=GCCAGAGCCTGGTCGTTTCCT;SOR=0.818;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=10;WE=47767303;WS=47767285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
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chr21	47783796	rs8131546	T	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=456;ReadPosRankSum=-1.891;SC=GGGAGCTTGCTGCGCTCCACG;SOR=0.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=36;WE=47783804;WS=47783786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,55:0.74:74
chr21	47786449	rs9637173	T	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=548;ReadPosRankSum=-1.447;SC=GCAAGGGTCATTGCTTCCTGA;SOR=1.413;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=30;WE=47786457;WS=47786439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr21	47786524	rs2839227	A	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.122;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr21	47786817	rs2839228	C	G	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=493;ReadPosRankSum=-2.274;SC=CCTGTTACCTCTCTGAATTTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=28;WE=47786825;WS=47786807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr21	47787002	rs6518289	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=-1.748;SC=CGAACCGAAGTGAGCACAGAG;SOR=1.284;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=21;WE=47787010;WS=47786992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr21	47805663	rs2073378	C	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=7;PP=650;SC=CTCTCAAATACTGAAATTGTG;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=47805671;WS=47805653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	47808617	rs7279052	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=0.181;SC=GTTCTTATGCCGTGACCAGCT;SOR=1.550;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=7;WE=47808625;WS=47808607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr21	47808679	rs7279204	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GGACGCCCTGCGCAGGCTGCT;SOR=0.622;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=6;WE=47808687;WS=47808669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr21	47817563	rs79407815	G	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=0.751;SC=CTGACTCTTGGTGGGTGTCTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=47817571;WS=47817553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr21	47819643	.	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,11:0.16:67
chr21	47821588	rs6518291	A	G	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=39;PP=1222;SC=GGGTCCAGAAATACAGTTAGA;SOR=0.991;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=47821596;WS=47821578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr21	47831309	rs58559714	G	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=429;ReadPosRankSum=0.008;SC=TGCAGAGCGAGCTGCTCTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=30;WE=47831317;WS=47831299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr21	47831509	rs35940413	A	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=640;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CTGGAGCGCAATGTAGCCCTC;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=39;WE=47831517;WS=47831499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr21	47831618	rs16979162	C	T	5254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.91;ReadPosRankSum=2.413;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,132:0.78:170
chr21	47831621	rs61735811	C	T	5217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.24;ReadPosRankSum=1.961;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,131:0.78:167
chr21	47831845	rs34268261	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=405;ReadPosRankSum=1.793;SC=CGGCAGGCCCGCAGAGCCACA;SOR=0.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=28;WE=47831853;WS=47831835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr21	47832019	rs73907502	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.42;ReadPosRankSum=-1.009;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr21	47832029	rs73379348	T	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.63;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr21	47832040	rs73909504	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr21	47832939	.	C	T	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=22;MQ=59.42;NF=2;NR=9;PP=82;QD=10.615564777;SC=GAGGTCCCCCCGGGAGAGGCT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=11;WE=47832947;WS=47832929;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr21	47832955	rs112334245	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.53;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr21	47835880	rs3058055	C	CCT	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=179;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TGGAATCACCCGAGTGCTCCG;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=47835888;WS=47835870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr21	47836122	rs2839245	T	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=457;ReadPosRankSum=-0.654;SC=ACCAAATCTCTGTGGCCCATG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=34;WE=47836130;WS=47836112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
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chr21	47841933	rs61735815	T	C	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.04;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,68:0.79:86
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chr21	47845942	rs2330436	T	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.82;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr21	47847700	rs61735817	C	T	485.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-0.680;SC=AGAAGATCATCCGTGAGCAGG;SOR=1.508;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=47847708;WS=47847690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr21	47847757	rs55937012	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CAGGGGTCCAGCCCTGGCAGA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=47847765;WS=47847747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr21	47848350	rs61735818	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=225;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TTCGCTTGCCGGACCGGAGCA;SOR=0.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=16;WE=47848358;WS=47848340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr21	47848459	rs2839256	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=0.741;SC=GCTGACAAGCGCAGAGGCGCG;SOR=0.580;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=14;WE=47848467;WS=47848449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr21	47848554	rs60356719	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.817;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=0.754;SC=GCACCTGCCCGCCCGACACTC;SOR=2.066;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=47848562;WS=47848544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr21	47850155	rs1023160	G	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=421;ReadPosRankSum=0.749;SC=AGGTGCGCCTGATCCCCCTTC;SOR=1.432;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=23;WE=47850163;WS=47850145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr21	47850178	rs57385578	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr21	47850405	rs2839257	C	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=9;PP=318;SC=GATTGTTCTGCGATGTCTCCA;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=47850413;WS=47850395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr21	47851636	rs743346	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=320;ReadPosRankSum=0.196;SC=GAGAAGAGCCGCACCCTGGAG;SOR=0.517;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=19;WE=47851644;WS=47851626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr21	47851753	rs2073376	A	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=29;PP=1127;SC=GCTCTGCTGCAGAAGCTGAAG;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=47851761;WS=47851743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr21	47851796	rs9983522	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,46:0.37:124
chr21	47852151	rs5844270	A	AG	325.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=474;SC=CTGCCGGCGGACGTCCACACC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=47852159;WS=47852141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	47855876	rs17371795	A	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,51:0.32:160
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chr21	47862654	rs17372047	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
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chr21	47978321	rs34920477	G	GC	2045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=28;PP=1517;SC=GGTGCCTGGGGCTGCGGTTCT;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=47978329;WS=47978311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	47978413	rs76448901	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=1.198;SC=TCTATTTCTCCTTCTCTGGGC;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=17;WE=47978421;WS=47978403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr21	47980512	rs79534140	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=139;ReadPosRankSum=1.898;SC=TGCAGGGAGCAGAGCTGCTAC;SOR=1.897;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=10;WE=47980520;WS=47980502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr21	47980570	rs2070429	A	G	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=532;ReadPosRankSum=1.078;SC=ATGCAGCTGTACCTGTAGAAA;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=35;WE=47980578;WS=47980560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr21	47980800	rs76005530	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=356;ReadPosRankSum=0.918;SC=CATTAGAGGACGGCGGGGCCA;SOR=1.214;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=21;WE=47980808;WS=47980790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr21	47983657	rs762253	G	A	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=6;PP=726;SC=GACCTGACATGAGCACATCAG;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=47983665;WS=47983647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	47983680	rs762254	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=453;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CTGCAGGCCAGCTTCTGAGGG;SOR=0.903;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=31;WE=47983688;WS=47983670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
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chr21	47987547	rs8127941	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=575;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CGCAGCACACCGGCCCAGGTG;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=39;WE=47987555;WS=47987537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr21	48022230	rs1051169	C	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=11;PP=495;SC=TGAGCTCCTTCAGTTCGGATT;SOR=0.850;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=25;WE=48022238;WS=48022220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	48022375	rs2186358	C	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr21	48069930	rs2839373	T	C	86.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCTGTAAAAATCCTGTGCCTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=48069938;WS=48069920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr21	48072916	rs2839376	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=0.720;SC=GATCTCCATTGCACATTTGGT;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=48072924;WS=48072906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr21	48081882	.	G	GTGGGGGGCGCGGAGA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.253;QD=21.55;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr21	48083526	rs77930122	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=0.560;SC=GAGACAGGCCTGGGTGGTGGT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=48083534;WS=48083516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr22	16157883	rs368849066	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.51;MQRankSum=-0.524;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr22	17054103	rs4008588	G	A	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=33;PP=980;SC=AGCTAGTACAGGTAAAATAAT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=48;WE=17054111;WS=17054093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	17054291	rs73159808	T	C	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-0.418;QD=11.89;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,81:0.60:135
chr22	17054332	rs143558414	T	C	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.05;QD=25.34;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr22	17060409	rs147992329	TTTTG	T	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.695;NF=2;NR=5;PP=268;ReadPosRankSum=-0.766;SC=AGAATCAGTTTTTTGTTTGAT;SOR=0.527;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=7;WE=17060427;WS=17060399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr22	17060419	rs142683207	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=495;SC=TTTTGTTTGATTACATCTACA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=17060427;WS=17060399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	17063359	rs2006108	A	G	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=17;PP=1138;SC=TGGCAGGGAAAGGTTGCTGTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=17063367;WS=17063349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	17072483	rs2236639	A	G	8906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=134;PP=2965;SC=ATCTCCATCCAAGACCTAGCT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=122;TCR=134;TR=256;WE=17072491;WS=17072473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr22	17073066	rs5747988	A	G	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=57;PP=2076;SC=GAGGCAGGCCAGCCTTCAGCA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=109;WE=17073074;WS=17073056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr22	17073475	rs2070503	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=1.654;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr22	17326914	rs165927	G	A	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=24;PP=992;SC=TGGAAGACTCGGTGGAGAAGG;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=51;WE=17326922;WS=17326904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	17327068	rs165588	A	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=23;PP=691;SC=CCGGGCACTGACCAAGCTCCC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=17327076;WS=17327058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	17395610	rs737936	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=225;ReadPosRankSum=0.307;SC=GCAGGGAGCAGTTTATTTTCA;SOR=0.934;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=12;WE=17395618;WS=17395600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr22	17395724	rs17444874	C	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=304;ReadPosRankSum=-1.401;SC=ACCATGTGCCCGTAACACATG;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=23;WE=17395732;WS=17395714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr22	17445502	rs5748765	A	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=487;SC=TGCCTGATACACCTGTGCTCA;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=17445510;WS=17445493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	17446991	rs4819925	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=8;PP=768;SC=AAGACTTACCCTTCTGGTTAG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=17446999;WS=17446981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	17449076	rs5748768	C	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=12;PP=987;SC=ACCTAGGCAGCCTCCTAGGAG;SOR=1.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=48;WE=17449084;WS=17449066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	17469026	rs5992604	G	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=257;SC=AGCAGAGGCCGTGACTGGCTG;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=17469034;WS=17469016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	17469049	rs28502153	C	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=206;SC=GAAATGTTTCCCAGGAAGCCT;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=17469057;WS=17469039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	17488727	rs5748800	A	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=268;SC=AGTCGCCTCCACCCGCAGCTC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=17488735;WS=17488723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	17488823	rs11378060	C	CG	1444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=781;SC=CCCCACTGCCCCACTCACAAA;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=17488831;WS=17488813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	17565932	rs917864	T	C	7280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr22	17565974	rs917865	G	C	5572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=80;PP=2607;SC=CGCGACGCCAGCCGGGCCATG;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=144;WE=17565982;WS=17565964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr22	17566206	rs2270241	G	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=193;SC=GGGACTACGCGCCCGGGCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=17566214;WS=17566196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	17566229	rs2270242	T	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=213;SC=AGGCAGGAAGTCCGCGCCGCG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=17566237;WS=17566219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	17579564	.	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=1.732;SC=GGCAGATTTTCTTTTAGGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=17579572;WS=17579554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr22	17586471	rs2241046	C	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=26;PP=774;SC=TTCCTCTGTTCTCATTGCAGA;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=17586479;WS=17586461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	17586610	rs11089412	T	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=312;SC=CAGCCCGGGGTGGGGGGTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=17586622;WS=17586600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	17586614	rs200937197	G	GT	427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;SC=CCGGGGTGGGGGGTGAGACCA;SOR=1.270;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=10;WE=17586622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	17589152	rs41372049	T	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr22	17589246	rs879576	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=490;ReadPosRankSum=1.505;SC=AGCCCAGGAAGGTCTGGATCA;SOR=0.360;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=34;WE=17589254;WS=17589236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr22	17590180	rs41323645	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.653;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=551;ReadPosRankSum=-1.871;SC=TGACGGTGCCGCAGTCCGGCT;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=35;WE=17590188;WS=17590170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr22	17600148	rs9605220	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=52;SC=GGTGCAGAAGAACACCCTGGC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=17600156;WS=17600138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	17600373	.	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr22	17600977	rs5994165	G	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=508;ReadPosRankSum=1.401;SC=CCGTGGTGCCGAAGGGCGCGC;SOR=0.825;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=40;WE=17600985;WS=17600967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,65:0.46:142
chr22	17601748	rs9606620	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr22	17602839	rs5992629	G	A	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=22;PP=824;SC=CCCTGGGGTCGCGAGCCATCT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=17602847;WS=17602829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	17603477	rs5748871	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=1.678;SC=TTGCAGCGTGATAACACCATG;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=17603485;WS=17603467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr22	17623880	rs34058953	G	GC	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=10;PP=704;SC=TGACTCCAAGGCCCCTTGCTG;SOR=1.209;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=19;WE=17623888;WS=17623870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	17629544	.	G	GA	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=61.53;NF=0;NR=2;PP=28;QD=26.5;SC=CCTAGGGAAGGAAAAAACCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=17629552;WS=17629534;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr22	17630486	rs1034859	C	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr22	17640022	rs11550530	G	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TCACCTGAGCGGGGCCCACAG;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=12;WE=17640030;WS=17640012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr22	17640045	rs7287672	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=0.758;SC=TAGCACCTGCGGGCGGGGCGG;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=12;WE=17640053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr22	17640399	rs148919630	G	GGGC	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=482;ReadPosRankSum=0.511;SC=GGCACGGCCTGGGCGGCGGCG;SOR=0.892;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=11;WE=17640407;WS=17640389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr22	17662679	rs41282461	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.650;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=1.679;SC=TGGAAGGAGGCGGGGGACCTG;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=18;WE=17662687;WS=17662669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr22	17662699	rs58754958	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=-0.420;SC=GGGAGGACACAGGACACTCAC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=22;WE=17662707;WS=17662689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr22	17662793	rs7289170	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=378;ReadPosRankSum=1.021;SC=CATAGAAATCATAGGACAAGC;SOR=0.759;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=31;WE=17662801;WS=17662783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
chr22	17662917	rs3764846	G	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.128;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr22	17663580	.	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=398;ReadPosRankSum=1.394;SC=AAAGCAAATCCATGGCCGATT;SOR=0.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=29;WE=17663588;WS=17663570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr22	17663666	.	ATGGTCTTCCATGGGGGATGGATGGGTC	A	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=2016;ReadPosRankSum=-0.818;SC=ACACACGGGAATGGTCTTCCA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=4;WE=17663700;WS=17663656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr22	17669151	rs2231496	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=694;SC=TAGGCTCTAACCCTGAGGCAT;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=17669159;WS=17669141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	17669306	rs2231495	T	C	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=321;ReadPosRankSum=1.618;SC=CTTGTAGTCATGCAAGGAGTG;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=33;WE=17669314;WS=17669296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr22	17669406	rs9619005	G	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=317;ReadPosRankSum=1.014;SC=GCGCGCCCTGGAGCCTGTGCA;SOR=0.795;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=20;WE=17669414;WS=17669396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr22	17671133	rs2286348	C	G	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=60;PP=1882;SC=TATCAAAGACCCTTGCTGGCT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=88;WE=17671141;WS=17671123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	17680519	rs17807317	A	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=476;ReadPosRankSum=0.889;SC=TGGGATCGCCATTTGAGGTGG;SOR=0.873;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=27;WE=17680527;WS=17680509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr22	17690208	.	C	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=428;ReadPosRankSum=2.236;SC=GTCCCTCTACCTTCCCAGCAC;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=34;WE=17690216;WS=17690198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,66:0.40:165
chr22	17690409	rs362129	G	A	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=26;PP=882;SC=CCTCCTTGGTGTTCAGCACCA;SOR=0.949;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=44;WE=17690431;WS=17690399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	17956759	rs4819593	C	G	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=24;PP=713;SC=CATTTCTTGCCCCAAGAACTA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=17956767;WS=17956749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	17990794	.	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=374;ReadPosRankSum=-1.417;SC=ATCAGTAGTTGAGAACACCCT;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=25;WE=17990802;WS=17990784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr22	17990852	rs5747211	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=464;ReadPosRankSum=-2.136;SC=TAGGGAAAACGTCCACAGCGC;SOR=0.509;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=35;WE=17990860;WS=17990842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr22	18004617	rs73389192	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr22	18018604	rs2300687	A	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=363;ReadPosRankSum=0.926;SC=AATTCTCATTATCTCTCTGTC;SOR=0.425;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=22;WE=18018612;WS=18018594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
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chr22	18030096	rs66840782	TA	T	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.791;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.058;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,68:0.75:91
chr22	18032459	rs201974262	GTTTTTTTTTTTTTT	G,GTTTTTT	934.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.95;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,15,10:0.58,0.38:26
chr22	18072333	rs34661208	A	ACTT	1378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=610;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TTCACTACTTACTTTAACTTT;SOR=0.583;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=14;WE=18072341;WS=18072323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr22	18077386	rs35683311	CA	C	823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.969;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.11;MQRankSum=0.890;NF=3;NR=24;PP=285;ReadPosRankSum=-0.703;SC=ACCAGCTCTGCAAAAAAAAAA;SOR=0.430;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=27;WE=18077395;WS=18077376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,55:0.56:98
chr22	18081136	rs2287228	G	A	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,64:0.49:131
chr22	18081156	rs2072555	G	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=658;ReadPosRankSum=0.168;SC=ATTTATCCCAGGTAAAAGAAC;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=48;WE=18081164;WS=18081146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
chr22	18082669	rs5992075	A	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.075;SC=TCCATCCTGGACAACAGAGTG;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=18082677;WS=18082659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr22	18084001	rs5747254	T	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=25;PP=782;SC=AGTCGGCTCATAACCCACTGT;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=46;WE=18084009;WS=18083991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	18084033	rs3747023	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=2.042;SC=TGGCTCATGCCCAGCTGCCTC;SOR=0.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=24;WE=18084041;WS=18084023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr22	18102012	rs4819615	C	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr22	18111431	rs7751	T	C	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=686;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CGGTGAACAGTAGGCTCGAGT;SOR=0.464;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=48;WE=18111439;WS=18111421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,91:0.50:182
chr22	18111556	rs5746448	A	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=0.418;SC=TGCACAGTTCATCCTCATGAC;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=11;WE=18111564;WS=18111546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr22	18165898	.	C	CAAA	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr22	18165995	rs2587070	T	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.653;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr22	18171650	rs5013026	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=0.373;SC=TCTCCTGCCTCAGCCTCCTGA;SOR=0.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=18171658;WS=18171640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr22	18178859	rs2257083	C	T	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=24;PP=1008;SC=TCTGGAAATACAGAATTTTCC;SOR=1.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=59;WE=18178867;WS=18178849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	18189469	rs2587086	G	A	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=678;ReadPosRankSum=0.343;SC=TGGTTCATGTGCTGTGATTCT;SOR=0.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=46;WE=18189477;WS=18189459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,77:0.48:161
chr22	18209613	rs4488761	A	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=338;ReadPosRankSum=2.168;SC=TGTCACTGTCAGCTAGCCAGA;SOR=0.497;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=27;WE=18209621;WS=18209603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,44:0.44:101
chr22	18209718	rs2535688	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=415;ReadPosRankSum=2.573;SC=TAGACAGCAACGGAGCTGGAG;SOR=0.842;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=25;WE=18209726;WS=18209708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr22	18218464	rs181382	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=259;SC=TGCAAAAACATGTTCTCCAGA;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=18218483;WS=18218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	18218475	rs181383	C	G	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=242;SC=GTTCTCCAGACCCCTGAAGTC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=18218483;WS=18218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	18220831	rs11538	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.394;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr22	18222089	rs372897	C	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=0.203;SC=CTTGCCCGCCCACGCGGTCCT;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=18222097;WS=18222079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr22	18222263	rs181390	A	G	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=32;PP=927;SC=ATCTGTGTTCAGGCAGGGGCG;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=18222271;WS=18222253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr22	18233000	rs181405	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=362;ReadPosRankSum=1.210;SC=AGGACCCCTCGGGAGGACGAC;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=25;WE=18233008;WS=18232990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr22	18257138	rs443912	T	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=12;PP=379;SC=GGGGCGCGGGTGCACTCACCA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=18257146;WS=18257128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	18274092	rs451548	G	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=945;ReadPosRankSum=1.804;SC=CTTGTGTCGGGTGCAGGGAGT;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=117;TCF=42;TCR=75;TR=56;WE=18274100;WS=18274082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,71:0.50:142
chr22	18300240	rs5992854	T	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,65:0.41:157
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chr22	18300879	rs11704809	G	A	2739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=1.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-2.168;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,143:0.51:283
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chr22	18304392	rs2305006	G	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TCGCTGAGTCGGCTCCCAGTT;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=18304400;WS=18304382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr22	18304695	rs5992112	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=283;ReadPosRankSum=-1.431;SC=GGTGTGCACCATGGCTCTGCT;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=20;WE=18304703;WS=18304685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr22	18310363	rs5992872	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=-3.291;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr22	18310367	rs5992121	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-3.311;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr22	18310700	rs143017613	T	TACAC,TAC	187.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.808;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0,0;NR=6,6;PP=115,121;ReadPosRankSum=-1.275;SC=TGCACATGTATACACACACAC;SOR=1.170;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6,6;WE=18310708;WS=18310690;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.67:9
chr22	18314989	rs5992123	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr22	18347851	rs200555386	TTTTATTTA	T,TTTTATTTATTTATTTA	655.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=7,7;PP=1293,528;SC=TGGTTTTAAATTTTATTTATT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7,7;WE=18347866;WS=18347841;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.35,0.65:17
chr22	18347916	rs9605418	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=78;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CCTTGCTGGCACCCAGGCTGG;SOR=0.665;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=18347924;WS=18347906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr22	18348823	rs2277832	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=-1.022;SC=AGCCAGGCACGGATCCTGAAC;SOR=0.520;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=18;WE=18348831;WS=18348813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr22	18368548	rs2289718	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.359;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=255;ReadPosRankSum=0.121;SC=CGAACGCTGGGGTCTGTGACA;SOR=1.903;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=16;WE=18368556;WS=18368538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr22	18369916	rs4819644	A	G	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=581;ReadPosRankSum=2.214;SC=CATTCTAGCAATTCCCCAAGT;SOR=0.673;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=37;WE=18369924;WS=18369906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr22	18370066	rs4819472	C	A	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=40;PP=1267;SC=CTTTGCAGCCCATCAAGAGAC;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=70;WE=18370074;WS=18370056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	18372020	rs3747032	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=-1.270;SC=CAAGGAAAACATATCAAGATA;SOR=0.603;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=6;WE=18372028;WS=18372010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr22	18374150	rs2075453	T	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=198;ReadPosRankSum=0.611;SC=TATCTTACTATGTACCTCATT;SOR=1.643;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=11;WE=18374158;WS=18374140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr22	18376515	rs148356311	G	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=109;ReadPosRankSum=-2.109;SC=CTCAGGGAATGAGTATAGACT;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=9;WE=18376523;WS=18376505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr22	18378002	rs2034113	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=327;ReadPosRankSum=0.492;SC=GAATTCTCATTGGTCCTGCAG;SOR=0.665;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=23;WE=18378010;WS=18377992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr22	18379160	rs3213927	T	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=35;ReadPosRankSum=0.117;SC=ATAATTAAAATATAACACACC;SOR=1.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=5;WE=18379168;WS=18379150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr22	18560865	.	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TTCCTGCACGTGTCGCGGGGC;SOR=0.525;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=8;WE=18560873;WS=18560855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr22	18562888	rs464541	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=321;SC=CCCTCCAGATCGGATTCTTTC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=18562896;WS=18562878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	18571008	rs464385	G	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=0.661;SC=ACCCTACTTCGGCTGGTCGCG;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=24;WE=18571016;WS=18570998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr22	18609065	rs2234329	G	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=175;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TTTTTACTGTGGGGTGTTCTC;SOR=0.998;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=20;WE=18609073;WS=18609055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr22	18628715	rs361534	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=240;ReadPosRankSum=-1.338;SC=TTTCTTGTACCGAATATTTAC;SOR=0.758;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=20;WE=18628723;WS=18628705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr22	18643166	rs2543716	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TCTGCCTCCCGGGTTCAAGCG;SOR=0.569;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=18;WE=18643174;WS=18643156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr22	18649922	rs9605536	A	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.976;NF=34;NR=5;PP=698;ReadPosRankSum=-1.049;SC=AGGGCTAGGAAGAGACAAAGT;SOR=1.404;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=39;WE=18649930;WS=18649912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr22	18650682	rs3180408	C	T	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-7.552;NF=43;NR=26;PP=923;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GCCCTGTATACGATCCGGGTG;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=69;WE=18650690;WS=18650672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,110:0.55:201
chr22	18655790	rs7287466	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.602;NF=25;NR=7;PP=435;ReadPosRankSum=0.313;SC=GCCCACTGGCTGTGGGTCGGG;SOR=0.242;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=80;TCF=66;TCR=14;TR=32;WE=18655798;WS=18655780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr22	18655860	rs4819484	G	A	6167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=59;PP=2965;SC=GTATAAATGTGTGAGGCAGTC;SOR=1.037;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=105;TCR=61;TR=164;WE=18655868;WS=18655850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr22	18775162	.	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQRankSum=0.483;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr22	18894001	rs200505686	CGCGGGCGGG	C	2812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.439;NF=10;NR=14;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TGCCCAGGTACGCGGGCGGGG;SOR=0.687;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=24;WE=18894017;WS=18893991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,72:0.58:124
chr22	18896087	rs73155293	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.824;NF=9;NR=1;PP=187;ReadPosRankSum=-1.233;SC=TAATCCCAAGTGCATGGCTCA;SOR=0.223;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=18896095;WS=18896077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr22	18896301	rs5746636	G	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=481;ReadPosRankSum=1.203;SC=CTAGCAGGATGGGGAGTTTCA;SOR=0.764;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=41;WE=18896309;WS=18896291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,51:0.46:112
chr22	18897416	rs436638	C	T	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=194;SC=CCCGCCTGCCCCCTCCAGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=18897424;WS=18897406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	18898289	rs441862	G	C	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=13;PP=956;SC=GGAGAGGCCTGGGTGTGGTGA;SOR=1.421;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=18898297;WS=18898279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	18898874	.	G	A	264	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5003;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=28;MQ=59.76;NF=2;NR=11;PP=264;QD=22.9824009652;SC=TGGGGGCAGAGGCTCAGATTC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=13;WE=18898882;WS=18898865;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,13:0.81:16
chr22	18898908	.	A	G	116	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=26;MQ=59.72;NF=1;NR=7;PP=116;QD=18.8464015684;SC=TGGGGGCAGAAGCTCAGATTC;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=8;WE=18898916;WS=18898898;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr22	18899016	rs428224	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=7;PP=215;SC=GGGCCTGGGGGTCACTCTGGC;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=18899024;WS=18899006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	18900669	rs383964	A	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=8;PP=548;SC=GCTGGAGGCTAAGGGTGTGCT;SOR=1.542;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=18900677;WS=18900659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	18900750	rs372055	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=282;ReadPosRankSum=-1.689;SC=AGCCACAGCAGCTGCCGCTCC;SOR=0.518;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=20;WE=18900758;WS=18900740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr22	18901004	rs450046	C	T	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=24.51;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	18901090	rs385440	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=516;SC=CACTGTCCCCAGTGCAGGGAT;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=18901098;WS=18901080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	18904414	rs455072	A	G	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=25;PP=935;SC=TGCGCAGTGCAAAGCGCACTG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=18904422;WS=18904404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	18904606	rs375115	T	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=21;PP=522;SC=GATCCATCCATTGAGCTGGCT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=18904614;WS=18904596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	18905978	rs16983466	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.759;NF=2;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=-1.141;SC=CCAGCTCCACGTCCAGGGTCA;SOR=1.402;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=9;WE=18905986;WS=18905968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr22	18907405	rs9618419	G	T	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	18908875	rs1808320	A	G	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=58.92;NF=3;NR=3;PP=49;SC=GGGACTACCAAGTGCTTGGAC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=18908883;WS=18908865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	18910284	rs5844366	AC	A	1965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=8;PP=1730;SC=CACGGTGCCCACCCCCTCACA;SOR=2.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=47;WE=18910292;WS=18910274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	18910301	rs2008904	A	G	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=2.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	18910307	rs2008903	G	A	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=42.86;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	18910450	rs3216765	CA	C	8042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.18;NF=28;NR=88;PP=2973;SC=ACTGCAGCTGCAAACGCAGGC;SOR=0.993;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=28;TCR=91;TR=116;WE=18910458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr22	18910545	rs2277834	C	T	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=876;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GGCATGGGCACCTGTGTTTTT;SOR=0.346;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=59;WE=18910553;WS=18910535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr22	18910756	rs2008878	C	G	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=40;PP=1223;SC=GCGCAGGGTGCGACAGGGAGG;SOR=2.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=18910764;WS=18910746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	18910825	rs201928442	TC	T	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=671;SC=GCCCATGAAGTCCTTGCACAT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=18910836;WS=18910815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	18910828	rs1807172	T	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=17;PP=428;SC=CATGAAGTCCTTGCACATGGC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=18910836;WS=18910815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	18912677	rs11913840	C	T	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,70:0.45:157
chr22	18912677	.	CA	TG	627	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=26;MQ=59.97;NF=22;NR=26;PP=627;QD=14.1764140596;SC=CCCGAAGGCCCAGTGGGCCTG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=48;WE=18912686;WS=18912667;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr22	18912678	rs4819756	A	G	5218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.67;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr22	19034079	rs715539	A	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
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chr22	19036232	rs17743444	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CCACACTGCCAAAAAAGGTAG;SOR=0.683;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=10;WE=19036240;WS=19036222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr22	19048413	rs2238739	A	G	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=728;ReadPosRankSum=0.953;SC=TGTGCAGGGTACCGACACATG;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=52;WE=19048421;WS=19048403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,73:0.41:180
chr22	19048449	rs2238740	G	A	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.749;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,76:0.41:187
chr22	19050599	rs111427599	T	TCCATGTC	1708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=1993;ReadPosRankSum=1.473;SC=GCTCACCCACTCCCTGCACAG;SOR=0.663;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=33;WE=19050607;WS=19050589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr22	19050635	rs5993488	G	A	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.892;NF=53;NR=30;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GGCAGCACTGGGTAAGAGGGA;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=83;WE=19050643;WS=19050625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,103:0.56:183
chr22	19050698	rs73877029	A	C	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.916;NF=52;NR=47;PP=1479;ReadPosRankSum=1.484;SC=ACACTCCCACACACCAGAAGG;SOR=0.684;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=226;TCF=118;TCR=108;TR=99;WE=19050706;WS=19050688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,180:0.46:392
chr22	19050878	rs9617765	A	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=499;ReadPosRankSum=-1.248;SC=TTTTTGAGACAGAGTCTCGCT;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=26;WE=19050886;WS=19050868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr22	19076797	rs73158837	C	A	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=40;PP=1394;ReadPosRankSum=1.446;SC=ACAGCACACACCTCCACCCCT;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=194;TCF=112;TCR=82;TR=99;WE=19076805;WS=19076787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,140:0.45:309
chr22	19077049	rs2800960	C	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=31;PP=876;SC=TGGCAGTAGGCCAGCAAACCA;SOR=1.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=42;WE=19077057;WS=19077039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	19109609	rs62223868	A	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr22	19109747	.	G	GGCTGCGTGACCCC	2964	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=60.23;NF=0;NR=7;PP=2964;QD=20;SC=TCCCCGGGGCGGCTGGAAGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=19109772;WS=19109737;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,7:0.39:18
chr22	19109751	.	G	GCGT	942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.64;ReadPosRankSum=3.604;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr22	19109753	.	A	G	724	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MMLQ=21;MQ=60.2;NF=6;NR=9;PP=724;QD=50.5847475031;SC=GGGCGGCTGGAAGGCCGGACC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=15;WE=19109772;WS=19109737;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,15:0.56:27
chr22	19109753	.	A	ACCCCGCTGGG	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.39;ReadPosRankSum=3.501;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr22	19109764	rs11550626	A	G	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.833;NF=6;NR=9;PP=700;ReadPosRankSum=0.739;SC=AGGCCGGACCAGGCCGGACTG;SOR=0.846;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=15;WE=19109772;WS=19109737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr22	19109812	rs11550627	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.744;NF=2;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=0.691;SC=GGTCAGGCGGAGCTGAACCTG;SOR=2.095;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=11;WE=19109820;WS=19109802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
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chr22	19119545	rs45604134	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=615;ReadPosRankSum=0.620;SC=TCATGGTCTGCGGCTCCATGC;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=59;TCR=75;TR=50;WE=19119553;WS=19119535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,56:0.38:147
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chr22	19127258	.	G	A	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.128;SC=ATCACATGGGGAAAAGTGATG;SOR=0.865;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=168;TCF=96;TCR=72;TR=87;WE=19127266;WS=19127248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,117:0.52:226
chr22	19163577	rs35359423	C	CAT	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.629;NF=5;NR=2;PP=273;ReadPosRankSum=1.535;SC=GCACTGGAATCGTGAGACAAA;SOR=0.919;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=7;WE=19163585;WS=19163567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr22	19172006	rs1018764	T	C	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,69:0.39:175
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chr22	19187375	rs9605957	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr22	19187427	rs2236759	C	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=0.979;SC=ACAAGGCACACAGTTGCAAAT;SOR=2.187;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=19187435;WS=19187417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr22	19189003	rs11386977	A	AC	4243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=1708;ReadPosRankSum=1.733;SC=GCGGTCTCCAACTACGGATAA;SOR=0.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=37;WE=19189011;WS=19188993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr22	19197896	rs698423	T	C	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=359;ReadPosRankSum=1.074;SC=CCTCATACAGTGCGCTGCTGA;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=33;WE=19197904;WS=19197886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr22	19211665	rs9604935	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GATGACCCTGCTCCACTCTCC;SOR=0.916;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=12;WE=19211673;WS=19211655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr22	19220648	rs807458	G	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=189;ReadPosRankSum=0.642;SC=TCAACCACACGTGAGTAATCT;SOR=0.283;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=14;WE=19220656;WS=19220638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr22	19318622	rs1210690	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=254;SC=AGCAGCATGGTGCCTGCAGCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=19318630;WS=19318612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	19349595	rs41277615	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=114;ReadPosRankSum=0.810;SC=CAAAAGTAAAGGAGAAATAAT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=19349603;WS=19349585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr22	19419093	rs8140291	A	G	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=27;PP=730;SC=CTCCCGCGCCACCCGCCCTCC;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=19419101;WS=19419083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	19445474	.	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=0.056;SC=GCATCTTCCTCCTCTTTACCC;SOR=0.627;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=19445482;WS=19445469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr22	19466757	rs11392459	A	AG	894.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=592;ReadPosRankSum=0.685;SC=CGAGACCCGGAGGGGGGGTGC;SOR=0.824;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=81;TCF=2;TCR=79;TR=28;WE=19466765;WS=19466747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr22	19506456	rs2073760	G	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=-1.333;SC=GTTCTGCAGGGGTGGCTGCAG;SOR=0.439;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=18;WE=19506464;WS=19506446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr22	19511895	.	C	T	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=1074;ReadPosRankSum=0.598;SC=GGCCCCAGTCCGTTTGCCCCG;SOR=0.459;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=74;WE=19511903;WS=19511885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,119:0.59:201
chr22	19747082	rs737868	G	C	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=15;PP=759;SC=TGGTTGCAGCGGAGGCGGCGG;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=19747090;WS=19747072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	19748690	rs72646953	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=0.087;SC=CAGCCAAGGCGCCGGTGAAGA;SOR=0.409;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=13;WE=19748698;WS=19748680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr22	19751829	rs2301558	C	T	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,167:0.54:311
chr22	19766782	rs4819522	C	T	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=467;ReadPosRankSum=-0.660;SC=AAAGCTGAGACGTCTAGGAAC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=44;WE=19766790;WS=19766772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,88:0.53:165
chr22	19794366	rs737860	C	A	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=28;PP=818;SC=GCGATTAGCCCGGGCTGCTGT;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=19794374;WS=19794356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr22	19808813	rs56156663	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr22	19898837	rs885987	A	G	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=19;PP=1026;SC=CACAGGCTCTAAGGGTCCAGT;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=19898845;WS=19898827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	19898886	rs9606176	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=387;ReadPosRankSum=2.390;SC=CCACCAAGCACGCGCAGGCCT;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=34;WE=19898894;WS=19898876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr22	19902526	rs4597638	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=0.143;SC=AGAGCTGTCCTGAGGATCTGG;SOR=2.550;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=19902534;WS=19902516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr22	19902896	rs2073771	C	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=645;SC=GCAGTTCCCACGGCCCCTGCC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=19902904;WS=19902886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	19905802	rs756661	G	A	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=35;PP=1191;SC=AGGGCCTCACGATGGACTATT;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=19905810;WS=19905792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	19906306	rs3747067	C	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=230;SC=GAGGGCTCATCGAGGATAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=19906314;WS=19906296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	19907099	rs5748469	C	A	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=50;PP=1518;SC=TCCACCACGGCCACCTTCCTT;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=89;WE=19907107;WS=19907089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr22	19907118	rs5748470	G	A	5313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=48;PP=1529;SC=TTCCCAGCTGGGCGGCTGGAA;SOR=0.978;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=80;WE=19907126;WS=19907108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	19907192	rs5748471	A	G	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=31;PP=899;SC=GGCACTCCTCAGGGCTTGTGA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=19907200;WS=19907182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	19921003	rs5746847	T	C	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,51:0.56:91
chr22	19950235	rs4633	C	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=553;ReadPosRankSum=-1.389;SC=TCCTGAACCACGTGCTGCAGC;SOR=0.622;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=44;WE=19950243;WS=19950225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,72:0.43:167
chr22	19950428	rs2239393	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=1.098;SC=TTATCACCCCATTTCCAGGGG;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=19950436;WS=19950418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr22	19951207	rs4818	C	G	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=777;ReadPosRankSum=-0.985;SC=GGGCGAGGCTCATCACCATCG;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=51;WE=19951215;WS=19951197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,83:0.51:162
chr22	19951271	rs4680	G	A	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=901;ReadPosRankSum=-2.453;SC=TTTCGCTGGCGTGAAGGACAA;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=56;WE=19951279;WS=19951261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,75:0.50:151
chr22	19951897	rs4646315	G	C	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=802;ReadPosRankSum=1.117;SC=CCTCTCCAAAGAGCCAGGCAT;SOR=0.689;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=48;WE=19951905;WS=19951887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,65:0.61:106
chr22	19956262	rs362204	G	GC	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.683;NF=0;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=1.291;SC=GGCCCTGACTGCCCCCCCGGC;SOR=1.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=17;WE=19956270;WS=19956252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr22	19958669	rs165849	G	A	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=33;PP=1378;ReadPosRankSum=0.161;SC=TGCAGGCAGCGGAGACTAACA;SOR=0.686;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=152;TCF=99;TCR=53;TR=87;WE=19958677;WS=19958659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,123:0.53:234
chr22	19959366	rs165824	G	A	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=19;PP=1253;SC=CCCTAGACACGGGGCCTCACC;SOR=1.347;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=61;WE=19959374;WS=19959356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	19959473	rs165815	C	T	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=60;PP=2065;SC=CCGCTCCCTCCGGTCCACCGT;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=112;WE=19959481;WS=19959463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr22	19959955	rs2073744	A	G	6268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=110;PP=2965;SC=GGAGGAGGAGACGGGCTGCAT;SOR=1.589;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=37;TCR=111;TR=147;WE=19959963;WS=19959945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr22	19960184	rs71313931	C	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr22	19960188	rs2518823	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=6;PP=931;SC=CTCCTTCACCTTCACCCAAGG;SOR=2.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=19960206;WS=19960174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	19960198	rs71313932	G	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.391;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr22	19960606	rs2240715	G	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=410;ReadPosRankSum=-1.758;SC=CCCCACCTCCGCGGCTCCCCA;SOR=0.647;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=17;WE=19960614;WS=19960596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr22	19964418	rs2240718	T	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=35;PP=1144;SC=CCACCAGGGGTACAAGAAGAG;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=57;WE=19964426;WS=19964408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	19967808	rs55812801	G	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-1.077;SC=CACAGCAGCCGCCAGCCCTGC;SOR=0.439;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=11;WE=19967816;WS=19967798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
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chr22	19974654	rs7292055	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=375;ReadPosRankSum=2.131;SC=AGCAGCGGGGGAGGCGGTGGC;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=30;WE=19974662;WS=19974644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
chr22	19978022	rs4819527	C	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=506;ReadPosRankSum=1.172;SC=AATAAGCGAGCGCATGCTGGC;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=38;WE=19978030;WS=19978012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr22	20020601	rs117194710	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=341;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GGCAGGGGGAGGGGGAGACCT;SOR=0.425;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=23;WE=20020609;WS=20020591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr22	20020889	rs9605051	T	C	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=52;PP=1345;SC=CTGCTGCCCCTGCACCCTGGC;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=74;WE=20020897;WS=20020879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	20051006	.	C	T	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=993;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TATCCCATGTCCCACCTCCCA;SOR=0.705;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=72;WE=20051014;WS=20050996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,128:0.48:266
chr22	20096314	rs146291827	G	GCGCCTACCTTGCCAGACCCTGGGCA	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=971;ReadPosRankSum=-0.245;SC=GACCCTGGGCGCGCCTGCCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=3;WE=20096322;WS=20096304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr22	20100596	rs1633445	T	C	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=633;ReadPosRankSum=-1.556;SC=AGCCACCCCATGTGTCCTCGT;SOR=0.907;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=59;WE=20100604;WS=20100586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,97:0.43:228
chr22	20103263	rs9605067	GC	TT	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=713;ReadPosRankSum=-0.017;SC=CTCTGCTCGAGCAGCCAGGGC;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=21;WE=20103272;WS=20103253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr22	20104301	rs395446	T	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=496;ReadPosRankSum=0.661;SC=TTTCCTCCCCTATCGCACCTG;SOR=1.309;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=25;WE=20104309;WS=20104291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr22	20130204	rs142411295	GC	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.792;NF=4;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=1.828;SC=GCCATGTGTGGCCCCCGTGGG;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=20130212;WS=20130194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr22	20130297	.	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.066;NF=16;NR=8;PP=350;ReadPosRankSum=-1.820;SC=CCCTGATTCCCTGACCCTGGG;SOR=0.671;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=24;WE=20130305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr22	20136263	rs175181	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=234;ReadPosRankSum=1.252;SC=GGTTCACCACGTACACGTAGG;SOR=0.871;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=18;WE=20136271;WS=20136253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr22	20255020	rs854929	T	C	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=25;PP=1675;SC=CTGCAGATGGTGGGCGTTGCT;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=85;WE=20255028;WS=20255010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	20255347	rs150069906	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=321;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CCACCCTCGGCCCTGCCGAAG;SOR=0.375;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=21;WE=20255355;WS=20255337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr22	20295420	rs4425183	G	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=-0.882;SC=AGCCTGTGCAGCAGAGATCGG;SOR=1.219;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=4;WE=20295428;WS=20295410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr22	20303854	rs5993964	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5009;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=0.728;SC=GGTGTCTGCAGTGGGGAGGAT;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=12;WE=20303862;WS=20303844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr22	20307256	rs7235	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.563;NF=7;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=-1.626;SC=TTTCGAACACGGTGCCGTCGA;SOR=0.330;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=13;WE=20307264;WS=20307246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr22	20378438	.	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.51;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	20385706	rs79640249	G	T	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.13;QD=23.51;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	20385739	rs146242498	TTGTC	T	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.62;QD=43.71;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	20394502	rs201085493	C	T	104.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.12;QD=17.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	20394526	rs201289136	C	T	89.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.12;QD=14.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	20718525	rs2277833	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=10.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.18;MQRankSum=0.363;QD=11.84;ReadPosRankSum=1.380;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
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chr22	20739059	rs13056016	G	C	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.697;NF=24;NR=28;PP=512;ReadPosRankSum=0.237;SC=AGCTGGGCACGGTGGCTCACG;SOR=0.529;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=52;WE=20739067;WS=20739049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,80:0.53:152
chr22	20743771	rs361766	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=508;ReadPosRankSum=-0.169;SC=GCGCCTGGGGCATGACTGCCC;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=36;WE=20743779;WS=20743761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr22	20745201	rs362125	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=350;ReadPosRankSum=0.018;SC=ACAGTGAGGCACACACACACA;SOR=1.516;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=22;WE=20745209;WS=20745191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr22	20749042	rs35012563	A	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.561;QD=10.43;ReadPosRankSum=-2.274;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,54:0.51:106
chr22	20749051	rs112010963	C	CT	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.483;QD=15.93;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr22	20753861	.	C	CTT	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
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chr22	20759534	rs5761555	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr22	20760067	.	C	T	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=1254;ReadPosRankSum=0.298;SC=AGGGCGAGTTCGTGTGCGGCG;SOR=0.556;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=75;WE=20760075;WS=20760057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,93:0.56:166
chr22	20779563	rs1319199	C	T	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	20779946	rs759612	C	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	20779946	.	CG	GC	346	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=7;PP=346;QD=44.3853194291;SC=TTGCCGCGCACGTCAGCGGCC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=20779955;WS=20779936;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	20779947	rs759611	G	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	20779973	rs5844418	C	CG	351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=156;SC=GAGGCAGCCTCGGCGCGCTTC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=20779981;WS=20779963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	20780024	rs5844420	G	GC	389.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	20780029	rs370015834	G	GC	420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	20780031	rs2329378	G	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	20780091	rs759610	C	G	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	20780097	rs759609	G	C	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	20781670	rs57590287	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=2.484;SC=GATGCCCAGGTAGGGCCTTAC;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=14;WE=20781678;WS=20781660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr22	20783721	rs8137004	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.523;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=0.384;SC=AGGGGCGGGGCCACGTCCGGG;SOR=1.702;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=14;WE=20783729;WS=20783711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr22	20784050	rs2241230	T	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=716;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GGGTCGCACGTGTCCTCGTGG;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=46;WE=20784058;WS=20784040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,70:0.45:157
chr22	20784908	rs879193	TT	GA	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=1964;ReadPosRankSum=0.431;SC=GCCCTCGACATTGGGGCCTTT;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=56;WE=20784917;WS=20784898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr22	20795757	rs1153427	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.782;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr22	20800835	rs8748	A	G	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1189;ReadPosRankSum=0.203;SC=GCACAGGCCCATCAGCCAGTG;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=88;WE=20800843;WS=20800825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,119:0.54:221
chr22	20804658	.	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=534;ReadPosRankSum=0.682;SC=CTCTACCATGGAAATTTTATT;SOR=0.416;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=38;WE=20804666;WS=20804648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
chr22	20819289	.	G	A	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=798;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TCCCAGTAAGGGGTTTAGATA;SOR=0.513;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=61;WE=20819297;WS=20819279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,92:0.51:181
chr22	20843885	rs165613	T	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTCCCCAATTTTAAAAAGAGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=20843893;WS=20843875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr22	20847472	rs5755677	A	T	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=970;ReadPosRankSum=-2.140;SC=TCTCTTGGGAAGGGATAAATG;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=68;WE=20847480;WS=20847462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,112:0.59:191
chr22	20862646	rs5750324	T	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.127;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,78:0.44:179
chr22	20891498	rs148534902	C	CCCTA	1191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=549;ReadPosRankSum=1.479;SC=CCGGGTAAGGCCCTAGTAAGT;SOR=0.722;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=11;WE=20891506;WS=20891488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr22	20891545	rs4821915	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=11;PP=278;SC=AGAGGAGAGCATCACAGACTC;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=20891553;WS=20891535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	20891568	rs2269831	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=1.325;SC=GAACCCCTCTGTTGGGTGTCC;SOR=0.838;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=20891576;WS=20891558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr22	20907303	rs165829	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr22	20920813	rs71769813	ACAG	A	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.598;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,20:0.13:153
chr22	20929286	rs165842	C	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=-1.566;SC=GCTGCCCAAGCTTTCCTTGCC;SOR=1.096;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=14;WE=20929294;WS=20929276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr22	20938772	rs1572878	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=1.726;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr22	20938775	rs165747	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=2.325;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr22	20939608	rs2285698	C	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=729;ReadPosRankSum=2.600;SC=TGACCGCAGCCCCAGGACTCT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=50;WE=20939616;WS=20939598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,78:0.57:137
chr22	20940085	rs2285699	G	A	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=690;ReadPosRankSum=-0.799;SC=CCCAAAGCCCGCTGTGGATAG;SOR=0.768;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=55;WE=20940093;WS=20940075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,90:0.44:206
chr22	21034809	rs28668558	G	A	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=13;PP=509;SC=GAATCAAAGAGCTCCTCAACC;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=21034817;WS=21034799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	21081964	rs4820583	C	T	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=11;PP=510;SC=AGTTGCCAAGCGGCTGTTTTT;SOR=1.387;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=32;WE=21081972;WS=21081954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	21105842	.	G	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GACACCTGTAGCATTAATTAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=18;WE=21105850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr22	21134023	rs35646566	G	A	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=961;ReadPosRankSum=0.151;SC=ACCGAGTGCTGAAAGACCAGG;SOR=0.761;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=64;WE=21134031;WS=21134013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,92:0.55:168
chr22	21140231	rs66991700	CATG	C	1411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.703;QD=18.82;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr22	21147293	rs165793	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=2.054;SC=GGAGTGAAGGATGTGCCATGG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=8;WE=21147301;WS=21147283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr22	21213380	rs1061063	C	T	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=48;PP=2315;SC=TTTCCCAGACCGAGAGCCGCG;SOR=1.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=126;WE=21213388;WS=21213370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr22	21213416	rs1061064	A	G	7000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=84;NR=72;SC=CTTACCCTAAAAGCTACAATC;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=156;WE=21213424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr22	21272616	rs75659674	G	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=470;ReadPosRankSum=-2.001;SC=GGTGGGGCGCGCTTGAACCCA;SOR=0.787;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=33;WE=21272624;WS=21272606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr22	21311531	rs81027	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	21311721	rs178251	T	G	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=1657;ReadPosRankSum=-0.593;SC=TTTACTCATGTCCCCGCATCG;SOR=0.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=89;WE=21311729;WS=21311711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr22	21322325	rs11334069	TC	T	2500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=29.42;SOR=5.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr22	21322351	rs178254	T	C	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=67;PP=1958;SC=CTGCACTCGGTAGGCCTCCGA;SOR=5.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=4;TCR=68;TR=71;WE=21322359;WS=21322341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	21322376	rs74610147	T	G	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;QD=44.32;SOR=6.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	21322377	rs75810376	C	G	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=46.05;SOR=6.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	21322380	rs71317868	A	G	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=44.23;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	21322383	rs432390	A	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;QD=45.10;SOR=6.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	21322409	rs2097674	C	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.432;NF=0;NR=20;PP=465;ReadPosRankSum=-0.332;SC=AATACGCTGCCGCCAGGAGGG;SOR=0.578;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=20;WE=21322417;WS=21322399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr22	21327834	rs178265	C	G	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	21329123	rs733455	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=357;SC=GGGTGGGGCAAGTAGGGACCC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=21329131;WS=21329113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	21330448	rs67052083	GGCGGCGAGGCCCAGCCCCAT	G	1053.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=2966;ReadPosRankSum=0.853;SC=CCGGGGAGTGGGCGGCGAGGC;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=16;WE=21330475;WS=21330438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr22	21330787	rs7285694	C	T	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=56;PP=2106;SC=TGAGGCTGGCCCGAGGCCGCA;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=108;WE=21330795;WS=21330777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	21331043	rs178269	A	T	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=38;PP=1853;SC=GCGTGGGTCGAGCCCTCATGA;SOR=1.253;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=105;WE=21331051;WS=21331033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr22	21331918	rs178275	C	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=3;PP=231;SC=CAAGCGCATGCTGTAGGGTGT;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=21331926;WS=21331908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	21331950	rs178276	C	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=399;SC=ACGCAGAAGGCAGGGACAGGG;SOR=2.124;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=21331958;WS=21331940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	21332122	rs178277	G	A	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=44;PP=2031;SC=AGTGGCAGGAGGTTCAGGTCA;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=107;WE=21332130;WS=21332112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr22	21334924	rs105034	G	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=13;PP=645;SC=GGGAGGCTATGAGACAGGGGC;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=21334932;WS=21334914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	21335259	rs178278	C	A	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=39;PP=1582;SC=TGTCTTGACCCCTCCTCCCCT;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=90;WE=21335267;WS=21335249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	21337266	rs178280	G	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=13;PP=610;SC=TTCCTTGGGTGCCCCCCAGGA;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=21337274;WS=21337256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	21337415	rs178281	C	G	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=25;PP=755;SC=GGACCAGGTACGGAGAAGTAC;SOR=1.057;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=42;WE=21337423;WS=21337405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	21341677	rs58365624	C	CA	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.289;SOR=1.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr22	21343992	.	GGGCGCA	G	1042.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.04;MQRankSum=6.535;QD=17.09;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr22	21344001	.	TAGAGGAGGTGAGGGGCACGGGGAGCCAGGGC	T	1043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.30;MQRankSum=6.464;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr22	21344884	rs2073989	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=-1.180;SC=ATATGAAGAACGCCTCTTGCA;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=20;WE=21344892;WS=21344874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr22	21344905	rs178290	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=0.105;SC=CCTGGTGGCCATGGTAACCAT;SOR=0.776;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=21344913;WS=21344895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr22	21344920	rs17820542	G	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AACCATCCTTGTGAGCTCTGC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=9;WE=21344928;WS=21344910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr22	21346485	rs112544	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CTCATGCCCATGTGTCTCCCC;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=13;WE=21346493;WS=21346475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr22	21346719	rs756876	A	C	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TGTGATCAACACCTCTCACAC;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=71;WE=21346727;WS=21346709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,114:0.52:220
chr22	21347993	rs369722558	C	T	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=651;ReadPosRankSum=-0.286;SC=GGACTACGGGCGGCTGTGGGA;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=48;WE=21348001;WS=21347983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,82:0.51:160
chr22	21348084	rs178291	T	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=411;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CTGCTGTGCCTGGGCAGTGGG;SOR=0.432;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=27;WE=21348092;WS=21348074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr22	21349037	rs178292	A	G	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=486;ReadPosRankSum=-0.177;SC=GGGTCAGCGCAATCAGGGTTG;SOR=0.834;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=36;WE=21349045;WS=21349027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,54:0.48:112
chr22	21350461	rs178294	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=2.128;SC=CACCCACCTCAGGTGGCTTTG;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=21350469;WS=21350451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr22	21350936	rs11704198	G	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=891;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TCCCTGGGAGGGTGCGGGCGG;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=58;WE=21350944;WS=21350926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,77:0.50:153
chr22	21354970	rs426938	C	G	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=47;PP=2023;SC=CTGACTTCAGCGGGGCCAGGT;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=114;WE=21354978;WS=21354960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	21356538	rs368989	A	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=27;PP=822;SC=CGAGTTTCTGACGCGCCCGCG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=21356557;WS=21356528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	21356549	rs385427	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=-1.164;SC=CGCGCCCGCGTCGTCCCAGCT;SOR=0.889;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=13;WE=21356557;WS=21356528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr22	21356566	rs369250	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=129;ReadPosRankSum=-1.151;SC=AGCTCCCTGGACTACCAGTAT;SOR=0.479;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=10;WE=21356574;WS=21356556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr22	21357006	rs4822808	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.072;NF=8;NR=8;PP=222;ReadPosRankSum=-1.835;SC=CGGCTCACTGCAAACTCCGCC;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=16;WE=21357014;WS=21356996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr22	21365743	rs389623	GG	AT	372.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.78;QD=41.42;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	21365759	rs146547300	G	A	270.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.68;MQRankSum=1.041;QD=19.33;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr22	21369676	rs3893495	G	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=11.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=-0.568;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr22	21372405	rs2073598	G	T	3152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-1.363;QD=10.01;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,163:0.52:315
chr22	21372467	rs2073599	C	G	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=745;ReadPosRankSum=1.133;SC=TGCTCGGTGTCCCCCAGGCAC;SOR=0.532;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=47;WE=21372475;WS=21372457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,66:0.53:124
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chr22	21377301	rs1548411	C	A	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=58;PP=2452;SC=GTTGGTGCCCCGTGGAGAGTG;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=75;TCR=59;TR=132;WE=21377309;WS=21377291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
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chr22	21402315	.	G	A	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.287;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,67:0.54:123
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chr22	21411598	rs46148	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=367;SC=CCCTGCCCAGTTACACAGCGT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=21411606;WS=21411588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	21576361	rs200542750	T	C	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.69;QD=23.88;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr22	21800444	rs128477	T	C	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=28;PP=1313;SC=GCAGCGGCCATGCCAGCGCCC;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=21800452;WS=21800434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	21822372	rs66498338	CAGGATCCGGGGGT	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.04;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr22	21822744	rs395295	G	C	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.53;QD=42.55;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	21822774	rs452545	T	G	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr22	21829507	rs140118179	G	A	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.43;QD=43.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	21829513	rs113567369	TTGTC	T	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.96;QD=41.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	21830934	.	G	A	101.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.40;QD=20.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	21832031	.	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=31.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	21832041	.	G	A	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.97;QD=32.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	21837221	rs183606830	T	C	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.56;QD=25.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	21842655	rs143994138	C	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.85;QD=30.99;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	21846325	.	GGGGC	G	78.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.69;QD=26.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	21968716	rs3831682	CA	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.536;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.264;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr22	21983853	rs861856	G	A	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=760;ReadPosRankSum=1.250;SC=AGCTCTGGGGGTCCTCGCGAG;SOR=0.477;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=56;WE=21983861;WS=21983843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,80:0.45:176
chr22	21984205	rs710177	A	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=98;SC=CGCTGGTCACAGCCCCGGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=21984213;WS=21984195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	21988524	rs861854	C	T	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=33;PP=1654;SC=GGCGACTGAGCGCATGGCTGC;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=21988532;WS=21988514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	21988602	rs861853	C	T	5715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=63;PP=2965;SC=AAGTGGTGGACGGCGGGCACA;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=101;TCR=63;TR=164;WE=21988610;WS=21988592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr22	21988699	.	C	T	4310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=65;PP=1835;ReadPosRankSum=-1.510;SC=CCATCCAGCTCCAGCTCCATG;SOR=0.771;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=293;TCF=146;TCR=147;TR=142;WE=21988707;WS=21988689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,234:0.42:553
chr22	21991072	rs861852	T	C	3769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=50;PP=1616;SC=CACCTCCCACTGCAGCACAGA;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=102;WE=21991080;WS=21991062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr22	22007143	rs395006	G	A	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=303;SC=GAAGACCCCAGGGACGCACCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=22007151;WS=22007133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	22007370	rs372150	T	C	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,83:0.54:153
chr22	22007528	rs861843	C	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=-1.593;SC=GCAGAGGCCCCGCCCCAGCCA;SOR=0.807;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=13;WE=22007536;WS=22007518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr22	22024150	rs2247115	C	T	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=19;PP=935;SC=CCAAAGACTTCGTCCTCTTTA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=22024158;WS=22024140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	22024507	rs402225	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=280;SC=ATAAGTAAATGAAATACAAAA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=22024515;WS=22024497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	22025462	rs1647705	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=21;PP=705;SC=AGTAACAGCTAGGGCCTTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=22025470;WS=22025452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	22036832	rs1669112	T	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=51;PP=1148;SC=GTCCCCTGCCTGCCTGCCCCA;SOR=1.477;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=75;WE=22036840;WS=22036822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	22036883	.	G	GCTGCCTCCTCAGTCTAGCTCTTACATCTCCTCCCCGATC	1462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=43.02;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	22039199	rs861833	C	T	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=578;SC=ACAAGCTGAACGCTGTGAGTG;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=22039207;WS=22039189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	22040713	rs861831	G	A	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=26;PP=1449;SC=CAAGCGACACGTCCCCACCCA;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=74;WE=22040721;WS=22040703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	22042194	.	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=1.732;SC=GGCCCCAGCCCATCCAGAACT;SOR=0.399;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=6;WE=22042202;WS=22042184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr22	22042318	rs861829	C	T	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=32;PP=1352;SC=CGGTGGGCCTCGGGTCTCAGA;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=72;WE=22042326;WS=22042308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr22	22042440	rs861828	C	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=31;PP=856;SC=TTGGCTGCTCCGTGGGGCATG;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=22042448;WS=22042430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	22042918	rs2278118	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr22	22048770	rs2070504	C	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.217;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr22	22049369	rs861820	G	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=371;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CGTGAGTGCCGCGGGGCTGGC;SOR=0.843;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=26;WE=22049377;WS=22049359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr22	22055280	rs710172	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=320;ReadPosRankSum=0.177;SC=GAGATGGCCGAGAGTGTCAAG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=22;WE=22055288;WS=22055270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr22	22055394	rs1860	A	G	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,75:0.50:150
chr22	22055581	rs861816	C	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=0.485;SC=TTGGCAAAAACCCCCCCCAAG;SOR=1.911;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=17;WE=22055589;WS=22055571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr22	22057997	rs147967901	C	CG	394.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr22	22058000	rs861814	C	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.87;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	22058355	rs2236643	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=315;ReadPosRankSum=2.311;SC=CGGAGCTGCAAGCTGTTTTTC;SOR=0.986;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=24;WE=22058363;WS=22058345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr22	22058586	rs861813	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=2.032;SC=AGTTCAGATGTGCTCACGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=9;WE=22058594;WS=22058576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr22	22160384	rs3729912	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TAGCAAAGCATTGAAAACAAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=22160392;WS=22160374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr22	22453513	rs9611014	C	T	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.24;ReadPosRankSum=-2.172;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,158:0.48:327
chr22	22516883	rs34221567	TC	T	3386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.696;NF=18;NR=44;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.278;SC=TCGCATGGCATCAGCAGCAGC;SOR=0.739;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=131;TCF=34;TCR=97;TR=62;WE=22516906;WS=22516873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,104:0.41:252
chr22	22516897	.	G	A	3875.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.162;QD=16.15;ReadPosRankSum=-2.167;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,103:0.43:240
chr22	22516897	.	GG	AA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=26;NF=34;NR=38;PP=2944;QD=20;SC=CAGCAGCCAGGGAAGGCCCCT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=73;TCR=87;TR=72;WE=22516906;WS=22516873;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:88,72:0.45:160
chr22	22516898	.	G	A	3875.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.148;QD=16.22;ReadPosRankSum=-2.562;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,104:0.44:239
chr22	22516998	rs2073453	C	T	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.913;NF=28;NR=33;PP=855;ReadPosRankSum=0.670;SC=TGGGGCTGACCGCTACCTCAC;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=61;WE=22517006;WS=22516988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,122:0.45:271
chr22	22517026	rs738885	T	C	6541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=76;PP=2592;SC=AACCTCCAGTTTGAGGATGAG;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=134;WE=22517034;WS=22517016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr22	22517136	rs737840	C	G	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=568;ReadPosRankSum=0.990;SC=GGCTATTGTTCAGTGACAATT;SOR=0.395;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=31;WE=22517152;WS=22517126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr22	22517162	rs737841	T	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=0.597;SC=TTTTAAAACATTTTCTGTATG;SOR=0.509;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=19;WE=22517170;WS=22517152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr22	22517205	rs737842	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=0.057;SC=CCTCTGATTTAGAACAATTTT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=22517213;WS=22517195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr22	22550339	rs9623052	G	C	5249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=60;PP=2600;SC=CATCTCTCCCGACTGATCTCT;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=130;WE=22550347;WS=22550329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr22	22550401	rs11705157	C	G	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=843;ReadPosRankSum=1.012;SC=TGACTCAGCCCCACTCTGTGT;SOR=0.803;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=62;WE=22550409;WS=22550391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,92:0.52:177
chr22	22550450	rs2073447	C	G	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=773;ReadPosRankSum=-1.286;SC=CTCCTGCACCCGCAGCAGTGG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=52;WE=22550458;WS=22550440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,68:0.40:169
chr22	22550510	rs2073448	T	G	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=67;PP=2928;SC=CCCGGGCAGTTCCCCCACCAC;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=76;TCR=67;TR=143;WE=22550518;WS=22550500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr22	22550760	rs5757323	A	G	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=44;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TGTCTCCACCAGAGAGGGTAG;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=49;WE=22550768;WS=22550750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr22	22556270	rs5995639	T	C	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=40;PP=1224;ReadPosRankSum=0.572;SC=AGCCGCCCTCTCTGTCTGCAT;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=82;WE=22556278;WS=22556260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,126:0.48:261
chr22	22556368	rs9306341	C	T	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.567;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=992;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CAGCAGAAGCCAGGGAGCTCT;SOR=0.916;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=63;WE=22556376;WS=22556358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,77:0.46:169
chr22	22556662	rs2330029	A	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=283;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CATTAAATACAGGATTGTTGT;SOR=0.439;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=19;WE=22556670;WS=22556652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr22	22569448	rs5750741	T	A	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1420;ReadPosRankSum=-1.778;SC=AACAGCAACATTGTTGGCAAC;SOR=0.688;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=194;TCF=96;TCR=98;TR=104;WE=22569456;WS=22569438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,142:0.49:287
chr22	22569640	rs6001415	T	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=520;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TGCTCAGCATTGGACAGCAGC;SOR=0.299;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=38;WE=22569648;WS=22569630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr22	22577741	rs199930025	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.72;MQRankSum=-2.278;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.288;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr22	22578408	rs9623095	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.107;NF=10;NR=19;PP=369;ReadPosRankSum=0.695;SC=GCTACTCTGGCGGCAGCAGGA;SOR=1.077;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=29;WE=22578416;WS=22578398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr22	22578443	rs76789895	GG	CC	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.154;NF=6;NR=14;PP=560;ReadPosRankSum=0.221;SC=TCTCACTCCCGGGGCAGCCTG;SOR=1.000;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=20;WE=22578452;WS=22578433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr22	22599808	rs2285019	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=0.435;SC=GAGGGTGGAGCCGCCGCCCGA;SOR=0.461;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=16;WE=22599816;WS=22599798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr22	22676760	.	A	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.363;NF=6;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=-1.708;SC=ATTTGCATGGATGGACCCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=7;WE=22676768;WS=22676750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr22	22698027	rs1894246	A	G	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=38;PP=1134;SC=TCCAGGAAGAAGATGAGAGTG;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=22698035;WS=22698017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	22712021	.	C	CCGGGGA	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=874;SC=GGTCAAAAACCGGGGGGATCT;SOR=3.716;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=22712036;WS=22712011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	22712027	rs66722503	GA	G	949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=310;SC=AAACCGGGGGGATCTGATTTG;SOR=3.912;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=22712036;WS=22712011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	22712261	rs3753077	C	T	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.83;QD=29.96;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	22712467	rs5757973	T	G	7530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.325;NF=96;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=0.645;SC=TCATCTATAGTAATAATCAGC;SOR=0.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=98;TCR=105;TR=198;WE=22712475;WS=22712457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr22	22712742	rs3753078	A	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=655;SC=CATGGGTCCAAGGGCATCCAG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=22712750;WS=22712732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	22723864	rs9611592	G	A	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=269;SC=TGCTCTCAGGGCTGTGGACCC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=22723872;WS=22723854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	22724135	rs11324703	GT	G	2093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=40;PP=1156;SC=ATATATGTCTGTTTTTTTTGT;SOR=0.953;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=50;WE=22724143;WS=22724125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	22724341	rs9607803	A	C	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.94;NF=41;NR=42;PP=1458;SC=ACTCCTGGACACCTGCCCGGT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=83;WE=22724349;WS=22724331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	22724394	rs7292000	T	C	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr22	22758561	.	A	G	91	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=44.19;NF=4;NR=3;PP=91;QD=17.9673160782;SC=AGCTGTGAGCACAGAAGGCAG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=7;WE=22758569;WS=22758551;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr22	22758660	rs28507943	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.92;MQRankSum=-1.278;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
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chr22	22782394	rs165704	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-4.935;QD=3.73;ReadPosRankSum=-2.534;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,47:0.25:185
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chr22	22782423	.	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=8.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-7.149;QD=2.06;ReadPosRankSum=-4.838;SOR=1.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,14:0.11:129
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chr22	22786410	rs165657	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.767;NF=20;NR=12;PP=566;ReadPosRankSum=-0.375;SC=AGAGAGAGGCCCTGGGAAGCC;SOR=0.795;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=32;WE=22786418;WS=22786400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr22	22786792	rs57337788	C	G	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.131;NF=25;NR=34;PP=881;ReadPosRankSum=0.608;SC=GGGATGACAGCCTGAATGGTC;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=59;WE=22786800;WS=22786782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,87:0.49:179
chr22	22842206	rs11109	T	C	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=35;PP=1288;SC=GAGGTTCCAGTGACACTTGAA;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=79;WE=22842214;WS=22842196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr22	22843118	rs2236730	C	T	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=422;ReadPosRankSum=0.324;SC=CTGAAGGGAACGAAGCTGAAG;SOR=0.882;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=24;WE=22843126;WS=22843108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr22	22843425	.	G	A	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=626;ReadPosRankSum=0.692;SC=TGGCAGGACGGTCACTGCTTC;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=45;WE=22843433;WS=22843415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,89:0.53:168
chr22	22868211	rs361558	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=-1.081;SC=ATGTCACTGTGAAAAACAACC;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=9;WE=22868219;WS=22868201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr22	22868316	rs117271925	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
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chr22	22868773	rs361737	G	A	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-2.968;QD=19.91;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr22	22868776	rs362173	G	A	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-2.942;QD=19.94;ReadPosRankSum=1.052;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,58:0.53:110
chr22	22868957	.	T	G	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.982;NF=18;NR=21;PP=643;ReadPosRankSum=-2.332;SC=GCAGGTGGTGTGGTCTTCCCA;SOR=0.628;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=39;WE=22868965;WS=22868947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr22	22869085	rs61746878	C	T	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.094;NF=43;NR=32;PP=1022;ReadPosRankSum=0.835;SC=TCTTCTGTTCCGGCTGCCCAT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=75;WE=22869093;WS=22869075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,97:0.43:225
chr22	22869123	rs362003	T	C	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.166;NF=46;NR=35;PP=1035;ReadPosRankSum=0.897;SC=TAGTAAAAGTTGCTAAGTAAC;SOR=0.817;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=81;WE=22869131;WS=22869113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,134:0.51:264
chr22	22869209	rs362124	C	G	4329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=2.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.12;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,116:0.49:239
chr22	22869218	rs362132	T	C	4223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,112:0.47:237
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chr22	22869545	rs361580	T	G	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.44;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr22	22869548	rs362011	T	C	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.52;ReadPosRankSum=1.219;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr22	22869649	rs361721	G	C	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=26;PP=1070;SC=ACAGAGAAACGGGCATGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=22869657;WS=22869639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	22869742	rs361959	C	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
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chr22	22892449	rs41277507	T	C	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1189;ReadPosRankSum=-1.904;SC=TGCATGGGCATTGCAAAAATC;SOR=0.676;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=75;WE=22892460;WS=22892439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,116:0.54:215
chr22	22899234	rs1129172	A	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=424;ReadPosRankSum=0.311;SC=CTTCTTACCCACAAACGCCTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=33;WE=22899242;WS=22899224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr22	22899268	.	G	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=508;ReadPosRankSum=2.252;SC=AGCGACTTAGGCTGGCCTCAG;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=38;WE=22899276;WS=22899258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr22	22899363	rs8139318	GA	AG	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=769;ReadPosRankSum=0.436;SC=CCAAAAAGAAGAATACATGTA;SOR=0.858;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=24;WE=22899372;WS=22899353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr22	22899414	rs2283800	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=201;ReadPosRankSum=-2.151;SC=AAACCTCCGCAAATACTGCTG;SOR=0.180;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=12;WE=22899422;WS=22899404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr22	22930770	rs6002909	A	G	5249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=56;PP=2199;SC=CCTCTGAGCTAATGCTTGGTC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=110;WE=22930778;WS=22930760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr22	22937293	.	G	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=815;ReadPosRankSum=1.083;SC=AAATGGCCAGGATCACCTGCC;SOR=0.699;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=56;WE=22937301;WS=22937283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,85:0.44:194
chr22	22989256	rs2904923	A	G	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=34;PP=1637;SC=CCGGTCAGCGAGATCCTGTTC;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=71;WE=22989289;WS=22989246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	22989270	rs2330126	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.975;NF=14;NR=14;PP=824;ReadPosRankSum=0.355;SC=CCTGTTCAATGATGAAATGGA;SOR=0.547;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=28;WE=22989289;WS=22989246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,37:0.36:102
chr22	22989281	rs3966363	T	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.612;NF=13;NR=13;PP=824;ReadPosRankSum=0.121;SC=ATGAAATGGATGACTTCAGCT;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=26;WE=22989289;WS=22989246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr22	23010943	rs406876	G	A	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=992;ReadPosRankSum=0.695;SC=CTGGCAATGCGTCCTTTGTCC;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=72;WE=23010951;WS=23010933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,103:0.51:202
chr22	23010963	rs5751503	C	A	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=998;ReadPosRankSum=0.573;SC=CTCAAGCCCCCTCTCCTGTCT;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=68;WE=23010971;WS=23010953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,89:0.46:195
chr22	23029263	rs443102	T	C	8937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=87;PP=2965;SC=TCTCCCCCTCTTCACTCTCTG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=129;TCR=87;TR=216;WE=23029271;WS=23029253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr22	23029374	rs451369	G	A	9657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=128;PP=2965;SC=AAGCCCAGACGCAGCCTCTGG;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=106;TCR=128;TR=234;WE=23029382;WS=23029364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr22	23029526	rs3205084	G	C	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.481;NF=31;NR=26;PP=976;ReadPosRankSum=0.599;SC=ACCTGCTCTGGAGATGCATTG;SOR=0.679;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=57;WE=23029534;WS=23029516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,76:0.42:182
chr22	23029698	rs443756	T	C	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=79;PP=2389;SC=AGGCAGAAGATGAGGCTGACT;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=72;TCR=80;TR=151;WE=23029706;WS=23029688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr22	23029846	rs200665672	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-3.181;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.148;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,14:0.16:85
chr22	23029871	.	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-3.329;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,9:0.15:59
chr22	23029876	.	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-3.196;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.848;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr22	23040362	rs5996349	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=448;ReadPosRankSum=1.040;SC=CTCTGAGGCAAAGGGGATAAG;SOR=0.516;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=24;WE=23040370;WS=23040352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr22	23040389	rs6003229	G	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=479;ReadPosRankSum=2.344;SC=CTGGGGCAGGGCCAGTGCTGG;SOR=0.502;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=29;WE=23040397;WS=23040379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr22	23040462	rs1312	T	C	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.198;NF=35;NR=28;PP=923;ReadPosRankSum=-3.373;SC=TGCTCCTCACTCTCCTCACTC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=63;WE=23040470;WS=23040452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,87:0.58:150
chr22	23040767	rs5751516	G	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.489;NF=15;NR=20;PP=489;ReadPosRankSum=0.314;SC=ATTTATGAGGGCAGTAAGCGG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=35;WE=23040775;WS=23040757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr22	23055329	rs10560602	CTTATTTAT	C,CTCATTTATTTAT	457.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=8.129;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13,5;NR=3,3;PP=285,1080;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CAACCTCTCTCTTATTTATTT;SOR=2.631;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=16,8;WE=23055344;WS=23055319;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.80:15
chr22	23055421	rs1985790	G	A	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.147;NF=15;NR=15;PP=391;ReadPosRankSum=-0.188;SC=AGCCACCCTCGGTGTCAGTGG;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=30;WE=23055429;WS=23055411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,54:0.43:127
chr22	23055440	rs1008910	C	A	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.992;NF=18;NR=18;PP=483;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GGCCCCAGGACAGACGGCCAG;SOR=0.685;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=36;WE=23055448;WS=23055430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,65:0.45:145
chr22	23055533	rs4446155	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-1.419;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.004;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr22	23055752	rs2304533	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CCCTCTTGCTCCAGCCCCGGG;SOR=0.512;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=11;WE=23055760;WS=23055742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr22	23063645	rs11090173	T	G	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=665;ReadPosRankSum=2.334;SC=CCATCTCACATTGACACAGAC;SOR=0.882;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=42;WE=23063653;WS=23063635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,73:0.61:120
chr22	23077555	rs4822296	T	C	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.602;NF=30;NR=40;PP=1109;ReadPosRankSum=0.297;SC=TACTGCAGCTTATATACAAGC;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=70;WE=23077563;WS=23077545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,99:0.62:159
chr22	23077690	rs4822297	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.445;NF=5;NR=10;PP=217;ReadPosRankSum=2.214;SC=TCCTGCAGTGCGGCCTTGAGA;SOR=0.361;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=15;WE=23077698;WS=23077680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr22	23089759	rs2040563	A	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=420;ReadPosRankSum=0.680;SC=CTGGTTTGAGAGACATCTCTC;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=36;WE=23089767;WS=23089749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,46:0.40:115
chr22	23089826	rs1978004	G	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.133;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.985;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,92:0.44:208
chr22	23089857	rs2040564	G	A	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=2.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.167;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,83:0.43:194
chr22	23089865	rs2040565	A	G	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.171;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,78:0.43:183
chr22	23089941	rs3087123	ACT	A	3039.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.380;NF=20;NR=28;PP=1889;ReadPosRankSum=-1.099;SC=CCCCCTCCTCACTCTCTGCAC;SOR=0.913;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=48;WE=23089950;WS=23089931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,87:0.48:183
chr22	23090423	rs34605189	G	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.640;NF=17;NR=13;PP=416;ReadPosRankSum=-2.080;SC=GTGACACAAGGAGACAGGGAA;SOR=0.655;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=30;WE=23090431;WS=23090413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,32:0.27:117
chr22	23090438	rs56223989	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.593;NF=13;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=-3.070;SC=AGGGAAGTGAAACATAAACCC;SOR=0.701;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=26;WE=23090446;WS=23090428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,24:0.24:102
chr22	23090468	rs58198190	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=-7.754;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr22	23090475	rs58580735	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQRankSum=-7.239;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr22	23101247	rs4822303	GC	AT	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.086;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.672;NF=15;NR=6;PP=718;ReadPosRankSum=-2.436;SC=GGGCTCTGCTGCTCCTCACCC;SOR=1.860;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=21;WE=23101256;WS=23101237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr22	23101280	rs1894244	C	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.650;NF=20;NR=11;PP=415;ReadPosRankSum=1.531;SC=GCACAGGTGACGCCTCCAGGG;SOR=1.090;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=31;WE=23101288;WS=23101270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,37:0.33:112
chr22	23101301	rs4822305	A	G	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-6.470;NF=22;NR=14;PP=419;ReadPosRankSum=1.526;SC=AAGGGGCTTCAGGGACCTCTG;SOR=0.982;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=36;WE=23101309;WS=23101291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr22	23101347	rs1894245	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.007;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.159;NF=31;NR=16;PP=768;ReadPosRankSum=1.406;SC=CAGGCTCACCGGGGCCCAGCA;SOR=1.297;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=47;WE=23101355;WS=23101337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr22	23101523	rs3737543	G	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.516;NF=22;NR=29;PP=828;ReadPosRankSum=-0.657;SC=GGTACCAACAGCACCCAGGCA;SOR=0.814;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=51;WE=23101531;WS=23101513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr22	23101559	rs4134484	G	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.174;NF=22;NR=31;PP=849;ReadPosRankSum=-1.272;SC=TGATTTATGAGGTCAGTAATC;SOR=0.969;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=53;WE=23101567;WS=23101549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr22	23114239	rs8138758	T	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=453;ReadPosRankSum=0.844;SC=CATCATGGGCTGTTCTCTCCA;SOR=1.312;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=30;WE=23114247;WS=23114229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr22	23114285	rs8138785	T	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=604;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GGAACCTGCCTAGCCTGGGCC;SOR=0.960;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=43;WE=23114293;WS=23114275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,59:0.35:168
chr22	23114327	rs6003299	T	C	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=509;ReadPosRankSum=-2.448;SC=GCCTCAGCCATGGCCTGGACC;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=49;WE=23114335;WS=23114317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,88:0.41:215
chr22	23114350	rs5996382	A	G	3000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=589;ReadPosRankSum=1.428;SC=TCTCCTCCTCAGCCTCCTCGC;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=50;WE=23114358;WS=23114340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,90:0.39:229
chr22	23114748	rs71917069	CT	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr22	23114993	rs2073451	G	A	3185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=1.006;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,162:0.50:324
chr22	23135270	.	C	A	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.399;NF=27;NR=28;PP=864;ReadPosRankSum=-1.265;SC=GCACTGGAACCAGCAGTGATG;SOR=0.518;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=55;WE=23135278;WS=23135260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
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chr22	23223070	rs378183	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.138;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=-1.677;SC=CAGGGCCCCCGCCTGTGGTGG;SOR=0.327;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=34;WE=23223078;WS=23223060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr22	23223261	rs12628851	G	T	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=2.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.36;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,89:0.47:188
chr22	23223278	rs394321	A	T	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.01;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,104:0.50:206
chr22	23230308	.	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=244;ReadPosRankSum=0.356;SC=AGCGCTGGCCCCTGCTGCTGC;SOR=0.448;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=20;WE=23230316;WS=23230298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr22	23235836	.	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=0.875;SC=ATGTCTAGGTCCCAGCCCCGC;SOR=1.267;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=17;WE=23235844;WS=23235826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr22	23241620	rs462915	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.876;NF=9;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=1.971;SC=TCCTGCTGTGAGTCACAGGAC;SOR=0.466;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=11;WE=23241628;WS=23241610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr22	23241705	rs62218846	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.974;NF=16;NR=7;PP=288;ReadPosRankSum=0.041;SC=TGCCACCAGGGCCACTGGCCC;SOR=1.122;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=23;WE=23241713;WS=23241695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,22:0.22:102
chr22	23241753	rs202036213	T	TA	1219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.044;NF=3;NR=14;PP=560;ReadPosRankSum=-1.189;SC=GGGCTGGGGCTGGGGCATCCC;SOR=0.739;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=17;WE=23241761;WS=23241743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,43:0.30:141
chr22	23241864	rs463830	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.553;NF=5;NR=14;PP=260;ReadPosRankSum=1.129;SC=CTCCTTCCCCGCTCTTGGGAC;SOR=1.015;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=19;WE=23241872;WS=23241854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr22	23247028	rs464478	A	G	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=13;PP=942;SC=TCTGTGGGTTAAGTGTGGGGG;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=23247036;WS=23247018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	23247082	rs2009433	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.637;NF=25;NR=15;PP=553;ReadPosRankSum=1.567;SC=GGACCACTGGCCCCAGCTTCC;SOR=0.856;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=40;WE=23247090;WS=23247072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
chr22	23248758	rs1059142	G	A	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQRankSum=-3.406;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,54:0.78:69
chr22	23248839	rs7117	A	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=15.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.83;MQRankSum=-1.596;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr22	23256464	rs463185	G	C	6092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=57;PP=1940;SC=GTGAGGGGACGGAGCTGACCG;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=123;WE=23256472;WS=23256454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr22	23260278	rs59884698	CGG	C	3293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=26;PP=1414;SC=GGTTGGGGGGCGGGGTGGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=35;WE=23260287;WS=23260268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	23260507	rs410521	T	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=319;SC=CTGGCCCCAATTTCCTCCAGC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=23260515;WS=23260497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	23262162	rs375081	C	A	172.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=55;SC=ATCCTCAGTCCACCAGAAACC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=23262170;WS=23262152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	23263602	rs373405	C	T	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=14;PP=565;SC=CAGCTGACCGCCCTCGGTAAG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=23263610;WS=23263592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	23263698	.	CC	TT	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=125;ReadPosRankSum=-0.031;SC=AAGGTCTAAGCCTGTCTGGAT;SOR=0.754;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=7;WE=23263707;WS=23263688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr22	23438191	rs1805058	C	T	8243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=123;PP=2965;SC=GCGCCTACGACGCTGTGCAGC;SOR=0.969;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=216;TCF=90;TCR=126;TR=212;WE=23438199;WS=23438181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr22	23473748	.	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=2.151;SC=CTCTGTACTTCTCTGAATGCT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=16;WE=23473756;WS=23473738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr22	23480962	rs5759598	T	G	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=77;SC=GCAGCTCAAGTGCATCCACCC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=23480970;WS=23480952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	23481133	rs58874302	GAA	G,GA	1312.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.548;QD=17.50;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,50,17:0.67,0.23:75
chr22	23482460	rs4822360	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=8;PP=491;SC=AGGTCACACAAGGCCATGAGG;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=23482468;WS=23482450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	23482718	rs4822361	C	T	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=317;SC=TACTTCTCATCTGATCCTCCA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=23482726;WS=23482708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	23482744	rs4822362	C	A	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=226;SC=TGAGGGCAGGCAAATGGGTAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=23482752;WS=23482734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	23487533	rs1476441	C	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=604;ReadPosRankSum=0.895;SC=CGCCCAGACTCCAGGCAGGTT;SOR=0.660;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=34;WE=23487541;WS=23487523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr22	23497998	rs5759607	G	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=411;SC=GGAGCTGGGGGTAGGGACATC;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=23498006;WS=23497988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	23498327	.	T	TCTGAGAAAA	1040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.04;QD=43.36;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	23498329	.	CA	TG	461	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=62.28;NF=2;NR=8;PP=461;QD=51.4467874862;SC=TTTTGTCCTCCAAGACCCACT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=23498342;WS=23498319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	23498330	rs56055341	A	ACTG	770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.69;QD=45.34;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	23498332	rs56254210	G	GAAA	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.69;QD=42.81;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	23498333	.	A	AAAACCACTGAGAAAAC	2900	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=62.65;NF=1;NR=8;PP=2900;QD=20;SC=GTCCTCCAAGACCCACTGAGA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=23498342;WS=23498319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	23498334	.	C	A	201	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=62.28;NF=2;NR=8;PP=201;QD=23.5771212547;SC=TCCTCCAAGACCCACTGAGAA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=23498342;WS=23498319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	23498334	rs56396215	C	CA	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.88;QD=45.48;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	23503121	rs5759611	G	A	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=32;PP=1448;SC=TCGAGCAGTCGGTGCTGCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=77;WE=23503129;WS=23503111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	23503382	rs5759616	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=430;SC=CAGACACCCTCCCTAGCCCTC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=23503390;WS=23503372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	23505101	.	CT	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr22	23523073	.	G	GC	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=245;SC=CCGGGGCCGGGCTGGCGAGGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=23523090;WS=23523071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	23523082	rs199698427	G	GC	353.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=336;SC=GGCTGGCGAGGCGCCGCGCCG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=23523090;WS=23523071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	23523630	rs5751602	C	A	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=40;PP=1904;SC=TCGAGCGGATCCGCAAGGGCC;SOR=1.008;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=100;WE=23523638;WS=23523620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	23540414	rs2071431	T	G	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	23540559	.	GG	AA	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=389;ReadPosRankSum=-0.157;SC=ATTCCAAGTAGGGGCTCCAGA;SOR=0.718;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=12;WE=23540568;WS=23540549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr22	23540609	rs4822371	A	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=17;PP=526;SC=AAGGTTGGTGACCCCCAAAGA;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=23540617;WS=23540599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	23541309	.	C	CA	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.539;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr22	23541488	rs2071436	C	T	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=56;PP=1603;SC=GAGGAAGCATCGGAGACTGGG;SOR=1.411;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=80;WE=23541496;WS=23541478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	23585132	rs1004040	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CCTGGTGACAACATCTCTCCA;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=18;WE=23585140;WS=23585122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr22	23610861	rs55941592	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=0.476;SC=TGCTGGGGATGCTGTTGTGCG;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=23610869;WS=23610851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr22	23613539	rs9608093	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=1.470;SC=CATCCAGGGCATCCTGCGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=23613547;WS=23613529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr22	23615346	rs5759671	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=278;ReadPosRankSum=1.898;SC=CCTCTGGACCGGGACCAAAAC;SOR=0.656;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=23;WE=23615359;WS=23615336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,39:0.37:106
chr22	23615801	rs12233352	A	G	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=853;ReadPosRankSum=-0.093;SC=GTCTAACTCAAGTCTTTCTTC;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=60;WE=23615809;WS=23615791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,100:0.55:182
chr22	23627369	rs140504	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=416;SC=CAGATCAAGAATGACATCCAG;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=23627377;WS=23627359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	23627441	rs131675	T	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=220;SC=GTGGCAGCAGTCCCCGCACAC;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=23627449;WS=23627431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	23629476	rs5759680	G	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=319;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GTGAGCGCCTGCTGTTCCGGC;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=21;WE=23629484;WS=23629466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr22	23629552	rs5759681	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=1.831;SC=TTCACTTGGATGCGCCCCACT;SOR=1.802;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=23629560;WS=23629542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr22	23631639	rs11090228	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=454;ReadPosRankSum=-1.982;SC=GGAGGTCCAGTGGGAGGGGCC;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=37;WE=23631647;WS=23631629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr22	23631801	rs2227939	T	C	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.981;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,106:0.51:206
chr22	23631813	rs113087899	G	GC	2732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.085;QD=17.41;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,73:0.46:157
chr22	23631823	rs62219796	T	C	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.46;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,72:0.46:157
chr22	23632513	rs16802	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=313;ReadPosRankSum=-0.670;SC=GACCTCTTTGATCTCTTGCGC;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=24;WE=23632521;WS=23632503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr22	23632636	rs5759683	C	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=0.337;SC=TTGCAGCGGCCGAGCCAGGGT;SOR=0.709;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=15;WE=23632644;WS=23632626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
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chr22	23657477	rs180810	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr22	23657735	rs180812	G	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=110;SC=TCCTGGAGGCGGACAGATGGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=23657743;WS=23657725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	23735649	rs8135826	C	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=24.33;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	23915340	rs1064417	T	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-1.273;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr22	23955765	rs17627963	T	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=616;ReadPosRankSum=2.322;SC=GAATCAGGTTTCTATACACTG;SOR=0.765;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=38;WE=23955773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,85:0.50:169
chr22	23961742	rs5844566	G	GGCACCCATAA	2476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=2900;SC=CCAGCATGGAGGTATCACAGA;SOR=2.387;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=28;WE=23961750;WS=23961732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	23962744	rs72559613	T	TTTC	2878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.818;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=1339;ReadPosRankSum=-2.886;SC=GCCAGCAAGTTTGTTTCTCAG;SOR=1.168;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=30;WE=23962752;WS=23962734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,74:0.45:163
chr22	23964282	rs10564183	GCAT	G	2103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.685;NF=10;NR=33;PP=1879;ReadPosRankSum=1.062;SC=TCTTACCTGGGCATCATCATC;SOR=0.700;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=108;TCF=32;TCR=76;TR=43;WE=23964292;WS=23964272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,67:0.25:272
chr22	23967147	rs2877164	C	T	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=901;ReadPosRankSum=1.448;SC=GCTGCACCCCCTACACAGATC;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=65;WE=23967155;WS=23967137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,99:0.50:200
chr22	23982724	rs56397271	T	C	10791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.00;QD=44.41;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr22	23982727	rs28645846	A	G	10964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.05;QD=43.17;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr22	23982792	rs9620294	T	C	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.219;NF=25;NR=33;PP=890;ReadPosRankSum=-0.805;SC=TCTGAAGCTGTTGGTGCTGAT;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=58;WE=23982800;WS=23982782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,90:0.56:162
chr22	24034288	rs738786	A	G	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=18;PP=689;SC=GCTGTGCTCCAGGGCCTTTGG;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=24034296;WS=24034278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	24035970	rs2070446	C	T	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=34;PP=1572;SC=GGTGGTGCTCCACGAATGCTT;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=82;WE=24035978;WS=24035960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	24037306	rs12170464	T	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=0.502;SC=GTTATTTTGTTTGGTTTTGAC;SOR=0.490;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=9;WE=24037314;WS=24037296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr22	24038847	rs1007298	T	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=524;SC=CCCCAGAGAGTCCAGATGAGG;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=24038855;WS=24038837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	24086554	.	C	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.883;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=476;ReadPosRankSum=0.419;SC=TGAAGGATTTCCCACATTCCT;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=36;WE=24086562;WS=24086544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr22	24105481	.	A	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=0.350;SC=CATCTCCCTCACCCGCTGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=12;WE=24105489;WS=24105471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr22	24106674	rs140181	G	A	5486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=55;PP=2487;SC=GGCCCTGTCCGGCCTCCCACC;SOR=0.847;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=128;WE=24106682;WS=24106664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr22	24108288	rs140182	C	G	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=659;SC=TCCCCCTCCCCGCCTGAGTCG;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=36;WE=24108296;WS=24108278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr22	24108412	rs80027270	G	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.05;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	24109550	rs131444	T	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	24109774	rs179468	T	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	24121378	rs738792	C	T	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=43;PP=1804;SC=GCCTAGGACGCCCACCACCTC;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=94;WE=24121386;WS=24121368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr22	24122499	rs9612427	G	A	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=6;PP=426;SC=CTCAGCCATCGGGGGCTGTCC;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=24122507;WS=24122489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	24125565	rs2877173	G	A	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=15;PP=804;SC=CCCAGTGTCCGCTCGCCCAGG;SOR=1.196;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=46;WE=24125573;WS=24125555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	24125663	.	G	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=578;ReadPosRankSum=0.829;SC=GAAGGCTCTGGAAGGCTTCCC;SOR=0.812;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=42;WE=24125671;WS=24125653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,77:0.43:180
chr22	24129553	rs55705149	GGC	G	745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=35.51;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	24143502	rs738797	C	G	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=80;PP=2579;SC=CTCTCTGGCCCCTCAAGTGGA;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=49;TCR=80;TR=129;WE=24143510;WS=24143492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr22	24145395	rs5760030	A	G	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=13;PP=623;SC=GGTTTGCAGAAGCCTGCTGTG;SOR=1.157;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=35;WE=24145403;WS=24145385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	24145675	rs5751738	G	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=20;PP=547;SC=GAACAGTCCCGTTTCCTGCCA;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=24145683;WS=24145665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	24176959	rs35305666	CA	C	3675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.11;NF=14;NR=29;PP=1739;SC=AGGCTCAGGGCAAGAGGCTCT;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=43;WE=24176967;WS=24176949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	24179237	rs372803050	C	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr22	24179724	rs2070462	G	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.82;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	24204158	rs2275979	A	G	175.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=142;SC=TCTGTGCCTCACTTTCCTCAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=24204166;WS=24204157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	24208675	.	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=218;ReadPosRankSum=0.745;SC=TCATGTCTTTCCTAACCATGT;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=18;WE=24208683;WS=24208665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr22	24209759	rs2330626	G	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=1.150;SC=TGCGCTTATGGTAATGAGATG;SOR=0.160;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=24209767;WS=24209749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr22	24212248	rs60719441	A	G	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=534;ReadPosRankSum=2.597;SC=TGAATTTTGGAAGAGACACAA;SOR=0.837;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=36;WE=24212256;WS=24212238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr22	24217449	rs12157360	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-1.381;SC=GGGGCTTCTCATCCTGCCTCT;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=14;WE=24217457;WS=24217439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr22	24224508	rs6003938	C	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.356;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr22	24226242	rs2070460	A	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=568;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CTGGGCATCCATCATCACATA;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=44;WE=24226250;WS=24226232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
chr22	24227246	rs6003939	A	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=0.431;SC=AATCAGTAACAACATAATTAC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=24227254;WS=24227236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr22	24237463	rs2070767	T	C	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=275;ReadPosRankSum=0.715;SC=AGAGCCGGGATATTGGGGAGC;SOR=1.224;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=18;WE=24237471;WS=24237453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr22	24284825	rs6003982	C	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=13;PP=515;SC=CTCAACAGCTCCAAGCTAGCT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=24284833;WS=24284815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	24285057	rs201546417	TAAAACAAAAACA	T	369.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=41.08;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	24302486	rs185856170	A	G	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.95;QD=22.31;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	24325006	rs200925305	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.52;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr22	24325024	rs201723657	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.52;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr22	24325047	rs149686121	C	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.52;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr22	24340656	rs2154606	T	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=303;ReadPosRankSum=0.559;SC=TTTTGTTTTTTTTTTTTTAAC;SOR=1.068;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=20;WE=24340664;WS=24340640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr22	24340938	rs140290	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.396;NF=7;NR=13;PP=201;ReadPosRankSum=-1.023;SC=CATGGGCTGTAGATAGACGAA;SOR=0.596;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=20;WE=24340946;WS=24340928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr22	24345691	rs140302	A	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=8;PP=293;SC=TGAGGCTGGGAAGCTTCCTGA;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=24345699;WS=24345681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	24376322	rs4630	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=473;SC=GCAAGTCTTAGGCAAGCCATT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=24376330;WS=24376312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	24377034	rs140308	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=384;SC=GAGTTACTGGAGTAGGGAGTT;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=24377042;WS=24377024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	24383954	rs140313	C	T	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=35;PP=1230;SC=TGGGGAGCCCCGACTCTTGGA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=24383962;WS=24383944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	24452885	rs2070467	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=26;PP=676;SC=TACACCATCAATAACATTTCT;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=24452893;WS=24452875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	24459438	rs762273	T	C	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=43;PP=2160;SC=CTCGGAACTGTCCTGCTGGTA;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=108;WE=24459446;WS=24459428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr22	24472270	rs2283807	A	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	24480503	rs4820581	G	A	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	24492061	rs2236622	T	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=432;SC=TAGCACCCTTTAGGCGACCCC;SOR=1.284;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=24492069;WS=24492051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	24530542	.	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-0.116;SC=AGCCAGACTCCGGTGTGGGGC;SOR=0.141;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=24530550;WS=24530532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr22	24552086	.	ACTGGGGCCGGGG	A	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.004;NF=2;NR=7;PP=2214;ReadPosRankSum=0.033;SC=TGGGGCCGGGACTGGGGCCGG;SOR=1.445;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=24552105;WS=24552076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr22	24567970	.	C	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=850;ReadPosRankSum=1.671;SC=CCAGGTGAGTCCCATCCCAGT;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=46;WE=24567978;WS=24567960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr22	24578987	.	T	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.455;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=-5.684;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,4:0.12:34
chr22	24578995	rs62231980	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-5.484;QD=2.65;ReadPosRankSum=-2.086;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr22	24579049	rs62231981	G	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-4.539;NF=16;NR=9;PP=261;ReadPosRankSum=1.262;SC=TGCTCCATGCGCTGTGGCGCC;SOR=0.652;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=25;WE=24579057;WS=24579039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
chr22	24579157	rs200945728	GA	TC	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQRankSum=-1.688;QD=8.37;ReadPosRankSum=-3.245;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,33:0.27:123
chr22	24621703	rs71318962	C	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=1.440;SC=TTTGCAGGACCCCCTCGTTTT;SOR=0.793;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=12;WE=24621711;WS=24621693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr22	24622648	rs2275984	T	C	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=932;ReadPosRankSum=-2.246;SC=CCTCTGCCCCTTGGCAAACTT;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=62;WE=24622656;WS=24622638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,105:0.57:185
chr22	24628763	rs35676668	G	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-2.076;SC=TTGAACCCAGGAACCCAGGGC;SOR=0.824;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=17;WE=24628771;WS=24628753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr22	24629596	rs34162764	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr22	24717518	rs3747113	G	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=601;ReadPosRankSum=-0.957;SC=ATCTTCTCACGCTGGCAAAAA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=46;WE=24717526;WS=24717508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr22	24717850	rs204710	A	G	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=43;PP=1437;SC=ATCACCCCTGATAACCAGAGC;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=24717858;WS=24717840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	24730587	rs5760351	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=1.646;SC=CGGTTGTGTTCACTTACCTTA;SOR=0.793;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=13;WE=24730595;WS=24730577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr22	24761467	rs204718	G	A	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=28;PP=1170;SC=TAGTGAAGAAGTGAAACGGGA;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=24761475;WS=24761457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	24761705	.	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=138;ReadPosRankSum=-0.884;SC=TGTGATTTTTCTTTTTCTGTG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=24761713;WS=24761689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr22	24808432	.	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=-1.737;SC=GGGGAGGGTGGCCGGGCCTAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=24808443;WS=24808422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr22	24808435	rs743363	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=2.423;SC=GAGGGTGGCCGGGCCTAGTGC;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=24808443;WS=24808422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr22	24837301	rs5751876	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=324;ReadPosRankSum=0.595;SC=CCAATGGCTATGCCCTGGGGC;SOR=1.110;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=27;WE=24837309;WS=24837291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr22	24891292	rs2070474	C	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GGGCGCCTGACCGGGCCTGGG;SOR=0.264;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=24891300;WS=24891282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr22	24898310	rs2232866	C	T	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=54;PP=1432;ReadPosRankSum=0.335;SC=GAAAGTTCTCCGTCCACATCA;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=88;TCR=101;TR=100;WE=24898318;WS=24898300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,140:0.47:298
chr22	24936970	rs9704	A	G	6907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr22	24938908	rs8139822	A	G	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=7;PP=433;SC=GGGCCAGGGCATCCTGAGCGG;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=24938916;WS=24938898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	24944053	rs4822506	C	T	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=25;PP=835;SC=TGCAGGTAGACGAGCTGGGGA;SOR=0.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=24944061;WS=24944043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	24944782	rs1003580	A	G	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=41;NR=20;PP=1075;SC=AGCCCCAACCAAAGATAGCTA;SOR=1.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=24944790;WS=24944772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	24953479	rs11427005	C	CT	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr22	24953571	rs5760472	A	G	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=26;PP=1185;SC=GATGTGTGCCACATGCCTTTT;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=24953579;WS=24953561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr22	24964128	rs4597	T	C	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=441;SC=GAAAAGCTGCTATTCTCAAGG;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=24964136;WS=24964118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	24979880	rs184320864	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=1.269;SC=TGGCATTTCTCCAACAGGAGT;SOR=1.058;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=9;WE=24979888;WS=24979870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr22	25129964	rs5760612	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
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chr22	25145471	rs1892722	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=359;ReadPosRankSum=-0.272;SC=TAATCTTTACATATTTCATCT;SOR=1.670;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=24;WE=25145479;WS=25145461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr22	25150209	rs139887845	T	TA	779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=557;ReadPosRankSum=-0.150;SC=ATGAGAGTATTAGTCCGATCT;SOR=1.347;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=15;WE=25150217;WS=25150199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr22	25151638	rs6004259	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=431;ReadPosRankSum=2.970;SC=ACTCTCTTAATACATGAGGAC;SOR=0.476;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=31;WE=25151646;WS=25151628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr22	25151890	rs143403523	CA	C,AA	669.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.437;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.679;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,29,12:0.64,0.27:45
chr22	25151891	rs5751973	A	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.067;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr22	25158326	rs5751975	A	G	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=743;ReadPosRankSum=1.009;SC=GTACAGGCACATATCTCTTGC;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=49;WE=25158334;WS=25158316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,64:0.69:93
chr22	25158532	rs56274547	G	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=444;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GAGTTGCCTGGTGTCTTACTC;SOR=0.702;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=23;WE=25158540;WS=25158522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr22	25158597	rs738822	G	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=79;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TAAAGGAAGAGGTGTGTTTGG;SOR=0.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=8;WE=25158605;WS=25158587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr22	25246112	rs139670	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=1.094;SC=GCTTGCTAGCGGCAATATGGG;SOR=0.671;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=12;WE=25246120;WS=25246102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr22	25251816	rs56394892	G	A	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=742;ReadPosRankSum=-1.188;SC=ATATTTACACGCACCCATCCT;SOR=0.551;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=58;WE=25251839;WS=25251806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,116:0.46:253
chr22	25252047	.	C	A	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.747;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=711;ReadPosRankSum=0.827;SC=CATTTATTTTCCTGTCCATCT;SOR=0.744;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=58;WE=25252055;WS=25252037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,120:0.48:252
chr22	25255580	rs56318899	A	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=274;ReadPosRankSum=-2.364;SC=GATTAACCCAACCTCTTAGTT;SOR=0.885;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=19;WE=25255588;WS=25255570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr22	25263240	rs5996780	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr22	25263273	rs5996781	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-1.468;SC=GCGACCTCACCGCTCTGTGCC;SOR=0.460;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=13;WE=25263281;WS=25263263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr22	25264718	.	G	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=461;ReadPosRankSum=-0.827;SC=CTGCGCAAGCGAAGCCCTCAG;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=35;WE=25264726;WS=25264708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr22	25270455	rs9624633	G	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=696;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CTGCAGGCCGGTCCATGCTGG;SOR=0.862;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=47;WE=25270463;WS=25270445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,71:0.51:138
chr22	25272524	.	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=-0.415;SC=TTCTTCTGCCCCTCCTTCTAT;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=18;WE=25272532;WS=25272514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr22	25275393	rs737769	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=-2.235;SC=TGTGTTTGGATCTATTCTAAG;SOR=0.760;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=14;WE=25275401;WS=25275383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr22	25282765	rs139719	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=426;SC=GGCTGGGGAGTGCTGGTTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=25282773;WS=25282755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr22	25315753	rs5752018	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TGTGAGCCCCGTCACCAATTC;SOR=0.657;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=9;WE=25315761;WS=25315743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr22	25331405	rs371967395	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=394;ReadPosRankSum=0.005;SC=TGATGGGCAGGAGGCTGGCCA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=27;WE=25331413;WS=25331395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr22	25334037	rs10658230	C	CTCATTCAT	1237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=7.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.07;ReadPosRankSum=1.259;SOR=1.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr22	25335360	.	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr22	25597244	.	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=1.160;SC=AGCCACGCCCCATGGGCAGCA;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=25597252;WS=25597234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr22	25597401	rs147831812	C	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=25;ReadPosRankSum=-0.509;SC=CAGGCTGCAGCTGGCAAGAGC;SOR=1.061;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=5;WE=25597409;WS=25597391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr22	25617271	.	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=-1.670;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr22	25617602	rs739315	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=-3.008;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr22	25624049	rs5760923	G	A	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.132;NF=17;NR=44;PP=1220;ReadPosRankSum=0.772;SC=ACCAGGAAGGGGCCCGCCCCT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=61;WE=25624057;WS=25624039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr22	25625554	rs55700037	G	A	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=49;PP=1345;SC=ACGTAAGTGCGTTGCCAGCCC;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=25625562;WS=25625544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr22	25627604	rs8140949	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=451;ReadPosRankSum=0.166;SC=GCTACCGTGGGCTGCAGTACC;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=36;WE=25627612;WS=25627594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,43:0.35:122
chr22	25713933	rs133156	A	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.59;QD=28.65;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	25714110	rs2064141	T	C	10088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.90;QD=44.84;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr22	25714113	rs2330574	A	G	10216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.90;QD=43.66;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr22	25714218	rs2072869	A	T	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=76;PP=2891;SC=TGCCCCTCACACCCAGCAGGT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=154;WE=25714226;WS=25714208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr22	25714415	rs185578320	T	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=494;ReadPosRankSum=0.636;SC=TTTCTCTGGGTCTTCTTCCCC;SOR=0.705;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=37;WE=25714423;WS=25714405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr22	25716068	rs133162	C	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	25750814	rs141812512	C	CAGGGCA	2393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=2216;SC=CTGGATGGGCCAGGGCCATGC;SOR=2.024;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=33;WE=25750822;WS=25750804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	25753231	rs133194	G	A	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=14;PP=1271;SC=CCTCGATCTTGTCTGTCTTGG;SOR=1.662;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=62;WE=25753239;WS=25753221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	25853368	rs6423498	T	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.101;NF=16;NR=25;PP=456;ReadPosRankSum=0.852;SC=CGGAGTGGCATGTAAGTGCAT;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=41;WE=25853376;WS=25853358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr22	26166011	rs133903	C	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=-1.655;SC=GAGAAACCCCCGTGTAAGGTA;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=7;WE=26166019;WS=26166001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr22	26166900	rs3859866	G	C	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=33;PP=1213;SC=TGAGACTTTGGATTGATGCTG;SOR=1.068;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=55;WE=26166908;WS=26166890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	26173661	rs5761170	T	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=230;SC=GGCCCTGGGCTGGAGTGGCGC;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=26173669;WS=26173651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	26173717	.	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr22	26177593	rs28729695	G	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=282;ReadPosRankSum=0.701;SC=AAAAAAAAAAGAGTGGATCAG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=26177601;WS=26177585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr22	26181594	rs13053299	T	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=201;SC=GTGGAAGAGTTGGCACTGCCT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=26181602;WS=26181584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	26193824	rs2877299	C	T	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	26193982	rs738642	C	G	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=19;PP=708;SC=TGGAGATGCTCGGCATCTCAG;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=41;WE=26193990;WS=26193972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	26194045	rs738643	T	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=537;SC=ACCACCTGGGTGCGGCGGGGG;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=26194053;WS=26194035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	26194093	rs738644	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=255;SC=GCTCACCTGGGAGGGCAGCTG;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=26194101;WS=26194083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	26219412	rs5752226	T	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=3;PP=494;SC=TCCTCTCGGGTGTTCATTCAC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=26219420;WS=26219402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	26219605	rs4820658	G	A	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=750;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TGACGTTTGGGCCAAGCCGAT;SOR=0.676;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=54;WE=26219613;WS=26219595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,107:0.50:215
chr22	26222505	rs2331162	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=18;PP=475;SC=TTGGCCTCTTGCAGGTGCACA;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=26222513;WS=26222495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	26228797	rs3859879	A	G	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=25;PP=1097;SC=GGTGATGGAAATCCTCTCCGC;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=26228805;WS=26228787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr22	26239850	rs5761268	C	A	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=33;PP=812;SC=AGGTCCTGCACCAGTCAAAAA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=45;WE=26239858;WS=26239840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	26239906	rs5761269	A	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=372;SC=CATTGGAGGCACTGTGTTTTC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=26239914;WS=26239896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	26239950	rs5761271	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=7;PP=141;SC=ACTACAACACAGTGTGGGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=26239958;WS=26239940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	26241928	rs2072011	G	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=184;SC=GGGAGCAGCTGGGACACATGA;SOR=1.473;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=26241936;WS=26241918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	26241994	rs2072012	T	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=9;PP=441;SC=CTTGTTCCCTTTGCCACCACC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=26242002;WS=26241984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	26242051	.	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.945;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr22	26264370	.	C	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.041;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=303;ReadPosRankSum=0.428;SC=GAGCTGCTTTCTTACAACATT;SOR=0.849;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=24;WE=26264378;WS=26264360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr22	26270250	.	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=-2.491;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr22	26273789	rs5761293	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=0.095;SC=TTATTTGTTATAGTCACCATT;SOR=0.339;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=9;WE=26273797;WS=26273779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr22	26273834	rs4822666	A	C	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.78;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr22	26273834	.	ACG	CCT	835	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=17;NR=10;PP=835;QD=32.9062175875;SC=ATTCCTCCTAACGGAAACTTT;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=27;WE=26273858;WS=26273824;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr22	26273836	rs4822667	G	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr22	26273850	rs695428	G	C	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=17;PP=1199;SC=ACTTTGTGCCGTTTGCTCACT;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=26273858;WS=26273824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	26273889	rs5752240	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.036;HP=2;HapScore=4;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=765;ReadPosRankSum=0.386;SC=TAATCTCTGGCCTGGAATGGT;SOR=0.967;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=19;WE=26273901;WS=26273879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr22	26273893	rs4822668	G	C	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.452;HP=2;HapScore=4;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=1057;ReadPosRankSum=0.731;SC=CTCTGGCCTGGAATGGTTTCT;SOR=0.713;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=27;WE=26273901;WS=26273879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr22	26294124	rs2072004	T	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr22	26294358	.	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=259;ReadPosRankSum=1.411;SC=TACCTGTGACCTTGAGGATAC;SOR=0.809;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=21;WE=26294366;WS=26294348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr22	26294507	rs2213831	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.12;ReadPosRankSum=2.016;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr22	26294513	rs2066935	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.40;ReadPosRankSum=0.718;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr22	26298754	rs2072016	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GCTAAATCTCGGGAAACTGCA;SOR=0.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=10;WE=26298762;WS=26298744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr22	26317155	rs739284	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr22	26317425	.	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=0.609;SC=AGGATGCTACGACCTGCAGAG;SOR=1.244;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=12;WE=26317433;WS=26317415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr22	26342056	rs4820662	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.169;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr22	26343805	rs2072007	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GTAGTGAATGAGACCTTGGTG;SOR=1.048;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=12;WE=26343813;WS=26343795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr22	26346311	rs10600754	AT	A	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.418;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr22	26388548	rs9613067	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=316;ReadPosRankSum=0.522;SC=CTGGGGCCACATTCACTGGGA;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=19;WE=26388556;WS=26388538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr22	26422836	.	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=389;ReadPosRankSum=0.715;SC=AGTGACGAGGGAAACCTCTCG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=25;WE=26422844;WS=26422826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr22	26422989	.	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=673;ReadPosRankSum=1.462;SC=CAATTCAGTTCCTGCGAGTCC;SOR=0.817;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=43;WE=26422997;WS=26422979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,63:0.39:162
chr22	26423087	rs192639023	C	T	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=995;ReadPosRankSum=0.437;SC=ACTGCGTCCTCGGAGGCGGTG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=64;WE=26423095;WS=26423077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,87:0.58:151
chr22	26689201	rs653361	A	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-2.181;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr22	26690407	rs137204	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=0.653;SC=CCCAGGAGAGTACCTCACAGA;SOR=0.330;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=12;WE=26690415;WS=26690397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr22	26695077	rs663048	G	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=0.160;SC=GCGCTAAGATGCTGACATGCA;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=19;WE=26695085;WS=26695067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr22	26702015	rs1210894	A	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr22	26706500	rs35444510	C	CA	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=-1.272;SC=GAAACTCTGTCAAAAAAAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=14;WE=26706508;WS=26706494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr22	26706826	rs666999	T	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.931;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=479;ReadPosRankSum=-1.116;SC=GGAGCTTCCCTTTCTCTTGTG;SOR=1.270;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=25;WE=26706834;WS=26706816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr22	26710037	.	TAC	T	163	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=26;MQ=61.78;NF=0;NR=5;PP=163;QD=33.4;SC=GCATCACAAATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=26710046;WS=26710027;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr22	26771602	.	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,67:0.45:149
chr22	26830285	rs34902186	A	G	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=552;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TACTTGGTCAATCAGGGGGTT;SOR=0.444;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=37;WE=26830293;WS=26830275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,59:0.48:124
chr22	26830478	rs3788398	A	G	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=31;PP=999;SC=GTATGTTGCAAGGACAGGGGT;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=26830486;WS=26830468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	26853905	rs1894704	C	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=362;SC=AGCGGCGATCCTGCGGGGTGG;SOR=1.143;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=26853913;WS=26853895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	26853980	rs1894705	T	C	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=5;PP=77;SC=AGTTACCTTCTGCCCTCCCAC;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=26853988;WS=26853970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	26854441	rs1894706	G	A	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	26854682	rs4822722	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	26859942	rs5752330	C	T	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=17;PP=1068;SC=AGGGACAGCACCAGCCCTTTG;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=26859950;WS=26859932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr22	26860269	rs2014410	G	C	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=27;PP=1422;SC=TGGTCTTCGAGCTGCTCTTGG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=26860277;WS=26860259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	26861545	rs3213583	A	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=19;PP=569;SC=TATGAACAGGACTTTCCCCTG;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=26861553;WS=26861535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	26862041	rs3747129	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=549;ReadPosRankSum=1.248;SC=TGGGTAACTCGATTCTTGAAG;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=40;WE=26862049;WS=26862031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,61:0.43:142
chr22	26862153	rs739289	C	A	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=34;PP=1149;SC=CATAAAAGACCGCCGTTCTCA;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=26862161;WS=26862143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	26862212	rs713998	T	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=687;SC=CGGGGCATCCTCTCCCGTAGG;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=32;WE=26862220;WS=26862202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	26864658	rs739290	A	G	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr22	26867490	rs5761549	G	A	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=191;SC=TGGAGCCTCCGGAGCTGCTGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=26867498;WS=26867480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	26868490	rs17401652	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=0.634;SC=GGAAACTGACCGGAAGGGAGG;SOR=2.303;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=12;WE=26868498;WS=26868480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr22	26877539	rs739291	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=369;SC=CGATGGCTCACGTGCTTGATT;SOR=2.419;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=19;WE=26877547;WS=26877529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	26879823	rs968425	C	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	26879946	.	GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA	G	796	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5051;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=51.32;NF=0;NR=2;PP=796;QD=411.0;SC=CGCGGCGGAGGGAGGCGGCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=26879974;WS=26879936;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,2:0.67:3
chr22	26884039	rs4820682	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=8;PP=593;SC=ACAACTGAAGGCCCCTGTGGG;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=26884047;WS=26884029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	26886953	rs34878449	GT	G	1748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=25;PP=817;SC=TAATCATGGTGTTTTTTTTTT;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=41;WE=26886961;WS=26886942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr22	26887099	rs4820683	T	A	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.09;NF=29;NR=46;PP=1220;SC=AATTCTATCTTTCTTTACAGG;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=26887107;WS=26887089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	26887829	rs1045523	A	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=327;SC=GCATTGTCCCATTTTACATCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=26887837;WS=26887819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr22	26895061	rs2157586	G	A	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=20;PP=951;SC=GATTTTCCCAGCAACTCACTT;SOR=0.917;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=49;WE=26895069;WS=26895051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr22	26899474	rs134136	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=0.784;SC=CTGTCCACCCTAGCCCTCTCA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=11;WE=26899482;WS=26899464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr22	26932150	rs3752523	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=546;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CAGATGACCAGGAATTGAGAG;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=38;WE=26932158;WS=26932140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,58:0.51:114
chr22	26937327	rs4822735	C	G	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=31;PP=1838;SC=CCTCGGGGTGCGCGTCCAGCA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=83;WE=26937335;WS=26937317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	27004089	rs5761626	A	C	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=39;PP=1130;SC=AGCCCTGAGGACAGTAGGAAA;SOR=1.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=27004097;WS=27004079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	27009128	rs4822751	G	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=420;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GGGAAAACTTGAGCTAATCTT;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=33;WE=27009136;WS=27009118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr22	27019128	rs2071860	C	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=228;SC=GATCCTGGGGCGAGCCCCCAA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=27019136;WS=27019118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	27021457	rs5761637	T	C	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=26;PP=879;SC=GGGTGGGCTTTGAGCATGCTG;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=56;WE=27021465;WS=27021447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	27445883	rs9613355	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=0.404;SC=TTTCTCAAAACGTATCCCTGT;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=16;WE=27445891;WS=27445873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr22	27456289	.	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=1.609;SC=CATTCAGGTTCAAGAGGAGCG;SOR=0.607;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=21;WE=27456297;WS=27456279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr22	28146769	rs2188157	G	GA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.442;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr22	28146975	.	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=256;ReadPosRankSum=0.503;SC=AGGTGGGCACGGAGGCTCGAG;SOR=0.752;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=17;WE=28146983;WS=28146965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr22	28194933	.	T	TTGC	2626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.697;NF=12;NR=27;PP=1361;ReadPosRankSum=1.675;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.556;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=88;TCF=18;TCR=70;TR=39;WE=28194943;WS=28194923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,78:0.43:180
chr22	28208729	rs11704274	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=1.139;SC=GTGAAACTCCATCTAAAAAAA;SOR=0.533;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=11;WE=28208737;WS=28208719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr22	28208794	rs11704207	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=0.714;SC=ATTCCACTAACGTGAAGTAAC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=12;WE=28208802;WS=28208784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr22	28256019	rs12160891	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TTTTCATATCATAAAGGAGGA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=28256027;WS=28256009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr22	28293980	rs738451	G	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-0.412;SC=AAGGTGACCAGGTTCTAAGTC;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=7;WE=28293988;WS=28293970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr22	28315268	rs28372773	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=2.517;SC=CCCCGCCTCCCTGCCCCCCCG;SOR=0.734;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=18;WE=28315276;WS=28315258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr22	28316591	rs75321888	T	TG	1224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=11;PP=572;SC=AGGCAGTCCCTGGAGTCACCG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=28316599;WS=28316581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	28378384	rs41278845	G	C	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=319;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TTTCGGTGGAGCTCCGTCATG;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=24;WE=28378392;WS=28378374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr22	28378472	rs5762430	A	G	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=483;ReadPosRankSum=2.278;SC=GACAAATTCAACAGACTGAGG;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=38;WE=28378480;WS=28378462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr22	28379868	rs138636	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=0.137;SC=GGCCCCAAGGACAGTTAGAAT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=18;WE=28379876;WS=28379858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr22	28386620	rs470100	A	G	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=80;SC=ACGGGCCGCCAGTCCAGCAGC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=28386628;WS=28386618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr22	28397591	rs138654	G	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-0.957;SC=GCAGGCAGGGGTTTCAGGCAC;SOR=0.877;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=9;WE=28397599;WS=28397581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr22	29179739	rs2347447	C	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=167;SC=TCTCCTGATCCCCAGGCAATT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=29179747;WS=29179729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr22	29195876	rs142137997	CT	C	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.213;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=248;ReadPosRankSum=-1.489;SC=ATTCCCAGCCCTTTCAACAGC;SOR=1.217;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=9;WE=29195884;WS=29195866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr22	29196494	rs5762809	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=0.703;SC=GGGTTCGGCGCGGCTGCCACC;SOR=0.898;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=15;WE=29196502;WS=29196484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
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chr22	29440692	rs713834	A	C	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=20;PP=860;SC=TTATCCTGACAAAGCCAAGAT;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=47;WE=29440700;WS=29440682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	29446240	.	C	T	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CGAGGCTTCTCCTGGGGCCGC;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=67;TCR=82;TR=80;WE=29446248;WS=29446230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,120:0.54:221
chr22	29446611	rs5997435	A	C	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=27;PP=1370;SC=CCGAGGAACCACCGCCCGGCT;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=29446619;WS=29446601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr22	29449477	rs2294239	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=-1.319;SC=GGCCTGCCACATGCTGGGGAC;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=29449485;WS=29449467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
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chr22	29533275	rs34946378	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=1.289;SC=GTGTTGGAAGCGCGCCTGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=20;WE=29533283;WS=29533265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr22	29533499	rs35612970	G	A	2814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1107;ReadPosRankSum=0.926;SC=GGGACTCGGCGGACATGGTGG;SOR=0.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=92;TCR=87;TR=84;WE=29533507;WS=29533489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,147:0.49:303
chr22	29533572	rs34920087	C	G	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1226;ReadPosRankSum=1.593;SC=CCGCCCACCTCTGTCCTTCAA;SOR=0.948;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=160;TCF=64;TCR=96;TR=82;WE=29533580;WS=29533562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,102:0.51:200
chr22	29562853	rs132316	T	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=363;SC=TCCAAGAGTTTGAGGCTGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=29562861;WS=29562843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	29562893	rs132317	G	C	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=12;PP=687;SC=CGCACTCCAGGCTGGGTGACA;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=35;WE=29562901;WS=29562883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	29602239	rs35390145	T	TGAG	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=383;ReadPosRankSum=0.795;SC=CCAGCCCGGGTGAGGGCAGGG;SOR=0.807;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=29602247;WS=29602229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr22	29621128	rs743920	C	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,42:0.37:114
chr22	29628096	rs3817839	C	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=1.072;SC=GTGCTCATCCCCCTGTTAGAC;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=29628104;WS=29628086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr22	29656229	rs370499073	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,85:0.46:184
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chr22	29664423	rs2301291	G	A	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=35;PP=1025;SC=TGGCTGGGAAGACTGAGTGGA;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=29664431;WS=29664413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	29688751	rs34395867	CT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr22	29692488	rs140065	G	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.70;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	29692497	rs131190	G	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	29707639	rs34777709	G	GC	2112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=23;PP=1095;SC=ACGGCCTCCTGCCTGCGCAGC;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=26;WE=29707647;WS=29707629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	29711251	rs2519485	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=503;SC=GCCGGCGCTGTCGCTCCCCGC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=29711259;WS=29711241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	29725893	rs2071578	T	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=936;SC=AGAAGCAGAGTTTGGGGCTGT;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=29725901;WS=29725883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	29726750	.	G	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=32;ReadPosRankSum=1.776;SC=TAAACCTGTGGGCCCTCTGTA;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=29726758;WS=29726740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr22	29727866	rs174765	C	T	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	29727886	rs2857465	T	C	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=32;PP=647;SC=TGGAGGGGGGTGGCGGGGGCC;SOR=1.278;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=48;WE=29727894;WS=29727876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	29734797	rs6006098	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CCTCTGGAAAGCCTTCCTAGG;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=29734805;WS=29734787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr22	29735155	rs368839326	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=0.604;SC=AGAGGTGGGCGTCAAGAGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=29735163;WS=29735145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr22	29737823	rs2301587	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=16;PP=358;SC=CCTGCAGCCATGAGCCAGGTG;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=29737831;WS=29737813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	29745509	.	G	GT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr22	29746253	rs737883	T	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=282;SC=ACCTTCCTCATCACAGTGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=29746261;WS=29746243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	29755888	rs2072051	T	C	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=48;PP=1696;SC=AGAGGTATACTAGCTTCTTCA;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=82;WE=29755896;WS=29755878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr22	29759188	rs6006105	C	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.47;QD=29.27;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	29802894	.	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.321;NF=7;NR=10;PP=270;ReadPosRankSum=-1.748;SC=TCATTAAGTTCATTTAAGCAA;SOR=0.593;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=17;WE=29802902;WS=29802884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr22	29804599	.	T	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.167;NF=21;NR=20;PP=453;ReadPosRankSum=1.171;SC=GCTTTTTGTTTTTTCTGGGGC;SOR=0.629;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=41;WE=29804607;WS=29804589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr22	29819081	rs459310	G	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.75;QD=29.92;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	29833639	rs174718	C	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.21;NF=21;NR=17;PP=698;SC=ACCAATAAAACGCCCTCATGT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=29833647;WS=29833629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	29835060	rs16987627	T	C	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.346;NF=42;NR=50;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.039;SC=CAGGCCCAGTTGGCAGCTAGA;SOR=0.729;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=195;TCF=94;TCR=101;TR=92;WE=29835068;WS=29835050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,119:0.47:252
chr22	29837884	rs12484086	C	T	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.351;NF=26;NR=46;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CCGCAAGTTACAGCGAGTGGG;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=54;TCR=96;TR=72;WE=29837892;WS=29837874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,120:0.50:238
chr22	29838102	.	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=440;ReadPosRankSum=1.097;SC=ATCCTGGGGAGGCCAAATAAG;SOR=0.800;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=27;WE=29838110;WS=29838092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr22	29881884	rs4823040	G	A	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=492;SC=TTGTGTTCCTGCGAGACGCTA;SOR=1.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=29881892;WS=29881874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	29885567	rs147489453	A	AAAGTCCCCTGAGAAGGCC	13215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=80;PP=2513;SC=AGGAGGAAGCAAAGTCCCCTG;SOR=0.782;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=185;TCF=52;TCR=133;TR=106;WE=29885611;WS=29885557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr22	29885861	rs165923	T	C	13152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=163;NR=148;PP=2965;SC=AGGAAGAAGCTAAGTCCCCAG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=317;TCF=165;TCR=152;TR=311;WE=29885869;WS=29885851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr22	29886080	.	G	A	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1019;ReadPosRankSum=1.266;SC=TCCCAAAAAAGGAAGAGGTGA;SOR=0.619;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=71;TCR=75;TR=67;WE=29886088;WS=29886070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,79:0.42:189
chr22	29886413	rs165625	A	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=13;PP=565;SC=AGACAGAGGTAGCCAAGAAGG;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=29886421;WS=29886403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	29886893	rs1061373	G	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=275;SC=CCTGCCCCCAGGCCCTCCCCA;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=29886901;WS=29886883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	29904354	rs1049536	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=1.611;SC=TGTCTTTGGAGAATATCAAGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=29904362;WS=29904344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr22	29908154	rs2007668	G	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=0.714;SC=GGGGAAATGCGCAGTTCTAAG;SOR=0.389;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=14;WE=29908162;WS=29908144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr22	29912885	rs12161054	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=312;ReadPosRankSum=-1.697;SC=TTGCTGAACAGGCTCTCACGA;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=17;WE=29912893;WS=29912875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr22	29913272	rs737976	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=653;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TCATGGGCAACTGTCACCCAT;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=47;WE=29913280;WS=29913262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr22	29915144	rs2072301	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=0.552;SC=CACGTGTGCTCCCCCATCCCT;SOR=2.494;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=29915152;WS=29915134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr22	29922042	rs71324775	CTACTAGG	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GAAAAACTAACTACTAGGTAT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=29922056;WS=29922032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr22	29938752	.	C	CA	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,29:0.26:111
chr22	29952016	rs148052790	CAG	C	644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=277;ReadPosRankSum=0.112;SC=AGAGGTCACACAGGGGGCTCA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=29952025;WS=29952006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr22	29957321	rs6361	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GGCCTCATTCGCAGGCCCTGA;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=16;WE=29957329;WS=29957311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr22	29957570	rs1058642	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=336;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AGCTGAACTCGAGGAGCAGCT;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=31;WE=29957578;WS=29957560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,39:0.35:113
chr22	29957911	rs469295	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	29957944	rs468986	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr22	29960335	rs456300	A	G	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=590;ReadPosRankSum=-1.185;SC=CTGTATGGATAGAAATCTACC;SOR=0.799;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=47;WE=29960343;WS=29960325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,92:0.45:204
chr22	29965297	.	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GGTGCAGAGAGGGGCAGGGTT;SOR=0.760;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=22;WE=29965305;WS=29965287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr22	29966083	rs456285	C	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=18;PP=825;SC=GAGGATGTTCCGCAAATTTGC;SOR=0.919;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=43;WE=29966091;WS=29966073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr22	30034994	rs5763378	G	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=1.976;SC=AAAATTTAATGCACGCCTTGC;SOR=0.610;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=11;WE=30035002;WS=30034984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr22	30077361	rs140086	G	A	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=116;SC=CTTGTGGGCCGCAGAGCACCT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=30077369;WS=30077351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	30124614	rs140096	A	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=219;ReadPosRankSum=1.154;SC=CTGTGCCTCCACCAGGTGATG;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=22;WE=30124622;WS=30124604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr22	30124833	rs140097	T	C	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=693;ReadPosRankSum=1.853;SC=GGATGACCACTTCAGGCTTGT;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=39;WE=30124841;WS=30124823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr22	30138548	rs140120	T	C	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=415;ReadPosRankSum=1.331;SC=CACAGGGGCATATGGACCCTT;SOR=0.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=28;WE=30138556;WS=30138538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr22	30138689	rs140121	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCCCACCCCACGCAGGACGGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=30138697;WS=30138679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr22	30184950	rs7954	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=171;ReadPosRankSum=-2.027;SC=CGATGGGAGCACGGCCTGGTG;SOR=0.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=18;WE=30184958;WS=30184940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr22	30188611	rs9614057	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=1.124;SC=TTGGGTGAGATGGGGCCGCCA;SOR=0.762;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=22;WE=30188619;WS=30188601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr22	30200893	rs2074706	G	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=0.248;SC=TCCCTCCCCAGCATCTGACCA;SOR=0.679;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=25;WE=30200901;WS=30200883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr22	30200936	rs36572	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=0.048;SC=CTGGGCTATATCTAAGTGGTA;SOR=0.714;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=15;WE=30200944;WS=30200926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr22	30202774	rs737945	G	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr22	30204052	.	GG	AA	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=772;ReadPosRankSum=-1.546;SC=GGCCCTGCTCGGGCCTCTCTG;SOR=0.544;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=25;WE=30204061;WS=30204042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
chr22	30204254	.	G	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=361;ReadPosRankSum=0.530;SC=CAAACCCCAGGGAGTGGGAAG;SOR=0.988;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=21;WE=30204262;WS=30204244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr22	30212194	rs713656	C	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr22	30217827	rs2057882	A	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr22	30221826	rs9306465	T	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=0.659;SC=GAGGGCCCATTTGCCAACCCA;SOR=0.518;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=20;WE=30221834;WS=30221816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr22	30223746	.	G	GACACACACAC	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr22	30223796	.	T	TCTC	593	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=134;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=12;PP=593;QD=47.7838754576;SC=GGCTACTCATTCTGACACACA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=14;WE=30223804;WS=30223786;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,14:0.88:16
chr22	30223799	.	GACACAC	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr22	30234192	.	T	TGCCGCC	1123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=429;ReadPosRankSum=0.511;SC=ACCGGCTCTGTGCCGCCGCCG;SOR=0.588;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=8;WE=30234200;WS=30234182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr22	30366924	rs34749290	C	CT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr22	30374281	rs9306468	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=1.255;SC=AGAAAAACTTTTTAAGATCAA;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=30374289;WS=30374280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr22	30374621	rs997913	T	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TATATATATATAACATACATG;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=30374629;WS=30374611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr22	30384572	rs5763671	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.557;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=-1.050;SC=TGGTATGTTTGTGTTGCTGTT;SOR=0.143;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=11;WE=30384580;WS=30384562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr22	30405151	rs41157	T	C	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=340;ReadPosRankSum=0.983;SC=CATTTTGCATTGCTCTTAAAT;SOR=0.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=29;WE=30405159;WS=30405141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr22	30412465	rs41164	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=316;ReadPosRankSum=1.406;SC=AGCTGACTTATCAGAGTGTGC;SOR=0.425;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=23;WE=30412473;WS=30412455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr22	30415761	.	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=0.069;SC=TGGAGTAGAGGAACCTGCCCA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=21;WE=30415769;WS=30415751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr22	30418161	rs41168	A	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-0.571;SC=GAGTGCCATCAATTTAACTGT;SOR=0.495;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=13;WE=30418169;WS=30418151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr22	30660517	rs1476576	A	C	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.05;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	30660517	.	AAGCC	CAGCC,CAGCT	427	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=14,3;NR=30,13;PP=427,237;QD=10.4948002852;SC=ACAGACAAGTAAGCCTTGAAA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44,16;WE=30660529;WS=30660507;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:44
chr22	30660521	rs75951407	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.728;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr22	30681797	rs6147585	T	TCTGCCCCAGCCCTTGGTGCTCCCC	1431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=2962;ReadPosRankSum=1.164;SC=CACTCTCCCCTCTGCCCCAGC;SOR=0.536;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=9;WE=30681805;WS=30681787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,32:0.32:100
chr22	30690904	rs77539689	C	A	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.006;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=628;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CACCCACCCCCCTGCCTGCCC;SOR=0.403;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=46;WE=30690912;WS=30690894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,75:0.52:144
chr22	30691631	rs2097919	G	A	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=1036;ReadPosRankSum=1.737;SC=TGGGGGCACCGAGCTTCTAAA;SOR=0.476;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=69;WE=30691639;WS=30691621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,118:0.60:197
chr22	30714684	rs740219	A	C	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=939;ReadPosRankSum=-0.167;SC=TGAACCAAGCACTAATGATTT;SOR=0.798;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=66;WE=30714692;WS=30714674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,118:0.52:228
chr22	30730745	rs11705056	C	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=376;ReadPosRankSum=0.730;SC=ACCGCTGCAACCTTACAACTG;SOR=0.883;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=26;WE=30730753;WS=30730735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr22	30735047	rs11089445	A	G	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=652;ReadPosRankSum=-0.378;SC=CAAAGCCACAATGCTTCTGGA;SOR=0.954;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=40;WE=30735055;WS=30735037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,70:0.60:116
chr22	30738161	rs9608885	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=412;ReadPosRankSum=2.048;SC=CCTGGCTCCCCATCTGGAGTC;SOR=0.786;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=28;WE=30738169;WS=30738151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr22	30738737	rs5753080	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=289;ReadPosRankSum=1.346;SC=ACTGTTTTCAGACATAAAACA;SOR=0.776;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=23;WE=30738745;WS=30738727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr22	30742623	rs740221	T	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=0.470;SC=AACCAGCCCATCCCTCAGCAG;SOR=0.713;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=11;WE=30742631;WS=30742613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr22	30762139	rs41281641	C	T	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=648;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCTGTGACCTCGACATGGTGG;SOR=0.574;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=51;WE=30762147;WS=30762129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,97:0.52:186
chr22	30771554	rs2015035	T	G	12431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=104;PP=2965;SC=GCAAGTGCAGTCCAACGACAT;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=88;TCR=105;TR=192;WE=30771562;WS=30771544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr22	30771577	.	C	T	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1221;ReadPosRankSum=1.513;SC=GCATCCGGGTCCTACAGGAGG;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=168;TCF=65;TCR=103;TR=76;WE=30771585;WS=30771567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,146:0.49:299
chr22	30774340	rs9619104	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TTGAGAAGCCAGGCGCAGTGG;SOR=0.283;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=9;WE=30774348;WS=30774330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr22	30780251	.	G	A	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=734;ReadPosRankSum=0.082;SC=GAAGCCACAGGATTTTCAATA;SOR=0.641;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=53;WE=30780259;WS=30780241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,78:0.44:179
chr22	30782089	rs5997629	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=222;ReadPosRankSum=1.521;SC=TCAGGATGAGAAGAAGCAGGG;SOR=0.507;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=30782097;WS=30782079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr22	30793137	rs757660	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=0.091;SC=CTGAGCCCCAGGCAGAAGGAG;SOR=0.484;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=24;WE=30793145;WS=30793127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
chr22	30793270	rs887098	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=249;ReadPosRankSum=-0.063;SC=GGCGGGCGGCGGAGGGAACAG;SOR=0.195;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=16;WE=30793278;WS=30793260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr22	30795484	rs5753124	G	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.221;NF=5;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GCCTGGGCGAGAGTGCGAGAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=30795492;WS=30795474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr22	30802444	rs2072157	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr22	30812549	rs5997642	C	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=0.559;SC=AGAAATCTAGCCTTGGAGACT;SOR=0.515;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=16;WE=30812557;WS=30812539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
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chr22	30823065	rs2072159	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=-1.296;SC=CAAGTCCACTGGCCACTTGCC;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=10;WE=30823073;WS=30823055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
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chr22	30864610	rs4820853	A	G	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=962;ReadPosRankSum=0.824;SC=AAGTGGCCCAATGATGTCATA;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=59;WE=30864618;WS=30864600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,84:0.49:172
chr22	30864692	rs4820854	G	A	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=47;PP=1371;ReadPosRankSum=-0.781;SC=ACCTGGGCATGAAAAGATGCA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=79;TCR=83;TR=91;WE=30864700;WS=30864682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,149:0.50:301
chr22	30864792	rs2269962	C	T	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=837;ReadPosRankSum=0.148;SC=ATAAAAAGCACTGTCCCTCCC;SOR=1.123;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=55;WE=30864800;WS=30864782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,71:0.54:132
chr22	30864817	rs2269963	A	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=579;ReadPosRankSum=-0.160;SC=AGACAGTGCTATTGTCTCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=37;WE=30864825;WS=30864807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr22	30885727	rs34092815	CT	C	609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=419;SC=CGCACACCCCCTGAAGCTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=30885735;WS=30885717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	30885980	rs17670808	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=15;PP=612;SC=AAATGGTGACGTGGGACAAGT;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=30885988;WS=30885970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	30887446	rs9608942	T	C	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=12;PP=1495;SC=GCCCCAAAGCTGGCTCCCCTG;SOR=2.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=69;WE=30887454;WS=30887436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	30888494	rs17738527	C	T	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	30888527	rs17738540	C	T	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=25;PP=892;SC=TTGAAGGCCACGGGGAACAGT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=30888535;WS=30888517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	30889967	rs8141671	G	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=208;SC=CTCCGGCCTGGGTGACAGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=30889975;WS=30889957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	30891250	rs9606738	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=10;PP=1234;SC=CCTTCTGAGTTTGCAGCTCAC;SOR=2.655;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=52;WE=30891258;WS=30891240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	30891294	rs9606739	G	C	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	30891812	.	A	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.923;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr22	30891859	rs9608944	A	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=23;PP=904;SC=CTTTTGCAGCAAATCCCTGGG;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=30891867;WS=30891849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	30892111	rs9608945	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.025;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr22	30899617	rs35340872	C	T	7573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=78;PP=2635;SC=CTGAGACCCTCCTTCCTTCCC;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=70;TCR=80;TR=148;WE=30899625;WS=30899607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr22	30901592	rs9608956	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=517;SC=CCGACTCGGCTGCTCATGGTG;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=30901600;WS=30901582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	30921249	rs7289828	G	T	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=14;PP=1048;SC=AGAACCAAGGGCCCTCACCTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=51;WE=30921257;WS=30921239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	30921371	rs6518698	T	C	8403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=88;PP=2965;SC=GAATCCCATCTTCAGGCACCA;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=118;TCR=88;TR=206;WE=30921379;WS=30921361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr22	30925456	.	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr22	30930080	rs5753187	T	A	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=22;PP=672;SC=CACTCCAGGCTTCTGGAGAGA;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=30930088;WS=30930070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	30930158	rs2899151	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=315;SC=GTTCTTGACCTGGGGAGCCAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=30930166;WS=30930148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	30934816	rs5753190	T	C	7231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=73;PP=2395;SC=ATCCTTACCTTGGAGCCAGCG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=153;WE=30934824;WS=30934806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr22	30973146	rs34323294	AG	A	899.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.632;NF=3;NR=10;PP=404;ReadPosRankSum=-1.357;SC=GGTCAGGCTGAGGTATGTGTA;SOR=0.767;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=13;WE=30973154;WS=30973136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
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chr22	30987933	rs17526668	T	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=-1.276;SC=TGTCTGTTTGTGCGGGCTGCC;SOR=0.803;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=41;WE=30987941;WS=30987923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,65:0.42:155
chr22	30987960	rs16988803	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.071;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;ReadPosRankSum=-2.237;SC=GATGCCTGTACAAGTCCAGGG;SOR=0.330;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=35;TCR=64;TR=36;WE=30987968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,48:0.39:123
chr22	31006860	rs9606756	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=352;ReadPosRankSum=1.963;SC=TTTCTAAGAAATACCAGAGAT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=23;WE=31006868;WS=31006850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr22	31007179	.	AG	GA	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=928;ReadPosRankSum=-1.954;SC=TATAGAATGGAGGACCTTTGT;SOR=1.209;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=23;WE=31007188;WS=31007169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr22	31011557	rs2267163	T	C	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=966;ReadPosRankSum=0.315;SC=GCCGGCTGACTTCCTCTCTCT;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=58;WE=31011565;WS=31011547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,93:0.44:212
chr22	31011610	rs1801198	G	C	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=997;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TCCCCCATGCGTGGGGCAGAA;SOR=0.616;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=63;WE=31011618;WS=31011600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,93:0.44:211
chr22	31011882	rs4820021	A	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=473;SC=TCAGCACAAGATTGTGGGTGT;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=31011890;WS=31011872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	31013419	rs9621049	C	T	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=640;ReadPosRankSum=0.308;SC=CAGTCCATCTCTGTTCTGGCC;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=41;WE=31013427;WS=31013409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,71:0.45:159
chr22	31018777	rs2301956	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=2.831;SC=TCGGGGGTCTGGAGGGGAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=31018785;WS=31018767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr22	31022262	rs72558392	G	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.28;ReadPosRankSum=1.710;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr22	31022272	rs2072194	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=1.376;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr22	31022301	rs12168392	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=0.227;SC=CTTTGAGCAGGCTTTAGGGAG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=31022309;WS=31022291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr22	31022590	rs12169610	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=0.825;SC=AACAGGAACTCGCCTGACCCT;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=31022598;WS=31022580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr22	31032920	rs5997714	A	G	5633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=102;PP=2569;ReadPosRankSum=0.723;SC=GCCACCACCCACTTCAGTTGG;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=359;TCF=150;TCR=209;TR=175;WE=31032928;WS=31032910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,282:0.50:562
chr22	31060029	rs1005887	G	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AGCGAAGCACGAAGGCTGCGT;SOR=0.477;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=18;WE=31060037;WS=31060019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr22	31061521	rs117531294	A	G	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=466;ReadPosRankSum=1.844;SC=CAGAAGTCTGAGGAGCCTTAA;SOR=0.737;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=36;WE=31061529;WS=31061511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr22	31089958	rs11383654	G	GA	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr22	31090067	rs111265481	T	TCCACAACTA	2013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=2962;ReadPosRankSum=1.749;SC=CAGGTAAACCTCTGCGGAAGC;SOR=0.432;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=23;WE=31090075;WS=31090057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr22	31091064	rs41279967	C	T	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=572;ReadPosRankSum=1.719;SC=AGCCCCAGCCCGTGCCCGAAC;SOR=0.779;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=42;WE=31091072;WS=31091054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,69:0.41:170
chr22	31091139	rs13053290	A	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=407;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CAAGATCGGAACCTGTGTCCG;SOR=0.704;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=31;WE=31091147;WS=31091129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,50:0.40:125
chr22	31091633	rs7288635	A	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=-0.794;SC=GGACACTGCCACTAGTCTAGA;SOR=0.314;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=17;WE=31091641;WS=31091623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr22	31266546	rs2301816	T	C	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=500;ReadPosRankSum=-0.988;SC=AGCACGGCGCTGCACTCCAGC;SOR=0.869;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=45;WE=31266554;WS=31266536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,70:0.52:134
chr22	31266777	rs4820909	T	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=9;PP=171;SC=CCATTTCCTGTGGTTCCACGG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=31266785;WS=31266767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	31285190	rs35702187	C	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr22	31301734	rs10625967	A	AGG	2688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=15;PP=1631;SC=GCGACCCGGGAGGAGACACCG;SOR=1.647;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=35;WE=31301742;WS=31301724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	31329641	rs41279973	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CCAAGCCCCGTTGAGAGCCAC;SOR=0.883;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=22;WE=31329649;WS=31329631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr22	31342594	rs5753403	C	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=260;SC=CCACAGCCCTCGTTCCCTCTC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=31342602;WS=31342584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr22	31486911	rs2074737	C	G	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=55;PP=1481;ReadPosRankSum=-1.964;SC=AGACCCTGTCCCACCCAGTTG;SOR=0.755;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=276;TCF=141;TCR=135;TR=116;WE=31486919;WS=31486901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,214:0.43:496
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chr22	31491332	rs5997872	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=0.246;SC=GCAGTGGAAGCGGCCAATGGG;SOR=0.608;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=12;WE=31491340;WS=31491322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr22	31493125	rs917208	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=455;ReadPosRankSum=0.128;SC=CTCTCTCTCCGTGTCTTCAAC;SOR=0.407;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=29;WE=31493133;WS=31493115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr22	31493460	rs5753458	T	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=13;PP=267;SC=GAGGCCGAGGTGGGCGGATCA;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=31493468;WS=31493450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	31494568	rs33991833	A	AC	1518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=15;PP=879;SC=GTGCTACAAGACCCCCCCTCC;SOR=1.094;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=30;WE=31494576;WS=31494558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	31497054	rs5753459	A	C	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=15;PP=523;SC=CGCCGCCTCTACCACCTGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=31497062;WS=31497044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	31501788	rs11705137	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr22	31503560	rs13053829	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr22	31503569	.	G	GCCCCGCCCCCGC	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr22	31521404	rs2240432	G	A	7517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=98;PP=2965;SC=GGCATCAGGCGCAGCCTCTGT;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=109;TCR=98;TR=207;WE=31521412;WS=31521394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr22	31521850	rs2240431	A	C	11732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=160;PP=2965;SC=GGCTTGGCACACAGAGTACAG;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=156;TCR=161;TR=315;WE=31521858;WS=31521840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr22	31524142	.	C	T	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,128:0.52:245
chr22	31529043	rs9917541	C	A	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=1002;ReadPosRankSum=2.102;SC=ACTAGAGGGTCTCCCCTGATG;SOR=0.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=65;WE=31529051;WS=31529033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr22	31529772	rs728206	C	T	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=25;PP=1089;SC=CTACATTCTGCTCCTTGAGTT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=52;WE=31529780;WS=31529762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	31532568	rs757872	G	C	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=6;PP=498;SC=AGAGGTCTCCGGATCCCTTCC;SOR=1.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=31532576;WS=31532558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	31532608	rs2232184	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=258;ReadPosRankSum=-0.397;SC=ATTCAAAGTGGGTATAGGCAA;SOR=0.498;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=20;WE=31532616;WS=31532598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr22	31533967	rs2074739	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=1.137;SC=GCACTGTGCCGTACATCCTAC;SOR=0.844;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=13;WE=31533975;WS=31533957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr22	31536133	rs2232176	A	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,54:0.43:125
chr22	31556103	rs5997893	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=0.344;SC=TTAGAGCTTCAGCCATGGAAA;SOR=0.669;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=5;WE=31556111;WS=31556093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr22	31583007	rs5997902	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=126;ReadPosRankSum=1.508;SC=GCAGAAATGGACAGTCAAGAG;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=7;WE=31583015;WS=31583005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr22	31588491	rs34541395	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=496;ReadPosRankSum=2.874;SC=TTTTAATTTCCGATACCAGTA;SOR=0.515;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=35;WE=31588499;WS=31588481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr22	31600460	rs2413035	T	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.016;NF=10;NR=13;PP=399;ReadPosRankSum=0.433;SC=TGTTTTCTCCTTTCTGTCTCT;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=23;WE=31600468;WS=31600450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr22	31602139	rs3208937	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.174;NF=2;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=0.474;SC=TGCATAGTTTATGGAAACAAA;SOR=0.818;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=31602147;WS=31602129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr22	31602187	rs13158	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.515;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.210;SC=CCCCTCTTCACAGTCCCCATC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=31602195;WS=31602177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr22	31658281	rs2073857	A	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=-0.581;SC=AGATCCTCTGAGAAATCAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=35;WE=31658289;WS=31658271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr22	31663842	rs2228619	C	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=437;ReadPosRankSum=-0.373;SC=AGCTGAACCTCCTGACAGAGT;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=29;WE=31663850;WS=31663832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr22	31664032	rs5997929	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=429;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TGAGCATACACAGGGAGGCTT;SOR=0.192;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=29;WE=31664040;WS=31664022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr22	31669267	rs2040532	A	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=239;SC=GTTCACCTACAGCTGAGGAAG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=31669275;WS=31669257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	31672676	rs59315359	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	31672752	rs5997933	A	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr22	31679110	rs2040533	G	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AAGGGGGGTGGTGCCCTCCTG;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=16;WE=31679118;WS=31679100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr22	31685458	rs5753543	G	A	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,86:0.42:205
chr22	31687142	rs5753544	G	C	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=54;PP=1730;SC=CCAGCCCCGGGGCCGTCCCCC;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=103;WE=31687150;WS=31687132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr22	31687313	rs4820044	A	G	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=44;PP=1306;SC=CGGACACAGAATAGCGGGCAG;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=31687321;WS=31687303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	31687455	rs71319175	AC	A	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr22	31724972	rs131207	CA	C	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=152;ReadPosRankSum=0.482;SC=CTCCTTCCCCCAACTCCTCTC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=31724980;WS=31724962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr22	31741067	rs714909	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.828;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=660;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GGGGGCGAAAGAGCATTATAT;SOR=0.480;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=45;WE=31741075;WS=31741057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,83:0.51:163
chr22	31795866	rs4820047	T	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=477;SC=TCTGCCACGATTAGGAGTCCC;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=31795874;WS=31795856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	31838085	rs5997988	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=0.199;SC=TGGGTACAGAGCTGGATGACA;SOR=0.426;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=20;WE=31838093;WS=31838075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr22	31843567	rs2273251	G	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr22	31844293	rs738658	A	C	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=39;PP=1370;SC=TTAATGCATGACATTTCTTGC;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=31844301;WS=31844283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	31844373	rs2012451	A	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=221;ReadPosRankSum=-3.486;SC=GTGCCCCAACAGTGGGCTATG;SOR=1.173;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=22;WE=31844381;WS=31844363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr22	31846079	rs144780466	C	CT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=192;ReadPosRankSum=-1.641;SC=ACTTTGTCAACTTTTTTAGCC;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=31846087;WS=31846069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr22	31854370	rs4820048	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.147;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=263;ReadPosRankSum=0.539;SC=AAACCCCAAAAGCATCTAGCA;SOR=0.174;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=19;WE=31854378;WS=31854360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr22	31854434	rs11293411	AT	A	2499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=21;PP=1277;SC=TTAACCACACATTTTTTAAGT;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=41;WE=31854442;WS=31854424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	31904170	rs2413054	A	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	31926725	rs3818134	C	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=208;SC=AGGCATTTGCCGGCCATTTTA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=31926733;WS=31926715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	31971172	rs10657905	A	ATCT	1897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=13;PP=1211;SC=TTTCCAGCTCATCTAACCTTA;SOR=0.739;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=22;WE=31971180;WS=31971162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	31971258	rs5753700	T	C	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=24;PP=862;SC=GCTCCAGATATACTTCTGTGA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=31971266;WS=31971248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	31983287	rs112798271	A	ATTTGTTTTGT	3881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=26;PP=1631;SC=ATGCCAATTTATTTGTTTTGT;SOR=1.192;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=30;WE=31983295;WS=31983277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	31998612	rs2006771	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=308;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CACGCAGAGCGACAGCTTCTG;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=22;WE=31998620;WS=31998602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr22	32001037	rs8142376	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.230;SC=GGGATGATCCCGGGTTCCTAG;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=32001045;WS=32001027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr22	32002294	rs5753723	T	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=553;SC=TCTGCCTTCCTCGCACCCATG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=32002302;WS=32002284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	32044166	rs34103525	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=354;ReadPosRankSum=2.173;SC=CTCATACTGCCGGTACCCTGC;SOR=0.732;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=28;WE=32044174;WS=32044156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr22	32097775	rs6518754	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr22	32099783	rs11430844	A	AT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr22	32134748	.	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GAAGCTCTCTGGAGACACTTA;SOR=1.264;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=18;WE=32134756;WS=32134738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr22	32179850	rs138286	G	C	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.38;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	32188052	.	C	T	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=4.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr22	32211371	.	CTTT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.732;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr22	32211412	rs5749334	A	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=0.929;SC=AGCACCTAGGATAAAGTGCAG;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=17;WE=32211420;WS=32211402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr22	32269071	.	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=305;ReadPosRankSum=-0.643;SC=ATAGGAAACCCCCTATGAGAT;SOR=0.350;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=23;WE=32269079;WS=32269061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr22	32340837	rs71845980	CG	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.517;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr22	32340880	rs138873821	C	CG	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=-0.056;SC=TGGCCGCGGGCGCGTTCCCCT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=32340888;WS=32340870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr22	32341667	rs201521027	AAATG	A	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.43;MQRankSum=1.171;NF=0;NR=10;PP=378;ReadPosRankSum=0.985;SC=CGTTTTCTGTAAATGAATATT;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=10;WE=32341678;WS=32341657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr22	32343613	rs10631788	G	GCTCT	753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=637;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GTATCTTCAAGCTCTATCTCA;SOR=0.518;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=12;WE=32343621;WS=32343603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr22	32346468	rs4820059	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr22	32435409	rs130262	G	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CTGCTTCTCTGGGCTTTCCAC;SOR=0.836;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=32435417;WS=32435399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr22	32445946	rs17683011	A	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=310;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TTTTCCACCAATCGTGGGACT;SOR=1.009;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=21;WE=32445954;WS=32445936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr22	32463875	rs135110	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=0.838;SC=TTTTTCTGCAGCAGCTGAGGG;SOR=1.071;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=32463883;WS=32463865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr22	32478972	rs131880	A	AG	2035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=1082;SC=GAAGGCCAGCAGAAGTAGAGG;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=32478980;WS=32478962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	32482076	.	C	T	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=26;MQ=55.3;NF=6;NR=0;PP=45;QD=13.2952020912;SC=TGCAGTGAGCCGAGATCGTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=6;WE=32482084;WS=32482066;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr22	32482127	.	C	CAAAAAAAA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,4:0.12:32
chr22	32482166	.	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=599;ReadPosRankSum=-1.744;SC=AAATATTTCCCCAATGTCTGC;SOR=0.617;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=19;WE=32482174;WS=32482156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr22	32482321	rs5998233	T	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=0.606;SC=AATGGTGAGATTCTTTCTTGG;SOR=1.615;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=17;WE=32482329;WS=32482311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr22	32487700	rs17683430	G	A	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,118:0.46:259
chr22	32487744	rs17683448	C	T	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=777;ReadPosRankSum=2.252;SC=TCATGATTGCCGGAAGGTAAA;SOR=0.929;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=134;TCF=56;TCR=78;TR=60;WE=32487752;WS=32487734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,90:0.44:204
chr22	32487815	rs17683471	C	G	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=352;ReadPosRankSum=-2.822;SC=TGTGTTACCCCTCAAGCTAGG;SOR=0.781;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=30;WE=32487823;WS=32487805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,44:0.36:121
chr22	32501006	rs77132907	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=1.009;SC=CAGTGAGGAGTAGGGTGGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=5;WE=32501014;WS=32500996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr22	32506041	rs17683704	A	G	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.26;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr22	32506050	rs33954001	C	G	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.87;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr22	32506143	rs33954397	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=268;ReadPosRankSum=0.338;SC=CAGTGTTGAACGTCAATGGCA;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=21;WE=32506151;WS=32506133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr22	32545762	rs45494991	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.194;NF=4;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=0.805;SC=CATATCTCTCCTTTGCCTGCA;SOR=0.643;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=9;WE=32545770;WS=32545752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr22	32545789	rs45462396	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.388;NF=7;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=-0.841;SC=GAAAGGAAAACGCCATGAGGA;SOR=0.932;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=12;WE=32545797;WS=32545779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr22	32545849	rs58570639	C	CA	1242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=728;SC=CACTTGGTGACGTAGAAAACA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=32545857;WS=32545839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	32546946	rs2019949	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-1.230;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr22	32547012	rs3888536	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.767;NF=5;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=1.094;SC=ATTTCCTGCAGTAAGAGAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=12;WE=32547020;WS=32547002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
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chr22	32579550	rs136428	T	C	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,57:0.41:138
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chr22	32586632	rs136466	C	T	182.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.25;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
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chr22	32586875	rs136468	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=6.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-9.315;QD=5.44;ReadPosRankSum=-2.463;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,21:0.20:107
chr22	32586878	rs136469	A	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQRankSum=-9.665;QD=5.14;ReadPosRankSum=-2.455;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,21:0.19:108
chr22	32586926	rs136470	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQRankSum=-7.825;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.311;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,15:0.15:97
chr22	32587023	rs55974778	C	G	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-6.321;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,78:0.36:219
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chr22	32587478	rs136473	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=1.065;SC=CTTCATGAGGTAACTTCCCTG;SOR=0.061;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=32587486;WS=32587468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr22	32589023	rs136478	C	T	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.309;NF=39;NR=44;ReadPosRankSum=0.470;SC=CATGGAAGAGCAACAGCAAAG;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=83;WE=32589042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,121:0.46:264
chr22	32589034	rs136479	T	C	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.277;NF=38;NR=43;ReadPosRankSum=1.106;SC=AACAGCAAAGTAGATCCTCCC;SOR=0.747;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=81;WE=32589042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,120:0.45:269
chr22	32590449	rs108211	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=-0.826;SC=ACTGGGTCACGCCCTTCCACA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=8;WE=32590457;WS=32590439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr22	32617129	rs78572284	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=0.040;SC=CAGGAGAATATAGATCACAAA;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=11;WE=32617137;WS=32617119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr22	32621563	rs146362007	A	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=317;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GGGAGAAAGAATGTATTTTGA;SOR=0.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=18;WE=32621571;WS=32621553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr22	32756736	.	G	A	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=3.248;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,84:0.45:185
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chr22	32758971	rs7289201	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=1.557;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr22	32759025	rs5998440	G	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.677;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr22	32763595	rs5998455	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr22	32763635	rs5844991	C	CT	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.400;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr22	32763787	rs738267	T	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=-1.396;SC=TAGGGGCTCTTGGTAACCAAG;SOR=0.503;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=21;WE=32763795;WS=32763777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr22	32763829	rs713647	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TAAAGCCCCAACATCTAGAGT;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=32763837;WS=32763819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr22	32764388	rs5998456	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=209;ReadPosRankSum=0.879;SC=CTAACACCTATAACGCACCTG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=16;WE=32764396;WS=32764378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
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chr22	32766764	rs7284302	C	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=2.066;SC=AAAACATAACCGGGAAACACA;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=10;WE=32766772;WS=32766756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr22	32783904	rs12530	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=271;ReadPosRankSum=0.101;SC=TTGAGTCTGATGTCAGAAGAG;SOR=0.474;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=20;WE=32783912;WS=32783894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr22	32784195	rs56916243	GT	G	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=101;ReadPosRankSum=1.448;SC=AATACAGAGAGTTTTTTTTTG;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=32784203;WS=32784185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr22	32788248	rs13110	T	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.578;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=583;ReadPosRankSum=1.826;SC=CCAGTTTGGGTGAGGCAACAC;SOR=1.802;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=30;WE=32788256;WS=32788238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr22	32788415	rs73881677	C	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=729;ReadPosRankSum=2.462;SC=GATTTTCTCTCACACTAAAAA;SOR=1.009;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=50;WE=32788423;WS=32788405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,70:0.60:117
chr22	32790101	rs11396073	C	CTT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.611;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr22	32790120	.	TG	T	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=27;MQ=58.6;NF=2;NR=6;PP=44;QD=11.6288624837;SC=TTTTTTGAGATGGGAGTCTTG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=32790128;WS=32790110;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,8:0.89:9
chr22	32790981	rs9680823	C	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=0.026;SC=CGTGCCCCCACTGCTTAAAAC;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=7;WE=32790989;WS=32790971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr22	32791003	rs2072818	A	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=382;SC=ACAAACGTAGAGCTACGTACT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=32791011;WS=32790993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	32791921	rs182690825	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.205;NF=4;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=0.315;SC=CTCCTAACCTTGTGATCCGCC;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=7;WE=32791937;WS=32791911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr22	32791929	rs3215463	GC	G	644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=330;SC=CTTGTGATCCGCCCCCCCTCG;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=12;WE=32791937;WS=32791911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	32791978	rs73881683	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TGAGCCACCGTGTCCAGCCTG;SOR=1.270;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=7;WE=32791997;WS=32791968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr22	32791989	rs116069502	G	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=-1.643;SC=GTCCAGCCTGGACTGCACTAT;SOR=1.082;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=6;WE=32791997;WS=32791968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr22	32793815	rs58917959	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=147;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CAAGTTATTTAATTGTTGAGG;SOR=1.445;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=10;WE=32793823;WS=32793805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr22	32795626	rs57526188	T	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr22	32795641	rs5749426	C	T	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=20;PP=792;SC=TGGGGTCAGCCTGCAGCATCC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=32795649;WS=32795631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	32795751	rs9609527	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=-1.495;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr22	32796098	rs149347623	AAAC	A	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.60;MQRankSum=2.086;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr22	32796155	rs73881686	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.138;NF=8;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=0.525;SC=CGACTAATTCAACCAGGTACA;SOR=0.472;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=14;WE=32796163;WS=32796145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr22	32796247	rs737779	G	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=18;PP=637;SC=ATTTTAAGCTGTTTTCCCATC;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=32796255;WS=32796237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	32796283	rs73881688	G	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=152;ReadPosRankSum=-0.541;SC=AGTGGCTTACGGCACCTCCAT;SOR=0.765;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=13;WE=32796291;WS=32796273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr22	32797959	rs7289526	A	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.995;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
chr22	32802680	rs35003092	A	G	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=554;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GGTCATTCATATCAAAGGCTG;SOR=0.847;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=36;WE=32802688;WS=32802670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,63:0.48:132
chr22	32804122	rs73881697	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=318;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CAATGGACTTTAAGAAATATA;SOR=0.779;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=18;WE=32804130;WS=32804112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr22	32804313	rs5754073	G	A	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=20;PP=539;SC=ACTGTATAACGTGAAGAGGTA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=32804321;WS=32804303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	32804656	rs2076043	G	A	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=24;PP=1526;SC=CAATATTTCAGAATTATAATT;SOR=1.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=78;WE=32804664;WS=32804646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	32804905	rs7290295	T	C	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=543;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TATGCAATATTTACTGTGCTT;SOR=0.865;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=32;WE=32804913;WS=32804895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
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chr22	32808201	rs73881702	A	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=0.282;SC=GCTGCCGCGTAGTCCGGCTTC;SOR=1.189;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=22;WE=32808209;WS=32808191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
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chr22	32811998	rs56965504	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=0.155;SC=AGAACAAGACGTAAAACAATT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=7;WE=32812006;WS=32811988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr22	32827423	rs200172840	A	AT	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=24.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=4.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
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chr22	32827429	.	A	ATTTATTTATTTATTTTTTTTTTTTTTTTTG	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=21.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.742;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr22	32828343	rs9609551	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr22	32829846	rs145896215	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=-0.444;SC=ATAATTTGACGAATTGTGAAG;SOR=0.215;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=12;WE=32829854;WS=32829836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr22	32831711	rs5994570	C	G	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=791;ReadPosRankSum=0.363;SC=GAGAGAGTGACATTGAAAACC;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=48;WE=32831719;WS=32831701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,84:0.56:149
chr22	32841760	rs17691853	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=407;ReadPosRankSum=-1.246;SC=ATTTGTAAACCTTCCCTAGGC;SOR=0.846;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=25;WE=32841768;WS=32841750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr22	32843145	rs45606632	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.803;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=428;ReadPosRankSum=0.804;SC=TACATTTTCCGTTTTTGCTCA;SOR=1.189;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=32;WE=32843153;WS=32843135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr22	32843436	rs4821063	C	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=237;SC=CCATTGTGAACTCCTACAGAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=32843444;WS=32843426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	32849192	rs7290725	C	T	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	32871227	rs8136485	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=200;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GGCGATAGGCCAAGTGCGGGG;SOR=0.596;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=13;WE=32871235;WS=32871217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr22	32871383	rs8137714	T	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr22	32871442	rs8140067	C	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.721;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=352;ReadPosRankSum=1.720;SC=AGGGAACGCACAATTTCCACA;SOR=1.222;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=22;WE=32871450;WS=32871432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr22	32875190	rs11107	G	A	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=775;ReadPosRankSum=-0.544;SC=AGACTAGCATGCAGGATGAAC;SOR=0.839;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=59;WE=32875198;WS=32875180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,95:0.48:198
chr22	32880187	rs73884927	G	A	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,73:0.55:132
chr22	32886998	rs738982	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=-0.792;SC=ACCATGTTGATTGGGTTTGGC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=32887006;WS=32886988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr22	32887150	rs9726	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=0.163;SC=GTATCCTCTTCTGGCTTTTAC;SOR=0.812;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=17;WE=32887158;WS=32887140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr22	32891355	rs11332165	GT	G	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr22	32891368	rs10648473	T	TTC	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr22	32909874	.	TG	T	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.082;QD=2.66;ReadPosRankSum=-1.703;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,12:0.19:62
chr22	32934274	rs2239766	T	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=23;PP=592;SC=TTTCCCTTCATGCTGTTTGCC;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=32934282;WS=32934264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	32937740	rs135479	T	C	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=496;ReadPosRankSum=-0.914;SC=ACCCACCCCGTGTTCACTGAG;SOR=0.468;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=46;WE=32937748;WS=32937730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,84:0.60:139
chr22	33229685	rs242077	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=0.268;SC=TGGCATGCTATGTCCACCACT;SOR=0.405;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=15;WE=33229693;WS=33229675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr22	33229804	rs11703156	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=441;ReadPosRankSum=0.087;SC=AGGCTCAAATGGGAAAATCCA;SOR=0.610;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=31;WE=33229812;WS=33229794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr22	33229830	rs242076	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr22	33253141	.	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.290;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr22	33253280	rs9862	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr22	33376839	rs36093480	CT	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.230;QD=2.53;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr22	33562683	rs743794	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=279;ReadPosRankSum=0.261;SC=TCCAACATGCTGTAAAATTAG;SOR=1.270;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=19;WE=33562691;WS=33562673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr22	33562887	rs9609729	G	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=436;SC=TCTATGCAATGATACTGGCTA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=33562895;WS=33562877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	33832735	rs713740	A	G	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=101;SC=CCAGCATGCCAACAGATAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=33832743;WS=33832725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	34000230	rs695504	T	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=193;SC=AAAGTGGATTTTGTGCACTCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=34000238;WS=34000227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	34000271	.	A	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=181;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CGATAATAAAATCAGATTCTG;SOR=0.460;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=12;WE=34000279;WS=34000261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr22	35463162	rs361863	A	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr22	35463179	rs361668	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr22	35463249	rs362090	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr22	35478486	rs2899241	A	C	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=25;PP=1737;ReadPosRankSum=1.736;SC=GGCCACTGACACAACTTGGAC;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=85;WE=35478494;WS=35478476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr22	35478688	rs725267	C	T	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=63;PP=1681;SC=CCTCAGCCCCCAGCCTCCATG;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=83;WE=35478696;WS=35478678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	35481776	rs3810619	T	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=40;PP=1184;SC=GGAAATCGATTTCACAATCCA;SOR=2.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=49;WE=35481784;WS=35481766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	35658225	rs4820189	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=0.947;SC=CCTTCCAGTCAGCCCTTGGAT;SOR=1.123;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=18;WE=35658233;WS=35658215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr22	35660605	rs16995553	C	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=1.154;SC=AGTTGCTTCCCATCATATTGA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=35660613;WS=35660595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr22	35660875	rs1053593	G	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=335;ReadPosRankSum=-1.176;SC=GAGGATGGTGGCTCCCACAAA;SOR=0.607;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=23;WE=35660883;WS=35660865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr22	35679951	rs2272789	T	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,65:0.44:149
chr22	35680095	rs2272790	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=305;ReadPosRankSum=1.753;SC=GAAGCAGTGCGATTAATTTCT;SOR=0.591;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=23;WE=35680103;WS=35680085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr22	35683238	rs741995	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=0.140;SC=GCCCGCCTCTTACTATTGCCT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=5;WE=35683246;WS=35683228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr22	35684533	rs5750093	G	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=12;PP=375;SC=TCTCAGGATGGCGTAACATAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=35684541;WS=35684523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	35695802	rs4461	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=-2.023;SC=CGAGCTTCGCGGTGCCACCGC;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=35695810;WS=35695792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr22	35696077	rs138728	G	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=289;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GGGAGGGCAAGGAGGCTGGCG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=19;WE=35696085;WS=35696067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr22	35726271	.	CA	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr22	35741820	rs133398	G	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=2.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,103:0.54:189
chr22	35741863	rs133399	A	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=689;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GGGTAGACTTATATAGCATAT;SOR=0.937;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=46;WE=35741871;WS=35741853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,70:0.58:120
chr22	35777430	.	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-1.473;SC=TGGGAGTGTCCCTAGAGTATC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=35777438;WS=35777420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr22	35785668	rs3216831	C	CT	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.559;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr22	35796652	rs743813	C	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=267;SC=GCTCACACGCCTCTACCAGCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=35796660;WS=35796642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	35797333	rs743815	T	C	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=20;PP=987;SC=TAGGATTCACTTCACTTCGCT;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=35797341;WS=35797323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	35799542	rs713618	C	T	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=26;PP=689;SC=GAAGGTGGGTCGGAGGGCAGT;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=35799550;WS=35799532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	35810052	rs80433	T	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=650;SC=CTCTGGGTCCTCAGGACACCT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=35810060;WS=35810042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	35812504	.	CTGTGTGTG	C	1125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=9.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.11;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,29:0.88:33
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chr22	35817597	rs133431	C	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=306;ReadPosRankSum=0.239;SC=TTCTTTTTGCCATAAGACCCC;SOR=0.921;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=26;WE=35817605;WS=35817587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr22	36006923	rs35171458	G	GC	1075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=970;SC=CCCAGGCTCTGCTCCTACCTC;SOR=2.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=23;WE=36006931;WS=36006913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	36114047	rs4821438	C	T	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.90;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	36114054	rs2899256	C	T	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.33;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	36122187	rs184488409	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=192;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TGGTTTCGACATTGTACCTCG;SOR=1.186;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=15;WE=36122195;WS=36122177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr22	36122517	rs17723764	T	C	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=52;PP=2199;SC=ACGAGTTGCTTACCAAGACCA;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=108;WE=36122525;WS=36122507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr22	36123083	rs2076672	C	T	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=17;PP=626;SC=GGGGCAAGGACGGAGACAGCA;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=36123091;WS=36123073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	36424450	rs9607299	A	C	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=5;PP=128;SC=GAGGCGGCTGATGCGGCTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=36424458;WS=36424440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	36537725	rs61731692	G	A	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=44;PP=1786;SC=CTGATGATGTGTATGAGTGCT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=36537733;WS=36537715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr22	36541725	rs1807672	G	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=127;SC=GGTGGTTCGAGGTTAATCCTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=36541733;WS=36541715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	36545137	rs132642	A	T	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=16;PP=872;SC=GAGACTTTCCATGGAGCTCTC;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=36545145;WS=36545127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	36545780	rs7290574	C	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=10;PP=426;SC=GACTGGGCTCCACTCCCTTAA;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=25;WE=36545788;WS=36545770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	36545826	rs132644	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=16;PP=710;SC=TACATGCTTATTGTAAATGAC;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=36545834;WS=36545816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	36556823	rs132653	G	T	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=35;PP=1383;SC=CGTTCTCCAGGCTCTGAGATA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=36556831;WS=36556813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr22	36587202	rs6000172	G	A	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=19;PP=723;SC=CTGCCTCAGCGACTCAGCAGA;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=36587210;WS=36587192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	36587223	rs6000173	G	T	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	36587279	rs6000174	A	G	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=21;PP=931;SC=CCAGCACAACAAGGACACCTG;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=36587287;WS=36587269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	36587486	rs2227167	A	G	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=59;PP=2561;SC=CAAGTGCAAAAGAAAGCACAT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=128;WE=36587494;WS=36587476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	36587511	rs2227168	C	T	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=65;PP=2562;SC=TGTGATGTCACGCAGAATGTC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=72;TCR=65;TR=137;WE=36587519;WS=36587501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr22	36587845	rs3075364	A	ACT	14152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=97;PP=2930;SC=ATTTGAGGAAACTTTCAAAAA;SOR=0.756;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=31;TCR=105;TR=127;WE=36587853;WS=36587834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr22	36587952	rs2227169	C	T	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=60;PP=1688;SC=GAGCATCTGCCTCTTCCCTGT;SOR=1.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=90;WE=36587960;WS=36587942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	36591380	rs2007468	A	G	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=43;PP=1397;SC=CCACACGCACAAATCTCTTCC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=36591388;WS=36591370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr22	36595613	.	C	T	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,123:0.53:230
chr22	36597552	rs9610443	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.19;MQRankSum=-1.100;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.803;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr22	36597556	rs132725	G	A	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.19;QD=33.10;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	36597564	rs9610444	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.19;MQRankSum=-1.100;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.803;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr22	36597611	rs132726	G	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.80;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	36597616	rs132727	C	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.80;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	36597652	rs132728	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	36597655	rs132729	C	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	36597657	rs132730	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	36597744	rs9610445	A	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.934;NF=13;NR=5;PP=397;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CCTCGGACTCACCCGACGCTT;SOR=0.425;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=18;WE=36597752;WS=36597734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr22	36597877	rs132734	G	A	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.16;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	36597877	.	GTGCG	ATGCG,ATGCT	578	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=21,3;NR=22,5;PP=578,105;QD=14.2504933151;SC=CTAGGACACAGTGCGTCCCCT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43,8;WE=36597889;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:43
chr22	36597881	rs132735	G	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-2.022;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr22	36598049	rs80587	C	G	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.37;QD=43.11;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	36598058	rs132736	T	C	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.37;QD=42.89;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr22	36598081	rs6000181	A	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.001;NF=9;NR=18;PP=367;ReadPosRankSum=1.007;SC=AGCTCCCTCCATGTCGCTGCG;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=27;WE=36598089;WS=36598071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr22	36598187	rs132737	G	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=186;SC=CCGTTTTGCTGTGTCACCCAG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=36598195;WS=36598177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	36623731	rs132760	T	C	6347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=94;PP=2965;SC=CGCCCAATGATATGCGGGGGT;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=71;TCR=95;TR=165;WE=36623739;WS=36623721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr22	36629466	rs2010499	T	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=-0.014;SC=AGCTTCCTCTTCCCTCACTCT;SOR=0.421;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=30;WE=36629474;WS=36629456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr22	36633564	rs916263	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=479;SC=AAGTGATCCTTCTGCCTCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=36633572;WS=36633554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	36633836	rs916264	A	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=430;SC=GATGCTCTGGACCCCACCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=36633844;WS=36633826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	36634670	rs1894493	G	C	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.555;NF=29;NR=21;PP=727;ReadPosRankSum=-0.184;SC=CACTCCTGTAGTTATACTCAC;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=50;WE=36634678;WS=36634660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,71:0.54:131
chr22	36635444	rs136144	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.740;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=181;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GAGCTATTGCAAGAATAAGGA;SOR=0.141;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=36635453;WS=36635434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr22	36635445	rs1974458	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=217;ReadPosRankSum=0.665;SC=AGCTATTGCAAGAATAAGGAC;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=36635453;WS=36635434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr22	36635756	rs5756111	G	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.52;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	36635756	.	GGGTCCCTCT	AGGTCCCTCG,AGGTCCCTCT	116	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1,1;NR=4,15;PP=46,116;QD=19.8935749724;SC=CCAGACATCCGGGTCCCTCTC;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5,16;WE=36635773;WS=36635746;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.31:16
chr22	36650956	rs9610468	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=0.194;SC=GGAGCACACTGTCTCAACCCC;SOR=0.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=13;WE=36650964;WS=36650946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr22	36657596	rs713929	A	G	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=1090;ReadPosRankSum=0.006;SC=GCTGTTATGCACTCCCACACT;SOR=0.952;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=80;WE=36657604;WS=36657586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,103:0.54:191
chr22	36657628	rs136163	T	G	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.547;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,132:0.54:245
chr22	36661149	rs136169	A	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=1.878;QD=24.51;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr22	36661152	rs28480494	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr22	36661330	rs2239785	G	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=575;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GTTGAAAAGTGAGCTTGAGGA;SOR=0.519;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=40;WE=36661338;WS=36661320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr22	36661536	rs136174	C	A	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1298;ReadPosRankSum=0.358;SC=GAATCACAGCCGCTTTGACCG;SOR=0.822;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=84;WE=36661544;WS=36661526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,135:0.48:280
chr22	36661566	rs136175	G	A	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1206;ReadPosRankSum=-0.913;SC=GCAGTACCATGGACTACGGAA;SOR=0.849;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=158;TCF=70;TCR=88;TR=72;WE=36661574;WS=36661556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,111:0.45:249
chr22	36661646	rs136176	G	A	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=1.185;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,88:0.48:185
chr22	36661842	rs136177	G	A	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=807;ReadPosRankSum=-0.060;SC=AGGTGGAGAGGGTTAATGAAC;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=45;WE=36661850;WS=36661832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr22	36682069	.	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=206;ReadPosRankSum=-0.755;SC=CCCAGCCCCAGGCACCCTCCC;SOR=0.481;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=22;WE=36682077;WS=36682059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr22	36690113	rs4821478	G	A	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=15;PP=1350;SC=CACTGCCCGCGCCAGGGTCCT;SOR=2.173;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=36690121;WS=36690103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	36691607	rs710181	A	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=4;PP=240;SC=CTGTTTTCAGAGCCTCTAGCT;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=36691615;WS=36691597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	36695173	rs2187776	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=16;PP=438;SC=GCCCGGAAATCTGGGGCTGAA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=36695181;WS=36695163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	36695247	rs4821480	G	T	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=20;SC=GGATAATTTTGAAAGGTCACG;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=36695255;WS=36695237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	36705529	rs1557529	A	G	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=42;PP=1094;SC=AACCCCATGCATGGAAAAGTC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=36705537;WS=36705519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	36708084	rs2413396	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=660;SC=TCCCCGTGAGCGCTCCTCACC;SOR=1.436;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=33;WE=36708092;WS=36708074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	36708338	rs2157257	A	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=668;SC=AAGAAGCCAAAGCCCGGACAT;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=36708346;WS=36708328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	36708400	rs34645860	C	CA	454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=385;SC=CCAGGAGAAGCAAAGCACTGT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=36708408;WS=36708390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	36710047	rs5756141	T	C	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr22	36710183	rs3752462	T	C	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=56;PP=2328;SC=GCAAGCCTGGTACTCACTGGC;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=127;WE=36710191;WS=36710173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr22	36712387	rs5756150	A	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.19;QD=25.32;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr22	36712414	rs5756151	C	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.18;QD=37.18;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	36712472	rs5756152	A	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=9;PP=754;SC=AGATCGATGCAGGACCATGAG;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=36712480;WS=36712462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	36716202	rs3833922	C	CT	2709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.112;NF=14;NR=20;PP=2218;ReadPosRankSum=0.178;SC=CCTGATGCCCCGAGGCCGTGG;SOR=0.873;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=34;WE=36716217;WS=36716192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,72:0.47:154
chr22	36716209	rs3752463	G	A	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.653;QD=15.55;ReadPosRankSum=2.110;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,73:0.42:173
chr22	36718351	rs55743715	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=56;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CGACAGGCCAGATAGCACCGA;SOR=0.180;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=6;WE=36718359;WS=36718341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr22	36721212	rs140194654	GGA	G	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr22	36722490	rs8136069	C	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=-1.869;SC=ATGGGCCCAGCCTCTGCTTCA;SOR=0.116;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=8;WE=36722498;WS=36722480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr22	36722534	rs8136336	G	A	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=14;PP=853;SC=AGCTGAAGCCGGGACCACTAA;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=36722542;WS=36722524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	36722838	rs11316214	CG	C	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.853;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=446;ReadPosRankSum=1.477;SC=TGGCAGAAAACGGGACTGCCA;SOR=2.655;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=15;WE=36722846;WS=36722828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr22	36723640	.	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr22	36723697	rs5756157	T	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr22	36744886	rs56147525	GC	G	1902.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=1831;ReadPosRankSum=1.654;SC=GGGAAGACCCGCCCCCCCCCC;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=36;WE=36744898;WS=36744876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr22	36744888	rs56084634	C	G	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=8.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.59;ReadPosRankSum=3.488;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,61:0.88:69
chr22	36744890	rs55932404	C	T	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=10.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.70;ReadPosRankSum=4.001;SOR=1.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,64:0.85:75
chr22	36872750	rs2281082	T	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=6;PP=646;SC=TATACTGGCTTCCCTGTGGCA;SOR=1.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=36872758;WS=36872740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	36886377	rs2281086	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=287;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GGTGCAGAAAGGGGAGCTGCC;SOR=0.933;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=19;WE=36886385;WS=36886367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr22	36889606	rs112675679	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=438;ReadPosRankSum=-0.728;SC=CTGAAACTCCACGGGTCTTGG;SOR=0.498;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=35;WE=36889614;WS=36889596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr22	36891786	rs5756218	G	C	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=825;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GCCTGGCGGAGAGCACGACAC;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=58;WE=36891794;WS=36891776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,111:0.53:209
chr22	36897427	rs5756223	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-2.403;SC=TCTTGCCGAATGCATTTCCCG;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=16;WE=36897435;WS=36897417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr22	36897541	rs201047739	CTT	C	543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.898;NF=2;NR=6;PP=253;ReadPosRankSum=1.473;SC=GAGTTTCGCTCTTGTCGCCCA;SOR=0.275;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=36897550;WS=36897531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr22	36900271	rs2277841	T	C	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=53;PP=2076;SC=CTGGTTGGTGTTGGCTTCTTC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=108;WE=36900279;WS=36900261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr22	36900806	rs760718	A	G	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=39;PP=1257;SC=GTGGCTACAAAGAGGACGCTG;SOR=1.163;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=60;WE=36900814;WS=36900796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	36901794	.	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=1.593;SC=CTCCAGCCTGGGCGACAGAGT;SOR=0.105;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=36901802;WS=36901784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr22	36907098	rs728785	T	C	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=49;PP=1461;SC=TGTGATATGATGTTCACTTTC;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=95;WE=36907106;WS=36907088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	36912724	rs2076083	C	T	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=563;ReadPosRankSum=0.212;SC=CCAGTCTGGCCACAATACCCA;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=39;WE=36912732;WS=36912714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
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chr22	37159819	rs739002	T	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=15;PP=682;SC=GGCTGCTAAGTGGCAGGGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=37159827;WS=37159809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	37163329	rs1048012	C	T	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=64;PP=2517;SC=CTGAGTTCCCCTGGGTAAAGG;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=72;TCR=65;TR=135;WE=37163337;WS=37163319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr22	37163780	.	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ATGGTGAACCGAGCACTTCTC;SOR=0.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=37163788;WS=37163770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr22	37171611	rs2009667	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=19;PP=992;SC=CCTTTGGGAGAGAGAAAGGAA;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=37171619;WS=37171601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	37196871	rs3484	G	A	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=13;PP=410;SC=GGAGGGTGGCGAGAGGGGCCG;SOR=0.929;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=37196879;WS=37196861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	37196971	rs2001063	C	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=299;SC=TTCTGCAGAACAAAATGACAA;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=37196979;WS=37196961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	37207319	rs72164769	CTAAA	C,CTAAATAAATAAA	296.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,3,5:0.38,0.62:8
chr22	37207667	rs34262500	T	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-1.254;SC=TTTCTCTTCATCAGGTAGGTT;SOR=0.829;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=37207675;WS=37207657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr22	37211392	.	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.593;SC=CAGTCATGGGGAATGAGAGGT;SOR=2.093;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=7;WE=37211400;WS=37211382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr22	37212945	rs118169194	G	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=0.243;SC=GGCGCGGGCGGTGGACGAGGG;SOR=0.330;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=6;WE=37212953;WS=37212935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr22	37266322	rs2075938	A	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=5;PP=464;SC=TAAACAACGCATTTCTGTTAT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=37266330;WS=37266312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	37266631	.	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=0.377;SC=GCCCTGGGTCCCTGCTGGAAA;SOR=0.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=11;WE=37266639;WS=37266621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr22	37267767	rs2072708	A	G	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=47;PP=1434;SC=CCCCGCCCCCACGCTGGCCAG;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=78;WE=37267775;WS=37267757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	37268257	rs5756374	C	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=20;PP=929;SC=CTTATTCTCCCCAAGCCTCAG;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=37268265;WS=37268247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	37268501	rs2072710	A	G	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=630;SC=GGTGAGATTGAAGGTGAGGTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=37268509;WS=37268491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	37268555	rs2072711	A	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=286;SC=GTGGAAGTGCAATTGGAGGTG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=37268563;WS=37268545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	37271882	rs2075939	T	C	8265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=101;NR=106;PP=2965;SC=CTACGACCACTGCCCCTCACA;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=208;TCF=102;TCR=106;TR=207;WE=37271890;WS=37271872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr22	37273644	.	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=421;ReadPosRankSum=1.638;SC=TAGGCCCTTTGATTATCCCTG;SOR=0.652;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=30;WE=37273652;WS=37273634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,57:0.43:134
chr22	37318426	rs2280976	C	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=18;PP=539;SC=CGCCAGCCCTCCTCCTGCTCC;SOR=1.251;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=27;WE=37318434;WS=37318416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	37318446	rs2075940	G	A	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	37318515	rs2075941	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=232;SC=TCATCCTGTCTTGGAAAGTCC;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=37318523;WS=37318505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	37319425	rs2072713	G	T	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=61;PP=1700;SC=TGATGCTGGGGGCAGGGGCCA;SOR=1.449;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=88;WE=37319433;WS=37319415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	37319947	rs4437064	C	G	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=42;PP=1381;SC=CTCTCCCAGGCCCCCCCTCCG;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=37319955;WS=37319937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr22	37325957	.	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TCCCAGATCTCCTGCTGCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=37325965;WS=37325947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr22	37328751	rs2075936	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=399;SC=AGACACGGGGAATGTTCCGTT;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=37328759;WS=37328741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	37328966	rs1534879	G	C	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	37330082	rs2075937	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=33;PP=1071;SC=GACCAGCTCATAGTTTCTCAC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=37330090;WS=37330072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	37331305	rs2239749	A	G	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	37333794	rs131840	A	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=22;PP=1081;SC=CGATGGGACCAGGACAGGCCG;SOR=0.886;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=52;WE=37333802;WS=37333784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr22	37335326	rs1803	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=501;ReadPosRankSum=1.109;SC=GGCAGGCTGGCGGGACCTGGG;SOR=0.412;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=35;WE=37335334;WS=37335316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr22	37387257	rs9610624	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=208;ReadPosRankSum=0.392;SC=GTTTTCTCCATATTTCTCTTC;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=18;WE=37387265;WS=37387247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,34:0.36:95
chr22	37387461	rs6000523	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=10;PP=497;SC=CCCTTAGAGCCAACACACCCT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=37387469;WS=37387451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	37387505	rs9610625	C	A	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=10;PP=493;SC=TCCCATCACCCGCAGCTCCTC;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=26;WE=37387513;WS=37387495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	37387528	.	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=-1.118;SC=TTACCCAGATCATCCGTCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=17;WE=37387536;WS=37387518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr22	37396043	.	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=252;ReadPosRankSum=0.028;SC=GGGAGGCAGGGATGACAGACA;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=14;WE=37396051;WS=37396033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr22	37396103	.	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=1.329;SC=AACTCCTCCTCCCTTGACCCT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=8;WE=37396111;WS=37396093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr22	37407194	rs4764	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=514;ReadPosRankSum=0.379;SC=CCAAGGCCACGTGGCAGGCGG;SOR=0.887;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=35;WE=37407202;WS=37407184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr22	37420890	rs60296118	C	T	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=812;ReadPosRankSum=0.053;SC=GTCGGGGGCGCGGCCTCTACG;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=51;WE=37420898;WS=37420872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
chr22	37425201	rs8136338	GG	AA	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.89;ReadPosRankSum=0.008;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,93:0.50:187
chr22	37452502	.	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=2.987;SC=AGTGGGGAGAGAGAGGCTGAG;SOR=0.468;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=13;WE=37452510;WS=37452492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr22	37453259	rs710184	A	G	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=84;SC=GGTGCCTGGTAAATGCCTGGT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=37453267;WS=37453249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	37453452	rs710185	C	T	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=22;PP=632;SC=CACCCAAGCACGTGTACCGCG;SOR=0.865;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=39;WE=37453460;WS=37453442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	37453610	.	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.957;SC=CCCCTCCCTTCCTGCAGCCCC;SOR=1.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=4;WE=37453618;WS=37453600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr22	37462926	rs2235321	G	A	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,67:0.47:144
chr22	37462936	rs855791	A	G	5131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.21;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr22	37464624	rs877908	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=174;ReadPosRankSum=1.738;SC=GTTCTAATCTTTGCTCCAGTC;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=15;WE=37464632;WS=37464614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr22	37466524	.	C	T	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-2.142;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,124:0.51:244
chr22	37467270	rs5756504	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=2.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-1.416;SC=CTCAGACTGGCCTATTGAGCA;SOR=1.981;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=37467278;WS=37467260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr22	37469386	rs111916270	AGATG	A	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=217;ReadPosRankSum=1.621;SC=GGAGACCAGAAGATGGATGGA;SOR=1.659;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=5;WE=37469397;WS=37469376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr22	37469591	rs4820268	G	A	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=39;PP=1489;SC=ACTGCTCTTCGTCGCTGCCGT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=87;WE=37469599;WS=37469581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr22	37470536	rs2076086	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-0.602;SC=TTCCTGGGTGCTCATAATGGA;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=6;WE=37470544;WS=37470526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr22	37470604	rs2072860	G	A	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	37471040	rs111225958	TAC	T	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.873;NF=4;NR=2;PP=201;ReadPosRankSum=1.231;SC=TGCAAGCACATACACACACAC;SOR=0.049;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=37471049;WS=37471037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr22	37471385	rs9610643	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=-1.426;SC=TGCACAGACAGAGCAAGGACA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=8;WE=37471393;WS=37471375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr22	37485595	rs2235326	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-3.557;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr22	37485724	rs2235324	T	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr22	37491516	.	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.870;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.623;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=524;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GCCATGTGTCCCCCTGATACA;SOR=1.116;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=41;WE=37491524;WS=37491506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr22	37491545	rs2743824	T	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,74:0.42:175
chr22	37491669	.	CAA	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr22	37491839	rs2543509	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TGGGGGGCCCACCCTGACAGC;SOR=0.252;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=10;WE=37491847;WS=37491837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr22	37492201	rs2743825	T	G	307.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.08;ReadPosRankSum=0.874;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr22	37492585	rs5756512	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=338;ReadPosRankSum=0.906;SC=TTAGTTTCCCCATTTGAAACA;SOR=1.115;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=25;WE=37492593;WS=37492575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr22	37499692	rs5756515	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.20;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr22	37499699	rs5756516	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.26;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr22	37524081	.	T	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=539;ReadPosRankSum=-0.843;SC=AACAGGGTCCTTCTGAGGCTC;SOR=0.619;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=30;WE=37524089;WS=37524071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr22	37531257	rs3830742	A	AGT	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.880;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr22	37531436	rs228953	G	A	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=764;ReadPosRankSum=0.760;SC=CCCCGCTGAGGCCCACGAGGA;SOR=0.600;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=55;WE=37531444;WS=37531426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,100:0.65:155
chr22	37533530	rs3218292	G	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=0.669;SC=CATCCACCTGGGGCTGAGGGG;SOR=0.368;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=6;WE=37533538;WS=37533520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr22	37533786	rs228957	C	G	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.88;ReadPosRankSum=-2.322;SOR=1.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr22	37533795	rs228958	G	C	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.15;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr22	37535328	rs2281093	C	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=0.657;SC=GGGAGGCCACCGGGATGACCT;SOR=0.346;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=16;WE=37535336;WS=37535318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr22	37539713	rs2235330	T	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TGACTGTAGGTGCCCACAGCC;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=31;WE=37539721;WS=37539703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr22	37580442	rs11089827	A	T	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=39;PP=1227;SC=GCCGTCAGCCACCACAGCCTG;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=69;WE=37580450;WS=37580432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	37580545	.	G	GGCCCTCACCTGGACA	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.969;NF=0;NR=6;PP=413;ReadPosRankSum=1.124;SC=CACCTGGACGGGCCCTCACCT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=37580553;WS=37580535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr22	37581422	rs229526	G	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr22	37581485	rs229527	C	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=0.209;SC=GGCGGCTGTCCCCATGGTGAC;SOR=0.544;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=16;WE=37581493;WS=37581475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr22	37602583	rs11406761	G	GC	4178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=37;PP=1382;SC=CTTTCCCCAGGCCCTACAGGT;SOR=0.758;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=53;WE=37602591;WS=37602573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr22	37622999	rs62235085	C	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=216;SC=CCATACACCCCTCCCACGCCA;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=37623007;WS=37622989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	37678551	rs3213556	A	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.636;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=905;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GCCAGCCCGAACAGCAGCTGG;SOR=0.225;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=26;WE=37678573;WS=37678541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr22	37678565	rs3213557	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.610;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=905;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CAGCTGGGTCGGCAAGCGACA;SOR=0.253;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=30;WE=37678573;WS=37678541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr22	37678814	rs5995410	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=0.235;SC=GGACACACAGCAGTAGCAAAG;SOR=0.223;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=13;WE=37678822;WS=37678804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr22	37678837	rs5995411	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GACGCTGTTTCCCCCTTCATA;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=37678845;WS=37678827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr22	37691907	rs2269590	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GGTGGTTCCCATGCAGGACCC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=37691915;WS=37691897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr22	37695256	rs2301435	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=10.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.978;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,30:0.22:136
chr22	37699377	rs2239822	T	C	3587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1107;ReadPosRankSum=2.282;SC=GGCCGCCTTTTGAGCGCTTTG;SOR=0.737;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=204;TCF=104;TCR=100;TR=96;WE=37699385;WS=37699367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,186:0.47:392
chr22	37700177	rs2284050	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=174;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CTGGAAGTCTTCACAGAGGAG;SOR=0.726;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=12;WE=37700185;WS=37700167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr22	37707478	.	C	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-2.131;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,60:0.43:139
chr22	37707987	.	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=1.227;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr22	37770066	rs8142615	G	T	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=6.141;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.25;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
chr22	37770357	rs7292751	A	G	6429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=86;PP=2965;SC=TAACCATGCCAAAGAGGCAGC;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=71;TCR=86;TR=157;WE=37770365;WS=37770347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
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chr22	37771158	rs2071857	G	A	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=55;PP=2396;SC=TCACCACCTCGATGAGGTTGT;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=120;WE=37771166;WS=37771148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	37888868	rs5756696	G	C	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=24;PP=742;SC=ATACCAGCTCGTCGATACCCC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=37888876;WS=37888858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	37891710	rs2295155	C	A	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=810;ReadPosRankSum=1.834;SC=GAGAGCACCCCCATCTGAGCC;SOR=0.552;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=53;WE=37891718;WS=37891700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,61:0.47:130
chr22	37892090	rs5750442	A	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=-1.026;SC=GGTGGGGCCAAAGACATGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=14;WE=37892098;WS=37892080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr22	37892370	rs5756701	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=205;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GTCCCTTCTCAGGTCCTTGGT;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=19;WE=37892378;WS=37892360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr22	37892476	.	G	A	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=392;ReadPosRankSum=1.175;SC=CATCAGGGAGGGGAGTGTGGA;SOR=0.638;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=30;WE=37892484;WS=37892466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr22	37892955	rs55977141	CA	C	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=417;ReadPosRankSum=0.191;SC=CTTGATCCACCAAATTAAGGG;SOR=0.326;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=14;WE=37892963;WS=37892945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr22	37899101	rs5756705	A	G	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=703;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TGCAGGCCAAAGGTAGCGCAG;SOR=0.835;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=49;WE=37899109;WS=37899091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr22	37899925	rs3817799	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GGGTATAGGATCTTCAAGGCT;SOR=1.445;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=9;WE=37899933;WS=37899915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr22	37899996	rs3817800	G	A	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.501;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr22	37900006	rs3817801	T	C	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,51:0.45:114
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chr22	37900607	rs3817804	G	A	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,80:0.51:158
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chr22	37902177	rs738304	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=-0.677;SC=TGCCAGGACCTCCACAATCTT;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=37902185;WS=37902167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr22	37902500	rs1997674	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=0.060;SC=CTATCACTTACTGAGCACTGT;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=12;WE=37902508;WS=37902490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr22	37904695	rs56014332	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=0.332;SC=GCCTCCTGGGGATCACAGGGC;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=24;WE=37904703;WS=37904685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr22	37904957	rs932326	C	G	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=36;PP=1708;SC=GACAAGTTCACCCAGGATTAT;SOR=1.028;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=87;WE=37904965;WS=37904947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr22	37905173	rs932327	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=1.790;SC=CCCATGAAACACACTGGCTCT;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=11;WE=37905181;WS=37905163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr22	37906262	rs9610775	C	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=892;ReadPosRankSum=2.526;SC=CGCCGTCAGCCGCTGGTTCTC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=61;WE=37906270;WS=37906252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,69:0.51:134
chr22	37964299	rs2281098	C	G	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.160;NF=27;NR=36;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TCATGAGCCTCCCAGAAGCCC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=66;TCR=88;TR=63;WE=37964307;WS=37964289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,107:0.43:249
chr22	37964408	rs200195385	CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT	C	1366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.29;MQRankSum=8.129;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.937;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,47:0.28:166
chr22	37967905	.	G	A	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=837;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GTTGACCCCGGCTTCATGTCC;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=66;WE=37967913;WS=37967895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,84:0.52:163
chr22	38004651	.	AAAAGCAGGCGGC	ACGGC,A	118.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=1;PP=499;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CCGGGAACGGAAAAGCAGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=1;WE=38004682;WS=38004641;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.50:8
chr22	38004664	.	CGGT	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.97;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr22	38004670	.	CAGCTG	CGCTG,C	159.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-0.952;SC=CGGCCGGTCCCAGCTGCGACG;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=1;WE=38004682;WS=38004641;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.56:9
chr22	38004673	.	CTGCGA	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.75;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr22	38037105	rs71723818	TC	T	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
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chr22	38086574	rs9610834	C	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=467;SC=GAAGCCTTCTCTAGTCCCAAC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=38086582;WS=38086564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr22	38119213	rs12628603	G	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=697;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GGGGGCCGGAGCGCAGGACAG;SOR=0.562;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=52;WE=38119221;WS=38119203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,85:0.52:165
chr22	38119754	rs67890459	TCAA	T	14338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.213;NF=35;NR=145;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.589;SC=ACAGAACCACTCAACGAGAGA;SOR=0.631;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=384;TCF=71;TCR=313;TR=180;WE=38119764;WS=38119744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,369:0.51:729
chr22	38121152	rs9610841	C	A	3740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=72;PP=1913;ReadPosRankSum=0.953;SC=AACGAGACAACCCTGGAACCT;SOR=0.853;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=271;TCF=129;TCR=142;TR=128;WE=38121160;WS=38121142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,186:0.49:379
chr22	38122122	rs5756795	T	C	3302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=62;PP=1778;ReadPosRankSum=1.747;SC=GCCATCCCTCTTCTTCCAGGA;SOR=0.662;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=210;TCF=92;TCR=118;TR=108;WE=38122130;WS=38122112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,159:0.51:312
chr22	38122448	rs739137	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=93;ReadPosRankSum=-0.549;SC=AGTGCAGCAGCGGGGGCCGCA;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=11;WE=38122470;WS=38122438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr22	38122462	rs739138	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=23;PP=669;SC=GGCCGCACCCACAGCCCTGGC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=38122470;WS=38122438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	38129332	rs7284476	G	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=-0.310;SC=GGGCCTTCCAGGCCCAGGACG;SOR=0.744;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=25;WE=38129340;WS=38129322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,47:0.44:108
chr22	38130385	rs13054052	A	C	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1094;ReadPosRankSum=0.551;SC=AGCCTCACCTACCCCCTCACC;SOR=0.534;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=78;WE=38130393;WS=38130375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,102:0.48:212
chr22	38130459	rs8140207	G	T	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1213;ReadPosRankSum=0.696;SC=GCCAAGCAGAGCCCCCTCATC;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=74;TCR=86;TR=83;WE=38130480;WS=38130449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,111:0.50:222
chr22	38130472	rs8140958	T	C	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=83;PP=2684;SC=CCCTCATCCTTGGAGTCCTGA;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=152;WE=38130480;WS=38130449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr22	38134757	.	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=270;ReadPosRankSum=1.529;SC=GGTACATACGGTGGGGAAGGG;SOR=0.713;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=22;WE=38134765;WS=38134747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr22	38142468	rs5756803	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=108;SC=AGGCCGGGAGAAGGGCGACGA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=8;WE=38142476;WS=38142458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	38146585	rs4821704	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=312;ReadPosRankSum=1.637;SC=TACAGAGCAGCGGGACAAACG;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=25;WE=38146593;WS=38146575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr22	38146847	rs6519081	T	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=268;SC=CACCGCCCACTCCACTGAGCC;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=38146855;WS=38146837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	38155317	rs5756810	C	G	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	38161835	rs3833924	T	TG	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GTATGGACCCTGGGGGGGGCA;SOR=1.015;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=38161843;WS=38161825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr22	38164106	rs4821708	C	T	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=819;ReadPosRankSum=0.076;SC=AGAAGGCCTACCAGGAAGAGC;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=59;WE=38164114;WS=38164096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,104:0.49:212
chr22	38165223	rs34979986	CG	C	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=437;ReadPosRankSum=0.361;SC=TGGGGGGACACGGGTGGGTCC;SOR=0.700;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=14;WE=38165231;WS=38165213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr22	38167866	rs146904794	C	T	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=669;ReadPosRankSum=1.449;SC=CTCTCCTGTGCTTCTCCCATG;SOR=0.948;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=51;WE=38167874;WS=38167856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr22	38168508	rs762984	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=610;SC=TGAAGCGAGGTATCTGCGGGG;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=38168516;WS=38168498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	38204089	rs710187	C	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=274;ReadPosRankSum=-0.684;SC=GGAAGGCATCCGCGGAGCTGG;SOR=0.642;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=21;WE=38204097;WS=38204079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr22	38204259	rs2071910	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.502;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr22	38205894	rs2285177	T	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=248;ReadPosRankSum=0.838;SC=CTGTAGCTGTTGAATTTGGTG;SOR=0.933;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=23;WE=38205902;WS=38205884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr22	38205989	rs2285178	T	C	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=639;ReadPosRankSum=-0.958;SC=GGCCTGCCCTTGCCCCACCTG;SOR=0.878;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=61;WE=38205997;WS=38205979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,117:0.47:250
chr22	38208936	.	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=0.742;SC=CCGCTTCCACCAGCGGGAGGA;SOR=0.631;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=13;WE=38208944;WS=38208926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr22	38209733	.	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=247;ReadPosRankSum=0.057;SC=AGAGATTTGTCCAAGATGTGA;SOR=0.641;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=16;WE=38209741;WS=38209723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr22	38211954	rs2285179	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=625;SC=GCTTCTGCCTGTTCCCCTCCC;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=38211962;WS=38211944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	38212068	rs739269	C	T	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=7;PP=379;SC=CCTGGCTCCCCTCTGCCTCTT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=38212076;WS=38212058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	38212762	rs13911	A	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=26;PP=781;SC=AGGTCCGCCTACTGCCACAGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=38212770;WS=38212752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	38220964	rs8138029	T	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.25;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	38227821	rs3091367	C	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=-1.621;SC=CCCACGGCATCTGCGGGTGAG;SOR=0.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=10;WE=38227829;WS=38227811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr22	38234576	.	G	A	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=835;ReadPosRankSum=2.499;SC=GCTGCACAGGGATCCGCGCCA;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=54;WE=38234584;WS=38234566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,101:0.47:213
chr22	38243675	rs5750504	A	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	38251686	rs2157472	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=20;PP=481;SC=GTGCACTGAGTGGAATCCAGT;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=38251694;WS=38251676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	38259110	.	CTT	C	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr22	38323352	rs41280821	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GAGTGGAGCCGGGAGGTGGGG;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=10;WE=38323360;WS=38323342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr22	38341134	rs139859	T	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=14;PP=493;SC=TGTCCTTCCCTGTGGCAAAGA;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=38341142;WS=38341124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	38363016	.	G	A	40.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr22	38369976	rs139884	A	G	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=41;PP=1662;SC=AGCTGCTCACATGGCCTGGGT;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=103;WE=38369984;WS=38369966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	38383266	.	CC	TT	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=989;ReadPosRankSum=-0.228;SC=ACAGGGTTTTCCTGGGACTCA;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=27;WE=38383275;WS=38383256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr22	38385879	rs3026651	C	T	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=1268;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TCCCCTGGAGCGCTGTCCTCC;SOR=0.865;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=84;WE=38385887;WS=38385869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,111:0.51:219
chr22	38453679	rs5845366	A	AG	725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=543;SC=GTCCCGTATGAGGTGGTGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=38453687;WS=38453669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	38455469	rs713729	T	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=0.555;SC=TCTGACCCTCTCAGAGGGGCT;SOR=0.990;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=16;WE=38455477;WS=38455459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr22	38463535	rs880669	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=1.113;SC=AAGCTGGTCTCAAACTCCTGA;SOR=0.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=38463543;WS=38463525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr22	38463652	rs2076369	T	G	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	38463968	rs2076370	A	G	9172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=136;NR=105;PP=2965;SC=CTCTCCCTGCATCTGTTCTTG;SOR=0.884;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=241;WE=38463976;WS=38463958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr22	38467784	rs760975	G	C	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=54;PP=1748;SC=TGGTGTGACCGTGGGCAATCC;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=94;WE=38467792;WS=38467774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr22	38474696	rs2076371	A	G	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=50;PP=1697;SC=GTTCTTCAACACATCCACCAG;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=86;WE=38474704;WS=38474686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr22	38474852	rs1004764	G	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=19;PP=474;SC=CTTTATTCCTGTTTTACAGAT;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=38474860;WS=38474842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	38477342	rs4289289	T	A	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=27;PP=795;SC=GGCCGGACCCTGGGGGATGCC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=38477350;WS=38477332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	38477930	rs2235573	G	A	9208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=137;PP=2965;SC=AGAGCTCCAGGAGGCGCGTGG;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=106;TCR=137;TR=242;WE=38477938;WS=38477920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr22	38503847	rs6001006	C	T	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=761;ReadPosRankSum=0.106;SC=GGCCCTGGGGCCTGATACTCA;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=64;WE=38503855;WS=38503837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,139:0.41:337
chr22	38503968	rs13054158	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=11.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr22	38503972	rs56076229	C	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=14.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.28;ReadPosRankSum=-2.408;SOR=0.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr22	38504372	rs5750540	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=1.433;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr22	38505266	rs60600671	A	G	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=439;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GGGGAGCGAGAAGGAACCACG;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=35;WE=38505274;WS=38505256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,59:0.66:90
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chr22	38512402	rs11089863	G	A	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=594;ReadPosRankSum=-1.754;SC=CTGGAGGAGTGTCAGATTGGT;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=45;WE=38512410;WS=38512392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,71:0.48:149
chr22	38512562	rs12167576	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=0.129;SC=CACTGCAGACGTTAGAAAAAG;SOR=1.244;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=38512570;WS=38512552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr22	38519335	rs2072867	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CCACCCTCATAGCCCTTGTCC;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=9;WE=38519343;WS=38519325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr22	38535946	rs12329956	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=507;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CAGGAGAGCTGGAGCCCAGCA;SOR=0.822;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=33;WE=38535954;WS=38535936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr22	38539041	rs4375	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=355;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CACCTGAGCCTAGGGGCCCAA;SOR=1.000;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=25;WE=38539049;WS=38539031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr22	38539071	.	G	A	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.052;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=798;ReadPosRankSum=0.757;SC=TGGACACCGGGAGGTATCAGT;SOR=0.485;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=54;WE=38539079;WS=38539061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,82:0.59:140
chr22	38540837	rs149247706	CATAAAATAAA	C,CATAAAATAAAATAAAATAAA	467.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.54;QD=35.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,6:0.54,0.46:13
chr22	38541791	.	A	AACAC	182.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=45.70;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	38543453	rs2284060	T	C	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	38559448	rs731821	C	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=358;ReadPosRankSum=0.223;SC=GCGTGGCACACCACCAGGCAT;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=28;WE=38559456;WS=38559438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr22	38564041	rs9622746	C	G	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=1225;ReadPosRankSum=-3.052;SC=CTTCCAGACGCAGAGTAGCTC;SOR=0.779;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=76;WE=38564049;WS=38564031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,126:0.58:219
chr22	38609950	rs2235264	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-2.163;SC=TGCCCATGCAGAGCCTCCTCA;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=11;WE=38609958;WS=38609940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr22	38611080	rs9610915	C	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=415;ReadPosRankSum=-2.986;SC=GGAAGGGGAACTTGGGTAGGT;SOR=1.191;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=29;WE=38611088;WS=38611070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr22	38643894	.	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GGGGATCACGGAGACGCTGGG;SOR=2.093;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=11;WE=38643902;WS=38643884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr22	38699050	rs3830720	GAGGC	G	2649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.096;NF=10;NR=35;PP=1987;ReadPosRankSum=1.225;SC=TCAGGGGTCAGAGGCAGGCAG;SOR=0.374;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=20;TCR=66;TR=45;WE=38699061;WS=38699040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,69:0.59:117
chr22	38875549	rs401933	C	T	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=538;SC=GTAAATAGGCCGGGAAATGAC;SOR=2.165;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=38875557;WS=38875539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	38877461	rs12004	T	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=321;ReadPosRankSum=-2.077;SC=TACTTGTATGTGACCAAAGGT;SOR=0.532;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=25;WE=38877469;WS=38877451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr22	38889657	rs2267390	C	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,68:0.51:134
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chr22	38895521	rs3833951	AAAG	A	2359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=1342;ReadPosRankSum=0.525;SC=AAAAAAAATGAAAGAAGTTAG;SOR=1.079;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=71;TCF=5;TCR=66;TR=33;WE=38895531;WS=38895511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr22	38917543	rs372004941	TACAC	T	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=2.019;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr22	38982321	rs5750627	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr22	38993370	rs5757162	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=502;ReadPosRankSum=-1.284;SC=CAGTGGCTTCCGCTGTCAAGG;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=38;WE=38993378;WS=38993360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr22	39003495	rs5757169	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
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chr22	39016403	rs5995598	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
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chr22	39064230	rs2072796	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=1.333;SC=CAGAGGCATCAGTGCAGGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=5;WE=39064238;WS=39064220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr22	39066820	rs3761454	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=-0.717;SC=ATATTGTTGGCGGAAGAGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=39066828;WS=39066810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr22	39069181	rs3747174	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=273;ReadPosRankSum=0.778;SC=AGTCCACTGCTGAATCCCACT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=23;WE=39069189;WS=39069171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr22	39077956	.	C	T	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,76:0.42:179
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chr22	39126508	rs909564	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=686;ReadPosRankSum=0.909;SC=AGGACCACGCAGCCTGCTCAC;SOR=0.987;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=50;WE=39126516;WS=39126498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,68:0.57:119
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chr22	39141600	rs138712	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=385;ReadPosRankSum=-1.039;SC=TGTGTGTACGGTGTGAGGCAG;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=27;WE=39141608;WS=39141590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr22	39146069	.	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TCCACGCAAGGGGGTCCCCAC;SOR=0.593;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=39146077;WS=39146067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr22	39148483	rs2072798	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.373;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=-0.971;SC=GGGGCTGTCAGGGGCCGTGGC;SOR=1.436;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=13;WE=39148491;WS=39148473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr22	39151057	rs470107	CG	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=1.503;SC=AAACGCTCATCGGAAAGCATC;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=39151065;WS=39151047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr22	39178701	rs760482	A	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr22	39224248	rs5757300	T	C	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=35;PP=1880;SC=GGCTCTGTCATCCTGAGGACC;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=99;WE=39224256;WS=39224238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr22	39239172	rs3747176	C	G	130.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	39267312	rs1122771	C	T	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=80;SC=TGGCTGAGGCCTGCCATCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=39267320;WS=39267302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	39355415	rs1977069	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GAGGTTTGGAAGTGTGCTAAG;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=39355423;WS=39355405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr22	39355717	rs5750717	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=0.732;SC=ATCCGAATCCGGGCAGGGCCC;SOR=0.776;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=39355725;WS=39355707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr22	39380213	.	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=0.662;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr22	39381826	rs2076109	A	G	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.916;NF=24;NR=26;PP=708;ReadPosRankSum=2.005;SC=GGTGTATTTCAAGCCTCAGTA;SOR=0.902;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=50;WE=39381834;WS=39381816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,92:0.45:204
chr22	39381999	rs2076111	T	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-8.500;NF=24;NR=29;PP=639;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TGACCATCTCTGCCGCCCGCC;SOR=0.531;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=53;WE=39382007;WS=39381989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,55:0.41:133
chr22	39382079	rs5995649	C	A	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=43;PP=1481;SC=GCCCGCGTGACGATCATGGAC;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=75;WE=39382087;WS=39382069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	39387558	rs1065184	C	T	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=1.249;QD=4.84;ReadPosRankSum=3.037;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,73:0.29:251
chr22	39388207	rs5757413	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=10.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQRankSum=-4.094;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.243;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr22	39388216	rs5757414	T	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=8.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQRankSum=-4.350;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.270;SOR=2.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
chr22	39388486	rs150925968	T	A	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQRankSum=-1.122;QD=9.04;ReadPosRankSum=1.588;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr22	39414166	rs4820361	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=13;PP=566;SC=GGACCGGGCCAGCGCCCACTG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=39414174;WS=39414156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	39414224	rs4821854	A	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=14;PP=528;SC=GCCCAGGGCCAGGAGAGAGGC;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=39414232;WS=39414214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	39414240	rs9306332	G	A	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=15;PP=614;SC=GAGGCCTGCTGGGCCCTCACT;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=33;WE=39414248;WS=39414230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	39477226	.	T	C	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.196;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=963;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GATCATGAATTATGACGGTGA;SOR=0.841;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=62;WE=39477234;WS=39477216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,100:0.53:188
chr22	39496134	rs139290	G	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-0.895;SC=GCCAAGATCGGGCCACTGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=39496142;WS=39496124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr22	39496199	rs139291	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr22	39496412	rs139294	G	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CCACGCCCACGAGAGGCTACT;SOR=0.801;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=17;WE=39496420;WS=39496402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr22	39497404	rs139297	G	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=0.794;SC=TCTGAACCTGGGCATCTTCGC;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=22;WE=39497412;WS=39497394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr22	39497452	rs139298	A	G	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr22	39497452	.	AAG	GAC	538	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=59.76;NF=5;NR=12;PP=538;QD=34.7922279331;SC=GCCCCAGCAGAAGGGGCTGCG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=17;WE=39497462;WS=39497442;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr22	39497454	rs139299	G	C	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr22	39497509	rs139300	A	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=371;SC=GGGCTTCCCAAGTAGGAAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=19;WE=39497517;WS=39497499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	39497811	rs139301	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.404;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=0.349;SC=AGAATTCCCCAGACAGAGCAA;SOR=0.020;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=39497819;WS=39497803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr22	39498038	rs139302	G	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=331;ReadPosRankSum=0.185;SC=GACGGCTTGAGAGGATAAAGG;SOR=0.501;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=27;WE=39498046;WS=39498028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr22	39498373	rs139304	TA	T	908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=6;PP=626;SC=AGGCTGGTCTTAGAACTCTTG;SOR=1.270;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=15;WE=39498381;WS=39498363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	39498479	rs149229175	TCTC	T	781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=276;ReadPosRankSum=1.207;SC=TTTTTTGTGTTCTCCTCTCGC;SOR=0.544;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=9;WE=39498489;WS=39498469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr22	39498677	rs139305	A	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TCTATTATTTACATCTTTATG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=39498685;WS=39498667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr22	39499575	rs139313	G	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-1.644;SC=CAGGCCTTCTGGGCCCTTCTG;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=8;WE=39499583;WS=39499565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr22	39499653	rs139315	C	T	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,46:0.61:76
chr22	39499763	rs139316	T	C	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=992;ReadPosRankSum=1.982;SC=ATCCCACTCATTATCAAGAAG;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=61;WE=39499771;WS=39499753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,88:0.59:150
chr22	39499902	rs139317	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=0.136;SC=AGAAGACCTTCCTTTCCTCCT;SOR=0.242;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=39499910;WS=39499892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr22	39626024	rs2239769	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=0.042;SC=ATTTTTAAGACCGGCCCCTGC;SOR=0.818;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=39626032;WS=39626014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr22	39629329	rs11704525	C	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=0.457;SC=GTGGGGGGAACGGGAGTTGTA;SOR=0.369;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=17;WE=39629337;WS=39629319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr22	39636899	.	GTC	G	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=1.712;SC=TGCTCAGTCAGTCTCTCTCTC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=39636908;WS=39636889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr22	39636928	rs5757575	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.15;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr22	39636928	.	ACA	GCG	361	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=29;MMLQ=23;MQ=60.98;NF=2;NR=4;PP=361;QD=69.0779791437;SC=TCAGATGCGCACACACACACA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=39636955;WS=39636918;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr22	39636930	rs5757576	A	G	178.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.80;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr22	39636944	rs138673005	ACACT	A	96.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=444;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACACACACACACACTCTCTCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=39636955;WS=39636918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr22	39639853	rs1800817	G	T	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr22	39657040	rs148538302	C	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=469;ReadPosRankSum=-1.943;SC=GAAAGATGCGCTCACAGGCCC;SOR=0.865;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=36;WE=39657048;WS=39657030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,55:0.40:138
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chr22	39710244	rs137621	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=258;ReadPosRankSum=0.577;SC=TAAGGCTGGGGCATTAGGGAC;SOR=0.521;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=17;WE=39710252;WS=39710234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr22	39711351	rs2076125	A	G	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=985;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TTGCACAGCAACTCAAGCCAC;SOR=0.566;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=143;TCF=60;TCR=83;TR=68;WE=39711359;WS=39711341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,109:0.51:215
chr22	39712981	rs137623	A	G	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=29;PP=975;SC=CTTTTCCACCAGCAAGCGGAG;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=39712989;WS=39712971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	39713105	rs470081	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr22	39714490	rs6509	C	T	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.436;NF=24;NR=54;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CCGGCTTGGACGGGTCATCCT;SOR=0.919;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=154;TCF=51;TCR=103;TR=78;WE=39714498;WS=39714480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,98:0.51:194
chr22	39714704	rs1569498	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=0.774;SC=AGAATCCTGACCAGACACCCA;SOR=0.619;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=39714712;WS=39714694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr22	39714908	rs137625	A	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=771;ReadPosRankSum=1.941;SC=GCAGCTTTATATGCCAATTAG;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=39714916;WS=39714898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr22	39715140	rs470082	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=444;ReadPosRankSum=-1.941;SC=CTCCAGAGGCCTTCGGAGTGC;SOR=1.212;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=31;WE=39715148;WS=39715130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr22	39715524	rs41274553	G	A	2592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,128:0.62:207
chr22	39746168	rs3747177	C	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr22	39770597	rs4821888	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=467;ReadPosRankSum=1.033;SC=CACAGAGTCTACAGAGGGCTG;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=30;WE=39770605;WS=39770587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,40:0.30:135
chr22	39770780	rs4820377	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.371;SC=GCAGGGGAGCGTGGATGGGAT;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=39770788;WS=39770770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr22	39777822	rs149306472	C	CCAA	7649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.936;NF=12;NR=69;PP=2921;ReadPosRankSum=0.761;SC=TACGTGGAGCCCACTGGGCCG;SOR=0.741;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=154;TCF=19;TCR=135;TR=81;WE=39777830;WS=39777812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,195:0.54:364
chr22	39795673	.	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CGACCCCCATCCCTCTTCGGG;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=39795691;WS=39795663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr22	39795683	rs4821892	G	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=225;ReadPosRankSum=0.054;SC=CCCTCTTCGGGCGTGGGGTGG;SOR=1.445;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=39795691;WS=39795663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr22	39812986	rs6001585	C	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=0.646;SC=GAGCAACAGGCGTTAGGGAGC;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=13;WE=39812994;WS=39812976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr22	39813957	.	T	C	43.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr22	39882149	rs77094830	ATT	A	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr22	39883821	.	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=404;ReadPosRankSum=0.590;SC=GAGCGCCCGGGAGCGCACGGG;SOR=0.540;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=24;WE=39883829;WS=39883811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr22	39911144	rs76044976	G	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=1.673;SC=GTGGCTGCAGGGGTCAGACAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=39911152;WS=39911134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr22	39913420	rs710192	C	T	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=107;SC=CAGAGGCCCACGGTCTCCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=39913428;WS=39913410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	39913557	rs10854722	G	A	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=570;SC=GAGGCCCCGAGGTGGGAGGGT;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=39913565;WS=39913547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	39969767	rs5750851	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=9;PP=331;SC=CTCACCTCCATCCTCAGGTCA;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=39969775;WS=39969757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	39969895	rs12484689	C	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=211;SC=GCCCTGGGTCCAAGGGGTGGG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=39969903;WS=39969885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	40030477	rs5757756	C	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=2.270;SC=GCATCCCCCTCCCCCTCCCTG;SOR=0.986;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=40030485;WS=40030467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr22	40052349	.	C	G	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=773;ReadPosRankSum=-0.314;SC=TCCCAGCCAGCTGGGTCCTCC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=54;WE=40052357;WS=40052339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,88:0.44:198
chr22	40053977	.	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=0.893;SC=CTCTCACGACCCCAAGGTAGC;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=21;WE=40053985;WS=40053967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr22	40054428	rs136848	T	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=28;PP=753;SC=CTGAAACAATTATCGAAATAG;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=40054436;WS=40054418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	40054948	rs5757761	T	C	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=31;PP=1115;SC=TCTGGGAGATTGTGGGGCAGG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=40054956;WS=40054938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	40055304	rs136850	T	C	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=368;SC=TCAGTGTTCATCTCTGTAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=40055312;WS=40055294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	40055896	rs136851	T	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=36;PP=1088;SC=CCCCACAGGGTCTGCGAAAGA;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=40055904;WS=40055886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	40057273	rs136852	T	C	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=34;PP=944;SC=GAAAGAGCAGTGTCATGTCTC;SOR=1.193;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=51;WE=40057281;WS=40057263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	40058186	rs136853	A	G	6702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr22	40058999	rs136854	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=145;SC=CGGACCCTCCCGGCCCAGAGG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=40059007;WS=40058989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	40060085	.	G	A	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=992;ReadPosRankSum=2.621;SC=GGTATCTCCCGATGCTTTCAG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=74;WE=40060093;WS=40060075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,133:0.65:206
chr22	40061683	rs136855	A	G	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=50;PP=2182;SC=GGGAAAAGGAAGTCTCAGACA;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=101;WE=40061691;WS=40061673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	40075195	rs201636247	C	T	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=696;ReadPosRankSum=-1.306;SC=TCGTGAGCTTCGTGCTCACCG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=55;WE=40075203;WS=40075185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,86:0.50:172
chr22	40075400	rs2294369	G	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=481;SC=GGCGGGCGGCGGGGGCGACAC;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=40075408;WS=40075390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	40075473	rs7288746	T	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=176;SC=TGGAGAGGTGTGAGGGTCGCC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=40075481;WS=40075463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	40161181	.	TTGTG	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.098;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr22	40271614	rs137945	C	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.340;NF=3;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-2.415;SC=AGAGAAAGCACCGAGGCTAGG;SOR=0.941;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=13;WE=40271622;WS=40271604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr22	40283728	.	T	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=158;ReadPosRankSum=-0.934;SC=TTCACAAAGTTTTTCACTTGT;SOR=0.826;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=14;WE=40283736;WS=40283718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr22	40364394	rs138009	C	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=0.443;SC=CTGGACCCCCCCAAATGGCAG;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=20;WE=40364402;WS=40364384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr22	40364415	rs2267423	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.573;SC=AAATAGGGAAACTGTTCTTGG;SOR=0.593;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=40364423;WS=40364405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr22	40415140	rs2071771	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=0.211;SC=GTGTAGACACCGTGTGCCTCA;SOR=0.678;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=8;WE=40415148;WS=40415130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr22	40417780	rs5995793	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,57:0.39:147
chr22	40417820	rs5995794	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=432;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CGCCCCCGCCAGGCGCTTCAG;SOR=0.592;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=35;WE=40417828;WS=40417810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr22	40545998	rs35899845	C	CA	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=-1.354;SC=TGAAAGCCAACAAAAAATTGA;SOR=1.609;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=8;WE=40546006;WS=40545988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr22	40546041	rs35629137	C	CA	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=214;ReadPosRankSum=1.427;SC=AAAGTAGAGTCAAAAAGGTTT;SOR=0.631;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=8;WE=40546049;WS=40546031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr22	40546153	rs5995826	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.736;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-1.950;SC=AGGCCAAGGCGGGCAGATCAC;SOR=1.445;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=7;WE=40546161;WS=40546143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr22	40552119	rs9611280	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=350;ReadPosRankSum=0.014;SC=GCCTTTGCAGGTGGAACAGGA;SOR=0.725;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=29;WE=40552127;WS=40552109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr22	40574170	rs6001827	T	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=543;ReadPosRankSum=-1.595;SC=CAATTTTTTTTAACCAATTGA;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=36;WE=40574178;WS=40574160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr22	40641980	rs3752513	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=-1.030;SC=GATTGTGAATGTAGATGTATA;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=9;WE=40641988;WS=40641970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr22	40666317	rs372710238	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=2.515;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr22	40673999	rs2413621	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.762;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chr22	40676986	rs5750929	T	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TATTATCAGATCCAAATTCCA;SOR=0.124;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=10;WE=40676994;WS=40676976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr22	40677001	rs929070	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=219;ReadPosRankSum=-0.223;SC=ATTCCATCCTTGGTTATTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=15;WE=40677009;WS=40676991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr22	40696633	.	C	CT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.965;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr22	40697176	rs10617561	TGCA	T	1079.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=519;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GTGAGTGCACTGCAGCAGCAG;SOR=0.994;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=14;WE=40697189;WS=40697166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr22	40800294	.	G	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,51:0.43:119
chr22	40800294	.	GAT	AAA	1046	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=18;NR=13;PP=1046;QD=35.4667056407;SC=ACTCCCCTCTGATGGAGGATG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=31;WE=40800304;WS=40800284;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:50,31:0.38:81
chr22	40800296	.	T	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.55;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr22	40803186	rs2018393	G	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=498;ReadPosRankSum=0.039;SC=TGGTCACCATGGTTCTCTGGG;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=34;WE=40803194;WS=40803176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chr22	40814500	rs878756	T	C	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=279;ReadPosRankSum=0.493;SC=TTGATGAGGCTGGGGCCCTGA;SOR=0.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=29;WE=40814508;WS=40814490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,46:0.48:95
chr22	40814636	rs4821944	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=0.012;SC=TGGCTGGGGCCGCCAGGCTGG;SOR=0.531;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=12;WE=40814644;WS=40814626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr22	40816749	rs2072856	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr22	40820289	.	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr22	41075543	rs133072	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=203;ReadPosRankSum=0.606;SC=CCCCCTTCCCAACTGCGGGGC;SOR=0.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=16;WE=41075551;WS=41075533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr22	41075695	rs133073	C	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=356;ReadPosRankSum=0.605;SC=CTGGTCCCAACGCCAGCAACA;SOR=0.706;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=31;WE=41075703;WS=41075685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,59:0.37:158
chr22	41170063	rs2076674	T	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-1.308;SC=ACTGTTGCTGTTTTTTAAAAT;SOR=0.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=13;WE=41170071;WS=41170053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr22	41172351	rs6002128	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	41175263	rs5758077	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=1.434;SC=GGTAAGGTGTCTCTTTGTGCC;SOR=0.105;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=41175271;WS=41175253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr22	41194909	rs138306	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=401;ReadPosRankSum=1.280;SC=ATCATGCCATCGCACTCCAGC;SOR=0.586;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=26;WE=41194917;WS=41194899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr22	41194947	.	C	CA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=3.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.985;QD=0.78;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,25:0.23:107
chr22	41195191	rs113851841	A	AGTGGCATGGTT	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=2954;ReadPosRankSum=1.735;SC=GCTGGAGTGCAGTGGTTTACG;SOR=1.609;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=13;WE=41195199;WS=41195181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr22	41210063	rs138323	T	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TTGACATAAGTAACTCCATCT;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=41210071;WS=41210053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr22	41215395	.	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.418;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr22	41223190	rs710193	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=127;ReadPosRankSum=-1.683;SC=CCATTCCAGGCATTCCTCCGG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=11;WE=41223198;WS=41223180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr22	41227086	rs138335	C	G	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=79;SC=TTGTCTTGTACAAAAAGACCT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=41227094;WS=41227076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	41253084	.	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=300;ReadPosRankSum=0.958;SC=CCGCCGGAAGGGGAGGTGCGG;SOR=0.257;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=17;WE=41253092;WS=41253074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr22	41256660	rs202011264	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.862;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr22	41256802	rs103197	A	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=556;SC=CTACAGGTGCACACCACCACA;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=41256810;WS=41256792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	41537234	rs6002267	G	T	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	41545024	rs71761046	G	GT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.028;QD=0.83;ReadPosRankSum=-1.879;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr22	41551231	.	AT	A	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr22	41604353	rs139431	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=8;PP=263;SC=AGGCTGGTCTCAAACTCCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=18;WE=41604361;WS=41604343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	41604557	rs139432	G	A	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=156;SC=TAAATGACTTGCCCAAGGCCC;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=41604565;WS=41604547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	41605635	rs139437	T	C	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	41605639	rs139438	C	T	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.96;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	41606030	rs139439	A	C	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=10;PP=190;SC=AGAGCCATCCAGATGTAAAAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=41606038;WS=41606020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	41609859	rs139450	T	C	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=17;PP=663;SC=TTTGAGGTGGTCATATCGGGT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=41609867;WS=41609849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	41610024	rs139451	G	A	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=15;PP=481;SC=TCTTGGCTAGGTTACAGGTGA;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=41610032;WS=41610014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	41612965	rs85220	T	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=422;SC=CACTGGTGGATCAGGTATGGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=41612973;WS=41612963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	41616663	rs34923440	GA	G	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.777;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr22	41617160	rs139471	T	TG	848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=666;SC=TCAGTGGAGGTTTGTCAGTCT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=41617168;WS=41617150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	41617318	rs139472	G	C	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=39;PP=1362;SC=TAACTGATGTGCCTCCTTCCG;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=75;WE=41617326;WS=41617308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr22	41635425	rs139495	C	T	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=16;PP=764;SC=CCACTCTGTGCCTGTGCTCCT;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=41635433;WS=41635415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	41645500	rs139500	TG	T	4181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=53;PP=1742;SC=CAAAGTCACCTGGGGGGGCCC;SOR=0.883;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=63;WE=41645508;WS=41645490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr22	41645757	rs71948	C	G	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=21;PP=926;SC=TGTGCACGAGCAGCCTGGTGA;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=41645765;WS=41645747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	41652345	rs470112	C	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=26;PP=917;SC=GGCCAGGACACCAGGTTCTAC;SOR=1.034;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=44;WE=41652353;WS=41652335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	41652733	rs139509	G	A	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=41;PP=1635;SC=TGGGCAGGCCGCCGCGGATGG;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=94;WE=41652741;WS=41652723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr22	41660964	rs139520	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=513;SC=TGCAGAACCAACACAGACACA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=41660972;WS=41660954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	41664071	rs55893749	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr22	41676559	rs35821769	C	CAGCT	669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=4;PP=480;SC=GGGAAAGCTGCAGCTATTCCC;SOR=1.911;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=9;WE=41676567;WS=41676549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	41723113	rs62238180	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr22	41753525	.	T	G	83	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=16;MQ=57.15;NF=0;NR=7;PP=83;QD=16.8244589353;SC=GCCAGGGGGGTGGGGGGCCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=41753533;WS=41753515;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,7:0.47:15
chr22	41783265	.	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CTCTGAGAAAGATGGGCCAGG;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=41783273;WS=41783255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr22	41829794	rs6609	C	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.15;QD=25.51;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	41833116	rs202641	C	T	13163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=173;PP=2965;SC=CATCTTCCACCGCCAGGCCAC;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=342;TCF=166;TCR=176;TR=339;WE=41833124;WS=41833106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr22	41864190	rs9611597	A	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	41864216	rs505533	A	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	41911525	rs1799932	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=8;PP=217;SC=CCCCTGGGAGCTGAAGTGCCC;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=41911533;WS=41911515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	41925767	.	G	GT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=1.256;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr22	42000055	.	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=183;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CACCGGAACAGGGACTCCCCC;SOR=0.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=13;WE=42000063;WS=42000045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr22	42016699	rs2267437	C	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=9;PP=721;SC=CCTCGGCCAGCCGCCACCCTC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=42016707;WS=42016689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	42076237	.	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=-2.003;SC=AGCATCCTGTGGCTGCCTTAC;SOR=0.357;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=10;WE=42076245;WS=42076227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr22	42076381	rs5758405	C	A	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.848;SC=ATGGGGGGGACATAAAAATAT;SOR=0.291;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=57;WE=42076389;WS=42076362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr22	42089623	rs739134	T	C	9120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=90;PP=2965;SC=CCAGGAATCATGGGCCCAGAA;SOR=1.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=141;TCR=90;TR=231;WE=42089631;WS=42089613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr22	42109917	rs5758431	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=242;SC=GCAAATCACTATCCTGCACTG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=42109925;WS=42109907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	42111896	rs9306355	A	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=670;SC=CCAGTGGGGGAGCTGGACACT;SOR=1.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=42111904;WS=42111886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr22	42140800	rs58323591	C	CTTTG	756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=363;SC=CCGCGCCCGGCCTATGATTTT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=42140808;WS=42140786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	42148467	rs715498	G	A	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=718;SC=CTAGACAGTGGTGGAGTACAT;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=42148475;WS=42148457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	42150146	rs1534932	C	T	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=25;PP=686;SC=AGTACAGCCACGAGATTTCTT;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=42150154;WS=42150136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	42159229	rs2050033	G	T	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=33;PP=1562;SC=TCCTCCTGTCGCTGCAGGACC;SOR=1.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=89;WE=42159237;WS=42159219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr22	42289183	.	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=-1.350;SC=TTCCTGACTCCCTGCGCTGGC;SOR=0.223;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=16;WE=42289191;WS=42289173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr22	42336172	rs5758511	G	A	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=1084;ReadPosRankSum=3.617;SC=TCCCACACTCGGCCCATGCAC;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=80;WE=42336180;WS=42336162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,132:0.53:247
chr22	42341451	.	ATT	A	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr22	42354389	rs62240996	A	C	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=39;PP=984;ReadPosRankSum=0.094;SC=CTTGGGCCAGACCAGCCGCAC;SOR=1.106;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=57;WE=42354397;WS=42354379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,82:0.59:140
chr22	42354487	rs149263017	G	GGAGA	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=1.315;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr22	42388826	rs56234624	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr22	42388841	rs133299	G	A	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=33;PP=896;SC=GCATCTATAGGTCAAGGCACT;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=42388849;WS=42388831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	42390093	rs133301	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr22	42390209	rs7290907	G	A	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.56;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr22	42390225	rs7290655	C	G	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=5.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=0.592;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,68:0.50:135
chr22	42390887	.	C	CTG	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.086;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr22	42392811	rs1062753	G	A	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=895;ReadPosRankSum=1.042;SC=TGGCACCCCTGAACCATGATC;SOR=0.820;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=65;WE=42392819;WS=42392801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,98:0.46:211
chr22	42416056	rs133335	A	G	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=663;ReadPosRankSum=-0.363;SC=AGAAATGGAGATGCCATTGAA;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=51;WE=42416064;WS=42416046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,78:0.55:141
chr22	42418185	rs133341	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=525;SC=GTTAATTGTTTAGTTGATATC;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=42418193;WS=42418175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	42423110	rs2301521	G	C	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=82;PP=2300;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CCAGGCCTCAGGAATCTACAG;SOR=0.283;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=152;TCF=66;TCR=86;TR=148;WE=42423118;WS=42423100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr22	42428727	rs133349	A	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=2.056;SC=GGTGGGGCAGACAACCATGGA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=10;WE=42428735;WS=42428717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr22	42458827	rs55715427	G	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=5.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr22	42461918	rs2854827	G	A	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,82:0.49:167
chr22	42463366	rs133367	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=29;PP=794;SC=TATCTGACCCCGTCCCATTAA;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=42463374;WS=42463356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	42463689	rs133368	T	C	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=7;PP=686;SC=ATCTCAATCATGTAAGTGAGC;SOR=2.554;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=42463697;WS=42463679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	42463814	rs133369	C	T	5174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=59;PP=1949;SC=GCTTGGGATCCGGCATCAGGC;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=114;WE=42463822;WS=42463804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr22	42464412	.	GG	AA	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=756;ReadPosRankSum=-0.787;SC=CCCTGGGCAAGGCTCATCAGG;SOR=0.739;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=24;WE=42464421;WS=42464402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr22	42473603	rs133383	C	T	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1169;ReadPosRankSum=-1.845;SC=ACCTGCTGGCCGCAGAAGGGC;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=76;WE=42473611;WS=42473593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,99:0.52:191
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chr22	42524743	rs113889384	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.622;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
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chr22	42525821	rs28371703	G	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-1.559;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr22	42525952	rs71328650	C	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.04;MQRankSum=1.803;QD=11.48;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr22	42526484	rs28371699	A	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.769;NF=4;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TTCTCCAGGAAGTCCCCCAAA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=42526492;WS=42526474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr22	42526549	rs56011157	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=11;PP=600;SC=TCACCCACCACCCATGTTTGC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=42526588;WS=42526539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr22	42526571	rs74644586	C	G	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.75;QD=44.41;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	42526573	rs1080996	T	G	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.73;QD=50.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	42526580	rs1080995	G	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.80;QD=40.44;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	42526694	rs1065852	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=346;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GGGCCTGGTGGGTAGCGTGCA;SOR=0.917;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=22;WE=42526702;WS=42526684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr22	42536211	rs2092118	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.842;NF=4;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CAGGGGACCCGAGTTGGAACT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=42536219;WS=42536201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr22	42536263	rs1058174	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQRankSum=-0.676;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr22	42536313	rs2743456	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=-0.562;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.403;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr22	42537196	rs56404506	T	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.78;QD=25.49;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	42537271	rs28510588	T	C	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQRankSum=1.210;QD=33.58;ReadPosRankSum=4.289;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr22	42537280	rs28367005	T	C	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.63;MQRankSum=0.469;QD=31.00;ReadPosRankSum=2.594;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chr22	42537404	rs2854741	G	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=19;PP=1084;SC=ACTCTCCTTCGTCCTGTGTTG;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=42537412;WS=42537394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	42537597	rs1800754	A	G	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=744;ReadPosRankSum=0.290;SC=CAGCGTGGTCAAGGTGGTCAC;SOR=0.851;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=49;WE=42537605;WS=42537587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,72:0.54:134
chr22	42538029	rs1058167	A	G	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=49;PP=1625;SC=TGGGATGTGCAGGAGGACGGG;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=42538044;WS=42538019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr22	42538071	rs2267444	G	C	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.881;NF=21;NR=28;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CAGACAGAACGGGGTCTCAAT;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=49;WE=42538092;WS=42538061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,79:0.63:125
chr22	42538084	rs2267446	C	T	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQRankSum=3.426;QD=26.00;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,59:0.64:92
chr22	42538103	rs3021083	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.712;NF=9;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=1.185;SC=TCTGCGTTCATCTGGACCAGT;SOR=0.203;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=21;WE=42538111;WS=42538093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr22	42538508	rs3021082	A	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQRankSum=0.699;QD=35.88;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,31:0.89:35
chr22	42538508	.	AG	GA	873	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=44.78;NF=12;NR=11;PP=873;QD=40.2812119505;SC=CTCCTCCTTCAGTCCCTCCTG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=42538522;WS=42538498;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	42538509	rs56023519	G	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQRankSum=0.699;QD=35.88;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,31:0.89:35
chr22	42538514	.	T	TC	1236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.602;NF=6;NR=11;PP=747;ReadPosRankSum=0.455;SC=CTTCAGTCCCTCCTGAGCTAG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=42538522;WS=42538498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,30:0.88:34
chr22	42538618	rs2267448	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.52;MQRankSum=-0.019;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.452;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr22	42538669	rs2856955	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.020;NF=8;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=1.690;SC=GGTAAGGGGTCGCCTTCTCCG;SOR=1.715;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=10;WE=42538677;WS=42538659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr22	42538704	rs2743459	G	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=6.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-1.026;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.400;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr22	42538876	rs3020732	A	T	6438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=35.38;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr22	42538876	.	ACACCCCTGG	TCACCCCTGG,TCACCCCTGT	1987	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=59.29;NF=63,30;NR=48,26;PP=1987,1937;QD=18.214155068;SC=CGCGACAGGAACACCCCTGGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=111,56;WE=42538905;WS=42538866;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:111
chr22	42538885	rs2743460	G	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=3.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-0.968;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,94:0.51:184
chr22	42538897	rs2854740	A	G	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;ReadPosRankSum=-1.746;SC=GGCGGGACGGACACGTGGGCG;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=58;WE=42538905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,89:0.52:172
chr22	42539623	rs769261	C	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.82;MQRankSum=-1.409;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr22	42540551	rs2743461	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.371;NF=4;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=-1.752;SC=GGACACTCTCAGCACACCGAG;SOR=1.668;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=16;WE=42540559;WS=42540541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr22	42546852	rs59390354	G	A	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.509;NF=30;NR=26;PP=718;ReadPosRankSum=-1.608;SC=CACGGCAGTGGTGCAGGGCAT;SOR=0.756;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=56;WE=42546860;WS=42546842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,86:0.62:139
chr22	42609148	rs5758651	T	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=514;ReadPosRankSum=0.182;SC=GGAAAGCCACTGACATTTCGT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=45;WE=42609156;WS=42609138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,62:0.41:150
chr22	42807314	rs2247576	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr22	42807351	rs2072863	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=227;ReadPosRankSum=-1.071;SC=ATCCAAAGTCCCAAACTGCCA;SOR=0.895;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=20;WE=42807359;WS=42807341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr22	42896553	rs71311440	TGGGGC	T	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=17.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.112;QD=16.21;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr22	42898674	.	C	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQRankSum=0.585;QD=17.32;ReadPosRankSum=2.443;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr22	42898835	rs201287797	AC	A	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.65;MQRankSum=-0.270;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr22	42899151	rs147364890	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.553;NF=19;NR=17;PP=478;ReadPosRankSum=2.199;SC=GGAAAGGCGGGAGTGTCCTTT;SOR=0.518;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=36;WE=42899159;WS=42899141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,45:0.40:112
chr22	42905055	rs56365446	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.573;NF=26;NR=13;PP=463;ReadPosRankSum=-1.473;SC=CATTGACTTCGTCAGCAGGGA;SOR=1.036;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=39;WE=42905063;WS=42905045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,48:0.37:130
chr22	42905165	rs55732408	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.484;NF=20;NR=29;PP=554;ReadPosRankSum=0.892;SC=AGACATGGGCGCCAGGAATCT;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=49;WE=42905173;WS=42905155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,65:0.47:137
chr22	42906679	rs56211179	C	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.521;NF=10;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=0.142;SC=ATTACTCTGACAAGGAGTCCC;SOR=0.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=22;WE=42906687;WS=42906669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr22	42908095	.	T	C	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=21;MQ=51.92;NF=3;NR=5;PP=60;QD=11.8464015684;SC=TCTGGCCACATCTCACTACCC;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=8;WE=42908103;WS=42908087;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,8:0.23:35
chr22	42908125	.	G	A	142	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=51.11;NF=3;NR=7;PP=142;QD=17.6771212547;SC=CCTCTCCAGCGGTTCCAGTTT;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=10;WE=42908133;WS=42908115;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,10:0.28:36
chr22	42908186	rs144737997	G	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=12.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.64;MQRankSum=-3.524;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr22	42908297	rs201277626	C	CT	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.14;MQRankSum=-0.608;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.203;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr22	42908870	rs9745	T	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.928;NF=8;NR=5;PP=214;ReadPosRankSum=1.052;SC=CTGCCTCGCCTCCTCCTGGCC;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=13;WE=42908878;WS=42908860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr22	42908897	rs13504	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5885;FS=3.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.576;NF=11;NR=6;PP=353;ReadPosRankSum=1.323;SC=CTCCAGCCATTCACTGCGGCT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=17;WE=42908905;WS=42908887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
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chr22	42910676	rs4820471	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.920;NF=11;NR=7;PP=197;ReadPosRankSum=-0.945;SC=GCCGACCCCGCGGGGCCTCTA;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=18;WE=42910684;WS=42910666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr22	42910769	rs4822146	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.195;NF=10;NR=8;PP=218;ReadPosRankSum=-0.773;SC=CAGAGTCTGCGTAGTCACTGA;SOR=0.699;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=18;WE=42910777;WS=42910759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr22	42912097	rs11553441	C	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,70:0.49:144
chr22	42912501	rs5751292	A	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=155;SC=GTATTTTGAGAAGAGACAGGG;SOR=1.244;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=42912509;WS=42912491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	42967235	rs137046	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.529;NF=12;NR=18;PP=384;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TCCCCTTCAGCCACCCGCCAA;SOR=0.901;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=30;WE=42967243;WS=42967225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,56:0.43:129
chr22	42969854	rs137053	T	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.604;NF=20;NR=13;PP=437;ReadPosRankSum=1.607;SC=GGAGCTGGAATGCTGTGGGAG;SOR=0.787;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=33;WE=42969862;WS=42969844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr22	42969877	rs137054	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.017;NF=29;NR=17;PP=617;ReadPosRankSum=1.080;SC=CCCTGACCCCGGGGCCCATGG;SOR=0.472;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=116;TCF=71;TCR=45;TR=46;WE=42969885;WS=42969867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr22	42972063	rs142752113	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQRankSum=1.373;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.328;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr22	42972228	rs137065	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=7.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.974;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr22	42972590	rs137071	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.384;NF=12;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GGTCGGGCACAGAGTCTGCGT;SOR=0.502;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=26;WE=42972598;WS=42972580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr22	42981138	rs137085	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.168;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=291;ReadPosRankSum=0.421;SC=TTCCTCTGGGTGGAGACGACA;SOR=1.320;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=21;WE=42981146;WS=42981128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr22	42981167	rs137086	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.018;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr22	42993781	rs74279208	G	A	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.022;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr22	42993786	rs72451410	CT	C	1114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.036;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.111;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr22	43024410	rs137139	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-1.015;SC=GGCCTTCTCCCGTGGAGCCCC;SOR=0.154;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=43024418;WS=43024400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr22	43035849	.	CT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=1.983;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr22	43088971	rs9623659	C	T	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=41;PP=1497;SC=GTGCCCTGGACGTGGCCTCGA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=43088979;WS=43088961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	43089055	rs6002904	G	C	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=40;PP=1448;SC=GCAGCTCCTCGGGGTTGATGT;SOR=0.806;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=86;WE=43089063;WS=43089045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	43089849	rs11541159	T	C	4556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=51;PP=1679;SC=CAGTAGATCATGATGGAGACG;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=107;WE=43089857;WS=43089839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr22	43195147	rs1128013	A	G	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=737;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TGGGCAGCACACTGGACAGGC;SOR=0.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=46;WE=43195155;WS=43195137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,79:0.46:172
chr22	43203137	rs738535	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=437;ReadPosRankSum=1.097;SC=AGGAACTTGCCGACAGCCTCT;SOR=0.644;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=34;WE=43203145;WS=43203127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr22	43206950	rs1018448	A	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=335;ReadPosRankSum=0.209;SC=CGTCAAAGTAACTGTAGGAGC;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=26;WE=43206958;WS=43206940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,43:0.41:105
chr22	43213631	rs147339109	C	CA	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=107;ReadPosRankSum=-1.064;SC=TAATGAATAACAAAAAAAAAT;SOR=0.501;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=10;WE=43213639;WS=43213621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr22	43218463	rs5758957	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=613;ReadPosRankSum=-1.351;SC=TTGAAAGCTTCTGTGACTACA;SOR=0.501;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=44;WE=43218471;WS=43218453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr22	43223095	rs10654612	C	CAT	568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=426;ReadPosRankSum=2.683;SC=CTCAGTGCTACATCTTATCCA;SOR=0.209;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=43223103;WS=43223085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr22	43230140	rs2273142	C	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TATGTTTCAGCACTTCTTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=43230148;WS=43230130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr22	43253986	rs3046483	C	CTT	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.75;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
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chr22	43267336	rs3842298	T	TC	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=6;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=945;ReadPosRankSum=-2.340;SC=GCCGCCTCCGTCCCCCCGCTG;SOR=0.523;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=20;WE=43267344;WS=43267316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr22	43272085	rs5751396	G	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=197;ReadPosRankSum=0.773;SC=AAAAAAGACCGCCCACAGCCT;SOR=1.387;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=12;WE=43272093;WS=43272076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr22	43272792	rs5751397	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.161;NF=18;NR=4;PP=387;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CTGCAGAGCTCCGTGCATTGC;SOR=0.839;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=22;WE=43272800;WS=43272782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr22	43272830	rs35041824	C	CAG	1387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.178;NF=12;NR=10;PP=923;ReadPosRankSum=0.554;SC=GACCCCTGGACAGAGAGAGAG;SOR=1.221;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=22;WE=43272838;WS=43272820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr22	43275082	rs200898876	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=420;ReadPosRankSum=-0.959;SC=AGAGACTGGTCGCCTGTCTGG;SOR=0.888;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=28;WE=43275090;WS=43275072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr22	43275250	rs2073199	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=292;ReadPosRankSum=1.446;SC=CTCAGTTCCTGCCCAGCGAGC;SOR=0.809;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=20;WE=43275258;WS=43275240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr22	43278162	rs4822217	T	C	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=361;ReadPosRankSum=0.670;SC=TCCAGGCTGATGAGCTCATGG;SOR=0.577;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=29;WE=43278170;WS=43278152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr22	43278220	rs2899365	C	T	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=500;ReadPosRankSum=-0.809;SC=TGGCCATGCCCGGCCCGTGAT;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=39;WE=43278228;WS=43278210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,74:0.50:147
chr22	43280650	rs2273143	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=0.543;SC=TCTCAGGCCTTCCCAGATTCC;SOR=0.709;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=15;WE=43280658;WS=43280640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr22	43284511	.	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TGGCCTTCTTGAGGACAGGGG;SOR=0.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=43284519;WS=43284502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr22	43286876	rs5759012	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=-0.901;SC=AGGAAGTCCTAGGTGCAGGAG;SOR=1.220;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=8;WE=43286884;WS=43286866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr22	43289473	rs5759013	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=265;ReadPosRankSum=0.618;SC=CTTTCTCCACGAGCTGCCTCC;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=19;WE=43289481;WS=43289463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr22	43435668	rs2072883	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.859;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=0.075;SC=AAGTGCCTTCGTTTATTTACA;SOR=3.556;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=43435676;WS=43435663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr22	43455592	rs17415203	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=380;ReadPosRankSum=0.124;SC=GGAACCCAGCGGAACCGTTGC;SOR=1.139;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=24;WE=43455600;WS=43455582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr22	43455665	rs5759126	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=0.231;SC=GCAAACATCCAGACCCCTGCC;SOR=0.773;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=12;WE=43455673;WS=43455655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr22	43471386	rs2294413	G	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.365;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=0.542;SC=ACAGGAGACAGTGGCTCTGAG;SOR=1.593;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=10;WE=43471394;WS=43471376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr22	43520258	rs4988417	A	C	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=111;SC=ATGAGCAGACATTCTATGAGC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=43520266;WS=43520248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	43523921	rs4988434	A	ACT	1059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=953;SC=GTGCCTTGACACTGGGGCTAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=19;WE=43523929;WS=43523911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	43525487	rs182750519	T	A	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.360;HP=9;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GTTTTTTTTTTATTCCAGTTT;SOR=1.501;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=19;WE=43525495;WS=43525467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr22	43538780	.	C	CA	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr22	43555194	rs3937387	C	G	4085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=44;PP=1651;SC=ATGCCCTCACCCAGCCCTGTC;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=97;WE=43555202;WS=43555184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	43572308	rs11315075	TG	T	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=1.595;SC=GCCCAAGCAGTGGGGGGGGGC;SOR=0.628;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=13;WE=43572316;WS=43572298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr22	43572517	rs55642192	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr22	43572540	rs56878018	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=-0.858;SC=GCTCGAGACCAGCCTGGCCAA;SOR=0.313;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=43572548;WS=43572530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr22	43575774	rs138945	A	C	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=1354;ReadPosRankSum=1.920;SC=CCAAGACATGAGTGCCCATCA;SOR=0.330;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=72;WE=43575782;WS=43575764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr22	43579083	rs138951	G	A	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.711;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=906;ReadPosRankSum=0.984;SC=CGCACCTCCCGGGCTGCCTCG;SOR=0.543;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=58;WE=43579091;WS=43579073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,92:0.57:160
chr22	43583051	rs146647114	G	A	507.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-1.244;SC=GCAGGCCGGCGCTCGGGACCC;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=11;WE=43583059;WS=43583041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr22	43599917	rs138983	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=-1.034;SC=CCCAAGGTGGTGTGGAGGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=6;WE=43599925;WS=43599907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr22	43606143	rs5759217	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=404;ReadPosRankSum=-1.529;SC=TTGGGGGAGGCGCGATGTGCC;SOR=0.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=29;WE=43606151;WS=43606133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr22	43607040	rs138988	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CGGGGCAGCGGATGCAGCGGT;SOR=0.416;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=13;WE=43607048;WS=43607030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr22	43608673	rs138989	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr22	43610207	rs138993	A	G	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=37;PP=1655;SC=GGCATACATGACACACACTGG;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=43610215;WS=43610197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr22	43610340	.	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=0.025;SC=CCCAGGCTCTCCTGATAGACA;SOR=1.371;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=8;WE=43610348;WS=43610330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr22	43618632	rs139005	CG	C	1210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=529;SC=ATGGACAGGCCGGGGGGGTTA;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=20;WE=43618640;WS=43618622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	43619062	rs2071726	C	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=-0.886;SC=GAGGAAGACCCCCCTGCCACA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=43619070;WS=43619052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr22	43619404	rs6003115	C	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr22	43623353	rs129414	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=163;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GCAGGGGAGGGGCCAGCAGCA;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=12;WE=43623361;WS=43623343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr22	43623395	rs129415	C	G	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr22	43627728	rs735703	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=1.675;SC=CGCTGGGCCCGAGAGCCACCC;SOR=0.368;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=18;WE=43627736;WS=43627718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr22	43651421	rs139029	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=163;ReadPosRankSum=-0.441;SC=ATGCCAGTGCGCACCCGAGAC;SOR=0.357;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=12;WE=43651429;WS=43651411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr22	43651610	.	GG	AA	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=545;ReadPosRankSum=0.614;SC=GGACAAACACGGAGCCAGTGG;SOR=0.679;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=16;WE=43651619;WS=43651600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr22	43654466	rs733181	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=-0.236;SC=AGTGGGTAGGGTCATGAGGCT;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=9;WE=43654474;WS=43654456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr22	43813897	rs12329986	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=211;SC=GCCAAGGTGCGTCTAGGATCC;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=43813905;WS=43813887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	43814213	rs146581441	G	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr22	43830848	rs6519374	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=7;PP=823;SC=TGGATCTGAGCGGGATTGATG;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=43830856;WS=43830838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	43830996	rs2413761	C	T	9940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=125;NR=89;PP=2965;SC=CTCCAGGCTACACCCGCTTCG;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=125;TCR=90;TR=214;WE=43831004;WS=43830986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr22	43831056	rs4331615	C	T	9837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=109;PP=2965;SC=AGATGCCGTACGGCGACGTGC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=103;TCR=111;TR=211;WE=43831064;WS=43831046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr22	43894010	.	C	T	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=688;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CTCCAGGTAGCGAGCTGGTCC;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=51;WE=43894018;WS=43894000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr22	43926892	.	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.405;SC=TGAACACGAGGGTTGGGGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=9;WE=43926900;WS=43926882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr22	43976396	rs9614382	G	A	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=18;PP=1044;SC=CTTCCTCACAGCCTCCTGTGG;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=43976404;WS=43976386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	43976675	rs4823114	G	A	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=204;SC=TTCGCTGTACGTGCAGACATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=43976683;WS=43976665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	43985884	.	G	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=504;ReadPosRankSum=-1.178;SC=ACATACAGAAGAAACAAAGGC;SOR=0.779;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=38;WE=43985892;WS=43985874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr22	44079557	rs9614259	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=214;ReadPosRankSum=1.580;SC=GTTGTTATTGGTCTTGTTCTG;SOR=1.140;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=13;WE=44079565;WS=44079547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr22	44083327	rs35384776	G	GT	50.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr22	44083411	.	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
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chr22	44322922	rs2076213	T	G	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=634;ReadPosRankSum=-0.554;SC=ACAGGGTCTCTGCAAATGCCT;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=50;WE=44322930;WS=44322912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr22	44323074	rs139047	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=-1.589;SC=TCTGGACGTTGTCAAGTTAGA;SOR=1.027;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=14;WE=44323082;WS=44323064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr22	44324558	rs55768287	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=245;ReadPosRankSum=0.126;SC=GTTAGTTCCCCGTTCTTTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=12;WE=44324566;WS=44324548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr22	44324676	rs139051	A	G	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=0.134;SC=GCTCTCGCCTATAACTTCTCT;SOR=0.523;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=34;WE=44324684;WS=44324666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,63:0.49:129
chr22	44324727	rs738409	C	G	5602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr22	44324730	rs738408	C	T	5602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	44324855	rs3747207	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=416;SC=CACTGGTGTCGGGCACCTCAG;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=44324863;WS=44324845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	44328730	rs4823173	G	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.801;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr22	44332878	rs34879941	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr22	44332888	rs36038527	T	TC	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=326;ReadPosRankSum=1.043;SC=CGACCACCACTCCCACGTTCG;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=7;WE=44332896;WS=44332868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr22	44333172	rs2072906	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=0.467;SC=CCTCGGGGTGAGCACGGGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=11;WE=44333180;WS=44333162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr22	44335744	rs2073081	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.912;NF=6;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=-1.679;SC=CTTGTCGCTTTTGTGAGTGCC;SOR=1.163;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=9;WE=44335752;WS=44335734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr22	44342116	rs2294918	A	G	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=58;PP=2464;SC=CTGCTCCCCCAAGGGCTGTCC;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=136;WE=44342124;WS=44342106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr22	44342691	rs41278873	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr22	44364594	rs5764434	C	T	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr22	44364794	rs2273031	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=13;PP=290;SC=AGCAGAGCACTGCTCCCTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=44364802;WS=44364784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	44368122	rs3761472	A	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=323;ReadPosRankSum=-1.236;SC=TTAGGTGATGACGCACTTCCA;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=21;WE=44368130;WS=44368112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr22	44368204	rs3177036	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
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chr22	44368741	rs932430	C	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.92;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chr22	44372069	rs2073084	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=2.144;SC=TTTCGGTAACGGTTTCTCTTA;SOR=0.647;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=26;WE=44372077;WS=44372059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr22	44372190	rs2073085	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TCCACAGTGGCGGCCCCCACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=44372198;WS=44372180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr22	44372632	rs14315	C	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=386;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TCTTTCAGCACGCCATGGTCA;SOR=0.785;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=32;WE=44372640;WS=44372622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr22	44373947	rs9626078	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=0.352;SC=AAGCCTGGGCGGTAATGCTTA;SOR=0.929;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=26;WE=44373955;WS=44373937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr22	44377221	rs75439392	G	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr22	44377442	rs4823182	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=457;SC=TTAGGAGAGCATAGTATTTCA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=44377450;WS=44377432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr22	44379822	rs10452	T	C	5230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
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chr22	44395389	rs2281292	A	C	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=26.42;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr22	44489868	rs1983609	T	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=278;ReadPosRankSum=-2.173;SC=CCCGCCCTGGTGGATGTTCAC;SOR=0.775;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=26;WE=44489876;WS=44489858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr22	44489896	rs738479	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr22	44489942	rs2076507	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=112;ReadPosRankSum=0.502;SC=GTTGAGCTTCCGTGGCACTAA;SOR=0.877;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=10;WE=44489950;WS=44489932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr22	44495969	.	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=364;ReadPosRankSum=0.452;SC=GACCCCACTTCCAAGGAAGAC;SOR=0.697;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=29;WE=44495977;WS=44495959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,42:0.39:109
chr22	44514809	rs5764541	C	T	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=137;SC=GCTGTGGTCCCGGTGGTGGCT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=44514817;WS=44514799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	44515711	rs742550	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-2.178;SC=CGGAGATGCCGCAGGTTCTGA;SOR=0.941;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=44515719;WS=44515701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr22	44515806	rs761166	G	C	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	44527227	rs2281269	T	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=289;SC=TCACCATATTTGCCAGGCTGG;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=44527235;WS=44527217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	44528974	.	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.502;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr22	44532259	rs17584043	C	T	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=21;PP=898;SC=TCTCCGGCCCCGCAGCTTCGT;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=44532267;WS=44532249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	44535904	rs11270419	G	GCTTTCTGGCTGGCTCTGTCCCTCATCCTCCA	873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=87.37;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	44543574	.	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=-1.006;SC=CGGGACTGATCATCAGGGTCA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=7;WE=44543582;WS=44543564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr22	44559645	rs139079	C	T	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=18;PP=1111;SC=TGCAGAGGCTCGGTCCTGTCC;SOR=1.426;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=57;WE=44559653;WS=44559635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	44559842	rs139081	A	G	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=70;PP=2232;SC=CCCCCGGGAGAGGTGCGCACG;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=117;WE=44559850;WS=44559832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr22	44564297	rs139095	A	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=237;SC=AGCTCTCACAAAACCTGTGTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=44564305;WS=44564288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	44564407	rs139096	C	T	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=18;PP=604;SC=ATGCTGGAGACGTGGCTTCTG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=44564415;WS=44564397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	44582499	rs79478	T	C	8145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=123;PP=2965;SC=GGACACCATCTGTGGTCTTGC;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=215;TCF=92;TCR=123;TR=213;WE=44582507;WS=44582489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr22	44586522	rs2272942	C	T	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,103:0.49:209
chr22	44589857	rs139142	T	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=202;ReadPosRankSum=1.270;SC=TTGTCCCTCTTTCTGTCTGTC;SOR=0.542;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=19;WE=44589865;WS=44589847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr22	44594476	rs139151	T	C	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=36;PP=1838;SC=TTCCATGTGATTGTCTCCAGT;SOR=1.017;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=99;WE=44594484;WS=44594466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr22	44594584	rs139152	C	G	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=729;ReadPosRankSum=2.229;SC=ACCTCACTCCCAACTCTCCTG;SOR=0.696;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=55;WE=44594592;WS=44594574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,96:0.42:228
chr22	44602001	rs139185	G	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-1.199;SC=ATTCAGAGGAGGACTGGCCAG;SOR=0.132;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=44602009;WS=44601991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr22	44602229	rs139186	A	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr22	44681505	.	C	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=-1.609;SC=GGATGCCCCACCGTGCCAGGT;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=25;WE=44681513;WS=44681495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr22	44681612	rs135388	A	G	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=27;PP=731;SC=ACTCCCAACAAGGCGGTGTAA;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=44681620;WS=44681602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	44761382	rs61682948	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=4;PP=196;SC=CCCGCGCCCCGCAGCACTTTG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=44761390;WS=44761372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr22	44965320	rs138593	G	A	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=29;PP=1003;SC=TGTGACATGGGAGTAAGTTTG;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=44965328;WS=44965310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	44966568	rs151112528	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GGTTGCTGGCGGGCAGAGAGG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=44966576;WS=44966558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr22	44967767	rs138596	C	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=483;SC=AGAGAAATAACGAGGCCCGAA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=44967775;WS=44967757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	45075738	rs763213	T	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=19;PP=477;SC=CCGGAAAAGATGCCGGCGCAG;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=45075746;WS=45075728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	45075854	rs9626514	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=0.400;SC=GGAAAGGTGAGTAGGACGGCG;SOR=0.184;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=45075862;WS=45075844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr22	45075871	rs9626515	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.09;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr22	45075876	rs9626232	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.25;ReadPosRankSum=1.309;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr22	45126775	rs3761485	T	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=494;ReadPosRankSum=-1.029;SC=CACCCCTGGCTACTGCCCTTA;SOR=0.758;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=35;WE=45126783;WS=45126765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr22	45127435	rs2269572	G	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TAAGCAGTGGGCCCAGGGCCA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=45127443;WS=45127425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr22	45128232	rs8141631	T	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=254;ReadPosRankSum=1.981;SC=CCCATGCCCGTGTGCCCCCTG;SOR=0.883;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=26;WE=45128240;WS=45128222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr22	45128288	rs5764979	G	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=-0.115;SC=ACAGTGGGCAGAGGGTCGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=13;WE=45128296;WS=45128278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr22	45218223	rs136662	C	T	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=16;PP=1010;SC=CCTAATCGTTCTTTATTCTCT;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=47;WE=45218231;WS=45218213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	45221423	rs3209476	A	T	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.041;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=795;ReadPosRankSum=0.059;SC=CCAAGACACCACCGCCGCGGC;SOR=0.897;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=53;WE=45221431;WS=45221413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,80:0.53:152
chr22	45221652	.	T	TG	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=48;QD=23.0;SC=AGTGCCTGGTTGGGGGGGCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=45221660;WS=45221642;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr22	45258333	rs9614957	C	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=439;ReadPosRankSum=0.569;SC=CCGGAGGCACCTGGGGAGCAC;SOR=0.484;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=35;WE=45258341;WS=45258323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
chr22	45258373	rs41278891	G	C	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=407;ReadPosRankSum=1.489;SC=AGGGGAGCAGGGCAGCCCCTT;SOR=0.933;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=37;WE=45258381;WS=45258363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,64:0.42:152
chr22	45279320	rs3747224	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-1.986;SC=CACAAAAACCAGGCAGTGGTG;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=45279328;WS=45279310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr22	45281863	.	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr22	45291833	rs3752467	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.227;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CAGACCACCCATCATCACACC;SOR=3.036;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=9;WE=45291841;WS=45291823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr22	45291958	rs368786424	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=328;ReadPosRankSum=1.260;SC=CCATGAAGGCGATTTTCTGAG;SOR=0.643;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=24;WE=45291966;WS=45291948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr22	45309653	rs3213527	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=206;SC=CCTCAGATGGCACCTGCAGAC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=45309661;WS=45309643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	45309915	.	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr22	45316507	rs4823420	T	A	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=0.080;SC=TTATGATTTTTAAAAAATCAC;SOR=0.922;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=10;WE=45316515;WS=45316497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr22	45566702	rs132873	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr22	45566843	rs132874	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=0.800;SC=TTTTTGCATGAGAAATATTTT;SOR=0.871;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=9;WE=45566851;WS=45566833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr22	45566912	rs132875	C	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=186;ReadPosRankSum=-1.716;SC=TATTCAGCAGCTTTCTGACGT;SOR=0.888;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=17;WE=45566920;WS=45566902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr22	45567035	rs132876	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=1.032;SC=GCAAGTTGGGCAGGACTCATC;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=12;WE=45567043;WS=45567025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
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chr22	45567580	rs132881	C	A	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,87:0.53:164
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chr22	45595721	rs5765217	A	G	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=356;ReadPosRankSum=-1.161;SC=ACTGAAGGGCACGGGGACCCT;SOR=0.685;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=25;WE=45595729;WS=45595711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr22	45601611	rs5766534	G	A	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,100:0.53:190
chr22	45603631	rs5766539	C	G	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr22	45608977	rs13055864	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=535;ReadPosRankSum=-2.430;SC=GGGAACGTGAGGGCCAGTGGT;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=32;WE=45608985;WS=45608967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr22	45682975	rs2673087	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=0.725;SC=AAGGATGATCAGGCATTTGAT;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=45682983;WS=45682965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr22	45683246	rs2673088	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=358;ReadPosRankSum=1.660;SC=CCTACCTGGTCAGGGTGGGTG;SOR=0.875;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=30;WE=45683254;WS=45683236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,43:0.40:108
chr22	45683304	rs1057353	G	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=-2.267;SC=CCTCTGTAACGCACCCCTGTC;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=25;WE=45683312;WS=45683294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,42:0.36:116
chr22	45685002	rs1135360	A	G	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=57;PP=1699;SC=CCCTGTGGTCAGACCCCATCC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=45685010;WS=45684992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr22	45688964	.	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=261;ReadPosRankSum=0.357;SC=ATCCCTGGATCCCCGGCAGCC;SOR=1.536;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=16;WE=45688972;WS=45688954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr22	45691594	rs1057356	A	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=17;PP=453;SC=GCAAGCTCCAAGACTGAGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=45691602;WS=45691584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	45718041	rs1473953	A	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=504;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CGAGAGTCCAACCAGCCTGAT;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=34;WE=45718049;WS=45718031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr22	45718922	rs34063912	C	CTG	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr22	45723696	rs6007591	G	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=2.451;SC=CTGATGTTTTGGTAACTGTCG;SOR=0.970;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=13;WE=45723704;WS=45723686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr22	45723807	rs11556482	G	C	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=678;ReadPosRankSum=1.923;SC=CCGGAGTCCTGTGGTGCTGCA;SOR=0.627;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=44;WE=45723815;WS=45723797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,70:0.50:139
chr22	45723842	rs17851057	G	A	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=3;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.852;NF=19;NR=26;PP=1485;ReadPosRankSum=0.010;SC=TGATGGACAGGGGCGCCATGG;SOR=0.612;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=45;WE=45723862;WS=45723832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,85:0.54:157
chr22	45723854	rs9615108	C	G	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.037;NF=19;NR=21;PP=1214;ReadPosRankSum=1.549;SC=GCGCCATGGTCCTGACCACCA;SOR=0.722;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=40;WE=45723862;WS=45723832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,65:0.45:146
chr22	45723960	rs9614638	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQRankSum=2.769;QD=26.78;ReadPosRankSum=-2.172;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr22	45723968	rs28412847	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=2.662;QD=27.13;ReadPosRankSum=-2.071;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr22	45726345	rs7285172	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=371;SC=TTTTGAAGGTATAAGTGTAAA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=45726353;WS=45726335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	45728370	rs6007594	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr22	45728632	rs111420586	C	CTT	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr22	45731182	rs738176	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=364;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CCGAGGAGGACGAGCTCTTGG;SOR=0.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=30;WE=45731190;WS=45731172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr22	45732328	rs11704481	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=0.118;SC=GAGCTGCCTCGGGTCTCTCTT;SOR=0.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=13;WE=45732336;WS=45732318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
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chr22	45736434	rs1056322	C	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=1.642;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
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chr22	45748339	rs5765275	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.061;NF=9;NR=6;PP=205;ReadPosRankSum=1.780;SC=ACCTGTGCACAGCAAACAGGA;SOR=0.957;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=15;WE=45748347;WS=45748329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr22	45749801	rs9614652	C	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
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chr22	45754558	rs5765281	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=6.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=2.449;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
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chr22	45757987	rs5764704	C	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=354;SC=TATGTGCTACCTGACCTTCCA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=45757995;WS=45757977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	45758758	rs719925	T	C	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,61:0.43:143
chr22	45767391	rs9614653	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=0.482;SC=TCTTCGTTGTCGTTCCTTGAT;SOR=0.722;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=7;WE=45767399;WS=45767381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr22	45767455	rs136569	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=2.289;SC=TCACTTTGTAACTGAGATTGT;SOR=0.976;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=6;WE=45767463;WS=45767445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr22	45779335	rs136585	A	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=518;ReadPosRankSum=-0.106;SC=AACTTTTATGACATGGATTTA;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=35;WE=45779343;WS=45779325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr22	45779553	rs11090629	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=305;ReadPosRankSum=0.234;SC=AATAAAGACACAATGTGTCAA;SOR=0.364;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=20;WE=45779561;WS=45779543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr22	45782619	.	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=-1.541;SC=TTAGGTTCTATGTTGGTTCTC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=45782627;WS=45782613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr22	45782646	rs136591	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=0.587;SC=AAAAAGAACACATAAAACGCA;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=11;WE=45782654;WS=45782636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr22	45782903	rs6007010	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=2.378;SC=TAAGCTCCCTTAGTCTTTCAT;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=30;WE=45782911;WS=45782893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr22	45785840	rs8138001	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.54;MQRankSum=1.054;NF=1;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-0.864;SC=ATAATTCATTATTTTCTAATG;SOR=0.086;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=8;WE=45785848;WS=45785830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr22	45789642	rs136603	A	C	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=29;PP=843;SC=TCTTCATTAAATTCAGACATT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=45789650;WS=45789632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	45794925	rs79154	C	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=222;ReadPosRankSum=-0.745;SC=TAATTCAAAGCAGCTGAAATA;SOR=0.593;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=16;WE=45794933;WS=45794915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr22	45809624	rs2272804	C	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=360;ReadPosRankSum=0.151;SC=TGCGGCGTCACTGGGAGCCCG;SOR=0.278;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=25;WE=45809632;WS=45809614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr22	45809698	rs2272805	G	A	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=575;ReadPosRankSum=-1.567;SC=CCTTGCCTGCGCTACAGCTTC;SOR=0.540;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=44;WE=45809706;WS=45809688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,88:0.51:173
chr22	45810278	rs59404993	A	AC	3458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=39;PP=2177;SC=TAGACATGAAACTTTGGTGAG;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=45810286;WS=45810268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	45813433	rs11320557	AT	A	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.438;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=345;ReadPosRankSum=-0.154;SC=ATTCAAATTTATTTTTTCCTC;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=14;WE=45813441;WS=45813423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr22	45813687	rs12172195	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=6.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=1.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
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chr22	45821909	rs2142661	C	T	4738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=946;ReadPosRankSum=1.172;SC=CAACCTCCTGCGTGGGGACCT;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=72;WE=45821917;WS=45821899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,123:0.54:227
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chr22	45913394	rs5765441	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=1.048;SC=CATTTGGGCCGTGGCCTGGCT;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=45913402;WS=45913384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr22	45918877	rs2018279	A	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	45923827	rs136730	A	G	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=25;PP=758;SC=CAGGTCTTCCAGGCATGCTGT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=45923835;WS=45923817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	45924001	rs136731	T	TG	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=239;SC=CATGTGATCGTGGGGCTGGCA;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=45924009;WS=45923991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	45929577	rs105199	T	C	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=26;PP=1596;SC=CACATTCCTTTCTAGGATGTA;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=45929585;WS=45929567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	45931262	rs2071938	C	T	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=32;PP=907;SC=CCAGGAGGGGCCAGCGACCTA;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=45931270;WS=45931252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	45937061	rs136756	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=376;ReadPosRankSum=1.254;SC=TGGGTTCTGGGACACCCTCCA;SOR=0.673;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=22;WE=45937069;WS=45937051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr22	45937149	rs9682	C	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=669;ReadPosRankSum=0.188;SC=CGTGCCCTATCGGGCATACAT;SOR=0.579;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=51;WE=45937157;WS=45937139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,80:0.56:144
chr22	45937378	rs136758	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr22	45937384	rs470068	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr22	45961213	rs1118	C	T	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=119;SC=CTTTGAGCTGCACCTGCCCCA;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=45961221;WS=45961203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	45961904	rs1985671	G	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=47;SC=ATCGGAGTATGGCACACCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=45961912;WS=45961894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	45970572	rs117322538	G	T	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr22	46068144	rs2071872	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.929;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=0.483;SC=CCCAGGCGCCGCCCCCGCCTC;SOR=3.056;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=46068152;WS=46068134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr22	46114398	rs138156	G	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=648;ReadPosRankSum=-2.439;SC=AGCGTGGTCTGGAGTATTTAG;SOR=0.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=53;WE=46114406;WS=46114388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,94:0.55:170
chr22	46156234	rs9614515	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=1.010;SC=TATTCAACATCGTTCCCTTTA;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=11;WE=46156242;WS=46156224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr22	46323325	rs111421469	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-1.732;SC=CTAGGGGAACGGCATAGCAAC;SOR=0.269;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=8;WE=46323333;WS=46323315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr22	46327272	rs28652942	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=1.133;SC=ACAGGTGCAGAAGGTGAGACC;SOR=0.917;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=8;WE=46327280;WS=46327262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
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chr22	46346121	rs10448592	G	A	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=23;PP=597;SC=CTCAGTCACAGGCCCTGCACT;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=46346129;WS=46346111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr22	46724558	rs140053	T	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	46731791	rs2272937	G	A	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=1484;ReadPosRankSum=1.398;SC=TGTGTCCCCGGAAACCTGTCC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=106;TCR=108;TR=106;WE=46731799;WS=46731781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,167:0.45:372
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chr22	46760703	rs9627423	G	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=-1.931;SC=AGAGCCATGGGTCTGGTGGCT;SOR=1.473;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=19;WE=46760711;WS=46760693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr22	46761497	rs12165943	C	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=219;ReadPosRankSum=0.328;SC=GGGATCCTTGCAGCTCCTGGG;SOR=0.444;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=17;WE=46761505;WS=46761487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr22	46761730	rs5845745	GA	G	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.113;NF=0;NR=8;PP=408;ReadPosRankSum=-0.952;SC=GTATGTGGGGGAAAGGTGGTG;SOR=0.723;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=46761738;WS=46761720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr22	46762152	rs9615353	A	G	240.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.03;MQRankSum=0.770;QD=20.04;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr22	46762214	rs73889254	T	G	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=116;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=20;PP=1189;SC=GGACACAGGTTGGGGTGGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=46762222;WS=46762204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr22	46763094	rs11912939	C	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CACAGATGCGCATACAGCCTT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=6;WE=46763102;WS=46763084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
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chr22	46763502	rs11913988	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=317;ReadPosRankSum=0.295;SC=AGCCACAGGAGGCCCCCACGC;SOR=0.317;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=46763510;WS=46763480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr22	46763671	rs7285515	A	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=367;ReadPosRankSum=0.283;SC=AGCTCAGTGCATCGCGGTTCA;SOR=0.590;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=30;WE=46763679;WS=46763661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr22	46765181	rs11273699	G	GTCAGGTCGCCGAC	5083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=23;PP=2967;SC=GCCGATCAATGTCTTCTCTCT;SOR=1.230;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=27;WE=46765189;WS=46765171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	46780385	rs80243022	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=637;ReadPosRankSum=-1.666;SC=GGGGCCCTCCCCTCCCTGAAC;SOR=0.761;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=45;WE=46780393;WS=46780375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr22	46780477	rs146846163	G	A	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=808;ReadPosRankSum=-2.044;SC=CGGCTGGGAAGGAGACGGAGG;SOR=0.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=61;WE=46780485;WS=46780467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,117:0.52:224
chr22	46780521	rs6007897	T	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,74:0.53:140
chr22	46782249	rs6008788	A	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=248;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GCTCTGGGGCACACCCCTGAT;SOR=0.354;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=22;WE=46782257;WS=46782239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr22	46785301	rs11090875	C	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=527;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TGCCAAAGAGCGTGCCCGTGT;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=36;WE=46785309;WS=46785291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr22	46786315	rs4044210	T	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=-1.269;SC=ACGAAGGAGATGGTGGTACAG;SOR=0.820;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=19;WE=46786323;WS=46786305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,39:0.39:101
chr22	46787694	rs6008794	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr22	46787697	rs6008795	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.87;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr22	46787832	rs9615978	A	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr22	46807439	rs28362161	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=315;ReadPosRankSum=0.564;SC=CTGGGAAGGCCGCAGGGTGAG;SOR=0.392;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=20;WE=46807447;WS=46807429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr22	46807698	rs7284664	A	G	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=791;ReadPosRankSum=0.190;SC=CGTTTTCTCCACCAGTGCCCT;SOR=0.605;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=62;WE=46807706;WS=46807688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,88:0.59:150
chr22	46858687	rs5768788	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=497;ReadPosRankSum=2.235;SC=TTTCTGTACCGCTCTCGGGGT;SOR=1.596;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=32;WE=46858695;WS=46858677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr22	46859003	rs3788696	G	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=402;ReadPosRankSum=0.278;SC=TTTCTTTTAAGTGGATCTCAC;SOR=1.044;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=20;WE=46859011;WS=46858993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr22	46929359	rs5767248	C	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=280;SC=GGGCCTAGGCCGGGCGCCCAC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=46929367;WS=46929353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	46929692	rs4823561	A	G	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=48;PP=1876;SC=GCCGGGATGCAGCCGATCACG;SOR=0.704;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=98;WE=46929700;WS=46929682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr22	46931015	.	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.642;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=0.775;SC=GTGAACACCGGGTCGTTGTCA;SOR=1.230;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=20;WE=46931023;WS=46931005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr22	46931077	rs4823850	G	C	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=27;PP=1070;SC=CATGGGGGGCGAGCCGTGGTC;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=46931085;WS=46931067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	46931793	rs1009154	G	C	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=76;PP=2958;SC=CCTCCACCAGGAGCTGGTACT;SOR=1.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=137;WE=46931801;WS=46931783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr22	46931838	rs1009155	G	A	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=69;PP=2680;SC=CCGCCCGTGTGCTCACCACGC;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=140;WE=46931846;WS=46931828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr22	47057191	rs2076707	C	T	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.91;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,70:0.54:129
chr22	47057197	rs2076708	C	T	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.38;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,69:0.53:131
chr22	47058992	rs2542040	T	C	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=22;PP=660;SC=ACGAGCGGTTTGGGGAGTACG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=47059000;WS=47058982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	47059597	rs2542035	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr22	47064164	rs2748338	C	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr22	47064665	rs9616088	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=41;PP=2218;SC=CTGCGGCGCCCGCCCGGCCTG;SOR=2.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=49;WE=47064673;WS=47064655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr22	47071531	rs2073276	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=180;ReadPosRankSum=-1.147;SC=CCCTATAGACTTCTGCCAGCC;SOR=0.906;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=15;WE=47071539;WS=47071521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr22	47072477	rs2236028	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=296;ReadPosRankSum=0.384;SC=CTGTGGTGACGGCCACGCTTT;SOR=0.777;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=25;WE=47072485;WS=47072467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr22	47095235	rs13057352	C	A	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,102:0.42:245
chr22	47095409	rs6007953	C	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=534;SC=CCTCCAGCCCCGCCCCATCCA;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=47095417;WS=47095399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	47134147	rs3747262	G	T,GGCGGGCT	249.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=27.75;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,3:0.67,0.33:9
chr22	47185265	rs801606	G	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=409;ReadPosRankSum=0.748;SC=CTCGTGATCCGCCCGCCTCGG;SOR=0.759;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=29;WE=47185273;WS=47185255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr22	47189361	.	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=78;ReadPosRankSum=-1.226;SC=GTGAAGCCTTCGAGCATGTAC;SOR=0.748;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=7;WE=47189369;WS=47189351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr22	47274638	rs131869	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=0.220;SC=CACCGCACCGCCCATCAGCGC;SOR=1.688;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=7;WE=47274646;WS=47274628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr22	47311404	rs738935	A	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=279;ReadPosRankSum=2.477;SC=TGCAGCTGCCAGTGGCACTAG;SOR=0.732;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=22;WE=47311412;WS=47311394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr22	47370060	rs4436	A	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=337;ReadPosRankSum=0.308;SC=TCATTTAGCTAGACTGATGAG;SOR=1.417;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=18;WE=47370068;WS=47370050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr22	47370343	rs4437	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=291;ReadPosRankSum=0.783;SC=CAGCCCCTGCGGTGAAGAGAG;SOR=0.824;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=17;WE=47370351;WS=47370333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr22	47393400	rs3747263	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=87;ReadPosRankSum=0.437;SC=TGTGTTTCTCGAGATAAAATC;SOR=0.250;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=47393408;WS=47393390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr22	47857473	.	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=379;ReadPosRankSum=0.436;SC=GTCAAAGTCTAAACAGTGCAA;SOR=0.349;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=23;WE=47857481;WS=47857463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr22	47857656	rs202008662	TTA	T	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.43;MQRankSum=3.072;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.358;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr22	47859199	rs2294230	C	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=-1.372;SC=CTCAGTGCCGCGGAGAAAAGA;SOR=1.136;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=17;WE=47859207;WS=47859189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr22	47859356	.	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr22	48021348	.	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GAGACCTGCAGAGATGGGATT;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=15;WE=48021356;WS=48021338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr22	48023241	rs8137874	G	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=2.641;SC=TGCAGAAGTGGGTCTGGCCCA;SOR=0.309;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=22;WE=48023249;WS=48023231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr22	48023297	rs12053799	A	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=365;ReadPosRankSum=0.529;SC=TGCTGGAGGAATGAGTGTCAG;SOR=1.095;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=29;WE=48023305;WS=48023287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr22	48024982	rs5845801	C	CA	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=234;ReadPosRankSum=1.090;SC=GCTTCATGCACAGCTGCCTGT;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=7;WE=48024990;WS=48024972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr22	48670097	.	G	A	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=688;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TTTCAGTAGTGAAAAAAAGAT;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=52;WE=48670105;WS=48670079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,66:0.41:160
chr22	48896933	rs8137750	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CTGCCTTTCTCGGGCTGTGAG;SOR=0.250;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=48896941;WS=48896923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr22	48940553	rs4823540	T	C	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=43;PP=879;ReadPosRankSum=-1.295;SC=CACTCCGGGCTGCGGGGAGGC;SOR=0.571;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=158;TCF=64;TCR=94;TR=75;WE=48940561;WS=48940543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,100:0.47:215
chr22	48940644	rs9615919	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=362;ReadPosRankSum=0.324;SC=TGGGGTCCCACGCTGCCTCTG;SOR=0.237;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=26;WE=48940652;WS=48940634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,57:0.59:97
chr22	48942294	rs5845854	CG	C	833.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.464;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.28;MQRankSum=1.644;NF=16;NR=6;PP=658;ReadPosRankSum=1.397;SC=CTTTCTCAAACGGGGTGTGTG;SOR=1.264;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=22;WE=48942302;WS=48942284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
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chr22	48942566	rs739155	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-2.303;SC=TGCAGTTCTGGAAAGGCTCAC;SOR=1.296;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=48942574;WS=48942556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr22	49042294	rs9617472	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=-0.325;SC=GAAGCGGTCTCCCTGCCCTGT;SOR=0.519;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=49042302;WS=49042284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr22	49042316	rs9617407	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=1.205;SC=GCCTGGCTGCTGGGGGCCCCT;SOR=1.218;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=12;WE=49042324;WS=49042306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr22	49103380	rs130147	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=-0.169;SC=CCCTGGGCCCAGTGTCCCTGT;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=10;WE=49103388;WS=49103370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr22	49103660	rs132234	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=183;ReadPosRankSum=0.709;SC=CACCACGGTATGTGGCCCTCG;SOR=1.389;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=16;WE=49103668;WS=49103650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr22	49176220	rs6010527	C	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=403;ReadPosRankSum=0.837;SC=CTCTGGGTCACTGAGATGAGA;SOR=0.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=29;WE=49176228;WS=49176210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,51:0.45:114
chr22	49246458	rs28384366	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=9;PP=552;SC=CCTTGGGGTTTCTACATCCAT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=49246466;WS=49246448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	49246723	rs28394186	A	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=307;SC=GCCCAGCCAGAGCCCCCCACA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=49246731;WS=49246713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	49246747	rs28556787	T	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=351;SC=TCGCAGCGGATAGCTAAAGAG;SOR=2.419;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=49246755;WS=49246737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	49246786	rs28635747	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=206;SC=GCCTGGAGTCCGCCAAGAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=49246794;WS=49246776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	49575789	rs12627839	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=0.643;SC=CCCTGAGTCATGGAGATGCAA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=6;WE=49575797;WS=49575788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr22	49575942	rs73171115	G	A	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=544;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GGAGGCCGCCGTCCCCCCGTA;SOR=0.862;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=39;WE=49575950;WS=49575932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,84:0.48:174
chr22	49667985	rs7289562	G	A	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=14;PP=503;SC=GAAAGTCCCCGGGCAAACAGG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=49667993;WS=49667975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	49668188	rs2688112	T	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=265;SC=CCAGGCTAGATGCAATTTAGC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=49668196;WS=49668178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	49937236	rs28546641	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr22	50168099	rs368408925	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=714;ReadPosRankSum=1.516;SC=AAAATCATTGCTTGCACATGG;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=48;WE=50168107;WS=50168089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,59:0.43:136
chr22	50169157	rs138823	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=322;ReadPosRankSum=2.471;SC=GACGCTGCTCACCACAGGGAC;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=26;WE=50169165;WS=50169147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr22	50169852	rs138824	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=473;ReadPosRankSum=-1.158;SC=AGCAGGACACGGGGCACGCCC;SOR=1.387;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=30;WE=50169860;WS=50169842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr22	50180952	rs374415254	C	G	415.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.30;MQRankSum=0.000;QD=37.80;ReadPosRankSum=3.479;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr22	50277835	rs910796	T	C	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=738;ReadPosRankSum=-0.667;SC=AAAATGGCAGTGTGTCTGCCG;SOR=0.705;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=58;WE=50277843;WS=50277825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,95:0.48:197
chr22	50277883	rs910797	A	G	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=818;ReadPosRankSum=-0.744;SC=TGCTTCCACCACAGCCTGCGG;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=60;WE=50277891;WS=50277873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,119:0.49:243
chr22	50278438	rs910798	A	G	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=892;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CCTCGTCTCCAGTAAAGCCGG;SOR=0.752;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=143;TCF=59;TCR=84;TR=65;WE=50278446;WS=50278428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,100:0.48:208
chr22	50278568	rs910799	A	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=721;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TTCCGATGACATAGGGGAGGC;SOR=0.690;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=52;WE=50278576;WS=50278558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,78:0.54:144
chr22	50278642	rs910800	C	T	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,69:0.54:128
chr22	50280136	rs5770755	T	C	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=71;PP=1516;ReadPosRankSum=-2.349;SC=CCTTCGAGGCTGCGAGCCGGG;SOR=0.771;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=214;TCF=89;TCR=125;TR=118;WE=50280144;WS=50280126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,155:0.53:290
chr22	50280365	.	G	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=461;ReadPosRankSum=0.696;SC=CCTGTTTACGGAGGAGGAGGC;SOR=0.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=27;WE=50280373;WS=50280355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr22	50297034	rs16445	CCT	C	707.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.001;NF=5;NR=5;PP=374;ReadPosRankSum=0.220;SC=CATGGTCTCCCCTGAGAGGGG;SOR=0.635;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=10;WE=50297043;WS=50297024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr22	50297435	rs1321	T	C	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=656;ReadPosRankSum=0.255;SC=AAACTGGTAGTGATAACAGCT;SOR=0.854;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=50;WE=50297443;WS=50297425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,81:0.41:197
chr22	50297888	rs3922872	T	C	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GCCACGTCAATGTGCAGAAGG;SOR=0.739;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=79;WE=50297896;WS=50297878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,119:0.48:250
chr22	50301476	rs8135963	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr22	50302850	rs4075331	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=0.913;SC=ATGTGGCTGCAGGTCCCACCC;SOR=0.569;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=50302858;WS=50302840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr22	50303515	rs9616367	A	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=465;ReadPosRankSum=-0.198;SC=AAATCCAGTTAGAAGCATCCC;SOR=1.108;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=34;WE=50303523;WS=50303505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr22	50303530	rs9616204	T	C	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
chr22	50303533	rs9616368	C	G	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,52:0.46:114
chr22	50304291	.	T	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=545;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GAGCCTGCAGTGGAGGAGTAT;SOR=0.491;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=39;WE=50304299;WS=50304281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr22	50306940	rs56377703	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=2.728;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr22	50306969	rs56248708	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=197;ReadPosRankSum=-0.771;SC=CCGCGGCCTCGCTGAGGTCAC;SOR=0.864;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=17;WE=50306977;WS=50306959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr22	50307184	rs11705497	G	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=4.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.966;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr22	50312382	rs9616381	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr22	50312630	rs58375955	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr22	50312674	.	T	TCGGGGTCGCCCCCACCGTGGGCC	1056	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=63.25;NF=3;NR=0;PP=1056;QD=385.333333333;SC=CACCCTGGATTCGGGATCCCC;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=3;WE=50312687;WS=50312664;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr22	50312678	.	G	GGTCGCCCCC	324.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.25;MQRankSum=1.807;QD=27.06;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr22	50312679	.	A	G	208	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=63.51;NF=3;NR=0;PP=208;QD=80.9237375157;SC=TGGATTCGGGATCCCCCTCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=3;WE=50312687;WS=50312664;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr22	50312679	.	A	ACCGTGGGCCCGGGG	324.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.82;MQRankSum=1.531;QD=23.20;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr22	50312801	rs145212257	ACCCTCGACCTGGGCTCG	A	787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.657;SC=GAGTCCCCTCACCCTCGACCT;SOR=0.327;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=11;WE=50312825;WS=50312791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr22	50312869	rs28562884	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=279;ReadPosRankSum=0.261;SC=GGGCACTGTCTCCTCGCAGGG;SOR=0.373;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=25;WE=50312877;WS=50312859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr22	50312979	rs9616382	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CCTGGAGCACCCCTGTGGGTC;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=23;WE=50312987;WS=50312969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,47:0.39:121
chr22	50313014	rs9616383	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TCCTGGGAAGTCGTGTCCTGC;SOR=0.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=14;WE=50313022;WS=50313004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr22	50313082	rs9616384	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=0.571;SC=ACCAGTCACCCGTCCGAGTCA;SOR=0.956;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=7;WE=50313090;WS=50313072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr22	50313124	rs9616385	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=0.615;SC=TAATGGCTGGCCCCTCTCTGG;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=50313132;WS=50313114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr22	50313358	rs8137331	G	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.045;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr22	50313358	.	GG	CA	101	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=101;QD=30.8935749724;SC=ACGGTGGGCCGGTGTGGGCCT;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=5;WE=50313367;WS=50313348;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,5:0.23:22
chr22	50313359	rs9616208	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr22	50313438	rs9616388	T	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=-2.411;SC=TCGAATGCAATCAGATGCTAG;SOR=0.652;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=9;WE=50313446;WS=50313428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr22	50315932	.	CG	C	2704.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.99;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,85:0.69:123
chr22	50315936	.	CCTCAGCAGTCAGGACCGGCCTCTCCGATTCTTACCCG	C	2664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.76;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,86:0.57:150
chr22	50315973	.	G	C	498	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=60;MMLQ=21;MQ=59.87;NF=24;NR=20;PP=498;QD=12.1084366488;SC=ATTCTTACCCGCCTTGCTGTC;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=44;WE=50315981;WS=50315963;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:44,44:0.50:88
chr22	50316369	rs9616209	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=5;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=379;ReadPosRankSum=-1.129;SC=AGGAGCGGCCCGGGGGTGGAG;SOR=1.222;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=19;WE=50316377;WS=50316359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr22	50316835	rs7410304	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=-1.429;SC=CCCCGCTCCCTGGCCGGGCTG;SOR=0.307;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=50316843;WS=50316825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr22	50316984	rs145727743	T	TCTGCACTCCGGGGC	2287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=2954;ReadPosRankSum=0.884;SC=GGCGGGCGGGTCTGCACTCCG;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=19;WE=50316992;WS=50316974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,60:0.36:165
chr22	50317049	rs7410318	T	C	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=524;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GGCTTCTTAGTGTCACTTCCA;SOR=0.682;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=50;WE=50317057;WS=50317039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,85:0.42:201
chr22	50317145	rs73181164	A	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=337;ReadPosRankSum=-0.401;SC=TTCAAGTCAGATGAAAAGAAA;SOR=0.386;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=30;WE=50317153;WS=50317135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr22	50317187	rs7410601	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CCCTGGAGAGCGCACCCTGCT;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=16;WE=50317195;WS=50317177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr22	50318061	rs113168785	G	C	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=307;ReadPosRankSum=0.769;SC=AAACTGTAAAGAGTGTATCTC;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=24;WE=50318069;WS=50318051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr22	50318927	rs9616216	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr22	50318946	rs9616217	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CTTTCTGTAACGTGACGTTTG;SOR=0.357;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=10;WE=50318954;WS=50318936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr22	50319079	rs11545762	T	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr22	50319170	rs11545763	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=492;ReadPosRankSum=-0.602;SC=GGCTTCGAAGAAACGGAAGAT;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=34;WE=50319178;WS=50319160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr22	50319351	rs9627800	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.318;SC=GTGCATGACATCTCTGTGTGG;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=6;WE=50319359;WS=50319341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr22	50356555	rs4078443	T	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=811;ReadPosRankSum=2.089;SC=CTCGCCCTGCTTGGGCCCTCC;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=51;WE=50356563;WS=50356545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr22	50356693	rs4077129	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GACGGGGGCGTCCCGGAGAGC;SOR=0.612;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=25;WE=50356701;WS=50356683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr22	50356850	rs1801645	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr22	50435480	rs5771069	A	G	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=17;PP=844;SC=GGAAGGCAAAAGCAGGGGCGG;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=50435488;WS=50435470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	50436846	rs79102851	G	GTCC	3398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=48;PP=2603;SC=GTCCAGCGCAGTCCTATGGGT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=49;WE=50436854;WS=50436836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	50437661	rs13056254	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=500;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CTCATGGTGGAGTCAGACTGG;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=35;WE=50437669;WS=50437651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr22	50437976	rs7290572	G	T	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	50439430	rs137845	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=11;PP=315;SC=AGGCCGCCCAAGGTTTGATGG;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=50439438;WS=50439420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	50439755	rs137846	G	GCA	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=269;SC=CCCTGGGGCTGCAGTCTTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=50439763;WS=50439745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	50468907	rs738333	C	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=5;PP=202;SC=GTCTTCAGGCCCCGCAGCACA;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=50468915;WS=50468897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	50485793	rs137906	T	C	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=459;SC=TGGGATGGAGTGAGGCAACCA;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=50485801;WS=50485783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	50487567	rs137911	T	C	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=3;PP=271;SC=GGCTTTGCCCTCGCCGGGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=50487575;WS=50487557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	50488651	.	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=0.428;SC=CGGGTAGTGTCCGTAGATAGA;SOR=0.660;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=20;WE=50488659;WS=50488641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr22	50492952	rs12166717	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr22	50492970	rs12166094	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=-2.128;SC=GCACAGTGAGCGTCCCTAAGG;SOR=1.863;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=50492978;WS=50492960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr22	50493062	rs17013085	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr22	50499964	rs137919	T	C	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=7;PP=563;SC=TGCGTTTCCATGCTTGGGGCC;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=50499972;WS=50499954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	50500263	rs75152548	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.856;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
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chr22	50502491	rs11568188	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.543;NF=7;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=-1.847;SC=CTGCGGGCCGTTCTGGGTGTC;SOR=0.919;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=10;WE=50502499;WS=50502481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
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chr22	50502636	rs11568185	G	A	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=568;ReadPosRankSum=0.596;SC=GGCTGCAGGCGGAAGGAGGTG;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=16;WE=50502658;WS=50502626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr22	50502650	rs11568184	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=568;ReadPosRankSum=1.308;SC=GGAGGTGTGAGCAGAGTGGCC;SOR=0.531;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=15;WE=50502658;WS=50502626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr22	50502766	rs11568183	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAACGCATTGCTATTTCAACA;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=50502774;WS=50502756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr22	50515412	.	C	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=1.884;SC=GGCATCCGGCCGCCGTGGGCA;SOR=1.445;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=50515420;WS=50515402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr22	50518475	.	C	T	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-2.667;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr22	50518723	rs79301	A	G	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=16;PP=859;SC=ACTGTCTGTCAGCCCCTCCGG;SOR=1.341;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=50;WE=50518731;WS=50518713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr22	50537980	rs140532446	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=269;ReadPosRankSum=0.057;SC=GGTGGAGGGCGCAGGCTGTAT;SOR=0.696;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=22;WE=50537988;WS=50537970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr22	50547247	rs138217	A	G	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	50548247	.	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.632;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr22	50555486	rs126241	G	C	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=147;SC=CTAAAGATGAGTCTTAACTCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=50555494;WS=50555476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	50555619	rs138222	C	T	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr22	50563708	rs2272833	C	T	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=1;PP=416;SC=ATCGCCCCACCTGGGGGGCCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=50563716;WS=50563698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	50564413	rs138242	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=322;SC=AGTAGAGATGAGGTTTCGCCG;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=50564421;WS=50564403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	50564535	rs5771077	T	C	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=13;PP=628;SC=CCCAGTAACGTTTTATTGAAC;SOR=0.877;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=32;WE=50564543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	50572406	rs3736686	A	G	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=51;PP=1833;SC=ATGTAAGGTTAGTTATTTTAT;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=108;WE=50572414;WS=50572396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr22	50573157	rs76303459	A	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CTGTCTCTACACAGGGGATGG;SOR=1.981;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=14;WE=50573165;WS=50573147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr22	50587979	rs138270	T	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=17;PP=741;SC=TTTGCCAGTGTGTCAGAGGCA;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=42;WE=50587987;WS=50587969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	50589196	rs2294396	C	A	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=787;SC=TGCAGCTCGGCCCAGTCATTA;SOR=1.487;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=39;WE=50589204;WS=50589186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	50591683	rs738337	G	A	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=65;PP=2207;SC=TGACCGTGTCGGGTAAGGACA;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=116;WE=50591691;WS=50591673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr22	50599111	rs2272841	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	50616656	rs7286904	T	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=32;PP=1050;SC=CGCCCGCCCCTGACAAGAAGC;SOR=2.409;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=50616664;WS=50616646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	50616806	rs5771206	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	50631945	rs77316590	C	T	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=713;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GGAGTTGCCACGGAGCCCTGG;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=55;WE=50631953;WS=50631935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,80:0.45:176
chr22	50637597	rs8238	G	C	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=27;PP=888;SC=TCCAAAGGGAGAGAATTCGTG;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=50637605;WS=50637587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	50639367	rs7293065	A	C	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=109;SC=CCCTCCCCCCACCCGCCCCAC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=50639375;WS=50639364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	50639473	rs5771225	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr22	50654428	rs2294402	T	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-0.828;SC=CAGGGACAGATTCAGTCAGGG;SOR=0.269;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=9;WE=50654436;WS=50654418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr22	50655098	rs2272851	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=207;ReadPosRankSum=0.478;SC=GCTACCTCCCAGACACCCTGG;SOR=0.724;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=14;WE=50655106;WS=50655088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr22	50656072	rs2281117	C	A	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=741;ReadPosRankSum=0.327;SC=ATTGTTCCCCCACCCTGCCCT;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=53;WE=50656080;WS=50656062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,84:0.39:216
chr22	50656096	rs2038050	A	G	5311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=73;PP=2553;SC=CTCAGCCCCCACCCAGGAGAG;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=131;WE=50656104;WS=50656086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr22	50657010	rs4838864	C	G	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=65;PP=2235;SC=TACTTGCTCACGCAGCCCTCG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=123;WE=50657018;WS=50657000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr22	50657112	rs11912397	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=619;ReadPosRankSum=-2.029;SC=CCATCCCCCGCGGCCAGGGCT;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=45;WE=50657120;WS=50657102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,63:0.55:114
chr22	50658053	rs6537642	A	G	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=20;PP=1326;SC=CTCCCTGCCAACAGCAACTGC;SOR=1.319;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=58;WE=50658061;WS=50658043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	50658494	rs5771241	C	A	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
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chr22	50664612	rs4838865	A	G	7601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=87;PP=2965;SC=TGTCCAGTACAACTTATCTAA;SOR=0.890;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=119;TCR=87;TR=204;WE=50664620;WS=50664602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr22	50666210	rs77515604	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-1.616;SC=AGGGCCATCCGGTCGCCTGCT;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=50666231;WS=50666200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr22	50666223	rs56133520	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=-0.469;SC=CGCCTGCTGAGGGCTGTTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=50666231;WS=50666200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr22	50678620	rs17248329	G	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=2.051;SC=CCAAGGCAAAGAAGGGCACAC;SOR=0.920;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=10;WE=50678628;WS=50678610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr22	50682046	.	C	CAAA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=11.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-0.595;QD=2.13;ReadPosRankSum=2.455;SOR=3.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr22	50682061	.	A	AAG	804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=6.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.91;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=1.740;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr22	50682064	rs57495517	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=13.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.91;MQRankSum=-1.791;QD=3.62;ReadPosRankSum=1.617;SOR=3.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr22	50684256	rs75596977	T	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=510;ReadPosRankSum=-0.172;SC=GGTGTGGAGTTCTGGACCAGG;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=31;WE=50684264;WS=50684246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,41:0.41:101
chr22	50684296	rs13058062	T	C	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=32;PP=1608;SC=ACTGGTCCTTTCCCTCGTCCC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=50684304;WS=50684286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	50684415	rs11553697	T	C	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=585;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GTGGGGGCCCTGCAGGCCATG;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=54;WE=50684423;WS=50684405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,69:0.52:132
chr22	50684747	rs76578729	C	T	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=735;ReadPosRankSum=3.864;SC=GGCGTGGAGACATGGAACATG;SOR=0.490;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=51;WE=50684755;WS=50684737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,78:0.55:141
chr22	50684852	rs77096954	G	C	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=686;ReadPosRankSum=1.468;SC=TCACCCTCCTGAGCCCAAACC;SOR=0.996;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=41;WE=50684860;WS=50684842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr22	50685508	rs4838866	A	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=12;PP=314;SC=TCAGCCACACATCTTCTTACA;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=50685516;WS=50685498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	50686172	.	G	A	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=584;ReadPosRankSum=-1.277;SC=CAAGTGCAGTGAGGGCCTCCT;SOR=0.966;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=45;WE=50686180;WS=50686162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,64:0.52:124
chr22	50686830	rs35820251	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=626;ReadPosRankSum=-0.166;SC=ACAGGGGTGGGGCCGGGTCAC;SOR=0.783;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=42;WE=50686838;WS=50686820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,61:0.44:138
chr22	50687178	rs41283469	C	T	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.088;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=1808;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CCTGCATTTGCCCCTGGAACC;SOR=0.608;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=144;TCF=67;TCR=77;TR=57;WE=50687198;WS=50687168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,86:0.39:218
chr22	50687190	rs41283471	G	C	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=1808;ReadPosRankSum=0.869;SC=CCTGGAACCAGAGCCATGTGT;SOR=0.611;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=56;WE=50687198;WS=50687168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,87:0.39:225
chr22	50687328	rs76646287	C	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=481;ReadPosRankSum=2.196;SC=AACTACAGGCCAGGCCGGAGT;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=36;WE=50687336;WS=50687318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,50:0.44:114
chr22	50687595	rs75455741	A	G	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.755;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,53:0.55:97
chr22	50687649	.	CGGGGGAGGGGGTGGGTGGGGACCTGGGGCTTGAGGGTGAACTGTGGGGGAGGGGAGGGGCCCA	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr22	50687970	rs3830750	CAT	C	2217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.969;NF=2;NR=24;PP=983;ReadPosRankSum=-1.368;SC=CCCCTGAGCACATGTCTGTAT;SOR=1.073;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=26;WE=50687979;WS=50687960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,61:0.44:138
chr22	50688235	rs738334	T	C	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=13;PP=543;SC=CCTCCTGCGCTGCCCCTTGCT;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=50688243;WS=50688225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	50688348	rs1555048	A	G	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=27;PP=1126;SC=TGTTGAACACACAGAACCCGT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=50688356;WS=50688338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	50689002	rs77003572	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=364;ReadPosRankSum=0.219;SC=GCAGGAGCAGGGGGGCGGGAG;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=29;WE=50689010;WS=50688992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr22	50689030	rs909688	A	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=33;PP=838;SC=CCTGGGATTCATGGTGGGAGT;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=50689038;WS=50689020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	50691709	rs2235354	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=151;ReadPosRankSum=2.430;SC=GGAACCCGGGCGTCTGCTCTG;SOR=0.602;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=13;WE=50691717;WS=50691699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr22	50693479	rs5771281	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=3;PP=613;SC=CAGGGCCCACAGGGTCCACAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=29;WE=50693487;WS=50693469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	50693521	rs5771282	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.146;HP=1;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=1107;ReadPosRankSum=3.067;SC=ACTCACGGGTCCACACAGGCC;SOR=1.467;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=30;WE=50693546;WS=50693511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
chr22	50693534	rs6010218	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=4.092;SOR=1.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,16:0.19:85
chr22	50693538	rs6010219	G	A	4362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=27;PP=1162;SC=GGCCCTACCCGGAGCCCCCAA;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=74;WE=50693546;WS=50693511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	50693554	rs6010220	A	G	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.02;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	50693558	rs74798979	C	T	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=3.015;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr22	50693889	rs2066770	G	A	3191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.204;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1442;ReadPosRankSum=-1.542;SC=TACCCAGAGGGCTTGCATTGG;SOR=0.754;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=101;WE=50693897;WS=50693879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,157:0.52:303
chr22	50694297	rs1129880	A	G	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=48;PP=1370;ReadPosRankSum=-0.847;SC=TGCAGCCCACAGACCAGATGT;SOR=1.227;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=72;WE=50694305;WS=50694287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
chr22	50695270	rs5771284	A	C	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=15;PP=863;SC=GTGGCTCAGCACCCAGACCCC;SOR=1.552;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=40;WE=50695278;WS=50695260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	50695370	rs2072876	G	A	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.973;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr22	50699487	rs2272856	G	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=8;PP=403;SC=ACCCCCGCCCGGCCCCACAGC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=50699495;WS=50699479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	50699668	rs2272857	A	G	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=24;PP=829;SC=CGGACTGGAAAGGCCGATACA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=50699676;WS=50699658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr22	50703572	rs10626765	C	CAG	2833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=26;PP=1958;SC=AGCCTCAGCACAGTCTGGGAG;SOR=1.033;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=39;WE=50703580;WS=50703562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	50704661	rs2076139	T	C	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	50705059	rs742185	A	G	10578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=104;PP=2965;SC=GGGCGAGGGGACCTCCATCAG;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=126;TCR=104;TR=229;WE=50705067;WS=50705049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr22	50705466	rs760748	A	G	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=69;PP=2572;SC=GCGCCAGCCCAAAATCCAGGA;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=135;WE=50705474;WS=50705456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr22	50706381	rs36083586	G	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr22	50708594	rs34355047	C	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr22	50708731	rs9617050	A	G	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=35;PP=921;SC=TGTCCGGAGCAGCCGCCGCTC;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=50708739;WS=50708721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	50713866	rs1042979	G	C	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=24;PP=687;SC=TCAAATCACTGGAGACTCGAC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=47;WE=50713874;WS=50713856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	50714289	rs5771118	T	C	3769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=49;PP=1476;SC=GCACCCCACCTGCCCCCGCCC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=50714297;WS=50714279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr22	50714491	rs6010224	A	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=398;SC=CTCCCCGGGGAAGCAGCTGGG;SOR=2.124;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=50714499;WS=50714481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	50714964	rs76914436	C	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=326;ReadPosRankSum=2.354;SC=CCCCTCAGCACCACATTACCC;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=18;WE=50714972;WS=50714954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr22	50715029	rs5771119	T	C	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=22;PP=924;SC=CGGGGAGGGCTGTGGGTGCGT;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=50715037;WS=50715019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	50715373	.	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=-1.151;SC=TGGCCAAGGGGGCCAGGCTGG;SOR=1.287;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=12;WE=50715381;WS=50715363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr22	50718397	rs28611220	A	G	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=366;ReadPosRankSum=-0.343;SC=AGTCTGCCTCATCCCTCAAGC;SOR=0.324;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=32;WE=50718405;WS=50718387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr22	50719165	rs28540713	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=344;ReadPosRankSum=1.358;SC=GCCCGACGCCTGGCTCACATT;SOR=1.925;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=20;WE=50719173;WS=50719155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr22	50719251	rs11547734	A	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=497;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GCCGCGGCTCAGGGATGTCCA;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=34;WE=50719259;WS=50719241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr22	50720600	.	C	G	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1065;ReadPosRankSum=0.654;SC=GCTGAGCCCACGCCAGGACTG;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=174;TCF=78;TCR=96;TR=76;WE=50720608;WS=50720590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,92:0.43:212
chr22	50720802	rs80056853	C	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=-1.410;SC=CAGCCTCCGCCCTCCCGTCCC;SOR=0.081;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=23;WE=50720810;WS=50720792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr22	50721077	.	A	AAGGGCACTGAGGAGGCAGCTGGGTGTGGGGAGCAGAGGGGGGCGGGC	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr22	50721492	rs62621372	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=0.349;SC=TTACACGGGACGCCGTTGAGG;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=25;WE=50721500;WS=50721482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr22	50721756	rs28497828	G	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=455;ReadPosRankSum=-1.550;SC=CCCCGAGGCCGGGTGCTTACT;SOR=0.615;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=35;WE=50721764;WS=50721746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,96:0.50:192
chr22	50722134	rs11547731	T	C	3174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=950;ReadPosRankSum=-1.991;SC=GACCCCAGGATGGTGATGCGG;SOR=0.807;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=180;TCF=96;TCR=84;TR=87;WE=50722142;WS=50722124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,165:0.50:333
chr22	50722408	rs79966207	T	C	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=20;PP=843;SC=AAGGAGCAGTTGTAGAGGGTC;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=50722416;WS=50722398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	50724207	.	G	A	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=23;MQ=58.21;NF=4;NR=2;PP=47;QD=13.6285354245;SC=CCTGTCACCAGCCGGCACCCC;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=50724215;WS=50724197;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,6:0.60:10
chr22	50724593	rs117199604	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=376;ReadPosRankSum=1.524;SC=ATGGGCACAAGACACTCACGG;SOR=0.579;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=31;WE=50724601;WS=50724583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr22	50727921	rs28578714	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GTCCGGGCCCTGCGAGAACAC;SOR=0.473;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=10;WE=50727929;WS=50727911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr22	50728062	rs28379706	T	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,62:0.40:155
chr22	50751529	rs67248662	G	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.152;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=1.929;SC=GCTGGATCTGGGGGGGAGTCT;SOR=0.404;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=31;WE=50751537;WS=50751519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr22	50752169	rs73891220	G	A	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=706;ReadPosRankSum=0.630;SC=GGGGAGAGAGGGCCAGGCCCT;SOR=0.728;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=52;WE=50752177;WS=50752159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,86:0.48:179
chr22	50753334	rs73439311	G	A	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=27;PP=764;SC=ATATGAGTCAGCACAGGCCGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=50753342;WS=50753324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	50753973	rs62241228	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=165;ReadPosRankSum=0.275;SC=CTGCCTCCCTTGGGCAGTCCC;SOR=0.346;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=14;WE=50753981;WS=50753963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr22	50754052	rs71964200	TACTC	T	1995.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=1045;ReadPosRankSum=0.022;SC=CGCACACACATACTCACACAC;SOR=0.924;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=23;WE=50754063;WS=50754042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
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chr22	50754466	rs62241230	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=274;ReadPosRankSum=-2.117;SC=CTTGGTCAAACTGCTTCGGAG;SOR=0.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=28;WE=50754474;WS=50754456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,52:0.46:113
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chr22	50757579	rs146031404	C	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=-1.203;SC=GGCTCGCCCCCTGCTCCCTGT;SOR=0.446;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=50757587;WS=50757569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chr22	50876235	rs5770779	T	C	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.358;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,114:0.51:223
chr22	50876761	rs118082496	C	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=-0.174;SC=AAAGCCTCTGCCGAGGAGGTT;SOR=0.399;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=16;WE=50876769;WS=50876751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr22	50882752	rs59017944	CT	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.733;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr22	50885893	rs56853707	CCA	C	2487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.780;NF=8;NR=40;PP=2023;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CTGGAGGAGGCCACAGAGTCA;SOR=0.582;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=99;TCF=11;TCR=88;TR=48;WE=50885902;WS=50885883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr22	50895133	rs4824117	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr22	50898619	rs2073278	G	A	3108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=1380;ReadPosRankSum=0.460;SC=TGGTCATCACGGGGCCACTCC;SOR=0.564;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=220;TCF=118;TCR=102;TR=92;WE=50898627;WS=50898609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,154:0.46:335
chr22	50899755	rs35628474	AG	A	920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=8.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=0.763;QD=29.70;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr22	50899758	rs2073280	G	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=8.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=0.763;QD=29.99;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=0.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr22	50901259	rs9617014	G	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=421;ReadPosRankSum=0.358;SC=CACCAGGAAGGGGGGGCTGGG;SOR=0.689;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=32;WE=50901267;WS=50901249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,58:0.51:114
chr22	50901534	rs5771039	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=486;ReadPosRankSum=0.663;SC=CCCAGGCCCCAGCACCTGCCC;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=33;WE=50901542;WS=50901524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr22	50903221	rs2076714	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=278;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GGCGGTACGACGCCCTCCCGT;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=30;WE=50903229;WS=50903211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,52:0.41:126
chr22	50906518	rs1983679	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-0.476;SC=CAGTCTCTCCGGGTGAAGGGA;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=12;WE=50906526;WS=50906508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr22	50906917	rs9616852	C	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=658;ReadPosRankSum=0.713;SC=GGGGTCAGAGCACCCAACCCG;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=19;WE=50906925;WS=50906907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr22	50913206	rs184600817	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-1.238;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr22	50913394	rs373485644	CGCG	C	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.869;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr22	50913429	rs4824154	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr22	50925672	rs2232878	T	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=7;PP=795;SC=GATGATGGCGTGGGAGAGGCT;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=50925680;WS=50925662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	50925997	rs3747273	C	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=792;ReadPosRankSum=0.857;SC=GGAACTCCCACCCCCATCACA;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=46;WE=50926005;WS=50925987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
chr22	50927447	rs139170143	C	CGTCCCTCCT	1377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.578;NF=7;NR=10;PP=1854;ReadPosRankSum=2.000;SC=CATGGCCTCCCGTCCCTCCTG;SOR=0.740;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=17;WE=50927455;WS=50927437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,33:0.32:104
chr22	50941985	rs6009975	T	C	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=16;PP=631;SC=CTAGCAGGGCTTGCACAAATC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=34;WE=50941993;WS=50941975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	50944163	rs128941	G	A	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=43;PP=1647;SC=TGGTCGTCCAGCAGCGCAGTG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=50944171;WS=50944153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr22	50946965	rs131823	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=9;PP=255;SC=CGCCCCACCGTCTCCACGCCT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=50946973;WS=50946955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	50954824	rs2032424	C	T	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=22;PP=1026;SC=CTGGAAGAAGCGAGTGCAGAC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=50954832;WS=50954814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	50955830	.	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=251;ReadPosRankSum=1.649;SC=CTTTCTGGGTCCTCACTGCCT;SOR=0.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=17;WE=50955838;WS=50955820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr22	50957520	rs3091397	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=9;PP=312;SC=TCTGGGCTCCGTGACTAAAGC;SOR=1.270;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=24;WE=50957528;WS=50957510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	50959867	.	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.134;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=0.962;SC=GGCTGTGTACCCCCTACTCTT;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=9;WE=50959875;WS=50959857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr22	50960101	rs131814	G	A	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=49;PP=1963;SC=GGCATGAGGTGGGGGGGTGGG;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=109;WE=50960109;WS=50960091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	50961169	rs131813	A	G	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	50961854	rs2782	T	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=32;PP=855;SC=AGGAGCCGTGTGTCTGCTCCT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=50961862;WS=50961844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	50962208	rs12148	T	G	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=43;PP=1675;SC=CCTTGGGGCCTGCATTGTAGT;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=50962216;WS=50962198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	50962782	rs140523	C	G	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=21;PP=1373;SC=AGGGAGGACCCGAGGCTTGAG;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=50962790;WS=50962772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	50964153	rs131805	T	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=10;PP=415;SC=CCCTGGATCCTTCCGCTCCCG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=50964161;WS=50964143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	50964862	rs131804	G	A	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=18;PP=828;SC=CAGCGCCCTGGGCCTGAGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=50964870;WS=50964852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	50966914	rs470119	T	C	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=25;PP=1041;SC=CAACCTGGATTAATGACTGAT;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=50966922;WS=50966904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	50968826	.	CAG	C	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.779;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,32:0.22:146
chr22	50988062	rs140519	G	T	9444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=111;PP=2965;SC=GCGACATCGTGGCACTGGGGG;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=97;TCR=111;TR=208;WE=50988070;WS=50988052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr22	50988193	rs131779	A	G	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=89;PP=2958;SC=GCCCCACTGCACTGCACCACC;SOR=2.359;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=24;TCR=89;TR=112;WE=50988201;WS=50988183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr22	51009953	rs470117	C	T	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=48;PP=1402;SC=TAGGAACTCTCGATGACCGCC;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=84;WE=51009961;WS=51009943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	51010788	rs131761	T	A	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=30;PP=875;SC=TGTCCAGAGGTGCCTGACCTG;SOR=1.162;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=47;WE=51010796;WS=51010778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	51011936	rs131760	T	C	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	51015210	rs140515	G	C	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=25;PP=1807;SC=TGCCTCTCCCGTCTAGCTCAG;SOR=1.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=66;TCR=26;TR=91;WE=51015218;WS=51015200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	51015481	rs131759	G	A	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=40;PP=1127;SC=AGAGGGGCAAGGGCTGCAGGG;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=51015489;WS=51015471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	51018579	rs140514	A	G	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	51020668	rs86337	C	A	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.736;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=623;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GGCGCTCACACCCCCCTCACC;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=41;WE=51020676;WS=51020658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr22	51042513	rs140511	C	CG	2372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=39.55;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	51042862	.	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.945;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=0.413;SC=TGCGCCGCGCCCGCCCGGGGA;SOR=0.108;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=10;WE=51042870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr22	51043278	rs3219201	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=7;PP=270;SC=TGGTGGATGAGCACACGCAGC;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=51043286;WS=51043268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	51045190	rs1140555	C	T	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	51045433	rs131736	C	T	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=42;PP=1420;SC=AGAGTCTGACCGTCCCCGAGT;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=51045441;WS=51045423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	51045480	rs131735	G	A	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=30;PP=819;SC=GAGTCCAACCGCCCCCTGAGT;SOR=2.531;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=41;WE=51045488;WS=51045470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	51048781	rs5770941	T	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=50;PP=1333;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GGGTGCAGGGTTACGGAGGTG;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=65;WE=51048789;WS=51048771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr22	51048812	rs9616798	G	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=29;PP=754;SC=GTGAGCAGGTGGGGGCAGGAG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=51048820;WS=51048802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	51063987	rs762674	G	C	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr22	51064039	rs743616	G	C	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=62;PP=2476;SC=GTACTTTCCAGTCCGCACAGC;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=123;WE=51064057;WS=51064029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr22	51064141	rs762673	G	A	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=45;PP=1308;SC=ACGGGGCGGGGCAGGCCCCAA;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=51064149;WS=51064131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	51064818	rs762672	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=393;SC=GTGCCCAGCATGAGCCCGGCA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=51064826;WS=51064808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	51065361	rs6151415	C	A	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=33;PP=1127;SC=GTCCGGGCAGCCAGGGGGGCT;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=51065369;WS=51065351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	51117137	rs9616914	G	A	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=50;PP=2311;SC=GAGTGGAGTCGGGGAGGGGCA;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=122;WE=51117145;WS=51117127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr22	51117580	rs9616915	T	C	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=35;PP=1438;SC=CAGCTGGGGATCACCGACGAG;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=51117588;WS=51117570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr22	51133518	rs13055562	G	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=739;SC=TGGGAGGGTGGGGTGCCGGGA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=51133526;WS=51133508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	51135545	rs9616818	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=186;SC=AGTGGAGGAGTGAGAGCTCAG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=51135553;WS=51135535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	51137249	rs1557620	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=28;PP=946;SC=ACCCCACGGCTCCCCGGGCAG;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=57;WE=51137257;WS=51137239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	51144731	rs9968024	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=237;SC=CAGAGGTGAATGGGTGGGTGC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=51144739;WS=51144721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	51182485	rs6009961	A	G	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=24;PP=1173;SC=TGGTCTGACTATAGCCCCCAG;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=59;WE=51182493;WS=51182475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	51183255	rs5771002	A	G	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.00;QD=28.09;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	2699968	rs2306737	A	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=169;ReadPosRankSum=1.825;SC=AGACAATGGCAATCTATAAAC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=16;WE=2699976;WS=2699958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chrX	2700027	rs2306736	T	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=-1.589;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chrX	2700157	rs5939319	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=311;ReadPosRankSum=0.574;SC=CGAGAATCCCGACAGCGGTGG;SOR=1.176;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=23;WE=2700165;WS=2700147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chrX	2700202	rs5939320	A	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=1.702;SC=CTCTTTCTCAATCTGGTTTGA;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=15;WE=2700210;WS=2700192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chrX	2707824	rs201214222	TTTTAC	T	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=237;ReadPosRankSum=0.161;SC=TTCTATGTTATTTTACTTTAT;SOR=1.207;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=6;WE=2707836;WS=2707814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chrX	2715425	rs4484858	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=7.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=1.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chrX	2724760	rs3749988	T	C	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=9;PP=676;SC=GGCTATAGACTCAACTCTCGT;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=2724768;WS=2724750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	2726396	rs6567645	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=19;PP=512;SC=GTATGTATATAAAGTAGCTCC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=2726404;WS=2726386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	2729540	rs11439714	T	TA	1175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.430;NF=1;NR=29;PP=480;ReadPosRankSum=-1.221;SC=AAGCCTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=30;WE=2729548;WS=2729530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,62:0.87:71
chrX	2732166	rs5939337	A	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.674;SC=TCTTTTTTTTAAAATAGATTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=2732174;WS=2732161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chrX	2732253	.	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.808;NF=7;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=-1.250;SC=ATTTCTGCTTCATTTTTTTCT;SOR=0.793;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=2732261;WS=2732243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chrX	2732356	rs34201156	C	CT	611.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=0.642;QD=14.91;ReadPosRankSum=1.847;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chrX	2748051	rs57068689	T	C	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=32;PP=1372;SC=GGGGTGACACTGGCGGGGCCT;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=80;WE=2748059;WS=2748041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	2748253	rs6642032	G	C	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=20;NR=41;PP=1219;SC=AGCTCAAGCTGCTTCAGTTCA;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=61;WE=2748261;WS=2748243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	2748292	rs6641656	C	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=28;PP=798;SC=GCTTGGGTGACAGATTGGTCT;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=2748300;WS=2748282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	2774478	rs5939132	A	G	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=27;PP=1095;SC=CACATCTCGCATTCTTGGAGT;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=2774486;WS=2774468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	2774700	rs5939133	T	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=301;SC=CTGCCAGATCTGCCACTACCG;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=2774708;WS=2774690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	2777985	rs2306734	C	T	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=32;PP=1193;SC=CAAGGCTCAGCGTCCAGCAGC;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=68;WE=2777993;WS=2777975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	2779570	rs2306735	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=8;PP=443;SC=CAGCTTTGCCACAGTGATGTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=2779578;WS=2779560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	2779815	.	G	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.584;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=706;ReadPosRankSum=-2.464;SC=GGCTCGCAGTGAGAGAGCAGA;SOR=1.098;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=44;WE=2779823;WS=2779805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,68:0.57:120
chrX	2794074	.	CTTTTTTT	C	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.49;ReadPosRankSum=1.531;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chrX	2794096	.	T	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.61;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
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chrX	2833856	rs211650	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.519;SC=CCTTCTGAGTTCATCAGTGGG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=3;WE=2833864;WS=2833846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chrX	2836037	rs211653	G	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=397;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CGCGGAGACAGAGAAGAAACC;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=29;WE=2836045;WS=2836027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chrX	2847133	rs3747394	A	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=11;PP=439;SC=TACATTTTGGAGACTACAAGG;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=23;WE=2847141;WS=2847123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	2847157	rs3747395	C	G	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	2852951	rs11222	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.857;NF=6;NR=4;PP=114;ReadPosRankSum=0.178;SC=GTCTCCAGATGTTGCCCAGCC;SOR=0.503;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=10;WE=2852959;WS=2852941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chrX	2856155	rs35143646	C	T	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=10;PP=628;SC=GGCACCTCGCCGCCCGCCAGC;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=2856163;WS=2856145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	2871011	rs211640	G	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=243;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TATTTCTTGAGTATCTACTTT;SOR=0.936;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=15;WE=2871019;WS=2871001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chrX	2876302	.	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,71:0.55:128
chrX	2877835	rs211636	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chrX	2877876	rs211637	T	C	54.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5236;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GTGGGAGCATTGCCTGAGCCC;SOR=1.447;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=2877884;WS=2877866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chrX	2878296	.	T	C	82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MMLQ=23;MQ=49.86;NF=3;NR=0;PP=82;QD=38.9237375157;SC=GGCGACAGAGTGAGACTCCGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=2878304;WS=2878293;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chrX	2942109	rs5939407	T	C	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=24;PP=1005;SC=CAACCACACCTTGGTGTACTT;SOR=0.842;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=56;WE=2942117;WS=2942099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	2950961	rs5982634	A	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=284;SC=GAGTATTATCAATCACTAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=2950969;WS=2950951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	2950998	rs5939411	C	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=8;PP=543;SC=ACATCTTTAACGAAAAGAGTC;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=2951006;WS=2950988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	2951434	rs5939155	C	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=240;SC=TGAGACCATGCGGACCACGTG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=2951442;WS=2951424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	2976461	.	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=229;ReadPosRankSum=-0.582;SC=TACTTGATCAGCCTAGCGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=16;WE=2976469;WS=2976458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chrX	2986061	.	CT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chrX	2990073	rs150668857	C	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=300;ReadPosRankSum=0.138;SC=CCAGGAGACCCTTGGTCTTCA;SOR=0.746;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=21;WE=2990081;WS=2990063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chrX	2998812	rs113654711	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=1.188;SC=CCTCCTAAAAGCCCTACCTCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=2998820;WS=2998802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chrX	2999141	rs5983001	G	A	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=609;SC=TCTTGGAAACGCTGTATTTTA;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=2999149;WS=2999131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	3002219	rs5983002	T	C	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=13;PP=1114;SC=CTCACATGGTTTTTGCAATGT;SOR=2.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=51;WE=3002227;WS=3002209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	3002475	rs112461718	A	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=681;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TGCCATTGCCATCCTCACCCT;SOR=0.960;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=45;WE=3002483;WS=3002465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,57:0.59:97
chrX	3002687	rs5983003	A	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=13;PP=493;SC=TGGTGAAGGAAGCGATTTCCT;SOR=0.843;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=3002695;WS=3002677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	3007480	rs2290453	G	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.717;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chrX	3202146	.	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
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chrX	3228891	rs1635235	A	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.984;NF=19;NR=11;PP=324;ReadPosRankSum=-2.276;SC=TCTCCCGCACAGTGGTGATGG;SOR=0.687;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=30;WE=3228899;WS=3228881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
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chrX	3240343	rs1635246	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
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chrX	3241256	rs5983119	T	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=165;ReadPosRankSum=0.065;SC=GGGGGAGAAATAGCAGGAAAA;SOR=0.845;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=15;WE=3241264;WS=3241246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chrX	3241284	rs1635248	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=0.777;SC=TGACTTCTAGACTCAAGGATG;SOR=0.852;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=16;WE=3241292;WS=3241274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chrX	3241317	rs1635249	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=168;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TTTTAATCAATGGGGGTACTT;SOR=0.815;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=15;WE=3241325;WS=3241307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chrX	3241791	rs1635250	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=0.070;SC=AGTAACCACTGTCACTGACTT;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=13;WE=3241799;WS=3241781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chrX	3530512	rs7066317	A	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.167;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=315;ReadPosRankSum=0.293;SC=CATTTATGAAAGCGGCAATCT;SOR=1.380;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=26;WE=3530520;WS=3530502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chrX	3539376	.	C	CA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chrX	3592725	rs10871864	G	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.242;NF=28;NR=27;PP=809;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GGATGACGTCGGGAATGCTCA;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=55;WE=3592733;WS=3592715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,74:0.45:165
chrX	3592847	rs7880937	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=31;PP=873;SC=TTAAGTCTTCCGACAAAGGAA;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=43;WE=3592855;WS=3592837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	3735939	rs151012322	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.139;NF=7;NR=13;PP=229;ReadPosRankSum=3.053;SC=GGTTTGTTACGTGGATATATT;SOR=0.955;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=20;WE=3735947;WS=3735929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chrX	3736489	rs1133336	C	T	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	5827429	.	A	T	100.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=0.674;SC=AACAGGAGAAAAAATTTTGTG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=5827437;WS=5827419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chrX	5909383	.	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=281;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CATAATCAATGAAAACATAGC;SOR=1.079;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=20;WE=5909391;WS=5909373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chrX	6301934	.	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chrX	6968373	.	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=262;ReadPosRankSum=0.832;SC=GCTCGGGCTGGAAGTCCTGCA;SOR=0.735;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=19;WE=6968381;WS=6968363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chrX	6975782	rs868756	C	G	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=32;PP=1425;SC=CAGTTGATTACACAGAAGGAG;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=77;WE=6975790;WS=6975772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chrX	6995315	rs2379206	C	T	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=14;PP=926;SC=GGAAGATGTCCGGGTCTGGCT;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=6995323;WS=6995305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	6995417	rs2379207	C	T	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=37;PP=1282;SC=TATCGAACGACGCGGACCCCG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=6995425;WS=6995407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chrX	6995438	rs1803675	C	T	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=37;PP=1152;SC=AGCTGGTGGCCAGTGCAAAGG;SOR=0.844;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=65;WE=6995446;WS=6995428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chrX	7023678	rs1131197	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=208;SC=GAGCGCAGCCGTGGGGAACAC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=7023686;WS=7023668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	7066051	rs1473666	A	C	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chrX	8095173	rs1037521	T	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=1.249;SC=AAACATAATGTTATGTGGAAA;SOR=0.612;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=9;WE=8095181;WS=8095163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chrX	8138080	rs1058239	G	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-1.734;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.203;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
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chrX	8501120	rs41303179	C	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=17;PP=510;SC=ATATGTCAGTCACATCCATTT;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=8501128;WS=8501110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	8503641	rs809446	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=11;PP=685;SC=CGGAAGGCAGGATCTGGGACT;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=38;WE=8503649;WS=8503631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	8503925	.	A	T	281.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-0.802;SC=CATTGTAGGAATTTTCAGCGG;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=8503933;WS=8503915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chrX	8504773	rs808120	G	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=438;SC=TGCTGACACCGTAGACCTAGA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=8504781;WS=8504763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	8504833	rs808119	C	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=17;PP=735;SC=AGGCAGCCAACAGGCTTGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=8504841;WS=8504823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	8536364	.	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=0.200;SC=CTTGCAATTCCACAACATAGT;SOR=0.542;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=18;WE=8536372;WS=8536354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chrX	8996062	.	A	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.61;MQRankSum=1.693;NF=4;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=0.768;SC=AATACTTACAAAACATAATTC;SOR=0.248;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=14;WE=8996070;WS=8996052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chrX	9652248	rs199671863	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=395;ReadPosRankSum=-1.845;SC=TGCTGGGCCCGGCCCCCAAAC;SOR=0.658;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=23;WE=9652256;WS=9652238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chrX	9659490	rs67241809	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chrX	9659766	rs2301675	G	A	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.39;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,66:0.65:102
chrX	9659767	rs3214138	T	TG	1224.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.739;HP=9;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=1442;ReadPosRankSum=-0.363;SC=GATGTCAGGGTGGGGGGCGCT;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=27;WE=9659776;WS=9659756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,61:0.62:99
chrX	9659863	rs2301674	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=0.087;SC=TTCTTACCCCGGTGTGTGGGC;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=9659871;WS=9659853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chrX	9661075	rs17255209	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=147;ReadPosRankSum=1.815;SC=TTAAAGAACACGCAGTGGCAA;SOR=1.445;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=9661083;WS=9661065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chrX	9661110	rs3747431	C	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=165;ReadPosRankSum=1.601;SC=CCTGGATCCTCGGAGAGGCTC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=14;WE=9661118;WS=9661100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chrX	9661165	rs3747430	G	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=215;ReadPosRankSum=-1.208;SC=TTTTTGTGGGGTTTTGTCTCT;SOR=0.393;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=17;WE=9661173;WS=9661155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chrX	9665368	rs2239411	C	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-1.187;SC=AAAACTTTGCCAGAATAGTTA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=10;WE=9665376;WS=9665358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chrX	9665481	rs72612809	G	T	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.16;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	9677599	rs1006912	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=0.664;SC=GTGCACCCCCGGGAGGAATGA;SOR=0.610;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=8;WE=9677607;WS=9677589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chrX	9711595	rs3788938	G	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chrX	9729001	rs12560076	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chrX	9859098	rs6640543	A	G	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=41;PP=1446;SC=CGGCCTCCCCATTCACCTCCA;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=88;WE=9859106;WS=9859088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chrX	9859197	rs6640544	A	G	4378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=56;PP=1655;SC=AGCCTTCTGCAGGGAGCGCAC;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=91;WE=9859205;WS=9859187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chrX	9863160	.	T	C	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=803;ReadPosRankSum=1.823;SC=AGGATGGAGCTTCCAGTAGGC;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=53;WE=9863168;WS=9863150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,77:0.43:179
chrX	9866085	rs2073943	T	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=99;SC=GAAGTGGACGTGGGGTCTTAT;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=9866093;WS=9866075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	9866420	rs2073944	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	9907484	rs3216890	AG	A	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=448;ReadPosRankSum=0.597;SC=ATCCTGCCCCAGCGCAGACCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=12;WE=9907492;WS=9907474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chrX	9914667	rs2073941	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.257;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=331;ReadPosRankSum=1.480;SC=CCAGTGCCCCAGCTTTCATCC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=23;WE=9914675;WS=9914657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chrX	9914947	rs2073942	G	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
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chrX	9935844	rs5934731	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=321;ReadPosRankSum=-2.898;SC=TCCAGAACTACGATGCCGTCA;SOR=0.620;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=26;WE=9935852;WS=9935834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,54:0.41:131
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chrX	10166198	rs2240019	A	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
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chrX	10533042	rs5901437	TA	T	118.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.19;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	11160472	.	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=0.102;SC=TAACACAAAAGGAAAATTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=11160480;WS=11160462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chrX	11174649	.	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=1.262;SC=GAATACTCACGATGATTGGGA;SOR=0.685;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=13;WE=11174657;WS=11174639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chrX	11174698	.	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=446;ReadPosRankSum=-2.696;SC=ACATCAGGATCGGTCTCTAAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=18;WE=11174718;WS=11174688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,30:0.35:86
chrX	11174710	.	G	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=1097;ReadPosRankSum=0.253;SC=GTCTCTAACAGGCTGATCAGC;SOR=0.666;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=38;WE=11174718;WS=11174688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chrX	11200446	.	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.923;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=1.348;SC=AATTTTACGTTAAATGTTTCT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=11200454;WS=11200436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chrX	11204324	.	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=126;ReadPosRankSum=2.794;SC=AAATGAAAGTCCTTAGTACTT;SOR=0.094;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=11204332;WS=11204314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chrX	11272836	.	CAAAAAA	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,4:0.13:31
chrX	11284153	.	CTGTGTGTG	C	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=42.06;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	11313027	rs946252	T	C	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=38;PP=1189;SC=AAAAATCTGCTCATAGTTGGT;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=11313035;WS=11313017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	11316353	.	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=201;ReadPosRankSum=2.359;SC=TTTTTCTCTTAAGGTGCTTAC;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=16;WE=11316361;WS=11316343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chrX	11316675	.	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.843;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.007;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=3;PP=785;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CAGTACCCTTCCTATGGTTAC;SOR=1.333;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=52;TCR=4;TR=40;WE=11316683;WS=11316665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chrX	11682427	.	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=304;ReadPosRankSum=0.534;SC=TCCTCTGCTGGAGCCACCTCC;SOR=0.989;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=28;WE=11682435;WS=11682417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
chrX	11779097	.	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GAAAGAACTTCCACCTAGACT;SOR=0.563;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=34;WE=11779105;WS=11779087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chrX	11786839	rs2525868	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=1.595;SC=ATGGTTCCTTTATTTGTGATT;SOR=0.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=10;WE=11786847;WS=11786829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chrX	12516777	rs111618469	CT	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chrX	12516948	.	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=1.645;SC=ACAATAGAATCCTTGGCCAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=12516956;WS=12516938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chrX	12692928	.	T	C	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,64:0.56:115
chrX	12693123	rs113303439	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=334;ReadPosRankSum=-0.198;SC=ATAACAGCAGAGAAAAATAAC;SOR=0.481;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=23;WE=12693131;WS=12693113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chrX	12722616	rs4469660	C	G	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=41;PP=1393;SC=TATCACATTTCCATCTTAAAA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=73;WE=12722624;WS=12722606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chrX	12725042	rs11370163	C	CT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.363;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chrX	12725701	rs6641078	C	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=182;ReadPosRankSum=-2.154;SC=TTAGCCACGTCAACAGGATCG;SOR=0.846;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=13;WE=12725709;WS=12725691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chrX	12837558	rs5935399	C	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=245;SC=GCTACATTCCCAAAATACAAC;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=12837566;WS=12837548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	12838934	rs917580	A	G	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=47;PP=1333;SC=TACTGTCTATACACCAAAGGC;SOR=1.189;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=72;WE=12838942;WS=12838924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chrX	12937396	.	G	A	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.755;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=744;ReadPosRankSum=1.188;SC=CACACATAACGAATGAATCAT;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=65;WE=12937404;WS=12937386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,95:0.51:186
chrX	12937804	rs5744080	C	T	10111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=106;PP=2965;SC=CTCTTTCACACGTGCCACCCA;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=121;TCR=106;TR=225;WE=12937812;WS=12937794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chrX	12939112	rs2407992	G	C	6246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=69;PP=2965;SC=TTAATAGGCTGAAGCACATCC;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=151;WE=12939120;WS=12939102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chrX	12939412	rs3747414	C	A	7719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=102;PP=2965;SC=TAAAAACAATCAACAAATCCG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=96;TCR=102;TR=198;WE=12939420;WS=12939402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chrX	12939928	rs2109135	T	C	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=25;PP=1117;SC=GGGATTGGGATCCGGGATTGG;SOR=0.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=58;WE=12939936;WS=12939918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chrX	12993511	rs115781169	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=28;PP=738;SC=TGGCGTTTTGCCGTGCCGCTC;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=12993519;WS=12993501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	13056654	rs4830483	T	C	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=125;SC=GTGATTAAAATTGGGTAAATT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=13056662;WS=13056644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	13337059	rs4830842	C	T	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=704;ReadPosRankSum=-1.349;SC=CTGTACTGTGCCTTCACTGAT;SOR=0.821;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=50;WE=13337067;WS=13337049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,88:0.50:177
chrX	13337115	rs17322143	C	T	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=747;ReadPosRankSum=1.571;SC=TTGTTGTTGGCCTTTCGTGTA;SOR=0.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=60;WE=13337123;WS=13337105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,101:0.51:198
chrX	13645187	.	G	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=706;ReadPosRankSum=0.730;SC=GACATTGGCCGATTGAAACTT;SOR=0.550;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=49;WE=13645195;WS=13645177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chrX	13681115	rs2361159	C	T	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=64;PP=2221;SC=GGCAAGAGATCGAGTGAGTTG;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=118;WE=13681123;WS=13681105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chrX	13681330	.	A	G	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=708;ReadPosRankSum=1.173;SC=GAAGAACCCCAGAAATTCTCA;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=51;WE=13681338;WS=13681320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,76:0.47:161
chrX	13681638	rs5935649	C	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=41;PP=1182;SC=TAATTTGTAACGAATGTGGGG;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=13681646;WS=13681628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	13681679	rs5935650	G	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=580;SC=TGGGTGTGCTGGTAACTGTAA;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=13681687;WS=13681669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	13734539	rs2285633	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=-0.078;SC=GAAACTTACATTTTCACCTGA;SOR=0.200;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=12;WE=13734547;WS=13734529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chrX	13734919	rs35084098	C	CTTTG	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.83;MQRankSum=0.674;NF=0;NR=6;PP=207;ReadPosRankSum=1.430;SC=TGCTTTTATACTTTGTTATTG;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=13734927;WS=13734909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chrX	13769635	.	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chrX	13779409	rs112117780	A	AT	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chrX	13803960	rs5978663	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chrX	13835096	rs3747420	T	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=0.045;SC=TCCTTTTCTTTTGGACTCCCC;SOR=0.914;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=13835104;WS=13835086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chrX	13956661	rs3833419	CG	C	1275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=707;SC=GTGAGGGCTGCGGGGCGTTCG;SOR=1.096;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=13956669;WS=13956651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	14038772	rs56403225	C	CT	511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=505;SC=TAAATACCTACCTACATGAGG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=14038780;WS=14038762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	14549325	.	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chrX	14599230	rs2074210	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=-0.967;SC=AATCAGGGAGAAGAATGAGAG;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=14599238;WS=14599220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chrX	14599572	rs2074211	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=328;ReadPosRankSum=0.488;SC=CCATTTCTCCACTAATGTAGA;SOR=0.731;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=23;WE=14599580;WS=14599562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
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chrX	14627144	rs2229963	T	C	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=20;PP=877;SC=TCAAGTTTCATCTGGAACGCC;SOR=0.920;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=48;WE=14627152;WS=14627134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	14708781	.	TTC	T	112	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=59.18;NF=5;NR=0;PP=112;QD=23.8;SC=TAGTCTTTCTTTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=14708790;WS=14708771;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chrX	14862804	.	G	A	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=882;ReadPosRankSum=-0.872;SC=CGGGTGATGTGATTTGAAAAC;SOR=0.597;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=60;WE=14862812;WS=14862794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,112:0.63:177
chrX	14863246	.	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=567;ReadPosRankSum=-1.886;SC=CAGGGGTCAACGTGACCCTTT;SOR=0.531;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=40;WE=14863254;WS=14863236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chrX	14868548	.	A	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=-1.355;SC=TTAAAATTGCACGTGGCTTAC;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=10;WE=14868556;WS=14868538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chrX	14868806	rs2905223	A	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.74;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	14883348	.	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=0.537;SC=TTTTTTCTATCACAATGTAAG;SOR=1.127;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=18;WE=14883356;WS=14883338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chrX	14930353	rs11400370	C	CT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.6257;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-1.454;SC=AATAGTTATCCTTTTTTTTTG;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=14930361;WS=14930343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chrX	15262813	.	T	TGG	1058.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.05;QD=40.72;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	15262814	rs28628283	T	A	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.05;QD=41.07;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	15267107	rs56088357	C	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=20;PP=638;SC=AGAATCCAACCATCGGGGCTT;SOR=1.157;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=31;WE=15267115;WS=15267097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	15270690	.	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chrX	15301533	rs5935925	G	A	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=13;PP=956;SC=AAAGATACTAGGAGTCTAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=44;WE=15301541;WS=15301523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	15301739	.	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=6.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.989;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chrX	15307563	rs5935930	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=208;ReadPosRankSum=-1.098;SC=AACTTCATCTTTGAAGCTGTA;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=15;WE=15307571;WS=15307553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chrX	15308163	rs6628942	A	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	15332451	rs201659261	CT	C	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.211;QD=3.79;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chrX	15332558	rs5935944	A	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=555;ReadPosRankSum=0.665;SC=ACCTTCTGATACGTTCTGAAA;SOR=0.751;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=43;WE=15332566;WS=15332548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,63:0.42:149
chrX	15333842	rs4830529	T	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=9;PP=227;SC=GTTACCGAGATCTCTGTAGGT;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=15333850;WS=15333832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	15343401	rs35222742	C	CAA	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=-1.763;SC=TTCTCCACCTCAAGATTAGTA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=15343409;WS=15343391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chrX	15353483	rs45538433	G	C	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=731;ReadPosRankSum=-0.212;SC=CTACTCTGGAGACCCTCCGAC;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=142;TCF=81;TCR=61;TR=53;WE=15353491;WS=15353473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,89:0.39:226
chrX	15353689	rs4830938	T	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=364;ReadPosRankSum=-1.717;SC=TCCCTGCTGTTCCGCAGCACC;SOR=0.844;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=23;WE=15353697;WS=15353679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chrX	15408419	rs2317326	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=16;PP=360;SC=GGCTTATTTTTGAAGATCAAA;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=15408427;WS=15408409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	15408516	rs3833896	C	CA	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=194;SC=TTCTGTGCAACACTCAATATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=15408524;WS=15408506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	15415583	rs8094	C	T	5145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=51;PP=2151;SC=TGTTCTCCACCTGGACACTGT;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=122;WE=15415591;WS=15415573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chrX	15415780	rs3829989	C	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=19;PP=517;SC=CTTAGTAATTCCCTTGAATCT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=15415788;WS=15415770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	15498034	rs5935986	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=1.209;SC=GCAAGCCTCATTGAAAACTAC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=15498042;WS=15498024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chrX	15526443	.	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chrX	15552564	rs1877752	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=303;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TAGGGAACCATGAAAGTAGGA;SOR=1.781;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=15552581;WS=15552554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
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chrX	15596143	rs113691336	C	CATAAG	842.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=915;ReadPosRankSum=0.099;SC=ATATTTCCTACATAATAAATA;SOR=1.781;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=17;WE=15596151;WS=15596133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chrX	15603508	rs41297301	G	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-1.337;SC=TTATTTACATGGTTTCACATA;SOR=2.012;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=8;WE=15603516;WS=15603498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chrX	15607650	rs971249	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=0.182;SC=ACAAAATACATAGATTAGCCT;SOR=0.836;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=9;WE=15607658;WS=15607640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chrX	15609675	.	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=144;ReadPosRankSum=0.234;SC=TTTTCTTTTTCCCCAGTAATT;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=10;WE=15609683;WS=15609665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chrX	15609903	.	G	A	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=511;ReadPosRankSum=0.862;SC=GCTGCTTGCCGACCTCAGATC;SOR=0.832;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=38;WE=15609911;WS=15609893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,61:0.49:124
chrX	15646338	.	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=0.686;SC=TGGAGAACAGGAAGGGGAATA;SOR=1.863;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=8;WE=15646346;WS=15646328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chrX	15780909	.	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=152;ReadPosRankSum=-0.359;SC=CCTAGTTTTCCTGTTGTTCTT;SOR=0.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=16;WE=15780917;WS=15780899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chrX	15792527	rs4364812	T	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.23;QD=24.57;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	15794764	rs5980183	G	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=8;PP=454;SC=CCTGAGAACCGTCACCTCGGC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=15794772;WS=15794754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	15794815	rs5936050	G	A	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=17;PP=790;SC=ATAATGACTCGGTTATCTCTT;SOR=0.846;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=37;WE=15794823;WS=15794805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	15808795	rs4830994	T	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=6;PP=220;SC=TGGTGCGCGCTCTGGTGCCCT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=15808803;WS=15808785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	15817963	rs5980192	A	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=1.461;SC=GATTTGCAGCACTCAGTTTAA;SOR=0.602;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=8;WE=15817971;WS=15817953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chrX	15818114	rs62985661	AT	A	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.63;MQRankSum=1.315;NF=0;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=0.147;SC=GAATGAAGTTATTTTATTGGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=15818122;WS=15818104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chrX	15822013	rs5936060	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-2.320;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chrX	15822022	rs5934280	C	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=-1.676;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chrX	15826162	rs57639759	CA	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=0.632;SC=GACCCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.086;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=4;WE=15826170;WS=15826152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chrX	15826556	rs5936061	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-1.036;SC=ACAAACTTTATTGATGAACAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=15826564;WS=15826546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chrX	15827524	rs5980193	T	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GAGAGGCGCATGTTTCCATTT;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=11;WE=15827532;WS=15827514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chrX	15827563	rs6629131	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CATCTGCTGCCTTCTTGCTGC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=15827571;WS=15827553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chrX	15836648	rs5936062	T	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=413;ReadPosRankSum=0.474;SC=CAAACAACATTTGATGAATGG;SOR=0.299;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=29;WE=15836656;WS=15836638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chrX	15838366	rs2301724	C	T	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.890;NF=38;NR=19;PP=748;ReadPosRankSum=0.377;SC=CTCTGTTTAACGGACGATGGT;SOR=1.017;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=57;WE=15838374;WS=15838356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chrX	16168467	rs4986945	T	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=777;ReadPosRankSum=-1.237;SC=TCCAGGCCTCTCATGCCCTGA;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=49;WE=16168475;WS=16168457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,64:0.43:149
chrX	16168677	rs4986946	T	C	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=53;PP=1359;ReadPosRankSum=2.771;SC=TCTACGTCATTCCACTGTCGA;SOR=0.905;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=152;TCF=61;TCR=91;TR=86;WE=16168685;WS=16168667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,132:0.56:237
chrX	16189670	rs12839379	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=0.839;SC=TGTCTACCGCGTGTTCCTTTG;SOR=0.963;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=7;WE=16189678;WS=16189660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chrX	16608793	rs1527805	G	A	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=27;PP=1615;SC=CCTGTGAGGCGAGTCCTATAA;SOR=1.295;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=83;WE=16608801;WS=16608783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	16711550	.	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,53:0.40:131
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chrX	16762002	rs4830562	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=165;ReadPosRankSum=1.374;SC=CATGGCCTCCATTATGTGCTC;SOR=0.180;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=15;WE=16762010;WS=16761992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chrX	16858109	.	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-2.408;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chrX	16859628	rs5924530	G	A	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=534;ReadPosRankSum=0.491;SC=GGGCTCTTCAGACAGAAAGGA;SOR=0.857;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=39;WE=16859636;WS=16859618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,69:0.48:145
chrX	16871972	rs142122251	GAGA	G	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.826;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chrX	16873058	rs5924532	A	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chrX	16873108	rs150641871	GTT	G	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chrX	16873176	rs66524293	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.489;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chrX	16876980	rs4828536	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=494;ReadPosRankSum=-0.212;SC=ATTCTAATGTGAGGAGAAAGA;SOR=0.667;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=36;WE=16877000;WS=16876970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chrX	16876991	.	AAC	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-1.249;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,8:0.11:71
chrX	17070688	rs933946	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GACTACAGGAGTGAATACAAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=17070696;WS=17070678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chrX	17092152	rs1346246	G	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.101;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=449;ReadPosRankSum=-0.973;SC=ACATTTACCTGTTGATGTGTT;SOR=1.067;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=30;WE=17092160;WS=17092142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chrX	17167204	rs12557633	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=-0.707;SC=GAATCTATTCCGTGCATATTT;SOR=0.075;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=17167212;WS=17167194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chrX	17705850	rs5901624	C	CT	8071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=73;PP=2526;SC=CGCCCTGTTTCTTGTCTTGCA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=25;TCR=75;TR=97;WE=17705859;WS=17705840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chrX	17737563	.	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=537;ReadPosRankSum=0.533;SC=CGGCCCTATCCCACTCTGTCC;SOR=0.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=39;WE=17737571;WS=17737553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,63:0.50:126
chrX	17819377	rs6527818	T	C	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chrX	18230715	rs17274127	A	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=184;ReadPosRankSum=-0.960;SC=CTCTTTTTGGAAAATCCACTT;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=12;WE=18230723;WS=18230705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chrX	18265832	rs16992372	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=281;ReadPosRankSum=-1.798;SC=AGAGTATACATAAGTGGTAGC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=17;WE=18265840;WS=18265822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chrX	18278199	rs5909435	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=0.256;SC=TCTTTTTCCCTTATTATTTTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=8;WE=18278207;WS=18278189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chrX	18342034	rs3213544	G	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=649;ReadPosRankSum=1.941;SC=CAGGTTGTATGTCTGGGGAAT;SOR=0.553;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=47;WE=18342042;WS=18342024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chrX	18582466	.	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chrX	18646479	.	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=268;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GCATTCTCATCCTTTCTTTCA;SOR=0.587;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=19;WE=18646487;WS=18646469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chrX	18671795	rs56396491	AT	GA	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=477;SC=TGTTGTTAAGATCAAAAACCA;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=18671804;WS=18671785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	18751832	.	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chrX	18779721	rs2269584	A	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=0.745;SC=CTAAATATTAACATTTTTCTT;SOR=0.340;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=16;WE=18779729;WS=18779711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chrX	18824490	rs140334279	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=0.250;SC=ACTAATGTTACGTGAACCTGA;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=18824498;WS=18824480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chrX	18844012	rs2273247	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=-1.065;SC=TGTATGTTGGGGATACAAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=11;WE=18844020;WS=18844002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chrX	18929128	rs11291764	CT	C	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.646;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chrX	18972497	rs17313469	C	G	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=535;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TCCTTCTGCTCATGGCTGGCT;SOR=0.756;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=35;WE=18972505;WS=18972487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
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chrX	19041592	rs5909263	C	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.10;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chrX	19373452	rs13440874	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=435;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AACCCCTTTTCGTAACTACTT;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=25;WE=19373460;WS=19373442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chrX	19373647	rs11278403	GGGCCAA	G	2211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.333;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.293;NF=3;NR=51;PP=2860;ReadPosRankSum=-1.127;SC=GGTGGGGCCGGGGCCAAGGCC;SOR=1.061;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=109;TCF=13;TCR=96;TR=54;WE=19373660;WS=19373637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,101:0.55:184
chrX	19373789	rs7058209	C	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.599;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.346;NF=14;NR=13;PP=340;ReadPosRankSum=-1.405;SC=TCGCCCCTCCCCTGTTTATTA;SOR=0.226;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=27;WE=19373797;WS=19373779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chrX	19373839	rs1126565	A	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chrX	19373967	rs7058518	C	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTAGTGGGTACCTGCTAATTG;SOR=1.508;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=19373975;WS=19373957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
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chrX	19377584	rs5955760	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=1.417;SC=CTAAAACCTTTTACACTGTTA;SOR=0.420;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=18;WE=19377592;WS=19377574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
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chrX	19378830	rs15816	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-0.073;SC=AACATGTAGCGTGGTGGGACA;SOR=1.179;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=6;WE=19378838;WS=19378820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chrX	19389184	.	TA	T	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-2.717;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
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chrX	19391923	.	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chrX	19444528	rs5955777	C	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.634;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chrX	19449839	rs5955779	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=1.198;SC=CGAAGCGGGTAGATCATTTGA;SOR=0.905;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=5;WE=19449847;WS=19449829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chrX	19478294	rs5909118	T	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=224;ReadPosRankSum=-0.832;SC=AAACACAAAATCCTCCAGTCA;SOR=0.847;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=18;WE=19478302;WS=19478284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chrX	19478336	rs61014139	C	CA	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=272;ReadPosRankSum=-2.192;SC=GTCTTGCGCCCAAAATGGTTC;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=9;WE=19478344;WS=19478326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chrX	19482476	rs5909299	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
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chrX	19533301	.	CCGG	C	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=32;QD=27.0;SC=CCCTCCACCCCCGGCGGCGGC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=2;WE=19533311;WS=19533291;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chrX	19649784	.	A	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=0.912;SC=AAGGCAAACAAATCTATTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=11;WE=19649792;WS=19649774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chrX	19688957	.	CA	C	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.500;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.479;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chrX	19713666	.	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=224;ReadPosRankSum=-1.741;SC=GAACAGAAGGGAGGCTGGAGC;SOR=1.236;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=14;WE=19713674;WS=19713656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chrX	19713779	.	C	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=805;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CATCCGACTCCCCTGACAGCT;SOR=0.726;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=51;WE=19713787;WS=19713769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,71:0.50:143
chrX	19971831	.	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=-2.528;SC=GCAGCCCCTTCCCAAATCTTT;SOR=0.837;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=19;WE=19971839;WS=19971821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chrX	20031346	.	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=228;ReadPosRankSum=-1.320;SC=TTTGAGCCTGGACCATCTGCC;SOR=0.493;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=17;WE=20031354;WS=20031336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chrX	20067879	rs60349697	T	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=198;ReadPosRankSum=1.315;SC=ACGGTCAGACTGTGTTCTACA;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=19;WE=20067887;WS=20067869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chrX	20071046	rs34519770	T	C	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=648;ReadPosRankSum=0.916;SC=CAGGCGTTTATTCATGGGAGG;SOR=0.652;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=48;WE=20071054;WS=20071036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,76:0.47:160
chrX	20134980	rs17523345	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.036;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=380;ReadPosRankSum=0.152;SC=TCCCGGAGCCGCCGCCGCCGC;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=31;WE=20134988;WS=20134970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chrX	20180920	rs58008925	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=150;ReadPosRankSum=-0.220;SC=AACTATGGCTGTGTCACTGTA;SOR=0.352;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=13;WE=20180928;WS=20180910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chrX	20204461	rs2230488	G	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chrX	20205856	rs7882807	A	C	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=683;ReadPosRankSum=-1.030;SC=AAAATAAAGAAAATAAAAACA;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=43;WE=20205864;WS=20205846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,59:0.49:121
chrX	20253004	.	CA	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.437;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chrX	20284862	rs11276983	GGCGGCA	G	701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.67;QD=36.93;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	21392876	.	G	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=0.194;SC=CGCGAGACCCGACACACAAAA;SOR=0.174;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=11;WE=21392884;WS=21392866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chrX	21613200	.	G	GT	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.4999;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=22;QD=10.3333333333;SC=GGGAACGATAGTTTTTTTTTT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=3;WE=21613208;WS=21613190;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chrX	21861372	.	A	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,84:0.47:180
chrX	21861434	rs3213451	A	G	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chrX	21875821	rs11339991	TA	T	242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.67;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	21985464	rs3747276	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=207;ReadPosRankSum=-0.948;SC=GTTCTTCATACCTGGTCACTT;SOR=0.683;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=15;WE=21985472;WS=21985454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chrX	21990455	rs7051872	G	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chrX	22002711	rs2239674	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=0.127;SC=CTGCCACTCAATGAGTGAACT;SOR=0.896;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=13;WE=22002719;WS=22002701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chrX	22116211	.	G	GT	185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=0.707;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,14:0.82:17
chrX	22151720	rs77710864	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=-0.234;SC=ATGCAGGAACGAAAAGGAAAG;SOR=0.999;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=21;WE=22151728;WS=22151710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chrX	22230975	rs3213493	T	C	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=6;PP=611;SC=GTACTCATCATTGAATCAATC;SOR=1.880;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=22230983;WS=22230965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	22231249	rs11416169	C	CA	1299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=1186;SC=TCCTTGTTACCAGGGTGTATG;SOR=2.242;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=26;WE=22231257;WS=22231239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	22239720	rs3752433	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=487;SC=CGAACTTTTCCTTTTGCTAGG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=22239728;WS=22239710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	22244528	rs60807057	ATT	A	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chrX	22291784	.	G	A	3244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1561;ReadPosRankSum=1.097;SC=CATCCAGTGGGAAACCGTTAG;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=218;TCF=102;TCR=116;TR=101;WE=22291792;WS=22291774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,155:0.50:310
chrX	23398214	rs5926304	T	C	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=770;ReadPosRankSum=1.986;SC=CCATCCTGTGTTGCTCTATGC;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=52;WE=23398222;WS=23398204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,73:0.52:140
chrX	23410620	.	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.61;ReadPosRankSum=-1.735;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chrX	23410803	.	G	A	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=539;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TGGCATAGGGGCCAGCCCTTT;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=35;WE=23410811;WS=23410793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,59:0.66:89
chrX	23682877	rs477914	T	C	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=508;SC=GCTGGCATCATCTTTTTCATC;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=23682885;WS=23682867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	23682929	rs478051	G	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=10;PP=242;SC=AGAAAGCAGAGTATACAGTGG;SOR=1.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=23682937;WS=23682919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	23682976	rs476316	A	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=139;SC=GGAAAGGGGAAATTTTCTATC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=23682984;WS=23682966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	23685964	rs496067	T	C	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=57;PP=1917;SC=GGAGGGGAGATTCCGGAGACA;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=23685972;WS=23685954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chrX	23689636	rs513572	AT	TC	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=25;PP=2514;SC=CATGTATTTTATTTTCTTAGT;SOR=0.984;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=66;WE=23689645;WS=23689626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	23697485	rs795493	G	A	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=28;PP=773;SC=TTATGAAATAGAAGAACAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=23697493;WS=23697475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	23700473	rs552105	G	A	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=10;PP=512;SC=ACATAAATGAGAAGAAATGAC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=23700481;WS=23700463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	23700693	rs795489	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=0.603;SC=AGATAGCATAATTAGTTAGGT;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=21;WE=23700701;WS=23700683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chrX	23701662	rs2665364	G	A	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=154;SC=TCATGTGCTCGGTGGTCTGGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=23701670;WS=23701652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	23722835	rs11175	A	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=423;ReadPosRankSum=0.073;SC=GGGAAAACCAATGGCACTTCT;SOR=0.480;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=36;WE=23722843;WS=23722825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,70:0.47:148
chrX	23723261	rs2270142	T	C	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=46;PP=1404;SC=AATTGTTTCCTCTAACAACTA;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=68;WE=23723269;WS=23723251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	23739857	rs5970601	A	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=194;SC=CCCACCATCCATATGACATGA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=23739865;WS=23739849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	23761122	rs3764883	A	C	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CCCTTATCATAGAGCCCAAAT;SOR=0.553;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=23761130;WS=23761112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chrX	23801593	rs3764885	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=13;PP=497;SC=CGTTTCCCAGAGTGGGGTGAT;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=23801601;WS=23801583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	23801702	rs3764884	G	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=13;PP=610;SC=GCCCCATTCCGTTCCCCTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=23801710;WS=23801692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	23926042	.	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=0.624;SC=CCCGGGCAGCGGGTGAACGCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=23926050;WS=23926032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chrX	23928489	rs2707164	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=8;PP=322;SC=ACAAAAAGTTCGCAGAGTACA;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=23928497;WS=23928479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	23934202	rs2520230	A	G	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=2;PP=45;SC=TTCATTACCAATTCTTTACAT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=23934210;WS=23934192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	23945611	rs2707144	G	T	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	24073761	rs36018672	C	T	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=48;PP=1729;SC=CACTTTCACACGAAGTTATCA;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=99;WE=24073769;WS=24073751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chrX	24084241	rs150782745	G	GT	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.765;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,38:0.86:44
chrX	24381316	.	C	T	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQRankSum=0.373;QD=10.68;ReadPosRankSum=-2.122;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chrX	24381387	rs1207577	G	C	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.356;NF=46;NR=30;PP=1115;ReadPosRankSum=-1.656;SC=TACGTCCAACGATGCAGACTT;SOR=0.877;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=76;WE=24381395;WS=24381377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,130:0.62:209
chrX	24382373	.	T	TTGCTGCTGC	2401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=2856;ReadPosRankSum=-0.555;SC=GCTGCTGCTATTGCTGCTGCT;SOR=0.653;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=118;TCF=24;TCR=94;TR=35;WE=24382383;WS=24382360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,75:0.54:139
chrX	24382792	rs5944420	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.334;NF=11;NR=21;PP=495;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GGGTGCCCCCGCTCCTGCAGG;SOR=0.631;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=32;WE=24382800;WS=24382782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chrX	24536954	.	GCA	G	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chrX	24580746	rs1882403	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=11;PP=259;SC=ACCTACACTCATACCACATCC;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=24580754;WS=24580736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chrX	24712127	.	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=616;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GAGTGGTGAGGGACAATTCCG;SOR=0.956;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=43;WE=24712135;WS=24712117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,60:0.38:156
chrX	24732821	.	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chrX	24760276	rs113389943	AC	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chrX	24766651	rs3764770	G	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=15;PP=368;SC=GAGTAAACAGGATGCTGGGCA;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=24766659;WS=24766641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	26157220	rs5944317	C	T	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.391;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,73:0.47:154
chrX	26157792	rs5944318	C	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=577;ReadPosRankSum=0.233;SC=GTGTATATGCCGATAGGAAGC;SOR=0.260;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=42;WE=26157800;WS=26157782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,46:0.48:95
chrX	26179532	rs5943854	A	G	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=870;ReadPosRankSum=1.888;SC=GGTCTCTCCAATGAAGGAAGT;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=65;WE=26179540;WS=26179522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,89:0.51:175
chrX	26213219	rs5986312	T	C	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.78;MQRankSum=-2.393;NF=18;NR=43;PP=934;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TTGGCCAGGGTACCTTATGGG;SOR=0.753;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=61;WE=26213227;WS=26213209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,85:0.52:164
chrX	27479339	rs12842916	A	G	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=61;PP=1969;SC=TGGCATAACTACTTCTCCTGC;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=101;WE=27479347;WS=27479329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chrX	27765399	rs371896121	AGAG	A	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.071;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.461;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chrX	27839411	.	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chrX	27998369	.	A	T	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,119:0.52:229
chrX	27999146	rs41311803	C	T	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,134:0.54:246
chrX	27999397	.	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=555;ReadPosRankSum=-0.813;SC=CTGCTGAACAGGCTTTCAGTC;SOR=0.422;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=40;WE=27999405;WS=27999387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,60:0.54:112
chrX	28807345	rs12009069	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chrX	28807442	rs6526806	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chrX	29417510	rs4829347	C	A	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=47;SC=GATATTTTTACTCTCTAAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=29417518;WS=29417500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	29973696	.	C	T	3167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.651;SC=ACGTACCATTCACAAATGCGT;SOR=0.814;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=174;TCF=82;TCR=92;TR=88;WE=29973704;WS=29973686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,158:0.54:295
chrX	30236878	rs2529541	G	A	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=48;PP=1925;SC=CATTCCCCAGGAGCCTCAGAG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=30236886;WS=30236868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chrX	30254361	rs2071308	G	A	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=25;PP=809;SC=GTGCAGTCTCGCACAGACCCT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=30254369;WS=30254351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	30254376	rs2071309	T	C	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	30254530	rs2071310	A	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=18;PP=730;SC=TGGAGGTGGTATTTGGTGTTG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=30254538;WS=30254520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	30260934	.	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=327;ReadPosRankSum=0.256;SC=GAATATGCTGGGGATCTATGA;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=23;WE=30260942;WS=30260924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chrX	30261002	rs2071311	A	G	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=29;SC=AAGATCTGGTACAGGAAAAAT;SOR=0.883;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=68;WE=30261010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	30261158	rs2856733	G	C	5276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=61;PP=2305;SC=ACTTCCCACTGCTTTATGAAG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=118;WE=30261166;WS=30261148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chrX	30323916	rs3788891	T	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=124;ReadPosRankSum=-0.873;SC=AATTAGCAGTTGACCACTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=10;WE=30323924;WS=30323906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chrX	30326983	rs2269345	C	T	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=910;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CGCCCCCTGGCCGTGCCTCGG;SOR=0.493;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=142;TCF=85;TCR=57;TR=63;WE=30326991;WS=30326973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,109:0.54:201
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chrX	30577957	.	C	T	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=728;ReadPosRankSum=2.177;SC=AGTCACTGGGCTGAGTAGAAA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=47;WE=30577965;WS=30577947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,65:0.42:155
chrX	30671896	rs12854653	G	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=510;SC=GGATGCCCCAGCCAGGCCTGG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=30671904;WS=30671886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	30686151	.	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=0.366;SC=GGACCCTAAGGAAATTCTACA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=30686159;WS=30686141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chrX	30695719	.	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.206;SC=TGAGGTGGGTGGATCACGAGG;SOR=0.128;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=7;WE=30695727;WS=30695709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chrX	30712796	rs5927587	G	C	116.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chrX	30715827	rs2035432	C	T	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=-2.270;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,107:0.53:201
chrX	30742592	rs75486718	GA	G	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chrX	30745790	rs5927596	A	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-0.292;SC=GAAAATCAATAAAAGGTCTAA;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=30745798;WS=30745780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chrX	30849622	.	CC	TT	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.214;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.604;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chrX	30872602	rs5927629	A	G	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chrX	30877477	rs137921689	C	CCA,CCACACACACACACACACA	363.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.70;QD=30.31;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,3:0.75,0.25:12
chrX	30877801	rs58473340	TAAA	T	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.03;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chrX	31089930	rs438870	C	T	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,115:0.46:249
chrX	31132797	rs10536600	CGG	C	80.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.04;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	31132806	rs1269041	G	T	89.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.30;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	31132942	rs181340748	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-2.090;SC=AACGCACCAAGAGTCCAGATG;SOR=1.508;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=31132950;WS=31132932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chrX	31165561	.	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=391;ReadPosRankSum=0.108;SC=CATCATTTCAGGAGGGGACGG;SOR=0.752;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=29;WE=31165569;WS=31165551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chrX	31165667	rs200534475	AAAAG	A	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chrX	31191589	rs2404496	C	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=248;ReadPosRankSum=0.242;SC=TTTAAAATATCATAGGTTAGC;SOR=0.235;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=19;WE=31191597;WS=31191579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chrX	31200832	rs72515393	AT	A,ATT	1104.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.333;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,40,29:0.54,0.39:74
chrX	31224684	rs2293668	A	G	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=24;PP=1150;SC=TACAGCATTAATATACACGAC;SOR=1.072;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=64;WE=31224692;WS=31224674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	31224881	rs2293667	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	31341791	.	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chrX	31496350	rs1800280	C	T	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=32;PP=1400;SC=TTGAAGTTCCCGGAGTCTTTC;SOR=0.924;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=79;WE=31496358;WS=31496340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chrX	31526200	rs3788893	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chrX	31676096	rs2270672	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=249;ReadPosRankSum=0.871;SC=TAGAAATAATGTAATTCATAC;SOR=0.751;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=23;WE=31676104;WS=31676086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chrX	31697636	rs1801188	A	G	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=708;ReadPosRankSum=0.647;SC=TTAACATTTCATTCAACTGTT;SOR=0.698;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=52;WE=31697644;WS=31697626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,92:0.56:165
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chrX	31854782	rs1379871	G	C	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=395;ReadPosRankSum=-1.274;SC=GTACAACAGGGGAAGCATAAC;SOR=0.846;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=36;WE=31854790;WS=31854772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,61:0.48:126
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chrX	32360138	rs3833416	CTT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
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chrX	32361033	rs7891425	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TCTTAAATCACTTTACATAGT;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=10;WE=32361041;WS=32361023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chrX	32363964	rs10626188	A	AAG	230.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=224;SC=TCTGATGACTAAGTCTGAAGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=32363972;WS=32363954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	32380996	rs1801187	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GTGGTCACCGCGGTTTGCCAT;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=18;WE=32381004;WS=32380986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chrX	32459169	rs41303185	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chrX	32472763	rs5902031	C	CT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-2.316;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chrX	32482875	rs72468663	A	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=6.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chrX	32503194	rs228406	T	C	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=44;PP=1417;SC=AGGTTGAAGATCTGATAGCCG;SOR=1.048;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=32503202;WS=32503184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chrX	32563263	rs228373	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=140;ReadPosRankSum=-1.698;SC=ATAAAAGCTTAAGATGCTCTC;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=13;WE=32563271;WS=32563253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chrX	32563488	rs115571	A	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=1.693;SC=AGACATTGCTAGAAAGACTTC;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=32563496;WS=32563478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chrX	32583777	.	A	ATC	1212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.000;NF=12;NR=9;PP=855;ReadPosRankSum=0.371;SC=GGTTTAAAAAATCTCTGAGAT;SOR=1.060;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=21;WE=32583785;WS=32583767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chrX	32716132	rs72470514	GG	TC	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=-1.151;SC=AGAAGGGTTTGGGGGAGTGGA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=32716141;WS=32716122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chrX	32868070	rs3764763	C	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=181;SC=CCGAAGATGACGGATGAAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=32868078;WS=32868060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	34148282	.	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=698;ReadPosRankSum=0.064;SC=TAGCTTTTTCCACAACTTAGG;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=39;WE=34148290;WS=34148272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chrX	34148365	.	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.690;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=543;ReadPosRankSum=1.409;SC=TGTGGAATTTCCTGCCCCAGT;SOR=0.599;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=43;WE=34148373;WS=34148355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,65:0.39:165
chrX	34148805	.	CGAGACTGGACGTCCGACGAGTCTTGGGAGGCTCCGAGCG	C	3117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;QD=41.02;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	34674970	rs5928617	C	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.936;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chrX	34961283	.	C	T	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;ReadPosRankSum=1.955;SC=CCAGTACAGCCAGCACGGAAG;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=45;WE=34961291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chrX	34962909	rs6632131	A	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=635;ReadPosRankSum=0.540;SC=TTACTGCTTAATTGGGTATTT;SOR=0.521;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=38;WE=34962917;WS=34962899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chrX	35820265	rs5928990	C	T	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=975;ReadPosRankSum=-1.302;SC=TTCTTCATTGCCTGCCCTCCT;SOR=0.451;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=70;WE=35820273;WS=35820255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,102:0.53:192
chrX	35820425	rs1410961	C	T	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=745;ReadPosRankSum=0.922;SC=GGAGAAGACCCTCCTCTCCTC;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=66;WE=35820433;WS=35820415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,110:0.51:215
chrX	35820696	rs1410962	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=520;ReadPosRankSum=-1.316;SC=CTGCACAAGTGTCAGATGAAA;SOR=0.888;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=34;WE=35820704;WS=35820686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
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chrX	35821055	rs4829390	AT	GA	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=748;ReadPosRankSum=-1.295;SC=AGAGCCCAGAATGCTCATCAC;SOR=0.565;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=18;WE=35821064;WS=35821045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
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chrX	35821308	rs4829394	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=1.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chrX	35984669	.	C	CT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.477;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chrX	36004162	.	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.899;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.366;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=369;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TGCCGGTTCTGAAATTTGAAC;SOR=0.238;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=25;WE=36004170;WS=36004152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chrX	36083764	.	T	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TTTCAGGTTTTCACTTCCAGT;SOR=0.796;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=6;WE=36083772;WS=36083754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chrX	36090074	.	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=520;ReadPosRankSum=-1.814;SC=CCTGCAAAGGGAAACTTATTT;SOR=0.801;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=29;WE=36090082;WS=36090064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chrX	36117931	.	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=1.438;SC=TATTGTTATAGAAATGTCTAA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=15;WE=36117939;WS=36117921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chrX	36156216	.	A	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-1.758;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chrX	36162684	rs112700338	C	CTG	908.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=448;ReadPosRankSum=0.894;SC=CTAGGTGTGTCTGAGGGTGTT;SOR=0.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=11;WE=36162692;WS=36162674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chrX	36298490	.	C	T	57.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AATTAATTTTCACTTTATATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=36298498;WS=36298480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chrX	36303871	rs6629068	T	C	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=666;ReadPosRankSum=-1.606;SC=TCATAGACTCTGTCATTTTGT;SOR=0.694;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=53;WE=36303879;WS=36303861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,81:0.57:143
chrX	36303896	rs5973636	T	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=431;ReadPosRankSum=1.733;SC=ACTCAGACCTTTTGTTGTATA;SOR=0.621;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=28;WE=36303904;WS=36303886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chrX	36317014	.	C	T	146.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GTAATAATTTCCTTTACATTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=36317022;WS=36317004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chrX	36319193	.	T	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=246;ReadPosRankSum=-2.594;SC=CCAGCATTATTTTTCAGCCTG;SOR=0.963;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=17;WE=36319201;WS=36319183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chrX	36319378	.	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.158;SC=CATTCAGTTTCTAAAATAAAG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=36319386;WS=36319368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chrX	36366305	.	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=178;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CTCAAATTATGAAATTACACA;SOR=0.663;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=15;WE=36366313;WS=36366295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chrX	36371715	.	G	A	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=1135;ReadPosRankSum=0.310;SC=TGGTTTTTTCGGATTTAGTCT;SOR=0.771;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=35;WE=36371727;WS=36371705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chrX	36371719	rs41309695	T	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.337;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chrX	37026449	.	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=434;ReadPosRankSum=1.055;SC=AGGAACCGCGGAAACTGGAGA;SOR=1.040;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=25;WE=37026457;WS=37026439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chrX	37027668	.	CAA	C	5238.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.443;ClippingRankSum=0.000;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=6.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.324;QD=13.06;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,145:0.36:401
chrX	37027671	.	GAAT	G	5352.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.719;ClippingRankSum=0.000;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=5.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.334;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,145:0.36:405
chrX	37027676	.	GAGTGTCTCCTCTCTTCCCGGAGCCTCCC	G	5176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.573;ClippingRankSum=0.000;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=5.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.417;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,144:0.33:435
chrX	37027708	.	ACTCGCATATCTAATCTCCGCTC	A	5139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.558;ClippingRankSum=0.000;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=4.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.353;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.077;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,141:0.35:401
chrX	37028659	.	C	T	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=50;PP=1167;ReadPosRankSum=0.561;SC=CGTATCTCATCTCTGCCCGGA;SOR=0.702;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=190;TCF=79;TCR=111;TR=89;WE=37028667;WS=37028649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,123:0.46:268
chrX	37515166	rs5963876	G	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chrX	37518806	rs12009345	C	T	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chrX	37527659	rs28503960	T	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=289;ReadPosRankSum=-1.558;SC=GAACATCTGCTGTATACCAGA;SOR=1.159;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=22;WE=37527667;WS=37527649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chrX	37545552	.	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=-0.010;SC=GGCGGTTTTCCTGTGGAGACA;SOR=1.199;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=23;WE=37545560;WS=37545542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chrX	37587804	rs2230148	A	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=1.962;SC=CACAGGGAACAAGGCAGGAAG;SOR=0.976;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=14;WE=37587812;WS=37587794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
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chrX	37641526	rs4422908	C	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=1.181;SC=ATTTTAAATACATATTCTGAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=37641534;WS=37641516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chrX	37655143	rs35634034	ATGTGTGTG	A	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=12.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.30;ReadPosRankSum=1.478;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chrX	37663322	rs141756032	G	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=199;ReadPosRankSum=-2.240;SC=CTGGACAGAGGGGCTGTTCAA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=16;WE=37663330;WS=37663312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chrX	37696519	rs7066115	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=0.860;SC=GGGAGGCTGAGGCAGAAGAAT;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=7;WE=37696527;WS=37696509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chrX	37696553	rs7055948	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GAGGCAGAGGTTGCAGTGAGC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=37696561;WS=37696543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chrX	37700038	.	CACACATATATAT	C	809	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=66;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=809;QD=203.0;SC=CACACACACACACACATATAT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=37700057;WS=37700028;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	37955624	.	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=-1.300;SC=TGTTAGTCTTCACAGTCAACA;SOR=1.426;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=37955632;WS=37955614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chrX	37962388	.	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=180;ReadPosRankSum=1.209;SC=AACCATACTTCACAAATTTCA;SOR=0.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=18;WE=37962396;WS=37962378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chrX	38009121	rs35318931	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=307;ReadPosRankSum=-1.114;SC=CATACTGAAGGAGTAGAGTGG;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=19;WE=38009129;WS=38009111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chrX	38037479	rs5918489	A	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=0.551;SC=TCACAAGGCAAAAAGGAAAGT;SOR=0.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=7;WE=38037487;WS=38037469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chrX	38080703	rs7877137	G	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=332;ReadPosRankSum=-2.062;SC=CCATACTACAGATTTTTTGTT;SOR=1.101;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=29;WE=38080711;WS=38080693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chrX	38132628	rs4084271	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.403;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chrX	38134296	rs41312110	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=1.782;SC=ATATATATGTGTGTATGTATG;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=7;WE=38134304;WS=38134286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chrX	38134396	.	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chrX	38158193	rs5918522	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=267;ReadPosRankSum=1.574;SC=TTATACAGAATAGGCCACAAT;SOR=0.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=19;WE=38158201;WS=38158183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chrX	38169777	rs35587043	T	TA	978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=615;ReadPosRankSum=-0.105;SC=CTTACCACAATAAAAAAATGA;SOR=0.787;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=25;WE=38169785;WS=38169767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chrX	38180266	.	GT	AA	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.703;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,47:0.40:117
chrX	38226603	rs1800321	A	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=435;ReadPosRankSum=-1.076;SC=CTCACTCTAAAAAACTTTACC;SOR=0.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=34;WE=38226611;WS=38226593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,58:0.57:102
chrX	38240555	rs143626513	G	GT	749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=470;ReadPosRankSum=0.571;SC=CACTTTAGTTGTTTTTTCAAA;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=20;WE=38240563;WS=38240545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chrX	38240587	rs73196229	T	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.929;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=549;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CTTTTTTTTTTATTGTAGGCT;SOR=0.276;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=44;WE=38240595;WS=38240567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,69:0.64:108
chrX	38262808	rs2235125	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.647;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chrX	38268220	rs1800328	A	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chrX	38271377	rs3215429	A	AT	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=0.520;SC=TGTAACATCTATTTTTTTCCA;SOR=0.227;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=12;WE=38271385;WS=38271367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chrX	38515168	rs5917614	G	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=182;SC=AAGCCAAATAGGTTCAACATA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=38515176;WS=38515158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	38535174	rs4826996	A	G	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=43;PP=1202;SC=GGGCTTTTTTATTTCCATGAA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=38535182;WS=38535164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	38547055	.	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.108;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chrX	39933339	rs5917933	A	G	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=752;ReadPosRankSum=0.015;SC=GTGAGCTGCCATCTTTTCTGT;SOR=0.760;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=151;TCF=77;TCR=74;TR=60;WE=39933347;WS=39933329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,104:0.40:263
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chrX	40571374	.	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=307;ReadPosRankSum=0.309;SC=AAGGACAAATGAAAAATGTGG;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=19;WE=40571382;WS=40571364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chrX	40571413	rs4827226	T	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
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chrX	40996313	rs113937187	A	G	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=553;ReadPosRankSum=0.409;SC=AAATAATACAATTGTTTTGTT;SOR=1.048;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=37;WE=40996321;WS=40996303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chrX	40999853	rs41298468	C	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GCTTTTTTTTCGTGCTTTTTA;SOR=1.080;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=4;WE=40999861;WS=40999843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chrX	41007940	rs1978255	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=-0.591;SC=AATGATCTTCCGGAGTTGACT;SOR=1.508;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=15;WE=41007948;WS=41007930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chrX	41012102	rs2302380	G	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.183;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=320;ReadPosRankSum=1.946;SC=TAATTTTTAAGTTTTTACATC;SOR=0.204;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=21;WE=41012110;WS=41012096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chrX	41030903	rs41311841	T	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chrX	41031401	.	C	CA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chrX	41043944	rs5918130	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.505;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chrX	41055311	rs6520734	G	C	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=344;SC=CCTGGACATAGAGCTTAAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=41055319;WS=41055301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	41058132	rs3788877	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.31;ReadPosRankSum=1.050;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chrX	41060613	rs1321127	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-1.163;SC=AGAGTGTTATACTTTCATCAA;SOR=0.349;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=17;WE=41060621;WS=41060603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chrX	41073730	rs7051021	A	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	41073734	rs2058321	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	41084534	rs2302378	G	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=214;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GTAAATAACAGGTTCTCCCCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=14;WE=41084542;WS=41084524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chrX	41091630	.	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=607;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GATCTTTTCTCCTTTCCCAGA;SOR=0.664;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=37;WE=41091638;WS=41091620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chrX	41203119	rs2275944	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=522;ReadPosRankSum=0.247;SC=AACTTTGTAGGTGGCCATTGA;SOR=0.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=36;WE=41203127;WS=41203109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chrX	41414832	.	C	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
chrX	41530567	rs149954887	G	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.507;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=321;ReadPosRankSum=1.439;SC=GAGTTGGGGTGGGGTGGAATG;SOR=1.563;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=20;WE=41530575;WS=41530557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chrX	41554814	rs913602	T	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=10;PP=1306;SC=GTAGGAAAAATCTGAAGACAT;SOR=2.948;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=61;WE=41554822;WS=41554804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chrX	41587218	rs1023065	T	C	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=26;PP=878;SC=TTTTATTAGATAAAACATTCA;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=41587226;WS=41587208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chrX	43595428	rs2235186	A	G	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=29;PP=1173;SC=CAGCTCTTAAAATAAACAGCT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=43595436;WS=43595418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	43601142	rs979606	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=2;PP=464;SC=ATTATTGACTCGCAGCATTTC;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=43601150;WS=43601132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	43601363	rs979605	A	G	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=51;PP=1544;SC=GCAGAGTTCAATGCAAATTCT;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=80;WE=43601371;WS=43601353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	43603329	.	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=314;ReadPosRankSum=0.621;SC=AGCCTCTTTTCATAATACCAT;SOR=0.687;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=24;WE=43603337;WS=43603319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chrX	43603391	rs1137070	T	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=22;PP=803;SC=CCGAGAAAGATATCTGGGTAC;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=43603399;WS=43603381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	43628589	.	C	T	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=585;ReadPosRankSum=-1.936;SC=TCTACAGCCCCCTCCATGTAG;SOR=1.002;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=42;WE=43628597;WS=43628579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,58:0.67:87
chrX	43638098	.	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=1.645;SC=CCATTGATTCCACTCCAGCAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=43638106;WS=43638088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chrX	43652654	.	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=428;ReadPosRankSum=0.567;SC=TTTATATAAGGAAAGTACTCA;SOR=0.442;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=27;WE=43652662;WS=43652644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chrX	43662639	.	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=-2.465;SC=CCCCTGAAGGGGTATGATTTG;SOR=0.885;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=20;WE=43662647;WS=43662629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chrX	43741616	rs1181251	G	C	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=65;PP=2035;SC=CCAGTCCTGCGTGCCAGCCAG;SOR=1.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=93;WE=43741624;WS=43741606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chrX	44202890	rs5902346	G	GC	3909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=27;PP=2014;SC=GCAGGCAGCGGCGCCTCCCGG;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=44202898;WS=44202880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chrX	44833841	rs6611055	C	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=1.405;SC=ATCTTGTTACCGTGTTTGTTA;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=11;WE=44833849;WS=44833831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chrX	44935924	rs10605935	CT	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chrX	45011340	rs4824527	T	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=583;SC=CGGTGGCTCATGCCTGTAATC;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=45011348;WS=45011330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	45013523	.	C	CCTATCTAT	165.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=33.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	45017166	rs5952693	A	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chrX	45050973	rs4239958	C	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=159;SC=TTCACACCCCCTTCCCATGGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=45050981;WS=45050963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	45051111	rs1132201	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=270;ReadPosRankSum=-1.306;SC=GGCACAGATTCTCCTGTCTGA;SOR=0.906;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=20;WE=45051119;WS=45051101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chrX	45606305	.	TG	T	177	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=72;MMLQ=24;MQ=54.97;NF=3;NR=2;PP=177;QD=37.6;SC=TCTCTCTCTTTGTGTGTGTGT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=45606313;WS=45606293;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	45606306	.	G	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	45606308	rs368491061	G	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	45606310	rs371624837	G	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	45606312	rs374264601	G	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	46321944	rs11342771	CA	C	954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=1.433;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,63:0.89:71
chrX	46387807	.	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;ReadPosRankSum=0.327;SC=GTACCGGGGTCCCTCCATCTG;SOR=0.603;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=30;WE=46387815;WS=46387797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chrX	46618321	rs1056846	C	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=28;PP=881;SC=TGCTGTCCTCCGCCGCCGCCC;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=46618329;WS=46618311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	46713190	.	T	G	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=2.610;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,145:0.48:301
chrX	46737138	rs58164919	G	GGTGTGT,GGT	202.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.090;HP=3;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.473;NF=1,1;NR=6,6;PP=150,87;ReadPosRankSum=0.551;SC=GAATTTTTGGGGTGTGTGTGT;SOR=2.584;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7,7;WE=46737146;WS=46737128;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.64:11
chrX	46749842	.	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
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chrX	46944155	rs6611328	A	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GAGTTCGATAACTGCCTGGGC;SOR=0.141;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=46944163;WS=46944145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chrX	46949403	rs6611330	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=1.349;SC=ATGTATTTTTCATTATTTGTC;SOR=0.829;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=28;WE=46949411;WS=46949393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chrX	46951004	rs5906327	G	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.291;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=6.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GAGAGCTCTCGGTTTGATTCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=46951012;WS=46950994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chrX	46952219	rs4480242	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chrX	47001816	.	T	G	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=1021;ReadPosRankSum=0.782;SC=CCTCTCAGCTTCGCGGCGGGA;SOR=0.542;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=61;WE=47001824;WS=47001806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,101:0.48:210
chrX	47007061	rs200972382	C	CCTGTGCT	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=0.087;SC=TGAGCCAGGACCTGTGCTAGG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=47007069;WS=47007051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chrX	47028687	.	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=3.047;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chrX	47057647	rs4468050	A	G	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=9;PP=538;SC=TCCCGCCGCCATCCCTGGGAT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=47057655;WS=47057637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	47060844	rs4239963	C	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=525;ReadPosRankSum=0.192;SC=GTACCCTGGGCCTGTTTCTGA;SOR=0.681;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=38;WE=47060852;WS=47060834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,71:0.42:171
chrX	47061018	rs4239964	C	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=25;PP=790;SC=GGGTGAGCTGCGACCATGGGG;SOR=0.960;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=47061026;WS=47061008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	47065186	rs4339766	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=-3.072;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chrX	47086347	rs6417923	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=433;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GGAGACACACGGGGAGGACCT;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=31;WE=47086355;WS=47086337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chrX	47086681	rs5902386	A	AC	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.323;NF=4;NR=10;PP=141;ReadPosRankSum=0.851;SC=GGAAACAGGGACCCCCCCCCT;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=14;WE=47086689;WS=47086671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chrX	47087812	rs41305231	G	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=1.019;SC=TTCCCTGGTTGTAGCTGGTTT;SOR=0.569;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=47087820;WS=47087802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chrX	47107350	.	GA	G	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chrX	47343254	rs2071778	C	T	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=38;PP=1435;SC=GGTCTTAACACCATTTTGCAT;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=47343262;WS=47343244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chrX	47372903	rs3748520	A	C	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.96;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	47424615	rs2071776	C	T	3013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=58;PP=1445;ReadPosRankSum=1.003;SC=ACAGCTGACCCGTGTCCCCTT;SOR=0.919;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=188;TCF=86;TCR=102;TR=97;WE=47424623;WS=47424605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,148:0.48:311
chrX	47430165	rs2858769	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,69:0.38:183
chrX	47430457	rs2854412	A	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=476;ReadPosRankSum=0.077;SC=TGACTCTGGGATAGAGGAAGA;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=33;WE=47430465;WS=47430447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chrX	47430509	rs34987183	AGT	A	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chrX	47430616	rs201066367	GTGTGT	G	1390.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.54;ReadPosRankSum=0.708;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chrX	47430623	.	T	G	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chrX	47430670	rs66838530	TG	T	2040.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=2070;ReadPosRankSum=2.402;SC=CTGGGGCTGTTGGGATGCCCA;SOR=0.898;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=52;WE=47430678;WS=47430660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,73:0.45:163
chrX	47442183	.	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.898;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chrX	47443111	rs55696512	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=0.464;SC=GCCCACCACAGGATCTGCATG;SOR=0.883;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=15;WE=47443119;WS=47443101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chrX	47444879	rs5953060	G	C	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=1117;ReadPosRankSum=1.409;SC=CGGGCCTTTGGCAGCTTGGCA;SOR=0.524;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=62;WE=47444887;WS=47444869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,86:0.64:134
chrX	47444985	rs4898	T	C	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=912;ReadPosRankSum=2.403;SC=CCTGCAGTTTTGTGGCTCCCT;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=69;WE=47444993;WS=47444975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,91:0.60:151
chrX	47445286	rs6609533	A	G	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.459;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=54;PP=1505;ReadPosRankSum=1.178;SC=CCGTGTGATCACCTGTCCCTC;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=187;TCF=91;TCR=96;TR=99;WE=47445294;WS=47445276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,156:0.51:305
chrX	47464291	rs3842471	GC	G	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=350;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TCTTGATATCGCACTGCTGAT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=10;WE=47464299;WS=47464281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chrX	47478774	.	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=0.864;SC=GCTCGTCGATGACCAGCAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=47478782;WS=47478764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chrX	47487912	rs11436787	T	TG	4575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=41;PP=2483;SC=ATTGGAAGGCTGCATGGCCAA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=47487920;WS=47487902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chrX	47658046	rs723119	C	T	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chrX	47662944	.	C	T	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.152;NF=28;NR=19;PP=618;ReadPosRankSum=0.270;SC=TCAGCTGGATCCCAAGGAAGA;SOR=0.857;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=47;WE=47662952;WS=47662934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,61:0.42:144
chrX	47662972	rs909713	T	G	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=39;PP=1883;SC=TCACTGCAAGTAATCAACACC;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=95;WE=47662980;WS=47662962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chrX	47663200	rs1207505	G	A	5790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=62;PP=2331;SC=CAGGACACCAGGGATATCATG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=119;WE=47663208;WS=47663190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chrX	47695547	rs1207491	T	C	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=27;PP=1283;SC=TTAGTATTGGTACTACGTAGT;SOR=1.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=68;WE=47695555;WS=47695537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chrX	47695742	rs35084954	CT	C	6648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=50;PP=2951;SC=TCCTCCTCCCCTTGTGGTATG;SOR=1.088;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=93;WE=47695750;WS=47695732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chrX	47755164	rs3949810	C	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	47757758	rs5906510	T	G	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=32;PP=1034;SC=TCACTGGGAGTGGGCAGTCTC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=47757766;WS=47757748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chrX	47775986	.	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=369;ReadPosRankSum=1.484;SC=GAAAGGGGTTCACCCAGAAAT;SOR=0.537;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=28;WE=47775994;WS=47775976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chrX	47835897	.	A	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=0.074;SC=CTGATGTATAATGAGCTTTGA;SOR=0.336;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=15;WE=47835905;WS=47835887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chrX	47917798	rs150405866	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=0.379;SC=TATTTCTATTCAATGTGAGTT;SOR=1.375;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=15;WE=47917806;WS=47917788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chrX	47918160	rs61736415	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=357;ReadPosRankSum=-0.257;SC=GTAGAATGAGATGTGACTTCA;SOR=0.877;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=24;WE=47918168;WS=47918150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chrX	47918205	rs501128	G	A	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=21;PP=1085;SC=TACACTCATAGGGTTTCTCCC;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=47918213;WS=47918195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	47919623	.	TAC	T	77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=26;MQ=59.73;NF=4;NR=0;PP=77;QD=20.0;SC=GAAAATCAAATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=47919632;WS=47919613;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chrX	47919793	.	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=356;ReadPosRankSum=1.664;SC=GGAAGAAGAAGATGCCCGCTT;SOR=0.733;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=23;WE=47919801;WS=47919783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chrX	47920356	rs727079	A	G	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=68;PP=2153;SC=CAATCTGCTCATTCTGGTCAT;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=122;WE=47920364;WS=47920346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chrX	47927449	rs2152823	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	48049666	rs5906557	C	T	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=57;PP=1570;SC=GCACTCCCTTCGAATCATTTC;SOR=1.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=79;WE=48049674;WS=48049656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	48053521	rs4239967	T	C	5911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=62;PP=2965;SC=TGAAAAGCAGTTGCGCTTGAG;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=104;TCR=62;TR=166;WE=48053529;WS=48053511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chrX	48054740	rs4824675	C	G	8198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chrX	48073924	rs4593689	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=438;ReadPosRankSum=-2.588;SC=TTATCTGTCATCTTCACATTA;SOR=1.082;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=32;WE=48073932;WS=48073914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chrX	48164138	rs5906631	A	G	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=14;PP=1262;SC=CAGTATCTCTATCCTCCCCTC;SOR=1.545;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=53;WE=48164146;WS=48164129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	48368262	.	C	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=784;ReadPosRankSum=-1.540;SC=AAGGCTGTCTCCTGCCTACTG;SOR=0.999;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=49;WE=48368270;WS=48368252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,66:0.49:136
chrX	48375554	.	C	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,61:0.60:102
chrX	48378985	rs367876867	AAC	A	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chrX	48385643	.	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=336;ReadPosRankSum=1.117;SC=GCATCCCCTCCGCTTCATTCT;SOR=0.553;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=30;WE=48385651;WS=48385633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chrX	48403444	.	T	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=619;ReadPosRankSum=-0.626;SC=AGCACTGCTCTGGAACCCCTT;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=38;WE=48403452;WS=48403434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chrX	48432791	rs2661105	T	C	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=272;SC=ACCACTCCGCTCCTGCTGGCC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=48432799;WS=48432781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	48433499	rs2249583	C	G	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=30;PP=1855;SC=TCGCTATTTTCTCACATCTCC;SOR=1.266;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=93;WE=48433507;WS=48433489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chrX	48433529	rs2249585	C	T	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=49;PP=2111;SC=CTCCTTCCTGCCACCATTCTT;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=115;WE=48433537;WS=48433519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chrX	48435308	rs235830	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=313;SC=TTTTTGATACGTAAGGTTTAT;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=48435316;WS=48435303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	48435928	rs235829	C	T	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=27;PP=727;SC=GGAGCTGCACCGAAGCATCTT;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=48435936;WS=48435918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	48460314	rs235842	A	G	5455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=62;PP=2320;SC=GGTGATGACCATGGCAGTGTC;SOR=0.771;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=132;WE=48460322;WS=48460304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chrX	48460625	rs235841	G	C	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=45;PP=971;SC=TCCTGGAGACGGAGGACCTGC;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=48460633;WS=48460615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	48544650	rs235423	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=165;SC=ATGGACGAGCAGGTGCATGGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=48544658;WS=48544640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	48631645	.	CA	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chrX	48649426	rs139472040	A	AG	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.40;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	48649449	rs62600348	T	G	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	48649456	rs66717003	T	G	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.46;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	48661023	.	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=394;ReadPosRankSum=0.951;SC=GGGTCCTCAGGGCACACTAGC;SOR=0.911;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=28;WE=48661031;WS=48661013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chrX	48663743	rs55842933	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.955;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=-1.205;SC=CACAGTTTTGGGGTAAGCAGC;SOR=1.284;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=13;WE=48663751;WS=48663733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chrX	48665249	rs141405349	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=1.401;SC=TAAAAATCTGTCTCCCATCCT;SOR=0.269;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=48665257;WS=48665239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chrX	48675926	rs5906712	C	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.000;SC=GATGCTCCCCCCAGCCCATTG;SOR=0.608;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=5;WE=48675934;WS=48675916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chrX	48681499	.	A	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=802;ReadPosRankSum=0.224;SC=GGCCAGACTAACTCAGAGACA;SOR=1.061;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=51;WE=48681507;WS=48681489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,74:0.40:184
chrX	48690416	rs6520383	G	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=1.035;SC=GCTGGGCTGCGAGGGCGGCAG;SOR=1.075;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=5;WE=48690424;WS=48690406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chrX	48693946	.	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CTGCCCCAGCGAGCCGGGCTC;SOR=0.555;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=18;WE=48693954;WS=48693936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chrX	48751471	rs1128363	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=379;ReadPosRankSum=0.210;SC=GGCCACAGTCAATGGTGGAGA;SOR=0.808;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=27;WE=48751479;WS=48751461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,53:0.42:125
chrX	48759204	rs741932	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=353;ReadPosRankSum=1.848;SC=TGCGGCCCCACAGCGGGCTCC;SOR=0.537;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=35;WE=48759212;WS=48759194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,56:0.50:113
chrX	48760793	rs2239453	C	T	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=890;ReadPosRankSum=0.534;SC=GCTAGGCTGGCAGGCGGGTTT;SOR=0.935;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=45;TCR=76;TR=64;WE=48760801;WS=48760783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,81:0.53:152
chrX	48767577	.	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=333;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TCGGCTTCCTCCCAAGTGAGA;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=26;WE=48767585;WS=48767567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chrX	48768695	rs370341804	GCA	G	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,13:0.16:83
chrX	48775681	rs371733807	GAC	G	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,8:0.15:53
chrX	48822362	.	C	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=1.020;SC=GGTTTGGGTTCGAGCTTGACT;SOR=1.198;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=12;WE=48822370;WS=48822352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chrX	48823231	.	G	A	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=958;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TTGCCAATCGGATCCTTGCCA;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=60;WE=48823239;WS=48823221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,76:0.47:162
chrX	48847497	rs11545861	T	C	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,93:0.58:160
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chrX	48887474	.	T	C	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,109:0.55:198
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chrX	48898183	rs7056903	C	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.854;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=210;ReadPosRankSum=-0.412;SC=AGACAGAGAGCGGGGGAGAAC;SOR=1.000;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=48898191;WS=48898173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chrX	48900741	.	C	T	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=2.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,138:0.50:277
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chrX	48924896	rs55654138	C	A	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=1090;ReadPosRankSum=-2.214;SC=GCCTGCCCCTCTGGCTCCCTC;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=79;WE=48924904;WS=48924886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,148:0.50:296
chrX	48925677	.	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.913;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chrX	48929944	.	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=1.220;SC=AAGGGGGAACGAAGCCCGGGA;SOR=1.230;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=19;WE=48929952;WS=48929934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chrX	48957412	.	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=222;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CTGACCTCGTGATCCACCTGC;SOR=0.861;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=16;WE=48957420;WS=48957402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chrX	49021256	rs5906744	A	G	6187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=84;PP=2488;SC=GGTAAGGCACATAGTGCTCCG;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=52;TCR=84;TR=135;WE=49021264;WS=49021246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chrX	49021537	rs5905720	G	C	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=66;PP=2543;SC=GGTCGGGGACGTCGTGCTCCA;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=125;WE=49021545;WS=49021527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chrX	49022276	rs5953269	C	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.71;QD=44.03;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	49022286	rs72619037	C	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.75;QD=45.44;SOR=5.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	49022291	.	GT	G	1987.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.00;QD=46.23;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	49022292	.	TC	T	1129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=66.21;NF=24;NR=2;PP=1129;QD=45.0769230769;SC=AGAACGCCTGTCAAGGGAGAT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=49022319;WS=49022266;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	49022293	rs75416104	C	G	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.74;QD=46.11;SOR=5.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	49022295	rs138365388	A	G	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=2;PP=773;SC=ACGCCTGTCAAGGGAGATTTC;SOR=4.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=30;WE=49022319;WS=49022266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	49022309	rs73634213	C	A	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.46;QD=44.75;SOR=2.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	49022309	.	CAA	AAG	1150	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=62.75;NF=48;NR=7;PP=1150;QD=21.8812340884;SC=AGATTTCTCTCAAGGTCAGGG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=55;WE=49022319;WS=49022266;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,55:0.95:58
chrX	49022311	rs7880193	A	G	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.38;QD=43.58;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	49022700	rs4824462	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=15;PP=425;SC=GGCAGCGCAGTTCGCTCAGGA;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=49022708;WS=49022690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	49030776	rs200730422	AGT	A	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.953;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,18:0.10:173
chrX	49035741	.	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=798;ReadPosRankSum=-0.963;SC=ACTGTGCCTGGGAGGAGAAGG;SOR=0.589;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=58;WE=49035749;WS=49035731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,92:0.42:217
chrX	49048031	.	C	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=497;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CCCTGAGGCCCGTAGGAATCC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=40;WE=49048039;WS=49048021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,58:0.40:146
chrX	49062881	.	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=20;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=-0.458;SC=AAAAAAAAAAGGGCCTGATAT;SOR=1.288;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=5;WE=49062889;WS=49062871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chrX	49063413	.	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.587;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=320;ReadPosRankSum=0.602;SC=CCAGTTCCCACCCCTCCTCCA;SOR=0.193;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=23;WE=49063421;WS=49063403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chrX	49069366	rs2071316	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=0.054;SC=TAGGGTAATCCGGAGGGATGG;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=15;WE=49069374;WS=49069356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chrX	49070813	rs2071317	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.913;SC=CTGGGCTGAGGCGAGTCTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=49070821;WS=49070803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chrX	49071840	rs138447882	C	T	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=707;ReadPosRankSum=0.883;SC=TACTCCTGCTCGCCCTGGGCA;SOR=0.745;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=50;WE=49071848;WS=49071830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,79:0.49:162
chrX	49071964	rs2075866	A	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=0.777;SC=AGATGGGGCCATGGTCCTCTG;SOR=1.044;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=26;WE=49071972;WS=49071954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chrX	49077583	rs2869212	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=283;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GGGCTAAGGGGGATCACTACA;SOR=0.829;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=20;WE=49077591;WS=49077573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chrX	49081240	.	C	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=710;ReadPosRankSum=0.106;SC=CCTTAAAGATCCTGAGGAGGC;SOR=0.652;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=47;WE=49081248;WS=49081230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chrX	49081291	rs2235127	G	A	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.306;SC=GCTGCATGGCGCCCACCTCCA;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=67;WE=49081299;WS=49081281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,96:0.56:171
chrX	49084492	rs6609854	C	T	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=854;ReadPosRankSum=1.011;SC=TGTCTAGGTCCCTCACCCACT;SOR=0.559;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=76;TCR=52;TR=65;WE=49084500;WS=49084482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,88:0.51:174
chrX	49087487	rs5905724	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.605;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
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chrX	49098631	rs2294018	A	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chrX	49103097	rs2294019	T	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=6.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GTGACTTGTCTGTATACTCTT;SOR=2.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=49103105;WS=49103087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chrX	49103125	.	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=-1.808;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chrX	49103224	rs2294020	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.819;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=302;ReadPosRankSum=-1.727;SC=AGCGGCTGCAGAAGCAACTGA;SOR=0.328;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=16;WE=49103232;WS=49103214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chrX	49104815	rs2280882	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.761;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chrX	49105610	rs2294021	T	C	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=595;ReadPosRankSum=-0.926;SC=GGCTCATGGCTGCCATGGTGT;SOR=0.642;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=54;WE=49105618;WS=49105600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,96:0.45:212
chrX	49114741	.	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=92;ReadPosRankSum=1.496;SC=CATCCTGGGCCCAGGGCCTCA;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=9;WE=49114749;WS=49114731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chrX	49115499	.	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chrX	49126548	.	TGGC	T	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=21;QD=18.0;SC=CCGGGCAAGATGGCGGCGGCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=2;WE=49126558;WS=49126538;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chrX	49127084	.	A	G	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.368;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1196;ReadPosRankSum=0.774;SC=CCCTTTGCTGAGGGCGCGGGC;SOR=0.940;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=75;WE=49127092;WS=49127074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,99:0.52:190
chrX	49142249	.	C	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chrX	49369711	rs3747318	A	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.61;MQRankSum=-0.972;NF=6;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=-0.348;SC=ATCAAATGGCAAGAGACCGTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=18;WE=49369719;WS=49369701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chrX	49370511	rs35846904	A	AAAT	148.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.79;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chrX	49458624	.	GAC	G	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=66;QD=34.5;SC=CAATGCATGAGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=2;WE=49458633;WS=49458614;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,2:0.15:13
chrX	49767832	rs456615	A	G	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	49767835	rs456617	A	G	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	49767904	rs149259	A	G	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=17;PP=536;SC=AAGGGAGGTAAACCCTCTCTT;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=49767912;WS=49767894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	49773596	.	G	A	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.910;NF=25;NR=24;PP=719;ReadPosRankSum=0.545;SC=ACCTAGGTGTGAGTGCTATTT;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=49;WE=49773604;WS=49773586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,70:0.56:126
chrX	49837127	rs56117808	T	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.321;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=412;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TACCAATGTTTTCTCATTTTC;SOR=0.437;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=30;WE=49837135;WS=49837117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,53:0.42:127
chrX	50054001	.	C	T	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.089;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=20;PP=1064;ReadPosRankSum=0.077;SC=AGGAGTTGTCCTTCAAGGAGC;SOR=0.942;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=64;WE=50054009;WS=50053991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,69:0.55:126
chrX	50054578	rs192481077	T	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chrX	50056814	rs5915179	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=3.171;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chrX	50121146	rs11415594	A	AG	1446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=735;SC=AATTTTGATAAGCCTGGTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=17;WE=50121154;WS=50121136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	50135327	.	CC	TT	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=1126;ReadPosRankSum=0.143;SC=ACTGAGTCATCCAGGGACTTA;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=35;WE=50135336;WS=50135317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
chrX	50144175	.	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chrX	50165595	.	A	AAC	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chrX	50167143	.	C	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=458;ReadPosRankSum=0.362;SC=TCAACTTCCACCCTAATGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=29;WE=50167151;WS=50167133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chrX	50213251	.	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.336;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chrX	50341598	rs2295544	G	A	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=37;PP=1055;SC=ACTGATTTGTGCCTGTAACCT;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=50341606;WS=50341588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chrX	50341675	rs2295543	G	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=15;PP=442;SC=GGAAACTTGGGCAAGTCATGA;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=50341683;WS=50341665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chrX	50350728	rs143151534	T	TTCC	847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chrX	50350758	rs201922875	C	CTGCTGCTGCTGT	1331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.80;ReadPosRankSum=3.478;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chrX	50648880	.	C	CA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.944;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chrX	51075841	rs2625875	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-5.158;QD=1.35;ReadPosRankSum=2.078;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,42:0.18:236
chrX	51075901	rs2801627	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQRankSum=-3.577;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,19:0.15:125
chrX	51239108	.	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.014;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.436;NF=14;NR=26;PP=549;ReadPosRankSum=0.383;SC=ACACCTCTCGGACCGCCGCAC;SOR=0.318;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=40;WE=51239116;WS=51239098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chrX	51239295	.	ATCCTCGAGGCAGCC	A	5196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=40;PP=2957;SC=TTTGCACTTCATCCTCGAGGC;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=55;WE=51239316;WS=51239285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chrX	51486659	rs974285	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=6;PP=532;SC=ACCCCGCCGGCGGAGCCCGCT;SOR=1.547;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=51486667;WS=51486649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	51486790	rs147103223	C	T	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1178;ReadPosRankSum=1.102;SC=ATGGAATCCCCGGGGTCGGCC;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=93;TCR=54;TR=77;WE=51486798;WS=51486780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,108:0.55:198
chrX	51637705	.	A	AT	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chrX	52825471	rs2806837	A	G	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=18;PP=1066;SC=CTAGGTCTTCATCCTCCTGTG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=52825479;WS=52825461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	52825546	rs2806838	C	G	4011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=49;PP=1956;SC=GGTCATTCTCCAGTTGATTTG;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=109;WE=52825554;WS=52825536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chrX	52891492	rs114794367	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.288;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chrX	52891512	rs78471253	A	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.151;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chrX	52891513	rs114568211	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chrX	52891523	rs75536354	G	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chrX	52891542	rs78672295	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.638;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=0.295;SC=ATGAACAAAAAATGTGCAAGA;SOR=0.245;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=6;WE=52891550;WS=52891532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chrX	52891565	rs79831867	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=-1.158;SC=TCTTTGGAGAAAGCTGCAAAA;SOR=0.482;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=12;WE=52891573;WS=52891555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chrX	52891584	rs5943751	C	A,T	1065.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,18,37:0.25,0.52:71
chrX	52891619	.	GT	G	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=406;ReadPosRankSum=1.020;SC=GATAAAAACAGTTTTGTGTTG;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=16;WE=52891627;WS=52891609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,29:0.26:112
chrX	52891645	rs75808475	A	G	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=-1.845;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,50:0.34:145
chrX	52891653	rs73206488	C	T	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=-1.772;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,58:0.36:159
chrX	52891732	rs201414570	G	A	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,44:0.31:141
chrX	52891736	rs75971120	G	T	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,40:0.30:134
chrX	52891738	rs79449844	CA	TG	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,39:0.29:133
chrX	52891818	rs73488230	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chrX	52891832	rs66491662	CT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCTGTAGAGACTTTGAAGATA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=4;WE=52891840;WS=52891808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chrX	52895579	.	GGT	G	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.734;NF=2;NR=9;PP=444;ReadPosRankSum=0.421;SC=TGGAACCAGGGGTGTGTGTGT;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=52895588;WS=52895569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chrX	53105890	rs17850567	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=630;ReadPosRankSum=0.224;SC=TGGTACTGCTGGGACTGATTA;SOR=0.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=42;WE=53105898;WS=53105880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,67:0.60:112
chrX	53106865	rs11091720	C	T	6307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=100;PP=2821;SC=TGAGGACTCACGCCCCCTGCT;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=64;TCR=101;TR=163;WE=53106873;WS=53106855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chrX	53111758	.	CCCG	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,7:0.09:74
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chrX	53225751	rs1536247	A	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=4;PP=618;SC=GGGGAGAGTCAATACAGTAAC;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=53225759;WS=53225741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chrX	53228148	rs1977364	C	A	6589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=87;PP=2965;SC=TCCAGAAAGGCCCATGCTCAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=172;WE=53228156;WS=53228138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chrX	53250084	.	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
chrX	53264217	.	G	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.333;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=534;ReadPosRankSum=-0.953;SC=GCATCTGGAAGGGCCCCTTGC;SOR=1.124;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=34;WE=53264225;WS=53264207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chrX	53265835	rs2296541	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=309;SC=GACCAGCCCTTGTCTCCCCCA;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=53265843;WS=53265825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	53271079	.	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=477;ReadPosRankSum=1.190;SC=CGACGGTGAGGGAGAGACAGG;SOR=0.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=35;WE=53271087;WS=53271069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chrX	53271147	rs2274307	T	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=25;PP=734;SC=GCTTCAGGCCTCCTGGCACCT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=53271155;WS=53271137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	53280421	rs7886988	G	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	53321039	.	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=1.574;SC=AGGCCCTGCCCCATCTCCCAA;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=10;WE=53321047;WS=53321029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chrX	53321270	.	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-0.595;SC=AAGTGCAAGGCCGAGAGACAG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=53321278;WS=53321260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chrX	53349638	.	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=332;ReadPosRankSum=-2.297;SC=TCGTGGCCGGGCTGGTGCTGG;SOR=0.808;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=23;WE=53349646;WS=53349628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chrX	53407121	.	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=-2.033;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chrX	53432907	.	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=1.209;SC=AGTAGGAAGGGAAAACTGAAG;SOR=1.222;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=10;WE=53432915;WS=53432897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chrX	53436232	rs1264008	G	T	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=29;PP=1078;SC=GAGTTACTCCGGCTGGTGAGA;SOR=0.840;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=53;WE=53436240;WS=53436222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	53449336	rs11462431	A	AG	275.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=0;PP=332;SC=GGAACCCGTAAGGTCCGCGAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=53449344;WS=53449329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	53449568	rs1264011	G	A	4746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=69;PP=2155;SC=CGGCGCCGGCGGCAGTAGGAC;SOR=0.918;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=119;WE=53449576;WS=53449558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chrX	53457622	rs1264013	T	C	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.92;NF=33;NR=53;PP=1830;SC=AAAGCCAGACTATGAGCTCAG;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=53457630;WS=53457612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chrX	53461076	.	TAGAC	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=0.829;SC=GATAGATAGATAGACAGACAG;SOR=1.877;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=4;WE=53461087;WS=53461066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,4:0.15:27
chrX	53461359	rs1264014	G	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=24;PP=812;SC=CCGAGGCGAAGCGGCGGAAGG;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=53461367;WS=53461349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	53563589	rs426298	A	G	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=604;SC=GCAGGAGCCCACCAGCATCCT;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=53563597;WS=53563579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	53601990	rs35473057	A	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=6;PP=305;SC=GAGAAAGTTCACTTAGACCAG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=53601998;WS=53601980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	53617952	.	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GCTTCTGAGCCAACTTACCCG;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=10;WE=53617960;WS=53617942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chrX	53629649	.	AAT	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.673;QD=0.65;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,7:0.12:58
chrX	53631889	.	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.375;SC=CAATTAAATGGAAGCCTCTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=4;WE=53631897;WS=53631879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chrX	53641647	rs6638360	T	C	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=26;PP=677;SC=CCTTCTGGATTGATGGCTTCT;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=53641655;WS=53641637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	53652844	rs198501	G	A	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.80;QD=42.57;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chrX	54048736	.	C	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=692;ReadPosRankSum=-0.435;SC=ACGTAGGGCTCCCGGTCTTCA;SOR=0.566;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=43;WE=54048744;WS=54048726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,56:0.57:98
chrX	54107692	rs2516098	T	C	6707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chrX	54117740	rs2495797	C	A	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=18;PP=1129;SC=GGTACATGAACTCACCTTGAG;SOR=1.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=54117748;WS=54117730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	54159200	.	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=314;ReadPosRankSum=-0.056;SC=AAAAGAACTCCATATACATAT;SOR=0.966;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=20;WE=54159208;WS=54159190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chrX	54161859	rs4826523	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=6;PP=564;SC=ATATATAGCCCTGACAGTCTA;SOR=1.981;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=26;WE=54161867;WS=54161849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	54209302	.	G	GGGCGGC	947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.678;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chrX	54209387	rs2495783	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=17;PP=656;SC=ATGGTGCCGAATCGGCCCCGC;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=54209395;WS=54209377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	54565584	.	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=2.142;SC=GTTGCTTGTCCTGGGAGAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=54565592;WS=54565574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chrX	54569805	.	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=453;ReadPosRankSum=0.507;SC=GGGTGTGACAGGGAAGGTGGG;SOR=0.865;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=32;WE=54569813;WS=54569795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chrX	54580929	.	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CCTTTTCACTGAGGCCTGACC;SOR=0.404;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=15;WE=54580937;WS=54580919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chrX	54836085	.	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=-1.446;SC=TGTGGCCTTGGAATTTTGGAG;SOR=0.252;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=54836093;WS=54836075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chrX	54952989	rs75731260	CCT	C	1284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.127;NF=3;NR=17;PP=851;ReadPosRankSum=-0.108;SC=AATTTCTGTCCCTGTCTCCTC;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=20;WE=54952998;WS=54952979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chrX	54953647	rs2273138	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=447;SC=AGAGGGATGGGCATCCTGTGT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=54953655;WS=54953637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	54953991	.	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CTTAGAAATCCCTCTCCAGGG;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=9;WE=54953999;WS=54953981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chrX	54957686	.	C	T	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chrX	54982586	.	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=432;ReadPosRankSum=-1.668;SC=TGGCTCTTACCTGTCCAGTTC;SOR=0.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=32;WE=54982594;WS=54982576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chrX	55047741	rs45479691	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-1.599;SC=AAAAGAATTCGTTTTAAGTCT;SOR=0.525;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=26;WE=55047749;WS=55047731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chrX	55054299	.	G	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.143;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=36;PP=854;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CCCTGAAATTGGAAAAGACAG;SOR=1.143;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=49;WE=55054307;WS=55054289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chrX	55116466	rs1845444	C	G	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	55173732	rs11327722	TA	T	6851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=46;PP=2891;SC=GGTCACACAGTAACACTGTCC;SOR=0.792;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=70;WE=55173740;WS=55173722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chrX	55246856	.	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=-0.350;SC=CCAACATCTTCGTTCTTTCTC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=3;WE=55246864;WS=55246846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chrX	55246965	rs5914272	C	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=16;PP=573;SC=GGACAGGTCCCGTGGCACAGT;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=55246973;WS=55246955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	55247030	rs5914273	C	G	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	55248320	rs5914274	G	A	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,132:0.46:287
chrX	55248376	rs5914275	A	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=49;PP=1031;ReadPosRankSum=1.322;SC=ATTTTGTGACATACCAGTAAC;SOR=0.559;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=100;TCF=20;TCR=80;TR=63;WE=55248384;WS=55248366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chrX	55249049	rs2148982	T	C	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,71:0.46:155
chrX	55284943	.	A	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=2.252;SC=CTTCATTTAAACCGATGGTTG;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=13;WE=55284951;WS=55284933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chrX	55286887	rs3761559	G	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=-0.129;SC=ATTAGCAGTAGTGGTACCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=10;WE=55286895;WS=55286877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chrX	55287031	rs3761560	T	G	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=2.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,144:0.53:270
chrX	55289593	rs2148981	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=12;PP=553;SC=CTTTCTATTGCTTTTTTCCTC;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=55289601;WS=55289583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	55289774	rs4826381	T	C	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=32;PP=1005;SC=AGCTGGTCATTACTGGGCAGC;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=55289782;WS=55289764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	55478940	.	G	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=717;ReadPosRankSum=-2.740;SC=GAGCACCCCCGAAGACGACCT;SOR=0.681;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=51;WE=55478948;WS=55478930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,70:0.48:147
chrX	55479299	rs11545211	G	A	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=400;ReadPosRankSum=2.031;SC=TCTTCTGGGGGCCCCGAGCAC;SOR=0.819;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=25;WE=55479307;WS=55479289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chrX	55514818	rs3126255	C	T	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=758;ReadPosRankSum=1.292;SC=CAAACTCGACCTCCAGCAACC;SOR=0.728;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=53;WE=55514826;WS=55514808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,114:0.40:286
chrX	55515268	.	C	T	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,90:0.42:212
chrX	55650496	.	G	A	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=732;ReadPosRankSum=2.066;SC=ACAAAAAGACGAAGGGTCTAA;SOR=0.720;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=45;WE=55650504;WS=55650486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,61:0.47:130
chrX	55651001	rs2375465	T	C	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=31;PP=1133;SC=GAGACTCGTGTCTTAGCCTTT;SOR=0.920;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=55651009;WS=55650991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	55748820	rs1473761	A	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=10;PP=278;SC=GAGGTTGGGGAATTTGTTATG;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=55748828;WS=55748810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	55757744	rs5960480	T	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	56291516	rs1033565	T	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.518;SC=ATTCCTTCCATGTGAAATGAA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=56291524;WS=56291506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chrX	56295245	rs3747284	T	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=207;ReadPosRankSum=-3.295;SC=TAATAAGGAATATTTGACAGC;SOR=0.772;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=14;WE=56295253;WS=56295235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chrX	56295438	rs59394346	AAC	A	1776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=769;ReadPosRankSum=0.117;SC=AGTTCAATTCAACACACACAC;SOR=0.662;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=23;WE=56295449;WS=56295428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chrX	56295958	rs200952140	ATG	A	524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=698;ReadPosRankSum=0.731;SC=GTCTTTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=0.314;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=0;TCR=49;TR=22;WE=56295969;WS=56295948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chrX	56296488	rs12862304	G	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=-1.977;SC=TTTCTTTTTGGGGGGACCTAG;SOR=0.260;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=56296496;WS=56296478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chrX	56590918	.	C	T	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1357;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TGAGGCAGCTCATTATGGCTA;SOR=0.628;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=95;WE=56590926;WS=56590908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,127:0.53:241
chrX	56591767	rs45559331	C	A	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=1015;ReadPosRankSum=0.740;SC=TGCTGGGAACCGCTATAGGCC;SOR=0.602;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=62;WE=56591775;WS=56591757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,81:0.52:155
chrX	57010943	.	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=-1.877;SC=TACAGTGGAGGAGCTGACATT;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=10;WE=57010951;WS=57010933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chrX	57021319	.	CC	TT	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=947;ReadPosRankSum=2.091;SC=AGACACACTGCCGTGGCCAGC;SOR=0.903;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=27;WE=57021328;WS=57021309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chrX	57162360	.	C	T	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.81;MQRankSum=-4.251;QD=10.34;ReadPosRankSum=-2.599;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,111:0.53:211
chrX	57313357	rs2516023	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=72;ReadPosRankSum=-1.490;SC=TCTTAGGGGGTCCAAAGTTTG;SOR=0.425;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=8;WE=57313365;WS=57313347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chrX	57318907	rs4030473	T	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=6.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chrX	57405163	rs4826543	T	C	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chrX	57475132	rs1367830	T	C	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=863;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TAACACGGCCTTTCAACTTTG;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=56;WE=57475140;WS=57475122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,120:0.46:260
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chrX	63488888	.	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=-2.408;SC=AGCAGGTACAGATCTCTTCTG;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=21;WE=63488896;WS=63488878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chrX	64185128	rs144599319	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
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chrX	65413310	.	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=161;ReadPosRankSum=-0.460;SC=GATACCTAATGAAATAATATC;SOR=0.330;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=13;WE=65413318;WS=65413300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chrX	65413536	.	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=-0.907;SC=ATTGAGGAAGACTTTGAAACT;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=10;WE=65413544;WS=65413526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chrX	65420609	rs1264215	A	G	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=133;SC=GTGCCTTAGCAGCTGGCCCTA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=65420617;WS=65420599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	65427989	.	C	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=172;ReadPosRankSum=-1.652;SC=TGGTGATATCCTGACTGTGGT;SOR=0.509;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=17;WE=65427997;WS=65427979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chrX	65475933	.	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chrX	65478922	.	T	TA	22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=62.65;NF=0;NR=2;PP=22;QD=42.9228802356;SC=AACAATTAGTTAAAGAGCAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=65478930;WS=65478912;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chrX	65486172	rs2054180	C	T	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=23;PP=1186;SC=TAAGGACAGGCCTCCTGTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=65486180;WS=65486162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	65486456	.	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=0.978;SC=AGAAAGCTACGACGCAATAGG;SOR=0.444;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=23;WE=65486464;WS=65486446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chrX	65819223	rs4827499	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-1.016;SC=ACTCCTAGTGAATAATACTAT;SOR=0.160;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=65819231;WS=65819213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chrX	65819286	rs11379040	G	GT	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=255;ReadPosRankSum=1.836;SC=TGCTTTTTTTGTTTTTTTCTG;SOR=0.582;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=13;WE=65819294;WS=65819276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chrX	65822607	rs1385698	T	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=25;PP=777;SC=ACTGTGGGTGTATCTGCCTCC;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=65822615;WS=65822597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	65824986	rs1385699	C	T	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	66765158	.	TGCAGCA	T,TGCAGCAGCAGCA	896.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.533;NF=2,2;NR=14,14;PP=673,311;ReadPosRankSum=-0.902;SC=TTGCTGCTGCTGCAGCAGCAG;SOR=0.255;Source=Platypus;TCR=25;TR=16,16;WE=66765174;WS=66765148;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.69,0.28:29
chrX	66914351	.	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=151;ReadPosRankSum=-1.646;SC=AAGTGGATAGGAAAAGAAAAA;SOR=0.252;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=14;WE=66914359;WS=66914341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chrX	66941597	rs1337076	T	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=263;SC=TGGCGAGGGATGGCAATCAGA;SOR=2.712;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=66941605;WS=66941596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	66941780	.	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chrX	67331930	.	CAGAG	C	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.590;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.48;ReadPosRankSum=-1.623;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chrX	67412906	rs1191948	G	A	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.659;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=58;PP=1833;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GGTACACTAGGGTCAATTCAG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=92;WE=67412914;WS=67412896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chrX	67429834	rs57516402	CT	C	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=1.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chrX	67431814	rs2225124	A	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=14;PP=703;SC=TATACTAAATATTTGTGATCC;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=67431822;WS=67431804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	67518880	.	G	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chrX	67652748	rs41303733	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TCTTTGATTACGTCTTTGATG;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=26;WE=67652756;WS=67652738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,43:0.35:124
chrX	67719085	rs12843249	G	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=26;PP=821;SC=GGCCCTTCTTGTACCCGATGC;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=67719093;WS=67719075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	67937369	.	C	T	3541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=61;PP=1569;ReadPosRankSum=0.451;SC=GAAGCGCCATCGTAACCGTAG;SOR=0.677;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=222;TCF=110;TCR=112;TR=114;WE=67937377;WS=67937359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,179:0.48:374
chrX	67937976	rs55962426	G	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=408;ReadPosRankSum=1.213;SC=CTGTGGTCTCGGGCCATGTAC;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=36;WE=67937984;WS=67937966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chrX	68060503	rs2230423	C	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=714;ReadPosRankSum=0.300;SC=TCTGAGTGCCCGGCACGGCCT;SOR=0.504;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=54;WE=68060511;WS=68060493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chrX	68066095	.	AGT	A	118	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=118;QD=31.0;SC=AAAATCCCTGAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=4;WE=68066104;WS=68066085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,4:0.17:24
chrX	68381264	rs11539157	C	A	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=1543;ReadPosRankSum=1.451;SC=CAGTTGCCACCTCCCCCTTCA;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=173;TCF=93;TCR=80;TR=107;WE=68381272;WS=68381254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,149:0.56:268
chrX	68381787	rs5937160	C	T	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=971;ReadPosRankSum=0.183;SC=GCTGCCAGCACTGGCCCCGGC;SOR=0.728;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=67;WE=68381795;WS=68381777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,76:0.55:137
chrX	68382836	rs7067170	G	A	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=693;ReadPosRankSum=0.242;SC=CCGAACTCTCGCTGTCGTCCC;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=45;WE=68382844;WS=68382826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,58:0.55:106
chrX	68424753	rs5937177	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=-1.140;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.761;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chrX	68749098	rs56145324	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=0.975;SC=TAACAACAGGGGAGTCAGGTG;SOR=0.801;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=14;WE=68749106;WS=68749088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chrX	68749379	rs35383499	G	A	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=14;PP=1270;SC=TCAGCTCCCCGAGCACCCCAC;SOR=2.231;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=62;WE=68749387;WS=68749369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	68837531	.	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=272;ReadPosRankSum=0.389;SC=ATCCAAGGATCCTTTCGAGGT;SOR=0.705;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=20;WE=68837539;WS=68837521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chrX	68837767	.	T	TA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chrX	69080840	rs1203003	G	A	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=29;PP=949;SC=CTGTTAAATGGACATTTATAT;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=69080848;WS=69080830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chrX	69247896	rs10579679	CCT	C	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.959;NF=2;NR=6;PP=308;ReadPosRankSum=-0.829;SC=GGTGAGTTCCCCTGTCTCTCC;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=69247905;WS=69247886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chrX	69249513	rs62604271	G	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=284;ReadPosRankSum=-0.533;SC=AGATTCTGACGGTTTTCACTC;SOR=0.504;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=17;WE=69249521;WS=69249503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chrX	69261818	rs2281933	A	G	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.933;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=473;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CCCGACTGCCAGGGGAGACAG;SOR=0.266;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=36;WE=69261826;WS=69261808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,61:0.61:100
chrX	69262423	rs2296767	T	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=413;SC=GGGAGCAAAGTAGCAGTAAGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=69262431;WS=69262413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	69368853	rs650028	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chrX	69419565	rs12559976	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=1.210;SC=AGGCCCCTCACGTGACCTGAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=69419573;WS=69419555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chrX	69419686	.	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GCTTGGGTACGAAACTGGACC;SOR=0.682;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=18;WE=69419694;WS=69419676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chrX	69458210	.	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=345;ReadPosRankSum=0.742;SC=GCAAGGGGTTCGTGCGCACAG;SOR=0.871;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=25;WE=69458218;WS=69458200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chrX	69459945	rs1152194	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=373;SC=AAGAGGAGGTCCTAACACTTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=69459953;WS=69459935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	69478421	rs72628860	G	T	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=636;ReadPosRankSum=0.864;SC=CTGTCCTGGGGGGTGGCCGCC;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=44;WE=69478429;WS=69478411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,62:0.41:150
chrX	69478736	rs56217451	T	C	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=653;ReadPosRankSum=0.690;SC=ACCACAGCTATGGTGCGGAGA;SOR=0.720;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=55;WE=69478744;WS=69478726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,80:0.50:161
chrX	69478942	rs1152187	T	G	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1089;ReadPosRankSum=0.669;SC=GGTCCCTTTGTTGCTGGTTGT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=75;WE=69478950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,99:0.45:219
chrX	69496228	rs1572732	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=247;ReadPosRankSum=-1.001;SC=CCATTTCTTTTGTATTTGTTT;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=16;WE=69496236;WS=69496218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chrX	69497359	.	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,64:0.46:139
chrX	69502054	rs5936549	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=358;SC=TTTGGCTGCAACCTACCTGAA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=69502062;WS=69502044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	69502479	rs1626469	A	G	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=18;PP=974;SC=CATTTTTGCCACTCTTCTTGG;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=69502487;WS=69502469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	69503620	.	G	A	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=35;QD=17.4428031368;SC=ACAGGGGGGCGTCCCATCAGG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=69503628;WS=69503610;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
chrX	69504073	rs2275412	T	C	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.53;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	69504078	rs12556489	T	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chrX	69510335	rs1199470	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=5;PP=380;SC=AGGGAATTCCCGTAAGAGTGG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=69510343;WS=69510325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	69553443	rs41306123	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chrX	69572242	rs1199428	G	A	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=1;PP=43;SC=TTTTATAAGAGCTACACAATT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=69572250;WS=69572235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	69635457	.	C	CAAA	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.981;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chrX	69639698	rs1886892	G	T	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.78;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chrX	69639756	.	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TGGGAACTAGGGATCGGGCAT;SOR=0.437;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=16;WE=69639764;WS=69639746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chrX	69652762	rs2296542	A	G	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=30;PP=1435;SC=CTCCCCACAGAAGATTTGTTA;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=69652770;WS=69652752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chrX	69718533	rs3215810	CTCAT	C	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=353;ReadPosRankSum=0.476;SC=GAAGGCTTGACTCATGGCACA;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=69718544;WS=69718523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chrX	69749852	rs1536250	AT	GA	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.45;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
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chrX	69774517	rs4844240	A	T	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	69826763	.	G	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=0.297;SC=AGTGGTTATAGCCTTGTTGTG;SOR=0.976;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=11;WE=69826771;WS=69826753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chrX	69844797	rs1325094	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=0.485;SC=AATATAATACGTTAAATTACA;SOR=0.330;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=10;WE=69844805;WS=69844787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chrX	69849426	rs373029310	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=0.400;SC=AAGGAAAAGGGATAAAAATCT;SOR=0.741;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=8;WE=69849434;WS=69849416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chrX	69871227	.	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=1.493;SC=ATGTTTTTTTCCCACTGTGGT;SOR=0.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=8;WE=69871235;WS=69871209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chrX	69898742	.	GAA	G	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chrX	69902548	.	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=1.506;SC=TCAATCTTCTCCTTGGCAAGA;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=12;WE=69902556;WS=69902538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chrX	69945220	rs6653304	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chrX	69964084	rs5902674	G	GA	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=180;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CATTAAAAAGGAAAAAAAATA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=69964099;WS=69964074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chrX	70146034	rs41310635	A	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=491;ReadPosRankSum=1.505;SC=GGCACCTGAAAACAAAGTAAA;SOR=0.984;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=29;WE=70146042;WS=70146024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chrX	70146143	.	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=-0.697;SC=CTCTGCATTTCAGTAGCTGCT;SOR=0.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=70146151;WS=70146133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chrX	70146398	rs4360450	A	G	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	70146475	rs6525447	G	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=3.003;SC=GCAGTCCACAGCAGGTCTCCA;SOR=1.289;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=8;WE=70146483;WS=70146465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chrX	70147251	.	G	A	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=849;ReadPosRankSum=1.633;SC=TTAATAGGCAGGAAACAAGAA;SOR=0.560;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=56;WE=70147259;WS=70147241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,81:0.55:147
chrX	70147659	rs113512004	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=-2.053;SC=TGGTAGAAAGAGCACAGAGGG;SOR=0.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=18;WE=70147667;WS=70147649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chrX	70147836	rs45446793	C	T	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=601;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CAATGCCCATCGGGATGGAAC;SOR=0.722;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=42;WE=70147844;WS=70147826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chrX	70148927	rs5936605	T	A	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=40;PP=1093;SC=AGTCCCTGCCTTTTTCACCTA;SOR=1.488;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=70148935;WS=70148917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	70149360	rs5936606	G	A	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	70149404	rs5936607	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=259;ReadPosRankSum=-0.168;SC=ATAAAGAATACTTCCACCCAG;SOR=0.662;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=27;WE=70149412;WS=70149394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chrX	70282696	rs34211894	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=245;ReadPosRankSum=-2.118;SC=CAGAGAACAAAGCCATACCTT;SOR=0.999;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=15;WE=70282704;WS=70282686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
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chrX	70321631	rs5980742	T	G	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=578;ReadPosRankSum=-0.899;SC=CATAGCCTATTACCACTCCTA;SOR=0.685;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=36;WE=70321639;WS=70321621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,65:0.51:128
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chrX	70339742	.	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=562;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GGTACTGTTTCCTGTCCTTCA;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=36;WE=70339750;WS=70339732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chrX	70340738	rs4844282	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=408;ReadPosRankSum=-1.617;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCG;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=26;WE=70340746;WS=70340728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chrX	70341122	.	T	TACTTTATCTGCTTC	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chrX	70341169	rs62609586	A	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.962;QD=10.62;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chrX	70342820	rs7053139	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=466;ReadPosRankSum=-0.993;SC=AGCAGAGCATATCTGCAGAAA;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=32;WE=70342828;WS=70342810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chrX	70343120	.	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CAATGGGAAGGAATTTACTGC;SOR=2.584;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=10;WE=70343128;WS=70343110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chrX	70343621	rs12841977	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,36:0.38:95
chrX	70344331	rs59024650	G	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=359;ReadPosRankSum=0.318;SC=TTGCCTGGGGGAGGGGGGTAG;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=21;WE=70344339;WS=70344321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chrX	70344763	rs5030616	G	T	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=47;PP=1614;ReadPosRankSum=0.297;SC=CTTTTGGCATGTTTTTTTGCC;SOR=0.724;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=194;TCF=97;TCR=97;TR=99;WE=70344771;WS=70344751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,125:0.51:244
chrX	70345593	rs2075790	C	T	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=47;PP=1410;ReadPosRankSum=2.540;SC=ATACTGCCCTCCCTCCCTCTC;SOR=0.129;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=117;TCF=33;TCR=84;TR=68;WE=70345601;WS=70345583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,102:0.59:173
chrX	70345683	rs73214869	T	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.522;HP=1;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=658;ReadPosRankSum=0.636;SC=AAACCTTTGCTTCACTGTCCC;SOR=1.784;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=16;WE=70345705;WS=70345673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chrX	70345697	.	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.644;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=658;ReadPosRankSum=0.995;SC=CTGTCCCCTTCCCTTCATTCC;SOR=2.400;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=15;WE=70345705;WS=70345673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chrX	70348317	rs5030617	G	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chrX	70348344	rs5030618	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=285;ReadPosRankSum=-0.701;SC=GCAGGGGGCTGGTTGTGATCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=17;WE=70348352;WS=70348334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chrX	70349879	.	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TTGTCAGCTTCCTCAGGAATG;SOR=0.530;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=23;WE=70349887;WS=70349869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,31:0.31:100
chrX	70349947	rs5030619	A	C	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.922;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=229;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TGCAAGACCCAGTGTTGAGTA;SOR=0.497;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=23;WE=70349955;WS=70349937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,64:0.43:148
chrX	70351838	rs6525471	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=424;ReadPosRankSum=-1.223;SC=TGTCCTTCTCCGTCATCTCCG;SOR=1.289;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=27;WE=70351846;WS=70351828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chrX	70352343	.	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.690;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chrX	70352417	rs10521349	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=-1.546;SC=TGGACCAAGATTGAGGGGTAG;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=17;WE=70352425;WS=70352407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chrX	70352516	rs12843026	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6265;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=1.335;SC=AAGAGTGGGCATGGCTGAGCA;SOR=0.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=70352524;WS=70352506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chrX	70352617	.	CCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTT	C,CCTCTT	917.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.72;QD=38.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,11:0.54,0.46:24
chrX	70355258	rs34862123	CTT	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=109;ReadPosRankSum=-1.981;SC=GAGCAAATCACTTAACTTTCC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=70355267;WS=70355248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chrX	70361273	rs7051453	C	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=50;PP=959;ReadPosRankSum=-0.327;SC=AGGTTGGGCACGCAGCCAGTG;SOR=1.001;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=35;TCR=89;TR=69;WE=70361281;WS=70361263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chrX	70361608	rs7056408	T	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=196;SC=GCCAAGATCATGCCACTGCAC;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=70361616;WS=70361598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	70361651	.	C	CA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.582;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
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chrX	70373216	rs2233440	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=337;ReadPosRankSum=-0.801;SC=GTCCTGGGCCCAGGCCCGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=22;WE=70373224;WS=70373206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chrX	70387573	.	C	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.943;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=562;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CTGACCTTTTCCCCTGCAACT;SOR=0.829;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=38;WE=70387581;WS=70387563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,57:0.37:154
chrX	70468888	.	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=252;ReadPosRankSum=-1.132;SC=CTGCCTGCTTCACTTTGTAAG;SOR=0.624;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=22;WE=70468896;WS=70468878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chrX	70469182	rs2341539	G	A	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=38;PP=1954;SC=AAAACATAACGGATACAATTG;SOR=1.170;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=104;WE=70469190;WS=70469172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chrX	70518246	rs112643329	T	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=415;ReadPosRankSum=0.470;SC=CTTCCCTTAGTGTGTGGTCCT;SOR=0.617;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=39;WE=70518254;WS=70518236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,48:0.44:109
chrX	70524698	.	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chrX	70608589	.	G	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=293;ReadPosRankSum=1.411;SC=CTTTTCCAGGGATGGACTCAA;SOR=1.680;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=17;WE=70608597;WS=70608579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chrX	70613074	rs201372159	TTG	T	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.630;SOR=1.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chrX	70617443	rs5980760	A	G	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=14;PP=361;SC=AGTGATTCTCATGCCTCAACT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=70617451;WS=70617433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	70674130	.	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chrX	70767789	.	G	A	3543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1668;ReadPosRankSum=1.496;SC=AGACGCAACCGAACTTTGCAG;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=70;TCR=96;TR=99;WE=70767797;WS=70767779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,171:0.54:315
chrX	70774984	.	TTG	T,TTGTG	166.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5,5;NR=3,3;PP=169,170;ReadPosRankSum=1.184;SC=GAGTTACATTTTGTGTGTGTG;SOR=0.293;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=8,8;WE=70774993;WS=70774974;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.53:15
chrX	70837169	.	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=354;ReadPosRankSum=0.386;SC=AGGCCCGGTCGAAGTTCAGGC;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=27;WE=70837177;WS=70837159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chrX	71349753	rs12397326	G	A	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.802;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=604;ReadPosRankSum=0.289;SC=GCACAGGGGGGCGTCTTCGAA;SOR=0.402;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=48;WE=71349761;WS=71349743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,77:0.49:156
chrX	71349774	rs12393722	T	C	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,108:0.47:230
chrX	71350133	rs6624595	T	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=680;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TCATCCTTACTCTCTCCTTCC;SOR=0.394;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=43;WE=71350141;WS=71350123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,55:0.45:123
chrX	71351443	rs62614085	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=346;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GGGAACTGGAACTACGGGCGG;SOR=0.465;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=23;WE=71351451;WS=71351433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chrX	71351848	.	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=239;ReadPosRankSum=1.388;SC=GGGCCTTGGGGAACCGCGGGC;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=16;WE=71351856;WS=71351838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chrX	71352187	rs7471996	C	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=1.551;SC=AAGATAAAGACAGAGAGTTTA;SOR=0.283;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=71352195;WS=71352177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chrX	71354684	rs6625946	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.209;SC=CGCTGTCACGGTCATGGCTCT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=71354692;WS=71354674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chrX	71357093	rs6625949	G	A	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=38;PP=1065;SC=CACCACAGCTGATTCCCCAGT;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=71357101;WS=71357083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	71357160	rs6625950	G	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=453;SC=TGTGGTGATGGGGAACAGGAA;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=71357168;WS=71357150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	71359691	.	C	T	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=45;PP=1270;ReadPosRankSum=0.574;SC=GGAGAAATTTCCCAAGTCACG;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=79;TCR=97;TR=82;WE=71359699;WS=71359681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,117:0.47:248
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chrX	71380152	rs7881332	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=0.433;SC=TGGTGTGACCCGATATATGAT;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=14;WE=71380160;WS=71380142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
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chrX	71406301	rs6525591	T	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
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chrX	71493865	rs111804543	T	G	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=776;ReadPosRankSum=-1.983;SC=CCATCTCACATGTACTTTTTA;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=58;WE=71493873;WS=71493855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,102:0.49:207
chrX	71495344	rs3827426	C	T	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=36;PP=1621;SC=TATTTGGATACCATAGGGCTG;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=88;WE=71495352;WS=71495334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chrX	71495388	rs34563981	T	TCTA	7978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=44;PP=2967;SC=ATTTAAAACTTCTTACCCATG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=61;WE=71495396;WS=71495378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chrX	71495869	rs3747303	A	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=630;SC=TTGGAAGTGGAGGACAGCTAG;SOR=1.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=71495877;WS=71495859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	71518799	rs5958780	G	T	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=40;PP=1221;SC=CTCAGACCAAGGCTTACACCA;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=71518807;WS=71518789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chrX	71521867	rs3012627	G	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=33;PP=1254;SC=GTTTCTGCAGGTGCATACTAG;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=51;WE=71521875;WS=71521857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	71549512	rs660392	G	C	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=25.56;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	71788640	.	C	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chrX	71791975	.	TAA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,13:0.12:105
chrX	71813191	rs200569284	C	CT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=13;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=113;ReadPosRankSum=1.561;SC=AGTCTTTGAACTTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=11;WE=71813199;WS=71813181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chrX	71822121	.	G	A	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=532;ReadPosRankSum=0.206;SC=TCAGTGGGACGAACTATGTAG;SOR=0.957;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=39;WE=71822129;WS=71822111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,58:0.42:139
chrX	71825136	.	A	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=443;ReadPosRankSum=0.568;SC=CATCGAAGGGAGTGGGCCAGT;SOR=0.910;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=29;WE=71825144;WS=71825126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chrX	71840776	.	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chrX	71877334	.	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=325;ReadPosRankSum=1.316;SC=CCTACTTAGTGATCTCTATAA;SOR=1.445;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=20;WE=71877342;WS=71877324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chrX	71896110	.	CATAT	C	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.4998;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=20;QD=14.5;SC=ACTAATTTGCCATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=2;WE=71896121;WS=71896100;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,2:0.15:13
chrX	71933512	.	TCACA	T,TCA	4518.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.309;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.29;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,54,120:0.29,0.65:186
chrX	72223371	.	A	G	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.07;QD=26.85;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	72434194	.	C	T	7470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DP=770;ExcessHet=3.0103;FS=2.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:371,377:0.50:748
chrX	72797171	rs200590647	C	CT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chrX	73041107	.	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=321;ReadPosRankSum=0.904;SC=TTATCTATTTCCTTCTCCACT;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=23;WE=73041115;WS=73041097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chrX	73041584	.	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=327;ReadPosRankSum=0.917;SC=TACATTTAGAGAAATTTTAAA;SOR=1.091;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=26;WE=73041592;WS=73041574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
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chrX	73046572	.	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=359;ReadPosRankSum=0.213;SC=TCTTGAGATACCTTTTTCGCT;SOR=0.754;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=23;WE=73046580;WS=73046562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chrX	73047722	rs41305399	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=349;ReadPosRankSum=0.334;SC=AGGCACACACGAAAGAAATTA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=22;WE=73047730;WS=73047712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chrX	73048840	.	A	C	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=8.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,83:0.58:142
chrX	73067239	.	CT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.733;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chrX	73071354	.	G	A	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.194;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.721;SC=ACAAAGCACAGCCCGCCATGC;SOR=0.496;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=199;TCF=107;TCR=92;TR=97;WE=73071362;WS=73071344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,133:0.52:255
chrX	73071940	.	TA	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,30:0.21:145
chrX	73071962	.	C	T	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,71:0.42:170
chrX	73749319	rs5937843	T	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=176;SC=AGGGAGTCCTTTTTTCCCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=73749327;WS=73749309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	73961697	.	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=619;ReadPosRankSum=0.365;SC=GCCATGAATTCCTGGGTGCCA;SOR=0.918;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=36;WE=73961705;WS=73961687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chrX	74332585	rs4148838	G	GT	135.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=0.674;SC=CAATTAATATGTTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=74332593;WS=74332575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chrX	74375871	rs1039123	G	C	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=12;PP=940;SC=CCCGAGGTCAGGAGGGCAACC;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=74375879;WS=74375861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	74376134	.	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=310;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GGAACCGAGAGAAGAGGATTA;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=18;WE=74376142;WS=74376124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chrX	74376420	rs5981325	C	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=12;PP=1117;SC=AACGAATCATCTCTTCGTGCG;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=74376428;WS=74376410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	74494470	rs4892396	T	G	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.86;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chrX	74494483	rs5981831	A	G	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=65;PP=2056;SC=CAAGTAAGCCAAGAGCGGAAG;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=104;WE=74494491;WS=74494460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chrX	74511202	rs5981834	G	C	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=127;SC=TTATCAGATAGAAGATAATTA;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=74511210;WS=74511192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	74523367	rs972561	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=237;SC=TAAAATAATTATCTTATGTAA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=74523375;WS=74523357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	74598903	rs5937369	G	A	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=704;SC=CTCCCAAGCCGCCTTCTTAGC;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=74598911;WS=74598893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	74641752	.	G	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=611;ReadPosRankSum=0.571;SC=ACACCTGCTGGATATTCTTGA;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=42;WE=74641760;WS=74641742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chrX	74698689	.	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTACTTTTTTCTGTTCTTATC;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=11;WE=74698697;WS=74698679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chrX	74961807	rs370173959	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=377;ReadPosRankSum=1.441;SC=ACTCTCCTTCCAGTTTTCAAG;SOR=1.027;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=30;WE=74961815;WS=74961797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chrX	74961968	rs5938183	G	A	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=30;PP=879;SC=GTTCCTTATCGTTTCCATCAT;SOR=1.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=74961976;WS=74961958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	75395172	rs2301863	T	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=352;SC=TGATTTCATCTAGGATGTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=75395180;WS=75395162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	75395187	rs2301862	C	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=436;SC=TGTAGACTGTCGACACTTCCT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=75395195;WS=75395177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	76139664	.	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=1.131;SC=TGAAGGTTTCCTATGTATTTC;SOR=0.976;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=9;WE=76139672;WS=76139654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chrX	76908005	.	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=-1.060;SC=AAAAAACAACTCTTCGGCCGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=3;WE=76908013;WS=76907995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chrX	76937963	rs3088074	G	C	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=31;PP=1315;SC=GTAAAACTCTGCTCTTTCCCA;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=65;WE=76937971;WS=76937953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chrX	76940534	rs35268552	A	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chrX	77086467	.	TTTTTA	T	323.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	77124017	.	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=2.137;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chrX	77254265	.	G	GT	575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=640;SC=TTGTAACTATGTTATGATTCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=77254273;WS=77254255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	77268502	rs2227291	G	C	4483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=60;PP=2183;SC=TATTCTTCTAGTTGCAATGTA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=116;WE=77268510;WS=77268492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chrX	77271435	.	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=0.762;SC=CATGAAAGATGAAGCACTTTT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=77271443;WS=77271425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chrX	77276413	rs113968994	C	A	880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=4;PP=416;SC=GCTTCTTCTTCTTATTATTGT;SOR=1.839;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=77276421;WS=77276403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	77284993	.	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chrX	77295697	rs372964672	GCC	G	40.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=32;SC=GTCTCTCTCTGCCCCCCCCCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=77295706;WS=77295687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	77296047	rs5913631	G	C	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=17;PP=976;SC=TCTCCTTTCAGTATATTCCAA;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=77296055;WS=77296037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	77298857	rs4826245	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=162;SC=CTTATCAAGAGAGACAGTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=77298865;WS=77298847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	77381002	rs2073177	A	G	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=21;PP=690;SC=GAGTGGAGAAAGTTAGAAGGT;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=77381022;WS=77380992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	77381014	rs2073178	G	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=15;PP=510;SC=TTAGAAGGTAGTGTTGTCATT;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=25;WE=77381022;WS=77380992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	77393383	rs201949818	TA	T	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.372;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=1.962;SC=AGTAAAAACTTAAAAAAAAAA;SOR=0.275;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=9;WE=77393391;WS=77393373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chrX	77912739	.	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=450;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CAGGCTTCTCTTCCAGGCTGA;SOR=0.745;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=28;WE=77912747;WS=77912729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chrX	78216893	.	C	T	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=49;PP=1299;ReadPosRankSum=0.172;SC=TTTGCCTGTGCCTTGCAAGTC;SOR=0.710;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=196;TCF=93;TCR=103;TR=96;WE=78216901;WS=78216883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,165:0.48:341
chrX	78426471	rs3810712	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chrX	78426488	rs3810711	T	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=365;ReadPosRankSum=-2.069;SC=GCAAAGATAGTTTCTCTAGAG;SOR=0.556;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=26;WE=78426496;WS=78426478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chrX	78426988	rs3827440	T	C	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=616;ReadPosRankSum=0.706;SC=TGATGATACCTCTGGCAATAG;SOR=0.824;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=40;WE=78426996;WS=78426978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,64:0.43:150
chrX	78617053	rs1736662	A	G	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=27;PP=695;SC=TAAAAGTGCAAGTTTGTTACT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=78617061;WS=78617043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	78617999	rs1751133	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=2;PP=458;SC=TTTGGACAAATTCATTATTTT;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=78618007;WS=78617989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	78618050	rs1751134	A	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=10;PP=943;SC=AAATGCTTATATAAAAATTTG;SOR=1.919;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=44;WE=78618058;WS=78618040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	79286043	.	C	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=585;ReadPosRankSum=-1.694;SC=GAGGGGCCCCCTCTCCTTTGA;SOR=0.571;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=38;WE=79286051;WS=79286033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,47:0.64:73
chrX	79698593	rs1113265	C	G	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=44;PP=1804;SC=CCATGTTAGACTTCTACAGTG;SOR=0.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=96;WE=79698601;WS=79698583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chrX	79937084	rs3122406	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=14;PP=335;SC=CCATATCTCTGTTATTTTATT;SOR=2.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=79937092;WS=79937074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	79942599	rs3029738	GTATA	G	139	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=34.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chrX	79947490	.	T	TA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chrX	79985641	rs34820109	C	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chrX	79999796	rs58601634	T	TCAC	931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=905;SC=AAGCAGAAATTCACAATACCC;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=17;WE=79999804;WS=79999786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	80001242	.	G	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=522;ReadPosRankSum=-1.724;SC=AAAAAAATACGAAATTAACTT;SOR=1.107;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=31;WE=80001250;WS=80001232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chrX	80064414	.	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=332;ReadPosRankSum=0.970;SC=TACCCAGATCGAAGCCTCTAT;SOR=0.988;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=23;WE=80064422;WS=80064404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chrX	80064910	rs200402115	A	AC	2361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.985;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=41;PP=2015;ReadPosRankSum=0.691;SC=TTCCCTTAGCACCCCCCCACC;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=55;WE=80064918;WS=80064900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,89:0.93:96
chrX	80457746	.	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=114;ReadPosRankSum=0.572;SC=TCTACAGCGGTAAGGAGAGTG;SOR=0.766;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=12;WE=80457754;WS=80457736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chrX	82764040	rs5921978	A	G	8599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.79;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chrX	82764040	.	AGG	GGC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=59.97;NF=72;NR=53;PP=2947;QD=20;SC=GCAGGTTCGAAGGCTTGCAGC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=125;WE=82764050;WS=82764030;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,125:0.95:132
chrX	82764042	rs5921979	G	C	8599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chrX	83119939	rs5922000	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=18;PP=464;SC=TTGAATAGCCTAAAAACTTAG;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=83119947;WS=83119929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	83124802	rs5968237	A	T	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=51;SC=GATAGATTACATAAAAAAATA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=83124810;WS=83124792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	83128311	.	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=174;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TTCACAAAAAGATAAGAAAGA;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=14;WE=83128319;WS=83128301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chrX	83128996	.	A	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=217;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AAGGATAAAAAAGATTCAAAG;SOR=0.466;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=15;WE=83129004;WS=83128986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chrX	83319457	rs35061036	TA	T	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chrX	83352970	rs10521366	T	C	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=108;SC=AAAACTTCAATCATTTTATGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=83352978;WS=83352960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	83372577	.	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=0.381;SC=AGATCTACATGATAGTAGATC;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=83372585;WS=83372567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chrX	83403178	rs1539517	G	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=11;PP=370;SC=CACATTTCTAGTCATTCTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=83403186;WS=83403168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	83442983	.	C	CCCGCCG	773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.216;NF=0;NR=12;PP=665;ReadPosRankSum=0.138;SC=ATTGAACTGGCCCGCCGCCGC;SOR=0.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=12;WE=83442993;WS=83442973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chrX	83591866	rs5922966	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=-1.125;SC=TTGCATCATTCGGAACAACTT;SOR=0.954;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=22;WE=83591874;WS=83591856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chrX	83723541	rs35161124	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=205;ReadPosRankSum=-0.334;SC=ATGAGGAGAAAAATTACTCCG;SOR=0.517;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=19;WE=83723549;WS=83723531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chrX	84189403	.	C	T	4173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=63;PP=1870;ReadPosRankSum=2.021;SC=CCCCGACGCCCCCGCCGACCC;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=221;TCF=105;TCR=116;TR=123;WE=84189411;WS=84189393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,200:0.51:389
chrX	84258843	rs3747422	C	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=0.466;SC=TGGGGCTGTCCTAAGGGAAGC;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=11;WE=84258851;WS=84258833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chrX	84309541	.	G	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=56;SC=GCAATTTATTGATTAATTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=84309560;WS=84309531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	84309549	rs66517260	TATTG	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=131;SC=TTGATTAATTTATTGATTATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=84309560;WS=84309531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	84349807	rs4828124	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=0.076;SC=AAAAAAACTGGGTTTATACAC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=84349815;WS=84349797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chrX	84350128	rs4828327	G	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.258;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
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chrX	84363140	rs10126146	A	G	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.014;NF=35;NR=25;PP=815;ReadPosRankSum=0.533;SC=CTTGCACTCCATTGGTTCATG;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=60;WE=84363148;WS=84363130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chrX	84510179	.	ATATT	A	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.839;NF=6;NR=2;PP=319;ReadPosRankSum=1.675;SC=TATTTAAGAAATATTTATAGC;SOR=1.061;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=84510190;WS=84510169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chrX	84520059	rs12560186	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TATATATTCTTCTTATTAATT;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=8;WE=84520067;WS=84520049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chrX	84520105	rs12557399	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=-1.851;SC=CTATTTTAATGCGTGTTTTAA;SOR=0.546;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=13;WE=84520113;WS=84520095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chrX	84534383	rs2227090	A	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.82;ReadPosRankSum=1.874;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,59:0.95:62
chrX	84561238	.	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chrX	84561465	rs363780	G	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTATACTCTGGGTCTTAGATG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=84561473;WS=84561455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chrX	84562118	rs363776	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=0.705;SC=AGTAATTGTGCATATGAAAAG;SOR=0.197;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=84562126;WS=84562108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chrX	84563135	rs363774	T	A	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=25;PP=1389;SC=CTTACTGTCATATCATTTTGA;SOR=1.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=72;WE=84563143;WS=84563125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	84563299	.	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chrX	84569256	rs17004160	G	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=289;ReadPosRankSum=-1.178;SC=AAATGCTAGTGATTCAATATA;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=16;WE=84569264;WS=84569247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chrX	84622643	.	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=0.380;SC=ACATGAAGAAGACTTCCATAT;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=10;WE=84622651;WS=84622633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chrX	85236824	.	T	TAA	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chrX	85600381	.	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=2.015;SC=CAATAGATTTCCTGACATGAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=8;WE=85600389;WS=85600371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chrX	85769438	rs144281985	C	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=-0.494;SC=CTTCGTACTGCCCAGCATTTG;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=40;WE=85769446;WS=85769428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,54:0.43:127
chrX	85906213	rs6623751	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chrX	85994683	rs6623765	G	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=0.431;SC=TTCAAATGTAGAGACTCAACC;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=85994691;WS=85994673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chrX	86069951	.	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chrX	86070935	rs3761542	T	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chrX	86071151	rs12837683	C	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=1.423;SC=TATGTGACCCCTGGGGATGAG;SOR=0.518;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=12;WE=86071159;WS=86071141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chrX	86868965	.	C	T	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=819;ReadPosRankSum=0.062;SC=GCAAACTCTTCGTAAAATGGA;SOR=0.683;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=61;WE=86868973;WS=86868955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,91:0.52:174
chrX	86869103	rs5924064	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=429;ReadPosRankSum=0.316;SC=TAAATAAGAGATAATGAGTAC;SOR=0.697;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=32;WE=86869111;WS=86869093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chrX	86869348	rs5922464	C	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chrX	86869426	.	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
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chrX	86873222	rs62608283	G	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=0.972;SC=ATAACTTGTAGATGACTTTCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=86873230;WS=86873212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chrX	86887244	rs222084	C	T	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=17;PP=829;SC=ACCTCAGGACCAACAGTTGGC;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=86887252;WS=86887234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chrX	88008423	rs5940915	A	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=521;SC=AGGATGAGTTATCCTACTAAA;SOR=2.517;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=88008431;WS=88008413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chrX	89177024	rs5983979	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.018;NF=22;NR=1;PP=508;ReadPosRankSum=-1.184;SC=TCCCAAACCTACCTTTGTCCT;SOR=1.148;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=23;WE=89177032;WS=89177014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chrX	89177673	rs2290380	G	A	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.975;NF=34;NR=37;PP=889;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CAAGGTTTCTGTCACATCCCC;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=73;TCR=77;TR=71;WE=89177681;WS=89177663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,129:0.45:289
chrX	91518011	rs5903000	CA	C	99.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=54;SC=GCTTTTTTTTCAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=91518019;WS=91518001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	91675436	rs12863110	A	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.074;NF=7;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=2.155;SC=AGATTTAATAAATTCAACTTC;SOR=0.432;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=13;WE=91675444;WS=91675426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chrX	92927634	rs1045686	G	C	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=34;PP=1684;SC=ATTTCTTTAGGAACTTCCTTT;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=73;WE=92927642;WS=92927624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	95990839	rs20386	A	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.7346;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=0.242;SC=GTTGCCTTTTAATTAAAATGG;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=95990847;WS=95990829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chrX	95990883	rs5949989	A	G	130.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TGTAAGATACAAAATGTCTGG;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=95990891;WS=95990873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chrX	96013128	rs2297827	CC	TT	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=667;ReadPosRankSum=0.454;SC=TTATCAATGCCCACAGTAAAT;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=28;WE=96013137;WS=96013118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,38:0.90:42
chrX	96018052	rs11339405	GT	G	454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=0.339;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chrX	96194045	.	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.21;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chrX	96197175	rs5920973	G	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=236;SC=ATTGTGTTTTGTGCCTTCTGT;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=96197183;WS=96197165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	96502650	rs1409192	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.6306;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=350;ReadPosRankSum=0.765;SC=GATAATGTCTCCTTTTAGATG;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=21;WE=96502658;WS=96502640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chrX	96724467	rs6620284	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=73;SC=TTATGTGACACGTTTATCATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=96724475;WS=96724457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	99661969	rs1953337	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=514;ReadPosRankSum=0.510;SC=TTGCTTTGCAGTGAGGGAAGG;SOR=0.812;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=47;WE=99661977;WS=99661959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,63:0.33:190
chrX	99849017	rs2073162	G	A	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=644;ReadPosRankSum=1.308;SC=CATTGGAAGTGCACGACTTTA;SOR=0.255;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=45;WE=99849025;WS=99849007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,70:0.81:86
chrX	99849051	rs2073163	T	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=25;PP=809;SC=GATGTTTTCCTCCTAAGGCTT;SOR=1.390;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=99849059;WS=99849041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	99852548	.	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
chrX	99919733	rs2022475	G	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=367;SC=CCAGATAGTCGCACAAGCCAC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=99919741;WS=99919723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	99930886	.	T	TACAC,TACACACAC	268.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.39;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,3,4:0.43,0.57:7
chrX	99930892	rs4828041	T	C	387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=159;SC=TTTGTACACATACACACACAC;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=99930900;WS=99930882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	99936147	rs4828043	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chrX	99941705	rs2022039	T	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=19;PP=821;SC=AGTGGATTAATAGTGTCCCGC;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=99941713;WS=99941695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chrX	99956157	rs5967170	T	C	71.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GTTAAGATGCTACCAGTCAGA;SOR=1.447;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=99956165;WS=99956147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chrX	100243291	rs45558334	G	A	4136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.391;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=46;PP=1632;ReadPosRankSum=-2.134;SC=CCCTTTAAATGTTAATATTCA;SOR=0.839;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=109;WE=100243299;WS=100243281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,187:0.76:247
chrX	100243459	rs3934462	G	T	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=48;PP=1254;SC=CTAGGAGAATGAGAGCTCAGA;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62;WE=100243467;WS=100243449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	100245606	rs6523438	A	G	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
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chrX	100274462	rs113162285	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=-0.483;SC=TTCACAGAAACGCACAGGAGC;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=18;WE=100274470;WS=100274452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
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chrX	100416622	rs139786550	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chrX	100418120	.	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chrX	100505617	rs3747280	G	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
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chrX	100533273	rs4986657	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chrX	100604757	rs700	T	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=235;ReadPosRankSum=0.388;SC=AGGGGCCTTTTTGTATTGAGT;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=14;WE=100604765;WS=100604747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chrX	100609547	rs2071223	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
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chrX	100611878	.	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,16:0.15:108
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chrX	100746208	.	C	T	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.560;NF=57;NR=51;PP=1556;ReadPosRankSum=0.762;SC=CAGCTCCCAGCGTGAGACCTT;SOR=0.657;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=108;WE=100746216;WS=100746198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,137:0.75:182
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chrX	100748736	.	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,15:0.21:73
chrX	100749127	rs5951336	A	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.25;QD=25.39;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chrX	100808222	rs1044275	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=1.318;SC=GCGGAGGTGGCCTAGAGGCCA;SOR=0.535;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=16;WE=100808230;WS=100808212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,21:0.20:104
chrX	100911066	rs3850315	C	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=14;PP=586;SC=CAAGCAGGTGCTGGTAGTCAT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=100911074;WS=100911056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	101090953	rs6621219	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=362;ReadPosRankSum=1.292;SC=CTCTTCTGAGGTCCCAACTTC;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=25;WE=101090961;WS=101090943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chrX	101091164	rs6621220	T	C	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.96;MQRankSum=-0.674;NF=46;NR=33;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.622;SC=TTATCATTCATGATGCACAGA;SOR=0.934;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=79;WE=101091172;WS=101091154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,146:0.81:180
chrX	101092528	.	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=5.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.544;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,22:0.14:159
chrX	101092958	.	G	A	41.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.25;MQRankSum=-1.150;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chrX	101096219	rs201887839	G	A	423.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.94;MQRankSum=0.000;QD=24.93;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chrX	101096824	.	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,24:0.26:91
chrX	101138782	.	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,28:0.25:110
chrX	101138792	rs5944882	T	C	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=49;PP=1102;SC=CTGATGTTTCTGTTTATGACC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=87;WE=101138800;WS=101138772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chrX	101141776	rs67953349	AC	A	195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=169;SC=TTAGAACTGGACCAAAAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=101141784;WS=101141766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	101381778	.	A	T	215.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.39;ReadPosRankSum=0.912;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chrX	101382005	rs5944856	G	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=416;ReadPosRankSum=2.128;SC=GAGAGTGCGGGAAAGGCAAAA;SOR=0.601;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=25;WE=101382013;WS=101381995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chrX	101382411	rs5944857	T	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-0.306;QD=32.06;ReadPosRankSum=-1.583;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chrX	101382417	rs5944858	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-0.400;QD=31.15;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chrX	101395780	rs11408120	T	TG	2532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.28;QD=32.89;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	101396105	.	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.798;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.848;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,49:0.25:200
chrX	101437635	rs5945049	A	G	5191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=53;PP=1793;SC=ATTTATCTCCAGGTAAGATTC;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=112;WE=101437643;WS=101437625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chrX	101587709	.	CTCTCTCT	C	122	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.42;QD=30.50;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	101615528	.	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.188;NF=30;NR=16;PP=705;ReadPosRankSum=-0.394;SC=CCTTTTAGGAGATTTGCTTGA;SOR=0.733;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=46;WE=101615536;WS=101615518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,54:0.48:113
chrX	101623586	.	ATGGTGGTGGTGGTGG	A,ATGGTGGTGGTGGTGGTGG	1768.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.99;MQRankSum=0.924;QD=25.63;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,41,16:0.59,0.23:69
chrX	101909785	rs17339512	C	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=418;ReadPosRankSum=0.657;SC=GGAAAGGAGGCCAAATTCAGG;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=25;WE=101909793;WS=101909775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
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chrX	102755595	.	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
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chrX	102842041	rs11010	T	C	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=471;ReadPosRankSum=-1.966;SC=AGGCCATACATGATATGAATT;SOR=0.531;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=39;WE=102842049;WS=102842031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,61:0.80:76
chrX	102978806	rs5945807	G	C	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=344;ReadPosRankSum=-1.855;SC=GCATCGTGCAGGTCTGGATGT;SOR=0.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=22;WE=102978814;WS=102978796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
chrX	102978823	.	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=0.927;SC=ATGTCCATGGGGAAGTTCTTG;SOR=0.963;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=7;WE=102978831;WS=102978813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chrX	102979486	rs4907817	T	C	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=19;PP=420;SC=GTCTTGGTGATGGAGCTGAAA;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=102979494;WS=102979476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	102979992	rs2239814	A	G	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=22;SC=GAGGCCAGTTATGTGCTGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=102980000;WS=102979982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	103031700	rs11371342	A	AG	320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.16;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chrX	103274226	rs494006	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chrX	103294760	rs2301384	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.679;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.536;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,11:0.17:64
chrX	103295543	rs3213517	A	C	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=615;ReadPosRankSum=2.211;SC=TATATGGCTAAATAAAATTTT;SOR=0.983;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=36;WE=103295551;WS=103295533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,48:0.79:61
chrX	104464276	rs375033944	CA	C	6680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=42;PP=2380;SC=CCACAACCTCCAACATCCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=60;WE=104464289;WS=104464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chrX	104464281	rs367644904	TC	T	6680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=42;PP=2230;SC=ACCTCCAACATCCCCTCTGCT;SOR=0.706;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=58;WE=104464289;WS=104464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chrX	105066921	.	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=104;ReadPosRankSum=0.338;SC=CCGTCGCCCCCCGAAATGCTC;SOR=0.585;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=11;WE=105066929;WS=105066911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,15:0.22:68
chrX	105139356	.	C	CAGAA	1326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.84;ReadPosRankSum=1.601;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chrX	105153001	rs209372	A	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=36;PP=1424;SC=TGAAGGCTAAAGCCTCTAAAC;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=105153009;WS=105152991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chrX	105153048	.	G	A	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.360;SC=CCACGACTACGGAGGGCAGCC;SOR=0.599;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=56;WE=105153056;WS=105153038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,80:0.80:100
chrX	105153486	.	G	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=565;ReadPosRankSum=0.465;SC=CAAACTGAAGGATCACCTCAG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=36;WE=105153494;WS=105153476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,57:0.84:68
chrX	105193749	.	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=1.119;SC=TTTATTTCTTCTTCAGGACCC;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=18;WE=105193757;WS=105193739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
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chrX	107395032	.	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.971;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
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chrX	107396655	.	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chrX	107418281	rs2295914	C	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=12;PP=602;SC=TATGAAGCCTCTCTTGAGCAT;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=107418289;WS=107418271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	107418906	rs4623610	A	G	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chrX	107423674	.	TACAC	T	640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=42.72;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
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chrX	107433688	rs1042065	A	G	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=22;PP=868;SC=GGGAACCCTGACTCTTTGTTG;SOR=0.872;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=50;WE=107433696;WS=107433678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	107437848	rs1266719	G	C	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=22;PP=774;SC=CCACTAAGTGGAAAGTATGAG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=107437856;WS=107437838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	107438119	rs1266720	G	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	107448639	rs1266730	G	T	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=23;PP=771;SC=GCATATGGAAGGCAGACTGTA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=107448647;WS=107448629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	107450101	rs1266732	T	G	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=12;PP=288;SC=AAGGCTAGAGTTTATATCATT;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=107450109;WS=107450091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	107455014	rs1266736	C	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=227;SC=CACACACTTACAGTCTTTTTA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=107455022;WS=107455004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	107463090	rs201304389	CCCATATTGTATT	C	728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=8;PP=2966;SC=TACCCCCCTCCCCATATTGTA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=107463109;WS=107463080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	107815027	.	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=2.363;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=1.071;SC=AATCCCTTTTCTTTTTAATAA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=107815035;WS=107815017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chrX	107845182	.	C	T	517.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=255;ReadPosRankSum=0.284;SC=AACCAGGTATCCCTGGAATTG;SOR=0.420;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=17;WE=107845190;WS=107845172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chrX	107909614	.	GG	AA	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=383;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GTGATCCAAAGGAGTGTCTCA;SOR=0.776;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=13;WE=107909623;WS=107909604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chrX	107911634	.	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=73;ReadPosRankSum=1.923;SC=TTCACGGTTTCCCTGGTGTGC;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=6;WE=107911642;WS=107911624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chrX	107923992	.	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.247;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=302;ReadPosRankSum=0.022;SC=GTATTTGAAGGGATTTTTGTG;SOR=0.186;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=16;WE=107924000;WS=107923982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chrX	107936046	.	T	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chrX	108628579	rs616218	G	A	436.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=-1.120;SC=GAGGAATAGTGCAAAGAGGAA;SOR=1.127;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=17;WE=108628587;WS=108628569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chrX	108708516	rs502209	C	T	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=21;PP=860;SC=CCTTAGGACCCGGTAGGGGGT;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=108708524;WS=108708506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	108785025	.	C	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=73;SC=AGATTCTTTCCACTAGTAGCT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=108785033;WS=108785015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	108868153	rs17003955	G	A	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=751;ReadPosRankSum=-1.391;SC=CTGGGACGAGGGCCAGCGCCC;SOR=0.435;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=46;WE=108868161;WS=108868143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,63:0.79:80
chrX	108904729	rs839408	C	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=9;PP=325;SC=TTTTGACTTACGAAACAAAAA;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=108904737;WS=108904719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	109325486	rs5942887	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=1.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=334;ReadPosRankSum=0.577;SC=AGCCTGGCAGTCTTCTGCCTC;SOR=0.816;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=20;WE=109325494;WS=109325476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chrX	109387928	rs946820	G	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=6;PP=466;SC=TGGGATTGCTGAAATATGGGT;SOR=1.765;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=28;WE=109387936;WS=109387918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	109416688	.	A	AT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.230;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chrX	109419162	.	C	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chrX	109507669	.	G	GT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.539;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chrX	109697048	.	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,33:0.20:165
chrX	110416182	rs372455411	TTC	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.599;QD=0.78;ReadPosRankSum=2.950;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,8:0.13:60
chrX	110925461	rs146925326	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chrX	111022407	.	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=21;SC=TCTTTGCAGTAGAAAATCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=111022415;WS=111022397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	111095722	.	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,13:0.18:73
chrX	111097021	.	C	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=375;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CAATATCATCCATTCCACGAC;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=23;WE=111097029;WS=111097011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chrX	111155476	rs7050962	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CCAGACTTTGGAGGCTTTAAG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=7;WE=111155484;WS=111155466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chrX	111156163	rs41311741	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ATTCTTTTGACCTCCTAAACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=111156171;WS=111156153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chrX	111698036	rs6568050	T	C	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=705;ReadPosRankSum=-1.327;SC=ATTCTGCGGCTTCAAATGCAG;SOR=0.431;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=40;WE=111698044;WS=111698026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,59:0.80:74
chrX	111698613	rs7053563	T	C	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=724;ReadPosRankSum=-1.058;SC=ACAAGAAACATAGTGACAGGC;SOR=0.618;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=40;WE=111698621;WS=111698603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,68:0.74:92
chrX	113949525	rs5988103	G	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=124;SC=AGCAGAAGTCGCTTCTTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=113949533;WS=113949515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	113961410	rs2248440	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=20;PP=580;SC=TTATTTTAGTGAAAAGATAAC;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=29;WE=113961418;WS=113961400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	113965679	rs377148142	GT	G	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=1.643;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chrX	113965735	rs6318	G	C	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=14;PP=760;SC=GTTTGGCAATGTGATATTTCT;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=113965743;WS=113965725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	114082565	.	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
chrX	114239897	rs17095003	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	114400318	rs4361922	T	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=255;SC=TGTAAGAGTTTGCTAAAGACA;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=114400326;WS=114400308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	114400917	.	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=0.369;SC=TATGGAAATAGAAATCCTAAG;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=8;WE=114400925;WS=114400907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chrX	114424148	rs62601525	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,20:0.19:106
chrX	114424438	rs62601527	C	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,21:0.21:99
chrX	114424505	rs62601528	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chrX	114424941	rs62601530	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,20:0.18:114
chrX	114425181	.	A	AGAGGCCGCTCGCCCAACGCCCACAGCG	6170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=27;PP=2965;SC=CGAGGAGTACAGAGGCCGCTC;SOR=0.831;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=33;WE=114425189;WS=114425171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chrX	114425238	rs55718100	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.533;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,40:0.23:174
chrX	114425400	rs12857270	G	A	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1545;ReadPosRankSum=-1.810;SC=CGACTGCTGCGGAGGAGGAGG;SOR=0.608;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=86;WE=114425408;WS=114425390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,135:0.78:174
chrX	114425923	rs142223554	C	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=1.564;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,47:0.23:207
chrX	114426171	rs5946294	C	T	7014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=86;PP=2965;SC=CAGCGGAGGCCGCTCGCCTGA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=175;WE=114426179;WS=114426161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chrX	114426385	rs80194951	G	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.713;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,76:0.25:301
chrX	114426588	.	G	A	5003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=76;PP=2370;ReadPosRankSum=1.078;SC=AGGCCACTACGAAGAGTACCG;SOR=0.619;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=185;TCF=90;TCR=95;TR=144;WE=114426596;WS=114426578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,224:0.78:288
chrX	114426917	rs4911809	C	T	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,107:0.76:140
chrX	114863593	rs140121121	T	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,21:0.22:95
chrX	115568092	rs2312054	A	T	138.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chrX	115569037	.	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chrX	115575989	rs12391221	A	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5168;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=269;ReadPosRankSum=-0.521;SC=ATACAATATTAATGAAGCTTC;SOR=0.859;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=13;WE=115575997;WS=115575979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chrX	115584402	rs6608646	C	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.7354;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CCTATTACCCCCTCTAGCTGT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=10;WE=115584410;WS=115584392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chrX	115586700	rs10521578	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chrX	117107425	rs2497860	C	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=446;ReadPosRankSum=0.323;SC=CAAGCTCTGGCCACACAAATC;SOR=0.984;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=27;WE=117107433;WS=117107415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chrX	117521338	rs17318100	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chrX	117526989	.	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=6.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,35:0.29:120
chrX	117527945	rs10127330	C	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chrX	117527965	rs10127331	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=7.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chrX	117527970	rs34108225	AT	A	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chrX	117528056	rs17271416	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,22:0.19:113
chrX	117528142	rs6603401	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,16:0.16:99
chrX	117531051	.	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.024;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chrX	117540775	.	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chrX	117543599	.	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-0.358;SC=AGGTATTTTTCATCTATTTAA;SOR=0.303;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=6;WE=117543607;WS=117543589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chrX	117566782	rs10521584	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-1.670;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,23:0.18:127
chrX	117576117	rs56715055	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=0.950;SC=CAGTCCTCCTGCCTCAGCCTC;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=8;WE=117576125;WS=117576107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chrX	117677105	.	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAGTAGTCTTCCTTTAATGTA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=117677113;WS=117677095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chrX	117677349	rs1294781	G	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=237;SC=CATAAAGGAAGATCCCAGTAC;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=117677357;WS=117677339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	117677642	rs1294780	A	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=466;SC=GGCCGGGTGCAGTGGCTCACG;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=28;WE=117677650;WS=117677632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	117679234	rs79880711	CTT	C	1046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;QD=24.92;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,36:0.86:42
chrX	117718669	rs1781091	TT	AA	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	117722176	rs41312765	G	A	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=453;SC=AGGTTGAAGAGTTTGTTCCAG;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=117722184;WS=117722166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	117722261	.	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=0.498;SC=ATTAAAATACGATAGCCAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=5;WE=117722269;WS=117722251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chrX	117810737	rs17331656	T	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=15;PP=464;SC=CATTATTTGTTAGTTCCAGGC;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=117810745;WS=117810727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chrX	117819902	rs2186106	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=364;SC=ATGTGTTCCAACAGGGTGCTT;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=117819910;WS=117819892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chrX	117892291	rs2997048	C	G	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=110;SC=AAAAAATGATCATTCTGGGTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=117892299;WS=117892281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	117904185	rs2248849	A	G	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=31;PP=1454;SC=CATCCAGTCAATGAGTGCACC;SOR=1.053;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=77;WE=117904193;WS=117904175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chrX	117904229	rs2248846	T	C	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=40;PP=1632;SC=CACCCTGCAATGTCATCACCA;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=97;WE=117904237;WS=117904219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chrX	117904433	rs2248841	T	C	8976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=106;PP=2965;SC=CAACTGGCGCTGGCTGGTCTA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=107;TCR=106;TR=213;WE=117904441;WS=117904423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chrX	117925767	.	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.877;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,13:0.20:66
chrX	117925898	rs2495636	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=316;SC=GAACTTATTAAATGGAAACTG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=117925906;WS=117925888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	117938928	rs2495639	G	A	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=29;PP=1007;SC=GAAAGTATCCGGGATCTGAAA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=117938936;WS=117938918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	118108785	rs3813933	T	C	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=34;PP=1151;SC=GCTTGCCCGCTGAGGTCAGCA;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=72;WE=118108793;WS=118108775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chrX	118124694	rs3827453	G	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=85;SC=CCCCTTCCCAGAGACTGCATT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=118124702;WS=118124684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	118146810	rs5910481	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=348;SC=AGCAGTTACACGAATACATTA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=118146818;WS=118146800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	118222740	.	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.699;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=0.954;SC=AAAACTTTTTGATTCTGAGAA;SOR=1.777;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=8;WE=118222748;WS=118222730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chrX	118250710	rs5957111	A	C	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=111;SC=ATGAGAGGAAAGAGGACCATG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=118250718;WS=118250700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	118281538	rs5910522	C	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=183;SC=CACTGCAGTGCCACAAAAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=118281546;WS=118281528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	118281635	rs11405916	G	GC	363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=194;SC=CTAAGAGCTAGCCCTGGGCCA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=118281643;WS=118281625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	118540675	.	C	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=443;ReadPosRankSum=0.409;SC=GTAAGATGGACCTTTTCACCT;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=30;WE=118540683;WS=118540665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chrX	118544448	rs16274	T	C	129.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=3;PP=90;SC=TGACTGCTCATAAATACTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=118544456;WS=118544438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	118560403	rs217997	G	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=17;PP=565;SC=AATAAGTACTGTCAATAATGC;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=118560411;WS=118560393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	118587003	rs3810755	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.978;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=765;ReadPosRankSum=0.654;SC=ACGAGAAAACCGAAGCCTAAA;SOR=1.223;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=51;WE=118587011;WS=118586993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chrX	118603550	rs5910591	A	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=436;ReadPosRankSum=0.216;SC=GCATTGATCGAGATGGCATAA;SOR=0.753;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=32;WE=118603558;WS=118603540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chrX	118603706	rs113356560	A	AG	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-7.981;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,6:0.08:79
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chrX	118603729	rs143413528	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-7.004;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
chrX	118603742	rs148294496	A	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-6.809;QD=3.67;ReadPosRankSum=2.413;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,9:0.16:55
chrX	118603747	rs141428607	A	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-6.539;QD=4.31;ReadPosRankSum=2.633;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chrX	118603773	rs148920941	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-6.230;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chrX	118603818	rs77766798	T	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=3;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.256;NF=3;NR=6;PP=288;ReadPosRankSum=-2.664;SC=TCCTGGGTGGTGTGGACAAGA;SOR=1.255;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=9;WE=118603852;WS=118603808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chrX	118603830	rs73637847	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-7.170;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,5:0.09:53
chrX	118603844	rs371749	T	G	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.186;HP=2;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=7.724;NF=15;NR=16;PP=1120;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CAGTTTTGGCTCTACTTTGCA;SOR=0.065;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=31;WE=118603852;WS=118603808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,57:0.95:60
chrX	118604436	rs12390	T	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.05;QD=24.89;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	118604536	rs5910592	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=138;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CTGCCACAAACTGGTGATACA;SOR=1.730;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=8;WE=118604544;WS=118604526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chrX	118604553	rs3216181	T	TA	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=484;SC=TACATACCTTTAAAATGGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=13;WE=118604561;WS=118604543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	118604844	.	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-2.507;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,38:0.23:166
chrX	118605012	rs80323990	G	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=8.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-3.789;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,5:0.12:41
chrX	118605017	rs77294853	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=10.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-3.570;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chrX	118605023	rs74343587	T	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=13.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-3.456;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chrX	118678364	rs5910611	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=596;SC=TTTTCCCAAAGCCCTGGCCAA;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=118678372;WS=118678354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	118699320	rs5910616	A	G	7950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=71;PP=2864;SC=TTTCGGCATGATTCCCAAGAG;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=84;TCR=71;TR=155;WE=118699328;WS=118699310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chrX	118709567	rs139399184	T	TA	209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.07;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	118754064	rs59071899	CA	C	357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.188;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chrX	118758107	rs11338110	GT	G	610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=126;SC=TTTATTATGGGTTTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=10;WE=118758115;WS=118758097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	118758128	rs2782252	T	G	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=30.78;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	118759507	.	CT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-2.391;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chrX	118827317	rs17261138	A	C	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=166;SC=CTATGGCCAGACCAGTTCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=118827325;WS=118827307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	118892888	rs2782222	G	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chrX	118893054	rs2782223	C	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=309;ReadPosRankSum=-0.998;SC=GCTGCTGCTGCGGGGCGACCC;SOR=0.643;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=22;WE=118893062;WS=118893044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chrX	118893137	rs2782224	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chrX	118893413	rs2782225	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=360;ReadPosRankSum=3.548;SC=ACAACAGCAGTGGCACCACTG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=27;WE=118893421;WS=118893403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chrX	118920809	rs7885997	C	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=389;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTCTCTCCTCTAACAAGTTT;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=30;WE=118920817;WS=118920799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chrX	118921530	rs73214964	A	C	203.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-0.140;SC=AGGGTATATAATCTTACGTAC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=118921538;WS=118921520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chrX	118925181	rs41304508	C	A	5354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,262:0.68:383
chrX	118925705	rs2240448	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.10;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chrX	118969075	rs2239963	A	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=0.659;SC=TTATGTATGAATATATGCTCA;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=118969083;WS=118969065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chrX	118974507	rs2285552	A	C	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=47;PP=2224;SC=AGGGGTTTTCAACAAGTAACA;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=114;WE=118974529;WS=118974497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chrX	118977332	rs2496213	A	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=3;PP=52;SC=CATTATCTACAATACTGATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=118977340;WS=118977322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	118985598	rs2428212	C	T	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=11;PP=342;SC=TAAATGTACTCGCAGGTGTCT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=118985606;WS=118985588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	119004568	.	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=382;ReadPosRankSum=-1.132;SC=ATTGCATCCTCATCGGGGTCT;SOR=1.096;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=12;WE=119004579;WS=119004558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chrX	119004571	rs142871346	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.179;HP=4;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=936;ReadPosRankSum=1.296;SC=GCATCCTCATCGGGGTCTTCT;SOR=0.427;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=23;WE=119004579;WS=119004558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chrX	119054001	rs3829719	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=0.939;SC=AGCAGTTGCGCAACAACAGAT;SOR=0.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=10;WE=119054009;WS=119053991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
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chrX	119070411	rs194307	T	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=0.084;SC=AAGTACAAATTAAAAAATTAT;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=119070419;WS=119070401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chrX	119070567	rs194308	A	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.624;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chrX	119388474	.	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=259;ReadPosRankSum=0.248;SC=TACTAATGATCCAGGCGTAGG;SOR=0.997;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=21;WE=119388482;WS=119388464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chrX	119421167	rs45453700	C	A	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=462;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TTTGAATACACACACACACAC;SOR=0.793;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=23;WE=119421175;WS=119421157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chrX	119509541	rs5909706	A	G	98.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=66;SC=CATTTTTCTGACAGTATCATA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=119509549;WS=119509531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	119510144	rs3213723	C	G	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=123;SC=CCTGAGGAAGCATGACTGGGA;SOR=3.912;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=119510152;WS=119510134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	119510247	rs149447498	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=200;ReadPosRankSum=0.827;SC=TGTAGGCTTTCGTCCTGAGCT;SOR=0.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=17;WE=119510255;WS=119510237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chrX	119510456	rs3213724	G	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=0.076;SC=TTTCCAGAAAGCATTCAATTC;SOR=0.287;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=8;WE=119510464;WS=119510446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chrX	119513260	rs2231245	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chrX	119565412	.	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chrX	119590533	rs12097	T	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-2.139;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chrX	120504923	rs5956321	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chrX	122318386	rs58044961	A	AG	1879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=991;SC=TTTTAGGCGTACATGGCCAGG;SOR=1.067;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=22;WE=122318394;WS=122318376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	122336600	rs11452643	T	TG	1178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=468;SC=GTTCACCAGGTGGGCCCGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=122336608;WS=122336590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	122459887	.	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chrX	122488630	.	A	T	298.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=245;ReadPosRankSum=-0.607;SC=AACAACAAGAAATCTGATCCA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=122488638;WS=122488620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chrX	122528803	rs550640	T	C	306.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.40;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chrX	122537277	rs502434	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=207;ReadPosRankSum=1.175;SC=GCTACTGGAATGAGTATGAAA;SOR=0.826;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=19;WE=122537285;WS=122537267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chrX	122537418	rs504096	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=312;ReadPosRankSum=-1.388;SC=GCAAGACTTCCGTTTTCTGAA;SOR=0.328;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=23;WE=122537426;WS=122537408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chrX	122769766	.	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=0.799;SC=TTATGTATTAAGTTATCATTT;SOR=0.551;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=122769774;WS=122769756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chrX	122805421	rs2105889	C	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	123034511	rs5956583	A	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=14;PP=470;SC=GACAGTATGCAAGATGAGTCA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=123034519;WS=123034501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	123184949	.	C	CT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chrX	123196746	.	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.246;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=531;ReadPosRankSum=1.864;SC=CTTTCTGTTCCTTTAGGTGCT;SOR=0.124;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=34;WE=123196754;WS=123196736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chrX	123200307	rs34494691	GT	G	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.43;ReadPosRankSum=0.840;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chrX	123200311	.	TTA	T	563	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=9;PP=563;QD=66.0;SC=AGTAGTGTTTTTATTAGACTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=123200322;WS=123200301;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,9:0.75:12
chrX	123200313	rs34397445	AT	A	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.43;ReadPosRankSum=1.136;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chrX	123200314	.	T	A	491	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=9;PP=491;QD=40.4439394267;SC=AGTGTTTTTATTAGACTAAAT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=13;WE=123200322;WS=123200301;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,13:0.68:19
chrX	123204978	.	C	CT	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.335;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chrX	123498120	rs12393085	C	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=5;PP=127;SC=GGCTAATGTGCGTATTTGTGT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=123498128;WS=123498110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chrX	123699462	rs142765142	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=9.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.504;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chrX	123780627	.	C	T	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.86;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,89:0.82:108
chrX	124454619	.	C	T	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1133;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GTGGCAGGGTCCAGGGCATGC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=70;WE=124454627;WS=124454609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,115:0.75:154
chrX	124454827	.	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,29:0.26:113
chrX	124455241	.	C	T	4731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=79;PP=2516;ReadPosRankSum=0.747;SC=GAAGAAAGATCCAGTGATGCC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=93;TCR=105;TR=149;WE=124455249;WS=124455231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,207:0.76:274
chrX	125954753	rs41309538	C	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=636;ReadPosRankSum=-0.299;SC=CAGAGGATGACGCAGAGCCCT;SOR=0.649;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=43;WE=125954761;WS=125954743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,71:0.75:95
chrX	125955644	rs2269776	A	T	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=163;SC=ACTTGAAACCACGTACCCTCC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=125955652;WS=125955634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	127184993	rs732182	C	G	376.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5571;FS=3.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=218;ReadPosRankSum=-1.749;SC=GAAGAAAATGCCATCTCCCAC;SOR=2.448;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=127185001;WS=127184983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chrX	127185739	.	G	A	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=649;ReadPosRankSum=-1.146;SC=CTGTGACACAGGCAGAGGCAT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=39;WE=127185747;WS=127185729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,79:0.81:97
chrX	128630976	rs201352836	GCA	G	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=127;ReadPosRankSum=2.655;SC=ACACACACGTGCACACACACA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=128630985;WS=128630966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chrX	128674631	.	T	TG	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=0.295;SC=AGGGCGGCGGTGGGGGGGGGG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=128674639;WS=128674621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chrX	128880668	.	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.721;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=539;ReadPosRankSum=-0.787;SC=GTATGCTCTTCCTTCAGTCCC;SOR=0.447;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=37;WE=128880676;WS=128880658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,51:0.81:63
chrX	128885571	.	A	AAAGG	411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.37;QD=27.45;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	128902282	rs377124731	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=1.258;SC=GTACCTGAATCGCTACTACCA;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=8;WE=128902290;WS=128902272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chrX	128948893	rs5932686	T	C	279.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.45;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chrX	128957640	rs2275605	T	C	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=21;PP=611;SC=GCAATGTCCCTGTAGTTTTAC;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=128957648;WS=128957630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	129054602	.	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chrX	129146758	.	C	T	221.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=165;ReadPosRankSum=-0.447;SC=AGGGTCTCTCCCAGGAGTTGG;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=9;WE=129146766;WS=129146748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chrX	129147079	rs4830173	T	C	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=48;PP=2241;SC=GGCTGAGGGCTTCTTGGTGCC;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=107;WE=129147087;WS=129147069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chrX	129148403	.	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,38:0.20:188
chrX	129186012	rs12388749	C	T	279.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9968;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=133;ReadPosRankSum=1.726;SC=GAGAGATCCACGGTGACTGAG;SOR=0.283;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=129186020;WS=129186002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chrX	129190012	.	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
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chrX	129201179	rs2181440	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=257;ReadPosRankSum=0.896;SC=CCCCTGTGACCGTGGGTGGCG;SOR=0.425;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=19;WE=129201187;WS=129201169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
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chrX	129269980	rs209998	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
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chrX	129290699	rs189994	T	C	67.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chrX	129354240	rs1160681	C	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=72;SC=AGATCTTATTCCTTCTATCCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=129354263;WS=129354231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	129354254	rs3081123	TAA	T	85.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=37;SC=CTATCCATAATAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=129354263;WS=129354231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	129518367	.	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=0.789;SC=TGGGGCTCCAGAGTGGGGAGG;SOR=1.473;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=13;WE=129518375;WS=129518357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chrX	129804248	.	CAG	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GAGACAGAGACAGAGAGAGAG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=129804257;WS=129804238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chrX	130215791	.	C	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=357;ReadPosRankSum=1.188;SC=AAGATGGTATCGATACACAGC;SOR=0.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=23;WE=130215799;WS=130215781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
chrX	130217020	rs5932835	G	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	130217955	.	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=0.587;SC=TGAGTTAAACCCTCCAGGTTT;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=11;WE=130217963;WS=130217945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chrX	130220176	rs16999801	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.688;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chrX	130220427	.	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,22:0.18:125
chrX	130409884	rs55936630	A	T	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=156;SC=ACTCTCCCTAACCCCTTCTCC;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=130409892;WS=130409874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	130410965	rs4830219	A	G	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=14;PP=526;SC=TAGAAAAGTCATAATATCGGC;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=130410973;WS=130410955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	130411805	rs190391033	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=158;SC=TGCCCCCTTTCCTCCCACACC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=130411813;WS=130411795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	130412178	rs4524963	C	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=12;PP=326;SC=CTCAGGGTCACTTTGTCAGCA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=130412186;WS=130412168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	130412986	.	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=3.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=1.876;SC=TTGCCAGCAGCTTTAGCAAGT;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=130412994;WS=130412976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chrX	130415818	rs1128617	T	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=25;PP=1005;SC=CCAGAGAAAATTCCAGTACTG;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=130415826;WS=130415808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	130416749	.	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CTAGTGATTTCACTTCCTGCT;SOR=0.160;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=130416757;WS=130416739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chrX	130416958	rs5932877	C	T	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=28;PP=1028;SC=TCTTACCAGTCACCCAGATTT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=130416966;WS=130416948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chrX	130420006	rs5930458	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=248;SC=TCCACAACTCTGGTTGAGGGT;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=130420014;WS=130419996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	130420415	rs4495600	T	C	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=20;PP=781;SC=ACTTACCTATTGATGTCATAC;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=130420423;WS=130420405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	130423050	rs5932879	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TGAAGCGGGTGGGGGGACAGA;SOR=0.922;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=8;WE=130423058;WS=130423040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chrX	130423359	rs6637829	C	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=540;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CCCCTCCCTGCGCCGGGCTCG;SOR=0.375;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=31;WE=130423367;WS=130423349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chrX	130423543	rs6637830	G	C	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=840;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TCACTGTATTGTGGGGGGGAG;SOR=1.152;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=51;WE=130423551;WS=130423533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,81:0.78:104
chrX	130433683	rs12010062	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.440;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
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chrX	130678844	rs655415	A	C	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.148;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1714;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TCCAAGTCCTACCCTGACCAG;SOR=0.349;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=130678852;WS=130678834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
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chrX	131520923	.	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chrX	131762463	.	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-1.275;SC=TGGCTCTGGCCCTGACCCTGG;SOR=0.487;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=11;WE=131762471;WS=131762453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chrX	131803352	rs10550199	ATC	A	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chrX	132161673	rs41304540	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=0.566;SC=TCAAGAATTCCTCATTCATCT;SOR=1.259;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=9;WE=132161681;WS=132161663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chrX	132352263	.	C	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=449;ReadPosRankSum=0.467;SC=TCGTTAGCTTCAGTGAGACTG;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=27;WE=132352271;WS=132352253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,56:0.81:69
chrX	132437337	rs1048369	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=595;ReadPosRankSum=0.782;SC=GCCCTGGTTGGCTAATCCATT;SOR=0.065;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=37;WE=132437345;WS=132437327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,43:0.88:49
chrX	132438872	rs1129980	C	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.85;ReadPosRankSum=1.084;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chrX	132549013	rs2073288	G	A	873.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5085;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=455;ReadPosRankSum=0.243;SC=CGGGGCGGACGCGTTCCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=26;WE=132549021;WS=132549003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chrX	132730606	.	G	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,12:0.13:95
chrX	132838305	rs374169314	GA	G	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chrX	132888101	.	T	C	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.12;MQRankSum=-2.220;NF=23;NR=29;PP=843;ReadPosRankSum=-1.531;SC=TGTGAAAAATTCACCCACAAA;SOR=0.840;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=52;WE=132888109;WS=132888091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,71:0.84:85
chrX	133379551	rs2428577	C	T	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=26;PP=1114;SC=GAACAGAAATCTAAAAGAAGC;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=133379559;WS=133379541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	133527688	.	G	GT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chrX	133699960	rs1982	T	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=202;SC=GCTATAGGTTTCTCTTTCTCA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=133699968;WS=133699950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	133955274	rs34486506	TA	T	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.696;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chrX	134025421	.	GA	GAA,G	76	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5039,0.4960;HP=14;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=6,6;NR=1,1;PP=76,13;QD=11.4285714286;SC=TGTTCTTTGGGAAAAAAAAAA;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7,7;WE=134025429;WS=134025411;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.58:12
chrX	134125475	rs11739	C	G	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	134156121	rs2475853	G	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-1.660;QD=13.90;ReadPosRankSum=1.476;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chrX	134185997	rs2498776	T	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.515;NF=9;NR=10;PP=249;ReadPosRankSum=-0.037;SC=ATGTAGGAGCTCGTCTGCACG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=19;WE=134186005;WS=134185987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chrX	134186051	.	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.948;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chrX	134292069	.	C	T	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=502;ReadPosRankSum=0.807;SC=CGTAAATTATCACCAAAGGAA;SOR=0.962;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=34;WE=134292077;WS=134292059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chrX	134703108	rs1937729	T	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=1;PP=52;SC=ATATATAATTTTGGTAAATAG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=134703116;WS=134703098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	134708007	rs72290283	C	CT	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=2.131;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
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chrX	135080623	rs370833071	C	CT	111.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.6218;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=-1.614;SC=AACAGTGTAACTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=2;WE=135080631;WS=135080613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
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chrX	135252234	rs3215593	AC	A	1407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=1085;SC=CTTTATTTGTACCAGGAGGTT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=135252242;WS=135252224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	135290250	rs2236003	G	A	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=312;SC=TATTATTCCCGTTTTACAGAT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=135290258;WS=135290240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	135292022	rs2076705	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-1.468;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chrX	135307049	rs5929742	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=326;ReadPosRankSum=1.110;SC=TCTATTTAAAGGAAAATAAAA;SOR=0.377;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=23;WE=135307057;WS=135307039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chrX	135310785	rs2273221	T	C	910.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.52;ReadPosRankSum=1.018;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,44:0.85:52
chrX	135313034	rs1055497	T	G	3066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1078;ReadPosRankSum=-1.049;SC=ACAAGCATTTTCAGGAGATGA;SOR=0.645;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=77;WE=135313042;WS=135313024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,143:0.77:185
chrX	135323452	rs5975707	G	A	397.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=222;ReadPosRankSum=0.058;SC=TAAAATAAAAGCCAACATATT;SOR=0.582;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=17;WE=135323460;WS=135323442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chrX	135338312	rs5975709	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=-1.056;SC=CTCCTCTCGTCGCTCACTCTT;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=12;WE=135338320;WS=135338302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chrX	135426693	rs4829829	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chrX	135426968	rs5930931	C	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,25:0.24:104
chrX	135429503	rs4829830	C	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,19:0.18:106
chrX	135430044	rs877761	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,50:0.22:231
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chrX	135431236	rs5930932	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,36:0.21:169
chrX	135431358	rs5930933	C	T	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.289;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,57:0.22:257
chrX	135454989	.	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TTGCAATAAGGAAATCTTGCA;SOR=0.465;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=4;WE=135454997;WS=135454979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chrX	135469905	.	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=131;ReadPosRankSum=0.440;SC=GCAGATTTTCCTAGGCAATGT;SOR=0.677;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=12;WE=135469913;WS=135469895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,17:0.21:81
chrX	135474420	rs1329546	C	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chrX	135474444	rs34255702	AGAT	A	699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=521;ReadPosRankSum=0.770;SC=CCAGCATTTCAGATGATATGT;SOR=0.810;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=13;WE=135474454;WS=135474434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,24:0.21:114
chrX	135480126	rs5974595	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,19:0.19:98
chrX	135482251	.	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-0.659;SC=AAATTATATCCTTAAATTTTG;SOR=1.911;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=9;WE=135482259;WS=135482241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chrX	135572193	rs140873258	G	A	351.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=273;ReadPosRankSum=0.374;SC=ACATATGCACGGAGGGTAGAA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=135572201;WS=135572183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chrX	135630787	.	C	T	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=25;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.448;SC=TACTCGTCTCCATGGACAAAG;SOR=0.403;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=68;WE=135630795;WS=135630777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,104:0.79:132
chrX	135767763	.	C	CA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-2.417;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chrX	135819719	rs561435	C	G	159.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
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chrX	135961587	rs2011584	G	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.690;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
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chrX	138633280	rs6048	A	G	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=649;ReadPosRankSum=0.046;SC=CCGTGCTGAGACTGTTTTTCC;SOR=0.322;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=43;WE=138633288;WS=138633270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,65:0.77:84
chrX	138668555	.	G	A	3365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1229;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GCTTCTGCCTGAACTGACGCA;SOR=0.638;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=84;WE=138668563;WS=138668545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,153:0.78:195
chrX	138696941	.	C	T	98.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GTGAAATTTTCATCTATCCGC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=138696949;WS=138696931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chrX	138714627	.	G	A	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=649;ReadPosRankSum=-1.456;SC=TAGAAAGAAAGAACAAAAGAA;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=45;WE=138714635;WS=138714617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,74:0.87:85
chrX	138724725	rs926563	G	A	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=23;PP=671;SC=TCAACGCAACGTTGATGAAAT;SOR=0.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=40;WE=138724733;WS=138724715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	138774209	rs4824861	C	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=19;PP=578;SC=GTGCAGCCATCTGGGTTCTGG;SOR=0.884;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=33;WE=138774217;WS=138774199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	138811003	rs2094702	G	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=369;SC=AGTGTGTTGCGTATCAAGTAT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=138811011;WS=138810993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chrX	138825675	rs1268015	T	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	138828034	.	G	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.171;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=1.512;SC=GAAATGGGGGGAAAAAACCAT;SOR=1.893;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=10;WE=138828042;WS=138828024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chrX	138882172	rs10717380	AC	A	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.776;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chrX	138897130	rs2491014	A	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=270;SC=TGTGTCTCAGACAATCCTCAT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=138897138;WS=138897120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	139099429	rs5907565	T	G	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=6;PP=403;SC=TGGGTATACATAAGGAGGTCA;SOR=1.483;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=139099437;WS=139099419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	139099699	rs5909001	C	T	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=195;SC=CTAGCACAACCCCCTTCCTCA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=139099707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	139099828	rs5909002	T	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=18;PP=796;SC=TCATAAAGGTTAAAAAACCCC;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=139099836;WS=139099818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	139298678	.	G	A	213.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.492;NF=4;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GCAGGCTGAGGAAGGGGGTTG;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=10;WE=139298686;WS=139298668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chrX	139587335	.	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chrX	139791807	.	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=2.287;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chrX	139793838	.	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=2.029;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
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chrX	140008515	rs5907733	C	T	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=91;SC=AGTGAATATACAGACTTTAAT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=140008523;WS=140008505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	140271268	rs2038375	G	C	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=118;SC=GCGCACGGAGGCCTCGCAGGA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=140271276;WS=140271258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	140983031	rs176023	A	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=459;SC=AGGAGGCCCCACCCCACGCTG;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=140983039;WS=140983021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	140983064	rs176024	G	A	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=719;SC=GCCCTGGTCAGCCTTGGCAGG;SOR=1.569;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=140983072;WS=140983054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chrX	140993642	rs176037	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,22:0.19:117
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chrX	147026330	rs11293471	AC	A	453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.41;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	147088249	rs764631	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=305;ReadPosRankSum=-0.866;SC=AATCAGGTGGCAAAGCCTTGT;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=26;WE=147088257;WS=147088239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
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chrX	147743873	.	G	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,28:0.26:107
chrX	147744377	.	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-0.549;SC=AAGCAGCTCTCATTTACCTTA;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=147744385;WS=147744367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chrX	147800748	rs241084	A	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=23;PP=759;SC=TCCTTCTTCAAGATGAAGGTA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=147800756;WS=147800738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	147891558	rs11117555	T	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=112;SC=GGAATCCTGATATTCTACTTC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=147891566;WS=147891548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	147919063	rs375432534	CAGTTA	C	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.46;QD=41.49;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	148035328	.	AAC	A	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chrX	148037055	rs16994868	G	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	148048207	rs111499310	CTT	C	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	148055144	rs5980615	A	G	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=23;PP=682;SC=TCAGGTGAATAGCCTTTCTGC;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=148055152;WS=148055134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chrX	148582350	rs139515077	CATT	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=8.451;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TCTGTCAAAACATTATCACAA;SOR=3.897;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=148582360;WS=148582341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chrX	148582549	rs1141608	G	A	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,68:0.79:86
chrX	148583525	.	AATG	A	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TTCCTTGGGAAATGATGATGA;SOR=0.061;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=2;WE=148583535;WS=148583515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chrX	148619841	.	CAG	C	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.014;NF=0;NR=6;PP=233;ReadPosRankSum=-1.443;SC=GCGGCAGCCACAGAGTCTTAC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=148619850;WS=148619831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chrX	148622730	rs3747443	G	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.14;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	148622745	rs3747442	T	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=7;PP=310;SC=AGGACTGTTCTTTCCTGTGGC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=148622753;WS=148622735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	148627384	rs145921071	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.71;QD=29.90;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	148628490	.	A	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.53;QD=26.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	148713418	.	T	TCGCCGC	981.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.237;NF=4;NR=10;PP=729;ReadPosRankSum=1.367;SC=GCCGTCGCCGTCGCCGCCGCC;SOR=0.425;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=14;WE=148713426;WS=148713408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chrX	148794953	rs1970766	G	A	290.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=147;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TCCAAGGCACGGTGGCCACAT;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=148794961;WS=148794943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chrX	148797348	rs2233048	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.601;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=617;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GTAAGTAGGCCTTTGTTAGAT;SOR=0.956;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=39;WE=148797356;WS=148797338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,69:0.74:93
chrX	148798206	.	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=342;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CCTCTTTGGGGAGCCCAAGAG;SOR=0.963;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=21;WE=148798214;WS=148798196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chrX	148798223	rs2233050	T	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=428;ReadPosRankSum=-2.126;SC=AGAGGCTCCTTACCCAAAATT;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=25;WE=148798231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chrX	149013727	rs5983916	A	G	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1124;ReadPosRankSum=0.605;SC=TCTGGGAAGCATTGAGTGTGA;SOR=0.587;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=75;WE=149013735;WS=149013717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,123:0.81:151
chrX	149101791	.	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.06;MQRankSum=-3.531;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,19:0.19:102
chrX	149114389	.	G	A	154.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.08;MQRankSum=1.465;QD=22.00;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chrX	149613617	rs6526057	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=51;SC=AGGAATGTGGTTGACTCCACA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=149613625;WS=149613607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	149630848	rs507156	T	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=0;PP=21;SC=GCTAGTCTCCTGCACTCCACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=149630856;WS=149630838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	149638451	.	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=357;ReadPosRankSum=1.448;SC=TACTGGGGACGAAGCCAGAAG;SOR=0.604;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=23;WE=149638459;WS=149638441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chrX	149680221	rs659188	G	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	149680554	rs2070779	C	T	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=52;PP=1911;SC=ATATGCAGAGCCCCAAGGCCA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=107;WE=149680562;WS=149680544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chrX	149862210	.	G	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	149862214	rs222346	A	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	149887055	.	CCTTTT	C	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=56.57;NF=1;NR=1;PP=31;QD=42.5142246671;SC=CGTTTGGTGTCCTTTTTTTTT;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=2;WE=149887067;WS=149887045;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chrX	149887056	rs526164	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.45;QD=22.72;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	149895603	rs75451888	A	AAT	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=0.440;SC=TGGAATCACAAATATATATTT;SOR=0.558;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=5;WE=149895611;WS=149895593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chrX	149896019	rs3747313	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=307;SC=AAGGAATGCTGTCAATCAGAC;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=149896027;WS=149896009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	149899242	.	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chrX	149905063	rs138910646	G	A	947.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5042;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=473;ReadPosRankSum=-1.756;SC=TTTGTTTTTCGTAGACAAAGG;SOR=0.883;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=32;WE=149905071;WS=149905053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,42:0.89:47
chrX	149931106	rs16995747	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chrX	149937428	rs41311370	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chrX	150336814	rs644345	G	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=355;SC=GGAGACTCAGGAAGTGTTTTT;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=18;WE=150336822;WS=150336804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chrX	150349733	.	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=4.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,48:0.18:273
chrX	150349871	rs13440581	A	G	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=60;PP=1829;SC=TGTCGTGGTTATTGATGTTGA;SOR=1.114;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=95;WE=150349879;WS=150349861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chrX	150396184	.	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=2.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=0.851;SC=AAGGCCTCGGCCATGACTGTG;SOR=0.132;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=11;WE=150396192;WS=150396174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chrX	150789334	rs5904324	T	TA	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=7;PP=417;SC=TTAACACAGATAAAAAAGTTT;SOR=1.005;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=13;WE=150789342;WS=150789324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	150789531	rs41311362	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=0.609;SC=TAGTAAATTCTTAGGTTTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=150789539;WS=150789521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chrX	150789950	rs945815	C	T	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	150791584	.	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-1.394;SC=ATGTGGGCTTCCTTTGAAGGG;SOR=0.330;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=150791592;WS=150791574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chrX	150794129	rs142544047	A	AC	292.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=204;ReadPosRankSum=1.645;SC=AAAAAGAAACAAACGGGCCAG;SOR=0.307;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=150794137;WS=150794119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chrX	150817094	rs5924658	C	G	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=491;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TAGTAGCTCTCAAGGTCAAAG;SOR=0.904;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=33;WE=150817102;WS=150817084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,54:0.74:73
chrX	150840185	rs6627174	T	C	1036.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=495;ReadPosRankSum=2.342;SC=GTTTCTGTGGTTTATCTTTAT;SOR=0.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=31;WE=150840193;WS=150840175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,44:0.90:49
chrX	150844702	rs4553055	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TTCAAGGTGCGTAAAGTCCCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=150844710;WS=150844692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chrX	150868799	rs4469605	C	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TTGCCTGACTCTTTTGGGGTC;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=10;WE=150868807;WS=150868789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chrX	150869267	rs4323608	A	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=50;PP=1673;SC=GAGGCAGCGAACAGCCCCCAG;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=87;WE=150869275;WS=150869257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	150873651	rs3761541	G	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=1.177;SC=ACTCTACTCCGTTATTTATCC;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=150873659;WS=150873641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chrX	150889929	.	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.956;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=277;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CCCATCTCCAGGAGTACGCTG;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=23;WE=150889937;WS=150889919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chrX	150908132	.	C	T	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=697;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TTTCGTGGGCCTGAACTCCAG;SOR=0.720;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=46;WE=150908140;WS=150908122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,72:0.80:90
chrX	150912581	rs142292266	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,15:0.22:68
chrX	151092126	rs1047246	C	G	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=30;PP=1092;SC=GCTGCCCTGACCAGAGTCATC;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=151092134;WS=151092116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	151092220	rs1047248	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=26;PP=999;SC=TGGTGGGTGCACAGGCTCCTA;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=151092228;WS=151092210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	151092653	rs1047251	G	A	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=39;PP=1455;SC=AGTGGACCCCGCCAGCAACAC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=151092661;WS=151092643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chrX	151123529	.	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,32:0.23:140
chrX	151124241	.	C	T	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=541;ReadPosRankSum=-1.364;SC=AGGAGAGCATCGTGGTCACGG;SOR=0.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=33;WE=151124249;WS=151124231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,65:0.86:76
chrX	151125971	rs763539	A	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=28;PP=748;SC=GCAATTTAAGACACTTCTAAT;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=47;WE=151125979;WS=151125961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	151129822	rs2256882	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=276;SC=GTGAGCATCCGGCATCAATGG;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=151129830;WS=151129812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	151138177	rs375575457	GG	AA	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=-0.508;SC=GGCTGTTGACGGAGATCTCAA;SOR=0.818;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=4;WE=151138187;WS=151138167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chrX	151138179	rs1139916	A	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=466;ReadPosRankSum=0.685;SC=CTGTTGACGGAGATCTCAACA;SOR=0.409;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=10;WE=151138187;WS=151138167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chrX	151139756	.	A	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=453;ReadPosRankSum=0.262;SC=TCAGCTGTACACTTATGATTT;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=28;WE=151139764;WS=151139746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chrX	151142982	rs7341952	G	T	1511.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.453;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=628;ReadPosRankSum=1.078;SC=GAGCCGTCCCGGCTCCCGGGG;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=46;WE=151142990;WS=151142972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,68:0.85:80
chrX	151303393	rs210586	C	T	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=31;PP=1315;SC=TCTATGAAGACTATGCTTAGG;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=151303401;WS=151303383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	151303596	rs210585	C	T	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=55;PP=1755;SC=TTCATAATTTCTTATGACACT;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=107;WE=151303604;WS=151303586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chrX	151813960	rs374323478	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.935;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chrX	151817820	rs6627251	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=1.258;SC=CTATGGCCCCCTCTTCCGTAC;SOR=0.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=8;WE=151817828;WS=151817810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chrX	151818999	.	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=214;ReadPosRankSum=1.875;SC=TCTTGGATATCGTTTTGGATG;SOR=0.764;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=19;WE=151819007;WS=151818989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chrX	151821277	rs3810651	T	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,29:0.20:145
chrX	151821399	.	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chrX	151821633	.	C	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=577;ReadPosRankSum=-1.525;SC=GGTTCTCCTTCGATCTCTTTA;SOR=0.551;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=37;WE=151821641;WS=151821623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,45:0.85:53
chrX	151899760	rs2515830	A	G	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1109;SC=TGGGCCTCATATCACACGAGG;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=151899768;WS=151899750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	151899789	rs3005	G	A	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.678;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=903;ReadPosRankSum=0.748;SC=ACTAATGGATGGGGCCTTGGA;SOR=0.190;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=52;WE=151899797;WS=151899779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,67:0.81:83
chrX	151899818	rs2233056	C	T	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.400;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=1330;ReadPosRankSum=0.263;SC=TGGCCCAGACCCCCTCCCACT;SOR=1.264;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=76;WE=151899826;WS=151899808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,106:0.79:135
chrX	151899913	rs2233055	T	C	5006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=63;ReadPosRankSum=-0.423;SC=AAATGTGAGGTCCTCCACTGA;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=136;WE=151899921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,217:0.83:261
chrX	151904488	rs2515838	C	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.394;NF=15;NR=5;PP=257;ReadPosRankSum=1.022;SC=GCACAGCAGCCCAAATTTGCT;SOR=1.508;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=20;WE=151904496;WS=151904478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chrX	151904609	rs2471781	T	C	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.644;NF=20;NR=24;PP=605;ReadPosRankSum=0.106;SC=CTCCTCTATGTATGTCAAGCT;SOR=0.378;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=44;WE=151904617;WS=151904599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,78:0.82:95
chrX	151909007	.	C	T	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.820;NF=40;NR=21;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.075;SC=GCTCTGACTCCTACCCTGTCC;SOR=1.114;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=61;WE=151909015;WS=151908997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,79:0.81:97
chrX	151909156	rs2515848	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-2.062;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,40:0.19:212
chrX	151996539	rs11428901	C	CT	95.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chrX	152014912	rs200748828	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,21:0.18:119
chrX	152018832	rs5969919	T	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	152089039	rs2071258	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=277;ReadPosRankSum=-1.419;SC=ATGAAAGGGTGGGTGGAGAGA;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=19;WE=152089047;WS=152089029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chrX	152090551	rs2071259	T	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=462;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CAGTATGCTGTCCTTATCCTG;SOR=2.400;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=23;WE=152090559;WS=152090541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chrX	152091153	rs2071261	A	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=269;ReadPosRankSum=0.245;SC=TGGCAGTAGCATGCCATTGTC;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=18;WE=152091161;WS=152091143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chrX	152110441	.	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.447;SC=CCGGCGGGAGGAAGCGCGGTC;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=152110449;WS=152110431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chrX	152134160	rs2071250	A	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=12;PP=330;SC=CTTGTCCAGGACTTGGCTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=152134168;WS=152134150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	152135575	rs12008598	G	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	152137822	rs5925266	C	T	372.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.42;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	152137827	rs5925267	A	G	372.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.42;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	152138068	rs5925268	C	T	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.21;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	152138078	rs2071253	C	T	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	152482064	rs2233046	T	C	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=17;PP=930;SC=CCCACTGGCCTTGGCTGCAAC;SOR=1.117;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=48;WE=152482072;WS=152482054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	152482198	rs2233045	G	A	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=39;PP=1601;SC=TGGTTTCAGCGAGGGCCCTTG;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=83;WE=152482206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chrX	152482917	rs2008160	T	C	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=56;PP=1443;SC=GAGGAGGAGGTGGCAGCCTGC;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=84;WE=152482925;WS=152482907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chrX	152609450	rs3213462	T	C	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=384;SC=TGCCCTGGCTTGTCATTCAGC;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=152609458;WS=152609440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	152609668	rs3213463	T	C	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=23;PP=830;SC=GCCAGAGGCCTAGGTGAGCTG;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=152609676;WS=152609658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	152609748	.	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=69;ReadPosRankSum=2.697;SC=TGTCTCTTGCCCCAGCATGAC;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=6;WE=152609756;WS=152609738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chrX	152610051	rs1467880	A	T	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=186;SC=TCACCTCTTGACCCTGGCATT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=152610059;WS=152610041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	152610108	rs1467881	G	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=9;PP=353;SC=AAAGACTGATGAGCCCTGGGA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=19;WE=152610116;WS=152610098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	152610224	rs35024993	CGTGACCTCT	C	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=10;PP=2957;SC=ATTATGGGAACGTGACCTCTG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=152610240;WS=152610214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	152610294	rs1467882	A	G	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	152610947	rs3213465	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=7;PP=267;SC=CTCTGGCTGTTGCCATAACCA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=152610955;WS=152610937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	152610985	rs3213466	T	C	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	152611190	.	GGGGGTCCCAGCTGAGCTCTTGGAGTTGAGGTTAGGGTTT	G	972	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=64.64;NF=0;NR=3;PP=972;QD=334.333333333;SC=GGTTAGGGTTGGGGGTCCCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=152611236;WS=152611180;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chrX	152613112	rs7066295	C	T	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=46;PP=2504;SC=CCTACGCCTGCGGCCAGTGCG;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=124;WE=152613120;WS=152613102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chrX	152727446	rs3020966	T	A	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=78;SC=GAAAACCAGCTGTAGCCCAAC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=152727454;WS=152727436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	152727535	rs138590468	TA	T	277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=98;SC=TCTTCAGATATAAAAAAAAGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=152727543;WS=152727525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	152728155	rs2980032	T	C	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=25;PP=810;SC=GAGCCCATCATGGCAGGCACC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=152728163;WS=152728145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chrX	152736686	rs2980037	C	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=202;ReadPosRankSum=1.142;SC=CCTCTTTGCCCTCACCTAATG;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=8;WE=152736705;WS=152736676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chrX	152736697	.	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=184;ReadPosRankSum=1.121;SC=TCACCTAATGGAGCTAATGAG;SOR=0.250;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=152736705;WS=152736676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chrX	152751497	rs56165949	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chrX	152770230	rs4833	G	A	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=48;PP=1894;SC=CTGACACCTCGGGCGTCCTGG;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=99;WE=152770238;WS=152770220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chrX	152770402	rs2980053	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=22;PP=604;SC=TCTGAAGGGGACACATGCTGG;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=152770410;WS=152770392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	152771214	rs11363938	GA	G	367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=299;SC=AGCATGGACTGAACCTCCTCG;SOR=2.494;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=152771222;WS=152771208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	152772161	.	T	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=835;ReadPosRankSum=1.261;SC=ATGGCCAGGGTGGGGGCTCTG;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=44;WE=152772169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chrX	152772473	rs2073479	C	T	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=63;PP=1942;SC=TTACCTCCAGCCTTTGAGTCC;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=100;WE=152772481;WS=152772463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chrX	152807425	rs762733	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=7;PP=276;SC=AAGGAAGCTCGGCTCCTGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=14;WE=152807433;WS=152807415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	152807665	rs2980012	A	G	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=694;SC=GTTCCCCAGAAGGAGGAGGGC;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=152807673;WS=152807655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	152807923	rs2980013	G	C	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=56;PP=1408;SC=GCCACCCTCCGGGCCAGCCTG;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=95;WE=152807931;WS=152807913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chrX	152813318	.	C	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=270;ReadPosRankSum=0.943;SC=GTGCAGTGGCCATGGAGATGC;SOR=0.565;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=22;WE=152813326;WS=152813308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,51:0.78:65
chrX	152815089	rs3020949	A	G	6779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=72;PP=2547;SC=CCTACCTAGGAGACACCCACT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=145;WE=152815097;WS=152815079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chrX	152815886	rs2285035	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=223;SC=TTCACAATATCATGCAACCGT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=152815894;WS=152815876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	152818435	rs2239682	G	A	6185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chrX	152821887	rs3020957	C	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.57;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	152821887	.	CCCCACACCC	TCCCACACCC,TCCCACACCT	154	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=5,2;NR=12,4;PP=154,47;QD=11.1041889734;SC=GTAGCCGAGCCCCCACACCCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17,6;WE=152821904;WS=152821877;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:17
chrX	152821896	rs2269414	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chrX	152834736	rs6643626	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=405;ReadPosRankSum=0.306;SC=GGTTGAGAACTATGAAGTACT;SOR=0.895;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=26;WE=152834744;WS=152834726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chrX	152834891	rs6643736	G	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GCTGGCCTCAGTCAGGGCCCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=152834899;WS=152834881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chrX	152845409	.	G	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=536;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CCCACCTCGCGCCCTGTCCCT;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=152845417;WS=152845399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chrX	152864477	rs199537978	G	GC	195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=22;SC=GGCGCCGGCTGCCCTCCGGGC;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=152864485;WS=152864467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	152864513	rs200645137	G	GC	280.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=1;PP=62;SC=CCCCTCCGCCGCCTCCGGGGC;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=152864521;WS=152864503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	152864609	.	G	GC	252	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=188;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=252;QD=70.5;SC=CGCGGCGGGCGTGCCGCCCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=152864617;WS=152864599;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	152915786	.	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=-1.947;SC=AGGCCGGCCCCTGCCCCACCC;SOR=1.101;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=13;WE=152915794;WS=152915776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chrX	152938409	rs10542443	TAC	T	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.886;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.832;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chrX	152954025	rs384573	A	G	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=110;SC=CGGCCCGCCGAGGCCATGGCG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=152954033;WS=152954015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	153009289	.	C	A	358	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=63;MMLQ=26;MQ=42.06;NF=0;NR=4;PP=358;QD=98.1928031368;SC=CATGCCTGGCCCCTCCTCCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=153009322;WS=153009279;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,4:0.67:6
chrX	153031839	rs731416	TG	CC	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,18:0.14:131
chrX	153036884	rs2266880	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=200;ReadPosRankSum=-1.052;SC=GCCAGGCAGGCGGGGCAGGGT;SOR=0.814;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=16;WE=153036892;WS=153036874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chrX	153037172	rs6643790	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chrX	153037275	rs6643644	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chrX	153037594	rs11156607	C	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chrX	153037779	rs2266881	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,22:0.20:109
chrX	153038516	rs5945161	C	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=10;PP=395;SC=CACTCCCATACGCCTCAGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=153038524;WS=153038506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	153038661	rs2266885	G	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=1.541;SC=GCCGAGATGAGAGACCCCACT;SOR=0.702;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=9;WE=153038669;WS=153038651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chrX	153039502	rs6643791	G	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.888;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,28:0.29:96
chrX	153039615	rs1543781	A	G	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=31;PP=923;SC=GGGGGCCAGCAGCTTAGGCTC;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=153039623;WS=153039605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	153041132	rs5945162	C	T	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=732;ReadPosRankSum=-1.057;SC=GGCACTGTCCCGCCTGCTCCC;SOR=0.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=52;WE=153041140;WS=153041122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,83:0.82:101
chrX	153041544	rs5987155	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-1.571;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,9:0.17:52
chrX	153044369	rs2071121	C	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=278;ReadPosRankSum=1.572;SC=CTCAGACAGGCACCCTCCTCT;SOR=0.197;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=18;WE=153044377;WS=153044359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chrX	153045610	rs141182715	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chrX	153045812	rs762652	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,16:0.19:85
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chrX	153049391	rs7052332	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chrX	153049535	rs4898444	A	G	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.88;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chrX	153049739	rs2269366	C	T	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.27;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,94:0.79:119
chrX	153050157	.	AG	A	1408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=1110;ReadPosRankSum=0.890;SC=CCGTGGGGGCAGGACAGCCTT;SOR=0.193;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=14;WE=153050171;WS=153050147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chrX	153050160	rs200831546	A	C	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.86;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chrX	153050162	rs201480778	A	C	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.13;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chrX	153050163	rs201253610	G	GTCCCC	1698.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=1071;ReadPosRankSum=0.582;SC=GGGCAGGACAGCCTTGGCCCC;SOR=0.193;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=14;WE=153050171;WS=153050147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chrX	153050984	rs1802092	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=0.488;SC=AGGCCCGGCTGTGGCTCCACC;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=13;WE=153050992;WS=153050974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chrX	153051907	rs2071122	G	A	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=27;PP=923;SC=CTCGTAGCCTGGGGAGGCAAG;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=153051915;WS=153051897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	153052391	.	CC	TT	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,22:0.20:110
chrX	153052649	rs2071123	C	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=519;SC=TTGGCCATCGCAACAGTCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=153052669;WS=153052639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	153052661	rs2269482	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=498;SC=ACAGTCAGCCAGAGGGACGGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=153052669;WS=153052639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	153053698	rs72198906	T	TG	1192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=27;PP=1227;SC=AAATGTTTCCTGAACACTAGA;SOR=2.964;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=153053706;WS=153053688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	153061775	rs2239714	A	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=514;SC=AGGGGCAGGAAGAGCGCATGG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=153061783;WS=153061765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	153072107	rs3747309	T	C	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=8;PP=763;SC=GATGCCCTGTTTCTGGTAGCT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=153072115;WS=153072097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	153073319	rs58306331	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.314;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=2.511;SC=CCCGCAGCCCGGGCTAAGATT;SOR=1.999;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=6;WE=153073327;WS=153073309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chrX	153073752	rs3761532	T	C	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=12;PP=894;SC=AGGTGGCCTGTCCTCTCTGGA;SOR=1.773;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=46;WE=153073760;WS=153073742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	153149118	rs5945167	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chrX	153149708	rs77883713	G	GC	2106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=21;PP=997;SC=ACTGCCCATCGTGGGATCCTG;SOR=1.225;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=153149723;WS=153149698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	153149715	rs6643650	C	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.12;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	153151277	rs56026845	C	G	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=337;SC=CATCTGGGGCCCCGCAGGTTA;SOR=0.737;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=22;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	153151280	rs143464562	G	GCC	1876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=745;SC=CTGGGGCCCCGCAGGTTACCC;SOR=0.788;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	153151284	rs199975679	GT	G	1882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=570;SC=GGCCCCGCAGGTTACCCCTCA;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	153151423	rs58566947	G	GCGGC	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=205;SC=ACCGGGCCGGGACTCCCTGGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=153151431;WS=153151413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	153151456	rs12837217	T	G	94.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	153151461	rs12837218	T	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	153151467	.	CG	C	80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=122;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=80;QD=37.0;SC=GTGGTGTCGCCGGGGGATCGC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=153151475;WS=153151457;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	153170447	rs55712963	G	GC	770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=632;SC=TACTGCCACCGACACGTGCAC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=153170455;WS=153170437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	153170980	rs56689668	T	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=5;PP=263;SC=CCCGACTCCTTCCCAGCTGTG;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=153170988;WS=153170970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	153171993	rs5201	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,46:0.20:233
chrX	153174819	rs11394527	T	TG	6445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=46;PP=2936;ReadPosRankSum=-1.708;SC=CCACTCCCACTGGCCAAAGCC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=82;WE=153174827;WS=153174809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,246:0.99:248
chrX	153174867	rs11405331	T	TG	7635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=64;PP=2967;SC=AGCACACGTGTGGCCCCCTGA;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=20;TCR=66;TR=84;WE=153174875;WS=153174857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chrX	153175053	rs56015121	G	GC	1058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=956;SC=AGGGCCAGCAGCTCCGCGCCA;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=153175061;WS=153175043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	153175793	.	G	A	3810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.40;ReadPosRankSum=-0.317;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,178:0.81:219
chrX	153176254	rs2070097	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chrX	153178459	rs5904376	G	GC	1089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=710;SC=CAGGGCCCCAGCCCTCAGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=153178467;WS=153178449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	153186412	rs34153599	A	AG	1446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=26;PP=1359;SC=CTAGGGAGAGAGGCCTTTGCC;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=153186420;WS=153186401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	153186484	rs11428457	T	TC	1609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=1033;SC=GCGGTGTTCCTCCCCACTGTG;SOR=0.770;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=27;WE=153186492;WS=153186474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	153208197	rs11372702	T	TG	523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=538;SC=CTTCCCCAGGTGGGACATCCC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=153208205;WS=153208196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	153210179	rs146096296	T	TG	1520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=21;PP=916;SC=CCGCTGGGCCTGGGGCGGGGC;SOR=1.206;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=22;WE=153210187;WS=153210169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	153210195	.	G	GGC	1044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=16;PP=613;SC=GGGGCTTTGAGCCCGACCCCC;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=153210207;WS=153210185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	153210199	rs377619070	GA	G	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=498;SC=CTTTGAGCCCGACCCCCGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=153210207;WS=153210185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	153215839	rs3027875	G	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=478;ReadPosRankSum=1.005;SC=GGCTGGGCCCGCAGTACACCC;SOR=0.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=34;WE=153215847;WS=153215829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chrX	153247929	.	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,16:0.18:87
chrX	153277889	rs2239673	C	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=127;SC=GGCTGCCCCACGCCCTCAGCG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=153277897;WS=153277887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	153278829	rs1059703	G	A	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=12;PP=545;SC=GGCGGCCTCCGAATGCCCGGG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=153278837;WS=153278819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	153279822	.	TAAAAA	T	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chrX	153279858	rs5945174	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=16;PP=417;SC=ATGGGGTCTCGCTTTGTTGGC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=153279866;WS=153279848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	153284192	rs1059702	A	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=57;PP=1686;SC=GCAAAACGGAAAGGGGCGGGC;SOR=1.279;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=86;WE=153284200;WS=153284182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chrX	153284483	rs1059701	G	A	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=15;PP=603;SC=CAGGGCTTGGGACCAGGCCGA;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=153284491;WS=153284473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	153418541	rs949431	T	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=0.093;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.964;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chrX	153482563	rs138416189	G	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.03;MQRankSum=-1.292;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chrX	153585703	.	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=2.123;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chrX	153599189	.	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,10:0.15:68
chrX	153608842	.	G	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=3.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=359;ReadPosRankSum=0.413;SC=CCTCCGGGGAGACTCTGTGTG;SOR=1.536;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=20;WE=153608850;WS=153608832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chrX	153629155	rs12012747	A	G	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=23;PP=1085;SC=TACATCCCCAATCGTGGCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=153629163;WS=153629145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	153631911	rs34952165	C	T	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=47;PP=1146;ReadPosRankSum=0.508;SC=CGGGCAAAGACGTCATCCTCA;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=82;WE=153631919;WS=153631901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,107:0.74:145
chrX	153633359	rs1130929	G	C	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=36;PP=986;SC=GAAGCAGGAGGGGGATGGCGC;SOR=1.072;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=56;WE=153633367;WS=153633349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	153633953	rs1050094	T	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=351;SC=TCCAGGCTGCTCCAGGGTGCG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=153633961;WS=153633943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	153637305	rs2070807	T	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=5;PP=263;SC=CCAGAGAGAGTGACGGTTCCT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=153637313;WS=153637295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	153637541	.	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=2.027;SC=GGCTAGGAGGGGAAAAAAAAG;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=9;WE=153637549;WS=153637531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chrX	153657083	rs28497482	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=11;PP=449;SC=TGGGGCCGCGATGCGCCCAGG;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=153657091;WS=153657073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	153660041	rs11156577	C	T	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chrX	153668172	rs68141802	A	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=12;PP=481;SC=AAAAAGGGTGAAGAGGTTAAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=153668180;WS=153668162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	153714419	.	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chrX	153880830	rs4326559	A	C	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GTCGGGGGAGAGGTGCGGCAT;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=79;WE=153880838;WS=153880812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,131:0.82:159
chrX	153881525	rs17328091	G	C	4789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5025;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=59;PP=2311;ReadPosRankSum=0.499;SC=GGATACAACTGAAGCAGGCGG;SOR=0.650;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=81;TCR=70;TR=132;WE=153881533;WS=153881515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,219:0.80:273
chrX	153906377	rs371001859	CA	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chrX	153940861	rs17281349	G	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=522;ReadPosRankSum=0.942;SC=TGGCATGAGGGGTGGACCAAA;SOR=0.954;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=32;WE=153940869;WS=153940851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chrX	153941695	.	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=8;PP=189;SC=GCTCTCCATGGAATCTGCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=153941703;WS=153941685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	153994596	rs2728532	G	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=17;PP=531;SC=ACAGTGGTACGCTGGATCCCA;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=153994604;WS=153994586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	154005088	.	CAAG	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,9:0.10:90
chrX	154009617	rs11318110	AG	A	205.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=22.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	154011648	.	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=352;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TATTTCAGATGGCGAGTGGTA;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=21;WE=154011656;WS=154011638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chrX	154013483	rs3215184	A	AC	212.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=8;PP=163;SC=CTCCCCTCATACCCCCCCCAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=154013491;WS=154013473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	154020114	rs1126762	C	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=151;ReadPosRankSum=3.237;SC=TCAGCTTCAGCGTGATTCCCT;SOR=0.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=16;WE=154020122;WS=154020104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chrX	154051891	rs6643620	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=-0.139;SC=AGAAAATGAAGGCAAAGGATG;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=8;WE=154051899;WS=154051881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chrX	154130223	rs4074307	A	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=85;SC=AATGATGTAAACTTGTATTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=154130231;WS=154130213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	154132090	rs4898352	A	T	215.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GTCTGCTTTGATCACTGATTG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=154132098;WS=154132080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chrX	154157513	rs374134211	G	A	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=578;ReadPosRankSum=0.711;SC=TGATAAATGTGAACTTTTGGA;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=32;WE=154157521;WS=154157503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,56:0.84:67
chrX	154157724	.	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,20:0.19:108
chrX	154158285	rs1800291	G	C	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=697;ReadPosRankSum=-1.624;SC=CATATGCCCCGTCATATGAAC;SOR=0.437;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=36;WE=154158293;WS=154158275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,55:0.85:65
chrX	154194989	rs7058826	C	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.6821;FS=1.263;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=545;ReadPosRankSum=1.661;SC=CAAACAATGTCAGAGTGTCTT;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=33;WE=154194997;WS=154194979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chrX	154327460	.	G	GT	28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=0.9998;HP=17;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=28;QD=15.5;SC=AATTAGAAATGTTTTTTTTTT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=154327468;WS=154327450;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	154437045	rs73641118	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	154437056	rs73641119	T	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=219;SC=TAATATTTACTCTAGGGGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=154437064;WS=154437035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	154456644	rs57301248	AT	A	695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chrX	154456747	rs572013	A	G	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	154507173	rs559165	T	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=478;ReadPosRankSum=1.179;SC=ATATAGCCTTTTCTCCTGTAA;SOR=0.883;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=29;WE=154507181;WS=154507163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chrY	13309466	.	CAT	C	101	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.00;QD=25.25;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrY	13309574	rs79963642	T	C	100.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.47;QD=20.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrY	13310525	rs76988723	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.05;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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